1.一种使用质谱法和/或离子迁移谱法进行分析的方法，所述方法包含：
(a)使用第一装置从包含微生物群体或由其组成的目标产生烟雾、气溶胶或蒸气；
(b)对所述烟雾、气溶胶或蒸气或者由此衍生的离子进行质量分析和/或离子迁移率分析，以获得谱数据；以及
(c)分析所述谱数据以分析所述微生物群体。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法包含分析所述谱数据以：(i)分析所述微生物群体或其中存在的一种或多种微生物类型对一种或多种抗微生物剂的敏感性或抗性；
(ii)分析所述微生物群体或其中存在的一种或多种微生物类型的身份；(iii)确认所述目标中或所述目标上微生物的存在；(iv)分析所述微生物群体的均质性和/或异质性；(v)分析所述微生物群体或其中存在的一种或多种微生物类型的基因型和/或表型；(vi)分析所述微生物群体或其中存在的一种或多种微生物类型的状态；(vii)分析涉及所述微生物群体或其中存在的一种或多种细胞类型的过程；(viii)分析操纵所述微生物群体或其中存在的一种或多种细胞类型的基因型和/或表型的影响；(ix)分析操纵所述微生物群体的环境条件的影响；(x)分析物质对所述微生物群体或其中存在的一种或多种微生物类型的影响；
(xi)区别所述微生物群体内的两种或更多种不同微生物类型；(xii)分析所述微生物群体的物质产生；(xiii)分析所述微生物群体是否被不同微生物污染；(xiv)检测所述目标中或所述目标上的微生物；(xv)表征所述微生物群体；(xvi)检测、鉴别和/或表征所述目标中或所述目标上存在的化合物；(xvii)分析物质的利用；(xviii)分析所述微生物群体的存活力和/或(xix)分析所述目标的微生物感染。
3.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述目标是微生物培养物、临床样本、环境样本、食品、饮料、植物、植物样本、动物样本、受试者和/或对象。
4.根据权利要求3所述的方法，其中所述目标是在液体培养基中或在固体培养基上生长的微生物培养物。
5.根据权利要求3所述的方法，其中所述目标是伤口或从伤口获得的样本。
6.根据权利要求3或5所述的方法，其中所述目标是任选地来自阴道、胃肠道、鼻、肺和/或呼吸道的组织或粘膜样本。
7.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述微生物群体包含细菌、真菌、古细菌、藻类、原虫和/或病毒或由其组成。
8.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述微生物群体包含至少两种不同类型的微生物。
9.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述微生物群体包含单细胞或多细胞微生物或由其组成。
10.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述微生物群体包含一种或多种不同微生物类型或由其组成。
11.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述微生物群体包含突变和/或转基因微生物或由其组成。
12.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述微生物群体包含(i)对一种或多种抗微生物剂敏感和/或(ii)对一种或多种抗微生物剂具抗性的微生物或由其组成。
13.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述微生物群体包含对多种抗微生物剂具抗性的微生物或由其组成。
14.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中(i)所述微生物群体的身份已知；
(ii)所述微生物群体的身份未知；(iii)所述微生物群体的身份受到怀疑；(iv)所述微生物群体内的一种或多种微生物的身份未知或受到怀疑；(v)所述微生物群体的真实性未得到确认；或(vi)所述微生物群体的真实性得到确认。
15.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法包含将所述微生物群体在球粒、固体、凝胶或液体内或呈球粒、固体、凝胶或液体形式提供。
16.一种使用质谱法和/或离子迁移谱法检测微生物的方法，所述方法包含：(a)使用第一装置从包含微生物群体或由其组成的目标产生烟雾、气溶胶或蒸气；(b)对所述烟雾、气溶胶或蒸气或者由此衍生的离子进行质量分析和/或离子迁移率分析，以获得谱数据；以及(c)分析所述谱数据以检测微生物。
17.一种使用质谱法和/或离子迁移谱法分析微生物感染的方法，所述方法包含：(a)使用第一装置从包含微生物群体或由其组成的目标产生烟雾、气溶胶或蒸气；(b)对所述烟雾、气溶胶或蒸气或者由此衍生的离子进行质量分析和/或离子迁移率分析，以获得谱数据；以及(c)分析所述谱数据以分析所述目标的微生物感染。
18.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法包含分析所述谱数据以：
(i)检测所述目标的微生物感染；(ii)鉴别出引起所述目标感染的微生物；(iii)对引起所述目标感染的微生物进行表征；和/或(iv)分析所述目标的微生物感染的空间分布。
19.根据权利要求17或18所述的方法，其中所述方法包含分析所述谱数据以确定所述微生物感染是否是对一种或多种抗微生物剂具抗性的微生物的感染。
20.根据权利要求17到19中任一项所述的方法，其中所述方法用于追踪感染的扩散。
21.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中(i)已知所述目标包含微生物群体或由其组成；(ii)所述目标疑似包含微生物群体或由其组成；(iii)所述目标包含单一微生物群体或由其组成；(iv)所述目标包含混合微生物群体或由其组成；和/或(v)所述目标疑似不包含微生物群体或由其组成。
22.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法包含分析所述谱数据以：
(i)检测所述微生物群体的存在；(ii)检测所述微生物群体中特定微生物类型的存在；
(iii)检测所述微生物群体中两种或更多种不同微生物类型的存在；和/或分析所述目标上或所述目标中一种或多种微生物的空间分布。
23.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法包含分析所述谱数据以鉴别或鉴定所述微生物群体，和/或确认所述微生物群体的身份或真实性。
24.一种使用质谱法和/或离子迁移谱法鉴别或鉴定微生物群体的方法，所述方法包含：
(a)使用第一装置从包含微生物群体或由其组成的目标产生烟雾、气溶胶或蒸气；
