涉及核糖开关的基于结构的化合物设计
阅读：712发布：2023-03-08
专利汇可以提供涉及核糖开关的基于结构的化合物设计专利检索，专利查询，专利分析的服务。并且核糖 开关 和修饰形式的核糖开关可被用作受特异性效应化合物控制的设计基因开关。这类可激活核糖开关的效应化合物在本文中被称为触发分子。天然开关是抗生素和其它小分子 治疗 剂的靶标。此外，核糖开关的建造使得天然开关的实际 片段 可被用于构建新的非免疫原性基因控制元件，例如适体(分子识别)结构域可与其它的非适体(或修饰的)结构域相交换，这样新的识别结构域可导致由使用者定义的效应物化合物引起的基因调节。这种改变的开关可成为 治疗方案 的一部分——可以打开或关闭，或调节 蛋白质 的合成。新构建的基因调节网络可以应用于一些领域，例如活体 生物 传感器 、生物的代谢工程以及基因疗法的高级形式。可使用化合物来刺激、激活、抑制和/或失活核糖开关。可以利用核糖开关的 原子 结构来设计可刺激、激活、抑制和/或失活核糖开关的新化合物。，下面是涉及核糖开关的基于结构的化合物设计专利的具体信息内容。
1.天然鸟嘌呤应答性核糖开关的原子结构，包括图6中所示的原子结 构。
2.根据权利要求1的原子结构，其中所述原子结构的原子坐标包括图6 中所示原子的表6中所列的原子坐标。
3.根据权利要求1的原子结构，其中所述原子结构的原子坐标包括表6 中所列的原子坐标。
4.一种识别与核糖开关相互作用的化合物的方法，包括：
(a)使用权利要求1的原子结构与待测化合物进行建模；和
(b)测定待测化合物是否与核糖开关相互作用。
5.根据权利要求4的方法，其中所述测定待测化合物是否与核糖开关相 互作用的步骤包括测定核糖开关模型中的待测化合物的预计最小相 互作用能、预计结合常数、预计解离常数或它们的组合。
6.根据权利要求4的方法，其中所述测定待测化合物是否与核糖开关相 互作用的步骤包括测定待测化合物和核糖开关模型中的一个或多 个预计的键、一种或多种预计的相互作用或它们的组合。
7.根据权利要求4的方法，其中所述核糖开关为鸟嘌呤核糖开关。
8.根据权利要求7的方法，其中所述鸟嘌呤核糖开关为表5中的核糖开 关。
9.根据权利要求4的方法，其中在(b)步骤中测定原子接触，由此测定 待测化合物与核糖开关的相互作用。
10.根据权利要求9的方法，还包括下述步骤：
(c)识别待测化合物的类似物；
(d)测定待测化合物的类似物是否与核糖开关相互作用。
11.根据权利要求10的方法，其中所述化合物为次黄嘌呤。
12.一种杀菌方法，包括将细菌与权利要求10的方法所识别的类似物相 接触。
13.一种杀菌方法，包括将细菌与权利要求4的方法所识别的化合物相接 触。
14.根据权利要求4的方法，其中使用基于凝胶的分析来测定待测化合物 是否与核糖开关相互作用。
15.根据权利要求4的方法，其中使用基于芯片的分析来测定待测化合物 是否与核糖开关相互作用。
16.根据权利要求4的方法，其中所述待测化合物的相互作用是通过范德 华相互作用、氢键、静电相互作用、疏水相互作用或它们的组合。
17.根据权利要求4的方法，其中所述核糖开关含有RNA切割核酶。
18.根据权利要求4的方法，其中当含有淬灭部分的核酸被切割时产生荧 光信号。
19.根据权利要求4的方法，其中使用分子信标技术来产生荧光信号。
20.根据权利要求4的方法，其中使用高通量筛选来实行所述方法。
21.一种识别与核糖开关相互作用的化合物的方法，包括将核糖开关与待 测化合物相接触，其中在核糖开关与待测化合物相互作用时产生荧 光信号。
22.一种识别与核糖开关相互作用的化合物的方法，包括：
(a)识别核糖开关的晶体结构；
(b)对核糖开关和待测化合物进行建模；和
(c)测定待测化合物是否与核糖开关相互作用。
23.根据权利要求22的方法，其中所述核糖开关为鸟嘌呤核糖开关。
24.根据权利要求23的方法，其中所述鸟嘌呤核糖开关为表5中的核糖 开关。
25.一种可调节的基因表达构建体，包括编码RNA的核酸分子，所述RNA 包括与编码区域可操作地连接的核糖开关，其中所述核糖开关为表5 中的核糖开关，其中所述核糖开关调节RNA的表达，其中所述核糖 开关和编码区域为异源的。
26.根据权利要求25的基因表达构建体，其中所述核糖开关被触发分子 所激活，其中所述核糖开关在被触发分子激活时产生信号。
27.一种检测目的化合物的方法，所述方法包括使样本与核糖开关相接 触，其中所述核糖开关为表5中的核糖开关，其中所述核糖开关被 目的化合物所激活，其中所述核糖开关在被目的化合物激活时产生 信号，其中所述核糖开关在样本中含有目的化合物时产生信号。
28.根据权利要求27的方法，其中所述核糖开关在被目的化合物激活时 改变构象，其中所述的构象的改变通过构象依赖性标签产生信号。
29.根据权利要求27的方法，其中所述核糖开关在被目的化合物激活时 改变构象，其中所述的构象的改变导致与核糖开关相连的RNA的表 达改变，其中所述表达的改变产生信号。
30.根据权利要求29的方法，其中通过与所述核糖开关相连接的RNA所 表达的报告蛋白产生信号。
31.一种抑制基因表达的方法，所述方法包括：
(a)使细胞与一种化合物相接触，
(b)其中所述化合物具有式I的结构：
其中当所述化合物与鸟嘌呤应答性核糖开关相结合时，R1和R2 作为氢键供体，R7作为氢键受体，R9作为氢键供体，R10作为氢键受 体，
其中每个独立地代表单键或双键，
其中所述化合物不是鸟嘌呤、次黄嘌呤或黄嘌呤，
其中所述细胞含有编码RNA的基因，所述RNA含有鸟嘌呤应答性核糖 开关，其中所述化合物通过结合鸟嘌呤应答性核糖开关来抑制所述 基因的表达。
32.根据权利要求31的方法，其中R3为氢键受体。
33.根据权利要求31的方法，其中R1、R2、R9或它们的组合分别独立地 为-NR11-、-CHR11-、＝CR11-和-C(＝NR11)-，其中R11为-H、-NH2、-OH、 -SH、-CO2H，取代或未取代的烷基、烷氧基、芳基、芳基氧基或苯甲 氧基，-NH烷基、-NH烷氧基、-NHC(O)烷基、-NHCO2烷基、-NHC(O)NH2、 -NH-NH2、-NH-NH烷基、-NH-NH烷氧基、-NH-SO2烷基、-NH-SO2-R12、 -NHCO2CH2-R12、-NH-OR12、-N+H2-R12、-NH-NH-R12和-NH-NH-CH2-R12，其 中R12为：
其中n为1至5，R13为一个或多个-H、-NH2、-OH、烷氧基、-N-吗啉 代或卤化物。
34.根据权利要求31的方法，其中R8和R7一起代表-CH＝N-、-CH2-O-、 -CH2-S-或-CH2SO2-。
35.根据权利要求31的方法，其中R10为-OH、-SH、-NH2、-CO2H、-烷氧 基、-芳基氧基、-苯甲氧基、-卤化物、-NH烷基、-NH烷氧基、-NHC(O) 烷基、-NHCO2烷基、-NHCO2CH2-R12、-NHC(O)NH2、-NH-NH2、-NH-NH烷 基、-NH-NH烷氧基、-SO2烷基、-SO2芳基、-NH-SO2烷基、-NH-SO2-R12、 -NH-OR12、-NH-R12、-NH-NH-R12、-NH-NH-CH2-R12或-NH-CH2-R12，其中 R12为：
其中n为1至5，R13为一个或多个-H、-NH2、-OH、烷氧基、-N-吗啉 代或卤化物。
36.根据权利要求31的方法，其中R10为NR14，其中R14为-H、-NH2、-OH、 -SH、-CO2H、-CO2烷基、-CO2芳基、-C(O)NH2，取代或未取代的烷基、 烷氧基、烷氧基、芳基氧基或苯甲氧基，-NH烷基、-NH烷氧基、-NHC(O) 烷基、-NHCO2烷基、-NHC(O)NH2、-SO2烷基、-SO2芳基、-NH-SO2烷基、 -NH-SO2-R12、-NH-OR12、-NH-R12或-NH-CH2-R12，其中R12为：
其中n为1至5，R13为一个或多个-H、-NH2、-OH、烷氧基、-N-吗啉 代或卤化物。R12的定义如上所述。
37.根据权利要求31的方法，其中所述化合物具有式II的结构：
其中R7为N或CH；
其中R10为＝O、＝S、＝NH、＝NOH、＝N烷基、＝N烷氧基、＝N-芳基、＝N 芳基氧基、＝N-苯甲基、-N苯甲氧基、＝N-NH2、＝N-NHOH、＝N-NH烷基、 ＝N-NH烷氧基、＝N-NH芳基、＝N-NH芳基氧基、＝N-NH苯甲基、＝N-NH 苯甲氧基、＝N-NH-(对氨基苯基)、＝N-NH-(对甲氧基苯基)、＝N-NH-(对 -N-吗啉代-苯基)；以及
其中R2为＝CR15-，其中R15为-NH2、-NHNH2、-NHOH、-NH烷基、-NH烷 氧基、-NH芳基、-NH芳基氧基、-NH苯甲基、-NH苯甲氧基、-N+H2 芳基、-N+H2-(对-N-吗啉代-苯基)、-N+H2-(对氨基苯基)、-N+H2-(对 甲氧基苯基)、-NHCO2烷基、-NHCO2苯甲基、-NHNH烷基、-NHNH芳基、 -NHNH苯甲基或-NHC(O)烷基。
38.根据权利要求31的方法，其中所述化合物具有式III的结构：
其中R7为N或CH；
其中R10为-H、-OH、-SH、-烷氧基、卤化物、-NH2、-NHOH、-NH烷 基、-NH烷氧基、-NH芳基、-NH芳基氧基、-NH苯甲基、-NH苯甲氧 基、-NHC(O)烷基、-NHCO2烷基、NHCO2苯甲基、-NHNH2、-NHNH烷基、 -NHNH芳基或-NHNH苯甲基；以及
其中R2为＝CR15-，其中R15为-NH2、-NHNH2、-NHOH、-NH烷基、-NH烷 氧基、-NH芳基、-NH芳基氧基、-NH苯甲基、-NH苯甲氧基、-N+H2 芳基、-N+H2-(对-N-吗啉代-苯基)、-N+H2-(对氨基苯基)、-N+H2-(对 甲氧基苯基)、-NHCO2烷基、-NHCO2苯甲基、-NHNH烷基、-NHNH芳基、 -NHNH苯甲基或-NHC(O)芳基。
39.一种方法，包括：
(a)检测一种化合物对于编码包括核糖开关的RNA的基因的基因表 达的抑制作用，其中所述核糖开关为表5中的核糖开关，其中所述 的抑制作用是通过核糖开关进行的，
(b)通过使细胞与步骤(a)中抑制基因表达的化合物相接触，从而抑 制基因表达，
其中所述细胞含有编码包括核糖开关的RNA的基因，其中所述化合物 通过结合所述核糖开关来抑制基因的表达。
技术领域
本发明主要涉及基因表达领域，具体涉及基因表达调节的领域。
背景技术
活体系统的一个本质特征是精确基因控制，例如细胞必须通过改变 基因表达模式来对大量的生物化学信号和环境信息做出应答。大多数已 知的基因控制机制都涉及蛋白质因子的使用，所述蛋白质因子感受化学 或物理刺激然后通过与相关DNA或信使RNA序列的选择性相互作用来调 节基因表达。蛋白质可以采用多种复杂的形状并带有各种功能，这使得 活体系统可以精确的感知它们的化学和物理环境。对代谢产物应答的蛋 白质因子通常通过与DNA结合来调节转录的启动(例如乳糖抑制体蛋白； Matthews，K.S.，and Nichols，J.C.，1998，Prog.Nucleic Acids Res. Mol.Biol.58，127-164)，或者通过与RNA结合来控制转录终止(例如 PryR蛋白；Switzer，R.L.，et al.，1999，Prog.Nucleic Acids Res.Mol. Biol.62，329-367)或翻译(例如TRAP蛋白；Babitzke，P.，and Gollnick， P.，2001，J.Bacter iol.183，5795-5802)。蛋白质因子通过例如变构 修饰或翻译后修饰的各种机制对环境刺激做出应答，并且经常利用这些 机制起到高应答性基因开关的作用(参见例如Ptashne，M.，and Gann，A. (2002).Genes and Signals.Cold Spring Harbor Laboratory Press，Cold Spring Harbor，NY)。
除了蛋白质因子广泛参与基因控制之外，还已知RNA也在基因调节 中有活跃的作用。最近的研究逐渐揭示出小的非编码RNA在选择性靶向 和破坏mRNA方面的重要作用，这导致基因表达的下调(参见例如Hannon， GJ.2002，Nature 418，244-251和该文章的参考文献)。这种RNA干扰过 程利用了短RNA通过Watson-Crick碱基互补而选择性识别目标mRNA靶标 的能力上的优势，在该过程之后被结合的mRNA通过蛋白质的作用而被破 坏。在这一系统中RNA为分子识别的理想媒介物，因为通过进化过程产生 新的靶标特异性RNA因子要比产生具有新的高特异性RNA结合位点的蛋白 质因子容易得多。
虽然蛋白质可以满足生物学对于酶、受体和结构功能的大部分需求， 但是RNA也具有这些能力。例如，RNA具有足够的结构弹性，能形成多种 具有很大的酶活力和精确的分子识别能力的核酶结构域(Cech&Golden， Building a catalytic active site using only RNA.In：The RNA World R.F.Gesteland，T.R.Cech，J.F.Atkins，eds.，pp.321-350(1998)； Breaker，In vitro selection of catalytic polynucleotides.Chem.Rev. 97，371-390(1997))和受体结构域(Osborne&Ellington，Nucleic acid selection and the challenge of combinatorial chemistry.Chem.Rev. 97，349-370(1997)；Hermann&Patel，Adaptive recognition by nucleic acid aptamers.Science 287，820-825(2000))。此外，上述能力还可以 组合产生被效应物分子选择性调节的变构核酶(Soukup&Breaker， Engineering precision RNA molecular switches.Proc.Natl.Acad.Sci. USA 96，3584-3589(1999)；Seetharaman et al.，Immobilized riboswitches for the analysis of complex chemical and biological mixtures.Nature Biotechnol.19，336-341(2001))。
RNA的这些属性与一些研究的结论相一致(Gold et al.，From oligonucleotide shapes to genomic SELEX：novel biological regulatory loops.Proc.Natl.Acad.Sci.USA 94，59-64(1997)；Gold et al.，SELEX and the evolution of genomes.Curr.Opin.Gen.Dev. 7，848-851(1997)；Nou&Kadner，Adenosylcobalamin inhibits ribosome binding to btuBRNA.Proc.Natl.Acad.Sci.USA 97，7190-7195(2000)； Gelfand et al.，A conserved RNA structure element involved in the regulation of bacterial riboflavin synthesis genes.Trends Gen.15， 439-442(1999)；Miranda-Rios et al.，A conserved RNA structure(thi box)is involved in regulation of thiamin biosynthetic gene expression in bacteria.Proc.Natl.Acad.Sci USA 98，9736-9741 (2001)；Stormo&Ji，Do mRNAs act as direct sensors of small molecules to control their expression？Proc.Natl.Acad.Sci USA 98，9465-9467 (2001))，上述研究表明某些mRNA可能利用变构机制来对存在的特异性代 谢产物做出基因调节性应答。虽然推测有一种硫胺素焦磷酸(TPP)依赖性 的感应物/调节性蛋白可能参与了对硫胺素生物合成基因的控制(Webb& Downs，Characterization of thiL，encoding thiamin-monophosphate kinase，in Salmonella typhimurium.J.Biol.Chem.272，15702-15707 (1997))，但是还未发现有这类蛋白质因子的存在。
虽然枯草芽孢杆菌(B.subtilis)的lysC基因的转录受到高浓度 的赖氨酸的抑制(Kochhar，S.，and Paulus，H.1996，Microbiol. 142：1635-1639；Mader，U.，et al.，2002，J.Bacteriol. 184：4288-4295；Patte，J.C.1996.Biosynthesis of lysine and threonine.In：Escherichia coli and Salmonella：Cellular and Molecular Biology，F.C.Neidhardt，et al.，eds.，Vol.1，pp. 528-541.ASM Press，Washington，DC；Patte，J.-C，et al.，1998，FEMS Microbiol.Lett.169：165-170)，但是还没有识别到作为该基因调节物 的蛋白质因子(Liao，H.-H.，and Hseu，T.-H.1998，FEMS Microbiol. Lett.168：31-36)。lysC基因编码天冬氨酸激酶II，该酶催化L天冬氨 酸转化为L赖氨酸的代谢途径的第一步(Belitsky，B.R.2002. Biosynthesis of amino acids of the glutamate and aspartate families， alanine，and polyamines.In：Bacillus subtilis and its Closest Relatives：from Genes to Cells.A.L.Sonenshein，J.A.Hoch，and R. Losick，eds.，ASM Press，Washington，D.C.)。
除了蛋白质因子广泛参与基因控制之外，还已知RNA也在基因调节 中有活跃的作用。最近的研究逐渐揭示出小的非编码RNA在选择性靶向 和破坏mRNA方面的重要作用，这导致基因表达的下调(参见例如Hannon， GJ.2002，Nature 418，244-251和该文章的参考文献)。这种RNA干扰过 程利用了短RNA通过Watson-Crick碱基互补而选择性识别目标mRNA靶标 的能力上的优势，在该过程之后被结合的mRNA通过蛋白质的作用而被破 坏。在这一系统中RNA为分子识别的理想媒介物，因为通过进化过程产生 新的靶标特异性RNA因子要比产生具有新的高特异性RNA结合位点的蛋白 质因子容易得多。
虽然蛋白质可以满足生物学对于酶、受体和结构功能的大部分需求， 但是RNA也具有这些能力。例如，RNA具有足够的结构弹性，能形成多种 具有很大的酶活力和精确的分子识别能力的核酶结构域(Cech&Golden， Building a catalytic active site using only RNA.In：The RNA World R.F.Gesteland，T.R.Cech，J.F.Atkins，eds.，pp.321-350(1998)； Breaker，In vitro selection of catalytic polynucleotides.Chem.Rev. 97，371-390(1997))和受体结构域(Osborne&Ellington，Nucleic acid selection and the challenge of combinatorial chemistry.Chem.Rev. 97，349-370(1997)；Hermann&Patel，Adaptive recognition by nucleic acid aptamers.Science 287，820-825(2000))。此外，上述能力还可以 组合产生被效应物分子选择性调节的变构核酶(Soukup&Breaker， Engineering precision RNA molecular switches.Proc.Natl.Acad.Sci. USA 96，3584-3589(1999)；Seetharaman et al.，Immobilized riboswitches for the analysis of complex chemical and biological mixtures.Nature Biotechnol.19，336-341(2001))。
RNA的这些属性与一些研究的结论相一致(Gold et al.，From oligonucleotide shapes to genomic SELEX：novel biological regulatory loops.Proc.Natl.Acad.Sci.USA 94，59-64(1997)；Gold et al.，SELEX and the evolution of genomes.Curr.Opin.Gen.Dev. 7，848-851(1997)；Nou&Kadner，Adenosylcobalamin inhibits ribosome binding to btuBRNA.Proc.Natl.Acad.Sci.USA 97，7190-7195(2000)； Gelfand et al.，A conserved RNA structure element involved in the regulation of bacterial riboflavin synthesis genes.Trends Gen.15， 439-442(1999)；Miranda-Rios et al.，A conserved RNA structure(thi box)is involved in regulation of thiamin biosynthetic gene expression in bacteria.Proc.Natl.Acad.Sci USA 98，9736-9741 (2001)；Stormo&Ji，Do mRNAs act as direct sensors of small molecules to control their expression？Proc.Natl.Acad.Sci USA 98，9465-9467 (2001))，上述研究表明某些mRNA可能利用变构机制来对存在的特异性代 谢产物做出基因调节性应答。虽然推测有一种硫胺素焦磷酸(TPP)依赖性 的感应物/调节性蛋白可能参与了对硫胺素生物合成基因的控制(Webb& Downs，Characterization of thiL，encoding thiamin-monophosphate kinase，in Salmonella typhimurium.J.Biol.Chem.272，15702-15707 (1997))，但是还未发现有这类蛋白质因子的存在。
虽然枯草芽孢杆菌(B.subtilis)的lysC基因的转录受到高浓度 的赖氨酸的抑制(Kochhar，S.，and Paulus，H.1996，Microbiol. 142：1635-1639；Mader，U.，et al.，2002，J.Bacteriol. 184：4288-4295；Patte，J.C.1996.Biosynthesis of lysine and threonine.In：Escherichia coli and Salmonella：Cellular and Molecular Biology，F.C.Neidhardt，et al.，eds.，Vol.1，pp. 528-541.ASM Press，Washington，DC；Patte，J.-C，et al.，1998，FEMS Microbiol.Lett.169：165-170)，但是还没有识别到作为该基因调节物 的蛋白质因子(Liao，H.-H.，and Hseu，T.-H.1998，FEMS Microbiol. Lett.168：31-36)。lysC基因编码天冬氨酸激酶II，该酶催化L天冬氨 酸转化为L赖氨酸的代谢途径的第一步(Belitsky，B.R.2002. Biosynthesis of amino acids of the glutamate and aspartate families， alanine，and polyamines.In：Bacillus subtilis and its Closest Relatives：from Genes to Cells.A.L.Sonenshein，J.A.Hoch，and R. Losick，eds.，ASM Press，Washington，D.C.)。
发明内容
现已发现，某些天然mRNA可作为对代谢产物敏感的基因开关，其中 所述RNA直接结合小有机分子。这种结合过程改变了mRNA的构型，由此 通过多种不同机制引起了基因表达的变化。这些天然“核糖开关 (riboswitch)”的修饰形式(通过各种核酸工程策略而产生)可被用作 受特异性效应物化合物控制的设计基因开关。这类激活核糖开关的效应 物化合物在本文中被称为触发分子。天然开关是抗生素和其它小分子治 疗剂的靶标。此外，核糖开关的建造使得天然开关的实际片段可被用于 构建新的非免疫原性基因控制元件，例如适体(aptamer)(分子识别) 结构域可与其它的非天然适体相交换(或以其他方式修饰)，这样新的识 别结构域可导致由使用者定义的效应物化合物引起的基因调节。这种改 变的开关可成为治疗方案的一部分--可以打开或关闭，或调节蛋白质 的合成。新构建的基因调节网络可以应用于一些领域，例如活体生物传 感器、生物的代谢工程以及基因疗法的高级形式。
公开了分离的和重组的核糖开关、含有这类核糖开关的重组构建体、 与这类核糖开关可操作地连接的异源序列、带有这类核糖开关的细胞和 转基因生物、核糖开关重组构建体以及与异源序列可操作地连接的核糖 开关。异源序列可为例如编码目的蛋白质或肽的序列，包括报告蛋白或 报告肽。优选的核糖开关为天然存在的核糖开关或由天然存在的核糖开 关衍生的核糖开关。
还公开了核糖开关的晶体原子结构。这些结构可用于建模和评估核 糖开关与结合配体之间的相互作用。它们还可用于识别与核糖开关相互 作用的化合物的方法中。
还公开了含有异源的适体结构域和表达平台结构域(expression platform donaim)的嵌合核糖开关。也就是说，嵌合核糖开关有来自一 种来源的适体结构域和来自另一种来源的表达平台结构域。异源来源可 来自例如不同特异性的核糖开关或不同类别的核糖开关。异源适体也可 来自非核糖开关适体。异源表达平台结构域也可来自非核糖开关来源。
还公开了用于筛选和识别可以激活、失活或阻断核糖开关的化合物 的方法和组合物。核糖开关的激活指的是结合触发分子后核糖开关状态 的改变。核糖开关可被触发分子以外的其他化合物激活和以结合触发分 子以外的其它方式激活。本文使用的术语触发分子指的是可以激活核糖 开关的分子和化合物。这包括核糖开关的天然或正常的触发分子和其它 可激活核糖开关的化合物。天然或正常的触发分子是指给定的天然核糖 开关的触发分子，或者对于一些非天然核糖开关而言，是指设计该核糖 开关时所针对的触发分子或筛选该核糖开关时使用的触发分子(筛选通 过例如体外筛选或体外进化技术)。非天然触发分子可被称为非天然触发 分子。
核糖开关的失活指的是不再结合触发分子时核糖开关的状态改变。 核糖开关可通过与触发分子以外的其他化合物结合失活和以移除触发分 子以外的其它方式失活。核糖开关的阻断指的是核糖开关的一种状态或 情况，此时存在触发分子却不激活核糖开关。
还公开了识别与核糖开关相互作用的化合物的方法，包括利用待测 化合物和核糖开关的原子结构进行建模并确定待测化合物与核糖开关是 否相互作用。这可通过测定核糖开关和待测化合物的原子接触来进行。 此外，通过分析原子接触然后优化类似物的原子结构以使得相互作用最 大化，可以产生已知与核糖开关相互作用的化合物的类似物。上述方法 可以高通量筛选进行。
还公开了可以激活、失活或阻断核糖开关的化合物以及含有这类化 合物的组合物。还公开了可以激活、失活或阻断核糖开关的组合物和方 法。核糖开关通过结合或移除触发分子而实现控制基因表达的功能。可 使用化合物来激活、失活或阻断核糖开关。可以使用核糖开关的触发分 子(以及其它激活性化合物)来激活核糖开关。通常可使用触发分子以 外的化合物来失活或阻断核糖开关。还可以通过例如从核糖开关所在处 移除触发分子来失活核糖开关。核糖开关可通过例如结合不激活核糖开 关的触发分子的类似物而被阻断。
还公开了通过使化合物与RNA分子相接触，从而改变RNA分子表达 或改变编码RNA分子的基因表达的方法和组合物，其中所述RNA分子包 括核糖开关。核糖开关通过结合或移除触发分子而实现控制基因表达的 功能。因此，将包括核糖开关的目的RNA分子置于可激活、失活或阻断 核糖开关的条件下就可用来改变RNA的表达。例如转录终止或核糖体与 RNA的结合被阻断可以导致表达被改变。根据核糖开关的性质，与触发分 子的结合可以减少或阻止RNA分子的表达或者促进或增加RNA分子的表 达。
还公开了通过将核糖开关与RNA分子可操作地连接，来调节RNA分子 或编码NRA分子的基因的表达的方法和组合物。核糖开关可与RNA分子以 任何合适的方式可操作地连接，所述方式包括例如通过将核糖开关与RNA 分子物理连接，或者通过将编码RNA分子的基因用基因工程改造使其包括 和编码核糖开关，这样由基因工程改造的核酸产生的RNA就具有了与RNA 分子可操作连接的核糖开关。将与目的RNA分子可操作连接的核糖开关置 于可激活、失活或阻断核糖开关的条件下就可用来改变RNA的表达。
还公开了通过激活、失活或阻断核糖开关，来调节含有核糖开关的天 然存在的基因或RNA的表达的方法和组合物。如果该基因对含有该基因的 细胞或生物的存活而言十分重要，那么激活、失活或阻断该核糖开关可导 致细胞或生物的死亡、停滞或虚弱。例如(如果该核糖开关的激活关闭或 抑制表达)，激活某个对微生物的存活而言十分重要的天然存在的基因中的 天然存在的核糖开关，可能导致该微生物的死亡。这是所公开的化合物和 方法用于抗微生物和抗生素效果的一个理论基础。
还公开了通过激活、失活或阻断核糖开关，来调节含有核糖开关的分 离的、基因工程改造的或重组的基因或RNA的表达的方法和组合物。基因 或RNA可通过任何方式进行基因工程改造或重组。例如，核糖开关和RNA 的编码区域可以是异源的，核糖开关可被重组或嵌合或二者均有。如果基 因编码一种所需的表达产物，则激活或失活该核糖开关可被用于诱导该基 因的表达，并由此导致表达产物的产生。如果该基因编码对于基因表达或 另一细胞过程的一种诱导物或抑制物，则激活、失活或阻断该核糖开关可 导致其他被调节基因或细胞过程的诱导、抑制或脱抑制。已知多种这样的 次级调节效应，它们也可适用于核糖开关。核糖开关作为这类调节的初级 控制的一个优势是核糖开关的触发分子可为小的非抗原性分子。
还公开了通过将适体结构域与核糖开关的表达平台结构域可操作地连 接(为嵌合核糖开关)，来改变核糖开关的调节的方法和组合物。这样该适 体结构域可以通过例如适体结构域的触发分子的作用介导核糖开关的调 节。适体结构域可以以任何合适的方式与核糖开关的表达平台结构域可操 作地连接，所述方式包括例如用新的适体结构域替换核糖开关的正常的或 天然的适体结构域。通常，可以激活、失活或阻断该适体结构域所来源的 核糖开关的任何化合物或条件都可被用于激活、失活或阻断该嵌合核糖开 关。
还公开了通过共价改变核糖开关(通过例如交联核糖开关的部分或将 一种化合物偶联至核糖开关)来灭活核糖开关的方法和组合物。这种方式的 核糖开关的灭活可由例如一些改变来获得，所述改变阻止了核糖开关的触 发分子的结合，阻止了核糖开关与触发分子结合后的状态改变，或阻止了在 与触发分子结合后核糖开关的表达平台结构域对表达的影响。
还公开了识别可激活、失活或阻断核糖开关的化合物的方法。例如，可 以通过使待测化合物和核糖开关相接触并评估核糖开关的激活来识别可激 活核糖开关的化合物。如果核糖开关被激活，则待测化合物被识别为可激活 核糖开关的化合物。可以以任意合适的方式评估核糖开关的激活。例如，核 糖开关可以与报告RNA相连接，并可在存在和不存在待测化合物的条件下 测量报告RNA的表达、表达水平或表达水平的改变。作为另一个实例，核 糖开关可包括构象依赖性标签，由该标签产生的信号随核糖开关的激活状 态而改变。优选地，这种核糖开关使用天然存在的核糖开关的适体结构域 或由天然存在的核糖开关衍生的适体结构域。由此可见，可以使用对照测 定或测量或者不使用对照测定或测量来进行核糖开关激活的评估。识别可 以失活核糖的开关化合物的方法可以以类似的方式进行。
对阻断核糖开关的化合物的识别可以以任何合适的方式完成。例如， 可以在存在已知可激活或失活核糖开关的化合物以及存在待测化合物的条 件下来进行用于评估核糖开关的激活或失活的分析。如果没有观察到如同 在不存在待测化合物的情况下应当观察到的激活或失活情况，则该待测化 合物被识别为可阻断核糖开关的激活或失活的化合物。
还公开了生物传感器核糖开关。生物传感器核糖开关是经过基因工程 改造的核糖开关，它们在存在它们的同种触发分子时产生可检出的信号。 可用的生物传感器核糖开关可以在触发分子达到或超过阈值水平时被触 发。生物传感器核糖开关可被设计为体内应用或体外应用。例如，报告RNA 编码作为信号的蛋白质或参与产生信号的蛋白质，与该报告RNA可操作地 连接的生物传感器核糖开关可在体内被用于通过基因工程改造细胞或生 物，使其含有编码核糖开关/报告RNA的核酸构建体。用于体外的生物传感 器核糖开关的一个实例是包括构象依赖性标签的核糖开关，由该标签产生 的信号依赖于核糖开关的激活状态。优选地，这种生物传感器核糖开关使 用天然存在的核糖开关的适体结构域或由天然存在的核糖开关衍生的适体 结构域。还公开了使用生物传感器核糖开关检测化合物的方法。该方法可 包括使待测样本和生物传感器核糖开关相接触，并评估生物传感器核糖开 关的激活。生物传感器核糖开关的激活表明在待测样本中存在该生物传感 器核糖开关的触发分子。
还公开了由识别激活、失活或阻断核糖开关的化合物和对识别出的化 合物进行加工而制备的复合物。这可以通过例如将本文其他部分公开的化 合物识别方法与对识别出的化合物进行加工的方法结合使用而实现。例如， 可通过下述方法制备复合物：使待测化合物和核糖开关相接触，评估核糖 开关的激活，以及如果核糖开关被待测化合物激活，则制备该激活核糖开 关的待测化合物作为复合物。
还公开了由核实某种化合物对核糖开关的激活、失活或阻断作用和对 经核实的化合物进行加工而制备的复合物。这可以通过例如将本文其他部 分公开的化合物激活、失活或阻断评估方法与对经核实化合物的加工方法 结合使用而实现。例如，可通过下述方法制备复合物：使待测化合物和核 糖开关相接触，评估核糖开关的激活，以及如果核糖开关被待测化合物激 活，则制备该激活核糖开关的待测化合物作为复合物。核实化合物激活、 失活或阻断核糖开关的能力指的是对以前并不知道可否激活、失活或阻断 核糖开关的化合物的鉴定，以及对已知可激活、失活或阻断核糖开关的化 合物激活、失活或阻断核糖开关的能力的评估。
还公开了筛选、设计或产生可以识别新的触发分子的新核糖开关和/ 或新适体的方法。这类方法可包括：在核糖开关中产生一系列适体变异体、 在目的化合物存在的条件下评估变异体核糖开关的激活、筛选被激活的变 异体核糖开关(或者例如筛选激活度最高或激活选择性最强的核糖开关) 和重复上述步骤，直至得到具有所需活性、特异性、活性和特异性的结合 或其他性质的结合的变异体核糖开关。还公开了由上述方法生产的核糖开 关和适体结构域。
所公开的核糖开关(包括它们的衍生形式和重组形式)通常可来自任 何来源，包括天然存在的核糖开关和从头设计的核糖开关。任何这类核糖 开关均可被用于公开的方法中或与公开的方法一起使用。然而，还可以确 定不同类型的核糖开关，一些这样的亚类可能可用于特定的方法中或与特 定的方法一起使用(通常如本文其他部分所述)。核糖开关的类型包括例如： 天然存在的核糖开关、天然存在的核糖开关的衍生形式和修饰形式、嵌合 核糖开关和重组核糖开关。天然存在的核糖开关是这样一种核糖开关，它 具有自然界中存在的核糖开关的序列。这类天然存在的核糖开关可以是自 然界中存在的天然存在的核糖开关的分离形式或重组形式。也就是说，该 核糖开关还具有相同的一级结构，但是已在新的基因背景或核酸背景中被 分离或被基因工程改造。嵌合核糖开关可由例如下列的部分构成：任意或 特定类别或类型的核糖开关的一部分和相同或任意不同类别或类型的核糖 开关中不同的核糖开关的一部分；任意或特定类别或类型的核糖开关的一 部分和非核糖开关序列或元件。重组核糖开关是在新的基因背景或核酸背 景中被分离或被基因工程改造的核糖开关。
不同类别的核糖开关指的是(预计、测得或二者结合的)具有相同或 相似的触发分子的核糖开关或具有相同或相似的总体结构的核糖开关。同 一类别的核糖开关通常但不必需具有相同或相似的触发分子以及相同或相 似的总体结构。核糖开关的类别包括：甘氨酸应答性核糖开关、鸟嘌呤应 答性核糖开关、腺嘌呤应答性核糖开关、赖氨酸应答性核糖开关、硫胺素 焦磷酸应答性核糖开关，腺苷钴胺素应答性核糖开关、黄素单核苷酸应答 性核糖开关和S-腺苷蛋氨酸应答性核糖开关。
所公开的方法和组合物的其他优点一部分将在下文的描述中阐明，一 部分可以从说明书中获知，或者通过实施公开的方法和组合物而得知。所 公开的方法和组合物的优点将通过所附权利要求书中具体指明的要素和组 合的方式实现和获得。应当理解的是，上文的一般性描述和下文的具体描 述都仅仅是示例性和解释性的，并不是对本发明要求保护范围的限制。
附图说明
附图包含于本说明书中并作为本说明书的一部分，阐述了所公开方法 和组合物的一些实施方案，它与文字描述一起作为对所公开方法和组合物 的原理的解释。
图1A、1B和1C显示的是枯草芽孢杆菌中对鸟嘌呤变构应答的xpt-pbuX mRNA的G盒RNA。图1A显示的是存在于广泛参与嘌呤代谢的基因5’UTR 的G盒RNA结构域的共有序列和二级结构模型(SEQ ID NO：1)。种系发 育分析的结果与三个茎结构(three-stem)(P1至P3)连接点的形成是一 致的。以小写字母和大写字母显示的核苷酸分别表示存在于90％以上和80％ 以上的被检测的代表物中。圆圈内的核苷酸表现出碱基互补，这也许表明 假结体(pseudoknot)的形成。图1B显示xpt-pbuX转录单位的5’UTR的 序列和配体诱导的结构改变(SEQ ID NO：2)。大方框代表推测的抗终止子 相互作用。通过串联标记(in-line probing)(从C开始)测定的经过结 构改变的核苷酸用小方框标出。201xpt RNA的93xpt片段(大方框中)仍 然保留了鸟嘌呤结合功能。星号标出了促进体外转录(5’端)或产生限制 性酶切位点(3’端)的RNA序列的改变。核苷酸编号从天然转录起点的第 一个核苷酸开始。翻译起始密码子从第186位开始。图1C显示的是鸟嘌呤 和相关的嘌呤选择性诱导93xpt mRNA片段的结构性调节。通过对前体RNA (Pre；5’32P标记)培养40小时来进行串联标记，所述培养在不含有(-) 或含有鸟嘌呤(G)、次黄嘌呤(H)、黄嘌呤(X)和腺嘌呤(A)的条件下 进行。标有NR、T1和-OH的泳道分别代表未反应的RNA、经过RNA酶T1(G- 特异性切割)部分消化的RNA或经过碱部分消化的RNA。识别了选出的对 应于G-特异性切割的条带。1至4区域识别了自发性RNA切割的配体诱导 调节的主要位点。
图2A、2B和2C显示由xpt-pbuX mRNA的鸟嘌呤结合适体进行的分子 辨别。图2A显示的是鸟嘌呤、次黄嘌呤和黄嘌呤(枯草芽孢杆菌中xpt-pbuX 基因表达的活性天然调节物)与腺嘌呤(无活性)的化学结构和表观KD值 的比较。相对于鸟嘌呤的化学结构的差异用圆圈表示。图2中显示的KD值 是以201xpt RNA测定的。鸟嘌呤上的数字表示环上氮原子的位置。图2B 显示鸟嘌呤的各种类似物的化学结构和KD值，表明该嘌呤的所有改变都会 导致结合亲和力的丧失。空心圆圈表示KD值很可能显著高于示出值，这是 由于在本分析中没有检测500μM以上的类似物浓度。G、H、X和A的表观 KD值用三角表示以便于比较。图2C显示的是201xpt中鸟嘌呤适体的分子 识别特征的示意图。预计在鸟嘌呤的第9位形成了氢键，因为鸟苷(KD＞100 μM)和肌苷(KD＞100μM)(分别为鸟嘌呤和次黄嘌呤的9-核糖基衍生物) 并未表现出可测量的结合。
图3A、3B和3C显示了鸟嘌呤特异性和腺嘌呤特异性的核糖开关。图 3A显示了本研究中检测的两种鸟嘌呤特异性适体结构域(purE和xpt)和 三种腺嘌呤特异性适体结构域的序列和结构特征：BS2-purE、BS3-xpt、 BS5-ydhL、CP4-add和VV1-add，它们分别示于SEQ ID NO：3-7。P1至P3 示出了含有适体结构域的二级结构的三个碱基对茎结构。小写字母的核苷 酸表示在系统发育中代表物的碱基同一性保守性达到90％以上的位置。箭 头表示配体特异性决定簇的适体的保守性核心之中的核苷酸。BS、CP和VV 分别表示枯草芽孢杆菌(B.subtilis)、产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)和创伤弧菌(Vibrio vulnificus)。图3B显示的是xpt适 体和ydhL适体的序列(SEQ ID NO：8)和二级结构。圆圈内的核苷酸表示 的是ydhL适体中与xpt适体中不同的位置。图3C中公开的序列为SBQ ID NO：9。xpt中的核苷酸按照美国专利申请No.2005-0053951的实施例6中 所述进行编号。其他标记如图3A中所述。
图4A和4B显示的是来自ydhL的腺嘌呤适体的分子识别的特异性。图 4A中的上图：对80ydhL RNA表现出可测量的结合的腺嘌呤、鸟嘌呤和其 他嘌呤类似物的化学结构。用圆圈表示相对于结合最紧密的化合物2，6-DAP 的化学改变。下方左图：各种嘌呤的表观KD值图。下方右图：作为分子识 别而与ydhL接触的腺嘌呤上的化学特征的模式图。注：N7和N9的重要性 未进行测定。圆圈中的箭头表示如果在C2处附带有氢键供体则会存在接 触。图4B显示的是不与80ydhL RNA结合(KD值低于300μM)的各种嘌呤 的化学结构。
图5A、5B、5C和5D显示的是鸟嘌呤核糖开关-次黄嘌呤复合物的二级 结构和三级结构。图5A左侧显示的是枯草芽孢杆菌的鸟嘌呤核糖开关的 xpt-pbuX鸟嘌呤结合结构域(SEQ ID NO：213)的二级结构。在已知的90％ 以上鸟嘌呤核糖开关中保守的核苷酸用红色表示；编号与全长mRNA中的编 号一致。有颜色的区域对应于图6和图7中的结构特征。右侧显示的是次 黄嘌呤结合形式的三级结构。在环与环之间关键的三级相互作用以粗虚线 表示；由水连接的三聚体用带圆圈的“w”表示。图5B显示的是mRNA的5’ 非翻译区内的鸟嘌呤核糖开关的基因抑制(SEQ ID NO：214)。初始的转录 产生结合结构域，该结合结构域在鸟嘌呤的浓度足够高时主要快速地结合 鸟嘌呤(G)。次黄嘌呤(HX，上右)可稳定鸟嘌呤结合结构域特别是P1螺 旋，使mRNA形成终止转录的终止子元件。在不存在配体时(下右)形成抗 终止子促进继续转录。图5C显示的是RNA-次黄嘌呤复合物的三维结构的 带状代表物。红色表示次黄嘌呤配体，其表面用点表示。图5D显示的是复 合物的俯视图，着重显示P2和P3螺旋的紧密堆积。
图6A、6B和6C显示的是鸟嘌呤结合结构域对次黄嘌呤(HX)的识别。 图6A：在三边连接中的次黄嘌呤结合袋的立体视图。图6B：次黄嘌呤和 RNA之间的氢键相互作用(灰色虚线)。(在棍状图中显示的)最终模式与 模拟的退火2Fo-Fc省略图(橙色框)相重叠，在该省略图中显示的原子被 排除在图计算之外。图6C为三种结合袋的分子表面视图比较，左图：鸟嘌 呤核糖开关与次黄嘌呤结合；中图：茶碱结合适体与茶碱结合；右图：大 肠杆菌purR抑制子与次黄嘌呤结合。
图7A、7B和7C显示的是三级结构的稳定化。图7A：形成环-环接触 的核心的两个碱基四聚体中的一个。碳原子的颜色与图5中一样。图7B： 环-环相互作用的侧视图，着重显示碱基对和四聚体的排布。图7A中显示 的四聚体中A65和U34之间用于定向的以氢键结合的碱基被着上蓝色；另 一四聚体的碱基被着上绿色。A35A64对以及着重表示它与U34的2’羟基之 间相互作用的氢键用黄色显示。顶端的G62U63对用红色表示。
图8A和8B显示的是核糖开关对次黄嘌呤的亲和力的评估。显示了在 30℃，含有10mM K+-HEPES(pH7.5)、100mM KCl和5mM MgCl2的缓冲溶液 中，用次黄嘌呤分别对野生型鸟嘌呤结合结构域(图8A)和无三级相互作 用的鸟嘌呤结合结构域(图8B)进行测量的等温滴定量热曲线。
图9A和9B显示的是可用于高通量筛选的两类核糖开关结合测定的示 意图。图9A：可用的利用自切割核酶的固有作用进行的基于核酶的测定。 X代表被测试的化合物，GlcN6P为葡萄糖胺-6-磷酸。F和Q分别代表荧光 团和淬灭部分(例如TAMRA和CY3)。图9B：可用于非核酶核糖开关例如鸟 嘌呤结合RNA的分子信标测定。标示与图9A中相同。
图10显示的是与鸟嘌呤核糖开关结合的六氨合钴离子。左侧的RNA(灰 色)与图5B中的RNA为相同的视图，结合的次黄嘌呤为红色，Co(NH3)6 3+ 为绿色和蓝色。右侧的RNA是相对于左侧的旋转了180°。
图11显示的是GR-minimal RNA(SEQ ID NO：215)的二级结构。设计 该RNA以检测L2和L3环在配体结合后形成的三级相互作用的效果。在该 构建体中，L2和L3环与P2和P3的一部分一起被切除，代之以极其稳定 的UUCG四元环。
图12A和12B显示的是基于结构设计抗核糖开关化合物。图12A：与 鸟嘌呤类似物次黄嘌呤(HX)结合的鸟嘌呤核糖开关的原子分辨模型。鸟 嘌呤结合可包括由嘌呤环的环外2位氨基和C60和U37的氧原子之间形成 的两种附加的接触。蓝色阴影表示存在的通道，它可以使得鸟嘌呤环被修 饰。这些通道和它们末端的附近是适体和特异性鸟嘌呤衍生物之间形成新 的接触的机会。图12B：为利用鸟嘌呤核糖开关结构中的通道而合成的代 表性鸟嘌呤类似物(共26种，命名为G-001至G-26)。在这一集合中的大 多数化合物都可以以小于1纳摩尔的解离常数与核糖开关相结合(见图 13)。这些化合物可被进一步修饰，以获得化合物和通道附近的官能团之 间的新接触。
图13显示的是在揭示各种类似物对鸟嘌呤适体的变构调节作用的串 联标记研究中的代表性聚丙烯酰胺凝胶电泳分析。NR、T1和OH分别表示 未反应、经核酸酶T1部分消化和经碱部分消化。串联标记测定进行大约1 天，在J1/2、J2/3和J3/1区域的自发RNA切割条带的模糊(dampening) 是配体结合的标志。这种模糊即使在加入1nM化合物的时候也会出现，表 明解离常数等于或优于1nM。
图14显示的是鸟嘌呤核糖开关体内功能的GFP报告物分析。在无鸟嘌 呤的条件下，全长mRNA被转录并表达GFP。在存在高浓度的鸟嘌呤或活性 鸟嘌呤类似物时，形成转录终止子，抑制GFP的表达。建立了一个类似的 系统，其中用核糖开关控制β-半乳糖苷酶基因。
图15显示的是G-014的时间-杀菌测定。G-014随着时间减少存活的 枯草芽孢杆菌细胞的数量，其杀菌速度与羧苄西林相等。
公开了分离的和重组的核糖开关、含有这类核糖开关的重组构建体、 与这类核糖开关可操作地连接的异源序列、带有这类核糖开关的细胞和 转基因生物、核糖开关重组构建体以及与异源序列可操作地连接的核糖 开关。异源序列可为例如编码目的蛋白质或肽的序列，包括报告蛋白或 报告肽。优选的核糖开关为天然存在的核糖开关或由天然存在的核糖开 关衍生的核糖开关。
还公开了核糖开关的晶体原子结构。这些结构可用于建模和评估核 糖开关与结合配体之间的相互作用。它们还可用于识别与核糖开关相互 作用的化合物的方法中。
还公开了含有异源的适体结构域和表达平台结构域(expression platform donaim)的嵌合核糖开关。也就是说，嵌合核糖开关有来自一 种来源的适体结构域和来自另一种来源的表达平台结构域。异源来源可 来自例如不同特异性的核糖开关或不同类别的核糖开关。异源适体也可 来自非核糖开关适体。异源表达平台结构域也可来自非核糖开关来源。
还公开了用于筛选和识别可以激活、失活或阻断核糖开关的化合物 的方法和组合物。核糖开关的激活指的是结合触发分子后核糖开关状态 的改变。核糖开关可被触发分子以外的其他化合物激活和以结合触发分 子以外的其它方式激活。本文使用的术语触发分子指的是可以激活核糖 开关的分子和化合物。这包括核糖开关的天然或正常的触发分子和其它 可激活核糖开关的化合物。天然或正常的触发分子是指给定的天然核糖 开关的触发分子，或者对于一些非天然核糖开关而言，是指设计该核糖 开关时所针对的触发分子或筛选该核糖开关时使用的触发分子(筛选通 过例如体外筛选或体外进化技术)。非天然触发分子可被称为非天然触发 分子。
核糖开关的失活指的是不再结合触发分子时核糖开关的状态改变。 核糖开关可通过与触发分子以外的其他化合物结合失活和以移除触发分 子以外的其它方式失活。核糖开关的阻断指的是核糖开关的一种状态或 情况，此时存在触发分子却不激活核糖开关。
还公开了识别与核糖开关相互作用的化合物的方法，包括利用待测 化合物和核糖开关的原子结构进行建模并确定待测化合物与核糖开关是 否相互作用。这可通过测定核糖开关和待测化合物的原子接触来进行。 此外，通过分析原子接触然后优化类似物的原子结构以使得相互作用最 大化，可以产生已知与核糖开关相互作用的化合物的类似物。上述方法 可以高通量筛选进行。
还公开了可以激活、失活或阻断核糖开关的化合物以及含有这类化 合物的组合物。还公开了可以激活、失活或阻断核糖开关的组合物和方 法。核糖开关通过结合或移除触发分子而实现控制基因表达的功能。可 使用化合物来激活、失活或阻断核糖开关。可以使用核糖开关的触发分 子(以及其它激活性化合物)来激活核糖开关。通常可使用触发分子以 外的化合物来失活或阻断核糖开关。还可以通过例如从核糖开关所在处 移除触发分子来失活核糖开关。核糖开关可通过例如结合不激活核糖开 关的触发分子的类似物而被阻断。
还公开了通过使化合物与RNA分子相接触，从而改变RNA分子表达 或改变编码RNA分子的基因表达的方法和组合物，其中所述RNA分子包 括核糖开关。核糖开关通过结合或移除触发分子而实现控制基因表达的 功能。因此，将包括核糖开关的目的RNA分子置于可激活、失活或阻断 核糖开关的条件下就可用来改变RNA的表达。例如转录终止或核糖体与 RNA的结合被阻断可以导致表达被改变。根据核糖开关的性质，与触发分 子的结合可以减少或阻止RNA分子的表达或者促进或增加RNA分子的表 达。
还公开了通过将核糖开关与RNA分子可操作地连接，来调节RNA分子 或编码NRA分子的基因的表达的方法和组合物。核糖开关可与RNA分子以 任何合适的方式可操作地连接，所述方式包括例如通过将核糖开关与RNA 分子物理连接，或者通过将编码RNA分子的基因用基因工程改造使其包括 和编码核糖开关，这样由基因工程改造的核酸产生的RNA就具有了与RNA 分子可操作连接的核糖开关。将与目的RNA分子可操作连接的核糖开关置 于可激活、失活或阻断核糖开关的条件下就可用来改变RNA的表达。
还公开了通过激活、失活或阻断核糖开关，来调节含有核糖开关的天 然存在的基因或RNA的表达的方法和组合物。如果该基因对含有该基因的 细胞或生物的存活而言十分重要，那么激活、失活或阻断该核糖开关可导 致细胞或生物的死亡、停滞或虚弱。例如(如果该核糖开关的激活关闭或 抑制表达)，激活某个对微生物的存活而言十分重要的天然存在的基因中的 天然存在的核糖开关，可能导致该微生物的死亡。这是所公开的化合物和 方法用于抗微生物和抗生素效果的一个理论基础。
还公开了通过激活、失活或阻断核糖开关，来调节含有核糖开关的分 离的、基因工程改造的或重组的基因或RNA的表达的方法和组合物。基因 或RNA可通过任何方式进行基因工程改造或重组。例如，核糖开关和RNA 的编码区域可以是异源的，核糖开关可被重组或嵌合或二者均有。如果基 因编码一种所需的表达产物，则激活或失活该核糖开关可被用于诱导该基 因的表达，并由此导致表达产物的产生。如果该基因编码对于基因表达或 另一细胞过程的一种诱导物或抑制物，则激活、失活或阻断该核糖开关可 导致其他被调节基因或细胞过程的诱导、抑制或脱抑制。已知多种这样的 次级调节效应，它们也可适用于核糖开关。核糖开关作为这类调节的初级 控制的一个优势是核糖开关的触发分子可为小的非抗原性分子。
还公开了通过将适体结构域与核糖开关的表达平台结构域可操作地连 接(为嵌合核糖开关)，来改变核糖开关的调节的方法和组合物。这样该适 体结构域可以通过例如适体结构域的触发分子的作用介导核糖开关的调 节。适体结构域可以以任何合适的方式与核糖开关的表达平台结构域可操 作地连接，所述方式包括例如用新的适体结构域替换核糖开关的正常的或 天然的适体结构域。通常，可以激活、失活或阻断该适体结构域所来源的 核糖开关的任何化合物或条件都可被用于激活、失活或阻断该嵌合核糖开 关。
还公开了通过共价改变核糖开关(通过例如交联核糖开关的部分或将 一种化合物偶联至核糖开关)来灭活核糖开关的方法和组合物。这种方式的 核糖开关的灭活可由例如一些改变来获得，所述改变阻止了核糖开关的触 发分子的结合，阻止了核糖开关与触发分子结合后的状态改变，或阻止了在 与触发分子结合后核糖开关的表达平台结构域对表达的影响。
还公开了识别可激活、失活或阻断核糖开关的化合物的方法。例如，可 以通过使待测化合物和核糖开关相接触并评估核糖开关的激活来识别可激 活核糖开关的化合物。如果核糖开关被激活，则待测化合物被识别为可激活 核糖开关的化合物。可以以任意合适的方式评估核糖开关的激活。例如，核 糖开关可以与报告RNA相连接，并可在存在和不存在待测化合物的条件下 测量报告RNA的表达、表达水平或表达水平的改变。作为另一个实例，核 糖开关可包括构象依赖性标签，由该标签产生的信号随核糖开关的激活状 态而改变。优选地，这种核糖开关使用天然存在的核糖开关的适体结构域 或由天然存在的核糖开关衍生的适体结构域。由此可见，可以使用对照测 定或测量或者不使用对照测定或测量来进行核糖开关激活的评估。识别可 以失活核糖的开关化合物的方法可以以类似的方式进行。
对阻断核糖开关的化合物的识别可以以任何合适的方式完成。例如， 可以在存在已知可激活或失活核糖开关的化合物以及存在待测化合物的条 件下来进行用于评估核糖开关的激活或失活的分析。如果没有观察到如同 在不存在待测化合物的情况下应当观察到的激活或失活情况，则该待测化 合物被识别为可阻断核糖开关的激活或失活的化合物。
还公开了生物传感器核糖开关。生物传感器核糖开关是经过基因工程 改造的核糖开关，它们在存在它们的同种触发分子时产生可检出的信号。 可用的生物传感器核糖开关可以在触发分子达到或超过阈值水平时被触 发。生物传感器核糖开关可被设计为体内应用或体外应用。例如，报告RNA 编码作为信号的蛋白质或参与产生信号的蛋白质，与该报告RNA可操作地 连接的生物传感器核糖开关可在体内被用于通过基因工程改造细胞或生 物，使其含有编码核糖开关/报告RNA的核酸构建体。用于体外的生物传感 器核糖开关的一个实例是包括构象依赖性标签的核糖开关，由该标签产生 的信号依赖于核糖开关的激活状态。优选地，这种生物传感器核糖开关使 用天然存在的核糖开关的适体结构域或由天然存在的核糖开关衍生的适体 结构域。还公开了使用生物传感器核糖开关检测化合物的方法。该方法可 包括使待测样本和生物传感器核糖开关相接触，并评估生物传感器核糖开 关的激活。生物传感器核糖开关的激活表明在待测样本中存在该生物传感 器核糖开关的触发分子。
还公开了由识别激活、失活或阻断核糖开关的化合物和对识别出的化 合物进行加工而制备的复合物。这可以通过例如将本文其他部分公开的化 合物识别方法与对识别出的化合物进行加工的方法结合使用而实现。例如， 可通过下述方法制备复合物：使待测化合物和核糖开关相接触，评估核糖 开关的激活，以及如果核糖开关被待测化合物激活，则制备该激活核糖开 关的待测化合物作为复合物。
还公开了由核实某种化合物对核糖开关的激活、失活或阻断作用和对 经核实的化合物进行加工而制备的复合物。这可以通过例如将本文其他部 分公开的化合物激活、失活或阻断评估方法与对经核实化合物的加工方法 结合使用而实现。例如，可通过下述方法制备复合物：使待测化合物和核 糖开关相接触，评估核糖开关的激活，以及如果核糖开关被待测化合物激 活，则制备该激活核糖开关的待测化合物作为复合物。核实化合物激活、 失活或阻断核糖开关的能力指的是对以前并不知道可否激活、失活或阻断 核糖开关的化合物的鉴定，以及对已知可激活、失活或阻断核糖开关的化 合物激活、失活或阻断核糖开关的能力的评估。
还公开了筛选、设计或产生可以识别新的触发分子的新核糖开关和/ 或新适体的方法。这类方法可包括：在核糖开关中产生一系列适体变异体、 在目的化合物存在的条件下评估变异体核糖开关的激活、筛选被激活的变 异体核糖开关(或者例如筛选激活度最高或激活选择性最强的核糖开关) 和重复上述步骤，直至得到具有所需活性、特异性、活性和特异性的结合 或其他性质的结合的变异体核糖开关。还公开了由上述方法生产的核糖开 关和适体结构域。
所公开的核糖开关(包括它们的衍生形式和重组形式)通常可来自任 何来源，包括天然存在的核糖开关和从头设计的核糖开关。任何这类核糖 开关均可被用于公开的方法中或与公开的方法一起使用。然而，还可以确 定不同类型的核糖开关，一些这样的亚类可能可用于特定的方法中或与特 定的方法一起使用(通常如本文其他部分所述)。核糖开关的类型包括例如： 天然存在的核糖开关、天然存在的核糖开关的衍生形式和修饰形式、嵌合 核糖开关和重组核糖开关。天然存在的核糖开关是这样一种核糖开关，它 具有自然界中存在的核糖开关的序列。这类天然存在的核糖开关可以是自 然界中存在的天然存在的核糖开关的分离形式或重组形式。也就是说，该 核糖开关还具有相同的一级结构，但是已在新的基因背景或核酸背景中被 分离或被基因工程改造。嵌合核糖开关可由例如下列的部分构成：任意或 特定类别或类型的核糖开关的一部分和相同或任意不同类别或类型的核糖 开关中不同的核糖开关的一部分；任意或特定类别或类型的核糖开关的一 部分和非核糖开关序列或元件。重组核糖开关是在新的基因背景或核酸背 景中被分离或被基因工程改造的核糖开关。
不同类别的核糖开关指的是(预计、测得或二者结合的)具有相同或 相似的触发分子的核糖开关或具有相同或相似的总体结构的核糖开关。同 一类别的核糖开关通常但不必需具有相同或相似的触发分子以及相同或相 似的总体结构。核糖开关的类别包括：甘氨酸应答性核糖开关、鸟嘌呤应 答性核糖开关、腺嘌呤应答性核糖开关、赖氨酸应答性核糖开关、硫胺素 焦磷酸应答性核糖开关，腺苷钴胺素应答性核糖开关、黄素单核苷酸应答 性核糖开关和S-腺苷蛋氨酸应答性核糖开关。
所公开的方法和组合物的其他优点一部分将在下文的描述中阐明，一 部分可以从说明书中获知，或者通过实施公开的方法和组合物而得知。所 公开的方法和组合物的优点将通过所附权利要求书中具体指明的要素和组 合的方式实现和获得。应当理解的是，上文的一般性描述和下文的具体描 述都仅仅是示例性和解释性的，并不是对本发明要求保护范围的限制。
附图说明
附图包含于本说明书中并作为本说明书的一部分，阐述了所公开方法 和组合物的一些实施方案，它与文字描述一起作为对所公开方法和组合物 的原理的解释。
图1A、1B和1C显示的是枯草芽孢杆菌中对鸟嘌呤变构应答的xpt-pbuX mRNA的G盒RNA。图1A显示的是存在于广泛参与嘌呤代谢的基因5’UTR 的G盒RNA结构域的共有序列和二级结构模型(SEQ ID NO：1)。种系发 育分析的结果与三个茎结构(three-stem)(P1至P3)连接点的形成是一 致的。以小写字母和大写字母显示的核苷酸分别表示存在于90％以上和80％ 以上的被检测的代表物中。圆圈内的核苷酸表现出碱基互补，这也许表明 假结体(pseudoknot)的形成。图1B显示xpt-pbuX转录单位的5’UTR的 序列和配体诱导的结构改变(SEQ ID NO：2)。大方框代表推测的抗终止子 相互作用。通过串联标记(in-line probing)(从C开始)测定的经过结 构改变的核苷酸用小方框标出。201xpt RNA的93xpt片段(大方框中)仍 然保留了鸟嘌呤结合功能。星号标出了促进体外转录(5’端)或产生限制 性酶切位点(3’端)的RNA序列的改变。核苷酸编号从天然转录起点的第 一个核苷酸开始。翻译起始密码子从第186位开始。图1C显示的是鸟嘌呤 和相关的嘌呤选择性诱导93xpt mRNA片段的结构性调节。通过对前体RNA (Pre；5’32P标记)培养40小时来进行串联标记，所述培养在不含有(-) 或含有鸟嘌呤(G)、次黄嘌呤(H)、黄嘌呤(X)和腺嘌呤(A)的条件下 进行。标有NR、T1和-OH的泳道分别代表未反应的RNA、经过RNA酶T1(G- 特异性切割)部分消化的RNA或经过碱部分消化的RNA。识别了选出的对 应于G-特异性切割的条带。1至4区域识别了自发性RNA切割的配体诱导 调节的主要位点。
图2A、2B和2C显示由xpt-pbuX mRNA的鸟嘌呤结合适体进行的分子 辨别。图2A显示的是鸟嘌呤、次黄嘌呤和黄嘌呤(枯草芽孢杆菌中xpt-pbuX 基因表达的活性天然调节物)与腺嘌呤(无活性)的化学结构和表观KD值 的比较。相对于鸟嘌呤的化学结构的差异用圆圈表示。图2中显示的KD值 是以201xpt RNA测定的。鸟嘌呤上的数字表示环上氮原子的位置。图2B 显示鸟嘌呤的各种类似物的化学结构和KD值，表明该嘌呤的所有改变都会 导致结合亲和力的丧失。空心圆圈表示KD值很可能显著高于示出值，这是 由于在本分析中没有检测500μM以上的类似物浓度。G、H、X和A的表观 KD值用三角表示以便于比较。图2C显示的是201xpt中鸟嘌呤适体的分子 识别特征的示意图。预计在鸟嘌呤的第9位形成了氢键，因为鸟苷(KD＞100 μM)和肌苷(KD＞100μM)(分别为鸟嘌呤和次黄嘌呤的9-核糖基衍生物) 并未表现出可测量的结合。
图3A、3B和3C显示了鸟嘌呤特异性和腺嘌呤特异性的核糖开关。图 3A显示了本研究中检测的两种鸟嘌呤特异性适体结构域(purE和xpt)和 三种腺嘌呤特异性适体结构域的序列和结构特征：BS2-purE、BS3-xpt、 BS5-ydhL、CP4-add和VV1-add，它们分别示于SEQ ID NO：3-7。P1至P3 示出了含有适体结构域的二级结构的三个碱基对茎结构。小写字母的核苷 酸表示在系统发育中代表物的碱基同一性保守性达到90％以上的位置。箭 头表示配体特异性决定簇的适体的保守性核心之中的核苷酸。BS、CP和VV 分别表示枯草芽孢杆菌(B.subtilis)、产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)和创伤弧菌(Vibrio vulnificus)。图3B显示的是xpt适 体和ydhL适体的序列(SEQ ID NO：8)和二级结构。圆圈内的核苷酸表示 的是ydhL适体中与xpt适体中不同的位置。图3C中公开的序列为SBQ ID NO：9。xpt中的核苷酸按照美国专利申请No.2005-0053951的实施例6中 所述进行编号。其他标记如图3A中所述。
图4A和4B显示的是来自ydhL的腺嘌呤适体的分子识别的特异性。图 4A中的上图：对80ydhL RNA表现出可测量的结合的腺嘌呤、鸟嘌呤和其 他嘌呤类似物的化学结构。用圆圈表示相对于结合最紧密的化合物2，6-DAP 的化学改变。下方左图：各种嘌呤的表观KD值图。下方右图：作为分子识 别而与ydhL接触的腺嘌呤上的化学特征的模式图。注：N7和N9的重要性 未进行测定。圆圈中的箭头表示如果在C2处附带有氢键供体则会存在接 触。图4B显示的是不与80ydhL RNA结合(KD值低于300μM)的各种嘌呤 的化学结构。
图5A、5B、5C和5D显示的是鸟嘌呤核糖开关-次黄嘌呤复合物的二级 结构和三级结构。图5A左侧显示的是枯草芽孢杆菌的鸟嘌呤核糖开关的 xpt-pbuX鸟嘌呤结合结构域(SEQ ID NO：213)的二级结构。在已知的90％ 以上鸟嘌呤核糖开关中保守的核苷酸用红色表示；编号与全长mRNA中的编 号一致。有颜色的区域对应于图6和图7中的结构特征。右侧显示的是次 黄嘌呤结合形式的三级结构。在环与环之间关键的三级相互作用以粗虚线 表示；由水连接的三聚体用带圆圈的“w”表示。图5B显示的是mRNA的5’ 非翻译区内的鸟嘌呤核糖开关的基因抑制(SEQ ID NO：214)。初始的转录 产生结合结构域，该结合结构域在鸟嘌呤的浓度足够高时主要快速地结合 鸟嘌呤(G)。次黄嘌呤(HX，上右)可稳定鸟嘌呤结合结构域特别是P1螺 旋，使mRNA形成终止转录的终止子元件。在不存在配体时(下右)形成抗 终止子促进继续转录。图5C显示的是RNA-次黄嘌呤复合物的三维结构的 带状代表物。红色表示次黄嘌呤配体，其表面用点表示。图5D显示的是复 合物的俯视图，着重显示P2和P3螺旋的紧密堆积。
图6A、6B和6C显示的是鸟嘌呤结合结构域对次黄嘌呤(HX)的识别。 图6A：在三边连接中的次黄嘌呤结合袋的立体视图。图6B：次黄嘌呤和 RNA之间的氢键相互作用(灰色虚线)。(在棍状图中显示的)最终模式与 模拟的退火2Fo-Fc省略图(橙色框)相重叠，在该省略图中显示的原子被 排除在图计算之外。图6C为三种结合袋的分子表面视图比较，左图：鸟嘌 呤核糖开关与次黄嘌呤结合；中图：茶碱结合适体与茶碱结合；右图：大 肠杆菌purR抑制子与次黄嘌呤结合。
图7A、7B和7C显示的是三级结构的稳定化。图7A：形成环-环接触 的核心的两个碱基四聚体中的一个。碳原子的颜色与图5中一样。图7B： 环-环相互作用的侧视图，着重显示碱基对和四聚体的排布。图7A中显示 的四聚体中A65和U34之间用于定向的以氢键结合的碱基被着上蓝色；另 一四聚体的碱基被着上绿色。A35A64对以及着重表示它与U34的2’羟基之 间相互作用的氢键用黄色显示。顶端的G62U63对用红色表示。
图8A和8B显示的是核糖开关对次黄嘌呤的亲和力的评估。显示了在 30℃，含有10mM K+-HEPES(pH7.5)、100mM KCl和5mM MgCl2的缓冲溶液 中，用次黄嘌呤分别对野生型鸟嘌呤结合结构域(图8A)和无三级相互作 用的鸟嘌呤结合结构域(图8B)进行测量的等温滴定量热曲线。
图9A和9B显示的是可用于高通量筛选的两类核糖开关结合测定的示 意图。图9A：可用的利用自切割核酶的固有作用进行的基于核酶的测定。 X代表被测试的化合物，GlcN6P为葡萄糖胺-6-磷酸。F和Q分别代表荧光 团和淬灭部分(例如TAMRA和CY3)。图9B：可用于非核酶核糖开关例如鸟 嘌呤结合RNA的分子信标测定。标示与图9A中相同。
图10显示的是与鸟嘌呤核糖开关结合的六氨合钴离子。左侧的RNA(灰 色)与图5B中的RNA为相同的视图，结合的次黄嘌呤为红色，Co(NH3)6 3+ 为绿色和蓝色。右侧的RNA是相对于左侧的旋转了180°。
图11显示的是GR-minimal RNA(SEQ ID NO：215)的二级结构。设计 该RNA以检测L2和L3环在配体结合后形成的三级相互作用的效果。在该 构建体中，L2和L3环与P2和P3的一部分一起被切除，代之以极其稳定 的UUCG四元环。
图12A和12B显示的是基于结构设计抗核糖开关化合物。图12A：与 鸟嘌呤类似物次黄嘌呤(HX)结合的鸟嘌呤核糖开关的原子分辨模型。鸟 嘌呤结合可包括由嘌呤环的环外2位氨基和C60和U37的氧原子之间形成 的两种附加的接触。蓝色阴影表示存在的通道，它可以使得鸟嘌呤环被修 饰。这些通道和它们末端的附近是适体和特异性鸟嘌呤衍生物之间形成新 的接触的机会。图12B：为利用鸟嘌呤核糖开关结构中的通道而合成的代 表性鸟嘌呤类似物(共26种，命名为G-001至G-26)。在这一集合中的大 多数化合物都可以以小于1纳摩尔的解离常数与核糖开关相结合(见图 13)。这些化合物可被进一步修饰，以获得化合物和通道附近的官能团之 间的新接触。
图13显示的是在揭示各种类似物对鸟嘌呤适体的变构调节作用的串 联标记研究中的代表性聚丙烯酰胺凝胶电泳分析。NR、T1和OH分别表示 未反应、经核酸酶T1部分消化和经碱部分消化。串联标记测定进行大约1 天，在J1/2、J2/3和J3/1区域的自发RNA切割条带的模糊(dampening) 是配体结合的标志。这种模糊即使在加入1nM化合物的时候也会出现，表 明解离常数等于或优于1nM。
图14显示的是鸟嘌呤核糖开关体内功能的GFP报告物分析。在无鸟嘌 呤的条件下，全长mRNA被转录并表达GFP。在存在高浓度的鸟嘌呤或活性 鸟嘌呤类似物时，形成转录终止子，抑制GFP的表达。建立了一个类似的 系统，其中用核糖开关控制β-半乳糖苷酶基因。
图15显示的是G-014的时间-杀菌测定。G-014随着时间减少存活的 枯草芽孢杆菌细胞的数量，其杀菌速度与羧苄西林相等。
具体实施方式
通过参考对下文中包括的实施例和具体实施方案的具体描述，以及参 考附图及其上下文的描述，可以更容易地理解所公开的方法和组合物。
某些天然mRNA可作为代谢物敏感性基因开关，其中RNA直接结合小的 有机分子。这种结合过程改变了mRNA的构象，这可通过多种不同的机制而 导致基因表达的改变。(通过使用各种核酸工程策略产生的)这些天然“核 糖开关”的被修饰形式可被用于设计被特异性效应物化合物(在本文中被 称为触发分子)控制的基因开关。天然的开关是抗体和其它小分子治疗剂 的靶标。此外，核糖开关的结构可使得天然开关的实际片段被用于构建新 的非免疫原性基因控制元件，例如，适体(分子识别)结构域可与其它的 非天然适体相交换(或以其他方式修饰)，这样新的识别结构域可导致由 使用者定义的效应物化合物引起的基因调节。改变的开关成为治疗方法 的一部分--开启或关闭或调节蛋白质合成。新构建的基因调节网络可 以应用于一些领域，例如活体生物传感器、生物的代谢工程以及基因疗 法的高级形式。
信使RNA通常被认为是遗传信息的被动载体，它可在翻译过程中被蛋 白调节因子或小分子RNA调节因子和核糖体所调节。已发现某些mRNA带有 天然适体结构域，并且特异性代谢物与这些RNA结构域的结合可导致基因 表达的调节。天然核糖开关具有天然RNA通常不具有的两种特殊的功能。 其一，mRNA元件可变为不同的结构状态，其中一种结构可作为其靶标代谢 物的精确的结合袋。其二，由代谢物诱导的在结构状态之间的变构互变可 导致通过几种不同机制之一的基因表达水平的改变。核糖开关通常可被划 分为两个独立的结构域：一个选择性地结合靶标(适体结构域)，另一个影 响基因控制(表达平台)。这两个结构域之间的动态相互作用导致对基因表 达的依赖于代谢物的变构控制。
已识别了不同类别的核糖开关，这些不同类别的核糖开关表现出选择 性地识别激活化合物(在本文中被称为触发分子)。例如，辅酶B12、甘氨 酸、硫胺素焦磷酸(TPP)和黄素单核苷酸(FMN)激活存在于基因中的核糖开 关，所述基因编码这些化合物的代谢或转运途径中关键的酶。每一类核糖 开关的适体结构域与高度保守的共有序列和结构相一致。因此，可使用序 列同源性检索来识别相关的核糖开关结构域。已在细菌、太古生物和真核 生物等多种生物中发现了核糖开关结构域。
发现了一类可识别鸟嘌呤而不识别其他大部分嘌呤类似物的核糖开 关。带有鸟嘌呤核糖开关的共有序列和结构特征的代表性RNA位于原核生 物的多种基因的5’非翻译区(UTR)，它们控制参与嘌呤补救和生物合成的 蛋白质的表达。在这一系统发生学集合中有三种代表物结合腺嘌呤的表观 解离常数值(表观KD)比结合鸟嘌呤的大几个数量级。这种对腺嘌呤的优 先结合是由于在核糖开关的核心有一个核苷酸的替换，其中每种代表物最 可能是通过形成Watson/Crick碱基对来识别其相应的配体。此外，与枯草 芽孢杆菌的ydhL基因相关的腺嘌呤特异性核糖开关起“开”基因开关的作 用，其中腺嘌呤的结合导致结构性重排，这种重排会防止内部转录终止子 茎结构的形成。鸟嘌呤感受性核糖开关是这样一类RNA基因控制元件，它 们对鸟嘌呤浓度的改变做出应答而调节基因表达。
推测大肠杆菌(Escherichia coli)btuB mRNA的5’非翻译序列在代 谢监控和基因控制方面有积极的作用。该mRNA通过选择性结合辅酶B12， 不需要蛋白质就能起到代谢物敏感性基因开关的作用。该结合事件形成一 种不同的RNA结构，这种RNA结构似乎可抑制核糖体结合和并由此降低钴 胺素转运蛋白BtuB的合成。这一发现结合本文所述的观察结果支持了以下 假设：通过RNA-代谢物相互作用进行的代谢物监控是基因控制中的一种广 泛的机制。
RNA结构探查数据表明硫胺素焦磷酸(TPP)核糖开关是作为其靶标化合 物的变构感受器，其中通过适体结构域与TPP的结合稳定了适体内和相邻 的表达平台内的构象状态，由此阻止了翻译。表达平台的多样性似乎相当 广泛。thiM RNA使用Shine-Dalgarno(SD)-阻断机制来控制翻译。与之不 同，thiC RNA在转录水平和翻译水平上均控制基因表达，因此可能使用了 更复杂一些的表达平台，该表达平台将TPP结合事件转化为转录终止事件 和对完整mRNA的翻译的抑制。
还已知多种其它的核糖开关，它们可一起使用或作为嵌合核糖开关的 一部分与甘氨酸感受性核糖开关及其元件一起使用。这类核糖开关的实例 以及它们的使用描述于美国专利申请公布No.2005-0053951中，该文献的 全部内容特别是其中关于具体核糖开关的结构和操作的描述以援引的方式 纳入本文。
A.核糖开关RNA的一般性结构
细菌核糖开关RNA是主要位于特定mRNA主编码区域的5’非翻译区 (5’-UTR)的基因控制元件。结构性探查研究(下文将详述)发现核糖开 关元件通常包括两个结构域：作为配体结合结构域的天然适体(T.Hermann， D.J.Patel，Science 2000，287，820；L.Gold，et al.，Annua1 Review of Biochemistry 1995，64，763)和与参与基因表达的RNA元件相接的“表 达平台”(例如Shine-Dalgarno(SD)元件；转录终止茎)。上述结论是基于 下述观察结果：体外合成的适体结构域在不存在表达平台的条件下与合适 的配体相结合(见美国专利申请公布No.2005-0053951的实施例2、3和6)。 此外，结构性探查研究表明，在独立检测的时候大多数核糖开关的适体结 构域采用一种特定的二级和三级结构折叠，这基本上与存在完整的5’前导 RNA时检测到的适体结构相同。这表明在许多情况下，适体结构域作为与 表达平台互相独立折叠的一个模块单元(见美国专利申请公布 No.2005-0053951的实施例2、3和6)。
适体结构域的配体结合状态或未结合状态最终通过表达平台来解释， 表达平台可以对基因表达产生影响。核糖开关作为一个模块元件的观点被 以下事实进一步支持：适体结构域在各种生物之间是高度保守的(例如TPP 核糖开关甚至在不同生物界之间都是保守的)(N.Sudarsan，et al.，RNA 2003，9，644)，而表达平台在序列、结构和控制附带可译框架的表达的机 制方面都有所变化。例如，配体结合到枯草芽孢杆菌tenA mRNA的TPP核 糖开关上可导致转录终止(A.S.Mironov，et al.，cell 2002，111，747)。 这种表达平台与大肠杆菌thiM mRNA的TPP核糖开关的表达平台在序列和 结构上均不同，大肠杆菌thiM mRNA的TPP核糖开关与TPP结合时会通过 SD阻断机制导致对翻译的抑制(见美国专利申请公布No.2005-0053951的 实施例2)。这两种转录单位的TPP适体结构域很容易被识别，并且具有几 乎相同的功能特征，但是基因控制机制和实现该机制的表达平台则相当不 同。
核糖开关RNA的适体结构域通常长度为～70至170个核苷酸(美国专 利申请公布No.2005-0053951的附图11)。这一结果有些出人意料，因为 体外进化试验识别了多种结合小分子的适体，它们的长度相当短，并且结 构也不复杂(T.Hermann，D.J.Patel，Science 2000，287，820；L.Gold， et al.，Annual Review of Biochemistry 1995，64，763；M.Famulok， Current Opinion in Structural Biology 1999，9，324)。虽然天然适体 序列相对于人工适体在复杂性和信息含量上的显著增加的原因还需要进一 步的研究，但是相信这种复杂性是形成具有高亲和力和高选择性功能的RNA 报告物所需要的。配体-核糖开关复合物的表观KD值从几纳摩尔至几微摩 尔不等。还值得注意的是，当一些适体结构域与附带的表达平台相分离时， 表现出比完整核糖开关更高的(～10至100倍)对靶配体的亲和力(见美 国专利申请公布No.2005-0053951的实施例2)。可以推测，由完整的核糖 开关RNA对多种不同的RNA构象进行采样时需要消耗能量，这一点通过配 体亲和力的损失而反映出来。由于适体结构域必须作为分子开关，这可能 提高了天然适体的功能性要求，这一点可能也有助于解释它们为什么有更 复杂的结构。
B.细菌中的转录终止的核糖开关调节
细菌主要使用两种方法来终止转录。某些基因含有依赖于Rho蛋白的 终止信号(J.P.Richardson，Biochimica et Biophysica Acta 2002，1577， 251)。而另一些基因使用不依赖于Rho的终止子(内在终止子)来破坏转 录延伸复合物(I.Gusarov，E.Nudler，Molecular cell 1999，3，495；E. Nudler，M.E.Gottesman，Genes to cells 2002，7，755)。后者的RNA 元件包括富含GC的茎环结构以及与之相连的6-9个尿苷酸残基。内在终止 子在细菌基因组中广泛存在(F.Lillo，et al.，2002，18，971)，通常位 于基因或操纵子的3’端。值得注意的是，已观察到有许多内在终止子位于 5’UTR的实例。
在细菌使用的多种基因调节策略中，RNA聚合酶对5’UTR中的终止信 号以调节方式应答的这类实例越来越多(T.M.Henkin，Current Opinion in Microbiology 2000，3，149)。在某种条件下，RNA聚合酶复合物在外 部信号的驱使下对终止信号做出应答或不做应答。虽然转录的启动可能不 需要调节，但是对mRNA合成(和基因表达)的控制最终要由内在终止子来 指导。据推测，至少两种互不相容的mRNA构象中的一种会导致引发转录终 止的RNA结构的形成或破坏。通常需要一种反式作用因子来接收细胞内的 特定信号并随后稳定RNA的构象之一，在有些情况下反式作用因子为RNA(F. J.Grundy，et al.Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 2002，99，11121；T.M.Henkin，C. Yanofsky，Bioessays 2002，24，700)，在另一些情况下为蛋白质(J. Stulke，Archives of Microbiology 2002，177，433)。核糖开关在RNA 结构调节以及被基因控制系统解析的代谢物信号之间提供了一种直接的联 系。下面对来自枯草芽孢杆菌的mRNA的FMN核糖开关进行简单的描述以 阐明这种机制。
由对鸟嘌呤具有高亲和力和高选择性的核糖开关控制xpt-pbuX操纵 子(Christiansen，L.C.，et al.，1997，J.Bacteriol.179，2540-2550)。 这类核糖开关存在于枯草芽孢杆菌中的五种转录单位(包括12-基因pur 操纵子)的5’非翻译区(5’-UTR)中。mRNA与鸟嘌呤的直接结合是某些细 菌的嘌呤代谢作用中维持代谢平衡的一个关键性决定因素。此外，所发现 的这几类对七种不同靶分子应答的核糖开关，至少控制着在枯草芽孢杆菌 的中心代谢途径中十分重要的68个基因。
还公开了已在枯草芽孢杆菌中识别出的鸟嘌呤核糖开关。已经阐明了 与次黄嘌呤相结合的来自枯草芽孢杆菌xpt-pbuX操纵子的鸟嘌呤核糖开 关嘌呤结合结构域在1.95_分辨率的晶体结构，其中次黄嘌呤是细菌嘌呤 补救途径中普遍的代谢物。这一结构显示，几个系统发生上保守的核苷酸 参与了复杂的RNA折叠而形成一个结合袋，该结合袋几乎完全包裹了配体。 次黄嘌呤起到稳定这一结构和促进下游转录终止元件形成的作用，由此提 供了对细胞内代谢物浓度升高做出应答而直接抑制基因表达的机制。
某些参与硫胺素生物合成的mRNA不需要蛋白质因子参与就可以结合 硫胺素(维生素B1)或其生物活性的焦磷酸衍生物(TPP)。mRNA-效应物复 合物采用可隔离核糖体结合位点的不同结构，导致基因表达的减少。这种 代谢物感受性mRNA系统提供了基因“核糖开关”(在本文中被称为核糖开 关)的实例，它在进化上的起源可能在蛋白质之前。已经发现大肠杆菌btuB 基因的mRNA前导序列可以选择性地结合辅酶B12，而且这种结合事件导致 对基因控制十分重要的RNA的结构改变(见美国专利申请公布 No.2005-0053951的实施例1)。还发现编码硫胺素生物合成蛋白质的mRNA 也使用了核糖开关机制(见美国专利申请公布No.2005-0053951的实施例 2)。
在细菌中发现了一类被甘氨酸选择性触发的核糖开关。来自枯草芽孢 杆菌的这类甘氨酸感受性RNA的一个代表物对于gcvT操纵子具有罕见的打 开基因的开关作用，gcvT操纵子编码甘氨酸切割系统中的蛋白质。大多数 甘氨酸核糖开关整合了两个配体结合结构域，它们共同作用以便更接近于 双状态的基因开关。进化出这种高级形式的核糖开关可能是为了保证过量 的甘氨酸被有效利用，从而为三羧酸循环提供碳源并保持足够量的氨基酸 用于蛋白质合成。因此，核糖开关执行了重要的调节功能并具有复杂的表 现特征，这些性质以前都只能在蛋白质因子中观察到。
虽然本文公开的特异性天然核糖开关是首次公开的mRNA元件通过结 合代谢物控制基因表达的实例，但是应该料到这一基因控制策略在生物界 中是广泛存在的。已经证明TPP、辅酶B12和FMN在RNA世界中是作为生物 辅助因子出现的(White III，Coenzymes as fossils of an earlier metabolic state.J.MoL Evol.7，101-104(1976)；White III，In：The Pyridine nucleutide Coenzymes.Acad.Press，NY pp.1-17(1982)； Benner et al.，Modern metabolism as a palimpsest of the RNA world. Proc.Natl.Acad.Sci USA 86，7054-7058(1989))(Joyce，The antiquity of RNA-based evolution.Nature 418，214-221(2002))。如果这些代谢 物的生物合成和使用是在蛋白质出现之前，那么某些核糖开关可能是最古 老的基因控制形式的现代实例。基因组序列数据库的检索显示，对应于TPP 适体的序列广泛存在于细菌、太古生物和原核生物的生物中，而且不同物 种间的相应序列并没有太大的变化。虽然随着进化过程似乎出现了新的结 合代谢物的mRNA，但是已知的核糖开关很可能是RNA世界中的分子化石。
应当理解的是，除非特别指明，所公开的方法和组合物并不限于具体 的合成方法、具体的分析技术或特定的试剂，同样可以有所改变。还应理解 的是，本文中使用的术语学仅是出于描述具体实施方案的目的，而并不意 在限制。
物质
公开了可用于所公开方法和组合物的、可与所公开方法和组合物一起 使用的、可用于制备所公开组合物的和作为所公开方法和组合物的产品的 物质、组合物和组分。在本文中公开了这些物质和其他物质，应当理解的 是，在公开这些物质的组合、子集、相互作用和群组等的时候，尽管关于 这些化合物的每种不同的个体和集体的组合和排列可能并未明确地公开， 但每种都在此被特别地考虑和描述。例如，如果公开和讨论了一种具体的 核糖开关或适体结构域，并且讨论了可以制备许多包括核糖开关或适体结 构域在内的分子的许多修饰物，则除非另外特别指明，可能的核糖开关或 适体结构域以及修饰物的每种和各种组合和排列均得到特别地考虑。因此， 如果公开了一类分子A、B和C，并且还公开了一类分子D、E和F以及组 合分子A-D的实例，则即使没有每个逐一列举，每个也单独和共同得到考 虑。因此，在这个实例中，A-E，A-F，B-D，B-E，B-F，C-D，C-E以及C-F的每 个组合也被特别地予以考虑，并且认为上述每一个组合也因为A、B和C； D、E和F；以及组合分子A-D的公开而被公开。同样，这些分子的任何子 集或组合也被特别地予以考虑和公开。因此，例如，A-E，B-F和C-E的子 群也因为A、B和C；D、E和F；以及组合分子A-D的公开而被公开。将这 一概念适用于本申请的所有方面，包括但不限于制备和应用公开组合物的 方法中的步骤。因此，如果有多个其他步骤可以实施，应当理解的是，所 述其他步骤的每一步都可以以所公开方法的任何具体实施方案或实施方案 的组合来实施，并且每种这样的组合都被特别地予以考虑和公开。
A.核糖开关
核糖开关为表达控制元件，它是待表达的RNA分子的一部分，并且在 与触发分子结合时改变状态。核糖开关通常可被划分为两个独立的结构域： 一个选择性地结合靶标(适体结构域)，另一个影响基因控制(表达平台结 构域)。这两个结构域之间的动力学相互作用导致了对基因表达的依赖代谢 物的变构控制。公开了分离的和重组的核糖开关；含有这类核糖开关的重 组构建体；与这类核糖开关可操作地连接的异源序列；以及含有这类核糖 开关、核糖开关重组构建体和与异源序列可操作地连接的核糖开关的细胞 和转基因生物。异源序列可以是：例如编码目的蛋白或肽包括报告蛋白或 肽的序列。优选的核糖开关为天然存在的核糖开关或由天然存在的核糖开 关产生。
所公开的核糖开关，包括它们的衍生物和重组形式，通常可以来自任 何来源，包括天然存在的核糖开关和从头设计的核糖开关。任何这类的核 糖开关都可被用于公开的方法或与公开的方法一起使用。然而，可能识别 出不同类型的核糖开关，某些这样的亚类可能适用于特定的方法或与特定 的方法一起使用(通常如本文中其他部分所述)。核糖开关的类型包括例如： 天然存在的核糖开关、天然存在的核糖开关的衍生物和经修饰的形式、嵌 合核糖开关和重组核糖开关。天然存在的核糖开关是这样一种核糖开关， 它具有自然界中存在的核糖开关的序列。这类天然存在的核糖开关可以是 自然界中存在的天然存在的核糖开关的分离形式或重组形式。也就是说， 该核糖开关还具有相同的一级结构，但是已在新的基因背景或核酸背景中 被分离或被基因工程改造。嵌合核糖开关可由例如下列的部分构成：任意 或特定类别或类型的核糖开关的一部分和相同或任意不同类别或类型的核 糖开关中的不同核糖开关的一部分；任意或特定类别或类型的核糖开关的 一部分和非核糖开关序列或元件。重组核糖开关是在新的基因背景或核酸 背景中被分离或被基因工程改造的核糖开关。
核糖开关可有一个或多个适体结构域。具有多个适体结构域的核糖开 关中的各适体结构域可以表现出对触发分子的协同结合，或可以不表现出 对触发分子的协同结合(也就是说适体不必要表现出协同结合)。在后一种 情况中，适体结构域可被称为独立结合物。含有多个适体的核糖开关可含 有一个或多个表达平台结构域。例如，含有两个协同结合其触发分子的适 体结构域的核糖开关可以与被两个适体结构域调节的一个表达平台结构域 相连接。含有多个适体的核糖开关可含有一个或多个以接头相连的适体。 当适体对触发分子表现出协同结合时，接头可为协同式接头。
对于进行协同结合分析的适体结构域而言，如果适体结构域的数目(或 者适体结构域上的结合位点的数目)为x，而它们的希尔系数n在x和x-1 之间，那么就称这些适体结构域有协同结合。因此，例如，具有两个适体 结构域的核糖开关(例如甘氨酸应答性核糖开关)如果其希尔系数在2和 1之间，则称它具有协同结合。应当理解的是，所用的x值对应的是参与 协同结合分析的适体结构域的数目，而不一定是核糖开关中存在的适体结 构域的数目。这一点是有一定意义的，因为一个核糖开关可能含有多个适 体结构域，但只有其中几个具有协同结合性质。
不同类别的核糖开关指的是(预计、测得或二者结合的)具有相同或 相似的触发分子的核糖开关或具有相同或相似的总体结构的核糖开关。同 一类别的核糖开关通常但不必需具有相同或相似的触发分子以及相同或相 似的总体结构。核糖开关的类别包括：甘氨酸应答性核糖开关、鸟嘌呤应 答性核糖开关、腺嘌呤应答性核糖开关、赖氨酸应答性核糖开关、硫胺素 焦磷酸应答性核糖开关，腺苷钴胺素应答性核糖开关、黄素单核苷酸应答 性核糖开关和S-腺苷蛋氨酸应答性核糖开关。
还公开了含有异源的适体结构域和表达平台结构域的嵌合核糖开 关。也就是说，嵌合核糖开关有来自一种来源的适体结构域和来自另一 种来源的表达平台结构域。异源来源可来自例如不同特异性的核糖开关、 不同类型的核糖开关或不同类别的核糖开关。异源适体也可来自非核糖 开关适体。异源表达平台结构域也可来自非核糖开关来源。
核糖开关可以由其他已知的、开发出的或天然存在的核糖开关经修饰 而得到。例如，开关结构域部分可进行如下修饰：改变一个或多个核苷酸， 但是还保持该核糖开关已知或预计的二级结构、三级结构或二级和三级结 构。例如，一个碱基对中的两个核苷酸可被变为仍可配对的核苷酸。使得 碱基仍保持配对的改变在本文中被称为碱基对保守性改变。
可以使用体外的筛选和进化技术产生经修饰的或衍生的核糖开关。通 常，应用于核糖开关的体外进化技术包括产生一系列的变异体核糖开关， 其中所述核糖开关序列的一个或多个部分有所改变而核糖开关的其他部分 保持不变。然后可评估这一系列变异体核糖开关的激活、失活或阻断(或 其他的功能性或结构性标准)，符合所用标准的那些变异体核糖开关就被选 择出来备用或用于下一轮进化。可用于产生变异体的基础核糖开关是本文 公开的那些特异性和一致性的核糖开关。可使用一致性核糖开关来获知核 糖开关的哪些部分在体外筛选和进化中有所变化。
还公开了调节作用发生改变的经修饰的核糖开关。可以通过将一个适 体结构域和核糖开关的表达平台结构域可操作地连接(这就是嵌合核糖开 关)，来改变该核糖开关的调节作用。适体结构域可以通过例如适体结构域 的触发分子的作用来介导核糖开关的调节作用。可用任何合适的方式来将 适体结构域和核糖开关的表达平台结构域可操作地连接，所述方式包括， 例如用新的适体结构域代替核糖开关的正常的或天然的适体结构域。通常， 可以激活、失活或阻断适体结构域所来源的核糖开关的任何化合物或条件 都可以用来激活、失活或阻断嵌合核糖开关。
还公开了灭活的核糖开关。核糖开关可通过共价改变核糖开关的方式 来灭活(通过例如使核糖开关的某部分交联或将化合物偶联至核糖开关)。 可通过以下方法导致核糖开关的这种方式的灭活：例如，阻止触发分子与 核糖开关结合的改变，阻止核糖开关与触发分子结合后状态改变的改变， 或在核糖开关与触发分子结合后阻止其表达平台结构域影响表达的改变。
还公开了生物传感器核糖开关。生物传感器核糖开关是经过基因工程 改造的核糖开关，它们在存在它们的同种触发分子时产生可检出的信号。 可用的生物传感器核糖开关可以在触发分子达到或超过阈值水平时被触 发。生物传感器核糖开关可被设计为体内应用或体外应用。例如，报告RNA 编码作为信号的蛋白质或参与产生信号的蛋白质，与该报告RNA可操作地 连接的生物传感器核糖开关可在体内被用于通过基因工程改造细胞或生 物，使其含有编码核糖开关/报告RNA的核酸构建体。用于体外的生物传感 器核糖开关的一个实例是包括构象依赖性标签的核糖开关，由该标签产生 的信号随核糖开关的激活状态而变化。优选地，这种生物传感器核糖开关 使用天然存在的核糖开关的适体结构域或由天然存在的核糖开关衍生的适 体结构域。生物传感器核糖开关可用于各种环境和平台中。例如，生物传 感器核糖开关与例如平板、芯片、条带和孔的固体载体一起使用。
还公开了识别新的触发分子的经修饰的或衍生的核糖开关。识别新的 触发分子的新核糖开关和/或新适体可以从已知核糖开关中选择、从已知核 糖开关开始设计或来源于已知核糖开关。这可通过下述步骤实现：例如， 产生核糖开关中的一系列适体变异体；在存在目的化合物的条件下评估变 异体核糖开关的激活；筛选被激活的变异体核糖开关(或者例如筛选激活 度最高或激活选择性最强的核糖开关)和重复上述步骤，直至得到具有所 需活性、特异性、活性和特异性的结合或其他性质的结合的变异体核糖开 关。
特别有用的的适体结构域可形成本文中称为P1茎结构(或简称P1) 的茎结构。美国专利申请公布No.2005-0053951的附图11中显示了多种 核糖开关的P1茎结构。P1茎结构中的杂交链被称为适体链(也被称为P1a 链)和控制链(也被称为P1b链)。控制链可以与适体链和所连接的表达平 台的序列形成一种茎结构，所连接的表达平台被称为调节链(也被称为P1c 链)。因此，控制链(P1b)可以与适体链(P1a)和调节链(P1c)形成可 互变的茎结构。核糖开关的激活和失活会导致一种茎结构转变为另一种(由 P1a/P1b变为P1b/P1c或与此相反)。P1b/P1c茎结构的形成影响含有核糖 开关的RNA分子的表达。通过这种机制起作用的核糖开关在本文中被称为 互变茎结构核糖开关(或称为互变茎核糖开关)。一些具有两个适体的甘氨 酸应答性核糖开关使用第二适体中的P1茎来利用上述机制。
通常，通过设计或调整表达平台结构域中的调节链，使其与适体结构 域中的控制链互补，可以使任何适体结构域适用于任何表达平台结构域。 或者，可以调整适体结构域中的适体和控制链的序列，使得控制链与表达 平台中有功能意义的序列互补。例如，可调整控制链使其与RNA中的 Shine-Dalgarno序列互补，以使得在控制链和SD序列之间形成茎结构后 核糖体难以接近SD序列，由此减弱或阻止翻译的启动。注意适体链在序列 上也应有相应的改变，以使得可以在适体结构域中形成P1茎。对于含有表 现出协同结合的多个适体的核糖开关的情况，需要设计激活的适体(与表 达平台结构域相互作用的适体)中的一个P1茎，使其与SD序列形成茎结 构。
作为另一个实例，可以在RNA分子上加上一个转录终止子(最方便的 是在RNA的非翻译区加入)，使得转录终止子序列的部分与适体结构域的控 制链互补(该序列可为调节链)。这可使得适体结构域的控制序列与适体链 和调节链形成可互变的茎结构，由此可在核糖开关激活或失活后形成或破 坏转录终止子。通过对互变茎结构的类似设计方法可以将任意其它表达元 件置于核糖开关的控制之下。
对于由核糖开关控制的转录终止子而言，转录的速度以及核糖开关和 表达平台元件的间隔对于合适的控制会十分重要。转录速度可通过下述方 式调整：例如包含聚合酶停止元件(例如一系列尿嘧啶残基)以停止转录 并使得核糖开关形成和感受触发分子。例如对于FMN核糖开关而言，如果 FMN结合到它的适体结构域上，则抗终止子序列就被隔离而不可能形成抗 终止子结构(美国专利申请公布No.2005-0053951的附图12)。然而，如 果没有FMN，一旦由聚合酶形成抗终止子的核苷酸，就能形成抗终止子。 然后RNAP会脱离停止位点，并仅到达另一个U延伸区而再次停止。这样仅 仅当抗终止子不再阻碍终止子核苷酸时才形成转录终止子。
公开了可调节的基因表达构建体，包括编码RNA的核酸分子，所述RNA 包括与编码区可操作地连接的核糖开关，其中所述核糖开关调节RNA的表 达，其中所述核糖开关和编码区域为异源的。核糖开关可包括适体结构域 和表达平台结构域，其中所述适体结构域和表达平台结构域为异源的。核 糖开关可包括一个适体结构域和一个表达平台结构域，其中所述适体结构 域包括P1茎，其中所述P1茎包括适体链和控制链，其中所述表达平台结 构域包括调节链，其中所述调节链、所述控制链或此二者均被设计为能形 成茎结构。核糖开关可包括两个或两个以上的适体结构域和一个表达平台 结构域，其中至少一个适体结构域和所述表达平台结构域为异源的。核糖 开关可包括两个或两个以上的适体结构域和一个表达平台结构域，其中至 少一个适体结构域包括P1茎，其中所述P1茎包括适体链和控制链，其中 所述表达平台结构域包括调节链，其中所述调节链、所述控制链或此二者 均被设计为能形成茎结构。
公开了核糖开关，其中所述核糖开关为天然存在的核糖开关的非天然 衍生物。核糖开关可包括一个适体结构域和一个表达平台结构域，其中所 述适体结构域和表达平台结构域为异源的。核糖开关可来源于天然存在的 鸟嘌呤应答性核糖开关、腺嘌呤应答性核糖开关、赖氨酸应答性核糖开关、 硫胺素焦磷酸应答性核糖开关、腺苷钴胺素应答性核糖开关、黄素单核苷 酸应答性核糖开关、甘氨酸应答性核糖开关或S腺苷蛋氨酸应答性核糖开 关。核糖开关可被触发分子激活，其中所述核糖开关在被触发分子激活时 产生传号。
表5公开了各种鸟嘌呤核糖开关的实例。表5中的序列比对为 Stockholm格式，它是由INFERNAL软件包的cmalign程序输出的。表5中 的最后两项反映了由计算机算法所计算出的基序的共有序列和结构，所述 计算机算法是Eddy，S.R.(2003)所述的INFERNAL 0.55版本，由算法的 作者华盛顿大学医学院遗传系(Dept.of Genetics，Washington University School of Medicine.St.Louis，Missouri)赠送。美国专 利申请公布No.2005-0053951的附图41描述了共有核糖开关序列、天然 核糖开关序列和核糖开关序列比对。与腺嘌呤核糖开关RNA结合的各种核 碱基的热力学参数示于表7。与鸟嘌呤核糖开关RNA结合的各种核碱基的 热力学参数示于表8。
在本文中描述和提到了多种核糖开关和核糖开关构建体。特别考虑了 可能被本发明公开内容的一些方面排除的任何特异性核糖开关或核糖开关 构建体，或核糖开关或核糖开关构建体的群组。例如，xpt-pbuX核糖开关 与报告基因的融合体可能被与报告基因融合的核糖开关的系列所排除。作 为另一个实例，表5中所列的核糖开关的任意组合可能被公开的方法和组 合物的任意方面特别地包括或特别地排除。
1.适体结构域
适体为可选择性结合特定化合物和化合物类别的核酸区段和结构。核 糖开关具有适体结构域，该适体结构域在与触发分子结合后导致核糖开关 状态或结构的改变。在功能性核糖开关中，当触发分子结合至适体结构域 时，与适体结构域相连的表达平台结构域的状态或结构发生改变。核糖开 关的适体结构域可有任何来源衍生，所述来源包括例如：核糖开关的天然 适体结构域，人工适体，基因工程改造的、选择的、进化的或衍生的适体 或适体结构域。核糖开关中的适体通常具有至少一个可以所连接的表达平 台结构域的部分相互作用的部分，所述相互作用是通过例如形成茎结构。 这种茎结构可能在结合触发分子后形成或被破坏。
美国专利申请公布No.2005-0053951的附图11和本文其他部分中描 述了多种天然核糖开关的共有适体结构域。这些适体结构域(包括由此包 含的所有直接变异体)可被用于核糖开关中。共有序列和结构表明了序列 和结构中的可变形式。这些可变形式中包括的适体结构域在本文中被称为 直接变异体。可以修饰这些适体结构域以产生经修饰的或变异的适体结构 域。保守性修饰包括碱基对核苷酸中的任何修饰，只要每一对中的核苷酸 仍然互补即可。中度修饰包括对茎或环长度(对于已给出茎或环的长度或 长度范围)所作的小于或等于所给出长度范围的20％的改变。当共有结构 显示了特定长度的茎或环时或者当列出或说明了长度范围时，就认为“给 出了”环和茎的长度。中度修饰包括对茎或环长度(对于已给出茎或环的 长度或长度范围)所作的小于或等于所给出长度范围的40％的改变。中度 修饰还包括适体结构域的未指明部分的功能性变异体。在美国专利申请公 布No.2005-0053951的附图11中用实线标出了适体结构域的未指明部分。
在和表达平台和RNA分子一起使用的改变的适体结构域中，P1茎和它 的组成链可被修饰。这类修饰广泛存在，在本文中被称为P1修饰。P1修 饰包括对适体结构域的P1茎的序列和/或长度所作的改变。
美国专利申请公布No.2005-0053951的附图11中显示的适体结构域 (包括任意的直接变异体)，在通过体外筛选或体外进化技术生产衍生适体 结构域时可以特别有用地作为初始序列。
所公开的核糖开关的适体结构域也可用于其他目的，以及在任何其他 背景中用作适体。例如，当结构的改变可影响RNA的功能时，可使用适体 来控制核酶、其他分子开关和任意RNA分子。
2.表达平台结构域
表达平台结构域是核糖开关的一部分，它可以影响含有该核糖开关的 RNA分子的表达。表达平台结构域通常具有至少一个可以所连接的适体结 构域的部分相互作用的部分，所述相互作用是通过例如形成茎结构。这种 茎结构可能在结合触发分子后形成或被破坏。茎结构通常为表达调节性结 构或者阻止表达调节性结构的形成。表达调节性结构为这样一种结构，它 可以允许、阻止、增强或抑制含有该结构的RNA分子的表达。实例包括 Shine-Dalgarno序列、启动密码子、转录终止子和稳定性信号和加工信号。
B.触发分子
触发分子是可以激活核糖开关的分子和化合物。这包括核糖开关的天 然的或正常的触发分子和可以激活核糖开关的其他化合物。天然或正常的 触发分子是对于给定的天然核糖开关的触发分子，或者对于一些非天然核 糖开关而言，天然或正常的触发分子是指该核糖开关在设计时或筛选时所 针对的触发分子(设计和筛选例如体外筛选或体外进化技术)。
C.化合物
还公开了能够激活、失活或阻断核糖开关的化合物以及包括这类化合 物的组合物。核糖开关通过结合或移去触发分子而发挥控制基因表达的功 能。化合物可被用于激活、失活或阻断核糖开关。核糖开关的触发分子(以 及其它激活性化合物)可被用于激活核糖开关。通常可使用触发分子以外 的化合物来失活或阻断核糖开关。核糖开关也可以通过例如从核糖开关所 在处移去触发分子而被失活。核糖开关可通过例如结合不激活核糖开关的 触发分子的类似物而被阻断。
还公开了用于改变RNA分子表达或改变编码RNA分子的基因表达的 化合物，其中所述RNA分子包括核糖开关。这可通过使化合物与RNA分 子相接触而实现。核糖开关通过结合或移除触发分子而实现控制基因表 达的功能。因此，将包括核糖开关的目的RNA分子置于可激活、失活或 阻断核糖开关的条件下就可用来改变RNA的表达。例如转录终止或核糖 体与RNA的结合被阻断可以导致表达被改变。根据核糖开关的性质，与 触发分子的结合可以减少或阻止RNA分子的表达或者促进或增加RNA分 子的表达。
还公开了用于调节RNA分子表达或调节编码RNA分子的基因表达的 化合物。还公开了通过激活、失活或阻断核糖开关，来调节含有核糖开关 的天然存在的基因或RNA的表达的化合物。如果该基因对含有该基因的细 胞或生物的存活而言十分重要，那么激活、失活或阻断该核糖开关可导致 细胞或生物的死亡、停滞或虚弱。
还公开了通过激活、失活或阻断核糖开关，来调节含有核糖开关的分 离的、基因工程改造的或重组的基因或RNA的表达的化合物。如果基因编 码一种所需的表达产物，则激活或失活该核糖开关可被用于诱导该基因的 表达，并由此导致表达产物的产生。如果该基因编码对于基因表达或另一 细胞过程的一种诱导物或抑制物，则激活、失活或阻断该核糖开关可导致 其他被调节基因或细胞过程的诱导、抑制或脱抑制。已经已知多种这样的 次级调节效应，它们也可适用于核糖开关。核糖开关作为这类调节的初级 控制的一个优势是核糖开关的触发分子可为小的非抗原性分子。
还公开了识别可激活、失活或阻断核糖开关的化合物的方法。例如，可 以通过使待测化合物和核糖开关相接触并评估核糖开关的激活来识别可激 活核糖开关的化合物。如果核糖开关被激活，则待测化合物被识别为可激活 核糖开关的化合物。可以以任意合适的方式评估核糖开关的激活。例如，核 糖开关可以与报告RNA相连接，并可在存在和不存在待测化合物的条件下 测量报告RNA的表达、表达水平或表达水平的改变。作为另一个实例，核 糖开关可包括构象依赖性标签，由该标签产生的信号随核糖开关的激活状 态而变化。优选地，这种核糖开关使用天然存在的核糖开关的适体结构域 或由天然存在的核糖开关衍生的适体结构域。由此可见，可以使用对照测 定或测量或者不使用对照测定或测量来进行核糖开关激活的评估。识别可 以失活核糖开关的化合物的方法可以以类似的方式进行。
对阻断核糖开关的化合物的识别可以以任何合适的方式完成。例如， 可以在存在已知可激活或失活核糖开关的化合物以及存在待测化合物的条 件下来进行用于评估核糖开关的激活或失活的分析。如果没有观察到如同 在不存在待测化合物的情况下应当观察到的激活或失活情况，则该待测化 合物被识别为可阻断核糖开关的激活或失活的化合物。
还可以使用核糖开关的原子晶体结构来识别化合物。天然鸟嘌呤应答 性核糖开关的这类晶体原子结构的一个实例示于图5。原子结构的原子坐 标列于表6。图5中显示的核糖开关是与次黄嘌呤结合的。在这个实例中 显示了与次黄嘌呤相结合的来自枯草芽孢杆菌xpt-pbuX操纵子的鸟嘌呤 核糖开关嘌呤结合结构域在1.95_分辨率的晶体结构，次黄嘌呤是细菌嘌 呤补救途径中普遍的代谢物。这一结构显示，几个系统发生上保守的核苷 酸参与了复合物RNA的折叠而形成一个结合袋，该结合袋几乎完全包裹了 配体。次黄嘌呤起到稳定这一结构和促进下游转录终止元件形成的作用， 由此提供了对细胞内代谢物浓度升高做出应答而直接抑制基因表达的机 制。
可以使用核糖开关的晶体结构来识别化合物，这可通过例如利用待测 化合物和核糖开关的原子结构进行建模并确定待测化合物与核糖开关是 否相互作用来实现。这可通过使用核糖开关模型中待测化合物的预计最 小相互作用能、预计结合常数、预计解离常数或它们的组合来实现。还 可以通过下述方法识别化合物，例如，评估核糖开关和一种已知可与核糖 开关结合的化合物(例如触发分子)的匹配程度，识别化合物上可以改变 而不会对化合物的结合带来较大或明显不良影响的位点，以及引入这样的 一个或多个改变以产生新的化合物。识别与核糖开关相互作用的化合物的 方法可以包括像这样识别出的化合物的生产。
通常，该方法首先利用了核糖开关与化合物的三维结构，这也被称为 “已知化合物”或“已知靶标”。本文公开的任何触发分子和化合物均可被 用作这种已知化合物。核糖开关的结构可使用任何已知方式测定，例如晶 体学或溶液NMR光谱学。可通过例如AutoDock的计算机分子模型模拟程序 来获得上述的结构。该方法可包括测定结合量，例如测定核糖开关和针对 该核糖开关的潜在化合物之间的结合能。对核糖开关具有某些活性的化合 物为活性化合物，例如可抑制核糖开关的活性或增强核糖开关的活性的化 合物。此外，潜在化合物可以是与针对该分子的化合物在结构上有一定关 系的类似物。任何触发分子、已知化合物和本文公开的化合物均可用作潜 在化合物的基础或者衍生潜在化合物的基础。
可通过多种方式来认识已知化合物和潜在化合物在结构、性质、相互 作用或结合参数等方面的同一性或关系。例如，可使用结构模型测量或评 估的任何量度和相互作用参数以及对于已知化合物和潜在化合物获得的这 类量度和参数之间都可以进行比较。可以观察总体上已知化合物和潜在化 合物之间的同一性。也可以观察潜在化合物例如类似物和已知化合物之间 仅在潜在化合物与核糖开关相互作用的结构域位置的同一性。还可以观察 潜在化合物和已知化合物之间亚结构域水平的同一性，例如仅在7_、6_、 5_、4_、3_或2_范围内观察核糖开关与已知化合物接触的原子或部分以 及相应的潜在化合物的原子或部分。通常，亚结构域越具体，潜在化合物 和已知化合物的部分之间的同一性就越高。例如，在总体上，已知化合物 和潜在化合物之间的同一性可能为30％或更高、35％或更高、40％或更高、 45％或更高、50％或更高、55％或更高、60％或更高、65％或更高、70％或更高、 75％或更高、80％或更高、85％或更高、90％或更高、95％或更高；在已知化合 物和潜在化合物的结合结构域之间的同一性可能为50％或更高、55％或更高、 60％或更高、65％或更高、70％或更高、75％或更高、80％或更高、85％或更高、 90％或更高、95％或更高；而在已知化合物和潜在化合物的相应的与核糖开 关相互作用的原子或部分的周围5_范围以内，它们的同一性可为70％或更 高、75％或更高、80％或更高、85％或更高、90％或更高、95％或更高。另一亚 结构域是真正与核糖开关接触的部分或原子的亚结构域。在这种情况下， 同一性可为例如大于50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、 95％或更高。
通常，潜在化合物是以潜在化合物家族即一系列类似物的形式存在， 该家族中所有的化合物都与该核糖开关的已知化合物在结构上有一定关 系。可能筛选出由任何数量的成员组成的家族。家族中成员的最大数量仅 仅由计算机的数量所限制，所述计算机要具有在所需的一定时间内能筛选 出每个成员的能力。该方法可包括核糖开关的至少一种模板结构和一种靶 标，通常靶标应为已知靶标。由于在一些情况下上述结构可以由本文公开 的方法使用标准的结构测定技术产生，因此并不需要目前存在该结构。优 选地，在使用该方法时存在真实的结构。
该方法还可以包括使用由已知化合物的结构得到的信息来对潜在化合 物的结构建模。所述建模可以用本文所述的方法和任何方法进行。
潜在化合物的构象和位置可以在计算过程中保持固定；也就是说可以 假定核糖开关与潜在化合物结合的方向和它与已知化合物结合的方向完全 一样。
然后可以测定核糖开关与潜在化合物之间的结合能(或其他性质或参 数)，如果结合能(或其他性质或参数)符合某种标准，则该潜在化合物就 可被认为是现实化合物，即可能与核糖开关相互作用的化合物。应当理解 的是，虽然下述讨论的是使用结合能的情况，但也可以使用任何涉及化合 物和核糖开关模型或相互作用的任何性质或参数。该标准可为核糖开关与 潜在化合物的计算结合能相当于或优于核糖开关与已知化合物的计算结合 能。例如，现实化合物可以是这样一种化合物，它按本文所述计算出的结 合能是已知化合物结合能的例如至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、86％、 87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、 100％、101％、102％、103％、104％、105％、106％、107％、108％、109％、110％、 120％、130％、140％、150％、200％、250％、300％、350％、400％、450％、500％、 600％、700％、800％、900％、1000％或更高。现实化合物也可以是这样一种化 合物，在对所有潜在化合物按其结合能强度进行排序之后，该化合物位于 例如一系列潜在化合物的计算结合强度的前20％、19％、18％、17％、16％、 15％、14％、1 3％、12％、11％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％； 所述一系列潜在化合物至少有3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、 14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、 30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、125、 150、175、200、225、250、275、300、350、400、500、700或1000种潜 在化合物。
还应该理解的是，在如本文公开内容所述地识别出一种潜在化合物之 后，可进行常规的检测和分析，例如使用核糖开关和现实化合物进行生物 学分析以进一步确定现实化合物与核糖开关相互作用的能力和/或调节核 糖开关的能力。所公开的方法可以包括分析核糖开关和化合物的活性的步 骤，以及使用例如基于核糖开关的文库进行例如组合化学研究。
能量计算可以基于例如分子力学或量子力学。分子力学通过将一系列 经验函数进行加和来模拟系统的能量，所述一系列经验函数代表了例如键 拉力、范德华力或静电相互作用的能量的总体组合。量子力学使用不同程 度的近似度来解薛定谔方程。这些方法对电学结构进行处理，使得可以对 化学反应进行表征。
可以识别核糖开关的潜在化合物。这可通过用与已知化合物的给定相 似性进行筛选而实现。例如，与已知化合物为同一家族的化合物可被选择。
为给每个核糖开关做计算准备，可以建立潜在化合物晶体结构中未解 析的或不存在的原子。这可使用下述工具来完成：例如PRODRG网络服务器 http://www.davapcl.bioch.dundee.ac.uk./programs/prodrg，或例如 InsightII、Quanta(均在www.accelrys.com网站)和CNS(Brunger et al.， Crystallography&NMR system：a new software suite for macromelecular structure determination.Acta Crystallogr.D 54， 905-921(1998))的标准分子建模程序，或者任何其它能够作出核糖开关结 构的分子建模系统。
然后可以计算潜在化合物和核糖开关的结合能(或其他性质或参数)。 有许多方法可用于进行这一计算。例如，通过使用经验函数可以实现侧链 位置的采样和结合热力学的计算，所述经验函数将潜在化合物-分子的能量 建模为模型中所有原子对之间的静电相互作用和范德华相互作用的总和。 还可使用其他任何对潜在化合物和核糖开关的结合能进行评分的计算方法 (H.Gohlke，&G.Klebe.Approaches to the description和prediction of the binding affinity of small-molecule ligands to macromolecular receptors.Angew.Chem.Int.Ed.41，2644-4676(2002)).这类评分 方法的实例包括但不限于下列程序中实现的方法，所述程序例如： AutoDock(G.M.Morris et al.Automated docking using a Lamarckian genetic algorithm and an empirical binding free energy function.J. Comput.Chem.19，1639-1662(1998))、Gold(G.Jones et al.Molecular recognition of receptor sites using a genetic algorithm with a description of desolvation.J.MoI.Biol.245，43-53(1995))、 Chem-Score(M.D.Eldridge et al.J.Comput-Aided Mol.Des.11， 425-445(1997))和Drug-Score(H.Gohlke et al.Knowledge-based scoring function to predict protein-ligand interactions.JMoI.Biol. 295，337-356(2000))。
旋转异构体文库为本领域技术人员已知，并可从包括互联网的各种来 源获得。旋转异构体为低能量侧链构象。使用旋转异构体文库可以对结构 建模以尝试最可能的侧链构象、节省时间并产生最可能正确的构象。旋转 异构体文库的使用限于潜在化合物给定区域内的残基，例如在结合位点的 残基或化合物特定距离内的残基。所述特定距离可以设定为任何所需的长 度，例如，潜在化合物与分子的任意原子的距离可为2_、3_、4_、5_、 6_、7_、8_或9_。
可以通过例如使用具有以下公式的Coulombic模型来计算每一对原子 之间的静电相互作用：
Eelec＝332.08q1q2/εr。其中q1和q2为部分原子电荷，r为它们之间 的距离，ε为介电常数。
可以使用为描述分子中的电荷分布而开发的现有参数集来计算部分原 子电荷。参数集的实例包括但不限于：PARSE(D.A.Sitkoff et al. Accurate calculation of hydration free-energies using macroscopic solvent models.J.Phys.Chem.98，1978-1988(1994))、CHARMM (MacKerell et al.All-atom empirical potential for molecular modeling and dynamics studies of proteins.J.Phys.Chem.B 102， 3586-3616，1998)和AMBER(W.D.Cornell et al.A 2nd generation force-field for the simulation of proteins，nucleic-acids，和 organic-分子.J.Am.Chem.Soc.117.5179-5195(1995))。部分原子 电荷可通过它们与相似官能团的类比来分配，或通过例如PRODRG服务器上 实施的经验性分配方法来分配(D.M.F.van Aalten et al.PRODRG，a program for generating molecular topologies and unique molecular descriptors from coordinates of small molecules.J.Comput.-Aided Mol.Design 10，255-262(1996))或通过使用标准量子力学计算方法来分 配(例如，C.I.Bayly et al.A well-behaved electrostatic potential based method using charge restraints for deriving atomic charges- the RESP model.J.Phys.Chem.91，10269-10280，(1993))。
静电相互作用可以通过引入静电去溶剂化效应的更精密的方法学来计 算。这可包括显式溶剂模式和隐式溶剂模式：在前一种方法中水分子直接 包括在计算之中，而后一种方法中是通过介电连续介质的方式描述水的效 应。用于计算静电相互作用的隐式溶剂方法的具体实例包括但不限于：基 于Poisson-Boltzmann的方法和Generalized Born方法(M.Feig&C.L. Brooks.Recent advances in the development and application of implict solvent models in biomolecule simulations.Curr.Opin. Struct.Biol.14，217-224(2004))。
可以使用简单的Lennard-Jones形式和下列公式来计算原子对(两个 原子为硫原子或碳原子时)之间的范德华力和疏水相互作用：
Evdw＝E{σatt 12/r12-σatt 6/r6}。其中E为能量，r为两个原子之间的 距离，σatt为相互作用能为零时的距离。
可以使用简单的相斥能术语来计算原子对(一个或两个原子既不是硫 原子也不是碳原子时)之间的范德华力：
Evdw＝E{σrep 12/r12}。其中E为能量，r为两个原子之间的距离，σrep 为相斥相互作用等于E时的距离。
原子间的疏水相互作用还可以使用本领域技术人员已知的各种方法来 计算。例如，能量分布可以按照下述方式计算：在配体和受体复合物形成 时会把一些溶剂可接近的表面积包埋起来，而能量分布与被包埋的溶剂可 接近的表面积的量成比例。这种分布可以用原子对之间相互作用的形式表 示，例如由Street和Mayo提出的方法(A.G.Street&S.L.Mayo. Pairwise calculation of protein solvent-accessible surface areas. Folding&Design 3，253-258(1998))。这种计算中可以包括用于描述疏 水作用或范德华力或其他能量分布的任何形式的实施方法。
可以针对每种潜在化合物-核糖开关相互作用来计算结合能。例如，可 在存在或不存在核糖开关的条件下进行Monte Carlo采样并计算每个模型 的平均能量。然后可按照两个计算出的平均能量的差别计算出核糖开关与 潜在化合物的结合能。
可以将计算出的潜在化合物与核糖开关的结合能和计算出的已知化合 物与核糖开关的结合能相比较，来确定潜在化合物是否可能为现实化合物。 上述结果可以用实验数据来加以证实，实验中可以测量核糖开关和化合物 实际的相互作用。这种可用于测定核糖开关和化合物实际的相互作用的方 法的实例包括但不限于：平衡透析测量法(其中检测放射形式的化合物与 核糖开关的结合)、酶抑制测定(其中可在存在或不存在化合物的条件下监 测核糖开关的活性)和化学位移扰动测量(其中通过原子在NMR中的化学 位移的变化来监测核糖开关与潜在化合物的结合)。
在上文公开的方法中，核糖开关可为例如鸟嘌呤核糖开关。这种核糖 开关可由例如表5中所列的核糖开关来筛选。
在使用一种潜在化合物对核糖开关的原子晶体结构进行建模之后，可 以进行进一步测试以测定核糖开关和化合物实际的相互作用。例如，可使 用多种不同的手段来检测结合的RNA，包括使用基于凝胶和基于芯片检测 方法的变构核酶测定和串联标记测定。可以通过使用例如荧光检测方法来 实现高通量检测。例如，可以使用通过激活RNA切割核酶来控制基因表达 的葡萄糖胺-6-磷酸感受性核糖开关的天然催化活性。可以重构该核酶以便 以多种翻转动力学切割分离的底物分子。因此，如果化合物触发了核酶功 能，则保持在淬灭基团附近的荧光基团就会解偶联(因此变得荧光更强)。 或者可使用分子信标技术。如果化合物可阻碍信标与核糖开关RNA的对接， 则可产生抑制荧光的系统。通过使用本文公开的RNA基因工程策略，可以 使上述任一种手段适用于任意类别的核糖开关。
本文还公开了可与本文公开的鸟嘌呤核糖开关相互作用的类似物。这 类类似物的实例示于图12B。这26种合成和检测过的化合物中，有许多种 化合物和鸟嘌呤核糖开关结合的常数与鸟嘌呤(-5nM)相等或优于鸟嘌呤。 具有高度可变的附加物的化学组合物都具有功能，这一事实表明可以产生 和检测这些化学骨架的多种变种以用于体外和细胞内的功能。特别地，可 以通过与RNA结构中其他官能团产生新的接触的方式，使得经过进一步修 饰的上述化合物具有改善的与鸟嘌呤核糖开关的结合力。此外，如同核糖 开关的结构模型显示的在这些位点可能的多种修饰那样，通过在骨架的这 两个区域加以修饰，可以对生物活性、毒性和合成难度(以及其它特征) 进行调节。
高通量筛选还可用于发现也可与核糖开关RNA结合的全新的化学骨 架，所述结合可以通过标准的或非标准的分子识别模式进行。由于核糖开 关是首先发现的天然的结合代谢物的RNA的主要形式，因此在以前很少有 人进行建立适用于高通量筛选的结合测定方法的工作。有多种手段都可用 于检测结合代谢物的RNA，包括使用基于凝胶和基于芯片检测方法的变构 核酶测定和串联标记测定。还公开了由识别激活、失活或阻断核糖开关的 化合物和对识别出的化合物进行加工而制备的复合物。这可以通过例如将 本文其他部分公开的化合物识别方法与对识别出的化合物进行加工的方法 结合使用而实现。例如，可通过下述方法制备复合物：使待测化合物和核 糖开关相接触，评估核糖开关的激活，以及如果核糖开关被待测化合物激 活，则制备该激活核糖开关的待测化合物作为复合物。
还公开了由核实某种化合物对核糖开关的激活、失活或阻断作用和对 经核实的化合物进行加工而制备的复合物。这可以通过例如将本文其他部 分公开的化合物激活、失活或阻断评估方法与对经核实化合物的加工方法 结合使用而实现。例如，可通过下述方法制备复合物：使待测化合物和核 糖开关相接触，评估核糖开关的激活，以及如果核糖开关被待测化合物激 活，则制备该激活核糖开关待测化合物作为复合物。核实化合物激活、失 活或阻断核糖开关的能力指的是对以前并不知道可否激活、失活或阻断核 糖开关的化合物的鉴定，以及对已知可激活、失活或阻断核糖开关的化合 物激活、失活或阻断核糖开关的能力的评估。
本文中使用的术语“取代的”意在包括有机化合物的所有允许的取代 基。广义上讲，允许的取代基包括有机化合物的非环状的和环状的、分支 的和未分支的、碳环的和杂环的以及芳香族的和非芳香族的取代基。示例 性的取代基包括例如下述的那些基团。对于合适的有机化合物，可有一个 或多个相同或不同的允许的取代基。出于本发明公开的目的，例如氮原子 的杂原子可以具有氢取代基和/或任何本文所述的允许取代基，以满足杂原 子的价位。有机化合物的允许取代基并不意在以任何方式限制本发明的公 开内容。此外，术语“取代”或“用......取代”包括下述隐含条件：这类 取代应符合取代原子和取代基的价位，并且这类取代产生的是稳定的化合 物，例如不会自发地经过例如重排、环化、消去等转化反应的化合物。
本文中使用的“A1”、“A2”、“A3”和“A4”是一般性标记，表示不同的 具体取代基。这些标记可以是任何取代基，并不限于本文公开的那些取代 基，在一种情况中它们指代某种取代基，也可能在另一种情况中它们就指 代别的取代基。
本文中使用术语“烷基”指的是1至24个碳原子的分支或不分支的饱 和烃基，例如甲基、乙基、正丙基、异丙基、正丁基、异丁基、叔丁基、 戊基、己基、庚基、辛基、壬基、癸基、十二烷基、十四烷基、十六烷基、 二十烷基、二十四烷基等等。烷基可为取代的或未取代的。烷基可以被一 个或多个下述基团取代，所述基团包括但不限于下文所述的烷基、卤化烷 基、烷氧基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、醛、氨基、羧酸、酯、醚、卤 化物、羟基、酮、硫代氧基、磺酰基、砜、亚砜或硫氢基。术语“低级烷 基”是具有6个或6个以下碳原子的烷基，例如甲基、乙基、正丙基、异 丙基、丁基、仲丁基、异丁基、叔丁基、戊基、己基等等。
在本说明书通篇中，一般用“烷基”指代未取代的烷基和取代的烷基； 然而取代的烷基在本文中提及时也要指出烷基上具体的取代基。例如，术 语“卤化烷基”专门指被一个或多个例如氟、氯、溴和碘的卤原子取代的 烷基。术语“烷氧基烷基”专门指被一个或多个如下所述的烷氧基取代的 烷基。术语“烷基氨基”专门指被一个或多个如下所述的氨基取代的烷基 等等。当在一种情况中使用“烷基”而在另一种情况中使用例如“卤化烷 基”的具体术语时，并非意在暗示术语“烷基”就不包括例如“卤化烷基” 等的具体术语。
这一习惯也适用于本文所述的其它基团。也就是说，例如术语“环烷 基”指的是未取代和取代的环烷基部分，而取代的部分可在本文中另外具 体地指明；例如，具体取代的环烷基可被称为例如“烷基环烷基”。类似地， 一种取代的烷氧基可被具体地称为例如：“卤化烷氧基”，一种具体的取代 烯基可被地称为例如：“烯基醇”等等。此外，使用例如“环烷基”的一般 性术语和例如“烷基环烷基”的具体术语的习惯，并非意在暗示一般性术 语不包括具体术语。
本文中所使用的术语“烷氧基”是指烷基键合一个单独的醚键；也就 是说“烷氧基”可被定义为-OA1，其中A2为上文定义的烷基。
本文中使用的术语“烯基”为有2至24个碳原子的烃基，它们的结构 式中含有至少一个碳-碳双键。例如(A1A2)C＝C(A3A4)的这种不对称结构 意在包括E型和Z型异构体。可以假设在本文的结构通式中存在不对称的 烯，或者由键的标记C＝C明确地表示出来。烯基可被一个或多个下述基团 所取代，所述基团包括但不限于下文所述的烷基、卤化烷基、烷氧基、烯 基、炔基、芳基、杂芳基、醛、氨基、羧酸、酯、醚、卤化物、羟基、酮、 硫代氧基、磺酰基、砜、亚砜或硫氢基。
本文中使用的术语“炔基”为有2至24个碳原子的烃基，它们的结构 式中含有至少一个碳-碳叁键。炔基可被一个或多个下述基团所取代，所述 基团包括但不限于下文所述的烷基、卤化烷基、烷氧基、烯基、炔基、芳 基、杂芳基、醛、氨基、羧酸、酯、醚、卤化物、羟基、酮、硫代氧基、 磺酰基、砜、亚砜或硫氢基。
本文中使用的术语“芳基”为含有任意以碳为基础的芳香基团的基团， 包括但不限于苯、萘、苯基、联苯、苯氧基苯等。术语“芳基”还包括“杂 芳基”，“杂芳基”指的是含有的芳基环上至少掺入一个杂原子的基团，杂 原子的实例包括但不限于氮、氧、硫和磷。类似地，术语“非杂芳基”也 包括在术语“芳基”之内，指的是包括不合杂原子的芳基的基团。芳基可 为取代的或未取代的。芳基可被一个或多个下述基团所取代，所述基团包 括但不限于本文所述的烷基、卤化烷基、烷氧基、烯基、炔基、芳基、杂 芳基、醛、氨基、羧酸、酯、醚、卤化物、羟基、酮、硫代氧基、磺酰基、 砜、亚砜或硫氢基。术语“联芳基”是芳基基团的一种具体形式，也包括 在芳基的定义之内。联芳基指的是结合在一起的两个芳基，它们可例如萘 那样通过稠环结构相连接，或者例如联苯那样通过一个或多个碳碳键相连 接。
本文中使用的术语“环烷基”为由至少三个碳原子组成的非芳香性的 以碳为基础的环。环烷基基团的实例包括但不限于环丙烷基、环丁烷基、 环戊烷基、环己烷基等等。术语“杂环烷基”为前面定义的环烷基的一种， 但是它的环上至少有一个碳原子被杂原子取代，所述杂原子包括但不限于 氮、氧、硫或磷。环烷基和杂环烷基可为取代的或未取代的。环烷基和杂 环烷基可被一个或多个下述基团所取代，所述基团包括但不限于本文所述 的烷基、卤化烷基、烷氧基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、醛、氨基、羧 酸、酯、醚、卤化物、羟基、酮、硫代氧基、磺酰基、砜、亚砜或硫氢基。
本文中使用的术语“环烯基”为由至少三个碳原子组成的非芳香性的 以碳为基础的环，在环上含有至少一个双键即C＝C。环烷基基团的实例包 括但不限于环丙烯基、环丁烯基、环戊烯基、环戊二烯基、环己烯基、环 己二烯基等等。术语“杂环烯基”为前面定义的环烷基的一类并且包括在 术语“环烯基”的含义之内，但是它的环上至少有一个碳原子被杂原子取 代，所述杂原子包括但不限于氮、氧、硫或磷。环烯基和杂环烯基可为取 代的或未取代的。环烯基和杂环烯基可被一个或多个下述基团所取代，所 述基团包括但不限于本文所述的烷基、卤化烷基、烷氧基、烯基、炔基、 芳基、杂芳基、醛、氨基、羧酸、酯、醚、卤化物、羟基、酮、硫代氧基、 磺酰基、砜、亚砜或硫氢基。
本文中使用的术语“环状基团”指的是芳基基团和非芳基基团(即环 烷基、杂环烷基、环烯基和杂环烯基)或二者皆有。环状基团具有一个或 多个可为取代或未取代的环系统。环状基团可包括一个或多个芳基基团、 一个或多个非芳基基团，或者一个或多个芳基基团、一个或多个非芳基基 团。
本文中所使用的术语“醛”用通式-C(O)H表示。在本说明书通篇中 “C(O)”都是C＝O的简写形式。
本文中使用的术语“胺”或“氨基”用通式NA1A2A3表示，其中A1、A2 和A3可以独立地为上文所述的氢、烷基、卤化烷基、烯基、炔基、芳基、 杂芳基、环烷基、环烯基、杂环烷基或杂环烯基。
本文中所使用的术语“羧酸”用通式-C(O)OH表示。本文中所使用的 “羧酸根”用通式-C(O)O-表示。
本文中所使用的术语“酯”用通式-OC(O)A1或-C(O)OA1表示，其中A1 可以为上文所述的烷基、卤化烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、环烷基、 环烯基、杂环烷基或杂环烯基。
本文中所使用的术语“醚”用通式A1OA2表示，其中A1和A2可以独立地 为上文所述的烷基、卤化烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、环烷基、环 烯基、杂环烷基或杂环烯基。
本文中所使用的术语“酮”用通式A1C(O)A2表示，其中A1和A2可以独 立地为上文所述的烷基、卤化烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、环烷基、 环烯基、杂环烷基或杂环烯基。
本文中所使用的术语“卤化物”指的是卤素氟、氯、溴和碘。
本文中所使用的术语“羟基”用通式-OH表示。
本文中所使用的术语“硫代氧基”用下列通式表示：-S(O)A1(即“磺 酰基”)、A1S(O)A2(即“亚砜”)、-S(O)2A1、A1SO2A2(即“砜”)、-OS(O)2A1 或-OS(O)2OA1，其中A1和A2可以为上文所述的氢、烷基、卤化烷基、烯基、 炔基、芳基、杂芳基、环烷基、环烯基、杂环烷基或杂环烯基。在本说明 书通篇中“S(O)”都是S＝O的简写形式。
本文中所使用的术语“磺酰氨基”或“磺酰胺”用通式-S(O)2NH-表示。
本文中所使用的术语“硫氢基”用通式-SH表示。
本文所使用的“Rn”(其中n为整数)可以独立地具有一个或多个上述 的基团。例如，如果R10含有一个芳基，则该芳基上的一个或多个氢原子可 以任选地被羟基、烷氧基、氨基、烷基或卤化物等基团所取代。根据所选 择的基团，第一基团可能掺入第二基团中，或者第一基团可能在第二基团 的侧翼(即附着于第二基团)。例如，使用短语“包括氨基的烷基”时，氨 基可能掺入于烷基的主链上。或者氨基可能是附着在烷基主链上。所选择 的基团的性质将决定第一基团是包含在第二基团中还是附着在第二基团 上。
如果没有明确指出，在一个通式中只是以实线表示而未用楔形线或虚 线表示的化学键包括了每种可能的异构体，例如对映异构体和非对映异构 体，以及异构体的混合物，例如外消旋混合物或成比例的(scalemic)混 合物。
本文公开的某些物质、化合物、组合物和组分可以由商购得到，或是 使用本领域技术人员公知的技术容易地合成得到。例如，在制备所公开的 化合物和组合物中使用的起始物质和试剂可以从下述的供应商处商购：例 如Aldrich Chemical Co.，(Milwaukee，Wis.)、Acros Organics(Morris Plains，NJ.)、Fisher Scientific(Pittsburgh，Pa.)或Sigma(St.Louis， Mo.)；或者使用本领域技术人员已知的方法，参考下述文献中所述的工艺 来制备：Fieser and Fieser’s Reagents for Organic Synthesis，Volumes 1-17(John Wiley和Sons，1991)；Rodd′s Chemistry of Carbon compounds， Volumes 1-5 and Supplementals(Elsevier Science Publishers，1989)； Organic Reactions，Volumes 1-40(John Wiley and Sons，1991)；March′s Advanced Organic Chemistry，(John Wiley and Sons，4th Edition)和 Larock′s Comprehensive Organic Transformations(VCH Publishers Inc.， 1989)。
可用于鸟嘌呤应答性核糖开关(以及由鸟嘌呤应答性核糖开关衍生 的核糖开关)的化合物包括用通式I表示的化合物：
该化合物可结合鸟嘌呤应答性核糖开关或其衍生物，其中当该化合物与鸟 嘌呤应答性核糖开关或衍生物结合时，R1和R2作为氢键供体，R7作为氢键 受体，R9作为氢键供体，R10作为氢键受体，其中每个独立地代表 单键或双键。在一些实例中，R3可为氢键受体。
应当理解的是，当某一特定部分或基团可被称为氢键供体或氢键受体 时，使用这一术语仅仅是为了便于参照而将各种取代基进行分类。这一用 语并不应被理解为某一特定部分真正参与了与核糖开关或其他化合物形成 氢键的过程。也有这种可能，例如，在本文中被称为氢键受体(或氢键供 体)的某一部分可能是唯一地或另外地参与了与核糖开关或其他化合物形 成疏水相互作用、离子键、范德华力或其他类型相互作用的过程。
还应理解的是，本文公开的某些基团在本文中既可以被称为氢键受体， 也可以被称为氢键供体。例如，-OH可以通过贡献一个氢原子而成为氢键 供体；-OH也可以通过氧原子上的一个或多个非键合电子对而成为氢键受 体。因此在本说明书通篇中，多种部分可为氢键供体和氢键受体，并且可 照这样称谓。
可存在于所公开化合物中的合适的氢键供体，例如R1、R2和R9中的一 个或多个，为含有极性氢键的部分，所述极性氢键例如氢原子与电负性更 强的原子例如C、N、O或S结合时形成的氢键。对于R1、R2和R9而言合适 的氢键供体的实例包括但不限于下述部分：-NR11-、-CHR11-、＝CR11-和 -C(＝NR11)-，其中R11为-H、-NH2、-OH、-SH、-CO2H，取代或未取代的烷基、 烷氧基、芳基、芳基氧基或苯甲氧基，-NH烷基、-NH烷氧基、-NHC(O)烷 基、-NHCO2烷基、-NHC(O)NH2、-NH-NH2、-NH-NH烷基、-NH-NH烷氧基、-NH-SO2 烷基、-NH-SO2-R12、-NHCO2CH2-R12、-NH-OR12、-N+H2-R12、-NH-NH-R12和 -NH-NH-CH2-R12，其中R12可为：
其中n为1至5，R13可为-H、-NH2、-OH、烷氧基、-N-吗啉代或卤化物中 的一个或多个。
可存在于所公开化合物中的合适的氢键受体，例如R3、R7和R10中的一 个或多个，为含有非键合电子对的部分。通常在N、O、S和卤原子上存在 非键合电子对。对于R3和R7而言合适的氢键受体的实例包括但不限于N、O、 S和SO2。例如，R8和R7可以一起用-CH＝N-、-CH2-O-、-CH2-S-或-CH2SO2-来 表示。R3可为N、O或S，这在通式I的结构中就会分别生成-N＝R2、-O-R2 和-S-R2部分，其中R2的定义如前所述。
对于R10部分，合适的氢键受体可为O或S，例如O＝R6或S＝R6中的O或 S，其中R6为C。对于R10而言氢键受体的其他实例包括但不限于：-OH、-SH、 -NH2、-CO2H、-烷氧基、-芳基氧基、-苯甲氧基、-卤化物、-NH烷基、-NH 烷氧基、-NHC(O)烷基、-NHCO2烷基、-NHCO2CH2-R12、-NHC(O)NH2、-NH-NH2、 -NH-NH烷基、-NH-NH烷氧基、-SO2烷基、-SO2芳基、-NH-SO2烷基、-NH-SO2-R12、 -NH-OR12、-NH-R12、-NH-NH-R12、-NH-NH-CH2-R12或-NH-CH2-R12，其中R12的定 义如前所述。
对于R10部分，其他合适的氢键受体可为NR14，例如R14N＝R6中的NR14， 其中R6为C。在这些实例中，R14可为-H、-NH2、-OH、-SH、-CO2H、-CO2烷 基、-CO2芳基、-C(O)NH2，取代或未取代的烷基、烷氧基、烷氧基、芳基氧 基或苯甲氧基，-NH烷基、-NH烷氧基、-NHC(O)烷基、-NHCO2烷基、 -NHC(O)NH2、-SO2烷基、-SO2芳基、-NH-SO2烷基、-NH-SO2-R12、-NH-OR12、 -NH-R12或-NH-CH2-R12，其中R12的定义如前所述。
所公开的一些特异性的化合物可用通式II表示，其中R7为N或CH：
R10为＝O、＝S、＝NH、＝NOH、＝N烷基、＝N烷氧基、＝N-芳基、＝N芳基氧 基、＝N-苯甲基、-N苯甲氧基、＝N-NH2、＝N-NHOH、＝N-NH烷基、＝N-NH烷氧 基、＝N-NH芳基、＝N-NH芳基氧基、＝N-NH苯甲基、＝N-NH苯甲氧基、＝N-NH-(对 氨基苯基)、＝N-NH-(对甲氧基苯基)、＝N-NH-(对-N-吗啉代-苯基)；以及
R2为＝CR15-，其中R15为-NH2、-NHNH2、-NHOH、-NH烷基、-NH烷氧基、 -NH芳基、-NH芳基氧基、-NH苯甲基、-NH苯甲氧基、-N+H2芳基、-N+H2-(对 -N-吗啉代-苯基)、-N+H2-(对氨基苯基)、-N+H2-(对甲氧基苯基)、-NHCO2 烷基、-NHCO2苯甲基、-NHNH烷基、-NHNH芳基、-NHNH苯甲基或-NHC(O) 烷基。其他的化合物可用通式III表示：
其中R10为-H、-OH、-SH、-烷氧基、卤化物、-NH2、-NHOH、-NH烷基、-NH 烷氧基、-NH芳基、-NH芳基氧基、-NH苯甲基、-NH苯甲氧基、-NHC(O) 烷基、-NHCO2烷基、NHCO2苯甲基、-NHNH2、-NHNH烷基、-NHNH芳基或-NHNH 苯甲基；R2和R7的定义如前所述。
化合物的其他具体实例示于图12B。
可用于鸟嘌呤应答性核糖开关(以及由鸟嘌呤应答性核糖开关衍生的 核糖开关)的化合物还包括具有通式IV的化合物：
该化合物可结合鸟嘌呤应答性核糖开关或其衍生物，其中当该化合物与鸟 嘌呤应答性核糖开关或衍生物结合时，R7作为氢键受体，R10作为氢键供体， R11作为氢键受体，R12作为氢键供体，其中R13为H、H2或者不存在，其中R1、 R2、R3、R4、R5、R6、R8和R9分别独立地为C、N、O或S，其中每个 独立地代表单键或双键。
在上述定义范围内的每一种化合物都意图在并应被认为是在本文中具 体地公开。此外，在上述定义范围内可识别的每个亚群都意图在并应被认 为是在本文中具体地公开。因此，特别考虑了化合物的列表中可具体包括 或排除的或者在用途中可具体包括或排除的任意化合物或化合物的亚群。 例如，作为一种选择，如果有某组化合物，其中每种化合物都符合上述定 义但不是鸟嘌呤、次黄嘌呤、黄嘌呤或N2-甲基鸟嘌呤，那么该组也是被考 虑到的。作为另一种实例，如果有某一组化合物，其中每种化合物都符合 上述定义而且能激活鸟嘌呤应答性核糖开关，那么该组也是被考虑到的。
应该理解的是，对于化合物与核糖开关的相互作用，本文所述的特定 接触和相互作用方式(例如氢键供给或接受)对于化合物与核糖开关的相 互作用来说是优选的而非必需的。例如，化合物与核糖开关的相互作用与 本文公开的化合物与核糖开关的接触和相互作用相比，可能亲和力和/或特 异性要低一些。此外，化合物上不同的或其他的官能团可能会带来与核糖 开关的新的、不同的和/或补偿性的接触。例如，对于鸟嘌呤核糖开关而言， 在例如R10和R2位置可使用大的官能团。这类官能团可以或被设计为可以与 核糖开关的其他部分有接触和相互作用。这种接触和相互作用可以补偿触 发分子和核心结构的接触和相互作用。
可用于腺嘌呤应答性核糖开关(以及由腺嘌呤应答性核糖开关衍生的 核糖开关)的化合物包括具有以下通式的化合物：
该化合物可结合腺嘌呤应答性核糖开关或其衍生物，其中当该化合 物与腺嘌呤应答性核糖开关或衍生物结合时，R1、R3和R7作为氢键受体， R10和R11作为氢键供体，其中R12为H、H2或者不存在，其中R1、R2、R3、R4、 R5、R6、R8和R9分别独立地为C、N、O或S，其中每个独立地代表 单键或双键。
在上述定义范围内的每一种化合物都意图在并应被认为是在本文中 具体地公开。此外，在上述定义范围内可识别的每个亚群都意图在并应被 认为是在本文中具体地公开。因此，特别考虑了化合物的列表中可具体包 括或排除的或者在用途中可具体包括或排除的任意化合物或化合物的亚 群。例如，作为一种选择，如果有某一组化合物，其中每种化合物都符合 上述定义但并不是腺嘌呤、2，6-二氨基嘌呤或2-氨基嘌呤，那么该组也是 被考虑到的。作为另一种实例，如果有某一组化合物，其中每种化合物都 符合上述定义而且能激活腺嘌呤应答性核糖开关，那么该组也是被考虑到 的。
可用于赖氨酸应答性核糖开关(以及由赖氨酸应答性核糖开关衍生的 核糖开关)的化合物包括具有以下通式的化合物：
该化合物可结合赖氨酸应答性核糖开关或其衍生物，其中R2和R3每一个均 带正电，R1带负电，R4为C、N、O或S，并且其中每个独立地代表 单键或双键。还考虑了在按上述定义的化合物中其中R2和R3均为NH3 +并且 R1为O-的情况。
在上述定义范围内的每一种化合物都意图在并应被认为是在本文中具 体地公开。此外，在上述定义范围内可识别的每个亚群都意图在并应被认 为是在本文中具体地公开。因此，特别考虑了化合物的列表中可具体包括 或排除的或者在用途中可具体包括或排除的任意化合物或化合物的亚群。 例如，作为一种选择，如果有某一组化合物，其中每种化合物都符合上述 定义但都不是赖氨酸，那么该组也是被考虑到的。作为另一种实例，如果 有某一组化合物，其中每种化合物都符合上述定义而且能激活赖氨酸应答 性核糖开关，那么该组也是被考虑到的。
可用于TPP应答性核糖开关(以及由赖氨酸应答性核糖开关衍生的 核糖开关)的化合物包括具有以下通式的化合物：
该化合物可结合TPP应答性核糖开关或其衍生物，其中R1带正电，R2和R3 每一个均独立地为C、O或S，R4为CH3、NH2、OH、SH、H或不存在，R5为 CH3、NH2、OH、SH或H，R6为C或N，并且其中每个独立地代表单 键或双键。还考虑了在按上述定义的化合物中其中R1为磷酸根、二磷酸根 或三磷酸根的情况。
在上述定义范围内的每一种化合物都意图在并应被认为是在本文中具 体地公开。此外，在上述定义范围内可识别的每个亚群都意图在并应被认 为是在本文中具体地公开。因此，特别考虑了化合物的列表中可具体包括 或排除的或者在用途中可具体包括或排除的任意化合物或化合物的亚群。 例如，作为一种选择，如果有某一组化合物，其中每种化合物都符合上述 定义但并不是TPP、TP或硫胺素，那么该组也是被考虑到的。作为另一种 实例，如果有某一组化合物，其中每种化合物都符合上述定义而且能激活 TPP应答性核糖开关，那么该组也是被考虑到的。
D.构建体、载体和表达系统
所公开的核糖开关可在任何合适的表达系统中使用。重组表达可以使 用例如质粒等载体来实现。载体可包括与核糖开关编码序列可操作地连接 的启动子和待表达的RNA(例如，编码一种蛋白的RNA)。载体还可包括转 录和翻译所需的其它元件。本文所述的载体指的是包含外源DNA的任何载 体。因此，载体是可将外源核酸不降解地转移至细胞中的媒介，它包括启 动子，可在它转入的细胞中获得核酸的表达。载体包括但不限于：质粒、 病毒核酸、病毒、噬菌体核酸、噬菌体、粘粒和人工染色体。可以生产多 种适于携带核糖开关-调节构建体的原核和真核的表达载体。这类表达载体 包括例如：pET、pET3d、pCR2.1、pBAD、pUC和酵母载体。载体可在例如 各种体内和体外环境中使用。
病毒载体包括腺病毒、腺伴随病毒、疱疹病毒、牛痘病毒、脊髓灰质 炎病毒、AIDS病毒、神经营养病毒(neuronal trophic virus)、辛德毕 斯病毒(Sindbis)和其他RNA病毒，包括具有HIV骨架的那些病毒。还可 使用与上述病毒具有共同性质从而适于用作载体的任意病毒家族。由Verma (1985)描述的逆转录病毒载体包括鼠类马罗尼白血病病毒MMLV和表现 MMLV作为载体所需性质的逆转录病毒。通常，病毒载体包括非结构性早期 基因、结构性晚期基因、RNA聚合酶III转录物、复制和壳体化必需的反向 末端重复序列以及控制病毒基因组的转录和复制的启动子。当被基因工程 改造用作载体时，通常要移除病毒的一个或多个早期基因，并将一种基因 或基因/启动子盒插入到病毒基因组中代替被移除的病毒DNA。
“启动子”通常为位于与转录起始位点相对固定的位置时可以发挥功 能的一个或多个DNA序列。“启动子”包括与RNA聚合酶发生基本相互作用 所需的核心元件和转录因子，还可包括上游元件和应答元件。
“增强子”通常指的是为位于与转录起始位点相对不固定的位置时就 可以发挥功能的DNA序列，它可以在转录单位的5’(Laimins，1981)或 3’(Lusky et al.，1983)。此外，增强子可以在内含子中(Banerji et al.， 1983)，也可以在编码序列本身之中(Osborne et al.，1984)。它们的长度 通常为10bp至300bp之间，并且以顺式方式发挥作用。增强子的功能是增 加邻近的启动子的转录。增强子与启动子类似，也经常含有介导转录的调 节的应答元件。增强子经常对表达的调节有决定性作用。
用于真核宿主细胞(酵母、真菌、昆虫、植物、动物、人类或有核细 胞)中的表达载体还可包括可以影响mRNA表达的转录终止所必需的序列。 这些区域在编码组织因子蛋白的mRNA的非翻译部分中以多腺苷酸化区段 的形式被转录。3’非翻译区还包括转录终止位点。优选地，转录单位还包 括多腺苷酸化区域。这一区域的一个优点是它增加了被转录的单位像mRNA 一样被加工和转运的可能性。多腺苷酸化信号在表达构建体中的鉴定和用 途已经广为人知。优选地，在转基因构建体中使用同源的多腺苷酸化信号。
载体可包括编码标记物产物的核酸序列。使用这种标记物产物来确定 基因是否被送递至细胞以及在送递后是否被表达。优选的标记物基因为编 码β-半乳糖苷酶的大肠杆菌lacZ基因和绿色荧光蛋白。
在一些实施方案中，标记物可为可选择的标记物。当这类可选择的标 记物被成功地转移至宿主细胞中时，如果将宿主细胞置于筛选压力下，则 被转化的宿主细胞可以存活。目前广泛使用的有两类不同的筛选策略。第 一类是基于细胞代谢的，使用离开添加培养基就不能生长的突变细胞系。 第二类为显性选择，它指的是在任何细胞类型中都可使用而不必使用突变 细胞系的筛选方案。这些方案通常使用抑制宿主细胞生长的药物。含有新 基因的那些细胞可以表达使细胞具有药物抗性的蛋白质，从而可以在筛选 中存活。这类显性筛选的实例中使用的药物有新霉素(Southern and Berg， 1982)、霉酚酸(Mulligan and Berg，1980)或潮霉素(Sugden et al.，1985)。
可以使用遗传物质的直接转移来获得基因转移，所述遗传物质包括但 不限于质粒、病毒载体、病毒核酸、噬菌体核酸、噬菌体、粘粒和人工染 色体，或者通过细胞或载体例如阳离子脂质体中的遗传物质的转移来获得 基因转移。这类方法为本领域所熟知，并且可以很容易的使之适用于本文 所述的方法。转移载体可为任何可将基因送递至细胞内的核苷酸构建体(例 如质粒)，或者作为送递基因的总体策略的一部分，例如作为重组逆转录病 毒或重组腺病毒的一部分(Ram et al.Cancer Res.53：83-88，(1993))。 用于转染的合适手段包括病毒载体、化学转染子或物理-机械方法例如电穿 孔和DNA的直接扩散，这些手段描述于例如，Wolff，J.A.，et al.，Science， 247，1465-1468，(1990)；和Wolff，J.A.Nature，352，815-818，(1991)。
1.病毒载体
优选的病毒载体为腺病毒、腺伴随病毒、疱疹病毒、牛痘病毒、脊髓 灰质炎病毒、AIDS病毒、神经营养病毒、辛德毕斯病毒和其他RNA病毒， 包括具有HIV骨架的那些病毒。还优选的是与上述病毒具有共同性质从而 适于用作载体的任意病毒家族。优选的逆转录病毒包括鼠类马罗尼白血病 病毒MMLV和表现MMLV作为载体所需性质的逆转录病毒。逆转录病毒载体 可以比其他载体病毒携带更大的基因载量，即携带更大的转基因或标记物 基因，因此是常用的载体。但是它们不能用于非增殖细胞。腺病毒载体相 对稳定并易于操作、具有高滴度、可在气溶胶制剂中送递并可以转染非分 裂细胞。Pox病毒载体较大并具有多个可插入基因的位点，它们对热稳定， 可在室温下储存。优选的实施方案为经过基因工程改造的病毒载体，这样 可以抑制宿主生物由病毒抗原引起的免疫反应。优选的这种类型的载体应 携带白细胞介素8或10的编码区域。
病毒载体与大多数将基因导入细胞的化学或物理方法相比，具有更高 的处理能力(导入基因的能力)。通常，病毒载体包括非结构性早期基因、 结构性晚期基因、RNA聚合酶III转录物、复制和壳体化必需的反向末端重 复序列以及控制病毒基因组的转录和复制的启动子。当被基因工程改造用 作载体时，通常要移除病毒的一个或多个早期基因，并将一种基因或基因/ 启动子盒插入到病毒基因组中代替被移除的病毒DNA。这种类型的构建体 可以携带最多达约8 kb的外部遗传物质。被移除的早期基因的必需功能通 常由经过基因工程改造而反式表达早期基因的基因产物的细胞系提供。
i.逆转录病毒载体
逆转录病毒为属于逆转录病毒科的动物病毒，包括任何类型、亚科、 属或向性。在Verma，I.M.，Retroviral vectors for gene transfer.In Microbiology-1985，American Society for Microbiology，pp.229-232， Washington，(1985)中总体描述了逆转录病毒载体，上述文献以援引的方 式纳入本文。将逆转录病毒载体用于基因疗法的方法的实例描述于美国专 利No.4,868,116和4,980,286；PCT申请WO 90/02806和WO 89/07136； 以及Mulligan，(Science 260：926-932(1993))等文献中，以上文献中的 教导以援引的方式纳入本文。
逆转录病毒本质上是一个包装，它将核酸负载包裹在内。核酸负载携 带有包装信号，这使得复制出的子代分子可以被有效地包装在包衣中。除 了包装信号以外，还有许多复制和复制病毒的包装所需要的顺式分子。通 常逆转录病毒基因组包括参与蛋白质外壳形成的gag、pol和env基因。通 常使用待转入靶细胞的外部DNA来替代gag、pol和env基因。逆转录病毒 载体通常包括：掺入至包衣所需的包装信号，起动gag转录单位的信号序 列，逆转录必需的元件(包括引物结合位点以结合逆转录的tRNA引物)， 在DNA合成过程中引导RNA链转换的末端重复序列，作为DNA合成中第二 链合成起始位点的富含嘌呤的序列5’至3’LTR，以及可使DNA状态的逆转录 病毒插入到宿主基因组中的LTR末端附近的特异性序列。gag、pol和env 基因的移除可以使得约8kb的外部序列被插入到病毒基因组中、被反转录 以及在复制后被包装到新的逆转录病毒颗粒中。根据每种转录物的大小， 上述核酸量足够送递一个或多个基因。优选地，在插入物中于其他基因一 起含有阳性或阴性的可选择的标记物。
由于在大多数逆转录病毒载体中，复制机制和包装蛋白(gag、pol和 env)已经被移除，通常通过将载体置于包装细胞系中来生产载体。包装细 胞系为已被含有复制和包装机制但不含任何包装信号的逆转录病毒转染或 转化的细胞系。当携带所选DNA的载体被转染到这些细胞系中时，包括目 的基因的载体通过助体细胞提供的顺式机制而被复制和包装到新的逆转录 病毒颗粒中。而具有机制的基因组因为没有必需的信号而不被包装。
ii.腺病毒载体
复制缺陷型腺病毒的构建前人已有所描述(Berkner et al.，J. Virology 61：1213-1220(1987)；Massie et al.，MoI.Cell.Biol. 6：2872-2883(1986)；Haj-Ahmad et al.，J.Virology 51：261-21 A(1986)； Davidson et al.，J.Virology 61：1226-1239(1987)；Zhang″Generation 和identification of recombinant adenovirus by liposome-mediated transfection and PCR analysis″BioTechniques 15：868-872(1993))。 使用这些病毒作为载体的优点是它们散播至其他细胞类型的程度是有限 的，虽然它们可以在初始感染的细胞中复制，但是它们不能形成新的感染 性病毒颗粒。重组腺病毒在直接体内送递至下列组织时已表现出可获得很 高的基因转移效率：气道上皮、肝细胞、血管内皮、CNS实质以及多种其 他组织位点(Morsy，J.Clin.Invest.92：1580-1586(1993)；Kirshenbaum， J.Clin.Inves t.92：381-387(1993)；Roessler，J.Clin.Invest. 92：1085-1092(1993)；Moullier，Nature Genetics 4：154-159(1993)；La Salle，Science 259：988-990(1993)；Gomez-Foix，J.Biol.Chem. 267：25129-25134(1992)；Rich，Human Gene Therapy 4：461-476(1993)； Zabner，Nature Genetics 6：75-83(1994)；Guzman，Circulation Research 73：1201-1207(1993)；Bout，Human Gene Therapy 5：3-10(1994)； Zabner，Cell 75：207-216(1993)；Caillaud，Eur.J.Neuroscience 5：1287-1291(1993)；以及Ragot，J.Gen.Virology 74：501-507 (1993))。重组腺病毒与野生型或复制缺陷型腺病毒一样，通过结合特异性 细胞表面受体而完成基因转导，然后病毒通过受体介导的胞吞作用而内生 化(Chardonnet和Dales，Virology 40：462-477(1970)；Brown和 Burlingham，J.Virology 12：386-396(1973)；Svensson和Persson，J. Virology 55：442-449(1985)；Seth，et al.，J.Virol.51：650-655 (1984)；Seth，et al.，MoI.Cell.Biol.4：1528-1533(1984)；Varga et al.，J.Virology 65：6061-6070(1991)；Wickham et al.，Cell 73：309-319(1993))。
一种优选的病毒载体为基于移除了E1基因的腺病毒的载体，这些病毒 在例如人类293细胞的细胞系中产生。在另一个优选的实施方案中，E1和 E3基因都被从腺病毒基因组中移除。
另一类病毒载体是基于腺相关病毒(AAV)。这种缺陷型细小病毒是一种 优选的载体，因为它可以感染许多种细胞类型，并且对人类没有致病性。 AAV型载体可以转运4至5kb的基因，并且已知野生型AAV可以稳定地插 入到第19染色体上。具有这种特异性位点整合性质的载体为优选的。这种 载体的一种特别优选的实施方案是由Avigen，San Francisco，CA生产的 P4.1 C载体，它可包括单纯疱疹病毒胸苷激酶基因、HSV-tk和/或标记物 基因，例如编码绿色荧光蛋白GFP的基因。
在病毒和逆转录病毒中插入的基因经常含有包括启动子和/或增强子 以辅助对所需基因产物的表达的控制。启动子通常为位于与转录起始位点 相对固定的位置时可以发挥功能的一个或多个DNA序列。“启动子”包括与 RNA聚合酶发生基本相互作用所需的核心元件和转录因子，还可包括上游 元件和应答元件。
2.病毒启动子和增强子
控制哺乳动物细胞中的载体转录的优选启动子可由各种来源获得，例 如下列病毒的基因组：多瘤病毒、猿猴病毒40(SV40)、腺病毒、逆转录 病毒、乙型肝炎病毒，最优选巨细胞病毒；或者来源于异源哺乳动物启动 子例如β肌动蛋白启动子。SV40病毒的早期和晚期启动子可以方便地以包 括SV40病毒复制起始位点的限制性片段的形式获得(Fiers et al.，Nature， 273：113(1978))。人类巨细胞病毒的即时早期启动子可以方便地以Hind III E限制性片段的形式获得(Greenway，PJ.et al.，Gene 18：355-360 (1982))。当然，来自宿主细胞或相关物种的启动子也在此使用。
“增强子”通常指的是为位于与转录起始位点相对不固定的位置时就 可以发挥功能的DNA序列，它可以在转录单位的5’(Laimins，L.et al.， Proc.Natl.Acad.Sci.78：993(1981))或3’(Lusky，M.L.，et al.，Mol. 细胞Bio.3：1108(1983))。此外，增强子可以在内含子中(Banerji，J.L. et a.，细胞33：729(1983))，也可以在编码序列本身之中(Osborne，T.F.， et al.，MoI.细胞Bio.4：1293(1984))。它们的长度通常为10bp至300bp 之间，并且以顺式方式发挥作用。增强子的功能是增加邻近的启动子的转 录。增强子还经常含有介导转录的调节的应答元件。增强子还经常含有介 导转录的调节的应答元件。增强子经常对表达的调节有决定性作用。虽然 许多来自哺乳动物基因的增强子的序列是已知的(珠蛋白、弹性蛋白酶、 清蛋白、甲胎蛋白和胰岛素)，但是通常还是使用来自真核细胞病毒的增强 子。优选的实例为：在复制起点下游的SV40增强子(bp 100-270)、巨细 胞病毒早期启动子增强子、在复制起点下游的多瘤病毒增强子和腺病毒增 强子。
启动子和/或增强子可以被能触发它们功能的光或特异性化学事件特 异性地激活。可以用例如四环素和地塞米松等试剂来调节系统。也有一些 方法通过暴露于例如γ辐照的辐照方法或烷化化疗药物来增强病毒载体的 基因表达。
优选地，启动子和/或增强子区域在所有真核细胞类型中都是有活性 的。这种类型的一种优选的启动子为CMV启动子(650个碱基)。其他优选 的启动子为SV40启动子、巨细胞病毒(全长启动子)和逆转录病毒载体 LTF。
已显示所有的特异性调节元件都可被克隆和用于构建在特异细胞类型 例如黑素瘤细胞中选择性表达的表达载体。胶质细胞原纤维酸性蛋白(GFAP) 启动子已被用于在胶质来源的细胞中选择性表达基因。
用于真核宿主细胞(酵母、真菌、昆虫、植物、动物、人类或有核细 胞)中的表达载体还可包括可以影响mRNA表达的转录终止所必需的序列。 这些区域在编码组织因子蛋白的mRNA的非翻译部分中以多腺苷酸化区段 的形式被转录。3’非翻译区还包括转录终止位点。优选地，转录单位还包 括多腺苷酸化区域。这一区域的一个优点是它增加了被转录的单位像mRNA 一样被加工和转运的可能性。多腺苷酸化信号在表达构建体中的鉴定和用 途已经广为人知。优选地，在转基因构建体中使用同源的多腺苷酸化。在 转录单位的一个优选实施方案中，多腺苷酸化区域来自SV40早期多腺苷酸 化信号，由大约400个碱基组成。还优选地，转录单位单独包括其他标准 序列或包括其他标准序列和上述序列，改进构建体的表达或稳定性。
3.标记物
载体可包括编码标记物产物的核酸序列。使用这种标记物产物来确定 基因是否被送递至细胞以及在送递后是否被表达。优选的标记物基因为编 码β-半乳糖苷酶的大肠杆菌lacZ基因和绿色荧光蛋白。
在一些实施方案中，标记物可为可选择的标记物。用于哺乳动物细胞 的可选择标记物的实例为二氢叶酸还原酶(DHFR)、胸苷激酶、新霉素、新 霉素类似物G418、潮霉素和嘌呤霉素。当这类可选择的标记物被成功地转 移至哺乳动物宿主细胞中时，如果将宿主细胞置于筛选压力下，则被转化 的哺乳动物宿主细胞可以存活。目前广泛使用的有两类不同的筛选策略。 第一类是基于细胞代谢的，使用离开添加培养基就不能生长的突变细胞系。 两个实例为：CHO DHFR-细胞和小鼠LTK-细胞。这些细胞在不添加营养物胸 苷或次黄嘌呤的情况下就不能生长。由于这些细胞缺乏完整的核苷酸合成 途径中必需的某个基因，因此除非在添加培养基中提供那种没有的核苷酸， 否则细胞就不能存活。另一种补充培养基的方式是将完整的DHFR或TK基 因导入缺乏相应基因的细胞中，由此改变它们的生长需求。未被DHFR或 TK基因转化的细胞将不能在非添加培养基上生长。
