1.一种核酸检测系统，其包括：
检测CRISPR系统，其包括效应蛋白和一种或多种设计用于结合相应靶分子的指导RNA；
和
基于RNA的掩蔽构建体。
2.一种多肽检测系统，其包括：
检测CRISPR系统，其包括效应蛋白和一种或多种设计用于结合触发RNA的指导RNA；
基于RNA的掩蔽构建体；和
一种或多种检测适体，所述检测适体包含掩蔽的RNA聚合酶启动子结合位点或掩蔽的引物结合位点。
3.根据权利要求1或2所述的系统，其还包括核酸扩增试剂。
4.根据权利要求1所述的系统，其中所述靶分子是靶DNA，并且所述系统还包括结合所述靶DNA且包含RNA聚合酶启动子的引物。
5.根据权利要求1至4中任一项所述的系统，其中所述CRISPR系统效应蛋白是RNA靶向效应蛋白。
6.根据权利要求5所述的系统，其中所述RNA靶向效应蛋白包含一个或多个HEPN结构域。
7.根据权利要求6所述的系统，其中所述一个或多个HEPN结构域包含RxxxxH基序序列。
8.根据权利要求7所述的系统，其中所述RxxxH基序包含R{N/H/K]X1X2X3H序列。
9.根据权利要求8所述的系统，其中X1是R、S、D、E、Q、N、G或Y，并且X2独立地是I、S、T、V或L，并且X3独立地是L、F、N、Y、V、I、S、D、E或A。
10.根据权利要求1至9中任一项所述的系统，其中所述CRISPR RNA靶向效应蛋白是C2c2。
11.根据权利要求6所述的系统，其中所述CRISPR RNA靶向效应蛋白是C2c2。
12.根据权利要求11所述的系统，其中所述C2c2是在Cas 1基因的20kb内。
13.根据权利要求12所述的系统，其中所述C2c2效应蛋白来自选自以下的属的生物：纤毛菌属、李斯特菌属、棒状杆菌属、萨特氏菌属、军团菌属、密螺旋体属、产线菌属、真细菌属、链球菌属、乳酸菌属、支原体属、拟杆菌属、Flaviivola、黄杆菌属、Sphaerochaeta，固氮螺菌属、葡糖醋杆菌属、奈瑟氏菌属、罗氏菌属、Parvibaculum、葡萄球菌属、Nitratifractor、支原体属、弯曲杆菌属和毛螺菌属。
14.根据权利要求13所述的系统，其中所述C2c2或Cas13b效应蛋白来自选自以下的生物：Leptotrichia shahii；Leptotrichia wadei(Lw2)；Listeria seeligeri；
Lachnospiraceae bacterium MA2020；Lachnospiraceae bacterium NK4A179；[梭菌属]aminophilum DSM10710；Carnobacterium gallinarum DSM 4847；Carnobacterium gallinarum DSM 4847(第二CRISPR基因座)；Paludibacter propionicigenes WB4；
Listeria weihenstephanensis FSL R9-0317；Listeriaceae bacterium FSL M6-0635；
Leptotrichia wadei F0279；Rhodobacter capsulatus  SB 1003；Rhodobacter capsulatus R121；Rhodobacter capsulatus DE442；Leptotrichia buccalis C-1013-b；
Herbinix hemicellulosilytica；[真细菌属]rectale；Eubacteriaceae bacterium CHKCI004；Blautia sp.Marseille-P2398；Leptotrichia sp.oral taxon 879str.F0557；