(b)对所述烟雾、气溶胶或蒸气或者由此衍生的离子进行质量分析和/或离子迁移率分析，以获得谱数据；以及
(c)分析所述谱数据以鉴别或鉴定所述微生物群体，和/或确认所述微生物群体的身份或真实性。
25.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法在身份未知的微生物群体上执行并且所述方法包含分析所述谱数据以鉴别所述微生物群体。
26.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法在疑似具有特定身份的微生物群体上执行并且所述方法包含分析所述谱数据以确认或反驳所述微生物群体的身份。
27.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中基于所述谱数据，鉴别、确认或鉴定所述微生物群体包含病原性微生物或非病原性微生物或由其组成。
28.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中基于所述谱数据，鉴别、确认或鉴定所述微生物群体包含一种或多种不同微生物类型或由其组成。
29.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中基于所述谱数据，鉴别、确认或鉴定所述微生物群体包含突变和/或转基因微生物或由其组成。
30.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中在界、门、科、纲、属、种和/或菌株层级下鉴别、确认或鉴定所述微生物群体。
31.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法在需要鉴定的微生物群体上执行，并且所述方法包含分析所述谱数据以(i)确认所述微生物群体的真实性；(ii)检测所述微生物群体中的突变；和/或(iii)检测所述微生物群体中的非所需变异。
32.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法包含分析所述谱数据以：
(i)确定所述微生物群体是否受到污染；(ii)确定所述微生物群体是否无污染；(iii)确定所述微生物群体是否已消除污染；(iv)确定微生物群体污染的进展或阶段；和/或(v)确定针对微生物群体污染的处理的进展或阶段。
33.一种使用质谱法和/或离子迁移谱法分析微生物群体的污染的方法，所述方法包含：
(a)使用第一装置从包含微生物群体或由其组成的目标产生烟雾、气溶胶或蒸气；
(b)对所述烟雾、气溶胶或蒸气或者由此衍生的离子进行质量分析和/或离子迁移率分析，以获得谱数据；以及
(c)分析所述谱数据以：(i)确定所述微生物群体是否受到污染；(ii)确定所述微生物群体是否无污染；(iii)确定所述微生物群体是否已消除污染；(iv)确定微生物群体污染的进展或阶段；和/或(v)确定针对微生物群体污染的处理的进展或阶段。
34.根据权利要求32或33所述的方法，其中所述污染是或包含细菌污染。
35.根据权利要求32或33所述的方法，其中所述污染是或包含病毒感染，例如噬菌体感染。
36.根据权利要求32到35中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包含如果存在所述污染，则处理所述污染的步骤。
37.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法包含分析所述谱数据以区别所述微生物群体内的第一与第二不同微生物类型。
38.根据权利要求37所述的方法，其中所述第一微生物类型是细菌并且所述第二微生物类型是真菌。
39.根据前述权利要求中任一项所述的方法，所述方法包含基于所述谱数据，检测、鉴别和/或表征所述微生物群体包含念珠菌属(Candida)物种或由其组成，所述念珠菌属物种任选地选自白色念珠菌(C.albicans)、光滑念珠菌(C.galbrata)、克柔念珠菌(C.krusei)、季也蒙念珠菌(C.guilliermondii)、葡萄牙念珠菌(C.lusitaniae)、近平滑念珠菌(C.parapsilosis)和/或热带念珠菌(C.tropicalis)。
40.根据前述权利要求中任一项所述的方法，所述方法包含基于所述谱数据，检测、鉴别和/或表征所述微生物群体包含埃希氏杆菌属(Escherichia)物种、任选地大肠杆菌(E.coli)或由其组成。
41.根据权利要求40所述的方法，所述方法包含基于所述谱数据，确定所述埃希氏杆菌属物种的菌株。
42.根据前述权利要求中任一项所述的方法，所述方法包含基于所述谱数据，检测、鉴别和/或表征所述微生物群体包含链球菌属(Streptococcus)物种、任选地肺炎链球菌(S.pneumonia)或由其组成。
43.根据权利要求42所述的方法，所述方法包含基于所述谱数据，确定所述链球菌属物种的血清型。
44.根据前述权利要求中任一项所述的方法，所述方法包含基于所述谱数据，检测、鉴别和/或表征所述微生物群体包含棒状杆菌属(Corynebacterium)物种、任选地纹带棒状杆菌(C.striatum)、微细棒状杆菌(C.minutissimum)、模拟棒状杆菌(C.imitans)、白喉棒状杆菌(C.diphtheria)和/或无枝菌酸棒状杆菌(C.amycolatum)或由其组成。
45.根据权利要求44所述的方法，所述方法包含基于所述谱数据，确定所述棒状杆菌属物种的种和/或菌株。
46.根据前述权利要求中任一项所述的方法，所述方法包含基于所述谱数据，检测、鉴别和/或表征所述微生物群体包含梭菌属(Clostridium)物种、任选地艰难梭菌(Clostridium difficile)或由其组成。
47.根据权利要求46所述的方法，所述方法包含基于所述谱数据，确定所述梭菌属物种的核糖体基因型。
48.根据前述权利要求中任一项所述的方法，所述方法包含基于所述谱数据，检测、鉴别和/或表征所述微生物群体包含假单胞菌属(Pseudomonas)物种、任选地绿脓杆菌(Pseudomonas aeruginosa)或由其组成。
49.根据权利要求48所述的方法，所述方法包含基于所述谱数据，确定所述假单胞菌属物种的菌株。
50.根据前述权利要求中任一项所述的方法，所述方法包含基于所述谱数据，检测、鉴别和/或表征所述微生物群体包含葡萄球菌属(Staphylococcus)物种、任选地金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)或由其组成。
51.根据权利要求50所述的方法，所述方法包含基于所述谱数据，确定所述葡萄球菌属物种是否是抗生素抗性或抗生素敏感性菌株。
52.根据前述权利要求中任一项所述的方法，所述方法包含基于所述谱数据，检测、鉴别和/或表征所述微生物群体包含克雷伯氏菌(Klebsiella)物种、任选地肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumonia)或由其组成。
