医学诊断工业是今天健康护理基础的关键因素。然而目前，不管何种路线，体外诊断分析已经成为患者护理的瓶颈。对此，存在数个原因。首先，许多诊断分析仅用高度专业的装备进行，其是昂贵的并且仅可由受训的临床医生操作。这种设备仅在一些位置中发现-经常在任何给定的城市地区中仅一台。这意味着大多数医院需要将样品送到这些地方用于分析，因此产生运输费用和运输延迟，并且甚至可能是样品损失或不正确运转。第二，所讨论的设备一般在需要时不是可获得的，而是以批次运行，因此对于许多样品延迟处理时间，因为它们必须等待机器以便在它们可以运行之前充满。
理解了样品流分解成数个关键步骤，合乎需要的是考虑尽可能多的自动化的方式。例如，一旦从患者提取，生物样品必须以适于一般涉及使用PCR的处理方案的形式放置，以扩增目的载体(诸如核苷酸)。一旦扩增，来自样品的目的核苷酸的存在需要清楚地确定。制备用于PCR的样品目前是花费时间的和劳动密集的步骤，虽然没有人需要专门技能，并且可以有用地是自动化的。通过对比，诸如PCR和核苷酸检测的步骤(或“核酸测试”)已经仅通常在接触到专门设备的特别训练的个人范围内。
存在对于这样的方法和装置的需要，所述方法和装置在样品上以平行方式进行样品制备，在制备的生物样品上有或者没有PCR和检测，并且优选地具有高通量，但是以可以在护理地点常规进行的方式，不需要将样品送出到专门设备。
本文中背景技术的讨论被包括在内以解释本文所描述的本发明的范围。这不被认为是承认引用的任何材料是在权利要求任何一项的优先权日期时发表的，已知的，或通常的常识的部分。
在说明书的全部说明和权利要求中，措辞“包括(comprise)”及其变化，诸如“包括(comprising)”和“包括(comprises)”不意欲排除其它的添加剂，成分，整数或步骤。
概述
一种诊断装置，所述诊断装置包括：配置成同时从多个含核酸样品提取核酸的第一构件，其中所述第一构件包括：一个或多个支架，各自配置成接受一定数目的样品和相应数目的固定器，其中每个固定器包括处理室，废料室，一个或多个移液管吸头，和一个或多个贮器，其中所述一个或多个贮器分别含有足够量的用于进行从样品提取核酸的一种或多种试剂；配置成相对于每个固定器的处理室移动的磁性分离器；配置成独立加热每一个处理室的加热器组件；和配置成在两个或多个固定器上同时进行流体传递操作的液体分配器；和配置成同时扩增从所述多个样品提取的核酸的第二构件，其中所述第二构件包括：一个或多个隔室，各自配置成接受微观流体盒，其中将所述盒配置成单独接受并且单独扩增从多个样品提取的核酸；和一个或多个检测系统。
一种诊断装置，所述诊断装置包括：一个或多个支架，在所述支架的每一个上放置一定数目的含有核酸的样品和相应数目的固定器，其中每个固定器包括处理室，废料室，一个或多个移液管吸头，和一个或多个贮器，其中所述一个或多个贮器分别含有足够量的用于进行从样品提取核酸的一种或多种试剂；接近于所述一个或多个固定器的每一个的处理室的可以从第一位置移动到第二位置的磁性分离器；包括一定数目加热器单元的加热器组件，所述加热器单元的每一个与所述处理室的一个热接触；一个或多个隔室，每个隔室具有互补于微观流体盒形状的形状，其中所述盒包括一定数目的入口，所述入口的每一个与一定数目通道的一个流体连通，在所述通道中扩增从所述数目的样品的一个提取的核酸，并且其中所述盒还包括容许检测扩增的核酸的一个或多个窗口；具有一个或多个分配头的液体分配器，其中所述液体分配器可以从第一固定器之上的第一位置移动到第二固定器之上的第二位置，并且可以从所述第一固定器之上的第一位置移动到所述第一固定器之上的不同的位置，并且还可以从所述固定器的一个之上的位置移动到所述数量的入口的一个之上的位置；和接近于所述一个或多个窗口定位的一个或多个检测系统。
一种诊断仪器，所述诊断仪器包括：从组合试剂条中的样品提取核酸的液体处理单元；与加热器元件连接的微观流体盒，在从所述样品提取的核酸上进行实时PCR；和为使用者提供诊断所述样品是否含有目的核苷酸的检测器。
本文也描述了使用所述诊断装置的方法，所述方法包括使用所述装置平行诊断一定数目样品的方法。
一种组合试剂固定器，所述组合试剂固定器包括：连接下列的条：单一处理管；一个或多个贮器，其各自保持选自由下列组成的组的试剂：样品制备试剂，用于第一分析物的PCR试剂，和一种或多种液体试剂；废料管；配置成保持一个或多个移液管吸头的一个或多个插孔；和配置成围绕所述一个或多个移液管吸头的移液管吸头套。
一种液体分配器，所述液体分配器包括：一个或多个传感器；多支管；与所述多支管流体连通的一个或多个泵；与所述多支管流体连通的一个或多个分配头；提供三维平移运动自由度的台架；和从外部控制器接受电信号的电连接，其中所述液体分配器除了通过所述一个或多个泵，没有用于流体的入口或出口。
一种用于磁性颗粒的分离器，所述分离器包括：成直线调准的一个或多个磁体；机动的轴，其上一个或多个磁体可以以这样的方式升高或下降，以致所述一个或多个磁体实现紧密接近于含有磁性颗粒的贮器；和控制所述机动的轴运动的控制电路。
一种集成分离器和加热器，其包括：加热器组件，其中所述加热器组件包含多个独立可控制的加热器单元，各自配置成接受并且加热处理室；成直线调准的一个或多个磁体；机动的轴，在其上一个或多个磁体可以以这样一种方式上升或下降，所述方式是所述一个或多个磁体实现紧密接近于一个或多个所述处理室；和控制所述机动的轴运动和所述加热器单元加热的控制电路。
一种制备装置，所述制备装置包括：第一构件，将其配置成同时从一定数目的含有核酸的样品提取核酸，其中所述第一构件包括：一个或多个支架，每个配置成接受所述数目的样品和相应数目的固定器，其中每个固定器包括处理室，废料室，一个或多个移液管吸头，和一个或多个贮器，其中所述一个或多个贮器分别地含有足够量的一种或多种试剂，用于进行从样品提取核酸；配置成相对于每个固定器的处理室移动的磁性分离器；配置成独立加热所述处理室的每一个的加热器组件；和配置成在两个或多个固定器上同时进行流体传递操作的液体分配器；和配置成接受并储存从所述数目的样品提取的核酸的第二构件。
一种制备装置，所述制备装置包括：一个或多个支架，在所述支架的每个上放置一定数目的含核酸样品和相应数目的固定器，其中每个固定器包括处理室，废料室，一个或多个移液管吸头，和一个或多个贮器，其中所述一个或多个贮器分别含有足够量的用于进行从样品提取核酸的一种或多种试剂；接近于每个固定器的处理室的可从第一位置移动到第二位置的磁性分离器；包括一定数目加热器单元的加热器组件，所述加热器单元的每个与处理室接触；可以从第一固定器上的第一位置移动到第二固定器上的第二位置的液体分配器；和具有一定数目隔间的储存隔间，其中每个隔间储存从所述数目的样品之一提取的核酸。
一种组合试剂固定器，所述组合试剂固定器包括：一种条，所述条连接着：单一处理管；一个或多个贮器，每个贮器保持选自由下列组成的组的试剂：样品制备试剂，和一种或多种液体试剂；废料管；配置成保持一个或多个移液管吸头的一个或多个插孔；和配置成围绕所述一个或多个移液管吸头的移液管吸头套。
本技术另外包括用于从多个样品平行提取核酸的方法，所述方法使用本文所描述的装置。
选择的图的简述
图1A显示制备装置的示意图；图1B显示诊断装置的示意图。
图2显示控制电路的示意图。
图3A和3B显示例举性装置的外部视图。
图4显示装置的例举性内部视图。
图5显示例举性样品固定器支架的透视图。
图6显示图5的支架连同加热器单元的透视图。
图7显示例举性样品固定器支架的透视图。
图8A-8K显示图7的支架的多种视图。
图9显示配置成接受图7的支架的装置区域。
图10A和10B显示具有移液管套的试剂固定器的第一例举性实施方案，以透视图(图10A)和下侧视图(图10B)的形式。
图11显示没有移液管套的试剂固定器的例举性实施方案，以透视图形式。
图12A-12C显示具有移液管套的试剂固定器的第二例举性实施方案，以透视图(图12A)和横截面视图(图12B)，和剖视图(图12C)的形式。
图13A和13B显示试剂管内部上的星形特征，以横截面(图13A)和俯视图(图13B)的形式。
图14显示移液操作顺序连同具有星形特征的试剂管。
图15显示层压层的实施方案。
图16显示连同层压层的移液操作顺序。
图17A-17D显示含有固定器和试剂的例举性试剂盒。
图18显示液体分配头。
图19A-19C显示液体分配头。
图20显示例举性分配多支管。
图21显示连接到液体分配头的扫描阅读头。
图22以横截面视图显示条形码扫描器。
图23显示定位在微观流体盒上方的条形码阅读器。
图24显示移液管吸头传感器。
图25A和25B显示用于剥离移液管吸头的例举性装置。
图26显示透视图和横截面视图形式的加热器单元。
图27显示横截面视图形式的集成加热器和分离器单元。
图28显示盒自动装载器。
图29显示盒堆叠器。
图30显示将盒传递到自动装载器的在适当位置的盒堆叠器。
图31显示盒装载系统。
图32显示用过的盒的处理单元。
图33显示满的和空的构造形式的盒堆叠器。
图34显示微观流体盒，阅读头，和盒托盘。
图35显示微观流体装置中在适当位置的移液头和盒的横截面。
图36显示例举性的具有3层结构的微观流体盒。
图37显示例举性多通道盒中微观流体电路和入口的平面图。
图38A显示例举性的多通道盒。
图38B显示例举性的多通道盒的一部分。
图39A，39B显示多通道盒的通道中的例举性的微观流体网络；
图40A-40C显示例举性微观流体阀门的图。图40A还显示开启状态的阀门，和关闭状态的阀门。
图41显示排放孔。
图42显示例举性的高度多路调制微观流体盒；
图43-46显示例举性高度多路调制微观流体盒的多个方面；和
图47A-C显示放射状配置的高度多路调制微观流体盒的多个方面。
图48显示微观流体盒横截面形式的视图。
图49A，49B显示PCR反应室和相关联的加热器。
图50显示操作中的加热器电路的热图像。
图51A-51C显示可以在PCR热循环期间用于提高冷却速率的多种切开剖面。
图52显示在PCR方法期间温度对时间的图，如在本文所描述的微观流体盒上进行。
图53显示本文所进一步描述的盒的装配方法。
图54A和54B显示例举性的用于进行蜡沉积的装置。
图55A和55B显示例举性的蜡微滴沉积到微观流体阀门中。
图56显示例举性多通道微观流体盒上加热器元件阵列的覆盖，其中多种微观流体网络是可见的。
图57显示例举性检测器的横截面视图。
图58显示阅读头中检测器的透视图。
图59显示阅读头中例举性检测器的剖面图。
图60显示检测器阵列在其中的例举性多路调制阅读头的外部视图。
图61显示检测器阵列在其中的例举性多路调制阅读头的剖面视图。
图62显示与本文所描述的检测器连接的例举性电子电路的框图。
图63显示例举性液体分配系统。
图64显示例举性加热器/分离器。
图65A和65B显示基于计算机用户界面的例举性特征。
图66示意性显示制备装置的元件设计。
图67显示例举性制备装置的元件设计。
图68显示诊断装置的元件的示意性设计。
图67显示例举性诊断装置的元件设计。
图70和71显示例举性诊断装置的外部和内部。
图72A和72B显示配置成接受微观流体盒的热循环单元。
图73示意性显示高效率诊断装置的元件设计。
图74显示例举性高效率诊断装置的元件设计。
图75显示24-通道微观流体盒的平面图。
图76显示图75的盒的透视图。
图77显示图75的盒的剖视图。
图78显示例举性检测单元。
图79A，79B显示图78的检测单元的剖面部分。
图80，和81显示具有微观流体盒的检测单元的调准。
图82和83分别地显示光学部件的外部和剖面。
图84示意性地显示Scorpion反应。
图85A-85C示意性显示在多种制备过程期间的移液管头使用。
图86-91显示电子控制电路的例举性设计。
详细说明
如本文所用的核酸测试(NAT)是包括DNA(脱氧核糖核酸)和RNA(核糖核酸)测试的一般术语。将对于RNA和对于DNA是特定的例举性规程描述于此。应当理解，其中不特定于RNA或DNA的一般化说明相等地适用于各自，或可以容易地适合于本文说明的微小变化的任何一个，如服从于本领域普通技术人员。也应当理解，术语核酸和多核苷酸可以在本文可互换地使用。
因此发现本文中所描述的装置应用于分析任何用途所用的任何含有核酸的样品，包括但不限于用于人类中多种传染病的遗传测试，和临床测试。临床测定目前存在的，以及可以使用本文中的装置和方法测试的靶标可以是细菌或病毒，并且包括，但不限于：沙眼衣原体(ChlamydiaTrachomatis)(CT)；淋病奈瑟氏菌(Neisseria Gonorrhea)(GC)；链球菌群B；HSV；HSV分类型的；CMV；流感A和B；MRSA；RSV；TB；毛滴虫属(Trichomonas)；腺病毒；博德特氏菌属(Bordatella)；BK；JC；HHV6；EBV；肠病毒；和肺炎枝原体(M.pneumoniae)。
本文中的装置可以配置成在实验台上或类似的环境中运行，并且当在正常工作日全天连续运行时可以测试大约45个样品/小时。该数目可以根据单批中提供的测试数目而增加，如从本文中描述将变得清楚。来自单独原始样品的结果一般在小于1小时内是可获得的。
在本文中使用的情况下，术语“构件”应当被采用以表示元件组件，每个元件可以具有单独的，清楚的和/或独立的功能，但是将其配置成一起运行以产生一种或多种所需的结果。不需要的是，构件内的每一元件是直接连接的或与每一其它元件直接通信的。而且，多种元件中的连通性可以在所述构件外部的元件诸如处理器的辅助情况下实现。
装置概述
进一步描述于此的具有多种元件的装置可以配置成至少两个形式，制备的和诊断的，如图1A和1B中分别显示。在本文中进一步描述的用于进行样品制备的制备装置981的示意性概述显示在图1A中。诊断装置971的概述显示在图1B中。系统971，981的元件的几何安排显示在图1A中并且图1B是例举性的并且不意欲是限制性的。
处理器980，诸如微处理器，配置成控制所示系统的多个元件功能，并且因此与需要控制的每个这样的元件通信。应当理解，许多这样的控制功能可以任意地人工进行，并且不在处理器控制下。而且，在下文中，当所述装置运转时，其中描述的多种功能的顺序不限制于其中处理器执行指令的顺序。因而，处理器980可以配置成接受关于待分析样品的数据，例如，来自样品阅读器990，其可以是条形码阅读器，光学字符阅读器，或RFID扫描器(射频标签阅读器)。也应当理解，虽然单一处理器980显示为控制装置971和981的全部操作，但是这样的操作可以方便地在一个以上处理器上分布。
处理器980可以配置成接受来自输入984的使用者指令，其中这样的指令可以包括开始分析样品的指令，和选择运转条件的指令。虽然在图1A和1B中未显示，但是在多种实施方案中，输入984可以包括选自由下列组成的组的一个或多个输入装置：键盘，触敏的表面，传声器，跟踪板，视网膜扫描器，输入装置的全息投影，和鼠标。适合的输入装置可以进一步包括格式化电子介质的阅读器，诸如，但不限于，闪存卡，记忆棒，USB-棒，CD，或软盘。输入装置可以进一步包括安全特征诸如指纹阅读器，视网膜扫描器，磁条阅读器，或条形码阅读器，用于根据授权使用者的预装载的识别特征确定系统使用者事实上被授权这样做。输入装置可以另外并且同时作为用于记录与样品分析有关数据的输出装置起作用。例如，如果输入装置是格式化电子介质的阅读器，则它也可以是这样介质的记录器。可以通过这样一种装置记录到这样的介质的数据包括，但是不局限于，与分析有关的环境信息，诸如温度或湿度，以及诊断结果，并且识别所关注样品的数据。
处理器980也可以配置成与显示器982连接，以便，例如，将关于分析的信息传送到显示器并且因此传达到系统使用者。这样的信息包括但是不局限于：装置的当前状态；PCR热循环的进程；和在系统或盒性能不良情况下的警告信息。另外，处理器980可以传输一个或多个问题以显示在显示器982上，其促使使用者提供对其反应输入。因而，在某些实施方案中，输入984和显示器982是相互集成的。
处理器980还可以任意配置成将分析结果传输到输出装置诸如打印机，视觉显示器，利用全息投影的显示器，或扬声器，或其组合。
处理器980可以更进一步地经由通信接口诸如网络接口任意连接到计算机网络988。通信接口可以是选自由下列组成的组的一个或多个接口：串联连接，并联连接，无线网络连接，USB连接，和有线网络连接。因此，当所述系统适合地在网络上定地址时，远程使用者可以接入处理器并且传输指令，输入数据，或检索数据，诸如可以储存在与所述处理器连接的存储器(未显示)中，或在一些其它与处理器通信的计算机可读的介质上。因此所述接口也可以容许将数据提取到远程位置，诸如个人电脑，个人数字助手，或网络存储装置诸如计算机服务器或特大容量磁盘。所述装置还可以配置成容许使用者将分析结果直接发电子邮件到一切其它当事人，诸如健康护理提供者，或诊断设备，或患者。
另外，在多种实施方案中，所述装置还可以包括配置成从处理器，输入装置，和通信接口的一个或多个接受数据的数据存储介质，所述数据存储介质是选自由下列组成的组的一种或多种介质：硬盘驱动器，光盘驱动器，闪存卡，和CD-Rom。
处理器980可以进一步配置成控制样品制备和诊断的多种方面，如下在概述中，并且如本文中详细地进一步描述。在图1A和1B中，装置981(或971)配置成连同互补的支架970运行。如本文中进一步描述，所述支架本身配置成接受一定数目的适于后处理(work up)和诊断分析的形式的生物样品996，和一定数目的固定器972，所述固定器972装有多种试剂，移液管吸头和贮器。所述支架是这样配置的，在样品后处理期间，将样品在各自的固定器中处理，所述处理包括经由加热器组件977独立地进行加热和冷却。加热器组件的加热功能可以由处理器980控制。加热器组件977连同分离器978诸如磁性分离器一起操作，其也可以由处理器980控制以移动进入并且离开紧密接近于与所述固定器972连接的一个或多个处理室，其中存在颗粒诸如磁性颗粒。
可以类似地由处理器980控制的液体分配器976配置成在固定器972中各自的样品，流体和试剂上进行多种吸取和分配操作，以实现从样品提取核酸。液体分配器976可以在多个固定器中同时进行这样的操作。将样品阅读器990配置成将关于样品和有些情况下的固定器的识别标记传输到处理器980。在一些实施方案中，将样品阅读器连接到液体分配器并且可以因此阅读关于液体分配器位于其上的样品的标记。在其它实施方案中，样品阅读器不连接到所述液体分配器并且是独立可移动的，其在处理器控制下。液体分配器976也配置成采用含从一个或多个样品提取的核酸的流体等分试样，并且将它们引导到储存区域974，其可以是冷却器。例如，区域974含有对应于每个样品的PCR管。在其它实施方案中，不存在单独区域974，但是冷却器可以配置成冷却一个或多个固定器972以便提取的核酸被原位冷却并储存，而不是传递到分开的位置。
图1B显示诊断装置971的示意性实施方案，所述诊断装置971具有和图1A的装置981相同的元件，但是，代替储存区域974，具有其中接受盒994的接受隔室992。接受隔室与加热器998相联，所述加热器998本身可以由处理器980以这样一种方式控制，所述方式是，在分析期间的特定时间加热所述盒的特定区域。因而将液体分配器976配置成采取含从一个或多个样品提取的核酸的流体等分试样并且将它们引导到盒994的各自入口。盒994配置成，诸如通过进行PCR扩增各自的核酸。处理器也配置成控制检测器999，其从盒994接受诊断指示。所述诊断可以传输到输出装置986和/或显示器982，如上文所描述。
可以分别地根据本领域已知的设计原则和半导体加工方法，设计并制造适合的处理器980。
图1A和1B中的略图中显示的装置实施方案，如同本文所描述的其它例举性实施方案一样，是有利的，因为它们不需要定位在为了储存试剂而适合地配置的装置内。所述系统的实施方案，或本文中其它例举性实施方案，都不需要配置成从例如外部储存容器诸如瓶、罐、或储器接受试剂的入口或出口端口。因此，图1A和1B中的装置是自包含的并且连同固定器972一起运行，其中所述固定器用试剂预包装，诸如在它之内的专用于试剂储存的位置。
图1A和1B的装置可以配置成在单一位置进行操作，诸如实验室位置，或可以是便携式的以便它们可以伴随，例如，医师，或其它的健康护理专业人员，其可以在不同场所出诊患者。所述装置一般装备有电源线以便它们可以从主要供应或发生器接受AC电源。任选的变压器(未显示)构造到每个装置中，或外部定位在电源插孔和系统之间，将AC输入功率转变成DC输出，用于被所述装置使用。所述装置也可以配置成通过使用一个或多个电池运行，因此也一般地配备有电池充电系统，和如果电池功率变得太低则警告使用者的多种警告装置，以可靠地启动或完成诊断分析。
在其它实施方案中，图1A和1B的装置可以进一步地配置用于多路调制的样品分析和/或多批样品分析，其中，例如，单一支架保持单批样品。在一这样的构造中，系统的实例，如图1B中所概述，接受并处理多个微观流体盒994。因此，图1A和1B中显示的每个元件作为样品批次的许多倍存在，虽然多个元件可以配置在通常的外壳中。
在又一个构造中，系统配置成接受并处理多个盒，但是图1A和1B中的一个或多个元件对于多个盒是通用的。例如，单一装置可以配置有多个接受盒的隔室，但是通用处理器，检测器，和用户界面适合地配置成容许同时并行、连续、或同时控制多个盒。进一步可能的是，这样一个实施方案也利用单一样品阅读器和单一输出装置。
在又一个构造中，图1B中所示的系统配置成接受单一盒，其中所述单一盒配置成平行地并且相互独立地处理1个以上，例如，2，3，4，5，或6个样品。用于产生可以处理多个样品的盒的例举性技术描述在其它地方，例如，在美国申请序号60/859,284中，通过参考结合于此。
进一步与现有技术一致的是，盒可以被标记，例如，用分子条形码指示样品，以促进样品跟踪，并且使样品混合的风险最小化。用于这样标记的方法描述在其它地方，例如，在美国专利申请公布号10/360,854中，通过参考结合于此。
控制电子840实施成装置971或981，示意性显示在图2中的框图中，可以在多种实施方案中包括一个或多个功能，例如，用于主控制900，多路调制902，显示器控制904，检测器控制906，等。主控制功能可以在图1A和1B的装置中用作控制电子装置840的集线器，并且可以管理多种电子功能的通信和控制。主控制功能还可以支持与使用者或输出装置诸如打印机920的电的和通信接口908，以及任选的诊断和安全性功能。连同主控制功能900，多路调整器功能902可以控制传感器数据914和输出电流916以帮助控制加热器组件977。显示器控制功能904可以控制输出，如果可适用的，用于翻译来自触摸屏LCD 846的输入，因此在某些实施方案中其可以将图示界面提供给使用者。检测器功能906可以在控制电子装置840中实现，使用典型的控制和处理电路以收集、数字化、滤波、和/或传输来自检测器999诸如一个或多个荧光检测器的数据。未显示在图2中的另外功能包括但不限于用于控制图1A和1B中元件诸如液体分配头、分离器、冷却器的控制功能，并且接受来自样品阅读器的数据。
具有根据图1A或1B的功能的例举性装置显示在图3A和3B中。图3A和3B中例举性装置具有外壳985，和覆盖物987，显示在图3A的关闭位置中，以及图3B的开启位置中，以揭示内部特征995。覆盖物987任选具有手柄989，显示为椭圆的并且从覆盖物表面上升，但是其可以是其它形状诸如正方形、长方形、或圆形，和其可以凹进在覆盖物表面中或与其平齐。覆盖物987显示为具有铰链，然而其它构造诸如滑动覆盖物也是可以的。缓冲器991用于防止覆盖物免于向后落下太远和/或提供保持覆盖物987稳定在开启位置的点。外壳985另外显示为具有一个或多个通信端口983，和一个或多个电源端口993，其可以定位在其它地方，诸如在仪器的背面上。
图1A和1B的装置可以任选包括一个或多个稳定足，其使所述装置的主体升高在系统100所配置的表面之上，因此容许系统100下的通风，并且还为使用者提供改善的升高系统100的能力。可以存在2，3，4，5，或6或以上个足，取决于系统100的尺寸。这样的足优选由橡胶、塑料、或金属制成，并且在一些实施方案中，可以将系统10主体在它位于的表面上升高约2到约10mm。
图4显示例举性装置内部的一部分的例举性构造，诸如在图3A和3B中显示。在图4中显示支架970，其含有一定数目的试剂固定器972和患者样品996，以及，紧密接近于其，具有盒994的接受隔室992，用于在从样品提取的多核苷酸上进行PCR。
支架
所述装置进一步包括配置成可插入到所述装置中并且可以从所述装置移去的一个或多个支架，每一支架进一步配置成接受多个试剂固定器，并且接受多个样品管，其中所述试剂固定器与样品管一一对应，并且其中所述试剂固定器各自含有足够试剂以便从样品提取多核苷酸并且将多核苷酸放置成PCR-即用形式。本文中其它地方进一步地描述例举性试剂固定器。
装置可以包括1，2，3，4，或6个支架，并且每个支架可以接受2，4，6，8，10，12，16，或20个样品，诸如在样品管802中，和相应数目的固定器804，每个至少具有一个或多个移液管吸头，和一个或多个试剂用容器。
支架一般配置成接受一定数目的试剂固定器804，诸如本文进一步描述的那些，所述支架配置成保持一个或多个这样的固定器，容许在实验室台上使用储存在所述固定器中的试剂，或定位在所述装置的专用区域，容许所述固定器可以用于所述装置的一个或多个其它功能，诸如自动移液，处理管的加热，和亲和珠的磁性分离。
例举性支架800的两个透视图，配置成在12个通道中接受12个样品管和12个相应的试剂固定器，显示在图5中。如本文在支架上下文中所用，通道是设计成接受样品管和相应的试剂固定器的支架专用区域。相同例举性支架的两个透视图，连同加热器单元，显示在图6中。
第二例举性支架800的多个视图，也配置成接受12个样品管和12个试剂固定器，显示在图7、和图8A-8K中。因而，下列视图显示：侧平面图(图8A)；前平面图，显示样品管(图8B)；后平面图，显示试剂固定器(图8C)；后视图，显示试剂固定器(图8D)；前视图，显示样品管(图8E)；顶部，显示试剂固定器的插入(图8F和8G)；顶部显示用于插入试剂固定器的槽(图8H)；顶视图显示试剂固定器的记录(图8I)；支架的关闭是部分插入的状态/从装置除去(图8J)；和通过手柄保持的支架，从装置除去的(图8K)。如本文中进一步描述，用于接受图7的例举性可移动支架的诊断或制备装置中的凹进区域，显示在图9中。用于接受形状、外观、和形式不同而不是功能不同的其它支架的其它适合配置的凹进区域与本文中的描述一致。
显示在图中的两个例举性支架是非限制性的，现在使用两个例举性支架作为说明性的支架，描述本文中预期的支架的一般特征。例如，所述实施方案在本文显示，至少第一通道和第二通道是相互平行的，一种增加移液效率的构造。一般地，当相互平行时，邻近的样品通道对在它们的各自中点分开24mm。(其它距离是可以的，诸如分开18mm，或分开27mm。所述中点之间的距离取决于液体分配头中喷管的孔距，如本文中所进一步描述。将间距保持在9mm的倍数可以容易地从支架装载到96孔板中(其中一般地，孔分开间隔9mm)。一般地，同样，所述支架是这样的，以便多个通道中的多个试剂固定器相对于彼此保持在相同高度。
所述支架配置成以这样一种方式接受试剂固定器，所述方式是，试剂固定器可逆地搭锁或锁定到位置中，并且在试剂接入它时，以及支架正在从一个地方运送到另一个地方或正在被插入装置中或从所述装置除去时，保持稳定。在每个实施方案中，第二位置的每一个包括配置成以单一取向接受试剂固定器的机械键。在图5中，显示的是，试剂固定器水平滑动到垂直定向的槽中，每一固定器一个，位于所述支架中。在这样一个实施方案中，固定器上的连接元件的边缘与槽上部中互补凹槽啮合。在图8F，8G，和8I中，显示的是，试剂固定器可以经由机械键与支架啮合，所述机械键保持固定器稳定并且在适当位置。例如，机械键可以包括上升的或凹进的部分，当与试剂固定器的互补部分啮合时，其容许试剂固定器搭锁到第二位置中。在所示的实施方案还可以看到，试剂固定器具有第一末端和第二末端，并且机械键包括配置成与第一末端啮合的第一特征，和配置成以试剂固定器不能插入错的路线周围的方式与第二末端啮合的第二特征。
在某些实施方案中，试剂固定器各自锁定在支架中的位置，诸如用凸轮锁定机构，将其认定为音频地和/或物理地锁定，或诸如用机械键。所述支架可以如此配置以便当定位在它之中时，使用本文所进一步描述的液体分配器，固定器对准适当的移液管吸头传感器(pick up)。而且，每个通道的第二位置可以足够深以容纳一个或多个移液管吸头，诸如包含在移液管吸头套中。
在某些实施方案中，将支架配置成接受单独样品管802中的样品，各自邻近于相应的固定器804安装，例如在支架800的一侧。样品管可以通向样品标识检验器诸如条形码阅读器，如本文所进一步描述。在图5中，通过圆柱状接受元件将样品管保持在它的底部。在图7中，显示的是，样品管可以保持在它的顶部和底部，诸如通过配置成接受样品管底部的凹进部分803，和配置成保持样品管上部的孔805。所述孔可以是环或开放的环，或金属片中的孔。凹进部分可以如图7，其中它是金属外壳的成角度的片，其具有足够大的孔以容纳样品管。
支架可以设计成这样，以便可以将它容易地从装置除去并运送到和离开装置以外的实验室环境，诸如台，和所述装置，例如，容许容易地将样品管和试剂固定器装载到支架中。在某些实施方案中，将支架设计成稳定在水平表面上，并且不容易在运输期间倾倒，并且，为了这个目的，所述支架具有一个或多个(诸如2，3，4，6，8)足809。在某些实施方案中，所述支架具有手柄806以容易提起和移动，并且如图5中所示，手柄可以被锁定到垂直位置中，在运输期间，同样减少支架被倾倒的风险。手柄可以任选在它的中间具有软性夹808。在图7的实施方案中，运输手柄围绕轴定位，当装载时从轴移开，通过所述支架的重心，并且在它的自重下自由下降到与所述支架上表面平齐的位置。
图5的实施方案具有金属底部元件810，其具有4个足811，当将所述支架插入到装置的专用部分时，所述足811也用作位置定位器。将手柄连接到底部元件。接受样品和固定器的支架812的部分可以由塑料制成，并且包括12个槽，并且可以是一次性的。
在图7的实施方案中，所述支架包括：外壳；所述外壳中的多个通道，并且其中所述多个通道的每个通道包括：配置成接受样品管的第一位置；和配置成接受试剂固定器的第二位置；和互补于诊断装置的接受隔室的记录元件。一般地，所述外壳由金属诸如铝制成，其可以是轻的，但是也可以机械加工到高容差(high tolerance)，并且是足够坚固的以保证支架在位于诊断装置中时保持稳定。图7中的记录元件包括四(4)个精密容差栓(tighttolerance peg)815，每一支架角定位一个。这样的栓是这样的，以便它们紧贴并且紧密地配合到所述装置的接受隔室的互补孔中并且因此稳定所述支架。例如，具有2或3，或大于4个这样的栓的其它实施方案符合本文中的实施方案。
特别是，图7的实施方案中的外壳包括水平元件821，和连接到水平元件的两个或多个垂直元件822，并且是这样的，以便每个各自通道的第二位置是水平元件之内的凹进部分。图7的实施方案中的两个或多个垂直元件809配置成容许支架在其上自由站立。所述外壳可以进一步包括两个或多个足或支座，对称地连接到第一和第二垂直元件并且当定位在实验台顶部时给予所述支架另外的稳定性。