Lachnospiraceae bacterium NK4A144；Chloroflexus aggregans；Demequina aurantiaca；Thalassospira sp.TSL5-1；Pseudobutyrivibrio sp.OR37；Butyrivibrio sp.YAB3001；Blautia sp.Marseille-P2398；Leptotrichia sp.Marseille-P3007；
Bacteroides ihuae；Porphyromonadaceae bacterium KH3CP3RA；Listeria riparia；和Insolitispirillum peregrinum。
15.根据权利要求14所述的系统，其中所述C2c2效应蛋白是L.wadeiF0279或
L.wadeiF0279(Lw2)C2c2效应蛋白。
16.根据权利要求1至15中任一项所述的系统，其中所述基于RNA的掩蔽构建体抑制可检测阳性信号的产生。
17.根据权利要求16所述的系统，其中所述基于RNA的掩蔽构建体通过掩蔽所述可检测阳性信号或者相反产生可检测阴性信号来抑制可检测阳性信号的产生。
18.根据权利要求16所述的系统，其中所述基于RNA的掩蔽构建体包含抑制由报告构建体编码的基因产物的产生的沉默RNA，其中所述基因产物在表达时产生所述可检测阳性信号。
19.根据权利要求16所述的系统，其中所述基于RNA的掩蔽构建体是产生所述可检测阴性信号的核酶，并且其中当所述核酶失活时产生所述可检测阳性信号。
20.根据权利要求19所述的系统，其中所述核酶将底物转化为第一颜色，并且其中当所述核酶失活时所述底物转化为第二颜色。
21.根据权利要求16所述的系统，其中所述基于RNA的掩蔽剂是RNA适体和/或包含RNA系连的抑制剂。
22.根据权利要求21所述的系统，其中所述适体或RNA系连的抑制剂螯合酶，其中所述酶通过作用于底物而在从所述适体或RNA系连的抑制剂释放后产生可检测信号。
23.根据权利要求21所述的系统，其中所述适体是抑制酶并阻止所述酶催化从底物产生可检测信号的抑制性适体，或者其中所述RNA系连的抑制剂抑制酶并阻止所述酶催化从底物产生可检测信号。
24.根据权利要求23所述的系统，其中所述酶是凝血酶、蛋白C、中性粒细胞弹性蛋白酶、枯草杆菌蛋白酶、辣根过氧化物酶、β-半乳糖苷酶或小牛碱性磷酸酶。
25.根据权利要求24所述的系统，其中所述酶是凝血酶，并且所述底物是与用于凝血酶的肽底物共价连接的对硝基苯胺，或与用于凝血酶的肽底物共价连接的7-氨基-4-甲基香豆素。
26.根据权利要求21所述的系统，其中所述适体鳌合一对试剂，所述试剂当从所述适体释放时组合以产生可检测信号。
27.根据权利要求16所述的系统，其中所述基于RNA的掩蔽构建体包含可检测配体和掩蔽组分两者附着至其上的RNA寡核苷酸。
28.根据权利要求16所述的系统，其中所述基于RNA的掩蔽构建体包含通过桥分子聚集的纳米颗粒，其中所述桥分子的至少一部分包含RNA，并且其中当所述纳米颗粒在溶液中分布时所述溶液经历颜色偏移。
29.根据权利要求28所述的系统，其中所述纳米颗粒是胶体金属。
30.根据权利要求29所述的系统，其中所述胶体金属是胶体金。
31.根据权利要求16所述的系统，其中所述基于RNA的掩蔽构建体包含通过连接分子与一个或多个猝灭分子连接的量子点，其中所述连接分子的至少一部分包含RNA。
32.根据权利要求16所述的系统，其中所述基于RNA的掩蔽构建体包含与插入剂复合的RNA，其中所述插入剂在所述RNA的切割后改变吸光度。
33.根据权利要求32所述的系统，其中所述插入剂是吡罗红-Y或亚甲蓝。
