1.一种用于递送新抗原表达系统的组合物，其包含：
所述新抗原表达系统，
其中所述新抗原表达系统包含一个或多个载体，
所述一个或多个载体包含：
(a)RNA甲病毒骨架，其中所述RNA甲病毒骨架包含：
(i)至少一个启动子核苷酸序列，和
(ii)至少一个聚腺苷酸化(poly(A))序列；和
(b)新抗原盒，其中所述新抗原盒包含：
(i)至少一个源自受试者体内存在的肿瘤的新抗原编码核酸序列，其包含：
(I)至少一个源自所述肿瘤的肿瘤特异性和受试者特异性MHC I类新抗原编码核酸序
列，并包含：
(A)具有至少一个改变的MHC I类表位编码核酸序列，所述改变使所编码的肽序列不同
于由野生型核酸序列编码的相应肽序列，和
(B)任选地，5'接头序列，和
(C)任选地，3'接头序列；
(ii)任选地，可操作地连接于所述新抗原编码核酸序列的第二启动子核苷酸序列；和
(iii)任选地，至少一个MHC II类抗原编码核酸序列；
(iv)任选地，至少一个编码GPGPG氨基酸接头序列的核酸序列(SEQ ID NO:56)；和
(v)任选地，至少一个第二poly(A)序列，其中所述第二poly(A)序列是所述甲病毒的原生poly(A)序列或外源poly(A)序列。
2.一种用于递送新抗原表达系统的组合物，其包含：
所述新抗原表达系统，
其中所述新抗原表达系统包含一个或多个载体，
所述一个或多个载体包含：
(a)RNA甲病毒骨架，其中所述RNA甲病毒骨架包含以SEQ ID NO:6所示的核酸序列，其
中所述RNA甲病毒骨架序列包含26S启动子核苷酸序列和poly(A)序列，其中所述26S启动子序列是所述RNA甲病毒骨架的内源序列，并且其中所述poly(A)序列是所述RNA甲病毒骨架的内源序列；和
(b)在所述26S启动子核苷酸序列与所述poly(A)序列之间整合的新抗原盒，其中所述
新抗原盒包含：
(i)至少一个源自受试者体内存在的肿瘤的新抗原编码核酸序列，其包含：
(I)至少10个肿瘤特异性和受试者特异性MHC I类新抗原编码核酸序列，它们彼此线性
连接并且各自包含：
(A)具有至少一个改变的MHC I类表位编码核酸序列，所述改变使所编码的肽序列不同
于由野生型核酸序列编码的相应肽序列，其中所述MHC I表位编码核酸序列编码长度为7-
15个氨基酸的MHC I类表位，
(B)5'接头序列，其中所述5'接头序列编码所述MHC I表位的原生N端氨基酸序列，并且其中所述5'接头序列编码长度为至少3个氨基酸的肽，
(C)3'接头序列，其中所述3'接头序列编码所述MHC I表位的原生N端酸序列，并且其中所述3'接头序列编码长度为至少3个氨基酸的肽，并且
其中所述新抗原盒可操作地连接于所述26S启动子核苷酸序列，其中所述MHC I类新抗
原编码核酸序列中的每一者编码长度为13至25个氨基酸的多肽，并且其中每个MHC I类新抗原编码核酸序列的每个3'端与以下MHC I类新抗原编码核酸序列的5'端连接，其中例外为所述新抗原盒中的最终MHC I类新抗原编码核酸序列；和
(ii)至少两个MHC II类抗原编码核酸序列，其包含：
(I)PADRE MHC II类序列(SEQ ID NO:48)，
(II)破伤风类毒素MHC II类序列(SEQ ID NO:46)，
(III)编码连接所述PADRE MHC II类序列和所述破伤风类毒素MHC II类序列的GPGPG
氨基酸接头序列的第一核酸序列，
(IV)编码连接所述至少两个MHC II类抗原编码核酸序列的5'端与至少20个肿瘤特异
性和受试者特异性MHC I类新抗原编码核酸序列的GPGPG氨基酸接头序列的第二核酸序列，(V)任选地，编码所述至少两个MHC II类抗原编码核酸序列的3'端处的GPGPG氨基酸接
头序列的第三核酸序列。
3.如权利要求1所述的组合物，其中所述新抗原盒的每个元件的有序序列以下式描述，其从5'至3'包含：
Pa-(L5b-Nc-L3d)X-(G5e-Uf)Y-G3g
其中P包含所述第二启动子核苷酸序列，其中a＝0或1，
N包含所述MHC I类表位编码核酸序列之一，其中c＝1，
L5包含所述5'接头序列，其中b＝0或1，
L3包含所述3'接头序列，其中d＝0或1，
G5包含所述至少一个编码GPGPG氨基酸接头的核酸序列之一，其中e＝0或1，
G3包含所述至少一个编码GPGPG氨基酸接头的核酸序列之一，其中g＝0或1，
U包含所述至少一个MHC II类抗原编码核酸序列之一，其中f＝1，
X＝1至400，其中对于每个X，相应的Nc是表位编码核酸序列，并且
Y＝0、1或2，其中对于每个Y，相应的Uf是抗原编码核酸序列。
4.如权利要求3所述的组合物，其中对于每个X，相应的Nc是不同的MHC I类表位编码核酸序列。
5.如权利要求3或4所述的组合物，其中对于每个Y，相应的Uf是不同的MHC II类抗原编码核酸序列。
6.如权利要求3至5中任一项所述的组合物，其中
a＝0，b＝1，d＝1，e＝1，g＝1，h＝1，X＝20，Y＝2，
所述至少一个启动子核苷酸序列是由所述RNA甲病毒骨架提供的单个26S启动子核苷
酸序列，
所述至少一个聚腺苷酸化poly(A)序列是由所述RNA甲病毒骨架提供的至少100个连续
A核苷酸的poly(A)序列，
每个N编码长度为7-15个氨基酸的MHC I类表位，
L5是编码所述MHC I表位的原生N端氨基酸序列的原生5'接头序列，并且其中所述5'接
头序列编码长度为至少3个氨基酸的肽，
L3是编码所述MHC I表位的原生核酸末端序列的原生3'接头序列，并且其中所述3'接
头序列编码长度为至少3个氨基酸的肽，
U是PADRE II类序列和破伤风类毒素MHC II类序列中的每一者，