第二类为显性选择，它指的是在任何细胞类型中都可使用而不必使用 突变细胞系的筛选方案。这些方案通常使用抑制宿主细胞生长的药物。含 有新基因的那些细胞可以表达使细胞具有药物抗性的蛋白质，从而可以在 筛选中存活。这类显性筛选的实例中使用的药物有新霉素(Southern P.和 Berg，P.，J.Molec.Appl.Genet.1：327(1982))、霉酚酸(Mulligan， R.C.和Berg，P.Science 209：1422(1980))或潮霉素(Sugden，B.et al.， MoI.细胞.Biol.5：410-413(1985))。这三个实例使用了真核控制下的 细菌基因来分别赋予细胞对于合适的药物G418或新霉素(遗传霉素)、xgpt (霉酚酸)或潮霉素的抗性。其他的还有新霉素类似物G418和嘌呤霉素。
E.生物传感器核糖开关
还公开了生物传感器核糖开关。生物传感器核糖开关是经过基因工程 改造的核糖开关，它们在存在它们的同种触发分子时产生可检出的信号。 可用的生物传感器核糖开关可以在触发分子达到或超过阈值水平时被触 发。生物传感器核糖开关可被设计为体内应用或体外应用。例如，报告RNA 编码作为信号的蛋白质或参与产生信号的蛋白质，与该报告RNA可操作地 连接的生物传感器核糖开关可在体内被用于通过基因工程改造细胞或生 物，使其含有编码核糖开关/报告RNA的核酸构建体。用于体外的生物传感 器核糖开关的一个实例是包括构象依赖性标签的核糖开关，由该标签产生 的信号随核糖开关的激活状态而变化。优选地，这种生物传感器核糖开关 使用天然存在的核糖开关的适体结构域或由天然存在的核糖开关衍生的适 体结构域。
F.报告蛋白和报告肽
为评估核糖开关或生物传感器核糖开关的激活，可以使用报告蛋白或 报告肽。报告蛋白或报告肽可以由核糖开关调节其表达的RNA编码。实施 例中描述了一些特异性报告蛋白的使用。报告蛋白和报告肽的使用已为人 所熟知，并可以方便地与核糖开关一起使用。报告蛋白可为任意可检出的 或产生可检出信号的蛋白质或肽。优选地，该蛋白质或肽的存在可以用常 规技术(例如放射免疫测定、放射性标记、免疫测定、酶活性测定、吸附、 荧光、发光和蛋白质印迹)检出。更优选地，即使在报告蛋白的水平比较 低的情况下，仍然可以使用常规技术对其水平定量。可用的报告蛋白包括 荧光素酶、绿色荧光蛋白以及它们的衍生物，例如北美萤火虫(Photinus pyralis)的萤火虫荧光素酶(FL)和海参(Renilla reniformis)的海参 荧光素酶(RL)。
G.构象依赖性标签
构象依赖性标签指的是具有下述性质的所有标签：在标签所连接的分 子或化合物(例如核糖开关)的形式或构象发生改变的基础上标签可以产 生荧光强度或波长的变化。以探针和引物为背景使用的构象依赖性标签的 实例包括：分子信标、Amplifluors、FRET探针、可切割的FRET探针、TaqMan 探针、蝎形引物(scorpion primer)、荧光三聚体寡核苷酸(fluorescent triplexoligos)包括但不限于三聚体分子信标或三聚体FRET探针、荧光 水溶性偶联聚合物、PNA探针和QPNA探针。这种标签具体而言它们的功能 原理可适于与核糖开关一起使用。一些类型的构象依赖性标签综述于 Schweitzer and Kingsmore，Curr.Opin.Biotech.12：21-27(2001)。
茎淬灭标签是构象依赖性标签的一种形式，它是位于核酸上的荧光标 签，这样当茎结构形成时淬灭部分会接近荧光标签以使得标签发出的荧光 被淬灭。当茎结构被破坏时(例如当含有标签的核糖开关被激活时)，淬灭 部分就不再接近荧光标签，荧光就会增强。这种效应的实例可见于分子信 标、荧光三聚体寡核苷酸、三聚体分子信标、三聚体FRET探针和QPNA探 针中，它们的操作原理也可适于与核糖开关一起使用。
茎激活标签是构象依赖性标签的一种形式，它是通过茎结构的形成可 以增强或改变荧光的标签或标签对。茎激活标签可包括受体荧光标签和供 体部分，当受体和供体相互接近时(当包括标签的核酸链形成茎结构时)， 荧光共振能量由供体相受体的转移会使受体发荧光。茎激活标签通常为位 于核酸分子(例如核糖开关)上的标签对，这样当核酸分子中形成茎结构 时受体和供体就会相互接近。如果茎激活标签的供体部分本身就是荧光标 签，那么当它不与受体接近时(也就是未形成茎结构时)它就会以荧光的 形式释放能量(通常这种荧光的波长与受体荧光的波长不同)。当茎结构形 成时，总体的效果是供体荧光减少和受体荧光增加。FRET探针为使用茎激 活标签的一个实例，它的操作原理也可适于与核糖开关一起使用。
H.检测标签
为了对核糖开关的激活、失活或阻断进行检测和量化，或对核糖开关 的激活、失活或阻断后产生的核酸或蛋白质的表达进行检测和量化，可以 在检测探针或者检测分子中引入检测标签，或者在表达的核酸或蛋白质中 引入检测标签。本文中所述的检测标签为可以与核酸或蛋白质直接或间接 地相连接、并由此产生可以直接或间接地测量或检测的信号的任何分子。 许多这种标签均为本领域技术人员所已知。可用于所公开方法的合适的检 测标签的实例为放射性同位素、荧光分子、磷光分子、酶、抗体和配体。
合适的荧光标签的实例包括异硫氰酸荧光素(FITC)、5，6-羧甲基荧光 素、德克萨斯红(Texas red)、硝基苯-2-氧杂-1，3-二唑-4-基(NBD)、香 豆素、丹酰氯、罗丹明、氨基甲基香豆素(AMCA)、曙红、藻红、BODIPY_、 Cascade Blue_、Oregon Green_、芘、丽丝胺(lissamine)、加氧杂蒽 (xanthenes)、吖啶、藻红蛋白、镧系金属离子的大环螯合物例如量子染 料TM、荧光能量染料例如噻唑橙乙啡啶异源二聚体、以及花青染料Cy3、 Cy3.5、Cy5、Cy5.5和Cy7。其他特异性荧光标签的实例包括3-羟基芘 5，8，10-三磺酸、5-羟色胺(5-HT)、酸性品红、茜素络合酮、茜素红、别藻 蓝蛋白、氨基香豆素、蒽基硬脂酸、Astrazon亮红4G、Astrazon橙R、 Astrazon红6B、Astrazon黄7 GLL、阿的平(Auramine)、Aurophosphine、 Aurophosphine G、BAO 9(Bisaminophenyloxadiazole，双氨基苯基噁二唑)、 BCECF、硫酸小檗碱、双苯酰胺、Blancophor FFG溶液、Blancophor SV、 Bodipy Fl、亮磺基黄素FF(Brilliant Sulphoflavin FF)、Calcien Blue、 Calcium Green、Calcofluor RW溶液、Calcofluor White、Calcophor White ABT溶液、Calcophor White标准溶液、Carbostyryl、Cascade Yellow、 儿茶酚胺、奎纳克林(Chinacrine)、科里膦O、香豆素-鬼笔环肽、CY3.1 8、CY5.18、CY7、Dans(1-二甲基氨基-萘-5-磺酸)、Dansa(二氨基萘基 磺酸)、丹酰NH-CH3，二氨基苯基噁二唑(DAO)、二甲基氨基-5-磺酸、二 吡咯亚甲基二氟化硼、联苯亮吖啶黄7GFF、多巴胺、藻红ITC、吖啶橙 (Euchrysin)、FIF(甲醛诱导荧光)、Flazo Orange、Fluo 3、荧光胺、 Fura-2、Genacryl亮红B、Genacryl亮黄10GF、Genacryl粉红3G、Genacryl 黄5GF、Gloxalic Acid、粒状蓝(Granular Blue)、血卟啉 (Haematoporphyrin)、Indo-1、Intrawhite Cf液体、Leucophor PAF、 Leucophor SF、Leucophor WS、丽丝胺罗丹明B200(RD200)、Lucifer黄 CH、Lucifer黄VS、苏丹红(Magdala Red)、Marina Blue、Maxilon亮黄 素10 GFF、Maxilon亮黄素8 GFF、MPS(Methyl Green Pyronine Stilbene， 甲基绿焦宁均二苯乙烯)、光神霉素、NBD胺、硝基苯并噁二唑 (Nitrobenzoxadidole)、去甲肾上腺素、核坚牢红(Nuclear Fast Red)、 核黄(Nuclear Yellow)、Nylosan亮黄素E8G、噁二唑、Pacific蓝、碱 性副品红(Feulgen)Phorwite AR溶液、Phorwite BKL、Phorwite Rev、 Phorwite RPA、膦3R、酞菁(Phthalocyanine)、藻红蛋白R、Polyazaindacene Pontochrome Blue Black、卟啉、Primuline、普施安黄(Procion Yellow)、 焦宁(Pyronine)、焦宁B、Pyrozal亮黄素7GF、芥奎吖因(Quinacrine Mustard)、罗丹明123、罗丹明5 GLD、罗丹明6G、罗丹明B、罗丹明B 200、 罗丹明B Extra、罗丹明BB、罗丹明BG、罗丹明WT、5-羟色胺、Sevron 亮红2B、Sevron亮红4G、Sevron亮红B、Sevron橙、Sevron黄L、SITS (Primuline)、SITS(均二苯乙烯异硫磺酸，Stilbene Isothiosulphonic acid)、均二苯乙烯、Snarf 1、磺基罗丹明B Can C、磺基罗丹明G Extra、 四环素、噻嗪红R、硫黄素S、硫黄素TCN、硫黄素5、Thiolyte、Thiozol Orange、Tinopol CBS、True Blue、Ultralite、Uranine B、Uvitex SFC、 Xylene Orange和XRITC。
可用的荧光标签为荧光素(5-羧基荧光素-N-羟基琥珀酰亚胺酯)、罗 丹明(5，6-四甲基罗丹明)和花青染料Cy3、Cy3.5、Cy5、Cy5.5和Cy7。 这些荧光染料的最大吸收和发射波长分别为：FITC(490nm；520nm)、Cy3 (554nm；568nm)、Cy3.5(581nm；588nm)、Cy5(652nm；672nm)、 Cy5.5(682nm；703nm)、Cy7(755nm；778nm)，这使得它们可以同时 被检测。荧光素染料的其他实例包括：6-羧基荧光素(6-FAM)、2’，4’，1，4，- 四氯荧光素(TET)、2’，4’，5’，7’，1，4-六氯荧光素(HEX)、2’，7’-二甲氧基 -4’，5’-二氯-6-羧基罗丹明(JOE)、2’-氯-5’-氟-7’，8’-稠苯-1，4-二氯-6- 羧基荧光素(NED)和2’-氯-7’-苯基-1，4-二氯-6-羧基荧光素(VIC)。荧 光标签可由各种来源商购获得，包括Amersham Pharmacia Biotech， Piscataway，NJ；Molecular Probes，Eugene，OR；和Research Organics， Cleveland，Ohio。
所关注的其他标签包括那些仅当它们所连接的探针与靶分子特异性结 合时产生信号的标签，其中这类标签包括Tyagi&Kramer，Nature Biotechnology(1996)14：303和EP 0 070 685 B1中所述的“分子信标”。 所关注的其他标签包括美国专利No.5,563037、国际申请WO 97/17471和 WO 97/17076中所述的那些标签。
带标签的核苷酸是检测标签的一种可用形式，可以在合成过程中直接 引入被表达的核酸中。可以直接引入核酸中的检测标签的实例包括核苷酸 类似物例如BrdUrd(5-溴脱氧尿苷，Hoy and Schinike，Mutation Research 290：217-230(1993))、氨基烯丙基脱氧鸟苷(Henegariu et al：，Nature Biotechnology 18：345-348(2000))、5-甲基胞嘧啶(Sano et al.，Biochim. Biophys.Acta 951：157-165(1988))、溴尿核苷(Wansick et al，J.Cell Biology 122：283-293(1993))和经生物素修饰的核苷酸(Langer et al， Proc.Natl. Acad.Sd.USA 78：6633(1981))或经过例如地高辛抗原 (digoxygenin)的半抗原修饰的核苷酸(Kerkhof，Anal.Biochem. 205：359-364(1992))。合适的带荧光标签核苷酸有：异硫氰酸荧光素 -dUTP、花青-3-dUTP和花青-5-dUTP(Yu et al，Nucleic Acids Res.， 22：3226-3232(1994))。对于DNA而言优选的核苷酸类似物检测标签为 BrdUrd(溴脱氧尿苷、BrdUrd、BrdU、BUdR，Sigma-Aldrich Co)。其他用 于将检测标签引入DNA的可用的核苷酸类似物为AA-dUTP(氨基烯丙基脱 氧尿苷三磷酸，Sigma-Aldrich Co.)和5-甲基-dCTP(Roche Molecular Biochemicals)。一种用于将检测标签引入RNA的可用的核苷酸类似物为生 物素-16-UTP(生物素-16-尿苷-5’-三磷酸，Roche Molecular Biochemicals)。可将荧光素、Cy3和Cy5连接至dUTP上用于直接标记。 Cy3.5和Cy7可以以抗生物素蛋白或抗地高辛抗原缀合物的形式用于带有 生物素或地高辛抗原标签的探针的次级检测。
被引入核酸的例如生物素的检测标签，随后可以使用本领域公知的敏 感方法进行检测。例如，使用抗生物素蛋白-碱性磷酸酶缀合物(Tropix， Inc.)可以检测生物素，这种缀合物可以与生物素结合并随后通过适当底物 的化学发光进行检测(例如，化学发光底物CSPD：二钠，3-(4-甲氧基螺 -[1，2，-二环氧丙烷-3-2’-(5’-氯)三环[3.3.1.13，7]癸烷]-4-基)苯基磷酸 (disodium，3-(4-methoxyspiro-[1，2，-dioxetane-3-2’-(5’-chloro)tri cyclo[3.3.1.13，7]decane]-4-yl)phenyl phosphate)；Tropix，Inc.)。 标签也可以是可检测的酶，例如碱性磷酸酶、大豆过氧化物酶、辣根过氧 化物酶和聚合酶，检测例如使用化学信号放大法或使用能发光的酶的底物 (例如化学发光的1，2-二环氧丙烷底物)或能产生荧光信号的酶的底物。
结合了两个或多个上述检测标签的分子也可被认为是检测标签。任何 已知的检测标签都可与本发明公开的探针、标签、分子和方法一起使用， 以便标记和检测本发明公开方法所产生的激活的或失活的核糖开关或核酸 或蛋白质。用于检测和测量检测标签产生的信号的方法也是本领域技术人 员已知的。例如，可以通过闪烁计数或直接显示法来检测放射性同位素； 可用荧光分光光度计来检测荧光分子；可用分光光度计或直接照相的方法 检测磷光分子；可通过直接检测或可视化酶促反应的产物来检测酶。可通 过检测与抗体偶联的次级检测标签来检测抗体。本文所述的检测分子为与 偶联了一个或多个检测标签的待测化合物或组合物相互作用的分子。
I.序列相似性
应当理解的是，本文所使用的术语同源性和同一性的含义是相同的， 都是指相似性。因此，例如，如果在两个序列(例如非天然序列)之间使 用同源性这一词语，应当理解这并不一定是指着两个序列之间在进化上相 关，而是着眼于它们的核酸序列之间的相似性或关联。为了测量序列的相 似性，确定两个进化上相关的分子之间相似性的很多方法都可以常规地应 用于两个或多个核酸或蛋白质，而无需考虑它们在进化上是否相关。
总体而言，应当理解的是，为了定义本文所公开的核糖开关、适体、 表达平台、基因和蛋白质的已知变异体和衍生物或可能出现的种类，一种 方法是通过变异体和衍生物与特定已知序列的同源性方面来定义。本文公 开的具体序列的这种同源性在本文其他部分也有所讨论。总体而言，本文 所公开的核糖开关、适体、表达平台、基因和蛋白质的变异体与指定序列 或天然序列有至少70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、 80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、 93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的同源性。本领域技术人员很容易 明白如何测定两种蛋白质或例如基因的核酸之间的同源性。例如，可以在 序列比对并使同源性达到最高水平后计算同源性。
计算同源性的另一种方法可以通过公开的算法进行。可使用下列算法 进行用于比较的序列优化比对：Another way of calculating homology can be performed by published algorithms.Optimal alignment of序列for comparison can be conducted by the local homology algorithm of Smith and Waterman Adv.Appl.Math.2：482(1981)中所述的局部同源性算法； Needleman and Wunsch，J.MoL Biol.48：443(1970)中所述的同源性比 对算法；Pearson and Lipman，Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.85：2444 (1988)中所述的相似性检索方法；或者这些算法的计算机实现形式 (Wisconsin Genetics软件包中的GAP、BESTFIT、FASTA和TFASTA， Genetics Computer Group，575 Science Dr.，Madison，WI)；或者通 过审查的方式进行。
通过例如Zuker，M.Science 244：48-52，1989；Jaeger et al.Proc. Natl.Acad.Sci.USA 86：7706-7710，1989；Jaeger et al.Methods Enzymol.183：281-306，1989中公开的算法，可以获得核酸的相同类型的 同源性，上述文献中至少与核酸比对有关的资料以援引的方式纳入本文。 应当理解的是，通常可以使用任何方法，而在某种情况下这些不同的方法 所得到的不同结果可能不同，但是本领域技术人员能够理解，如果使用上 述方法中的至少一种发现了同一性，则该序列可被称为具有指定的同一性。
例如，如本文所使用的，所述的具有与另一序列相比的特定百分比同 源性的序列，是指具有由上述任意一种或多种计算方法所计算出的所述同 源性的序列。例如，如果使用Zuker计算方法，第一序列被计算为具有与 第二序列相比的80％的同源性，即使按照其他任何计算方法计算出该第一 序列与第二序列相比都不具有80％的同源性，那么，如本文所定义的，第 一序列也仍具有与第二序列相比的80％的同源性。另一个实例，如果使用 Zuker计算方法和Pearson和Lipman计算方法，第一序列被计算为具有与 第二序列相比的80％的同源性，即使通过Smith和Waterman计算方法、 Needleman和Wunsch计算方法、Jaeger计算方法或任意其他计算方法计算， 第一序列不具有与第二序列相比的80％的同源性，那么，如本文所定义的， 第一序列也仍具有与第二序列相比的80％的同源性。再一个实例，如果使 用每一种计算方法，第一序列都被计算为具有与第二序列相比的80％的同 源性(尽管实际上不同的计算方法常得到不同的计算的同源性百分比)，那 么如本文所定义的，第一序列具有与第二序列相比的80％的同源性。
J.杂交和选择性杂交
术语杂交通常意为至少两种核酸分子例如引物或探针与核糖开关或基 因间的序列驱动的相互作用。序列驱动的相互作用意为：以核苷酸特异性 的方式发生于两种核苷酸或核苷酸类似物或核苷酸衍生物间的相互作用。 例如G与C相互作用或者A与T相互作用即为序列驱动的相互作用。通常 序列驱动的相互作用发生于核苷酸的沃森-克里克面或Hoogsteen面。两种 核酸的杂交受到本领域技术人员所知的许多条件和参数的影响。例如盐浓 度、pH和反应温度均会影响两种核酸分子是否会杂交。
两种核酸分子间的选择性杂交的参数为本领域技术人员所熟知。例如， 在一些实施方案中选择性杂交条件可被定义为严格杂交的条件。例如，杂 交的严格性是通过杂交和/或洗涤步骤的温度和盐浓度共同控制的。例如实 现选择性杂交的杂交条件可包括在比Tm(解链温度，在该温度下一半的分 子与其杂交配对的另一部分解离)低大约12-25℃的温度下，在高离子强 度溶液(6×SSC或6×SSPE)中杂交，然后在所选的温度和盐浓度的组合 的条件下洗涤，此时洗涤温度为比Tm低大约5℃至20℃。在预实验中，可 根据经验容易地确定温度和盐浓度条件，在该实验中使固定在滤膜上的参 照DNA的样品与带标记的目的核酸杂交，然后在不同严格度的条件下洗涤。 对于DNA-RNA杂交和RNA-RNA杂交而言杂交温度通常较高一些。可使用如 上所述的或本领域已知的(Sambrook et al.，Molecular Cloning：A Laboratory Manual，2nd Ed.，Cold Spting Harbor Laboratory，Cold Spring Harbor，New York，1989；Kunkel et al.Methods Enzymol. 1987：154：367，1987，上述文献中至少与核酸杂交相关的资料通过援引的 方式纳入本文)条件以达到严格度。优选的DNA:DNA杂交的严格条件可以 是在约68℃(水溶液中)，在6×SSC或6×SSPE中杂交，之后在68℃洗涤。 如果需要，当所需的互补程度降低时，杂交和洗涤的严格性可作相应减小， 并且还根据寻找可变性的任何区域中的G-C或A-T的丰富程度而定。同样， 如果需要，当所需的同源性增大时，杂交和洗涤的严格性可作相应增加， 并且还根据需要高同源性的任何区域中的G-C或A-T的丰富程度而定，所 有这些均为本领域已知。
另一种定义选择性杂交的方法是通过着眼于一种核酸与其他核酸结合 的量(百分比)。例如，在一些实施方案中选择性杂交的条件可以为至少约 60％、65％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、 81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、 94％、95％、96％、97％、98％、99％、100％的限量核酸与非限量核酸结合时的 条件。通常非限量核酸要过量例如10或100或1000倍。这类测定可在限 量核酸和非限量核酸均比它们的kd低例如10倍或100倍或1000倍时进行， 或者只是一种核酸分子为比它的kd低例如10倍或100倍或1000倍时进行， 或两种核酸分子之一或两者均在kd之上时的条件下进行。
另一种定义选择性杂交的方法是通过着眼于核酸的百分比，所述核酸 是在需要杂交以促进所需的酶操作的条件下得到酶操作的核酸。例如，在 一些实施方案中选择性杂交条件可以是至少约60％、65％、70％、71％、72％、 73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、 86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、 99％、100％的核酸在促进酶操作的条件下进行酶操作时的条件，例如，如果 酶操作是DNA延伸，那么选择性杂交条件可以是至少约60％、65％、70％、 71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、 84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、 97％、98％、99％、100％的核酸分子被延伸时的条件。优选的条件还包括厂商 所建议的或本领域所指出的适于酶进行操作的条件。
正如同源性一样，应当理解本文公开的用于确定两种核酸分子间的杂 交水平的方法有许多种。应当理解这些方法和条件可提供不同百分比的两 种核酸分子间的杂交，但是除非另外指明，否则满足任何方法的参数都是 足够的。例如，如果需要80％杂交并且只要在这些方法的任意一种中所要 求的参数内发生杂交，就认为它在本文得到了公开。
应当理解，本领域技术人员知道，如果组合物或方法满足用于单独或 联合确定杂交的这些标准的任意一条，那么它就是本文所公开的组合物或 方法。
K.核酸
本文公开了基于核酸的多种分子，包括例如核糖开关、适体以及编码 核糖开关和适体的核酸。所公开的核酸由例如核苷酸、核苷酸类似物或核 苷酸替代物构成。本文讨论了这些分子及其他分子的非穷尽性实例。应当 理解，例如当载体在细胞中表达时，表达的mRNA通常由A、C、G和U组成。 同样，应当理解，如果核酸分子通过例如外源性送递被导入细胞或细胞环 境中，那么核酸分子由核苷酸类似物构成是有利的，这样可减少核酸分子 在细胞环境中的降解。
只要保留了它们相关的功能，核糖开关、适体、表达平台以及任何 其他寡核苷酸和核酸都可以由经修饰的核苷酸(核苷酸类似物)构成或 含有经修饰的核苷酸(核苷酸类似物)。很多经修饰的核苷酸是已知的， 并可被用于寡核苷酸和核酸之中。核苷酸类似物是含有对碱基、糖或磷 酸部分的一些类型的修饰的核苷酸。对碱基部分的修饰可以包括对A、C、 G和T/U的天然性或合成性修饰，以及使用不同的嘌呤或嘧啶碱，例如尿 嘧啶-5-基、次黄嘌呤-9-基(I)和2-氨基腺嘌呤-9-基。经修饰的碱基 包括但不限于：5-甲基胞嘧啶(5-me-C)；5-羟甲基胞嘧啶；黄嘌呤；次 黄嘌呤；2-氨基腺嘌呤；腺嘌呤和鸟嘌呤的6-甲基或其他烷基衍生物； 腺嘌呤和鸟嘌呤的2-丙基或其他烷基衍生物；2-硫尿嘧啶；2-硫胸腺嘧 啶和2-硫胞嘧啶；5-卤素尿嘧啶和5-卤素胞嘧啶；5-丙炔基尿嘧啶和5- 丙炔基胞嘧啶；6-偶氮基尿嘧啶、6-偶氮基胞嘧啶和6-偶氮基胸腺嘧啶； 5-尿嘧啶(假尿嘧啶)；4-硫尿嘧啶；腺嘌呤和鸟嘌呤的8-卤素、8-氨基、 8-硫代、8-硫代烷基、8-羟基以及其他8-取代物；尿嘧啶和胞嘧啶的5- 卤素特别是5-溴、5-三氟甲基和其他的5-取代物；7-甲基鸟嘌呤和7-甲 基腺嘌呤；8-氮杂鸟嘌呤和8-氮杂腺嘌呤；7-脱氮鸟嘌呤(7- deazaguanine)和7-脱氮腺嘌呤和3-脱氮鸟嘌呤和3-脱氮腺嘌呤。其他 的碱基修饰物可见于例如美国专利No.3,687,808、Englisch et al.， Angewandte Chemie，International Edition，1991，30，613、Sanghvi， Y.S.，Chapter 15，Antisense Research and Applications，pages 289-302、Crooke，S.T.and Lebleu，B.ed.，CRC Press，1993。某些 核苷酸类似物例如：5-取代的嘧啶、6-氮杂嘧啶；和N-2、N-6和O-6取代 的嘌呤包括2-氨基丙基腺嘌呤；5-丙炔基尿嘧啶和5-丙炔基胞嘧啶。5- 甲基胞嘧啶可以增加双链体形成的稳定性。其他经修饰的碱基是那些有通 用碱基功能的碱基。通用碱基包括3-硝基吡咯和5-硝基吲哚。通用碱基可 取代正常的碱基，但在碱基配对上没有偏好性。也就是说通用碱基可以与 其他任何碱基进行碱基配对。碱基修饰经常可与例如糖修饰结合使用，例 如2’-O-甲氧基乙基，以获得独特的属性例如提高的双链体稳定性。有多个 美国专利具体描述了很多碱基修饰，例如4,845,205、5,130,302、 5,134,066、5,175,273、5,367,066、5,432,272、5,457,187、5,459,255、 5,484,908、5,502,177、5,525,711、5,552,540、5,587,469、5,594,121、 5,596,091、5,614,617和5,681,941。以上各专利文献的每一篇的全部内 容都以援引的方式纳入本文，并且特别是这些文献中关于碱基修饰及其合 成、用途和将其导入寡核苷酸和核酸的描述也以援引的方式纳入本文。
核苷酸类似物还可包括糖部分的修饰。对糖部分的修饰可包括核糖和 脱氧核糖的天然性修饰及合成性修饰。糖修饰包括但不限于在2’位置的下 列修饰：OH；F；O-烷基、S-烷基或N-烷基；O-烯基、S-烯基或N-烯基； O-炔基、S-炔基或N-炔基；或O-烷基-O-烷基，其中所述烷基、烯基和炔 基可以是取代或未取代的C1至C10烷基或C2至C10烯基和炔基。2’糖修 饰还包括但不限于-O[(CH2)nO]mCH3、-O(CH2)nOCH3、-O(CH2)nNH2、-O(CH2)nCH3、 -O(CH2)n-ONH2和-O(CH2)nON[(CH2)nCH3)]2，其中n和m在1至大约10之间。
在2’位置的其他修饰包括但不限于：C1至C10低级烷基、取代的低级 烷基、烷芳基、芳烷基、O-烷芳基或O-芳烷基、SH、SCH3、OCN、Cl、Br、 CN、CF3、OCF3、SOCH3、SO2 CH3、ONO2、NO2、N3、NH2、杂环烷基、杂环烷芳 基、氨基烷基氨基、聚烷基氨基、取代的甲硅烷基、RNA切割基团、报告 基团、插入剂、可提高寡核苷酸药物动力学性质的基团或可提高寡核苷酸 药物动力学性质的基团和其他具有类似性质的基团。还可以在糖的其他位 置进行类似的修饰，特别是在3’端核苷酸上的糖3的3’位置，或者在5’核 苷酸的2’-5’连接的寡核苷酸和5’位置。经修饰的糖可含有那些在环氧桥位 置用例如CH2和S进行的修饰。核苷酸糖类似物还可具有糖模拟物，例如用 环丁基部分代替五碳呋喃糖。有许多美国专利都教导了这类经修饰的糖结 构的制备，例如4,981,957、5,118,800、5,319,080、5,359,044、5,393,878、 5,446,137、5,466,786、5,514,785、5,519,134、5,567,811、5,576,427、 5,591,722、5,597,909、5,610,300、5,627,053、5,639,873、5,646,265、 5,658,873、5,670,633和5,700,920，以上各专利文献的每一篇的全部内 容都以援引的方式纳入本文，并且特别是这些文献中关于经修饰的糖结构 及其合成、用途和将其导入核苷酸、寡核苷酸和核酸的描述也以援引的方 式纳入本文。
核苷酸类似物可以在磷酸部分加以修饰。经修饰的磷酸部分包括但不 限于经过修饰而使得在两个核苷酸之间的连接部分含有下列结构的磷酸部 分，所述结构包括：磷硫酰；手性磷硫酰；二硫代磷酸酯；磷酸三酯；氨 烷基磷酸三酯；磷酸甲酯和磷酸与其他烷基醇形成的酯，包括磷酸3’-乙烯 酯和手性磷酸酯；磷化氢；磷酸酯，包括3’-氨基氨基磷酸酯(3’-amino phosphoramidate)和氨烷基氨基磷酸酯(aminoalkylphosphoramidate)、 硫代氨基磷酸酯(thionophosphoramidates)、硫代烷基磷酸酯 (thionoalkylphosphonates)、硫代烷基磷酸三酯 (thionoalkylphosphotriesters)和硼烷磷酸酯(boranophosphates)。 应当理解的是，在两个核苷酸之间的这些磷酸连接或经修饰的磷酸连接可 以通过3’-5’连接或2’-5’连接，连接可以包括极性的倒转，例如3’-5’至5’-3’ 或者2’-5’至5’-2’。还包括各种盐形式、混合盐形式和游离酸形式。许多 美国专利教导了如何制备和使用含有经修饰磷酸的核苷酸，包括但不限于： 3,687,808、4,469,863、4,476,301、5,023,243、5,177,196、5,188,897、 5,264,423、5,276,019、5,278,302、5,286,717、5,321,131、5,399,676、 5,405,939、5,453,496、5,455,233、5,466,677、5,476,925、5,519,126、 5,536,821、5,541,306、5,550,111、5,563,253、5,571,799、5,587,361 和5,625,050，以上各专利文献的每一篇的全部内容都以援引的方式纳入 本文，并且特别是这些文献中关于经修饰的磷酸及其合成、用途和将其导 入核苷酸、寡核苷酸和核酸的描述也以援引的方式纳入本文。
应当理解的是，核苷酸类似物仅需要包括一种修饰，但是也可以在一 个部分或几个不同部分中包括多种修饰。
核苷酸替代物为与核苷酸具有类似功能特性但不含有磷酸部分的分 子，例如肽核酸(PNA)。核苷酸替代物分子可以以Watson-Crick方式或 Hoogsteen方式识别互补性核酸并与互补性核酸杂交(碱基配对)，但是它 们通过不是核酸的部分连接起来。核苷酸替代物在与合适的靶核酸相互作 用时能够形成双螺旋形结构。
核苷酸替代物为磷酸部分和/或糖部分被替换的核苷酸或核苷酸类似 物。核苷酸替代物不包括标准的磷原子。磷酸的替代物可为例如：短链烷 基或环烷基核苷间连接物、混合杂原子和烷基或环烷基核苷间连接物、或 一个或多个短链杂原子或杂环核苷间连接物。这些连接物可包括具有下列 结构的连接物：吗啉代连接物(形成核苷的糖部分的一部分)；硅氧烷骨架； 硫化物、亚砜和砜骨架；甲酰基(formacetyl)和硫甲酰基 (thioformacetyl)骨架；亚甲基甲酰基和硫甲酰基骨架；含烯烃骨架； 氨基磺酸盐骨架；亚甲基亚胺基和亚甲基肼基骨架；磺酸和磺胺骨架；酰 胺骨架；以及其他带有混合的N、O、S和CH2组成部分的连接物。许多美 国专利公开了如何制备和使用这些种类的磷酸替换物，包括但不限于： 5,034,506、5,166,315、5,185,444、5,214,134、5,216,141、5,235,033、 5,264,562、5,264,564、5,405,938、5,434,257、5,466,677、5,470,967、 5,489,677、5,541,307、5,561,225、5,596,086、5,602,240、5,610,289、 5,602,240、5,608,046、5,610,289、5,618,704、5,623,070、5,663,312、 5,633,360、5,677,437和5,677,439，以上各专利文献的每一篇的全部内 容都以援引的方式纳入本文，并且特别是这些文献中关于磷酸替换物及其 合成、用途和将其导入核苷酸、寡核苷酸和核酸的描述也以援引的方式纳 入本文。
应当理解的是，在核苷酸替代物中糖部分和磷酸部分都可以被例如酰 胺型连接物(氨基乙基甘氨酸)(PNA)所替换。美国专利5,539,082、 5,714,331和5,719,262教导了如何制备和使用PNA分子，上述文献的每 一篇都以援引的方式纳入本文。(还可参见Nielsen et al.，Science 254：1497-1500(1991))。
寡核苷酸和核酸可以包括核苷酸，并可以由不同类型或相同类型的核 苷酸构成。例如，在寡核苷酸中，一个或多个核苷酸可以是核糖核苷酸、 2’-O-甲基核糖核苷酸或核糖核苷酸和2’-O-甲基核糖核苷酸的混合物；大 约10％至约50％的核苷酸可以是核糖核苷酸、2’-O-甲基核糖核苷酸或核糖 核苷酸和2’-O-甲基核糖核苷酸的混合物；大约50％或50％以上的核苷酸可 以是核糖核苷酸、2’-O-甲基核糖核苷酸或核糖核苷酸和2’-O-甲基核糖核 苷酸的混合物；或者全部核苷酸可以是核糖核苷酸、2’-O-甲基核糖核苷酸 或核糖核苷酸和2’-O-甲基核糖核苷酸的混合物。这类寡核苷酸和核酸可被 称为嵌合核苷酸和嵌合核酸。
L.固体支持物
固体支持物为固态基质或支持物，分子(例如触发分子)和核糖开关 (或其他由所公开的方法产生的或在所公开的方法中使用的组件)可以与 支持物相连接。核糖开关和其他分子可以直接或间接地与支持物相连接。 例如，分析物(例如触发分子，待测化合物)可以结合到固体支持物表面 或与固定在固体支持物上的捕获试剂(例如结合分析物的化合物或分子) 相连接。作为另一个实例，核糖开关可以结合到固体支持物表面或与固定 在固体支持物上的探针相连接。多个核糖开关、探针或其他分子以阵列、 网格或其他组织形式连接到固体支持物上就构成了阵列。
可用于固体支持物的固态基质可以包括可以与组件直接或间接连接的 任何固体材料。这包括下述材料，例如丙烯酰胺、琼脂糖、纤维素、硝酸 纤维素、玻璃、金、聚苯乙烯、聚乙烯乙酸乙烯、聚丙烯、聚甲基丙烯酸 酯、聚乙烯、聚氧化乙烯、聚硅酸盐、聚碳酸酯、特氟隆(聚四氟乙烯树 脂)，碳氟化合物、尼龙、硅橡胶、聚酐、聚乙醇酸、聚乳酸、聚原酸酯、 官能化硅烷、聚丙基延胡索酸盐(polypropylfumerate)、胶原、糖胺聚糖 和聚氨基酸。固态基质可为任何可用的形式，包括薄膜、膜、瓶、盘、纤 维、编织纤维、成型聚合物、颗粒、微球、微颗粒或它们的组合。固态基 质和固体支持物可为有孔的和无孔的。芯片是一小片长方形或正方形的材 料。优选的固态基质的形式为薄膜、微球或芯片。一种可用于固态基质的 形式是微量滴定板。在一些实施方案中，可以使用多孔玻璃板。
阵列可包括多个固定于固体支持物的确定位置或预定位置的核糖开 关、触发分子、其他分子、化合物或探针。固体支持物上的每个预定位置 通常具有一种类型的组件(即在该位置的所有组件都是相同的)。或者，在 固体支持物上的同一预定位置可以固定化多种类型的组件。每一位置可以 具有给定组件的多个拷贝。在固体支持物上的不同组件的空间隔离使得可 以进行分别的检测和识别。
固体支持物为一个单独的单位或结构虽然是有用的，但不是必需的。 一系列的核糖开关、触发分子、其他分子、化合物和/或探针可以分布于任 意数目的固体支持物上。例如，一种极端的情况是每一个组件可被固定于 分离的反应管或容器中，或在分离的微球或微颗粒上。
将寡核苷酸固定化于固态基质的方法已广为人知。可使用已知的偶联 方法将包括定位探针(address probe)和检测探针的寡核苷酸偶联至基质 上。例如，合适的固定方法描述于Pease et al，Proc.Natl.Acad.Sci. USA 91(11)：5022-5026(1994)和Khrapko et al.，MoI Biol(Mosk)(USSR) 25：718-730(1991)。一种将3’-胺寡核苷酸固定于酪蛋白包被的玻片上的 方法描述于Stimpson et al，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 92：6379-6383 (1995)。一种将寡核苷酸附着于固态基质上的可用的方法描述于Guoet al， Nucleic Acids Res.22：5456-5465(1994)。
固定于固体支持物上的每一组件(例如，核糖开关、触发分子或其他 分子)可以位于固体支持物的不同预定区域。不同的位置可以是不同的反 应室。每一不同的预定区域可以与其他不同的预定区域在物理上彼此分离。 固体支持物上的不同预定区域之间的距离可以是固定的，也可以是可变的。 例如，在阵列中每一组件可以彼此之间以固定距离排列，而与微球相连接 的组件就不会有固定的空间关系。特别地，多个固体支持物单位(例如多 个微球)的使用方式会导致不同的距离。
组件可以以任何密度连接于或固定于固体支持物上。组件固定于固体 支持物上的密度可以超过每立方厘米400个不同组件。组件的阵列可以有 任何数目的组件。例如，阵列可以具有至少1,000个固定于固体支持物的 不同组件、至少10,000个固定于固体支持物的不同组件、至少100,000个 固定于固体支持物的不同组件或至少1,000,000个固定于固体支持物的不 同组件.
M.试剂盒
上文所述的材料和其他材料可以以任意合适的组合被包装在一起，作 为用于进行或辅助进行所公开方法的试剂盒。如果给定试剂盒被设计和调 整为在所公开的方法中一起使用将是有用的。例如公开了用于检测化合物 的试剂盒，该试剂盒包括一种或多种生物传感器核糖开关。该试剂盒还可 包括检测核糖开关的激活的试剂和标签。
N.混合物
公开了通过实行或准备实行所公开方法而形成的混合物。例如，公开 了包括核糖开关和触发分子的混合物。
不论何时，只要方法包括使组合物或组件或试剂混合或相接触，实行 该方法就会产生多种不同的混合物。例如，如果方法包括3个混合步骤， 如果各步骤分别进行，则在上述步骤的每一步之后都会形成一种特有的混 合物。此外，不论各步骤如何进行，在所有步骤完成之后也会形成一种混 合物。本发明的公开内容考虑了由实行所公开方法所获得的这些混合物， 以及含有例如本文所公开的试剂、组合物或组件的混合物。
O.系统
公开了用于实行或辅助实行所公开方法的系统。系统通常包括制造的 物体的组合例如结构、机械、装置等，以及组合物、化合物、材料等。这 些组合为已公开的或从公开考虑的内容可以显而易见的。例如，公开了和 考虑了包括生物传感器核糖开关、固体支持物和信号读取装置的系统。
P.数据结构和计算机控制
公开了所公开方法中使用的、由所公开方法产生的或从所公开方法中 产生的数据结构。数据结构通常可为在组合物或介质中采集、编组、储存 和/或体现的任何形式的数据、信息和/或对象。以例如RAM或存储磁盘的 电子形式储存的核糖开关的结构和激活测量结果就是一种类型的数据结 构。
所公开的方法或其任意部分或由该方法制备的制品，都可以通过计算 机控制来进行控制、管理或辅助。这类计算机控制可以通过计算机控制过 程或方法来实现，可以使用和/或产生数据结构，并可以使用计算机程序。 这类计算机控制、计算机控制的过程、数据结构和计算机程序都被考虑到 并应理解为在本文中被公开。
方法
公开了用于激活、失活或阻断核糖开关的方法。这类方法可包括例如 使核糖开关和可激活、失活或阻断该核糖开关的化合物或触发分子相接触。 核糖开关通过触发分子的结合或移除来发挥控制基因表达的功能。化合物 可用于激活、失活或阻断核糖开关。核糖开关的触发分子(以及其他的激 活化合物)可被用于激活核糖开关。通常可使用触发分子以外的化合物来 失活或阻断核糖开关。还可以通过例如从核糖开关所在处移除触发分子 来失活核糖开关。因此，所公开的失活核糖开关的方法可以包括例如从核 糖开关所在的位置或与核糖开关接触的位置移除触发分子(或其他激活 化合物)。可以通过不激活核糖开关的触发分子类似物的结合来阻断核糖开 关。
还公开了通过使化合物与RNA分子相接触，从而改变RNA分子表达 或改变编码RNA分子的基因表达的方法，其中所述RNA分子包括核糖开 关。核糖开关通过结合或移除触发分子而实现控制基因表达的功能。因 此，将包括核糖开关的目的RNA分子置于可激活、失活或阻断核糖开关 的条件下就可用来改变RNA的表达。例如转录终止或核糖体与RNA的结 合被阻断可以导致表达被改变。根据核糖开关的性质，与触发分子的结 合可以减少或阻止RNA分子的表达或者促进或增加RNA分子的表达。
还公开了通过将核糖开关与RNA分子可操作地连接，来调节RNA分子 或编码NRA分子的基因的表达的方法。核糖开关可与RNA分子以任何合适 的方式可操作地连接，所述方式包括例如通过将核糖开关与RNA分子物理 连接，或者通过将编码RNA分子的基因用基因工程改造使其包括和编码核 糖开关，这样由基因工程改造的核酸产生的RNA就具有了与RNA分子可操 作连接的核糖开关。将与目的RNA分子可操作连接的核糖开关置于可激 活、失活或阻断核糖开关的条件下就可用来改变RNA的表达。
还公开了通过激活、失活或阻断核糖开关，来调节含有核糖开关的天 然存在的基因或RNA的表达的方法。如果该基因对含有该基因的细胞或生 物的存活而言十分重要，那么激活、失活或阻断该核糖开关可导致细胞或 生物的死亡、停滞或虚弱。例如(如果该核糖开关的激活关闭或抑制表达)， 激活某个对微生物的存活而言十分重要的天然存在的基因中的天然存在的 核糖开关，可能导致该微生物的死亡。这是所公开的化合物和方法用于抗 微生物和抗生素效果的一个理论基础。
还公开了通过激活、失活或阻断核糖开关，来调节含有核糖开关的分 离的、基因工程改造的或重组的基因或RNA的表达的方法。基因或RNA可 通过任何方式进行基因工程改造或重组。例如，核糖开关和RNA的编码区 域可以是异源的，核糖开关可被重组或嵌合或二者均有。如果基因编码一 种所需的表达产物，则激活或失活该核糖开关可被用于诱导该基因的表达， 并由此导致表达产物的产生。如果该基因编码对于基因表达或另一细胞过 程的一种诱导物或抑制物，则激活、失活或阻断该核糖开关可导致其他被 调节基因或细胞过程的诱导、抑制或脱抑制。已知多种这样的次级调节效 应，它们也可适用于核糖开关。核糖开关作为这类调节的初级控制的一个 优势是核糖开关的触发分子可为小的非抗原性分子。
还公开了通过将适体结构域与核糖开关的表达平台结构域可操作地连 接(为嵌合核糖开关)，来改变核糖开关的调节的方法。这样该适体结构域 可以通过例如适体结构域的触发分子的作用介导核糖开关的调节。适体结 构域可以以任何合适的方式与核糖开关的表达平台结构域可操作地连接， 所述方式包括例如用新的适体结构域替换核糖开关的正常的或天然的适体 结构域。通常，可以激活、失活或阻断该适体结构域所来源的核糖开关的 任何化合物或条件都可被用于激活、失活或阻断该嵌合核糖开关。
还公开了通过共价改变核糖开关(通过例如交联核糖开关的部分或将 一种化合物偶联至核糖开关)来灭活核糖开关的方法和组合物。这种方式的 核糖开关的灭活可由例如一些改变来获得，所述改变阻止了核糖开关的触 发分子的结合，阻止了核糖开关与触发分子结合后的状态改变，或阻止了在 与触发分子结合后核糖开关的表达平台结构域对表达的影响。
还公开了筛选、设计或产生可以识别新的触发分子的新核糖开关和/ 或新适体的方法。这类方法可包括：在核糖开关中产生一系列适体变异体、 在目的化合物存在的条件下评估变异体核糖开关的激活、筛选被激活的变 异体核糖开关(或者例如筛选激活度最高或激活选择性最强的核糖开关) 和重复上述步骤，直至得到具有所需活性、特异性、活性和特异性的结合 或其他性质的结合的变异体核糖开关。还公开了由上述方法生产的核糖开 关和适体结构域。
功能性核酸分子的体外筛选和体外进化技术是已知的，并且可以适于 与核糖开关及其组件一起使用。可用的技术描述于例如下列文献中：A. Roth and R.R.Breaker(2003)Selection in vitro of allosteric ribozymes.In：Methods in Molecular Biology Series-Catalytic Nucleic acid Protocols(Sioud，M.，ed.)，Humana，Totowa，NJ；R.R. Breaker(2002)Engineered Allosteric Ribozymes as Biosensor Components.Curr.Opin.Biotechnol.13：31-39；G.M.Emilsson and R. R.Breaker(2002)Deoxyribozymes：New Activities and New Applications.Cell.Mol.Life Sci.59：596-607；Y.Li，R.R.Breaker (2001)In vitro Selection of Kinase and Ligase Deoxyribozymes. Methods 23：179-190；G.A.Soukup，R.R.Breaker(2000)Allosteric Ribozymes.In：Ribozymes：Biology and Biotechnology.R.K.Gaur and G.Krupp eds.Eaton Publishing；G.A.Soukup，R.R.Breaker(2000) Allosteric Nucleic Acid Catalysts.Curr.Opin.Struct.Biol. 10：318-325；G.A.Soukup，R.R.Breaker(1999)Nucleic Acid Molecular Switches.Trends Biotechnol.17：469-476；R.R.Breaker(1999)In vitro Selection of Self-cleaving Ribozymes and Deoxyribozymes.In： Intracellular Ribozyme Applications：Principles and Protocols.L. Couture，J.Rossi eds.Horizon Scientific Press，Norfolk，England； R.R.Breaker(1997)In vitro Selection of Catalytic Polynucleotides. Chem.Rev.97：371-390；以及它们的参考文献，上述出版物的每一篇基于 它们对于体外筛选和进化技术的描述而被特别地以援引的方式纳入本文。
还公开了用于筛选和识别可以激活、失活或阻断核糖开关的化合物 的方法。核糖开关的激活指的是结合触发分子后核糖开关状态的改变。 核糖开关可被触发分子以外的其他化合物激活和以结合触发分子以外的 其它方式激活。本文使用的术语触发分子指的是可以激活核糖开关的分 子和化合物。这包括核糖开关的天然或正常的触发分子和其它可激活核 糖开关的化合物。天然或正常的触发分子是指给定的天然核糖开关的触 发分子，或者对于一些非天然核糖开关而言，是指设计该核糖开关时所 针对的触发分子或筛选该核糖开关时使用的触发分子(筛选通过例如体 外筛选或体外进化技术)。非天然触发分子可被称为非天然触发分子。
还公开了识别与核糖开关相互作用的化合物的方法，包括利用待测 化合物和核糖开关的原子结构进行建模并确定待测化合物与核糖开关是 否相互作用。确定待测化合物与核糖开关是否相互作用可通过例如本文 其他部分所述的确定核糖开关模型中待测化合物的预计最小相互作用 能、预计结合常数、预计解离常数或它们的组合来实现。确定待测化合 物与核糖开关是否相互作用还可通过例如测定待测化合物和核糖开关模 型中的一个或多个预计的键、一种或多种预计的相互作用或它们的组合 来实现。预计的相互作用可以选自例如前文所述的范德华相互作用、氢 键、静电相互作用、疏水相互作用或它们的组合。在一个实例中，核糖 开关是鸟嘌呤核糖开关。
在测定与核糖开关的相互作用时可以测定原子接触，由此测定待测化 合物与核糖开关的相互作用。可以识别待测化合物的类似物，并可以确定 待测化合物的类似物是否与核糖开关相互作用。
还公开了杀死或抑制细菌的方法，包括将细菌与本文公开的化合物或 由本文公开方法识别的化合物相接触。
还公开了识别与核糖开关相互作用的化合物的方法，包括：识别核糖 开关的晶体结构、用核糖开关与待测化合物建模和确定待测化合物是否与 核糖开关相互作用。核糖开关的失活指的是触发分子不再结合时核糖开关 的状态的改变。核糖开关可通过与触发分子以外的其他化合物结合失活 和以移除触发分子以外的其它方式失活。核糖开关的阻断指的是核糖开 关的一种状态或情况，此时存在触发分子却不激活核糖开关。
还公开了识别可激活、失活或阻断核糖开关的化合物的方法。例如，可 以通过使待测化合物和核糖开关相接触并评估核糖开关的激活来识别可激 活核糖开关的化合物。如果核糖开关被激活，则待测化合物被识别为可激活 核糖开关的化合物。可以以任意合适的方式评估核糖开关的激活。例如，核 糖开关可以与报告RNA相连接，并可在存在和不存在待测化合物的条件下 测量报告RNA的表达、表达水平或表达水平的改变。作为另一个实例，核 糖开关可包括构象依赖性标签，由该标签产生的信号依赖于核糖开关的激 活状态。优选地，这种核糖开关使用天然存在的核糖开关的适体结构域或 由天然存在的核糖开关衍生的适体结构域。由此可见，可以使用对照测定 或测量或者不使用对照测定或测量来进行核糖开关激活的评估。识别可以 失活核糖的开关化合物的方法可以以类似的方式进行。
除了本文其他部分公开的方法之外，对阻断核糖开关的化合物的识别 可以以任何合适的方式完成。例如，可以在存在已知可激活或失活核糖开 关的化合物以及存在待测化合物的条件下来进行用于评估核糖开关的激活 或失活的分析。如果没有观察到如同在不存在待测化合物的情况下应当观 察到的激活或失活情况，则该待测化合物被识别为可阻断核糖开关的激活 或失活的化合物。
还公开了使用生物传感器核糖开关检测化合物的方法。该方法可包括 使待测样本和生物传感器核糖开关相接触，并评估生物传感器核糖开关的 激活。生物传感器核糖开关的激活表明在待测样本中存在该生物传感器核 糖开关的触发分子。生物传感器核糖开关是经过基因工程改造的核糖开关， 它们在存在它们的同种触发分子时产生可检出的信号。可用的生物传感器 核糖开关可以在触发分子达到或超过阈值水平时被触发。生物传感器核糖 开关可被设计为体内应用或体外应用。例如，报告RNA编码作为信号的蛋 白质或参与产生信号的蛋白质，与该报告RNA可操作地连接的生物传感器 核糖开关可在体内被用于通过基因工程改造细胞或生物，使其含有编码核 糖开关/报告RNA的核酸构建体。用于体外的生物传感器核糖开关的一个实 例是包括构象依赖性标签的核糖开关，由该标签产生的信号依赖于核糖开 关的激活状态。优选地，这种生物传感器核糖开关使用天然存在的核糖开 关的适体结构域或由天然存在的核糖开关衍生的适体结构域。
生物传感器核糖开关可被用于监测变化的条件，因为当触发分子的浓 度降低时核糖开关的激活是可逆的，所以信号会随着触发分子浓度的变化 而变化。可以通过基因工程改造出对触发分子有不同解离常数的核糖开关， 从而得到不同的可检测的触发分子浓度范围。这可以容易地通过例如“降 解”对触发分子具有高亲和力的核糖开关的敏感度来实现。通过在同一感 受器或测定中使用不同敏感度的多个生物传感器核糖开关可以监测浓度的 范围。
还公开了由识别激活、失活或阻断核糖开关的化合物和对识别出的化 合物进行加工而制备的复合物。这可以通过例如将本文其他部分公开的化 合物识别方法与对识别出的化合物进行加工的方法结合使用而实现。例如， 可通过下述方法制备复合物：使待测化合物和核糖开关相接触，评估核糖 开关的激活，以及如果核糖开关被待测化合物激活，则制备该激活核糖开 关待测化合物作为复合物。
还公开了由核实某种化合物对核糖开关的激活、失活或阻断作用和对 经核实的化合物进行加工而制备的复合物。这可以通过例如将本文其他部 分公开的化合物激活、失活或阻断评估方法与对经核实化合物的加工方法 结合使用而实现。例如，可通过下述方法制备复合物：使待测化合物和核 糖开关相接触，评估核糖开关的激活，以及如果核糖开关被待测化合物激 活，则制备该激活核糖开关待测化合物作为复合物。核实化合物激活、失 活或阻断核糖开关的能力指的是对以前并不知道可否激活、失活或阻断核 糖开关的化合物的鉴定，以及对已知可激活、失活或阻断核糖开关的化合 物激活、失活或阻断核糖开关的能力的评估。
公开了一种检测目的化合物的方法，所述方法包括将样本与核糖开关 相接触，其中核糖开关被目的化合物激活，其中核糖开关在被目的化合物 激活时产生信号，其中当样本中含有目的化合物时核糖开关产生信号。核 糖开关可在被目的化合物激活时改变构象，其中构象的改变会通过构象依 赖性标签产生信号。核糖开关可在被目的化合物激活时改变构象，其中构 象的改变导致与核糖开关相连的RNA的表达的改变，其中表达的改变产生 信号。信号可以由与核糖开关相连的RNA表达的报告蛋白产生。
公开了一种方法，包括(a)检测可以抑制编码包括核糖开关的RNA的基 因的基因表达的化合物，其中所述的抑制是通过核糖开关实现，以及(b) 通过使细胞与步骤(a)中可以抑制基因表达的化合物相接触来抑制基因表 达，其中所述细胞包括编码包括核糖开关的RNA的基因，其中所述化合物 通过与核糖开关结合而抑制基因的表达。
还公开了一种识别核糖开关的方法，所述方法包括在存在和不存在化 合物的条件下评估RNA分子的内嵌(in-line)自主切割，其中RNA分子由 被化合物调节的基因所编码，其中RNA分子的内嵌自主切割模式的改变表 明存在核糖开关。
A.抗微生物化合物的识别
核糖开关是为了结合小有机分子而进化出的新一类结构性RNA。核糖 开关的天然结合袋可被代谢物类似物或被模拟天然代谢物形状-空间的化 合物所靶向。核糖开关(1)存在于许多革兰氏阳性细菌和包括炭疽芽孢杆菌 (Bacillus anthracis)的革兰氏阴性细菌中，(2)是这些细菌中基因表达 的基本调节物，(3)存在多个拷贝，不太可能同时出现抗性，以及(4)还未 证实存在于人体中。这种特征的组合使得核糖开关很有希望成为新型抗微 生物化合物的靶标。而且，核糖开关的小分子配体提供了用于衍生生产药 物候选物的有用位点。一些核糖开关的分布示于美国专利申请公布No. 2005-0053951的表1中。
当识别了一类核糖开关而且(通过例如测定在靶标生物中有多少基因 被这一类核糖开关所调节)评估了它作为药物靶标的潜力之后，就可以识 别候选物分子。
有两种化合物在多年以前就已知它们可以杀死细菌，现已确定它们是 通过结合核糖开关而起作用。具体而言，化合物氨乙基半胱氨酸(赖氨酸 的类似物)结合细菌的赖氨酸核糖开关，并阻止赖氨酸生物合成中所需的 基因的表达。类似地，化合物吡啶硫胺素(硫胺素的类似物)被细菌细胞 二磷酸化而生成吡啶硫胺素焦磷酸。吡啶硫胺素焦磷酸是硫胺素焦磷酸 (TPP)的模拟物，它由于结合TPP核糖开关而对细菌有毒性。因此，通过 应用现代药物开发策略靶向核糖开关可以使得发现一类新的抗生素化合 物。可以入本文公开的那样使用基于结构的药物设计方法以产生可以结合 核糖开关并触发其变构作用的代谢物。
细菌的药物抗性株的出现加强了对识别新型抗生素的需要。抗核糖开 关药物代表了抗菌作用的一种模式，它由于下述理由而引起了人们的极大 兴趣。核糖开关控制了基础代谢过程的关键基因的表达。因此用药物对这 些基因控制元件进行处理可得到新的抗生素。核糖开关还带有进化为选择 性结合代谢物的RNA结构，因此这些RNA受体像蛋白质酶类和受体一样成 为了良好的药物靶标。此外，已显示上述的两种抗微生物化合物通过失活 抗生素抗性而杀死细菌，该抗生素抗性是通过RNA靶标的突变而出现的。 至少有11类高度保守的核糖开关存在于多种细菌中，提供了许多药物靶 标。
许多来源于革兰氏阳性和革兰氏阴性谱系的生物具有多种类型的核糖 开关(参见美国专利申请公布No.2005-0053951)。大部分致病性生物例 如葡萄球菌以及大部分与生物恐怖主义相关的生物例如炭疽芽孢杆菌都富 含核糖开关。如本文所公开的那样，已经详尽解析了鸟嘌呤核糖开关的原 子分辨结构模型，这使得可以使用基于结构的设计方法来产生结合核糖开 关的化合物。具体而言，鸟嘌呤核糖开关结合位点的模型显示存在着两条 能够进行配体修饰的通道(图12A)。通过对鸟嘌呤的N2位置或O6位置 进行化学修饰，产生了26种鸟嘌呤类似物，几乎所有测试过的类似物都能 以低纳摩尔级的解离常数结合该核糖开关。图12B显示了在N2位置和O6 位置进行修饰而合成的鸟嘌呤类似物的结构。这些化合物中的大多数都利 用了枯草芽孢杆菌鸟嘌呤核糖开关适体结构域或结合位点模型中的分子识 别“盲点”。成功的化合物可用作骨架，在该骨架上可以进一步引入化学变 异体以产生无毒性、可生物利用的、高亲和性抗核糖开关化合物。
下面利用SAM核糖开关(参见美国专利申请公布No.2005-0053951 的实施例7)对上述内容进行一些说明。SAM类似物是用稳定的基于硫的连 接(YBD-2和YBD-3)替换了反应活性的甲基和锍离子中心，它可被核糖开 关以足够的亲和力(低至中纳摩尔级)识别，从而作为其他SAM类似物合 成的平台。另外，可以合成和测试各种的连接类似物(基于N和C的连接)， 以提供制备氨基酸和核苷衍生物的最佳平台。
SAM的亚砜和砜衍生物可用于产生类似物。例如可使用Ronald T. Borchardt and Yih Shiong Wu，Potential inhibitor of S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase.1.Modification of the amino acid portion of S-adenosylhomocysteine.J.Med.Chem. 17，862-868，1974中所述的已验证的合成方法。这些和其它类似物的合 成和结合测试可以连续地进行或按小组进行。可以在化合物识别过程中， 基于每一轮验证的识别决定簇来设计其他的SAM类似物。可以如本文其他 部分所述的那样对枯草芽孢杆菌和炭疽芽孢杆菌的核糖开关RNA进行简单 的结合测试。也可以进行更高级的测试。
最有希望的SAM类似物前药化合物必须在保持代谢惰性的前提下能进 入细菌细胞并结合核糖开关。此外，可用的SAM类似物必须紧密地结合核 糖开关，但在对蛋白质酶类的活性位点的结合上又必须不如SAM，否则就 会有在患者细胞中产生不期望的毒性作用的危险。作为对这一方面的预先 评估，可以测试具有阻碍枯草芽孢杆菌生长的能力但又不影响大肠杆菌培 养物(大肠杆菌利用SAM但不具有SAM核糖开关)的化合物。为了筛选前 药化合物候选物，可以按下列方式平行培养细菌培养物：
1.可在最低葡萄糖培养基上培养枯草芽孢杆菌，并且不添加外源的 SAM类似物。
2.可在最低葡萄糖培养基上培养枯草芽孢杆菌，并且添加外源的SAM 类似物(可选择高剂量，然后设计重复试验来测试推断的药物化合物的浓 度范围)。
3.可在最低葡萄糖培养基上培养大肠杆菌，并且添加外源的SAM类似 物(可选择高剂量，然后设计重复试验来测试推断的药物化合物的浓度范 围)。
可以通过测量细胞倍增时间来比较各种培养物的适应程度。可以使用 在微量滴定板生长的培养物来测试药物化合物的浓度范围，并使用来自另 一实验室的微量滴定板读数仪来进行分析。预计培养物1生长较好。抑制 培养物2的药物可能抑制或不抑制培养物3。可以以较宽浓度范围类似地 抑制培养物2和培养物3的药物可以反映出外源化合物诱导的普遍毒性(即 与核糖开关抑制一起或者代替核糖开关抑制而对多种不同的细胞过程进行 抑制)。这种筛选中识别的成功的药物候选物应不抑制大肠杆菌或仅在很高 剂量时抑制大肠杆菌，而能在低得多的浓度(相差超过10倍)时抑制枯草 芽孢杆菌。
由于识别了SAM上的衍生位点，要有效地识别前药化合物就需要对合 适的SAM类似物或者类属化学文库进行大规模筛选。可以使用核酸基因工 程的原理通过一种或两种不同的方法进行高通量筛选。将下列的两种应光 感受器设计调整为便于进行高通量筛选的模式可以适于使用固定化方法或 基于溶液的方法。
一种产生报告物的方式是通过附加一个在SAM结合核糖开关后能催化 荧光标签释放的结构域，从而赋予核糖开关第三种功能。在最后的报告物 构建体中，上述的催化结构域可以通过一个通信区(communication module)连接到yitJSAM核糖开关上，所述通信区通过使催化结构域正确 折叠而产生荧光新号，从而传播配体结合事件。这可通过下述方式实现。
SAM核糖报告物混合设计：使用合适的DNA模板和引物序列，通过PCR 扩增构建用于体外转录为RNA的DNA模板。在该构建体中，随机化构建锤 头结构(SAM适体的P1茎)的茎II以代表2.5亿种以上的可能的序列组合。 其中有一些将不可避免地仅在适体结合SAM或相关高亲和力类似物时具有 核酶的功能。这该构建体群中的每种分子在除随机结构域之外的序列上都 是相同的，而在随机结构域中，构建体群的每种可能的序列组合都有多个 拷贝作为代表。
SAM核糖报告物筛选：体外筛选步骤可为下列步骤的重复过程：
1.用标准方法体外转录RNA。加入[α-32P]UTP以使得整个RNA分子 都具有放射性。
2.用标准方法在变性PAGE上纯化全长RNA。
3.在含有催化活性所需的足量的镁(20mM)、但不含有SAM的阴性筛 选缓冲液中孵育全长RNA(约100pmol)。在室温下(约23℃)孵育4小时， 需要时使用热循环或碱性变性剂以防止自在分子(selfish molecule)的 出现。
4.在变性PAGE上纯化全长RNA，并弃去不存在SAM的条件下发生反 应的RNA。
5.在含有20mM Mg2+和SAM(在23℃时pH 7.5)的阳性筛选缓冲液中 孵育。室温下孵育20分钟。
6.在变性PAGE上纯化被切割的RNA，以回收结合了SAM并允许RNA 自切割的核糖开关。
7.将RNA反转录为DNA。
8.使用可将RNA的被切割部分重新引入的引物，对DNA进行PCR扩增。
步骤4中的SAM的浓度在最开始可为100μM，并随着筛选过程逐渐降 低。回收成功的通信区的步骤可以通过在步骤6的纯化胶上观察到的切割 物的数量来评估。当构建体群在10nM的SAM条件(亲本核酶和核糖开关活 性最大的条件)下达到100％切割时，或者当构建体群的活性达到平台期即 在多轮筛选后都不再增加时，就可以结束筛选。然后可对最后的群测序。 可以测定个别的通信区克隆，以便在存在SAM的条件下筛选构建体的过程 中产生荧光信号。
还可以通过核糖开关介导的分子信标的触发来产生荧光信号。在这种 设计中，核糖开关的构象改变导致了原先折叠状态的带有荧光剂和淬灭剂 的分子信标打开折叠，并通过与核糖开关形成螺旋而使荧光剂远离淬灭剂。 由于这一方法可以利用配体介导的参与转录控制的终止子和抗终止子茎的 形成，因此这一机制可以容易的应用于现有的核糖开关。
为了使用核糖开关通过结合分子信标来报告配体的结合，必须经验性 地确定合适的构建体。可以系统性地测试分子信标的最佳长度和核苷酸组 成以及它在核糖开关上的结合位点，以便获得最高的信噪比。可以通过将 不同SAM类似物与分子信标偶联核糖开关的表观结合亲和力(通过荧光信 号产生的水平测定)与由标准串联标记测定的结合常数进行比较，从而确 定该测定的有效性。
具体实施方案
公开了天然鸟嘌呤应答性核糖开关的原子结构，包括图6所示的原子 结构。原子结构的原子坐标可包括图6中所示的原子的表6中所列的原子 坐标。原子结构的原子坐标可包括表6中所列的原子坐标。
还公开了识别与核糖开关相互作用的化合物的方法，包括：(a)利用 权利要求1的原子结构和待测化合物进行建模；(b)确定待测化合物与核 糖开关是否相互作用。
还公开了识别与核糖开关相互作用的化合物的方法，包括将核糖开 关与待测化合物相接触，其中当核糖开关与待测化合物相互作用时会产生 荧光信号。
还公开了杀死细菌的方法，包括将细菌和与核糖开关相互作用的化合 物的类似物相接触。
还公开了杀死细菌的方法，包括将细菌和与核糖开关相互作用的化合 物相接触。
还公开了识别与核糖开关相互作用的化合物的方法，包括：(a)识别 核糖开关的晶体结构；(b)利用核糖开关和待测化合物进行建模；和(c) 确定待测化合物与核糖开关是否相互作用。
还公开了可调节的基因表达构建体，包括编码一种RNA的核酸分子， 所述RNA含有与编码区可操作地连接的核糖开关，其中所述核糖开关为表 5中所列的核糖开关，其中所述核糖开关调节RNA的表达，其中所述核糖 开关和编码区为异源的。
还公开了检测目的化合物的方法，所述方法包括使样本与核糖开关相 接触，其中所述核糖开关为表5中所列的核糖开关，其中所述核糖开关被 目的化合物激活，其中所述核糖开关在被目的化合物激活时产生荧光信号， 其中所述核糖开关在样本中含有目的化合物时产生信号。
还公开了一种方法，包括：(a)检测可以抑制编码包括核糖开关的RNA 的基因的基因表达的化合物，其中所述核糖开关为表5中所列的核糖开关， 其中所述的抑制是通过核糖开关实现，以及(b)通过使细胞与步骤(a)中可 以抑制基因表达的化合物相接触来抑制基因表达，其中所述细胞包括编码 包括核糖开关的RNA的基因，其中所述化合物通过与核糖开关结合而抑制 基因的表达。
确定待测化合物是否与核糖开关相互作用，可以包括确定核糖开关模 型中待测化合物的预计最小相互作用能、预计结合常数、预计解离常数 或它们的组合。确定待测化合物与核糖开关是否相互作用可以包括测定 待测化合物和核糖开关模型中的一个或多个预计的键、一种或多种预计 的相互作用或它们的组合。核糖开关可为鸟嘌呤核糖开关。鸟嘌呤核糖开 关可为表5中的核糖开关。可以通过对核糖开关和待测化合物建模来确定 原子接触，并由此确定待测化合物与核糖开关的相互作用
上述方法还可包括下述步骤：(c)识别待测化合物的类似物；(d)确定 待测化合物的类似物是否与核糖开关相互作用。所述化合物可为次黄嘌呤。 可以使用基于凝胶的分析来确定待测化合物是否与核糖开关相互作用。可 以使用基于芯片的分析来确定待测化合物是否与核糖开关相互作用。
待测化合物的相互作用可以为范德华相互作用、氢键、静电相互作用、 疏水相互作用或者它们的组合。核糖开关可以包括RNA切割性核酶。当含 有淬灭部分的核酸被切割时可以产生荧光信号。可以使用分子信标技术来 产生荧光信号。可以使用高通量筛选来实行该方法。
核糖开关可为鸟嘌呤核糖开关。鸟嘌呤核糖开关可为表5中的核糖开 关。核糖开关可被触发分子激活，其中所述核糖开关在被触发分子激活时 产生信号。核糖开关在被目的化合物激活时可改变构象，其中构象的改变 通过构象依赖性标签产生信号。核糖开关在被目的化合物激活时可改变构 象，其中构象的改变导致与核糖开关相连的RNA的表达改变，其中所述表 达改变产生信号。信号可由与核糖开关相连的RNA表达的报告蛋白产生。 实施例
A.实施例1：天然鸟嘌呤应答性核糖开关与代谢物次黄嘌呤形成的复合 物的结构
为了理解天然生物传感器如何发挥功能，通过X射线晶体学解析了与 鸟嘌呤应答性核糖开关的生物学相关配体--次黄嘌呤结合的鸟嘌呤结合 结构域的结构(表2和图12A)。在结合次黄嘌呤的状态下，该RNA采用了 下述三维折叠形式：其中末端环(L2和L3)形成一系列互相连接的氢键(见 图5中的对比图)，以使得P2和P3螺旋彼此平行(图5C)。由于核糖-磷 酸骨架区域的并列排布导致的不希望的静电相互作用通过两个骨架间一些 正离子的结合而被中和(图10)。RNA的球面螺旋排布的定位通过三向接合 (three-way junction)周围的许多三级接触完成，所述三级接触主要有： J2/3环(图5C)与结合的次黄嘌呤相互作用、P1螺旋、以及J1/2环与J3/1 环。
通过三向接合元件中的和元件周围的保守核苷酸形成嘌呤结合袋。这 些核苷酸通过形成上述和下述的两个系列的碱基三聚体辅助限制了嘌呤结 合袋(图5A)。该袋的3’侧侧翼带有水介导的U22-A52A73碱基三聚体和 A23G46-C53三聚体；这两种情况下腺苷的Watson-Crick面都与 Watson-Crick对的小沟相互作用(图6A)。通过螺旋P1(U20-A76和A21-U75) 顶部的保守Watson-Crick对分别和U49和C50的Watson-Crick面之间的 连续碱基三聚体形成另一侧，这使得J2/3环紧贴P1螺旋。这种碱基三聚 体形成配体结合位点的推广应用非常类似于体外筛选的识别平面环系统的 RNA适体，示例性的结构例如茶碱结合物(Zimmermann，G.R.，Jenison，R. D.，Wick，C.L.，Sirnmorre，J.-P.&Pardi，A.Interlocking structural motifs mediate molecular discrimination by a theophylline-binding RNA.Nature Struct.Biol.4，644-649(1997))、FMN结合物(Fan，P.， Suri，A.K.，Fiala，R.，Live，D.&Patel，D.J.Molecular recognition in the FMN-RNA aptamer complex.J.MoI.Biol.258，480-500(1996)) 和孔雀绿结合物(Baugh，C，Grate，D.&Wilson，C.2.8 A crystal structure of the malachite green aptamer.J.MoI.Biol.301，117-128 (2000))。因此，人工筛选的RNA应用的形成小分子配体结合位点的原理与 它们天然存在的对应物相同。
核苷酸U22、U47、U51和C74形成直接堆积在P1螺旋上的碱基四聚体， 次黄嘌呤通过与上述四个核苷酸形成广泛的氢键系列而结合(图6B)。该 结构清楚地显示mRNA接触到了配体的所有官能团，这样就能解释在生物化 学研究中观察到的次黄嘌呤的特异性(Mandal，M.&Breaker，R.R.Gene regulation by riboswithces.Nature Rev.Mol.Cell.Biol.5，451-463 (2004))。此外，由于在该结构中有一个空间可以容纳结合的嘌呤2-位上 的环外氨基，因此也很容易解释鸟嘌呤的结合。这一附加的官能团可以与 C74和U51的2-位上的羧基的氧原子形成氢键，这一点与这种核糖开关对 鸟嘌呤的亲和力比对次黄嘌呤的亲和力高10倍的事实相一致。
最显著的特征之一是配体几乎完全被RNA所包裹(图6C)：在复合物 中次黄嘌呤的97.8％的表面都不能被大量溶剂所接近。虽然在结构已被表 征的适体中还从未有过被识别的配体被RNA如此几乎完全利用的情况，但 是不包括将配体固定于固体支持物上的筛选策略(Koizumi，M.，Soukup，G. A.，Kerr，J.N.&Breaker，R.R.Allosteric selection of ribozymes that respond to the second mes sengers cGMP and cAMP.Nature Struct. Biol.6，1062-1071(1999))使得还有希望开发出能具有相似配体包埋度 的RNA。这一发现还表明，由于次黄嘌呤不可能像许多RNA-配体相互作用 中的那样接近已形成的结合位点(Leulliot，N.&Varani，G.Current topics in RNA-protein recognition：control of specificity and biological function through induced fit and conformational capture. Biochemistry 40，7947-7956(2001)；Williamson，J.R.Induced fit in RNA-protein recognition.Nature Struct.Biol.7，834-837(2000))， 因此，局部结合位点在与配体结合后一定经过了相当大的构象改变。最后， 这种嘌呤识别的模式也可以容易地解释下述事实：通过将74位核苷酸的胞 嘧啶突变为尿嘧啶，这个单点突变就可以将它的鸟嘌呤特异性变为腺嘌呤 特异性(Mandal，M.&Breaker，R.R.Adenine riboswitches and gene activation by disruption of a trancription terminator.Nature Struct. Mol.Biol.11，29-35(2004))。虽然Watson-Crick的配对优先性由鸟嘌 呤变为了腺嘌呤，但是嘌呤和RNA之间的其他的相互作用并没有变化。
通过独特的环-环相互作用而稳定了三级结构，所述环-环相互作用盖 住了P2和P3螺旋，该P2和P3螺旋被以前没有见到过的两类碱基四聚体 所限制。每一四聚体包括一个Watson-Crick配对和一个位于其小沟中的非 典型配对(G38-C60和G37-C61与A33A66和U34A65对分别相互作用；图 7A)。这种排布与腺苷在常见的I/II型A-minor三聚体基序中的A型螺旋 中的堆积方式有很大的相似性(Doherty，E.A.，Batey，R.T.，Masquida， B.&Doudna，J.A.A universal mode of helix packing in RNA.Nature Struct.Biol.8，339-343(2001)；Nissen，P.，Ippolito，J.A.，Ban， N.，Moore，P.B.&Steitz，T.A.RNA tertiary interactions in the large ribosomal subunit：the A-minor motif.Proc.Natl Acad.Sci USA 98，4899-4903(2001))。这八个核苷酸中任何一个的突变都会使固定环- 环相互作用的核心的复杂氢键网络被破坏，这就解释了它们严格的系统发 生学保守性。在这些四聚体上堆积了两个非典型配对，包括G62和U63之 间的并列相互作用，这类似于A-平台基序(Gate，J.H.et al.RNA tertiary structure mediation by adenosine platforms.Science 273， 1696-1699(1996))和突起-G基序(Correll，C.C，Beneken，J.， Plantinga，M.J.，Lubbers，M.&Chan，Y.L.The common and the distinctive features of the bulged-G motif based on a 1.04 A resolution RNA structure.Nucleic Acids Res.31，6806-6818(2003)) (图7B)。G62U63对通过和与其相对的环骨架之间形成氢键而更加稳定。
两个末端环之间的相互作用对于鸟嘌呤核糖开关的配体结合至关重 要。使用串联标记试验测定出的存在和不存在鸟嘌呤的情况下RNA的稳定 性的差异表明RNA三级结构的这一元件的形成并不依赖于鸟嘌呤或次黄嘌 呤。将野生型的环替换为稳定的UUCG四元环(Molinaro，M.&Tinoco，I. Jr Use of ultra stable UNCG tetraloop hairpins to fold RNA structures： thermodynamic and spectroscopic applications.Nucleic Acids Res.23， 3056-3063(1995)；图11)，这一替换消除了三级相互作用，使得核糖开 关失去了识别次黄嘌呤的能力；这表明它对于促进高亲和力相互作用至关 重要(图8)。因此，虽然这种三级相互作用并不直接接触配体，但是它对 于识别嘌呤的核糖开关的整体组织还是有意义的。类似地，具有环-环相互 作用的锤头核酶的天然序列显著地提高了它们在生理条件下的切割速度 (De Ia Pena，M.，Gago，S.&Flores，R.Peripheral regions of natrual hammerhead ribozymes greatly increase their self-cleavage activity. EMBO J.22，5561-5570(2003)；Khvorova，A.，Lescoute，A.，Westhof， E.&Jayasena，S.D.Sequence elements outside the hammerhead ribozyme catalytic core enable intracellular activity.Nature Struct.Biol.10，708-712(2003))。每种情况下，三级结构都使RNA局 限于某一种方式，该方式使得含有功能性位点的三向接合能够对生理浓度 的配体或Mg2+离子产生应答。
在Mg2+离子浓度很高(20mM MgCl2)的情况下，鸟嘌呤核糖开关对鸟嘌 呤和次黄嘌呤有相当高的亲和力(表观解离常数(Kd)分别为5nM和50nM)。 然而在大肠杆菌中，在嘌呤浓度为1-10μM时出现purR抑制子对xpt-pbuX 操纵子的转录的抑制应答。为确定核糖开关是否对可能反映生理水平的相 似浓度的嘌呤有应答，通过等温滴定量热法在不同离子条件下(表1)测 定了对于次黄嘌呤的亲和力。在更接近生理条件的离子强度条件下(0.25-1 mM Mg2+)，RNA表现出的对次黄嘌呤的亲和力(表观Kd＝3-4μM)与purR 抑制子蛋白(对于大肠杆菌变异体，表观Kd＝9μM)的相近(Choi，K.Y. &Zalkin，H.Structural characterization and corepressor binding of the Escherichia coli purine repressor.J.Bacteriol.174，6207-6214 (1992))。因此，基于RNA和基于蛋白质的调节机制看起来都被调节为对相 近的细胞内代谢物浓度有应答。
表1在30℃测定次黄嘌呤结合的热力学参数
MgCl2(mM) Kd(μM)* ΔHobs(kcal mol-1) ΔSobs(cal mol-1K-1) 20 5.0 1.0 0.25 0_ 0.732±0.034 1.84±0.094 2.99±0.19 4.00±0.19 ND -33.5±0.43 -28.4±0.48 -35.4±0.93 -41.9±0.39 ND -82 -67 -91 -113 ND
*报告误差表示与数据整合的非线性最小平方值的s.e.m，ND表示没有 可检出的结合。
*该反应中含有2mM Na2-EDTA。
该结构进一步表明了RNA是如何通过一种推断不依赖于Rho的转录 调节机制而将细胞内代谢物浓度转换为基因表达的变化的(Mandal，M.， Boese，B.，Barrick，J.E.，Winkler，W.C.&Breaker，R.R. riboswitches control fundamental biochemical pathways in Bacillus subtilis and other bacteria.Cell 113，577-586(2003)；Johansen， L.E.，Nygaard，P.，Lassen，C，Agerso，Y.&Saxild，H.H.Definition of a second Bacillus subtilis pur regulon comprising the pur and xpt-pbuX operons plus pbuG，nupG(yxj A)，and pbuE(ydhL).J. Bacteriol.185，5200-5209(2003))。起始的90个核苷酸的转录导致 了鸟嘌呤结合结构域的形成，与L2和L3环的相互作用使得开始形成RNA 的三级结构(图5B)。这使得三向接合基序部分形成以便有效地结合配体， 但是结合部分也必须在一定程度上解构以使得嘌呤可以进入结合袋。在 鸟嘌呤或次黄嘌呤的浓度足够高时，核碱基(nucleobase)与袋相结合， 通过堆积相互作用和与J2/3形成碱基三聚体使P1螺旋稳定化，并防止 P1核苷酸被引入抗终止子元件中。然后mRNA可形成一种典型的不依赖于 Rho的终止子茎-环和转录终点。与之相反，在细胞内鸟嘌呤或次黄嘌呤 的浓度较低时，分离的P1螺旋的3’侧会很容易地被转录而形成稳定的抗 终止子元件，促进继续转录。因此，次黄嘌呤对核糖开关十分重要，它 通过它稳定一种或另一种构象的能力使得核糖开关能指导mRNA按着两条 不同的途径折叠，生成细胞内鸟嘌呤、次黄嘌呤和黄嘌呤浓度的有效的 生物传感器。
1.方法
结晶：合成RNA并通过天然亲和标签纯化方法纯化RNA(Kieft，J.S. &Batey，R.T.A general method for rapid and nondenaturing purification of RNAs.RNA 10，988-995(2004))，并在含有10mM K+-HEPES(pH 7.5)和1mM次黄嘌呤的缓冲液进行交换。将上述溶液按1∶1 的比例与母液(含25％PEG3000(w/v)、200mM乙酸铵和10mM六氨合钴) 混合，并在室温下培养2-3周以生长晶体。
数据采集和处理：在母液中加入25％的2-甲基-2，4-戊二醇，在冷冻 保护的条件下对晶体以CuKα的波长进行单波长异常衍射；在至少1.8_ 的分辨率下可观察到清楚的衍射。使用D*TREK对数据进行索引、整合和 比例化(Pflugrath，J.W.The finer things in X-ray diffraction data collection.Acta Crystallogr.D 55，1718-1725(1999))，用SOLVE 识别重原子位点(Terwilliger，T.SOLVE and RESOLVE：automated structure solution，density modification and model building.J. Synchrotron Radiat.11，49-52(2004))，并用CNS进行细化(Brunger， A.T.et al.Crystallography&NMR system：a new software suite for macromolecular structure determination.Acta Crystallogr.D 54，905-921(1998))，以获得最终的Rxtal值为17.8％和Rfree值为22.8％ 的模型。该模型包括除A82以外的所有RNA原子和次黄嘌呤配体，对于 A82未观察到电子密度。
RNA合成和纯化：使用重叠DNA寡核苷酸(Integrated DNA Technologies)和标准方法构建了一个68个核苷酸的构建体，该构建体 包括枯草芽孢杆菌的pbuX-xpt操纵子的鸟嘌呤核糖开关序列。所得的 DNA片段在5’端和3’端分别含有EcoRI和NgoMDS限制性酶切位点，将该 片段连接到pRAV12质粒载体上(Kieft，J.S.&Batey，R.T.A general method for rapid and nondenaturing purification of RNAs.RNA 10， 988-995(2004))，该质粒载体是为了RNA的天然纯化而设计的；对所得 的载体进行测序验证。用PCR从该所得载体产生用于体外转录的DNA模 板，所述PCR使用的5’引物是针对T7 RNA聚合酶启动子的引物，3’引物 是带有纯化亲和标签的引物(5’：GCGCGCGAATTCTAATACGACTCACTATAG(SEQ ID NO：10)；3’：GGATCCTGCCCAGGGCTG(SEQ ID NO：11))。RNA转录的条 件如下：反应体系为12.5mL，包括30mM Tris-HCl(pH 8.0)、10mM DTT、 0.1％Triton X-100、0.1mM亚精胺-HCl、8mM的每种NTP、40mM MgCl2、 50μg/mL T7 RNA聚合酶和1mL的～0.5μM模板(Doudna，J.A. Preparation of homogeneous ribozyme RNA for crystallization. Methods Mol Biol 74，365-70(1997))，还添加了1单位/mL的无机焦 磷酸酶以抑制不可溶的焦磷酸镁的形成。反应体系在37℃培养1.5小时。 如前所述地进行RNA的天然纯化。在从亲和柱上洗脱下RNA之后，立即 用10,000MWCO离心过滤装置(Amicon，Ultra-15)进行浓缩。在所有的 RNA被浓缩至～500μL后，使用离心浓缩机将RNA对含有10mM K+-HEPES 和1mM次黄嘌呤，pH 7.5的15mL溶液交换三次，每次更换新液体。将 最后的RNA浓缩至450μM，用根据它的碱基组成计算出的消光系数和 260nm处的光吸收来判定其浓度。
RNA结晶：使用悬滴法获得鸟嘌呤核糖开关的结晶，其中RNA溶液按 1∶1的比例与储液混合，所述储液中含有10mM六氨合钴、200mM乙酸 铵和25％的PEG 2K。将结晶盘在室温下(23℃)培养，在7-14天后晶 体可达到它们的最大体积(0.05×0.05×0.2mm)。加入30μL含有25％ (v/v)2-甲基-2，4戊二醇(MPD)的母液5分钟并在液氮中快速冷冻以进行 晶体的冷冻保护。使用CuKα射线在内部X射线源(Rigaku MSC)上采集衍 射数据；用逆射线(inverse-beam)实验采集异常数据。使用 CrystalClear(Rigaku MSC)和D*TREK对数据进行索引、整合和比例化 (Pflugrath，J.W.The finer things in X-ray diffraction data collect ion. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 55，1718-1725 (1999))。该晶体属于C2空间群(spacegroup)(a＝132.30_，b＝35.25_， c＝42.23_，d＝90.95°)，每个不对称单位含有一个分子(所有的结晶学 统计值参见表2)。在后续的定相和细化中使用的所有数据都采集于一个 个体晶体。
定相和结构测定。使用单波长异常衍射(SAD)实验来确定相位 (Dauter，Z.，Dauter，M.&Dodson，E.Jolly SAD.Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 58，494-506(2002)；Rice，L.M.，Earnest，T. N.&Brunger，A.T.Single-wavelength anomalous diffraction phasing revisited.Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 56(Pt 11)， 1413-20(2000))，衍射数据延长至1.95_分辨率。在该实验中，钴被当 作重原子衍生物处理，它在CuKα波长时产生微弱的异常信号(f’＝- 2.464，f”＝3.608)。使用SOLVE(Terwilliger，T.SOLVE and RESOLVE： automated structure solution，density modification and model building.J Synchrotron Radiat 11，49-52(2004))，发现了一个含 10个重原子的解析图，优值(figure of merit)为0.38，评分为40.9。 使用这种重原子模型和其镜像并使用CNS来确定相位(Brunger，A.T.et al.Crystallography&NMR system：A new software suite for macromolecular structure determination.Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 54(Pt 5)，905-21(1998))，并用密度修饰进行改进。 仅有一种重原子模型产生了电子密度图谱，图谱中显示了清晰的骨架连 接和碱基堆积；这一图谱可以足够清晰地辨析RNA的主要部分。进行在O 中的重复建模轮次(Jones，T.A.，Zou，J.Y.，Cowan，S.W.& Kjeldgaard.Improved methods for building protein models in electron density maps and the location of errors in the semodels. Acta Crystallogr A 47(Pt2)，110-9(1991))和CNS中的细化，同时监 测Rfree值以保证该值在每一轮之后都有所改进。在RNA除了3’端的A82 以外的所有核苷酸都被建立起来之后，进行两轮水分选(water picking) 以将总共332个水分子置于模型中，使用的限制因素是每个溶剂与另一 原子的距离必须在氢键距离之内，而且B因子要小于80。这建模的这一 过程中，基于它们具有清晰的八面体配位构型的内层原子以及由异常差 异图谱验证的它们的位置，识别了12个六氨合钴离子；基于这一点还在 模型中定位了一个亚精胺和乙酸根离子。糖折叠被限制为C3’内式，但是 残基22、34、35、47、49和62上的糖折叠被限制为C2’内式。
等温滴定量热法。用于等温滴定量热法(ITC)(Leavitt，S.&Freire， E.Direct measurement of protein binding energetics by isothermal titration calorimetry.Curr Opin Struct Biol 11，560-6(2001)； Pierce，M.，Raman，C.S.&Nail，B.T.Isothermal titration calorimetry of protein-protein interactiohs.Methods 19，213-21 (1999))的RNA按上文所述地转录和纯化，并使用含有10mM K+-HEPES、 pH 7.5、100mM KCl和不同浓度的MgCl2的缓冲液在4℃完全透析24-48 小时。在透析后，将缓冲液用于制备次黄嘌呤溶液，次黄嘌呤浓度应近 似为RNA浓度的10倍(通常分别为约120μM和12μM)。所有实验均使 用Microcal MCS ITC装置在30℃下进行。在对RNA和次黄嘌呤溶液除气 之后，将29次注射、每次10μL的次黄嘌呤滴定到RNA样品中，以使得 最终得到的次黄嘌呤与RNA的摩尔比为2∶1至3∶1之间(Recht，M.I.& Williamson，J.R.Central domain assembly：thermodynamics and kinetics of S6 and S18 binding to an S15-RNA complex.J Mol Biol 313，35-48(2001))。使用Origin ITC软件(Microcal Software Inc.) 分析滴定数据，数据符合单位点结合模型。
表2：晶体学统计值
数据采集
空间群： C2
a，b，c 132.30，35.25，42.23_
β 90.95°
分辨率a 20-1.95_(2.02-1.95_)
波长 1.5418
完整百分率 92.9％(85.3％)
测量的反射 76，950
独特反射 25，789
平均冗余度 2.9(2.45)
I/σ 21.5(6.3)
Rsym b 3.7％(13.5％)
定相
定相力c 1.62(0.95)
Rcullis d 0.67
优值
SOLVE 0.38
密度修饰之后的CNS 0.86
细化
分辨率 20-1.95_(2.02-1.95_)
反射数目
工作系列 23，356(84.1％)
测试系列 2，430(8.8％)
Rxtal e 17.8(24.8)
Rfree 22.8(31.8)
r.m.s.d.键 0.0095_
r.m.s.d.角 1.70°
交叉验证Luzzati协同误差 0.25_
(coordinate error)
交叉验证Sigma-a协同误差 0.23_
平均B因子值 22.4_2
a.括号内的数字对应最高分辨率的骨架。
b.Rmerge＝∑|I-|/∑I，其中I为观察到的强度，为对称相关 反射的多个测量值的平均强度。
c.定相力＝所有反射中报告的<|FH|>/<‖FP+FH|-|FPH‖>。
d.Rcullis＝所有反射中报告的∑‖FPH±FP|-|FH(calc)|/∑|FPH|。
e.Rxtal＝∑|Fo-|Fc‖/∑|Fo|，Rxtal来自工作系列，Rfree来自测试 系列。
B.实施例2：核糖开关类似物作为抗微生物剂的用途
对鸟嘌呤核糖开关适体和腺嘌呤的相应适体均建立了原子分辨模型 (Serganov A，Yuan YR，Pikovskaya O，Polonskaia A，Malinina L，Phan AT，Hobartner C，Micura R，Breaker RR，Patel DJ.(2004)Structural basis for discriminative regulation of gene expression by adenine- and guanine-sensing mRNAs.Chem.Biol.11：1729-1741)。这些模型实 质上都与Batey等人推断的相同(Batey，R.T.，Gilbert，S.D.，Montange， R.K.(2004)Structure of a natrual guanine-responsive riboswitch complexed with the metabolite hypoxanthine.18：432：411-415.)，由 此证明用于设计图12B中所示的化合物的结构模型是正确的。此外，鸟嘌 呤和腺嘌呤核糖开关适体之间的相似性使我们清楚地认识到，与设计鸟嘌 呤类似物相同的手段可以用于类似地设计腺嘌呤类似物以抑制腺嘌呤核糖 开关。
测试了图12B中所示的鸟嘌呤类似物体外结合鸟嘌呤核糖开关的能 力，还测试了它们对枯草芽孢杆菌的抗菌活性。在这些类似物中，有六种 类似物可以抑制枯草芽孢杆菌在缺乏鸟嘌呤的培养基上的生长(表3)。测 试了其中一种化合物G-014在丰富培养基上对于枯草芽孢杆菌和一些临床 上相关的病原体的抑制作用(表4)。重要的是，G-014抑制大多数上述病 原体，包括炭疽芽孢杆菌和和抗甲氧西林金黄色葡萄球菌，其抗菌效力与 万古霉素相当。为进一步探明这些鸟嘌呤类似物的抗菌机制，开发了两种 基因报告系统。在一个系统中，鸟嘌呤核糖开关与绿色荧光蛋白(GFP)相融 合，以使得高浓度的鸟嘌呤或结合核糖开关的鸟嘌呤类似物可以抑制GFP 的表达(图14)。因此，GFP荧光水平的降低就表明了鸟嘌呤核糖开关在细 菌中被结合和调节。还用β-半乳糖苷酶的鸟嘌呤核糖开关上游序列构建了 另一个类似的系统。这样，β-半乳糖苷酶水平的降低就表明了化合物在体 内抑制鸟嘌呤核糖开关。表3概括了对每种鸟嘌呤类似物的这些分析的结 果。还证实了化合物杀死细胞和它们控制基因表达之间的相关关系。可使 用含有任何合适的报告基因的类似系统，所述基因例如编码合适的报告蛋 白或合适的报告RNA(例如核酶)的基因。
还测定了G-014是针对枯草芽孢杆菌的杀菌剂。在直接的比较中， G-014减少存活的集落形成单位(“CFU”)的数目的速度与羧苄西林相等(图 15)。
表3.每种鸟嘌呤类似物的活性1。
1ND表示该值尚未测定。用粗体表示的化合物抑制细菌生长。
2相对的β-gal报告物活性表示用有化合物时的Miller单位值除以无化 合物时的Miller单位值。1.0为无抑制作用，0为完全抑制。
表4.G-014对临床上相关病原体的抗菌活性。
最小抑制浓度(μg/mL) 化合物 SA1 MRSA EF BA SP HI2 MS2 G-014 8 4 32 4 2 64 256 万古霉素 1 1 2 1.5 0.25 64 24
1SA，金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)；MRSA，抗甲氧西林 金黄色葡萄球菌(methicillin resistant Staphylococcus aureus)； EF，粪肠球菌(Enterococcus faecalis)；SP，肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae)；HI，流感嗜血菌(Haemophilus influenza)；MS，耻垢分 枝杆菌(Mycobacterium smegmatis)。
2这些病原体没有鸟嘌呤核糖开关。
表5.嘌呤核糖开关
#STOCKHOLM 1.0
#＝GS NC_003869.1/586365-586467 organism Thermoanaerobacter tengcongensis MB4
#＝GS NC_002570.2/1593074-1592972 organism Bacillus halodurans C-125
#＝GS NC_002570.2/676475-676577 organism Bacillus halodurans C-125
#＝GS NC_000964.2/4004541-4004643 organism Bacillus subtilis subsp.subtilis str.168
#＝GS NC_003366.1/513088-512986 organism Clostridium perfringens str.13
#＝GS NC_000964.2/693775-693877 organism Bacillus subtilis subsp.subtilis str.168
#＝GS NC_002570.2/650309-650411 organism Bacillus halodurans C-125
#＝GS NC_006270.2/2294931-2294831 organism Bacillus licheniformis ATCC 14580
#＝GS NC_006322.1/2295788-2295688 organism Bacillus licheniformis ATCC 14580
#＝GS NC_004193.1/1103943-1104045 organism Occanobacillus iheyensis HTE831
#＝GS NC_003909.8/1650407-1650509 organism Bacillus cereus ATCC 10987
#＝GS NC_003997.3/1497571-1497673 organism Bacillus anthracis str.Ames
#＝GS NC_005945.1/1497645-1497747 organism Bacillus anthracis str.Sterne
#＝GS NC_005957.1/1521880-1521982 organism Bacillus thuringiensis serovar konkukian str.97-27
#＝GS NC_006274.1/1532482-1532584 organism Bacillus cereus ZK
#＝GS NC_007530.2/1497694-1497796 organism Bacillus anthracis str.′Ames Ancestor′
#＝GS NZ_AAAC02000001.1/1985987-1986089 organism Bacillus anthracis str.A2012
#＝GS NZ_AAEK01000008.1/96466-96364 organism Bacillus cereus G9241
#＝GS NZ_AAEN01000011.1/67143-67245 organism Bacillus anthracis str.CNEVA-9066
#＝GS NZ_AAEO01000025.1/66855-66957 organism Bacillus anthracis str.A1055
#＝GS NZ_AAEP01000035.1/69365-69467 organism Bacillus anthracis str.Vollum
#＝GS NZ_AAEQ01000029.1/70848-70950 organism Bacillus anthracis str.Kruger B
#＝GS NZ_AAER01000023.1/58182-58284 organism Bacillus anthracis str.Western North America USA6153
#＝GS NZ_AAES01000034.1/69121-69223 organism Bacillus anthracis str.Australia 94
#＝GS NC_004722.1/1515239-1515341 organism Bacillus cereus ATCC 14579
#＝GS NC_000964.2/697711-697813 organism Bacillus subtilis subsp.subtilis str.168
#＝GS NC_002976.3/54816-54919 organism Staphylococcus epidermidis Rp62A
#＝GS NC_004461.1/2433047-2432944 organism Staphylococcus epidermidis ATCC 12228
#＝GS NC_003030.1/2824953-2824855 organism Clostridi-acetobutylicum ATCC 824
#＝GS NC_003909.8/296465-296567 organism Bacillus cereus ATCC 10987
#＝GS NC_003997.3/262601-262703 organism Bacillus anthracis str.Ames
#＝GS NC_004722.1/261558-261660 organism Bacillus cereus ATCC 14579
#＝GS NC_005945.1/262614-262716 organism Bacillus anthracis str.Sterne
#＝GS NC_005957.1/268537-268639 organism Bacillus thuringiensis serovar konkukian str.97-27
#＝GS NC_006274.1/267835-267937 organism Bacillus cereus ZK
#＝GS NC_007530.2/262601-262703 organism Bacillus anthracis str. ′Ames Ancestor′
#＝GS NZ_AAAC02000001.1/796036-796138 organism Bacillus anthracis str.A2012
#＝GS NZ_AAEK01000017.1/88397-88499 organism Bacillus cereus G9241
#＝GS NZ_AAEN01000023.1/16980-17082 organism Bacillus anthracis str.CNEVA-9066
#＝GS NZ_AAEO01000030.1/17090-17192 organism Bacillus anthracis str.A1055
#＝GS NZ_AAEP01000043.1/12962-13064 organism Bacillus anthracisstr.Vollum
#＝GS NZ_AAEQ01000040.1/4962-4860 organism Bacillus anthracis str.Kruger B
#＝GS NZ_AAER01000030.1/4374-4272 organism Bacillus anthracis str.Western North America USA6153
#＝GS NZ_AAES01000040.1/14760-14862 organism Bacillus anthracis str.Australia 94
#＝GS NC_006270.2/693198-693300 organism Bacillus licheniformis ATCC 14580
#＝GS NC_006322.1/692981-693 083 organism Bacillus licheniformis ATCC 14580
#＝GS NC_004722.1/259601-259703 organism Bacillus cereus ATCC 14579
#＝GS NC_000964.2/2319410-2319310 organism Bacillus subtilis subsp.subtilis str.168
#＝GS NC_003030.1/2905050-2904948 organism Clostridium acetobutylicum ATCC 824
#＝GS NC_003210.1/611119-611017 organism Listeria monocytogenes EGD-e
#＝GS NZ_AADQ01000001.1/2431-2533 organism Listeria monocytogenes str.1/2a F6854
#＝GS NC_003212.1/610156-610054 organism Listeria innocua Clip11262
#＝GS NC_003366.1/422820-422922 organism Clostridium perfringens str.13
#＝GS NC_002973.5/617846-617744 organism Listeria monocytogenes str.4b F2365
#＝GS NZ_AADR01000111.1/1598-1496 organism Listeria monocytogenes str.4b H7858
#＝GS NC_003909.8/294509-294611 organism Bacillus cereus ATCC 10987
#＝GS NC_005957.1/266577-266679 organism Bacillus thuringiensis serovar konkukian str.97-27
#＝GS NC_006274.1/265875-265977 organism Bacillus cereus ZK
#＝GS NC_003366.1/2618421-2618323 organism Clostridium perfringens str.13
#＝GS NC_002973.5/1940027-1939926 organism Listeria monocytogenes str.4b F2365
#＝GS NC_003212.1/2013345-2013244 organism Listeria innocua Clip11262
#＝GS NZ-AADQ01000095.1/1690-1791 organism Listeria monocytogenes str.1/2a F6854
#＝GS NZ_AADR01000082.1/3415-3516 organism Listeria monocytogenes str.4b H7858
#＝GS NC_003366.1/2871201-2871101 organism Clostridium perfringens str.13
#＝GS NC_002745.2/430797-430900 organism Staphylococcus aureus subsp.aureus N315
#＝GS NC_002758.2/430754-430857 organism Staphylococcus aureus subsp.aureus Mu50
#＝GS NC_002951.2/460059-460162 organism Staphylococcus aureus subsp.aureus COL
#＝GS NC_002952.2/441050-441153 organism Staphylococcus aureus subsp.aureus MRSA252
#＝GS NC_002953.3/409191-409294 organism Staphylococcus aureus subsp.aureus MSSA476
#＝GS NC_003923.1/410546-410649 organism Staphylococcus aureus subsp.aureus MW2
#＝GS NC_006582.1/1115665-1115767 organism Bacillus clausii KSM-K16
#＝GS NC_006510.1/274257-274359 organism Geobacillus kaustophilus HTA426
#＝GS NC_003210.1/1958922-1958821 organism Listeria monocytogenes EGD-e
#＝GS NC_006270.2/697054-697156 organism Bacillus licheniformis ATCC 14580
#＝GS NC_006322.1/696838-696940 organism Bacillus licheniformis ATCC 14580
#＝GS NC_006510.1/282580-282682 organism Geobacillus kaustophilus HTA426
#＝GS NC_003997.3/260641-260743 organism Bacillus anthracis str.Ames
#＝GS NC_005945.1/260654-260756 organism Bacillus anthracis str.Sterne
#＝GS NC_007530.2/260641-260743 organism Bacillus anthracis str.′Ames Ancestor′
#＝GS NZ AAEK01000017.1/86437-86539 organism Bacillus cereus G9241
#＝GS NZ_AAEN01000023.1/15020-15122 organism Bacillus anthracis str.CNEVA-9066
#＝GS N2_AAEO01000030.1/15130-15232 organism Bacillus anthracis str.A1055
#＝GS NZ_AAEp01000043.1/11002-11104 organism Bacillus anthracis str.Vollum
#＝GS NZ_AAEQ01000040.1/6922-6820 organism Bacillus anthracis str.Kruger B
#＝GS NZ_AAER01000030.1/6334-6232 organism Bacillus anthracis str.Western North America USA6153
#＝GS NZ_AAES01000040.1/12800-12902 organism Bacillus anthracis str.Australia 94
#＝GS NC_004193.1/760473-760575 organism Oceanobacillus iheyensis HTE831
#＝GS NC_006270.2/4024210-4024312 organism Bacillus licheniformis ATCC 14580
#＝GS NC_006322.1/4024324-4024426 organism Bacillus licheniformis ATCC 14580
#＝GS NC_004193.1/786767-786868 organism Oceanobacillus iheyensis HTE831
#＝GS NC_002662.1/1159509-1159607 organism Lactococcus lactis subsp.lactis I11403
#＝GS NC_000964.2/625993-625893 organism Bacillus subtilis subsp.subtilis str.168
#＝GS NC_003909.8/382630-382528 organism Bacillus cereus ATCC 10987
#＝GS NC_003997.3/342356-342254 organism Bacillus anthracis str.Ames
#＝GS NC_005945.1/342369-342267 organism Bacillus anthracis str.Sterne
#＝GS NC_005957.1/356354-356252 organism Bacillus thuringiensis serovar konkukian str.97-27
#＝GS NC_006274.1/357462-357360 organism Bacillus cereus ZK
#＝GS NC_007530.2/342356-342254 organism Bacillus anthracis str.′Ames Ancestor′
#＝GS NZ_AAAC02000001.1/859268-859166 organism Bacillus anthracis str.A2012
#＝GS NZ_AAEK01000051.1/8150-8252 organism Bacillus cereus G9241
#＝GS NZ_AAEN01000023.1/83441-83339 organism Bacillus anthracis str.CNEVA-9066
#＝GS NZ_AAEO01000030.1/96886-96784 organism Bacillus anthracis str.A1055
#＝GS NZ_AAEP01000046.1/48810-48708 organism Bacillus anthracis str.Vollum
#＝GS NZ_AAAEQ01000034.1/49483-49381 organism Bacillus anthracis str.Kruger B
#＝GS NZ_AAER01000042.1/191339-191441 organism Bacillus anthracis str.Western North America USA6153
#＝GS NZ_AAES01000043.1/48479-48377 organism Bacillus anthracis str.Australia 94
#＝GS NZ_AAAC02000001.1/794076-794178 organism Bacillus anthracis str.A2012
#＝GS NC_003030.1/1002176-1002275 organism Clostridium acetobutylicum ATCC 824
#＝GS NC_006582.1/1554717-1554819 organism Bacillus clausii KSM-K16
#＝GS NC_003909.8/336194-336296 organism Bacillus cereus ATCC 10987
#＝GS NC_003997.3/295331-295433 organism Bacillus anthracis str.Ames
#＝GS NC_005945.1/295344-295446 organism Bacillus anthracis str.Sterne
#＝GS NC_005957.1/309524-309626 organism Bacillus thuringiensis serovar konkukian str.97-27
#＝GS NC_006274.1/309094-309196 organism Bacillus cereus ZK
#＝GS NC_007530.2/295331-295433 organism Bacillus anthracis str.′Ames Ancestor′
#＝GS NZ_AAAC02000001.1/812243-812345 organism Bacillus anthracis str.A2012
#＝GS NZ_AAEK01000064.1/23 153-23051 organism Bacillus cereus G9241
#＝GS NZ_AAEN01000023.1/36414-36516 organism Bacillus anthracis str.CNEVA-9066
#＝GS NZ_AAEO01000030.1/49824-49926 organism Bacillus anthracis str.A1055
#＝GS NZ_AAEP01000046.1/1785-1887 organism Bacillus anthracis str.Vollum
#＝GS NZ_AAEQ01000034.1/2457-2559 organism Bacillus anthracis str.Kruger B
#＝GS NZ_AAER01000042.1/238364-238262 organism Bacillus anthracis str.Western North America USA6153
#＝GS NZ_AAES01000043.1/1489-1591 organism Bacillus anthracis str.Australia 94
#＝GS NC_004193.1/769686-769787 organism Oceanobacillus iheyensis HTE831
#＝GS NC_004722.1/343847-343745 organism Bacillus cereus ATCC 14579
#＝GS NZ_AAAW03000042.1/15038-14936 organism Desulfitobacterium hafniense DCB-2
#＝GS NZ_AADT03000005.1/34629-34731 organism Moorella thermoacetica ATCC 39073
#＝GS NC_002570.2/648442-648544 organism Bacillus halodurans C-125
#＝GS NC_004722.1/298774-298876 organism Bacillus cereus ATCC 14579
#＝GS NC_006510.1/272473-272575 organism Geobacillus kaustophilus HTA426
#＝GS NZ_AADW02000004.1/225764-225662 organism Exiguobacterium sp.255-15
#＝GS NC_006274.1/3685852-3685750 organism Bacillus cereus ZK
#＝GS NZ_AAGO01000011.1/2345-2247 organism Lactococcus lactis subsp.cremoris SK11
#＝GS NZ_AAAK03000113.1/5724-5822 organism Enterococcus faecium DO
#＝GS NZ_AADW02000005.1/186378-186480 organism Exiguobacterium sp.255-15
#＝GS NC_003909.8/3578068-3577966 organism Bacillus cereus ATCC 10987
#＝GS NC_003997.3/3605298-3605196 organism Bacillus anthracis str.Ames
#＝GS NC_004722.1/3766254-3766152 organism Bacillus cereus ATCC 14579
#＝GS NC_005945.1/3605993-3605891 organism Bacillus anthracis str.Sterne
#＝GS NC_005957.1/3626969-3626867 organism Bacillus thuringiensis serovar konkukian str.97-27
#＝GS NC_007530.2/3605425-3605323 organism Bacillus anthracis str.′Ames Ancestor ′
#＝GS NZ_AAAC02000001.1/4059572-4059470 organism Bacillus anthracis str.A2012
#＝GS NZ_AAEN01000012.1/139994-140096 organism Bacillus anthracis str.CNEVA-9066
#＝GS NZ_AAEO01000020.1/51249-51351 organism Bacillus anthracis str.A1055
#＝GS NZ_AAEP01000042.1/12489-12387 organism Bacillus anthracis str.Vollum
#＝GS NZ_AAEQ01000019.1/51159-51261 organism Bacillus anthracis str.Kruger B
#＝GS NZ_AAER01000035.1/118314-118212 organism Bacillus anthracis str.Western North America USA6153
#＝GS NZ_AAES01000032.1/51320-51422 organism Bacillus anthracis str.Australia 94
#＝GS NC_006371.1/1538896-1538796 organism photobacterium profundum SS9
#＝GS NC_004460.1/504371-504471 organism Vibrio vulnificus CMCP6
#＝GS NC_005140.1/1130553-1130653 organism Vibrio vulnificus YJ016
#＝GS NC_004116.1/1094305-1094209 organism Streptococcus agalactiae 2603V/R
#＝GS NC_004368.1/1163490-1163394 organism Streptococcus agalactiae NEM316
#＝GS NZ_AADT03000005.1/42245-42347 organism Moorella thermoacetica ATCC 39073
#＝GS NC_004557.1/2551392-2551293 organism Clostridium tetani E88
#＝GS NC_003028.1/1754786-1754882 organism Streptococcus pneumoniae TIGR4
#＝GS NC_003098.1/1634825-1634921 organism Streptococcus pneumoniae R6
#＝GS NZ_AAGY01000085.1/5640-5736 organism Streptococcus pneumoniae TIGR4
#＝GS NZ_AAEK01000001.1/183902-184006 organism Bacillus cereus G9241
#＝GS NC_003454.1/1645820-1645721 organism Fusobacterium nucleatum subsp.nucleatum ATCC 25586
#＝GS NZ_AADW02000027.1/2980-2880 organism Exiguobacterium sp.255-15
#＝GS NZ_AADW02000005.1/179959-180061 organism Exiguobacterium sp. 255-15
#＝GS NC_006582.1/1039390-1039492 organism Bacillus clausii KSM-K16
#＝GS NC_002737.1/930749-930845 organism Streptococcus pyogenes M1 GAS
#＝GS NC_003485.1/910599-910695 organism Streptococcus pyogenes MGAS8232
#＝GS NC_004070.1/846557-846653 organism Streptococcus pyogenes MGAS315
#＝GS NC_004606.1/977077-977173 organism Streptococcus pyogenes SSI-1
#＝GS NC_006086.1/857664-857760 organism Streptococcus pyogenes MGAS10394
#＝GS NZ_AAFV01000199.1/507-411 organism Streptococcus pyogenes M49 591
#＝GS NC_004605.1/1369721-1369821 organism Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633
#＝GS NZ_AAAW03000004.1/66862-66959 organism Desulfitobacterium hafniense DCB-2
#＝GS NC_004567.1/2968830-2968731 organism Lactobacillus plantarum WCFS1
#＝GS NZ_AAEV01000003.1/13765-13667 organism Pediococcus pentosaceus ATCC 25745
#＝GS NC_002570.2/806873-806971 organism Bacillus halodurans C-125
#＝GS NZ_AAEK01000052.1/27552-27452 organism Bacillus cereus G9241
#＝GS NC_006814.1/237722-237626 organism Lactobacillus acidophilus NCFM
#＝GS NC_005363.1/3414604-3414703 organism Bdellovibrio bacteriovorus HD100
#＝GS NZ_AADT03000021.1/9410-9513 organism Moorella thermoacetica ATCC 39073
#＝GS NC_004668.1/2288426-2288328 organism Enterococcus faecalis V583
#＝GS NC_006449.1/1182949-1183044 organism Streptococcus thermophilus CNRZ1066
#＝GS NZ_AAGS01000026.1/9921-10016 organism Streptococcus thermophilus LMD-9
#＝GS NZ_AAGQ01000089.1/170-269 organism Lactobacillus delbrueckii subsp.bulgaricus ATCC BAA-365
#＝GS NZ_AABF02000293.1/1-98 organism Fusobacterium nucleatum subsp.vincentii ATCC 49256
#＝GS NC_006448.1/1185082-1185177 organism Streptococcus thermophilus LMG 18311
#＝GS NC_004567.1/2410478-2410577 organism Lactobacillus plantarum WCFS1
#＝GS NZ_AABJ03000010.1/47704-47802 organism Oenococcus oeni PSU-1
#＝GS NZ_AADT03000002.1/89184-89083 organism Moorella thermoacetica ATCC 39073
#＝GS NC_006814.1/1971978-1972076 organism Lactobacillus acidophilus NCFM
#＝GS NZ_AAAO02000016.1/1579-1480 organism Lactobacillus gasseri
#＝GS NC_005362.1/1949387-1949485 organism Lactobacillus johnsonii NCC 533
#＝GS NZ_AAAO02000035.1/3299-3201 organism Lactobacillus gasseri
#＝GS NC_005362.1/263146-263049 organism Lactobacillus johnsonii NCC 533
#＝GS NC_005363.1/2004933-2004835 organism Bdellovibrio bacteriovorus HD100
#＝GS NZ_AADT03000002.1/98293-98192 organism Moorella thermoacetica ATCC 39073
#＝GS NZ_AABH02000036.1/17403-17500 organism Leuconostoc mesenteroides subsp.mesenteroides ATCC 8293
#＝GS NC_006055.1/484139-484044 organism Mesoplasma florum L1
#＝GS NZ_AABH02000272.1/211-308 organism Leuconostoc mesenteroides subsp.mesenteroides ATCC 8293
#＝GS NZ_AABJ03000003.1/47905-47810 organism Oenococcus oeni PSU-1
#＝GS NZ_AABH02000038.1/17559-17463 organism Leuconostoc mesenteroides subsp.mesenteroides ATCC 8293
#＝GS NC_006055.1/397027-397123 organism Mesoplasma florum L1
#＝GS NC_003869.1/586365-586467 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Clostridia；Thermoanaerobacteriales；
Thermoanaerobacteriaceae；Thermoanaerobacter；tengcongensis
#＝GS NC_002570.2/1593074-1592972 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
halodurans
#＝GS NC_002570.2/676475-676577 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
halodurans
#＝GS NC_000964.2/4004541-4004643 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
subtilis
#＝GS NC_003366.1/513088-512986 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Clostridia；Clostridiales；
Clostridiaceae；Clostridium；perfringens
#＝GS NC_000964.2/693775-693877 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
subtilis
#＝GS NC_002570.2/650309-650411 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
halodurans
#＝GS NC_006270.2/2294931-2294831 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
licheniformis
#＝GS NC_006322.1/2295788-2295688 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
licheniformis
#＝GS NC_004193.1/1103943-1104045 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Oceanobacillus；
iheyensis
#＝GS NC_003909.8/1650407-1650509 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereusgroup；Bacillus；cereus
#＝GS NC_003997.3/1497571-1497673 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NC_005945.1/1497645-1497747 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NC_005957.1/1521880-1521982 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；thuringiensis
#＝GS NC_006274.1/1532482-1532584 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NC_007530.2/1497694-1497796 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAAC02000001.1/1985987-1986089 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEK01000008.1/96466-96364 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NZ_AAEN01000011.1/67143-67245 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEO01000025.1/66855-66957 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEP01000035.1/69365-69467 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEQ01000029.1/70848-70950 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAER01000023.1/58182-58284 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAES01000034.1/69121-69223 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NC_004722.1/1515239-1515341 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereusgroup；Bacillus；cereus
#＝GS NC_000964.2/697711-697813 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
subtilis
#＝GS NC_002976.3/54816-54919 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Staphylococcus；epidermidis
#＝GS NC_004461.1/2433047-2432944 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Staphylococcus；epidermidis
#＝GS NC_003030.1/2824953-2824855 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Clostridia；Clostridiales；
Clostridiaceae；Clostridium；acetobutylicum
#＝GS NC_003909.8/296465-296567 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereusgroup；Bacillus；cereus
#＝GS NC_003997.3/262601-262703 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereusgroup；Bacillus；anthracis
#＝GS NC_004722.1/261558-261660 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NC_005945.1/262614-262716 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NC_005957.1/268537-268639 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；thuringiensis
#＝GS NC_006274.1/267835-267937 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NC_007530.2/262601-262703 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAAC02000001.1/796036-796138 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEK01000017.1/88397-88499 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NZ-AAEN01000023.1/16980-17082 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEO01000030.l/17090-17192 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEP01000043.1/12962-13064 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereusgroup；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEQ01000040.1/4962-4860 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereusgroup；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAER01000030.1/4374-4272 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAES01000040.1/14760-14862 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NC_006270.2/693198-693300 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
licheniformis
#＝GS NC_006322.1/692981-693083 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
licheniformis
#＝GS NC_004722.1/259601-259703 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NC_000964.2/2319410-2319310 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
subtilis
#＝GS NC_003030.1/2905050-2904948 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Clostridia；Clostridiales；
Clostridiaceae；Clostridium；acetobutylicum
#＝GS NC_003210.1/611119-611017 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Listeriaceae；Listeria；
monocytogenes
#＝GS NZ_AADQ01000001.1/2431-2533 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Listeriaceae；Listeria；
monocytogenes
#＝GS NC_003212.1/610156-610054 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Listeriaceae；Listeria；
innocua
#＝GS NC_003366.1/422820-422922 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Clostridia；Clostridiales；
Clostridiaceae；Clostridium；perfringens
#＝GS NC_002973.5/617846-617744 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Listeriaceae；Listeria；
monocytogenes
#＝GS NZ_AADR01000111.1/1598-1496 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Listeriaceae；Listeria；
monocytogenes
#＝GS NC 003909.8/294509-294611 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NC_005957.1/266577-266679 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；thuringiensis
#＝GS NC_006274.1/265875-265977 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereusgroup；Bacillus；cereus
#＝GS NC_003366.1/2618421-2618323 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Clostridia；Clostridiales；
Clostridiaceae；Clostridium；perfringens
#＝GS NC_002973.5/1940027-1939926 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Listeriaceae；Listeria；
monocytogenes
#＝GS NC_003212.1/2013345-2013244 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Listeriaceae；Listeria；
innocua
#＝GS NZ_AADQ01000095.1/1690-1791 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Listeriaceae；Listeria；
monocytogenes
#＝GS NZ_AADR01000082.1/3415-3516 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Listeriaceae；Listeria；
monocytogenes
#＝GS NC_003366.1/2871201-2871101 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Clostridia；Clostridiales；
Clostridiaceae；Clostridium；perfringens
#＝GS NC_002745.2/430797-430900 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Staphylococcus；aureus
#＝GS NC_002758.2/430754-430857 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Staphylococcus；aureus
#＝GS NC_002951.2/460059-460162 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Staphylococcus；aureus
#＝GS NC_002952.2/441050-441153 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Staphylococcus；aureus
#＝GS NC_002953.3/409191-409294 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Staphylococcus；aureus
#＝GS NC_003923.1/410546-410649 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Staphylococcus；aureus
#＝GS NC_006582.1/1115665-1115767 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
clausii
#＝GS NC_006510.1/274257-274359 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Geobacillus；
kaustophilus
#＝GS NC_003210.1/1958922-1958821 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Listeriaceae；Listeria；
#＝GS NC_006270.2/697054-697156 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
licheniformis
#＝GS NC_006322.1/696838-696940 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
licheniformis
#＝GS NC_006510.1/282580-282682 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Geobacillus；
kaustophilus
#＝GS NC_003997.3/260641-260743 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacinus；
Bacillus；cereusgroup；Bacillus；anthracis
#＝GS NC_005945.1/260654-260756 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NC_007530.2/260641-260743 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEK01000017.1/86437-86539 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NZ_AAEN01000023.1/15020-15122 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEO01000030.1/15130-15232 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereusgroup；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEP01000043.1/11002-11104 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEQ01000040.1/6922-6820 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAER01000030.1/6334-6232 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAES01000040.1/12800-12902 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NC_004193.1/760473-760575 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Oceanobacillus；
iheyensis
#＝GS NC-006270.2/4024210-4024312 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
licheniformis
#＝GS NC_006322.1/4024324-4024426 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
licheniformis
#＝GS NC_004193.1/786767-786868 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Oceanobacillus；
iheyensis
#＝GS NC_002662.1/1159509-1159607 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Streptococcaceae；
#＝GS NC_000964.2/625993-625893 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
subtilis
#＝GS NC_003909.8/382630-382528 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NC_003997.3/342356-342254 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NC_005945.1/342369-342267 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NC_005957.1/356354-356252 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；thuringiensis
#＝GS NC_006274.1/357462-357360 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NC_007530.2/342356-342254 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ__AAAC02000001.1/859268-859166 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEK01000051.1/8150-8252 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NZ_AAEN01000023.1/83441-83339 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereusgroup；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEO01000030.1/96886-96784 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEP01000046.1/48810-48708 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEQ01000034.1/49483-49381 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAER01000042.1/191339-191441 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAES01000043.1/48479-48377 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAAC02000001.1/794076-794178 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NC_003030.1/1002176-1002275 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Clostridia；Clostridiales；
Clostridiaceae；Clostridium；acetobutylicum
#＝GS NC_006582.1/1554717-1554819 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Baciliales；Bacillaceae；Bacillus；
clausii
#＝GS NC_003909.8/336194-336296 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NC_003997.3/295331-295433 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NC_005945.1/295344-295446 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NC_005957.1/309524-309626 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；thuringiensis
#＝GS NC_006274.1/309094-309196 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NC_007530.2/295331-295433 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAAC02000001.1/812243-812345 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEK01000064.1/23153-23051 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NZ_AAEN01000023.1/36414-36516 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEO01000030.1/49824-49926 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEP01000046.1/1785-1887 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEQ01000034.1/2457-2559 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAER01000042.1/238364-238262 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAES01000043.1/1489-1591 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NC_004193.1/769686-769787 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Oceanobacillus；
iheyensis
#＝GS NC_004722.1/343847-343745 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NZ_AAAW03000042.1/15038-14936 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Clostridia；Clostridiales；
Peptococcaceae；Desulfitobacterium；hafniense
#＝GS NZ_AADT03000005.1/34629-34731 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Clostridia；Thermoanaerobacteriales；
Thermoanaerobacteriaceae；Moorella group；Moorella；thermoacetica
#＝GS NC_002570.2/648442-648544 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
halodurans
#＝GS NC_004722.1/298774-298876 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus； cereus group； Bacillus；cereus
#＝GS NC_006510.1/272473-272575 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Geobacillus；
kaustophilus
#＝GS NZ_AADW02000004.1/225764-225662 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Exiguobacterium；
sp.
