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Tau反义低聚物及其用途

阅读:627发布:2020-07-12

专利汇可以提供Tau反义低聚物及其用途专利检索,专利查询,专利分析的服务。并且本 发明 涉及低聚物化合物(低聚物),所述低聚物化合物以细胞中Tau mRNA为标靶,致使Tau蛋白表达降低。Tau蛋白表达的降低对某些医学障碍例如神经障碍的 治疗 有益。,下面是Tau反义低聚物及其用途专利的具体信息内容。

1.一种具有10至50个核苷酸长度的低聚物,所述低聚物具有连续核苷酸序列,所述连续核苷酸序列与微管结合蛋白tau(MAPT)转录物内的核酸序列杂交,其中所述核酸序列对应于SEQ ID NO:1的核苷酸134,947-138,940。
2.一种具有10至50个核苷酸长度的低聚物,所述低聚物具有连续核苷酸序列,所述连续核苷酸序列与微管结合蛋白tau(MAPT)转录物内的核酸序列杂交,其中所述核酸序列对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,802-73,072。
3.根据权利要求1或2中任一项所述的低聚物,其中所述核苷酸序列包含至少一种核苷酸类似物。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的低聚物,所述低聚物为间隔物、嵌段物、混合物、头聚物、尾聚物、或总聚物。
5.根据权利要求1至4中任一项所述的低聚物,所述低聚物具有式5’-A-B-C-3’(I),其中
(i)B为具有7至23个DNA单元的连续序列;
(ii)A为具有1至10个核苷酸的第一翼序列,其中所述第一翼序列包含一个或多个核苷酸类似物和任选的一个或多个DNA单元,并且其中所述核苷酸类似物中的至少一个位于A的
5’端;并且
(iii)C为具有1至10个核苷酸的第二翼序列,其中所述第二翼序列包含一个或多个核苷酸类似物和任选的一个或多个DNA单元,并且其中所述核苷酸类似物中的至少一个位于C的3’端。
6.根据权利要求5所述的低聚物,其中A选自L、LL、LDL、LLL、LLLL、LLDL、LDLL、LDDL、LLDD、LLLLL、LLLDL、LLDLL、LDLLL、LLDDL、LDDLL、LLDLD、LDLLD、LDLDL、LDDDL、LLLLLL、LLLLDL、LLLDLL、LLDLLL、LDLLLL、LLLDDL、LLDLDL、LLDDLL、LDDLLL、LDLLDL、LDLDLL、LDDDLL、LLDDDL、和LDLDLD,并且C选自L、LL、LDL、LLL、LLLL、LLDL、LDLL、LDDL、LLDD、LLLLL、LLLDL、LLDLL、LDLLL、LLDDL、LDDLL、LLDLD、LDLLD、LDLDL、LDDDL、LLLLLL、LLLLDL、LLLDLL、LLDLLL、LDLLLL、LLLDDL、LLDLDL、LLDDLL、LDDLLL、LDLLDL、LDLDLL、LDDDLL、LLDDDL、和LDLDLD。
7.根据权利要求1至6中任一项所述的低聚物,其中所述一种或多种核苷酸类似物选自核酸(LNA);2’-O-烷基-RNA;2′-基-DNA;2′-氟-DNA;阿拉伯糖核酸(ANA);2’-氟-ANA、己糖醇核酸(HNA)、嵌入核酸(INA)、受限乙基核苷(cEt)、2’-O-甲基核酸(2’-OMe)、2’-O-甲基乙基核酸(2’-MOE)、以及它们的任何组合。
8.根据权利要求1和3至7中任一项所述的低聚物,其中所述核苷酸序列与以下SEQ ID NO:1的核苷酸内的核酸序列杂交:核苷酸135,700-138,940;136,000-138,940;136,620-
138,940;136,860-138,940;137,060-138,940;137,300-138,940;137,830-138,940;138,
030-138,940;138,350-138,940;134,821-135,020;135,700-135,820;136,000-136,110;
136,620-136,760;136,860-136,960;137,060-137,110;137,300-137,400;137,830-137,
900;138,030-138,140;138,350-138,450;或138,860-138,940。
9.根据权利要求2至7中任一项所述的低聚物,其中所述核苷酸序列与以下SEQ ID NO:
1的核苷酸内的核酸序列杂交:核苷酸72,802-73,072;72,812-73,062;72,822-73,052;72,
832-73,042;72,842-73,032;72,852-73,022;72,862-73,012;72,872-73,002;72,882-72,
992;72,892-72,982;或72,902-72,972。
10.根据权利要求1至9中任一项所述的低聚物,其中所述核苷酸序列与选自图2、3、6、
7、16A、16B、20A、和20B中的序列的核酸序列具有至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性。
11.根据权利要求10所述的低聚物,其中所述低聚物具有图2、3、6、7、16A、16B、20A、或
20B中所示的设计。
12.根据权利要求1至11中任一项所述的低聚物,所述低聚物具有至少一种选自以下的特性:(1)与未暴露于所述低聚物的对照细胞相比,降低细胞中Tau mRNA的表达;以及(2)与未暴露于所述低聚物的对照细胞相比,降低细胞中Tau蛋白的表达。
13.根据权利要求1至12中任一项所述的低聚物,其中与所述低聚物接触的神经元细胞的振荡是不与所述低聚物接触的细胞中振荡的大于或等于95%,大于或等于90%,大于或等于85%,大于或等于80%,大于或等于75%,或大于或等于70%。
14.根据权利要求1至13中任一项所述的低聚物,所述低聚物包含核苷酸A、T、C、和G以及所述核苷酸A、T、C、和G的至少一种类似物,并且具有大于或等于0.2的序列得分,其中所述序列得分由式I计算:
15.根据权利要求1至14中任一项所述的低聚物,所述低聚物包含核苷间键,所述核苷间键选自:磷酸二酯键、磷酸三酯键、甲基磷酸酯键、胺基磷酸酯键、硫代磷酸酯键、以及它们的组合。
16.根据权利要求1至15中任一项所述的低聚物,其中所述低聚物具有图2、16B、或20B中所述的化学结构。
17.一种缀合物,所述缀合物包含根据权利要求1至16中任一项所述的低聚物,其中所述低聚物与至少一种非核苷酸或非多核苷酸部分共价连接。
18.一种组合物,所述组合物包含根据权利要求1至16中任一项所述的低聚物或根据权利要求17所述的缀合物以及药学上可接受的载体。
19.一种试剂盒,所述试剂盒包括根据权利要求1至16中任一项所述的低聚物或根据权利要求17所述的缀合物、或根据权利要求18所述的组合物以及使用说明。
20.一种抑制或降低细胞中Tau蛋白表达的方法,所述方法包括向表达Tau蛋白的所述细胞施用根据权利要求1至16中任一项所述的低聚物或根据权利要求17所述的缀合物、或根据权利要求18所述的组合物,其中所述细胞中的所述Tau蛋白表达在所述施用后被抑制或降低。
21.一种用于治疗预防神经障碍的方法,所述方法包括施用有效量的根据权利要求1至16中任一项所述的低聚物或根据权利要求17所述的缀合物、或根据权利要求18所述的组合物。
22.根据权利要求21所述的方法,其中所述神经障碍选自进行性核上性麻痹、额颞叶痴呆-tau(FTD-tau)、17号染色体相关的额颞叶痴呆和帕金森综合症(FTDP-17)、皮质基底核退化症(CBD)、创伤性脑损伤、慢性创伤性脑病、HIV相关的神经认知障碍、嗜颗粒病、唐氏综合症-阿尔茨海默病、遗忘轻度认知障碍-阿尔茨海默病、帕金森病痴呆症、哈勒沃登-施帕茨病(泛酸盐激活酵素相关神经退化性疾病)、C型尼曼-皮克病、肌强直性营养不良、肌萎缩性侧索硬化症、帕金森氏病、亨丁頓舞蹈症、半侧巨脑症、结节性硬化症、2b型局限性脑皮质发育不良、或神经节细胞瘤,在一些实施方案中,所述疾病或病症为无tau蛋白病的癫痫病,例如Dravet综合症(婴儿重症肌阵挛型癫痫)、颞叶性癫痫、大田原综合症(伴爆发抑制的早期婴儿癫痫性脑病)、Lafora病、全面性癫痫伴热性惊厥、婴儿痉挛(West综合症)、Lennox Gastaut综合症、天使人综合症、雷特综合症、Landau Kleffner综合症、局灶性癫痫、单纯局灶性癫痫(不丧失意识)、局灶性认知障碍性癫痫(意识受损)、演变成全身性僵直-阵挛(GTC)惊厥的局灶性癫痫、全身性癫痫(惊厥性或非惊厥性,伴随涉及皮质下结构的双侧放电)、失神性癫痫、肌阵挛性癫痫、阵挛性癫痫、强直性癫痫、强直-阵挛性癫痫、失张性癫痫、自闭症自闭症谱系障碍(例如,如在精神障碍诊断与统计手册V(DSM-V)中所定义)、亚斯伯格症、广泛性发育障碍、或它们的任何组合。

说明书全文

Tau反义低聚物及其用途

[0001] 对较早提交的专利申请的标引
[0002] 本专利申请是非临时申请,要求以下申请的权益:2015年2月4日提交的美国临时申请62/112,058、2015年5月4日提交的美国临时申请62/156,684、2015年10月6日提交的美国临时申请62/237,922、2015年10月8日提交的美国临时申请62/238,941、2016年1月15日
提交的美国临时申请62/279,612、2016年1月15日提交的美国临时申请62/279,614、和2016年1月15日提交的美国临时申请62/279,610,将所有文献全文以引用方式并入本文中。
[0003] 对经由EFS-WEB电子提交的序列表的标引
[0004] 将本专利申请中提交的电子提交的序列表内容(名称:3338_019PC07_SL.txt,大小:377,094字节;和创建日期:2016年2月4日)全文以引用方式并入本文。

技术领域

[0005] 本发明涉及以细胞中微管结合蛋白tau(MAPT)转录物为标靶,导致MAPT mRNA和/或Tau蛋白的表达降低的低聚化合物(低聚物)。MAPT mRNA和/或Tau蛋白表达降低对多种医
学障碍有益,例如tau蛋白病、唐氏综合症、抑郁症癫痫症、和运动障碍

背景技术

[0006] Tau蛋白是与微管蛋白相互作用以稳定并且促进装配成微管的微管结合蛋白(MAP)。微管是细胞骨架的关键结构组分,并且涉及各种细胞过程,包括有丝分裂、胞质分裂和囊泡运输。Tau蛋白存于多种细胞及组织类型中,但与非神经元细胞相比,在神经元中尤其丰富。
[0007] 由于Tau稳定微管的作用,改变Tau表达程度和/或功能可破坏关键细胞过程,这被认为有利于多种神经退化性障碍诸如tau蛋白病。例如,已发现,阿尔茨海默病(AD)中的神经原纤维内含物包含过度磷酸化Tau蛋白的聚集体。
[0008] 此外,异常Tau表达和/或功能已与其它脑部疾病(也包括在病理性和遗传性定义的tau蛋白病家族中)相关,包括额颞叶失智症(FTD)、进行性核上性麻痹(PSP)、皮质基底核退化症(CBD)、皮质基底节退化症、拳击员痴呆症、17号染色体相关的额颞叶痴呆伴帕金森综合症(FTDP-17)、利替可-波帝格病、显性缠结痴呆、神经节神经胶质瘤、神经节细胞瘤、脑膜血管瘤病、亚急性硬化性全脑炎、铅毒性脑病、结节性硬化症、哈勒沃登-施帕茨病、皮克病、嗜颗粒病、皮质基底核退化症或额颞叶变性等等。异常Tau表达和/或功能也可在其它疾病中起作用,如唐氏综合症、癫痫症(例如羊痫疯)、网络功能障碍(例如抑郁症)、和运动障碍(例如帕金森氏病)。
[0009] Tau相关障碍诸如AD是老年人痴呆的最常见病因,并且非常需要用于治疗神经退化性疾病(包括tau蛋白病、癫痫症和运动障碍)的稳健有效药剂。
[0010] 在人类治疗学发展中,已研究可降低蛋白表达的反义分子。以pre-mRNA或mRNA为标靶的反义分子可降低RNA含量,从而降低蛋白含量。反义分子可经由各种作用机制作用于靶向序列:经由RNaseH降解mRNA,核糖体亚基结合的空间位阻,改变mRNA的成熟,剪接活化,
5’-端帽形成抑制,阻止翻译和/或双链RNase活化。然而在一些情况下,已知靶向聚腺苷酸化位点附近区域的反义分子提高mRNA的稳定性。参见Vickers等人的NAR(2001)29(6)1293-
1299。

发明内容

[0011] 本发明提供了具有10至50个核苷酸长度的低聚物,所述低聚物具有连续核苷酸序列,该连续核苷酸序列与微管结合蛋白tau(MAPT)转录物内的核酸序列杂交,其中核酸序列对应于SEQ ID NO:1的核苷酸134,947-138,940。
[0012] 本发明还提供具有10至50个核苷酸长度的低聚物,所述低聚物具有连续核苷酸序列,该连续核苷酸序列与微管结合蛋白tau(MAPT)转录物内的核酸序列杂交,其中核酸序列对应于SEQ ID NO:1的核苷酸135,050-138,940。
[0013] 本发明还提供具有10至50个核苷酸长度的低聚物,所述低聚物具有连续核苷酸序列,该连续核苷酸序列与微管结合蛋白tau(MAPT)转录物内的核酸序列杂交,其中核酸序列对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,802-73,072。
[0014] 本发明还提供具有10至50个核苷酸长度的低聚物,所述低聚物具有连续核苷酸序列,该连续核苷酸序列与微管结合蛋白tau(MAPT)转录物内的核酸序列杂交,其中所述低聚物具有至少一个选自以下的特性:(1)与未暴露于所述低聚物的对照细胞相比,降低细胞内Tau mRNA的表达;以及(2)与未暴露于所述低聚物的对照细胞相比,降低细胞内Tau蛋白的
表达。
[0015] 本发明还提供具有10至50个核苷酸长度的低聚物,所述低聚物具有连续核苷酸序列,该连续核苷酸序列与微管结合蛋白tau(MAPT)转录物内的核酸序列杂交,其中所述低聚物具有小于或等于总分4的体内耐受性,其中所述总分为5个类別单元得分之和,它们是1)
过动;2)降低活性和唤醒度;3)运动功能障碍和/或共济失调;4)异常姿势和呼吸;以及5)震颤和/或惊厥,并且其中每类別的单元评分按0-4标度来量测。
[0016] 本发明还提供缀合物,所述缀合物包含具有10至50个核苷酸长度的低聚物,所述低聚物具有连续核苷酸序列,该连续核苷酸序列与微管结合蛋白tau(MAPT)转录物内的核
酸序列杂交,其中所述低聚物与至少一个非核苷酸或非多核苷酸部分共价连接。
[0017] 本发明还提供药物组合物,所述药物组合物包含具有10至50个核苷酸长度的低聚物和药学上可接受的载体,所述低聚物具有连续核苷酸序列,该连续核苷酸序列与微管结
合蛋白tau(MAPT)转录物内的核酸序列杂交。
[0018] 本发明还提供试剂盒,所述试剂盒包括具有10至50个核苷酸长度的低聚物和使用说明,所述低聚物具有连续核苷酸序列,该连续核苷酸序列与微管结合蛋白tau(MAPT)转录物内的核酸序列杂交。
[0019] 本发明还提供抑制或降低细胞中Tau蛋白表达的方法,所述方法包括向表达Tau蛋白的细胞施用具有10至50个核苷酸长度的低聚物,所述低聚物具有连续核苷酸序列,该连
续核苷酸序列与微管结合蛋白tau(MAPT)转录物内的核酸序列杂交,其中细胞中的Tau蛋白
表达在施用后被抑制或降低。
[0020] 本发明还提供治疗对其有需要的受试者的癫痫病的方法,所述方法包括向受试者体内表达Tau蛋白的细胞施用具有10至50个核苷酸长度的低聚物,所述低聚物具有连续核
苷酸序列,与微管结合蛋白tau(MAPT)转录物内的核酸序列杂交。
[0021] 本发明还提供治疗对其有需要的受试者的癫痫病的方法,所述方法包括向受试者体内表达Tau蛋白的细胞施用具有10至50个核苷酸长度的低聚物,所述低聚物具有连续核
苷酸序列,与微管结合蛋白tau(MAPT)转录物内的核酸序列杂交。
[0022] 本发明还提供具有10至50个核苷酸长度的低聚物用于制备药物的用途,所述低聚物具有连续核苷酸序列,该连续核苷酸序列与微管结合蛋白tau(MAPT)转录物内的核酸序
列杂交,所述药物用于治疗以下疾病:神经障碍如tau蛋白病,伴随tau蛋白病的神经退化性疾病(涉及tau蛋白在脑中积聚的神经退化性疾病),伴随tau蛋白病的癫痫病(涉及tau蛋白
在脑中积聚的癫痫病),无tau蛋白病的癫痫病(不涉及tau蛋白在脑中积聚的癫痫病),无
tau蛋白病的特发性成人癫痫病(不涉及tau蛋白在脑中积聚的特发性成人癫痫病),癫痫
病,或它们的任何组合。
[0023] 实施方案
[0024] E1.一种具有10至50个核苷酸长度的低聚物,所述低聚物具有连续核苷酸序列,该连续核苷酸序列与微管结合蛋白tau(MAPT)转录物内的核酸序列杂交,其中所述核酸序列
对应于SEQ ID NO:1的核苷酸134,947-138,940。
[0025] E2.一种具有10至50个核苷酸长度的低聚物,所述低聚物具有连续核苷酸序列,该连续核苷酸序列与微管结合蛋白tau(MAPT)转录物内的核酸序列杂交,其中所述核酸序列
对应于SEQ ID NO:1的核苷酸135,050-138,940。
[0026] E3.一种具有10至50个核苷酸长度的低聚物,所述低聚物具有连续核苷酸序列,该连续核苷酸序列与微管结合蛋白tau(MAPT)转录物内的核酸序列杂交,其中所述核酸序列
对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,802-73,072。
[0027] E4.根据实施方案1或3中任一项所述的低聚物,其中所述核苷酸序列包含至少一种核苷酸类似物。
[0028] E5.根据实施方案1至4中任一项所述的低聚物,所述低聚物为间隔物、嵌段物、混合物、头聚物、尾聚物或总聚物。
[0029] E6.根据实施方案1至5中任一项所述的低聚物,所述低聚物为间隔物。
[0030] E7.根据实施方案6所述的低聚物,所述低聚物具有式5’-A-B-C-3’(II),其中
[0031] (i)B为具有7至23个DNA单元的连续序列;
[0032] (ii)A为具有1至10个核苷酸的第一翼序列,其中所述第一翼序列包含一个或多个核苷酸类似物和任选的一个或多个DNA单元,并且其中所述核苷酸类似物中的至少一个位
于A的5’端;以及
[0033] (iii)C为具有1至10个核苷酸的第二翼序列,其中所述第二翼序列包含一个或多个核苷酸类似物和任选的一个或多个DNA单元,并且其中所述核苷酸类似物中的至少一个
位于C的3’端。
[0034] E8.根据实施方案7所述的低聚物,其中A具有式LmDnLoDpLq(III),并且C具有式Lm’Dn’Lo’Dp’Lq’(IV),并且其中
[0035] L为核苷酸类似物;
[0036] D为DNA单元;
[0037] m和q’为1至6个单元;
[0038] n、p、n’和p’为0至2个单元;并且
[0039] o、q、m’和o’为0至5个单元。
[0040] E9.根据实施方案7或8所述的低聚物,其中所述第一翼序列包含核苷酸类似物和DNA单元的组合,所述组合选自(i)1-9个核苷酸类似物和1个DNA单元;(ii)1-8个核苷酸类
似物和1-2个DNA单元;(iii)1-7个核苷酸类似物和1-3个DNA单元;(iv)1-6个核苷酸类似物和1-4个DNA单元;(v)1-5个核苷酸类似物和1-5个DNA单元;(vi)1-4个核苷酸类似物和1-6
个DNA单元;(vii)1-3个核苷酸类似物和1-7个DNA单元;(viii)1-2个核苷酸类似物和1-8个DNA单元;以及(ix)1个核苷酸类似物和1-9个DNA单元。
[0041] E10.根据实施方案7至9中任一项所述的低聚物,其中所述第二翼序列包含核苷酸类似物和DNA单元的组合,所述组合选自(i)1-9个核苷酸类似物和1个DNA单元;(ii)1-8个
核苷酸类似物和1-2个DNA单元;(iii)1-7个核苷酸类似物和1-3个DNA单元;(iv)1-6个核苷酸类似物和1-4个DNA单元;(v)1-5个核苷酸类似物和1-5个DNA单元;(vi)1-4个核苷酸类似物和1-6个DNA单元;(vii)1-3个核苷酸类似物和1-7个DNA单元;(viii)1-2个核苷酸类似物和1-8个DNA单元;以及(ix)1个核苷酸类似物和1-9个DNA单元。
[0042] E11.根据实施方案8至10中任一项所述的低聚物,其中A选自L、LL、LDL、LLL、LLLL、LLDL、LDLL、LDDL、LLDD、LLLLL、LLLDL、LLDLL、LDLLL、LLDDL、LDDLL、LLDLD、LDLLD、LDLDL、LDDDL、LLLLLL、LLLLDL、LLLDLL、LLDLLL、LDLLLL、LLLDDL、LLDLDL、LLDDLL、LDDLLL、LDLLDL、LDLDLL、LDDDLL、LLDDDL、和LDLDLD,并且C选自L、LL、LDL、LLL、LLLL、LLDL、LDLL、LDDL、LLDD、LLLLL、LLLDL、LLDLL、LDLLL、LLDDL、LDDLL、LLDLD、LDLLD、LDLDL、LDDDL、LLLLLL、LLLLDL、LLLDLL、LLDLLL、LDLLLL、LLLDDL、LLDLDL、LLDDLL、LDDLLL、LDLLDL、LDLDLL、LDDDLL、LLDDDL、和LDLDLD。
[0043] E12.根据实施方案1至11中任一项所述的低聚物,所述低聚物包含至少两个、至少三个、至少四个、至少五个、至少六个、至少七个、至少八个、至少九个、或至少十个核苷酸类似物。
[0044] E13.根据实施方案1至12中任一项所述的低聚物,其中所述一种或多种核苷酸类似物选自核酸(LNA);2’-O-烷基-RNA;2′-基-DNA;2′-氟-DNA;阿拉伯糖核酸(ANA);2’-氟-ANA、己糖醇核酸(HNA)、嵌入核酸(INA)、受限乙基核苷(cEt)、2’-O-甲基核酸(2’-OMe)、
2’-O-甲基乙基核酸(2’-MOE)、以及它们的任何组合。
[0045] E14.根据实施方案1至13中任一项所述的低聚物,其中所述一种或多种核苷酸类似物包括二环糖。
[0046] E15.根据实施方案14所述的低聚物,其中所述二环糖包括cEt、2’,4’-受限2′-O-甲氧基乙基(cMOE)、LNA、α-LNA、β-LNA、2’-O,4’-C-亚乙基-桥联核酸(ENA)、氨基-LNA、氧代-LNA、或硫代-LNA。
[0047] E16.根据实施方案1至15中任一项所述的低聚物,其中所述一种或多种核苷酸类似物包括LNA。
[0048] E17.根据实施方案16所述的低聚物,所述低聚物在所述低聚物的5’位包含三至五个LNA,并且在所述低聚物的3’位包含三至五个LNA。
[0049] E18.根据实施方案1以及4至17中任一项所述的低聚物,其中所述核酸序列对应于SEQ ID NO:1的核苷酸134,947-138,924。
[0050] E19.根据实施方案1至18中任一项所述的低聚物,其中所述MAPT转录物包括SEQ ID NO:1。
[0051] E20.根据实施方案19所述的低聚物,其中所述核苷酸序列与以下SEQ ID NO:1的核苷酸内的核酸序列杂交:核苷酸135,700-138,940;136,000-138,940;136,620-138,940;
136,860-138,940;137,060-138,940;137,300-138,940;137,830-138,940;138,030-138,
940;138,350-138,940;134,821-135,020;135,700-135,820;136,000-136,110;136,620-
136,760;136,860-136,960;137,060-137,110;137,300-137,400;137,830-137,900;138,
030-138,140;138,350-138,450;或138,860-138,940。
[0052] E21.根据实施方案19所述的低聚物,其中所述核苷酸序列与选自SEQ ID NO:1的核苷酸134,947-138,940的核酸序列的互补序列内的区域具有至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性。
[0053] E22.根据实施方案21所述的低聚物,其中所述核苷酸序列与以下SEQ ID NO:1的核苷酸的互补序列内的区域具有至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性:135,700-138,940;136,000-138,
940;136,620-138,940;136,860-138,940;137,060-138,940;137,300-138,940;137,830-
138,940;138,030-138,940;138,350-138,940;134,821-135,020;135,700-135,820;136,
000-136,110;136,620-136,760;136,860-136,960;137,060-137,110;137,300-137,400;
137,830-137,900;138,030-138,140;138,350-138,450;或138,860-138,940。
[0054] E23.根据实施方案3至17中任一项所述的低聚物,其中所述核酸序列对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,802-73,072;72,812-73,062;72,822-73,052;72,832-73,042;72,
842-73,032;72,852-73,022;72,862-73,012;72,872-73,002;72,882-72,992;72,892-72,
982;或72,902-72,972。
[0055] E24.根据实施方案22所述的低聚物,其中所述核苷酸序列与以下SEQ ID NO:1的核苷酸内的核酸序列杂交:核苷酸72,802-73,072;72,812-73,062;72,822-73,052;72,
832-73,042;72,842-73,032;72,852-73,022;72,862-73,012;72,872-73,002;72,882-72,
992;72,892-72,982;或72,902-72,972。
[0056] E25.根据实施方案23所述的低聚物,其中所述核苷酸序列与以下SEQ ID NO:1的核苷酸的互补序列内的区域具有至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性:72,862-73,012;72,872-73,012;
72,882-73,012;72,892-73,012;72,902-73,012;72,862-73,002;72,872-73,002;72,882-
73,002;72,892-73,002;72,902-73,002;72,862-72,992;72,872-72,992;72,882-72,992;
72,892-72,992;72,902-72,992;72,862-72,982;72,872-72,982;72,882-72,982;72,892-
72,982;72,902-72,982;72,862-72,972;72,872-72,972;72,882-72,972;72,892-72,972;
或72,902-72,972。
[0057] E26.根据实施方案24所述的低聚物,其中所述核苷酸序列与以下SEQ ID NO:1的核苷酸的互补序列内的区域具有至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性:72,862-73,012;72,872-73,012;
72,882-73,012;72,892-73,012;72,902-73,012;72,862-73,002;72,872-73,002;72,882-
73,002;72,892-73,002;72,902-73,002;72,862-72,992;72,872-72,992;72,882-72,992;
72,892-72,992;72,902-72,992;72,862-72,982;72,872-72,982;72,882-72,982;72,892-
72,982;72,902-72,982;72,862-72,972;72,872-72,972;72,882-72,972;72,892-72,972;
或72,902-72,972。
[0058] E27.根据实施方案24所述的低聚物,其中所述核苷酸序列与以下SEQ ID NO:1的核苷酸的互补序列内的区域具有至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性:72,947-72,960;72,946-72,961;
72,907-72,922;72,948-72,963;72,950-72,963;72,945-72,960;72,950-72,965;72,944-
72,959;72,947-72,962;72,952-72,965;72,946-72,959;72,949-72,964;72,951-72,964;
72,933-72,948;72,934-72,949;72,935-72,950;72,932-72,951;72,933-72,952;72,934-
72,953;72,945-72,964;72,944-72,963;72,948-72,967;72,946-72,965;72,935-72,951;
72,936-72,953;72,933-72,934;72,933-72,954;72,933-72,950;72,935-72,954;72,934-
72,951;72,934-72,950;72,933-72,949;或72,935-72,952。
[0059] E28.根据实施方案1至27中任一项所述的低聚物,其中所述核苷酸序列不包含与该区域的失配或包含不多于一个或两个失配。
[0060] E29.根据实施方案1、2、4至22和28中任一项所述的低聚物,其中所述核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸136,000-136,110或138,860-138,940的互补序列内的区域具有至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或
100%的序列同一性。
[0061] E30.根据实施方案29所述的低聚物,其中所述核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸136,053-136,068或138,884-138,908的互补序列内的区域具有至少约80%,至少约
90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性。
[0062] E31.根据实施方案1、2、4至22和28中任一项所述的低聚物,其中所述核苷酸序列包含这样的核苷酸序列,所述核苷酸序列与选自以下的核苷酸具有至少约80%,至少约
90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性:SEQ ID NO:4至SEQ ID NO:803。
[0063] E32.根据实施方案1、2、4至22和28中任一项所述的低聚物,其中所述核苷酸序列与选自图2、3、6和7中的序列的核酸序列具有至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约
96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性,其中大写字母为LNA,并且小写字母为DNA。
[0064] E33.根据实施方案1至17中任一项所述的低聚物,其中所述核苷酸序列与选自以下的核酸序列具有至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约
98%,至少约99%,或100%的序列同一性:ctttatttccaaattcactt(SEQ ID NO:676);
actttatttccaaattcact(SEQ ID NO:715);tttatttccaaattcacttt(SEQ ID NO:644);
ttatttccaaattcactttt(SEQ ID NO:799);atttccaaattcacttttac(SEQ ID NO:466);
atttccaaattcactttta(SEQ ID NO:559);actttatttccaaattcactt(SEQ ID NO:680);或
atttccaaattcactt(SEQ ID NO:686)。
[0065] E34.根据实施方案32所述的低聚物,其中所述核苷酸序列与选自以下的核酸序列具有至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约
99%,或100%的序列同一性:tatttccaaattcactttta(SEQ ID NO:526);aataactttatttcca(SEQ ID NO:773);agtaataactttatt(SEQ ID NO:782);tttccaaattcactt(SEQ ID NO:
684);agagtaataactttat(SEQ ID NO:784);agtaataactttattt(SEQ ID NO:780);
agagtaataacttta(SEQ  ID NO:786);ttaatcagagtaataa(SEQ  ID  NO:795);
tttaatcagagtaat(SEQ ID  NO:798);aatcagagtaataac(SEQ ID  NO:794);
tttaatcagagtaata(SEQ ID NO:797);taatcagagtaataa(SEQ  ID  NO:796);
ctttatttccaaattcact(SEQ ID NO:713);和ctttatttccaaattcac(SEQ ID NO:739)。
[0066] E35.根据实施方案32所述的低聚物,其中所述核苷酸序列与选自以下的核酸序列具有至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约
99%,或100%的序列同一性:atttccaaattcacttttac(SEQ ID NO:466至490,513至525,910至918,928,929,或932至935);tatttccaaattcactttta(SEQ ID NO:526至550,或573至
585);ttatttccaaattcactttt(SEQ ID NO:586-606,629至642,799至801);
tttatttccaaattcacttt(SEQ ID  NO:644至647,657至658,919至921,或930);
ctttatttccaaattcactt(SEQ ID  NO:676至679,681至683,685,或687至697);
actttatttccaaattcactt(SEQ ID NO:680);tttccaaattcactt(SEQ ID NO:684);
atttccaaattcactt(SEQ  ID  NO:686,705,712,936,或937,922,924,或931);
actttatttccaaattcact(SEQ ID NO:715至717);ctttatttccaaattcact(SEQ ID NO:713,
714或718至731);ctttatttccaaattcac(SEQ ID NO:739至748);aataactttatttcca(SEQ ID NO:773或774);agtaataactttattt(SEQ ID NO:780);agtaataactttatt(SEQ ID NO:782);
agagtaataactttat(SEQ ID NO:784);agagtaataacttta(SEQ  ID  NO:786);
aatcagagtaataac(SEQ  ID NO:794);ttaatcagagtaataa(SEQ  ID  NO:795);
taatcagagtaataa(SEQ ID NO:796);tttaatcagagtaata(SEQ  ID NO:797);和
tttaatcagagtaat(SEQ ID NO:798)
[0067] E36.根据实施方案3至17中任一项所述的低聚物,其中所述核苷酸序列与选自图16A和16B中的序列的核酸序列具有至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性,其中大写字母为LNA,并且小写字母为DNA。
[0068] E37.根据实施方案3至17中任一项所述的低聚物,其中所述核苷酸序列与选自以下的核酸序列具有至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约
98%,至少约99%,或100%的序列同一性:SEQ ID NO:804至SEQ ID NO:892。
[0069] E38.根据实施方案1至37中任一项所述的低聚物,所述低聚物是单链的。
[0070] E39.根据实施方案1至38中任一项所述的低聚物,所述低聚物具有至少一种选自以下的特性:(1)与未暴露于所述低聚物的对照细胞相比,降低细胞中Tau mRNA的表达;以及(2)与未暴露于所述低聚物的对照细胞相比,降低细胞中Tau蛋白的表达。
[0071] E40.根据实施方案1至39中任一项所述的低聚物,其中所述低聚物具有小于或等于总分4的体内耐受性,其中所述总分为5个类別单元得分之和,它们是1)过动;2)降低活性和唤醒度;3)运动功能障碍和/或共济失调;4)异常姿势和呼吸;以及5)震颤和/或惊厥,并且其中每类別的单元评分按0-4标度来量测。
[0072] E41.根据实施方案40所述的低聚物,其中所述体内耐受性小于或等于总分3,总分2,总分1,或总分0。
[0073] E42.根据实施方案1至41中任一项所述的低聚物,其中与所述低聚物接触的神经元细胞的振荡是不与所述低聚物接触的神经元细胞中振荡的大于或等于95%,大于或等
于90%,大于或等于85%,大于或等于80%,大于或等于75%,或大于或等于70%。
[0074] E43.根据实施方案1至42中任一项所述的低聚物,与未暴露于所述低聚物的细胞相比,所述低聚物将细胞中Tau mRNA的表达降低至少约20%,至少约30%,至少约40%,至少约50%,至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约90%,或约100%。
[0075] E44.根据实施方案1至43中任一项所述的低聚物,与未暴露于所述低聚物的细胞相比,所述低聚物将细胞中Tau蛋白的表达降低至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约90%,或至少约95%。
[0076] E45.根据实施方案1至44中任一项所述的低聚物,所述低聚物包含核苷酸A、T、C和G以及至少一种核苷酸A、T、C和G的类似物,并且具有大于或等于0.2的序列得分,其中所述序列得分由式I计算:
[0077]
[0078] E46.根据实施方案1至45中任一项所述的低聚物,所述低聚物具有10至24个核苷酸长度,或14至21个核苷酸长度。
[0079] E47.根据实施方案1至46中任一项所述的低聚物,所述低聚物具有14、15、16、17、20、或21个核苷酸长度。
[0080] E48.根据实施方案1、2、4至22和28所述的低聚物,所述低聚物包含,基本上由或由以下组成:选自图2、3、6和7的核苷酸序列,其中大写字母为LNA,并且小写字母为DNA。
[0081] E49.根据实施方案48所述的低聚物,所述低聚物包含,基本上由或由以下组成:ATTtCcaaattcacTtTtAC(SEQ ID NO:487);CTTTAtttccaaattCACTT(SEQ ID NO:677);
ACTTTatttccaaattCACT(SEQ ID NO:715);TTTATttccaaattcACTTT(SEQ ID NO:644);
TTtATttccaaattcACtTT(SEQ ID NO:645);TTaTTtccaaattcaCTtTT(SEQ ID NO:593);
ATTTccaaattcactTTTAC(SEQ ID NO:474);ACTTTatttccaaattCACTT(SEQ ID NO:680);
ATTtccaaattcaCTT(SEQ ID NO:686);TATTTccaaattcactTTTA(SEQ ID NO:532);
AATaactttatttCCA(SEQ ID NO:773);AGTaataactttATT(SEQ  ID  NO:782);
TTTccaaattcaCTT(SEQ  ID NO:684);AGAgtaataacttTAT(SEQ  ID  NO:784);
AGTaataactttaTTT(SEQ ID NO:780);AGAgtaataactTTA(SEQ  ID  NO:786);
TTAatcagagtaaTAA(SEQ ID NO:795);TTTaatcagagtAAT(SEQ  ID  NO:798);
AATcagagtaatAAC(SEQ  ID NO:794);TTTaatcagagtaATA(SEQ  ID  NO:797);
TAAtcagagtaaTAA(SEQ ID NO:796);CTTtatttccaaatTCACT(SEQ ID NO:720);
ATtTCcaaattcactTTtAC(SEQ ID NO:472);AtTTCcaaattcactTTtAC(SEQ ID NO:473);
ATTtCcaaattcacTtTtAC(SEQ ID NO:487);或CTTtatttccaaatTcAC(SEQ ID NO:745),其中大写字母为LNA,并且小写字母为DNA。
[0082] E50.根据实施方案48所述的低聚物,所述低聚物包含,基本上由或由以下组成:ATtTCcaaattcactTTtAC(SEQ ID NO:472);AtTTCcaaattcactTTtAC(SEQ ID NO:473);
ATTTccaaattcactTTTAC(SEQ ID NO:474);ATTTCcaaattcacttTTAC(SEQ ID NO:482);
ATTtCcaaattcacTtTtAC(SEQ ID NO:487);ATtTCcaaattcactTTtAC(SEQ ID NO:524),
AtTTCcaaattcactTTtAC(SEQ ID NO:493),TATTTccaaattcactTTTA(SEQ ID NO:532);
TTaTTtccaaattcaCTtTT(SEQ ID NO:593);TTTATttccaaattcACTTT(SEQ ID NO:644);
TTtATttccaaattcACtTT(SEQ ID NO:645);TTTATttccaaattcaCTTT(SEQ ID NO:646),
TTTAtttccaaattcACTTT(SEQ ID NO:647);CTTTAtttccaaattCACTT(SEQ ID NO:677);
CTTTAtttccaaattcACTT(SEQ ID NO:679);ACTTTatttccaaattCACTT(SEQ ID NO:680);
CTTTatttccaaattCACTT(SEQ ID NO:681);CTtTAtttccaaattCAcTT(SEQ ID NO:683);
TTTccaaattcaCTT(SEQ ID NO:684);CtTTAtttccaaattCAcTT(SEQ ID NO:685);
ATTtccaaattcaCTT(SEQ ID NO:686);CTTtatttccaaatTcACT(SEQ ID NO:714);
ACTTTatttccaaattCACT(SEQ ID NO:715);ACTTtatttccaaatTCACT(SEQ ID NO:716);
CTTtatttccaaatTCACT(SEQ ID NO:720);CTTtatttccaaatTCAC(SEQ ID NO:740);
CTTtatttccaaatTcAC(SEQ ID NO:745);AATaactttatttCCA(SEQ ID NO:773);
AGTaataactttaTTT(SEQ ID NO:780);AGTaataactttATT(SEQ  ID  NO:782);
AGAgtaataacttTAT(SEQ ID NO:784);AGAgtaataactTTA(SEQ  ID  NO:786);
AATcagagtaatAAC(SEQ  ID NO:794);TTAatcagagtaaTAA(SEQ  ID  NO:795);
TAAtcagagtaaTAA(SEQ ID NO:796);TTTaatcagagtaATA(SEQ  ID NO:797);或
TTTaatcagagtAAT(SEQ ID NO:798),其中大写字母为LNA,并且小写字母为DNA。
[0083] E51.根据实施方案48所述的低聚物,所述低聚物包含,基本上由或由以下组成:CTTTAtttccaaattcACTT(SEQ ID NO:679,ASO-001928),ATTTCcaaattcacttTTAC(SEQ ID 
NO:482,ASO-001962);CTTTatttccaaattCACTT(SEQ ID  NO:681,ASO-001921),
TTtATttccaaattcACtTT(SEQ ID NO:645,ASO-001967);TTTAtttccaaattcACTTT(SEQ ID 
NO:647,ASO-001948),TTaTTtccaaattcaCTtTT(SEQ ID  NO:593,ASO-001941),
ACTTtatttccaaatTCACT(SEQ ID NO:716,ASO-001956),CTtTAtttccaaattCAcTT(SEQ ID 
NO:683,ASO-001942),TTTATttccaaattcaCTTT(SEQ ID  NO:646,ASO-001955),
ACTTTatttccaaattCACTT(SEQ ID NO:680,ASO-001968);CtTTAtttccaaattCAcTT(SEQ ID NO:685,ASO-001935),AtTTCcaaattcactTTtAC(SEQ ID  NO:473,ASO-001933),
TTtATttccaaattcACtTT(SEQ ID NO:645,ASO-001967),ATtTCcaaattcactTTtAC(SEQ ID 
NO:492),ATTtCcaaattcacTtTtAC(SEQ ID NO:487,ASO-002038),或AtTTCcaaattcactTTtAC(SEQ ID NO:493),其中大写字母为LNA,并且小写字母为DNA。
[0084] E52.根据实施方案50所述的低聚物,所述低聚物包含,基本上由或由以下组成:ATtTCcaaattcactTTtAC(SEQ ID NO:472,ASO-001940);AtTTCcaaattcactTTtAC(SEQ ID 
NO:473,ASO-001933),ATTTccaaattcactTTTAC(SEQ ID  NO:474;ASO-001919);
ATTTCcaaattcacttTTAC(SEQ ID NO:482,ASO-001962);ATTtCcaaattcacTtTtAC(SEQ ID 
NO:487,ASO-002038),ATtTCcaaattcactTTtAC(SEQ ID  NO:524,ASO-002263),
AtTTCcaaattcactTTtAC(SEQ ID NO:493,ASO-002439),TATTTccaaattcactTTTA(SEQ ID 
