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用于治疗炎症的组合物和方法

阅读:409发布:2020-11-12

专利汇可以提供用于治疗炎症的组合物和方法专利检索,专利查询,专利分析的服务。并且提供了用于 治疗 肺 部 炎症 (包含间质性肺病(ILD))的疗法(包含联合疗法),其包含单独使用至少一种组 氨 酰-tRNA合成酶(HRS)多肽或编码所述HRS多肽的可表达多核苷酸,或将其与至少一种免疫调节剂组合使用。,下面是用于治疗炎症的组合物和方法专利的具体信息内容。

1.一种治疗组合物,其包括:
(a)组酰-tRNA合成酶(HRS)多肽,或编码所述HRS多肽的可表达多核苷酸;和
(b)免疫调节剂。
2.根据权利要求1所述的治疗组合物,其中所述HRS多肽包括与选自表H1、表H2和表H4
的序列具有至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%同一性的氨基酸序列,由其组成或基本由其组成。
3.根据权利要求2所述的治疗组合物,其中所述HRS多肽的长度为500-506个氨基酸,并
且与SEQ ID NO:8(HRS(1-506))或9(HRS(2-506))具有至少90%同一性且缺少SEQ ID NO:1
的残基507-509。
4.根据权利要求3所述的治疗组合物,其中所述HRS多肽包括SEQ ID NO:8(HRS(1-
506)),由其组成或基本由其组成。
5.根据权利要求3所述的治疗组合物,其中所述HRS多肽包括SEQ ID NO:9(HRS(2-506)
或HisRS1N8),由其组成或基本由其组成。
6.根据前述权利要求中任一项所述的治疗组合物,其中所述HRS多肽与异源多肽融合。
7.根据权利要求6所述的治疗组合物,其中所述异源多肽包括Fc区,以形成HRS-Fc融合
多肽,任选地其中所述HRS-Fc融合多肽包括与选自表H8的序列具有至少80%、85%、90%、
95%、96%、97%、98%、99%或100%同一性的氨基酸序列,由其组成或基本由其组成。
8.根据权利要求7所述的治疗组合物,其中所述HRS多肽包括SEQ ID NO:157(Fc-HRS
(2-60)或HRSFC1),由其组成或基本由其组成。
9.根据前述权利要求中任一项所述的治疗组合物,其中所述HRS多肽基于蛋白质的纯
度为至少约80%、85%、90%或95%且聚集度小于约5%。
10.根据前述权利要求中任一项所述的治疗组合物,其中(a)是编码所述HRS多肽的可
表达多核苷酸,任选地是修饰的mRNA多核苷酸,其任选地包括一个或多个非天然基和/或非天然核苷酸间连键。
11.根据前述权利要求中任一项所述的治疗组合物,其中所述HRS多肽具有非典型活
性,任选地具有抗炎活性。
12.根据前述权利要求中任一项所述的治疗组合物,其中所述免疫调节剂选自吡非尼
(pirfenidone)、尼达尼布(nintedanib)、鞘氨醇-1-磷酸(S1P)和/或S1P受体(S1PR)调节剂、类固醇(任选地,糖皮质激素)、调神经磷酸酶抑制剂、雷帕霉素机制性靶标(mTOR)抑制剂、吲哚胺-吡咯2,3-双加酶(IDO)抑制剂、肌苷-5'-一磷酸脱氢酶(IMPDH)抑制剂、细胞因子和/或细胞因子受体抑制剂、B细胞受体抑制剂、激酶抑制剂和细胞生长抑制剂(任选地,甲氨蝶呤)中的一种或多种。
13.根据权利要求12所述的治疗组合物,其中所述S1P和/或S1PR调节剂选自阿米莫德
(amiselimod)(S1PR拮抗剂;)、芬戈莫德(fingolimod)(S1PR1功能性拮抗剂)、索尼珠单抗(sonepcizumab)(S1P特异性单克隆抗体)、KRP203(S1PR1激动剂)、SEW2871(S1PR1激动剂)、辛波莫德(siponimod)(S1PR1和S1PR5调节剂)、RPC1063(S1PR1调节剂)、ONO-4641(S1PR1和S1PR5激动剂)、JTE-013(S1PR2拮抗剂)、GSK2018682(S1PR1激动剂)、珀奈莫德(ponesimod)(S1PR1激动剂)、苏拉明(suramin)(选择性S1PR3和S1PR5拮抗剂)、VPC23019(芳基-酰胺类似物;竞争性S1PR1和S1PR3拮抗剂);和W146(选择性S1PR1拮抗剂)、靶向S1PR的反义或RNAi试剂和特异性结合S1P和/或S1PR的抗体或抗原结合片段或小分子。
14.根据权利要求12所述的治疗组合物,其中所述类固醇选自倍他米松
(betamethasone)、布地奈德(budesonide)、皮质醇(氢化可的松)、可的松(cortisone)、地夫可特(deflazacort)、脱氧皮质酮、地塞米松(dexamethasone)、氟氢可的松、氢化可的松、甲基泼尼松龙、泼尼松(prednisone)、泼尼松龙(prednisolone)和曲安西龙
(triamcinolone)。
15.根据权利要求12所述的治疗组合物,其中所述钙调神经磷酸酶抑制剂选自环孢菌
素(cyclosporin)、吡美莫司(pimecrolimus)、他克莫司(tacrolimus)、靶向钙调神经磷酸酶或其子单元的反义或RNAi试剂和特异性结合钙调神经磷酸酶或其子单元的抗体或抗原
结合片段或小分子。
16.根据权利要求12所述的治疗组合物,其中所述mTOR抑制剂是ATP竞争性mTOR激酶抑
制剂、mTORC1/mTORC2双重抑制剂和/或mTOR/PI3K双重抑制剂,或其中所述mTOR抑制剂选自依维莫司(everolimus)、雷帕霉素(rapamycin)、迪弗莫司(deforolimus)、替西罗莫司
(temsirolimus)、达托里昔布(dactolisib)、BGT226、SF1126、PKI-587、NVPBE235、沙帕色替(sapanisertib)、AZD8055、AZD2014、靶向mTOR的反义或RNAi试剂和特异性结合mTOR的抗体或抗原结合片段或小分子中的一种或多种。
17.根据权利要求12所述的治疗组合物,其中所述IDO抑制剂选自吲哚莫德
(indoximod)(NLG-8189)、1-甲基-色氨酸(1MT),β-咔啉(去甲哈尔满(norharmane);9H-吡啶并[3,4-b]吲哚)、迷迭香酸和卡哚司他(epacadostat)、靶向IDO的反义或RNAi试剂和
特异性结合IDO的抗体或抗原结合片段或小分子。
18.根据权利要求12所述的治疗组合物,其中所述IMPDH抑制剂选自麦考酚酸
(mycophenolic acid)(吗替麦考酚酯)、利巴韦林(ribavirin)和6TGMP(6-硫嘌呤一磷
酸)、靶向IMPDH的反义或RNAi试剂和特异性结合IMPDH的抗体或抗原结合片段或小分子中
的一种或多种。
19.根据权利要求12所述的治疗组合物,其中所述细胞因子抑制剂是以下细胞因子和/
或细胞因子受体的抑制剂,所述细胞因子选自白细胞介素-1(IL-1)(包含IL-1α和IL-1β)、白细胞介素-5(IL-5)、白细胞介素-6(IL-6)、白细胞介素-8(IL-8)、白细胞介素-11(IL-
11)、白细胞介素-12(IL-12)、白细胞介素-17(IL-17)、白细胞介素-18(IL-18)、白细胞介素-20(IL-20)、白细胞介素-33(IL-33)、肿瘤坏死因子(TNF)、干扰素γ(IFN-γ)、转化生长因子-β(TGF-β)和粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)中的一种或多种,所述细胞因子受体选自IL-1R、IL-6R、IL-8R、IL-11R、IL-12R、IL-17R、IL-18R、IL-20R、ST2(白细胞介素1受体样1,IL1RL1)、TNFR(例如,TNFR1)、干扰素-γ受体(IFNGR)和TGF-β受体(例如,TGFβR1(ALK5)或TGFβR2)中的一种或多种,并且进一步其中所述细胞因子和/或细胞因子受体抑制剂选自靶向所述细胞因子和/或细胞因子受体的反义或RNAi试剂和特异性结合所述细胞因
子和/或细胞因子受体的抗体或抗原结合片段或小分子。
20.根据权利要求12或19所述的治疗组合物,其中所述细胞因子和/或细胞因子受体抑
制剂选自阿达木单抗(adalimumab)、阿那白滞素(anakinra)、巴利昔单抗(basiliximab)、卡纳单抗(canakinumab)、赛妥珠单抗(certolizumab)、达克珠单抗(daclizumab)、依那西普(etanercept)、戈利木单抗(golimumab)、英夫利昔单抗(infliximab)、依奇珠单抗
(ixekizumab)、美泊利单抗(mepolizumab)、瑞利珠单抗(reslizumab)、利纳西普
(rilonacept)、苏金单抗(secukinumab)、赛利鲁单抗(serilumab)、司路库单抗
(sirukumab)、托珠单抗(tocilizumab)和优特克单抗(ustekinumab)中的一种或多种。
21.根据权利要求12所述的治疗组合物,其中所述激酶抑制剂是激酶的抑制剂,所述激
酶选自两面神激酶(Janus kinase)(JAK,包含JAK1、JAK2、JAK3、TYK2)、表皮生长因子受体(EGFR)、受体酪氨酸蛋白激酶erbB-2(Her2/neu或ERBB2)、Bcr-Abl、c-SRC、丝裂原活化蛋白激酶(MAP)激酶、间变性淋巴瘤激酶(ALK)、脾酪氨酸激酶(SYK)、布鲁顿氏酪氨酸激酶
(BTK)、血管内皮生长因子(VEGF)、血管内皮生长因子受体(VEGFR,包含VEGFR1、VEGFR2、VEGFR3)、纤维细胞生长因子受体(FGFR)、B-Raf、RET原癌基因、血小板衍生生长因子受体(PDGF-R)、原肌球蛋白受体激酶(Trk,包含TrkA、TrkB、TrkC)和c-Met中的一种或多种,并且进一步其中所述激酶抑制剂选自靶向所述激酶的反义或RNAi试剂和特异性结合所述激酶
的抗体或抗原结合片段或小分子。
22.根据权利要求12或21所述的治疗组合物,其中所述激酶抑制剂选自尼达尼布、巴瑞
替尼(baricitinib)、菲徳拉替尼(fedratinib)、菲格替尼(filgotinib)、冈度替尼
(gandotinib)、来他替尼(lestaurtinib)、莫美替尼(momelotinib)、帕克替尼
(pacritinib)、培非替尼(peficitinib)、鲁索利替尼(ruxolitinib)、托法替尼
(tofacitinib)、帕达替尼(padacitinib)、阿法替尼(afatinib)、阿西替尼(axitinib)、博舒替尼(bosutinib)、西妥昔单抗(cetuximab)、考比替尼(cobimetinib)、克唑替尼
(crizotinib)、卡博替尼(cabozantinib)、达沙替尼(dasatinib)、恩曲替尼
(entrectinib)、厄洛替尼(erlotinib)、福他替尼(fostamatinib)、吉非替尼(gefitinib)、依鲁替尼(ibrutinib)、伊替尼(imatinib)、拉帕替尼(lapatinib)、乐伐替尼
(lenvatinib)、木利替尼(mubritinib)、来那替尼(neratinib)、尼罗替尼(nilotinib)、帕唑帕尼(pazopanib)、哌加他尼(pegaptanib)、索拉非尼(sorafenib)、舒尼替尼
(sunitinib)、SU6656、托西尼布(toceranib)、凡德他尼(vandetanib)、瓦他拉尼
(vatalanib)和维罗非尼(vemurafenib)中的一种或多种。
23.根据权利要求12所述的治疗组合物,其中所述B细胞受体抑制剂选自靶向CD20的反
义或RNAi试剂和特异性结合CD20的抗体或抗原结合片段或小分子,或其中所述B细胞受体
抑制剂任选地选自替伊莫单抗(ibritumomab  tiuxetan)、奥滨尤妥珠单抗
(obinutuzumab)、奥卡拉珠单抗(ocaratuzumab)、奥瑞珠单抗(ocrelizumab)、利妥昔单抗(rituximab)、托西莫单抗(tositumomab)和维妥珠单抗(veltuzumab)中的一种或多种。
24.根据权利要求13到23中任一项所述的治疗组合物,其中所述反义试剂的长度为约
10-40个碱基,并且任选地选自吗啉代寡核苷酸(PMO)、肽核酸(PNA)、2'O-甲基硫代磷酸寡核苷酸、三环硫代磷酸寡核苷酸和核酸(LNA)。
25.根据权利要求24所述的治疗组合物,其中所述反义试剂与编码所述靶蛋白的前
mRNA或mRNA靶序列内的靶区特异性杂交,其中所述靶区选自所述mRNA的AUG起始密码子、所述AUG起始密码子上游的区域、所述AUG密码子下游的区域、预处理mRNA的3'或5'剪接位点、分支点、3'非翻译区(UTR)和多腺苷酸化信号序列中的一种或多种。
26.根据权利要求13到23中任一项所述的治疗组合物,其中所述RNAi试剂包括与编码
所述靶蛋白的mRNA靶序列基本上相同的正义链,并且任选地包括与编码所述靶蛋白的所述
mRNA靶序列互补或基本上互补的反义链,并且任选地其中所述RNAi试剂是双链短干扰RNA
(siRNA)寡核苷酸,或任选地其中所述RNAi试剂(任选地,siRNA寡核苷酸)由病毒载体编码。
27.根据权利要求13到23中任一项所述的治疗组合物,其中所述抗体或其抗原结合片
段是单克隆抗体,任选地是人源化抗体,或任选地是Fv片段或单链Fv(sFv)多肽。
28.根据权利要求1到27中任一项所述的治疗组合物,其中所述组合物基于蛋白质或基
于重量-重量的纯度为至少约80%、85%、90%、95%、98%或99%,并且基本上不含聚集物。
29.根据权利要求1到28中任一项所述的治疗组合物,其基本上不含内毒素。
30.根据权利要求1到29中任一项所述的治疗组合物,其包括脂质纳米颗粒。
31.根据权利要求1到30中任一项所述的治疗组合物,其中所述组合物在注射器(任选
地,可注射的注射器)中,或其中所述组合物是胶囊(任选地,口服胶囊)。
32.一种治疗有需要的受试者中的炎症的方法,其包括向所述受试者施用
(a)组氨酰-tRNA合成酶(HRS)多肽,或编码所述HRS多肽的可表达多核苷酸;和
(b)免疫调节剂。
33.根据权利要求32所述的方法,其中(a)和(b)分开施用,并且任选地根据权利要求1
到31中任一项定义。
34.根据权利要求32所述的方法,其中(a)和(b)一起施用,任选地作为根据权利要求1
到31中任一项所述的治疗组合物。
35.根据权利要求32到34中任一项所述的方法,其中所述HRS多肽包括Fc区,以形成
HRS-Fc融合多肽,任选地其中所述HRS-Fc融合多肽包括与选自表H8的序列具有至少80%、
85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%同一性的氨基酸序列,由其组成或基本由其组成。
36.根据权利要求35所述的方法,其中所述HRS多肽包括SEQ ID NO:157(Fc-HRS(2-60)
或HRSFC1),由其组成或基本由其组成。
37.根据权利要求32到36中任一项所述的方法,其中所述免疫调节剂使所述HRS多肽的
一种或多种药代动学特性相对于单独的所述HRS多肽改变。
38.根据权利要求37所述的方法,其中所述HRS多肽的所述一种或多种改变的药代动力
学特性是血清浓度增加、血清半衰期增加、生物利用度增加、暴露(AUC)增加和/或清除率降低。
39.根据权利要求32到38中任一项所述的方法,其中所述免疫调节剂是吡非尼酮或尼
达尼布。
40.根据权利要求39所述的方法,其中所述HRS多肽包括SEQ ID NO:157(Fc-HRS(2-60)
或HRSFC1),由其组成或基本由其组成,并且其中所述免疫调节剂是吡非尼酮。
41.根据权利要求39或40所述的方法,其中所述吡非尼酮使所述受试者中的所述HRS多
肽的血清浓度相对于单独的所述HRS多肽增加至少约10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、
150或200%或更多。
42.根据权利要求39到40中任一项所述的方法,其中所述吡非尼酮以约50到约1000mg
的单独剂量单位或约、不大于约或至少约50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、
160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300、310、320、330、340、
350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、470、480、490、500、10、520、530、
540、550、560、570、580、590、600、610、620、630、640、650、660、670、680、690、700、710、720、
730、740、750、760、770、780、790、800、810、820、830、840、850、860、870、880、890、900、910、
920、930、940、950、960、970、980、990或1000mg的单独剂量单位施用,任选地在1、2或3粒胶囊中口服给药
43.根据权利要求39到42中任一项所述的方法,其中所述吡非尼酮以约100到约
4000mg/天的每日剂量单位或约、不大于约或至少约100、110、120、130、140、150、160、170、
180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300、310、320、330、340、350、360、
370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、470、480、490、500、10、520、530、540、550、
560、570、580、590、600、610、620、630、640、650、660、670、680、690、700、710、720、730、740、
750、760、770、780、790、800、810、820、830、840、850、860、870、880、890、900、910、920、930、
940、950、960、970、980、990、1000、1200、1300、1400、1500、1600、1700、1800、2000、2100、
2200、2300、2400、2500、2600、2700、2800、2900、3000、3100、3200、3300、3400、3500、3600、
3700、3800、3900或4000mg/天的每日剂量单位施用,任选地在约1、2、3、4、5、6、7、8、9粒胶囊中口服给药。
44.根据权利要求39到43中任一项所述的方法,其中所述吡非尼酮以约800mg(例如,
801mg)的单独剂量单位施用,任选地作为三粒~267mg胶囊口服给药,以每单独剂量三粒胶囊形式服用。
45.根据权利要求39到44中任一项所述的方法,其中所述吡非尼酮以约2400mg/天(例
如,2403mg/天)的每日剂量单位施用,任选地作为九粒~267mg胶囊口服给药,每日三次,以每单独剂量三粒胶囊形式服用。
46.根据权利要求39所述的方法,其中所述尼达尼布以约10到约500mg的单独剂量单位
或约、不大于约或至少约10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、160、
170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300、310、320、330、340、350、
360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、470、480、490或500mg的单独剂量单位施用,任选地在约1、2或3粒胶囊中。
47.根据权利要求39或46所述的方法,其中所述尼达尼布以约20到约1000mg/天的每日
剂量单位或约、不大于约或至少约20、30、40、50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、
160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300、310、320、330、340、
350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、470、480、490、500、510、520、530、
540、550、560、570、580、590、600、610、620、630、640、650、660、670、680、690、700、710、720、
730、740、750、760、770、780、790、800、810、820、830、840、850、860、870、880、890、900、910、
920、930、940、950、960、970、980、990、1000mg/天的每日剂量单位施用,任选地在约1、2、3、
4、5或6粒胶囊中。
48.根据权利要求39或46到47中任一项所述的方法,其中所述尼达尼布以约100到
150mg或约200到300mg/天的每日剂量单位施用,任选地每日给药一次或两次。
49.根据权利要求39或46到48中任一项所述的方法,其中所述尼达尼布以约100或
150mg或约200到300mg/天的每日剂量单位施用,任选地每日给药一次或两次。
50.根据权利要求32到49中任一项所述的方法,其中所述受试者患有间质性肺病(ILD)
或具有患ILD的险。
51.根据权利要求32到50中任一项所述的方法,其中所述ILD是特发性的或与结缔组织
疾病、自身免疫疾病、暴露于吸入物质或药物、感染或恶性肿瘤相关。
52.根据权利要求51所述的方法,其中所述ILD选自特发性间质性肺炎、特发性肺纤维
化、结节病、汉曼-里奇综合征(Hammann-Rich syndrome)、抗合成酶综合征、特发性嗜酸性粒细胞性肺炎、肺泡出血综合征、肺泡蛋白沉积症、沉滞症、肺病、铍中毒、类风湿性关节炎、红斑狼疮、慢性移植物抗宿主病伴肺部受累、硬化病(全身性)或硬皮病、多肌炎、皮肌炎、慢性肺病、哮喘、支气管炎(呼吸性支气管炎)、肺炎、过敏性肺炎、慢性过敏性肺炎、呼吸窘迫综合征、斯蒂尔病、急性肺损伤、显微镜下多血管炎、肺肿、肺朗格汉斯细胞组织细胞增生症、急性吸入性暴露、药物性肺病、脱屑性间质性肺炎和/或囊性纤维化中的一种或多种或与其相关。
53.根据权利要求51或52所述的方法,其中所述ILD与表面活性物质-蛋白B缺陷(SFTPB
中的突变)、表面活性物质-蛋白C缺陷(SFTPC中的突变)、ABCA3缺陷(ABCA3中的突变)、脑肺甲状腺综合征(TTF1中的突变)或先天性肺泡蛋白沉积症(CSFR2A、CSFR2B中的突变)、肺泡
毛细血管发育不良(FoxF1中的突变)、端粒酶逆转录酶(TERT)中的突变、端粒酶RNA组分