#＝GS NC_006274.1/3685852-3685750 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NZ_AAGO01000011.1/2345-2247 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Streptococcaceae；
Lactococcus；lactis
#＝GS NZ_AAAK03000113.1/5724-5822 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Enterococcaceae；
Enterococcus；faecium
#＝GS NZ_AADW02000005.1/186378-186480 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Exiguobacterium；
sp.
#＝GS NC_003909.8/3578068-3577966 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NC_003997.3/3605298-3605196 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NC_004722.1/3766254-3766152 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereusgroup；Bacillus；cereus
#＝GS NC_005945.1/3605993-3605891 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereusgroup；Bacillus；anthracis
#＝GS NC_005957.1/3626969-3626867 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；thuringiensis
#＝GS NC_007530.2/3605425-3605323 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereusgroup；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAAC02000001.1/4059572-4059470 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereusgroup；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEN01000012.1/139994-140096 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereusgroup；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEO01000020.1/51249-51351 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales； Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEP01000042.1/12489-12387 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereusgroup；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEQ01000019.1/51159-51261 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAER01000035.1/118314-118212 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus anthracis
#＝GS NZ_AAES01000032.1/51320-51422 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereusgroup；Bacillus anthracis
#＝GS NC_006371.1/1538896-1538796 taxonomy Bacteria；proteobacteria；Gammaproteobacteria；Vibrionales；
Vibrionaceae；photobacterium；profundum
#＝GS NC_004460.1/504371-504471 taxonomy Bacteria；proteobacteria；Gammaproteobacteria；Vibrionales；
Vibrionaceae；Vibrio；vulnificus
#＝GS NC_005140.1/1130553-1130653 taxonomy Bacteria；proteobacteria；Gammaproteobacteria；Vibrionales；
Vibrionaceae；Vibrio；vulnificus
#＝GS NC_004116.1/1094305-1094209 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Streptococcaceae；
Streptococcus；agalactiae
#＝GS NC_004368.1/1163490-1163394 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Streptococcaceae；
Streptococcus；agalactiae
#＝GS NZ_AADT03000005.1/42245-42347 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Clostridia；Thermoanaerobacteriales；
Thermoanaerobacteriaceae；Moorella group；Moorella；thermoacetica
#＝GS NC_004557.1/2551392-2551293 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Clostridia；Clostridiales；
Clostridiaceae；Clostridium；tetani
#＝GS NC_003028.1/1754786-1754882 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Streptococcaceae；
Streptococcus；pneumoniae
#＝GS NC_003098.1/1634825-1634921 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Streptococcaceae；
Streptococcus；pneumoniae
#＝GS NZ_AAGY01000085.1/5640-5736 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Streptococcaceae；
Streptococcus；pneumoniae
#＝GS NZ_AAEK01000001.1/183902-184006 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NC_003454.1/1645820-1645721 taxonomy Bacteria；Fusobacteria；Fusobacterales；Fusobacteriaceae；
Fusobacterium；nucleatum
#＝GS NZ_AADW02000027.1/2980-2880 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales； Bacillaceae；Exiguobacterium；
sp.
#＝GS NZ_AADW02000005.1/179959-180061 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Exiguobacterium；
sp.
#＝GS NC_006582.1/1039390-1039492 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
clausii
#＝GS NC_002737.1/930749-930845 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Streptococcaceae；
Streptococcus；pyogenes
#＝GS NC_003485.1/910599-910695 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales； Streptococcaceae；
Streptococcus；pyogenes
#＝GS NC_004070.1/846557-846653 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Streptococcaceae；
Streptococcus；pyogenes
#＝GS NC_004606.1/977077-977173 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Streptococcaceae；
Streptococcus；pyogenes
#＝GS NC_006086.1/857664-857760 taxonomy Bacteria； Firmicutes；Lactobacillales；Streptococcaceae；
Streptococcus；pyogenes
#＝GS NZ_AAFV01000199.1/507-411 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Streptococcaceae；
Streptococcus；pyogenes
#＝GS NC_004605.1/1369721-1369821 taxonomy Bacteria；Proteobacteria；Gammaproteobacteria；Vibrionales；
Vibrionaceae；Vibrio；parahaemolyticus
#＝GS NZ_AAAW03000004.1/66862-66959 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Clostridia；Clostridiales；
Peptococcaceae；Desulfitobacterium；hafniense
#＝GS NC_004567.1/2968830-2968731 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Lactobacillaceae；
Lactobacillus；plantarum
#＝GS NZ_AAEV01000003.1/13765-13667 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Lactobacillaceae；
Pediococcus；pentosaceus
#＝GS NC_002570.2/806873-806971 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
halodurans
#＝GS NZ_AAEK01000052.1/27552-27452 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NC_006814.1/237722-237626 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Lactobacillaceae；
Lactobacillus；acidophilus
#＝GSNC_005363.1/3414604-3414703 taxonomy Bacteria；proteobacteria；Deltaproteobacteria；
Bdellovibrionales；Bdellovibrionaceae；Bdellovibrio；bacteriovorus
#＝GS N2_AADT03000021.1/9410-9513 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Clostridia；Thermoanaerobacteriales；
Thermoanaerobacteriaceae；Moorella group；Moorella；thermoacetica
#＝GS NC_004668.1/2288426-2288328 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Enterococcaceae；
Enterococcus；faecalis
#＝GS NC_006449.1/1182949-1183044 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Streptococcaceae；
Streptococcus；thermophilus
#＝GS NZ_AAS01000026.1/9921-10016 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Streptococcaceae；
Streptococcus；thermophilus
#＝GS NZ_AAGQ01000089.1/170-269 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Lactobacillaceae；
Lactobacillus；delbrueckii
#＝GS NZ_AABF02000293.1/1-98 taxonomy Bacteria；Fusobacteria；Fusobacteria(class)；Fusobacterales；
Fusobacteriaceae；Fusobacterium；nucleatum
#＝GS NC_006448.1/1185082-1185177 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Streptococcaceae；
Streptococcus；thermophilus
#＝GS NC_004567.1/2410478-2410577 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Lactobacillaceae；
Lactobacillus；plantarum
#＝GS NZ_AABJ03000010.1/47704-47802 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Oenococcus；oeni
#＝GS NZ_AADT03000002.1/89184-89083 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Clostridia；Thermoanaerobacteriales；
Thermoanaerobacteriaceae；Moorella group；Moorella；thermoacetica
#＝GS NC_006814.1/1971978-1972076 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Lactobacillaceae；
Lactobacillus；acidophilus
#＝GS NZ_AAAO02000016.1/1579-1480 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Lactobacillaceae；
Lactobacillus；gasseri
#＝GS NC_005362.1/1949387-1949485 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Lactobacillaceae；
Lactobacillus；johnsonii
#＝GS NZAAAO02000035.1/3299-3201 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Lactobacillaceae；
Lactobacillus；gasseri
#＝GS NC_005362.1/263146-263049 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Lactobacillaceae；
Lactobacillus；johnsonii
#＝GS NC_005363.1/2004933-2004835 taxonomy Bacteria；proteobacteria；Deltaproteobacteria；
Bdellovibrionales；Bdellovibrionaceae；Bdellovibrio；bacteriovorus
#＝GS NZ_AADT03000002.1/98293-98192 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Clostridia；Thermoanaerobacteriales；
Thermoanaerobacteriaceae；Moorella group；Moorella；thermoacetica
#＝GS NZ_AABH02000036.1/17403-17500 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Leuconostoc；
mesenteroides
#＝GS NC_006055.1/484139-484044 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Mollicutes；Entomoplasmatales；
Entomoplasmataceae；Mesoplasma；florum
#＝GS NZ_AABH02000272.1/211-308 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Leuconostoc；
mesenteroides
#＝GS NZ_AABJ03000003.1/47905-47810 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Oenococcus；oeni
#＝GS NZ_AABH02000038.1/17559-17463 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Leuconostoc；
mesenteroides
#＝GS NC_006055.1/397027-397123 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Mollicutes；Entomoplasmatales；
Entomoplasmataceae；Mesoplasma；florum
NC_003869.1/586365-586467 SEQ ID NO：12
AAAAAUUUAAUAAGA.AG.CACUCAUUAAUCCCGAGA.AU.AUGGCUCGGGA.GUCUCUACCGAACAACC..GUAAAUUGUUC.G.ACUAUGAGUGAAAAGU.GUACCUAGGG
NC_002570.2/1593074-1592972 SEQ ID NO：13
AUUUACAUUAAAAAA.AG.CACUCGUAUAAUCGCGGGA.AU.AGGGCCCGCAA.GUUUCUACCAGGCUGCC..GUAAACAGCCU.G.ACUACGAGUGAUACU.UUGACAUAGA
NC_002570.2/676475-676577 SEQ ID NO：14
CGUUCUUUAUAUAAA.GU.ACCUCAUAUAAUCUUGGGA.AU.AUGGCCCAAAA.GUUUCUACCUGCUGACC..GUAAAUCGGCG.G.ACUAUGGGGAAAGAU.UUUGGAUCUU
NC_000964.2/4004541-4004643 SEQ ID NO：15
CAUCUUAGAAAAAGA.CA.UUCUUGUAUAUGAUCAGUA.AU.AUGGUCUGAUU.GUUUCUACCUAGUAACC..GUAAAAAACUA.G.ACUACAAGAAAGUUU.GAAUAAAUUU
NC_003366.1/513088-512986 SEQ ID NO：16
UAAGUGUAUUAAAUU.UU.AACUCGUAUAUAAUCGGUA.AU.AUGGUCCGAAA.GUUUCUACCUGCUAACC..GUAAAAUAGCA.G.ACUACGAGGAGUUGU.ACUAUAAAUU
NC_000964.2/693775-693877 SEQ ID NO：17
AGAAAUCAAAUAAGA.UG.AAUUCGUAUAAUCGCGGGA.AU.AUGGCUCGCAA.GUCUCUACCAAGCUACC..GUAAAUGGCUU.G.ACUACGUAAACAUUU.CUUUCGUUUG
NC_002570.2/650309-650411 SEQ ID NO：18
AAUAAAUCGAAAACA.UC.AUUUCGUAUAAUGGCAGGA.AU.AGGGCCUGCGA.GUUUCUACCAAGCUACC..GUAAAUAGCUU.G.ACUACGAAAAUAAUG.GGUUUUUUAC
NC_006270.2/2294931-2294831 SEQ ID NO：19
AAUUUGAUACAUUAU.AU.CACUCAUAUAAUCGCGUGG.AU.AUGGCACGCAA.GUUUCUACCGGGCA-CC..GUAAA-UGUCC.G.ACUAUGAGUGGGCGA.UAAGAAAACG
NC_006322.1/2295788-2295688 SEQ ID NO：20
AAUUUGAUACAUUAU.AU.CACUCAUAUAAUCGCGUGG.AU.AUGGCACGCAA.GUUUCUACCGGGCA-CC..GUAAA-UGUCC.G.ACUAUGAGUGGGCGA.UAAGAAAACG
NC_004193.1/1103943-1104045 SEQ ID NO：21
AAACCUUAUAUAUAG.UU.UUUUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUUUCUACCGGUUUACC..GUAAAUGAACC.G.ACUAUGGAAAAGCGG.AAAAUUCGAU
NC_003909.8/1650407-1650509 SEQ ID NO：22
AAAUAAAUAGUUAGC.UA.CACUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUUUCUACCGAAGUACC..GUAAAUACUUU.G.ACUAUGAGUGAGGAC.GAAUAUAUUU
NC_003997.3/1497571-1497673 SEQ ID NO：23
AAAUAAAUAGUUAGC.UA.CACUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUUUCUACCGAAGUACC..GUAAAUACUUU.G.ACUAUGAGUGAGGAC.GAAUAUAUUU
NC_005945.1/1497645-1497747 SEQ ID NO：24
AAAUAAAUAGUUAGC.UA.CACUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUUUCUACCGAAGUACC..GUAAAUACUUU.G.ACUAUGAGUGAGGAC.GAAUAUAUUU
NC_005957.1/1521880-1521982 SEQ ID NO：25
AAAUAAAUAGUUAGC.UA.CACUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUUUCUACCGAAGUACC..GUAAUACUUUU.G.ACUAUGAGUGAGGAC.GAAUAUAUUU
NC_006274.1/1532482-1532584 SEQ ID NO：26
AAAUAAAUAGUUAGC.UA.CACUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUUUCUACCGAAGUACC..GUAAAUACUUU.G.ACUAUGAGUGAGGAC.GAAUAUAUUU
NC_007530.2/1497694-1497796 SEQ ID NO：27
AAAUAAAUAGUUAGC.UA.CACUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUUUCUACCGAAGUACC..GUAAAUACUUU.G.ACUAUGAGUGAGGAC.GAAUAUAUUU
NZ_AAAC02000001.1/1985987-1986089 SEQ ID NO：28
AAAUAAAUAGUUAGC.UA.CACUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUUUCUACCGAAGUACC..GUAAAUACUUU.G.ACUAUGAGUGAGGAC.GAAUAUAUUU
NZ_AAEK01000008.1/96466-96364 SEQ ID NO：29
AAAUAAAUAGUUAGC.UA.CACUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUUUCUACCGAAGUACC..GUAAAUACUUU.G.ACUAUGAGUGAGGAC.GAAUAUAUUU
NZ_AAEN01000011.1/67143-67245 SEQ ID NO：30
AAAUAAAUAGUUAGC.UA.CACUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUUUCUACCGAAGUACC..GUAAAUACUUU.G.ACUAUGAGUGAGGAC.GAAUAUAUUU
NZ_AAEO01000025.1/66855-66957 SEQ ID NO：31
AAAUAAAUAGUUAGC.UA.CACUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUUUCUACCGAAGUACC..GUAAAUACUUU.G.ACUAUGAGUGAGGAC.GAAUAUAUUU
NZ_AAEP01000035.1/69365-69467 SEQ ID NO：32
AAAUAAAUAGUUAGC.UA.CACUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUUUCUACCGAAGUACC..GUAAAUACUUU.G.ACUAUGAGUGAGGAC.GAAUAUAUUU
NZ_AAEQ01000029.1/70848-70950 SEQ ID NO：33
AAAUAAAUAGUUAGC.UA.CACUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUUUCUACCGAAGUACC..GUAAAUACUUU.G.ACUAUGAGUGAGGAC.GAAUAUAUUU
NZ_AAER01000023.1/58182-58284 SEQ ID NO：34
AAAUAAAUAGUUAGC.UA.CACUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUUUCUACCGAAGUACC..GUAAAUACUUU.G.ACUAUGAGUGAGGAC.GAAUAUAUUU
NZ_AAES01000034.1/69121-69223 SEQ ID NO：35
AAAUAAAUAGUUAGC.UA.CACUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUUUCUACCGAAGUACC..GUAAAUACUUU.G.ACUAUGAGUGAGGAC.GAAUAUAUUU
NC_004722.1/1515239-1515341 SEQ ID NO：36
AAAUAAAUAGUUAGC.UA.CACUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUUUCUACCGAAGUACC..GUAAAUACUUU.G.ACUAUGAGUGAGGAC.GAAUAUAAUU
Nc_000964.2/697711-697813 SEQ ID NO：37
CAUGAAAUCAAAACA.CG.ACCUCAUAUAAUCUUGGGA.AU.AUGGCCCAUAA.GUUUCUACCCGGCAACC..GUAAAUUGCCG.G.ACUAUGCAGGAAAGU.GAUCGAUAAA
NC_002976.3/54816-54919 SEQ ID NO：38
CAUAAAAUAAUUUAU.AU.GACUCAUAUAAUCUAGAGA.AU.AUGGCUUUAGAaGUUUCUACCGUGUCGCC..AUAAACGACAC.G.ACUAUGAGUAACAAU.CCAAUACAUU
NC_004461.1/2433047-2432944 SEQ ID NO：39
CAUAAAAUAAUUUAU.AU.GACUCAUAUAAUCUAGAGA.AU.AUGGCUUUAGAaGUUUCUACCGUGUCGCC..AUAAACGACAC.G.ACUAUGAGUAACAAU.CCAAUACAUU
Nc_003030.1/2824953-2824855 SEQ ID NO：40
AAUCGUUAAUAUAGU.UU.AACUCAUAUAU-UUCCUGA.AU.AUGGCAGGAU-.GUUUCUACAAGGAA-CC..UUAAA-UUUCU.U.ACUAUGAGUGAUUUG.UUUGUAUGCA
Nc-003909.8/296465-296567 SEQ ID NO：41
GAAAAGUGAAUAUUA.UG.CCGUCGUAUAAUAUCGGGG.AU.AUGGCCCGAAA.GUUUCUACCUAGCUACC..GUAAAUGGCUU.G.ACUACGAGGCGUUUU.UAUAAAGGUG
NC_003997.3/262601-262703 SEQ ID NO：42
GAAAAGUGAAUAUUA.UG.CCGUCGUAUAAUAUCGGGG.AU.AUGGCCCGAAA.GUUUCUACCUAGCUACC..GUAAAUGGCUU.G.ACUACGAGGCGUUUU.UAUAAAGGUG
NC_004722.1/261558-261660 SEQ ID NO：43
GAAAAGUGAAUAUUA.UG.CCGUCGUAUAAUAUCGGGG.AU.AUGGCCCGAAA.GUUUCUACCUAGCUACC..GUAAAUGGCUU.G.ACUACGAGGCGUUUU.UAUAAAGGUG
NC_005945.1/262614-262716 SEQ ID NO：44
GAAAAGUGAAUAUUA.UG.CCGUCGUAUAAUAUCGGGG.AU.AUGGCCCGAAA.GUUUCUACCUAGCUACC..GUAAAUGGCUU.G.ACUACGAGGCGUUUU.UAUAAAGGUG
Nc_005957.1/268537-268639 SEQ ID NO：45
GAAAAGUGAAUAUUA.UG.CCGUCGUAUAAUAUCGGGG.AU.AUGGCCCGAAA.GUUUCUACCUAGCUACC..GUAAAUGGCUU.G.ACUACGAGGCGUUUU.UAUAAAGGUG
NC_006274.1/267835-267937 SEQ ID NO：46
GAAAAGUGAAUAUUA.UG.CCGUCGUAUAAUAUCGGGG.AU.AUGGCCCGAAA.GUUUCUACCUAGCUACC..GUAAAUGGCUU.G.ACUACGAGGCGUUUU.UAUAAAGGUG
NC_007530.2/262601-262703 SEQ ID NO：47
GAAAAGUGAAUAUUA.UG.CCGUCGUAUAAUAUCGGGG.AU.AUGGCCCGAAA.GUUUCUACCUAGCUACC..GUAAAUGGCUU.G.ACUACGAGGCGUUUU.UAUAAAGGUG
NZ_AAAC02000001.1/796036-796138 SEQ ID NO：48
GAAAAGUGAAUAUUA.UG.CCGUCGUAUAAUAUCGGGG.AU.AUGGCCCGAAA.GUUUCUACCUAGCUACC..GUAAAUGGCUU.G.ACUACGAGGCGUUUU.UAUAAAGGUG
NZ_AAEK01000017.1/88397-88499 SEQ ID NO：49
GAAAAGUGAAUAUUA.UG.CCGUCGUAUAAUAUCGGGG.AU.AUGGCCCGAAA.GUUUCUACCUAGCUACC..GUAAAUGGCUU.G.ACUACGAGGCGUUUU.UAUAAAGGUG
NZ_AAEN01000023.1/16980-17082 SEQ ID NO：50
GAAAAGUGAAUAUUA.UG.CCGUCGUAUAAUAUCGGGG.AU.AUGGCCCGAAA.GUUUCUACCUAGCUACC..GUAAAUGGCUU.G.ACUACGAGGCGUUUU.UAUAAAGGUG
NZ_AAEO01000030.1/17090-17192 SEQ ID NO：51
GAAAAGUGAAUAUUA.UG.CCGUCGUAUAAUAUCGGGG.AU.AUGGCCCGAAA.GUUUCUACCUAGCUACC..GUAAAUGGCUU.G.ACUACGAGGCGUUUU.UAUAAAGGUG
NZ_AAEP01000043.1/12962-13064 SEQ ID NO：52
GAAAAGUGAAUAUUA.UG.CCGUCGUAUAAUAUCGGGG.AU.AUGGCCCGAAA.GUUUCUACCUAGCUACC..GUAAAUGGCUU.G.ACUACGAGGCGUUUU.UAUAAAGGUG
NZ_AAEQ01000040.1/4962-4860 SEQ ID NO：53
GAAAAGUGAAUAUUA.UG.CCGUCGUAUAAUAUCGGGG.AU.AUGGCCCGAAA.GUUUCUACCUAGCUACC..GUAAAUGGCUU.G.ACUACGAGGCGUUUU.UAUAAAGGUG
NZ_AAER0100003 0.1/4374-4272 SEQ ID NO：54
GAAAAGUGAAUAUUA.UG.CCGUCGUAUAAUAUCGGGG.AU.AUGGCCCGAAA.GUUUCUACCUAGCUACC..GUAAAUGGCUU.G.ACUACGAGGCGUUUU.UAUAAAGGUG
NZ_AAES01000040.1/14760-14862 SEQ ID NO：55
GAAAAGUGAAUAUUA.UG.CCGUCGUAUAAUAUCGGGG.AU.AUGGCCCGAAA.GUUUCUACCUAGCUACC..GUAAAUGGCUU.G.ACUACGAGGCGUUUU.UAUAAAGGUG
Nc_006270.2/693198-693300 SEQ ID NO：56
AGUAAUUUAAAAAAG.AC.UUGUCGUAUAAUCAUGGGG.AU.AUGGCCCAUAA.GUUUCUACCAAGCUACC..GUAAAUAGCUU.G.ACUACGCUUGUAUAC.AAUAUUUUAU
NC_006322.1/692981-693083 SEQ ID NO：57
AGUAAUUUAAAAAAG.AC.UUGUCGUAUAAUCAUGGGG.AU.AUGGCCCAUAA.GUUUCUACCAAGCUACC..GUAAAUAGCUU.G.ACUACGCUUGUAUAC.AAUAUUUUAU
NC_004722.1/259601-259703 SEQ ID NO：58
AGAUAAUAUAAAACG.AU.CCUUCAUAUAUCCUCAAUG.AU.AUGGUUUGAGA.GUCUCUACCGGGUUACC..GUAAACAACCU.G.ACUAUGAAGGCAGUG.UGUCUUAUAU
NC_000964.2/2319410-2319310 SEQ ID NO：59
UUACAAUAUAAUAGG.AA.CACUCAUAUAAUCGCGUGG.AU.AUGGCACGCAA.GUUUCUACCGGGCA-CC..GUAAA-UGUCC.G.ACUAUGGGUGAGCAA.UGGAACCGCA
NC_003030.1/2905050-2904948 SEQ ID NO：60
GAAAAGUAAUAACAU.AU.UACCCGUAUAUGCUUAGAA.AU.AUGGUCUAAGC.GUCUCUACCGGACUGCC..GUAAAUUGUCU.G.ACUAUGGGUGUUUAU.AAGUAUUUUA
NC_003210.1/611119-611017 SEQ ID NO：61
AAUCCGCUACAAUAA.UA.UAGUCGUAUUAAGUCGGUA.AU.AUGGACCGUUC.GUUUCUACCAGGCAACC..GUAAAAUGCCA.G.GCUACGAGCUAUUGU.AAAAUUUAAU
NZ_AADQ01000001.1/2431-2533 SEQ ID NO：62
AAUCCGCUACAAUAA.UA.UAGUCGUAUAAGUUCGGUA.AU.AUGGACCGUUC.GUUUCUACCAGGCAACC..GUAAAAUGCCA.G.GCUACGAGCUAUUGU.AAAAUUUAAU
NC_003212.1/610156-610054 SEQ ID NO：63
AAUCGUCUACAAUAA.UA.AAGUCGUAUAAGUUCGGUA.AU.AUGGACCGUUC.GUUUCUACCAGGCAACC..GUAAAAUGCCA.G.GCUACGAGCUAUUGU.AAAAUUUAAU
NC_003366.1/422820-422922 SEQ ID NO：64
UAUGUACUUAUAUAA.GU.AUAUCGUAUAUGCUCGACG.AU.AUGGGUUGAGU.GUUUCUACUAGGAGGCC..GUAAACAUCCU.A.ACUACGAAUAUAUAG.GUGAUUUCUA
NC_002973.5/617846-617744 SEQ ID NO：65
AAUCCGCUACAAUAA.UA.AAGUCGUAUAAGUUCGGUA.AU.AUGGACCGUUC.GUUUCUACCAGGCAACC..GUAAAAUGCCA.G.GCUACGAGCUAUUGU.AAAAUUUAAU
NZ_AADR01000111.1/1598-1496 SEQ ID NO：66
AAUCCGCUACAAUAA.UA.AAGUCGUAUAAGUUCGGUA.AU.AUGGACCGUUC.GUUUCUACCAGGCAACC..GUAAAAUGCCA.G.GCUACGAGCUAUUGU.AAAAUUUAAU
NC_003909.8/294509-294611 SEQ ID NO：67
AGAUAAUAUAAAACG.AU.CCUUCAUAUAUCCUCAAAG.AU.AUGGUUUGAGA.GUCUCUACCGGGUUACC..GUAAACAACCU.G.ACUAUGAAGGCAGUG.UGUCUUAUAU
NC_005957.1/266577-266679 SEQ ID NO：68
AGAUAAUAUAAAACG.AU.CCUUCAUAUAUCCUCAAAG.AU.AUGGUUUGAGA.GUCUCUACCGGGUUACC..GUAAACAACCU.G.ACUAUGAAGGCAGUG.UGUCUUAUAU
NC_006274.1/265875-265977 SEQ ID NO：69
AGAUAAUAUAAAACG.AU.CCUUCAUAUAUCCUCAAAG.AU.AUGGUUUGAGA.GUCUCUACCGGGUUACC..GUAAACAACCU.G.ACUAUGAAGGCAGUG.UGUCUUAUAU
NC_003366.1/2618421-2618323 SEQ ID NO：70
AAAACGGAAUAUAAA.CA.AACUCGUAUAA-GCUUUGA.AU.AAGGCAAGGC-.GUUUCUACCGGAAA-CC..UUAAA-UUUCC.G.UCUAUGAGUGAAUUU.GAUAUACUAU
NC_002973.5/1940027-1939926 SEQ ID NO：71
AUAACUUAAAACCGA.AA.UACUUAUAUAAUAGUUGCG.AU.-UGGGCGACGA.GUUUCUACCUGGUUACC..GUAAAUAACCG.G.ACUAUGAGUAGUUUG.UAUAAAGAAG
NC_003212.1/2013345-2013244 SEQ ID NO：72
AUAACUUAAAACCGA.AA.UACUUAUAUAAUAGUUGCG.AU.-UGGGCGACGA.GUUUCUACCUGGUUACC..GUAAAUAACCG.G.ACUAUGAGUAGUUUG.UAUAAAGAAG
NZ_AADQ01000095.1/1690-1791 SEQ ID NO：73
AUAACUUAAAACCGA.AA.UACUUAUAUAAUAGUUGCG.AU.-UGGGCGACGA.GUUUCUACCUGGUUACC..GUAAAUAACCG.G.ACUAUGAGUGAUUUG.UAUAAAGAAG
NZ_AADR01000082.1/3415-3516 SEQ ID NO：74
AUAACUUAAAACCGA.AA.UACUUAUAUAAUAGUUGCG.AU.-UGGGCGACGA.GUUUCUACCUGGUUACC..GUAAAUAACCG.G.ACUAUGAGUAGUUUG.UAUAAAGAAG
NC_003366.1/2871201-2871101 SEQ ID NO：75
AUAAAAAAAUAAAUU.UU.GCUUCGUAUAACUCUAAUG.AU.AUGGAUUAGAG.GUCUCUACCAAGAA-CC..GAGAA-UUCUU.G.AUUACGAAGAAAGCU.UAUUUGCUUU
NC_002745.2/430797-430900 SEQ ID NO：76
GUUAAAUAAUUUACA.UA.AACUCAUAUAAUCUAAAGA.AU.AUGGCUUUAGAaGUUUCUACCAUGUUGCC..UUGAACGACAU.G.ACUAUGAGUAACAAC.ACAAUACUAG
NC_002758.2/430754-430857 SEQ ID NO：77
GUUAAAUAAUUUACA.UA.AACUCAUAUAAUCUAAAGA.AU.AUGGCUUUAGAaGUUUCUACCAUGUUGCC..UUGAACGACAU.G.ACUAUGAGUAACAAC.ACAAUACUAG
NC_002951.2/460059-460162 SEQ ID NO：78
GUUAAAUAAUUUACA.UA.AACUCAUAUAAUCUAAAGA.AU.AUGGCUUUAGAaGUUUCUACCAUGUUGCC..UUGAACGACAU.G.ACUAUGAGUAACAAC.ACAAUACUAG
NC_002952.2/441050-441153 SEQ ID NO：79
GUUAAAUAAUUUACA.UA.AACUCAUAUAAUCUAAAGA.AU.AUGGCUUUAGAaGUUUCUACCAUGUUGCC..UUGAACGACAU.G.ACUAUGAGUAACAAC.ACAAUACUAG
NC_002953.3/409191-409294 SEQ ID NO：80
GUUAAAUAAUUUACA.UA.AACUCAUAUAAUCUAAAGA.AU.AUGGCUUUAGAaGUUUCUACCAUGUUGCC..UUGAACGACAU.G.ACUAUGAGUAACAAC.ACAAUACUAG
NC_003923.1/410546-410649 SEQ ID NO：81
GUUAAAUAAUUUACA.UA.AACUCAUAUAAUCUAAAGA.AU.AUGGCUUUAGAaGUUUCUACCAUGUUGCC..UUGAACGACAU.G.ACUAUGAGUAACAAC.ACAAUACUAG
NC_006582.1/1115665-1115767 SEQ ID NO：82
AAGUUAAAAACGAAA.AC.ACCUCAUAUAUACUCGGGA.AU.AUGGCUCGAAC.GUUUCUACCCGGCAACC..GUAAAUUGCCG.G.ACUAUGAGGGGAAGU.CAUUACGCGC
NC_006510.1/274257-274359 SEQ ID NO：83
AUGAAUAUUGUUGAA.UU.CCGUCGUAUAAUCCCGGGA.AU.AUGGCUCGGGA.GUUUCUACCAAGCUACC..GUAAAUAGCUU.G.ACUACGAGGGAUGCG.GGAUCGGAGA
NC_003210.1/1958922-1958821 SEQ ID NO：84
AUAACUUAAAACCGA.AA.UACUUGUAUAAUAGUUGCG.AU.-UGGGCGACGA.GUUUCUACCUGGUUACC..GUAAAUAACCG.G.ACUAUGAGUAGUUUG.UAUAAAGAAG
NC_006270.2/697054-697156 SEQ ID NO：85
CAUGACAUGAAAACA.CA.UCCUCAUAUAAUCUUGGGA.AU.AUGGCCCAUAA.GUCUCUACCCGAUGACC..GUAAAUCAUCG.G.ACUAUGCAGGAAAGU.GGACAAUAAA
NC_006322.1/696838-696940 SEQ ID NO：86
CAUGACAUGAAAACA.CA.UCCUCAUAUAAUCUUGGGA.AU.AUGGCCCAUAA.GUCUCUACCCGAUGACC..GUAAAUCAUCG.G.ACUAUGCAGGAAAGU.GGACAAUAAA
NC_006510.1/282580-282682 SEQ ID NO：87
AUAGUGUAUGAGAAG.AU.CCCUCAUAUAAUUUUGGGA.AU.AUGGCCCAAAA.GUUUCUACCCAAUCACC..GUAAAUGAUUG.G.ACUAUGAGGGAAAGG.AUCGGUUUUG
NC_003997.3/260641-260743 SEQ ID NO：88
AGAUAAUAUAAAACG.AU.CCUUCAUAUAUCCUCAAAG.AU.AAGGUUUGAGA.GUCUCUACCGGGUUACC..GUAAACAACCU.G.ACUAUGAAGGCAGUG.UGUCUUAUAU
NC_005945.1/260654-260756 SEQ ID NO：89
AGAUAAUAUAAAACG.AU.CCUUCAUAUAUCCUCAAAG.AU.AAGGUUUGAGA.GUCUCUACCGGGUUACC..GUAAACAACCU.G.ACUAUGAAGGCAGUG.UGUCUUAUAU
NC_007530.2/260641-260743 SEQ ID NO：90
AGAUAAUAUAAAACG.AU.CCUUCAUAUAUCCUCAAAG.AU.AAGGUUUGAGA.GUCUCUACCGGGUUACC..GUAAACAACCU.G.ACUAUGAAGGCAGUG.UGUCUUAUAU
NZ_AAEK01000017.1/86437-86539 SEQ ID NO：91
AGAUAAUAUAAAACG.AU.CCUUCAUAUAUCCUCAAAG.AU.AAGGUUUGAGA.GUCUCUACCGGGUUACC..GUAAACAACCU.G.ACUAUGAAGGCAGUG.UGUCUUAUAU
NZ_AAEN01000023.1/15020-15122 SEQ ID NO：92
AGAUAAUAUAAAACG.AU.CCUUCAUAUAUCCUCAAAG.AU.AAGGUUUGAGA.GUCUCUACCGGGUUACC..GUAAACAACCU.G.ACUAUGAAGGCAGUG.UGUCUUAUAU
NZ_AAEO01000030.1/15130-15232 SEQ ID NO：93
AGAUAAUAUAAAACG.AU.CCUUCAUAUAUCCUCAAAG.AU.AAGGUUUGAGA.GUCUCUACCGGGUUACC..GUAAACAACCU.G.ACUAUGAAGGCAGUG.UGUCUUAUAU
NZ_AAEP01000043.1/11002-11104 SEQ ID NO：94
AGAUAAUAUAAAACG.AU.CCUUCAUAUAUCCUCAAAG.AU.AAGGUUUGAGA.GUCUCUACCGGGUUACC..GUAAACAACCU.G.ACUAUGAAGGCAGUG.UGUCUUAUAU
NZ_AAEQ01000040.1/6922-6820 SEQ ID NO：95
AGAUAAUAUAAAACG.AU.CCUUCAUAUAUCCUCAAAG.AU.AAGGUUUGAGA.GUCUCUACCGGGUUACC..GUAAACAACCU.G.ACUAUGAAGGCAGUG.UGUCUUAUAU
NZ_AAER01000030.1/6334-6232 SEQ ID NO：96
AGAUAAUAUAAAACG.AU.CCUUCAUAUAUCCUCAAAG.AU.AAGGUUUGAGA.GUCUCUACCGGGUUACC..GUAAACAACCU.G.ACUAUGAAGGCAGUG.UGUCUUAUAU
NZ_AAES01000040.1/12800-12902 SEQ ID NO：97
AGAUAAUAUAAAACG.AU.CCUUCAUAUAUCCUCAAAG.AU.AAGGUUUGAGA.GUCUCUACCGGGUUACC..GUAAACAACCU.G.ACUAUGAAGGCAGUG.UGUCUUAUAU
NC_004193.1/760473-760575 SEQ ID NO：98
CAAUUUUUAUCCAAU.GC.CUUUCGUAUAUCCUCGAUA.AU.AUGGUUCGAAA.GUAUCUACCGGGUCACC..GUAAAUGAUCU.G.ACUAUGAAGGCAGAA.GCAGGUUCGG
NC_006270.2/4024210-4024312 SEQ ID NO：99
AAAUAAUAGAAGCCC.AC.UUCUUGUAUAUAAUCAGUA.AU.AGGGUCUGAUU.GUUUCUACCUGGCAACC..GUAAAUCGCCA.G.ACUACAAGGAAGUUU.GAAUAGAUUU
NC_006322.1/4024324-4024426 SEQ ID NO：100
AAAUAAUAGAAGCCC.AC.UUCUUGUAUAUAAUCAGUA.AU.AGGGUCUGAUU.GUUUCUACCUGGCAACC..GUAAAUCGCCA.G.ACUACAAGGAAGUUU.GAAUAGAUUU
NC_004193.1/786767-786868 SEQ ID NO：101
CCGACAAUUGAAAAU.GA.ACCUCAUAUAAAUUUGAGA.AU.AUGGCUCAGAA.GUUUCUACCCAGC-ACC..GUAAAUGGCUG.G.ACUAUGAGGGAAGAU.GGAUCAUUUC
NC_002662.1/1159509-1159607 SEQ ID NO：102
UAGUCUAUAAUAGAA.CA.AUCUUAUUUAU-ACCUAGG.AU.AUGGCUGGGC-.GUUUCUACCUCGUA-CC..GUAAA-UGCGA.G.ACAAUAAGGAAAUUC.GAUUUUUUAG
NC_000964.2/625993-625893 SEQ ID NO：103
AAUUAAAUAGCUAUU.AU.CACUUGUAUAACCUCAAUA.AU.AUGGUUUGAGG.GUGUCUACCAGGAA-CC..GUAAA-AUCCU.G.AUUACAAAAUUUGUU.UAUGACAUUU
NC_003909.8/382630-382528 SEQ ID NO：104
UUAAUACGGACGAUG.UU.ACCUCAUAUAUACUCGAUA.AU.AUGGAUCGAGA.GUUUCUACCCGGCAACC..UUAAAUUGCUG.G.ACUAUGGGGAAAACU.AAUGAAUAUU
NC_003997.3/342356-342254 SEQ ID NO：105
UUAAUACGGACGAUG.UU.ACCUCAUAUAUACUCGAUA.AU.AUGGAUCGAGA.GUUUCUACCCGGCAACC..UUAAAUUGCUG.G.ACUAUGGGGAAAACU.AAUGAAUAUU
NC_005945.1/342369-342267 SEQ ID NO：106
UUAAUACGGACGAUG.UU.ACCUCAUAUAUACUCGAUA.AU.AUGGAUCGAGA.GUUUCUACCCGGCAACC..UUAAAUUGCUG.G.ACUAUGGGGAAAACU.AAUGAAUAUU
NC_005957.1/356354-356252 SEQ ID NO：107
UUAAUACGGACGAUG.UU.ACCUCAUAUAUACUCGAUA.AU.AUGGAUCGAGA.GUUUCUACCCGGCAACC..UUAAAUUGCUG.G.ACUAUGGGGAAAACU.AAUGAAUAUU
NC_006274.1/357462-357360 SEQ ID NO：108
UUAAUACGGACGAUG.UU.ACCUCAUAUAUACUCGAUA.AU.AUGGAUCGAGA.GUUUCUACCCGGCAACC..UUAAAUUGCUG.G.ACUAUGGGGAAAACU.AAUGAAUAUU
NC_007530.2/342356-342254 SEQ ID NO：109
UUAAUACGGACGAUG.UU.ACCUCAUAUAUACUCGAUA.AU.AUGGAUCGAGA.GUUUCUACCCGGCAACC..UUAAAUUGCUG.G.ACUAUGGGGAAAACU.AAUGAAUAUU
NZ_AAAC02000001.1/859268-859166 SEQ ID NO：110
UUAAUACGGACGAUG.UU.ACCUCAUAUAUACUCGAUA.AU.AUGGAUCGAGA.GUUUCUACCCGGCAACC..UUAAAUUGCUG.G.ACUAUGGGGAAAACU.AAUGAAUAUU
NZ_AAEK01000051.1/8150-8252 SEQ ID NO：111
UUAAUACGGACGAUG.UU.ACCUCAUAUAUACUCGAUA.AU.AUGGAUCGAGA.GUUUCUACCCGGCAACC..UUAAAUUGCUG.G.ACUAUGGGGAAAACU.AAUGAAUAUU
NZ_AAEN01000023.1/83441-83339 SEQ ID NO：112
UUAAUACGGACGAUG.UU.ACCUCAUAUAUACUCGAUA.AU.AUGGAUCGAGA.GUUUCUACCCGGCAACC..UUAAAUUGCUG.G.ACUAUGGGGAAAACU.AAUGAAUAUU
NZ_AAEO01000030.1/96886-96784 SEQ ID NO：113
UUAAUACGGACGAUG.UU.ACCUCAUAUAUACUCGAUA.AU.AUGGAUCGAGA.GUUUCUACCCGGCAACC..UUAAAUUGCUG.G.ACUAUGGGGAAAACU.AAUGAAUAUU
NZ_AAEP01000046.1/48810-48708 SEQ ID NO：114
UUAAUACGGACGAUG.UU.ACCUCAUAUAUACUCGAUA.AU.AUGGAUCGAGA.GUUUCUACCCGGCAACC..UUAAAUUGCUG.G.ACUAUGGGGAAAACU.AAUGAAUAUU
NZ_AAEQ01000034.1/49483-49381 SEQ ID NO：115
UUAAUACGGACGAUG.UU.ACCUCAUAUAUACUCGAUA.AU.AUGGAUCGAGA.GUUUCUACCCGGCAACC..UUAAAUUGCUG.G.ACUAUGGGGAAAACU.AAUGAAUAUU
NZ_AAER01000042.1/191339-191441 SEQ ID NO：116
UUAAUACGGACGAUG.UU.ACCUCAUAUAUACUCGAUA.AU.AUGGAUCGAGA.GUUUCUACCCGGCAACC..UUAAAUUGCUG.G.ACUAUGGGGAAAACU.AAUGAAUAUU
NZ_AAES01000043.1/48479-48377 SEQ ID NO：117
UUAAUACGGACGAUG.UU.ACCUCAUAUAUACUCGAUA.AU.AUGGAUCGAGA.GUUUCUACCCGGCAACC..UUAAAUUGCUG.G.ACUAUGGGGAAAACU.AAUGAAUAUU
NZ_AAAC02000001.1/794076-794178 SEQ ID NO：118
AGAUAAUAUAAAACG.AU.CCUUCAUAIAICCUCAAAG.AU.ARGGUUUGAGA.GUCUCUACCGGGUUACC..GUAAACAACCU.G.ACUAUGAWGGCAGUG.UGUCUUAUAU
NC_003030.1/1002176-1002275 SEQ ID NO：119
UAUAUAAAAAACUAA.AU.UUCUCGUAUAC-ACCGGUA.AU.AUGGUCCGGAA.GUUUCUACCUGCUG-CC..AUAAA-UAGCA.G.ACUACGGGGUGUUAU.UGAUAAUAUA
NC_006582.1/1554717-1554819 SEQ ID NO：120
UAAACGAACAAAGCA.UC.AGCUCGUAUAAUAGCGGUA.AU.AUGGUCCGCGA.GUCUCUACCAGGCUGCC..GAUAACGGCCU.G.ACUACGAGUGGUCUU.UUUCAGUUGU
NC_003909.8/336194-336296 SEQ ID NO：121
AAAGAAUAAUAUAUA.AG.ACGUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUCUCUACCUAACGACC..GUUAUUCGUUA.G.ACUAUGAGGGAAAGU.CACUCGGUAU
NC_003997.3/295331-295433 SEQ ID NO：122
AAAGAAUAAUAUAUA.AG.ACCUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUCUCUACCUAACGACC..GUUAUUCGUUA.G.ACUAUGAGGGAAAGU.CACUCGGUAU
NC_005945.1/295344-295446 SEQ ID NO：123
AAAGAAUAAUAUAUA.AG.ACCUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUCUCUACCUAACGACC..GUUAUUCGUUA.G.ACUAUGAGGGAAAGU.CACUCGGUAU
NC_005957.1/309524-309626 SEQ ID NO：124
AAAGAAUAAUAUAUA.AG.ACCUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUCUCUACCUAACGACC..GUUAUUCGUUA.G.ACUAUGAGGGAAAGU.CACUCGGUAU
NC_006274.1/309094-309196 SEQ ID NO：125
AAAGAAUAAUAUAUA.AG.ACCUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUCUCUACCUAACGACC..GUUAUUCGUUA.G.ACUAUGAGGGAAAGU.CACUCGGUAU
NC_007530.2/295331-295433 SEQ ID NO：126
AAAGAAUAAUAUAUA.AG.ACCUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUCUCUACCUAACGACC..GUUAUUCGUUA.G.ACUAUGAGGGAAAGU.CACUCGGUAU
NZ_AAAC02000001.1/812243-812345 SEQ ID NO：127
AAAGAAUAAUAUAUA.AG.ACCUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUCUCUACCUAACGACC..GUUAUUCGUUA.G.ACUAUGAGGGAAAGU.CACUCGGUAU
NZ_AAEK01000064.1/23153-23051 SEQ ID NO：128
AAAGAAUAAUAUAUA.AG.ACCUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUCUCUACCUAACGACC..GUUAUUCGUUA.G.ACUAUGAGGGAAAGU.CACUCGGUAU
NZ_AAEN01000023.1/36414-36516 SEQ ID NO：129
AAAGAAUAAUAUAUA.AG.ACCUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUCUCUACCUAACGACC..GUUAUUCGUUA.G.ACUAUGAGGGAAAGU.CACUCGGUAU
NZ_AAEO01000030.1/49824-49926 SEQ ID NO：130
AAAGAAUAAUAUAUA.AG.ACCUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUCUCUACCUAACGACC..GUUAUUCGUUA.G.ACUAUGAGGGAAAGU.CACUCGGUAU
NZ_AAEP01000046.1/1785-1887 SEQ ID NO：131
AAAGAAUAAUAUAUA.AG.ACCUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUCUCUACCUAACGACC..GUUAUUCGUUA.G.ACUAUGAGGGAAAGU.CACUCGGUAU
NZ_AAEQ01000034.1/2457-2559 SEQ ID NO：132
AAAGAAUAAUAUAUA.AG.ACCUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUCUCUACCUAACGACC..GUUAUUCGUUA.G.ACUAUGAGGGAAAGU.CACUCGGUAU
NZ_AAER01000042.1/238364-238262 SEQ ID NO：133
AAAGAAUAAUAUAUA.AG.ACCUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUCUCUACCUAACGACC..GUUAUUCGUUA.G.ACUAUGAGGGAAAGU.CACUCGGUAU
NZ_AAES01000043.1/1489-1591 SEQ ID NO：134
AAAGAAUAAUAUAUA.AG.ACCUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUCUCUACCUAACGACC..GUUAUUCGUUA.G.ACUAUGAGGGAAAGU.CACUCGGUAU
NC_004193.1/769686-769787 SEQ ID NO：135
UGAUGUAAUUGAAUA.GA.AAUGCGUAUAAUUAAGGGG.AU.AUGGCCC-ACA.GUUUCUACCAGACCACC..GUAAAUGGUUU.G.ACUACGCAGUAAUUA.UAUUUGUAUC
NC_004722.1/343847-343745 SEQ ID NO：136
UUAAUACGGACGAUG.UU.ACCUCAUAUAUACUUGAUA.AU.AUGGAUCGAGA.GUUUCUACCCGGCAACC..UUAAAUUGCUG.G.ACUAUGGGGAAAACU.AAUGAAUAUU
NZ_AAAW03000042.1/15038-14936 SEQ ID NO：137
AAAAAAUUUAAAUAG.GG.CGUUCAUAUAAUCGCGGAG.AU.AGGGUCCGCAA.GUUUCUACCGGGCUGCC..GUAAAUGGCCU.G.ACUAUGAGCGAAACU.GUGCCCAGGG
NZ_AADT03000005.1/34629-34731 SEQ ID NO：138
AAAAAUAAUUUAACC.CU.GCUUCGUAUAUUCCCGGAA.AU.GCGGUCCGGGA.GUUUCUACCAGGCAACC..GUAAAUUGCCC.G.GCUACGAAGGUUAUU.CUUCGUCGUC
NC_002570.2/648442-648544 SEQ ID NO：139
ACAUGUAGAUAUCAU.CC.CUUUCGUAUAUACUUGGAG.AU.AAGGUCCAGGA.GUUUCUACCAGAUCACC..GUAAAUGAUCU.G.ACUAUGAAGGUGGAA.UGGCUCGAUA
NC_004722.1/298774-298876 SEQ ID NO：140
AGAAACAAUAAUAUA.AG.ACCUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUCUCUACCUAACGACC..GUUAUUCGUUA.G.ACUAUGAGGGAAAGU.CACUCGGUAU
NC_006510.1/272473-272575 SEQ ID NO：141
UACGGAUAGACGAAA.GC.CCUUCAUAUAAGCGCAAGA.AU.AUGGCUUGCGC.GUCUCUACCGGGCCGCC..GUAAACGGCCC.G.ACUAUGAAGGCAGAA.GACGCUGCUA
NZ_AADW02000004.1/225764-225662 SEQ ID NO：142
GGAAGAUUGAAUAUA.AC.ACCUCGUAUAAUAGCAGGG.AU.AUGGCUUGCAA.GUUUCUACCCGACGACC..CUAAAUCGUUG.G.ACUAUGGGGUAUAUG.GAUGUUCGUC
NC_006274.1/3685852-3685750 SEQ ID NO：143
CUUCGAAAAGAAUCA.CU.GCCUCAUAUAAUCUUGGAG.AU.AAGGUCCAUAA.GUUUCUACCUGGCAACC..AUGAAUUGCUA.G.ACUAUGAGGGAAAAA.GUGUGUAACA
NZ_AAGO01000011.1/2345-2247 SEQ ID NO：144
UUGAGCUGCUAUAAA.CA.AUCUUAUUUAU-ACCUAGA.AU.AUGGCUGGGC-.GUUUCUACCUCGUA-CC..GUAAA-UGCGA.G.ACAAUAAGGAAAUUC.GAUUUUUCAA
NZ_AAAK03000113.1/5724-5822 SEQ ID NO：145
UAUUAGUUUUACAUA.CC.UACUUAUAUAU-CGUCAUA.AU.AUGGAUGACA-.GUUUCUAGCCAGUA-CC..GUAAA-UGCUG.G.ACUAUAAGUAAAAGA.UUGGCUAUUU
NZ_AADW02000005.1/186378-186480 SEQ ID NO：146
CUAAAAAACAAAAAA.UA.AUGCCGUAUAAUUCUGGGG.AU.AUGGCCCGGAA.GUCUCUACAGGAACACC..UUAAAGGUUCC.U.ACUACGGCGUGCACU.GAUUUCCGGU
NC_003909.8/3578068-3577966 SEQ ID NO：147
CUUCGAAAAGAAUCA.CU.GCCUCAUAUAAUCUUGGAG.AU.AAGGUCCAUAA.GUUUCUACCUGGCAACC..AUGAAUUGCUA.G.ACUAUGAGGGGAAAA.GUGUGUAACA
NC_003997.3/3605298-3605196 SEQ ID NO：148
CUUCGAAAAGAAUCA.CU.GCCUCAUAUAAUCUUGGAG.AU.AAGGUCCAUAA.GUUUCUACCUGGCAACC..AUGAAUUGCUA.G.ACUAUGAGGGGAAAA.GUGUGUAACA
NC_004722.1/3766254-3766152 SEQID NO：149
CUUCGAAAAGAAUCA.CU.GCCUCAUAYAAYCUUGGAG.AU.AAGGUCCAUAA.GUUUCUACCUGGCAACC..AUGAAUUGCUA.G.ACUAUGAGGGGAAAA.GUGUGUAACA
NC_005945.1/3605993-3605891 SEQ ID NO：150
CUUCGAAAAGAAUCA.CU.GCCUCAUAUAAUCUUGGAG.AU.AAGGUCCAUAA.GUUUCUACCUGGCAACC..AUGAAUUGCUA.G.ACUAUGAGGGGAAAA.GUGUGUAACA
NC_005957.1/3626969-3626867 SEQ ID NO：151
CUUCGAAAAGAAUCA.CU.GCCUCAUAUAAUCUUGGAG.AU.AAGGUCCAUAA.GUUUCUACCUGGCAACC..AUGAAUUGCUA.G.ACUAUGAGGGGAAAA.GUGUGUAACA
NC_007530.2/3605425-3605323 SEQ ID NO：152
CUUCGAAAAGAAUCA.CU.GCCUCAUAUAAUCUUGGAG.AU.AAGGUCCAUAA.GUUUCUACCUGGCAACC..AUGAAUUGCUA.G.ACUAUGAGGGGAAAA.GUGUGUAACA
NZ_AAAC02000001.1/4059572-4059470 SEQ ID NO：153
CUUCGAAAAGAAUCA.CU.GCCUCAUAUAAUCUUGGAG.AU.AAGGUCCAUAA.GUUUCUACCUGGCAACC..AUGAAUUGCUA.G.ACUAUGAGGGGAAAA.GUGUGUAACA
NZ_AAEN01000012.1/139994-140096 SEQ ID NO：154
CUUCGAAAAGAAUCA.CU.GCCUCAUAUAAUCUUGGAG.AU.AAGGUCCAUAA.GUUUCUACCUGGCAACC..AUGAAUUGCUA.G.ACUAUGAGGGGAAAA.GUGUGUAACA
NZ_AAEO01000020.1/51249-51351 SEQ ID NO：155
CUUCGAAAAGAAUCA.CU.GCCUCAAUUAAUCUUGGAG.AU.AAGGUCCAUAA.GUUUCUACCUGGCAACC..AUGAAUUGCUA.G.ACUAUGAGGGGAAAA.GUGUGUAACA
NZ_AAEP01000042.1/12489-12387 SEQ ID NO：156
CUUCGAAAAGAAUCA.CU.GCCUCAUAUAAUCUUGGAG.AU.AAGGUCCAUAA.GUUUCUACCUGGCAACC..AUGAAUUGCUA.G.ACUAUGAGGGGAAAA.GUGUGUAACA
NZ_AAEQ01000019.1/51159-51261 SEQ ID NO：157
CUUCGAAAAGAAUCA.CU.GCCUCAUAUAAUCUUGGAG.AU.AAGGUCCAUAA.GUUUCUACCUGGCAACC..AUGAAUUGCUA.G.ACUAUGAGGGGAAAA.GUGUGUAACA
NZ_AAER01000035.1/118314-118212 SEQ ID NO：158
CUUCGAAAAGAAUCA.CU.GCCUCAUAUAAUCUUGGAG.AU.AAGGUCCAUAA.GUUUCUACCUGGCAACC..AUGAAUUGCUA.G.ACUAUGAGGGGAAAA.GUGUGUAACA
NZ_AAES01000032.1/51320-51422 SEQ ID NO：159
CUUCGAAAAGAAUCA.CU.GCCUCAUAUAAUCUUGGAG.AU.AAGGUCCAUAA.GUUUCUACCUGGCAACC..AUGAAUUGCUA.G.ACUAUGAGGGGAAAA.GUGUGUAACA
NC_006371.1/1538896-1538796 SEQ ID NO：160
UAAUAAUGGGUAAAG.UU.ACUUCGUAUAACCCCACUU.AU.AGGGUGUGGGG.GUCUCUACCAGAAU-CC..GUAAA-AUUCU.G.AUUACGAAGAGUUGA.GUGAUUGAUC
NC_004460.1/504371-504471 SEQ ID NO：161
GACUUUCGGCGAUCA.AC.GCUUCAUAUAAUCCUAAUG.AU.AUGGUUUGGGA.GUUUCUACCAAGAG-CC..UUAAA-CUCUU.G.AUUAUGAAGUCUGUC.GCUUUAUCCG
NC_005140.1/1130553-1130653 SEQ ID NO：162
GACUUUCGGCGAUCA.AC.GCUUCAUAUAAUCCUAAUG.AU.AUGGUUUGGGA.GUUUCUACCAAGAG-CC..UUAAA-CUCUU.G.AUUAUGAAGUCUGUC.GCUUUAUCCG
NC_004116.1/1094305-1094209 SEQ ID NO：163
CAAUUAAAUAUAUGA.UU.UACUUAUUUAU-GCUGAGG.AU.-UGGCUUAGC-.GUCUCUACAAGACA-CC..GU-AA-UGUCU.A.ACAAUAAGUAAGCUA.AUAAAUAGCU
NC_004368.1/1163490-1163394 SEQ ID NO：164
CAAUUAAAUAUAUGA.UU.UACUUAUUUAU-GCUGAGG.AU.-UGGCUUAGC-.GUCUCUACAAGACA-CC..GU-AA-UGUCU.A.ACAAUAAGUAAGCUA.AUAAAUAGCU
NZ_AADT03000005.1/42245-42347 SEQ ID NO：165
CAAUAAAGCCAGUCU.UA.ACUUCGUAUAUCCCCGGCA.AU.AGGGACCGGGG.GUUUCUACCAGGCAACC..GCAAAUUGCCC.G.GCUACGAAGGUAUAU.CUUCGUUGCU
NC_004557.1/2551392-2551293 SEQ ID NO：166
CUCUAUAAUAAAUUA.UU.GACUCAUAUAU-CCCCUUA.AU.AAGGUAGGGA-.GUAUCUACCAGAAG-CC..UUAAA-CUUCU.G.ACUAUGAGUGAAUAAaGCAUUGUCAU
NC_003028.1/1754786-1754882 SEQ ID NO：167
AAAAUUGAAUAUCGU.UU.UACUUGUUUAU-GUCGUGA.AU.-UGGCACGAC-.GUUUCUACAAGGUG-CC..GG-AA-CACCU.A.ACAAUAAGUAAGUCA.GCAGUGAGAU
NC_003098.1/1634825-1634921 SEQID NO：168
AAAAUUGAAUAUCGU.UU.UACUUGUUUAU-GUCGUGA.AU.-UGGCACGAC-.GUUUCUACAAGGUG-CC..GG-AA-CACCU.A.ACAAUAAGUAAGUCA.GCAGUGAGAU
NZ_AAGY01000085.1/5640-5736 SEQ ID NO：169
AAAAUUGAAUAUCGU.UU.UACUUGUUUAU-GUCGUGA.AU.-UGGCACGAC-.GUUUCUACAAGGUG-CC..GG-AA-CACCU.A.ACAAUAAGUAAGUCA.GCAGUGAGAU
NZ_AAEK01000001.1/183902-184006 SEQ ID NO：170
AUAAUUUUACACAUU.AU.CACUCGUAUAUACUCGGUA.AU.AUGGUCCGAGC.GUUUCUACCUAGUUCCCaaUGAAAGAACUG.G.ACUACGGGUUAAAGU.AUUCGGUCGC
NC_003454.1/1645820-1645721 SEQ ID NO：171
UAAAUAAUUUUAAUA.AA.AAUUCGUAUAA-GCCUAAU.AU.AUGGAAGGGU-.GUCCCUAC-GGUUAACC..AUAAAUUAACC.A.GCUACGAAAAAUGUU.UUACUGUGUU
NZ_AADW02000027.1/2980-2880 SEQ ID NO：172
GAAUAAACGUAUAGC.AA.CGCUCGUAUAAUAGUGGGG.AU.-UGGCCCACGA.GUCUCUACCGGAUCGCC..GU-AACGAUCC.G.ACUACGGGUGGUGAG.UUACUGCUCU
NZ_AADW02000005.1/179959-180061 SEQ ID NO：173
AAAUCAUACAUGCAU.CU.CCUUUGUAUAUACUCGCGA.AU.AUGGCGUGAGA.GUCUCUACCGGGUCACC..UUAAACGACCU.G.ACUAUGAAGGAGCAG.ACCCUUCGUA
NC_006582.1/1039390-1039492 SEQ ID NO：174
AAUGUCCAAUAGGAA.AA.UACCCGUAUAAUUGCAGGA.AU.AAGGCCUGCAC.GUUUCUACCGAGCCACC..GUAAAUGGCUU.G.ACUACGGCAUGAUAA.AUGGAGCGCA
NC_002737.1/930749-930845 SEQ ID NO：175
UGAAUUCAAUAAUGA.CA.UACUUAUUUAU-GCUGUGA.AU.-UGGCGCAGC-.GUCUCUACAAGACA-CC..UU-AA-UGUCU.A.ACAAUAAGUAAGCUU.UUAGGCUUGC
NC_003485.1/910599-910695 SEQ ID NO：176
UGAAUUCAAUAAUGA.CA.UACUUAUUUAU-GCUGUGA.AU.-UGGCGCAGC-.GUCUCUACAAGACA-CC..UU-AA-UGUCU.A.ACAAUAAGUAAGCUU.UUAGGCUUGC
NC_004070.1/846557-846653 SEQ ID NO：177
UGAAUUCAAUAAUGA.CA.UACUUAUUUAU-GCUGUGA.AU.-UGGCGCAGC-.GUCUCUACAAGACA-CC..UU-AA-UGUCU.A.ACAAUAAGUAAGCUU.UUAGGCUUGC
NC_004606.1/977077-977173 SEQ ID NO：178
UGAAUUCAAUAAUGA.CA.UACUUAUUUAU-GCUGUGA.AU.-UGGCGCAGC-.GUCUCUACAAGACA-CC..UU-AA-UGUCU.A.ACAAUAAGUAAGCUU.UUAGGCUUGC
NC_006086.1/857664-857760 SEQ ID NO：179
UGAAUUCAAUAAUGA.CA.UACUUAUUUAU-GCUGUGA.AU.-UGGCGCAGC-.GUCUCUACAAGACA-CC..UU-AA-UGUCU.A.ACAAUAAGUAAGCUU.UUAGGCUUGC
NZ_AAFV01000199.1/507-411 SEQ ID NO：180
UGAAUUCAAUAAUGA.CA.UACUUAUUUAU-GCUGUGA.AU.-UGGCGCAGC-.GUCUCUACAAGACA-CC..UU-AA-UGUCU.A.ACAAUAAUGAAGCUU.UUAGGCUUGC
NC_004605.1/1369721-1369821 SEQ ID NO：181
UAUAAUCGCAAGCGU.UU.GCUUCGUAUAACCCCAAUG.AU.AUGGUUUGGGG.GUCUCUACCAGUUC-CC..GCAAA-GUGCU.G.AUUACGAAGAGUUGA.GAUCACUGUG
NZ_AAAW03000004.1/66862-66959 SEQ ID NO：182
UGAACUGAAUAAUAA.AA.UUUUUAUAUAA-GUUCAUA.AU.-GGGUUGAAC-.GUCUCUACCAACUA-CC..GUAAA-UAGUU.G.AUUAUAAAAAUUUCG.AACGGAAUGA
NC_004567.1/2968830-2968731 SEQ ID NO：183
UUAUCAAUACAACUA.AU.UGCCUAUAUAAU-GCCAUG.AU.AUGGAUGGCGA.GUUUCUACCCAGUG-CC..GUAAA-CACUG.G.ACUAUAAGCGAAUUG.AGUCGACGGG
NZ_AAEV01000003.1/13765-13667 SEQ ID NO：184
ACAAUCAAAUAAAAC.UU.AGCCUAUAUAAUGUC-UUA.AU.CUGGU-UGACA.GUUUCUACCCAACG-CC..GUAAA-UGUUG.G.ACUAUAGGAAAACUA.ACUCUUAUGU
NC_002570.2/806873-806971 SEQ ID NO：185
UUAAUCGAGCUCAAC.AC.UCUUCGUAUAUCCUC-UCA.AU.AUGGGAUGAGG.GUCUCUAC-AGGUA-CC..GUAAA-UACCU.A.GCUACGAAAAGAAUG.CAGUUAAUGU
NZ_AAEK01000052.1/27552-27452 SEQID NO：186
AUUAAUUACAUAUGA.GA.AUCAUGUAUAACUCCAAGA.AU.AUGGCUUGGGG.GUCUCUACCAGGAA-CC..AAUAA-CUCCU.G.ACUACAAAAUGCGUA.UUAUAGCGUU
NC_006814.1/237722-237626 SEQ ID NO：187
AUUAAGCCAAUACAA.AU.AUCU-AUAUAU-CGUCGAA.AU.AAGGUCGACA-.GUUUCUACCCACUA-CC..GUAAA-UGGUG.G.ACUAU-AGGUAAACG.AAAUUAAGAA
NC_005363.1/3414604-3414703 SEQ ID NO：188
AAAUAACUUCAUAGUgUU.UCCCCGUAUAU-GUUGCGA.AU.AGGGCGCAGC-.GUUUCUACCAGGCA-CC..UCAAA-UGCCU.G.ACUAUGGAGGUUCUU.UGUGAAGUUG
NZ_AADT03000021.1/9410-9513 SEQ ID NO：189
AAAAUAAAUAUGGCA.AU.GGCCUGUAUAAUUGGGGGA.AU.AGGGCUCCCAA.GUUUCUACCGGGCAACC..GUAAAUUGCCCuG.GCUACAGCCUGAAAG.UGUACCUCAG
NC_004668.1/2288426-2288328 SEQ ID NO：190
UCCUAGAGAAACAUA.GA.AGCUUGUAUAA-GGUCAAA.AU.ACGGUUGACC-.GUCUCUACCCAGCA-CC..GUAAA-UGCUG.G.UCUAUAAGUGAAGAA.GAGCGGAUAG
NC_006449.1/1182949-1183044 SEQ ID NO：191
CAAACAAUGAGAACA.-U.UACUUAUUUAU-GUCACGA.AU.-GGGCGUGAC-.GUUUCUACAAGGUG-CC..GU-AA-CACCU.A.ACAAUAAGUAAGCUA.AUUUAGUCAU
NZ_AAGS01000026.1/9921-10016 SEQ ID NO：192
CAAACAAUGAGAACA.-U.UACUUAUUUAU-GUCACGA.AU.-GGGCGUGAC-.GUUUCUACAAGGUG-CC..GU-AA-CACCU.A.ACAAUAAGUAAGCUA.AUUUAGUCAU
NZ_AAGQ01000089.1/170-269 SEQ ID NO：193
UAACUUAACAAAUGU.UUcUGCUUAUAUAU-CGCUGCG.AU.ACGGGUAGCA-.GUCUCUACCCGGAG-CC..GUAAA-CUCCG.G.ACUAUAGGUAAAGAA.GGGCCGGUAU
NZ_AABF02000293.1/1-98 SEQ ID NO：194
UAGAUAUUAAAUAAA.--.AAUUCGUAUAA-GCCUAAU.AU.AUGGAAAGGU-.GUCCCUAC-GGUUAACC..GUAAAUUAACC.A.GCUACG-AAAAUGUU.UUUGCUGUAU
NC_006448.1/1185082-1185177 SEQ ID NO：195
CAAACAAUGAGAACA.-U.UACUUAUUUAU-GUCACGA.AU.-GGGCGUGAC-.GUUUCUACAAGGUG-CC..GU-AA-CUCCU.A.ACAAUAAGUAAGCUA.AUUUAGUCAU
NC_004567.1/2410478-2410577 SEQ ID NO：196
UUCAAAUAAGUGGUA.AU.UGCCUAUAUAAU-GUCAUG.AU.AUGGUUGACGA.GUUUCUACCCAACC-CC..GUAAA-GGUUG.G.ACUAUAAGCAAACGA.GGUCAUCCCG
NZ_AABJ03000010.1/47704-47802 SEQ ID NO：197
AUUCAGAAUGUUGAA.AA.AGCUUAUAUAUGGUCGU-A.AU.AAGG-AUGACC.GUUUCUACCCGGAG-CC..ACAAA-CUCAG.G.ACUAUAAGCAAUUAA.GUACUUGUGC
NZ_AADT03000002.1/89184-89083 SEQ ID NO：198
GAGUCUUCUUUUAGG.UU.UCUUCGUAUAGUCCCGGAG.AU.-UGGUCCGGGG.GUUUCUACCAGGUGACC..GG-AAUCACCUuG.GCUACGAAGGGUUAU.UUCCUUUGUG
NC_006814.1/1971978-1972076 SEQ ID NO：199
AUACUUAACAAUCAA.GU.UAUCUAUAUAU-CGUCGAA.AU.AAGGUCGACA-.GUAUCUACCCUGAG-CC..AUAAA-UUCAG.G.ACUAUAGGUAUCAGA.CGUCAUAAUU
NZ_AAA02000016.1/1579-1480 SEQ ID NO：200
CACUCUAGAUAUCAA.AA.UAUCUAUAUAU-CGUCGUA.AU.AAGGUCGACA-.GUUUCUACCCGGAA-CCa.AUUAA-UUCUG.G.ACUAUAGGUAAUCGA.UGUCAUAAGU
NC_005362.1/1949387-1949485 SEQ ID NO：201
AUACUUAACAAUCAA.GU.UAUCUAUAUAU-CGUCGAA.AU.AAGGUCGACA-.GUAUCUACCCUGAG-CC..AUAAA-UUCAG.G.ACUAUAGGUAUCAGA.CGUCAUAAAU
NZ_AAAO02000035.1/3299-3201 SEQ ID NO：202
AUACUUAACAAUCAA.GU.UAUCUAUAUAU-CGUCGAA.AU.AAGGUCGACA-.GUAUCUACCCUGAG-CC..AUAAA-UUCAG.G.ACUAUAGGUAUCAGA.CGUCAUAAAU
NC_005362.1/263146-263049 SEQ ID NO：203
CACUCUAGAUAUCAA.AU.AUCU-AUAUAU-CGUCGUA.AU.AAGGUCGACA-.GUUUCUACCCGGAA-CCa.AUUAA-UUCUG.G.ACUAU-AGGUAAUCG.AUGUCAUAAG
NC_005363.1/2004933-2004835 SEQ ID NO：204
ACUACUAACCGCGGU.UA.CACAAAUAUAA-GUCGGAG.AU.AGGGUCUGAC-.GUUUCUACCUGCCA-CC..GUAAA-GGGCA.G.UCUAUUUGGAGCGAA.UAUAUGUUGA
NZ_AADT03000002.1/98293-98192 SEQ ID NO：205
GACGAAUAUUACUAU.UA.GACUCGUAAAACCCCGGCG.AU.-GGGGCCGGGG.GUCUCUACCAGGUGACC..GG-AAUCACCUcG.GCUACGAGGGUGAGC.GGCAGCUGGU
NZ_AABE02000036.1/17403-17500 SEQ ID NO：206
CAACUAAAGAAGUUA.UU.UGCAGAUAUAU-CGUUGGA.AA.ACGGCCAACA-.GUUUCUACCACGCC-CC..-AAAA-GUCGU.G.ACUAUCCGCAAAUGU.UUUUGACGAU
NC_006055.1/484139-484044 SEQ ID NO：207
UAUAAAAUUAAUAUG.AA.AACUUGUAUAAUCCUUC--.AU.AUCGGGAAGGA.GUCUCUACCUAACA-CC..---AA-UGUUA.G.AUUAUGAGUUUUAUG.GUUUUCGCUA
NZ_AABH02000272.1/211-308 SEQ ID NO：208
CAACUAAAGAAGUUA.UU.UGCAGAUAUAU-CGUUGGA.AA.ACGGCCAACA-.GUUUCUACCACGCC-CC..-AAAA-GUCGU.G.ACUAUCCGCAAAUGU.UUCUGACGAU
NZ_AABJ03000003.1/47905-47810 SEQ ID NO：209
AAGAUAAAUAGCAAC.CA.AGCAGGUAUAU-CGUCGGA.UA.AUGGCUGACA-.GUUUCUACCCAACA-CC..---AA-UGUUG.G.ACUAUCUGUGGAUGU.CUUUUUGGCG
NZ_AABH02000038.1/17559-17463 SEQ ID NO：210
UAUUCUAUGUGAAAU.UU.AGCUGAUAUAGUAUCGA--.AUaAUGG-UCGAUU.GUUUCUAGCCAGCA-CC..---CA-UGCUG.GaACUAUCAUAAACAUG.UUAUUUAAUU
NC_006055.1/397027-397123 SEQ ID NO：211
AAUAAUUAAAUAUAA.AA.AACUUAUACAU-GACAACAuAU.-UGGGUUGUC-.GAC-CUGCCUCUGGACC..-U--AUCCUUA.G.ACUAUAAGCGUGAGG.UUUUUUUACA
#＝GC RF SEQ ID NO：212
aAAauuaaAaAAAaA.au.aacUCgUAUAAucucgggA.AU.AUGGcccgaga.GUUUCUACCaggcaaCC..GUAAAuugccu.G.ACUAcGAguaAauuu.uauuUaUuuu
#＝GC SS_cons
:::::::::::::::.::.((((((((，，，<<<<<<<_._.__>>>>>>>.，，，，，，，，<<<<<<<_..__>>>>>>.>.，，)))))))):::::.::::::::::
//
表6.鸟嘌呤核糖开关的原子坐标
EEADER RIBONUCLEIC ACID 05-AUG-04 1U8D
TITLE GUANINE RIBOSWITCH BOUND TO HYPOXANTHINE
COMPND MOL_ID：1；
COMPND 2 MOLECULE：XPT-PBUX MRNA；
COMPND 3 CHAIN：A；
COMPND 4 ENGINEERED：YES；
COMPND 5 OTHER_DETAILS：G-BOX MRNA
SOURCE MOL_ID：1；
SOURCE 2 SYNTHETIC：YES；
SOURCE 3 OTHER_DETAILS：RNA WAS PREPARED BYIN VITRO TRANSCRIPTION.
SOURCE 4 THE SEQUENCE OF THIS RNA CAN BE FOUND NATURALLY IN
SOURCE 5 BACILLUS SUBTILIS(BACTERIA)
KEYWDS RNA-LIGAND COMPLEX，DOUBLE EELIX，BASETRIPLES，BASE
KEYWDS 2 QUADRUPLES，MRNA
EXPDTA X-RAY DIFFRACTION
AUTHOR R.T.BATEY，S.D.GILBERT，R.K.MONTANGE
REVDAT 1 23-NOV-04 1U8D 0
JRNLAUTH R.T.BATEY，S.D.GILBERT，R.K.MONTANGE
JRNL TITL STRUCTURE OF ANATURAL GUANINE-RESPONSIVE
JRNL TITL 2 RIBOSWITCH COMPLEXED WITH THE METABOLITE
JRNL TITL 3 HYPOXANTHINE
JRNL REF NATURE V.432 411 2004
JRNL REFN ASTM NATUAS UKISSN 0028-0836
REMARK 1
REMARK 2
REMARK 2 RESOLUTION.1.95 ANGSTROMS.
REMARK 3
REMARK 3 REFINEMENT.
REMARK 3 PROGRAM：CNS 1.1
REMARK 3 AUTHORS：BRUNGER，ADAMS，CLORE，DELANO，GROS，GROSSE-
REMARK 3 ：KUNSTLEVE，JIANG，KUSZEWSKI，NILGES，PANNU，
REMARK 3 ：READ，RICE，SIMONSON，WARREN
REMARK 3
REMARK 3 REFINEMENT TARGET：ENGH&HUBER
REMARK 3
REMARK 3 DATA USED IN REFINEMENT.
REMARK 3 RESOLUTION RANGE HIGH(ANGSTROMS)：1.95
REMARK 3 RESOLUTION RANGE LOW (ANGSTROMS)：19.41
REMARK 3 DATA CUTOFF (SIGMA(F))：0.000
REMARK 3 DATA CUTOFF HIGH (ABS(F))：1344227.320
REMARK 3 DATA CUTOFF LOW (ABS(F))：0.0000
REMARK 3 COMPLETENESS (WORKING+TEST)(％)：92.8
REMARK 3 NUMBER OF REFLECTIONS ：25786
REMARK 3
REMARK 3 FIT TO DATA USEDIN REFINEMENT.
REMARK 3 CROSS-VALIDATION METHOD ：THROUGHOUT
REMARK 3 FREE R VALUE TEST SET SELECTION ：RANDOM
REMARK 3 R VALUE (WORKING SET)：0.178
REMARK 3 FREE R VALUE ：0.228
REMARK 3 FREE R VALUE TEST SET SIZE (％)：9.400
REMARK 3 FREE R VALUE TEST SET COUNT ：2430
REMARK 3 ESTIMATED ERROR OF FREE R VALUE ：0.005
REMARK 3
REMARK 3 FITIN THE HIGHEST RESOLUTION BIN.
REMARK 3 TOTAL NUMBER OF BINS USED ：10
REMARK 3 BIN RESOLUTION RANGE HIGH (A)：1.95
REMARK 3 BIN RESOLUTION RANGE LOW (A)：2.02
REMARK 3 BIN COMPLETENESS (WORKING+TEST) (％) ：85.20
REMARK 3 REFLECTIONSIN BIN (WORKINGSET)：2105
REMARK 3 BIN R VALUE (WORKING SET)：0.2480
REMARK 3 BIN FREE R VALUE ：0.3180
REMARK 3 BIN FREE R VALUE TEST SET SIZE (％)：10.40
REMARK 3 BIN FREE R VALUE TEST SET COUNT ：245
REMARK 3 ESTIMATEDERROR OF BIN FREE R VALUE ：0.020
REMARK 3
REMARK 3 NUMBER OF NON-HYDROGENATOMS USEDIN REFINEMENT.
REMARK 3 PROTEIN ATOMS ：0
REMARK 3 NUCLEIC ACID ATOMS ：1426
REMARK 3 HETEROGEN ATOMS ：108
REMARK 3 SOLVENT ATOMS ：333
REMARK 3
REMARK 3 B VALUES.
REMARK 3 FROM WILSON PLOT (A**2)：14.90
REMARK 3 MEAN B VALUE (OVERALL，A**2) ：22.60
REMARK 3 OVERALL ANISOTROPIC B VALUE.
REMARK 3 B11 (A**2) ：0.26000
REMARK 3 B22 (A**2) ：-0.88000
REMARK 3 B33 (A**2) ：0.62000
REMARK 3 B12 (A**2) ：0.00000
REMARK 3 B13 (A**2) ：-0.48000
REMARK 3 B23 (A**2) ：0.00000
REMARK 3
REMARK 3 ESTIMATED COORDINATE ERROR.
REMARK 3 ESD FROM LUZZATIPLOT (A) ：0.19
REMARK 3 ESD FROM SIGMAA (A) ：0.14
REMARK 3 LOW RESOLUTION CUTOFF (A)：5.00
REMARK 3
REMARK 3 CROSS-VALIDATED ESTIMATED COORDINATE ERROR.
REMARK 3 ESD FROM C-V LUZZATIPLOT (A)：0.25
REMARK 3 ESD FROM C-V SIGMAA (A)：0.23
REMARK 3
REMARK 3 RMS DEVIATIONS FROMIDEAL VALUES.
REMARK 3 BOND LENGTHS (A)：0.009
REMARK 3 BOND ANGLES (DEGREES)：1.60
REMARK 3 DIHEDRAL ANGLES (DEGREES)：19.10
REMARK 3 IMPROPER ANGLES (DEGREES)：1.83
REMARK 3
REMARK 3 ISOTROPIC THERMAL MODEL：RESTRAINED
REMARK 3
REMARK 3 ISOTROPIC THERMAL FACTOR RESTRAINTS.RMS SIGMA
REMARK 3 MAIN-CHAIN BOND (A**2)：0.810；1.500
REMARK 3 MAIN-CHAIN ANGLE (A**2)：0.000；2.000
REMARK 3 SIDE-CHAINBOND (A**2)：1.520；2.000
REMARK 3 SIDE-CEAIN ANGLE (A**2)：1.970；2.500
REMARK 3
REMARK 3 BULK SOLVENT MODELING.
REMARK 3 METHOD USED：FLAT MODEL
REMARK 3 KSOL ：0.36
REMARK 3 BSOL ：48.44
REMARK 3
REMARK 3 NCS MODEL ：NULL
REMARK 3
REMARK 3 NCS RESTRAINTS.RMS SIGMA/WEIGHT
REMARK 3 GROUP 1 POSITIONAL (A)：NULL；NULL
REMARK 3 GROUP 1 B-FACTOR (A**2)：NULL；NULL
REMARK 3
REMARK 3 PARAMETER FILE 1 ：DNA-RNA_REP.PARAM
REMARK 3 PARAMETER FILE 2 ：ION.PARAM
REMARK 3 PARAMETER FILE 3 ：HPA4.PARAM
REMARK 3 PARAMETER FILE 4 ：COHEX_REP.PARAM
REMARK 3 PARAMETER FILE 5 ：WATER.PARAM
REMARK 3 PARAMETER FILE 6 ：NULL
REMARK 3 TOPOLOGY FILE 1 ：DNA-RNA.TOP
REMARK 3 TOPOLOGY FILE 2 ：ION.TOP
REMARK 3 TOPOLOGY FILE 3 ：HPA4.TOP
REMARK 3 TOPOLOGY FILE 4 ：COHEX_REP.TOP
REMARK 3 TOPOLOGY FILE 5 ：WATER.TOP
REMARK 3 TOPOLOGY FILE 6 ：NULL
REMARK 3
REMARK 3 OTHER REFINEMENT REMARKS：NULL
REMARK 4
REMARK 4 1U8D COMPLIES WITH FORMAT V.2.3，09-JULY-1998
REMARK 100
REMARK 100 THIS ENTRY HAS BEEN PROCESSED BYTHENUCLEIC ACID DATABASE
REMARK 100 ON 13-AUG-2004.
REMARK 100 THE NDBID CODEIS UR0039.
REMARK 105
REMARK 105 THE PROTEIN DATA BANK HAS ADOPTED THE SACCHARIDE CHRMISTS
REMARK 105 NOMENCLATURE FOR ATOMS OF THE DEOXYRIBOSE/RIBOSE MOIETY
REMARK 105 RATHER THAN THAT OF THE NUCLEOSIDE CHEMISTS.TEE RING
REMARK 105 OXYGEN ATOM IS LABELLED O4*INSTEAD OF O1*.
REMARK 200
REMARK 200 EXPERIMENTAL DETAILS
REMARK 200 EXPERIMENT TYPE ：X-RAY DIFFRACTION
REMARK 200 DATE OF DATA COLLECTION ：NULL
REMARK 200 TEMPERATURE (KELVIN)：100.0
REMARK 200 PH ：7.50
REMARK 200 NUMBER OF CRYSTALS USED ：1
REMARK 200
REMARK 200 SYNCHROTRON (Y/N)：N
REMARK 200 RADIATION SOURCE ：ROTATING ANODE
REMARK 200 BEAMLINE ：NULL
REMARK 200 X-RAY GENERATOR MODEL ：RIGAKU
REMARK 200 MONOCHROMATIC OR LAUE(M/L) ：M
REMARK 200 WAVELENGTH OR RANGE (A)：1.5418
REMARK 200 MONOCHROMATOR ：NI FILTER
REMARK 200 OPTICS ：NULL
REMARK 200
REMARK 200 DETECTOR TYPE ：NULL
REMARK 200 DETECTOR MANUFACTURER ：NULL
REMARK 200 INTENSITY-INTEGRATION SOFTWARE：R-AXIS
REMARK 200 DATASCALING SOFTWARE ：R-AXIS
REMARK 200
REMARK 200 NUMBER OF UNIQUE REFLECTIONS ：28013
REMARK 200 RESOLUTION RANGE HIGH (A)：1.800
REMARK 200 RESOLUTION RANGE LOW (A)：20.000
REMARK 200 REJECTION CRITERIA (SIGMA(I))：3.000
REMARK 200
REMARK 200 OVERALL.
REMARK 200 COMPLETENESS FOR RANGE (％)：NULL
REMARK 200 DATAREDUNDANCY ：2.900
REMARK 200 R MERGE (I)：0.05500
REMARK 200 R SYM (I)：0.03700
REMARK 200 FOR THE DATA SET ：21.5000
REMARK 200
REMARK 200 IN THE HIGHEST RESOLUTION SHELL.
REMARK 200 HIGHEST RESOLUTIONSHELL，RANGE HIGH (A)：1.80
REMARK 200 HIGHEST RESOLUTION SHELL，RANGE LOW (A)：1.86
REMARK 200 COMPLETENESS FOR SHELL (％)：100.0
REMARK 200 DATA REDUNDANCY IN SHELL ：NULL
REMARK 200 R MERGE FOR SHELL (I)：NULL
REMARK 200 R SYM FOR SHELL (I)：NULL
REMARK 200 FOR SHELL ：NULL
REMARK 200
REMARK 200 DIFFRACTION PROTOCOL：SINGLE WAVELENGTH
REMARK 200 METHOD USED TO DETERMINE THE STRUCTURE：SAD
REMARK 200 SOFTWARE USED：SOLVE
REMARK 200 STARTING MODEL：NULL
REMARK 200
REMARK 200 REMARK：NULL
REMARK 280
REMARK 280 CRYSTAL
REMARK 280 SOLVENT CONTENT，VS(％)：46.00
REMARK 280 MATTHEWS COEFFICIENT，VM(ANGSTROMS**3/DA)：2.29
REMARK 280
REMARK 280 CRYSTALLIZATION CONDITIONS：10 MM COBALT HEXAMMINE，200 MM
REMARK 280 AMMONIUM ACETATE，25％PEG 2K，PH 7.5，VAPOR DIFFUSION，HANGING
REMARK 280 DROP，TEMPERATURE 23K
REMARK 290
REMARK 290 CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY
REMARK 290 SYMMETRY OPERATORS FOR SPACE GROUP：C121
REMARK 290
REMARK 290 SYMOP SYMMETRY
REMARK 290 NNNMMM OPERATOR
REMARK 290 1555 X，Y，Z
REMARK 290 2555 -X，Y，-Z
REMARK 290 3555 1/2+X，1/2+Y，Z
REMARK 290 4555 1/2-X，1/2+Y，-Z
REMARK 290
REMARK 290 WHERE NNN-＞OPERATOR NUMBER
REMARK 290 MMM-＞TRANSLATION VECTOR
REMARK 290
REMARK 290 CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS
REMARK 290 THE FOLLOWING TRANSFORMATIONS OPERATE ON THE ATOM/HETATM
REMARK 290 RECORDSIN THIS ENTRY TO PRODUCE CRYSTALLOGRAPHICALLY
REMARK 290 RELATED MOLECULES.
REMARK 290 SMTRY1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000
REMARK 290 SMTRY2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000
REMARK 290 SMTRY3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000
REMARK 290 SMTRY1 2 -1.000000 0.000000 0.000000 0.00000
REMARK 290 SMTRY2 2 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000
REMARK 290 SMTRY3 2 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000
REMARK 290 SMTRY1 3 1.000000 0.000000 0.000000 66.14900
REMARK 290 SMTRY2 3 0.000000 1.000000 0.000000 17.62500
REMARK 290 SMTRY3 3 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000
REMARK 290 SMTRY1 4 -1.000000 0.000000 0.000000 66.14900
REMARK 290 SMTRY2 4 0.000000 1.000000 0.000000 17.62500
REMARK 290 SMTRY3 4 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000
REMARK 290
REMARK 290 REMARK：NULL
REMARK 300
REMARK 300 BIOMOLECULE：1
REMARK 300 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT
REMARK 300 WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S).SEE REMARK 350 FOR
REMARK 300 INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S).
REMARK 350
REMARK 350 GENERATING THE BIOMOLECULE
REMARK 350 COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN
REMARK 350 BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE
REMARK 350 MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS
REMARK 350 GIVEN BELOW.BOTH NON-CRYSTALLOGRAPHIC AND
REMARK 350 CRYSTALLOGRAPHIC OPERATIONS ARE GIVEN.
REMARK 350
REMARK 350 BIOMOLECULE：1
REMARK 350 APPLY TEE FOLLOWING TO CHAINS：A
REMARK 350 BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000
REMARK 350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000
REMARK 350 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000
REMARK 465
REMARK 465 MISSING RESIDUES
REMARK 465 THE FOLLOWING RESIDUES WERENOT LOCATEDIN THE
REMARK 465 ExPERIMENT.(M＝MODELNUMBER； RES＝RESIDUE NAME；C＝CHAIN
REMARK 465 IDENTIFIER；SSSEQ＝SEQUENCE NUMBER；I＝INSERTION CODE.)
REMARK 465
REMARK 465 M RES C SSSEQI
REMARK 465 A A 82
REMARK 500
REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY
REMARK 500 SUBTOPIC：CLOSE CONTACTS
REMARK 500
REMARK 500 THEFOLLOWING ATOMS THAT ARE RELATED BY CRYSTALLOGRAPHIC
REMARK 500 SYMMETRY ARE IN CLOSE CONTACT.AN ATOM LOCATED WITHIN 0.15
REMARK 500 ANGSTROMS OF A SYMMETRY RELATED ATOMIS ASSUMED TO BE ON A
REMARK 500 SPECIAL POSITION ANDIS，THEREFORE，LISTEDIN REMARK 375
REMARK 500 INSTEAD OF REMARK 500.ATOMS WITH NON-BLANK ALTERNATE
REMARK 500 LOCATIONINDICATORS ARE NOTINCLUDED IN THE CALCULATIONS.