而且，在图7的实施方案中，外壳进一步包括多个间隔元件825，每个配置在一对邻近的通道之间。任选地，这样的间隔元件可以垂直配置在所述通道之间。
虽然未显示在图中，但是支架可以进一步包括与每个通道连接的通道标识符。通道标识符可以是永久的或临时的标记诸如唯一数字或字母，或可以是RFID，或条形码，或可以是对于特定通道是唯一的有色标签。
将支架配置成这样以便它可以容易地放置在仪器中的适当位置，并且给予使用者正反馈，诸如音频地或物理地，它是正确放置的。在某些实施方案中，所述支架可以是锁定到位置中。合乎需要的是，支架是正确定位的，并且不容许在其后移动，以便液体分配器的移动不会在液体操作期间被破坏。所述支架因此具有记录元件以保证正确定位。在图7的实施方案中，所述记录元件包括两个或多个定位销，其配置成保证所述支架仅可以以单一取向放置在所述诊断装置中；并且当放置在所述诊断装置中时为所述支架提供稳定性。图7的实施方案任选具有传感器执行器817，将其配置成指示诊断装置中支架的正确放置。这样一种传感器可以与处理器980通信以便为使用者提供警告，诸如听得见的警告，或经由接口传递的视觉警告，如果所述支架没有正确就位的话。也可以将它配置成如果检测到就位误差则防止样品制备过程启动或持续。
在某些实施方案中，多种固定器中的处理管位置周围的支架内部被配置成具有用于本文中所进一步描述的加热器组件和/或磁性分离器的间隙。例如，所述支架配置成这样，以便单独固定器的处理室被本文中进一步描述的加热器组件中的加热器单元接受。
在前一个样品支架正在被装置制备时，具有可移动的支架可以使使用者能够保持下一个支架用样品装载并且成直线，以便使装置使用时间最大化。
在任何样品溢出它或仅作为实验室物品常规维护的情况下，还可以方便地在仪器外清洁支架。
在某些实施方案中，所述支架具有一个或多个一次性的部分。固定器
图10A和10B显示本文中进一步描述的例举性固定器501的视图。图11显示另一个例举性固定器502的平面图，如本文中所进一步描述。图12A显示透视图形式的例举性固定器503，并且图12B显示横截面视图形式的相同固定器。图12C显示与图12A和12B相同的固定器的剖面图。现在描述全部这些例举性固定器，以及与本文中书面说明一致的其它的固定器，虽然未显示为具体的实施方案。
图10A，10B，11，12A，12B，和12C中显示的例举性固定器可以各自称为“组合的一次性条”，或“组合条”，因为意欲将它们用作单一单元，所述单一单元配置成保持为执行样品制备所必需的全部试剂和贮器，并且因为将它们以条的形式布置。与本文中的描述一致的是，虽然预期多个贮器的其它几何排列，以便所述说明不局限于直线的、或条状的排列，但是可以包括圆形或格栅排列。
将包含在所述固定器中的一些试剂提供为液体，并且其它的可以提供为固体。在一些实施方案中，不同类型的容器或管用于储存来自储存固体的那些容器或管的液体。
所述固定器可以是一次性的，诸如设计用于单一应用，随后将它丢弃。
固定器一般由塑料诸如聚丙烯制成。所述塑料是这样的，以便它具有一些柔性以促进放置到支架中，如本文中所进一步描述。然而，塑料一般是刚性的，以便固定器不会在它的自重下显著下垂或弯曲并且在常规操作和运输期间不容易变形，并且因而不会容许试剂从它泄漏出。
固定器包括连接元件510，其具有一个或多个特征，如下。连接元件510用于将固定器的多个元件连接在一起。连接元件510具有上侧512以及，相对于所述上侧的下侧514。在图10B中，显示下侧514的视图，具有将连接元件边缘与多个插孔、处理管、和试剂管连接的多个支柱597。支柱597是任选的，并且可以全部或部分省略，或可以由使固定器维持在一起的其它零件部分或全部代替。
所述固定器配置成包括：固定到连接元件并且具有位于所述连接元件中的孔522的处理管520；至少一个插孔530，位于所述连接元件中，所述插孔配置成接受一次性的移液管吸头580；配置在连接元件的下侧的两个或多个试剂管540，每一试剂管具有位于连接元件中的入口孔542；和一个或多个贮器550，位于连接元件中，其中所述一个或多个贮器各自配置成接受从连接元件上侧512插入的互补容器诸如试剂管(未显示)。
固定器一般是这样的，以便所述连接元件、处理管、和两个或多个试剂管由单一部件制成，诸如聚丙烯的部件。
固定器也一般是这样的，以便至少所述处理管和所述两个或多个试剂管是半透明的。
一个或多个贮器550配置成接受试剂管，所述试剂管分别含有足够量的一种或多种典型地是固态，诸如冻干形式的试剂，用于进行从与固定器相联的样品提取核酸。贮器可以全部是相同尺寸和形状，或可以是相互不同的尺寸和形状。贮器550显示为具有开放的底部，但不限于这样的形态，并且可以是闭合的，不同于连接元件510上侧中的入口552。优选地，贮器550配置成接受在实验室分析领域通常使用的容器，或适合地配置供本文中固定器所用的容器。所述容器一般是与固定器分开储存的以促进样品操作，因为固体试剂通常需要不同于液体试剂的储存条件。特别是，许多固体试剂可以是非常水分敏感的。
含有不同试剂的搭锁式(snapped-in)试剂管可以是不同的颜色，或颜色编码的，用于被使用者容易地鉴别。例如，它们可以由不同颜色的材料制成，诸如着色塑料，或可以在它们之上具有一些种类的识别标签，诸如有色条纹或点。它们也可以具有印刷在侧面的标记，和/或可以在顶部上的密封层上具有标识符诸如条形码。
被贮器550接受的容器554可以备选地是固定器的集成部分并且可以是与废料室和/或试剂管相同类型的容器，或可以是与此不同的。
在一个实施方案中，配置在贮器550(例如，显示在图12A和12C中)的含有冻干试剂的容器554是0.3ml管，已经将其进一步配置成在它们的各自底部内表面具有星形图案(见图13A和13B)。这是这样的，当流体已经加入到冻干试剂(其在初始包装中是干的)时，在核酸提取过程期间，移液管吸头可以在所述管中降到最低点，并且仍能从所述管收回几乎全部流体，如图14所示。星形图案的设计进一步描述在本文中其它地方。
试剂管，诸如含有冻干试剂，可以被金属箔诸如铝箔密封在它们的顶部，没有塑料衬里层，如本文中所进一步描述。
实施方案501，502，和503被显示配置有废料室560，其在连接元件的上侧具有入口孔562。废料室560是任选的，并且，在它存在的实施方案中，被配置成接受用过的液体试剂。在其它实施方案中，其中它是不存在的，用过的液体试剂可以被传递到固定器以外的位置并且在所述位置被抛掉，诸如，例如，包含正在分析其含量的最初样品的样品管。废料室560显示为包括另外两个或多个试剂管540的组件的部分。应当理解，例如，为了制造方便起见，进行这样一种安排；废料室的其它定位是可以的，如这样的实施方案，其中废料室邻近试剂管，而不是经由与连接元件不同的方式连接到它。
固定器一般是这样的，以便连接元件、处理管、两个或多个试剂管，和废料室(如果存在)是由单一部件制成的，是由诸如聚丙烯的材料制成的。
实施方案501和503显示具有移液管套570。这是本文所描述的固定器的任选元件。它可以被永久地或可移动地固定到连接元件510，或可以形成例如模塑为所述固定器的单一部件组件的一部分。例如，图12C中固定器503的剖视图在可移动的移液管套570的上表面上显示柄状连接574，其与连接元件510的下侧514中互补的凹进部分或孔啮合。其它连接构造是可以的。当移液管吸头安置在至少一个插孔中时，移液管套570一般配置成围绕至少一个插孔和吸头以及移液管吸头的下部部分。在一些实施方案中，所述至少一个插孔包括四个插孔。在一些实施方案中，所述至少一个插孔包括两个，三个，五个，或六个插孔。
移液管套570一般被配置成具有底部576和配置在底部和连接元件之间的有壁部分578。移液管套570可以另外并且任选在壁578中或在底部576中具有一个或多个切断部分572。这样的切断提供移液管吸头的通气并且减少固定器制造中使用的材料总量。实施方案503具有没有这样的切断的移液管套。在实施方案501中，这样一种切断显示为所述套上部中的等腰三角形；一个类似形状的切断可以在套的相对侧中的相应位置发现，从图10A中的视图看是不明亮的。其它切断可以具有其它三角形形状，圆形的，椭圆形的，正方形的，长方形的，或其它多边形的或无规律的形状，并且可以在数目上是数个，诸如许多。移液管套570的壁578也可以具有筛目或框架状结构，其具有开孔或间隙。在具有移液管套的实施方案中，套的用途是从使用过的移液管吸头收集液滴，并且因此防止跨样品污染，所述跨样品污染来自在类似位置的一个固定器到另一个固定器的使用，和/或对于所述固定器位于其中的任何支撑支架的跨样品污染。然后，典型地，底部576是实心的和碗形的(凹面)以便液滴保持在它之内。没有移液管套的实施方案诸如502可以使用，例如，液滴盘或排水出口，适合地放置在位于一个或多个插孔中的移液管吸头之下，用于相同的用途。除收集液滴之外，当在一些液体处理步骤之前或之后，吸头被拾取和/或落下时，移液管吸头套防止或抑制其它试剂固定器的吸头-诸如在支架中邻近于目的一个定位的那些，如本文中进一步描述-免于相互接触。邻近的固定器中吸头之间的接触一般不被，例如，控制固定器上的样品处理平行的自动分配头所预期，但是长的移液管吸头可以容易地接触附近条中的吸头，条件是当落下所述吸头时角度稍微偏离垂直。
实施方案501，502，和503的固定器全部具有连接元件，所述连接元件是这样配置的，以便至少一个插孔，一个或多个贮器，和处理管的各自的孔，以及两个或多个试剂管，全部相对于彼此成直线排列(即，它们的中点位于相同轴上)。然而，本文中的固定器不局限于贮器、废料室、处理管、插孔、以及试剂管的特定构造。例如，如果一些孔相对于彼此交错并且占据“轴外的”位置，固定器可以制成更短的。多种贮器等也不需要相对于彼此占据相同位置，如图12A和12B中所示，其中配置处理管大约在接近固定器的中央，液体试剂储存在在处理管的一侧上安装的贮器中，并且保持固体试剂的贮器安装在所述处理管的另一侧上。因而，在图10A、10B、和11中，处理管是在连接元件的一端上，并且移液管套在另一端，在内部位置中，邻近于废料室和两个或多个试剂管。其它的配置是可以的，诸如将处理管安装在固定器的一端，将处理管邻近移液管吸头和移液管吸头套(如本文进一步所描述)安装，并且将废料管邻近所述处理管安装。应当理解，固定器的多个部分的备选构造仅引起形式变化，并且可以容纳在所描述的装置的其它变体内，包括但不限于用于液体分配移液管头、加热器组件、和磁性分离器的备选指令集，如本文所进一步描述。
处理管520还可以是搭锁式管，而不是集成部件的一部分。处理管520典型地用于在样品制备期间发生的多种混合和反应过程。例如，细胞溶解作用可以发生在处理管520中，这可以提取核酸。然后将处理管520有利地定位在总体上使涉及将液体传递到处理管520的移液管头移动操作最小化的位置。
试剂管540典型地配置成保持液体试剂，每管一种。例如，在实施方案501，502，和503中，显示分别含有洗涤缓冲液、释放缓冲液、和中和缓冲液的三个试剂管，将其每一个用于样品制备规程中。
保持液体或液体试剂的试剂管540可以用层压材料结构598密封。层压材料结构典型地具有热密封层，塑料层诸如聚丙烯层，和金属层诸如铝箔，其中热密封层邻近一个或多个试剂管。在用于含有液体试剂的贮器的层压材料中使用的另外的塑料膜典型地为了防止液体接触所述铝。
两个层压材料结构的实施方案，它们的层结构不同，显示在图15中。在两个实施方案中，当如此适用时，热密封层602，例如由绾带或具有低熔点的其它这样的聚合物制成，是在底部，邻近于固定器的顶部。塑料层604典型地在热密封层顶部上，并且典型地由聚丙烯制成，具有10-50微米范围内的厚度。金属层608典型地在塑料层顶部上，并且可以是用粘合剂层606结合到塑料层的铝箔层，如图15中第一实施方案，或可以是直接蒸发或溅散到塑料层上的位置中的金属层。相应层的例举性厚度显示在图15中，其中应当理解，高达2倍厚度的变体与本文中的技术一致。特别是，在一个实施方案中，铝箔是0.1-15微米厚，并且聚合物层是15-25微米厚。在另一个实施方案中，铝是0.1-1微米厚，并且聚合物层是25-30微米厚。
本文中配置的层压材料使更长期储存更容易，因为固定器包括密封冻干试剂以及密封在紧密邻近中的液体的存在，这通常是难以实现的。
在一个实施方案中，试剂管的顶部具有斜面的边缘以便当铝箔热结合到顶部时，塑料熔化物不在管边缘以外扩展。这是有利的，因为，如果塑料熔化物减小管的内径，则它将在操作期间导致影响移液管吸头。在其它实施方案中，凸起的平面部分599促进层压材料598的施用和除去。在连接元件上侧上的，并且围绕通向试剂管的入口孔和任选废料室的凸起表面599，是固定器的任选特征。
其中液体被移出的方式是这样的，以便穿过所述箔的移液管吸头撕穿，而不在移液管吸头周围产生密封，如图16中。在移液期间吸头周围的这样一种密封将是不利的，因为一定量的空气流对于移液操作是合乎需要的。在该情况下，没有产生密封，因为层压材料结构引起刺穿的箔停留在当它被刺穿时开初采用的位置中。图16中上面的五个版图解了从用层压材料密封的试剂管移出试剂，如本文所进一步描述。在A，移液管吸头在含有试剂707的试剂管上大约中央上定位。在B，将移液管吸头降低，通常可控地降低，到试剂管中，并且在如此进行中刺穿箔598。该区域的剖视图显示要在穿过试剂管的最宽部分与移液管吸头接触的刺穿的层压材料边缘。在C，将移液管吸头稍微收回，使所述吸头保持在试剂707的主体内。剖视图显示，刺穿的箔已经保持了当它被刺穿并且移液管吸头在试剂管之内向下延伸到它的最深位置时它采用的构造。在D，移液管吸头吸收试剂707，当越来越多的老年人经历这样的测试时，可能改变它的高度。在E，将移液管吸头从试剂管完全除去。
多种管和室的材料可以配置成具有至少内表面平滑度和表面涂层以减少DNA及其它大分子结合到此。DNA的结合是不希望的，这是由于减少的灵敏性，这可能导致没有收集在固定器表面上的DNA的随后的检测和分析。
处理管也可以具有低结合表面，并且容许磁性珠容易地在内壁上下滑动，而不粘合到它。而且，它具有疏水性表面涂层，可以降低流体静摩擦并且因此降低核酸及其它分子的结合。
在一些实施方案中，所述固定器包括记录元件诸如机械键。典型地，这样一种键是连接元件510的一部分。机械键确保固定器被互补元件接受在，例如，装置的支撑支架或接受隔室中，其控制对于固定器中试剂的移液操作。机械键通常是特定形状的切断(cutout)，其匹配接受装置的相应切断或凸出物。因而，实施方案501具有机械键592，其在连接元件的一端上包括一对长方形形状的切断。这个所示的特征另外提供接头，当将固定器插入到支架或另一个装置中并且除去时，通过所述接头使用者可以得到适合的柄(purchase)。实施方案501和502在连接元件510的另一端也具有机械键590。键590是成角度的切断，其容易将固定器插入到支架中，并且当邻接配置成接受固定器的凹进区域中的互补的成角度的切断时，在其中确保良好记录。当然，机械键的其它变体与本文中的描述一致：例如，弯曲的切断，或多种组合的凹口或凸出物全部将促进固定器的可靠记录。
在一些实施方案中，在图10A，10B，11，或12A-C中未显示，固定器还包括固定到连接元件的标识符。所述标识符可以是标记，诸如可书写的标记，条形码，2维条形码，或RFID标签。例如，标识符可以为了快速显示什么组合的试剂存在于固定器中，并且，因而，它需要什么类型的样品制备规程。标识符也可以表明，固定器制造的批次，用于质量控制或保持记录的用途。标识符也可以容许使用者将特定的固定器与特定的样品匹配。
也应当被认为是与本文中的描述一致的是，固定器另外可以配置成将样品接受诸如在样品管中。因而，本文中其它地方描述的实施方案中，支架以这样一种方式接受一定数目的样品管，和一定数目的相应固定器，所述方式是，样品管和固定器可以分开地并且独立地相互装载。然而，在其它实施方案中，固定器可以配置成还将样品接受，例如在样品管中。并且因而，将互补支架配置成接受一定数目的固定器，其中每个固定器具有样品以及试剂及其它物品。在这样一个实施方案中，配置所述固定器以便样品可用于样品鉴定检验器。
试剂盒
本文所描述的固定器可以提供在密封袋中，以减少空气和水分与固定器中的试剂进行接触的机会。这样一种密封袋可以含有本文所描述的一个或多个固定器，诸如2，4，6，8，10，12，16，20，或24个固定器。
还可以将固定器提供为用于进行样品制备的试剂盒的一部分，其中所述试剂盒包括含有本文所描述的一个或多个固定器的第一袋，每一固定器配置有用于例如溶胞、洗涤、和释放的液体试剂，和具有惰性气氛内部的第二袋，和含有冻干PCR试剂的一个或多个试剂管，如图17所示。这样的试剂盒还可以配置成提供多个样品的分析，并且含有足够的PCR试剂(或其它的扩增试剂，例如用于RT-PCR，转录介导扩增，链替代扩增，NASBA，解旋酶依赖的扩增，及本领域普通技术人员熟悉的其它，及本文所描述的其它)以处理这样的样品，和一定数目的单独固定器诸如2，4，6，8，10，12，16，20，或24个固定器。
试剂管
如本文中其它地方所参考，含有冻干试剂的容器554是0.3ml管，其已经在它们的相应底部内部表面上另外配置成具有星形状的或星形图案(见图13A和13B)。用于本文中用途的以及用于本文中没有描述的其它用途的其它的管，可以类似地配置。因而，例如，由星形状图案提供的益处还出现在含有直接从管中移液的液体样品的试剂管(以及出现在最初保持固体的那些管，所述固体在移液之前构成液态)。将受益于这样的星形状图案的其它尺寸的管具有例如0.1ml到0.65ml范围内的尺寸。
星形状图案确保，当流体从所述管取出时，移液管吸头可以在所述管中降至低点，并且仍能从所述管取出全部或几乎全部流体，如图14所示。这是重要的，因为，当用这样小的体积工作时，并且当靶DNA可能以非常少的拷贝存在时，由于移液不完全造成的样品损失将被最小化到每一可能的程度。
星形状图案的设计是重要的，特别是当用于回收临床样品中以非常小数量存在的DNA/RNA时。当在移液管降至管底部的情况下使用时，星形图案应当可以移取大部分液体(残留体积＜1微升)。另外，星形图案应该设计成使表面积以及尽头凹槽最小化，所述表面积和尽头凹槽趋向于具有两个不符合要求的效果-截留液体以及增加不符合要求的多核苷酸被吸附的保留。
现在描述图14，如下。图14具有一定数目的版，A-G，按顺序各自表示移液操作的阶段。在A，含有液体2211(诸如缓冲溶液)的移液管吸头2210，直接或大约定位在试剂管2200的中心上。所述管含有一定数目的冻干小球2212，并且被层2214诸如箔密封。所述箔可以热密封到所述管的顶部上。虽然层压材料层，如本文所进一步描述的，可以放置在试剂管上，典型地，铝箔层是足够的，其中管内容物是固体，例如，冻干的试剂。在一些实施方案中，试剂管的顶部具有斜面边缘以减少在管顶部上的箔的热密封期间管顶部边缘的扩张。所述管可以另外包括可识别的编码，诸如顶部上的1-D或2-D条形码。这样的编码可用于识别储存在其中的试剂组成，和/或用于制备其的批数目，和/或有效期限。编码可以用例如喷墨打印机或传输打印机印刷上。
显示管2200底部内表面上的星形图案2203。在B，降低移液管吸头，刺穿密封2214，并且引入到颗粒2212以上的位置中。在C，液体2211从移液管吸头排放到颗粒上，溶解所述颗粒，如在D所示。在颗粒完全溶解以后，形成溶液2218，将移液管吸头降低到它与星形图案2203接触的位置。在E，致使移液管吸头吸取溶液2218，并且在F，所述吸头可以任选将溶液向后排放到管中。可以依照要求重复步骤E和F以促进冻干成分溶解并混合到溶液中。在步骤G，在吸取与实际进入移液管吸头一样多的溶液2218以后，将移液管吸头从所述管收回。理想地，在G，100体积％的溶液2218被吸取进入到移液管吸头。在其它实施方案中，并且根据溶液2218的属性，吸取至少99体积％的溶液。在其它的实施方案中，吸取至少98％，至少97％，至少96％，至少95％，和至少90％按体积计的溶液。
星形或星形状图案的设计可以优化以使通过在达到最低点的移液管诸如p1000移液管和星形图案之间的间隙的液体流速最大化，并且进一步描述在2007年7月13日提出的美国临时专利申请序号60/959,437中，通过参考结合于此。应当理解，虽然本文中描述涉及一般在生物样品的样品制备中使用的移液管和移液管吸头，但是设计的原则和详细方面适用于其它类型的移液管和移液管吸头，并且可以如此适应。
图13A显示具有侧壁2201和底部2202的试剂管2200的横截面透视图。底部的内表面2204是可见的。星形状切断2203局部显示为三个在顶端的凹槽。
一般地，星形状图案作为管下部内表面上的凸起部分存在。因而，在试剂管制造期间，诸如通过注射模塑，塑模的外部部分是限定所述管的外部形状的空腔。所述管的内部形状由与所述外部部分塑模同心定位的塑模形成，并且具有从它的尖端铣出的星形状结构。因而，当液体塑料注入到塑模的两个部分之间的空间中时，星形状形成为所述管底部内表面上的凸起部分。
图13B中以平面图显示的例举性星形图案2203类似“船的轮”并且包括中心2209，在中心2209上居中的圆形环2207，和8个配置为径向凹槽2205的径向部分。每个凹槽在中心2209交会另一个凹槽，并且具有径向末端，也称为顶点(apex)或最高点(vertex)。星形图案2203具有8个凹槽，但是应当理解，具有更少或更大数目凹槽的星形图案，诸如3，4，6，10，或12，将与本文中的设计一致。星形的凹槽数目应当是与有效液体移液相容的最小值，并且还足够地间隔开，以便不截留在液体操作应用中使用的移液管吸头的任何一个吸头。
中心2209一般地与试剂管2200的底部几何中心符合地定位。所述管一般在横截面上是圆形的，所以识别它的中心(例如，在两个直径的交叉点)通常是简单的。中心2209可以比图13B中显示的更大，诸如可以是圆形切断或凸起部分，其在直径上超过由凹槽2205的交会点形成的区域。
环2207是星形状图案2203的任选特征。一般地，环2207在中心2209周围居中，并且一般地它还具有对应于移液管吸头下表面的尺寸。因而，当移液管吸头在试剂管2200底部“达到最低点”时，移液管吸头底部安放以与环2207接触。因而环2207优选是切断的或凹进的特征，这可以容纳移液管吸头并且帮助引导它在所述管的底部中央定位。在其它实施方案中，存在一个以上，诸如2，3，或4个同心环2207。
将星形图案配置成具有得到流体从试剂管进入适合定位的移液管吸头的最佳流速的尺寸。星形图案显示在图13B中，在直径上显著小于所述管在它的最宽点的直径。在多个实施方案中，星形图案的直径(从中心2209到凹槽2205顶点测量)可以是试剂管直径的5-20％，或试剂管直径的10-25％，或试剂管直径的15-30％，或试剂管直径的20-40％，或试剂管直径的25-50％，或试剂管直径的30-50％，或试剂管直径的40-60％，或试剂管直径的50-75％，或试剂管直径的65-90％。
因而凹槽2205被凸纹分开(占据邻近凹槽之间的空间)。在显示的实施方案中，凹槽比它们之间的间隙更窄(占据较小的径向角度)。在其它实施方案中，凹槽可以比它们之间的间隙成比例地更宽。在这样的实施方案中，可以更适合将它们描述为具有凸纹而不是凹槽。在其它实施方案中，将它们分开的凹槽和凸纹在距离中心的每个径向距离具有相等宽度。
形成星形顶点的凹槽可以在它们的下表面是圆形的，诸如在横截面上是半圆形的，但是一般是V-形的。它们也可以在横截面上是梯形的，诸如具有比底部更宽的上部，其是平面的，上部和底部由倾斜壁连接。
在一些实施方案中，为了容易制造，凹槽在所述管底部的相同水平上终止。因而，径向末端全部配置在圆形的圆周上。在其它实施方案中，凹槽不全部在相同水平上终止。例如，凹槽可以备选地在不同水平上终止，并且因而所述末端备选地配置在两个圆形的相应圆周上，所述两个圆形在空间上占据相互不同的平面。
凹槽2205在图13B中显示为具有相等长度(如从中心2209到顶点测量)。这不必如此。在备选实施方案中，凹槽可以具有相互不同的长度，例如，作为改变的凹槽上改变的长度，其中存在偶数的凹槽。而且，顶点可以是圆的，而不是突出的。
一般地，凹槽在宽度和深度上从中心2209均匀变细到每个相应的顶点。其它的构造仍是可能的，诸如一种凹槽，所述凹槽把恒定宽度或深度进行到特定的径向程度，诸如它的长度的30-60％，然后对着它的顶点变窄或变浅。备选地，凹槽可以在中心2209开始变窄，在接近它的长度中点变宽到最宽区域，然后对着它的顶点变窄。其它的可能性，不是本文所描述的，是与星形图案一致的。
在0.3ml管中，在它的最宽点的每个凹槽2205的宽度一般是大约50微米，并且所述宽度一般地从最宽点均匀变细，最接近于或在中心2209，达到顶点。
在0.3ml管中，凹槽在最深点的深度一般是大约25-50微米并且深度一般地从最深点逐渐减少，最接近于或在中心2209，达到顶点。
在0.3ml管中，由凹槽形成的星形半径，如从中心2209到顶点的最短距离测量，一般是大约0.5mm，但是可以是0.1-1mm，或0.3-2mm。
在另一个实施方案中，在0.3ml管中，凹槽应该是修圆的并且小于100微米深，或小于50微米深，或小于25微米深。
星形图案一般具有对称旋转轴，所述轴垂直于所述管底部并且通过中心2209配置，以便凹槽对称地配置在旋转轴周围。这意味着，对于n个凹槽，围绕中心的(转动的)轴的2π/n的旋转可以使每个凹槽与邻近它的凹槽符合。
图13B中显示的星形形状不是限制性的，因为它包括一定数目的放射状配置的凹槽2205，和任选的环状环2207。可以使用其它星形形状的几何形状，并且，取决于制造的容易性，可以是优选的。例如，可以简单地通过叠加两个或多个多边形产生星形，所述两个或多个多边形具有共同中心但是围绕所述中心轴相对于彼此转动地补偿。(见，例如在互联网站点mathworld.wolfram.com/StarPolygon.html描述的“星形多边形”。)产生星形形状图案的这样的备选方式在本文中是可使用的。
液体分配器
在多个实施方案中，使用本文所进一步描述的装置制备在随后诊断中使用的PCR-即用样品，可以包括下列步骤的一个或多个：将中和的多核苷酸样品与包括聚合酶和多个核苷酸的PCR试剂混合物接触(在一些实施方案中，PCR试剂混合物可以进一步地包括正控制质粒和对于至少一部分质粒是选择性的荧光杂交探针)；在一些实施方案中，PCR试剂混合物可以一个或多个冻干小球的形式存在，如储存在固定器上的贮器中，并且所述方法可以进一步包括将PCR小球与液体重构以产生PCR试剂混合物溶液。多个，诸如一个或多个，与上述步骤有关的液体传递操作可以通过自动移液管头实现。
供本文中装置使用的适合液体分配器包括：一个或多个传感器；多支管；与所述多支管流体连通的一个或多个泵；与所述多支管流体连通的一个或多个分配头；和从外部控制器接受电信号的电连接，其中所述液体分配器除了经过一个或多个泵以外，没有用于流体的入口或出口。
例举性液体分配器的横截面视图显示在图18中。将液体分配器配置成在两个或多个固定器上同时进行流体传递操作。如图18所示，液体分配器2105可以安装在具有三个平移自由度的台架上。另外的实施方案可以包括具有少于三个平移自由度的台架。安装方式可以通过机械紧固诸如一个或多个螺钉，如图18左手侧所示。适合的台架包括由编码步进电动机驱动的带驱动滑片的三个轴。台架滑片可以安装在结构角度铝或其它同等的材料的框架上，特别是金属或金属合金。对准x-和y-方向的滑片(分别地指向图18的平面之外和之内)促进台架分别在跨越一系列固定器和在沿着给定固定器的方向上的运动。
台架的z-轴可以与可变力的传感器相联，所述传感器可以配置成在吸头拾取和流体分配操作期间控制所述头的垂直运动程度。如图18中显示，例如，移液管头1803可以这样安装，以便针对所述头向上作用的力可以通过所述头和力传感器之间的相对运动传感。例如，当移液管头1803针对在它下面的支架中一次性的移液管用力时，传送向上的力引起头1803围绕枢轴位置2102扭转，引起定位螺钉2104对着力传感器挤压。随后，力传感器与至少控制液体分配器的垂直运动的处理器或控制器通信，以便，因此，当从力传感器接受适当的信号时，处理器或控制器可以发送指令以阻止液体分配器的垂直运动。本文中适合的例举性力传感器可以从Honeywell获得；它的说明显示在本文的附录中。图18中显示的力传感器机构是例举性的并且在上拾取(up pick up)和流体分配操作期间许多可能的机构的一种能控制所述头。例如，作为力传感器的备选方案，可以使用在与样品管或试剂固定器接触时传感一个或多个分配头垂直运动的中断的失速传感器。因此，如本领域普通技术人员所理解，本文所描述的液体分配器不局限于图18中显示的具体机构。
液体分配器还包括一定数目的独立弹起的头1803，其中每个头配置成从固定器中一个或多个移液管吸头接受移液管吸头。液体分配器可以进一步地配置成这样，以便两个头不从相同固定器接受移液管吸头。例如，图19A-C描绘四个独立弹起的头1803，但是应当理解所述分配器不局限于该数目。例如，其它数目包括2，3，5，6，8，10，或12。而且，显示独立弹起的头1803相互平行地排列，但是可以以其它排列配置。
液体分配器可以进一步包括计算机控制的泵2100，其连接到具有相关计算机控制的阀门的分布多支管1802。分布多支管1802可以包括一定数目的阀门，诸如配置成控制通过移液管吸头的空气流的螺线管阀门1801：在例举性实施方案中，存在两个用于每个移液管的阀门，和一个排放所述泵的另外的阀门。因而，对于具有四个移液管头的液体分配器，存在九个阀门。在另一个实施方案中，仅存在一个用于每个移液管的阀门，和排放所述泵的另外一个阀门。然而，分布多支管不局限于精确包括九个螺线管阀门。
液体分配器进一步配置成抽出或分配流体，连同分析或制备两个或多个样品的溶液。液体分配也配置成将液体分配到微观流体盒中。另外，液体分配器配置成在单一操作中接受或分配1.0ml或更少的流体量，诸如在10nl-1ml范围内的流体量。
液体分配器是这样配置的，以便泵2100将空气泵送进入和离开分布多支管。分布多支管包括在一个或多个阀门中均匀分布空气的微观流体网络。因而，通过控制空气经过多支管和多个阀门的流动，可以改变移液管吸头上的压力，以便液体吸取到移液管吸头中并且从移液管吸头排出，所述移液管吸头连接到相应的移液管头。以这种方法，没有必要经由空气软管供应空气到液体分配器。也不必要将液体管道提供到分配头。而且，来自所述固定器的液体试剂或液体样品不进入液体分配器包括多支管的任何部分。这方面减少来自将空气泡引入到样品或液体试剂的复杂化。分布多支管的例举性构造显示在图20中。
如多个图中所示，在z-轴上下移动的全部液体分配器是自包含的单元，其仅具有对于处理器或控制器的电连接，和对于台架的机械连接。液体分配器的三维平移运动可以由微处理器诸如处理器980控制。流体操作管道不与分配器关联。这设计可以简化仪器装配，使仪器污染和所述装置的不同操作情况之间的样品交叉污染最小化，增加泵送效率(最小的死体积)并且可以容易地维护和修复所述装置。该安排也可以容易提高分配装置中的特征，诸如单独的和独立的泵控制每个分配器，单独的移液管连接或除去，能够控制移液管的螺距(pitch)等。