(TERC)中的突变、端粒延伸解旋酶调节因子1(RTEL1)中的突变和/或poly(A)特异性核糖核
酸酶(PARN)中的突变中的一种或多种相关。
54.根据权利要求51所述的方法,其中所述药物选自抗生素、化学治疗剂、抗心律失常
剂和他汀类药物中的一种或多种。
55.根据权利要求51所述的方法,其中所述感染选自非典型肺炎、肺孢子虫性肺炎
(PCP)、肺结核、沙眼衣原体和呼吸道合胞病毒(RSV)、隐源性机化性肺炎中的一种或多种。
56.根据权利要求51所述的方法,其中所述恶性肿瘤是淋巴管癌病或淋巴瘤。
57.根据权利要求32到56中任一项所述的方法,其中所述有需要的受试者患有选自特
应性哮喘、非特应性哮喘、过敏性哮喘、特应性支气管IgE介导的哮喘、支气管哮喘、原发性哮喘、真哮喘、由病理生理障碍引起的内源性哮喘、由环境因素引起的外源性哮喘、未知或不明病因的原发性哮喘、非特应性哮喘、支气管哮喘、肺气肿性哮喘、运动诱发的哮喘、过敏原诱发的哮喘、冷空气诱发的哮喘、职业性哮喘、由细菌、真菌原生动物病毒感染引起的感染性哮喘、非过敏性哮喘、早期哮喘、喘息性婴儿综合征和支气管扩张、慢性或急性支气管收缩、慢性支气管炎、小气道阻塞和肺气肿中的一种或多种的病状。
58.根据权利要求32到57中任一项所述的方法,其中所述有需要的受试者患有阻塞性
或炎性气道疾病。
59.根据权利要求58所述的方法,其中所述阻塞性或炎性气道疾病选自慢性嗜酸性粒
细胞性肺炎、慢性阻塞性肺病(COPD)、包含慢性支气管炎、肺气肿或呼吸困难的COPD、特征在于不可逆进行性气道阻塞的COPD和急性呼吸窘迫综合征(ARDS)中的一种或多种。
60.根据权利要求32到59中任一项所述的方法,其中所述有需要的受试者患有与以下
相关的病状:其它药物治疗后气道高反应性恶化、与肺动脉高压相关的气道疾病、支气管炎或急性支气管炎、急性喉气管支气管炎、花生仁吸入性支气管炎、卡他性支气管炎、格鲁布性支气管炎、干性支气管炎、感染性哮喘性支气管炎、增生性支气管炎、葡萄球菌或链球菌支气管炎、肺泡性支气管炎、急性肺损伤、支气管扩张或圆柱状支气管扩张、囊状支气管扩张、梭形支气管扩张、毛细血管支气管扩张、囊性支气管扩张、干性支气管扩张或滤泡性支气管扩张。
61.根据权利要求32到60中任一项所述的方法,其中所述有需要的受试者的Ashcroft
评分为1、2、3、4、5、6、7或8。
62.根据权利要求32到61中任一项所述的方法,其增加所述有需要的受试者的预期寿
命,任选地增加约或至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、
22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、
47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60或更多年。
63.根据权利要求32到62中任一项所述的方法,其改善所述有需要的受试者中的肺部
炎症的一种或多种临床症状或参数。
64.根据权利要求63所述的方法,其中所述一种或多种临床症状或参数选自肺纤维化、
肺中的炎性细胞浸润、呼吸功能和体重中的一种或多种。
65.根据权利要求64所述的方法,其使所述有需要的受试者中的肺纤维化改善约或至
少约10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900、1000%或更多,任选地如在约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或
24个月或更长时段内测量。
66.根据权利要求65所述的方法,其改善所述有需要的受试者中的肺纤维化,如通过
Ashcroft评分降低(任选地,Ashcroft评分相对于较早的评分降低1、2、3、4、5、6、7或8个等级)测量。
67.根据权利要求64所述的方法,其使肺中的炎性细胞浸润减少约或至少约10、20、30、
40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900、1000%或更多,任选地如在约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个月或更长时段内测量。
68.根据权利要求64所述的方法,其使呼吸功能改善约或至少约10、20、30、40、50、60、
70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900、1000%或更多,任选地如在约1、2、3、
4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个月或更长时段内测量。
69.根据权利要求68所述的方法,其中所述改善的呼吸功能选自呼气时间增加、吸气时
间增加、峰值呼气流量减少、峰值吸气流量减少、每分钟呼吸量(RMV)减少和呼吸率降低中的一种或多种。
70.一种患者护理试剂盒,其包括:
(a)组氨酰-tRNA合成酶(HRS)多肽,或编码所述HRS多肽的可表达多核苷酸;和
(b)免疫调节剂。
71.根据权利要求70所述的患者护理试剂盒,其中(a)和(b)在单独的组合物中,并且任
选地根据权利要求1到31中任一项定义。
72.根据权利要求70所述的患者护理试剂盒,其中(a)和(b)在同一组合物中,任选地作
为根据权利要求1到31中任一项所述的治疗组合物。
73.根据权利要求70到72中任一项所述的患者护理试剂盒,其中所述免疫调节剂是吡
非尼酮或尼达尼布。
74.根据权利要求73所述的患者护理试剂盒,其中所述吡非尼酮的单独剂量单位为约
50到约1000mg,或单独剂量单位为约、不大于约或至少约50、60、70、80、90、100、110、120、
130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300、310、
320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、470、480、490、500、
10、520、530、540、550、560、570、580、590、600、610、620、630、640、650、660、670、680、690、
700、710、720、730、740、750、760、770、780、790、800、810、820、830、840、850、860、870、880、
890、900、910、920、930、940、950、960、970、980、990或1000mg,任选地在1、2或3粒胶囊中口服给药。
75.根据权利要求73或74所述的患者护理试剂盒,其中所述吡非尼酮的每日剂量单位
为约100到约4000mg/天,或每日剂量单位为约、不大于约或至少约100、110、120、130、140、
150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300、310、320、330、
340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、470、480、490、500、10、520、
530、540、550、560、570、580、590、600、610、620、630、640、650、660、670、680、690、700、710、
720、730、740、750、760、770、780、790、800、810、820、830、840、850、860、870、880、890、900、
910、920、930、940、950、960、970、980、990、1000、1200、1300、1400、1500、1600、1700、1800、
2000、2100、2200、2300、2400、2500、2600、2700、2800、2900、3000、3100、3200、3300、3400、
3500、3600、3700、3800、3900或4000mg/天,任选地在约1、2、3、4、5、6、7、8、9粒胶囊中口服给药。
76.根据权利要求73到75中任一项所述的患者护理试剂盒,其中所述吡非尼酮的单独
剂量单位为约800mg(例如,801mg),任选地作为三粒~267mg胶囊口服给药,以每单独剂量三粒胶囊形式服用。
77.根据权利要求76所述的患者护理试剂盒,其中所述吡非尼酮的每日剂量单位为约
2400mg/天(例如,2403mg/天),任选地作为九粒~267mg胶囊口服给药,每日三次,以每单独剂量三粒胶囊形式服用。
78.根据权利要求70的患者护理试剂盒,其中所述尼达尼布的单独剂量单位为约10到
约500mg,或单独剂量单位为约、不大于约或至少约10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、
110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、
300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、470、480、
490或500mg,任选地在约1、2或3粒胶囊中。
79.根据权利要求70或78所述的患者护理试剂盒,其中所述尼达尼布的每日剂量单位
为约20到约1000mg/天,或每日剂量单位为约、不大于约或至少约20、30、40、50、60、70、80、
90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、
280、290、300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、
470、480、490、500、510、520、530、540、550、560、570、580、590、600、610、620、630、640、650、
660、670、680、690、700、710、720、730、740、750、760、770、780、790、800、810、820、830、840、
850、860、870、880、890、900、910、920、930、940、950、960、970、980、990、1000mg/天,任选地在约1、2、3、4、5或6粒胶囊中。
80.根据权利要求70或78到79中任一项所述的患者护理试剂盒,所述尼达尼布的每日
剂量单位为约100到150mg或约200到300mg/天,任选地每日给药一次或两次。
81.根据权利要求80所述的患者护理试剂盒,所述尼达尼布的每日剂量单位为约100或
150mg或约200到300mg/天,任选地每日给药一次或两次。
82.一种改变受试者中的HRS-Fc融合多肽的一种或多种药代动力学特性的方法,其包
括向所述受试者施用所述HRS-Fc融合多肽或编码所述HRS-Fc融合多肽的可表达多核苷酸,
与吡非尼酮的组合。
83.根据权利要求82所述的方法,其中所述HRS-Fc融合多肽包括与选自表H8的序列具
有至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%同一性的氨基酸序列,由其组成或基本由其组成。
84.根据权利要求83所述的方法,其中所述HRS多肽包括SEQ ID NO:157(Fc-HRS(2-60)
或HRSFC1),由其组成或基本由其组成。
85.一种治疗有需要的受试者中的肺部炎症的方法,其包括向所述受试者施用HRS-Fc
融合多肽或编码所述HRS-Fc融合多肽的可表达多核苷酸。
86.根据权利要求85所述的方法,其中所述HRS-Fc融合多肽包括与选自表H8的序列具
有至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%同一性的氨基酸序列,由其组成或基本由其组成。
87.根据权利要求86所述的方法,其中所述HRS多肽包括SEQ ID NO:157(Fc-HRS(2-60)
FC1
或HRS ),由其组成或基本由其组成。

说明书全文

用于治疗炎症的组合物和方法

[0001] 相关申请的交叉引用
[0002] 根据35U.S.C.§119(e),本申请要求2017年4月20日提交的美国申请第62/487,812号的优先权,其通过引用整体并入。
[0003] 关于序列表声明
[0004] 与本申请相关的序列表以文本格式提供以代替纸质副本,并且通过引用并入本说明书中。包含序列表的文本文件的名称是ATYR_131_01WO_ST25.txt。所述文本文件为约
276KB,于2018年4月18日创建,并经由EFS-Web以电子方式提交。

技术领域

[0005] 本公开的实施例涉及用于治疗肺部炎症(包含间质性肺病(ILD))的疗法(包含联合疗法),其包含单独使用至少一种组酰-tRNA合成酶(HRS)多肽或编码所述HRS多肽的可
表达多核苷酸,或将其与至少一种免疫调节剂组合使用。

背景技术

[0006] 间质性肺病(ILD)是一组主要影响肺间质的异质性病症,其中炎症是主要的潜在机制。在ILD名称中,存在多种纤维化肺病状,其通常被认为具有可测量的炎性组分,涉及以
多个平促成发病机理的先天性和适应性免疫机制。
[0007] 患有ILD的患者通常患有进行性衰竭性呼吸系统症状,并且与一般人群相比经历着显著的发病率和增加的死亡率。作为一组,这些病状构成了高度未满足的医疗需求,因为
几乎不存在没有显著不良副作用的有效治疗方法。
发明内容
[0008] 本公开的实施例在相关部分涉及治疗组合物,其包括:
[0009] (a)组氨酰-tRNA合成酶(HRS)多肽,或编码所述HRS多肽的可表达多核苷酸;和
[0010] (b)免疫调节剂。
[0011] 在一些实施例中,所述HRS多肽包括与选自表H1、表H2和表H4的序列具有至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%同一性的氨基酸序列,由其组成或基本由其组成。
[0012] 在一些实施例中,所述HRS多肽的长度为500-506个氨基酸,并且与SEQ ID NO:8(HRS(1-506))或9(HRS(2-506))具有至少90%同一性且缺少SEQ ID NO:1的残基507-509。
在一些实施例中,所述HRS多肽包括SEQ ID NO:8(HRS(1-506)),由其组成或基本由其组成。
在一些实施例中,所述HRS多肽包括SEQ ID NO:9(HRS(2-506)),由其组成或基本由其组成。
[0013] 在一些实施例中,所述HRS多肽与异源多肽融合。在一些实施例中,所述异源多肽包括Fc区,以形成HRS-Fc融合多肽。
[0014] 在一些实施例中,所述HRS-Fc融合多肽包括与选自表H8的序列具有至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%同一性的氨基酸序列,由其组成或基本由其组成。在一些实施例中,所述HRS多肽基于蛋白质的纯度为至少约80%、85%、90%或95%
且聚集度小于约5%。
[0015] 在一些实施例中,(a)是编码所述HRS多肽的可表达多核苷酸,任选地是修饰的mRNA多核苷酸,其任选地包括一个或多个非天然基和/或非天然核苷酸间连键。
[0016] 在一些实施例中,所述HRS多肽具有非典型活性,任选地具有抗炎活性。
[0017] 在一些实施例中,所述免疫调节剂选自吡非尼、尼达尼布、鞘氨醇-1-磷酸(S1P)和/或S1P受体(S1PR)调节剂、类固醇(任选地,糖皮质激素)、调神经磷酸酶抑制剂、雷帕
霉素机制性靶标(mTOR)抑制剂、吲哚胺-吡咯2,3-双加酶(IDO)抑制剂、肌苷-5'-一磷酸
脱氢酶(IMPDH)抑制剂、细胞因子和/或细胞因子受体抑制剂、B细胞受体抑制剂、激酶抑制
剂和细胞生长抑制剂(任选地,甲氨蝶呤)中的一种或多种。
[0018] 在一些实施例中,所述S1P和/或S1PR调节剂选自阿米莫德(S1PR拮抗剂;)、芬戈莫德(S1PR1功能性拮抗剂)、索尼珠单抗(S1P特异性单克隆抗体)、KRP203(S1PR1激动剂)、
SEW2871(S1PR1激动剂)、辛波莫德(S1PR1和S1PR5调节剂)、RPC1063(S1PR1调节剂)、ONO-
4641(S1PR1和S1PR5激动剂)、JTE-013(S1PR2拮抗剂)、GSK2018682(S1PR1激动剂)、珀奈莫德
(S1PR1激动剂)、苏拉明(选择性S1PR3和S1PR5拮抗剂)、VPC23019(芳基-酰胺类似物;竞争性
S1PR1和S1PR3拮抗剂);和W146(选择性S1PR1拮抗剂)、靶向S1PR的反义或RNAi试剂和特异性
结合S1P和/或S1PR的抗体或抗原结合片段或小分子,任选地其中所述阿米莫德的剂量单位
为约0.1mg到约10mg,或剂量单位为约、不大于约或至少约0.1、0.2、0.3、0.337、0.4、0.5、
0.6、0.7、0.8、0.9、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10mg,或任选地其中所述阿米莫德的剂量单位为约
0.1mg/kg到约10mg/kg,或剂量单位为约、不大于约或至少约0.1、0.2、0.3、0.337、0.4、0.5、
0.6、0.7、0.8、0.9、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10mg/kg。
[0019] 在一些实施例中,所述类固醇选自倍他米松、布地奈德、皮质醇(氢化可的松)、可的松、地夫可特、脱氧皮质酮、地塞米松、氟氢可的松、氢化可的松、甲基泼尼松龙、泼尼松、泼尼松龙和曲安西龙。
[0020] 在一些实施例中,所述钙调神经磷酸酶抑制剂选自环孢菌素、吡美莫司、他克莫司、靶向钙调神经磷酸酶或其子单元的反义或RNAi试剂和特异性结合钙调神经磷酸酶或其
子单元的抗体或抗原结合片段或小分子。
[0021] 在一些实施例中,所述mTOR抑制剂是ATP竞争性mTOR激酶抑制剂、mTORC1/mTORC2双重抑制剂和/或mTOR/PI3K双重抑制剂,或其中所述mTOR抑制剂选自依维莫司、雷帕霉素、
迪弗莫司、替西罗莫司、达托里昔布、BGT226、SF1126、PKI-587、NVPBE235、沙帕色替、
AZD8055、AZD2014、靶向mTOR的反义或RNAi试剂和特异性结合mTOR的抗体或抗原结合片段
或小分子中的一种或多种。
[0022] 在一些实施例中,所述IDO抑制剂选自吲哚莫德(NLG-8189)、1-甲基-色氨酸(1MT),β-咔啉(去甲哈尔满;9H-吡啶并[3,4-b]吲哚)、迷迭香酸和卡哚司他、靶向IDO的
反义或RNAi试剂和特异性结合IDO的抗体或抗原结合片段或小分子。
[0023] 在一些实施例中,所述IMPDH抑制剂选自麦考酚酸(吗替麦考酚酯)、利巴韦林和6TGMP(6-硫嘌呤一磷酸)、靶向IMPDH的反义或RNAi试剂和特异性结合IMPDH的抗体或抗
原结合片段或小分子中的一种或多种。
[0024] 在一些实施例中,所述细胞因子抑制剂是细胞因子和/或细胞因子受体的抑制剂,所述细胞因子选自白细胞介素-1(IL-1)(包含IL-1α和IL-1β)、白细胞介素-5(IL-5)、白细
胞介素-6(IL-6)、白细胞介素-8(IL-8)、白细胞介素-11(IL-11)、白细胞介素-12(IL-12)、
白细胞介素-17(IL-17)、白细胞介素-18(IL-18)、白细胞介素-20(IL-20)、白细胞介素-33
(IL-33)、肿瘤坏死因子(TNF)、干扰素γ(IFN-γ)、转化生长因子-β(TGF-β)和粒细胞-巨噬
细胞集落刺激因子(GM-CSF)中的一种或多种,所述细胞因子受体选自IL-1R、IL-6R、IL-8R、
IL-11R、IL-12R、IL-17R、IL-18R、IL-20R、ST2(白细胞介素1受体样1,IL1RL1)、TNFR(例如,TNFR1)、干扰素-γ受体(IFNGR)和TGF-β受体(例如,TGFβR1(ALK5)或TGFβR2)中的一种或多
种,并且进一步其中所述细胞因子和/或细胞因子受体抑制剂选自靶向所述细胞因子和/或
细胞因子受体的反义或RNAi试剂和特异性结合所述细胞因子和/或细胞因子受体的抗体或
抗原结合片段或小分子。
[0025] 在一些实施例中,所述细胞因子和/或细胞因子受体抑制剂选自阿达木单抗、阿那白滞素、巴利昔单抗、卡纳单抗、赛妥珠单抗、达克珠单抗、依那西普、戈利木单抗、英夫利昔单抗、依奇珠单抗、美泊利单抗、瑞利珠单抗、利纳西普、苏金单抗、赛利鲁单抗
(serilumab)、司路库单抗(sirukumab)、托珠单抗和优特克单抗中的一种或多种。
[0026] 在一些实施例中,其中所述激酶抑制剂是激酶的抑制剂,所述激酶选自两面神激酶(JAK,包含JAK1、JAK2、JAK3、TYK2)、表皮生长因子受体(EGFR)、受体酪氨酸蛋白激酶
erbB-2(Her2/neu或ERBB2)、Bcr-Abl、c-SRC、丝裂原活化蛋白激酶(MAP)激酶、间变性淋巴
瘤激酶(ALK)、脾酪氨酸激酶(SYK)、布鲁顿氏酪氨酸激酶(BTK)、血管内皮生长因子(VEGF)、
血管内皮生长因子受体(VEGFR,包含VEGFR1、VEGFR2、VEGFR3)、成纤维细胞生长因子受体
(FGFR)、B-Raf、RET原癌基因、血小板衍生生长因子受体(PDGF-R)、原肌球蛋白受体激酶
(Trk,包含TrkA、TrkB、TrkC)和c-Met中的一种或多种,并且进一步其中所述激酶抑制剂选
自靶向所述激酶的反义或RNAi试剂和特异性结合所述激酶的抗体或抗原结合片段或小分
子。
[0027] 在一些实施例中,所述激酶抑制剂选自尼达尼布、巴瑞替尼、菲徳拉替尼(fedratinib)、菲格替尼(filgotinib)、冈度替尼(gandotinib)、来他替尼、莫美替尼
(momelotinib)、帕克替尼、培非替尼(peficitinib)、鲁索利替尼、托法替尼、帕达替尼
(padacitinib)、阿法替尼、阿西替尼、博舒替尼、西妥昔单抗、考比替尼、克唑替尼、卡博替尼、达沙替尼、恩曲替尼、厄洛替尼、福他替尼、吉非替尼、依鲁替尼、伊替尼、拉帕替尼、乐伐替尼、木利替尼、来那替尼、尼罗替尼、帕唑帕尼、哌加他尼、索拉非尼、舒尼替尼、SU6656、托西尼布、凡德他尼、瓦他拉尼和维罗非尼中的一种或多种。
[0028] 在一些实施例中,所述B细胞受体抑制剂选自靶向CD20的反义或RNAi试剂和特异性结合CD20的抗体或抗原结合片段或小分子,或其中所述B细胞受体抑制剂任选地选自替
伊莫单抗、奥滨尤妥珠单抗、奥卡拉珠单抗、奥瑞珠单抗、利妥昔单抗、托西莫单抗和维妥珠
单抗中的一种或多种。
[0029] 在一些实施例中,所述反义试剂的长度为约10-40个碱基,并且任选地选自吗啉代寡核苷酸(PMO)、肽核酸(PNA)、2'O-甲基硫代磷酸寡核苷酸、三环硫代磷酸寡核苷酸和
酸(LNA)。
[0030] 在一些实施例中,所述反义试剂与编码所述靶蛋白的前mRNA或mRNA靶序列内的靶区特异性杂交,其中所述靶区选自所述mRNA的AUG起始密码子、所述AUG起始密码子上游的
