CVD和HT的公共健康意义
心血管疾病(CVD)(ICD/10 codes I00-I99，Q20-Q28)包括缺血性(冠状动 脉)心脏病(IHD，CHD)，高血压疾病，脑血管疾病(中风)和风湿热/风湿性心 脏病等(AHA，2004)。HT(ICD/10 I10-I15)定义为收缩压为140mm Hg以上或 舒张压为90mm Hg以上，或服用抗高血压药物(AHA，2004)。除了本身是 CVD，HT是其它CVD诸如IHD，中风和充血性心衰(CHF)的危险因素。对 于有过一次心脏病发作的人中的大约一半和有过一次中风的人中的三分之 二，他们的血压(BP)高于160/95mm Hg。在91％的病例中HT出现在CHF 出现之前(AHA，2004)。
对于HT患者，90-95％的人患有原发性HT，其中潜在的病因未知。原 发性HT指BP持续升高并具有异源性遗传和环境原因。其发病率随年龄上 升，而与BP指标的类型和用于诊断的操作阈值无关。HT与其它心血管危 险因素聚集在一起，诸如腹部肥胖，血脂异常，葡萄糖不耐受，高胰岛素 血症和高尿酸血症，可能是由于常见的潜在病因导致的(Salonen JT et al， 1981，1998，Staessen JA et al，2003)。
在2001年，估计16,600,000或全球死亡总数的三分之一是由各种形式 的CVD导致的(7,200,000是由于HT，5,500,000是由于心血管疾病，另外 3,900,000是由于高血压和其它心脏疾病)。每年至少20,000,000人经历心脏 病发作和中风而存活，其中很大一部分需要昂贵的临床护理，给长期护理 资源带来巨大的负担。需要认识到CVD对于男人、女人和儿童是致命性的 (AHA，2004)。
全世界所有CVD死亡中大约有80％在发展中、低和中收入国家中发生。 估计到2010年，CVD将成为发达和发展中国家中死亡的头号原因。CVD 的增加反映了世界范围饮食习惯，体育活动水平和烟草消费的明显改变， 这是工业化、城市化、经济发展和食品市场全球化的结果(WHO，2004)。这 强调了相对现代的环境或行为风险因子的作用。但是，CVD的发病率和流 行性中的种族差异以及CVD在家族中的多发性提示遗传风险因子起重要作 用。
就残疾调节的生活年时(disability-adjusted life years，DALY)中测定的残 疾而言，CVD造成全球DALY的9.7％，发达国家DALY的20.4％和发展中 国家DALY的8.3％。HT导致全球DALY的1.4％，发达国家DALY的4.7％， 以及发展中国家DALY的0.9％(Murray CJL and Lopez AD，1997)。
基于NHANES III研究(1988-1994)的数据，估计在2001年中， 64,400,000美国人受到一些形式的CVD的影响，对应的患病率为22.6％(男 性为21.5％，女性为22.4％)。其中，50,000,000人患有HT(20％患病率)。对 于患有HT的人，30％不知道他们患有HT；34％正在用药并且其HT受到控 制；25％正在用药但其HT没有受到控制；11％没有用药(AHA，2004)。HT 也是发展中国家的公共健康问题，其中常见的患病率为10％以上并且通常 其与低水平的认识、治疗和控制有关(Fuentes RM et al，2000)。
CVD的花费在美国在2004年估计为$368,400,000,000 ($133,200,000,000用于HT，$53,600,000,000用于中风，$55,500,000,000用于 高血压病)。该图包括健康花费(直接花费)和由于发病和死亡导致的生产力 丧失(间接花费)(AHA，2004)。
原发性HT的病理生理学
推动血液通过循环床的压力通过心脏的泵压作用[心脏输出(CO)]以及 动脉紧张性[外周阻力(PR)]提供。BP的这些一级决定因素的每一种反过来 通过一系列复杂因子的相互作用确定。
影响心脏输出的因素
增加的CO见于可显示高动力循环的一些年轻人的临界高血压。如果其 导致HT，那么CO的增加合理地可能以两种方式增加：由于液体体积(前 负荷)增加或由于心脏的神经刺激导致的收缩力增加。但是，即使其与HT 的引发有关，增加的CO可能不会持续。确定的HT中的常见血液动力学发 现是升高的PR和正常的CO(Cowley AW，1992)。
尽管增加的心率可能不仅仅反映高动力循环或指示交感活性增加，多 项流行病学调查显示心率增加是患HT的独立预测物(Palatini P and Julius S， 1999)。
左心室肥大通常被认为是血管阻力增加的补偿机制。但是，其也可反 映对重复的神经刺激的一级反应，以及由此可以是HT的引发机制(Julius S et al.，1991c)，以及CO的扩增剂，其加强BP由于动脉硬化的升高(Segers P et al.，2000)。
另一种可通过增加CO诱导HT的机制是增加循环液体体积(前负荷)。 但是，在大多数研究中，高BP的受试者的血液体积以及总可交换钠较正常 受试者低(Harrap SB et al.，2000)。即使没有扩增的总体积，血液可重新分布 使得由于较大的外周血管收缩而更多的血液位于中心或心肺部分(Schobel HP et al.，1993)。由此回心静脉血得以增加并且介导CO增加。
过量钠摄入通过增加液体体积和前负荷，由此增加CO而诱导HT (Chobanian AV and Hill M，2000)。试验数据(Tobian L，1991)和流行病学证据 (Stamler J et al.，1997)都支持HT与人体内高钠-钾比例的密切联系。由于工 业化社会中几乎每个人都摄入高钠饮食，仅仅一半人将出现HT的事实提示 对钠的BP敏感性的程度不同(Weinberger MH，1996)。
在健康人中，当BP增加时，钠和水的肾脏分泌增加，使得液体体积减 小，BP回到正常-该现象是压力-尿钠排泄。基于动物试验和计算机模型， 肾脏对体液体积的调节被认为是长期BP控制的主要机制(Guyton AC 1961， 1992)。由此，如果出现HT，压力-尿钠排泄控制机制一定出现问题，否则 BP将回到正常(Cowley AW and Roman RJ，1996)。在患有原发性HT的患者 中，压力-钠分泌曲线的重新设定阻止BP回到正常(Palmer BF，2001)。这种 压力-尿钠排泄需要BP增加来维持液体平衡。压力-尿钠排泄关系可通过神 经和体液因素包括肾素-血管紧张素系统(RAS)，交感神经活性，心房尿钠因 子，花生四烯酸代谢物，以及肾内一氧化氮来调节(Moreno C et al.，2001； Majid DS et al.，2001)。主要的调节物可能是RAS(Hall JE et al.，1999；van Paassen P et al.，2000)，当血管紧张素II的浓度远远低于外周血管收缩所需 的浓度时肾钠重吸收增加。血管紧张素II仅仅作用于血管平滑肌和肾皮质， 但也在心、肾和中枢以及自主神经系统内起作用。这些作用放大了它对外 周血管系统的容量保持以及血管收缩作用，由此影响CO和PR。此外，血 管紧张素II独立于其对BP的作用而诱导细胞生长和肥大(Su EJ et al.， 1998)。此外，血管紧张素II似乎诱导血管平滑肌细胞中的炎性反应 (Kranzh_fer R et al.，1999)，同时活化细胞核因子k-B(Luft FC，2001)和黏附 分子-1表达(Tummala PE et al.，1999)，其可能与动脉粥样硬化直接相关。
压力可直接活化交感神经系统(SNS)；SNS的过度活性反过来可与高钠 摄入，RAS，胰岛素抗性以及其它可能的机制相互作用。大量证据支持早期 HT中SNS活性增加(Esler M et al.，2001)，并且更为注目的是，在高血压亲 代的目前血压正常(still-normotensive)后代中，其中大量的人很可能患HT。 无论SNS活性在HT发病机理中的具体作用是什么，其似乎与高血压患者 在早晨时间的心血管发病率和死亡率增加有关。肾上腺素水平在清醒后增 加并且去甲肾上腺素在站立时剧烈增加(Dodt C et al.，1997)。作为SNS活性 增加的后果，BP突然并明显增加，并且这种增加至少部分导致早晨时间中 的猝死、心脏病发作以及中风增加。增加的交感活性可能也导致许多高血 压患者中心率的增加，以前注意到其与增加的心血管死亡率相关。
影响外周阻力的因素
HT通过增加的PR得以维持，主要是由于减小的动脉腔大小或半径。 根据Poiseuille定律，血管阻力与血液粘度以及动脉系统的长度正相关，与 血管腔半径的三次幂负相关。由于粘度和长度改变不大，并且由于血管腔 半径的小变化可具有主要影响，很明显见于确定的HT中的增加的血管阻力 必然反映小阻力动脉和小动脉的直径变化(Folkow B et al.，1970)。由于增加 的血管壁厚度-管腔直径比例，较高的管壁压力和管腔内压力在阻力血管受 到刺激时出现。
在HT中，小动脉经过功能、结构和机械改变，导致管腔大小减小且外 周阻力增加(Mulvany MJ，2002；Intengan HD and Schiffrin EL.2001)。功能改 变包括增强的反应性或受损的松弛，并反映激发-收缩偶联中的改变，血管 平滑肌细胞的电学性质的改变，或内皮细胞功能不良(Johns DG et al，2000； Feldman RD and Gros R，1998)。主要的结构改变包括由于增加的细胞生长， 细胞外基质沉积和炎症导致的重构(Mulvany MJ，2002；Intengan HD and Schiffrin EL，2001；Brasier AR，2002)。血管平滑肌细胞对于这些事件是重要 的并且在HT中出现的改变的潜在动力学过程中起根本性作用。
HT中血管改变与体液和机械因素相关，所述因素调节信号事件，导致 介质的细胞组分的异常功能以及生长(Touyz RM，2000；Koller A，2002)。HT 中调节动脉的体液因子包括血管收缩因子诸如血管紧张素II，内皮素-1，儿 茶酚胺和血管加压素；血管扩张因子诸如一氧化氮，内皮来源的高度极化 因子和利尿钠肽；生长因子诸如胰岛素样生长因子-1，血小板来源的生长因 子(PDGF)，表皮生长因子(EGF)和碱性纤维母细胞生长因子；以及细胞因子 诸如转化生长因子-[β]，肿瘤坏死因子和白介素(Touyz RM，2000)。影响HT 中的脉管系统的机械因子包括切应力，壁应力和压力自身的直接作用 (Touyz RM，2000；KollerA，2002)。除了这些因子，越来越多的证据表明作为 细胞间和细胞内信号分子的反应性氧种类(ROS)调节血管张力和结构 (Wilcox CS，2002；Berry C et al，2001)。
最近在血管紧张素II信号领域中的进展是以下情形的实证，即在其血 管收缩性质以外，血管紧张素II具有有力的促有丝分裂样和促炎样性质。 这些作用通过非受体酪氨酸激酶和受体酪氨酸激酶的磷酸化介导(Touyz RM，2003)。许多导致HT中的异常血管功能的信号事件受到细胞内氧化还 原状态的影响也越来越明显。具体的，ROS的生物利用度增加刺激生长-信 号途径，诱导促炎基因的表达，改变收缩-激发偶联以及损伤内皮功能(Touyz RM，2003)。
与各种HT相关功能和结构改变一致，动脉变得僵硬或弹性降低。血管 僵硬度随年龄逐渐增加(Slotwiner DJ et al.，2001)并且导致与舒张压相比收 缩压逐渐增加，导致脉压的典型增加，其现在被认为是心血管风险的主要 决定因素(Beltran A et al.，2001)。僵硬度和弹性的测定已经显示是患HT的独 立预测物(Liao D et al.，1999)以及HT患者中心血管风险的标志(Blacher J et al.，1999)。反映在BP脉搏情况中的大动脉的物理特征的改变不仅改变BP 和脉压，也改变心脏工作和效能。
导致BP升高的病理生理机制的复杂性使得选择性、基于机械的抗高血 压治疗在任何高血压患者中几乎不可能。HT在中年人和老年人中高度流 行，并且在这些个体中控制BP的成功率很低。目前的治疗方针主要推荐治 疗HT的一般性方法，很少强调基于BP升高的潜在病理生理学来选择疗法 (Chobanian AV et al，2003；ESH/ESC，2003)。随着具体原因的认识增加，有可 能开发针对特定病理生理机制的选择性疗法，其几乎没有副作用，导致更 加有效的BP降低。有效的新遗传学、基因组学和蛋白质组学的技术与系统 生理和人群研究组合，将在随后的数十年中使得产生对于治疗甚至预防HT 更具有选择性和有效性的措施成为可能(Oparil S et al，2003)。
原发性HT：一种多基因疾病
细胞核家族研究显示家族中的BP相似性高于家族间的BP相似性，遗 传度估计为0.20-0.46(Fuentes RM，2003)。双胞胎研究记载了在单卵双胞 胎中的BP一致性大大高于在双卵双胞胎中的情况，估计最高的遗传度为 0.48-0.64(Fuentes RM，2003)。收养研究显示在同一家庭中生活的生物学同 胞间的BP一致性大大高于收养性同胞间的情况，估计遗传度为0.45-0.61 (Fuentes RM，2003)。
单个基因对于BP可具有主要影响，导致少见的高和低BP的Mendelian 形式(Lifton RP et al，2001)。尽管可鉴定的单基因突变导致仅仅一小部分HT 病例，研究这些罕见疾病可说明倾向于更为常见形式的HT的病理生理机制 并可提示新的治疗方法(Lifton RP et al，2001)。目前描述了10种导致人HT 的Mendelian形式和9种导致高血压的基因的突变(Lifton RP et al，2001； Wilson FH et al，2001)。这些突变通过改变肾盐处理而影响BP，支持了HT 的出现有赖于遗传决定的肾功能不良以及导致的盐和水潴留的假说(Guyton AC，1991)。重要的是，所有目前鉴定的单基因HT综合征是由导致肾盐潴 留的缺陷引起的，而所有低BP综合征具有共同的过量肾盐损失的机制 (Hopkins PN and Hunt SC，2003)。
研究得最好的HT的单基因病因是Liddle综合征，这是一种罕见但在临 床上重要的疾病，其中上皮钠通道的组成型活化易发生严重的治疗抗性HT (Shimkets RA et al，1994)。研究上皮钠通道活化发现通道的β或γ亚基中有 突变，导致在肾收集管水平的不当钠储留。患有Liddle综合征的患者通常 显示容量依赖型低肾素且低醛固酮型HT。
在大多数病例中，HT由遗传，环境和人口统计学因素的复杂相互作用 造成。遗传分析的技术的改进，尤其是候选基因关联研究和全基因组的连 锁分析(全基因组扫描，GWS)，使得可对人群中原发性HT的发展有作用 的基因进行搜索。
目前为止，候选基因方法提供了比看似影响BP的基因变体的连锁法更 多的实例。考虑的合理候选基因包括与已知参与BP控制的生理系统相关的 基因以及已知在小鼠模型中影响BP的基因。目前已经对超过80种候选基 因进行HT评估(Fuentes RM，2004，未发表的综述)。但是，仅仅广泛地复制 了三种基因与HT的关联：血管紧张素原前体(AGT)，内收蛋白1(ADD1)和 鸟嘌呤核苷酸结合蛋白，β-3亚基(GNB3)(Hopkins PN and Hunt SC，2003)。 影响HT治疗的基因-环境相互作用已经显示在AGT，ADD1和盐摄入减少之 间(Hunt SC et al，1998；Hunt SC et al，1999；Cusi D et al，1997)，以及ADD1， GNB3和利尿治疗之间(Cusi D et al，1997；Turner ST et al，2001)。影响HT风 险发展的基因-基因相互作用已经显示在ADD1和ACE基因I/D多态性之间 (Staessen JA et al，2001)。目前从候选基因研究中学习到的教训包括由于许多 研究的统计学力量有限造成的缺点，一组人群与另一组人群的预期变异， 对研究受试者进行更好的表型分型的需要，对HT人群发病率的基因研究的 影响相对较小，对于目前为基于基因型进行治疗建议而研究的任何基因缺 乏足够的后果确定性(Hopkins PN and Hunt SC，2003)。
据报道目前超过30项GWS研究可鉴定BP/HT的基因座(Fuentes RM， 2004，未发表的综述)。一些研究利用家族，其它受影响的或不相似的同胞 对。已经在每条染色体上观察到具有至少对BP/TH有指示性的LOD分数的 连锁基因座。也许最明显的是缺乏一贯连锁的基因座。Koivukoski L et al， 2004在染色体2p12-q22.1和3p14.1-q12.3上发现BP/HT易感性区域的证据， 其在将基因组-搜索荟萃分析法(GSMA)应用于对来自高加索人群的BP(n＝ 5)和HT(n＝4)的9次已发表全基因组扫描时在每个单独的研究中具有轻微 或不显著的连锁。这可用于显示人HT的异质性以及意图比较利用不同方法 学进行的研究的潜在缺点。
群体遗传学的机会
以前涉及HT遗传病因学的医学研究在很大程度上基于人中的回顾性 病例-对照和家族研究以及遗传修饰的动物中的研究进行。如仅在最近认识 到的，回顾性病例-对照研究倾向于存活和选择偏倚，并且他们已经产生出 无数有偏倚的发现，涉及大量候选基因。常用的方法是比较受影响和不受 影响的人之间的基因表达。基因表达研究，通常是代表性的，却不能分离 原因和结果。来自涉及HT的动物模型的发现不能泛化到人类，这是由于人 中的病理生理学是独特的。动物研究的不适宜性是遗传流行病学研究成为 说明人类疾病的遗传病因学的最重要手段的主要原因。
在人中的回顾性队列研究克服了这些问题。GWS和测序技术以及数据 分析方法中的进展使得试图鉴定复杂的多因素特征中的责任基因，并以新 的精密度深入分析这些疾病中的遗传倾向性以及环境/生活方式因素的角色 成为可能。遗传和环境以不同方式影响整个生命期，并且仅在遗传信息数 据组中的纵向研究允许研究所述影响。在疾病基因发现中群体遗传学方法 超过其它方法学的主要优势是其将产生在人中有效的诊断标记。
导致主要的公共健康问题诸如HT的基因的鉴定现在通过以下在分子 生物学、群体遗传学和生物信息学中的最近进展而成为可能：1.新的基因分 型平台的可用性将明显降低操作费用并增加通过量；2.利用致密标记图谱 的基因组扫描的应用；3.利用新的强有力的统计学方法的数据分析，其利用 单元型共享分析检测连锁不平衡，和4.认识到数量小于以前认定数量的遗 传标记足以在遗传同质人群中进行基因组扫描。
利用微卫星标记的传统GWS与连锁分析在造成常见疾病的基因的发现 中不成功。该失败部分由于用于GWS中的遗传标记数目非常小，部分由于 被研究人群异质性非常高。随着人类基因组计划和基因分型技术的进展， 第一致密标记图谱最近已经可用于描绘整个人类基因组。Jurilab使用的微 阵列包括超过100,000个单核苷酸多态性(SNP)标记的探针。这些SNP形成 标记图谱，其首次包括足以用来发现导致HT的大多数疾病基因的整个基因 组。
东芬兰奠基者人群的遗传同质性
芬兰人来自大约4,000和2,000年前发生的两次人类移民潮。与其它欧 洲人群相比，芬兰人的Y染色体单元型和线粒体序列显示较低的遗传多样 性，证实了芬兰的长期隔离(Sajantila A et al，1996)。在400多年前的King Gustavus of Vasa(1523-1560)时期，内部移民产生了区域性亚隔离，即后来 的定居(Peltonen L et al，1999)。其中最为分离的是东芬兰人。
东芬兰人群是已知最具有遗传同质性的分离人群，其足够大可进行有 效的基因发现程序。同质性的原因是：人群年龄较轻(较少代数)；奠基人 较少；长期地理隔离；和由于战争，饥荒，和致命性疾病的流行导致的人 口瓶颈。
由于东芬兰人群的遗传同质性，在重要疾病倾向基因中存在较少的突 变，并且受影响的个体共享相似的遗传背景。由于较强的连锁不平衡(LD)， 与其它人群中的情况相比，较少的SNP和较少的受试者是GWS所需的。
发明概述
本发明涉及单核苷酸多态性(SNP)标记，所述标记和与改变的HT风险 相关的单元型的组合、以及所述标记或单元型位于其中或相接近的HT相关 基因。所述SNP标记可与增加的HT风险或降低的HT风险相关，即对HT 具有保护性。本文中“预测”或风险表示所述风险增加或降低。
因此本发明提供与HT相关的单个SNP标记，以及SNP标记与HT相 关遗传区域中的单元型的组合，本领域已知但是不知道其与HT相关的基 因，估计个体对HT易感性或倾向性的方法，以及利用HT风险基因中的多 态性预测HT临床过程和治疗功效的方法。因此，本发明提供基于公开的 HT相关SNP标记、SNP标记、单元型和基因的组合的新方法和组合物。
本发明还涉及估计个体对HT易感性或倾向性的方法，包括检测SNP 标记和单元型的存在，或表2到8所示的HT风险基因的表达的改变，以及 所述HT风险基因编码的多肽中的改变。所述改变可为量的和/或质的。
本发明还涉及估计个体对HT易感性或倾向性的方法。所述估计个体对 HT易感性或倾向性的方法包括检测个体核酸中风险单元型的存在。
本发明还涉及估计个体中对HT易感性的试剂盒，整体上或部分包括： 用于扩增包含SNP标记的核酸片段的扩增剂，用于对SNP标记进行基因分 型的检测剂，以及用于数据分析和风险评估的解释软件。
一方面中，本发明涉及诊断HT倾向性的方法。所述诊断个体中的HT 倾向性的方法包括检测HT预测性SNP标记的存在，以及检测与所述标记 相关的基因的表达中的改变。所述表达中的改变可为量的和/或质的。
本发明另一目的是通过检测受试者生物样品中的SNP标记来鉴定HT 风险的方法。从所述方法获得的信息可与涉及个体的其他信息相结合，例 如血液检测，临床检验和调查问卷所得的结果。血液检测包括但不限于确 定血浆或血清胆固醇和高密度脂蛋白胆固醇。通过调查问卷收集的信息包 括涉及性别，年龄，家族和医学历史，诸如HT和糖尿病家族史的信息。通 过检查收集的临床信息包括例如涉及身高、体重、臀围和腰围，收缩和舒 张BP，以及心率的信息。
本发明的方法允许在疾病开始或之前精确诊断HT，由此降低或最小化 HT的致衰弱作用。所述方法可用于没有HT临床症状和表征的人，已经患 有临床HT的人，具有HT家族史的人或者HT风险因子水平升高的人。
本发明还提供诊断个体中对HT易感性的方法。所述方法包括筛选预测 HT的风险单元型，与其在一般人群中存在的频率相比，其在易患HT的个 体中存在的频率更高，其中风险单元型的存在指示HT易感性。“风险单元 型”也可与降低的而不是升高的HT风险相关。“风险单元型”意图包括本 文关于显示出与HT的高相关性的标记所描述的单元型或单元型组合。用于 诊断个体中的HT易感性的试剂盒也包括在内。
本领域熟练技术人员容易认识到对个体核酸中一或数个本发明的SNP 标记中存在的核苷酸的分析，可通过能确定多态性位点中存在的核苷酸的 任何方法或技术来进行。如本领域明显可见，存在SNP标记中的核苷酸可 从两条核酸链之一或两条链中确定。
本发明的主要应用涉及预测患HT风险高的人。确定对HT有贡献的遗 传因素的诊断试验可与用于确定个体相对于一般人群的风险的已知临床风 险因素一起或单独使用。鉴定HT风险个体的更好的方法将导致更好的预防 性和治疗性方案，包括更积极地管理现有的临床风险因素以控制HT后遗 症，所述因素诸如吸烟，高胆固醇血症，升高的LDL胆固醇，低LDL胆固 醇，HT和升高的BP，糖尿病，葡萄糖不耐受，胰岛素抗性和代谢综合症， 肥胖症，缺乏体育运动，以及炎性组分如增加的C反应蛋白水平或其他炎 性标记所反映的。遗传风险的信息可被医师利用来帮助说服具体的患者调 节生活方式(例如停止吸烟，减少热量摄入，增加运动)。最后，预防性措 施的目的在于降低血压，诸如减轻体重，减少盐和酒精摄入，均可更好地 激励患者并基于HT的分子亚诊断来进行选择。
本发明的另一目的是提供选择人类受试者来研究药物抗高血压效果的 方法。