所述装置的另一个方面涉及样品鉴别检验器，其配置成检验所述数目的含有核酸的样品的每一个的身份。这样的样品鉴别检验器可以是光学字符阅读器，条形码阅读器，或射频标签阅读器，或其它适合的阅读器，如对于本领域普通技术人员可获得的。样品鉴别检验器可以安装在所述台架上，或连接到液体分配器以便它与液体分配器一致移动。备选地，样品鉴别检验器可以独立地安装并且可以独立于液体分配器移动。在图21和22中，例如，样品鉴别检验器1701是连接到液体分配器的条形码阅读器。条形码扫描器1701的视场是非线性的，使它能够检测来自一次性的支架2302中条形码临床样品管2301的由镜子2300反射的光。条形码扫描器阅读临床样品管上的条形码，因而识别样品管的存在和细节。由于镜子的使用，扫描器被配置成阅读镜像形式的条形码(由此反射成正常形式)，或配置成阅读正常条形码的镜像并且经由计算机算法将所述镜像转化成未反射的形式。
样品鉴别检验器配置成将已经检测或阅读的标记细节通信到装置中的处理器或控制器，因此容许样品识别与诊断结果有关的信息及其它与样品制备有关的信息，并且提取和扩增其中的核酸。
在图23中，定位样品鉴别检验器以从微观流体盒阅读标记。
在某些实施方案中，液体分配器还可以包括一个或多个传感器2001(例如，红外传感器)，其每一个检测支架中移液管吸头的存在。在图24中，例如，红外传感器2001可以具有相对于它放置的红外发射器，并且一次性的移液管吸头2000的存在妨碍发射器和检测器之间的视线，由此可以测定移液管吸头的存在或不存在。将处理移液管垂直于移液管剥离器-调准板2003配置，如本文所进一步描述。
液体分配器还可以连同机动板运行，所述机动板配置成在将流体分配到微观流体盒内部期间剥离移液管并且调准移液管，如本文所进一步描述。
图25A和25B显示用于从如本文所进一步描述的液体分配器剥离移液管吸头的例举性装置。全部在相同螺距，将移液管吸头调准到固定器中相应的插孔之上(移液管吸头套上)。具有延长孔的金属板位于插孔上。移液管吸头通过延长孔部分方式向下插入到所述套中，并且金属板以这样一种方式向前移动，所述方式是移液管吸头被所述孔的延长部分夹住。当液体分配器向上移动时，移液管吸头变成与它们的相应头分开。当金属板随后移动回到它的初始位置时，移液管吸头保持在它们的相应插孔的位置。
加热器组件和磁性分离器
例举性加热器组件1401的加热器单元的横截面视图显示在图18中(右版)。加热器组件包括一个或多个独立可控制的加热器单元，每个包括一个加热块。在某些实施方案中，在加热器组件中存在2，3，4，5，6，8，10，12，16，20，24，25，30，32，36，40，48，或50个加热器单元。还有其它数目的加热器单元，诸如6至100之间任意数目，与本文中的描述一致。一个或多个加热块可以由单片金属或其它材料制成，或可以相互独立地制造并且相互独立安装或以一些方式相互连接。由此，术语加热器组件指的是加热器单元的集成，但是不需要加热器单元或它们的相应加热块直接或间接相互连接。加热器组件可以这样配置，以便每个加热器单元独立加热一个或多个处理管1402的每一个，例如通过使一个或多个加热块的每一个是独立可控制的，如本文所进一步描述。在图26的构造中，加热器组件包括一个或多个加热块1403，将其每一个配置成调准并且将热传递到处理管1402。使用条1408和一个或多个螺钉1407或其它粘合装置，每个加热块1403可以任选固定并且连接到装置的其余部分。该紧固机构不局限于这样一种构造。
虽然一个加热块1403的横截面视图显示在图26中，应当理解，这与具有相互平行调准的多个加热块一致，并且因此它们的几何中点全部位于单一线性轴上，虽然它没有如此限制在构造中。由此，一个或多个加热块可以成组地或、备选地、独立地定位在相互不同的高度，或可以成组地或备选地、独立地在图26中从左至右相对于彼此交错(右版)。另外，并且在其它实施方案中，加热块不相互平行地调准，但是以相对于彼此的角度配置，所述角度不是180°。而且，虽然图26中显示的加热块可以是尺寸相同的数个之一，但是与本文中技术相容的是，一个或多个加热块可以配置成接受并且加热不同尺寸的处理管。
图26中例举性加热块1403(右版)配置成具有部分围绕处理管1402的下部的内腔。在图26的加热块中，所述内腔在两侧围绕处理管1402的下部，而不是前侧(面向远离磁体1404)并且不是后侧(邻近于磁体1404)。在其它的实施方案中，加热块1403配置成在三个侧面围绕处理管1402的底部，包括前侧。与实现处理管1402的内容物的迅速和均匀加热的目标一致，加热块1403的其它构造是可以的。在某些实施方案中，将加热块成形以紧密符合处理管1402的形状以致增加在处理管加热期间与处理管接触的加热块表面积。由此，虽然显示例举性加热块1403具有圆锥的、曲线底部的空腔，其中固定互补的处理管，但是加热块1403的其它实施方案具有，例如，具有平底的圆柱状空腔。加热块1403的其它的实施方案可以具有成直线的内腔诸如将容纳比色杯。
而且，虽然加热块1403在图26中显示为L-形状，其辅助传送来自加热元件1501的热量并且辅助将一个或多个加热块固定到所述装置的其余部分，但是它不必需如此，如本文所进一步描述的。例如，在一些实施方案中，加热元件1501可以直接定位在处理管1402下面。
每个加热块1403配置成具有低的热质量，同时仍然保持高的结构完整性并且容许磁体容易地滑动经过加热块和处理管。低的热质量是有利的，因为它容许热量快速递送或分散，由此增加其中定位加热器组件的装置的加热和冷却效率。促进低热质量的因素包括加热快是由什么材料制造的，以及它采取的形状。加热块1403因此可以由这样的材料制成，如铝、银、金、和铜，及其合金，但是没有如此限制。
在一个实施方案中，加热块1403具有～10克的质量并且配置成加热体积在1.2ml和10μl之间的液体样品。对于1ml生物样品从室温加热到65℃可以在小于3分钟内实现，并且10μl的水性液体诸如释放缓冲液在小于2分钟内高达85℃(从50℃)。加热块1403可以在小于3分钟内从85℃冷却降到50℃。加热块1403可以配置成对于加热1ml样品具有温度均匀性为65±4℃，并且对于加热10μl释放缓冲液具有温度均匀性为85±3℃。这些范围是典型的，但是加热块可以适合地按比例缩放以便以比所描述的那些更慢和更快的速率加热其它体积的液体。所述技术的该方面是有助于通过液体处理步骤、溶胞用的迅速加热、DNA捕获和释放以及磁性分离的组合，实现多个样品的快速核酸提取的一个方面，如本文所进一步描述。
图26中未显示，加热器组件1401还可以任选包含在围绕加热块1403的外壳中。所述外壳可以配置成使足够的空气围绕处理管流动，并且以便不显著地抑制冷却速率。所述外壳可以在它和加热块之间具有间隙以促进冷却。所述外壳可以由塑料制成，但是没有如此限制。所述外壳一般地配置成对于使用者看来是美观的。
如图26中所示，加热器组件1401还可以包括一个或多个加热元件(例如，功率电阻器)1501，其每一个配置成热连接到加热块1403并且将热量分散到它。例如，在一个实施方案中，功率电阻器可以分散高达25瓦的功率。功率电阻器是有利的，因为它一般是加热元件的低成本的备选方案。其它现货供应的电子元件诸如功率晶体管也可以用于传感温度和加热。虽然显示加热元件1501放置在加热块1403的底部，但是应当理解，其它构造与本文所描述的组件一致，例如，加热元件1501可以放置在每个加热块1403的顶部或侧面，或直接位于处理管1402下面。在其它的实施方案中，加热元件具有其它形状并且在横截面上不是长方形的，但是可以是弯曲的，诸如球形或椭球形。另外，加热元件可以模塑或成型以便它紧密或大约符合处理管底部的形状。在图26中未显示，所述加热器组件还可以在加热元件1501和加热块1403之间包括界面材料(例如，Berquist q-垫，或热滑润脂)以便能够在元件和加热块之间良好热接触。
在图26中所示的实施方案中，加热器组件还包括一个或多个温度传感器1502，诸如电阻温度检测器，以传感每个加热块1403的相应温度。虽然显示温度传感器1502放置在加热块1403的底部，但是应当理解，其它构造与本文所描述的组件一致：例如，温度传感器可以放置在每个加热块1403的顶部或侧面，或更接近于处理管1402的底部，而不是如此接近以至于阻止其均匀加热。如图26的实施方案中所示，加热器组件还可以包括界面材料(例如，Berquist q-垫)1503，将其配置成能够在传感器1502和加热块1403之间良好热接触，因此保证精确阅读。
本文中的诊断或制备装置的某些实施方案具有一个以上如本文所进一步描述的加热器组件。例如，单一加热器组件可以配置成独立加热6或12个处理管，并且装置可以配置有两个或四个这样的加热器组件。
本文中公开内容进一步包括磁性分离器，配置成分离磁性颗粒，所述分离器包括：固定到支撑元件的一个或多个磁体；配置成以这样的方式移动支撑元件的机动机构，所述方式是一个或多个磁体沿着固定轴向后和向前移动，并且在至少一部分移动期间，所述一个或多个磁体保持紧密接近于含有溶液中的磁性颗粒的一个或多个贮器；和控制机动机构的控制电路。
本文中公开内容更进一步包括集成磁性分离器和加热器，包括：加热器组件，其中所述加热器组件包括多个独立可控制的加热器单元，每一个配置成接受和加热多个处理管的一个；固定到支撑元件的一个或多个磁体；配置成以这样一种方式移动支撑元件的机动机构，所述方式是，所述一个或多个磁体沿着固定轴向后和向前移动，并且在至少一部分移动期间，所述一个或多个磁体保持紧密接近于加热器组件中的一个或多个处理管，其中所述一个或多个处理管含有磁性颗粒；和控制机动机构并且控制加热器单元加热的控制电路。
一般地，一个或多个贮器的每一个是处理管，例如用于进行生物反应。在一些实施方案中，紧密接近可以限定为磁体具有远离处理管外表面的小于2mm的面，不与所述管接触。它可以更进一步限定成小于1mm的距离，而不与所述管接触，或在1和2mm距离之间。
一般地，所述磁性颗粒是能结合一个或多个生物分子诸如多核苷酸的微粒，珠，或微球。在溶液中分离所述颗粒，一般地包括将所述颗粒收集和浓缩，或聚集到一个或多个贮器内部的一个位置中。
例举性磁性分离器1400显示在图27中，配置成与加热器组件1401一起运行。磁性分离器1400配置成相对于所述一个或多个处理管1402移动一个或多个磁体。虽然图27中显示的磁体1404显示为长方形的部件，但是它在形状上不是如此限制的。而且，图27的构造与具有在全部加热块1403上延伸的单一磁体或具有一起运转并且调准以跨越加热块子集，例如，在支撑元件上共线调准的多个磁体一致。磁体1404可以由钕(例如，来自K&J Magnetics，Inc)制成，并且可以具有5,000-15,000高斯(Brmax)的磁性强度。磁体1404的磁极可以是这样排列的，以致一个磁极面向加热块1403并且另一个面向远离加热块。
另外，在图27中显示的实施方案中，磁体1404安装在支撑元件1505上，其可以使用机动轴1405沿着固定轴上下升高。所述固定轴可以是垂直的。在图27中显示的实施方案中，齿轮传动的排列1406能够使电动机1601垂直于轴1405放置，因此节省其中定位磁性分离器1400的装置中的空间。在其它的实施方案中，电动机放置在轴1405下面。应当理解，其它构造是与磁体相对于处理管移动一致的，包括，但不限于，从侧面到侧面移动磁体，或使磁体从上到下。电动机可以是计算机控制的以便以特定的速度运行；例如以引起在范围1-20mm/s的磁体垂直运动的转速。磁性分离器可以由此配置成沿着相同轴反复移动数次，例如，上下，从侧面到侧面，或向后和向前。在一些实施方案中，存在在机动控制下操作的一个以上的轴。至少第二轴的存在具有使分离器运动更平滑的效果。在一些实施方案中，支撑元件安放在一个以上的定向元件上，以保证支撑元件在运动时(除沿着轴的受控运动以外)不会，例如，倾斜、扭动、偏转，或经历其它内部运动并且因此降低分离功效。
所述支撑元件还可以配置成在远离所述一个或多个贮器定位的第一位置和紧密接近于所述一个或多个贮器定位的第二位置之间移动磁体，并且还配置成以围绕所述第二位置的振幅移动，其中所述振幅小于沿着所述轴测量时所述第一位置和所述第二位置之间的距离。
图26和27中显示，加热器组件1401和磁性分离器1400可以通过诸如印制电路板1409上的电子电路控制。电子电路1409可以配置成使加热器组件1401将热量独立施加到处理管1402以使加热和传感成本最小化。它还可以配置成引起磁性分离器1400相对于处理管1402反复移动。电子电路1409可以集成到单一印制电路板(PCB)中。在装配期间，塑料引导片可以帮助保持单独加热块1403之间的一些间距。该设计可以受益于使用现货供应的电子仪器以控制加热块1403的定制排列。
图26和27中未显示，为了下面的亚组件的保护和美观，外壳可以覆盖磁性分离器1400和加热器组件1401。外壳还可以设计成保持加热块1403相互远离间隔以保证加热和冷却的效率。磁性分离器和加热器组件可以，备选地，被单独的外壳封闭。一个或多个外壳可以由塑料制成。
有利地，加热器组件和磁性分离器一起运行以容许连续的加热和分离操作在一个或多个处理管中的液体材料上进行，而不将液体材料或处理管输送到不同位置以执行加热或分离。这样的操作也是有利的，因为它意味着加热和分离功能虽然相互独立，但是都使用在样品制备中，可以用紧凑的和有效的装置进行。
盒自动装载器
供微观流体盒所用的PCR扩增-检测系统2900的例举性实施方案显示在图28中。系统2900使多个含有核酸的样品上的PCR过程平行地执行并且自动化。系统2900包括用于未使用的微观流体盒的存放处2907，盒自动装载器，用于微观流体盒的接受隔室，检测器，和配置成接受使用过的微观流体盒的废料盘2903。在一个实施方案中，盒自动装载器包括盒包装2901，和盒推进器2904。
为了说明目的，系统2900是这样配置的，以便微观流体盒在一个平面上并且以直线方式从存放处移动到接受隔室，到废料箱，但它不必如此排列。例如，废弃盒箱2903可以正交地或其任何角度调准接受隔室，诸如配置在它后面。备选地，每个元件(盒自动装载器2901，接受隔室2902，和废弃盒箱2903)可以以阶梯状态方式配置，其中盒包装2901是在与微观流体PCR扩增-检测系统2902相比相同的，更高的或更低的水平上，并且微观流体PCR扩增-检测系统2902是在与废弃盒箱2903相比相同的，更高的或更低的水平上。另一个构造可以是，三个元件的每一个不是线性排列的，而是以相互成角度地，虽然在相同平面之内。
图28图解在接受隔室平面下方的盒包装2901和废弃盒箱2903，和在所述平面上方的检测系统2908。该构造是例举性的并且应当理解在其它实施方案中这些元件可以定位在所述平面上方或下方。
图29图解未使用的微观流体盒所用的存放处。所述存放处可以配置成接受一定数目的独立堆叠和独立装载的盒，或可以配置成接受盒的包装。例举性的盒包装具有24个盒。存放处可以由任何材料的罩2910组成，其可以是或可以不是透明的。例如它可以由金属或塑料制成。盒包装2901不局限于二十四个盒106/包装，但是可以含有从2到100的任何数目。例如，其它数目诸如2，4，8，10，12，16，20，30，36，40，48，50，或64是可能数目的盒106/包装。类似地，存放处可以配置成接受那些数目的盒，当独立堆叠时。在一个实施方案中，如在图29中，每个盒2906，独立堆叠的，位于从罩2910伸出的突出部分2911上。然而，其它构造是可能的。例如，盒2906可以停留在罩2910的内表面内形成的凹槽上。而且，盒包装2901可能不需要处于罩2910中。盒包装2901可以本身包括必要的连接以可靠地结合到所述装置以装载所述盒2906。
图30是当样品装载在包装中的最上面的盒中时，存放处中盒包装2901的例举性初始装载位置的说明。图30显示在平面下方的盒包装2901，其含有盒推进器。在其它实施方案中，盒包装2901可以在盒推进器的平面之上，其中所述推进器将最低的盒从固定器推出；或部分在固定器2920之上并且部分在固定器2920之下，其中盒推进器将盒从盒包装2901的中央推进。在显示的实施方案中，将最上面的盒106沿着两个导轨2905推进。备选地，可以存在更多或更少的导轨(诸如一或三个)或根本没有导轨，只要可以使盒2906移动到其它所需的位置。
例举性盒推进器2904显示在图31中。盒推进器2904将盒2906沿着导轨2905推进，其容许盒2906被步进电动机2930的机构移动到预校准的位置。然而，应当理解，输送盒2906的机构不局限于步进电动机2930并且由此其它机构也与本文所描述的盒推进器2904一致。
图32显示用过的盒2906，其在PCR过程已经完成以后已经被盒推进器2904推进到废弃盒箱2903中。实施方案显示有凸缘的柄2940，其促进容易的操作，诸如清空，箱2903。然而，应当理解，柄2904不局限于显示的形式和形状。
多个PCR过程实现之前和之后的例举性盒包装2901显示在图33中。在盒推进器2904将盒2906推出盒包装2901以后，在盒包装底部的弹簧2950对着盒堆叠的下表面推进并且使最上面的盒可以为样品注射所用。弹簧2950不在数目或类型上限制。由此，虽然显示单螺旋状或盘绕的弹簧，但是它与本文中的描述一致，即，可以使用一个以上的螺旋状或盘绕弹簧，诸如2，3，或4，而且备选地，可以使用弹性金属条，或数个条。备选地，用于迫使所述盒向上的另一个机构可以是展开的，可以利用诸如风力的、液压的、或可臌胀的增压容器。
应当注意，本文所进一步描述的微观流体盒，所述微观流体盒沿着它们的边缘具有凸起的凸缘以容许容易堆叠和/或储存在包装或自动装载器中，是特别有利的，因为凸起的凸缘也将刚度引入到所述盒中，并且在储存和运输期间帮助保持一个盒上的流体入口远离另一个盒上的流体入口。凸起区域，其不必仅是沿着盒每个边缘的凸缘，也帮助使一个盒下表面和另一个盒的上表面之间的摩擦最小化。
接受盒的隔室
现有技术涉及用于扩增并且在来自生物样品的核苷酸上进行诊断分析的装置和相关方法。装置被配置成在平行地含有多个样品通道的一次性的微观流体盒上起作用，并且包括可以再使用的仪器平台，其可以盒上操作时启动，可以在每一通道中独立地、全部同时地、或同时分组地检测并且分析PCR扩增产物，并且任选地，可以在图示的用户界面上显示结果。
图34显示含有多个样品通道的例举性盒200的透视图，和含有用于从盒200阅读信号的检测装置的例举性阅读头300。图34中也显示，盘110，任选地，在将盒插入在接受隔室之前，盘110可以容纳盒200。本文所描述的装置能够在盒200中一定数目样品上同时进行实时PCR。优选数目的样品是12个样品，如用例举性盒200所图解，虽然其它数目诸如4，8，10，16，20，24，25，30，32，36，40，和48个样品在本说明书的范围之内。在所述装置的优选操作中，PCR-即用的含有样品和，任选地，一个或多个分析物特异性试剂(ASR的)的溶液，使用装置的其它元件，如本文所进一步描述，之后引入到盒200中。
在一些实施方案中，装置包括配置成选择性接受微观流体盒的隔室；热耦联(thermally couple)到所述隔室的至少一个热源；并且耦联到如本文所进一步描述的处理器，其中所述热源配置成加热所述盒中的单独样品通道，并且处理器配置成控制对于单独样品通道的热量施加，独立地，全部同时地，或同时分组地。
在一些实施方案中，装置还包括配置成在一个或多个单独样品通道中的样品中检测多核苷酸(核酸)的至少一个检测器，独立地或同时地；其中所述处理器耦联到所述检测器以控制检测器并且从检测器接受信号。
隔室可以是配置成选择性接受微观流体盒的装置的一部分。例如，隔室和微观流体盒可以在形状上是互补的以便例如以单一取向选择性接受微观流体盒。例如，所述微观流体盒可以具有配合到所述隔室的互补特征中的记录元件。记录元件可以是，例如，盒边缘上的切断，诸如被切去的角，或在一个或多个侧面上制造的一个或多个喷嘴。通过选择性接受所述盒，隔室可以帮助使用者放置所述盒以便所述装置可以在所述盒上适当地运行。以这种方法，可以实现盒的无误差调准。而且，所述盒可以设计成稍微小于接受隔室大约200-300微米，为了所述盒的容易放置和除去。所述装置还可以包括配置成传感微观流体盒是否被选择性接受的传感器。
所述隔室还可以配置成这样的，以便可以在微观流体盒上运行的装置的多个元件(热源，检测器，力元件，等)被定位以便在微观流体盒上正确运行。例如，接触热源可以定位在所述隔室中，以便它可以在微观流体盒热耦联到个别位置，所述微观流体盒被选择性接受在接受隔室中。
备选地，连同加热器构件中的微加热器与相应的需要热量的微型元件(诸如阀门，泵，门，反应室等)的调准，微加热器可以设计成比需要热量的微观流体元件稍微更大，以便即使所述盒可以偏离加热器的中心，单独元件仍然可以有效地起作用。
检测器300可以是，例如，光学检测器，如本文所进一步描述。例如，所述检测器可以包括在荧光染料的吸收谱带选择性发射光的光源，和在荧光染料的发射谱带选择性检测光的光检测器，其中所述荧光染料对应于荧光多核苷酸探针或其片段。备选地，例如，光学检测器可以包括在荧光染料的吸收谱带选择性发射光的带通滤波二极管和在荧光染料的发射谱带选择性检测光的带通滤波光电二极管；或例如，所述光学检测器可以配置成独立检测具有不同荧光发射光谱的多个荧光染料，其中每个荧光染料对应于荧光多核苷酸探针或其片段；或例如，所述光学检测器可以配置成在微观流体盒的多个不同位置上独立检测多个荧光染料，其中每个荧光染料对应于不同样品中的荧光多核苷酸探针或其片段。
热源可以是，例如，诸如电阻加热器或电阻加热器网络的热源，诸如液体填充的热传递电路或热电元件的可逆热源，诸如氙灯的辐射热源等。
在优选实施方案中，至少一个热源可以是选自电阻加热器(或其网络)，散热器，流体热交换器和珀尔帖装置的接触热源。接触热源可以配置在接受隔室以便热耦联到所述隔室中接受的微观流体盒的一个或多个个别位置，其中所述不同位置是选择性加热的。可以包括至少一个另外的接触热源，其中所述接触热源各自配置在要被独立热耦联到隔室中接受的微观流体盒中不同的个别位置的隔室，其中所述个别位置是独立加热的。接触热源可以配置成与隔室中接受的微观流体盒的个别位置直接物理接触。在多个实施方案中，每个接触源加热器可以配置成加热个别位置，所述个别位置在2维上具有约1毫米(mm)到约15mm(一般地是约1mm到约10mm)的平均直径，或加热个别位置，所述个别位置具有约1mm2至约225mm2(一般是约1mm2至约100mm2，或在一些实施方案中，约5mm2至约50mm2)的表面积。
在多个实施方案中，至少一个热源可以是辐射热源，所述辐射热源配置成直接加热到接受隔室中接受的微观流体盒的个别位置。
在多个实施方案中，所述装置包括一个或多个力元件，所述力元件被配置成施加力以便将至少一个热源热耦联到隔室中接受的微观流体盒的至少一部分。一个或多个力元件可以配置成在微观流体盒运行机械元件。至少一个力元件可以是人工运行的。至少一个力元件可以在接受隔室机械耦联到盖子，其中盖子的操作运行所述力元件。
在多个实施方案中，由一个或多个力元件施加的力可以在接受隔室的一部分和微观流体盒的一部分之间的界面产生约1psi的平均压力。对于确保在加热器片和微观流体盒中的PCR反应器以及微阀门之间一致的热接触，力的施加是重要的。
在多个实施方案中，所述装置可以在接受隔室进一步包括盖子，所述盖子是可操作的，以便从所述隔室至少部分地排除环境光。所述盖子可以是，例如，滑动的盖子。所述盖子可以包括光学检测器。在隔室的盖子的主要表面可以从平面性改变小于约100微米，例如小于约25微米。所述盖子可以配置成是从所述装置可移动的。所述盖子可以包括闭锁元件，其确保在扩增反应应用于盒中样品以前，所述盖子可靠地关闭。
图35显示本文所描述的装置的一部分的示意性横截面视图，显示样品经由结合到自动分配头的移液管吸头10(诸如一次性的移液管)以及入口202输入到盒200中。虽然未显示，存在与要输入到盒200中的样品一样多的入口202。入口202优选配置成接受移液管或PCR管的底端，并且因此在最少废料和最少空气引入的情况下接受用于分析的样品。盒200配置在加热器基层400顶部上并且与加热器基层400接触。阅读头300定位在盒200之上并且用于光学器件的覆盖物310限制可以被阅读头检测的环境光的量。
在多个实施方案中，本文所描述的系统可以包括微观流体盒和诊断装置两者。
微观流体盒
本发明技术的一个方面涉及微观流体盒，所述微观流体盒包括第一、第二、和第三层，其一起限定多个微观流体网络，每个网络具有配置成在样品上进行PCR的多个元件，所述样品具有将要被测定其存在的一种或多种多核苷酸。所述盒包括平行的一个或多个样品通道，其中每个通道独立地与同时处理的给定样品相联，并且每个通道含有独立配置的微观流体网络。具有这样的结构的例举性盒显示在图36中。这样的盒制造简单，并且容许浓缩反应体积(～4μl)中的PCR并且能够迅速热循环，以～20秒/循环。
虽然可以在具有可比较的性能和制造容易性的盒中发现其它层，但是本文中的盒包括在它们的结构上仅具有三层的实施方案：具有上侧和相对的下侧的基层，其中所述基层包括具有多个样品通道的微观流体网络；连接到下侧的层压材料以密封微观流体网络的元件，并且在微观流体网络中的专用加热元件和元件之间提供有效的传热层；和标记，所述标记连接到上侧，所述上侧也覆盖并且密封制造过程中为了装载微观流体元件诸如阀门而使用的孔。因而，本文中的实施方案包括由三个层，基层、层压材料、和标记组成的微观流体盒，尽管除层以外的其它、另外的特征可以与这样的特性相容。本文中的实施方案还包括基本上由三个层，基层、层压材料、和标记组成的微观流体盒，虽然除层以外的其它、另外的特征可以与这样的特性一致。而且，本文中的实施方案更进一步包括包括三个层，基层，层压材料，和标记的微观流体盒。
微观流体网络可以包括，以流体连通方式，选自由下列组成的组的一个或多个元件：闸门(gate)，诸如热启动阀门的阀门，通道，排放口，和反应室。例举性微观流体网络的特定元件进一步地描述于本文中其它地方。所述盒一般通过增加待测定的多核苷酸浓度而处理样品。
样品通道是一组元件，可独立于另一个样品通道中的那些控制的，根据本文所描述的方法通过其可以接受并分析样品。通道包括至少一个样品入口，和微观流体元件，如本文关于微观流体盒所进一步描述的。在一些实施方案中，每个微观流体网络另外包括溢流储器以含有分配到所述盒中的额外液体。
在多个实施方案中，通道可以包括样品入口，第一热启动的阀门，第二热启动的阀门，PCR反应室，和经由第一阀门将入口连接到PCR反应室的通道，以及经由第二阀门将PCR反应室连接到出口排放口的通道。样品入口阀门可以配置成在与环境压力相比约100到5000Pa的压力差接受一定量的样品。应当注意，装载压力越低，反应混合物的等分部分填充微观流体网络的填充时间越长。施加更大压力将减少填充时间，但是如果用于施加压力的时间不正确测定，则样品可能通过微观流体盒喷出(如果末端疏水排放口不存在)。因此，用于施加压力的时间应当被适当地测定，诸如通过本领域普通技术人员可获得的方法，以防止未充满或过充满。通常，填充时间与溶液粘度成反比。例如，图37显示含有能独立(同时或顺序地)处理样品的12个独立样品通道的微观流体盒。
每个通道中的微观流体网络一般配置成在PCR-即用的样品上进行PCR，所述样品诸如使用如本文所进一步描述的装置的其它方面含有从原始生物样品提取的核酸(DNA或RNA)的样品。因而，PCR-即用样品一般是包括一种或多种PCR试剂和中和的多核苷酸样品的混合物，适合于进行从中和的多核苷酸样品产生PCR扩增子的热循环条件。例如，PCR-即用样品可以包括PCR试剂混合物，其包括聚合酶，阳性对照质粒，对于质粒的至少一部分和多个核苷酸是选择性的荧光杂交探针，和对于多核苷酸序列是选择性的至少一个探针。
一般地，微观流体网络是这样配置的，以便样品微滴从入口传递到第二阀门所需的时间小于样品移动直到出口排放口所需时间的50％。一般地，将微观流体网络设计成在两个阀门下游具有增加的流动阻力，与从第一阀门填充到网络末端排放口所需的量相比，不增加微观流体网络的总体积。
图38A显示根据本发明技术的例举性微观流体盒200的一部分的透视图。所述盒可以称为具有专用移液管入口202的多通道PCR盒。图38A中显示的是盒200的多个典型元件。例如，样品入口202配置成接受注射器，移液管，或含有PCR即用样品的PCR管。显示多于一个的入口202，其中一个入口连同单一通道操作。每个通道中的微观流体管路的多个元件也是可见的。例如，微阀门204，和206，和排放口208，是给定通道中的微观流体管路的部分。还显示了超快PCR反应器210，如本文所进一步描述，这是足够长的微观流体通道以容许PCR在样品中发生。在PCR反应器210之上的是窗口212，当检测器位于窗口212上方时，所述窗口212容许PCR反应器210中的光学检测，诸如来自荧光物质的荧光检测，所述荧光物质诸如荧光杂交探针。
将多通道盒配置成接受一定数目的样品，在特定实施方案中是12个样品，其中所述样品包括至少一个第一样品和至少一个第二样品，其中所述第一样品和所述第二样品各自含有适于扩增形式的一种或多种多核苷酸。在盒的不同通道中，所述的多核苷酸可以相互相同或不同。多样品盒包括至少一个第一微观流体网络和至少一个第二微观流体网络，它们相互邻近，其中第一微观流体网络和第二微观流体网络的每一个如本文中其它地方所描述，并且其中所述第一微观流体网络接受第一样品，并且其中所述第二微观流体网络接受第二样品。
邻近通道的的样品入口适当地相互间隔开，以防止当使用者将样品引入到任何一个盒中时，一个样品入口的来自另一个样品的任何污染。在一些实施方案中，将样品入口如此配置以便防止在一个样品已经被引入到所述通道中以后，将后来的样品因为疏忽引入到给定的通道。
在一些实施方案中，多样品盒具有与本领域中常规使用的96-孔板基本上相同的尺寸。有利地，然后，所述盒可以与本领域其它地方使用的板处理器一起使用。然而，更加优选地，设计多样品盒以便样品入口质心之间的间距是9mm，这是工业认定的标准。这意味着，在某些实施方案中，从PCR管接受样品的盒的入口孔之间的中心到中心的距离，如本文所进一步描述的，是9mm。将入口孔制成具有适当圆锥角度的截头圆锥体形状，以便工业标准的移液管吸头(2μl，20μl，200μl，体积，等)紧密地配合，从入口的最宽点进入。因而，在某些实施方案中，入口包括至少1mm高的反转截头圆锥体结构，并且在它的接受移液管吸头进入的最宽点具有1-5mm的直径。本文中的装置可以是顺应的以适合其它的随后出现的未在本文中另外描述的移液管吸头的工业标准。一般地，经由入口接受进入样品通道中的微观流体网络的样品体积是1-20μl，并且可以是3-5μl。在入口孔的锥体之内，入口孔可以设计成紧密配合移液管吸头并且围绕移液管吸头产生良好密封。然而，将锥体设计成这样，以便密封是可逆的，因为如果密封太紧，以至于在分配操作以后当移液管吸头被提升时，所述盒可以远离它的盘或接受隔室中的位置拉出，这是不合要求的。
图37显示具有12个通道的例举性微观流体盒的平面图。入口端口具有6mm间距，以便，当与具有4个头的自动样品装载器一同使用时，等距离间隔开9mm，可以以三批每批4个入口装载所述入口：例如，入口1，4，7，和10一起，接着是2，5，8，和11，然后最终是3，6，9，和12，其中所述12个入口是从盒的一侧到另一侧顺序编号的。