REMARK 500
REMARK 500 DISTANCE CUTOFF：
REMARK 500 2.2 ANGSTROMS FOR CONTACTS NOT INVOLVING HYDROGEN ATOMS
REMARK 500 1.6 ANGSTROMS FOR CONTACTSINVOLVING HYDROGEN ATOMS
REMARK 500
REMARK 500 ATM1 RES C SSEQI ATM2 RES C SSEQI SSYMOP DISTANCE
REMARK 500 O1P G A 15 O1P G A 15 2556 1.81
SEQRES 1 A 68 G G A C A U A U A A U C G
SEQRES 2 A 68 C G U G G A U A U G G C A
SEQRES 3 A 68 C G C A A G U U U C U A C
SEQRES 4 A 68 C G G G C A C C G U A A A
SEQRES 5 A 68 U G U C C G A C U A U G U
SEQRES 6 A 68 C C A
HET SPD 95 10
HET ACT 96 4
HET NCO 101 7
HET NCO 102 7
HET NCO 103 7
HET NCO 104 7
HET NCO 105 7
HET NCO 106 7
HET NCO 107 7
HET NCO 108 7
HET NCO 109 7
HET NCO 110 7
HET NCO 111 7
HET NCO 112 7
HET HPA 90 10
HETNAM SPD SPERMIDINE
HETNAM ACT ACETATE ION
HETNAM NCO COBALT HEXAMMINE ION
HETNAM HPA HYPOXANTHINE
HETSYN SPD N-(2-AMINO-PROPYL)-1，4-DIAMINOBUTANE；PA(34)
FORMUL 2 SPD C7 H19 N3
FORMUL 3 ACT C2 H3 O2 1-
FORMUL 4 NCO 12(H18 N6 CO1 3+)
FORMUL 16 HPA C5 H4 N4 O1
FORMUL 17 HOH *333(H2 O1)
CRYST1 132.298 35.250 42.225 90.00 90.95 90.00 C121 4
ORIGX1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000
ORIGX2 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000
ORIGX3 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000
SCALE1 0.007559 0.000000 0.000125 0.00000
SCALE2 0.000000 0.028369 0.000000 0.00000
SCALE3 0.000000 0.000000 0.023686 0.00000
ATOM 1 O3P G A 15 2.257 5.451 23.138 1.00 79.41 O
ATOM 2 P G A 15 2.002 5.937 21.715 1.00 79.84 P
ATOM 3 O1P G A 15 0.530 5.848 21.317 1.00 79.33 O
ATOM 4 O2P G A 15 2.597 7.317 21.458 1.00 79.53 O
ATOM 5 O5* G A 15 2.809 4.906 20.739 1.00 77.83 O
ATOM 6 C5* G A 15 4.171 4.541 21.029 1.00 75.69 C
ATOM 7 C4* G A 15 4.238 3.119 21.543 1.00 73.85 C
ATOM 8 O4* G A 15 2.948 2.746 22.099 1.00 73.98 O
ATOM 9 C3* G A 15 4.556 2.024 20.538 1.00 72.87 C
ATOM 10 O3* G A 15 5.945 2.038 20.158 1.00 70.52 O
ATOM 11 C2* G A 15 3.933 0.791 21.200 1.00 73.00 C
ATOM 12 O2* G A 15 4.650 0.231 22.285 1.00 73.25 O
ATOM 13 C1* G A 15 2.648 1.397 21.766 1.00 72.98 C
ATOM 14 N9 G A 15 1.581 1.433 20.767 1.00 72.54 N
ATOM 15 C8 G A 15 0.950 2.560 20.284 1.00 72.23 C
ATOM 16 N7 G A 15 0.045 2.296 19.382 1.00 71.52 N
ATOM 17 C5 G A 15 0.072 0.912 19.261 1.00 71.53 C
ATOM 18 C6 G A 15 -0.692 0.051 18.433 1.00 71.10 C
ATOM 19 O6 G A 15 -1.579 0.355 17.620 1.00 71.14 O
ATOM 20 N1 G A 15 -0.339 -1.284 18.619 1.00 70.53 N
ATOM 21 C2 G A 15 0.626 -1.734 19.493 1.00 70.46 C
ATOM 22 N2 G A 15 0.829 -3.059 19.517 1.00 69.85 N
ATOM 23 N3 G A 15 1.341 -0.941 20.279 1.00 70.84 N
ATOM 24 C4 G A 15 1.015 0.361 20.111 1.00 71.66 C
ATOM 25 P G A 16 6.984 0.956 20.748 1.00 68.91 P
ATOM 26 O1P G A 16 6.845 0.908 22.231 1.00 68.62 O
ATOM 27 O2P G A 16 8.306 1.282 20.155 1.00 68.38 O
ATOM 28 O5* G A 16 6.531 -0.448 20.141 1.00 66.18 O
ATOM 29 C5* G A 16 7.070 -1.646 20.684 1.00 62.29 C
ATOM 30 C4* G A 16 6.512 -2.866 19.993 1.00 59.49 C
ATOM 31 O4* G A 16 5.058 -2.824 20.037 1.00 58.98 O
ATOM 32 C3* G A 16 6.820 -2.981 18.513 1.00 57.81 C
ATOM 33 O3* G A 16 8.106 -3.541 18.297 1.00 56.43 O
ATOM 34 C2* G A 16 5.709 -3.902 18.025 1.00 57.51 C
ATOM 35 O2* G A 16 5.944 -5.257 18.332 1.00 56.72 O
ATOM 36 C1* G A 16 4.530 -3.420 18.863 1.00 57.12 C
ATOM 37 N9 G A 16 3.712 -2.448 18.155 1.00 55.86 N
ATOM 38 C8 G A 16 3.719 -1.080 18.289 1.00 55.10 C
ATOM 39 N7 G A 16 2.851 -0.488 17.514 1.00 55.02 N
ATOM 40 C5 G A 16 2.239 -1.529 16.825 1.00 54.19 C
ATOM 41 C6 G A 16 1.206 -1.512 15.851 1.00 53.76 C
ATOM 42 O6 G A 16 0.597 -0.540 15.389 1.00 52.60 O
ATOM 43 N1 G A 16 0.894 -2.796 15.416 1.00 53.12 N
ATOM 44 C2 G A 16 1.494 -3.945 15.859 1.00 53.54 C
ATOM 45 N2 G A 16 1.070 -5.089 15.307 1.00 53.43 N
ATOM 46 N3 G A 16 2.446 -3.975 16.775 1.00 53.95 N
ATOM 47 C4 G A 16 2.767 -2.742 17.208 1.00 54.84 C
ATOM 48 P A A 17 8.823 -3.354 16.870 1.00 55.82 P
ATOM 49 O1P A A 17 10.149 -4.017 16.909 1.00 55.72 O
ATOM 50 O2P A A 17 8.728 -1.914 16.506 1.00 55.26 O
ATOM 51 O5* A A 17 7.903 -4.185 15.880 1.00 53.03 O
ATOM 52 C5* A A 17 7.817 -5.594 15.991 1.00 51.32 C
ATOM 53 C4* A A 17 7.075 -6.140 14.809 1.00 49.43 C
ATOM 54 O4* A A 17 5.666 -5.818 14.928 1.00 48.16 O
ATOM 55 C3* A A 17 7.494 -5.502 13.505 1.00 48.31 C
ATOM 56 O3* A A 17 8.659 -6.134 13.012 1.00 48.66 O
ATOM 57 C2* A A 17 6.266 -5.722 12.634 1.00 47.38 C
ATOM 58 O2* A A 17 6.231 -7.032 12.106 1.00 45.76 O
ATOM 59 C1* A A 17 5.138 -5.512 13.653 1.00 46.63 C
ATOM 60 N9 A A 17 4.655 -4.134 13.716 1.00 45.43 N
ATOM 61 C8 A A 17 5.126 -3.118 14.513 1.00 45.03 C
ATOM 62 N7 A A 17 4.471 -1.988 14.375 1.00 45.06 N
ATOM 63 C5 A A 17 3.505 -2.278 13.419 1.00 44.35 C
ATOM 64 C6 A A 17 2.480 -1.507 12.837 1.00 43.36 C
ATOM 65 N6 A A 17 2.232 -0.230 13.146 1.00 43.22 N
ATOM 66 N1 A A 17 1.698 -2.105 11.915 1.00 43.31 N
ATOM 67 C2 A A 17 1.930 -3.390 11.607 1.00 43.50 C
ATOM 68 N3 A A 17 2.852 -4.218 12.085 1.00 44.12 N
ATOM 69 C4 A A 17 3.616 -3.596 12.998 1.00 44.78 C
ATOM 70 P C A 18 9.428 -5.494 11.763 1.00 48.10 P
ATOM 71 O1P C A 18 10.761 -6.124 11.593 1.00 48.55 O
ATOM 72 O2P C A 18 9.319 -4.016 11.886 1.00 47.97 O
ATOM 73 O5* C A 18 8.513 -5.918 10.541 1.00 47.08 O
ATOM 74 C5* C A 18 8.419 -5.064 9.438 1.00 44.02 C
ATOM 75 C4* C A 18 7.134 -5.285 8.695 1.00 42.22 C
ATOM 76 O4* C A 18 5.989 -5.055 9.551 1.00 41.33 O
ATOM 77 C3* C A 18 6.973 -4.294 7.574 1.00 40.44 C
ATOM 78 O3* C A 18 7.752 -4.737 6.489 1.00 38.62 O
ATOM 79 C2* C A 18 5.468 -4.277 7.368 1.00 40.56 C
ATOM 80 O2* C A 18 5.017 -5.381 6.605 1.00 39.99 O
ATOM 81 C1* C A 18 4.986 -4.366 8.819 1.00 40.15 C
ATOM 82 N1 C A 18 4.886 -3.032 9.427 1.00 39.26 N
ATOM 83 C2 C A 18 3.854 -2.179 9.053 1.00 39.01 C
ATOM 84 O2 C A 18 3.040 -2.556 8.196 1.00 39.82 O
ATOM 85 N3 C A 18 3.765 -0.960 9.635 1.00 38.83 N
ATOM 86 C4 C A 18 4.660 -0.585 10.547 1.00 37.75 C
ATOM 87 N4 C A 18 4.524 0.621 11.092 1.00 36.78 N
ATOM 88 C5 C A 18 5.730 -1.431 10.939 1.00 37.85 C
ATOM 89 C6 C A 18 5.804 -2.636 10.360 1.00 39.12 C
ATOM 90 P A A 19 8.667 -3.688 5.725 1.00 36.72 P
ATOM 91 O1P A A 19 9.480 -4.427 4.735 1.00 37.50 O
ATOM 92 O2P A A 19 9.331 -2.852 6.746 1.00 36.38 O
ATOM 93 O5* A A 19 7.574 -2.817 4.973 1.00 35.32 O
ATOM 94 C5* A A 19 6.619 -3.455 4.146 1.00 32.02 C
ATOM 95 C4* A A 19 5.610 -2.459 3.661 1.00 30.54 C
ATOM 96 O4* A A 19 4.737 -2.066 4.755 1.00 30.35 O
ATOM 97 C3* A A 19 6.211 -1.148 3.184 1.00 30.44 C
ATOM 98 O3* A A 19 6.700 -1.256 1.853 1.00 28.92 O
ATOM 99 C2* A A 19 5.026 -0.208 3.307 1.00 29.76 C
ATOM 100 O2* A A 19 4.113 -0.427 2.254 1.00 30.88 O
ATOM 101 C1* A A 19 4.384 -0.698 4.606 1.00 29.58 C
ATOM 102 N9 A A 19 4.840 0.046 5.783 1.00 27.74 N
ATOM 103 C8 A A 19 5.802 -0.299 6.700 1.00 26.96 C
ATOM 104 N7 A A 19 5.955 0.583 7.666 1.00 26.99 N
ATOM 105 C5 A A 19 5.036 1.577 7.358 1.00 26.41 C
ATOM 106 C6 A A 19 4.684 2.780 8.000 1.00 25.24 C
ATOM 107 N6 A A 19 5.209 3.195 9.153 1.00 25.00 N
ATOM 108 N1 A A 19 3.739 3.547 7.415 1.00 25.67 N
ATOM 109 C2 A A 19 3.176 3.116 6.284 1.00 24.91 C
ATOM 110 N3 A A 19 3.401 1.998 5.602 1.00 25.13 N
ATOM 111 C4 A A 19 4.353 1.265 6.194 1.00 26.86 C
ATOM 112 P U A 20 7.901 -0.307 1.370 1.00 27.68 P
ATOM 113 O1P U A 20 8.299 -0.722 0.006 1.00 29.66 O
ATOM 114 O2P U A 20 8.908 -0.246 2.444 1.00 27.22 O
ATOM 115 O5* U A 20 7.230 1.122 1.256 1.00 25.69 O
ATOM 116 C5* U A 20 6.245 1.373 0.283 1.00 22.92 C
ATOM 117 C4* U A 20 5.719 2.780 0.423 1.00 21.41 C
ATOM 118 O4* U A 20 5.042 2.907 1.710 1.00 20.04 O
ATOM 119 C3* U A 20 6.777 3.874 0.487 1.00 19.50 C
ATOM 120 O3* U A 20 7.259 4.265 -0.783 1.00 20.05 O
ATOM 121 C2* U A 20 6.027 5.000 1.173 1.00 18.58 C
ATOM 122 O2* U A 20 5.109 5.617 0.301 1.00 17.80 O
ATOM 123 C1* U A 20 5.220 4.231 2.212 1.00 19.20 C
ATOM 124 N1 U A 20 5.900 4.191 3.517 1.00 18.08 N
ATOM 125 C2 U A 20 5.668 5.253 4.365 1.00 18.46 C
ATOM 126 O2 U A 20 4.951 6.205 4.059 1.00 15.17 O
ATOM 127 N3 U A 20 6.303 5.174 5.580 1.00 16.68 N
ATOM 128 C4 U A 20 7.127 4.167 6.028 1.00 18.60 C
ATOM 129 O4 U A 20 7.615 4.248 7.167 1.00 15.59 O
ATOM 130 C5 U A 20 7.333 3.101 5.087 1.00 17.76 C
ATOM 131 C6 U A 20 6.725 3.154 3.888 1.00 17.60 C
ATOM 132 P A A 21 8.804 4.707 -0.950 1.00 21.07 P
ATOM 133 O1P A A 21 8.958 5.041 -2.388 1.00 19.56 O
ATOM 134 O2P A A 21 9.726 3.742 -0.339 1.00 17.87 O
ATOM 135 O5* A A 21 8.914 6.057 -0.104 1.00 18.44 O
ATOM 136 C5* A A 21 8.311 7.240 -0.587 1.00 16.49 C
ATOM 137 C4* A A 21 8.458 8.398 0.384 1.00 15.52 C
ATOM 138 O4* A A 21 7.781 8.097 1.635 1.00 16.13 O
ATOM 139 C3* A A 21 9.885 8.660 0.849 1.00 16.12 C
ATOM 140 O3* A A 21 10.578 9.415 -0.119 1.00 15.84 O
ATOM 141 C2* A A 21 9.670 9.462 2.123 1.00 14.81 C
ATOM 142 O2* A A 21 9.390 10.824 1.853 1.00 16.92 O
ATOM 143 C1* A A 21 8.420 8.794 2.696 1.00 16.03 C
ATOM 144 N9 A A 21 8.745 7.898 3.805 1.00 14.49 N
ATOM 145 C8 A A 21 9.200 6.611 3.807 1.00 14.35 C
ATOM 146 N7 A A 21 9.500 6.161 5.002 1.00 14.14 N
ATOM 147 C5 A A 21 9.192 7.227 5.846 1.00 13.55 C
ATOM 148 C6 A A 21 9.288 7.400 7.255 1.00 13.46 C
ATOM 149 N6 A A 21 9.760 6.467 8.083 1.00 13.17 N
ATOM 150 N1 A A 21 8.881 8.588 7.778 1.00 14.41 N
ATOM 151 C2 A A 21 8.419 9.532 6.935 1.00 14.69 C
ATOM 152 N3 A A 21 8.294 9.483 5.600 1.00 16.23 N
ATOM 153 C4 A A 21 8.702 8.288 5.122 1.00 13.95 C
ATOM 154 P U A 22 11.833 8.778 -0.860 1.00 17.19 P
ATOM 155 O1P U A 22 12.143 9.766 -1.930 1.00 14.62 O
ATOM 156 O2P U A 22 11.572 7.360 -1.223 1.00 16.11 O
ATOM 157 O5* U A 22 12.955 8.795 0.274 1.00 17.34 O
ATOM 158 C5* U A 22 14.086 7.879 0.260 1.00 15.80 C
ATOM 159 C4* U A 22 14.668 7.761 1.654 1.00 13.76 C
ATOM 160 O4* U A 22 14.980 9.104 2.130 1.00 13.53 O
ATOM 161 C3* U A 22 13.575 7.229 2.579 1.00 14.34 C
ATOM 162 O3* U A 22 14.069 6.400 3.635 1.00 16.58 O
ATOM 163 C2* U A 22 12.950 8.479 3.204 1.00 14.31 C
ATOM 164 O2* U A 22 12.419 8.301 4.510 1.00 12.30 O
ATOM 165 C1* U A 22 14.140 9.444 3.207 1.00 13.55 C
ATOM 166 N1 U A 22 13.832 10.876 3.147 1.00 14.29 N
ATOM 167 C2 U A 22 14.055 11.619 4.286 1.00 13.16 C
ATOM 168 O2 U A 22 14.534 11.153 5.327 1.00 15.12 O
ATOM 169 N3 U A 22 13.706 12.925 4.186 1.00 13.49 N
ATOM 170 C4 U A 22 13.172 13.569 3.099 1.00 13.63 C
ATOM 171 O4 U A 22 12.789 14.728 3.228 1.00 12.03 O
ATOM 172 C5 U A 22 12.990 12.747 1.948 1.00 12.63 C
ATOM 173 C6 U A 22 13.320 11.453 2.009 1.00 13.42 C
ATOM 174 P A A 23 14.502 4.869 3.397 1.00 16.90 P
ATOM 175 O1P A A 23 13.773 4.291 2.214 1.00 17.04 O
ATOM 176 O2P A A 23 14.351 4.224 4.726 1.00 16.03 O
ATOM 177 O5* A A 23 16.057 4.949 3.092 1.00 16.99 O
ATOM 178 C5* A A 23 16.937 5.684 3.940 1.00 16.50 C
ATOM 179 C4* A A 23 18.220 5.970 3.200 1.00 16.03 C
ATOM 180 O4* A A 23 17.896 6.559 1.914 1.00 15.15 O
ATOM 181 C3* A A 23 19.123 7.000 3.865 1.00 15.88 C
ATOM 182 O3* A A 23 20.007 6.350 4.779 1.00 16.04 O
ATOM 183 C2* A A 23 19.932 7.535 2.689 1.00 14.37 C
ATOM 184 O2* A A 23 21.038 6.689 2.437 1.00 14.07 O
ATOM 185 C1* A A 23 18.924 7.447 1.539 1.00 15.13 C
ATOM 186 N9 A A 23 18.313 8.717 1.157 1.00 14.71 N
ATOM 187 C8 A A 23 18.027 9.134 -0.113 1.00 14.98 C
ATOM 188 N7 A A 23 17.513 10.334 -0.171 1.00 15.52 N
ATOM 189 C5 A A 23 17.440 10.727 1.159 1.00 14.12 C
ATOM 190 C6 A A 23 16.984 11.892 1.762 1.00 13.27 C
ATOM 191 N6 A A 23 16.517 12.944 1.074 1.00 13.02 N
ATOM 192 N1 A A 23 17.029 11.962 3.109 1.00 13.36 N
ATOM 193 C2 A A 23 17.522 10.921 3.791 1.00 12.32 C
ATOM 194 N3 A A 23 17.996 9.768 3.328 1.00 12.80 N
ATOM 195 C4 A A 23 17.924 9.737 1.988 1.00 13.37 C
ATOM 196 P A A 24 19.792 6.521 6.367 1.00 16.08 P
ATOM 197 O1P A A 24 20.740 5.538 7.026 1.00 18.75 O
ATOM 198 O2P A A 24 18.370 6.463 6.689 1.00 17.24 O
ATOM 199 O5* A A 24 20.280 8.006 6.656 1.00 14.02 O
ATOM 200 C5* A A 24 19.497 9.123 6.288 1.00 12.57 C
ATOM 201 C4* A A 24 19.315 10.041 7.475 1.00 13.24 C
ATOM 202 O4* A A 24 18.369 9.426 8.402 1.00 14.03 O
ATOM 203 C3* A A 24 20.554 10.296 8.339 1.00 12.98 C
ATOM 204 O3* A A 24 21.369 11.351 7.801 1.00 13.11 O
ATOM 205 C2* A A 24 19.907 10.750 9.647 1.00 13.47 C
ATOM 206 O2* A A 24 19.453 12.099 9.622 1.00 11.96 O
ATOM 207 C1* A A 24 18.667 9.851 9.720 1.00 13.92 C
ATOM 208 N9 A A 24 18.806 8.671 10.584 1.00 14.61 N
ATOM 209 C8 A A 24 18.841 7.342 10.230 1.00 14.46 C
ATOM 210 N7 A A 24 18.885 6.526 11.250 1.00 15.41 N
ATOM 211 C5 A A 24 18.905 7.372 12.348 1.00 13.99 C
ATOM 212 C6 A A 24 18.939 7.129 13.722 1.00 13.84 C
ATOM 213 N6 A A 24 18.928 5.899 14.267 1.00 13.39 N
ATOM 214 N1 A A 24 18.969 8.201 14.543 1.00 11.61 N
ATOM 215 C2 A A 24 18.945 9.429 14.008 1.00 11.99 C
ATOM 216 N3 A A 24 18.904 9.784 12.740 1.00 14.75 N
ATOM 217 C4 A A 24 18.885 8.694 11.949 1.00 12.94 C
ATOM 218 P U A 25 22.931 11.117 7.493 1.00 14.31 P
ATOM 219 O1P U A 25 23.384 9.774 7.967 1.00 13.12 O
ATOM 220 O2P U A 25 23.680 12.330 7.933 1.00 15.11 O
ATOM 221 O5* U A 25 22.966 11.182 5.904 1.00 12.37 O
ATOM 222 C5* U A 25 22.889 9.987 5.117 1.00 15.75 C
ATOM 223 C4* U A 25 22.394 10.314 3.715 1.00 14.54 C
ATOM 224 O4* U A 25 21.019 10.786 3.786 1.00 14.76 O
ATOM 225 C3* U A 25 23.144 11.444 3.031 1.00 15.39 C
ATOM 226 O3* U A 25 24.331 10.949 2.403 1.00 15.75 O
ATOM 227 C2* U A 25 22.114 11.959 2.027 1.00 15.07 C
ATOM 228 O2* U A 25 22.016 11.123 0.889 1.00 14.04 O
ATOM 229 C1* U A 25 20.817 11.819 2.831 1.00 14.18 C
ATOM 230 N1 U A 25 20.412 13.042 3.549 1.00 10.89 N
ATOM 231 C2 U A 25 19.972 14.094 2.797 1.00 12.58 C
ATOM 232 O2 U A 25 19.917 14.051 1.569 1.00 14.81 O
ATOM 233 N3 U A 25 19.592 15.206 3.514 1.00 12.69 N
ATOM 234 C4 U A 25 19.611 15.359 4.880 1.00 14.17 C
ATOM 235 O4 U A 25 19.271 16.439 5.374 1.00 13.94 O
ATOM 236 C5 U A 25 20.084 14.211 5.598 1.00 13.87 C
ATOM 237 C6 U A 25 20.460 13.117 4.917 1.00 13.05 C
ATOM 238 P C A 26 25.693 11.790 2.524 1.00 17.71 P
ATOM 239 O1P C A 26 26.754 11.081 1.752 1.00 17.41 O
ATOM 240 O2P C A 26 25.922 12.133 3.943 1.00 15.48 O
ATOM 241 O5* C A 26 25.352 13.145 1.775 1.00 15.22 O
ATOM 242 C5* C A 26 25.046 13.137 0.391 1.00 14.95 C
ATOM 243 C4* C A 26 24.479 14.477 -0.021 1.00 17.14 C
ATOM 244 O4* C A 26 23.155 14.681 0.542 1.00 15.78 O
ATOM 245 C3* C A 26 25.258 15.671 0.494 1.00 18.08 C
ATOM 246 O3* C A 26 26.425 15.908 -0.282 1.00 19.26 O
ATOM 247 C2* C A 26 24.233 16.785 0.350 1.00 17.99 C
ATOM 248 O2* C A 26 24.097 17.196 -0.990 1.00 17.37 O
ATOM 249 C1* C A 26 22.960 16.069 0.819 1.00 17.28 C
ATOM 250 N1 C A 26 22.770 16.251 2.269 1.00 17.50 N
ATOM 251 C2 C A 26 22.207 17.449 2.714 1.00 16.12 C
ATOM 252 O2 C A 26 21.837 18.289 1.868 1.00 17.31 O
ATOM 253 N3 C A 26 22.088 17.671 4.038 1.00 17.53 N
ATOM 254 C4 C A 26 22.516 16.762 4.915 1.00 18.28 C
ATOM 255 N4 C A 26 22.401 17.049 6.222 1.00 17.84 N
ATOM 256 C5 C A 26 23.082 15.519 4.494 1.00 18.25 C
ATOM 257 C6 C A 26 23.174 15.301 3.169 1.00 17.66 C
ATOM 258 P G A 27 27.781 16.387 0.456 1.00 19.54 P
ATOM 259 O1P G A 27 28.835 15.402 0.093 1.00 19.84 O
ATOM 260 O2P G A 27 27.508 16.662 1.882 1.00 21.05 O
ATOM 261 O5* G A 27 28.072 17.770 -0.238 1.00 16.72 O
ATOM 262 C5* G A 27 28.214 17.833 -1.641 1.00 18.44 C
ATOM 263 C4* G A 27 27.858 19.222 -2.122 1.00 17.66 C
ATOM 264 O4* G A 27 26.419 19.395 -1.976 1.00 18.44 O
ATOM 265 C3* G A 27 28.429 20.382 -1.312 1.00 16.35 C
ATOM 266 O3* G A 27 29.799 20.676 -1.631 1.00 12.94 O
ATOM 267 C2* G A 27 27.483 21.494 -1.746 1.00 16.92 C
ATOM 268 O2* G A 27 27.805 21.847 -3.096 1.00 18.43 O
ATOM 269 C1* G A 27 26.130 20.767 -1.672 1.00 19.53 C
ATOM 270 N9 G A 27 25.521 20.820 -0.331 1.00 17.32 N
ATOM 271 C8 G A 27 25.623 19.857 0.640 1.00 18.25 C
ATOM 272 N7 G A 27 25.058 20.199 1.770 1.00 16.05 N
ATOM 273 C5 G A 27 24.519 21.457 1.529 1.00 15.29 C
ATOM 274 C6 G A 27 23.826 22.345 2.410 1.00 15.83 C
ATOM 275 O6 G A 27 23.506 22.160 3.589 1.00 13.24 O
ATOM 276 N1 G A 27 23.515 23.548 1.791 1.00 13.74 N
ATOM 277 C2 G A 27 23.815 23.862 0.493 1.00 15.62 C
ATOM 278 N2 G A 27 23.476 25.116 0.104 1.00 13.99 N
ATOM 279 N3 G A 27 24.422 23.032 -0.352 1.00 15.80 N
ATOM 280 C4 G A 27 24.768 21.859 0.238 1.00 17.14 C
ATOM 281 P C A 28 30.774 21.297 -0.490 1.00 15.32 P
ATOM 282 O1P C A 28 32.151 21.289 -1.085 1.00 13.28 O
ATOM 283 O2P C A 28 30.549 20.564 0.797 1.00 16.81 O
ATOM 284 O5* C A 28 30.216 22.799 -0.308 1.00 14.13 O
ATOM 285 C5* C A 28 29.979 23.621 -1.457 1.00 12.20 C
ATOM 286 C4* C A 28 29.208 24.893 -1.109 1.00 11.20 C
ATOM 287 O4* C A 28 27.842 24.579 -0.760 1.00 13.22 O
ATOM 288 C3* C A 28 29.693 25.749 0.056 1.00 11.65 C
ATOM 289 O3* C A 28 30.795 26.536 -0.369 1.00 12.61 O
ATOM 290 C2* C A 28 28.443 26.579 0.321 1.00 12.57 C
ATOM 291 O2* C A 28 28.217 27.545 -0.701 1.00 11.37 O
ATOM 292 C1* C A 28 27.367 25.500 0.202 1.00 11.49 C
ATOM 293 N1 C A 28 27.155 24.774 1.465 1.00 11.12 N
ATOM 294 C2 C A 28 26.362 25.365 2.449 1.00 10.90 C
ATOM 295 O2 C A 28 25.841 26.462 2.217 1.00 12.61 O
ATOM 296 N3 C A 28 26.165 24.721 3.633 1.00 9.42 N
ATOM 297 C4 C A 28 26.703 23.521 3.841 1.00 9.67 C
ATOM 298 N4 C A 28 26.467 22.940 5.029 1.00 11.69 N
ATOM 299 C5 C A 28 27.503 22.869 2.845 1.00 10.98 C
ATOM 300 C6 C A 28 27.715 23.537 1.681 1.00 9.28 C
ATOM 301 P G A 29 31.848 27.078 0.701 1.00 12.54 P
ATOM 302 O1P G A 29 33.001 27.676 -0.012 1.00 10.32 O
ATOM 303 O2P G A 29 32.074 26.030 1.739 1.00 13.92 O
ATOM 304 O5* G A 29 31.048 28.236 1.453 1.00 10.81 O
ATOM 305 C5* G A 29 30.651 29.422 0.784 1.00 9.98 C
ATOM 306 C4* G A 29 29.953 30.336 1.761 1.00 8.40 C
ATOM 307 O4* G A 29 28.693 29.737 2.169 1.00 11.49 O
ATOM 308 C3* G A 29 30.712 30.532 3.055 1.00 8.64 C
ATOM 309 O3* G A 29 31.663 31.571 2.913 1.00 7.56 O
ATOM 310 C2* G A 29 29.598 30.920 4.004 1.00 10.60 C
ATOM 311 O2* G A 29 29.216 32.260 3.812 1.00 11.11 O
ATOM 312 C1* G A 29 28.480 29.976 3.555 1.00 11.07 C
ATOM 313 N9 G A 29 28.524 28.699 4.271 1.00 11.15 N
ATOM 314 C8 G A 29 29.049 27.500 3.837 1.00 12.35 C
ATOM 315 N7 G A 29 28.902 26.525 4.710 1.00 10.34 N
ATOM 316 C5 G A 29 28.251 27.122 5.781 1.00 8.19 C
ATOM 317 C6 G A 29 27.837 26.583 7.032 1.00 7.73 C
ATOM 318 O6 G A 29 27.914 25.425 7.442 1.00 6.94 O
ATOM 319 N1 G A 29 27.287 27.558 7.854 1.00 7.67 N
ATOM 320 C2 G A 29 27.125 28.881 7.518 1.00 8.16 C
ATOM 321 N2 G A 29 26.558 29.664 8.459 1.00 7.86 N
ATOM 322 N3 G A 29 27.484 29.396 6.356 1.00 8.66 N
ATOM 323 C4 G A 29 28.038 28.469 5.540 1.00 10.04 C
ATOM 324 P U A 30 33.134 31.407 3.520 1.00 8.25 P
ATOM 325 O1P U A 30 33.970 32.458 2.893 1.00 11.63 O
ATOM 326 O2P U A 30 33.566 29.974 3.446 1.00 11.64 O
ATOM 327 O5* U A 30 32.909 31.761 5.054 1.00 8.57 O
ATOM 328 C5* U A 30 32.803 33.103 5.491 1.00 7.65 C
ATOM 329 C4* U A 30 32.354 33.142 6.956 1.00 7.93 C
ATOM 330 O4* U A 30 31.051 32.507 7.112 1.00 7.66 O
ATOM 331 C3* U A 30 33.220 32.376 7.932 1.00 7.36 C
ATOM 332 O3* U A 30 34.411 33.098 8.229 1.00 8.48 O
ATOM 333 C2* U A 30 32.276 32.271 9.116 1.00 8.63 C
ATOM 334 O2* U A 30 32.159 33.539 9.769 1.00 8.93 O
ATOM 335 C1* U A 30 30.972 31.878 8.399 1.00 9.06 C
ATOM 336 N1 U A 30 30.909 30.406 8.210 1.00 8.03 N
ATOM 337 C2 U A 30 30.479 29.640 9.285 1.00 9.41 C
ATOM 338 O2 U A 30 30.140 30.142 10.342 1.00 9.53 O
ATOM 339 N3 U A 30 30.484 28.277 9.076 1.00 8.15 N
ATOM 340 C4 U A 30 30.879 27.615 7.918 1.00 7.87 C
ATOM 341 O4 U A 30 30.916 26.387 7.900 1.00 8.06 O
ATOM 342 C5 U A 30 31.293 28.471 6.852 1.00 6.19 C
ATOM 343 C6 U A 30 31.293 29.810 7.035 1.00 9.31 C
ATOM 344 P G A 31 35.776 32.309 8.547 1.00 11.17 P
ATOM 345 O1P G A 31 36.843 33.324 8.585 1.00 11.89 O
ATOM 346 O2P G A 31 35.907 31.144 7.632 1.00 14.22 O
ATOM 347 O5* G A 31 35.546 31.762 10.018 1.00 12.60 O
ATOM 348 C5* G A 31 35.387 32.670 11.107 1.00 11.40 C
ATOM 349 C4* G A 31 34.796 31.951 12.296 1.00 11.05 C
ATOM 350 O4* G A 31 33.529 31.364 11.898 1.00 11.06 O
ATOM 351 C3* G A 31 35.585 30.763 12.826 1.00 11.89 C
ATOM 352 O3* G A 31 36.673 31.190 13.649 1.00 11.52 O
ATOM 353 C2* G A 31 34.499 30.057 13.613 1.00 12.14 C
ATOM 354 O2* G A 31 34.173 30.764 14.789 1.00 14.85 O
ATOM 355 C1* G A 31 33.321 30.161 12.626 1.00 12.01 C
ATOM 356 N9 G A 31 33.369 29.020 11.714 1.00 9.31 N
ATOM 357 C8 G A 31 33.747 28.982 10.391 1.00 8.70 C
ATOM 358 N7 G A 31 33.733 27.763 9.889 1.00 9.68 N
ATOM 359 C5 G A 31 33.312 26.959 10.944 1.00 7.23 C
ATOM 360 C6 G A 31 33.144 25.544 11.029 1.00 7.98 C
ATOM 361 O6 G A 31 33.310 24.683 10.140 1.00 5.42 O
ATOM 362 N1 G A 31 32.739 25.152 12.313 1.00 6.14 N
ATOM 363 C2 G A 31 32.548 25.997 13.371 1.00 10.35 C
ATOM 364 N2 G A 31 32.176 25.420 14.577 1.00 7.45 N
ATOM 365 N3 G A 31 32.699 27.315 13.297 1.00 9.43 N
ATOM 366 C4 G A 31 33.073 27.720 12.071 1.00 9.46 C
ATOM 367 P G A 32 37.923 30.221 13.919 1.00 12.74 P
ATOM 368 O1P G A 32 38.781 31.042 14.790 1.00 14.11 O
ATOM 369 O2P G A 32 38.517 29.617 12.692 1.00 12.26 O
ATOM 370 O5* G A 32 37.356 28.990 14.770 1.00 12.62 O
ATOM 371 C5* G A 32 36.720 29.166 16.023 1.00 10.29 C
ATOM 372 C4* G A 32 36.261 27.823 16.550 1.00 10.54 C
ATOM 373 O4* G A 32 35.214 27.266 15.693 1.00 12.36 O
ATOM 374 C3* G A 32 37.339 26.771 16.499 1.00 12.35 C
ATOM 375 O3* G A 32 38.203 26.883 17.614 1.00 14.68 O
ATOM 376 C2* G A 32 36.538 25.487 16.525 1.00 11.24 C
ATOM 377 O2* G A 32 35.994 25.214 17.807 1.00 13.27 O
ATOM 378 C1* G A 32 35.393 25.857 15.578 1.00 10.96 C
ATOM 379 N9 G A 32 35.730 25.540 14.191 1.00 9.74 N
ATOM 380 C8 G A 32 36.070 26.428 13.200 1.00 9.21 C
ATOM 381 N7 G A 32 36.330 25.848 12.058 1.00 9.05 N
ATOM 382 C5 G A 32 36.132 24.497 12.304 1.00 10.24 C
ATOM 383 C6 G A 32 36.241 23.372 11.427 1.00 10.39 C
ATOM 384 O6 G A 32 36.572 23.356 10.238 1.00 11.57 O
ATOM 385 N1 G A 32 35.943 22.178 12.079 1.00 8.19 N
ATOM 386 C2 G A 32 35.627 22.076 13.413 1.00 9.95 C
ATOM 387 N2 G A 32 35.463 20.831 13.865 1.00 8.24 N
ATOM 388 N3 G A 32 35.508 23.119 14.242 1.00 9.53 N
ATOM 389 C4 G A 32 35.776 24.287 13.623 1.00 10.32 C
ATOM 390 P AA 33 39.686 26.342 17.495 1.00 15.61 P
ATOM 391 O1P A A 33 40.371 26.864 18.691 1.00 19.56 O
ATOM 392 O2P A A 33 40.255 26.557 16.151 1.00 17.09 O
ATOM 393 O5* A A 33 39.561 24.752 17.619 1.00 14.10 O
ATOM 394 C5* A A 33 39.033 24.156 18.788 1.00 14.10 C
ATOM 395 C4* A A 33 38.951 22.650 18.615 1.00 13.63 C
ATOM 396 O4* A A 33 37.996 22.286 17.569 1.00 13.30 O
ATOM 397 C3* A A 33 40.222 21.955 18.171 1.00 13.78 C
ATOM 398 O3* A A 33 41.120 21.848 19.264 1.00 13.31 O
ATOM 399 C2* A A 33 39.672 20.607 17.712 1.00 12.75 C
ATOM 400 O2* A A 33 39.299 19.776 18.802 1.00 12.98 O
ATOM 401 C1* A A 33 38.400 21.050 16.987 1.00 12.61 C
ATOM 402 N9 A A 33 38.609 21.236 15.550 1.00 12.88 N
ATOM 403 C8 A A 33 38.628 22.381 14.794 1.00 11.71 C
ATOM 404 N7 A A 33 38.816 22.157 13.502 1.00 10.33 N
ATOM 405 C5 A A 33 38.927 20.782 13.415 1.00 9.80 C
ATOM 406 C6 A A 33 39.116 19.908 12.324 1.00 10.29 C
ATOM 407 N6 A A 33 39.234 20.309 11.050 1.00 9.60 N
ATOM 408 N1 A A 33 39.178 18.588 12.588 1.00 9.49 N
ATOM 409 C2 A A 33 39.048 18.179 13.852 1.00 9.84 C
ATOM 410 N3 A A 33 38.857 18.900 14.964 1.00 11.60 N
ATOM 411 C4 A A 33 38.811 20.204 14.669 1.00 11.27 C
ATOM 412 P U A 34 42.687 21.969 19.023 1.00 15.81 P
ATOM 413 O1P U A 34 43.252 22.026 20.387 1.00 17.18 O
ATOM 414 O2P U A 34 42.941 23.110 18.071 1.00 16.71 O
ATOM 415 O5* U A 34 43.104 20.594 18.319 1.00 15.71 O
ATOM 416 C5* U A 34 42.712 19.342 18.883 1.00 13.18 C
ATOM 417 C4* U A 34 42.857 18.181 17.894 1.00 13.06 C
ATOM 418 O4* U A 34 42.094 18.430 16.686 1.00 12.24 O
ATOM 419 C3* U A 34 44.300 18.001 17.421 1.00 13.49 C
ATOM 420 O3* U A 34 44.642 16.633 17.345 1.00 14.82 O
ATOM 421 C2* U A 34 44.381 18.646 16.051 1.00 13.02 C
ATOM 422 O2* U A 34 45.215 17.992 15.121 1.00 13.60 O
ATOM 423 C1* U A 34 42.953 18.456 15.570 1.00 12.35 C
ATOM 424 N1 U A 34 42.536 19.469 14.602 1.00 12.11 N
ATOM 425 C2 U A 34 42.498 19.079 13.286 1.00 11.31 C
ATOM 426 O2 U A 34 42.658 17.918 12.930 1.00 12.26 O
ATOM 427 N3 U A 34 42.267 20.088 12.393 1.00 12.69 N
ATOM 428 C4 U A 34 42.050 21.410 12.687 1.00 11.38 C
ATOM 429 O4 U A 34 41.968 22.223 11.766 1.00 12.81 O
ATOM 430 C5 U A 34 42.032 21.717 14.082 1.00 11.68 C
ATOM 431 C6 U A 34 42.270 20.742 14.979 1.00 11.42 C
ATOM 432 P A A 35 45.682 15.997 18.379 1.00 15.65 P
ATOM 433 O1P A A 35 45.216 16.428 19.709 1.00 14.33 O
ATOM 434 O2P A A 35 47.048 16.295 17.943 1.00 15.44 O
ATOM 435 O5* A A 35 45.445 14.439 18.178 1.00 15.24 O
ATOM 436 C5* A A 35 44.211 13.803 18.550 1.00 13.53 C
ATOM 437 C4* A A 35 44.300 12.292 18.297 1.00 12.70 C
ATOM 438 O4* A A 35 44.299 12.032 16.878 1.00 13.93 O
ATOM 439 C3* A A 35 45.610 11.724 18.820 1.00 13.12 C
ATOM 440 O3* A A 35 45.420 10.462 19.457 1.00 14.06 O
ATOM 441 C2* A A 35 46.543 11.684 17.607 1.00 13.02 C
ATOM 442 O2* A A 35 47.425 10.590 17.583 1.00 12.53 O
ATOM 443 C1* A A 35 45.544 11.534 16.454 1.00 12.55 C
ATOM 444 N9 A A 35 45.906 12.201 15.209 1.00 12.31 N
ATOM 445 C8 A A 35 45.633 13.489 14.841 1.00 13.01 C
ATOM 446 N7 A A 35 46.117 13.819 13.666 1.00 16.12 N
ATOM 447 C5 A A 35 46.737 12.661 13.222 1.00 15.27 C
ATOM 448 C6 A A 35 47.416 12.343 12.024 1.00 15.95 C
ATOM 449 N6 A A 35 47.607 13.213 11.010 1.00 14.94 N
ATOM 450 N1 A A 35 47.895 11.084 11.900 1.00 16.37 N
ATOM 451 C2 A A 35 47.706 10.216 12.909 1.00 17.57 C
ATOM 452 N3 A A 35 47.086 10.398 14.078 1.00 16.34 N
ATOM 453 C4 A A 35 46.615 11.653 14.167 1.00 15.44 C
ATOM 454 P U A 36 45.278 10.371 21.058 1.00 17.57 P
ATOM 455 O1P U A 36 46.459 11.056 21.623 1.00 15.59 O
ATOM 456 O2P U A 36 45.073 8.928 21.307 1.00 18.33 O
ATOM 457 O5* U A 36 43.954 11.187 21.425 1.00 15.41 O
ATOM 458 C5* U A 36 42.696 10.541 21.773 1.00 14.72 C
ATOM 459 C4* U A 36 41.978 11.395 22.807 1.00 14.61 C
ATOM 460 O4* U A 36 42.775 11.453 23.991 1.00 14.11 O
ATOM 461 C3* U A 36 41.774 12.824 22.315 1.00 13.18 C
ATOM 462 O3* U A 36 40.517 13.272 22.831 1.00 10.05 O
ATOM 463 C2* U A 36 42.798 13.639 23.103 1.00 13.16 C
ATOM 464 O2* U A 36 42.458 14.971 23.369 1.00 11.86 O
ATOM 465 C1* U A 36 42.962 12.785 24.367 1.00 12.76 C
ATOM 466 N1 U A 36 44.246 12.864 25.044 1.00 12.63 N
ATOM 467 C2 U A 36 44.272 13.420 26.310 1.00 12.49 C
ATOM 468 O2 U A 36 43.273 13.855 26.869 1.00 11.09 O
ATOM 469 N3 U A 36 45.512 13.445 26.897 1.00 12.26 N
ATOM 470 C4 U A 36 46.708 12.972 26.346 1.00 12.77 C
ATOM 471 O4 U A 36 47.745 13.082 26.975 1.00 13.05 O
ATOM 472 C5 U A 36 46.588 12.412 25.033 1.00 12.67 C
ATOM 473 C6 U A 36 45.390 12.385 24.437 1.00 12.34 C
ATOM 474 P G A 37 39.141 13.060 22.048 1.00 13.09 P
ATOM 475 O1P G A 37 38.083 13.377 23.042 1.00 10.03 O
ATOM 476 O2P G A 37 39.096 11.783 21.316 1.00 10.97 O
ATOM 477 O5* G A 37 39.187 14.193 20.930 1.00 11.94 O
ATOM 478 C5* G A 37 38.955 15.558 21.225 1.00 10.67 C
ATOM 479 C4* G A 37 38.971 16.337 19.929 1.00 10.54 C
ATOM 480 O4* G A 37 40.254 16.171 19.252 1.00 10.54 O
ATOM 481 C3* G A 37 37.973 15.801 18.925 1.00 8.49 C
ATOM 482 O3* G A 37 36.724 16.406 19.212 1.00 9.71 O
ATOM 483 C2* G A 37 38.576 16.253 17.605 1.00 9.01 C
ATOM 484 O2* G A 37 38.393 17.651 17.433 1.00 8.99 O
ATOM 485 C1* G A 37 40.060 15.983 17.850 1.00 10.41 C
ATOM 486 N9 G A 37 40.497 14.629 17.473 1.00 9.32 N
ATOM 487 C8 G A 37 40.487 13.516 18.280 1.00 9.31 C
ATOM 488 N7 G A 37 40.939 12.442 17.686 1.00 10.48 N
ATOM 489 C5 G A 37 41.259 12.859 16.408 1.00 10.37 C
ATOM 490 C6 G A 37 41.782 12.126 15.316 1.00 12.23 C
ATOM 491 O6 G A 37 42.036 10.920 15.257 1.00 11.04 O
ATOM 492 N1 G A 37 42.008 12.948 14.197 1.00 9.95 N
ATOM 493 C2 G A 37 41.748 14.286 14.145 1.00 9.72 C
ATOM 494 N2 G A 37 42.121 14.931 12.993 1.00 8.78 N
ATOM 495 N3 G A 37 41.191 14.972 15.147 1.00 9.91 N
ATOM 496 C4 G A 37 40.995 14.206 16.248 1.00 10.87 C
ATOM 497 P G A 38 35.372 15.646 18.858 1.00 12.29 P
ATOM 498 O1P G A 38 34.265 16.448 19.436 1.00 9.96 O
ATOM 499 O2P G A 38 35.501 14.191 19.191 1.00 11.57 O
ATOM 500 O5* G A 38 35.356 15.699 17.258 1.00 12.26 O
ATOM 501 C5* G A 38 35.114 16.920 16.540 1.00 10.01 C
ATOM 502 C4* G A 38 35.319 16.694 15.053 1.00 8.68 C
ATOM 503 O4* G A 38 36.699 16.352 14.806 1.00 7.01 O
ATOM 504 C3* G A 38 34.534 15.539 14.472 1.00 9.46 C
ATOM 505 O3* G A 38 33.210 15.990 14.155 1.00 12.58 O
ATOM 506 C2* G A 38 35.376 15.169 13.243 1.00 10.28 C
ATOM 507 O2* G A 38 35.157 15.985 12.097 1.00 9.67 O
ATOM 508 C1* G A 38 36.804 15.398 13.759 1.00 9.91 C
ATOM 509 N9 G A 38 37.412 14.173 14.300 1.00 9.70 N
ATOM 510 C8 G A 38 37.174 13.612 15.533 1.00 11.32 C
ATOM 511 N7 G A 38 37.702 12.417 15.664 1.00 11.54 N
ATOM 512 C5 G A 38 38.362 12.199 14.469 1.00 10.27 C
ATOM 513 C6 G A 38 39.035 11.045 13.994 1.00 11.93 C
ATOM 514 O6 G A 38 39.201 9.950 14.575 1.00 8.78 O
ATOM 515 N1 G A 38 39.522 11.236 12.701 1.00 9.87 N
ATOM 516 C2 G A 38 39.369 12.387 11.958 1.00 11.31 C
ATOM 517 N2 G A 38 39.901 12.384 10.710 1.00 10.24 N
ATOM 518 N3 G A 38 38.739 13.460 12.390 1.00 9.09 N
ATOM 519 C4 G A 38 38.251 13.297 13.636 1.00 11.34 C
ATOM 520 P C A 39 31.929 15.084 14.534 1.00 12.06 P
ATOM 521 O1P C A 39 32.388 13.880 15.288 1.00 14.53 O
ATOM 522 O2P C A 39 31.165 14.878 13.278 1.00 12.02 O
ATOM 523 O5* C A 39 30.903 16.101 15.235 1.00 17.76 O
ATOM 524 C5* C A 39 31.093 16.713 16.478 1.00 18.70 C
ATOM 525 C4* C A 39 30.971 18.261 16.413 1.00 13.42 C
ATOM 526 O4* C A 39 32.106 18.778 15.688 1.00 12.71 O
ATOM 527 C3* C A 39 29.833 19.187 15.926 1.00 14.10 C
ATOM 528 O3* C A 39 28.693 19.255 16.804 1.00 10.19 O
ATOM 529 C2* C A 39 30.564 20.538 16.055 1.00 11.50 C
ATOM 530 O2* C A 39 30.790 20.868 17.412 1.00 10.17 O
ATOM 531 C1* C A 39 31.968 20.185 15.563 1.00 12.13 C
ATOM 532 N1 C A 39 32.175 20.579 14.172 1.00 12.50 N
ATOM 533 C2 C A 39 32.272 21.952 13.896 1.00 12.48 C
ATOM 534 O2 C A 39 32.208 22.763 14.848 1.00 8.22 O
ATOM 535 N3 C A 39 32.436 22.355 12.625 1.00 9.69 N
ATOM 536 C4 C A 39 32.522 21.454 11.639 1.00 11.76 C
ATOM 537 N4 C A 39 32.692 21.917 10.379 1.00 8.85 N
ATOM 538 C5 C A 39 32.443 20.047 11.889 1.00 9.77 C
ATOM 539 C6 C A 39 32.267 19.658 13.164 1.00 11.59 C
ATOM 540 P A A 40 27.311 20.017 16.359 1.00 12.95 P
ATOM 541 O1P A A 40 26.296 19.624 17.367 1.00 14.20 O
ATOM 542 O2P A A 40 26.956 19.926 14.935 1.00 12.21 O
ATOM 543 O5* A A 40 27.609 21.582 16.535 1.00 13.28 O
ATOM 544 C5* A A 40 27.658 22.200 17.801 1.00 12.99 C
ATOM 545 C4* A A 40 27.672 23.716 17.632 1.00 12.56 C
ATOM 546 O4* A A 40 28.892 24.107 16.964 1.00 12.75 O
ATOM 547 C3* A A 40 26.579 24.281 16.733 1.00 12.50 C
ATOM 548 O3* A A 40 25.367 24.448 17.450 1.00 12.35 O
ATOM 549 C2* A A 40 27.182 25.611 16.312 1.00 13.51 C
ATOM 550 O2* A A 40 27.126 26.577 17.360 1.00 9.74 O
ATOM 551 C1* A A 40 28.629 25.197 16.084 1.00 11.10 C
ATOM 552 N9 A A 40 28.846 24.755 14.708 1.00 11.69 N
ATOM 553 C8 A A 40 28.858 23.479 14.199 1.00 11.33 C
ATOM 554 N7 A A 40 29.111 23.431 12.916 1.00 9.06 N
ATOM 555 C5 A A 40 29.278 24.761 12.557 1.00 8.72 C
ATOM 556 C6 A A 40 29.583 25.382 11.335 1.00 10.32 C
ATOM 557 N6 A A 40 29.762 24.716 10.185 1.00 9.54 N
ATOM 558 N1 A A 40 29.688 26.735 11.325 1.00 9.70 N
ATOM 559 C2 A A 40 29.463 27.395 12.451 1.00 9.00 C
ATOM 560 N3 A A 40 29.160 26.925 13.661 1.00 7.01 N
ATOM 561 C4 A A 40 29.092 25.584 13.644 1.00 9.47 C
ATOM 562 P C A 41 23.973 24.307 16.696 1.00 15.74 P
ATOM 563 O1P C A 41 22.929 24.350 17.731 1.00 16.51 O
ATOM 564 O2P C A 41 23.995 23.181 15.724 1.00 13.62 O
ATOM 565 O5* C A 41 23.875 25.634 15.801 1.00 13.56 O
ATOM 566 C5* C A 41 23.881 26.916 16.422 1.00 12.13 C
ATOM 567 C4* C A 41 24.095 28.017 15.398 1.00 11.36 C
ATOM 568 O4* C A 41 25.434 27.933 14.850 1.00 9.89 O
ATOM 569 C3* C A 41 23.230 28.007 14.151 1.00 10.98 C
ATOM 570 O3* C A 41 21.887 28.429 14.399 1.00 12.66 O
ATOM 571 C2* C A 41 24.025 28.958 13.272 1.00 9.59 C
ATOM 572 O2* C A 41 23.974 30.285 13.781 1.00 10.24 O
ATOM 573 C1* C A 41 25.435 28.418 13.518 1.00 9.79 C
ATOM 574 N1 C A 41 25.772 27.308 12.587 1.00 7.61 N
ATOM 575 C2 C A 41 26.181 27.650 11.338 1.00 8.93 C
ATOM 576 O2 C A 41 26.289 28.873 11.070 1.00 7.63 O
ATOM 577 N3 C A 41 26.456 26.679 10.436 1.00 8.78 N
ATOM 578 C4 C A 41 26.342 25.386 10.777 1.00 9.30 C
ATOM 579 N4 C A 41 26.656 24.451 9.845 1.00 7.23 N
ATOM 580 C5 C A 41 25.917 24.995 12.077 1.00 7.65 C
ATOM 581 C6 C A 41 25.654 25.986 12.948 1.00 9.18 C
ATOM 582 P G A 42 20.679 27.762 13.566 1.00 13.08 P
ATOM 583 O1P G A 42 19.441 28.269 14.161 1.00 16.14 O
ATOM 584 O2P G A 42 20.913 26.306 13.504 1.00 15.00 O
ATOM 585 O5* G A 42 20.851 28.371 12.110 1.00 13.10 O
ATOM 586 C5* G A 42 20.747 29.779 11.925 1.00 11.92 C
ATOM 587 C4* G A 42 21.247 30.185 10.564 1.00 10.63 C
ATOM 588 O4* G A 42 22.635 29.810 10.398 1.00 11.41 O
ATOM 589 C3* G A 42 20.564 29.562 9.364 1.00 12.03 C
ATOM 590 O3* G A 42 19.320 30.211 9.085 1.00 13.22 O
ATOM 591 C2* G A 42 21.592 29.850 8.281 1.00 11.77 C
ATOM 592 O2* G A 42 21.543 31.210 7.918 1.00 12.69 O
ATOM 593 C1* G A 42 22.898 29.564 9.023 1.00 11.16 C
ATOM 594 N9 G A 42 23.287 28.165 8.856 1.00 10.90 N
ATOM 595 C8 G A 42 23.171 27.140 9.773 1.00 11.82 C
ATOM 596 N7 G A 42 23.564 25.981 9.301 1.00 11.44 N
ATOM 597 C5 G A 42 23.980 26.263 8.002 1.00 10.91 C
ATOM 598 C6 G A 42 24.522 25.409 7.014 1.00 10.75 C
ATOM 599 O6 G A 42 24.774 24.198 7.101 1.00 11.56 O
ATOM 600 N1 G A 42 24.797 26.094 5.830 1.00 10.06 N
ATOM 601 C2 G A 42 24.571 27.437 5.625 1.00 11.20 C
ATOM 602 N2 G A 42 24.867 27.908 4.395 1.00 10.66 N
ATOM 603 N3 G A 42 24.079 28.254 6.555 1.00 10.51 N
ATOM 604 C4 G A 42 23.812 27.602 7.710 1.00 11.10 C
ATOM 605 P C A 43 18.199 29.425 8.233 1.00 16.98 P
ATOM 606 O1P C A 43 16.981 30.235 8.305 1.00 18.69 O
ATOM 607 O2P C A 43 18.159 28.002 8.664 1.00 16.43 O
ATOM 608 O5* C A 43 18.772 29.450 6.752 1.00 18.08 O
ATOM 609 C5* C A 43 19.022 30.687 6.085 1.00 19.11 C
ATOM 610 C4* C A 43 19.566 30.428 4.708 1.00 19.02 C
ATOM 611 O4* C A 43 20.885 29.830 4.791 1.00 19.55 O
ATOM 612 C3* C A 43 18.780 29.428 3.877 1.00 21.07 C
ATOM 613 O3* C A 43 17.631 30.042 3.313 1.00 24.02 O
ATOM 614 C2* C A 43 19.809 29.042 2.827 1.00 20.29 C
ATOM 615 O2* C A 43 20.015 30.061 1.875 1.00 21.85 O
ATOM 616 C1* C A 43 21.077 28.962 3.680 1.00 19.45 C
ATOM 617 N1 C A 43 21.322 27.589 4.156 1.00 18.04 N
ATOM 618 C2 C A 43 21.977 26.691 3.289 1.00 16.83 C
ATOM 619 O2 C A 43 22.310 27.073 2.145 1.00 15.78 O
ATOM 620 N3 C A 43 22.223 25.438 3.712 1.00 15.70 N
ATOM 621 C4 C A 43 21.839 25.054 4.931 1.00 15.08 C
ATOM 622 N4 C A 43 22.109 23.808 5.295 1.00 14.50 N
ATOM 623 C5 C A 43 21.157 25.932 5.821 1.00 14.50 C
ATOM 624 C6 C A 43 20.923 27.181 5.397 1.00 16.57 C
ATOM 625 P A A 44 16.292 29.177 3.069 1.00 26.38 P
ATOM 626 O1P A A 44 15.341 30.100 2.418 1.00 26.88 O
ATOM 627 O2P A A 44 15.887 28.460 4.292 1.00 26.22 O
ATOM 628 O5* A A 44 16.749 28.038 2.049 1.00 26.94 O
ATOM 629 C5* A A 44 16.902 28.330 0.686 1.00 26.45 C
ATOM 630 C4* A A 44 17.567 27.192 -0.053 1.00 25.81 C
ATOM 631 O4* A A 44 18.835 26.841 0.575 1.00 24.67 O
ATOM 632 C3* A A 44 16.920 25.825 -0.196 1.00 25.05 C
ATOM 633 O3* A A 44 15.807 25.831 -1.095 1.00 24.16 O
ATOM 634 C2* A A 44 18.110 25.083 -0.805 1.00 24.43 C
ATOM 635 O2* A A 44 18.398 25.556 -2.099 1.00 26.31 O
ATOM 636 C1* A A 44 19.261 25.596 0.065 1.00 23.69 C
ATOM 637 N9 A A 44 19.494 24.674 1.169 1.00 22.64 N
ATOM 638 C8 A A 44 19.153 24.773 2.489 1.00 22.43 C
ATOM 639 N7 A A 44 19.450 23.707 3.189 1.00 22.73 N
ATOM 640 C5 A A 44 20.033 22.855 2.261 1.00 23.13 C
ATOM 641 C6 A A 44 20.536 21.549 2.358 1.00 22.92 C
ATOM 642 N6 A A 44 20.506 20.829 3.484 1.00 25.71 N
ATOM 643 N1 A A 44 21.061 20.993 1.248 1.00 23.09 N
ATOM 644 C2 A A 44 21.058 21.702 0.115 1.00 22.58 C
ATOM 645 N3 A A 44 20.591 22.928 -0.108 1.00 23.04 N
ATOM 646 C4 A A 44 20.089 23.452 1.022 1.00 22.28 C
ATOM 647 P A A 45 14.684 24.664 -1.004 1.00 27.94 P
ATOM 648 O1P A A 45 13.634 25.021 -1.982 1.00 27.49 O
ATOM 649 O2P A A 45 14.311 24.380 0.411 1.00 26.25 O
ATOM 650 O5* A A 45 15.413 23.346 -1.552 1.00 23.99 O
ATOM 651 C5* A A 45 15.896 23.306 -2.888 1.00 22.10 C
ATOM 652 C4* A A 45 16.650 22.030 -3.146 1.00 20.80 C
ATOM 653 O4* A A 45 17.782 21.931 -2.238 1.00 18.05 O
ATOM 654 C3* A A 45 15.868 20.747 -2.898 1.00 19.29 C
ATOM 655 O3* A A 45 15.065 20.459 -4.029 1.00 19.25 O
ATOM 656 C2* A A 45 16.997 19.740 -2.727 1.00 18.96 C
ATOM 657 O2* A A 45 17.625 19.395 -3.953 1.00 20.46 O
ATOM 658 C1* A A 45 17.993 20.564 -1.910 1.00 18.32 C
ATOM 659 N9 A A 45 17.789 20.387 -0.475 1.00 17.77 N
ATOM 660 C8 A A 45 17.252 21.249 0.459 1.00 16.87 C
ATOM 661 N7 A A 45 17.270 20.777 1.682 1.00 15.45 N
ATOM 662 C5 A A 45 17.848 19.517 1.545 1.00 15.55 C
ATOM 663 C6 A A 45 18.183 18.528 2.467 1.00 14.82 C
ATOM 664 N6 A A 45 18.021 18.657 3.781 1.00 14.77 N
ATOM 665 N1 A A 45 18.728 17.384 1.995 1.00 14.86 N
ATOM 666 C2 A A 45 18.938 17.265 0.678 1.00 15.61 C
ATOM 667 N3 A A 45 18.684 18.132 -0.288 1.00 15.02 N
ATOM 668 C4 A A 45 18.143 19.255 0.218 1.00 16.02 C
ATOM 669 P G A 46 13.590 19.837 -3.836 1.00 21.76 P
ATOM 670 O1P G A 46 13.111 19.621 -5.232 1.00 20.58 O
ATOM 671 O2P G A 46 12.796 20.615 -2.886 1.00 20.12 O
ATOM 672 O5* G A 46 13.859 18.416 -3.180 1.00 17.63 O
ATOM 673 C5* G A 46 14.553 17.429 -3.908 1.00 16.53 C
ATOM 674 C4* G A 46 14.840 16.245 -3.025 1.00 16.28 C
ATOM 675 O4* G A 46 15.704 16.691 -1.942 1.00 15.33 O
ATOM 676 C3* G A 46 13.638 15.650 -2.304 1.00 14.19 C
ATOM 677 O3* G A 46 12.948 14.718 -3.148 1.00 15.95 O
ATOM 678 C2* G A 46 14.333 14.927 -1.152 1.00 15.24 C
ATOM 679 O2* G A 46 14.970 13.723 -1.593 1.00 11.22 O
ATOM 680 C1* G A 46 15.417 15.944 -0.780 1.00 14.15 C
ATOM 681 N9 G A 46 15.039 16.881 0.277 1.00 15.14 N
ATOM 682 C8 G A 46 14.429 18.103 0.129 1.00 13.16 C
ATOM 683 N7 G A 46 14.249 18.721 1.264 1.00 14.91 N
ATOM 684 C5 G A 46 14.764 17.852 2.223 1.00 13.65 C
ATOM 685 C6 G A 46 14.850 17.980 3.646 1.00 14.21 C
ATOM 686 O6 G A 46 14.457 18.922 4.373 1.00 13.60 O
ATOM 687 N1 G A 46 15.451 16.861 4.225 1.00 14.00 N
ATOM 688 C2 G A 46 15.898 15.760 3.534 1.00 13.23 C
ATOM 689 N2 G A 46 16.436 14.773 4.271 1.00 13.07 N
ATOM 690 N3 G A 46 15.821 15.634 2.214 1.00 12.14 N
ATOM 691 C4 G A 46 15.250 16.709 1.631 1.00 13.14 C
ATOM 692 P U A 47 11.385 14.951 -3.517 1.00 19.08 P
ATOM 693 O1P U A 47 11.197 14.163 -4.756 1.00 17.31 O
ATOM 694 O2P U A 47 11.026 16.379 -3.510 1.00 17.84 O
ATOM 695 O5* U A 47 10.608 14.251 -2.313 1.00 18.59 O
ATOM 696 C5* U A 47 10.648 12.828 -2.158 1.00 16.76 C
ATOM 697 C4* U A 47 9.701 12.351 -1.061 1.00 16.21 C
ATOM 698 O4* U A 47 10.107 12.861 0.238 1.00 17.46 O
ATOM 699 C3* U A 47 8.276 12.864 -1.282 1.00 17.26 C
ATOM 700 O3* U A 47 7.372 11.850 -0.863 1.00 19.08 O
ATOM 701 C2* U A 47 8.151 14.098 -0.386 1.00 16.32 C
ATOM 702 O2* U A 47 6.881 14.327 0.178 1.00 17.79 O
ATOM 703 C1* U A 47 9.107 13.723 0.745 1.00 15.55 C
ATOM 704 N1 U A 47 9.692 14.810 1.530 1.00 16.06 N
ATOM 705 C2 U A 47 9.596 14.735 2.916 1.00 14.37 C
ATOM 706 O2 U A 47 9.141 13.791 3.505 1.00 16.51 O
ATOM 707 N3 U A 47 10.080 15.822 3.587 1.00 14.95 N
ATOM 708 C4 U A 47 10.653 16.933 3.042 1.00 13.66 C
ATOM 709 O4 U A 47 10.944 17.868 3.777 1.00 15.44 O
ATOM 710 C5 U A 47 10.761 16.919 1.612 1.00 15.07 C
ATOM 711 C6 U A 47 10.287 15.883 0.923 1.00 14.65 C
ATOM 712 P U A 48 6.564 10.960 -1.926 1.00 19.85 P
ATOM 713 O1P U A 48 5.831 10.040 -1.031 1.00 17.53 O
ATOM 714 O2P U A 48 7.437 10.406 -2.967 1.00 19.96 O
ATOM 715 O5* U A 48 5.542 12.008 -2.571 1.00 18.50 O
ATOM 716 C5* U A 48 4.823 12.913 -1.720 1.00 20.70 C
ATOM 717 C4* U A 48 3.830 13.767 -2.497 1.00 19.87 C
ATOM 718 O4* U A 48 2.984 12.978 -3.363 1.00 21.40 O
ATOM 719 C3* U A 48 2.919 14.504 -1.528 1.00 22.14 C
ATOM 720 O3* U A 48 3.091 15.908 -1.719 1.00 21.98 O
ATOM 721 C2* U A 48 1.483 14.183 -1.964 1.00 21.79 C
ATOM 722 O2* U A 48 0.647 15.315 -2.023 1.00 26.06 O
ATOM 723 C1* U A 48 1.688 13.540 -3.338 1.00 21.49 C
ATOM 724 N1 U A 48 0.705 12.541 -3.764 1.00 19.91 N
ATOM 725 C2 U A 48 -0.172 12.916 -4.772 1.00 21.91 C
ATOM 726 O2 U A 48 -0.152 14.035 -5.305 1.00 19.91 O
ATOM 727 N3 U A 48 -1.064 11.951 -5.142 1.00 19.50 N
ATOM 728 C4 U A 48 -1.172 10.684 -4.623 1.00 21.21 C
ATOM 729 O4 U A 48 -2.052 9.936 -5.040 1.00 20.77 O
ATOM 730 C5 U A 48 -0.228 10.375 -3.587 1.00 20.54 C
ATOM 731 C6 U A 48 0.653 11.297 -3.207 1.00 21.02 C
ATOM 732 P U A 49 4.393 16.672 -1.154 1.00 24.27 P
ATOM 733 O1P U A 49 4.112 18.081 -1.444 1.00 21.67 O
ATOM 734 O2P U A 49 5.651 16.051 -1.658 1.00 22.02 O
ATOM 735 O5* U A 49 4.355 16.404 0.420 1.00 21.65 O
ATOM 736 C5* U A 49 3.224 16.736 1.195 1.00 22.80 C
ATOM 737 C4* U A 49 3.533 16.647 2.677 1.00 22.95 C
ATOM 738 O4* U A 49 3.474 15.273 3.129 1.00 24.98 O
ATOM 739 C3* U A 49 4.962 17.109 2.990 1.00 23.23 C
ATOM 740 O3* U A 49 4.958 17.936 4.127 1.00 22.14 O
ATOM 741 C2* U A 49 5.807 15.844 3.138 1.00 22.97 C
ATOM 742 O2* U A 49 6.804 15.917 4.151 1.00 21.66 O
ATOM 743 C1* U A 49 4.739 14.866 3.606 1.00 21.87 C
ATOM 744 N1 U A 49 4.895 13.418 3.466 1.00 20.97 N
ATOM 745 C2 U A 49 4.504 12.676 4.556 1.00 18.94 C
ATOM 746 O2 U A 49 4.042 13.182 5.570 1.00 19.40 O
ATOM 747 N3 U A 49 4.657 11.327 4.423 1.00 19.76 N
ATOM 748 C4 U A 49 5.143 10.659 3.335 1.00 19.27 C
ATOM 749 O4 U A 49 5.181 9.441 3.367 1.00 19.94 O
ATOM 750 C5 U A 49 5.533 11.493 2.231 1.00 19.78 C
ATOM 751 C6 U A 49 5.398 12.822 2.336 1.00 21.36 C
ATOM 752 P C A 50 6.149 18.965 4.371 1.00 25.95 P
ATOM 753 O1P C A 50 5.898 20.166 3.536 1.00 23.44 O
ATOM 754 O2P C A 50 7.459 18.286 4.288 1.00 25.26 O
ATOM 755 O5* C A 50 5.932 19.376 5.884 1.00 22.51 O
ATOM 756 C5* C A 50 4.862 20.228 6.238 1.00 24.64 C
ATOM 757 C4* C A 50 4.500 19.987 7.664 1.00 23.18 C
ATOM 758 O4* C A 50 3.946 18.653 7.796 1.00 22.19 O
ATOM 759 C3* C A 50 5.714 19.971 8.569 1.00 23.50 C
ATOM 760 O3* C A 50 6.031 21.297 8.951 1.00 23.96 O
ATOM 761 C2* C A 50 5.211 19.146 9.739 1.00 22.22 C
ATOM 762 O2* C A 50 4.390 19.925 10.581 1.00 23.29 O
ATOM 763 C1* C A 50 4.379 18.081 9.020 1.00 20.79 C
ATOM 764 N1 C A 50 5.148 16.857 8.718 1.00 18.62 N
ATOM 765 C2 C A 50 5.579 16.061 9.782 1.00 18.06 C
ATOM 766 O2 C A 50 5.294 16.403 10.944 1.00 18.10 O
ATOM 767 N3 C A 50 6.286 14.924 9.529 1.00 18.43 N
ATOM 768 C4 C A 50 6.541 14.559 8.278 1.00 16.95 C
ATOM 769 N4 C A 50 7.187 13.390 8.096 1.00 16.78 N
ATOM 770 C5 C A 50 6.127 15.362 7.156 1.00 18.20 C
ATOM 771 C6 C A 50 5.435 16.496 7.425 1.00 18.70 C
ATOM 772 P U A 51 7.545 21.802 8.901 1.00 26.70 P
ATOM 773 O1P U A 51 7.531 23.156 9.484 1.00 26.93 O
ATOM 774 O2P U A 51 8.082 21.612 7.532 1.00 25.00 O
ATOM 775 O5* U A 51 8.299 20.823 9.912 1.00 25.55 O
ATOM 776 C5* U A 51 8.050 20.887 11.311 1.00 24.16 C
ATOM 777 C4* U A 51 8.585 19.653 12.005 1.00 21.45 C
ATOM 778 O4* U A 51 7.971 18.463 11.431 1.00 22.38 O
ATOM 779 C3* U A 51 10.072 19.376 11.858 1.00 22.73 C
ATOM 780 O3* U A 51 10.845 20.123 12.799 1.00 23.34 O
ATOM 781 C2* U A 51 10.136 17.895 12.196 1.00 19.59 C
ATOM 782 O2* U A 51 9.952 17.713 13.569 1.00 19.61 O
ATOM 783 C1* U A 51 8.878 17.367 11.512 1.00 19.68 C
ATOM 784 N1 U A 51 9.123 16.859 10.157 1.00 18.48 N
ATOM 785 C2 U A 51 9.636 15.574 10.020 1.00 17.36 C
ATOM 786 O2 U A 51 9.930 14.862 10.967 1.00 16.91 O
ATOM 787 N3 U A 51 9.794 15.153 8.726 1.00 16.05 N
ATOM 788 C4 U A 51 9.507 15.862 7.571 1.00 16.11 C
ATOM 789 O4 U A 51 9.679 15.322 6.462 1.00 15.90 O
ATOM 790 C5 U A 51 8.995 17.179 7.796 1.00 16.34 C
ATOM 791 C6 U A 51 8.832 17.627 9.048 1.00 16.75 C
ATOM 792 P A A 52 12.365 20.517 12.450 1.00 25.19 P
ATOM 793 O1P A A 52 12.846 21.398 13.550 1.00 27.50 O
ATOM 794 O2P A A 52 12.491 20.983 11.045 1.00 24.46 O
ATOM 795 O5* A A 52 13.148 19.125 12.569 1.00 22.18 O
ATOM 796 C5* A A 52 13.100 18.336 13.756 1.00 18.74 C
ATOM 797 C4* A A 52 13.709 16.971 13.493 1.00 17.82 C
ATOM 798 O4* A A 52 12.882 16.221 12.560 1.00 17.99 O
ATOM 799 C3* A A 52 15.082 17.021 12.845 1.00 17.21 C
ATOM 800 O3* A A 52 16.060 17.141 13.881 1.00 17.77 O
ATOM 801 C2* A A 52 15.156 15.672 12.120 1.00 16.59 C
ATOM 802 O2* A A 52 15.493 14.600 12.980 1.00 13.63 O
ATOM 803 C1* A A 52 13.704 15.476 11.671 1.00 16.93 C
ATOM 804 N9 A A 52 13.417 15.925 10.298 1.00 18.02 N
ATOM 805 C8 A A 52 12.870 17.137 9.918 1.00 16.91 C
ATOM 806 N7 A A 52 12.661 17.242 8.623 1.00 15.76 N
ATOM 807 C5 A A 52 13.113 16.029 8.111 1.00 14.73 C
ATOM 808 C6 A A 52 13.146 15.509 6.798 1.00 13.71 C
ATOM 809 N6 A A 52 12.694 16.170 5.730 1.00 10.55 N
ATOM 810 N1 A A 52 13.660 14.265 6.626 1.00 13.71 N
ATOM 811 C2 A A 52 14.109 13.603 7.708 1.00 14.81 C
ATOM 812 N3 A A 52 14.126 13.984 8.990 1.00 14.94 N
ATOM 813 C4 A A 52 13.603 15.217 9.127 1.00 15.57 C
ATOM 814 P C A 53 17.368 18.050 13.670 1.00 17.51 P
ATOM 815 O1P C A 53 18.117 18.008 14.931 1.00 19.79 O
ATOM 816 O2P C A 53 17.010 19.365 13.065 1.00 18.18 O
ATOM 817 O5* C A 53 18.238 17.298 12.563 1.00 17.18 O
ATOM 818 C5* C A 53 18.901 16.077 12.842 1.00 15.96 C
ATOM 819 C4* C A 53 19.332 15.446 11.543 1.00 15.86 C
ATOM 820 O4* C A 53 18.121 15.192 10.776 1.00 13.93 O
ATOM 821 C3* C A 53 20.160 16.337 10.613 1.00 15.87 C
ATOM 822 O3* C A 53 21.559 16.258 10.903 1.00 17.45 O
ATOM 823 C2* C A 53 19.874 15.668 9.269 1.00 14.61 C
ATOM 824 O2* C A 53 20.537 14.416 9.169 1.00 13.51 O
ATOM 825 C1* C A 53 18.388 15.358 9.402 1.00 14.62 C
ATOM 826 N1 C A 53 17.495 16.398 8.857 1.00 15.30 N
ATOM 827 C2 C A 53 16.863 16.150 7.629 1.00 16.59 C
ATOM 828 O2 C A 53 17.047 15.036 7.072 1.00 15.08 O
ATOM 829 N3 C A 53 16.064 17.117 7.081 1.00 15.46 N
ATOM 830 C4 C A 53 15.882 18.269 7.728 1.00 15.94 C
ATOM 831 N4 C A 53 15.106 19.193 7.161 1.00 17.55 N
ATOM 832 C5 C A 53 16.499 18.534 8.995 1.00 18.55 C
ATOM 833 C6 C A 53 17.293 17.579 9.514 1.00 17.04 C
ATOM 834 P C A 54 22.305 17.435 11.741 1.00 20.49 P
ATOM 835 O1P C A 54 21.325 18.517 12.085 1.00 24.43 O
ATOM 836 O2P C A 54 23.512 17.794 10.991 1.00 22.51 O
ATOM 837 O5* C A 54 22.926 16.655 12.998 1.00 23.22 O
ATOM 838 C5* C A 54 22.304 16.618 14.248 1.00 20.44 C
ATOM 839 C4* C A 54 22.299 15.199 14.853 1.00 16.62 C
ATOM 840 O4* C A 54 21.619 14.289 13.954 1.00 13.18 O
ATOM 841 C3* C A 54 23.510 14.352 15.283 1.00 15.61 C
ATOM 842 O3* C A 54 24.117 14.814 16.513 1.00 15.53 O
ATOM 843 C2* C A 54 22.766 13.054 15.620 1.00 13.43 C
ATOM 844 O2* C A 54 22.037 13.231 16.823 1.00 10.21 O
ATOM 845 C1* C A 54 21.731 12.976 14.489 1.00 12.97 C
ATOM 846 N1 C A 54 22.153 12.031 13.438 1.00 11.15 N
ATOM 847 C2 C A 54 22.102 10.675 13.741 1.00 11.28 C
ATOM 848 O2 C A 54 21.721 10.338 14.877 1.00 10.76 O
ATOM 849 N3 C A 54 22.477 9.762 12.803 1.00 11.24 N
ATOM 850 C4 C A 54 22.895 10.172 11.606 1.00 11.60 C
ATOM 851 N4 C A 54 23.244 9.240 10.718 1.00 10.41 N
ATOM 852 C5 C A 54 22.965 11.562 11.266 1.00 11.08 C
ATOM 853 C6 C A 54 22.582 12.450 12.207 1.00 9.08 C
ATOM 854 P G A 55 25.594 14.295 16.976 1.00 13.05 P
ATOM 855 O1P G A 55 25.962 15.246 18.039 1.00 12.26 O
ATOM 856 O2P G A 55 26.496 14.069 15.850 1.00 11.41 O
ATOM 857 O5* G A 55 25.399 12.866 17.663 1.00 10.95 O
ATOM 858 C5* G A 55 24.831 12.746 18.965 1.00 14.14 C
ATOM 859 C4* G A 55 24.802 11.304 19.405 1.00 11.91 C
ATOM 860 O4* G A 55 23.968 10.508 18.509 1.00 13.05 O
ATOM 861 C3* G A 55 26.149 10.594 19.367 1.00 11.99 C
ATOM 862 O3* G A 55 26.929 10.898 20.521 1.00 13.10 O
ATOM 863 C2* G A 55 25.728 9.140 19.334 1.00 11.08 C
ATOM 864 O2* G A 55 25.292 8.701 20.587 1.00 10.72 O
ATOM 865 C1* G A 55 24.527 9.203 18.390 1.00 11.23 C
ATOM 866 N9 G A 55 24.931 8.998 17.004 1.00 10.75 N
ATOM 867 C8 G A 55 25.171 9.961 16.045 1.00 7.33 C
ATOM 868 N7 G A 55 25.353 9.455 14.847 1.00 9.34 N
ATOM 869 C5 G A 55 25.283 8.079 15.039 1.00 7.65 C
ATOM 870 C6 G A 55 25.397 7.019 14.114 1.00 8.58 C
ATOM 871 O6 G A 55 25.565 7.082 12.885 1.00 7.74 O
ATOM 872 N1 G A 55 25.286 5.775 14.741 1.00 7.05 N
ATOM 873 C2 G A 55 25.090 5.584 16.085 1.00 9.83 C
ATOM 874 N2 G A 55 25.007 4.306 16.495 1.00 12.00 N
ATOM 875 N3 G A 55 24.974 6.572 16.964 1.00 9.85 N
ATOM 876 C4 G A 55 25.068 7.781 16.375 1.00 9.88 C
ATOM 877 P G A 56 28.506 11.118 20.370 1.00 13.76 P
ATOM 878 O1P G A 56 28.941 11.806 21.603 1.00 13.53 O
ATOM 879 O2P G A 56 28.773 11.722 19.054 1.00 14.23 O
ATOM 880 O5* G A 56 29.116 9.645 20.366 1.00 13.32 O
ATOM 881 C5* G A 56 29.082 8.849 21.551 1.00 13.87 C
ATOM 882 C4* G A 56 29.183 7.374 21.197 1.00 10.21 C
ATOM 883 O4* G A 56 28.057 7.023 20.333 1.00 11.28 O
ATOM 884 C3* G A 56 30.397 6.922 20.404 1.00 11.41 C
ATOM 885 O3* G A 56 31.527 6.711 21.273 1.00 9.71 O
ATOM 886 C2* G A 56 29.878 5.605 19.841 1.00 8.73 C
ATOM 887 O2* G A 56 29.794 4.659 20.902 1.00 8.39 O
ATOM 888 C1* G A 56 28.462 6.009 19.418 1.00 10.13 C
ATOM 889 N9 G A 56 28.486 6.581 18.071 1.00 10.46 N
ATOM 890 C8 G A 56 28.551 7.917 17.730 1.00 8.60 C
ATOM 891 N7 G A 56 28.622 8.113 16.441 1.00 9.93 N
ATOM 892 C5 G A 56 28.582 6.835 15.897 1.00 8.16 C
ATOM 893 C6 G A 56 28.626 6.411 14.551 1.00 7.93 C
ATOM 894 O6 G A 56 28.702 7.101 13.539 1.00 9.17 O
ATOM 895 N1 G A 56 28.583 5.011 14.447 1.00 7.02 N
ATOM 896 C2 G A 56 28.536 4.139 15.508 1.00 9.44 C
ATOM 897 N2 G A 56 28.557 2.786 15.209 1.00 7.72 N
ATOM 898 N3 G A 56 28.484 4.537 16.776 1.00 8.70 N
ATOM 899 C4 G A 56 28.504 5.880 16.892 1.00 8.72 C
ATOM 900 P G A 57 32.995 6.619 20.673 1.00 13.57 P
ATOM 901 O1P G A 57 33.919 6.615 21.837 1.00 11.27 O
ATOM 902 O2P G A 57 33.141 7.686 19.611 1.00 15.12 O
ATOM 903 O5* G A 57 33.076 5.220 19.904 1.00 11.64 O
ATOM 904 C5* G A 57 32.985 3.994 20.606 1.00 10.61 C
ATOM 905 C4* G A 57 32.946 2.834 19.636 1.00 10.65 C
ATOM 906 O4* G A 57 31.764 2.920 18.802 1.00 10.66 O
ATOM 907 C3* G A 57 34.095 2.749 18.637 1.00 11.12 C
ATOM 908 O3* G A 57 35.211 2.092 19.227 1.00 12.09 O
ATOM 909 C2* G A 57 33.485 1.856 17.579 1.00 10.15 C
ATOM 910 O2* G A 57 33.432 0.527 18.073 1.00 11.67 O
ATOM 911 C1* G A 57 32.080 2.447 17.495 1.00 10.13 C
ATOM 912 N9 G A 57 32.032 3.577 16.566 1.00 9.94 N
ATOM 913 C8 G A 57 31.948 4.915 16.870 1.00 8.87 C
ATOM 914 N7 G A 57 31.840 5.680 15.806 1.00 9.77 N
ATOM 915 C5 G A 57 31.896 4.788 14.736 1.00 9.04 C
ATOM 916 C6 G A 57 31.841 5.018 13.333 1.00 7.94 C
ATOM 917 O6 G A 57 31.697 6.098 12.719 1.00 7.09 O
ATOM 918 N1 G A 57 31.968 3.833 12.617 1.00 7.83 N
ATOM 919 C2 G A 57 32.123 2.586 13.170 1.00 9.14 C
ATOM 920 N2 G A 57 32.295 1.559 12.302 1.00 10.54 N
ATOM 921 N3 G A 57 32.131 2.356 14.477 1.00 8.97 N
ATOM 922 C4 G A 57 32.030 3.490 15.192 1.00 8.38 C
ATOM 923 P C A 58 36.691 2.608 18.919 1.00 16.58 P
ATOM 924 O1P C A 58 37.600 1.734 19.679 1.00 19.45 O
ATOM 925 O2P C A 58 36.781 4.087 19.087 1.00 16.41 O
ATOM 926 O5* C A 58 36.862 2.269 17.367 1.00 16.52 O
ATOM 927 C5* C A 58 36.965 0.921 16.950 1.00 15.10 C
ATOM 928 C4* C A 58 36.833 0.823 15.451 1.00 15.33 C
ATOM 929 O4* C A 58 35.542 1.354 15.026 1.00 13.38 O
ATOM 930 C3* C A 58 37.823 1.632 14.626 1.00 15.47 C
ATOM 931 O3* C A 58 39.082 0.999 14.519 1.00 18.74 O
ATOM 932 C2* C A 58 37.111 1.673 13.286 1.00 11.17 C
ATOM 933 O2* C A 58 37.125 0.418 12.637 1.00 13.01 O
ATOM 934 C1* C A 58 35.686 1.967 13.742 1.00 11.98 C
ATOM 935 N1 C A 58 35.440 3.426 13.858 1.00 10.35 N
ATOM 936 C2 C A 58 35.230 4.131 12.682 1.00 10.97 C
ATOM 937 O2 C A 58 35.275 3.491 11.594 1.00 7.46 O
ATOM 938 N3 C A 58 34.999 5.473 12.736 1.00 8.91 N
ATOM 939 C4 C A 58 34.990 6.105 13.916 1.00 10.48 C
ATOM 940 N4 C A 58 34.733 7.422 13.921 1.00 7.52 N
ATOM 941 C5 C A 58 35.227 5.405 15.148 1.00 10.36 C
ATOM 942 C6 C A 58 35.431 4.071 15.068 1.00 9.90 C
ATOM 943 P A A 59 40.407 1.880 14.428 1.00 19.54 P
ATOM 944 O1P A A 59 41.476 0.909 14.728 1.00 23.14 O
ATOM 945 O2P A A 59 40.304 3.121 15.233 1.00 20.05 O
ATOM 946 O5* A A 59 40.518 2.324 12.905 1.00 18.97 O
ATOM 947 C5* A A 59 40.522 1.349 11.874 1.00 17.12 C
ATOM 948 C4* A A 59 40.269 1.997 10.535 1.00 14.95 C
ATOM 949 O4* A A 59 38.970 2.626 10.543 1.00 12.74 O
ATOM 950 C3* A A 59 41.236 3.099 10.117 1.00 15.97 C
ATOM 951 O3* A A 59 42.370 2.521 9.460 1.00 17.11 O
ATOM 952 C2* A A 59 40.403 3.881 9.110 1.00 13.15 C
ATOM 953 O2* A A 59 40.358 3.242 7.841 1.00 15.00 O
ATOM 954 C1* A A 59 39.025 3.807 9.760 1.00 12.41 C
ATOM 955 N9 A A 59 38.757 4.934 10.638 1.00 9.57 N
ATOM 956 C8 A A 59 38.679 4.950 12.014 1.00 9.34 C
ATOM 957 N7 A A 59 38.272 6.102 12.500 1.00 10.38 N
ATOM 958 C5 A A 59 38.113 6.898 11.371 1.00 9.84 C
ATOM 959 C6 A A 59 37.677 8.220 11.208 1.00 10.49 C
ATOM 960 N6 A A 59 37.293 8.991 12.234 1.00 9.11 N
ATOM 961 N1 A A 59 37.636 8.724 9.946 1.00 8.89 N
ATOM 962 C2 A A 59 37.996 7.927 8.925 1.00 9.88 C
ATOM 963 N3 A A 59 38.421 6.652 8958 1.00 9.56 N
ATOM 964 C4 A A 59 38.454 6.200 10.225 1.00 11.25 C
ATOM 965 P C A 60 43.798 3.248 9.508 1.00 19.04 P
ATOM 966 O1P C A 60 44.656 2.375 8.681 1.00 20.33 O
ATOM 967 O2P C A 60 44.215 3.641 10.866 1.00 19.75 O
ATOM 968 O5* C A 60 43.620 4.636 8.731 1.00 18.48 O
ATOM 969 C5* C A 60 43.338 4.688 7.333 1.00 18.85 C
ATOM 970 C4* C A 60 42.905 6.090 6.953 1.00 17.29 C
ATOM 971 O4* C A 60 41.667 6.421 7.652 1.00 16.10 O
ATOM 972 C3* C A 60 43.873 7.165 7.423 1.00 17.86 C
ATOM 973 O3* C A 60 44.971 7.328 6.520 1.00 15.95 O
ATOM 974 C2* C A 60 42.968 8.392 7.489 1.00 15.75 C
ATOM 975 O2* C A 60 42.660 8.899 6.212 1.00 13.38 O
ATOM 976 C1* C A 60 41.697 7.779 8.067 1.00 14.86 C
ATOM 977 N1 C A 60 41.611 7.830 9.544 1.00 13.02 N
ATOM 978 C2 C A 60 41.114 8.986 10.149 1.00 11.98 C
ATOM 979 O2 C A 60 40.879 9.970 9.439 1.00 9.87 O
ATOM 980 N3 C A 60 40.914 8.997 11.493 1.00 10.09 N
ATOM 981 C4 C A 60 41.219 7.909 12.218 1.00 11.18 C
ATOM 982 N4 C A 60 40.938 7.915 13.561 1.00 10.47 N
ATOM 983 C5 C A 60 41.802 6.761 11.628 1.00 12.15 C
ATOM 984 C6 C A 60 41.979 6.759 10.306 1.00 12.05 C
ATOM 985 P C A 61 46.349 7.925 7.060 1.00 17.42 P
ATOM 986 O1P C A 61 47.356 7.713 5.977 1.00 20.07 O
ATOM 987 O2P C A 61 46.636 7.464 8.434 1.00 19.05 O
ATOM 988 O5* C A 61 46.133 9.494 7.201 1.00 17.65 O
ATOM 989 C5* C A 61 45.764 10.291 6.081 1.00 17.42 C
ATOM 990 C4* C A 61 45.277 11.640 6.565 1.00 16.64 C
ATOM 991 O4* C A 61 44.139 11.438 7.426 1.00 14.79 O
ATOM 992 C3* C A 61 46.263 12.391 7.446 1.00 17.63 C
ATOM 993 O3* C A 61 47.139 13.091 6.584 1.00 20.87 O
ATOM 994 C2* C A 61 45.331 13.335 8.203 1.00 16.43 C
ATOM 995 O2* C A 61 44.852 14.369 7.365 1.00 14.86 O
ATOM 996 C1* C A 61 44.138 12.417 8.454 1.00 13.94 C
ATOM 997 N1 C A 61 44.153 11.729 9.750 1.00 13.10 N
ATOM 998 C2 C A 61 43.580 12.368 10.847 1.00 12.09 C
ATOM 999 O2 C A 61 43.175 13.525 10.710 1.00 13.24 O
ATOM 1000 N3 C A 61 43.489 11.711 12.021 1.00 11.67 N
ATOM 1001 C4 C A 61 43.975 10.468 12.138 1.00 12.40 C
ATOM 1002 N4 C A 61 43.831 9.835 13.322 1.00 12.14 N
ATOM 1003 C5 C A 61 44.626 9.812 11.054 1.00 12.01 C
ATOM 1004 C6 C A 61 44.688 10.474 9.885 1.00 12.81 C
ATOM 1005 P G A 62 48.728 12.846 6.660 1.00 24.16 P
ATOM 1006 O1P G A 62 49.270 13.445 5.410 1.00 23.67 O
ATOM 1007 O2P G A 62 48.943 11.426 6.942 1.00 23.26 O
ATOM 1008 O5* G A 62 49.205 13.690 7.911 1.00 26.62 O
ATOM 1009 C5* G A 62 50.589 13.855 8.182 1.00 30.96 C
ATOM 1010 C4* G A 62 50.774 14.353 9.582 1.00 33.50 C
ATOM 1011 O4* G A 62 50.528 13.270 10.506 1.00 33.47 O
ATOM 1012 C3* G A 62 52.218 14.771 9.809 1.00 34.85 C
ATOM 1013 O3* G A 62 52.203 15.955 10.570 1.00 37.99 O
ATOM 1014 C2* G A 62 52.906 13.588 10.482 1.00 34.23 C
ATOM 1015 O2* G A 62 53.808 13.966 11.496 1.00 36.44 O
ATOM 1016 C1* G A 62 51.721 12.929 11.174 1.00 33.41 C
ATOM 1017 N9 G A 62 51.722 11.510 11.492 1.00 31.26 N
ATOM 1018 C8 G A 62 52.117 10.448 10.718 1.00 31.91 C
ATOM 1019 N7 G A 62 51.933 9.296 11.308 1.00 31.27 N
ATOM 1020 C5 G A 62 51.407 9.628 12.552 1.00 30.56 C
ATOM 1021 C6 G A 62 50.995 8.807 13.633 1.00 31.34 C
ATOM 1022 O6 G A 62 51.018 7.569 13.717 1.00 32.16 O
ATOM 1023 N1 G A 62 50.498 9.572 14.697 1.00 30.15 N
ATOM 1024 C2 G A 62 50.401 10.940 14.706 1.00 26.83 C
ATOM 1025 N2 G A 62 49.859 11.501 15.789 1.00 25.94 N
ATOM 1026 N3 G A 62 50.792 11.704 13.717 1.00 28.92 N
ATOM 1027 C4 G A 62 51.277 10.988 12.677 1.00 30.49 C
ATOM 1028 P U A 63 52.954 17.235 10.045 1.00 41.73 P
ATOM 1029 O1P U A 63 53.058 17.081 8.559 1.00 41.63 O
ATOM 1030 O2P U A 63 54.175 17.334 10.869 1.00 43.38 O
ATOM 1031 O5* U A 63 51.997 18.439 10.460 1.00 39.87 O
ATOM 1032 C5* U A 63 50.763 18.720 9.780 1.00 36.71 C
ATOM 1033 C4* U A 63 49.836 19.408 10.747 1.00 35.04 C
ATOM 1034 O4* U A 63 49.068 18.411 11.462 1.00 32.03 O
ATOM 1035 C3* U A 63 50.675 20.143 11.781 1.00 35.26 C
ATOM 1036 O3* U A 63 50.995 21.511 11.420 1.00 38.70 O
ATOM 1037 C2* U A 63 50.130 19.755 13.165 1.00 33.49 C
ATOM 1038 O2* U A 63 49.712 20.770 14.049 1.00 37.02 O
ATOM 1039 C1* U A 63 49.029 18.735 12.834 1.00 30.93 C
ATOM 1040 N1 U A 63 48.986 17.488 13.615 1.00 27.66 N
ATOM 1041 C2 U A 63 48.353 17.544 14.818 1.00 24.66 C
ATOM 1042 O2 U A 63 47.901 18.573 15.248 1.00 22.79 O
ATOM 1043 N3 U A 63 48.278 16.352 15.499 1.00 23.74 N
ATOM 1044 C4 U A 63 48.798 15.145 15.102 1.00 23.73 C
ATOM 1045 O4 U A 63 48.743 14.175 15.859 1.00 24.68 O
ATOM 1046 C5 U A 63 49.463 15.178 13.841 1.00 24.93 C
ATOM 1047 C6 U A 63 49.531 16.320 13.160 1.00 25.63 C
ATOM 1048 P A A 64 49.882 22.684 11.491 1.00 37.56 P
ATOM 1049 O1P A A 64 50.561 23.954 11.785 1.00 39.16 O
ATOM 1050 O2P A A 64 48.748 22.257 12.335 1.00 40.01 O
ATOM 1051 O5* A A 64 49.353 22.820 9.997 1.00 34.07 O
ATOM 1052 C5* A A 64 48.031 23.290 9.741 1.00 28.17 C
ATOM 1053 C4* A A 64 47.481 22.620 8.508 1.00 24.51 C
ATOM 1054 O4* A A 64 47.732 21.200 8.571 1.00 23.04 O
ATOM 1055 C3* A A 64 45.992 22.796 8.296 1.00 22.46 C
ATOM 1056 O3* A A 64 45.849 23.906 7.425 1.00 20.90 O
ATOM 1057 C2* A A 64 45.604 21.505 7.587 1.00 20.89 C
ATOM 1058 O2* A A 64 45.901 21.599 6.225 1.00 22.90 O
ATOM 1059 C1* A A 64 46.571 20.494 8.203 1.00 20.25 C
ATOM 1060 N9 A A 64 46.130 19.781 9.396 1.00 17.85 N
ATOM 1061 C8 A A 64 45.524 20.267 10.530 1.00 16.44 C
ATOM 1062 N7 A A 64 45.377 19.367 11.477 1.00 16.36 N
ATOM 1063 C5 A A 64 45.897 18.211 10.916 1.00 16.10 C
ATOM 1064 C6 A A 64 46.056 16.912 11.416 1.00 17.55 C
ATOM 1065 N6 A A 64 45.703 16.547 12.661 1.00 17.95 N
ATOM 1066 N1 A A 64 46.602 15.982 10.594 1.00 16.51 N
ATOM 1067 C2 A A 64 46.978 16.359 9.358 1.00 17.36 C
ATOM 1068 N3 A A 64 46.889 17.563 8.781 1.00 17.52 N
ATOM 1069 C4 A A 64 46.333 18.447 9.623 1.00 16.65 C
ATOM 1070 P A A 65 44.523 24.788 7.455 1.00 26.00 P
ATOM 1071 O1P A A 65 44.761 25.977 6.601 1.00 22.85 O
ATOM 1072 O2P A A 65 44.095 24.965 8.870 1.00 23.33 O
ATOM 1073 O5* A A 65 43.412 23.897 6.726 1.00 21.03 O
ATOM 1074 C5* A A 65 43.457 23.677 5.321 1.00 18.24 C
ATOM 1075 C4* A A 65 42.507 22.569 4.928 1.00 13.85 C
ATOM 1076 O4* A A 65 42.806 21.347 5.676 1.00 12.93 O
ATOM 1077 C3* A A 65 41.079 22.964 5.312 1.00 13.37 C
ATOM 1078 O3* A A 65 40.259 22.339 4.329 1.00 13.50 O
ATOM 1079 C2* A A 65 40.840 22.298 6.671 1.00 12.65 C
ATOM 1080 O2* A A 65 39.528 21.867 6.921 1.00 13.66 O
ATOM 1081 C1* A A 65 41.701 21.055 6.509 1.00 12.78 C
ATOM 1082 N9 A A 65 42.072 20.249 7.661 1.00 12.77 N
ATOM 1083 C8 A A 65 42.096 20.565 8.995 1.00 12.34 C
ATOM 1084 N7 A A 65 42.398 19.546 9.767 1.00 12.41 N
ATOM 1085 C5 A A 65 42.597 18.501 8.875 1.00 12.05 C
ATOM 1086 C6 A A 65 42.910 17.149 9.070 1.00 10.90 C
ATOM 1087 N6 A A 65 43.092 16.609 10.272 1.00 10.50 N
ATOM 1088 N1 A A 65 43.027 16.366 7.977 1.00 11.90 N
ATOM 1089 C2 A A 65 42.832 16.924 6.765 1.00 12.11 C
ATOM 1090 N3 A A 65 42.525 18.188 6.460 1.00 11.24 N
ATOM 1091 C4 A A 65 42.420 18.925 7.577 1.00 11.53 C
ATOM 1092 P A A 66 39.022 23.077 3.643 1.00 14.28 P
ATOM 1093 O1P A A 66 39.543 23.558 2.325 1.00 15.32 O
ATOM 1094 O2P A A 66 38.338 24.024 4.542 1.00 14.63 O
ATOM 1095 O5* A A 66 38.069 21.846 3.338 1.00 13.61 O
ATOM 1096 C5* A A 66 37.465 21.085 4.393 1.00 11.48 C
ATOM 1097 C4* A A 66 37.723 19.608 4.177 1.00 10.84 C
ATOM 1098 O4* A A 66 39.051 19.241 4.669 1.00 10.26 O
ATOM 1099 C3* A A 66 36.836 18.669 4.967 1.00 10.58 C
ATOM 1100 O3* A A 66 35.542 18.590 4.389 1.00 8.43 O
ATOM 1101 C2* A A 66 37.616 17.369 4.831 1.00 10.04 C
ATOM 1102 O2* A A 66 37.536 16.826 3.529 1.00 11.06 O
ATOM 1103 C1* A A 66 39.042 17.870 5.094 1.00 10.87 C
ATOM 1104 N9 A A 66 39.240 17.798 6.548 1.00 10.17 N
ATOM 1105 C8 A A 66 39.155 18.790 7.496 1.00 10.03 C
ATOM 1106 N7 A A 66 39.261 18.348 8.733 1.00 8.56 N
ATOM 1107 C5 A A 66 39.441 16.982 8.588 1.00 6.54 C
ATOM 1108 C6 A A 66 39.556 15.933 9.533 1.00 10.49 C
ATOM 1109 N6 A A 66 39.492 16.109 10.872 1.00 8.52 N
ATOM 1110 N1 A A 66 39.716 14.683 9.059 1.00 10.25 N
ATOM 1111 C2 A A 66 39.726 14.497 7.720 1.00 9.28 C
ATOM 1112 N3 A A 66 39.599 15.400 6.739 1.00 6.99 N
ATOM 1113 C4 A A 66 39.470 16.634 7.247 1.00 7.89 C
ATOM 1114 P U A 67 34.254 18.628 5.328 1.00 7.15 P
ATOM 1115 O1P U A 67 33.113 18.369 4.451 1.00 8.19 O
ATOM 1116 O2P U A 67 34.265 19.889 6.140 1.00 10.54 O
ATOM 1117 O5* U A 67 34.515 17.404 6.352 1.00 9.66 O
ATOM 1118 C5* U A 67 33.879 16.134 6.178 1.00 9.63 C
ATOM 1119 C4* U A 67 34.826 15.139 5.537 1.00 8.56 C
ATOM 1120 O4* U A 67 36.010 14.944 6.353 1.00 11.36 O
ATOM 1121 C3* U A 67 34.231 13.746 5.426 1.00 10.38 C
ATOM 1122 O3* U A 67 33.422 13.688 4.257 1.00 9.95 O
ATOM 1123 C2* U A 67 35.473 12.885 5.331 1.00 9.97 C
ATOM 1124 O2* U A 67 36.048 13.024 4.062 1.00 9.19 O
ATOM 1125 C1* U A 67 36.395 13.578 6.337 1.00 11.42 C
ATOM 1126 N1 U A 67 36.318 13.066 7.718 1.00 10.80 N
ATOM 1127 C2 U A 67 36.833 11.817 7.968 1.00 10.50 C
ATOM 1128 O2 U A 67 37.312 11.117 7.101 1.00 10.56 O
ATOM 1129 N3 U A 67 36.765 11.408 9.272 1.00 9.20 N
ATOM 1130 C4 U A 67 36.239 12.104 10.335 1.00 13.14 C
ATOM 1131 O4 U A 67 36.155 11.549 11.435 1.00 12.19 O
ATOM 1132 C5 U A 67 35.717 13.400 10.002 1.00 12.31 C
ATOM 1133 C6 U A 67 35.767 13.822 8.734 1.00 11.37 C
ATOM 1134 P G A 68 32.112 12.788 4.239 1.00 10.90 P
ATOM 1135 O1P G A 68 31.468 12.906 2.896 1.00 11.43 O
ATOM 1136 O2P G A 68 31.302 13.053 5.442 1.00 13.26 O
ATOM 1137 O5* G A 68 32.721 11.308 4.326 1.00 11.48 O
ATOM 1138 C5* G A 68 33.371 10.739 3.203 1.00 11.16 C
ATOM 1139 C4* G A 68 33.998 9.411 3.573 1.00 9.62 C
ATOM 1140 O4* G A 68 34.942 9.616 4.645 1.00 11.01 O
ATOM 1141 C3* G A 68 33.037 8.390 4.142 1.00 11.11 C
ATOM 1142 O3* G A 68 32.398 7.725 3.054 1.00 10.48 O
ATOM 1143 C2* G A 68 33.998 7.461 4.874 1.00 9.29 C
ATOM 1144 O2* G A 68 34.735 6.677 3.982 1.00 10.62 O
ATOM 1145 C1* G A 68 34.963 8.466 5.487 1.00 8.97 C
ATOM 1146 N9 G A 68 34.546 8.820 6.844 1.00 8.81 N
ATOM 1147 C8 G A 68 33.966 9.976 7.304 1.00 8.53 C
ATOM 1148 N7 G A 68 33.723 9.947 8.594 1.00 8.57 N
ATOM 1149 C5 G A 68 34.195 8.708 9.005 1.00 7.34 C
ATOM 1150 C6 G A 68 34.222 8.109 10.303 1.00 6.86 C
ATOM 1151 O6 G A 68 33.892 8.610 11.385 1.00 8.26 O
ATOM 1152 N1 G A 68 34.707 6.806 10.256 1.00 5.47 N
ATOM 1153 C2 G A 68 35.136 6.164 9.113 1.00 7.70 C
ATOM 1154 N2 G A 68 35.520 4.887 9.242 1.00 7.97 N
ATOM 1155 N3 G A 68 35.166 6.729 7.911 1.00 8.25 N
ATOM 1156 C4 G A 68 34.676 7.991 7.934 1.00 8.75 C
ATOM 1157 P U A 69 30.971 7.049 3.252 1.00 13.77 P
ATOM 1158 O1P U A 69 30.555 6.595 1.924 1.00 11.85 O
ATOM 1159 O2P U A 69 30.093 7.968 3.998 1.00 12.81 O
ATOM 1160 O5* U A 69 31.231 5.779 4.195 1.00 11.34 O
ATOM 1161 C5* U A 69 32.060 4.700 3.787 1.00 11.10 C
ATOM 1162 C4* U A 69 32.278 3.754 4.958 1.00 9.72 C
ATOM 1163 O4* U A 69 33.037 4.436 6.006 1.00 8.84 O
ATOM 1164 C3* U A 69 31.010 3.319 5.663 1.00 8.43 C
ATOM 1165 O3* U A 69 30.409 2.218 4.976 1.00 10.14 O
ATOM 1166 C2* U A 69 31.556 2.908 7.017 1.00 8.62 C
ATOM 1167 O2* U A 69 32.248 1.685 6.931 1.00 7.78 O
ATOM 1168 C1* U A 69 32.576 4.009 7.273 1.00 8.22 C
ATOM 1169 N1 U A 69 32.004 5.162 7.979 1.00 10.18 N
ATOM 1170 C2 U A 69 31.922 5.065 9.360 1.00 10.69 C
ATOM 1171 O2 U A 69 32.209 4.017 9.964 1.00 11.15 O
ATOM 1172 N3 U A 69 31.478 6.210 10.003 1.00 9.29 N
ATOM 1173 C4 U A 69 31.088 7.405 9.411 1.00 9.74 C
ATOM 1174 O4 U A 69 30.787 8.391 10.131 1.00 10.59 O
ATOM 1175 C5 U A 69 31.145 7.399 7.972 1.00 8.22 C
ATOM 1176 C6 U A 69 31.587 6.303 7.317 1.00 8.57 C
ATOM 1177 P C A 70 28.841 1.987 5.039 1.00 11.98 P
ATOM 1178 O1P C A 70 28.566 1.076 3.893 1.00 13.06 O
ATOM 1179 O2P C A 70 28.126 3.300 5.133 1.00 13.69 O
ATOM 1180 O5* C A 70 28.566 1.234 6.428 1.00 12.93 O
ATOM 1181 C5* C A 70 29.111 -0.064 6.679 1.00 12.54 C
ATOM 1182 C4* C A 70 29.095 -0.367 8.163 1.00 10.94 C
ATOM 1183 O4* C A 70 29.877 0.624 8.879 1.00 12.72 O
ATOM 1184 C3* C A 70 27.735 -0.325 8.854 1.00 11.39 C
ATOM 1185 O3* C A 70 27.050 -1.575 8.672 1.00 10.71 O
ATOM 1186 C2* C A 70 28.156 -0.164 10.305 1.00 10.22 C
ATOM 1187 O2* C A 70 28.682 -1.378 10.815 1.00 10.73 O
ATOM 1188 C1* C A 70 29.319 0.816 10.169 1.00 10.56 C
ATOM 1189 N1 C A 70 28.918 2.231 10.310 1.00 10.87 N
ATOM 1190 C2 C A 70 28.815 2.754 11.585 1.00 10.52 C
ATOM 1191 O2 C A 70 28.888 1.981 12.549 1.00 13.89 O
ATOM 1192 N3 C A 70 28.618 4.069 11.750 1.00 9.90 N
ATOM 1193 C4 C A 70 28.472 4.864 10.678 1.00 11.60 C
ATOM 1194 N4 C A 70 28.339 6.173 10.891 1.00 9.69 N
ATOM 1195 C5 C A 70 28.469 4.342 9.351 1.00 9.75 C
ATOM 1196 C6 C A 70 28.697 3.027 9.213 1.00 10.87 C
ATOM 1197 P C A 71 25.506 -1.596 8.258 1.00 11.56 P
ATOM 1198 O1P C A 71 25.252 -2.969 7.708 1.00 11.38 O
ATOM 1199 O2P C A 71 25.231 -0.392 7.422 1.00 13.37 O
ATOM 1200 O5* C A 71 24.680 -1.449 9.614 1.00 10.61 O
ATOM 1201 C5* C A 71 24.617 -2.546 10.513 1.00 10.38 C
ATOM 1202 C4* C A 71 24.552 -2.068 11.939 1.00 10.89 C
ATOM 1203 O4* C A 71 25.639 -1.140 12.164 1.00 10.86 O
ATOM 1204 C3* C A 71 23.336 -1.255 12.362 1.00 11.86 C
ATOM 1205 O3* C A 71 22.249 -2.098 12.693 1.00 11.40 O
ATOM 1206 C2* C A 71 23.864 -0.579 13.618 1.00 11.64 C
ATOM 1207 O2* C A 71 23.975 -1.513 14.691 1.00 9.30 O
ATOM 1208 C1* C A 71 25.263 -0.193 13.149 1.00 10.57 C
ATOM 1209 N1 C A 71 25.248 1.161 12.548 1.00 9.67 N
ATOM 1210 C2 C A 71 25.243 2.271 13.429 1.00 10.84 C
ATOM 1211 O2 C A 71 25.179 2.052 14.671 1.00 11.11 O
ATOM 1212 N3 C A 71 25.283 3.534 12.917 1.00 8.57 N
ATOM 1213 C4 C A 71 25.271 3.710 11.589 1.00 9.43 C
ATOM 1214 N4 C A 71 25.262 4.948 11.132 1.00 6.44 N
ATOM 1215 C5 C A 71 25.247 2.602 10.671 1.00 6.94 C
ATOM 1216 C6 C A 71 25.240 1.353 11.196 1.00 9.46 C
ATOM 1217 P G A 72 20.758 -1.542 12.563 1.00 13.41 P
ATOM 1218 O1P G A 72 19.842 -2.631 12.899 1.00 12.96 O
ATOM 1219 O2P G A 72 20.611 -0.780 11.263 1.00 11.63 O
ATOM 1220 O5* G A 72 20.616 -0.447 13.712 1.00 11.41 O
ATOM 1221 C5* G A 72 20.561 -0.840 15.068 1.00 11.53 C
ATOM 1222 C4* G A 72 20.555 0.380 15.949 1.00 11.87 C
ATOM 1223 O4* G A 72 21.770 1.139 15.712 1.00 14.46 O
ATOM 1224 C3* G A 72 19.437 1.364 15.661 1.00 14.43 C
ATOM 1225 O3* G A 72 18.278 0.935 16.376 1.00 16.44 O
ATOM 1226 C2* G A 72 20.016 2.654 16.228 1.00 13.97 C
ATOM 1227 O2* G A 72 19.907 2.695 17.643 1.00 15.21 O
ATOM 1228 C1* G A 72 21.489 2.520 15.826 1.00 12.65 C
ATOM 1229 N9 G A 72 21.759 3.170 14.550 1.00 12.14 N
ATOM 1230 C8 G A 72 21.856 2.616 13.294 1.00 9.16 C
ATOM 1231 N7 G A 72 22.026 3.517 12.353 1.00 11.34 N
ATOM 1232 C5 G A 72 22.061 4.729 13.040 1.00 10.76 C
ATOM 1233 C6 G A 72 22.202 6.078 12.562 1.00 11.86 C
ATOM 1234 O6 G A 72 22.341 6.488 11.391 1.00 8.38 O
ATOM 1235 N1 G A 72 22.159 6.993 13.612 1.00 11.84 N
ATOM 1236 C2 G A 72 21.999 6.663 14.947 1.00 13.77 C
ATOM 1237 N2 G A 72 21.950 7.693 15.815 1.00 9.84 N
ATOM 1238 N3 G A 72 21.887 5.422 15.393 1.00 11.48 N
ATOM 1239 C4 G A 72 21.919 4.522 14.396 1.00 11.62 C
ATOM 1240 P A A 73 16.809 1.286 15.834 1.00 19.26 P
ATOM 1241 O1P A A 73 15.885 0.363 16.510 1.00 22.32 O
ATOM 1242 O2P A A 73 16.775 1.381 14.361 1.00 19.69 O
ATOM 1243 O5* A A 73 16.569 2.740 16.433 1.00 17.72 O
ATOM 1244 C5* A A 73 15.307 3.388 16.323 1.00 17.97 C
ATOM 1245 C4* A A 73 15.431 4.809 16.822 1.00 17.32 C
ATOM 1246 O4* A A 73 16.427 5.494 16.024 1.00 16.54 O
ATOM 1247 C3* A A 73 14.189 5.661 16.679 1.00 17.30 C
ATOM 1248 O3* A A 73 13.363 5.484 17.811 1.00 18.59 O
ATOM 1249 C2* A A 73 14.773 7.060 16.630 1.00 17.35 C
ATOM 125O O2* A A 73 15.216 7.464 17.913 1.00 16.54 O
ATOM 1251 C1* A A 73 16.012 6.819 15.770 1.00 15.89 C
ATOM 1252 N9 A A 73 15.791 6.944 14.334 1.00 13.91 N
ATOM 1253 C8 A A 73 15.673 5.940 13.408 1.00 13.93 C
ATOM 1254 N7 A A 73 15.535 6.370 12.180 1.00 14.00 N
ATOM 1255 C5 A A 73 15.532 7.754 12.312 1.00 13.79 C
ATOM 1256 C6 A A 73 15.406 8.788 11.378 1.00 15.44 C
ATOM 1257 N6 A A 73 15.244 8.581 10.068 1.00 13.32 N
ATOM 1258 N1 A A 73 15.451 10.062 11.840 1.00 14.22 N
ATOM 1259 C2 A A 73 15.592 10.262 13.158 1.00 14.69 C
ATOM 1260 N3 A A 73 15.706 9.369 14.134 1.00 14.25 N
ATOM 1261 C4 A A 73 15.679 8.119 13.634 1.00 14.11 C
ATOM 1262 P C A 74 11.774 5.640 17.658 1.00 19.05 P
ATOM 1263 O1P C A 74 11.240 5.400 19.022 1.00 21.21 O
ATOM 1264 O2P C A 74 11.309 4.816 16.524 1.00 18.62 O
ATOM 1265 O5* C A 74 11.567 7.165 17.261 1.00 17.10 O
ATOM 1266 C5* C A 74 11.953 8.213 18.140 1.00 16.41 C
ATOM 1267 C4* C A 74 11.888 9.522 17.409 1.00 18.55 C
ATOM 1268 O4* C A 74 12.836 9.487 16.307 1.00 18.29 O
ATOM 1269 C3* C A 74 10.569 9.816 16.709 1.00 19.36 C
ATOM 1270 O3* C A 74 9.611 10.304 17.650 1.00 19.83 O
ATOM 1271 C2* C A 74 11.008 10.851 15.678 1.00 18.77 C
ATOM 1272 O2* C A 74 11.287 12.128 16.243 1.00 19.03 O
ATOM 1273 C1* C A 74 12.342 10.257 15.224 1.00 15.75 C
ATOM 1274 N1 C A 74 12.235 9.391 14.042 1.00 14.65 N
ATOM 1275 C2 C A 74 12.221 9.987 12.789 1.00 15.39 C
ATOM 1276 O2 C A 74 12.225 11.231 12.722 1.00 14.36 O
ATOM 1277 N3 C A 74 12.192 9.204 11.677 1.00 14.56 N
ATOM 1278 C4 C A 74 12.165 7.877 11.801 1.00 13.56 C
ATOM 1279 N4 C A 74 12.187 7.143 10.683 1.00 13.38 N
ATOM 1280 C5 C A 74 12.130 7.241 13.078 1.00 15.04 C
ATOM 1281 C6 C A 74 12.167 8.030 14.162 1.00 12.74 C
ATOM 1282 P U A 75 8.046 10.090 17.379 1.00 20.97 P
ATOM 1283 O1P U A 75 7.326 10.728 18.515 1.00 20.97 O
ATOM 1284 O2P U A 75 7.770 8.678 17.051 1.00 19.40 O
ATOM 1285 O5* U A 75 7.759 10.948 16.067 1.00 19.78 O
ATOM 1286 C5* U A 75 7.940 12.353 16.067 1.00 19.76 C
ATOM 1287 C4* U A 75 7.692 12.920 14.689 1.00 19.28 C
ATOM 1288 O4* U A 75 8.781 12.515 13.804 1.00 19.26 O
ATOM 1289 C3* U A 75 6.437 12.422 13.980 1.00 19.85 C
ATOM 1290 O3* U A 75 5.251 13.115 14.372 1.00 21.73 O
ATOM 1291 C2* U A 75 6.784 12.675 12.521 1.00 18.07 C
ATOM 1292 O2* U A 75 6.648 14.044 12.198 1.00 18.55 O
ATOM 1293 C1* U A 75 8.269 12.294 12.503 1.00 18.72 C
ATOM 1294 N1 U A 75 8.444 10.876 12.155 1.00 16.03 N
ATOM 1295 C2 U A 75 8.528 10.591 10.821 1.00 14.55 C
ATOM 1296 O2 U A 75 8.474 11.463 9.960 1.00 16.34 O
ATOM 1297 N3 U A 75 8.689 9.269 10.515 1.00 14.24 N
ATOM 1298 C4 U A 75 8.798 8.233 11.389 1.00 14.08 C
ATOM 1299 O4 U A 75 9.094 7.130 10.954 1.00 15.54 O
ATOM 1300 C5 U A 75 8.693 8.599 12.769 1.00 14.83 C
ATOM 1301 C6 U A 75 8.516 9.890 13.096 1.00 15.06 C
ATOM 1302 P A A 76 3.836 12.353 14.321 1.00 22.14 P
ATOM 1303 O1P A A 76 2.880 13.223 15.033 1.00 23.41 O
ATOM 1304 O2P A A 76 4.009 10.938 14.753 1.00 21.70 O
ATOM 1305 O5* A A 76 3.415 12.341 12.788 1.00 21.20 O
ATOM 1306 C5* A A 76 3.300 13.552 12.057 1.00 20.43 C
ATOM 1307 C4* A A 76 2.982 13.261 10.610 1.00 21.53 C
ATOM 1308 O4* A A 76 4.176 12.824 9.881 1.00 20.76 O
ATOM 1309 C3* A A 76 1.979 12.147 10.385 1.00 21.60 C
ATOM 1310 O3* A A 76 0.644 12.615 10.600 1.00 24.70 O
ATOM 1311 C2* A A 76 2.288 11.751 8.942 1.00 20.85 C
ATOM 1312 O2* A A 76 1.813 12.741 8.049 1.00 18.38 O
ATOM 1313 C1* A A 76 3.818 11.834 8.924 1.00 18.33 C
ATOM 1314 N9 A A 76 4.448 10.557 9.291 1.00 18.89 N
ATOM 1315 C8 A A 76 4.743 10.092 10.543 1.00 18.84 C
ATOM 1316 N7 A A 76 5.292 8.890 10.552 1.00 19.05 N
ATOM 1317 C5 A A 76 5.370 8.549 9.213 1.00 17.84 C
ATOM 1318 C6 A A 76 5.873 7.410 8.545 1.00 18.46 C
ATOM 1319 N6 A A 76 6.430 6.353 9.151 1.00 16.69 N
ATOM 1320 N1 A A 76 5.789 7.395 7.198 1.00 18.58 N
ATOM 1321 C2 A A 76 5.262 8.451 6.577 1.00 18.00 C
ATOM 1322 N3 A A 76 4.779 9.581 7.089 1.00 17.69 N
ATOM 1323 C4 A A 76 4.855 9.566 8.424 1.00 18.36 C
ATOM 1324 P U A 77 -0.490 11.589 11.092 1.00 27.25 P
ATOM 1325 O1P U A 77 -1.718 12.394 11.304 1.00 28.56 O
ATOM 1326 O2P U A 77 0.014 10.721 12.181 1.00 27.58 O
ATOM 1327 O5* U A 77 -0.735 10.633 9.847 1.00 26.15 O
ATOM 1328 C5* U A 77 -1.346 11.123 8.674 1.00 27.17 C
ATOM 1329 C4* U A 77 -1.337 10.063 7.612 1.00 28.07 C
ATOM 1330 O4* U A 77 0.040 9.755 7.267 1.00 27.42 O
ATOM 1331 C3* U A 77 -1.901 8.720 8.045 1.00 28.00 C
ATOM 1332 O3* U A 77 -3.318 8.669 7.947 1.00 29.45 O
ATOM 1333 C2* U A 77 -1.240 7.775 7.055 1.00 28.20 C
ATOM 1334 O2* U A 77 -1.847 7.832 5.782 1.00 26.90 O
ATOM 1335 C1* U A 77 0.157 8.381 6.958 1.00 27.65 C
ATOM 1336 N1 U A 77 1.088 7.745 7.899 1.00 27.42 N
ATOM 1337 C2 U A 77 1.698 6.593 7.466 1.00 27.52 C
ATOM 1338 O2 U A 77 1.493 6.121 6.373 1.00 28.51 O
ATOM 1339 N3 U A 77 2.553 6.005 8.360 1.00 28.43 N
ATOM 1340 C4 U A 77 2.855 6.437 9.623 1.00 27.99 C
ATOM 1341 O4 U A 77 3.638 5.774 10.307 1.00 28.56 O
ATOM 1342 C5 U A 77 2.183 7.651 10.018 1.00 29.06 C
ATOM 1343 C6 U A 77 1.340 8.252 9.153 1.00 27.47 C
ATOM 1344 P G A 78 -4.128 7.571 8.789 1.00 29.69 P
ATOM 1345 O1P G A 78 -5.574 7.922 8.682 1.00 29.99 O
ATOM 1346 O2P G A 78 -3.493 7.464 10.125 1.00 29.83 O
ATOM 1347 O5* G A 78 -3.864 6.206 8.025 1.00 28.85 O
ATOM 1348 C5* G A 78 -4.288 6.057 6.687 1.00 31.49 C
ATOM 1349 C4* G A 78 -3.746 4.786 6.103 1.00 33.11 C
ATOM 1350 O4* G A 78 -2.290 4.821 6.141 1.00 32.92 O
ATOM 1351 C3* G A 78 -4.069 3.537 6.904 1.00 34.56 C
ATOM 1352 O3* G A 78 -5.382 3.042 6.685 1.00 36.42 O
ATOM 1353 C2* G A 78 -2.993 2.572 6.437 1.00 33.46 C
ATOM 1354 O2* G A 78 -3.300 2.058 5.155 1.00 33.17 O
ATOM 1355 C1* G A 78 -1.788 3.506 6.335 1.00 32.77 C
ATOM 1356 N9 G A 78 -0.943 3.484 7.528 1.00 31.48 N
ATOM 1357 C8 G A 78 -0.885 4.406 8.552 1.00 30.74 C
ATOM 1358 N7 G A 78 0.017 4.111 9.453 1.00 30.41 N
ATOM 1359 C5 G A 78 0.574 2.921 9.000 1.00 30.92 C
ATOM 1360 C6 G A 78 1.605 2.117 9.547 1.00 30.88 C
ATOM 1361 O6 G A 78 2.260 2.301 10.569 1.00 31.93 O
ATOM 1362 N1 G A 78 1.852 0.992 8.763 1.00 31.31 N
ATOM 1363 C2 G A 78 1.200 0.683 7.596 1.00 31.42 C
ATOM 1364 N2 G A 78 1.576 -0.452 6.973 1.00 31.76 N
ATOM 1365 N3 G A 78 0.244 1.429 7.073 1.00 31.87 N
ATOM 1366 C4 G A 78 -0.017 2.521 7.822 1.00 30.78 C
ATOM 1367 P U A 79 -6.043 2.064 7.771 1.00 35.59 P
ATOM 1368 O1P U A 79 -7.437 1.843 7.318 1.00 38.84 O
ATOM 1369 O2P U A 79 -5.793 2.598 9.125 1.00 34.83 O
ATOM 1370 O5* U A 79 -5.233 0.710 7.607 1.00 37.13 O
ATOM 1371 C5* U A 79 -5.230 0.014 6.370 1.00 40.35 C
ATOM 1372 C4* U A 79 -4.500 -1.284 6.529 1.00 42.63 C
ATOM 1373 O4* U A 79 -3.087 -1.022 6.688 1.00 41.91 O
ATOM 1374 C3* U A 79 -4.878 -2.028 7.794 1.00 45.01 C
ATOM 1375 O3* U A 79 -6.059 -2.771 7.564 1.00 49.49 O
ATOM 1376 C2* U A 79 -3.652 -2.897 8.039 1.00 42.79 C
ATOM 1377 O2* U A 79 -3.632 -4.039 7.212 1.00 43.51 O
ATOM 1378 C1* U A 79 -2.530 -1.946 7.614 1.00 41.31 C
ATOM 1379 N1 U A 79 -1.962 -1.177 8.732 1.00 38.39 N
ATOM 1380 C2 U A 79 -0.932 -1.753 9.457 1.00 38.66 C
ATOM 1381 O2 U A 79 -0.492 -2.866 9.215 1.00 38.18 O
ATOM 1382 N3 U A 79 -0.438 -0.978 10.475 1.00 36.92 N
ATOM 1383 C4 U A 79 -0.855 0.280 10.830 1.00 36.93 C
ATOM 1384 O4 U A 79 -0.255 0.884 11.715 1.00 36.60 O
ATOM 1385 C5 U A 79 -1.931 0.800 10.037 1.00 36.98 C
ATOM 1386 C6 U A 79 -2.432 0.070 9.043 1.00 37.15 C
ATOM 1387 P C A 80 -6.888 -3.348 8.809 1.00 52.93 P
ATOM 1388 O1P C A 80 -8.178 -3.837 8.240 1.00 53.20 O
ATOM 1389 O2P C A 80 -6.901 -2.351 9.924 1.00 51.64 O
ATOM 1390 O5* C A 80 -6.006 -4.597 9.252 1.00 53.85 O
ATOM 1391 C5* C A 80 -6.151 -5.164 10.536 1.00 56.78 C
ATOM 1392 C4* C A 80 -4.996 -6.079 10.826 1.00 58.70 C
ATOM 1393 O4* C A 80 -3.764 -5.451 10.400 1.00 58.63 O
ATOM 1394 C3* C A 80 -4.785 -6.404 12.289 1.00 60.66 C
ATOM 1395 O3* C A 80 -5.653 -7.443 12.718 1.00 64.54 O
ATOM 1396 C2* C A 80 -3.302 -6.748 12.328 1.00 59.49 C
ATOM 1397 O2* C A 80 -3.012 -8.056 11.868 1.00 59.82 O
ATOM 1398 C1* C A 80 -2.746 -5.710 11.351 1.00 57.90 C
ATOM 1399 N1 C A 80 -2.483 -4.432 12.019 1.00 56.16 N
ATOM 1400 C2 C A 80 -1.428 -4.330 12.923 1.00 55.40 C
ATOM 1401 O2 C A 80 -0.739 -5.332 13.160 1.00 55.60 O
ATOM 1402 N3 C A 80 -1.184 -3.140 13.516 1.00 54.79 N
ATOM 1403 C4 C A 80 -1.948 -2.085 13.236 1.00 54.67 C
ATOM 1404 N4 C A 80 -1.659 -0.931 13.830 1.00 54.49 N
ATOM 1405 C5 C A 80 -3.038 -2.167 12.329 1.00 55.04 C
ATOM 1406 C6 C A 80 -3.268 -3.348 11.748 1.00 55.31 C
ATOM 1407 P C A 81 -6.452 -7.275 14.101 1.00 67.04 P
ATOM 1408 O1P C A 81 -7.534 -8.288 14.135 1.00 67.56 O
ATOM 1409 O2P C A 81 -6.793 -5.832 14.228 1.00 66.62 O
ATOM 1410 O5* C A 81 -5.356 -7.637 15.200 1.00 67.52 O
ATOM 1411 C5* C A 81 -4.468 -8.729 14.996 1.00 68.78 C
ATOM 1412 C4* C A 81 -3.176 -8.504 15.741 1.00 70.00 C
ATOM 1413 O4* C A 81 -2.545 -7.295 15.239 1.00 70.26 O
ATOM 1414 C3* C A 81 -3.315 -8.246 17.236 1.00 70.40 C
ATOM 1415 O3* C A 81 -3.607 -9.405 18.044 1.00 71.08 O
ATOM 1416 C2* C A 81 -2.027 -7.493 17.557 1.00 70.66 C
ATOM 1417 O2* C A 81 -0.891 -8.331 17.691 1.00 70.46 O
ATOM 1418 C1* C A 81 -1.866 -6.637 16.299 1.00 70.42 C
ATOM 1419 N1 C A 81 -2.395 -5.267 16.429 1.00 70.24 N
ATOM 1420 C2 C A 81 -1.749 -4.383 17.301 1.00 69.97 C
ATOM 1421 O2 C A 81 -0.778 -4.792 17.959 1.00 69.96 O
ATOM 1422 N3 C A 81 -2.199 -3.115 17.406 1.00 69.86 N
ATOM 1423 C4 C A 81 -3.253 -2.719 16.687 1.00 69.98 C
ATOM 1424 N4 C A 81 -3.655 -1.451 16.812 1.00 70.37 N
ATOM 1425 C5 C A 81 -3.940 -3.603 15.805 1.00 69.65 C
ATOM 1426 C6 C A 81 -3.483 -4.857 15.708 1.00 70.02 C
TER 1427 C A 81
HETATM 1428 N1 SPD 95 30.635 15.348 6.786 1.00 32.95 N
HETATM 1429 C2 SPD 95 29.601 15.137 7.638 1.00 34.77 C
HETATM 1430 C3 SPD 95 28.160 14.794 7.150 1.00 32.97 C
HETATM 1431 C4 SPD 95 27.154 15.912 6.737 1.00 35.47 C
HETATM 1432 C5 SPD 95 27.896 17.206 6.216 1.00 34.05 C
HETATM 1433 N6 SPD 95 28.356 18.280 7.154 1.00 35.93 N
HETATM 1434 C7 SPD 95 28.129 18.216 8.696 1.00 37.54 C
HETATM 1435 C8 SPD 95 26.699 18.358 9.285 1.00 36.82 C
HETATM 1436 C9 SPD 95 25.563 18.963 8.358 1.00 39.41 C
HETATM 1437 N10 SPD 95 24.963 18.146 7.432 1.00 38.63 N
HETATM 1438 C ACT 96 35.752 18.872 10.859 1.00 11.75 C
HETATM 1439 O ACT 96 35.666 18.447 12.039 1.00 12.77 O
HETATM 1440 OXT ACT 96 35.855 20.114 10.438 1.00 13.73 O
HETATM 1441 CH3 ACT 96 35.725 17.822 9.762 1.00 10.36 C
HETATM 1442 CO NCO 101 33.779 17.811 0.520 1.00 12.16
CO
HETATM 1443 N1 NCO 101 35.628 18.020 1.035 1.00 11.26 N
HETATM 1444 N2 NCO 101 31.912 17.605 0.016 1.00 11.81 N
HETATM 1445 N3 NCO 101 34.248 16.189 -0.528 1.00 12.00 N
HETATM 1446 N4 NCO 101 33.306 19.417 1.565 1.00 12.05 N
HETATM 1447 N5 NCO 101 33.488 16.682 2.134 1.00 11.77 N
HETATM 1448 N6 NCO 101 34.079 18.927 -1.063 1.00 10.05 N
HETATM 1449 CO NCO 102 30.972 15.538 21.040 1.00 18.89
CO
HETATM 1450 N1 NCO 102 32.077 13.978 20.540 1.00 18.01 N
HETATM 1451 N2 NCO 102 29.861 17.079 21.546 1.00 20.34 N
HETATM 1452 N3 NCO 102 29.408 14.674 20.281 1.00 18.96 N
HETATM 1453 N4 NCO 102 32.540 16.407 21.793 1.00 19.16 N
HETATM 1454 N5 NCO 102 30.622 14.700 22.802 1.00 21.31 N
HETATM 1455 N6 NCO 102 31.348 16.357 19.288 1.00 18.20 N
HETATM 1456 CO NCO 103 30.079 10.969 13.083 1.00 9.34
CO
HETATM 1457 N1 NCO 103 31.143 9.318 12.937 1.00 10.62 N
HETATM 1458 N2 NCO 103 29.016 12.607 13.231 1.00 1047 N
HETATM 1459 N3 NCO 103 28.629 9.958 13.953 1.00 9.90 N
HETATM 1460 N4 NCO 103 31.530 11.994 12.228 1.00 11.47 N
HETATM 1461 N5 NCO 103 30.887 11.312 14.848 1.00 10.93 N
HETATM 1462 N6 NCO 103 29.293 10.591 11.335 1.00 8.96 N
HETATM 1463 CO NCO 104 35.738 25.339 6.924 1.00 10.52
CO
HETATM 1464 N1 NCO 104 37.192 23.991 6.966 1.00 9.12 N
HETATM 1465 N2 NCO 104 34.292 26.667 6.917 1.00 9.97 N
HETATM 1466 N3 NCO 104 35.290 24.803 5.079 1.00 10.32 N
HETATM 1467 N4 NCO 104 36.200 25.850 8.782 1.00 10.04 N
HETATM 1468 N5 NCO 104 34.462 23.982 7.610 1.00 10.02 N
HETATM 1469 N6 NCO 104 36.989 26.673 6.255 1.00 9.93 N
HETATM 1470 CO NCO 105 38.319 9.181 18.354 1.00 17.15
CO
HETATM 1471 N1 NCO 105 38.565 7.212 18.263 1.00 16.21 N
HETATM 1472 N2 NCO 105 38.063 11.131 18.455 1.00 16.52 N
HETATM 1473 N3 NCO 105 37.166 9.118 16.756 1.00 15.37 N
HETATM 1474 N4 NCO 105 39.472 9.231 19.943 1.00 15.14 N
HETATM 1475 N5 NCO 105 36.747 8.927 19.488 1.00 13.92 N
HETATM 1476 N6 NCO 105 39.894 9.428 17.221 1.00 16.03 N
HETATM 1477 CO NCO 106 29.797 11.611 -0.683 1.00 29.10
CO
HETATM 1478 N1 NCO 106 30.133 9.996 0.412 1.00 26.22 N
HETATM 1479 N2 NCO 106 29.459 13.224 -1.786 1.00 27.55 N
HETATM 1480 N3 NCO 106 27.947 10.996 -0.979 1.00 27.31 N
HETATM 1481 N4 NCO 106 31.647 12.200 -0.388 1.00 26.94 N
HETATM 1482 N5 NCO 106 29.213 12.598 0.926 1.00 26.78 N
HETATM 1483 N6 NCO 106 30.382 10.638 -2.307 1.00 27.86 N
HETATM 1484 CO NCO 107 21.064 21.824 13.859 1.00 66.74
CO
HETATM 1485 N1 NCO 107 19.817 20.309 13.966 1.00 65.15 N
HETATM 1486 N2 NCO 107 22.316 23.350 13.744 1.00 64.75 N
HETATM 1487 N3 NCO 107 20.426 22.219 12.039 1.00 64.82 N
HETATM 1488 N4 NCO 107 21.696 21.423 15.684 1.00 65.00 N
HETATM 1489 N5 NCO 107 19.682 23.014 14.604 1.00 65.37 N
HETATM 1490 N6 NCO 107 22.448 20.636 13.116 1.00 64.84 N
HETATM 1491 CO NCO 108 11.892 21.884 3.085 1.00 43.83
CO
HETATM 1492 N1 NCO 108 12.540 20.757 4.557 1.00 41.58 N
HETATM 1493 N2 NCO 108 11.237 23.007 1.611 1.00 41.85 N
HETATM 1494 N3 NCO 108 10.087 21.837 3.873 1.00 39.63 N
HETATM 1495 N4 NCO 108 13.697 21.930 2.306 1.00 42.07 N
HETATM 1496 N5 NCO 108 12.302 23.497 4.132 1.00 42.42 N
HETATM 1497 N6 NCO 108 11.489 20.271 2.035 1.00 42.59 N
HETATM 1498 CO NCO 109 22.085 1.990 6.248 1.00 22.54
CO
HETATM 1499 N1 NCO 109 23.660 1.327 5.263 1.00 21.69 N
HETATM 1500 N2 NCO 109 20.512 2.641 7.231 1.00 23.54 N
HETATM 1501 N3 NCO 109 21.995 0.289 7.247 1.00 23.66 N
HETATM 1502 N4 NCO 109 22.190 3.682 5.266 1.00 24.99 N
HETATM 1503 N5 NCO 109 23.250 2.740 7.635 1.00 24.19 N
HETATM 1504 N6 NCO 109 20.916 1.236 4.862 1.00 24.71 N
HETATM 1505 CO NCO 110 11.907 4.743 -4.202 1.00 79.10
CO
HETATM 1506 N1 NCO 110 13.089 3.173 -4.157 1.00 78.25 N
HETATM 1507 N2 NCO 110 10.722 6.317 -4.246 1.00 77.68 N
HETATM 1508 N3 NCO 110 10.338 3.559 -4.135 1.00 78.03 N
HETATM 1509 N4 NCO 110 13.479 5.919 -4.271 1.00 78.27 N
HETATM 1510 N5 NCO 110 11.939 4.818 -2.231 1.00 77.98 N
HETATM 1511 N6 NCO 110 11.872 4.671 -6.166 1.00 77.97 N
HETATM 1512 CO NCO 111 41.881 27.688 12.825 1.00 41.44
CO
HETATM 1513 N1 NCO 111 42.431 25.789 12.719 1.00 39.32 N
HETATM 1514 N2 NCO 111 41.334 29.578 12.935 1.00 39.83 N
HETATM 1515 N3 NCO 111 40.110 27.135 13.502 1.00 38.72 N
HETATM 1516 N4 NCO 111 43.650 28.247 12.141 1.00 39.72 N
HETATM 1517 N5 NCO 111 42.556 27.780 14.672 1.00 39.67 N
HETATM 1518 N6 NCO 111 41.206 27.586 10.976 1.00 39.64 N
HETATM 1519 CO NCO 112 15.544 -2.470 12.503 0.64 33.78
CO
HETATM 1520 N1 NCO 112 15.053 -4.150 13.387 0.64 33.08 N
HETATM 1521 N2 NCO 112 16.035 -0.799 11.617 0.64 32.88 N
HETATM 1522 N3 NCO 112 13.989 -1.592 13.306 0.64 33.14 N
HETATM 1523 N4 NCO 112 17.106 -3.351 11.708 0.64 31.89 N
HETATM 1524 N5 NCO 112 16.630 -1.966 14.059 0.64 31.87 N
HETATM 1525 N6 NCO 112 14.456 -2.963 10.949 0.64 33.59 N
HETATM 1526 N1 HPA 90 11.850 10.680 9.276 1.00 14.10 N
HETATM 1527 C2 HPA 90 11.445 12.017 9.429 1.00 15.38 C
HETATM 1528 N3 HPA 90 11.023 12.794 8.399 1.00 15.35 N
HETATM 1529 C4 HPA 90 11.032 12.144 7.215 1.00 13.23 C
HETATM 1530 C5 HPA 90 11.464 10.697 6.984 1.00 14.15 C
HETATM 1531 C6 HPA 90 11.894 9.936 8.082 1.00 14.68 C
HETATM 1532 O6 HPA 90 12.274 8.774 8.128 1.00 17.66 O
HETATM 1533 N7 HPA 90 11.319 10.452 5.646 1.00 14.57 N
HETATM 1534 C8 HPA 90 10.837 11.601 5.068 1.00 10.65 C
HETATM 1535 N9 HPA 90 10.654 12.637 5.980 1.00 13.29 N
HETATM 1536 O HOH 301 27.846 -2.938 13.825 1.00 9.01 O
HETATM 1537 O HOH 302 25.859 31.056 15.513 1.00 15.15 O
HETATM 1538 O HOH 304 31.973 24.578 6.159 1.00 8.16 O
HETATM 1539 O HOH 305 26.612 9.170 11.460 1.00 9.38 O
HETATM 1540 O HOH 306 27.263 29.190 17.094 1.00 12.73 O
HETATM 1541 O HOH 307 27.839 31.120 11.251 1.00 8.67 O
HETATM 1542 O HOH 308 15.358 10.206 7.797 1.00 12.64 O
HETATM 1543 O HOH 309 36.106 21.180 7.822 1.00 7.98 O
HETATM 1544 O HOH 310 38.999 22.794 9.431 1.00 11.94 O
HETATM 1545 O HOH 311 27.651 7.462 8.332 1.00 11.92 O
HETATM 1546 O HOH 312 32.982 0.834 9.462 1.00 8.08 O
HETATM 1547 O HOH 313 32.773 15.822 11.031 1.00 11.55 O
HETATM 1548 O HOH 314 28.650 -0.366 14.062 1.00 14.04 O
HETATM 1549 O HOH 315 28.295 12.130 16.348 1.00 14.09 O
HETATM 1550 O HOH 316 35.130 20.473 16.933 1.00 11.57 O
HETATM 1551 O HOH 317 31.081 33.340 12.189 1.00 12.95 O
HETATM 1552 O HOH 318 34.682 19.005 19.405 1.00 15.48 O
HETATM 1553 O HOH 319 33.063 10.330 19.697 1.00 15.28 O
HETATM 1554 O HOH 320 33.163 29.459 16.840 1.00 13.11 O
HETATM 1555 O HOH 321 25.367 21.927 13.760 1.00 16.06 O
HETATM 1556 O HOH 322 37.325 28.769 8.362 1.00 10.37 O
HETATM 1557 O HOH 323 23.452 -4.001 6.017 1.00 18.50 O
HETATM 1558 O HOH 324 9.471 20.115 5.676 1.00 20.63 O
HETATM 1559 O HOH 325 31.413 13.389 17.912 1.00 14.48 O
HETATM 1560 O HOH 326 30.447 21.096 -4.264 1.00 19.06 O
HETATM 1561 O HOH 327 29.636 28.818 15.501 1.00 7.36 O
HETATM 1562 O HOH 328 39.664 24.428 12.189 1.00 15.97 O
HETATM 1563 O HOH 329 31.754 11.671 9.425 1.00 10.07 O
HETATM 1564 O HOH 330 31.792 8.455 15.807 1.00 6.64 O
HETATM 1565 O HOH 331 31.505 23.268 17.911 1.00 11.89 O
HETATM 1566 O HOH 332 18.453 12.462 12.598 1.00 17.54 O
HETATM 1567 O HOH 333 18.443 26.704 16.319 1.00 25.32 O
HETATM 1568 O HOH 334 32.785 19.986 8.347 1.00 15.97 O
HETATM 1569 O HOH 335 41.786 5.546 14.867 1.00 15.87 O
HETATM 1570 O HOH 336 7.409 12.505 5.270 1.00 17.89 O
HETATM 1571 O HOH 337 21.882 4.512 9.287 1.00 19.12 O
HETATM 1572 O HOH 338 31.187 10.298 17.815 1.00 16.86 O
HETATM 1573 O HOH 339 26.840 32.305 5.286 1.00 19.04 O
HETATM 1574 O HOH 340 15.679 12.782 11.026 1.00 14.61 O
HETATM 1575 O HOH 341 25.408 5.517 8.271 1.00 14.76 O
HETATM 1576 O HOH 342 30.043 11.328 7.160 1.00 8.77 O
HETATM 1577 O HOH 343 23.127 14.905 8.144 1.00 14.88 O
HETATM 1578 O HOH 344 38.365 6.804 15.177 1.00 18.36 O
HETATM 1579 O HOH 345 35.022 29.298 5.821 1.00 14.35 O
HETATM 1580 O HOH 346 30.511 24.456 3.612 1.00 14.15 O
HETATM 1581 O HOH 347 30.481 34.557 3.130 1.00 11.78 O
HETATM 1582 O HOH 348 26.554 9.913 5.375 1.00 18.81 O
HETATM 1583 O HOH 349 31.209 21.766 3.243 1.00 18.82 O
HETATM 1584 O HOH 350 1.741 13.549 1.745 1.00 20.27 O
HETATM 1585 O HOH 351 29.321 2.066 1.345 1.00 21.19 O
HETATM 1586 O HOH 352 4.877 8.231 0.914 1.00 21.48 O
HETATM 1587 O HOH 353 21.713 1.577 10.203 1.00 20.65 O
HETATM 1588 O HOH 354 16.006 7.690 6.859 1.00 14.39 O
HETATM 1589 O HOH 355 32.374 14.264 8.770 1.00 13.50 O
HETATM 1590 O HOH 356 44.956 7.126 13.453 1.00 18.02 O
HETATM 1591 O HOH 357 34.420 0.993 5.499 1.00 15.80 O
HETATM 1592 O HOH 358 34.107 10.687 13.188 1.00 21.21 O
HETATM 1593 O HOH 359 43.241 16.647 21.460 1.00 20.68 O
HETATM 1594 O HOH 360 29.177 23.123 7.231 1.00 19.78 O
HETATM 1595 O HOH 361 20.913 10.719 -2.240 1.00 38.20 O
HETATM 1596 O HOH 362 17.211 12.442 7.676 1.00 12.64 O
HETATM 1597 O HOH 363 23.238 7.190 7.238 1.00 6.38 O
HETATM 1598 O HOH 364 23.098 23.481 10.458 1.00 16.85 O
HETATM 1599 O HOH 365 19.273 4.003 10.474 1.00 14.55 O
HETATM 1600 O HOH 366 29.119 2.067 20.617 1.00 16.11 O
HETATM 1601 O HOH 367 13.755 11.592 -2.619 1.00 19.43 O
HETATM 1602 O HOH 368 27.008 15.371 13.742 1.00 16.03 O
HETATM 1603 O HOH 370 40.117 15.541 24.855 1.00 17.75 O
HETATM 1604 O HOH 371 42.204 24.722 15.562 1.00 20.80 O
HETATM 1605 O HOH 372 33.334 27.064 4.009 1.00 14.27 O
HETATM 1606 O HOH 373 34.369 22.764 -0.160 1.00 16.16 O
HETATM 1607 O HOH 374 26.150 9.913 8.539 1.00 17.96 O
HETATM 1608 O HOH 375 40.783 11.103 6.916 1.00 14.78 O
HETATM 1609 O HOH 376 35.928 21.012 1.466 1.00 26.24 O
HETATM 1610 O HOH 377 16.646 10.599 -2.661 1.00 19.58 O
HETATM 1611 O HOH 378 25.562 13.304 6.313 1.00 18.69 O
HETATM 1612 O HOH 379 20.343 -1.589 8.728 1.00 18.93 O
HETATM 1613 O HOH 380 17.478 4.521 8.063 1.00 17.20 O
HETATM 1614 O HOH 381 37.683 27.819 10.864 1.00 19.86 O
HETATM 1615 O HOH 382 50.069 8.354 17.181 1.00 25.65 O
HETATM 1616 O HOH 383 22.215 19.277 -1.414 1.00 21.60 O
HETATM 1617 O HOH 384 26.899 12.793 23.127 1.00 21.66 O
HETATM 1618 O HOH 385 27.310 20.284 5.282 1.00 23.43 O
HETATM 1619 O HOH 386 35.477 14.521 1.832 1.00 16.09 O
HETATM 1620 O HOH 387 36.421 5.374 5.731 1.00 18.50 O
HETATM 1621 O HOH 388 35.657 13.089 21.646 1.00 27.43 O
HETATM 1622 O HOH 389 31.262 -0.028 15.535 1.00 26.71 O
HETATM 1623 O HOH 390 12.258 13.376 14.333 1.00 23.39 O
HETATM 1624 O HOH 391 41.547 24.260 9.781 1.00 18.53 O
HETATM 1625 O HOH 392 45.074 23.301 12.058 1.00 34.28 O
HETATM 1626 O HOH 393 26.074 11.518 13.046 1.00 13.39 O
HETATM 1627 O HOH 395 5.587 8.611 15.039 1.00 30.05 O
HETATM 1628 O HOH 396 16.781 -2.191 17.148 1.00 29.65 O
HETATM 1629 O HOH 398 39.000 -1.725 12.841 1.00 27.22 O
HETATM 1630 O HOH 399 45.596 20.807 13.713 1.00 22.64 O
HETATM 1631 O HOH 400 39.024 5.351 6.718 1.00 27.45 O
HETATM 1632 O HOH 401 19.128 6.103 17.172 1.00 23.23 O
HETATM 1633 O HOH 402 -2.414 15.769 -5.977 1.00 28.56 O
HETATM 1634 O HOH 404 35.863 1.066 10.034 1.00 21.22 O
HETATM 1635 O HOH 405 45.781 6.088 10.831 1.00 32.51 O
HETATM 1636 O HOH 406 20.680 25.716 18.205 1.00 23.14 O
HETATM 1637 O HOH 407 26.449 23.755 -4.077 1.00 9.44 O
HETATM 1638 O HOH 408 13.404 6.712 6.444 1.00 20.71 O
HETATM 1639 O HOH 409 33.912 22.171 4.658 1.00 18.92 O
HETATM 1640 O HOH 410 39.629 15.715 13.211 1.00 93.76 O
HETATM 1641 O HOH 411 35.297 11.656 18.352 1.00 21.88 O
HETATM 1642 O HOH 412 10.954 4.182 2.008 1.00 23.12 O
HETATM 1643 O HOH 413 28.947 21.113 11.642 1.00 22.81 O
HETATM 1644 O HOH 414 5.170 7.273 12.633 1.00 27.36 O
HETATM 1645 O HOH 415 28.471 16.583 18.095 1.00 22.56 O
HETATM 1646 O HOH 416 4.654 4.945 23.880 1.00 52.57 O
HETATM 1647 O HOH 419 38.860 4.458 16.740 1.00 33.74 O
HETATM 1648 O HOH 420 -2.549 7.590 -3.638 1.00 24.47 O
HETATM 1649 O HOH 421 45.977 14.324 21.673 1.00 21.22 O
HETATM 1650 O HOH 422 21.196 23.126 8.094 1.00 24.30 O
HETATM 1651 O HOH 423 24.720 30.789 3.238 1.00 17.59 O
HETATM 1652 O HOH 424 25.564 3.138 6.622 1.00 21.50 O
HETATM 1653 O HOH 425 34.235 23.186 16.786 1.00 20.56 O
HETATM 1654 O HOH 426 26.555 15.848 20.797 1.00 34.81 O
HETATM 1655 O HOH 427 16.137 10.314 16.975 1.00 35.39 O
HETATM 1656 O HOH 428 15.237 5.341 9.720 1.00 26.74 O
HETATM 1657 O HOH 429 5.843 16.504 13.479 1.00 20.66 O
HETATM 1658 O HOH 430 34.267 35.258 2.809 1.00 18.39 O
HETATM 1659 O HOH 431 34.478 8.946 16.706 1.00 37.42 O
HETATM 1660 O HOH 432 23.052 6.563 4.267 1.00 23.73 O
HETATM 1661 O HOH 433 24.461 21.831 8.001 1.00 19.72 O
HETATM 1662 O HOH 434 16.811 5.911 -0.991 1.00 39.78 O
HETATM 1663 O HOH 435 18.936 8.7756 17.266 1.00 16.77 O
HETATM 1664 O HOH 436 17.061 32.451 9.214 1.00 32.73 O
HETATM 1665 O HOH 437 25.185 15.727 10.155 1.00 23.94 O
HETATM 1666 O HOH 438 36.819 34.970 6.044 1.00 23.13 O
HETATM 1667 O HOH 439 36.371 2.956 7.585 1.00 22.07 O
HETATM 1668 O HOH 440 7.686 18.108 -0.709 1.00 31.93 O
HETATM 1669 O HOH 442 28.154 5.986 5.626 1.00 34.66 O
HETATM 1670 O HOH 443 43.765 7.991 3.710 1.00 29.75 O
HETATM 1671 O HOH 444 34.138 11.979 15.697 1.00 19.26 O
HETATM 1672 O HOH 445 16.154 2.876 6.317 1.00 24.75 O
HETATM 1673 O HOH 446 3.198 15.740 15.476 1.00 47.56 O
HETATM 1674 O HOH 447 16.359 21.320 4.320 1.00 27.58 O
HETATM 1675 O HOH 448 43.253 8.885 16.567 1.00 16.92 O
HETATM 1676 O HOH 449 35.697 6.317 18.291 1.00 34.21 O
HETATM 1677 O HOH 450 26.118 7.952 1.424 1.00 47.42 O
HETATM 1678 O HOH 451 11.782 19.566 7.278 1.00 31.23 O
HETATM 1679 O HOH 452 13.180 12.084 -5.228 1.00 27.14 O
HETATM 1680 O HOH 454 37.285 10.836 3.417 1.00 29.24 O
HETATM 1681 O HOH 456 49.054 14.720 18.870 1.00 34.45 O
HETATM 1682 O HOH 457 29.111 15.812 11.618 1.00 40.55 O
HETATM 1683 O HOH 458 31.663 19.001 19.522 1.00 17.15 O
HETATM 1684 O HOH 459 39.304 19.991 21.460 1.00 29.51 O
HETATM 1685 O HOH 460 6.990 6.202 -4.001 1.00 40.02 O
HETATM 1686 O HOH 461 8.794 6.163 15.456 1.00 31.20 O
HETATM 1687 O HOH 462 31.882 26.863 16.881 1.00 25.16 O
HETATM 1688 O HOH 463 26.477 -0.242 3.289 1.00 24.32 O
HETATM 1689 O HOH 464 -3.607 9.559 4.991 1.00 25.17 O
HETATM 1690 O HOH 465 3.250 20.726 2.705 1.00 41.31 O
HETATM 1691 O HOH 466 22.033 33.298 4.411 1.00 41.90 O
HETATM 1692 O HOH 467 46.878 8.195 18.105 1.00 39.35 O
HETATM 1693 O HOH 468 39.497 14.637 4.088 1.00 29.50 O
HETATM 1694 O HOH 469 9.001 4.669 12.208 1.00 33.99 O
HETATM 1695 O HOH 470 -0.445 6.689 3.926 1.00 27.30 O
HETATM 1696 O HOH 471 17.189 28.967 12.756 1.00 24.27 O
HETATM 1697 O HOH 472 -5.836 -10.333 16.980 1.00 45.19 O
HETATM 1698 O HOH 473 45.688 15.274 4.933 1.00 26.44 O
HETATM 1699 O HOH 474 24.616 0.817 16.978 1.00 26.14 O
HETATM 1700 O HOH 475 25.860 28.821 0.421 1.00 30.41 O
HETATM 1701 O HOH 476 18.624 3.432 13.266 1.00 19.31 O
HETATM 1702 O HOH 478 17.089 26.985 10.853 1.00 34.08 O
HETATM 1703 O HOH 479 15.210 30.506 6.340 1.00 38.53 O
HETATM 1704 O HOH 480 36.478 33.125 3.386 1.00 43.68 O
HETATM 1705 O HOH 481 9.899 3.051 8.224 1.00 36.06 O
HETATM 1706 O HOH 482 18.088 0.524 11.711 1.00 38.00 O
HETATM 1707 O HOH 483 4.856 11.207 18.945 1.00 35.35 O
HETATM 1708 O HOH 484 31.875 14.345 0.745 1.00 27.67 O
HETATM 1709 O HOH 485 42.954 25.586 19.172 1.00 34.55 O
HETATM 1710 O HOH 486 19.707 24.093 -3.819 1.00 36.45 O
HETATM 1711 O HOH 487 21.776 5.844 18.169 1.00 31.67 O
HETATM 1712 O HOH 488 26.072 21.572 10.831 1.00 26.77 O
HETATM 1713 O HOH 489 0.375 5.438 11.888 1.00 36.91 O
HETATM 1714 O HOH 490 28.879 15.319 3.965 1.00 63.69 O
HETATM 1715 O HOH 491 39.794 17.388 1.508 1.00 40.63 O
HETATM 1716 O HOH 492 40.065 0.717 19.459 1.00 39.86 O
HETATM 1717 O HOH 493 49.237 16.037 4.776 1.00 50.04 O
HETATM 1718 O HOH 494 6.602 16.058 -4.236 1.00 32.86 O
HETATM 1719 O HOH 495 14.502 4.269 -0.179 1.00 37.62 O
HETATM 1720 O HOH 496 15.468 20.981 14.363 1.00 39.44 O
HETATM 1721 O HOH 497 24.964 16.434 -3.116 1.00 23.19 O
HETATM 1722 O HOH 498 40.994 29.185 18.880 1.00 37.92 O
HETATM 1723 O HOH 499 26.306 17.999 12.975 1.00 43.45 O
HETATM 1724 O HOH 500 -1.452 -5.851 6.853 1.00 35.82 O
HETATM 1725 O HOH 501 10.897 22.806 6.598 1.00 56.17 O
HETATM 1726 O HOH 502 35.628 12.681 13.339 1.00 92.79 O
HETATM 1727 O HOH 503 56.988 18.311 10.058 1.00 60.09 O
HETATM 1728 O HOH 504 42.131 21.097 23.339 1.00 45.34 O
HETATM 1729 O HOH 505 47.093 7.981 15.216 1.00 42.30 O
HETATM 1730 O HOH 506 10.635 18.180 -1.367 1.00 28.88 O
HETATM 1731 O HOH 507 25.312 18.277 3.464 1.00 36.67 O
HETATM 1732 O HOH 508 53.997 11.193 14.846 1.00 48.50 O
HETATM 1733 O HOH 509 17.232 19.642 -6.737 1.00 39.43 O
HETATM 1734 O HOH 511 48.389 18.219 19.003 1.00 37.53 O
HETATM 1735 O HOH 512 36.441 5.846 21.503 1.00 17.36 O
HETATM 1736 O HOH 513 27.771 19.877 -5.622 1.00 28.79 O
HETATM 1737 O HOH 514 49.143 9.733 9.698 1.00 44.63 O
HETATM 1738 O HOH 515 22.020 29.095 0.023 1.00 38.04 O
HETATM 1739 O HOH 516 10.150 18.223 -5.419 1.00 45.55 O
HETATM 1740 O HOH 518 42.433 18.492 3.496 1.00 20.34 O
HETATM 1741 O HOH 519 12.974 -6.995 9.968 1.00 55.96 O
HETATM 1742 O HOH 520 41.002 30.190 16.057 1.00 46.34 O
HETATM 1743 O HOH 521 28.471 5.080 1.598 1.00 38.47 O
HETATM 1744 O HOH 522 1.319 16.118 8.887 1.00 40.75 O
HETATM 1745 O HOH 524 47.980 24.698 12.703 1.00 59.46 O
HETATM 1746 O HOH 525 2.015 17.058 12.074 1.00 47.46 O
HETATM 1747 O HOH 526 34.792 8.932 23.014 1.00 17.72 O
HETATM 1748 O HOH 527 -4.125 3.139 11.120 1.00 35.85 O
HETATM 1749 O HOH 528 14.446 21.653 8.904 1.00 29.07 O
HETATM 1750 O HOH 529 19.539 24.993 11.728 1.00 32.07 O
HETATM 1751 O HOH 530 15.285 2.359 12.400 1.00 45.20 O
HETATM 1752 O HOH 531 35.293 32.877 16.427 1.00 41.71 O
HETATM 1753 O HOH 532 31.338 11.703 22.624 1.00 30.38 O
HETATM 1754 O HOH 533 10.807 3.899 5.533 1.00 31.89 O
HETATM 1755 O HOH 534 23.897 23.200 -2.832 1.00 31.97 O
HETATM 1756 O HOH 535 4.746 5.239 -2.472 1.00 30.20 O
HETATM 1757 O HOH 536 24.434 26.832 -2.017 1.00 31.20 O
HETATM 1758 O HOH 537 43.950 0.544 13.447 1.00 41.33 O
HETATM 1759 O HOH 538 23.116 8.555 0.668 1.00 35.22 O
HETATM 1760 O HOH 539 9.978 15.068 14.401 1.00 30.79 O
HETATM 1761 O HOH 540 2.001 9.284 12.960 1.00 43.03 O
HETATM 1762 O HOH 541 3.144 3.592 12.702 1.00 57.96 O
HETATM 1763 O HOH 542 9.889 9.611 -3.909 1.00 31.84 O
HETATM 1764 O HOH 543 47.304 17.648 6.312 1.00 33.07 O
HETATM 1765 O HOH 544 4.895 -8.536 10.635 1.00 53.30 O
HETATM 1766 O HOH 546 39.433 25.709 8.086 1.00 18.28 O
HETATM 1767 O HOH 547 30.374 -4.058 14.167 1.00 15.55 O
HETATM 1768 O HOH 548 46.029 15.729 24.092 1.00 25.93 O
HETATM 1769 O HOH 549 40.466 -1.095 17.221 1.00 30.08 O
HETATM 1770 O HOH 550 24.133 0.727 19.719 1.00 26.39 O
HETATM 1771 O HOH 551 3.446 9.427 -2.135 1.00 31.76 O
HETATM 1772 O HOH 552 19.319 13.000 -2.575 1.00 41.76 O
HETATM 1773 O HOH 553 31.891 31.580 18.610 1.00 24.77 O
HETATM 1774 O HOH 554 18.491 2.334 4.660 1.00 22.10 O
HETATM 1775 O HOH 555 1.314 11.279 0.038 1.00 26.52 O
HETATM 1776 O HOH 556 28.146 13.256 10.339 1.00 21.95 O
HETATM 1777 O HOH 557 30.223 20.804 5.827 1.00 36.82 O
HETATM 1778 O HOH 558 17.905 13.328 15.220 1.00 20.71 O
HETATM 1779 O HOH 559 29.909 -0.095 18.799 1.00 21.94 O
HETATM 1780 O HOH 560 31.631 17.664 9.008 1.00 19.67 O
HETATM 1781 O HOH 562 24.042 20.954 19.484 1.00 31.11 O
HETATM 1782 O HOH 563 37.392 16.228 -0.497 1.00 26.68 O
HETATM 1783 O HOH 564 -1.946 8.648 -0.841 1.00 39.16 O
HETATM 1784 O HOH 565 47.915 9.279 22.936 1.00 35.60 O
HETATM 1785 O HOH 566 25.748 7.266 4.529 1.00 28.82 O
HETATM 1786 O HOH 567 21.116 14.888 -2.109 1.00 36.75 O
HETATM 1787 O HOH 568 23.715 20.126 5.645 1.00 40.35 O
HETATM 1788 O HOH 569 33.531 -0.771 13.511 1.00 45.31 O
HETATM 1789 O HOH 570 20.908 18.749 15.697 1.00 34.23 O
HETATM 1790 O HOH 571 39.015 32.529 4.501 1.00 54.73 O
HETATM 1791 O HOH 572 41.051 0.455 7.130 1.00 54.62 O
HETATM 1792 O HOH 573 30.698 17.740 5.106 1.00 35.84 O
HETATM 1793 O HOH 574 6.859 5.063 17.712 1.00 37.55 O
HETATM 1794 O HOH 575 39.059 8.657 3.005 1.00 59.67 O
HETATM 1795 O HOH 576 38.160 32.276 16.708 1.00 37.88 O
HETATM 1796 O HOH 577 20.383 21.318 -4.691 1.00 39.17 O
HETATM 1797 O HOH 578 41.157 6.777 17.217 1.00 35.75 O
HETATM 1798 O HOH 579 27.327 21.257 8.150 1.00 42.39 O
HETATM 1799 O HOH 580 34.592 24.586 1.886 1.00 30.17 O
HETATM 1800 O HOH 581 28.618 8.077 -0.712 1.00 54.91 O
HETATM 1801 O HOH 582 30.108 20.873 8.937 1.00 56.50 O
HETATM 1802 O HOH 583 29.146 8.970 6.121 1.00 38.73 O
HETATM 1803 O HOH 584 51.666 17.680 15.607 1.00 47.50 O
HETATM 1804 O HOH 585 14.071 22.825 6.240 1.00 47.08 O
HETATM 1805 O HOH 586 43.840 6.576 20.454 1.00 36.44 O
HETATM 1806 O HOH 587 42.165 8.711 19.272 1.00 37.83 O
HETATM 1807 O HOH 588 38.236 13.980 1.049 1.00 39.71 O
HETATM 1808 O HOH 589 45.548 22.632 16.215 1.00 37.00 O
HETATM 1809 O HOH 590 30.906 16.821 2.292 1.00 76.55 O
HETATM 1810 O HOH 591 11.602 22.880 -3.030 1.00 36.77 O
HETATM 1811 O HOH 592 12.805 8.355 -4.098 1.00 49.06 O
HETATM 1812 O HOH 593 -2.315 6.894 1.774 1.00 37.69 O
HETATM 1813 O HOH 594 23.656 18.274 20.007 1.00 26.98 O
HETATM 1814 O HOH 595 10.845 12.955 18.898 1.00 29.83 O
HETATM 1815 O HOH 596 18.262 4.377 19.245 1.00 39.17 O
HETATM 1816 O HOH 597 49.235 6.180 11.692 1.00 70.41 O
HETATM 1817 O HOH 598 14.400 -3.218 15.489 1.00 41.28 O
HETATM 1818 O HOH 599 24.049 25.032 20.146 1.00 33.82 O
HETATM 1819 O HOH 600 23.974 20.498 -3.811 1.00 44.21 O
HETATM 1820 O HOH 601 39.360 6.106 20.658 1.00 34.40 O
HETATM 1821 O HOH 602 31.294 32.672 16.263 1.00 25.66 O
HETATM 1822 O HOH 603 44.234 4.286 13.888 1.00 41.49 O
HETATM 1823 O HOH 604 21.106 8.490 19.650 1.00 66.45 O
HETATM 1824 O HOH 605 28.263 15.750 23.071 1.00 67.72 O
HETATM 1825 O HOH 606 17.345 24.004 15.476 1.00 73.54 O
HETATM 1826 O HOH 607 28.369 11.841 -4.260 1.00 38.80 O
HETATM 1827 O HOH 608 18.542 3.496 0.954 1.00 48.61 O
HETATM 1828 O HOH 609 -6.831 -8.495 19.160 1.00 46.57 O
HETATM 1829 O HOH 610 22.075 20.486 9.491 1.00 58.37 O
HETATM 1830 O HOH 611 19.748 7.055 -2.211 1.00 48.25 O
HETATM 1831 O HOH 612 44.625 20.192 21.807 1.00 80.14 O
HETATM 1832 O HOH 613 38.559 9.253 5.778 1.00 32.81 O
HETATM 1833 O HOH 614 18.465 0.369 7.409 1.00 51.65 O
HETATM 1834 O HOH 615 37.639 9.337 22.161 1.00 48.87 O
HETATM 1835 O HOH 616 16.809 1.980 9.496 1.00 72.40 O
HETATM 1836 O HOH 617 38.304 20.108 24.081 1.00 25.44 O
HETATM 1837 O HOH 618 19.482 11.517 17.092 1.00 70.05 O
HETATM 1838 O HOH 619 15.255 -5.143 10.342 1.00 36.51 O
HETATM 1839 O HOH 620 29.264 10.712 2.893 1.00 32.87 O
HETATM 1840 O HOH 621 15.822 7.785 -3.226 1.00 43.27 O
HETATM 1841 O HOH 622 23.813 11.730 -2.619 1.00 36.87 O
HETATM 1842 O HOH 623 -3.594 5.850 12.136 1.00 66.99 O
HETATM 1843 O HOH 624 18.735 22.790 5.719 1.00 40.97 O
HETATM 1844 O HOH 625 55.575 16.141 8.287 1.00 49.74 O
HETATM 1845 O HOH 626 53.255 10.141 17.681 1.00 68.52 O
HETATM 1846 O HOH 627 -1.530 -0.489 4.060 1.00 49.32 O
HETATM 1847 O HOH 628 47.166 12.933 3.227 1.00 42.68 O
HETATM 1848 O HOH 629 51.745 12.846 4.265 1.00 32.94 O
HETATM 1849 O HOH 630 8.335 13.886 -5.452 1.00 42.98 O
HETATM 1850 O HOH 631 1.415 18.892 4.450 1.00 52.27 O
HETATM 1851 O HOH 632 8.813 4.607 -6.147 1.00 61.80 O
HETATM 1852 O HOH 633 14.358 18.909 -7.627 1.00 59.54 O
HETATM 1853 O HOH 634 42.560 12.882 4.673 1.00 46.06 O
HETATM 1854 O HOH 635 13.134 -0.048 6.444 1.00 49.92 O
HETATM 1855 O HOH 636 8.623 23.116 -0.236 1.00 51.89 O
HETATM 1856 O HOH 637 19.455 18.632 6.820 1.00 29.08 O
HETATM 1857 O HOH 638 0.328 4.658 14.591 1.00 62.40 O
HETATM 1858 O HOH 639 49.562 9.193 6.008 1.00 39.48 O
HETATM 1859 O HOH 640 4.000 -2.106 -0.040 1.00 57.30 O
HETATM 1860 O HOH 641 16.678 23.799 11.363 1.00 65.19 O
HETATM 1861 O HOH 642 8.358 0.710 9.304 1.00 43.70 O
HETATM 1862 O HOH 643 41.615 2.908 17.876 1.00 52.92 O
HETATM 1863 O HOH 644 29.021 19.152 2.611 1.00 26.91 O
HETATM 1864 O HOH 645 44.197 15.580 2.167 1.00 76.22 O
HETATM 1865 O HOH 646 22.571 6.260 -1.309 1.00 50.65 O
HETATM 1866 O HOH 647 1.473 1.753 3.469 1.00 40.93 O
HETATM 1867 O HOH 648 46.959 7.034 20.908 1.00 37.66 O
HETATM 1868 O HOH 649 24.330 17.915 17.109 1.00 53.90 O
CONECT 1428 1429
CONECT 1429 1428 1430
CONECT 1430 1429 1431
CONECT 1431 1430 1432
CONECT 1432 1431 1433
CONECT 1433 1432 1434
CONECT 1434 1433 1435
CONECT 1435 1434 1436
CONECT 1436 1435 1437
CONECT 1437 1436
CONECT 1438 1439 1440 1441
CONECT 1439 1438
CONECT 1440 1438
CONECT 1441 1438
CONECT 1442 1443 1444 1445 1446
CONECT 1442 1447 1448
CONECT 1443 1442
CONECT 1444 1442
CONECT 1445 1442
CONECT 1446 1442
CONECT 1447 1442
CONECT 1448 1442
CONECT 1449 1450 1451 1452 1453
CONECT 1449 1454 1455
CONECT 1450 1449
CONECT 1451 1449
CONECT 1452 1449
CONECT 1453 1449
CONECT 1454 1449
CONECT 1455 1449
CONECT 1456 1457 1458 1459 1460
CONECT 1456 1461 1462
CONECT 1457 1456
CONECT 1458 1456
CONECT 1459 1456
CONECT 1460 1456
CONECT 1461 1456
CONECT 1462 1456
CONECT 1463 1464 1465 1466 1467
CONECT 1463 1468 1469
CONECT 1464 1463
CONECT 1465 1463
CONECT 1466 1463
CONECT 1467 1463
CONECT 1468 1463
CONECT 1469 1463
CONECT 1470 1471 1472 1473 1474
CONECT 1470 1475 1476
CONECT 1471 1470
CONECT 1472 1470
CONECT 1473 1470
CONECT 1474 1470
CONECT 1475 1470
CONECT 1476 1470
CONECT 1477 1478 1479 1480 1481
CONECT 1477 1482 1483
CONECT 1478 1477
CONECT 1479 1477
CONECT 1480 1477
CONECT 1481 1477
CONECT 1482 1477
CONECT 1483 1477
CONECT 1484 1485 1486 1487 1488
CONECT 1484 1489 1490
CONECT 1485 1484
CONECT 1486 1484
CONECT 1487 1484
CONECT 1488 1484
CONECT 1489 1484
CONECT 1490 1484
CONECT 1491 1492 1493 1494 1495
CONECT 1491 1496 1497
CONECT 1492 1491
CONECT 1493 1491
CONECT 1494 1491
CONECT 1495 1491
CONECT 1496 1491
CONECT 1497 1491
CONECT 1498 1499 1500 1501 1502
CONECT 1498 1503 1504
CONECT 1499 1498
CONECT 1500 1498
CONECT 1501 1498
CONECT 1502 1498
CONECT 1503 1498
CONECT 1504 1498
CONECT 1505 1506 1507 1508 1509
CONECT 1505 1510 1511
CONECT 1506 1505
CONECT 1507 1505
CONECT 1508 1505
CONECT 1509 1505
CONECT 1510 1505
CONECT 1511 1505
CONECT 1512 1513 1514 1515 1516
CONECT 1512 1517 1518
CONECT 1513 1512
CONECT 1514 1512
CONECT 1515 1512
CONECT 1516 1512
CONECT 1517 1512
CONECT 1518 1512
CONECT 1519 1520 1521 1522 1523
CONECT 1519 1524 1525
CONECT 1520 1519
CONECT 1521 1519
CONECT 1522 1519
CONECT 1523 1519
CONECT 1524 1519
CONECT 1525 1519
CONECT 1526 1527 1531
CONECT 1527 1526 1528
CONECT 1528 1527 1529
CONECT 1529 1528 1530 1535
CONECT 1530 1529 1531 1533
CONECT 1531 1526 1530 1532
CONECT 1532 1531
CONECT 1533 1530 1534
CONECT 1534 1533 1535
CONECT 1535 1529 1534
MASTER 249 0 15 0 0 0 0 6 1867 1 120 6
END
表7.与各种核碱基结合的腺嘌呤核糖开关RNA(AR)相关的热力学参数
#of exp. 类似物 Kd (μM) ΔH (kcal/mol) ΔS (Cal/mol·deg) 5 2，6-二氨基嘌呤* 0.017±0.006 -40.3±2.91 -97.6±4.00 2 2-氨基嘌呤 0.251±0.026 -31.8±2.64 -73.9±9.26 2 腺嘌呤 0.469±0.041 -34.5±0.05 -84.8±0.30 2 嘌呤 110±3 -25.4±0.99 -65.4±3.00 2 2-氟腺嘌呤 4.02±1.07 -37.4±3.41 -98.7±11.8 2 2，4，5，6-四氨基嘧啶 24.9±4.25 -43.2±3.50 -122±.12.0 2 2，4，6-三氨基嘧啶 18.3±1.67 -37.7±0.23 -102±0.70 1 2，4-二氨基嘧啶 n.d. 1 组胺 n.d. 1 L-组胺醇 n.d. 2 6-溴鸟嘌呤 2.7±1.16 -50.4±0.16 -141±1.90 2 6-氯鸟嘌呤 0.721±0.044 -44.3±7.2 -98.6±4.39 1 2，6-二氯嘌呤 n.d. 4 0-甲基鸟嘌呤 n.d. 1 激动素 n.d. 1 6-正己基氨基嘌呤 n.d. 2 6-苯甲基氨基嘌呤 n.d. 2 6-甲基嘌呤 25.2±1.63 -31.5±0.42 -82.9±1.25 2 O-苯甲基鸟嘌呤 n.d.