本发明的另一目的是选择受试者供检测抗高血压药物的临床试验的方 法。
本发明的另一目的是提供利用HT风险基因中的多态性预测HT临床过 程以及治疗功效的方法。本发明的基因，基因产物以及药剂还可用于治疗 HT，用于监测治疗效果，以及用于药物开发。也可提供用于HT诊断、治 疗和预后的试剂盒。
发明详述
代表性目标人群
HT风险个体是具有至少一个HT风险因子的个体，诸如HT家族史， 中心性或其他类型的肥胖，缺乏体育运动，高钠摄入，高饱和脂肪摄入， 低钾和/或镁摄入，低HDL胆固醇，糖尿病，葡萄糖不耐受，胰岛素抗性和 代谢综合征，升高的炎症标记，以及具有一或多种HT风险SNP标记的风 险等位基因或单元型。
本发明另一实施方案中，HT风险个体是HT风险基因中具有增加风险 的等位基因的个体，其中多态性的存在表明对HT的易感性。本文术语“基 因”指包含位于多肽编码序列上游、和下游以及其中的所有调节性元件， mRNA的5’和3’非翻译区，以及整个多肽编码序列，包括基因的所有外显 子和内含子序列(也包括可变剪接的外显子和内含子)的整体。
风险等位基因和风险单元型的评估
遗传标记是位于与HT相关的“多态性位点”的特定的“等位基因”。 人群中超过一种序列是可能的核苷酸位置在本文称为“多态性位点”。如果 多态性位点的长度是单个核苷酸，那么所述位点为SNP。例如在具体的染 色体位点，人群的一个成员具有腺嘌呤，人群的另一个成员在相同的位点 具有胸腺嘧啶，那么该位点是多态性位点，并且更具体地，所述多态性位 点是SNP。多态性位点的长度由于插入、缺失、转变或转位而可以是数个 核苷酸。该序列就多态性位点而言的每个版本在本文都称为多态性位点的 “等位基因”。因此，在上文所述的实例中，SNP允许腺嘌呤等位基因也允 许胸腺嘧啶等位基因。
通常，将特定的基因称为参比核苷酸序列。与参比不同的等位基因称 为“变体”等位基因。参比核苷酸序列编码的多肽是具有特定的参比氨基 酸序列的“参比”多肽，变体等位基因编码的多肽称为具有变体氨基酸序 列的“变体”多肽。
核苷酸变体可以是导致影响多肽性质的改变。这些序列差异，与参比 核苷酸序列相比，包括插入，缺失，转变和取代：例如插入、缺失或转变 可导致移码，产生改变的多肽；至少一个核苷酸的取代可导致过早的终止 密码子，氨基酸改变或异常mRNA剪接；数个核苷酸缺失，导致所述核苷 酸编码的一或多个氨基酸的缺失；数个核苷酸的插入，诸如通过不等重组 或基因转变，导致读码框的编码序列的中断；整个或部分序列的复制；转 座；或核苷酸序列的重排，如上文详细所述。所述序列变化改变HT易感性 基因编码的多肽。例如，基因中导致相应多肽氨基酸序列改变的核苷酸改 变可改变多肽的生理特征，导致其具有改变的生物活性/功能，分布或稳定 性。
或者，核苷酸序列变体可造成影响基因转录或其mRNA翻译的改变。 位于基因调节区域的多态性位点可导致基因的转录改变，例如由于改变的 组织特异性，改变的转录速率或对转录因子的改变的响应。位于对应基因 mRNA的区域中的多态性位点可导致mRNA的翻译改变，例如通过诱导 mRNA的稳定的二级结构和影响mRNA的稳定性。所述序列改变可改变HT 易感性基因的表达。
如本文所述“单元型”指遗传标记(“等位基因”)的任何组合，诸如 表3，4，5，7和8中所述的那些。单元型可包括两个或更多等位基因。
如本领域熟练技术人员所认识到的，相同的单元型可通过由不同链确 定定义等位基因的单元型来不同地描述，例如本发明描述的单元型 rs2221511，rs4940595，rs1522723，rs1395266(A T C C)与单元型rs2221511， rs4940595，rs1522723，rs1395266(TAGG)相同，其中等位基因自另一条链 测定，或与单元型rs2221511，rs4940595，rs1522723，rs1395266(TTCC)相同， 其中第一等位基因从另一条链测定。
本文所述的单元型，例如具有诸如表3，4，5，7和8所示的标记，在 患HT的个体中发现的频率高于在不患有HT的个体中发现的频率。因此， 这些单元型对于检测HT或个体对HT的易感性具有预测价值。因此，检测 单元型可通过本领域已知用于检测位于多态性位点的序列的方法来完成。
应理解，本发明描述的HT相关风险等位基因和风险单元型可与位于本 发明的HT相关基因中的其他“多态性位点”相关。这些其他HT相关多态 性位点可等同地用作遗传标记或甚至更可用作病因性变异，用于解释观察 到的本发明的风险等位基因和风险单元型与HT的相关性。
在本发明描述的某些方法中，具有HT风险的个体是其中的风险等位基 因或风险单元型被鉴定的个体。一个实施方案中，风险等位基因或风险单 元型是赋予显著HT风险的等位基因或单元型。一个实施方案中，与等位基 因或单元型相关的显著性作为让步比测定。另一实施方案中，显著性通过 百分比测定。一个实施方案中，显著风险作为至少约1.2的让步比测定，包 括但不限于：0.1，0.2，0.3，0.4，0.5，0.6，0.7，0.8，0.9，1.2，1.3，1.4，1.5，1.6，1.7， 1.8，1.9，2.0，2.5，3.0，4.0，5.0，10.0，15.0，20.0，25.0，30.0和40.0。另外的实施 方案中，风险的显著增加或降低是至少约20％，包括但不限于约25％，30％， 35％，40％，45％，50％，55％，60％，65％，70％，75％，80％，85％，90％，95％和 98％。其他实施方案中，风险的显著增加是至少约50％。但是应理解，鉴 定风险在医学上是否显著也有赖于多种因素，包括具体的疾病，等位基因 或单元型，并通常包括环境因素。
HT风险基因中的风险单元型或包含HT风险基因的一部分的风险单元 型是与其在健康个体(对照)中的存在频率相比，更频繁存在于有HT风险 (受影响)个体中的单元型，并且其中单元型的存在指示HT或HT易感性。
优选实施方案中，所述方法包括评估个体中HT风险基因中或包含HT 风险基因的一部分的SNP的存在或频率，其中与健康对照个体相比SNP的 过量或更高频率表明所述个体患有HT，或者对HT易感。见例如表3，4， 5，7和8中的SNP，其可形成可用作筛选工具的单元型。这些SNP标记可 在风险单元型中鉴定。例如，风险单元型可包括微卫星标记和/或SNP，诸 如表3，4，5，7和8中所示的。单元型的存在指示HT，或HT易感性，由 此表明个体落入本发明所述治疗方法的目标人群中。
因此，本发明的方法具体涉及定义以下指示HT的风险单元型的一或数 种SNP标记的检测：
1)rs4845303(A/T)(SEQ ID NO：980)，rs6428195(C/G)(SEQ ID NO：1030) 和rs1935659(A/G)(SEQ ID NO：637)，其定义单元型ACG；
2)rs1997454(A/G)(SEQ ID NO：656)，rs2139502(A/G)(SEQ ID NO：709) 和rs1519991(A/C)(SEQ ID NO：542)，其定义单元型AGC；
3)rs1521409(A/G)(SEQ ID NO：544)，rs10511365(C/T)(SEQ ID NO：316) 和rs10511366(C/T)(SEQ ID NO：317)，其定义单元型ACT；
4)rs7679959(C/G)(SEQ ID NO：1178)，rs10517338(C/G)(SEQ ID NO：381) 和rs959297(A/T)(SEQ ID NO：1338)，其定义单元型CGA；
5)rs2278677(A/G)(SEQ ID NO：749)，rs3 886091(C/G)(SEQ ID NO：899)， rs1998167(A/G)(SEQ ID NO：657)，rs1998168(A/G)(SEQ ID NO：658) 和rs2235280(A/G)(SEQ ID NO：740)，其定义单元型GCAGG；
6)rs10521062(A/C)(SEQ ID NO：404)，rs10512296(A/G)(SEQ ID NO： 331)，rs1924001(C/G)(SEQ ID NO：633)和rs2417359(A/G)(SEQ ID NO：784)，其定义单元型AACG；
7)rs10508933(C/G)(SEQ ID NO：289)，rs10509071(A/G)(SEQ ID NO：295) 和rs10490967(A/G)(SEQ ID NO：94)，其定义单元型GGA；
8)rs10508771(A/T)(SEQ ID NO：286)，rs3006608(C/T)(SEQ ID NO：854)， rs10508773(C/T)(SEQ ID NO：287)和rs950132(C/T)(SEQ ID NO： 1325)，其定义单元型TCCC；
9)rs1386486(C/T)(SEQ ID NO：472)，rs1386485(A/C)(SEQ ID NO：471)， rs1386483(A/G)(SEQ ID NO：470)和rs7977245(C/T)(SEQ ID NO： 1212)，其定义单元型CAGT；
10)rs276002(A/G)(SEQ ID NO：814)和rs274460(A/G)(SEQ ID NO： 810)，其定义单元型AA；
11)rs1245383(A/G)(SEQ ID NO：430)，rs2133829(C/T)(SEQ ID NO：707)， rs2173738(C/T)(SEQ ID NO：722)，rs2050528(C/T)(SEQ ID NO：677) 和rs202970(C/T)(SEQ ID NO：671)，其定义单元型GCTTC；
12)rs1395266(C/T)(SEQ ID NO：476)，rs931850(A/G)(SEQ ID NO：1303) 和rs1522722(C/T)(SEQ ID NO：547)，其定义单元型TAC；
13)rs2221511(A/G)(SEQ ID NO：733)，rs4940595(G/T)(SEQ ID NO：986)， rs1522723(C/T)(SEQ ID NO：548)和rs1395266(C/T)(SEQ ID NO： 476)，其定义单元型ATCC；
14)rs2825555(A/G)(SEQ ID NO：819)，rs2825583(C/T)(SEQ ID NO：820)， rs2825601(A/G)(SEQ ID NO：821)，rs2825610(G/T)(SEQ ID NO：822) 和rs1489734(A/G)(SEQ ID NO：532)，其定义单元型ATGGA
监测治疗进展
本发明还涉及监测HT治疗对一或多种HT风险基因的表达(例如相对 或绝对表达)的有效性的方法。HT易感基因mRNA，其编码的多肽，或所 编码多肽的生物活性可在外周血或其衍生细胞的样品中检测。评估多肽的 表达水平或生物活性可在利用HT治疗剂进行治疗之前和之中进行。
或者，HT治疗的有效性可通过监测与表6所示HT风险基因编码的一 或多种多肽相关的生物网络和/或代谢途径来跟踪。检测生物网络和/或代谢 途径可通过例如在治疗之前和之中测定来自血浆蛋白质组的一或多种多肽 和/或通过测定来自血浆代谢组的一或多种代谢物来进行。治疗的有效性可 在利用HT治疗剂的治疗之后通过比较生物网络和/或代谢途径中观察到的 改变与得自健康受试者的数据来评估。
例如，本发明的一个实施方案中，可评估作为目标人群成员的个体对 利用HT抑制剂的治疗的响应，这可通过在普通或特定细胞亚级分或细胞亚 级分组合中在外周血中检验HT风险基因编码的多肽的生物活性，或HT风 险基因编码的多肽或mRNA的绝对和/或相对水平来进行。
此外，HT风险基因中或与之接近(在1-100kb之内)的变异诸如单 元型或突变可用于鉴定具有较高的HT风险的个体以增加药剂用于预防或 治疗HT或其并发症的临床试验的力量或效力。所述单元型和其他变异可用 于在临床试验中排除或分开在其HT中很可能涉及其他途径的患者，以富集 具有与受检治疗相关的途径的患者和提高临床试验的效力和灵敏度。所述 变异可用作遗传药理学试验来指导个体的药剂选择。
引物，探针和核酸分子
“探针”或“引物”是以碱基特异性方式与核酸分子的互补链杂交的 寡核苷酸。“碱基特异性方式”指两条序列必须具有足以使引物或探针杂交 的核苷酸互补性程度。因此，所述引物或探针序列无需与模板序列完全互 补。非互补碱基或经修饰的碱基可散布在引物或探针之中，条件是碱基取 代不抑制杂交。核酸模板也可包括与引物或探针具有不同程度互补性的“非 特异性引发序列”或“非特异性序列”。所述探针和引物包括多肽核酸 (Nielsen PE et al，1991)。
探针或引物包括与本发明的核酸的至少约15，例如约20-25个，在某 些实施方案中约40，50或75个连续核苷酸杂交的核酸区域，诸如包含连 续核酸序列的核酸。
优选实施方案中，探针或引物包含100或更少的核苷酸，在某些实施 方案中，为6-50个核苷酸，例如12-30个核苷酸。其他实施方案中，探 针或引物与连续核酸序列或所述连续核苷酸序列的互补序列具有至少70％ 的同一性，例如至少80％的同一性，某些实施方案中，至少90％的同一性， 其他实施方案中，至少95％的同一性，或甚至能选择性地与该连续核酸序 列或该连续核苷酸序列的互补序列杂交。通常，所述探针或引物还包含标 记，例如放射性同位素，荧光化合物，酶，或酶辅因子。
本发明的反义核酸分子可利用例如在GenBank数据库中可得的核苷酸 序列设计，所述核苷酸序列是表6的HT相关基因以及含有表2-5和7- 11所示多态性位点的核苷酸序列。反义寡核苷酸可利用化学合成和酶连接 反应利用本领域已知的方法进行。例如，反义核酸分子(例如反义寡核苷 酸)可利用天然存在的核苷酸或以不同方式修饰的核苷酸通过化学方法合 成，所述修饰设计为增加分子的生物稳定性或增加反义和有义核酸之间形 成的双链体的物理稳定性，例如可使用硫代磷酸酯衍生物和吖啶取代的核 苷酸。或者，反义核酸分子可利用其中以反义方向(即从插入的核酸分子 转录的RNA对于目的靶核酸而言是反义方向的)亚克隆了核酸分子的表达 载体来通过生物方法进行制备。
本发明描述的表6的HT相关基因的核酸序列也可用于与患者中的内源 性DNA序列比较以鉴定遗传疾病(例如对HT的倾向性或易感性)，以及作 为探针，诸如用于杂交和发现相关DNA序列或自样品提取已知序列。所述 核酸序列可进一步用于衍生引物用于遗传识别，利用DNA免疫技术激发抗 多肽抗体，以及作为抗原激发抗DNA抗体或引发免疫应答。本文鉴定的核 苷酸序列的部分或片段(以及相应的完整基因序列)可以多种方式作为多 核苷酸反应剂使用。例如，这些序列可用于：(i)在染色体上绘制它们各自 的基因；并由此定位与遗传疾病相关的基因区；(ii)从微小生物样品鉴定个 体(组织分型)；和(iii)辅助生物样品中的法医学鉴定。此外，本发明的核 苷酸序列可用于鉴定和表达用于分析、定性或治疗用途的重组多肽，或作 为其中表达相应多肽的组织的标记，表达可为组成性的，在组织分化中的， 或在疾病状态中的。所述核酸序列还可用作本文所述的筛选和/或诊断试验 中的反应剂，并也可被包含作为试剂盒(例如反应试剂盒)的组分，用于 本文所述的筛选和/或诊断试验中。
多克隆和单克隆抗体
也提供了特异性结合基因产物的一种形式但不结合基因产物的其他形 式的多克隆和/或单克隆抗体。也提供了结合变体或参照基因产物中含有多 态性位点的部分的抗体。本文中术语“抗体”指免疫球蛋白分子和免疫球 蛋白分子的免疫活性部分，即含有特异性结合抗原的抗原结合位点的分子。 特异性结合本发明多肽的分子是结合所述多肽或其片段，但基本上不结合 天然含有所述多肽的样品例如生物样品中的其他分子的分子。免疫球蛋白 分子的免疫活性片段的实例包括F(ab)和F(ab′)片段，其可通过利用酶诸如 胃蛋白酶处理抗体来产生。本发明提供结合本发明多肽的多克隆和单克隆 抗体。本文中术语“单克隆抗体”或“单克隆抗体组合物”指含有仅一种 类型的抗体结合位点的抗体分子的群体，所述抗原结合位点能与本发明多 肽的具体表位发生免疫反应。单克隆抗体组合物由此典型的显示对可与其 发生免疫反应的本发明具体多肽的单结合亲和力。
多克隆抗体可如本领域熟练技术人员已知的那样通过用合意的免疫 原，例如本发明的多肽或其片段来免疫适宜受试者来制备。经免疫的受试 者中的抗体滴度可随时间通过标准技术诸如利用酶联免疫吸附测定(ELISA) 利用固定的多肽来监测。如果需要，针对所述多肽的抗体分子可自哺乳动 物(例如从血液)分离，并通过已知技术诸如蛋白A层析进一步纯化，以 获得IgG级分。在免疫后的适宜时间，例如抗体滴度最高时，产抗体细胞 可自受试者获得并用于通过标准技术制备单克隆抗体，所述技术诸如杂交 瘤技术(Kohler G and Milstein C，1975)，人B细胞杂交瘤技术(Kozbor D et al， 1982)，EBV-杂交瘤技术(Cole SP et al，1994)，或三交瘤技术(Hering S et al， 1988)。为了制备杂交瘤，将永生细胞系(通常是骨髓瘤)与来自用上述免 疫原进行免疫的哺乳动物的淋巴细胞(通常是脾细胞)融合，并对所得杂 交瘤细胞的培养物上清进行筛选，鉴定产生与本发明的多肽结合的单克隆 抗体的杂交瘤。
用于融合淋巴细胞和永生化细胞系的任何许多已知方案可用于产生本 发明多肽的单克隆抗体的目的(Bierer B et al，2002)。此外，本领域普通技术 人员将理解，所述方法有很多有用的变异形式。
作为制备单克隆抗体分泌型杂交瘤的替代，可通过利用所述多肽来筛 选重组组合免疫球蛋白文库(例如抗体噬菌体展示文库)，分离结合多肽的 免疫球蛋白文库成员(Hayashi N et al，1995；Hay BN et al，1992；Huse WD et al，1989；Griffiths AD et al，1993)，由此鉴定并分离本发明多肽的单克隆抗 体。产生和筛选噬菌体展示文库的试剂盒可购得。
此外，重组抗体，诸如包含人和非人部分的嵌合和人源化单克隆抗体， 其可利用标准重组DNA技术制备，它们包含在本发明的范围之内。所述嵌 合及人源化单克隆抗体可通过本领域已知的重组DNA技术制备。
通常，本发明的抗体(例如单克隆抗体)可用于通过标准技术诸如亲 和层析或免疫沉淀分离本发明的多肽。多肽特异性抗体可促进天然多肽从 细胞的纯化，以及在宿主细胞中表达的重组制备的多肽的纯化。此外，对 本发明多肽特异的抗体可用于检测所述多肽(例如在细胞裂解物，细胞上 清，或组织样品中)以评估多肽的丰度以及表达模式。抗体可用于诊断性 监测组织诸如血液中的蛋白水平，作为预测HT易感性的试验的一部分或者 临床检测方法的一部分，例如用于测定给定治疗方案的功效。检测可通过 将抗体与可检测物质偶联来易化。可检测物质的实例包括各种酶，辅基， 荧光物质，发光物质，生物发光物质和放射性物质。适宜酶的实例包括辣 根过氧化物酶，碱性磷酸酶，β-半乳糖苷酶，以及乙酰胆碱酯酶；适宜辅 基复合物的实例包括链霉亲合素/生物素和亲合素/生物素；适宜的荧光物质 的实例包括伞形酮，荧光素，异硫氰酸荧光素，若丹明，二氯三嗪基胺荧光 素，丹磺酰氯或藻红蛋白；发光物质的实例包括鲁米诺；生物发光物质的实 例包括萤光素酶，萤光素，和水母发光蛋白，适宜放射性物质的实例包括 125I，131I，35S和3H。
诊断实验
本文所述的探针，引物和抗体可用于诊断HT或诊断HT易感性的方法 中，以及用于诊断HT或HT易感性或诊断与HT相关的疾病或病症的试剂 盒中。
本发明的一个实施方案中，诊断HT或HT易感性(或诊断与HT相关 疾病或病症或者对其易感性)通过如本文所述在受试者的核酸中检测一或 多种本发明所述的风险等位基因或风险单元型或风险等位基因和风险单元 型的组合来进行。
本发明的一个实施方案中，诊断HT或HT易感性(或诊断与HT相关 疾病或病症或者对其易感性)通过在受试者的核酸中检测与本发明描述的 风险等位基因和/或风险单元型相关的一或数个多态性位点来进行。最有用 的诊断性多态性位点是改变HT相关基因的多肽结构的那些，其原因是由于 移码突变；由于过早的终止密码子，由于氨基酸改变或由于异常mRNA剪 接。许多情况中基因中导致相应多肽氨基酸序列改变的核苷酸改变可通过 产生具有改变的生物活性/功能，分布或稳定性的多肽而改变多肽的生理性 质。其他在诊断上有用的多态性位点是影响HT相关基因的转录或其mRNA 的翻译的那些，这是由于改变的组织特异性，改变的转录速率，改变的对 生理状态的响应，改变的mRNA翻译效率，以及改变的mRNA稳定性。改 变HT相关基因的多肽结构或改变HT相关基因的表达的核苷酸序列变体的 存在对于HT易感性具有诊断性。
对于诊断应用，可能存在提示性多态性用于预测疾病风险，其与功能 性多态性处于连锁不平衡中。所述功能性多态性可改变剪接位点，影响 mRNA稳定性或运输，或以其它方式影响核酸的转录或翻译。与功能性多 态性相关的核苷酸序列变体的存在对于HT易感性具有诊断性。
虽然我们已经在试验部分中进行了基因分型并包括了有限数目的示例 性SNP标记，预期本发明鉴定的任何HT风险基因中的上述任何功能性、 调节性或其他突变或改变可预测HT风险。
在测定个体的核酸中存在于本发明的一或多个HT相关SNP标记以及 与本发明HT相关SNP标记有关的多态性位点中的核苷酸的诊断试验中， 可通过可精确测定存在于多态性位点中的核苷酸的任何方法或技术来进 行。多种适宜方法在本领域有描述(Kwok P-Y，2001；Syv_nen A-C，2001)。 这些方法包括，但不限于，杂交试验，连接试验，引物延伸试验，酶切割 试验，化学切割实验以及这些实验的任何组合。这些实验可包括或不包括 PCR，固相步骤，修饰的寡核苷酸，标记的探针或标记的核苷酸，并且所述 实验可为多元或单元的。如本领域技术人员显而易见的，存在于多态性位 点中的核苷酸可从一条核酸链或两条核酸链确定。
本发明的另一实施方案中，HT易感性的诊断也可通过检测一或数个 HT相关基因的转录来进行。转录中的改变可通过本领域描述的多种方法分 析，包括例如杂交法，酶切割实验，RT-PCR实验和微阵列。收集来自个体 的受试样品并评估来自样品中存在的RNA的HT相关基因的转录中的改变。
改变的转录对于HT易感性具有诊断意义。
本发明另一实施方案中，HT易感性的诊断也可通过检验HT易感性多 肽的表达和/或结构和/或功能来进行。评估来自个体的受试样品中HT风险 基因编码的多肽的表达的改变和/或结构和/或功能的改变的存在，或者评估 HT风险基因编码的具体的多肽变体(例如同种型)的存在。HT风险基因 编码的多肽的表达中的改变可为例如，定量多肽表达中(即产生的多肽的 量)的改变；HT风险基因编码的多肽的结构和/或功能的改变是定性多肽表 达的改变(例如突变体HT易感性多肽或不同剪接变体或同种型的表达)。 优选实施方案中，HT风险基因编码的具体剪接变体或剪接变体的具体模式 的检测使得HT相关疾病或病症的诊断或者HT相关疾病或病症的易感性成 为可能。
HT易感性多肽的表达和/或结构和/或功能的改变可通过本领域已知的 各种方法，例如通过基于层析，光谱法，比色法，电泳，等电聚焦，特异 性切割，免疫学技术以及生物活性测定以及不同实验的组合来测定。多肽 表达或组成的“改变”在本文中指受试样品中的表达或组成与对照样品中 HT风险基因编码的多肽的表达或组成相比的改变。对照样品是对应受试样 品的样品(即来自相同的细胞类型)，并来自不受HT影响的个体。受试样 品中多肽的表达或组成与对照样品相比的改变表明HT易感性。
利用上述特异性结合突变体HT风险基因编码的多肽的抗体或特异性 结合非突变基因编码的多肽的抗体，或特异性结合HT风险基因编码的具体 剪接变体的抗体的Western印迹分析可用于鉴定具体的剪接变体或同种型 或多态性或突变体HT风险基因编码的多肽在受试样品中的存在，或具体的 剪接变体或同种型或非多态性或非突变体基因编码的多肽在受试样品中的 缺失。多态性或突变基因编码的多肽的存在或非多态性或非突变基因编码 的多肽的缺失，对于HT易感性具有诊断意义，就像HT风险基因编码的具 体剪接变体的存在(或缺失)一样。