图39A显示在诸如图38A和38B中显示的多通道盒的一个通道中发现的典型微观流体管路的平面图。图39B显示在诸如图36中显示的多通道盒的一个通道中发现的另一个典型微观流体管路另一个平面图(左版)，并且显示管路通过盒结构如何是可见的(右版)。微观流体网络的其它构造将与本文所描述的盒和装置的功能一致。按顺序，将样品通过液体入口202引入，并且任选流动进入气泡去除排放通道208(其容许在进入期间被引入到样品中的偶生气泡逃逸)，并且沿着通道216继续。一般地，当使用液体样品的自动机械分配器时，体积分配得足够精确，以致气泡形成不是一个显著的问题，并且排放通道208的存在不是必要的。
在盒200的全部操作中，流体被作为微滴操作(未显示在图39A，B中)。阀门204和206在图39A中显示为双阀门，在它们定位其中的通道的任一侧具有热响应材料(也称为温度响应物质)源。然而，阀门204和206的任何一个或两者可以是仅在相应通道的一侧具有热响应材料源的单阀门。阀门204和206最初是开启的，以便含有样品的流体微滴可以从入口孔202泵送到PCR反应器210中。在处理开始时，存在于PCR反应器顶部上的检测器检验PCR反应器中液体的存在，然后关闭阀门204和206，在任何一侧从所述通道分离PCR反应混合物。
PCR反应器210是通过一系列循环加热的微观流体通道以便进行样品中核苷酸的扩增，如本文所进一步描述。一般地，PCR反应器具有3-5μl特别是4μl的体积。PCR反应器中通道的内壁在制造期间制造得非常平滑并且抛光到光亮的精整度(例如，使用选自SPI A1，SPI A2，SPI A3，SPIb1，或SPI B2的抛光)。这是为了将截留在PCR反应器表面的任何显微可见的空气最小化，其将在热循环步骤期间引起起泡。气泡特别是在PCR反应器的检测区域中的存在可以引起PCR反应的误读。而且，将PCR反应器210制成浅的，以致跨越通道深度的温度梯度最小化。在PCR反应器210上的盒212的区域容许检测器监控反应进程并且也检测来自结合到一定量扩增核苷酸的探针的荧光。区域212由比盒的其余部分更薄的材料制成，以便容许PCR反应器对于加热循环是更加反应性的(例如，在适合于变性和退火步骤的温度之间快速加热和冷却)，并且以至于减少眩光，自发荧光，和荧光的过度吸收。在热循环之前，阀门204和206两者都是关闭的，以防止液体的任何蒸发，气泡产生，或来自PCR反应器的流体运动。
末端排放口214防止使用者将任何过量的液体引入到微观流体盒中，以及起到限制任何样品泄漏到所述盒的不希望部分的作用。使用者可以输入小到填充气泡去除排放口到PCR反应器中央的量，或直到阀门204或阀门204以外的量的样品体积。微阀门的使用防止液体或蒸汽两者的损失，因此甚至使部分填充的反应器能够成功完成PCR热循环反应。施加压力(诸如～1psi)使盒接触到仪器的加热器，帮助实现加热器和盒的热接受部分之间更好的热接触，并且也防止底部层压材料结构膨胀，这将在PCR通道部分充满液体的条件下发生，并且截留的空气将在热循环期间热膨胀。
在多种实施方案中，微观流体网络可以任选包括附加到末端排放口的至少一个疏水性排放口。
在PCR已经在样品上进行以后，并且已经确定了目的多核苷酸存在或不存在，优选的是，扩增的样品保持在盒上，并且所述盒或者再次使用(如果一个或多个通道保持开放)，或抛掉。如果使用者希望运行扩增后的分析，诸如凝胶电泳，使用者可以通过盒的层压材料钻穿一个孔，并且回收一般约1.5微升量的PCR产物。使用者也可以将单独的PCR通道放置在特殊的窄加热板上，保持在熔化阀门中的蜡的温度，然后将反应样品从所述PCR通道的入口孔抽出。
在多个实施方案中，微观流体网络可以任选包括至少一个配置成含有废料的储器。
在多个实施方案中，所述微观流体盒可以进一步包括标记，诸如计算机-可读的或可扫描的标记。例如，标记可以是条形码，射频标签，或一个或多个计算机可读的或光学可扫描的特征。所述标记可以这样定位，以致它可以通过本文所进一步描述的样品鉴别检验器阅读。
在多个实施方案中，在运输和储存期间，微观流体盒可以进一步地被密封袋围绕。微观流体盒可以密封在含有惰性气体的袋中。微观流体盒可以是一次性的。
微观流体盒200可以依照要求制作。一般地，微观流体盒层包括一层具有压力敏感粘合剂的聚丙烯或其它塑料标记(一般约50至150微米厚)，其配置成密封所述阀门的装载蜡的孔，截留用于阀门启动的空气，并且用作操作者标记的位置。该层可以是两个单独片的形式，虽然本领域普通技术人员应当理解，在许多实施方案中，单片层将是合适的。
微观流体基层层，一般是从塑料中注射成型的，优选zeonor塑料(环状烯烃聚合物)，在第一侧上具有PCR通道和阀门通道，并且在第二侧(对着所述标记配置)上具有排放通道和多个入口孔，包括装载蜡的孔和液体入口孔。一般地，微观流体网络的全部一起，包括PCR反应器，用于分离PCR反应室的入口孔和阀门，限定在单基层中。基层由在基层和盒上赋予刚性并且对于空气或液体是非渗透性的材料制成，以便在盒操作期间的空气或液体的进入或离开仅可能通过所述入口或排放口。
盒200的通道中的微观流体网络的通道一般具有至少1亚毫米的横截面尺寸。例如，这样的网络的通道可以具有约1mm或更小(例如，约750微米或更小，约500微米或更小，约250微米或更小)的宽度和/或深度。
所述盒可以进一步包括使用，例如，热结合，压力结合，或其组合而连接到微观流体基层底面的可热密封的层压材料层222(一般地，约100至约125微米厚)。层压材料层222也可以由仅在一侧上具有粘合剂涂层的材料制成，所述侧面是接触微观流体基层下侧的侧面。该层可以由具有粘合剂420的层的单涂层带制成，其由3M制造。例举性的带包括具有产品号9783，9795，和9795B的双侧带的单侧变体，并且可以从3M获得。其它可接受的层可以包括基于微胶囊基粘合剂的带。
使用中，盒200一般与热源阵列热连接，所述热源配置成运行所述装置的元件(例如，阀门，闸门，和处理区域210)。在一些实施方案中，热源是通过操作系统运行的，所述操作系统在使用期间运行所述装置。操作系统包括处理器(例如，计算机)，其根据所需的规程配置成驱动所述热源。配置成运行微观流体装置的处理器描述在，例如，2001年3月28日提出的美国申请号09/819,105，其申请通过参考结合于此。
表1概述了与微观流体盒的多个元件有关的体积，泵压力，和操作时间。
表1
  操作   泵压力   排出体积   操作时间   混合排出   ～2psi   10-25μl   1-2分钟   移动阀门蜡塞   ～1-2psi   ＜1μl   5-15秒   操作   使用的泵   泵设计   泵启动   混合排出   Expancel泵   同上   同上   移动阀门蜡塞   热气动泵   1μl的截留空气   将截留的空气加热到  ～70-90C
在一些实施方案中，微观流体盒还包括记录元件，其确保所述盒以单一取向被互补的诊断装置接受，例如，在装置的接受隔室中。记录元件可以是来自盒的边缘或边角的简单的切断(如图38A所示)，或可以是一系列凹口，或需要在装置中放置的独特取向的一些其它形状构造。
在一些实施方案中，微观流体盒包括两个或多个定位元件，或基准，在用热响应材料填充阀门时使用。定位元件可以位于基层上，一般地在其顶面上。
微观流体盒也可以是可堆叠的，例如为了容易储存或运输，或可以配置成被装载装置接受，如本文所进一步描述，其将多个盒保持相互紧密接近，但是不接触。为了实现这两个特征的任何一个，基层可以包括两个凸纹，每一个沿着所述盒两个相对边缘的每一个定位，所述凸纹配置在基层上表面上。因而，在盒具有矩形特征的情况下(忽略任何记录元件或机械键)，两个凸纹可以沿着所述盒的长侧或沿着短侧定位。
阀门
阀门是通常具有开放状态的微观流体元件，其容许材料沿着通道从阀门一侧上的位置(例如，阀门的上游)到所述阀门另一侧上位置(例如阀门的下游)的通道通过。例举性的双阀门显示在图40A中。双阀门具有两个通道，一个在它调节其流动的通道的任一侧上，然而单一阀门仅具有一个通道，配置在它调节其流动的通道的一侧上。
在启动时，例如，通过施加热，阀门转换到关闭状态，其防止材料诸如PCR-即用的样品微滴免于沿着从阀门一侧到另一侧的通道通过。例如，阀门包括一个或多个热响应物质(TRS)团，其在第一温度相对稳定并且在第二温度是更具流动性的。TRS团可以基本上是固体团或较小颗粒的附聚，其协同以阻碍在启动时的通过。TRS的实例包括共晶合金(例如，焊剂)，蜡(例如，烯烃)，聚合物，塑料，及其组合。第一和第二温度不足够高以破坏材料，诸如阀门位于其中的微观流体盒的聚合物层。一般地，第二温度小于约90℃并且第一温度小于第二温度(例如，约70℃或更小)。
对于与阀门有关的每一个团，室与所述团气体相通。在加热一个或多个所述室中的气体(例如，空气)并且将一个或多个TRS团加热到第二温度时，室内的气体压力将相应的团移动到通道中，阻碍材料沿着其通过。网络的其它阀门具有相同结构并且以和本文所描述的阀门的相同方式运行。
为了使阀门密封是非常稳固的并且可靠的，将阀门接合处的流动通道制成窄的(150μm宽和150μm深或更窄)，并且将狭窄通道制成至少0.5或1mm长以便所述蜡密封住长的窄通道，因此减少通过所述通道壁的任何渗漏。在不良密封的情况下，存在流体在通道壁周围通过所述蜡的渗漏。所以流动通道是尽可能窄的，并且制得更长，例如，长达～1mm。阀门通过加热装载蜡的端口中的空气而操作，其将所述蜡以这样的方式推动向前，以便它不回到它的最初位置。以该方式，空气和蜡都在阀门操作期间被加热。
在多个实施方案中，微观流体网络可以包括如图32B所示的弯曲阀门(作为单一阀门)以减少盒上阀门的足迹，并且因此减少每一部分的成本用于制造高致密微观流体基层。在图40B的阀门中，用于TRS的装载孔在所述阀门的中心；任何一个末端的结构是入口和出口并且仅为了说明性目的显示。显示单一阀门。
在多个实施方案中，所述网络可以包括如图40C所示的弯曲阀门，其也作为单一阀门，以便减少微阀门的有效横截面，可以制造更便宜的致密微观流体装置。
排放口
疏水排放口(例如，图41中的排放口)是容许气体离开通道同时限制(例如，防止)液体离开所述通道的结构。一般地，疏水排放口包括一层多孔疏水材料(例如，多孔过滤器诸如来自Osmonics的多孔疏水膜)，其限定通道壁。如本文中所论述，疏水排放口可用于将样品微滴定位在微观流体网络内的所需位置。
所述盒的疏水排放口优选是这样构成的，以便通过它们逃逸的空气量最大化，同时使排放口表面下的通道体积最小化。因此，优选的是，将排放口构建以便在排放口表面下具有大表面积的疏水膜和微通道的浅横截面。
气泡去除疏水排放口沿着通道一般具有至少约2.5mm的长度(例如，至少约5mm，至少约7.5mm)。疏水排放口的长度一般至少是疏水排放口之内通道深度的约5倍长(例如，至少约10倍，至少约20倍)。例如，在一些实施方案中，在疏水排放口之内的通道深度是约300微米或更小(例如，约250微米或更小，约200微米或更小，约150微米或更小)。气泡排放口在本文所描述的微观流体盒的微观流体网络中是任选的。
疏水排放口之内的通道深度一般是疏水排放口上游和下游通道深度的约75％或更小(例如，约65％或更小，约60％或更小)。例如，在一些实施方案中，疏水排放口中的通道深度是约150微米并且疏水排放口上游和下游的通道深度是约250微米。
疏水排放口之内的通道宽度一般比来自排放口的上游的通道宽度和来自排放口下游的通道宽度至少宽约25％(例如，至少宽约50％)。例如，在例举性实施方案中，疏水排放口内的通道宽度是约400微米并且来自排放口上游和下游的通道宽度是约250微米。
高度多路调制的实施方案
本文所描述的装置和盒的实施方案可以这样构成，其在单一盒上具有高密度微观流体管路，这因此容许平行地、或按顺序地在单一盒上处理多个样品。这样的多个样品的优选数目包括36，40，48，50，64，72，80，96，和100，但是应当理解，还有其它数目是与本文中的装置和盒是一致的，其中认为是方便的和实用的。
因此，不同构造的通道，样品入口，和有关的加热器网络是预期的，其可以促进在单一盒上处理所述数目的样品，这在发明本公开内容的范围之内。类似地，与这样的高度多路调制的盒联合使用的备选检测器构造也在本文中的描述范围内。
在例举性实施方案中，高度多路调制的盒具有48个PCR通道，并且具有通道中每一个阀门的独立控制，每一通道具有2组热循环方案，如图43所示。在图43的实施方案中，所述加热器排列成三个阵列。两个单独玻璃区域中的加热器仅将热施加到每一通道中的微观流体网络中的阀门。由于玻璃的低热传导率，所述单独阀门可以相互独立地加热。这容许样品在不同的时间装载到所述盒中，并且相互独立地传递到PCR反应室。PCR加热器安装在硅基层上，-并且独立地不容易被加热，但是因此容许PCR样品的分批处理，其中来自不同通道的多个样品通过相同组的加热/冷却循环扩增。对于PCR加热器优选的是排列在2组(左侧和右侧上的加热器阵列不相互电通信)中，因此容许单独的样品控制度。
图42显示典型的盒，揭示48-样品盒的入口构造。入口构造与具有以9mm间距定位的分配头的自动移液机是相容的。例如，具有4个头的这样的机器可以在12个分散步骤中一次装载4个入口，用于图42的盒。
图44显示，接近地，多样品微观流体盒的邻近通道中阀门和通道的例举性间距。
图45和46分别地显示图44中显示的例举性盒的加热器阵列和入口的闭合(close up)。
图47A-47C显示放射状配置的高度多路调制的盒的实施方案的多个视图，其具有一定数目的入口、微观流体通道、和PCR反应区。
图42-47C中显示的多个实施方案与不同于本文所描述的具体实例所配置的液体分配器，接受隔室，和检测器是相容的。
在另一个优选实施方案(未显示图中)中，盒和装置是这样配置的，以便阅读头不覆盖样品入口，因此容许装载单独样品，同时其它样品经历PCR热循环。
确保均匀加热区域的加热器构造
本文所描述的装置的另一个方面涉及均匀控制微观流体网络的区域加热的方法和装置，所述微观流体网络包括但是不限于一个或多个微观流体元件。在例举性实施方案中，多个加热器可以配置成同时和均匀加热所述微观流体盒的区域，诸如PCR反应区域。
在优选实施方案中，包括一个或多个微观流体元件的具有微观流体网络的微观流体盒与适合配置的装置之内的热源进行接触。将热源配置成这样，以便定位特定的加热元件以加热所述盒的微观流体网络的具体元件。
图48显示例举性微观流体盒的横截面视图，以显示当所述盒放置在仪器中时，PCR通道相对于加热器的相对位置。图48中的视图也称为位于加热器片上的盒的局部等比例视图。所述盒中的PCR通道之上的窗口903显示在透视图中。PCR通道901(例如，150μ深×700μ宽)，显示在所述盒的上层。所述盒的层压材料层905(例如，125μ厚)直接在PCR通道901以下。所述盒上的热界面层压材料907的另一层(例如，125μ厚)直接位于层压材料层905以下。加热器定位在热界面层压材料以下的另一层913。加热器是光刻限定的并且蚀刻的金属层为金(一般约厚)。的TiW层沉积在金层的顶部和底部作为粘合层。使用的基层是玻璃，熔凝硅石或石英晶片，其具有0.4mm、0.5mm或0.7mm或1mm的厚度。2μm氧化硅的薄电绝缘层在金属层顶部上用作绝缘层。另外的薄电绝缘层诸如2-4μm的聚对亚苯基二甲基也可以沉积在氧化硅表面顶部上。还显示两个长加热器909和911，如本文所进一步描述。
关于图49A和49B，PCR反应区域1001，一般地具有～1.6μl的体积，配置有长侧和短侧，各自具有相关联的加热元件。因此所述装置优选包括沿着PCR反应区域的侧面配置的四个加热器，并且配置成加热所述PCR反应区域，如图38A的例举性实施方案中所示：长的顶部加热器1005，长的底部加热器1003，短的左加热器1007，和短的右加热器1009。长的顶部加热器1005和长的底部加热器1003之间的小间隙产生可忽略的温度梯度(在沿着PCR反应区域长度的任一点的PCR通道的宽度上小于1℃)，因此在全部PCR反应区域产生有效均匀温度。PCR反应器的短边缘上的加热器提供热量以抵消由两个长加热器产生的从反应器中心到反应器边缘的梯度。本领域普通技术人员应当理解，围绕PCR反应区域定位的一个或多个加热器的其它的构造与本文所描述的方法和装置一致。例如，反应区域的“长”侧可以配置成被两个或多个加热器加热。将加热器的特定取向和构造用于甚至在具有不良热传导性的基层上产生加热均匀区域，这是因为玻璃、或石英、或熔凝硅石基层的不良热传导性用于帮助多个微观流体元件诸如阀门的独立操作和多个PCR通道的独立操作。
在优选实施方案中，每个加热器具有相关的温度传感器。在图49A的实施方案中，单一温度传感器1011用于两个长的加热器。还显示了用于短的左加热器的温度传感器1013，用于短的右加热器的温度传感器1015。反应器中央的温度传感器用于提供反馈并且控制提供给两个长加热器的功率数值，然而每一个短的加热器具有邻近于它放置的专用温度传感器以便控制它。如本文所进一步描述，当加热器没有接受引起它们加热的电流时，在这时，温度传感器优选配置成在邻近于所述处理器传递关于温度的信息。这可以用电流循环的适当控制来实现。
为了减少控制PCR加热器所需的传感器或加热器元件的数目，本发明人可以使用加热器以传感以及加热，并且因此不需要具有用于每个加热器的单独专用传感器。在另一个实施方案中，四个加热器的每一个可以设计成具有适当的瓦特数，并且将四个加热器串联或并联连接以便将电可控元件的数目从4减少到只是1，因此减少电子仪器上的负担。
图49B显示与图49A的PCR反应区域结合使用的加热器和温度传感器的放大视图。将温度传感器1001和1013设计成具有室温电阻为大约200-300欧姆。这个电阻值是通过下列测定的，控制沉积的金属层的厚度(例如，的夹层)，并且蚀刻缠绕的金属线以具有大约10-25μm的宽度和20-40mm的长度。在这个层中使用金属给予它电阻率温度系数约为0.5-20℃/欧姆级别，优选在1.5-3℃/欧姆范围内。在更高温度测量电阻将可以测定这些传感器位置的精确温度。
图49A中对于单一PCR反应区域显示的用于均匀加热的构造可以被用于多通道PCR盒，其中发生多个独立的PCR反应。
每个加热器可以由与本文所描述的装置结合使用的处理器和/或控制电路独立地控制。图50显示热图像，从如图49A和49B中配置的具有加热器的微观流体盒的顶面，此时每个加热器依次被激活，如下：(A)仅长的顶部；(B)仅长的底部；(C)仅短的左侧；(D)仅短的右侧；和(E)全部四个加热器打开。版(F)显示与图50中其它图像版相同比例的反应区域和加热器的视图。图中还显示了温度条。
切割(cutaway)在盒基层中的使用以提高PCR循环期间的冷却速率
在核苷酸样品的PCR扩增期间，进行一定数目的热循环。为了提高效率，每次热量施加之间的冷却优选是尽可能迅速的。提高的冷却速率可以用加热基层的多种变体实现，如图51A-51C中所示。
实现快速冷却的一种方法是切割微观流体盒基层的部分，如图51A中所示。图51A的上版是沿着虚线A-A’取的例举性微观流体盒的横截面，如图51A的下版上所标记。显示了PCR反应区域901，和典型的加热器1003。还显示了两个切割部分，其中一个标记1201，其在加热器旁边定位，所述加热器沿着PCR反应区域的长侧定位。切割部分诸如1201减少盒的热质量，并且还容许空气在切割部分内循环。这两个方面容许热量迅速从PCR反应区域的紧接的附近传导开。其它切割部分构造，诸如在形状、位置、和数目上，与本技术一致。
实现快速冷却的另一个方式是加热器基层的切割部分，如图51B所示。图51B的下版是沿着虚线A-A’取的例举性微观流体盒和加热器基层的横截面，如图51B的上版上所标记。显示了PCR反应区域901，和典型的加热器1003。还显示了四个切割部分，其中一个标记1205，其在加热器旁边定位，所述加热器沿着PCR反应区域的长侧定位。切割部分诸如1205减少加热器基层的热质量，并且还容许空气在切割部分内循环。这两个方面容许热量迅速从PCR反应区域的紧接的附近传导开。四个单独的切割部分显示在图51B中以便不破坏对于多个加热器的控制电路。其它切割部分构造，诸如在形状、位置、和数目上，与本发明技术相容。这些切割部分可以由选自下列的方法产生：使用湿式蚀刻方法的选择性蚀刻，深度反应性离子蚀刻，使用CO2激光或毫微秒激光的选择性蚀刻(防止表面破裂或表面附近的应力)，选择性机械钻孔，选择性超声波钻孔，或选择性磨粒喷砂(abrasive particle blasting)。必需小心保持加热器的机械完整性，同时尽可能多地减少材料。
图51C显示切割和使用环境空气冷却的组合，以增加热循环的冷却阶段期间的冷却速率。大量的冷却是通过从加热器表面的底面到环境空气的对流损失发生的。该对流损失的驱动力是玻璃表面和空气温度之间的温度差别。通过使用例如珀尔帖冷却器降低环境空气温度，可以增加冷却速率。也可以通过将空气保持在高于零的速度而增加对流热损失。
对于设定加热直到92℃，并且在那里持续1秒，然后冷却到62℃，并且保持10秒的方案，由本文所描述的构造获得的热循环性能的实例显示在图52中。循环时间是约29秒，从62℃加热并且稳定在92℃需要8秒，并且从92℃冷却并且稳定在62℃需要10秒。
盒的制造方法
图53显示如本文所进一步描述的例举.性盒的装配过程的流程图2800。本领域普通技术人员应当理解，多个步骤可以以不同于图53中陈述的顺序进行，并且另外地，任何给定的步骤可以通过所述图中陈述的备选方法进行。也应当理解，其中对于进行两个或多个功能说明了单独的步骤，这样的功能可以同步进行并且组合到单一步骤中，并且与本文所描述的全过程一致。
在2802，将层压材料层施用到微观流体基层，所述微观流体基层已经被预先改造成具有其中构建的微观流体网络；边缘是从层压材料修整的，其中它们溢出基层的边界。
在2804，将蜡分配并且装载到微观流体基层中的微观流体网络的微阀门中。本文进一步描述了进行这个的例举性过程。
在2806，检查所述盒以确保来自步骤2804的蜡是正确装载的，并且来自步骤2802的层压材料正确结合到微观流体基层。如果基层不满足这些测试的任何一个或两个，将它排除。如果基层反复未达到这些测试的任何一个或两者，则根据所应用的，重新检查蜡分配，或层压材料施用步骤。
在2808，将疏水排放口膜施用到，并且热结合到，蜡阀门上的微观流体基层顶部，和来自层压材料的基层的相对面上。超过基层边界的膜边缘是已修整的。
在2810，检查组件以保证疏水排放口膜充分结合到微观流体基层，而不热阻塞微观流体通道。如果任一个通道是阻塞的，或如果膜和基层之间的结合不够好，则排除所述组件，并且，在反复排除事件的情况下，重新检查上述处理步骤。
在2812，热传导垫层被施用到所述盒的底部层压材料。
在2814，将两个标记条施用到微观流体基层的顶部，一个覆盖阀门，并且第二个保护排放口膜。应当理解，单一标记条可以设计成实现这两个作用。
在2816，另外的标记被印刷或施用以显示识别特征，诸如所述盒上的条形码号，批号和有效期限。优选这些标记的一个或多个具有空间并且可书写的表面，其容许使用者用手在所述标记上产生识别注释。
在2818，为了促进运输并且运送到消费者，装配的和标记的盒是分组的堆叠和包装盒，诸如25个一组，或10个一组，或20个一组，或50个一组。优选地，所述包装是经由惰性的和/或无水分的介质。
例举性蜡沉积方法
蜡在微观流体网络阀门中的沉积，如在步骤2804，可以用图54A和54B中显示的例举性的装备进行。DispenseJet系列DJ-9000(图54A和54B)是对于多种流体提供高速递送和优越的体积控制的非接触分配器，包括表面固定粘合剂，底层填料，密封剂，保形涂料，UV粘合剂，和银环氧树脂。DJ-9000在密闭空间中喷射为小到200微米并且在基层诸如冲模的分配侧上产生小到300微米的圆角浸湿宽度(fillet wet-out widths)。它将流体分配为离散点或快速连续的点以从喷嘴形成100-微米(4mil)直径的流体流。它与其它市场上可买到的系统是完全相容的，诸如Asymtek CenturyC-718/C-720，Millennium M-2000，和Axiom X-1000系列分配系统。
DJ-9000是由Asymtek在制造质量控制标准下制造的，目的是提供精密的和可靠的性能。所述装置的典型规格如下。
  特征   说明   尺寸   宽度：35mm  高度：110mm  深度：100mm
  特征   说明   重量   400克-干的   进料管组件   尼龙-配件  聚氨酯-管   流体室   303型不锈钢   座和喷嘴   300/400系列S/S，碳化物   针组件   52100轴承钢-轴  硬质铬板碳化物-吸头   流体密封   PEEK/不锈钢   流体室0-环   乙烯丙烯   喷射体   6061-T6铝  镀镍的   针组件轴承   PEEK   热控制体   6061-T6铝  镀镍的   贮器固定器   乙酰基   贮器尺寸   5，10，或30毫升(0.17，0.34，或1.0盎司)   进料管组件装配   凹进的Luer per ANSI/HIMA MD70.1-1983   最大循环频率   200Hz.   最小阀门空气压力   5.5巴(80psi)   操作噪声水平   70db*   螺线管   24VDC，12.7瓦   热控制加热器   24VDC，14.7瓦，40欧姆
  特征   说明   热控制RTD   100欧姆，铂   最大加热器设定点   80C
*以最大循环速率
该装置的剖面图显示在图54B中。
DJ-9000的操作理论
DJ-9000具有通常关闭的，空气启动的，弹力恢复机构，其使用动量传递原理以排出精密体积的材料。压缩空气是由高速螺线管调节的以从底座收回针组件。装料到流体室中的流体在所述底座上流动。当空气排空时，针快速推进到关闭位置，将流体通过底座和喷嘴置换成液滴形式。当与分配器自动机械运动组合时，相继发射的多个微滴可用于形成较大的分配体积和管道。
所述设备具有多个可调节特征：下列特征影响DJ-9000的性能并且一般被调节成符合特定的处理条件。
应当这样设定流体压力，以便将流体填充到所述底座，但是不应当在将流体推过底座和喷嘴中被影响。通常，更高的流体压力导致喷射更大体积的材料。
冲程调节(stroke adjustment)控制针组件的移动距离。所述控制是逆时针旋转的，以增加针组件移动，或顺时针旋转以减少移动。移动距离的增加将经常导致喷射更大体积的材料。
螺线管阀门控制阀门操作。当通电时，它容许喷射空气室中的空气压缩弹簧并且因此提高针组件。当切断电流时，释放空气并且弹簧迫使活塞向下以便所述针尖接触底座。
底座和喷嘴几何形状一般是控制分配材料体积的主要因素。基于施用和流体性质测定底座和喷嘴尺寸。根据底座和喷嘴选择调节其它参数。可获得的底座和喷嘴尺寸在下文表中列出。
热控制组件：流体温度经常影响流体粘度和流动特性。DJ-9000安装有确保恒定流体温度的热控制组件。
点和线参数：除DJ-9000硬件构造和设置之外，点和线参数是在软件程序中设定的(称为FmNT)以控制分配的点和线的尺寸和品质。
蜡装载在阀门中
图55A和55B显示，分配进入到具有正确尺寸和几何形状的加热的微通道装置中的受控热滴的组合如何用于将蜡精确装载到微观流体盒的微通道中以形成阀门。加热分配器头可以精确定位在微观流体装置中的微通道的入口孔上，并且可以以20％的准确度以小到75纳升的体积分配熔化的蜡滴。微通道装置的入口孔是以这样一种方式定尺寸的，使用例如压缩空气，或以类似于喷墨印刷方法的方式，可以将75nl的液滴精确发射到入口孔的底部。将微通道装置保持在蜡熔点以上的温度，因此在分配蜡以后立即容许蜡保持在熔化状态。在液滴落到入口孔底部以后，熔化的蜡被毛细作用抽入到窄的通道中。窄的部分的体积被设计成近似等于分配到入口孔中的最大典型量。
加热器多路调制(在软件控制之下)
本文所描述的装置的另一个方面，涉及在系统和它的元件内控制热量的方法，如图56中所图解。所述方法产生本文所描述的装置的更大的能量效率，因为全部加热器不是同时加热的，并且给定的加热器仅在一部分时间接受电流。
一般地，微观流体元件的加热，诸如PCR反应区域，是通过使电流通过适当配置的微加工(microfabricate)的加热器控制的。可以通过用多种脉冲宽度调制(PWM)定期开关电流进一步地控制加热，其中脉冲宽度调制指的是电流的开启时间/关闭时间的比例。可以通过将微加工的加热器连接到高电压源(例如，30V)而供给电流，这可以用PWM信号控制。在一些实施方案中，所述装置包括48个PWM信号发生器。PWM发生器的操作包括产生具有选择的编程周期(末端计数)和间隔周期的信号。例如，信号可以是具有1us间隔周期的4000μs(微秒)，在所述情况下，PWM发生器可以提供在零开始并且以1μs增量进行直到它达到4000μs时它返回到零的计数器。因而，产生的热量值可以通过调节末端计数而调节。高末端计数对应于更大的时间长度，其间微加工的加热器接受电流并且因此产生更大量的热量。
在多个实施方案中，除上述末端计数和间隔周期之外，PWM发生器的操作还可以包括可编程的起始计数。在这样的实施方案中，多个PWM发生器可以产生信号，所述信号可以是选择性非重叠的(例如，通过多路调制多个加热器的接通持续时间)，以致不超过高电压电源的电流容量。可以在改变起始和末端计数的情况下用不同的PWM信号发生器控制多个加热器。加热器可以被分成组(banks)，其中一个组(bank)限定一组相同起始计数的加热器。例如，36个PWM发生器可以分组成六个不同的组，每个组对应于PWM循环的某一部分(对于该实例是500ms)。每个PWM发生器的末端计数可以选择性编程以便不多于六个加热器将在任何给定时间开启。可以将PWM循环的一部分选择为死时间(对于该实例计数3000到4000)，其间没有加热发生并且灵敏温度传感电路可以使用该时间以传感所述温度。下表表示上述实例的PWM循环：
起始计数  末端计数  最大末端计数
组1
PWM发生器#1  0      150      500
PWM发生器#2  0      220      500
...          ...    ...
PWM发生器#6  0      376      500
组2
PWM发生器#7  500    704      1000
PWM发生器#8  500    676      1000
...          ...    ..       ...
PWM发生器#12 500    780      1000
组3
PWM发生器#13 1000   1240     1500
PWM发生器#14 1000   1101     1500
...          ...    ...      ..
PWM发生器#18 1000   1409     1500
组4
PWM发生器#19 1500   1679     2000
PWM发生器#20 1500   1989     2000
...          ...    ...      ...
PWM发生器#24 1500   1502     2000
组5
PWM发生器#25 2000   2090     2500
PWM发生器#26 2000   2499     2500
...          ...    ...      ...
PWM发生器#30 2000   2301     2500
组6
PWM发生器#31 2500   2569     3000
PWM发生器#32 2500   2790     3000
...          ...    ...      ...
