1.一种用于治疗代谢病症的方法，其包括向有需要的受试者施用有效量的编码生长分化因子15(GDF15)或内皮细胞特异性分子1(ESM1)的合成RNA，其中所述合成RNA包含一种或多种避免明显细胞毒性的非规范核苷酸。
2.如权利要求1所述的方法，其中所述代谢病症选自I型糖尿病、II型糖尿病、胰岛素抵抗、肥胖症、血脂异常、高胆固醇血症、高血糖症、高胰岛素血症、高血压、肝细胞病如非酒精性脂肪性肝炎(NASH)和非酒精性脂肪酸肝病(NAFLD)、癌症、与脂质代谢受损相关的疾病或病症、与肾功能受损相关的疾病或病症、与肝功能受损相关的疾病或病症、与肺功能受损相关的疾病或病症、血管或心血管疾病或病症、肌肉萎缩、炎症和呼吸道疾病。
3.如权利要求2所述的方法，其中所述与肾功能受损相关的疾病或病症选自慢性肾病、急性肾损伤、肾病、糖尿病性肾病、肾衰竭和肾纤维化。
4.如权利要求2所述的方法，其中所述血管或心血管疾病或病症选自冠状动脉疾病、心肌病、高血压、心房颤动、先兆子痫、外周动脉疾病、动脉粥样硬化、心力衰竭、急性心肌梗塞、急性冠状动脉综合征、肌肉萎缩、高血压性心室肥大、高血压性心肌病、缺血性心脏病、心肌梗塞、腹主动脉瘤、血块、深静脉血栓形成、静脉淤血症、静脉炎和静脉曲张。
5.如权利要求1至4中任一项所述的方法，其中与未治疗的受试者相比，所述治疗引起所述受试者中天冬氨酸转氨酶(AST)、丙氨酸转氨酶(ALT)或葡萄糖水平中的一种或多种的降低。
6.如权利要求1至5中任一项所述的方法，其中与未治疗的受试者相比，所述治疗引起所述受试者中脂质动员增加。
7.如权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述施用是皮内、肌肉内、腹膜内、静脉内、皮下、鼻内、硬膜外、口服、舌下、脑内、阴道内、透皮、门静脉内、直肠内、吸入或局部施用。
8.一种用于调节GDF15的方法，其包括向受试者施用有效量的编码GDF15的合成RNA，其中所述合成RNA包含一种或多种避免明显细胞毒性的非规范核苷酸。
9.如权利要求8所述的方法，其中与未治疗的受试者相比，所述调节引起所述受试者中ALT、AST或葡萄糖水平中的一种或多种的降低。
10.如权利要求8或权利要求9所述的方法，其中与未治疗的受试者相比，所述调节引起所述受试者中脂质动员增加。
11.如权利要求8至10中任一项所述的方法，其中所述施用是皮内、肌肉内、腹膜内、静脉内、皮下、鼻内、硬膜外、口服、舌下、脑内、阴道内、透皮、门静脉内、直肠内、吸入或局部施用。
12.如权利要求8至11中任一项所述的方法，其中所述调节引起所述受试者中GDF15的量增加。
13.如权利要求8至11中任一项所述的方法，其中所述调节引起所述受试者中GDF15的量减少。
14.一种用于调节ESM1的方法，其包括向受试者施用有效量的编码ESM1的合成RNA，其中所述合成RNA包含一种或多种避免明显细胞毒性的非规范核苷酸。
15.如权利要求14所述的方法，其中与未治疗的受试者相比，所述调节引起所述受试者中ALT、AST或葡萄糖水平中的一种或多种的降低。
16.如权利要求14或权利要求15所述的方法，其中与未治疗的受试者相比，所述调节引起所述受试者中脂质动员增加。
17.如权利要求14至16中任一项所述的方法，其中所述施用是皮内、肌肉内、腹膜内、静脉内、皮下、鼻内、硬膜外、口服、舌下、脑内、阴道内、透皮、门静脉内、直肠内、吸入或局部施用。
18.如权利要求14至17中任一项所述的方法，其中所述调节引起所述受试者中ESM1的量增加。
19.如权利要求14至17中任一项所述的方法，其中所述调节引起所述受试者中ESM1的量减少。
20.一种用于治疗肝脏病症的方法，其包括向有需要的受试者施用有效量的编码生长分化因子15(GDF15)或内皮细胞特异性分子1(ESM1)的合成RNA，其中：
所述合成RNA包含一种或多种避免明显细胞毒性的非规范核苷酸；并且
所述治疗降低所述受试者中脂肪肝、NAFLD、NASH、炎症、肝炎、纤维化、肝硬化和肝细胞癌中的一种或多种。
21.如权利要求20所述的方法，其中与未治疗的受试者相比，所述治疗引起所述受试者中AST、ALT或葡萄糖水平中的一种或多种的降低。
22.如权利要求20或权利要求21所述的方法，其中与未治疗的受试者相比，所述治疗引起所述受试者中脂质动员增加。
23.如权利要求20至23中任一项所述的方法，其中所述施用针对肝脏。
24.如权利要求20至24中任一项所述的方法，其中所述施用是门静脉内注射。
25.一种用于治疗弗里德里希氏共济失调的方法，其包括向有需要的受试者施用有效量的
(a)编码能够在FXNA(SEQ ID NO:582)中产生双链断裂的基因编辑蛋白的合成RNA，和/或
(b)编码能够在FXNB(SEQ ID NO:583)中产生双链断裂的基因编辑蛋白的合成RNA，其中所述合成RNA包含一种或多种避免明显细胞毒性的非规范核苷酸。
26.如权利要求25所述的方法，其中所述治疗包括向有需要的受试者施用有效量的(a)编码能够在FXNA(SEQ ID NO:582)中产生双链断裂的所述基因编辑蛋白的所述合成RNA，和
(b)编码能够在FXNB(SEQ ID NO:583)中产生双链断裂的所述基因编辑蛋白的所述合成RNA。
27.如权利要求25或权利要求26所述的方法，其中所述施用针对心脏。
28.如权利要求25至27中任一项所述的方法，其中所述施用经由导管进行。
29.如权利要求25至28中任一项所述的方法，其中所述治疗减轻以下中的一种或多种：
肌肉无力、失去协调、视力障碍、听力障碍、言语不清、脊柱侧凸、足部畸形、糖尿病和选自一种或多种心房颤动、心动过速和肥厚性心肌病的心脏病症。
30.如权利要求25至29中任一项所述的方法，其中所述基因编辑蛋白选自CRISPR/Cas9、TALEN和锌指核酸酶。