NO:532,ASO-001954);TTaTTtccaaattcaCTtTT(SEQ ID  NO:593,ASO-001941),
TTTATttccaaattcACTTT(SEQ ID NO:644,ASO-000756);TTtATttccaaattcACtTT(SEQ ID 
NO:645,ASO-001967);TTTATttccaaattcaCTTT(SEQ ID  NO:646,ASO-001955),
TTTAtttccaaattcACTTT(SEQ ID NO:647,ASO-001948),CTTTAtttccaaattCACTT(SEQ ID 
NO:677,ASO-000757);CTTTAtttccaaattcACTT(SEQ ID  NO:679,ASO-001928),
ACTTTatttccaaattCACTT(SEQ ID NO:680,ASO-001968);CTTTatttccaaattCACTT(SEQ ID NO:681,ASO-001921),CTtTAtttccaaattCAcTT(SEQ ID  NO:683,ASO-001942),
TTTccaaattcaCTT(SEQ ID NO:684,ASO-000128);CtTTAtttccaaattCAcTT(SEQ ID NO:685,ASO-001935),ATTtccaaattcaCTT(SEQ ID NO:686,ASO-000013);CTTtatttccaaatTcACT
(SEQ ID NO:714,ASO-002012);ACTTTatttccaaattCACT(SEQ ID NO:715,ASO-001962);
ACTTtatttccaaatTCACT(SEQ ID NO:716,ASO-001956),CTTtatttccaaatTCACT(SEQ ID NO:
720,ASO-001995);CTTtatttccaaatTCAC(SEQ  ID  NO:740,ASO-002007);
CTTtatttccaaatTcAC(SEQ ID NO:745,ASO-001997);AATaactttatttCCA(SEQ ID NO:773,ASO-000118);AGTaataactttaTTT(SEQ ID NO:780,ASO-000170);AGTaataactttATT(SEQ ID NO:782,ASO-000125);AGAgtaataacttTAT(SEQ ID NO:784,ASO-000134);AGAgtaataactTTA(SEQ ID NO:786,ASO-000178);AATcagagtaatAAC(SEQ ID NO:794,ASO-000307);
TTAatcagagtaaTAA(SEQ ID NO:795,ASO-000204);TAAtcagagtaaTAA(SEQ ID NO:796,ASO-
000330);TTTaatcagagtaATA(SEQ ID NO:797,ASO-000326);和TTTaatcagagtAAT(SEQ ID NO:798,ASO-000249)。
[0085] E53.根据实施方案1至48所述的低聚物,所述低聚物包含选自图16A和16B的核苷酸序列,基本上由或由选自图16A和16B的核苷酸序列组成。
[0086] E54.根据实施方案53所述的低聚物,所述低聚物包含选自图16A和16B的核苷酸序列,基本上由或由选自图16A和16B的核苷酸序列组成,其中大写字母为LNA,并且小写字母为DNA。
[0087] E55.根据实施方案1至54中任一项所述的低聚物,所述低聚物包含核苷间键,所述核苷间键选自:磷酸二酯键、磷酸三酯键、甲基磷酸酯键、胺基磷酸酯键、硫代磷酸酯键、以及它们的组合。
[0088] E56.根据实施方案1至55中任一项所述的低聚物,其中所述低聚物包含核苷酸类似物。
[0089] E57.根据实施方案56所述的低聚物,其中所述核苷酸类似物包括5’-甲基胞嘧啶。
[0090] E58.一种缀合物,所述缀合物包含根据实施方案1至57中任一项所述的低聚物,其中所述低聚物与至少一种非核苷酸或非多核苷酸部分共价连接。
[0091] E59.根据实施方案58所述的缀合物,其中所述非核苷酸或非多核苷酸部分包括蛋白质、脂肪酸链、糖残基、糖蛋白、聚合物、或它们的任何组合。
[0092] E60.一种药物组合物,所述药物组合物包含根据实施方案1至57中任一项所述的低聚物,或根据实施方案58或59所述的缀合物,以及药学上可接受的载体。
[0093] E61根据实施方案60所述的组合物,所述组合物还包含治疗剂。
[0094] E62.根据实施方案61所述的组合物,其中所述治疗剂为Tau拮抗剂。
[0095] E63.根据实施方案62所述的组合物,其中所述Tau拮抗剂为抗-Tau抗体或其片段
[0096] E64.一种试剂盒,所述试剂盒包括根据实施方案1至57中任一项所述的低聚物,根据实施方案58或59所述的缀合物,或根据实施方案60至63中任一项所述的组合物,以及使
用说明。
[0097] E65.一种诊断试剂盒,所述诊断试剂盒包括根据实施方案1至57中任一项所述的低聚物,根据实施方案58或59所述的缀合物,或根据实施方案60至63中任一项所述的组合
物,以及使用说明。
[0098] E66.一种抑制或降低细胞中Tau蛋白表达的方法,所述方法包括向表达Tau蛋白的细胞施用根据实施方案1至57中任一项所述的低聚物,根据实施方案58或59所述的缀合物,或根据实施方案60至63中任一项所述的组合物,其中细胞中的Tau蛋白表达在施用后被抑
制或降低。
[0099] E67.根据实施方案66所述的方法,其中所述低聚物在施用后抑制或降低细胞中Tau mRNA的表达。
[0100] E68.根据实施方案66或67所述的方法,其中与未暴露于所述低聚物的细胞相比,Tau mRNA的表达在施用后被降低至少约20%,至少约30%,至少约40%,至少约50%,至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约90%,或约100%。
[0101] E69.根据实施方案66至68中任一项所述的方法,其中与未暴露于所述低聚物的细胞相比,所述低聚物在施用后将细胞中Tau蛋白的表达降低至少约60%,至少约70%,至少约80%,或至少约90%。
[0102] E70.根据实施方案66至69中任一项所述的方法,其中所述细胞为神经细胞。
[0103] E71.一种用于治疗对其有需要的受试者的tau蛋白病的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的根据实施方案1至57中任一项所述的低聚物,根据实施方案58或59
所述的缀合物,或根据实施方案60至63中任一项所述的组合物。
[0104] E72.根据实施方案71所述的方法,其中所述tau蛋白病为选自以下的疾病:阿尔茨海默病、进行性核上性麻痹、拳击员痴呆症(慢性创伤性脑病)、额颞叶痴呆、17号染色体相关的帕金森综合症、利替可-波帝格病(关岛震颤麻痹痴呆综合症)、显性缠结痴呆、神经节神经胶质瘤、神经节细胞瘤、脑膜血管瘤病、亚急性硬化性全脑炎、铅毒性脑病、结节性硬化症、哈勒沃登-施帕茨病、皮克病、皮质基底节退化症、嗜银颗粒病、皮质基底核退化症、脂褐质沉积、额颞叶痴呆、核上性麻痹、额颞叶变性、以及它们的任何组合。
[0105] E73.根据实施方案71所述的方法,其中所述tau蛋白病为进行性核上性麻痹。
[0106] E74.根据实施方案71所述的方法,其中所述tau蛋白病为阿尔茨海默病。
[0107] E75.根据实施方案71所述的方法,其中所述tau蛋白病为额颞叶痴呆。
[0108] E76.一种调节对其有需要的受试者的神经元过度兴奋的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的根据实施方案1至57中任一项所述的低聚物,根据实施方案58或59
所述的缀合物,或根据实施方案60至63中任一项所述的组合物。
[0109] E77.一种用于治疗对其有需要的受试者的癫痫病的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的根据实施方案1至57中任一项所述的低聚物,根据实施方案58或59所述
的缀合物,或根据实施方案60至61中任一项所述的组合物。
[0110] E78.根据实施方案77所述的方法,其中所述癫痫病为选自以下的疾病:羊痫疯、青少年肌阵挛性癫痫、反射性癫痫、良性家族性婴儿癫痫(BFIE)、婴儿惊厥、婴儿痉挛、舞蹈手足徐动(ICCA)综合症、损伤相关性癫痫、脑损伤、脑中、脑膜炎、和高热惊厥。
[0111] E79.一种用于治疗或预防神经障碍的方法,所述方法包括施用有效量的根据实施方案1至57中任一项所述的低聚物、根据实施方案58或59所述的缀合物,或根据实施方案60至63中任一项所述的组合物。
[0112] E80.根据实施方案79所述的方法,其中所述神经障碍选自进行性核上性麻痹、额颞叶痴呆-tau(FTD-tau)、17号染色体相关的额颞叶痴呆和帕金森综合症(FTDP-17)、皮质
基底核退化症(CBD)、创伤性脑损伤、慢性创伤性脑病、HIV相关的神经认知障碍、嗜银颗粒病、唐氏综合症-阿尔茨海默病、遗忘轻度认知障碍-阿尔茨海默病、帕金森病痴呆症、哈勒沃登-施帕茨病(泛酸盐激活酵素相关神经退化性疾病)、C型尼曼-皮克病、肌强直性营养不良、肌萎缩性侧索硬化症、帕金森氏病、亨丁頓舞蹈症、半侧巨脑症、结节性硬化症、2b型局限性脑皮质发育不良、或神经节细胞瘤。在一些实施方案中,所述疾病或病症为无tau蛋白病的癫痫病,例如Dravet综合症(婴儿重症肌阵挛型癫痫)、颞叶性癫痫、大田原综合症(伴爆发抑制的早期婴儿癫痫性脑病)、Lafora病、全面性癫痫伴热性惊厥、婴儿痉挛(West综合症)、Lennox Gastaut综合症、天使人综合症、雷特综合症、Landau Kleffner综合症、局灶性癫痫、单纯局灶性癫痫(不丧失意识)、局灶性认知障碍性癫痫(意识受损)、演变成全身性僵直-阵挛(GTC)惊厥的局灶性癫痫、全身性癫痫(惊厥性或非惊厥性,伴随涉及皮质下结构的双侧放电)、失神性癫痫、肌阵挛性癫痫、阵挛性癫痫、强直性癫痫、强直-阵挛性癫痫、失张性癫痫、自闭症自闭症谱系障碍(例如,如在精神障碍的诊断与统计手册V(DSM-V)中所定义)、亚斯伯格症、广泛性发育障碍、以及它们的任何组合。
[0113] E81.根据实施方案71至80中任一项所述的方法,其中所述受试者为人。
[0114] E82.根据实施方案1至57中任一项所述的低聚物用于制备用于治疗神经障碍的药物的用途。
[0115] E83.根据实施方案1至57中任一项所述的低聚物,所述低聚物用于治疗疾病或病症。
[0116] E84.根据实施方案83所述的低聚物用途,其中所述疾病或病症为神经障碍。
[0117] E85.根据实施方案50所述的低聚物,其中所述低聚物为具有以下化学结构的ATtTCcaaattcactTTtAC(SEQ ID NO:472):OxyAs OxyTs DNAts OxyTs OxyMCs DNAcs 
DNAas DNAas DNAas DNAts DNAts DNAcs DNAas DNAcs DNAts OxyTs OxyTs DNAts OxyAs 
OxyMC(ASO-001940);具有以下化学结构的AtTTCcaaattcactTTtAC(SEQ ID NO:473):OxyAs DNAts OxyTs OxyTs OxyMCs DNAcs DNAas DNAas DNAas DNAts DNAts DNAcs DNAas 
DNAcs DNAts OxyTs OxyTs DNAts OxyAs OxyMC(ASO-001933);具有以下化学结构的
ATTTccaaattcactTTTAC(SEQ ID NO:474)OxyAs OxyTs OxyTs OxyTs DNAcs DNAcs DNAas 
DNAas DNAas DNAts DNAts DNAcs DNAas DNAcs DNAts OxyTs OxyTs OxyTs OxyAs OxyMC
(ASO-001919);具有以下化学结构的ATTTCcaaattcacttTTAC(SEQ ID NO:482)OxyAs OxyTs DNAts OxyTs DNAcs OxyMCs DNAas OxyAs DNAas DNAts DNAts DNAcs DNAas DNAcs 
DNAts OxyTs  DNAts OxyTs OxyAs  OxyMC(ASO-001962);具有以下化学结构的
ATTtCcaaattcacTtTtAC(SEQ ID NO:487)OxyAs OxyTs OxyTs DNAts OxyMCs DNAcs DNAas DNAas DNAas DNAts DNAts DNAcs DNAas DNAcs OxyTs DNAts OxyTs DNAts OxyAs OxyMC
(ASO-002038);具有以下化学结构的AtTTCcaaattcactTTtAC(SEQ ID NO:493)OxyTs 
OxyMCs OxyMCs OxyAs OxyAs DNAas DNAts DNAts DNAcs DNAas DNAcs DNAts DNAts 
DNAts OxyTs OxyAs OxyMCs(ASO-002439);具有以下化学结构的ATtTCcaaattcactTTtAC
(SEQ ID NO:524):OxyAs OxyTs DNAts OxyTs DNAcs OxyMCs DNAas DNAas DNAas DNAts DNAts DNAcs DNAas DNAcs DNAts OxyTs OxyTs DNAts OxyAs OxyMC s(ASO-002263);具
有以下化学结构的TATTTccaaattcactTTTA(SEQ ID NO:532):OxyTs OxyAs OxyTs OxyTs 
OxyTs DNAcs DNAcs DNAas DNAas DNAas DNAts DNAts DNAcs DNAas DNAcs DNAts OxyTs 
OxyTs OxyTs OxyA(ASO-001954);具有以下化学结构的TTaTTtccaaattcaCTtTT(SEQ ID 
NO:593):OxyTs OxyTs DNAas OxyTs OxyTs DNAts DNAcs DNAcs DNAas DNAas DNAas 
DNAts DNAts DNAcs DNAas OxyMCs OxyTs DNAts OxyTs OxyT(ASO-001941);具有以下化
学结构的TTTATttccaaattcACTTT(SEQ ID NO:644):OxyTs OxyTs OxyTs OxyAs OxyTs 
DNAts DNAts DNAcs DNAcs DNAas DNAas DNAas DNAts DNAts DNAcs OxyAs OxyMCs 
OxyTs OxyTs OxyT(ASO-000756);具有以下化学结构的TTtATttccaaattcACtTT(SEQ ID 
NO:645):OxyTs OxyTs DNAts OxyAs OxyTs DNAts DNAts DNAcs DNAcs DNAas DNAas 
DNAas DNAts DNAts DNAcs OxyAs OxyMCs DNAts OxyTs OxyT(ASO-001967);具有以下化
学结构的TTTATttccaaattcaCTTT(SEQ ID NO:646):OxyTs OxyTs OxyTs OxyAs OxyTs 
DNAts DNAts DNAcs DNAcs DNAas DNAas DNAas DNAts DNAts DNAcs DNAas OxyMCs 
OxyTs OxyTs OxyT(ASO-001955);具有以下化学结构的TTTAtttccaaattcACTTT(SEQ ID 
NO:647):OxyTs OxyTs OxyTs OxyAs DNAts DNAts DNAts DNAcs DNAcs DNAas DNAas 
DNAas DNAts DNAts DNAcs OxyAs OxyMCs OxyTs OxyTs OxyT(ASO-001948);具有以下化
学结构的CTTTAtttccaaattCACTT(SEQ ID NO:677):OxyMCs OxyTs OxyTs OxyTs OxyAs 
DNAts DNAts DNAts DNAcs DNAcs DNAas DNAas DNAas DNAts DNAts OxyMCs OxyAs 
OxyMCs OxyTs OxyT(ASO-000757);具有以下化学结构的CTTTAtttccaaattcACTT(SEQ ID 
NO:679):OxyMCs OxyTs OxyTs OxyTs OxyAs DNAts DNAts DNAts DNAcs DNAcs DNAas 
DNAas DNAas DNAts DNAts DNAcs OxyAs OxyMCs OxyTs OxyT(ASO-001928);具有以下化
学结构的ACTTTatttccaaattCACTT(SEQ ID NO:680):OxyAs OxyMCs OxyTs OxyTs OxyTs 
DNAas DNAts DNAts DNAts DNAcs DNAcs DNAas DNAas DNAas DNAts DNAts OxyMCs 
OxyAs OxyMCs OxyTs OxyT(ASO-001968);具有以下化学结构的CTTTatttccaaattCACTT
(SEQ ID NO:681):OxyMCs OxyTs OxyTs OxvTs DNAas DNAts DNAts DNAts DNAcs DNAcs DNAas DNAas DNAas DNAts DNAts OxyMCs OxyAs OxyMCs OxyTs OxyT(ASO-001921);具有
以下化学结构的CTtTAtttccaaattCAcTT(SEQ ID NO:683):OxyMCs OxyTs DNAts OxyTs 
OxyAs DNAts DNAts DNAts DNAcs DNAcs DNAas DNAas DNAas DNAts DNAts OxyMCs 
OxyAs DNAcs OxyTs OxyT(ASO-001942);具有以下化学结构的TTTccaaattcaCTT(SEQ ID 
NO:684):OxyTs OxyTs OxyTs DNAcs DNAcs DNAas DNAas DNAas DNAts DNAts DNAcs 
DNAas OxyMCs OxvTs OxyT(ASO-000128);具有以下化学结构的CtTTAtttccaaattCAcTT
(SEQ ID NO:685):OxyMCs DNAts OxyTs OxyTs OxyAs DNAts DNAts DNAts DNAcs DNAcs DNAas DNAas DNAas DNAts DNAts OxyMCs OxyAs DNAcs OxyTs OxyT(ASO-001935);具有
以下化学结构的ATTtccaaattcaCTT(SEQ ID NO:686):OxyAs OxyTs OxyTs DNAts DNAcs 
DNAcs DNAas DNAas DNAas DNAts DNAts DNAcs DNAas OxyMCs OxyTs OxyT(ASO-
000013);具有以下化学结构的CTTtatttccaaatTcACT(SEQ ID NO:714):OxyMCs OxyTs 
OxyTs DNAts DNAas DNAts DNAts DNAts DNAcs DNAcs DNAas DNAas DNAas DNAts OxyTs 
DNAcs OxyAs OxyMCs OxyT(ASO-002012);具有以下化学结构的ACTTTatttccaaattCACT
(SEQ ID NO:715):OxyAs OxyMCs OxyTs OxyTs OxyTs DNAas DNAts DNAts DNAts DNAcs DNAcs DNAas DNAas DNAas DNAts DNAts OxyMCs OxyAs OxyMCs OxyT(ASO-001962);具有
以下化学结构的ACTTtatttccaaatTCACT(SEQ ID NO:716):OxyAs OxyMCs OxyTs OxyTs 
DNAts DNAas DNAts DNAts DNAts DNAcs DNAcs DNAas DNAas DNAas DNAts OxyTs 
OxyMCs OxyAs OxyMCs OxyT(ASO-001956),具有以下化学结构的CTTtatttccaaatTCACT
(SEQ ID NO:720):OxyMCs OxyTs OxyTs DNAts DNAas DNAts DNAts DNAts DNAcs DNAcs DNAas DNAas DNAas DNAts OxyTs OxyMCs OxyAs OxyMCs OxyT(ASO-1995);具有以下化学
结构的CTTtatttccaaatTCAC(SEQ ID NO:740):OxyMCs OxyTs OxyTs DNAts DNAas DNAts DNAts DNAts DNAcs DNAcs DNAas DNAas DNAas DNAts OxyTs OxyMCs OxyAs OxyMC(ASO-
002007);具有以下化学结构的CTTtatttccaaatTcAC(SEQ ID NO:745):OxyMCs OxyTs 
OxyTs DNAts DNAas DNAts DNAts DNAts DNAcs DNAcs DNAas DNAas DNAas DNAts OxyTs 
DNAcs OxyAs OxyMC(ASO-001997);具有以下化学结构的AATaactttatttCCA(SEQ ID NO:
773):OxyAs OxyAs OxyTs DNAas DNAas DNAcs DNAts DNAts DNAts DNAas DNAts DNAts 
DNAts OxyMCs OxyMCs OxyA(ASO-000118);具有以下化学结构的AGTaataactttaTTT(SEQ 
ID NO:780):OxyAs OxyGs OxyTs DNAas DNAas DNAts DNAas DNAas DNAcs DNAts DNAts DNAts DNAas OxyTs OxyTs OxyT(ASO-000170);具有以下化学结构的AGTaataactttATT
(SEQ ID NO:782):OxyAs OxyGs OxyTs DNAas DNAas DNAts DNAas DNAas DNAcs DNAts 
DNAts DNAts OxyAs OxyTs OxyT(ASO-000125);具有以下化学结构的AGAgtaataacttTAT
(SEQ ID NO:784):OxyAs OxyGs OxyAs DNAgs DNAts DNAas DNAas DNAts DNAas DNAas 
DNAcs DNAts DNAts OxyTs OxyAs  OxyT(ASO-000134);具有以下化学结构的
AGAgtaataactTTA(SEQ ID NO:786):OxyAs OxyGs OxyAs DNAgs DNAts DNAas DNAas 
DNAts DNAas DNAas DNAcs DNAts OxyTs OxyTs OxyA(ASO-000178);具有以下化学结构的
AATcagagtaatAAC(SEQ ID NO:794):OxyAs OxyAs OxyTs DNAcs DNAas DNAgs DNAas 
DNAgs DNAts DNAas DNAas DNAts OxyAs OxyAs OxyMC(ASO-000307);具有以下化学结构
的TTAatcagagtaaTAA(SEQ ID NO:795):OxyTs OxyTs OxyAs DNAas DNAts DNAcs DNAas 
DNAgs DNAas DNAgs DNAts DNAas DNAas OxyTs OxyAs OxyA(ASO-000204);具有以下化学
结构的TAAtcagagtaaTAA(SEQ ID NO:796):OxyTs OxyAs OxyAs DNAts DNAcs DNAas 
DNAgs DNAas DNAgs DNAts DNAas DNAas OxyTs OxyAs OxyA(ASO-000330);具有以下化学
结构的TTTaatcagagtaATA(SEQ ID NO:797):OxyTs OxyTs OxyTs DNAas DNAas DNAts 
DNAcs DNAas DNAgs DNAas DNAgs DNAts DNAas OxyAs OxyTs OxyA(ASO-000326);或具有
以下化学结构的TTTaatcagagtAAT(SEQ ID NO:798):OxyTs OxyTs OxyTs DNAas DNAas 
DNAts DNAcs DNAas DNAgs DNAas DNAgs DNAts OxyAs OxyAs OxyT(ASO-000249)。
附图说明
[0118] 图1A至1C示出Tau基因、mRNA和蛋白序列。图1A中的SEQ ID NO:1表示MAPT基因序列。SEQ ID NO:1与MAPT前-mRNA序列相同,不同的是SEQ ID NO:1中的核苷酸“t”在前-mRNA中显示为“u”。图1B中的SEQ ID NO:2表示MAPT mRNA序列,不同的是SEQ ID NO:2中的核苷酸“t”在mRNA中显示为“u”。由MAPT mRNA编码的Tau蛋白序列在图1C中显示为SEQ ID NO:3。
图2示出示例性低聚物、设计(ASO序列)、和低聚物的化学结构。
[0119] 图2列出低聚物名称、反义低聚物(ASO)识別号、ASO序列、SEQ ID号、MAPT前-mRNA序列上的标靶起始和终止位置和化学结构。具有失配基的低聚物的示例在图2中以“mm”提供。具体失配碱基对加粗,加下划线,加斜体并且突出显示。
[0120] 图3示出以SEQ ID NO:1的核苷酸134,947至138,940为标靶的示例性低聚物。图3列出SEQ ID编号、低聚物名称、ASO识別号、ASO序列、MAPT前-mRNA序列上的标靶起始和终止位置、成熟mRNA序列上的标靶起始点以及标准化Tau/Tuj-1和Tuj-1免疫细胞化学值(如下文实施例2中所论述的)。具有失配碱基的低聚物的示例在图3中以“mm”提供。具体失配碱基对加粗,加下划线,加斜体并且突出显示。
[0121] 图4为显示原发性神经细胞自发钙振荡的图示。原发性神经细胞自发钙振荡如先前所述来测定(Murphy等人,1992,J.Neurosci.12:4834-4845)。加入α-氨基-3-羟基-5-甲基-4-异噁唑丙酸(AMPA)受体拮抗剂6-氰基-7-硝基喹喔啉-2,3-二(CNQX;3μM),使分析中代表总AMPA响应的钙振荡降低20%(显示AMPA标记条)。当N-甲基-D-天冬氨酸盐(NMDA)
受体功能被1mM MgCl2阻断时,钙振荡被进一步降低约80%(显示NMDA标记条)。
[0122] 图5为显示反义低聚物抑制AMPA介导的钙振荡的图,是神经元网络活性破坏的指示。在存在或不存在1mM MgCl2情况下(在每种情形中代表100%对照),评定反义低聚物对
NMDA或AMPA介导的自发钙振荡的抑制。加入25μM反义低聚物(TGTgatgcaggaGTT)(SEQ ID 
NO:304)(ASO-00007),抑制AMPA受体,但不抑制NMDA受体介导的振荡。行为类似的ASO和其它低聚物示出对体内中枢神经系统(CNS)网络活性和体外电生理自发神经细胞活性的不利
影响(数据未示出)。
[0123] 图6示出Tau反义寡核苷酸对原发性神经细胞中自发钙振荡的影响。图6列出ASO识別号、ASO序列、SEQ ID编号、MAPT前-mRNA序列上的标靶起始和终止位置、呈对照物百分比的钙振荡数据(如下文实施例3中所论述)以及Tau神经细胞的IC50值(如下文实施例2中所论
述)。具有失配碱基的低聚物的示例在图6中以“mm”提供。具体失配碱基对加粗,加下划线,加斜体并且突出显示。图7示出示例性低聚物的体内耐受性。
[0124] 图7列出ASO识別号、ASO序列、SEQ ID编号、MAPT前-mRNA序列上的标靶起始和终止位置、体内急性耐受性评分(如下文实施例5中所论述)、以及施用后剩余的大脑MAPT mRNA的百分比(也如下文实施例5中所论述)。
[0125] 图8A示出序列评分相对于体内耐受性评分的相关性分析。每种低聚物的序列评分通过在下式中插入适宜数字来计算:((C核苷酸或其类似物的数目-G核苷酸的数目)/核苷
酸长度(即数目))。体内耐受性评分基于在小鼠单侧脑室(ICV)内施用100μg低聚物或在大
鼠鞘内(i.t.)施用900μg或至多1500μg低聚物后的观察来计算。在五个类別下观察啮齿类动物:1)过动;2)降低活性和唤醒度;3)运动功能障碍和/或共济失调;4)异常姿势和呼吸;
和5)震颤和/或惊厥。体内总耐受性评分是五个单元评分之和;每个单元评分按0-4标度测
定。因此,体内耐受性总评分可在0至20范围内。由所述式计算的序列评分位于X-轴上,并且体内耐受性评分位于Y-轴上。
[0126] 图8B示出体外功效(Y-轴)和体内Tau mRNA降低(X-轴)的相关性。在小鼠中给药后2周,将体外功效(IC50)与100μg ASOs施用后体内Tau mRNA降低相关联(r2=0.54;p<
0.001)。如微管蛋白和自发钙振荡所评定的,正方形代表基于体外Tau蛋白降低和原发性神经细胞健康进行优先级排序的低聚物(图3、4、6和7)。
[0127] 图9A-9B为在100μg ASO-000013(即ATTtccaaattcaCTT,即SEQ ID NO:686,其中大写字母代表LNA核苷酸,而小写字母代表DNA核苷酸)单一ICV推注施用至野生型C57小鼠(N=12)后,示出大脑Tau mRNA(9A)和Tau蛋白(9B)随时间推移而降低的图示。注射后2、4、8和
12周,测定Tau mRNA表达(归一化至GAPDH)。注射后2、4、8和12周,测定Tau蛋白(盐%)含量。(*p<0.01,***p,0.001)Tau mRNA和蛋白在给药后20周返回基线(数据未示出)。
[0128] 图10为示出将100μg单一ICV推注施用至野生型C57小鼠(N=12)后,至多12周检出ASO-000013脑浓度的图示。
[0129] 图11为示出低聚物(ASO-000013和ASO-000757(即CTTTAtttccaaattCACTT(SEQ ID NO:677))在大鼠(N=6)中以300μg单一推注鞘内注射(IT)施用后3天或4周后,大脑Tau 
mRNA降低的图示。
[0130] 图12示出所选低聚物序列与Rho A序列的比较,所述Rho A序列与MAPT基因序列(SEQ ID NO:1)的一部分对准。RhoA序列列示为actttatttccaaatacacttcttt(SEQ ID NO:
959)。将所选低聚物与Rho A序列之间的失配突出显示。与相应的RhoA序列相比,ASO-
000757序列具有一个失配;与相应的RhoA序列相比,ASO-0001967、ASO-000755和ASO-
001941序列具有两个失配;并且与相应的RhoA序列相比,ASO-000753、ASO-002038、ASO-
001933和ASO-001940序列具有四个失配。图12示出,在单一100μg ICV推注剂量后,传统间隔物(即ASO-000757、ASO-000755和ASO-000753)在超过4周后不耐受,而交替侧翼间隔物
(即ASO-001941、ASO-002038、ASO-001933、和ASO-001940)展现出超过4周的耐受性。在该数据集中,微管蛋白抑制与长期耐受性高度相关。大于25%的Rho A降低(即ASO-000757、ASO-
000755和ASO-000753)还与缺少长期耐受性相关(显示单一ICV推注注射100μg各ASO后大于
4周)。
[0131] 图13示出,在hTau小鼠脑中单一ICV注射后,ASO-001933产生剂量反应性大脑hTau蛋白降低。在hTau小鼠(n=10/组)中ICV注射盐水或50μg、100μg、150μg或200μg Tau ASO。
X-轴显示ASO-001933的剂量,并且Y-轴显示与盐水注射后的hTau蛋白表达相比,ASO注射后的hTau蛋白表达(盐水%)。
[0132] 图14A和14B示出,在tau蛋白病(Tg4510)的小鼠模型中,Tau ASO-000774介导的不溶性和可溶性Tau降低使过动缓解。在跑轮分析中,Tau降低使Tg4510小鼠的过动逆转。图
14A示出,使用BT-2和HT-7ELISA,单一100μg ICV推注使总Tau蛋白降低。左侧示出施用媒介物时(即100%)的总Tau蛋白表达(对照%),而右侧示出施用ASO-000774时的总Tau蛋白表
达。图14B示出跑轮分析中,对Tg4510(tau蛋白病小鼠模型)和双阴性同窝出生仔畜对照物
(Dbl Neg)评定的总轮计数,如实施例7中所述。
[0133] 图15A和15B示出,在Dravet综合症的小鼠模型中,tau低聚物(例如ASO-000762)可分别缓解过早死亡以及降低强直阵挛性癫痫。图15A示出由单一ICV施用20μg或37μg的以
Tau mRNA的3’-UTR区域为标靶的Tau ASO-000762治疗的Dravet小鼠和同窝出生仔畜对照
物的存活曲线图。已显示,所述低聚物使出生后10天的Tau蛋白下降20-50%(数据未示出)。
图15A中的上线显示由单一ICV施用37μg的Tau ASO-000762治疗的Dravet小鼠的存活百分
比。图15A中的中线显示由单一ICV施用20μg的Tau ASO-000762治疗的Dravet小鼠的存活百分比。图15A中的下线显示由单一ICV施用盐水治疗的Dravet小鼠的存活百分比。图15B显示Dravet小鼠中不具有高温引起的全身强直-阵挛性癫痫(GTCS)的小鼠百分比。在以20μg注
射ASO-000762后8-9周,测量GTCS。施用媒介物后,不具有GTCS的小鼠百分比以圆形示出,而施用ASO-000762后不具有GTCS的小鼠百分比以正方形示出。
[0134] 图16A和16B示出示例性低聚物、设计、以及它们的化学结构。图16A列出反义低聚物(ASO)识別号、SEQ ID编号、ASO序列、Tau前-mRNA序列上的标靶起始和终止位置、Tau神经细胞的IC50值(如下文实施例8中所论述)、以及Tau抑制百分比(也如下文实施例8中所论
述)。图16B示出图16A中所示的低聚物的具体化学结构,并且列出反义低聚物(ASO)识別号、ASO序列、Tau前-mRNA序列上的标靶起始和终止位置、和化学结构。
[0135] 图17A为PSP中显示病理性Tau积聚的脑区域的图像。
[0136] 图17B示出对照猴(左)中或已接受两次间隔一周的单一16mg鞘内推注剂量ASO-001933的猴(右)中区域性Tau mRNA变化。在给药后两周,通过荧光原位杂交(FISH),在黑
质、脑桥核和中枢小脑齿状核中使用Tau mRNA特异性探针,评价Tau mRNA变化。Tau mRNA积聚显示为较浅阴影。
[0137] 图18A示出在非人类灵长类动物(NHP)中,ASO-001933鞘内给药后脑中Tau蛋白的下降。在给药后4、8或12周,通过Tau ELISA(BT2/HT7或Tau12/BT2),评定对照猴或已接受两次间隔两周的单一8mg鞘内推注剂量ASO-001933的猴中区域性Tau mRNA变化。在脑桥、小脑(CBL)、顶叶皮层(ParC)、额叶皮层(FrC)、枕叶皮层(OccC)、颞叶皮层(TemC)和海
(Hipp)中,测定区域性Tau mRNA变化。
[0138] 图18B示出在非人类灵长类动物(NHP)中,ASO-001933鞘内给药后脑脊液(CSF)中Tau蛋白的下降。Y-轴示出CSF中Tau蛋白下降的基线百分比,而X-轴示出最后一次剂量后的周数。
[0139] 图19A示出,在hTau小鼠脑中单一侧脑室(ICV)注射后,ASO-002038(Tau ASO)产生持久的剂量反应性脑hTau mRNA降低。在hTau小鼠(n=10/组)中ICV注射盐水或25、50、100和150μg的Tau ASO。在给药后1周,解剖额叶皮层区,以通过qRT-PCR测定总Tau mRNA含量。
采用1-因子ANOVA分析,***p<0.001。误差线代表平均+/-SEM。
[0140] 图19B显示,在经手术腰部插管的大鼠中单一鞘内(IT)注射后,ASO-002038(Tau ASO)产生持久的剂量反应性脑hTau mRNA降低。在大鼠(n=10/组)中IT注射盐水或400μg、
900μg和1500μg的Tau ASO。在给药后1周,解剖额叶皮层区,以通过qRT-PCR测定总Tau mRNA含量。采用1-因子ANOVA分析,***p<0.001。误差线代表平均+/-SEM。
[0141] 图20A和20B示出示例性低聚物、设计、以及通过 分析测试的化学结构。图20A列出反义低聚物(ASO)识別号、SEQ ID编号、ASO序列、Tau前-mRNA序列上的标靶起始和终止位置、成熟mRNA序列上的起始位置、以及mRNA的 表达(如下文实施例
10中所论述)。图20B示出图20A中所示的低聚物的具体化学结构,并且列出反义低聚物
(ASO)识別号、ASO序列、Tau前-mRNA序列上的标靶起始和终止位置、和化学结构。

具体实施方式

[0142] I.定义
[0143] 应注意,术语“一个”或“一种”实体是指一个或多个该实体;例如,“一个核苷酸序列”被理解为代表一个或多个核苷酸序列。因此,术语“一个”(或“一种”)、“一个或多个”以及“至少一个”在本文中可互换使用。
[0144] 此外,在本文中使用时,“和/或”应视为在存在或不存在另一个的情况下,具体公开两个指定特征或组份中的每一个。因此,如本文短语例如“A和/或B”中所用,术语“和/或”旨在包括“A和B”、“A或B”、“A”(单独)和“B”(单独)。同样,如短语例如“A、B和/或C”中所用,术语“和/或”旨在包括以下方面中的每一个:A、B和C;A、B或C;A或C;A或B;B或C;A和C;A和B;B和C;A(单独);B(单独);和C(单独)。
[0145] 应当理解,在本文中使用语言“包括”来描述方面的情况下,还提供以“由……组成”和/或“基本上由……组成”描述的其它类似方面。
[0146] 除非另有定义,本文所用的所有技术和科学术语均具有与本公开所涉及的本领域普通技术人员通常理解的相同意义。例如,生物医学与分子生物学简明辞典(Concise 
Dictionary of Biomedicine and Molecular Biology),Juo,Pei-Show,第2版,2002,CRC Press;细胞与分子生物学辞典(The Dictionary of Cell and Molecular Biology),第3
版,1999,Academic Press;和津生物化学与分子生物学辞典(Oxford Dictionary Of 
Biochemistry And Molecular Biology),修订版,2000,Oxford University Press,向技术人员提供本公开中所用的多个术语的通用辞典。
[0147] 单位、前缀和符号以它们国际单位制(SI)接受的形式来表示。数值范围包括限定范围的数字。除非另外指明,核苷酸序列按5’至3’取向自左至右书写。氨基酸序列按氨基至羧基取向自左至右书写。本文提供的标题不限制本公开的各个方面,所述方面可参照整个
说明书来掌握。因此,参照说明书全文,更全面地定义下文即将定义的术语。
[0148] 本文所用术语“约”是指大约、大致、左右或附近。当术语“约”结合数值范围使用时,它通过将边界延伸至高于和低于所述数值,来修改该范围。一般来讲,术语“约”可以例如上浮或下浮10%(更高或更低)的变动,将数值修改为高于和低于所述值。例如,如果陈述为“所述低聚物在低聚物施用后将细胞中Tau蛋白表达降低至少约60%”,则这暗示,Tau含量降低在50%至70%范围内。
[0149] 术语“核酸”或“核苷酸”旨在包括多个核酸。在一些实施方案中,术语“核酸”或“核苷酸”是指体内或体外标靶序列,例如前-mRNAs、mRNAs或DNAs。当术语涉及标靶序列中的核酸或核苷酸时,所述核酸或核苷酸可为细胞中天然存在的序列。在其它实施方案中,“核酸”或“核苷酸”是指本发明低聚物中的序列。当术语涉及低聚物中的序列时,核酸或核苷酸不是天然存在的。在一个实施方案中,低聚物中的核酸或核苷酸以合成或重组方式产生,但不是天然存在的序列或其片段。在另一个实施方案中,低聚物中的核酸或核苷酸包含至少一个不天然存在于自然界中的核苷酸类似物。术语“核酸”或“核苷”是指存于多核苷酸中的单一核酸片段,例如DNA、RNA、或其类似物。“核酸”或“核苷”包括天然存在的核酸或非天然存在的核酸。在一些实施方案中,术语“核苷酸”、“单元”和“单体”互换使用。应当理解,当涉及核苷酸或单体的序列时,所提及的是碱基序列,如A、T、G、C或U,以及它们的类似物。
[0150] 如本文所用,术语“核苷酸”是指包含糖部分、碱基部分和共价连接基团(连接基团)如磷酸酯或硫代磷酸酯核苷酸间连接基团的糖苷,并且涵盖天然存在的核苷酸如DNA或
RNA,和包含改性的糖和/或碱基部分的非天然存在的核苷酸,其在本文还被称为“核苷酸类似物”。本文中,单一核苷酸(单元)还可被称为单体或核酸单元。在一些实施方案中,术语“核苷酸类似物”是指具有改性糖部分的核苷酸。具有改性糖部分的核苷酸(例如LNA)的非限制性示例公开于本文别处。在其它实施方案中,术语“核苷酸类似物”是指具有改性碱基部分的核苷酸。具有改性碱基部分的核苷酸包括但不限于5-甲基胞嘧啶、异胞嘧啶、假异胞嘧啶、5-溴尿嘧啶、5-丙炔基尿嘧啶、6-氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、肌苷、二氨基嘌呤、和2-氯-
6-氨基嘌呤。
[0151] 如本文所用,术语“核苷”用于涉及包含糖部分和碱基部分的糖苷,因此可在涉及核苷酸单元时使用,其通过低聚物核苷酸之间的核苷酸间键共价连接。在生物技术领域中,术语“核苷酸”通常用于涉及核酸单体或单元,因此在寡核苷酸情况下可涉及碱基-如“核苷酸序列”,通常是指核碱基序列(即暗示存在糖主链和核苷间键)。同样,尤其在其中一个或多个核苷间键基团被改性的寡核苷酸情形下,术语“核苷酸”可指“核苷”,例如即使指定核苷之间键的存在或性质时,也可使用术语“核苷酸”。
[0152] 如本文所用,术语“核苷酸长度”是指给定序列中核苷酸(单体)的总数。例如,AAAgatgaaatttgctcTTA(SEQ ID NO:4)的序列具有20个核苷酸;因此,所述序列的核苷酸长度为20。因此,本文术语“核苷酸长度”与“核苷酸数目”互换使用。
[0153] 如本领域普通技术人员认识到的,寡核苷酸的5’末端核苷酸不包含5’核苷酸间连接基团,但它可包含5’末端基团。
[0154] 如本文所用,“编码区”或“编码序列”是由可翻译成氨基酸的密码子组成的多核苷酸部分。尽管“终止密码子”(TAG、TGA或TAA)通常不翻译成氨基酸,但可将其视为编码区的一部分,但任何旁侧序列(例如启动子、核糖体结合位点、转录终止子、内含子、非翻译区(“UTR”)等)不是编码区的一部分。编码区的边界通常由编码所得多肽的氨基末端的5’末端起始密码子和编码所得多肽的羧基末端的3’末端翻译终止密码子来确定。
[0155] 如本文所用,术语“非编码区”是指不是编码区的核苷酸序列。非编码区的示例包括但不限于启动子、核糖体结合位点、转录终止子、内含子、非翻译区(“UTR”)、非编码外显子等。一些外显子可为各转录物的5’非翻译区(5’UTR)或3’非翻译区(3’UTR)的全部或一部分。非翻译区对于转录物的有效翻译以及控制转录物翻译速率和半衰期而言是重要的。
[0156] 当用于核苷酸序列情形时,术语“区域”是指该序列的一部分。例如,短语“核苷酸序列内区域”或“核苷酸序列的互补序列内区域”分别是指位于特定核苷酸序列内或所述核苷酸序列的互补序列内的短于该核苷酸序列但长于至少10个核苷酸的序列。术语“子序列”或“亚序列”也可涉及核苷酸序列的区域。
[0157] 当涉及核苷酸序列时,术语“下游”是指核酸或核苷酸序列位于参考核苷酸序列的3’处。在一些实施方案中,下游核苷酸序列涉及转录起点后的序列。例如,基因的翻译起始密码子位于转录起始位点的下游。
[0158] 术语“上游”是指位于参考核苷酸序列的5’处的核苷酸序列。
[0159] 如本文所用,术语“调控区”是指位于编码区上游(5’非编码序列)、之内、或下游(3’非编码序列)的核苷酸序列,并且它影响相关编码区的转录、RNA处理、稳定性或翻译。调控区可包括启动子、翻译前导序列、内含子、多腺苷酸化识別序列、RNA处理位点、效应子结合位点、UTR、和茎-环结构。如果编码区旨在用于在真核细胞中表达,则多腺苷酸化信号和转录终止子序列通常将位于编码序列的3’。
[0160] 如本文所用,术语“转录物”可涉及通过DNA转录合成并且在处理后变成信使RNA(mRNA)的初级转录物,即前体信使RNA(前mRNA)和经处理的mRNA自身。术语“转录物”可与“前mRNA”和“mRNA”互换使用。在DNA链转录为初级转录物后,新近合成的初级转录物以若干方式改性,以转化为它们的成熟功能形式,以产生不同的蛋白质和RNA如mRNA、tRNA、rRNA、lncRNA、miRNA等。因此,术语“转录物”可包括外显子、内含子、5’UTR和3’UTR。
[0161] 如本文所用,术语“表达”是指多核苷酸由此产生基因产物如RNA或多肽的过程。它包括但不限于将多核苷酸转录为信使RNA(mRNA)以及将mRNA翻译为多肽。表达产生“基因产物”。如本文所用,基因产物可为核酸例如由基因转录产生的信使RNA,或由转录物翻译的多肽。本文所述基因产物还包括具有转录后修饰(例如多腺苷酸化或剪接)的核酸,或具有翻译后修饰(例如甲基化、糖基化、脂质加成、与其它蛋白质子单元连接或蛋白水解裂解)的多肽。
[0162] 在两个或更多个核酸情况下,术语“相同的”或百分比“同一性”是指在比较并且对比(如果需要,引入空位)以获得最大对应性时,两个或更多个序列相同或具有指定百分比的相同核苷酸或氨基酸残基,其中不将任何保守氨基酸取代视为序列同一性的一部分。百
分比同一性可使用序列比较软件算法或通过目视检测来测定。可用于获得氨基酸或核苷
酸序列对比的各种算法和软件是本领域中已知的。
[0163] 序列对比算法的一个此类非限制性示例为描述于以下的算法:Karlin等人,1990,Proc.Natl.Acad.Sci.,87:2264-2268,如Karlin等人在1993,Proc.Natl.Acad.Sci.,90:5873-5877中所修改,并且引入到NBLAST和XBLAST程序(Altschul等人,1991,Nucleic 
Acids Res.,25:3389-3402)中。在一些实施方案中,可使用Gapped BLAST,如Altschul等人在1997,Nucleic Acids Res.25:3389-3402中所述。BLAST-2、WU-BLAST-2(Altschul等人,
1996,Methods in Enzymology,266:460-480)、ALIGN、ALIGN-2(Genentech,South San Francisco,California)或Megalign(DNASTAR)是可用于比对序列的其它可公开获得的软
件程序。在一些实施方案中,使用GCG软件包中的GAP程序测定两个核苷酸序列之间的百分
比同一性(例如,使用NWSgapdna.CMP矩阵以及40、50、60、70或90的空位权重和1、2、3、4、5或
6的长度权重)。在一些另选的实施方案中,包含Needleman和Wunsch算法(J.Mol.Biol.