PWM发生器#36 2500   2678     3000
使用检测系统以测量/检测PCR室中的流体
所述装置任选具有非常灵敏的荧光检测器，其能够从微观流体盒的PCR室210收集荧光。该检测器用于检测所述室中液体的存在，决定是否进行PCR循环的一种测量。在用液体填充所述室之前取背景读数。在微观流体操作已经进行以后取另一个读数，这应当导致用液体填充PCR室。液体的存在改变来自所述室的荧光读数。可编程的阈值用于将编程的算法调整到处理器中(例如，第二读数必须超过第一读数20％)。如果两个读数不在编程的边界以外不同，则认为液体没有进入所述室，并且PCR循环对于所述室不启动。代替地，将警告发出到使用者。
计算机程序产品
在多个实施方案中，供本文中装置所用的计算机程序产品包括对于操作所述装置在其上计算机可读的指令。
在多个实施方案中，计算机程序产品可以包括引起系统进行下列的一个或多个指令：输出所述微观流体盒放置在隔室中的指示；阅读样品标记或微观流体盒标记；对于使用者输出指示以输入样品标识符；对于使用者输出指示以用PCR-即用样品装载样品传递元件；对于使用者输出指示以将PCR-即用样品引入到微观流体盒中；对于使用者输出指示以将微观流体盒放置在接受隔室中；对于使用者输出指示以关闭盖子以运行力元件；对于使用者输出指示以通过将约0.5mL至约5mL体积的空气注入PCR-即用样品而将PCR-即用样品加压在微观流体盒中；和输出来自所述盒的一个或多个通道的样品进程的状态信息。
在多个实施方案中，计算机程序产品可以包括引起系统进行下列的一个或多个指令：在适于从中和的多核苷酸产生PCR扩增子的热循环条件下加热PCR即用样品；将中和的多核苷酸样品或其PCR扩增子与对于多核苷酸序列是选择性的至少一个探针接触；将中和的多核苷酸样品和阴性对照多核苷酸的每一个与PCR试剂混合物在热循环条件下独立地接触，所述热循环条件适于独立产生中和的多核苷酸样品的PCR扩增子和阴性对照多核苷酸的PCR扩增子；将中和的多核苷酸样品或其PCR扩增子和阴性对照多核苷酸或其PCR扩增子与对于多核苷酸序列是选择性的至少一个探针接触；输出多核苷酸序列存在于生物样品中的测定，所述多核苷酸序列对应于所述探针，条件是在中和的多核苷酸样品或其PCR扩增子中检测所述探针；和/或如果在阴性对照多核苷酸或其PCR扩增子中检测探针，则输出污染结果的测定。
在多个实施方案中，计算机程序产品可以包括引起系统自动进行所述方法的一个或多个步骤的一个或多个指令。
在多个实施方案，微观流体盒包括两个或多个样品通道，各自包括样品入口阀门，气泡去除排放口，热启动的泵，热启动的阀门，和PCR反应区域，其中计算机可读的指令被配置成独立运行系统中每个所述通道的一个或多个元件，相互独立地，并且用于使检测器测量来自PCR反应区的荧光。
样品
在多个实施方案中，样品可以包括PCR试剂混合物，其包括聚合酶和多种核苷酸。PCR试剂混合物可以是一个或多个冻干小球的形式，并且制备PCR-即用样品的步骤可以包括将PCR小球与液体接触以产生PCR试剂混合物溶液。在又一个实施方案中，每一个PCR通道可以具有预装载的干燥的或冻干的ASR试剂，以致使用者仅需要将制备的多核苷酸样品输入到PCR中。在另一个实施方案中，PCR通道可以仅具有预先测量的和预装载的应用特异性的探针和引物，并且使用者输入与PCR试剂混合的样品。
在多个实施方案中，微观流体网络可以配置成在热循环条件下将来自外部热源的热耦合到包括PCR试剂和中和的多核苷酸样品的样品混合物，所述热循环条件适于从中和的多核苷酸样品产生PCR扩增子。
在多个实施方案中，PCR即用样品可以进一步包括阳性对照质粒和对于所述质粒的至少一部分是选择性的荧光杂交探针。在多个实施方案中，PCR-即用样品还包括样品缓冲液，和对于多核苷酸序列是选择性的至少一种探针，例如，作为选自由下列组成的组的病原体的特征的多核苷酸序列：革兰氏阳性细菌，革兰氏阴性细菌，酵母，真菌，原生动物，和病毒。
在多个实施方案中，微观流体盒可以容纳阴性对照多核苷酸，其中微观流体网络可以配置成在中和的多核苷酸样品和阴性对照多核苷酸的每一个上与PCR试剂混合物在热循环条件下独立进行PCR，所述热循环条件适于独立产生中和的多核苷酸样品的PCR扩增子和阴性对照多核苷酸的PCR扩增子。如本文所描述的多通道盒的每个通道可以执行两个反应，由于每一通道的两个荧光检测系统的存在。可以在盒中进行多种反应组合，诸如一个通道中两个样品反应，两个其它通道中的阳性对照和阴性对照；或一个通道中的样品反应和内部对照以及一个单独通道中的一个阴性对照。
在多个实施方案中，样品可以包括对于多核苷酸序列是选择性的至少一个探针，其中通过其制备PCR-即用样品的步骤包括将中和的多核苷酸样品或其PCR扩增子与所述探针接触。所述探针可以是荧光杂交探针。荧光杂交探针可以包括连接到荧光报告子染料和荧光猝灭染料的多核苷酸序列。PCR试剂混合物还可以包括阳性对照质粒和对于所述质粒的至少一部分是选择性的质粒荧光杂交探针，并且所述微观流体盒可以配置成容许荧光杂交探针和质粒荧光杂交探针的独立光学检测。
在多个实施方案中，所述探针对于作为生物特征的多核苷酸序列可以是选择性的，例如采用脱氧核糖核酸或核糖核酸多核苷酸的任何生物。因而，所述探针对于任何生物可以是选择性的。适合的生物包括哺乳动物(包括人类)，鸟类，爬行类，两栖动物，鱼，驯养动物，野生动物，灭绝的生物，细菌，真菌，病毒，植物，等。所述探针还可以对于采用它们自身多核苷酸的生物组分是选择性的，例如线粒体。在一些实施方案中，探针对于微生物是选择性的，例如，食品生产中使用的生物(例如，发酵产品中采用的酵母，干酪中采用的霉菌或细菌，等)或病原体(例如，人类的，驯养或野生哺乳动物的，驯养或野生鸟类的，等)。在一些实施方案中，探针对于选自由下列组成的组的生物是选择性的：革兰氏阳性细菌，革兰氏阴性细菌，酵母，真菌，原生动物，和病毒。
在多个实施方案中，探针对于多核苷酸序列是可选择性的，所述多核苷酸序列是选自由下列组成组的生物的特征：葡萄球菌属物种(Staphylococcus spp.)，例如，表皮葡萄球菌(S.epidermidis)，金黄色葡萄球菌(S.aureus)，甲氧西林抗性金黄色葡萄球菌，抗万古霉素葡萄球菌(Vancomycin-resistant Staphylococcus)；链球菌(Streptococcus)(例如，α，β或γ-溶血的，A，B，C，D或G组)诸如酿脓链球菌(S.pyogenes)，无乳链球菌(S.agalactiae)；粪肠球菌(E.faecalis)，耐久肠球菌(E.durans)，和屎肠球菌(E.faecium)(以前是粪链球菌(S.faecalis)，坚忍链球菌(S.durans)，屎链球菌(S.faecium))；非肠球菌D组链球菌，例如，猪链球菌(S.bovis)和马链球菌(S.equines)；草绿色链球菌(Streptococciviridans)，例如，变异链球菌(S.mutans)，血链球菌(S.sanguis)，唾液链球菌(S.salivarius)，轻型链球菌(S.mitior)，A.milleri，星群链球菌(S.constellatus)，中间链球菌(S.intermedius)，和咽峡炎链球菌(S.anginosus)；海豚链球菌(S.iniae)；肺炎链球菌(S.pneumoniae)；奈瑟氏球菌属(Neisseria)，例如，脑膜炎奈瑟氏球菌(N.meningitides)，淋病奈瑟氏球菌(N.gonorrhoeae)，腐生奈瑟氏球菌属物种(saprophyticNeisseria sp)；丹毒丝菌属(Erysipelothrix)，例如，猪红斑丹毒丝菌(E.rhusiopathiae)；李斯特氏菌属物种(Listeria spp.)，例如，单核细胞增生李斯特氏菌(L.monocytogenes)，很少地伊氏李斯特氏菌(L.ivanovii)和斯氏李斯特氏菌(L.seeligeri)；芽孢杆菌属(Bacillus)，例如，炭疽芽孢杆菌(B.anthracis)，蜡样芽孢杆菌(B.cereus)，枯草芽孢杆菌(B.subtilis)，黑色枯草芽孢杆菌(B.subtilus niger)，苏云金芽孢杆菌(B.thuringiensis)；星状诺卡氏菌(Nocardia asteroids)；军团菌属(Legionella)，例如，嗜肺军团菌(L.pneumonophilia)，肺囊虫属(Pneumocystis)，例如，卡氏肺囊虫(P.carinii)；肠杆菌科(Enterobacteriaceae)诸如沙门氏菌属(Salmonella)，志贺氏菌属(Shigella)，埃希氏菌属(Escherichia)(例如，大肠杆菌(E.coli)，大肠杆菌O157：H7菌种；克雷伯氏菌(Klebsiella)，肠杆菌(Enterobacter)，沙雷氏菌(Serratia)，变形菌属(Proteus)，摩根氏菌属(Morganella)，普罗威登斯菌属(Providencia)，耶尔森氏菌属(Yersinia)，等等，例如，沙门氏菌属(Salmonella)，例如，伤寒沙门氏菌(S.typhi)甲型副伤寒沙门氏菌(S.paratyphi A)，乙型副伤寒沙门氏菌(B)(薛氏沙门氏菌(S.schottmuelleri))和丙型副伤寒沙门氏菌(希氏沙门氏菌(S.hirschfeldii))，都伯林沙门氏菌(S.dublin)猪霍乱沙门氏菌(S.choleraesuis)，肠炎沙门氏菌(S.enteritidis)，鼠伤寒沙门氏菌(S.typhimurium)，海德尔堡沙门菌(S.heidelberg)，新港沙门氏菌(S.newport)，婴儿沙门氏菌(S.infantis)，阿哥拉沙门氏菌(S.agona)，蒙得维沙门氏菌(S.montevideo)，和圣保罗沙门菌(S.saint-paul)；志贺氏菌属(Shigella)例如，亚群：A，B，C，和D，诸如弗氏志贺氏菌(S.flexneri)，宋内氏志贺氏菌(S.sonnei)，鲍氏志贺氏菌(S.boydii)，痢疾志贺氏菌(S.dysenteriae)变形菌(Proteus)(奇异变形菌(P.mirabilis)，普通变形菌(P.vulgaris)，和产粘变形菌(P.myxofaciens))，摩根氏菌属(Morganella)(摩氏摩根氏菌(M.morganii))；普罗威登斯菌属(Providencia)(雷氏普罗威登斯菌(P.rettgeri)，产碱普罗威登斯菌(P.alcalifaciens)，和斯氏普罗威登斯菌(P.stuartii))；耶尔森氏菌(Yersinia)，例如，鼠疫耶尔森氏菌(Y.pestis)，小肠结肠炎耶尔森氏菌(Y.enterocolitica)；嗜血杆菌属(Haemophilus)，例如，流感嗜血杆菌(H.influenzae)，副流感嗜血杆菌(H.parainfluenzae)嗜泡沫嗜血杆菌(H.aphrophilus)，杜克雷嗜血杆菌(H.ducreyi)；布鲁氏菌属(Brucella)，例如，流产型布鲁氏菌(B.abortus)，马耳他布鲁氏菌(B.melitensis)，猪布鲁氏菌(B.suis)，狗布鲁氏菌(B.canis)；弗朗西丝氏菌(Francisella)，例如，土拉热弗朗西丝氏菌(F.tularensis)；假单胞菌属(Pseudomonas)，例如，铜绿假单胞菌(P.aeruginosa)，少动假单胞菌(P.paucimobilis)，恶臭假单胞菌(P.putida)，荧光假单胞菌(P.fluorescens)，食酸假单胞菌(P.acidovorans)，类鼻疽伯克霍尔德氏菌(假单胞菌)(Burkholderia pseudomallei)，鼻疽伯克霍尔德氏菌(Burkholderia mallei)，洋葱伯克霍尔德氏菌(Burkholderia cepacia)和嗜麦芽寡养单胞菌(Stenotrophomonas maltophilia)；弯曲杆菌属(Campylobacter)，例如，胎儿弯曲杆菌(C.fetus fetus)，空肠弯曲杆菌(C.jejuni)，幽门弯曲杆菌(C.pylori)(幽门螺杆菌(Helicobacterpylori))；弧菌属(Vibrio)，例如，霍乱弧菌(V.cholerae)，副溶血弧菌(V.parahaemolyticus)，拟态弧菌(V.mimicus)，溶藻弧菌(V.alginolyticus)，霍氏弧菌(V.hollisae)，创伤弧菌(V.vulnificus)，和非凝集弧菌(nonagglutinable vibrios)；梭菌属(Clostridia)，例如，产气荚膜梭菌(C.perfringens)，破伤风梭菌(C.tetani)，艰难梭菌(C.difficile)，肉毒梭菌(C.botulinum)；放线杆菌属(Actinomyces)例如，伊氏放线杆菌(A.israelii)；拟杆菌属(Bacteroides)，例如，脆弱拟杆菌(B.fragilis)，多形拟杆菌(B.thetaiotaomicron)，吉氏拟杆菌(B.distasonis)，普通拟杆菌(B.vulgatus)，卵形拟杆菌(B.ovatus)，粪拟杆菌(B.caccae)，和屎拟杆菌(B.merdae)；普氏菌(Prevotella)，例如，产黑色素普氏菌(P.melaninogenica)；梭杆菌属(genus Fusobacterium)；密螺旋体属(Treponema)，例如苍白密螺旋体地方亚种(T.pallidumsubspecies endemicum)，苍白密螺旋体细弱亚种(T.pallidum subspeciespertenue)，斑点病密螺旋体(T.carateum)，和苍白密螺旋体苍白亚种(T.pallidum subspecies pallidum)；包柔氏螺旋体属(genus Borrelia)，例如，布氏疏螺旋体(B burgdorferi)；细螺旋体属(genus Leptospira)；链杆菌(Streptobacillus)，例如，念珠状链杆菌(S.moniliformis)；螺菌属(Spirillum)，例如，小螺菌(S.minus)；分枝杆菌属(Mycobacterium)，例如，结核分枝杆菌(M.tuberculosis)，牛分枝杆菌(M.bovis)，非洲分枝杆菌(M.africanum)，鸟分枝杆菌(M.avium)，胞内分枝杆菌(M.intracellulare)，堪萨斯分枝杆菌(M..kansasii)，蟾蜍分枝杆菌(M.xenopi)，海分枝杆菌(M.marinum)，溃疡分枝杆菌(M.ulcerans)，偶发分枝杆菌复合物(M.fortuitum complex)(偶发分枝杆菌和龟分枝杆菌(M.chelonei))，麻风分枝杆菌(M.leprae)，亚洲分枝杆菌(M.asiaticum)，龟分枝杆菌脓肿亚种(M.chelonei subsp.Abscessus)，假分枝杆菌(M.fallax)，偶发分枝杆菌(M.fortuitum)，玛尔摩分枝杆菌(M.malmoense)，下出氏分枝杆菌(M.shimoidei)，猿分枝杆菌(M.simiae)，斯氏分枝杆菌(M.szulgai)，蟾分枝杆菌(M.xenopi)；枝原体(Mycoplasma)，例如，人型枝原体(M.hominis)，口腔枝原体(M.orale)，唾液枝原体(M.salivarium)，发酵枝原体(M.fermentans)，肺炎枝原体(M.pneumoniae)，牛枝原体(M.bovis)，结核枝原体(M.tuberculosis)，禽枝原体(M.avium)，麻风枝原体(M.leprae)；枝原体(Mycoplasma)属，例如，生殖道枝原体(M.genitalium)；脲枝原体(Ureaplasma)，例如，解脲枝原体(U.urealyticum)毛滴虫属(Trichomonas)，例如，阴道毛滴虫(T.vaginalis)；隐球菌属(Cryptococcus)，例如，新型隐球菌(C.neoformans)；组织胞浆菌属(Histoplasma)，例如，荚膜组织胞浆菌(H.capsulatum)；假丝酵母属(Candida)，例如，白色假丝酵母(C.albicans)；曲霉属物种(Aspergillus sp)；球孢子菌(Coccidioides)，例如，粗球孢子菌(C.immitis)；芽生菌属(Blastomyces)，例如皮炎芽生菌(B.dermatitidis)；球孢子菌(Paracoccidioides)，例如，巴西副球孢子菌(P.brasiliensis)；青霉属(Penicillium)，例如，马尔尼菲青霉菌(P.marneffei)；孢子丝菌(Sporothrix)，例如，申克孢子丝菌(S.schenckii)；根霉属(Rhizopus)，根毛霉属(Rhizomucor)，腐化米霉菌(Absidia)，和担子菌团属(Basidiobolus)；由双极霉属(Bipolaris)、枝孢霉(Cladophialophora)、分支孢子菌属(Cladosporium)、德氏霉属(Drechslera)、外瓶霉属(Exophiala)、产色芽生菌属(Fonsecaea)、瓶霉菌属(Phialophora)、木丝霉属(Xylohypha)、赭霉属(Ochroconis)、喙枝孢霉(Rhinocladiella)、线状担子菌属(Scolecobasidium)和万吉拉菌属(Wangiella)引起的疾病；丝孢酵母(Trichosporon)，例如白吉利丝孢酵母(T.beigelii)；芽生裂殖菌(Blastoschizomyces)，例如，头状芽生裂殖菌(B.capitatus)疟原虫(Plasmodium)，例如，恶性疟原虫(P.falciparum)，间日疟原虫(P.vivax)，蛋形疟原虫(P.ovale)，和三日疟原虫(P.malariae)；巴贝西虫属物种(Babesia sp)；锥虫属原生动物(protozoa of the genus Trypanosoma)，例如，克氏锥虫(T.cruzi)；利什曼虫(Leishmania)，例如，杜氏利什曼原虫(L.donovani)，硕大利什曼原虫(L.maior)热带利什曼原虫(L.tropica)，墨西哥利什曼原虫(L.mexicana)，巴西利什曼原虫(L.braziliensis)，巴西利什曼原虫(L.viannia braziliensis)；弓浆虫属(Toxoplasma)，例如，弓浆虫(T.gondii)；纳格里属(Naegleria)或棘阿米巴属(Acanthamoeba)的变形虫；溶组织内阿米巴(Entamoeba histolytica)；蓝氏贾第鞭毛虫(Giardia lamblia)；隐孢子虫属(genus Cryptosporidium)，例如，小球隐孢子虫(C.parvum)；贝氏等孢球虫(Isospora belli)；圆孢子虫(Cyclospora cayetanensis)；似蚓蛔线虫(Ascaris lumbricoides)毛首鞭形线虫(Trichuris trichiura)；十二指肠钩口线虫(Ancylostoma duodenale)或美洲板口线虫(Necatoramericanus)；粪类圆线弓蛔虫(Strongyloides stercoralis Toxocara)，例如，犬弓蛔虫(T.canis)，猫弓蛔虫(T.cati)；贝利蛔线虫属(Baylisascaris)，例如，浣熊贝利斯蛔线虫(B.procyonis)；毛线虫属(Trichinella)，例如，旋毛形线虫(T.spiralis)；龙线虫属(Dracunculus)，例如，麦地那龙线虫(D.medinensis)；丝虫类(genus Filarioidea)；班氏吴策线虫(Wuchereria bancrofti)；布鲁格氏丝虫(Brugia)，例如，马来布鲁格氏丝虫(B.malayi)，或帝纹布鲁格氏丝虫(B.timori)；旋盘尾线虫(Onchocerca volvulus)；罗阿丝虫(Loa loa)；犬恶丝虫(Dirofilariaimmitis)；血吸虫属(genus Schistosoma)，例如，日本血吸虫(S.iaponicum)，扁形血吸虫(S.mansoni)，湄公河血吸虫(S.mekongi)，间插血吸虫(S.intercalatum)，埃及血吸虫(S.haematobium)；肺吸虫(Paragonimus)，例如，卫氏肺吸虫(P.Westermani)，斯氏肺吸虫(P.Skriabini)；华支睾吸虫(Clonorchis sinensis)；肝片吸虫(Fasciola hepatica)；肝吸虫属物种(Opisthorchis sp)；布氏姜片吸虫(Fasciolopsis buski)；阔节裂头绦虫(Diphyllobothrium latum)；绦虫(Taenia)，例如，牛肉绦虫(T.saginata)，猪带绦虫(T.solium)；棘球绦虫属(Echinococcus)，例如，细粒棘球绦虫(E.granulosus)，多房棘球绦虫(E.multilocularis)；微小核糖核酸病毒(Picornaviruses)，鼻病毒(rhinoviruses)伊柯病毒(echoviruses)，柯萨奇病毒(coxsackieviruses)，流感病毒(influenza virus)；副黏液病毒(paramyxoviruses)，例如，1、2、3和4型；腺病毒(adenoviruses)；疱疹病毒(Herpesviruses)，例如，HSV-1和HSV-2；水痘一带状疱疹病毒(varicella-zoster virus)；(人)嗜T淋巴细胞病毒(human T-lymphotrophic virus)(I型和II型)；虫媒病毒(Arboviruses)和沙粒病毒(Arenaviruses)；披盖病毒科(Togaviridae)，黄病毒科(Flaviviridae)，本扬病毒科(Bunyaviridae)，呼肠孤病毒科(Reoviridae)；黄病毒属(Flavivirus)；汉坦病毒属(Hantavirus)；病毒性脑炎(Viralencephalitis)(甲病毒属(alphaviruses)，例如，委内瑞拉马脑炎(Venezuelanequine encephalitis)，东方马脑炎(eastern equine encephalitis)，西方马脑炎(western equine encephalitis)))；病毒性出血热(Viral hemorrhagic fevers)(丝状病毒(filoviruses)[例如，埃博拉病毒(Ebola)，马堡病毒(Marburg)]和沙粒病毒(arenaviruses)[例如，拉沙病毒(Lassa)，马丘波病毒(Machupo)])；天花(Smallpox)(天花(variola))；逆转录酶病毒(retroviruses)例如，人免疫缺陷病毒1和2；人乳头瘤病毒(human papillomavirus)[HPV]6、11、16、18、31、33和35型。
在多个实施方案中，探针对于多核苷酸序列是可选择性的，所述多核苷酸序列是选自由下列组成组的生物的特征：铜绿假单胞菌(Pseudomonasaeruginosa)，奇异变形菌(Proteus mirabilis)，产酸克雷伯式菌(Klebsiellaoxytoca)，克雷伯氏肺炎杆菌(Klebsiella pneumoniae)，大肠杆菌(Escherichia coli)，鲍氏不动杆菌(Acinetobacter Baumannii)，粘质沙雷氏菌(Serratia marcescens)，产气肠杆菌(Enterobacter aerogenes)，屎肠球菌(Enterococcus faecium)，抗万古霉素肠球菌(vancomycin-resistantenterococcus(VRE)，金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)，抗甲氧西林金黄色葡萄球菌(methecillin-resistant Staphylococcus aureus)(MRSA)，草绿色链球菌(Streptococcus viridans)，单核细胞增生性李斯特氏菌(Listeria monocytogenes)，肠球菌属物种(Enterococcus spp.)，链球菌组B(Streptococcus Group B)，链球菌组C(Streptococcus Group C)，链球菌组G(Streptococcus Group G)，链球菌组F(Streptococcus Group F)，粪肠球菌(Enterococcus faecalis)，肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae)，表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)，阴道加德纳菌(Gardenerellavaginalis)，微球菌属物种(Micrococcus sps.)，流感嗜血杆菌(Haemophilusinfluenzae)，淋病奈瑟氏球菌(Neisseria gonorrhoeee)，卡拉莫拉氏菌(Moraxella catarrahlis)，沙门氏菌物种(Salmonella sps.)，砂眼衣原体(Chlamydia trachomatis)，产生消化链球菌(Peptostreptococcusproductus)，厌氧消化链球菌(Peptostreptococcus anaerobius)，发酵乳杆菌(Lactobacillus fermentum)，迟缓真杆菌(Eubacterium lentum)，光滑念珠菌(Candida glabrata)，白色念珠菌(Candida albicans)，衣原体物种(Chlamydia spp.)，弯曲杆菌物种(Camplobacter spp.)，沙门氏菌物种(Salmonella spp.)，天花(smallpox)重型天花(variola major)，鼠疫耶尔森氏菌(Yersina Pestis)，单纯疱疹病毒I(Herpes Simplex VirusI(HSV I))，和单纯疱疹病毒II(Herpes Simplex Virus II(HSV II))。
在多个实施方案中，探针对于多核苷酸序列是可选择性的，所述多核苷酸序列是B组链球菌(Streptococcus)的特征。
在PCR-即用样品上进行PCR可以包括在热循环条件下加热PCR试剂混合物和中和的多核苷酸样品，所述热循环条件适于从中和的多核苷酸样品产生PCR扩增子；将中和的多核苷酸样品或其PCR扩增子与对于多核苷酸序列是选择性的至少一个探针接触；将中和的多核苷酸样品和阴性对照多核苷酸的每一个与PCR试剂混合物在热循环条件下独立地接触，所述热循环条件适于独立地产生中和的多核苷酸样品的PCR扩增子和阴性对照多核苷酸的PCR扩增子；和/或将中和的多核苷酸样品或其PCR扩增子和阴性对照多核苷酸或其PCR扩增子与对于多核苷酸序列是选择性的至少一个探针接触。
在多个实施方案中，在样品上进行PCR的方法还可以包括下列步骤的一个或多个：加热微观流体盒中的生物样品；在与环境压力相比的压力差为约20千帕至200千帕或在一些实施方案中在约70千帕至110千帕的压力差下加压微观流体盒中的生物样品。
在多个实施方案中，使用本文所描述的装置的方法还可以包括下列步骤的一个或多个：确定生物样品中多核苷酸序列的存在，所述多核苷酸序列对应于探针，条件是在中和的多核苷酸样品或其PCR扩增子中检测到探针；确定污染结果，条件是在阴性对照多核苷酸或其PCR扩增子中检测到探针；和/或在一些实施方案中，其中PCR试剂混合物还包括阳性对照质粒和对于所述质粒的至少一部分是选择性的质粒探针，所述方法还包括确定已经发生了PCR反应，条件是检测到质粒探针。
包括透镜和滤波器的荧光检测系统，和多通道盒的多个平行检测
可以集成小型化的，高度灵敏的荧光检测系统用于监测来自生物化学反应的荧光，这是核酸扩增方法诸如PCR的基础。
因此，所述装置的另一个方面包括用于监测来自生物化学反应的荧光的系统。所述系统可以是，例如，一种光学检测器，所述检测器具有在荧光染料的吸收谱带选择性发射光的光源(例如LED)，用于聚焦光的透镜，和在荧光染料的发射谱带选择性检测光的光检测器(例如光电二极管)，其中所述荧光染料对应于荧光多核苷酸探针或其片段。备选地，光学检测器可以包括在荧光染料(荧光探针)的吸收谱带选择性发射光的带通滤波二极管，和在荧光染料的发射谱带选择性检测光的带通滤波光电二极管。例如，光学检测器可以配置成独立检测具有不同的荧光发射光谱的多种荧光染料，其中每种荧光染料对应于一种荧光多核苷酸探针或其片段。例如，光学检测器可以配置成在例如微观流体盒的多个不同位置独立检测多种荧光染料，其中每种荧光染料对应于一种荧光多核苷酸探针或其片段。
在一些实施方案中，供本文所描述的装置所用的给定检测器能够检测来自纳升规模PCR反应的荧光信号。有利地，检测器由便宜的元件形成，没有运动部件。检测器也配置成与本文所进一步描述的微观流体盒匹配，并且也优选是压力施加系统的一部分，诸如滑动盖，其保持所述盒在适当位置。检测器还具有用于2或3个颜色检测的潜力，并且由软件控制，优选定制的软件，配置成采样来自检测器的信息。
图57-59描述高度灵敏的荧光检测系统的实施方案，其包括发光二极管(LED)，光电二极管，和滤波器/透镜，用于实时监测从微观流体盒发出的一个或多个荧光信号。图57-59中的实施方案具有双颜色检测系统，其具有与单一通道微观流体盒匹配的构件化设计。检测器包括两个LED(蓝色和红色，分别地)和两个光电二极管。两个LED配置成将一束聚焦的光传送到所述盒的特定区域上。两个光电二极管配置成接受从所述盒的区域发射的光。一个光电二极管配置成检测发射的红光，另一个光电二极管配置成检测发射的蓝光。
图60和61显示例举性的阅读头，其包括多路调制的2个颜色检测系统，诸如显示在图57-59中的检测系统的多个实例，将其配置成与多通道微观流体盒匹配。图60显示多路调制阅读头的外部的视图。图61是显示多个检测器如何配置在例举性的多路调制阅读头内，并且与电子电路板通信的剖视图。
图60和61中的构件配置成检测来自12-通道盒的每个通道的荧光，因此包括24个独立可控制的检测器，排列为12对相同检测元件。然后每一对元件能够双色检测预确定的荧光探针组。本领域普通技术人员应当理解，其它数目对的检测器与本文所描述的装置相容。例如，4，6，8，10，16，20，24，25，30，32，36，40，和48对也是相容的，并且可以根据本领域普通技术人员理解的方法和标准配置。
例举性光学组件
在例举性实施方案中，光学底盘/压力组件安放在外壳(在某些实施方案中由塑料制成)中，可以将其定位以覆盖多通道微观流体盒。外壳可以任选具有手柄，所述手柄可以容易地被使用者抓紧，并且被引导用于平滑的和容易的推和拉。手柄也可以用作压力锁定装置。外壳的水平位置被传感在全开和全向前的位置，并且报道到控制软件。外壳和光学底盘压力组件与定位在微观流体盒下面的加热器盒构件调准到0.010”之内。紧密安装对于适当的加热器/盒接口连接是重要的。外壳组件经过10,000个循环的寿命在性能上不降低，其中循环规定为：在滑块处于向后位置的情况下开始，并且向前滑动然后将手柄向下锁定在盒上，将手柄开锁并使它返回到最初的向后位置。全部光路部件应当是非反射的(阳极化的，染色的，模制的，等)并且对于10,000循环不失去该特征。光学单元不受来自距离仪器12″以光穿透最可能发生的角度放置的源的＜＝9,000尺国际烛光的光强影响。在10,000循环以后没有在光检测器测量到性能降低。
