1.一种灭活哺乳动物细胞中的逆转录病毒的方法，所述方法包括将所述细胞暴露于包含编码基因编辑复合体的分离的核酸的组合物，所述基因编辑复合体包含CRISPR相关核酸内切酶及一个或多个指导RNA，其中所述指导RNA与所述逆转录病毒中的靶核酸序列互补。
2.如权利要求1所述的方法，其中所述逆转录病毒是选自以下慢病毒属的组合：人免疫缺陷病毒；猴免疫缺陷病毒；猫免疫缺陷病毒；牛免疫缺陷病毒。
3.如权利要求1或2所述的方法，其中所述人免疫缺陷病毒是HIV-1或HIV-2。
4.如权利要求1-3中任一项所述的方法，其中所述人免疫缺陷病毒包含整合的前病毒DNA。
5.如权利要求1-4中任一项所述的方法，其中所述细胞是潜伏感染的细胞。
6.如权利要求1-5中任一项所述的方法，其中所述潜伏感染的细胞是CD4+T细胞、巨噬细胞、单核细胞、肠相关淋巴样细胞、小神经胶质细胞或星形胶质细胞。
7.如权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述灭活是在体内。
8.如权利要求1-7中任一项所述的方法，其中所述灭活是离体的。
9.如权利要求8所述的方法，其中所述细胞包括来自患有人免疫缺陷病毒感染的受试者、组织外植体或细胞系的培养细胞。
10.如权利要求9所述的方法，其中所述受试者的培养细胞在所述暴露步骤之后被再植入受试者体内。
11.如权利要求1-10中任一项所述的方法，其中所述基因编辑复合体将一个或多个突变引入所述前病毒DNA中，其中所述突变能够灭活病毒的复制或病毒基因的表达。
12.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中在所述病毒DNA中的突变在与指导RNA序列互补的序列内。
13.如权利要求1-12中任一项所述的方法，其中所述突变选自以下组合：缺失、插入、点突变。
14.如权利要求12所述的方法，其中所述突变是缺失。
15.如权利要求14所述的方法，其中所述缺失包含约1至约10,000个前病毒DNA的核苷酸。
16.如权利要求1-15中任一项所述的方法，其中所述缺失包含所有或基本上所有的所述前病毒DNA。
17.如权利要求1-16中任一项所述的方法，其中所述CRISPR相关核酸内切酶是Cas9。
18.如权利要求1-17中任一项所述的方法，其中所述CRISPR相关核酸内切酶序列优化为能够在人细胞中表达而。
19.如权利要求1-18中任一项所述的方法，其中所述靶序列包含在人免疫缺陷病毒的编码区域内的序列。
20.如权利要求1-18中任一项所述的方法，其中所述靶序列包含在人免疫缺陷病毒的非编码区域内的序列。
21.如权利要求1-18或20中任一项所述的方法，其中所述非编码区域包含一个人免疫缺陷病毒的长末端重复。
22.如权利要求1-18或20-21中任一项所述的方法，其中所述靶序列包含在人免疫缺陷病毒的长末端重复内的序列。
23.如权利要求1-18或20-22中任一项所述的方法，其中在所述人免疫缺陷病毒的长末端重复内的序列包含在U3、R或U5区域内的序列。
24.如权利要求1-18或20-23中任一项所述的方法，其中在所述长末端重复内的序列包含与选自由以下组成的组的序列具有95％同一性的序列：LTR A(SEQ ID NO:96)、LTR B(SEQ ID NO:121)、LTR C(SEQ ID NO:87)及LTR D(SEQ ID NO:110)或其组合。
25.如权利要求1-18或20-24中任一项所述的方法，其中在所述长末端重复内的序列包含选自由以下组成的组的序列：LTR A(SEQ ID NO:96)、LTR B(SEQ ID NO:121)、LTR C(SEQ ID NO:87)及LTR D(SEQ ID NO:110)或其组合。
26.如权利要求1-25中任一项所述的方法，其中所述基因编辑复合体进一步包含编码反式激活小RNA(tracrRNA)的序列。
27.如权利要求1-26中任一项所述的方法，其中所述反式激活小RNA(tracrRNA)序列被融合至编码所述指导RNA的序列。
28.如权利要求1-27中任一项所述的方法，其中编码所述基因编辑复合体的核酸进一步包含核定位信号。
29.如权利要求1-28中任一项所述的方法，其中编码所述基因编辑复合体的核酸与表达载体可操作地连接。
30.如权利要求1-29中任一项所述的方法，其中所述表达载体是慢病毒载体、腺病毒载体或腺相关病毒载体。
31.一种灭活哺乳动物细胞中的逆转录病毒的方法，所述方法包括将所述细胞与包含CRISPR相关核酸内切酶多肽及一个或多个指导RNA的组合物接触，其中所述指导RNA与所述逆转录病毒中的靶核酸序列互补。