34.根据权利要求16所述的系统，其中所述可检测配体是荧光团，并且所述掩蔽组分是猝灭分子。
34.根据权利要求1至34中任一项所述的系统，其中所述一种或多种设计用于结合相应靶分子的指导RNA包含(合成)错配。
35.根据权利要求34所述的系统，其中所述错配是所述靶分子中SNP或其他单核苷酸变异的上游或下游。
36.根据权利要求1至35中任一项所述的系统，其中所述一种或多种指导RNA被设计用于检测靶RNA或DNA中的单核苷酸多态性，或RNA转录物的剪接变体。
37.根据权利要求1到36中任一项所述的系统，其中所述一种或多种指导RNA被设计用于结合一种或多种疾病状态诊断性靶分子。
38.根据权利要求37所述的系统，其中所述疾病状态是癌症。
39.根据权利要求38所述的系统，其中所述疾病状态是自身免疫疾病。
40.根据权利要求37所述的系统，其中所述疾病状态是感染。
41.根据权利要求40所述的系统，其中所述感染是由病毒、细菌、真菌、原生动物或寄生虫引起。
42.根据权利要求41所述的系统，其中所述感染是病毒感染。
43.根据权利要求42所述的系统，其中所述病毒感染是由DNA病毒引起。
44.根据权利要求43所述的系统，其中所述DNA病毒是肌病毒科、短尾病毒科、长尾病毒科、异疱疹病毒科、疱疹病毒科(包括人类疱疹病毒和水痘带状疱疹病毒)、
Malocoherpesviridae、脂毛病毒科、小杆状病毒科、腺病毒科、Ampullaviridae、囊泡病毒科、非洲猪瘟病毒科(包括非洲猪瘟病毒)、杆状病毒科、Cicaudaviridae、Clavaviridae，覆盖病毒科、小纺锤形病毒科、球状病毒科、Guttaviridae、Hytrosaviridae、虹彩病毒科、Maseilleviridae、Mimiviridae、Nudiviridae、Nimaviridae、Pandoraviridae、Papillomaviridae、Phycodnaviridae、Plasmaviridae、Polydnaviruses、Polyomaviridae(包括猿猴病毒40、JC病毒、BK病毒)、痘病毒科(包括牛痘和天花)、Sphaerolipoviridae、复层病毒科、Turriviridae、Dinodnavirus、盐末端蛋白病毒属、Rhizidovirus。
45.根据权利要求42所述的系统，其中所述病毒感染由双链RNA病毒、正义RNA病毒、负义RNA病毒、逆转录病毒或其组合引起。
46.根据权利要求45所述的系统，其中所述病毒感染由冠状病毒科病毒、小核糖核酸病毒科病毒、杯状病毒科病毒、黄病毒科病毒、披膜病毒科病毒、Bornaviridae、丝状病毒科、副黏液病毒科、肺病毒科、弹状病毒科、沙粒病毒科、布尼亚病毒科、正粘病毒科或Deltavirus引起。
47.根据权利要求46所述的系统，其中所述病毒感染由冠状病毒、SARS、脊髓灰质炎病毒、鼻病毒、甲型肝炎、诺沃克病毒、黄热病病毒、西尼罗病毒、丙型肝炎病毒、登革热病毒、寨卡病毒、风疹病毒、罗斯河病毒、辛德毕斯病毒、基孔肯亚病毒、博尔纳病病毒、埃博拉病毒、马尔堡病毒、麻疹病毒、腮腺炎病毒、尼帕病毒、亨德拉病毒、新城疫病毒、人呼吸道合胞病毒、狂犬病病毒、拉沙病毒、汉坦病毒、克里米亚-刚果出血热病毒、流感或丁型肝炎病毒引起。
48.根据权利要求41所述的系统，其中所述感染是细菌感染。
