1.包含至少两种不同的与抗原肽结合的纯化应激蛋白的复合物的第一组合物，其中所述复合物各自包含不同的抗原肽，其中所述每种不同的抗原肽包含一个或多个来自癌细胞的突变MHC-结合表位，并且其中所述组合物包含不超过5种不同的只含野生型MHC-结合表位的抗原肽。
2.权利要求1的组合物，其不包含任何只含野生型MHC-结合表位的抗原肽。
3.权利要求1或2的组合物，其包含不超过100种不同的抗原肽。
4.权利要求1的组合物，其中每种所述抗原肽以500nM或更低的IC50结合MHC分子。
5.权利要求1的组合物，其中至少一种所述抗原肽以500nM或更低的IC50结合MHC I分子。
6.权利要求1的组合物，其中至少一种所述抗原肽以1000nM或更低的IC50结合MHC II分子。
7.权利要求4-6任一项的组合物，其中所述MHC分子是人MHC分子。
8.前述任一项权利要求的组合物，其中至少一种所述抗原肽包含超过一个来自癌细胞的突变MHC-结合表位。
9.前述任一项权利要求的组合物，其中至少一种所述抗原肽以低于500nM的IC50结合超过一个不同的MHC分子。
10.前述任一项权利要求的组合物，其中至少一个所述突变MHC-结合表位在受试者的癌细胞中表达，但不在所述受试者的正常细胞中表达。
11.前述任一项权利要求的组合物，其中每个所述突变MHC-结合表位在单个受试者的癌细胞中表达，但不在所述受试者的正常细胞中表达。
12.前述任一项权利要求的组合物，其中相对于受试者的正常细胞，至少一个所述突变MHC-结合表位以较高水平在所述受试者的癌细胞中表达。
13.前述任一项权利要求的组合物，其中至少一个所述突变MHC-结合表位包含氨基酸突变或基因融合突变。
14.权利要求13的组合物，其中所述氨基酸突变是氨基酸置换、删除或插入。
15.权利要求13的组合物，其中所述氨基酸突变以高于0.05的等位基因频率存在于受试者的肿瘤中。
16.前述任一项权利要求的组合物，其中至少一个所述突变MHC-结合表位包含修饰的氨基酸。
17.权利要求16的组合物，其中所述修饰的氨基酸是已经在侧链羟基或胺上磷酸化的Tyr、Ser、Thr、Arg、Lys或His。
18.权利要求16的组合物，其中所述修饰的氨基酸是已经在侧链羟基或胺上磷酸化的Tyr、Ser、Thr、Arg、Lys或His氨基酸的模拟物。
19.前述任一项权利要求的组合物，其中至少一个所述突变MHC-结合表位在相同适应症的多个癌症中具有高于1个每千碱基转录产物阅读片段数/百万作图阅读片段数(RPKM)的中值表达水平。
20.前述任一项权利要求的组合物，其中每个所述突变MHC-结合表位在相同适应症的多个癌症中具有高于5个每千碱基转录产物阅读片段数/百万作图阅读片段数(RPKM)的中值表达水平。
21.权利要求1-18任一项的组合物，其中至少一个所述突变MHC-结合表位在受试者肿瘤中具有高于10标准化含突变阅读片段计数(NMRC)的表达水平。
22.权利要求1-18任一项的组合物，其中每个所述突变MHC-结合表位在受试者的肿瘤中具有高于50NMRC的表达水平。
23.前述任一项权利要求的组合物，其中至少一种所述抗原肽在施用所述抗原肽的受试者中刺激对表达所述一个或多个突变MHC-结合表位的肿瘤细胞的T-细胞应答。
24.前述任一项权利要求的组合物，其中每种所述抗原肽在施用所述抗原肽的受试者中刺激对表达所述一个或多个突变MHC-结合表位的肿瘤细胞的T-细胞应答。
25.前述任一项权利要求的组合物，其中至少一种所述抗原肽诱导从所述受试者分离的外周血单核细胞(PBMC)中T细胞的体外增殖。
26.前述任一项权利要求的组合物，其中每种所述抗原肽诱导从所述受试者分离的外周血单核细胞(PBMC)中T细胞的体外增殖。
27.前述任一项权利要求的组合物，其中每种所述抗原肽不包含蛋白质的完整氨基酸序列。
28.前述任一项权利要求的组合物，其中每种所述抗原肽是5至50个氨基酸长。
29.前述任一项权利要求的组合物，其中每种所述抗原肽是25至40个氨基酸长。
30.前述任一项权利要求的组合物，其中每种所述抗原肽是27至31个氨基酸长。
31.权利要求1-28任一项的组合物，其中每种所述抗原肽是21-31个氨基酸长。