(48):444-453(1970))的GCG软件包中的GAP程序可用于测定两个氨基酸序列之间的百分比
同一性(例如,使用BLOSUM 62矩阵或PAM250矩阵,以及16、14、12、10、8、6或4的空位权重和
1、2、3、4、5的长度权重)。另选地,在一些实施方案中,使用Myers和Miller算法(CABIOS,4:
11-17(1989)),测定核苷酸或氨基酸序列之间的百分比同一性。例如,可使用ALIGN程序
(2.0版),并且使用具有残基表、为12的空位长度罚分和为4的空位罚分的PAM120,测定百分比同一性。本领域的技术人员可通过特定比对软件,确定用于最大比对的适当参数。在一些实施方案中,使用比对软件的默认参数。
[0164] 在一些实施方案中,第一核苷酸序列对第二核苷酸序列的百分比同一性“X”按100×(Y/Z)来计算,其中Y为第一与第二序列比对(如通过目视检查或特定序列比对程序来比对)中评为一致匹配的氨基酸残基数,并且Z为第二序列中的残基总数。若第一序列的长度
长于第二序列,则第一序列对第二序列的百分比同一性将高于第二序列对第一序列的百分
比同一性。
[0165] 与多核苷酸参考序列比对的单一多核苷酸标靶序列内的不同区域可各自具有它们自身的百分比序列同一性。需注意,百分比序列同一性值四舍五入至小数点后一位。例
如,将80.11、80.12、80.13和80.14向下舍入至80.1,而将80.15、80.16、80.17、80.18和
80.19向上舍入至80.2。还需注意,长度值将总是为整数。
[0166] 如本文所用,术语“同源的”和“同源性”可与术语“相同的”和“相同”互换。
[0167] 术语“其天然存在的变体”是指天然存在于确定分类群(例如哺乳动物如小鼠、猴和人类)内的Tau多肽序列或MAPT核酸序列(例如转录物)的变体。通常,当涉及多核苷酸的
“天然存在的变体”时,所述术语也可涵盖通过染色体移位或复制,在染色体位置17q21发现的MAPT-编码基因DNA的任何等位变体,以及RNA如由其衍生的mRNA。“天然存在的变体”可包括由MAPT mRNA的选择性剪切衍生的变体。例如,当涉及具体多肽序列时,所述术语也包括蛋白质的天然存在形式,因此其可通过例如共翻译修饰或翻译后修饰(例如信号肽裂解、蛋白水解裂解、糖基化等)来处理。
[0168] 在测定本发明低聚物(或其区域)与编码哺乳动物Tau的核酸标靶区域(例如MAPT基因)如本文所公开那些之间的“互补”程度中,“互补”(还为“同源”或“同一”)程度表示为低聚物(或其区域)序列与和其最佳比对的标靶区域(或标靶区域的反向补体)序列之间的
百分比同一性(或同源性百分比)。所述百分比如下计算:计数两个序列之间相同的比对碱
基数,除以低聚物中邻接单体的总数,并且乘以100。在此类比较中,如果存在空位,则优选此类空位仅为失配,而不是本发明低聚物与标靶区域之间空位内单体数不同的区域。
[0169] 如本文所用,术语“互补序列”是指与参考序列互补的序列。众所周知,互补是DNA复制和转录的基本原则,因为它是两个DNA或RNA序列之间共享的性质,使得当它们彼此反向平行比对时,序列中各位置的核苷酸碱基将互补,非常类似于在镜中观察且见到事物反
转。因此,例如,5’“ATGC”3’序列的互补序列可写成3’“TACG”5’或5’“GCAT”3’。如本文所用,术语“反向互补序列”、“反向互补”和“反向互补性”可与术语“互补序列”、“互补”和“互补性”互换。
[0170] 当涉及两个单独的核酸或核苷酸序列时,术语“对应于”和“对应”可用于阐明基于同源性和/或功能性而彼此对应或类似的序列区域,但具体序列的核苷酸可以不同方式编号。例如,不同同种型的基因转录物可具有类似或保守的核苷酸序列部分,其编号可基于选择性剪切和/或其它修饰而在相应同种型中有所不同。此外,已经认识到,在表征核酸或核苷酸序列时,可采用不同的编号体系(例如,基因转录物,以及是否由翻译起始密码子开始对序列编号,或是否包括5’UTR)。另外,已经认识到,基因或基因转录物的不同变体的核酸或核苷酸序列可以是变化的。然而,如本文所用,共享核酸或核苷酸序列同源性和/或功能性的变体区域被认为彼此“对应”。例如,对应于SEQ ID NO:1(“参考序列”)的核苷酸X至Y的MAPT转录物的核苷酸序列是指与SEQ ID NO:1的核苷酸X至Y具有相同序列或类似序列的
MAPT转录物序列(例如MAPT前-mRNA或mRNA)。本领域普通技术人员可通过比对MAPT转录物
序列与SEQ ID NO:1来鉴別MAPT转录物序列中对应的X和Y残基。
[0171] 术语“相应核苷酸类似物”和“相应核苷酸”旨在表示,核苷酸类似物和天然存在的核苷酸中的核苷碱基具有相同的配对或杂交能。例如,当核苷酸的2-脱氧核糖单元连接至腺嘌呤时,“相应核苷酸类似物”包含连接至腺嘌呤的戊糖单元(与2-脱氧核糖不同)。
[0172] 如本文所用,术语“设计”或“低聚物设计”或“ASO序列”涉及给定序列中核苷酸(例如DNA)和核苷酸类似物(例如LNA)的模式。如本文所用,低聚物的设计通过大写字母和小写字母的组合来显示。例如,tatttccaaattcactttta(SEQ ID NO:573)低聚物序列可具有以下低聚物设计:ASO-002350(TAtTTccaaattcactTTTA)、ASO-002374(TAtTTccaaattcacTtTTA)、ASO-002386(TATTtccaaattcaCTttTA)、ASO-002227(TATtTccaaattcactTTTA)、ASO-002245(TAttTCcaaattcactTTTA)、ASO-002261(TATtTccaaattcacTTtTA)、ASO-002276
(ATttCcaaattcactTTTA)、ASO-002228(TATTtccaaattcaCtTtTA)、ASO-002255
(TATTtccaaattcactTTTA)、ASO-002285(TATTtccaaattcacTTtTA)、ASO-002230
(TATTtccaaattcacTtTTA)、ASO-002256(TATTtccaaattcAcTttTA)、或ASO-002279
(TATTtccaaattcActTtTA),其中大写字母表示核苷酸类似物(例如LNA),而小写字母表示核苷酸(例如DNA)。
[0173] 如本文所用,术语低聚物的“化学结构”是指低聚物组分的详细描述,例如核苷酸(例如DNA)、核苷酸类似物(例如β-D-氧基-LNA)、核苷酸碱基(例如A、T、G、C、U或MC)和主链结构(例如硫代磷酸酯或磷酸二酯)。例如ASO-002350的化学结构可为OxyTs OxyAs DNAts OxyTs OxyTs DNAcs DNAcs DNAas DNAas DNAas DNAts DNAts DNAcs DNAas DNAcs DNAts 
OxyTs OxyTs OxyTs OxyAs。图2、16B和20B列出可适于本文所公开的任一种低聚物的非限
制性化学结构示例。
[0174] 除非另行指出,“功效”通常表示为以μM、nM或pM计的IC50或EC50值。功效也可根据抑制百分比来表示。IC50是治疗剂分子的中值抑制浓度。Ec50是治疗剂分子相对于50是治疗剂分子相对于媒介物或盐水对照物的中值有效浓度。在功能分析中,IC50是使生物学应答如mRNA转录或蛋白表达下降了通过治疗剂分子达到的生物学应答的50%的浓度。在功能分析中,EC50是治疗剂分子产生50%的生物学应答如mRNA转录或蛋白表达的浓度。IC50或EC50可通过本领域已知的任何途径来计算。
[0175] “受试者”或“个人”或“动物”或“患者”或“哺乳动物”是指期望对其诊断、预测或治疗的任何受试者,尤其是哺乳动物受试者。哺乳动物受试者包括人类、家畜、农场动物、运动型动物和动物园动物,包括例如人类、非人类灵长类动物、犬、猫、豚鼠、兔、大鼠、小鼠、马、牛、熊等。
[0176] 术语“药物组合物”是指制剂,其呈允许活性成份的生物活性有效的形式,并且不包含对施用组合物的受试者具有不可接受毒性的附加组分。此类组合物可以是无菌的。
[0177] 如本文所公开的,“有效量”的低聚物是足以实施特定目的的量。就所述目的而言,“有效量”可根据经验和常规方式确定。
[0178] 术语如“治疗”或“处理”或“医治”或“缓解”或“减轻”是指(1)治癒、减缓、减轻所诊断病理性病症或障碍的症状和/或阻止其发展的治疗措施,和(2)预防和/或减缓标靶病理性病症或障碍的发展的防治性或预防性措施。因此,需要治疗的那些包括已经患有障碍的
那些;易患障碍的那些;以及欲预防障碍的那些。在一些实施方案中,如果受试者显示,例如,与疾病或障碍相关的症状被完全、部分或短暂减轻或消除,则成功“治疗”受试者的根据本文所提供方法,在本文别处公开的疾病或障碍。
[0179] II.低聚物
[0180] 本发明使用低聚化合物(本文称为低聚物),所述化合物用于调节以下的功能:编码哺乳动物Tau的核酸分子(如MAPT核酸,例如MAPT转录物,包括MAPT前-mRNA和MAPTmRNA),或编码哺乳动物Tau的此类核酸分子的天然存在变体。在本发明上下文中,术语“低聚物”是指由两个或更多个核苷酸(即寡核苷酸)共价键合形成的分子。
[0181] 所述低聚物包含长度为约10至约50,诸如10-20、16-20、15-25、10-30、10-35、10-40或10-45个核苷酸的连续核苷酸序列。如本文所用,术语“反义低聚物”、“反义寡核苷酸”和“ASO”可与术语“低聚物”互换。
[0182] 对SEQ ID编号的标引包括特定核苷碱基序列,但不包括如图2、3、6、7、16A、16B、20A或20B中所示的低聚物设计。此外,本文图中所公开的低聚物示出代表性设计,但不限于表中所示的具体设计。本文中,单核苷酸(单元)也可被称为单体或单元。当本说明书涉及具体ASO编号(或低聚物名称)时,所涉及者包括具体低聚物设计。例如,当权利要求(或本说明书)列举SEQ ID NO:803时,它包括actttatttccaaattcacttttac核苷酸序列。当权利要求
(或本说明书)列举ASO-002019时,它包括具有图中所示低聚物设计的
actttatttccaaattcacttttac核苷酸序列(即ActtTatttccaaattcactTTtaC)。另选地,ASO-
002019可写为ActtTatttccaaattcactTTtaC,其中大写字母为改性核苷酸(例如LNA),并且
小写字母为未改性核苷酸(例如DNA)。ASO-002019也可写为SEQ ID NO:803,其中来自5’端的第一核苷酸、第五核苷酸、第21核苷酸、第22核苷酸、和第25核苷酸各自为改性核苷酸例如LNA,而其它核苷酸各自为未改性核苷酸(例如DNA)。本发明低聚物也可写为具有图2中所示化学结构的SEQ ID NO:803,即OxyAs OxyMCs DNAts DNAts OxyTs DNAas DNAts DNAts DNAts DNAcs DNAcs DNAas DNAas DNAas DNAts DNAts DNAcs DNAas DNAcs DNAts OxyTs 
OxyTs DNAts DNAas OxyMC。
[0183] 在各种实施方案中,本发明的低聚物不包含RNA(单元)。在一些实施方案中,所述低聚物包含一个或更多个DNA单元。在一个实施方案中,根据本发明所述的低聚物是线性分子,或作为线性分子合成。在一些实施方案中,所述低聚物为单链分子,并且不包含例如具有至少3、4或5个连续核苷酸的短区域,所述核苷酸与相同低聚物内的等效区域互补(即双
链体)-就这一点而言,所述低聚物(基本上)不是双链。在一些实施方案中,所述低聚物基本上不是双链。在一些实施方案中,所述低聚物不是siRNA。在各种实施方案中,本发明低聚物可完全由连续核苷酸区域组成。因此,在一些实施方案中,所述低聚物基本上不是自身互补的。
[0184] 在其它实施方案中,本发明包括低聚物的片段。例如,本发明包括本文所公开低聚物中的至少一个核苷酸,至少两个连续核苷酸,至少三个连续核苷酸,至少四个连续核苷酸,至少五个连续核苷酸,至少六个连续核苷酸,至少七个连续核苷酸,至少八个连续核苷酸,或至少九个连续核苷酸。设想,本文所公开任何序列的片段为本发明的一部分。
[0185] II.A.标靶
[0186] 适宜地,本发明的低聚物能够减量调节(例如降低或消除)MAPT mRNA或蛋白质的表达。就这一点而言,本发明的低聚物可通过降低通常哺乳动物细胞中如人类细胞如神经
元细胞中的Tau mRNA含量,而影响Tau蛋白的间接抑制。
[0187] 与疾病相关的病理性状态下的微管结合蛋白tau(MAPT)也称为神经元纤维缠结蛋白或成对螺旋丝-tau(PHF-tau)。MAPT的同义词是已知的,并且包括DDPAC、FTDP-17L、MSTD、MTBT1、MTBT2、PPND、PPP1R103、MAPTL、和TAU。MAPT基因的序列可见于公开可用的登录号NC_
000017.11,而MAPT前mRNA转录物的序列可见于公开可用的登录号NG_007398(SEQ ID NO:
1)。Tau蛋白的序列可见于公开可用的登录号:P10636、P18518、Q14799、Q15549、Q15550、Q15551、Q1RMF6、Q53YB1、Q5CZI7、Q5XWF0、Q6QT54、Q9UDJ3、Q9UMH0、Q9UQ96,将其各自以引用的方式全文并入本文。MAPT基因产物的天然变体是已知的。例如,Tau蛋白的天然变体可包含一个或多个选自以下的氨基酸取代:R5H、R5L、D285N、V289A、K574T、L583V、G589V、N596K、N613H、P618L、P618S、G620V、S622N、K634M、S637F、V654M、E659V、K686I、G706R、R723W、以及它们的任何组合。因此,可设计本发明的低聚物,以降低或抑制Tau蛋白天然变体的表达。
[0188] 已知,Tau中的突变体造成一种或多种病理性病症。本发明的低聚物可用于降低或抑制包含一个或多个突变体的SNP或选择式剪接的MAPT转录物的表达,由此降低突变Tau蛋
白的形成。Tau蛋白突变体的示例包括但不限于包含一个或多个选自以下的突变体的Tau蛋
白:S515E、S516E、S519E、S531A、T548A、T548E、S552A、S552E、S579A、S713E、S721E、S726E、S730E、S739E、以及它们的任何组合。可设计本发明的低聚物,以降低或抑制Tau蛋白的任何突变体的表达。
[0189] 低聚物的标靶核酸序列的示例为MAPT前-mRNA或MAPT mRNA。图1A中的SEQ ID NO:1代表MAPT基因序列。SEQ ID NO:1与MAPT前-mRNA序列相同,不同的是,SEQ ID NO:1中的核苷酸“t”在前-mRNA中显示为“u”。图1B中的SEQ ID NO:2代表MAPT mRNA序列,不同的是,SEQ ID NO:2中的核苷酸1在mRNA中显示为“u”。在一些实施方案中,“标靶核酸”包括Tau蛋白-编码的核酸或其天然存在的变体、以及由其衍生的RNA核酸,例如前-mRNA或成熟mRNA。在一些实施方案中,例如在用于研究或诊断中时,“标靶核酸”可为衍生自上述DNA或RNA核酸标靶的cDNA或合成寡核苷酸。在一个实施方案中,MAPT基因序列示为基因库登录号NG_007398.1(SEQ ID NO:1)。已知MAPT前-mRNA的3’UTR区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸134,947-140,
924。已知MAPT前-mRNA的5’UTR区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸1-72,917。已知对应于MAPT mRNA的MAPT cDNA为基因库登录号NM_016835.3(SEQ ID NO:2)。参见图1B。由MAPT 
mRNA编码的Tau蛋白序列示为SEQ ID NO:3。参见图1C。
[0190] 在一些实施方案中,本发明的低聚物与MAPT转录物例如SEQ ID NO:1的3’UTR内的区域杂交。在一些实施方案中,本发明的低聚物与MAPT转录物例如SEQ ID NO:1的3’UTR内的区域杂交,其中所述低聚物具有如本文別处所述的符合式:5’A-B-C 3’的设计(例如章节II.G,例如章节II.G.I)或本文別处所示的化学结构(例如图2、16B和20B)。在一些实施方案中,所述低聚物与MAPT转录物例如SEQ ID NO:1的3’UTR内的区域杂交,并且具有等于或大于约0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、或1.0的序列评分。序列评分的计算方法公开于本文别处。
[0191] 在一个实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含连续核苷酸序列,该连续核苷酸序列与微管结合蛋白MAPT转录物中3’UTR内的区域杂交,例如对应于SEQ ID NO:1的3’UTR的区域。在另一个实施方案中,本发明的低聚物包含连续核苷酸序列,该连续核苷酸序列与MAPT转录物的核酸序列或所述序列内的区域(“标靶区域”)杂交,其中所述核酸序列对应于SEQ ID NO:1的核苷酸134,947-138,940。在另一个实施方案中,本发明的低聚物包含连续核苷酸序列,该连续核苷酸序列与MAPT转录物的核酸序列或所述序列内的区域杂交,
其中所述核酸序列对应于SEQ ID NO:1的核苷酸134,947-138,940,并且其中所述低聚物具有本文所述设计之一(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸134,947-138,940。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸135,050-138,940;135,700-138,940;136,000-138,940;136,620-138,940;
136,860-138,940;137,060-138,940;137,300-138,940;137,830-138,940;138,030-138,
940;138,350-138,940;134,821-135,020;135,050-135,820;135,700-135,820;136,000-
136,110;136,010-136,100;136,020-136,090;136,030-136,080;136,040-136,070;136,
620-136,760;136,860-136,960;137,060-137,110;137,300-137,400;137,830-137,900;
138,030-138,140;138,350-138,450;138,860-138,940;138,870-138,930;138,880-138,
920;或138,890-138,920,其中任选地,所述低聚物具有本文所述设计(例如章节II.G.I,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和
20B)。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸135,050-138,940。
在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸135,050-138,940。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸136,000-138,940。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸136,620-138,940。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸136,860-138,940。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸137,060-138,940。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸137,300-138,940。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸137,830-138,940。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸138,030-138,940。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸138,350-138,940。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸134,821-135,020。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸135,050-138,820。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸135,700-135,820。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸136,620-136,760。在一些实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸
136,860-136,960。在一些实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸137,
060-137,110。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸137,300-
137,400。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸137,830-137,
900。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸138,030-138,140。在一些实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸138,350-138,450。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸138,860-138,940。
[0192] 在一些实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸134,947-134,989、135,533-135,550、135,585-135,605、135,690-135,710、135,739-135,769、135,775-
135,792、136,049-136,070、136,053-136,068;136,650-136,667、136,693-136,723、136,
896-136,926、137,067-137,089、137,326-137,373、137,851-137,883、138,058-138,119、
138,377-138,394、138,401-138,420、138,884-138,908;138,401-138,908;138,377-138,
908;138,058-138,908;137,851-138,908;137,326-138,908;137,067-138,908;136,896-
138,908;136,693-138,908;136,650-138,908;136,049-138,908;135,775-138,908;135,
739-138,908;或134,947-138,908,其中任选地,所述低聚物具有本文别处所述设计(例如章节II.G,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸134,947-134,989。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸135,533-135,550。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸135,585-135,605。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸135,690-135,710。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸135,739-135,769。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸135,775-135,792。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸136,049-136,070。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸
136,053-136,068。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸136,
650-136,667。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸136,693-
136,723。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸136,896-136,
926。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸137,067-137,089。
在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸137,326-137,373。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸137,851-137,883。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸138,058-138,119。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸138,377-138,394。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸138,401-138,420。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸138,884-138,908。
[0193] 在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸138,401-138,908。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸138,377-138,908。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸138,058-138,908。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸137,851-138,908。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸137,326-138,908。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸137,067-138,908。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸136,896-138,908。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸136,693-138,908。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸136,650-138,908。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸136,049-138,908。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸135,775-138,908。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸135,
739-138,908。
[0194] 在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸136,053-136,068的3’端、5’端或二者处+1、+2、+3、+4、+5、+6、+7、+8、+9、+10、+11、+12、+13、+14、+15、+20、+25、+30、+35、+40、+45、或+50个核苷酸。在一些实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸138,884-138,908的3’端、5’端或二者处+1、+2、+3、+4、+5、+6、+7、+8、+9、+10、+11、+12、+13、+14、+15、+20、+25、+30、+35、+40、+45、或+50个SEQ ID NO:1的核苷酸。
[0195] 在一些实施方案中,本发明的低聚物与MAPT转录物例如SEQ ID NO:1的5’UTR内的区域杂交。在一些实施方案中,本发明的低聚物与MAPT转录物例如SEQ ID NO:1的5’UTR内的区域杂交,其中所述低聚物具有如本文別处所述的符合式:5’A-B-C 3’的设计(例如章节II.G,例如章节II.G.I)或本文別处所示的化学结构(例如图2、16B和20B)。在一些实施方案中,所述低聚物与MAPT转录物例如SEQ ID NO:1的5’UTR内的区域杂交,并且具有等于或大于约0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、或1.0的序列评分。序列评分的计算方法公开于本文别处。
[0196] 在一些实施方案中,本发明的低聚物与MAPT转录物例如SEQ ID NO:1的外显子2内的区域杂交。在一些实施方案中,本发明的低聚物与MAPT转录物例如SEQ ID NO:1的外显子
2内的区域杂交,其中所述低聚物具有如本文別处所述的符合式:5’A-B-C 3’的设计(例如章节II.G,例如章节II.G.I)或本文別处所示的化学结构(例如图2、16B和20B)。在一些实施方案中,所述低聚物与MAPT转录物例如SEQ ID NO:1的外显子2内的区域杂交,并且具有等于或大于约0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、或1.0的序列评分。序列评分的计算方法公开于本文别处。
[0197] 在一个实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含连续核苷酸序列,该连续核苷酸序列与微管结合蛋白MAPT转录物中5’UTR和/或外显子2内的区域杂交,例如对应于SEQ 
ID NO:1的5’UTR和/或外显子2的区域。在MAPT转录物中,5’UTR和外显子2重叠而不邻接。在另一个实施方案中,本发明的低聚物包含连续核苷酸序列,该连续核苷酸序列与MAPT转录
物的核酸序列或所述序列内的区域(“标靶区域”)杂交,其中所述核酸序列对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,802-73,072。在另一个实施方案中,本发明的低聚物包含连续核苷酸序列,该连续核苷酸序列与MAPT转录物的核酸序列或所述序列内的区域(“标靶区域”)杂交,其中所述核酸序列对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,802-73,072,并且其中所述低聚物具有本文所述设计之一(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,802-73,072;72,812-73,062;72,822-73,052;72,832-73,042;72,
842-73,032;72,852-73,022;72,862-73,012;72,872-73,002;72,882-72,992;72,892-72,
982;或72,902-72,972,其中任选地,所述低聚物具有本文所述设计(例如章节II.G.I,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。
在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于核苷酸72,802-73,072;SEQ ID NO:1的核苷酸
72。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,812-73,062。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,822-73,052。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,832-73,042。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,842-73,032。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,852-73,022。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,862-73,012。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,872-73,002。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,882-72,992。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,892-72,982。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,902-72,972。
[0198] 在一些实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,802-73,072;72,812-73,072;72,822-73,072;72,832-73,072;72,842-73,072;72,852-73,072;72,862-
73,072;72,872-73,072;72,882-73,072;72,892-73,072;72,902-73,072;72,802-73,062;
72,802-73,052;72,802-73,042;72,802-73,032;72,802-73,022;72,802-73,012;72,802-
73,002;72,802-72,992;72,802-73,982;或72,802-73,972,其中任选地,所述低聚物具有本文别处所述设计(例如章节II.G,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别
处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,802-73,072。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,812-73,072。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,822-73,072。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,
832-73,072。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,842-73,
072。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,852-73,072。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,862-73,072。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,872-73,072。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,882-73,072。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,892-73,072。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,902-73,072。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,802-73,062。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,802-73,052。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,802-73,042。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,802-73,032。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,
802-73,022。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,802-73,
012。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,802-73,002。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,802-72,992。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,802-73,982。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,802-73,972。
[0199] 在一些实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,862-73,012;72,872-73,012;72,882-73,012;72,892-73,012;72,902-73,012;72,862-73,002;72,872-
73,002;72,882-73,002;72,892-73,002;72,902-73,002;72,862-72,992;72,872-72,992;
72,882-72,992;72,892-72,992;72,902-72,992;72,862-72,982;72,872-72,982;72,882-
72,982;72,892-72,982;72,902-72,982;72,862-72,972;72,872-72,972;72,882-72,972;
72,892-72,972;或72,902-72,972,其中任选地,所述低聚物具有本文别处所述设计(例如章节II.G,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如
图2、16B和20B)。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,872-
73,012。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,882-73,012。
在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,892-73,012。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,902-73,012。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,862-73,002。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,872-73,002。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,882-73,002。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,892-73,002。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,902-73,002。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,862-72,992。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,872-72,992。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸
72,882-72,992。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,892-
72,992。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,902-72,992。
在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,862-72,982。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,872-72,982。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,882-72,982。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,892-72,982。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,902-72,982。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,862-72,972。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,872-72,972。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,882-72,972。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,892-72,972。在另一个实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸
72,902-72,972。
[0200] 在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,947-72,960。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,946-72,961。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,907-72,922。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,948-72,963。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,950-72,963。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,945-72,960。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,950-72,965。
[0201] 在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,944-72,959。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,947-72,962。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,952-72,965。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,946-72,959。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,949-72,964。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,951-72,964。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,933-72,948。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,934-72,949。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,
935-72,950。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,932-72,
