| 序号 | 专利名 | 申请号 | 申请日 | 公开（公告）号 | 公开（公告）日 | 发明人 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 用于遗传分析的方法和系统 | CN201380074824.7 | 2013-12-27 | CN105190656A | 2015-12-23 | 盖博·T·巴尔萨; 杰玛·钱德拉蒂拉克; 理查德·陈; 莎拉·加西亚; 雨果·余·科尔·莱姆; 骆淑君; 马克·R·普拉特; 约翰·韦斯特 |
| 本公开内容提供了用于样品处理和数据分析的系统和方法。样品处理可以包括核酸样品处理和后续的测序。可以对核酸样品的部分或全部进行测序以提供序列信息，该序列信息可以存储或以其他方式保持在电子存储单元中。可以借助于计算机处理器分析该序列信息，并且经分析的序列信息可以存储于电子存储单元中，其可以包括序列信息池或集合以及由核酸样品生成的经分析的序列信息。例如，本公开内容的方法和系统可以用于核酸样品的分析，用于产生一个或多个文库，以及用于生成生物医学报告。本公开内容的方法和系统可帮助一种或多种疾病和状况的诊断、监测、治疗和预防。 | ||||||
| 2 | 用于数字基因表达谱的标签及其使用方法 | CN201010299248.4 | 2010-09-21 | CN102409044A | 2012-04-11 | 章文蔚; 张艳艳; 田方; 于竞; 龚梅花 |
| 本发明基于目前illumina公司提供的Solexa Single End测序平台，针对数字基因表达谱文库(DGE)样品建库方法，设计了独特的标签序列(index1-12)，通过接头将标签嵌DGE文库的3’接头中，成功的建立了数字基因表达谱标签文库(DGE标签文库)的建库方法，适合任何真核生物RNA样品的DGE标签文库构建，并成功用于solexa测序，不仅增大了DGE样品的测序通量，而且降低了solexa针对DGE测序的费用。 | ||||||
| 3 | 用于产生马库什结构专利权利要求内的虚拟化合物链接库的方法 | CN200980154516.9 | 2009-12-07 | CN102282560A | 2011-12-14 | A·弗利里; E·穆瓦桑; M·诺尔特 |
| 一种机器实施方法，其产生展示与例示性化合物具有特定程度的结构相似性的化学结构集库。从专利提取特定实例。分子结构指纹是针对特定实例进行计算的。从专利数据库取得马库什结构拓朴信息。使用从该专利数据库所提取的马库什结构拓朴信息来列举虚拟链接库。例示性化合物的分子结构指纹相似性是通过将指纹与由随机列举的化合物集合计算的分子指纹进行对比予以识别的。然后选出经随机列举的化学结构的子集合，其展示在针对由例示性化合物计算的指纹使用者所预定的相似性范围内的相似性范围。 | ||||||
| 4 | 在计算机上产生和筛选蛋白质文库 | CN03817360.3 | 2003-05-20 | CN1672160A | 2005-09-21 | 罗培志; 马克·赫斯荷; 钟苹羽; 王才郦; 曹亦成; 刘盛疆 |
| 本发明提供有效产生和筛选蛋白质文库最优蛋白质的方法，所述最优蛋白质具有期望生物学功能，如对在生物学和/或在治疗学上重要的靶分子的改善的结合亲和力。该方法通过挖掘不断膨胀的所有生物、特别是人类的蛋白质序列数据库，以高通量的方式在计算机上进行。在一个实施方案中，一种构建设计蛋白质文库的方法，包含以下步骤：提供来源于前导蛋白质的氨基酸序列，该氨基酸序列称为前导序列；将前导序列与多个试验蛋白质序列比较；和从多个试验蛋白质序列中选择至少两个与前导序列具有至少15％序列同一性的肽片段，所选肽片段形成选中文库；通过用选中文库替代前导序列形成设计的蛋白质的文库。设计的蛋白质的文库可以在体外或体内表达以产生重组蛋白质文库，其可以筛选相对于前导蛋白质如针对在治疗学上重要的靶目标的抗体的新的或改进功能。 | ||||||
| 5 | 鉴定具有相互作用的组分的生物分子的方法、系统和软件 | CN201480018421.5 | 2014-01-29 | CN105144190A | 2015-12-09 | 格雷戈里·艾伦·科普 |
