1.系统，其包含：
至少一个计算机硬件处理器；以及
存储处理器可执行指令的至少一个非暂时性计算机可读存储介质，所述处理器可执行指令当由所述至少一个计算机硬件处理器执行时使所述至少一个计算机硬件处理器执行：
获得来自对象的生物样品的RNA表达数据和/或全外显子组测序(WES)数据；
至少部分地通过使用所述RNA表达数据确定基因群组集合中每个基因群组的基因群组表达水平来确定所述对象的分子功能(MF)谱，所述基因群组集合包含与癌症恶性相关的基因群组和与癌症微环境相关的不同基因群组；以及
从多个MF谱聚类中鉴定与所述对象的所述MF谱相关联的MF谱聚类，所述MF谱聚类包含：
与发炎且血管化生物样品和/或发炎且富含成纤维细胞生物样品相关的第一MF谱聚类，
与发炎且非血管化生物样品和/或发炎且不富含成纤维细胞生物样品相关的第二MF谱聚类，
与未发炎且血管化生物样品和/或未发炎且富含成纤维细胞生物样品相关的第三MF谱聚类，以及
与未发炎且非血管化生物样品和/或未发炎且不富含成纤维细胞生物样品相关的第四MF谱聚类，
其中所述MF谱聚类通过以下生成：
使用从来自多个对象的生物样品获得的RNA表达数据确定相应多个对象的多个MF谱，所述多个MF谱中的每一个包含所述基因群组集合中每个基因群组的基因群组表达水平；以及
对所述多个MF谱进行聚类以获得所述MF谱聚类。
2.权利要求1所述的系统，
其中所述与癌症恶性相关的基因群组是肿瘤特性组；并且
其中确定所述对象的所述MF谱包括确定肿瘤特性组的基因群组表达水平。
3.权利要求1或任一其他前述权利要求所述的系统，
其中所述与癌症微环境相关的基因群组是促肿瘤免疫微环境组、抗肿瘤免疫微环境组、血管生成组和成纤维细胞组；并且
其中确定所述对象的所述MF谱包括确定以下各组的基因群组表达水平：促肿瘤免疫微环境组、抗肿瘤免疫微环境组、血管生成组和成纤维细胞组。
4.权利要求2或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述与癌症恶性相关的基因群组包含来自下组的至少三个基因：
肿瘤特性组：MKI67、ESCO2、CETN3、CDK2、CCND1、CCNE1、AURKA、AURKB、CDK4、CDK6、PRC1、E2F1、MYBL2、BUB1、PLK1、CCNB1、MCM2、MCM6、PIK3CA、PIK3CB、PIK3CG、PIK3CD、AKT1、MTOR、PTEN、PRKCA、AKT2、AKT3、BRAF、FNTA、FNTB、MAP2K1、MAP2K2、MKNK1、MKNK2、ALK、AXL、KIT、EGFR、ERBB2、FLT3、MET、NTRK1、FGFR1、FGFR2、FGFR3、ERBB4、ERBB3、BCR-ABL、PDGFRA、PDGFRB、NGF、CSF3、CSF2、FGF7、IGF1、IGF2、IL7、FGF2、TP53、SIK1、PTEN、DCN、MTAP、AIM2、RB1、ESRP1、CTSL、HOXA1、SMARCA4、SNAI2、TWIST1、NEDD9、PAPPA、HPSE、KISS1、ADGRG1、BRMS1、TCF21、CDH1、PCDH10、NCAM1、MITF、APC、ARID1A、ATM、ATRX、BAP1、BRAF、BRCA2、CDH1、CDKN2A、CTCF、CTNNB1、DNMT3A、EGFR、FBXW7、FLT3、GATA3、HRAS、IDH1、KRAS、MAP3K1、MTOR、NAV3、NCOR1、NF1、NOTCH1、NPM1、NRAS、PBRM1、PIK3CA、PIK3R1、PTEN、RB1、RUNX1、SETD2、STAG2、TAF1、TP53和VHL。
5.权利要求4或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述肿瘤特性组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述肿瘤特性组的基因群组表达水平。
6.权利要求3或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述与癌症微环境相关的基因群组包含来自以下每一组的至少三个基因：
抗肿瘤免疫微环境组：HLA-A、HLA-B、HLA-C、B2M、TAP1、TAP2、HLA-DRA、HLA-DRB1、HLA-DOB、HLA-DPB2、HLA-DMA、HLA-DOA、HLA-DPA1、HLA-DPB1、HLA-DMB、HLA-DQB1、HLA-DQA1、HLA-DRB5、HLA-DQA2、HLA-DQB2、HLA-DRB6、CD80、CD86、CD40、CD83、TNFRSF4、ICOSLG、CD28、IFNG、GZMA、GZMB、PRF1、LCK、GZMK、ZAP70、GNLY、FASLG、TBX21、EOMES、CD8A、CD8B、NKG7、CD160、CD244、NCR1、KLRC2、KLRK1、CD226、GZMH、GNLY、IFNG、KIR2DL4、KIR2DS1、KIR2DS2、KIR2DS3、KIR2DS4、KIR2DS5、CXCL9、CXCL10、CXCR3、CX3CL1、CCR7、CXCL11、CCL21、CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、EOMES、TBX21、ITK、CD3D、CD3E、CD3G、TRAC、TRBC1、TRBC2、LCK、UBASH3A、TRAT1、CD19、MS4A1、TNFRSF13C、CD27、CD24、CR2、TNFRSF17、TNFRSF13B、CD22、CD79A、CD79B、BLK、NOS2、IL12A、IL12B、IL23A、TNF、IL1B、SOCS3、IFNG、IL2、CD40LG、IL15、CD27、TBX21、LTA、IL21、HMGB1、TNF、IFNB1、IFNA2、CCL3、TNFSF10和FASLG；
促肿瘤免疫微环境组：PDCD1、CD274、CTLA4、LAG3、PDCD1LG2、BTLA、HAVCR2、VSIR、CXCL12、TGFB1、TGFB2、TGFB3、FOXP3、CTLA4、IL10、TNFRSF1B、CCL17、CXCR4、CCR4、CCL22、CCL1、CCL2、CCL5、CXCL13、CCL28、IDO1、ARG1、IL4R、IL10、TGFB1、TGFB2、TGFB3、NOS2、CYBB、CXCR4、CD33、CXCL1、CXCL5、CCL2、CCL4、CCL8、CCR2、CCL3、CCL5、CSF1、CXCL8、CXCL8、CXCL2、CXCL1、CCL11、CCL24、KITLG、CCL5、CXCL5、CCR3、CCL26、PRG2、EPX、RNASE2、RNASE3、IL5RA、GATA1、SIGLEC8、PRG3、CMA1、TPSAB1、MS4A2、CPA3、IL4、IL5、IL13、SIGLEC8、MPO、ELANE、PRTN3、CTSG、IL10、VEGFA、TGFB1、IDO1、PTGES、MRC1、CSF1、LRP1、ARG1、PTGS1、MSR1、CD163、CSF1R、IL4、IL5、IL13、IL10、IL25、GATA3、IL10、TGFB1、TGFB2、TGFB3、IL22、MIF、CFD、CFI、CD55、CD46和CR1；
成纤维细胞组：LGALS1、COL1A1、COL1A2、COL4A1、COL5A1、TGFB1、TGFB2、TGFB3、ACTA2、FGF2、FAP、LRP1、CD248、COL6A1、COL6A2和COL6A3；以及
血管生成组：VEGFA、VEGFB、VEGFC、PDGFC、CXCL8、CXCR2、FLT1、PIGF、CXCL5、KDR、ANGPT1、ANGPT2、TEK、VWF、CDH5、NOS3、KDR、VCAM1、MMRN1、LDHA、HIF1A、EPAS1、CA9、SPP1、LOX、SLC2A1和LAMP3。
7.权利要求6或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述抗肿瘤免疫微环境组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗肿瘤免疫微环境组的基因群组表达水平；
使用由所述促肿瘤免疫微环境组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述促肿瘤免疫微环境组的基因群组表达水平；
使用由所述成纤维细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述成纤维细胞组的基因群组表达水平；以及
使用由所述血管生成组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述血管生成组的基因群组表达水平。
8.权利要求1或任一其他前述权利要求所述的系统，
其中所述与癌症恶性相关的基因群组是：增殖速率组、PI3K/AKT/mTOR信号传导组、RAS/RAF/MEK信号传导组、受体酪氨酸激酶表达组、肿瘤抑制因子组、转移标签组、抗转移因子组和突变状态组；并且
其中确定所述对象的所述MF谱包括确定以下各组的基因群组表达水平：增殖速率组、PI3K/AKT/mTOR信号传导组、RAS/RAF/MEK信号传导组、受体酪氨酸激酶表达组、肿瘤抑制因子组、转移标签组、抗转移因子组和突变状态组。
9.权利要求1或任一其他前述权利要求所述的系统，
其中所述与癌症微环境相关的基因群组是：抗原呈递组、细胞毒性T细胞和NK细胞组、B细胞组、抗肿瘤微环境组、检查点抑制组、Treg组、MDSC组、粒细胞组、癌症相关成纤维细胞组、血管生成组和促肿瘤免疫组；并且
其中确定所述对象的所述MF谱包括确定以下各组的基因群组表达水平：抗原呈递组、细胞毒性T细胞和NK细胞组、B细胞组、抗肿瘤微环境组、检查点抑制组、Treg组、MDSC组、粒细胞组、癌症相关成纤维细胞组、血管生成组和促肿瘤免疫组。
10.权利要求8所述的系统，其中所述与癌症恶性相关的基因群组包含来自以下每一组的至少三个基因：
增殖速率组：MKI67、ESCO2、CETN3、CDK2、CCND1、CCNE1、AURKA、AURKB、CDK4、CDK6、PRC1、E2F1、MYBL2、BUB1、PLK1、CCNB1、MCM2和MCM6；
PI3K/AKT/mTOR信号传导组：PIK3CA、PIK3CB、PIK3CG、PIK3CD、AKT1、MTOR、PTEN、PRKCA、AKT2和AKT3；
RAS/RAF/MEK信号传导组：BRAF、FNTA、FNTB、MAP2K1、MAP2K2、MKNK1和MKNK2；
受体酪氨酸激酶表达组：ALK、AXL、KIT、EGFR、ERBB2、FLT3、MET、NTRK1、FGFR1、FGFR2、FGFR3、ERBB4、ERBB3、BCR-ABL、PDGFRA和PDGFRB；
肿瘤抑制因子组：TP53、SIK1、PTEN、DCN、MTAP、AIM2和RB1；
转移标签组：ESRP1、CTSL、HOXA1、SMARCA4、SNAI2、TWIST1、NEDD9、PAPPA和HPSE；
抗转移因子组：KISS1、ADGRG1、BRMS1、TCF21、CDH1、PCDH10、NCAM1和MITF；以及突变状态组：APC、ARID1A、ATM、ATRX、BAP1、BRAF、BRCA2、CDH1、CDKN2A、CTCF、CTNNB1、DNMT3A、EGFR、FBXW7、FLT3、GATA3、HRAS、IDH1、KRAS、MAP3K1、MTOR、NAV3、NCOR1、NF1、NOTCH1、NPM1、NRAS、PBRM1、PIK3CA、PIK3R1、PTEN、RB1、RUNX1、SETD2、STAG2、TAF1、TP53和VHL。
11.权利要求10或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述增殖速率组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述增殖速率组的基因群组表达水平；
使用由所述PI3K/AKT/mTOR信号传导组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述PI3K/AKT/mTOR信号传导组的基因群组表达水平；
使用由所述RAS/RAF/MEK信号传导组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述RAS/RAF/MEK信号传导组的基因群组表达水平；
使用由所述受体酪氨酸激酶表达组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述受体酪氨酸激酶表达组的基因群组表达水平；
使用由所述肿瘤抑制因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述肿瘤抑制因子组的基因群组表达水平；
使用由所述转移标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述转移标签组的基因群组表达水平；
使用由所述抗转移因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗转移因子组的基因群组表达水平；以及
使用由所述突变状态组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述突变状态组的基因群组表达水平。
12.权利要求9所述的系统，其中所述与癌症微环境相关的基因群组包含来自以下每一组的至少三个基因：
癌症相关成纤维细胞组：LGALS1、COL1A1、COL1A2、COL4A1、COL5A1、TGFB1、TGFB2、TGFB3、ACTA2、FGF2、FAP、LRP1、CD248、COL6A1、COL6A2和COL6A3；
血管生成组：VEGFA、VEGFB、VEGFC、PDGFC、CXCL8、CXCR2、FLT1、PIGF、CXCL5、KDR、ANGPT1、ANGPT2、TEK、VWF、CDH5、NOS3、KDR、VCAM1、MMRN1、LDHA、HIF1A、EPAS1、CA9、SPP1、LOX、SLC2A1和LAMP3；
抗原呈递组：HLA-A、HLA-B、HLA-C、B2M、TAP1、TAP2、HLA-DRA、HLA-DRB1、HLA-DOB、HLA-DPB2、HLA-DMA、HLA-DOA、HLA-DPA1、HLA-DPB1、HLA-DMB、HLA-DQB1、HLA-DQA1、HLA-DRB5、HLA-DQA2、HLA-DQB2、HLA-DRB6、CD80、CD86、CD40、CD83、TNFRSF4、ICOSLG和CD28；
细胞毒性T细胞和NK细胞组：IFNG、GZMA、GZMB、PRF1、LCK、GZMK、ZAP70、GNLY、FASLG、TBX21、EOMES、CD8A、CD8B、NKG7、CD160、CD244、NCR1、KLRC2、KLRK1、CD226、GZMH、GNLY、IFNG、KIR2DL4、KIR2DS1、KIR2DS2、KIR2DS3、KIR2DS4、KIR2DS5、CXCL9、CXCL10、CXCR3、CX3CL1、CCR7、CXCL11、CCL21、CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、EOMES、TBX21、ITK、CD3D、CD3E、CD3G、TRAC、TRBC1、TRBC2、LCK、UBASH3A和TRAT1；
B细胞组：CD19、MS4A1、TNFRSF13C、CD27、CD24、CR2、TNFRSF17、TNFRSF13B、CD22、CD79A、CD79B和BLK；
抗肿瘤微环境组：NOS2、IL12A、IL12B、IL23A、TNF、IL1B、SOCS3、IFNG、IL2、CD40LG、IL15、CD27、TBX21、LTA、IL21、HMGB1、TNF、IFNB1、IFNA2、CCL3、TNFSF10和FASLG；
检查点抑制组：PDCD1、CD274、CTLA4、LAG3、PDCD1LG2、BTLA、HAVCR2和VSIR；
Treg组：CXCL12、TGFB1、TGFB2、TGFB3、FOXP3、CTLA4、IL10、TNFRSF1B、CCL17、CXCR4、CCR4、CCL22、CCL1、CCL2、CCL5、CXCL13和CCL28；
MDSC组：IDO1、ARG1、IL4R、IL10、TGFB1、TGFB2、TGFB3、NOS2、CYBB、CXCR4、CD33、CXCL1、CXCL5、CCL2、CCL4、CCL8、CCR2、CCL3、CCL5、CSF1和CXCL8；
粒细胞组：CXCL8、CXCL2、CXCL1、CCL11、CCL24、KITLG、CCL5、CXCL5、CCR3、CCL26、PRG2、EPX、RNASE2、RNASE3、IL5RA、GATA1、SIGLEC8、PRG3、CMA1、TPSAB1、MS4A2、CPA3、IL4、IL5、IL13、SIGLEC8、MPO、ELANE、PRTN3和CTSG；
促肿瘤免疫组：IL10、VEGFA、TGFB1、IDO1、PTGES、MRC1、CSF1、LRP1、ARG1、PTGS1、MSR1、CD163、CSF1R、IL4、IL5、IL13、IL10、IL25、GATA3、IL10、TGFB1、TGFB2、TGFB3、IL22、MIF、CFD、CFI、CD55、CD46和CR1。
13.权利要求12或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述癌症相关成纤维细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述癌症相关成纤维细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述血管生成组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述血管生成组的基因群组表达水平；
使用由所述抗原呈递组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗原呈递组的基因群组表达水平；
使用由所述细胞毒性T细胞和NK细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述细胞毒性T细胞和NK细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述B细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述B细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述抗肿瘤微环境组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗肿瘤微环境组的基因群组表达水平；
使用由所述检查点抑制组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述检查点抑制组的基因群组表达水平；
使用由所述Treg组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述Treg组的基因群组表达水平；
使用由所述MDSC组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述MDSC组的基因群组表达水平；
使用由所述粒细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述粒细胞组的基因群组表达水平；以及
使用由所述促肿瘤免疫组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述促肿瘤免疫组的基因群组表达水平。
14.权利要求1或任一其他前述权利要求所述的系统，
其中所述与癌症恶性相关的基因群组是：增殖速率组、PI3K/AKT/mTOR信号传导组、RAS/RAF/MEK信号传导组、受体酪氨酸激酶表达组、生长因子组、肿瘤抑制因子组、转移标签组、抗转移因子组和突变状态组；并且
其中确定所述对象的所述MF谱包括确定以下各组的基因群组表达水平：增殖速率组、PI3K/AKT/mTOR信号传导组、RAS/RAF/MEK信号传导组、受体酪氨酸激酶表达组、生长因子组、肿瘤抑制因子组、转移标签组、抗转移因子组和突变状态组。
15.权利要求1或任一其他前述权利要求所述的系统，
其中所述与癌症微环境相关的基因群组是：癌症相关成纤维细胞组、血管生成组、MHCI组、MHCII组、共激活分子组、效应细胞组、NK细胞组、T细胞运输组、T细胞组、B细胞组、M1标签组、Th1标签组、抗肿瘤细胞因子组、检查点抑制组、Treg组、MDSC组、粒细胞组、M2标签组、Th2标签组、促肿瘤细胞因子组和补体抑制组；并且
其中确定所述对象的所述MF谱包括确定以下各组的基因群组表达水平：癌症相关成纤维细胞组、血管生成组、MHCI组、MHCII组、共激活分子组、效应细胞组、NK细胞组、T细胞运输组、T细胞组、B细胞组、M1标签组、Th1标签组、抗肿瘤细胞因子组、检查点抑制组、Treg组、MDSC组、粒细胞组、M2标签组、Th2标签组、促肿瘤细胞因子组和补体抑制组。
16.权利要求14或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述与癌症恶性相关的基因群组包含来自以下每一组的至少三个基因：
增殖速率组：MKI67、ESCO2、CETN3、CDK2、CCND1、CCNE1、AURKA、AURKB、CDK4、CDK6、PRC1、E2F1、MYBL2、BUB1、PLK1、CCNB1、MCM2和MCM6；
PI3K/AKT/mTOR信号传导组：PIK3CA、PIK3CB、PIK3CG、PIK3CD、AKT1、MTOR、PTEN、PRKCA、AKT2和AKT3；
RAS/RAF/MEK信号传导组：BRAF、FNTA、FNTB、MAP2K1、MAP2K2、MKNK1和MKNK2；
受体酪氨酸激酶表达组：ALK、AXL、KIT、EGFR、ERBB2、FLT3、MET、NTRK1、FGFR1、FGFR2、FGFR3、ERBB4、ERBB3、BCR-ABL、PDGFRA和PDGFRB；
生长因子组：NGF、CSF3、CSF2、FGF7、IGF1、IGF2、IL7和FGF2；
肿瘤抑制因子组：TP53、SIK1、PTEN、DCN、MTAP、AIM2和RB1；
转移标签组：ESRP1、CTSL、HOXA1、SMARCA4、SNAI2、TWIST1、NEDD9、PAPPA和HPSE；
抗转移因子组：KISS1、ADGRG1、BRMS1、TCF21、CDH1、PCDH10、NCAM1和MITF；以及突变状态组：APC、ARID1A、ATM、ATRX、BAP1、BRAF、BRCA2、CDH1、CDKN2A、CTCF、CTNNB1、DNMT3A、EGFR、FBXW7、FLT3、GATA3、HRAS、IDH1、KRAS、MAP3K1、MTOR、NAV3、NCOR1、NF1、NOTCH1、NPM1、NRAS、PBRM1、PIK3CA、PIK3R1、PTEN、RB1、RUNX1、SETD2、STAG2、TAF1、TP53和VHL。
17.权利要求16或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述增殖速率组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述增殖速率组的基因群组表达水平；
使用由所述PI3K/AKT/mTOR信号传导组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述PI3K/AKT/mTOR信号传导组的基因群组表达水平；
使用由所述RAS/RAF/MEK信号传导组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述RAS/RAF/MEK信号传导组的基因群组表达水平；
使用由所述受体酪氨酸激酶表达组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述受体酪氨酸激酶表达组的基因群组表达水平；
使用由所述生长因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述生长因子组的基因群组表达水平；
使用由所述肿瘤抑制因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述肿瘤抑制因子组的基因群组表达水平；
使用由所述转移标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述转移标签组的基因群组表达水平；
使用由所述抗转移因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗转移因子组的基因群组表达水平；以及
使用由所述突变状态组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述突变状态组的基因群组表达水平。
18.权利要求15或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述与癌症微环境相关的基因群组包含来自以下每一组的至少三个基因：
癌症相关成纤维细胞组：LGALS1、COL1A1、COL1A2、COL4A1、COL5A1、TGFB1、TGFB2、TGFB3、ACTA2、FGF2、FAP、LRP1、CD248、COL6A1、COL6A2和COL6A3；
血管生成组：VEGFA、VEGFB、VEGFC、PDGFC、CXCL8、CXCR2、FLT1、PIGF、CXCL5、KDR、ANGPT1、ANGPT2、TEK、VWF、CDH5、NOS3、KDR、VCAM1、MMRN1、LDHA、HIF1A、EPAS1、CA9、SPP1、LOX、SLC2A1和LAMP3；
MHCI细：HLA-A、HLA-B、HLA-C、B2M、TAP1和TAP2；
MHCII组：HLA-DRA、HLA-DRB1、HLA-DOB、HLA-DPB2、HLA-DMA、HLA-DOA、HLA-DPA1、HLA-DPB1、HLA-DMB、HLA-DQB1、HLA-DQA1、HLA-DRB5、HLA-DQA2、HLA-DQB2和HLA-DRB6；
共激活分子组：CD80、CD86、CD40、CD83、TNFRSF4、ICOSLG和CD28；
效应细胞组：IFNG、GZMA、GZMB、PRF1、LCK、GZMK、ZAP70、GNLY、FASLG、TBX21、EOMES、CD8A和CD8B；
NK细胞组：NKG7、CD160、CD244、NCR1、KLRC2、KLRK1、CD226、GZMH、GNLY、IFNG、KIR2DL4、KIR2DS1、KIR2DS2、KIR2DS3、KIR2DS4和KIR2DS5；
T细胞运输组：CXCL9、CXCL10、CXCR3、CX3CL1、CCR7、CXCL11、CCL21、CCL2、CCL3、CCL4和CCL5；
T细胞组：EOMES、TBX21、ITK、CD3D、CD3E、CD3G、TRAC、TRBC1、TRBC2、LCK、UBASH3A和TRAT1；
B细胞组：CD19、MS4A1、TNFRSF13C、CD27、CD24、CR2、TNFRSF17、TNFRSF13B、CD22、CD79A、CD79B和BLK；
M1标签组：NOS2、IL12A、IL12B、IL23A、TNF、IL1B和SOCS3；
Th1标签组：IFNG、IL2、CD40LG、IL15、CD27、TBX21、LTA和IL21；
抗肿瘤细胞因子组：HMGB1、TNF、IFNB1、IFNA2、CCL3、TNFSF10和FASLG；
检查点抑制组：PDCD1、CD274、CTLA4、LAG3、PDCD1LG2、BTLA、HAVCR2和VSIR；
Treg组：CXCL12、TGFB1、TGFB2、TGFB3、FOXP3、CTLA4、IL10、TNFRSF1B、CCL17、CXCR4、CCR4、CCL22、CCL1、CCL2、CCL5、CXCL13和CCL28；
MDSC组：IDO1、ARG1、IL4R、IL10、TGFB1、TGFB2、TGFB3、NOS2、CYBB、CXCR4、CD33、CXCL1、CXCL5、CCL2、CCL4、CCL8、CCR2、CCL3、CCL5、CSF1和CXCL8；
粒细胞组：CXCL8、CXCL2、CXCL1、CCL11、CCL24、KITLG、CCL5、CXCL5、CCR3、CCL26、PRG2、EPX、RNASE2、RNASE3、IL3KA、GATA1、SIGLEC8、PRG3、CMA1、TPSAB1、MS4A2、CPA3、IL4、IL5、IL13、SIGLEC8、MPO、ELANE、PRTN3和CTSG；