所述RNA甲病毒骨架是以SEQ ID NO:6所示的序列，并且
所述MHC I类新抗原编码核酸序列中的每一者编码长度为13至25个氨基酸的多肽。
7.如前述权利要求中任一项所述的组合物，所述组合物还包含纳米颗粒递送媒介物。
8.如权利要求7所述的组合物，其中所述纳米颗粒递送媒介物是脂质纳米粒子(LNP)。
9.如权利要求8所述的组合物，其中所述LNP包含可电离的氨基脂质。
10.如权利要求9所述的组合物，其中所述可电离的氨基脂质包含MC3样(二亚油基甲
基-4-二甲基氨基丁酸酯)分子。
11.如权利要求7至10中任一项所述的组合物，其中所述纳米颗粒递送媒介物包封所述
新抗原表达系统。
12.如权利要求8所述的组合物，其还包含多个LNP，其中所述LNP包含：
所述新抗原表达系统；
阳离子脂质；
非阳离子脂质；和
抑制所述LNP聚集的缀合脂质，其中所述多个LNP中至少约95％的LNP：
(a)具有非层状形态；或者
(b)是电子致密的。
13.如权利要求12所述的组合物，其中所述非阳离子脂质是(1)磷脂和(2)胆固醇或胆
固醇衍生物的混合物。
14.如权利要求12或13所述的组合物，其中所述抑制所述LNP聚集的缀合脂质是聚乙二
醇(PEG)-脂质缀合物。
15.如权利要求14所述的组合物，其中所述PEG-脂质缀合物选自：PEG-二酰基甘油
(PEG-DAG)缀合物，PEG二烷氧基丙基(PEG-DAA)缀合物，PEG-磷脂缀合物，PEG-神经酰胺(PEG-Cer)缀合物，及其混合物。
16.如权利要求15所述的组合物，其中所述PEG-DAA缀合物是选自以下的成员：PEG-二
癸氧基丙基(C10)缀合物，PEG-二月桂氧基丙基(C12)缀合物，PEG-二肉豆蔻酰氧基丙基(C14)缀合物，PEG-二棕榈酰氧基丙基(C16)缀合物，PEG-二硬脂酰氧基丙基(C18)缀合物，及其混合物。
17.如权利要求12至16中任一项所述的组合物，其中所述LNP的非层状形态包括反六角
形(HII)或立方相结构。
18.如权利要求12至17中任一项所述的组合物，其中所述阳离子脂质占所述LNP中存在
的总脂质的约10摩尔％至约50摩尔％。
19.如权利要求12至17中任一项所述的组合物，其中所述阳离子脂质占所述LNP中存在
的总脂质的约20摩尔％至约50摩尔％。
20.如权利要求12至17中任一项所述的组合物，其中所述阳离子脂质占所述LNP中存在
的总脂质的约20摩尔％至约40摩尔％。
21.如权利要求12至20中任一项所述的组合物，其中所述非阳离子脂质占所述LNP中存
在的总脂质的约10摩尔％至约60摩尔％。
22.如权利要求12至20中任一项所述的组合物，其中所述非阳离子脂质占所述LNP中存
在的总脂质的约20摩尔％至约55摩尔％。
23.如权利要求12至20中任一项所述的组合物，其中所述非阳离子脂质占所述LNP中存
在的总脂质的约25摩尔％至约50摩尔％。
24.如权利要求12至23中任一项所述的组合物，其中所述缀合脂质占所述LNP中存在的
总脂质的约0.5摩尔％至约20摩尔％。
25.如权利要求12至23中任一项所述的组合物，其中所述缀合脂质占所述LNP中存在的
总脂质的约2摩尔％至约20摩尔％。
26.如权利要求12至23中任一项所述的组合物，其中所述缀合脂质占所述LNP中存在的
总脂质的约1.5摩尔％至约18摩尔％。
27.如权利要求12至26中任一项所述的组合物，其中大于95％的所述LNP具有非层状形
态。
28.如权利要求12至27中任一项所述的组合物，其中大于95％的所述LNP是电子致密
的。
29.如权利要求8至28中任一项所述的组合物，其还包含多个LNP，其中所述LNP包含：
阳离子脂质，其占所述LNP中存在的总脂质的50摩尔％至65摩尔％；
抑制LNP聚集的缀合脂质，其占所述LNP中存在的总脂质的0.5摩尔％至2摩尔％；和
非阳离子脂质，其包含：
(a)磷脂和胆固醇或其衍生物的混合物，其中所述磷脂占所述LNP中存在的总脂质的4
摩尔％至10摩尔％，并且所述胆固醇或其衍生物占所述LNP中存在的总脂质的30摩尔％至
40摩尔％；
(b)磷脂和胆固醇或其衍生物的混合物，其中所述磷脂占所述LNP中存在的总脂质的3
摩尔％至15摩尔％，并且所述胆固醇或其衍生物占所述LNP中存在的总脂质的30摩尔％至
40摩尔％；或
(c)所述LNP中存在的总脂质的高达49.5摩尔％，并包含磷脂和胆固醇或其衍生物的混
合物，其中所述胆固醇或其衍生物占所述LNP中存在的总脂质的30摩尔％至40摩尔％。
30.如权利要求8至28中任一项所述的组合物，其还包含多个LNP，其中所述LNP包含：
阳离子脂质，其占所述LNP中存在的总脂质的50摩尔％至85摩尔％；
抑制LNP聚集的缀合脂质，其占所述LNP中存在的总脂质的0.5摩尔％至2摩尔％；和
非阳离子脂质，其占所述LNP中存在的总脂质的13摩尔％至49.5摩尔％。
31.如权利要求29所述的组合物，其中所述磷脂包含二棕榈酰磷脂酰胆碱(DPPC)、二硬脂酰磷脂酰胆碱(DSPC)或其混合物。
32.如权利要求29或30所述的组合物，其中所述缀合脂质包含聚乙二醇(PEG)-脂质缀
合物。
33.如权利要求32所述的组合物，其中所述PEG-脂质缀合物包含PEG-二酰基甘油(PEG-
DAG)缀合物、PEG-二烷氧基丙基(PEG-DAA)缀合物或其混合物。
34.如权利要求33所述的组合物，其中所述PEG-DAA缀合物包含PEG-二肉豆蔻酰氧基丙
基(PEG-DMA)缀合物、PEG-二硬脂酰氧基丙基(PEG-DSA)缀合物或其混合物。