| 本发明提供了用于快速并有效搜索生物学上相关的数据空间的方法。更特别地，本发明提供了用于从复杂的生物分子文库或多组此类文库的中鉴定具有期望的特性的生物分子或最适于获得此类特性的生物分子的方法。本发明还提供了用于对序列-活性关系建模的方法，包括但不限于递加或递减技术(stepwise addition or substraction techniques)、贝叶斯回归、集成回归(ensemble regression)和其他方法。本发明还提供了用于执行本文提供的方法的数字化系统和软件。 | ||||||
| 6 | 基于蛋白A亲和模型构建免疫球蛋白G的亲和配基多肽库及设计方法的应用 | CN201210561815.8 | 2012-12-20 | CN103014880B | 2015-06-24 | 孙彦; 赵韦韦; 刘夫锋; 史清洪 |
| 本发明公开了一种基于蛋白A亲和模型构建免疫球蛋白G的新型亲和配基多肽库及设计方法的应用。根据分子力学/泊松-波尔兹曼溶剂可及表面积方法，在已有的人IgG-蛋白A复合物结构的基础上解析获得与人IgG具有较高亲和作用的蛋白A的关键残基，并构建了蛋白A简化亲和模型，在此基础上构建了IgG的亲和多肽分子库。在肽库的基础上，进一步利用氨基酸定位方法，确定X所代表的氨基酸种类。然后，应用分子对接和分子动力学模拟手段逐步筛选候选多肽。最后，通过亲和色谱实验方法，确定能有效分离纯化IgG的多肽亲和配基。 | ||||||
| 7 | 用于数字基因表达谱的标签及其使用方法 | CN201010299248.4 | 2010-09-21 | CN102409044B | 2014-05-07 | 章文蔚; 张艳艳; 田方; 于竞; 龚梅花 |
| 本发明基于目前illumina公司提供的Solexa？Single？End测序平台，针对数字基因表达谱文库(DGE)样品建库方法，设计了独特的标签序列(index1-12)，通过接头将标签嵌DGE文库的3’接头中，成功的建立了数字基因表达谱标签文库(DGE标签文库)的建库方法，适合任何真核生物RNA样品的DGE标签文库构建，并成功用于solexa测序，不仅增大了DGE样品的测序通量，而且降低了solexa针对DGE测序的费用。 | ||||||
| 8 | 基于蛋白A亲和模型构建免疫球蛋白G的新型亲和配基多肽库及设计方法的应用 | CN201210561815.8 | 2012-12-20 | CN103014880A | 2013-04-03 | 孙彦; 赵韦韦; 刘夫锋; 史清洪 |
| 本发明公开了一种基于蛋白A亲和模型构建免疫球蛋白G的新型亲和配基多肽库及设计方法的应用。根据分子力学/泊松-波尔兹曼溶剂可及表面积方法，在已有的人IgG-蛋白A复合物结构的基础上解析获得与人IgG具有较高亲和作用的蛋白A的关键残基，并构建了蛋白A简化亲和模型，在此基础上构建了IgG的亲和多肽分子库。在肽库的基础上，进一步利用氨基酸定位方法，确定X所代表的氨基酸种类。然后，应用分子对接和分子动力学模拟手段逐步筛选候选多肽。最后，通过亲和色谱实验方法，确定能有效分离纯化IgG的多肽亲和配基。 | ||||||
| 9 | 组合样品库的设计方法和系统 | CN200510030502.X | 2005-10-13 | CN100558948C | 2009-11-11 | 华新雷; 冯希臣 |
| 本发明提供了一种设计组合样品库的方法，使人们可以最大程度地利用已有的知识或给定的假设来减少样品实验的次数或增加固定次数样品实验的有效信息量。本方法包括以下步骤：(1)提供组成样品的多个组分；(2)为每一组分提供变量，该变量在一定间隔取值；(3)为至少一个变量设定至少一个约束条件；(4)产生伪样品；(5)检测该伪样品，确定其是否为合格样品；(6)重复步骤(4)和(5)，直至确定出至少一个合格样品。本发明的方法可避免样品设计时的系统偏差，高效准确。 | ||||||
| 10 | 组合样品库的设计方法和系统 | CN200510030502.X | 2005-10-13 | CN1948559A | 2007-04-18 | 华新雷; 冯希臣 |