951。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,933-72,952。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,934-72,953。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,935-72,954。
[0202] 在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,944-72,963。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,945-72,964。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,946-72,965。
[0203] 在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,948-72,967。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,933-72,949。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,935-72,951。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,936-72,953。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,933-72,934。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,934-72,950。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,934-72,951。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,933-72,954。在其它实施方案中,所述标靶区域对应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,
933-72,950。
[0204] 在其它实施方案中,本发明的低聚物包含连续核苷酸序列,所述序列与MAPT转录物的核酸序列或所述序列内的区域(“标靶区域”)杂交,其中所述核酸序列对应于SEQ ID NO:1的核苷酸97,648-97,661,并且其中所述低聚物任选具有本文所述设计之一(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、
16B和20B)。
[0205] 在其它实施方案中,本发明的低聚物包含连续核苷酸序列,该连续核苷酸序列与MAPT转录物的核酸序列或所述序列内的区域(“标靶区域”)杂交,其中所述核酸序列对应于SEQ ID NO:1的核苷酸134,749-134,764,并且其中所述低聚物任选具有本文所述设计之一(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。
[0206] 在一些实施方案中,本发明的低聚物能够在生理条件即体内条件下与标靶核酸(例如MAPT转录物)杂交。在一些实施方案中,本发明的低聚物能够在体外与标靶核酸(例如MAPT转录物)杂交。在一些实施方案中,本发明的低聚物能够在严格条件下,在体外与标靶核酸(例如MAPT转录物)杂交。体外杂交的严格条件尤其依赖于生产性细胞摄取、RNA可访问性、温度、缔合自由能、盐浓度和时间(参见例如,Stanley T Crooks,Antisense Drug 
Technology:Principles,Strategies and Applications,第2版,CRC Press(2007))。一般来讲,使用高度至中等严格性条件进行体外杂交,以能够在基本上相似的核酸之间,而非不相似核酸之间杂交。严格杂交条件的示例包括在40℃下,在5X盐水-柠檬酸钠(SSC)缓冲液
(0.75M氯化钠/0.075M柠檬酸钠)中杂交1小时,接着在40℃下,将样品在1X SSC中洗涤10
次,并且在室温下在1X SSC缓冲液中洗涤5次。体内杂交条件由控制反义寡核苷酸与标靶序列杂交的细胞内条件(例如生理pH和细胞内离子条件)组成。可经由较低严格性条件,体外
模拟活体内条件。例如,可在37℃下,在2X SSC(0.3M氯化钠/0.03M柠檬酸钠)、0.1%SDS中,体外实施杂交。可在37℃下使用包含4X SSC、0.1%SDS的洗涤溶液,其中在45℃下,在1X SSC中最终洗涤。
[0207] II.B.低聚物序列
[0208] 本发明的低聚物包含连续核苷酸序列,其对应于MAPT转录物区域的互补序列,例如对应于SEQ ID NO:1的核苷酸序列。
[0209] 在一些实施方案中,本发明提供10-50,如10-30个核苷酸长度的低聚物,其包含共计10-30个核苷酸的连续核苷酸序列,其中所述连续核苷酸序列与哺乳动物微管结合蛋白tau(MAPT)转录物如SEQ ID NO:1或其天然存在的变体的互补序列内的区域具有至少85%、
90%、95%、98%、或99%的序列同一性。因此,例如,所述低聚物与具有SEQ ID NO:1的部分序列的单链核酸分子杂交。
[0210] 所述低聚物可包含连续核苷酸序列,其与编码哺乳动物Tau蛋白的核酸(例如SEQ ID NO:1)的等效区域完全互补(完美互补)。所述低聚物可包含连续核苷酸序列,其与核酸序列或所述序列内的区域完全互补(完美互补),所述核酸序列对应于SEQ ID NO:1的核苷
酸134,947-138,940、135,050-138,940;135,700-138,940;136,000-138,940;136,620-
138,940;136,860-138,940;137,060-138,940;137,300-138,940;137,830-138,940;138,
030-138,940;138,350-138,940;134,821-135,020;135,050-135,820;135,700-135,820;
136,000-136,110;136,620-136,760;136,860-136,960;137,060-137,110;137,300-137,
400;137,830-137,900;138,030-138,140;138,350-138,450;或138,860-138,940。此外,所述低聚物可具有本文別处所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间
隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。
[0211] 所述低聚物还可包含连续核苷酸序列,所述序列与编码哺乳动物Tau蛋白的核酸(例如SEQ ID NO:1)的等效区域完全互补(完美互补)。所述低聚物可包含连续核苷酸序列,该连续核苷酸序列与核酸序列或所述序列内的区域完全互补(完美互补),所述核酸序列对
应于SEQ ID NO:1的核苷酸72,862-73,012;72,872-73,012;72,882-73,012;72,892-73,
012;72,902-73,012;72,862-73,002;72,872-73,002;72,882-73,002;72,892-73,002;72,
902-73,002;72,862-72,992;72,872-72,992;72,882-72,992;72,892-72,992;72,902-72,
992;72,862-72,982;72,872-72,982;72,882-72,982;72,892-72,982;72,902-72,982;72,
862-72,972;72,872-72,972;72,882-72,972;72,892-72,972;或72,902-72,972。此外,所述低聚物可具有本文別处所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间
隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。
[0212] 在一些实施方案中,本发明低聚物的核苷酸序列或连续核苷酸序列与选自SEQ ID NO:4至803以及901至935的序列(即图2、3、6和7中的序列)具有至少约80%的序列同一性,如至少85%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%的序列同一性,至少97%的序列同一性,至少98%的序列同一性,至少99%的序列同一性,如
100%的序列同一性(同源)。在一些实施方案中,所述低聚物具有本文别处所述的设计(例
如,章节II.G.I,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。
[0213] 在其它实施方案中,本发明的低聚物包含图2、3、6、7、16A、16B、20A或20B中公开的至少一种低聚物序列(例如ASO编号)。在一些实施方案中,本发明的低聚物包含图2、3、6、7、16A、16B、20A或20B中公开的至少一种低聚物序列(例如ASO编号),其中所述低聚物在3’端比图2、3、6、7、16A、16B、20A或20B中公开的ASO短一个核苷酸、两个核苷酸、三个核苷酸、四个核苷酸、五个核苷酸、六个核苷酸、七个核苷酸、八个核苷酸、九个核苷酸、十个核苷酸、11个核苷酸、12个核苷酸、13个核苷酸、14个核苷酸、或15个核苷酸。在其它实施方案中,本发明的低聚物包含图2、3、6、7、16A、16B、20A或20B中公开的至少一种低聚物序列(例如ASO编号),其中所述低聚物在5’端比图2、3、6、7、16A、16B、20A或20B中公开的ASO短一个核苷酸、两个核苷酸、三个核苷酸、四个核苷酸、五个核苷酸、六个核苷酸、七个核苷酸、八个核苷酸、九个核苷酸、十个核苷酸、11个核苷酸、12个核苷酸、13个核苷酸、14个核苷酸、或15个核苷酸。在其它实施方案中,本发明的低聚物包含图2、3、6、7、16A、16B、20A或20B中公开的至少一种低聚物序列(例如ASO编号),其中所述低聚物在5’端和/或3’端比图2、3、6、7、16A、16B、
20A或20B中公开的ASO短一个核苷酸、两个核苷酸、三个核苷酸、四个核苷酸、五个核苷酸、六个核苷酸、七个核苷酸、八个核苷酸、九个核苷酸、十个核苷酸、11个核苷酸、12个核苷酸、
13个核苷酸、14个核苷酸、或15个核苷酸。
[0214] 在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与选自以下的SEQ ID NO:1的核苷酸的核酸序列的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或
100%的序列同一性:核苷酸134,947-134,989、135,739-135,769、135,775-135,792、136,
049-136,070、136,053-136,068;136,650-136,667、136,693-136,723、136,896-136,926、
137,067-137,089、137,326-137,373、137,851-137,883、138,058-138,119、138,377-138,
394、138,401-138,420、138,884-138,924;138,401-138,924;138,377-138,924;138,058-
138,924;137,851-138,924;137,326-138,924;137,067-138,924;136,896-138,924;136,
693-138,924;136,650-138,924;136,049-138,924;135,775-138,924;135,739-138,924;
134,947-138,924;134,947-138,940;134,909-138,924;134,871-138,924;和134,854-
138,924。在一些实施方案中,所述低聚物具有本文別处所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。
[0215] 在一些实施方案中,本发明低聚物的核苷酸序列或连续核苷酸序列与选自SEQ ID NO:804至900的序列(即图16A或16B中的序列)具有至少约80%的序列同一性,如至少85%,至少90%,至少91%,至少92%,至少93%,至少94%,至少95%,至少96%的序列同一性,至少97%的序列同一性,至少98%的序列同一性,至少99%的序列同一性,如100%的序列同一性(同源)。在一些实施方案中,所述低聚物具有本文别处所述的设计(例如,章节II.G.I,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和
20B)。
[0216] 在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与选自以下的SEQ ID NO:1的核苷酸的核酸序列的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或
100%的序列同一性:72,862-73,012;72,872-73,012;72,882-73,012;72,892-73,012;72,
902-73,012;72,862-73,002;72,872-73,002;72,882-73,002;72,892-73,002;72,902-73,
002;72,862-72,992;72,872-72,992;72,882-72,992;72,892-72,992;72,902-72,992;72,
862-72,982;72,872-72,982;72,882-72,982;72,892-72,982;72,902-72,982;72,862-72,
972;72,872-72,972;72,882-72,972;72,892-72,972;和72,902-72,972。在一些实施方案中,所述低聚物具有本文別处所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。
[0217] 在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸134,947-138,940的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约
80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或
100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。
在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸135,700-138,940的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。
[0218] 在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸136,000-138,940的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约
80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或
100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。
在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸136,620-138,940的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。
[0219] 在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸136,860-138,940的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约
80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或
100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。
在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸137,060-138,940的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。在一些实施方
案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸137,300-
138,940的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸137,830-138,940的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约
96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸138,030-138,940的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约
97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文别处所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸138,350-138,940的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文别处所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸136,000-136,110的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文别处所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图
2、16B和20B)。
[0220] 在其它实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸138,860-138,940的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约
80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或
100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文别处所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和
20B)。在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸138,884-138,908的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约
80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或
100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文别处所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和
20B)。在其它实施方案中,本发明的低聚物与SEQ ID NO:1的核苷酸134,854-138,924的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文别处所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设
计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。在一些实施方案中,本发明的低聚物与选自以下的SEQ ID NO:1的核苷酸的核酸序列的互补序列内的区域具有至少约60%,至
少约70%,至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性:核苷酸134,947-134,989、135,739-135,769、135,775-
135,792、136,049-136,070、136,053-136,068;136,650-136,667、136,693-136,723、136,
896-136,926、137,067-137,089、137,326-137,373、137,851-137,883、138,058-138,119、
138,377-138,394、138,401-138,420、138,884-138,924;138,401-138,924;138,377-138,
924;138,058-138,924;137,851-138,924;137,326-138,924;137,067-138,924;136,896-
138,924;136,693-138,924;136,650-138,924;136,049-138,924;135,775-138,924;135,
739-138,924;和134,947-138,924,其中任选地,所述低聚物具有本文别处所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸134,947-134,989的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸135,739-135,769的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸135,775-135,792的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸136,049-136,070的互补序列内。在一些实施方案中,述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸136,053-136,068的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸136,650-136,667的互补序列内。
在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸136,693-136,723的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸136,896-136,926的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸137,067-137,089的互补序列内。
[0221] 在其它实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸137,326-137,373的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸137,851-137,883的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸138,058-138,119的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸138,377-138,394的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸138,401-138,420的互补序列内。
[0222] 在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸138,884-138,924的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸138,401-138,924的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸138,377-138,924的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸138,058-138,924的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸137,851-138,924的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸137,326-138,924的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸137,067-138,924的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸136,896-138,924的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸136,693-138,924的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸136,650-138,924的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸136,049-138,924的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸135,775-138,924的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸135,739-138,924的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸134,947-138,924的互补序列内。
[0223] 在一些实施方案中,所述低聚物(或其连续核苷酸部分)选自或包含一种选自以下的序列:SEQ ID NO:4至803、901至953、956至958、和960,或其至少10个连续核苷酸的区域,其中与相应MAPT转录物相比,所述低聚物(或其连续核苷酸部分)可任选包含一个、两个、三个、或四个失配。
[0224] 在一个实施方案中,所述低聚物可包含选自以下的序列:ctttatttccaaattcactt[138888-138907](SEQ ID NO:676);actttatttccaaattcact[138889-138908](SEQ ID NO:
715);tttatttccaaattcacttt[138887-138906](SEQ ID NO:644);ttatttccaaattcactttt[138886-138905](SEQ ID NO:799);atttccaaattcacttttac[138884-138903](SEQ ID NO:
466);atttccaaattcactttta[138885-138903](SEQ ID NO:559);actttatttccaaattcactt[138888-138908](SEQ ID NO:680);atttccaaattcactt[138888-138903](SEQ ID NO:
686);tatttccaaattcactttta[13885-138904](SEQ ID NO:526);aataactttatttcca
[138897-138912](SEQ ID NO:773);agtaataactttatt[138901-138915](SEQ ID NO:782);
tttccaaattcactt[138888-138902](SEQ ID NO:684);agagtaataactttat[138902-138917](SEQ  ID NO:784);agtaataactttattt[138900-138915](SEQ  ID  NO:780);
agagtaataacttta[138903-138917](SEQ ID NO:786);ttaatcagagtaataa[138908-138923](SEQ ID NO:795);tttaatcagagtaat[138910-138924](SEQ ID NO:798);aatcagagtaataac[138907-138921](SEQ ID NO:794);tttaatcagagtaata[138909-139924](SEQ ID NO:
797);taatcagagtaataa[138908-138922](SEQ ID NO:796);ctttatttccaaattcact
[138889-138907](SEQ ID NO:713);或ctttatttccaaattcac[138890-138907](SEQ ID NO:
739)。在一个具体实施方案中,所述低聚物包含atttccaaattcacttttac[138884-138903]
(SEQ ID NO:466)。在一个实施方案中,所述低聚物(或其连续核苷酸部分)针对所选序列任选具有一个、两个、三个、或四个失配。在另一个实施方案中,所述低聚物任选包含一种或多种核苷酸类似物。在其它实施方案中,所述低聚物具有本文别处所述的设计(例如,章节
II.G.I,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图
2、16B和20B)。可用于本发明的核苷酸类似物的非限制性示例公开于本文别处。
[0225] 在其它实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,基本上由或由核苷酸序列组成,所述核苷酸序列与以下SEQ ID NO具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约
90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性:SEQ ID NO:939、940、524、941、942、943、944、945、946、947、948、949、950、956、957、958、
951、952、或953。在一些实施方案中,与SEQ ID NO:939、940、524、941、942、943、944、945、
946、947、948、949、950、956、957、958、951、952、或953具有序列同一性的低聚物分别具有ASO-257283、ASO-257284、ASO-002263、ASO-002627、ASO-002677、ASO-002670、ASO-002663、ASO-002635、ASO-002643、ASO-002671、ASO-002664、ASO-002626、ASO-002634、ASO-002678、ASO-002650、ASO-002657、ASO-002642、ASO-002649、或ASO-002656的设计。
[0226] 在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸72,802-73,072的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约
80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或
100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。
在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸72,812-73,062的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约
90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。在一些实施方案
中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸72,822-73,
052的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约90%,至少约
95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的互补核苷酸72,832-73,042内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约
97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸72,842-73,032的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图
2、16B和20B)。在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸72,852-73,022的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或
100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。
在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸72,862-73,012的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约
90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。
[0227] 在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸72,872-73,002的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约
80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或
100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。
在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸72,882-72,992的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约
90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。在一些实施方案
中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸72,892-72,
982的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约90%,至少约
95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸72,902-72,972的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸72,802-73,072的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸72,812-73,072的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约
70%,至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约
99%,或100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节
II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、
16B和20B)。在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸72,822-73,072的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约
80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或
100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。
在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸72,832-73,072的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约
90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。在一些实施方案
中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸72,842-73,
072的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约90%,至少约
95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。
[0228] 在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸72,852-73,072的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约
80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或
100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。
在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸72,862-73,072的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约
90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。在一些实施方案
中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸72,872-73,
072的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约90%,至少约
95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸72,882-73,072的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸72,892-73,072的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸72,902-73,072的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约
70%,至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约
99%,或100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节
II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、
16B和20B)。在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸72,802-73,062的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约
80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或
100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。
在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸72,802-73,052的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约
90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。在一些实施方案
中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸72,802-73,
042的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约90%,至少约
95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸72,802-73,032的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸72,802-73,022的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸72,802-73,012的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约
70%,至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约
99%,或100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节
II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、
16B和20B)。在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸72,802-73,002的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约
80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或
100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。
在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸72,802-72,992的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约
90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。在一些实施方案
中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸72,802-73,
982的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约90%,至少约
95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。在一些实施方案中,本发明的低聚物包含核苷酸序列,该核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸72,802-73,972的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约90%,至少约95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性,其中任选地,所述低聚物具有本文所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。
[0229] 在一些实施方案中,本发明的低聚物与选自以下的SEQ ID NO:1的核苷酸的核酸序列的互补序列内的区域具有至少约60%,至少约70%,至少约80%,至少约90%,至少约
95%,至少约96%,至少约97%,至少约98%,至少约99%,或100%的序列同一性:核苷酸
72,862-73,012;72,872-73,012;72,882-73,012;72,892-73,012;72,902-73,012;72,862-
73,002;72,872-73,002;72,882-73,002;72,892-73,002;72,902-73,002;72,862-72,992;
72,872-72,992;72,882-72,992;72,892-72,992;72,902-72,992;72,862-72,982;72,872-
72,982;72,882-72,982;72,892-72,982;72,902-72,982;72,862-72,972;72,872-72,972;
72,882-72,972;72,892-72,972;和72,902-72,972,其中任选地,所述低聚物具有本文别处所述的设计(例如章节II.G.,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处显示的化学结构(例如图2、16B和20B)。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸
72,862-73,012的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸72,