M2标签组：IL10、VEGFA、TGFB1、IDO1、PTGES、MRC1、CSF1、LRP1、ARG1、PTGS1、MSR1、CD163和CSF1R；
Th2标签组：IL4、IL5、IL13、IL10、IL25和GATA3；
促肿瘤细胞因子组：IL10、TGFB1、TGFB2、TGFB3、IL22和MIF；以及
补体抑制组：CFD、CFI、CD55、CD46和CR1。
19.权利要求18或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述癌症相关成纤维细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述癌症相关成纤维细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述血管生成组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述血管生成组的基因群组表达水平；
使用由所述MHCI组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述MHCI组的基因群组表达水平；
使用由所述MHCII组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述
MHCII组的基因群组表达水平；
使用由所述共激活分子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述共激活分子组的基因群组表达水平；
使用由所述效应细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述效应细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述NK细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述NK细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述T细胞运输组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述T细胞运输组的基因群组表达水平；
使用由所述T细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述T细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述B细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述B细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述M1标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述M1标签组的基因群组表达水平；
使用由所述Th1标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述Th1标签组的基因群组表达水平；
使用由所述抗肿瘤细胞因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗肿瘤细胞因子组的基因群组表达水平；
使用由所述检查点抑制组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述检查点抑制组的基因群组表达水平；
使用由所述Treg组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述Treg组的基因群组表达水平；
使用由所述MDSC组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述MDSC组的基因群组表达水平；
使用由所述粒细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述粒细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述M2标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述M2标签组的基因群组表达水平；
使用由所述Th2标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述Th2标签组的基因群组表达水平；
使用由所述促肿瘤细胞因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述促肿瘤细胞因子组的基因群组表达水平；以及
使用由所述补体抑制组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述补体抑制组的基因群组表达水平。
20.权利要求1或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述系统还包括：基于所鉴定的MF谱聚类来鉴定用于所述对象的至少一种第一治疗。
21.权利要求20或任一其他前述权利要求所述的系统，其中鉴定至少一种第一治疗由鉴定单一治疗组成。
22.权利要求20或任一其他前述权利要求所述的系统，其中鉴定至少一种第一治疗由鉴定两种或更多种治疗组成。
23.权利要求20或任一其他前述权利要求所述的系统，其中鉴定至少一种治疗包括鉴定选自以下的至少一种治疗：化学治疗、抗体药物缀合物、激素治疗、病毒治疗、遗传治疗、非免疫蛋白质治疗、抗血管生成剂、抗癌疫苗、放射治疗、可溶性受体治疗、基于细胞的治疗、免疫治疗和靶向治疗。
24.权利要求20或任一其他前述权利要求所述的系统，其中鉴定至少一种治疗包括鉴定选自以下的至少一种治疗：HGFR抑制剂、EGFR抑制剂、VEGF抑制剂、PDGF抑制剂、CXR2抑制剂、CXCR4抑制剂、DPP-4抑制剂、半乳凝素抑制剂、抗纤维化剂、LPR1抑制剂、TGF-β抑制剂、IL5抑制剂、IL4抑制剂、IL13抑制剂、IL22抑制剂、CSF1R抑制剂、IDO抑制剂、LPR1抑制剂、CD25抑制剂、GITR抑制剂、PD1抑制剂、CTLA1抑制剂、PDL1抑制剂、LAG3抑制剂、TIM3抑制剂、疫苗、PRIMA-1类似物、CD40激动剂、ICOS激动剂、OX40激动剂、Bcl-2抑制剂、AKT抑制剂、靶向MYC的siRNA、泛酪氨酸激酶抑制剂、CDK4/6抑制剂、极光激酶A抑制剂、疫苗、LAG3抑制剂和任何抗体-药物缀合物。
25.权利要求20或任一其他前述权利要求所述的系统，其中鉴定至少一种治疗包括鉴定选自以下的至少一种治疗：HGFR抑制剂、EGFR抑制剂、VEGF抑制剂、PDGF抑制剂、CXR2抑制剂、半乳凝素抑制剂、抗纤维化剂、LPR1抑制剂、TGF-β抑制剂、IL5抑制剂、IL4抑制剂、IL13抑制剂、IL22抑制剂、CSF1R抑制剂、IDO抑制剂、CXCR4抑制剂、CD25抑制剂、GITR抑制剂、PD1抑制剂、CTLA1抑制剂、PDL1抑制剂、LAG3抑制剂、TIM3抑制剂、以及疫苗。
26.权利要求20或任一其他前述权利要求所述的系统，其中鉴定至少一种治疗包括鉴定选自以下的至少一种治疗：HGFR抑制剂、EGFR抑制剂、PRIMA-1类似物、TGF-β抑制剂、IL22抑制剂、CSF1R抑制剂、IDO抑制剂、LPR1抑制剂、CXCR4抑制剂、CD25抑制剂、GITR抑制剂、CD40激动剂、ICOS激动剂、OX40激动剂、以及疫苗。
27.权利要求20或任一其他前述权利要求所述的系统，其中鉴定至少一种治疗包括鉴定选自以下的至少一种治疗：Bcl-2抑制剂、AKT抑制剂、靶向MYC的siRNA、PRIMA-1类似物、VEGF抑制剂、PDGF抑制剂、CXR2抑制剂、半乳凝素抑制剂、抗纤维化剂、LPR1抑制剂、TGF-β抑制剂、IL5抑制剂、IL4抑制剂、IL13抑制剂、CSF1R抑制剂、IDO抑制剂、CXCR4抑制剂、以及疫苗。
28.权利要求20或任一其他前述权利要求所述的系统，其中鉴定至少一种治疗包括鉴定选自以下的至少一种治疗：抗体-药物缀合物、HGFR抑制剂、EGFR抑制剂、VEGF抑制剂、PDGF抑制剂、CXCR2抑制剂、半乳凝素抑制剂、抗纤维化剂、LPR1抑制剂、TGF-β抑制剂、IL22抑制剂和CXCL10干扰抑制剂。
29.权利要求20或任一其他前述权利要求所述的系统，其中鉴定至少一种治疗包括鉴定选自以下的至少一种治疗：Bcl-2抑制剂、AKT抑制剂、靶向MYC的siRNA、化学治疗、泛酪氨酸激酶抑制剂、CDK4/6抑制剂、极光激酶A抑制剂和DPP-4抑制剂。
30.权利要求1或任一其他前述权利要求所述的系统，其中获得所述RNA表达数据是使用全转录物组测序或mRNA测序来进行的。
31.权利要求1或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述生物样品各自来自已知或怀疑具有癌细胞的肿瘤或组织。
32.权利要求1或任一其他前述权利要求所述的系统，其还包括生成所述MF谱聚类，所述生成包括：
从获自多个对象的生物样品获得RNA表达数据；
确定所述多个对象的相应多个MF谱，所述多个MF谱中的每一个包含所述基因群组集合中每个基因群组的基因群组表达水平；以及
对所述多个MF谱进行聚类以获得所述MF谱聚类。
33.权利要求32或任一其他前述权利要求所述的系统，其中对所述多个MF谱进行聚类是通过使用k均值聚类技术来进行的。
34.权利要求1或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述系统还包括：
使用与癌症恶性相关的至少一个基因群组的第一基因群组表达水平确定第一图形用户界面(GUI)元素的至少一个视觉特征并使用与癌症微环境相关的至少一个基因群组的第二基因群组表达水平确定第二GUI元素的至少一个视觉特征；
生成针对所述对象进行个性化的个性化GUI，所述GUI包含：
与癌症恶性相关且包含所述第一GUI元素的第一部分；以及
与癌症微环境相关且包含所述第二GUI元素的第二部分，其中所述第二部分与所述第一部分不同；以及
将所生成的个性化GUI呈现给用户。
35.权利要求34或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定所述第一GUI元素的所述至少一个视觉特征包括使用所述第一基因群组表达水平确定所述第一GUI元素的大小。
36.权利要求34或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定所述第一GUI元素的所述至少一个视觉特征包括使用所述第一基因群组表达水平确定所述第一GUI元素的颜色。
37.权利要求34或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述第一部分包含第一多个GUI元素，其代表与癌症恶性相关的相应多个基因群组。
38.权利要求34或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述第二部分包含第二多个GUI元素，其代表与癌症微环境相关的相应多个基因群组。
39.权利要求1或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述系统还包括：
获得在施用至少一种第一治疗之后从所述对象获得的至少一个另外生物样品的RNA表达数据；
使用所述在施用至少一种治疗之后从所述对象获得的至少一个另外生物样品的RNA表达数据确定所述对象的第二MF谱，其中所述第二MF谱至少部分地通过以下确定：使用所述在施用至少一种治疗之后从所述对象获得的至少一个另外生物样品的RNA表达数据确定基因群组集合中每个基因群组的基因群组表达水平，所述基因群组集合包含与癌症恶性相关的基因群组和与癌症微环境相关的不同基因群组；以及
从所述MF谱聚类中鉴定与所述对象的所述MF谱相关联的MF谱聚类。
40.权利要求39或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述系统还包括确定所述至少一种第一治疗在所述对象的治疗中是有效的。
41.权利要求39或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述系统还包括：
确定所述至少一种第一治疗在所述对象的治疗中是无效的；以及
基于所述第二MF谱的聚类鉴定用于所述对象的至少一种第二治疗。
42.权利要求1或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定所述对象的所述MF谱包括：
使用基因集富集分析(GSEA)技术确定所述与癌症恶性相关的基因群组中第一基因群组的第一基因群组表达水平；以及
使用所述基因集富集分析(GSEA)技术确定所述与癌症微环境相关的基因群组中第二基因群组的第二基因群组表达水平。
43.权利要求1或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定所述对象的所述MF谱包括：
使用突变计数技术确定所述与癌症恶性相关的基因群组中第一基因群组的第一基因群组表达水平；以及
使用所述突变计数技术确定所述与癌症微环境相关的基因群组中第二基因群组的第二基因群组表达水平。
44.权利要求1或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述WES数据用于对肿瘤负荷(纯度)进行定量、鉴定特异性突变，和/或用于计算新抗原的数目。
45.系统，其包含：
至少一个计算机硬件处理器；以及
存储处理器可执行指令的至少一个非暂时性计算机可读存储介质，所述处理器可执行指令当由所述至少一个计算机硬件处理器执行时使所述至少一个计算机硬件处理器执行：
从来自多个对象的生物样品获得RNA表达数据和/或全外显子组测序(WES)数据，所述对象中的至少一些具有特定癌症类型；
至少部分地通过以下确定所述多个对象的相应多个分子功能(MF)谱：对于所述多个对象中的每一个，
使用所述RNA表达数据确定基因群组集合中每个群组的相应基因群组表达水平，所述基因群组集合包含与癌症恶性相关的基因群组和与癌症微环境相关的不同基因群组；
对所述多个MF谱进行聚类以获得MF谱聚类，其包含：
与发炎且血管化生物样品和/或发炎且富含成纤维细胞生物样品相关的第一MF谱聚类，
与发炎且非血管化生物样品和/或发炎且不富含成纤维细胞生物样品相关的第二MF谱聚类，
与未发炎且血管化生物样品和/或未发炎且富含成纤维细胞生物样品相关的第三MF谱聚类，以及
与未发炎且非血管化生物样品和/或未发炎且不富含成纤维细胞生物样品相关的第四MF谱聚类；以及
存储与鉴定所述特定癌症类型的信息相关的所述多个MF谱。
46.权利要求45所述的系统，
其中所述与癌症恶性相关的基因群组是肿瘤特性组；并且
其中确定所述对象的所述MF谱包括确定肿瘤特性组的基因群组表达水平。
47.权利要求45或任一其他前述权利要求所述的系统，
其中所述与癌症微环境相关的基因群组是促肿瘤免疫微环境组、抗肿瘤免疫微环境组、血管生成组和成纤维细胞组；并且
其中确定所述对象的所述MF谱包括确定以下各组的基因群组表达水平：促肿瘤免疫微环境组、抗肿瘤免疫微环境组、血管生成组和成纤维细胞组。
48.权利要求46或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述与癌症恶性相关的基因群组包含来自以下每一组的至少三个基因：
肿瘤特性组：MKI67、ESCO2、CETN3、CDK2、CCND1、CCNE1、AURKA、AURKB、CDK4、CDK6、PRC1、E2F1、MYBL2、BUB1、PLK1、CCNB1、MCM2、MCM6、PIK3CA、PIK3CB、PIK3CG、PIK3CD、AKT1、MTOR、PTEN、PRKCA、AKT2、AKT3、BRAF、FNTA、FNTB、MAP2K1、MAP2K2、MKNK1、MKNK2、ALK、AXL、KIT、EGFR、ERBB2、FLT3、MET、NTRK1、FGFR1、FGFR2、FGFR3、ERBB4、ERBB3、BCR-ABL、PDGFRA、PDGFRB、NGF、CSF3、CSF2、FGF7、IGF1、IGF2、IL7、FGF2、TP53、SIK1、PTEN、DCN、MTAP、AIM2、RB1、ESRP1、CTSL、HOXA1、SMARCA4、SNAI2、TWIST1、NEDD9、PAPPA、HPSE、KISS1、ADGRG1、RRMS1、TCF21、CDHI、PCDH10、NCAM1、MITF、APC、ARID1A、ATM、ATRX、BAP1、BRAF、BRCA2、CDH1、CDKN2A、CTCF、CTNNB1、DNMT3A、EGFR、FBXW7、FLT3、GATA3、HRAS、IDH1、KRAS、MAP3K1、MTOR、NAV3、NCOR1、NF1、NOTCH1、NPM1、NRAS、PBRM1、PIK3CA、PIK3R1、PTEN、RB1、RUNX1、SETD2、STAG2、TAF1、TP53和VHL。
49.权利要求48或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述肿瘤特性组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述肿瘤特性组的基因群组表达水平。
50.权利要求47或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述与癌症微环境相关的基因群组包含来自以下每一组的至少三个基因：
抗肿瘤免疫微环境组：HLA-A、HLA-B、HLA-C、B2M、TAP1、TAP2、HLA-DRA、HLA-DRB1、HLA-DOB、HLA-DPB2、HLA-DMA、HLA-DOA、HLA-DPA1、HLA-DPB1、HLA-DMB、HLA-DQB1、HLA-DQA1、HLA-DRB5、HLA-DQA2、HLA-DQB2、HLA-DRB6、CD80、CD86、CD40、CD83、TNFRSF4、ICOSLG、CD28、IFNG、GZMA、GZMB、PRF1、LCK、GZMK、ZAP70、GNLY、FASLG、TBX21、EOMES、CD8A、CD8B、NKG7、CD160、CD244、NCR1、KLRC2、KLRK1、CD226、GZMH、GNLY、IFNG、KIR2DL4、KIR2DS1、KIR2DS2、KIR2DS3、KIR2DS4、KIR2DS5、CXCL9、CXCL10、CXCR3、CX3CL1、CCR7、CXCL11、CCL21、CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、EOMES、TBX21、ITK、CD3D、CD3E、CD3G、TRAC、TRBC1、TRBC2、LCK、UBASH3A、TRAT1、CD19、MS4A1、TNFRSF13C、CD27、CD24、CR2、TNFRSF17、TNFRSF13B、CD22、CD79A、CD79B、BLK、NOS2、IL12A、IL12B、IL23A、TNF、IL1B、SOCS3、IFNG、IL2、CD40LG、IL15、CD27、TBX21、LTA、IL21、HMGB1、TNF、IFNB1、IFNA2、CCL3、TNFSF10和FASLG；
促肿瘤免疫微环境组：PDCD1、CD274、CTLA4、LAG3、PDCD1LG2、BTLA、HAVCR2、VSIR、CXCL12、TGFB1、TGFB2、TGFB3、FOXP3、CTLA4、IL10、TNFRSF1B、CCL17、CXCR4、CCR4、CCL22、CCL1、CCL2、CCL5、CXCL13、CCL28、IDO1、ARG1、IL4R、IL10、TGFB1、TGFB2、TGFB3、NOS2、CYBB、CXCR4、CD33、CXCL1、CXCL5、CCL2、CCL4、CCL8、CCR2、CCL3、CCL5、CSF1、CXCL8、CXCL8、CXCL2、CXCL1、CCL11、CCL24、KITLG、CCL5、CXCL5、CCR3、CCL26、PRG2、EPX、RNASE2、RNASE3、IL5RA、GATA1、SIGLEC8、PRG3、CMA1、TPSAB1、MS4A2、CPA3、IL4、IL5、IL13、SIGLEC8、MPO、ELANE、PRTN3、CTSG、IL10、VEGFA、TGFB1、IDO1、PTGES、MRC1、CSF1、LRP1、ARG1、PTGS1、MSR1、CD163、CSF1R、IL4、IL5、IL13、IL10、IL25、GATA3、IL10、TGFB1、TGFB2、TGFB3、IL22、MIF、CFD、CFI、CD55、CD46和CR1；
成纤维细胞组：LGALS1、COL1A1、COL1A2、COL4A1、COL5A1、TGFB1、TGFB2、TGFB3、ACTA2、FGF2、FAP、LRP1、CD248、COL6A1、COL6A2和COL6A3；以及
血管生成组：VEGFA、VEGFB、VEGFC、PDGFC、CXCL8、CXCR2、FLT1、PIGF、CXCL5、KDR、ANGPT1、ANGPT2、TEK、VWF、CDH5、NOS3、KDR、VCAM1、MMRN1、LDHA、HIF1A、EPAS1、CA9、SPP1、LOX、SLC2A1和LAMP3。
51.权利要求50或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述抗肿瘤免疫微环境组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗肿瘤免疫微环境组的基因群组表达水平；
使用由所述促肿瘤免疫微环境组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述促肿瘤免疫微环境组的基因群组表达水平；
使用由所述成纤维细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述成纤维细胞组的基因群组表达水平；以及
使用由所述血管生成组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述血管生成组的基因群组表达水平。
52.权利要求45或任一其他前述权利要求所述的系统，
其中所述与癌症恶性相关的基因群组是：增殖速率组、PI3K/AKT/mTOR信号传导组、RAS/RAF/MEK信号传导组、受体酪氨酸激酶表达组、肿瘤抑制因子组、转移标签组、抗转移因子组和突变状态组；并且
其中确定所述对象的所述MF谱包括确定以下各组的基因群组表达水平：增殖速率组、PI3K/AKT/mTOR信号传导组、RAS/RAF/MEK信号传导组、受体酪氨酸激酶表达组、肿瘤抑制因子组、转移标签组、抗转移因子组和突变状态组。
53.权利要求45或任一其他前述权利要求所述的系统，
其中所述与癌症微环境相关的基因群组是：抗原呈递组、细胞毒性T细胞和NK细胞组、B细胞组、抗肿瘤微环境组、检查点抑制组、Treg组、MDSC组、粒细胞组、癌症相关成纤维细胞组、血管生成组和促肿瘤免疫组；并且
其中确定所述对象的所述MF谱包括确定以下各组的基因群组表达水平：抗原呈递组、细胞毒性T细胞和NK细胞组、B细胞组、抗肿瘤微环境组、检查点抑制组、Treg组、MDSC组、粒细胞组、癌症相关成纤维细胞组、血管生成组和促肿瘤免疫组。
54.权利要求52所述的系统，其中所述与癌症恶性相关的基因群组包含来自以下每一组的至少三个基因：
增殖速率组：MKI67、ESCO2、CETN3、CDK2、CCND1、CCNE1、AURKA、AURKB、CDK4、CDK6、PRC1、E2F1、MYBL2、BUB1、PLK1、CCNB1、MCM2和MCM6；
PI3K/AKT/mTOR信号传导组：PIK3CA、PIK3CB、PIK3CG、PIK3CD、AKT1、MTOR、PTEN、PRKCA、AKT2和AKT3；
RAS/RAF/MEK信号传导组：BRAF、FNTA、FNTB、MAP2K1、MAP2K2、MKNK1和MKNK2；
受体酪氨酸激酶表达组：ALK、AXL、KIT、EGFR、ERBB2、FLT3、MET、NTRK1、FGFR1、FGFR2、FGFR3、ERBB4、ERBB3、BCR-ABL、PDGFRA和PDGFRB；
肿瘤抑制因子组：TP53、SIK1、PTEN、DCN、MTAP、AIM2和RB1；
转移标签组：ESRP1、CTSL、HOXA1、SMARCA4、SNAI2、TWIST1、NEDD9、PAPPA和HPSE；
抗转移因子组：KISS1、ADGRG1、BRMS1、TCF21、CDH1、PCDH10、NCAM1和MITF；以及突变状态组：APC、ARID1A、ATM、ATRX、BAP1、BRAF、BRCA2、CDH1、CDKN2A、CTCF、CTNNB1、DNMT3A、EGFR、FBXW7、FLT3、GATA3、HRAS、IDH1、KRAS、MAP3K1、MTOR、NAV3、NCOR1、NF1、NOTCH1、NPM1、NRAS、PBRM1、PIK3CA、PIK3R1、PTFN、RB1、RUNX1、SETD2、STAG2、TAF1、TP53和VHL。
55.权利要求54或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述增殖速率组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述增殖速率组的基因群组表达水平；
使用由所述PI3K/AKT/mTOR信号传导组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述PI3K/AKT/mTOR信号传导组的基因群组表达水平；
使用由所述RAS/RAF/MEK信号传导组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述RAS/RAF/MEK信号传导组的基因群组表达水平；
使用由所述受体酪氨酸激酶表达组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述受体酪氨酸激酶表达组的基因群组表达水平；
使用由所述肿瘤抑制因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述肿瘤抑制因子组的基因群组表达水平；
使用由所述转移标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述转移标签组的基因群组表达水平；
使用由所述抗转移因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗转移因子组的基因群组表达水平；以及
使用由所述突变状态组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述突变状态组的基因群组表达水平。
56.权利要求53所述的系统，其中所述与癌症微环境相关的基因群组包含来自以下每一组的至少三个基因：
癌症相关成纤维细胞组：LGALS1、COL1A1、COL1A2、COL4A1、COL5A1、TGFB1、TGFB2、TGFB3、ACTA2、FGF2、FAP、LRP1、CD248、COL6A1、COL6A2和COL6A3；
血管生成组：VEGFA、VEGFB、VEGFC、PDGFC、CXCL8、CXCR2、FLT1、PIGF、CXCL5、KDR、ANGPT1、ANGPT2、TEK、VWF、CDH5、NOS3、KDR、VCAM1、MMRN1、LDHA、HIF1A、EPAS1、CA9、SPP1、LOX、SLC2A1和LAMP3；
抗原呈递组：HLA-A、HLA-B、HLA-C、B2M、TAP1、TAP2、HLA-DRA、HLA-DRB1、HLA-DOB、HLA-DPB2、HLA-DMA、HLA-DOA、HLA-DPA1、HLA-DPB1、HLA-DMB、HLA-DQB1、HLA-DQA1、HLA-DRB5、HLA-DQA2、HLA-DQB2、HLA-DRB6、CD80、CD86、CD40、CD83、TNFRSF4、ICOSLG和CD28；
细胞毒性T细胞和NK细胞组：IFNG、GZMA、GZMB、PRF1、LCK、GZMK、ZAP70、GNLY、FASLG、TBX21、EOMES、CD8A、CD8B、NKG7、CD160、CD244、NCR1、KLRC2、KLRK1、CD226、GZMH、GNLY、IFNG、KIR2DL4、KIR2DS1、KIR2DS2、KIR2DS3、KIR2DS4、KIR2DS5、CXCL9、CXCL10、CXCR3、CX3CL1、CCR7、CXCL11、CCL21、CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、EOMES、TBX21、ITK、CD3D、CD3E、CD3G、TRAC、TRBC1、TRBC2、LCK、UBASH3A和TRAT1；