32.权利要求28至31任一项的组合物，其中至少一种所述抗原肽在氨基酸序列的大约中部具有肿瘤特异性突变。
33.权利要求32的组合物，其中至少一种所述抗原肽是27个氨基酸长并且在位置11、
12、13、14、15、16或17处具有肿瘤特异性突变。
34.权利要求32的组合物，其中至少一种所述抗原肽是29个氨基酸长并且在位置12、
13、14、15、16、17或18处具有肿瘤特异性突变。
35.权利要求32的组合物，其中至少一种所述抗原肽是31个氨基酸长并且在位置13、
14、15、16、17、18或19处具有肿瘤特异性突变。
36.前述任一项权利要求的组合物，其中每种所述抗原肽是化学合成的肽。
37.前述任一项权利要求的组合物，其中每种所述抗原肽进一步包含热休克蛋白结合序列。
38.权利要求37的组合物，其中所述热休克蛋白结合序列在所述抗原肽的N-或C-末端。
39.权利要求38的组合物，其中所述热休克蛋白结合序列在所述抗原肽的C-末端。
40.权利要求38的组合物，其中所述热休克蛋白结合序列经由肽接头连接于所述抗原肽的其余部分。
41.权利要求40的组合物，其中所述肽接头包含SEQ ID NO:447的氨基酸序列。
42.权利要求37-41任一项的组合物，其中所述热休克蛋白结合序列选自SEQ ID NO:
439-446。
43.权利要求42的组合物，其中所述热休克蛋白结合序列是SEQ ID NO:439。
44.权利要求43的组合物，其中所述热休克蛋白结合序列在所述抗原肽的C-末端。
45.权利要求43的组合物，其中至少一种所述抗原肽在所述C-末端处包含SEQ ID NO:
477的氨基酸序列。
46.权利要求37-43任一项的组合物，其中至少一种所述抗原肽包含：
i)包含肿瘤特异性突变的第一部分，和
ii)包含所述热休克蛋白结合序列和任选的肽接头的第二部分。
47.权利要求46的组合物，其中所述第一部分是27-31个氨基酸长。
48.权利要求46的组合物，其中所述第一部分是27个氨基酸长。
49.权利要求46的组合物，其中所述第一部分是29个氨基酸长。
50.权利要求46的组合物，其中所述第一部分是31个氨基酸长。
51.权利要求47的组合物，其中所述第一部分在所述第一部分的氨基酸序列的大约中部具有肿瘤特异性突变。
52.权利要求51的组合物，其中所述第一部分是27个氨基酸长并且在位置11、12、13、
14、15、16或17处具有肿瘤特异性突变。
53.权利要求51的组合物，其中所述第一部分是29个氨基酸长并且在位置12、13、14、
15、16、17或18处具有肿瘤特异性突变。
54.权利要求51的组合物，其中所述第一部分是31个氨基酸长并且在位置13、14、15、
16、17、18或19处具有肿瘤特异性突变。
55.权利要求51的组合物，其中所述第二部分包含选自SEQ IDNO:439-446、447、477和
478的氨基酸序列。
56.权利要求37-55任一项的组合物，其中至少一种所述抗原肽是38个氨基酸长。
57.权利要求37-55任一项的组合物，其中至少一种所述抗原肽是40个氨基酸长。
58.权利要求37-55任一项的组合物，其中至少一种所述抗原肽是42个氨基酸长。
59.前述任一项权利要求的组合物，其中所述组合物包含至少10种不同的抗原肽。
60.前述任一项权利要求的组合物，其中每种复合物中应激蛋白与抗原肽的摩尔比为至少1:1。
61.权利要求1-59任一项的组合物，其中每种复合物中应激蛋白与抗原肽的摩尔比为
1:1或更低。
62.权利要求61的组合物，其中每种复合物中应激蛋白与抗原肽的摩尔比为1:2、1:4、
1:5、1:10、1:20、1:50或更低。
63.前述任一项权利要求的组合物，其中至少一种所述抗原肽包含MYC、K-RAS、N-RAS、TP53、KDM6A、NPM1、H-RAS、FGFR3、MSH6、TP53、EGFR、PIK3CA、ABL1、CTNNB1、KIT、HNF1A、JAK2、BRAF、IDH1、RET、PDGFRA、MET或APC的一个或多个突变MHC-结合表位。
64.前述任一项权利要求的组合物，其中至少一种所述抗原肽包含选自SEQ ID NO:1-
478的氨基酸序列。