该方法的一个实施方案中，受试样品中的HT风险基因编码的多肽的水 平或量与对照样品中HT风险基因编码的多肽的水平或量进行比较。受试样 品中的多肽的水平或量比对照样品中多肽的水平或量更高或更低，并且差 异具有统计学显著性，指示HT风险基因编码的多肽的表达发生改变，并且 对于HT易感性具有诊断意义。或者，对受试样品中HT风险基因编码的多 肽的组成与对照样品中HT风险基因编码的多肽的组成进行比较(例如不同 剪接变体的存在)。受试样品中多肽的组成与对照样品中多肽组成相比的差 异对于HT易感性具有诊断意义。另一实施方案中，所述多肽的水平或量以 及组成可在受试样品和对照样品中评估。受试样品中多肽的量或水平与对 照样品相比的差异；受试样品中的组成与对照样品相比的差异；或量或水 平的差异以及组成的差异表明HT易感性。
另一实施方案中，可进行多态性或突变HT风险基因编码的多肽的剪接 变体或同种型的评估。所述评估可直接(例如通过检查多肽本身)，或间接 (例如通过检查编码所述多肽的mRNA，例如通过mRNA绘图)进行。例 如，本文描述的探针或引物可用于利用标准方法确定哪些剪接变体或同种 型是由HT风险基因mRNA编码的。
与HT或HT风险有关的具体剪接变体或同种型在受试样品中的存在， 或与HT或HT风险无关的具体剪接变体或同种型在受试样品中的缺失，对 于HT风险基因相关疾病或病症或对HT风险基因相关疾病或病症的易感性 具有诊断意义。类似地，与HT或HT风险有关的具体剪接变体或同种型在 受试样品中的缺失，或与HT或HT风险无关的具体剪接变体或同种型在受 试样品中的存在对于HT风险基因相关疾病或病症或对HT风险基因相关疾 病或病症的易感性的缺失具有诊断意义。
本发明还涉及诊断和鉴定个体中的HT易感性的方法，通过鉴定HT风 险基因中的风险等位基因或风险单元型来进行。一个实施方案中，所述风 险等位基因或风险单元型是单元型的存在显著增加HT风险的等位基因或 单元型。尽管应理解鉴定风险是否显著可能有赖于多种因素，包括具体的 疾病，单元型，并通常涉及环境因素，显著性可通过让步比或百分比测定。 另一实施方案中，显著性通过百分比测定。一个实施方案中，显著风险测 量为让步比为0.8以下或至少约1.2，包括但不限于：0.1，0.2，0.3，0.4，0.5，0.6， 0.7，0.8，0.9，1.2，1.3，1.4，1.5，1.6，1.7，1.8，1.9，2.0，2.5，3.0，4.0，5.0，10.0，15.0， 20.0，25.0，30.0和40.0。另一实施方案中，让步比为至少1.2是显著的。另 一实施方案中，让步比为至少约1.5是显著的。另一实施方案中，风险的显 著增加和减小是至少约1.7。另一实施方案中，风险的显著增加是至少约20％， 包括但不限于约25％，30％，35％，40％，45％，50％，55％，60％，65％，70％，75％， 80％，85％，90％，95％和98％。另一实施方案中，风险的显著增加或减小是至 少约50％。但是应理解鉴定风险在医学上是否显著也可能有赖于多种因素， 包括具体的疾病，等位基因或单元型，并通常包括环境因素。
本发明涉及诊断个体中的HT或HT易感性的方法，包括筛选HT风险 基因中的风险单元型，与其在健康个体(对照)中存在的频率相比，其更 频繁地存在于HT易感(受影响的)患者中，其中所述单元型的存在指示 HT或HT易感性。见表3，4，6，7和8中的SNP标记，其中包含可用作 筛选工具的单元型。来自这些列表的SNP标记代表风险单元型并可用于设 计用于测定HT易感性的诊断实验。
可用于诊断方法中的试剂盒(例如反应剂试剂盒)包含可用于本发明 所述任何方法的组分，包括例如PCR引物，本文所述的杂交探针或引物(例 如标记的探针或引物)，对SNP标记进行基因分型用剂，检测标记分子的用 剂，限制酶(例如用于RFLP分析)，等位基因特异性寡核苷酸，DNA聚合 酶，RNA聚合酶，标记酶，结合改变的或未改变的(天然)HT易感性多肽 的抗体，扩增包含一或数个HT风险基因的方法，或分析一或数个HT风险 基因的核酸序列或分析一或数个HT易感性多肽的氨基酸序列的方法等。一 个实施方案中，诊断HT易感性的试剂盒可包含用于对HT风险基因中包含 风险单元型的区域进行核酸扩增的引物，所述风险单元型更加频繁地存在 于易患HT个体中。所述引物可利用侧接HT指示性SNP的核酸部分来设计。
本发明基于这样的原理，即可进行一次或少数基因分型并且待分型的 序列变异可基于它们预测HT的能力选择。为此原因，可以使用任何对基因 组DNA样品中的序列变异进行基因分型的方法。
因此，本发明的检测方法还可包括组合涉及年龄、性别、HT家族史、 糖尿病和高胆固醇血症，以及涉及受试者CVD或糖尿病的医学史的信息， 与得自所述方法(见权利要求1)的步骤(b)的结果，用于证实得自检测步骤 的提示。所述信息也可涉及家族中的高胆固醇血症，吸烟状况，家族中的 HT，CVD史，家族中的肥胖症，以及腰-臀围比(cm/cm)。
本发明的检测方法还可包括检测血液，血清或血浆胆固醇，HDL胆固醇， LDL胆固醇，甘油三酯，载脂蛋白B和AI，纤维蛋白原，铁蛋白，转铁蛋白 受体，C-反应蛋白，血清或血浆胰岛素浓度的步骤。
预测HT可能性的分数也可利用多变量失效时间(multivariate failure time model)模型或对数回归方程来计算。来自上述方法的其他步骤的结果使 得利用如下对数回归方程计算患HT的可能性的步骤成为可能。
HT可能性＝1/[1+e(-(-a+∑(bi*Xi))]，其中e是Napier’s常数，Xi是HT 相关变量，bi是对数函数中这些变量的系数，并且a是对数函数中的常数 项，其中a和bi优选在使用所述方法的人群中测定，Xi优选在已经对其使 用所述方法的人群中测定的变量中选择。优选的bi值为-20到20；i为0 (零)到100,000。负系数bi表示标记是降低风险型的，正系数表明标记是 增加风险型的。
Xi是二元变量，其值可为或可编码为0(零)或1(壹)诸如SNP标 记。所述模型还可包括任何变量Xi的相互作用(产物)或项，例如biXi。 开发用于将信息组合从而将HT简单地预测为1年，2年，5年，10年或20 年中的百分比风险的算法。
或者，统计学模型是失效时间模型诸如Cox成比例危险性模型 (proportional hazards’model)，其他迭代模型(iterative model)和神经网络模型 (neural networking model)。
所述检验可作为筛选或倾向性检验，用于检测健康人中以及高风险人 (其具有例如HT家族史，中心型或其他类型的肥胖，缺乏体育活动，高钠 摄入，高饱和脂肪摄入，低钾和/或镁摄入，低HDL胆固醇，糖尿病，葡萄 糖不耐受，胰岛素抗性和代谢综合征，升高的炎症标记，或这些的组合或 升高水平的任何其他HT风险因子)中的HT发病风险。
所述方法可用于预测和早期诊断成人中的HT，在临床实验中对受试者 进行分组和选择，和/或为强化的预防性和治疗性干预手段的人群进行分组 和选择。目的在于降低临床药物实验和医疗的成本。
药物组合物
本发明还涉及药物组合物，其包含本文的药剂，具体是HT风险基因中 的核苷酸，和/或包含其他由HT风险基因编码的剪接变体；和/或改变(例 如增强或抑制)本发明所述HT风险基因表达或HT易感性基因多肽活性的 药剂。例如，多肽，蛋白(例如受体)，改变HT风险基因表达的药剂，或 HT易感性多肽结合剂或结合配偶体，其片段，融合蛋白或药物前体，或包 含本发明核苷酸的核苷酸或核酸构建体(载体)，或改变HT易感性基因多 肽活性的药剂，可利用生理上可接受的载体或赋形剂一起配制，来制备药 物组合物。所述载体和组合物可为无菌的。所述配制剂应适合给药模式。
在优选实施方案中，所述药物组合物包含至少部分逆转与本发明的HT 相关基因(表6)相关的生物网络和/或代谢途径中的HT相关改变的药剂。
适宜可药用载体包括但不限于水，盐溶液(例如NaCl)，盐水，缓冲的 盐水，醇，甘油，乙醇，阿拉伯树胶，植物油，苯甲基醇，聚乙二醇，明 胶，碳水化合物诸如乳糖，麦芽糖或淀粉，葡萄糖，硬脂酸镁，滑石，硅酸， 粘性石蜡，香料油，脂肪酸酯，羟甲基纤维素，  聚乙烯吡咯烷酮等，以及 其组合。如需要，所述药物制备物可与辅助药剂，例如润滑剂，防腐剂， 稳定剂，湿润剂，乳化剂，用于影响渗透压的盐，缓冲剂，着色、调味和/ 或芳香物质等混合，其不与活性剂发生有害反应。
如果需要，所述组合物也可含有少量的湿润或乳化剂，或pH缓冲剂。 所述组合物可为液体溶液，悬液，乳液，片剂，丸剂，胶囊，持续释放的 剂型或粉剂。所述组合物可配制为栓剂，利用传统黏合剂和载体诸如甘油 三酯。口服剂型可包含标准载体诸如药用级别的甘露醇，乳糖，淀粉，硬 脂酸镁，聚乙烯吡咯烷酮，糖精钠，纤维素，碳酸镁等。
导入这些组合物的方法包括但不限于，经皮内、肌内、腹膜内、眼内、 静脉内、皮下、局部，口服和鼻内。导入的其他适宜方法也可包括基因疗 法(如下所述)，可再装填的或可生物降解的装置，颗粒加速装置(“基因 枪”)以及缓慢释放型聚合装置。本发明的药物组合物也可作为组合治疗的 一部分与其他药剂一同给药。
所述组合物可根据常规方法作为药物组合物配制经改造用于人类给 药。例如，静脉内给药的组合物通常为无菌等张含水缓冲液中的溶液。如 果需要，组合物也可包含助溶剂，和局部麻醉剂用于缓解注射位点的疼痛。 各种成分通常可分开或在单位剂量形式中混合提供，例如作为干的冻干粉 末或无水浓缩物在密封容器诸如标明活性药剂的量的安瓿或药囊中。如果 组合物通过输注给药，其可利用含有无菌药用级水、盐水或葡萄糖/水的输 注瓶来进行分散。如果组合物将通过注射给药，也可提供无菌注射用水或 盐水的安瓿使得所述成分可在给药之前被混合。
对于局部用药，可使用不可喷洒的形式，粘性到半固体或固体形式， 包含适于局部给药并具有优选超过水的动力学粘性的载体。适宜的剂型包 括但不限于溶液，悬液，乳液，乳膏，油膏，粉剂，灌肠剂，洗液，溶胶，擦 剂，药膏，气溶胶等，其如果需要是无菌的或与辅助剂混合，所述辅助剂例 如防腐剂，稳定剂，湿润剂，缓冲液或用于影响渗透压的盐等。所述药剂 可掺入化妆品配制剂。对于局部应用，可喷洒的气溶胶剂型也是适宜的， 其中活性组分优选与固体或液体惰性载体物质组合，可包装在挤压瓶中， 或与加压挥发物通常是气体推进剂例如加压气体混合。
本文所述药剂可配制为中性或盐形式。可药用盐包括那些与游离氨基 基团形成的，诸如那些衍生自盐酸、磷酸、醋酸、草酸、酒石酸等的，以 及那些与游离羧基基团形成的，诸如那些衍生自氢氧化钠、氢氧化钾，氢 氧化铵，氢氧化钙，氢氧化铁，异丙胺，三乙胺，2-乙氨基乙醇，组氨酸， 普鲁卡因等的。
所述药剂以治疗有效量给药。在具体疾病或病症的治疗中所述药剂的 有效量有赖于所述疾病或病症的性质，并可通过标准临床技术测定。此外， 体外或体内实验可任选用于帮助鉴定最佳剂量范围。将在配制剂中采用的 精确剂量也有赖于给药途径，以及HT症状严重性，并应根据实施者的判断 以及每个患者的情况确定。有效量可从来自体外或动物模型检测系统的剂 量响应曲线外推。
治疗方法
本发明包括对HT或HT易感性的治疗(预防性和/或治疗性)方法，诸 如本文所述目标人群中的个体，其利用HT治疗剂。“HT治疗剂”是改变(例 如增强或抑制)HT风险影响多肽(酶活性或量)和/或HT风险基因表达的 药剂，如本文所述的那些(例如激动剂或拮抗剂)。HT治疗剂可通过多种 途径改变HT易感性多肽活性或核酸表达，如通过提供其他HT易感性多肽 或上调HT风险基因的转录和翻译；通过改变HT易感性多肽的翻译后加工； 通过改变HT风险基因剪接变体的转录；或通过干扰HT易感性多肽活性(例 如通过结合HT易感性多肽)；或通过下调HT风险基因的转录或翻译，或 通过抑制或增强HT易感性多肽的消除。
具体地，本发明涉及治疗HT或HT易感性的方法(例如对于风险人群 中的个体诸如本文所述那些)；以及治疗HT表征和亚型的方法。
代表性HT治疗剂包括以下物质：
本文所述的核酸或其片段或衍生物，具体是编码本文所述多肽的核酸和包 含所述核酸(例如基因，cDNA，和/或mRNA)的载体，双链干扰RNA， 编码HT易感性多肽或其活性片段或衍生物的核酸，或寡核苷酸；例如见表 2-8；
其他多肽(例如HT易感性受体)；HT易感性多肽结合剂；肽模拟物；融合 蛋白或其前体药物，抗体(例如突变型HT易感性多肽的抗体，或非突变型 HT易感性多肽的抗体，或HT风险基因编码的具体剪接变体的抗体，如上 所述)；核酶；其他小分子；
以及改变(例如抑制或拮抗)HT风险基因表达或多肽活性或调节HT风险 基因剪接变体的转录(例如影响哪些剪接变体表达，或影响每种剪接变体 的表达量的药剂)的其他药剂；
和改变(例如诱导或激动)HT风险基因表达或多肽活性或调节HT风险基 因剪接变体的转录(例如影响哪些剪接变体表达或影响每种剪接变体的表 达量的药剂)的其他药剂。
如果需要，可同时使用超过一种HT治疗剂。
核酸型HT治疗剂用于HT治疗。本发明术语“治疗”不仅指缓解与疾 病相关的症状，也指防止或延迟疾病开始和减轻疾病症状严重性或频率， 防止和延迟疾病和病症的第二阶段(episode)的出现，和/或减轻疾病或病症 的严重性或频率。在动脉粥样硬化的病例中，“治疗”也指最小化或逆转硬 化斑块的发展。所述疗法设计为改变(例如抑制或促进)，取代，或补充个 体中HT多肽的活性。例如，可给药HT治疗剂以上调或增加HT风险基因 或HT易感性基因的特定剪接变体的表达或利用度，或相反地下调或减少 HT风险基因或HT风险基因的特定剪接变体的表达或利用度。上调或增加 天然HT风险基因或具体剪接变体的表达或利用度可干扰或补偿缺陷基因 或其他剪接变体的表达或活性；下调或降低天然HT风险基因或具体剪接变 体的表达或利用度可最小化缺陷基因或具体剪接变体的表达或活性，由此 最小化缺陷基因或具体剪接变体的影响。
HT治疗剂可以治疗有效量(即足以治疗疾病的量，例如通过缓解与疾 病相关的症状，预防或延缓疾病的出现，和/或减轻疾病症状的严重性或频 率)给药。在具体个体疾病或病症的治疗中的治疗有效量有赖于疾病的症 状或严重性，并可通过标准临床技术测定。此外，体外或体内实验可任选 用于辅助鉴定最佳剂量范围。用于配制剂中的精确剂量将有赖于给药途径 以及疾病或病症的严重性，并应根据从业人员的判断和每个患者情况来确 定。有效剂量可从来自体外或动物模型受试系统的剂量-响应曲线外推。
一个实施方案中，本发明的核酸(例如表6所示编码HT易感性多肽的 核酸，任选包含表2-11所示至少一种多态性；或编码HT易感性多肽或其 剪接变体，衍生物或片段的其他核酸)，可单独或在药物组合物中如上述使 用。例如，HT风险基因或编码HT易感性多肽的cDNA可以本身或包含在 载体中来导入细胞(体外或体内)使得细胞产生天然HT易感性多肽。如果 需要，已经用基因或cDNA或包含所述基因或cDNA的载体转化的细胞可 导入(或再导入)受所述疾病影响的个体。因此，天然缺乏天然HT风险基 因表达和活性、或具有突变型HT风险基因表达和活性、或具有疾病相关 HT风险基因剪接变体的表达的细胞，可经改造表达HT易感性多肽或HT 易感性多肽的活性片段(或HT易感性多肽的不同变体)。优选实施方案中， 编码HT易感性多肽，或其活性片段或衍生物的核酸，可导入表达载体，诸 如病毒载体，并且所述载体可导入动物中的适宜细胞。可使用包括病毒和 非病毒转移系统的其他基因转移系统。或者，也可使用非病毒基因转移方 法诸如磷酸钙共沉淀，机械技术(例如显微注射)；经由脂质体的膜融合介 导的转移；或直接DNA摄入。
或者，本发明另一实施方案中，本发明的核酸；本发明核酸的互补核 酸；所述核酸的一部分(例如下文所述的寡核苷酸)可用于“反义”治疗 中，其中核酸(例如寡核苷酸)特异性杂交可给药或原位产生的HT风险基 因的mRNA和/或基因组DNA。特异性杂交mRNA和/或DNA的反义核酸 抑制HT易感性多肽的表达，例如通过抑制翻译和/或转录。反义核酸的结 合可通过常规碱基对互补性来进行，或例如在与DNA双链体结合的情况中， 通过在双螺旋的主沟中的特异性相互反应来进行。
本发明的反义构建体可例如作为表达质粒如上文所述进行递送。当质 粒在细胞中转录时，其产生与编码HT易感性多肽的mRNA和/或DNA的 一部分互补的RNA。或者，反义构建体可为寡核苷酸探针，其离体产生并 被导入细胞；其随后通过与HT风险基因的mRNA和/或基因组DNA杂交 来抑制表达。一个实施方案中，寡核苷酸探针是对内源性核酸酶例如外切 核酸酶和/或内切核酸酶有抗性的经过修饰的寡核苷酸，由此使得他们在体 内稳定。用作反义寡核苷酸的示例性核酸分子是DNA的氨基磷酸酯，硫代 磷酸酯和甲基膦酸酯类似物。此外，构建用于反义疗法中的寡聚物的一般 方法也描述于van der Krol AR et al，1988和Stein CA and Cohen JS，1988中。 关于反义DNA，来自翻译起始位点例如HT风险基因序列的-10到+10区的 寡聚脱氧核糖核苷酸，是优选的。
为进行反义治疗，寡核苷酸(mRNA，cDNA或DNA)被设计为与编码HT 易感性多肽的mRNA互补。所述反义寡核苷酸结合HT易感性mRNA转录 物并阻止翻译。尽管优选绝对互补性，但不是必需的。与RNA的一部分“互 补”的序列在本文中指序列具有足够的互补性从而能与RNA杂交，形成稳 定双链体；在双链反义核酸的情况中，可检测双链DNA的单链，或可检测 三链体形成。杂交的能力将有赖于反义核酸的互补性程度和长度，如上具 体所述。通常，杂交核酸的长度越长，其可包含的与RNA错配的碱基越多 并且仍形成双链体(还可能为三链体)。本领域熟练技术人员可通过利用标 准方法确定错配的可容忍程度。
用于反义疗法中的寡核苷酸可为DNA，RNA或其嵌合混合物或衍生物 或修饰的版本，可为单链或双链的形式。可修饰寡核苷酸的碱基部分，糖 部分或磷酸酯主链，例如用于改善分子的稳定性，杂交等。所述寡核苷酸 可包括其他附加基团诸如肽(例如用于体内靶向宿主细胞受体)，或促进通过 细胞膜(Letsinger RL et al，1989；Lemaitre M et al，1987)或血脑屏障(Jaeger LB and Banks WA，2004)的转运的药剂，或杂交激发的裂解剂(van der Krol AR et al，1988)或嵌入剂(Zon G，1988)。为此，寡核苷酸可与其他分子(例如 肽，杂交激发的交联剂，转运剂，杂交激发的裂解剂)偶联。
反义分子可在体内被递送到表达HT风险基因的细胞。多种方法可用于 将反义DNA或RNA递送给细胞；例如可直接将反义分子注入组织位点， 或可系统性给药修饰的反义分子，其被设计为靶向所需分子(例如反义分 子连有与靶细胞表面上表达的受体或抗原特异性结合的肽或抗体)。或者， 优选实施方案中，可使用重组DNA构建体，其中反义寡核苷酸在强启动子 (例如polIII或pol II)的控制下。所述构建体转染患者中的靶细胞的用途可 导致足量的单链RNA的转录，其可与内源HT风险基因转录物形成互补碱 基对，并由此阻止HT易感性mRNA的翻译。例如，载体可在体内导入， 从而可被细胞吸收并指导反义RNA的转录。所述载体可保持游离体形式或 成为染色体整合的形式，条件是其经转录产生所需反义RNA。所述载体可 通过上文所述本领域标准的重组DNA技术方法来构建。例如，可利用质粒， 粘粒，YAC或病毒载体来制备可直接导入组织位点中的重组DNA构建体。 或者，可利用选择性感染所需组织的病毒载体，其中给药可通过其他途径 (例如系统性的)来实现。
内源性HT风险基因表达也可利用靶向的同源重组通过灭活或“敲除” HT风险基因或其启动子来降低(Smithies O et al，1985；Thomas KR and Capecchi MR，1987；Thompson S et al，1989)。例如，可使用与内源性HT风 险基因(HT风险基因的编码区或调节区)的同源DNA侧接的突变型非功 能性HT风险基因(或完全无关的DNA序列)，其具有或不具有选择性标记 和/或负选择标记，用来转染在体内表达HT风险基因的细胞。DNA构建体 经由靶向的同源重组的插入，导致HT风险基因的灭活。如上所述，重组 DNA构建体可直接给药或在体内利用适宜载体靶向所需位点。或者，非突 变型HT风险基因的表达可利用类似的方法增加：靶向的同源重组可用于插 入包含非突变型功能性HT风险基因(例如表6所示的任何基因，任选包含 表2-11所示的至少一种多态性)或其一部分以替代上文所述细胞中的突 变型HT风险基因的DNA构建体。另一实施方案中，靶向的同源重组可用 于插入包含编码HT易感性多肽变体的核酸，所述变体不同于存在细胞中 的。
或者，内源性HT风险基因表达可如下降低，通过靶向与HT风险基因 的调节区(即HT风险基因的启动子和/或增强子)互补的脱氧核糖核苷酸 序列来形成三螺旋结构，其阻止机体靶细胞中的HT风险基因的转录(Helene C，1991；Helene C et al，1992；Maher LJ，1992)。同样，本文所述的反义构建 体可用于组织操作，可通过拮抗HT蛋白之一的正常生物活性，例如在体内 和离体组织培养物中的组织分化来进行。此外，反义技术(例如反义分子 的显微注射，或利用其转录物是HT mRNA或基因序列的反义序列的质粒的 转录)可用于研究HT风险基因在发育事件中的作用，以及成人组织中HT 风险基因的正常细胞功能。所述技术可用于细胞培养中，也可用于产生转 基因动物。
本发明其他实施方案中，本文所述的其他HT治疗剂还可用于治疗或预 防HT。所述治疗剂可如上所述在组合物中递送或作为其自身递送。它们可 系统性给药，或可靶向具体组织。所述治疗剂可通过多种方法包括化学合 成；重组制备；体内制备例如转基因动物来制备(Meade H et al，1990)，并可 利用本领域所述标准方法诸如本文所述的那些来分离。
可使用上述任何治疗方法的组合(例如非突变型HT易感性多肽与靶向 突变型HT易感性mRNA的反义疗法的结合；给药HT风险基因编码的第 一剪接变体与靶向HT风险基因编码的第二剪接变体的反义疗法的组合)。
本发明还可通过以下非限制性实施例描述。本文引用的所有公开出版 物全文的教导包含在此作为参考。
实施例
东芬兰HT患者和表型特征
受试者是Kuopio缺血性心脏病风险因子研究(KIHD)的参与者，该研究 设计为研究中年人的慢性疾病包括HT和CVD的风险因子，是正在进行的 有前景的基于人群的研究(Salonen JT 1988，Salonen JT et al 1998，1999， Tuomainen T-P et al 1999)。研究群体是生活在东芬兰的男性的随机年龄分组 样本，其在1984-1989的基线检验中年龄为42，48，54或60岁。1984- 89年中总共研究2682名男子。在男性队列的第11年的随诊中，通过1998 -2001年首次受检的920名女性的随机人群样品对男性队列进行了补充。 受试者的募集和检验先前有详述(Salonen JT，1988)。Kuopio大学研究伦理委 员会同意了该项研究。所有参与者均提交了书面同意书。
分析的基础是如下病例-对照组的对数建模(logistic modeling)：81个病 例患有HT(SBP 140mmHg以上或DBP 90mmHg以上或抗高血压药疗)及同 胞或双亲中患有HT，以及既不患有HT也不具有HT家族史的82个对照， 其均来自KIHD队列。三名受试者(两名患者，一名对照)是女性，160名 为男性。81个病例中的38个在KIHD基线检验中的BP检测时有抗高血压 药疗。
HT定义为收缩BP(SBP)≥140mmHg或舒张BP(DBP)≥90mmHg或抗 高血压药疗。两项BP均在早晨由护士用随机-零水银血压计测定。测定方 案包括仰卧测定三次，站立测定一次，坐位测定两次，间隔5分钟。所有 六次测定的平均值作为SBP和DBP(Salonen JT et al，1998)。如果研究受试 者的父亲，母亲或同胞报道有高血压史或流行的(prevalent)高血压，那么HT 家族史定义为阳性。