区域、所述AUG密码子下游的区域、预处理mRNA的3'或5'剪接位点、分支点、3'非翻译区
(UTR)和多腺苷酸化信号序列中的一种或多种。
[0031] 在一些实施例中,所述RNAi试剂包括与编码所述靶蛋白的mRNA靶序列基本上相同的正义链,并且任选地包括与编码所述靶蛋白的所述mRNA靶序列互补或基本上互补的反义
链,并且任选地其中所述RNAi试剂是双链短干扰RNA(siRNA)寡核苷酸,或任选地其中所述
RNAi试剂(任选地,siRNA寡核苷酸)由病毒载体编码。
[0032] 在一些实施例中,所述抗体或其抗原结合片段是单克隆抗体,任选地是人源化抗体,或任选地是Fv片段或单链Fv(sFv)多肽。
[0033] 在一些实施例中,所述组合物基于蛋白质或基于重量-重量的纯度为至少约80%、85%、90%、95%、98%或99%,并且基本上不含聚集物。
[0034] 在一些实施例中,所述组合物基本上不含内毒素。
[0035] 某些组合物包括脂质纳米颗粒。
[0036] 在一些实施例中,所述组合物在注射器(任选地,可注射的注射器)中。在一些实施例中,所述组合物是胶囊(例如,口服胶囊)。
[0037] 还包含治疗有需要的受试者中的肺部炎症的方法,其包括向所述受试者施用
[0038] (a)组氨酰-tRNA合成酶(HRS)多肽,或编码所述HRS多肽的可表达多核苷酸;和
[0039] (b)免疫调节剂。
[0040] 在一些实施例中,(a)和(b)分开施用,并且任选地根据本文所述定义。在一些实施例中,(a)和(b)一起施用,任选地作为本文所述的治疗组合物。
[0041] 在一些实施例中,所述HRS多肽包括Fc区,以形成HRS-Fc融合多肽,例如其中所述HRS-Fc融合多肽包括与选自表H8的序列具有至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、
99%或100%同一性的氨基酸序列,由其组成或基本由其组成。在一些实施例中,所述HRS多
肽包括SEQ ID NO:157(Fc-HRS(2-60)或HRSFC1),由其组成或基本由其组成。
[0042] 在一些实施例中,所述免疫调节剂使所述HRS多肽的一种或多种药代动学特性相对于单独的所述HRS多肽改变。在某些实施例中,所述HRS多肽的所述一种或多种改变的
药代动力学特性是血清半衰期增加、生物利用度增加、暴露(AUC)增加、血清浓度增加和/或
清除率降低。
[0043] 在一些实施例中,所述免疫调节剂是吡非尼酮或尼达尼布。
[0044] 在一些实施例中,所述HRS多肽包括SEQ ID NO:157(Fc-HRS(2-60)或HRSFC1),由其组成或基本由其组成,并且所述免疫调节剂是吡非尼酮。在一些实施例中,所述吡非尼酮使
所述受试者中的所述HRS多肽的血清浓度相对于单独的所述HRS多肽增加至少约10、20、30、
40、50、60、70、80、90、100、150或200%或更多
[0045] 在一些实施例中,所述吡非尼酮以约50到约1000mg的单独剂量单位或约、不大于约或至少约50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、
230、240、250、260、270、280、290、300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、
420、430、440、450、460、470、480、490、500、10、520、530、540、550、560、570、580、590、600、
610、620、630、640、650、660、670、680、690、700、710、720、730、740、750、760、770、780、790、
800、810、820、830、840、850、860、870、880、890、900、910、920、930、940、950、960、970、980、
990或1000mg的单独剂量单位施用,任选地在1、2或3粒胶囊中口服给药
[0046] 在一些实施例中,所述吡非尼酮以约100到约4000mg/天的每日剂量单位或约、不大于约或至少约100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、
250、260、270、280、290、300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、
440、450、460、470、480、490、500、10、520、530、540、550、560、570、580、590、600、610、620、
630、640、650、660、670、680、690、700、710、720、730、740、750、760、770、780、790、800、810、
820、830、840、850、860、870、880、890、900、910、920、930、940、950、960、970、980、990、1000、
1200、1300、1400、1500、1600、1700、1800、2000、2100、2200、2300、2400、2500、2600、2700、
2800、2900、3000、3100、3200、3300、3400、3500、3600、3700、3800、3900或4000mg/天的每日剂量单位施用,任选地在约1、2、3、4、5、6、7、8、9粒胶囊中口服给药。
[0047] 在一些实施例中,所述吡非尼酮以约800mg(例如,801mg)的单独剂量单位施用,任选地作为三粒~267mg胶囊口服给药,以每单独剂量三粒胶囊形式服用。在一些实施例中,
所述吡非尼酮以约2400mg/天(例如,2403mg/天)的每日剂量单位施用,任选地作为九粒~
267mg胶囊口服给药,每日三次,以每单独剂量三粒胶囊形式服用。
[0048] 在一些实施例中,所述尼达尼布以约10到约500mg的单独剂量单位或约、不大于约或至少约10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、
200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300、310、320、330、340、350、360、370、380、
390、400、410、420、430、440、450、460、470、480、490或500mg的单独剂量单位施用,任选地在约1、2或3粒胶囊中。
[0049] 在一些实施例中,所述尼达尼布以约20到约1000mg/天的每日剂量单位或约、不大于约或至少约20、30、40、50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、
200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300、310、320、330、340、350、360、370、380、
390、400、410、420、430、440、450、460、470、480、490、500、510、520、530、540、550、560、570、
580、590、600、610、620、630、640、650、660、670、680、690、700、710、720、730、740、750、760、
770、780、790、800、810、820、830、840、850、860、870、880、890、900、910、920、930、940、950、
960、970、980、990、1000mg/天的每日剂量单位施用,任选地在约1、2、3、4、5或6粒胶囊中。
[0050] 在一些实施例中,所述尼达尼布以约100到150mg或约200到300mg/天的每日剂量单位施用,任选地每日给药一次或两次。在一些实施例中,所述尼达尼布以约100或150mg或
约200到300mg/天的每日剂量单位施用,任选地每日给药一次或两次。
[0051] 在一些实施例中,所述受试者患有间质性肺病(ILD)或具有患ILD的险。在一些实施例中,所述ILD是特发性的或与结缔组织疾病、自身免疫疾病、暴露于吸入物质或药物、
感染或恶性肿瘤相关。
[0052] 在一些实施例中,所述ILD选自特发性间质性肺炎、特发性肺纤维化、结节病、汉曼-里奇综合征、抗合成酶综合征、特发性嗜酸性粒细胞性肺炎、肺泡出血综合征、肺泡蛋白
沉积症、沉滞症、肺病、铍中毒、类风湿性关节炎、红斑狼疮、慢性移植物抗宿主病伴
肺部受累、硬化病(全身性)或硬皮病、多肌炎、皮肌炎、慢性肺病、哮喘、支气管炎(呼吸性支气管炎)、肺炎、过敏性肺炎、慢性过敏性肺炎、呼吸窘迫综合征、斯蒂尔病、急性肺损伤、显微镜下多血管炎、肺水肿、肺朗格汉斯细胞组织细胞增生症、急性吸入性暴露、药物性肺病、
脱屑性间质性肺炎和/或囊性纤维化中的一种或多种或与其相关。
[0053] 在一些实施例中,所述ILD与表面活性物质-蛋白B缺陷(SFTPB中的突变)、表面活性物质-蛋白C缺陷(SFTPC中的突变)、ABCA3缺陷(ABCA3中的突变)、脑肺甲状腺综合征
(TTF1中的突变)或先天性肺泡蛋白沉积症(CSFR2A、CSFR2B中的突变)、肺泡毛细血管发育
不良(FoxF1中的突变)、端粒酶逆转录酶(TERT)中的突变、端粒酶RNA组分(TERC)中的突变、
端粒延伸解旋酶调节因子1(RTEL1)中的突变和/或poly(A)特异性核糖核酸酶(PARN)中的
突变中的一种或多种相关。
[0054] 在一些实施例中,所述药物选自抗生素、化学治疗剂、抗心律失常剂和他汀类药物中的一种或多种。在一些实施例中,所述感染选自非典型肺炎、肺孢子虫性肺炎(PCP)、肺结
核、沙眼衣原体和呼吸道合胞病毒(RSV)、隐源性机化性肺炎中的一种或多种。在一些实施
例中,所述恶性肿瘤是淋巴管癌病或淋巴瘤。
[0055] 在一些实施例中,所述有需要的受试者患有选自特应性哮喘、非特应性哮喘、过敏性哮喘、特应性支气管IgE介导的哮喘、支气管哮喘、原发性哮喘、真哮喘、由病理生理障碍
引起的内源性哮喘、由环境因素引起的外源性哮喘、未知或不明病因的原发性哮喘、非特应
性哮喘、支气管哮喘、肺气肿性哮喘、运动诱发的哮喘、过敏原诱发的哮喘、冷空气诱发的哮
喘、职业性哮喘、由细菌、真菌原生动物病毒感染引起的感染性哮喘、非过敏性哮喘、早
期哮喘、喘息性婴儿综合征和支气管扩张、慢性或急性支气管收缩、慢性支气管炎、小气道
阻塞和肺气肿中的一种或多种的病状。
[0056] 在一些实施例中,所述有需要的受试者患有阻塞性或炎性气道疾病。在一些实施例中,所述阻塞性或炎性气道疾病选自慢性嗜酸性粒细胞性肺炎、慢性阻塞性肺病(COPD)、
包含慢性支气管炎、肺气肿或呼吸困难的COPD、特征在于不可逆进行性气道阻塞的COPD和
急性呼吸窘迫综合征(ARDS)中的一种或多种。
[0057] 在一些实施例中,所述有需要的受试者患有与其它药物治疗后气道高反应性恶化相关的病状、与肺动脉高压相关的气道疾病、支气管炎或急性支气管炎、急性喉气管支气管
炎、花生仁吸入性支气管炎、卡他性支气管炎、格鲁布性支气管炎、干性支气管炎、感染性哮
喘性支气管炎、增生性支气管炎、葡萄球菌或链球菌支气管炎、肺泡性支气管炎、急性肺损
伤、支气管扩张或圆柱状支气管扩张、囊状支气管扩张、梭形支气管扩张、毛细血管支气管
扩张、囊性支气管扩张、干性支气管扩张或滤泡性支气管扩张。
[0058] 在一些实施例中,所述有需要的受试者的Ashcroft评分为1、2、3、4、5、6、7或8。
[0059] 某些实施例增加所述有需要的受试者的预期寿命,任选地增加约或至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、
31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、
56、57、58、59、60或更多年。
[0060] 某些实施例改善所述有需要的受试者中的肺部炎症的一个或多个临床症状或参数。
[0061] 在一些实施例中,所述一个或多个临床症状或参数选自肺纤维化、肺中的炎性细胞浸润、呼吸功能和体重中的一种或多种。
[0062] 某些实施例使所述有需要的受试者中的肺纤维化改善约或至少约10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900、1000%或更多,任选地如在约
1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个月或更长时段内测量。
[0063] 某些实施例改善所述有需要的受试者中的肺纤维化,如通过Ashcroft评分降低(任选地,Ashcroft评分相对于较早的评分降低1、2、3、4、5、6、7或8个等级)测量。
[0064] 某些实施例使肺中的炎性细胞浸润减少约或至少约10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900、1000%或更多,任选地如在约1、2、3、4、5、6、
7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个月或更长时段内测量。
[0065] 某些实施例使呼吸功能改善约或至少约10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900、1000%或更多,任选地如在约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、
12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个月或更长时段内测量。在一些实施例中,所述改善的呼吸功能选自呼气时间增加、吸气时间增加、峰值呼气流量减少、峰值吸气流量减
少、每分钟呼吸量(RMV)减少和呼吸率降低中的一种或多种。
[0066] 还包含患者护理试剂盒,其包括:
[0067] (a)组氨酰-tRNA合成酶(HRS)多肽,或编码所述HRS多肽的可表达多核苷酸;和
[0068] (b)免疫调节剂。
[0069] 在某些患者护理试剂盒中,(a)和(b)在单独的组合物中,并且任选地如本文所述定义。在一些患者护理试剂盒中,(a)和(b)在同一组合物中,任选地作为如本文所述的治疗
组合物。
[0070] 在一些实施例中,所述免疫调节剂是吡非尼酮或尼达尼布。
[0071] 在一些实施例中,所述吡非尼酮的单独剂量单位为约50到约1000mg(任选地在约1、2或3粒胶囊中口服给药),或单独剂量单位为约、不大于约或至少约50、60、70、80、90、
100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、
290、300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、470、
480、490、500、10、520、530、540、550、560、570、580、590、600、610、620、630、640、650、660、
670、680、690、700、710、720、730、740、750、760、770、780、790、800、810、820、830、840、850、
860、870、880、890、900、910、920、930、940、950、960、970、980、990或1000mg(任选地在1、2或
3粒胶囊中口服给药)。
[0072] 在一些实施例中,所述吡非尼酮的每日剂量单位为约100到约4000mg/天(任选地在约3、4、5、6、7、8、9粒胶囊中口服给药),或每日剂量单位为约、不大于约或至少约100、
110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、
300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、470、480、
490、500、10、520、530、540、550、560、570、580、590、600、610、620、630、640、650、660、670、
680、690、700、710、720、730、740、750、760、770、780、790、800、810、820、830、840、850、860、
870、880、890、900、910、920、930、940、950、960、970、980、990、1000、1200、1300、1400、1500、
1600、1700、1800、2000、2100、2200、2300、2400、2500、2600、2700、2800、2900、3000、3100、
3200、3300、3400、3500、3600、3700、3800、3900或4000mg/天(任选地在约3、4、5、6、7、8、9粒胶囊中口服给药)。
[0073] 在具体实施例中,所述吡非尼酮的单独剂量单位为约800mg(例如,801mg),例如作为三粒~267mg胶囊口服给药,以每单独剂量三粒胶囊形式服用。在具体实施例中,所述吡
非尼酮的每日剂量单位为约2400mg/天(例如,2403mg/天),例如作为九粒~267mg胶囊口服
给药,每日三次,以每单独剂量三粒胶囊形式服用。
[0074] 在一些实施例中,所述尼达尼布的单独剂量单位为约10到约500mg(任选地在约1、2或3粒胶囊中),或单独剂量单位为约、不大于约或至少约10、20、30、40、50、60、70、80、90、
100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、
290、300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、470、
480、490或500mg(任选地在约1、2或3粒胶囊中)。
[0075] 在一些实施例中,所述尼达尼布的每日剂量单位为约20到约1000mg/天(任选地在约1、2、3、4、5或6粒胶囊中),或每日剂量单位为约、不大于约或至少约20、30、40、50、60、70、
80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、
270、280、290、300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、
460、470、480、490、500、510、520、530、540、550、560、570、580、590、600、610、620、630、640、
650、660、670、680、690、700、710、720、730、740、750、760、770、780、790、800、810、820、830、
840、850、860、870、880、890、900、910、920、930、940、950、960、970、980、990、1000mg/天(任选地在约1、2、3、4、5或6粒胶囊中)。
[0076] 在一些实施例中,所述尼达尼布的每日剂量单位为约100到150mg或约200到300mg/天,任选地每日给药一次或两次。在一些实施例中,所述尼达尼布的剂量单位为约
100或150mg或约200到300mg/天,任选地每日给药一次或两次。
[0077] 还包含改变受试者中的HRS-Fc融合多肽的一种或多种药代动力学特性的方法,其包括向所述受试者施用所述HRS-Fc融合多肽或编码所述HRS-Fc融合多肽的可表达多核苷
酸,与吡非尼酮的组合。在一些实施例中,所述HRS-Fc融合多肽包括与选自表H8的序列具有
至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%同一性的氨基酸序列,由其组成或基本由其组成。在一些实施例中,所述HRS多肽包括SEQ ID NO:157(Fc-HRS(2-60)或
HRSFC1),由其组成或基本由其组成。
[0078] 还包含治疗有需要的受试者中的肺部炎症的方法,其包括向所述受试者施用HRS-Fc融合多肽或编码所述HRS-Fc融合多肽的可表达多核苷酸。在一些实施例中,所述HRS-Fc
融合多肽包括与选自表H8的序列具有至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或
100%同一性的氨基酸序列,由其组成或基本由其组成。在一些实施例中,所述HRS多肽包括
SEQ ID NO:157(Fc-HRS(2-60)或HRSFC1),由其组成或基本由其组成。
附图说明
[0079] 图1示出了BAL流体细胞计数。单个细胞计数用表示组平均值的线示出:‘无tx”表示未治疗,“Veh”表示用媒剂治疗,“Dex.”表示用地塞米松治疗,“Ninte.”表示用尼达尼布治疗,并且“TA”表示用测试物品治疗。通过PO或IV治疗组内的单因素ANOVA进行统计学比
较,然后进行Dunnett事后测试。相对于IV媒剂,*p<0.05,**p<0.01。
[0080] 图2示出了组织学纤维化(Ashcroft)评分。示出了来自每组内评分的所有区域的平均数据(+SEM):‘无tx”表示未治疗,“Veh”表示用媒剂治疗,“Dex.”表示用地塞米松治疗,“Ninte.”表示用尼达尼布治疗,并且“TA”表示用测试物品治疗。通过PO或IV治疗组内的单
因素ANOVA进行统计学比较,然后进行Dunnett事后测试。相对于相应的媒剂,*p<0.05,**p<
0.01。
[0081] 图3示出了第15天的每分钟呼吸量(RMV)。单个RMV用表示组平均值的线示出:“Veh”表示用媒剂治疗,“Ninte.”表示用尼达尼布治疗,并且“TA”表示用测试物品治疗。测试物品剂量在括号中表示。IV组通过单因素ANOVA进行比较,PO组通过t测试进行比较。*p<
0.05,**p<0.01,***p<0.001。
[0082] 图4示出了组织学纤维化(Ashcroft)评分。示出了来自每组内评分的所有区域的平均数据(+SEM):“Veh”表示用媒剂治疗,“Ninte.”表示用尼达尼布治疗,并且“TA”表示用测试物品治疗。测试物品剂量在括号中表示。通过PO或IV治疗组内的t测试进行统计学比
较。相对于IV媒剂,*p<0.05。
[0083] 图5示出了间质/肺泡炎性细胞浸润。示出了每组内的个体平均评分:“Veh”表示用媒剂治疗,“Ninte.”表示用尼达尼布治疗,并且“TA”表示用测试物品治疗。测试物品剂量在括号中表示。通过PO或IV治疗组内的t测试进行统计学比较。相对于IV媒剂,*p<0.05。
[0084] 图6示出了pMol中的平均血清HRSFC1水平(+SEM):对于在研究的第22天终止的每个组:在媒剂(Veh)与测试物品的组合相较于用尼达尼布与测试物品的组合或吡非尼酮与测
试物品的组合治疗的组之间,通过t测试进行统计学比较**p<0.01,***p<0.001,****p<
0.0005。

具体实施方式