65.前述任一项权利要求的组合物，其中所述应激蛋白是重组应激蛋白。
66.前述任一项权利要求的组合物，其中所述应激蛋白选自hsc70、hsp70、hsp90、hsp110、grp170、gp96、钙网蛋白、其突变体，及其两种或更多种的组合。
67.前述任一项权利要求的组合物，其中所述应激蛋白是hsc70。
68.权利要求67的组合物，其中所述应激蛋白是人hsc70。
69.权利要求1-66任一项的组合物，其中所述应激蛋白是hsp70。
70.权利要求69的组合物，其中所述应激蛋白是人hsp70。
71.前述任一项权利要求的组合物，其中所述应激蛋白非共价结合所述抗原肽。
72.权利要求1-70的组合物，其中所述应激蛋白共价结合所述抗原肽。
73.前述任一项权利要求的组合物，其中所述组合物中所述应激蛋白的量为10μg至600μg。
74.前述任一项权利要求的组合物，其中所述组合物中所述应激蛋白的量为25μg。
75.前述任一项权利要求的组合物，其中，当施用于受试者时，每种所述复合物能够通过受试者中细胞表面上的MHC分子实现所述一个或多个突变MHC-结合表位的呈递。
76.前述任一项权利要求的组合物，进一步包含佐剂。
77.权利要求49的组合物，其中所述佐剂包括皂素或免疫刺激性核酸。
78.权利要求49的组合物，其中所述佐剂包括QS-21。
79.权利要求51的组合物，其中所述组合物中QS-21的量为10μg、25μg或50μg。
80.一种制备包含一个或多个来自癌细胞的突变MHC-结合表位的抗原肽的方法，所述方法包括：
(a)测定来自受试者癌细胞的基因组DNA的一个或多个外显子组的序列；
(b)当与参照基因组DNA比较时，从所述外显子组鉴定一个或多个编码突变蛋白的非同义突变等位基因；
(c)确定步骤(b)中鉴定的所述突变等位基因是否在所述受试者的癌细胞中表达；
(d)测定步骤(b)中鉴定的所述突变等位基因的等位基因频率；
(e)测定所述受试者的一种或多种MHC类型；
(f)选择由步骤(b)中鉴定的突变等位基因编码的突变肽，
其中所述突变等位基因具有高于0.05的等位基因频率并且在所述受试者的癌细胞中表达，和
其中所述突变肽预测为在施用于所述受试者时能够通过所述受试者的至少一个MHC分子来呈递；和
(g)合成包含一种或多种步骤(f)中选择的肽的一种或多种肽，由此制备包含一个或多个来自癌细胞的突变MHC-结合表位的抗原肽。
81.权利要求80的方法，进一步包括测定含有步骤(b)中鉴定的所述突变等位基因的mRNA的表达水平的步骤。
82.权利要求81的方法，其中步骤(f)中肽的选择进一步需要所述编码突变肽的突变等位基因在所述受试者的癌细胞中具有高于10NMRC的表达水平。
83.权利要求81的方法，其中步骤(f)中肽的选择进一步需要所述编码突变肽的突变等位基因在其他个体中相同适应症的癌细胞中具有高于1RPKM的中值表达水平。
84.权利要求81的方法，其中步骤(f)中肽的选择进一步需要所述编码突变肽的突变等位基因不在所述受试者的正常细胞中表达。
85.权利要求80-84任一项的方法，进一步包括测定所述一种或多种突变肽对于所述受试者的一个或多个MHC分子的结合亲和力的步骤。
86.权利要求85的方法，其中通过计算机建模来预测所述一个或多个突变肽对于所述受试者的一个或多个MHC分子的结合亲和力。
87.权利要求80-86任一项的方法，其中步骤(f)中肽的选择进一步需要由所述突变等位基因编码的所述一种或多种突变肽对于所述受试者的一个或多个MHC分子具有低于
500nM的IC50。
88.权利要求80-87任一项的方法，其中步骤(f)中肽的选择进一步需要所述突变肽对于所述受试者的一个或多个MHC I类分子具有低于500nM的IC50。
89.权利要求80-88任一项的方法，其中步骤(f)中肽的选择进一步需要所述突变肽对于所述受试者的一个或多个MHC II类分子具有低于1000nM的IC50。
90.权利要求80-89任一项的方法，其中步骤(f)中肽的选择进一步需要所述突变肽由特定癌症类型特征性的突变等位基因来编码。
91.权利要求80-90任一项的方法，其中步骤(f)中肽的选择进一步需要所述突变肽含有基因融合突变，或氨基酸插入、删除或置换突变。