表1.病例和对照的选定的特征
高血压病例(n＝81) 正常血压的对照(n＝82)   均值   最小值   最大值   均值   最小值 最大值 年龄(岁) 吸烟/天 S-胆固醇(mmol/L) S-HDL-Chol(mmol/L) B-葡萄糖(mmol/L) S-胰岛素(U/L) 均值SBP(mmHg) 均值DBP(mmHg)   54.6   5.3   6.2   1.21   5.13   14.7   140.0   92.1   42.1   0   3.8   0.82   3.3   4.7   110.0   63.3   71.9   40   9.1   2.1 5   12.6   59.6   182.33   122.3   54.6   7.4   6.0   1.34   4.55   9.33   124.5   81.3   42.2   0   3.2   0.76   3.5   1.7   99.0   66.0   61.1   40   8.7   2.77   5.9   22.5   148.33   94.3
表1中总结了病例和对照的选定的特征。年龄和吸烟记录为研究者检 查的自主进行的问卷。空腹血糖利用葡萄糖脱氢酶法在通过三氯乙酸进行 蛋白质沉淀之后测定。血清胰岛素利用Novo Biolabs放射免疫测定法试剂 盒(Novo Nordisk)测定。HDL级分通过联用超速离心和沉淀从新鲜血清分 离。脂蛋白级分的胆固醇含量和血清甘油三酯利用酶测定。纤维蛋白原基 于利用过量凝血酶凝结稀释的血浆来测定。
成人社会经济学状态(SES)是包括教育、职业、收入、物质生活状况 的情况的指标。其尺度(scale)是对应高SES的倒转低分。这些数据通过自主 进行的调查问卷来收集。
血清铁蛋白利用购得的双重抗体放射免疫测定法(Amersham International，Amersham，UK)评估。脂蛋白，包括高密度脂蛋白(HDL)和低密 度脂蛋白(LDL)，通过超速离心分离自新鲜血清样品，然后是直接极低密度 脂蛋白(VLDL)去除和LDL沉淀(Salonen et al 1991)。胆固醇浓度随后通过酶 测定。血清C反应蛋白利用购得的高灵敏性免疫计量测定法(Immulite High Sensitivity CR Assay，DPC，Los Angeles)测定。
基因组DNA分离和质量检测
高分子量基因组DNA样品自冷冻的静脉全血利用标准方法提取，并溶 解于标准TE缓冲液。每份DNA样品的质量和纯度通过测定在260nm和 280nm的吸光度来评估，并利用0.9％琼脂糖凝胶电泳和溴化乙锭染色来评 估分离的DNA样品的完整度。如果A260/280比≥1.7并且在琼脂糖凝胶电 泳中分离的DNA的平均大小超过20kb，那么样品的质量可用于进行全基因 组扫描(GWS)分析。GWS之前，分析样品在EDTA TE缓冲液(TEKnova)中 稀释到50ng/μl的浓度。
全基因组扫描
SNP标记的基因分型利用Affymetrix GeneChip_人绘图100k系统的技 术入门版本(technology access version)进行。所述实验包括两个阵列，Xba 和Hind，其用于对来自每份DNA样品的超过126,000个SNP标记进行基因 分型。实验根据生产商提供的说明进行。总共250ng基因组DNA用于每个 个体实验。DNA样品利用Xba I或Hind III酶(New England Biolabs，NEB) 消化，在NE缓冲液2(1x；NEB)，牛血清白蛋白(1x；NEB)，以及Xba I或 Hind III(0,5 U/μl；NEB)的混合液中在+37℃进行2小时，然后在+70℃酶灭 活20分钟。Xba I或Hind III衔接头可随后被连接，通过加入Xba I或Hind III衔接头(0,25μM，Affymetrix)，T4 DNA连接酶缓冲液(1 x；NEB)，和T4 DNA连接酶(250 U；NEB)连接于经过消化的DNA样品。允许连接反应在 +16℃进行2小时，然后在+70℃保温20分钟。每份连接的DNA样品利用 75μl分子生物学级水(Bio Whittaker Molecular Applications/Cambrex)稀释。
对稀释的连接后的DNA样品进行四份相同的100μl体积聚合酶链反应 (PCR)，其通过对10μl等分量的DNA样品补充Pfx扩增缓冲液(1x； Invitrogen)，PCR增强子(1x；Invitrogen)，MgSO4(1mM；Invitrogen)，dNTP(每 种300μM；Takara)，PCR引物(1μM；Affymetrix)，和Pfx聚合酶(0,05 U/μl； Invitrogen)来进行。允许PCR在+94℃进行3分钟，然后在+94℃ 15秒，+60℃ 30秒，+68℃ 60秒进行30个循环，最后在+68℃最后延伸7分钟。PCR的 效果通过标准2％琼脂糖凝胶电泳在1x TBE缓冲液中在120V运行1小时 来检验。
通过将个体样品的所有四份PCR产物组合到相同的纯化反应中，PCR 产物利用MinElute 96 UF PCR纯化试剂盒(Qiagen)根据Affymetrix手册纯 化。纯化后的PCR产物利用40μl EB缓冲液(Qiagen)洗脱，产物的产量 在260nm吸光度测定。总共40μg每份PCR产物随后进行断裂反应，其在 包括0.2 U/μl断裂剂(Affymetrix)的1x断裂缓冲液中。允许断裂反应在+37℃ 进行35分钟，然后在+95℃温育15分钟酶灭活。断裂的完全性通过在4％ 琼脂糖1x TBE(BMA Reliant precast)中在120V运行每份断裂PCR产物的 等分试样30-45分钟来检测。
断裂的PCR产物随后利用1x末端脱氧核苷酰转移酶(Terminal Deoxinucleotidyl Transferase)(TdT)缓冲液(Affymetrix)，GeneChip DNA标记 剂(0.214mM；Affymetrix)，和TdT(1，5 U/μl；Affymetrix)在+37℃标记2小 时，然后在+95℃ 15分钟。标记的DNA样品与杂交缓冲液组合，所述缓冲 液包括0.056 M MES溶液(Sigma)，5％DMSO(Sigma)，2.5x Denhardt’s溶液 (Sigma)，5.77mM EDTA(Ambion)，0.115mg/ml鲱精DNA(Promega)，1×寡 核苷酸对照反应剂(Affymetrix)，11.5μg/ml人Cot-1(Invitrogen)，0.0115％ Tween-20(Pierce)，和2.69M四甲基氯化铵(Sigma)。+95℃对DNA-杂交缓 冲液混合物变性10分钟，冰上冷却10秒并在+48℃保温2分钟，然后杂交 到相应的Xba或Hind GeneChip_阵列上。杂交在+48℃在Affymetrix GeneChip杂交炉中以60rpm进行16-18小时。杂交后，所述阵列在GeneChip Fluidics Station 450中根据生产商推荐的洗脱染色工作站方案(fluidics station protocol)Mapping10Kv1_450进行染色和洗涤。利用GeneChip 3000扫描仪 扫描阵列并利用Affymetrix Genotyping Tools(GTT)软件产生阵列上每个 SNP标记的基因型呼叫(call)。SNP呼叫算法中的置信分数调整到0.20。
用于统计学分析的初始SNP选择
统计学分析之前，SNP质量基于三个数值来评估：呼叫率(CR)，次要等 位基因频率(MAF)，和Hardy-Weinberg平衡(H-W)。CR是成功进行基因分型 的样品的比例。其不考虑基因型是否正确。呼叫率这样计算：CR＝具有成 功基因型呼叫的样品数/样品总数。MAF是在研究样品中频率较低的等位基 因的频率。MAF这样计算：MAF＝min(p，q)，其中p是SNP等位基因“A”的 频率，q是SNP等位基因“B”的频率；p＝(具有“AA”-基因型的样品数+0.5 ×具有“AB”-基因型的样品数)/具有成功基因型呼叫的样品总数；q＝1- p。纯合的SNP(MAF＝0)不能用于遗传分析并因此被丢弃。检测对照的H-W 平衡。试验基于适合度的标准卡方检验。观察到的基因型分布与H-W平衡 下的预期基因型分布进行比较。对于两种等位基因，该分布对于基因型“AA”， “AB”和“BB”分别为p2，2pq，和q2。如果SNP不在H-W平衡中，其可能是由 于基因分型错误或一些未知的群体动力学(例如随机漂移，选择)。
只有具有的CR＞50％，MAF＞1％，并且位于H-W平衡(卡方检验统计＜ 23.93)中的SNP用于统计学分析中。总共有107,895个SNP符合上述标准并包 含在统计学分析中。
统计学方法
单SNP分析
对于所有107,895个SNP，筛选病例和对照之间的等位基因分布中的差 异。所述筛选利用具有1df(等位基因分布，2×2表)的标准卡方独立性检验 进行。得到的P值小于0.005的SNP(1df的卡方分布为7.88以上)被认为是 统计学显著的并且被选用于进一步的分析。有529个SNP符合该标准。
单元型分析
数据表利用单元型模式挖掘算法(haplotype pattern mining algorithm)用 HPM-G软件(Sevon P et al，2004)或HPM软件(Toivonen HT et al，2000)分析。 对于HPM软件，基因型必须是已知可确定哪些等位基因来自母亲哪些来自 父亲的相(phase)。没有家族数据，相必须基于人群数据进行估计。我们使用 HaploRec-program(Eronen L et al，2004)估计所述相。HPM-G和HPM是非常 快的并且可在单次运行中处理大量SNP。
HPM和HPM-G之间的差异在于HPM-G可利用相未知基因型数据， HPM利用相已知(或HaploRec或类似的程序估计的)数据。HPM-G发现所 有适合基因型配置的单元型模式。对于相已知数据，HPM发现与相配置一 致的所有单元型模式。单元型模式的长度可变。作为实例，如果存在四种 SNP，并且个体对于SNP1具有等位基因A T，对于SNP2具有C C，对于 SNP3具有C G，对于SNP4具有A C，则HPM-G考虑单元型模式(长度为4 的SNP)：ACCA，TCGC，TCCA，ACGC，ACGA，TCCC，TCGA，ACCC。HPM 仅考虑与估计的相相符的单元型模式(通过HaploRec进行)。如果估计的相 是ACGA(来自母亲/父亲)和TCCC(来自父亲/母亲)，则HPM仅考虑两种模 式(长度为4的SNP)：ACGA和TCCC。
SNP基于其包含在病例和对照之间不同的单元型模式中的次数来评分 (阈值卡方值可由使用者选择)。分数值的显著性可基于排列检验来检测。
数个参数可在HPM-G和HPM程序中改变，包括卡方阈值(-x)，最大单 元型模式长度(-1)，可包含在单元型模式中的通配符最大数(-w)，以及用于 估计P值的排列检验数(-p)。通配符允许单元型中的缺口。HPM-G程序利 用以下参数设定进行：5 SNP(-x9-15-w1-p10000)的单元型分析。 HaploRec+HPM利用以下参数设定运行：5 SNP(-x9-15-w1-p10000)的单 元型分析。HPM-G分析基于dbSNP122中给出的SNP的顺序， HaploRec+HPM基于dbSNP123中给出的SNP顺序。基于HPM-G分析中 的10,000个复制子(-p10000)，570个SNP在低于0.005的P值具有显著性， 642个SNP在HPM分析中具有显著性。
单元型分析结果中所使用的术语的定义
术语“单元型基因组区域“或“单元型区域”指这样的基因组区域， 其在单元型分析(HPM，HPMG或类似的统计方法/程序)中发现具有显著性。 单元型区域定义为统计学分析(单元型分析)所包含的并发现其具有统计 学显著性的第一个/最后一个SNP的物理位置的上/下游100Kbp。该区域基 于给定的基因组构建以碱基对的形式给出，例如根据NCBI Human Genome Build 35的SNP物理位置(碱基对位置)。
本文所述的术语“单元型”指在给定的遗传标记例如rs2221511， rs4940595，rs1522723，rs1395266中发现的等位基因的任何组合例如ATC C。定义的单元型给出了遗传标记的名称(对于SNP为dbSNP rs-id)和等位基 因。本领域技术人员认识到，相同的单元型可通过由不同链确定等位基因 来不同地描述，例如单元型rs2221511，rs4940595，rs1522723，rs1395266(AT CC)与单元型rs2221511，rs4940595，rs1522723，rs1395266(TAGG)相同，其 中等位基因从另一条链确定，或与单元型rs2221511，rs4940595，rs1522723， rs1395266(TTCC)相同，其中第一个等位基因从另一条链确定。
本文中描述的单元型，例如具有如表3，4，5，7和8显示的标记，在 患有HT的个体中发现的频率比在不患有HT的个体中发现的频率更高。因 此，这些单元型具有检测个体中HT或HT易感性的预测价值。因此，检测 单元型可通过本领域已知用于检测多态性位点的序列的方法来实现。
应理解本发明描述的HT相关风险等位基因和风险单元型可与其它位 于本发明的HT相关基因中的其它“多态性位点”有联系。这些其它HT相 关多态性位点可等同地用作基因标记或更有用地可作为病因性变异来解释 观察到的本发明的风险等位基因和风险单元型与HT的相关性。
多变量建模
为了将高血压建模为二元结果，检测来自个体SNP分析的734个最强的 预测型SNP标记和来自HPM分析的14个最强的单元型，输入模型。这些记 录如下：主要等位基因纯合子记录为0，杂合子记录为1，次要等位基因纯 合子记录为2。采用多变量二元对数函数回归分析来：a)寻找最能预测HT的 SNP，和b)构建HT预测性最强的多变量模型。以加入0.01的p值和将0.02排 除在模型外的p值，使用正向(forward)递增(step-up)模型构架。模型的预测性 通过两种方法评估：Nagelkerke R方和基于构建的对数模型将受试者重新分 入病例和对照组。用作截留值的预测的可能性为0.5。数据还原分析(dada reduction analysis)通过递减(step-down)和递增(step-up)对数建模进行。
利用多变量最小-平方线性回归建模来鉴定与平均收缩和舒张血压的关 联性最强的SNP标记作为定量特征。以加入0.001的p值和将0.005排除在模型 外的p值，利用正向(forward)递增(step-up)模型构架。
所用统计学软件为在Windows上运行的11.5版SPSS。
结果
表2中总结了在个体标记分析(n＝529)中与HT关联性最强的SNP标记 的特征。SNP鉴定号根据NCBI dbSNP database build 124确定。SNP标记的 物理位置根据NCBI Human Genome Build 35确定。基因座如NCBI dbSNP 数据库build 124所报道的那样。SNP侧翼序列通过Affymetrix“csv” commercial access Human Mapping 100K array annotation files提供。
表3中总结了在利用5种SNP的HPM-G分析中与HT关联性最强的单 元型基因组区域的特征。SNP鉴定号根据NCBI dbSNP database build 124确 定。SNP标记的物理位置根据NCBI Human Genome Build 35确定。相关基 因是位于基于NCBI人基因组Build 35，利用NCBI MapViewer发现的单元 型基因组区域的邻接SNP的物理位置上/下游100Kbp内的基因。SNP侧翼 序列通过Affymetrix“csv”commercial access Human Mapping 100K array annotation files提供。
表4中总结了在利用5种SNP的HaploRec+HPM分析中与HT具有最 强关联性的单元型基因组区域的特征。SNP鉴定号根据NCBI dbSNP database build 124确定。SNP标记的物理位置根据NCBI Human Genome Build 35确定。相关基因是位于基于NCBI人基因组Build 35，利用NCBI Map Viewer发现的单元型基因组区域的邻接SNP的物理位置上/下游 100Kbp内的基因。SNP侧翼序列通过Affymetrix“csv”commercial access Human Mapping 100K array annotation files提供。
表5列出了基于HaploRec+HPM分析(n＝14)与HT具有最强关联性的 单元型区块。SNP鉴定号根据NCBI dbSNP database build 124确定。
表6中列出了根据点态和单元型分析(n＝722)发现的所有与HT相关的 基因。基因的名称根据HUGO Gene Nomenclature Committee(HGNC)确定。
表7中列出了能在多变量对数模型中最好地预测家族HT风险的SNP 标记和单元型。SNP鉴定号根据NCBI dbSNP database build 124确定。8变 量模型预测家族性HT的准确率为91.4％。统计是根据前一类81名KIHD 参与者和后一类82名KIHD参与者作出的，前一类KIHD参与者在KIHD 基线检测中患有高血压(SBP 140mmHg以上或DBP 90mmHg以上或抗高 血压药疗)及同胞或双亲中患有HT，后一类KIHD参与者既在KIHD基线不 患有HT也不具有HT家族史。对照根据年龄进行匹配。
表8中列出了能在多变量对数模型中最好地预测家族HT风险的SNP 标记，单元型和表型数据。SNP鉴定号根据NCBI dbSNP database build 124 确定。12变量模型，包括两种单元型，5种SNP标记，和两种表型变量， 预测家族性HT的准确率为87.1％。多变量对数模型指出的最强基因座是 SERPINs B3，B4，B7和B11和EPC1，OR1J4和LOC401406，439953，441550 和441551。
表9显示了预测平均收缩和舒张BP的最强SNP的多变量线性回归模 型。表10和11显示最强SNP标记的基因型中平均收缩(表10)和舒张(表 11)BP的平均值和标准偏差，其在单变量单SNP，单元型和多变量分析中 预测BP的能力都是最强的。标记的排序是根据与舒张BP的关联强度进行 的。作为定量特征关于BP指出的最强基因为SERPINS B3，B7和B11， A100A7，S100A6，FARS1，SPOCK3，以及TLL1。
意义和结论
我们在家族性病例和没有家族史的健康对照的基于人群的组群中发现 了1365种与HT风险和/或血压相关的SNP标记。其中有529种在个体SNP 分析中鉴定，1080种在单元型模式挖掘或单元型分析中鉴定。在这1365种 标记中，有244种在两种类型的统计学分析中都预测HT。我们进一步鉴定 了在多变量对数模型中事实上完全预测了HT发病的SNP标记。
点态和单元型分析的结果鉴定了与HT相关的总共722种基因，其中 330种基因与1365种SNP标记中的至少一种在物理上连锁。
因此，我们发现了总共722种HT基因，其中任何遗传标记可用于预测 HT，并且因此这些标记可用作HT易患性的分子诊断试验的一部分。此外， 我们公开了可预测HT的一组1365个SNP标记。所述标记也可用作遗传药 理学试验的一部分，用于预测抗高血压药剂和化合物的功效和不良反应。 发现的基因也是HT新疗法诸如药物的靶。其它疗法是分子性的，包括基因 转移。新基因也可用于开发和产生新的转基因动物用于高血压药剂和化合 物的研究。
尽管本发明参照其优选实施方案具体显示和描述，本领域技术人员将 理解可对形式和细节进行各种改变而不偏离权利要求确定的本发明的精神 和范围。
表2.个体标记分析中(n＝529)与HT相关性最强的SNP标记
dbSNP        基          序     染  等 等  次   等       让
rs           因          列     色  位 位  要   位       步
ID           座          ID     体  基 基  等   基       比
                                    因 因  位   因
                                    A  B   基   X2
                                                因
rs1395266    SERPINB11   476    18  C  T   C    20.29    0.23
rs931850     None        1303   18  A  G   G    18.10    0.27
rs1386483    TPH2        470    12  A  G   A    17.88    2.61
rs1386485    TPH2        471    12  A  C   C    17.80    2.84
rs10506395   None        246    12  C  T   T    17.04    0.29
rs1410425    None        491    13  C  T   T    16.89    0.11
rs10500913   None        186    11  A  G   A    16.68    3.02
rs1935659    None        637    1   A  G   G    16.53    0.36
rs1318392    OR1J4       438    9   A  G   G    15.69    2.50
rs6428195    None        1030   1   C  G   C    15.39    0.39
rs7112382    None        1105   11  A  G   A    15.28    2.64
rs2469828    None        792    17  C  T   T    14.97    4.59
rs1386486    TPH2        472    12  C  T   T    14.87    2.46
rs10513404   NT_008470   343    9   C  T   C    14.74    0.32
rs10515283   None        356    5   C  T   C    14.55    5.73
rs1884389    None        618    20  C  T   T    14.21    2.66
rs10494019   None        124    1   A  T   T    14.03    0.33
rs4756190    None        965    11  A  G   G    14.03    2.38
rs10517655   PDGFC       387    4   A  G   G    13.88    10.16
rs1157122    GABRA1      417    5   C  T   C    13.83    0.22
rs668498     FBX018      1058   10  C  T   T    13.74    2.60