B细胞组：CD19、MS4A1、TNFRSF13C、CD27、CD24、CR2、TNFRSF17、TNFRSF13B、CD22、CD79A、CD79B和BLK；
抗肿瘤微环境组：NOS2、IL12A、IL12B、IL23A、TNF、IL1B、SOCS3、IFNG、IL2、CD40LG、IL15、CD27、TBX21、LTA、IL21、HMGB1、TNF、IFNB1、IFNA2、CCL3、TNFSF10和FASLG；
检查点抑制组：PDCD1、CD274、CTLA4、LAG3、PDCD1LG2、BTLA、HAVCR2和VSIR；
Treg组：CXCL12、TGFB1、TGFB2、TGFB3、FOXP3、CTLA4、IL10、TNFRSF1B、CCL17、CXCR4、CCR4、CCL22、CCL1、CCL2、CCL5、CXCL13和CCL28；
MDSC组：IDO1、ARG1、IL4R、IL10、TGFB1、TGFB2、TGFB3、NOS2、CYBB、CXCR4、CD33、CXCL1、CXCL5、CCL2、CCL4、CCL8、CCR2、CCL3、CCL5、CSF1和CXCL8；
粒细胞组：CXCL8、CXCL2、CXCL1、CCL11、CCL24、KITLG、CCL5、CXCL5、CCR3、CCL26、PRG2、EPX、RNASE2、RNASE3、IL5RA、GATA1、SIGLEC8、PRG3、CMA1、TPSAB1、MS4A2、CPA3、IL4、IL5、IL13、SIGLEC8、MPO、ELANE、PRTN3和CTSG；
促肿瘤免疫组：IL10、VEGFA、TGFB1、IDO1、PTGES、MRC1、CSF1、LRP1、ARG1、PTGS1、MSR1、CD163、CSF1R、IL4、IL5、IL13、IL10、IL25、GATA3、IL10、TGFB1、TGFB2、TGFB3、IL22、MIF、CFD、CFI、CD55、CD46和CR1。
57.权利要求56或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述癌症相关成纤维细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述癌症相关成纤维细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述血管生成组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述血管生成组的基因群组表达水平；
使用由所述抗原呈递组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗原呈递组的基因群组表达水平；
使用由所述细胞毒性T细胞和NK细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述细胞毒性T细胞和NK细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述B细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述B细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述抗肿瘤微环境组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗肿瘤微环境组的基因群组表达水平；
使用由所述检查点抑制组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述检查点抑制组的基因群组表达水平；
使用由所述Treg组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述Treg组的基因群组表达水平；
使用由所述MDSC组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述MDSC组的基因群组表达水平；
使用由所述粒细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述粒细胞组的基因群组表达水平；以及
使用由所述促肿瘤免疫组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述促肿瘤免疫组的基因群组表达水平。
58.权利要求45或任一其他前述权利要求所述的系统，
其中所述与癌症恶性相关的基因群组是：增殖速率组、PI3K/AKT/mTOR信号传导组、RAS/RAF/MEK信号传导组、受体酪氨酸激酶表达组、生长因子组、肿瘤抑制因子组、转移标签组、抗转移因子组和突变状态组；并且
其中确定所述对象的所述MF谱包括确定以下各组的基因群组表达水平：增殖速率组、PI3K/AKT/mTOR信号传导组、RAS/RAF/MEK信号传导组、受体酪氨酸激酶表达组、生长因子组、肿瘤抑制因子组、转移标签组、抗转移因子组和突变状态组。
59.权利要求45或任一其他前述权利要求所述的系统，
其中所述与癌症微环境相关的基因群组是：MHCI组、MHCII组、共激活分子组、效应细胞组、NK细胞组、T细胞运输组、T细胞组、B细胞组、M1标签组、Th1标签组、抗肿瘤细胞因子组、检查点抑制组、Treg组、MDSC组、粒细胞组、M2标签组、Th2标签组、促肿瘤细胞因子组、癌症相关成纤维细胞组、血管生成组和补体抑制组；并且
其中确定所述对象的所述MF谱包括确定以下各组的基因群组表达水平：MHCI组、MHCII组、共激活分子组、效应细胞组、NK细胞组、T细胞运输组、T细胞组、B细胞组、M1标签组、Th1标签组、抗肿瘤细胞因子组、检查点抑制组、Treg组、MDSC组、粒细胞组、M2标签组、Th2标签组、促肿瘤细胞因子组、癌症相关成纤维细胞组、血管生成组和补体抑制组。
60.权利要求58或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述与癌症恶性相关的基因群组包含来自以下每一组的至少三个基因：
增殖速率组：MKI67、ESCO2、CETN3、CDK2、CCND1、CCNE1、AURKA、AURKB、CDK4、CDK6、PRC1、E2F1、MYBL2、BUB1、PLK1、CCNB1、MCM2和MCM6；
PI3K/AKT/mTOR信号传导组：PIK3CA、PIK3CB、PIK3CG、PIK3CD、AKT1、MTOR、PTEN、PRKCA、AKT2和AKT3；
RAS/RAF/MEK信号传导组：BRAF、FNTA、FNTB、MAP2K1、MAP2K2、MKNK1和MKNK2；
受体酪氨酸激酶表达组：ALK、AXL、KIT、EGFR、ERBB2、FLT3、MET、NTRK1、FGFR1、FGFR2、FGFR3、ERBB4、ERBB3、BCR-ABL、PDGFRA和PDGFRB；
生长因子组：NGF、CSF3、CSF2、FGF7、IGF1、IGF2、IL7和FGF2；
肿瘤抑制因子组：TP53、SIK1、PTEN、DCN、MTAP、AIM2和RB1；
转移标签组：ESRP1、CTSL、HOXA1、SMARCA4、SNAI2、TWIST1、NEDD9、PAPPA和HPSE；
抗转移因子组：KISS1、ADGRG1、BRMS1、TCF21、CDH1、PCDH10、NCAM1和MITF；以及突变状态组：APC、ARID1A、ATM、ATRX、BAP1、BRAF、BRCA2、CDH1、CDKN2A、CTCF、CTNNB1、DNMT3A、EGFR、FBXW7、FLT3、GATA3、HRAS、IDH1、KRAS、MAP3K1、MTOR、NAV3、NCOR1、NF1、NOTCH1、NPM1、NRAS、PBRM1、PIK3CA、PIK3R1、PTEN、RB1、RUNX1、SETD2、STAG2、TAF1、TP53和VHL。
61.权利要求60或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述增殖速率组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述增殖速率组的基因群组表达水平；
使用由所述P13K/AKT/mTOR信号传导组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述PI3K/AKT/mTOR信号传导组的基因群组表达水平；
使用由所述RAS/RAF/MEK信号传导组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述RAS/RAF/MEK信号传导组的基因群组表达水平；
使用由所述受体酪氨酸激酶表达组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述受体酪氨酸激酶表达组的基因群组表达水平；
使用由所述生长因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述生长因子组的基因群组表达水平；
使用由所述肿瘤抑制因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述肿瘤抑制因子组的基因群组表达水平；
使用由所述转移标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述转移标签组的基因群组表达水平；
使用由所述抗转移因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗转移因子组的基因群组表达水平；以及
使用由所述突变状态组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述突变状态组的基因群组表达水平。
62.权利要求59或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述与癌症微环境相关的基因群组包含来自以下每一组的至少三个基因：
癌症相关成纤维细胞组：LGALS1、COL1A1、COL1A2、COL4A1、COL5A1、TGFB1、TGFB2、TGFB3、ACTA2、FGF2、FAP、LRP1、CD248、COL6A1、COL6A2和COL6A3；
血管生成组：VEGFA、VEGFB、VEGFC、PDGFC、CXCL8、CXCR2、FLT1、PIGF、CXCL5、KDR、ANGPT1、ANGPT2、TEK、VWF、CDH5、NOS3、KDR、VCAM1、MMRN1、LDHA、HIF1A、EPAS1、CA9、SPP1、LOX、SLC2A1和LAMP3；
MHCI组：HLA-A、HLA-B、HLA-C、B2M、TAP1和TAP2；
MHCII组：HLA-DRA、HLA-DRB1、HLA-DOB、HLA-DPB2、HLA-DMA、HLA-DOA、HLA-DPA1、HLA-DPB1、HLA-DMB、HLA-DQB1、HLA-DQA1、HLA-DRB5、HLA-DQA2、HLA-DQB2和HLA-DRB6；
共激活分子组：CD80、CD86、CD40、CD83、TNFRSF4、ICOSLG和CD28；
效应细胞组：IFNG、GZMA、GZMB、PRF1、LCK、GZMK、ZAP70、GNLY、FASLG、TBX21、EOMES、CD8A和CD8B；
NK细胞组：NKG7、CD160、CD244、NCR1、KLRC2、KLRK1、CD226、GZMH、GNLY、IFNG、KIR2DL4、KIR2DS1、KIR2DS2、KIR2DS3、KIR2DS4和KIR2DS5；
T细胞运输组：CXCL9、CXCL10、CXCR3、CX3CL1、CCR7、CXCL11、CCL21、CCL2、CCL3、CCL4和CCL5；
T细胞组：EOMES、TBX21、ITK、CD3D、CD3E、CD3G、TRAC、TRBC1、TRBC2、LCK、UBASH3A和TRAT1；
B细胞组：CD19、MS4A1、TNFRSF13C、CD27、CD24、CR2、TNFRSF17、TNFRSF13B、CD22、CD79A、CD79B和BLK；
M1标签组：NOS2、IL12A、IL12B、IL23A、TNF、IL1B和SOCS3；
Th1标签组：IFNG、IL2、CD40LG、IL15、CD27、TBX21、LTA和IL21；
抗肿瘤细胞因子组：HMGB1、TNF、IFNB1、IFNA2、CCL3、TNFSF10和FASLG；
检查点抑制组：PDCD1、CD274、CTLA4、LAG3、PDCD1LG2、BTLA、HAVCR2和VSIR；
Treg组：CXCL12、TGFB1、TGFB2、TGFB3、FOXP3、CTLA4、IL10、TNFRSF1B、CCL17、CXCR4、CCR4、CCL22、CCL1、CCL2、CCL5、CXCL13和CCL28；
MDSC组：IDO1、ARG1、IL4R、IL10、TGFB1、TGFB2、TGFB3、NOS2、CYBB、CXCR4、CD33、CXCL1、CXCL5、CCL2、CCL4、CCL8、CCR2、CCL3、CCL5、CSF1和CXCL8；
粒细胞组：CXCL8、CXCL2、CXCL1、CCL11、CCL24、KITLG、CCL5、CXCL5、CCR3、CCL26、PRG2、EPX、RNASE2、RNASE3、IL5RA、GATA1、SIGLEC8、PRG3、CMA1、TPSAB1、MS4A2、CPA3、IL4、IL5、IL13、SIGLEC8、MPO、ELANE、PRTN3和CTSG；
M2标签组：IL10、VEGFA、TGFB1、IDO1、PTGES、MRC1、CSF1、LRP1、ARG1、PTGS1、MSR1、CD163和CSF1R；
Th2标签组：IL4、IL5、IL13、IL10、IL25和GATA3；
促肿瘤细胞因子组：IL10、TGFB1、TGFB2、TGFB3、IL22和MIF；以及
补体抑制组：CFD、CFI、CD55、CD46和CR1。
63.权利要求62或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述癌症相关成纤维细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述癌症相关成纤维细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述血管生成组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述血管生成组的基因群组表达水平；
使用由所述MHCI组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述MHCI组的基因群组表达水平；
使用由所述MHCII组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述
MHCII组的基因群组表达水平；
使用由所述共激活分子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述共激活分子组的基因群组表达水平；
使用由所述效应细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述效应细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述NK细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述NK细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述T细胞运输组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述T细胞运输组的基因群组表达水平；
使用由所述T细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述T细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述B细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述B细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述M1标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述M1标签组的基因群组表达水平；
使用由所述Th1标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述Th1标签组的基因群组表达水平；
使用由所述抗肿瘤细胞因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗肿瘤细胞因子组的基因群组表达水平；
使用由所述检查点抑制组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述检查点抑制组的基因群组表达水平；
使用由所述Treg组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述Treg组的基因群组表达水平；
使用由所述MDSC组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述MDSC组的基因群组表达水平；
使用由所述粒细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述粒细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述M2标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述M2标签组的基因群组表达水平；
使用由所述Th2标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述Th2标签组的基因群组表达水平；
使用由所述促肿瘤细胞因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述促肿瘤细胞因子组的基因群组表达水平；以及
使用由所述补体抑制组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述补体抑制组的基因群组表达水平。
64.权利要求45或任一其他前述权利要求所述的系统，其中获得所述RNA表达数据是使用全转录物组测序或mRNA测序来进行的。
65.权利要求45或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述生物样品各自来自已知或怀疑具有癌细胞的肿瘤或组织。
66.权利要求45或任一其他前述权利要求所述的系统，其中对所述多个MF谱进行聚类是通过使用k均值聚类技术来进行的。
67.权利要求45或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述系统还包括：
获得从另外对象获得的至少一个生物样品的RNA表达数据；
使用所述从另外对象获得的至少一个另外生物样品的RNA表达数据确定所述另外对象的MF谱，其中所述另外对象的所述MF谱至少部分地通过以下确定：使用所述从另外对象获得的至少一个另外生物样品的RNA表达数据确定基因群组集合中每个基因群组的基因群组表达水平，所述基因群组集合包含与癌症恶性相关的基因群组和与癌症微环境相关的不同基因群组；以及
从所述MF谱聚类中鉴定与所述另外对象的所述MF谱相关联的MF谱聚类。
68.权利要求67或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述系统还包括：
使用与癌症恶性相关的至少一个基因群组的第一基因群组表达水平确定第一图形用户界面(GUI)元素的至少一个视觉特征并使用与癌症微环境相关的至少一个基因群组的第二基因群组表达水平确定第二GUI元素的至少一个视觉特征；
生成针对所述另外对象进行个性化的个性化GUI，所述GUI包含：
与癌症恶性相关且包含所述第一GUI元素的第一部分；以及
与癌症微环境相关且包含所述第GUI元素的第二部分，其中所述第二部分与所述第一部分不同；以及
将所生成的个性化GUI呈现给用户。
69.权利要求68或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定所述第一GUI元素的所述至少一个视觉特征包括使用所述第一基因群组表达水平确定所述第一GUI元素的大小。
70.权利要求68或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定所述第一GUI元素的所述至少一个视觉特征包括使用所述第一基因群组表达水平确定所述第一GUI元素的颜色。
71.权利要求68或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述第一部分包含第一多个GUI元素，其代表与癌症恶性相关的相应多个基因群组。
72.权利要求69或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述第二部分包含第二多个GUI元素，其代表与癌症微环境相关的相应多个基因群组。
73.权利要求45或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定所述基因群组集合中每个群组的相应基因群组表达水平使用基因集富集分析(GSEA)技术来进行。
74.权利要求45或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定所述基因群组集合中每个群组的相应基因群组表达水平使用突变计数技术来进行。
75.权利要求45或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述聚类使用社团发现聚类技术来进行。
76.权利要求45或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述聚类使用k均值聚类技术来进行。
77.权利要求45或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述WES数据用于对肿瘤负荷(纯度)进行定量、鉴定特异性突变，和/或用于计算新抗原的数目。
78.系统，其包含：
至少一个计算机硬件处理器；以及
存储处理器可执行指令的至少一个非暂时性计算机可读存储介质，所述处理器可执行指令当由所述至少一个计算机硬件处理器执行时使所述至少一个计算机硬件处理器执行：
获得来自对象的生物样品的RNA表达数据和/或全外显子组测序(WES)数据；
至少部分地通过以下确定所述对象的分子功能(MF)谱：
使用所述RNA表达数据确定基因群组集合中每个基因群组的基因群组表达水平，所述基因群组集合包含与癌症恶性相关的第一基因群组和与癌症微环境相关的第二基因群组，其中所述第一基因群组与所述第二基因群组不同，所述确定包括：
确定所述第一基因群组的第一基因群组表达水平，以及
确定所述第二基因群组的第二基因群组表达水平；
使用所述第一基因群组表达水平确定第一图形用户界面(GUI)元素的第一视觉特征；
使用所述第二基因群组表达水平确定第二GUI元素的第二视觉特征；
生成针对所述对象进行个性化的个性化GUI，所述GUI包含：
与癌症恶性相关且包含具有所述第一视觉特征的所述第一GUI元素的第一GUI部分，以及
与癌症微环境相关且包含具有所述第二视觉特征的所述第二GUI元素的第二GUI部分；
以及
将所生成的个性化GUI呈现给用户。
79.权利要求78所述的系统，
其中确定所述第一GUI元素的所述第一视觉特征包括使用所述第一基因群组表达水平确定所述第一GUI元素的大小；并且
其中确定所述第二GUI元素的所述第二视觉特征包括使用所述第二基因群组表达水平确定所述第二GUI元素的大小。
80.权利要求78所述的系统，
其中确定所述第一GUI元素的所述第一视觉特征包括使用所述第一基因群组表达水平确定所述第一GUI元素的颜色和/或图案；并且
其中确定所述第二GUI元素的所述第二视觉特征包括使用所述第二基因群组表达水平确定所述第二GUI元素的颜色和/或图案。
81.权利要求78所述的系统，
其中确定所述第一GUI元素的所述第一视觉特征包括使用所述第一基因群组表达水平确定所述第一GUI元素的形状；并且
其中确定所述第二GUI元素的所述第二视觉特征包括使用所述第二基因群组表达水平确定所述第二GUI元素的形状。
82.权利要求78或任一其他前述权利要求所述的系统，其中响应于用户对所述第一GUI元素的选择，所述GUI被配置成呈现关于与癌症恶性相关的至少一个另外基因群组的信息。
83.权利要求78或任一其他前述权利要求所述的系统，其中响应于用户对所述第二GUI元素的选择，所述GUI被配置成呈现关于与癌症微环境相关的至少一个另外基因群组的信息。
84.权利要求78或任一其他前述权利要求所述的系统，其中生成所述个性化GUI包括生成包含以下的GUI：
与癌症恶性相关且包含所述第一GUI元素的第一部分；以及
与癌症微环境相关且包含所述第二GUI元素的第二部分，其中所述第二部分与所述第一部分不同。
85.权利要求84或任一其他前述权利要求所述的系统，
其中所述第一部分包含第一多个GUI元素，其包括与癌症恶性相关的基因群组中每一个的GUI元素，其中所述第一多个GUI元素包含所述第一GUI元素；并且
其中所述第二部分包含第二多个GUI元素，其包括与癌症微环境相关的基因群组中每一个的GUI元素，其中所述第二多个GUI元素包含所述第二GUI元素。
86.权利要求78或任一其他前述权利要求所述的系统，
其中与癌症恶性相关的基因群组是肿瘤特性组；并且
其中确定所述对象的所述MF谱包括确定肿瘤特性组的基因群组表达水平。
87.权利要求78或任一其他前述权利要求所述的系统，
其中与癌症微环境相关的基因群组是促肿瘤免疫微环境组、抗肿瘤免疫微环境组、血管生成组和成纤维细胞组；并且
其中确定所述对象的所述MF谱包括确定以下各组的基因群组表达水平：促肿瘤免疫微环境组、抗肿瘤免疫微环境组、血管生成组和成纤维细胞组。
88.权利要求86或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述与癌症恶性相关的基因群组包含来自下组的至少三个基因：
肿瘤特性组：MKI67、ESCO2、CETN3、CDK2、CCND1、CCNE1、AURKA、AURKB、CDK4、CDK6、PRC1、E2F1、MYBL2、BUB1、PLK1、CCNB1、MCM2、MCM6、PIK3CA、PIK3CB、PIK3CG、PIK3CD、AKT1、MTOR、PTEN、PRKCA、AKT2、AKT3、BRAF、FNTA、FNTB、MAP2K1、MAP2K2、MKNK1、MKNK2、ALK、AXL、KIT、EGFR、ERBB2、FLT3、MET、NTRK1、FGFR1、FGFR2、FGFR3、ERBB4、ERBB3、BCR-ABL、PDGFRA、PDGFRB、NGF、CSF3、CSF2、FGF7、IGF1、IGF2、IL7、FGF2、TP53、SIK1、PTEN、DCN、MTAP、AIM2、RB1、ESRP1、CTSL、HOXA1、SMARCA4、SNAI2、TWIST1、NEDD9、PAPPA、HPSE、KISS1、ADGRG1、BRMS1、TCF21、CDH1、PCDH10、NCAM1、MITF、APC、ARID1A、ATM、ATRX、BAP1、BRAF、BRCA2、CDH1、CDKN2A、CTCF、CTNNB1、DNMT3A、EGFR、FBXW7、FLT3、GATA3、HRAS、IDH1、KRAS、MAP3K1、MTOR、NAV3、NCOR1、NF1、NOTCH1、NPM1、NRAS、PBRM1、PIK3CA、PIK3R1、PTEN、RB1、RUNX1、SETD2、STAG2、TAF1、TP53和VHL。
89.权利要求88或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述肿瘤特性组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述肿瘤特性组的基因群组表达水平。