31.如权利要求25至29中任一项所述的方法，其中所述基因编辑蛋白包含：
(a)包含多个重复序列的DNA结合结构域，并且所述重复序列中的至少一个包含氨基酸序列：LTPvQVVAIAwxyzGHGG(SEQ ID NO:629)并且长度在36个氨基酸和39个氨基酸之间，其中：
“v”为Q、D或E，
“w”为S或N，
“x”为H、N或I，
“y”为D、A、I、N、G、H、K、S或空，并且
“z”为GGKQALETVQRLLPVLCQD(SEQ ID NO:630)或GGKQALETVQRLLPVLCQA(SEQ ID NO:
631)；和
(b)包含核酸酶的催化结构域的核酸酶结构域。
32.如权利要求31所述的方法，其中所述核酸酶结构域能够与另一个核酸酶结构域形成二聚体。
33.如权利要求31或权利要求32所述的方法，其中所述核酸酶结构域包含蛋白质的催化结构域，所述催化结构域包含氨基酸序列SEQ ID NO:632。
34.一种用于减少炎症的方法，其包括向有需要的受试者施用有效量的编码过氧化物歧化酶3(SOD3)或IFKB的合成RNA，其中所述合成RNA包含一种或多种避免明显细胞毒性的非规范核苷酸。
35.如权利要求34所述的方法，其中所述炎症与肺部疾病或病症相关。
36.如权利要求34或权利要求35所述的方法，其中所述肺部疾病或病症选自石棉沉滞症、哮喘、支气管扩张、支气管炎、慢性咳嗽、慢性阻塞性肺病(COPD)、普通感冒、哮吼、囊性纤维化、汉坦病毒、特发性肺纤维化、流感、肺癌、大流行性流感、百日咳、胸膜炎、肺炎、肺栓塞、肺高血压、呼吸道合胞病毒(RSV)、结节病、睡眠呼吸暂停、肺活量测定、婴儿猝死综合征(SIDS)和肺结核。
37.如权利要求36所述的方法，其中所述炎症与肺部感染相关。
38.如权利要求37所述的方法，其中所述肺部感染由细菌、真菌、原生动物、多细胞生物、微粒或病毒引起。
39.如权利要求34至38中任一项所述的方法，其中所述合成RNA通过吸入施用。
40.如权利要求34至39中任一项所述的方法，其中所述炎症与败血症相关。
41.一种用于治疗α-1抗胰蛋白酶(A1AT)缺乏症的方法，其包括向有需要的受试者施用有效量的
(a)编码能够在A1AT_A(SEQ ID NO:584)中产生双链断裂的基因编辑蛋白的合成RNA，和/或
(b)编码能够在A1AT_B(SEQ ID NO:585)中产生双链断裂的基因编辑蛋白的合成RNA，其中所述合成RNA包含一种或多种避免明显细胞毒性的非规范核苷酸。
42.如权利要求41所述的方法，其中所述治疗包括向有需要的受试者施用有效量的(a)编码能够在A1AT_A(SEQ ID NO:584)中产生双链断裂的所述基因编辑蛋白的所述合成RNA和
(b)编码能够在A1AT_B(SEQ ID NO:585)中产生双链断裂的所述基因编辑蛋白的所述合成RNA。
43.如权利要求41或权利要求42所述的方法，其中所述施用针对肝脏。
44.如权利要求41至43中任一项所述的方法，其中所述施用是门静脉内注射。
45.如权利要求41至44中任一项所述的方法，其中所述治疗校正所述受试者的肝细胞中的Z突变。
46.如权利要求41至45中任一项所述的方法，其中所述治疗降低所述受试者的肝细胞中聚合的Z蛋白积聚。
47.如权利要求41至46中任一项所述的方法，其中所述治疗增加功能性A1AT的分泌和/或血清水平。
48.如权利要求41至47中任一项所述的方法，其中所述治疗减轻慢性咳嗽、肺气肿、COPD、肝衰竭、肝炎、肝肿大、黄疸和肝硬化中的一种或多种。
49.如权利要求41至48中任一项所述的方法，其中所述基因编辑蛋白选自CRISPR/Cas9、TALEN和锌指核酸酶。
50.如权利要求41至48中任一项所述的方法，其中所述基因编辑蛋白包含：
(a)包含多个重复序列的DNA结合结构域，并且所述重复序列中的至少一个包含氨基酸序列：LTPvQVVAIAwxyzGHGG(SEQ ID NO:629)并且长度在36个氨基酸和39个氨基酸之间，其中：
“v”为Q、D或E，
“w”为S或N，
“x”为H、N或I，
“y”为D、A、I、N、G、H、K、S或空，并且
“z”为GGKQALETVQRLLPVLCQD(SEQ ID NO:630)或GGKQALETVQRLLPVLCQA(SEQ ID NO:
631)；和
(b)包含核酸酶的催化结构域的核酸酶结构域。
51.如权利要求50所述的方法，其中所述核酸酶结构域能够与另一个核酸酶结构域形成二聚体。
52.如权利要求50或权利要求51所述的方法，其中所述核酸酶结构域包含蛋白质的所述催化结构域，所述催化结构域包含所述氨基酸序列SEQ ID NO:632。
53.一种用于治疗α-1抗胰蛋白酶(A1AT)缺乏症的方法，其包括向受试者施用有效量的编码A1AT的合成RNA，其中所述合成RNA包含一种或多种避免明显细胞毒性的非规范核苷酸。
54.如权利要求53所述的方法，其中所述施用针对肝脏。
55.如权利要求53或权利要求54所述的方法，其中所述施用是门静脉内注射。
56.如权利要求53至55中任一项所述的方法，其中所述治疗校正所述受试者的肝细胞中的所述Z突变。
57.如权利要求53至56中任一项所述的方法，其中所述治疗降低所述受试者的肝细胞中聚合的Z蛋白积聚。
58.如权利要求53至57中任一项所述的方法，其中所述治疗增加功能性A1AT的分泌和/或血清水平。
59.如权利要求53至58中任一项所述的方法，其中所述治疗减轻受试者症状中的一种或多种。
60.一种用于逆转细胞中的α-1抗胰蛋白酶(A1AT)缺乏症的方法，其包括：
(a)获得包含缺陷A1AT基因的细胞；和
(b)使所述细胞与编码A1AT的合成RNA接触，其中所述合成RNA包含一种或多种避免明显细胞毒性的非规范核苷酸。
61.如权利要求60所述的方法，其还包括以下步骤：
(c)获得步骤(b)中接触的所述细胞；和