53.根据权利要求52所述的方法，所述方法包含基于所述谱数据，确定所述克雷伯氏菌物种是否是抗生素抗性或抗生素敏感性菌株。
54.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法包含分析所述谱数据以分析所述微生物群体的表型和/或基因型。
55.一种使用质谱法和/或离子迁移谱法分析微生物群体的表型和/或基因型的方法，所述方法包含：
(a)使用第一装置从包含微生物群体或由其组成的目标产生烟雾、气溶胶或蒸气；
(b)分析所述烟雾、气溶胶或蒸气或者由此衍生的离子，以获得谱数据；以及(c)分析所述谱数据以分析所述微生物群体的表型和/或基因型。
56.根据权利要求54或55所述的方法，其中所述基因型和/或表型是对一种或多种抗微生物剂的敏感性或抗性。
57.根据权利要求56所述的方法，其中所述抗微生物剂是甲氧西林(methicillin)。
58.根据权利要求56所述的方法，其中所述基因型和/或表型是β-内酰胺酶产生、任选地碳青霉烯酶产生。
59.根据权利要求50或55所述的方法，其中所述基因型和/或表型是群体感应分子和/或毒性因子的产生。
60.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法包含分析所述谱数据以分析基因型和/或表型操纵对所述微生物群体的影响。
61.一种分析基因型和/或表型操纵对微生物群体的影响的方法，其中所述方法包含在权利要求1或权利要求55的步骤(a)之前操纵所述微生物群体的所述基因型和/或表型。
62.根据权利要求50到61中任一项所述的方法，其中所述方法包含分析所述谱数据以分析基因型和/或表型操纵对所述微生物群体的所述基因型和/或表型的影响。
63.根据权利要求50到62中任一项所述的方法，其中所述方法包含分析所述谱数据以分析基因型和/或表型操纵对微生物过程、疾病、微生物群体的药物生产和/或微生物群体对物质和/或环境条件的反应的影响。
64.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法包含分析所述谱数据以分析诱变对所述微生物群体的影响。
65.根据权利要求56到64中任一项所述的方法，其中所述基因型和/或表型操纵或诱变是随机或定向诱变。
66.根据权利要求65所述的方法，其中所述定向诱变是基因沉默。
67.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法包含分析所述谱数据以分析所述微生物群体的均质性和/或异质性程度。
68.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法包含分析所述谱数据以分析所述微生物群体的一种或多种特性。
69.根据权利要求68所述的方法，其中所述特性选自营养缺陷、产生物质的能力、分泌所产生的物质的能力、快速复制的能力、对暴露于物质和/或环境条件起反应的能力和/或利用养分的能力。
70.根据权利要求68或69所述的方法，其中所述特性是产生毒性因子和/或群体感应分子的能力。
71.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法包含分析所述谱数据以分析由所述微生物群体产生的化合物。
72.根据权利要求71所述的方法，其中所述方法包含分析所述谱数据以：(i)检测所述化合物的存在；(ii)鉴别所述化合物；(iii)表征所述化合物；和/或(iv)分析所述化合物的空间分布。
73.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法包含分析所述谱数据以分析所述微生物群体的一或多个细胞过程。
74.根据权利要求73所述的方法，其中所述细胞过程选自物质的产生、对暴露于物质和/或环境条件的反应和/或养分的利用。
75.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法包含分析所述谱数据以分析物质对所述微生物群体的影响。
76.根据权利要求75所述的方法，其中所述方法包含在权利要求1的步骤(a)之前使所述目标微生物群体暴露于第一物质。
77.一种使用质谱法和/或或离子迁移谱法分析物质对微生物群体的影响的方法，所述方法包含：使包含微生物群体或由其组成的目标暴露于第一物质；使用第一装置从所述目标产生烟雾、气溶胶或蒸气；对所述烟雾、气溶胶或蒸气或者由此衍生的离子进行质量分析和/或离子迁移率分析，以获得谱数据；以及分析所述谱数据以分析所述物质对所述微生物群体的影响。
78.根据权利要求75到77中任一项所述的方法，其中所述方法是筛选多种物质的筛选方法。
79.根据权利要求78所述的方法，其中所述方法是高通量筛选方法。
80.根据权利要求75到79中任一项所述的方法，其中所述方法用于药物发现和/或药物分析。
81.根据权利要求80所述的方法，其中所述方法包含分析所述谱数据以分析所述物质的功效。
82.根据权利要求80或81所述的方法，其中所述方法包含分析所述谱数据以分析所述物质的作用机制。
83.根据权利要求75到82中任一项所述的方法，其中所述物质是潜在或已知的治疗剂。
84.根据权利要求75到83中任一项所述的方法，其中所述物质是抗微生物剂。
85.根据权利要求75到84中任一项所述的方法，其中所述物质是细胞抑制、细胞毒性和/或消炎剂。
86.根据权利要求75到85中任一项所述的方法，其中所述方法包含分析所述谱数据以确定所述物质是否影响所述微生物群体内一种或多种微生物的基因型和/或表型。
87.根据权利要求75到86中任一项所述的方法，其中所述方法包含基于所述谱数据，确定所述微生物群体对所述物质的敏感性。
88.根据权利要求87所述的方法，其中所述方法包含基于所述谱数据，确定所述物质的EC50。
89.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法包含分析所述谱数据以分析所界定的环境条件或环境条件的变化对所述微生物群体的影响。
90.根据前述权利要求中任一项所述的方法，所述方法包含在权利要求1的步骤(a)之前使所述微生物群体经受所界定的环境条件或环境条件的变化。
91.一种使用质谱法和/或或离子迁移谱法分析所界定的环境条件或环境条件的变化对微生物群体的影响的方法，所述方法包含：使包含微生物群体或由其组成的目标暴露于所界定的环境条件或环境条件的变化；使用第一装置从所述目标产生烟雾、气溶胶或蒸气；
对所述烟雾、气溶胶或蒸气或者由此衍生的离子进行质量分析和/或离子迁移率分析，以获得谱数据；以及分析所述谱数据以分析所述所界定的环境条件或环境条件的变化对所述微生物群体的影响。
92.根据权利要求89到91中任一项所述的方法，其中所述环境条件选自培养基组分的性质和/或浓度；细胞-细胞接触的性质和程度；温度；pH值；流体平衡；压力；流动体积；和/或氧气压力。