| 本发明提供了一种设计组合样品库的方法，使人们可以最大程度地利用已有的知识或给定的假设来减少样品实验的次数或增加固定次数样品实验的有效信息量。本方法包括以下步骤：(1)提供组成样品的多个组分；(2)为每一组分提供变量，该变量在一定间隔取值；(3)为至少一个变量设定至少一个约束条件；(4)产生伪样品；(5)检测该伪样品，确定其是否为合格样品；(6)重复步骤(4)和(5)，直至确定出至少一个合格样品。本发明的方法可避免样品设计时的系统偏差，高效准确。 | ||||||
| 11 | 抗体文库 | CN201180044711.3 | 2011-07-14 | CN103282560B | 2016-08-03 | 马克西米利亚诺·瓦斯克斯; 阿尔温德·西瓦苏布拉马尼亚恩; 迈克尔·费尔德豪斯 |
| 提供了一种方法，该方法克服已知方法中不充分的固有缺点以通过特异性设计具有定向的序列和长度多样性的文库来产生编码抗体的多核苷酸文库。 | ||||||
| 12 | 用于产生马库什结构专利权利要求内的虚拟化合物链接库的方法 | CN200980154516.9 | 2009-12-07 | CN102282560B | 2015-08-19 | A·弗利里; E·穆瓦桑; M·诺尔特 |
| 一种机器实施方法，其产生展示与例示性化合物具有特定程度的结构相似性的化学结构集库。从专利提取特定实例。分子结构指纹是针对特定实例进行计算的。从专利数据库取得马库什结构拓朴信息。使用从该专利数据库所提取的马库什结构拓朴信息来列举虚拟链接库。例示性化合物的分子结构指纹相似性是通过将指纹与由随机列举的化合物集合计算的分子指纹进行对比予以识别的。然后选出经随机列举的化学结构的子集合，其展示在针对由例示性化合物计算的指纹使用者所预定的相似性范围内的相似性范围。 | ||||||
| 13 | 制备肽文库的方法及其用途 | CN200880008365.1 | 2008-03-04 | CN101663668B | 2014-04-02 | E·容; M·亨德里奇 |
| 在不同试验中筛选肽文库提供了同时研究细胞内信号通路、产生试剂深化对通路的了解和产生治疗的新形式的可能性。通过生长刺激作用、生长抑制作用或关键代谢通路的调节，多数(若非全部)生物活性肽(如肽类激素)在健康和疾病中都具有深远的影响。本发明涉及新的生物活性肽、鉴定这些肽的计算机模拟方法及包含这些肽的肽文库。 | ||||||
| 14 | 多样性合成肽和多肽文库的设计和构建 | CN201310472612.6 | 2007-09-28 | CN103541018A | 2014-01-29 | 劳伦斯.霍罗威茨; 拉梅什.R.巴特; 阿伦.L.库尔茨曼 |
| 本发明涉及多样性合成肽和多肽文库的设计和构建。本发明涉及多样性肽和多肽文库的设计和构建。具体而言，本发明涉及使用多重相关参数作为过滤器创建数据集的分析数据库设计方法；还涉及通过定向多重合成寡核苷酸合成(directed multisyntheses oligonucleotide synthesis)来生成序列多样性的方法。本发明使得人们能够基于可个别直接限定的单一或多重相关关键参数，将大型、复杂的附注释的数据库简化成更简单的相关序列数据集。所述方法还使得人们能够基于这种方法，使用离散和简并寡核苷酸的多重合成群集来捕获多种多样的序列群集或其部分，来生成多样性文库。 | ||||||
| 15 | 抗体文库 | CN201180044711.3 | 2011-07-14 | CN103282560A | 2013-09-04 | 马克西米利亚诺·瓦斯克斯; 阿尔温德·西瓦苏布拉马尼亚恩; 迈克尔·费尔德豪斯 |
| 提供了一种方法，该方法克服已知方法中不充分的固有缺点以通过特异性设计具有定向的序列和长度多样性的文库来产生编码抗体的多核苷酸文库。 | ||||||
| 16 | 基于前导抗体的结构构建抗体文库的方法 | CN03817360.3 | 2003-05-20 | CN1672160B | 2010-06-09 | 罗培志; 马克·赫斯荷; 钟苹羽; 王才郦; 曹亦成; 刘盛疆 |