所有试验均在50mM K+HEPES，pH7.5，100mM KCl，10mM MgCl2溶液 中，在30℃条件下进行。
n.d.表示在反应中没有显示出可检测的结合。
*在298K和323K之间测量的这一反应的热容量(ΔCp)为-1.10kcal mol-1K-1。
表8.与各种核碱基结合的鸟嘌呤核糖开关RNA(GR)相关的热力学参数
#of exp 类似物 Kd (μM) ΔH (kcal/mol) ΔS (cal/mol·deg) 2 鸟嘌呤 0.004±0.003 -53.5±6.98 -137±24.8 2 次黄嘌呤 0.759±0.066 -31.3±0.01 -753±0.145 2 黄嘌呤 50.5±5.8* -34.6±10.4* -94.4±34.5* 2 7-脱氮鸟嘌呤 0.049±0.013 -42.0±3.72 -105±11.7 2 8-氮杂鸟嘌呤 0.0487±0.1 -46.9±9.87 -121±32.6 1 4，6-二羟基嘧啶 n.d 1 5，6-二氨基-2，4-二羟基嘧啶 n.d. 2 6-溴鸟嘌呤 2.12±0.56 -39.0±7.79 -103±26.2 2 6-氯鸟嘌呤 0.856±0.014 -43.6±13.1 -116±43.2 1 2，6-二氯嘌呤 n.d. 1 0-甲基鸟嘌呤 0.003 -18.7 -23.3 2 2-氨基嘌呤 4.36±1.2 -46.4±2.66 -129±8.20 1 O-苯甲基鸟嘌呤 n.d. 2 6-硫鸟嘌呤 0.0737±0.01 -40.6±14.5 -101±47.5 2 6-甲基硫鸟嘌呤 0.0418±0.003 -24.5±0.20 -46.9±0.24
所有试验均在50mM K+HEPES，100mM KCl，10mM MgCl2溶液中，在30 ℃条件下进行。
n.d.表示在反应中没有显示出可检测的结合。
*除非n保持为1，否则软件不能调整数据并报告参数。
应当理解的是，所公开的方法和组合物并不限于本文所述的具体方 法学、实验方法和试剂，也可以有所变化。还应理解的是，本文所用术 语只是出于描述特定实施方案的目的，而非意在限制本发明的范围，本 发明的范围仅仅由后附的权利要求书限定。
必须注意的是，除非上下文中另外明确指出，在本说明书和所附权 利要求书中使用的单数形式的“一”、“一种”和“该”包括复数指代对 象。因此，例如，提及“一种核糖开关”包括多个这样的核糖开关，提 及“该核糖开关”是指本领域技术人员已知的一个或多个核糖开关及其 等价物，等等。
“任选的”或“任选地”意为后面描述的事件、情况或物质可能出 现或存在，也可能不出现或不存在，这样的描述包括所述事件、情况或 物质出现或存在的情况和所述事件、情况或物质不出现或不存在的情况。 本文中范围可以表示为从“大约”一个具体的数值，和/或至“大约”另 一个具体的数值。当表示为这种范围时，除非上下文中特别指明，还特 别考虑和认为公开了从一个具体数值和/或至另一个具体数值的范围。类 似地，当通过在前面使用“大约”将数值表示为近似值时，除非上下文 中特别指明，应当理解的是，该具体的数值构成另一个被特别考虑和认 为被公开的实施方案。应当进一步理解的是，除非上下文中特别指明， 每个范围的端点在与另一个端点相关和独立于另一个端点时都是有意义 的。最后，应当理解的是，除非上下文中特别指明，在明确公开的范围 中所包括的所有个别的数值和子范围也被特别考虑和认为被公开。不论 在具体的情况下这些实施方案的全部或部分是否被明确地公开，上述的 原则都适用。
除非另有定义，否则本文中使用的技术术语和科学术语的含义都与 所公开的方法和组合物所属技术领域的技术人员通常理解的含义相同。 虽然在实施或检测本发明方法和组合物时可以使用与本文所述相似或等 同的任何方法和材料，但是具体可用的方法、装置和材料仍然如本文所 述。本文引用的出版物和所引用的资料在此特别地以援引的方式纳入本 文。但是本文不应被理解为承认本发明不能在先前的发明之前做出。并 未承认任何参考文献构成了现有技术。参考文献的讨论说明了它们的作 者的论断，但是本申请人保留怀疑所引用文献的正确性和相关性的权利。 可以清楚地理解，虽然本文中提及了许多出版物，但是并未承认这些参 考文献构成本领域的公知常识的任意部分。
在本申请的说明书部分和权利要求部分的通篇中，词语“包括”及 其同义词“包含”和“含有”的含义为“包括但不限于”，并不意在排除 其它的添加物、组分、整数或步骤。
本领域技术人员利用常规试验范围内的手段就可以认知或确认本文 所述方法和组合物的具体实施方案的许多等价物。下述的权利要求书意 在涵盖这些等价物。
相关申请的交叉引用
本申请要求以2004年11月8日提交的美国临时申请No.60/625,864 作为优先权基础。2004年11月8日提交的美国临时申请No.60/625,864 的全部内容以援引的方式纳入本文。
关于联邦政府赞助的研究的声明
本发明是在国家健康中心的NIH GM068819-2号基金和美国国防部高 级研究计划局的DARPA W911NF-04-1-0416号基金的政府支持下做出的， 美国政府在本发明中享有一定的权利。
某些天然mRNA可作为代谢物敏感性基因开关，其中RNA直接结合小的 有机分子。这种结合过程改变了mRNA的构象，这可通过多种不同的机制而 导致基因表达的改变。(通过使用各种核酸工程策略产生的)这些天然“核 糖开关”的被修饰形式可被用于设计被特异性效应物化合物(在本文中被 称为触发分子)控制的基因开关。天然的开关是抗体和其它小分子治疗剂 的靶标。此外，核糖开关的结构可使得天然开关的实际片段被用于构建新 的非免疫原性基因控制元件，例如，适体(分子识别)结构域可与其它的 非天然适体相交换(或以其他方式修饰)，这样新的识别结构域可导致由 使用者定义的效应物化合物引起的基因调节。改变的开关成为治疗方法 的一部分--开启或关闭或调节蛋白质合成。新构建的基因调节网络可 以应用于一些领域，例如活体生物传感器、生物的代谢工程以及基因疗 法的高级形式。
信使RNA通常被认为是遗传信息的被动载体，它可在翻译过程中被蛋 白调节因子或小分子RNA调节因子和核糖体所调节。已发现某些mRNA带有 天然适体结构域，并且特异性代谢物与这些RNA结构域的结合可导致基因 表达的调节。天然核糖开关具有天然RNA通常不具有的两种特殊的功能。 其一，mRNA元件可变为不同的结构状态，其中一种结构可作为其靶标代谢 物的精确的结合袋。其二，由代谢物诱导的在结构状态之间的变构互变可 导致通过几种不同机制之一的基因表达水平的改变。核糖开关通常可被划 分为两个独立的结构域：一个选择性地结合靶标(适体结构域)，另一个影 响基因控制(表达平台)。这两个结构域之间的动态相互作用导致对基因表 达的依赖于代谢物的变构控制。
已识别了不同类别的核糖开关，这些不同类别的核糖开关表现出选择 性地识别激活化合物(在本文中被称为触发分子)。例如，辅酶B12、甘氨 酸、硫胺素焦磷酸(TPP)和黄素单核苷酸(FMN)激活存在于基因中的核糖开 关，所述基因编码这些化合物的代谢或转运途径中关键的酶。每一类核糖 开关的适体结构域与高度保守的共有序列和结构相一致。因此，可使用序 列同源性检索来识别相关的核糖开关结构域。已在细菌、太古生物和真核 生物等多种生物中发现了核糖开关结构域。
发现了一类可识别鸟嘌呤而不识别其他大部分嘌呤类似物的核糖开 关。带有鸟嘌呤核糖开关的共有序列和结构特征的代表性RNA位于原核生 物的多种基因的5’非翻译区(UTR)，它们控制参与嘌呤补救和生物合成的 蛋白质的表达。在这一系统发生学集合中有三种代表物结合腺嘌呤的表观 解离常数值(表观KD)比结合鸟嘌呤的大几个数量级。这种对腺嘌呤的优 先结合是由于在核糖开关的核心有一个核苷酸的替换，其中每种代表物最 可能是通过形成Watson/Crick碱基对来识别其相应的配体。此外，与枯草 芽孢杆菌的ydhL基因相关的腺嘌呤特异性核糖开关起“开”基因开关的作 用，其中腺嘌呤的结合导致结构性重排，这种重排会防止内部转录终止子 茎结构的形成。鸟嘌呤感受性核糖开关是这样一类RNA基因控制元件，它 们对鸟嘌呤浓度的改变做出应答而调节基因表达。
推测大肠杆菌(Escherichia coli)btuB mRNA的5’非翻译序列在代 谢监控和基因控制方面有积极的作用。该mRNA通过选择性结合辅酶B12， 不需要蛋白质就能起到代谢物敏感性基因开关的作用。该结合事件形成一 种不同的RNA结构，这种RNA结构似乎可抑制核糖体结合和并由此降低钴 胺素转运蛋白BtuB的合成。这一发现结合本文所述的观察结果支持了以下 假设：通过RNA-代谢物相互作用进行的代谢物监控是基因控制中的一种广 泛的机制。
RNA结构探查数据表明硫胺素焦磷酸(TPP)核糖开关是作为其靶标化合 物的变构感受器，其中通过适体结构域与TPP的结合稳定了适体内和相邻 的表达平台内的构象状态，由此阻止了翻译。表达平台的多样性似乎相当 广泛。thiM RNA使用Shine-Dalgarno(SD)-阻断机制来控制翻译。与之不 同，thiC RNA在转录水平和翻译水平上均控制基因表达，因此可能使用了 更复杂一些的表达平台，该表达平台将TPP结合事件转化为转录终止事件 和对完整mRNA的翻译的抑制。
还已知多种其它的核糖开关，它们可一起使用或作为嵌合核糖开关的 一部分与甘氨酸感受性核糖开关及其元件一起使用。这类核糖开关的实例 以及它们的使用描述于美国专利申请公布No.2005-0053951中，该文献的 全部内容特别是其中关于具体核糖开关的结构和操作的描述以援引的方式 纳入本文。
A.核糖开关RNA的一般性结构
细菌核糖开关RNA是主要位于特定mRNA主编码区域的5’非翻译区 (5’-UTR)的基因控制元件。结构性探查研究(下文将详述)发现核糖开 关元件通常包括两个结构域：作为配体结合结构域的天然适体(T.Hermann， D.J.Patel，Science 2000，287，820；L.Gold，et al.，Annua1 Review of Biochemistry 1995，64，763)和与参与基因表达的RNA元件相接的“表 达平台”(例如Shine-Dalgarno(SD)元件；转录终止茎)。上述结论是基于 下述观察结果：体外合成的适体结构域在不存在表达平台的条件下与合适 的配体相结合(见美国专利申请公布No.2005-0053951的实施例2、3和6)。 此外，结构性探查研究表明，在独立检测的时候大多数核糖开关的适体结 构域采用一种特定的二级和三级结构折叠，这基本上与存在完整的5’前导 RNA时检测到的适体结构相同。这表明在许多情况下，适体结构域作为与 表达平台互相独立折叠的一个模块单元(见美国专利申请公布 No.2005-0053951的实施例2、3和6)。
适体结构域的配体结合状态或未结合状态最终通过表达平台来解释， 表达平台可以对基因表达产生影响。核糖开关作为一个模块元件的观点被 以下事实进一步支持：适体结构域在各种生物之间是高度保守的(例如TPP 核糖开关甚至在不同生物界之间都是保守的)(N.Sudarsan，et al.，RNA 2003，9，644)，而表达平台在序列、结构和控制附带可译框架的表达的机 制方面都有所变化。例如，配体结合到枯草芽孢杆菌tenA mRNA的TPP核 糖开关上可导致转录终止(A.S.Mironov，et al.，cell 2002，111，747)。 这种表达平台与大肠杆菌thiM mRNA的TPP核糖开关的表达平台在序列和 结构上均不同，大肠杆菌thiM mRNA的TPP核糖开关与TPP结合时会通过 SD阻断机制导致对翻译的抑制(见美国专利申请公布No.2005-0053951的 实施例2)。这两种转录单位的TPP适体结构域很容易被识别，并且具有几 乎相同的功能特征，但是基因控制机制和实现该机制的表达平台则相当不 同。
核糖开关RNA的适体结构域通常长度为～70至170个核苷酸(美国专 利申请公布No.2005-0053951的附图11)。这一结果有些出人意料，因为 体外进化试验识别了多种结合小分子的适体，它们的长度相当短，并且结 构也不复杂(T.Hermann，D.J.Patel，Science 2000，287，820；L.Gold， et al.，Annual Review of Biochemistry 1995，64，763；M.Famulok， Current Opinion in Structural Biology 1999，9，324)。虽然天然适体 序列相对于人工适体在复杂性和信息含量上的显著增加的原因还需要进一 步的研究，但是相信这种复杂性是形成具有高亲和力和高选择性功能的RNA 报告物所需要的。配体-核糖开关复合物的表观KD值从几纳摩尔至几微摩 尔不等。还值得注意的是，当一些适体结构域与附带的表达平台相分离时， 表现出比完整核糖开关更高的(～10至100倍)对靶配体的亲和力(见美 国专利申请公布No.2005-0053951的实施例2)。可以推测，由完整的核糖 开关RNA对多种不同的RNA构象进行采样时需要消耗能量，这一点通过配 体亲和力的损失而反映出来。由于适体结构域必须作为分子开关，这可能 提高了天然适体的功能性要求，这一点可能也有助于解释它们为什么有更 复杂的结构。
B.细菌中的转录终止的核糖开关调节
细菌主要使用两种方法来终止转录。某些基因含有依赖于Rho蛋白的 终止信号(J.P.Richardson，Biochimica et Biophysica Acta 2002，1577， 251)。而另一些基因使用不依赖于Rho的终止子(内在终止子)来破坏转 录延伸复合物(I.Gusarov，E.Nudler，Molecular cell 1999，3，495；E. Nudler，M.E.Gottesman，Genes to cells 2002，7，755)。后者的RNA 元件包括富含GC的茎环结构以及与之相连的6-9个尿苷酸残基。内在终止 子在细菌基因组中广泛存在(F.Lillo，et al.，2002，18，971)，通常位 于基因或操纵子的3’端。值得注意的是，已观察到有许多内在终止子位于 5’UTR的实例。
在细菌使用的多种基因调节策略中，RNA聚合酶对5’UTR中的终止信 号以调节方式应答的这类实例越来越多(T.M.Henkin，Current Opinion in Microbiology 2000，3，149)。在某种条件下，RNA聚合酶复合物在外 部信号的驱使下对终止信号做出应答或不做应答。虽然转录的启动可能不 需要调节，但是对mRNA合成(和基因表达)的控制最终要由内在终止子来 指导。据推测，至少两种互不相容的mRNA构象中的一种会导致引发转录终 止的RNA结构的形成或破坏。通常需要一种反式作用因子来接收细胞内的 特定信号并随后稳定RNA的构象之一，在有些情况下反式作用因子为RNA(F. J.Grundy，et al.Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 2002，99，11121；T.M.Henkin，C. Yanofsky，Bioessays 2002，24，700)，在另一些情况下为蛋白质(J. Stulke，Archives of Microbiology 2002，177，433)。核糖开关在RNA 结构调节以及被基因控制系统解析的代谢物信号之间提供了一种直接的联 系。下面对来自枯草芽孢杆菌的mRNA的FMN核糖开关进行简单的描述以 阐明这种机制。
由对鸟嘌呤具有高亲和力和高选择性的核糖开关控制xpt-pbuX操纵 子(Christiansen，L.C.，et al.，1997，J.Bacteriol.179，2540-2550)。 这类核糖开关存在于枯草芽孢杆菌中的五种转录单位(包括12-基因pur 操纵子)的5’非翻译区(5’-UTR)中。mRNA与鸟嘌呤的直接结合是某些细 菌的嘌呤代谢作用中维持代谢平衡的一个关键性决定因素。此外，所发现 的这几类对七种不同靶分子应答的核糖开关，至少控制着在枯草芽孢杆菌 的中心代谢途径中十分重要的68个基因。
还公开了已在枯草芽孢杆菌中识别出的鸟嘌呤核糖开关。已经阐明了 与次黄嘌呤相结合的来自枯草芽孢杆菌xpt-pbuX操纵子的鸟嘌呤核糖开 关嘌呤结合结构域在1.95_分辨率的晶体结构，其中次黄嘌呤是细菌嘌呤 补救途径中普遍的代谢物。这一结构显示，几个系统发生上保守的核苷酸 参与了复杂的RNA折叠而形成一个结合袋，该结合袋几乎完全包裹了配体。 次黄嘌呤起到稳定这一结构和促进下游转录终止元件形成的作用，由此提 供了对细胞内代谢物浓度升高做出应答而直接抑制基因表达的机制。
某些参与硫胺素生物合成的mRNA不需要蛋白质因子参与就可以结合 硫胺素(维生素B1)或其生物活性的焦磷酸衍生物(TPP)。mRNA-效应物复 合物采用可隔离核糖体结合位点的不同结构，导致基因表达的减少。这种 代谢物感受性mRNA系统提供了基因“核糖开关”(在本文中被称为核糖开 关)的实例，它在进化上的起源可能在蛋白质之前。已经发现大肠杆菌btuB 基因的mRNA前导序列可以选择性地结合辅酶B12，而且这种结合事件导致 对基因控制十分重要的RNA的结构改变(见美国专利申请公布 No.2005-0053951的实施例1)。还发现编码硫胺素生物合成蛋白质的mRNA 也使用了核糖开关机制(见美国专利申请公布No.2005-0053951的实施例 2)。
在细菌中发现了一类被甘氨酸选择性触发的核糖开关。来自枯草芽孢 杆菌的这类甘氨酸感受性RNA的一个代表物对于gcvT操纵子具有罕见的打 开基因的开关作用，gcvT操纵子编码甘氨酸切割系统中的蛋白质。大多数 甘氨酸核糖开关整合了两个配体结合结构域，它们共同作用以便更接近于 双状态的基因开关。进化出这种高级形式的核糖开关可能是为了保证过量 的甘氨酸被有效利用，从而为三羧酸循环提供碳源并保持足够量的氨基酸 用于蛋白质合成。因此，核糖开关执行了重要的调节功能并具有复杂的表 现特征，这些性质以前都只能在蛋白质因子中观察到。
虽然本文公开的特异性天然核糖开关是首次公开的mRNA元件通过结 合代谢物控制基因表达的实例，但是应该料到这一基因控制策略在生物界 中是广泛存在的。已经证明TPP、辅酶B12和FMN在RNA世界中是作为生物 辅助因子出现的(White III，Coenzymes as fossils of an earlier metabolic state.J.MoL Evol.7，101-104(1976)；White III，In：The Pyridine nucleutide Coenzymes.Acad.Press，NY pp.1-17(1982)； Benner et al.，Modern metabolism as a palimpsest of the RNA world. Proc.Natl.Acad.Sci USA 86，7054-7058(1989))(Joyce，The antiquity of RNA-based evolution.Nature 418，214-221(2002))。如果这些代谢 物的生物合成和使用是在蛋白质出现之前，那么某些核糖开关可能是最古 老的基因控制形式的现代实例。基因组序列数据库的检索显示，对应于TPP 适体的序列广泛存在于细菌、太古生物和原核生物的生物中，而且不同物 种间的相应序列并没有太大的变化。虽然随着进化过程似乎出现了新的结 合代谢物的mRNA，但是已知的核糖开关很可能是RNA世界中的分子化石。
应当理解的是，除非特别指明，所公开的方法和组合物并不限于具体 的合成方法、具体的分析技术或特定的试剂，同样可以有所改变。还应理解 的是，本文中使用的术语学仅是出于描述具体实施方案的目的，而并不意 在限制。
物质
公开了可用于所公开方法和组合物的、可与所公开方法和组合物一起 使用的、可用于制备所公开组合物的和作为所公开方法和组合物的产品的 物质、组合物和组分。在本文中公开了这些物质和其他物质，应当理解的 是，在公开这些物质的组合、子集、相互作用和群组等的时候，尽管关于 这些化合物的每种不同的个体和集体的组合和排列可能并未明确地公开， 但每种都在此被特别地考虑和描述。例如，如果公开和讨论了一种具体的 核糖开关或适体结构域，并且讨论了可以制备许多包括核糖开关或适体结 构域在内的分子的许多修饰物，则除非另外特别指明，可能的核糖开关或 适体结构域以及修饰物的每种和各种组合和排列均得到特别地考虑。因此， 如果公开了一类分子A、B和C，并且还公开了一类分子D、E和F以及组 合分子A-D的实例，则即使没有每个逐一列举，每个也单独和共同得到考 虑。因此，在这个实例中，A-E，A-F，B-D，B-E，B-F，C-D，C-E以及C-F的每 个组合也被特别地予以考虑，并且认为上述每一个组合也因为A、B和C； D、E和F；以及组合分子A-D的公开而被公开。同样，这些分子的任何子 集或组合也被特别地予以考虑和公开。因此，例如，A-E，B-F和C-E的子 群也因为A、B和C；D、E和F；以及组合分子A-D的公开而被公开。将这 一概念适用于本申请的所有方面，包括但不限于制备和应用公开组合物的 方法中的步骤。因此，如果有多个其他步骤可以实施，应当理解的是，所 述其他步骤的每一步都可以以所公开方法的任何具体实施方案或实施方案 的组合来实施，并且每种这样的组合都被特别地予以考虑和公开。
A.核糖开关
核糖开关为表达控制元件，它是待表达的RNA分子的一部分，并且在 与触发分子结合时改变状态。核糖开关通常可被划分为两个独立的结构域： 一个选择性地结合靶标(适体结构域)，另一个影响基因控制(表达平台结 构域)。这两个结构域之间的动力学相互作用导致了对基因表达的依赖代谢 物的变构控制。公开了分离的和重组的核糖开关；含有这类核糖开关的重 组构建体；与这类核糖开关可操作地连接的异源序列；以及含有这类核糖 开关、核糖开关重组构建体和与异源序列可操作地连接的核糖开关的细胞 和转基因生物。异源序列可以是：例如编码目的蛋白或肽包括报告蛋白或 肽的序列。优选的核糖开关为天然存在的核糖开关或由天然存在的核糖开 关产生。
所公开的核糖开关，包括它们的衍生物和重组形式，通常可以来自任 何来源，包括天然存在的核糖开关和从头设计的核糖开关。任何这类的核 糖开关都可被用于公开的方法或与公开的方法一起使用。然而，可能识别 出不同类型的核糖开关，某些这样的亚类可能适用于特定的方法或与特定 的方法一起使用(通常如本文中其他部分所述)。核糖开关的类型包括例如： 天然存在的核糖开关、天然存在的核糖开关的衍生物和经修饰的形式、嵌 合核糖开关和重组核糖开关。天然存在的核糖开关是这样一种核糖开关， 它具有自然界中存在的核糖开关的序列。这类天然存在的核糖开关可以是 自然界中存在的天然存在的核糖开关的分离形式或重组形式。也就是说， 该核糖开关还具有相同的一级结构，但是已在新的基因背景或核酸背景中 被分离或被基因工程改造。嵌合核糖开关可由例如下列的部分构成：任意 或特定类别或类型的核糖开关的一部分和相同或任意不同类别或类型的核 糖开关中的不同核糖开关的一部分；任意或特定类别或类型的核糖开关的 一部分和非核糖开关序列或元件。重组核糖开关是在新的基因背景或核酸 背景中被分离或被基因工程改造的核糖开关。
核糖开关可有一个或多个适体结构域。具有多个适体结构域的核糖开 关中的各适体结构域可以表现出对触发分子的协同结合，或可以不表现出 对触发分子的协同结合(也就是说适体不必要表现出协同结合)。在后一种 情况中，适体结构域可被称为独立结合物。含有多个适体的核糖开关可含 有一个或多个表达平台结构域。例如，含有两个协同结合其触发分子的适 体结构域的核糖开关可以与被两个适体结构域调节的一个表达平台结构域 相连接。含有多个适体的核糖开关可含有一个或多个以接头相连的适体。 当适体对触发分子表现出协同结合时，接头可为协同式接头。
对于进行协同结合分析的适体结构域而言，如果适体结构域的数目(或 者适体结构域上的结合位点的数目)为x，而它们的希尔系数n在x和x-1 之间，那么就称这些适体结构域有协同结合。因此，例如，具有两个适体 结构域的核糖开关(例如甘氨酸应答性核糖开关)如果其希尔系数在2和 1之间，则称它具有协同结合。应当理解的是，所用的x值对应的是参与 协同结合分析的适体结构域的数目，而不一定是核糖开关中存在的适体结 构域的数目。这一点是有一定意义的，因为一个核糖开关可能含有多个适 体结构域，但只有其中几个具有协同结合性质。
不同类别的核糖开关指的是(预计、测得或二者结合的)具有相同或 相似的触发分子的核糖开关或具有相同或相似的总体结构的核糖开关。同 一类别的核糖开关通常但不必需具有相同或相似的触发分子以及相同或相 似的总体结构。核糖开关的类别包括：甘氨酸应答性核糖开关、鸟嘌呤应 答性核糖开关、腺嘌呤应答性核糖开关、赖氨酸应答性核糖开关、硫胺素 焦磷酸应答性核糖开关，腺苷钴胺素应答性核糖开关、黄素单核苷酸应答 性核糖开关和S-腺苷蛋氨酸应答性核糖开关。
还公开了含有异源的适体结构域和表达平台结构域的嵌合核糖开 关。也就是说，嵌合核糖开关有来自一种来源的适体结构域和来自另一 种来源的表达平台结构域。异源来源可来自例如不同特异性的核糖开关、 不同类型的核糖开关或不同类别的核糖开关。异源适体也可来自非核糖 开关适体。异源表达平台结构域也可来自非核糖开关来源。
核糖开关可以由其他已知的、开发出的或天然存在的核糖开关经修饰 而得到。例如，开关结构域部分可进行如下修饰：改变一个或多个核苷酸， 但是还保持该核糖开关已知或预计的二级结构、三级结构或二级和三级结 构。例如，一个碱基对中的两个核苷酸可被变为仍可配对的核苷酸。使得 碱基仍保持配对的改变在本文中被称为碱基对保守性改变。
可以使用体外的筛选和进化技术产生经修饰的或衍生的核糖开关。通 常，应用于核糖开关的体外进化技术包括产生一系列的变异体核糖开关， 其中所述核糖开关序列的一个或多个部分有所改变而核糖开关的其他部分 保持不变。然后可评估这一系列变异体核糖开关的激活、失活或阻断(或 其他的功能性或结构性标准)，符合所用标准的那些变异体核糖开关就被选 择出来备用或用于下一轮进化。可用于产生变异体的基础核糖开关是本文 公开的那些特异性和一致性的核糖开关。可使用一致性核糖开关来获知核 糖开关的哪些部分在体外筛选和进化中有所变化。
还公开了调节作用发生改变的经修饰的核糖开关。可以通过将一个适 体结构域和核糖开关的表达平台结构域可操作地连接(这就是嵌合核糖开 关)，来改变该核糖开关的调节作用。适体结构域可以通过例如适体结构域 的触发分子的作用来介导核糖开关的调节作用。可用任何合适的方式来将 适体结构域和核糖开关的表达平台结构域可操作地连接，所述方式包括， 例如用新的适体结构域代替核糖开关的正常的或天然的适体结构域。通常， 可以激活、失活或阻断适体结构域所来源的核糖开关的任何化合物或条件 都可以用来激活、失活或阻断嵌合核糖开关。
还公开了灭活的核糖开关。核糖开关可通过共价改变核糖开关的方式 来灭活(通过例如使核糖开关的某部分交联或将化合物偶联至核糖开关)。 可通过以下方法导致核糖开关的这种方式的灭活：例如，阻止触发分子与 核糖开关结合的改变，阻止核糖开关与触发分子结合后状态改变的改变， 或在核糖开关与触发分子结合后阻止其表达平台结构域影响表达的改变。
还公开了生物传感器核糖开关。生物传感器核糖开关是经过基因工程 改造的核糖开关，它们在存在它们的同种触发分子时产生可检出的信号。 可用的生物传感器核糖开关可以在触发分子达到或超过阈值水平时被触 发。生物传感器核糖开关可被设计为体内应用或体外应用。例如，报告RNA 编码作为信号的蛋白质或参与产生信号的蛋白质，与该报告RNA可操作地 连接的生物传感器核糖开关可在体内被用于通过基因工程改造细胞或生 物，使其含有编码核糖开关/报告RNA的核酸构建体。用于体外的生物传感 器核糖开关的一个实例是包括构象依赖性标签的核糖开关，由该标签产生 的信号随核糖开关的激活状态而变化。优选地，这种生物传感器核糖开关 使用天然存在的核糖开关的适体结构域或由天然存在的核糖开关衍生的适 体结构域。生物传感器核糖开关可用于各种环境和平台中。例如，生物传 感器核糖开关与例如平板、芯片、条带和孔的固体载体一起使用。
还公开了识别新的触发分子的经修饰的或衍生的核糖开关。识别新的 触发分子的新核糖开关和/或新适体可以从已知核糖开关中选择、从已知核 糖开关开始设计或来源于已知核糖开关。这可通过下述步骤实现：例如， 产生核糖开关中的一系列适体变异体；在存在目的化合物的条件下评估变 异体核糖开关的激活；筛选被激活的变异体核糖开关(或者例如筛选激活 度最高或激活选择性最强的核糖开关)和重复上述步骤，直至得到具有所 需活性、特异性、活性和特异性的结合或其他性质的结合的变异体核糖开 关。
特别有用的的适体结构域可形成本文中称为P1茎结构(或简称P1) 的茎结构。美国专利申请公布No.2005-0053951的附图11中显示了多种 核糖开关的P1茎结构。P1茎结构中的杂交链被称为适体链(也被称为P1a 链)和控制链(也被称为P1b链)。控制链可以与适体链和所连接的表达平 台的序列形成一种茎结构，所连接的表达平台被称为调节链(也被称为P1c 链)。因此，控制链(P1b)可以与适体链(P1a)和调节链(P1c)形成可 互变的茎结构。核糖开关的激活和失活会导致一种茎结构转变为另一种(由 P1a/P1b变为P1b/P1c或与此相反)。P1b/P1c茎结构的形成影响含有核糖 开关的RNA分子的表达。通过这种机制起作用的核糖开关在本文中被称为 互变茎结构核糖开关(或称为互变茎核糖开关)。一些具有两个适体的甘氨 酸应答性核糖开关使用第二适体中的P1茎来利用上述机制。
通常，通过设计或调整表达平台结构域中的调节链，使其与适体结构 域中的控制链互补，可以使任何适体结构域适用于任何表达平台结构域。 或者，可以调整适体结构域中的适体和控制链的序列，使得控制链与表达 平台中有功能意义的序列互补。例如，可调整控制链使其与RNA中的 Shine-Dalgarno序列互补，以使得在控制链和SD序列之间形成茎结构后 核糖体难以接近SD序列，由此减弱或阻止翻译的启动。注意适体链在序列 上也应有相应的改变，以使得可以在适体结构域中形成P1茎。对于含有表 现出协同结合的多个适体的核糖开关的情况，需要设计激活的适体(与表 达平台结构域相互作用的适体)中的一个P1茎，使其与SD序列形成茎结 构。
作为另一个实例，可以在RNA分子上加上一个转录终止子(最方便的 是在RNA的非翻译区加入)，使得转录终止子序列的部分与适体结构域的控 制链互补(该序列可为调节链)。这可使得适体结构域的控制序列与适体链 和调节链形成可互变的茎结构，由此可在核糖开关激活或失活后形成或破 坏转录终止子。通过对互变茎结构的类似设计方法可以将任意其它表达元 件置于核糖开关的控制之下。
对于由核糖开关控制的转录终止子而言，转录的速度以及核糖开关和 表达平台元件的间隔对于合适的控制会十分重要。转录速度可通过下述方 式调整：例如包含聚合酶停止元件(例如一系列尿嘧啶残基)以停止转录 并使得核糖开关形成和感受触发分子。例如对于FMN核糖开关而言，如果 FMN结合到它的适体结构域上，则抗终止子序列就被隔离而不可能形成抗 终止子结构(美国专利申请公布No.2005-0053951的附图12)。然而，如 果没有FMN，一旦由聚合酶形成抗终止子的核苷酸，就能形成抗终止子。 然后RNAP会脱离停止位点，并仅到达另一个U延伸区而再次停止。这样仅 仅当抗终止子不再阻碍终止子核苷酸时才形成转录终止子。
公开了可调节的基因表达构建体，包括编码RNA的核酸分子，所述RNA 包括与编码区可操作地连接的核糖开关，其中所述核糖开关调节RNA的表 达，其中所述核糖开关和编码区域为异源的。核糖开关可包括适体结构域 和表达平台结构域，其中所述适体结构域和表达平台结构域为异源的。核 糖开关可包括一个适体结构域和一个表达平台结构域，其中所述适体结构 域包括P1茎，其中所述P1茎包括适体链和控制链，其中所述表达平台结 构域包括调节链，其中所述调节链、所述控制链或此二者均被设计为能形 成茎结构。核糖开关可包括两个或两个以上的适体结构域和一个表达平台 结构域，其中至少一个适体结构域和所述表达平台结构域为异源的。核糖 开关可包括两个或两个以上的适体结构域和一个表达平台结构域，其中至 少一个适体结构域包括P1茎，其中所述P1茎包括适体链和控制链，其中 所述表达平台结构域包括调节链，其中所述调节链、所述控制链或此二者 均被设计为能形成茎结构。
公开了核糖开关，其中所述核糖开关为天然存在的核糖开关的非天然 衍生物。核糖开关可包括一个适体结构域和一个表达平台结构域，其中所 述适体结构域和表达平台结构域为异源的。核糖开关可来源于天然存在的 鸟嘌呤应答性核糖开关、腺嘌呤应答性核糖开关、赖氨酸应答性核糖开关、 硫胺素焦磷酸应答性核糖开关、腺苷钴胺素应答性核糖开关、黄素单核苷 酸应答性核糖开关、甘氨酸应答性核糖开关或S腺苷蛋氨酸应答性核糖开 关。核糖开关可被触发分子激活，其中所述核糖开关在被触发分子激活时 产生传号。
表5公开了各种鸟嘌呤核糖开关的实例。表5中的序列比对为 Stockholm格式，它是由INFERNAL软件包的cmalign程序输出的。表5中 的最后两项反映了由计算机算法所计算出的基序的共有序列和结构，所述 计算机算法是Eddy，S.R.(2003)所述的INFERNAL 0.55版本，由算法的 作者华盛顿大学医学院遗传系(Dept.of Genetics，Washington University School of Medicine.St.Louis，Missouri)赠送。美国专 利申请公布No.2005-0053951的附图41描述了共有核糖开关序列、天然 核糖开关序列和核糖开关序列比对。与腺嘌呤核糖开关RNA结合的各种核 碱基的热力学参数示于表7。与鸟嘌呤核糖开关RNA结合的各种核碱基的 热力学参数示于表8。
在本文中描述和提到了多种核糖开关和核糖开关构建体。特别考虑了 可能被本发明公开内容的一些方面排除的任何特异性核糖开关或核糖开关 构建体，或核糖开关或核糖开关构建体的群组。例如，xpt-pbuX核糖开关 与报告基因的融合体可能被与报告基因融合的核糖开关的系列所排除。作 为另一个实例，表5中所列的核糖开关的任意组合可能被公开的方法和组 合物的任意方面特别地包括或特别地排除。
1.适体结构域
适体为可选择性结合特定化合物和化合物类别的核酸区段和结构。核 糖开关具有适体结构域，该适体结构域在与触发分子结合后导致核糖开关 状态或结构的改变。在功能性核糖开关中，当触发分子结合至适体结构域 时，与适体结构域相连的表达平台结构域的状态或结构发生改变。核糖开 关的适体结构域可有任何来源衍生，所述来源包括例如：核糖开关的天然 适体结构域，人工适体，基因工程改造的、选择的、进化的或衍生的适体 或适体结构域。核糖开关中的适体通常具有至少一个可以所连接的表达平 台结构域的部分相互作用的部分，所述相互作用是通过例如形成茎结构。 这种茎结构可能在结合触发分子后形成或被破坏。
美国专利申请公布No.2005-0053951的附图11和本文其他部分中描 述了多种天然核糖开关的共有适体结构域。这些适体结构域(包括由此包 含的所有直接变异体)可被用于核糖开关中。共有序列和结构表明了序列 和结构中的可变形式。这些可变形式中包括的适体结构域在本文中被称为 直接变异体。可以修饰这些适体结构域以产生经修饰的或变异的适体结构 域。保守性修饰包括碱基对核苷酸中的任何修饰，只要每一对中的核苷酸 仍然互补即可。中度修饰包括对茎或环长度(对于已给出茎或环的长度或 长度范围)所作的小于或等于所给出长度范围的20％的改变。当共有结构 显示了特定长度的茎或环时或者当列出或说明了长度范围时，就认为“给 出了”环和茎的长度。中度修饰包括对茎或环长度(对于已给出茎或环的 长度或长度范围)所作的小于或等于所给出长度范围的40％的改变。中度 修饰还包括适体结构域的未指明部分的功能性变异体。在美国专利申请公 布No.2005-0053951的附图11中用实线标出了适体结构域的未指明部分。
在和表达平台和RNA分子一起使用的改变的适体结构域中，P1茎和它 的组成链可被修饰。这类修饰广泛存在，在本文中被称为P1修饰。P1修 饰包括对适体结构域的P1茎的序列和/或长度所作的改变。
美国专利申请公布No.2005-0053951的附图11中显示的适体结构域 (包括任意的直接变异体)，在通过体外筛选或体外进化技术生产衍生适体 结构域时可以特别有用地作为初始序列。
所公开的核糖开关的适体结构域也可用于其他目的，以及在任何其他 背景中用作适体。例如，当结构的改变可影响RNA的功能时，可使用适体 来控制核酶、其他分子开关和任意RNA分子。
2.表达平台结构域
表达平台结构域是核糖开关的一部分，它可以影响含有该核糖开关的 RNA分子的表达。表达平台结构域通常具有至少一个可以所连接的适体结 构域的部分相互作用的部分，所述相互作用是通过例如形成茎结构。这种 茎结构可能在结合触发分子后形成或被破坏。茎结构通常为表达调节性结 构或者阻止表达调节性结构的形成。表达调节性结构为这样一种结构，它 可以允许、阻止、增强或抑制含有该结构的RNA分子的表达。实例包括 Shine-Dalgarno序列、启动密码子、转录终止子和稳定性信号和加工信号。
B.触发分子
触发分子是可以激活核糖开关的分子和化合物。这包括核糖开关的天 然的或正常的触发分子和可以激活核糖开关的其他化合物。天然或正常的 触发分子是对于给定的天然核糖开关的触发分子，或者对于一些非天然核 糖开关而言，天然或正常的触发分子是指该核糖开关在设计时或筛选时所 针对的触发分子(设计和筛选例如体外筛选或体外进化技术)。
C.化合物
还公开了能够激活、失活或阻断核糖开关的化合物以及包括这类化合 物的组合物。核糖开关通过结合或移去触发分子而发挥控制基因表达的功 能。化合物可被用于激活、失活或阻断核糖开关。核糖开关的触发分子(以 及其它激活性化合物)可被用于激活核糖开关。通常可使用触发分子以外 的化合物来失活或阻断核糖开关。核糖开关也可以通过例如从核糖开关所 在处移去触发分子而被失活。核糖开关可通过例如结合不激活核糖开关的 触发分子的类似物而被阻断。
还公开了用于改变RNA分子表达或改变编码RNA分子的基因表达的 化合物，其中所述RNA分子包括核糖开关。这可通过使化合物与RNA分 子相接触而实现。核糖开关通过结合或移除触发分子而实现控制基因表 达的功能。因此，将包括核糖开关的目的RNA分子置于可激活、失活或 阻断核糖开关的条件下就可用来改变RNA的表达。例如转录终止或核糖 体与RNA的结合被阻断可以导致表达被改变。根据核糖开关的性质，与 触发分子的结合可以减少或阻止RNA分子的表达或者促进或增加RNA分 子的表达。
还公开了用于调节RNA分子表达或调节编码RNA分子的基因表达的 化合物。还公开了通过激活、失活或阻断核糖开关，来调节含有核糖开关 的天然存在的基因或RNA的表达的化合物。如果该基因对含有该基因的细 胞或生物的存活而言十分重要，那么激活、失活或阻断该核糖开关可导致 细胞或生物的死亡、停滞或虚弱。
还公开了通过激活、失活或阻断核糖开关，来调节含有核糖开关的分 离的、基因工程改造的或重组的基因或RNA的表达的化合物。如果基因编 码一种所需的表达产物，则激活或失活该核糖开关可被用于诱导该基因的 表达，并由此导致表达产物的产生。如果该基因编码对于基因表达或另一 细胞过程的一种诱导物或抑制物，则激活、失活或阻断该核糖开关可导致 其他被调节基因或细胞过程的诱导、抑制或脱抑制。已经已知多种这样的 次级调节效应，它们也可适用于核糖开关。核糖开关作为这类调节的初级 控制的一个优势是核糖开关的触发分子可为小的非抗原性分子。
还公开了识别可激活、失活或阻断核糖开关的化合物的方法。例如，可 以通过使待测化合物和核糖开关相接触并评估核糖开关的激活来识别可激 活核糖开关的化合物。如果核糖开关被激活，则待测化合物被识别为可激活 核糖开关的化合物。可以以任意合适的方式评估核糖开关的激活。例如，核 糖开关可以与报告RNA相连接，并可在存在和不存在待测化合物的条件下 测量报告RNA的表达、表达水平或表达水平的改变。作为另一个实例，核 糖开关可包括构象依赖性标签，由该标签产生的信号随核糖开关的激活状 态而变化。优选地，这种核糖开关使用天然存在的核糖开关的适体结构域 或由天然存在的核糖开关衍生的适体结构域。由此可见，可以使用对照测 定或测量或者不使用对照测定或测量来进行核糖开关激活的评估。识别可 以失活核糖开关的化合物的方法可以以类似的方式进行。
对阻断核糖开关的化合物的识别可以以任何合适的方式完成。例如， 可以在存在已知可激活或失活核糖开关的化合物以及存在待测化合物的条 件下来进行用于评估核糖开关的激活或失活的分析。如果没有观察到如同 在不存在待测化合物的情况下应当观察到的激活或失活情况，则该待测化 合物被识别为可阻断核糖开关的激活或失活的化合物。
还可以使用核糖开关的原子晶体结构来识别化合物。天然鸟嘌呤应答 性核糖开关的这类晶体原子结构的一个实例示于图5。原子结构的原子坐 标列于表6。图5中显示的核糖开关是与次黄嘌呤结合的。在这个实例中 显示了与次黄嘌呤相结合的来自枯草芽孢杆菌xpt-pbuX操纵子的鸟嘌呤 核糖开关嘌呤结合结构域在1.95_分辨率的晶体结构，次黄嘌呤是细菌嘌 呤补救途径中普遍的代谢物。这一结构显示，几个系统发生上保守的核苷 酸参与了复合物RNA的折叠而形成一个结合袋，该结合袋几乎完全包裹了 配体。次黄嘌呤起到稳定这一结构和促进下游转录终止元件形成的作用， 由此提供了对细胞内代谢物浓度升高做出应答而直接抑制基因表达的机 制。
可以使用核糖开关的晶体结构来识别化合物，这可通过例如利用待测 化合物和核糖开关的原子结构进行建模并确定待测化合物与核糖开关是 否相互作用来实现。这可通过使用核糖开关模型中待测化合物的预计最 小相互作用能、预计结合常数、预计解离常数或它们的组合来实现。还 可以通过下述方法识别化合物，例如，评估核糖开关和一种已知可与核糖 开关结合的化合物(例如触发分子)的匹配程度，识别化合物上可以改变 而不会对化合物的结合带来较大或明显不良影响的位点，以及引入这样的 一个或多个改变以产生新的化合物。识别与核糖开关相互作用的化合物的 方法可以包括像这样识别出的化合物的生产。
通常，该方法首先利用了核糖开关与化合物的三维结构，这也被称为 “已知化合物”或“已知靶标”。本文公开的任何触发分子和化合物均可被 用作这种已知化合物。核糖开关的结构可使用任何已知方式测定，例如晶 体学或溶液NMR光谱学。可通过例如AutoDock的计算机分子模型模拟程序 来获得上述的结构。该方法可包括测定结合量，例如测定核糖开关和针对 该核糖开关的潜在化合物之间的结合能。对核糖开关具有某些活性的化合 物为活性化合物，例如可抑制核糖开关的活性或增强核糖开关的活性的化 合物。此外，潜在化合物可以是与针对该分子的化合物在结构上有一定关 系的类似物。任何触发分子、已知化合物和本文公开的化合物均可用作潜 在化合物的基础或者衍生潜在化合物的基础。
可通过多种方式来认识已知化合物和潜在化合物在结构、性质、相互 作用或结合参数等方面的同一性或关系。例如，可使用结构模型测量或评 估的任何量度和相互作用参数以及对于已知化合物和潜在化合物获得的这 类量度和参数之间都可以进行比较。可以观察总体上已知化合物和潜在化 合物之间的同一性。也可以观察潜在化合物例如类似物和已知化合物之间 仅在潜在化合物与核糖开关相互作用的结构域位置的同一性。还可以观察 潜在化合物和已知化合物之间亚结构域水平的同一性，例如仅在7_、6_、 5_、4_、3_或2_范围内观察核糖开关与已知化合物接触的原子或部分以 及相应的潜在化合物的原子或部分。通常，亚结构域越具体，潜在化合物 和已知化合物的部分之间的同一性就越高。例如，在总体上，已知化合物 和潜在化合物之间的同一性可能为30％或更高、35％或更高、40％或更高、 45％或更高、50％或更高、55％或更高、60％或更高、65％或更高、70％或更高、 75％或更高、80％或更高、85％或更高、90％或更高、95％或更高；在已知化合 物和潜在化合物的结合结构域之间的同一性可能为50％或更高、55％或更高、 60％或更高、65％或更高、70％或更高、75％或更高、80％或更高、85％或更高、 90％或更高、95％或更高；而在已知化合物和潜在化合物的相应的与核糖开 关相互作用的原子或部分的周围5_范围以内，它们的同一性可为70％或更 高、75％或更高、80％或更高、85％或更高、90％或更高、95％或更高。另一亚 结构域是真正与核糖开关接触的部分或原子的亚结构域。在这种情况下， 同一性可为例如大于50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、 95％或更高。
通常，潜在化合物是以潜在化合物家族即一系列类似物的形式存在， 该家族中所有的化合物都与该核糖开关的已知化合物在结构上有一定关 系。可能筛选出由任何数量的成员组成的家族。家族中成员的最大数量仅 仅由计算机的数量所限制，所述计算机要具有在所需的一定时间内能筛选 出每个成员的能力。该方法可包括核糖开关的至少一种模板结构和一种靶 标，通常靶标应为已知靶标。由于在一些情况下上述结构可以由本文公开 的方法使用标准的结构测定技术产生，因此并不需要目前存在该结构。优 选地，在使用该方法时存在真实的结构。
该方法还可以包括使用由已知化合物的结构得到的信息来对潜在化合 物的结构建模。所述建模可以用本文所述的方法和任何方法进行。
潜在化合物的构象和位置可以在计算过程中保持固定；也就是说可以 假定核糖开关与潜在化合物结合的方向和它与已知化合物结合的方向完全 一样。
然后可以测定核糖开关与潜在化合物之间的结合能(或其他性质或参 数)，如果结合能(或其他性质或参数)符合某种标准，则该潜在化合物就 可被认为是现实化合物，即可能与核糖开关相互作用的化合物。应当理解 的是，虽然下述讨论的是使用结合能的情况，但也可以使用任何涉及化合 物和核糖开关模型或相互作用的任何性质或参数。该标准可为核糖开关与 潜在化合物的计算结合能相当于或优于核糖开关与已知化合物的计算结合 能。例如，现实化合物可以是这样一种化合物，它按本文所述计算出的结 合能是已知化合物结合能的例如至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、86％、 87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、 100％、101％、102％、103％、104％、105％、106％、107％、108％、109％、110％、 120％、130％、140％、150％、200％、250％、300％、350％、400％、450％、500％、 600％、700％、800％、900％、1000％或更高。现实化合物也可以是这样一种化 合物，在对所有潜在化合物按其结合能强度进行排序之后，该化合物位于 例如一系列潜在化合物的计算结合强度的前20％、19％、18％、17％、16％、 15％、14％、1 3％、12％、11％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％； 所述一系列潜在化合物至少有3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、 14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、 30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、125、 150、175、200、225、250、275、300、350、400、500、700或1000种潜 在化合物。
还应该理解的是，在如本文公开内容所述地识别出一种潜在化合物之 后，可进行常规的检测和分析，例如使用核糖开关和现实化合物进行生物 学分析以进一步确定现实化合物与核糖开关相互作用的能力和/或调节核 糖开关的能力。所公开的方法可以包括分析核糖开关和化合物的活性的步 骤，以及使用例如基于核糖开关的文库进行例如组合化学研究。
能量计算可以基于例如分子力学或量子力学。分子力学通过将一系列 经验函数进行加和来模拟系统的能量，所述一系列经验函数代表了例如键 拉力、范德华力或静电相互作用的能量的总体组合。量子力学使用不同程 度的近似度来解薛定谔方程。这些方法对电学结构进行处理，使得可以对 化学反应进行表征。
可以识别核糖开关的潜在化合物。这可通过用与已知化合物的给定相 似性进行筛选而实现。例如，与已知化合物为同一家族的化合物可被选择。
为给每个核糖开关做计算准备，可以建立潜在化合物晶体结构中未解 析的或不存在的原子。这可使用下述工具来完成：例如PRODRG网络服务器 http://www.davapcl.bioch.dundee.ac.uk./programs/prodrg，或例如 InsightII、Quanta(均在www.accelrys.com网站)和CNS(Brunger et al.， Crystallography&NMR system：a new software suite for macromelecular structure determination.Acta Crystallogr.D 54， 905-921(1998))的标准分子建模程序，或者任何其它能够作出核糖开关结 构的分子建模系统。
然后可以计算潜在化合物和核糖开关的结合能(或其他性质或参数)。 有许多方法可用于进行这一计算。例如，通过使用经验函数可以实现侧链 位置的采样和结合热力学的计算，所述经验函数将潜在化合物-分子的能量 建模为模型中所有原子对之间的静电相互作用和范德华相互作用的总和。 还可使用其他任何对潜在化合物和核糖开关的结合能进行评分的计算方法 (H.Gohlke，&G.Klebe.Approaches to the description和prediction of the binding affinity of small-molecule ligands to macromolecular receptors.Angew.Chem.Int.Ed.41，2644-4676(2002)).这类评分 方法的实例包括但不限于下列程序中实现的方法，所述程序例如： AutoDock(G.M.Morris et al.Automated docking using a Lamarckian genetic algorithm and an empirical binding free energy function.J. Comput.Chem.19，1639-1662(1998))、Gold(G.Jones et al.Molecular recognition of receptor sites using a genetic algorithm with a description of desolvation.J.MoI.Biol.245，43-53(1995))、 Chem-Score(M.D.Eldridge et al.J.Comput-Aided Mol.Des.11， 425-445(1997))和Drug-Score(H.Gohlke et al.Knowledge-based scoring function to predict protein-ligand interactions.JMoI.Biol. 295，337-356(2000))。
旋转异构体文库为本领域技术人员已知，并可从包括互联网的各种来 源获得。旋转异构体为低能量侧链构象。使用旋转异构体文库可以对结构 建模以尝试最可能的侧链构象、节省时间并产生最可能正确的构象。旋转 异构体文库的使用限于潜在化合物给定区域内的残基，例如在结合位点的 残基或化合物特定距离内的残基。所述特定距离可以设定为任何所需的长 度，例如，潜在化合物与分子的任意原子的距离可为2_、3_、4_、5_、 6_、7_、8_或9_。
可以通过例如使用具有以下公式的Coulombic模型来计算每一对原子 之间的静电相互作用：
Eelec＝332.08q1q2/εr。其中q1和q2为部分原子电荷，r为它们之间 的距离，ε为介电常数。
可以使用为描述分子中的电荷分布而开发的现有参数集来计算部分原 子电荷。参数集的实例包括但不限于：PARSE(D.A.Sitkoff et al. Accurate calculation of hydration free-energies using macroscopic solvent models.J.Phys.Chem.98，1978-1988(1994))、CHARMM (MacKerell et al.All-atom empirical potential for molecular modeling and dynamics studies of proteins.J.Phys.Chem.B 102， 3586-3616，1998)和AMBER(W.D.Cornell et al.A 2nd generation force-field for the simulation of proteins，nucleic-acids，和 organic-分子.J.Am.Chem.Soc.117.5179-5195(1995))。部分原子 电荷可通过它们与相似官能团的类比来分配，或通过例如PRODRG服务器上 实施的经验性分配方法来分配(D.M.F.van Aalten et al.PRODRG，a program for generating molecular topologies and unique molecular descriptors from coordinates of small molecules.J.Comput.-Aided Mol.Design 10，255-262(1996))或通过使用标准量子力学计算方法来分 配(例如，C.I.Bayly et al.A well-behaved electrostatic potential based method using charge restraints for deriving atomic charges- the RESP model.J.Phys.Chem.91，10269-10280，(1993))。
静电相互作用可以通过引入静电去溶剂化效应的更精密的方法学来计 算。这可包括显式溶剂模式和隐式溶剂模式：在前一种方法中水分子直接 包括在计算之中，而后一种方法中是通过介电连续介质的方式描述水的效 应。用于计算静电相互作用的隐式溶剂方法的具体实例包括但不限于：基 于Poisson-Boltzmann的方法和Generalized Born方法(M.Feig&C.L. Brooks.Recent advances in the development and application of implict solvent models in biomolecule simulations.Curr.Opin. Struct.Biol.14，217-224(2004))。
可以使用简单的Lennard-Jones形式和下列公式来计算原子对(两个 原子为硫原子或碳原子时)之间的范德华力和疏水相互作用：
Evdw＝E{σatt 12/r12-σatt 6/r6}。其中E为能量，r为两个原子之间的 距离，σatt为相互作用能为零时的距离。
可以使用简单的相斥能术语来计算原子对(一个或两个原子既不是硫 原子也不是碳原子时)之间的范德华力：
Evdw＝E{σrep 12/r12}。其中E为能量，r为两个原子之间的距离，σrep 为相斥相互作用等于E时的距离。
原子间的疏水相互作用还可以使用本领域技术人员已知的各种方法来 计算。例如，能量分布可以按照下述方式计算：在配体和受体复合物形成 时会把一些溶剂可接近的表面积包埋起来，而能量分布与被包埋的溶剂可 接近的表面积的量成比例。这种分布可以用原子对之间相互作用的形式表 示，例如由Street和Mayo提出的方法(A.G.Street&S.L.Mayo. Pairwise calculation of protein solvent-accessible surface areas. Folding&Design 3，253-258(1998))。这种计算中可以包括用于描述疏 水作用或范德华力或其他能量分布的任何形式的实施方法。
可以针对每种潜在化合物-核糖开关相互作用来计算结合能。例如，可 在存在或不存在核糖开关的条件下进行Monte Carlo采样并计算每个模型 的平均能量。然后可按照两个计算出的平均能量的差别计算出核糖开关与 潜在化合物的结合能。
可以将计算出的潜在化合物与核糖开关的结合能和计算出的已知化合 物与核糖开关的结合能相比较，来确定潜在化合物是否可能为现实化合物。 上述结果可以用实验数据来加以证实，实验中可以测量核糖开关和化合物 实际的相互作用。这种可用于测定核糖开关和化合物实际的相互作用的方 法的实例包括但不限于：平衡透析测量法(其中检测放射形式的化合物与 核糖开关的结合)、酶抑制测定(其中可在存在或不存在化合物的条件下监 测核糖开关的活性)和化学位移扰动测量(其中通过原子在NMR中的化学 位移的变化来监测核糖开关与潜在化合物的结合)。
在上文公开的方法中，核糖开关可为例如鸟嘌呤核糖开关。这种核糖 开关可由例如表5中所列的核糖开关来筛选。
在使用一种潜在化合物对核糖开关的原子晶体结构进行建模之后，可 以进行进一步测试以测定核糖开关和化合物实际的相互作用。例如，可使 用多种不同的手段来检测结合的RNA，包括使用基于凝胶和基于芯片检测 方法的变构核酶测定和串联标记测定。可以通过使用例如荧光检测方法来 实现高通量检测。例如，可以使用通过激活RNA切割核酶来控制基因表达 的葡萄糖胺-6-磷酸感受性核糖开关的天然催化活性。可以重构该核酶以便 以多种翻转动力学切割分离的底物分子。因此，如果化合物触发了核酶功 能，则保持在淬灭基团附近的荧光基团就会解偶联(因此变得荧光更强)。 或者可使用分子信标技术。如果化合物可阻碍信标与核糖开关RNA的对接， 则可产生抑制荧光的系统。通过使用本文公开的RNA基因工程策略，可以 使上述任一种手段适用于任意类别的核糖开关。
本文还公开了可与本文公开的鸟嘌呤核糖开关相互作用的类似物。这 类类似物的实例示于图12B。这26种合成和检测过的化合物中，有许多种 化合物和鸟嘌呤核糖开关结合的常数与鸟嘌呤(-5nM)相等或优于鸟嘌呤。 具有高度可变的附加物的化学组合物都具有功能，这一事实表明可以产生 和检测这些化学骨架的多种变种以用于体外和细胞内的功能。特别地，可 以通过与RNA结构中其他官能团产生新的接触的方式，使得经过进一步修 饰的上述化合物具有改善的与鸟嘌呤核糖开关的结合力。此外，如同核糖 开关的结构模型显示的在这些位点可能的多种修饰那样，通过在骨架的这 两个区域加以修饰，可以对生物活性、毒性和合成难度(以及其它特征) 进行调节。
高通量筛选还可用于发现也可与核糖开关RNA结合的全新的化学骨 架，所述结合可以通过标准的或非标准的分子识别模式进行。由于核糖开 关是首先发现的天然的结合代谢物的RNA的主要形式，因此在以前很少有 人进行建立适用于高通量筛选的结合测定方法的工作。有多种手段都可用 于检测结合代谢物的RNA，包括使用基于凝胶和基于芯片检测方法的变构 核酶测定和串联标记测定。还公开了由识别激活、失活或阻断核糖开关的 化合物和对识别出的化合物进行加工而制备的复合物。这可以通过例如将 本文其他部分公开的化合物识别方法与对识别出的化合物进行加工的方法 结合使用而实现。例如，可通过下述方法制备复合物：使待测化合物和核 糖开关相接触，评估核糖开关的激活，以及如果核糖开关被待测化合物激 活，则制备该激活核糖开关的待测化合物作为复合物。
还公开了由核实某种化合物对核糖开关的激活、失活或阻断作用和对 经核实的化合物进行加工而制备的复合物。这可以通过例如将本文其他部 分公开的化合物激活、失活或阻断评估方法与对经核实化合物的加工方法 结合使用而实现。例如，可通过下述方法制备复合物：使待测化合物和核 糖开关相接触，评估核糖开关的激活，以及如果核糖开关被待测化合物激 活，则制备该激活核糖开关待测化合物作为复合物。核实化合物激活、失 活或阻断核糖开关的能力指的是对以前并不知道可否激活、失活或阻断核 糖开关的化合物的鉴定，以及对已知可激活、失活或阻断核糖开关的化合 物激活、失活或阻断核糖开关的能力的评估。
本文中使用的术语“取代的”意在包括有机化合物的所有允许的取代 基。广义上讲，允许的取代基包括有机化合物的非环状的和环状的、分支 的和未分支的、碳环的和杂环的以及芳香族的和非芳香族的取代基。示例 性的取代基包括例如下述的那些基团。对于合适的有机化合物，可有一个 或多个相同或不同的允许的取代基。出于本发明公开的目的，例如氮原子 的杂原子可以具有氢取代基和/或任何本文所述的允许取代基，以满足杂原 子的价位。有机化合物的允许取代基并不意在以任何方式限制本发明的公 开内容。此外，术语“取代”或“用......取代”包括下述隐含条件：这类 取代应符合取代原子和取代基的价位，并且这类取代产生的是稳定的化合 物，例如不会自发地经过例如重排、环化、消去等转化反应的化合物。
本文中使用的“A1”、“A2”、“A3”和“A4”是一般性标记，表示不同的 具体取代基。这些标记可以是任何取代基，并不限于本文公开的那些取代 基，在一种情况中它们指代某种取代基，也可能在另一种情况中它们就指 代别的取代基。
本文中使用术语“烷基”指的是1至24个碳原子的分支或不分支的饱 和烃基，例如甲基、乙基、正丙基、异丙基、正丁基、异丁基、叔丁基、 戊基、己基、庚基、辛基、壬基、癸基、十二烷基、十四烷基、十六烷基、 二十烷基、二十四烷基等等。烷基可为取代的或未取代的。烷基可以被一 个或多个下述基团取代，所述基团包括但不限于下文所述的烷基、卤化烷 基、烷氧基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、醛、氨基、羧酸、酯、醚、卤 化物、羟基、酮、硫代氧基、磺酰基、砜、亚砜或硫氢基。术语“低级烷 基”是具有6个或6个以下碳原子的烷基，例如甲基、乙基、正丙基、异 丙基、丁基、仲丁基、异丁基、叔丁基、戊基、己基等等。
在本说明书通篇中，一般用“烷基”指代未取代的烷基和取代的烷基； 然而取代的烷基在本文中提及时也要指出烷基上具体的取代基。例如，术 语“卤化烷基”专门指被一个或多个例如氟、氯、溴和碘的卤原子取代的 烷基。术语“烷氧基烷基”专门指被一个或多个如下所述的烷氧基取代的 烷基。术语“烷基氨基”专门指被一个或多个如下所述的氨基取代的烷基 等等。当在一种情况中使用“烷基”而在另一种情况中使用例如“卤化烷 基”的具体术语时，并非意在暗示术语“烷基”就不包括例如“卤化烷基” 等的具体术语。
这一习惯也适用于本文所述的其它基团。也就是说，例如术语“环烷 基”指的是未取代和取代的环烷基部分，而取代的部分可在本文中另外具 体地指明；例如，具体取代的环烷基可被称为例如“烷基环烷基”。类似地， 一种取代的烷氧基可被具体地称为例如：“卤化烷氧基”，一种具体的取代 烯基可被地称为例如：“烯基醇”等等。此外，使用例如“环烷基”的一般 性术语和例如“烷基环烷基”的具体术语的习惯，并非意在暗示一般性术 语不包括具体术语。
本文中所使用的术语“烷氧基”是指烷基键合一个单独的醚键；也就 是说“烷氧基”可被定义为-OA1，其中A2为上文定义的烷基。
本文中使用的术语“烯基”为有2至24个碳原子的烃基，它们的结构 式中含有至少一个碳-碳双键。例如(A1A2)C＝C(A3A4)的这种不对称结构 意在包括E型和Z型异构体。可以假设在本文的结构通式中存在不对称的 烯，或者由键的标记C＝C明确地表示出来。烯基可被一个或多个下述基团 所取代，所述基团包括但不限于下文所述的烷基、卤化烷基、烷氧基、烯 基、炔基、芳基、杂芳基、醛、氨基、羧酸、酯、醚、卤化物、羟基、酮、 硫代氧基、磺酰基、砜、亚砜或硫氢基。
本文中使用的术语“炔基”为有2至24个碳原子的烃基，它们的结构 式中含有至少一个碳-碳叁键。炔基可被一个或多个下述基团所取代，所述 基团包括但不限于下文所述的烷基、卤化烷基、烷氧基、烯基、炔基、芳 基、杂芳基、醛、氨基、羧酸、酯、醚、卤化物、羟基、酮、硫代氧基、 磺酰基、砜、亚砜或硫氢基。
本文中使用的术语“芳基”为含有任意以碳为基础的芳香基团的基团， 包括但不限于苯、萘、苯基、联苯、苯氧基苯等。术语“芳基”还包括“杂 芳基”，“杂芳基”指的是含有的芳基环上至少掺入一个杂原子的基团，杂 原子的实例包括但不限于氮、氧、硫和磷。类似地，术语“非杂芳基”也 包括在术语“芳基”之内，指的是包括不合杂原子的芳基的基团。芳基可 为取代的或未取代的。芳基可被一个或多个下述基团所取代，所述基团包 括但不限于本文所述的烷基、卤化烷基、烷氧基、烯基、炔基、芳基、杂 芳基、醛、氨基、羧酸、酯、醚、卤化物、羟基、酮、硫代氧基、磺酰基、 砜、亚砜或硫氢基。术语“联芳基”是芳基基团的一种具体形式，也包括 在芳基的定义之内。联芳基指的是结合在一起的两个芳基，它们可例如萘 那样通过稠环结构相连接，或者例如联苯那样通过一个或多个碳碳键相连 接。
本文中使用的术语“环烷基”为由至少三个碳原子组成的非芳香性的 以碳为基础的环。环烷基基团的实例包括但不限于环丙烷基、环丁烷基、 环戊烷基、环己烷基等等。术语“杂环烷基”为前面定义的环烷基的一种， 但是它的环上至少有一个碳原子被杂原子取代，所述杂原子包括但不限于 氮、氧、硫或磷。环烷基和杂环烷基可为取代的或未取代的。环烷基和杂 环烷基可被一个或多个下述基团所取代，所述基团包括但不限于本文所述 的烷基、卤化烷基、烷氧基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、醛、氨基、羧 酸、酯、醚、卤化物、羟基、酮、硫代氧基、磺酰基、砜、亚砜或硫氢基。
本文中使用的术语“环烯基”为由至少三个碳原子组成的非芳香性的 以碳为基础的环，在环上含有至少一个双键即C＝C。环烷基基团的实例包 括但不限于环丙烯基、环丁烯基、环戊烯基、环戊二烯基、环己烯基、环 己二烯基等等。术语“杂环烯基”为前面定义的环烷基的一类并且包括在 术语“环烯基”的含义之内，但是它的环上至少有一个碳原子被杂原子取 代，所述杂原子包括但不限于氮、氧、硫或磷。环烯基和杂环烯基可为取 代的或未取代的。环烯基和杂环烯基可被一个或多个下述基团所取代，所 述基团包括但不限于本文所述的烷基、卤化烷基、烷氧基、烯基、炔基、 芳基、杂芳基、醛、氨基、羧酸、酯、醚、卤化物、羟基、酮、硫代氧基、 磺酰基、砜、亚砜或硫氢基。
本文中使用的术语“环状基团”指的是芳基基团和非芳基基团(即环 烷基、杂环烷基、环烯基和杂环烯基)或二者皆有。环状基团具有一个或 多个可为取代或未取代的环系统。环状基团可包括一个或多个芳基基团、 一个或多个非芳基基团，或者一个或多个芳基基团、一个或多个非芳基基 团。
本文中所使用的术语“醛”用通式-C(O)H表示。在本说明书通篇中 “C(O)”都是C＝O的简写形式。
本文中使用的术语“胺”或“氨基”用通式NA1A2A3表示，其中A1、A2 和A3可以独立地为上文所述的氢、烷基、卤化烷基、烯基、炔基、芳基、 杂芳基、环烷基、环烯基、杂环烷基或杂环烯基。
本文中所使用的术语“羧酸”用通式-C(O)OH表示。本文中所使用的 “羧酸根”用通式-C(O)O-表示。
本文中所使用的术语“酯”用通式-OC(O)A1或-C(O)OA1表示，其中A1 可以为上文所述的烷基、卤化烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、环烷基、 环烯基、杂环烷基或杂环烯基。
本文中所使用的术语“醚”用通式A1OA2表示，其中A1和A2可以独立地 为上文所述的烷基、卤化烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、环烷基、环 烯基、杂环烷基或杂环烯基。
本文中所使用的术语“酮”用通式A1C(O)A2表示，其中A1和A2可以独 立地为上文所述的烷基、卤化烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、环烷基、 环烯基、杂环烷基或杂环烯基。
本文中所使用的术语“卤化物”指的是卤素氟、氯、溴和碘。
本文中所使用的术语“羟基”用通式-OH表示。
本文中所使用的术语“硫代氧基”用下列通式表示：-S(O)A1(即“磺 酰基”)、A1S(O)A2(即“亚砜”)、-S(O)2A1、A1SO2A2(即“砜”)、-OS(O)2A1 或-OS(O)2OA1，其中A1和A2可以为上文所述的氢、烷基、卤化烷基、烯基、 炔基、芳基、杂芳基、环烷基、环烯基、杂环烷基或杂环烯基。在本说明 书通篇中“S(O)”都是S＝O的简写形式。
本文中所使用的术语“磺酰氨基”或“磺酰胺”用通式-S(O)2NH-表示。
本文中所使用的术语“硫氢基”用通式-SH表示。
本文所使用的“Rn”(其中n为整数)可以独立地具有一个或多个上述 的基团。例如，如果R10含有一个芳基，则该芳基上的一个或多个氢原子可 以任选地被羟基、烷氧基、氨基、烷基或卤化物等基团所取代。根据所选 择的基团，第一基团可能掺入第二基团中，或者第一基团可能在第二基团 的侧翼(即附着于第二基团)。例如，使用短语“包括氨基的烷基”时，氨 基可能掺入于烷基的主链上。或者氨基可能是附着在烷基主链上。所选择 的基团的性质将决定第一基团是包含在第二基团中还是附着在第二基团 上。
如果没有明确指出，在一个通式中只是以实线表示而未用楔形线或虚 线表示的化学键包括了每种可能的异构体，例如对映异构体和非对映异构 体，以及异构体的混合物，例如外消旋混合物或成比例的(scalemic)混 合物。
本文公开的某些物质、化合物、组合物和组分可以由商购得到，或是 使用本领域技术人员公知的技术容易地合成得到。例如，在制备所公开的 化合物和组合物中使用的起始物质和试剂可以从下述的供应商处商购：例 如Aldrich Chemical Co.，(Milwaukee，Wis.)、Acros Organics(Morris Plains，NJ.)、Fisher Scientific(Pittsburgh，Pa.)或Sigma(St.Louis， Mo.)；或者使用本领域技术人员已知的方法，参考下述文献中所述的工艺 来制备：Fieser and Fieser’s Reagents for Organic Synthesis，Volumes 1-17(John Wiley和Sons，1991)；Rodd′s Chemistry of Carbon compounds， Volumes 1-5 and Supplementals(Elsevier Science Publishers，1989)； Organic Reactions，Volumes 1-40(John Wiley and Sons，1991)；March′s Advanced Organic Chemistry，(John Wiley and Sons，4th Edition)和 Larock′s Comprehensive Organic Transformations(VCH Publishers Inc.， 1989)。
可用于鸟嘌呤应答性核糖开关(以及由鸟嘌呤应答性核糖开关衍生 的核糖开关)的化合物包括用通式I表示的化合物：
该化合物可结合鸟嘌呤应答性核糖开关或其衍生物，其中当该化合物与鸟 嘌呤应答性核糖开关或衍生物结合时，R1和R2作为氢键供体，R7作为氢键 受体，R9作为氢键供体，R10作为氢键受体，其中每个独立地代表 单键或双键。在一些实例中，R3可为氢键受体。
应当理解的是，当某一特定部分或基团可被称为氢键供体或氢键受体 时，使用这一术语仅仅是为了便于参照而将各种取代基进行分类。这一用 语并不应被理解为某一特定部分真正参与了与核糖开关或其他化合物形成 氢键的过程。也有这种可能，例如，在本文中被称为氢键受体(或氢键供 体)的某一部分可能是唯一地或另外地参与了与核糖开关或其他化合物形 成疏水相互作用、离子键、范德华力或其他类型相互作用的过程。
还应理解的是，本文公开的某些基团在本文中既可以被称为氢键受体， 也可以被称为氢键供体。例如，-OH可以通过贡献一个氢原子而成为氢键 供体；-OH也可以通过氧原子上的一个或多个非键合电子对而成为氢键受 体。因此在本说明书通篇中，多种部分可为氢键供体和氢键受体，并且可 照这样称谓。
可存在于所公开化合物中的合适的氢键供体，例如R1、R2和R9中的一 个或多个，为含有极性氢键的部分，所述极性氢键例如氢原子与电负性更 强的原子例如C、N、O或S结合时形成的氢键。对于R1、R2和R9而言合适 的氢键供体的实例包括但不限于下述部分：-NR11-、-CHR11-、＝CR11-和 -C(＝NR11)-，其中R11为-H、-NH2、-OH、-SH、-CO2H，取代或未取代的烷基、 烷氧基、芳基、芳基氧基或苯甲氧基，-NH烷基、-NH烷氧基、-NHC(O)烷 基、-NHCO2烷基、-NHC(O)NH2、-NH-NH2、-NH-NH烷基、-NH-NH烷氧基、-NH-SO2 烷基、-NH-SO2-R12、-NHCO2CH2-R12、-NH-OR12、-N+H2-R12、-NH-NH-R12和 -NH-NH-CH2-R12，其中R12可为：
其中n为1至5，R13可为-H、-NH2、-OH、烷氧基、-N-吗啉代或卤化物中 的一个或多个。
可存在于所公开化合物中的合适的氢键受体，例如R3、R7和R10中的一 个或多个，为含有非键合电子对的部分。通常在N、O、S和卤原子上存在 非键合电子对。对于R3和R7而言合适的氢键受体的实例包括但不限于N、O、 S和SO2。例如，R8和R7可以一起用-CH＝N-、-CH2-O-、-CH2-S-或-CH2SO2-来 表示。R3可为N、O或S，这在通式I的结构中就会分别生成-N＝R2、-O-R2 和-S-R2部分，其中R2的定义如前所述。
对于R10部分，合适的氢键受体可为O或S，例如O＝R6或S＝R6中的O或 S，其中R6为C。对于R10而言氢键受体的其他实例包括但不限于：-OH、-SH、 -NH2、-CO2H、-烷氧基、-芳基氧基、-苯甲氧基、-卤化物、-NH烷基、-NH 烷氧基、-NHC(O)烷基、-NHCO2烷基、-NHCO2CH2-R12、-NHC(O)NH2、-NH-NH2、 -NH-NH烷基、-NH-NH烷氧基、-SO2烷基、-SO2芳基、-NH-SO2烷基、-NH-SO2-R12、 -NH-OR12、-NH-R12、-NH-NH-R12、-NH-NH-CH2-R12或-NH-CH2-R12，其中R12的定 义如前所述。
对于R10部分，其他合适的氢键受体可为NR14，例如R14N＝R6中的NR14， 其中R6为C。在这些实例中，R14可为-H、-NH2、-OH、-SH、-CO2H、-CO2烷 基、-CO2芳基、-C(O)NH2，取代或未取代的烷基、烷氧基、烷氧基、芳基氧 基或苯甲氧基，-NH烷基、-NH烷氧基、-NHC(O)烷基、-NHCO2烷基、 -NHC(O)NH2、-SO2烷基、-SO2芳基、-NH-SO2烷基、-NH-SO2-R12、-NH-OR12、 -NH-R12或-NH-CH2-R12，其中R12的定义如前所述。
所公开的一些特异性的化合物可用通式II表示，其中R7为N或CH：
R10为＝O、＝S、＝NH、＝NOH、＝N烷基、＝N烷氧基、＝N-芳基、＝N芳基氧 基、＝N-苯甲基、-N苯甲氧基、＝N-NH2、＝N-NHOH、＝N-NH烷基、＝N-NH烷氧 基、＝N-NH芳基、＝N-NH芳基氧基、＝N-NH苯甲基、＝N-NH苯甲氧基、＝N-NH-(对 氨基苯基)、＝N-NH-(对甲氧基苯基)、＝N-NH-(对-N-吗啉代-苯基)；以及
R2为＝CR15-，其中R15为-NH2、-NHNH2、-NHOH、-NH烷基、-NH烷氧基、 -NH芳基、-NH芳基氧基、-NH苯甲基、-NH苯甲氧基、-N+H2芳基、-N+H2-(对 -N-吗啉代-苯基)、-N+H2-(对氨基苯基)、-N+H2-(对甲氧基苯基)、-NHCO2 烷基、-NHCO2苯甲基、-NHNH烷基、-NHNH芳基、-NHNH苯甲基或-NHC(O) 烷基。其他的化合物可用通式III表示：
其中R10为-H、-OH、-SH、-烷氧基、卤化物、-NH2、-NHOH、-NH烷基、-NH 烷氧基、-NH芳基、-NH芳基氧基、-NH苯甲基、-NH苯甲氧基、-NHC(O) 烷基、-NHCO2烷基、NHCO2苯甲基、-NHNH2、-NHNH烷基、-NHNH芳基或-NHNH 苯甲基；R2和R7的定义如前所述。
化合物的其他具体实例示于图12B。
可用于鸟嘌呤应答性核糖开关(以及由鸟嘌呤应答性核糖开关衍生的 核糖开关)的化合物还包括具有通式IV的化合物：
该化合物可结合鸟嘌呤应答性核糖开关或其衍生物，其中当该化合物与鸟 嘌呤应答性核糖开关或衍生物结合时，R7作为氢键受体，R10作为氢键供体， R11作为氢键受体，R12作为氢键供体，其中R13为H、H2或者不存在，其中R1、 R2、R3、R4、R5、R6、R8和R9分别独立地为C、N、O或S，其中每个 独立地代表单键或双键。
在上述定义范围内的每一种化合物都意图在并应被认为是在本文中具 体地公开。此外，在上述定义范围内可识别的每个亚群都意图在并应被认 为是在本文中具体地公开。因此，特别考虑了化合物的列表中可具体包括 或排除的或者在用途中可具体包括或排除的任意化合物或化合物的亚群。 例如，作为一种选择，如果有某组化合物，其中每种化合物都符合上述定 义但不是鸟嘌呤、次黄嘌呤、黄嘌呤或N2-甲基鸟嘌呤，那么该组也是被考 虑到的。作为另一种实例，如果有某一组化合物，其中每种化合物都符合 上述定义而且能激活鸟嘌呤应答性核糖开关，那么该组也是被考虑到的。
应该理解的是，对于化合物与核糖开关的相互作用，本文所述的特定 接触和相互作用方式(例如氢键供给或接受)对于化合物与核糖开关的相 互作用来说是优选的而非必需的。例如，化合物与核糖开关的相互作用与 本文公开的化合物与核糖开关的接触和相互作用相比，可能亲和力和/或特 异性要低一些。此外，化合物上不同的或其他的官能团可能会带来与核糖 开关的新的、不同的和/或补偿性的接触。例如，对于鸟嘌呤核糖开关而言， 在例如R10和R2位置可使用大的官能团。这类官能团可以或被设计为可以与 核糖开关的其他部分有接触和相互作用。这种接触和相互作用可以补偿触 发分子和核心结构的接触和相互作用。
可用于腺嘌呤应答性核糖开关(以及由腺嘌呤应答性核糖开关衍生的 核糖开关)的化合物包括具有以下通式的化合物：
该化合物可结合腺嘌呤应答性核糖开关或其衍生物，其中当该化合 物与腺嘌呤应答性核糖开关或衍生物结合时，R1、R3和R7作为氢键受体， R10和R11作为氢键供体，其中R12为H、H2或者不存在，其中R1、R2、R3、R4、 R5、R6、R8和R9分别独立地为C、N、O或S，其中每个独立地代表 单键或双键。
在上述定义范围内的每一种化合物都意图在并应被认为是在本文中 具体地公开。此外，在上述定义范围内可识别的每个亚群都意图在并应被 认为是在本文中具体地公开。因此，特别考虑了化合物的列表中可具体包 括或排除的或者在用途中可具体包括或排除的任意化合物或化合物的亚 群。例如，作为一种选择，如果有某一组化合物，其中每种化合物都符合 上述定义但并不是腺嘌呤、2，6-二氨基嘌呤或2-氨基嘌呤，那么该组也是 被考虑到的。作为另一种实例，如果有某一组化合物，其中每种化合物都 符合上述定义而且能激活腺嘌呤应答性核糖开关，那么该组也是被考虑到 的。
可用于赖氨酸应答性核糖开关(以及由赖氨酸应答性核糖开关衍生的 核糖开关)的化合物包括具有以下通式的化合物：
该化合物可结合赖氨酸应答性核糖开关或其衍生物，其中R2和R3每一个均 带正电，R1带负电，R4为C、N、O或S，并且其中每个独立地代表 单键或双键。还考虑了在按上述定义的化合物中其中R2和R3均为NH3 +并且 R1为O-的情况。
在上述定义范围内的每一种化合物都意图在并应被认为是在本文中具 体地公开。此外，在上述定义范围内可识别的每个亚群都意图在并应被认 为是在本文中具体地公开。因此，特别考虑了化合物的列表中可具体包括 或排除的或者在用途中可具体包括或排除的任意化合物或化合物的亚群。 例如，作为一种选择，如果有某一组化合物，其中每种化合物都符合上述 定义但都不是赖氨酸，那么该组也是被考虑到的。作为另一种实例，如果 有某一组化合物，其中每种化合物都符合上述定义而且能激活赖氨酸应答 性核糖开关，那么该组也是被考虑到的。
可用于TPP应答性核糖开关(以及由赖氨酸应答性核糖开关衍生的 核糖开关)的化合物包括具有以下通式的化合物：
该化合物可结合TPP应答性核糖开关或其衍生物，其中R1带正电，R2和R3 每一个均独立地为C、O或S，R4为CH3、NH2、OH、SH、H或不存在，R5为 CH3、NH2、OH、SH或H，R6为C或N，并且其中每个独立地代表单 键或双键。还考虑了在按上述定义的化合物中其中R1为磷酸根、二磷酸根 或三磷酸根的情况。
在上述定义范围内的每一种化合物都意图在并应被认为是在本文中具 体地公开。此外，在上述定义范围内可识别的每个亚群都意图在并应被认 为是在本文中具体地公开。因此，特别考虑了化合物的列表中可具体包括 或排除的或者在用途中可具体包括或排除的任意化合物或化合物的亚群。 例如，作为一种选择，如果有某一组化合物，其中每种化合物都符合上述 定义但并不是TPP、TP或硫胺素，那么该组也是被考虑到的。作为另一种 实例，如果有某一组化合物，其中每种化合物都符合上述定义而且能激活 TPP应答性核糖开关，那么该组也是被考虑到的。
D.构建体、载体和表达系统
所公开的核糖开关可在任何合适的表达系统中使用。重组表达可以使 用例如质粒等载体来实现。载体可包括与核糖开关编码序列可操作地连接 的启动子和待表达的RNA(例如，编码一种蛋白的RNA)。载体还可包括转 录和翻译所需的其它元件。本文所述的载体指的是包含外源DNA的任何载 体。因此，载体是可将外源核酸不降解地转移至细胞中的媒介，它包括启 动子，可在它转入的细胞中获得核酸的表达。载体包括但不限于：质粒、 病毒核酸、病毒、噬菌体核酸、噬菌体、粘粒和人工染色体。可以生产多 种适于携带核糖开关-调节构建体的原核和真核的表达载体。这类表达载体 包括例如：pET、pET3d、pCR2.1、pBAD、pUC和酵母载体。载体可在例如 各种体内和体外环境中使用。
病毒载体包括腺病毒、腺伴随病毒、疱疹病毒、牛痘病毒、脊髓灰质 炎病毒、AIDS病毒、神经营养病毒(neuronal trophic virus)、辛德毕 斯病毒(Sindbis)和其他RNA病毒，包括具有HIV骨架的那些病毒。还可 使用与上述病毒具有共同性质从而适于用作载体的任意病毒家族。由Verma (1985)描述的逆转录病毒载体包括鼠类马罗尼白血病病毒MMLV和表现 MMLV作为载体所需性质的逆转录病毒。通常，病毒载体包括非结构性早期 基因、结构性晚期基因、RNA聚合酶III转录物、复制和壳体化必需的反向 末端重复序列以及控制病毒基因组的转录和复制的启动子。当被基因工程 改造用作载体时，通常要移除病毒的一个或多个早期基因，并将一种基因 或基因/启动子盒插入到病毒基因组中代替被移除的病毒DNA。
“启动子”通常为位于与转录起始位点相对固定的位置时可以发挥功 能的一个或多个DNA序列。“启动子”包括与RNA聚合酶发生基本相互作用 所需的核心元件和转录因子，还可包括上游元件和应答元件。
“增强子”通常指的是为位于与转录起始位点相对不固定的位置时就 可以发挥功能的DNA序列，它可以在转录单位的5’(Laimins，1981)或 3’(Lusky et al.，1983)。此外，增强子可以在内含子中(Banerji et al.， 1983)，也可以在编码序列本身之中(Osborne et al.，1984)。它们的长度 通常为10bp至300bp之间，并且以顺式方式发挥作用。增强子的功能是增 加邻近的启动子的转录。增强子与启动子类似，也经常含有介导转录的调 节的应答元件。增强子经常对表达的调节有决定性作用。
用于真核宿主细胞(酵母、真菌、昆虫、植物、动物、人类或有核细 胞)中的表达载体还可包括可以影响mRNA表达的转录终止所必需的序列。 这些区域在编码组织因子蛋白的mRNA的非翻译部分中以多腺苷酸化区段 的形式被转录。3’非翻译区还包括转录终止位点。优选地，转录单位还包 括多腺苷酸化区域。这一区域的一个优点是它增加了被转录的单位像mRNA 一样被加工和转运的可能性。多腺苷酸化信号在表达构建体中的鉴定和用 途已经广为人知。优选地，在转基因构建体中使用同源的多腺苷酸化信号。
载体可包括编码标记物产物的核酸序列。使用这种标记物产物来确定 基因是否被送递至细胞以及在送递后是否被表达。优选的标记物基因为编 码β-半乳糖苷酶的大肠杆菌lacZ基因和绿色荧光蛋白。
在一些实施方案中，标记物可为可选择的标记物。当这类可选择的标 记物被成功地转移至宿主细胞中时，如果将宿主细胞置于筛选压力下，则 被转化的宿主细胞可以存活。目前广泛使用的有两类不同的筛选策略。第 一类是基于细胞代谢的，使用离开添加培养基就不能生长的突变细胞系。 第二类为显性选择，它指的是在任何细胞类型中都可使用而不必使用突变 细胞系的筛选方案。这些方案通常使用抑制宿主细胞生长的药物。含有新 基因的那些细胞可以表达使细胞具有药物抗性的蛋白质，从而可以在筛选 中存活。这类显性筛选的实例中使用的药物有新霉素(Southern and Berg， 1982)、霉酚酸(Mulligan and Berg，1980)或潮霉素(Sugden et al.，1985)。
可以使用遗传物质的直接转移来获得基因转移，所述遗传物质包括但 不限于质粒、病毒载体、病毒核酸、噬菌体核酸、噬菌体、粘粒和人工染 色体，或者通过细胞或载体例如阳离子脂质体中的遗传物质的转移来获得 基因转移。这类方法为本领域所熟知，并且可以很容易的使之适用于本文 所述的方法。转移载体可为任何可将基因送递至细胞内的核苷酸构建体(例 如质粒)，或者作为送递基因的总体策略的一部分，例如作为重组逆转录病 毒或重组腺病毒的一部分(Ram et al.Cancer Res.53：83-88，(1993))。 用于转染的合适手段包括病毒载体、化学转染子或物理-机械方法例如电穿 孔和DNA的直接扩散，这些手段描述于例如，Wolff，J.A.，et al.，Science， 247，1465-1468，(1990)；和Wolff，J.A.Nature，352，815-818，(1991)。
1.病毒载体
优选的病毒载体为腺病毒、腺伴随病毒、疱疹病毒、牛痘病毒、脊髓 灰质炎病毒、AIDS病毒、神经营养病毒、辛德毕斯病毒和其他RNA病毒， 包括具有HIV骨架的那些病毒。还优选的是与上述病毒具有共同性质从而 适于用作载体的任意病毒家族。优选的逆转录病毒包括鼠类马罗尼白血病 病毒MMLV和表现MMLV作为载体所需性质的逆转录病毒。逆转录病毒载体 可以比其他载体病毒携带更大的基因载量，即携带更大的转基因或标记物 基因，因此是常用的载体。但是它们不能用于非增殖细胞。腺病毒载体相 对稳定并易于操作、具有高滴度、可在气溶胶制剂中送递并可以转染非分 裂细胞。Pox病毒载体较大并具有多个可插入基因的位点，它们对热稳定， 可在室温下储存。优选的实施方案为经过基因工程改造的病毒载体，这样 可以抑制宿主生物由病毒抗原引起的免疫反应。优选的这种类型的载体应 携带白细胞介素8或10的编码区域。
病毒载体与大多数将基因导入细胞的化学或物理方法相比，具有更高 的处理能力(导入基因的能力)。通常，病毒载体包括非结构性早期基因、 结构性晚期基因、RNA聚合酶III转录物、复制和壳体化必需的反向末端重 复序列以及控制病毒基因组的转录和复制的启动子。当被基因工程改造用 作载体时，通常要移除病毒的一个或多个早期基因，并将一种基因或基因/ 启动子盒插入到病毒基因组中代替被移除的病毒DNA。这种类型的构建体 可以携带最多达约8 kb的外部遗传物质。被移除的早期基因的必需功能通 常由经过基因工程改造而反式表达早期基因的基因产物的细胞系提供。
i.逆转录病毒载体
逆转录病毒为属于逆转录病毒科的动物病毒，包括任何类型、亚科、 属或向性。在Verma，I.M.，Retroviral vectors for gene transfer.In Microbiology-1985，American Society for Microbiology，pp.229-232， Washington，(1985)中总体描述了逆转录病毒载体，上述文献以援引的方 式纳入本文。将逆转录病毒载体用于基因疗法的方法的实例描述于美国专 利No.4,868,116和4,980,286；PCT申请WO 90/02806和WO 89/07136； 以及Mulligan，(Science 260：926-932(1993))等文献中，以上文献中的 教导以援引的方式纳入本文。
逆转录病毒本质上是一个包装，它将核酸负载包裹在内。核酸负载携 带有包装信号，这使得复制出的子代分子可以被有效地包装在包衣中。除 了包装信号以外，还有许多复制和复制病毒的包装所需要的顺式分子。通 常逆转录病毒基因组包括参与蛋白质外壳形成的gag、pol和env基因。通 常使用待转入靶细胞的外部DNA来替代gag、pol和env基因。逆转录病毒 载体通常包括：掺入至包衣所需的包装信号，起动gag转录单位的信号序 列，逆转录必需的元件(包括引物结合位点以结合逆转录的tRNA引物)， 在DNA合成过程中引导RNA链转换的末端重复序列，作为DNA合成中第二 链合成起始位点的富含嘌呤的序列5’至3’LTR，以及可使DNA状态的逆转录 病毒插入到宿主基因组中的LTR末端附近的特异性序列。gag、pol和env 基因的移除可以使得约8kb的外部序列被插入到病毒基因组中、被反转录 以及在复制后被包装到新的逆转录病毒颗粒中。根据每种转录物的大小， 上述核酸量足够送递一个或多个基因。优选地，在插入物中于其他基因一 起含有阳性或阴性的可选择的标记物。
由于在大多数逆转录病毒载体中，复制机制和包装蛋白(gag、pol和 env)已经被移除，通常通过将载体置于包装细胞系中来生产载体。包装细 胞系为已被含有复制和包装机制但不含任何包装信号的逆转录病毒转染或 转化的细胞系。当携带所选DNA的载体被转染到这些细胞系中时，包括目 的基因的载体通过助体细胞提供的顺式机制而被复制和包装到新的逆转录 病毒颗粒中。而具有机制的基因组因为没有必需的信号而不被包装。
ii.腺病毒载体
复制缺陷型腺病毒的构建前人已有所描述(Berkner et al.，J. Virology 61：1213-1220(1987)；Massie et al.，MoI.Cell.Biol. 6：2872-2883(1986)；Haj-Ahmad et al.，J.Virology 51：261-21 A(1986)； Davidson et al.，J.Virology 61：1226-1239(1987)；Zhang″Generation 和identification of recombinant adenovirus by liposome-mediated transfection and PCR analysis″BioTechniques 15：868-872(1993))。 使用这些病毒作为载体的优点是它们散播至其他细胞类型的程度是有限 的，虽然它们可以在初始感染的细胞中复制，但是它们不能形成新的感染 性病毒颗粒。重组腺病毒在直接体内送递至下列组织时已表现出可获得很 高的基因转移效率：气道上皮、肝细胞、血管内皮、CNS实质以及多种其 他组织位点(Morsy，J.Clin.Invest.92：1580-1586(1993)；Kirshenbaum， J.Clin.Inves t.92：381-387(1993)；Roessler，J.Clin.Invest. 92：1085-1092(1993)；Moullier，Nature Genetics 4：154-159(1993)；La Salle，Science 259：988-990(1993)；Gomez-Foix，J.Biol.Chem. 267：25129-25134(1992)；Rich，Human Gene Therapy 4：461-476(1993)； Zabner，Nature Genetics 6：75-83(1994)；Guzman，Circulation Research 73：1201-1207(1993)；Bout，Human Gene Therapy 5：3-10(1994)； Zabner，Cell 75：207-216(1993)；Caillaud，Eur.J.Neuroscience 5：1287-1291(1993)；以及Ragot，J.Gen.Virology 74：501-507 (1993))。重组腺病毒与野生型或复制缺陷型腺病毒一样，通过结合特异性 细胞表面受体而完成基因转导，然后病毒通过受体介导的胞吞作用而内生 化(Chardonnet和Dales，Virology 40：462-477(1970)；Brown和 Burlingham，J.Virology 12：386-396(1973)；Svensson和Persson，J. Virology 55：442-449(1985)；Seth，et al.，J.Virol.51：650-655 (1984)；Seth，et al.，MoI.Cell.Biol.4：1528-1533(1984)；Varga et al.，J.Virology 65：6061-6070(1991)；Wickham et al.，Cell 73：309-319(1993))。
一种优选的病毒载体为基于移除了E1基因的腺病毒的载体，这些病毒 在例如人类293细胞的细胞系中产生。在另一个优选的实施方案中，E1和 E3基因都被从腺病毒基因组中移除。
另一类病毒载体是基于腺相关病毒(AAV)。这种缺陷型细小病毒是一种 优选的载体，因为它可以感染许多种细胞类型，并且对人类没有致病性。 AAV型载体可以转运4至5kb的基因，并且已知野生型AAV可以稳定地插 入到第19染色体上。具有这种特异性位点整合性质的载体为优选的。这种 载体的一种特别优选的实施方案是由Avigen，San Francisco，CA生产的 P4.1 C载体，它可包括单纯疱疹病毒胸苷激酶基因、HSV-tk和/或标记物 基因，例如编码绿色荧光蛋白GFP的基因。
在病毒和逆转录病毒中插入的基因经常含有包括启动子和/或增强子 以辅助对所需基因产物的表达的控制。启动子通常为位于与转录起始位点 相对固定的位置时可以发挥功能的一个或多个DNA序列。“启动子”包括与 RNA聚合酶发生基本相互作用所需的核心元件和转录因子，还可包括上游 元件和应答元件。
2.病毒启动子和增强子
控制哺乳动物细胞中的载体转录的优选启动子可由各种来源获得，例 如下列病毒的基因组：多瘤病毒、猿猴病毒40(SV40)、腺病毒、逆转录 病毒、乙型肝炎病毒，最优选巨细胞病毒；或者来源于异源哺乳动物启动 子例如β肌动蛋白启动子。SV40病毒的早期和晚期启动子可以方便地以包 括SV40病毒复制起始位点的限制性片段的形式获得(Fiers et al.，Nature， 273：113(1978))。人类巨细胞病毒的即时早期启动子可以方便地以Hind III E限制性片段的形式获得(Greenway，PJ.et al.，Gene 18：355-360 (1982))。当然，来自宿主细胞或相关物种的启动子也在此使用。
“增强子”通常指的是为位于与转录起始位点相对不固定的位置时就 可以发挥功能的DNA序列，它可以在转录单位的5’(Laimins，L.et al.， Proc.Natl.Acad.Sci.78：993(1981))或3’(Lusky，M.L.，et al.，Mol. 细胞Bio.3：1108(1983))。此外，增强子可以在内含子中(Banerji，J.L. et a.，细胞33：729(1983))，也可以在编码序列本身之中(Osborne，T.F.， et al.，MoI.细胞Bio.4：1293(1984))。它们的长度通常为10bp至300bp 之间，并且以顺式方式发挥作用。增强子的功能是增加邻近的启动子的转 录。增强子还经常含有介导转录的调节的应答元件。增强子还经常含有介 导转录的调节的应答元件。增强子经常对表达的调节有决定性作用。虽然 许多来自哺乳动物基因的增强子的序列是已知的(珠蛋白、弹性蛋白酶、 清蛋白、甲胎蛋白和胰岛素)，但是通常还是使用来自真核细胞病毒的增强 子。优选的实例为：在复制起点下游的SV40增强子(bp 100-270)、巨细 胞病毒早期启动子增强子、在复制起点下游的多瘤病毒增强子和腺病毒增 强子。
启动子和/或增强子可以被能触发它们功能的光或特异性化学事件特 异性地激活。可以用例如四环素和地塞米松等试剂来调节系统。也有一些 方法通过暴露于例如γ辐照的辐照方法或烷化化疗药物来增强病毒载体的 基因表达。
优选地，启动子和/或增强子区域在所有真核细胞类型中都是有活性 的。这种类型的一种优选的启动子为CMV启动子(650个碱基)。其他优选 的启动子为SV40启动子、巨细胞病毒(全长启动子)和逆转录病毒载体 LTF。
已显示所有的特异性调节元件都可被克隆和用于构建在特异细胞类型 例如黑素瘤细胞中选择性表达的表达载体。胶质细胞原纤维酸性蛋白(GFAP) 启动子已被用于在胶质来源的细胞中选择性表达基因。
用于真核宿主细胞(酵母、真菌、昆虫、植物、动物、人类或有核细 胞)中的表达载体还可包括可以影响mRNA表达的转录终止所必需的序列。 这些区域在编码组织因子蛋白的mRNA的非翻译部分中以多腺苷酸化区段 的形式被转录。3’非翻译区还包括转录终止位点。优选地，转录单位还包 括多腺苷酸化区域。这一区域的一个优点是它增加了被转录的单位像mRNA 一样被加工和转运的可能性。多腺苷酸化信号在表达构建体中的鉴定和用 途已经广为人知。优选地，在转基因构建体中使用同源的多腺苷酸化。在 转录单位的一个优选实施方案中，多腺苷酸化区域来自SV40早期多腺苷酸 化信号，由大约400个碱基组成。还优选地，转录单位单独包括其他标准 序列或包括其他标准序列和上述序列，改进构建体的表达或稳定性。
3.标记物
载体可包括编码标记物产物的核酸序列。使用这种标记物产物来确定 基因是否被送递至细胞以及在送递后是否被表达。优选的标记物基因为编 码β-半乳糖苷酶的大肠杆菌lacZ基因和绿色荧光蛋白。
在一些实施方案中，标记物可为可选择的标记物。用于哺乳动物细胞 的可选择标记物的实例为二氢叶酸还原酶(DHFR)、胸苷激酶、新霉素、新 霉素类似物G418、潮霉素和嘌呤霉素。当这类可选择的标记物被成功地转 移至哺乳动物宿主细胞中时，如果将宿主细胞置于筛选压力下，则被转化 的哺乳动物宿主细胞可以存活。目前广泛使用的有两类不同的筛选策略。 第一类是基于细胞代谢的，使用离开添加培养基就不能生长的突变细胞系。 两个实例为：CHO DHFR-细胞和小鼠LTK-细胞。这些细胞在不添加营养物胸 苷或次黄嘌呤的情况下就不能生长。由于这些细胞缺乏完整的核苷酸合成 途径中必需的某个基因，因此除非在添加培养基中提供那种没有的核苷酸， 否则细胞就不能存活。另一种补充培养基的方式是将完整的DHFR或TK基 因导入缺乏相应基因的细胞中，由此改变它们的生长需求。未被DHFR或 TK基因转化的细胞将不能在非添加培养基上生长。
第二类为显性选择，它指的是在任何细胞类型中都可使用而不必使用 突变细胞系的筛选方案。这些方案通常使用抑制宿主细胞生长的药物。含 有新基因的那些细胞可以表达使细胞具有药物抗性的蛋白质，从而可以在 筛选中存活。这类显性筛选的实例中使用的药物有新霉素(Southern P.和 Berg，P.，J.Molec.Appl.Genet.1：327(1982))、霉酚酸(Mulligan， R.C.和Berg，P.Science 209：1422(1980))或潮霉素(Sugden，B.et al.， MoI.细胞.Biol.5：410-413(1985))。这三个实例使用了真核控制下的 细菌基因来分别赋予细胞对于合适的药物G418或新霉素(遗传霉素)、xgpt (霉酚酸)或潮霉素的抗性。其他的还有新霉素类似物G418和嘌呤霉素。
E.生物传感器核糖开关
还公开了生物传感器核糖开关。生物传感器核糖开关是经过基因工程 改造的核糖开关，它们在存在它们的同种触发分子时产生可检出的信号。 可用的生物传感器核糖开关可以在触发分子达到或超过阈值水平时被触 发。生物传感器核糖开关可被设计为体内应用或体外应用。例如，报告RNA 编码作为信号的蛋白质或参与产生信号的蛋白质，与该报告RNA可操作地 连接的生物传感器核糖开关可在体内被用于通过基因工程改造细胞或生 物，使其含有编码核糖开关/报告RNA的核酸构建体。用于体外的生物传感 器核糖开关的一个实例是包括构象依赖性标签的核糖开关，由该标签产生 的信号随核糖开关的激活状态而变化。优选地，这种生物传感器核糖开关 使用天然存在的核糖开关的适体结构域或由天然存在的核糖开关衍生的适 体结构域。
F.报告蛋白和报告肽
为评估核糖开关或生物传感器核糖开关的激活，可以使用报告蛋白或 报告肽。报告蛋白或报告肽可以由核糖开关调节其表达的RNA编码。实施 例中描述了一些特异性报告蛋白的使用。报告蛋白和报告肽的使用已为人 所熟知，并可以方便地与核糖开关一起使用。报告蛋白可为任意可检出的 或产生可检出信号的蛋白质或肽。优选地，该蛋白质或肽的存在可以用常 规技术(例如放射免疫测定、放射性标记、免疫测定、酶活性测定、吸附、 荧光、发光和蛋白质印迹)检出。更优选地，即使在报告蛋白的水平比较 低的情况下，仍然可以使用常规技术对其水平定量。可用的报告蛋白包括 荧光素酶、绿色荧光蛋白以及它们的衍生物，例如北美萤火虫(Photinus pyralis)的萤火虫荧光素酶(FL)和海参(Renilla reniformis)的海参 荧光素酶(RL)。
G.构象依赖性标签
构象依赖性标签指的是具有下述性质的所有标签：在标签所连接的分 子或化合物(例如核糖开关)的形式或构象发生改变的基础上标签可以产 生荧光强度或波长的变化。以探针和引物为背景使用的构象依赖性标签的 实例包括：分子信标、Amplifluors、FRET探针、可切割的FRET探针、TaqMan 探针、蝎形引物(scorpion primer)、荧光三聚体寡核苷酸(fluorescent triplexoligos)包括但不限于三聚体分子信标或三聚体FRET探针、荧光 水溶性偶联聚合物、PNA探针和QPNA探针。这种标签具体而言它们的功能 原理可适于与核糖开关一起使用。一些类型的构象依赖性标签综述于 Schweitzer and Kingsmore，Curr.Opin.Biotech.12：21-27(2001)。
茎淬灭标签是构象依赖性标签的一种形式，它是位于核酸上的荧光标 签，这样当茎结构形成时淬灭部分会接近荧光标签以使得标签发出的荧光 被淬灭。当茎结构被破坏时(例如当含有标签的核糖开关被激活时)，淬灭 部分就不再接近荧光标签，荧光就会增强。这种效应的实例可见于分子信 标、荧光三聚体寡核苷酸、三聚体分子信标、三聚体FRET探针和QPNA探 针中，它们的操作原理也可适于与核糖开关一起使用。
茎激活标签是构象依赖性标签的一种形式，它是通过茎结构的形成可 以增强或改变荧光的标签或标签对。茎激活标签可包括受体荧光标签和供 体部分，当受体和供体相互接近时(当包括标签的核酸链形成茎结构时)， 荧光共振能量由供体相受体的转移会使受体发荧光。茎激活标签通常为位 于核酸分子(例如核糖开关)上的标签对，这样当核酸分子中形成茎结构 时受体和供体就会相互接近。如果茎激活标签的供体部分本身就是荧光标 签，那么当它不与受体接近时(也就是未形成茎结构时)它就会以荧光的 形式释放能量(通常这种荧光的波长与受体荧光的波长不同)。当茎结构形 成时，总体的效果是供体荧光减少和受体荧光增加。FRET探针为使用茎激 活标签的一个实例，它的操作原理也可适于与核糖开关一起使用。
H.检测标签
为了对核糖开关的激活、失活或阻断进行检测和量化，或对核糖开关 的激活、失活或阻断后产生的核酸或蛋白质的表达进行检测和量化，可以 在检测探针或者检测分子中引入检测标签，或者在表达的核酸或蛋白质中 引入检测标签。本文中所述的检测标签为可以与核酸或蛋白质直接或间接 地相连接、并由此产生可以直接或间接地测量或检测的信号的任何分子。 许多这种标签均为本领域技术人员所已知。可用于所公开方法的合适的检 测标签的实例为放射性同位素、荧光分子、磷光分子、酶、抗体和配体。
合适的荧光标签的实例包括异硫氰酸荧光素(FITC)、5，6-羧甲基荧光 素、德克萨斯红(Texas red)、硝基苯-2-氧杂-1，3-二唑-4-基(NBD)、香 豆素、丹酰氯、罗丹明、氨基甲基香豆素(AMCA)、曙红、藻红、BODIPY_、 Cascade Blue_、Oregon Green_、芘、丽丝胺(lissamine)、加氧杂蒽 (xanthenes)、吖啶、藻红蛋白、镧系金属离子的大环螯合物例如量子染 料TM、荧光能量染料例如噻唑橙乙啡啶异源二聚体、以及花青染料Cy3、 Cy3.5、Cy5、Cy5.5和Cy7。其他特异性荧光标签的实例包括3-羟基芘 5，8，10-三磺酸、5-羟色胺(5-HT)、酸性品红、茜素络合酮、茜素红、别藻 蓝蛋白、氨基香豆素、蒽基硬脂酸、Astrazon亮红4G、Astrazon橙R、 Astrazon红6B、Astrazon黄7 GLL、阿的平(Auramine)、Aurophosphine、 Aurophosphine G、BAO 9(Bisaminophenyloxadiazole，双氨基苯基噁二唑)、 BCECF、硫酸小檗碱、双苯酰胺、Blancophor FFG溶液、Blancophor SV、 Bodipy Fl、亮磺基黄素FF(Brilliant Sulphoflavin FF)、Calcien Blue、 Calcium Green、Calcofluor RW溶液、Calcofluor White、Calcophor White ABT溶液、Calcophor White标准溶液、Carbostyryl、Cascade Yellow、 儿茶酚胺、奎纳克林(Chinacrine)、科里膦O、香豆素-鬼笔环肽、CY3.1 8、CY5.18、CY7、Dans(1-二甲基氨基-萘-5-磺酸)、Dansa(二氨基萘基 磺酸)、丹酰NH-CH3，二氨基苯基噁二唑(DAO)、二甲基氨基-5-磺酸、二 吡咯亚甲基二氟化硼、联苯亮吖啶黄7GFF、多巴胺、藻红ITC、吖啶橙 (Euchrysin)、FIF(甲醛诱导荧光)、Flazo Orange、Fluo 3、荧光胺、 Fura-2、Genacryl亮红B、Genacryl亮黄10GF、Genacryl粉红3G、Genacryl 黄5GF、Gloxalic Acid、粒状蓝(Granular Blue)、血卟啉 (Haematoporphyrin)、Indo-1、Intrawhite Cf液体、Leucophor PAF、 Leucophor SF、Leucophor WS、丽丝胺罗丹明B200(RD200)、Lucifer黄 CH、Lucifer黄VS、苏丹红(Magdala Red)、Marina Blue、Maxilon亮黄 素10 GFF、Maxilon亮黄素8 GFF、MPS(Methyl Green Pyronine Stilbene， 甲基绿焦宁均二苯乙烯)、光神霉素、NBD胺、硝基苯并噁二唑 (Nitrobenzoxadidole)、去甲肾上腺素、核坚牢红(Nuclear Fast Red)、 核黄(Nuclear Yellow)、Nylosan亮黄素E8G、噁二唑、Pacific蓝、碱 性副品红(Feulgen)Phorwite AR溶液、Phorwite BKL、Phorwite Rev、 Phorwite RPA、膦3R、酞菁(Phthalocyanine)、藻红蛋白R、Polyazaindacene Pontochrome Blue Black、卟啉、Primuline、普施安黄(Procion Yellow)、 焦宁(Pyronine)、焦宁B、Pyrozal亮黄素7GF、芥奎吖因(Quinacrine Mustard)、罗丹明123、罗丹明5 GLD、罗丹明6G、罗丹明B、罗丹明B 200、 罗丹明B Extra、罗丹明BB、罗丹明BG、罗丹明WT、5-羟色胺、Sevron 亮红2B、Sevron亮红4G、Sevron亮红B、Sevron橙、Sevron黄L、SITS (Primuline)、SITS(均二苯乙烯异硫磺酸，Stilbene Isothiosulphonic acid)、均二苯乙烯、Snarf 1、磺基罗丹明B Can C、磺基罗丹明G Extra、 四环素、噻嗪红R、硫黄素S、硫黄素TCN、硫黄素5、Thiolyte、Thiozol Orange、Tinopol CBS、True Blue、Ultralite、Uranine B、Uvitex SFC、 Xylene Orange和XRITC。
可用的荧光标签为荧光素(5-羧基荧光素-N-羟基琥珀酰亚胺酯)、罗 丹明(5，6-四甲基罗丹明)和花青染料Cy3、Cy3.5、Cy5、Cy5.5和Cy7。 这些荧光染料的最大吸收和发射波长分别为：FITC(490nm；520nm)、Cy3 (554nm；568nm)、Cy3.5(581nm；588nm)、Cy5(652nm；672nm)、 Cy5.5(682nm；703nm)、Cy7(755nm；778nm)，这使得它们可以同时 被检测。荧光素染料的其他实例包括：6-羧基荧光素(6-FAM)、2’，4’，1，4，- 四氯荧光素(TET)、2’，4’，5’，7’，1，4-六氯荧光素(HEX)、2’，7’-二甲氧基 -4’，5’-二氯-6-羧基罗丹明(JOE)、2’-氯-5’-氟-7’，8’-稠苯-1，4-二氯-6- 羧基荧光素(NED)和2’-氯-7’-苯基-1，4-二氯-6-羧基荧光素(VIC)。荧 光标签可由各种来源商购获得，包括Amersham Pharmacia Biotech， Piscataway，NJ；Molecular Probes，Eugene，OR；和Research Organics， Cleveland，Ohio。
所关注的其他标签包括那些仅当它们所连接的探针与靶分子特异性结 合时产生信号的标签，其中这类标签包括Tyagi&Kramer，Nature Biotechnology(1996)14：303和EP 0 070 685 B1中所述的“分子信标”。 所关注的其他标签包括美国专利No.5,563037、国际申请WO 97/17471和 WO 97/17076中所述的那些标签。
带标签的核苷酸是检测标签的一种可用形式，可以在合成过程中直接 引入被表达的核酸中。可以直接引入核酸中的检测标签的实例包括核苷酸 类似物例如BrdUrd(5-溴脱氧尿苷，Hoy and Schinike，Mutation Research 290：217-230(1993))、氨基烯丙基脱氧鸟苷(Henegariu et al：，Nature Biotechnology 18：345-348(2000))、5-甲基胞嘧啶(Sano et al.，Biochim. Biophys.Acta 951：157-165(1988))、溴尿核苷(Wansick et al，J.Cell Biology 122：283-293(1993))和经生物素修饰的核苷酸(Langer et al， Proc.Natl. Acad.Sd.USA 78：6633(1981))或经过例如地高辛抗原 (digoxygenin)的半抗原修饰的核苷酸(Kerkhof，Anal.Biochem. 205：359-364(1992))。合适的带荧光标签核苷酸有：异硫氰酸荧光素 -dUTP、花青-3-dUTP和花青-5-dUTP(Yu et al，Nucleic Acids Res.， 22：3226-3232(1994))。对于DNA而言优选的核苷酸类似物检测标签为 BrdUrd(溴脱氧尿苷、BrdUrd、BrdU、BUdR，Sigma-Aldrich Co)。其他用 于将检测标签引入DNA的可用的核苷酸类似物为AA-dUTP(氨基烯丙基脱 氧尿苷三磷酸，Sigma-Aldrich Co.)和5-甲基-dCTP(Roche Molecular Biochemicals)。一种用于将检测标签引入RNA的可用的核苷酸类似物为生 物素-16-UTP(生物素-16-尿苷-5’-三磷酸，Roche Molecular Biochemicals)。可将荧光素、Cy3和Cy5连接至dUTP上用于直接标记。 Cy3.5和Cy7可以以抗生物素蛋白或抗地高辛抗原缀合物的形式用于带有 生物素或地高辛抗原标签的探针的次级检测。
被引入核酸的例如生物素的检测标签，随后可以使用本领域公知的敏 感方法进行检测。例如，使用抗生物素蛋白-碱性磷酸酶缀合物(Tropix， Inc.)可以检测生物素，这种缀合物可以与生物素结合并随后通过适当底物 的化学发光进行检测(例如，化学发光底物CSPD：二钠，3-(4-甲氧基螺 -[1，2，-二环氧丙烷-3-2’-(5’-氯)三环[3.3.1.13，7]癸烷]-4-基)苯基磷酸 (disodium，3-(4-methoxyspiro-[1，2，-dioxetane-3-2’-(5’-chloro)tri cyclo[3.3.1.13，7]decane]-4-yl)phenyl phosphate)；Tropix，Inc.)。 标签也可以是可检测的酶，例如碱性磷酸酶、大豆过氧化物酶、辣根过氧 化物酶和聚合酶，检测例如使用化学信号放大法或使用能发光的酶的底物 (例如化学发光的1，2-二环氧丙烷底物)或能产生荧光信号的酶的底物。
结合了两个或多个上述检测标签的分子也可被认为是检测标签。任何 已知的检测标签都可与本发明公开的探针、标签、分子和方法一起使用， 以便标记和检测本发明公开方法所产生的激活的或失活的核糖开关或核酸 或蛋白质。用于检测和测量检测标签产生的信号的方法也是本领域技术人 员已知的。例如，可以通过闪烁计数或直接显示法来检测放射性同位素； 可用荧光分光光度计来检测荧光分子；可用分光光度计或直接照相的方法 检测磷光分子；可通过直接检测或可视化酶促反应的产物来检测酶。可通 过检测与抗体偶联的次级检测标签来检测抗体。本文所述的检测分子为与 偶联了一个或多个检测标签的待测化合物或组合物相互作用的分子。
I.序列相似性
应当理解的是，本文所使用的术语同源性和同一性的含义是相同的， 都是指相似性。因此，例如，如果在两个序列(例如非天然序列)之间使 用同源性这一词语，应当理解这并不一定是指着两个序列之间在进化上相 关，而是着眼于它们的核酸序列之间的相似性或关联。为了测量序列的相 似性，确定两个进化上相关的分子之间相似性的很多方法都可以常规地应 用于两个或多个核酸或蛋白质，而无需考虑它们在进化上是否相关。
总体而言，应当理解的是，为了定义本文所公开的核糖开关、适体、 表达平台、基因和蛋白质的已知变异体和衍生物或可能出现的种类，一种 方法是通过变异体和衍生物与特定已知序列的同源性方面来定义。本文公 开的具体序列的这种同源性在本文其他部分也有所讨论。总体而言，本文 所公开的核糖开关、适体、表达平台、基因和蛋白质的变异体与指定序列 或天然序列有至少70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、 80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、 93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的同源性。本领域技术人员很容易 明白如何测定两种蛋白质或例如基因的核酸之间的同源性。例如，可以在 序列比对并使同源性达到最高水平后计算同源性。
计算同源性的另一种方法可以通过公开的算法进行。可使用下列算法 进行用于比较的序列优化比对：Another way of calculating homology can be performed by published algorithms.Optimal alignment of序列for comparison can be conducted by the local homology algorithm of Smith and Waterman Adv.Appl.Math.2：482(1981)中所述的局部同源性算法； Needleman and Wunsch，J.MoL Biol.48：443(1970)中所述的同源性比 对算法；Pearson and Lipman，Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.85：2444 (1988)中所述的相似性检索方法；或者这些算法的计算机实现形式 (Wisconsin Genetics软件包中的GAP、BESTFIT、FASTA和TFASTA， Genetics Computer Group，575 Science Dr.，Madison，WI)；或者通 过审查的方式进行。
通过例如Zuker，M.Science 244：48-52，1989；Jaeger et al.Proc. Natl.Acad.Sci.USA 86：7706-7710，1989；Jaeger et al.Methods Enzymol.183：281-306，1989中公开的算法，可以获得核酸的相同类型的 同源性，上述文献中至少与核酸比对有关的资料以援引的方式纳入本文。 应当理解的是，通常可以使用任何方法，而在某种情况下这些不同的方法 所得到的不同结果可能不同，但是本领域技术人员能够理解，如果使用上 述方法中的至少一种发现了同一性，则该序列可被称为具有指定的同一性。
例如，如本文所使用的，所述的具有与另一序列相比的特定百分比同 源性的序列，是指具有由上述任意一种或多种计算方法所计算出的所述同 源性的序列。例如，如果使用Zuker计算方法，第一序列被计算为具有与 第二序列相比的80％的同源性，即使按照其他任何计算方法计算出该第一 序列与第二序列相比都不具有80％的同源性，那么，如本文所定义的，第 一序列也仍具有与第二序列相比的80％的同源性。另一个实例，如果使用 Zuker计算方法和Pearson和Lipman计算方法，第一序列被计算为具有与 第二序列相比的80％的同源性，即使通过Smith和Waterman计算方法、 Needleman和Wunsch计算方法、Jaeger计算方法或任意其他计算方法计算， 第一序列不具有与第二序列相比的80％的同源性，那么，如本文所定义的， 第一序列也仍具有与第二序列相比的80％的同源性。再一个实例，如果使 用每一种计算方法，第一序列都被计算为具有与第二序列相比的80％的同 源性(尽管实际上不同的计算方法常得到不同的计算的同源性百分比)，那 么如本文所定义的，第一序列具有与第二序列相比的80％的同源性。
J.杂交和选择性杂交
术语杂交通常意为至少两种核酸分子例如引物或探针与核糖开关或基 因间的序列驱动的相互作用。序列驱动的相互作用意为：以核苷酸特异性 的方式发生于两种核苷酸或核苷酸类似物或核苷酸衍生物间的相互作用。 例如G与C相互作用或者A与T相互作用即为序列驱动的相互作用。通常 序列驱动的相互作用发生于核苷酸的沃森-克里克面或Hoogsteen面。两种 核酸的杂交受到本领域技术人员所知的许多条件和参数的影响。例如盐浓 度、pH和反应温度均会影响两种核酸分子是否会杂交。
两种核酸分子间的选择性杂交的参数为本领域技术人员所熟知。例如， 在一些实施方案中选择性杂交条件可被定义为严格杂交的条件。例如，杂 交的严格性是通过杂交和/或洗涤步骤的温度和盐浓度共同控制的。例如实 现选择性杂交的杂交条件可包括在比Tm(解链温度，在该温度下一半的分 子与其杂交配对的另一部分解离)低大约12-25℃的温度下，在高离子强 度溶液(6×SSC或6×SSPE)中杂交，然后在所选的温度和盐浓度的组合 的条件下洗涤，此时洗涤温度为比Tm低大约5℃至20℃。在预实验中，可 根据经验容易地确定温度和盐浓度条件，在该实验中使固定在滤膜上的参 照DNA的样品与带标记的目的核酸杂交，然后在不同严格度的条件下洗涤。 对于DNA-RNA杂交和RNA-RNA杂交而言杂交温度通常较高一些。可使用如 上所述的或本领域已知的(Sambrook et al.，Molecular Cloning：A Laboratory Manual，2nd Ed.，Cold Spting Harbor Laboratory，Cold Spring Harbor，New York，1989；Kunkel et al.Methods Enzymol. 1987：154：367，1987，上述文献中至少与核酸杂交相关的资料通过援引的 方式纳入本文)条件以达到严格度。优选的DNA:DNA杂交的严格条件可以 是在约68℃(水溶液中)，在6×SSC或6×SSPE中杂交，之后在68℃洗涤。 如果需要，当所需的互补程度降低时，杂交和洗涤的严格性可作相应减小， 并且还根据寻找可变性的任何区域中的G-C或A-T的丰富程度而定。同样， 如果需要，当所需的同源性增大时，杂交和洗涤的严格性可作相应增加， 并且还根据需要高同源性的任何区域中的G-C或A-T的丰富程度而定，所 有这些均为本领域已知。
另一种定义选择性杂交的方法是通过着眼于一种核酸与其他核酸结合 的量(百分比)。例如，在一些实施方案中选择性杂交的条件可以为至少约 60％、65％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、 81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、 94％、95％、96％、97％、98％、99％、100％的限量核酸与非限量核酸结合时的 条件。通常非限量核酸要过量例如10或100或1000倍。这类测定可在限 量核酸和非限量核酸均比它们的kd低例如10倍或100倍或1000倍时进行， 或者只是一种核酸分子为比它的kd低例如10倍或100倍或1000倍时进行， 或两种核酸分子之一或两者均在kd之上时的条件下进行。
另一种定义选择性杂交的方法是通过着眼于核酸的百分比，所述核酸 是在需要杂交以促进所需的酶操作的条件下得到酶操作的核酸。例如，在 一些实施方案中选择性杂交条件可以是至少约60％、65％、70％、71％、72％、 73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、 86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、 99％、100％的核酸在促进酶操作的条件下进行酶操作时的条件，例如，如果 酶操作是DNA延伸，那么选择性杂交条件可以是至少约60％、65％、70％、 71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、 84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、 97％、98％、99％、100％的核酸分子被延伸时的条件。优选的条件还包括厂商 所建议的或本领域所指出的适于酶进行操作的条件。
正如同源性一样，应当理解本文公开的用于确定两种核酸分子间的杂 交水平的方法有许多种。应当理解这些方法和条件可提供不同百分比的两 种核酸分子间的杂交，但是除非另外指明，否则满足任何方法的参数都是 足够的。例如，如果需要80％杂交并且只要在这些方法的任意一种中所要 求的参数内发生杂交，就认为它在本文得到了公开。
应当理解，本领域技术人员知道，如果组合物或方法满足用于单独或 联合确定杂交的这些标准的任意一条，那么它就是本文所公开的组合物或 方法。
K.核酸
本文公开了基于核酸的多种分子，包括例如核糖开关、适体以及编码 核糖开关和适体的核酸。所公开的核酸由例如核苷酸、核苷酸类似物或核 苷酸替代物构成。本文讨论了这些分子及其他分子的非穷尽性实例。应当 理解，例如当载体在细胞中表达时，表达的mRNA通常由A、C、G和U组成。 同样，应当理解，如果核酸分子通过例如外源性送递被导入细胞或细胞环 境中，那么核酸分子由核苷酸类似物构成是有利的，这样可减少核酸分子 在细胞环境中的降解。
只要保留了它们相关的功能，核糖开关、适体、表达平台以及任何 其他寡核苷酸和核酸都可以由经修饰的核苷酸(核苷酸类似物)构成或 含有经修饰的核苷酸(核苷酸类似物)。很多经修饰的核苷酸是已知的， 并可被用于寡核苷酸和核酸之中。核苷酸类似物是含有对碱基、糖或磷 酸部分的一些类型的修饰的核苷酸。对碱基部分的修饰可以包括对A、C、 G和T/U的天然性或合成性修饰，以及使用不同的嘌呤或嘧啶碱，例如尿 嘧啶-5-基、次黄嘌呤-9-基(I)和2-氨基腺嘌呤-9-基。经修饰的碱基 包括但不限于：5-甲基胞嘧啶(5-me-C)；5-羟甲基胞嘧啶；黄嘌呤；次 黄嘌呤；2-氨基腺嘌呤；腺嘌呤和鸟嘌呤的6-甲基或其他烷基衍生物； 腺嘌呤和鸟嘌呤的2-丙基或其他烷基衍生物；2-硫尿嘧啶；2-硫胸腺嘧 啶和2-硫胞嘧啶；5-卤素尿嘧啶和5-卤素胞嘧啶；5-丙炔基尿嘧啶和5- 丙炔基胞嘧啶；6-偶氮基尿嘧啶、6-偶氮基胞嘧啶和6-偶氮基胸腺嘧啶； 5-尿嘧啶(假尿嘧啶)；4-硫尿嘧啶；腺嘌呤和鸟嘌呤的8-卤素、8-氨基、 8-硫代、8-硫代烷基、8-羟基以及其他8-取代物；尿嘧啶和胞嘧啶的5- 卤素特别是5-溴、5-三氟甲基和其他的5-取代物；7-甲基鸟嘌呤和7-甲 基腺嘌呤；8-氮杂鸟嘌呤和8-氮杂腺嘌呤；7-脱氮鸟嘌呤(7- deazaguanine)和7-脱氮腺嘌呤和3-脱氮鸟嘌呤和3-脱氮腺嘌呤。其他 的碱基修饰物可见于例如美国专利No.3,687,808、Englisch et al.， Angewandte Chemie，International Edition，1991，30，613、Sanghvi， Y.S.，Chapter 15，Antisense Research and Applications，pages 289-302、Crooke，S.T.and Lebleu，B.ed.，CRC Press，1993。某些 核苷酸类似物例如：5-取代的嘧啶、6-氮杂嘧啶；和N-2、N-6和O-6取代 的嘌呤包括2-氨基丙基腺嘌呤；5-丙炔基尿嘧啶和5-丙炔基胞嘧啶。5- 甲基胞嘧啶可以增加双链体形成的稳定性。其他经修饰的碱基是那些有通 用碱基功能的碱基。通用碱基包括3-硝基吡咯和5-硝基吲哚。通用碱基可 取代正常的碱基，但在碱基配对上没有偏好性。也就是说通用碱基可以与 其他任何碱基进行碱基配对。碱基修饰经常可与例如糖修饰结合使用，例 如2’-O-甲氧基乙基，以获得独特的属性例如提高的双链体稳定性。有多个 美国专利具体描述了很多碱基修饰，例如4,845,205、5,130,302、 5,134,066、5,175,273、5,367,066、5,432,272、5,457,187、5,459,255、 5,484,908、5,502,177、5,525,711、5,552,540、5,587,469、5,594,121、 5,596,091、5,614,617和5,681,941。以上各专利文献的每一篇的全部内 容都以援引的方式纳入本文，并且特别是这些文献中关于碱基修饰及其合 成、用途和将其导入寡核苷酸和核酸的描述也以援引的方式纳入本文。
核苷酸类似物还可包括糖部分的修饰。对糖部分的修饰可包括核糖和 脱氧核糖的天然性修饰及合成性修饰。糖修饰包括但不限于在2’位置的下 列修饰：OH；F；O-烷基、S-烷基或N-烷基；O-烯基、S-烯基或N-烯基； O-炔基、S-炔基或N-炔基；或O-烷基-O-烷基，其中所述烷基、烯基和炔 基可以是取代或未取代的C1至C10烷基或C2至C10烯基和炔基。2’糖修 饰还包括但不限于-O[(CH2)nO]mCH3、-O(CH2)nOCH3、-O(CH2)nNH2、-O(CH2)nCH3、 -O(CH2)n-ONH2和-O(CH2)nON[(CH2)nCH3)]2，其中n和m在1至大约10之间。
在2’位置的其他修饰包括但不限于：C1至C10低级烷基、取代的低级 烷基、烷芳基、芳烷基、O-烷芳基或O-芳烷基、SH、SCH3、OCN、Cl、Br、 CN、CF3、OCF3、SOCH3、SO2 CH3、ONO2、NO2、N3、NH2、杂环烷基、杂环烷芳 基、氨基烷基氨基、聚烷基氨基、取代的甲硅烷基、RNA切割基团、报告 基团、插入剂、可提高寡核苷酸药物动力学性质的基团或可提高寡核苷酸 药物动力学性质的基团和其他具有类似性质的基团。还可以在糖的其他位 置进行类似的修饰，特别是在3’端核苷酸上的糖3的3’位置，或者在5’核 苷酸的2’-5’连接的寡核苷酸和5’位置。经修饰的糖可含有那些在环氧桥位 置用例如CH2和S进行的修饰。核苷酸糖类似物还可具有糖模拟物，例如用 环丁基部分代替五碳呋喃糖。有许多美国专利都教导了这类经修饰的糖结 构的制备，例如4,981,957、5,118,800、5,319,080、5,359,044、5,393,878、 5,446,137、5,466,786、5,514,785、5,519,134、5,567,811、5,576,427、 5,591,722、5,597,909、5,610,300、5,627,053、5,639,873、5,646,265、 5,658,873、5,670,633和5,700,920，以上各专利文献的每一篇的全部内 容都以援引的方式纳入本文，并且特别是这些文献中关于经修饰的糖结构 及其合成、用途和将其导入核苷酸、寡核苷酸和核酸的描述也以援引的方 式纳入本文。
核苷酸类似物可以在磷酸部分加以修饰。经修饰的磷酸部分包括但不 限于经过修饰而使得在两个核苷酸之间的连接部分含有下列结构的磷酸部 分，所述结构包括：磷硫酰；手性磷硫酰；二硫代磷酸酯；磷酸三酯；氨 烷基磷酸三酯；磷酸甲酯和磷酸与其他烷基醇形成的酯，包括磷酸3’-乙烯 酯和手性磷酸酯；磷化氢；磷酸酯，包括3’-氨基氨基磷酸酯(3’-amino phosphoramidate)和氨烷基氨基磷酸酯(aminoalkylphosphoramidate)、 硫代氨基磷酸酯(thionophosphoramidates)、硫代烷基磷酸酯 (thionoalkylphosphonates)、硫代烷基磷酸三酯 (thionoalkylphosphotriesters)和硼烷磷酸酯(boranophosphates)。 应当理解的是，在两个核苷酸之间的这些磷酸连接或经修饰的磷酸连接可 以通过3’-5’连接或2’-5’连接，连接可以包括极性的倒转，例如3’-5’至5’-3’ 或者2’-5’至5’-2’。还包括各种盐形式、混合盐形式和游离酸形式。许多 美国专利教导了如何制备和使用含有经修饰磷酸的核苷酸，包括但不限于： 3,687,808、4,469,863、4,476,301、5,023,243、5,177,196、5,188,897、 5,264,423、5,276,019、5,278,302、5,286,717、5,321,131、5,399,676、 5,405,939、5,453,496、5,455,233、5,466,677、5,476,925、5,519,126、 5,536,821、5,541,306、5,550,111、5,563,253、5,571,799、5,587,361 和5,625,050，以上各专利文献的每一篇的全部内容都以援引的方式纳入 本文，并且特别是这些文献中关于经修饰的磷酸及其合成、用途和将其导 入核苷酸、寡核苷酸和核酸的描述也以援引的方式纳入本文。
应当理解的是，核苷酸类似物仅需要包括一种修饰，但是也可以在一 个部分或几个不同部分中包括多种修饰。
核苷酸替代物为与核苷酸具有类似功能特性但不含有磷酸部分的分 子，例如肽核酸(PNA)。核苷酸替代物分子可以以Watson-Crick方式或 Hoogsteen方式识别互补性核酸并与互补性核酸杂交(碱基配对)，但是它 们通过不是核酸的部分连接起来。核苷酸替代物在与合适的靶核酸相互作 用时能够形成双螺旋形结构。
核苷酸替代物为磷酸部分和/或糖部分被替换的核苷酸或核苷酸类似 物。核苷酸替代物不包括标准的磷原子。磷酸的替代物可为例如：短链烷 基或环烷基核苷间连接物、混合杂原子和烷基或环烷基核苷间连接物、或 一个或多个短链杂原子或杂环核苷间连接物。这些连接物可包括具有下列 结构的连接物：吗啉代连接物(形成核苷的糖部分的一部分)；硅氧烷骨架； 硫化物、亚砜和砜骨架；甲酰基(formacetyl)和硫甲酰基 (thioformacetyl)骨架；亚甲基甲酰基和硫甲酰基骨架；含烯烃骨架； 氨基磺酸盐骨架；亚甲基亚胺基和亚甲基肼基骨架；磺酸和磺胺骨架；酰 胺骨架；以及其他带有混合的N、O、S和CH2组成部分的连接物。许多美 国专利公开了如何制备和使用这些种类的磷酸替换物，包括但不限于： 5,034,506、5,166,315、5,185,444、5,214,134、5,216,141、5,235,033、 5,264,562、5,264,564、5,405,938、5,434,257、5,466,677、5,470,967、 5,489,677、5,541,307、5,561,225、5,596,086、5,602,240、5,610,289、 5,602,240、5,608,046、5,610,289、5,618,704、5,623,070、5,663,312、 5,633,360、5,677,437和5,677,439，以上各专利文献的每一篇的全部内 容都以援引的方式纳入本文，并且特别是这些文献中关于磷酸替换物及其 合成、用途和将其导入核苷酸、寡核苷酸和核酸的描述也以援引的方式纳 入本文。
应当理解的是，在核苷酸替代物中糖部分和磷酸部分都可以被例如酰 胺型连接物(氨基乙基甘氨酸)(PNA)所替换。美国专利5,539,082、 5,714,331和5,719,262教导了如何制备和使用PNA分子，上述文献的每 一篇都以援引的方式纳入本文。(还可参见Nielsen et al.，Science 254：1497-1500(1991))。
寡核苷酸和核酸可以包括核苷酸，并可以由不同类型或相同类型的核 苷酸构成。例如，在寡核苷酸中，一个或多个核苷酸可以是核糖核苷酸、 2’-O-甲基核糖核苷酸或核糖核苷酸和2’-O-甲基核糖核苷酸的混合物；大 约10％至约50％的核苷酸可以是核糖核苷酸、2’-O-甲基核糖核苷酸或核糖 核苷酸和2’-O-甲基核糖核苷酸的混合物；大约50％或50％以上的核苷酸可 以是核糖核苷酸、2’-O-甲基核糖核苷酸或核糖核苷酸和2’-O-甲基核糖核 苷酸的混合物；或者全部核苷酸可以是核糖核苷酸、2’-O-甲基核糖核苷酸 或核糖核苷酸和2’-O-甲基核糖核苷酸的混合物。这类寡核苷酸和核酸可被 称为嵌合核苷酸和嵌合核酸。
L.固体支持物
固体支持物为固态基质或支持物，分子(例如触发分子)和核糖开关 (或其他由所公开的方法产生的或在所公开的方法中使用的组件)可以与 支持物相连接。核糖开关和其他分子可以直接或间接地与支持物相连接。 例如，分析物(例如触发分子，待测化合物)可以结合到固体支持物表面 或与固定在固体支持物上的捕获试剂(例如结合分析物的化合物或分子) 相连接。作为另一个实例，核糖开关可以结合到固体支持物表面或与固定 在固体支持物上的探针相连接。多个核糖开关、探针或其他分子以阵列、 网格或其他组织形式连接到固体支持物上就构成了阵列。
可用于固体支持物的固态基质可以包括可以与组件直接或间接连接的 任何固体材料。这包括下述材料，例如丙烯酰胺、琼脂糖、纤维素、硝酸 纤维素、玻璃、金、聚苯乙烯、聚乙烯乙酸乙烯、聚丙烯、聚甲基丙烯酸 酯、聚乙烯、聚氧化乙烯、聚硅酸盐、聚碳酸酯、特氟隆(聚四氟乙烯树 脂)，碳氟化合物、尼龙、硅橡胶、聚酐、聚乙醇酸、聚乳酸、聚原酸酯、 官能化硅烷、聚丙基延胡索酸盐(polypropylfumerate)、胶原、糖胺聚糖 和聚氨基酸。固态基质可为任何可用的形式，包括薄膜、膜、瓶、盘、纤 维、编织纤维、成型聚合物、颗粒、微球、微颗粒或它们的组合。固态基 质和固体支持物可为有孔的和无孔的。芯片是一小片长方形或正方形的材 料。优选的固态基质的形式为薄膜、微球或芯片。一种可用于固态基质的 形式是微量滴定板。在一些实施方案中，可以使用多孔玻璃板。
阵列可包括多个固定于固体支持物的确定位置或预定位置的核糖开 关、触发分子、其他分子、化合物或探针。固体支持物上的每个预定位置 通常具有一种类型的组件(即在该位置的所有组件都是相同的)。或者，在 固体支持物上的同一预定位置可以固定化多种类型的组件。每一位置可以 具有给定组件的多个拷贝。在固体支持物上的不同组件的空间隔离使得可 以进行分别的检测和识别。
固体支持物为一个单独的单位或结构虽然是有用的，但不是必需的。 一系列的核糖开关、触发分子、其他分子、化合物和/或探针可以分布于任 意数目的固体支持物上。例如，一种极端的情况是每一个组件可被固定于 分离的反应管或容器中，或在分离的微球或微颗粒上。
将寡核苷酸固定化于固态基质的方法已广为人知。可使用已知的偶联 方法将包括定位探针(address probe)和检测探针的寡核苷酸偶联至基质 上。例如，合适的固定方法描述于Pease et al，Proc.Natl.Acad.Sci. USA 91(11)：5022-5026(1994)和Khrapko et al.，MoI Biol(Mosk)(USSR) 25：718-730(1991)。一种将3’-胺寡核苷酸固定于酪蛋白包被的玻片上的 方法描述于Stimpson et al，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 92：6379-6383 (1995)。一种将寡核苷酸附着于固态基质上的可用的方法描述于Guoet al， Nucleic Acids Res.22：5456-5465(1994)。
固定于固体支持物上的每一组件(例如，核糖开关、触发分子或其他 分子)可以位于固体支持物的不同预定区域。不同的位置可以是不同的反 应室。每一不同的预定区域可以与其他不同的预定区域在物理上彼此分离。 固体支持物上的不同预定区域之间的距离可以是固定的，也可以是可变的。 例如，在阵列中每一组件可以彼此之间以固定距离排列，而与微球相连接 的组件就不会有固定的空间关系。特别地，多个固体支持物单位(例如多 个微球)的使用方式会导致不同的距离。
组件可以以任何密度连接于或固定于固体支持物上。组件固定于固体 支持物上的密度可以超过每立方厘米400个不同组件。组件的阵列可以有 任何数目的组件。例如，阵列可以具有至少1,000个固定于固体支持物的 不同组件、至少10,000个固定于固体支持物的不同组件、至少100,000个 固定于固体支持物的不同组件或至少1,000,000个固定于固体支持物的不 同组件.