93.根据权利要求92所述的方法，其中所述环境条件是多种养分和/或矿物质中的一种的浓度。
94.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法包含分析所述谱数据以分析(i)所述微生物群体是否需要外源性脂质；和/或(ii)微生物群体需要外源性脂质的程度。
95.根据权利要求94所述的方法，所述方法包含在权利要求1的步骤(a)之前在具有低浓度的一种或多种脂质和/或总体上低脂质浓度的培养基中培养所述微生物群体。
96.根据权利要求94或95所述的方法，其中所述方法包含基于所述谱数据，确定所述微生物群体是否生成脂肪。
97.根据前述权利要求中任一项所述的方法，所述方法包含在权利要求1的步骤(a)之前使所述微生物群体暴露于一种或多种重同位素。
98.根据前述权利要求中任一项所述的方法，所述方法包含在权利要求1的步骤(a)之前使所述微生物群体暴露于包含一种或多种重同位素或由其组成的物质。
99.根据权利要求98所述的方法，其中所述物质在同位素上是明确规定的。
100.根据权利要求97到99中任一项所述的方法，其中所述重同位素是2H、13C、15N、17O、
18O或34S。
101.根据权利要求97到100中任一项所述的方法，其中所述方法包含分析所述谱数据以分析所述微生物群体是否和/或如何使用所述重同位素或包含一种或多种重同位素或由其组成的物质或所述物质。
102.根据权利要求97到101中任一项所述的方法，其中所述方法包含分析所述谱数据以分析所述微生物群体的脂质代谢。
103.根据前述权利要求中任一项所述的方法，所述方法包含分析所述谱数据以分析微生物群体的状态，其中所述状态选自健康和生长；健康和不生长；受胁迫和生长；受胁迫和不生长；濒死；以及死亡。
104.根据前述权利要求中任一项所述的方法，所述方法包含分析所述谱数据以评估物质、任选地治疗剂或测试物质的效力。
105.根据前述权利要求中任一项所述的方法，所述方法进一步包含确定受试者是否应接受用物质或所述物质治疗的步骤。
106.根据权利要求105所述的方法，所述方法进一步包含用所述物质治疗所述受试者。
107.根据前述权利要求中任一项所述的方法，所述方法包含分析所述谱数据以分析所述微生物群体的物质产生或分解。
108.一种产生或分解物质的方法，所述方法包含：(a)提供包含微生物群体或由其组成的目标；(b)培养所述微生物群体，以便其在所述目标内产生或分解物质；(c)使用第一装置从所述目标产生烟雾、气溶胶或蒸气；(d)对所述烟雾、气溶胶或蒸气或者由此衍生的离子进行质量分析和/或离子迁移率分析，以获得谱数据；以及(e)分析所述谱数据以分析所述微生物群体的所述物质产生或分解。
109.一种鉴别能够产生或分解物质的微生物群体的方法，所述方法包含：(a)使用第一装置从包含微生物群体或由其组成的目标产生烟雾、气溶胶或蒸气；(b)对所述烟雾、气溶胶或蒸气或者由此衍生的离子进行质量分析和/或离子迁移率分析，以获得谱数据；以及(c)分析所述谱数据以鉴别能够产生或分解所述物质的所述微生物群体。
110.根据权利要求107到109中任一项所述的方法，所述方法包含分析所述谱数据以：
(i)确定所述微生物群体是否产生或分解所述物质；(ii)测定所述微生物群体产生或分解所述物质的速率；(iii)确定所述微生物群体是否产生任何副产物；和/或(v)确定所述微生物群体产生或分解所述物质的机制。
111.根据权利要求107到110中任一项所述的方法，所述方法包含分析两种或更多种微生物群体以确定哪个微生物群体以较高速率和/或以较高纯度产生或分解所述物质。
112.根据权利要求107到111中任一项所述的方法，所述方法包含基于所述谱数据，分析多种微生物群体并将所述微生物群体分类或划分成两个或更多个亚群。
113.根据权利要求112所述的方法，其中基于所述谱数据，将所述微生物群体分类或划分成基于以下各项的亚群：(i)产生或分解所述物质的能力；(ii)所述物质的产生或分解速率；(iii)任何副产物的产生；和/或(iv)产生或分解的机制。
114.根据权利要求112或113所述的方法，所述方法包含基于所述谱数据，将所述微生物群体分类或划分成：(i)能够产生或分解所述物质的第一亚群和不能产生或分解所述物质的第二亚群；(ii)第一亚群和第二亚群，其中所述第一亚群以比所述第二亚群高的速率产生或分解物质；(iii)第一亚群和第二亚群，其中所述第一亚群不产生副产物，或产生的副产物比所述第二亚群少；和/或(iv)第一亚群和第二亚群，其中所述第一亚群通过与所述第二亚群不同的机制产生或分解所述物质。
115.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包含在权利要求1的步骤(a)到(c)之前和/或之后，使所述微生物群体或微生物群体亚群经受基于液相色谱的分析的步骤，其中所述基于液相色谱的分析选自选自液相色谱质谱(liquid chromatography mass spectrometry，“LCMS”)分析；液相色谱离子迁移谱(liquid chromatography ion mobility spectrometry，“LCIMS”)分析；液相色谱串联质谱(liquid chromatography tandem mass spectrometry，“LCMS/MS”)分析；先液相色谱后MSE谱(liquid chromatography followed by MSE spectrometry，“LCMSE”)分析；先液相色谱后离子迁移分离并接着质谱(liquid chromatography followed by ion mobility separation and then mass spectrometry，“LC-IMS-MS”)分析；和/或先液相色谱后离子迁移分离并接着MSE谱(liquid chromatography followed by ion mobility separation and then MSE spectrometry，“LC-IMS-MSE”)分析。
116.根据权利要求115所述的方法，所述方法包含(i)基于所述基于液相色谱的分析，将所述微生物群体分类或划分成亚群；(ii)基于所述谱数据与所述基于液相色谱的分析的组合，将所述微生物群体分类或划分成亚群；或(iii)基于所述基于液相色谱的分析，将所述微生物群体亚群中的至少一个亚群分类或划分成进一步的亚群。
117.根据权利要求107到116中任一项所述的方法，所述方法进一步包含在适合于产生或分解所述物质的条件下培养所述微生物群体或微生物群体亚群。
118.根据权利要求117所述的方法，所述方法包含培养来自权利要求116的微生物群体的所述第一亚群之一的微生物群体。