872-73,012的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸72,882-
73,012的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸72,892-73,
012的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸72,902-73,012的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸72,862-73,002的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸72,872-73,002的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸72,882-73,002的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸72,892-73,002的互补序列内。
[0230] 在其它实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸72,902-73,002的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸72,862-72,992的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸72,872-72,992的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸72,882-72,992的互补序列内。
[0231] 在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸72,892-72,992的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸72,902-72,992的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸72,862-72,982的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸72,872-72,982的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸72,882-72,982的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸72,892-72,982的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸72,902-72,982的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸72,862-72,972的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸72,872-72,972的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸72,882-72,972的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸72,892-72,972的互补序列内。在一些实施方案中,所述区域在SEQ ID NO:1的核苷酸72,902-72,972的互补序列内。
[0232] 在一个实施方案中,所述低聚物可包含选自SEQ ID NO:804至900的序列。在一个实施方案中,所述低聚物(或其连续核苷酸部分)针对所选序列任选具有一个、两个、或三个失配。在另一个实施方案中,所述低聚物任选包含一种或多种核苷酸类似物。在其它实施方案中,所述低聚物具有本文别处所述的设计(例如,章节II.G.I,例如间隔物设计,例如交替侧翼间隔物设计)或本文别处所述的化学结构。可用于本发明的核苷酸类似物的非限制性
示例公开于本文别处。
[0233] 在仅用小写字母列示低聚物序列时(例如ctttatttccaaattcactt(SEQ ID NO:676),低聚物中包含的核酸可为天然存在的核酸或核苷酸类似物。如果将低聚物序列描述
为小写字母和大写字母的组合(例如CTTtatttccaaattcaCTT),则序列中的大写字母为核苷
酸类似物(例如LNA),而小写字母为天然存在的核酸(例如DNA)。因此,例如,当本文提供序列“CTTtatttccaaattcaCTT”时,也提供了“ctttatttccaaattcactt(或SEQ ID NO:676),其中3’端的所述三个核酸为核苷酸类似物(例如LNA),而5’端的三个核酸为天然存在的核酸(例如DNA)”或具有LLLDDDDDDDDDDDDDDLLL设计的“ctttatttccaaattcactt(或SEQ ID NO:
676),其中L为核苷酸类似物,并且D为DNA单元。”
[0234] 在一些实施方案中,本发明的低聚物包含选自以下的核苷酸序列:SEQ ID NO:4至953,956至958,和960。参见图2、3、6、7、16A、16B、20A、和20B。在一些实施方案中,本发明的低聚物包含选自图2、3、6、7、16A、16B、20A和20B中所列序列的核苷酸序列。然而,低聚物的设计不限于图2、3、6、7、16A、16B、20A、和20B中所示的设计。本发明的低聚物可具有如本文别处所述的任何低聚物设计,例如间隔物、混合物、嵌段物、或完全改性的。因此,在一些实施方案中,本发明的低聚物包含选自以下的核苷酸序列:SEQ ID NO:4至953,956至958,和
960,其中至少一个核苷酸是改性的。在其它实施方案中,本发明的低聚物包含选自以下的核苷酸序列:SEQ ID NO:4至953,956至958,和960,其中5’端的一至五个核苷酸和3’端的一至五个核苷酸为核苷酸类似物(例如LNA),而中间的其它核苷酸为天然存在的核酸。在其它实施方案中,所述低聚物包含选自以下的核苷酸序列:SEQ ID NO:4至953,956至958,和
960,其中所述低聚物的核苷酸设计如图2、3、6、和7中所述(大写字母表示核苷酸类似物,例如LNA,而小写字母表示天然存在的核酸(例如DNA))。在其它实施方案中,本发明的低聚物包含选自以下的核苷酸序列:SEQ ID NO:4至953,956至958,和960,其中所述主链包含至少一个硫代磷酸酯键。在一个具体实施方案中,所述低聚物包含选自图7中序列的核苷酸序
列,例如SEQ ID NO:677、679、715、681、644、647、593、716、474、683、587、685、646、680、201、
473、645、532、538、535、650、533、590、7、153、686、471、223、688、53、154、202、595、655、482、
227、485、589、370、548、250、251、258、256、51、69、71、255、84、262、365、285、392、417、76、
74、390、28、46、43、49、52、67、56、60、698、773、782、684、784、780、786、795、798、794、797、
796、705、592、472、720、745、691、687、690、740、724、695、689、741、714、726、799、484、801、
536、800、543、545、537、476、528、477、479、487、467、602、594、604、603、529、530、598、527、
539、481、480、469、540、600、486、601、531、588、586、542、596、544、468、653、591、534、470、
547、478、546、648、541、466、599、483、597、和475,其中所述低聚物如图7中所述设计,并且其中大写字母为核苷酸类似物,例如LNA,而小写字母为DNA。所述低聚物的非限制性示例示于图2、3、6、7、16A和16B中。在一些实施方案中,本发明的低聚物与标靶核酸序列结合(例如MAPT转录物),并且与细胞中正常(即对照)表达水平相比,将MAPT转录物的表达抑制或降低至少10%或20%,例如与细胞中正常表达水平相比,至少30%、40%、50%、60%、70%、
80%、90%或95%(如不存在一种或多种低聚物或一种或多种缀合物情况下的表达水平)。
[0235] 在一些实施方案中,本发明的低聚物与MAPT转录物结合,并且与细胞中正常(即对照)表达水平相比,将MAPT mRNA的表达抑制或降低至少约10%或约20%,例如与细胞中正
常表达水平相比,至少约30%、约40%、约50%、约60%、约70%、约80%、约90%或约95%(如不存在一种或多种低聚物或一种或多种缀合物情况下的表达水平)。在一些实施方案
中,与未暴露于所述低聚物的细胞(即对照物)相比,在施用低聚物后,所述低聚物将细胞中的Tau蛋白表达降低至少60%,至少70%,至少80%,或至少90%。在一些实施方案中,与未暴露于所述低聚物的细胞(即对照物)相比,在施用低聚物后,所述低聚物将细胞中的Tau蛋白表达降低至少约60%,至少约70%,至少约80%,或至少约90%。
[0236] 在一些实施方案中,与未暴露于所述低聚物的对照细胞相比,本发明的低聚物具有至少一种选自以下的特性:(1)与未暴露于所述低聚物的对照细胞相比,降低细胞内Tau mRNA的表达;(2)不显著降低细胞中的钙振荡;(3)不显著降低细胞中的微管蛋白强度;(4)降低细胞中Tau蛋白的表达;以及(5)它们的任何组合。
[0237] 在一些实施方案中,本发明的低聚物不显著降低细胞例如神经元细胞中的钙振荡。如果低聚物不显著降低细胞中的钙振荡,则所述低聚物的该特性对应于低聚物的神经
毒性降低。在一些实施方案中,钙振荡为未暴露于所述低聚物的细胞中振荡的大于或等于
95%,大于或等于90%,大于或等于85%,大于或等于80%,大于或等于75%,或大于或等于
70%。
[0238] 钙振荡对神经元细胞的正常功能是重要的。已显示,皮层神经元网络经历自发钙振荡,导致神经递质谷氨酸盐释放。除了网络中其它相关神经元外,钙振荡也可调节神经元与相关神经胶质的相互作用,以释放除谷氨酸盐以外的其它神经递质。经调节的钙振荡是
正常脑功能神经元网络稳态所需要的。(参见,Shashank等人,Brain Research,1006(1):8-
17(2004);Rose等人,Nature Neurosci.,4:773-774(2001);Zonta等人,J Physiol 
Paris.,96(3-4):193-8(2002);Pasti等人,J.Neurosci.,21(2):477-484(2001)。)谷氨酸盐还活化两种不同离子通道α-胺基-3-羟基-5-甲基-4-异噁唑丙酸(AMPA)受体和N-甲基-
D-天冬胺酸盐(NMDA)受体。
[0239] 在一些实施方案中,本发明方法中测量的钙振荡为AMPA-依赖性钙振荡。在一些实施方案中,钙振荡为NMDA-依赖性钙振荡。在一些实施方案中,钙振荡为γ-氨基丁酸
(GABA)-依赖性钙振荡。在一些实施方案中,钙振荡可为AMPA-依赖性、NMDA-依赖性或GABA-依赖性钙振荡中的两种或更多种的组合。
[0240] 在一些实施方案中,本发明方法中测量的钙振荡为AMPA-依赖性钙振荡。为测定AMPA-依赖性钙振荡,在Mg2+离子(例如MgCl2)存在下测定钙振荡。在一些实施方案中,所述
2+
方法还包括以允许检测AMPA-依赖性钙振荡的量加入Mg 离子(例如MgCl2)。在一些实施方
案中,允许检测AMPA-依赖性钙振荡的有效离子浓度为至少约0.5mM。在其它实施方案中,引起AMPA-依赖性钙振荡的有效离子浓度为至少约0.6mM,至少约0.7mM,至少约0.8mM,至少约
0.9mM,至少约1mM,至少约1.5mM,至少约2.0mM,至少约2.5mM,至少约3.0mM,至少约4mM,至少约5mM,至少约6mM,至少约7mM,至少约8mM,至少约9mM,或至少约10mM。在一个具体实施方案中,可用于所述方法的Mg2+离子(例如MgCl2)的浓度为1mM。在一些实施方案中,可用于本发明方法的Mg2+离子(例如MgCl2)的浓度为约1mM至约10mM,约1mM至约15mM,约1mM至约
20mM,或约1mM至约25mM。Mg2+离子可通过加入镁盐来加入,诸如酸镁、氯化镁、柠檬酸镁、氢氧化镁、氧化镁、硫酸镁、和硫酸镁七水合物。
[0241] 在一些实施方案中,在本发明方法中通过使用检测细胞内钙含量波动的荧光探头,来测量钙振荡。例如,可通过用结合钙离子(称为荧光钙指示剂)的荧光染料染色细胞,产生可检测的荧光变化(例如可从Molecular Probes.Eugene,OR,United States of 
America购得的Fluo-4AM和Fura Red AM染料),来实现细胞内钙通量的检测。
[0242] 在其它实施方案中,本发明的低聚物不显著降低细胞中的微管蛋白强度。在一些实施方案中,微管蛋白强度为未暴露于所述低聚物(或暴露于盐水)的细胞中微管蛋白强度
的大于或等于95%,大于或等于90%,大于或等于85%,大于或等于80%,大于或等于75%,或大于或等于70%。
[0243] 在一些实施方案中,使用0.04nM至400μM浓度的本发明低聚物时,观察到此类特性。在相同或不同实施方案中,抑制或降低细胞中MAPT mRNA和/或Tau蛋白的表达,造成与未暴露于所述低聚物的细胞相比,小于100%,如小于98%,小于95%,小于90%,小于80%,诸如小于70%的mRNA或蛋白含量。可通过例如方法如SDS-PAGE,然后通过使用针对标靶蛋
白产生的适宜抗体的印迹杂交,测定Tau蛋白含量,来测定表达调节程度。另选地,可通过例如印迹杂交或定量RT-PCR测定MAPT mRNA含量,来测定表达调节程度。当经由mRNA含量测定抑制时,在使用适宜剂量诸如约0.04nM至约400μM浓度时,在一些实施方案中,下调程度通常为不存在低聚物情况下,细胞中正常程度的约10%-20%的程度。
[0244] 在一些实施方案中,本发明的低聚物具有小于或等于总分4的体内耐受性,其中所述总分为五个类別单元得分之和,它们是1)过动;2)降低活性和唤醒度;3)运动功能障碍
和/或共济失调;4)异常姿势和呼吸;以及5)震颤和/或惊厥,并且其中每类別的单元评分按
0-4标度来量测。在一些实施方案中,体内耐受性小于或等于总分3,总分2,总分1,或总分0。
在一些实施方案中,如下文实施例5中所述,测定体内耐受性的评定。
[0245] 在一些实施方案中,当与标靶序列杂交时,所述低聚物可耐受1、2、3或4(或更多)个失配,并且还充分结合标靶以显示期望效应,即标靶mRNA和/或蛋白的下调。失配可通过例如增加低聚物核苷酸序列的长度和/或增加核苷酸类似物的数目来补偿,其公开于本文別处。
[0246] 在一些实施方案中,当与标靶序列杂交时,本发明的低聚物包含不超过3个失配。在其它实施方案中,当与标靶序列杂交时,所述连续核苷酸序列包含不超过2个失配。在其它实施方案中,当与标靶序列杂交时,所述连续核苷酸序列包含不超过1个失配。在一些实施方案中,所述标靶序列为SEQ ID NO:1的核苷酸134,947-138,940内的区域。在一些实施方案中,当与标靶序列(SEQ ID NO:1的核苷酸134,947-138,940内的区域)杂交时,所述连续核苷酸序列包含不超过单个失配。在一些实施方案中,所述标靶序列为SEQ ID NO:1的核苷酸135,050-138,940内的区域。在一些实施方案中,当与标靶序列(SEQ ID NO:1的核苷酸
135,050-138,940内的区域)杂交时,所述连续核苷酸序列包含不超过单个失配。在一些实施方案中,所述标靶序列为SEQ ID NO:1的核苷酸72,802-73,072内的区域。在一些实施方案中,当与标靶序列(SEQ ID NO:1的核苷酸72,802-73,072内的区域)杂交时,所述连续核苷酸序列包含不超过单个失配。
[0247] 在一些实施方案中,区域或互补序列内的区域可由11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、或29个连续核苷酸组成,诸如由12-22个,诸如14-21个核苷酸组成。适宜地,在一些实施方案中,所述区域具有与本发明低聚物的连续核苷酸序列相同的长度。
[0248] 在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:4至953,956至958,和960中任一个的核苷酸序列,或所述序列内的区域。
[0249] 在其它实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:804至900中任一个的核苷酸序列,或所述序列内的区域。在其它实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:936至953,956至958,和960中任一个的核苷酸序列,或所述序列内的区域。
[0250] 然而,已经认识到,在一些实施方案中,所述低聚物的核苷酸序列可包含与标靶序列不互补的额外的5’或3’核苷酸,诸如独立的1、2、3、4或5个5’和/或3’额外的核苷酸。在该方面,本发明的低聚物在一些实施方案中可包含在5’和/或3’侧接额外的核苷酸的连续核苷酸序列。在一些实施方案中,额外的5’和/或3’核苷酸是天然存在的核苷酸,诸如DNA或RNA。
[0251] 在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:677的核苷酸序列(例如ASO-000757)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据
SEQ ID NO:679的核苷酸序列(例如ASO-001928)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:715的核苷酸序列(例如ASO-001962)或其区域。在一些
实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:681的核苷酸序列(例如ASO-
001921)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:644的核苷酸序列(例如ASO-000756)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物
包含根据SEQ ID NO:647的核苷酸序列(例如ASO-001948)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:593的核苷酸序列(例如ASO-001941)或其区
域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:716的核苷酸序列
(例如ASO-001956)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ 
ID NO:474的核苷酸序列(例如ASO-001919)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:683的核苷酸序列(例如ASO-001942)或其区域。在一些实施
方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:587的核苷酸序列(例如ASO-
000755)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:685的核苷酸序列(例如ASO-001935)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物
包含根据SEQ ID NO:472的核苷酸序列(例如ASO-001940)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:646的核苷酸序列(例如ASO-001955)或其区
域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:680的核苷酸序列
(例如ASO-001968)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ 
ID NO:201的核苷酸序列(例如ASO-000662)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:473的核苷酸序列(例如ASO-001933)或其区域。在一些实施
方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:645的核苷酸序列(例如ASO-
001967)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:532的核苷酸序列(例如ASO-001954)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物
包含根据SEQ ID NO:538的核苷酸序列(例如ASO-001960)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:535的核苷酸序列(例如ASO-001966)或其区
域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:650的核苷酸序列
(例如ASO-001961)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ 
ID NO:533的核苷酸序列(例如ASO-001947)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:590的核苷酸序列(例如ASO-001920)或其区域。在一些实施
方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:7的核苷酸序列(例如ASO-000829)
或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:740的核苷酸序列(例如ASO-002007)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据
SEQ ID NO:714的核苷酸序列(例如ASO-002012)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:487的核苷酸序列(例如ASO-002038)或其区域。
[0252] 在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:153的核苷酸序列(例如ASO-000540)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据
SEQ ID NO:686的核苷酸序列(例如ASO-000013)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:471的核苷酸序列(例如ASO-000753)或其区域。在一些
实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:223的核苷酸序列(例如ASO-
000642)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:688的核苷酸序列(例如ASO-000762)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物
包含根据SEQ ID NO:53的核苷酸序列(例如ASO-000389)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:154的核苷酸序列(例如ASO-000555)或其区
域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:202的核苷酸序列
(例如ASO-000566)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ 
ID NO:595的核苷酸序列(例如ASO-001934)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:655的核苷酸序列(例如ASO-000761)或其区域。在一些实施
方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:482的核苷酸序列(例如ASO-
001926)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:485的核苷酸序列(例如ASO-000758)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物
包含根据SEQ ID NO:589的核苷酸序列(例如ASO-000760)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:370的核苷酸序列(例如ASO-000635)或其区
域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:548的核苷酸序列
(例如ASO-000759)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ 
ID NO:250的核苷酸序列(例如ASO-000388)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:251的核苷酸序列(例如ASO-000390)或其区域。在一些实施
方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:258的核苷酸序列(例如ASO-
000394)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:256的核苷酸序列(例如ASO-000396)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物
包含根据SEQ ID NO:51的核苷酸序列(例如ASO-000411)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:69的核苷酸序列(例如ASO-000435)或其区域。
在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:71的核苷酸序列(例如
ASO-000442)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:
255的核苷酸序列(例如ASO-000447)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:84的核苷酸序列(例如ASO-000449)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:262的核苷酸序列(例如ASO-000451)或其区
域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:365的核苷酸序列
(例如ASO-000468)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ 
ID NO:285的核苷酸序列(例如ASO-000478)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:392的核苷酸序列(例如ASO-000527)或其区域。在一些实施
方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:417的核苷酸序列(例如ASO-
000543)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:76的核苷酸序列(例如ASO-000558)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包
含根据SEQ ID NO:74的核苷酸序列(例如ASO-000581)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:390的核苷酸序列(例如ASO-000614)或其区域。
在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:28的核苷酸序列(例如
ASO-000830)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:
46的核苷酸序列(例如ASO-001778)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚
物包含根据SEQ ID NO:43的核苷酸序列(例如ASO-001779)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:49的核苷酸序列(例如ASO-001780)或其区
域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:52的核苷酸序列(例如ASO-001781)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID 
NO:67的核苷酸序列(例如ASO-001782)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:56的核苷酸序列(例如ASO-001925,或其区域。在一些实施方案
中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:60的核苷酸序列(例如ASO-001953)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:698的核苷酸序列(例如ASO-214296)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ 
ID NO:773的核苷酸序列(例如ASO-000118)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:782的核苷酸序列(例如ASO-000125)或其区域。在
[0253] 在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:807的核苷酸序列(例如ASO-000461)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据
SEQ ID NO:824的核苷酸序列(例如ASO-001783)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:825的核苷酸序列(例如ASO-001784)或其区域。在一些
实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:811的核苷酸序列(例如ASO-
000520)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含根据SEQ ID NO:818的核苷酸序列(例如ASO-000774)或其区域。在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物
包含根据SEQ ID NO:817的核苷酸序列(例如ASO-000773)或其区域。
[0254] 在一些实施方案中,本发明的低聚物具有大于或等于0.2的序列评分,其中所述序列评分由式I计算:
[0255]
[0256] 在其它实施方案中,本发明的低聚物具有大于或等于0.2的序列评分,其中所述序列评分由式IA计算:
[0257]
[0258] 在这些实施方案中,大于或等于截止值的序列评分对应于低聚物神经毒性的降低。
[0259] 在一些实施方案中,本发明的低聚物具有大于或等于约0.1、0.2、0.25、0.3、0.35、0.4、0.45、0.5、0.55、0.6、0.65、0.7、0.75、0.8、0.85、0.9、0.95或1.0的序列评分。在一个实施方案中,本发明的低聚物包含与MAPT转录物的非编码区域杂交的连续核苷酸序列,其中
所述低聚物的序列评分大于或等于约0.1、0.2、0.25、0.3、0.35、0.4、0.45、0.5、0.55、0.6、
0.65、0.7、0.75、0.8、0.85、0.9、0.95或1.0。在另一个实施方案中,本发明的低聚物包含与MAPT转录物的3’UTR杂交的连续核苷酸序列,其中所述低聚物的序列评分大于或等于约
0.1、0.2、0.25、0.3、0.35、0.4、0.45、0.5、0.55、0.6、0.65、0.7、0.75、0.8、0.85、0.9、0.95或
1.0。在另一个实施方案中,本发明的低聚物包含与MAPT转录物的5’UTR杂交的连续核苷酸序列,其中所述低聚物的序列评分大于或等于约0.1、0.2、0.25、0.3、0.35、0.4、0.45、0.5、
0.55、0.6、0.65、0.7、0.75、0.8、0.85、0.9、0.95或1.0。在另一个实施方案中,本发明的低聚物包含与MAPT转录物的外显子2杂交的连续核苷酸序列,其中所述低聚物的序列评分大于
或等于约0.1、0.2、0.25、0.3、0.35、0.4、0.45、0.5、0.55、0.6、0.65、0.7、0.75、0.8、0.85、
0.9、0.95或1.0。在所有这些实施方案中,当序列评分大于或等于截止值时,认为所述低聚物具有降低的神经毒性。
[0260] II.C.低聚物长度
[0261] 所述低聚物可包含长度共计10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、或
50个连续核苷酸的连续核苷酸序列。
[0262] 在一些实施方案中,所述低聚物包含长度共计约10-22,如10-21或12-18,诸如13-17或12-16,诸如13、14、15、16、17、18、19、20、或21个连续核苷酸的连续核苷酸序列。
[0263] 在一些实施方案中,所述低聚物包含长度共计10、11、12、13、或14个连续核苷酸的连续核苷酸序列。
[0264] 在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含不超过22个核苷酸,诸如不超过21或20个核苷酸,诸如不超过18个核苷酸,诸如15、16或17个核苷酸。在一些实施方案中,本发明的低聚物包含小于22个核苷酸。应当理解,当给定低聚物或连续核苷酸序列长度的
范围时,所述范围包括范围中所提供的下限和上限长度,例如10-50(或介于其间),包括10和50。
[0265] II.D.核苷和核苷类似物
[0266] 在本发明的一个方面,所述低聚物包含一个或更多个非天然存在的核苷酸类似物。如本文所用,“核苷酸类似物”是通过糖和/或碱基部分改性的天然核苷酸变体,如DNA或RNA核苷酸。在寡核苷酸情况下,类似物原则上可仅为“沉默”或“等价”于天然核苷酸,即对寡核苷酸抑制标靶基因表达的作用方式没有功能上的影响。如果例如它们更容易或更便宜
地制造,或在保存或制备条件下更稳定,或表现标签或标记,则此类“等价”类似物可仍然是有用的。然而,在一些实施方案中,类似物将对低聚物抑制表达的作用方式具有功能性影
响;例如,通过产生提高的对标靶区域的亲和力,和/或提高的对细胞内核酸酶的耐受性,和/或更易于转运到细胞中。核苷类似物的具体示例描述于例如Freier&Altmann;
Nucl.Acid Res.,1997,25,4429-4443和Uhlmann;Curr.Opinion in Drug Development,
2000,3(2),293-213以及方案1中:
[0267]
[0268] 在一个实施方案中,所述低聚物包含至少一个、至少两个、至少三个、至少四个、至少五个、至少六个、至少七个、至少八个、至少九个、或至少十个核苷酸类似物。在另一个实施方案中,所述低聚物包含四个、六个、八个或十个核苷酸类似物。
[0269] 核苷酸类似物的示例包括但不限于锁核酸(LNA);2’-O-烷基-RNA;2′-氨基-DNA;2′-氟-DNA;阿拉伯糖核酸(ANA);2’-氟-ANA、己糖醇核酸(HNA)、嵌入核酸(INA)、受限乙基核苷(cEt)、2’-O-甲基核酸(2’-OMe)、2’-O-甲氧基乙基核酸(2’-MOE)、或它们的任何组合。
[0270] “己糖醇核酸”或“HNA”由具有位于2-[S]-位置的核苷碱基的磷酸化2,3-二脱氧-D-阿拉伯糖基-己糖醇单元组成。
[0271] “cEt”或“受限乙基”是指具有包含连接4’-碳和2’-碳的桥的糖部分的二环核苷,其中所述桥具有式:4’-CH(CH3)-0-2’。
[0272] “2’-O-甲氧基乙基”(也为2’-MOE和2’-O(CH2)2-OCH3以及MOE)是指呋喃糖基环的2’位置处的O-甲氧基-乙基改性。2’-O-甲氧基乙基改性糖为改性糖。
[0273] 如本文所用,“2’-F”是指呋喃糖基糖环2’位置的改性,以包含氟基团。
[0274] 如本文所用,“2’-OMe”或“2’-OCH3”或“2’-O-甲基”各自是指呋喃糖基糖环的2’位置处包含-OCH3基团的改性。
[0275] 因此,所述低聚物可包含简单序列的天然存在的核苷酸-例如2’-脱氧核苷酸(本文一般称为“DNA”),但也可能是核糖核苷酸(本文一般称为“RNA”),或此类天然存在的核苷酸和一种或多种非天然存在的核苷酸即核苷酸类似物的组合。此类核苷酸类似物可适宜增
强低聚物对标靶序列的亲和力。
[0276] 适宜核苷酸类似物的示例由WO2007/031091提供或在其中提及,将所述文献全文以引用方式并入。
[0277] 在低聚物中掺入增强亲和性的核苷酸类似物如LNA或2’-取代糖,可允许减小特异性结合低聚物的大小,并且也可将上限降低至非特异性或异常结合发生之前的低聚物大
小。
[0278] 在一些实施方案中,所述低聚物包含至少一个LNA。LNA化合物的其它详情公开于本文别处。在一些实施方案中,所述低聚物包含至少2个LNA。在一些实施方案中,所述低聚物包含3-10个LNA,例如6或7个LNA,例如至少3或至少4,或至少5,或至少6,或至少7,或8个LNA。在一些实施方案中,所有核苷酸类似物可为LNA。
[0279] 在一个具体的实施方案中,本发明的低聚物包含二环糖。二环糖的非限制性示例包括cEt、2’,4’-受限2′-O-甲氧基乙基(cMOE)、LNA、α-LNA、β-LNA、2’-O,4’-C-亚乙基-桥联核酸(ENA)、氨基-LNA、氧基-LNA、或硫代-LNA。
[0280] 术语“硫代-LNA”包括锁核苷酸,其中下文通式III中的Y选自S或-CH2-S-。硫代-LNA可为β-D和α-L-构型。
[0281] 术语“氨基-LNA”包括锁核苷酸,其中下文通式III中的Y选自-N(H)-、N(R)-、CH2-N(H)-、和-CH2-N(R)-,其中R选自氢和C1-4-烷基。氨基-LNA可为β-D和α-L-构型。
[0282] 术语“氧基-LNA”包括锁核苷酸,其中下文通式III中的Y代表-O-。氧基-LNA可为β-D和α-L-构型。
[0283] 术语“ENA”包括锁核苷酸,其中下文通式III中的Y为-CH2-O-(其中-CH2-O-的氧原e子连接至相对于碱基B的2’-位)。R为氢或甲基。
[0284] 在一些示例性实施方案中,LNA选自β-D-氧基-LNA、α-L-氧基-LNA、β-D-氨基-LNA和β-D-硫代-LNA,尤其是β-D-氧基-LNA。
[0285] 应当理解,当涉及仅由核苷酸组成的核苷酸序列基序或核苷酸序列时,由该序列限定的本发明低聚物可包含替代所述序列中存在的一个或多个核苷酸的对应核苷酸类似
物,诸如LNA单元或其它核苷酸类似物,包括cEt、cMOE、α-LNA、β-LNA、ENA、氨基-LNA、氧基-LNA、硫代-LNA,其提高低聚物/标靶双螺旋体的双螺旋体稳定性/Tm(即亲和性增强的核苷
酸类似物)。
[0286] 在一些实施方案中,在亲和性增强的核苷酸类似物之外的区域,诸如本文中所提及的区域B和/或本文中所提及的区域D,和/或寡核苷酸中未改性核苷酸诸如DNA核苷酸的
位点处,和/或在连续核苷酸序列的5’或3’区域内,发现低聚物核苷酸序列与标靶序列之间的任何失配。
[0287] 此类核苷酸改性的示例包括将所述糖部分改性,以提供2’-取代基或产生桥接(锁核酸)结构,其增强结合亲和性,并且还可提供增强的核酸酶抗性。
[0288] 在一个实施方案中,核苷酸类似物为氧基-LNA(如β-D-氧基-LNA和α-L-氧基-LNA),和/或氨基-LNA(如β-D-氨基-LNA和α-L-氨基-LNA)和/或硫代-LNA(如β-D-硫代-LNA和α-L-硫代-LNA)和/或ENA(如β-D-ENA和α-L-ENA)。在一个具体实施方案中,核苷酸类似物为β-D-氧基-LNA。
[0289] 在一些实施方案中,存在于本发明低聚物中(如本文提及的区域A和C中)的核苷酸类似物独立地选自例如:2’-O-烷基-RNA单元、2’-氨基-DNA单元、2’-氟-DNA单元、LNA单元、阿拉伯糖核酸(ANA)单元、2’-氟-ANA单元、HNA单元、INA(嵌入核酸-Christensen,
2002.Nucl.Acids.Res.2002 30:4918-4925,由此以引用方式并入)单元和2′-MOE单元。在一些实施方案中,上述类型的核苷酸类似物中仅有一种存在于本发明低聚物或其连续核苷
酸序列中。
[0290] 在一些实施方案中,所述核苷酸类似物为2’-O-甲氧基乙基-RNA(2’-MOE)、2’-氟-DNA单体、LNA核苷酸类似物、cEt、cMOE、α-LNA、β-LNA、ENA、氨基-LNA、氧基-LNA、或硫代-LNA单元,因此本发明寡核苷酸可包含独立地选自这些类型类似物的核苷酸类似物,或可包含选自上文那些的仅一种类型的类似物。在一些实施方案中,至少一个核苷酸类似物为2’-
MOE-RNA,诸如2、3、4、5、6、7、8、9或10个2’-MOE-RNA核苷酸单元。在一些实施方案中,至少一个核苷酸类似物为2’-氟DNA,如2、3、4、5、6、7、8、9或10个2’-氟-DNA核苷酸单元。
[0291] 在一些实施方案中,根据本发明所述的低聚物包含至少一个锁核酸(LNA)单元,诸如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个LNA单元,诸如3-7或4-8个LNA单元,或3、4、5、6、7或8个LNA单元。在一些实施方案中,所有核苷酸类似物为LNA。在一些实施方案中,所述低聚物可包含β-D-氧基-LNA以及一种或多种以下LNA单元:β-D或α-L构型的硫代-LNA、氨基-LNA、氧基-LNA和/或ENA,或它们的组合。在一些实施方案中,所有LNA胞嘧啶单元为5’-甲基胞嘧啶。在本发明的一些实施方案中,所述低聚物可包含LNA和DNA单元。在一些实施方案中,LNA和DNA单元的总和为10-50、10-30,如10-25,例如10-22,如10-21。在本发明的一些实施方案中,所述低聚物的核苷酸序列,诸如由至少一个LNA和其余核苷酸单元组成的连续核苷酸序列,为
DNA单元。在一些实施方案中,所述低聚物仅包含LNA核苷酸类似物和天然存在的核苷酸(如RNA或DNA,例如DNA核苷酸),任选地具有改性的核苷酸间键如诸如硫代磷酸酯。
[0292] 术语“核苷碱基”是指核苷酸的碱基,并且涵盖天然存在的以及非天然存在的变体。因此,“核苷碱基”不仅涵盖已知的嘌呤和嘧啶杂环,而且涵盖它们的杂环类似物和互变异构体。
[0293] 核苷碱基的示例包括但不限于腺嘌呤、嘌呤、胞嘧啶、胸腺嘧啶核苷、尿嘧啶、黄嘌呤、次黄嘌呤、5-甲基胞嘧啶、异胞嘧啶、假异胞嘧啶、5-溴尿嘧啶、5-丙炔基尿嘧啶、6-氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、肌苷、二氨基嘌呤、和2-氯-6-氨基嘌呤。
[0294] 在一些实施方案中,存在于低聚物中的至少一个核苷碱基为改性核苷碱基,其选自5-甲基胞嘧啶、异胞嘧啶、假异胞嘧啶、5-溴尿嘧啶、5-丙炔基尿嘧啶、6-氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、肌苷、二氨基嘌呤、和2-氯-6-氨基嘌呤。
[0295] 在一些实施方案中,本发明包括包含核苷酸类似物的低聚物。在一些实施方案中,所述核苷酸类似物包含改性核苷碱基,诸如5-甲基胞嘧啶。在其它实施方案中,所述核苷酸类似物包含改性核苷碱基,诸如5-甲基胞嘧啶、异胞嘧啶、假异胞嘧啶、5-溴尿嘧啶、5-丙炔基尿嘧啶、6-氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、肌苷、二氨基嘌呤、和2-氯-6-氨基嘌呤。在一些实施方案中,所述低聚物具有图2或图16B中公开的化学结构。
[0296] II.E.LNA
[0297] 术语“LNA”是指称为“锁核酸”的二环核苷类似物。它可称为LNA单体,或当用于“LNA寡核苷酸”情况时,LNA是指包含一个或多个此类二环核苷酸类似物的寡核苷酸。LNA核苷酸的特征在于,在核糖糖环的C2’和C4’之间存在连接基团(诸如桥基)-例如如下文所述的双基R4*-R2*所示。
[0298] 在一些实施方案中,用于本发明寡核苷酸化合物中的LNA具有通式V的结构:
[0299]
[0300] 其中对于所有手性中心,不对称基团可呈R或S取向;
[0301] 其中X选自-O-、-S-、-N(RN*)-、-C(R6R6*)-,诸如在一些实施方案中为-O-;
