1.一种调控内源多核苷酸在植物细胞中的表达的方法，所述方法包括在所述内源多核
苷酸的调节区中改变一个或多个核苷酸，使得所述多核苷酸的调节区包含具有至少一个拷
贝的多核苷酸序列的表达调控元件，所述多核苷酸序列选自由SEQ ID NO：1-68组成的组。
2.如权利要求1所述的方法，其中通过基因组修饰来改变一个或多个核苷酸。
3.如权利要求1所述的方法，其中所述表达调控元件存在于距所述内源多核苷酸的转
录起始位点约10至约5000bp内。
4.如权利要求1所述的方法，其中所述表达调控元件进一步包含另外拷贝的表达调控
元件，使得约2X至10X拷贝的表达调控元件存在于所述内源多核苷酸的调节区中。
5.如权利要求4所述的方法，其中所述另外拷贝的表达调控元件以选自由以下组成的
组的一种或多种构型存在：头对头、头对尾、尾对头、尾对尾及其组合。
6.如权利要求4所述的方法，其中所述另外拷贝由间隔子序列分开。
7.如权利要求6所述的方法，其中所述间隔子序列包含约1至50个核苷酸。
8.如权利要求1所述的方法，其中所述表达调控元件是植物来源的，并且对于所述内源
多核苷酸是异源的。
9.如权利要求1所述的方法，其中所述表达调控元件以组织优选的方式改变所述多核
苷酸的表达。
10.如权利要求1所述的方法，其中通过在所述内源多核苷酸的调节区中改变不超过2、
3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个核苷酸来创建所述表达调控元件。
11.如权利要求4所述的方法，其中通过改变所述内源多核苷酸的调节区中不超过2、3、
4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、
31、32、33、34、35、36、27、38、39或40个核苷酸来创建另外拷贝的表达调控元件。
12.如权利要求1所述的方法，其中所述表达调控元件位于所述内源多核苷酸的转录起
始位点的上游。
13.如权利要求1所述的方法，其中所述表达调控元件位于所述内源多核苷酸的转录起
始位点的下游。
14.如权利要求1所述的方法，其中将所述表达调控元件插入所述内源多核苷酸的调节
区，使得所述表达调控元件可操作地连接到所述内源多核苷酸。
15.如权利要求1所述的方法，其中与不包含可操作地连接到所述内源多核苷酸的所述
表达调控元件的对照植物细胞相比，所述植物细胞中所述内源多核苷酸的表达增加。
16.如权利要求1所述的方法，其中所述植物细胞是玉蜀黍、稻、大豆、向日葵、小麦、卡
诺拉油菜或高粱。
17.如权利要求1所述的方法，其中表达调控元件是一个或多个拷贝的异源表达元件的
组合。
18.如权利要求1所述的方法，其中所述内源多核苷酸参与耐旱性、抗病性、除草剂耐受
性、有害生物抗性、产率增加、产率稳定性、氮利用效率或其组合。
19.如权利要求1所述的方法，其中所述内源多核苷酸是微小RNA或微小RNA前体。
20.如权利要求2所述的方法，其中所述基因组修饰是(a)由多核苷酸指导的内切核酸
酶、锌指核酸酶、转录激活子样效应子核酸酶(TALEN)、多核苷酸指导的重组酶或工程化的位点特异性大范围核酸酶或阿尔戈蛋白介导的位点特异性双链断裂(DSB)，或(b)由C·G到
T·A或A·T到G·C碱基编辑脱氨酶介导的位点特异性碱基编辑。
21.如权利要求1所述的方法，其中将所述表达调控元件可操作地连接到异源最小核心
启动子。
22.如权利要求1所述的方法，其中将所述表达调控元件可操作地连接到异源内含子。
23.一种增加编码多肽的多核苷酸在植物中的表达的方法，所述方法包括通过将所述
多核苷酸与具有至少一个拷贝的选自由SEQ ID NO：1-68组成的组的元件的表达调控元件
可操作地连接来表达所述多核苷酸，其中所述表达调控元件对于所述多核苷酸是异源的，
并且所述表达调控元件对于在植物中起作用的启动子是异源的。
24.如权利要求23所述的方法，其中所述多肽赋予除草剂耐受性。
25.如权利要求23所述的方法，其中所述多肽赋予昆虫抗性。
26.如权利要求23所述的方法，其中所述多肽赋予抗病性。
27.如权利要求23所述的方法，其中所述多肽赋予非生物胁迫耐受性。
28.如权利要求23所述的方法，其中所述植物选自由以下组成的组：玉米、大豆、稻、小
麦、向日葵、高粱和卡诺拉油菜。
29.如权利要求23所述的方法，其中所述表达调控元件包含约2至约10个拷贝。
30.如权利要求23所述的方法，其中通过基因组编辑引入所述表达调控元件。
31.如权利要求23所述的方法，其中所述表达调控元件增加参与植物建筑学结构或植