92.权利要求80-91任一项的方法，所述方法进一步包括将步骤(f)中选择的所述突变肽分级的步骤，所述分级基于：
(i)所述突变肽中存在的预测的MHC-结合表位的数量，其中所述突变肽中预测的MHC-结合表位的数量越高，等级越高；
(ii)所述突变肽对于结合所述受试者的MHC的IC50，其中所述IC50越低，等级越高；
(iii)所述受试者的正常细胞中所述突变肽的野生型对应物的表达的存在或不存在，其中如果在受试者的正常细胞中没有所述突变肽的野生型对应物表达，则突变肽等级较高；
(iv)所述突变肽的C-末端与所述受试者的MHC结合的稳定性，其中所述稳定性越高，等级越高；和/或
(v)所述突变肽的蛋白酶体降解的预测动力学，其中预测突变肽作为蛋白酶体的底物越好，等级越高。
93.权利要求92的方法，其中在步骤(g)中合成不超过20个最高等级的肽。
94.权利要求80-93任一项的方法，其中从来自所述受试者的肿瘤样品或体液分离所述基因组DNA。
95.权利要求80-94任一项的方法，其中从获自所述受试者的外来体或循环肿瘤细胞分离所述基因组DNA。
96.权利要求80-95任一项的方法，其中所述基因组DNA是获自所述受试者的循环肿瘤细胞DNA。
97.权利要求80-96任一项的方法，其中通过下一代测序测定所述外显子组的序列。
98.权利要求80-97任一项的方法，其中所述参照基因组DNA是来自所述受试者的正常细胞的基因组DNA，并且其中通过下一代测序阅读片段重新作图在步骤(d)中测定突变等位基因的等位基因频率。
99.权利要求80-98任一项的方法，其中通过从所述受试者的癌细胞分离的mRNA的下一代测序在步骤(c)中测定非同义突变等位基因的表达。
100.权利要求80-99任一项的方法，其中步骤(b)中鉴定的所述突变等位基因不是在所述受试者中或至少1000个基因组中发现的单核苷酸多态性(SNP)。
101.权利要求80-100任一项的方法，其中所述合成肽是5至50个氨基酸长。
102.权利要求80-101任一项的方法，其中所述合成肽是25至40个氨基酸长。
103.权利要求80-102任一项的方法，其中所述合成肽是27至31个氨基酸长。
104.权利要求80-103任一项的方法，其中所述癌细胞是多发性骨髓瘤或多形性成胶质细胞瘤细胞。
105.权利要求1-79任一项的组合物，其中一种或多种所述抗原肽使用权利要求80-104任一项的方法制备。
106.权利要求1-79任一项的组合物，其中所有所述抗原肽使用权利要求80-104任一项的方法制备。
107.一种在患有癌症的受试者中诱导对抗原肽的细胞免疫应答的方法，所述方法包括将有效量的权利要求1-79、105或106任一项的组合物施用于所述受试者。
108.一种治疗患有癌症的受试者的方法，所述方法包括将治疗有效量的权利要求1-
79、105或106任一项的组合物施用于所述受试者。
109.权利要求107或108的方法，其中一个或多个所述突变MHC-结合表位鉴定为存在于所述受试者自身的癌细胞中。
110.权利要求107或108的方法，其中所有所述突变MHC-结合表位鉴定为存在于所述受试者自身的癌细胞中。
111.权利要求107或108的方法，其中可以从受试者获得不足以允许从肿瘤细胞分离至少150μg纯化至至少约65％纯度的应激蛋白的不足量的肿瘤细胞。
112.权利要求111的方法，其中所述应激蛋白选自hsc70、hsp70、hsp90、hsp110、grp170、gp96、钙网蛋白、其突变体，及其两种或更多种的组合。
113.权利要求112的方法，其中所述应激蛋白是hsc70。
114.权利要求113的方法，其中所述应激蛋白是人hsc70。
115.权利要求112的方法，其中所述应激蛋白是hsp70。
116.权利要求115的方法，其中所述应激蛋白是人hsp70。
117.权利要求107-116任一项的方法，其中所述受试者具有净重为6g或更小的肿瘤。
118.权利要求107-117任一项的方法，其中在所述组合物施用于所述受试者之前，测定所述组合物诱导从所述受试者分离的外周血单核细胞(PBMC)中T-细胞的体外增殖的能力。