35.如权利要求32至34中任一项所述的组合物，其中所述缀合物的PEG部分具有约2,
000道尔顿的平均分子量。
36.如权利要求29至35中任一项所述的组合物，其中所述缀合脂质占所述LNP中存在的
总脂质的1摩尔％至2摩尔％。
37.如权利要求8至36中任一项所述的组合物，其中所述LNP包含具有式I结构的化合
物：
或其药学上可接受的盐、互变异构体、前药或立体异构体，其中：
1 2
L 和L各自独立地是-O(C＝O)-、-(C＝O)O-、-C(＝O)-、-O-、-S(O)x-、-S-S-、-C(＝O)S-、-SC(＝O)-、-RaC(＝O)-、-C(＝O)Ra-、-RaC(＝O)Ra-、-OC(＝O)Ra-、-RaC(＝O)O-或直接键；
G1是C1-C2亚烷基、-(C＝O)-、-O(C＝O)-、-SC(＝O)-、-RaC(＝O)-或直接键；
-C(＝O)-、-(C＝O)O-、-C(＝O)S-、-C(＝O)Ra-或直接键；
G是C1-C6亚烷基；
Ra是H或C1-C12烷基；
R1a和R1b在每次出现时独立地是：(a)H或C1-C12烷基；或(b)R1a是H或C1-C12烷基，并且R1b和其所键合的碳原子一起与相邻R1b和其所键合的碳原子一起形成碳-碳双键；
R2a和R2b在每次出现时独立地是：(a)H或C1-C12烷基；或(b)R2a是H或C1-C12烷基，并且R2b和其所键合的碳原子一起与相邻R2b和其所键合的碳原子一起形成碳-碳双键；
R3a和R3b在每次出现时独立地是：(a)H或C1-C12烷基；或(b)R3a是H或C1-C12烷基，并且R3b和其所键合的碳原子一起与相邻R和其所键合的碳原子一起形成碳-碳双键；
R4a和R4b在每次出现时独立地是：(a)H或C1-C12烷基；或(b)R4a是H或C1-C12烷基，并且R4b和其所键合的碳原子一起与相邻R4b和其所键合的碳原子一起形成碳-碳双键；
R5和R6各自独立地是H或甲基；
R7是C4-C20烷基；
8 9 8 9
R和R各自独立地是C1-C12烷基；或者R和R与其所连接的氮原子一起形成5元、6元或7
元杂环；
a、b、c和d各自独立地是1至24的整数；并且x是0、1或2。
38.如权利要求8至36中任一项所述的组合物，其中所述LNP包含具有式II的结构的化
合物：
或其药学上可接受的盐、互变异构体、前药或立体异构体，其中：
L1和L2各自独立地是-O(C＝O)-、-(C＝O)O-或碳-碳双键；
R1a和R1b在每次出现时独立地是(a)H或C1-C12烷基，或(b)R1a是H或C1-C12烷基，并且R1b和其所键合的碳原子一起与相邻R1b和其所键合的碳原子一起形成碳-碳双键；
R2a和R2b在每次出现时独立地是(a)H或C1-C12烷基，或(b)R2a是H或C1-C12烷基，并且R2b和其所键合的碳原子一起与相邻R2b和其所键合的碳原子一起形成碳-碳双键；
R3a和R3b在每次出现时独立地是(a)H或C1-C12烷基，或(b)R3a是H或C1-C12烷基，并且R3b和其所键合的碳原子一起与相邻R3b和其所键合的碳原子一起形成碳-碳双键；
R4a和R4b在每次出现时独立地是(a)H或C1-C12烷基，或(b)R4a是H或C1-C12烷基，并且R4b和其所键合的碳原子一起与相邻R4b和其所键合的碳原子一起形成碳-碳双键；
R5和R6各自独立地是甲基或环烷基；
7
R在每次出现时独立地是H或C1-C12烷基；
R8和R9各自独立地是未被取代的C1-C12烷基；或者R8和R9与其所连接的氮原子一起形成包含一个氮原子的5元、6元或7元杂环；
a和d各自独立地是0至24的整数；b和c各自独立地是1至24的整数；并且e是1或2，
其条件是：
R1a、R2a、R3a或R4a中的至少一个是C1-C12烷基，或者L1或L2中的至少一个是-O(C＝O)-或-(C＝O)O-；并且
R1a和R1b当a为6时不是异丙基或者当a为8时不是正丁基。
39.如权利要求37或39所述的组合物，其还包含一种或多种赋形剂，所述赋形剂包含中性脂质、类固醇和聚合物缀合脂质。
40.如权利要求39所述的组合物，其中所述中性脂质包含以下中的至少一种：1,2-二硬脂酰基-sn-甘油-3-磷酸胆碱(DSPC)、1,2-二棕榈酰基-sn-甘油-3-磷酸胆碱(DPPC)、1,2-二肉豆蔻酰基-sn-甘油-3-磷酸胆碱(DMPC)、1-棕榈酰基-2-油酰基-sn-甘油-3-磷酸胆碱(POPC)、1,2-二油酰基-sn-甘油-3-磷酸胆碱(DOPC)和1,2-二油酰基-sn-甘油-3-磷酸乙醇胺(DOPE)。
41.如权利要求40所述的组合物，其中所述中性脂质是DSPC。
42.如权利要求39至41中任一项所述的组合物，其中所述化合物与所述中性脂质的摩
尔比在约2:1至约8:1范围内。
43.如权利要求39至42中任一项所述的组合物，其中所述类固醇是胆固醇。
44.如权利要求43所述的组合物，其中所述化合物与胆固醇的摩尔比在约2:1至1:1范
围内。
45.如权利要求39至44中任一项所述的组合物，其中所述聚合物缀合脂质是聚乙二醇
化脂质。
46.如权利要求45所述的组合物，其中所述化合物与所述聚乙二醇化脂质的摩尔比在
约100:1至约25:1范围内。
47.如权利要求45或46所述的组合物，其中所述聚乙二醇化脂质是PEG-DAG、PEG聚乙烯(PEG-PE)、PEG-琥珀酰基-二酰基甘油(PEG-S-DAG)、PEG-cer或PEG二烷氧基丙基氨基甲酸酯。
48.如权利要求45或46所述的组合物，其中所述聚乙二醇化脂质具有以下结构III：
或其药学上可接受的盐、互变异构体或立体异构体，其中：