49.根据权利要求48所述的系统，其中引起所述细菌感染的细菌是不动杆菌属种、放线杆菌属种、放线菌纲种、放线菌属种、气球菌属种、气单胞菌属种、红孢子虫属种、产碱杆菌属种、芽孢杆菌属种、拟杆菌属种、巴尔通氏体属种、双歧杆菌属种、博代氏杆菌属种、包柔氏螺旋体属种、布鲁氏菌属种、伯克霍尔德氏菌属种、弯曲杆菌属种、嗜二氧化碳噬细胞菌属种、衣原体属种、柠檬酸杆菌属种、柯克斯氏体属种、棒状杆菌属种、梭菌属种、艾肯菌属种、肠杆菌属种、埃希氏菌属种、肠球菌属种、埃立克体属种、表皮癣菌属种、丹毒丝菌属种、真细菌属种、弗兰西斯菌属种、梭杆菌属种、加德纳菌属种、孪生球菌属种、嗜血杆菌属种、螺杆菌属种、金氏菌属种、克雷白氏杆菌属种、乳酸菌属种、乳球菌属种、李斯特菌属种、钩端螺旋体属种、军团菌属种、钩端螺旋体属种、明串珠菌属种、曼氏杆菌属种、小孢子菌属种、微球菌属种、莫拉克斯氏菌属种、摩根氏菌属种、动弯杆菌属种、微球菌属种、分支杆菌属种、支原体属种、诺卡氏菌属种、奈瑟氏菌属种、Pasteurelaa种、片球菌属种、消化链球菌属种、糠疹癣菌属种、邻单胞菌属种、普氏菌属种、卟啉单胞菌属种、变形杆菌属种、普罗维登斯菌属种、假单胞菌属种、丙酸菌属种、红球菌属种、立克次氏体属种、红球菌属种、沙雷氏菌属种、寡养单胞菌属种、沙门氏菌属种、沙雷氏菌属种、志贺氏菌属种、葡萄球菌属种、链球菌属种、螺旋菌属种、链杆菌属种、密螺旋体属种、Tropheryma种、毛癣菌属种、脲原体属种、韦永氏球菌属种、弧菌属种、耶尔森氏鼠疫杆菌属种、黄杆菌属种或其组合。
50.根据权利要求41所述的系统，其中所述感染由真菌引起。
51.根据权利要求50所述的系统，其中所述真菌是曲霉属、芽生菌属、念珠菌病、球孢子菌病、新型隐球菌、加蒂隐球菌种、组织胞浆菌属种(例如荚膜组织胞浆菌)、肺孢子虫属种(例如耶氏肺孢子虫)、葡萄穗霉属(例如纸葡萄穗霉)、毛霉菌病、孢子丝菌属、真菌性眼睛感染癣、突脐蠕孢属、枝孢属、地丝菌属、酵母属、汉逊酵母属种、念珠菌属种、克鲁维酵母属种、德巴利氏酵母属种、毕赤酵母属种、青霉菌属种、枝孢属种、丝衣酶属种或其组合。
52.根据权利要求41所述的系统，其中所述感染是由原生动物引起。
53.根据权利要求52所述的系统，其中所述原生动物是眼虫动物界、异叶足纲、双滴虫目、变形虫界、芽囊原虫属、顶复亚门或其组合。
54.根据权利要求41所述的系统，其中所述感染是由寄生虫引起。
55.根据权利要求54所述的系统，其中所述寄生虫是克氏锥虫(查加斯病)、布氏冈比亚锥虫、布氏罗德西亚锥虫、巴西利什曼原虫、L.infantum、L.mexicana、L.major、L.tropica、L.donovani、Naegleria fowleri、Giardia intestinalis(G.lamblia、G.duodenalis)、canthamoeba castellanii、Balamuthia madrillaris、Entamoeba histolytica、Blastocystic hominis、Babesia microti、Cryptosporidium parvum、Cyclospora cayetanensis、Plasmodium falciparum、P.vivax、P.ovale、P.malariae和Toxoplasma gondii或其组合。
56.根据权利要求1至55中任一项所述的系统，其中扩增靶RNA分子的试剂包括基于核酸序列的扩增(NASBA)、重组酶聚合酶扩增(RPA)、环介导的等温扩增(LAMP)、链置换扩增(SDA)、解旋酶依赖性扩增(HDA)、切口酶扩增反应(NEAR)、PCR、多重置换扩增(MDA)、滚环扩增(RCA)、连接酶链反应(LCR)或分枝扩增法(RAM)。
57.根据权利要求1至56中任一项所述的系统，其还包括富集CRISPR系统，其中所述富集CRISPR系统被设计用于在用所述检测CRISPR系统检测之前结合相应的靶分子。
58.根据权利要求57所述的系统，其中所述富集CRISPR系统包括催化失活的CRISPR效应蛋白。