(d)向有需要的受试者施用所述细胞。
62.如权利要求60或权利要求61所述的方法，其中所述施用针对肝脏。
63.如权利要求60至62中任一项所述的方法，其中所述施用是门静脉内注射。
64.一种用于逆转细胞中的α-1抗胰蛋白酶(A1AT)缺乏症的方法，其包括：
(a)获得包含缺陷A1AT基因的细胞；和
(b)使所述细胞与编码能够在A1AT_A(SEQ ID NO:584)中产生双链断裂的基因编辑蛋白的合成RNA和编码能够在A1AT_B(SEQ ID NO:585)中产生双链断裂的基因编辑蛋白的合成RNA中的一种或两种接触，
其中所述合成RNA包含一种或多种避免明显细胞毒性的非规范核苷酸。
65.如权利要求64所述的方法，其还包括以下步骤：
(c)获得步骤(b)中接触的所述细胞；和
(d)向有需要的受试者施用所述细胞。
66.如权利要求64或权利要求65所述的方法，其中所述施用针对肝脏。
67.如权利要求64至66中任一项所述的方法，其中所述施用是门静脉内注射。
68.如权利要求64至67中任一项所述的方法，其中所述基因编辑蛋白选自CRISPR/Cas9、TALEN和锌指核酸酶。
69.如权利要求64至67中任一项所述的方法，其中所述基因编辑蛋白包含：
(a)包含多个重复序列的DNA结合结构域，并且所述重复序列中的至少一个包含氨基酸序列：LTPvQVVAIAwxyzGHGG(SEQ ID NO:629)并且长度在36个氨基酸和39个氨基酸之间，其中：
“v”为Q、D或E，
“w”为S或N，
“x”为H、N或I，
“y”为D、A、I、N、G、H、K、S或空，并且
“z”为GGKQALETVQRLLPVLCQD(SEQ ID NO:630)或GGKQALETVQRLLPVLCQA(SEQ ID NO:
631)；和
(b)包含核酸酶的催化结构域的核酸酶结构域。
70.如权利要求69所述的方法，其中所述核酸酶结构域能够与另一个核酸酶结构域形成二聚体。
71.如权利要求69或权利要求70所述的方法，其中所述核酸酶结构域包含蛋白质的所述催化结构域，所述催化结构域包含所述氨基酸序列SEQ ID NO:632。
72.一种用于调节BMP7的方法，其包括向受试者施用有效量的编码BMP7的合成RNA，其中所述合成RNA包含一种或多种避免明显细胞毒性的非规范核苷酸。
73.如权利要求72所述的方法，其中所述调节引起所述受试者中BMP7的量增加。
74.如权利要求72或权利要求73所述的方法，其中所述调节引起所述受试者中BMP7的量减少。
75.如权利要求72或权利要求73所述的方法，其中所述调节引起细胞内碱性磷酸酶活性增加。
76.如权利要求72至75中任一项所述的方法，其中编码BMP7的所述合成RNA包含编码BMP7信号肽的序列。
77.如权利要求76所述的方法，其中所述BMP7信号肽包含序列SEQ ID NO:597。
78.如权利要求72至77中任一项所述的方法，其中所述施用针对肝脏。
79.如权利要求72至78中任一项所述的方法，其中所述施用是门静脉内注射。
80.如权利要求72至79中任一项所述的方法，其中所述施用治疗糖尿病性肾病。
81.如权利要求72至80中任一项所述的方法，其中所述施用治疗肝纤维化。
82.如权利要求72至77中任一项所述的方法，其中所述施用针对肾脏。
83.如权利要求82所述的方法，其中所述施用是静脉内或皮内施用。
84.如权利要求82或权利要求83所述的方法，其中所述施用治疗肾脏疾病。
85.如权利要求82至84中任一项所述的方法，其中所述肾脏疾病是糖尿病性肾病。
86.如权利要求72至85中任一项所述的方法，其中所述调节引起所述受试者中尿白蛋白的水平降低。
87.一种用于调节免疫检查点分子的方法，其包括向受试者施用有效量的编码所述免疫检查点分子的合成RNA，其中所述合成RNA包含一种或多种避免明显细胞毒性的非规范核苷酸。
88.一种用于治疗受试者的方法，其包括施用编码靶向免疫检查点分子基因的基因编辑蛋白的合成RNA。
89.一种用于治疗受试者的方法，其包括：
(a)获得包含检查点分子基因的细胞和
(b)使所述细胞与编码能够在所述免疫检查点分子基因中产生双链断裂的基因编辑蛋白的合成RNA接触，
其中所述合成RNA包含一种或多种避免明显细胞毒性的非规范核苷酸。
90.如权利要求89所述的方法，其还包括以下步骤：
(c)获得步骤(b)中接触的所述细胞；和
(d)向有需要的受试者施用所述细胞。
91.如权利要求88至90中任一项所述的方法，其中所述基因编辑蛋白选自CRISPR/Cas9、TALEN和锌指核酸酶。
92.如权利要求88至90中任一项所述的方法，其中所述基因编辑蛋白包含：
(a)包含多个重复序列的DNA结合结构域，并且所述重复序列中的至少一个包含氨基酸序列：LTPvQVVAIAwxyzGHGG(SEQ ID NO:629)并且长度在36个氨基酸和39个氨基酸之间，其中：
“v”为Q、D或E，
“w”为S或N，
“x”为H、N或I，
“y”为D、A、I、N、G、H、K、S或空，并且
“z”为GGKQALETVQRLLPVLCQD(SEQ ID NO:630)或GGKQALETVQRLLPVLCQA(SEQ ID NO:
631)；和
(b)包含核酸酶的催化结构域的核酸酶结构域。
93.如权利要求92所述的方法，其中所述核酸酶结构域能够与另一个核酸酶结构域形成二聚体。
94.如权利要求92或权利要求93所述的方法，其中所述核酸酶结构域包含蛋白质的所述催化结构域，所述催化结构域包含所述氨基酸序列SEQ ID NO:632。
95.如权利要求87至94中任一项所述的方法，其中所述免疫检查点分子选自PD-1、PD-L1、PD-L2、CTLA-4、ICOS、LAG3、OX40、OX40L和TIM3。
96.如权利要求95所述的方法，其中所述免疫检查点分子为PD-1。