物成熟的多核苷酸的表达。
32.一种重组DNA构建体，所述重组DNA构建体包含多核苷酸序列，所述多核苷酸序列包
含可操作地连接到至少一个异源核酸序列的SEQ ID NO：1-68中列出的任何序列。
33.一种植物细胞，所述植物细胞包含选自由SEQ ID NO：1-68组成的组的表达调控元
件，其中所述表达调控元件可操作地连接到异源多核苷酸，所述异源多核苷酸编码多肽。
34.一种植物细胞，所述植物细胞包含如权利要求32所述的重组DNA构建体。
35.如权利要求34所述的植物细胞，所述植物细胞是玉蜀黍植物细胞。
36.一种植物，所述植物已经在其基因组中稳定地并入了如权利要求32所述的重组DNA
构建体。
37.如权利要求36所述的植物，其中所述植物是单子叶植物。
38.如权利要求36所述的植物，其中所述植物是玉蜀黍、大豆、稻、小麦、向日葵、棉花、高粱或卡诺拉油菜。
39.一种由如权利要求7所述的植物产生的种子，其中所述种子包含所述重组DNA构建
体。
40.如权利要求32所述的重组DNA构建体，其中所述至少一个异源核酸序列包含选自由
以下组成的组的遗传序列：植物中的报道基因、选择标志、抗病性基因、除草剂抗性基因、昆虫抗性基因；参与碳水化合物代谢的基因、参与脂肪酸代谢的基因、参与氨基酸代谢的基
因、参与植物发育的基因、参与植物生长调控的基因、参与产率改善的基因、参与抗旱性的基因、参与增加养分利用效率的基因、参与抗寒性的基因、参与抗热性的基因、和参与抗盐性的基因。
41.如权利要求32所述的重组DNA构建体，其中所述至少一个异源序列包含与玉蜀黍基
因的内源调节序列基本上相似的序列。
42.一种在植物中表达编码序列或RNA的方法，所述方法包括表达如权利要求32所述的
重组DNA构建体，其中所述至少一个异源序列包含编码序列或编码功能性RNA。
43.一种调控目的核苷酸序列在植物中的表达的方法，所述方法包括表达可操作地连
接到表达调控元件序列的异源序列，所述表达调控元件序列选自由SEQ ID NO：1-68组成的组。
44.如权利要求43所述的方法，其中所述异源序列赋予农艺学特征，所述农艺学特征选
自由以下组成的组：抗病性、除草剂抗性、昆虫抗性、碳水化合物代谢、脂肪酸代谢、氨基酸代谢、植物发育、植物生长调节、产率改善、抗旱性、耐寒性、抗热性、养分利用效率、氮利用效率和抗盐性。
45.一种调控目的核苷酸序列在植物中的表达的方法，所述方法包括表达可操作地连
接到异源表达调控元件的多核苷酸序列，所述异源表达调控元件与选自由SEQ ID NO：1-68组成的组的序列具有至少95％同一性、与植物细胞中起作用的内含子或5’UTR组合。
46.如权利要求45所述的方法，其中所述内含子是植物内含子。
47.如权利要求45所述的方法，其中所述5’UTR是植物序列。
48.一种用重组DNA构建体稳定转化的植物，所述重组DNA构建体包含选自由SEQ ID 
NO：1-68或与SEQ ID NO：1-68之一具有至少95％同一性的序列组成的组的表达调控元件，其中所述植物包含在所述植物的基因组中可操作地连接到异源核酸的表达调控元件，其中
所述表达调控元件调控所述异源核酸的表达。
49.一种修饰植物的内源基因的表达的方法，所述方法包括引入选自由SEQ ID NO：1-
68或与SEQ ID NO：1-68之一具有至少95％同一性的序列组成的组的表达调控元件，使得所引入的表达调控元件被可操作地连接以修饰所述内源基因的表达。
50.如权利要求49所述的方法，其中通过基因组编辑引入所述表达调控元件。
51.如权利要求50所述的方法，其中通过指导的Cas9内切核酸酶进行所述基因组编辑。
52.如权利要求49所述的方法，其中所述表达调控元件可操作地连接到异源启动子序
列和内含子。
53.如权利要求49所述的方法，其中所述植物是单子叶植物。
54.如权利要求49所述的方法，其中所述植物是玉蜀黍、大豆、稻、小麦、高粱或卡诺拉
油菜。
55.如权利要求49所述的方法，其中所述异源核酸增加产率。
56.如权利要求49所述的方法，其中所述异源核酸增加耐旱性。
57.如权利要求49所述的方法，其中所述异源核酸编码除草剂抗性多肽或昆虫抗性多
肽。
58.一种分离的多核苷酸，所述分离的多核苷酸包含选自由SEQ ID NO：1-68及其组合
组成的组的植物表达调控元件，其中所述表达调控元件可操作地连接到异源启动子序列。
59.如权利要求58所述的分离的多核苷酸，其中所述表达调控元件可操作地连接到异
源编码序列。
60.如权利要求58所述的分离的多核苷酸，其中所述异源启动子序列存在于内源基因