rs473232     COL24A1     959    1   C  T   C    13.72    0.34
rs1986902    None        653    1   A  G   A    13.72    2.83
rs627777     LOC388458   1026   18  C  T   T    13.70    0.41
rs9315991    None        1294   13  G  T   T    13.68    4.55
rs9299552    PCDH15      1267   10  C  T   T    13.66    0.39
rs868299     None        1233   15  C  T   C    13.65    2.37
rs4845303    None        980    1   A  T   T    13.59    2.64
rs6935462    None        1082   6   A  T   A    13.51    6.29
rs7536312    None        1161   1   A  G   A    13.26    0.30
rs7521497    None        1159   1   C  T   T    13.25    2.86
rs270454     None        805    4   A  G   A    13.20    0.36
rs1374038    None        465    5   A  C   C    13.03    3.56
rs3213829    ANK3        869    10  G  T   G    12.94    2.30
rs10494628   None        128    1   C  T   C    12.86    0.43
rs2885625    LOC145497   839    14  A  G   G    12.82    0.29
rs2476847    SEC5L1      793    6   C  T   T    12.77    2.26
rs1521409    None        544    3   A  G   G    12.77    9.50
rs274460     None        810    12  A  G   G    12.72    0.35
rs10483354   STRN3       21     14  A  C   A    12.62    0.00
rs5957594    None        1010   X   G  T   G    12.61    0.00
rs1394380    None        475    12  A  G   G    12.59    0.37
rs1391130    None        473    12  A  G   G    12.58    0.36
rs1842328    None        609    12  C  T   C    12.56    0.34
rs387619     None        898    11  A  G   A    12.56    2.22
rs9291304    GABRB1      1259   4   A  G   A    12.53    0.06
rs10514437   WWOX        349    16  C  T   T    12.53    5.88
rs2209672    None        730    10  A  G   A    12.49    2.26
rs1912914    None        628    1   A  G   G    12.45    0.41
rs2416472    None        781    5   A  G   G    12.44    0.42
rs1837426    None        607    2   A  G   G    12.44    0.43
rs301748    USH2A      855  1  A G A    12.31    0.00
rs1335311   None       447  10 C G C    12.31    2.29
rs10499961  None       175  7  C T C    12.27    3.24
rs1866565   None       616  2  C T T    12.25    0.40
rs2060688   None       682  8  C T T    12.23    0.35
rs951573    UTRN       1328 6  A G G    12.20    2.22
rs572166    None       1008 18 A G G    12.17    2.32
rs10493787  COL24A1    122  1  C G C    12.17    0.32
rs10514689  None       352  3  A G G    12.15    2.86
rs10494663  None       134  1  A G A    12.14    0.29
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rs10499538  DNAH11     171  7  A G A    12.00    0.06
rs474106    COL24A1    961  1  A G A    11.96    0.35
rs916853    None       1240 7  C T T    11.93    0.29
rs10492479  None       112  13 A G G    11.91    0.24
rs4680266   KCNAB1     955  3  C T C    11.83    2.18
rs4691246   None       956  4  C T C    11.82    2.36
rs9289965   KCNAB1     1257 3  C G C    11.82    2.17
rs10519989  MGC14798   397  15 A C A    11.82    0.07
rs10485822  SNPH       49   20 C G C    11.82    3.90
rs9298688   None       1266 9  C T T    11.81    0.39
rs892271    None       1236 12 A G G    11.81    0.11
rs29800     None       849  5  A C C    11.71    0.38
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rs10494659  None       130  1  C T C    11.69    0.27
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rs9283795   CMYA5      1248 5  C T T    11.67    3.39
rs503208    None       989  11 C G G    11.66    2.32
rs1578704   None       568  1  A G A    11.63    0.43
rs715732    None       1114 8  C G G    11.60    0.24
rs6469061   None       1038 8  C T T    11.53    0.00
rs1578705   None       569  1  A G G    11.51    0.45
rs716193    NPAS3      1117 14 G T T    11.49    2.28
rs9328130   None       1314 6  C T C    11.46    3.37
rs1487275   TPH2       531  12 A C C    11.45    2.20
rs10488914  None       76   4  A G A    11.42    0.11
rs1521770   None       545  8  C T C    11.42    0.44
rs6976996   CNTNAP2    1089 7  A G A    11.42    2.34
rs1173476   None       424  5  G T G    11.40    2.16
rs10486619  None       58   7  C T C    11.31    2.55
rs2105233   None       696  1  A G G    11.31    2.89
rs921382    None       1243 8  C G C    11.28    0.35
rs1452356   FLJ31810   513  9  C T C    11.25    2.16
rs956316    None       1336 7  C T C    11.25    0.43
rs7524749   SSBP3      1160 1  C T T    11.22    3.11
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rs1354348  None      456  3  A C C    7.89    0.15
rs3212220  IL12B     868  5  A C A    7.89    2.34
rs9315132  None      1290 13 C T T    7.89    0.37
rs1458088  None      519  11 C G G    7.88    1.99
dbSNP_rs_ID：NCBI dbSNP数据库中的SNP鉴定号
基因座：NCBI dbSNP数据库build124报道的基因座
序列ID：序列鉴定号
等位基因A：dbSNP rs ID和碱基对位置所示位置中的可选SNP等位基因或其互补核苷酸
等位基因B：dbSNP rs ID和碱基对位置所示位置中的可选SNP等位基因或其互补核苷酸
次要等位基因：在对照人群中较不常见的SNP等位基因或其互补核苷酸
等位基因_X2：基于等位基因频率的卡方检验
表3.用5种SNP进行的单元型共享分析(HPM-G)中与HT相关性最强的单元型基因组区域
dbSNP      基        序    等 等   P      染  位          起         终         延     基
rs         因        列    位 位   値     色  置          点         点         伸     因
ID         座        ID    基 基          体                                           内
                           因 因                                                       容
                           A  B
rs10489134 None      81    C  G    0.0033 1   4322203     4222203    4444135    221932 None
rs10489133 None      80    C  T    0.0043 1   4344135
rs10493327 APG4C     119   C  T    0.0041 1   62673762    62573762   62828733   254971 AFG4C
rs1413242  None      498   C  T    0.0034 1   62701781
rs998096   None      1364  A  C    0.0029 1   62701822
rs7512480  None      1158  C  T    0.0038 1   62728733
rs787493   LOC391046 1199  C  G    0.002  1   67455635    67355635   67627512   271877 GADD45A
rs344924   LOC391046 872   A  G    0.0002 1   67475369                                 GNG12
rs1408956  None      489   C  T    0.0001 1   67506979                                 LOC391046
rs344935   None      873   C  T    0.0006 1   67507779
rs647008   None      1039  C  T    0.0008 1   67514855
rs675327   None      1064  G  T    0.0023 1   67527512
rs2596268  LOC399701 802   A  T    0.0046 1   142748636   142648636  142853825  205189 MGC8902
rs10494238 None      125   C  T    0.0028 1   142751002                                LOC399701
rs3124683  None      862   A  G    0.0021 1   142753825
                           SEC22L1
rs1858232  CAPON     611   A  G    0.0038 1   159491215   159391215  159591215  200000 CAPoN
                                                                                       LOC284680
                                                                                       EAT2
rs1577567  None      566   A  G    0.0047 1   163876348   163776348  164007533  231185 LOC116123
rs1577566  None      565   A  G    0.0032 1   163876551                                POGK
rs484666   None      981   A  T    0.0026 1   163907533
rs1415678  None      501   A  G    0.0039 1   165841708   165741708  165946218  204510 DPT
rs10489358 None      82    A  G    0.003  1   165842250
rs726055   None      1146  C  T    0.003  1   165845239
rs10489359 None      83    A  G    0.0029 1   165845921
rs1412336  None      496  A C 0.0046 1  165846218
rs1578704  None      568  A G 0.0049 1  186525471 186425471 186648423 222952 None
rs1578705  None      569  A G 0.0049 1  186525536
rs10494628 None      128  C T 0.0036 1  186548423
rs10494627 None      127  C T 0.0021 1  186790071 186690071 186931835 241764 None
rs9287136  None      1252 C T 0.0018 1  186831672
rs10494626 None      126  C T 0.0047 1  186831835
rs10494659 None      130  C T 0.0023 1  189007732 188907732 189165779 258047 None
rs2785762  None      816  C G 0.0029 1  189010208
rs10494660 None      131  C T 0.0033 1  189015552
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rs6683269  None      1057 C T 0.0037 1  189064497
rs10494664 None      135  A C 0.0036 1  189065779
rs2154329  None      715  C T 0.0046 1  196232097 196132097 196332097 200000 None
rs301748   USH2A     855  A G 0.0041 1  213418522 213318522 213518522 200000 USH2A
rs10495082 None      137  C T 0.004  1  215101968 215001968 215201968 200000 LOC128153
rs2089918  None      694  A G 0.0035 1  231717337 231617337 231817337 200000 TARBP1
rs10508223 None      273  C T 0.0025 10 2154068   2054068   2254068   200000 None
rs10508416 LOC389938 279  A G 0.0031 10 10727688  10627688  11016891  389203 LOC389938
rs4749978  LOC389938 963  C G 0.0005 10 10744535
rs2224673  LOC389938 738  C G 0.0001 10 10758538    
rs10508417 LOC389938 280  A T 0      10 10797859
rs10508419 None      281  A G 0.0004 10 10910370
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rs1537611  MCM10     551  A G 0.0023 10 13213838  13113838 13314331 200493  OPTN
rs10508454 MCM10     282  G T 0.0034 10 13214331                            MCM10
                                                                            C10orf49
rs950132   EPC1     1325 C T 0.0046 10 32628642 32528642 32728642 200000    EPC1
rs7905537  None     1201 G T 0.0043 10 34235281 34135281 34416715 281434    PARD3
rs161411   None     581  A G 0.005  10 34316715
rs9299552  PCDH15   1267 C T 0.0034 10 55585793 55485793 55685793 200000    PCDH15
rs7908118  None     1202 C T 0.0038 10 56557629 56457629 56709343 251714    None
rs2050318  None     676  G T 0.0041 10 56609343
rs10509301 RUFY2    299  C T 0.0042 10 69489280 69389280 69791343 402063    MAWBP
rs10509302 DNA2L    300  C G 0.0011 10 69575078                             HNRPH3
rs10509303 DNA2L    301  A C 0.0021 10 69575202                             RUFY2
rs2298117  CXXC6    756  A G 0.0042 10 69691343                             CXXC6
                                                                            DNA2L
rs10509319  None    305  A G 0.0033 10 70747505 70647505 70876882 229377    NEUROG3
rs10509318  None    304  A G 0.0028 10 70748147                             C10orf35
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                                                                            DDIT4
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                                                                            CBARA1