59.根据权利要求58所述的系统，其中催化失活的CRISPR效应蛋白是催化失活的C2c2。
60.根据权利要求57至59中任一项所述的系统，其中所述富集CRISPR效应蛋白还包含标签，其中所述标签用于拉下所述富集CRISPR效应系统，或将所述富集CRISPR系统结合到固体基质上。
61.根据权利要求60所述的系统，其中所述固体基质是流动池。
62.一种诊断装置，其包括一个或多个个体离散体积，每个个体离散体积包含权利要求
1至61中任一项所述的CRISPR系统。
63.根据权利要求62所述的诊断装置，其中每个个体离散体积还包含一种或多种检测适体，所述检测适体包含掩蔽的RNA聚合酶启动子结合位点或掩蔽的引物结合位点。
64.根据权利要求62或63所述的装置，其中每个个体离散体积还包含核酸扩增试剂。
65.根据权利要求62所述的装置，其中所述靶分子是靶DNA，并且所述个体离散体积还包含结合所述靶DNA且包含RNA聚合酶启动子的引物。
66.根据权利要求62至65中任一项所述的装置，其中所述个体离散体积是液滴。
67.根据权利要求62至66中任一项所述的装置，其中所述个体离散体积限定在固体基质上。
68.根据权利要求67所述的装置，其中所述个体离散体积是微孔。
69.根据权利要求62至66中任一项所述的诊断装置，其中所述个体离散体积是在基质上限定的斑点。
70.根据权利要求69所述的装置，其中所述基质是柔性材料基质。
71.根据权利要求70所述的装置，其中所述柔性材料基质是纸基质或基于柔性聚合物的基质。
72.一种用于检测样品中的靶核酸的方法，其包括：
将样品或样品组分配到一个或多个个体离散体积中，所述个体离散体积包含权利要求中1或3至61中任一项所述的CRISPR系统；
在足以允许所述一种或多种指导RNA与一种或多种靶分子结合的条件下孵育所述样品或样品组；
通过所述一种或多种指导RNA与所述一种或多种靶分子的结合激活所述CRISPR效应蛋白，其中激活所述CRISPR效应蛋白导致所述基于RNA的掩蔽构建体的修饰，使得可检测阳性信号产生；和
检测所述可检测阳性信号，其中所述可检测阳性信号的检测指示一种或多种靶分子在所述样品中的存在。
73.一种用于检测样品中的多肽的方法，其包括：
将样品或样品组分配到个体离散体积的组中，所述个体离散体积包含肽检测适体、权利要求2至61中任一项所述的CRISPR系统；
在足以允许所述肽检测适体与所述一种或多种靶分子结合的条件下孵育所述样品或样品组，其中所述适体与相应靶分子的结合暴露所述RNA聚合酶结合位点或引物结合位点，导致触发RNA产生；
通过所述一种或多种指导RNA与所述触发RNA的结合激活所述RNA效应蛋白，其中激活所述RNA效应蛋白导致所述基于RNA的掩蔽构建体的修饰，使得可检测阳性信号产生；和检测所述可检测阳性信号，其中所述可检测阳性信号的检测指示一种或多种靶分子在样品中的存在。
74.根据权利要求72所述的方法，其中所述靶分子是靶DNA，并且所述方法还包括将所述靶DNA与包含RNA聚合酶位点的引物结合。
75.根据权利要求72至74中任一项所述的方法，其还包括扩增所述样品RNA或所述触发RNA。
76.根据权利要求75所述的方法，其中扩增RNA包括通过NASBA进行扩增。
77.根据权利要求75所述的方法，其中扩增RNA包括通过RPA进行扩增。
78.根据权利要求72至77中任一项所述的方法，其中所述样品是生物样品或环境样品。
79.根据权利要求78所述的方法，其中生物样品是血液、血浆、血清、尿液、粪便、痰液、粘液、淋巴液、滑液、胆汁、腹水、胸腔积液、血清肿、唾液、脑脊液、水性或玻璃体液、或任何身体分泌物、渗出物、排出物(例如，从脓肿或任何其他感染或炎症部位获得的液体)、或从关节获得的液体(例如，正常关节或受疾病影响的关节，例如类风湿性关节炎、骨关节炎、痛风或化脓性关节炎)、或者皮肤或粘膜表面的拭子。