[0085] 除非具体相反地指出,否则本发明的实践将采用本领域技术范围内的分子生物学和重组DNA技术的常规方法,其中许多方法在下文中为了说明的目的而描述。此些技术在文
献中有充分说明。参见例如Sambrook等人,《分子克隆:实验室手册(Molecular Cloning:A 
Laboratory Manual)》(第3版,2000)《;DNA克隆:一种实用方法(DNA Cloning:A Practical Approach)》,第I卷和第II卷(D.Glover编辑);《寡核苷酸合成(Oligonucleotide 
Synthesis)》(N.Gait编辑,1984);《寡核苷酸合成:方法和应用(Oligonucleotide 
Synthesis:Methods and Applications)》(P.Herdewijn编辑,2004)《;核酸杂交(Nucleic 
Acid Hybridization)》(B.Hames和S.Higgins编辑,1985);《核酸杂交:现代应用(Nucleic 
Acid Hybridization:Modern Applications)》(Buzdin和Lukyanov编辑,2009);《转录与翻
译(Transcription and Translation)》(B.Hames和S.Higgins编辑,1984);《动物细胞培养
(Animal Cell Culture)》(R.Freshney编辑,1986);Freshney,R.I.(2005)《动物细胞培养
基本技术手册(Culture of Animal Cells,a Manual of Basic Technique)》第5版,霍博
肯,新泽西州,John Wiley&Sons;B.Perbal,《分子克隆实用指南(A Practical Guide to 
Molecular Cloning)》(2010第3版);Farrell,R.,《RNA方法学:分离和表征的实验室指南
(RNA Methodologies:A Laboratory Guide for Isolation and Characterization)》
(2005第3版)。《聚(乙二醇)的化学和生物学应用(Poly(ethylene glycol),Chemistry and 
Biological Applications)》,ACS,华盛顿,1997;Veronese,F.和J.M.Harris编辑,《肽和蛋白质的聚乙二醇化(Peptide and protein PEGylation)》《,高级药物递送评论(Advanced 
Drug Delivery Reviews)》,54(4)453-609(2002);Zalipsky,S.等人《,聚乙二醇化学:生物技术和生物医学应用(Polyethylene Glycol Chemistry:Biotechnical and Biomedical 
Applications)》中的“官能化聚(乙二醇)用于修饰多肽的用途(Use of functionalized 
Poly(Ethylene Glycols)for modification of polypeptides)”。
[0086] 定义
[0087] 除非另外定义,否则本文使用的所有技术和科学术语具有与本公开所属领域的普通技术人员通常理解的含义相同的含义。尽管与本文描述的那些类似或等同的任何方法、
材料、组合物、试剂、细胞可以用于实践或测试本公开的主题,但描述了优选的方法和材料。
说明书中引用的所有出版物和参考文献,包含但不限于专利和专利申请,都通过引用整
体并入本文,如同每个单独的出版物或参考文献被具体和单独地指出以通过引用并入本文
完全阐述。本申请要求优先权的任何专利申请也以上文针对出版物和参考文献描述的方式
通过引用整体并入本文。
[0088] 出于本公开的目的,以下术语定义如下。
[0089] 本文使用冠词“一个/一种(a/an)”来指代所述冠词的一个或多于一个(即至少一个)语法对象。举例来说,“一个元件”是指一个元件或多于一个元件。
[0090] “约”是指相较于参考数量、水平、值、数目、频率、百分比、尺寸、大小、量、重量或长度变化多达30、25、20、15、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1%的数量、水平、值、数目、频率、百分比、尺寸、大小、量、重量或长度。
[0091] “拮抗剂”或“抑制剂”是指干扰或以其它方式降低另一种试剂或分子的生理作用的生物结构或化学试剂。在一些情况下,拮抗剂特异性结合其它试剂或分子。包含完全和部
分拮抗剂。
[0092] “激动剂”是指增加或增强另一种试剂或分子的生理作用的生物结构或化学试剂。在一些情况下,激动剂特异性结合其它试剂或分子。包含完全和部分激动剂。
[0093] 术语“无反应性”是指T细胞或B细胞对抗原再刺激的反应的功能性失活。
[0094] 如本文使用,术语“氨基酸”旨在是指天然存在的和非天然存在的氨基酸以及氨基酸类似物和模拟物。天然存在的氨基酸包含在蛋白质生物合成期间使用的20个(L)-氨基酸
以及其它氨基酸(诸如例如4-羟基脯氨酸、羟基赖氨酸、锁链素、异锁链素、高半胱氨酸、瓜
氨酸和鸟氨酸)。非天然存在的氨基酸包含例如(D)-氨基酸、正亮氨酸、正缬氨酸、对氟苯丙
氨酸、乙硫氨酸等,它们是本领域技术人员已知的。氨基酸类似物包含天然和非天然存在的
氨基酸的修饰形式。此些修饰可以包含例如氨基酸上的化学基团和部分的取代或置换,或
氨基酸的衍生。氨基酸模拟物包含例如表现出功能相似的性质(例如,参考氨基酸的电荷和
电荷间距特性)的有机结构。例如,模拟精氨酸(Arg或R)的有机结构将具有位于相似分子空
间中并且具有与天然存在的Arg氨基酸侧链的e-氨基基团相同的迁移度的正电荷部分。模
拟物还包含受约束结构,以便维持氨基酸或氨基酸官能团的最佳间距和电荷相互作用。本
领域技术人员知道或可以确定哪些结构构成功能等同的氨基酸类似物和氨基酸模拟物。
[0095] 如本文使用,有发生疾病或不良反应的“风险”的受试者可能患有或不患有可检测的疾病或疾病症状,并且在本文所述的治疗方法之前可能已表现出或未表现出可检测的疾
病或疾病症状。“有风险”表示受试者具有一个或多个风险因子,其是与疾病发展相关的可
测量参数,如本文所述和本领域已知。具有一个或多个这些风险因子的受试者比没有一个
或多个这些风险因子的受试者具有更高的发生疾病或不良反应的可能性。
[0096] “编码序列”是指有助于基因的多肽产物的编码的任何核酸序列。相反,术语“非编码序列”是指不直接有助于基因的多肽产物的编码的任何核酸序列。
[0097] 术语“结合”是指由于例如共价、静电、疏水和离子和/或氢键相互作用(包含诸如盐桥和水桥的相互作用)而产生的两个分子之间的直接缔合。
[0098] 术语“克隆缺失”是指自身反应性T细胞的缺失(例如,损失或死亡)。克隆缺失可以在胸腺中或在外周或两者中集中实现。
[0099] 在整个本公开中,除非上下文另有要求,否则单词“包括(comprise/comprises/comprising)”将被理解为暗示包含所述步骤或元件或步骤或元件组但不排除任何其它步
骤或元件或步骤或元件组。
[0100] “由……组成”是指包含并且限于短语“由……组成”之后的任何内容。因此,短语“由……组成”表示所列出的元件是必需的或强制性的,并且不存在其它元件。“基本由……
组成”是指包含在所述短语之后列出的任何元件,并且限于不干扰或有助于本公开中针头
对所列出的元件指定的活性或作用的其它元件。因此,短语“基本由……组成”表示所列出
的元件是必需的或强制性的,但是其它元件是任选的并且可以存在或不存在,这取决于它
们是否实质上影响所列出的元件的活性或作用。
[0101] 术语“不含内毒素”或“基本上不含内毒素”通常涉及含有至多痕量(例如,对受试者没有临床不利生理作用的量)的内毒素且优选不可检测量的内毒素的组合物、溶剂和/或
血管。内毒素是与某些微生物(例如细菌,通常是革兰氏阴性细菌)相关的毒素,但是可以在
革兰氏阳性细菌中发现内毒素,例如单核细胞增多性李斯特氏菌。最普遍的内毒素是在各
种革兰氏阴性细菌的外膜中发现的脂多糖(LPS)或脂寡糖(LOS),其表示这些细菌引起疾病
的能力的中心致病特征。人体中的少量内毒素可能产生发热、血压降低、炎症和凝血活化以
及其它不利的生理作用。
[0102] 因此,在药物生产中,通常需要从药物产品和/或药物容器中去除大部分或全部痕量的内毒素,因为即使少量也可能在人体中产生不良作用。可以将去热源炉用于本目的,因
为通常需要超过300℃的温度来分解大多数内毒素。例如,基于初级包装材料(例如,注射器
或小瓶),玻璃温度250℃和保持时间30分钟的组合通常足以实现内毒素水平的3级对数降
低。考虑了去除内毒素的其它方法,包含例如色谱法和过滤方法,如本文所述和本领域已
知。
[0103] 可以使用本领域已知的常规技术检测内毒素。例如,使用来自鲎的血液的鲎阿米巴样细胞溶解物测定是用于检测内毒素存在的非常灵敏的测定。在本测试中,非常低水平
的LPS可能引起鲎溶解物的可检测凝血,这是由于强大的酶促级联放大了本反应。内毒素也
可以通过酶联免疫吸附测定(ELISA)进行定量。为了基本上不含内毒素,内毒素水平可以小
于约0.001、0.005、0.01、0.02、0.03、0.04、0.05、0.06、0.08、0.09、0.1、0.5、1.0、1.5、2、
2.5、3、4、5、6、7、8、9或10EU/ml活性化合物。通常,1ng脂多糖(LPS)对应于约1-10EU。
[0104] 如本文使用,术语“接触细胞”、“引入”或“递送”包含通过本领域常规方法(例如,转染(例如,脂质体、磷酸钙、聚乙烯亚胺)、电穿孔(例如,核转染)、显微注射)将本文所述试剂(例如,多肽试剂、多核苷酸试剂)递送到细胞中,或向受试者施用。
[0105] 术语“细胞穿透肽”(CPP)或“增强细胞摄取的肽部分”可互换使用,并且是指阳离子细胞穿透肽,也被称为“转运肽”、“载体肽”或“肽转导结构域”。在一些实施例中,所述肽具有在给定细胞培养物群体的约或至少约30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或100%的细胞内诱导细胞(例如,肌细胞)穿透的能力,并且在全身性或其它形式的施用时允许体
内多种组织(例如,肌肉组织)内的大分子转位。在一些实施例中,CPP具有式-[(C(O)CHR'
NH)m]R",其中R'是天然存在的氨基酸或其一或二碳同源物的侧链,R"选自氢或酰基,并
且m是至多50的整数。另外的CPP在本领域中是公知的,并且公开于例如美国申请第2010/
0016215号中,其通过引用整体并入。在一些实施例中,m是选自1到50的整数,其中当m是1
时,所述部分是单个氨基酸或其衍生物。本文所述的任何多核苷酸试剂(例如,反义、RNAi试
剂)可以与CPP缀合,例如以改善到靶细胞中的摄取(例如,肌细胞)。
[0106] 术语“半最大有效浓度”或“EC50”是指如本文所述的试剂(例如,HRS多肽或其它试剂)在某一指定暴露时间后在基线和最大值中间诱导反应的浓度;因此,等级剂量反应曲线
的EC50表示观察到其最大作用的50%的化合物浓度。EC50还表示在体内获得最大作用的
50%所需的血浆浓度。类似地,“EC90”是指观察到其最大作用的90%的试剂或组合物的浓
度。“EC90”可以通过“EC50”和Hill斜率计算,或者可以使用本领域的常规知识通过数据直
接确定。在一些实施例中,试剂的EC50小于约0.01、0.05、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、
0.8、0.9、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、40、50、60、70、
80、90、100、200或500nM。在一些实施例中,生物治疗组合物的EC50值为约1nM或更低。
[0107] “同源性”是指相同或构成保守取代的氨基酸的百分数。可以使用序列比较程序(例如,GAP(Deveraux等人,1984,《核算研究(Nucleic Acids Research)》,12,387-395))确定同源性。以这种方式,可以通过将空位插入比对中来比较与本文引用的序列相似或基本
上不同长度的序列,此些空位例如通过GAP使用的比较算法确定。
[0108] 术语“先天性免疫反应”是指免疫细胞(包含巨噬细胞和自然杀伤细胞(NK))的反应以及调节细胞因子表达和释放(例如,干扰素和干扰素信号转导)、诱导细胞死亡和抑制
蛋白质合成的相关机制,其保护宿主免受病原体感染。
[0109] “分离的”是指基本上或基本不含在其天然状态下通常伴随其的组分的物质。例如,如本文使用,“分离的多核苷酸”、“分离的寡核苷酸”或“分离的寡核苷酸”可以是指已经从天然存在状态的与其侧接的序列纯化或去除的多核苷酸,例如已经从序列去除的DNA片
段,所述序列与基因组中的所述片段相邻。当涉及细胞时,术语“分离”是指从来源受试者
(例如,患有多核苷酸重复疾病的受试者)的细胞(例如,成纤维细胞、成淋巴细胞)的纯化。
在mRNA或蛋白质的背景下,“分离”是指从来源(例如,细胞)回收mRNA或蛋白质。
[0110] 术语“调节”包含“增加”或“减少”一个或多个可量化参数,任选地调节限定量和/或统计学上显著的量。“增加(increase/increasing)”,“增强(enhance/enhancing)”或“刺激(stimulate/stimulating)”通常是指一种或多种试剂或组合物在细胞或受试者中产生
或引起相较于无试剂/化合物或对照化合物引起的反应更大的生理反应(即下游作用)的能
力。相关的生理或细胞反应(体内或体外)对于本领域技术人员而言是显而易见的,并且可
以包含组织或有需要的受试者中的骨骼肌质量的增加。“增加的”或“增强的”量通常是“统
计学上显著”的量,并且可以包含由无试剂/化合物(不存在试剂)或对照化合物产生的量的
1.1倍、1.2倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍或更多倍(例如,500倍、1000倍)(包含其间且大于1的所有整数和小数点(例如,1.5倍、1.6倍、
1.7倍、1.8倍))的增加。术语“降低”或“抑制”通常可以涉及一种或多种试剂或组合物“减
少”相关生理或细胞反应(例如,靶基因的表达或本文所述的疾病或病状的症状)的能力,如
根据诊断领域的常规技术测量。相关的生理或细胞反应(体内或体外)对于本领域技术人员
而言是显而易见的,并且可以包含如本文所述的肺部炎症或ILD的症状或病理的减少或改
善。与无试剂或组合物或对照试剂或组合物产生的反应相比,反应中的“减少”可以是“统计
学上显著的”,并且可以包含1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、
13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、
60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或100%的减少,包含其间的所有整数。
[0111] 在某些实施例中,可以具体地限定组合物中任何给定试剂的“纯度”。例如,某些组合物可以包括至少80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99或100%(包含其间的所有小数)纯的试剂,如例如(但绝非限于)通过高效液相色谱(HPLC)所测量,所述HPLC是在生物化
学和分析化学中经常用于分开、标识和定量化合物的熟知的柱色谱形式。
[0112] “脂质纳米颗粒”或“固体脂质纳米颗粒”是指平均直径为约10到约1000纳米的一种或多种球形纳米颗粒,并且其包括可以溶解亲脂性分子的固体脂质核心基质。脂质核心
表面活性剂(例如,乳化剂)稳定,并且可以包括甘油三酯(例如,三硬脂精)、甘油二酯(例
如,甘油山嵛酸酯)、甘油单酯(例如,甘油单硬脂酸酯)、脂肪酸(例如,硬脂酸)、类固醇(例
如,胆固醇)和蜡(例如,鲸蜡醇棕榈酸酯)(包含其组合)中的一种或多种。脂质纳米颗粒描
述于例如Petrilli等人,《当代制药生物技术(Curr Pharm Biotechnol)》,15:847-55,
2014;和美国专利第6,217,912号;第6,881,421号;第7,402,573号;第7,404,969号;第7,
550,441号;第7,727,969号;第8,003,621号;第8,691,750号;第8,871,509号;第9,017,726
号;第9,173,853号;第9,220,779号;第9,227,917号;和第9,278,130中,其通过引用整体并
入。
[0113] 如本文使用,“核碱基”(Nu)、“碱基配对部分”或“碱基”可互换使用,是指天然DNA或RNA中发现的嘌呤或嘧啶碱基(尿嘧啶、胸腺嘧啶、腺嘌呤、胞嘧啶和鸟嘌呤)以及赋予改善的性质(例如,对寡核苷酸的结合亲和力)的天然存在的嘌呤和嘧啶的类似物。示例性类
似物包含次黄嘌呤(核苷肌苷的碱基组分);2,6-二氨基嘌呤;5-甲基胞嘧啶;C5-丙炔基修
饰的嘧啶;9-(氨基乙氧基)吩恶嗪(G-clamp)等。
[0114] 碱基配对部分的另外的实例包含但不限于尿嘧啶、胸腺嘧啶、腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤和次黄嘌呤(其相应的氨基基团由酰基保护基团保护)、2-氟尿嘧啶、2-氟胞嘧啶、5-溴
尿嘧啶、5-碘尿嘧啶、2,6-二氨基嘌呤、氮杂胞嘧啶、嘧啶类似物(例如,假异胞嘧啶和假尿
嘧啶)和其它修饰的核碱基(例如,8-取代嘌呤、黄嘌呤或次黄嘌呤)(后两者是天然降解产
物)。还考虑了在Chiu和Rana,《RNA》,2003,9,1034-1048,Limbach等人《,核酸研究(Nucleic Acids Research)》,1994,22,2183-2196和Revankar和Rao,《综合天然产物化学
(Comprehensive Natural Products Chemistry)》第7卷313中公开的修饰的核碱基。
[0115] 碱基配对部分的另外的实例包含但不限于其中已加入一个或多个苯环的扩展尺寸的核碱基。格伦研究目录(www.glenresearch.com);Krueger AT等人,《化学研究记述
(Acc.Chem.Res.)》,2007,40,141-150;Kool,ET,《化学研究记述(Acc.Chem.Res.)》,2002,
35,936-943;Benner S.A.等人,《自然评论遗传学(Nat.Rev.Genet.)》,2005,6,553-543;
Romesberg,F.E.等人,《化学生物学现状(Curr.Opin.Chem.Biol.)》,2003,7,723-733;
Hirao,I.《,化学生物学现状(Curr.Opin.Chem.Biol.)》,2006,10,622-627中描述的核碱基
置换被考虑可用于合成本文所述的寡核苷酸。扩展尺寸的核碱基的实例如下所示:
[0116]
[0117] 与核糖、糖类似物或吗啉代共价连接的核碱基包括核苷。“核苷酸”由核苷以及一个磷酸根基团构成。磷酸根基团将相邻的核苷酸彼此共价连接以形成寡核苷酸。
[0118] 术语“多肽”和“蛋白质”在本文中可互换使用,是指氨基酸残基的聚合物及其变体和合成类似物。因此,这些术语适用于氨基酸聚合物(其中一个或多个氨基酸残基是合成的
非天然存在的氨基酸,例如相应的天然存在的氨基酸的化学类似物)以及天然存在的氨基
酸聚合物。
[0119] 术语“多核苷酸”和“核酸”包含mRNA、RNA、cRNA、cDNA和DNA。所述术语通常是指长度为至少10个碱基的聚合形式的核苷酸,或是核糖核苷酸或是脱氧核苷酸或是任一类型核苷酸的修饰形式。所述术语包含DNA的单链和双链形式。术语“分离的DNA”和“分离的多核苷
酸”和“分离的核酸”是指已经分离出不含特定物种的总基因组DNA的分子。因此,编码多肽
的分离的DNA节段是指DNA节段,其含有一个或多个编码序列但仍然基本上分离或纯化出不
含获得所述DNA节段的物种的总基因组DNA。还包含非编码多核苷酸(例如,引物、探针、寡核
苷酸),其不编码多肽。还包含重组载体,包含例如表达载体、病毒载体、质粒、粘粒、噬菌粒、噬菌体、病毒等。
[0120] 另外的编码或非编码序列可以但不必存在于本文所述的多核苷酸内,并且多核苷酸可以但不必与其它分子和/或支撑材料连接。因此,无论编码序列本身的长度如何,多核
苷酸或可表达多核苷酸可以与其它序列(例如,表达控制序列)组合。
[0121] “表达控制序列”包含核酸的调节序列,或相应的氨基酸,例如启动子、前导序列、增强子、内含子、RNA的识别基序、或DNA结合蛋白、多腺苷酸化信号、终止子、内部核糖体进
入位点(IRES)、分泌信号、亚细胞定位信号等,其具有影响宿主细胞中编码序列的转录或翻
译或亚细胞或细胞定位的能力。示例性表达控制序列描述于Goeddel《;基因表达技术:酶学
方法(Gene Expression Technology:Methods in Enzymology)》185,学术出版社,圣地亚
哥,加利福尼亚州(1990)中。
[0122] “启动子”是能够结合细胞中的RNA聚合酶并启动下游(3'方向)编码序列的转录的DNA调节区。如本文使用,启动子序列在其3'末端由转录起始位点结合并向上游(5'方向)延
伸,以包含以高于本底可检测水平启动转录所必需的最小数量的碱基或元件。可以在启动
子序列以及负责RNA聚合酶结合的蛋白质结合结构域(共有序列)内找到转录起始位点(通
过用核酸酶S1作图方便地限定)。真核启动子可以通常但不总是含有“TATA”盒和“CAT”盒。
除了-10和-35共有序列外,原核启动子还含有Shine-Dalgarno序列。
[0123] 来自各种不同来源的大量启动子(包含组成型、诱导型和阻遏型启动子)是本领域熟知的。代表性来源包含例如病毒、哺乳动物、昆虫、植物、酵母和细菌细胞类型),并且来自这些来源的合适启动子是容易获得的,或者可以基于在线公开获得的或例如来自ATCC等保
存机构以及其它商业或个人来源的序列合成制备。启动子可以是单向的(即在一个方向上
启动转录)或双向的(即在3'或5'方向上启动转录)。启动子的非限制性实例包含例如T7细
菌表达系统、pBAD(araA)细菌表达系统、巨细胞病毒(CMV)启动子、SV40启动子、RSV启动子。
诱导型启动子包含Tet系统(美国专利5,464,758和5,814,618)、Ecdysone诱导型系统(No等
人,《美国科学院院报(Proc.Natl.Acad.Sci.)》(1996)93(8):3346-3351;T-RExTM系统
(Invitrogen,卡尔斯巴德,加利福尼亚州)、 (Stratagene,(圣地亚哥,加利福
尼亚州)和Cre-ERT他莫昔芬诱导型重组酶系统(Indra等人,《核酸研究(Nuc.Acid.Res.)》