90.权利要求87或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述与癌症微环境相关的基因群组包含来自以下每一组的至少三个基因：
抗肿瘤免疫微环境组：HLA-A、HLA-B、HLA-C、B2M、TAP1、TAP2、HLA-DRA、HLA-DRB1、HLA-DOB、HLA-DPB2、HLA-DMA、HLA-DOA、HLA-DPA1、HLA-DPB1、HLA-DMB、HLA-DQB1、HLA-DQA1、HLA-DRB5、HLA-DQA2、HLA-DQB2、HLA-DRB6、CD80、CD86、CD40、CD83、TNFRSF4、ICOSLG、CD28、IFNG、GZMA、GZMB、PRF1、LCK、GZMK、ZAP70、GNLY、FASLG、TBX21、EOMES、CD8A、CD8B、NKG7、CD160、CD244、NCR1、KLRC2、KLRK1、CD226、GZMH、GNLY、IFNG、KIR2DL4、KIR2DS1、KIR2DS2、KIR2DS3、KIR2DS4、KIR2DS5、CXCL9、CXCL10、CXCR3、CX3CL1、CCR7、CXCL11、CCL21、CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、EOMES、TBX21、ITK、CD3D、CD3E、CD3G、TRAC、TRBC1、TRBC2、LCK、UBASH3A、TRAT1、CD19、MS4A1、TNFRSF13C、CD27、CD24、CR2、TNFRSF17、TNFRSF13B、CD22、CD79A、CD79B、BLK、NOS2、IL12A、IL12B、IL23A、TNF、IL1B、SOCS3、IFNG、IL2、CD40LG、IL15、CD27、TBX21、LTA、IL21、HMGB1、TNF、IFNB1、IFNA2、CCL3、TNFSF10和FASLG；
促肿瘤免疫微环境组：PDCD1、CD274、CTLA4、LAG3、PDCD1LG2、BTLA、HAVCR2、VSIR、CXCL12、TGFB1、TGFB2、TGFB3、FOXP3、CTLA4、IL10、TNFRSF1B、CCL17、CXCR4、CCR4、CCL22、CCL1、CCL2、CCL5、CXCL13、CCL28、IDO1、ARG1、IL4R、IL10、TGFB1、TGFB2、TGFB3、NOS2、CYBB、CXCR4、CD33、CXCL1、CXCL5、CCL2、CCL4、CCL8、CCR2、CCL3、CCL5、CSF1、CXCL8、CXCL8、CXCL2、CXCL1、CCL11、CCL24、KITLG、CCL5、CXCL5、CCR3、CCL26、PRG2、EPX、RNASE2、RNASE3、IL5RA、GATA1、SIGLEC8、PRG3、CMA1、TPSAB1、MS4A2、CPA3、IL4、IL5、IL13、SIGLEC8、MPO、ELANE、PRTN3、CTSG、IL10、VEGFA、TGFB1、IDO1、PTGES、MRC1、CSF1、LRP1、ARG1、PTGS1、MSR1、CD163、CSF1R、IL4、IL5、IL13、IL10、IL25、GATA3、IL10、TGFB1、TGFB2、TGFB3、IL22、MIF、CFD、CFI、CD55、CD46和CR1；
成纤维细胞组：LGALS1、COL1A1、COL1A2、COL4A1、COL5A1、TGFB1、TGFB2、TGFB3、ACTA2、FGF2、FAP、LRP1、CD248、COL6A1、COL6A2和COL6A3；以及
血管生成组：VEGFA、VEGFB、VEGFC、PDGFC、CXCL8、CXCR2、FLT1、PIGF、CXCL5、KDR、ANGPT1、ANGPT2、TEK、VWF、CDH5、NOS3、KDR、VCAM1、MMRN1、LDHA、HIF1A、EPAS1、CA9、SPP1、LOX、SLC2A1和LAMP3。
91.权利要求90或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述抗肿瘤免疫微环境组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗肿瘤免疫微环境组的基因群组表达水平；
使用由所述促肿瘤免疫微环境组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述促肿瘤免疫微环境组的基因群组表达水平；
使用由所述成纤维细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述成纤维细胞组的基因群组表达水平；以及
使用由所述血管生成组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述血管生成组的基因群组表达水平。
92.权利要求78或任一其他前述权利要求所述的系统，
其中与癌症恶性相关的基因群组是：增殖速率组、PI3K/AKT/mTOR信号传导组、RAS/RAF/MEK信号传导组、受体酪氨酸激酶表达组、肿瘤抑制因子组、转移标签组、抗转移因子组和突变状态组；并且
其中确定所述对象的所述MF谱包括确定以下各组的基因群组表达水平：增殖速率组、PI3K/AKT/mTOR信号传导组、RAS/RAF/MEK信号传导组、受体酪氨酸激酶表达组、肿瘤抑制因子组、转移标签组、抗转移因子组和突变状态组。
93.权利要求78或任一其他前述权利要求所述的系统，
其中与癌症微环境相关的基因群组是：抗原呈递组、细胞毒性T细胞和NK细胞组、B细胞组、抗肿瘤微环境组、检查点抑制组、Treg组、MDSC组、粒细胞组、癌症相关成纤维细胞组、血管生成组和促肿瘤免疫组；并且
其中确定所述对象的所述MF谱包括确定以下各组的基因群组表达水平：抗原呈递组、细胞毒性T细胞和NK细胞组、B细胞组、抗肿瘤微环境组、检查点抑制组、Treg组、MDSC组、粒细胞组、癌症相关成纤维细胞组、血管生成组和促肿瘤免疫组。
94.权利要求92所述的系统，其中所述与癌症恶性相关的基因群组包含来自以下每一组的至少三个基因：
增殖速率组：MKI67、ESCO2、CETN3、CDK2、CCND1、CCNE1、AURKA、AURKB、CDK4、CDK6、PRC1、E2F1、MYBL2、BUB1、PLK1、CCNB1、MCM2和MCM6；
PI3K/AKT/mTOR信号传导组：PIK3CA、PIK3CB、PIK3CG、PIK3CD、AKT1、MTOR、PTEN、PRKCA、AKT2和AKT3；
RAS/RAF/MEK信号传导组：BRAF、FNTA、FNTB、MAP2K1、MAP2K2、MKNK1和MKNK2；
受体酪氨酸激酶表达组：ALK、AXL、KIT、EGFR、ERBB2、FLT3、MET、NTRK1、FGFR1、FGFR2、FGFR3、ERBB4、ERBB3、BCR-ABL、PDGFRA和PDGFRB；
肿瘤抑制因子组：TP53、SIK1、PTEN、DCN、MTAP、AIM2和RB1；
转移标签组：ESRP1、CTSL、HOXA1、SMARCA4、SNAI2、TWIST1、NEDD9、PAPPA和HPSE；
抗转移因子组：KISS1、ADGRG1、BRMS1、TCF21、CDH1、PCDH10、NCAM1和MITF；以及突变状态组：APC、ARID1A、ATM、ATRX、BAP1、BRAF、BRCA2、CDH1、CDKN2A、CTCF、CTNNB1、DNMT3A、EGFR、FBXW7、FLT3、GATA3、HRAS、IDH1、KRAS、MAP3K1、MTOR、NAV3、NCOR1、NF1、NOTCH1、NPM1、NRAS、PBRM1、PIK3CA、PIK3R1、PTEN、RB1、RUNX1、SETD2、STAG2、TAF1、TP53和VHL。
95.权利要求93或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述增殖速率组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述增殖速率组的基因群组表达水平；
使用由所述PI3K/AKT/mTOR信号传导组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述PI3K/AKT/mTOR信号传导组的基因群组表达水平；
使用由所述RAS/RAF/MEK信号传导组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述RAS/RAF/MEK信号传导组的基因群组表达水平；
使用由所述受体酪氨酸激酶表达组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述受体酪氨酸激酶表达组的基因群组表达水平；
使用由所述肿瘤抑制因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述肿瘤抑制因子组的基因群组表达水平；
使用由所述转移标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述转移标签组的基因群组表达水平；
使用由所述抗转移因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗转移因子组的基因群组表达水平；以及
使用由所述突变状态组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述突变状态组的基因群组表达水平。
96.权利要求94所述的系统，其中所述与癌症微环境相关的基因群组包含来自以下每一组的至少三个基因：
癌症相关成纤维细胞组：LGALS1、COL1A1、COL1A2、COL4A1、COL5A1、TGFB1、TGFB2、TGFB3、ACTA2、FGF2、FAP、LRP1、CD248、COL6A1、COL6A2和COL6A3；
-血管生成组：VEGFA、VEGFB、VEGFC、PDGFC、CXCL8、CXCR2、F日1、PIGF、CXCL5、KDR、ANGPT1、ANGPT2、TEK、VWF、CDH5、NOS3、KDR、VCAM1、MMRN1、LDHA、HIF1A、EPAS1、CA9、SPP1、LOX、SLC2A1和LAMP3；
抗原呈递组：HLA-A、HLA-B、HLA-C、B2M、TAP1、TAP2、HLA-DRA、HLA-DRB1、HLA-DOB、HLA-DPB2、HLA-DMA、HLA-DOA、HLA-DPA1、HLA-DPB1、HLA-DMB、HLA-DQB1、HLA-DQA1、HLA-DRB5、HLA-DQA2、HLA-DQB2、HLA-DRB6、CD80、CD86、CD40、CD83、TNFRSF4、ICOSLG和CD28；
细胞毒性T细胞和NK细胞组：IFNG、GZMA、GZMB、PRF1、LCK、GZMK、ZAP70、GNLY、FASLG、TBX21、EOMES、CD8A、CD8B、NKG7、CD160、CD244、NCR1、KLRC2、KLRK1、CD226、GZMH、GNLY、IFNG、KIR2DL4、KIR2DS1、KIR2DS2、KIR2DS3、KIR2DS4、KIR2DS5、CXCL9、CXCL10、CXCR3、CX3CL1、CCR7、CXCL11、CCL21、CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、EOMES、TBX21、ITK、CD3D、CD3E、CD3G、TRAC、TRBC1、TRBC2、LCK、UBASH3A和TRAT1；
B细胞组：CD19、MS4A1、TNFRSF13C、CD27、CD24、CR2、TNFRSF17、TNFRSF13B、CD22、CD79A、CD79B和BLK；
抗肿瘤微环境组：NOS2、IL12A、IL12B、IL23A、TNF、IL1B、SOCS3、IFNG、IL2、CD40LG、IL15、CD27、TBX21、LTA、IL21、HMGB1、TNF、IFNB1、IFNA2、CCL3、TNFSF10和FASLG；
检查点抑制组：PDCD1、CD274、CTLA4、LAG3、PDCD1LG2、BTLA、HAVCR2和VSIR；
Treg组：CXCL12、TGFB1、TGFB2、TGFB3、FOXP3、CTLA4、IL10、TNFRSF1B、CCL17、CXCR4、CCR4、CCL22、CCL1、CCL2、CCL5、CXCL13和CCL28；
MDSC组：IDO1、ARG1、IL4R、IL10、TGFB1、TGFB2、TGFB3、NOS2、CYBB、CXCR4、CD33、CXCL1、CXCL5、CCL2、CCL4、CCL8、CCR2、CCL3、CCL5、CSF1和CXCL8；
粒细胞组：CXCL8、CXCL2、CXCL1、CCL11、CCL24、KITLG、CCL5、CXCL5、CCR3、CCL26、PRG2、EPX、RNASE2、RNASE3、IL5RA、GATA1、SIGLEC8、PRG3、CMA1、TPSAB1、MS4A2、CPA3、IL4、IL5、IL13、SIGLEC8、MPO、ELANE、PRTN3和CTSG；
促肿瘤免疫组：IL10、VEGFA、TGFB1、IDO1、PTGES、MRC1、CSF1、LRP1、ARG1、PTGS1、MSR1、CD163、CSF1R、IL4、IL5、IL13、IL10、IL25、GATA3、IL10、TGFB1、TGFB2、TGFB3、IL22、MIF、CFD、CFI、CD55、CD46和CR1。
97.权利要求96或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述癌症相关成纤维细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述癌症相关成纤维细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述血管生成组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述血管生成组的基因群组表达水平；
使用由所述抗原呈递组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗原呈递组的基因群组表达水平；
使用由所述细胞毒性T细胞和NK细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述细胞毒性T细胞和NK细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述B细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述B细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述抗肿瘤微环境组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗肿瘤微环境组的基因群组表达水平；
使用由所述检查点抑制组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述检查点抑制组的基因群组表达水平；
使用由所述Treg组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述Treg组的基因群组表达水平；
使用由所述MDSC组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述MDSC组的基因群组表达水平；
使用由所述粒细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述粒细胞组的基因群组表达水平；以及
使用由所述促肿瘤免疫组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述促肿瘤免疫组的基因群组表达水平。
98.权利要求78或任一其他前述权利要求所述的系统，
其中与癌症恶性相关的基因群组是：增殖速率组、PI3K/AKT/mTOR信号传导组、RAS/RAF/MEK信号传导组、受体酪氨酸激酶表达组、生长因子组、肿瘤抑制因子组、转移标签组、抗转移因子组和突变状态组；并且
其中确定所述对象的所述MF谱包括确定以下各组的基因群组表达水平：增殖速率组、PI3K/AKT/mTOR信号传导组、RAS/RAF/MEK信号传导组、受体酪氨酸激酶表达组、生长因子组、肿瘤抑制因子组、转移标签组、抗转移因子组和突变状态组。
99.权利要求78或任一其他前述权利要求所述的系统，
其中与癌症微环境相关的基因群组是：MHCI组、MHCII组、共激活分子组、效应细胞组、NK细胞组、T细胞运输组、T细胞组、B细胞组、M1标签组、Th1标签组、抗肿瘤细胞因子组、检查点抑制组、Treg组、MDSC组、粒细胞组、M2标签组、Th2标签组、促肿瘤细胞因子组、癌症相关成纤维细胞组、血管生成组和补体抑制组；并且
其中确定所述对象的所述MF谱包括确定以下各组的基因群组表达水平：MHCI组、MHCII组、共激活分子组、效应细胞组、NK细胞组、T细胞运输组、T细胞组、B细胞组、M1标签组、Th1标签组、抗肿瘤细胞因子组、检查点抑制组、Treg组、MDSC组、粒细胞组、M2标签组、Th2标签组、促肿瘤细胞因子组、癌症相关成纤维细胞组、血管生成组和补体抑制组。
100.权利要求98或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述与癌症恶性相关的基因群组包含来自以下每一组的至少三个基因：
增殖速率组：MKI67、ESCO2、CETN3、CDK2、CCND1、CCNE1、AURKA、AURKB、CDK4、CDK6、PRC1、E2F1、MYBL2、BUB1、PLK1、CCNB1、MCM2和MCM6；
PI3K/AKT/mTOR信号传导组：PIK3CA、PIK3CB、PIK3CG、PIK3CD、AKT1、MTOR、PTEN、PRKCA、AKT2和AKT3；
RAS/RAF/MEK信号传导组：BRAF、FNTA、FNTB、MAP2K1、MAP2K2、MKNK1和MKNK2；
受体酪氨酸激酶表达组：ALK、AXL、KIT、EGFR、ERBB2、FLT3、MET、NTRK1、FGFR1、FGFR2、FGFR3、ERBB4、ERBB3、BCR-ABL、PDGFRA和PDGFRB；
生长因子组：NGF、CSF3、CSF2、FGF7、IGF1、IGF2、IL7和FGF2；
肿瘤抑制因子组：TP53、SIK1、PTEN、DCN、MTAP、AIM2和RB1；
转移标签组：ESRP1、CTSL、HOXA1、SMARCA4、SNAI2、TWIST1、NEDD9、PAPPA和HPSE；
抗转移因子组：KISS1、ADGRG1、BRMS1、TCF21、CDH1、PCDH10、NCAM1和MITF；以及突变状态组：APC、ARID1A、ATM、ATRX、BAP1、BRAF、BRCA2、CDH1、CDKN2A、CTCF、CTNNB1、DNMT3A、EGFR、FBXW7、FLT3、GATA3、HRAS、IDH1、KRAS、MAP3K1、MTOR、NAV3、NCOR1、NF1、NOTCH1、NPM1、NRAS、PBRM1、PIK3CA、PIK3R1、PTEN、RB1、RUNX1、SETD2、STAG2、TAF1、TP53和VHL。
101.权利要求100或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述增殖速率组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述增殖速率组的基因群组表达水平；
使用由所述PI3K/AKT/mTOR信号传导组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述PI3K/AKT/mTOR信号传导组的基因群组表达水平；
使用由所述RAS/RAF/MEK信号传导组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述RAS/RAF/MEK信号传导组的基因群组表达水平；
使用由所述受体酪氨酸激酶表达组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述受体酪氨酸激酶表达组的基因群组表达水平；
使用由所述生长因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述生长因子组的基因群组表达水平；
使用由所述肿瘤抑制因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述肿瘤抑制因子组的基因群组表达水平；
使用由所述转移标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述转移标签组的基因群组表达水平；
使用由所述抗转移因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗转移因子组的基因群组表达水平；以及
使用由所述突变状态组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述突变状态组的基因群组表达水平。
102.权利要求99或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述与癌症微环境相关的基因群组包含来自以下每一组的至少三个基因：
癌症相关成纤维细胞组：LGALS1、COL1A1、COL1A2、COL4A1、COL5A1、TGFB1、TGFB2、TGFB3、ACTA2、FGF2、FAP、LRP1、CD248、COL6A1、COL6A2和COL6A3；
血管生成组：VEGFA、VEGFB、VEGFC、PDGFC、CXCL8、CXCR2、FLT1、PIGF、CXCL5、KDR、ANGPT1、ANGPT2、TEK、VWF、CDH5、NOS3、KDR、VCAM1、MMRN1、LDHA、HIF1A、EPAS1、CA9、SPP1、LOX、SLC2A1和LAMP3；
MHCI组：HLA-A、HLA-B、HLA-C、B2M、TAP1和TAP2；
MHCII组：HLA-DRA、HLA-DRB1、HLA-DOB、HLA-DPB2、HLA-DMA、HLA-DOA、HLA-DPA1、HLA-DPB1、HLA-DMB、HLA-DQB1、HLA-DQA1、HLA-DRB5、HLA-DQA2、HLA-DQB2和HLA-DRB6；
共激活分子组：CD80、CD86、CD40、CD83、TNFRSF4、ICOSLG和CD28；
效应细胞组：IFNG、GZMA、GZMB、PRF1、LCK、GZMK、ZAP70、GNLY、FASLG、TBX21、EOMES、CD8A和CD8B；
NK细胞组：NKG7、CD160、CD244、NCR1、KLRC2、KLRK1、CD226、GZMH、GNLY、IFNG、KIR2DL4、KIR2DS1、KIR2DS2、KIR2DS3、KIR2DS4和KIR2DS5；
T细胞运输组：CXCL9、CXCL10、CXCR3、CX3CL1、CCR7、CXCL11、CCL21、CCL2、CCL3、CCL4和CCL5；
T细胞组：EOMES、TBX21、ITK、CD3D、CD3E、CD3G、TRAC、TRBC1、TRBC2、LCK、UBASH3A和TRAT1；
B细胞组：CD19、MS4A1、TNFRSF13C、CD27、CD24、CR2、TNFRSF17、TNFRSF13B、CD22、CD79A、CD79B和BLK；
M1标签组：NOS2、IL12A、IL12B、IL23A、TNF、IL1B和SOCS3；
Th1标签组：IFNG、IL2、CD40LG、IL15、CD27、TBX21、LTA和IL21；
抗肿瘤细胞因子组：HMGB1、TNF、IFNB1、IFNA2、CCL3、TNFSF10和FASLG；
检查点抑制组：PDCD1、CD274、CTLA4、LAG3、PDCD1LG2、BTLA、HAVCR2和VSIR；
Treg组：CXCL12、TGFB1、TGFB2、TGFB3、FOXP3、CTLA4、IL10、TNFRSF1B、CCL17、CXCR4、CCR4、CCL22、CCL1、CCL2、CCL5、CXCL13和CCL28；
MDSC组：IDO1、ARG1、IL4R、IL10、TGFB1、TGFB2、TGFB3、NOS2、CYBB、CXCR4、CD33、CXCL1、CXCL5、CCL2、CCL4、CCL8、CCR2、CCL3、CCL5、CSF1和CXCL8；
粒细胞组：CXCL8、CXCL2、CXCL1、CCL11、CCL24、KITLG、CCL5、CXCL5、CCR3、CCL26、PRG2、EPX、RNASE2、RNASE3、IL5RA、GATA1、SIGIEC8、PRG3、CMA1、TPSAB1、MS4A2、CPA3、IL4、IL5、IL13、SIGLEC8、MPO、ELANE、PRTN3和CTSG；
M2标签组：IL10、VEGFA、TGFB1、IDO1、PTGES、MRC1、CSF1、LRP1、ARG1、PTGS1、MSR1、CD163和CSF1R；
Th2标签组：IL4、IL5、IL13、IL10、IL25和GATA3；
促肿瘤细胞因子组：IL10、TGFB1、TGFB2、TGFB3、IL22和MIF；以及
补体抑制组：CFD、CFI、CD55、CD46和CR1。
103.权利要求102或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述癌症相关成纤维细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述癌症相关成纤维细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述血管生成组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述血管生成组的基因群组表达水平；
使用由所述MHCI组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述MHCI组的基因群组表达水平；
使用由所述MHCII组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述
MHCII组的基因群组表达水平；
使用由所述共激活分子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述共激活分子组的基因群组表达水平；
使用由所述效应细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述效应细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述NK细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述NK细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述T细胞运输组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述T细胞运输组的基因群组表达水平；
使用由所述T细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述T细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述B细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述B细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述M1标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述M1标签组的基因群组表达水平；
使用由所述Th1标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述Th1标签组的基因群组表达水平；
使用由所述抗肿瘤细胞因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗肿瘤细胞因子组的基因群组表达水平；
使用由所述检查点抑制组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述检查点抑制组的基因群组表达水平；
使用由所述Treg组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述Treg组的基因群组表达水平；