| 本发明提供有效产生和筛选蛋白质文库最优蛋白质的方法，所述最优蛋白质具有期望生物学功能，如对在生物学和/或在治疗学上重要的靶分子的改善的结合亲和力。该方法通过挖掘不断膨胀的所有生物、特别是人类的蛋白质序列数据库，以高通量的方式在计算机上进行。在一个实施方案中，一种构建设计蛋白质文库的方法，包含以下步骤：提供来源于前导蛋白质的氨基酸序列，该氨基酸序列称为前导序列；将前导序列与多个试验蛋白质序列比较；和从多个试验蛋白质序列中选择至少两个与前导序列具有至少15％序列同一性的肽片段，所选肽片段形成选中文库；通过用选中文库替代前导序列形成设计的蛋白质的文库。设计的蛋白质的文库可以在体外或体内表达以产生重组蛋白质文库，其可以筛选相对于前导蛋白质如针对在治疗学上重要的靶目标的抗体的新的或改进功能。 | ||||||
| 17 | 制备肽文库的方法及其用途 | CN200880008365.1 | 2008-03-04 | CN101663668A | 2010-03-03 | E·容; M·亨德里奇 |
| 在不同试验中筛选肽文库提供了同时研究细胞内信号通路、产生试剂深化对通路的了解和产生治疗的新形式的可能性。通过生长刺激作用、生长抑制作用或关键代谢通路的调节，多数(若非全部)生物活性肽(如肽类激素)在健康和疾病中都具有深远的影响。本发明涉及新的生物活性肽、鉴定这些肽的计算机模拟方法及包含这些肽的肽文库。 | ||||||
| 18 | 顺序组合过程的优化 | CN200480026083.6 | 2004-09-10 | CN1853184A | 2006-10-25 | 托尔-摩滕·O.·奥森; 卡尔·H.·兰尼茂姆; 安德鲁·J.·伊恩; 伊凡·沃特奇科夫; 艾图尔·巴斯卡 |
| 一种优化顺序组合过程的方法，该顺序组合过程包括可互换的事件序列，该方法包括用主模型模拟可能的序列选择，并将从主模型得出的信息用于替代模型中，该替代模型以短得多的计算时间近似主模型。替代模型利用一个算法计算所有可能的序列，以从主模型所计算的信息中选择最匹配当前序列的事件的序列，该替代模型遵循优先级化的系统，以便只要有可能，最佳匹配就被使用。来自替代模型的所有结果被比较，以便给出与所需的最优过程结果最接近的结果的被模拟序列可被识别出，并且可能被应用到该过程。通过使优化序列经过主模型作为检查，并且进一步通过将优化序列添加到替代模型在未来的计算中使用的信息中，可提高精度。其中过程的最终结果依赖于过程中的事件被执行的次序的任何顺序组合过程都可以按这种方式来优化，这些过程包括制造过程，例如对工件进行加工、切割、塑造、形成和/或热处理；使材料流经工厂或者使油类或气体流经管道网络，化学和材料科学混合过程、计算生物学建模和队列管理。 | ||||||
| 19 | 약물 가상 탐색 방법과 집중 탐색 라이브러리 구축 방법 및 이를 위한 시스템 | KR1020140167253 | 2014-11-27 | KR101684742B1 | 2016-12-09 | 김완규; 권예지; 이해승 |
| 본발명은타겟단백질이나화합물의구조혹은구조적특성정보를사용하지않고, 다수의약물스크리닝데이터로부터추출한다양한생물학적활성에기반한, 예측정확성이높은약물가상탐색방법, 집중탐색라이브러리구축방법및 이를위한시스템에관한것이다. | ||||||
| 20 | 약물 가상 탐색 방법과 집중 탐색 라이브러리 구축 방법 및 이를 위한 시스템 | KR1020140167253 | 2014-11-27 | KR1020160064291A | 2016-06-08 | 김완규; 권예지; 이해승 |
| 본발명은타겟단백질이나화합물의구조혹은구조적특성정보를사용하지않고, 다수의약물스크리닝데이터로부터추출한다양한생물학적활성에기반한, 예측정확성이높은약물가상탐색방법, 집중탐색라이브러리구축방법및 이를위한시스템에관한것이다. | ||||||
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