[0302] B选自氢、任选取代的C1-4-烷氧基、任选取代的C1-4-烷基、任选取代的C1-4-酰氧基、核苷碱基(包含天然存在的)和核苷碱基类似物、DNA嵌入剂、光化学活性基团、热化学活性基团、螯合基团、报告基因基团和配体;在一些实施方案中,B为核苷碱基或核苷碱基类似物;
[0303] P指定为与邻近单体的核苷酸间键或5’-末端基团,此类核苷酸间键或5’-末端基团任选包括取代基R5或同样适用的取代基R5*;
[0304] P*指定为与邻近单体的核苷酸间键或3’-末端基团;
[0305] R4*和R2*合起来指定为由1-4个基团/原子组成的二价连接基团,所述连接基团选自-C(RaRb)-、-C(Ra)=C(Rb)-、-C(Ra)=N-、-O-、-Si(Ra)2-、-S-、-SO2-、-N(Ra)-、和>C=Z,其中Z选自-O-、-S-和-N(Ra)-,并且Ra和Rb各自独立地选自氢、任选取代的C1-12-烷基、任选取代的C2-12-链烯基、任选取代的C2-12-炔基、羟基、任选取代的C1-12-烷氧基、C2-
12-烷氧基烷基、C2-12-链烯氧基、羧基、C1-12-烷氧基羰基、C1-12-烷基羰基、甲酰基、芳基、芳基-氧基-羰基、芳氧基、芳基羰基、杂芳基、杂芳基氧基-羰基、杂芳氧基、杂芳基羰基、氨基、一-和二(C1-6-烷基)氨基、氨基甲酰基、一-和二(C1-6-烷基)-氨基-羰基、氨基-C1-
6-烷基-氨基羰基、一-和二(C1-6-烷基)氨基-C1-6-烷基-氨基羰基、C1-6-烷基-羰基氨基、脲基、C1-6-烷酰基氧基、砜基、C1-6-烷基磺酰氧基、硝基、叠氮基、硫烷基、C1-6-烷硫基、卤素、DNA嵌入剂、光化学活性基团、热化学活性基团、螯合基团、报告基因基团和配体,其中芳基和杂芳基可任选被取代,并且其中两个孪型取代基Ra和Rb合在一起可指定任选取代的亚
甲基(=CH2),其中对于所有手性中心,可发现不对称基团呈R或S取向,不对称基团可呈R或S取向,并且;
[0306] 存在的取代基R1*、R2、R3、R5、R5*、R6和R6*各自独立地选自氢、任选取代的C1-12-烷基、任选取代的C2-12-链烯基、任选取代的C2-12-炔基、羟基、C1-12-烷氧基、C2-12-烷氧基烷基、C2-12-链烯氧基、羧基、C1-12-烷氧基羰基、C1-12-烷基羰基、甲酰基、芳基、芳基-氧基-羰基、芳氧基、芳基羰基、杂芳基、杂芳基氧基-羰基、杂芳氧基、杂芳基羰基、氨基、一-和二(C1-6-烷基)氨基、氨基甲酰基、一-和二(C1-6-烷基)-氨基-羰基、氨基-C1-6-烷基-氨基羰基、一-和二(C1-6-烷基)氨基-C1-6-烷基-氨基羰基、C1-6-烷基-羰基氨基、脲基、C1-6-烷酰基氧基、砜基、C1-6-烷基磺酰氧基、硝基、叠氮基、硫烷基、C1-6-烷硫基、卤素、DNA嵌入剂、光化学活性基团、热化学活性基团、螯合基团、报告基因基团和配体,其中芳基和杂芳基可任选被取代,并且其中两个孪型取代基合在一起可指定氧代基、硫代基、亚胺基或任选取代的亚甲基;其中RN选自氢和C1-4-烷基,并且其中两个邻近(非孪型)取代基可指定产生双键的另外键;并且当存在且不参与双基时,RN*选自氢和C1-4-烷基;以及它们的碱性盐和酸加成盐。对于所有手性中心,不对称基团可呈R或S取向。
[0307] 在一些实施方案中,R4*和R2*合在一起指定由选自以下的基团组成的双基:C(RaRb)-C(RaRb)-、C(RaRb)-O-、C(RaRb)-NRa-、C(RaRb)-S-、和C(RaRb)-C(RaRb)-O-,其中Ra和Rb各自可任选独立地选择。在一些实施方案中,Ra和Rb可任选独立地选自氢和C1-6烷
基诸如甲基,诸如氢。
[0308] 在一些实施方案中,R4*和R2*合在一起指定R-或S-构型的双基-O-CH(CH2OCH3)-(2’O-甲氧基乙基二环核酸-Seth等人,2010,J.Org.Chem)。在一些实施方案中,R4*和R2*合在一起指定R-或S-构型的双基-O-CH(CH2CH3)-(2’O-乙基二环核酸-Seth等人,2010,J.Org.Chem)。
[0309] 在一些实施方案中,R4*和R2*合在一起指定R-或S-构型的双基-O-CH(CH3)-。在一些实施方案中,R4*和R2*合在一起指定双基-O-CH2-O-CH2--(Seth等人,2010,J.Org.Chem)。
[0310] 在一些实施方案中,R4*和R2*合在一起指定双基-O-NR-CH3--(Seth等人,2010,J.Org.Chem)。
[0311] 在一些实施方案中,LNA单元具有选自以下基团的结构:
[0312]
[0313] 其中cEt LNA单元中CH3-取代基的取向可独立地为R或S,并且其中cMOE LNA单元中MeOCH2-取代基的取向可独立地为R或S,并且其中5’-Me-LNA单元中CH3-取代基的取向可独立地为R或S。
[0314] 在一些实施方案中,R1*、R2、R3、R5、R5*独立地选自氢、卤素、C1-6烷基、取代的C1-6烷基、C2-6链烯基、取代的C2-6链烯基、C2-6炔基或取代的C2-6炔基、C1-6烷氧基、取代的C1-6烷氧基、酰基、取代的酰基、C1-6氨基烷基或取代的C1-6氨基烷基。对于所有手性中心,不对称基团可呈R或S取向。
[0315] 在一些实施方案中,R1*、R2、R3、R5、R5*为氢。
[0316] 在一些实施方案中,R1*、R2、R3独立地选自氢、卤素、C1-6烷基、取代的C1-6烷基、C2-6链烯基、取代的C2-6链烯基、C2-6炔基或取代的C2-6炔基、C1-6烷氧基、取代的C1-6烷氧基、酰基、取代的酰基、C1-6氨基烷基或取代的C1-6氨基烷基。对于所有手性中心,不对称基团可呈R或S取向。
[0317] 在一些实施方案中,R1*、R2、R3为氢。
[0318] 在一些实施方案中,R5和R5*各自独立地选自H、-CH3、-CH2-CH3、-CH2-O-CH3、和-CH=5 5* 5 5*
CH2。适宜地,在一些实施方案中,R 或R 为氢,而其它基团(分别为R 或R )选自C1-5烷基、C2-6链烯基、C2-6炔基、取代的C1-6烷基、取代的C2-6链烯基、取代的C2-6炔基或取代的酰基(-C(=O)-);其中每个取代基团被取代基单取代或多取代,所述取代基独立地选自卤素、C1-6烷基、取代的C1-6烷基、C2-6链烯基、取代的C2-6链烯基、C2-6炔基、取代的C2-6炔基、OJ1、SJ1、NJ1J2、N3、COOJ1、CN、O-C(=O)NJ1J2、N(H)C(=NH)NJ、J2或N(H)C(=X)N(H)J2,其中X为O或S;
并且J1和J2各自独立地为H、C1-6烷基、取代的C1-6烷基、C2-6链烯基、取代的C2-6链烯基、C2-6炔基、取代的C2-6炔基、C1-6氨基烷基、取代的C1-6氨基烷基或保护基团。在一些实施方案中,R5或R5*为取代的C1-6烷基。在一些实施方案中,R5或R5*为取代的亚甲基,其中优选的取代基包括独立地选自以下的一种或多种:F、NJ1J2、N3、CN、OJ1、SJ1、O-C(=O)NJ1J2、N(H)C(=NH)NJ、J2或N(H)C(O)N(H)J2。在一些实施方案中,J1和J2各自独立地为H或C1-6烷基。在一些实施方案中,R5或R5*为甲基、乙基或甲氧基甲基。在一些实施方案中,R5或R5*为甲基。在另一个实施方案中,R5或R5*为亚乙基。在一些实施方案中,R5或R5*为取代的酰基。在一些实施方案中,R5或R5*为C(=O)NJ1J2。对于所有手性中心,不对称基团可呈R或S取向。此类5’改性的二环核苷酸公开于WO 2007/134181中,将所述文献全文以引用方式并入本文。
[0319] 在一些实施方案中,B为核苷碱基,包括核苷碱基类似物和天然存在的核苷碱基,诸如嘌呤或嘧啶,或取代的嘌呤或取代的嘧啶,如本文提及的核苷碱基,诸如选自以下的核苷碱基:腺嘌呤、胞嘧啶、胸腺嘧啶、腺嘌呤、尿嘧啶,和/或改性或取代的核苷碱基诸如5-噻唑并-尿嘧啶、2-硫代-尿嘧啶、5-丙炔基-尿嘧啶、2’-硫代-胸腺嘧啶、5-甲基胞嘧啶、5-噻唑并-胞嘧啶、5-丙炔基-胞嘧啶、和2,6-二氨基嘌呤。
[0320] 在一些实施方案中,R4*和R2*合在一起指定双基,所述双基选自-C(RaRb)-O-、-C(RaRb)-C(RcRd)-O-、-C(RaRb)-C(RcRd)-C(ReRf)-O-、-C(RaRb)-O-C(RcRd)-、-C(RaRb)-O-C(RcRd)-O-、-C(RaRb)-C(RcRd)-、-C(RaRb)-C(RcRd)-C(ReRf)-、-C(Ra)=C(Rb)-C(RcRd)-、-C(RaRb)-N(Rc)-、-C(RaRb)-C(RcRd)-N(Re)-、-C(RaRb)-N(Rc)-O-、和-C(RaRb)-S-、-C(RaRb)-C(RcRd)-S-,其中Ra、Rb、Rc、Rd、Re、和Rf各自独立地选自氢、任选取代的C1-12-烷基、任选取代的C2-12-链烯基、任选取代的C2-12-炔基、羟基、C1-12-烷氧基、C2-12-烷氧基烷基、C2-12-链烯氧基、羧基、C1-12-烷氧基羰基、C1-12-烷基羰基、甲酰基、芳基、芳基-氧基-羰基、芳氧基、芳基羰基、杂芳基、杂芳基氧基-羰基、杂芳氧基、杂芳基羰基、氨基、一-和二(C1-6-烷基)氨基、氨基甲酰基、一-和二(C1-6-烷基)-氨基-羰基、氨基-C1-6-烷基-氨基羰基、一-和二(C1-6-烷基)氨基-C1-6-烷基-氨基羰基、C1-6-烷基-羰基氨基、脲基、C1-6-烷酰基氧基、砜基、C1-6-烷基磺酰氧基、硝基、叠氮基、硫烷基、C1-6-烷硫基、卤素、DNA嵌入剂、光化学活性基团、热化学活性基团、螯合基团、报告基因基团和配体,其中芳基和杂芳基可任选地为取代的,并且其中两个孪型取代基Ra和Rb可合在一起指定任选取代的亚甲基(=CH2)。对于所有手性中心,不对称基团可呈R或S取向。
[0321] 在另一个实施方案中,R4*和R2*合在一起指定双基(二价基团),所述双基选自-CH2-O-、-CH2-S-、-CH2-NH-、-CH2-N(CH3)-、-CH2-CH2-O-、-CH2-CH(CH3)-、-CH2-CH2-S-、-CH2-CH2-NH-、-CH2-CH2-CH2-、-CH2-CH2-CH2-O-、-CH2-CH2-CH(CH3)-、-CH=CH-CH2-、-CH2-O-CH2-O-、-CH2-NH-O-、-CH2-N(CH3)-O-、-CH2-O-CH2-、-CH(CH3)-O-、和-CH(CH2-O-CH3)-O-、和/或-CH2-CH2-、和-CH=CH-。对于所有手性中心,不对称基团可呈R或S取向。
[0322] 在一些实施方案中,R4*和R2*合在一起指定双基C(RaRb)-N(Rc)-O-,其中Ra和Rb独立地选自氢、卤素、C1-6烷基、取代的C1-6烷基、C2-6链烯基、取代的C2-6链烯基、C2-6炔基或取代的C2-6炔基、C1-6烷氧基、取代的C1-6烷氧基、酰基、取代的酰基、C1-6氨基烷基或取代的C1-6氨基烷基,诸如氢,并且;其中Rc选自氢、卤素、C1-6烷基、取代的C1-6烷基、C2-6链烯基、取代的C2-6链烯基、C2-6炔基或取代的C2-6炔基、C1-6烷氧基、取代的C1-6烷氧基、酰基、取代的酰基、C1-6氨基烷基或取代的C1-6氨基烷基,诸如氢。
[0323] 在一些实施方案中,R4*和R2*合在一起指定双基C(RaRb)-O-C(RcRd)-O-,其中Ra、Rb、Rc、和Rd独立地选自氢、卤素、C1-6烷基、取代的C1-6烷基、C2-6链烯基、取代的C2-6链烯基、C2-6炔基或取代的C2-6炔基、C1-6烷氧基、取代的C1-6烷氧基、酰基、取代的酰基、C1-6氨基烷基或取代的C1-6氨基烷基,诸如氢。
[0324] 在一些实施方案中,R4*和R2*形成双基-CH(Z)-O-,其中Z选自C1-6烷基、C2-6链烯基、C2-6炔基、取代的C1-6烷基、取代的C2-6链烯基、取代的C2-6炔基、酰基、取代的酰基、取代的酰胺、硫醇或取代的硫醇;并且其中每个取代的基团独立地被任选保护的取代基单取代或多取代,所述任选保护的取代基独立地选自卤素、氧代基、羟基、OJ1、NJ1J2、SJ1、N3、OC(=X)J1、OC(=X)NJ1J2、NJ3C(=X)NJ1J2和CN,其中J1、J2和J3各自独立地为H或C1-6烷基,并且X为O、S或NJ1。在一些实施方案中,Z为C1-6烷基或取代的C1-6烷基。在一些实施方案中,Z为甲基。在一些实施方案中,Z为取代的C1-6烷基。在一些实施方案中,所述取代基为C1-6烷氧基。在一些实施方案中,Z为CH3OCH2-。对于所有手性中心,不对称基团可呈R或S取向。此类二环核苷酸公开于US 7,399,845中,由此将所述文献全文以引用方式并入本文。在一些实施方案中,R1*、R2、R3、R5、R5*为氢。在一些实施方案中,R1*、R2、R3*为氢,并且R5、R5*中的一者或二者可不为氢,如上文和WO 2007/134181中所提及的,将所述文献全文以引用方式并入本文。
[0325] 在一些实施方案中,R4*和R2*合在一起指定双基,所述双基在桥中包含取代的氨基,诸如由双基-CH2-N(Rc)-组成或包含双基-CH2-N(Rc)-,其中Rc为C1-12烷氧基。在一些实施方案中,R4*和R2*合在一起指定双基-Cq3q4-NOR-,其中q3和q4独立地选自氢、卤素、C1-6烷基、取代的C1-6烷基、C2-6链烯基、取代的C2-6链烯基、C2-6炔基或取代的C2-6炔基、C1-6烷氧基、取代的C1-6烷氧基、酰基、取代的酰基、C1-6氨基烷基或取代的C1-6氨基烷基;其中每个取代基团独立被取代基单取代或多取代,所述取代基独立地选自卤素、OJ1、SJ1、NJ1J2、COOJ1、CN、O-C(=O)NJ1J2、N(H)C(=NH)N J1J2或N(H)C(=X=N(H)J2,其中X为O或S;并且J1和J2各自独立地为H、C1-6烷基、C2-6链烯基、C2-6炔基、C1-6氨基烷基或保护基团。对于所有手性中心,不对称基团可呈R或S取向。此类二环核苷酸公开于WO2008/150729中,由此将所述文献全文以引用方式并入本文。在一些实施方案中,R1*、R2、R3、R5、R5*独立地选自氢、卤素、C1-6烷基、取代的C1-6烷基、C2-6链烯基、取代的C2-6链烯基、C2-6炔基或取代的C2-6炔基、C1-6烷氧基、取代的C1-6烷氧基、酰基、取代的酰基、C1-6氨基烷基或取代的C1-6氨基烷基。在一些实施方案中,R1*、R2、R3、R5、R5*为氢。在一些实施方案中,R1*、R2、R3为氢,并且R5、R5*中的一者或二者可不为氢,如上文和WO 2007/134181中所提及的。在一些实施方案中,R4*和R2*合在一起指定双基(二价基a b a b
团)C(RR )-O-,其中R 和R 各自独立地为卤素、C1-C12烷基、取代的C1-C12烷基、C2-C12链烯基、取代的C2-C12链烯基、C2-C12炔基、取代的C2-C12炔基、C1-C12烷氧基、取代的C1-C12烷氧基、OJ1SJ1、SOJ1、SO2J1、NJ1J2、N3、CN、C(=O)OJ1、C(=O)NJ1J2、C(=O)J1、O-C(=O)NJ1J2、N(H)C(=NH)NJ1J2、N(H)C(=O)NJ1J2或N(H)C(=S)NJ1J2;或Ra和Rb合在一起为=C(q3)(q4);q3和q4各自独立地为H、卤素、C1-C12烷基或取代的C1-C12烷基;每个取代基团独立地被取代基单取代或多取代,所述取代基独立地选自卤素、C1-C6烷基、取代的C1-C6烷基、C2-C6链烯基、取代的C2-C6链烯基、C2-C6炔基、取代的C2-C6炔基、OJ1、SJ1、NJ1J2、N3、CN、C(=O)OJ1、C(=O)NJ1J2、C(=O)J1、O-C(=O)NJ1J2、N(H)C(=O)NJ1J2或N(H)C(=S)NJ1J2并且;J1和J2各自独立地为H、C1-C6烷基、取代的C1-C6烷基、C2-C6链烯基、取代的C2-C6链烯基、C2-C6炔基、取代的C2-C6炔基、C1-C6氨基烷基、取代的C1-C6氨基烷基或保护基团。此类化合物公开于
WO2009006478A中,据此将所述文献全文以引用方式并入。
[0326] 在一些实施方案中,R4*和R2*形成双基-Q-,其中Q为C(q1)(q2)C(q3)(q4)、C(q1)=C(q3)、C[=C(q1)(q2)]-C(q3)(q4)或C(q1)(q2)-C[=C(q3)(q4)];q1、q2、q3、q4各自独立地为H、卤素、C1-12烷基、取代的C1-12烷基、C2-12链烯基、取代的C1-12烷氧基、OJ1、SJ1、SOJ1、SO2J1、NJ1J2、N3、CN、C(=O)OJ1、C(=O)-NJ1J2、C(=O)J1、-C(=O)NJ1J2、N(H)C(=NH)NJ1J2、N(H)C(=O)NJ1J2或N(H)C(=S)NJ1J2;J1和J2各自独立地为H、C1-6烷基、C2-6链烯基、C2-6炔基、C1-6氨基烷基或保护基团;并且任选地,其中当Q为C(q1)(q2)(q3)(q4)并且q3或q4之一为CH3时,则q31* 2 3 5 5*
或q4中另一个或q1和q2之一中的至少一个不是H。在一些实施方案中,R 、R 、R 、R、R 为氢。
对于所有手性中心,不对称基团可呈R或S取向。此类二环核苷酸公开于WO2008/154401中,由此将所述文献全文以引用方式并入本文。在一些实施方案中,R1*、R2、R3、R5、R5*独立地选自氢、卤素、C1-6烷基、取代的C1-6烷基、C2-6链烯基、取代的C2-6链烯基、C2-6炔基或取代的C2-6炔基、C1-6烷氧基、取代的C1-6烷氧基、酰基、取代的酰基、C1-6氨基烷基或取代的C1-6氨基烷基。在一些实施方案中,R1*、R2、R3、R5、R5*为氢。在一些实施方案中,R1*、R2、R3为氢,并且R5、R5*中的一者或二者可不为氢,如上文和WO 2007/134181或WO2009/067647中所提及的(α-L-二环核酸类似物)。
[0327] 其它二环核苷类似物以及它们在反义寡核苷酸中的用途公开于WO2011/115818、WO2011/085102、WO2011/017521、WO09/100320、WO10/036698、WO09/124295&WO09/006478中,将每篇文献全文以引用方式并入本文中。在一些方面,此类核苷类似物可用于本发明化合物中。
[0328] 在一些实施方案中,用于本发明寡核苷酸化合物中的LNA具有通式VI的结构:
[0329]
[0330] 其中Y选自-O-、-CH2O-、-S-、-NH-、N(Re)和/或-CH2-;Z和Z*独立地选自核苷酸间键、RH、末端基团或保护基团;B构成天然或非天然核苷酸碱基部分(核苷碱基),并且RH选自氢和C1-4-烷基;Ra、Rb、Rc、Rd和Re任选独立地选自氢、任选取代的C1-12-烷基、任选取代的C2-12-链烯基、任选取代的C2-12-炔基、羟基、C1-12-烷氧基、C2-12-烷氧基烷基、C2-12-链烯氧基、羧基、C1-12-烷氧基羰基、C1-12-烷基羰基、甲酰基、芳基、芳基-氧基-羰基、芳氧基、芳基羰基、杂芳基、杂芳基氧基-羰基、杂芳氧基、杂芳基羰基、氨基、一-和二(C1-6-烷基)氨基、氨基甲酰基、一-和二(C1-6-烷基)-氨基-羰基、氨基-C1-6-烷基-氨基羰基、一-和二(C1-6-烷基)氨基-C1-6-烷基-氨基羰基、C1-6-烷基-羰基氨基、脲基、C1-6-烷酰基氧基、砜基、C1-6-烷基磺酰氧基、硝基、叠氮基、硫烷基、C1-6-烷硫基、卤素、DNA嵌入剂、光化学活性基团、热化学活性基团、螯合基团、报告基因基团和配体,其中芳基和杂芳基可任选地为取代的,并且其中两个a b H孪型取代基R 和R 合在一起可指定任选取代的亚甲基(=CH2);并且R 选自氢和C1-4-烷基。
在一些实施方案中,Ra、Rb、Rc、Rd和Re任选独立地选自氢和C1-6烷基,诸如甲基。对于所有手性中心,不对称基团可呈R或S取向,例如,两个示例性立体化学异构体包括β-D和α-L同种型,其可如下文所示:
[0331]
[0332] 具体的示例性LNA单元示于下文中:
[0333]
[0334] 在其它实施方案中,本发明的低聚物包含具有改性糖部分的核苷酸,如图2、3、6、7、16A、16B、20A或20B中所述。
[0335] II.F.RNase募集
[0336] 已经认识到,低聚化合物可通过非RNase介导的标靶mRNA降解如通过对翻译的空间位阻或其它方法来发挥功能,然而在一个方面,本发明的低聚物能够募集内切核酸酶
(RNase)诸如RNaseH。
[0337] 在一个方面,所述低聚物或连续核苷酸序列包含具有至少7个连续核苷酸单元,诸如至少8或至少9个连续核苷酸单元(残基)的区域,在一些实施方案中,包括7、8、9、10、11、
12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23个连续核苷酸,当与互补标靶RNA形成双螺旋体时,其能够募集RNase。能够募集RNase的连续序列可为本文所述间隔物情况下提及的区域
B。在一些实施方案中,能够募集RNase的连续序列的大小可更高,诸如10、11、12、13、14、15、
16、17、18、19、20、21、22或23个核苷酸单元。
[0338] 美国专利6,617,442提供测定RNaseH活性的体外方法,所述方法可用于测定募集RNaseH的能力,将所述文献全文以引用方式并入本文中。因此,在一个实施方案中,本发明的低聚物能够募集RNaseH。在另一个实施方案中,本发明包括辨别能够利用RNaseH机制例
如募集RNaseH的低聚物的方法。
[0339] 可筛选低聚物以辨别有效募集RNaseH的那些。可通过测定低聚物与RNaseH的结合来测定低聚物募集RNaseH的能力。测定低聚物与RNaseH的结合的方法是本领域熟知的。例
如,所述低聚物可被放射标记,并且低聚物与RNaseH的结合可通过放射自显影来检测。在一些实施方案中,可制备RNaseH与谷胱甘肽-S-转移酶或小肽段标签的融合蛋白,并且固定至固相诸如小珠。然后可将待筛选以与该酶结合的标记或未标记的低聚物与固相一起培育。
然后可通过检测结合标记或通过自固相特异性洗脱结合的低聚物,辨别与固定至固相的酶
结合的低聚物。另一种方法涉及在低聚物库中筛选结合配偶。使用重组的标签或标记的
RNaseH,从库中选择与酶相互作用的低聚物。低聚物的定序导致鉴別将更有效作为反义分
子的那些低聚物。
[0340] 使用美国专利6,617,442的实施例91-95中所提供的方法,如果当提供互补RNA标靶时,低聚物具有按pmol/l/min测得的使用仅DNA寡核苷酸测定的初始速率的至少1%,诸
如至少5%,诸如至少10%,或大于20%的初始速率,具有相同碱基序列,但包含仅DNA单体,不具有2’取代,在所述寡核苷酸内所有单体之间具有硫代磷酸酯键基团,则认为所述低聚物能够募集RNaseH。
[0341] 在一些实施方案中,使用美国专利6,617,442的实施例91-95中所提供的方法,如果当提供互补RNA标靶和RNaseH时,按pmol/l/min测得的RNaseH初始速率为使用等效仅DNA
寡核苷酸测定的初始速率的小于1%,诸如小于5%,如小于10%或小于20%,不具有2’取代,在所述寡核苷酸内所有核苷酸之间具有硫代磷酸酯键基团,则认为低聚物基本上不能
够募集RNaseH。
[0342] 在其它实施方案中,使用美国专利6,617,442的实施例91-95中所提供的方法,如果当提供互补RNA标靶和RNaseH时,按pmol/l/min测得的RNaseH初始速率为使用等效仅DNA
寡核苷酸测定的初始速率的至少20%,诸如至少40%,诸如至少60%,诸如至少80%,不具有2’取代,在所述寡核苷酸内所有核苷酸之间具有硫代磷酸酯键基团,则认为低聚物能够募集RNaseH。
[0343] 通常,与互补标靶RNA形成双螺旋体时能够募集RNase的形成连续核苷酸单元的低聚物区域由核苷酸单元组成,所述核苷酸单元与RNA标靶形成DNA/RNA状双螺旋体-并且包
括DNA单元和LNA单元,所述LNA单元呈α-L构型,尤其优选为α-L-氧基LNA。
[0344] 在一些实施方案中,能够募集RNase的单体选自DNA单体、α-L-LNA单体、C4’烷基化DNA单体(参见PCT/EP2009/050349和Vester等人,Bioorg.Med.Chem.Lett.18(2008)2296-2300,据此将所述文献全文以引用方式并入)、和UNA(无链接核酸)核苷酸(参见Fluiter等
人,Mol.Biosyst.,2009,10,1039,据此将所述文献以引用方式并入)。UNA是解锁核酸,通常其中核糖的C2-C3C-C键已被移除,形成解锁“糖”残基。
[0345] II.G.低聚物设计
[0346] 本发明的低聚物可包含含有核苷酸和核苷酸类似物的核苷酸序列,并且可为间隔物、嵌段物、混合物、头聚物、尾聚物或总聚物形式。可与本发明低聚物一起使用的间隔物、嵌段物、混合物、头聚物、尾聚物或总聚物的构型示例描述于美国专利申请公布2012/
0322851中,将所述文献全文以引用的方式并入本文。
[0347] 间隔物低聚物是包含连续伸长的核苷酸的低聚物,所述核苷酸能够募集RNase如RNaseH,诸如具有至少7个DNA核苷酸的区域,其在5’和3’将增强亲和力的1-6个核苷酸类似物区域5’和3’侧接至能够募集RNase的连续伸长的核苷酸。
[0348] “头聚物”定义为包含区域X和与其邻接的区域Y的低聚物,其中区域Y的最5’-端单体连接至区域X的最3’-端单体。区域X包含连续伸长的非RNase募集的核苷类似物,并且区域Y包含连续伸长的(诸如至少7个连续单体)DNA单体或可由RNase识別并且裂解的核苷类似物单体。
[0349] “尾聚物”定义为包含区域X和与其邻接的区域Y的低聚物,其中区域Y的最5’-端单体连接至区域X的最3’-端单体。区域X包含连续伸长的(诸如至少7个连续单体)DNA单体或可由RNase识別并且裂解的核苷类似物单体,并且区域X包含连续伸长的非RNase募集的核
苷类似物。
[0350] 其它称为“混合物”的“嵌合”低聚物由以下的交替成分构成:(i)DNA单体或可由RNase识別并且裂解的核苷类似物单体,和(ii)非RNase募集的核苷类似物。
[0351] “总聚物”是仅包含非天然存在的核苷酸或核苷酸类似物的单链低聚物。
[0352] 在一些实施方案中,除了增强低聚物对标靶区域的亲和性以外,一些核苷类似物还介导RNase(例如RNaseH)结合和裂解。由于α-L-LNA单体募集RNaseH活性至一定程度,在一些实施方案中,包含α-L-LNA单体的低聚物间隔区域(例如,如本文所述的区域B)由较少的可由RNaseH识別并且裂解的单体组成,并且在混合物构造中引入更大的柔韧性。
[0353] II.G.1.间隔物设计
[0354] 在一个实施方案中,本发明的低聚物为间隔物。间隔物低聚物是包含连续伸长的核苷酸的低聚物,所述核苷酸能够募集RNase诸如RNaseH,如本文中成为区域B(B)的具有至少7个DNA核苷酸的区域,其中区域B在5’和3’将增强亲和力的核苷酸类似物诸如1-10个核苷酸类似物区域5’和3’侧接至能够募集RNase的连续伸长的核苷酸-这些区域分别称为区
域A(A)和C(C)。
[0355] 在一些实施方案中,所述间隔物为交替侧翼间隔物,其示例论述于下文中。在一些实施方案中,所述交替侧翼间隔物表现出比传统间隔物更低的非标靶结合。在一些实施方案中,所述交替侧翼间隔物具有比传统间隔物更好的长期耐受性。
[0356] 交替侧翼间隔物可包含具有式(5’至3’)A-B-C的(寡)核苷酸序列,其中:区域A(A)(5’区域或第一翼序列)包含至少一个核苷酸类似物,诸如至少一个LNA单元,诸如1-10个核苷酸类似物,诸如LNA单元,并且;区域B(B)包含能够募集RNase的至少七个连续核苷酸(与互补RNA分子如前mRNA或mRNA标靶形成双螺旋体时),诸如DNA核苷酸,并且;区域C(C)(3’区域或第二翼序列)包含至少一个核苷酸类似物,诸如至少一个LNA单元,诸如1-10个核苷酸类似物,诸如LNA单元;其中区域A和C可在A和C的任何位置包含1-2个DNA核苷酸区域(例如
DNA间隔物)的插入,其中这些DNA插入可各自长1-3个DNA单元。
[0357] 在某些其它实施方案中,间隔物例如交替侧翼间隔物包含具有式(5’至3’)A-B-C或任选的A-B-C-D或D-A-B-C的(寡)核苷酸序列,其中:区域A(A)(5’区域)包含至少一个核苷酸类似物,诸如至少一个LNA单元,诸如1-10个核苷酸类似物,诸如LNA单元,并且;区域B(B)包含能够募集RNase的至少七个连续核苷酸(与互补RNA分子诸如mRNA标靶形成双螺旋
体时),诸如DNA核苷酸,并且;区域C(C)(3’区域)包含至少一个核苷酸类似物,诸如至少一个LNA单元,诸如1-10个核苷酸类似物,诸如LNA单元,并且;当存在时,区域D(D)包含1、2或3个核苷酸单元,诸如DNA核苷酸。
[0358] 在一些实施方案中,区域A包含1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个核苷酸类似物,诸如LNA单元,诸如2-5个核苷酸类似物,诸如2-5个LNA单元,诸如2-5个核苷酸类似物,诸如3-5个LNA单元;和/或区域C由1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个核苷酸类似物组成,诸如LNA单元,诸如2-5个核苷酸类似物,诸如2-5个LNA单元,诸如2-5个核苷酸类似物,诸如3-5个LNA单元。
[0359] 在一些实施方案中,B包含7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、或23个能够募集RNase的连续核苷酸,或8-14,或7-10,或7-9,诸如8,诸如9,诸如10,或诸如14个能够募集RNase的连续核苷酸。在一些实施方案中,区域B包含至少七个DNA核苷酸单元,诸如7-23个DNA单元,诸如7-20个DNA单元,诸如7-14个DNA单元,诸如8-14个DNA单元,诸如
7、8、9、10、11、12、13、或14个DNA单元。
[0360] 在一些实施方案中,区域A包含3、4、或5个核苷酸类似物,诸如LNA,区域B由7、8、9、10、11、12、13、或14个DNA单元组成,并且区域C由3、4、或5个核苷酸类似物组成,诸如LNA。此类设计包括(A-B-C)5-10-5、3-14-3、3-10-3、3-10-4、4-10-3、3-9-3、3-9-4、4-9-3、3-8-3、
3-8-4、4-8-3、3-7-3、3-7-4、和4-7-3,并且还可包括区域D,其可具有1至3个核苷酸单元,诸如DNA单元。
[0361] 在一些实施方案中,本发明的低聚物例如交替侧翼间隔物具有式5’-A-B-C-3’,其中
[0362] (i)B为具有7至23个DNA单元的连续序列;
[0363] (ii)A为具有1至10个核苷酸的第一翼序列,其中所述第一翼序列包含一个或多个核苷酸类似物和任选的一个或多个DNA单元(例如DNA间隔物),并且其中至少一个所述核苷
酸类似物位于A的5’端;并且
[0364] (iii)C为具有1至10个核苷酸的第二翼序列,其中所述第二翼序列包含一个或多个核苷酸类似物和任选的一个或多个DNA单元(例如DNA间隔物),并且其中至少一个所述核
苷酸类似物位于C的3’端。
[0365] 在其它实施方案中,所述低聚物例如交替侧翼间隔物具有式5’-A-B-C-3’,其中B为具有7至23个DNA单元的连续序列,A为LmDnLoDpLq,并且C为Lm’Dn’Lo’Dp’Lq’,并且其中L为核苷酸类似物;D为DNA单元;m和q’为1至6个单元;n、p、n’和p’为0至2个单元;并且o、q、m’和o’为0至5。
[0366] 在一些实施方案中,所述第一翼序列(式中的A)包含核苷酸类似物和DNA单元的组合,所述组合选自(i)1-9个核苷酸类似物和1个DNA单元;(ii)1-8个核苷酸类似物和1-2个
DNA单元;(iii)1-7个核苷酸类似物和1-3个DNA单元;(iv)1-6个核苷酸类似物和1-4个DNA
单元;(v)1-5个核苷酸类似物和1-5个DNA单元;(vi)1-4个核苷酸类似物和1-6个DNA单元;
(vii)1-3个核苷酸类似物和1-7个DNA单元;(viii)1-2个核苷酸类似物和1-8个DNA单元;以及(ix)1个核苷酸类似物和1-9个DNA单元。
[0367] 在一些实施方案中,所述第二翼序列(式中的C)包含核苷酸类似物和DNA单元的组合,所述组合选自(i)1-9个核苷酸类似物和1个DNA单元;(ii)1-8个核苷酸类似物和1-2个
DNA单元;(iii)1-7个核苷酸类似物和1-3个DNA单元;(iv)1-6个核苷酸类似物和1-4个DNA
单元;(v)1-5个核苷酸类似物和1-5个DNA单元;(vi)1-4个核苷酸类似物和1-6个DNA单元;
(vii)1-3个核苷酸类似物和1-7个DNA单元;(viii)1-2个核苷酸类似物和1-8个DNA单元;以及(ix)1个核苷酸类似物和1-9个DNA单元。
[0368] 在一些实施方案中,所述低聚物式中的A具有选自以下的子式:L、LL、LDL、LLL、LLDL、LDLL、LDDL、LLLL、LLLLL、LLLDL、LLDLL、LDLLL、LLDDL、LDDLL、LLDLD、LDLLD、LDDDL、LLLLLL、LLLLDL、LLLDLL、LLDLLL、LDLLLL、LLLDDL、LLDLDL、LLDDLL、LDDLLL、LDLLDL、LDLDLL、LDDDLL、LLDDDL、和LDLDLD,并且所述低聚物式中的C具有选自以下的子式:L、LL、LDL、LLL、LLDL、LLLL、LDLL、LDDL、LLDD、LLLLL、LLLLD、LLLDL、LLDLL、LDLLL、LLDDL、LDDLL、LLDLD、LDLLD、LDDDL、LLLLLL、LLLLDL、LLLDLL、LLDLLL、LDLLLL、LLLDDL、LLDLDL、LLDDLL、LDDLLL、LDLLDL、LDLDLL、LDDDLL、LLDDDL、和LDLDLD。
[0369] 在一些实施方案中,所述低聚物例如交替侧翼间隔物具有式5’A-B-C 3’,其中B为具有7至23个DNA单元的连续序列,A具有式LLDLL、LDLLL、或LLLDL,并且C具有式LLDLL或LDLDLL,并且其中L为LNA单元,并且D为DNA单元。
[0370] 在其它实施方案中,本发明的低聚物为具有式5’A-B-C 3’的交替侧翼间隔物,其中所述低聚物具有12至25个核苷酸长度,A为具有式LmdnLodpLq的第一翼序列,C为具有式Lq’dp’Lo’dn’Lm的第二翼序列,其中各翼独立地具有1-17个核苷酸长度,并且任选地插入有DNA隔离物dn、dp、dn、和dp,其中的每个独立地具有0至3个DNA单元,各翼侧接具有7至23个核苷酸的所有DNA空位;
[0371] 其中m和m’为至少1;
[0372] 并且n、n’、p和p’独立地为0-3个单元;
[0373] 使得m+n+o+p+q=1-17;并且独立地,m’+n’+o’+p’+q’=1-17;
[0374] 或(m+n+o+p+q)和(m’+n’+o’+p’+q’)独立地为1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16或17;
[0375] 或B包含7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23个DNA空位。
[0376] 其它间隔物设计公开于WO2004/046160中,据此将所述文献全文以引用方式并入本文。据此全文以引用方式并入的WO2008/113832涉及‘短聚物’间隔物低聚物。在一些实施方案中,本文呈现的低聚物可为此类短聚物间隔物。
[0377] 在一些实施方案中,所述低聚物例如交替侧翼间隔物包含具有共10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20个核苷酸单元的连续核苷酸序列,其中所述连续核苷酸序列具有式(5’-3’)A-B-C或任选的A-B-C-D或D-A-B-C,其中:A由1、2、3、4、或5个核苷酸类似物单元诸如LNA单元组成;B由7、8、9、10、11、12、13、或14个与互补RNA分子(例如mRNA标靶)形成双螺旋体时能够募集RNase的连续核苷酸单元组成;并且C由1、2、3、4、或5个核苷酸类似物单元诸如LNA单元组成。当存在时,D由单个DNA单元组成。
[0378] 在一些实施方案中,A包含1个LNA单元。在一些实施方案中,A包含2个LNA单元。在一些实施方案中,A包含3个LNA单元。在一些实施方案中,A包含4个LNA单元。在一些实施方案中,A包含5个LNA单元。在一些实施方案中,C包含1个LNA单元。在一些实施方案中,C包含2个LNA单元。在一些实施方案中,C包含3个LNA单元。在一些实施方案中,C包含4个LNA单元。在一些实施方案中,C包含5个LNA单元。在一些实施方案中,B包含7个核苷酸单元。在一些实施方案中,B包含8个核苷酸单元。在一些实施方案中,B包含9个核苷酸单元。在一些实施方案中,B包含10个核苷单元。在一些实施方案中,B包含11个核苷单元。在一些实施方案中,B包含12个核苷单元。在一些实施方案中,B包含13个核苷单元。在一些实施方案中,B包含14个核苷单元。在一些实施方案中,B包含7-23个DNA单体。在一些实施方案中,B包含7-23个DNA单元,诸如7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、或23个DNA单元。在一些实施方案中,B由DNA单元组成。在一些实施方案中,B包含至少一个α-L构型的LNA单元,诸如
2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、或23个α-L构型的LNA单元。在一些实施方案中,B包含至少一个α-L-氧基LNA单元,或其中α-L-构型的所有LNA单元为α-L-氧基LNA单元。在一些实施方案中,存在于A-B-C中的核苷酸数选自(核苷酸类似物单元-区域B-核苷酸类似物单元):):1-8-1、1-8-2、2-8-1、2-8-2、3-8-3、2-8-3、3-8-2、4-8-1、
4-8-2、1-8-4、2-8-4,或;1-9-1、1-9-2、2-9-1、2-9-2、2-9-3、3-9-2、1-9-3、3-9-1、4-9-1、1-
9-4,或;1-10-1、1-10-2、2-10-1、2-10-2、1-10-3、和3-10-1。在一些实施方案中,A-B-C中的核苷酸数选自:2-7-1、1-7-2、2-7-2、3-7-3、2-7-3、3-7-2、3-7-4、和4-7-3。在其它实施方案中,所述低聚物包含10个B中DNA单元、A中LDLLL(第一翼)和C中LLDLL(第二翼)。在其它实施方案中,所述低聚物包含9个B中DNA单元、A中LDDLL和C中LDLDLL。在其它实施方案中,所述低聚物包含10个B中DNA单元、A中LLDLL和C中LLDLL。在其它实施方案中,所述低聚物包含9个B中DNA单元、A中LLLLL和C中LDDLL。在一些实施方案中,区域A和C各自包含三个LNA单体,并且区域B由7、8、9、10、11、12、13、或14个核苷单体例如DNA单体组成。在一些实施方案中,A和C各自由两个LNA单元组成,并且B由7、8、或9个核苷酸单元例如DNA单元组成。在各种实施方案中,其它间隔物设计包括那些设计,其中区域A和/或C由3、4、5或6个核苷类似物如包含
2’-O-甲氧基乙基-核糖糖(2’-MOE)的单体或包含2’-氟-脱氧核糖糖的单体组成,并且区域B由7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、或23个核苷如DNA单体组成,其中区域A-B-C具有3-8-3、3-9-3、3-10-3、5-10-5或4-12-4个单体。其它间隔物设计公开于WO 
2007/146511A2中,据此将所述文献全文以引用方式并入本文。
[0379] 在一些实施方案中,所述交替侧翼低聚物具有至少10个连续核苷酸,包括区域A、区域B和区域C(A-B-C),其中区域B包含至少5个连续核苷单元,并且在5’位侧接具有1-8个连续核苷单元的区域A,并且在3’侧接具有1-8个连续核苷单元的区域C,其中当与互补RNA形成双螺旋体时,区域B能够募集RNaseH,并且其中区域A和区域C选自:
[0380] (i)区域A包含5’LNA核苷单元和3’LNA核苷单元,以及介于5’LNA核苷单元和3’LNA核苷单元之间的至少一个DNA核苷单元,并且区域C包含至少两个3’LNA核苷;或者
[0381] (ii)区域A包含至少一个5’LNA核苷,并且区域C包含5’LNA核苷单元、至少两个末端3’LNA核苷单元、以及介于5’LNA核苷单元和3’LNA核苷单元之间的至少一个DNA核苷单元,并且
[0382] (iii)区域A包含5’LNA核苷单元和3’LNA核苷单元、以及介于5’LNA核苷单元和3’LNA核苷单元之间的至少一个DNA核苷单元;并且区域C包含5’LNA核苷单元、至少两个末端3’LNA核苷单元、以及介于5’LNA核苷单元和3’LNA核苷单元之间的至少一个DNA核苷单元。
[0383] 在一些实施方案中,区域A或区域C包含1、2、或3个DNA核苷单元。在其它实施方案中,区域A和区域C包含1、2、或3个DNA核苷单元。在其它实施方案中,区域B包含至少五个连续DNA核苷单元。在一些实施方案中,区域B包含6、7、8、9、10、11、12、13或14个连续DNA核苷单元。在一些实施方案中,区域B为8、9、10、11、或12个核苷酸长度。在其它实施方案中,区域A包含两个5’末端LNA核苷单元。在一些实施方案中,区域A具有式5’[LNA]1-3[DNA]1-3[LNA]1-3,或5’[LNA]1-2[DNA]1-2[LNA]1-2[DNA]1-2[LNA]1-2。在其它实施方案中,区域C具有式[LNA]1-3[DNA]1-3[LNA]2-33’,或[LNA]1-2[DNA]1-2[LNA]1-2[DNA]1-2[LNA]2-33’。在其它实施方案中,区域A具有式5’[LNA]1-3[DNA]1-3[LNA]1-3,或5’[LNA]1-2[DNA]1-2[LNA]1-2[DNA]1-2[LNA]1-2,而区域C包含2、3、4或5个连续LNA核苷单元。在一些实施方案中,区域C具有式[LNA]1-3[DNA]1-3[LNA]2-33’或[LNA]1-2[DNA]1-2[LNA]1-2[DNA]1-2[LNA]2-33’,而区域A包含1、
2、3、4或5个连续LNA核苷单元。在其它实施方案中,区域A具有选自以下的LNA和DNA核苷5’-
3’序列:L、LL、LDL、LLL、LLDL、LDLL、LDDL、LLLL、LLLLL、LLLDL、LLDLL、LDLLL、LLDDL、LDDLL、LLDLD、LDLLD、LDDDL、LLLLLL、LLLLDL、LLLDLL、LLDLLL、LDLLLL、LLLDDL、LLDLDL、LLDDLL、LDDLLL、LDLLDL、LDLDLL、LDDDLL、LLDDDL、和LDLDLD,其中L代表LNA核苷,并且D代表DNA核苷。在其它实施方案中,区域C具有选自以下的LNA和DNA核苷5’-3’序列:LL、LLL、LLLL、LDLL、LLLLL、LLDLL、LDLLL、LDDLL、LDDLLL、LLDDLL、LDLDLL、LDDDLL、LDLDDLL、LDDLDLL、LDDDLLL、和LLDLDLL。在另一个实施方案中,区域A具有选自以下的LNA和DNA核苷5’-3’序列:LDL、LLDL、LDLL、LDDL、LLLDL、LLDLL、LDLLL、LLDDL、LDDLL、LLDLD、LDLLD、LDDDL、LLLLDL、LLLDLL、LLDLLL、LDLLLL、LLLDDL、LLDLDL、LLDDLL、LDDLLL、LDLLDL、LDLDLL、LDDDLL、LLDDDL、和LDLDLD,并且区域C具有选自以下的LNA和DNA核苷5’-3’序列:LDLL、LLLLL、LLDLL、LDLLL、LDDLL、LDDLLL、LLDDLL、LDLDLL、LDDDLL、LDLDDLL、LDDLDLL、LDDDLLL、和LLDLDLL。
[0384] 在一些实施方案中,所述交替侧翼低聚物具有连续核苷酸,所述核苷酸包含选自以下的核苷5’-3’序列:LLDDDLLDDDDDDDDLL、LDLLDLDDDDDDDDDLL、LLLDDDDDDDDDDLDLL、LLLDDDDDDDDDLDDLL、LLLDDDDDDDDLDDDLL、LLLDDDDDDDDLDLDLL、LLLDLDDDDDDDDDLLL、
LLLDLDDDDDDDDLDLL、LLLLDDDDDDDDDLDLL、LLLLDDDDDDDDLDDLL、LLLDDDLDDDDDDDDLL、
LLLDDLDDDDDDDDDLL、LLLDDLLDDDDDDDDLL、LLLDDLLDDDDDDDLLL、LLLLLDDDDDDDLDDLL、
LDLLLDDDDDDDDDDLL、LDLLLDDDDDDDLDDLL、LDLLLLDDDDDDDDDLL、LLDLLLDDDDDDDDDLL、
LLLDLDDDDDDDDDDLL、LLLDLDDDDDDDLDDLL、LLLDLLDDDDDDDDDLL、LLLLDDDDDDDLDDDLL、
LLLLLDDDDDDDDDLDLL、LLLLDDDDDDDDDDLDLL、LLLDDDDDDDDDDDLDLL、LLDLDDDDDDDDDDLDLL、LDLLLDDDDDDDDDLDLL、LLLDDDDDDDDDDLDDLL、LLLDDDDDDDDDLDDDLL、LLLDDDDDDDDLDLDDLL、LLLLDDDDDDDDDLDDLL、LLLLDDDDDDDDDLDLLL、LLLLDDDDDDDDLDDDLL、LLLLDDDDDDDDLDDLLL、LLLLDDDDDDDDLDLDLL、LLLLDDDDDDDLDDLDLL、LLLLDDDDDDDLDLDDLL、LLDLLDDDDDDDDDDDLL、LLDLLLDDDDDDDDLDLL、LLLDLDDDDDDDDDDDLL、LLLDLDDDDDDDDDLDLL、LLLDLDDDDDDDDLDDLL、LLLDLDDDDDDDLDLDLL、LLLLDDDDDDDDDLLDLL、LLLLLDDDDDDDDDLDLLL、
LLLLLDDDDDDDDDLDDLL、LLLLDDDDDDDDDDLLDLL、LLLLDDDDDDDDDDLDLLL、