使用由所述MDSC组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述MDSC组的基因群组表达水平；
使用由所述粒细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述粒细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述M2标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述M2标签组的基因群组表达水平；
使用由所述Th2标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述Th2标签组的基因群组表达水平；
使用由所述促肿瘤细胞因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述促肿瘤细胞因子组的基因群组表达水平；以及
使用由所述补体抑制组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述补体抑制组的基因群组表达水平。
104.权利要求78或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定所述对象的所述MF谱包括：
使用基因集富集分析(GSEA)技术确定与癌症恶性相关的基因群组中第一基因群组的第一基因群组表达水平；以及
使用所述基因集富集分析(GSEA)技术确定与癌症微环境相关的基因群组中第二基因群组的第二基因群组表达水平。
105.权利要求78或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定所述对象的所述MF谱包括：
使用突变计数技术确定与癌症恶性相关的基因群组中第一基因群组的第一基因群组表达水平；以及
使用所述突变计数技术确定与癌症微环境相关的基因群组中第二基因群组的第二基因群组表达水平。
106.权利要求78或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述WES数据用于对肿瘤负荷(纯度)进行定量、鉴定特异性突变，和/或用于计算新抗原的数目。
107.系统，其包含：
至少一个计算机硬件处理器；以及
存储处理器可执行指令的至少一个非暂时性计算机可读存储介质，所述处理器可执行指令当由所述至少一个计算机硬件处理器执行时使所述至少一个计算机硬件处理器执行：
获得来自具有特定癌症类型的对象的生物样品的RNA表达数据和/或全外显子组测序(WES)数据；
至少部分地通过以下确定所述对象的分子功能(MF)谱：
使用所述RNA表达数据和参考RNA表达数据确定与癌症恶性相关且由肿瘤特性组组成的第一基因群组集合中每个基因群组的基因群组表达水平；以及
使用所述RNA表达数据和所述参考RNA表达数据确定与癌症微环境相关且由促肿瘤免疫微环境组、抗肿瘤免疫微环境组、血管生成组和成纤维细胞组组成的第二基因群组集合中每个基因群组的基因群组表达水平；以及
访问指定所述特定癌症类型的多个MF谱聚类的信息；
从所述多个MF谱聚类中鉴定与所述对象的所述MF谱相关联的MF谱聚类，所述MF谱聚类包含：
与发炎且血管化生物样品和/或发炎且富含成纤维细胞生物样品相关的第一MF谱聚类，
与发炎且非血管化生物样品和/或发炎且不富含成纤维细胞生物样品相关的第二MF谱聚类，
与未发炎且血管化生物样品和/或未发炎且富含成纤维细胞生物样品相关的第三MF谱聚类，以及
与未发炎且非血管化生物样品和/或未发炎且不富含成纤维细胞生物样品相关的第四MF谱聚类，
其中所述MF谱聚类通过以下生成：
使用所述参考RNA表达数据和来自从多个对象获得的生物样品的RNA表达数据确定相应多个对象的多个MF谱，所述多个MF谱中的每一个包含所述基因群组集合中每个基因群组的基因群组表达水平；以及
对所述多个MF谱进行聚类以获得所述MF谱聚类。
108.权利要求107或任一其他前述权利要求所述的系统，其中与癌症恶性相关的基因群组包含来自以下每一组的至少三个基因：
肿瘤特性组：MKI67、ESCO2、CETN3、CDK2、CCND1、CCNE1、AURKA、AURKB、CDK4、CDK6、PRC1、E2F1、MYBL2、BUB1、PLK1、CCNB1、MCM2、MCM6、PIK3CA、PIK3CB、PIK3CG、PIK3CD、AKT1、MTOR、PTEN、PRKCA、AKT2、AKT3、BRAF、FNTA、FNTB、MAP2K1、MAP2K2、MKNK1、MKNK2、ALK、AXL、KIT、EGFR、ERBB2、FLT3、MET、NTRK1、FGFR1、FGFR2、FGFR3、ERBB4、ERBB3、BCR-ABL、PDGFRA、PDGFRB、NGF、CSF3、CSF2、FGF7、IGF1、IGF2、IL7、FGF2、TP53、SIK1、PTEN、DCN、MTAP、AIM2、RB1、ESRP1、CTSL、HOXA1、SMARCA4、SNAI2、TWIST1、NEDD9、PAPPA、HPSE、KISS1、ADGRG1、BRMS1、TCF21、CDH1、PCDH10、NCAM1、MITF、APC、ARID1A、ATM、ATRX、BAP1、BRAF、BRCA2、CDH1、CDKN2A、CTCF、CTNNB1、DNMT3A、EGFR、FBXW7、FLT3、GATA3、HRAS、IDH1、KRAS、MAP3K1、MTOR、NAV3、NCOR1、NF1、NOTCH1、NPM1、NRAS、PBRM1、PIK3CA、PIK3R1、PTEN、RB1、RUNX1、SETD2、STAG2、TAF1、TP53和VHL。
109.权利要求108或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述肿瘤特性组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述肿瘤特性组的基因群组表达水平。
110.权利要求107或任一其他前述权利要求所述的系统，其中与癌症微环境相关的基因群组包含来自以下每一组的至少三个基因：
抗肿瘤免疫微环境组：HLA-A、HLA-B、HLA-C、B2M、TAP1、TAP2、HLA-DRA、HLA-DRB1、HLA-DOB、HLA-DPB2、HLA-DMA、HLA-DOA、HLA-DPA1、HLA-DPB1、HLA-DMB、HLA-DQB1、HLA-DQA1、HLA-DRB5、HLA-DQA2、HLA-DQB2、HLA-DRB6、CD80、CD86、CD40、CD83、TNFRSF4、ICOSLG、CD28、IFNG、GZMA、GZMB、PRF1、LCK、GZMK、ZAP70、GNLY、FASLG、TBX21、EOMES、CD8A、CD8B、NKG7、CD160、CD244、NCR1、KLRC2、KLRK1、CD226、GZMH、GNLY、IFNG、KIR2DL4、KIR2DS1、KIR2DS2、KIR2DS3、KIR2DS4、KIR2DS5、CXCL9、CXCL10、CXCR3、CX3CL1、CCR7、CXCL11、CCL21、CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、EOMES、TBX21、ITK、CD3D、CD3E、CD3G、TRAC、TRBC1、TRBC2、LCK、UBASH3A、TRAT1、CD19、MS4A1、TNFRSF13C、CD27、CD24、CR2、TNFRSF17、TNFRSF13B、CD22、CD79A、CD79B、BLK、NOS2、IL12A、IL12B、IL23A、TNF、IL1B、SOCS3、IFNG、IL2、CD40LG、IL15、CD27、TBX21、LTA、IL21、HMGB1、TNF、IFNB1、IFNA2、CCL3、TNFSF10和FASLG；
促肿瘤免疫微环境组：PDCD1、CD274、CTLA4、LAG3、PDCD1LG2、BTLA、HAVCR2、VSIR、CXCL12、TGFB1、TGFB2、TGFB3、FOXP3、CTLA4、IL10、TNFRSF1B、CCL17、CXCR4、CCR4、CCL22、CCL1、CCL2、CCL5、CXCL13、CCL28、IDO1、ARG1、IL4R、IL10、TGFB1、TGFB2、TGFB3、NOS2、CYBB、CXCR4、CD33、CXCL1、CXCL5、CCL2、CCL4、CCL8、CCR2、CCL3、CCL5、CSF1、CXCL8、CXCL8、CXCL2、CXCL1、CCL11、CCL24、KITLG、CCL5、CXCL5、CCR3、CCL26、PRG2、EPX、RNASE2、RNASE3、IL5RA、GATA1、SIGLEC8、PRG3、CMA1、TPSAB1、MS4A2、CPA3、IL4、IL5、IL13、SIGLEC8、MPO、ELANE、PRTN3、CTSG、IL10、VEGFA、TGFB1、IDO1、PTGES、MRC1、CSF1、LRP1、ARG1、PTGS1、MSR1、CD163、CSF1R、IL4、IL5、IL13、IL10、IL25、GATA3、IL10、TGFB1、TGFB2、TGFB3、IL22、MIF、CFD、CFI、CD55、CD46和CR1；
成纤维细胞组：LGALS1、COL1A1、COL1A2、COL4A1、COL5A1、TGFB1、TGFB2、TGFB3、ACTA2、FGF2、FAP、LRP1、CD248、COL6A1、COL6A2和COL6A3；以及
血管生成组：VEGFA、VEGFB、VEGFC、PDGFC、CXCL8、CXCR2、FLT1、PIGF、CXCL5、KDR、ANGPT1、ANGPT2、TEK、VWF、CDH5、NOS3、KDR、VCAM1、MMRN1、LDHA、HIF1A、EPAS1、CA9、SPP1、LOX、SLC2A1和LAMP3。
111.权利要求110或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述抗肿瘤免疫微环境组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗肿瘤免疫微环境组的基因群组表达水平；
使用由所述促肿瘤免疫微环境组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述促肿瘤免疫微环境组的基因群组表达水平；
使用由所述成纤维细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述成纤维细胞组的基因群组表达水平；以及
使用由所述血管生成组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述血管生成组的基因群组表达水平。
112.系统，其包含：
至少一个计算机硬件处理器；以及
存储处理器可执行指令的至少一个非暂时性计算机可读存储介质，所述处理器可执行指令当由所述至少一个计算机硬件处理器执行时使所述至少一个计算机硬件处理器执行：
获得来自具有特定癌症类型的对象的生物样品的RNA表达数据和/或全外显子组测序(WES)数据；
至少部分地通过以下确定所述对象的分子功能(MF)谱：
使用所述RNA表达数据和参考RNA表达数据确定与癌症恶性相关且由以下组成的第一基因群组集合中每个基因群组的基因群组表达水平：增殖速率组、PI3K/AKT/mTOR信号传导组、RAS/RAF/MEK信号传导组、受体酪氨酸激酶表达组、肿瘤抑制因子组、转移标签组、抗转移因子组和突变状态组；以及
使用所述RNA表达数据和所述参考RNA表达数据确定与癌症微环境相关且由以下组成的第二基因群组集合中每个基因群组的基因群组表达水平：抗原呈递组、细胞毒性T细胞和NK细胞组、B细胞组、抗肿瘤微环境组、检查点抑制组、Treg组、MDSC组、粒细胞组、癌症相关成纤维细胞组、血管生成组和促肿瘤免疫组；以及
访问指定所述特定癌症类型的多个MF谱聚类的信息；
从所述多个MF谱聚类中鉴定与所述对象的所述MF谱相关联的MF谱聚类，所述MF谱聚类包含：
与发炎且血管化生物样品和/或发炎且富含成纤维细胞生物样品相关的第一MF谱聚类，
与发炎且非血管化生物样品和/或发炎且不富含成纤维细胞生物样品相关的第二MF谱聚类，
与未发炎且血管化生物样品和/或未发炎且富含成纤维细胞生物样品相关的第三MF谱聚类，以及
与未发炎且非血管化生物样品和/或未发炎且不富含成纤维细胞生物样品相关的第四MF谱聚类，
其中所述MF谱聚类通过以下生成：
使用所述参考RNA表达数据和来自从多个对象获得的生物样品的RNA表达数据确定相应多个对象的多个MF谱，所述多个MF谱中的每一个包含所述基因群组集合中每个基因群组的基因群组表达水平；以及
对所述多个MF谱进行聚类以获得所述MF谱聚类。
113.权利要求112所述的系统，其中与癌症恶性相关的基因群组包含来自以下每一组的至少三个基因：
增殖速率组：MKI67、ESCO2、CETN3、CDK2、CCND1、CCNE1、AURKA、AURKB、CDK4、CDK6、PRC1、E2F1、MYBL2、BUB1、PLK1、CCNB1、MCM2和MCM6；
PI3K/AKT/mTOR信号传导组：PIK3CA、PIK3CB、PIK3CG、PIK3CD、AKT1、MTOR、PTEN、PRKCA、AKT2和AKT3；
RAS/RAF/MEK信号传导组：BRAF、FNTA、FNTB、MAP2K1、MAP2K2、MKNK1和MKNK2；
受体酪氨酸激酶表达组：ALK、AXL、KIT、EGFR、ERBB2、FLT3、MET、NTRK1、FGFR1、FGFR2、FGFR3、ERBB4、ERBB3、BCR-ABL、PDGFRA和PDGFRB；
肿瘤抑制因子组：TP53、SIK1、PTEN、DCN、MTAP、AIM2和RB1；
转移标签组：ESRP1、CTSL、HOXA1、SMARCA4、SNAI2、TWIST1、NEDD9、PAPPA和HPSE；
抗转移因子组：KISS1、ADGRG1、BRMS1、TCF21、CDH1、PCDH10、NCAM1和MITF；以及突变状态组：APC、ARID1A、ATM、ATRX、BAP1、BRAF、BRCA2、CDH1、CDKN2A、CTCF、CTNNB1、DNMT3A、EGFR、FBXW7、FLT3、GATA3、HRAS、IDH1、KRAS、MAP3K1、MTOR、NAV3、NCOR1、NF1、NOTCH1、NPM1、NRAS、PBRM1、PIK3CA、PIK3R1、PTEN、RB1、RUNX1、SETD2、STAG2、TAF1、TP53和VHL。
114.权利要求113或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述增殖速率组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述增殖速率组的基因群组表达水平；
使用由所述PI3K/AKT/mTOR信号传导组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述PI3K/AKT/mTOR信号传导组的基因群组表达水平；
使用由所述RAS/RAF/MEK信号传导组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述RAS/RAF/MEK信号传导组的基因群组表达水平；
使用由所述受体酪氨酸激酶表达组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述受体酪氨酸激酶表达组的基因群组表达水平；
使用由所述肿瘤抑制因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述肿瘤抑制因子组的基因群组表达水平；
使用由所述转移标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述转移标签组的基因群组表达水平；
使用由所述抗转移因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗转移因子组的基因群组表达水平；以及
使用由所述突变状态组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述突变状态组的基因群组表达水平。
115.权利要求112所述的系统，其中与癌症微环境相关的基因群组包含来自以下每一组的至少三个基因：
癌症相关成纤维细胞组：LGALS1、COL1A1、COL1A2、COL4A1、COL5A1、TGFB1、TGFB2、TGFB3、ACTA2、FGF2、FAP、LRP1、CD248、COL6A1、COL6A2和COL6A3；
血管生成组：VEGFA、VEGFB、VEGFC、PDGFC、CXCL8、CXCR2、FLT1、PIGF、CXCL5、KDR、ANGPT1、ANGPT2、TEK、VWF、CDH5、NOS3、KDR、VCAM1、MMRN1、LDHA、HIF1A、EPAS1、CA9、SPP1、LOX、SLC2A1和LAMP3；
抗原呈递组：HLA-A、HLA-B、HLA-C、B2M、TAP1、TAP2、HLA-DRA、HLA-DRB1、HLA-DOB、HLA-DPB2、HLA-DMA、HLA-DOA、HLA-DPA1、HLA-DPB1、HLA-DMB、HLA-DQB1、HLA-DQA1、HLA-DRB5、HLA-DQA2、HLA-DQB2、HLA-DRB6、CD80、CD86、CD40、CD83、TNFRSF4、ICOSLG和CD28；
细胞毒性T细胞和NK细胞组：IFNG、GZMA、GZMB、PRF1、LCK、GZMK、ZAP70、GNLY、FASLG、TBX21、EOMES、CD8A、CD8B、NKG7、CD160、CD244、NCR1、KLRC2、KLRK1、CD226、GZMH、GNLY、IFNG、KIR2DL4、KIR2DS1、KIR2DS2、KIR2DS3、KIR2DS4、KIR2DS5、CXCL9、CXCL10、CXCR3、CX3CL1、CCR7、CXCL11、CCL21、CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、EOMES、TBX21、ITK、CD3D、CD3E、CD3G、TRAC、TRBC1、TRBC2、LCK、UBASH3A和TRAT1；
B细胞组：CD19、MS4A1、TNFRSF13C、CD27、CD24、CR2、TNFRSF17、TNFRSF13B、CD22、CD79A、CD79B和BLK；
抗肿瘤微环境组：NOS2、IL12A、IL12B、IL23A、TNF、IL1B、SOCS3、IFNG、IL2、CD40LG、IL15、CD27、TBX21、LTA、IL21、HMGB1、TNF、IFNB1、IFNA2、CCL3、TNFSF10和FASLG；
检查点抑制组：PDCD1、CD274、CTLA4、LAG3、PDCD1LG2、BTLA、HAVCR2和VSIR；
Treg组：CXCL12、TGFB1、TGFB2、TGFB3、FOXP3、CTLA4、IL10、TNFRSF1B、CCL17、CXCR4、CCR4、CCL22、CCL1、CCL2、CCL5、CXCL13和CCL28；
MDSC组：IDO1、ARG1、IL4R、IL10、TGFB1、TGFB2、TGFB3、NOS2、CYBB、CXCR4、CD33、CXCL1、CXCL5、CCL2、CCL4、CCL8、CCR2、CCL3、CCL5、CSF1和CXCL8：
粒细胞组：CXCL8、CXCL2、CXCL1、CCL11、CCL24、KITLG、CCL5、CXCL5、CCR3、CCL26、PRG2、EPX、RNASE2、RNASE3、IL5RA、GATA1、SIGLEC8、PRG3、CMA1、TPSAB1、MS4A2、CPA3、IL4、IL5、IL13、SIGLEC8、MPO、ELANE、PRTN3和CTSG；
促肿瘤免疫组：IL10、VEGFA、TGFB1、IDO1、PTGES、MRC1、CSF1、LRP1、ARG1、PTGS1、MSR1、CD163、CSF1R、IL4、IL5、IL13、IL10、IL25、GATA3、IL10、TGFB1、TGFB2、TGFB3、IL22、MIF、CFD、CFI、CD55、CD46和CR1。
116.权利要求115或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述癌症相关成纤维细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述癌症相关成纤维细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述血管生成组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述血管生成组的基因群组表达水平；
使用由所述抗原呈递组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗原呈递组的基因群组表达水平；
使用由所述细胞毒性T细胞和NK细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述细胞毒性T细胞和NK细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述B细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述B细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述抗肿瘤微环境组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗肿瘤微环境组的基因群组表达水平；
使用由所述检查点抑制组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述检查点抑制组的基因群组表达水平；
使用由所述Treg组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述Treg组的基因群组表达水平；
使用由所述MDSC组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述MDSC组的基因群组表达水平；
使用由所述粒细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述粒细胞组的基因群组表达水平；以及
使用由所述促肿瘤免疫组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述促肿瘤免疫组的基因群组表达水平。
117.系统，其包含：
至少一个计算机硬件处理器；以及
存储处理器可执行指令的至少一个非暂时性计算机可读存储介质，所述处理器可执行指令当由所述至少一个计算机硬件处理器执行时使所述至少一个计算机硬件处理器执行：
获得来自具有特定癌症类型的对象的生物样品的RNA表达数据和/或全外显子组测序(WES)数据；
至少部分地通过以下确定所述对象的分子功能(MF)谱：
使用所述RNA表达数据和参考RNA表达数据确定与癌症恶性相关且由以下组成的第一基因群组集合中每个基因群组的基因群组表达水平：增殖速率组、PI3K/AKT/mTOR信号传导组、RAS/RAF/MEK信号传导组、受体酪氨酸激酶表达组、生长因子组、肿瘤抑制因子组、转移标签组、抗转移因子组和突变状态组；以及
使用所述RNA表达数据和所述参考RNA表达数据确定与癌症微环境相关且由以下组成的第二基因群组集合中每个基因群组的基因群组表达水平：MHCI组、MHCII组、共激活分子组、效应细胞组、NK细胞组、T细胞运输组、T细胞组、B细胞组、M1标签组、Th1标签组、抗肿瘤细胞因子组、检查点抑制组、Treg组、MDSC组、粒细胞组、M2标签组、Th2标签组、促肿瘤细胞因子组、癌症相关成纤维细胞组、血管生成组和补体抑制组；以及
访问指定所述特定癌症类型的多个MF谱聚类的信息；
从所述多个MF谱聚类中鉴定与所述对象的所述MF谱相关联的MF谱聚类，所述MF谱聚类包含：
与发炎且血管化生物样品和/或发炎且富含成纤维细胞生物样品相关的第一MF谱聚类，
与发炎且非血管化生物样品和/或发炎且不富含成纤维细胞生物样品相关的第二MF谱聚类，
与未发炎且血管化生物样品和/或未发炎且富含成纤维细胞生物样品相关的第三MF谱聚类，以及
与未发炎且非血管化生物样品和/或未发炎且不富含成纤维细胞生物样品相关的第四MF谱聚类，
其中所述MF谱聚类通过以下生成：
使用所述参考RNA表达数据和来自从多个对象获得的生物样品的RNA表达数据确定相应多个对象的多个MF谱，所述多个MF谱中的每一个包含所述基因群组集合中每个基因群组的基因群组表达水平；以及
对所述多个MF谱进行聚类以获得所述MF谱聚类。
118.权利要求117或任一其他前述权利要求所述的系统，其中与癌症恶性相关的基因群组包含来自以下每一组的至少三个基因：
增殖速率组：MKI67、ESCO2、CETN3、CDK2、CCND1、CCNE1、AURKA、AURKB、CDK4、CDK6、PRC1、E2F1、MYBL2、BUB1、PLK1、CCNB1、MCM2和MCM6；
PI3K/AKT/mTOR信号传导组：PIK3CA、PIK3CB、PIK3CG、PIK3CD、AKT1、MTOR、PTEN、PRKCA、AKT2和AKT3；
RAS/RAF/MEK信号传导组：BRAF、FNTA、FNTB、MAP2K1、MAP2K2、MKNK1和MKNK2；
受体酪氨酸激酶表达组：ALK、AXL、KIT、EGFR、ERBB2、FLT3、MET、NTRK1、FGFR1、FGFR2、FGFR3、ERBB4、ERBB3、BCR-ABL、PDGFRA和PDGFRB；
生长因子组：NGF、CSF3、CSF2、FGF7、IGF1、IGF2、IL7和FGF2；
肿瘤抑制因子组：TP53、SIK1、PTEN、DCN、MTAP、AIM2和RB1；
转移标签组：ESRP1、CTSL、HOXA1、SMARCA4、SNAI2、TWIST1、NEDD9、PAPPA和HPSE；
抗转移因子组：KISS1、ADGRG1、BRMS1、TCF21、CDH1、PCDH10、NCAM1和MITF；以及突变状态组：APC、ARID1A、ATM、ATRX、BAP1、BRAF、BRCA2、CDH1、CDKN2A、CTCF、CTNNB1、DNMT3A、EGFR、FBXW7、FLT3、GATA3、HRAS、IDH1、KRAS、MAP3K1、MTOR、NAV3、NCOR1、NF1、NOTCH1、NPM1、NRAS、PBRM1、PIK3CA、PIK3R1、PTEN、RB1、RUNX1、SETD2、STAG2、TAF1、TP53和VHL。
119.权利要求118或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述增殖速率组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述增殖速率组的基因群组表达水平；
使用由所述PI3K/AKT/mTOR信号传导组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述PI3K/AKT/mTOR信号传导组的基因群组表达水平；
使用由所述RAS/RAF/MEK信号传导组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述RAS/RAF/MEK信号传导组的基因群组表达水平；
使用由所述受体酪氨酸激酶表达组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述受体酪氨酸激酶表达组的基因群组表达水平；
使用由所述生长因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述生长因子组的基因群组表达水平；
使用由所述肿瘤抑制因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述肿瘤抑制因子组的基因群组表达水平；
使用由所述转移标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述转移标签组的基因群组表达水平；
使用由所述抗转移因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗转移因子组的基因群组表达水平；以及
使用由所述突变状态组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述突变状态组的基因群组表达水平。
120.权利要求117或任一其他前述权利要求所述的系统，其中与癌症微环境相关的基因群组包含来自以下每一组的至少三个基因：