119.根据权利要求1到114、117或118中任一项所述的方法，其中所述方法不包含使所述微生物群体或微生物群体亚群进行液相色谱质谱(“LCMS”)分析和/或液相色谱离子迁移谱(“LCIMS”)分析的步骤。
120.根据前述权利要求中任一项所述的方法，所述方法包含基于所述谱数据，确定调整所述微生物群体的一或多个培养条件的需要。
121.根据权利要求120所述的方法，所述方法包含基于所述需要，调整所述培养条件，任选地使物质或所述物质的产生或分解达到最佳。
122.根据权利要求121所述的方法，其中调整所述培养条件的所述步骤包含调整供应给所述微生物群体的养分的浓度以便维持养分水平在预定或所希望水平下。
123.根据权利要求121或122所述的方法，其中调整所述培养条件的所述步骤包含调整供应给所述微生物群体的矿物质的浓度以便维持矿物质含量水平在预定或所希望水平下。
124.根据权利要求121到123中任一项所述的方法，其中调整所述培养条件的所述步骤包含调整pH值以便维持pH值在预定或所希望水平下，任选地在6.5与7.5之间。
125.根据权利要求121到124中任一项所述的方法，其中调整所述培养条件的所述步骤包含调整加热条件以便维持所述温度在预定或所希望水平下，任选地约30℃。
126.根据权利要求121到125中任一项所述的方法，其中调整所述培养条件的所述步骤包含调整氧、二氧化碳或其它气体水平。
127.根据权利要求121到126中任一项所述的方法，其中调整所述培养条件的所述步骤包含添加污染控制物质、任选地一种或多种抗生素、抗病毒剂和/或抗真菌剂或调整其浓度。
128.根据权利要求121到127中任一项所述的方法，其中调整所述培养条件的所述步骤包含添加促使所述微生物群体产生或分解物质或所述物质的催化剂或诱导剂或调整其浓度。
129.根据权利要求121到128中任一项所述的方法，其中调整所述培养条件的所述步骤包含调整所述微生物群体所暴露的光的水平。
130.根据权利要求108到129中任一项所述的方法，所述方法进一步包含纯化所述物质。
131.根据权利要求130所述的方法，其中纯化所述物质的所述步骤包含以下各项中的一或多个：溶解细胞；离心；过滤；膜分离；萃取；沉淀；和/或色谱法。
132.根据权利要求108到130中任一项所述的方法，其中所述物质在产生时期后产生，其中所述产生时期选自由以下各项组成的群组：(i)1-24小时；(ii)1-2天；(iii)2-3天；
(iv)3-4天；(v)4-5天；(vi)5-6天；(vii)6-7天；(viii)1-2周；(ix)2-3周；(x)3-4周；(xi)1-
2个月；(xii)2-3个月；(xiii)3-4个月；(xiv)4-5个月；(xv)5-6个月；(xvi)6-7个月；(xvii)
7-8个月；(xviii)8-9个月；(xix)9-10个月；(xx)10-11个月；(xxi)11-12个月；和(xxii)>12个月。
133.根据前述权利要求中任一项所述的方法，所述方法包含分析所述谱数据以分析一种或多种化合物、一种或多种代谢物和/或一种或多种生物标记物、任选地一种或多种瞬时中间物。
134.根据权利要求133所述的方法，所述方法包含从所述谱数据确定是否：(i)表达一种或多种生物标记物；(ii)以相对于预定水平更高的水平表达一种或多种生物标记物；或(iii)以相对于预定水平更低的水平表达一种或多种生物标记物。
135.根据前述权利要求中任一项所述的方法，所述方法包含使微生物表型和/或基因型与谱生物标记物相关联。
136.根据权利要求133到135中任一项所述的方法，其中所述生物标记物是分枝菌酸、鞘脂、缩醛磷脂、脂肽和/或群体感应分子。
137.根据权利要求133到136中任一项所述的方法，其中所述生物标记物选自表1-15中列出的任一生物标记物。
138.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中分析所述谱数据的所述步骤包含分析所述烟雾、气溶胶或蒸气的分布或由此衍生的离子的分布。
139.根据权利要求138所述的方法，其中所述分布选自由以下各项组成的群组：(i)脂质组学分布；(ii)脂肪酸分布；(iii)磷脂分布；(iv)磷脂酸(phosphatidic acid，PA)分布；
(v)磷脂酰乙醇胺(phosphatidylethanolamine，PE)分布；(vi)磷脂酰甘油(phosphatidylglycerol，PG)分布；(vii)磷脂酰丝氨酸(phosphatidylserine，PS)分布；或(viii)磷脂酰肌醇(phosphatidylinositol，PI)分布。
140.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中在权利要求1的步骤(a)之前所述微生物群体内的一种或多种微生物上或内的分子用标记进行标记。
141.一种使用质谱法和/或离子迁移谱法进行分析的方法，所述方法包含：
(a)使用第一装置从包含微生物群体或由其组成的目标产生烟雾、气溶胶或蒸气，所述微生物群体包含一种或多种微生物，所述一种或多种微生物在所述一种或多种微生物上或内的分子上具有标记；
(b)对所述烟雾、气溶胶或蒸气或者由此衍生的离子进行质量分析和/或离子迁移率分析，以获得谱数据；以及
(c)分析所述谱数据以鉴别和/或表征所述微生物群体或所述微生物群体中存在的一种或多种微生物和/或化合物。
142.根据权利要求140或141所述的方法，其中所述方法包含分析所述谱数据以分析微生物细胞过程。
143.根据权利要求143所述的方法，其中所述细胞过程涉及所述标记分子的生物转化。
144.根据权利要求140到143中任一项所述的方法，其中所述标记是荧光标记。
145.根据权利要求140到144中任一项所述的方法，所述方法进一步包含在执行权利要求1或权利要求141的步骤(a)到(c)之前或之后，将标记微生物与未经标记的微生物分离，分成第一与第二亚群、任选地标记和未经标记的亚群。
146.根据权利要求145所述的方法，其中所述分离使用荧光辅助的细胞分选(fluorescence-assisted cell sorting，FACS)进行，并且任选地，其中将标记细胞与未经标记的细胞分离的所述步骤在执行权利要求1或权利要求141的步骤(a)到(c)之前进行，并且任选地，(i)其中所述亚群中的至少一个亚群直接经由根据前述权利要求中任一项所述的方法分析；(ii)其中至少一个亚群直接引入质谱仪和/或离子迁移谱仪；和/或(iii)其中FACS装置连接到质谱仪和/或离子迁移谱仪。
147.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述目标是第一样品，所述微生物群体是第一微生物群体并且所述谱数据是第一谱数据；并且其中所述方法进一步包含从包含微生物群体的第二不同样品产生气溶胶、烟雾或蒸气；对从所述第二样品产生的所述气溶胶、烟雾或蒸气或者由此衍生的离子进行质量分析和/或离子迁移率分析，以便获得指示与所述第二样品中的所述微生物群体相关的一种或多种特性的第二谱数据；以及比较所述第一谱数据与所述第二谱数据以确定所述第一目标样品与所述第二目标样品之间的差异。