组序列中。
61.如权利要求58所述的分离的多核苷酸，其中所述表达调控元件以多个拷贝存在。
62.一种产生包含一个或多个拷贝的表达调控元件的加激活标签的植物的群体的方
法，所述方法包括用包含一个或多个拷贝的表达调控元件作为激活标签的重组表达盒转化
多种植物，其中所述表达调控元件选自由SEQ ID NO：1-68组成的组；以及产生包含所述激活标签的植物的群体。
63.如权利要求62所述的方法，其中所述植物是玉蜀黍。
64.一种鉴定存在于植物基因组中的一个或多个植物表达调控元件(pEME)的方法，所
述方法包括(a)进行多个调节序列与一个或多个参考表达调控元件(rEME)序列的序列比
对，所述参考表达调控元件选自由SEQ ID NO：1-68组成的组：(b)鉴定所述调节序列的一个或多个区域，所述调节序列表现出与所述rEME序列之一具有零至约五个错配的序列同一
性；和(c)在分离的植物细胞中表达异源多核苷酸，所述异源多核苷酸可操作地连接到一个或多个拷贝的经鉴定的pEME。
65.一种高通量鉴定来源于植物的表达调控元件的方法，所述方法包括：
a)产生含有富集调节序列的多个基因组片段的重组DNA构建体，其中所述基因组片段
可操作地连接到编码报道多肽的异源多核苷酸；
b)在分离的植物细胞中表达所述重组DNA构建体；和
c)基于所述分离的植物细胞中的表达水平，将所述一个或多个基因组片段鉴定为表达
调控元件。
66.一种鉴定植物来源的表达调控元件的方法，所述方法包括(a)确定先前鉴定的非植
物增强子元件的最小区域，所述非植物增强子元件调控植物细胞中的基因表达；(b)用所述最小非植物增强子元件序列进行植物基因组的序列搜索和比对；(c)确定所述最小非植物
增强子元件序列与所述植物基因组的调节区的序列同一性匹配，从而鉴定所述植物来源的
表达调控元件；和(d)在植物细胞中合成所述植物来源的表达调控元件，并用可操作地连接到异源多核苷酸的植物来源的表达调控元件进行基因表达分析。
67.一种增加内源多核苷酸序列的表达的方法，所述方法包括在所述内源多核苷酸序
列的调节区引入包含少于约10个核苷酸变化的多个突变，其中所述多个突变(i)是植物来
源的；(ii)不代表超过7个核苷酸的连续序列；(iii)不会重建至少16个连续核苷酸的完整
病毒或细菌增强子元件；和(iv)位于距所述内源多核苷酸序列的转录起始位点可操作的距
离处。
68.如权利要求67所述的方法，其中通过双链DNA断裂引入所述多个突变。
69.如权利要求65所述的方法，其中大部分的所述调节序列不含具有转录起始位点的
核心启动子序列。
70.一种鉴定植物基因组中的表达调控元件的方法，所述方法包括：
a)在TATA盒或转录起始位点上游约20至约100bp的调节区中鉴定推定的表达调控基
序，其中所述推定的表达调控基序的长度为约10至约30个连续的多核苷酸；
b)评估推定的表达调控基序在植物细胞中的表达调控作用；和
c)如果与不包含所述表达调控元件的对照相比，所述表达调控基序增加或减少可操作
地连接到的启动子的异源多核苷酸在所述植物细胞中的表达，则将所述推定的表达调控基
序鉴定为所述表达调控元件。
71.如权利要求70所述的方法，其中与所述对照相比，所述表达调控元件作为单拷贝将
表达增加为至少3倍。
72.如权利要求70所述的方法，其中所述表达调控基序小于21bp。
73.如权利要求70所述的方法，其中所述表达调控基序存在于所述转录起始位点上游
约50bp内。
74.一种调控内源多核苷酸在植物细胞中的表达的方法，所述方法包括提供与位点特
异性DNA结合多肽可操作地缔合的脱氨酶多肽，由此所述脱氨酶多肽工程化一个或多个碱
基变化，使得在所述内源多核苷酸的调节区中创建包含至少一个拷贝的选自由SEQ ID NO：
1-68组成的组的序列的多核苷酸，从而在所述植物细胞中调控所述内源多核苷酸的表达。
75.如权利要求74所述的方法，其中所述脱氨酶是腺嘌呤脱氨酶。
76.如权利要求74所述的方法，其中所述脱氨酶是胞苷脱氨酶。
77.如权利要求74所述的方法，其中所述位点特异性DNA结合多肽是未激活的Cas内切
核酸酶。
78.如权利要求77所述的方法，其中所述未激活的Cas内切核酸酶是Cas9或Cpf1，其中
所述Cas9或Cpf1不产生双链断裂。
79.如权利要求77所述的方法，其中所述调节区是所述内源多核苷酸的启动子区。
80.如权利要求77所述的方法，其中所述内源多核苷酸编码参与有害生物保护、抗病
性、除草剂耐受性、耐旱性、耐寒性、增加的油和/或蛋白质含量、或改善的农艺学特征的多肽或RNA。