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rs720106   RRM1    1132A G 0.0024 11 4104287
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                                                                       LOC220074
                                                                       FLJ20625
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rs1318392  OR1J4     438 A G 0.0007 9 120658438                            PHF19
rs1411270 OR1N2      492 C G 0.0027 9 120691463                            TRAF1
                                                                           NT_008470
                                                                           OR1J4
                                                                           OR1N2
rs10521366 RPS6KA6  408  C T 0.0039 X 82124827 82024827 82224827 200000    RPS6KA6
rs724981   None     1143 C T 0.0044 X 82335552 82235552 82435552 200000    None
dbSNP_rs_ID：NCBI dbSNP数据库build 124中的SNP鉴定号
基因座：位于根据NCBI人基因组Build 35通过SNP指出的物理位置中的基因
序列ID：序列鉴定号
等位基因A：dbSNP rs ID和碱基对位置所示位置中的可选SNP等位基因或其互补核苷酸
等位基因B：dbSNP rs ID和碱基对位置所示位置中的可选SNP等位基因或其互补核苷酸
P-值：单元型共享分析(haplotype sharing analysis)的P-值
位置：碱基对位置，根据NCBI人基因组Build 35的SNP物理位置
基因_内容：单元型基因内容，位于基于NCBI人基因组Build 35，利用NCBI MapViewer发现的单元型基因组区域的邻接SNP的物理位置上/ 下游100Kbp内的基因
表4.用5种SNP进行的单元型共享分析(HaploRec+HPM)中与HT相关性最强的单元型基因组区域
dbSNP        基        序   等 等     P     染  位         起         终        延     基
rs           因        列   位 位     値    色  置         点         点        伸     因
ID           座        ID   基 基           体                                         内
                            因 因                                                      容
                            A  B
rs515279     None      994  A  G     0.0049 1   4554061    4454061    4684310   230249 SHREW1
rs10489134   None      81   C  G     0.0015 1   4562378
rs10489133   None      80   C  T     0.0049 1   4584310
rs4660918    RAD54L    952  C  T     0.0041 1   46443714   46343714   46618723  275009 TSPAN-1
rs10489769   MGC22960  86   A  G     0.0039 1   46518723                               FLJ20277
                                                                                       RAD54L
                                                                                       MUF1
                                                                                       UOCRH
                                                                                       MGC22960
                                                                                       FAAH
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rs10489809   SSBP3     87   C  T     0.0002 1   54469422                               MRPL37
rs7524749    SSBP3     1160 C  T     0      1   54491264                               SSBP3
rs2076571    SSBP3     687  C  T     0.001  1   54530120
rs10489566   SSBP3     85   C  G     0.0014 1   54530375
rs542873     DAB1      1002 A  G     0.0046 1   57426550   57326550   57526550  200000 DAB1
rs531496     None      1000 C  T     0.0018 1   61002405   60902405   61148550  246145 None
rs10493297   None      117  G  T     0.0009 1   61003143
rs602295     None      1012 A  T     0.0004 1   61004714
rs310159     None      861  C  T     0.001  1   61032913
rs10493298   None      118  C  T     0.0049 1   61048550
rs1281611    None      435  C  T     0.0019 1   82610585   82510585   82769142  258557 None
rs1986902    None      653  A  G     0.0006 1   82611768
rs1281590    None      434  A  G     0.0007 1   82616264
rs10489861   None      88   C  T     0.003  1   82669142
rs721599   None    1136 C G 0.0022 1 83240652  83140652  83342288 201636   None
rs10487981 None    63   C T 0.0047 1 83242288
rs477862   COL24A1 972  C T 0.0049 1 86193890  86093890  86337825  243935  COL24A1
rs474106   COL24A1 961  A G 0.0005 1 86194307
rs473232   COL24A1 959  C T 0.0004 1 86194386
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rs10518362 COL24A1 393  A G 0.0005 1 86195653
rs10518360 COL24A1 392  C T 0.0023 1 86237825
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rs2861426  None    833  C T 0.0012 1 185716050
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rs2175550  None    724  A G 0.0004 1 185811059
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rs4845303  None    980  A T 0.0002 1 185884000
rs6428195  None    1030 C G 0.0002 1 185892552
rs1935654  None    636  C T 0.0003 1 185952796
rs1935659  None    637  A G 0.0003 1 185956354
rs1578704  None    568  A G 0.0002 1 185968869
rs1578705  None    569  A G 0.0002 1 185968934
rs10494628 None    128  C T 0.0003 1 185991821
rs10494627 None    127  C T 0.0005 1 186233469 186133469 186375070 241601 None
rs9287136  None    1252 C T 0.0021 1 186275070
rs1572474  None    562  A G 0.0047 1 188318629 188218629 188658913 440284 None
rs1338034  None    449  C T 0.0037 1 188358939
rs10494658 None    129  A C 0.0036 1 188421032
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                                                                             REGL
                                                                             PAP
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                                                                             MGC4268
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                                                                             HMG1L3
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                                                                               LOC441723
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rs3825847 BG1        891  C T 0.002 15 76250541 76150541 76350541 200000       KIAA1055
                                                                               CIB2
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rs10520704 None    403  A G 0.0026 15 90521604
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rs10500474 None    181  A G 0.0036 16 62073509
rs2077576  WWOX    688  A G 0.003  16 76896265 76796265 76996265 200000   WWOX
rs4130513  WWOX    922  A G 0.0013 16 77016251 76916251 77195856 279605   WWOX
rs10514437 WWOX    349  C T 0.0006 16 77050361
rs2738646  WWOX    809  C G 0.0016 16 77050888
rs1397927  WWOX    477  A G 0.0035 16 77095856
rs10514506 CDYL2   350  A G 0.004  16 79278578 79178578 79404911 226333   CDYL2
rs8047401  CDYL2   1221 C T 0.0017 16 79304514
rs10514507 CDYL2   351  C G 0.0031 16 79304695
rs3100179  CDYL2   860  A T 0.0045 16 79304911
rs2469825  None    791  A C 0.0042 17 36095188 35995188 36359516 364328   SMARCE1
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                                                                             RNF138
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rs8091714  None      1224 A C 0.0042 18 51803567  51703567  51915280  211713 None
rs1978502  None      648  C G 0.002  18 51815225
rs1978503  None      649  A G 0.0013 18 51815280
rs1403302  None      483  C G 0.0043 18 59525016  59425016 59745607 320591  SERPINB4
rs952857   None      1329 G T 0.0043 18 59525552                            SERPINB3
rs1522723  SERPINB11 548  C T 0.003  18 59535960                            SERPINB11
rs1395266  SERPINB11 476  C T 0.0002 18 59541312                            SERPINB7
rs931850   None      1303 A G 0      18 59544814                            SERPINB2
rs1522722  None      547  C T 0      18 59572521                            SERPINB10
rs10503087 None      216  A C 0.0014 18 59627434
rs1701586  None      590  A G 0.0036 18 59645607
rs1573400  None      564  A G 0.003  18 65077486  64977486 65180058 202572  None
rs572166   None      1008 A G 0.0016 18 65078530
rs998156   None      1365 A C 0.0033 18 65078841
rs481598   None      976  A T 0.0049 18 65080058
rs1457856 None       518 C T 0.0034 19 57649297 57549297 57749935 200638   ZNF610
rs2168792 None       721 C G 0.0017 19 57649935                            LOC400713
                                                                           LOC284373
                                                                           ZNF528
                                                                           ZNF534
                                                                           LOC441862
                                                                           ZNF578
                                                                           LOC388558
rs2058318 LOC440544  680 C G 0.0039 19 61554788 61454788 61655118 200330   LOC440544
rs2058319 LOC440544  681 C T 0.0032 19 61555118                            ZNF542
                                                                           ZNF582
                                                                           ZNF583
                                                                           FLJ14011
rs3971706 MGC9913    908 A G 0.0039 19 61697881 61597881 61797881 200000   ZNF583
                                                                           FLJ14011
                                                                           MGC9913
                                                                           ZNF471
                                                                           ZFP28
                                                                           FLJ26175
rs1294690  FKBP1A   436  A G 0.0046 20 1319697  1219697  1520408  300711   SNPH
rs6042018  None     1013 C T 0.0006 20 1332298                             SDCBP2
rs6042209  None     1014 A G 0.0001 20 1354212                             FKBP1A
rs1884389  None     618  C T 0      20 1358582                             NSFL1C
rs1884390  None     619  C T 0.0002 20 1358818                             PTPNS1L3
rs10485823 None     50   A G 0.0007 20 1367846                             LOC441937
rs715217   PTPNS1L3 1111 A G 0.0015 20 1420408                             PTPNS1L2
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rs6108011  None     1021 A G 0.0043 20 7500504   7400504 7670826   270322  None
rs6108015  None     1022 C G 0.0016 20 7515858
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rs186332   PTK6     613  C T 0.0048 20 61629912                            EEF1A2