97.如权利要求87至96中任一项所述的方法，其中所述施用刺激或增强所述受试者中的免疫应答。
98.如权利要求87至96中任一项所述的方法，其中所述施用抑制或降低所述受试者中的免疫应答。
99.如权利要求87至98中任一项所述的方法，其中所述受试者患有癌症。
100.如权利要求87至98中任一项所述的方法，其中所述受试者患有自体免疫疾病。
101.如权利要求87至100中任一项所述的方法，其中所述施用是皮内、肌肉内、腹膜内、静脉内、皮下、鼻内、硬膜外、口服、舌下、脑内、阴道内、透皮、门静脉内、直肠内、吸入或局部施用。
102.如权利要求87至101中任一项所述的方法，其中所述调节引起所述受试者中PD-1的量增加。
103.如权利要求87至101中任一项所述的方法，其中所述调节引起所述受试者中PD-1的量减少。
104.一种用于治疗癌症的方法，其包括：
(a)从受试者中分离细胞，所述细胞是免疫细胞或造血细胞；
(b)使所述分离的细胞与有效量的编码嵌合抗原受体(CAR)的合成RNA接触，其中所述合成RNA包含一种或多种避免明显细胞毒性的非规范核苷酸；和
(c)向所述受试者施用所述细胞。
105.如权利要求104所述的方法，其中所述免疫细胞为T细胞。
106.一种用于制备嵌合抗原受体(CAR)T细胞的方法，其包括：
(a)自受试者获得细胞；和
(b)使所述细胞与编码能够产生双链断裂以产生用于CAR插入的安全港基因座的基因编辑蛋白的合成RNA接触；
其中所述合成RNA包含一种或多种避免明显细胞毒性的非规范核苷酸。
107.如权利要求106所述的方法，其中所述基因编辑蛋白选自CRISPR/Cas9、TALEN和锌指核酸酶。
108.如权利要求106所述的方法，其中所述基因编辑蛋白包含：
(a)包含多个重复序列的DNA结合结构域，并且所述重复序列中的至少一个包含氨基酸序列：LTPvQVVAIAwxyzGHGG(SEQ ID NO:629)并且长度在36个氨基酸和39个氨基酸之间，其中：
“v”为Q、D或E，
“w”为S或N，
“x”为H、N或I，
“y”为D、A、I、N、G、H、K、S或空，并且
“z”为GGKQALETVQRLLPVLCQD(SEQ ID NO:630)或GGKQALETVQRLLPVLCQA(SEQ ID NO:
631)；和
(b)包含核酸酶的催化结构域的核酸酶结构域。
109.如权利要求108所述的方法，其中所述核酸酶结构域能够与另一个核酸酶结构域形成二聚体。
110.如权利要求108或权利要求109所述的方法，其中所述核酸酶结构域包含蛋白质的所述催化结构域，所述催化结构域包含所述氨基酸序列SEQ ID NO:632。
111.一种用于增加嵌合抗原受体(CAR)T细胞的持久性的方法，其包括使所述嵌合抗原受体(CAR)T细胞与编码端粒酶的合成RNA接触，
其中所述合成RNA包含一种或多种避免明显细胞毒性的非规范核苷酸。
112.一种用于治疗皮肤伤口的方法，其包括向受试者施用有效量的编码白细胞介素22(IL22)的合成RNA，其中所述合成RNA包含一种或多种避免明显细胞毒性的非规范核苷酸。
113.如权利要求112所述的方法，其中所述施用针对表皮系统的细胞群。
114.如权利要求113所述的方法，其中所述细胞群包含表皮细胞、基底膜细胞、真皮细胞和/或皮下组织细胞中的一种或多种。
115.如权利要求113或权利要求114所述的方法，其中所述细胞群是表皮细胞，并且包含角质层、透明质层、颗粒层、棘层和/或生发层的细胞中的一种或多种。
116.如权利要求113至115中任一项所述的方法，其中所述细胞群是真皮细胞，并且包含来自乳头状区和网状区的细胞中的一种或多种。
117.如权利要求112至116中任一项所述的方法，其中所述施用是通过皮下注射、皮内注射、真皮下注射、肌肉内注射或局部施用进行。
118.如权利要求117所述的方法，其中所述施用是皮内注射到真皮或表皮中的一种或多种。
119.如权利要求112至118中任一项所述的方法，其中所述有效量为每约10cm2或更小、
2 2 2 2
或约5cm 或更小、或约1cm 或更小、或约0.5cm 或更小、或约0.2cm 或更小的治疗面积约
10ng至约5000ng。
120.如权利要求112至119中任一项所述的方法，其中每约10cm2或更小、或约5cm2或更小、或约1cm2或更小、或约0.5cm2或更小、或约0.2cm2或更小的治疗面积施用约10ng、或约
20ng、或约50ng、或约100ng、或约200ng、或约300ng、或约400ng、或约500ng、或约600ng、或约700ng、或约800ng、或约900ng、或约1000ng、或约1100ng、或约1200ng、或约1300ng、或约
1400ng、或约1500ng、或约1600ng、或约1700ng、或约1800ng、或约1900ng、或约2000ng、或约
3000ng、或约4000ng、或约5000ng的所述合成RNA。
121.如权利要求112至120中任一项所述的方法，其中所述调节引起所述受试者中IL22的量增加。
122.如权利要求112至120中任一项所述的方法，其中所述调节引起所述受试者中IL22的量减少。
123.如权利要求112至122中任一项所述的方法，其中所述有效量的合成RNA使用覆盖所述受试者的受影响区域的针阵列施用。
124.如权利要求112至123中任一项所述的方法，其中在施用后机械按摩治疗区域。
125.如权利要求112至124中任一项所述的方法，其中在施用后使治疗区域暴露于电脉冲。
126.如权利要求125所述的方法，其中所述电脉冲在约10V和约200V之间持续约50微秒至约1秒。
127.如权利要求125或权利要求126所述的方法，其中所述电脉冲由多电极阵列在所述治疗区域周围产生。