R10和R11各自独立地是含有10至30个碳原子的直链或支链的饱和或不饱和的烷基链，其中所述烷基链任选地被一个或多个酯键中断；并且
z具有30至60范围内的平均值。
49.如权利要求48所述的组合物，其中R10和R11各自独立地是具有12至16个碳原子的直链的饱和烷基链。
50.如权利要求48或49中任一项所述的组合物，其中所述平均z是约45。
51.如权利要求8至50中任一项所述的组合物，其中所述LNP在与聚阴离子核酸混合时
自组装成非双层结构。
52.如权利要求51所述的组合物，其中所述非双层结构的直径在60nm至120nm之间。
53.如权利要求51所述的组合物，其中所述非双层结构的直径为约70nm、约80nm、约
90nm或约100nm。
54.如权利要求7至53中任一项所述的组合物，其中所述纳米颗粒递送媒介物具有约
100nm的直径。
55.如权利要求1、3至5或7至54中任一项所述的组合物，其中所述新抗原盒整合在所述至少一个启动子核苷酸序列与所述至少一个poly(A)序列之间。
56.如权利要求1、3至5或7至55中任一项所述的组合物，其中所述至少一个启动子核苷酸序列可操作地连接于所述新抗原编码核酸序列。
57.如权利要求1、3至5或7至56中任一项所述的组合物，其中所述一个或多个载体包含一个或多个+-链RNA载体。
58.如权利要求57所述的组合物，其中所述一个或多个+-链RNA载体包含5'7-甲基鸟苷
(m7g)帽。
59.如权利要求57或58所述的组合物，其中所述一个或多个+-链RNA载体通过体外转录
产生。
60.如权利要求1、3至5或7至59中任一项所述的组合物，其中所述一个或多个载体在哺乳动物细胞内自我复制。
61.如权利要求1、3至5或7至60中任一项所述的组合物，其中所述RNA甲病毒骨架包含
奥拉病毒、摩根堡病毒、委内瑞拉马脑炎病毒、罗斯河病毒、塞姆利基森林病毒、辛德毕斯病毒或马雅鲁病毒的至少一个核苷酸序列。
62.如权利要求1、3至5或7至60中任一项所述的组合物，其中所述RNA甲病毒骨架包含
委内瑞拉马脑炎病毒的至少一个核苷酸序列。
63.如权利要求61或62所述的组合物，其中所述RNA甲病毒骨架包含至少用于非结构蛋
白介导扩增的序列，26S启动子序列，poly(A)序列，由所述奥拉病毒、所述摩根堡病毒、所述委内瑞拉马脑炎病毒、所述罗斯河病毒、所述塞姆利基森林病毒、所述辛德毕斯病毒或所述马雅鲁病毒的核苷酸序列编码的非结构蛋白1(nsP1)基因、nsP2基因、nsP3基因和nsP4基因。
64.如权利要求61或62所述的组合物，其中所述RNA甲病毒骨架包含至少用于非结构蛋
白介导扩增的序列，26S启动子序列，和由所述奥拉病毒、所述摩根堡病毒、所述委内瑞拉马脑炎病毒、所述罗斯河病毒、所述塞姆利基森林病毒、所述辛德毕斯病毒或所述马雅鲁病毒的核苷酸序列编码的poly(A)序列。
65.如权利要求63或64所述的组合物，其中用于非结构蛋白介导扩增的序列选自：甲病毒5'UTR、51-nt CSE、24-nt CSE、26S亚基因组启动子序列、19-nt CSE、甲病毒3'UTR或其组合。
66.如权利要求63至65中任一项所述的组合物，其中所述RNA甲病毒骨架不编码结构病
毒粒子蛋白衣壳E2和E1。
67.如权利要求66所述的组合物，其中插入所述新抗原盒来代替所述奥拉病毒、所述摩根堡病毒、所述委内瑞拉马脑炎病毒、所述罗斯河病毒、所述塞姆利基森林病毒、所述辛德毕斯病毒或所述马雅鲁病毒的核苷酸序列内的结构病毒粒子蛋白。
68.如权利要求61或62所述的组合物，其中所述委内瑞拉马脑炎病毒包含SEQ ID NO:3
或SEQ ID NO:5的序列。
69.如权利要求61或62所述的组合物，其中所述委内瑞拉马脑炎病毒包含SEQ ID NO:3
或SEQ ID NO:5的序列，其还包含碱基对7544与11175之间的缺失。
70.如权利要求69所述的组合物，其中所述RNA甲病毒骨架包含以SEQ ID NO:6或SEQ 
ID NO:7所示的序列。
71.如权利要求69或70所述的组合物，其中在第7544位插入所述新抗原盒以代替SEQ 
ID NO:3或SEQ ID NO:5的序列中所示的碱基对7544与11175之间的缺失。
72.如权利要求67至71所述的组合物，其中所述新抗原盒的插入提供了包含所述nsP1-
4基因和所述至少一个抗原编码核酸序列的多顺反子RNA的转录，其中所述nsP1-4基因和所述至少一个抗原编码核酸序列在单独的开放阅读框中。
73.如权利要求1、3至5或7至72中任一项所述的组合物，其中所述至少一个启动子核苷酸序列是由所述RNA甲病毒骨架编码的原生26S启动子核苷酸序列。
74.如权利要求1、3至5或7至72中任一项所述的组合物，其中所述至少一个启动子核苷酸序列是外源RNA启动子。
75.如权利要求1、3至5或7至74中任一项所述的组合物，其中所述第二启动子核苷酸序列是26S启动子核苷酸序列。
76.如权利要求1、3至5或7至74中任一项所述的组合物，其中所述第二启动子核苷酸序列包含多个26S启动子核苷酸序列，其中每个26S启动子核苷酸序列提供一个或多个单独的开放阅读框的转录。
77.如前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述一个或多个载体的大小各为至
少300nt。
78.如前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述一个或多个载体的大小各为至
少1kb。
79.如前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述一个或多个载体的大小各为