119.权利要求107-118任一项的方法，其中在所述组合物施用于所述受试者后，测定所述组合物诱导从所述受试者分离的外周血单核细胞(PBMC)中T-细胞的体外增殖的能力。
120.权利要求107-119任一项的方法，其中所述组合物以包含10μg至600μg应激蛋白的单位剂量施用于所述受试者。
121.权利要求107-120任一项的方法，其中所述组合物以包含25μg应激蛋白的单位剂量施用。
122.权利要求107-120任一项的方法，其中所述组合物以包含240μg应激蛋白的单位剂量施用。
123.权利要求107-122任一项的方法，其中所述组合物每周施用于所述受试者，持续四周。
124.权利要求107-123任一项的方法，其中在四个每周剂量后，将至少再2个剂量的所述组合物每两周施用于所述受试者。
125.权利要求123或124的方法，其中总共施用至少6个剂量的所述组合物。
126.权利要求123-125任一项的方法，其中在最终每周或每两周剂量后三个月，所述组合物作为增强进一步施用。
127.权利要求126的方法，其中所述组合物进一步每三个月施用，持续至少1年。
128.权利要求107-127任一项的方法，进一步包括将来那度胺、地塞米松或环磷酰胺、白细胞介素-2、考比替尼、达拉非尼、氮烯唑胺、talimogene laherparepvec、重组干扰素α-
2b、peginterfereonα-2b、曲美替尼或威罗菲尼施用于所述受试者。
129.权利要求107-128任一项的方法，进一步包括将吲哚胺双加氧酶-1抑制剂施用于所述受试者。
130.权利要求129的方法，其中所述吲哚胺双加氧酶-1抑制剂包括4-氨基-N-(3-氯-4-氟苯基)-N’-羟基-1,2,5-噁二唑-3-甲脒。
131.权利要求107-130任一项的方法，进一步包括将检查点抗体施用于所述受试者。
132.权利要求131的方法，其中所述检查点抗体选自抗-GITR、抗-OX40、抗-PD-1、抗-CTLA-4、抗-TIM-3和抗-LAG-3。
133.权利要求107-132任一项的方法，进一步包括将第二组合物施用于所述受试者，所述第二组合物包含至少2种不同的与抗原肽结合的纯化应激蛋白的复合物，其中所述复合物各自包含不同的抗原肽，并且其中每一种所述不同的抗原肽包含经常在与受试者癌症相同类型的癌症中发现的一个或多个突变MHC-结合表位。
134.权利要求133的方法，其中所述第二组合物包含至少5种不同的抗原肽。
135.权利要求133或134的方法，其中所述第二组合物中的所述应激蛋白是重组应激蛋白。
136.权利要求133-135任一项的方法，其中所述第二组合物中每一种抗原肽是化学合成的肽。
137.权利要求133-136任一项的方法，其中所述第二组合物包含不超过5种不同的只含有野生型MHC-结合表位的抗原肽。
138.权利要求133-137任一项的方法，其中所述第二组合物不包含任何只含有野生型MHC-结合表位的抗原肽。
139.权利要求133-138任一项的方法，其中所述第二组合物包含不超过100种不同的抗原肽。
140.权利要求133-139任一项的方法，其中所述第一组合物与所述第二组合物同时施用。
141.权利要求133-139任一项的方法，其中所述第一组合物与所述第二组合物顺序地施用。
142.权利要求133-139任一项的方法，其中所述第二组合物在所述第一组合物的施用之前施用。
143.权利要求107-142任一项的方法，其中所述抗原肽中的至少一种包含MYC、K-RAS、N-RAS、TP53、KDM6A、NPM1、H-RAS、FGFR3、MSH6、TP53、EGFR、PIK3CA、ABL1、CTNNB1、KIT、HNF1A、JAK2、BRAF、IDH1、RET、PDGFRA、MET或APC的一个或多个突变MHC-结合表位。
144.权利要求107-143任一项的方法，其中所述癌症是多发性骨髓瘤、多形性成胶质细胞瘤或黑素瘤。
145.前述任一项权利要求的方法或组合物，其中所述MHC-结合表位是人MHC-结合表位。
146.权利要求4-144任一项的方法或组合物，其中所述MHC分子是人MHC分子。
147.权利要求10-144任一项的方法或组合物，其中所述受试者是人受试者。