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一种基于Cytb基因序列的和贝氏的分子鉴别方法

阅读:1发布:2021-01-14

专利汇可以提供一种基于Cytb基因序列的和贝氏的分子鉴别方法专利检索,专利查询,专利分析的服务。并且本 发明 公开了一种基于Cytb基因序列的 和贝氏 的分子 鉴别 方法。该方法包含以下步骤:分别提取 和贝氏基因组DNA;(2)PCR扩增 和贝氏 的细胞色素b基因Ctyb;(3)扩增产物纯化后,直接测序,的Cytb基因扩增产物如SEQ ID NO.1所示,贝氏 的Cytb基因扩增产物如SEQ ID NO.2所示;Cytb基因第27位点 碱 基是G的为 ,若该位点是A的为贝氏 。该方法可以快速、简便、准确、有效地鉴别和贝氏 ,结果 稳定性 好,重复率高,填补了目前国内分子 生物 学标准鉴别 和贝氏 的空白,也有利于开展 与贝氏 物种多样性和遗传多样性研究。,下面是一种基于Cytb基因序列的和贝氏的分子鉴别方法专利的具体信息内容。

1.一种 和贝氏 的分子鉴别方法,其特征在于包含以下步骤:
(1)分别提取待鉴定的 和贝氏 基因组DNA;
(2)以提取的基因组DNA为模板,PCR扩增 和贝氏 的细胞色素b基因Ctyb,PCR扩增上游引物为L14724:SEQ ID NO.1,下游引物为H15915:SEQ ID NO.2;
(3)扩增产物纯化后,直接测序,的Cytb基因扩增产物如SEQ ID NO.3所示,贝氏 的Cytb基因扩增产物如SEQ ID NO.4所示;Cytb基因第27位点基是G的为 若该位点是A的为贝氏
2.根据权利要求1所述的分子鉴别方法,其特征在于所述的PCR的反应体系为50μL:
100ng/μL的模板DNA 1μL,PCR缓冲液5μL,dNTP混合液4μL,每种dNTP 0.1mmol/L,10μmol/L的上、下游引物各1μL,2μL 2.5IU的Taq酶;双蒸36μL;所述的PCR缓冲液由10mmol/L Tris-HCl,pH9.0,0.5mmol/L KCl,30mmol/L MgCl2,0.01%(g/100ml)明胶组成;PCR扩增反应程序为:94℃预变性4min,94℃变性40s,55℃退火40s,72℃延伸90s,经35个循环后再72℃延伸10min。
3.一种用于 和贝氏 的分子鉴别的引物对,其特征在于上游引物为L14724:SEQ ID NO.1,下游引物为H15915:SEQ ID NO.2。
4.权利要求3所述的引物对在分子遗传鉴别 和贝氏 中的应用。
5.权利要求3所述的引物对在制备 和贝氏 分子鉴别试剂中的应用。
6.一种 和贝氏 分子鉴别试剂,其特征在于包含权利要求3所述的引物对。
7.根据权利要求6所述的 和贝氏 分子鉴别试剂,其特征在于所述的 和贝氏 分子鉴别试剂还包括PCR缓冲液和dNTP混合液,所述的PCR缓冲液由10mmol/L Tris-HCl,pH9.0,
0.5mmol/L KCl,30mmol/L MgCl2,0.01%明胶组成。

说明书全文

一种基于Cytb基因序列的 和贝氏 的分子鉴别方法

技术领域

[0001] 本发明属于遗传学领域,涉及一种 和贝氏 的分子鉴别方法及使用的引物对。

背景技术

[0002] (Hemiculter leucisculus)和贝氏 (Hemiculter bleekeri)隶属于鲤形目鲌亚科 属,是一类繁殖快、生活强的小型鱼类,可食用,具有一定的经济价值。 和贝氏在我国分布极广,从南至北诸河流及湖泊均有,静、流水中都能生长、繁殖,数量较多,是鱼类生态系统的重要组成部分,具有重要的生态价值,也是群体遗传学研究的好材料。多年来,受过度捕捞、环境污染等不利因素的影响, 和贝氏 种群数量下降,遗传多样性水平降低。 和贝氏 生态位相近,形态和体色相似,在鱼类调查中很难区分和鉴别。目前用于鱼类物种鉴别的DNA序列有COI基因、Cytb基因、16S rRNA基因、微卫星等;但不同的物种适用的靶基因不同。