32.如权利要求1-31中任一项所述的方法，其中所述组合物包含药学上可接受的载体。
33.如权利要求1-32中任一项所述的方法，其中所述药学上可接受的载体包括基于脂质或基于聚合物的胶体。
34.如权利要求33所述的方法，其中所述胶体是脂质体、水凝胶、微粒、纳米颗粒或嵌段共聚物胶束。
35.如权利要求1-34中任一项所述的方法，其中所述组合物被配制用于局部施用。
36.一种灭活哺乳动物细胞中的逆转录病毒的方法，所述方法包括将所述细胞暴露于包含以下的组合物：
a)CRISPR相关核酸内切酶和编码CRISPR相关核酸内切酶的分离的核酸中的至少一种；
及
b)指导RNA和编码指导RNA的分离的核酸中的至少一种，其中所述指导RNA与所述逆转录病毒中的靶核酸序列互补。
37.一种分离的核酸序列，其包含编码CRISPR相关核酸内切酶的序列及一个或多个指导RNA，其中所述指导RNA与人免疫缺陷病毒中的靶序列互补。
38.如权利要求37所述的分离的核酸序列，其中所述逆转录病毒是选自以下慢病毒属的组合：人免疫缺陷病毒；猿免疫缺陷病毒；猫免疫缺陷病毒；及牛免疫缺陷病毒。
39.如权利要求37或38所述的分离的核酸序列，其中所述人免疫缺陷病毒是HIV-1或HIV-2。
40.如权利要求37-39中任一项所述的核酸序列，其中所述CRISPR相关核酸内切酶是Cas9。
41.如权利要求37-40中任一项所述的核酸序列，其中所述CRISPR相关核酸内切酶序列优化能够在人细胞中表达。
42.如权利要求37-41中任一项所述的核酸序列，其中所述靶序列包含在人免疫缺陷病毒的编码区域内的序列。
43.如权利要求37-41中任一项所述的方法，其中所述靶序列包含在人免疫缺陷病毒的非编码区域内的序列。
44.如权利要求37-41或43中任一项所述的方法，其中所述非编码区域包含一个人免疫缺陷病毒的长末端重复。
45.如权利要求37-41或43-44中任一项所述的核酸序列，其中所述靶序列包含在所述人免疫缺陷病毒的长末端重复内的序列。
46.如权利要求37-41或43-45中任一项所述的核酸序列，其中在所述人免疫缺陷病毒的长末端重复内的序列包含在U3、R或U5区域内的序列。
47.如权利要求37-41或43-46中任一项所述的核酸序列，其中在所述长末端重复内的序列包含与选自由以下组成的组的序列具有95％同一性的序列：LTR A(SEQ ID NO:96)、LTR B(SEQ ID NO:121)、LTR C(SEQ ID NO:87)及LTR D(SEQ ID NO:110)或其组合。
48.如权利要求36-41或43-46中任一项所述的核酸序列，其中在所述长末端重复内的序列包含选自由以下组成的组的序列：LTR A(SEQ ID NO:96)、LTR B(SEQ ID NO:121)、LTR C(SEQ ID NO:87)及LTR D(SEQ ID NO:110)或其组合。
49.如权利要求37-41或43-46中任一项所述的核酸序列，其进一步包含编码反式激活小RNA(tracrRNA)的序列。
50.如权利要求49所述的核酸序列，其中所述反式激活小RNA(tracrRNA)序列被融合至编码所述指导RNA的序列。
51.如权利要求37-50中任一项所述的核酸序列，其进一步包含核定位信号。
52.一种表达载体，其包含如权利要求37-51中任一项所述的核酸序列。
53.如权利要求52所述的表达载体，其中所述表达载体是慢病毒载体、腺病毒载体或腺相关病毒载体。
54.一种宿主细胞，其包含如权利要求52-53中任一项所述的表达载体。
55.一种药物组合物，其包含如权利要求36-51中任一项所述的核酸序列、如权利要求
52-53所述的表达载体、或如权利要求54所述的细胞。
56.如权利要求37-55中任一项所述的药物组合物，其中所述组合物包含药学上可接受的载体。
57.如权利要求37-56中任一项所述的药物组合物，其中所述药学上可接受的载体包括基于脂质或基于聚合物的胶体。
58.如权利要求57所述的药物组合物，其中所述胶体是脂质体、水凝胶、微粒、纳米颗粒、嵌段共聚物胶束。
59.如权利要求37-58中任一项所述的药物组合物，其中所述组合物被配制用于局部施用。
60.如权利要求59所述的药物组合物，其中所述组合物容纳在避孕套内。
61.一种治疗患有人免疫缺陷病毒感染的受试者的方法，所述方法包括向所述受试者施用治疗有效量的如权利要求37-59中任一项所述的组合物。
62.如权利要求61所述的方法，其进一步包括鉴别患有人免疫缺陷病毒感染的受试者。