148.根据权利要求147所述的方法，其中所述第一样品和所述第二样品是来自第一和第二单独目标的样品，并且其中所述第二样品由第二微生物群体、例如单独微生物群体组成或包含其。
149.根据权利要求148所述的方法，其中所述第一微生物群体暴露于第一物质并且所述第二微生物群体不暴露于所述第一物质，并且所述方法包含分析所述第一谱数据和所述第二谱数据以分析所述物质对所述第一微生物群体的影响。
150.根据权利要求148或权利要求149所述的方法，其中所述第二微生物群体暴露于第二物质并且所述第一微生物群体不暴露于所述第二物质，并且所述方法包含分析所述第一谱数据和所述第二谱数据以分析所述第二物质对所述第二微生物群体的影响。
151.根据权利要求148到150中任一项所述的方法，其中所述第一微生物群体暴露于第一环境条件并且所述第二微生物群体不暴露于所述环境条件，并且所述方法包含分析所述第一谱数据和所述第二谱数据以分析所述环境条件对所述第一微生物群体的影响。
152.根据权利要求148到151中任一项所述的方法，其中所述第二微生物群体暴露于第二环境条件并且所述第一微生物群体不暴露于所述第二环境条件，并且所述方法包含分析所述第一谱数据和所述第二谱数据以分析所述第二环境条件对所述第二微生物群体的影响。
153.根据权利要求148到152中任一项所述的方法，其中所述第一微生物群体包含第一基因修饰并且所述第二微生物群体不包含所述第一基因修饰，并且所述方法包含分析所述第一谱数据和所述第二谱数据以分析所述第一基因修饰的影响。
154.根据权利要求148到153中任一项所述的方法，其中所述第一微生物群体包含第一基因修饰并且所述第二微生物群体包含第二基因修饰，并且所述方法包含分析所述第一谱数据和所述第二谱数据以分析所述第二基因修饰的影响。
155.根据权利要求153到154中任一项所述的方法，其中所述第一微生物群体和所述第二微生物群体除所述第一基因修饰和/或所述第二基因修饰外是同基因的。
156.根据权利要求147所述的方法，其中所述第一样品和所述第二样品是分别在第一时间和后续第二时间从所述目标获取的不同样品。
157.根据权利要求156所述的方法，其中在获得所述第一样品后但在获得所述第二样品前使所述目标暴露于第一物质，并且所述方法包含分析所述第一谱数据和所述第二谱数据以分析所述第一物质对所述微生物群体的影响。
158.根据权利要求156或权利要求157所述的方法，其中在获得所述第一样品后但在获得所述第二样品前使所述目标暴露于第一环境条件，并且方法包含分析所述第一谱数据和所述第二谱数据以分析所述第一环境条件对所述微生物群体的影响。
159.根据权利要求147到158中任一项所述的方法，所述方法进一步包含从一种或多种其它样品产生气溶胶、烟雾或蒸气；对从所述其它样品产生的所述气溶胶、烟雾或蒸气进行质量分析和/或离子迁移率分析，以便获得其它谱数据；以及比较所述第一谱数据和/或所述第二谱数据与所述其它谱数据以确定所述其它样品与所述第一样品和/或所述第二样品之间的差异。
160.根据权利要求159所述的方法，其中所述其它样品是来自一种或多种其它单独目标，例如微生物群体的样品。
161.根据权利要求159所述的方法，其中所述其它目标样品是在一或多个后续时间从与所述第一样品和/或所述第二样品相同的目标获取的样品。
162.根据前述权利要求中任一项所述的方法，所述方法包含分析所述谱数据，其中分析所述谱数据包含分析一或多个样品谱以便对所述气溶胶、烟雾或蒸气样品进行分类。
163.根据权利要求162所述的方法，其中分析所述一或多个样品谱以便对所述气溶胶、烟雾或蒸气样品进行分类包含所述一或多个样品谱的无监督分析(例如用于减少维数)和/或所述一或多个样品谱的监督分析(例如用于分类)；任选地，其中分析所述一或多个样品谱包含无监督分析(例如用于减少维数)，接着监督分析(例如用于分类)。
164.根据权利要求162或163所述的方法，其中分析所述一或多个样品谱以便对所述气溶胶、烟雾或蒸气样品进行分类包含使用以下各项中的一或多个：(i)单变量分析；(ii)多变量分析；(iii)主成分分析(principal component analysis，PCA)；(iv)线性判别分析(linear discriminant analysis，LDA)；(v)最大边缘准则(maximum margin criteria，MMC)；(vi)基于库的分析；(vii)软独立建模分类类比(soft independent modelling of class analogy，SIMCA)；(viii)因子分析(factor analysis，FA)；(ix)递归划分(决策树)；
(x)随机森林；(xi)独立成分分析(independent component analysis，ICA)；(xii)偏最小二乘法判别分析(partial least squares discriminant analysis，PLS-DA)；(xiii)隐结构正交(偏最小二乘法)投影(orthogonal(partial least squares)projections to latent structure，OPLS)；(xiv)OPLS判别分析(OPLS discriminant analysis，OPLS-DA)；
(xv)支持向量机(support vector machine，SVM)；(xvi)(人工)神经网络；(xvii)多层感知器；(XVIII)径向基函数(radial basis function，RBF)网络；(xix)贝叶斯分析(Bayesian analysis)；(xx)聚类分析；(xxi)核化方法；和(xxii)子空间判别分析；(xxiii)k最近邻(k-nearest neighbour，KNN)；(xxiv)二次判别分析(quadratic discriminant analysis，QDA)；(xxv)概率主成分分析(probabilistic principal component Analysis，PPCA)；
(xxvi)非负矩阵因子分解；(xxvii)k均值因子分解；(xxviii)模糊c均值因子分解；以及(xxix)判别分析(discriminant analysis，DA)。
165.根据权利要求162到164中任一项所述的方法，其中分析所述一或多个样品谱以便对所述气溶胶、烟雾或蒸气样品进行分类包含使用一或多个参考样品谱开发分类模型或库。
166.根据权利要求162到165中任一项所述的方法，其中分析所述一或多个样品谱以便对所述气溶胶、烟雾或蒸气样品进行分类包含在执行主成分分析(PCA)(例如用于减少维数)之后执行线性判别分析(LDA)(例如用于分类)。