M.试剂盒
上文所述的材料和其他材料可以以任意合适的组合被包装在一起，作 为用于进行或辅助进行所公开方法的试剂盒。如果给定试剂盒被设计和调 整为在所公开的方法中一起使用将是有用的。例如公开了用于检测化合物 的试剂盒，该试剂盒包括一种或多种生物传感器核糖开关。该试剂盒还可 包括检测核糖开关的激活的试剂和标签。
N.混合物
公开了通过实行或准备实行所公开方法而形成的混合物。例如，公开 了包括核糖开关和触发分子的混合物。
不论何时，只要方法包括使组合物或组件或试剂混合或相接触，实行 该方法就会产生多种不同的混合物。例如，如果方法包括3个混合步骤， 如果各步骤分别进行，则在上述步骤的每一步之后都会形成一种特有的混 合物。此外，不论各步骤如何进行，在所有步骤完成之后也会形成一种混 合物。本发明的公开内容考虑了由实行所公开方法所获得的这些混合物， 以及含有例如本文所公开的试剂、组合物或组件的混合物。
O.系统
公开了用于实行或辅助实行所公开方法的系统。系统通常包括制造的 物体的组合例如结构、机械、装置等，以及组合物、化合物、材料等。这 些组合为已公开的或从公开考虑的内容可以显而易见的。例如，公开了和 考虑了包括生物传感器核糖开关、固体支持物和信号读取装置的系统。
P.数据结构和计算机控制
公开了所公开方法中使用的、由所公开方法产生的或从所公开方法中 产生的数据结构。数据结构通常可为在组合物或介质中采集、编组、储存 和/或体现的任何形式的数据、信息和/或对象。以例如RAM或存储磁盘的 电子形式储存的核糖开关的结构和激活测量结果就是一种类型的数据结 构。
所公开的方法或其任意部分或由该方法制备的制品，都可以通过计算 机控制来进行控制、管理或辅助。这类计算机控制可以通过计算机控制过 程或方法来实现，可以使用和/或产生数据结构，并可以使用计算机程序。 这类计算机控制、计算机控制的过程、数据结构和计算机程序都被考虑到 并应理解为在本文中被公开。
方法
公开了用于激活、失活或阻断核糖开关的方法。这类方法可包括例如 使核糖开关和可激活、失活或阻断该核糖开关的化合物或触发分子相接触。 核糖开关通过触发分子的结合或移除来发挥控制基因表达的功能。化合物 可用于激活、失活或阻断核糖开关。核糖开关的触发分子(以及其他的激 活化合物)可被用于激活核糖开关。通常可使用触发分子以外的化合物来 失活或阻断核糖开关。还可以通过例如从核糖开关所在处移除触发分子 来失活核糖开关。因此，所公开的失活核糖开关的方法可以包括例如从核 糖开关所在的位置或与核糖开关接触的位置移除触发分子(或其他激活 化合物)。可以通过不激活核糖开关的触发分子类似物的结合来阻断核糖开 关。
还公开了通过使化合物与RNA分子相接触，从而改变RNA分子表达 或改变编码RNA分子的基因表达的方法，其中所述RNA分子包括核糖开 关。核糖开关通过结合或移除触发分子而实现控制基因表达的功能。因 此，将包括核糖开关的目的RNA分子置于可激活、失活或阻断核糖开关 的条件下就可用来改变RNA的表达。例如转录终止或核糖体与RNA的结 合被阻断可以导致表达被改变。根据核糖开关的性质，与触发分子的结 合可以减少或阻止RNA分子的表达或者促进或增加RNA分子的表达。
还公开了通过将核糖开关与RNA分子可操作地连接，来调节RNA分子 或编码NRA分子的基因的表达的方法。核糖开关可与RNA分子以任何合适 的方式可操作地连接，所述方式包括例如通过将核糖开关与RNA分子物理 连接，或者通过将编码RNA分子的基因用基因工程改造使其包括和编码核 糖开关，这样由基因工程改造的核酸产生的RNA就具有了与RNA分子可操 作连接的核糖开关。将与目的RNA分子可操作连接的核糖开关置于可激 活、失活或阻断核糖开关的条件下就可用来改变RNA的表达。
还公开了通过激活、失活或阻断核糖开关，来调节含有核糖开关的天 然存在的基因或RNA的表达的方法。如果该基因对含有该基因的细胞或生 物的存活而言十分重要，那么激活、失活或阻断该核糖开关可导致细胞或 生物的死亡、停滞或虚弱。例如(如果该核糖开关的激活关闭或抑制表达)， 激活某个对微生物的存活而言十分重要的天然存在的基因中的天然存在的 核糖开关，可能导致该微生物的死亡。这是所公开的化合物和方法用于抗 微生物和抗生素效果的一个理论基础。
还公开了通过激活、失活或阻断核糖开关，来调节含有核糖开关的分 离的、基因工程改造的或重组的基因或RNA的表达的方法。基因或RNA可 通过任何方式进行基因工程改造或重组。例如，核糖开关和RNA的编码区 域可以是异源的，核糖开关可被重组或嵌合或二者均有。如果基因编码一 种所需的表达产物，则激活或失活该核糖开关可被用于诱导该基因的表达， 并由此导致表达产物的产生。如果该基因编码对于基因表达或另一细胞过 程的一种诱导物或抑制物，则激活、失活或阻断该核糖开关可导致其他被 调节基因或细胞过程的诱导、抑制或脱抑制。已知多种这样的次级调节效 应，它们也可适用于核糖开关。核糖开关作为这类调节的初级控制的一个 优势是核糖开关的触发分子可为小的非抗原性分子。
还公开了通过将适体结构域与核糖开关的表达平台结构域可操作地连 接(为嵌合核糖开关)，来改变核糖开关的调节的方法。这样该适体结构域 可以通过例如适体结构域的触发分子的作用介导核糖开关的调节。适体结 构域可以以任何合适的方式与核糖开关的表达平台结构域可操作地连接， 所述方式包括例如用新的适体结构域替换核糖开关的正常的或天然的适体 结构域。通常，可以激活、失活或阻断该适体结构域所来源的核糖开关的 任何化合物或条件都可被用于激活、失活或阻断该嵌合核糖开关。
还公开了通过共价改变核糖开关(通过例如交联核糖开关的部分或将 一种化合物偶联至核糖开关)来灭活核糖开关的方法和组合物。这种方式的 核糖开关的灭活可由例如一些改变来获得，所述改变阻止了核糖开关的触 发分子的结合，阻止了核糖开关与触发分子结合后的状态改变，或阻止了在 与触发分子结合后核糖开关的表达平台结构域对表达的影响。
还公开了筛选、设计或产生可以识别新的触发分子的新核糖开关和/ 或新适体的方法。这类方法可包括：在核糖开关中产生一系列适体变异体、 在目的化合物存在的条件下评估变异体核糖开关的激活、筛选被激活的变 异体核糖开关(或者例如筛选激活度最高或激活选择性最强的核糖开关) 和重复上述步骤，直至得到具有所需活性、特异性、活性和特异性的结合 或其他性质的结合的变异体核糖开关。还公开了由上述方法生产的核糖开 关和适体结构域。
功能性核酸分子的体外筛选和体外进化技术是已知的，并且可以适于 与核糖开关及其组件一起使用。可用的技术描述于例如下列文献中：A. Roth and R.R.Breaker(2003)Selection in vitro of allosteric ribozymes.In：Methods in Molecular Biology Series-Catalytic Nucleic acid Protocols(Sioud，M.，ed.)，Humana，Totowa，NJ；R.R. Breaker(2002)Engineered Allosteric Ribozymes as Biosensor Components.Curr.Opin.Biotechnol.13：31-39；G.M.Emilsson and R. R.Breaker(2002)Deoxyribozymes：New Activities and New Applications.Cell.Mol.Life Sci.59：596-607；Y.Li，R.R.Breaker (2001)In vitro Selection of Kinase and Ligase Deoxyribozymes. Methods 23：179-190；G.A.Soukup，R.R.Breaker(2000)Allosteric Ribozymes.In：Ribozymes：Biology and Biotechnology.R.K.Gaur and G.Krupp eds.Eaton Publishing；G.A.Soukup，R.R.Breaker(2000) Allosteric Nucleic Acid Catalysts.Curr.Opin.Struct.Biol. 10：318-325；G.A.Soukup，R.R.Breaker(1999)Nucleic Acid Molecular Switches.Trends Biotechnol.17：469-476；R.R.Breaker(1999)In vitro Selection of Self-cleaving Ribozymes and Deoxyribozymes.In： Intracellular Ribozyme Applications：Principles and Protocols.L. Couture，J.Rossi eds.Horizon Scientific Press，Norfolk，England； R.R.Breaker(1997)In vitro Selection of Catalytic Polynucleotides. Chem.Rev.97：371-390；以及它们的参考文献，上述出版物的每一篇基于 它们对于体外筛选和进化技术的描述而被特别地以援引的方式纳入本文。
还公开了用于筛选和识别可以激活、失活或阻断核糖开关的化合物 的方法。核糖开关的激活指的是结合触发分子后核糖开关状态的改变。 核糖开关可被触发分子以外的其他化合物激活和以结合触发分子以外的 其它方式激活。本文使用的术语触发分子指的是可以激活核糖开关的分 子和化合物。这包括核糖开关的天然或正常的触发分子和其它可激活核 糖开关的化合物。天然或正常的触发分子是指给定的天然核糖开关的触 发分子，或者对于一些非天然核糖开关而言，是指设计该核糖开关时所 针对的触发分子或筛选该核糖开关时使用的触发分子(筛选通过例如体 外筛选或体外进化技术)。非天然触发分子可被称为非天然触发分子。
还公开了识别与核糖开关相互作用的化合物的方法，包括利用待测 化合物和核糖开关的原子结构进行建模并确定待测化合物与核糖开关是 否相互作用。确定待测化合物与核糖开关是否相互作用可通过例如本文 其他部分所述的确定核糖开关模型中待测化合物的预计最小相互作用 能、预计结合常数、预计解离常数或它们的组合来实现。确定待测化合 物与核糖开关是否相互作用还可通过例如测定待测化合物和核糖开关模 型中的一个或多个预计的键、一种或多种预计的相互作用或它们的组合 来实现。预计的相互作用可以选自例如前文所述的范德华相互作用、氢 键、静电相互作用、疏水相互作用或它们的组合。在一个实例中，核糖 开关是鸟嘌呤核糖开关。
在测定与核糖开关的相互作用时可以测定原子接触，由此测定待测化 合物与核糖开关的相互作用。可以识别待测化合物的类似物，并可以确定 待测化合物的类似物是否与核糖开关相互作用。
还公开了杀死或抑制细菌的方法，包括将细菌与本文公开的化合物或 由本文公开方法识别的化合物相接触。
还公开了识别与核糖开关相互作用的化合物的方法，包括：识别核糖 开关的晶体结构、用核糖开关与待测化合物建模和确定待测化合物是否与 核糖开关相互作用。核糖开关的失活指的是触发分子不再结合时核糖开关 的状态的改变。核糖开关可通过与触发分子以外的其他化合物结合失活 和以移除触发分子以外的其它方式失活。核糖开关的阻断指的是核糖开 关的一种状态或情况，此时存在触发分子却不激活核糖开关。
还公开了识别可激活、失活或阻断核糖开关的化合物的方法。例如，可 以通过使待测化合物和核糖开关相接触并评估核糖开关的激活来识别可激 活核糖开关的化合物。如果核糖开关被激活，则待测化合物被识别为可激活 核糖开关的化合物。可以以任意合适的方式评估核糖开关的激活。例如，核 糖开关可以与报告RNA相连接，并可在存在和不存在待测化合物的条件下 测量报告RNA的表达、表达水平或表达水平的改变。作为另一个实例，核 糖开关可包括构象依赖性标签，由该标签产生的信号依赖于核糖开关的激 活状态。优选地，这种核糖开关使用天然存在的核糖开关的适体结构域或 由天然存在的核糖开关衍生的适体结构域。由此可见，可以使用对照测定 或测量或者不使用对照测定或测量来进行核糖开关激活的评估。识别可以 失活核糖的开关化合物的方法可以以类似的方式进行。
除了本文其他部分公开的方法之外，对阻断核糖开关的化合物的识别 可以以任何合适的方式完成。例如，可以在存在已知可激活或失活核糖开 关的化合物以及存在待测化合物的条件下来进行用于评估核糖开关的激活 或失活的分析。如果没有观察到如同在不存在待测化合物的情况下应当观 察到的激活或失活情况，则该待测化合物被识别为可阻断核糖开关的激活 或失活的化合物。
还公开了使用生物传感器核糖开关检测化合物的方法。该方法可包括 使待测样本和生物传感器核糖开关相接触，并评估生物传感器核糖开关的 激活。生物传感器核糖开关的激活表明在待测样本中存在该生物传感器核 糖开关的触发分子。生物传感器核糖开关是经过基因工程改造的核糖开关， 它们在存在它们的同种触发分子时产生可检出的信号。可用的生物传感器 核糖开关可以在触发分子达到或超过阈值水平时被触发。生物传感器核糖 开关可被设计为体内应用或体外应用。例如，报告RNA编码作为信号的蛋 白质或参与产生信号的蛋白质，与该报告RNA可操作地连接的生物传感器 核糖开关可在体内被用于通过基因工程改造细胞或生物，使其含有编码核 糖开关/报告RNA的核酸构建体。用于体外的生物传感器核糖开关的一个实 例是包括构象依赖性标签的核糖开关，由该标签产生的信号依赖于核糖开 关的激活状态。优选地，这种生物传感器核糖开关使用天然存在的核糖开 关的适体结构域或由天然存在的核糖开关衍生的适体结构域。
生物传感器核糖开关可被用于监测变化的条件，因为当触发分子的浓 度降低时核糖开关的激活是可逆的，所以信号会随着触发分子浓度的变化 而变化。可以通过基因工程改造出对触发分子有不同解离常数的核糖开关， 从而得到不同的可检测的触发分子浓度范围。这可以容易地通过例如“降 解”对触发分子具有高亲和力的核糖开关的敏感度来实现。通过在同一感 受器或测定中使用不同敏感度的多个生物传感器核糖开关可以监测浓度的 范围。
还公开了由识别激活、失活或阻断核糖开关的化合物和对识别出的化 合物进行加工而制备的复合物。这可以通过例如将本文其他部分公开的化 合物识别方法与对识别出的化合物进行加工的方法结合使用而实现。例如， 可通过下述方法制备复合物：使待测化合物和核糖开关相接触，评估核糖 开关的激活，以及如果核糖开关被待测化合物激活，则制备该激活核糖开 关待测化合物作为复合物。
还公开了由核实某种化合物对核糖开关的激活、失活或阻断作用和对 经核实的化合物进行加工而制备的复合物。这可以通过例如将本文其他部 分公开的化合物激活、失活或阻断评估方法与对经核实化合物的加工方法 结合使用而实现。例如，可通过下述方法制备复合物：使待测化合物和核 糖开关相接触，评估核糖开关的激活，以及如果核糖开关被待测化合物激 活，则制备该激活核糖开关待测化合物作为复合物。核实化合物激活、失 活或阻断核糖开关的能力指的是对以前并不知道可否激活、失活或阻断核 糖开关的化合物的鉴定，以及对已知可激活、失活或阻断核糖开关的化合 物激活、失活或阻断核糖开关的能力的评估。
公开了一种检测目的化合物的方法，所述方法包括将样本与核糖开关 相接触，其中核糖开关被目的化合物激活，其中核糖开关在被目的化合物 激活时产生信号，其中当样本中含有目的化合物时核糖开关产生信号。核 糖开关可在被目的化合物激活时改变构象，其中构象的改变会通过构象依 赖性标签产生信号。核糖开关可在被目的化合物激活时改变构象，其中构 象的改变导致与核糖开关相连的RNA的表达的改变，其中表达的改变产生 信号。信号可以由与核糖开关相连的RNA表达的报告蛋白产生。
公开了一种方法，包括(a)检测可以抑制编码包括核糖开关的RNA的基 因的基因表达的化合物，其中所述的抑制是通过核糖开关实现，以及(b) 通过使细胞与步骤(a)中可以抑制基因表达的化合物相接触来抑制基因表 达，其中所述细胞包括编码包括核糖开关的RNA的基因，其中所述化合物 通过与核糖开关结合而抑制基因的表达。
还公开了一种识别核糖开关的方法，所述方法包括在存在和不存在化 合物的条件下评估RNA分子的内嵌(in-line)自主切割，其中RNA分子由 被化合物调节的基因所编码，其中RNA分子的内嵌自主切割模式的改变表 明存在核糖开关。
A.抗微生物化合物的识别
核糖开关是为了结合小有机分子而进化出的新一类结构性RNA。核糖 开关的天然结合袋可被代谢物类似物或被模拟天然代谢物形状-空间的化 合物所靶向。核糖开关(1)存在于许多革兰氏阳性细菌和包括炭疽芽孢杆菌 (Bacillus anthracis)的革兰氏阴性细菌中，(2)是这些细菌中基因表达 的基本调节物，(3)存在多个拷贝，不太可能同时出现抗性，以及(4)还未 证实存在于人体中。这种特征的组合使得核糖开关很有希望成为新型抗微 生物化合物的靶标。而且，核糖开关的小分子配体提供了用于衍生生产药 物候选物的有用位点。一些核糖开关的分布示于美国专利申请公布No. 2005-0053951的表1中。
当识别了一类核糖开关而且(通过例如测定在靶标生物中有多少基因 被这一类核糖开关所调节)评估了它作为药物靶标的潜力之后，就可以识 别候选物分子。
有两种化合物在多年以前就已知它们可以杀死细菌，现已确定它们是 通过结合核糖开关而起作用。具体而言，化合物氨乙基半胱氨酸(赖氨酸 的类似物)结合细菌的赖氨酸核糖开关，并阻止赖氨酸生物合成中所需的 基因的表达。类似地，化合物吡啶硫胺素(硫胺素的类似物)被细菌细胞 二磷酸化而生成吡啶硫胺素焦磷酸。吡啶硫胺素焦磷酸是硫胺素焦磷酸 (TPP)的模拟物，它由于结合TPP核糖开关而对细菌有毒性。因此，通过 应用现代药物开发策略靶向核糖开关可以使得发现一类新的抗生素化合 物。可以入本文公开的那样使用基于结构的药物设计方法以产生可以结合 核糖开关并触发其变构作用的代谢物。
细菌的药物抗性株的出现加强了对识别新型抗生素的需要。抗核糖开 关药物代表了抗菌作用的一种模式，它由于下述理由而引起了人们的极大 兴趣。核糖开关控制了基础代谢过程的关键基因的表达。因此用药物对这 些基因控制元件进行处理可得到新的抗生素。核糖开关还带有进化为选择 性结合代谢物的RNA结构，因此这些RNA受体像蛋白质酶类和受体一样成 为了良好的药物靶标。此外，已显示上述的两种抗微生物化合物通过失活 抗生素抗性而杀死细菌，该抗生素抗性是通过RNA靶标的突变而出现的。 至少有11类高度保守的核糖开关存在于多种细菌中，提供了许多药物靶 标。
许多来源于革兰氏阳性和革兰氏阴性谱系的生物具有多种类型的核糖 开关(参见美国专利申请公布No.2005-0053951)。大部分致病性生物例 如葡萄球菌以及大部分与生物恐怖主义相关的生物例如炭疽芽孢杆菌都富 含核糖开关。如本文所公开的那样，已经详尽解析了鸟嘌呤核糖开关的原 子分辨结构模型，这使得可以使用基于结构的设计方法来产生结合核糖开 关的化合物。具体而言，鸟嘌呤核糖开关结合位点的模型显示存在着两条 能够进行配体修饰的通道(图12A)。通过对鸟嘌呤的N2位置或O6位置 进行化学修饰，产生了26种鸟嘌呤类似物，几乎所有测试过的类似物都能 以低纳摩尔级的解离常数结合该核糖开关。图12B显示了在N2位置和O6 位置进行修饰而合成的鸟嘌呤类似物的结构。这些化合物中的大多数都利 用了枯草芽孢杆菌鸟嘌呤核糖开关适体结构域或结合位点模型中的分子识 别“盲点”。成功的化合物可用作骨架，在该骨架上可以进一步引入化学变 异体以产生无毒性、可生物利用的、高亲和性抗核糖开关化合物。
下面利用SAM核糖开关(参见美国专利申请公布No.2005-0053951 的实施例7)对上述内容进行一些说明。SAM类似物是用稳定的基于硫的连 接(YBD-2和YBD-3)替换了反应活性的甲基和锍离子中心，它可被核糖开 关以足够的亲和力(低至中纳摩尔级)识别，从而作为其他SAM类似物合 成的平台。另外，可以合成和测试各种的连接类似物(基于N和C的连接)， 以提供制备氨基酸和核苷衍生物的最佳平台。
SAM的亚砜和砜衍生物可用于产生类似物。例如可使用Ronald T. Borchardt and Yih Shiong Wu，Potential inhibitor of S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase.1.Modification of the amino acid portion of S-adenosylhomocysteine.J.Med.Chem. 17，862-868，1974中所述的已验证的合成方法。这些和其它类似物的合 成和结合测试可以连续地进行或按小组进行。可以在化合物识别过程中， 基于每一轮验证的识别决定簇来设计其他的SAM类似物。可以如本文其他 部分所述的那样对枯草芽孢杆菌和炭疽芽孢杆菌的核糖开关RNA进行简单 的结合测试。也可以进行更高级的测试。
最有希望的SAM类似物前药化合物必须在保持代谢惰性的前提下能进 入细菌细胞并结合核糖开关。此外，可用的SAM类似物必须紧密地结合核 糖开关，但在对蛋白质酶类的活性位点的结合上又必须不如SAM，否则就 会有在患者细胞中产生不期望的毒性作用的危险。作为对这一方面的预先 评估，可以测试具有阻碍枯草芽孢杆菌生长的能力但又不影响大肠杆菌培 养物(大肠杆菌利用SAM但不具有SAM核糖开关)的化合物。为了筛选前 药化合物候选物，可以按下列方式平行培养细菌培养物：
1.可在最低葡萄糖培养基上培养枯草芽孢杆菌，并且不添加外源的 SAM类似物。
2.可在最低葡萄糖培养基上培养枯草芽孢杆菌，并且添加外源的SAM 类似物(可选择高剂量，然后设计重复试验来测试推断的药物化合物的浓 度范围)。
3.可在最低葡萄糖培养基上培养大肠杆菌，并且添加外源的SAM类似 物(可选择高剂量，然后设计重复试验来测试推断的药物化合物的浓度范 围)。
可以通过测量细胞倍增时间来比较各种培养物的适应程度。可以使用 在微量滴定板生长的培养物来测试药物化合物的浓度范围，并使用来自另 一实验室的微量滴定板读数仪来进行分析。预计培养物1生长较好。抑制 培养物2的药物可能抑制或不抑制培养物3。可以以较宽浓度范围类似地 抑制培养物2和培养物3的药物可以反映出外源化合物诱导的普遍毒性(即 与核糖开关抑制一起或者代替核糖开关抑制而对多种不同的细胞过程进行 抑制)。这种筛选中识别的成功的药物候选物应不抑制大肠杆菌或仅在很高 剂量时抑制大肠杆菌，而能在低得多的浓度(相差超过10倍)时抑制枯草 芽孢杆菌。
由于识别了SAM上的衍生位点，要有效地识别前药化合物就需要对合 适的SAM类似物或者类属化学文库进行大规模筛选。可以使用核酸基因工 程的原理通过一种或两种不同的方法进行高通量筛选。将下列的两种应光 感受器设计调整为便于进行高通量筛选的模式可以适于使用固定化方法或 基于溶液的方法。
一种产生报告物的方式是通过附加一个在SAM结合核糖开关后能催化 荧光标签释放的结构域，从而赋予核糖开关第三种功能。在最后的报告物 构建体中，上述的催化结构域可以通过一个通信区(communication module)连接到yitJSAM核糖开关上，所述通信区通过使催化结构域正确 折叠而产生荧光新号，从而传播配体结合事件。这可通过下述方式实现。
SAM核糖报告物混合设计：使用合适的DNA模板和引物序列，通过PCR 扩增构建用于体外转录为RNA的DNA模板。在该构建体中，随机化构建锤 头结构(SAM适体的P1茎)的茎II以代表2.5亿种以上的可能的序列组合。 其中有一些将不可避免地仅在适体结合SAM或相关高亲和力类似物时具有 核酶的功能。这该构建体群中的每种分子在除随机结构域之外的序列上都 是相同的，而在随机结构域中，构建体群的每种可能的序列组合都有多个 拷贝作为代表。
SAM核糖报告物筛选：体外筛选步骤可为下列步骤的重复过程：
1.用标准方法体外转录RNA。加入[α-32P]UTP以使得整个RNA分子 都具有放射性。
2.用标准方法在变性PAGE上纯化全长RNA。
3.在含有催化活性所需的足量的镁(20mM)、但不含有SAM的阴性筛 选缓冲液中孵育全长RNA(约100pmol)。在室温下(约23℃)孵育4小时， 需要时使用热循环或碱性变性剂以防止自在分子(selfish molecule)的 出现。
4.在变性PAGE上纯化全长RNA，并弃去不存在SAM的条件下发生反 应的RNA。
5.在含有20mM Mg2+和SAM(在23℃时pH 7.5)的阳性筛选缓冲液中 孵育。室温下孵育20分钟。
6.在变性PAGE上纯化被切割的RNA，以回收结合了SAM并允许RNA 自切割的核糖开关。
7.将RNA反转录为DNA。
8.使用可将RNA的被切割部分重新引入的引物，对DNA进行PCR扩增。
步骤4中的SAM的浓度在最开始可为100μM，并随着筛选过程逐渐降 低。回收成功的通信区的步骤可以通过在步骤6的纯化胶上观察到的切割 物的数量来评估。当构建体群在10nM的SAM条件(亲本核酶和核糖开关活 性最大的条件)下达到100％切割时，或者当构建体群的活性达到平台期即 在多轮筛选后都不再增加时，就可以结束筛选。然后可对最后的群测序。 可以测定个别的通信区克隆，以便在存在SAM的条件下筛选构建体的过程 中产生荧光信号。
还可以通过核糖开关介导的分子信标的触发来产生荧光信号。在这种 设计中，核糖开关的构象改变导致了原先折叠状态的带有荧光剂和淬灭剂 的分子信标打开折叠，并通过与核糖开关形成螺旋而使荧光剂远离淬灭剂。 由于这一方法可以利用配体介导的参与转录控制的终止子和抗终止子茎的 形成，因此这一机制可以容易的应用于现有的核糖开关。
为了使用核糖开关通过结合分子信标来报告配体的结合，必须经验性 地确定合适的构建体。可以系统性地测试分子信标的最佳长度和核苷酸组 成以及它在核糖开关上的结合位点，以便获得最高的信噪比。可以通过将 不同SAM类似物与分子信标偶联核糖开关的表观结合亲和力(通过荧光信 号产生的水平测定)与由标准串联标记测定的结合常数进行比较，从而确 定该测定的有效性。
具体实施方案
公开了天然鸟嘌呤应答性核糖开关的原子结构，包括图6所示的原子 结构。原子结构的原子坐标可包括图6中所示的原子的表6中所列的原子 坐标。原子结构的原子坐标可包括表6中所列的原子坐标。
还公开了识别与核糖开关相互作用的化合物的方法，包括：(a)利用 权利要求1的原子结构和待测化合物进行建模；(b)确定待测化合物与核 糖开关是否相互作用。
还公开了识别与核糖开关相互作用的化合物的方法，包括将核糖开 关与待测化合物相接触，其中当核糖开关与待测化合物相互作用时会产生 荧光信号。
还公开了杀死细菌的方法，包括将细菌和与核糖开关相互作用的化合 物的类似物相接触。
还公开了杀死细菌的方法，包括将细菌和与核糖开关相互作用的化合 物相接触。
还公开了识别与核糖开关相互作用的化合物的方法，包括：(a)识别 核糖开关的晶体结构；(b)利用核糖开关和待测化合物进行建模；和(c) 确定待测化合物与核糖开关是否相互作用。
还公开了可调节的基因表达构建体，包括编码一种RNA的核酸分子， 所述RNA含有与编码区可操作地连接的核糖开关，其中所述核糖开关为表 5中所列的核糖开关，其中所述核糖开关调节RNA的表达，其中所述核糖 开关和编码区为异源的。
还公开了检测目的化合物的方法，所述方法包括使样本与核糖开关相 接触，其中所述核糖开关为表5中所列的核糖开关，其中所述核糖开关被 目的化合物激活，其中所述核糖开关在被目的化合物激活时产生荧光信号， 其中所述核糖开关在样本中含有目的化合物时产生信号。
还公开了一种方法，包括：(a)检测可以抑制编码包括核糖开关的RNA 的基因的基因表达的化合物，其中所述核糖开关为表5中所列的核糖开关， 其中所述的抑制是通过核糖开关实现，以及(b)通过使细胞与步骤(a)中可 以抑制基因表达的化合物相接触来抑制基因表达，其中所述细胞包括编码 包括核糖开关的RNA的基因，其中所述化合物通过与核糖开关结合而抑制 基因的表达。
确定待测化合物是否与核糖开关相互作用，可以包括确定核糖开关模 型中待测化合物的预计最小相互作用能、预计结合常数、预计解离常数 或它们的组合。确定待测化合物与核糖开关是否相互作用可以包括测定 待测化合物和核糖开关模型中的一个或多个预计的键、一种或多种预计 的相互作用或它们的组合。核糖开关可为鸟嘌呤核糖开关。鸟嘌呤核糖开 关可为表5中的核糖开关。可以通过对核糖开关和待测化合物建模来确定 原子接触，并由此确定待测化合物与核糖开关的相互作用
上述方法还可包括下述步骤：(c)识别待测化合物的类似物；(d)确定 待测化合物的类似物是否与核糖开关相互作用。所述化合物可为次黄嘌呤。 可以使用基于凝胶的分析来确定待测化合物是否与核糖开关相互作用。可 以使用基于芯片的分析来确定待测化合物是否与核糖开关相互作用。
待测化合物的相互作用可以为范德华相互作用、氢键、静电相互作用、 疏水相互作用或者它们的组合。核糖开关可以包括RNA切割性核酶。当含 有淬灭部分的核酸被切割时可以产生荧光信号。可以使用分子信标技术来 产生荧光信号。可以使用高通量筛选来实行该方法。
核糖开关可为鸟嘌呤核糖开关。鸟嘌呤核糖开关可为表5中的核糖开 关。核糖开关可被触发分子激活，其中所述核糖开关在被触发分子激活时 产生信号。核糖开关在被目的化合物激活时可改变构象，其中构象的改变 通过构象依赖性标签产生信号。核糖开关在被目的化合物激活时可改变构 象，其中构象的改变导致与核糖开关相连的RNA的表达改变，其中所述表 达改变产生信号。信号可由与核糖开关相连的RNA表达的报告蛋白产生。 实施例
A.实施例1：天然鸟嘌呤应答性核糖开关与代谢物次黄嘌呤形成的复合 物的结构
为了理解天然生物传感器如何发挥功能，通过X射线晶体学解析了与 鸟嘌呤应答性核糖开关的生物学相关配体--次黄嘌呤结合的鸟嘌呤结合 结构域的结构(表2和图12A)。在结合次黄嘌呤的状态下，该RNA采用了 下述三维折叠形式：其中末端环(L2和L3)形成一系列互相连接的氢键(见 图5中的对比图)，以使得P2和P3螺旋彼此平行(图5C)。由于核糖-磷 酸骨架区域的并列排布导致的不希望的静电相互作用通过两个骨架间一些 正离子的结合而被中和(图10)。RNA的球面螺旋排布的定位通过三向接合 (three-way junction)周围的许多三级接触完成，所述三级接触主要有： J2/3环(图5C)与结合的次黄嘌呤相互作用、P1螺旋、以及J1/2环与J3/1 环。
通过三向接合元件中的和元件周围的保守核苷酸形成嘌呤结合袋。这 些核苷酸通过形成上述和下述的两个系列的碱基三聚体辅助限制了嘌呤结 合袋(图5A)。该袋的3’侧侧翼带有水介导的U22-A52A73碱基三聚体和 A23G46-C53三聚体；这两种情况下腺苷的Watson-Crick面都与 Watson-Crick对的小沟相互作用(图6A)。通过螺旋P1(U20-A76和A21-U75) 顶部的保守Watson-Crick对分别和U49和C50的Watson-Crick面之间的 连续碱基三聚体形成另一侧，这使得J2/3环紧贴P1螺旋。这种碱基三聚 体形成配体结合位点的推广应用非常类似于体外筛选的识别平面环系统的 RNA适体，示例性的结构例如茶碱结合物(Zimmermann，G.R.，Jenison，R. D.，Wick，C.L.，Sirnmorre，J.-P.&Pardi，A.Interlocking structural motifs mediate molecular discrimination by a theophylline-binding RNA.Nature Struct.Biol.4，644-649(1997))、FMN结合物(Fan，P.， Suri，A.K.，Fiala，R.，Live，D.&Patel，D.J.Molecular recognition in the FMN-RNA aptamer complex.J.MoI.Biol.258，480-500(1996)) 和孔雀绿结合物(Baugh，C，Grate，D.&Wilson，C.2.8 A crystal structure of the malachite green aptamer.J.MoI.Biol.301，117-128 (2000))。因此，人工筛选的RNA应用的形成小分子配体结合位点的原理与 它们天然存在的对应物相同。
核苷酸U22、U47、U51和C74形成直接堆积在P1螺旋上的碱基四聚体， 次黄嘌呤通过与上述四个核苷酸形成广泛的氢键系列而结合(图6B)。该 结构清楚地显示mRNA接触到了配体的所有官能团，这样就能解释在生物化 学研究中观察到的次黄嘌呤的特异性(Mandal，M.&Breaker，R.R.Gene regulation by riboswithces.Nature Rev.Mol.Cell.Biol.5，451-463 (2004))。此外，由于在该结构中有一个空间可以容纳结合的嘌呤2-位上 的环外氨基，因此也很容易解释鸟嘌呤的结合。这一附加的官能团可以与 C74和U51的2-位上的羧基的氧原子形成氢键，这一点与这种核糖开关对 鸟嘌呤的亲和力比对次黄嘌呤的亲和力高10倍的事实相一致。
最显著的特征之一是配体几乎完全被RNA所包裹(图6C)：在复合物 中次黄嘌呤的97.8％的表面都不能被大量溶剂所接近。虽然在结构已被表 征的适体中还从未有过被识别的配体被RNA如此几乎完全利用的情况，但 是不包括将配体固定于固体支持物上的筛选策略(Koizumi，M.，Soukup，G. A.，Kerr，J.N.&Breaker，R.R.Allosteric selection of ribozymes that respond to the second mes sengers cGMP and cAMP.Nature Struct. Biol.6，1062-1071(1999))使得还有希望开发出能具有相似配体包埋度 的RNA。这一发现还表明，由于次黄嘌呤不可能像许多RNA-配体相互作用 中的那样接近已形成的结合位点(Leulliot，N.&Varani，G.Current topics in RNA-protein recognition：control of specificity and biological function through induced fit and conformational capture. Biochemistry 40，7947-7956(2001)；Williamson，J.R.Induced fit in RNA-protein recognition.Nature Struct.Biol.7，834-837(2000))， 因此，局部结合位点在与配体结合后一定经过了相当大的构象改变。最后， 这种嘌呤识别的模式也可以容易地解释下述事实：通过将74位核苷酸的胞 嘧啶突变为尿嘧啶，这个单点突变就可以将它的鸟嘌呤特异性变为腺嘌呤 特异性(Mandal，M.&Breaker，R.R.Adenine riboswitches and gene activation by disruption of a trancription terminator.Nature Struct. Mol.Biol.11，29-35(2004))。虽然Watson-Crick的配对优先性由鸟嘌 呤变为了腺嘌呤，但是嘌呤和RNA之间的其他的相互作用并没有变化。
通过独特的环-环相互作用而稳定了三级结构，所述环-环相互作用盖 住了P2和P3螺旋，该P2和P3螺旋被以前没有见到过的两类碱基四聚体 所限制。每一四聚体包括一个Watson-Crick配对和一个位于其小沟中的非 典型配对(G38-C60和G37-C61与A33A66和U34A65对分别相互作用；图 7A)。这种排布与腺苷在常见的I/II型A-minor三聚体基序中的A型螺旋 中的堆积方式有很大的相似性(Doherty，E.A.，Batey，R.T.，Masquida， B.&Doudna，J.A.A universal mode of helix packing in RNA.Nature Struct.Biol.8，339-343(2001)；Nissen，P.，Ippolito，J.A.，Ban， N.，Moore，P.B.&Steitz，T.A.RNA tertiary interactions in the large ribosomal subunit：the A-minor motif.Proc.Natl Acad.Sci USA 98，4899-4903(2001))。这八个核苷酸中任何一个的突变都会使固定环- 环相互作用的核心的复杂氢键网络被破坏，这就解释了它们严格的系统发 生学保守性。在这些四聚体上堆积了两个非典型配对，包括G62和U63之 间的并列相互作用，这类似于A-平台基序(Gate，J.H.et al.RNA tertiary structure mediation by adenosine platforms.Science 273， 1696-1699(1996))和突起-G基序(Correll，C.C，Beneken，J.， Plantinga，M.J.，Lubbers，M.&Chan，Y.L.The common and the distinctive features of the bulged-G motif based on a 1.04 A resolution RNA structure.Nucleic Acids Res.31，6806-6818(2003)) (图7B)。G62U63对通过和与其相对的环骨架之间形成氢键而更加稳定。
两个末端环之间的相互作用对于鸟嘌呤核糖开关的配体结合至关重 要。使用串联标记试验测定出的存在和不存在鸟嘌呤的情况下RNA的稳定 性的差异表明RNA三级结构的这一元件的形成并不依赖于鸟嘌呤或次黄嘌 呤。将野生型的环替换为稳定的UUCG四元环(Molinaro，M.&Tinoco，I. Jr Use of ultra stable UNCG tetraloop hairpins to fold RNA structures： thermodynamic and spectroscopic applications.Nucleic Acids Res.23， 3056-3063(1995)；图11)，这一替换消除了三级相互作用，使得核糖开 关失去了识别次黄嘌呤的能力；这表明它对于促进高亲和力相互作用至关 重要(图8)。因此，虽然这种三级相互作用并不直接接触配体，但是它对 于识别嘌呤的核糖开关的整体组织还是有意义的。类似地，具有环-环相互 作用的锤头核酶的天然序列显著地提高了它们在生理条件下的切割速度 (De Ia Pena，M.，Gago，S.&Flores，R.Peripheral regions of natrual hammerhead ribozymes greatly increase their self-cleavage activity. EMBO J.22，5561-5570(2003)；Khvorova，A.，Lescoute，A.，Westhof， E.&Jayasena，S.D.Sequence elements outside the hammerhead ribozyme catalytic core enable intracellular activity.Nature Struct.Biol.10，708-712(2003))。每种情况下，三级结构都使RNA局 限于某一种方式，该方式使得含有功能性位点的三向接合能够对生理浓度 的配体或Mg2+离子产生应答。
在Mg2+离子浓度很高(20mM MgCl2)的情况下，鸟嘌呤核糖开关对鸟嘌 呤和次黄嘌呤有相当高的亲和力(表观解离常数(Kd)分别为5nM和50nM)。 然而在大肠杆菌中，在嘌呤浓度为1-10μM时出现purR抑制子对xpt-pbuX 操纵子的转录的抑制应答。为确定核糖开关是否对可能反映生理水平的相 似浓度的嘌呤有应答，通过等温滴定量热法在不同离子条件下(表1)测 定了对于次黄嘌呤的亲和力。在更接近生理条件的离子强度条件下(0.25-1 mM Mg2+)，RNA表现出的对次黄嘌呤的亲和力(表观Kd＝3-4μM)与purR 抑制子蛋白(对于大肠杆菌变异体，表观Kd＝9μM)的相近(Choi，K.Y. &Zalkin，H.Structural characterization and corepressor binding of the Escherichia coli purine repressor.J.Bacteriol.174，6207-6214 (1992))。因此，基于RNA和基于蛋白质的调节机制看起来都被调节为对相 近的细胞内代谢物浓度有应答。
表1在30℃测定次黄嘌呤结合的热力学参数
MgCl2(mM) Kd(μM)* ΔHobs(kcal mol-1) ΔSobs(cal mol-1K-1) 20 5.0 1.0 0.25 0_ 0.732±0.034 1.84±0.094 2.99±0.19 4.00±0.19 ND -33.5±0.43 -28.4±0.48 -35.4±0.93 -41.9±0.39 ND -82 -67 -91 -113 ND
*报告误差表示与数据整合的非线性最小平方值的s.e.m，ND表示没有 可检出的结合。
*该反应中含有2mM Na2-EDTA。
该结构进一步表明了RNA是如何通过一种推断不依赖于Rho的转录 调节机制而将细胞内代谢物浓度转换为基因表达的变化的(Mandal，M.， Boese，B.，Barrick，J.E.，Winkler，W.C.&Breaker，R.R. riboswitches control fundamental biochemical pathways in Bacillus subtilis and other bacteria.Cell 113，577-586(2003)；Johansen， L.E.，Nygaard，P.，Lassen，C，Agerso，Y.&Saxild，H.H.Definition of a second Bacillus subtilis pur regulon comprising the pur and xpt-pbuX operons plus pbuG，nupG(yxj A)，and pbuE(ydhL).J. Bacteriol.185，5200-5209(2003))。起始的90个核苷酸的转录导致 了鸟嘌呤结合结构域的形成，与L2和L3环的相互作用使得开始形成RNA 的三级结构(图5B)。这使得三向接合基序部分形成以便有效地结合配体， 但是结合部分也必须在一定程度上解构以使得嘌呤可以进入结合袋。在 鸟嘌呤或次黄嘌呤的浓度足够高时，核碱基(nucleobase)与袋相结合， 通过堆积相互作用和与J2/3形成碱基三聚体使P1螺旋稳定化，并防止 P1核苷酸被引入抗终止子元件中。然后mRNA可形成一种典型的不依赖于 Rho的终止子茎-环和转录终点。与之相反，在细胞内鸟嘌呤或次黄嘌呤 的浓度较低时，分离的P1螺旋的3’侧会很容易地被转录而形成稳定的抗 终止子元件，促进继续转录。因此，次黄嘌呤对核糖开关十分重要，它 通过它稳定一种或另一种构象的能力使得核糖开关能指导mRNA按着两条 不同的途径折叠，生成细胞内鸟嘌呤、次黄嘌呤和黄嘌呤浓度的有效的 生物传感器。
1.方法
结晶：合成RNA并通过天然亲和标签纯化方法纯化RNA(Kieft，J.S. &Batey，R.T.A general method for rapid and nondenaturing purification of RNAs.RNA 10，988-995(2004))，并在含有10mM K+-HEPES(pH 7.5)和1mM次黄嘌呤的缓冲液进行交换。将上述溶液按1∶1 的比例与母液(含25％PEG3000(w/v)、200mM乙酸铵和10mM六氨合钴) 混合，并在室温下培养2-3周以生长晶体。
数据采集和处理：在母液中加入25％的2-甲基-2，4-戊二醇，在冷冻 保护的条件下对晶体以CuKα的波长进行单波长异常衍射；在至少1.8_ 的分辨率下可观察到清楚的衍射。使用D*TREK对数据进行索引、整合和 比例化(Pflugrath，J.W.The finer things in X-ray diffraction data collection.Acta Crystallogr.D 55，1718-1725(1999))，用SOLVE 识别重原子位点(Terwilliger，T.SOLVE and RESOLVE：automated structure solution，density modification and model building.J. Synchrotron Radiat.11，49-52(2004))，并用CNS进行细化(Brunger， A.T.et al.Crystallography&NMR system：a new software suite for macromolecular structure determination.Acta Crystallogr.D 54，905-921(1998))，以获得最终的Rxtal值为17.8％和Rfree值为22.8％ 的模型。该模型包括除A82以外的所有RNA原子和次黄嘌呤配体，对于 A82未观察到电子密度。
RNA合成和纯化：使用重叠DNA寡核苷酸(Integrated DNA Technologies)和标准方法构建了一个68个核苷酸的构建体，该构建体 包括枯草芽孢杆菌的pbuX-xpt操纵子的鸟嘌呤核糖开关序列。所得的 DNA片段在5’端和3’端分别含有EcoRI和NgoMDS限制性酶切位点，将该 片段连接到pRAV12质粒载体上(Kieft，J.S.&Batey，R.T.A general method for rapid and nondenaturing purification of RNAs.RNA 10， 988-995(2004))，该质粒载体是为了RNA的天然纯化而设计的；对所得 的载体进行测序验证。用PCR从该所得载体产生用于体外转录的DNA模 板，所述PCR使用的5’引物是针对T7 RNA聚合酶启动子的引物，3’引物 是带有纯化亲和标签的引物(5’：GCGCGCGAATTCTAATACGACTCACTATAG(SEQ ID NO：10)；3’：GGATCCTGCCCAGGGCTG(SEQ ID NO：11))。RNA转录的条 件如下：反应体系为12.5mL，包括30mM Tris-HCl(pH 8.0)、10mM DTT、 0.1％Triton X-100、0.1mM亚精胺-HCl、8mM的每种NTP、40mM MgCl2、 50μg/mL T7 RNA聚合酶和1mL的～0.5μM模板(Doudna，J.A. Preparation of homogeneous ribozyme RNA for crystallization. Methods Mol Biol 74，365-70(1997))，还添加了1单位/mL的无机焦 磷酸酶以抑制不可溶的焦磷酸镁的形成。反应体系在37℃培养1.5小时。 如前所述地进行RNA的天然纯化。在从亲和柱上洗脱下RNA之后，立即 用10,000MWCO离心过滤装置(Amicon，Ultra-15)进行浓缩。在所有的 RNA被浓缩至～500μL后，使用离心浓缩机将RNA对含有10mM K+-HEPES 和1mM次黄嘌呤，pH 7.5的15mL溶液交换三次，每次更换新液体。将 最后的RNA浓缩至450μM，用根据它的碱基组成计算出的消光系数和 260nm处的光吸收来判定其浓度。
RNA结晶：使用悬滴法获得鸟嘌呤核糖开关的结晶，其中RNA溶液按 1∶1的比例与储液混合，所述储液中含有10mM六氨合钴、200mM乙酸 铵和25％的PEG 2K。将结晶盘在室温下(23℃)培养，在7-14天后晶 体可达到它们的最大体积(0.05×0.05×0.2mm)。加入30μL含有25％ (v/v)2-甲基-2，4戊二醇(MPD)的母液5分钟并在液氮中快速冷冻以进行 晶体的冷冻保护。使用CuKα射线在内部X射线源(Rigaku MSC)上采集衍 射数据；用逆射线(inverse-beam)实验采集异常数据。使用 CrystalClear(Rigaku MSC)和D*TREK对数据进行索引、整合和比例化 (Pflugrath，J.W.The finer things in X-ray diffraction data collect ion. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 55，1718-1725 (1999))。该晶体属于C2空间群(spacegroup)(a＝132.30_，b＝35.25_， c＝42.23_，d＝90.95°)，每个不对称单位含有一个分子(所有的结晶学 统计值参见表2)。在后续的定相和细化中使用的所有数据都采集于一个 个体晶体。
定相和结构测定。使用单波长异常衍射(SAD)实验来确定相位 (Dauter，Z.，Dauter，M.&Dodson，E.Jolly SAD.Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 58，494-506(2002)；Rice，L.M.，Earnest，T. N.&Brunger，A.T.Single-wavelength anomalous diffraction phasing revisited.Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 56(Pt 11)， 1413-20(2000))，衍射数据延长至1.95_分辨率。在该实验中，钴被当 作重原子衍生物处理，它在CuKα波长时产生微弱的异常信号(f’＝- 2.464，f”＝3.608)。使用SOLVE(Terwilliger，T.SOLVE and RESOLVE： automated structure solution，density modification and model building.J Synchrotron Radiat 11，49-52(2004))，发现了一个含 10个重原子的解析图，优值(figure of merit)为0.38，评分为40.9。 使用这种重原子模型和其镜像并使用CNS来确定相位(Brunger，A.T.et al.Crystallography&NMR system：A new software suite for macromolecular structure determination.Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 54(Pt 5)，905-21(1998))，并用密度修饰进行改进。 仅有一种重原子模型产生了电子密度图谱，图谱中显示了清晰的骨架连 接和碱基堆积；这一图谱可以足够清晰地辨析RNA的主要部分。进行在O 中的重复建模轮次(Jones，T.A.，Zou，J.Y.，Cowan，S.W.& Kjeldgaard.Improved methods for building protein models in electron density maps and the location of errors in the semodels. Acta Crystallogr A 47(Pt2)，110-9(1991))和CNS中的细化，同时监 测Rfree值以保证该值在每一轮之后都有所改进。在RNA除了3’端的A82 以外的所有核苷酸都被建立起来之后，进行两轮水分选(water picking) 以将总共332个水分子置于模型中，使用的限制因素是每个溶剂与另一 原子的距离必须在氢键距离之内，而且B因子要小于80。这建模的这一 过程中，基于它们具有清晰的八面体配位构型的内层原子以及由异常差 异图谱验证的它们的位置，识别了12个六氨合钴离子；基于这一点还在 模型中定位了一个亚精胺和乙酸根离子。糖折叠被限制为C3’内式，但是 残基22、34、35、47、49和62上的糖折叠被限制为C2’内式。
等温滴定量热法。用于等温滴定量热法(ITC)(Leavitt，S.&Freire， E.Direct measurement of protein binding energetics by isothermal titration calorimetry.Curr Opin Struct Biol 11，560-6(2001)； Pierce，M.，Raman，C.S.&Nail，B.T.Isothermal titration calorimetry of protein-protein interactiohs.Methods 19，213-21 (1999))的RNA按上文所述地转录和纯化，并使用含有10mM K+-HEPES、 pH 7.5、100mM KCl和不同浓度的MgCl2的缓冲液在4℃完全透析24-48 小时。在透析后，将缓冲液用于制备次黄嘌呤溶液，次黄嘌呤浓度应近 似为RNA浓度的10倍(通常分别为约120μM和12μM)。所有实验均使 用Microcal MCS ITC装置在30℃下进行。在对RNA和次黄嘌呤溶液除气 之后，将29次注射、每次10μL的次黄嘌呤滴定到RNA样品中，以使得 最终得到的次黄嘌呤与RNA的摩尔比为2∶1至3∶1之间(Recht，M.I.& Williamson，J.R.Central domain assembly：thermodynamics and kinetics of S6 and S18 binding to an S15-RNA complex.J Mol Biol 313，35-48(2001))。使用Origin ITC软件(Microcal Software Inc.) 分析滴定数据，数据符合单位点结合模型。
表2：晶体学统计值
数据采集
空间群： C2
a，b，c 132.30，35.25，42.23_
β 90.95°
分辨率a 20-1.95_(2.02-1.95_)
波长 1.5418
完整百分率 92.9％(85.3％)
测量的反射 76，950
独特反射 25，789
平均冗余度 2.9(2.45)
I/σ 21.5(6.3)
Rsym b 3.7％(13.5％)
定相
定相力c 1.62(0.95)
Rcullis d 0.67
优值
SOLVE 0.38
密度修饰之后的CNS 0.86
细化
分辨率 20-1.95_(2.02-1.95_)
反射数目
工作系列 23，356(84.1％)
测试系列 2，430(8.8％)
Rxtal e 17.8(24.8)
Rfree 22.8(31.8)
r.m.s.d.键 0.0095_
r.m.s.d.角 1.70°
交叉验证Luzzati协同误差 0.25_
(coordinate error)
交叉验证Sigma-a协同误差 0.23_
平均B因子值 22.4_2
a.括号内的数字对应最高分辨率的骨架。
b.Rmerge＝∑|I-|/∑I，其中I为观察到的强度，为对称相关 反射的多个测量值的平均强度。
c.定相力＝所有反射中报告的<|FH|>/<‖FP+FH|-|FPH‖>。
d.Rcullis＝所有反射中报告的∑‖FPH±FP|-|FH(calc)|/∑|FPH|。
e.Rxtal＝∑|Fo-|Fc‖/∑|Fo|，Rxtal来自工作系列，Rfree来自测试 系列。
B.实施例2：核糖开关类似物作为抗微生物剂的用途
对鸟嘌呤核糖开关适体和腺嘌呤的相应适体均建立了原子分辨模型 (Serganov A，Yuan YR，Pikovskaya O，Polonskaia A，Malinina L，Phan AT，Hobartner C，Micura R，Breaker RR，Patel DJ.(2004)Structural basis for discriminative regulation of gene expression by adenine- and guanine-sensing mRNAs.Chem.Biol.11：1729-1741)。这些模型实 质上都与Batey等人推断的相同(Batey，R.T.，Gilbert，S.D.，Montange， R.K.(2004)Structure of a natrual guanine-responsive riboswitch complexed with the metabolite hypoxanthine.18：432：411-415.)，由 此证明用于设计图12B中所示的化合物的结构模型是正确的。此外，鸟嘌 呤和腺嘌呤核糖开关适体之间的相似性使我们清楚地认识到，与设计鸟嘌 呤类似物相同的手段可以用于类似地设计腺嘌呤类似物以抑制腺嘌呤核糖 开关。
测试了图12B中所示的鸟嘌呤类似物体外结合鸟嘌呤核糖开关的能 力，还测试了它们对枯草芽孢杆菌的抗菌活性。在这些类似物中，有六种 类似物可以抑制枯草芽孢杆菌在缺乏鸟嘌呤的培养基上的生长(表3)。测 试了其中一种化合物G-014在丰富培养基上对于枯草芽孢杆菌和一些临床 上相关的病原体的抑制作用(表4)。重要的是，G-014抑制大多数上述病 原体，包括炭疽芽孢杆菌和和抗甲氧西林金黄色葡萄球菌，其抗菌效力与 万古霉素相当。为进一步探明这些鸟嘌呤类似物的抗菌机制，开发了两种 基因报告系统。在一个系统中，鸟嘌呤核糖开关与绿色荧光蛋白(GFP)相融 合，以使得高浓度的鸟嘌呤或结合核糖开关的鸟嘌呤类似物可以抑制GFP 的表达(图14)。因此，GFP荧光水平的降低就表明了鸟嘌呤核糖开关在细 菌中被结合和调节。还用β-半乳糖苷酶的鸟嘌呤核糖开关上游序列构建了 另一个类似的系统。这样，β-半乳糖苷酶水平的降低就表明了化合物在体 内抑制鸟嘌呤核糖开关。表3概括了对每种鸟嘌呤类似物的这些分析的结 果。还证实了化合物杀死细胞和它们控制基因表达之间的相关关系。可使 用含有任何合适的报告基因的类似系统，所述基因例如编码合适的报告蛋 白或合适的报告RNA(例如核酶)的基因。
还测定了G-014是针对枯草芽孢杆菌的杀菌剂。在直接的比较中， G-014减少存活的集落形成单位(“CFU”)的数目的速度与羧苄西林相等(图 15)。
表3.每种鸟嘌呤类似物的活性1。
1ND表示该值尚未测定。用粗体表示的化合物抑制细菌生长。
2相对的β-gal报告物活性表示用有化合物时的Miller单位值除以无化 合物时的Miller单位值。1.0为无抑制作用，0为完全抑制。
表4.G-014对临床上相关病原体的抗菌活性。
最小抑制浓度(μg/mL) 化合物 SA1 MRSA EF BA SP HI2 MS2 G-014 8 4 32 4 2 64 256 万古霉素 1 1 2 1.5 0.25 64 24
1SA，金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)；MRSA，抗甲氧西林 金黄色葡萄球菌(methicillin resistant Staphylococcus aureus)； EF，粪肠球菌(Enterococcus faecalis)；SP，肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae)；HI，流感嗜血菌(Haemophilus influenza)；MS，耻垢分 枝杆菌(Mycobacterium smegmatis)。
2这些病原体没有鸟嘌呤核糖开关。
表5.嘌呤核糖开关
#STOCKHOLM 1.0
#＝GS NC_003869.1/586365-586467 organism Thermoanaerobacter tengcongensis MB4
#＝GS NC_002570.2/1593074-1592972 organism Bacillus halodurans C-125
#＝GS NC_002570.2/676475-676577 organism Bacillus halodurans C-125
#＝GS NC_000964.2/4004541-4004643 organism Bacillus subtilis subsp.subtilis str.168
#＝GS NC_003366.1/513088-512986 organism Clostridium perfringens str.13
#＝GS NC_000964.2/693775-693877 organism Bacillus subtilis subsp.subtilis str.168
#＝GS NC_002570.2/650309-650411 organism Bacillus halodurans C-125
#＝GS NC_006270.2/2294931-2294831 organism Bacillus licheniformis ATCC 14580
#＝GS NC_006322.1/2295788-2295688 organism Bacillus licheniformis ATCC 14580
#＝GS NC_004193.1/1103943-1104045 organism Occanobacillus iheyensis HTE831
#＝GS NC_003909.8/1650407-1650509 organism Bacillus cereus ATCC 10987
#＝GS NC_003997.3/1497571-1497673 organism Bacillus anthracis str.Ames
#＝GS NC_005945.1/1497645-1497747 organism Bacillus anthracis str.Sterne
#＝GS NC_005957.1/1521880-1521982 organism Bacillus thuringiensis serovar konkukian str.97-27
#＝GS NC_006274.1/1532482-1532584 organism Bacillus cereus ZK
#＝GS NC_007530.2/1497694-1497796 organism Bacillus anthracis str.′Ames Ancestor′
#＝GS NZ_AAAC02000001.1/1985987-1986089 organism Bacillus anthracis str.A2012
#＝GS NZ_AAEK01000008.1/96466-96364 organism Bacillus cereus G9241
#＝GS NZ_AAEN01000011.1/67143-67245 organism Bacillus anthracis str.CNEVA-9066
#＝GS NZ_AAEO01000025.1/66855-66957 organism Bacillus anthracis str.A1055
#＝GS NZ_AAEP01000035.1/69365-69467 organism Bacillus anthracis str.Vollum
#＝GS NZ_AAEQ01000029.1/70848-70950 organism Bacillus anthracis str.Kruger B
#＝GS NZ_AAER01000023.1/58182-58284 organism Bacillus anthracis str.Western North America USA6153
#＝GS NZ_AAES01000034.1/69121-69223 organism Bacillus anthracis str.Australia 94
#＝GS NC_004722.1/1515239-1515341 organism Bacillus cereus ATCC 14579
#＝GS NC_000964.2/697711-697813 organism Bacillus subtilis subsp.subtilis str.168
#＝GS NC_002976.3/54816-54919 organism Staphylococcus epidermidis Rp62A
#＝GS NC_004461.1/2433047-2432944 organism Staphylococcus epidermidis ATCC 12228
#＝GS NC_003030.1/2824953-2824855 organism Clostridi-acetobutylicum ATCC 824
#＝GS NC_003909.8/296465-296567 organism Bacillus cereus ATCC 10987
#＝GS NC_003997.3/262601-262703 organism Bacillus anthracis str.Ames
#＝GS NC_004722.1/261558-261660 organism Bacillus cereus ATCC 14579
#＝GS NC_005945.1/262614-262716 organism Bacillus anthracis str.Sterne
#＝GS NC_005957.1/268537-268639 organism Bacillus thuringiensis serovar konkukian str.97-27
#＝GS NC_006274.1/267835-267937 organism Bacillus cereus ZK
#＝GS NC_007530.2/262601-262703 organism Bacillus anthracis str. ′Ames Ancestor′
#＝GS NZ_AAAC02000001.1/796036-796138 organism Bacillus anthracis str.A2012
#＝GS NZ_AAEK01000017.1/88397-88499 organism Bacillus cereus G9241
#＝GS NZ_AAEN01000023.1/16980-17082 organism Bacillus anthracis str.CNEVA-9066
#＝GS NZ_AAEO01000030.1/17090-17192 organism Bacillus anthracis str.A1055
#＝GS NZ_AAEP01000043.1/12962-13064 organism Bacillus anthracisstr.Vollum
#＝GS NZ_AAEQ01000040.1/4962-4860 organism Bacillus anthracis str.Kruger B
#＝GS NZ_AAER01000030.1/4374-4272 organism Bacillus anthracis str.Western North America USA6153
#＝GS NZ_AAES01000040.1/14760-14862 organism Bacillus anthracis str.Australia 94
#＝GS NC_006270.2/693198-693300 organism Bacillus licheniformis ATCC 14580
#＝GS NC_006322.1/692981-693 083 organism Bacillus licheniformis ATCC 14580
#＝GS NC_004722.1/259601-259703 organism Bacillus cereus ATCC 14579
#＝GS NC_000964.2/2319410-2319310 organism Bacillus subtilis subsp.subtilis str.168
#＝GS NC_003030.1/2905050-2904948 organism Clostridium acetobutylicum ATCC 824
#＝GS NC_003210.1/611119-611017 organism Listeria monocytogenes EGD-e
#＝GS NZ_AADQ01000001.1/2431-2533 organism Listeria monocytogenes str.1/2a F6854
#＝GS NC_003212.1/610156-610054 organism Listeria innocua Clip11262
#＝GS NC_003366.1/422820-422922 organism Clostridium perfringens str.13
#＝GS NC_002973.5/617846-617744 organism Listeria monocytogenes str.4b F2365
#＝GS NZ_AADR01000111.1/1598-1496 organism Listeria monocytogenes str.4b H7858
#＝GS NC_003909.8/294509-294611 organism Bacillus cereus ATCC 10987
#＝GS NC_005957.1/266577-266679 organism Bacillus thuringiensis serovar konkukian str.97-27
#＝GS NC_006274.1/265875-265977 organism Bacillus cereus ZK
#＝GS NC_003366.1/2618421-2618323 organism Clostridium perfringens str.13
#＝GS NC_002973.5/1940027-1939926 organism Listeria monocytogenes str.4b F2365
#＝GS NC_003212.1/2013345-2013244 organism Listeria innocua Clip11262
#＝GS NZ-AADQ01000095.1/1690-1791 organism Listeria monocytogenes str.1/2a F6854
#＝GS NZ_AADR01000082.1/3415-3516 organism Listeria monocytogenes str.4b H7858
#＝GS NC_003366.1/2871201-2871101 organism Clostridium perfringens str.13
#＝GS NC_002745.2/430797-430900 organism Staphylococcus aureus subsp.aureus N315
#＝GS NC_002758.2/430754-430857 organism Staphylococcus aureus subsp.aureus Mu50
#＝GS NC_002951.2/460059-460162 organism Staphylococcus aureus subsp.aureus COL
#＝GS NC_002952.2/441050-441153 organism Staphylococcus aureus subsp.aureus MRSA252
#＝GS NC_002953.3/409191-409294 organism Staphylococcus aureus subsp.aureus MSSA476
#＝GS NC_003923.1/410546-410649 organism Staphylococcus aureus subsp.aureus MW2
#＝GS NC_006582.1/1115665-1115767 organism Bacillus clausii KSM-K16
#＝GS NC_006510.1/274257-274359 organism Geobacillus kaustophilus HTA426
#＝GS NC_003210.1/1958922-1958821 organism Listeria monocytogenes EGD-e
#＝GS NC_006270.2/697054-697156 organism Bacillus licheniformis ATCC 14580
#＝GS NC_006322.1/696838-696940 organism Bacillus licheniformis ATCC 14580
#＝GS NC_006510.1/282580-282682 organism Geobacillus kaustophilus HTA426
#＝GS NC_003997.3/260641-260743 organism Bacillus anthracis str.Ames
#＝GS NC_005945.1/260654-260756 organism Bacillus anthracis str.Sterne
#＝GS NC_007530.2/260641-260743 organism Bacillus anthracis str.′Ames Ancestor′
#＝GS NZ AAEK01000017.1/86437-86539 organism Bacillus cereus G9241
#＝GS NZ_AAEN01000023.1/15020-15122 organism Bacillus anthracis str.CNEVA-9066
#＝GS N2_AAEO01000030.1/15130-15232 organism Bacillus anthracis str.A1055
#＝GS NZ_AAEp01000043.1/11002-11104 organism Bacillus anthracis str.Vollum
#＝GS NZ_AAEQ01000040.1/6922-6820 organism Bacillus anthracis str.Kruger B
#＝GS NZ_AAER01000030.1/6334-6232 organism Bacillus anthracis str.Western North America USA6153
#＝GS NZ_AAES01000040.1/12800-12902 organism Bacillus anthracis str.Australia 94
#＝GS NC_004193.1/760473-760575 organism Oceanobacillus iheyensis HTE831
#＝GS NC_006270.2/4024210-4024312 organism Bacillus licheniformis ATCC 14580
#＝GS NC_006322.1/4024324-4024426 organism Bacillus licheniformis ATCC 14580
#＝GS NC_004193.1/786767-786868 organism Oceanobacillus iheyensis HTE831
#＝GS NC_002662.1/1159509-1159607 organism Lactococcus lactis subsp.lactis I11403
#＝GS NC_000964.2/625993-625893 organism Bacillus subtilis subsp.subtilis str.168
#＝GS NC_003909.8/382630-382528 organism Bacillus cereus ATCC 10987
#＝GS NC_003997.3/342356-342254 organism Bacillus anthracis str.Ames
#＝GS NC_005945.1/342369-342267 organism Bacillus anthracis str.Sterne
#＝GS NC_005957.1/356354-356252 organism Bacillus thuringiensis serovar konkukian str.97-27
#＝GS NC_006274.1/357462-357360 organism Bacillus cereus ZK
#＝GS NC_007530.2/342356-342254 organism Bacillus anthracis str.′Ames Ancestor′
#＝GS NZ_AAAC02000001.1/859268-859166 organism Bacillus anthracis str.A2012
#＝GS NZ_AAEK01000051.1/8150-8252 organism Bacillus cereus G9241
#＝GS NZ_AAEN01000023.1/83441-83339 organism Bacillus anthracis str.CNEVA-9066
#＝GS NZ_AAEO01000030.1/96886-96784 organism Bacillus anthracis str.A1055
#＝GS NZ_AAEP01000046.1/48810-48708 organism Bacillus anthracis str.Vollum
#＝GS NZ_AAAEQ01000034.1/49483-49381 organism Bacillus anthracis str.Kruger B
#＝GS NZ_AAER01000042.1/191339-191441 organism Bacillus anthracis str.Western North America USA6153
#＝GS NZ_AAES01000043.1/48479-48377 organism Bacillus anthracis str.Australia 94
#＝GS NZ_AAAC02000001.1/794076-794178 organism Bacillus anthracis str.A2012
#＝GS NC_003030.1/1002176-1002275 organism Clostridium acetobutylicum ATCC 824
#＝GS NC_006582.1/1554717-1554819 organism Bacillus clausii KSM-K16
#＝GS NC_003909.8/336194-336296 organism Bacillus cereus ATCC 10987
#＝GS NC_003997.3/295331-295433 organism Bacillus anthracis str.Ames
#＝GS NC_005945.1/295344-295446 organism Bacillus anthracis str.Sterne
#＝GS NC_005957.1/309524-309626 organism Bacillus thuringiensis serovar konkukian str.97-27
#＝GS NC_006274.1/309094-309196 organism Bacillus cereus ZK
#＝GS NC_007530.2/295331-295433 organism Bacillus anthracis str.′Ames Ancestor′
#＝GS NZ_AAAC02000001.1/812243-812345 organism Bacillus anthracis str.A2012
#＝GS NZ_AAEK01000064.1/23 153-23051 organism Bacillus cereus G9241
#＝GS NZ_AAEN01000023.1/36414-36516 organism Bacillus anthracis str.CNEVA-9066
#＝GS NZ_AAEO01000030.1/49824-49926 organism Bacillus anthracis str.A1055
#＝GS NZ_AAEP01000046.1/1785-1887 organism Bacillus anthracis str.Vollum
#＝GS NZ_AAEQ01000034.1/2457-2559 organism Bacillus anthracis str.Kruger B
#＝GS NZ_AAER01000042.1/238364-238262 organism Bacillus anthracis str.Western North America USA6153
#＝GS NZ_AAES01000043.1/1489-1591 organism Bacillus anthracis str.Australia 94
#＝GS NC_004193.1/769686-769787 organism Oceanobacillus iheyensis HTE831
#＝GS NC_004722.1/343847-343745 organism Bacillus cereus ATCC 14579
#＝GS NZ_AAAW03000042.1/15038-14936 organism Desulfitobacterium hafniense DCB-2
#＝GS NZ_AADT03000005.1/34629-34731 organism Moorella thermoacetica ATCC 39073
#＝GS NC_002570.2/648442-648544 organism Bacillus halodurans C-125
#＝GS NC_004722.1/298774-298876 organism Bacillus cereus ATCC 14579
#＝GS NC_006510.1/272473-272575 organism Geobacillus kaustophilus HTA426
#＝GS NZ_AADW02000004.1/225764-225662 organism Exiguobacterium sp.255-15
#＝GS NC_006274.1/3685852-3685750 organism Bacillus cereus ZK
#＝GS NZ_AAGO01000011.1/2345-2247 organism Lactococcus lactis subsp.cremoris SK11
#＝GS NZ_AAAK03000113.1/5724-5822 organism Enterococcus faecium DO
#＝GS NZ_AADW02000005.1/186378-186480 organism Exiguobacterium sp.255-15
#＝GS NC_003909.8/3578068-3577966 organism Bacillus cereus ATCC 10987
#＝GS NC_003997.3/3605298-3605196 organism Bacillus anthracis str.Ames
#＝GS NC_004722.1/3766254-3766152 organism Bacillus cereus ATCC 14579
#＝GS NC_005945.1/3605993-3605891 organism Bacillus anthracis str.Sterne
#＝GS NC_005957.1/3626969-3626867 organism Bacillus thuringiensis serovar konkukian str.97-27
#＝GS NC_007530.2/3605425-3605323 organism Bacillus anthracis str.′Ames Ancestor ′
#＝GS NZ_AAAC02000001.1/4059572-4059470 organism Bacillus anthracis str.A2012
#＝GS NZ_AAEN01000012.1/139994-140096 organism Bacillus anthracis str.CNEVA-9066
#＝GS NZ_AAEO01000020.1/51249-51351 organism Bacillus anthracis str.A1055
#＝GS NZ_AAEP01000042.1/12489-12387 organism Bacillus anthracis str.Vollum
#＝GS NZ_AAEQ01000019.1/51159-51261 organism Bacillus anthracis str.Kruger B
#＝GS NZ_AAER01000035.1/118314-118212 organism Bacillus anthracis str.Western North America USA6153
#＝GS NZ_AAES01000032.1/51320-51422 organism Bacillus anthracis str.Australia 94
#＝GS NC_006371.1/1538896-1538796 organism photobacterium profundum SS9
#＝GS NC_004460.1/504371-504471 organism Vibrio vulnificus CMCP6
#＝GS NC_005140.1/1130553-1130653 organism Vibrio vulnificus YJ016
#＝GS NC_004116.1/1094305-1094209 organism Streptococcus agalactiae 2603V/R
#＝GS NC_004368.1/1163490-1163394 organism Streptococcus agalactiae NEM316
#＝GS NZ_AADT03000005.1/42245-42347 organism Moorella thermoacetica ATCC 39073
#＝GS NC_004557.1/2551392-2551293 organism Clostridium tetani E88
#＝GS NC_003028.1/1754786-1754882 organism Streptococcus pneumoniae TIGR4
#＝GS NC_003098.1/1634825-1634921 organism Streptococcus pneumoniae R6
#＝GS NZ_AAGY01000085.1/5640-5736 organism Streptococcus pneumoniae TIGR4
#＝GS NZ_AAEK01000001.1/183902-184006 organism Bacillus cereus G9241
#＝GS NC_003454.1/1645820-1645721 organism Fusobacterium nucleatum subsp.nucleatum ATCC 25586
#＝GS NZ_AADW02000027.1/2980-2880 organism Exiguobacterium sp.255-15
#＝GS NZ_AADW02000005.1/179959-180061 organism Exiguobacterium sp. 255-15
#＝GS NC_006582.1/1039390-1039492 organism Bacillus clausii KSM-K16
#＝GS NC_002737.1/930749-930845 organism Streptococcus pyogenes M1 GAS
#＝GS NC_003485.1/910599-910695 organism Streptococcus pyogenes MGAS8232
#＝GS NC_004070.1/846557-846653 organism Streptococcus pyogenes MGAS315
#＝GS NC_004606.1/977077-977173 organism Streptococcus pyogenes SSI-1
#＝GS NC_006086.1/857664-857760 organism Streptococcus pyogenes MGAS10394
#＝GS NZ_AAFV01000199.1/507-411 organism Streptococcus pyogenes M49 591
#＝GS NC_004605.1/1369721-1369821 organism Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633
#＝GS NZ_AAAW03000004.1/66862-66959 organism Desulfitobacterium hafniense DCB-2
#＝GS NC_004567.1/2968830-2968731 organism Lactobacillus plantarum WCFS1
#＝GS NZ_AAEV01000003.1/13765-13667 organism Pediococcus pentosaceus ATCC 25745
#＝GS NC_002570.2/806873-806971 organism Bacillus halodurans C-125
#＝GS NZ_AAEK01000052.1/27552-27452 organism Bacillus cereus G9241
#＝GS NC_006814.1/237722-237626 organism Lactobacillus acidophilus NCFM
#＝GS NC_005363.1/3414604-3414703 organism Bdellovibrio bacteriovorus HD100
#＝GS NZ_AADT03000021.1/9410-9513 organism Moorella thermoacetica ATCC 39073
#＝GS NC_004668.1/2288426-2288328 organism Enterococcus faecalis V583
#＝GS NC_006449.1/1182949-1183044 organism Streptococcus thermophilus CNRZ1066
#＝GS NZ_AAGS01000026.1/9921-10016 organism Streptococcus thermophilus LMD-9
#＝GS NZ_AAGQ01000089.1/170-269 organism Lactobacillus delbrueckii subsp.bulgaricus ATCC BAA-365
#＝GS NZ_AABF02000293.1/1-98 organism Fusobacterium nucleatum subsp.vincentii ATCC 49256
#＝GS NC_006448.1/1185082-1185177 organism Streptococcus thermophilus LMG 18311
#＝GS NC_004567.1/2410478-2410577 organism Lactobacillus plantarum WCFS1
#＝GS NZ_AABJ03000010.1/47704-47802 organism Oenococcus oeni PSU-1
#＝GS NZ_AADT03000002.1/89184-89083 organism Moorella thermoacetica ATCC 39073
#＝GS NC_006814.1/1971978-1972076 organism Lactobacillus acidophilus NCFM
#＝GS NZ_AAAO02000016.1/1579-1480 organism Lactobacillus gasseri
#＝GS NC_005362.1/1949387-1949485 organism Lactobacillus johnsonii NCC 533
#＝GS NZ_AAAO02000035.1/3299-3201 organism Lactobacillus gasseri
#＝GS NC_005362.1/263146-263049 organism Lactobacillus johnsonii NCC 533
#＝GS NC_005363.1/2004933-2004835 organism Bdellovibrio bacteriovorus HD100
#＝GS NZ_AADT03000002.1/98293-98192 organism Moorella thermoacetica ATCC 39073
#＝GS NZ_AABH02000036.1/17403-17500 organism Leuconostoc mesenteroides subsp.mesenteroides ATCC 8293
#＝GS NC_006055.1/484139-484044 organism Mesoplasma florum L1
#＝GS NZ_AABH02000272.1/211-308 organism Leuconostoc mesenteroides subsp.mesenteroides ATCC 8293
#＝GS NZ_AABJ03000003.1/47905-47810 organism Oenococcus oeni PSU-1
#＝GS NZ_AABH02000038.1/17559-17463 organism Leuconostoc mesenteroides subsp.mesenteroides ATCC 8293
#＝GS NC_006055.1/397027-397123 organism Mesoplasma florum L1
#＝GS NC_003869.1/586365-586467 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Clostridia；Thermoanaerobacteriales；
Thermoanaerobacteriaceae；Thermoanaerobacter；tengcongensis
#＝GS NC_002570.2/1593074-1592972 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
halodurans
#＝GS NC_002570.2/676475-676577 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
halodurans
#＝GS NC_000964.2/4004541-4004643 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
subtilis
#＝GS NC_003366.1/513088-512986 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Clostridia；Clostridiales；
Clostridiaceae；Clostridium；perfringens
#＝GS NC_000964.2/693775-693877 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
subtilis
#＝GS NC_002570.2/650309-650411 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
halodurans
#＝GS NC_006270.2/2294931-2294831 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
licheniformis
#＝GS NC_006322.1/2295788-2295688 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
licheniformis
#＝GS NC_004193.1/1103943-1104045 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Oceanobacillus；
iheyensis
#＝GS NC_003909.8/1650407-1650509 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereusgroup；Bacillus；cereus
#＝GS NC_003997.3/1497571-1497673 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NC_005945.1/1497645-1497747 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NC_005957.1/1521880-1521982 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；thuringiensis
#＝GS NC_006274.1/1532482-1532584 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NC_007530.2/1497694-1497796 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAAC02000001.1/1985987-1986089 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEK01000008.1/96466-96364 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NZ_AAEN01000011.1/67143-67245 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEO01000025.1/66855-66957 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEP01000035.1/69365-69467 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEQ01000029.1/70848-70950 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAER01000023.1/58182-58284 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAES01000034.1/69121-69223 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NC_004722.1/1515239-1515341 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereusgroup；Bacillus；cereus
#＝GS NC_000964.2/697711-697813 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
subtilis
#＝GS NC_002976.3/54816-54919 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Staphylococcus；epidermidis
#＝GS NC_004461.1/2433047-2432944 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Staphylococcus；epidermidis
#＝GS NC_003030.1/2824953-2824855 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Clostridia；Clostridiales；
Clostridiaceae；Clostridium；acetobutylicum
#＝GS NC_003909.8/296465-296567 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereusgroup；Bacillus；cereus
#＝GS NC_003997.3/262601-262703 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereusgroup；Bacillus；anthracis
#＝GS NC_004722.1/261558-261660 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NC_005945.1/262614-262716 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NC_005957.1/268537-268639 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；thuringiensis
#＝GS NC_006274.1/267835-267937 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NC_007530.2/262601-262703 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAAC02000001.1/796036-796138 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEK01000017.1/88397-88499 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NZ-AAEN01000023.1/16980-17082 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEO01000030.l/17090-17192 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEP01000043.1/12962-13064 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereusgroup；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEQ01000040.1/4962-4860 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereusgroup；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAER01000030.1/4374-4272 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAES01000040.1/14760-14862 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NC_006270.2/693198-693300 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
licheniformis
#＝GS NC_006322.1/692981-693083 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
licheniformis
#＝GS NC_004722.1/259601-259703 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NC_000964.2/2319410-2319310 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
subtilis
#＝GS NC_003030.1/2905050-2904948 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Clostridia；Clostridiales；
Clostridiaceae；Clostridium；acetobutylicum
#＝GS NC_003210.1/611119-611017 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Listeriaceae；Listeria；
monocytogenes
#＝GS NZ_AADQ01000001.1/2431-2533 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Listeriaceae；Listeria；
monocytogenes
#＝GS NC_003212.1/610156-610054 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Listeriaceae；Listeria；
innocua
#＝GS NC_003366.1/422820-422922 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Clostridia；Clostridiales；
Clostridiaceae；Clostridium；perfringens
#＝GS NC_002973.5/617846-617744 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Listeriaceae；Listeria；
monocytogenes
#＝GS NZ_AADR01000111.1/1598-1496 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Listeriaceae；Listeria；
monocytogenes
#＝GS NC 003909.8/294509-294611 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NC_005957.1/266577-266679 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；thuringiensis
#＝GS NC_006274.1/265875-265977 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereusgroup；Bacillus；cereus
#＝GS NC_003366.1/2618421-2618323 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Clostridia；Clostridiales；
Clostridiaceae；Clostridium；perfringens
#＝GS NC_002973.5/1940027-1939926 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Listeriaceae；Listeria；
monocytogenes
#＝GS NC_003212.1/2013345-2013244 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Listeriaceae；Listeria；
innocua
#＝GS NZ_AADQ01000095.1/1690-1791 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Listeriaceae；Listeria；
monocytogenes
#＝GS NZ_AADR01000082.1/3415-3516 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Listeriaceae；Listeria；
monocytogenes
#＝GS NC_003366.1/2871201-2871101 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Clostridia；Clostridiales；
Clostridiaceae；Clostridium；perfringens
#＝GS NC_002745.2/430797-430900 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Staphylococcus；aureus
#＝GS NC_002758.2/430754-430857 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Staphylococcus；aureus
#＝GS NC_002951.2/460059-460162 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Staphylococcus；aureus
#＝GS NC_002952.2/441050-441153 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Staphylococcus；aureus
#＝GS NC_002953.3/409191-409294 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Staphylococcus；aureus
#＝GS NC_003923.1/410546-410649 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Staphylococcus；aureus
#＝GS NC_006582.1/1115665-1115767 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
clausii
#＝GS NC_006510.1/274257-274359 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Geobacillus；
kaustophilus
#＝GS NC_003210.1/1958922-1958821 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Listeriaceae；Listeria；
#＝GS NC_006270.2/697054-697156 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
licheniformis
#＝GS NC_006322.1/696838-696940 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
licheniformis
#＝GS NC_006510.1/282580-282682 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Geobacillus；
kaustophilus
#＝GS NC_003997.3/260641-260743 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacinus；
Bacillus；cereusgroup；Bacillus；anthracis
#＝GS NC_005945.1/260654-260756 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NC_007530.2/260641-260743 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEK01000017.1/86437-86539 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NZ_AAEN01000023.1/15020-15122 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEO01000030.1/15130-15232 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereusgroup；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEP01000043.1/11002-11104 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEQ01000040.1/6922-6820 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAER01000030.1/6334-6232 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAES01000040.1/12800-12902 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NC_004193.1/760473-760575 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Oceanobacillus；
iheyensis
#＝GS NC-006270.2/4024210-4024312 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
licheniformis
#＝GS NC_006322.1/4024324-4024426 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
licheniformis
#＝GS NC_004193.1/786767-786868 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Oceanobacillus；
iheyensis
#＝GS NC_002662.1/1159509-1159607 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Streptococcaceae；
#＝GS NC_000964.2/625993-625893 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
subtilis
#＝GS NC_003909.8/382630-382528 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NC_003997.3/342356-342254 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NC_005945.1/342369-342267 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NC_005957.1/356354-356252 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；thuringiensis
#＝GS NC_006274.1/357462-357360 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NC_007530.2/342356-342254 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ__AAAC02000001.1/859268-859166 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEK01000051.1/8150-8252 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NZ_AAEN01000023.1/83441-83339 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereusgroup；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEO01000030.1/96886-96784 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEP01000046.1/48810-48708 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEQ01000034.1/49483-49381 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAER01000042.1/191339-191441 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAES01000043.1/48479-48377 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAAC02000001.1/794076-794178 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NC_003030.1/1002176-1002275 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Clostridia；Clostridiales；
Clostridiaceae；Clostridium；acetobutylicum
#＝GS NC_006582.1/1554717-1554819 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Baciliales；Bacillaceae；Bacillus；
clausii
#＝GS NC_003909.8/336194-336296 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NC_003997.3/295331-295433 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NC_005945.1/295344-295446 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NC_005957.1/309524-309626 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；thuringiensis
#＝GS NC_006274.1/309094-309196 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NC_007530.2/295331-295433 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAAC02000001.1/812243-812345 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEK01000064.1/23153-23051 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NZ_AAEN01000023.1/36414-36516 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEO01000030.1/49824-49926 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEP01000046.1/1785-1887 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEQ01000034.1/2457-2559 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAER01000042.1/238364-238262 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAES01000043.1/1489-1591 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NC_004193.1/769686-769787 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Oceanobacillus；
iheyensis
#＝GS NC_004722.1/343847-343745 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NZ_AAAW03000042.1/15038-14936 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Clostridia；Clostridiales；
Peptococcaceae；Desulfitobacterium；hafniense
#＝GS NZ_AADT03000005.1/34629-34731 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Clostridia；Thermoanaerobacteriales；
Thermoanaerobacteriaceae；Moorella group；Moorella；thermoacetica
#＝GS NC_002570.2/648442-648544 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
halodurans
#＝GS NC_004722.1/298774-298876 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus； cereus group； Bacillus；cereus
#＝GS NC_006510.1/272473-272575 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Geobacillus；
kaustophilus
#＝GS NZ_AADW02000004.1/225764-225662 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Exiguobacterium；
sp.
#＝GS NC_006274.1/3685852-3685750 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NZ_AAGO01000011.1/2345-2247 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Streptococcaceae；
Lactococcus；lactis
#＝GS NZ_AAAK03000113.1/5724-5822 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Enterococcaceae；
Enterococcus；faecium
#＝GS NZ_AADW02000005.1/186378-186480 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Exiguobacterium；
sp.
#＝GS NC_003909.8/3578068-3577966 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NC_003997.3/3605298-3605196 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NC_004722.1/3766254-3766152 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereusgroup；Bacillus；cereus
#＝GS NC_005945.1/3605993-3605891 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereusgroup；Bacillus；anthracis
#＝GS NC_005957.1/3626969-3626867 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；thuringiensis
#＝GS NC_007530.2/3605425-3605323 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereusgroup；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAAC02000001.1/4059572-4059470 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereusgroup；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEN01000012.1/139994-140096 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereusgroup；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEO01000020.1/51249-51351 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales； Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEP01000042.1/12489-12387 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereusgroup；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAEQ01000019.1/51159-51261 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；anthracis
#＝GS NZ_AAER01000035.1/118314-118212 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus anthracis
#＝GS NZ_AAES01000032.1/51320-51422 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereusgroup；Bacillus anthracis
#＝GS NC_006371.1/1538896-1538796 taxonomy Bacteria；proteobacteria；Gammaproteobacteria；Vibrionales；
Vibrionaceae；photobacterium；profundum
#＝GS NC_004460.1/504371-504471 taxonomy Bacteria；proteobacteria；Gammaproteobacteria；Vibrionales；
Vibrionaceae；Vibrio；vulnificus
#＝GS NC_005140.1/1130553-1130653 taxonomy Bacteria；proteobacteria；Gammaproteobacteria；Vibrionales；
Vibrionaceae；Vibrio；vulnificus
#＝GS NC_004116.1/1094305-1094209 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Streptococcaceae；
Streptococcus；agalactiae
#＝GS NC_004368.1/1163490-1163394 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Streptococcaceae；
Streptococcus；agalactiae
#＝GS NZ_AADT03000005.1/42245-42347 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Clostridia；Thermoanaerobacteriales；
Thermoanaerobacteriaceae；Moorella group；Moorella；thermoacetica
#＝GS NC_004557.1/2551392-2551293 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Clostridia；Clostridiales；
Clostridiaceae；Clostridium；tetani
#＝GS NC_003028.1/1754786-1754882 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Streptococcaceae；
Streptococcus；pneumoniae
#＝GS NC_003098.1/1634825-1634921 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Streptococcaceae；
Streptococcus；pneumoniae
#＝GS NZ_AAGY01000085.1/5640-5736 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Streptococcaceae；
Streptococcus；pneumoniae
#＝GS NZ_AAEK01000001.1/183902-184006 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NC_003454.1/1645820-1645721 taxonomy Bacteria；Fusobacteria；Fusobacterales；Fusobacteriaceae；
Fusobacterium；nucleatum
#＝GS NZ_AADW02000027.1/2980-2880 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales； Bacillaceae；Exiguobacterium；
sp.
#＝GS NZ_AADW02000005.1/179959-180061 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Exiguobacterium；
sp.
