| 序号 | 专利名 | 申请号 | 申请日 | 公开（公告）号 | 公开（公告）日 | 发明人 |
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| 101 | 乗法形式のモデルを使用して生体分子を同定する方法、システム、およびソフトウェア | JP2015556114 | 2014-01-29 | JP6433028B2 | 2018-12-05 | コープ, グレゴリー アラン; アガード, ニコラス ジョン |
| 102 | 生物医学用途用の低分子ペプチドコンジュゲートを開発する方法 | JP2017555865 | 2016-01-20 | JP2018503838A | 2018-02-08 | アマン・イクバル |
| 本出願は、タンパク質-タンパク質相互作用複合体の基質ペプチドがアミド化学を用いて様々な低分子断片でタグ付けされているプラットフォーム設計を提供する。リード作製のためのヒットの発見、その後のアミドによって媒介される迅速な多様化を伴う方法は、タンパク質-タンパク質相互作用の阻害用の標的特異的な低分子リードの発見及び開発に要する時間及び費用を削減する。 | ||||||
| 103 | 相互作用する構成要素を有する生体分子を同定するための方法、システム、およびソフトウェア | JP2017140863 | 2017-07-20 | JP2017189176A | 2017-10-19 | グレゴリー アラン コープ |
| 【課題】相互作用する構成要素を有する生体分子を同定するための方法、システム、およびソフトウェアを提供すること。 【解決手段】本発明は、生物学的に関係するデータ空間を迅速かつ効率的に検索する方法を提供する。より具体的には、本発明は、複雑な生体分子ライブラリーまたはこのようなライブラリーのセットから、所望の特性を有する、あるいはこのような特性の取得に最も適した生体分子を同定する方法を提供する。本発明は、また、段階的加算または減算技法、ベイジアン回帰、アンサンブル回帰および他の方法が挙げられるがこれらに限定されない、配列−活性の関係性をモデリングする方法を提供する。本発明は、本明細書に提供される方法を行うためのデジタルシステムおよびソフトウェアをさらに提供する。 【選択図】なし |
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| 104 | コンピュータ計算によるタンパク質設計方法 | JP2017500880 | 2015-07-06 | JP2017526053A | 2017-09-07 | サレル フライシマン，; ジデオン ラピドス，; マリア ガブリエレ プソラ，; クリストファー ノルン， |
| 共通構造フォールドを有するアミノ酸配列のライブラリを構築する方法、ならびにそのライブラリを用いて分子的存在物の対象分子表面に対する所望の親和性を有するアミノ酸配列を設計および選択する方法を本明細書において提供する。その方法は、共通構造フォールドを有する実験的に利用可能なタンパク質構造に認められる主鎖立体配座およびアミノ酸保存性パターンの確率論的標本抽出に基づく。【選択図】図2 | ||||||
| 105 | 相互作用する構成要素を有する生体分子を同定するための方法、システム、およびソフトウェア | JP2015556112 | 2014-01-29 | JP2016511884A | 2016-04-21 | グレゴリー アラン コープ， |
| 本発明は、生物学的に関係するデータ空間を迅速かつ効率的に検索する方法を提供する。より具体的には、本発明は、複雑な生体分子ライブラリーまたはこのようなライブラリーのセットから、所望の特性を有する、あるいはこのような特性の取得に最も適した生体分子を同定する方法を提供する。本発明は、また、段階的加算または減算技法、ベイジアン回帰、アンサンブル回帰および他の方法が挙げられるがこれらに限定されない、配列−活性の関係性をモデリングする方法を提供する。本発明は、本明細書に提供される方法を行うためのデジタルシステムおよびソフトウェアをさらに提供する。 | ||||||
| 106 | 乗法形式のモデルを使用して生体分子を同定する方法、システム、およびソフトウェア | JP2015556114 | 2014-01-29 | JP2016504924A | 2016-02-18 | グレゴリー アラン コープ，; ニコラス ジョン アガード， |
| 本発明は、複雑な生体分子ライブラリーまたはこのようなライブラリーのセットから、所望の特性を有するまたはこのような特性の取得に最も適した生体分子を同定する方法を提供する。より具体的には、本発明の一部の実施形態は、乗法項を含む配列−活性モデルを構築し、該モデルを使用して定向進化を誘導する方法を提供する。一部の実施形態において、配列−活性モデルは、それらの各々が活性に対する2個以上の定義された残基の寄与を表す相互作用係数を含む、1つ以上の相互作用項を含む。一部の実施形態において、モデルは、タンパク質配列または核酸配列とタンパク質活性との間の関係を記載する。一部の実施形態において、本発明は、また、段階的加算または減算技法、ベイジアン回帰、アンサンブル回帰および他の方法が挙げられるがこれらに限定されない、配列−活性モデルを調製する方法を提供する。 | ||||||
| 107 | And use thereof for producing a peptide library | JP2009553040 | 2008-03-04 | JP5371786B2 | 2013-12-18 | エーファ・ユンク; マンフレート・ヘントリッヒ |