(1999)27(22):4324-4327;《核酸研究(Nuc.Acid.Res.)》(2000)28(23):e99;美国专利第7,
112,715号;和Kramer和Fussenegger《,分子生物学方法(Methods Mol.Biol.)》(2005)308:
123-144)或本领域已知的适用于在期望细胞中的表达的任何启动子。
[0124] “可表达多核苷酸”包含cDNA、RNA、mRNA或其它多核苷酸,其包含至少一个编码序列和任选的至少一个表达控制序列(例如,转录和/或翻译调节元件),并且其可以在引入细
胞(例如,受试者中的细胞)后表达编码的多肽(例如,HRS多肽)。
[0125] 在一些实施例中,可表达多核苷酸是修饰的RNA或修饰的mRNA多核苷酸(例如,非天然存在的RNA类似物)。在某些实施例中,修饰的RNA或mRNA多肽包括一个或多个修饰的或
非天然的碱基,例如除腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C)、胸腺嘧啶(T)和/或尿嘧啶(U)之
外的核苷酸碱基。在一些实施例中,修饰的mRNA包括一个或多个修饰的或非天然的核苷酸
间连键。用于递送编码的治疗性多肽的可表达RNA多核苷酸描述于例如Kormann等人,《自然
生物技术(Nat Biotechnol)》,29:154-7,2011;和美国申请第2015/0111248号;第2014/
0243399号;第2014/0147454号;和第2013/0245104号中,其通过引用整体并入。
[0126] 在一些实施例中,可以用于递送可表达多核苷酸的各种病毒载体包含腺病毒载体、疱疹病毒载体、痘苗病毒载体、腺相关病毒(AAV)载体和逆转录病毒载体。在一些情况
下,逆转录病毒载体是鼠或禽逆转录病毒的衍生物,或者是慢病毒载体。可以插入单个外源
基因的逆转录病毒载体的实例包含但不限于:莫洛尼鼠白血病病毒(MoMuLV)、哈维鼠肉瘤
病毒(HaMuSV)、鼠乳腺肿瘤病毒(MuMTV)、SIV、BIV、HIV和劳斯肉瘤病毒(RSV)。许多另外的
逆转录病毒载体可以掺入多种基因。所有这些载体都可以转移或掺入可选择标志物的基
因,从而可以标识并生成转导的细胞。例如,通过将目标多肽序列与编码特异性靶细胞上的
受体的配体的另一基因一起插入病毒载体中,可以使载体具有靶特异性。例如,通过插入例
如编码蛋白质的多核苷酸,可以使逆转录病毒载体具有靶特异性。可以通过使用抗体靶向
逆转录病毒载体来实现说明性靶向。本领域技术人员将知道或可以无需过度实验而容易地
确定特异性多核苷酸序列,其可以插入逆转录病毒基因组中以允许逆转录病毒载体的靶特
异性递送。
[0127] 在某些情况下,本文所述的可表达多核苷酸被工程化改造以定位于细胞内,可能位于具体的区室(例如,细胞核)内,或被工程化改造以从细胞分泌或转位到细胞的质膜。在
示例性实施例中,可表达多核苷酸被工程化改造以进行核定位。
[0128] 还包含本文所述多肽的生物活性“变体”和“片段”以及编码它们的多核苷酸。相对于参考多肽或多核苷酸,“变体”含有一个或多个取代、加入、缺失和/或插入(参见例如表和
序列表)。变体多肽或多核苷酸包括与如本文所述的参考序列具有至少约50%、55%、60%、
65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多序列同一性或相似性或同源性的氨基酸或多核苷酸序列,并且其基本上保留了所述参
考序列的活性。还包含由1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、30、
40、50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150或更多个氨基酸或核苷酸组成或以1、2、3、
4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、30、40、50、60、70、80、90、100、110、
120、130、140、150或更多个氨基酸或核苷酸的加入、缺失、插入或取代差异于参考序列的序
列,并且其基本上保留了所述参考序列的活性。在某些实施例中,加入或缺失包含C-末端
和/或N-末端加入和/或缺失。
[0129] 如本文使用,术语“序列同一性”或例如包括“与……具有50%同一性的序列”是指序列在比较窗口上在逐个核苷酸的基础上或逐个氨基酸的基础上相同的程度。因此,“序列
同一性百分比”可以通过以下计算:比较比较窗口上的两个最佳比对序列,确定在两个序列
中出现相同的核酸碱基(例如,A、T、C、G、I)或相同的氨基酸残基(例如,Ala、Pro、Ser、Thr、Gly、Val、Leu、Ile、Phe、Tyr、Trp、Lys、Arg、His、Asp、Glu、Asn、Gln、Cys和Met)的位置的数量以得出匹配位置的数量,将匹配位置的数量除以比较窗口中的位置的总数量(即窗口大
小),并将结果乘以100以得出序列同一性的百分比。用于比对比较窗口的序列的最佳比对
可以通过算法的计算机化实现(威斯康星遗传学软件包7.0版本中的GAP、BESTFIT、FASTA和
TFASTA,Genetics Computer Group,575Science Drive Madison,Wis.,USA)进行,或者通
过各种选定方法中的任一种生成的检查和最佳比对(即导致比较窗口上的同源性百分比最
高)。还可以参考BLAST程序家族,例如如Altschul等人,《核酸研究(Nucl.Acids Res.)》,
25:3389,1997所公开。
[0130] “统计学显著的”是指结果不可能偶然发生。统计学显著性可以通过本领域已知的任何方法确定。显著性的常用度量包含p值,所述p值是在以零假设为真的情况下观察事件
所发生的频率或概率。如果获得的p值小于显著性水平,则拒绝零假设。在简单的情况下,显
著性水平被定义为0.05或更小的p值。
[0131] 术语“溶解度”是指本文提供的试剂溶解在液体溶剂中并形成均相溶液的性质。溶解度通常表示为浓度,其单位是每单位体积溶剂的溶质质量(g溶质/kg溶剂、g/dL(100mL)、
mg/ml等)、摩尔浓度、摩尔浓度、摩尔分数或其它类似的浓度描述。可以溶解每溶剂量的最
大平衡溶质量是所述溶质在特定条件下(包含温度、压力、pH和溶剂的性质)在所述溶剂中
的溶解度。在某些实施例中,溶解度在生理pH或其它pH下测量,例如在pH 5.0、pH 6.0、pH 
7.0或pH 7.4下测量。在某些实施例中,溶解度在水或生理缓冲液(例如,PBS或NaCl(有或没
有NaP))中测量。在具体实施例中,溶解度在相对较低的pH(例如,pH 6.0)和相对较高的盐
(例如,500mM NaCl和10mM NaP)下测量。在某些实施例中,溶解度在生物流体(溶剂)(例如,
血液或血清)中测量。在某些实施例中,温度可以为约室温(例如,约20、21、22、23、24、25℃)或约体温(37℃)。在某些实施例中,试剂在室温或37℃下的溶解度为至少约0.1、0.2、0.3、
0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、
25、30、40、50、60、70、80、90或100mg/ml。
[0132] “受试者”或“有需要的受试者”包含哺乳动物受试者,例如人类受试者。
[0133] “基本上”或“基本”是指几乎全部或完全,例如一些给定量的95%或更多。
[0134] “治疗反应”是指基于治疗反应的施用的症状改善(是否持续)。
[0135] 如本文使用,术语“靶”是指RNA区,并且具体地是指本文所述的靶基因的RNA区。所述靶可以包含编码和非编码序列、5'上游序列、3'下游序列和本文所述的其它RNA序列。
[0136] 术语“靶序列”是指反义或RNAi试剂所针对的靶RNA的一部分,例如反义寡核苷酸将通过互补序列的Watson-Crick碱基配对或序列杂交的序列或对应于RNAi试剂的正义链
的序列。
[0137] 如本文使用,术语“定量(quantifying/quantification)”或其它相关词语是指确定单位体积的核酸、多核苷酸、寡核苷酸、肽、多肽或蛋白质中的数量、质量或浓度。
[0138] 如本文使用,术语“治疗有效量”、“治疗剂量”、“预防有效量”或“诊断有效量”是在施用后引发期望的生物反应所需的试剂的量。类似地,术语“反义疗法”或“RNAi疗法”包含将患者血浆或其它组织区室(例如,肌肉组织)中的反义或RNAi试剂的平均稳态浓度维持在
最小有效治疗水平之上的疗法。
[0139] 如本文使用,受试者(例如哺乳动物,例如人)或细胞的“治疗”是用于试图改变个体或细胞的自然进程的任何类型的干预。治疗包含但不限于施用药物组合物,并且可以预
防性地进行或在病理事件开始后或与病原体接触后进行。还包含“预防性”治疗,其可以用
于降低所治疗的疾病或病状的进展速率,延迟所述疾病或病状的发作或降低其发病的严重
程度。“治疗”或“预防”不一定表示疾病或病状或其相关症状的完全根除、治愈或预防。
[0140] 术语“野生型”是指在群体中最常观察到的基因或基因产物(例如,多肽),因此任意设计基因的“正常”或“野生型”形式。
[0141] 组氨酰-tRNA合成酶(HRS)多肽和多核苷酸
[0142] 某些实施例包含组氨酰-tRNA合成酶多肽(“HRS”或“HisRS”多肽),包含缀合物(例如,Fc缀合物)、变体及其片段以及编码HRS多肽的可表达多核苷酸。组氨酰-tRNA合成酶属
于II类tRNA合成酶家族,其具有三个高度保守的序列基序。I类和II类tRNA合成酶被广泛认
为是在两步反应中负责氨基酸与其同源tRNA的特异性附接:氨基酸(AA)首先被ATP活化以
形成AA-AMP,然后转移到tRNA的受体端。全长组氨酰-tRNA合成酶通常以胞浆同源二聚体或
可变剪接的线粒体形式存在。
[0143] 真核组氨酸-tRNA合成酶的某些生物片段或可变剪接的同种型(或在一些背景中,完整的全长合成酶)调节某些治疗相关的细胞信号转导途径和/或具有抗炎性质。这些活性
不同于tRNA合成酶在蛋白质合成中的经典作用,在本文中被称为“非典型活性”。例如,如本
文所提供,HRS多肽,例如组氨酰-tRNA合成酶的N-末端片段(例如,HRS 1-48、HRS 1-60),尤
其能够通过阻断与体内活动性炎症的部位相关的炎性细胞(例如,单核细胞、巨噬细胞、T细
胞、B细胞、NK细胞、树突细胞)的迁移、活化或分化来施加抗炎信号。另外,相对于全长HRS多肽序列的某些突变或缺失(例如,HRS 1-506、HRS1-60)赋予增加的活性和/或改善的药理学
性质。某些示例性HRS多肽的序列在以下表H1中提供。
[0144]
[0145]
[0146]
[0147]
[0148]
[0149]
[0150]
[0151]
[0152]
[0153]
[0154]
[0155]
[0156]
[0157]
[0158] 因此,在某些实施例中,HRS多肽包括表H1中的哺乳动物HRS氨基酸序列(例如,SEQ ID NO:1-117)或其活性变体或片段,由其组成或基本由其组成。在一些实施例中,HRS多肽
包括由表H1中的人HRS氨基酸序列(例如,SEQ ID NO:1-109)或其活性变体或片段,由其组
成或基本由其组成。在一些实施例中,可表达多核苷酸编码HRS多肽,所述HRS多肽包括表H1
中的氨基酸序列(例如,SEQ ID NO:1-117)(例如,表H1中的人HRS序列SEQ ID NO:1-109)或
其活性变体或片段,由其组成或基本由其组成。
[0159] 如本文所述,HRS多肽可以以各种方式改变,包含氨基酸取代、缺失、截短、加入和插入。此些操作的方法通常是本领域已知的。例如,HRS参考多肽的氨基酸序列变体可以通
过DNA中的突变来制备。诱变和核苷酸序列改变的方法是本领域熟知的。参见例如Kunkel
(1985《,美国科学院院报(Proc.Natl.Acad.Sci.USA.)》,82:488-492),Kunkel等人,(1987,《酶学方法(Methods in Enzymol)》,154:367-382),美国专利第4,873,192号,Watson,J.D.
等人(《基因分子生物学(“Molecular Biology of the Gene”)》第四版,本杰明/卡明斯公
司,洛帕克,加利福尼亚州,1987)和其中引用的参考文献。关于不影响目标蛋白质的生物
活性的适当氨基酸取代的指导可以在Dayhoff等人(1978)《蛋白质序列和结构地图集
(Atlas of Protein Sequence and Structure)》(国家生物医学研究基金会,华盛顿特区)
的模型中找到。
[0160] 相对于参考HRS氨基酸残基,生物活性截短和/或变体HRS多肽可以在沿其序列的不同位置含有保守氨基酸取代。“保守氨基酸取代”是其中氨基酸残基被具有相似侧链的氨
基酸残基置换的氨基酸取代。本领域已经定义了具有相似侧链的氨基酸残基家族,其通常
可以如下进行细分:
[0161] 酸性:由于在生理pH下H离子的损失,残基具有负电荷,并且残基被水溶液吸引,以便当含有其的肽处于生理pH下的水性介质中时找到肽构象中的表面位置。具有酸性侧链的
氨基酸包含谷氨酸和天冬氨酸。
[0162] 碱性:由于在生理pH下或在其一个或两个pH单位内与H离子缔合,残基具有正电荷(例如,组氨酸),并且残基被水溶液吸引,以便当含有其的肽处于生理pH下的水性介质中时
找到肽构象中的表面位置。具有碱性侧链的氨基酸包含精氨酸、赖氨酸和组氨酸。
[0163] 带电荷:残基在生理pH下带电荷,因此包含具有酸性或碱性侧链的氨基酸(即谷氨酸、天冬氨酸、精氨酸、赖氨酸和组氨酸)。
[0164] 疏水性:残基在生理pH下不带电荷,并且残基被水溶液排斥,以便当含有其的肽处于水性介质中时找到肽构象中的内部位置。具有疏水性侧链的氨基酸包含酪氨酸、缬氨酸、
异亮氨酸、亮氨酸、蛋氨酸、苯丙氨酸和色氨酸。
[0165] 中性/极性:残基在生理pH下不带电荷,但残基未被水溶液充分排斥,使得其将在含有其的肽处于水性介质中时找到肽构象中的内部位置。具有中性/极性侧链的氨基酸包
含天冬酰胺、谷氨酰胺、半胱氨酸、组氨酸、丝氨酸和苏氨酸。
[0166] 本描述还将某些氨基酸表征为“小”,因为即使缺少极性基团,它们的侧链也不够大以赋予疏水性。除了脯氨酸外,“小”氨基酸是当侧链上有至少一个极性基团时具有四个
或更少碳的氨基酸以及当侧链上没有极性基团时具有三个或更少碳的氨基酸。具有小侧链
的氨基酸包含甘氨酸、丝氨酸、丙氨酸和苏氨酸。基因编码的二级氨基酸脯氨酸是一种特殊
情况,因为它对肽链的二级构象具有已知的作用。脯氨酸的结构与所有其它天然存在的氨
基酸的差异在于其侧链与α-氨基基团的氮以及α-碳键合。几种氨基酸相似性矩阵是本领域
已知的(参见例如如Dayhoff等人,1978,《蛋白质进化性变化的模型(A model of 
evolutionary change in proteins)》所公开的PAM120矩阵和PAM250矩阵)。然而,
M.O.Dayhoff(编辑)《蛋白质序列和结构地图集(Atlas of protein sequence and 
structure)》,第5卷,第345-358页,国家生物医学研究基金会,华盛顿特区中的;以及由
Gonnet等人《( 科学(Science)》,256:14430-1445,1992)提出的确定距离关系的矩阵将脯氨
酸包含在与甘氨酸、丝氨酸、丙氨酸和苏氨酸相同的组中。因此,脯氨酸被分类为“小”氨基
酸。
[0167] 分类为极性或非极性所需的吸引或排斥程度是任意的,因此,本发明具体考虑的氨基酸已被分类为其中一种或另一种。大多数未具体命名的氨基酸可以基于已知行为进行
分类。
[0168] 氨基酸残基可以进一步细分为相对于残基的侧链取代基团的环状或非环状和芳香族或非芳香族的不言自明的分类,并且细分为小残基或大残基。如果残基在存在另外的
极性取代基的情况下含有总共四个或更少的碳原子(包含羧基碳);在不存在另外的极性取
代基的情况下含有总共三个或更少的碳原子,则认为所述残基是小残基。当然,小残基总是
非芳香族的。取决于它们的结构性质,氨基酸残基可以分为两类或更多类。对于天然存在的
蛋白质氨基酸,根据本方案的细分在表A中给出。
[0169]
[0170] 保守氨基酸取代还包含基于侧链的分组。例如,具有脂肪族侧链的氨基酸组是甘氨酸、丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸。具有脂肪族-羟基侧链的氨基酸组是丝氨酸和苏
氨酸;具有含酰胺侧链的氨基酸组是天冬酰胺和谷氨酰胺;具有芳香族侧链的氨基酸组是
苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸;具有碱性侧链的氨基酸组是赖氨酸、精氨酸和组氨酸;具有含
硫侧链的氨基酸组是半胱氨酸和蛋氨酸。例如,合理地预期到,用异亮氨酸或缬氨酸置换亮
氨酸、用谷氨酸置换天冬氨酸、用丝氨酸置换苏氨酸或类似的用结构相关氨基酸置换氨基
酸不对所得变体多肽的性质的产生重大影响。如本文所述,氨基酸改变是否导致功能性截
短和/或变体HRS多肽可以通过测定其非典型活性容易地确定。保守取代示出在表B中的示
例性取代的标题下。通常,通过选择对其对维持以下方面的作用没有显著差异的取代来实
现落入本发明范围内的氨基酸取代:(a)取代区域中的肽骨架的结构,(b)分子在靶位点处
的电荷或疏水性,(c)侧链的大部分或(d)生物学功能。在引入取代后,针对生物活性筛选变
体。
[0171]
[0172] 可替代地,用于进行保守取代的类似氨基酸可以基于侧链的同一性分组为三类。第一组包含谷氨酸、天冬氨酸、精氨酸、赖氨酸、组氨酸,它们都具有带电荷的侧链;第二组
包含甘氨酸、丝氨酸、苏氨酸、半胱氨酸、酪氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺;第三组包含亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸、丙氨酸、脯氨酸、苯丙氨酸、色氨酸、蛋氨酸,如Zubay,G.,《生物化学
(Biochemistry)》第三版,温西.布朗出版社(1993)中所述。
[0173] 在一些实施例中,HRS多肽具有一个或多个半胱氨酸插入或取代,例如其中一个或多个非半胱氨酸残基被半胱氨酸残基取代(例如,以改变稳定性,以促进Fc片段的硫醇基缀
合,以促进PEG或其它分子的硫醇基附接)。在一些实施例中,一个或多个半胱氨酸取代在
HRS多肽的N-末端和/或C-末端附近,或HRS多肽的其它表面暴露区域附近。特定实施例包含
相对于HRS多肽的N-末端和/或C-末端的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、
18、19、20、21、22、23、24或25个氨基酸内的一个或多个残基被半胱氨酸残基取代的情况。在一些实施例中,可以通过产生N-末端或C-末端融合蛋白将半胱氨酸残基加入到HRS多肽。此
些融合蛋白可以具有任何长度,但长度通常为约1到5,或约5到10,约10到20,或约20到30个
氨基酸。
[0174] 半胱氨酸修饰的蛋白质的具体实例示出在表H2中,其基于HRS多肽HRS(1-60)。本方法可以应用于表H1的HRS多肽和本文描述的其它HRS多肽。
[0175]
[0176] 因此,在某些实施例中,HRS多肽包括表H2中的氨基酸序列(SEQ ID NO:118-120)或其活性变体或片段,由其组成或基本由其组成。在一些实施例中,可表达多核苷酸编码
HRS多肽,所述HRS多肽包括表H2中的氨基酸序列(例如,SEQ ID NO:118-120)或其活性变体
或片段,由其组成或基本由其组成。
[0177] 在一些实施例中,HRS多肽具有突变,其中内源或天然存在的半胱氨酸残基突变为替代氨基酸或缺失。在一些实施例中,将一个或多个半胱氨酸残基插入或取代到HRS多肽中
与消除其它表面暴露的反应性半胱氨酸残基组合。因此,在一些实施例中,HRS多肽包括在
Cys83、Cys174、Cys191、Cys196、Cys224、Cys235、Cys379、Cys455、Cys507和/或Cys509(如由SEQ ID NO:1限定)中的任何一个或多个处的一个或多个取代和/或缺失,例如以去除天然
存在的半胱氨酸残基(包含其组合)。
[0178] 具体实施例包含表H1的HRS多肽,其具有Cys83、Cys174、Cys191、Cys196、Cys224、Cys235、Cys379、Cys455中的任何一个或多个的突变或缺失,或Cys507和Cys509的缺失(例
如,通过C-末端3个氨基酸(Δ507-509)的缺失)。在这些位置处的示例性突变包含例如半胱
氨酸向丝氨酸、丙氨酸、亮氨酸、缬氨酸或甘氨酸的突变。在某些实施例中,具体半胱氨酸取
代的氨基酸残基可以选自在来自其它物种和生物体的HRS直向同源物中发现的天然存在的
取代。本类型的示例性取代在表H3中给出。
[0179]
[0180]
[0181] 在一些实施例中,被选择用于诱变的天然存在的半胱氨酸基于其表面暴露进行选择。因此,在一个方面,被选择用于取代的半胱氨酸残基选自Cys224、Cys235、Cys507和
Cys509。在一些实施例中,缺失SEQ ID NO:1的最后三个(C-末端)残基以便缺失残基507到
509。在一些实施例中,选择半胱氨酸用于突变或缺失,以消除分子内半胱氨酸对,例如
Cys174和Cys191。
[0182] 用于减少表面暴露的半胱氨酸残基的半胱氨酸突变/取代(以粗体下划线表示)的具体实例包含以下表H4中列出的那些。
[0183]
[0184]
[0185]
[0186] 因此,在某些实施例中,HRS多肽包括表H4中的氨基酸序列(SEQ ID NO:121-127)或其活性变体或片段,由其组成或基本由其组成。在一些实施例中,可表达多核苷酸编码
HRS多肽,所述HRS多肽包括表H4中的氨基酸序列(例如,SEQ ID NO:121-127)或其活性变体
或片段,由其组成或基本由其组成。
[0187] 在一些实施例中,此些半胱氨酸取代的突变体被修饰以在限定的表面暴露位置处工程化导入、插入或以其它方式引入新的表面暴露的半胱氨酸残基,其中引入的残基基本
上不干扰HRS多肽的非典型活性。具体实例包含例如在上述任何半胱氨酸减少的HRS多肽的
N-末端或C-末端处插入(或重新插回)另外的半胱氨酸残基。在一些实施例中,此些N-末端
或C-末端表面暴露的半胱氨酸的插入涉及将全长人HRS的最后1个、最后2个或最后3个天然
存在的C-末端氨基酸重新插入到HRS多肽的半胱氨酸减少的变体(例如,全部或部分序列
CIC(Cys Ile Cys)的重新插入)。示例性半胱氨酸减少的突变体包含例如残基Cys174、
Cys191、Cys224和Cys235的突变(或缺失)的任何组合,和/或Cys507和Cys509的缺失或取代
(基于表H1的任何HRS多肽中的全长人胞浆HRS(SEQ ID NO:1)的编号)。