#＝GS NC_006582.1/1039390-1039492 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
clausii
#＝GS NC_002737.1/930749-930845 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Streptococcaceae；
Streptococcus；pyogenes
#＝GS NC_003485.1/910599-910695 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales； Streptococcaceae；
Streptococcus；pyogenes
#＝GS NC_004070.1/846557-846653 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Streptococcaceae；
Streptococcus；pyogenes
#＝GS NC_004606.1/977077-977173 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Streptococcaceae；
Streptococcus；pyogenes
#＝GS NC_006086.1/857664-857760 taxonomy Bacteria； Firmicutes；Lactobacillales；Streptococcaceae；
Streptococcus；pyogenes
#＝GS NZ_AAFV01000199.1/507-411 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Streptococcaceae；
Streptococcus；pyogenes
#＝GS NC_004605.1/1369721-1369821 taxonomy Bacteria；Proteobacteria；Gammaproteobacteria；Vibrionales；
Vibrionaceae；Vibrio；parahaemolyticus
#＝GS NZ_AAAW03000004.1/66862-66959 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Clostridia；Clostridiales；
Peptococcaceae；Desulfitobacterium；hafniense
#＝GS NC_004567.1/2968830-2968731 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Lactobacillaceae；
Lactobacillus；plantarum
#＝GS NZ_AAEV01000003.1/13765-13667 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Lactobacillaceae；
Pediococcus；pentosaceus
#＝GS NC_002570.2/806873-806971 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
halodurans
#＝GS NZ_AAEK01000052.1/27552-27452 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Bacillales；Bacillaceae；Bacillus；
Bacillus；cereus group；Bacillus；cereus
#＝GS NC_006814.1/237722-237626 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Lactobacillaceae；
Lactobacillus；acidophilus
#＝GSNC_005363.1/3414604-3414703 taxonomy Bacteria；proteobacteria；Deltaproteobacteria；
Bdellovibrionales；Bdellovibrionaceae；Bdellovibrio；bacteriovorus
#＝GS N2_AADT03000021.1/9410-9513 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Clostridia；Thermoanaerobacteriales；
Thermoanaerobacteriaceae；Moorella group；Moorella；thermoacetica
#＝GS NC_004668.1/2288426-2288328 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Enterococcaceae；
Enterococcus；faecalis
#＝GS NC_006449.1/1182949-1183044 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Streptococcaceae；
Streptococcus；thermophilus
#＝GS NZ_AAS01000026.1/9921-10016 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Streptococcaceae；
Streptococcus；thermophilus
#＝GS NZ_AAGQ01000089.1/170-269 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Lactobacillaceae；
Lactobacillus；delbrueckii
#＝GS NZ_AABF02000293.1/1-98 taxonomy Bacteria；Fusobacteria；Fusobacteria(class)；Fusobacterales；
Fusobacteriaceae；Fusobacterium；nucleatum
#＝GS NC_006448.1/1185082-1185177 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Streptococcaceae；
Streptococcus；thermophilus
#＝GS NC_004567.1/2410478-2410577 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Lactobacillaceae；
Lactobacillus；plantarum
#＝GS NZ_AABJ03000010.1/47704-47802 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Oenococcus；oeni
#＝GS NZ_AADT03000002.1/89184-89083 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Clostridia；Thermoanaerobacteriales；
Thermoanaerobacteriaceae；Moorella group；Moorella；thermoacetica
#＝GS NC_006814.1/1971978-1972076 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Lactobacillaceae；
Lactobacillus；acidophilus
#＝GS NZ_AAAO02000016.1/1579-1480 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Lactobacillaceae；
Lactobacillus；gasseri
#＝GS NC_005362.1/1949387-1949485 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Lactobacillaceae；
Lactobacillus；johnsonii
#＝GS NZAAAO02000035.1/3299-3201 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Lactobacillaceae；
Lactobacillus；gasseri
#＝GS NC_005362.1/263146-263049 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Lactobacillaceae；
Lactobacillus；johnsonii
#＝GS NC_005363.1/2004933-2004835 taxonomy Bacteria；proteobacteria；Deltaproteobacteria；
Bdellovibrionales；Bdellovibrionaceae；Bdellovibrio；bacteriovorus
#＝GS NZ_AADT03000002.1/98293-98192 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Clostridia；Thermoanaerobacteriales；
Thermoanaerobacteriaceae；Moorella group；Moorella；thermoacetica
#＝GS NZ_AABH02000036.1/17403-17500 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Leuconostoc；
mesenteroides
#＝GS NC_006055.1/484139-484044 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Mollicutes；Entomoplasmatales；
Entomoplasmataceae；Mesoplasma；florum
#＝GS NZ_AABH02000272.1/211-308 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Leuconostoc；
mesenteroides
#＝GS NZ_AABJ03000003.1/47905-47810 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Oenococcus；oeni
#＝GS NZ_AABH02000038.1/17559-17463 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Lactobacillales；Leuconostoc；
mesenteroides
#＝GS NC_006055.1/397027-397123 taxonomy Bacteria；Firmicutes；Mollicutes；Entomoplasmatales；
Entomoplasmataceae；Mesoplasma；florum
NC_003869.1/586365-586467 SEQ ID NO：12
AAAAAUUUAAUAAGA.AG.CACUCAUUAAUCCCGAGA.AU.AUGGCUCGGGA.GUCUCUACCGAACAACC..GUAAAUUGUUC.G.ACUAUGAGUGAAAAGU.GUACCUAGGG
NC_002570.2/1593074-1592972 SEQ ID NO：13
AUUUACAUUAAAAAA.AG.CACUCGUAUAAUCGCGGGA.AU.AGGGCCCGCAA.GUUUCUACCAGGCUGCC..GUAAACAGCCU.G.ACUACGAGUGAUACU.UUGACAUAGA
NC_002570.2/676475-676577 SEQ ID NO：14
CGUUCUUUAUAUAAA.GU.ACCUCAUAUAAUCUUGGGA.AU.AUGGCCCAAAA.GUUUCUACCUGCUGACC..GUAAAUCGGCG.G.ACUAUGGGGAAAGAU.UUUGGAUCUU
NC_000964.2/4004541-4004643 SEQ ID NO：15
CAUCUUAGAAAAAGA.CA.UUCUUGUAUAUGAUCAGUA.AU.AUGGUCUGAUU.GUUUCUACCUAGUAACC..GUAAAAAACUA.G.ACUACAAGAAAGUUU.GAAUAAAUUU
NC_003366.1/513088-512986 SEQ ID NO：16
UAAGUGUAUUAAAUU.UU.AACUCGUAUAUAAUCGGUA.AU.AUGGUCCGAAA.GUUUCUACCUGCUAACC..GUAAAAUAGCA.G.ACUACGAGGAGUUGU.ACUAUAAAUU
NC_000964.2/693775-693877 SEQ ID NO：17
AGAAAUCAAAUAAGA.UG.AAUUCGUAUAAUCGCGGGA.AU.AUGGCUCGCAA.GUCUCUACCAAGCUACC..GUAAAUGGCUU.G.ACUACGUAAACAUUU.CUUUCGUUUG
NC_002570.2/650309-650411 SEQ ID NO：18
AAUAAAUCGAAAACA.UC.AUUUCGUAUAAUGGCAGGA.AU.AGGGCCUGCGA.GUUUCUACCAAGCUACC..GUAAAUAGCUU.G.ACUACGAAAAUAAUG.GGUUUUUUAC
NC_006270.2/2294931-2294831 SEQ ID NO：19
AAUUUGAUACAUUAU.AU.CACUCAUAUAAUCGCGUGG.AU.AUGGCACGCAA.GUUUCUACCGGGCA-CC..GUAAA-UGUCC.G.ACUAUGAGUGGGCGA.UAAGAAAACG
NC_006322.1/2295788-2295688 SEQ ID NO：20
AAUUUGAUACAUUAU.AU.CACUCAUAUAAUCGCGUGG.AU.AUGGCACGCAA.GUUUCUACCGGGCA-CC..GUAAA-UGUCC.G.ACUAUGAGUGGGCGA.UAAGAAAACG
NC_004193.1/1103943-1104045 SEQ ID NO：21
AAACCUUAUAUAUAG.UU.UUUUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUUUCUACCGGUUUACC..GUAAAUGAACC.G.ACUAUGGAAAAGCGG.AAAAUUCGAU
NC_003909.8/1650407-1650509 SEQ ID NO：22
AAAUAAAUAGUUAGC.UA.CACUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUUUCUACCGAAGUACC..GUAAAUACUUU.G.ACUAUGAGUGAGGAC.GAAUAUAUUU
NC_003997.3/1497571-1497673 SEQ ID NO：23
AAAUAAAUAGUUAGC.UA.CACUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUUUCUACCGAAGUACC..GUAAAUACUUU.G.ACUAUGAGUGAGGAC.GAAUAUAUUU
NC_005945.1/1497645-1497747 SEQ ID NO：24
AAAUAAAUAGUUAGC.UA.CACUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUUUCUACCGAAGUACC..GUAAAUACUUU.G.ACUAUGAGUGAGGAC.GAAUAUAUUU
NC_005957.1/1521880-1521982 SEQ ID NO：25
AAAUAAAUAGUUAGC.UA.CACUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUUUCUACCGAAGUACC..GUAAUACUUUU.G.ACUAUGAGUGAGGAC.GAAUAUAUUU
NC_006274.1/1532482-1532584 SEQ ID NO：26
AAAUAAAUAGUUAGC.UA.CACUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUUUCUACCGAAGUACC..GUAAAUACUUU.G.ACUAUGAGUGAGGAC.GAAUAUAUUU
NC_007530.2/1497694-1497796 SEQ ID NO：27
AAAUAAAUAGUUAGC.UA.CACUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUUUCUACCGAAGUACC..GUAAAUACUUU.G.ACUAUGAGUGAGGAC.GAAUAUAUUU
NZ_AAAC02000001.1/1985987-1986089 SEQ ID NO：28
AAAUAAAUAGUUAGC.UA.CACUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUUUCUACCGAAGUACC..GUAAAUACUUU.G.ACUAUGAGUGAGGAC.GAAUAUAUUU
NZ_AAEK01000008.1/96466-96364 SEQ ID NO：29
AAAUAAAUAGUUAGC.UA.CACUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUUUCUACCGAAGUACC..GUAAAUACUUU.G.ACUAUGAGUGAGGAC.GAAUAUAUUU
NZ_AAEN01000011.1/67143-67245 SEQ ID NO：30
AAAUAAAUAGUUAGC.UA.CACUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUUUCUACCGAAGUACC..GUAAAUACUUU.G.ACUAUGAGUGAGGAC.GAAUAUAUUU
NZ_AAEO01000025.1/66855-66957 SEQ ID NO：31
AAAUAAAUAGUUAGC.UA.CACUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUUUCUACCGAAGUACC..GUAAAUACUUU.G.ACUAUGAGUGAGGAC.GAAUAUAUUU
NZ_AAEP01000035.1/69365-69467 SEQ ID NO：32
AAAUAAAUAGUUAGC.UA.CACUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUUUCUACCGAAGUACC..GUAAAUACUUU.G.ACUAUGAGUGAGGAC.GAAUAUAUUU
NZ_AAEQ01000029.1/70848-70950 SEQ ID NO：33
AAAUAAAUAGUUAGC.UA.CACUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUUUCUACCGAAGUACC..GUAAAUACUUU.G.ACUAUGAGUGAGGAC.GAAUAUAUUU
NZ_AAER01000023.1/58182-58284 SEQ ID NO：34
AAAUAAAUAGUUAGC.UA.CACUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUUUCUACCGAAGUACC..GUAAAUACUUU.G.ACUAUGAGUGAGGAC.GAAUAUAUUU
NZ_AAES01000034.1/69121-69223 SEQ ID NO：35
AAAUAAAUAGUUAGC.UA.CACUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUUUCUACCGAAGUACC..GUAAAUACUUU.G.ACUAUGAGUGAGGAC.GAAUAUAUUU
NC_004722.1/1515239-1515341 SEQ ID NO：36
AAAUAAAUAGUUAGC.UA.CACUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUUUCUACCGAAGUACC..GUAAAUACUUU.G.ACUAUGAGUGAGGAC.GAAUAUAAUU
Nc_000964.2/697711-697813 SEQ ID NO：37
CAUGAAAUCAAAACA.CG.ACCUCAUAUAAUCUUGGGA.AU.AUGGCCCAUAA.GUUUCUACCCGGCAACC..GUAAAUUGCCG.G.ACUAUGCAGGAAAGU.GAUCGAUAAA
NC_002976.3/54816-54919 SEQ ID NO：38
CAUAAAAUAAUUUAU.AU.GACUCAUAUAAUCUAGAGA.AU.AUGGCUUUAGAaGUUUCUACCGUGUCGCC..AUAAACGACAC.G.ACUAUGAGUAACAAU.CCAAUACAUU
NC_004461.1/2433047-2432944 SEQ ID NO：39
CAUAAAAUAAUUUAU.AU.GACUCAUAUAAUCUAGAGA.AU.AUGGCUUUAGAaGUUUCUACCGUGUCGCC..AUAAACGACAC.G.ACUAUGAGUAACAAU.CCAAUACAUU
Nc_003030.1/2824953-2824855 SEQ ID NO：40
AAUCGUUAAUAUAGU.UU.AACUCAUAUAU-UUCCUGA.AU.AUGGCAGGAU-.GUUUCUACAAGGAA-CC..UUAAA-UUUCU.U.ACUAUGAGUGAUUUG.UUUGUAUGCA
Nc-003909.8/296465-296567 SEQ ID NO：41
GAAAAGUGAAUAUUA.UG.CCGUCGUAUAAUAUCGGGG.AU.AUGGCCCGAAA.GUUUCUACCUAGCUACC..GUAAAUGGCUU.G.ACUACGAGGCGUUUU.UAUAAAGGUG
NC_003997.3/262601-262703 SEQ ID NO：42
GAAAAGUGAAUAUUA.UG.CCGUCGUAUAAUAUCGGGG.AU.AUGGCCCGAAA.GUUUCUACCUAGCUACC..GUAAAUGGCUU.G.ACUACGAGGCGUUUU.UAUAAAGGUG
NC_004722.1/261558-261660 SEQ ID NO：43
GAAAAGUGAAUAUUA.UG.CCGUCGUAUAAUAUCGGGG.AU.AUGGCCCGAAA.GUUUCUACCUAGCUACC..GUAAAUGGCUU.G.ACUACGAGGCGUUUU.UAUAAAGGUG
NC_005945.1/262614-262716 SEQ ID NO：44
GAAAAGUGAAUAUUA.UG.CCGUCGUAUAAUAUCGGGG.AU.AUGGCCCGAAA.GUUUCUACCUAGCUACC..GUAAAUGGCUU.G.ACUACGAGGCGUUUU.UAUAAAGGUG
Nc_005957.1/268537-268639 SEQ ID NO：45
GAAAAGUGAAUAUUA.UG.CCGUCGUAUAAUAUCGGGG.AU.AUGGCCCGAAA.GUUUCUACCUAGCUACC..GUAAAUGGCUU.G.ACUACGAGGCGUUUU.UAUAAAGGUG
NC_006274.1/267835-267937 SEQ ID NO：46
GAAAAGUGAAUAUUA.UG.CCGUCGUAUAAUAUCGGGG.AU.AUGGCCCGAAA.GUUUCUACCUAGCUACC..GUAAAUGGCUU.G.ACUACGAGGCGUUUU.UAUAAAGGUG
NC_007530.2/262601-262703 SEQ ID NO：47
GAAAAGUGAAUAUUA.UG.CCGUCGUAUAAUAUCGGGG.AU.AUGGCCCGAAA.GUUUCUACCUAGCUACC..GUAAAUGGCUU.G.ACUACGAGGCGUUUU.UAUAAAGGUG
NZ_AAAC02000001.1/796036-796138 SEQ ID NO：48
GAAAAGUGAAUAUUA.UG.CCGUCGUAUAAUAUCGGGG.AU.AUGGCCCGAAA.GUUUCUACCUAGCUACC..GUAAAUGGCUU.G.ACUACGAGGCGUUUU.UAUAAAGGUG
NZ_AAEK01000017.1/88397-88499 SEQ ID NO：49
GAAAAGUGAAUAUUA.UG.CCGUCGUAUAAUAUCGGGG.AU.AUGGCCCGAAA.GUUUCUACCUAGCUACC..GUAAAUGGCUU.G.ACUACGAGGCGUUUU.UAUAAAGGUG
NZ_AAEN01000023.1/16980-17082 SEQ ID NO：50
GAAAAGUGAAUAUUA.UG.CCGUCGUAUAAUAUCGGGG.AU.AUGGCCCGAAA.GUUUCUACCUAGCUACC..GUAAAUGGCUU.G.ACUACGAGGCGUUUU.UAUAAAGGUG
NZ_AAEO01000030.1/17090-17192 SEQ ID NO：51
GAAAAGUGAAUAUUA.UG.CCGUCGUAUAAUAUCGGGG.AU.AUGGCCCGAAA.GUUUCUACCUAGCUACC..GUAAAUGGCUU.G.ACUACGAGGCGUUUU.UAUAAAGGUG
NZ_AAEP01000043.1/12962-13064 SEQ ID NO：52
GAAAAGUGAAUAUUA.UG.CCGUCGUAUAAUAUCGGGG.AU.AUGGCCCGAAA.GUUUCUACCUAGCUACC..GUAAAUGGCUU.G.ACUACGAGGCGUUUU.UAUAAAGGUG
NZ_AAEQ01000040.1/4962-4860 SEQ ID NO：53
GAAAAGUGAAUAUUA.UG.CCGUCGUAUAAUAUCGGGG.AU.AUGGCCCGAAA.GUUUCUACCUAGCUACC..GUAAAUGGCUU.G.ACUACGAGGCGUUUU.UAUAAAGGUG
NZ_AAER0100003 0.1/4374-4272 SEQ ID NO：54
GAAAAGUGAAUAUUA.UG.CCGUCGUAUAAUAUCGGGG.AU.AUGGCCCGAAA.GUUUCUACCUAGCUACC..GUAAAUGGCUU.G.ACUACGAGGCGUUUU.UAUAAAGGUG
NZ_AAES01000040.1/14760-14862 SEQ ID NO：55
GAAAAGUGAAUAUUA.UG.CCGUCGUAUAAUAUCGGGG.AU.AUGGCCCGAAA.GUUUCUACCUAGCUACC..GUAAAUGGCUU.G.ACUACGAGGCGUUUU.UAUAAAGGUG
Nc_006270.2/693198-693300 SEQ ID NO：56
AGUAAUUUAAAAAAG.AC.UUGUCGUAUAAUCAUGGGG.AU.AUGGCCCAUAA.GUUUCUACCAAGCUACC..GUAAAUAGCUU.G.ACUACGCUUGUAUAC.AAUAUUUUAU
NC_006322.1/692981-693083 SEQ ID NO：57
AGUAAUUUAAAAAAG.AC.UUGUCGUAUAAUCAUGGGG.AU.AUGGCCCAUAA.GUUUCUACCAAGCUACC..GUAAAUAGCUU.G.ACUACGCUUGUAUAC.AAUAUUUUAU
NC_004722.1/259601-259703 SEQ ID NO：58
AGAUAAUAUAAAACG.AU.CCUUCAUAUAUCCUCAAUG.AU.AUGGUUUGAGA.GUCUCUACCGGGUUACC..GUAAACAACCU.G.ACUAUGAAGGCAGUG.UGUCUUAUAU
NC_000964.2/2319410-2319310 SEQ ID NO：59
UUACAAUAUAAUAGG.AA.CACUCAUAUAAUCGCGUGG.AU.AUGGCACGCAA.GUUUCUACCGGGCA-CC..GUAAA-UGUCC.G.ACUAUGGGUGAGCAA.UGGAACCGCA
NC_003030.1/2905050-2904948 SEQ ID NO：60
GAAAAGUAAUAACAU.AU.UACCCGUAUAUGCUUAGAA.AU.AUGGUCUAAGC.GUCUCUACCGGACUGCC..GUAAAUUGUCU.G.ACUAUGGGUGUUUAU.AAGUAUUUUA
NC_003210.1/611119-611017 SEQ ID NO：61
AAUCCGCUACAAUAA.UA.UAGUCGUAUUAAGUCGGUA.AU.AUGGACCGUUC.GUUUCUACCAGGCAACC..GUAAAAUGCCA.G.GCUACGAGCUAUUGU.AAAAUUUAAU
NZ_AADQ01000001.1/2431-2533 SEQ ID NO：62
AAUCCGCUACAAUAA.UA.UAGUCGUAUAAGUUCGGUA.AU.AUGGACCGUUC.GUUUCUACCAGGCAACC..GUAAAAUGCCA.G.GCUACGAGCUAUUGU.AAAAUUUAAU
NC_003212.1/610156-610054 SEQ ID NO：63
AAUCGUCUACAAUAA.UA.AAGUCGUAUAAGUUCGGUA.AU.AUGGACCGUUC.GUUUCUACCAGGCAACC..GUAAAAUGCCA.G.GCUACGAGCUAUUGU.AAAAUUUAAU
NC_003366.1/422820-422922 SEQ ID NO：64
UAUGUACUUAUAUAA.GU.AUAUCGUAUAUGCUCGACG.AU.AUGGGUUGAGU.GUUUCUACUAGGAGGCC..GUAAACAUCCU.A.ACUACGAAUAUAUAG.GUGAUUUCUA
NC_002973.5/617846-617744 SEQ ID NO：65
AAUCCGCUACAAUAA.UA.AAGUCGUAUAAGUUCGGUA.AU.AUGGACCGUUC.GUUUCUACCAGGCAACC..GUAAAAUGCCA.G.GCUACGAGCUAUUGU.AAAAUUUAAU
NZ_AADR01000111.1/1598-1496 SEQ ID NO：66
AAUCCGCUACAAUAA.UA.AAGUCGUAUAAGUUCGGUA.AU.AUGGACCGUUC.GUUUCUACCAGGCAACC..GUAAAAUGCCA.G.GCUACGAGCUAUUGU.AAAAUUUAAU
NC_003909.8/294509-294611 SEQ ID NO：67
AGAUAAUAUAAAACG.AU.CCUUCAUAUAUCCUCAAAG.AU.AUGGUUUGAGA.GUCUCUACCGGGUUACC..GUAAACAACCU.G.ACUAUGAAGGCAGUG.UGUCUUAUAU
NC_005957.1/266577-266679 SEQ ID NO：68
AGAUAAUAUAAAACG.AU.CCUUCAUAUAUCCUCAAAG.AU.AUGGUUUGAGA.GUCUCUACCGGGUUACC..GUAAACAACCU.G.ACUAUGAAGGCAGUG.UGUCUUAUAU
NC_006274.1/265875-265977 SEQ ID NO：69
AGAUAAUAUAAAACG.AU.CCUUCAUAUAUCCUCAAAG.AU.AUGGUUUGAGA.GUCUCUACCGGGUUACC..GUAAACAACCU.G.ACUAUGAAGGCAGUG.UGUCUUAUAU
NC_003366.1/2618421-2618323 SEQ ID NO：70
AAAACGGAAUAUAAA.CA.AACUCGUAUAA-GCUUUGA.AU.AAGGCAAGGC-.GUUUCUACCGGAAA-CC..UUAAA-UUUCC.G.UCUAUGAGUGAAUUU.GAUAUACUAU
NC_002973.5/1940027-1939926 SEQ ID NO：71
AUAACUUAAAACCGA.AA.UACUUAUAUAAUAGUUGCG.AU.-UGGGCGACGA.GUUUCUACCUGGUUACC..GUAAAUAACCG.G.ACUAUGAGUAGUUUG.UAUAAAGAAG
NC_003212.1/2013345-2013244 SEQ ID NO：72
AUAACUUAAAACCGA.AA.UACUUAUAUAAUAGUUGCG.AU.-UGGGCGACGA.GUUUCUACCUGGUUACC..GUAAAUAACCG.G.ACUAUGAGUAGUUUG.UAUAAAGAAG
NZ_AADQ01000095.1/1690-1791 SEQ ID NO：73
AUAACUUAAAACCGA.AA.UACUUAUAUAAUAGUUGCG.AU.-UGGGCGACGA.GUUUCUACCUGGUUACC..GUAAAUAACCG.G.ACUAUGAGUGAUUUG.UAUAAAGAAG
NZ_AADR01000082.1/3415-3516 SEQ ID NO：74
AUAACUUAAAACCGA.AA.UACUUAUAUAAUAGUUGCG.AU.-UGGGCGACGA.GUUUCUACCUGGUUACC..GUAAAUAACCG.G.ACUAUGAGUAGUUUG.UAUAAAGAAG
NC_003366.1/2871201-2871101 SEQ ID NO：75
AUAAAAAAAUAAAUU.UU.GCUUCGUAUAACUCUAAUG.AU.AUGGAUUAGAG.GUCUCUACCAAGAA-CC..GAGAA-UUCUU.G.AUUACGAAGAAAGCU.UAUUUGCUUU
NC_002745.2/430797-430900 SEQ ID NO：76
GUUAAAUAAUUUACA.UA.AACUCAUAUAAUCUAAAGA.AU.AUGGCUUUAGAaGUUUCUACCAUGUUGCC..UUGAACGACAU.G.ACUAUGAGUAACAAC.ACAAUACUAG
NC_002758.2/430754-430857 SEQ ID NO：77
GUUAAAUAAUUUACA.UA.AACUCAUAUAAUCUAAAGA.AU.AUGGCUUUAGAaGUUUCUACCAUGUUGCC..UUGAACGACAU.G.ACUAUGAGUAACAAC.ACAAUACUAG
NC_002951.2/460059-460162 SEQ ID NO：78
GUUAAAUAAUUUACA.UA.AACUCAUAUAAUCUAAAGA.AU.AUGGCUUUAGAaGUUUCUACCAUGUUGCC..UUGAACGACAU.G.ACUAUGAGUAACAAC.ACAAUACUAG
NC_002952.2/441050-441153 SEQ ID NO：79
GUUAAAUAAUUUACA.UA.AACUCAUAUAAUCUAAAGA.AU.AUGGCUUUAGAaGUUUCUACCAUGUUGCC..UUGAACGACAU.G.ACUAUGAGUAACAAC.ACAAUACUAG
NC_002953.3/409191-409294 SEQ ID NO：80
GUUAAAUAAUUUACA.UA.AACUCAUAUAAUCUAAAGA.AU.AUGGCUUUAGAaGUUUCUACCAUGUUGCC..UUGAACGACAU.G.ACUAUGAGUAACAAC.ACAAUACUAG
NC_003923.1/410546-410649 SEQ ID NO：81
GUUAAAUAAUUUACA.UA.AACUCAUAUAAUCUAAAGA.AU.AUGGCUUUAGAaGUUUCUACCAUGUUGCC..UUGAACGACAU.G.ACUAUGAGUAACAAC.ACAAUACUAG
NC_006582.1/1115665-1115767 SEQ ID NO：82
AAGUUAAAAACGAAA.AC.ACCUCAUAUAUACUCGGGA.AU.AUGGCUCGAAC.GUUUCUACCCGGCAACC..GUAAAUUGCCG.G.ACUAUGAGGGGAAGU.CAUUACGCGC
NC_006510.1/274257-274359 SEQ ID NO：83
AUGAAUAUUGUUGAA.UU.CCGUCGUAUAAUCCCGGGA.AU.AUGGCUCGGGA.GUUUCUACCAAGCUACC..GUAAAUAGCUU.G.ACUACGAGGGAUGCG.GGAUCGGAGA
NC_003210.1/1958922-1958821 SEQ ID NO：84
AUAACUUAAAACCGA.AA.UACUUGUAUAAUAGUUGCG.AU.-UGGGCGACGA.GUUUCUACCUGGUUACC..GUAAAUAACCG.G.ACUAUGAGUAGUUUG.UAUAAAGAAG
NC_006270.2/697054-697156 SEQ ID NO：85
CAUGACAUGAAAACA.CA.UCCUCAUAUAAUCUUGGGA.AU.AUGGCCCAUAA.GUCUCUACCCGAUGACC..GUAAAUCAUCG.G.ACUAUGCAGGAAAGU.GGACAAUAAA
NC_006322.1/696838-696940 SEQ ID NO：86
CAUGACAUGAAAACA.CA.UCCUCAUAUAAUCUUGGGA.AU.AUGGCCCAUAA.GUCUCUACCCGAUGACC..GUAAAUCAUCG.G.ACUAUGCAGGAAAGU.GGACAAUAAA
NC_006510.1/282580-282682 SEQ ID NO：87
AUAGUGUAUGAGAAG.AU.CCCUCAUAUAAUUUUGGGA.AU.AUGGCCCAAAA.GUUUCUACCCAAUCACC..GUAAAUGAUUG.G.ACUAUGAGGGAAAGG.AUCGGUUUUG
NC_003997.3/260641-260743 SEQ ID NO：88
AGAUAAUAUAAAACG.AU.CCUUCAUAUAUCCUCAAAG.AU.AAGGUUUGAGA.GUCUCUACCGGGUUACC..GUAAACAACCU.G.ACUAUGAAGGCAGUG.UGUCUUAUAU
NC_005945.1/260654-260756 SEQ ID NO：89
AGAUAAUAUAAAACG.AU.CCUUCAUAUAUCCUCAAAG.AU.AAGGUUUGAGA.GUCUCUACCGGGUUACC..GUAAACAACCU.G.ACUAUGAAGGCAGUG.UGUCUUAUAU
NC_007530.2/260641-260743 SEQ ID NO：90
AGAUAAUAUAAAACG.AU.CCUUCAUAUAUCCUCAAAG.AU.AAGGUUUGAGA.GUCUCUACCGGGUUACC..GUAAACAACCU.G.ACUAUGAAGGCAGUG.UGUCUUAUAU
NZ_AAEK01000017.1/86437-86539 SEQ ID NO：91
AGAUAAUAUAAAACG.AU.CCUUCAUAUAUCCUCAAAG.AU.AAGGUUUGAGA.GUCUCUACCGGGUUACC..GUAAACAACCU.G.ACUAUGAAGGCAGUG.UGUCUUAUAU
NZ_AAEN01000023.1/15020-15122 SEQ ID NO：92
AGAUAAUAUAAAACG.AU.CCUUCAUAUAUCCUCAAAG.AU.AAGGUUUGAGA.GUCUCUACCGGGUUACC..GUAAACAACCU.G.ACUAUGAAGGCAGUG.UGUCUUAUAU
NZ_AAEO01000030.1/15130-15232 SEQ ID NO：93
AGAUAAUAUAAAACG.AU.CCUUCAUAUAUCCUCAAAG.AU.AAGGUUUGAGA.GUCUCUACCGGGUUACC..GUAAACAACCU.G.ACUAUGAAGGCAGUG.UGUCUUAUAU
NZ_AAEP01000043.1/11002-11104 SEQ ID NO：94
AGAUAAUAUAAAACG.AU.CCUUCAUAUAUCCUCAAAG.AU.AAGGUUUGAGA.GUCUCUACCGGGUUACC..GUAAACAACCU.G.ACUAUGAAGGCAGUG.UGUCUUAUAU
NZ_AAEQ01000040.1/6922-6820 SEQ ID NO：95
AGAUAAUAUAAAACG.AU.CCUUCAUAUAUCCUCAAAG.AU.AAGGUUUGAGA.GUCUCUACCGGGUUACC..GUAAACAACCU.G.ACUAUGAAGGCAGUG.UGUCUUAUAU
NZ_AAER01000030.1/6334-6232 SEQ ID NO：96
AGAUAAUAUAAAACG.AU.CCUUCAUAUAUCCUCAAAG.AU.AAGGUUUGAGA.GUCUCUACCGGGUUACC..GUAAACAACCU.G.ACUAUGAAGGCAGUG.UGUCUUAUAU
NZ_AAES01000040.1/12800-12902 SEQ ID NO：97
AGAUAAUAUAAAACG.AU.CCUUCAUAUAUCCUCAAAG.AU.AAGGUUUGAGA.GUCUCUACCGGGUUACC..GUAAACAACCU.G.ACUAUGAAGGCAGUG.UGUCUUAUAU
NC_004193.1/760473-760575 SEQ ID NO：98
CAAUUUUUAUCCAAU.GC.CUUUCGUAUAUCCUCGAUA.AU.AUGGUUCGAAA.GUAUCUACCGGGUCACC..GUAAAUGAUCU.G.ACUAUGAAGGCAGAA.GCAGGUUCGG
NC_006270.2/4024210-4024312 SEQ ID NO：99
AAAUAAUAGAAGCCC.AC.UUCUUGUAUAUAAUCAGUA.AU.AGGGUCUGAUU.GUUUCUACCUGGCAACC..GUAAAUCGCCA.G.ACUACAAGGAAGUUU.GAAUAGAUUU
NC_006322.1/4024324-4024426 SEQ ID NO：100
AAAUAAUAGAAGCCC.AC.UUCUUGUAUAUAAUCAGUA.AU.AGGGUCUGAUU.GUUUCUACCUGGCAACC..GUAAAUCGCCA.G.ACUACAAGGAAGUUU.GAAUAGAUUU
NC_004193.1/786767-786868 SEQ ID NO：101
CCGACAAUUGAAAAU.GA.ACCUCAUAUAAAUUUGAGA.AU.AUGGCUCAGAA.GUUUCUACCCAGC-ACC..GUAAAUGGCUG.G.ACUAUGAGGGAAGAU.GGAUCAUUUC
NC_002662.1/1159509-1159607 SEQ ID NO：102
UAGUCUAUAAUAGAA.CA.AUCUUAUUUAU-ACCUAGG.AU.AUGGCUGGGC-.GUUUCUACCUCGUA-CC..GUAAA-UGCGA.G.ACAAUAAGGAAAUUC.GAUUUUUUAG
NC_000964.2/625993-625893 SEQ ID NO：103
AAUUAAAUAGCUAUU.AU.CACUUGUAUAACCUCAAUA.AU.AUGGUUUGAGG.GUGUCUACCAGGAA-CC..GUAAA-AUCCU.G.AUUACAAAAUUUGUU.UAUGACAUUU
NC_003909.8/382630-382528 SEQ ID NO：104
UUAAUACGGACGAUG.UU.ACCUCAUAUAUACUCGAUA.AU.AUGGAUCGAGA.GUUUCUACCCGGCAACC..UUAAAUUGCUG.G.ACUAUGGGGAAAACU.AAUGAAUAUU
NC_003997.3/342356-342254 SEQ ID NO：105
UUAAUACGGACGAUG.UU.ACCUCAUAUAUACUCGAUA.AU.AUGGAUCGAGA.GUUUCUACCCGGCAACC..UUAAAUUGCUG.G.ACUAUGGGGAAAACU.AAUGAAUAUU
NC_005945.1/342369-342267 SEQ ID NO：106
UUAAUACGGACGAUG.UU.ACCUCAUAUAUACUCGAUA.AU.AUGGAUCGAGA.GUUUCUACCCGGCAACC..UUAAAUUGCUG.G.ACUAUGGGGAAAACU.AAUGAAUAUU
NC_005957.1/356354-356252 SEQ ID NO：107
UUAAUACGGACGAUG.UU.ACCUCAUAUAUACUCGAUA.AU.AUGGAUCGAGA.GUUUCUACCCGGCAACC..UUAAAUUGCUG.G.ACUAUGGGGAAAACU.AAUGAAUAUU
NC_006274.1/357462-357360 SEQ ID NO：108
UUAAUACGGACGAUG.UU.ACCUCAUAUAUACUCGAUA.AU.AUGGAUCGAGA.GUUUCUACCCGGCAACC..UUAAAUUGCUG.G.ACUAUGGGGAAAACU.AAUGAAUAUU
NC_007530.2/342356-342254 SEQ ID NO：109
UUAAUACGGACGAUG.UU.ACCUCAUAUAUACUCGAUA.AU.AUGGAUCGAGA.GUUUCUACCCGGCAACC..UUAAAUUGCUG.G.ACUAUGGGGAAAACU.AAUGAAUAUU
NZ_AAAC02000001.1/859268-859166 SEQ ID NO：110
UUAAUACGGACGAUG.UU.ACCUCAUAUAUACUCGAUA.AU.AUGGAUCGAGA.GUUUCUACCCGGCAACC..UUAAAUUGCUG.G.ACUAUGGGGAAAACU.AAUGAAUAUU
NZ_AAEK01000051.1/8150-8252 SEQ ID NO：111
UUAAUACGGACGAUG.UU.ACCUCAUAUAUACUCGAUA.AU.AUGGAUCGAGA.GUUUCUACCCGGCAACC..UUAAAUUGCUG.G.ACUAUGGGGAAAACU.AAUGAAUAUU
NZ_AAEN01000023.1/83441-83339 SEQ ID NO：112
UUAAUACGGACGAUG.UU.ACCUCAUAUAUACUCGAUA.AU.AUGGAUCGAGA.GUUUCUACCCGGCAACC..UUAAAUUGCUG.G.ACUAUGGGGAAAACU.AAUGAAUAUU
NZ_AAEO01000030.1/96886-96784 SEQ ID NO：113
UUAAUACGGACGAUG.UU.ACCUCAUAUAUACUCGAUA.AU.AUGGAUCGAGA.GUUUCUACCCGGCAACC..UUAAAUUGCUG.G.ACUAUGGGGAAAACU.AAUGAAUAUU
NZ_AAEP01000046.1/48810-48708 SEQ ID NO：114
UUAAUACGGACGAUG.UU.ACCUCAUAUAUACUCGAUA.AU.AUGGAUCGAGA.GUUUCUACCCGGCAACC..UUAAAUUGCUG.G.ACUAUGGGGAAAACU.AAUGAAUAUU
NZ_AAEQ01000034.1/49483-49381 SEQ ID NO：115
UUAAUACGGACGAUG.UU.ACCUCAUAUAUACUCGAUA.AU.AUGGAUCGAGA.GUUUCUACCCGGCAACC..UUAAAUUGCUG.G.ACUAUGGGGAAAACU.AAUGAAUAUU
NZ_AAER01000042.1/191339-191441 SEQ ID NO：116
UUAAUACGGACGAUG.UU.ACCUCAUAUAUACUCGAUA.AU.AUGGAUCGAGA.GUUUCUACCCGGCAACC..UUAAAUUGCUG.G.ACUAUGGGGAAAACU.AAUGAAUAUU
NZ_AAES01000043.1/48479-48377 SEQ ID NO：117
UUAAUACGGACGAUG.UU.ACCUCAUAUAUACUCGAUA.AU.AUGGAUCGAGA.GUUUCUACCCGGCAACC..UUAAAUUGCUG.G.ACUAUGGGGAAAACU.AAUGAAUAUU
NZ_AAAC02000001.1/794076-794178 SEQ ID NO：118
AGAUAAUAUAAAACG.AU.CCUUCAUAIAICCUCAAAG.AU.ARGGUUUGAGA.GUCUCUACCGGGUUACC..GUAAACAACCU.G.ACUAUGAWGGCAGUG.UGUCUUAUAU
NC_003030.1/1002176-1002275 SEQ ID NO：119
UAUAUAAAAAACUAA.AU.UUCUCGUAUAC-ACCGGUA.AU.AUGGUCCGGAA.GUUUCUACCUGCUG-CC..AUAAA-UAGCA.G.ACUACGGGGUGUUAU.UGAUAAUAUA
NC_006582.1/1554717-1554819 SEQ ID NO：120
UAAACGAACAAAGCA.UC.AGCUCGUAUAAUAGCGGUA.AU.AUGGUCCGCGA.GUCUCUACCAGGCUGCC..GAUAACGGCCU.G.ACUACGAGUGGUCUU.UUUCAGUUGU
NC_003909.8/336194-336296 SEQ ID NO：121
AAAGAAUAAUAUAUA.AG.ACGUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUCUCUACCUAACGACC..GUUAUUCGUUA.G.ACUAUGAGGGAAAGU.CACUCGGUAU
NC_003997.3/295331-295433 SEQ ID NO：122
AAAGAAUAAUAUAUA.AG.ACCUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUCUCUACCUAACGACC..GUUAUUCGUUA.G.ACUAUGAGGGAAAGU.CACUCGGUAU
NC_005945.1/295344-295446 SEQ ID NO：123
AAAGAAUAAUAUAUA.AG.ACCUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUCUCUACCUAACGACC..GUUAUUCGUUA.G.ACUAUGAGGGAAAGU.CACUCGGUAU
NC_005957.1/309524-309626 SEQ ID NO：124
AAAGAAUAAUAUAUA.AG.ACCUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUCUCUACCUAACGACC..GUUAUUCGUUA.G.ACUAUGAGGGAAAGU.CACUCGGUAU
NC_006274.1/309094-309196 SEQ ID NO：125
AAAGAAUAAUAUAUA.AG.ACCUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUCUCUACCUAACGACC..GUUAUUCGUUA.G.ACUAUGAGGGAAAGU.CACUCGGUAU
NC_007530.2/295331-295433 SEQ ID NO：126
AAAGAAUAAUAUAUA.AG.ACCUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUCUCUACCUAACGACC..GUUAUUCGUUA.G.ACUAUGAGGGAAAGU.CACUCGGUAU
NZ_AAAC02000001.1/812243-812345 SEQ ID NO：127
AAAGAAUAAUAUAUA.AG.ACCUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUCUCUACCUAACGACC..GUUAUUCGUUA.G.ACUAUGAGGGAAAGU.CACUCGGUAU
NZ_AAEK01000064.1/23153-23051 SEQ ID NO：128
AAAGAAUAAUAUAUA.AG.ACCUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUCUCUACCUAACGACC..GUUAUUCGUUA.G.ACUAUGAGGGAAAGU.CACUCGGUAU
NZ_AAEN01000023.1/36414-36516 SEQ ID NO：129
AAAGAAUAAUAUAUA.AG.ACCUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUCUCUACCUAACGACC..GUUAUUCGUUA.G.ACUAUGAGGGAAAGU.CACUCGGUAU
NZ_AAEO01000030.1/49824-49926 SEQ ID NO：130
AAAGAAUAAUAUAUA.AG.ACCUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUCUCUACCUAACGACC..GUUAUUCGUUA.G.ACUAUGAGGGAAAGU.CACUCGGUAU
NZ_AAEP01000046.1/1785-1887 SEQ ID NO：131
AAAGAAUAAUAUAUA.AG.ACCUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUCUCUACCUAACGACC..GUUAUUCGUUA.G.ACUAUGAGGGAAAGU.CACUCGGUAU
NZ_AAEQ01000034.1/2457-2559 SEQ ID NO：132
AAAGAAUAAUAUAUA.AG.ACCUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUCUCUACCUAACGACC..GUUAUUCGUUA.G.ACUAUGAGGGAAAGU.CACUCGGUAU
NZ_AAER01000042.1/238364-238262 SEQ ID NO：133
AAAGAAUAAUAUAUA.AG.ACCUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUCUCUACCUAACGACC..GUUAUUCGUUA.G.ACUAUGAGGGAAAGU.CACUCGGUAU
NZ_AAES01000043.1/1489-1591 SEQ ID NO：134
AAAGAAUAAUAUAUA.AG.ACCUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUCUCUACCUAACGACC..GUUAUUCGUUA.G.ACUAUGAGGGAAAGU.CACUCGGUAU
NC_004193.1/769686-769787 SEQ ID NO：135
UGAUGUAAUUGAAUA.GA.AAUGCGUAUAAUUAAGGGG.AU.AUGGCCC-ACA.GUUUCUACCAGACCACC..GUAAAUGGUUU.G.ACUACGCAGUAAUUA.UAUUUGUAUC
NC_004722.1/343847-343745 SEQ ID NO：136
UUAAUACGGACGAUG.UU.ACCUCAUAUAUACUUGAUA.AU.AUGGAUCGAGA.GUUUCUACCCGGCAACC..UUAAAUUGCUG.G.ACUAUGGGGAAAACU.AAUGAAUAUU
NZ_AAAW03000042.1/15038-14936 SEQ ID NO：137
AAAAAAUUUAAAUAG.GG.CGUUCAUAUAAUCGCGGAG.AU.AGGGUCCGCAA.GUUUCUACCGGGCUGCC..GUAAAUGGCCU.G.ACUAUGAGCGAAACU.GUGCCCAGGG
NZ_AADT03000005.1/34629-34731 SEQ ID NO：138
AAAAAUAAUUUAACC.CU.GCUUCGUAUAUUCCCGGAA.AU.GCGGUCCGGGA.GUUUCUACCAGGCAACC..GUAAAUUGCCC.G.GCUACGAAGGUUAUU.CUUCGUCGUC
NC_002570.2/648442-648544 SEQ ID NO：139
ACAUGUAGAUAUCAU.CC.CUUUCGUAUAUACUUGGAG.AU.AAGGUCCAGGA.GUUUCUACCAGAUCACC..GUAAAUGAUCU.G.ACUAUGAAGGUGGAA.UGGCUCGAUA
NC_004722.1/298774-298876 SEQ ID NO：140
AGAAACAAUAAUAUA.AG.ACCUCAUAUAAUCGCGGGG.AU.AUGGCCUGCAA.GUCUCUACCUAACGACC..GUUAUUCGUUA.G.ACUAUGAGGGAAAGU.CACUCGGUAU
NC_006510.1/272473-272575 SEQ ID NO：141
UACGGAUAGACGAAA.GC.CCUUCAUAUAAGCGCAAGA.AU.AUGGCUUGCGC.GUCUCUACCGGGCCGCC..GUAAACGGCCC.G.ACUAUGAAGGCAGAA.GACGCUGCUA
NZ_AADW02000004.1/225764-225662 SEQ ID NO：142
GGAAGAUUGAAUAUA.AC.ACCUCGUAUAAUAGCAGGG.AU.AUGGCUUGCAA.GUUUCUACCCGACGACC..CUAAAUCGUUG.G.ACUAUGGGGUAUAUG.GAUGUUCGUC
NC_006274.1/3685852-3685750 SEQ ID NO：143
CUUCGAAAAGAAUCA.CU.GCCUCAUAUAAUCUUGGAG.AU.AAGGUCCAUAA.GUUUCUACCUGGCAACC..AUGAAUUGCUA.G.ACUAUGAGGGAAAAA.GUGUGUAACA
NZ_AAGO01000011.1/2345-2247 SEQ ID NO：144
UUGAGCUGCUAUAAA.CA.AUCUUAUUUAU-ACCUAGA.AU.AUGGCUGGGC-.GUUUCUACCUCGUA-CC..GUAAA-UGCGA.G.ACAAUAAGGAAAUUC.GAUUUUUCAA
NZ_AAAK03000113.1/5724-5822 SEQ ID NO：145
UAUUAGUUUUACAUA.CC.UACUUAUAUAU-CGUCAUA.AU.AUGGAUGACA-.GUUUCUAGCCAGUA-CC..GUAAA-UGCUG.G.ACUAUAAGUAAAAGA.UUGGCUAUUU
NZ_AADW02000005.1/186378-186480 SEQ ID NO：146
CUAAAAAACAAAAAA.UA.AUGCCGUAUAAUUCUGGGG.AU.AUGGCCCGGAA.GUCUCUACAGGAACACC..UUAAAGGUUCC.U.ACUACGGCGUGCACU.GAUUUCCGGU
NC_003909.8/3578068-3577966 SEQ ID NO：147
CUUCGAAAAGAAUCA.CU.GCCUCAUAUAAUCUUGGAG.AU.AAGGUCCAUAA.GUUUCUACCUGGCAACC..AUGAAUUGCUA.G.ACUAUGAGGGGAAAA.GUGUGUAACA
NC_003997.3/3605298-3605196 SEQ ID NO：148
CUUCGAAAAGAAUCA.CU.GCCUCAUAUAAUCUUGGAG.AU.AAGGUCCAUAA.GUUUCUACCUGGCAACC..AUGAAUUGCUA.G.ACUAUGAGGGGAAAA.GUGUGUAACA
NC_004722.1/3766254-3766152 SEQID NO：149
CUUCGAAAAGAAUCA.CU.GCCUCAUAYAAYCUUGGAG.AU.AAGGUCCAUAA.GUUUCUACCUGGCAACC..AUGAAUUGCUA.G.ACUAUGAGGGGAAAA.GUGUGUAACA
NC_005945.1/3605993-3605891 SEQ ID NO：150
CUUCGAAAAGAAUCA.CU.GCCUCAUAUAAUCUUGGAG.AU.AAGGUCCAUAA.GUUUCUACCUGGCAACC..AUGAAUUGCUA.G.ACUAUGAGGGGAAAA.GUGUGUAACA
NC_005957.1/3626969-3626867 SEQ ID NO：151
CUUCGAAAAGAAUCA.CU.GCCUCAUAUAAUCUUGGAG.AU.AAGGUCCAUAA.GUUUCUACCUGGCAACC..AUGAAUUGCUA.G.ACUAUGAGGGGAAAA.GUGUGUAACA
NC_007530.2/3605425-3605323 SEQ ID NO：152
CUUCGAAAAGAAUCA.CU.GCCUCAUAUAAUCUUGGAG.AU.AAGGUCCAUAA.GUUUCUACCUGGCAACC..AUGAAUUGCUA.G.ACUAUGAGGGGAAAA.GUGUGUAACA
NZ_AAAC02000001.1/4059572-4059470 SEQ ID NO：153
CUUCGAAAAGAAUCA.CU.GCCUCAUAUAAUCUUGGAG.AU.AAGGUCCAUAA.GUUUCUACCUGGCAACC..AUGAAUUGCUA.G.ACUAUGAGGGGAAAA.GUGUGUAACA
NZ_AAEN01000012.1/139994-140096 SEQ ID NO：154
CUUCGAAAAGAAUCA.CU.GCCUCAUAUAAUCUUGGAG.AU.AAGGUCCAUAA.GUUUCUACCUGGCAACC..AUGAAUUGCUA.G.ACUAUGAGGGGAAAA.GUGUGUAACA
NZ_AAEO01000020.1/51249-51351 SEQ ID NO：155
CUUCGAAAAGAAUCA.CU.GCCUCAAUUAAUCUUGGAG.AU.AAGGUCCAUAA.GUUUCUACCUGGCAACC..AUGAAUUGCUA.G.ACUAUGAGGGGAAAA.GUGUGUAACA
NZ_AAEP01000042.1/12489-12387 SEQ ID NO：156
CUUCGAAAAGAAUCA.CU.GCCUCAUAUAAUCUUGGAG.AU.AAGGUCCAUAA.GUUUCUACCUGGCAACC..AUGAAUUGCUA.G.ACUAUGAGGGGAAAA.GUGUGUAACA
NZ_AAEQ01000019.1/51159-51261 SEQ ID NO：157
CUUCGAAAAGAAUCA.CU.GCCUCAUAUAAUCUUGGAG.AU.AAGGUCCAUAA.GUUUCUACCUGGCAACC..AUGAAUUGCUA.G.ACUAUGAGGGGAAAA.GUGUGUAACA
NZ_AAER01000035.1/118314-118212 SEQ ID NO：158
CUUCGAAAAGAAUCA.CU.GCCUCAUAUAAUCUUGGAG.AU.AAGGUCCAUAA.GUUUCUACCUGGCAACC..AUGAAUUGCUA.G.ACUAUGAGGGGAAAA.GUGUGUAACA
NZ_AAES01000032.1/51320-51422 SEQ ID NO：159
CUUCGAAAAGAAUCA.CU.GCCUCAUAUAAUCUUGGAG.AU.AAGGUCCAUAA.GUUUCUACCUGGCAACC..AUGAAUUGCUA.G.ACUAUGAGGGGAAAA.GUGUGUAACA
NC_006371.1/1538896-1538796 SEQ ID NO：160
UAAUAAUGGGUAAAG.UU.ACUUCGUAUAACCCCACUU.AU.AGGGUGUGGGG.GUCUCUACCAGAAU-CC..GUAAA-AUUCU.G.AUUACGAAGAGUUGA.GUGAUUGAUC
NC_004460.1/504371-504471 SEQ ID NO：161
GACUUUCGGCGAUCA.AC.GCUUCAUAUAAUCCUAAUG.AU.AUGGUUUGGGA.GUUUCUACCAAGAG-CC..UUAAA-CUCUU.G.AUUAUGAAGUCUGUC.GCUUUAUCCG
NC_005140.1/1130553-1130653 SEQ ID NO：162
GACUUUCGGCGAUCA.AC.GCUUCAUAUAAUCCUAAUG.AU.AUGGUUUGGGA.GUUUCUACCAAGAG-CC..UUAAA-CUCUU.G.AUUAUGAAGUCUGUC.GCUUUAUCCG
NC_004116.1/1094305-1094209 SEQ ID NO：163
CAAUUAAAUAUAUGA.UU.UACUUAUUUAU-GCUGAGG.AU.-UGGCUUAGC-.GUCUCUACAAGACA-CC..GU-AA-UGUCU.A.ACAAUAAGUAAGCUA.AUAAAUAGCU
NC_004368.1/1163490-1163394 SEQ ID NO：164
CAAUUAAAUAUAUGA.UU.UACUUAUUUAU-GCUGAGG.AU.-UGGCUUAGC-.GUCUCUACAAGACA-CC..GU-AA-UGUCU.A.ACAAUAAGUAAGCUA.AUAAAUAGCU
NZ_AADT03000005.1/42245-42347 SEQ ID NO：165
CAAUAAAGCCAGUCU.UA.ACUUCGUAUAUCCCCGGCA.AU.AGGGACCGGGG.GUUUCUACCAGGCAACC..GCAAAUUGCCC.G.GCUACGAAGGUAUAU.CUUCGUUGCU
NC_004557.1/2551392-2551293 SEQ ID NO：166
CUCUAUAAUAAAUUA.UU.GACUCAUAUAU-CCCCUUA.AU.AAGGUAGGGA-.GUAUCUACCAGAAG-CC..UUAAA-CUUCU.G.ACUAUGAGUGAAUAAaGCAUUGUCAU
NC_003028.1/1754786-1754882 SEQ ID NO：167
AAAAUUGAAUAUCGU.UU.UACUUGUUUAU-GUCGUGA.AU.-UGGCACGAC-.GUUUCUACAAGGUG-CC..GG-AA-CACCU.A.ACAAUAAGUAAGUCA.GCAGUGAGAU
NC_003098.1/1634825-1634921 SEQID NO：168
AAAAUUGAAUAUCGU.UU.UACUUGUUUAU-GUCGUGA.AU.-UGGCACGAC-.GUUUCUACAAGGUG-CC..GG-AA-CACCU.A.ACAAUAAGUAAGUCA.GCAGUGAGAU
NZ_AAGY01000085.1/5640-5736 SEQ ID NO：169
AAAAUUGAAUAUCGU.UU.UACUUGUUUAU-GUCGUGA.AU.-UGGCACGAC-.GUUUCUACAAGGUG-CC..GG-AA-CACCU.A.ACAAUAAGUAAGUCA.GCAGUGAGAU
NZ_AAEK01000001.1/183902-184006 SEQ ID NO：170
AUAAUUUUACACAUU.AU.CACUCGUAUAUACUCGGUA.AU.AUGGUCCGAGC.GUUUCUACCUAGUUCCCaaUGAAAGAACUG.G.ACUACGGGUUAAAGU.AUUCGGUCGC
NC_003454.1/1645820-1645721 SEQ ID NO：171
UAAAUAAUUUUAAUA.AA.AAUUCGUAUAA-GCCUAAU.AU.AUGGAAGGGU-.GUCCCUAC-GGUUAACC..AUAAAUUAACC.A.GCUACGAAAAAUGUU.UUACUGUGUU
NZ_AADW02000027.1/2980-2880 SEQ ID NO：172
GAAUAAACGUAUAGC.AA.CGCUCGUAUAAUAGUGGGG.AU.-UGGCCCACGA.GUCUCUACCGGAUCGCC..GU-AACGAUCC.G.ACUACGGGUGGUGAG.UUACUGCUCU
NZ_AADW02000005.1/179959-180061 SEQ ID NO：173
AAAUCAUACAUGCAU.CU.CCUUUGUAUAUACUCGCGA.AU.AUGGCGUGAGA.GUCUCUACCGGGUCACC..UUAAACGACCU.G.ACUAUGAAGGAGCAG.ACCCUUCGUA
NC_006582.1/1039390-1039492 SEQ ID NO：174
AAUGUCCAAUAGGAA.AA.UACCCGUAUAAUUGCAGGA.AU.AAGGCCUGCAC.GUUUCUACCGAGCCACC..GUAAAUGGCUU.G.ACUACGGCAUGAUAA.AUGGAGCGCA
NC_002737.1/930749-930845 SEQ ID NO：175
UGAAUUCAAUAAUGA.CA.UACUUAUUUAU-GCUGUGA.AU.-UGGCGCAGC-.GUCUCUACAAGACA-CC..UU-AA-UGUCU.A.ACAAUAAGUAAGCUU.UUAGGCUUGC
NC_003485.1/910599-910695 SEQ ID NO：176
UGAAUUCAAUAAUGA.CA.UACUUAUUUAU-GCUGUGA.AU.-UGGCGCAGC-.GUCUCUACAAGACA-CC..UU-AA-UGUCU.A.ACAAUAAGUAAGCUU.UUAGGCUUGC
NC_004070.1/846557-846653 SEQ ID NO：177
UGAAUUCAAUAAUGA.CA.UACUUAUUUAU-GCUGUGA.AU.-UGGCGCAGC-.GUCUCUACAAGACA-CC..UU-AA-UGUCU.A.ACAAUAAGUAAGCUU.UUAGGCUUGC
NC_004606.1/977077-977173 SEQ ID NO：178
UGAAUUCAAUAAUGA.CA.UACUUAUUUAU-GCUGUGA.AU.-UGGCGCAGC-.GUCUCUACAAGACA-CC..UU-AA-UGUCU.A.ACAAUAAGUAAGCUU.UUAGGCUUGC
NC_006086.1/857664-857760 SEQ ID NO：179
UGAAUUCAAUAAUGA.CA.UACUUAUUUAU-GCUGUGA.AU.-UGGCGCAGC-.GUCUCUACAAGACA-CC..UU-AA-UGUCU.A.ACAAUAAGUAAGCUU.UUAGGCUUGC
NZ_AAFV01000199.1/507-411 SEQ ID NO：180
UGAAUUCAAUAAUGA.CA.UACUUAUUUAU-GCUGUGA.AU.-UGGCGCAGC-.GUCUCUACAAGACA-CC..UU-AA-UGUCU.A.ACAAUAAUGAAGCUU.UUAGGCUUGC
NC_004605.1/1369721-1369821 SEQ ID NO：181
UAUAAUCGCAAGCGU.UU.GCUUCGUAUAACCCCAAUG.AU.AUGGUUUGGGG.GUCUCUACCAGUUC-CC..GCAAA-GUGCU.G.AUUACGAAGAGUUGA.GAUCACUGUG
NZ_AAAW03000004.1/66862-66959 SEQ ID NO：182
UGAACUGAAUAAUAA.AA.UUUUUAUAUAA-GUUCAUA.AU.-GGGUUGAAC-.GUCUCUACCAACUA-CC..GUAAA-UAGUU.G.AUUAUAAAAAUUUCG.AACGGAAUGA
NC_004567.1/2968830-2968731 SEQ ID NO：183
UUAUCAAUACAACUA.AU.UGCCUAUAUAAU-GCCAUG.AU.AUGGAUGGCGA.GUUUCUACCCAGUG-CC..GUAAA-CACUG.G.ACUAUAAGCGAAUUG.AGUCGACGGG
NZ_AAEV01000003.1/13765-13667 SEQ ID NO：184
ACAAUCAAAUAAAAC.UU.AGCCUAUAUAAUGUC-UUA.AU.CUGGU-UGACA.GUUUCUACCCAACG-CC..GUAAA-UGUUG.G.ACUAUAGGAAAACUA.ACUCUUAUGU
NC_002570.2/806873-806971 SEQ ID NO：185
UUAAUCGAGCUCAAC.AC.UCUUCGUAUAUCCUC-UCA.AU.AUGGGAUGAGG.GUCUCUAC-AGGUA-CC..GUAAA-UACCU.A.GCUACGAAAAGAAUG.CAGUUAAUGU
NZ_AAEK01000052.1/27552-27452 SEQID NO：186
AUUAAUUACAUAUGA.GA.AUCAUGUAUAACUCCAAGA.AU.AUGGCUUGGGG.GUCUCUACCAGGAA-CC..AAUAA-CUCCU.G.ACUACAAAAUGCGUA.UUAUAGCGUU
NC_006814.1/237722-237626 SEQ ID NO：187
AUUAAGCCAAUACAA.AU.AUCU-AUAUAU-CGUCGAA.AU.AAGGUCGACA-.GUUUCUACCCACUA-CC..GUAAA-UGGUG.G.ACUAU-AGGUAAACG.AAAUUAAGAA
NC_005363.1/3414604-3414703 SEQ ID NO：188
AAAUAACUUCAUAGUgUU.UCCCCGUAUAU-GUUGCGA.AU.AGGGCGCAGC-.GUUUCUACCAGGCA-CC..UCAAA-UGCCU.G.ACUAUGGAGGUUCUU.UGUGAAGUUG
NZ_AADT03000021.1/9410-9513 SEQ ID NO：189
AAAAUAAAUAUGGCA.AU.GGCCUGUAUAAUUGGGGGA.AU.AGGGCUCCCAA.GUUUCUACCGGGCAACC..GUAAAUUGCCCuG.GCUACAGCCUGAAAG.UGUACCUCAG
NC_004668.1/2288426-2288328 SEQ ID NO：190
UCCUAGAGAAACAUA.GA.AGCUUGUAUAA-GGUCAAA.AU.ACGGUUGACC-.GUCUCUACCCAGCA-CC..GUAAA-UGCUG.G.UCUAUAAGUGAAGAA.GAGCGGAUAG
NC_006449.1/1182949-1183044 SEQ ID NO：191
CAAACAAUGAGAACA.-U.UACUUAUUUAU-GUCACGA.AU.-GGGCGUGAC-.GUUUCUACAAGGUG-CC..GU-AA-CACCU.A.ACAAUAAGUAAGCUA.AUUUAGUCAU
NZ_AAGS01000026.1/9921-10016 SEQ ID NO：192
CAAACAAUGAGAACA.-U.UACUUAUUUAU-GUCACGA.AU.-GGGCGUGAC-.GUUUCUACAAGGUG-CC..GU-AA-CACCU.A.ACAAUAAGUAAGCUA.AUUUAGUCAU
NZ_AAGQ01000089.1/170-269 SEQ ID NO：193
UAACUUAACAAAUGU.UUcUGCUUAUAUAU-CGCUGCG.AU.ACGGGUAGCA-.GUCUCUACCCGGAG-CC..GUAAA-CUCCG.G.ACUAUAGGUAAAGAA.GGGCCGGUAU
NZ_AABF02000293.1/1-98 SEQ ID NO：194
UAGAUAUUAAAUAAA.--.AAUUCGUAUAA-GCCUAAU.AU.AUGGAAAGGU-.GUCCCUAC-GGUUAACC..GUAAAUUAACC.A.GCUACG-AAAAUGUU.UUUGCUGUAU
NC_006448.1/1185082-1185177 SEQ ID NO：195
CAAACAAUGAGAACA.-U.UACUUAUUUAU-GUCACGA.AU.-GGGCGUGAC-.GUUUCUACAAGGUG-CC..GU-AA-CUCCU.A.ACAAUAAGUAAGCUA.AUUUAGUCAU
NC_004567.1/2410478-2410577 SEQ ID NO：196
UUCAAAUAAGUGGUA.AU.UGCCUAUAUAAU-GUCAUG.AU.AUGGUUGACGA.GUUUCUACCCAACC-CC..GUAAA-GGUUG.G.ACUAUAAGCAAACGA.GGUCAUCCCG
NZ_AABJ03000010.1/47704-47802 SEQ ID NO：197
AUUCAGAAUGUUGAA.AA.AGCUUAUAUAUGGUCGU-A.AU.AAGG-AUGACC.GUUUCUACCCGGAG-CC..ACAAA-CUCAG.G.ACUAUAAGCAAUUAA.GUACUUGUGC
NZ_AADT03000002.1/89184-89083 SEQ ID NO：198
GAGUCUUCUUUUAGG.UU.UCUUCGUAUAGUCCCGGAG.AU.-UGGUCCGGGG.GUUUCUACCAGGUGACC..GG-AAUCACCUuG.GCUACGAAGGGUUAU.UUCCUUUGUG
NC_006814.1/1971978-1972076 SEQ ID NO：199
AUACUUAACAAUCAA.GU.UAUCUAUAUAU-CGUCGAA.AU.AAGGUCGACA-.GUAUCUACCCUGAG-CC..AUAAA-UUCAG.G.ACUAUAGGUAUCAGA.CGUCAUAAUU
NZ_AAA02000016.1/1579-1480 SEQ ID NO：200
CACUCUAGAUAUCAA.AA.UAUCUAUAUAU-CGUCGUA.AU.AAGGUCGACA-.GUUUCUACCCGGAA-CCa.AUUAA-UUCUG.G.ACUAUAGGUAAUCGA.UGUCAUAAGU
NC_005362.1/1949387-1949485 SEQ ID NO：201
AUACUUAACAAUCAA.GU.UAUCUAUAUAU-CGUCGAA.AU.AAGGUCGACA-.GUAUCUACCCUGAG-CC..AUAAA-UUCAG.G.ACUAUAGGUAUCAGA.CGUCAUAAAU
NZ_AAAO02000035.1/3299-3201 SEQ ID NO：202
AUACUUAACAAUCAA.GU.UAUCUAUAUAU-CGUCGAA.AU.AAGGUCGACA-.GUAUCUACCCUGAG-CC..AUAAA-UUCAG.G.ACUAUAGGUAUCAGA.CGUCAUAAAU
NC_005362.1/263146-263049 SEQ ID NO：203
CACUCUAGAUAUCAA.AU.AUCU-AUAUAU-CGUCGUA.AU.AAGGUCGACA-.GUUUCUACCCGGAA-CCa.AUUAA-UUCUG.G.ACUAU-AGGUAAUCG.AUGUCAUAAG
NC_005363.1/2004933-2004835 SEQ ID NO：204
ACUACUAACCGCGGU.UA.CACAAAUAUAA-GUCGGAG.AU.AGGGUCUGAC-.GUUUCUACCUGCCA-CC..GUAAA-GGGCA.G.UCUAUUUGGAGCGAA.UAUAUGUUGA
NZ_AADT03000002.1/98293-98192 SEQ ID NO：205
GACGAAUAUUACUAU.UA.GACUCGUAAAACCCCGGCG.AU.-GGGGCCGGGG.GUCUCUACCAGGUGACC..GG-AAUCACCUcG.GCUACGAGGGUGAGC.GGCAGCUGGU
NZ_AABE02000036.1/17403-17500 SEQ ID NO：206
CAACUAAAGAAGUUA.UU.UGCAGAUAUAU-CGUUGGA.AA.ACGGCCAACA-.GUUUCUACCACGCC-CC..-AAAA-GUCGU.G.ACUAUCCGCAAAUGU.UUUUGACGAU
NC_006055.1/484139-484044 SEQ ID NO：207
UAUAAAAUUAAUAUG.AA.AACUUGUAUAAUCCUUC--.AU.AUCGGGAAGGA.GUCUCUACCUAACA-CC..---AA-UGUUA.G.AUUAUGAGUUUUAUG.GUUUUCGCUA
NZ_AABH02000272.1/211-308 SEQ ID NO：208
CAACUAAAGAAGUUA.UU.UGCAGAUAUAU-CGUUGGA.AA.ACGGCCAACA-.GUUUCUACCACGCC-CC..-AAAA-GUCGU.G.ACUAUCCGCAAAUGU.UUCUGACGAU
NZ_AABJ03000003.1/47905-47810 SEQ ID NO：209
AAGAUAAAUAGCAAC.CA.AGCAGGUAUAU-CGUCGGA.UA.AUGGCUGACA-.GUUUCUACCCAACA-CC..---AA-UGUUG.G.ACUAUCUGUGGAUGU.CUUUUUGGCG
NZ_AABH02000038.1/17559-17463 SEQ ID NO：210
UAUUCUAUGUGAAAU.UU.AGCUGAUAUAGUAUCGA--.AUaAUGG-UCGAUU.GUUUCUAGCCAGCA-CC..---CA-UGCUG.GaACUAUCAUAAACAUG.UUAUUUAAUU
NC_006055.1/397027-397123 SEQ ID NO：211
AAUAAUUAAAUAUAA.AA.AACUUAUACAU-GACAACAuAU.-UGGGUUGUC-.GAC-CUGCCUCUGGACC..-U--AUCCUUA.G.ACUAUAAGCGUGAGG.UUUUUUUACA
#＝GC RF SEQ ID NO：212
aAAauuaaAaAAAaA.au.aacUCgUAUAAucucgggA.AU.AUGGcccgaga.GUUUCUACCaggcaaCC..GUAAAuugccu.G.ACUAcGAguaAauuu.uauuUaUuuu
#＝GC SS_cons
:::::::::::::::.::.((((((((，，，<<<<<<<_._.__>>>>>>>.，，，，，，，，<<<<<<<_..__>>>>>>.>.，，)))))))):::::.::::::::::
//
表6.鸟嘌呤核糖开关的原子坐标
EEADER RIBONUCLEIC ACID 05-AUG-04 1U8D
TITLE GUANINE RIBOSWITCH BOUND TO HYPOXANTHINE
COMPND MOL_ID：1；
COMPND 2 MOLECULE：XPT-PBUX MRNA；
COMPND 3 CHAIN：A；
COMPND 4 ENGINEERED：YES；
COMPND 5 OTHER_DETAILS：G-BOX MRNA
SOURCE MOL_ID：1；
SOURCE 2 SYNTHETIC：YES；
SOURCE 3 OTHER_DETAILS：RNA WAS PREPARED BYIN VITRO TRANSCRIPTION.
SOURCE 4 THE SEQUENCE OF THIS RNA CAN BE FOUND NATURALLY IN
SOURCE 5 BACILLUS SUBTILIS(BACTERIA)
KEYWDS RNA-LIGAND COMPLEX，DOUBLE EELIX，BASETRIPLES，BASE
KEYWDS 2 QUADRUPLES，MRNA
EXPDTA X-RAY DIFFRACTION
AUTHOR R.T.BATEY，S.D.GILBERT，R.K.MONTANGE
REVDAT 1 23-NOV-04 1U8D 0
JRNLAUTH R.T.BATEY，S.D.GILBERT，R.K.MONTANGE
JRNL TITL STRUCTURE OF ANATURAL GUANINE-RESPONSIVE
JRNL TITL 2 RIBOSWITCH COMPLEXED WITH THE METABOLITE
JRNL TITL 3 HYPOXANTHINE
JRNL REF NATURE V.432 411 2004
JRNL REFN ASTM NATUAS UKISSN 0028-0836
REMARK 1
REMARK 2
REMARK 2 RESOLUTION.1.95 ANGSTROMS.
REMARK 3
REMARK 3 REFINEMENT.
REMARK 3 PROGRAM：CNS 1.1
REMARK 3 AUTHORS：BRUNGER，ADAMS，CLORE，DELANO，GROS，GROSSE-
REMARK 3 ：KUNSTLEVE，JIANG，KUSZEWSKI，NILGES，PANNU，
REMARK 3 ：READ，RICE，SIMONSON，WARREN
REMARK 3
REMARK 3 REFINEMENT TARGET：ENGH&HUBER
REMARK 3
REMARK 3 DATA USED IN REFINEMENT.
REMARK 3 RESOLUTION RANGE HIGH(ANGSTROMS)：1.95
REMARK 3 RESOLUTION RANGE LOW (ANGSTROMS)：19.41
REMARK 3 DATA CUTOFF (SIGMA(F))：0.000
REMARK 3 DATA CUTOFF HIGH (ABS(F))：1344227.320
REMARK 3 DATA CUTOFF LOW (ABS(F))：0.0000
REMARK 3 COMPLETENESS (WORKING+TEST)(％)：92.8
REMARK 3 NUMBER OF REFLECTIONS ：25786
REMARK 3
REMARK 3 FIT TO DATA USEDIN REFINEMENT.
REMARK 3 CROSS-VALIDATION METHOD ：THROUGHOUT
REMARK 3 FREE R VALUE TEST SET SELECTION ：RANDOM
REMARK 3 R VALUE (WORKING SET)：0.178
REMARK 3 FREE R VALUE ：0.228
REMARK 3 FREE R VALUE TEST SET SIZE (％)：9.400
REMARK 3 FREE R VALUE TEST SET COUNT ：2430
REMARK 3 ESTIMATED ERROR OF FREE R VALUE ：0.005
REMARK 3
REMARK 3 FITIN THE HIGHEST RESOLUTION BIN.
REMARK 3 TOTAL NUMBER OF BINS USED ：10
REMARK 3 BIN RESOLUTION RANGE HIGH (A)：1.95
REMARK 3 BIN RESOLUTION RANGE LOW (A)：2.02
REMARK 3 BIN COMPLETENESS (WORKING+TEST) (％) ：85.20
REMARK 3 REFLECTIONSIN BIN (WORKINGSET)：2105
REMARK 3 BIN R VALUE (WORKING SET)：0.2480
REMARK 3 BIN FREE R VALUE ：0.3180
REMARK 3 BIN FREE R VALUE TEST SET SIZE (％)：10.40
REMARK 3 BIN FREE R VALUE TEST SET COUNT ：245
REMARK 3 ESTIMATEDERROR OF BIN FREE R VALUE ：0.020
REMARK 3
REMARK 3 NUMBER OF NON-HYDROGENATOMS USEDIN REFINEMENT.
REMARK 3 PROTEIN ATOMS ：0
REMARK 3 NUCLEIC ACID ATOMS ：1426
REMARK 3 HETEROGEN ATOMS ：108
REMARK 3 SOLVENT ATOMS ：333
REMARK 3
REMARK 3 B VALUES.
REMARK 3 FROM WILSON PLOT (A**2)：14.90
REMARK 3 MEAN B VALUE (OVERALL，A**2) ：22.60
REMARK 3 OVERALL ANISOTROPIC B VALUE.
REMARK 3 B11 (A**2) ：0.26000
REMARK 3 B22 (A**2) ：-0.88000
REMARK 3 B33 (A**2) ：0.62000
REMARK 3 B12 (A**2) ：0.00000
REMARK 3 B13 (A**2) ：-0.48000
REMARK 3 B23 (A**2) ：0.00000
REMARK 3
REMARK 3 ESTIMATED COORDINATE ERROR.
REMARK 3 ESD FROM LUZZATIPLOT (A) ：0.19
REMARK 3 ESD FROM SIGMAA (A) ：0.14
REMARK 3 LOW RESOLUTION CUTOFF (A)：5.00
REMARK 3
REMARK 3 CROSS-VALIDATED ESTIMATED COORDINATE ERROR.
REMARK 3 ESD FROM C-V LUZZATIPLOT (A)：0.25
REMARK 3 ESD FROM C-V SIGMAA (A)：0.23
REMARK 3
REMARK 3 RMS DEVIATIONS FROMIDEAL VALUES.
REMARK 3 BOND LENGTHS (A)：0.009
REMARK 3 BOND ANGLES (DEGREES)：1.60
REMARK 3 DIHEDRAL ANGLES (DEGREES)：19.10
REMARK 3 IMPROPER ANGLES (DEGREES)：1.83
REMARK 3
REMARK 3 ISOTROPIC THERMAL MODEL：RESTRAINED
REMARK 3
REMARK 3 ISOTROPIC THERMAL FACTOR RESTRAINTS.RMS SIGMA
REMARK 3 MAIN-CHAIN BOND (A**2)：0.810；1.500
REMARK 3 MAIN-CHAIN ANGLE (A**2)：0.000；2.000
REMARK 3 SIDE-CHAINBOND (A**2)：1.520；2.000
REMARK 3 SIDE-CEAIN ANGLE (A**2)：1.970；2.500
REMARK 3
REMARK 3 BULK SOLVENT MODELING.
REMARK 3 METHOD USED：FLAT MODEL
REMARK 3 KSOL ：0.36
REMARK 3 BSOL ：48.44
REMARK 3
REMARK 3 NCS MODEL ：NULL
REMARK 3
REMARK 3 NCS RESTRAINTS.RMS SIGMA/WEIGHT
REMARK 3 GROUP 1 POSITIONAL (A)：NULL；NULL
REMARK 3 GROUP 1 B-FACTOR (A**2)：NULL；NULL
REMARK 3
REMARK 3 PARAMETER FILE 1 ：DNA-RNA_REP.PARAM
REMARK 3 PARAMETER FILE 2 ：ION.PARAM
REMARK 3 PARAMETER FILE 3 ：HPA4.PARAM
REMARK 3 PARAMETER FILE 4 ：COHEX_REP.PARAM
REMARK 3 PARAMETER FILE 5 ：WATER.PARAM
REMARK 3 PARAMETER FILE 6 ：NULL
REMARK 3 TOPOLOGY FILE 1 ：DNA-RNA.TOP
REMARK 3 TOPOLOGY FILE 2 ：ION.TOP
REMARK 3 TOPOLOGY FILE 3 ：HPA4.TOP
REMARK 3 TOPOLOGY FILE 4 ：COHEX_REP.TOP
REMARK 3 TOPOLOGY FILE 5 ：WATER.TOP
REMARK 3 TOPOLOGY FILE 6 ：NULL
REMARK 3
REMARK 3 OTHER REFINEMENT REMARKS：NULL
REMARK 4
REMARK 4 1U8D COMPLIES WITH FORMAT V.2.3，09-JULY-1998
REMARK 100
REMARK 100 THIS ENTRY HAS BEEN PROCESSED BYTHENUCLEIC ACID DATABASE
REMARK 100 ON 13-AUG-2004.
REMARK 100 THE NDBID CODEIS UR0039.
REMARK 105
REMARK 105 THE PROTEIN DATA BANK HAS ADOPTED THE SACCHARIDE CHRMISTS
REMARK 105 NOMENCLATURE FOR ATOMS OF THE DEOXYRIBOSE/RIBOSE MOIETY
REMARK 105 RATHER THAN THAT OF THE NUCLEOSIDE CHEMISTS.TEE RING
REMARK 105 OXYGEN ATOM IS LABELLED O4*INSTEAD OF O1*.
REMARK 200
REMARK 200 EXPERIMENTAL DETAILS
REMARK 200 EXPERIMENT TYPE ：X-RAY DIFFRACTION
REMARK 200 DATE OF DATA COLLECTION ：NULL
REMARK 200 TEMPERATURE (KELVIN)：100.0
REMARK 200 PH ：7.50
REMARK 200 NUMBER OF CRYSTALS USED ：1
REMARK 200
REMARK 200 SYNCHROTRON (Y/N)：N
REMARK 200 RADIATION SOURCE ：ROTATING ANODE
REMARK 200 BEAMLINE ：NULL
REMARK 200 X-RAY GENERATOR MODEL ：RIGAKU
REMARK 200 MONOCHROMATIC OR LAUE(M/L) ：M
REMARK 200 WAVELENGTH OR RANGE (A)：1.5418
REMARK 200 MONOCHROMATOR ：NI FILTER
REMARK 200 OPTICS ：NULL
REMARK 200
REMARK 200 DETECTOR TYPE ：NULL
REMARK 200 DETECTOR MANUFACTURER ：NULL
REMARK 200 INTENSITY-INTEGRATION SOFTWARE：R-AXIS
REMARK 200 DATASCALING SOFTWARE ：R-AXIS
REMARK 200
REMARK 200 NUMBER OF UNIQUE REFLECTIONS ：28013
REMARK 200 RESOLUTION RANGE HIGH (A)：1.800
REMARK 200 RESOLUTION RANGE LOW (A)：20.000
REMARK 200 REJECTION CRITERIA (SIGMA(I))：3.000
REMARK 200
REMARK 200 OVERALL.
REMARK 200 COMPLETENESS FOR RANGE (％)：NULL
REMARK 200 DATAREDUNDANCY ：2.900
REMARK 200 R MERGE (I)：0.05500
REMARK 200 R SYM (I)：0.03700
REMARK 200 FOR THE DATA SET ：21.5000
REMARK 200
REMARK 200 IN THE HIGHEST RESOLUTION SHELL.
REMARK 200 HIGHEST RESOLUTIONSHELL，RANGE HIGH (A)：1.80
REMARK 200 HIGHEST RESOLUTION SHELL，RANGE LOW (A)：1.86
REMARK 200 COMPLETENESS FOR SHELL (％)：100.0
REMARK 200 DATA REDUNDANCY IN SHELL ：NULL
REMARK 200 R MERGE FOR SHELL (I)：NULL
REMARK 200 R SYM FOR SHELL (I)：NULL
REMARK 200 FOR SHELL ：NULL
REMARK 200
REMARK 200 DIFFRACTION PROTOCOL：SINGLE WAVELENGTH
REMARK 200 METHOD USED TO DETERMINE THE STRUCTURE：SAD
REMARK 200 SOFTWARE USED：SOLVE
REMARK 200 STARTING MODEL：NULL
REMARK 200
REMARK 200 REMARK：NULL
REMARK 280
REMARK 280 CRYSTAL
REMARK 280 SOLVENT CONTENT，VS(％)：46.00
REMARK 280 MATTHEWS COEFFICIENT，VM(ANGSTROMS**3/DA)：2.29
REMARK 280
REMARK 280 CRYSTALLIZATION CONDITIONS：10 MM COBALT HEXAMMINE，200 MM
REMARK 280 AMMONIUM ACETATE，25％PEG 2K，PH 7.5，VAPOR DIFFUSION，HANGING
REMARK 280 DROP，TEMPERATURE 23K
REMARK 290
REMARK 290 CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY
REMARK 290 SYMMETRY OPERATORS FOR SPACE GROUP：C121
REMARK 290
REMARK 290 SYMOP SYMMETRY
REMARK 290 NNNMMM OPERATOR
REMARK 290 1555 X，Y，Z
REMARK 290 2555 -X，Y，-Z
REMARK 290 3555 1/2+X，1/2+Y，Z
REMARK 290 4555 1/2-X，1/2+Y，-Z
REMARK 290
REMARK 290 WHERE NNN-＞OPERATOR NUMBER
REMARK 290 MMM-＞TRANSLATION VECTOR
REMARK 290
REMARK 290 CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS
REMARK 290 THE FOLLOWING TRANSFORMATIONS OPERATE ON THE ATOM/HETATM
REMARK 290 RECORDSIN THIS ENTRY TO PRODUCE CRYSTALLOGRAPHICALLY
REMARK 290 RELATED MOLECULES.
REMARK 290 SMTRY1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000
REMARK 290 SMTRY2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000
REMARK 290 SMTRY3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000
REMARK 290 SMTRY1 2 -1.000000 0.000000 0.000000 0.00000
REMARK 290 SMTRY2 2 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000
REMARK 290 SMTRY3 2 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000
REMARK 290 SMTRY1 3 1.000000 0.000000 0.000000 66.14900
REMARK 290 SMTRY2 3 0.000000 1.000000 0.000000 17.62500
REMARK 290 SMTRY3 3 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000
REMARK 290 SMTRY1 4 -1.000000 0.000000 0.000000 66.14900
REMARK 290 SMTRY2 4 0.000000 1.000000 0.000000 17.62500
REMARK 290 SMTRY3 4 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000
REMARK 290
REMARK 290 REMARK：NULL
REMARK 300
REMARK 300 BIOMOLECULE：1
REMARK 300 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT
REMARK 300 WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S).SEE REMARK 350 FOR
REMARK 300 INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S).
REMARK 350
REMARK 350 GENERATING THE BIOMOLECULE
REMARK 350 COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN
REMARK 350 BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE
REMARK 350 MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS
REMARK 350 GIVEN BELOW.BOTH NON-CRYSTALLOGRAPHIC AND
REMARK 350 CRYSTALLOGRAPHIC OPERATIONS ARE GIVEN.
REMARK 350
REMARK 350 BIOMOLECULE：1
REMARK 350 APPLY TEE FOLLOWING TO CHAINS：A
REMARK 350 BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000
REMARK 350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000
REMARK 350 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000
REMARK 465
REMARK 465 MISSING RESIDUES
REMARK 465 THE FOLLOWING RESIDUES WERENOT LOCATEDIN THE
REMARK 465 ExPERIMENT.(M＝MODELNUMBER； RES＝RESIDUE NAME；C＝CHAIN
REMARK 465 IDENTIFIER；SSSEQ＝SEQUENCE NUMBER；I＝INSERTION CODE.)
REMARK 465
REMARK 465 M RES C SSSEQI
REMARK 465 A A 82
REMARK 500
REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY
REMARK 500 SUBTOPIC：CLOSE CONTACTS
REMARK 500
REMARK 500 THEFOLLOWING ATOMS THAT ARE RELATED BY CRYSTALLOGRAPHIC
REMARK 500 SYMMETRY ARE IN CLOSE CONTACT.AN ATOM LOCATED WITHIN 0.15
REMARK 500 ANGSTROMS OF A SYMMETRY RELATED ATOMIS ASSUMED TO BE ON A
REMARK 500 SPECIAL POSITION ANDIS，THEREFORE，LISTEDIN REMARK 375
REMARK 500 INSTEAD OF REMARK 500.ATOMS WITH NON-BLANK ALTERNATE
REMARK 500 LOCATIONINDICATORS ARE NOTINCLUDED IN THE CALCULATIONS.
REMARK 500
REMARK 500 DISTANCE CUTOFF：
REMARK 500 2.2 ANGSTROMS FOR CONTACTS NOT INVOLVING HYDROGEN ATOMS
REMARK 500 1.6 ANGSTROMS FOR CONTACTSINVOLVING HYDROGEN ATOMS
REMARK 500
REMARK 500 ATM1 RES C SSEQI ATM2 RES C SSEQI SSYMOP DISTANCE
REMARK 500 O1P G A 15 O1P G A 15 2556 1.81
SEQRES 1 A 68 G G A C A U A U A A U C G
SEQRES 2 A 68 C G U G G A U A U G G C A
SEQRES 3 A 68 C G C A A G U U U C U A C
SEQRES 4 A 68 C G G G C A C C G U A A A
SEQRES 5 A 68 U G U C C G A C U A U G U
SEQRES 6 A 68 C C A
HET SPD 95 10
HET ACT 96 4
HET NCO 101 7
HET NCO 102 7
HET NCO 103 7
HET NCO 104 7
HET NCO 105 7
HET NCO 106 7
HET NCO 107 7
HET NCO 108 7
HET NCO 109 7
HET NCO 110 7
HET NCO 111 7
HET NCO 112 7
HET HPA 90 10
HETNAM SPD SPERMIDINE
HETNAM ACT ACETATE ION
HETNAM NCO COBALT HEXAMMINE ION
HETNAM HPA HYPOXANTHINE
HETSYN SPD N-(2-AMINO-PROPYL)-1，4-DIAMINOBUTANE；PA(34)
FORMUL 2 SPD C7 H19 N3
FORMUL 3 ACT C2 H3 O2 1-
FORMUL 4 NCO 12(H18 N6 CO1 3+)
FORMUL 16 HPA C5 H4 N4 O1
FORMUL 17 HOH *333(H2 O1)
CRYST1 132.298 35.250 42.225 90.00 90.95 90.00 C121 4
ORIGX1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000
ORIGX2 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000
ORIGX3 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000
SCALE1 0.007559 0.000000 0.000125 0.00000
SCALE2 0.000000 0.028369 0.000000 0.00000
SCALE3 0.000000 0.000000 0.023686 0.00000
ATOM 1 O3P G A 15 2.257 5.451 23.138 1.00 79.41 O
ATOM 2 P G A 15 2.002 5.937 21.715 1.00 79.84 P
ATOM 3 O1P G A 15 0.530 5.848 21.317 1.00 79.33 O
ATOM 4 O2P G A 15 2.597 7.317 21.458 1.00 79.53 O
ATOM 5 O5* G A 15 2.809 4.906 20.739 1.00 77.83 O
ATOM 6 C5* G A 15 4.171 4.541 21.029 1.00 75.69 C
ATOM 7 C4* G A 15 4.238 3.119 21.543 1.00 73.85 C
ATOM 8 O4* G A 15 2.948 2.746 22.099 1.00 73.98 O
ATOM 9 C3* G A 15 4.556 2.024 20.538 1.00 72.87 C
ATOM 10 O3* G A 15 5.945 2.038 20.158 1.00 70.52 O
ATOM 11 C2* G A 15 3.933 0.791 21.200 1.00 73.00 C
ATOM 12 O2* G A 15 4.650 0.231 22.285 1.00 73.25 O
ATOM 13 C1* G A 15 2.648 1.397 21.766 1.00 72.98 C
ATOM 14 N9 G A 15 1.581 1.433 20.767 1.00 72.54 N
ATOM 15 C8 G A 15 0.950 2.560 20.284 1.00 72.23 C
ATOM 16 N7 G A 15 0.045 2.296 19.382 1.00 71.52 N
ATOM 17 C5 G A 15 0.072 0.912 19.261 1.00 71.53 C
ATOM 18 C6 G A 15 -0.692 0.051 18.433 1.00 71.10 C
ATOM 19 O6 G A 15 -1.579 0.355 17.620 1.00 71.14 O
ATOM 20 N1 G A 15 -0.339 -1.284 18.619 1.00 70.53 N
ATOM 21 C2 G A 15 0.626 -1.734 19.493 1.00 70.46 C
ATOM 22 N2 G A 15 0.829 -3.059 19.517 1.00 69.85 N
ATOM 23 N3 G A 15 1.341 -0.941 20.279 1.00 70.84 N
ATOM 24 C4 G A 15 1.015 0.361 20.111 1.00 71.66 C
ATOM 25 P G A 16 6.984 0.956 20.748 1.00 68.91 P
ATOM 26 O1P G A 16 6.845 0.908 22.231 1.00 68.62 O
ATOM 27 O2P G A 16 8.306 1.282 20.155 1.00 68.38 O
ATOM 28 O5* G A 16 6.531 -0.448 20.141 1.00 66.18 O
ATOM 29 C5* G A 16 7.070 -1.646 20.684 1.00 62.29 C
ATOM 30 C4* G A 16 6.512 -2.866 19.993 1.00 59.49 C
ATOM 31 O4* G A 16 5.058 -2.824 20.037 1.00 58.98 O
ATOM 32 C3* G A 16 6.820 -2.981 18.513 1.00 57.81 C
ATOM 33 O3* G A 16 8.106 -3.541 18.297 1.00 56.43 O
ATOM 34 C2* G A 16 5.709 -3.902 18.025 1.00 57.51 C
ATOM 35 O2* G A 16 5.944 -5.257 18.332 1.00 56.72 O
ATOM 36 C1* G A 16 4.530 -3.420 18.863 1.00 57.12 C
ATOM 37 N9 G A 16 3.712 -2.448 18.155 1.00 55.86 N
ATOM 38 C8 G A 16 3.719 -1.080 18.289 1.00 55.10 C
ATOM 39 N7 G A 16 2.851 -0.488 17.514 1.00 55.02 N
ATOM 40 C5 G A 16 2.239 -1.529 16.825 1.00 54.19 C
ATOM 41 C6 G A 16 1.206 -1.512 15.851 1.00 53.76 C
ATOM 42 O6 G A 16 0.597 -0.540 15.389 1.00 52.60 O
ATOM 43 N1 G A 16 0.894 -2.796 15.416 1.00 53.12 N
ATOM 44 C2 G A 16 1.494 -3.945 15.859 1.00 53.54 C
ATOM 45 N2 G A 16 1.070 -5.089 15.307 1.00 53.43 N
ATOM 46 N3 G A 16 2.446 -3.975 16.775 1.00 53.95 N
ATOM 47 C4 G A 16 2.767 -2.742 17.208 1.00 54.84 C
ATOM 48 P A A 17 8.823 -3.354 16.870 1.00 55.82 P
ATOM 49 O1P A A 17 10.149 -4.017 16.909 1.00 55.72 O
ATOM 50 O2P A A 17 8.728 -1.914 16.506 1.00 55.26 O
ATOM 51 O5* A A 17 7.903 -4.185 15.880 1.00 53.03 O
ATOM 52 C5* A A 17 7.817 -5.594 15.991 1.00 51.32 C
ATOM 53 C4* A A 17 7.075 -6.140 14.809 1.00 49.43 C
ATOM 54 O4* A A 17 5.666 -5.818 14.928 1.00 48.16 O
ATOM 55 C3* A A 17 7.494 -5.502 13.505 1.00 48.31 C
ATOM 56 O3* A A 17 8.659 -6.134 13.012 1.00 48.66 O
ATOM 57 C2* A A 17 6.266 -5.722 12.634 1.00 47.38 C
ATOM 58 O2* A A 17 6.231 -7.032 12.106 1.00 45.76 O
ATOM 59 C1* A A 17 5.138 -5.512 13.653 1.00 46.63 C
ATOM 60 N9 A A 17 4.655 -4.134 13.716 1.00 45.43 N
ATOM 61 C8 A A 17 5.126 -3.118 14.513 1.00 45.03 C
ATOM 62 N7 A A 17 4.471 -1.988 14.375 1.00 45.06 N
ATOM 63 C5 A A 17 3.505 -2.278 13.419 1.00 44.35 C
ATOM 64 C6 A A 17 2.480 -1.507 12.837 1.00 43.36 C
ATOM 65 N6 A A 17 2.232 -0.230 13.146 1.00 43.22 N
ATOM 66 N1 A A 17 1.698 -2.105 11.915 1.00 43.31 N
ATOM 67 C2 A A 17 1.930 -3.390 11.607 1.00 43.50 C
ATOM 68 N3 A A 17 2.852 -4.218 12.085 1.00 44.12 N
ATOM 69 C4 A A 17 3.616 -3.596 12.998 1.00 44.78 C
ATOM 70 P C A 18 9.428 -5.494 11.763 1.00 48.10 P
ATOM 71 O1P C A 18 10.761 -6.124 11.593 1.00 48.55 O
ATOM 72 O2P C A 18 9.319 -4.016 11.886 1.00 47.97 O
ATOM 73 O5* C A 18 8.513 -5.918 10.541 1.00 47.08 O
ATOM 74 C5* C A 18 8.419 -5.064 9.438 1.00 44.02 C
ATOM 75 C4* C A 18 7.134 -5.285 8.695 1.00 42.22 C
ATOM 76 O4* C A 18 5.989 -5.055 9.551 1.00 41.33 O
ATOM 77 C3* C A 18 6.973 -4.294 7.574 1.00 40.44 C
ATOM 78 O3* C A 18 7.752 -4.737 6.489 1.00 38.62 O
ATOM 79 C2* C A 18 5.468 -4.277 7.368 1.00 40.56 C
ATOM 80 O2* C A 18 5.017 -5.381 6.605 1.00 39.99 O
ATOM 81 C1* C A 18 4.986 -4.366 8.819 1.00 40.15 C
ATOM 82 N1 C A 18 4.886 -3.032 9.427 1.00 39.26 N
ATOM 83 C2 C A 18 3.854 -2.179 9.053 1.00 39.01 C
ATOM 84 O2 C A 18 3.040 -2.556 8.196 1.00 39.82 O
ATOM 85 N3 C A 18 3.765 -0.960 9.635 1.00 38.83 N
ATOM 86 C4 C A 18 4.660 -0.585 10.547 1.00 37.75 C
ATOM 87 N4 C A 18 4.524 0.621 11.092 1.00 36.78 N
ATOM 88 C5 C A 18 5.730 -1.431 10.939 1.00 37.85 C
ATOM 89 C6 C A 18 5.804 -2.636 10.360 1.00 39.12 C
ATOM 90 P A A 19 8.667 -3.688 5.725 1.00 36.72 P
ATOM 91 O1P A A 19 9.480 -4.427 4.735 1.00 37.50 O
ATOM 92 O2P A A 19 9.331 -2.852 6.746 1.00 36.38 O
ATOM 93 O5* A A 19 7.574 -2.817 4.973 1.00 35.32 O
ATOM 94 C5* A A 19 6.619 -3.455 4.146 1.00 32.02 C
ATOM 95 C4* A A 19 5.610 -2.459 3.661 1.00 30.54 C
ATOM 96 O4* A A 19 4.737 -2.066 4.755 1.00 30.35 O
ATOM 97 C3* A A 19 6.211 -1.148 3.184 1.00 30.44 C
ATOM 98 O3* A A 19 6.700 -1.256 1.853 1.00 28.92 O
ATOM 99 C2* A A 19 5.026 -0.208 3.307 1.00 29.76 C
ATOM 100 O2* A A 19 4.113 -0.427 2.254 1.00 30.88 O
ATOM 101 C1* A A 19 4.384 -0.698 4.606 1.00 29.58 C
ATOM 102 N9 A A 19 4.840 0.046 5.783 1.00 27.74 N
ATOM 103 C8 A A 19 5.802 -0.299 6.700 1.00 26.96 C
ATOM 104 N7 A A 19 5.955 0.583 7.666 1.00 26.99 N
ATOM 105 C5 A A 19 5.036 1.577 7.358 1.00 26.41 C
ATOM 106 C6 A A 19 4.684 2.780 8.000 1.00 25.24 C
ATOM 107 N6 A A 19 5.209 3.195 9.153 1.00 25.00 N
ATOM 108 N1 A A 19 3.739 3.547 7.415 1.00 25.67 N
ATOM 109 C2 A A 19 3.176 3.116 6.284 1.00 24.91 C
ATOM 110 N3 A A 19 3.401 1.998 5.602 1.00 25.13 N
ATOM 111 C4 A A 19 4.353 1.265 6.194 1.00 26.86 C
ATOM 112 P U A 20 7.901 -0.307 1.370 1.00 27.68 P
ATOM 113 O1P U A 20 8.299 -0.722 0.006 1.00 29.66 O
ATOM 114 O2P U A 20 8.908 -0.246 2.444 1.00 27.22 O
ATOM 115 O5* U A 20 7.230 1.122 1.256 1.00 25.69 O
ATOM 116 C5* U A 20 6.245 1.373 0.283 1.00 22.92 C
ATOM 117 C4* U A 20 5.719 2.780 0.423 1.00 21.41 C
ATOM 118 O4* U A 20 5.042 2.907 1.710 1.00 20.04 O
ATOM 119 C3* U A 20 6.777 3.874 0.487 1.00 19.50 C
ATOM 120 O3* U A 20 7.259 4.265 -0.783 1.00 20.05 O
ATOM 121 C2* U A 20 6.027 5.000 1.173 1.00 18.58 C
ATOM 122 O2* U A 20 5.109 5.617 0.301 1.00 17.80 O
ATOM 123 C1* U A 20 5.220 4.231 2.212 1.00 19.20 C
ATOM 124 N1 U A 20 5.900 4.191 3.517 1.00 18.08 N
ATOM 125 C2 U A 20 5.668 5.253 4.365 1.00 18.46 C
ATOM 126 O2 U A 20 4.951 6.205 4.059 1.00 15.17 O
ATOM 127 N3 U A 20 6.303 5.174 5.580 1.00 16.68 N
ATOM 128 C4 U A 20 7.127 4.167 6.028 1.00 18.60 C
ATOM 129 O4 U A 20 7.615 4.248 7.167 1.00 15.59 O
ATOM 130 C5 U A 20 7.333 3.101 5.087 1.00 17.76 C
ATOM 131 C6 U A 20 6.725 3.154 3.888 1.00 17.60 C
ATOM 132 P A A 21 8.804 4.707 -0.950 1.00 21.07 P
ATOM 133 O1P A A 21 8.958 5.041 -2.388 1.00 19.56 O
ATOM 134 O2P A A 21 9.726 3.742 -0.339 1.00 17.87 O
ATOM 135 O5* A A 21 8.914 6.057 -0.104 1.00 18.44 O
ATOM 136 C5* A A 21 8.311 7.240 -0.587 1.00 16.49 C
ATOM 137 C4* A A 21 8.458 8.398 0.384 1.00 15.52 C
ATOM 138 O4* A A 21 7.781 8.097 1.635 1.00 16.13 O
ATOM 139 C3* A A 21 9.885 8.660 0.849 1.00 16.12 C
ATOM 140 O3* A A 21 10.578 9.415 -0.119 1.00 15.84 O
ATOM 141 C2* A A 21 9.670 9.462 2.123 1.00 14.81 C
ATOM 142 O2* A A 21 9.390 10.824 1.853 1.00 16.92 O
ATOM 143 C1* A A 21 8.420 8.794 2.696 1.00 16.03 C
ATOM 144 N9 A A 21 8.745 7.898 3.805 1.00 14.49 N
ATOM 145 C8 A A 21 9.200 6.611 3.807 1.00 14.35 C
ATOM 146 N7 A A 21 9.500 6.161 5.002 1.00 14.14 N
ATOM 147 C5 A A 21 9.192 7.227 5.846 1.00 13.55 C
ATOM 148 C6 A A 21 9.288 7.400 7.255 1.00 13.46 C
ATOM 149 N6 A A 21 9.760 6.467 8.083 1.00 13.17 N
ATOM 150 N1 A A 21 8.881 8.588 7.778 1.00 14.41 N
ATOM 151 C2 A A 21 8.419 9.532 6.935 1.00 14.69 C
ATOM 152 N3 A A 21 8.294 9.483 5.600 1.00 16.23 N
ATOM 153 C4 A A 21 8.702 8.288 5.122 1.00 13.95 C
ATOM 154 P U A 22 11.833 8.778 -0.860 1.00 17.19 P
ATOM 155 O1P U A 22 12.143 9.766 -1.930 1.00 14.62 O
ATOM 156 O2P U A 22 11.572 7.360 -1.223 1.00 16.11 O
ATOM 157 O5* U A 22 12.955 8.795 0.274 1.00 17.34 O
ATOM 158 C5* U A 22 14.086 7.879 0.260 1.00 15.80 C
ATOM 159 C4* U A 22 14.668 7.761 1.654 1.00 13.76 C
ATOM 160 O4* U A 22 14.980 9.104 2.130 1.00 13.53 O
ATOM 161 C3* U A 22 13.575 7.229 2.579 1.00 14.34 C
ATOM 162 O3* U A 22 14.069 6.400 3.635 1.00 16.58 O
ATOM 163 C2* U A 22 12.950 8.479 3.204 1.00 14.31 C
ATOM 164 O2* U A 22 12.419 8.301 4.510 1.00 12.30 O
ATOM 165 C1* U A 22 14.140 9.444 3.207 1.00 13.55 C
ATOM 166 N1 U A 22 13.832 10.876 3.147 1.00 14.29 N
ATOM 167 C2 U A 22 14.055 11.619 4.286 1.00 13.16 C
ATOM 168 O2 U A 22 14.534 11.153 5.327 1.00 15.12 O
ATOM 169 N3 U A 22 13.706 12.925 4.186 1.00 13.49 N
ATOM 170 C4 U A 22 13.172 13.569 3.099 1.00 13.63 C
ATOM 171 O4 U A 22 12.789 14.728 3.228 1.00 12.03 O
ATOM 172 C5 U A 22 12.990 12.747 1.948 1.00 12.63 C
ATOM 173 C6 U A 22 13.320 11.453 2.009 1.00 13.42 C
ATOM 174 P A A 23 14.502 4.869 3.397 1.00 16.90 P
ATOM 175 O1P A A 23 13.773 4.291 2.214 1.00 17.04 O
ATOM 176 O2P A A 23 14.351 4.224 4.726 1.00 16.03 O
ATOM 177 O5* A A 23 16.057 4.949 3.092 1.00 16.99 O
ATOM 178 C5* A A 23 16.937 5.684 3.940 1.00 16.50 C
ATOM 179 C4* A A 23 18.220 5.970 3.200 1.00 16.03 C
ATOM 180 O4* A A 23 17.896 6.559 1.914 1.00 15.15 O
ATOM 181 C3* A A 23 19.123 7.000 3.865 1.00 15.88 C
ATOM 182 O3* A A 23 20.007 6.350 4.779 1.00 16.04 O
ATOM 183 C2* A A 23 19.932 7.535 2.689 1.00 14.37 C
ATOM 184 O2* A A 23 21.038 6.689 2.437 1.00 14.07 O
ATOM 185 C1* A A 23 18.924 7.447 1.539 1.00 15.13 C
ATOM 186 N9 A A 23 18.313 8.717 1.157 1.00 14.71 N
ATOM 187 C8 A A 23 18.027 9.134 -0.113 1.00 14.98 C
ATOM 188 N7 A A 23 17.513 10.334 -0.171 1.00 15.52 N
ATOM 189 C5 A A 23 17.440 10.727 1.159 1.00 14.12 C
ATOM 190 C6 A A 23 16.984 11.892 1.762 1.00 13.27 C
ATOM 191 N6 A A 23 16.517 12.944 1.074 1.00 13.02 N
ATOM 192 N1 A A 23 17.029 11.962 3.109 1.00 13.36 N
ATOM 193 C2 A A 23 17.522 10.921 3.791 1.00 12.32 C
ATOM 194 N3 A A 23 17.996 9.768 3.328 1.00 12.80 N
ATOM 195 C4 A A 23 17.924 9.737 1.988 1.00 13.37 C
ATOM 196 P A A 24 19.792 6.521 6.367 1.00 16.08 P
ATOM 197 O1P A A 24 20.740 5.538 7.026 1.00 18.75 O
ATOM 198 O2P A A 24 18.370 6.463 6.689 1.00 17.24 O
ATOM 199 O5* A A 24 20.280 8.006 6.656 1.00 14.02 O
ATOM 200 C5* A A 24 19.497 9.123 6.288 1.00 12.57 C
ATOM 201 C4* A A 24 19.315 10.041 7.475 1.00 13.24 C
ATOM 202 O4* A A 24 18.369 9.426 8.402 1.00 14.03 O
ATOM 203 C3* A A 24 20.554 10.296 8.339 1.00 12.98 C
ATOM 204 O3* A A 24 21.369 11.351 7.801 1.00 13.11 O
ATOM 205 C2* A A 24 19.907 10.750 9.647 1.00 13.47 C
ATOM 206 O2* A A 24 19.453 12.099 9.622 1.00 11.96 O
ATOM 207 C1* A A 24 18.667 9.851 9.720 1.00 13.92 C
ATOM 208 N9 A A 24 18.806 8.671 10.584 1.00 14.61 N
ATOM 209 C8 A A 24 18.841 7.342 10.230 1.00 14.46 C
ATOM 210 N7 A A 24 18.885 6.526 11.250 1.00 15.41 N
ATOM 211 C5 A A 24 18.905 7.372 12.348 1.00 13.99 C
ATOM 212 C6 A A 24 18.939 7.129 13.722 1.00 13.84 C
ATOM 213 N6 A A 24 18.928 5.899 14.267 1.00 13.39 N
ATOM 214 N1 A A 24 18.969 8.201 14.543 1.00 11.61 N
ATOM 215 C2 A A 24 18.945 9.429 14.008 1.00 11.99 C
ATOM 216 N3 A A 24 18.904 9.784 12.740 1.00 14.75 N
ATOM 217 C4 A A 24 18.885 8.694 11.949 1.00 12.94 C
ATOM 218 P U A 25 22.931 11.117 7.493 1.00 14.31 P
ATOM 219 O1P U A 25 23.384 9.774 7.967 1.00 13.12 O
ATOM 220 O2P U A 25 23.680 12.330 7.933 1.00 15.11 O
ATOM 221 O5* U A 25 22.966 11.182 5.904 1.00 12.37 O
ATOM 222 C5* U A 25 22.889 9.987 5.117 1.00 15.75 C
ATOM 223 C4* U A 25 22.394 10.314 3.715 1.00 14.54 C
ATOM 224 O4* U A 25 21.019 10.786 3.786 1.00 14.76 O
ATOM 225 C3* U A 25 23.144 11.444 3.031 1.00 15.39 C
ATOM 226 O3* U A 25 24.331 10.949 2.403 1.00 15.75 O
ATOM 227 C2* U A 25 22.114 11.959 2.027 1.00 15.07 C
ATOM 228 O2* U A 25 22.016 11.123 0.889 1.00 14.04 O
ATOM 229 C1* U A 25 20.817 11.819 2.831 1.00 14.18 C
ATOM 230 N1 U A 25 20.412 13.042 3.549 1.00 10.89 N
ATOM 231 C2 U A 25 19.972 14.094 2.797 1.00 12.58 C
ATOM 232 O2 U A 25 19.917 14.051 1.569 1.00 14.81 O
ATOM 233 N3 U A 25 19.592 15.206 3.514 1.00 12.69 N
ATOM 234 C4 U A 25 19.611 15.359 4.880 1.00 14.17 C
ATOM 235 O4 U A 25 19.271 16.439 5.374 1.00 13.94 O
ATOM 236 C5 U A 25 20.084 14.211 5.598 1.00 13.87 C
ATOM 237 C6 U A 25 20.460 13.117 4.917 1.00 13.05 C
ATOM 238 P C A 26 25.693 11.790 2.524 1.00 17.71 P
ATOM 239 O1P C A 26 26.754 11.081 1.752 1.00 17.41 O
ATOM 240 O2P C A 26 25.922 12.133 3.943 1.00 15.48 O
ATOM 241 O5* C A 26 25.352 13.145 1.775 1.00 15.22 O
ATOM 242 C5* C A 26 25.046 13.137 0.391 1.00 14.95 C
ATOM 243 C4* C A 26 24.479 14.477 -0.021 1.00 17.14 C
ATOM 244 O4* C A 26 23.155 14.681 0.542 1.00 15.78 O
ATOM 245 C3* C A 26 25.258 15.671 0.494 1.00 18.08 C
ATOM 246 O3* C A 26 26.425 15.908 -0.282 1.00 19.26 O
ATOM 247 C2* C A 26 24.233 16.785 0.350 1.00 17.99 C
ATOM 248 O2* C A 26 24.097 17.196 -0.990 1.00 17.37 O
ATOM 249 C1* C A 26 22.960 16.069 0.819 1.00 17.28 C
ATOM 250 N1 C A 26 22.770 16.251 2.269 1.00 17.50 N
ATOM 251 C2 C A 26 22.207 17.449 2.714 1.00 16.12 C
ATOM 252 O2 C A 26 21.837 18.289 1.868 1.00 17.31 O
ATOM 253 N3 C A 26 22.088 17.671 4.038 1.00 17.53 N
ATOM 254 C4 C A 26 22.516 16.762 4.915 1.00 18.28 C
ATOM 255 N4 C A 26 22.401 17.049 6.222 1.00 17.84 N
ATOM 256 C5 C A 26 23.082 15.519 4.494 1.00 18.25 C
ATOM 257 C6 C A 26 23.174 15.301 3.169 1.00 17.66 C
ATOM 258 P G A 27 27.781 16.387 0.456 1.00 19.54 P
ATOM 259 O1P G A 27 28.835 15.402 0.093 1.00 19.84 O
ATOM 260 O2P G A 27 27.508 16.662 1.882 1.00 21.05 O
ATOM 261 O5* G A 27 28.072 17.770 -0.238 1.00 16.72 O
ATOM 262 C5* G A 27 28.214 17.833 -1.641 1.00 18.44 C
ATOM 263 C4* G A 27 27.858 19.222 -2.122 1.00 17.66 C
ATOM 264 O4* G A 27 26.419 19.395 -1.976 1.00 18.44 O
ATOM 265 C3* G A 27 28.429 20.382 -1.312 1.00 16.35 C
ATOM 266 O3* G A 27 29.799 20.676 -1.631 1.00 12.94 O
ATOM 267 C2* G A 27 27.483 21.494 -1.746 1.00 16.92 C
ATOM 268 O2* G A 27 27.805 21.847 -3.096 1.00 18.43 O
ATOM 269 C1* G A 27 26.130 20.767 -1.672 1.00 19.53 C
ATOM 270 N9 G A 27 25.521 20.820 -0.331 1.00 17.32 N
ATOM 271 C8 G A 27 25.623 19.857 0.640 1.00 18.25 C
ATOM 272 N7 G A 27 25.058 20.199 1.770 1.00 16.05 N
ATOM 273 C5 G A 27 24.519 21.457 1.529 1.00 15.29 C
ATOM 274 C6 G A 27 23.826 22.345 2.410 1.00 15.83 C
ATOM 275 O6 G A 27 23.506 22.160 3.589 1.00 13.24 O
ATOM 276 N1 G A 27 23.515 23.548 1.791 1.00 13.74 N
ATOM 277 C2 G A 27 23.815 23.862 0.493 1.00 15.62 C
ATOM 278 N2 G A 27 23.476 25.116 0.104 1.00 13.99 N
ATOM 279 N3 G A 27 24.422 23.032 -0.352 1.00 15.80 N
ATOM 280 C4 G A 27 24.768 21.859 0.238 1.00 17.14 C
ATOM 281 P C A 28 30.774 21.297 -0.490 1.00 15.32 P
ATOM 282 O1P C A 28 32.151 21.289 -1.085 1.00 13.28 O
ATOM 283 O2P C A 28 30.549 20.564 0.797 1.00 16.81 O
ATOM 284 O5* C A 28 30.216 22.799 -0.308 1.00 14.13 O
ATOM 285 C5* C A 28 29.979 23.621 -1.457 1.00 12.20 C
ATOM 286 C4* C A 28 29.208 24.893 -1.109 1.00 11.20 C
ATOM 287 O4* C A 28 27.842 24.579 -0.760 1.00 13.22 O
ATOM 288 C3* C A 28 29.693 25.749 0.056 1.00 11.65 C
ATOM 289 O3* C A 28 30.795 26.536 -0.369 1.00 12.61 O
ATOM 290 C2* C A 28 28.443 26.579 0.321 1.00 12.57 C
ATOM 291 O2* C A 28 28.217 27.545 -0.701 1.00 11.37 O
ATOM 292 C1* C A 28 27.367 25.500 0.202 1.00 11.49 C
ATOM 293 N1 C A 28 27.155 24.774 1.465 1.00 11.12 N
ATOM 294 C2 C A 28 26.362 25.365 2.449 1.00 10.90 C
ATOM 295 O2 C A 28 25.841 26.462 2.217 1.00 12.61 O
ATOM 296 N3 C A 28 26.165 24.721 3.633 1.00 9.42 N
ATOM 297 C4 C A 28 26.703 23.521 3.841 1.00 9.67 C
ATOM 298 N4 C A 28 26.467 22.940 5.029 1.00 11.69 N
ATOM 299 C5 C A 28 27.503 22.869 2.845 1.00 10.98 C
ATOM 300 C6 C A 28 27.715 23.537 1.681 1.00 9.28 C
ATOM 301 P G A 29 31.848 27.078 0.701 1.00 12.54 P
ATOM 302 O1P G A 29 33.001 27.676 -0.012 1.00 10.32 O
ATOM 303 O2P G A 29 32.074 26.030 1.739 1.00 13.92 O
ATOM 304 O5* G A 29 31.048 28.236 1.453 1.00 10.81 O
ATOM 305 C5* G A 29 30.651 29.422 0.784 1.00 9.98 C
ATOM 306 C4* G A 29 29.953 30.336 1.761 1.00 8.40 C
ATOM 307 O4* G A 29 28.693 29.737 2.169 1.00 11.49 O
ATOM 308 C3* G A 29 30.712 30.532 3.055 1.00 8.64 C
ATOM 309 O3* G A 29 31.663 31.571 2.913 1.00 7.56 O
ATOM 310 C2* G A 29 29.598 30.920 4.004 1.00 10.60 C
ATOM 311 O2* G A 29 29.216 32.260 3.812 1.00 11.11 O
ATOM 312 C1* G A 29 28.480 29.976 3.555 1.00 11.07 C
ATOM 313 N9 G A 29 28.524 28.699 4.271 1.00 11.15 N
ATOM 314 C8 G A 29 29.049 27.500 3.837 1.00 12.35 C
ATOM 315 N7 G A 29 28.902 26.525 4.710 1.00 10.34 N
ATOM 316 C5 G A 29 28.251 27.122 5.781 1.00 8.19 C
ATOM 317 C6 G A 29 27.837 26.583 7.032 1.00 7.73 C
ATOM 318 O6 G A 29 27.914 25.425 7.442 1.00 6.94 O
ATOM 319 N1 G A 29 27.287 27.558 7.854 1.00 7.67 N
ATOM 320 C2 G A 29 27.125 28.881 7.518 1.00 8.16 C
ATOM 321 N2 G A 29 26.558 29.664 8.459 1.00 7.86 N
ATOM 322 N3 G A 29 27.484 29.396 6.356 1.00 8.66 N
ATOM 323 C4 G A 29 28.038 28.469 5.540 1.00 10.04 C
ATOM 324 P U A 30 33.134 31.407 3.520 1.00 8.25 P
ATOM 325 O1P U A 30 33.970 32.458 2.893 1.00 11.63 O
ATOM 326 O2P U A 30 33.566 29.974 3.446 1.00 11.64 O
ATOM 327 O5* U A 30 32.909 31.761 5.054 1.00 8.57 O
ATOM 328 C5* U A 30 32.803 33.103 5.491 1.00 7.65 C
ATOM 329 C4* U A 30 32.354 33.142 6.956 1.00 7.93 C
ATOM 330 O4* U A 30 31.051 32.507 7.112 1.00 7.66 O
ATOM 331 C3* U A 30 33.220 32.376 7.932 1.00 7.36 C
ATOM 332 O3* U A 30 34.411 33.098 8.229 1.00 8.48 O
ATOM 333 C2* U A 30 32.276 32.271 9.116 1.00 8.63 C
ATOM 334 O2* U A 30 32.159 33.539 9.769 1.00 8.93 O
ATOM 335 C1* U A 30 30.972 31.878 8.399 1.00 9.06 C
ATOM 336 N1 U A 30 30.909 30.406 8.210 1.00 8.03 N
ATOM 337 C2 U A 30 30.479 29.640 9.285 1.00 9.41 C
ATOM 338 O2 U A 30 30.140 30.142 10.342 1.00 9.53 O
ATOM 339 N3 U A 30 30.484 28.277 9.076 1.00 8.15 N
ATOM 340 C4 U A 30 30.879 27.615 7.918 1.00 7.87 C
ATOM 341 O4 U A 30 30.916 26.387 7.900 1.00 8.06 O
ATOM 342 C5 U A 30 31.293 28.471 6.852 1.00 6.19 C
ATOM 343 C6 U A 30 31.293 29.810 7.035 1.00 9.31 C
ATOM 344 P G A 31 35.776 32.309 8.547 1.00 11.17 P
ATOM 345 O1P G A 31 36.843 33.324 8.585 1.00 11.89 O
ATOM 346 O2P G A 31 35.907 31.144 7.632 1.00 14.22 O
ATOM 347 O5* G A 31 35.546 31.762 10.018 1.00 12.60 O
ATOM 348 C5* G A 31 35.387 32.670 11.107 1.00 11.40 C
ATOM 349 C4* G A 31 34.796 31.951 12.296 1.00 11.05 C
ATOM 350 O4* G A 31 33.529 31.364 11.898 1.00 11.06 O
ATOM 351 C3* G A 31 35.585 30.763 12.826 1.00 11.89 C
ATOM 352 O3* G A 31 36.673 31.190 13.649 1.00 11.52 O
ATOM 353 C2* G A 31 34.499 30.057 13.613 1.00 12.14 C
ATOM 354 O2* G A 31 34.173 30.764 14.789 1.00 14.85 O
ATOM 355 C1* G A 31 33.321 30.161 12.626 1.00 12.01 C
ATOM 356 N9 G A 31 33.369 29.020 11.714 1.00 9.31 N
ATOM 357 C8 G A 31 33.747 28.982 10.391 1.00 8.70 C
ATOM 358 N7 G A 31 33.733 27.763 9.889 1.00 9.68 N
ATOM 359 C5 G A 31 33.312 26.959 10.944 1.00 7.23 C
ATOM 360 C6 G A 31 33.144 25.544 11.029 1.00 7.98 C
ATOM 361 O6 G A 31 33.310 24.683 10.140 1.00 5.42 O
ATOM 362 N1 G A 31 32.739 25.152 12.313 1.00 6.14 N
ATOM 363 C2 G A 31 32.548 25.997 13.371 1.00 10.35 C
ATOM 364 N2 G A 31 32.176 25.420 14.577 1.00 7.45 N
ATOM 365 N3 G A 31 32.699 27.315 13.297 1.00 9.43 N
ATOM 366 C4 G A 31 33.073 27.720 12.071 1.00 9.46 C
ATOM 367 P G A 32 37.923 30.221 13.919 1.00 12.74 P
ATOM 368 O1P G A 32 38.781 31.042 14.790 1.00 14.11 O
ATOM 369 O2P G A 32 38.517 29.617 12.692 1.00 12.26 O
ATOM 370 O5* G A 32 37.356 28.990 14.770 1.00 12.62 O
ATOM 371 C5* G A 32 36.720 29.166 16.023 1.00 10.29 C
ATOM 372 C4* G A 32 36.261 27.823 16.550 1.00 10.54 C
ATOM 373 O4* G A 32 35.214 27.266 15.693 1.00 12.36 O
ATOM 374 C3* G A 32 37.339 26.771 16.499 1.00 12.35 C
ATOM 375 O3* G A 32 38.203 26.883 17.614 1.00 14.68 O
ATOM 376 C2* G A 32 36.538 25.487 16.525 1.00 11.24 C
ATOM 377 O2* G A 32 35.994 25.214 17.807 1.00 13.27 O
ATOM 378 C1* G A 32 35.393 25.857 15.578 1.00 10.96 C
ATOM 379 N9 G A 32 35.730 25.540 14.191 1.00 9.74 N
ATOM 380 C8 G A 32 36.070 26.428 13.200 1.00 9.21 C
ATOM 381 N7 G A 32 36.330 25.848 12.058 1.00 9.05 N
ATOM 382 C5 G A 32 36.132 24.497 12.304 1.00 10.24 C
ATOM 383 C6 G A 32 36.241 23.372 11.427 1.00 10.39 C
ATOM 384 O6 G A 32 36.572 23.356 10.238 1.00 11.57 O
ATOM 385 N1 G A 32 35.943 22.178 12.079 1.00 8.19 N
ATOM 386 C2 G A 32 35.627 22.076 13.413 1.00 9.95 C
ATOM 387 N2 G A 32 35.463 20.831 13.865 1.00 8.24 N
ATOM 388 N3 G A 32 35.508 23.119 14.242 1.00 9.53 N
ATOM 389 C4 G A 32 35.776 24.287 13.623 1.00 10.32 C
ATOM 390 P AA 33 39.686 26.342 17.495 1.00 15.61 P
ATOM 391 O1P A A 33 40.371 26.864 18.691 1.00 19.56 O
ATOM 392 O2P A A 33 40.255 26.557 16.151 1.00 17.09 O
ATOM 393 O5* A A 33 39.561 24.752 17.619 1.00 14.10 O
ATOM 394 C5* A A 33 39.033 24.156 18.788 1.00 14.10 C
ATOM 395 C4* A A 33 38.951 22.650 18.615 1.00 13.63 C
ATOM 396 O4* A A 33 37.996 22.286 17.569 1.00 13.30 O
ATOM 397 C3* A A 33 40.222 21.955 18.171 1.00 13.78 C
ATOM 398 O3* A A 33 41.120 21.848 19.264 1.00 13.31 O
ATOM 399 C2* A A 33 39.672 20.607 17.712 1.00 12.75 C
ATOM 400 O2* A A 33 39.299 19.776 18.802 1.00 12.98 O
ATOM 401 C1* A A 33 38.400 21.050 16.987 1.00 12.61 C
ATOM 402 N9 A A 33 38.609 21.236 15.550 1.00 12.88 N
ATOM 403 C8 A A 33 38.628 22.381 14.794 1.00 11.71 C
ATOM 404 N7 A A 33 38.816 22.157 13.502 1.00 10.33 N
ATOM 405 C5 A A 33 38.927 20.782 13.415 1.00 9.80 C
ATOM 406 C6 A A 33 39.116 19.908 12.324 1.00 10.29 C
ATOM 407 N6 A A 33 39.234 20.309 11.050 1.00 9.60 N
ATOM 408 N1 A A 33 39.178 18.588 12.588 1.00 9.49 N
ATOM 409 C2 A A 33 39.048 18.179 13.852 1.00 9.84 C
ATOM 410 N3 A A 33 38.857 18.900 14.964 1.00 11.60 N
ATOM 411 C4 A A 33 38.811 20.204 14.669 1.00 11.27 C
ATOM 412 P U A 34 42.687 21.969 19.023 1.00 15.81 P
ATOM 413 O1P U A 34 43.252 22.026 20.387 1.00 17.18 O
ATOM 414 O2P U A 34 42.941 23.110 18.071 1.00 16.71 O
ATOM 415 O5* U A 34 43.104 20.594 18.319 1.00 15.71 O
ATOM 416 C5* U A 34 42.712 19.342 18.883 1.00 13.18 C
ATOM 417 C4* U A 34 42.857 18.181 17.894 1.00 13.06 C
ATOM 418 O4* U A 34 42.094 18.430 16.686 1.00 12.24 O
ATOM 419 C3* U A 34 44.300 18.001 17.421 1.00 13.49 C
ATOM 420 O3* U A 34 44.642 16.633 17.345 1.00 14.82 O
ATOM 421 C2* U A 34 44.381 18.646 16.051 1.00 13.02 C
ATOM 422 O2* U A 34 45.215 17.992 15.121 1.00 13.60 O
ATOM 423 C1* U A 34 42.953 18.456 15.570 1.00 12.35 C
ATOM 424 N1 U A 34 42.536 19.469 14.602 1.00 12.11 N
ATOM 425 C2 U A 34 42.498 19.079 13.286 1.00 11.31 C
ATOM 426 O2 U A 34 42.658 17.918 12.930 1.00 12.26 O
ATOM 427 N3 U A 34 42.267 20.088 12.393 1.00 12.69 N
ATOM 428 C4 U A 34 42.050 21.410 12.687 1.00 11.38 C
ATOM 429 O4 U A 34 41.968 22.223 11.766 1.00 12.81 O
ATOM 430 C5 U A 34 42.032 21.717 14.082 1.00 11.68 C
ATOM 431 C6 U A 34 42.270 20.742 14.979 1.00 11.42 C
ATOM 432 P A A 35 45.682 15.997 18.379 1.00 15.65 P
ATOM 433 O1P A A 35 45.216 16.428 19.709 1.00 14.33 O
ATOM 434 O2P A A 35 47.048 16.295 17.943 1.00 15.44 O
ATOM 435 O5* A A 35 45.445 14.439 18.178 1.00 15.24 O
ATOM 436 C5* A A 35 44.211 13.803 18.550 1.00 13.53 C
ATOM 437 C4* A A 35 44.300 12.292 18.297 1.00 12.70 C
ATOM 438 O4* A A 35 44.299 12.032 16.878 1.00 13.93 O
ATOM 439 C3* A A 35 45.610 11.724 18.820 1.00 13.12 C
ATOM 440 O3* A A 35 45.420 10.462 19.457 1.00 14.06 O
ATOM 441 C2* A A 35 46.543 11.684 17.607 1.00 13.02 C
ATOM 442 O2* A A 35 47.425 10.590 17.583 1.00 12.53 O
ATOM 443 C1* A A 35 45.544 11.534 16.454 1.00 12.55 C
ATOM 444 N9 A A 35 45.906 12.201 15.209 1.00 12.31 N
ATOM 445 C8 A A 35 45.633 13.489 14.841 1.00 13.01 C
ATOM 446 N7 A A 35 46.117 13.819 13.666 1.00 16.12 N
ATOM 447 C5 A A 35 46.737 12.661 13.222 1.00 15.27 C
ATOM 448 C6 A A 35 47.416 12.343 12.024 1.00 15.95 C
ATOM 449 N6 A A 35 47.607 13.213 11.010 1.00 14.94 N
ATOM 450 N1 A A 35 47.895 11.084 11.900 1.00 16.37 N
ATOM 451 C2 A A 35 47.706 10.216 12.909 1.00 17.57 C
ATOM 452 N3 A A 35 47.086 10.398 14.078 1.00 16.34 N
ATOM 453 C4 A A 35 46.615 11.653 14.167 1.00 15.44 C
ATOM 454 P U A 36 45.278 10.371 21.058 1.00 17.57 P
ATOM 455 O1P U A 36 46.459 11.056 21.623 1.00 15.59 O
ATOM 456 O2P U A 36 45.073 8.928 21.307 1.00 18.33 O
ATOM 457 O5* U A 36 43.954 11.187 21.425 1.00 15.41 O
ATOM 458 C5* U A 36 42.696 10.541 21.773 1.00 14.72 C
ATOM 459 C4* U A 36 41.978 11.395 22.807 1.00 14.61 C
ATOM 460 O4* U A 36 42.775 11.453 23.991 1.00 14.11 O
ATOM 461 C3* U A 36 41.774 12.824 22.315 1.00 13.18 C
ATOM 462 O3* U A 36 40.517 13.272 22.831 1.00 10.05 O
ATOM 463 C2* U A 36 42.798 13.639 23.103 1.00 13.16 C
ATOM 464 O2* U A 36 42.458 14.971 23.369 1.00 11.86 O
ATOM 465 C1* U A 36 42.962 12.785 24.367 1.00 12.76 C
ATOM 466 N1 U A 36 44.246 12.864 25.044 1.00 12.63 N
ATOM 467 C2 U A 36 44.272 13.420 26.310 1.00 12.49 C
ATOM 468 O2 U A 36 43.273 13.855 26.869 1.00 11.09 O
ATOM 469 N3 U A 36 45.512 13.445 26.897 1.00 12.26 N
ATOM 470 C4 U A 36 46.708 12.972 26.346 1.00 12.77 C
ATOM 471 O4 U A 36 47.745 13.082 26.975 1.00 13.05 O
ATOM 472 C5 U A 36 46.588 12.412 25.033 1.00 12.67 C
ATOM 473 C6 U A 36 45.390 12.385 24.437 1.00 12.34 C
ATOM 474 P G A 37 39.141 13.060 22.048 1.00 13.09 P
ATOM 475 O1P G A 37 38.083 13.377 23.042 1.00 10.03 O
ATOM 476 O2P G A 37 39.096 11.783 21.316 1.00 10.97 O
ATOM 477 O5* G A 37 39.187 14.193 20.930 1.00 11.94 O
ATOM 478 C5* G A 37 38.955 15.558 21.225 1.00 10.67 C
ATOM 479 C4* G A 37 38.971 16.337 19.929 1.00 10.54 C
ATOM 480 O4* G A 37 40.254 16.171 19.252 1.00 10.54 O
ATOM 481 C3* G A 37 37.973 15.801 18.925 1.00 8.49 C
ATOM 482 O3* G A 37 36.724 16.406 19.212 1.00 9.71 O
ATOM 483 C2* G A 37 38.576 16.253 17.605 1.00 9.01 C
ATOM 484 O2* G A 37 38.393 17.651 17.433 1.00 8.99 O
ATOM 485 C1* G A 37 40.060 15.983 17.850 1.00 10.41 C
ATOM 486 N9 G A 37 40.497 14.629 17.473 1.00 9.32 N
ATOM 487 C8 G A 37 40.487 13.516 18.280 1.00 9.31 C
ATOM 488 N7 G A 37 40.939 12.442 17.686 1.00 10.48 N
ATOM 489 C5 G A 37 41.259 12.859 16.408 1.00 10.37 C
ATOM 490 C6 G A 37 41.782 12.126 15.316 1.00 12.23 C
ATOM 491 O6 G A 37 42.036 10.920 15.257 1.00 11.04 O
ATOM 492 N1 G A 37 42.008 12.948 14.197 1.00 9.95 N
ATOM 493 C2 G A 37 41.748 14.286 14.145 1.00 9.72 C
ATOM 494 N2 G A 37 42.121 14.931 12.993 1.00 8.78 N
ATOM 495 N3 G A 37 41.191 14.972 15.147 1.00 9.91 N
ATOM 496 C4 G A 37 40.995 14.206 16.248 1.00 10.87 C
ATOM 497 P G A 38 35.372 15.646 18.858 1.00 12.29 P
ATOM 498 O1P G A 38 34.265 16.448 19.436 1.00 9.96 O
ATOM 499 O2P G A 38 35.501 14.191 19.191 1.00 11.57 O
ATOM 500 O5* G A 38 35.356 15.699 17.258 1.00 12.26 O
ATOM 501 C5* G A 38 35.114 16.920 16.540 1.00 10.01 C
ATOM 502 C4* G A 38 35.319 16.694 15.053 1.00 8.68 C
ATOM 503 O4* G A 38 36.699 16.352 14.806 1.00 7.01 O
ATOM 504 C3* G A 38 34.534 15.539 14.472 1.00 9.46 C
ATOM 505 O3* G A 38 33.210 15.990 14.155 1.00 12.58 O
ATOM 506 C2* G A 38 35.376 15.169 13.243 1.00 10.28 C
ATOM 507 O2* G A 38 35.157 15.985 12.097 1.00 9.67 O
ATOM 508 C1* G A 38 36.804 15.398 13.759 1.00 9.91 C
ATOM 509 N9 G A 38 37.412 14.173 14.300 1.00 9.70 N
ATOM 510 C8 G A 38 37.174 13.612 15.533 1.00 11.32 C
ATOM 511 N7 G A 38 37.702 12.417 15.664 1.00 11.54 N
ATOM 512 C5 G A 38 38.362 12.199 14.469 1.00 10.27 C
ATOM 513 C6 G A 38 39.035 11.045 13.994 1.00 11.93 C
ATOM 514 O6 G A 38 39.201 9.950 14.575 1.00 8.78 O
ATOM 515 N1 G A 38 39.522 11.236 12.701 1.00 9.87 N
ATOM 516 C2 G A 38 39.369 12.387 11.958 1.00 11.31 C
ATOM 517 N2 G A 38 39.901 12.384 10.710 1.00 10.24 N
ATOM 518 N3 G A 38 38.739 13.460 12.390 1.00 9.09 N
ATOM 519 C4 G A 38 38.251 13.297 13.636 1.00 11.34 C
ATOM 520 P C A 39 31.929 15.084 14.534 1.00 12.06 P
ATOM 521 O1P C A 39 32.388 13.880 15.288 1.00 14.53 O
ATOM 522 O2P C A 39 31.165 14.878 13.278 1.00 12.02 O
ATOM 523 O5* C A 39 30.903 16.101 15.235 1.00 17.76 O
ATOM 524 C5* C A 39 31.093 16.713 16.478 1.00 18.70 C
ATOM 525 C4* C A 39 30.971 18.261 16.413 1.00 13.42 C
ATOM 526 O4* C A 39 32.106 18.778 15.688 1.00 12.71 O
ATOM 527 C3* C A 39 29.833 19.187 15.926 1.00 14.10 C
ATOM 528 O3* C A 39 28.693 19.255 16.804 1.00 10.19 O
ATOM 529 C2* C A 39 30.564 20.538 16.055 1.00 11.50 C
ATOM 530 O2* C A 39 30.790 20.868 17.412 1.00 10.17 O
ATOM 531 C1* C A 39 31.968 20.185 15.563 1.00 12.13 C
ATOM 532 N1 C A 39 32.175 20.579 14.172 1.00 12.50 N
ATOM 533 C2 C A 39 32.272 21.952 13.896 1.00 12.48 C
ATOM 534 O2 C A 39 32.208 22.763 14.848 1.00 8.22 O
ATOM 535 N3 C A 39 32.436 22.355 12.625 1.00 9.69 N
ATOM 536 C4 C A 39 32.522 21.454 11.639 1.00 11.76 C
ATOM 537 N4 C A 39 32.692 21.917 10.379 1.00 8.85 N
ATOM 538 C5 C A 39 32.443 20.047 11.889 1.00 9.77 C
ATOM 539 C6 C A 39 32.267 19.658 13.164 1.00 11.59 C
ATOM 540 P A A 40 27.311 20.017 16.359 1.00 12.95 P
ATOM 541 O1P A A 40 26.296 19.624 17.367 1.00 14.20 O
ATOM 542 O2P A A 40 26.956 19.926 14.935 1.00 12.21 O
ATOM 543 O5* A A 40 27.609 21.582 16.535 1.00 13.28 O
ATOM 544 C5* A A 40 27.658 22.200 17.801 1.00 12.99 C
ATOM 545 C4* A A 40 27.672 23.716 17.632 1.00 12.56 C
ATOM 546 O4* A A 40 28.892 24.107 16.964 1.00 12.75 O
ATOM 547 C3* A A 40 26.579 24.281 16.733 1.00 12.50 C