当制造检测器组件时，制造容纳两个LED源(蓝色和琥珀色)的单一通道，和各自容纳一个光电二极管检测器(四个完全钻孔的孔)的另外两个通道。两个成对通道(源和检测器)从光轴测量相互成43°定向，并且与其它在相同43°取向的成对通道成一直线。光学底盘中钻的孔含有具有适当隔离物的滤波器和透镜，其规格是本文所进一步描述的。LED保持在适当位置以防止移动，因为机械调准对于良好的源照明是重要的。LED优选是扭曲的，直到两个“热点”与盒的阅读通道调准。必须保持该位置直到LED不能移动。光学底盘可以用铝制成并且是黑色阳极化的。光学底盘的底部压力表面在全部表面上平整到±0.001″。光学底盘是中心平衡的，以致光学底盘力的中心接近于试剂盒中心。压力组件(光学底盘的底部)在试剂盒的全部加热器部分提供最小1psi的均匀压力。光学组件可以远离盒去除和放置的试剂盒区域移动。光学底盘的适当研磨是优选的以防止假信号发射到光学PCB。
LED光源(琥珀色和蓝色)通过带通滤波器和聚焦透镜入射在微观流体盒上。这些LED光源具有2800毫烛光(蓝色)和5600毫烛光(绿色)的最小输出，并且中心波长是470(蓝色)和575(琥珀色)纳米，半峰宽为不超过75纳米。
LED光激发盒上的单一室中的至少一个荧光分子(最初附着于寡核苷酸探针)，使它发荧光。该荧光将通常被紧密间隔的猝灭剂分子有效地阻滞。经由TAQ酶的DNA扩增将把荧光和猝灭分子与寡核苷酸探针分开，不能猝灭。如果探针的靶分子(DNA序列)存在于样品室中，则仅会发生DNA扩增。当某一波长冲击靶分子时发生荧光。发射的光不同于入射光。通过绿色单独发射滤波器，蓝色入射光被阻滞离开所述检测器。通过黄色发射滤波器，绿色入射光被类似地阻滞离开所述检测器。荧光被捕获并且经由一个路径传播进入聚焦透镜中，通过滤波器并且传播到非常灵敏的光电二极管上。检测的光量增加，因为DNA扩增量增加。信号将随使用的荧光染料变化，但是峰间的背景噪声应该小于1mV。可以在固定位置永久安装到光学底盘的光检测器应当稳定5年或10,000个循环，并且应当对于非常低的光水平是灵敏的，并且具有不超过60mV的暗值。另外，光检测器必须是市场上供应至少10年的。透镜是平凸的(6mm检测器，和12mm源焦距)，在两个透镜上具有对着测试盒的平侧。滤波器在正常操作湿度和温度范围上应当保持稳定。
滤波器，例如由欧米格光学(Omega Optical)(Brattleboro，VT 05301)，是表面品质为F/F per Mil-C-48497A的光学玻璃基层。单独的滤波器具有6.0±0.1mm的直径，6.0±0.1mm的厚度，和AOI和1/2锥体AOI分别是0度和±8度。开通的孔是＞/＝4mm直径并且将边缘处理成变黑，之后安装在黑色的阳极化金属环中。FITC激发器滤波器是由例如欧米格光学(Omega Optical)(PN 481AF 30-RED-EXC)提供。它们具有466±4nm的截止频率和496±4nm的起始频率(cut-on frequency)。传输是＞/＝65％峰值并且阻滞是：从503到580nm，理论上＞/＝OD8，从501-650nm，＞/＝OD5，平均经过651-1000nm，＞/＝OD4，和UV-439nm，＞/＝OD4。FITC发射器滤波器是由例如，欧米格光学(Omega Optical)(PN 534AF40-RED-EM)提供的。它们将具有514±2nm的截止频率和554±4nm的起始频率。传输是＞/＝70％峰值，并且阻滞是：理论上400-504nm，＞/＝OD8，UV-507nm，＞/＝OD5，和平均593-765nm，＞/＝OD4。琥珀色激发器滤波器是由例如欧米格光学(Omega Optical)(PN 582AF25-RED-EXC)提供的。它们具有594±5nm的截止频率和569±5nm的起始频率。传输是＞/＝70％峰值，并且阻滞是：理论上从600到700nm，＞/＝OD8，600-900nm，＞/＝OD5，和UV-548nm，＞/＝OD4。琥珀色发射器滤波器是由例如欧米格光学(Omega Optical)(PN627AF30-RED-EM)提供的。它们具有642±5nm的截止频率和612±5nm的起始频率。传输是＞/＝70％峰值，并且阻滞是：理论上从550到600nm，＞/＝OD8，UV-605nm，＞/＝OD5，和平均667-900nm，＞/＝OD5。隔离物在全部操作范围内应当是惰性的和温度稳定的，并且应当将滤波器保持在精确位置和调准。使用的环氧树脂应当具有光学黑色的和不透明的材料以及没有粘性残渣的干燥固体。另外，它应当具有温度和水分稳定性，不在保持的元件上施加压力，并且应当以这样一种方式安装PCB，所述方式是它是固定的和稳定的，没有旋转或垂直高度改变的机会。50％的照明应当落在样品平面上，在沿着检测通道的轴的0.1″(2.5mm)宽×0.3″(7.5mm)的区域内。控制芯片的荧光不应当改变大于0.5％的测量信号/0.001″高度，尽管区域±0.010距离控制芯片的标称高度。
例举性光学板显示在图62中，并且用于检测和放大在微观流体盒上的成功化学反应的荧光信号，并且使用脉冲宽度调制(PWM)控制LED的强度以在高达四个通道上照亮盒样品，每个通道具有两个颜色选择。另外，它经过LVDS(低电压微分信号)SPI(连续周边接口)接受指令并且发回结果数据。配电板系统包括：+12V输入；和+3.3V，+3.6V，+5V，和-5V输出，配置如下：+3.3V输出含有线性调节器，用于驱动LVDS接口，应当保持+/-5％准确度，并且供应0.35A的输出电流；+3.6V输出含有线性调节器，用于驱动MSP430，应当保持+/-5％准确度，并且供应0.35A的输出电流；+5V输出含有线性调节器，用于驱动用于op-amps的正轨道(plus rail)，应当保持+/-5％准确度，并且供应0.35A的输出电流；-5V输出从+5V供应接受它的功率，用于驱动op-amps和光检测器偏压的负轨道(minus rail)，应当保持+/-1％电压准确度，并且供应6.25mA+/-10％的输出电流。另外，配电板具有80欧姆源电阻，并且主板软件可以使调节器输出打开/关闭。
主板接口使用LVDS标准的单一通道以在板之间连接。这在LVDS接口上使用SPI信号发生，所述LVDS接口连接到控制处理器的主要SPI端口。接口也含有用于系统内编程的连续端口。
图62的例举性光学检测系统由控制处理器、LED驱动器、和光检测系统组成。在例举性实施方案中，控制处理器是由双SPI(一个用于主板接口并且一个用于ADC接口)和用于数据存储的延伸SRAM组成的TIMSP430F1611。它具有功率监测，PWM LED控制，和SPI连接到ADC和主板的功能。LED驱动器含有NPN晶体管开关，被连接到控制处理器的PWM输出，可以接受10mA@12V/LED(总计80mA)，并且是具有2个连接到各自的LED(每个颜色一个)的单一通道。光检测系统具有两个通道并且由光检测器，高灵敏度光电二极管检测器，高增益电流到电压转换器，统一增益电压转化放大器，和ADC组成。另外，它含有16通道∑-三角(仅利用前8个通道)，将其连接到控制处理器的第二SPI端口。本领域普通技术人员应当理解，其它的元件选择和组合可以一起产生与本文中的说明一致的功能检测系统。
本文中技术的另外优势和特征
使用一次性的处理室，所述处理室具有表面涂层和材料性质以容许小体积，并且开放管加热的释放，以使可能的最小体积中的样品浓度最大化。
容许多个样品被独立加热但是使用单一可移动的磁体平台分开的集成磁性热分离器。
阅读器/盘设计，其容许容易放置微观流体盒和在一个位置使用自动机械分配器的多个液体的样品移取；相对位移到另一个位置和压力施加，用于随后的快速热温育步骤和光学检测。盒的底面与加热表面匹配。而且，移动盒和加热器进出位置一般比移动检测器更容易。
可移动的阅读头设计用于来自微观流体PCR通道的荧光检测。
固定器的方面，诸如组合一次性的条，其包括密封冻干试剂以及紧密接近密封的液体的存在，其通常难以实现。本文中部署的层压材料使储存变得更容易。
所述固定器容许多个ASR管的搭锁，和相关的液体分配方法，其使跨样品的污染最小化，但是容许从单一临床样品进行多个PCR制备。
软件特征容许使用者尽可能迅速地从全部24个样品得到结果，或尽可能迅速地从前12个样品并且随后从接下来的12个样品得到结果。
本文所描述的制备和诊断仪器可以使不同的样品类型(诸如血，尿，拭子，等)同时被全部处理，即使每个可能需要不同的温度、时间或化学试剂。这是通过使用个别化但是相容的固定器而部分实现的。
微观流体盒经由盒自动装载机自动输送到PCR阅读器中节省了使用者的时间并且导致总体操作效率的提高。
在液体管上刺穿箔和吸取液体的可靠方式。
可移动的阅读头，其具有与它一起移动的泵，传感器(移液管检测，力传感)，样品鉴别检验器等，因此使使用期间跨越仪器移动的控制线的数目最小化。
使用机动调准板，移液管吸头与盒入口孔的精确和快速的调准。
实施例
实施例1：试剂固定器
与本文描述一致的例举性试剂固定器具有下列尺寸和性能：
●180mm长×22mm宽×100mm高；
●由聚丙烯制成。
●一个搭锁式低粘着的1.7ml管，将其作为处理管起作用。
●3个内置管，其作为试剂的贮器起作用，如下：
○一个含有200-1000μl洗涤缓冲液(0.1mM Tris，pH8)的管。
○一个含有200-1000μl的释放溶液(40mM NaOH)的管。
○一个含有200-1000μl的中和溶液(330mM，pH8.0)的管。
●一个内置的管，其作为废料室(将保持～4ml废液)起作用。
●接受固体试剂用容器的3个贮器。将搭锁式0.3ml或0.65ml的PCR管(其一般独立于试剂固定器储存)放置在这些位置的每一个中，并且分别含有：
○冻干样品制备试剂(溶解酶混合物和磁性亲和性珠)。
○第一冻干的PCR控制混合物，探针和用于第一靶分析物检测的引物。
○第二冻干PCR控制混合物，探针和用于第二靶分析物检测的引物(仅在选择的情况下提供，诸如从尿检测衣原体和淋病)。
●4个相应的插孔中定位的4个移液管吸头。
●移液管吸头套：移液管吸头在下面具有套/滴流盘以帮助收集来自使用以后的移液管吸头的任何液滴，并且还防止不希望的仪器污染。
●手柄和弹性锁容许条容易地插入，除去，和可靠定位在支架中。
●一个或多个标记：向上面对定位以促进容易被眼和/或例如条形码阅读器阅读，含有人类的和机器可读的涉及要进行的分析的信息的一个或多个标记。
应当理解，这些尺寸是例举性的。然而，特别合乎需要的是确保，固定器不超过这些尺寸，以便容纳一个或多个试剂固定器的支架和装置不会不方便地变大，并且可以适合地定位在实验室中，例如，在工作台顶部上。
实施例2：一次性的试剂固定器制造
可以设计并机械加工简单固定装置以能够操作并处理多个条。存在五个步骤，可以进行所述步骤以生产该元件。一次性的试剂固定器将被放置在固定装置中并且使用人工的/电的多次移液充满液体。紧接着将全部液体分配到所述条以后，使用例举性热密封设备(Hix FH-3000-D平头压机)将箔热密封到塑料并且根据需要修整所述箔。在将液体热密封在板上以后，管中的全部小球可以快速移动到条中，可以将移液管吸头插入在它们的相应插孔中，并且可以固定条形码标记。干燥包装可以放置到设计成容纳12个固定器的吹塑的或热成型的支架中。12个一次性的条将要被装载到支架中然后用箔密封。密封袋将要被放置到纸盒中并且标记用于运输。
实施例3：含有缓冲液的试剂管的箔密封
含有缓冲液的管必须用高水分蒸汽屏蔽材料密封以便在长时期保持所述液体。一次性的固定器可以需要具有1-2年的贮存寿命，并且因而，它们不应该在所述时期失去大于所述的10-15％的液体体积，以保持所需体积的液体，并且保持溶液中存在的多种分子的浓度。而且，对于所述管的结构使用的材料以及密封层压材料不应该与液体缓冲液反应。特殊的塑料层压材料可以提供水分屏障，但是它们可能必须是非常厚的(大于300μm厚)，使刺穿力惊人地上升，或者是特殊的昂贵聚合物(诸如Aclar)。铝箔，即使数百埃的薄箔提供有效的水分屏障，但是裸露的铝与一些液体缓冲液反应，诸如氢氧化钠，甚至具有非反应聚合物的喷雾涂层的铝箔可能不能长时间经受腐蚀性蒸汽。它们可以通过涂层中存在的极小针孔反应并且可以随着时间的过去不能作为屏蔽。
对于这些原因，具有层压材料结构的铝箔已经被确定为适合的屏蔽，其例举性的性质描述如下：
1.密封
热密封到组合聚丙烯条(密封温度～170-180℃)
在密封以后所述箔不起皱，破裂和裂纹。
2.透潮率(MVTR)
在环境温度和压力储存1年时期小于10％液体的损失(来自200微升体积的20微升)。(传输的有效面积～63mm2)；大约MVTR～0.8cc/m2/天
3.化学
不与40mM氢氧化钠(pH＜12.6)反应的能力：箔应当具有更接近于密封流体的至少15微米厚的塑料层压材料。
不与含有温和洗涤剂的其它缓冲液反应的能力
4.刺穿
使用p1000移液管用小于3磅的力刺穿的能力
在刺穿以前，直径为8mm的充分支撑的膜不会在正交方向上延伸超过5mm。
在刺穿以后，箔不应当密封移液管圆周周围的移液管吸头。
5.其它特征
无针孔
在多层压材料结构情况下没有气泡。
实施例4：刺穿增塑层压材料并且收回液体缓冲液的机制
本文中其它地方描述的含有塑料膜的铝层压材料充分用于不与腐蚀性试剂诸如含有NaOH的缓冲液反应，并且具有有利的刺穿性质并用作水分屏障。然而，在刺穿期间，它表现一些另外的困难。铝箔趋于破裂成大于移液管直径的不规则的多边形图案，然而塑料膜趋于包围在移液管吸头周围，在移液管和塑料膜之间具有最小间隙。塑料膜中的孔直径类似于已经穿过层压材料的移液管的最大直径。移液管的这个包装引起分配和移液操作的困难，除非存在排放孔，其容许压力在所述管以外和所述管内部空气之间平衡。
成功的流体移液策略如下：
1.刺穿通过层压材料结构并且使移液管接近于试剂管的底部，以便层压材料中产生的孔几乎与移液管的最大直径一样大(例如，对于p1000移液管是～6mm)
2.将移液管向上收回短距离，以便小的环形排放孔留在移液管和层压材料之间。p1000移液管具有1mm的最小外径和6mm的最大外径，并且移液管的锥体部分是约28mm长。一百微米的排放孔厚度足以产生可靠的排放孔。这对应于插入到5.8mm直径的移液管，在它周围留下0.1mm的环。
3.从所述管收回流体。应当注意，对于样品制备程序，将所述管设计成保持比从它收回所必需的更多流体。
实施例5：箔刺穿和冻干试剂的溶解：
关于本文所描述的固定器提供的冻干试剂的容器一般是由非增塑铝箔(即，不是用于密封试剂管的层压材料)密封的。即使移液管移动到所述管底部，铝箔在刺穿移液管时也破裂成不规则多边形图案并且留下空气排放口。为了节约试剂，合乎需要的是溶解试剂并且使从管抽出的量最大化。为了实现这个，将星形凸纹(星形的)图案放置在容器底部以使收回的液体体积和凸纹之间的流动速度最大化。
溶解和收回流体的例举性步骤如下：
1.刺穿移液管并且远离冻干材料分配流体。如果移液管到了冻干材料水平下面，它将进入移液管并且可以引起出自移液管的液体流的阻塞。
2.使冻干材料溶解数秒。
3.移动移液管向下接触所述管的凸纹底部
4.执行足够数目的吸取和吐出操作(4-10)以将所述试剂与液体缓冲液彻底混合。
5.收回全部试剂并且移动移液管以将它分配到下一个处理管中。
实施例6：溶胞管的材料和表面性质
材料、表面性质、表面精整对于进行的测定灵敏度具有深刻影响。在临床应用中，低到50拷贝/样品的DNA/RNA(～1ml体积)需要在数十亿其它分子的背景中被确定地检测，所述其它分子中的一些强烈抑制PCR。为了实现这些高的灵敏度水平，必须选择反应管表面以及所述表面的材料以具有多核苷酸的最小粘合。在产生注射成型工具以产生这些塑料管期间，由机械加工产生的固有表面可以具有大的表面积，这是由于切割标记大到数十微米的峰和谷。这些表面必须被抛光到SPI A1/A2精整度(镜面精整)以除去微观的表面不规则。而且，这些微观的谷的存在将在非意欲的位置截留磁性珠(0.5-2μ)并且产生无规律的性能。除实际的表面糙度之外，表面疏水性/存在的表面分子可以引起多核苷酸粘在非意欲的位置并且减小总体测试的灵敏度。除基础材料使用外，诸如同质聚丙烯及其它聚合物，在这些管模塑期间使用的特定材料，诸如脱模化合物或帮助制造的任何添加剂可以对于反应的执行具有深刻影响。
实施例7：液体分配头
关于图18，19A-C，和63，将例举性液体分配器连接到台架，并且经由电缆1702接受指令。条形码扫描器1701安装在液体分配器的一个面上。台架安装在水平轨道1700上以提供x-方向上的移动。未显示的是正交配置的轨道以提供y-方向上的移动。液体分配器包括计算机控制的机动泵1800，其连接到具有相关计算机控制阀门调节1801的流体分布多支管1802，和具有独立弹簧头1803的4-向上的移液管。流体分布多支管具有九个Lee Co.螺线管阀门1801，其控制通过移液管吸头的空气流：每个移液管两个阀门，和排出所述泵的另外一个阀门。条形码阅读器1701可以确定地检测样品管，试剂一次性的和微观流体的盒。将扫描器安装到z-轴以便可以定位它以阅读样品管，条，和盒条形码。
实施例8：集成加热器/分离器
在图64中，显示了例举性集成磁性分离器和加热器组件。将磁性分离器1400和加热器组件1401制成包括相互平行排列的12个加热块。每个加热块1403由铝制成，并且具有L-形构造，其具有用于接受处理室1402的U-形入口。将每个加热块1403用金属条1408和螺钉1407固定并连接。磁体1404是长方形钕块(或其它永久稀土材料，K&J Magnetics，力场磁体(Forcefield Magnetics))，配置在每个加热块1403后面并且安装在支撑元件上。齿轮1406从电动机(未显示)传达转动能量以使机动轴1405相对于每个加热块提高并降低磁体1404。电动机是计算机控制的，以1-20mm/s的速度移动磁体。所述装置还包括印制电路板(PCB)1409，其配置成在收到适当的指令时使加热器组件将热独立施加到每个处理室1402。在例举性实施方案，所述装置也包括与每个加热器部件连接的温度传感器和功率电阻器。
实施例9：例举性软件
伴随本文中的装置使用的例举性软件可以包括两个广泛的部分-用户界面和装置固件。用户界面软件可以便于与使用者相互作用的方面诸如-输入患者/样品信息，监测测试进程，故障报警，打印测试结果，将结果上载到数据库和更新软件。装置固件可以是实际运行所述测试的低水平软件。固件可以具有可以独立测试的一般部分和对于正在进行的测试是特异性的部分。测试特异性部分(“规程”)可以规定微观流体操作和它们的指令以实现所述测试。
图65A和65B显示来自编程界面和实时热传感器和光学检测器监测的屏幕截取。这个实时装置性能监测是用于测试目的；在最终构造中对于使用者不是可见的。
用户界面：
医学级LCD和触摸屏组件可以用作用户界面，经由图示的用户界面提供容易的操作和微小故障查找指令。LCD和触摸屏已经规定为确保全部表面与通常清洁剂的相容性。与分析仪集成的条形码扫描器可以配置成扫描脱离盒的条形码(规定盒类型，批号，有效期限)，以及如果可获得，来自一个或多个样品管的患者和使用者ID。
实施例10：例举性制备装置
该产品是可以在约半小时内自动处理24个临床样品以生产提纯的核酸(DNA或RNA)的仪器(图66)。提纯的核酸可以在单独的扩增-检测机器中处理以检测某些靶核酸的存在。将样品在组合一次性的条中处理，通过样品制备化学原理预装载，并且将最终提纯的核酸分配到PCR管中。流体操作是由用xyz台架移动的移液管头启动的。(图67)
所述系统具有下列子系统：
■两个样品处理支架，每个支架处理高达12个在组合一次性条中的临床样品
■磁性分离器-和-管加热器组件(24个加热站)
■四探针液体分配头
■移动移液管头的3-轴台架
■接受提纯的DNA/RNA的珀尔帖冷却pcr-管保持站
■控制电子装置
■条形码阅读器
操作：使用者将得到每个样品的工作列表，他们是否想提取每个临床样品的DNA或RNA。样品管放置在所述支架上并且用于每个样品类型(DNA或RNA)，使用者将组合试剂一次性物品(DNA或RNA处理)滑动到支架的相应通道中。组合一次性物品(固定器)将具有已经预包装在其中的全部样品制备试剂，处理管以及一次性的移液管。一旦全部一次性的物品装载到支架中，则将所述支架放置在它在仪器上的位置。将开放的pcr管放置在珀尔帖冷却管固定器中，在那里最终提纯的核酸将被分配。然后，使用者关闭仪器的门，然后使用GUI(图示用户界面)启动样品处理。
仪器检验全部子系统的功能，然后阅读样品管和组合试剂一次性物品的条形码。与预存在的工作列表的任何失配被测定，并且标记故障，如果必要。然后使仪器通过一系列液体处理，加热，磁性分离以完成每一临床样品的样品制备步骤并且将提纯的核酸输出到PCR管中。每个样品处理中包括的基本步骤是样品溶胞，将核酸收集到磁性亲和珠中，洗涤磁性珠以除去杂质，从磁性珠释放核酸，中和所释放的DNA并且分配到最终PCR管中。这些管被保持在4℃直到处理全部样品，并且使用者取走所述管用于核酸的下游处理。
实施例11：例举性诊断装置
与有关耗材组合的装置自动地执行核酸测试的全部方面，包括样品制备，扩增，和检测高达48个样品/小时，前24个结果可在小于1小时内获得。所述系统容易使用。操作者将患者样品的一部分简单等分到含有预包装缓冲液的专用管中。操作者将专用管放入样品支架上的位置中。然后操作者装载一次性的塑料试剂条用于支架中的适当测试。在所述装置中使用的唯一其它的耗材是用于进行扩增和检测的微观流体PCR盒；每个盒能够执行高达12个PCR测试，并且可以一次将两个盒装载到分析仪中。如果所述装置需要新的PCR盒，所述分析仪将提示操作者装载所述盒。然后，分析仪将提示操作者关闭盖子以启动测试。全部耗材和样品管编有条形码用于明确的样品鉴定。
样品溶胞和DNA制备，其对于24个样品的完全运行将需要大约半小时，是由分析仪的自动机械和液体操作元件使用位于组合一次性的塑料条中的规程和试剂自动进行的。然后所述装置自动地混合样品和PCR试剂，并且将混合物注入盒中，其将被集成PCR机器自动处理。快速的实时PCR和检测需要小于20分钟。结果，其将在完成PCR时自动地获得，显示在仪器触摸屏上，打印或传送到医院信息系统，如由使用者所指定(或使用者的主管)。
每个仪器可以一次处理高达24个样品，在第一运行以后每小时总计48个样品的通量。分析仪稍微小于1m宽，并且容易安装在标准实验室台上。可以使用所包括的条形码棒和触摸屏管理所述设备的全部操作。分析仪可以与实验室信息系统，医院网络，PCs，打印机或键盘通过四个USB接口和以太网端口接合。
所述装置具有下列特征。
灵敏度：所述装置将具有～50拷贝的DNA或RNA的检测限。(并且可以具有低到25-30拷贝的DNA/RNA的检测限)。
每一测试的成本：由于HandyLab试剂，盒及其它耗材的小型化的，简化的属性，每一测试的物品成本将是相对低的并且非常有竞争性。
自动化：与电流“自动化”的NAT系统相对照，其全部需要一定程度的相当广泛的技术专家与系统的相互作用，通过使用集成的测试和样品提取、制备、扩增和检测的完全集成，本文中的装置将提供更高水平的自动化，并且相应地减少技术专家时间和所需的技术水平，因此有利地影响总劳动成本。
通过量：通过量规定为系统可以在给定量的时间进行多少测试。平均起来，所述装置每小时将能运行45个测试。
得到第一结果的时间：在医院环境下，得到第一结果的时间是特别重要的考虑。所述装置将在小于一小时内产生前24个结果，并且其后每半小时产生另外24个结果。
随机接入和STAT：随机接入是在单一运行中一起运行多个测试并且将样品放置在分析仪上的未分配位置的能力。同样，用化学和免疫测定系统，合乎需要的是能够在一个运行已经启动以后增加测试。这经常称为“真实的随机接入”，因为为使用者提供了关于可以运行什么测试，在分析仪的何处以及新样品可以何时加入到运行中完全的灵活性。STAT是需要尽可能快速结果的样品，因此在分析仪上在测试指令中给定优先权。现在，基本上全部化学和免疫测定分析仪是真实的随机接入并且提供STAT性能。然而，对于NAT，非常少的系统提供任何随机接入或STAT性能。本文中的仪器将提供随机接入和STAT性能。
菜单：可用于分析仪的测试的数目和类型在选择系统方面是非常重要的因素。本文中的装置配置弹出菜单策略，其涉及大体积的混合物，与新的高价值测试结合的“标准”核酸测试。
所述装置可以使24个临床样品自动地处理以提纯核酸，将提纯的DNA/RNA与PCR试剂混合并且在微观流体盒中执行实时PCR以便在一小时内为样品提供结果。例举性装置具有两个PCR阅读器，每个能运行12通道微观流体盒，使用具有专用双色光学检测系统的光学系统。图68，图69。
所述装置具有下列子系统：
●两个样品处理支架，每个支架处理高达12个在组合一次性条中的临床样品
●磁性分离器-和-管加热器组件(24个加热站)
●四探针液体分配头
●移动移液管头的3-轴台架
●两个PCR扩增-检测站，每个能运行12-通道微观流体盒和每个PCR通道的专用2-颜色光学检测系统。
●控制电子装置
●条形码阅读器
外部(面朝上)和内部的照片分别在图70，71中。
操作：使用者将得到每个样品的工作列表，他们是否要关于每个临床样品检测某些靶分析物(诸如GBS，衣原体，淋病(gonnorrhoea)，HSV)。将样品管放置在支架上，并且对于每个样品，使用者将组合试剂一次性物(分析物特异性的)滑动到支架的相应通道中。组合一次性物品将具有已经预包装在其中的全部样品制备试剂，PCR试剂，处理管以及一次性的移液管。一旦全部一次性物品装载到支架中，则将所述支架放置在它在仪器上的位置中。然后，使用者将两个12-通道微观流体PCR盒放在PCR阅读器的两个盘中。然后，使用者关闭仪器的门，然后使用GUI(图示用户界面)启动样品处理。
所述仪器检验全部子系统的功能，然后阅读样品管的条形码，组合试剂一次性物品和微观流体盒。与预存在的工作列表的任何失配被确定，并且标记故障，如果必要的话。然后，所述仪器经历一系列液体处理，加热，磁性分离以完成每一临床样品的样品制备步骤，将提纯的核酸与PCR试剂混合并且将最终混合物分配到微观流体盒的通道中。在将微观流体盒用最终PCR混合物装载以后，盒盘移动并且排列阅读器中的盒，并且光学检测系统将所述盒对着微观流体PCR加热器表面挤压。将芯片上的阀门启动以关闭反应混合物，然后开始热循环以引发PCR反应。在每个PCR循环(达到45个循环)，来自每个PCR通道的荧光是由光学检测系统(2-颜色/PCR通道)检测的，并且最终结果是基于阈值循环(Ct)测定的。
对于24个样品的样品制备步骤在约40分钟内进行并且PCR反应在约20分钟内进行。
样品阅读器：
当连同HandyLab微观流体(测试)盒使用时，阅读器执行高达12个由PCR方法(实时PCR)适当制备的患者样品的功能测试。每个设备将采用两个阅读器构件用于总计高达二十四个测试。(图72A和72B)将阅读器的操作设计用于最小的用户相互作用，仅需要装载和卸载测试盒。在“装载一次性物品”顺序期间，阅读器将提供电动机驱动的盘，用于安装一次性的盒。滑动位于盘前部中的小旋钮，弹簧装载的保护覆盖物将升高，容许测试盒被正确套装在适当位置。然后降低覆盖物直到旋钮自锁定到盘框架中，在样品装载顺序期间固定所述盒并且防止移动。
一旦已经经由移液到测试盒中分配所制备的样品，所述盘将缩回到阅读器中，将测试盒精确定位在光学组件的底盘下。然后，光学组件将通过锁位螺杆驱动的步进电动机直到与测试盒进行接触而降低。在这一点上，测试盒定位在加热器组件上的靶位置以上1/8″。当向下运动持续时，所述盘内的测试盒和它的固定器在盘框架上压缩弹起(这些是随后使用的以便在盘操作期间将所述盒返回到它的正常位置并且能清除位于加热器组件上的封装导线连接)。一旦与加热器组件进行接触，则实现测试盒和光学组件的移动，并且在围绕PCR通道和它们的控制闸门的盒区域的三分之二上获得2psi的最小值。在这一点上，使用加热器组件进行盒的测试，用机载的光学装置测量，并且经由软件和电子装置控制许多，以和在类似的HandyLab仪器上正在运行的相同方式进行。
一旦功能试验完成，主要的电动机升高光学组件，在测试盒上释放压力以返回到它的正常位置。当控制时，以支架-和-小齿轮方式操作的盘电动机，将所述盘提供给消费者，用于盒的除去和抛弃。当盘位于延伸位置中时，它悬浮在位于装置底盘上的支撑部件之上。该部件防止所述盒在装载期间通过盘中固定器滑动并且当将样品移液到一次性的盒中时用作支撑。还提供在该支撑部件中的是，在除去期间升起和抓紧一次性的盒的辅助杠杆。所述盘以及支撑部件和盒升起辅助的全部元件可以由消费者移动，不用工具，用于容易地清洁和再安装。
微观流体PCR加热器构件：
微观流体PCR加热器构件包括具有光刻限定的微加热器和传感器的玻璃晶片，以精确提供热用于启动阀门并且执行所需的热循环以执行实时PCR反应。晶片表面具有用于所述微观流体盒中每一PCR通道的专用独立控制的加热区域。对于12-向上(12-up)的盒，存在12个PCR区域，并且对于24-向上盒，存在24个PCR加热区域。使用金或铝导线连接将单独的加热器和传感器电连接到印制电路板。热适应的密封剂为导线连接提供物理保护。虽然本装置是在玻璃晶片上制造的，但是可以将加热器制作在玻璃载硅晶片及其它聚合基层上。每个基层可以提供与它的热和机械性能相关的特定优势。除使用光刻方法以外，还可以使用现货供应的电子元件诸如电源电阻，珀尔帖，晶体管装配这种加热基层，将每一元件的上部加热表面保持在同一平面上，以将加热提供到微观流体盒。每个温度传感器的温度校准值可以存储在共同定位在加热器PC板中的EEPROM或其它存贮装置中。
12-通道盒：
这个12通道盒是相同的基本设计，其描述在2006年11月14日提出的美国临时专利申请序号60/859,284中，具有下列修改：将PCR体积从2μl增加到4.5μl，导致输入体积从4μl增加到6μl。将入口孔远离盒突出部分移动数毫米以容许所述盒中的2mm调准突出部分的空间。类似的调准突出部分还包括在盒的另一边缘上。(图31A，31B)
外壳：
装置外壳的设计必须满足下列要求：在操作期间的消费者安全性；提供功率和通信接口的通道；提供空气进入、离开、和过滤；提供用于打开的单手操作用于材料的安装和除去；结合可出售的美学。
冷却：
装置的冷却将结合外壳和总体系统设计以确保需要空气的全部组件在流动途径之内或接受转向的空气。
当前的概念是用于空气入口，以定位在下前方面板的底部上。然后空气将经过可清洁的过滤器，之后进入所述装置。金属片元件将使空气定向到一次性的支架和主要电源这两者。然后，空气将被定向通过卡片架，围绕阅读器，并且将离开通过外壳顶部中提供的槽。
基础板
将XYZ级和框架以一种方式安装到基础板，其中在所述级，盒和一次性物品之间将没有错位。将外壳安装到基础板。外壳的最终设计决定用于安装的螺栓孔图案。底板安装到具有绝缘体的基础板。全部其它板安装到底板。一次性物品安装在支架上，所述支架将可以从安装的托座移动到基础板。阅读器托座螺栓固定到基础板。阅读器托座的最终设计决定螺栓孔图案。电源安装到基础板。基础板在宽度和长度上延伸在全部仪器之下。
实施例12：例举性高效率诊断装置
更高度多路调制实施方案，也可以使24个临床样品被自动处理以提纯核酸，将提纯的DNA/RNA与PCR试剂混合并且在微观流体盒中执行实时PCR。该产品具有单一PCR阅读器，具有扫描阅读头，能够从每一PCR通道阅读高达4个不同的颜色。盒具有24个PCR通道，可以使单一盒运行全部24个临床样品。另外，该产品具有盒自动装载器，其中所述仪器将来自盒包装的PCR阅读器自动装载到仪器中，并且将使用过的盒丢弃到废料盘中。图显示在图73，和74中。
所述装置具有下列子系统：
■两个样品处理支架，每个支架处理高达12个在组合一次性条中的临床样品
■磁性分离器-和-管加热器组件(24个加热站)
■四探针液体分配头
■移动移液管头的3-轴台架
■单一PCR扩增-检测站，其能够运行24-通道微观流体盒和扫描器设备以检测来自每个PCR通道的高达4种颜色。
■将来自箱的24-通道微观流体盒装载到PCR检测设备中的自动装载器设备。
■控制电子装置
■条形码阅读器