LLLLDDDDDDDDDDLDDLL、LLLDDDDDDDDDDDLLDLL、LLLDDDDDDDDDDDLDLLL、
LLLLLDDDDDDDDDLLDLL、LLLDDDDDDDDDDDLDDLL、LLDLLDDDDDDDDDLDDLL、
LLLDLDDDDDDDDDDLDLL、LLLDLDDDDDDDDDLDDLL、LLLLDDDDDDDDDLDLDLL、
LLLLDDDDDDDDLLDLDLL、LDLLLDDDDDDDDDDLLDLL、LLDLLDDDDDDDDDDLLDLL、
LLDLDDDDDDDDDDDDLLLL、LLDDLDDDDDDDDDDDLLLL、LLLDLDDDDDDDDDDDLLLL、
LLDLDDDDDDDDDDDDDLLL、LLDLLDDDDDDDDDDDLLLL、LLDDLDDDDDDDDDDDDLLL、
LLLDDDDDDDDDDDLDDLLL、LLLDLDDDDDDDDDDDDLLL、LLDLLDDDDDDDDDDDDLLL、
LLLLDDDDDDDDDDDLLDLL、LLLLDDDDDDDDDDLLDDLL、LLLDDLDDDDDDDDDLDLLL、
LLDDLDLDDDDDDDDDLLLL、LLDDLLDDDDDDDDDLDLLL、LLLDLDDDDDDDDDLDLDLL、
LLDLLDDDDDDDDDLDDLLL、LLLDLDDDDDDDDDDLDLLL、LLDLDDLDDDDDDDDDLLLL、
LLLLDDDDDDDDDLDLDDLL、LLLDLDDDDDDDDDLDDLLL、LLDLDLDDDDDDDDDDLLLL、
LLDLLDDDDDDDDDDLDLLL、LLDLDLDDDDDDDDDLLDLL、LLDDLLDDDDDDDDDLLDLL、
LLLLDDDDDDDDDLDDLDLL、LLLDDLDDDDDDDDDLLDLL、LLDLLDDDDDDDDDLLDDLL、
LLDLDLDDDDDDDDDLDLLL、LLLDLDDDDDDDDDLLDDLL、LLDDLLDDDDDDDDDDLLLL、
LLDLLDDDDDDDDDLDLDLL、LLLLDDDDDDDDDDLDDLLL、LLLDDLDDDDDDDDDDLLLL、
LLLDLDDDDDDDDDDLLDLL、LLLLDDDDDDDDDDLDLDLL、LLLLDDDDDDDDDDDLDLLL、和
LLDDLLDDDDDDDDDDLDLL;其中L代表LNA核苷,并且D代表DNA核苷。在其它实施方案中,LNA核苷为β-D-氧基LNA。
[0385] 在其它实施方案中,交替侧翼低聚物具有连续核苷酸,所述核苷酸包含选自以下的LNA和DNA核苷单元5’-3’交替序列:2-3-2-8-2、1-1-2-1-1-9-2、3-10-1-1-2、3-9-1-2-2、
3-8-1-3-2、3-8-1-1-1-1-2、3-1-1-9-3、3-1-1-8-1-1-2、4-9-1-1-2、4-8-1-2-2、3-3-1-8-
2、3-2-1-9-2、3-2-2-8-2、3-2-2-7-3、5-7-1-2-2、1-1-3-10-2、1-1-3-7-1-2-2、1-1-4-9-2、
2-1-3-9-2、3-1-1-10-2、3-1-1-7-1-2-2、3-1-2-9-2、4-7-1-3-2、5-9-1-1-2、4-10-1-1-2、
3-11-1-1-2、2-1-1-10-1-1-2、1-1-3-9-1-1-2、3-10-1-2-2、3-9-1-3-2、3-8-1-1-1-2-2、4-
9-1-2-2、4-9-1-1-3、4-8-1-3-2、4-8-1-2-3、4-8-1-1-1-1-2、4-7-1-2-1-1-2、4-7-1-1-1-
2-2、2-1-2-11-2、2-1-3-8-1-1-2、3-1-1-11-2、3-1-1-9-1-1-2、3-1-1-8-1-2-2、3-1-1-7-
1-1-1-1-2、4-9-2-1-2、4-7-1-3-3、5-9-1-1-3、5-9-1-2-2、4-10-2-1-2、4-10-1-1-3、4-10-
1-2-2、3-11-2-1-2、3-11-1-1-3、5-9-2-1-2、3-11-1-2-2、2-1-2-9-1-2-2、3-1-1-10-1-1-
2、3-1-1-9-1-2-2、4-9-1-1-1-1-2、4-8-2-1-1-1-2、1-1-3-10-2-1-2、2-1-2-10-2-1-2、2-
1-1-12-4、2-2-1-11-4、3-1-1-11-4、2-1-1-13-3、2-1-2-11-4、2-2-1-12-3、3-11-1-2-3、3-
1-1-12-3、2-1-2-12-3、4-11-2-1-2、4-10-2-2-2、3-2-1-9-1-1-3、2-2-1-1-1-9-4、2-2-2-
9-1-1-3、3-1-1-9-1-1-1-1-2、2-1-2-9-1-2-3、3-1-1-10-1-1-3、2-1-1-2-1-9-4、4-9-1-1-
1-2-2、3-1-1-9-1-2-3、2-1-1-1-1-10-4、2-1-2-10-1-1-3、2-1-1-1-1-9-2-1-2、2-2-2-9-
2-1-2、4-9-1-2-1-1-2、3-2-1-9-2-1-2、2-1-2-9-2-2-2、2-1-1-1-1-9-1-1-3、3-1-1-9-2-
2-2、2-2-2-10-4、2-1-2-9-1-1-1-1-2、4-10-1-2-3、3-2-1-10-4、3-1-1-10-2-1-2、4-10-1-
1-1-1-2、4-11-1-1-3、和2-2-2-10-1-1-2;其中第一个数字代表LNA单元数,下一数字代表DNA单元数,其后LNA和DNA区域交替。
[0386] 在其它实施方案中,本发明的低聚物具有图2、3、6、7、16A、16B、20A、或20B中所述的设计。
[0387] II.H.核苷酸间键
[0388] 本文所述低聚物的单体经由键基团偶合在一起。
[0389] 适宜地,每个单体经由键基团连接至3’相邻单体。本领域普通技术人员应理解,在本发明上下文中,低聚物末端的5’单体不包含5’连接基团,但它可包含或可不包含5’末端基团。
[0390] 术语“连接基团”或“核苷酸间键”旨在表示能够将两个核苷酸共价缀合在一起的基团。具体且优选的示例包括磷酸酯基团和硫代磷酸酯基团。
[0391] 本发明的低聚物或其连续核苷酸序列中的核苷酸经由连接基团缀合在一起。适宜地,每个核苷酸经由连接基团连接至3’邻近核苷酸。
[0392] 适宜的核苷酸间键包括WO2007/031091中所列那些,例如WO2007/031091第34页第一段所列的核苷酸间键(据此将所述文献全文以引用方式并入)。
[0393] 可与本发明一起使用的适宜核苷酸间键的示例包括磷酸二酯键、磷酸三酯键、甲基磷酸酯键、胺基磷酸酯键、硫代磷酸酯键、以及它们的组合。
[0394] 在一些实施方案中,优选将核苷酸间键自其正常磷酸二酯改性至对核酸酶攻击抗性更强的键,例如硫代磷酸酯或烷磷酸酯-这二者可由RNaseH裂解,在降低标靶基因表达中也允许反义抑制途径。
[0395] 如本文提供的适宜含硫(S)核苷酸间键可能是优选的。还优选硫代磷酸酯核苷酸间键,尤其对于间隔物的空位区域(B)而言。硫代磷酸酯键也可用于侧接区域(A和C,并且用于连接A或C至D,以及区域D内,如果适宜的话)。
[0396] 然而,区域A、B和C可包含不是硫代磷酸酯的核苷酸间键,诸如磷酸二酯键,具体地例如当使用核苷酸类似物防止区域A和C内的核苷酸间键被内切核酸酶降解时-诸如当区域A和C包含LNA核苷酸时。
[0397] 低聚物中的核苷酸间键可为磷酸二酯、硫代磷酸酯或硼烷磷酸酯,以允许RNaseH裂解标靶RNA。为改善核酸酶抗性和其它原因,诸如易于制备,优选硫代磷酸酯。
[0398] 在本发明低聚物的一个方面,将核苷酸和/或核苷酸类似物经由硫代磷酸酯基团彼此连接。
[0399] 已经认识到,在另外的硫代磷酸酯低聚物中,尤其是在核苷酸类似物单元之间或邻近核苷酸类似物单元(通常在区域A和/或C中),包含磷酸二酯键诸如一个或两个键,可改善低聚物的生物利用率和/或生物分布-参见WO2008/113832,据此将所述文献以引用方式
并入。
[0400] 在一些实施方案中,如在上文所提及的实施方案中,在适宜并且未明确指示的情况下,所有其余连接基团为磷酸二酯或硫代磷酸酯、或它们的混合物。
[0401] 在一些实施方案中,所有核苷酸间连接基团为硫代磷酸酯。
[0402] 当涉及具体间隔物寡核苷酸序列如本文所提供那些时,应当理解,在各种实施方案中,尤其对于核苷酸类似物诸如LNA单元之间的键,当键为硫代磷酸酯键时,可使用替代键如本文所公开的那些,例如可使用磷酸酯(磷酸二酯)键。同样,当涉及具体间隔物寡核苷酸序列如本文所提供那些时,当C残基注释为5’甲基改性胞嘧啶时,在各种实施方案中,存于低聚物中的一个或多个C可为未改性的C残基。
[0403] 2011年6月2日公布并且全文以引用的方式并入本文的美国公布2011/0130441涉及具有至少一个二环核苷的低聚化合物,所述二环核苷通过中性核苷间键连接至3’或5’末端。因此,本发明的低聚物可具有至少一个通过中性核苷间键连接至3’或5’末端的二环核苷,所述中性核苷间键诸如一个或多个磷酸三酯、甲基磷酸酯、MMI、酰胺-3、甲缩或硫代甲缩醛。其余键可为硫代磷酸酯。
[0404] 在一些实施方案中,本发明的低聚物具有图2、16B、或20B中所述的核苷酸间键。如本文所用,例如图2、16B或20B,硫代磷酸酯键示为“s”,并且磷酸二酯键借由不存在“s”来指示。
[0405] 在一些实施方案中,所述核苷酸间键为硫代磷酸酯键和磷酸二酯键的组合。组合键的非限制性示例示于ASO-002623、ASO-002667、ASO-002674、ASO-002631、ASO-002639、和ASO-002624中。
[0406] III.缀合物
[0407] 在上下文中,术语“缀合物”旨在表示通过如本文所述的低聚物共价或非共价连接(“缀合”)至一个或多个非核苷酸或非多核苷酸部分而形成的异质分子。非核苷酸或非多核苷酸部分的示例包括大分子试剂,诸如蛋白、脂肪酸链、糖残基、糖蛋白、聚合物、或它们的组合。通常,蛋白可为标靶蛋白的抗体。在一些实施方案中,典型的聚合物为聚乙二醇。
[0408] 因此,在各种实施方案中,本发明的低聚物包含通常由核苷酸连续序列组成的多核苷酸区域,和另一个非核苷酸区域。当涉及包含连续核苷酸序列的本发明低聚物时,所述化合物可包含非核苷酸组分,诸如缀合物组分。
[0409] 本发明还提供缀合物,所述缀合物包含如本文所述的本发明低聚物,和至少一个共价连接至所述低聚物的非核苷酸或非多核苷酸部分。因此,在其中本发明的低聚物包含
如本文所公开的指定核酸或核苷酸序列的各种实施方案中,所述化合物还可包含至少一个
共聚连接至所述低聚物的非核苷酸或非多核苷酸部分(例如,不包含一个或多个核苷酸或
核苷酸类似物)。
[0410] 缀合(至缀合物部分)可增强本发明低聚物的活性、细胞分布或细胞摄取。此类部分包括但不限于抗体、多肽、类脂部分诸如胆固醇部分、胆酸、硫醚。
[0411] 本发明的低聚物还可缀合至活性药物物质,例如阿司匹林、布洛芬、磺胺药、抗糖尿病药物、抗菌剂或抗生素。
[0412] 在某些实施方案中,缀合部分为甾醇,诸如胆固醇。
[0413] III.A.活化的低聚物
[0414] 如本文所用,术语“活化的低聚物”是指共价连接(即官能化)至至少一个官能部分的本发明低聚物,所述官能部分允许低聚物共价连接至一个或多个缀合部分,即自身并非核酸或单体的部分,以形成本文所述的缀合物。通常,官能部分将包含能够经由例如腺嘌呤碱基的3’-羟基基团或环外NH2基团共价键合至低聚物的化学基团,可为亲水性的间隔物,以及能够结合缀合部分的末端基团(例如氨基、巯基或羟基基团)。在一些实施方案中,该末端基团未被保护,例如为NH2基团。在其它实施方案中,所述末端基团被例如任何适宜的保护基团保护,如Theodora W Greene和Peter G M Wuts在“Protective Groups in Organic Synthesis”第3版(John Wiley&Sons,1999)中所述的那些。
[0415] 在一些实施方案中,本发明的低聚物在5’端官能化,以允许缀合部分共价连接至低聚物的5’端。在其它实施方案中,本发明的低聚物在3’端官能化。在其它实施方案中,本发明的低聚物可沿着主链或在杂环碱基部分上官能化。在其它实施方案中,本发明的低聚
物可在多于一个位置处官能化,所述位置独立地选自5’端、3’端、主链和碱基。
[0416] 在一些实施方案中,通过在合成期间掺入一个或多个共价连接至官能部分的单体,合成活化的本发明低聚物。在其它实施方案中,用未被官能化的单体合成活化的本发明低聚物,并且所述低聚物在合成完成后被官能化。
[0417] IV.药物组合物和施用途径
[0418] 本发明的低聚物可用于药物制剂和组合物中。适宜地,此类组合物包含药学上可接受的稀释剂、载体、盐或辅助剂。
[0419] 本发明的低聚物可以足以向患者递送治疗有效量而在所治疗患者中不引起严重副作用的量,包含于单元制剂中,诸如药学上可接受的载体或稀释剂中。然而,在一些治疗形式中,就确保治疗性处理的积极结果而言,严重副作用可能是可接受的。
[0420] 配制的药物可包含药学上可接受的粘合剂和辅助剂。胶囊剂、片剂或药丸可包含例如以下化合物:作为粘结剂的微晶纤维素、凝胶或明胶;作为赋形剂的淀粉或乳糖;作为润滑剂硬脂酸盐;各种甜味剂或矫味剂。就胶囊而言,剂量单位可包含液体载体如脂肪
油。同样,糖或肠溶剂的包衣可为剂量单位的一部分。寡核苷酸制剂也可为活性药物成分和形成胶束乳液的类脂的乳液。
[0421] 根据期望局部还是全身性治疗以及待治疗的区域,本发明的药物组合物可以多种方式施用。施用可为(a)口服给药(b)经给药,例如通过吸入或吹入粉末或气溶胶,包括经由喷雾器;气管内给药、鼻内给药,(c)局部施用,包括表皮给药、透皮给药、经眼给药和黏膜给药,包括阴道和直肠递送;或(d)肠胃外施用,包括静脉内、动脉内、皮下、腹膜内或肌内注射或灌注;或颅内给药,例如鞘内给药、脑室内给药、或心室内给药。在一个实施方案中,低聚物经IV、IP、口服、局部施用,或以弹丸式注射形式施用,或直接施用于标靶器官。在另一个实施方案中,所述低聚物以弹丸式注射形式,鞘内或脑室内施用。
[0422] 用于局部给药的药物组合物和制剂可包括透皮药贴、膏剂、洗剂、霜膏、凝胶、滴剂、喷剂、栓剂、液体和粉末。常规药用载体、水剂、粉末或油性基料、增稠剂等可能是必要的或期望的。局部用制剂的示例包括其中本发明低聚物与局部递送剂的混合的那些,所述局部递送剂诸如脂质、脂质体、脂肪酸、脂肪酸酯、类固醇、螯合剂、和表面活性剂。用于口服的组合物和制剂包括但不限于粉末或颗粒、微粒、纳米颗粒、水中或非水性介质中的悬浮液或溶液、胶囊、凝胶胶囊、小药囊、片剂或微片剂。用于肠胃外、鞘内、脑室内或心室内施用的组合物和制剂可包括无菌水溶液,其也可包含缓冲剂、稀释剂以及其它适宜添加剂,如但不限于渗透增强剂、载剂化合物和其它药学上可接受的载体或赋形剂。
[0423] 本发明的药物组合物包括但不限于溶液、乳液、和包含脂质体的制剂。这些组合物可从多种组分产生,所述组分包括但不限于预成形液体、自乳化固体和自乳化半固体。可通过载体介导的递送来增强药物向标靶组织的递送,包括但不限于阳离子脂质体、环糊精、卟啉衍生物、支链树枝状体、聚氮丙啶聚合物、纳米颗粒和微球(Dass CR.J Pharm Pharmacol 2002;54(1):3-27)。
[0424] 可便利地以单位剂型呈现的本发明药物制剂可根据制药工业中熟知的常规技术来制备。此类技术包括使活性成份与一种或多种药用载体或一种或多种赋形剂结合的步
骤。一般来讲,通过使活性成份与液体载体或细分固体载体或二者均匀并且充分结合,然后如果需要的话,使产物成型,来制备制剂。
[0425] 对于肠胃外、皮下、真皮内或局部施用,所述制剂可包含无菌稀释剂、缓冲剂、张力调节剂和抗菌剂。所述活性低聚物可与防止降解或自体内立即消除的载体一起配制,所述载体包括具有受控释放性质的植入体或微胶囊。对于静脉内施用,所述载体可为生理盐水
磷酸盐缓冲盐水。2007年3月22日公布的国际公布WO2007/031091(A2)还提供适宜的药学
上可接受的稀释剂、载体和辅助剂-据此将所述文献以引用方式并入。
[0426] V.诊断
[0427] 本公开还提供Tau相关疾病例如tau蛋白病诊断期间可用的诊断方法。tau蛋白病的非限制性示例包括但不限于阿尔茨海默病、进行性核上性麻痹、拳击员痴呆症(慢性创伤性脑病)、额颞叶痴呆、17号染色体相关的帕金森综合症、利替可-波帝格病(关岛震颤麻痹痴呆综合症)、显性缠结痴呆、神经节神经胶质瘤、神经节细胞瘤、脑膜血管瘤病、亚急性硬化性全脑炎、铅毒性脑病、结节性硬化症、哈勒沃登-施帕茨病、皮克病、皮质基底节退化症、嗜银颗粒病、皮质基底核退化症、脂褐质沉积、额颞叶痴呆、核上性麻痹、或额颞叶变性。
[0428] 本发明的低聚物可用于测定Tau转录物在个体组织或体液中的表达,并且将所测表达程度与在正常组织或体液中的标准Tau转录物表达程度进行比较,由此与标准相比的
表达程度增加是本发明低聚物可治疗障碍的指示。
[0429] 使用本领域技术人员已知的任何方法,本发明的低聚物可用于分析生物样品中的Tau转录物含量。(Touboul等人,Anticancer Res.(2002)22(6A):3349-56;Verjout等人,Mutat.Res.(2000)640:127-38);Stowe等人,J.Virol.Methods(1998)75(1):93-91)。
[0430] “生物样品”旨在为由个体、细胞系、组织培养物、或可能表达Tau转录物的其它细胞源获得的任何生物样品。自哺乳动物获得活组织检查和体液的方法是本领域中熟知的。
[0431] VI.包含低聚物的套盒
[0432] 本公开还提供套盒,所述套盒包含本文所述的本发明低聚物,并且可用于实施本文所述的方法。在一些实施方案中,套盒在一个或多个容器中包含至少一种低聚物。在一些实施方案中,所述套盒包含实施检测分析所需和/或足以实施检测分析的所有组分,包括所有对照物,实施分析的指导,以及用于分析和展示结果的任何所需软件。本领域的技术人员易于认识到,所公开的低聚物可易于掺入到本领域熟知的已建立套盒形式之一中。
[0433] VII.使用方法
[0434] 本发明的低聚物可用作例如诊断、治疗和预防的研究试剂
[0435] 在研究中,此类低聚物可用于特异性抑制细胞和实验动物中的Tau蛋白合成(通常通过降解或抑制mRNA,从而预防蛋白形成),从而促进对标靶的功能分析,或对其作为治疗干预的标靶用途的评估。还提供下调细胞或组织中MAPT mRNA和/或Tau蛋白表达的方法,所述方法包括使细胞或组织在体外或体内与有效量的一种或多种本发明低聚物、缀合物或组
合物接触。
[0436] 在诊断中,低聚物可用于通过北方印迹杂交、原位杂交或类似技术,检测并且定量细胞和组织中的MAPT转录物表达。
[0437] 就治疗而言,通过施用根据本发明所述的低聚化合物来治疗动物或人,所述动物或人怀疑患有可通过调节MAPT转录物和/或Tau蛋白的表达来治疗的疾病或障碍。还提供了
通过施用治疗或预防有效量的一种或多种本发明低聚物或组合物,治疗哺乳动物如治疗人
的方法,所述哺乳动物怀疑患有或易患与MAPT转录物和/或Tau蛋白的表达相关的疾病或病
症。通常施用有效量的根据本发明所述的低聚物、缀合物或药物组合物。在一些实施方案
中,本发明的低聚物或缀合物用于治疗中。
[0438] 本发明还提供用于治疗一种或多种本文所述疾病的根据本发明所述的低聚物,所述疾病诸如选自以下的疾病:阿尔茨海默病、进行性核上性麻痹、唐氏综合症、拳击员痴呆症(慢性创伤性脑病和其它创伤性脑损伤)、额颞叶痴呆、17号染色体相关的额颞叶痴呆伴
帕金森综合症(FTDP-17)、利替可-波帝格病(关岛震颤麻痹痴呆综合症)、显性缠结痴呆、神经节神经胶质瘤、神经节细胞瘤、脑膜血管瘤病、亚急性硬化性全脑炎、铅毒性脑病、半侧巨脑症、结节性硬化症、哈勒沃登-施帕茨病、皮克病、皮质基底节退化症、嗜银颗粒病、皮质基底核退化症、脂褐质沉积、额颞叶痴呆、核上性麻痹、和额颞叶变性(综述于Frost等人的
Trends Cell Biol(2015)25:216-53;Dyment等人的Neurobiol.Aging(2014)9月6日:
S0197-4580;Moussaud等人的Mol.Neurodeg(2014)29:43Ross等人的South Med.J.(2014)
107:715-21)。此外,本发明提供用于治疗大脑网络功能障碍疾病的低聚物,所述疾病包括所有形式的羊痫疯和抑郁症(Inoue等人,Epilepsy(2012)102:8-12;Xi等人,Med 
Hypotheses(2011)76:897-900;Hou等人,Can.J.Psychiatry(2004)3:164-71)。本发明还提供用于治疗tau蛋白病的方法,所述方法包括将有效量的一种或多种低聚物、其缀合物或药物组合物施用至需要其的动物(如需要其的患者)。
[0439] 在一些实施方案中,所述疾病、障碍或病症与MAPT基因转录物和/或Tau蛋白的过表达相关。
[0440] 本发明还提供抑制(例如通过降低)细胞或组织中MAPT基因转录物和/或Tau蛋白表达的方法,所述方法包括使细胞或组织在体外或体内接触有效量的一种或多种本发明低
聚物、其缀合物或药物组合物,以影响MAPT基因转录物表达的下降,从而减少Tau蛋白。
[0441] 本发明还提供如所述的本发明低聚物或缀合物的用途,其用于制备用于治疗如本文所提及障碍的药物,或用于治疗如本文所提及障碍的方法。
[0442] 本发明还提供抑制细胞中表达Tau的Tau蛋白的方法,所述方法包括将根据本发明所述的低聚物或缀合物施用至细胞,以影响细胞中Tau蛋白的抑制。
[0443] 本发明包括在需要其的受试者中降低、改善、预防或治疗神经元过度兴奋的方法,所述方法包括施用根据本发明所述的低聚物或缀合物。
[0444] 本发明还提供治疗如本文所提及障碍的方法,所述方法包括将如本文所述的本发明低聚物或缀合物和/或本发明药物组合物施用至需要其的患者。
[0445] 根据本发明所述的低聚物和其它组合物可用于治疗与Tau蛋白突变变型的过度表达或表达相关的病症。
[0446] 本发明提供根据本发明所述的低聚物或缀合物,其用作药物,诸如用于治疗tau蛋白病。在一些实施方案中,所述tau蛋白病为选自以下的疾病:阿尔茨海默病、进行性核上性麻痹、拳击员痴呆症(慢性创伤性脑病)、额颞叶痴呆、17号染色体相关的额颞叶痴呆伴帕金森综合症、利替可-波帝格病(关岛震颤麻痹痴呆综合症)、唐氏综合症、半侧巨脑症、显性缠结痴呆、神经节神经胶质瘤、神经节细胞瘤、脑膜血管瘤病、亚急性硬化性全脑炎、铅毒性脑病、结节性硬化症、哈勒沃登-施帕茨病、皮克病、皮质基底节退化症、嗜银颗粒病、皮质基底核退化症、脂褐质沉积、额颞叶痴呆、核上性麻痹、和额颞叶变性(综述于Frost等人的
Trends Cell Biol(2015)25:216-53;Thom等人的Brain(2011)134:2969-81;Zheng等人的Mol.Neurobiol.(2014)49:1532-9)。
[0447] 本发明提供根据本发明所述的低聚物或缀合物,其用作药物,如用于治疗癫痫病(Dyment等人的Neurobiol.Aging(2014)9月6日S0197-4580;Inoue等人的Epilepsy(2012)
102:8-12;Gheyera等人的Ann Neurol(2014-76:443-56)。在一些实施方案中,所述癫痫病选自羊痫疯、青少年肌阵挛性癫痫、反射性癫痫、儿童良性局灶性癫痫(BFEC)、全面性癫痫伴热性惊厥附加症(GEFS+)、婴儿严重局灶性游走性癫痫(MPSI)、孟德尔癫痫综合症、婴儿惊厥、婴儿痉挛、婴儿重症肌阵挛型癫痫(SMEI或Dravet综合症)、青少年肌阵挛性癫痫(JME或Janz综合症)、天使人综合症、雷特综合症、脆性x癫痫综合症、舞蹈手足徐动(ICCA)综合症、损伤相关性癫痫、脑损伤、脑中风、脑膜炎、和热惊厥。在一些实施方案中,所述羊痫疯为良性家族性婴儿癫痫(BFIE)。
[0448] 在其它实施方案中,所述癫痫病选自特发性全身性癫痫、特发性局灶性癫痫、症状性全身性癫痫、或症状性局灶性癫痫。在一些实施方案中,所述癫痫病为特发性癫痫,其选自儿童失神癫痫、青少年肌阵挛性癫痫、觉醒中大发作癫痫、儿童良性局灶性癫痫。在一些实施方案中,所述癫痫病为症状性羊痫疯,其选自West综合症、Lennox-Gastaut综合症、颞叶性癫痫、或额叶性癫痫。在其它实施方案中,所述癫痫病为特发性全身性癫痫,其选自肌阵挛性癫痫(突然且短暂的四肢抽搐)、失神性癫痫(神志恍惚)、或全身强直-阵挛性癫痫(大发作癫痫)。在其它实施方案中,所述癫痫病为特发性局灶性癫痫,包括儿童良性局灶性癫痫(BFEC)。
[0449] 本发明还提供根据本发明所述的低聚物或缀合物,其用作药物,如用于治疗运动障碍。在一些实施方案中,所述运动障碍选自静坐不能(不能静坐)、运动不能(缺乏运动)、联合运动(镜像运动或同侧的联带运动)、手足徐动症(扭曲的扭转或转动)、共济失调(肌肉运动严重缺乏协调)、投掷症(强烈无意识的快速和不规则运动)、偏身投掷症(仅影响身体
的一侧)、运动迟缓(缓慢运动)、脑性麻痹、舞蹈病(快速无意识的运动)、西登哈姆氏舞蹈病、风湿性舞蹈病、亨丁頓舞蹈症、运动障碍(异常无意识的运动)、迟发性运动障碍、肌张力障碍(持续扭转)、肌肉组织张力障碍、眼睑痉挛、书写痉挛、痉挛性斜颈(头部和颈部的扭转)、多巴反应性肌张力障碍(日间变动的遗传性进行性肌张力不全或者Swgawa氏疾病)、特发性震颤、杰尼奥痉挛(下巴和下唇的间歇性无意识上下运动)、肌阵挛(肌肉或肌肉群的短暂无意识性的颤搐)、代谢一般性不良运动综合症(MGUMS)、镜像运动障碍(身体一侧的无意识性运动反映了另一侧的自主性运动)、帕金森氏病、发作性运动诱发性运动障碍、不安腿综合征(维特马克-克包姆氏病)、痉挛(收缩)、刻板型运动障碍、刻板症(重复)、抽动障碍(无意识的、强迫的、重复的、固定不变的)、图雷特氏综合症、震颤(摆动)、静止性震颤(4-
8Hz)、体位性震颤、动作性震颤、特发性震颤(6-8Hz可变振幅)、小脑性震颤(6-8Hz可变振幅)、帕金森氏震颤(4-8Hz可变振幅)、生理性震颤(10-12Hz低振幅)、威尔逊氏病、和抽搐。
[0450] 本发明还提供本发明低聚物的用途,其用于制备用于治疗本文所提及疾病、障碍或病症的药物。在一些实施方案中,本发明的低聚物或缀合物用于制备用于治疗tau蛋白
病、癫痫病、或它们的组合的药物。
[0451] 一般来讲,本发明的一个方面涉及治疗患有或易患与异常Tau含量相关的病症(即tau蛋白病)的哺乳动物的方法,所述方法包括向哺乳动物施用治疗有效量的低聚物,所述
低聚物靶向包含一个或多个LNA单元的MAPT转录物。通常施用有效量的根据本发明所述的
低聚物、缀合物或药物组合物。
[0452] 在一些实施方案中,如本文所提及的疾病或障碍可与MAPT基因或其蛋白产物与Tau蛋白相关或与之相互作用的基因中的突变相关。因此,在一些实施方案中,标靶mRNA为MAPT序列的突变形式。
[0453] 本发明令人关注的方面涉及如本文所定义的低聚物(化合物)或如本文所定义的缀合物的用途,其用于制备用于治疗如本文所提及的疾病、障碍或病症的药物。
[0454] 本发明的方法可用于治疗或预防由异常Tau蛋白含量引起的疾病。在一些实施方案中,由异常Tau蛋白含量引起的疾病为tau蛋白病。在一些实施方案中,tau蛋白病包括阿尔茨海默病、进行性核上性麻痹、拳击员痴呆症(慢性创伤性脑病)、额颞叶痴呆、17号染色体相关的帕金森综合症、利替可-波帝格病(关岛震颤麻痹痴呆综合症)、显性缠结痴呆、神经节神经胶质瘤、神经节细胞瘤、脑膜血管瘤病、亚急性硬化性全脑炎、铅毒性脑病、结节性硬化症、哈勒沃登-施帕茨病、皮克病、皮质基底节退化症、嗜银颗粒病、皮质基底核退化症、脂褐质沉积、额颞叶痴呆、核上性麻痹、唐氏综合症、和额颞叶变性。
[0455] 在一些实施方案中,治疗或预防的疾病或病症为神经障碍。在其它实施方案中,所述神经障碍选自进行性核上性麻痹、额颞叶痴呆-tau(FTD-tau)、17号染色体相关的额颞叶痴呆和帕金森综合症(FTDP-17)、皮质基底核退化症(CBD)、创伤性脑损伤、慢性创伤性脑病、HIV相关的神经认知障碍、嗜银颗粒病、唐氏综合症-阿尔茨海默病、遗忘轻度认知障碍-阿尔茨海默病、帕金森病痴呆症、哈勒沃登-施帕茨病(泛酸盐激活酵素相关神经退化性疾
病)、C型尼曼-皮克病、肌强直性营养不良、肌萎缩性侧索硬化症、帕金森氏病、亨丁頓舞蹈症、半侧巨脑症、结节性硬化症、2b型局限性脑皮质发育不良、或神经节细胞瘤。在一些实施方案中,所述疾病或病症为无tau蛋白病的癫痫病,例如Dravet综合症(婴儿重症肌阵挛型
癫痫)、颞叶性癫痫、大田原综合症(伴爆发抑制的早期婴儿癫痫性脑病)、Lafora病、全面性癫痫伴热性惊厥、婴儿痉挛(West综合症)、Lennox Gastaut综合症、天使人综合症、雷特综合症、Landau Kleffner综合症、局灶性癫痫、单纯局灶性癫痫(不丧失意识)、局灶性认知障碍性癫痫(意识受损)、演变成全身性僵直-阵挛(GTC)惊厥的局灶性癫痫、全身性癫痫(惊厥性或非惊厥性,伴随涉及皮质下结构的双侧放电)、失神性癫痫、肌阵挛性癫痫、阵挛性癫痫、强直性癫痫、强直-阵挛性癫痫、失张性癫痫、自闭症、自闭症谱系障碍(例如,如在精神疾病诊断与统计手册V(DSM-V)中所定义)、亚斯伯格症、广泛性发育障碍、或它们的任何组合。
[0456] 在一些实施方案中,所述神经障碍为神经退化性障碍、癫痫病、特发性成人癫痫病、或它们的任何组合。在其它实施方案中,所述疾病或病症为伴tau蛋白病的神经退化性障碍(即涉及tau蛋白在脑中累积的神经退化性疾病)、伴tau蛋白病的癫痫病(涉及tau蛋白
在脑中累积的癫痫病)、无tau蛋白病的癫痫病(不涉及tau蛋白在脑中累积的癫痫病)、无
tau蛋白病的特发性成人癫痫病(不涉及tau蛋白在脑中累积的特发性成人癫痫病)、或它们
的任何组合。在某些其它实施方案中,治疗或预防的疾病或病症为伴tau蛋白病的神经退化性疾病,例如进行性核上性麻痹、额颞叶痴呆-tau(FTD-tau)、17号染色体相关的额颞叶痴呆和帕金森综合症(FTDP-17)、皮质基底核退化症(CBD)、创伤性脑损伤、慢性创伤性脑病、HIV相关的神经认知障碍、嗜银颗粒病、唐氏综合症-阿尔茨海默病、遗忘轻度认知障碍-阿尔茨海默病、帕金森病痴呆症、哈勒沃登-施帕茨病(泛酸盐激活酵素相关神经退化性疾
病)、C型尼曼-皮克病、肌强直性营养不良、肌萎缩性侧索硬化症、帕金森氏病或亨丁頓舞蹈症。在一些实施方案中,治疗或预防的疾病或病症为伴tau蛋白病的癫痫病,例如半侧巨脑症、结节性硬化症、2b型局限性脑皮质发育不良、或神经节细胞瘤。在一些实施方案中,所述疾病或病症为无tau蛋白病的癫痫病,例如Dravet综合症(婴儿重症肌阵挛型癫痫)、颞叶性癫痫、大田原综合症(伴爆发抑制的早期婴儿癫痫性脑病)、Lafora病、全面性癫痫伴热性惊厥、婴儿痉挛(West综合症)、Lennox Gastaut综合症、天使人综合症、雷特综合症、或Landau Kleffner综合症。在一些实施方案中,治疗或预防的疾病或病症为无tau蛋白病的特发性成人癫痫病,例如局灶性癫痫、单纯局灶性癫痫(不丧失意识)、局灶性认知障碍性癫痫(意识受损)、演变成全身性僵直-阵挛(GTC)惊厥的局灶性癫痫、全身性癫痫(惊厥性或非惊厥性,伴随涉及皮质下结构的双侧放电)、失神性癫痫、肌阵挛性癫痫、阵挛性癫痫、强直性癫痫、强直-阵挛性癫痫或失张性癫痫。在一些实施方案中,治疗或预防的神经障碍为自闭症、自闭症谱系障碍(例如,如在精神疾病诊断与统计手册V(DSM-V)中所定义)、亚斯伯格症或广
泛性发育障碍。
[0457] 或者说,在一些实施方案中,本发明还涉及治疗异常Tau蛋白含量的方法,所述方法包含将本发明低聚物或本发明缀合物或本发明药物组合物施用于需要其的患者。
[0458] 本发明还涉及如本文所定义的用作药物的低聚物、组合物或缀合物。
[0459] 本发明还涉及如本文所定义的化合物、组合物或缀合物的用途,其用于制备用于治疗异常Tau蛋白含量或Tau蛋白突变体形式(例如等位变体,诸如与本文所提及疾病中的
一种相关的那些)表达的药物。
[0460] 需要治疗的患者是患有或可能患有所述疾病或障碍的患者。
[0461] 除非另外指明,本发明的实施将采用本领域技术范围内的细胞生物学、细胞培养、分子生物学、转基因生物学、微生物学、重组DNA、和免疫学中的常规技术。此类技术全面阐释于文献中。参见,例如,Sambrook等人编辑的(1989)Molecular Cloning A Laboratory Manual(第2版;Cold Spring Harbor Laboratory Press);Sambrook等人编辑的(1992)Molecular Cloning:A Laboratory Manual,(Cold Springs Harbor Laboratory,NY);
D.N.Glover编辑的(1985)DNA Cloning,第I和第II卷;Gait编辑的(1984)Oligonucleotide Synthesis;Mullis等人的美国专利4,683,195;Hames和Higgins编辑的(1984)Nucleic 
Acid Hybridization;Hames和Higgins编辑的(1984)Transcription And Translation;
Freshney的(1987)Culture Of Animal Cells(Alan R.Liss,Inc.);Immobilized Cells 
And Enzymes(IRL Press)(1986);Perbal的(1984)A Practical Guide To Molecular 
Cloning;论文,Methods In Enzymology(Academic Press,Inc.,N.Y.);Miller和Calos编辑的(1987)Gene Transfer Vectors For Mammalian Cells,(Cold Spring Harbor 
Laboratory);Wu等人编辑的Methods In Enzymology,第154和第155卷;Mayer和Walker编辑的(1987)Immunochemical Methods In Cell And Molecular Biology(Academic 
Press,London);Weir和Blackwell编辑的(1986)Handbook Of Experimental Immunology,第I-IV卷;Manipulating the Mouse Embryo,Cold Spring Harbor Laboratory Press,
Cold Spring Harbor,N.Y.(1986););Crooks,Antisense drug Technology:Principles,strategies and applications,第2版CRC Press(2007)以及Ausubel等人的(1989)
Current Protocols in Molecular Biology(John Wiley and Sons,Baltimore,Md.)。
[0462] 上文所引用的所有参考文献以及本文所引用的所有参考文献均全文以引用方式并入本文中。
[0463] 以下实施例经由例证方式而非限制方式提供。
[0464] 实施例
[0465] 实施例1:低聚物的构造
[0466] 设计多种低聚物以靶向MAPT前-mRNA的3’UTR。基因MAPT序列参见图1。例如,构造所述低聚物以靶向SEQ ID NO:1的核苷酸134,821-138,940。所述低聚物的示例性序列描述于图2、3、6和7中。在一些实施方案中,所述低聚物被设计为间隔物或混合物。图2示出设计用于所选序列的低聚物的非限制性实施例。相同方法可应用于本文所公开的任何其它序列。构造所述间隔物以保护锁核酸-LNA(大写字母)。例如,间隔物可在5’端和3’端具有β-脱氧LNA,并且具有硫代磷酸酯主链。但是LNA也可被任何其它核苷酸类似物取代,并且所述主链可为其它类型主链(例如磷酸二酯键、磷酸三酯键、甲基磷酸酯键、胺基磷酸酯键、或它们的组合)。
[0467] 采用本领域熟知的方法,合成所述低聚物。制备此类低聚物的示例性方法描述于Barciszewski等人,第10章-“Locked Nucleic Acid Aptamers”,Nucleic Acid and 
Peptide Aptamers:Methods and Protocols,第535卷,Gunter Mayer(编辑)(2009),据此将所述文献全部内容以引用的方式并入本文。
[0468] 在图2中,在序列命名中,大写命名改性核苷酸诸如LNA核苷酸(β-D-氧基、α-L-氧基、β-D-氨基或β-D-硫代LNA或其它改性核苷酸,如cEt、cMOE、UNA或ENA),而小写命名DNA核苷酸。因此,由TAGccctaaagtcCCA(SEQ ID NO:53,即ASO-000389)代表的序列代表具有5’-T和3’-A的3-10-3 16聚体改性核苷酸-DNA-改性核苷酸间隔物,诸如3-10-3LNA-DNA-LNA间隔物。一些低聚物可为如本文别处所述的交替侧翼间隔物。在一些实施方案中,具有7个核苷酸空位的交替侧翼间隔物的所选实施例为ASO-002399、ASO-002482、ASO-002437、和ASO-
002425。本文所述的任一个低聚物序列可具有图中所示的交替侧翼间隔物设计。此外,本文公开的任何一种低聚物序列可具有图2、16B和20B中所示的化学结构。
[0469] 在图2中,以下命名本发明寡核苷酸的组分,其中寡核苷酸始终以5’至3’方向示出。因此,低聚物的5’端与表中前-mRNA末端编号杂交,而低聚物的3’端与图中前-mRNA起始编号杂交。SEQ ID号的标引包括特定序列,但不包括低聚物设计或其化学结构。
[0470] β-D-氧基LNA核苷酸命名为OxyB,其中B命名核苷酸碱基,诸如胸腺嘧啶(T)、尿苷(U)、胞嘧啶(C)、甲基胞嘧啶(MC)、腺嘌呤(A)或鸟嘌呤(G),从而包括OxyA、OxyT、OxyMC、OxyC和OxyG。
[0471] α-L-氧基LNA核苷酸命名为AlfaOxyB,其中B命名核苷酸碱基,诸如胸腺嘧啶(T)、尿苷(U)、胞嘧啶(C)、甲基胞嘧啶(MC)、腺嘌呤(A)或鸟嘌呤(G),从而包括AlfaOxyA、AlfaOxyT、AlfaOxyMC、AlfaOxyC、和AlfaOxyG。C或c之前的字母M或m表示5-甲基胞嘧啶。
[0472] β-D-氨基LNA核苷酸命名为氨基B,其中B命名核苷酸碱基,诸如胸腺嘧啶(T)、尿苷(U)、胞嘧啶(C)、甲基胞嘧啶(MC)、腺嘌呤(A)或鸟嘌呤(G),从而包括氨基A、氨基T、氨基MC、氨基C和氨基G。C或c之前的字母M或m表示5-甲基胞嘧啶。包括5-甲基胞嘧啶的所述低聚物的一些示例包括ASO-002672、ASO-002658、ASO-002622、ASO-002629、ASO-002621、ASO-
002665、和ASO-002630。参见图2。
[0473] β-D-硫代-LNA核苷酸命名为ThioB,其中B命名核苷酸碱基,诸如胸腺嘧啶(T)、尿苷(U)、胞嘧啶(C)、甲基胞嘧啶(MC)、腺嘌呤(A)或鸟嘌呤(G),从而包括ThioA、ThioT、ThioMC、ThioC和ThioG。C或c之前的字母M或m表示5-甲基胞嘧啶。
[0474] DNA核苷酸命名为DNAb,其中小写b命名核苷酸碱基,诸如胸腺嘧啶(T)、尿苷(U)、胞嘧啶(C)、5-甲基胞嘧啶(MC)、腺嘌呤(A)或鸟嘌呤(G),从而包括DNAa、DNAt、DNAc、DNAmc和DNAg。C或c之前的字母M或m表示5-甲基胞嘧啶。
[0475] 核苷酸命名后的字母“s”表示硫代磷酸酯键,而不存在“s”表示磷酸二酯键。
[0476] 因此,具有序列ATTtccaaattcaCTT、具有完全硫代磷酸酯核苷酸间键的3-10-3β-D-氧基LNA-DNA-β-D-氧基LNA间隔物被命名为OxyAs OxyTs OxyTs DNAts DNAcs DNAcs 
DNAas DNAas DNAas DNAts DNAts DNAcs DNAas OxyMCs OxyTs OxyT。在一些实施方案中,所述低聚物具有硫代磷酸酯和磷酸二酯核苷酸间键的混合物。具有硫代磷酸酯和磷酸二酯
核苷酸间键的混合物的低聚物的示例包括但不限于ASO-002625、ASO-002675、ASO-002633、ASO-002640、ASO-002632、ASO-002647、ASO-002655、ASO-002641、ASO-002648、ASO-002666、ASO-002659、ASO-002652、ASO-002645、ASO-002638、ASO-003270、ASO-003269、ASO-003268、ASO-002673、ASO-002661、ASO-002654、ASO-002668、ASO-002676、AS-002669和ASO-002662。
参见图2。
[0477] 具有失配的低聚物的制备
[0478] 还采用本领域熟知的标准方法,制备在不同位置具有失配碱基的低聚物。具有失配碱基的低聚物的示例在图2或3中以“mm”提供。具体失配碱基对被加粗,加下划线,加斜体,并且突出显示。
[0479] 实施例2:体外Tau蛋白下降
[0480] 测试以MAPT转录物的3’UTR为标靶的各低聚物在其降低将完整人类MAPT基因表达为包含状病毒质粒的转基因的小鼠初级神经元中Tau蛋白方面的能力(C57-b16BAC-Tg 
hTau;Polydoro等人的J.Neurosci.(2009)29(34):10747-9)。初级hTau小鼠胚胎前脑神经元培养物不表达内源性小鼠tau,因为小鼠tau被敲除。根据制造商规程(Worthington 
Biochemical Corporation,LK0031050),通过木瓜酶煮解生成初级神经元。简而言之,从在鼠类MAPT-空背景上表达完整人类微管结合蛋白tau(MAPT)基因的hTau小鼠E18BAC-Tg胚
胎,解剖前脑,并且将其在37℃下,在木瓜酶/DNase/伊格尔氏平衡盐溶液(EBSS)的溶液中培养30-45分钟。在将细胞沉淀物研磨并且离心后,通过用包含蛋白酶抑制剂、牛血清白蛋白(BSA)和DNase的EBSS培养,来停止反应。研磨细胞,并且用补充有2%B-27、100μg/mL青霉素、85μg/mL链霉素和0.5mM谷氨酰胺的Neurobasal(NB,Invitrogen)洗涤。以15,000个细胞/孔,将经补充的NB培养基中的细胞板铺于聚-D-赖氨酸涂布的96孔光学成像板(BD 
Biosciences)上。
[0481] 获得表达人类MAPT基因的初级hTau小鼠胚胎前脑神经元培养物后,用低聚物处理培养物以抑制Tau mRNA和蛋白表达。然后使培养物经受免疫细胞化学和成像,以测定抑制。
在平铺后1天(DIV 1),移除初级hTau小鼠胚胎前脑神经元培养物上一半的经补充的
neurobasal(NB)培养基,并且更换为包含不同浓度的LNA低聚物的经补充的NB培养基。将初级hTau神经元培养物与LNA低聚物一起培养,直至平铺后13天(DIV 13)。在DIV 13,用不含钙和镁的Dulbecco磷酸盐缓冲盐水(DPBS,Invitrogen)冲洗培养物,并且在4%多聚甲醛/
4%蔗糖/DPBS中固定15分钟。冲洗培养物,然后在室温下,在加入0.1%Triton X-100(TX-
100)和3%BSA的DPBS中封阻并且可渗透化处理1小时。冲洗培养物,然后在室温下,在加入
3%BSA和0.1%TX-100的DPBS中,与初级抗体1∶500(用于测量Tau蛋白的Tau5抗体,
Invitrogen AHB0042);和1∶500的β-III微管蛋白(TuJ-1)抗体(测量神经突面积,Abcam ab41489)一起培养2小时。冲洗培养物,并且在室温下,在加入3%BSA和0.1%TX-100的DPBS中,与Hoeschst33342核染料(1∶800,Invitrogen)和AlexaFluor荧光缀合次级抗体
(Invitrogen,1∶500)一起培养一小时。充分冲洗培养物,并且储存于DPBS中,直至成像。使用Cellomics VTi自动化免疫荧光成像系统,实施成像。简而言之,使用未处理的细胞,将各荧光通道的饱和度设定为70%。然后自每孔获取12个连续图像,并且使用Cellomics VTi 
SpotDetector(第4版)影像分析软件,计算Tau和TuJ-1蛋白的总荧光强度和总荧光面积。为评定低聚物处理导致的Tau蛋白减少,创建每孔的Tau5总荧光强度对Tuj-1总荧光面积的比
率(Tau/TuJ-1),然后将所有数据归一化至未处理孔的平均Tau/Tuj-1比率。TuJ-1强度用作各样品的内标。为评定来自低聚物处理的神经突/神经元毒性,将每孔的Tuj-1总荧光面积
归一化至未处理孔的平均Tuj-1总荧光面积。还获取每孔的核数,作为与LNA低聚物处理相
关的另选毒性量度。数据表示为平均值±S.D.。对于免疫细胞化学,数据点代表一式三份处理的孔的平均值±S.D.。使用以宽浓度范围的LNA低聚物处理的孔生产功效值,分析其与来
自盐水对照样品的归一化值相比的所得归一化Tau/Tuj-1和Tuj-1值。使用非线性回归来实
施分析,将最高值和最低值分別设定为100%和0%固定值,其中100%抑制代表与对照样品相比,信号完全减少(图3)。对于qPCR,使用单因子ANOVA,以Dunnett的多重比较测试分析数据,以比较盐水处理组与LNA低聚物处理组。将统计学显著性设定为p<0.05的值。
[0482] 将各低聚物对Tau蛋白的减少与盐水相比较。Tau蛋白减少与盐水相比较的结果示于图3中。如果反义寡核苷酸处理的神经元中的Tau蛋白含量等于或高于对照细胞中的,则
抑制百分比表示为零抑制。反义低聚物所抑制的标靶区域被视为Tau转录物上的“热点”。
[0483] 在平铺后1天(DIV01),将低聚物稀释于水中,并且加入到细胞中,至5μM最终浓度。对于IC50测定,用5μM最高浓度处理神经元,并且使用1∶3的浓度反应稀释来定义IC50值。某些低聚物的计算IC50值示于图6中。
[0484] 实施例3:自发钙振荡测量
[0485] 本申请示出,细胞内游离钙浓度的振荡(钙振荡)的下降对应于低聚物对细胞神经毒性的增加。可如本文所述,确定降低量以及其对应于神经毒性增加的程度。为测定初级皮质神经元自发钙振荡,由Sprague-Dawley大鼠胚胎(E19)制备大鼠初级皮质神经元。在包含B27补充剂和2mM谷氨酰胺的25μL/孔Neurobasal培养基中,将细胞以25,000个细胞/孔平铺至384孔聚-D-赖氨酸涂布的荧光成像读板机(FLIPR板)(Greiner Bio-One)上。在37℃下,