2kb。
80.如前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述一个或多个载体的大小各小于
5kb。
81.如前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述至少一个新抗原编码核酸序列
中的至少一者编码由MHC I类在所述肿瘤细胞上递呈的多肽序列或其部分。
82.如权利要求1、3至5或7至81中任一项所述的组合物，其中每个抗原编码核酸序列彼此直接连接。
83.如权利要求1、3至5或7至82中任一项所述的组合物，其中所述至少一个抗原编码核酸序列中的至少一者连接于具有编码接头的核酸序列的不同抗原编码核酸序列。
84.如权利要求83所述的组合物，其中所述接头连接两个MHC I类序列或将MHC I类序
列连接于MHC II类序列。
85.如权利要求84所述的组合物，其中所述接头选自：(1)连续甘氨酸残基，长度为至少
2、3、4、5、6、7、8、9或10个残基；(2)连续丙氨酸残基，长度为至少2、3、4、5、6、7、8、9或10个残基；(3)两个精氨酸残基(RR)；(4)丙氨酸、丙氨酸、酪氨酸(AAY)；(5)长度为至少2、3、4、5、6、
7、8、9或10个氨基酸残基的共有序列，其由哺乳动物蛋白酶体有效加工；和(6)侧接源自同源蛋白质的抗原并且长度为至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或2-20个氨基酸残基的一个或多个原生序列。
86.如权利要求83所述的组合物，其中所述接头连接两个MHC II类序列或将MHC II类
序列连接于MHC I类序列。
87.如权利要求86所述的组合物，其中所述接头包含序列GPGPG。
88.如权利要求1、3至5或7至87中任一项所述的组合物，其中所述至少一个抗原编码核酸序列的至少一个序列可操作地或直接地连接到单独或连续的序列，所述单独或连续的序列增强所述至少一个抗原编码核酸序列的表达、稳定性、细胞运输、加工和递呈，和/或免疫原性。
89.如权利要求88所述的组合物，其中所述单独或连续的序列包含以下中的至少一者：
泛素序列、经修饰以增加蛋白酶体靶向的泛素序列(例如，所述泛素序列在第76位含有Gly至Ala取代)、免疫球蛋白信号序列(例如IgK)、主要组织相容性I类序列、溶酶体相关膜蛋白(LAMP)-1、人树突状细胞溶酶体相关膜蛋白和主要组织相容性II类序列；任选地其中所述经修饰以增加蛋白酶体靶向的泛素序列是A76。
90.如前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述至少一个新抗原编码核酸序列
中的至少一者编码相对于翻译的相应野生型核酸序列对其相应MHC等位基因的结合亲和力增加的多肽序列或其部分。
91.如前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述至少一个新抗原编码核酸序列
中的至少一者编码相对于翻译的相应野生型核酸序列对其相应MHC等位基因的结合稳定性增加的多肽序列或其部分。
92.如前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述至少一个新抗原编码核酸序列
中的至少一者编码相对于翻译的相应野生型核酸序列对其相应MHC等位基因上递呈的可能性增加的多肽序列或其部分。
93.如前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述至少一个改变包括点突变、移码突变、非移码突变、缺失突变、插入突变、剪接变体、基因组重排或蛋白酶体产生的剪接抗原。
94.如前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述肿瘤选自：肺癌、黑素瘤、乳腺癌、卵巢癌、前列腺癌、肾癌、胃癌、结肠癌、睾丸癌、头颈癌、胰腺癌、膀胱癌、脑癌、B细胞淋巴瘤、急性骨髓性白血病、成人急性淋巴母细胞性白血病、慢性骨髓性白血病、慢性淋巴细胞性白血病、T细胞淋巴细胞性白血病、非小细胞肺癌和小细胞肺癌。
95.如权利要求1、3至5或7至94中任一项所述的组合物，其中所述至少一个新抗原编码核酸序列包含至少2-10、2、3、4、5、6、7、8、9或10个核酸序列。
96.如权利要求1、3至5或7至94中任一项所述的组合物，其中所述至少一个新抗原编码核酸序列包含至少11-20、15-20、11-100、11-200、11-300、11-400、11、12、13、14、15、16、17、
18、19、20或多至400个核酸序列。
97.如权利要求1、3至5或7至94中任一项所述的组合物，其中所述至少一个新抗原编码核酸序列包含至少2-400个核酸序列并且其中所述新抗原编码核酸序列中的至少两个编码所述肿瘤细胞表面上由MHC I类递呈的多肽序列或其部分。
98.如权利要求2或6所述的组合物，其中所述新抗原编码核酸序列中的至少两个编码
所述肿瘤细胞表面上由MHC I类递呈的多肽序列或其部分。
99.如前述权利要求中任一项所述的组合物，其中当施用于所述受试者并被翻译时，由所述至少一个新抗原编码核酸序列编码的所述新抗原中的至少一者被递呈在抗原递呈细胞上，产生靶向所述肿瘤细胞表面上的所述新抗原中的至少一者的免疫应答。
100.如前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述至少一个新抗原编码核酸序列