[0188] 对于一些类型的与异源分子(例如,Fc区或PEG或其它异源分子)的位点特异性缀合或附接,HRS多肽可以具有一个或多个谷氨酰胺取代,其中一个或多个天然存在的(非谷
氨酰胺)残基被谷氨酰胺取代,例如以促进一个或多个分子与谷氨酰胺的酰胺基团的转谷
氨酰胺酶催化的分子附接。在一些实施例中,在HRS多肽的N-末端和/或C-末端附近引入谷
氨酰胺取代。特定实施例包含相对于HRS多肽的N-末端和/或C-末端的1、2、3、4、5、6、7、8、9、
10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个氨基酸内的一个或多个残基被谷氨酰胺残基取代的情况。如果需要,这些和相关的HRS多肽还可以包含取代(例如,保守取
代)以去除任何天然存在的谷氨酰胺残基,并从而调节位点特异性缀合或附接的程度。
[0189] 对于某些类型的与异源分子(例如,Fc区或PEG或其它异源分子)的位点特异性缀合或附接,HRS多肽可以具有一个或多个赖氨酸取代,其中一个或多个天然存在的(非赖氨
酸)残基被赖氨酸取代,例如以促进一个或多个分子与赖氨酸的氨基基团的基于酰化或烷
基化的附接。这些方法通常还导致一个或多个分子与N-末端残基附接。在一些实施例中,赖
氨酸取代位于HRS多肽的N-末端和/或C-末端附近。特定实施例包含对于HRS多肽的N-末端
和/或C-末端的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或
25个氨基酸内的一个或多个残基被赖氨酸残基取代的情况。如果需要,这些和相关的HRS多
肽还可以包含取代(例如,保守取代)以去除任何天然存在的赖氨酸残基,并从而调节位点
特异性缀合或附接的程度。
[0190] 还可以通过取代HRS多肽的一种或多种溶剂可及表面氨基酸来进行与HRS多肽的位点特异性缀合。例如,可以使用SPIDDER服务器(http://sppider.cchmc.org/),利用示例
性HRS多肽的公开晶体结构(参见Xu等人《,结构(Structure)》,20:1470-7,2012;和美国申
请第61/674,639号),基于预测的溶剂可及性确定合适的溶剂可及氨基酸。基于本分析,表
面上的几种氨基酸可能潜在地用作突变位点以引入适合缀合或附接的官能团。可以计算基
于晶体结构的氨基酸的表面可及性评分,其中评分越高表示可及性越好。在特定实施例中,
较高评分(例如,>40)是优选的。因此,在一些实施例中,可以使用具有大于40的表面可及性
评分的氨基酸位置来引入半胱氨酸、赖氨酸、谷氨酰胺或其它非天然存在的氨基酸。
[0191] 在特定实施例中,溶剂可及表面氨基酸选自由以下组成的组:丙氨酸、甘氨酸和丝氨酸,并且可以被天然存在的氨基酸取代,包含但不限于半胱氨酸、谷氨酰胺或赖氨酸、或
被优化用于位点特异性缀合或附接的非天然存在的氨基酸。
[0192] 某些实施例包含通过取代非天然存在的氨基酸的在任何氨基酸位置处的与HRS多肽的位点特异性缀合或附接,所述非天然存在的氨基酸包括将与附接到异源分子(例如,Fc
区或PEG或其它异源分子)的官能团形成共价键的官能团。非天然氨基酸可以例如在相对于
N-末端和/或C-末端的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、
23、24或25个氨基酸内的一个或多个残基处,在N-末端和/或C-末端处或在本文所述的HRS
多肽的溶剂可及表面氨基酸残基处插入或取代。
[0193] 在特定实施例中,非天然存在的氨基酸包含但不限于除了硒代半胱氨酸外的任何氨基酸、修饰的氨基酸或氨基酸类似物以及以下二十种遗传编码的α-氨基酸:丙氨酸、精氨
酸、天冬酰胺、天冬氨酸、半胱氨酸、谷氨酰胺、谷氨酸、甘氨酸、组氨酸、异亮氨酸、亮氨酸、赖氨酸、蛋氨酸、苯丙氨酸、脯氨酸、丝氨酸、苏氨酸、色氨酸、酪氨酸、缬氨酸。α-氨基酸的通用结构由下式示出:
[0194]
[0195] 非天然氨基酸通常是具有上式的任何结构,其中R基团是除了二十种天然氨基酸中使用的一个外的任何取代基。关于二十种天然氨基酸的结构,参见例如生物化学文本(例
如,L.Stryer所著的《生物化学(Biochemistry)》第3版,1988,弗里曼公司,纽约)。注意,本文公开的非天然氨基酸可以是除了上述二十种α-氨基酸外的天然存在的化合物。因为本文
公开的非天然氨基酸与天然氨基酸的差异通常在于侧链,所以非天然氨基酸与其它氨基酸
(例如,天然或非天然)形成酰胺键的方式与在天然存在的蛋白质中形成它们的方式相同。
然而,非天然氨基酸具有能使它们与天然氨基酸区分开的侧链基团。例如,上式中的R任选
地包括烷基、芳基、芳基卤、乙烯基卤、烷基卤、乙酰基、酮、氮丙啶、腈、硝基、卤化物、酰基、酮基、叠氮基、羟基、肼、氰基、卤代、酰肼、烯基、炔基、醚、硫醚、环氧化物、砜、酸、硼酸酯、硼烷、苯硼酸、硫醇、硒代、磺酰基、硼酸盐、硼酸酯、磷代、膦酰基、膦、杂环基、吡啶基、基、二苯甲酮、约束环(例如,环辛炔)、硫代酯、烯酮、亚胺、、酯、硫代酸、羟基胺、氨基、甲酸、α-酮甲酸、α或β不饱和酸和酰胺、乙醛酰胺或有机硅烷基团等或其任何组合。
[0196] 非天然氨基酸的具体实例包含但不限于对乙酰基-L-苯丙氨酸、O-甲基-L-酪氨酸、L-3-(2-萘基)丙氨酸、3-甲基-苯丙氨酸、O-4-烯丙基-L-酪氨酸、4-丙基-L-酪氨酸、三-
O-乙酰基-GlcNAcβ-丝氨酸、β-O-GlcNAc-L-丝氨酸、三-O-乙酰基-GalNAc-α-苏氨酸、α-
GalNAc-L-苏氨酸、L-多巴、氟化苯丙氨酸、异丙基-L-苯丙氨酸、对叠氮基-L-苯丙氨酸、对
酰基-L-苯丙氨酸、对苯甲酰-L-苯丙氨酸、L-磷酸丝氨酸、膦酰丝氨酸、膦酰酪氨酸、对碘苯
丙氨酸、对溴苯丙氨酸、对氨基-L-苯丙氨酸、异丙基-L-苯丙氨酸、以下或本文其它地方列
出的那些等。
[0197] 因此,可以选择包括与期望分子(例如,Fc区、PEG)的任何优选官能团形成共价键的官能团的非天然存在的氨基酸。一旦选择,非天然氨基酸可以从供应商购买或者化学合
成。任何数量的非天然氨基酸可以掺入靶分子中,并且可能根据待附接的期望分子的数量
而不同。分子可以附接到全部或仅一些非天然氨基酸。此外,取决于期望的结果,相同或不
同的非天然氨基酸可以掺入HRS多肽中。在某些实施例中,约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个非天然氨基酸掺入HRS多肽中,其中任何一个或全部可以与包括期望官能团的分子缀合。
[0198] 在某些方面,可以利用非天然氨基酸来修饰(例如,增加)HRS多肽的选定非典型活性,或改变蛋白质的体内或体外半衰期。如本文所述,也可以使用非天然氨基酸来促进HRS
多肽的(选择性)化学修饰(例如,聚乙二醇化)。例如,某些非天然氨基酸允许聚合物(例如,
Fc区或PEG)选择性附接到给定蛋白质,并从而改善其药代动力学性质。
[0199] 氨基酸类似物和模拟物的具体实例可见于例如Roberts和Vellaccio,《多肽:分析、合成、生物学(The Peptides:Analysis,Synthesis,Biology)》,Gross和Meinhofer编
辑,第5卷,第341页,学术出版社公司,纽约,纽约州(1983),其整卷内容通过引用并入本文。
其它实例包含全烷基化氨基酸,特别是全甲基化氨基酸。参见例如《组合化学
(Combinatorial Chemistry)》,Wilson和Czarnik编辑,第11章,第235页,约翰威利父子公
司,纽约,纽约州(1997),其整本书内容通过引用并入本文。另外的实例包含酰胺部分(因
此,所得肽的酰胺骨架)已经被例如糖环、类固醇、苯二氮或碳环置换的氨基酸。参见例如
《博格氏药物化学和药物发现化疗药物(Burger's Medicinal Chemistry and Drug 
Discovery)》,Manfred E.Wolff编辑,第15章,第619-620页,约翰威利父子公司,纽约,纽约州(1995),其整本书内容通过引用并入本文。用于合成肽、多肽、肽模拟物和蛋白质的方法
是本领域熟知的(参见例如美国专利第5,420,109号;M.Bodanzsky,《多肽合成原理
(Principles of Peptide Synthesis)》(第1版和第2修订版),施普林格出版社,纽约,纽约
州(1984和1993),见第7章;Stewart和Young,《固相肽合成(Solid Phase Peptide 
Synthesis)》(第2版),皮尔斯化学公司,罗克福德,伊利诺伊州(1984),其中每一个都通过
引用并入本文)。因此,HRS多肽可以由天然存在的和非天然存在的氨基酸以及氨基酸类似
物和模拟物构成。
[0200] 在某些实施例中,HRS多肽包括能够在体内调节抗炎活性或具有抗体或自身反应性T细胞阻断活性的全长HRS多肽的最小活性片段,由其组成或基本由其组成。在一些实施
例中,此最小活性片段包括WHEP结构域(例如,SEQ ID NO:1的约氨基酸1-43)或其活性变体
或片段,由其组成或基本由其组成。在一些方面,最小活性片段包括氨酰化结构域(例如,
SEQ ID NO:1的约氨基酸54-398)或其活性变体或片段,由其组成或基本由其组成。在一些
方面,最小活性片段包括反密码子结合结构域(例如,SEQ ID NO:1的约氨基酸406-501)或
其活性变体或片段,由其组成或基本由其组成。
[0201] 在某些实施例中,HRS多肽的长度为约、至少约和/或至多约20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、
51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、
76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、
110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、
300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、470、480、
490、500、501、502、503、504、505、506、507、508或509个氨基酸(包含其间的所有整数范围),并且包括表H1、表H2或表H4中的氨基酸序列,由其组成或基本由其组成。
[0202] 在某些实施例中,HRS多肽具有至少一种非典型活性,例如抗炎活性或与来自患有与组氨酰-tRNA合成酶的自身抗体(例如,Jo-1抗体)相关的疾病的受试者的自身抗体或自
身反应性T细胞的交叉反应性。在本领域中已经很好地建立了用于确定抗炎活性的测定(包
含所基于的体外细胞的细胞因子释放的常规测量)和动物研究(参见例如Wittmann等人,
可视化实验杂志(J Vis Exp)》,(65):e4203.doi:10.3791/4203,2012;Feldman等人,《分
子细胞(Mol Cell)》,47:585-95,2012;Clutterbuck等人,《蛋白质组学杂志(J 
Proteomics)》,74:704-15,2011,Giddings和Maitra,《生物分子筛选杂志(J Biomol 
Screen)》,15:1204-10,2010;Wijnhoven等人,《糖缀合物杂志(Glycoconj J)》,25:177-85,
2008;和Frow等人,《医学研究综述(Med Res Rev)》,24:276-98,2004),并且它们可以容易
地用于分析和优化抗炎活性。在所附实例中还描述了一种示例性体内实验系统。
[0203] 在一些实施例中,HRS多肽在竞争性ELISA中未显著地竞争疾病相关的自身抗体(例如,Jo-1抗体)与野生型组氨酰-tRNA合成酶的结合,直至浓度为约1到5x 10-7M或更高。
因此,在一些实施例中,HRS多肽对疾病相关的自身抗体的亲和力低于对野生型组氨酰-
tRNA合成酶(SEQ ID NO:1)的亲和力,如在竞争性ELISA中所测量。在一些实施例中,HRS多
肽对于疾病相关的自身抗体(例如,Jo-1抗体)具有表观亲和力,其相较于疾病相关的野生
型人自身抗体(SEQ ID NO:1)的亲和力至少低约10倍、或至少约20倍、或至少约50倍、或至
少约100倍。
[0204] 应当理解,在任何HRS多肽中,可以缺失HRS多肽的N-末端酸(例如,N-末端Met)。
[0205] 在其它实施例中,还包含HRS多肽与其它(非HARS)蛋白(例如,异源蛋白或多肽)的融合蛋白,并且这些融合蛋白可以调节HRS多肽的生物活性、分泌、抗原性、靶向性、生物学
寿命、穿透细胞膜的能力、或血脑屏障、或药代动力学性质。改善药代动力学性质的融合蛋
白(“PK修饰剂”)的实例包含但不限于与人白蛋白的融合体(Osborn等人《:欧洲药理学杂志
(Eur.J.Pharmacol.)》,456(1-3):149-158,(2002))、抗体Fc结构域、聚Glu或聚Asp序列和
蛋白。另外,与由氨基酸Pro、Ala和Ser('PAS化')或羟乙基淀粉(以商标
出售)构成的构象无序多肽序列的融合提供了一种增加HRS多肽的流体力
学体积的简单方式。本另外的延伸采用庞大的随机结构,其显著增加了所得融合蛋白的大
小。通过本方式,较小的HRS多肽经由肾过滤的通常快速的清除被延迟几个数量级。此外,还
已示出了Ig G融合蛋白使一些融合蛋白蛋白能够穿透血脑屏障的用途(Fu等人,(2010),
《大脑研究(Brain Res)》,1352:208-13)。
[0206] 调节HRS多肽的抗原性或免疫调节性质的融合蛋白的实例包含与T细胞结合配体的融合体,包含例如MHC I类和II类蛋白、b-2微球蛋白、LFA-3的部分、重链的Fc区的部分及
其缀合物和衍生物;此些融合蛋白的实例描述于例如EP 1 964 854、美国专利第5,468,481
号;第5,130,297号;第5,635,363号;第6,451,314号和US 2009/0280135中。
[0207] 另外,在一些实施例中,HRS多肽可以包含衍生自其它充分表征的分泌蛋白的合成或天然存在的分泌信号序列。在一些实施例中,此些蛋白质可通过蛋白水解切割加工以原
位形成HRS多肽。在一些实施例中,HRS多肽可以包括异源蛋白水解切割位点,以使得能够在
细胞内或细胞外位置原位表达和产生HRS多肽。其它融合蛋白还可以包含例如HRS多肽与泛
素蛋白的融合体,以提供新的N-末端氨基酸,或使用分泌信号来介导HRS多肽高水平分泌到
细胞外介质中,或提供N-末端或C-末端表位标签以改善纯化或检测,与细胞穿透肽的融合

[0208] 在某些方面,可以利用非天然氨基酸来修饰(例如,增加)HRS多肽的选定非典型活性,或改变蛋白质的体内或体外半衰期。如本文其它地方所述,非天然氨基酸也可以用于促
进HRS蛋白的(选择性)化学修饰(例如,聚乙二醇化)。例如,某些非天然氨基酸允许聚合物
(例如,PEG)选择性附接到给定蛋白质,并从而改善其药代动力学性质。
[0209] 某些实施例包含HRS-Fc缀合物,其包括与一个或多个HRS多肽共价附接的至少一个Fc区。HRS-Fc缀合物的实例包含融合蛋白和各种形式的化学交联蛋白。可以在HRS-Fc缀
合物中采用多种Fc区序列,包含来自任何数量的物种的野生型序列以及其变体、片段、杂交
体和化学修饰形式。HRS-Fc多肽还可以(任选地)包括一个或多个连接子,其通常将Fc区与
HRS多肽分开,包含肽连接子和化学连接子,如本文所述和本领域已知。应当理解,在任何这
些HRS-Fc缀合物中,HRS多肽的天然N末端或C末端氨基酸或Fc结构域中的天然N或C氨基酸
可以被缺失和/或用非天然氨基酸置换,例如以促进表达和/或克隆或以用作两种蛋白质之
间的连接子序列。
[0210] 相对于未缀合或未修饰的HRS多肽(例如,没有附接到其的Fc区的相同或相似序列的相应HRS多肽),HRS-Fc缀合物多肽可以提供多种优势。仅仅作为说明,相对于具有相同或
相似序列的未修饰的HRS多肽,例如通过提供Fc区相关的效应子功能(例如,经典补体级联
的活化,经由Fc受体(FcR)与免疫效应细胞的相互作用,免疫球蛋白的区室化)、细胞摄取、
细胞内转运、组织分布和/或生物利用度,一个或多个Fc区的共价附接可以改变(例如,增
加、降低)HRS多肽的溶解度、半衰期(例如,在血清中,在选定组织中,在储存条件下(例如,
在室温下或冷藏下)的试管中)、二聚化或多聚化性质、一种或多种生物活性。在某些方面,
Fc区可以赋予与补体依赖性细胞毒性(CDC)、抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)和/或
抗体依赖性细胞介导的吞噬作用(ADCP)相关的效应子功能,其被认为是在清除特异性靶细
胞(例如,肿瘤细胞和感染细胞)中起作用。
[0211] 某些实施例采用HRS-Fc融合蛋白。“融合蛋白”在本文其它地方定义并且是本领域公知的,制备融合蛋白的方法也是如此(关于与Fc融合蛋白有关的一般公开内容和方法,参
见例如美国专利第5,116,964号;第5,428,130号;第5,455,165号;第5,514,582号;第6,
406,697号;第6,291,212号;和第6,300,099号)。在HRS-Fc融合蛋白中,Fc区可以与HRS多肽
的N-末端、C-末端或两者融合。在一些实施例中,一个或多个Fc区可以例如通过将Fc区置于
第一HRS序列(例如,结构域)和第二HRS序列(例如,结构域)之间而相对于HRS序列在内部融
合,其中第一HRS序列与Fc区的N末端融合,并且第二HRS序列与Fc区的C末端融合。在具体实
施例中,第一和第二HRS序列是相同的。在其它实施例中,第一和第二HRS序列是不同的(例
如,它们包含HRS多肽的不同功能结构域)。某些HRS-Fc融合蛋白还可以包含另外的异源蛋
白质序列,即非Fc区和非HRS多肽序列。
[0212] 术语“HRS-Fc”可以表示但并不一定表示Fc区与HRS多肽的N-末端或C-末端附接。例如,在某些情况下,术语“Fc-HRS”表示Fc区与HRS多肽的N末端的融合,并且术语“HRS-Fc”表示Fc区与HRS多肽的C末端的融合。然而,任一术语可以更一般地用于指任何融合蛋白或
Fc区和HRS多肽的缀合物。
[0213] 在一些实施例中,HRS-Fc融合蛋白可以包含与单个Fc结构域偶联的HRS多肽的串联重复拷贝,其任选地由连接子肽分开。表H5中提供了示例性串联重复的HRS-Fc融合蛋白。
实例中示出了具体的串联重复的HRS-Fc缀合物的制备和序列。
[0214]
[0215]
[0216] 某些实施例涉及HRS-Fc缀合物,其中例如一个或多个Fc区与HRS多肽化学缀合或交联。在这些和相关方面,Fc区可以在N-末端区(例如,在前大约10、20、30、40、50、60、70、
80、90、100个氨基酸内)、内部区(在N-末端区和C-末端区之间)和/或C-末端区(例如,在最
后大约10、20、30、40、50、60、70、80、90、100个氨基酸内)与HRS多肽缀合。多肽可以根据本领域的各种常规技术与其它多肽缀合或交联。例如,某些技术采用羧基反应性碳二亚胺交联
剂EDC(或EDAC),其经由D、E和C-末端羧基基团共价附接。其它技术采用活化的EDC,其经由K
和N-末端氨基基团共价附接)。另外的其它技术采用间-马来酰亚胺基苯甲酰基-N-羟基琥
珀酰亚胺酯(MBS)或硫代MBS,其经由半胱氨酸残基的硫醇基团共价附接(关于可以用于硫
醇缀合的半胱氨酸工程化改造的Ig区,还参见美国申请第2007/0092940号)。此些交联蛋白
还可以包括连接子,包含可切割的或以其它方式可释放的连接子(例如,酶促可切割的连接
子、可水解的连接子)和不可切割的连接子(即生理学稳定的连接子)。某些实施例可以采用
非肽聚合物(例如,PEG聚合物;HRS-N-PEG-N-Fc缀合物)作为Fc区和HRS多肽之间的交联剂,
如例如在美国申请第2006/0269553号中所描述。关于Fc区缀合位点的示例性描述,还参见
美国申请第2007/0269369号。
[0217] 在下文更详细讨论的某些实施例中,可以采用变体或以其它方式修饰的Fc区,包含相对于野生型Fc区具有改变的性质或生物活性的那些。修饰的Fc区的实例包含相对于野
生型序列例如通过取代、插入、缺失或截短一个或多个氨基酸而具有突变序列的那些,由来
自不同免疫球蛋白类/亚类的结构域构成的杂交Fc多肽,具有改变的糖基化/唾液酸化模式
的Fc多肽,和例如通过生物素化(参见例如美国申请第2010/0209424号)、磷酸化、硫酸化等
而修饰或衍生的Fc多肽,或前述的任何组合。此些修饰可以用于相对于相应的野生型Fc序
列改变(例如,增加、降低)Fc区与一种或多种特定FcR(例如,FcγRI、FcγRIIa、FcγRIIb、
FcγRIIc、FcγRIIIa、FcγRIIIb、FcRn)的结合性质、其药代动力学性质(例如,稳定性或半
衰期、生物利用度、组织分布、分布容积、浓度、消除速率常数、消除速率、曲线下面积(AUC)、清除率、Cmax、tmax、Cmin、波动)、其免疫原性、补体固定或活化和/或Fc区的CDC/ADCC/ADCP相关活性以及本文所述的其它性质。
[0218] 本文提供的HRS-Fc缀合物的“Fc区”通常衍生自免疫球蛋白(Ig)分子的重链。典型的Ig分子由两条重链和两条轻链构成。重链可以分为至少三个功能区:Fd区、Fc区(片段可
结晶区)和铰链区,后者仅在IgG、IgA和IgD免疫球蛋白中发现。Fd区包括重链的可变(VH)和
恒定(CH1)结构域,并且与轻链的可变(VL)和恒定(CL)结构域一起形成抗原结合片段或Fab
区。
[0219] IgG、IgA和IgD免疫球蛋白的Fc区包括重链恒定结构域2和3,其被分别指定为CH2和CH3区;并且IgE和IgM免疫球蛋白的Fc区包括重链恒定结构域2、3和4,其被分别指定为
CH2、CH3和CH4区。Fc区主要负责免疫球蛋白效应子功能,其包含例如补体固定和与效应细胞
的同源Fc受体的结合。
[0220] 铰链区(在IgG、IgA和IgD中发现)充当柔性间隔子,其允许Fab部分相对于Fc区在空间中自由移动。与恒定区相反,铰链区在结构上是多样的,在各个免疫球蛋白类和亚类中
序列和长度都有所不同。铰链区还可以含有一个或多个糖基化位点,其包含多种结构上不
同类型的碳水化合物附接位点。例如,IgA1在铰链区的17氨基酸节段内含有五个糖基化位
点,从而赋予显著的铰链区多肽对肠蛋白酶的抗性。CH2结构域的铰链近端区中的残基也可
以影响免疫球蛋白与其相应的Fc受体之间相互作用的特异性(参见例如Shin等人,《免疫学
内部综述(Intern.Rev.Immunol.)》,10:177-186,1993)。
[0221] 因此,如本文使用的术语“Fc区”或“Fc片段”或“Fc”是指含有来自一种或多种选定免疫球蛋白(包含其片段和变体及其组合)的一个或多个CH2区、CH3区和/或CH4区的蛋白质。“Fc区”还可以包含免疫球蛋白的重链恒定区的一个或多个铰链区。在某些实施例中,Fc区