使细胞在5%CO2中生长11天,并且在DIV04和DIV08提供25μL额外培养基,以供在DIV11上使用。在实验当天,自板移除培养基,并且用50μL/孔的37℃分析缓冲液(Hank平衡盐溶液,包含2mM CaCl2和10mM Hopes pH7.4)将细胞洗涤一次。在存在和不存在1mM MgCl2下,测定振荡(图4)。向细胞加载细胞永久性荧光钙染料fluo-4 AM(Life Technologies)。以在包有
20%plutonic F-127的DMSO中,以2.5mm制备Fluo-4 Am,然后以1∶1000稀释于分析缓冲液中。在37℃下5%CO2中,将细胞与20μL的2.5μM fluo-4 AM一起培养1小时。1小时后,加入20μL室温分析缓冲液,并且允许细胞在室温下再平衡10分钟,然后置于FLIPR中。在加入反义低聚物之前,经100秒(1次读取/秒)读取基线信号(细胞内钙的测定)。用FLIPR中的384孔
头,将低聚物以75μM加入到20μL分析缓冲液中,达到25μM最终浓度。加入低聚物后,再经200秒(1次读取/秒)读取FLIPR信号。在FLIPR上实施第二次5分钟加入后读板(300个1秒点),以允许捕获额外数据。输出来自5分钟读取的原始数据,并且使用Excel计算峰值振幅和频率
通过测定对照(未处理)孔的300秒读取的平均FLIPR信号,实施计算。对于所处理的孔,研发评分系统,其中对于每个其中信号增加大于平均对照值(上文计算出的)的50%的1秒读取,给予1分。对于每个增加小于平均对照值50%是1秒读取,给予0分。出于图示目的,对于每个处理,计算总分,并且将其转化为对照百分比。如果反义低聚物产生的钙振荡反应大于仅
AMPA的那些,则对照百分比表示为大于100%(图6)。
[0486] 在存在和不存在作为Mg2+离子源的1mM MgCl2的两个条件下,测定低聚物对初级神经元自发钙振荡的效应,如先前所述(Murphy等人,J.Neurosci.12,4834-4845(1992))。对分离的N-甲基-D-天冬胺酸盐(NMDA)-受体介导的钙振荡和α-氨基-3-羟基-5-甲基-4-异噁
唑丙酸(AMPA)-受体介导的钙振荡,实施该测定。示于图4中的数据显示,加入AMPA受体拮抗剂6-氰基-7-硝基喹喔啉-2,3-二酮(CNQX;3μM)使钙振荡降低20%,代表分析中的总AMPA反应(图4示出AMPA标记条)。当(NMDA)受体功能被1mM MgCl2阻断时,钙振荡被进一步降低约
80%(显示NMDA标记条)。
[0487] 在存在或不存在1mM MgCl2情况下(在每种情形中代表100%对照;图5),评定反义低聚物对NMDA或AMPA介导的自发钙振荡的抑制。加入25μM反义低聚物(ASO)抑制AMPA受体
但不抑制NMDA受体介导的振荡(图5)。显示ASO和其它行为类似的低聚物对体内中枢神经系
统(CNS)网络活性和体外电生理自发神经元活性具有负面影响(数据未示出)。Tau反义寡核
苷酸对初级神经元中自发钙振荡的影响概述于图6中。参见Murphy等人,J.Neurosci.12,
4834-4845(1992)。
[0488] 测定本发明低聚物的钙振荡降低,并且概述于图6中。选择钙振荡分析中显示大于对照物25%的低聚物,以用于进一步分析。
[0489] 实施例4:序列评分计算
[0490] 本申请还示出,如本文所计算的低聚物序列评分对应于低聚物的神经毒性。在本发明的某些方面,序列评分越高,低聚物的神经毒性越低。可如本文所述确定不同截止值,超过所述截止值,则序列评分指示低聚物具有降低的神经毒性。
[0491] 计算各低聚物的序列评分,以预测低聚物的适宜性和神经毒性。序列评分是针对所有低聚物测定的数学计算,并且基于给定低聚物序列内G和C核苷酸或其类似物的百分
比。将下式应用于所有低聚物以计算序列评分:
[0492]
[0493] 给出低聚物ASO-000013(SEQ ID NO:686;序列评分0.25)的示例性计算:ATTtccaaattcaCTT:4-0/16=0.25的序列评分。
[0494] 计算所选低聚物的序列评分,以用于进一步研究。为确定序列评分的截止值,如实施例5中所示实施体内耐受性研究。
[0495] 实施例5:体内耐受性和体内Tau mRNA下降
[0496] 测试低聚物的体内耐受性,以观察在注入到动物中时耐受低聚物的程度。
[0497] 受试者
[0498] 测试小鼠和大鼠中的低聚物体内耐受性。用于Tau qPCR和行为研究的动物是成年C57Bl/6J雌性小鼠(20-30g;Jackson Laboratories,Bar Harbor,ME),每笼容纳3-4只。将动物保持在维持恒定温度(21±2℃)和湿度(50±10%)并且每天照明12小时(在0600小时
开灯)的饲育室中。在一些情形中,使用雄性和雌性转基因小鼠(30-40g)来评价药效动力学端值和组织药物浓度,所述小鼠表达由tau启动子驱动的源自人类PAC H1单倍型的tau转基
因(Polydoro等人,J.Neurosci.(2009)29(34):10741-9),并且其中天然小鼠Tau基因缺失。
对于鞘内注入研究,将雌性Sprague-Dawley大鼠(在测试时180-225g;Harlan)单独饲养在
饲育室中,所述饲育室维持在恒定温度(21±2℃)和湿度(50±10%)下,并且每天照明12小
时(在0600h开灯)。在整个研究期间,所有动物可随意获得食物和水。在0700和1500小时之间实施行为研究。根据Bristol-Myers Squibb Company的动物护理和使用委员会指南以及
由国立卫生研究院公布的“Guide for Care and Use of Laboratory Animals”来维护动
物。研究方案经Bristol-Myers Squibb Company动物护理和使用委员会批准。
[0499] 施用途径-脑室内或鞘内注射。
[0500] 通过脑室内(ICV)注射或鞘内注射,将低聚物施用于小鼠。根据Haley和McCormick的方法,使用配备有27或30号针的Hamilton微型注射器,实施脑室内注射。针在距离尖端
2.5mm处配备有聚乙烯护套,以限制其向脑中的穿刺。使用异氟醚麻醉剂(1.5-4%)麻醉小
鼠。用一只手的拇指和食指,经由颈背部的松垂皮肤,来固持重20-30g的待注射小鼠。然后施加温和但稳固的压力,通过压靠在坚实平坦水平表面上,固定动物头部。然后在距前卤横侧约1mm且尾侧1mm处,插入针尖穿过头皮和颅骨。一旦针定位,提供5微升体积的盐水媒介物中的反义寡核苷酸,并且经20-30秒注射到右(或左)侧脑室中。移除前,使针留在原地10秒。此过程无需手术或切口。使动物在热垫上取暖,直至它们从过程中恢复。在给药后之多个时间点,例如给药后1周至16周,在上或RNAlater中收集脑组织(右侧额叶皮质区),分別用于药物浓度分析和Tau qPCR。
[0501] 对于小鼠的鞘内(IT)注射,将动物维持在轻度异氟醚麻醉剂(1.5-5%)下。通过骨盆带将小鼠牢固保持在一只手中,并且将连接至Hamilton注射器的30G 1.3厘米(1/2英寸)
针垂直于脊柱插入介于L5与L6背侧面之间的组织中。在针进入蛛网膜下空间时,观察到尾
部突然侧向移动。使用此反射作为对于IT施用成功置针的指示。将5-10μL体积的反义寡核苷酸缓慢注射(经约60秒)至蛛网膜下空间中。
[0502] 对于大鼠的鞘内注射,使用Yaksh和Rudy,Physiol.Behav.(1976)17(6):1031-6描述的方法,以手术方式植入鞘内导管。将大鼠安置到立体定位框架上,冰且通过鼻锥维持异氟醚麻醉。大致在接合线处开始切开皮肤切口,并且沿中线向尾侧延伸约3cm。在肌肉中线两侧约3mm处,侧向切开连接至颅骨枕脊的肌肉。使用牵引器或钳子,将肌肉向尾侧剥离,以暴露颅骨底部的脑池膜。自该膜谨慎移除筋膜和组织。使用16-22号针的弯曲斜面端,在脑池膜中产生1-2mm侧向切口。将由聚乙烯管(延伸至约1.3mm外径的PE10管)制得的灭菌IT导管插入穿过切口,并且谨慎地穿过蛛网膜下空间向尾侧前进,同时将其在拇指与食指之
间旋转,同时用另一只手温和牵拉尾根以对准脊髓。如果遇到任何阻力,则略微收回导管,并且再次缓慢前进。一旦导管已前进至期望区域,则将其用20μL无菌盐水冲洗,并且使用19号针,在距切口约1cm处透皮穿过颅端。用插针塞住导管。在手术后5天中,向大鼠经口施用抗生素。在手术后至少5天,将单一反义寡核苷酸注射剂稀释于水中,并且通过可编程输液(Knopf),以10μL/分钟的速率递送10μL至50μL体积。在即将递送反义寡核苷酸前,提供5μL的简短盐水冲洗,并且在寡核苷酸递送后,立即以10μL/分钟速率提供10μL盐水冲洗,以覆盖导管的死体积(6-7μL)。而且1-2次/周向动物提供20μL盐水冲洗,直至用于实验。
[0503] 急性耐受性行为评价
[0504] 在单一注射反义寡核苷酸ICV(脑室内)或IT(鞘内)后1小时,观察动物的行为副作用,并且针对副作用的严重程度,按零(无副作用)至20(惊厥导致安乐死)的标度进行评分。
将耐受性标度分为5个神经行为类别:1)过动2)降低活性和唤醒度3)运动功能障碍/共济失
调4)异常姿势和呼吸以及5)震颤/惊厥。每一类別按0-4标度评分,其中最差可能总分为20。
观察动物在饲养笼中的行为变化,然后将它们从饲养笼中移出,以供更详细的观察,包括测定握力和翻正反射。
[0505] 新物体识别
[0506] 使用新物体识別(NOR)任务,测定短期识別记忆。NOR测试基于啮齿类动物探索新物体多于探索熟悉物体的自发行为(Dodart等人,Neuroreport(1997)8(5):1173-8;
Ennaceur和Delacour,Behav.Brain Res.(1988)31(1):47-59)。在训练(T1)与测试(T2)时段之间的1小时保留间隔后,自训练时段记住物体的小鼠将在测试时段显示对新物体的偏
好。对于这些实验,将动物处理3天,并且在测试时段前一天,使其习惯所述室(48cm×38cm×20cm)。所述室由聚乙烯制得,并且内衬有乙烯地板。在测试当天,将动物置于矩形测试室中,并且允许其在15分钟训练期探索两个相同物体(7.6cm高×5.1cm宽)。1小时后,将小鼠
放回测试室中进行10分钟测试时段,此次具有一个它们在训练期间已观察过的物体,和新
物体。在训练和测试时段之间,以及在受试者之间,用25%乙醇将物体充分清洁,并且在当天结束时,用温和清洁剂再次清洁。仅在动物鼻子指向物体时,才视为物体探索。使用
ObjectScan跟踪软体(Cleversys,Reston,VA),记录探索。数据报导为探索物体花费时间的百分比(即新时间/新时间+熟悉时间*100)。
[0507] Morris水迷宫
[0508] 基于Morris水迷宫分析,评定空间学习和记忆(Morris J.Neurosci.(1984)11(1):47-60)。水迷宫代表具有120cm直径的池。使用白色无毒蛋彩颜料(20℃±1),使水不透明。所述池围绕有不同的迷宫外暗示。
[0509] 在隐藏平台训练之前,通过在2次预训练试验期间使它们沿矩形通道向下游,使所有小鼠暴露于水迷宫池。将逃生平台置于通道中间。如果小鼠在60秒试验期间未能找到并
且登上平台,则将该小鼠引导至该平台,并且使其停留至多10秒。在预训练后,使小鼠经历隐藏平台训练,在此期间使10×10cm平台浸没于表面下方1.5cm处。在整个训练期间,平台
位置保持不变,而放置位置在4次每日试验之间以及4天训练中随机改变。连续4天,小鼠每天接受2个时段。每一时段由2次试验和10分钟试验间间隔组成。每次试验允许的最长时间
为60秒。如果小鼠未找到或登上平台,则由实验者将所述小鼠引导至所述平台。在每次训练试验后,允许所有小鼠在平台上停留10秒。
[0510] 对于探查试验,移除平台,并且允许每只小鼠游泳60秒。探查试验的放置位置距隐藏平台训练期间所用的平台位置180°。在60秒后,将小鼠引导至平台位置,之后取回。对于早期记忆检索,在最后一次隐藏平台训练后2小时探查小鼠;在最后一次隐藏平台训练后16小时,评定长期记忆回忆。在16小时探查试验后2小时,所有小鼠经历可见平台训练,其中将位置暗示(使用乐高建造的柱杆)置于隐藏平台上方。向小鼠提供2次训练试验。用视频跟踪系统(Cleversys,Inc)记录所有行为。自动记录逃避延迟、行进距离、游泳路径、游泳速度和平台穿越,以供后续分析。
[0511] 猫道
[0512] 猫道(Noldus,The Netherlands)是自动化并且计算机化的步态分析技术,所述技术允许客观量化多个静态和动态步态参数。将小鼠置于猫道一端上,并且允许自由探索3分钟,或直至它们进行5次顺从试验,以先发生者为准。使用猫道软件输出数据并且归类。使用经归类试验的平均值进行数据分析。所关注测量包括但不限于:痕迹位置或后爪位置与同
侧前爪先前放置之间的距离、双后肢同时起始和终止触地时间、爪摆动速度、以及步循环中足立或爪与玻璃板接触的持续时间。
[0513] 行为统计
[0514] 使用GraphPad Prism(GraphPad Software,Inc.,La Jolla,CA),实施所有行为测试的统计分析。对于NOR,使用用于组内分析的配对t-测试,或通过用于组间分析的ANOVA和随后的Dunnett事后测试,来分析数据。对于MWM,使用重复MWM ANOVA分析采集阶段,并且使用单因子ANOVA和之后的Dunnett事后测试进行探查试验分析。
[0515] 脑Tau mRNA分析
[0516] 脑同质化
[0517] 使用Quiagen TissueLyzer II,将小鼠脑组织在10x体积的补充有磷酸酶抑制剂混合物组2和3、1mM PMSF(Sigma,Saint Louis,MO)和无EDTA的全蛋白酶抑制剂混合物
(Roche,Indianapolis,IN)的高盐/蔗糖缓冲液(10mM Tris-HCl,pH 7.4,800mM NaCl,10%蔗糖(w/v),1mM EGTA)中匀化。将均质物在4℃下以20,000×g离心20分钟。将上清液在4℃
下以100,000Xg离心1小时,并且分析上清液。
[0518] RT-PCR分析
[0519] 对于cDNA合成和后续PCR,将来自脑组织的300ng RNA加入到96孔板(Axygen,PCR-96-C-S)的1个孔中。向每孔中加入7.5μL主混合物(每次反应5μL 2.5mM NTP混合物和2.5μL随机引物),并且将板以1000rpm离心,并且在70℃下,在热循环仪中放置3分钟。将板立即在冰上冷却,并且加入4μL主反应混合物。在PCR之前,将板短暂离心以在孔底部收集样品。在
42℃下进行60分钟,在95℃下进行10分钟,之后保持在4℃下,实施cDNA合成。将cDNA样品用分子生物学等级的水以1:3稀释,并且储存于-20℃下直至进一步使用。
[0520] 对于PCR,各样品一式三份,用两个探针组运行(MAPT:Taqman表达分析Hs00902193_m1;RhoA:Taqman表达分析;GAPDH Taqman表达分析Hs01922876_u1)。向每个反应物中加入4μL预先稀释的cDNA以及6μL主混合物,并且将板离心。将样品在95℃下培养20秒,接着进行40个95℃下1秒以及60℃下20秒的循环。
[0521] 使用δδCt方法分析数据,其中首先将每个样品归一化至GAPDH,然后表示为未处理对照动物的百分比(参见图7)。
[0522] 结果
[0523] 将ICV注射100μg反义寡核苷酸后的体内累积耐受性临限值设定为4。图8A中的相关性分析显示,体内耐受性低于4的低聚物趋于具有等于或高于0.2的序列评分。图8B中的
正方形代表低聚物,所述低聚物不仅基于体外Tau蛋白减少,而且基于通过上文所列微管蛋白和自发钙振荡标准评价的初级神经元健康和活性,进行优先级排序。体外功效数据与体
内tau mRNA减少非常一致,从而允许额外的低聚物优先级排序。识别以3’UTR中核苷酸处或与3’UTR中核苷酸部分重叠的MAPT为标靶的有效LNA寡核苷酸,并且发现其在体外初级神经元中以及在体内ICV施用后耐受良好(参见图7)。
[0524] 图7中所示的体内急性耐受性评分和脑tau mRNA%对照数据显示,与标靶MAPT mRNA序列杂交的所选低聚物耐受良好,并且有效降低体内Tau mRNA(例如ASO-000013-
ATTtccaaattcaCTT-SEQ.ID No.686:138,888-138,903)。
[0525] 实施例6:低聚物优先次序
[0526] 本文所述分析可与所选低聚物组合用于进一步测试。所选低聚物的性质可如表1中所示来描述。基于这些标准,针对额外的体外和体内剂量-反应测试,选择某些低聚物。
[0527] 表1:用于优先考虑进行额外测试的低聚物的标准汇总
[0528]测定 优先标准
Tau蛋白减少 >70%的Tau蛋白(5μM低聚物)减少
钙振荡 <25%的钙振荡减少
序列评分 序列评分≥0.20
[0529] 在另一个实施方案中,可基于以下特征选择低聚物:(1)Tau蛋白减少>30%的Tau蛋白(5μM低聚物)减少;(2)钙振荡<25%的钙振荡减少;以及(3)等于或大于0.2的序列评分。
[0530] 实施例7:体内数据
[0531] 将低聚物注射到动物中,以测定它们对Tau表达以及对动物行为特性的效应。
[0532] 研究动物和施用途径
[0533] 用于该实施例中的动物是与实施例5中所述相同的小鼠和大鼠,并且以与实施例5中所述相同的方式来处理。如实施例5中所述,将动物注射。
[0534] 如实施例5中所述,实施RT-PCR分析。
[0535] 跑轮分析
[0536] 饲养笼跑轮分析测定随意自由旋转跑轮(Columbus Instruments)中的自发活动。每个轮具有磁性传感器,所述传感器连接至计算机介面,并且以使用者指定的间隔记录轮
转数。在该研究中,将小鼠单独置于具有跑轮的笼中,并且以15分钟增量连续监测轮旋转。
为了能够习惯并且建立基线活动水平,经7天测试对照和测试小鼠,之后将它们转移到干净笼中,并且通过ICV注射给予盐水或100ug ASO-000774。处理后2周,使小鼠返回跑轮笼,以经7天评定治疗效果。
[0537] 脑Tau mRNA分析
[0538] 脑匀质化
[0539] 如实施例5中所述,将小鼠脑组织匀质化。存活和热性惊厥数据(Gheyara等人,Ann Neurol.2014;76(3):443-456)。
[0540] 热诱导的癫痫:如所述使用加热灯,在P30-45小鼠中诱导癫痫(Oakley等人,Proc Natl Acad Sci U S A 2009;106:3994-3999),不同的是,使用2分钟适应期。通过Cox比例风险回归,使用R存活包(Themeau TM.Survival analysis.R包,版本2.37-4 ed2013),分析存活和热性惊厥数据,并且用Holm方法,对于多重比较进行校正(Holm S.Scand J Stat 1979;6:65-70)。对于脑切片中药物诱导的癫痫活动的分析,使用R包拟合线性混合效应模型(Laird等人,Biometrics 1982;38:963-974)。包括每只小鼠和每种基因型的随机截距,使得由于“部分汇集”而不需要多重比较校正。5000次抽取获得参数估计值,并且将95%信赖区间(CI)估计为这些抽取的第2.5和第97.5分位数。通过围绕差异反演模拟CI,计算概率值。单独实施对log(峰频率10.1)和log(脉冲频率10.1)的分析。
[0541] CSF采集
[0542] 所有动物方案均经Wallingford BMS动物护理和使用委员会批准。放血后,自小鼠小脑延髓池采集CSF,如Barten等人,J Alz.Res.24:127-141(2011)所述。简而言之,在解剖显微镜下用30号针刺穿硬脑膜后,用P20移液器采集CSF。监测体温,并且使用加热垫和灯,使其维持在正常水平。在暴露小脑延髓池并且使用1mL胰岛素注射器抽出后,自大鼠采集
CSF。将CSF置于冰上,短暂离心以移除任何红血球,转移至另一管中,同时测量体积,并且在干冰上冷冻。在单一弹丸式ICV注射ASO-000013后4周后,观察通过Tau蛋白酶联免疫吸附测定(下文所述的ELISA)测量的CSF Tau蛋白减少(数据未示出)。
[0543] Tau蛋白酶联免疫吸附测定(ELISA)
[0544] 对于脑组织,使用BT2(针对Tau氨基酸194-198的抗体,Thermo Scientific),在37℃下以2.5μg/mL的浓度涂布96孔黑色ELISA板(Costar)1小时。在TBST中洗涤后,将板用3%牛血清白蛋白的TBS溶液封闭。将重组人类Tau441(rPeptide;Bogart,GA)或脑均质物的1∶5000稀释液稀释于1%BSA+0.05%Tween-20的TBS溶液中。将碱性磷酸酶缀合的Tau-5(针对
Tau氨基酸210-230的抗体,Covance,Emeryville,CA)以1∶2000稀释度加入到样品中,以在4℃下振荡共培养过夜。在TBST中洗涤后,用得自Applied Biosystems的Tropix CDP Star检测试剂放大信号。在Envision(Perkin Elmer)上读取化学发光信号。对于CSF样品,该ELISA以384孔形式实施,以使所需CSF体积最小。将10μL的CSF的1∶2稀释液加入到每孔中。
[0545] 原位杂交
[0546] 在固定的20μm新鲜冷冻脑切片上,实施Tau mRNA或ASO-000013的原位杂交(ISH)检测。使载玻片解冻,室温下在4%多聚甲醛中固定10分钟,在磷酸盐缓冲盐水(PBS)中洗
涤,并且在室温(RT)下用0.25%乙酸酐/0.1M三乙醇胺乙酰化10分钟。在PBS洗涤后,67℃下将每个载玻片在0.7mL预温热杂交缓冲液(HB)、50%甲酰胺/5X盐水柠檬酸钠(SSC)、100μg/mL酵母tRNA、1X Denhardt中预杂交30分钟。在90℃下将5’FAM标记的ASO-000013正义探针(与所有LNA探针互补,ASO-000067=SPC-11404)加热4分钟,在冰上冷却,然后稀释于HB中。
使用hybrislip(Electron Microscopy Sciences,Hatfield,PA),67℃下将载玻片在
0.45mL中杂交30分钟。随后将它们浸于0.1X SSC中,然后在67℃下,在0.1X SSC中洗涤3次。
然后将载玻片在3%过氧化氢中处理10分钟,在PBS中洗涤,并且在RT下,在0.1M Tris-HCl、pH 7.5、0.15M NaCl、0.5%封闭剂(FP1020,Perkin Elmer Waltham,MA)中封闭15分钟。此后,在RT下,在兔抗荧光素-辣根过氧化物酶中培氧30分钟。在TBST洗涤(具有0.05%Tween 
20的Tris缓冲盐水)后,实施酪胺信号放大(TSA Plus,Perkin Elmer)。载玻片在TBST中洗涤,使用DAPI进行核染色,并且使用Prolong Gold(Invitrogen,Carlsbad,CA)安置盖玻片。
对于显色检测,将载玻片(TSA洗涤后)第二次与抗荧光素-HRP一起在RT下培养30分钟,在
TBST中洗涤,并且使用DAB基质(Quanto,Thermo Scientific,Freemont,CA)显色。Tau mRNA和ASO-00013低聚物ISH示出,在单一ICV弹丸式注射100μg ASO-000013后,tau mRNA减少和低聚物在小鼠脑中均匀分布(数据未示出)。
[0547] 结果
[0548] 在施用不同低聚物后,测量小鼠中人类tau mRNA含量的体内降低(图7)。如图9A和9B中所示,在将100μg ASO-000013(即ATTtccaaattcaCTT,其中大写字母代表LNA核苷酸,而小写字母代表DNA核苷酸)单一ICV推注施用至野生型C57小鼠(N=12)后,脑Tau mRNA和Tau
蛋白随时间推移减少。注射后2、4、8和12周,测定Tau mRNA表达(归一化至GAPDH)。注射后2、
4、8和12周,测定Tau蛋白(盐水%)含量。该低聚物产生Tau mRNA和蛋白质的持久减少,其中Tau蛋白在单一ICV弹丸式注射后12周后仍下降。本发明内所定义的其它低聚物在持久组织
低聚物暴露(图10)下展现出Tau mRNA(如通过qRT-PCR所测)和蛋白质(如通过ELISA所测
(进一步描述于下文中))的更显著下降。
[0549] Tau mRNA减少
[0550] 在经由脑室内或鞘内给药直接施用至脑脊液(CSF)中时,类似于ASO-000013、ASO-000757、ASO-000762、ASO-000761、ASO-000758、ASO-000760和ASO-000759的寡核苷酸或低聚物显示初级hTau神经元中Tau蛋白的有效敲低以及良好的体外和体内耐受性(参见例如
图7)。在C57 bl6小鼠中,在脑室内施用100ug后,它们还在脑中展示稳健持久的tau降低(图
7)。在被这些低聚物处理的初级神经元中,未观察到初级神经元中钙振荡的抑制。初级神经元中钙振荡的该抑制是直接注入CSF中时与网络功能障碍相关的急性体内耐受性问题的明
显指示。
[0551] 在100μg脑室内(ICV)弹丸式注射后,低聚物如ASO-000013产生持续的Tau降低(参见图9)。将100μg/5μL注射到wt C57小鼠中,在wt小鼠中进行3个月研究;N=12。实现稳健并且持续的Tau RNA(图9A)和蛋白质(图9B)减少;3×33ug脑室内弹丸式注射产生类似结果
(数据未示出)。
[0552] 在将类似于ASO-000013和ASO-000757的低聚物鞘内(IT)注射至腰部留口的大鼠中之后,还观察到剂量依赖性Tau RNA下降(数据未示出)。将300μg的ASO-000013或ASO-
000757单一弹丸式IT注射注射至腰部插管的大鼠中(如上文所述)。在使用这些代表性低聚
物的所建议临床施用途径进行单一弹丸式施用后3天和4周,观察到稳健并且持续的脑Tau 
mRNA下降(图11)。IT施用是治疗tau依赖性障碍的优选临床途径。
[0553] Tau蛋白减少
[0554] 将3’UTR中的Tau ASO以100μg脑室内(ICV)施用于hTau或野生型B16小鼠,以理解Tau蛋白减少相对于mRNA减少的滞后。在这些研究期间,在单一100μg ICV推注剂量后,多种Tau ASO在4周后不耐受。该区域中的一些最有效Tau ASO还降低非预期标靶Ras同系物基因
家族成员A(“RhoA”)的表达。RhoA是Rho家族中的较小GTPase蛋白。尽管RhoA活性的效应并不是众所周知的,但它主要与细胞骨架调节相关,大部分是肌动蛋白应力纤维形成和肌动
球蛋白收缩力。在人类中,这由基因RHOA编码。RHOA基因包含actttatttccaaatacacttcttt序列(SEQ ID NO:959)。图12示出,RHOA基因片段与所选低聚物(例如ASO-000757、ASO-
000755或ASO-000753)具有一至四个碱基对失配。
[0555] 在空位设计和翼设计中,将某些传统间隔物序列进一步改性。具体地,将传统间隔物设计转化为交替侧翼间隔物设计(例如ASO-001967、ASO-001941、ASO-001933和ASO-1940)。图12显示,在单一100μg ICV推注剂量后,传统间隔物在4周后不耐受,而交替侧翼间隔物展现超过4周的耐受性。
[0556] 图12还显示,微管蛋白(Tuj1)与所示ASO的长期耐受性高度相关。大于25%的Rho A减少也与缺乏长期耐受性相关(在图12中显示,在单一ICV弹丸式注射100μg各ASO后大于4周)。
[0557] 如上文所述,在小鼠中以单一脑室内(ICV)推注施用ASO-001933(100μg-200μg),并且产生大于50%的脑Tau蛋白减少,所述减少在hTau小鼠中持续4-12周。在这些剂量水平下,在小鼠中单一ICV剂量后的20周期间,没有毒性临床症状,并且未观察到明显或组织学发现。还施用ASO-000013,并且提供类似于ASO-001933的结果。单一ICV弹丸式注射100μg,在通过新物体识別或情境恐惧条件所评定的认知中,如通过猫道、旋转棒和跑轮所评定的运动功能中,未产生不良的变化(数据未示出)。在携袋完整人类tau基因(hTau)的Tau敲除
小鼠中,人类Tau脑mRNA和蛋白质减少的EC50为~2.72μg/g(414nM)。如图13所示,在hTau小鼠脑中单一脑室内(ICV)注射后,ASO-001933(Tau ASO)产生持久的剂量反应性脑hTau蛋白
下降。在hTau小鼠中,ICV注射盐水或50μg、100μg、150μg和200μg的Tau ASO(n=10/组)。在给药后8周解剖额叶皮质区,以通过ELISA(BT2/HT7)测定总Tau蛋白含量。使用二因子ANOVA和Bonferroni事后分析,***p<0.001。误差线代表SEM。
[0558] 在tau蛋白病(Tg4510)和Dravet综合症小鼠模型中,研究脑Tau蛋白阻抑程度与功能结果量度之间的关系。这些基因学小鼠模型中产生的初始数据(图14和图15)表明,与对
照相比,脑可溶性和不溶性Tau蛋白的约25%-50%下降足以潜在功能性改善tau蛋白病变
如PSP和/或顽固幼儿癫痫如Dravet。具体地,图14A显示,ASO-000774的单一100μg ICV推注减少总Tau蛋白。通过使用本文所述的BT-2和HT-7ELISA,测量蛋白质减少。p<0.05使t-测试不配对。图14B中,在如上文所述的跑轮分析中,评定Tg4510和双阴性同窝出生仔畜对照物(Dbl Neg)。ASO-000774的单一100μg ICV推注将Tg4510的过动逆转至Dbl Neg同窝出生
仔畜对照物的程度,p<0.05二因子RMANOVA,之后进行Bonferroni事后测试。
[0559] 另外,与对照相比,脑可溶性和不溶性Tau蛋白的约25%-50%下降足以改善SCNA1基因中具有突变的Dravet小鼠存活和热致癫痫(图15)。单一ICV施用20μg或37μg以Tau 
mRNA的3’-UTR区域为标靶的Tau ASO-000762所处理的Dravet小鼠在出生后10天表现出约
20%-50%的Tau蛋白下降(数据未示出)。此外,如图15A所示,与同窝出生仔畜对照物相比,Dravet小鼠在介于30-55天之间显示出更大的活体小鼠百分比。通过Cox比例风险回归,显
示显著治疗效应。测试Dravet小鼠,以测定体温过高诱导的全身性强直-阵挛性癫痫
(GTCS)。图15B显示,20μg的ASO-000762在注射后8-9周抵抗Dravet小鼠中体温过高诱导的全身性强直-阵挛性癫痫(GTCS)。与体内Dravet研究一致,在衍生自Dravet和人类同基因型对照诱导性多能干细胞(“iPSC”)的神经元中测试的ASO-001933校正由一种或多种神经递
质诱导的网络活性(数据未示出)。
[0560] 实施例8:靶向5’UTR和/或外显子2的低聚物构造
[0561] 设计多种低聚物以靶向MAPT前-mRNA的5’UTR和/或外显子2。基因MAPT序列参见图1。例如,构建所述低聚物以标靶SEQ ID NO:1的核苷酸72,802-73,072。所述低聚物的示例性序列描述于图16A和图16B中。在一些实施方案中,所述低聚物被设计为间隔物或混合物。
图16A和图16B示出用于所选序列的低聚物设计的非限制性示例。相同方法可应用于本文所
公开的任何其它序列。构造所述间隔物以保护锁核酸-LNA(大写字母)。例如,间隔物可在5’端和3’端具有β-脱氧LNA,并且具有硫代磷酸酯主链。但是LNA也可被任何其它核苷酸类似物取代,并且所述主链可为其它类型主链(例如磷酸二酯键、磷酸三酯键、甲基磷酸酯键、胺基磷酸酯键、或它们的组合)。SEQ ID号的标引包括特定序列,但不包括低聚物设计。
[0562] 采用本领域熟知的方法,合成所述低聚物。制备此类低聚物的示例性方法描述于Barciszewski等人,第10章-“Locked Nucleic Acid Aptamers”,Nucleic Acid and 
Peptide Aptamers:Methods and Protocols,第535卷,Gunter Mayer(编辑)(2009),据此将所述文献全部内容以引用的方式并入本文。
[0563] 实施例9:食蟹猴中的Tau mRNA和蛋白减少
[0564] 进行性核上性麻痹(PSP)是神经退化性综合症,其临床特征在于进行性姿势不稳定、核上性凝视麻痹、帕金森氏症和认知损害。经由tau阳性神经原纤维缠结在自大脑皮层、基底神经节延伸至小脑和脑干的脑区域中的积聚,在神经病理学上定义PSP。受影响最严重的脑区域包括脑干黑质、脑桥核和小脑齿状核。据信,这些区域中的Tau蛋白病变支持PSP的若干临床特征,诸如姿势不稳定、发音障碍和凝视麻痹。脑区域中对Tau mRNA转录物的抑
制,从而对蛋白质的抑制可对PSP患者的治疗具有治疗意义。
[0565] 受试者为研究开始时重3.5-10.0kg的雄性食蟹猴。向每只食蟹猴植入鞘内CSF导管,所述导管在L3或L4椎骨进入,延伸至L1椎骨附近。导管近侧端部连接至皮下接入端口。
通过所述端口,经由重力流动收集CSF至最大0.5mL CSF/样品。将CSF离心,并且将上清液保持在-90℃下,直至分析。将得自可用静脉的血浆保持在-90℃下,直至分析。
[0566] 以0.33mL/min向食蟹猴施用1.0mL体积的溶于盐水中的ASO-1933,之后施用0.5mL无菌水冲洗剂。总注入时间为4.5分钟。
[0567] 在用氯胺酮和异氟醚麻醉的同时,向食蟹猴施用适当体积的可商购获得的安乐死溶液。之后立即获得剖检组织,并且将脑转移至湿冰以供解剖。使用ASI食蟹猴脑基质中的
6mm切片以及徒手技术,解剖所关注区域。将新鲜样品置于RNAlater中,或在干冰上冷冻以供后续分析。将一些切片完整冷冻以供免疫组织化学分析。将切片置于称量皿中,并且使其漂浮在用干冰冷却的异戊烷上。冷冻后,将切片储存于-90℃下,直至分析。
[0568] 对于脑切片,在低温恒温器冠状切面上切割经冷冻脑块,并且将切片解冻安置至Superfrost载玻片上,干燥,在干冰上再次冷冻,并且储存于-80℃下,直至使用。使用自食蟹猴收集的脑切片进行原位杂交(ISH)研究,向所述食蟹猴施用媒介物,16mg ASO-1933
(1×16)或两次16mg ASO-1933(2×16,间隔2周)。
[0569] 为使用[35S]标记的反义ISH测定Tau mRNA表达,合成Tau DNA模板和[35S]标记的反义探针。经由PCR,使用正向引物5’-CAA GCT CGC ATG GTC AGT AA-3’(SEQ ID NO:954)和反向引物5’-AAT TAA CCC TCA CTA AAG GGA GATTCFCA GTG GAG CCG ATC TT-3’(SEQ 
ID NO:955),自食蟹猴cDNA库(Zyagen KD-201)扩增Tau DNA模板(425bp,687-1111,登录号:XM_005584540.1)。通过凝胶电泳,观察期望大小的产物。使用[35S]UTP(Perkin Elmer NEG-739),用T3RNA聚合酶(Invitrogen AM1316)转录Tau DNA模板,以产生[35S]标记的反义ISH探针。
[0570] 为使用[35S]标记的反义探针测定Tau mRNA ISH,使载玻片解冻,在4℃下,在4%多聚甲醛中固定15分钟,然后冲洗。然后在乙酸酐/三乙醇胺中处理载玻片,接着冲洗。在50℃下将载玻片在预杂交溶液中预杂交3小时,并且在杂交溶液中与1.5×104cpm/ul[35S]核糖探针(0.75mL/载玻片)杂交。杂交后,在室温下洗涤载玻片。然后用Rnase A在37℃下处理载玻片,洗涤两次,接着进行高严格性洗涤。将切片在包含0.3M NH4Ac的90%醇中脱水,干燥,并且贴着荧光屏(Perkin Elmer PPN 7001487)曝光。曝光后,捕获屏幕上的放射自显影影
像,并且使用Cyclone磷感屏成像系统和OptiQuant获取和分析软件(PerkinElmer,
Waltham,MA)分析。
[0571] 使用 ViewRNA组织ISH,在亚核和细胞层面检测Tau mRNA表达。标靶Tau mRNA(2344-3300,登录号:XM_005584529)的反义探针(1型)由Affymetrix合成。将载玻片固定于4%甲醛的磷酸盐缓冲盐水(PBS)中。在各自经10分钟通过醇梯度后,干燥载玻片,之后进行蛋白酶QF消化。随后,洗涤切片,并且与标靶探针杂交。然后在洗涤缓冲液中,洗涤载玻片,并且在储存缓冲液中储存过夜。接着经由一系列连续PreAmp和Amp杂交步骤,处理载玻片。将切片与标记探针AP一起培养,之后与Fast Red基质一起培养,在PBS中冲洗,并且使用Gill苏木精或DAPI复染。使用DAKO ultramount安装介质将载玻片加盖玻片,并且储
存。使用Leica亮视野显微镜或Leica共焦荧光显微镜(激发:630nm;发射:760),使标记的Tau mRNA可视化
[0572] 为测量Tau蛋白表达,使用Tau12(BioLegend,San Diego,CA,tau 441序列上氨基酸6-18的抗原表位)和BT2(Thermo Scientific,Rockville,IL,氨基酸194-198的抗原表位),分別以2.5和1μg/mL涂布Costar 3925 ELISA板。将板在37℃下培育1小时,然后用具有
0.05%Tween-20(TBST)的TBS洗涤。通过将3%牛血清白蛋白(BSA)加入到具有0.1%Tween-
20的TBS中,在室温和振荡下将非特异性粘结阻断4小时。将板用TBST洗涤,然后加入样品或用重组h-tau441蛋白生成的标准曲线,二者均在加入1%BSA的TBST中制备。将包含标准曲
线和样品的板在4℃和振荡下培养过夜。使用Lightning Link缀合试剂盒(Novus 
Biologicals,Littleton,CO)将以下检测抗体与碱性磷酸酶(AP)缀合:BT2及HT7(Thermo Scientific,159-163之表位)。BT2和HT7(Thermo Scientific,159-163抗原表位)。将AP-缀合的检测抗体稀释于加入1%BSA的TBST中,并且与样品和标准曲线在室温和振荡下共培养
1小时。在用TBST洗涤后,经30分钟加入具有Sapphire-II AP基质的即用型Tropix CDP-
Star(Applied Biosystems,Bedford,MA)。使用Perkin Elmer EnVision微量读板器
(Waltham,MA)测定化学发光信号。
[0573] N-末端tau夹心型ELISA(Tau12-BT2)由抗Tau抗体Tau12组成,作为抗tau抗体BT2的碱性磷酸酶(AP)缀合物的捕获和检测。中间结构域tau夹心型ELISA(BT2-HT7)由抗tau抗
体BT2组成,作为抗tau抗体HT7的碱性磷酸酶(AP)缀合物的捕获抗体和检测。用tris缓冲盐水(50μL/孔)中的2.5μg/mL抗Tau BT2单株抗体(Thermo,Waltham,MA)或5μg/mL的Tau12抗tau单株抗体(Covance)涂布高粘合黑孔ELISA板(Costar,Corning,Tewksbury,MA)。用包含
0.05%tween-20(TBS-T)的tris缓冲盐水洗涤板,然后在室温和振荡下,在3%BSA/TBS
(BSA,Roche,Indianapolis,IN)中阻断。如上文所列,再洗涤板,然后一式三份加入样品(50μL/孔)。将食蟹猴CSF样品以1∶30(BT2/HT7)或1∶25(Tau12/BT2)稀释于1%BSA/TBS-T中。制作Tau 441(R-肽,Bogart,GA)标准曲线。在4℃和振荡下,将样品在ELISA板上培养过夜。将AP缀合的HT7或BT2在1%BSA/TBS-T中稀释至0.25μg/mL(HT7)或0.1μg/mL(BT2),加入到板(50μL/孔)中,以供与标准物和样品在室温和振荡下共培养1小时。将板再洗涤,然后加入化学发光基质(Tropix CDP Star,Applied Biosystems,Grand Island,NY)(100μL/孔),并且在室温和振荡下培养30分钟。在Perkin Elmer TopCount上读板。使用GraphPad Prism软
件,自Tau-441标准曲线读出未知样品值。
[0574] 这些研究显示,鞘内施用的Tau ASO分布至黑质、脑桥核和齿状核,并且在以两个16mg剂量(间隔2周)(2×16)鞘内施用ASO-001933后,在食蟹猴的这些脑区域中阻抑Tau 
mRNA表达。图17A显示,在施用媒介物或ASO-0019332×16mg(间隔1周)的猴的黑质、脑桥核
和齿状核中,tau mRNA表达的原位杂交(ISH)放射自显影图像(较浅阴影)。如图17B所示,在两种猴的所有三个区域中,ASO-001933产生对Tau mRNA表达的明显抑制。使用
ViewRNA ISH分析,进一步显示ASO-001933产生的Tau mRNA敲低效应
(数据未示出)。图17B显示,在媒介物处理的猴中,高强度Tau mRNA标记主要存于黑质、脑桥核及齿状核的神经元细胞体中。在食蟹猴中,间隔一周施用两份单一16mg鞘内剂量的ASO-
001933,以评定其中病理性Tau累积于PSP中的解剖脑区中Tau mRNA减少的解剖分布(图
17A)。
[0575] 在猴中,在给药后2周内,4mg单一鞘内(IT)剂量的ASO-001933在皮层脑区中产生介于58%至80%之间的Tau mRNA减少,并且在小脑中产生63%的减少(数据未示出)。据信,这些脑区域对于治疗PSP中的Tau依赖性功能障碍(神经退化性tau蛋白病)和Dravet综合症
(癫痫和自闭症谱系障碍)是重要的,主要适用于Tau反义分子如ASO-001933。
[0576] 图18A和图18B显示,与Tau mRNA一致,在猴中以IT弹丸式注射施用ASO-001933(间隔2周给予2个8mg剂量),能够在脑中减少约70%的Tau蛋白(图18A),在CSF中减少约60%的Tau蛋白(图18B)。在ASO施用后12周,观察Tau蛋白表达。类似地,在小鼠中以单一ICV脑室内注射施用ASO-001933(100μg),能够在脑中减少约50%的Tau蛋白(数据未示出),并且在CSF中减少约34%的Tau蛋白(数据未示出)。这些数据表明,CSF Tau蛋白的下降可为标靶啮合
的临床可及生物标记。
[0577] 如实施例5中所述,在小鼠或大鼠中以脑室内(图19A:ICV,25-150μg)或鞘内(图19B:IT,400-900μg)单一推注,施用ASO-002038。ASO-002038在脑中产生剂量依赖性hTau mRNA减少,小鼠中计算出的EC50值为~598nM。在这些剂量水平下,在小鼠中单一ICV剂量后,没有毒性临床症状,并且未观察到明显或组织学发现。许多ASO,包括ASO-000013、ASO-
001933、ASO-001967、ASO-001940、ASO-001941等,产生与人类Tau脑mRNA减少类似的hTau剂量依赖性减少EC50,并且在小鼠中耐受良好(数据未示出)。
[0578] 实施例10:Tau、Rho和微管蛋白mRNA表达的Quantigene分析
[0579] 为测定tau、rhoA和微管蛋白mRNA减少,由小鼠tau敲除背景下表达人类tau转基因的E18转基因小鼠的前脑建立初级神经元培养物。(Andorfer等人J Neurochem 86:582-590(2003))。如实施例2中所述,制备培养物。另选地,根据制造商说明书,使用得自Cellular Dynamics Inc.的iNeurons。
[0580] 裂解:将细胞以50,000个细胞/孔平铺于聚-D-赖氨酸涂布的96孔板上,并且维持在包含B27、Glutamax和青霉素-链霉素的Neurobasal培养基中。将ASO稀释于水中,并且在DIV01加入到细胞中至5μM最终浓度。对于IC50测定,用5uM的最高浓度处理神经元,并且使用
1∶3的浓度反应稀释来定义IC50。在ASO处理后,将神经元在37℃下培养5天,以实现mRNA的稳态下降。移除培养基,并且将细胞在DPBS中洗涤1X,并且如下裂解。使用QUANTIGENE 2.0试剂体系(Affymetrix)实施裂解物信使RNA的测量,其使用依赖于特別设计的RNA捕获探针组
的支链DNA信号放大方法来量化RNA。通过将50μL蛋白酶K加入到5mL预温热的裂解混合物
中,并且使用dH2O稀释至1∶4最终稀释度,制备细胞裂解缓冲工作溶液。将裂解工作缓冲液加入到板中(150μL/孔),研磨混合,密封并且培养。裂解后,滴定所述孔以混合,并且储存于-80℃下或立即分析。
[0581] 分析:根据所用具体捕获探针(tau、RhoA或微管蛋白),将裂解物稀释于裂解混合物中。然后将总计80μL/孔加入至捕获板(用捕获探针涂布的96孔聚苯乙烯板)。通过组合
12.1μL无核酸酶的水、6.6μL裂解混合物、1μL阻断试剂、0.3μL特定2.0探针组(人类MAPT目录号15486,人类RHOA目录号SA-11696,或人类β3微管蛋白目录号SA-15628),根据制造商说明书(QUANTIGENE 2.0 Affymetrix),生成工作探针组试剂。然后将20μL工作探针组试剂加入到捕获板上的80μL裂解物稀释液(或对于背景样品,80μL裂解混合物)中。将板离心,然后将其在55℃下培养16-20小时以杂交(标靶RNA捕获)。通过用缓冲液将板洗涤3次以移除未
结合材料,开始标靶RNA的信号放大和检测。加入2.0前置放大杂交试剂(100μL/孔),在55℃下培养1小时,然后抽吸,并且加入洗涤缓冲液并且抽吸3次。然后如所述加入2.0放大杂交试剂(100μL/孔),在55℃下培养1小时,并且如先前所述重复洗涤。接着加入2.0标记探针杂交试剂(100μL/孔),在50℃下培养1小时,并且如先前所述重复洗涤。最后,将板离心,以去除任何过量洗涤缓冲液,并且加入2.0基质(100μL/孔)。将板在室温下培养5分钟,并且在PerkinElmer Envision多标记读取器上,将板在光度计模式下,在15分钟内成像。
[0582] 数据测定:对于所关注基因,从各技术重复平均信号中减去平均分析背景信号。将减去背景的平均信号除以管家微管蛋白RNA的减去背景的平均信号。相对于对照处理的样品裂解物,计算所处理样品的抑制百分比。用低聚物(ASO)处理的细胞的QUANTIGENE分析结果示于图20A和图20B中。
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