| Screening libraries of peptides in different assays offers an opportunity to simultaneously interrogate intracellular signaling pathways, create reagents to further the understanding of the pathway, and to create novel forms of therapies. Many, if not all, biologically active peptides (e.g. peptide hormones) have profound effects both in health and disease, either by growth stimulating roles, growth inhibitory roles, or the regulation of critical metabolic pathways. The present invention is directed to novel bioactive peptides, an in silico method to identify these peptides and a peptide library containing these peptides. | ||||||
| 108 | Invention relates to the optimization of sequential combination process | JP2006525892 | 2004-09-10 | JP5248773B2 | 2013-07-31 | トール−モルテン・オヴァビー・オルセン; カール・ヘンリク・ルンネマルム; アンドリュー・ジョン・キーン; イヴァン・ヴォウチコフ; アトゥール・バスカー |
| 109 | Optimization of the crossover point for the directed evolution | JP2003576577 | 2003-03-10 | JP4851687B2 | 2012-01-11 | クラエス ガスタフソン，; スリダー ゴビンダラジャン，; ジェレミー エス． ミンシュル， |
| 110 | Probe for the analysis of nucleic acid mixture, libraries and kits, as well as the method of its construction | JP2006515724 | 2004-06-18 | JP4573833B2 | 2010-11-04 | セレン・モーゲンタラー・エヒヴァルズ; ニルス・トルストルップ; ニルス・ベー・ラムシング; ペーター・モウリツェン |
| 111 | Design and construction of a variety of synthetic peptides and polypeptides library | JP2009531542 | 2007-09-28 | JP2010506303A | 2010-02-25 | アロン エル． カーツマン，; ラメッシュ アール． バート，; ローレンス ホロウィッツ， |
| 本発明は、多様なペプチドおよびポリペプチドのライブラリーの設計および構築に関する。 具体的には、本発明は、複数の関連パラメータをフィルタとして用いてデータセットを作成するための解析データベースを設計する方法と、定方向マルチ合成体オリゴヌクレオチド合成によって配列多様性を生成する方法とに関する。 本方法は、大きく複雑な注釈付きのデータベースを、個別に直接定義することができる関連性のある単一または複数のキーパラメータに基づいて、関連する配列のより単純なデータセットに縮小することを可能にする。 本方法は、多様な配列の集合またはその部分を獲得するための別個および縮重オリゴヌクレオチドのマルチ合成集合を用いて、この手法に基づいて多様なライブラリーを作成することをさらに可能にする。 | ||||||
| 112 | ケミカルゲノム情報に基づく、タンパク質−化合物相互作用の予測と化合物ライブラリーの合理的設計 | JP2008517917 | 2007-05-25 | JPWO2007139037A1 | 2009-11-19 | 恭史 奥野; 慶 種石; 辻本 豪三; 豪三 辻本 |
| 本発明は、化合物のスクリーニングを合理的かつ効率的に行うことを目的とする。第1の化学物質群の空間座標を表す第1空間と第2の化学物質群の空間座標を表す第2空間とを定義し、第1の化学物質群は第1の特徴量により特徴付けられ、第2の化学物質群は第2の特徴量により特徴付けられ、前記第1空間と前記第2空間との相関が最大になるように、多変量解析手法、機械学習法およびそれらの等価方法からなる群より選択される手法によって、該第1空間の座標および該第2空間の座標を写像変換することによって解決した。具体的には、タンパク質群と化合物群の相互作用様式をタンパク質の特徴量(配列や発現情報などの生物学的情報)と化合物の特徴量(化学構造、物性などの化学物質情報)の統計的パターンとして機械学習し、それに基づく相互作用予測を実現したシステムであり、これにより上記の問題点が解決された。 | ||||||