128.一种用于治疗代谢病症的方法，其包括施用编码靶向缺陷基因的基因编辑蛋白的合成RNA，其中所述施用通过门静脉内注射进行。
129.一种用于治疗代谢病症的方法，其包括：
(a)获得包含缺陷基因的细胞和
(b)使所述细胞与编码能够在所述缺陷基因中产生双链断裂的基因编辑蛋白的合成RNA接触，
其中所述合成RNA包含一种或多种避免明显细胞毒性的非规范核苷酸。
130.如权利要求129所述的方法，其还包括以下步骤：
(c)获得步骤(b)中接触的所述细胞；和
(d)通过门静脉内注射向有需要的受试者施用所述细胞。
131.如权利要求128至130中任一项所述的方法，其中所述基因编辑蛋白选自CRISPR/Cas9、TALEN和锌指核酸酶。
132.如权利要求128至130中任一项所述的方法，其中所述基因编辑蛋白包含：
(a)包含多个重复序列的DNA结合结构域，并且所述重复序列中的至少一个包含氨基酸序列：LTPvQVVAIAwxyzGHGG(SEQ ID NO:629)并且长度在36个氨基酸和39个氨基酸之间，其中：
“v”为Q、D或E，
“w”为S或N，
“x”为H、N或I，
“y”为D、A、I、N、G、H、K、S或空，并且
“z”为GGKQALETVQRLLPVLCQD(SEQ ID NO:630)或GGKQALETVQRLLPVLCQA(SEQ ID NO:
631)；和
(b)包含核酸酶的催化结构域的核酸酶结构域。
133.如权利要求132所述的方法，其中所述核酸酶结构域能够与另一个核酸酶结构域形成二聚体。
134.如权利要求132或权利要求133所述的方法，其中所述核酸酶结构域包含蛋白质的所述催化结构域，所述催化结构域包含所述氨基酸序列SEQ ID NO:632。
135.如权利要求128至134中任一项所述的方法，其中所述代谢病症选自碳水化合物代谢病症、氨基酸代谢病症、尿素循环病症、脂肪酸代谢病症、卟啉代谢病症、溶酶体贮积症、过氧化物酶体生物发生病症以及嘌呤或嘧啶代谢病症。
136.如权利要求135所述的方法，其中所述代谢病症为碳水化合物代谢病症，并且其中所述疾病为半乳糖血症并且所述缺陷基因任选为GALT、GALK1或GALE；其中所述疾病为特发性果糖尿症并且所述缺陷基因任选为KHK；其中所述疾病为遗传性果糖不耐症并且所述缺陷基因任选为ALDOB；其中所述疾病为I型糖原贮积病并且所述缺陷基因任选为G6PC、SLC37A4或SLC17A3；其中所述疾病为II型糖原贮积病并且所述缺陷基因任选为GAA；其中所述疾病为III型糖原贮积病并且所述缺陷基因任选为AGL；其中所述疾病为IV型糖原贮积病并且所述缺陷基因任选为GBE1；其中所述疾病为V型糖原贮积病并且所述缺陷基因任选为PYGM；其中所述疾病为VI型糖原贮积病并且所述缺陷基因任选为PYGL；其中所述疾病为VII型糖原贮积病并且所述缺陷基因任选为PYGM；其中所述疾病为IX型糖原贮积病并且所述缺陷基因任选为PHKA1、PHKA2、PHKB、PHKG1或PHKG2；其中所述疾病为XI型糖原贮积病并且所述缺陷基因任选为SLC2A2；其中所述疾病为XII型糖原贮积病并且所述缺陷基因任选为ALDOA；其中所述疾病为XIII型糖原贮积病并且所述缺陷基因任选为EN01、EN02或EN03；其中所述疾病为0型糖原贮积病并且所述缺陷基因任选为GYS1或GYS2；其中所述疾病为丙酮酸羧化酶缺乏症并且所述缺陷基因任选为PC；其中所述疾病为丙酮酸激酶缺乏症并且所述缺陷基因任选为PKLR；其中所述疾病为转醛醇酶缺乏症并且所述缺陷基因任选为TALD01；
其中所述疾病为磷酸丙糖异构酶缺乏症并且所述缺陷基因任选为TPI1；其中所述疾病为果糖二磷酸酶缺乏症并且所述缺陷基因任选为FBP1；其中所述疾病为高草酸尿症并且所述缺陷基因任选为AGXT或GRHPR；其中所述疾病为己糖激酶缺乏症并且所述缺陷基因任选为HK1；其中所述疾病为葡萄糖-半乳糖吸收不良并且所述缺陷基因任选为SLC5A1；或者其中所述疾病为葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症并且所述缺陷基因任选为G6PD。
137.如权利要求135所述的方法，其中所述代谢病症为氨基酸代谢病症，其中所述疾病为尿黑酸尿症并且所述缺陷基因任选为HGD；其中所述疾病为天冬氨酰基葡萄糖胺尿症并且所述缺陷基因任选为AGA；其中所述疾病为甲基丙二酸血症并且所述缺陷基因任选为MUT、MCEE、MMAA、MMAB、MMACHC、MMADHC或LMBRD1；其中所述疾病为枫糖尿病并且所述缺陷基因任选为BCKDHA、BCKDHB、DBT或DLD；其中所述疾病为高胱氨酸尿症并且所述缺陷基因任选为CBS；其中所述疾病为酪氨酸血症并且所述缺陷基因任选为FAH、TAT或HPD；其中所述疾病为三甲基胺尿症并且所述缺陷基因任选为FM03；其中所述疾病为哈特纳普病并且所述缺陷基因任选为SLC6A19；其中所述疾病为生物素酶缺乏症并且所述缺陷基因任选为BTD；其中所述疾病为鸟氨酸氨甲酰基转移酶缺乏症并且所述缺陷基因任选为OTC；其中所述疾病为氨甲酰基磷酸合酶I缺乏症并且所述缺陷基因任选为CPS1；其中所述疾病为瓜氨酸血症并且所述缺陷基因任选为ASS或SLC25A13；其中所述疾病为高精氨酸血症并且所述缺陷基因任选为ARG1；其中所述疾病为高同型半胱氨酸血症并且所述缺陷基因任选为MTHFR；其中所述疾病为高甲硫氨酸血症并且所述缺陷基因任选为MAT1A、GNMT或AHCY；其中所述疾病为高赖氨酸血症并且所述缺陷基因任选为AASS；其中所述疾病为非酮性高甘氨酸血症并且所述缺陷基因任选为GLDC、AMT或GCSH；其中所述疾病为丙酸血症并且所述缺陷基因任选为PCCA或PCCB；其中所述疾病为高脯氨酸血症并且所述缺陷基因任选为ALDH4A1或PRODH；其中所述疾病为胱氨酸尿症并且所述缺陷基因任选为SLC3A1或SLC7A9；其中所述疾病为二羧酸氨基酸尿症并且所述缺陷基因任选为SLC1A1；其中所述疾病为2型戊二酸血症并且所述缺陷基因任选为ETFA、ETFB或ETFDH；其中所述疾病为异戊酸血症并且所述缺陷基因任选为IVD；