发明内容

[0003] 本发明的目的是针对形态区分的困难,提供一种 和贝氏 的分子遗传鉴别方法。
[0004] 本发明的另一目的是提供一种用于 和贝氏 的分子遗传鉴别的引物对。
[0005] 本发明的又一目的是提供该引物对的应用。
[0006] 本发明的目的通过以下技术方案实现:
[0007] 一种 和贝氏 的分子遗传鉴别方法,包含以下步骤:
[0008] (1)分别提取待鉴定的 和贝氏 基因组DNA;
[0009] (2)以提取的基因组DNA为模板,PCR扩增 和贝氏 的细胞色素b基因Ctyb,PCR扩增 上游引物为L14724:SEQ ID NO.1,下游引物为H15915:SEQ ID NO.2;
[0010] (3)扩增产物纯化后,直接测序, 的Cytb基因扩增产物如SEQ ID NO.3所示,贝氏的Cytb基因扩增产物如SEQ ID NO.4所示;Cytb基因第27位点基是G的为 ,若该位点是A的为贝氏 。
[0011] 所述的PCR反应体系为50μL:100ng/μL的模板DNA 1μL,PCR缓冲液5μL,dNTP混合液4μL,每种dNTP 0.1mmol/L,10μmol/L的上、下游引物各1μL,2μL 2.5IU的Taq酶;双蒸水36μL;所述的PCR缓冲液由10mmol/L Tris-HCl,pH9.0,0.5mmol/L KCl,30mmol/L MgCl2,
0.01%(g/100ml)明胶组成;PCR扩增反应程序为:94℃预变性4min,94℃变性40s,55℃退火
40s,72℃延伸90s,经35个循环后再72℃延伸10min。
[0012] 一种用于 和贝氏 的分子鉴别的引物对,上游引物为L14724:SEQ ID NO.1,下游引物为H15915:SEQ ID NO.2。
[0013] 本发明所述的引物对在分子鉴别 和贝氏 中的应用。
[0014] 本发明所述的引物对在制备 和贝氏 分子鉴别试剂中的应用。
[0015] 一种 和贝氏 分子鉴别试剂,包含本发明所述的引物对。
[0016] 所述的 和贝氏 分子鉴别试剂,还优选包括PCR缓冲液和dNTP混合液,所述的PCR缓冲液由10mmol/L Tris-HCl,pH9.0,0.5mmol/L KCl,30mmol/L MgCl2,0.01%明胶组成。
[0017] 有益效果:
[0018] 本发明针对 和贝氏 细胞色素b(Cytochrome b,Cytb)基因序列差异,首次以和贝氏 的细胞色素b基因全长序列作为依据,从而定性鉴别 和贝氏 。该方法可以快速、简便、准确、有效地鉴别 和贝氏 ,结果稳定性好,重复率高,填补了目前国内分子生物学标准鉴别 和贝氏 的空白,也有利于开展 与贝氏 物种多样性和遗传多样性研究。附图说明
[0019] 图1为本发明中Cytb基因测序序列比对结果,星号标明的是从第27位点(Cytb-45)开始的碱基序列差异。

具体实施方式

[0020] 以下结合实施例来进一步阐明本发明,但并不是对本发明做任何形式的限定,仅仅作示例说明。
[0021] 实施例1
[0022] 1、引物设计
[0023] 设计一对特异性PCR扩增引物,引物序列为:L14724:5'-GACTTGAAAAACCACCGTTG-3'(SEQ ID NO.1),下游引物为H15915:5'-CTCCGATCTCCGGATTACAAGAC-3'(SEQ ID NO.2)。
[0024] 2、样本采集
[0025] 取待鉴定的 和贝氏 个体各30尾。
[0026] 3、基因组DNA提取
[0027] 取每尾鱼的尾鳍组织约30mg,用滤纸吸干表面水分,装入1.5ml离心管,加入420μL STE缓冲液(30mmol/L Tris-HCl,pH8.0,200mmol/L EDTA,50mmol/L NaCl)。混匀后再加入浓度为10%的SDS 80μL和20mg/mL的蛋白酶K10μL,56℃消化8-10h;加入等体积酚:氯仿:异戊醇(体积比25:24:1)抽提两次,12000r离心10min,取上清液;加入等体积氯仿:异戊醇(体积比24:1)抽提一次,12000r离心10min,取上清液;加入等体积预冷无水乙醇,12000r离心10min,弃清液;加入600mL 70%的乙醇洗涤沉淀,8000r离心10min,倒掉乙醇,干燥;加入
200μL双蒸水溶解,紫外分光光度计测其OD值并稀释至100ng/μL,-20℃保存备用。
[0028] 4、PCR扩增与检测
[0029] 已提取的DNA为模板,用上述引物(L14321和H15634)进行PCR扩增。PCR反应体系为50μL:1μL模板DNA(100ng/μL);PCR缓冲液5μL(10mmol/L Tris-HCl,pH9.0,0.5mmol/L KCl,
30mmol/L MgCl2,0.01%明胶);dNTP混合液4μL(每种dNTP 0.1mmol/L);上、下游引物(10μmol/L)各1μL,2μL Taq酶(2.5IU);双蒸水36μL。扩增反应程序为:94℃预变性4min,94℃变性40s,55℃退火40s,72℃延伸90s,经35个循环后再72℃延伸10min。
[0030] PCR产物在1%琼脂糖凝胶电泳中检测分离,120V电压下电泳30min之后,经凝胶成像分析系统确定PCR扩增产物的大小及纯度。
[0031] 5、测序比对
[0032] 检测后的PCR扩增产物直接送至生物公司纯化测序,获得1141bp序列,比对后可以发现Cytb基因从第27位点(Cytb-27)的碱基序列存在差异:30尾 第27位点(Cytb-27)碱基是G,30尾贝氏 第27位点(Cytb-27)是A。
[0033] 实施例2
[0034] 按照实施例1方法,将样本扩大到 和贝氏 个体各60尾,结果依然显示 细胞色素b基因第27位点(Cytb-27)碱基是G,贝氏 第27位点(Cytb-27)碱基是A。
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