操作：使用者将得到每个样品的工作列表，他们是否要关于每个临床样品检测某些靶分析物(诸如GBS，衣原体，淋病，HSV)。将样品管放置在支架上，并且对于每个样品，使用者将组合试剂一次性物品(分析物特异性的)滑动到支架的相应通道中。组合一次性物品将具有已经预包装在其中的全部样品制备试剂，PCR试剂，处理管以及一次性的移液管。一旦全部一次性物品装载到支架中，则将所述支架放置在它在仪器上的位置中。然后，使用者关闭仪器的门，然后使用GUI(图示用户界面)启动样品处理。
仪器检验全部子系统的功能，并且然后阅读样品管、组合试剂一次性物品和24-通道微观流体盒的存在的条形码。与预存在的工作列表的任何失配被测定，并且标记故障，如果必要的话。然后，所述仪器经历一系列液体处理，加热，磁性分离以完成每一临床样品的样品制备步骤，将提纯的核酸与PCR试剂混合并且将最终混合物分配到24-通道微观流体盒的通道中。在用最终PCR混合物装载微观流体盒以后，将所述盒用PCR阅读器中的自动机动推进器移动并且排列。然后光学检测系统将所述盒对着微观流体PCR加热器表面挤压。将芯片上的阀门启动以关闭反应混合物，然后开始热循环以引发PCR反应。在每个PCR循环(达到45个循环)，来自每个PCR通道的荧光是由光学检测系统(2-颜色/PCR通道)检测的，并且最终结果是基于阈值循环(Ct)测定的。然后将使用过的盒自动推出到废料盒容器。
将微观流体盒储存在盒包装(最大24个盒)中，并且一旦来自包装的全部盒用光，则所述仪器警告使用者更换盒包装并且清空废料盒容器。
24-通道盒
24-通道盒具有两行的12PCR通道。多个视图显示在图75-77中。所述盒具有3个层，层压材料，基层，和标记。所述标记显示在两个片中。每个通道具有液体入口端口，其与一次性的移液管接合；4微升PCR反应室(1.5mm宽，300微米深和大约10mm长)，在PCR反应器和出口排放口的任一侧上的两个微阀门。微阀门在启动时通常开启和关闭所述通道。在多于6μl流体被分配到所述盒中的情况下，出口孔可以使额外的液体(～1μl)包含在流体通道中。
所述盒的入口孔在形状上制成圆锥，并且在顶部具有3-6mm的直径，以确保移液管可以容易地被流体分配头降落在圆锥孔内。一旦移液管降落在圆锥之内，锥体形状引导移液管并且机械密封以提供无故障分配或收回流体到所述盒中。孔越大，它越好与移液管对准，然而，本发明人需要使盒宽度之内的入口端口数目最大化，以及保持孔之间的孔距与移液管间的距离相容。在这个特别的设计中，移液管间的距离是18mm并且所述盒中的装载孔之间的距离是8mm。因此，在一个分配操作期间，移液到通道1、4、7、11中；接下来是通道2、5、8和12，等等。
将圆锥孔的高度保持低于所述盒中突出部分的高度，以确保所述盒可以堆叠在突出部分上。所述盒的两个长边上的突出部分可以堆叠所述盒，在两个堆叠盒之间具有最小表面接触，并且还帮助将所述盒从盒包装引导进入到阅读器中(参阅图28-33)。
盒自动装载器
盒自动装载器由用于正确锁定24个微观流体盒的包装的位置组成，其预堆叠在弹簧装载的盒中(例如，图33)。所述箱在侧面上具有结构元件，可以将所述箱单向定位和锁定在自动装载器中(图33)。为了装载新的箱，使用者将滑动元件移动到自动装载器的左侧，将所述箱放置并且推进在槽中并释放滑动锁定以将所述箱保持在它的正确位置。当所述箱需要被替换时，装载在箱底部的弹簧帮助将所述箱向上推。提供在所述盒包装底部的螺旋弹簧对着所述盒推进，并且能够用4到20磅的力连续推进所述盒。
盒的存在或不存在是通过阅读所述盒顶部上的条形码检测的，如果存在的话。
为了开始PCR运行，移液管头将PCR反应混合物分配到自动装载器中顶部盒中所需数目的通道中(例如，图28)。推进器将来自自动装载器箱的顶部盒推进到两个轨道中，所述轨道将盒引导到PCR阅读器中。将盒推进到阅读器下的校准位置，然后使用步进电动机将光学部件向下移动，以将所述盒对着微加热器表面推进。光学部件(孔板)的底部在侧面上具有凸起，以使所述盒对着所述孔精确对准。步进电动机将所述盒推到预校准位置(例如，图30)，其在微观流体盒的加热表面上提供1psi的最小接触压力。
在PCR反应完成以后，步进电动机远离所述盒向上移动5-10mm，解除接触压力并使盒在它的导轨中移动。激活推进器，并且它将所述盒推出到盒废料容器(例如，图32)。在这个步骤以后，推进器移动回到它的原位。在它的向后移动期间，推进器能够上升在盒包装中盒顶部之上，因为它具有角自由度(参见图)。扭转弹簧确保推进器回到水平位置以使它对着序列中下一个盒推进。将推进器机械地连接到正时皮带。可以通过使齿轮电动机变向而在任一方向上移动正时皮带。将推进器安装到滑块排列，以便限制它仅在一个轴上移动(见，例如，图31)。
还可以将盒推进机构制成不仅将来自自动装载器箱的盒推进到检测位置，而且用于将它移动回到自动装载位置。这将可以使微观流体盒中未使用的通道用于下一个PCR运行中。
盒自动装载箱还是这样设计的，以便一旦使用全部盒，可以容易地再循环所述箱或将新盒加入到它。这减少对于消费者和制造商的成本。
阅读器
阅读器由光学检测设备组成，其可以对着24-通道微观流体盒挤压，以便与PCR通道光学地接口，以及对着微观流体加热器基层挤压盒(图78)。光学部件的底部具有24个孔(两行的12个孔)，其在最接近于所述盒的PCR反应器的尺寸上是类似的。孔板由低荧光材料制成，诸如阳极化的黑铝，并且在操作期间，使总背景荧光最小化，同时使仅来自PCR反应器的荧光收集最大化(图79A和79B)。孔板底部具有两个斜的边缘，其帮助适当对准盒的两个边缘，以便所述孔与PCR反应器対直。(图80，81)
将光学检测设备(总计8个检测设备)装配并安装到光学箱内部的滑动轨道上，以便可以在所述孔上扫描光学设备(图82)。每个设备能够将某一波长的光激发并聚焦到PCR反应器上，并且将特定波长的发射荧光收集到光检测器中。通过在顶部4个通道上使用4种不同颜色，并且在底部通道中重复4种颜色，全部扫描器可以扫描来自每一PCR通道的高达4种颜色。
光学部件可以是从铝机械加工的并且被阳极化或使用低荧光黑色塑料注射成型的(图83)。注射成型可以显著地减少单位成本并且还使光学装配更容易。设计的设备可以背对背堆叠。
实施例13：供本文所描述的制备和诊断装置所用的例举性电子装置
在专用硬件上存在多个独立软件构件：本文所描述的是诊断(PCR)系统中使用的电子装置的例举性规格。与PCR系统有关的另外信息描述在本文中其它地方。在一些实施方案中，所述PCR系统包括九种不同类型的十八个印制电路板(PCB)。关于图86，所述系统可以含有三个多路调制(MUX)板100a-c，其中两个(微加热器MUX板100a-b)，可以各自用于运行微加热器板110a-b，并且第三个(溶胞加热器MUX板100c)可以运行一个或多个溶胞加热器板116和117。三个MUX板100a-c的每一个可以经由以太网端口用PC处理器板控制。两个微加热器板110a-b，各自被MUX板100a-b的一个控制，加热微观流体盒上的微区域(microzone)。在一些实施方案中，所述系统包括两个溶胞加热器板116和117，由溶胞加热器MUX板100c控制，其加热两个12样品支架的每一中的溶胞管。
仍然关于包括在PCR系统中的PCB，所述系统可以包括两个12-通道光学检测板130a-b，其可以各自检测由微观流体盒化学所发射的光学荧光。使用SPI，在RS-422接口上，可以由MUX板100a-c的一个或多个控制光学检测板。所述系统可以包括三个电动机控制板140a-c，其中一个板(例如，电动机控制板140c)可以控制两个磁性分离电动机(未显示)，并且其余两个电动机控制板(例如，电动机控制板140a-b)可以各自运行一个阅读器盘电动机(未显示)和一个阅读器压力电动机(未显示)。运行磁性分离电动机的电动机控制板(例如，电动机控制板140c)可以经由来自溶胞加热器MUX板100c和两个电动机控制板140a-b的RS-485接口控制，其各自运行一个阅读器盘电动机和一个阅读器压力电动机，可以经由RS-485接口，通过微加热器MUX板100a-b控制。系统还可以包括一个PC处理器板150，其指导所述系统的总体排序，并且可以经由外部以太网和USB接口控制，和一个PC处理器基线板160，其将PC处理器板150的内部接口提供到系统的其余部分和外部接口。所述系统可以包括一个底板(backplane)180，其相互连接全部系统板，一个电动机控制底板190，其将电动机控制板140a-c相互连接到主要底板180和台架(未显示)，和两个门传感器板(未显示)。一个门传感器板在前门螺线管锁和PC处理器基线板160之间提供相互连接，并且另一个门传感器板在位置传感器和PC处理器基线板160之间提供相互连接。
在一些实施方案中，PCR系统可以包括现货供应PC处理器板150。PC处理器板150可以是ETX形式板卡(ETX form factor board)，其包括一个10/100BASE-T以太网端口，四个USB端口，一个模拟VGA显示端口，两个UART端口，一个实时时钟，一个平行端口，一个PS2键盘端口，一个PS2鼠标器端口，立体声输出，一个IDE接口，和一个12C接口。
关于图87，所述系统还可以包括PC处理器基线板160，其包括用于内部通信的五端口10/100BASE-T以太网桥161，其中之一可以连接到PC处理器板150的10/100BASE-T以太网端口，其中另一个可以用于诊断用途(在系统覆盖物内部具有连接器)，并且其中的三个可以通过底板180与三个MUX板100a-c通信(每个MUX板100a-c一个端口)。PC处理器基线板160还可以包括一个用于外部以太网连接的通到10/100BASE-T以太网端口162的USB，一个用于外部连接的四端口USB集线器163，一个外部VGA连接器164，一个内部PS2鼠标器连接器165(在系统覆盖物内部具有一个连接器)，和一个内部PS2键盘连接器166(系统覆盖物内部具有连接器)。PC处理器基线板160还可以包括一个通向板扬声器168的内部立体声输出167，一个来自IDE端口的内部压缩快速连接器169(在系统覆盖物内部具有连接器)，和一个来自UART端口的内部RS-232接口170(在系统覆盖物内部具有连接器)。包括在PC处理器基线板中的另外元件可以包括一个来自UART端口的内部RS-485接口171(在系统覆盖物内部具有连接器)，一个连接到12C接口的内部温度传感器172，用于实时时钟的电池，和一个平行端口173。关于系统覆盖物内部具有的连接器，平行端口173可以内部连接如下：一个控制物(bit)可用于驱动两个门螺线管的高电流下侧开关，当任一门传感器指示门被打开时，一个控制物可以用于产生处理器中断信号，三个控制物可用于编程EEPROM用于配置以太网桥161，和两个控制物可以连接到以太网桥管理接口(未显示)。其余控制物可以保持未分配的，具有任选的推上和推下电阻器，并且推出到10针Phoenix接触头(header)。
现在参考图88，在一些实施方案中，所述系统可以包括三个MUX板100a-c。虽然图88描绘例举性MUX板100a，三个MUX板100a-c的每一个可以包括一个或多个如下所述的特征。MUX板100a可以包括具有加热器(约33欧姆到约150欧姆)加热器的96脉冲宽度调节的(PWM)控制的加热通道，其可以支撑20或24伏(外部提供的电压)驱动器，最大电流约为800mA。每个PWM可以是具有可编程的开始和停止点的12-比特，可以具有1微秒分辨率，并且可以具有约75％的最大工作循环。每个PWM周期是可编程的，并且优选设置到4ms。MUX板可以包括精密度1mA传感电流的4-导线RTD/加热器连接，其可以容纳约50欧姆到约2500欧姆电阻温度装置并且具有+/-0.5欧姆的测量准确度。MUX板的热测量样品周期是32ms，包括8×PWM周期，其中12个16-比特ADC101a各自进样8个连续通道。MUX地址可以被标记到ADC数据。
仍然参考图88中描述的MUX板100a，RS-422光学板接口102a，其在底板180上相互连接并且使用本地同步交换信号在4导线SPI接口上传输数据，并且中断信号可以包括在MUX板100a上。MUX板100a还可以包括10/100BASE-T以太网接口103a，其相互连接到底板180上的系统，以及RS-485接口104a，其相互连接到底板180上的电动机控制器140a。
现在参考图89，在一些实施方案中，所述系统可以包括光学检测板130a-b。虽然图89描绘例举性光学检测板130a，但是光学检测板130a-b的每一个可以包括一个或多个如下所述的特征。光学检测板130a可以包括修改成使用RS-422接口131a的12-通道光学板设计。光学检测板130a可以包括在大约625mA最大值约6V的12-3瓦，蓝色LED132a驱动器(driven)。检测板130a中使用的例举性LED是产生约470nm波长的蓝光的Luxeon K2发射器，其使用约27mW@700mA。光学检测板130a还可以包括在大约625mA最大值约6V的12-3瓦，琥珀色LED133a驱动器。检测板130a中使用的例举性LED是产生约590nm波长的琥珀色光的Luxeon K2发射器，使用约60mW@700mA。检测板130a可以包括24透镜的硅光电二极管检测器134a，其中一个实施例是Hamamatsu S2386-18L。这些光电二极管检测器134a被设计在普通的TO-18包装中。检测板130a还可以包括具有两个PWM通道的MSP430处理器135a，一个用于蓝色通道并且一个用于琥珀色通道。板130a可以包括单独的LED，其可以使用于12颜色对的每一个的136a和137a设置在本地SPI总线上。
PCR系统可以包括溶胞加热器板，其提供并且监控对于溶胞管的加热。加热器板可以包括12-70瓦TO-247功率电阻器(将热提供到溶胞管)，其设计成从MUX板100a-c(例如，MUX板100c)的一个或多个和12-2000欧姆电阻温度装置(RTD)供电24V以监控所述溶胞管的温度。可以包括任选的电阻器以修改RTD的完全刻度范围。包括在溶胞加热器板上的是串联EEPROM，其可以容纳板序号并且可用于识别板类型和对于软件的修订水平。
现在参考图90，在一些实施方案中，所述系统可以包括微加热器板110a-b。虽然图90描绘例举性微加热器板110a，微加热器板110a-b的每一个可以包括一个或多个如下所述的特征。在一些实施方案中，所述系统可以包括微加热器板110a，其包括串联的EEPROM和两个光学断流器。串联EEPROM可以容纳板序号，可以容纳RTD校准数据，并且可用于识别板类型和对于软件的修订水平。光学断流器可用于传感电动机控制板140a的阅读器盘位置，并且将信息发送到Blue Cobra(电动机控制器)，其处理阅读器盘位置上的信息，并且因此控制通到由电动机控制板140a供电的发射器的功率。微加热器板110a可以提供对于96通道微加热器板的连接，并且控制96多路调制加热器/RTD装置以控制盒特征温度。加热器/RTD装置可以在约50欧姆到约500欧姆之间。微加热器板110a可以将RS-422接口从例如，MUX板100a桥接到光学检测板130a。从微加热器板110a连接到MUX板100a是在底板180上，而连接到光学板130a是在40针FFC电缆上。
现在参考图91，在一些实施方案中，所述系统可以包括电动机控制板140a-c。虽然图91描绘例举性电动机控制板140a，电动机控制板140a-c的每一个可以包括一个或多个如下所述的特征。在一些实施方案中，所述系统可以包括电动机控制板140a，其可以控制两个微步进电动机141a，并且可以经由RS-485接口连接到底板180。对于电动机的输出可以高达24V，这是通过底板180在外部供给的。输出电流可以是跨接线可选择的。可以经由跨接线设置选择的例举性输出电流可以包括约700mA，约1.0A，或2.3A。电动机控制板140a包括通向MUX板100a和标志输入的开放收集器TTL中断输出。标志输入可以将1.5V功率输出提供到传感器并且可以由软件开关。
限位开关被放置在各自轴的最终位置上，例如，x-最小值和x-最大值，其在故障发生的情况下关闭通向驱动所述轴的电动机的电源，并且移液管头从设计工作距离中移出。任选的推上和推下是供光学断流器的输出使用的。)
在一些实施方案中，所述系统可以包括一个或多个相互连接板，诸如主要的底板180。主要的底板180可以相互连接其它的PCB，诸如MUX板100a-c，PC处理器基线板160，和加热器相互连接板。主要底板180可以缆接到电动机控制底板190并且缆接到两个溶胞加热器板。主要底板180可以在底板180上分配功率和信号，实现10/100BASE-T以太网和RS-485，并且从外部连接器供应电压。例举性电压供给包括+3.3V，+5.0V，+12.0V，-12.0V，+20.0V，和+24.0V。
系统可以包括电动机控制底板190，其可以分配功率和信号用于全部电动机控制板140a-c。电动机控制底板190可以从外部连接器供应+5.0V和24.0V。电动机控制底板190可以包括来自两个MUX板100a-b的每一个的RS-485信号传导所用的1个槽(总计2个槽)，来自控制MUX板100c的溶胞加热器的RS-485信号传导所用的6个槽，和将RS-485信号传导和功率提供到台架的一个连接器。电动机控制底板190可以提供推上和推下电阻器以操作浮点数据总线。
在一些实施方案中，所述系统可以包括加热器相互连接板和门传感器板。仅使用物理相互连接(例如，没有活动的电路)，加热器相互连接板可以将微加热器板110a-b连接到主要底板180。门传感器板可以提供电缆接口和来自光学断流器的混合逻辑，其传感所述门是开的，并且将安装和成缆接口提供到门锁定螺线管。
实施例14：供本文所描述的制备和诊断装置所用的例举性软件
存在在专用硬件上运行的多个独立软件构件：
阅读器(2)；
样品-制备(1)；
用户界面(1)；
检测器(2)；
电动机控制(8)
在其中的构件间通信是经由内部以太网数据总线的，与用户界面的通信是经由高速SPI数据总线并且与电动机控制的通信是经由RS485串行部线。
阅读器和样品制备软件运行在相同硬件上，并且因而相同地结合下列功能：
脚本工具(script engine)(规程的参数形式)
规程工具(protocol engine)
温度控制(微流体，溶胞，释放)
电动机控制(经由外部电动机控制构件)。电动机控制软件的显著特征是：
ASCII中的命令/回复和定址性能以容许通信连接的数据收集和整理系统(daisy)链接。
检测(经由外部检测器构件)检测器构件控制LED照明和光检测器数字化。
将用户界面实施为在埋置的x86兼容PC上在Linux操作系统下运行的程序。解决了下列功能：
图示的用户界面
测试控制和监控
经由以太网(到实验室信息系统)的测试结果储存和检索网络连通性
USB接口
打印机
扫描仪(内和外)
键盘
鼠标器
门锁定和传感
实施例15：例举性化学方法和使用方法
化学方法综述：
化学方法围绕临床样本中生物的检测和鉴定，借助于从所述的生物检测核酸。这涉及从包含在临床样本中的靶生物分离核酸，接着是将检测具体核酸序列存在的方法。除靶检测之外，内部阳性对照核酸将被添加到收集缓冲液，并且将在全部提取和检测过程中与靶核酸一起被采用。该控制将监控全部过程的效率，并且将使具有假阴性结果的风险最小化。
核酸提取和纯化：
核酸提取步骤开始于将临床样本添加到制备样本收集溶液。这可以在样本收集位置或在测试位置进行。两个收集溶液形式将是可获得的：一个用于体液，并且一个用于拭子样本。在收集位置使用的收集溶液将用作样本运输溶液，因此，该溶液必须保持样本和分析物完整性。
完全自动化的提取和纯化程序进行如下：
将靶生物通过加热含有清洁剂的收集溶液溶胞。
添加到标本/收集溶液混合物的磁性珠非特异性地结合释放到溶液中的全部DNA。
将磁性珠分离并且洗涤以除去污染物
使用高pH和加热从所述珠释放DNA。
将含有DNA的溶液除去并且用缓冲液中和。
核酸扩增：
已经被磁性珠收集、洗涤、释放在高pH中、并且用缓冲液中和的核酸被添加到缓冲液、盐、和已经在管中冻干的酶的混合物中。将混合物快速再水化，然后将溶液的一部分装载到微观流体盒上。然后将所述盒装载到扩增仪器构件中，其由能热循环的加热设备和光学检测系统组成。靶核酸的检测进行如下：
密封在反应室中的液体。
将快速热循环用于加强聚合酶链式反应(PCR)，将其用于扩增具体的靶DNA。
扩增的DNA发荧光，并且可以用光学传感器检测。
将荧光探针“尾”结合到每一扩增的DNA片段中
在具体温度，所述探针采用产生荧光的构象(这称为“蝎”反应，见图84)。
在全部反应中检测和监控荧光。
提取和扩增/检测方法：
已经进行了广泛的实验台规模测试以优化核酸提取化学，包括收集缓冲液，洗涤缓冲液制剂，释放溶液制剂，和PCR试剂混合物。完全自动化的提取方法，接着是12-向上PCR，能一致地在150拷贝/样品提供很高灵敏度。
实施例：尿中的衣原体(50/50)；尿中的淋病；血浆中GBS。
多个检测化学方法诸如Taqman，Scorpion，SYBRg Green在微观流体盒中可靠地工作。
试剂制造
进行可行性研究，以便确定除使用2μl冻干小球以外，PCR试剂是否可以在PCR管中冻干。研究已经显示，使用管冻干试剂进行的反应的灵敏度等于湿试剂或2μl小球试剂的灵敏度，如此已经证明可行性。该形式的稳定性研究表明类似的稳定性数据。本发明人已经看到一旦密封在氮气氛中，2微升冻干PCR小球在室温中稳定高达2年。
制造综述：制造系统元件可以在HandyLab公司，Ann Arbor，MI实现。已经将制造任务分成由下列组成的五个区域：化学制造，一次性的条，收集试剂盒，盒和分析仪。
化学制造：目前存在七个单独的共混的化学成分，鉴定为具有供本文所描述的系统所用的潜力。混合，混和和处理试剂/化学品可以在HandyLab公司进行，现有设备已经在适当位置。另外的工具和固定设备将是必要的，因为产品成熟，并且本发明人扩大到高体积生产，但是初始成本将是最小的。
收集缓冲液，洗涤，释放以及中和液体是具有极低风险的简单方法，并且可以在大批次中制造以保持混合/混和的劳动成本等于或低于目标设计。它们将被混合并且放置在用于贮藏的中间容器中，然后流出(issue)用于分配的一次性的条制造。成熟SOP是处于来自现有方案行为的位置上。
亲和珠(AB)具有被储存并且用作所述条中液体的良好潜力，但是对于使用冻干小球的设计不可预见费是处于作为后备的位置上。在分配期间，重要的是将所述珠保持悬浮在溶液中。一旦已经对于所述条中的液体AB储存证明了稳定性，在分配期间提供连续悬浮液的搅动的分配设备(例如，由Innovadyne制造)已经被确定为购买。制造和磁化亲和珠的方法跨越9小时循环时间以产生2,000个等分试样的批次，但是一旦本发明人扩大成高体积生产，则相同时期可以用于放大方法批次。该项目在对于所述装置目前所需的全部化学制造中具有最高的工作量。
PCR试剂/酶类将在本发明人现有的冻干室(Virtis Genesis)中被冻干，但是不会需要球形小粒形成。代替地，将混合物正在分配到最终用途管内部，然后在最终用途管内部冻干。首先，将所述化学物质(chemistry)根据确定的SOP混合，然后进行下列步骤以实现冻干法：将单独管放到支架/固定设备中，并且使用现有设备(EFD超分配站)将溶液分配到每一个中。填充的支架将被放置在不锈钢气密箱(修改成在盖子中接受塞子)内部，然后放置到冻干室中，并且干燥周期开始自动。在冻干期间，塞子在凸起位置中，容许空气/氮气循环进入，和水分离开保持小瓶支架的不锈钢箱。在循环结束时，本发明人的冻干室架降低以使所述塞子安放到盖子中，形成密封，同时仍然在封闭室内部，在无水分的氮气氛中。然后从所述室除去钢箱，并且内部的每一支架应当在一道工序中加工以便将全部小瓶密封在所述支架上。紧接着在密封以后，小瓶将要在一个操作中从所述箔冲切，容许单独的小瓶向前达到一次性物品制造区域，用于放入一个条中。内部对照将被加入到现有溶液，或者将以收集缓冲液、洗涤、中和、和释放溶液的方式被分配到它自身的空腔中。如果需要冻干，它将用和PCR化学一样的方法实现，并且随后快速移动到所述条中。贮存寿命稳定性研究是正在进行的。
收集试剂盒制造
收集试剂盒将在内部人工加工达到初始数量。初始数量不会需要资金花费，因为本发明人具有所需的全部设备以使本发明人符合通过2008的设计。本发明人将使用其现有设备(EFD 754-SS无菌阀门和Valvemate7000数字控制器)以填充收集小瓶。所述小瓶具有顶部上的扭曲，其将是扭转的，并且所述小瓶将在每一小瓶上具有专有ID条形码。24个小瓶将被放置到能重新盖紧的塑料袋中，并且放置到用于运输的纸箱中。
将小瓶放入支架。
将溶液分配到小瓶中。
安装并扭转盖子。
标记小瓶。
将小瓶装袋并标记袋。
将小瓶袋和说明书/插入物放入纸箱，关闭并标记。
盒制造：
现有的用于层压和上蜡的半自动设备(Think&Tinker DF-4200，&Asymtek Axiom加热喷射平台，分别地)将用于符合全部盒制造要求。12-向上一次性物品的覆盖区(footprint)与RTa10盒相同，所以另外固定设备不是必需的。
层压材料微基层和修整过量。
用热蜡填充阀门和检查
施加标记和条形码。
将24片结合在一起。
袋和密封缠绕的盒，标记袋。
将袋和插入物置于到纸箱中，密封和标记。
这部分产品是相对简单的，虽然在自动化的(如本文所用)和单立的12-向上盒之间的差异。在所述盒上不会需要排放口，其消除用于盒制造的最费时的过程，以及用于完全集成自动化的最高风险和最高成本。在1,000具有排放口的12-向上的片上已经被成功地产生。
实施例16：例举性化学方法
样品预处理
对于尿样品：取0.5ml的尿，并且将它与0.5ml的HandyLab收集缓冲液混合。通过HandyLab公司预过滤器(含有两个10微米和3微米孔径大小的膜)过滤样品。将样品管放置在对于12-向上支架中的外部样品管指定的位置中。
对于血浆样品：取0.5ml血浆，并且将它与0.5ml的HandyLab收集缓冲液混合。将样品管放置在对于12-向上支架中的外部样品管指定的位置中。
对于GBS拭子样品：取拭子样品并且将它浸在1mlHandyLab收集缓冲液中。将样品管放置在对于12-向上支架中的外部样品管指定的位置中。
HandyLab样品收集缓冲液含有50mM Tris pH7，1％TritonX-100，20mM柠檬酸盐，20mM硼酸盐，100mM EDTA，加上1000拷贝的阳性对照DNA。
装载所述仪器并且开始样品处理
1.将含有PCR主要混合物的PCR管装载在组合一次性物品的指定搭锁位置的一个中。
2.将含有PCR探针和在研究中的靶分析物引物的PCR管装载在组合一次性物品的指定位置中。
3.在两个分析物测试的情况下，将含有探针和用于第二分析物的引物的PCR管装载在组合一次性物品的指定位置中。
4.将12-向上支架中的组合一次性物品装载在与研究中的样品管相同的通道中。
5.制备和装载组合试剂条用于研究中的其它样品。
6.将12-向上支架装载在仪器中位置的一个中。
7.将12-向上盒装载在所述盒盘装载位置中。
8.开始操作。
液体处理步骤
1.使用移液管吸头#1，所述自动机械将临床样品从所述外部样品管传递到组合一次性条的溶胞管中。
2.使用相同的移液管吸头，自动机械取约100μl的样品，混合冻干酶和亲和珠，将试剂传递到溶胞管。通过5个吸取和分配操作，在溶胞管中进行混合。
3.自动机械将移液管吸头#1放置在它在组合一次性条中的指定位置中。
4.将溶胞管加热到60C并且将它保持10分钟。
5.在5分钟溶胞以后，自动机械拾取移液管吸头#1并且通过3个吸取和分配操作混合内容物。
6.自动机械将移液管吸头#1放置在它在组合一次性条中的指定位置中。
7.在10分钟的溶胞以后，将磁体在溶胞管的侧面向上移动到样品的中央高度，并且在所述位置保持1分钟以对着管壁收集全部磁性珠。
8.将磁体缓慢降低以将收集的珠滑动接近于管的底部(而不是底部)。
9.使用移液管吸头#2，抽出全部液体并且将它倾倒到废料管中。
10.第二次抽出以从溶胞管除去尽可能多的液体。
11.使用相同的移液管吸头#2，收回100μl的洗涤缓冲液并且将它分配在溶胞管中。在该分配期间，将磁体向下移动，远离溶胞管。
12.执行15个混合步骤以彻底地将磁性珠与洗涤缓冲液混合。
13.等待30秒钟。
14.将磁体向上移动，以将所述珠收集到侧面并且保持15秒。
15.使用移液管吸头#2，两次抽出洗涤缓冲液以除去尽可能多的液体并且将它倾倒回洗涤管中。
16.将磁体向下移动远离溶胞管。
17.将移液管吸头#2放置在它在组合一次性条的指定位置中。
18.拾取新的移液管吸头(吸头#3)并且收回8-10μl释放缓冲液并且将它分配在溶胞管中的珠上。
19.等待1分钟然后执行45个混合。
20.将释放溶液加热到85℃并且将温度保持5分钟。
21.将移液管吸头#3放置在它在组合一次性条的指定位置中。
22.使磁体沿所述管向上，对着管壁收集全部珠并且将它向上移动并且远离管的底部。
23.拾取新的移液管吸头(吸头#4)并且从溶胞管收回全部释放缓冲液，然后收回3-10μl的中和缓冲液，将它在移液管吸头中混合并且将它分配在PCR管中。(在两个分析物检测的情况下，将中和的DNA溶液的一半分配到第一PCR管中，并且将溶液的其余部分分配在第二PCR管中。
24.使用移液管吸头#4，通过4-5次吸取和分配操作将中和的DNA与冻干试剂混合并且收回移液管吸头中的全部溶液。
25.使用移液管吸头#4，将6μl最终PCR溶液装载在12-向上盒的通道中。
在多个方法期间的移液管头的使用示意性显示在图85A-C中。
实时PCR
在PCR盒的全部适当PCR通道用最终PCR溶液装载以后，含有所述盒的盘将它在PCR分析仪中移动。用光学检测阅读头对着PCR加热器挤压盒。加热器驱动阀门关闭PCR反应器的任一端，并且启动实时热循环过程。在完成适当的PCR循环(～45个循环)以后，基于输出的荧光数据，分析仪产生一个样品是否具有靶DNA的信号。
移液管检测
移液管头具有4个红外传感器，用于检测移液管的存在。这对于确保计算机准确地知道移液管是存在或失去是重要的。因为将移液管使用机械力对着移液管拾取，并且使用剥离器板的机械运动分配，所以移液管传感帮助防止可以另外发生的故障。
移液管头的力传感
以这样一种方式装配多移液管头，和与它接口的力传感器，以便在任何时间，移液管头对着一次性的移液管安放，或选出的移液管被迫使通过试剂一次性物品中的层压材料，或迫使移液管对着试剂一次性物品中管的底部，通过移液管保持喷嘴或移液管本身，向上的力作用在移液管头上。全部头是转动的，如图中所示，并且作用在所述头上的任何力引起所述头上部的固定螺钉对着力传感器挤压。关于针对非移动表面的头垂直位移校准这个力传感器。使用这个校准，可以确定，何时在z-方向上停止移动所述头，以检测移液管是否适当安放或移液管是否到达管底部。
调准移液管吸头，同时将PCR试剂装载到微观流体盒中。
装置中使用的移液管可以具有小到10μl至大到1ml的体积。较大体积移液管可以是长达95mm(p1000移液管)。当4个长移液管吸头从所述头弹起时，即使在安放期间1°错位也可以使吸头偏离中心1.7mm。因为在它与吸头固定器和底部交界的顶部不可能具有完全的吸头调准，所以有必要将全部吸头机械限制在更接近于底部的另一个位置。本发明人已经使用了剥离器板，其具有限定的孔结构，以便使用它调准全部吸头。当它们被拾取时，剥离器板孔清除全部4个移液管吸头。在吸头适当安放以后，使用电动机在x-轴移动剥离器板，以便对着剥离器板中提供的凹口移动全部移液管(参见图46b)。现在，全部移液管容易地到达盒入口孔。
样品制备延伸
本发明技术描述提取多核苷酸(DNA/RNA)的处理临床样品的细节。通过改变磁性珠中存在的亲和分子，相同产品平台可以延伸至处理样品来提取蛋白质及其它大分子。扩增-检测平台还可以用于执行其它酶反应，诸如免疫PCR，反转录酶PCR，TMA，SDA，NASBA，LAMP，LCR，序列测定反应等。样品制备还可以用于制备高度多路调制微阵列检测的样品。
实施例16：用于RNA-亲和基体的例举性材料
例举性多核苷酸收集材料当与液体培养基接触放置时优先在它的表面上保持多核苷酸诸如RNA，所述液体培养基含有与其它种类诸如蛋白质和肽混合的多核苷酸，所述其它种类可以抑制随后的多核苷酸的检测或扩增。