不含有免疫球蛋白的一个或多个CH1、CL、VL和/或VH区。
[0222] Fc区可以衍生自任何一种或多种免疫球蛋白类(包含但不限于IgA、IgD、IgE、IgG、IgM,包含其亚类及组合)的CH2区、CH3区、CH4区和/或铰链区。在一些实施例中,Fc区衍生自
IgA免疫球蛋白,包含IgA1和/或IgA2亚类。在某些实施例中,Fc区衍生自IgD免疫球蛋白。在
特定实施例中,Fc区衍生自IgE免疫球蛋白。在一些实施例中,Fc区衍生自IgG免疫球蛋白,
包含IgG1、IgG2、IgG2、IgG3和/或IgG4亚类。在某些实施例中,Fc区衍生自IgM免疫球蛋白。
[0223] 某些Fc区表现出对于一种或多种Fc受体(FcR)的特异性结合。Fc受体类的实例包含Fcγ受体(FcγR)、Fcα受体(FcαR)、Fcε受体(FcεR)和新生儿Fc受体(FcRn)。例如,相对于FcαR、FcεR和/或FcRn,某些Fc区与一种或多种FcγR的结合(或对其的亲和力)增加。在一些
实施例中,相对于FcγR、FcεR和/或FcRn中的一种或多种,Fc区与FcαR的结合增加。在其它
实施例中,相对于FcγR、FcαR和/或FcRn中的一种或多种,Fc区与FcεR(例如,FcαRI)的结合增加。在特定实施例中,相对于FcγR、FcαR和/或FcεR中的一种或多种,Fc区与FcRn的结合
增加。在某些实施例中,相对于其与一种或多种不同FcR的结合(或亲和力),Fc区与一种或
多种选定FcR的结合(或亲和力)增加,通常增加约1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5
倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、25倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍、100倍、200倍、300倍、400倍、500倍、600倍、700倍、800倍、900倍、1000倍或更多倍(包含其间的所有整数)。
[0224] FcγR的实例包含FcγRI、FcγRIIa、FcγRIIb、FcγRIIc、FcγRIIIa和FcγRIIIb。FcγRI(CD64)在巨噬细胞和树突细胞上表达,并且在吞噬作用、呼吸爆发、细胞因子
刺激和树突细胞内吞转运中起作用。FcγRI的表达被GM-CSF和γ-干扰素(γ-IFN)上调,并
且被白细胞介素-4(IL-4)下调。FcγRIIa在多形核白细胞(PMN)、巨噬细胞、树突细胞和肥
大细胞上表达。FcγRIIa在吞噬作用、呼吸爆发和细胞因子刺激中起作用。FcγRIIa的表达
被GM-CSF和γ-IFN上调,并且被IL-4降低。FcγIIb在B细胞、PMN、巨噬细胞和肥大细胞上表
达。FcγIIb抑制基于免疫受体酪氨酸的活化基序(ITAM)介导的反应,并且因此是抑制性受
体。FcγRIIc的表达被静脉内免疫球蛋白(IVIG)和IL-4上调,并且被γ-IFN降低。FcγRIIc
在NK细胞上表达。FcγRIIIa在天然杀伤(NK)细胞、巨噬细胞、肥大细胞和血小板上表达。本
受体参与吞噬作用、呼吸爆发、细胞因子刺激、血小板聚集和脱粒以及NK介导的ADCC。Fcγ
RIII的表达被C5a、TGF-β和γ-IFN上调,并且被IL-4下调。FcγRIIIb是在PMN上表达的GPI
连接受体。
[0225] 相对于FcγRIIa、FcγRIIb、FcγRIIc、FcγRIIIa和/或FcγRIIIb,某些Fc区与FcγRI的结合增加。相对于FcγRI、FcγRIIb、FcγRIIc、FcγRIIIa和/或FcγRIIIb,一些实
施例与FcγRIIa的结合增加。相对于FcγRI、FcγRIIa、FcγRIIc、FcγRIIIa和/或Fcγ
RIIIb,特定Fc区与FcγRIIb的结合增加。相对于FcγRI、FcγRIIa、FcγRIIb、FcγRIIIa
和/或FcγRIIIb,某些Fc区与FcγRIIc的结合增加。相对于FcγRI、FcγRIIa、FcγRIIb、Fc
γRIIc和/或FcγRIIIb,一些Fc区与FcγRIIIa的结合增加。相对于FcγRI、FcγRIIa、Fcγ
RIIb、FcγRIIc和/或FcγRIIIa,具体Fc区与FcγRIIIb的结合增加。
[0226] FcαR包含FcαRI(CD89)。FcαRI在嗜中性粒细胞、嗜酸性粒细胞、单核细胞、某些巨噬细胞(例如,库普弗细胞)和某些树突细胞的表面上找到。FcαRI由两个胞外Ig样结构域构
成,是免疫球蛋白超家族和多链免疫识别受体(MIRR)家族的成员,并且通过与两个FcRγ信
号转导链缔合而进行信号转导。
[0227] FcεR包含FcεRI和FcεRII。高亲和力受体FcεRI是免疫球蛋白超家族的成员,在表皮朗格汉斯细胞、嗜酸性粒细胞、肥大细胞和嗜碱性粒细胞上表达,并且在控制过敏反应中
起主要作用。FcεRI也在抗原呈递细胞上表达,并且调节促炎细胞因子的产生。低亲和力受
体FcεRII(CD23)是C型凝集素,其可以作为膜结合或可溶性受体起作用。FcεRII调节B细胞
生长和分化,并且阻断嗜酸性粒细胞、单核细胞和嗜碱性粒细胞的IgE结合。相对于FcεRII,
某些Fc区与FcεRI的结合增加。相对于FcεRI,其它Fc区与FcεRII的结合增加。
[0228] 以下表H6总结了某些FcR的特性。
[0229]
[0230]
[0231] Fc区可以衍生自任何动物(包含脊椎动物,例如哺乳动物,诸如、山羊、猪、狗、小鼠、兔、仓鼠、大鼠、豚鼠、非人灵长类动物和人)的免疫球蛋白分子。来自示例性野生型人
IgA1、IgA2、IgD、IgE、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4和IgM免疫球蛋白的CH2、CH3、CH4和铰链区的氨基酸序列示出于表H7中。
[0232]
[0233]
[0234]
[0235] 因此,HRS-Fc缀合物的Fc区可以包括表H7的一个或多个人Fc区氨基酸序列(包含其变体、片段、同源物、直向同源物、横向同源物及组合),由其组成或基本由其组成。某些说明性实施例包括长度在约20-50、20-100、20-150、20-200、20-250、20-300、20-400、50-100、
50-150、50-200、50-250、50-300、50-400、100-150、100-200、100-250、100-300、100-350、
100-400、200-250、200-300、200-350或200-400个氨基酸的尺寸范围内的Fc区,并且任选地
包括表H7中的任何一个或多个序列,由其组成或基本由其组成。某些实施例包括至多约50、
60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、
300、350、400或更多个氨基酸的Fc区,其任选地包括表H7的任何一个或多个氨基酸序列,由
其组成或基本由其组成。
[0236] 某些Fc区包括表H7的人IgA1序列(从N-末端向C-末端读取的任何顺序,包含其组合及其变体和片段),由其组成或基本由其组成。某些Fc区包括表H7的人IgA1序列,由其组
成或基本由其组成。某些Fc区包括表H7的人IgA1序列,由其组成或基本由其组成。某些Fc区
包括表H7的人IgA1序列,由其组成或基本由其组成。
[0237] 一些Fc区包括表H7的人IgA2序列(从N-末端向C-末端读取的任何顺序,包含其组合及其变体和片段),由其组成或基本由其组成。某些Fc区包括表H7的人IgA2序列,由其组
成或基本由其组成。某些Fc区包括表H7的人IgA2序列,由其组成或基本由其组成。某些Fc区
包括表H7的人IgA2序列,由其组成或基本由其组成。
[0238] 某些Fc区包括表H7的人IgD序列(从N-末端向C-末端读取的任何顺序,包含其组合以及这些序列和组合的变体和片段),由其组成或基本由其组成。某些Fc区包括表H7的人
IgE序列(从N-末端向C-末端读取的任何顺序,包含其组合以及这些序列和组合的变体和片
段),由其组成或基本由其组成。某些Fc区包括表H7的人IgG1序列(从N-末端向C-末端读取
的任何顺序,包含其组合以及这些序列和组合的变体和片段),由其组成或基本由其组成。
某些Fc区包括表H7的人IgG2序列(从N-末端向C-末端读取的任何顺序,包含其组合),由其
组成或基本由其组成。某些Fc区包括表H7的人IgG3序列(从N-末端向C-末端读取的任何顺
序,包含其组合),由其组成或基本由其组成。某些Fc区包括表H7的人IgG4序列(从N-末端向
C-末端读取的任何顺序,包含其组合),由其组成或基本由其组成。某些Fc区包括表H7的人
IgM序列(从N-末端向C-末端读取的任何顺序,包含其组合以及这些序列和组合的变体和片
段),由其组成或基本由其组成。
[0239] 示例性HRS-Fc融合缀合物在以下表H8中提供。
[0240]
[0241]
[0242]
[0243] 因此,在某些实施例中,HRS多肽与Fc区融合或以其它方式缀合,并且包括表H8中的氨基酸序列(SEQ ID NO:157-172)或其活性变体或片段,由其组成或基本由其组成。在一
些实施例中,可表达多核苷酸编码HRS多肽,所述HRS多肽包括表H8中的氨基酸序列(例如,
SEQ ID NO:157-172)或其活性变体或片段,由其组成或基本由其组成。
[0244] 如上所述,某些实施例采用本文所述和本领域已知的Fc区的变体、片段、杂交体和/或其它修饰形式。包含相对于参考序列(例如,表H7或表H8的任何一个或多个参考序列)
具有一个或多个氨基酸取代、插入、缺失和/或截短的变体。多肽和多核苷酸变体在本文其
它地方描述。
[0245] 还包含杂交Fc区,例如包括来自不同物种、不同Ig类和/或不同Ig亚类的免疫球蛋白的Fc结构域(例如,铰链、CH2、CH3、CH4)的组合的Fc区。一般实例包含杂交Fc区,其包括
CH2/CH3结构域的以下组合,由其组成或基本由其组成:IgA1/IgA1、IgA1/IgA2、IgA1/IgD、
IgA1/IgE、IgA1/IgG1、IgA1/IgG2、IgA1/IgG3、IgA1/IgG4、IgA1/IgM、IgA2/IgA1、IgA2/
IgA2、IgA2/IgD、IgA2/IgE、IgA2/IgG1、IgA2/IgG2、IgA2/IgG3、IgA2/IgG4、IgA2/IgM、IgD/IgA1、IgD/IgA2、IgD/IgD、IgD/IgE、IgD/IgG1、IgD/IgG2、IgD/IgG3、IgD/IgG4、IgD/IgM、IgE/IgA1、IgE/IgA2、IgE/IgD、IgE/IgE、IgE/IgG1、IgE/IgG2、IgE/IgG3、IgE/IgG4、IgE/
IgM、IgG1/IgA1、IgG1/IgA2、IgG1/IgD、IgG1/IgE、IgG1/IgG1、IgG1/IgG2、IgG1/IgG3、IgG1/IgG4、IgG1/IgM、IgG2/IgA1、IgG2/IgA2、IgG2/IgD、IgG2/IgE、IgG2/IgG1、IgG2/IgG2、IgG2/IgG3、IgG2/IgG4、IgG2/IgM、IgG3/IgA1、IgG3/IgA2、IgG3/IgD、IgG3/IgE、IgG3/IgG1、IgG3/IgG2、IgG3/IgG3、IgG3/IgG4、IgG3/IgM、IgG4/IgA1、IgG4/IgA2、IgG4/IgD、IgG4/IgE、IgG4/IgG1、IgG4/IgG2、IgG4/IgG3、IgG4/IgG4、IgG4/IgM、IgM/IgA1、IgM/IgA2、IgM/IgD、IgM/
IgE、IgM/IgG1、IgM/IgG2、IgM/IgG3、IgM/IgG4、IgM/IgM(或其片段或变体),并且任选地包
含来自IgA1、IgA2、IgD、IgG1、IgG2、IgG3或IgG4中的一种或多种的铰链和/或来自IgE和/或
IgM的CH4结构域。在具体实施例中,铰链、CH2、CH3和CH4结构域来自人Ig。
[0246] 另外的实例包含杂交Fc区,其包括CH2/CH4结构域的以下组合,由其组成或基本由其组成:IgA1/IgE、IgA2/IgE、IgD/IgE、IgE/IgE、IgG1/IgE、IgG2/IgE、IgG3/IgE、IgG4/IgE、IgM/IgE、IgA1/IgM、IgA2/IgM、IgD/IgM、IgE/IgM、IgG1/IgM、IgG2/IgM、IgG3/IgM、IgG4/
IgM、IgM/IgM(或其片段或变体),并任选地包含来自IgA1、IgA2、IgD、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4中的一种或多种的铰链和/或来自IgA1、IgA2、IgD、IgE、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4或IgM中的一种或多种的CH3结构域。在具体实施例中,铰链、CH2、CH3和CH4结构域来自人Ig。
[0247] 某些实例包含杂交Fc区,其包括CH3/CH4结构域的以下组合,由其组成或基本由其组成:IgA1/IgE、IgA2/IgE、IgD/IgE、IgE/IgE、IgG1/IgE、IgG2/IgE、IgG3/IgE、IgG4/IgE、IgM/IgE、IgA1/IgM、IgA2/IgM、IgD/IgM、IgE/IgM、IgG1/IgM、IgG2/IgM、IgG3/IgM、IgG4/
IgM、IgM/IgM(或其片段或变体),并且任选地包含来自IgA1、IgA2、IgD、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4中的一种或多种的铰链和/或来自IgA1、IgA2、IgD、IgE、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4或IgM中的一种或多种的CH2结构域。在具体实施例中,铰链、CH2、CH3和CH4结构域来自人Ig。
[0248] 特定实例包含杂交Fc区,其包括铰链/CH2结构域的以下组合,由其组成或基本由其组成:IgA1/IgA1、IgA1/IgA2、IgA1/IgD、IgA1/IgE、IgA1/IgG1、IgA1/IgG2、IgA1/IgG3、IgA1/IgG4、IgA1/IgM、IgA2/IgA1、IgA2/IgA2、IgA2/IgD、IgA2/IgE、IgA2/IgG1、IgA2/IgG2、IgA2/IgG3、IgA2/IgG4、IgA2/IgM、IgD/IgA1、IgD/IgA2、IgD/IgD、IgD/IgE、IgD/IgG1、IgD/IgG2、IgD/IgG3、IgD/IgG4、IgD/IgM、IgG1/IgA1、IgG1/IgA2、IgG1/IgD、IgG1/IgE、IgG1/
IgG1、IgG1/IgG2、IgG1/IgG3、IgG1/IgG4、IgG1/IgM、IgG2/IgA1、IgG2/IgA2、IgG2/IgD、
IgG2/IgE、IgG2/IgG1、IgG2/IgG2、IgG2/IgG3、IgG2/IgG4、IgG2/IgM、IgG3/IgA1、IgG3/
IgA2、IgG3/IgD、IgG3/IgE、IgG3/IgG1、IgG3/IgG2、IgG3/IgG3、IgG3/IgG4、IgG3/IgM、IgG4/IgA1、IgG4/IgA2、IgG4/IgD、IgG4/IgE、IgG4/IgG1、IgG4/IgG2、IgG4/IgG3、IgG4/IgG4、
IgG4/IgM(或其片段或变体),并且任选地包含来自IgA1、IgA2、IgD、IgE、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4或IgM中的一种或多种的CH3结构域和/或来自IgE和/或IgM的CH4结构域。在具体实施例
中,铰链、CH2、CH3和CH4结构域来自人Ig。
[0249] 某些实例包含杂交Fc区,其包括铰链/CH3结构域的以下组合,由其组成或基本由其组成:IgA1/IgA1、IgA1/IgA2、IgA1/IgD、IgA1/IgE、IgA1/IgG1、IgA1/IgG2、IgA1/IgG3、IgA1/IgG4、IgA1/IgM、IgA2/IgA1、IgA2/IgA2、IgA2/IgD、IgA2/IgE、IgA2/IgG1、IgA2/IgG2、IgA2/IgG3、IgA2/IgG4、IgA2/IgM、IgD/IgA1、IgD/IgA2、IgD/IgD、IgD/IgE、IgD/IgG1、IgD/IgG2、IgD/IgG3、IgD/IgG4、IgD/IgM、IgG1/IgA1、IgG1/IgA2、IgG1/IgD、IgG1/IgE、IgG1/
IgG1、IgG1/IgG2、IgG1/IgG3、IgG1/IgG4、IgG1/IgM、IgG2/IgA1、IgG2/IgA2、IgG2/IgD、
IgG2/IgE、IgG2/IgG1、IgG2/IgG2、IgG2/IgG3、IgG2/IgG4、IgG2/IgM、IgG3/IgA1、IgG3/
IgA2、IgG3/IgD、IgG3/IgE、IgG3/IgG1、IgG3/IgG2、IgG3/IgG3、IgG3/IgG4、IgG3/IgM、IgG4/IgA1、IgG4/IgA2、IgG4/IgD、IgG4/IgE、IgG4/IgG1、IgG4/IgG2、IgG4/IgG3、IgG4/IgG4、
IgG4/IgM(或其片段或变体),并且任选地包含来自IgA1、IgA2、IgD、IgE、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4或IgM中的一种或多种的CH2结构域和/或来自IgE和/或IgM的CH4结构域。在具体实施例
中,铰链、CH2、CH3和CH4结构域来自人Ig。
[0250] 一些实例包含杂交Fc区,其包括铰链/CH4结构域的以下组合,由其组成或基本由其组成:IgA1/IgE、IgA1/IgM、IgA2/IgE、IgA2/IgM、IgD/IgE、IgD/IgM、IgG1/IgE、IgG1/IgM、IgG2/IgE、IgG2/IgM、IgG3/IgE、IgG3/IgM、IgG4/IgE、IgG4/IgM(或其片段或变体),并且任
选地包含来自IgA1、IgA2、IgD、IgE、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4或IgM中的一种或多种的CH2结构域和/或来自IgA1、IgA2、IgD、IgE、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4或IgM中的一种或多种的CH3结构域。
[0251] 杂交Fc区的具体实例可以例如在WO 2008/147143中找到,其衍生自IgG亚类的组合或人IgD和IgG的组合。
[0252] 还包含衍生的或以其它方式修饰的Fc区。在某些方面,Fc区可以例如相对于野生型或天然存在的Fc区通过磷酸化、硫酸化、丙烯酸化、糖基化、甲基化、法尼基化、乙酰化、酰胺化等修饰。在某些实施例中,Fc区可以包括野生型或天然糖基化模式,或者可替代地,它
可以包括相对于天然形式的增加的糖基化,相对于天然形式的降低的糖基化,或者它可以
完全去糖基化。作为修饰的Fc糖型的一个实例,Fc区的糖基化降低减少了与第一补体组分
C1的C1q区的结合、ADCC相关活性的降低和/或CDC相关活性的降低。因此,某些实施例采用
去糖基化或非糖基化的Fc区。关于产生示例性非糖基化Fc区的产生,参见例如WO 2005/
047337。根据Kabat等人的编号系统,可以通过用半胱氨酸残基取代Q295位置来生成Fc区糖
型的另一个实例(参见例如美国申请第2010/0080794号)。某些实施例可以包含Fc区,其中
Fc区中约80-100%的糖蛋白包括缺少果糖的成熟核心碳水化合物结构(参见例如美国申请
第2010/0255013号)。一些实施例可以包含通过取代或缺失而优化的Fc区,以降低岩藻糖基
化水平,例如以增加对于FcγRI、FcγRIa或FcγRIIIa的亲和力,和/或以改善FcγRIIa表
达细胞的吞噬作用(参见美国申请第2010/0249382号和第2007/0148170号)。
[0253] 作为修饰的Fc糖型的另一个实例,Fc区可以包括寡聚甘露糖型N-聚糖,并且任选地具有以下中的一种或多种:相对于含有复合型N-聚糖的相应Fc区或HRS-Fc缀合物的增加
的ADCC活性,增加的对于FcγRIIIA(和某些其它FcR)的结合亲和力,相似的或增加的对于
HRS多肽的靶标的结合特异性,相似的或更高的对于HRS多肽的靶标的结合亲和力,和/或相
似的或更低的对于甘露糖受体的结合亲和力(参见例如美国申请第2007/0092521号和美国
专利第7,700,321号)。作为另一个实例,使用通过在工程化改造或变体细胞系中表达抗体
生成的工程化改造糖形,已经实现了Fc区对于FcγR的增强的亲和力(参见例如Umana等人,
《自然生物技术(Nat Biotechnol)》,17:176-180,1999;Davies等人《,生物技术与生物工程(Biotechnol Bioeng)》,74:288-294,2001;Shields等人,《生物化学杂志(J Biol Chem)》,
277:26733-26740,2002;Shinkawa等人,2003,《生物化学杂志(J Biol Chem)》,278:3466-
3473,2003;和美国申请第2007/0111281号)。某些Fc区糖型包括增加比例的N-糖苷键型复
合糖链,其不会将岩藻糖的1-位与N-乙酰葡糖胺的6-位在糖链的还原端结合(参见例如美
国申请第2010/0092997号)。特定实施例可以包含用至少一个半乳糖部分糖基化的IgG Fc
区,所述半乳糖部分通过α-2,6连键连接到相应的末端唾液酸部分,任选地其中所述Fc区相
对于相应的野生型Fc区具有更高的抗炎活性(参见美国申请第2008/0206246号)。如本文所
述,这些和相关的改变的糖基化方法中的某些已经大大地增强了Fc区选择性结合FcR(例
如,FcγRIII),介导ADCC和改变Fc区的其它性质的能力。
[0254] 相对于相应的野生型Fc序列(例如,相同物种、相同Ig类、相同Ig亚类),某些变体、片段、杂交体或以其它方式修饰的Fc区可以具有改变的与一种或多种FcR的结合。例如,相
对于相应的野生型Fc序列,此些Fc区与Fcγ受体、Fcα受体、Fcε受体和/或新生儿Fc受体中
的一种或多种的结合可以增加。在其它实施例中,相对于相应的野生型Fc序列,变体、片段、
杂交体或修饰的Fc区与Fcγ受体、Fcα受体、Fcε受体和/或新生儿Fc受体中的一种或多种的
结合可以降低。具体的FcR在本文其它地方描述。