癌症相关成纤维细胞组：LGALS1、COL1A1、COL1A2、COL4A1、COL5A1、TGFB1、TGFB2、TGFB3、ACTA2、FGF2、FAP、LRP1、CD248、COL6A1、COL6A2和COL6A3；
血管生成组：VEGFA、VEGFB、VEGFC、PDGFC、CXCL8、CXCR2、FLT1、PIGF、CXCL5、KDR、ANGPT1、ANGPT2、TEK、VWF、CDH5、NOS3、KDR、VCAM1、MMRN1、LDHA、HIF1A、EPAS1、CA9、SPP1、LOX、SLC2A1和LAMP3；
MHCI组：HLA-A、HLA-B、HLA-C、B2M、TAP1和TAP2；
MHCII组：HLA-DRA、HLA-DRB1、HLA-DOB、HLA-DPB2、HLA-DMA、HLA-DOA、HLA-DPA1、HLA-DPB1、HLA-DMB、HLA-DQB1、HLA-DQA1、HLA-DRB5、HLA-DQA2、HLA-DQB2和HLA-DRB6；
共激活分子组：CD80、CD86、CD40、CD83、TNFRSF4、ICOSLG和CD28；
效应细胞组：IFNG、GZMA、GZMB、PRF1、LCK、GZMK、ZAP70、GNLY、FASLG、TBX21、EOMES、CD8A和CD8B；
NK细胞组：NKG7、CD160、CD244、NCR1、KLRC2、KLRK1、CD226、GZMH、GNLY、IFNG、KIR2DL4、KIR2DS1、KIR2DS2、KIR2DS3、KIR2DS4和KIR2DS5：
T细胞运输组：CXCL9、CXCL10、CXCR3、CX3CL1、CCR7、CXCL11、CCL21、CCL2、CCL3、CCL4和CCL5；
T细胞组：EOMES、TBX21、ITK、CD3D、CD3E、CD3G、TRAC、TRBC1、TRBC2、LCK、UBASH3A和TRAT1；
B细胞组：CD19、MS4A1、TNFRSF13C、CD27、CD24、CR2、TNFRSF17、TNFRSF13B、CD22、CD79A、CD79B和BLK；
M1标签组：NOS2、IL12A、IL12B、IL23A、TNF、IL1B和SOCS3；
Th1标签组：IFNG、IL2、CD40LG、IL15、CD27、TBX21、LTA和IL21：
抗肿瘤细胞因子组：HMGB1、TNF、IFNB1、IFNA2、CCL3、TNFSF10和FASLG；
检查点抑制组：PDCD1、CD274、CTLA4、LAG3、PDCD1LG2、BTLA、HAVCR2和VSIR；
Treg组：CXCL12、TGFB1、TGFB2、TGFB3、FOXP3、CTLA4、IL10、TNFRSF1B、CCL17、CXCR4、CCR4、CCL22、CCL1、CCL2、CCL5、CXCL13和CCL28；
MDSC组：IDO1、ARG1、IL4R、IL10、TGFB1、TGFB2、TGFB3、NOS2、CYBB、CXCR4、CD33、CXCL1、CXCL5、CCL2、CCL4、CCL8、CCR2、CCL3、CCL5、CSF1和CXCL8；
粒细胞组：CXCL8、CXCL2、CXCL1、CCL11、CCL24、KITLG、CCL5、CXCL5、CCR3、CCL26、PRG2、EPX、RNASE2、RNASE3、IL5RA、GATA1、SIGLEC8、PRG3、CMA1、TPSAB1、MS4A2、CPA3、IL4、IL5、IL13、SIGLEC8、MPO、ELANE、PRTN3和CTSG；
M2标签组：IL10、VEGFA、TGFB1、IDO1、PTGES、MRC1、CSF1、LRP1、ARG1、PTGS1、MSR1、CD163和CSF1R；
Th2标签组：IL4、IL5、IL13、IL10、IL25和GATA3；
促肿瘤细胞因子组：IL10、TGFB1、TGFB2、TGFB3、IL22和MIF；以及
补体抑制组：CFD、CFI、CD55、CD46和CR1。
121.权利要求120或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述癌症相关成纤维细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述癌症相关成纤维细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述血管生成组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述血管生成组的基因群组表达水平；
使用由所述MHCI组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述MHCI组的基因群组表达水平；
使用由所述MHCII组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述
MHCII组的基因群组表达水平；
使用由所述共激活分子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述共激活分子组的基因群组表达水平；
使用由所述效应细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述效应细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述NK细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述NK细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述T细胞运输组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述T细胞运输组的基因群组表达水平；
使用由所述T细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述T细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述B细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述B细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述M1标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述M1标签组的基因群组表达水平；
使用由所述Th1标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述Th1标签组的基因群组表达水平；
使用由所述抗肿瘤细胞因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗肿瘤细胞因子组的基因群组表达水平；
使用由所述检查点抑制组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述检查点抑制组的基因群组表达水平；
使用由所述Treg组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述Treg组的基因群组表达水平；
使用由所述MDSC组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述MDSC组的基因群组表达水平；
使用由所述粒细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述粒细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述M2标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述M2标签组的基因群组表达水平；
使用由所述Th2标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述Th2标签组的基因群组表达水平；
使用由所述促肿瘤细胞因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述促肿瘤细胞因子组的基因群组表达水平；以及
使用由所述补体抑制组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述补体抑制组的基因群组表达水平。
122.权利要求107或任一其他前述权利要求所述的系统，其中获得所述RNA表达数据是使用全转录物组测序或mRNA测序来进行的。
123.权利要求107或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述生物样品各自来自已知或怀疑具有癌细胞的肿瘤或组织。
124.权利要求107或任一其他前述权利要求所述的系统，其中对所述多个MF谱进行聚类是通过使用k均值聚类技术来进行的。
125.权利要求107或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述系统还包括：
使用与癌症恶性相关的至少一个基因群组的第一基因群组表达水平确定第一图形用户界面(GUI)元素的至少一个视觉特征并使用与癌症微环境相关的至少一个基因群组的第二基因群组表达水平确定第GUI元素的至少一个视觉特征；
生成针对所述对象进行个性化的个性化GUI，所述GUI包含：
与癌症恶性相关且包含所述第一GUI元素的第一部分；以及
与癌症微环境相关且包含所述第二GUI元素的第二部分，其中所述第二部分与所述第一部分不同；以及
将所生成的个性化GUI呈现给用户。
126.权利要求125或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定所述第一GUI元素的所述至少一个视觉特征包括使用所述第一基因群组表达水平确定所述第一GUI元素的大小。
127.权利要求125或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定所述第一GUI元素的所述至少一个视觉特征包括使用所述第一基因群组表达水平确定所述第一GUI元素的颜色。
128.权利要求125或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述第一部分包含第一多个GUI元素，其代表与癌症恶性相关的相应多个基因群组。
129.权利要求125或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述第二部分包含第二多个GUI元素，其代表与癌症微环境相关的相应多个基因群组。
130.权利要求117或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定所述对象的所述MF谱包括：
使用基因集富集分析(GSEA)技术确定所述与癌症恶性相关的第一基因群组集合中第一基因群组的第一基因群组表达水平；以及
使用所述基因集富集分析(GSEA)技术确定所述与癌症微环境相关的第二基因群组集合中第二基因群组的第二基因群组表达水平。
131.权利要求117或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定所述对象的所述MF谱包括：
使用突变计数技术确定所述与癌症恶性相关的第一基因群组集合中第一基因群组的第一基因群组表达水平；以及
使用所述突变计数技术确定所述与癌症微环境相关的第二基因群组集合中第二基因群组的第二基因群组表达水平。
132.权利要求107或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述WES数据用于对肿瘤负荷(纯度)进行定量、鉴定特异性突变，和/或用于计算新抗原的数目。
133.系统，其包含：
至少一个计算机硬件处理器；以及
存储处理器可执行指令的至少一个非暂时性计算机可读存储介质，所述处理器可执行指令当由所述至少一个计算机硬件处理器执行时使所述至少一个计算机硬件处理器执行：
从来自多个对象的生物样品获得第一RNA表达数据和/或第一全外显子组测序(WES)数据；
至少部分地通过以下确定所述多个对象的相应多个分子功能(MF)谱：对于所述多个对象中的每一个，
使用所述第一RNA表达数据确定基因群组集合中每个群组的相应基因群组表达水平，所述基因群组集合包含与癌症恶性相关的基因群组和与癌症微环境相关的不同基因群组；
对所述多个MF谱进行聚类以获得MF谱聚类，其包括：
与发炎且血管化生物样品和/或发炎且富含成纤维细胞生物样品相关的第一MF谱聚类，
与发炎且非血管化生物样品和/或发炎且不富含成纤维细胞生物样品相关的第二MF谱聚类，
与未发炎且血管化生物样品和/或未发炎且富含成纤维细胞生物样品相关的第三MF谱聚类，以及
与未发炎且非血管化生物样品和/或未发炎且不富含成纤维细胞生物样品相关的第四MF谱聚类；
获得来自对象的生物样品的第二RNA表达数据；
至少部分地通过以下来确定所述对象的分子功能(MF)谱：使用所述第二RNA表达数据确定所述基因群组集合中每个群组的基因群组表达水平；以及
从所述MF谱聚类中鉴定与所述对象的所述MF谱相关的特定MF谱聚类。
134.权利要求133所述的系统，
其中所述与癌症恶性相关的基因群组是肿瘤特性组；并且
其中确定所述对象的所述MF谱包括确定肿瘤特性组的基因群组表达水平。
135.权利要求134或任一其他前述权利要求所述的系统，
其中所述与癌症微环境相关的基因群组是促肿瘤免疫微环境组、抗肿瘤免疫微环境组、血管生成组和成纤维细胞组；并且
其中确定所述对象的所述MF谱包括确定以下各组的基因群组表达水平：促肿瘤免疫微环境组、抗肿瘤免疫微环境组、血管生成组和成纤维细胞组。
136.权利要求134或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述与癌症恶性相关的基因群组包含来自以下每一组的至少三个基因：
肿瘤特性组：MKI67、ESCO2、CETN3、CDK2、CCND1、CCNE1、AURKA、AURKB、CDK4、CDK6、PRC1、E2F1、MYBL2、BUB1、PLK1、CCNB1、MCM2、MCM6、PIK3CA、PIK3CB、PIK3CG、PIK3CD、AKT1、MTOR、PTEN、PRKCA、AKT2、AKT3、BRAF、FNTA、FNTB、MAP2KI、MAP2K2、MKNK1、MKNK2、ALK、AXL、KIT、EGFR、ERBB2、FLT3、MET、NTRK1、FGFR1、FGFR2、FGFR3、ERBB4、ERBB3、BCR-ABL、PDGFRA、PDGFRB、NGF、CSF3、CSF2、FGF7、IGF1、IGF2、IL7、FGF2、TP53、SIK1、PTEN、DCN、MTAP、AIM2、RB1、ESRP1、CTSL、HOXA1、SMARCA4、SNAI2、TWIST1、NFDD9、PAPPA、HPSE、KISS1、ADGRG1、BRMS1、TCF21、CDH1、PCDH10、NCAM1、MITF、APC、ARID1A、ATM、ATRX、BAP1、BRAF、BRCA2、CDH1、CDKN2A、CTCF、CTNNB1、DNMT3A、EGFR、FBXW7、FLT3、GATA3、HRAS、IDH1、KRAS、MAP3K1、MTOR、NAV3、NCOR1、NF1、NOTCH1、NPM1、NRAS、PBRM1、PIK3CA、PIK3R1、PTEN、RB1、RUNX1、SETD2、STAG2、TAF1、TP53和VHL。
137.权利要求136或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述肿瘤特性组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述肿瘤特性组的基因群组表达水平。
138.权利要求135或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述与癌症微环境相关的基因群组包含来自以下每一组的至少三个基因：
抗肿瘤免疫微环境组：HLA-A、HLA-B、HLA-C、B2M、TAP1、TAP2、HLA-DRA、HLA-DRB1、HLA-DOB、HLA-DPB2、HLA-DMA、HLA-DOA、HLA-DPA1、HLA-DPB1、HLA-DMB、HLA-DQB1、HLA-DQA1、HLA-DRB5、HLA-DQA2、HLA-DQB2、HLA-DRB6、CD80、CD86、CD40、CD83、TNFRSF4、ICOSLG、CD28、IFNG、GZMA、GZMB、PRF1、LCK、GZMK、ZAP70、GNLY、FASLG、TBX21、EOMES、CD8A、CD8B、NKG7、CD160、CD244、NCR1、KLRC2、KLRK1、CD226、GZMH、GNLY、IFNG、KIR2DL4、KIR2DS1、KIR2DS2、KIR2DS3、KIR2DS4、KIR2DS5、CXCL9、CXCL10、CXCR3、CX3CL1、CCR7、CXCL11、CCL21、CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、EOMES、TBX21、ITK、CD3D、CD3E、CD3G、TRAC、TRBC1、TRBC2、LCK、UBASH3A、TRAT1、CD19、MS4A1、TNFRSF13C、CD27、CD24、CR2、TNFRSF17、TNFRSF13B、CD22、CD79A、CD79B、BLK、NOS2、IL12A、IL12B、IL23A、TNF、IL1B、SOCS3、IFNG、IL2、CD40LG、IL15、CD27、TBX21、LTA、IL21、HMGB1、TNF、IFNB1、IFNA2、CCL3、TNFSF10和FASLG；
促肿瘤免疫微环境组：PDCD1、CD274、CTLA4、LAG3、PDCD1LG2、BTLA、HAVCR2、VSIR、CXCL12、TGFB1、TGFB2、TGFB3、FOXP3、CTLA4、IL10、TNFRSF1B、CCL17、CXCR4、CCR4、CCL22、CCL1、CCL2、CCL5、CXCL13、CCL28、IDO1、ARG1、IL4R、IL10、TGFB1、TGFB2、TGFB3、NOS2、CYBB、CXCR4、CD33、CXCL1、CXCL5、CCL2、CCL4、CCL8、CCR2、CCL3、CCL5、CSF1、CXCL8、CXCL8、CXCL2、CXCL1、CCL11、CCL24、KITLG、CCL5、CXCL5、CCR3、CCL26、PRG2、EPX、RNASE2、RNASE3、IL5RA、GATA1、SIGLEC8、PRG3、CMA1、TPSAB1、MS4A2、CPA3、IL4、IL5、IL13、SIGLEC8、MPO、ELANE、PRTN3、CTSG、IL10、VEGFA、TGFB1、IDO1、PTGES、MRC1、CSF1、LRP1、ARG1、PTGS1、MSR1、CD163、CSF1R、IL4、IL5、IL13、IL10、IL25、GATA3、IL10、TGFB1、TGFB2、TGFB3、IL22、MIF、CFD、CFI、CD55、CD46和CR1；
成纤维细胞组：LGALS1、COL1A1、COL1A2、COL4A1、COL5A1、TGFB1、TGFB2、TGFB3、ACTA2、FGF2、FAP、LRP1、CD248、COL6A1、COL6A2和COL6A3；以及
血管生成组：VEGFA、VEGFB、VEGFC、PDGFC、CXCL8、CXCR2、FLT1、PIGF、CXCL5、KDR、ANGPT1、ANGPT2、TEK、VWF、CDH5、NOS3、KDR、VCAM1、MMRN1、LDHA、HIF1A、EPAS1、CA9、SPP1、LOX、SLC2A1和LAMP3。
139.权利要求138或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述抗肿瘤免疫微环境组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗肿瘤免疫微环境组的基因群组表达水平；
使用由所述促肿瘤免疫微环境组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述促肿瘤免疫微环境组的基因群组表达水平；
使用由所述成纤维细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述成纤维细胞组的基因群组表达水平；以及
使用由所述血管生成组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述血管生成组的基因群组表达水平。
140.权利要求133或任一其他前述权利要求所述的系统，
其中所述与癌症恶性相关的基因群组是：增殖速率组、PI3K/AKT/mTOR信号传导组、RAS/RAF/MEK信号传导组、受体酪氨酸激酶表达组、肿瘤抑制因子组、转移标签组、抗转移因子组和突变状态组；并且
其中确定所述对象的所述MF谱包括确定以下各组的基因群组表达水平：增殖速率组、PI3K/AKT/mTOR信号传导组、RAS/RAF/MEK信号传导组、受体酪氨酸激酶表达组、肿瘤抑制因子组、转移标签组、抗转移因子组和突变状态组。
141.权利要求133或任一其他前述权利要求所述的系统，
其中所述与癌症微环境相关的基因群组是：抗原呈递组、细胞毒性T细胞和NK细胞组、B细胞组、抗肿瘤微环境组、检查点抑制组、Treg组、MDSC组、粒细胞组、癌症相关成纤维细胞组、血管生成组和促肿瘤免疫组；并且
其中确定所述对象的所述MF谱包括确定以下各组的基因群组表达水平：抗原呈递组、细胞毒性T细胞和NK细胞组、B细胞组、抗肿瘤微环境组、检查点抑制组、Treg组、MDSC组、粒细胞组、癌症相关成纤维细胞组、血管生成组和促肿瘤免疫组。
142.权利要求140所述的系统，其中所述与癌症恶性相关的基因群组包含来自以下每一组的至少三个基因：
增殖速率组：MKI67、ESCO2、CETN3、CDK2、CCND1、CCNE1、AURKA、AURKB、CDK4、CDK6、PRC1、E2F1、MYBL2、BUB1、PLK1、CCNB1、MCM2和MCM6；
PI3K/AKT/mTOR信号传导组：PIK3CA、PIK3CB、PIK3CG、PIK3CD、AKT1、MTOR、PTEN、PRKCA、AKT2和AKT3；
RAS/RAF/MEK信号传导组：BRAF、FNTA、FNTB、MAP2K1、MAP2K2、MKNK1和MKNK2；
受体酪氨酸激酶表达组：ALK、AXL、KIT、EGFR、ERBB2、FLT3、MET、NTRK1、FGFR1、FGFR2、FGFR3、ERBB4、ERBB3、BCR-ABL、PDGFRA和PDGFRB；
肿瘤抑制因子组：TP53、SIK1、PTEN、DCN、MTAP、AIM2和RB1；
转移标签组：ESRP1、CTSL、HOXA1、SMARCA4、SNAI2、TWIST1、NEDD9、PAPPA和HPSE；
抗转移因子组：KISS1、ADGRG1、BRMS1、TCF21、CDH1、PCDH10、NCAM1和MITF；以及突变状态组：APC、ARID1A、ATM、ATRX、BAP1、BRAF、BRCA2、CDH1、CDKN2A、CTCF、CTNNB1、DNMT3A、EGFR、FBXW7、FLT3、GATA3、HRAS、IDH1、KRAS、MAP3K1、MTOR、NAV3、NCOR1、NF1、NOTCH1、NPM1、NRAS、PBRM1、PIK3CA、PIK3R1、PTEN、RB1、RUNX1、SETD2、STAG2、TAF1、TP53和VHL。
143.权利要求142或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述增殖速率组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述增殖速率组的基因群组表达水平；
使用由所述PI3K/AKT/mTOR信号传导组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述PI3K/AKT/mTOR信号传导组的基因群组表达水平；
使用由所述RAS/RAF/MEK信号传导组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述RAS/RAF/MEK信号传导组的基因群组表达水平；
使用由所述受体酪氨酸激酶表达组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述受体酪氨酸激酶表达组的基因群组表达水平；
使用由所述肿瘤抑制因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述肿瘤抑制因子组的基因群组表达水平；
使用由所述转移标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述转移标签组的基因群组表达水平；
使用由所述抗转移因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗转移因子组的基因群组表达水平；以及
使用由所述突变状态组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述突变状态组的基因群组表达水平。
144.权利要求141所述的系统，其中所述与癌症微环境相关的基因群组包含来自以下每一组的至少三个基因：
癌症相关成纤维细胞组：LGALS1、COL1A1、COL1A2、COL4A1、COL5A1、TGFB1、TGFB2、TGFB3、ACTA2、FGF2、FAP、LRP1、CD248、COL6A1、COL6A2和COL6A3；
血管生成组：VEGFA、VEGFB、VEGFC、PDGFC、CXCL8、CXCR2、FLT1、PIGF、CXCL5、KDR、ANGPT1、ANGPT2、TEK、VWF、CDH5、NOS3、KDR、VCAM1、MMRN1、LDHA、HIF1A、EPAS1、CA9、SPP1、LOX、SLC2A1和LAMP3；
抗原呈递组：HLA-A、HLA-B、HLA-C、B2M、TAP1、TAP2、HLA-DRA、HLA-DRB1、HLA-DOB、HLA-DPB2、HLA-DMA、HLA-DOA、HLA-DPA1、HLA-DPB1、HLA-DMB、HLA-DQB1、HLA-DQA1、HLA-DRB5、HLA-DQA2、HLA-DQB2、HLA-DRB6、CD80、CD86、CD40、CD83、TNFRSF4、ICOSLG和CD28；
细胞毒性T细胞和NK细胞组：IFNG、GZMA、GZMB、PRF1、LCK、GZMK、ZAP70、GNLY、FASLG、TBX21、EOMES、CD8A、CD8B、NKG7、CD160、CD244、NCR1、KLRC2、KLRK1、CD226、GZMH、GNLY、IFNG、KIR2DL4、KIR2DS1、KIR2DS2、KIR2DS3、KIR2DS4、KIR2DS5、CXCL9、CXCL10、CXCR3、CX3CL1、CCR7、CXCL11、CCL21、CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、EOMES、TBX21、ITK、CD3D、CD3E、CD3G、TRAC、TRBC1、TRBC2、LCK、UBASH3A和TRAT1；
B细胞组：CD19、MS4A1、TNFRSF13C、CD27、CD24、CR2、TNFRSF17、TNFRSF13B、CD22、CD79A、CD79B和BLK；
抗肿瘤微环境组：NOS2、IL12A、IL12B、IL23A、TNF、IL1B、SOCS3、IFNG、IL2、CD40LG、IL15、CD27、TBX21、LTA、IL21、HMGB1、TNF、IFNB1、IFNA2、CCL3、TNFSF10和FASLG；
检查点抑制组：PDCD1、CD274、CTLA4、LAG3、PDCD1LG2、BTLA、HAVCR2和VSIR；
Treg组：CXCL12、TGFB1、TGFB2、TGFB3、FOXP3、CTLA4、IL10、TNFRSF1B、CCL17、CXCR4、CCR4、CCL22、CCL1、CCL2、CCL5、CXCL13和CCL28；
MDSC组：IDO1、ARG1、IL4R、IL10、TGFB1、TGFB2、TGFB3、NOS2、CYBB、CXCR4、CD33、CXCL1、CXCL5、CCL2、CCL4、CCL8、CCR2、CCL3、CCL5、CSF1和CXCL8；