63.如权利要求61所述的方法，其中所述指导RNA与感染所述受试者的人免疫缺陷病毒中的靶序列互补。
64.如权利要求61所述的方法，其中所述人免疫缺陷病毒感染是潜伏感染。
65.如权利要求61所述的方法，其中所述组合物是局部地或胃肠外施用的。
66.如权利要求61所述的方法，其进一步包括施用抗逆转录病毒剂。
67.如权利要求66所述的方法，其中所述抗逆转录病毒剂选自以下组合：非核苷逆转录酶抑制剂、蛋白酶抑制剂及进入抑制剂。
68.如权利要求67所述的方法，其中所述抗逆转录病毒剂包括高活性抗逆转录病毒疗法。
69.一种降低处于人免疫缺陷病毒感染风险中的受试者的人免疫缺陷病毒感染风险的方法，所述方法包括向所述受试者施用治疗有效量的如权利要求36-59中任一项所述的组合物。
70.如权利要求69所述的方法，其中所述受试者是性活跃的。
71.如权利要求69所述的方法，其中所述受试者是健康护理工作者或第一应答者。
72.一种降低人免疫缺陷病毒感染从HIV感染的怀孕或哺乳期母亲传播给其后代的风险的方法，所述方法包括向所述母亲施用治疗有效量的如权利要求37-59中任一项所述的组合物。
73.如权利要求72所述的方法，其中所述组合物是在产前、围产期、产后、其组合施用的。
74.如权利要求72所述的方法，其进一步包括施用抗逆转录病毒剂。
75.如权利要求74所述的方法，其中所述抗逆转录病毒剂选自由以下组成的组：非核苷逆转录酶抑制剂、蛋白酶抑制剂及进入抑制剂。
76.如权利要求75所述的方法，其中所述抗逆转录病毒剂包括高活性抗逆转录病毒疗法。
77.如权利要求72所述的方法，其进一步包括向所述后代施用治疗有效量的如权利要求37-59中任一项所述的组合物。
78.一种治疗患有人免疫缺陷病毒感染的受试者的方法，所述方法包括：
a)测定所述人免疫缺陷病毒的核酸序列；
b)向所述受试者施用包含编码CRISPR相关核酸内切酶的核酸序列及一个或多个指导RNA的药物组合物，其中所述指导RNA与所述人免疫缺陷病毒中的靶序列互补。
79.如权利要求78所述的方法，其中所述CRISPR相关核酸内切酶是Cas9。
80.如权利要求78或79所述的方法，其中所述CRISPR相关核酸内切酶序列是为在人细胞中的表达而优化。
81.如权利要求78-80中任一项所述的方法，其中所述靶序列包含在所述一个人免疫缺陷病毒的长末端重复内的序列。
82.如权利要求78-81中任一项所述的方法，其中在所述人免疫缺陷病毒的长末端重复内的序列包含在U3、R或U5区域内的序列。
83.如权利要求78-82中任一项所述的方法，其中在所述长末端重复内的序列包含与选自由以下组成的组的序列具有95％同一性的序列：LTR A(SEQ ID NO:96)、LTR B(SEQ ID NO:121)、LTR C(SEQ ID NO:87)及LTR D(SEQ ID NO:110)或其组合。
84.如权利要求78-83中任一项所述的方法，其中在所述长末端重复内的序列包含选自由以下组成的组的序列：LTR A(SEQ ID NO:96)、LTR B(SEQ ID NO:121)、LTR C(SEQ ID NO:87)及LTR D(SEQ ID NO:110)或其组合。
85.如权利要求78-84中任一项所述的方法，其进一步包含编码反式激活小RNA(tracrRNA)的序列。
86.如权利要求85所述的方法，其中所述反式激活小RNA(tracrRNA)序列被融合至编码所述指导RNA的序列。
87.一种分离的核酸，其包含编码CRISPR相关核酸内切酶的序列及一个或多个指导RNA，其中所述指导RNA与人免疫缺陷病毒中的靶序列互补；或表达载体的用途，其包含编码CRISPR相关核酸内切酶的序列及指导RNA，其中所述指导RNA与人免疫缺陷病毒中的靶序列互补，它们是用于制造能够治疗人免疫缺陷病毒感染用的药剂。
88.一种分离的核酸，其包含编码CRISPR相关核酸内切酶的序列及一个或多个指导RNA，其中所述指导RNA与人免疫缺陷病毒中的靶序列互补；或表达载体的用途，其包含编码CRISPR相关核酸内切酶的序列及指导RNA，其中所述指导RNA与人免疫缺陷病毒中的靶序列互补，它们是用于制造能够降低人免疫缺陷病毒感染的风险用的药剂。
89.一种试剂盒，其包括实测数量的包含分离的核酸序列或编码所述核酸的载体的组合物，所述分离的核酸序列包含编码CRISPR相关核酸内切酶的序列及一个或多个指导RNA，其中所述指导RNA与人免疫缺陷病毒中的靶序列互补；以及一个或多个选自由以下物品的组合：包装材料、包括使用说明书的包装说明书、无菌流体、注射器及无菌容器。
90.如权利要求89所述的试剂盒，其中所述组合物进一步包含药学上可接受的载体。