80.根据权利要求78所述的方法，其中所述环境样品是从食品样品、纸表面、织物、金属表面、木材表面、塑料表面、土壤样品、淡水样品、废水样品、盐水样品、或其组合获得。
81.根据权利要求72或74至80中任一项所述的方法，其中所述一种或多种指导RNA被设计用于检测靶RNA或DNA中的单核苷酸多态性，或RNA转录物的剪接变体。
82.根据权利要求72至81中任一项所述的方法，其中所述一种或多种指导RNA被设计用于结合一种或多种疾病状态诊断性靶分子。
83.根据权利要求81至82中任一项所述的方法，其中所述一种或多种指导RNA被设计用于结合无细胞核酸。
84.根据权利要求82所述的方法，其中所述疾病状态是感染、器官疾病、血液疾病、免疫系统疾病、癌症、大脑和神经系统疾病、内分泌疾病、妊娠或分娩相关疾病、遗传性疾病、或环境获得性疾病。
85.根据权利要求37所述的系统，其中所述疾病状态的特征在于存在或不存在抗生素或药物耐受性或易感性基因或转录物或多肽，优选在病原体或细胞中存在或不存在。
86.根据权利要求37所述的系统，其中所述靶分子是抗生素或药物耐受性或易感性基因或转录物或多肽。
87.根据权利要求35所述的系统，其中所述指导RNA中的所述合成错配位于间隔子的位置3、4、5或6处，优选位置3。
88.根据权利要求34、35或82所述的系统，其中所述指导RNA中的所述错配位于间隔子的位置1、2、3、4、5、6、7、8或9处，优选位置5。
89.根据权利要求35或82所述的系统，其中所述错配是上游或下游的1、2、3、4或5个核苷酸，优选2个核苷酸，优选所述指导RNA中的所述SNP或其他单核苷酸变异的下游。
90.根据权利要求1-56或85-89中任一项所述的系统，其中所述指导RNA包含相对于野生型间隔子截短的间隔子。
91.根据权利要求1-56或80-85中任一项所述的系统，其中所述指导RNA包含间隔子，所述间隔子包含少于28个核苷酸，优选地在20至27个核苷酸之间并且包括20和27个核苷酸。
92.根据权利要求1-56或80-85中任一项所述的系统，其中所述指导RNA包含由20-25个核苷酸或20-23个核苷酸组成的间隔子，例如优选地20或23个核苷酸。
93.根据权利要求1-56或85-92中任一项所述的系统，其中所述掩蔽构建体包含设计用于结合G-四链体形成序列的RNA寡核苷酸，其中G-四链体结构是在所述掩蔽构建体的切割后由所述G-四链体形成序列形成，并且其中所述G-四链体结构产生可检测阳性信号。
94.根据权利要求72-84中任一项所述的方法，其还包括比较所述可检测阳性信号和(合成的)标准信号。
95.一种用于检测样品中的靶核酸的方法，其包括：
将样品与权利要求1至56中任一项所述的核酸检测系统接触；和
将所述接触的样品应用于侧流免疫色谱测定。
96.根据权利要求94所述的方法，其中所述核酸检测系统包括包含第一和第二分子的基于RNA的掩蔽构建体，并且其中所述侧流免疫色谱测定包括检测所述第一和第二分子，优选在侧流条的离散检测位点处检测。
97.根据权利要求95所述的方法，其中所述第一分子和所述第二分子通过结合识别所述第一或第二分子的抗体并且检测所述结合分子来检测，优选采用夹心抗体。
98.根据权利要求94或95所述的方法，其中所述侧流条包含针对所述第一分子的上游第一抗体和针对所述第二分子的下游第二抗体，并且其中如果所述靶核酸不存在于所述样品中，则未切割的基于RNA的掩蔽构建体被所述第一抗体结合，并且其中如果所述靶核酸存在于所述样品中，则切割的基于RNA的掩蔽构建体被所述第一抗体和所述第二抗体两者结合。