粒细胞组：CXCL8、CXCL2、CXCL1、CCL11、CCL24、KITLG、CCL5、CXCL5、CCR3、CCL26、PRG2、EPX、RNASE2、RNASE3、IL5RA、GATA1、SIGLEC8、PRG3、CMA1、TPSAB1、MS4A2、CPA3、IL4、IL5、IL13、SIGLEC8、MPO、ELANE、PRTN3和CTSG；
促肿瘤免疫组：IL10、VEGFA、TGFB1、IDO1、PTGES、MRC1、CSF1、LRP1、ARG1、PTGS1、MSR1、CD163、CSF1R、IL4、IL5、IL13、IL10、IL25、GATA3、IL1U、TGFB1、TGFB2、TGFB3、IL22、MIF、CFG、CFI、CD55、CD46和CR1。
145.权利要求144或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述癌症相关成纤维细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述癌症相关成纤维细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述血管生成组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述血管生成组的基因群组表达水平；
使用由所述抗原呈递组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗原呈递组的基因群组表达水平；
使用由所述细胞毒性T细胞和NK细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述细胞毒性T细胞和NK细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述B细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述B细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述抗肿瘤微环境组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗肿瘤微环境组的基因群组表达水平；
使用由所述检查点抑制组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述检查点抑制组的基因群组表达水平；
使用由所述Treg组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述Treg组的基因群组表达水平；
使用由所述MDSC组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述MDSC组的基因群组表达水平；
使用由所述粒细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述粒细胞组的基因群组表达水平；以及
使用由所述促肿瘤免疫组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述促肿瘤免疫组的基因群组表达水平。
146.权利要求133或任一其他前述权利要求所述的系统，
其中所述与癌症恶性相关的基因群组是：增殖速率组、PI3K/AKT/mTOR信号传导组、RAS/RAF/MEK信号传导组、受体酪氨酸激酶表达组、生长因子组、肿瘤抑制因子组、转移标签组、抗转移因子组和突变状态组；并且
其中确定所述对象的所述MF谱包括确定以下各组的基因群组表达水平：增殖速率组、PI3K/AKT/mTOR信号传导组、RAS/RAF/MEK信号传导组、受体酪氨酸激酶表达组、生长因子组、肿瘤抑制因子组、转移标签组、抗转移因子组和突变状态组。
147.权利要求133或任一其他前述权利要求所述的系统，
其中所述与癌症微环境相关的基因群组是：癌症相关成纤维细胞组、血管生成组、MHCI组、MHCII组、共激活分子组、效应细胞组、NK细胞组、T细胞运输组、T细胞组、B细胞组、M1标签组、Th1标签组、抗肿瘤细胞因子组、检查点抑制组、Treg组、MDSC组、粒细胞组、M2标签组、Th2标签组、促肿瘤细胞因子组和补体抑制组；并且
其中确定所述对象的所述MF谱包括确定以下各组的基因群组表达水平：癌症相关成纤维细胞组、血管生成组、MHCI组、MHCII组、共激活分子组、效应细胞组、NK细胞组、T细胞运输组、T细胞组、B细胞组、M1标签组、Th1标签组、抗肿瘤细胞因子组、检查点抑制组、Treg组、MDSC组、粒细胞组、M2标签组、Th2标签组、促肿瘤细胞因子组和补体抑制组。
148.权利要求146或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述与癌症恶性相关的基因群组包含来自以下每一组的至少三个基因：
增殖速率组：MKI67、ESCO2、CETN3、CDK2、CCND1、CCNE1、AURKA、AURKB、CDK4、CDK6、PRC1、E2F1、MYBL2、BUB1、PLK1、CCNB1、MCM2和MCM6；
PI3K/AKT/mTOR信号传导组：PIK3CA、PIK3CB、PIK3CG、PIK3CD、AKT1、MTOR、PTEN、PRKCA、AKT2和AKT3；
RAS/RAF/MEK信号传导组：BRAF、FNTA、FNTB、MAP2K1、MAP2K2、MKNK1和MKNK2；
受体酪氨酸激酶表达组：ALK、AXL、KIT、EGFR、ERBB2、FLT3、MET、NTRK1、FGFR1、FGFR2、FGFR3、ERBB4、ERBB3、BCR-ABL、PDGFRA和PDGFRB；
生长因子组：NGF、CSF3、CSF2、FGF7、IGF1、IGF2、IL7和FGF2；
肿瘤抑制因子组：TP53、SIK1、PTEN、DCN、MTAP、AIM2和RB1；
转移标签组：ESRP1、CTSL、HOXA1、SMARCA4、SNAI2、TWIST1、NEDD9、PAPPA和HPSE；
抗转移因子组：KISS1、ADGRG1、BRMS1、TCF21、CDH1、PCDH10、NCAM1和MITF；以及突变状态组：APC、ARID1A、ATM、ATRX、BAP1、BRAF、BRCA2、CDH1、CDKN2A、CTCF、CTNNB1、DNMT3A、EGFR、FBXW7、FLT3、GATA3、HRAS、IDH1、KRAS、MAP3K1、MTOR、NAV3、NCOR1、NF1、NOTCH1、NPM1、NRAS、PBRM1、PIK3CA、PIK3R1、PTEN、RB1、RUNX1、SETD2、STAG2、TAF1、TP53和VHL。
149.权利要求148或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述增殖速率组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述增殖速率组的基因群组表达水平；
使用由所述PI3K/AKT/mTOR信号传导组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述PI3K/AKT/mTOR信号传导组的基因群组表达水平；
使用由所述RAS/RAF/MEK信号传导组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述RAS/RAF/MEK信号传导组的基因群组表达水平；
使用由所述受体酪氨酸激酶表达组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述受体酪氨酸激酶表达组的基因群组表达水平；
使用由所述生长因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述生长因子组的基因群组表达水平；
使用由所述肿瘤抑制因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述肿瘤抑制因子组的基因群组表达水平；
使用由所述转移标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述转移标签组的基因群组表达水平；
使用由所述抗转移因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗转移因子组的基因群组表达水平；以及
使用由所述突变状态组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述突变状态组的基因群组表达水平。
150.权利要求147或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述与癌症微环境相关的基因群组包含来自以下每一组的至少三个基因：
癌症相关成纤维细胞组：LGALS1、COL1A1、COL1A2、COL4A1、COL5A1、TGFB1、TGFB2、TGFB3、ACTA2、FGF2、FAP、LRP1、CD248、COL6A1、COL6A2和COL6A3；
血管生成组：VEGFA、VEGFB、VEGFC、PDGFC、CXCL8、CXCR2、FLT1、PIGF、CXCL5、KDR、ANGPT1、ANGPT2、TEK、VWF、CDH5、NOS3、KDR、VCAM1、MMRN1、LDHA、HIF1A、EPAS1、CA9、SPP1、LOX、SLC2A1和LAMP3；
MHCI组：HLA-A、HLA-B、HLA-C、B2M、TAP1和TAP2；
MHCII组：HLA-DRA、HLA-DRB1、HLA-DOB、HLA-DPB2、HLA-DMA、HLA-DOA、HLA-DPA1、HLA-DPB1、HLA-DMB、HLA-DQB1、HLA-DQA1、HLA-DRB5、HLA-DQA2、HLA-DQB2和HLA-DRB6；
共激活分子组：CD80、CD86、CD40、CD83、TNFRSF4、ICOSLG和CD28；
效应细胞组：IFNG、GZMA、GZMB、PRF1、LCK、GZMK、ZAP70、GNLY、FASLG、TBX21、EOMES、CD8A和CD8B；
NK细胞组：NKG7、CD160、CD244、NCR1、KLRC2、KLRK1、CD226、GZMH、GNLY、IFNG、KIR2DL4、KIR2DS1、KIR2DS2、KIR2DS3、KIR2DS4和KIR2DS5；
T细胞运输组：CXCL9、CXCL10、CXCR3、CX3CL1、CCR7、CXCL11、CCL21、CCL2、CCL3、CCL4和CCL5；
T细胞组：EOMES、TBX21、ITK、CD3D、CD3E、CD3G、TRAC、TRBC1、TRBC2、LCK、UBASH3A和TRAT1；
B细胞组：CD19、MS4A1、TNFRSF13C、CD27、CD24、CR2、TNFRSF17、TNFRSF13B、CD22、CD79A、CD79B和BLK；
M1标签组：NOS2、IL12A、IL12B、IL23A、TNF、IL1B和SOCS3；
Th1标签组：IFNG、IL2、CD40LG、IL15、CD27、TBX21、LTA和IL21；
抗肿瘤细胞因子组：HMGB1、TNF、IFNB1、IFNA2、CCL3、TNFSF10和FASLG；
检查点抑制组：PDCD1、CD274、CTLA4、LAG3、PDCD1LG2、BTLA、HAVCR2和VSIR；
Treg组：CXCL12、TGFB1、TGFB2、TGFB3、FOXP3、CTLA4、IL10、TNFRSF1B、CCL17、CXCR4、CCR4、CCL22、CCL1、CCL2、CCL5、CXCL13和CCL28；
MDSC组：IDO1、ARG1、IL4R、IL10、TGFB1、TGFB2、TGFB3、NOS2、CYBB、CXCR4、CD33、CXCL1、CXCL5、CCL2、CCL4、CCL8、CCR2、CCL3、CCL5、CSF1和CXCL8；
粒细胞组：CXCL8、CXCL2、CXCL1、CCL11、CCL24、KITLG、CCL5、CXCL5、CCR3、CCL26、PRG2、EPX、RNASE2、RNASE3、IL5RA、GATA1、SIGLEC8、PRG3、CMA1、TPSAB1、MS4A2、CPA3、IL4、IL5、IL13、SIGLEC8、MPO、ELANE、PRTN3和CTSG；
M2标签组：IL10、VEGFA、TGFB1、IDO1、PTGES、MRC1、CSF1、LRP1、ARG1、PTGS1、MSR1、CD163和CSF1R；
Th2标签组：IL4、IL5、IL13、IL10、IL25和GATA3；
促肿瘤细胞因子组：IL10、TGFB1、TGFB2、TGFB3、IL22和MIF；以及
补体抑制组：CFD、CFI、CD55、CD46和CR1。
151.权利要求150或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述癌症相关成纤维细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述癌症相关成纤维细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述血管生成组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述血管生成组的基因群组表达水平；
使用由所述MHCI组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述MHCI组的基因群组表达水平；
使用由所述MHCII组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述
MHCII组的基因群组表达水平；
使用由所述共激活分子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述共激活分子组的基因群组表达水平；
使用由所述效应细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述效应细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述NK细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述NK细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述T细胞运输组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述T细胞运输组的基因群组表达水平；
使用由所述T细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述T细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述B细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述B细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述M1标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述M1标签组的基因群组表达水平；
使用由所述Th1标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述Th1标签组的基因群组表达水平；
使用由所述抗肿瘤细胞因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗肿瘤细胞因子组的基因群组表达水平；
使用由所述检查点抑制组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述检查点抑制组的基因群组表达水平；
使用由所述Treg组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述Treg组的基因群组表达水平；
使用由所述MDSC组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述MDSC组的基因群组表达水平；
使用由所述粒细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述粒细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述M2标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述M2标签组的基因群组表达水平；
使用由所述Th2标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述Th2标签组的基因群组表达水平；
使用由所述促肿瘤细胞因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述促肿瘤细胞因子组的基因群组表达水平；以及
使用由所述补体抑制组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述补体抑制组的基因群组表达水平。
152.权利要求133或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述系统还包括：基于所鉴定的MF谱聚类来鉴定用于所述对象的至少一种第一治疗。
153.权利要求133或任一其他前述权利要求所述的系统，其中获得所述RNA表达数据是使用全转录物组测序或mRNA测序来进行的。
154.权利要求133或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述生物样品各自来自已知或怀疑具有癌细胞的肿瘤或组织。
155.权利要求133或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述系统还包括：
使用与癌症恶性相关的至少一个基因群组的第一基因群组表达水平确定第一图形用户界面(GUI)元素的至少一个视觉特征并使用与癌症微环境相关的至少一个基因群组的第二基因群组表达水平确定第二GUI元素的至少一个视觉特征；
生成针对所述对象进行个性化的个性化GUI，所述GUI包含：
与癌症恶性相关且包含所述第一GUI元素的第一部分；以及
与癌症微环境相关且包含所述第二GUI元素的第二部分，其中所述第二部分与所述第一部分不同；以及
将所生成的个性化GUI呈现给用户。
156.权利要求155或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定所述第一GUI元素的所述至少一个视觉特征包括使用所述第一基因群组表达水平确定所述第一GUI元素的大小。
157.权利要求155或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定所述第一GUI元素的所述至少一个视觉特征包括使用所述第一基因群组表达水平确定所述第一GUI元素的颜色。
158.权利要求155或任一其他前述权利要求所述的系统，
其中所述第一部分包含第一多个GUI元素，其代表与癌症恶性相关的相应多个基因群组；并且
其中所述第二部分包含第二多个GUI元素，其代表与癌症微环境相关的相应多个基因群组。
159.权利要求133或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述系统还包括：
获得在施用至少一种第一治疗之后从所述对象获得的至少一个另外生物样品的RNA表达数据；
使用所述在施用至少一种治疗之后从所述对象获得的至少一个另外生物样品的RNA表达数据确定所述对象的第二MF谱，其中所述第二MF谱至少部分地通过以下确定：使用所述在施用至少一种治疗之后从所述对象获得的至少一个另外生物样品的RNA表达数据确定基因群组集合中每个基因群组的基因群组表达水平，所述基因群组集合包含与癌症恶性相关的基因群组和与癌症微环境相关的不同基因群组；以及
从所述MF谱聚类中鉴定与所述对象的所述MF谱相关联的MF谱聚类。
160.权利要求159或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述系统还包括确定所述至少一种第一治疗在所述对象的治疗中是有效的。
161.权利要求159或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述系统还包括：
确定所述至少一种第一治疗在所述对象的治疗中是无效的；以及
基于所述第二MF谱的聚类鉴定用于所述对象的至少一种第二治疗。
162.权利要求133或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定所述对象的所述MF谱包括：
使用基因集富集分析(GSEA)技术确定所述与癌症恶性相关的基因群组中第一基因群组的第一基因群组表达水平；以及
使用所述基因集富集分析(GSEA)技术确定所述与癌症微环境相关的基因群组中第二基因群组的第二基因群组表达水平。
163.权利要求133或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述WES数据用于对肿瘤负荷(纯度)进行定量、鉴定特异性突变，和/或用于计算新抗原的数目。
164.系统，其包含：
至少一个计算机硬件处理器；以及
存储处理器可执行指令的至少一个非暂时性计算机可读存储介质，所述处理器可执行指令当由所述至少一个计算机硬件处理器执行时使所述至少一个计算机硬件处理器执行：
获得来自对象的生物样品的RNA表达数据和/或全外显子组测序(WES)数据；
至少部分地通过使用所述RNA表达数据确定基因群组集合中每个基因群组的基因群组表达水平来确定所述对象的分子功能(MF)谱，所述基因群组集合包含：
与癌症恶性相关且由肿瘤特性组组成的第一基因群组；以及
与癌症微环境相关且由促肿瘤免疫微环境组、抗肿瘤免疫微环境组、血管生成组和成纤维细胞组组成的第二基因群组，
使用针对所述第一基因群组确定的基因群组表达水平确定第一多个图形用户界面
(GUI)元素的第一视觉特征集合；
使用针对所述第二基因群组确定的基因群组表达水平确定第二多个GUI元素的第二视觉特征集合；
生成针对所述对象进行个性化的个性化GUI，所述生成包括：
生成与癌症恶性相关且包含具有所确定的第一视觉特征集合的所述第一多个GUI元素的第一GUI部分；以及
生成与癌症微环境相关且包含具有所确定的第二视觉特征集合的所述第二多个GUI元素的第二GUI部分；以及
将所生成的个性化GUI呈现给用户。
165.权利要求164所述的系统，
其中确定所述第一多个GUI元素的所述第一视觉特征集合使用针对所述第一基因群组确定的基因表达水平确定所述第一多个GUI元素中每一个的大小；并且
其中确定所述第一多个GUI元素的所述第二视觉特征集合使用针对所述第二基因群组确定的基因表达水平确定所述第二多个GUI元素中每一个的大小。
166.权利要求165或任一其他前述权利要求所述的系统，
其中确定所述对象的所述MF谱包括使用基因集富集分析(GSEA)技术确定所述第一基因群组中每一个的基因表达水平；并且
其中确定所述对象的所述MF谱包括使用所述基因集富集分析(GSEA)技术确定所述第二基因群组中每一个的基因表达水平。
167.权利要求164或任一其他前述权利要求所述的系统，其中与癌症恶性相关的基因群组包含来自以下每一组的至少三个基因：
肿瘤特性组：MKI67、ESCO2、CETN3、CDK2、CCND1、CCNE1、AURKA、AURKB、CDK4、CDK6、PRC1、E2F1、MYBL2、BUB1、PLK1、CCNB1、MCM2、MCM6、PIK3CA、PIK3CB、PIK3CG、PIK3CD、AKT1、MTOR、PTEN、PRKCA、AKT2、AKT3、BRAF、FNTA、FNTB、MAP2K1、MAP2K2、MKNK1、MKNK2、ALK、AXL、KIT、EGFR、ERBB2、FLT3、MET、NTRK1、FGFR1、FGFR2、FGFR3、ERBB4、ERBB3、BCR-ABL、PDGFRA、PDGFRB、NGF、CSF3、CSF2、FGF7、IGF1、IGF2、IL7、FGF2、TP53、SIK1、PTEN、DCN、MTAP、AIM2、RB1、ESRP1、CTSL、HOXA1、SMARCA4、SNAI2、TWIST1、NEDD9、PAPPA、HPSE、KISS1、ADGRG1、BRMS1、TCF21、CDH1、PCDH10、NCAM1、MITF、APC、ARID1A、ATM、ATRX、BAP1、BRAF、BRCA2、CDH1、CDKN2A、CTCF、CTNNB1、DNMT3A、EGFR、FBXW7、FLT3、GATA3、HRAS、IDH1、KRAS、MAP3K1、MTOR、NAV3、NCOR1、NF1、NOTCH1、NPM1、NRAS、PBRM1、PIK3CA、PIK3R1、PTEN、RB1、RUNX1、SETD2、STAG2、TAF1、TP53和VHL。
168.权利要求164或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述肿瘤特性组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述肿瘤特性组的基因群组表达水平。
169.权利要求164或任一其他前述权利要求所述的系统，其中与癌症微环境相关的基因群组包含来自以下每一组的至少三个基因：
抗肿瘤免疫微环境组：HLA-A、HLA-B、HLA-C、B2M、TAP1、TAP2、HLA-DRA、HLA-DRB1、HLA-DOB、HLA-DPB2、HLA-DMA、HLA-DOA、HLA-DPA1、HLA-DPB1、HLA-DMB、HLA-DQB1、HLA-DQA1、HLA-DRB5、HLA-DQA2、HLA-DQB2、HLA-DRB6、CD80、CD86、CD40、CD83、TNFRSF4、ICOSLG、CD28、IFNG、GZMA、GZMB、PRF1、LCK、GZMK、ZAP70、GNLY、FASLG、TBX21、EOMES、CD8A、CD8B、NKG7、CD160、CD244、NCR1、KLRC2、KLRK1、CD226、GZMH、GNLY、IFNG、KIR2DL4、KIR2DS1、KIR2DS2、KIR2DS3、KIR2DS4、KIR2DS5、CXCL9、CXCL10、CXCR3、CX3CL1、CCR7、CXCL11、CCL21、CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、EOMES、TBX21、ITK、CD3D、CD3E、CD3G、TRAC、TRBC1、TRBC2、LCK、UBASH3A、TRAT1、CD19、MS4A1、TNFRSF13C、CD27、CD24、CR2、TNFRSF17、TNFRSF13B、CD22、CD79A、CD79B、BLK、NOS2、IL12A、IL12B、IL23A、TNF、IL1B、SOCS3、IFNG、IL2、CD40LG、IL15、CD27、TBX21、LTA、IL21、HMGB1、TNF、IFNB1、IFNA2、CCL3、TNFSF10和FASLG；以及
促肿瘤免疫微环境组：PDCD1、CD274、CTLA4、LAG3、PDCD1LG2、BTLA、HAVCR2、VSIR、CXCL12、TGFB1、TGFB2、TGFB3、FOXP3、CTLA4、IL10、TNFRSF1B、CCL17、CXCR4、CCR4、CCL22、CCL1、CCL2、CCL5、CXCL13、CCL28、IDO1、ARG1、IL4R、IL10、TGFB1、TGFB2、TGFB3、NOS2、CYBB、CXCR4、CD33、CXCL1、CXCL5、CCL2、CCL4、CCL8、CCR2、CCL3、CCL5、CSF1、CXCL8、CXCL8、CXCL2、CXCL1、CCL11、CCL24、KITLG、CCL5、CXCL5、CCR3、CCL26、PRG2、EPX、RNASE2、RNASE3、IL5RA、GATA1、SIGLEC8、PRG3、CMA1、TPSAB1、MS4A2、CPA3、IL4、IL5、IL13、SIGLEC8、MPO、ELANE、PRTN3、CTSG、IL10、VEGFA、TGFB1、IDO1、PTGES、MRC1、CSF1、LRP1、ARG1、PTGS1、MSR1、CD163、CSF1R、IL4、IL5、IL13、IL10、IL25、GATA3、IL10、TGFB1、TGFB2、TGFB3、IL22、MIF、CFD、CFI、CD55、CD46和CR1；
成纤维细胞组：LGALS1、COL1A1、COL1A2、COL4A1、COL5A1、TGFB1、TGFB2、TGFB3、ACTA2、FGF2、FAP、LRP1、CD248、COL6A1、COL6A2和COL6A3；以及