或者其中所述疾病为2-羟基戊二酸尿症并且所述缺陷基因任选为L2HGDH或D2HGDH。
138.如权利要求135所述的方法，其中所述代谢病症为尿素循环病症，其中所述疾病为N-乙酰谷氨酸合酶缺乏症并且所述缺陷基因任选为NAGS；其中所述疾病为精氨基琥珀酸尿症并且所述缺陷基因任选为ASL；或者其中所述疾病为精氨酸血症并且所述缺陷基因任选为ARG1。
139.如权利要求135所述的方法，其中所述代谢病症为脂肪酸代谢病症，其中所述疾病为链非常长的酰基-辅酶A脱氢酶缺乏症并且所述缺陷基因任选为ACADVL；其中所述疾病为长链3-羟基酰基-辅酶A脱氢酶缺乏症并且所述缺陷基因任选为HADHA；其中所述疾病为中链酰基-辅酶A脱氢酶缺乏症并且所述缺陷基因任选为ACADM；其中所述疾病为短链酰基-辅酶A脱氢酶缺乏症并且所述缺陷基因任选为ACADS；其中所述疾病为3-羟基酰基-辅酶A脱氢酶缺乏症并且所述缺陷基因任选为HADH；其中所述疾病为2,4二烯酰基-辅酶A还原酶缺乏症并且所述缺陷基因任选为NADK2；其中所述疾病为3-羟基-3-甲基戊二酰基-辅酶A裂解酶缺乏症并且所述缺陷基因任选为HMGCL；其中所述疾病为丙二酰基-辅酶A脱羧酶缺乏症并且所述缺陷基因任选为MLYCD；其中所述疾病为全身性原发性肉毒碱缺乏症并且所述缺陷基因任选为SLC22A5；其中所述疾病为肉毒碱-酰基肉毒碱转位酶缺乏症并且所述缺陷基因任选为SLC25A20；其中所述疾病为肉毒碱棕榈酰基转移酶I缺乏症并且所述缺陷基因任选为CPT1A；其中所述疾病为肉毒碱棕榈酰基转移酶II缺乏症并且所述缺陷基因任选为CPT2；
其中所述疾病为溶酶体酸脂肪酶缺乏症并且所述缺陷基因任选为LIPA；或者其中所述疾病为戈谢病并且所述缺陷基因任选为GBA。
140.如权利要求135所述的方法，其中所述代谢病症为卟啉代谢病症，其中所述疾病为急性间歇性卟啉病并且所述缺陷基因任选为HMBS；其中所述疾病为冈瑟病并且所述缺陷基因任选为UROS；其中所述疾病为迟发性皮肤卟啉病并且所述缺陷基因任选为UROD；其中所述疾病为肝红细胞生成性卟啉病并且所述缺陷基因任选为UROD；其中所述疾病为遗传性粪卟啉病并且所述缺陷基因任选为CPOX；其中所述疾病为多样性卟啉病并且所述缺陷基因任选为PPOX；其中所述疾病为红细胞生成性原卟啉病并且所述缺陷基因任选为FECH；或者其中所述疾病为氨基乙酰丙酸脱水酶缺乏性卟啉病并且所述缺陷基因任选为ALAD。
141.如权利要求135所述的方法，其中所述代谢病症为溶酶体贮积症，其中所述疾病为法伯病并且所述缺陷基因任选为ASAH1；其中所述疾病为克拉伯病并且所述缺陷基因任选为GALC；其中所述疾病为半乳糖唾液酸沉积症并且所述缺陷基因任选为CTSA；其中所述疾病为法布瑞病并且所述缺陷基因任选为GLA；其中所述疾病为辛德勒病并且所述缺陷基因任选为NAGA；其中所述疾病为GM1神经节苷脂贮积症并且所述缺陷基因任选为GLB1；其中所述疾病为泰-萨二氏病并且所述缺陷基因任选为HEXA；其中所述疾病为桑德霍夫病并且所述缺陷基因任选为HEXB；其中所述疾病为GM2神经节苷脂贮积症AB变体并且所述缺陷基因任选为GM2A；其中所述疾病为尼曼-匹克病并且所述缺陷基因任选为SMPD1、NPC1或NPC2；其中所述疾病为异染性脑白质营养不良并且所述缺陷基因任选为ARSA或PSAP；其中所述疾病为多种硫酸酯酶缺乏症并且所述缺陷基因任选为SUMF1；其中所述疾病为贺勒氏综合征并且所述缺陷基因任选为IDUA；其中所述疾病为亨特综合征并且所述缺陷基因任选为IDS；其中所述疾病为沙费利波综合征并且所述缺陷基因任选为SGSH、NAGLU、HGSNAT或GNS；其中所述疾病为莫奎欧氏综合征并且所述缺陷基因任选为GALNS或GLB1；其中所述疾病为马洛托-拉米氏综合征并且所述缺陷基因任选为ARSB；其中所述疾病为Sly综合征并且所述缺陷基因任选为GUSB；其中所述疾病为唾液酸贮积症并且所述缺陷基因任选为NEU1、NEU2、NEU3或NEU4；其中所述疾病为I细胞疾病并且所述缺陷基因任选为GNPTAB或GNPTG；其中所述疾病为IV型粘脂贮积症并且所述缺陷基因任选为MCOLN1；其中所述疾病为婴儿神经元蜡样脂褐质贮积症并且所述缺陷基因任选为PPT1或PPT2；其中所述疾病为詹比二氏病并且所述缺陷基因任选为TPP1；其中所述疾病为巴特病并且所述缺陷基因任选为CLN1、CLN2、CLN3、CLN5、CLN6、MFSD8、CLN8或CTSD；其中所述疾病为A型库夫斯病并且所述缺陷基因任选为CLN6或PPT1；其中所述疾病为B型库夫斯病并且所述缺陷基因任选为DNAJC5或CTSF；其中所述疾病为α-甘露糖苷贮积症并且所述缺陷基因任选为MAN2B1、MAN2B2或MAN2C1；其中所述疾病为β-甘露糖苷贮积症并且所述缺陷基因任选为MANBA；其中所述疾病为岩藻糖苷贮积症并且所述缺陷基因任选为FUCA1；其中所述疾病为胱氨酸病并且所述缺陷基因任选为CTNS；其中所述疾病为致密性成骨不全症并且所述缺陷基因任选为CTSK；其中所述疾病为萨拉病并且所述缺陷基因任选为SLC17A5；其中所述疾病为婴儿游离唾液酸贮积病并且所述缺陷基因任选为SLC17A5；或者其中所述疾病为达农病并且所述缺陷基因任选是LAMP2。
142.如权利要求135所述的方法，其中所述代谢病症是过氧化物酶体生物发生病症，其中所述疾病为泽尔韦格综合征并且所述缺陷基因任选是PEX1、PEX2、PEX3、PEX5、PEX6、PEX12、PEX14或PEX26；其中所述疾病为婴儿雷夫叙姆病并且所述缺陷基因任选为PEX1、PEX2或PEX26；其中所述疾病为新生儿肾上腺脑白质营养不良并且所述缺陷基因任选为PEX5、PEX1、PEX10、PEX13或PEX26；其中所述疾病为1型RCDP并且所述缺陷基因任选为PEX7；