167.根据权利要求162到166中任一项所述的方法，其中分析所述一或多个样品谱以便对所述气溶胶、烟雾或蒸气样品进行分类包含在执行主成分分析(PCA)(例如用于减少维数)之后进行最大边缘准则(MMC)法(例如用于分类)。
168.根据权利要求162到167中任一项所述的方法，其中分析所述一或多个样品谱以便对所述气溶胶、烟雾或蒸气样品进行分类包含在分类模型或库内定义一或多个类别。
169.根据权利要求162到168中任一项所述的方法，其中分析所述一或多个样品谱以便对所述气溶胶、烟雾或蒸气样品进行分类包含根据一或多个类别或聚类准则在分类模型或库内手动或自动定义一或多个类别。
170.根据权利要求169所述的方法，其中针对每种类别的所述一或多个类别或聚类准则基于以下各项中的一或多个：模型空间内参考样品谱的一对或多对参考点之间的距离；
模型空间内参考样品谱的各组参考点之间的方差值；以及模型空间内参考样品谱的一组参考点内的方差值。
171.根据权利要求168、169或170所述的方法，其中所述一或多个类别各由一或多个类别定义来定义。
172.根据权利要求171所述的方法，其中所述一或多个类别定义包含以下各项中的一或多个：模型空间内参考样品谱的一或多个参考点、数值、边界、线、平面、超平面、方差、体积、沃罗诺伊单元(Voronoi cell)和/或位置的集合；以及类别层次结构内的一或多个位置。
173.根据权利要求162到172中任一项所述的方法，其中分析所述一或多个样品谱以便对所述气溶胶、烟雾或蒸气样品进行分类包含使用分类模型或库对一或多个未知的样品谱进行分类。
174.根据权利要求162到173中任一项所述的方法，其中分析所述一或多个样品谱以便对所述气溶胶、烟雾或蒸气样品进行分类包含根据一或多个分类准则手动或自动对一或多个样品谱进行分类。
175.根据权利要求174所述的方法，其中所述一或多个分类准则包含以下各项中的一或多个：模型空间内一或多个样品谱的一或多个投影样品点与所述模型空间内一或多个参考样品谱的一或多个参考点、数值、边界、线、平面、超平面、体积、沃罗诺伊单元或位置的集合之间的距离低于距离阈值或是最低的此类距离；模型空间内一或多个样品谱的一或多个投影样品点的位置处于所述模型空间内一或多个参考样品谱的一或多个参考点、数值、边界、线、平面、超平面或位置的一侧或另一侧；模型空间内一或多个样品谱的一或多个投影样品点的位置在所述模型空间内的一或多个体积或沃罗诺伊单元内；以及概率或分类分数超过概率或分类分数阈值或是最高的此类概率或分类分数。
176.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第一装置包含敞开式离子源或电离源或形成其一部分；或其中所述第一装置从所述目标产生所述气溶胶、烟雾或蒸气并含有离子和/或随后通过敞开式离子源或电离源或者其它电离源电离。
177.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第一装置包含装置或离子源或形成其一部分，所述装置或离子源选自由以下各项组成的群组：(i)快速蒸发电离质谱(rapid evaporative ionisation mass spectrometry，“REIMS”)离子源；(ii)解吸电喷雾电离(desorption electrospray ionisation，“DESI”)离子源；(iii)激光解吸电离(laser desorption ionisation，“LDI”)离子源；(iv)热解吸离子源；(v)激光二极管热解吸(laser diode thermal desorption，“LDTD”)离子源；(vi)解吸电流动聚焦(desorption electro-flow focusing，“DEFFI”)离子源；(vii)电介质阻挡放电(dielectric barrier discharge，“DBD”)等离子体离子源；(viii)大气压固体分析探针(Atmospheric Solids Analysis Probe，“ASAP”)离子源；(ix)超声波辅助喷雾电离离子源；(x)敞开式简易声波-喷雾电离(easy ambient sonic-spray ionisation，“EASI”)离子源；(xi)解吸大气压光致电离(desorption atmospheric pressure photoionisation，“DAPPI”)离子源；(xii)纸喷雾(paperspray，“PS”)离子源；(xiii)喷射式解吸电离(jet desorption ionisation，“JeDI”)离子源；(xiv)触碰式喷雾(touch spray，“TS”)离子源；(xv)纳米DESI离子源；
(xvi)激光烧蚀电喷雾(laser ablation electrospray，“LAESI”)离子源；(xvii)实时直接分析(direct analysis in real time，“DART”)离子源；(xviii)探针电喷雾电离(probe electrospray ionisation，“PESI”)离子源；(xix)固体探针辅助电喷雾电离(solid-probe assisted electrospray ionisation，“SPA-ESI”)离子源；(xx)卡维顿超声波外科抽吸器(cavitron ultrasonic surgical aspirator，“CUSA”)装置；(xxi)混合式CUSA-透热装置；
(xxii)聚焦或未聚焦超声波烧蚀装置；(xxiii)混合式聚焦或未聚焦超声波烧蚀和透热装置；(xxiv)微波谐振装置；(xxv)脉冲等离子体RF解剖装置；(xxvi)氩等离子体凝固装置；
(xxvi)混合式脉冲等离子体RF解剖和氩等离子体凝固装置；(xxvii)混合式脉冲等离子体RF解剖和JeDI装置；(xxviii)外科水/生理盐水射流装置；(xxix)混合式电外科和氩等离子体凝固装置；以及(xxx)混合式氩等离子体凝固和水/生理盐水射流装置。
178.根据权利要求176或177所述的方法，其中使用所述第一装置产生气溶胶、烟雾或蒸气的所述步骤包含使所述目标与一或多个电极接触。
179.根据权利要求178所述的方法，其中所述一或多个电极包含以下任一项：(i)单极装置，其中所述方法任选地进一步包含提供单独的返回电极；(ii)双极装置；或(iii)多相RF装置，其中所述方法任选地进一步包含提供单独的返回电极或电极。
180.根据权利要求178或179所述的方法，其中所述一或多个电极包含快速蒸发电离质谱(“REIMS”)装置或形成其一部分。
181.根据权利要求176到180中任一项所述的方法，所述方法进一步包含将AC或RF电压施加到所述一或多个电极以产生所述气溶胶、烟雾或蒸气。
182.根据权利要求181所述的方法，其中将所述AC或RF电压施加到所述一或多个电极的所述步骤进一步包含将所述AC或RF电压的一或多个脉冲施加到所述一或多个电极。
183.根据权利要求181或182所述的方法，其中将所述AC或RF电压施加到所述一或多个电极的所述步骤使得热量耗散到所述目标中。