当施用于所述受试者并被翻译时，在抗原递呈细胞上递呈所述MHC I类或II类新抗原中的至少一者，产生靶向所述肿瘤细胞表面上的所述新抗原中的至少一者的免疫应答，并且任选地其中所述至少一个新抗原编码核酸序列中的每一者的表达由所述至少一个启动子核苷酸序列驱动。
101.如权利要求1、3至5或7至100中任一项所述的组合物，其中每个MHC I类新抗原编
码核酸序列编码长度为8至35个氨基酸，任选地长度为9-17、9-25、8、9、10、11、12、13、14、
15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34或35个氨基酸的多肽序列。
102.如权利要求1、3至5或7至101中任一项所述的组合物，其中存在所述至少一个
MHCII类抗原编码核酸序列。
103.如权利要求1、3至5或7至101中任一项所述的组合物，其中存在所述至少一个MHC II类抗原编码核酸序列并且其包含至少一个MHC II类新抗原编码核酸序列，所述序列包含至少一个改变，所述改变使得所编码的肽序列不同于由野生型核酸序列编码的相应肽序列。
104.如权利要求1、3至5或7至103中任一项所述的组合物，其中所述至少一个MHC II类抗原编码核酸序列的长度为12-20、12、13、14、15、16、17、18、19、20或20-40个氨基酸。
105.如权利要求1、3至5或7至104中任一项所述的组合物，其中存在所述至少一个MHC II类抗原编码核酸序列并且其包含至少一个通用MHC II类抗原编码核酸序列，任选地其中所述至少一个通用序列包含破伤风类毒素和PADRE中的至少一者。
106.如权利要求1、3至5或7至105中任一项所述的组合物，其中所述至少一个启动子核苷酸序列或所述第二启动子核苷酸序列是诱导型的。
107.如权利要求1、3至5或7至105中任一项所述的组合物，其中所述至少一个启动子核苷酸序列或所述第二启动子核苷酸序列是非诱导型的。
108.如权利要求1、3至5或7至107中任一项所述的组合物，其中所述至少一个poly(A)
序列包含所述甲病毒的原生poly(A)序列。
109.如权利要求1、3至5或7至107中任一项所述的组合物，其中所述至少一个poly(A)
序列包含所述甲病毒的外源poly(A)序列。
110.如权利要求1、3至5或7至109中任一项所述的组合物，其中所述至少一个poly(A)
序列可操作地连接于所述至少一个抗原编码核酸序列中的至少一者。
111.如权利要求1、3至5或7至110中任一项所述的组合物，其中所述至少一个poly(A)
序列是至少20个、至少30个、至少40个、至少50个、至少60个、至少70个、至少80个或至少90个连续A核苷酸。
112.如权利要求1、3至5或7至110中任一项所述的组合物，其中所述至少一个poly(A)
序列是至少100个连续A核苷酸。
113.如前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述新抗原盒还包含以下中的至少
一者：内含子序列、土拨鼠肝炎病毒转录后调控元件(WPRE)序列、内部核糖体进入序列(IRES)序列、编码2A自裂解肽序列的核苷酸序列、编码弗林蛋白酶裂解位点的核苷酸序列、或已知增强可操作地连接于所述至少一个抗原编码核酸序列中的至少一者的mRNA的核输出、稳定性或翻译效率的5'或3'非编码区中的序列。
114.如前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述新抗原盒还包含报告基因，其
包括但不限于绿色荧光蛋白(GFP)、GFP变体、分泌型碱性磷酸酶、荧光素酶、荧光素酶变体或可检测的肽或表位。
115.如权利要求114所述的组合物，其中所述可检测的肽或表位选自HA标签、Flag标
签、His标签或V5标签。
116.如前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述一个或多个载体还包含编码至
少一种免疫调节物的一个或多个核酸序列。
117.如权利要求116所述的组合物，其中所述免疫调节物是抗CTLA4抗体或其抗原结合
片段、抗PD-1抗体或其抗原结合片段、抗PD-L1抗体或其抗原结合片段、抗4-1BB抗体或其抗原结合片段、或抗OX-40抗体或其抗原结合片段。
118.如权利要求117所述的组合物，其中所述抗体或其抗原结合片段是Fab片段、Fab'
片段、单链Fv(scFv)、呈单特异性或连接在一起的多特异性的单结构域抗体(sdAb)(例如骆驼科抗体结构域)、或全长单链抗体(例如具有通过柔性接头连接的重链和轻链的全长
IgG)。
119.如权利要求117或118所述的组合物，其中所述抗体的重链和轻链序列是由自裂解
序列如2A或IRES分开的连续序列；或所述抗体的重链和轻链序列由柔性接头如连续甘氨酸残基连接。
120.如权利要求116所述的组合物，其中所述免疫调节物是细胞因子。
121.如权利要求120所述的组合物，其中所述细胞因子是IL-2、IL-7、IL-12、IL-15或IL-21或其各自变体中的至少一者。
122.如权利要求1、3至5或7至121中任一项所述的组合物，其中所述至少一个MHC I类
新抗原编码核酸序列通过执行以下步骤来选择：
(a)获得来自所述肿瘤的外显子组、转录组或全基因组肿瘤核苷酸测序数据中的至少
一者，其中所述肿瘤核苷酸测序数据用于获得代表新抗原集合中的每一者的肽序列的数据；
(b)将每个新抗原的肽序列输入到递呈模型中，以产生所述新抗原中的每一者在所述