ATOM 548 O3* A A 40 25.367 24.448 17.450 1.00 12.35 O
ATOM 549 C2* A A 40 27.182 25.611 16.312 1.00 13.51 C
ATOM 550 O2* A A 40 27.126 26.577 17.360 1.00 9.74 O
ATOM 551 C1* A A 40 28.629 25.197 16.084 1.00 11.10 C
ATOM 552 N9 A A 40 28.846 24.755 14.708 1.00 11.69 N
ATOM 553 C8 A A 40 28.858 23.479 14.199 1.00 11.33 C
ATOM 554 N7 A A 40 29.111 23.431 12.916 1.00 9.06 N
ATOM 555 C5 A A 40 29.278 24.761 12.557 1.00 8.72 C
ATOM 556 C6 A A 40 29.583 25.382 11.335 1.00 10.32 C
ATOM 557 N6 A A 40 29.762 24.716 10.185 1.00 9.54 N
ATOM 558 N1 A A 40 29.688 26.735 11.325 1.00 9.70 N
ATOM 559 C2 A A 40 29.463 27.395 12.451 1.00 9.00 C
ATOM 560 N3 A A 40 29.160 26.925 13.661 1.00 7.01 N
ATOM 561 C4 A A 40 29.092 25.584 13.644 1.00 9.47 C
ATOM 562 P C A 41 23.973 24.307 16.696 1.00 15.74 P
ATOM 563 O1P C A 41 22.929 24.350 17.731 1.00 16.51 O
ATOM 564 O2P C A 41 23.995 23.181 15.724 1.00 13.62 O
ATOM 565 O5* C A 41 23.875 25.634 15.801 1.00 13.56 O
ATOM 566 C5* C A 41 23.881 26.916 16.422 1.00 12.13 C
ATOM 567 C4* C A 41 24.095 28.017 15.398 1.00 11.36 C
ATOM 568 O4* C A 41 25.434 27.933 14.850 1.00 9.89 O
ATOM 569 C3* C A 41 23.230 28.007 14.151 1.00 10.98 C
ATOM 570 O3* C A 41 21.887 28.429 14.399 1.00 12.66 O
ATOM 571 C2* C A 41 24.025 28.958 13.272 1.00 9.59 C
ATOM 572 O2* C A 41 23.974 30.285 13.781 1.00 10.24 O
ATOM 573 C1* C A 41 25.435 28.418 13.518 1.00 9.79 C
ATOM 574 N1 C A 41 25.772 27.308 12.587 1.00 7.61 N
ATOM 575 C2 C A 41 26.181 27.650 11.338 1.00 8.93 C
ATOM 576 O2 C A 41 26.289 28.873 11.070 1.00 7.63 O
ATOM 577 N3 C A 41 26.456 26.679 10.436 1.00 8.78 N
ATOM 578 C4 C A 41 26.342 25.386 10.777 1.00 9.30 C
ATOM 579 N4 C A 41 26.656 24.451 9.845 1.00 7.23 N
ATOM 580 C5 C A 41 25.917 24.995 12.077 1.00 7.65 C
ATOM 581 C6 C A 41 25.654 25.986 12.948 1.00 9.18 C
ATOM 582 P G A 42 20.679 27.762 13.566 1.00 13.08 P
ATOM 583 O1P G A 42 19.441 28.269 14.161 1.00 16.14 O
ATOM 584 O2P G A 42 20.913 26.306 13.504 1.00 15.00 O
ATOM 585 O5* G A 42 20.851 28.371 12.110 1.00 13.10 O
ATOM 586 C5* G A 42 20.747 29.779 11.925 1.00 11.92 C
ATOM 587 C4* G A 42 21.247 30.185 10.564 1.00 10.63 C
ATOM 588 O4* G A 42 22.635 29.810 10.398 1.00 11.41 O
ATOM 589 C3* G A 42 20.564 29.562 9.364 1.00 12.03 C
ATOM 590 O3* G A 42 19.320 30.211 9.085 1.00 13.22 O
ATOM 591 C2* G A 42 21.592 29.850 8.281 1.00 11.77 C
ATOM 592 O2* G A 42 21.543 31.210 7.918 1.00 12.69 O
ATOM 593 C1* G A 42 22.898 29.564 9.023 1.00 11.16 C
ATOM 594 N9 G A 42 23.287 28.165 8.856 1.00 10.90 N
ATOM 595 C8 G A 42 23.171 27.140 9.773 1.00 11.82 C
ATOM 596 N7 G A 42 23.564 25.981 9.301 1.00 11.44 N
ATOM 597 C5 G A 42 23.980 26.263 8.002 1.00 10.91 C
ATOM 598 C6 G A 42 24.522 25.409 7.014 1.00 10.75 C
ATOM 599 O6 G A 42 24.774 24.198 7.101 1.00 11.56 O
ATOM 600 N1 G A 42 24.797 26.094 5.830 1.00 10.06 N
ATOM 601 C2 G A 42 24.571 27.437 5.625 1.00 11.20 C
ATOM 602 N2 G A 42 24.867 27.908 4.395 1.00 10.66 N
ATOM 603 N3 G A 42 24.079 28.254 6.555 1.00 10.51 N
ATOM 604 C4 G A 42 23.812 27.602 7.710 1.00 11.10 C
ATOM 605 P C A 43 18.199 29.425 8.233 1.00 16.98 P
ATOM 606 O1P C A 43 16.981 30.235 8.305 1.00 18.69 O
ATOM 607 O2P C A 43 18.159 28.002 8.664 1.00 16.43 O
ATOM 608 O5* C A 43 18.772 29.450 6.752 1.00 18.08 O
ATOM 609 C5* C A 43 19.022 30.687 6.085 1.00 19.11 C
ATOM 610 C4* C A 43 19.566 30.428 4.708 1.00 19.02 C
ATOM 611 O4* C A 43 20.885 29.830 4.791 1.00 19.55 O
ATOM 612 C3* C A 43 18.780 29.428 3.877 1.00 21.07 C
ATOM 613 O3* C A 43 17.631 30.042 3.313 1.00 24.02 O
ATOM 614 C2* C A 43 19.809 29.042 2.827 1.00 20.29 C
ATOM 615 O2* C A 43 20.015 30.061 1.875 1.00 21.85 O
ATOM 616 C1* C A 43 21.077 28.962 3.680 1.00 19.45 C
ATOM 617 N1 C A 43 21.322 27.589 4.156 1.00 18.04 N
ATOM 618 C2 C A 43 21.977 26.691 3.289 1.00 16.83 C
ATOM 619 O2 C A 43 22.310 27.073 2.145 1.00 15.78 O
ATOM 620 N3 C A 43 22.223 25.438 3.712 1.00 15.70 N
ATOM 621 C4 C A 43 21.839 25.054 4.931 1.00 15.08 C
ATOM 622 N4 C A 43 22.109 23.808 5.295 1.00 14.50 N
ATOM 623 C5 C A 43 21.157 25.932 5.821 1.00 14.50 C
ATOM 624 C6 C A 43 20.923 27.181 5.397 1.00 16.57 C
ATOM 625 P A A 44 16.292 29.177 3.069 1.00 26.38 P
ATOM 626 O1P A A 44 15.341 30.100 2.418 1.00 26.88 O
ATOM 627 O2P A A 44 15.887 28.460 4.292 1.00 26.22 O
ATOM 628 O5* A A 44 16.749 28.038 2.049 1.00 26.94 O
ATOM 629 C5* A A 44 16.902 28.330 0.686 1.00 26.45 C
ATOM 630 C4* A A 44 17.567 27.192 -0.053 1.00 25.81 C
ATOM 631 O4* A A 44 18.835 26.841 0.575 1.00 24.67 O
ATOM 632 C3* A A 44 16.920 25.825 -0.196 1.00 25.05 C
ATOM 633 O3* A A 44 15.807 25.831 -1.095 1.00 24.16 O
ATOM 634 C2* A A 44 18.110 25.083 -0.805 1.00 24.43 C
ATOM 635 O2* A A 44 18.398 25.556 -2.099 1.00 26.31 O
ATOM 636 C1* A A 44 19.261 25.596 0.065 1.00 23.69 C
ATOM 637 N9 A A 44 19.494 24.674 1.169 1.00 22.64 N
ATOM 638 C8 A A 44 19.153 24.773 2.489 1.00 22.43 C
ATOM 639 N7 A A 44 19.450 23.707 3.189 1.00 22.73 N
ATOM 640 C5 A A 44 20.033 22.855 2.261 1.00 23.13 C
ATOM 641 C6 A A 44 20.536 21.549 2.358 1.00 22.92 C
ATOM 642 N6 A A 44 20.506 20.829 3.484 1.00 25.71 N
ATOM 643 N1 A A 44 21.061 20.993 1.248 1.00 23.09 N
ATOM 644 C2 A A 44 21.058 21.702 0.115 1.00 22.58 C
ATOM 645 N3 A A 44 20.591 22.928 -0.108 1.00 23.04 N
ATOM 646 C4 A A 44 20.089 23.452 1.022 1.00 22.28 C
ATOM 647 P A A 45 14.684 24.664 -1.004 1.00 27.94 P
ATOM 648 O1P A A 45 13.634 25.021 -1.982 1.00 27.49 O
ATOM 649 O2P A A 45 14.311 24.380 0.411 1.00 26.25 O
ATOM 650 O5* A A 45 15.413 23.346 -1.552 1.00 23.99 O
ATOM 651 C5* A A 45 15.896 23.306 -2.888 1.00 22.10 C
ATOM 652 C4* A A 45 16.650 22.030 -3.146 1.00 20.80 C
ATOM 653 O4* A A 45 17.782 21.931 -2.238 1.00 18.05 O
ATOM 654 C3* A A 45 15.868 20.747 -2.898 1.00 19.29 C
ATOM 655 O3* A A 45 15.065 20.459 -4.029 1.00 19.25 O
ATOM 656 C2* A A 45 16.997 19.740 -2.727 1.00 18.96 C
ATOM 657 O2* A A 45 17.625 19.395 -3.953 1.00 20.46 O
ATOM 658 C1* A A 45 17.993 20.564 -1.910 1.00 18.32 C
ATOM 659 N9 A A 45 17.789 20.387 -0.475 1.00 17.77 N
ATOM 660 C8 A A 45 17.252 21.249 0.459 1.00 16.87 C
ATOM 661 N7 A A 45 17.270 20.777 1.682 1.00 15.45 N
ATOM 662 C5 A A 45 17.848 19.517 1.545 1.00 15.55 C
ATOM 663 C6 A A 45 18.183 18.528 2.467 1.00 14.82 C
ATOM 664 N6 A A 45 18.021 18.657 3.781 1.00 14.77 N
ATOM 665 N1 A A 45 18.728 17.384 1.995 1.00 14.86 N
ATOM 666 C2 A A 45 18.938 17.265 0.678 1.00 15.61 C
ATOM 667 N3 A A 45 18.684 18.132 -0.288 1.00 15.02 N
ATOM 668 C4 A A 45 18.143 19.255 0.218 1.00 16.02 C
ATOM 669 P G A 46 13.590 19.837 -3.836 1.00 21.76 P
ATOM 670 O1P G A 46 13.111 19.621 -5.232 1.00 20.58 O
ATOM 671 O2P G A 46 12.796 20.615 -2.886 1.00 20.12 O
ATOM 672 O5* G A 46 13.859 18.416 -3.180 1.00 17.63 O
ATOM 673 C5* G A 46 14.553 17.429 -3.908 1.00 16.53 C
ATOM 674 C4* G A 46 14.840 16.245 -3.025 1.00 16.28 C
ATOM 675 O4* G A 46 15.704 16.691 -1.942 1.00 15.33 O
ATOM 676 C3* G A 46 13.638 15.650 -2.304 1.00 14.19 C
ATOM 677 O3* G A 46 12.948 14.718 -3.148 1.00 15.95 O
ATOM 678 C2* G A 46 14.333 14.927 -1.152 1.00 15.24 C
ATOM 679 O2* G A 46 14.970 13.723 -1.593 1.00 11.22 O
ATOM 680 C1* G A 46 15.417 15.944 -0.780 1.00 14.15 C
ATOM 681 N9 G A 46 15.039 16.881 0.277 1.00 15.14 N
ATOM 682 C8 G A 46 14.429 18.103 0.129 1.00 13.16 C
ATOM 683 N7 G A 46 14.249 18.721 1.264 1.00 14.91 N
ATOM 684 C5 G A 46 14.764 17.852 2.223 1.00 13.65 C
ATOM 685 C6 G A 46 14.850 17.980 3.646 1.00 14.21 C
ATOM 686 O6 G A 46 14.457 18.922 4.373 1.00 13.60 O
ATOM 687 N1 G A 46 15.451 16.861 4.225 1.00 14.00 N
ATOM 688 C2 G A 46 15.898 15.760 3.534 1.00 13.23 C
ATOM 689 N2 G A 46 16.436 14.773 4.271 1.00 13.07 N
ATOM 690 N3 G A 46 15.821 15.634 2.214 1.00 12.14 N
ATOM 691 C4 G A 46 15.250 16.709 1.631 1.00 13.14 C
ATOM 692 P U A 47 11.385 14.951 -3.517 1.00 19.08 P
ATOM 693 O1P U A 47 11.197 14.163 -4.756 1.00 17.31 O
ATOM 694 O2P U A 47 11.026 16.379 -3.510 1.00 17.84 O
ATOM 695 O5* U A 47 10.608 14.251 -2.313 1.00 18.59 O
ATOM 696 C5* U A 47 10.648 12.828 -2.158 1.00 16.76 C
ATOM 697 C4* U A 47 9.701 12.351 -1.061 1.00 16.21 C
ATOM 698 O4* U A 47 10.107 12.861 0.238 1.00 17.46 O
ATOM 699 C3* U A 47 8.276 12.864 -1.282 1.00 17.26 C
ATOM 700 O3* U A 47 7.372 11.850 -0.863 1.00 19.08 O
ATOM 701 C2* U A 47 8.151 14.098 -0.386 1.00 16.32 C
ATOM 702 O2* U A 47 6.881 14.327 0.178 1.00 17.79 O
ATOM 703 C1* U A 47 9.107 13.723 0.745 1.00 15.55 C
ATOM 704 N1 U A 47 9.692 14.810 1.530 1.00 16.06 N
ATOM 705 C2 U A 47 9.596 14.735 2.916 1.00 14.37 C
ATOM 706 O2 U A 47 9.141 13.791 3.505 1.00 16.51 O
ATOM 707 N3 U A 47 10.080 15.822 3.587 1.00 14.95 N
ATOM 708 C4 U A 47 10.653 16.933 3.042 1.00 13.66 C
ATOM 709 O4 U A 47 10.944 17.868 3.777 1.00 15.44 O
ATOM 710 C5 U A 47 10.761 16.919 1.612 1.00 15.07 C
ATOM 711 C6 U A 47 10.287 15.883 0.923 1.00 14.65 C
ATOM 712 P U A 48 6.564 10.960 -1.926 1.00 19.85 P
ATOM 713 O1P U A 48 5.831 10.040 -1.031 1.00 17.53 O
ATOM 714 O2P U A 48 7.437 10.406 -2.967 1.00 19.96 O
ATOM 715 O5* U A 48 5.542 12.008 -2.571 1.00 18.50 O
ATOM 716 C5* U A 48 4.823 12.913 -1.720 1.00 20.70 C
ATOM 717 C4* U A 48 3.830 13.767 -2.497 1.00 19.87 C
ATOM 718 O4* U A 48 2.984 12.978 -3.363 1.00 21.40 O
ATOM 719 C3* U A 48 2.919 14.504 -1.528 1.00 22.14 C
ATOM 720 O3* U A 48 3.091 15.908 -1.719 1.00 21.98 O
ATOM 721 C2* U A 48 1.483 14.183 -1.964 1.00 21.79 C
ATOM 722 O2* U A 48 0.647 15.315 -2.023 1.00 26.06 O
ATOM 723 C1* U A 48 1.688 13.540 -3.338 1.00 21.49 C
ATOM 724 N1 U A 48 0.705 12.541 -3.764 1.00 19.91 N
ATOM 725 C2 U A 48 -0.172 12.916 -4.772 1.00 21.91 C
ATOM 726 O2 U A 48 -0.152 14.035 -5.305 1.00 19.91 O
ATOM 727 N3 U A 48 -1.064 11.951 -5.142 1.00 19.50 N
ATOM 728 C4 U A 48 -1.172 10.684 -4.623 1.00 21.21 C
ATOM 729 O4 U A 48 -2.052 9.936 -5.040 1.00 20.77 O
ATOM 730 C5 U A 48 -0.228 10.375 -3.587 1.00 20.54 C
ATOM 731 C6 U A 48 0.653 11.297 -3.207 1.00 21.02 C
ATOM 732 P U A 49 4.393 16.672 -1.154 1.00 24.27 P
ATOM 733 O1P U A 49 4.112 18.081 -1.444 1.00 21.67 O
ATOM 734 O2P U A 49 5.651 16.051 -1.658 1.00 22.02 O
ATOM 735 O5* U A 49 4.355 16.404 0.420 1.00 21.65 O
ATOM 736 C5* U A 49 3.224 16.736 1.195 1.00 22.80 C
ATOM 737 C4* U A 49 3.533 16.647 2.677 1.00 22.95 C
ATOM 738 O4* U A 49 3.474 15.273 3.129 1.00 24.98 O
ATOM 739 C3* U A 49 4.962 17.109 2.990 1.00 23.23 C
ATOM 740 O3* U A 49 4.958 17.936 4.127 1.00 22.14 O
ATOM 741 C2* U A 49 5.807 15.844 3.138 1.00 22.97 C
ATOM 742 O2* U A 49 6.804 15.917 4.151 1.00 21.66 O
ATOM 743 C1* U A 49 4.739 14.866 3.606 1.00 21.87 C
ATOM 744 N1 U A 49 4.895 13.418 3.466 1.00 20.97 N
ATOM 745 C2 U A 49 4.504 12.676 4.556 1.00 18.94 C
ATOM 746 O2 U A 49 4.042 13.182 5.570 1.00 19.40 O
ATOM 747 N3 U A 49 4.657 11.327 4.423 1.00 19.76 N
ATOM 748 C4 U A 49 5.143 10.659 3.335 1.00 19.27 C
ATOM 749 O4 U A 49 5.181 9.441 3.367 1.00 19.94 O
ATOM 750 C5 U A 49 5.533 11.493 2.231 1.00 19.78 C
ATOM 751 C6 U A 49 5.398 12.822 2.336 1.00 21.36 C
ATOM 752 P C A 50 6.149 18.965 4.371 1.00 25.95 P
ATOM 753 O1P C A 50 5.898 20.166 3.536 1.00 23.44 O
ATOM 754 O2P C A 50 7.459 18.286 4.288 1.00 25.26 O
ATOM 755 O5* C A 50 5.932 19.376 5.884 1.00 22.51 O
ATOM 756 C5* C A 50 4.862 20.228 6.238 1.00 24.64 C
ATOM 757 C4* C A 50 4.500 19.987 7.664 1.00 23.18 C
ATOM 758 O4* C A 50 3.946 18.653 7.796 1.00 22.19 O
ATOM 759 C3* C A 50 5.714 19.971 8.569 1.00 23.50 C
ATOM 760 O3* C A 50 6.031 21.297 8.951 1.00 23.96 O
ATOM 761 C2* C A 50 5.211 19.146 9.739 1.00 22.22 C
ATOM 762 O2* C A 50 4.390 19.925 10.581 1.00 23.29 O
ATOM 763 C1* C A 50 4.379 18.081 9.020 1.00 20.79 C
ATOM 764 N1 C A 50 5.148 16.857 8.718 1.00 18.62 N
ATOM 765 C2 C A 50 5.579 16.061 9.782 1.00 18.06 C
ATOM 766 O2 C A 50 5.294 16.403 10.944 1.00 18.10 O
ATOM 767 N3 C A 50 6.286 14.924 9.529 1.00 18.43 N
ATOM 768 C4 C A 50 6.541 14.559 8.278 1.00 16.95 C
ATOM 769 N4 C A 50 7.187 13.390 8.096 1.00 16.78 N
ATOM 770 C5 C A 50 6.127 15.362 7.156 1.00 18.20 C
ATOM 771 C6 C A 50 5.435 16.496 7.425 1.00 18.70 C
ATOM 772 P U A 51 7.545 21.802 8.901 1.00 26.70 P
ATOM 773 O1P U A 51 7.531 23.156 9.484 1.00 26.93 O
ATOM 774 O2P U A 51 8.082 21.612 7.532 1.00 25.00 O
ATOM 775 O5* U A 51 8.299 20.823 9.912 1.00 25.55 O
ATOM 776 C5* U A 51 8.050 20.887 11.311 1.00 24.16 C
ATOM 777 C4* U A 51 8.585 19.653 12.005 1.00 21.45 C
ATOM 778 O4* U A 51 7.971 18.463 11.431 1.00 22.38 O
ATOM 779 C3* U A 51 10.072 19.376 11.858 1.00 22.73 C
ATOM 780 O3* U A 51 10.845 20.123 12.799 1.00 23.34 O
ATOM 781 C2* U A 51 10.136 17.895 12.196 1.00 19.59 C
ATOM 782 O2* U A 51 9.952 17.713 13.569 1.00 19.61 O
ATOM 783 C1* U A 51 8.878 17.367 11.512 1.00 19.68 C
ATOM 784 N1 U A 51 9.123 16.859 10.157 1.00 18.48 N
ATOM 785 C2 U A 51 9.636 15.574 10.020 1.00 17.36 C
ATOM 786 O2 U A 51 9.930 14.862 10.967 1.00 16.91 O
ATOM 787 N3 U A 51 9.794 15.153 8.726 1.00 16.05 N
ATOM 788 C4 U A 51 9.507 15.862 7.571 1.00 16.11 C
ATOM 789 O4 U A 51 9.679 15.322 6.462 1.00 15.90 O
ATOM 790 C5 U A 51 8.995 17.179 7.796 1.00 16.34 C
ATOM 791 C6 U A 51 8.832 17.627 9.048 1.00 16.75 C
ATOM 792 P A A 52 12.365 20.517 12.450 1.00 25.19 P
ATOM 793 O1P A A 52 12.846 21.398 13.550 1.00 27.50 O
ATOM 794 O2P A A 52 12.491 20.983 11.045 1.00 24.46 O
ATOM 795 O5* A A 52 13.148 19.125 12.569 1.00 22.18 O
ATOM 796 C5* A A 52 13.100 18.336 13.756 1.00 18.74 C
ATOM 797 C4* A A 52 13.709 16.971 13.493 1.00 17.82 C
ATOM 798 O4* A A 52 12.882 16.221 12.560 1.00 17.99 O
ATOM 799 C3* A A 52 15.082 17.021 12.845 1.00 17.21 C
ATOM 800 O3* A A 52 16.060 17.141 13.881 1.00 17.77 O
ATOM 801 C2* A A 52 15.156 15.672 12.120 1.00 16.59 C
ATOM 802 O2* A A 52 15.493 14.600 12.980 1.00 13.63 O
ATOM 803 C1* A A 52 13.704 15.476 11.671 1.00 16.93 C
ATOM 804 N9 A A 52 13.417 15.925 10.298 1.00 18.02 N
ATOM 805 C8 A A 52 12.870 17.137 9.918 1.00 16.91 C
ATOM 806 N7 A A 52 12.661 17.242 8.623 1.00 15.76 N
ATOM 807 C5 A A 52 13.113 16.029 8.111 1.00 14.73 C
ATOM 808 C6 A A 52 13.146 15.509 6.798 1.00 13.71 C
ATOM 809 N6 A A 52 12.694 16.170 5.730 1.00 10.55 N
ATOM 810 N1 A A 52 13.660 14.265 6.626 1.00 13.71 N
ATOM 811 C2 A A 52 14.109 13.603 7.708 1.00 14.81 C
ATOM 812 N3 A A 52 14.126 13.984 8.990 1.00 14.94 N
ATOM 813 C4 A A 52 13.603 15.217 9.127 1.00 15.57 C
ATOM 814 P C A 53 17.368 18.050 13.670 1.00 17.51 P
ATOM 815 O1P C A 53 18.117 18.008 14.931 1.00 19.79 O
ATOM 816 O2P C A 53 17.010 19.365 13.065 1.00 18.18 O
ATOM 817 O5* C A 53 18.238 17.298 12.563 1.00 17.18 O
ATOM 818 C5* C A 53 18.901 16.077 12.842 1.00 15.96 C
ATOM 819 C4* C A 53 19.332 15.446 11.543 1.00 15.86 C
ATOM 820 O4* C A 53 18.121 15.192 10.776 1.00 13.93 O
ATOM 821 C3* C A 53 20.160 16.337 10.613 1.00 15.87 C
ATOM 822 O3* C A 53 21.559 16.258 10.903 1.00 17.45 O
ATOM 823 C2* C A 53 19.874 15.668 9.269 1.00 14.61 C
ATOM 824 O2* C A 53 20.537 14.416 9.169 1.00 13.51 O
ATOM 825 C1* C A 53 18.388 15.358 9.402 1.00 14.62 C
ATOM 826 N1 C A 53 17.495 16.398 8.857 1.00 15.30 N
ATOM 827 C2 C A 53 16.863 16.150 7.629 1.00 16.59 C
ATOM 828 O2 C A 53 17.047 15.036 7.072 1.00 15.08 O
ATOM 829 N3 C A 53 16.064 17.117 7.081 1.00 15.46 N
ATOM 830 C4 C A 53 15.882 18.269 7.728 1.00 15.94 C
ATOM 831 N4 C A 53 15.106 19.193 7.161 1.00 17.55 N
ATOM 832 C5 C A 53 16.499 18.534 8.995 1.00 18.55 C
ATOM 833 C6 C A 53 17.293 17.579 9.514 1.00 17.04 C
ATOM 834 P C A 54 22.305 17.435 11.741 1.00 20.49 P
ATOM 835 O1P C A 54 21.325 18.517 12.085 1.00 24.43 O
ATOM 836 O2P C A 54 23.512 17.794 10.991 1.00 22.51 O
ATOM 837 O5* C A 54 22.926 16.655 12.998 1.00 23.22 O
ATOM 838 C5* C A 54 22.304 16.618 14.248 1.00 20.44 C
ATOM 839 C4* C A 54 22.299 15.199 14.853 1.00 16.62 C
ATOM 840 O4* C A 54 21.619 14.289 13.954 1.00 13.18 O
ATOM 841 C3* C A 54 23.510 14.352 15.283 1.00 15.61 C
ATOM 842 O3* C A 54 24.117 14.814 16.513 1.00 15.53 O
ATOM 843 C2* C A 54 22.766 13.054 15.620 1.00 13.43 C
ATOM 844 O2* C A 54 22.037 13.231 16.823 1.00 10.21 O
ATOM 845 C1* C A 54 21.731 12.976 14.489 1.00 12.97 C
ATOM 846 N1 C A 54 22.153 12.031 13.438 1.00 11.15 N
ATOM 847 C2 C A 54 22.102 10.675 13.741 1.00 11.28 C
ATOM 848 O2 C A 54 21.721 10.338 14.877 1.00 10.76 O
ATOM 849 N3 C A 54 22.477 9.762 12.803 1.00 11.24 N
ATOM 850 C4 C A 54 22.895 10.172 11.606 1.00 11.60 C
ATOM 851 N4 C A 54 23.244 9.240 10.718 1.00 10.41 N
ATOM 852 C5 C A 54 22.965 11.562 11.266 1.00 11.08 C
ATOM 853 C6 C A 54 22.582 12.450 12.207 1.00 9.08 C
ATOM 854 P G A 55 25.594 14.295 16.976 1.00 13.05 P
ATOM 855 O1P G A 55 25.962 15.246 18.039 1.00 12.26 O
ATOM 856 O2P G A 55 26.496 14.069 15.850 1.00 11.41 O
ATOM 857 O5* G A 55 25.399 12.866 17.663 1.00 10.95 O
ATOM 858 C5* G A 55 24.831 12.746 18.965 1.00 14.14 C
ATOM 859 C4* G A 55 24.802 11.304 19.405 1.00 11.91 C
ATOM 860 O4* G A 55 23.968 10.508 18.509 1.00 13.05 O
ATOM 861 C3* G A 55 26.149 10.594 19.367 1.00 11.99 C
ATOM 862 O3* G A 55 26.929 10.898 20.521 1.00 13.10 O
ATOM 863 C2* G A 55 25.728 9.140 19.334 1.00 11.08 C
ATOM 864 O2* G A 55 25.292 8.701 20.587 1.00 10.72 O
ATOM 865 C1* G A 55 24.527 9.203 18.390 1.00 11.23 C
ATOM 866 N9 G A 55 24.931 8.998 17.004 1.00 10.75 N
ATOM 867 C8 G A 55 25.171 9.961 16.045 1.00 7.33 C
ATOM 868 N7 G A 55 25.353 9.455 14.847 1.00 9.34 N
ATOM 869 C5 G A 55 25.283 8.079 15.039 1.00 7.65 C
ATOM 870 C6 G A 55 25.397 7.019 14.114 1.00 8.58 C
ATOM 871 O6 G A 55 25.565 7.082 12.885 1.00 7.74 O
ATOM 872 N1 G A 55 25.286 5.775 14.741 1.00 7.05 N
ATOM 873 C2 G A 55 25.090 5.584 16.085 1.00 9.83 C
ATOM 874 N2 G A 55 25.007 4.306 16.495 1.00 12.00 N
ATOM 875 N3 G A 55 24.974 6.572 16.964 1.00 9.85 N
ATOM 876 C4 G A 55 25.068 7.781 16.375 1.00 9.88 C
ATOM 877 P G A 56 28.506 11.118 20.370 1.00 13.76 P
ATOM 878 O1P G A 56 28.941 11.806 21.603 1.00 13.53 O
ATOM 879 O2P G A 56 28.773 11.722 19.054 1.00 14.23 O
ATOM 880 O5* G A 56 29.116 9.645 20.366 1.00 13.32 O
ATOM 881 C5* G A 56 29.082 8.849 21.551 1.00 13.87 C
ATOM 882 C4* G A 56 29.183 7.374 21.197 1.00 10.21 C
ATOM 883 O4* G A 56 28.057 7.023 20.333 1.00 11.28 O
ATOM 884 C3* G A 56 30.397 6.922 20.404 1.00 11.41 C
ATOM 885 O3* G A 56 31.527 6.711 21.273 1.00 9.71 O
ATOM 886 C2* G A 56 29.878 5.605 19.841 1.00 8.73 C
ATOM 887 O2* G A 56 29.794 4.659 20.902 1.00 8.39 O
ATOM 888 C1* G A 56 28.462 6.009 19.418 1.00 10.13 C
ATOM 889 N9 G A 56 28.486 6.581 18.071 1.00 10.46 N
ATOM 890 C8 G A 56 28.551 7.917 17.730 1.00 8.60 C
ATOM 891 N7 G A 56 28.622 8.113 16.441 1.00 9.93 N
ATOM 892 C5 G A 56 28.582 6.835 15.897 1.00 8.16 C
ATOM 893 C6 G A 56 28.626 6.411 14.551 1.00 7.93 C
ATOM 894 O6 G A 56 28.702 7.101 13.539 1.00 9.17 O
ATOM 895 N1 G A 56 28.583 5.011 14.447 1.00 7.02 N
ATOM 896 C2 G A 56 28.536 4.139 15.508 1.00 9.44 C
ATOM 897 N2 G A 56 28.557 2.786 15.209 1.00 7.72 N
ATOM 898 N3 G A 56 28.484 4.537 16.776 1.00 8.70 N
ATOM 899 C4 G A 56 28.504 5.880 16.892 1.00 8.72 C
ATOM 900 P G A 57 32.995 6.619 20.673 1.00 13.57 P
ATOM 901 O1P G A 57 33.919 6.615 21.837 1.00 11.27 O
ATOM 902 O2P G A 57 33.141 7.686 19.611 1.00 15.12 O
ATOM 903 O5* G A 57 33.076 5.220 19.904 1.00 11.64 O
ATOM 904 C5* G A 57 32.985 3.994 20.606 1.00 10.61 C
ATOM 905 C4* G A 57 32.946 2.834 19.636 1.00 10.65 C
ATOM 906 O4* G A 57 31.764 2.920 18.802 1.00 10.66 O
ATOM 907 C3* G A 57 34.095 2.749 18.637 1.00 11.12 C
ATOM 908 O3* G A 57 35.211 2.092 19.227 1.00 12.09 O
ATOM 909 C2* G A 57 33.485 1.856 17.579 1.00 10.15 C
ATOM 910 O2* G A 57 33.432 0.527 18.073 1.00 11.67 O
ATOM 911 C1* G A 57 32.080 2.447 17.495 1.00 10.13 C
ATOM 912 N9 G A 57 32.032 3.577 16.566 1.00 9.94 N
ATOM 913 C8 G A 57 31.948 4.915 16.870 1.00 8.87 C
ATOM 914 N7 G A 57 31.840 5.680 15.806 1.00 9.77 N
ATOM 915 C5 G A 57 31.896 4.788 14.736 1.00 9.04 C
ATOM 916 C6 G A 57 31.841 5.018 13.333 1.00 7.94 C
ATOM 917 O6 G A 57 31.697 6.098 12.719 1.00 7.09 O
ATOM 918 N1 G A 57 31.968 3.833 12.617 1.00 7.83 N
ATOM 919 C2 G A 57 32.123 2.586 13.170 1.00 9.14 C
ATOM 920 N2 G A 57 32.295 1.559 12.302 1.00 10.54 N
ATOM 921 N3 G A 57 32.131 2.356 14.477 1.00 8.97 N
ATOM 922 C4 G A 57 32.030 3.490 15.192 1.00 8.38 C
ATOM 923 P C A 58 36.691 2.608 18.919 1.00 16.58 P
ATOM 924 O1P C A 58 37.600 1.734 19.679 1.00 19.45 O
ATOM 925 O2P C A 58 36.781 4.087 19.087 1.00 16.41 O
ATOM 926 O5* C A 58 36.862 2.269 17.367 1.00 16.52 O
ATOM 927 C5* C A 58 36.965 0.921 16.950 1.00 15.10 C
ATOM 928 C4* C A 58 36.833 0.823 15.451 1.00 15.33 C
ATOM 929 O4* C A 58 35.542 1.354 15.026 1.00 13.38 O
ATOM 930 C3* C A 58 37.823 1.632 14.626 1.00 15.47 C
ATOM 931 O3* C A 58 39.082 0.999 14.519 1.00 18.74 O
ATOM 932 C2* C A 58 37.111 1.673 13.286 1.00 11.17 C
ATOM 933 O2* C A 58 37.125 0.418 12.637 1.00 13.01 O
ATOM 934 C1* C A 58 35.686 1.967 13.742 1.00 11.98 C
ATOM 935 N1 C A 58 35.440 3.426 13.858 1.00 10.35 N
ATOM 936 C2 C A 58 35.230 4.131 12.682 1.00 10.97 C
ATOM 937 O2 C A 58 35.275 3.491 11.594 1.00 7.46 O
ATOM 938 N3 C A 58 34.999 5.473 12.736 1.00 8.91 N
ATOM 939 C4 C A 58 34.990 6.105 13.916 1.00 10.48 C
ATOM 940 N4 C A 58 34.733 7.422 13.921 1.00 7.52 N
ATOM 941 C5 C A 58 35.227 5.405 15.148 1.00 10.36 C
ATOM 942 C6 C A 58 35.431 4.071 15.068 1.00 9.90 C
ATOM 943 P A A 59 40.407 1.880 14.428 1.00 19.54 P
ATOM 944 O1P A A 59 41.476 0.909 14.728 1.00 23.14 O
ATOM 945 O2P A A 59 40.304 3.121 15.233 1.00 20.05 O
ATOM 946 O5* A A 59 40.518 2.324 12.905 1.00 18.97 O
ATOM 947 C5* A A 59 40.522 1.349 11.874 1.00 17.12 C
ATOM 948 C4* A A 59 40.269 1.997 10.535 1.00 14.95 C
ATOM 949 O4* A A 59 38.970 2.626 10.543 1.00 12.74 O
ATOM 950 C3* A A 59 41.236 3.099 10.117 1.00 15.97 C
ATOM 951 O3* A A 59 42.370 2.521 9.460 1.00 17.11 O
ATOM 952 C2* A A 59 40.403 3.881 9.110 1.00 13.15 C
ATOM 953 O2* A A 59 40.358 3.242 7.841 1.00 15.00 O
ATOM 954 C1* A A 59 39.025 3.807 9.760 1.00 12.41 C
ATOM 955 N9 A A 59 38.757 4.934 10.638 1.00 9.57 N
ATOM 956 C8 A A 59 38.679 4.950 12.014 1.00 9.34 C
ATOM 957 N7 A A 59 38.272 6.102 12.500 1.00 10.38 N
ATOM 958 C5 A A 59 38.113 6.898 11.371 1.00 9.84 C
ATOM 959 C6 A A 59 37.677 8.220 11.208 1.00 10.49 C
ATOM 960 N6 A A 59 37.293 8.991 12.234 1.00 9.11 N
ATOM 961 N1 A A 59 37.636 8.724 9.946 1.00 8.89 N
ATOM 962 C2 A A 59 37.996 7.927 8.925 1.00 9.88 C
ATOM 963 N3 A A 59 38.421 6.652 8958 1.00 9.56 N
ATOM 964 C4 A A 59 38.454 6.200 10.225 1.00 11.25 C
ATOM 965 P C A 60 43.798 3.248 9.508 1.00 19.04 P
ATOM 966 O1P C A 60 44.656 2.375 8.681 1.00 20.33 O
ATOM 967 O2P C A 60 44.215 3.641 10.866 1.00 19.75 O
ATOM 968 O5* C A 60 43.620 4.636 8.731 1.00 18.48 O
ATOM 969 C5* C A 60 43.338 4.688 7.333 1.00 18.85 C
ATOM 970 C4* C A 60 42.905 6.090 6.953 1.00 17.29 C
ATOM 971 O4* C A 60 41.667 6.421 7.652 1.00 16.10 O
ATOM 972 C3* C A 60 43.873 7.165 7.423 1.00 17.86 C
ATOM 973 O3* C A 60 44.971 7.328 6.520 1.00 15.95 O
ATOM 974 C2* C A 60 42.968 8.392 7.489 1.00 15.75 C
ATOM 975 O2* C A 60 42.660 8.899 6.212 1.00 13.38 O
ATOM 976 C1* C A 60 41.697 7.779 8.067 1.00 14.86 C
ATOM 977 N1 C A 60 41.611 7.830 9.544 1.00 13.02 N
ATOM 978 C2 C A 60 41.114 8.986 10.149 1.00 11.98 C
ATOM 979 O2 C A 60 40.879 9.970 9.439 1.00 9.87 O
ATOM 980 N3 C A 60 40.914 8.997 11.493 1.00 10.09 N
ATOM 981 C4 C A 60 41.219 7.909 12.218 1.00 11.18 C
ATOM 982 N4 C A 60 40.938 7.915 13.561 1.00 10.47 N
ATOM 983 C5 C A 60 41.802 6.761 11.628 1.00 12.15 C
ATOM 984 C6 C A 60 41.979 6.759 10.306 1.00 12.05 C
ATOM 985 P C A 61 46.349 7.925 7.060 1.00 17.42 P
ATOM 986 O1P C A 61 47.356 7.713 5.977 1.00 20.07 O
ATOM 987 O2P C A 61 46.636 7.464 8.434 1.00 19.05 O
ATOM 988 O5* C A 61 46.133 9.494 7.201 1.00 17.65 O
ATOM 989 C5* C A 61 45.764 10.291 6.081 1.00 17.42 C
ATOM 990 C4* C A 61 45.277 11.640 6.565 1.00 16.64 C
ATOM 991 O4* C A 61 44.139 11.438 7.426 1.00 14.79 O
ATOM 992 C3* C A 61 46.263 12.391 7.446 1.00 17.63 C
ATOM 993 O3* C A 61 47.139 13.091 6.584 1.00 20.87 O
ATOM 994 C2* C A 61 45.331 13.335 8.203 1.00 16.43 C
ATOM 995 O2* C A 61 44.852 14.369 7.365 1.00 14.86 O
ATOM 996 C1* C A 61 44.138 12.417 8.454 1.00 13.94 C
ATOM 997 N1 C A 61 44.153 11.729 9.750 1.00 13.10 N
ATOM 998 C2 C A 61 43.580 12.368 10.847 1.00 12.09 C
ATOM 999 O2 C A 61 43.175 13.525 10.710 1.00 13.24 O
ATOM 1000 N3 C A 61 43.489 11.711 12.021 1.00 11.67 N
ATOM 1001 C4 C A 61 43.975 10.468 12.138 1.00 12.40 C
ATOM 1002 N4 C A 61 43.831 9.835 13.322 1.00 12.14 N
ATOM 1003 C5 C A 61 44.626 9.812 11.054 1.00 12.01 C
ATOM 1004 C6 C A 61 44.688 10.474 9.885 1.00 12.81 C
ATOM 1005 P G A 62 48.728 12.846 6.660 1.00 24.16 P
ATOM 1006 O1P G A 62 49.270 13.445 5.410 1.00 23.67 O
ATOM 1007 O2P G A 62 48.943 11.426 6.942 1.00 23.26 O
ATOM 1008 O5* G A 62 49.205 13.690 7.911 1.00 26.62 O
ATOM 1009 C5* G A 62 50.589 13.855 8.182 1.00 30.96 C
ATOM 1010 C4* G A 62 50.774 14.353 9.582 1.00 33.50 C
ATOM 1011 O4* G A 62 50.528 13.270 10.506 1.00 33.47 O
ATOM 1012 C3* G A 62 52.218 14.771 9.809 1.00 34.85 C
ATOM 1013 O3* G A 62 52.203 15.955 10.570 1.00 37.99 O
ATOM 1014 C2* G A 62 52.906 13.588 10.482 1.00 34.23 C
ATOM 1015 O2* G A 62 53.808 13.966 11.496 1.00 36.44 O
ATOM 1016 C1* G A 62 51.721 12.929 11.174 1.00 33.41 C
ATOM 1017 N9 G A 62 51.722 11.510 11.492 1.00 31.26 N
ATOM 1018 C8 G A 62 52.117 10.448 10.718 1.00 31.91 C
ATOM 1019 N7 G A 62 51.933 9.296 11.308 1.00 31.27 N
ATOM 1020 C5 G A 62 51.407 9.628 12.552 1.00 30.56 C
ATOM 1021 C6 G A 62 50.995 8.807 13.633 1.00 31.34 C
ATOM 1022 O6 G A 62 51.018 7.569 13.717 1.00 32.16 O
ATOM 1023 N1 G A 62 50.498 9.572 14.697 1.00 30.15 N
ATOM 1024 C2 G A 62 50.401 10.940 14.706 1.00 26.83 C
ATOM 1025 N2 G A 62 49.859 11.501 15.789 1.00 25.94 N
ATOM 1026 N3 G A 62 50.792 11.704 13.717 1.00 28.92 N
ATOM 1027 C4 G A 62 51.277 10.988 12.677 1.00 30.49 C
ATOM 1028 P U A 63 52.954 17.235 10.045 1.00 41.73 P
ATOM 1029 O1P U A 63 53.058 17.081 8.559 1.00 41.63 O
ATOM 1030 O2P U A 63 54.175 17.334 10.869 1.00 43.38 O
ATOM 1031 O5* U A 63 51.997 18.439 10.460 1.00 39.87 O
ATOM 1032 C5* U A 63 50.763 18.720 9.780 1.00 36.71 C
ATOM 1033 C4* U A 63 49.836 19.408 10.747 1.00 35.04 C
ATOM 1034 O4* U A 63 49.068 18.411 11.462 1.00 32.03 O
ATOM 1035 C3* U A 63 50.675 20.143 11.781 1.00 35.26 C
ATOM 1036 O3* U A 63 50.995 21.511 11.420 1.00 38.70 O
ATOM 1037 C2* U A 63 50.130 19.755 13.165 1.00 33.49 C
ATOM 1038 O2* U A 63 49.712 20.770 14.049 1.00 37.02 O
ATOM 1039 C1* U A 63 49.029 18.735 12.834 1.00 30.93 C
ATOM 1040 N1 U A 63 48.986 17.488 13.615 1.00 27.66 N
ATOM 1041 C2 U A 63 48.353 17.544 14.818 1.00 24.66 C
ATOM 1042 O2 U A 63 47.901 18.573 15.248 1.00 22.79 O
ATOM 1043 N3 U A 63 48.278 16.352 15.499 1.00 23.74 N
ATOM 1044 C4 U A 63 48.798 15.145 15.102 1.00 23.73 C
ATOM 1045 O4 U A 63 48.743 14.175 15.859 1.00 24.68 O
ATOM 1046 C5 U A 63 49.463 15.178 13.841 1.00 24.93 C
ATOM 1047 C6 U A 63 49.531 16.320 13.160 1.00 25.63 C
ATOM 1048 P A A 64 49.882 22.684 11.491 1.00 37.56 P
ATOM 1049 O1P A A 64 50.561 23.954 11.785 1.00 39.16 O
ATOM 1050 O2P A A 64 48.748 22.257 12.335 1.00 40.01 O
ATOM 1051 O5* A A 64 49.353 22.820 9.997 1.00 34.07 O
ATOM 1052 C5* A A 64 48.031 23.290 9.741 1.00 28.17 C
ATOM 1053 C4* A A 64 47.481 22.620 8.508 1.00 24.51 C
ATOM 1054 O4* A A 64 47.732 21.200 8.571 1.00 23.04 O
ATOM 1055 C3* A A 64 45.992 22.796 8.296 1.00 22.46 C
ATOM 1056 O3* A A 64 45.849 23.906 7.425 1.00 20.90 O
ATOM 1057 C2* A A 64 45.604 21.505 7.587 1.00 20.89 C
ATOM 1058 O2* A A 64 45.901 21.599 6.225 1.00 22.90 O
ATOM 1059 C1* A A 64 46.571 20.494 8.203 1.00 20.25 C
ATOM 1060 N9 A A 64 46.130 19.781 9.396 1.00 17.85 N
ATOM 1061 C8 A A 64 45.524 20.267 10.530 1.00 16.44 C
ATOM 1062 N7 A A 64 45.377 19.367 11.477 1.00 16.36 N
ATOM 1063 C5 A A 64 45.897 18.211 10.916 1.00 16.10 C
ATOM 1064 C6 A A 64 46.056 16.912 11.416 1.00 17.55 C
ATOM 1065 N6 A A 64 45.703 16.547 12.661 1.00 17.95 N
ATOM 1066 N1 A A 64 46.602 15.982 10.594 1.00 16.51 N
ATOM 1067 C2 A A 64 46.978 16.359 9.358 1.00 17.36 C
ATOM 1068 N3 A A 64 46.889 17.563 8.781 1.00 17.52 N
ATOM 1069 C4 A A 64 46.333 18.447 9.623 1.00 16.65 C
ATOM 1070 P A A 65 44.523 24.788 7.455 1.00 26.00 P
ATOM 1071 O1P A A 65 44.761 25.977 6.601 1.00 22.85 O
ATOM 1072 O2P A A 65 44.095 24.965 8.870 1.00 23.33 O
ATOM 1073 O5* A A 65 43.412 23.897 6.726 1.00 21.03 O
ATOM 1074 C5* A A 65 43.457 23.677 5.321 1.00 18.24 C
ATOM 1075 C4* A A 65 42.507 22.569 4.928 1.00 13.85 C
ATOM 1076 O4* A A 65 42.806 21.347 5.676 1.00 12.93 O
ATOM 1077 C3* A A 65 41.079 22.964 5.312 1.00 13.37 C
ATOM 1078 O3* A A 65 40.259 22.339 4.329 1.00 13.50 O
ATOM 1079 C2* A A 65 40.840 22.298 6.671 1.00 12.65 C
ATOM 1080 O2* A A 65 39.528 21.867 6.921 1.00 13.66 O
ATOM 1081 C1* A A 65 41.701 21.055 6.509 1.00 12.78 C
ATOM 1082 N9 A A 65 42.072 20.249 7.661 1.00 12.77 N
ATOM 1083 C8 A A 65 42.096 20.565 8.995 1.00 12.34 C
ATOM 1084 N7 A A 65 42.398 19.546 9.767 1.00 12.41 N
ATOM 1085 C5 A A 65 42.597 18.501 8.875 1.00 12.05 C
ATOM 1086 C6 A A 65 42.910 17.149 9.070 1.00 10.90 C
ATOM 1087 N6 A A 65 43.092 16.609 10.272 1.00 10.50 N
ATOM 1088 N1 A A 65 43.027 16.366 7.977 1.00 11.90 N
ATOM 1089 C2 A A 65 42.832 16.924 6.765 1.00 12.11 C
ATOM 1090 N3 A A 65 42.525 18.188 6.460 1.00 11.24 N
ATOM 1091 C4 A A 65 42.420 18.925 7.577 1.00 11.53 C
ATOM 1092 P A A 66 39.022 23.077 3.643 1.00 14.28 P
ATOM 1093 O1P A A 66 39.543 23.558 2.325 1.00 15.32 O
ATOM 1094 O2P A A 66 38.338 24.024 4.542 1.00 14.63 O
ATOM 1095 O5* A A 66 38.069 21.846 3.338 1.00 13.61 O
ATOM 1096 C5* A A 66 37.465 21.085 4.393 1.00 11.48 C
ATOM 1097 C4* A A 66 37.723 19.608 4.177 1.00 10.84 C
ATOM 1098 O4* A A 66 39.051 19.241 4.669 1.00 10.26 O
ATOM 1099 C3* A A 66 36.836 18.669 4.967 1.00 10.58 C
ATOM 1100 O3* A A 66 35.542 18.590 4.389 1.00 8.43 O
ATOM 1101 C2* A A 66 37.616 17.369 4.831 1.00 10.04 C
ATOM 1102 O2* A A 66 37.536 16.826 3.529 1.00 11.06 O
ATOM 1103 C1* A A 66 39.042 17.870 5.094 1.00 10.87 C
ATOM 1104 N9 A A 66 39.240 17.798 6.548 1.00 10.17 N
ATOM 1105 C8 A A 66 39.155 18.790 7.496 1.00 10.03 C
ATOM 1106 N7 A A 66 39.261 18.348 8.733 1.00 8.56 N
ATOM 1107 C5 A A 66 39.441 16.982 8.588 1.00 6.54 C
ATOM 1108 C6 A A 66 39.556 15.933 9.533 1.00 10.49 C
ATOM 1109 N6 A A 66 39.492 16.109 10.872 1.00 8.52 N
ATOM 1110 N1 A A 66 39.716 14.683 9.059 1.00 10.25 N
ATOM 1111 C2 A A 66 39.726 14.497 7.720 1.00 9.28 C
ATOM 1112 N3 A A 66 39.599 15.400 6.739 1.00 6.99 N
ATOM 1113 C4 A A 66 39.470 16.634 7.247 1.00 7.89 C
ATOM 1114 P U A 67 34.254 18.628 5.328 1.00 7.15 P
ATOM 1115 O1P U A 67 33.113 18.369 4.451 1.00 8.19 O
ATOM 1116 O2P U A 67 34.265 19.889 6.140 1.00 10.54 O
ATOM 1117 O5* U A 67 34.515 17.404 6.352 1.00 9.66 O
ATOM 1118 C5* U A 67 33.879 16.134 6.178 1.00 9.63 C
ATOM 1119 C4* U A 67 34.826 15.139 5.537 1.00 8.56 C
ATOM 1120 O4* U A 67 36.010 14.944 6.353 1.00 11.36 O
ATOM 1121 C3* U A 67 34.231 13.746 5.426 1.00 10.38 C
ATOM 1122 O3* U A 67 33.422 13.688 4.257 1.00 9.95 O
ATOM 1123 C2* U A 67 35.473 12.885 5.331 1.00 9.97 C
ATOM 1124 O2* U A 67 36.048 13.024 4.062 1.00 9.19 O
ATOM 1125 C1* U A 67 36.395 13.578 6.337 1.00 11.42 C
ATOM 1126 N1 U A 67 36.318 13.066 7.718 1.00 10.80 N
ATOM 1127 C2 U A 67 36.833 11.817 7.968 1.00 10.50 C
ATOM 1128 O2 U A 67 37.312 11.117 7.101 1.00 10.56 O
ATOM 1129 N3 U A 67 36.765 11.408 9.272 1.00 9.20 N
ATOM 1130 C4 U A 67 36.239 12.104 10.335 1.00 13.14 C
ATOM 1131 O4 U A 67 36.155 11.549 11.435 1.00 12.19 O
ATOM 1132 C5 U A 67 35.717 13.400 10.002 1.00 12.31 C
ATOM 1133 C6 U A 67 35.767 13.822 8.734 1.00 11.37 C
ATOM 1134 P G A 68 32.112 12.788 4.239 1.00 10.90 P
ATOM 1135 O1P G A 68 31.468 12.906 2.896 1.00 11.43 O
ATOM 1136 O2P G A 68 31.302 13.053 5.442 1.00 13.26 O
ATOM 1137 O5* G A 68 32.721 11.308 4.326 1.00 11.48 O
ATOM 1138 C5* G A 68 33.371 10.739 3.203 1.00 11.16 C
ATOM 1139 C4* G A 68 33.998 9.411 3.573 1.00 9.62 C
ATOM 1140 O4* G A 68 34.942 9.616 4.645 1.00 11.01 O
ATOM 1141 C3* G A 68 33.037 8.390 4.142 1.00 11.11 C
ATOM 1142 O3* G A 68 32.398 7.725 3.054 1.00 10.48 O
ATOM 1143 C2* G A 68 33.998 7.461 4.874 1.00 9.29 C
ATOM 1144 O2* G A 68 34.735 6.677 3.982 1.00 10.62 O
ATOM 1145 C1* G A 68 34.963 8.466 5.487 1.00 8.97 C
ATOM 1146 N9 G A 68 34.546 8.820 6.844 1.00 8.81 N
ATOM 1147 C8 G A 68 33.966 9.976 7.304 1.00 8.53 C
ATOM 1148 N7 G A 68 33.723 9.947 8.594 1.00 8.57 N
ATOM 1149 C5 G A 68 34.195 8.708 9.005 1.00 7.34 C
ATOM 1150 C6 G A 68 34.222 8.109 10.303 1.00 6.86 C
ATOM 1151 O6 G A 68 33.892 8.610 11.385 1.00 8.26 O
ATOM 1152 N1 G A 68 34.707 6.806 10.256 1.00 5.47 N
ATOM 1153 C2 G A 68 35.136 6.164 9.113 1.00 7.70 C
ATOM 1154 N2 G A 68 35.520 4.887 9.242 1.00 7.97 N
ATOM 1155 N3 G A 68 35.166 6.729 7.911 1.00 8.25 N
ATOM 1156 C4 G A 68 34.676 7.991 7.934 1.00 8.75 C
ATOM 1157 P U A 69 30.971 7.049 3.252 1.00 13.77 P
ATOM 1158 O1P U A 69 30.555 6.595 1.924 1.00 11.85 O
ATOM 1159 O2P U A 69 30.093 7.968 3.998 1.00 12.81 O
ATOM 1160 O5* U A 69 31.231 5.779 4.195 1.00 11.34 O
ATOM 1161 C5* U A 69 32.060 4.700 3.787 1.00 11.10 C
ATOM 1162 C4* U A 69 32.278 3.754 4.958 1.00 9.72 C
ATOM 1163 O4* U A 69 33.037 4.436 6.006 1.00 8.84 O
ATOM 1164 C3* U A 69 31.010 3.319 5.663 1.00 8.43 C
ATOM 1165 O3* U A 69 30.409 2.218 4.976 1.00 10.14 O
ATOM 1166 C2* U A 69 31.556 2.908 7.017 1.00 8.62 C
ATOM 1167 O2* U A 69 32.248 1.685 6.931 1.00 7.78 O
ATOM 1168 C1* U A 69 32.576 4.009 7.273 1.00 8.22 C
ATOM 1169 N1 U A 69 32.004 5.162 7.979 1.00 10.18 N
ATOM 1170 C2 U A 69 31.922 5.065 9.360 1.00 10.69 C
ATOM 1171 O2 U A 69 32.209 4.017 9.964 1.00 11.15 O
ATOM 1172 N3 U A 69 31.478 6.210 10.003 1.00 9.29 N
ATOM 1173 C4 U A 69 31.088 7.405 9.411 1.00 9.74 C
ATOM 1174 O4 U A 69 30.787 8.391 10.131 1.00 10.59 O
ATOM 1175 C5 U A 69 31.145 7.399 7.972 1.00 8.22 C
ATOM 1176 C6 U A 69 31.587 6.303 7.317 1.00 8.57 C
ATOM 1177 P C A 70 28.841 1.987 5.039 1.00 11.98 P
ATOM 1178 O1P C A 70 28.566 1.076 3.893 1.00 13.06 O
ATOM 1179 O2P C A 70 28.126 3.300 5.133 1.00 13.69 O
ATOM 1180 O5* C A 70 28.566 1.234 6.428 1.00 12.93 O
ATOM 1181 C5* C A 70 29.111 -0.064 6.679 1.00 12.54 C
ATOM 1182 C4* C A 70 29.095 -0.367 8.163 1.00 10.94 C
ATOM 1183 O4* C A 70 29.877 0.624 8.879 1.00 12.72 O
ATOM 1184 C3* C A 70 27.735 -0.325 8.854 1.00 11.39 C
ATOM 1185 O3* C A 70 27.050 -1.575 8.672 1.00 10.71 O
ATOM 1186 C2* C A 70 28.156 -0.164 10.305 1.00 10.22 C
ATOM 1187 O2* C A 70 28.682 -1.378 10.815 1.00 10.73 O
ATOM 1188 C1* C A 70 29.319 0.816 10.169 1.00 10.56 C
ATOM 1189 N1 C A 70 28.918 2.231 10.310 1.00 10.87 N
ATOM 1190 C2 C A 70 28.815 2.754 11.585 1.00 10.52 C
ATOM 1191 O2 C A 70 28.888 1.981 12.549 1.00 13.89 O
ATOM 1192 N3 C A 70 28.618 4.069 11.750 1.00 9.90 N
ATOM 1193 C4 C A 70 28.472 4.864 10.678 1.00 11.60 C
ATOM 1194 N4 C A 70 28.339 6.173 10.891 1.00 9.69 N
ATOM 1195 C5 C A 70 28.469 4.342 9.351 1.00 9.75 C
ATOM 1196 C6 C A 70 28.697 3.027 9.213 1.00 10.87 C
ATOM 1197 P C A 71 25.506 -1.596 8.258 1.00 11.56 P
ATOM 1198 O1P C A 71 25.252 -2.969 7.708 1.00 11.38 O
ATOM 1199 O2P C A 71 25.231 -0.392 7.422 1.00 13.37 O
ATOM 1200 O5* C A 71 24.680 -1.449 9.614 1.00 10.61 O
ATOM 1201 C5* C A 71 24.617 -2.546 10.513 1.00 10.38 C
ATOM 1202 C4* C A 71 24.552 -2.068 11.939 1.00 10.89 C
ATOM 1203 O4* C A 71 25.639 -1.140 12.164 1.00 10.86 O
ATOM 1204 C3* C A 71 23.336 -1.255 12.362 1.00 11.86 C
ATOM 1205 O3* C A 71 22.249 -2.098 12.693 1.00 11.40 O
ATOM 1206 C2* C A 71 23.864 -0.579 13.618 1.00 11.64 C
ATOM 1207 O2* C A 71 23.975 -1.513 14.691 1.00 9.30 O
ATOM 1208 C1* C A 71 25.263 -0.193 13.149 1.00 10.57 C
ATOM 1209 N1 C A 71 25.248 1.161 12.548 1.00 9.67 N
ATOM 1210 C2 C A 71 25.243 2.271 13.429 1.00 10.84 C
ATOM 1211 O2 C A 71 25.179 2.052 14.671 1.00 11.11 O
ATOM 1212 N3 C A 71 25.283 3.534 12.917 1.00 8.57 N
ATOM 1213 C4 C A 71 25.271 3.710 11.589 1.00 9.43 C
ATOM 1214 N4 C A 71 25.262 4.948 11.132 1.00 6.44 N
ATOM 1215 C5 C A 71 25.247 2.602 10.671 1.00 6.94 C
ATOM 1216 C6 C A 71 25.240 1.353 11.196 1.00 9.46 C
ATOM 1217 P G A 72 20.758 -1.542 12.563 1.00 13.41 P
ATOM 1218 O1P G A 72 19.842 -2.631 12.899 1.00 12.96 O
ATOM 1219 O2P G A 72 20.611 -0.780 11.263 1.00 11.63 O
ATOM 1220 O5* G A 72 20.616 -0.447 13.712 1.00 11.41 O
ATOM 1221 C5* G A 72 20.561 -0.840 15.068 1.00 11.53 C
ATOM 1222 C4* G A 72 20.555 0.380 15.949 1.00 11.87 C
ATOM 1223 O4* G A 72 21.770 1.139 15.712 1.00 14.46 O
ATOM 1224 C3* G A 72 19.437 1.364 15.661 1.00 14.43 C
ATOM 1225 O3* G A 72 18.278 0.935 16.376 1.00 16.44 O
ATOM 1226 C2* G A 72 20.016 2.654 16.228 1.00 13.97 C
ATOM 1227 O2* G A 72 19.907 2.695 17.643 1.00 15.21 O
ATOM 1228 C1* G A 72 21.489 2.520 15.826 1.00 12.65 C
ATOM 1229 N9 G A 72 21.759 3.170 14.550 1.00 12.14 N
ATOM 1230 C8 G A 72 21.856 2.616 13.294 1.00 9.16 C
ATOM 1231 N7 G A 72 22.026 3.517 12.353 1.00 11.34 N
ATOM 1232 C5 G A 72 22.061 4.729 13.040 1.00 10.76 C
ATOM 1233 C6 G A 72 22.202 6.078 12.562 1.00 11.86 C
ATOM 1234 O6 G A 72 22.341 6.488 11.391 1.00 8.38 O
ATOM 1235 N1 G A 72 22.159 6.993 13.612 1.00 11.84 N
ATOM 1236 C2 G A 72 21.999 6.663 14.947 1.00 13.77 C
ATOM 1237 N2 G A 72 21.950 7.693 15.815 1.00 9.84 N
ATOM 1238 N3 G A 72 21.887 5.422 15.393 1.00 11.48 N
ATOM 1239 C4 G A 72 21.919 4.522 14.396 1.00 11.62 C
ATOM 1240 P A A 73 16.809 1.286 15.834 1.00 19.26 P
ATOM 1241 O1P A A 73 15.885 0.363 16.510 1.00 22.32 O
ATOM 1242 O2P A A 73 16.775 1.381 14.361 1.00 19.69 O
ATOM 1243 O5* A A 73 16.569 2.740 16.433 1.00 17.72 O
ATOM 1244 C5* A A 73 15.307 3.388 16.323 1.00 17.97 C
ATOM 1245 C4* A A 73 15.431 4.809 16.822 1.00 17.32 C
ATOM 1246 O4* A A 73 16.427 5.494 16.024 1.00 16.54 O
ATOM 1247 C3* A A 73 14.189 5.661 16.679 1.00 17.30 C
ATOM 1248 O3* A A 73 13.363 5.484 17.811 1.00 18.59 O
ATOM 1249 C2* A A 73 14.773 7.060 16.630 1.00 17.35 C
ATOM 125O O2* A A 73 15.216 7.464 17.913 1.00 16.54 O
ATOM 1251 C1* A A 73 16.012 6.819 15.770 1.00 15.89 C
ATOM 1252 N9 A A 73 15.791 6.944 14.334 1.00 13.91 N
ATOM 1253 C8 A A 73 15.673 5.940 13.408 1.00 13.93 C
ATOM 1254 N7 A A 73 15.535 6.370 12.180 1.00 14.00 N
ATOM 1255 C5 A A 73 15.532 7.754 12.312 1.00 13.79 C
ATOM 1256 C6 A A 73 15.406 8.788 11.378 1.00 15.44 C
ATOM 1257 N6 A A 73 15.244 8.581 10.068 1.00 13.32 N
ATOM 1258 N1 A A 73 15.451 10.062 11.840 1.00 14.22 N
ATOM 1259 C2 A A 73 15.592 10.262 13.158 1.00 14.69 C
ATOM 1260 N3 A A 73 15.706 9.369 14.134 1.00 14.25 N
ATOM 1261 C4 A A 73 15.679 8.119 13.634 1.00 14.11 C
ATOM 1262 P C A 74 11.774 5.640 17.658 1.00 19.05 P
ATOM 1263 O1P C A 74 11.240 5.400 19.022 1.00 21.21 O
ATOM 1264 O2P C A 74 11.309 4.816 16.524 1.00 18.62 O
ATOM 1265 O5* C A 74 11.567 7.165 17.261 1.00 17.10 O
ATOM 1266 C5* C A 74 11.953 8.213 18.140 1.00 16.41 C
ATOM 1267 C4* C A 74 11.888 9.522 17.409 1.00 18.55 C
ATOM 1268 O4* C A 74 12.836 9.487 16.307 1.00 18.29 O
ATOM 1269 C3* C A 74 10.569 9.816 16.709 1.00 19.36 C
ATOM 1270 O3* C A 74 9.611 10.304 17.650 1.00 19.83 O
ATOM 1271 C2* C A 74 11.008 10.851 15.678 1.00 18.77 C
ATOM 1272 O2* C A 74 11.287 12.128 16.243 1.00 19.03 O
ATOM 1273 C1* C A 74 12.342 10.257 15.224 1.00 15.75 C
ATOM 1274 N1 C A 74 12.235 9.391 14.042 1.00 14.65 N
ATOM 1275 C2 C A 74 12.221 9.987 12.789 1.00 15.39 C
ATOM 1276 O2 C A 74 12.225 11.231 12.722 1.00 14.36 O
ATOM 1277 N3 C A 74 12.192 9.204 11.677 1.00 14.56 N
ATOM 1278 C4 C A 74 12.165 7.877 11.801 1.00 13.56 C
ATOM 1279 N4 C A 74 12.187 7.143 10.683 1.00 13.38 N
ATOM 1280 C5 C A 74 12.130 7.241 13.078 1.00 15.04 C
ATOM 1281 C6 C A 74 12.167 8.030 14.162 1.00 12.74 C
ATOM 1282 P U A 75 8.046 10.090 17.379 1.00 20.97 P
ATOM 1283 O1P U A 75 7.326 10.728 18.515 1.00 20.97 O
ATOM 1284 O2P U A 75 7.770 8.678 17.051 1.00 19.40 O
ATOM 1285 O5* U A 75 7.759 10.948 16.067 1.00 19.78 O
ATOM 1286 C5* U A 75 7.940 12.353 16.067 1.00 19.76 C
ATOM 1287 C4* U A 75 7.692 12.920 14.689 1.00 19.28 C
ATOM 1288 O4* U A 75 8.781 12.515 13.804 1.00 19.26 O
ATOM 1289 C3* U A 75 6.437 12.422 13.980 1.00 19.85 C
ATOM 1290 O3* U A 75 5.251 13.115 14.372 1.00 21.73 O
ATOM 1291 C2* U A 75 6.784 12.675 12.521 1.00 18.07 C
ATOM 1292 O2* U A 75 6.648 14.044 12.198 1.00 18.55 O
ATOM 1293 C1* U A 75 8.269 12.294 12.503 1.00 18.72 C
ATOM 1294 N1 U A 75 8.444 10.876 12.155 1.00 16.03 N
ATOM 1295 C2 U A 75 8.528 10.591 10.821 1.00 14.55 C
ATOM 1296 O2 U A 75 8.474 11.463 9.960 1.00 16.34 O
ATOM 1297 N3 U A 75 8.689 9.269 10.515 1.00 14.24 N
ATOM 1298 C4 U A 75 8.798 8.233 11.389 1.00 14.08 C
ATOM 1299 O4 U A 75 9.094 7.130 10.954 1.00 15.54 O
ATOM 1300 C5 U A 75 8.693 8.599 12.769 1.00 14.83 C
ATOM 1301 C6 U A 75 8.516 9.890 13.096 1.00 15.06 C
ATOM 1302 P A A 76 3.836 12.353 14.321 1.00 22.14 P
ATOM 1303 O1P A A 76 2.880 13.223 15.033 1.00 23.41 O
ATOM 1304 O2P A A 76 4.009 10.938 14.753 1.00 21.70 O
ATOM 1305 O5* A A 76 3.415 12.341 12.788 1.00 21.20 O
ATOM 1306 C5* A A 76 3.300 13.552 12.057 1.00 20.43 C
ATOM 1307 C4* A A 76 2.982 13.261 10.610 1.00 21.53 C
ATOM 1308 O4* A A 76 4.176 12.824 9.881 1.00 20.76 O
ATOM 1309 C3* A A 76 1.979 12.147 10.385 1.00 21.60 C
ATOM 1310 O3* A A 76 0.644 12.615 10.600 1.00 24.70 O
ATOM 1311 C2* A A 76 2.288 11.751 8.942 1.00 20.85 C
ATOM 1312 O2* A A 76 1.813 12.741 8.049 1.00 18.38 O
ATOM 1313 C1* A A 76 3.818 11.834 8.924 1.00 18.33 C
ATOM 1314 N9 A A 76 4.448 10.557 9.291 1.00 18.89 N
ATOM 1315 C8 A A 76 4.743 10.092 10.543 1.00 18.84 C
ATOM 1316 N7 A A 76 5.292 8.890 10.552 1.00 19.05 N
ATOM 1317 C5 A A 76 5.370 8.549 9.213 1.00 17.84 C
ATOM 1318 C6 A A 76 5.873 7.410 8.545 1.00 18.46 C
ATOM 1319 N6 A A 76 6.430 6.353 9.151 1.00 16.69 N
ATOM 1320 N1 A A 76 5.789 7.395 7.198 1.00 18.58 N
ATOM 1321 C2 A A 76 5.262 8.451 6.577 1.00 18.00 C
ATOM 1322 N3 A A 76 4.779 9.581 7.089 1.00 17.69 N
ATOM 1323 C4 A A 76 4.855 9.566 8.424 1.00 18.36 C
ATOM 1324 P U A 77 -0.490 11.589 11.092 1.00 27.25 P
ATOM 1325 O1P U A 77 -1.718 12.394 11.304 1.00 28.56 O
ATOM 1326 O2P U A 77 0.014 10.721 12.181 1.00 27.58 O
ATOM 1327 O5* U A 77 -0.735 10.633 9.847 1.00 26.15 O
ATOM 1328 C5* U A 77 -1.346 11.123 8.674 1.00 27.17 C
ATOM 1329 C4* U A 77 -1.337 10.063 7.612 1.00 28.07 C
ATOM 1330 O4* U A 77 0.040 9.755 7.267 1.00 27.42 O
ATOM 1331 C3* U A 77 -1.901 8.720 8.045 1.00 28.00 C
ATOM 1332 O3* U A 77 -3.318 8.669 7.947 1.00 29.45 O
ATOM 1333 C2* U A 77 -1.240 7.775 7.055 1.00 28.20 C
ATOM 1334 O2* U A 77 -1.847 7.832 5.782 1.00 26.90 O
ATOM 1335 C1* U A 77 0.157 8.381 6.958 1.00 27.65 C
ATOM 1336 N1 U A 77 1.088 7.745 7.899 1.00 27.42 N
ATOM 1337 C2 U A 77 1.698 6.593 7.466 1.00 27.52 C
ATOM 1338 O2 U A 77 1.493 6.121 6.373 1.00 28.51 O
ATOM 1339 N3 U A 77 2.553 6.005 8.360 1.00 28.43 N
ATOM 1340 C4 U A 77 2.855 6.437 9.623 1.00 27.99 C
ATOM 1341 O4 U A 77 3.638 5.774 10.307 1.00 28.56 O
ATOM 1342 C5 U A 77 2.183 7.651 10.018 1.00 29.06 C
ATOM 1343 C6 U A 77 1.340 8.252 9.153 1.00 27.47 C
ATOM 1344 P G A 78 -4.128 7.571 8.789 1.00 29.69 P
ATOM 1345 O1P G A 78 -5.574 7.922 8.682 1.00 29.99 O
ATOM 1346 O2P G A 78 -3.493 7.464 10.125 1.00 29.83 O
ATOM 1347 O5* G A 78 -3.864 6.206 8.025 1.00 28.85 O
ATOM 1348 C5* G A 78 -4.288 6.057 6.687 1.00 31.49 C
ATOM 1349 C4* G A 78 -3.746 4.786 6.103 1.00 33.11 C
ATOM 1350 O4* G A 78 -2.290 4.821 6.141 1.00 32.92 O
ATOM 1351 C3* G A 78 -4.069 3.537 6.904 1.00 34.56 C
ATOM 1352 O3* G A 78 -5.382 3.042 6.685 1.00 36.42 O
ATOM 1353 C2* G A 78 -2.993 2.572 6.437 1.00 33.46 C
ATOM 1354 O2* G A 78 -3.300 2.058 5.155 1.00 33.17 O
ATOM 1355 C1* G A 78 -1.788 3.506 6.335 1.00 32.77 C
ATOM 1356 N9 G A 78 -0.943 3.484 7.528 1.00 31.48 N
ATOM 1357 C8 G A 78 -0.885 4.406 8.552 1.00 30.74 C
ATOM 1358 N7 G A 78 0.017 4.111 9.453 1.00 30.41 N
ATOM 1359 C5 G A 78 0.574 2.921 9.000 1.00 30.92 C
ATOM 1360 C6 G A 78 1.605 2.117 9.547 1.00 30.88 C
ATOM 1361 O6 G A 78 2.260 2.301 10.569 1.00 31.93 O
ATOM 1362 N1 G A 78 1.852 0.992 8.763 1.00 31.31 N
ATOM 1363 C2 G A 78 1.200 0.683 7.596 1.00 31.42 C
ATOM 1364 N2 G A 78 1.576 -0.452 6.973 1.00 31.76 N
ATOM 1365 N3 G A 78 0.244 1.429 7.073 1.00 31.87 N
ATOM 1366 C4 G A 78 -0.017 2.521 7.822 1.00 30.78 C
ATOM 1367 P U A 79 -6.043 2.064 7.771 1.00 35.59 P
ATOM 1368 O1P U A 79 -7.437 1.843 7.318 1.00 38.84 O
ATOM 1369 O2P U A 79 -5.793 2.598 9.125 1.00 34.83 O
ATOM 1370 O5* U A 79 -5.233 0.710 7.607 1.00 37.13 O
ATOM 1371 C5* U A 79 -5.230 0.014 6.370 1.00 40.35 C
ATOM 1372 C4* U A 79 -4.500 -1.284 6.529 1.00 42.63 C
ATOM 1373 O4* U A 79 -3.087 -1.022 6.688 1.00 41.91 O
ATOM 1374 C3* U A 79 -4.878 -2.028 7.794 1.00 45.01 C
ATOM 1375 O3* U A 79 -6.059 -2.771 7.564 1.00 49.49 O
ATOM 1376 C2* U A 79 -3.652 -2.897 8.039 1.00 42.79 C
ATOM 1377 O2* U A 79 -3.632 -4.039 7.212 1.00 43.51 O
ATOM 1378 C1* U A 79 -2.530 -1.946 7.614 1.00 41.31 C
ATOM 1379 N1 U A 79 -1.962 -1.177 8.732 1.00 38.39 N
ATOM 1380 C2 U A 79 -0.932 -1.753 9.457 1.00 38.66 C
ATOM 1381 O2 U A 79 -0.492 -2.866 9.215 1.00 38.18 O
ATOM 1382 N3 U A 79 -0.438 -0.978 10.475 1.00 36.92 N
ATOM 1383 C4 U A 79 -0.855 0.280 10.830 1.00 36.93 C
ATOM 1384 O4 U A 79 -0.255 0.884 11.715 1.00 36.60 O
ATOM 1385 C5 U A 79 -1.931 0.800 10.037 1.00 36.98 C
ATOM 1386 C6 U A 79 -2.432 0.070 9.043 1.00 37.15 C
ATOM 1387 P C A 80 -6.888 -3.348 8.809 1.00 52.93 P
ATOM 1388 O1P C A 80 -8.178 -3.837 8.240 1.00 53.20 O
ATOM 1389 O2P C A 80 -6.901 -2.351 9.924 1.00 51.64 O
ATOM 1390 O5* C A 80 -6.006 -4.597 9.252 1.00 53.85 O
ATOM 1391 C5* C A 80 -6.151 -5.164 10.536 1.00 56.78 C
ATOM 1392 C4* C A 80 -4.996 -6.079 10.826 1.00 58.70 C
ATOM 1393 O4* C A 80 -3.764 -5.451 10.400 1.00 58.63 O
ATOM 1394 C3* C A 80 -4.785 -6.404 12.289 1.00 60.66 C
ATOM 1395 O3* C A 80 -5.653 -7.443 12.718 1.00 64.54 O
ATOM 1396 C2* C A 80 -3.302 -6.748 12.328 1.00 59.49 C
ATOM 1397 O2* C A 80 -3.012 -8.056 11.868 1.00 59.82 O
ATOM 1398 C1* C A 80 -2.746 -5.710 11.351 1.00 57.90 C
ATOM 1399 N1 C A 80 -2.483 -4.432 12.019 1.00 56.16 N
ATOM 1400 C2 C A 80 -1.428 -4.330 12.923 1.00 55.40 C
ATOM 1401 O2 C A 80 -0.739 -5.332 13.160 1.00 55.60 O
ATOM 1402 N3 C A 80 -1.184 -3.140 13.516 1.00 54.79 N
ATOM 1403 C4 C A 80 -1.948 -2.085 13.236 1.00 54.67 C
ATOM 1404 N4 C A 80 -1.659 -0.931 13.830 1.00 54.49 N
ATOM 1405 C5 C A 80 -3.038 -2.167 12.329 1.00 55.04 C
ATOM 1406 C6 C A 80 -3.268 -3.348 11.748 1.00 55.31 C
ATOM 1407 P C A 81 -6.452 -7.275 14.101 1.00 67.04 P
ATOM 1408 O1P C A 81 -7.534 -8.288 14.135 1.00 67.56 O
ATOM 1409 O2P C A 81 -6.793 -5.832 14.228 1.00 66.62 O
ATOM 1410 O5* C A 81 -5.356 -7.637 15.200 1.00 67.52 O
ATOM 1411 C5* C A 81 -4.468 -8.729 14.996 1.00 68.78 C
ATOM 1412 C4* C A 81 -3.176 -8.504 15.741 1.00 70.00 C
ATOM 1413 O4* C A 81 -2.545 -7.295 15.239 1.00 70.26 O
ATOM 1414 C3* C A 81 -3.315 -8.246 17.236 1.00 70.40 C
ATOM 1415 O3* C A 81 -3.607 -9.405 18.044 1.00 71.08 O
ATOM 1416 C2* C A 81 -2.027 -7.493 17.557 1.00 70.66 C
ATOM 1417 O2* C A 81 -0.891 -8.331 17.691 1.00 70.46 O
ATOM 1418 C1* C A 81 -1.866 -6.637 16.299 1.00 70.42 C
ATOM 1419 N1 C A 81 -2.395 -5.267 16.429 1.00 70.24 N
ATOM 1420 C2 C A 81 -1.749 -4.383 17.301 1.00 69.97 C
ATOM 1421 O2 C A 81 -0.778 -4.792 17.959 1.00 69.96 O
ATOM 1422 N3 C A 81 -2.199 -3.115 17.406 1.00 69.86 N
ATOM 1423 C4 C A 81 -3.253 -2.719 16.687 1.00 69.98 C
ATOM 1424 N4 C A 81 -3.655 -1.451 16.812 1.00 70.37 N
ATOM 1425 C5 C A 81 -3.940 -3.603 15.805 1.00 69.65 C
ATOM 1426 C6 C A 81 -3.483 -4.857 15.708 1.00 70.02 C
TER 1427 C A 81
HETATM 1428 N1 SPD 95 30.635 15.348 6.786 1.00 32.95 N
HETATM 1429 C2 SPD 95 29.601 15.137 7.638 1.00 34.77 C
HETATM 1430 C3 SPD 95 28.160 14.794 7.150 1.00 32.97 C
HETATM 1431 C4 SPD 95 27.154 15.912 6.737 1.00 35.47 C
HETATM 1432 C5 SPD 95 27.896 17.206 6.216 1.00 34.05 C
HETATM 1433 N6 SPD 95 28.356 18.280 7.154 1.00 35.93 N
HETATM 1434 C7 SPD 95 28.129 18.216 8.696 1.00 37.54 C
HETATM 1435 C8 SPD 95 26.699 18.358 9.285 1.00 36.82 C
HETATM 1436 C9 SPD 95 25.563 18.963 8.358 1.00 39.41 C
HETATM 1437 N10 SPD 95 24.963 18.146 7.432 1.00 38.63 N
HETATM 1438 C ACT 96 35.752 18.872 10.859 1.00 11.75 C
HETATM 1439 O ACT 96 35.666 18.447 12.039 1.00 12.77 O
HETATM 1440 OXT ACT 96 35.855 20.114 10.438 1.00 13.73 O
HETATM 1441 CH3 ACT 96 35.725 17.822 9.762 1.00 10.36 C
HETATM 1442 CO NCO 101 33.779 17.811 0.520 1.00 12.16
CO
HETATM 1443 N1 NCO 101 35.628 18.020 1.035 1.00 11.26 N
HETATM 1444 N2 NCO 101 31.912 17.605 0.016 1.00 11.81 N
HETATM 1445 N3 NCO 101 34.248 16.189 -0.528 1.00 12.00 N
HETATM 1446 N4 NCO 101 33.306 19.417 1.565 1.00 12.05 N
HETATM 1447 N5 NCO 101 33.488 16.682 2.134 1.00 11.77 N
HETATM 1448 N6 NCO 101 34.079 18.927 -1.063 1.00 10.05 N
HETATM 1449 CO NCO 102 30.972 15.538 21.040 1.00 18.89
CO
HETATM 1450 N1 NCO 102 32.077 13.978 20.540 1.00 18.01 N
HETATM 1451 N2 NCO 102 29.861 17.079 21.546 1.00 20.34 N
HETATM 1452 N3 NCO 102 29.408 14.674 20.281 1.00 18.96 N
HETATM 1453 N4 NCO 102 32.540 16.407 21.793 1.00 19.16 N
HETATM 1454 N5 NCO 102 30.622 14.700 22.802 1.00 21.31 N
HETATM 1455 N6 NCO 102 31.348 16.357 19.288 1.00 18.20 N
HETATM 1456 CO NCO 103 30.079 10.969 13.083 1.00 9.34
CO
HETATM 1457 N1 NCO 103 31.143 9.318 12.937 1.00 10.62 N
HETATM 1458 N2 NCO 103 29.016 12.607 13.231 1.00 1047 N
HETATM 1459 N3 NCO 103 28.629 9.958 13.953 1.00 9.90 N
HETATM 1460 N4 NCO 103 31.530 11.994 12.228 1.00 11.47 N
HETATM 1461 N5 NCO 103 30.887 11.312 14.848 1.00 10.93 N
HETATM 1462 N6 NCO 103 29.293 10.591 11.335 1.00 8.96 N
HETATM 1463 CO NCO 104 35.738 25.339 6.924 1.00 10.52
CO
HETATM 1464 N1 NCO 104 37.192 23.991 6.966 1.00 9.12 N
HETATM 1465 N2 NCO 104 34.292 26.667 6.917 1.00 9.97 N
HETATM 1466 N3 NCO 104 35.290 24.803 5.079 1.00 10.32 N
HETATM 1467 N4 NCO 104 36.200 25.850 8.782 1.00 10.04 N
HETATM 1468 N5 NCO 104 34.462 23.982 7.610 1.00 10.02 N
HETATM 1469 N6 NCO 104 36.989 26.673 6.255 1.00 9.93 N
HETATM 1470 CO NCO 105 38.319 9.181 18.354 1.00 17.15
CO
HETATM 1471 N1 NCO 105 38.565 7.212 18.263 1.00 16.21 N
HETATM 1472 N2 NCO 105 38.063 11.131 18.455 1.00 16.52 N
HETATM 1473 N3 NCO 105 37.166 9.118 16.756 1.00 15.37 N
HETATM 1474 N4 NCO 105 39.472 9.231 19.943 1.00 15.14 N
HETATM 1475 N5 NCO 105 36.747 8.927 19.488 1.00 13.92 N
HETATM 1476 N6 NCO 105 39.894 9.428 17.221 1.00 16.03 N
HETATM 1477 CO NCO 106 29.797 11.611 -0.683 1.00 29.10
CO
HETATM 1478 N1 NCO 106 30.133 9.996 0.412 1.00 26.22 N
HETATM 1479 N2 NCO 106 29.459 13.224 -1.786 1.00 27.55 N
HETATM 1480 N3 NCO 106 27.947 10.996 -0.979 1.00 27.31 N
HETATM 1481 N4 NCO 106 31.647 12.200 -0.388 1.00 26.94 N
HETATM 1482 N5 NCO 106 29.213 12.598 0.926 1.00 26.78 N
HETATM 1483 N6 NCO 106 30.382 10.638 -2.307 1.00 27.86 N
HETATM 1484 CO NCO 107 21.064 21.824 13.859 1.00 66.74
CO
HETATM 1485 N1 NCO 107 19.817 20.309 13.966 1.00 65.15 N
HETATM 1486 N2 NCO 107 22.316 23.350 13.744 1.00 64.75 N
HETATM 1487 N3 NCO 107 20.426 22.219 12.039 1.00 64.82 N
HETATM 1488 N4 NCO 107 21.696 21.423 15.684 1.00 65.00 N
HETATM 1489 N5 NCO 107 19.682 23.014 14.604 1.00 65.37 N
HETATM 1490 N6 NCO 107 22.448 20.636 13.116 1.00 64.84 N
HETATM 1491 CO NCO 108 11.892 21.884 3.085 1.00 43.83
CO
HETATM 1492 N1 NCO 108 12.540 20.757 4.557 1.00 41.58 N
HETATM 1493 N2 NCO 108 11.237 23.007 1.611 1.00 41.85 N
HETATM 1494 N3 NCO 108 10.087 21.837 3.873 1.00 39.63 N
HETATM 1495 N4 NCO 108 13.697 21.930 2.306 1.00 42.07 N
HETATM 1496 N5 NCO 108 12.302 23.497 4.132 1.00 42.42 N
HETATM 1497 N6 NCO 108 11.489 20.271 2.035 1.00 42.59 N
HETATM 1498 CO NCO 109 22.085 1.990 6.248 1.00 22.54
CO
HETATM 1499 N1 NCO 109 23.660 1.327 5.263 1.00 21.69 N
HETATM 1500 N2 NCO 109 20.512 2.641 7.231 1.00 23.54 N
HETATM 1501 N3 NCO 109 21.995 0.289 7.247 1.00 23.66 N
HETATM 1502 N4 NCO 109 22.190 3.682 5.266 1.00 24.99 N
HETATM 1503 N5 NCO 109 23.250 2.740 7.635 1.00 24.19 N
HETATM 1504 N6 NCO 109 20.916 1.236 4.862 1.00 24.71 N
HETATM 1505 CO NCO 110 11.907 4.743 -4.202 1.00 79.10
CO
HETATM 1506 N1 NCO 110 13.089 3.173 -4.157 1.00 78.25 N
HETATM 1507 N2 NCO 110 10.722 6.317 -4.246 1.00 77.68 N
HETATM 1508 N3 NCO 110 10.338 3.559 -4.135 1.00 78.03 N
HETATM 1509 N4 NCO 110 13.479 5.919 -4.271 1.00 78.27 N
HETATM 1510 N5 NCO 110 11.939 4.818 -2.231 1.00 77.98 N
HETATM 1511 N6 NCO 110 11.872 4.671 -6.166 1.00 77.97 N
HETATM 1512 CO NCO 111 41.881 27.688 12.825 1.00 41.44
CO
HETATM 1513 N1 NCO 111 42.431 25.789 12.719 1.00 39.32 N
HETATM 1514 N2 NCO 111 41.334 29.578 12.935 1.00 39.83 N
HETATM 1515 N3 NCO 111 40.110 27.135 13.502 1.00 38.72 N
HETATM 1516 N4 NCO 111 43.650 28.247 12.141 1.00 39.72 N
HETATM 1517 N5 NCO 111 42.556 27.780 14.672 1.00 39.67 N
HETATM 1518 N6 NCO 111 41.206 27.586 10.976 1.00 39.64 N
HETATM 1519 CO NCO 112 15.544 -2.470 12.503 0.64 33.78
CO
HETATM 1520 N1 NCO 112 15.053 -4.150 13.387 0.64 33.08 N
HETATM 1521 N2 NCO 112 16.035 -0.799 11.617 0.64 32.88 N
HETATM 1522 N3 NCO 112 13.989 -1.592 13.306 0.64 33.14 N
HETATM 1523 N4 NCO 112 17.106 -3.351 11.708 0.64 31.89 N
HETATM 1524 N5 NCO 112 16.630 -1.966 14.059 0.64 31.87 N
HETATM 1525 N6 NCO 112 14.456 -2.963 10.949 0.64 33.59 N
HETATM 1526 N1 HPA 90 11.850 10.680 9.276 1.00 14.10 N
HETATM 1527 C2 HPA 90 11.445 12.017 9.429 1.00 15.38 C
HETATM 1528 N3 HPA 90 11.023 12.794 8.399 1.00 15.35 N
HETATM 1529 C4 HPA 90 11.032 12.144 7.215 1.00 13.23 C
HETATM 1530 C5 HPA 90 11.464 10.697 6.984 1.00 14.15 C
HETATM 1531 C6 HPA 90 11.894 9.936 8.082 1.00 14.68 C
HETATM 1532 O6 HPA 90 12.274 8.774 8.128 1.00 17.66 O
HETATM 1533 N7 HPA 90 11.319 10.452 5.646 1.00 14.57 N
HETATM 1534 C8 HPA 90 10.837 11.601 5.068 1.00 10.65 C
HETATM 1535 N9 HPA 90 10.654 12.637 5.980 1.00 13.29 N
HETATM 1536 O HOH 301 27.846 -2.938 13.825 1.00 9.01 O
HETATM 1537 O HOH 302 25.859 31.056 15.513 1.00 15.15 O
HETATM 1538 O HOH 304 31.973 24.578 6.159 1.00 8.16 O
HETATM 1539 O HOH 305 26.612 9.170 11.460 1.00 9.38 O
HETATM 1540 O HOH 306 27.263 29.190 17.094 1.00 12.73 O
HETATM 1541 O HOH 307 27.839 31.120 11.251 1.00 8.67 O
HETATM 1542 O HOH 308 15.358 10.206 7.797 1.00 12.64 O
HETATM 1543 O HOH 309 36.106 21.180 7.822 1.00 7.98 O
HETATM 1544 O HOH 310 38.999 22.794 9.431 1.00 11.94 O
HETATM 1545 O HOH 311 27.651 7.462 8.332 1.00 11.92 O
HETATM 1546 O HOH 312 32.982 0.834 9.462 1.00 8.08 O
HETATM 1547 O HOH 313 32.773 15.822 11.031 1.00 11.55 O
HETATM 1548 O HOH 314 28.650 -0.366 14.062 1.00 14.04 O
HETATM 1549 O HOH 315 28.295 12.130 16.348 1.00 14.09 O
HETATM 1550 O HOH 316 35.130 20.473 16.933 1.00 11.57 O
HETATM 1551 O HOH 317 31.081 33.340 12.189 1.00 12.95 O
HETATM 1552 O HOH 318 34.682 19.005 19.405 1.00 15.48 O
HETATM 1553 O HOH 319 33.063 10.330 19.697 1.00 15.28 O
HETATM 1554 O HOH 320 33.163 29.459 16.840 1.00 13.11 O
HETATM 1555 O HOH 321 25.367 21.927 13.760 1.00 16.06 O
HETATM 1556 O HOH 322 37.325 28.769 8.362 1.00 10.37 O
HETATM 1557 O HOH 323 23.452 -4.001 6.017 1.00 18.50 O
HETATM 1558 O HOH 324 9.471 20.115 5.676 1.00 20.63 O
HETATM 1559 O HOH 325 31.413 13.389 17.912 1.00 14.48 O
HETATM 1560 O HOH 326 30.447 21.096 -4.264 1.00 19.06 O
HETATM 1561 O HOH 327 29.636 28.818 15.501 1.00 7.36 O
HETATM 1562 O HOH 328 39.664 24.428 12.189 1.00 15.97 O
HETATM 1563 O HOH 329 31.754 11.671 9.425 1.00 10.07 O
HETATM 1564 O HOH 330 31.792 8.455 15.807 1.00 6.64 O
HETATM 1565 O HOH 331 31.505 23.268 17.911 1.00 11.89 O
HETATM 1566 O HOH 332 18.453 12.462 12.598 1.00 17.54 O
HETATM 1567 O HOH 333 18.443 26.704 16.319 1.00 25.32 O
HETATM 1568 O HOH 334 32.785 19.986 8.347 1.00 15.97 O
HETATM 1569 O HOH 335 41.786 5.546 14.867 1.00 15.87 O
HETATM 1570 O HOH 336 7.409 12.505 5.270 1.00 17.89 O
HETATM 1571 O HOH 337 21.882 4.512 9.287 1.00 19.12 O
HETATM 1572 O HOH 338 31.187 10.298 17.815 1.00 16.86 O
HETATM 1573 O HOH 339 26.840 32.305 5.286 1.00 19.04 O
HETATM 1574 O HOH 340 15.679 12.782 11.026 1.00 14.61 O
HETATM 1575 O HOH 341 25.408 5.517 8.271 1.00 14.76 O
HETATM 1576 O HOH 342 30.043 11.328 7.160 1.00 8.77 O
HETATM 1577 O HOH 343 23.127 14.905 8.144 1.00 14.88 O
HETATM 1578 O HOH 344 38.365 6.804 15.177 1.00 18.36 O
HETATM 1579 O HOH 345 35.022 29.298 5.821 1.00 14.35 O
HETATM 1580 O HOH 346 30.511 24.456 3.612 1.00 14.15 O
HETATM 1581 O HOH 347 30.481 34.557 3.130 1.00 11.78 O
HETATM 1582 O HOH 348 26.554 9.913 5.375 1.00 18.81 O
HETATM 1583 O HOH 349 31.209 21.766 3.243 1.00 18.82 O
HETATM 1584 O HOH 350 1.741 13.549 1.745 1.00 20.27 O
HETATM 1585 O HOH 351 29.321 2.066 1.345 1.00 21.19 O
HETATM 1586 O HOH 352 4.877 8.231 0.914 1.00 21.48 O
HETATM 1587 O HOH 353 21.713 1.577 10.203 1.00 20.65 O
HETATM 1588 O HOH 354 16.006 7.690 6.859 1.00 14.39 O
HETATM 1589 O HOH 355 32.374 14.264 8.770 1.00 13.50 O
HETATM 1590 O HOH 356 44.956 7.126 13.453 1.00 18.02 O
HETATM 1591 O HOH 357 34.420 0.993 5.499 1.00 15.80 O
HETATM 1592 O HOH 358 34.107 10.687 13.188 1.00 21.21 O
HETATM 1593 O HOH 359 43.241 16.647 21.460 1.00 20.68 O
HETATM 1594 O HOH 360 29.177 23.123 7.231 1.00 19.78 O
HETATM 1595 O HOH 361 20.913 10.719 -2.240 1.00 38.20 O
HETATM 1596 O HOH 362 17.211 12.442 7.676 1.00 12.64 O
HETATM 1597 O HOH 363 23.238 7.190 7.238 1.00 6.38 O
HETATM 1598 O HOH 364 23.098 23.481 10.458 1.00 16.85 O
HETATM 1599 O HOH 365 19.273 4.003 10.474 1.00 14.55 O
HETATM 1600 O HOH 366 29.119 2.067 20.617 1.00 16.11 O
HETATM 1601 O HOH 367 13.755 11.592 -2.619 1.00 19.43 O
HETATM 1602 O HOH 368 27.008 15.371 13.742 1.00 16.03 O
HETATM 1603 O HOH 370 40.117 15.541 24.855 1.00 17.75 O
HETATM 1604 O HOH 371 42.204 24.722 15.562 1.00 20.80 O
HETATM 1605 O HOH 372 33.334 27.064 4.009 1.00 14.27 O
HETATM 1606 O HOH 373 34.369 22.764 -0.160 1.00 16.16 O
HETATM 1607 O HOH 374 26.150 9.913 8.539 1.00 17.96 O
HETATM 1608 O HOH 375 40.783 11.103 6.916 1.00 14.78 O
HETATM 1609 O HOH 376 35.928 21.012 1.466 1.00 26.24 O
HETATM 1610 O HOH 377 16.646 10.599 -2.661 1.00 19.58 O
HETATM 1611 O HOH 378 25.562 13.304 6.313 1.00 18.69 O
HETATM 1612 O HOH 379 20.343 -1.589 8.728 1.00 18.93 O
HETATM 1613 O HOH 380 17.478 4.521 8.063 1.00 17.20 O
HETATM 1614 O HOH 381 37.683 27.819 10.864 1.00 19.86 O
HETATM 1615 O HOH 382 50.069 8.354 17.181 1.00 25.65 O
HETATM 1616 O HOH 383 22.215 19.277 -1.414 1.00 21.60 O
HETATM 1617 O HOH 384 26.899 12.793 23.127 1.00 21.66 O
HETATM 1618 O HOH 385 27.310 20.284 5.282 1.00 23.43 O
HETATM 1619 O HOH 386 35.477 14.521 1.832 1.00 16.09 O
HETATM 1620 O HOH 387 36.421 5.374 5.731 1.00 18.50 O
HETATM 1621 O HOH 388 35.657 13.089 21.646 1.00 27.43 O
HETATM 1622 O HOH 389 31.262 -0.028 15.535 1.00 26.71 O
HETATM 1623 O HOH 390 12.258 13.376 14.333 1.00 23.39 O
HETATM 1624 O HOH 391 41.547 24.260 9.781 1.00 18.53 O
HETATM 1625 O HOH 392 45.074 23.301 12.058 1.00 34.28 O
HETATM 1626 O HOH 393 26.074 11.518 13.046 1.00 13.39 O
HETATM 1627 O HOH 395 5.587 8.611 15.039 1.00 30.05 O
HETATM 1628 O HOH 396 16.781 -2.191 17.148 1.00 29.65 O
HETATM 1629 O HOH 398 39.000 -1.725 12.841 1.00 27.22 O
HETATM 1630 O HOH 399 45.596 20.807 13.713 1.00 22.64 O
HETATM 1631 O HOH 400 39.024 5.351 6.718 1.00 27.45 O
HETATM 1632 O HOH 401 19.128 6.103 17.172 1.00 23.23 O
HETATM 1633 O HOH 402 -2.414 15.769 -5.977 1.00 28.56 O
HETATM 1634 O HOH 404 35.863 1.066 10.034 1.00 21.22 O
HETATM 1635 O HOH 405 45.781 6.088 10.831 1.00 32.51 O
HETATM 1636 O HOH 406 20.680 25.716 18.205 1.00 23.14 O
HETATM 1637 O HOH 407 26.449 23.755 -4.077 1.00 9.44 O
HETATM 1638 O HOH 408 13.404 6.712 6.444 1.00 20.71 O
HETATM 1639 O HOH 409 33.912 22.171 4.658 1.00 18.92 O
HETATM 1640 O HOH 410 39.629 15.715 13.211 1.00 93.76 O
HETATM 1641 O HOH 411 35.297 11.656 18.352 1.00 21.88 O
HETATM 1642 O HOH 412 10.954 4.182 2.008 1.00 23.12 O
HETATM 1643 O HOH 413 28.947 21.113 11.642 1.00 22.81 O
HETATM 1644 O HOH 414 5.170 7.273 12.633 1.00 27.36 O
HETATM 1645 O HOH 415 28.471 16.583 18.095 1.00 22.56 O
HETATM 1646 O HOH 416 4.654 4.945 23.880 1.00 52.57 O
HETATM 1647 O HOH 419 38.860 4.458 16.740 1.00 33.74 O
HETATM 1648 O HOH 420 -2.549 7.590 -3.638 1.00 24.47 O
HETATM 1649 O HOH 421 45.977 14.324 21.673 1.00 21.22 O
HETATM 1650 O HOH 422 21.196 23.126 8.094 1.00 24.30 O
HETATM 1651 O HOH 423 24.720 30.789 3.238 1.00 17.59 O
HETATM 1652 O HOH 424 25.564 3.138 6.622 1.00 21.50 O
HETATM 1653 O HOH 425 34.235 23.186 16.786 1.00 20.56 O
HETATM 1654 O HOH 426 26.555 15.848 20.797 1.00 34.81 O
HETATM 1655 O HOH 427 16.137 10.314 16.975 1.00 35.39 O
HETATM 1656 O HOH 428 15.237 5.341 9.720 1.00 26.74 O
HETATM 1657 O HOH 429 5.843 16.504 13.479 1.00 20.66 O
HETATM 1658 O HOH 430 34.267 35.258 2.809 1.00 18.39 O
HETATM 1659 O HOH 431 34.478 8.946 16.706 1.00 37.42 O
HETATM 1660 O HOH 432 23.052 6.563 4.267 1.00 23.73 O
HETATM 1661 O HOH 433 24.461 21.831 8.001 1.00 19.72 O
HETATM 1662 O HOH 434 16.811 5.911 -0.991 1.00 39.78 O
HETATM 1663 O HOH 435 18.936 8.7756 17.266 1.00 16.77 O
HETATM 1664 O HOH 436 17.061 32.451 9.214 1.00 32.73 O
HETATM 1665 O HOH 437 25.185 15.727 10.155 1.00 23.94 O
HETATM 1666 O HOH 438 36.819 34.970 6.044 1.00 23.13 O
HETATM 1667 O HOH 439 36.371 2.956 7.585 1.00 22.07 O
HETATM 1668 O HOH 440 7.686 18.108 -0.709 1.00 31.93 O
HETATM 1669 O HOH 442 28.154 5.986 5.626 1.00 34.66 O
HETATM 1670 O HOH 443 43.765 7.991 3.710 1.00 29.75 O
HETATM 1671 O HOH 444 34.138 11.979 15.697 1.00 19.26 O
HETATM 1672 O HOH 445 16.154 2.876 6.317 1.00 24.75 O
HETATM 1673 O HOH 446 3.198 15.740 15.476 1.00 47.56 O
HETATM 1674 O HOH 447 16.359 21.320 4.320 1.00 27.58 O
HETATM 1675 O HOH 448 43.253 8.885 16.567 1.00 16.92 O
HETATM 1676 O HOH 449 35.697 6.317 18.291 1.00 34.21 O
HETATM 1677 O HOH 450 26.118 7.952 1.424 1.00 47.42 O
HETATM 1678 O HOH 451 11.782 19.566 7.278 1.00 31.23 O
HETATM 1679 O HOH 452 13.180 12.084 -5.228 1.00 27.14 O
HETATM 1680 O HOH 454 37.285 10.836 3.417 1.00 29.24 O
HETATM 1681 O HOH 456 49.054 14.720 18.870 1.00 34.45 O
HETATM 1682 O HOH 457 29.111 15.812 11.618 1.00 40.55 O
HETATM 1683 O HOH 458 31.663 19.001 19.522 1.00 17.15 O
HETATM 1684 O HOH 459 39.304 19.991 21.460 1.00 29.51 O
HETATM 1685 O HOH 460 6.990 6.202 -4.001 1.00 40.02 O
HETATM 1686 O HOH 461 8.794 6.163 15.456 1.00 31.20 O
HETATM 1687 O HOH 462 31.882 26.863 16.881 1.00 25.16 O
HETATM 1688 O HOH 463 26.477 -0.242 3.289 1.00 24.32 O
HETATM 1689 O HOH 464 -3.607 9.559 4.991 1.00 25.17 O
HETATM 1690 O HOH 465 3.250 20.726 2.705 1.00 41.31 O
HETATM 1691 O HOH 466 22.033 33.298 4.411 1.00 41.90 O
HETATM 1692 O HOH 467 46.878 8.195 18.105 1.00 39.35 O
HETATM 1693 O HOH 468 39.497 14.637 4.088 1.00 29.50 O
HETATM 1694 O HOH 469 9.001 4.669 12.208 1.00 33.99 O
HETATM 1695 O HOH 470 -0.445 6.689 3.926 1.00 27.30 O
HETATM 1696 O HOH 471 17.189 28.967 12.756 1.00 24.27 O
HETATM 1697 O HOH 472 -5.836 -10.333 16.980 1.00 45.19 O
HETATM 1698 O HOH 473 45.688 15.274 4.933 1.00 26.44 O
HETATM 1699 O HOH 474 24.616 0.817 16.978 1.00 26.14 O
HETATM 1700 O HOH 475 25.860 28.821 0.421 1.00 30.41 O
HETATM 1701 O HOH 476 18.624 3.432 13.266 1.00 19.31 O
HETATM 1702 O HOH 478 17.089 26.985 10.853 1.00 34.08 O
HETATM 1703 O HOH 479 15.210 30.506 6.340 1.00 38.53 O
HETATM 1704 O HOH 480 36.478 33.125 3.386 1.00 43.68 O
HETATM 1705 O HOH 481 9.899 3.051 8.224 1.00 36.06 O
HETATM 1706 O HOH 482 18.088 0.524 11.711 1.00 38.00 O
HETATM 1707 O HOH 483 4.856 11.207 18.945 1.00 35.35 O
HETATM 1708 O HOH 484 31.875 14.345 0.745 1.00 27.67 O
HETATM 1709 O HOH 485 42.954 25.586 19.172 1.00 34.55 O
HETATM 1710 O HOH 486 19.707 24.093 -3.819 1.00 36.45 O
HETATM 1711 O HOH 487 21.776 5.844 18.169 1.00 31.67 O
HETATM 1712 O HOH 488 26.072 21.572 10.831 1.00 26.77 O
HETATM 1713 O HOH 489 0.375 5.438 11.888 1.00 36.91 O
HETATM 1714 O HOH 490 28.879 15.319 3.965 1.00 63.69 O
HETATM 1715 O HOH 491 39.794 17.388 1.508 1.00 40.63 O
HETATM 1716 O HOH 492 40.065 0.717 19.459 1.00 39.86 O
HETATM 1717 O HOH 493 49.237 16.037 4.776 1.00 50.04 O
HETATM 1718 O HOH 494 6.602 16.058 -4.236 1.00 32.86 O
HETATM 1719 O HOH 495 14.502 4.269 -0.179 1.00 37.62 O
HETATM 1720 O HOH 496 15.468 20.981 14.363 1.00 39.44 O
HETATM 1721 O HOH 497 24.964 16.434 -3.116 1.00 23.19 O
HETATM 1722 O HOH 498 40.994 29.185 18.880 1.00 37.92 O
HETATM 1723 O HOH 499 26.306 17.999 12.975 1.00 43.45 O
HETATM 1724 O HOH 500 -1.452 -5.851 6.853 1.00 35.82 O
HETATM 1725 O HOH 501 10.897 22.806 6.598 1.00 56.17 O
HETATM 1726 O HOH 502 35.628 12.681 13.339 1.00 92.79 O
HETATM 1727 O HOH 503 56.988 18.311 10.058 1.00 60.09 O
HETATM 1728 O HOH 504 42.131 21.097 23.339 1.00 45.34 O
HETATM 1729 O HOH 505 47.093 7.981 15.216 1.00 42.30 O
HETATM 1730 O HOH 506 10.635 18.180 -1.367 1.00 28.88 O
HETATM 1731 O HOH 507 25.312 18.277 3.464 1.00 36.67 O
HETATM 1732 O HOH 508 53.997 11.193 14.846 1.00 48.50 O
HETATM 1733 O HOH 509 17.232 19.642 -6.737 1.00 39.43 O
HETATM 1734 O HOH 511 48.389 18.219 19.003 1.00 37.53 O
HETATM 1735 O HOH 512 36.441 5.846 21.503 1.00 17.36 O
HETATM 1736 O HOH 513 27.771 19.877 -5.622 1.00 28.79 O
HETATM 1737 O HOH 514 49.143 9.733 9.698 1.00 44.63 O
HETATM 1738 O HOH 515 22.020 29.095 0.023 1.00 38.04 O
HETATM 1739 O HOH 516 10.150 18.223 -5.419 1.00 45.55 O
HETATM 1740 O HOH 518 42.433 18.492 3.496 1.00 20.34 O
HETATM 1741 O HOH 519 12.974 -6.995 9.968 1.00 55.96 O
HETATM 1742 O HOH 520 41.002 30.190 16.057 1.00 46.34 O
HETATM 1743 O HOH 521 28.471 5.080 1.598 1.00 38.47 O
HETATM 1744 O HOH 522 1.319 16.118 8.887 1.00 40.75 O
HETATM 1745 O HOH 524 47.980 24.698 12.703 1.00 59.46 O
HETATM 1746 O HOH 525 2.015 17.058 12.074 1.00 47.46 O
HETATM 1747 O HOH 526 34.792 8.932 23.014 1.00 17.72 O
HETATM 1748 O HOH 527 -4.125 3.139 11.120 1.00 35.85 O
HETATM 1749 O HOH 528 14.446 21.653 8.904 1.00 29.07 O
HETATM 1750 O HOH 529 19.539 24.993 11.728 1.00 32.07 O
HETATM 1751 O HOH 530 15.285 2.359 12.400 1.00 45.20 O
HETATM 1752 O HOH 531 35.293 32.877 16.427 1.00 41.71 O
HETATM 1753 O HOH 532 31.338 11.703 22.624 1.00 30.38 O
HETATM 1754 O HOH 533 10.807 3.899 5.533 1.00 31.89 O
HETATM 1755 O HOH 534 23.897 23.200 -2.832 1.00 31.97 O
HETATM 1756 O HOH 535 4.746 5.239 -2.472 1.00 30.20 O
HETATM 1757 O HOH 536 24.434 26.832 -2.017 1.00 31.20 O
HETATM 1758 O HOH 537 43.950 0.544 13.447 1.00 41.33 O
HETATM 1759 O HOH 538 23.116 8.555 0.668 1.00 35.22 O
HETATM 1760 O HOH 539 9.978 15.068 14.401 1.00 30.79 O
HETATM 1761 O HOH 540 2.001 9.284 12.960 1.00 43.03 O
HETATM 1762 O HOH 541 3.144 3.592 12.702 1.00 57.96 O
HETATM 1763 O HOH 542 9.889 9.611 -3.909 1.00 31.84 O
HETATM 1764 O HOH 543 47.304 17.648 6.312 1.00 33.07 O
HETATM 1765 O HOH 544 4.895 -8.536 10.635 1.00 53.30 O
HETATM 1766 O HOH 546 39.433 25.709 8.086 1.00 18.28 O
HETATM 1767 O HOH 547 30.374 -4.058 14.167 1.00 15.55 O
HETATM 1768 O HOH 548 46.029 15.729 24.092 1.00 25.93 O
HETATM 1769 O HOH 549 40.466 -1.095 17.221 1.00 30.08 O
HETATM 1770 O HOH 550 24.133 0.727 19.719 1.00 26.39 O
HETATM 1771 O HOH 551 3.446 9.427 -2.135 1.00 31.76 O
HETATM 1772 O HOH 552 19.319 13.000 -2.575 1.00 41.76 O
HETATM 1773 O HOH 553 31.891 31.580 18.610 1.00 24.77 O
HETATM 1774 O HOH 554 18.491 2.334 4.660 1.00 22.10 O
HETATM 1775 O HOH 555 1.314 11.279 0.038 1.00 26.52 O
HETATM 1776 O HOH 556 28.146 13.256 10.339 1.00 21.95 O
HETATM 1777 O HOH 557 30.223 20.804 5.827 1.00 36.82 O
HETATM 1778 O HOH 558 17.905 13.328 15.220 1.00 20.71 O
HETATM 1779 O HOH 559 29.909 -0.095 18.799 1.00 21.94 O
HETATM 1780 O HOH 560 31.631 17.664 9.008 1.00 19.67 O
HETATM 1781 O HOH 562 24.042 20.954 19.484 1.00 31.11 O
HETATM 1782 O HOH 563 37.392 16.228 -0.497 1.00 26.68 O
HETATM 1783 O HOH 564 -1.946 8.648 -0.841 1.00 39.16 O
HETATM 1784 O HOH 565 47.915 9.279 22.936 1.00 35.60 O
HETATM 1785 O HOH 566 25.748 7.266 4.529 1.00 28.82 O
HETATM 1786 O HOH 567 21.116 14.888 -2.109 1.00 36.75 O
HETATM 1787 O HOH 568 23.715 20.126 5.645 1.00 40.35 O
HETATM 1788 O HOH 569 33.531 -0.771 13.511 1.00 45.31 O
HETATM 1789 O HOH 570 20.908 18.749 15.697 1.00 34.23 O
HETATM 1790 O HOH 571 39.015 32.529 4.501 1.00 54.73 O
HETATM 1791 O HOH 572 41.051 0.455 7.130 1.00 54.62 O
HETATM 1792 O HOH 573 30.698 17.740 5.106 1.00 35.84 O
HETATM 1793 O HOH 574 6.859 5.063 17.712 1.00 37.55 O
HETATM 1794 O HOH 575 39.059 8.657 3.005 1.00 59.67 O
HETATM 1795 O HOH 576 38.160 32.276 16.708 1.00 37.88 O
HETATM 1796 O HOH 577 20.383 21.318 -4.691 1.00 39.17 O
HETATM 1797 O HOH 578 41.157 6.777 17.217 1.00 35.75 O
HETATM 1798 O HOH 579 27.327 21.257 8.150 1.00 42.39 O
HETATM 1799 O HOH 580 34.592 24.586 1.886 1.00 30.17 O
HETATM 1800 O HOH 581 28.618 8.077 -0.712 1.00 54.91 O
HETATM 1801 O HOH 582 30.108 20.873 8.937 1.00 56.50 O
HETATM 1802 O HOH 583 29.146 8.970 6.121 1.00 38.73 O
HETATM 1803 O HOH 584 51.666 17.680 15.607 1.00 47.50 O
HETATM 1804 O HOH 585 14.071 22.825 6.240 1.00 47.08 O
HETATM 1805 O HOH 586 43.840 6.576 20.454 1.00 36.44 O
HETATM 1806 O HOH 587 42.165 8.711 19.272 1.00 37.83 O
HETATM 1807 O HOH 588 38.236 13.980 1.049 1.00 39.71 O
HETATM 1808 O HOH 589 45.548 22.632 16.215 1.00 37.00 O
HETATM 1809 O HOH 590 30.906 16.821 2.292 1.00 76.55 O
HETATM 1810 O HOH 591 11.602 22.880 -3.030 1.00 36.77 O
HETATM 1811 O HOH 592 12.805 8.355 -4.098 1.00 49.06 O
HETATM 1812 O HOH 593 -2.315 6.894 1.774 1.00 37.69 O
HETATM 1813 O HOH 594 23.656 18.274 20.007 1.00 26.98 O
HETATM 1814 O HOH 595 10.845 12.955 18.898 1.00 29.83 O
HETATM 1815 O HOH 596 18.262 4.377 19.245 1.00 39.17 O
HETATM 1816 O HOH 597 49.235 6.180 11.692 1.00 70.41 O
HETATM 1817 O HOH 598 14.400 -3.218 15.489 1.00 41.28 O
HETATM 1818 O HOH 599 24.049 25.032 20.146 1.00 33.82 O
HETATM 1819 O HOH 600 23.974 20.498 -3.811 1.00 44.21 O
HETATM 1820 O HOH 601 39.360 6.106 20.658 1.00 34.40 O
HETATM 1821 O HOH 602 31.294 32.672 16.263 1.00 25.66 O
HETATM 1822 O HOH 603 44.234 4.286 13.888 1.00 41.49 O
HETATM 1823 O HOH 604 21.106 8.490 19.650 1.00 66.45 O
HETATM 1824 O HOH 605 28.263 15.750 23.071 1.00 67.72 O
HETATM 1825 O HOH 606 17.345 24.004 15.476 1.00 73.54 O
HETATM 1826 O HOH 607 28.369 11.841 -4.260 1.00 38.80 O
HETATM 1827 O HOH 608 18.542 3.496 0.954 1.00 48.61 O
HETATM 1828 O HOH 609 -6.831 -8.495 19.160 1.00 46.57 O
HETATM 1829 O HOH 610 22.075 20.486 9.491 1.00 58.37 O
HETATM 1830 O HOH 611 19.748 7.055 -2.211 1.00 48.25 O
HETATM 1831 O HOH 612 44.625 20.192 21.807 1.00 80.14 O
HETATM 1832 O HOH 613 38.559 9.253 5.778 1.00 32.81 O
HETATM 1833 O HOH 614 18.465 0.369 7.409 1.00 51.65 O
HETATM 1834 O HOH 615 37.639 9.337 22.161 1.00 48.87 O
HETATM 1835 O HOH 616 16.809 1.980 9.496 1.00 72.40 O
HETATM 1836 O HOH 617 38.304 20.108 24.081 1.00 25.44 O
HETATM 1837 O HOH 618 19.482 11.517 17.092 1.00 70.05 O
HETATM 1838 O HOH 619 15.255 -5.143 10.342 1.00 36.51 O
HETATM 1839 O HOH 620 29.264 10.712 2.893 1.00 32.87 O
HETATM 1840 O HOH 621 15.822 7.785 -3.226 1.00 43.27 O
HETATM 1841 O HOH 622 23.813 11.730 -2.619 1.00 36.87 O
HETATM 1842 O HOH 623 -3.594 5.850 12.136 1.00 66.99 O
HETATM 1843 O HOH 624 18.735 22.790 5.719 1.00 40.97 O
HETATM 1844 O HOH 625 55.575 16.141 8.287 1.00 49.74 O
HETATM 1845 O HOH 626 53.255 10.141 17.681 1.00 68.52 O
HETATM 1846 O HOH 627 -1.530 -0.489 4.060 1.00 49.32 O
HETATM 1847 O HOH 628 47.166 12.933 3.227 1.00 42.68 O
HETATM 1848 O HOH 629 51.745 12.846 4.265 1.00 32.94 O
HETATM 1849 O HOH 630 8.335 13.886 -5.452 1.00 42.98 O
HETATM 1850 O HOH 631 1.415 18.892 4.450 1.00 52.27 O
HETATM 1851 O HOH 632 8.813 4.607 -6.147 1.00 61.80 O
HETATM 1852 O HOH 633 14.358 18.909 -7.627 1.00 59.54 O
HETATM 1853 O HOH 634 42.560 12.882 4.673 1.00 46.06 O
HETATM 1854 O HOH 635 13.134 -0.048 6.444 1.00 49.92 O
HETATM 1855 O HOH 636 8.623 23.116 -0.236 1.00 51.89 O
HETATM 1856 O HOH 637 19.455 18.632 6.820 1.00 29.08 O
HETATM 1857 O HOH 638 0.328 4.658 14.591 1.00 62.40 O
HETATM 1858 O HOH 639 49.562 9.193 6.008 1.00 39.48 O
HETATM 1859 O HOH 640 4.000 -2.106 -0.040 1.00 57.30 O
HETATM 1860 O HOH 641 16.678 23.799 11.363 1.00 65.19 O
HETATM 1861 O HOH 642 8.358 0.710 9.304 1.00 43.70 O
HETATM 1862 O HOH 643 41.615 2.908 17.876 1.00 52.92 O
HETATM 1863 O HOH 644 29.021 19.152 2.611 1.00 26.91 O
HETATM 1864 O HOH 645 44.197 15.580 2.167 1.00 76.22 O
HETATM 1865 O HOH 646 22.571 6.260 -1.309 1.00 50.65 O
HETATM 1866 O HOH 647 1.473 1.753 3.469 1.00 40.93 O
HETATM 1867 O HOH 648 46.959 7.034 20.908 1.00 37.66 O
HETATM 1868 O HOH 649 24.330 17.915 17.109 1.00 53.90 O
CONECT 1428 1429
CONECT 1429 1428 1430
CONECT 1430 1429 1431
CONECT 1431 1430 1432
CONECT 1432 1431 1433
CONECT 1433 1432 1434
CONECT 1434 1433 1435
CONECT 1435 1434 1436
CONECT 1436 1435 1437
CONECT 1437 1436
CONECT 1438 1439 1440 1441
CONECT 1439 1438
CONECT 1440 1438
CONECT 1441 1438
CONECT 1442 1443 1444 1445 1446
CONECT 1442 1447 1448
CONECT 1443 1442
CONECT 1444 1442
CONECT 1445 1442
CONECT 1446 1442
CONECT 1447 1442
CONECT 1448 1442
CONECT 1449 1450 1451 1452 1453
CONECT 1449 1454 1455
CONECT 1450 1449
CONECT 1451 1449
CONECT 1452 1449
CONECT 1453 1449
CONECT 1454 1449
CONECT 1455 1449
CONECT 1456 1457 1458 1459 1460
CONECT 1456 1461 1462
CONECT 1457 1456
CONECT 1458 1456
CONECT 1459 1456
CONECT 1460 1456
CONECT 1461 1456
CONECT 1462 1456
CONECT 1463 1464 1465 1466 1467
CONECT 1463 1468 1469
CONECT 1464 1463
CONECT 1465 1463
CONECT 1466 1463
CONECT 1467 1463
CONECT 1468 1463
CONECT 1469 1463
CONECT 1470 1471 1472 1473 1474
CONECT 1470 1475 1476
CONECT 1471 1470
CONECT 1472 1470
CONECT 1473 1470
CONECT 1474 1470
CONECT 1475 1470
CONECT 1476 1470
CONECT 1477 1478 1479 1480 1481
CONECT 1477 1482 1483
CONECT 1478 1477
CONECT 1479 1477
CONECT 1480 1477
CONECT 1481 1477
CONECT 1482 1477
CONECT 1483 1477
CONECT 1484 1485 1486 1487 1488
CONECT 1484 1489 1490
CONECT 1485 1484
CONECT 1486 1484
CONECT 1487 1484
CONECT 1488 1484
CONECT 1489 1484
CONECT 1490 1484
CONECT 1491 1492 1493 1494 1495
CONECT 1491 1496 1497
CONECT 1492 1491
CONECT 1493 1491
CONECT 1494 1491
CONECT 1495 1491
CONECT 1496 1491
CONECT 1497 1491
CONECT 1498 1499 1500 1501 1502
CONECT 1498 1503 1504
CONECT 1499 1498
CONECT 1500 1498
CONECT 1501 1498
CONECT 1502 1498
CONECT 1503 1498
CONECT 1504 1498
CONECT 1505 1506 1507 1508 1509
CONECT 1505 1510 1511
CONECT 1506 1505
CONECT 1507 1505
CONECT 1508 1505
CONECT 1509 1505
CONECT 1510 1505
CONECT 1511 1505
CONECT 1512 1513 1514 1515 1516
CONECT 1512 1517 1518
CONECT 1513 1512
CONECT 1514 1512
CONECT 1515 1512
CONECT 1516 1512
CONECT 1517 1512
CONECT 1518 1512
CONECT 1519 1520 1521 1522 1523
CONECT 1519 1524 1525
CONECT 1520 1519
CONECT 1521 1519
CONECT 1522 1519
CONECT 1523 1519
CONECT 1524 1519
CONECT 1525 1519
CONECT 1526 1527 1531
CONECT 1527 1526 1528
CONECT 1528 1527 1529
CONECT 1529 1528 1530 1535
CONECT 1530 1529 1531 1533
CONECT 1531 1526 1530 1532
CONECT 1532 1531
CONECT 1533 1530 1534
CONECT 1534 1533 1535
CONECT 1535 1529 1534
MASTER 249 0 15 0 0 0 0 6 1867 1 120 6
END
表7.与各种核碱基结合的腺嘌呤核糖开关RNA(AR)相关的热力学参数
#of exp. 类似物 Kd (μM) ΔH (kcal/mol) ΔS (Cal/mol·deg) 5 2，6-二氨基嘌呤* 0.017±0.006 -40.3±2.91 -97.6±4.00 2 2-氨基嘌呤 0.251±0.026 -31.8±2.64 -73.9±9.26 2 腺嘌呤 0.469±0.041 -34.5±0.05 -84.8±0.30 2 嘌呤 110±3 -25.4±0.99 -65.4±3.00 2 2-氟腺嘌呤 4.02±1.07 -37.4±3.41 -98.7±11.8 2 2，4，5，6-四氨基嘧啶 24.9±4.25 -43.2±3.50 -122±.12.0 2 2，4，6-三氨基嘧啶 18.3±1.67 -37.7±0.23 -102±0.70 1 2，4-二氨基嘧啶 n.d. 1 组胺 n.d. 1 L-组胺醇 n.d. 2 6-溴鸟嘌呤 2.7±1.16 -50.4±0.16 -141±1.90 2 6-氯鸟嘌呤 0.721±0.044 -44.3±7.2 -98.6±4.39 1 2，6-二氯嘌呤 n.d. 4 0-甲基鸟嘌呤 n.d. 1 激动素 n.d. 1 6-正己基氨基嘌呤 n.d. 2 6-苯甲基氨基嘌呤 n.d. 2 6-甲基嘌呤 25.2±1.63 -31.5±0.42 -82.9±1.25 2 O-苯甲基鸟嘌呤 n.d.
所有试验均在50mM K+HEPES，pH7.5，100mM KCl，10mM MgCl2溶液 中，在30℃条件下进行。
n.d.表示在反应中没有显示出可检测的结合。
*在298K和323K之间测量的这一反应的热容量(ΔCp)为-1.10kcal mol-1K-1。
表8.与各种核碱基结合的鸟嘌呤核糖开关RNA(GR)相关的热力学参数
#of exp 类似物 Kd (μM) ΔH (kcal/mol) ΔS (cal/mol·deg) 2 鸟嘌呤 0.004±0.003 -53.5±6.98 -137±24.8 2 次黄嘌呤 0.759±0.066 -31.3±0.01 -753±0.145 2 黄嘌呤 50.5±5.8* -34.6±10.4* -94.4±34.5* 2 7-脱氮鸟嘌呤 0.049±0.013 -42.0±3.72 -105±11.7 2 8-氮杂鸟嘌呤 0.0487±0.1 -46.9±9.87 -121±32.6 1 4，6-二羟基嘧啶 n.d 1 5，6-二氨基-2，4-二羟基嘧啶 n.d. 2 6-溴鸟嘌呤 2.12±0.56 -39.0±7.79 -103±26.2 2 6-氯鸟嘌呤 0.856±0.014 -43.6±13.1 -116±43.2 1 2，6-二氯嘌呤 n.d. 1 0-甲基鸟嘌呤 0.003 -18.7 -23.3 2 2-氨基嘌呤 4.36±1.2 -46.4±2.66 -129±8.20 1 O-苯甲基鸟嘌呤 n.d. 2 6-硫鸟嘌呤 0.0737±0.01 -40.6±14.5 -101±47.5 2 6-甲基硫鸟嘌呤 0.0418±0.003 -24.5±0.20 -46.9±0.24
所有试验均在50mM K+HEPES，100mM KCl，10mM MgCl2溶液中，在30 ℃条件下进行。
n.d.表示在反应中没有显示出可检测的结合。
*除非n保持为1，否则软件不能调整数据并报告参数。
应当理解的是，所公开的方法和组合物并不限于本文所述的具体方 法学、实验方法和试剂，也可以有所变化。还应理解的是，本文所用术 语只是出于描述特定实施方案的目的，而非意在限制本发明的范围，本 发明的范围仅仅由后附的权利要求书限定。
必须注意的是，除非上下文中另外明确指出，在本说明书和所附权 利要求书中使用的单数形式的“一”、“一种”和“该”包括复数指代对 象。因此，例如，提及“一种核糖开关”包括多个这样的核糖开关，提 及“该核糖开关”是指本领域技术人员已知的一个或多个核糖开关及其 等价物，等等。
“任选的”或“任选地”意为后面描述的事件、情况或物质可能出 现或存在，也可能不出现或不存在，这样的描述包括所述事件、情况或 物质出现或存在的情况和所述事件、情况或物质不出现或不存在的情况。 本文中范围可以表示为从“大约”一个具体的数值，和/或至“大约”另 一个具体的数值。当表示为这种范围时，除非上下文中特别指明，还特 别考虑和认为公开了从一个具体数值和/或至另一个具体数值的范围。类 似地，当通过在前面使用“大约”将数值表示为近似值时，除非上下文 中特别指明，应当理解的是，该具体的数值构成另一个被特别考虑和认 为被公开的实施方案。应当进一步理解的是，除非上下文中特别指明， 每个范围的端点在与另一个端点相关和独立于另一个端点时都是有意义 的。最后，应当理解的是，除非上下文中特别指明，在明确公开的范围 中所包括的所有个别的数值和子范围也被特别考虑和认为被公开。不论 在具体的情况下这些实施方案的全部或部分是否被明确地公开，上述的 原则都适用。
除非另有定义，否则本文中使用的技术术语和科学术语的含义都与 所公开的方法和组合物所属技术领域的技术人员通常理解的含义相同。 虽然在实施或检测本发明方法和组合物时可以使用与本文所述相似或等 同的任何方法和材料，但是具体可用的方法、装置和材料仍然如本文所 述。本文引用的出版物和所引用的资料在此特别地以援引的方式纳入本 文。但是本文不应被理解为承认本发明不能在先前的发明之前做出。并 未承认任何参考文献构成了现有技术。参考文献的讨论说明了它们的作 者的论断，但是本申请人保留怀疑所引用文献的正确性和相关性的权利。 可以清楚地理解，虽然本文中提及了许多出版物，但是并未承认这些参 考文献构成本领域的公知常识的任意部分。
在本申请的说明书部分和权利要求部分的通篇中，词语“包括”及 其同义词“包含”和“含有”的含义为“包括但不限于”，并不意在排除 其它的添加物、组分、整数或步骤。
本领域技术人员利用常规试验范围内的手段就可以认知或确认本文 所述方法和组合物的具体实施方案的许多等价物。下述的权利要求书意 在涵盖这些等价物。
相关申请的交叉引用
本申请要求以2004年11月8日提交的美国临时申请No.60/625,864 作为优先权基础。2004年11月8日提交的美国临时申请No.60/625,864 的全部内容以援引的方式纳入本文。
关于联邦政府赞助的研究的声明
本发明是在国家健康中心的NIH GM068819-2号基金和美国国防部高 级研究计划局的DARPA W911NF-04-1-0416号基金的政府支持下做出的， 美国政府在本发明中享有一定的权利。
| 标题 | 发布/更新时间 | 阅读量 |
|---|---|---|
| 用于在体基因治疗的基因编辑组合物或试剂盒 | 2020-05-13 | 6 |
| 治疗血友病的治疗产品以及利用其治疗血友病的方法 | 2021-02-04 | 6 |
| 一种监测溶瘤性腺病毒体内复制情况和范围的方法 | 2020-10-17 | 5 |
| 细菌耐药基因检测方法、基因芯片和试剂盒 | 2020-08-12 | 1 |
| PCDH17基因的应用 | 2020-07-30 | 6 |
| 基于高通量测序技术确定肺癌基因突变位点的引物、试剂盒及方法 | 2021-09-22 | 0 |
| 一种功能化聚酰胺-胺树状大分子及其纳米复合物用于基因转染的方法 | 2021-10-18 | 0 |
| 一种CpG寡核苷酸及其应用 | 2020-08-28 | 2 |
| 一种端粒酶启动基因表达方法及其应用 | 2021-11-22 | 5 |
| 一种靶向survivin基因的siRNA的结构及其抗肿瘤用途 | 2022-11-08 | 3 |
高效检索全球专利专利汇是专利免费检索,专利查询,专利分析-国家发明专利查询检索分析平台，是提供专利分析，专利查询，专利检索等数据服务功能的知识产权数据服务商。
我们的产品包含105个国家的1.26亿组数据，免费查、免费专利分析。
分析报告
专利汇分析报告产品可以对行业情报数据进行梳理分析，涉及维度包括行业专利基本状况分析、地域分析、技术分析、发明人分析、申请人分析、专利权人分析、失效分析、核心专利分析、法律分析、研发重点分析、企业专利处境分析、技术处境分析、专利寿命分析、企业定位分析、引证分析等超过60个分析角度，系统通过AI智能系统对图表进行解读，只需1分钟，一键生成行业专利分析报告。
QQ群二维码
意见反馈
意见反馈