184.根据权利要求176到183中任一项所述的方法，其中使用所述第一装置从所述目标的一或多个区域产生气溶胶、烟雾或蒸气的所述步骤进一步包含用激光照射所述目标。
185.根据权利要求176到184中任一项所述的方法，其中所述第一装置通过利用焦耳加热或透热从所述目标直接蒸发或汽化目标材料而从所述目标的一或多个区域产生气溶胶。
186.根据权利要求176到185中任一项所述的方法，其中使用所述第一装置从所述目标的一或多个区域产生气溶胶、烟雾或蒸气的所述步骤进一步包含将超声波能量导入所述目标中。
187.根据权利要求176到186中任一项所述的方法，其中所述气溶胶包含不带电的水性液滴，任选地包含细胞物质。
188.根据权利要求176到187中任一项所述的方法，所述方法包含使至少一些所述气溶胶、烟雾或蒸气或者其中的分析物电离以便产生分析物离子；其中分析所述分析物离子以获得所述谱数据。
189.根据权利要求176到188中任一项所述的方法，所述方法包含将至少一些所述气溶胶、烟雾或蒸气导入或抽吸到质谱仪和/或离子迁移谱仪的真空室中；和/或在所述谱仪的真空室或所述真空室内使至少一些所述气溶胶、烟雾或蒸气或者其中的分析物电离，以便产生多个分析物离子。
190.根据权利要求188或189所述的方法，所述方法包含使所述气溶胶、烟雾或蒸气或者其中的分析物撞击任选地位于所述谱仪的真空室或所述真空室内的碰撞表面，以便产生所述多个分析物离子。
191.根据前述权利要求中任一项所述的方法，所述方法包含将基质加入所述气溶胶、烟雾或蒸气；任选地其中所述基质选自由以下各物组成的群组：(i)所述气溶胶、烟雾或蒸气或者其中的分析物的溶剂；(ii)有机溶剂；(iii)挥发性化合物；(iv)极性分子；(v)水；
(vi)一种或多种醇；(vii)甲醇；(viii)乙醇；(ix)异丙醇；(x)丙酮；(xi)乙腈；(xii)1-丁醇；(xiii)四氢呋喃；(xiv)乙酸乙酯；(xv)乙二醇；(xvi)二甲亚砜；醛；(xviii)酮；(xiv)非极性分子；(xx)己烷；(xxi)氯仿；(xxii)丁醇；以及(xxiii)丙醇。
192.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述目标是天然或未改性的。
193.根据权利要求192所述的方法，其中所述天然或未改性的目标未通过加入基质或试剂改性。
194.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第一装置用于在不事先制备所述目标的情况下从所述目标的所述一或多个区域产生所述气溶胶、烟雾或蒸气。
195.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述目标在权利要求1的步骤a)和b)之前冷冻、化学固定、化学染色或切片。
196.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述目标除在权利要求1的步骤a)和b)之前冷冻、化学固定、化学染色或切片外未改性。
197.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述步骤(a)包括自动取样。
198.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述步骤(a)包括使用一次性取样尖端。
199.一种诊断方法，所述方法包含根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述目标包含来自受试者、受试者的区域或来源于受试者的微生物培养物的临床样本，并基于所述谱数据进行诊断。
200.根据权利要求199所述的方法，所述方法包含基于所述微生物群体的检测、鉴别和/或表征诊断感染。
201.根据权利要求200所述的方法，其中所述感染是阴道、皮肤、肺、胃肠道和/或呼吸道的感染，和/或在损害和/或伤口中。
202.根据权利要求198、199或200所述的方法，其中所述方法包含基于所述谱数据，确定所述感染是细菌和/或病毒感染，以及任选地是否所述细菌和/或病毒是病原性的。
203.根据权利要求199到202中任一项所述的方法，其中所述方法包含基于所述谱数据，确定所述微生物是否对一种或多种抗微生物剂敏感或具抗性。
204.根据权利要求199到203中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包含分析所述谱数据以确定(i)所述受试者是否应接受治疗；和/或(ii)所述受试者应接受何种治疗。
205.一种治疗方法，所述方法包含根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述目标包含来自受试者、受试者的区域或来源于受试者的微生物培养物的临床样本；其中有待提供的所述治疗的确定是基于所述谱数据；并且其中向所述受试者给予适当治疗。
206.根据前述权利要求中任一项所述的方法，所述方法包含使用所述第一装置从所述目标上的多个不同区域产生气溶胶、烟雾或蒸气。
207.根据权利要求206所述的方法，其中所述气溶胶、烟雾或蒸气是从所述目标中的多个离散区域产生。
208.根据权利要求206或207所述的方法，所述方法包含针对在所述不同区域中的每个区域产生的气溶胶、烟雾、蒸气，对所述气溶胶、烟雾、蒸气或由此衍生的离子进行质量分析和/或离子迁移率分析，以便获得所述不同区域的所述谱数据，并且使所述谱数据与所述目标上的其对应区域相关联以便提供所述目标的离子成像或地图数据。
209.根据权利要求208所述的方法，所述方法包含将每个区域的所述谱数据转化成代表所述目标中的所述区域的微生物的数目和/或类型的数据；以及任选地将所述代表性数据展现为展示组分或微生物的数目和/或类型作为在所述目标中的位置的函数的离子图像或地图。
210.根据权利要求209所述的方法，所述方法包含鉴别和/或展现所述目标中的不同类型微生物群体之间的界限。
211.根据权利要求208、209或210所述的方法，所述方法包含鉴别和/或展现一种或多种关注微生物类型的位置和/或界限。
212.根据权利要求208到211中任一项所述的方法，所述方法包含鉴别和/或展现所述目标中至少一种关注生物标记物或化合物的位置和/或界限和/或水平。
213.根据权利要求212所述的方法，其中所述化合物是群体感应分子。
214.一种设备，所述设备包含：(a)第一装置，用于从包含微生物群体或由其组成的目标产生烟雾、气溶胶或蒸气；(b)质谱仪和/或离子迁移谱仪，用于分析所述烟雾、气溶胶或蒸气或者由此衍生的离子，以获得谱数据；以及(c)处理器，被调适用于分析所述谱数据以鉴别和/或表征所述目标中存在的所述微生物群体或一种或多种微生物和/或化合物。
215.根据权利要求214所述的设备，其中所述设备被布置和调适用于执行根据权利要求1到213中任一项所述的方法。