肿瘤的肿瘤细胞表面上由所述MHC等位基因中的一者或多者递呈的数值可能性集合，所述数值可能性集合已至少基于所接收的质谱数据鉴定；以及
(c)基于所述数值可能性集合选择所述新抗原集合的子集，以产生经选择的新抗原集
合，其用于产生所述至少一个MHC I类新抗原编码核酸序列。
123.如权利要求2或6所述的组合物，其中所述MHC I类表位编码核酸序列中的每一者
通过执行以下步骤来选择：
(a)获得来自所述肿瘤的外显子组、转录组或全基因组肿瘤核苷酸测序数据中的至少
一者，其中所述肿瘤核苷酸测序数据用于获得代表新抗原集合中的每一者的肽序列的数据；
(b)将每个新抗原的肽序列输入到递呈模型中，以产生所述新抗原中的每一者在所述
肿瘤的肿瘤细胞表面上由所述MHC等位基因中的一者或多者递呈的数值可能性集合，所述数值可能性集合已至少基于所接收的质谱数据进行鉴定；以及
(c)基于所述数值可能性集合选择所述新抗原集合的子集，以产生经选择的新抗原集
合，其用于产生至少20个MHC I类新抗原编码核酸序列。
124.如权利要求122所述的组合物，其中所述经选择的新抗原集合的数量为2-20个。
125.如权利要求122至124所述的组合物，其中所述递呈模型表示以下两者之间的依赖
性：
(a)所述MHC等位基因中的一对特定等位基因和在肽序列特定位置处特定氨基酸的存
在；和
(b)在所述肿瘤细胞表面上由所述对MHC等位基因中的特定等位基因递呈在所述特定
位置处包含所述特定氨基酸的此类肽序列的可能性。
126.如权利要求122至125所述的组合物，其中选择所述经选择的新抗原集合包括基于
所述递呈模型选择相对于未经选择的新抗原在所述肿瘤细胞表面上递呈的可能性增加的新抗原。
127.如权利要求122至126所述的组合物，其中选择所述经选择的新抗原集合包括基于
所述递呈模型选择相对于未经选择的新抗原能够在所述受试者中诱导肿瘤特异性免疫应答的可能性增加的新抗原。
128.如权利要求122至127所述的组合物，其中选择所述经选择的新抗原集合包括基于
所述递呈模型选择相对于未经选择的新抗原能够由专职抗原递呈细胞(APC)递呈于初始T细胞的可能性增加的新抗原，任选地其中所述APC是树突状细胞(DC)。
129.如权利要求122至128所述的组合物，其中选择所述经选择的新抗原集合包括基于
所述递呈模型选择相对于未经选择的新抗原经由中心或外周耐受性受抑制的可能性降低的新抗原。
130.如权利要求122至129所述的组合物，其中选择所述经选择的新抗原集合包括基于
所述递呈模型选择相对于未经选择的新抗原能够在所述受试者中诱导针对正常组织的自身免疫应答的可能性降低的新抗原。
131.如权利要求122至130所述的组合物，其中外显子组或转录组核苷酸测序数据是通
过对所述肿瘤组织进行测序而获得。
132.如权利要求131所述的组合物，其中所述测序是下一代测序(NGS)或任何大规模平
行测序方法。
133.如前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述新抗原盒包含由所述新抗原盒
中的相邻序列形成的连接表位序列。
134.如权利要求133所述的组合物，其中至少一个或每个连接表位序列对MHC的亲和力
大于500nM。
135.如权利要求133或134所述的组合物，其中每个连接表位序列是非自身的。
136.如前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述新抗原盒不编码包含经翻译的
野生型核酸序列的非治疗性MHC I类或II类表位核酸序列，其中所述非治疗性表位经预测显示于所述受试者的MHC等位基因上。
137.如权利要求136所述的组合物，其中所述经预测的非治疗性MHC I类或II类表位序
列是由所述新抗原盒中的相邻序列形成的连接表位序列。
138.如权利要求133至137所述的组合物，其中所述预测是基于通过将所述非治疗性表
位的序列输入到递呈模型中而产生的递呈可能性。
139.如权利要求133至138中任一项所述的组合物，其中所述新抗原盒中的所述至少一
个抗原编码核酸序列的顺序通过包括以下的一系列步骤来确定：
(a)产生对应于所述至少一个抗原编码核酸序列的不同顺序的候选新抗原盒序列集
合；
(b)对于每个候选新抗原盒序列，基于所述候选新抗原盒序列中非治疗性表位的递呈
来确定递呈评分；以及
(c)选择与低于预定阈值的递呈评分相关的候选盒序列作为用于新抗原疫苗的所述新
抗原盒序列。
140.一种药物组合物，其包含如前述权利要求中任一项所述的组合物和药学上可接受
的载体。
141.如权利要求140所述的组合物，其中所述组合物还包含佐剂。
142.如权利要求140或141所述的药物组合物，其中所述组合物还包含免疫调节物。
143.如权利要求142所述的药物组合物，其中所述免疫调节物是抗CTLA4抗体或其抗原
结合片段、抗PD-1抗体或其抗原结合片段、抗PD-L1抗体或其抗原结合片段、抗4-1BB抗体或其抗原结合片段、或抗OX-40抗体或其抗原结合片段。
144.一种分离的核苷酸序列或分离的核苷酸序列集合，其包含如前述组合物权利要求
中任一项所述的新抗原盒和从SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:5的序列获得的一种或多种元件，任选地其中所述一种或多种元件选自非结构蛋白介导扩增所必需的序列、26S启动子核苷酸序列、poly(A)序列和以SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:5所示序列的nsP1-4基因，并且任选地其中所述核苷酸序列是cDNA。