其中所述疾病为哌可酸血症并且所述缺陷基因任选为PAHX；其中所述疾病为过氧化物酶缺失症并且所述缺陷基因任选为CAT；其中所述疾病为1型高草酸尿症并且所述缺陷基因任选为AGXT；其中所述疾病为酰基-辅酶A氧化酶缺乏症并且所述缺陷基因任选为ACOX1；其中所述疾病为D-双功能蛋白质缺乏症并且所述缺陷基因任选为HSD17B4；其中所述疾病为二羟基丙酮磷酸酰基转移酶缺乏症并且所述缺陷基因任选为GNPAT；其中所述疾病为X-连锁的肾上腺脑白质营养不良并且所述缺陷基因任选为ABCD1；其中所述疾病为a-甲基酰基-辅酶A消旋酶缺乏症并且所述缺陷基因任选为AMACR；其中所述疾病为2型RCDP并且所述缺陷基因任选为DHAPAT；其中所述疾病为3型RCDP并且所述缺陷基因任选为AGPS；其中所述疾病为成人雷夫叙姆病-1并且所述缺陷基因任选为PHYH；或者其中所述疾病为mulibrey侏儒症并且所述缺陷基因任选为TRIM37。
143.如权利要求135所述的方法，其中所述代谢病症是嘌呤或嘧啶代谢的病症，其中所述疾病为莱施-尼汉综合征并且所述缺陷基因任选为HPRT；其中所述疾病为腺嘌呤磷酸核糖转移酶缺乏症并且所述缺陷基因任选为APRT；其中所述疾病为腺苷脱氨酶缺乏症并且所述缺陷基因任选为ADA；其中所述疾病为1型腺苷单磷酸脱氨酶缺乏症并且所述缺陷基因任选为AMPD1；其中所述疾病为腺苷酸琥珀酸裂解酶缺乏症并且所述缺陷基因任选为ADSL；其中所述疾病为二氢嘧啶脱氢酶缺乏症并且所述缺陷基因任选为DPYD；其中所述疾病为米勒综合征并且所述缺陷基因任选为DHODH；其中所述疾病为乳清酸尿症并且所述缺陷基因任选为UMPS；其中所述疾病为嘌呤核苷磷酸化酶缺乏症并且所述缺陷基因任选为PNP；或者其中所述疾病为黄嘌呤尿症并且所述缺陷基因任选为XDH、MOCS1或MOCS2、GEPH。
144.一种用于调节甲状腺素运载蛋白(TTR)的方法，其包括向受试者施用有效量的编码TTR的合成RNA，其中所述合成RNA包含一种或多种避免明显细胞毒性的非规范核苷酸。
145.如权利要求144所述的方法，其中所述调节引起所述受试者中TTR的量增加。
146.如权利要求144所述的方法，其中所述调节引起所述受试者中TTR的量减少。
147.如权利要求144至146中任一项所述的方法，其中所述调节引起淀粉样蛋白病、老年性系统性淀粉样变性病(SSA)、家族性淀粉样蛋白多发性神经病(FAP)和家族性淀粉样蛋白心肌病(FAC)中的一种或多种的治疗。
148.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述非规范核苷酸对于嘧啶在选自
2C、AC和5C位置的位置处具有一处或多处取代，或者对于嘌呤在选自6C、7N和8C位置的位置处具有一处或多处取代。
149.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述非规范核苷酸包括任选以占所述非规范核苷酸的至少50％、或至少60％、或至少70％、或至少80％、或至少90％、或100％的量的以下各物中的一种或多种：5-羟基胞苷、5-甲基胞苷、5-羟甲基胞苷、5-羧基胞苷、5-甲酰基胞苷、5-甲氧基胞苷、假尿苷、5-羟基尿苷、5-甲基尿苷、5-羟甲基尿苷、5-羧基尿苷、5-甲酰基尿苷、5-甲氧基尿苷、5-羟基假尿苷、5-甲基假尿苷、5-羟甲基假尿苷、5-羧基假尿苷、5-甲酰基假尿苷和5-甲氧基假尿苷。
150.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中至少约50％的胞苷残基是非规范核苷酸，并且其选自5-羟基胞苷、5-甲基胞苷、5-羟甲基胞苷、5-羧基胞苷、5-甲酰基胞苷和5-甲氧基胞苷。
151.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中至少约75％或至少约90％的胞苷残基是非规范核苷酸，并且所述非规范核苷酸选自5-羟基胞苷、5-甲基胞苷、5-羟甲基胞苷、5-羧基胞苷、5-甲酰基胞苷和5-甲氧基胞苷。
152.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中至少约20％的尿苷、或至少约40％、或至少约50％、或至少约75％、或至少约90％的尿苷残基是非规范核苷酸，并且所述非规范选自假尿苷、5-羟基尿苷、5-甲基尿苷、5-羟甲基尿苷、5-羧基尿苷、5-甲酰基尿苷、5-甲氧基尿苷、5-羟基假尿苷、5-甲基假尿苷、5-羟甲基假尿苷、5-羧基假尿苷、5-甲酰基假尿苷和5-甲氧基假尿苷。
153.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中至少约40％、或至少约50％、或至少约
75％、或至少约90％的尿苷残基是非规范核苷酸，并且所述非规范核苷酸选自假尿苷、5-羟基尿苷、5-甲基尿苷、5-羟甲基尿苷、5-羧基尿苷、5-甲酰基尿苷、5-甲氧基尿苷、5-羟基假尿苷、5-甲基假尿苷、5-羟甲基假尿苷、5-羧基假尿苷、5-甲酰基假尿苷和5-甲氧基假尿苷。
154.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中至少约10％的鸟嘌呤残基是非规范核苷酸，并且所述非规范核苷酸任选为7-去氮鸟苷。
155.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述合成RNA含有不超过约50％的7-去氮鸟苷代替鸟苷残基。