| 113 | Optimization of the crossover point for the directed evolution | JP2003576577 | 2003-03-10 | JP2005520244A | 2005-07-07 | クラエス ガスタフソン，; スリダー ゴビンダラジャン，; エミリー シー． マンドーフ，; ジェレミー エス． ミンシュル， |
| 組換えポリペプチド、および／または、核酸の中へより効率的に多様性を設計するための方法と装置を提供する。 例えば、アミノ酸配列、またはヌクレオチド配列中の潜在的交叉部位を選択、および／または、評価する様々な方法、ならびに得られたキメラ産物配列を提供する。 これらの方法には、例えば、組換えに用いるための配列および交叉部位の選択および評価における、構造的、機能的、および／または、統計的なデータの考慮が含まれる。 | ||||||
| 114 | Graphic design of a combination of material library | JP2000577594 | 1999-10-19 | JP3665741B2 | 2005-06-29 | アーデン， リン ヴァン; アダム， エル． サフィア，; ステファン， ジェイ． ターナー，; エリック， ダブリュー． マクファーランド，; スティーヴン， ディー． レイシー，; ペイ ワン， |
| 115 | Single tube, off-the-shelf assay kits, and methods for their use | JP2003564261 | 2003-01-27 | JP2005515785A | 2005-06-02 | スーザン ケー． エディンズ，; デニス エー． ギルバート，; ジュンコ スティーブンス，; マイケル ダブリュー． ハンカピラー，; ケネス ジェイ． リバック，; マイケル ルセロ， |
| 単一のチューブ容器中に貯蔵されたアッセイ試薬と、その容器の内容物についての情報を含むデータ記憶媒体とを含むアッセイキットが、提供される。 例えば、器具を制御して増幅反応および／または配列決定反応を実施するように器具および／またはプロセスに指示するためにこのキットに備えられたデータを使用するための方法が提供される。 種々の実施形態にしたがって、以下を備えるアッセイキットが提供される：アッセイ試薬を含む容器；およびアッセイ試薬についてのデータを含む別個のデータ記憶媒体。 | ||||||
| 116 | Cell-based analysis of high-throughput screening data for drug discovery | JP2002517851 | 2001-08-09 | JP2005506511A | 2005-03-03 | ウェルチ，ウィリアム，ジェイ．; ヤング，シドニー，スタンレー; ラム，レイモンド，エル．，エイチ． |
| A method of drug discovery in finding compounds with some desired activity for a chosen biological target that reduces reliance on searches of relatively large numbers of compounds. Rules are derived from a relatively small screening data set linking structural features to biological activity, which rules can be used to guide the selection of additional compounds for screening so that screening costs can be reduced as the total number of compounds screened is reduced. Properties of compounds are described numerically and said compounds are placed into small mathematical bins that comprise narrow ranges of the numerical descriptors. Through statistical analysis, it is then determined which combinations of bins describe regions of chemical space that are most likely to contain active compounds. Untested compounds that fall into these regions are then seen as good candidates for screening. | ||||||
| 117 | Method and system for searching implicitly described virtual library | JP2000541614 | 1999-03-25 | JP2004515447A | 2004-05-27 | ダブリュ． グリーン，ジョナサン; マウント，ジョン |
| 本発明によれば、望ましい性質を有する化学的対象物をサーチする効率的で有効な方法が提供されうる。 本発明による特定の態様において、結合されて、一連の望ましい性質を有する化合物を生じる反応物成分を同定するために、化合物の仮想図書館をサーチする方法が提供される。 本発明による方法およびシステムは、研究者および科学者に、新しく、もっと良好な物質のサーチで、有望な新しい化合物を同定することを可能にする。 | ||||||