例举性多核苷酸收集材料是：聚酰胺型胺(PAMAM)0代，可以从Sigma-Aldrich Chemical Company(西格玛-奥德里奇化学品公司)(“Sigma-Aldrich”)获得，产品号412368。PAMAM是树状聚体，其分子含有伯胺和叔胺基团的混合物。PAMAM(0代)具有本文中所示的结构。
在使用期间，将PAMAM固定在固体载体诸如羧化珠或磁性珠上。在多核苷酸收集操作期间，多核苷酸收集材料包括聚阳离子分子。在材料和多核苷酸之间的亲和性是高的，因为多核苷酸诸如DNA和RNA一般地在溶液中包括聚阴离子。
在多核苷酸分子收集在材料表面上，并且溶液中的其余抑制剂及其它化合物已经用碱性缓冲溶液诸如0.1mM Tris(pH8.0)水溶液冲洗掉以后，所述多核苷酸可以自身从材料表面释放，这通过，例如用第二更碱性的缓冲液诸如pH为9.0的Tris洗涤所述材料进行。
在2008年7月11日提出的美国专利申请序号12/172,214中发现在核酸测试中使用PAMAM的例举性规程，通过参考结合于此。
实施例17：用于DNA-亲和性基体的例举性材料
例举性多核苷酸收集材料是：聚乙烯亚胺(PEI)，可以从西格玛-奥德里奇化学品公司(“Sigma-Aldrich”)获得，产品号408719。
在2008年7月11日提出的美国专利申请序号12/172,208中发现在核酸测试中使用PEI的例举性规程，通过参考结合于此。
实施例18：例举性装置
本文所描述的是用于PCR系统的机械设计的例举性规格。在一些实施方案中，所述系统可以是约28.5英寸深或更少，和约43英寸宽或更少，和重约250磅或更少。所述系统可以设计有约5年的使用寿命(例如，假定每年16,000个测试)并且可以设计成这样，以便该仪器的声音水平(在操作期间)在全部坐标方向上距离仪器12英寸测量时不超过50dB。在一些实施方案中，系统的外部可以是白色的，具有纹理。
在一些实施方案中，关于总体系统，系统的决定性元件可以保持正交或平行(酌情)到在0.04度内。例举性的决定性元件可以包括运动轨道，移液管，喷嘴(例如，轴向地作为单独喷嘴，直线地作为四喷嘴质心的阵列，等)，溶胞加热器，阅读器抽拉工具中安装的盒固定器的主要边缘，分离磁体的前面，等。在下列说明中，X-轴(或X方向)指的是当面对系统前部时从左至右延伸的轴，Y-轴(或Y方向)指的是当面对系统前部时从后到前延伸的轴，并且Z-轴(或Z方向)指的是当面对系统前部时从底部向上延伸的轴。从仪器顶部来观察，Z-有效载荷上的最左移液管喷嘴的质心(从仪器前部来观察)可以能够在X方向从距离最外左基础板边缘80mm的位置无障碍移动到距离最外左基础板边缘608mm位置，并且可以能够在Y方向从距离最外前基础板边缘60mm的位置无障碍移动到距离最外前基础板边缘410mm的位置。
仍然关于所述系统，从仪器前部来观察，Z-有效载荷上的移液管喷嘴的最底部面可以能够在Y方向上从基础板顶面以上156mm的位置无障碍移动到基础板顶面以上256mm的位置。1ml移液管吸头可以能够穿透包括在一次性试剂条上的箔覆盖物。该穿透可能不产生污染，影响有关的化学，或破坏移液管吸头。根据需要，可以以这样一种方式执行运动以便除去机械滞后作用。可以优化台架运动以防止交叉通道污染和移行(carryover)。支架可以将试剂条对准到X和Y方向上+/-0.010英寸的容差。
现在关于所述台架，在一些实施方案中，所述台架可以由步进电动机驱动的，带/螺杆驱动的笛卡儿自动机械系统组成。所述台架可以在构件以上自由移动，有或者没有连接，所述构件在后正面向前并且在Z头上的最底部水平面以下，只要Z-有效载荷完全缩回。台架可以能够在X和Y方向上移动速度高达约500mm/秒，在Z方向上高达约100mm/秒。轴运动的准确度和精密度(例如，相对于X，Y，和Z内部传感器)对于每一轴可以是25mm或更好，并且可以保持在全部维护周期中。轴驱动带可以不在处理PCR和样品的区域中留下残余物。所述台架可以含有用于将它自身和全部Z-有效载荷束线选定路线回到仪器的装置。X和Y轴上的带张力可以设置在41.5+/-3.5磅。
现在关于Z-有效载荷，流体头可以具有4个位于24mm中心上的移液管连接喷嘴。在不渗漏的情况下，移液管喷嘴可以收集的例举性移液管吸头包括Biorobotix吸头PN23500048(50μL)，PN23500049(1.75μL)，和PN23500046(1ml)。Z有效载荷可以结合能去除移液管吸头(例如，上面描述的移液管吸头)的步进驱动剥离器板。所述系统可以包括泵和多支管系统，其包括四个单独吸头的每一个之内的单独流体体积的软件控制的抽出，分配，和排放，以及全部吸头上的同时分配和排放。泵和多支管系统对于小于20μL的体积可以具有约+/-2μL/吸头的体积准确度和精密度，并且对于大于或等于20μL的体积具有约+/-10％的体积准确度和精密度(例如，当在单独吸头中抽出或分配时)。总泵冲程体积可以大于约8μL并且小于约1250μL。最小抽出和分配速度可以是约10μL/秒至约300μL/秒。每一移液管吸头的最底面的质心可以与移液管喷嘴的喷嘴面心轴向调准在0.2mm之内。最底部移液管吸头面可以在0.2mm之内是共平面的。Z-有效载荷可以结合Z轴力传感器，其能够将约0至4磅的施加力反馈至软件。Z-有效载荷可以结合向下面对的条形码阅读器，其能阅读如本文中其它地方描述的系统条形码。
现在关于包括在系统中的支架，一次性试剂条(例如，定向正交于仪器的前部)可以包含在2，12-通道支架中。给定支架中的12个试剂条可以在被使用者插入时自动记录并锁定到支架中。支架可以含有用于12个样品溶胞管(例如，PN23500043)并且保持所述管底部共平面的区域，容许使用者将条形码定向以面对仪器的背面。某些特征，包括上面列出的那些，可以容许所述支架被最少受训的使用者插入并定向在所述仪器中。可以通过反馈到软件证实适当的支架放置。在一些实施方案中，所述支架可以是黑色的和颜色牢固的(例如，在使用或用10％漂白溶液洗涤的情况下，颜色可以不略微降低)并且支架材料可以在系统的操作温度范围上空间稳定在0.1mm之内。所述支架可以设计有容许支架可以运送到和来自所述仪器并且减少或消除下列可能性的装置，所述可能性是，当放置在平面上时，被支架保持的管将溢出。
现在关于包括在系统中的阅读器和PCR加热器，所述阅读器可以便于盒插入最少受训的使用者并从中除去。盒可以在系统操作期间保持安放在阅读器中。在一些实施方案中，如果盒插入不正确(例如，颠倒或向后)，盒条形码可以不被条形码扫描仪适当地阅读，因而当盒插入不正确时，系统可以指示使用者将所述盒正确地再插入到阅读器盘中。阅读器抽拉工具可以反复定位所述盒，用于用移液管吸头装载在0.5mm之内。阅读器可以将来自装载位置的盒递送到反应和检测位置中，这借助于软件控制之下的自动抽拉机构。所述盒的PCR通道可以与光学系统和加热器两者用阅读器盘和抽拉机构对准。所述盒可以用约1psi或更大的平均压力在PCR通道和蜡阀门的区域中均匀接触加热器。可以保护加热器导线连接免于被破坏，以便不干扰系统运动。从加热器到盒和从盒到光学路径中心的记录可以在+/-0.010英寸之内。阅读器可以在不失效的情况下机械循环最少约80,000次运动。
现在关于包括在系统中的一个或多个溶胞加热器，用于24个溶胞站的每一个的加热器可以是独立软件控制的。溶胞直线上升时间(例如，溶胞管中的水从大约2.5℃的温度升高到给定温度所花费的时间)对于上升到50℃可以小于120秒，对于上升到75℃可以小于300秒。可以用溶胞加热器将溶胞温度(例如，如在溶胞管中包含的水中测量)保持在所需温度的+/-3℃内。可达到的溶胞温度范围可以是从约40℃到约82℃。溶胞加热器的每一个在操作中时可以获得约16瓦以上的功率。溶胞加热器可以设计成使到达溶胞管的热转移最大化，并且也适应所述部分的容差。溶胞加热器可以容许溶胞管与磁体直接接触(本文中更详细地描述)。所述溶胞加热器在装配期间可以是水平平面上可调节的，并且可以不干扰安装的系统的覆盖物。
现在关于包括在系统中的磁体，溶胞和磁体相关机构可以安装在支架之下并且可以不干扰支架插入或记录。磁体可以是高强力流磁体(例如，当在给定溶胞管内测量时，具有约1,000高斯以上的通量)并且能够移动足以实现一个或多个填充到900μL体积的溶胞管中的磁性珠分离的距离。所述磁体可以软件控制在约1mm/秒至约25mm秒的移动速率。接线，包括为加热器和控制器组件的一部分，可以被包含并且防止潜在的溢出(例如，溶胞管的溢出)。磁体可以在不使用时定位于距离溶胞管底部约1.25英寸或以上，并且可以以这样一种方式保持以便与溶胞管的接触最大化，同时也防止干扰。
在一些实施方案中，所述系统外壳在仪器前部包括半透明的盖(例如，具有不透明固定装置和/或硬件)以容许使用者察看仪器功能。盖可以包括公司和/或产品标识和可抓住的柄(例如，使使用者提高所述盖)。当关闭时，所述盖可以具有不大于15磅的开启力(例如，当在手柄底部边缘中心切线测量到门旋转时)，并且可以锁定在开启(例如，“向上”)位置，以便需要至多约5磅的力(例如，施加在手柄并且切向于门旋转)以克服手柄锁定并且将所述盖返回到关闭位置。所述盖可以包括两个安全盖锁定，当不施加功率时其通常是锁定的，并且容许所述系统监控盖的状态(例如，开启或关闭)。所述盖可以是设计成这样，当在开启和关闭位置之间时所述盖不落下。所述外壳可以包括在仪器的右侧定位的电源开关。电源线可以以这样一种方式从所述外壳伸出，所述方式是，定位所述仪器不破坏所述线或导致意外的断开。外壳可以防止使用者与例如运动部件，高磁场，有效的电连接等进行接触。外壳可以包括四个支撑足，定位在外壳的下侧，以外壳下侧和桌顶部之间提供约0.75英寸或以上的空隙。外壳可以包括通向外部附属连接诸如显示器端口，以太网端口，4USB端口等的凹进区域。
现在关于包括在PCR系统中的冷却子系统，进气口可以提供在设备前部，并且空气排放可以提供在设备顶部的后部。入口空气可以经过进气口并且通过过滤器元件(例如，可移动的和可洗涤的过滤器元件)。冷却子系统可以保持内部空气温度(例如，在试剂条诸如试剂条编号1、12、和24的表面，在PCR盒表面等测量的温度)在比环境空气温度约高10℃或更少。冷却子系统可以保持内部空气温度等于或低于约32℃。作为冷却子系统的一部分包括的一个或多个冷却风扇可以需要约5.7瓦或更少的功率/风扇。
在一些实施方案中，所述系统可以包括内部装配件上的覆盖物(除台架以外)。覆盖物可以用软布施用的10％漂白溶液清洁，而不显著降解。覆盖物可以在使用者和包括在所述系统中的电子的和移动的机械组件之间提供安全性屏障。内部装配件上的覆盖物可以设计成，通过使覆盖物下的气流最大化并且使覆盖物上的气流最小化，而使内部装配件的冷却最大化。覆盖物可以被服务技术人员移动，并且可以匹配外壳的颜色和质地。
在一些实施方案中，所述系统可以设计成在约15℃至约30℃的温度范围内和在非凝结相对湿度范围(例如，约15％至约80％的相对湿度)运行。分析仪可以被设计成在暴露于在不低于-20℃储存24小时或更少，在不大于60℃储存24小时或更少，和/或在大约50,000英尺或以下(例如，3.4英寸Hg)储存24小时或更少以后不损坏的情况下运行。系统可以设计具有防止运动的装置，所述运动在运输期间可能破坏所述仪器。它可以符合ASTM D4169-05，DC 12中陈述的运输标准，并且可以设计成容许基础板被可靠地安装到运输货盘。将仪器的支架和外壳设计成不被每天用10％漂白溶液清洁所降解或损伤。通向系统的装配件的电源可以由内部电源供给。例举性电源可以在大约90到约264Vac，在约47和约63Hz之间，作为输入接受约1590瓦，并且将约1250瓦的输出供应到装配件。
在一些实施方案中，所述系统可以包括电源开关(例如，摇杆-类型开关)，位于仪器右侧，一个或多个接口元件，和/或一个或多个接口端口。例如，所述系统可以包括LCD显示监视器，其是15英寸，具有1280×1024像素分辨率和16-位颜色。所述系统还可以包括其它显示监视器，诸如具有增加的尺寸，分辨率，和/或色深度的显示监视器。经由VGA连接，可以将LCD显示器连接到所述系统。系统可以包括白色的2按钮USB鼠标器，白色USB键盘，黑色SJT电源电缆，和不间断的电源，通过USB反馈。系统还可以包括USB彩色打印机，2个USB电缆(例如，一个用于打印机，一个用于UPS)。系统可以包括例举性接口端口，诸如，4个USB端口(例如，连接到点击设备，打印机，键盘，UPS，LIS)，1个VGA端口(例如，用于连接到LCD显示器)，和1个以太网端口(例如，用于PC连通性)，位于外壳的左侧上。IEC/EN 60320-11C14电源端口可以包括在外壳的右侧中。
在一些实施方案中，所述系统可以包括目的是增加使用者安全性的特征。例如，可以包括门联锁装置以便在台架在运动时和/或当非间断过程进行时防止使用者接入。系统可以设计成减少或消除仪器上的使用者可接近的危险边角和/或边缘的存在，并且设计成这样，以致金属部件正确电接地。可以根据需要在机械和电元件上包括金属片或塑料覆盖物以保护使用者避免运动部件和/或有效的电子部件，并且保护包括在系统中的电子装置和电动机避免，例如，跌出。
实施例19：例举性光学
本文所描述的是与PCR分析仪和/或系统中使用的光学设计有关的例举性规格。与PCR系统有关的另外信息描述在本文中其它地方。在PCR系统中包括的光学检测系统可以是12-通道双色检测系统，用于监测来自12-通道微观流体PCR盒的实时PCR荧光。所述系统可以包括激发光(例如，蓝色和琥珀色LED光源)，一个或多个带通滤波器，和一个或多个聚焦透镜。将从PCR反应器(例如，包括在微观流体盒中)发射的荧光通过路径收集到聚焦透镜中，通过滤波器，并且到达光电二极管上。对于每一PCR通道，包括在系统中的是，用于询问的两个颜色的每一个的专用的、固定的单独光学元件。
在一些实施方案中，检测限是20DNA拷贝/输入PCR反应混合物的反应，对于基础值的最小信号为1.15。所述2颜色荧光系统可以供，例如，FAM(或等价物)和Cal Red(或等价物)使用。所述系统可以具有在约100ms到约600ms内以每约2秒一个数据点的最大速率收集荧光数据的能力。当从PCR通道收集数据时，邻近通道中的LED将进样通道中的信号增加小于约1％(例如，0.5％)。检测的噪声可以小于约1％的最大信号。当使用暗电流-校正-荧光-斜率测量时，具有荧光标准(例如，部件#14000009)的通道-到-通道的荧光可变性可以在对于FAM和Cal Red两者的Cv为30％之内。对于FAM，使用荧光标准(部件#14000009)，具有12个通道的光学部件的平均暗电流-校正-荧光-斜率可以在约30mV到约90mV/(％蓝色LED电源)之间。对于Cal Red，使用标准荧光盒(部件#14000009)，具有12个通道的光学部件的平均暗电流-校正-荧光斜率应当在约75mV到约300mV/(％琥珀色LED电源)之间。每一通道的平均激发功率可以用软件独立改变约5％到约100％。在阅读器内部可以没有激活的光源以影响荧光读数。在一些实施方案中，打开或关闭房间的灯不影响光学读数。
在一些实施方案中，系统可以包括具有12个距离约8mm的2-颜色荧光检测设备重复物的光学部件。光学检测部件可以定位在微观流体盒顶部上，激发和发射传送通过微观流体盒的PCR窗口。光学部件的孔可以与PCR反应器调准在约+/-200微米之内。含有LED和光检测器的光学电子板可以与光学部件顶部平齐匹配，每一个光检测器凹进到它的相应光学通道的孔中。当微观流体盒安装在系统中时，光学部件可用于将约20到约30磅的力递送在微观流体盒的活动区域上，平均压力为至少约1psi。
光学部件可以由铝制成，并且光学路径长度上存在的表面可以阳极化成黑色，例如，以使自发荧光以及光散射最小化。具有12个狭缝的孔板，每一狭缝约10mm长和1mm宽，可以用于，例如限制激发光斑的尺寸以及减少背景荧光。光学部件的厚度可以是约1.135+/-0.005英寸。光学部件的底面可以在+/-1密耳内是平面的，以在微观流体盒上提供均匀压力。在光学部件制造和将光学部件装配到系统中的过程中，孔应当保持清洁，并且无碎片。
在一些实施方案中，所述系统可以包括激发光学，相对于PCR盒表面的标准，激发路径角度等于55+/-0.5英寸。激发路径中的光学元件的一个例举性排列，按顺序，是LED、透镜、滤波器、孔、和PCR样品。系统可以使用平凸激发透镜(例如，PCX、6X9、MgF2TS)，其用平面侧对着PCR样品定向。包括在光学器件中的是，具有锥形的一个或多个激发路径，其可以这样设计，以便透镜和滤波器可以放在孔内部，以提供比孔板大的光斑。LED和样品的位置可以是固定的，因为所述设计可以包括固定的可获得的光学器件厚度。可以测定透镜和滤波器的位置以沿着PCR通道的长度提供约6mm的激发斑(excitation spot)尺寸。激发光学器件可以包括LED诸如Luxeon部件#LXK2-PB 14-NO 0(例如，用于FAM激发)，其包括约470nm(蓝色)的中心波长，其具有约75纳米或更少的半带宽(例如，用于FAM激发)。激发光学器件还可以包括LED，诸如Luxeon部件#LXK2-PL12-Q00(例如，用于Cal Red激发)，其包括575nm(琥珀色)的中心波长，半带宽为约75纳米或更少(例如，用于Cal Red激发)。激发光学器件中使用的LED可以保持稳定达约5年或以上或约10,000次循环。
所述系统可以包括发射光学器件，其相对于PCR盒表面的标准，发射路径角等于约15+/-0.5英寸。发射路径中的光学元件的一个例举性排列，按顺序，是PCR样品、孔、滤波器、透镜和光检测器。发射透镜可以是平凸的(例如，PCX，6×6MgF2TS)，平侧面对着光检测器。发射光学器件可以包括用于发射路径的一个或多个孔，具有锥体，其可以如此设计，以便在使滤波器和透镜安全放置时使检测的光最大化。光检测器相对于样品的位置可以是固定的，因为所述设计可以包括固定的可获得的光学部件厚度。可以测定透镜和滤波器的位置以便沿着PCR通道的长度提供6mm的发射斑尺寸。可以用于发射光学器件的例举性光检测器是Hamamatsu硅光检测器，其具有透镜，S2386-18L。
在一些实施方案中，系统可以包括直径为约6.0+/-0.1mm，厚度为约6.0+/-0.1mm的一个或多个滤波器，直径为小于或等于约4mm的开通孔。滤波器可以包括在放置在安装环之前进行的黑化边缘处理。如果存在，所述安装环可以是金属并且阳极化成黑色。滤波器可以从光学玻璃制造，其表面品质根据F/F per Mil-C-48497a，AOI为约0°，1/2锥体AOI为约+8°，并且可以在系统的推荐操作范围之内是湿度和温度稳定的。例举性过滤器可以从Omega Optical Brattleboro，VT 05301获得。
所述系统可以包括一个或多个FITC激发器滤波器(例如，PN14000001)，其具有Omega部件号481AF30-RED-EXC(例如，图#2006662)，例如，用于FAM激发。这些滤波器可以具有约466+/-4nm的起始波长和约496+0/-4nm的截止波长。该类型的滤波器的透射可以大于或等于峰值的约65％。这些滤波器可以具有如下阻滞效率，对于紫外线波长到约439nm，大于或等于OD4，对于约651nm到约1000nm的波长，大于或等于OD4，对于约501nm到约650nm的波长，大于或等于OD5，并且对于约503nm到约580nm的波长，在理论上，大于或等于OD8。
所述系统可以包括一个或多个琥珀色激发器滤波器(Amber ExciterFilter)(例如，PN 14000002)，具有部件号582AF 25-RED-EXC(例如，图#2006664)，例如，用于Cal RED激发。这些滤波器可以具有约569+/-5nm的起始波长和约594+0/-5nm的截止波长。该类型的滤波器的透射可以大于或等于峰值的约70％。在理论上，对于约600nm到约700nm的波长，这些滤波器可以具有大于或等于OD8的阻滞效率。
所述系统可以包括一个或多个FITC发射器滤波器(例如，PN14000005)，具有部件号534AF 40-RED-EM(例如，图#2006663)，例如，用于FAM发射。这些滤波器可以具有514+/-2nm的起始波长和554+/-5nm的截止波长。该类型的滤波器的透射可以大于或等于峰值的约70％。这些滤波器可以具有下列阻滞效率：对于从紫外线到约507nm的波长，大于或等于OD5，从约400nm到约504nm的波长，在理论上，大于或等于OD8，并且从约593nm到约765nm的波长，平均大于或等于OD4。
所述系统可以包括一个或多个琥珀色发射器滤波器(例如，PN14000006)，具有部件号627AF 30-RED-EM(例如，图#2006665)，例如，用于Cal RED发射。这些滤波器可以具有612+5/-0nm的起始波长和642+/-5nm的截止波长。该类型的滤波器的透射可以大于或等于峰值的约70％。这些滤波器可以具有下列阻滞效率：对于从紫外线到约605nm的波长，大于或等于OD5，从约550nm到约600nm的波长，在理论上，大于或等于OD8，并且从约667nm到约900nm，平均大于或等于OD5。
实施例20：例举性3-层盒
本文所描述的是用于设计和组装微观流体盒的例举性规格，以及关于所述盒用于，例如，本文所描述的系统的例举性说明。在一些实施方案中，所述盒可以具有等于20拷贝/反应体积的最大检测限(例如，20拷贝/4μ)，靶检测为10拷贝/反应体积。所述盒可以在40分钟或更少时间内执行45个反应循环(例如，40分钟内45个循环，20分钟内45个循环，15分钟内45个循环，等)。所述盒可以利用两个颜色检测，例如，其使用FAM(或等价物)和CAL RED(或等价物)荧光染料。已经将使用所述盒获得的结果与使用标准实时PCR仪器获得的结果进行比较。
在一些实施方案中，所述盒可以是一次性使用的，一次性的盒，其可以根据一般实验室步骤抛弃。所述盒可以是4.375英寸长和2.800英寸宽，厚度为0.094+/-0.005英寸。所述盒可以包括容许所述盒与例如本文所描述的系统接口的特征。例举性接口特征包括PCR通道壁和PCR通道上的微基层的顶部，其是充分抛光的(SPI A1/A2/A3)，可以容易地在PCR反应器(例如，包含在所述盒中)和检测系统(例如，分析仪)之间传递激发和发射光。所述盒可以包括热接口，位于所述盒的底部上，用于与分析仪接口。热接口可以具有薄层压材料(例如，小于150微米厚，100微米厚，等)以促使热从加热器晶片传递到，例如，所述盒的PCR通道。
所述盒可以包括与例如分析仪的一个或多个机械接口。例如，所述盒可以在一个或多个角上具有凹口，其可以与分析仪的加热器构件上的相应形状匹配。所述凹口和相应的形状可以使所述盒仅以一种方式放置在例如本文所描述的系统的盘中。在一些实施方案中，所述盒在所述角的一个中具有单一凹口，其余三个角具有1mm的最小半径，以促进所述盒放置在分析仪中。在使用期间(例如，当放置在本文所描述的系统中并且执行诸如PCR的功能)，所述盒可以被光学部件在一个侧面上对着加热器晶片(对着相对侧定位)挤压，压力为约1psi或更大(例如，0.99psi，1.2psi，等)。当定位在分析仪的盘中时，所述盒可以具有+/-200微米的调准超出界限(alignment slop)，以使使用者容易地放置并从分析仪盘除去所述盒。所述盒可以具有两个突出部分，每一个都是1mm宽，并且沿着所述盒的两个长边定位，以使加热表面延伸在所述盘的基准面(datum)下。
在一些实施方案中，所述盒可以具有下列功能规格。所述盒可以包括入口孔，例如，其是锥体形状的，距离盒顶面的高度为1mm。锥体可以在所述锥体的顶部具有3mm的内径，并且可以向下逐渐变细到匹配微通道(例如，入口通道)的宽度的直径，入口锥体被流体连接到所述微通道。入口通道可以将入口孔流体连接到PCR反应器，其具有例如约4.25μl至4.75μl的内部体积(例如，4.22μl，4.5μl，4.75μl，等)。出口微观流体通道可以将PCR反应器流体连接到溢流室。所述盒还可以包括出口排放孔。
输入PCR样品(例如，反应混合物)可以是约6.0至7.0μl/PCR通道(例如，5.9μl/通道，6.4μl/通道，7.1μl/通道，等)，并且可以通过入口孔被例如移液管引入到所述盒中。可以将反应混合物经由入口通道输送到PCR反应器，其中可以将反应混合物分离(例如，被阀门封锁)以防止热循环期间的反应混合物蒸发或移动。一旦将所述混合物密封在所述室内部，则分析仪可以在反应混合物的一些或全部上开始多路调制实时PCR(例如，4.5μl，等于反应室内部体积的流体量，等)。
所述盒的微观流体基层可以包括一个或多个下列规格。微基层的材料可以是光学透明的(例如，具有约90％或更大的光学透射，3mm厚，符合ASTMD1003，等)，具有自发荧光，其小于由2mm厚ZEONOR 1420R发射的荧光，并且具有约1.53的折射率(ASTM D542)。微基层的材料可以顺应于所述盒的微观流体网络所需的注射成型特征。所述材料优选与全部PCR试剂相容，并且可以经受高达约130℃的温度达约5分钟以上，而不弯曲或熔融。所述盒可以包括基准，可由HandyLab制造设备识别，定位在基层的角的一个或多个(优选两个)中。所述盒可以包括流体元件(例如，微通道，阀门，末端排放口，试剂入口孔，反应室，等)，为执行所述盒的功能(例如，PCR)所必需。
基层材料的另外特征可以包括下列的一个或多个。约1mm的最小间隙可以设计在功能特征之间以确保密封成功(例如，到分析仪)，并且容许在装配期间简化固定设备。所述盒可以在小流体路径末端下包括八字试块，例如，为了增加模型寿命。微工具表面的底部可以变粗糙(例如，通过蒸汽磨石，EDM，等)。基层材料可以能够由标记粘附。
在一些实施方案中，所述盒中使用的密封带可以包括下列规格的一个或多个。层压材料可以容易地施用到微观流体基层的底部。层压材料的材料优选是无针孔。材料和粘合剂优选与PCR反应化学是相容的。使用的层压材料和胶不应当自发荧光。所述材料可以经受高达130℃达5分钟而不失去粘合，弯曲，熔融，或在所述盒上产生过度应力。在施加到微基层以后，气泡不应当在加热时(例如，至130℃达5分钟)形成在粘合剂层中。层压材料应当小于5密耳(mills)厚，例如，以实现快速热传递。
包括在所述盒中的高温蜡可以具有下列特征。所述蜡应当具有约90+/-3℃(例如，87℃，90℃，93.1℃，等)的熔点，与PCR反应生物相容，具有与微基层材料的润湿性，并且具有熔体粘度范围，例如，粘度在100℃＝20mm2/s并且硬度在25℃＝8dmm。所述盒的主要标记可以具有下列特征。它可以具有2-4密耳的厚度，具有对于微特征的适合粘合性，并且围绕阀门密封，包括用于一个或多个PCR窗口的切口，和帮助从分析仪除去所述盒的接头(无粘合剂的)。主要标记还可以在顶面上具有耐磨性，并且是可打印的。主要标记可以具有用于所述标记的上下调准图案，以完全覆盖阀门孔，用于适当操作所述阀门。
所述盒可以包括施用到盒顶部的条形码标记，其可以由条形码阅读器(例如，包括在分析仪中的条形码阅读器)阅读，同时将盒安装在分析仪中。条形码标记可以包括产品名称，批号，有效期限，条形码(2D)并且可以被打印上。另外，或备选地，可以使用激光或喷墨型打印机将条形码直接施加到主要的盒标记。
将所述盒包括在其中的包装可以包括下列的一个或多个：包装标记，纸箱，纸箱标记，和/或操作说明书。所述包装可以被印刷上，或者是标记可连接的，放置在塑料袋内，收缩/延伸包装袋等，并且可以以24个一组的形式堆叠。没有决定性密封的盒装袋应当被保持无灰尘污染。
所述盒可以包括一个或多个阀门(例如，温度控制，含有蜡的阀门)用于开始，停止，和/或控制所述盒内部的材料的流动。包含在阀门中的蜡可以是无截留气泡的，所述气泡具有大于阀门通道一半宽度的直径。阀门通道可以具有空气阱。蜡在活动之前可以不侵入到流体路径中。所述蜡可以填充到流体路径开口的开始处。
所述盒可以包括微通道和孔，以便所述孔具有能够容易地无泄漏地与175μl移液管吸头接口的大小与形状。在一些实施例中，所述孔尺寸直径在约200μm和约4000μm之间。微通道可以在约50μm和约1500μm宽之间，并且在约50μm和1000μm高之间。
所述盒可以包括用于控制流体在所述盒内流动的阀门(例如，通过微通道，反应器室，等)。阀门边缘，步骤，和一般几何形状可以设计成促使在蜡装载期间所需的精确流动和/或停滞。阀门几何形状可以设计成提供蜡分配设备的限制(例如，75nL体积的＝/-25％)。在一些实施方案中，阀门上的递降空气室是漏斗形状的以帮助蜡装载，并且其余几何形状从漏斗底部减小到其中蜡停滞的末端位置。其中在使用期间阀门将流入和阻塞的路径可以是足够窄的(例如，150-200微米宽和深)，并且具有足够长度以便在使用期间活动阀门时有效密封。阀门蜡温度可以是约90℃。当在使用中阻塞微通道的一部分时，阀门可以密封以防止在热循环期间的流体蒸发和/或流体从PCR反应器物理迁移。
所述盒可以包括用于在样品上执行PCR的一个或多个PCR区域。PCR区域(例如，PCR反应器)中的通道可以这样设计，以便通道内容物的温度均匀保持在退火温度的约1℃内。通道壁可以具有SPIA1/A2/A3的抛光。
在一些实施方案中，将所述盒设计成能在约59°F到约86°F(约15℃到约30℃)的温度范围和约15％相对湿度到约80％相对湿度的湿度范围内执行诊断测试。将盒设计成在室内使用，在2000m以下的高度使用，和在非凝结湿度(例如，对于高达31℃的温度的最大相对湿度为80％，线性减少到在40℃的50％相对湿度)条件下使用时是安全和有效的。
在使用中，所述盒中产生的PCR产物可以保持在用过的盒中，例如，以使交叉污染的可能性最小化。所述盒可以这样设计，以致在它包装时，所述盒的4英尺掉落不会破坏盒。将所述盒设计成在暴露到下列条件以后没有破坏地执行。对于额定的贮存寿命，所述盒应当储存在4℃到40℃。暴露到-20℃和4℃之间或40℃和60℃之间的温度应当发生不超过24小时。所述盒可以耐受气体输送的典型气压改变。
所述盒可以用下列信息标记(例如，为了鉴别所述盒，适应调节，等)。所述标记可以含有“仅供研究用”标签，如果可适用的，和CE标记，如果可适用的。标签可以含有公司名称和标志(例如，)，部件号(例如，55000009)，部件名称(12x Cartridge-非排放的)，批号(例如，LOT 123456)，有效期限(例如，06/2015)，书写空间，根据条形码规格的条形码(其它地方描述的)，和/或“Handylab，Inc.，Ann Arbor，MI 48108USA”。
所述盒可以包括在纸箱中，所述纸箱可以含有信息诸如，部件号(例如，55000009)，部件名称(12×盒-非排放的)，数量(例如，24)，批号(例如，批123456)，有效期限(例如，06/2015)，任选的UPC码，“由HandyLab公司制造，Ann Arbor，MI 48108美国”，声明储存限制的纸箱标记，CE标记(如果可适用的)，和/或AR名称和地址。
盒包装可以包括纸包裹以确保多个盒在一起，和清洁的包装填充以防止破坏，例如，来自振动。盒运输纸箱可以包括特征，诸如，对于ASTM6159的符合性，纸箱可以储存在任何方向上，可以不需要纸箱的冷藏或易碎标记，并且可以不需要另外的冷包装。盒的贮存寿命是12个月以上。
所述盒可以符合IEC 61010(NRTL测试的)，并且可以需要FDA清单用于临床分配。临床实验室装置中使用的盒可以符合全部品质系统要求。商业装置中仅用于研究的盒可以符合全部HandyLab品质系统要求。仅用于研究用途的盒(α或β测试)可以是设计/制造可追溯到DHR(制造记录)。
上述描述意欲说明本发明的多个方面。不希望本文中提供的实施例限制本发明的范围。目前充分描述的技术，对本领域普通技术人员显而易见的是，在不背离后附权利要求的实质或范围的情况下，可以对其进行许多改变和修改。
优先权声明
该申请要求2007年7月13日提出的美国临时专利申请序号60/959,437的优先权权益，和2007年11月14日提出的美国实用新型申请序号11/985,577的优先权权益，将这两者通过参考全部结合于此。