血管生成组：VEGFA、VEGFB、VEGFC、PDGFC、CXCL8、CXCR2、FLT1、PIGF、CXCL5、KDR、ANGPT1、ANGPT2、TEK、VWF、CDH5、NOS3、KDR、VCAM1、MMRN1、LDHA、HIF1A、EPAS1、CA9、APP1、LOX、SLC2A1和LAMP3。
170.权利要求169或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述抗肿瘤免疫微环境组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗肿瘤免疫微环境组的基因群组表达水平；
使用由所述促肿瘤免疫微环境组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述促肿瘤免疫微环境组的基因群组表达水平；
使用由所述成纤维细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述成纤维细胞组的基因群组表达水平；以及
使用由所述血管生成组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述血管生成组的基因群组表达水平。
171.系统，其包含：
至少一个计算机硬件处理器；以及
存储处理器可执行指令的至少一个非暂时性计算机可读存储介质，所述处理器可执行指令当由所述至少一个计算机硬件处理器执行时使所述至少一个计算机硬件处理器执行：
获得来自对象的生物样品的RNA表达数据和/或全外显子组测序(WES)数据；
至少部分地通过使用所述RNA表达数据确定基因群组集合中每个基因群组的基因群组表达水平来确定所述对象的分子功能(MF)谱，所述基因群组集合包含：
与癌症恶性相关且由以下组成的第一基因群组：增殖速率组、PI3K/AKT/mTOR信号传导组、RAS/RAF/MEK信号传导组、受体酪氨酸激酶表达组、肿瘤抑制因子组、转移标签组、抗转移因子组和突变状态组；以及
与癌症微环境相关且由以下组成的第二基因群组：癌症相关成纤维细胞组、血管生成组、抗原呈递组、细胞毒性T细胞和NK细胞组、B细胞组、抗肿瘤微环境组、检查点抑制组、Treg组、MDSC组、粒细胞组和促肿瘤免疫组；
使用针对所述第一基因群组确定的基因群组表达水平确定第一多个图形用户界面
(GUI)元素的第一视觉特征集合；
使用针对所述第二基因群组确定的基因群组表达水平确定第二多个GUI元素的第二视觉特征集合；
生成针对所述对象进行个性化的个性化GUI，所述生成包括：
生成与癌症恶性相关且包含具有所确定的第一视觉特征集合的所述第一多个GUI元素的第一GUI部分；以及
生成与癌症微环境相关且包含具有所确定的第二视觉特征集合的所述第二多个GUI元素的第二GUI部分；以及
将所生成的个性化GUI呈现给用户。
172.权利要求171所述的系统，
其中确定所述第一多个GUI元素的所述第一视觉特征集合使用针对所述第一基因群组确定的基因表达水平确定所述第一多个GUI元素中每一个的大小；并且
其中确定所述第一多个GUI元素的所述第二视觉特征集合使用针对所述第二基因群组确定的基因表达水平确定所述第二多个GUI元素中每一个的大小。
173.权利要求172或任一其他前述权利要求所述的系统，
其中确定所述对象的所述MF谱包括使用基因集富集分析(GSEA)技术确定所述第一基因群组中每一个的基因表达水平；并且
其中确定所述对象的所述MF谱包括使用所述基因集富集分析(GSEA)技术确定所述第二基因群组中每一个的基因表达水平。
174.权利要求171所述的系统，其中与癌症恶性相关的基因群组包含来自以下每一组的至少三个基因：
增殖速率组：MKI67、ESCO2、CETN3、CDK2、CCND1、CCNE1、AURKA、AURKB、CDK4、CDK6、PRC1、E2F1、MYBL2、BUB1、PLK1、CCNB1、MCM2和MCM6；
PI3K/AKT/mTOR信号传导组：PIK3CA、PIK3CB、PIK3CG、PIK3CD、AKT1、MTOR、PTEN、PRKCA、AKT2和AKT3；
RAS/RAF/MEK信号传导组：BRAF、FNTA、FNTB、MAP2K1、MAP2K2、MKNK1和MKNK2；
受体酪氨酸激酶表达组：ALK、AXL、KIT、EGFR、ERBB2、FLT3、MET、NTRK1、FGFR1、FGFR2、FGFR3、ERBB4、ERBB3、BCR-ABL、PDGFRA和PDGFRB；
肿瘤抑制因子组：TP53、SIK1、PTEN、DCN、MTAP、AIM2和RB1；
转移标签组：ESRP1、CTSL、HOXA1、SMARCA4、SNAI2、TWIST1、NEDD9、PAPPA和HPSE；
抗转移因子组：KISS1、ADGRG1、BRMS1、TCF21、CDH1、PCDH10、NCAM1和MITF；以及突变状态组：APC、ARID1A、ATM、ATRX、BAP1、BRAF、BRCA2、CDH1、CDKN2A、CTCF、CTNNB1、DNMT3A、EGFR、FBXW7、FLT3、GATA3、HRAS、IDH1、KRAS、MAP3K1、MTOR、NAV3、NCOR1、NF1、NOTCH1、NPM1、NRAS、PBRM1、PIK3CA、PIK3R1、PTEN、RB1、RUNX1、SETD2、STAG2、TAF1、TP53和VHL。
175.权利要求174或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述增殖速率组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述增殖速率组的基因群组表达水平；
使用由所述PI3K/AKT/mTOR信号传导组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述PI3K/AKT/mTOR信号传导组的基因群组表达水平；
使用由所述RAS/RAF/MEK信号传导组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述RAS/RAF/MEK信号传导组的基因群组表达水平；
使用由所述受体酪氨酸激酶表达组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述受体酪氨酸激酶表达组的基因群组表达水平；
使用由所述肿瘤抑制因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述肿瘤抑制因子组的基因群组表达水平；
使用由所述转移标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述转移标签组的基因群组表达水平；
使用由所述抗转移因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗转移因子组的基因群组表达水平；以及
使用由所述突变状态组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述突变状态组的基因群组表达水平。
176.权利要求171所述的系统，其中与癌症微环境相关的基因群组包含来自以下每一组的至少三个基因：
癌症相关成纤维细胞组：LGALS1、COL1A1、COL1A2、COL4A1、COL5A1、TGFB1、TGFB2、TGFB3、ACTA2、FGF2、FAP、LRP1、CD248、COL6A1、COL6A2和COL6A3；
血管生成组：VEGFA、VEGFB、VEGFC、PDGFC、CXCL8、CXCR2、FLT1、PIGF、CXCL5、KDR、ANGPT1、ANGPT2、TEK、VWF、CDH5、NOS3、KDR、VCAM1、MMRN1、LDHA、HIF1A、EPAS1、CA9、SPP1、LOX、SLC2A1和LAMP3；
抗原呈递组：HLA-A、HLA-B、HLA-C、B2M、TAP1、TAP2、HLA-DRA、HLA-DRB1、HLA-DOB、HLA-DPB2、HLA-DMA、HLA-DOA、HLA-DPA1、HLA-DPB1、HLA-DMB、HLA-DQB1、HLA-DQA1、HLA-DRB5、HLA-DQA2、HLA-DQB2、HLA-DRB6、CD80、CD86、CD40、CD83、TNFRSF4、ICOSLG和CD28；
细胞毒性T细胞和NK细胞组：IFNG、GZMA、GZMB、PRF1、LCK、GZMK、ZAP70、GNLY、FASLG、TBX21、EOMES、CD8A、CD8B、NKG7、CD160、CD244、NCR1、KLRC2、KLRK1、CD226、GZMH、GNLY、IFNG、KIR2DL4、KIR2DS1、KIR2DS2、KIR2DS3、KIR2DS4、KIR2DS5、CXCL9、CXCL10、CXCR3、CX3CL1、CCR7、CXCL11、CCL21、CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、EOMES、TBX21、ITK、CD3D、CD3E、CD3G、TRAC、TRBC1、TRBC2、LCK、UBASH3A和TRAT1；
B细胞组：CD19、MS4A1、TNFRSF13C、CD27、CD24、CR2、TNFRSF17、TNFRSF13B、CD22、CD79A、CD79B和BLK；
抗肿瘤微环境组：NOS2、IL12A、IL12B、IL23A、TNF、IL1B、SOCS3、IFNG、IL2、CD40LG、IL15、CD27、TBX21、LTA、IL21、HMGB1、TNF、IFNB1、IFNA2、CCL3、TNFSF10和FASLG；
检查点抑制组：PDCD1、CD274、CTLA4、LAG3、PDCD1LG2、BTLA、HAVCR2和VSIR；
Treg组：CXCL12、TGFB1、TGFB2、TGFB3、FOXP3、CTLA4、IL10、TNFRSF1B、CCL17、CXCR4、CCR4、CCL22、CCL1、CCL2、CCL5、CXCL13和CCL28；
MDSC组：IDO1、ARG1、IL4R、IL10、TGFB1、TGFB2、TGFB3、NOS2、CYBB、CXCR4、CD33、CXCL1、CXCL5、CCL2、CCL4、CCL8、CCR2、CCL3、CCL5、CSF1和CXCL8；
粒细胞组：CXCL8、CXCL2、CXCL1、CCL11、CCL24、KITLG、CCL5、CXCL5、CCR3、CCL26、PRG2、EPX、RNASE2、RNASE3、IL5RA、GATA1、SIGLEC8、PRG3、CMA1、TPSAB1、MS4A2、CPA3、IL4、IL5、IL13、SIGLEC8、MPO、ELANE、PRTN3和CTSG；
促肿瘤免疫组：IL10、VEGFA、TGFB1、IDO1、PTGES、MRC1、CSF1、LRP1、ARG1、PTGS1、MSR1、CD163、CSF1R、IL4、IL5、IL13、IL10、IL25、GATA3、IL10、TGFB1、TGFB2、TGFB3、IL22、MIF、CFD、CFI、CD55、CD46和CR1。
177.权利要求176或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述癌症相关成纤维细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述癌症相关成纤维细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述血管生成组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述血管生成组的基因群组表达水平；
使用由所述抗原呈递组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗原呈递组的基因群组表达水平；
使用由所述细胞毒性T细胞和NK细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述细胞毒性T细胞和NK细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述B细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述B细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述抗肿瘤微环境组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗肿瘤微环境组的基因群组表达水平；
使用由所述检查点抑制组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述检查点抑制组的基因群组表达水平；
使用由所述Treg组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述Treg组的基因群组表达水平；
使用由所述MDSC组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述MDSC组的基因群组表达水平；
使用由所述粒细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述粒细胞组的基因群组表达水平；以及
使用由所述促肿瘤免疫组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述促肿瘤免疫组的基因群组表达水平。
178.系统，其包含：
至少一个计算机硬件处理器；以及
存储处理器可执行指令的至少一个非暂时性计算机可读存储介质，所述处理器可执行指令当由所述至少一个计算机硬件处理器执行时使所述至少一个计算机硬件处理器执行：
获得来自对象的生物样品的RNA表达数据和/或全外显子组测序(WES)数据；
至少部分地通过使用所述RNA表达数据确定基因群组集合中每个基因群组的基因群组表达水平来确定所述对象的分子功能(MF)谱，所述基因群组集合包含：
与癌症恶性相关且由以下组成的第一基因群组：增殖速率组、PI3K/AKT/mTOR信号传导组、RAS/RAF/MEK信号传导组、受体酪氨酸激酶表达组、生长因子组、肿瘤抑制因子组、转移标签组、抗转移因子组和突变状态组；以及
与癌症微环境相关且由以下组成的第二基因群组：癌症相关成纤维细胞组、血管生成组、MHCI组、MHCII组、共激活分子组、效应细胞组、NK细胞组、T细胞运输组、T细胞组、B细胞组、M1标签组、Th1标签组、抗肿瘤细胞因子组、检查点抑制组、Treg组、MDSC组、粒细胞组、M2标签组、Th2标签组、促肿瘤细胞因子组和补体抑制组；
使用针对所述第一基因群组确定的基因群组表达水平确定第一多个图形用户界面
(GUI)元素的第一视觉特征集合；
使用针对所述第二基因群组确定的基因群组表达水平确定第二多个GUI元素的第二视觉特征集合；
生成针对所述对象进行个性化的个性化GUI，所述生成包括：
生成与癌症恶性相关且包含具有所确定的第一视觉特征集合的所述第一多个GUI元素的第一GUI部分；以及
生成与癌症微环境相关且包含具有所确定的第二视觉特征集合的所述第二多个GUI元素的第二GUI部分；以及
将所生成的个性化GUI呈现给用户。
179.权利要求178所述的系统，
其中确定所述第一多个GUI元素的所述第一视觉特征集合使用针对所述第一基因群组确定的基因表达水平确定所述第一多个GUI元素中每一个的大小；并且
其中确定所述第一多个GUI元素的所述第二视觉特征集合使用针对所述第二基因群组确定的基因表达水平确定所述第二多个GUI元素中每一个的大小。
180.权利要求178或任一其他前述权利要求所述的系统，
其中确定所述对象的所述MF谱包括使用基因集富集分析(GSEA)技术确定所述第一基因群组中每一个的基因表达水平；并且
其中确定所述对象的所述MF谱包括使用所述基因集富集分析(GSEA)技术确定所述第二基因群组中每一个的基因表达水平。
181.权利要求178或任一其他前述权利要求所述的系统，其中与癌症恶性相关的基因群组包含来自以下每一组的至少三个基因：
增殖速率组：MKI67、ESCO2、CETN3、CDK2、CCND1、CCNE1、AURKA、AURKB、CDK4、CDK6、PRC1、E2F1、MYBL2、BUB1、PLK1、CCNB1、MCM2和MCM6；
PI3K/AKT/mTOR信号传导组：PIK3CA、PIK3CB、PIK3CG、PIK3CD、AKT1、MTOR、PTEN、PRKCA、AKT2和AKT3；
RAS/RAF/MEK信号传导组：BRAF、FNTA、FNTB、MAP2K1、MAP2K2、MKNK1和MKNK2；
受体酪氨酸激酶表达组：ALK、AXL、KIT、EGFR、ERBB2、FLT3、MET、NTRK1、FGFR1、FGFR2、FGFR3、ERBB4、ERBB3、BCR-ABL、PDGFRA和PDGFRB；
生长因子组：NGF、CSF3、CSF2、FGF7、IGF1、IGF2、IL7和FGF2；
肿瘤抑制因子组：TP53、SIK1、PTEN、DCN、MTAP、AIM2和RB1；
转移标签组：ESRP1、CTSL、HOXA1、SMARCA4、SNAI2、TWIST1、NEDD9、PAPPA和HPSE；
抗转移因子组：KISS1、ADGRG1、BRMS1、TCF21、CDH1、PCDH10、NCAM1和MITF；以及突变状态组：APC、ARID1A、ATM、ATRX、BAP1、BRAF、BRCA2、CDH1、CDKN2A、CTCF、CTNNB1、DNMT3A、EGFR、FBXW7、FLT3、GATA3、HRAS、IDH1、KRAS、MAP3K1、MTOR、NAV3、NCOR1、NF1、NOTCH1、NPM1、NRAS、PBRM1、PIK3CA、PIK3R1、PTEN、RB1、RUNX1、SETD2、STAG2、TAF1、TP53和VHL。
182.权利要求181或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述增殖速率组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述增殖速率组的基因群组表达水平；
使用由所述PI3K/AKT/mTOR信号传导组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述PI3K/AKT/mTOR信号传导组的基因群组表达水平；
使用由所述RAS/RAF/MEK信号传导组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述RAS/RAF/MEK信号传导组的基因群组表达水平；
使用由所述受体酪氨酸激酶表达组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述受体酪氨酸激酶表达组的基因群组表达水平；
使用由所述生长因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述生长因子组的基因群组表达水平；
使用由所述肿瘤抑制因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述肿瘤抑制因子组的基因群组表达水平；
使用由所述转移标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述转移标签组的基因群组表达水平；
使用由所述抗转移因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗转移因子组的基因群组表达水平；以及
使用由所述突变状态组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述突变状态组的基因群组表达水平。
183.权利要求178或任一其他前述权利要求所述的系统，其中与癌症微环境相关的基因群组包含来自以下每一组的至少三个基因：
癌症相关成纤维细胞组：LGALS1、COL1A1、COL1A2、COL4A1、COL5A1、TGFB1、TGFB2、TGFB3、ACTA2、FGF2、FAP、LRP1、CD248、COL6A1、COL6A2和COL6A3；
血管生成组：VEGFA、VEGFB、VEGFC、PDGFC、CXCL8、CXCR2、FLT1、PIGF、CXCL5、KDR、ANGPT1、ANGPT2、TEK、VWF、CDH5、NOS3、KDR、VCAM1、MMRN1、LDHA、HIF1A、EPAS1、CA9、SPP1、LOX、SLC2A1和LAMP3；
MHCI组：HLA-A、HLA-B、HLA-C、B2M、TAP1和TAP2；
MHCII组：HLA-DRA、HLA-DRB1、HLA-DOB、HLA-DPB2、HLA-DMA、HLA-DOA、HLA-DPA1、HLA-DPB1、HLA-DMB、HLA-DQB1、HLA-DQA1、HLA-DRB5、HLA-DQA2、HLA-DQB2和HLA-DRB6；
共激活分子组：CD80、CD86、CD40、CD83、TNFRSF4、ICOSLG和CD28；
效应细胞组：IFNG、GZMA、GZMB、PRF1、LCK、GZMK、ZAP70、GNLY、FASLG、TBX21、EOMES、CD8A和CD8B；
NK细胞组：NKG7、CD160、CD244、NCR1、KLRC2、KLRK1、CD226、GZMH、GNLY、IFNG、KIR2DL4、KIR2DS1、KIR2DS2、KIR2DS3、KIR2DS4和KIR2DS5；
T细胞运输组：CXCL9、CXCL10、CXCR3、CX3CL1、CCR7、CXCL11、CCL21、CCL2、CCL3、CCL4和CCL5；
T细胞组：EOMES、TBX21、ITK、CD3D、CD3E、CD3G、TRAC、TRBC1、TRBC2、LCK、UBASH3A和TRAT1；
B细胞组：CD19、MS4A1、TNFRSF13C、CD27、CD24、CR2、TNFRSF17、TNFRSF13B、CD22、CD79A、CD79B和BLK；
M1标签组：NOS2、IL12A、IL12B、IL23A、TNF、IL1B和SOCS3；
Th1标签组：IFNG、IL2、CD40LG、IL15、CD27、TBX21、LTA和IL21；
抗肿瘤细胞因子组：HMGB1、TNF、IFNB1、IFNA2、CCL3、TNFSF10和FASLG；
检查点抑制组：PDCD1、CD274、CTLA4、LAG3、PDCD1LG2、BTLA、HAVCR2和VSIR；
Treg组：CXCL12、TGFB1、TGFB2、TGFB3、FOXP3、CTLA4、IL10、TNFRSF1B、CCL17、CXCR4、CCR4、CCL22、CCL1、CCL2、CCL5、CXCL13和CCL28；
MDSC组：IDO1、ARG1、IL4R、IL10、TGFB1、TGFB2、TGFB3、NOS2、CYBB、CXCR4、CD33、CXCL1、CXCL5、CCL2、CCL4、CCL8、CCR2、CCL3、CCL5、CSF1和CXCL8；
粒细胞组：CXCL8、CXCL2、CXCL1、CCL11、CCL24、KITLG、CCL5、CXCL5、CCR3、CCL26、PRG2、EPX、RNASE2、RNASE3、IL5RA、GATA1、SIGLEC8、PRG3、CMA1、TPSAB1、MS4A2、CPA3、IL4、IL5、IL13、SIGLEC8、MPO、ELANE、PRTN3和CTSG；
M2标签组：IL10、VEGFA、TGFB1、IDO1、PTGES、MRC1、CSF1、LRP1、ARG1、PTGS1、MSR1、CD163和CSF1R；
Th2标签组：IL4、IL5、IL13、IL10、IL25和GATA3；
促肿瘤细胞因子组：IL10、TGFB1、TGFB2、TGFB3、IL22和MIF；以及
补体抑制组：CFD、CFI、CD55、CD46和CR1。
184.权利要求183或任一其他前述权利要求所述的系统，其中确定MF图像包括：
使用由所述癌症相关成纤维细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述癌症相关成纤维细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述血管生成组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述血管生成组的基因群组表达水平；
使用由所述MHCI组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述MHCI组的基因群组表达水平；
使用由所述MHCII组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述
MHCII组的基因群组表达水平；
使用由所述共激活分子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述共激活分子组的基因群组表达水平；
使用由所述效应细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述效应细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述NK细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述NK细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述T细胞运输组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述T细胞运输组的基因群组表达水平；
使用由所述T细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述T细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述B细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述B细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述M1标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述M1标签组的基因群组表达水平；
使用由所述Th1标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述Th1标签组的基因群组表达水平；
使用由所述抗肿瘤细胞因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述抗肿瘤细胞因子组的基因群组表达水平；
使用由所述检查点抑制组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述检查点抑制组的基因群组表达水平；
使用由所述Treg组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述Treg组的基因群组表达水平；
使用由所述MDSC组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述MDSC组的基因群组表达水平；
使用由所述粒细胞组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述粒细胞组的基因群组表达水平；
使用由所述M2标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述M2标签组的基因群组表达水平；
使用由所述Th2标签组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述Th2标签组的基因群组表达水平；
使用由所述促肿瘤细胞因子组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述促肿瘤细胞因子组的基因群组表达水平；以及
使用由所述补体抑制组中至少三个基因的RNA序列数据获得的基因表达水平确定所述补体抑制组的基因群组表达水平。
185.权利要求171或任一其他前述权利要求所述的系统，其中获得所述RNA表达数据是使用全转录物组测序或mRNA测序来进行的。
186.权利要求171或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述生物样品各自来自已知或怀疑具有癌细胞的肿瘤或组织。
187.权利要求171或任一其他前述权利要求所述的系统，其中所述WES数据用于对肿瘤负荷(纯度)进行定量、鉴定特异性突变，和/或用于计算新抗原的数目。