                                                                      C20orf149
                                                                      PTK6
                                                                      SRMS
                                                                      MGC5356
                                                                      PRIC285
                                                                      LOC200213
                                                                      GMEB2
                                                                      LOC388807
rs2825583 None    820 C T 0.0039 21 19734374 19634374 19893599 259225 None
rs2825601 None    821 A G 0.0011 21 19766620
rs2825610 None    822 G T 0.0009 21 19793455
rs1489734 None    532 A G 0.0038 21 19793599
dbSNP_rs_ID：NCBI dbSNP数据库build 124中的SNP鉴定号
基因座：位于根据NCBI人基因组Build 35通过SNP指出的物理位置中的基因
序列ID：序列鉴定号
等位基因A：dbSNP rs ID和碱基对位置所示位置中的可选SNP等位基因或其互补核苷酸
等位基因B：dbSNP rs ID和碱基对位置所示位置中的可选SNP等位基因或其互补核苷酸
P-值：单元型共享分析(haplotype sharing analysis)的P-值
位置：碱基对位置，根据NCBI人基因组Bui1d 35的SNP物理位置
基因_内容：单元型基因内容，位于基于NCBI人基因组Build 35，利用NCBI MapViewer发现的单元型基因组区域的邻接SNP的物理位置上/ 下游100Kbp内的基因
表5.基于HaploRec+HPM分析发现与HT具有最强关联的单元型区块(n＝14)
  dbSNP_rs_ID  基因_座     序列_ID   Chr    风险_等位基因   变体    卡方   P-值   rs4845303   rs6428195   rs1935659   rs1997454   rs2139502   rs1519991   rs1521409   rs10511365   rs10511366   rs7679959   rs10517338   rs959297   rs2278677   rs3886091   rs1998167   rs1998168   rs2235280   rs10521062   rs10512296   rs1924001   rs2417359   rs10508933   rs10509071   rs10490967   rs10508771   rs3006608   rs10508773  None  None  None  None  None  None  None  None  None  None  None  None  T  None  None  None  RPS6KA2  None  None  None  None  ACF  None  None  None  None  EPC1     980     1030     637     656     709     542     544     316     317     1178     381     1338     749     899     657     658     740     404     331     633     784     289     295     94     286     854     287     1     1     1     2     2     2     3     3     3     4     4     4     6     6     6     6     6     9     9     9     9     10     10     10     10     10     10     A     C     G     A     G     C     A     C     T     C     G     A     G     C     A     G     G     A     A     C     G     G     G     A     T     C     C   A/T   C/G   A/G   A/G   A/G   A/C   A/G   C/T   C/T   C/G   C/G   A/T   A/G   C/G   A/G   A/G   A/G   A/C   A/G   C/G   A/G   C/G   A/G   A/G   A/T   C/T   C/T     23.70     19.73     23.54     21.37     21.29     18.40     19.56     18.76   ＜1.0E-5   1.00E-05   ＜1.0E-5   ＜1.0E-5   ＜1.0E-5   0.00002   1.00E-05   0.00001
    rs950132     rs1386486     rs1386485     rs1386483     rs7977245     rs276002     rs274460     rs1245383     rs2133829     rs2173738     rs2050528     rs202970     rs1395266     rs931850     rs1522722     rs2221511     rs4940595     rs1522723     rs1395266     rs2825555     rs2825583     rs2825601     rs2825610     rs1489734   EPC1   TPH2   TPH2   TPH2   None   None   None   None   None   None   None   None   SERPINB11   None   None   SERPINB11   SERPINB11   SERPINB11   SERPINB11   None   None   None   None   None   1325   472   471   470   1212   814   810   430   707   722   677   671   476   1303   547   733   986   548   476   819   820   821   822   532     10     12     12     12     12     12     12     14     14     14     14     14     18     18     18     18     18     18     18     21     21     21     21     21   C   C   A   G   T   A   A   G   C   T   T   C   T   A   C   A   T   C   C   A   T   G   G   A     C/T     C/T     A/C     A/G     C/T     A/G     A/G     A/G     C/T     C/T     C/T     C/T     C/T     A/G     C/T     A/G     G/T     C/T     C/T     A/G     C/T     A/G     G/T     A/G     19.54     18.81     18.77     23.73     22.42     23.77   1.00E-05   0.00001   0.00001   ＜1.0E-5   ＜1.0E-5   ＜1.0E-5
dbSNP_rs_ID：NCBI dbSNP数据库build 124中的SNP鉴定号
基因_座：位于根据NCBI人基因组Build 35通过SNP指出的物理位置中的基因
序列_ID：序列鉴定号
Chr：染色体
风险_等位基因：有风险单元型中的等位基因
变体：SNP中存在的变体等位基因
卡方：基于2×2表(病例和对照中的单元型存在(不存在))的卡方值
P-值：对应具有1df的卡方值的P-值
表6.根据点态或单元型分析的HT相关基因(n＝722).
染色体| 基因
-----------------------------------------
1       DAB1
1       APG4C
1       CAPON
1       COL24A1
1       COL24A1
1       DPT
1       EAT2
1       FAAH
1       FAF1
1       FLJ20277
1       FLJ32825
1       GADD45A
1       GNG12
1       LOC116123
1       LOC128153
1       LOC200008
1       LOC284680
1       LOC388656
1       LOC391046
1       LOC391046
1       LOC399701
1       LOC400758
1       LOC440598
1       MAST2
1       MGC22960
1       MGC29875
1       MGC8902
1       MRPL37
1       MUF1
1       POGK
1       PRKCL2
1       RAD54L
1       RGS18
1       RGS7
1       SEC22L1
1       SHREW1
1       SIAT7C
1       SIPA1L2
1       SSBP3
1       SSBP3
1       TARBP1
1       TSPAN-1
1       UQCRH
1       USH2A
1       USH2A
1       XM_372814
2       COMMD1
2       CRYGEP1
2       ERBB4
2       LOC130576
2       MYO3B
2       REGL
2       SP100
2       ACVR1
2       ACVR1
2       AOX2
2       ASB1
2    B3GNT1
2    BARD1
2    BAZ2B
2    CRYGA
2    CRYGB
2    CRYGC
2    CRYGD
2    CTNNA2
2    FLJ13110
2    FSHR
2    GORASP2
2    GPD2
2    HMG1L3
2    IDH1
2    LANCL1
2    LHCGR
2    LOC130429
2    LOC339789
2    LOC344471
2    LOC388954
2    LOC389072
2    LOC389073
2    LOC391481
2    LOC402117
2    LOC442053
2    LOC442066
2    LOC93349
2    LPIN1
2    LRP1B
2    LTBP1
2    MGC4268
2    PAP
2    PDE11A
2    PDE11A
2    PELI1
2    POLR2D
2    PRKCE
2    PRKCN
2    QPCT
2    REG-III
2    REG1A
2    REG1B
2    TLK1
2    TRAF3IP1
2    UNQ429
2    VPS54
2    WDR33
3    LOC152225
3    AHSG
3    ATR
3    CRBN
3    CRYGS
3    DGKG
3    DNAJB11
3    FETUB
3    FLJ10560
3    FLJ12604
3    FLJ42117
3    GRM7
3    HRG
3    IL5RA
3    KCNAB1
3    KNG1
3    LOC152225
3    LOC389105
3    LOC389105
3    LOC442078
3    LOC442099
3    MAIL
3    MGC15606
3    MGC16471
3    MRPL47
3    PLS1
3    SCHIP1
3    TRAD
3    TRNT1
3    TRPC1
3    XRN1
4    LOC339979
4    PDGFC
4    ANK2
4    ANK2
4    FLJ20647
4    FLJ37673
4    GABRB1
4    GABRB1
4    GLRB
4    KIAA0882
4    KIT
4    LOC152594
4    LOC255130
4    LOC339979
4    LOC345378
4    LOC389217
4    LOC391681
4    LOC391686
4    LOC441018
4    PDGFC
4    SEC24B
4    SNCA
4    STK32B
4    TDO2
4    TLL1
5    ABLIM3
5    ADAMTS12
5    BTNL3
5    BTNL8
5    BTNL9
5    CANX
5    CCNG1
5    CDH6
5    CEI
5    CHD1
5    CMYA5
5    CMYA5
5    CTNND2
5    EBF
5    FBXL17
5    FLJ10904
5    GABRA1
5    GABRA1
5    GABRA6
5    HMMR
5    HNRPH1
5    IL12B
5    IRX2
5    KIAA1061
5    KIAA1985
5    LOC134492
5    LOC255187
5    LOC255187
5    LOC285638
5    LOC285679
5    LOC345471
5    LOC389285
5    LOC389352
5    LOC391734
5    LOC391774
5    LOC391819
5    LOC391858
5    LOC402222
5    LOC441113
5    LOC441120
5    LOC442129
5    LOC51149
5    LTC4S
5    MAML1
5    MAN2A1
5    MGAT4B
5    NDFIP1
5    PAPD4
5    PJA2
5    RGMB
5    RUFY1
5    SGCD
5    SGCD
5    S0STM1
6    STX11
6    ACAT2
6    BAI3
6    BPAG1
6    BRP44L
6    C6orf142
6    C6orf149
6    C6orf157
6    C6orf204
6    C6orf33
6    C6orf65
6    C6orf83
6    C6orf93
6    CRISP2
6    DST
6    FARS1
6    GFOD1
6    IGF2R
6    IL17F
6    L3MBTL3
6    LOC285741
6    LOC389370
6    LOC401255
6    LOC401284
6    MAS1
6    MCM3
6    MGC35308
6    MRPL18
6    MRPL42P3
6    MYCT1
6    PARK2
6    PARK2
6    PHACTR1
6    PLAGL1
6    PNLDC1
6    RPS6KA2
6    SAMD3
6    SEC5L1
6    SERPINB1
6    SERPINB9
6    SF3B5
6    SLC35F1
6    SOD2
6    SYNE1
6    T
6    TBC1D7
6    TBC1D7
6    TCBA1
6    TCP1
6    TINAG
6    UTRN
6    VIP
6    WRNIP1
6    WTAP
6    UTRN
7    DNAH11
7    ABCA13
7    AKR1B1
7    ARL4
7    ARL4A
7    BMPER
7    CNTNAP2
7    CNTNAP2
7    DGKI
7    DNAH11
7    FLJ21075
7    FLJ32786
7    HDAC9
7    HIC
7    HUS1
7    LOC136288
7    LOC340228
7    LOC340274
7    LOC389602
7    LOC401406
7    LOC402463
7    LOC402640
7    MGC16075
7    MGC33329
7    OSBPL3
7    PBEF1
7    PHF14
7    PHF14
7    PKD1L1
7    PKD1L1
7    SCIN
7    SDK1
7    SEMA3A
7    SEMA3E
7    SHH
7    SLC35B4
7    SP4
7    UNQ739
8    SGCZ
8    ZFPM2
8    ASAH1
8    CGI-62
8    CSMD1
8    EFA6R
8    ENTPD4
8    FGF20
8    FLJ23749
8    FLJ36980
8    HNF4G
8    LOC286097
8    LOC340357
8    LOC346887
8    LOC392262
8    LRP12
8    MATN2
8    MSCP
8    PKIA
8    PSD3
8    RBPMS
8    RIMS2
8    RRM2B
8    ZHX2
9    NT_008470
9    OR1J4
9    ADAMTSL1
9    AK3L1
9    C9orf102
9    C9orf97
9    ECM2
9    FBXW2
9    FLJ31810
9    FLJ31810
9    FRMD3
9    GRIN3A
9    JAK2
9    LOC138882
9    LOC392282
9    LOC392371
9    LOC401492
9    LOC441384
9    MRRF
9    NR4A3
9    NTRK2
9    OR1B1
9    OR1H1P
9    OR1J1
9    OR1J2
9    OR1J4
9    OR1L8
9    OR1N1
9    OR1N2
9    OR1Q1
9    PHF19
9     PSMD5
9     PTGS1
9     RCL1
9     RCL1
9     STX17
9     TMC1
9     TRAF1
9     TRPM3
9     TXNDC4
9     XPA
10    CTNNA3
10    LOC389938
10    PCDH15
10    ACF
10    ADRA2A
10    ADRA2A
10    ANK3
10    ANK3
10    ANKRD16
10    ASCC1
10    C10orf104
10    C10orf35
10    C10orf49
10    C10orf59
10    C10orf64
10    CACNB2
10    CACNB2
10    CBARA1
10    CTNNA3
10    CXXC6
10    DDIT4
10    DNA2L
10    DNAJB12
10    EPC1
10    FBXO18
10    FBXO18
10    FLJ31958
10    GDI2
10    HNRPH3
10    IL15RA
10    IL2RA
10    LOC387630
10    LOC389970
10    LOC399707
10    LOC399708
10    LOC399713
10    LOC399773
10    LOC439946
10    LOC439953
10    LOC439978
10    LOC441550
10    LOC441551
10    LOC441561
10    MAWBP
10    MCM10
10    MINPP1
10    MPP7
10    MYO3A
10    NEUROG3
10    NOPD1
10    NY-BR-1
10    OPTN
10    PARD3
10    RUFY2
11    NUMA1
11    CD44
11    DKFZP564M082
11    FAT3
11    FAT3
11    FLJ20625
11    FN5
11    GALNTL4
11    GAS2
11    IL18BP
11    KIAA1731
11    LOC113174
11    LOC220074
11    LOC260340
11    LOC260340
11    LOC338661
11    LOC338661
11    LOC387795
11    LOC390241
11    LOC390263
11    LOC440062
11    MGC5306
11    MRGX3
11    MRGX4
11    NELL1
11    NUMA1
11    OR10S1
11    OR4D5
11    OR51R1P
11    OR52K3P
11    OR6M2P
11    OR6M3P
11    OR6T1
11    OR8D4
11    PDGFD
11    PDHX
11    PTD012
11    RNF121
11    RRM1
11    SAA2
11    SAA3P
11    SAA4
11    SSA1