145.如权利要求144所述的分离的核苷酸序列，其中所述序列或分离的核苷酸序列集
合包含插入在以SEQ ID NO:6或SEQ ID NO:7所示序列的第7544位的如前述组合物权利要求中任一项所述的新抗原盒。
146.如权利要求144或145所述的分离的核苷酸序列，其还包含：
从SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:5的序列获得的所述一种或多种元件5'的T7或SP6 RNA聚
合酶启动子核苷酸序列；和
任选地，所述poly(A)序列3'的一个或多个限制性位点。
147.如权利要求144所述的分离的核苷酸序列，其中如前述组合物权利要求中任一项
所述的新抗原盒插入在SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9的第7563位。
148.一种载体或载体集合，其包含如权利要求144至147所述的核苷酸序列。
149.一种分离的细胞，其包含如权利要求144至148所述的核苷酸序列或分离的核苷酸
序列集合，任选地其中所述细胞是BHK-21、CHO、HEK293或其变体、911、HeLa、A549、LP-293、PER.C6或AE1-2a细胞。
150.一种试剂盒，其包含如前述组合物权利要求中任一项所述的组合物和使用说明
书。
151.一种用于治疗患有癌症的受试者的方法，所述方法包括向所述受试者施用如前述
组合物权利要求中任一项所述的组合物或如权利要求140至143中任一项所述的药物组合物。
152.如权利要求151所述的方法，其中源自肿瘤的所述至少一个MHC I类新抗原编码核
酸序列是源自所述患有癌症的受试者的肿瘤。
153.如权利要求151所述的方法，其中所述至少一个MHC I类新抗原编码核酸序列不是
源自所述患有癌症的受试者的肿瘤。
154.一种用于在受试者中诱导免疫应答的方法，所述方法包括向所述受试者施用如前
述组合物权利要求中任一项所述的组合物或如权利要求140至143中任一项所述的药物组合物。
155.如权利要求151至154所述的方法，其中所述组合物经肌肉内(IM)、皮内(ID)、皮下(SC)或静脉内(IV)施用。
156.如权利要求151至154所述的方法，其中所述组合物经肌肉内施用。
157.如权利要求151至156中任一项所述的方法，所述方法还包括施用一种或多种免疫
调节物，任选地其中所述免疫调节物是在施用所述组合物或药物组合物之前、同时或之后施用。
158.如权利要求157所述的方法，其中所述一种或多种免疫调节物选自：抗CTLA4抗体
或其抗原结合片段、抗PD-1抗体或其抗原结合片段、抗PD-L1抗体或其抗原结合片段、抗4-
1BB抗体或其抗原结合片段、或抗OX-40抗体或其抗原结合片段。
159.如权利要求157或158所述的方法，其中所述免疫调节物经静脉内(IV)、肌肉内
(IM)、皮内(ID)或皮下(SC)施用。
160.如权利要求159所述的方法，其中所述皮下施用是在所述组合物或药物组合物施
用部位附近或者靠近一个或多个载体或组合物引流淋巴结。
161.如权利要求151至160中任一项所述的方法，其还包括向所述受试者施用第二疫苗
组合物。
162.如权利要求161所述的方法，其中所述第二疫苗组合物在施用如权利要求151至
160中任一项所述的组合物或药物组合物之前施用。
163.如权利要求161所述的方法，其中所述第二疫苗组合物在施用如权利要求151至
160中任一项所述的组合物或药物组合物之后施用。
164.如权利要求162或163所述的方法，其中所述第二疫苗组合物与如权利要求151至
160中任一项所述的组合物或药物组合物相同。
165.如权利要求162或163所述的方法，其中所述第二疫苗组合物与如权利要求151至
160中任一项所述的组合物或药物组合物不同。
166.如权利要求165所述的方法，其中所述第二疫苗组合物包含编码至少一个抗原编
码核酸序列的黑猩猩腺病毒载体。
167.如权利要求166所述的方法，其中由所述黑猩猩腺病毒载体编码的所述至少一个
抗原编码核酸序列与如上述组合物权利要求中任一项所述的至少一个抗原编码核酸序列相同。
168.一种制造一个或多个如上述组合物权利要求中任一项所述的载体的方法，所述方
法包括：
(a)获得包含RNA甲病毒骨架和新抗原盒的线性化DNA序列；
(b)通过将所述线性化DNA序列添加到体外转录反应中来体外转录所述线性化DNA序
列，所述体外转录反应包含将所述线性化DNA序列转录成RNA的所有必需组分，任选地还包括将m7g帽体外添加到所得RNA中；以及
(c)从所述体外转录反应中分离出所述一个或多个载体。
169.如权利要求168所述的制造方法，其中所述线性化DNA序列通过线性化DNA质粒序
列或通过使用PCR扩增来产生。
170.如权利要求169所述的制造方法，其中所述DNA质粒序列使用细菌重组或全基因组
DNA合成或在细菌细胞中使用合成DNA扩增的全基因组DNA合成中的一种产生。
171.如权利要求168所述的制造方法，其中从所述体外转录反应中分离所述一个或多
个载体涉及苯酚氯仿提取、基于二氧化硅柱的纯化或类似RNA纯化方法中的一种或多种。
172.一种制造如前述组合物权利要求中任一项所述的组合物来递送新抗原表达系统
的方法，所述方法包括：
(a)提供纳米颗粒递送媒介物的组分；
(b)提供所述新抗原表达系统；以及
(c)提供足以使所述纳米颗粒递送媒介物和所述新抗原表达系统产生用于递送所述新
抗原表达系统的组合物的条件。
173.如权利要求172所述的制造方法，其中所述条件通过微流体混合来提供。