156.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述合成RNA不含非规范核苷酸代替腺苷残基。
157.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述合成RNA包含5'帽结构。
158.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述合成RNA5'-UTR包含Kozak共有序列。
159.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述合成RNA5'-UTR包含增加体内RNA稳定性的序列，并且所述5'-UTR可包含α-珠蛋白或β-珠蛋白5'-UTR。
160.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述合成RNA3'-UTR包含增加体内RNA稳定性的序列，并且所述3'-UTR可以包含α-珠蛋白或β-珠蛋白3'-UTR。
161.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述合成RNA包含3'聚(A)尾。
162.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述合成RNA3'聚(A)尾的长度为约20个核苷酸至约250个核苷酸。
163.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述合成RNA的长度为约200个核苷酸至约5000个核苷酸。
164.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述合成RNA的长度为约500个核苷酸至约2000个核苷酸、或约500个核苷酸至约1500个核苷酸、或约500个核苷酸至约1000个核苷酸。
165.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述合成RNA通过体外转录制备。
166.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述有效量的所述合成RNA作为一次或多次含有约10ng至约5000ng RNA的注射施用。
167.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述有效量的所述合成RNA作为一次或多次各自含有不超过约10ng、或不超过约20ng、或不超过约50ng、或不超过约100ng、或不超过约200ng、或不超过约300ng、或不超过约400ng、或不超过约500ng、或不超过约600ng、或不超过约700ng、或不超过约800ng、或不超过约900ng、或不超过约1000ng、或不超过约
1100ng、或不超过约1200ng、或不超过约1300ng、或不超过约1400ng、或不超过约1500ng、或不超过约1600ng、或不超过约1700ng、或不超过约1800ng、或不超过约1900ng、或不超过约
2000ng、或不超过约3000ng、或不超过约4000ng、或不超过约5000ng的注射施用。
168.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述有效量的所述合成RNA作为一次或多次各自含有约10ng、或约20ng、或约50ng、或约100ng、或约200ng、或约300ng、或约
400ng、或约500ng、或约600ng、或约700ng、或约800ng、或约900ng、或约1000ng、或约
1100ng、或约1200ng、或约1300ng、或约1400ng、或约1500ng、或约1600ng、或约1700ng、或约
1800ng、或约1900ng、或约2000ng、或约3000ng、或约4000ng、或约5000ng的注射施用。
169.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述有效量的所述合成RNA包含一种或多种脂质以增强细胞对RNA的摄取。
170.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述有效量的所述合成RNA包含阳离子脂质体制剂，并且所述脂质任选地选自表1。
171.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述受试者为人。
172.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述有效量的所述合成RNA约每周施用，持续至少2周。
173.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述有效量的所述合成RNA约每隔一周施用，持续至少1个月。
174.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述有效量的所述合成RNA每月或约每隔一个月施用。
175.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述有效量的所述合成RNA施用至少2个月、或至少4个月、或至少6个月、或至少9个月、或至少1年。
176.一种组合物，其包含有效量的如上述权利要求中任一项中使用的所述合成RNA。
177.一种药物组合物，其包含如权利要求176所述的组合物和药学上可接受的赋形剂。
178.如权利要求176所述的组合物或如权利要求177所述的药物组合物在治疗本文所述的疾病或病症方面的用途。
179.如权利要求176所述的组合物或如权利要求177所述的药物组合物在制造用于治疗本文所述的疾病或病症的药物方面的用途。