11    STIM1
11    USP47
12    EB-1
12    TPH2
12    ALG10
12    ARL1
12    DRIM
12    DRIM
12    EB-1
12    ELKS
12    FLJ36004
12    HSN2
12    LOC283392
12    LOC283432
12    LOC390359
12    LOC400019
12    LOC400046
12    NAV3
12    NAV3
12    PAH
12    PRKWNK1
12    RAD52
12    SLC16A7
12    TBC1D15
12    TPH2
12    TRHDE
12    VPS29
12    WIF1
13    DNAJD1
13    FARP1
13    FARP1
13    FLJ10094
13    FLJ25477
13    FLJ25952
13    GPC6
13    GRK6PS
13    HSMPP8
13    IRS2
13    LOC387904
13    LOC387905
13    LOC390393
13    LOC400099
13    LOC400120
13    LOC440127
13    NUDT15
13    PABPC3
13    PSPC1
13    RFXAP
13    SCEL
13    SMAD9
13    STK24
13    SUCLA2
13    VDRIP
13    VGCNL1
13    ZNF198
13    ZNF237
14    LOC145497
14    LOC388001
14    LOC400234
14    NPAS3
14    AKAP6
14    AP4S1
14    C14orf166B
14    C14orf68
14    COCH
14    CYCSP1
14    EEF1A1P2
14    EML1
14    KCNH5
14    KIAA0759
14    KIAA1036
14    LAMR1P3
14    LOC341965
14    LOC388001
14    LOC440198
14    LRFN5
14    MGC4645
14    NDUFB3P4
14    NPAS3
14    NRXN3
14    RPL22P2
14    RPLP1P1
14    RPS2P3
14    SEL1L
14    SLC25A29
14    STRN3
14    STRN3
14    UBA52P3
14    WARS
15    MGC14798
15    ADAM10
15    ARNT2
15    ARRDC4
15    BG1
15    CHD2
15    CIB2
15    CYFIP1
15    DNAJA4
15    FES
15    FURIN
15    GABRA5
15    IDH3A
15    KIAA1055
15    LOC339003
15    LOC390561
15    LOC390572
15    LOC390638
15    LOC400320
15    LOC440272
15    LOC441722
15    LOC441723
15    MAN2A2
15    MEIS2
15    MGC14386
15    MGC14798
15    MGC45386
15    MTHFS
15    NANOGP8
15    NIPA1
15    NIPA2
15    NTRK3
15    pp9099
15    PRC1
15    RASGRF1
15    RGMA
15    SIAT8B
15    SLCO3A1
15    SMAP-1
15    VPS33B
16    CDYL2
16    WWOX
16    CDH13
16    CLECSF1
16    RRN3
16    WWOX
17    CGI-125
17    FLJ12760
17    FLJ25818
17    KIAA0753
17    KRT10
17    KRT12
17    KRT20
17    KRT20
17    KRT23
17    KRT24
17    KRT25A
17    KRT25B
17    KRT25C
17    KRT25D
17    LOC342531
17    LOC342531
17    MGC21518
17    MGC21518
17    MGC45562
17    MRC2
17    PITPNM3
17    SLC13A5
17    SMARCE1
17    SOX9
17    TLK2
17    TXNL5
18    LOC388458
18    SERPINB11
18    C18orf10
18    C18orf11
18    C18orf14
18    FLJ20793
18    KIAA1012
18    KIAA1328
18    LOC342705
18    LOC390848
18    LOC440491
18    MEP1B
18    NETO1
18    NPM1P1
18    PTPRM
18    RIT2
18    RIT2
18    RNF125
18    RNF138
18    SERPINB10
18    SERPINB2
18    SERPINB3
18    SERPINB4
18    SERPINB7
19    FLJ00060
19    FLJ14011
19    FLJ26175
19    GRLF1
19    ILT10
19    KIR2DL1
19    KIR2DL3
19    KIR2DS2
19    KIR3DL3
19    LILRA1
19    LILRA2
19    LILRB4
19    LOC284373
19    LOC388526
19    LOC388558
19    LOC400713
19    LOC440544
19    LOC441862
19    MGC9913
19    ZFP28
19    ZNF471
19    ZNF528
19    ZNF534
19    ZNF542
19    ZNF578
19    ZNF582
19    ZNF583
19    ZNF610
20    SNPH
20    C20orf149
20    C20orf46
20    EEF1A2
20    FKBP1A
20    GMEB2
20    IDH3B
20    KCNB1
20    KCNQ2
20    LOC200213
20    LOC388807
20    LOC441937
20    MGC10715
20    MGC5356
20    NOL5A
20    NSFL1C
20    PRIC285
20    PROCR
20    PSMF1
20    PTGIS
20    PTK6
20    PTPNS1L2
20    PTPNS1L3
20    SDCBP2
20    SIRPB1
20    SNPH
20    SNRPB
20    SRMS
20    TGM6
20    TMC2
20    TMC2
21    ATP5O
21    C21orf94
21    ITSN1
21    ITSN1
21    LOC388819
21    MRPS6
22    DGCR2
22    FBLN1
X     RPS6KA6
根据HUGO基因命名委员会(HGNC)的基因名称
表7.预测高血压风险的多变量对数模型，包括单元型和个体SNP标记
   预测变量   基   因   座   C   h   r   S   E   Q   I   D     基     因     内     容     风     险     HT     或     基     因     型     SNP     中的     等位     基因     频率 系数     OR     95％     CI      P      值   单元型*   rs1521409   rs10511365   rs10511366   单元型   rs10508771   rs3006608   rs10508773   rs950132   单元型   rs2221511   rs4940595   rs1522723   rs1395266   SNP-标记**   rs1992906 None None None None None EPC1 EPC1 SERPINB11 SERPINB11 SERPINB11 SERPINB11 None   3   3   3   10   10   10   10   18   18   18   18   5   544   316   317   286   854   287   1325   733   986   548   476   655     None     LOC441550     LOC441551     LOC439953     EPC1     SERPINB4     SERPINB3     SERPINB11     SERPINB7     A     C     T     T     C     C     C     A     T     C     C     G     A/G     C/T     C/T     A/T     C/T     C/T     C/T     A/G     G/T     C/T     C/T     A/G     6,27,130     139,23,1     118,37,8     138,22,3     -6.904     9.045     -3.421     4.154     0.001     8477     0.033     63.7     [0.000，0.028]     [87.2，823831]     [0.004，0.242]     [6.61，614]     ＜0.001     ＜0.001     0.001     ＜0.001
 rs10270360  rs1318392  rs2209672  rs503208  LOC401406  OR1J4  None  None  7  9  10  11  10  438  730  989     G     G     A     G  A/G  A/G  A/G  C/G  47,90,26  47,86,30  33,94,36  78,68,17   2.593   -3.299   -3.032   2.619   13.4   0.037   0.048   13.7 [3.12，57.3] [0.007，0.195] [0.011，0.216] [3.15，59.8] ＜0.001 ＜0.001 ＜0.001 ＜0.001 常数   7.473   1760 389 0.003
根据NCBI dbSNP数据库build 124的SNP鉴定号
基因座，NCBI dbSNP数据库build124报道的基因座
8-变量模型正确预测91.4％的HT病例
基于163名受试者的统计，其中81人为HT，82人为对照
*单元型编码为：没有单元型为0，一个单元型为1，两个单元型为2
**基因型编码为：主要等位基因纯合子为0，杂合子为1，次要等位基因纯合子为2
单元型基因内容，位于与利用NCBI MapViewer发现的单元型基因组区域邻接的SNP的物理位置的上/下游100Kbp内的基因
HT＝单元型
OR＝多变量对数模型中的让步比
95％CI＝对于让步比的95％置信区间
表8.预测高血压风险的多变量对数模型，包括单元型、个体SNP标记和表型指标
预测变量 基 因 座   C   h   r S E Q I D 基 因 内 容 风 险 HT 或 基 因 型 SNP 中的 等位 基因 频率 系数 OR 95％ CI   P   值 单元型* rs1521409 rs10511365 rs10511366 单元型 rs2221511 rs4940595 rs1522723 rs1395266 SNP-标记** rs1997454 rs10270360 rs1318392 rs2209672 rs503208 BMI(kg/m2) 家族中的肥胖 None None None SERPINB11 SERPINB11 SERPINB11 SERPINB11 None LOC401406 OR1J4 None None   3   3   3   18   18   18   18   2   7   9   10   11 544 316 317 733 986 548 476 656 10 438 730 989 None SERPINB4 SERPINB3 SERPINB11 SERPINB7 A C T A T C C G G G A G n n A/G C/T C/T A/G G/T C/T C/T A/G A/G A/G A/G C/G a. a. 6,27,130 118,37,8 103,53,7 47,90,26 47,86,30 33,94,36 78,68,17 -3.629 -1.828 -1.194 1.379 -2.035 -1.608 1.392 0.248 1.508 0.026 0.161 0.303 3.97 0.131 0.200 4.03 1.281 4.52 [0.004，0.177] [0.054，0.478] [0.112，0.821] [1.65，9.56] [0.049，0.348] [0.075，0.533] [1.73，9.38] [1.067，1.537] [1.49，13.7]   ＜0.001   0.001   0.019   0.002   ＜0.001   0.001   0.001   0.008   0.008
常数   -2.542  0.079     0.376
根据NCBI dbSNP数据库build 124的SNP鉴定号
基因座，NCBI dbSNP数据库build 124报道的基因座
9-变量模型正确预测87.1％的HT病例
基于163名受试者的统计，其中81人为HT，82人为对照
*单元型编码为：没有单元型为0，一个单元型为1和两个单元型为2
**基因型编号为：主要等位基因纯合子为0，杂合子为1，次要等位基因纯合子为2
n.a.表示不可用
单元型基因内容，位于与利用NCBI MapViewer发现的单元型基因组区域邻接的SNP的物理位置的上/下游100Kbp内的基因
HT＝单元型
OR＝多变量对数模型中的让步比
95％CI＝对于让步比的95％置信区间
表9.利用个体SNP标记的收缩和舒张血压的线性回归模型
 变量   最接近的基因*   序列ID   SBP DBP   系数     P-值 系数     P-值  药物治疗  rs1860933  rs4236780  rs2000112  rs931850  rs2192947  rs9328292  rs1409367  rs1893814  rs2263356  rs6826647  rs1913157   LOC391839，SPINK5   STARS，ANGPT1   OR1N2，OR1L8   SERPINB11，SERPINB7   QPCT，CDC42EP3   C6orf149，FARS1   S100A7，S100A6   ODZ4，PRCP   PHF2，BARX1   TLL1，SPOCK3   FLJ42117，LOC339902   1366   1367   660   1303   728   1316   490   622   746   1368   630   8.403   -4.673   -5.659   -4.481   -5.084   3.656     0.001     ＜0.001     ＜0.001     0.001     0.001     0.001 4.695 -3.486 -6.839 3.747 3.209 -2.786 -2.721     0.02     ＜0.001     ＜0.001     ＜0.001     ＜0.001     ＜0.001     ＜0.001  常数  经调节的R2   139.698      ＜0.001      0.247 101.901     ＜0.001     0.301
SBP，收缩压
DBP，舒张压
*，根据NCBI MapViewer上下游最接近的基因
序列ID，序列鉴定号
表10.所选SNP标记与平均收缩压(单位mmHg)的关系
 SNP标记  最接近的基因*   Seq_ID     次要等位基因     的纯合子     杂合子   主要等位基因     的纯合子   P-值   均值   SD  N  均值  SD  N  均值  SD   N  rs6826647  rs1409367  rs9328292  rs1395266  rs1893814  rs931850  rs1860933  rs1386483  TLL1  SPOCK3  S100A7  S100A6  C6orf149  FARS1  SERPINB3  SERPINB11**  SERPINB7  ODZ4  PRCP  SERPINB11  SERPINB7  LOC391839  SPINK5  TBC1D15   1368   490   1316   476   622   1303   1366   470   134.6   149.5   124.7   124.6   132.1   125.1   137.1   135.7   17.7   18.6   16.7   10.2   16.1   10.3   17.7   16.2  55  5  36  16  21  15  60  63  131.7  146.8  132.0  127.2  135.0  127.2  130.8  130.5  15.1  6.4  13.9  14.3  17.3  14.0  14.5  14.6  129  5  108  65  90  75  97  119  129.3  131.3  134.8  135.2  129.7  135.2  128.0  130.3  14.2  15.1  16.1  16.1  14.2  16.0  14.7  16.3   64   213   73   150   115   151   69   66   0.067   0.008   0.001   0.009   0.522   0.014   0.001   0.049
  rs4236780   rs1913157   rs2263356   rs2000112  TPH2**  LOC283392  STARS  ANGPT1  FLJ42117  LOC339902  PHF2  BARX1  OR1N2  OR1L8   1367   630   746   660  124.6  133.9  133.8  126.5   13.1   9.3   18.4   12.3   21   20   19   19   129.4   127.9   135.5   127.2   15.7   1 3.4   14.7   15.9   105   107   67   76     135.0     134.8     129.7     133.8 15.2 17.3 14.8 14.8  123  122  129  132  0.004  0.788  0.281  0.047
*根据NCBI MapViewer上下游最接近的基因
**对于该基因，标记在基因内
P-值：通过ANOVA模型获得的三种基因型间变异的线性成分的统计学显著性
Seq_ID：序列鉴定号
表11.所选SNP标记与平均舒张压(单位mmHg)的关系
    SNP标记  最接近的基因*   Seq_ID   次要等位基因   的纯合子     杂合子   主要等位基因     的纯合子   P-值 均值  SD  N   均值 SD  N     均值  SD  N     rs6826647     rs1409367     rs9328292     rs1395266     rs1893814     rs931850     rs1860933     rs1386483  TLL1  SPOCK3  S100A7  S100A6  C6orf149  FARS1  SERPINB3  SERPINB11**  SERPINB7  ODZ4  PRCP  SERPINB11  SERPINB7  LOC391839  SPINK5  TBC1D15   1368   490   1316   476   622   1303   1366   470 89.0 101.4 80.4 80.0 90.5 80.5 88.3 89.1  11.8  12.1  9.4  7.4  11.0  7.4  10.6  11.2  55  5  36  16  21  15  60  63   85.9   90.1   85.7   83.5   87.4   83.3   85.2   84.4 9.2 6.0 9.3 9.1 10.2 9.0 9.2 9.5  129  5  108  65  90  75  97  119     82.6     85.6     88.3     87.7     83.6     87.7     84.1     85.0  8.6  9.5  10.0  10.2  9.3  10.2  9.2  8.9  64  213  73  150  115  151  69  66   ＜0.001   ＜0.001   ＜0.001   0.003   0.004   0.006   0.013   0.019
    rs4236780     rs1913157     rs2263356     rs20001 12  TPH2**  LOC283392  STARS  ANGPT1  FLJ42117  LOC339902  PHF2  BARX1  OR1N2  OR1L8   1367   630   746   660   82.5   83.3   88.2   83.2   8.0   5.3   10.2    7.4   21   20   19   19   84.6   84.0   89.1   84.2 10.3 10.1 10.0 9.1 105 107   67   76   87.3   87.8   83.9   86.4  9.7  0.0  9.6  9.9 123 122 129 132  0.040  0.060  0.072  0.169
*根据NCBI MapViewer上下游最接近的基因
**对于该基因，标记在基因内
P-值：通过ANOVA模型获得的三种基因型间变异的线性成分的统计学显著性
Seq_ID：序列鉴定号
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