| 118 | Graphic design of a combination of material library | JP2000577594 | 1999-10-19 | JP2004505330A | 2004-02-19 | ヴァン アーデン， リン; サフィア， アダム， エル．; ターナー， ステファン， ジェイ．; マクファーランド， エリック， ダブリュー．; レイシー， スティーヴン， ディー．; ワン， ペイ |
| 材料の組合せライブラリに対するライブラリ設計を生成するためのコンピュータ実装方法、プログラム、および装置。 ライブラリ設計は、組合せライブラリを作成することに使用される成分を表すソースと、セルの編成を表す宛先と、マッピングとのセットを含み、宛先の一つの編成または複数の編成中のセルへ成分を割当てるための一つ以上の配分パターンを規定する。 マッピングは、変化度およびユーザ規定の式のセットを含み、編成中の一つのセルまたは複数のセルへ割当てられる一つ以上の成分の量を計算することに使用される。 ライブラリ設計は、時間と共にまたは複数の宛先セルにわたり変化するよう規定される、一つ以上のプロセスパラメータも含むことができる。 本発明は、手動で実施するまたは自動材料取扱装置を使用するために適切なフォーマットで、ソース、宛先およびマッピングを表す電子データを含む、ライブラリ設計を規定するデータファイルを出力する。 | ||||||
| 119 | Chemical resources database | JP2001573237 | 2001-04-03 | JP2003529843A | 2003-10-07 | ブーニン・バリー・エー． |
| Chemical software tools employ databases and associated systems that store, manipulate, and investigate chemical information that is organized by reaction chemistry. Specific procedures and methods are associated with specific reactions. Further, such tools may associate reliability ratings with individual reactions to identify robust reactions from among groups of related reactions. For example, a particular benzyl amine may be given a high reliability rating because it is superior to other aromatic primary amines in its ability to form amides (the reaction chemistry under consideration). Further, the software tools may automatically suggest/generate diverse libraries for particular precursors, classes of precursors, or reaction chemistries. This is accomplished by automatically generating a flexible group of reaction chemistries based on like procedures and methods for a particular precursor or class of precursors. Preferably, these software tools are designed to allow continuous improvement and refinement by feedback from humans and/or artificial intelligence systems. | ||||||
| 120 | Computer-based method for identifying a peptide motif of conserved invariant | JP2001571896 | 2000-08-31 | JP2003528639A | 2003-09-30 | デバシス ダッシュ，; クマー， サミア ブラマチャリ， |
| (57)【要約】 本発明はいくつかの生物体のゲノム様式の比較を行うための新規なコンピューターベースの方法に関し、当該コンピューター法は、いくつかの生物体のタンパク質配列からのペプチドライブラリーの作製、および続いて保存された不変のペプチドモチーフの同定を導く比較を包含し、ならびにこの目的のために、いくつかの不変のペプチドモチーフは、任意の事前の推定を伴わずに種々の細菌生物体と宿主ゲノムとの間の直接的な配列比較によって同定され、ならびに本発明の方法は、潜在的な薬剤標的の同定のために有用であり、そして広範囲の抗細菌剤についての薬剤ふるいとして、および感染の特定の診断のために、ならびにさらに、このような不変のペプチドモチーフサインの補助を伴って未だ未知の機能のタンパク質への機能の割り当てのために作用し得る。 | ||||||
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