[0255] 具有改变的(例如,增加的、降低的)FcR结合的Fc变体的具体实例可以例如在美国专利第5,624,821号和第7,425,619号;美国申请第2009/0017023号、第2009/0010921号和
第2010/0203046号;和WO 2000/42072和WO 2004/016750中找到。某些实例包含在位置298、
333和/或334处(例如,S298A、E333A和/或K334A)(基于Kabat等人的EU索引的编号)具有一
个或多个取代的人Fc区,其已被示出增加与活化性受体FcγRIIIa的结合并降低与抑制性
受体FcγRIIb的结合。可以组合这些突变以获得双重和三重突变变体,其进一步改善了与
FcR的结合。某些实施例包含S298A/E333A/K334A三重突变体,其与FcγRIIIa的结合增加,
与FcγRIIb的结合降低并且具有增加的ADCC(参见例如Shields等人,《生物化学杂志(J 
Biol Chem)》,276:6591-6604,2001;和Presta等人,《生物化学学会学报(Biochem Soc 
Trans)》,30:487-490,2002)。还参见具有增加的与FcR的结合的工程化改造Fc糖形,如
Umana等人,出处同上;和美国专利第7,662,925号中公开。基于Kabat等人的EU索引,一些实
施例包含包括选自434S、252Y/428L、252Y/434S和428L/434S的一个或多个取代的Fc区(参
见美国申请第2009/0163699号和第20060173170号)。
[0256] 相对于相应的野生型Fc序列,某些变体、片段、杂交体或修饰的Fc区可以具有改变的效应子功能。例如,相对于相应的野生型Fc序列,此些Fc区可以具有增加的补体固定或活
化,增加的C1q结合亲和力,增加的CDC相关活性,增加的ADCC相关活性和/或增加的ADCP相
关活性。在其它实施例中,相对于相应的野生型Fc序列,此些Fc区可以具有降低的补体固定
或活化,降低的C1q结合亲和力,降低的CDC相关活性,降低的ADCC相关活性和/或降低的
ADCP相关活性。仅作为一个说明性实例,Fc区可以包括补体结合位点(例如,C1q结合位点)
中的缺失或取代和/或ADCC位点中的缺失或取代。此些缺失/取代的实例例如在美国专利第
7,030,226号中描述。可以根据本领域的常规技术测定多种Fc效应子功能,例如ADCC。(参见
例如Zuckerman等人,《CRC微生物学评论(CRC Crit Rev Microbiol)》,7:1-26,1978)。用于
此些测定的有用效应细胞包含但不限于天然杀伤(NK)细胞、巨噬细胞和其它外周血单核细
胞(PBMC)。可替代地/另外地,可以在体内例如通过采用描述于Clynes等人,《美国科学院院
报(PNAS)》,95:652-656,1998中的动物模型来评估某些Fc效应子功能。
[0257] 相对于相应的野生型Fc序列,某些变体杂交体或修饰的Fc区可以具有改变的稳定性或半衰期。在某些实施例中,相对于相应的野生型Fc序列,此些Fc区可以具有增加的半衰
期。在其它实施例中,相对于相应的野生型Fc序列,变体杂交体或修饰的Fc区可以具有降低
的半衰期。根据本领域的常规技术(例如,放射性标记、ELISA或其它方法),可以在体外(例
如,在生理条件下)或体内测量半衰期。可以在一种或多种体液(包含血液、血清、血浆、尿液
或脑脊髓液)或给定组织(例如,肝脏、肾脏、肌肉、中枢神经系统组织、骨骼等)中测量稳定
性或半衰期的体内测量。作为一个实例,改变其结合FcRn的能力的对Fc区的修饰可以改变
其体内半衰期。用于测量体内药代动力学性质(例如,体内平均消除半衰期)的测定和改变
其与FcRn的结合的Fc修饰的非限制性实例例如在美国专利第7,217,797号和第7,732,570
号;和美国申请号US 2010/0143254和2010/0143254中描述。
[0258] 改变稳定性或半衰期的修饰的另外的非限制性实例包含在选自CH2结构域中的251-256、285-290和308-314以及CH3结构域中的385-389和428-436的一个或多个氨基酸残
基的取代/缺失(根据Kabat等人的编号系统)。参见美国申请第2003/0190311号。具体实例
包含在位置251处用亮氨酸取代,在位置252处用酪氨酸、色氨酸或苯丙氨酸取代,在位置
254处用苏氨酸或丝氨酸取代,在位置255处用精氨酸取代,在位置256处用谷氨酰胺、精氨
酸、丝氨酸、苏氨酸或谷氨酸取代,在位置308处用苏氨酸取代,在位置309处用脯氨酸取代,
在位置311处用丝氨酸取代,在位置312处用天冬氨酸取代,在位置314处用亮氨酸取代,在
位置385处用精氨酸、天冬氨酸或丝氨酸取代,在位置386处用苏氨酸或脯氨酸取代,在位置
387处用精氨酸或脯氨酸取代,在位置389处用脯氨酸、天冬酰胺或丝氨酸取代,在位置428
处用蛋氨酸或苏氨酸取代,在位置434处用酪氨酸或苯丙氨酸取代,在位置433处用组氨酸、
精氨酸、赖氨酸或丝氨酸取代,和/或在位置436处用组氨酸、酪氨酸、精氨酸或苏氨酸取代
(包含其任何组合)。相对于相应的野生型Fc区,此些修饰任选地增加Fc区对于FcRn的亲和
力,并从而增加半衰期。
[0259] 相对于相应的野生型Fc序列,某些变体杂交体或修饰的Fc区可以具有改变的溶解度。在某些实施例中,相对于相应的野生型Fc序列,此些Fc区可以具有增加的溶解度。在其
它实施例中,相对于相应的野生型Fc序列,变体杂交体或修饰的Fc区可以具有降低的溶解
度。可以根据本领域的常规技术测量溶解度(例如,体外(例如,在生理条件下))。示例性溶
解度测量在本文其它地方描述。
[0260] 变体的另外的实例包含在重链的位置250、314或428中的一个或多个处或在其任何组合(例如,在位置250和428处,或在位置250和314处,或在位置314和428处,或在位置
250、314和428处)中具有保守或非保守取代(如本文其它地方所述)的IgG Fc区(参见例如
美国申请第2011/0183412号)。在具体实施例中,在位置250处的残基用谷氨酸或谷氨酰胺
取代,和/或在位置428处的残基用亮氨酸或苯丙氨酸取代。作为IgG Fc变体的另一个说明
性实例,在位置214到238、297到299、318到322和/或327到331处的任何一个或多个氨基酸
残基可一用作合适的修饰(例如,保守或非保守取代、缺失)靶标。在特定实施例中,IgG Fc
变体CH2结构域在位置228、234、235和/或331处含有氨基酸取代(例如,具有Ser228Pro和
Leu235Ala突变的人IgG4)以减弱Fc区的效应子功能(参见美国专利第7,030,226号)。这里,
重链中残基的编号是EU索引的编号(参见Kabat等人,《免疫相关蛋白序列(Sequences of 
Proteins of Immunological Interest)》,第5版,国立卫生研究院,贝塞斯达,马里兰州
(1991))。这些和相关实施例中的某些具有改变的(例如,增加的、降低的)FcRn结合和/或血
清半衰期,任选地没有降低的效应子功能(例如,ADCC或CDC相关活性)。
[0261] 另外的实例包含在野生型Fc区的位置279、341、343或373或其任何组合处包括一个或多个氨基酸取代的变体Fc区(参见例如美国申请第2007/0224188号)。人IgG的这些位
置处的野生型氨基酸残基是缬氨酸(279)、甘氨酸(341)、脯氨酸(343)和酪氨酸(373)。所述
取代可以是保守的或非保守的,或者可以包含非天然存在的氨基酸或模拟物,如本文所述。
单独地或与这些取代相组合地,某些实施例还可以采用包括选自以下的至少1、2、3、4、5、6、
7、8、9、10或更多个氨基酸取代的变体Fc区:235G、235R、236F、236R、236Y、237K、237N、237R、
238E、238G、238H、238I、238L、238V、238W、238Y、244L、245R、247A、247D、247E、247F、247M、
247N、247Q、247R、247S、247T、247W、247Y、248F、248P、248Q、248W、249L、249M、249N、249P、
249Y、251H、251I、251W、254D、254E、254F、254G、254H、254I、254K、254L、254M、254N、254P、
254Q、254R、254V、254W、254Y、255K、255N、256H、256I、256K、256L、256V、256W、256Y、257A、
257I、257M、257N、257S、258D、260S、262L、264S、265K、265S、267H、267I、267K、268K、269N、
269Q、271T、272H、272K、272L、272R、279A、279D、279F、279G、279H、279I、279K、279L、279M、
279N、279Q、279R、279S、279T、279W、279Y、280T、283F、283G、283H、283I、283K、283L、283M、
283P、283R、283T、283W、283Y、285N、286F、288N、288P、292E、292F、292G、292I、292L、293S、
293V、301W、304E、307E、307M、312P、315F、315K、315L、315P、315R、316F、316K、317P、317T、
318N、318P、318T、332F、332G、332L、332M、332S、332V、332W、339D、339E、339F、339G、339H、
339I、339K、339L、339M、339N、339Q、339R、339S、339W、339Y、341D、341E、341F、341H、341I、
341K、341L、341M、341N、341P、341Q、341R、341S、341T、341V、341W、341Y、343A、343D、343E、
343F、343G、343H、343I、343K、343L、343M、343N、343Q、343R、343S、343T、343V、343W、343Y、
373D、373E、373F、373G、373H、373I、373K、373L、373M、373N、373Q、373R、373S、373T、373V、
373W、375R、376E、376F、376G、376H、376I、376L、376M、376N、376P、376Q、376R、376S、376T、
376V、376W、376Y、377G、377K、377P、378N、379N、379Q、379S、379T、380D、380N、380S、380T、
382D、382F、382H、382I、382K、382L、382M、382N、382P、382Q、382R、382S、382T、382V、382W、
382Y、385E、385P、386K、423N、424H、424M、424V、426D、426L、427N、429A、429F、429M、430A、
430D、430F、430G、430H、430I、430K、430L、430M、430N、430P、430Q、430R、430S、430T、430V、
430W、430Y、431H、431K、431P、432R、432S、438G、438K、438L、438T、438W、439E、439H、439Q、
440D、440E、440F、440G、440H、440I、440K、440L、440M、440Q、440T、440V或442K。如上所述,重链中残基的编号是EU索引的编号(参见Kabat等人,出处同上)。此些变体Fc区通常为变体Fc
区可操作附接的HRS多肽赋予改变的效应子功能或改变的血清半衰期。优选地,改变的效应
子功能是相较于缺少此些氨基酸取代的相应Fc区的ADCC的增加、ADCC的降低、CDC的增加、
CDC的降低、C1q结合亲和力的增加、C1q结合亲和力的降低、FcR(优选FcRn)结合亲和力的增
加或FcR(优选FcRn)结合亲和力的降低。
[0262] 另外的实例包含在以下位置中的一个或多个处包括氨基酸取代的变体Fc区:221、222、224、227、228、230、231、223、233、234、235、236、237、238、239、240、241、243、244、245、
246、247、249、250、258、262、263、264、265、266、267、268、269、270、271、272、273、274、275、
276、278、280、281、283、285、286、288、290、291、293、294、295、296、297、298、299、300、302、
313、317、318、320、322、323、324、325、326、327、328、329、330、331、332、333、334、335 336和/或428(参见例如美国专利第7,662,925号)。在具体实施例中,变体Fc区包括选自由以下
组成的组的至少一个氨基酸取代:P230A、E233D、L234E、L234Y、L234I、L235D、L235S、L235Y、L235I、S239D、S239E、S239N、S239Q、S239T、V240I、V240M、F243L、V264I、V264T、V264Y、V266I、E272Y、K274T、K274E、K274R、K274L、K274Y、F275W、N276L、Y278T、V302I、E318R、S324D、S324I、S324V、N325T、K326I、K326T、L328M、L328I、L328Q、L328D、L328V、L328T、A330Y、A330L、A330I、I332D、I332E、I332N、I332Q、T335D、T335R和T335Y。在其它具体实施例中,变体Fc区包括选自由以下组成的组的至少一个氨基酸取代:V264I、F243L/V264I、
L328M、I332E、L328M/I332E、V264I/I332E、S298A/I332E、S239E/I332E、S239Q/I332E、
S239E、A330Y、I332D、L328I/I332E、L328Q/I332E、V264T、V240I、V266I、S239D、S239D/
I332D、S239D/I332E、S239D/I332N、S239D/I332Q、S239E/I332D、S239E/I332N、S239E/
I332Q、S239N/I332D、S239N/I332E、S239Q/I332D、A330Y/I332E、V264I/A330Y/I332E、
A330L/I332E、V264I/A330L/I332E、L234E、L234Y、L234I、L235D、L235S、L235Y、L235I、
S239T、V240M、V264Y、A330I、N325T、L328D/I332E、L328V/I332E、L328T/I332E、L328I/
I332E、S239E/V264I/I332E、S239Q/V264I/I332E、S239E/V264I/A330Y/I332E、S239D/
A330Y/I332E、S239N/A330Y/I332E、S239D/A330L/I332E、S239N/A330L/I332E、V264I/
S298A/I332E、S239D/S298A/I332E、S239N/S298A/I332E、S239D/V264I/I332E、S239D/
V264I/S298A/I332E、S239D/V264I/A330L/I332E、S239D/I332E/A330I、P230A、P230A/
E233D/I332E、E272Y、K274T、K274E、K274R、K274L、K274Y、F275W、N276L、Y278T、V302I、E318R、S324D、S324I、S324V、K326I、K326T、T335D、T335R、T335Y、V240I/V266I、S239D/
A330Y/I332E/L234I、S239D/A330Y/I332E/L235D、S239D/A330Y/I332E/V240I、S239D/
A330Y/I332E/V264T、S239D/A330Y/I332E/K326E和S239D/A330Y/I332E/K326T。在更具体的
实施例中,变体Fc区包括选自由以下组成的组的一系列取代:N297D/I332E、F241Y/F243Y/
V262T/V264T/N297D/I332E、S239D/N297D/I332E、S239E/N297D/I332E、S239D/D265Y/
N297D/I332E、S239D/D265H/N297D/I332E、V264E/N297D/I332E、Y296N/N297D/I332E、
N297D/A330Y/I332E、S239D/D265V/N297D/I332E、S239D/D265I/N297D/I332E和N297D/
S298A/A330Y/I332E。在具体实施例中,变体Fc区包括在位置332处的氨基酸取代(使用EU索
引的编号,Kabat等人,出处同上)。取代的实例包含332A、332D、332E、332F、332G、332H、
332K、332L、332M、332N、332P、332Q、332R、332S、332T、332V、332W和332Y。Fc区中残基的编号是Kabat等人的EU索引的编号。在本文所述的其它性质中,相对于相应的野生型Fc区,此些
变体Fc区可以具有增加的对于FcγR的亲和力、增加的稳定性和/或增加的溶解度。
[0263] 另外的实例包含包括一个或多个以下氨基酸取代的变体Fc区:224N/Y、225A、228L、230S、239P、240A、241L、243S/L/G/H/I、244L、246E、247L/A、252T、254T/P、258K、261Y、
265V、266A、267G/N、268N、269K/G、273A、276D、278H、279M、280N、283G、285R、288R、289A、
290E、291L、292Q、297D、299A、300H、301C、304G、305A、306I/F、311R、312N、315D/K/S、320R、
322E、323A、324T、325S、326E/R、332T、333D/G、335I、338R、339T、340Q、341E、342R、344Q、
347R、351S、352A、354A、355W、356G、358T、361D/Y、362L、364C、365Q/P、370R、372L、377V、
378T、383N、389S、390D、391C、393A、394A、399G、404S、408G、409R、411I、412A、414M、421S、
422I、426F/P、428T、430K、431S、432P、433P、438L、439E/R、440G、441F、442T、445R、446A、
447E,任选地其中相较于亲本Fc多肽,变体具有改变的Fc配体识别和/或改变的效应子功
能,并且其中残基的编号是如Kabat等人的EU索引的编号。这些和相关实施例的具体实例包
含包括以下取代组或由其组成的变体Fc区:(1)N276D、R292Q、V305A、I377V、T394A、V412A和K439E;(2)P244L、K246E、D399G和K409R;(3)S304G、K320R、S324T、K326E和M358T;(4)F243S、P247L、D265V、V266A、S383N和T411I;(5)H224N、F243L、T393A和H433P;(6)V240A、S267G、G341E和E356G;(7)M252T、P291L、P352A、R355W、N390D、S408G、S426F和A431S;(8)P228L、T289A、L365Q、N389S和5440G;(9)F241L、V273A、K340Q和L441F;(10)F241L、T299A、I332T和M428T;(11)E269K、Y300H、Q342R、V422I和G446A;(12)T225A、R301c、S304G、D312N、N315D、L351S和N421S;(13)S254T、L306I、K326R和Q362L;(14)H224Y、P230S、V323A、E333D、K338R和S364C;(15)T335I、K414M和P445R;(16)T335I和K414M;(17)P247A、E258K、D280N、K288R、
N297D、T299A、K322E、Q342R、S354A和L365P;(18)H268N、V279M、A339T、N361D和S426P;(19)C261Y、K290E、L306F、Q311R、E333G和Q438L;(20)E283G、N315K、E333G、R344Q、L365P和
S442T;(21)Q347R、N361Y和K439R;(22)S239P、S254P、S267N、H285R、N315S、F372L、A378T、N390D、Y391C、F404S、E430K、L432P和K447E;(23)E269G、Y278H、N325S和K370R,其中残基的编号是如Kabat等人的EU索引的编号。(参见例如美国申请第2010/0184959号)。
[0264] Fc变体的另一具体实例包括表H7的Fc序列,其中在位置1处的Xaa是Ala或不存在;在位置16处的Xaa是Pro或Glu;在位置17处的Xaa是Phe、Val或Ala;在位置18处的Xaa是Leu、
Glu或Ala;在位置80处的Xaa是Asn或Ala;和/或在位置230处的Xaa是Lys或不存在(参见例
如美国申请第2007/0253966号)。相较于野生型Fc序列,这些Fc区中的某些和相关的HRS-Fc
缀合物具有增加的半衰期、降低的效应子活性和/或显著更低的免疫原性。
[0265] 变体Fc区还可以具有一个或多个突变铰链区,如例如在美国申请第2003/0118592号中所描述。例如,铰链区中的一个或多个半胱氨酸可以缺失或用不同的氨基酸取代。突变
铰链区可以不包括半胱氨酸残基,或者它可以比相应的野生型铰链区少1、2或3个半胱氨酸
残基。在一些实施例中,相对于野生型Ig铰链区,具有本类型的突变铰链区的Fc区表现出降
低的二聚化能力。
[0266] 如上所述,相对于相应的HRS多肽,HRS-Fc缀合物(例如,HRS-Fc融合蛋白)通常具有改变的(例如,改善的、增加的、降低的)药代动力学性质。药代动力学性质的实例包含稳
定性或半衰期、生物利用度(被吸收的药物的分数)、组织分布、分布容积(药物在静脉内注
射后立即分布并在血浆和周围的组织之间平衡的表观容积)、浓度(血浆中药物的初始或稳
态浓度)、消除速率常数(药物从体内去除的速率)、消除速率(平衡消除所需的输注速率)、
曲线下面积(AUC或暴露;浓度-时间曲线的积分,单次剂量后或稳态下)、清除率(每单位时
间血清清除的药物量)、Cmax(口服施用后药物的峰值血浆浓度)、tmax(达到Cmax的时间)、Cmin(在施用下一剂量前药物达到的最低浓度)和波动(稳态下一个给药间隔内的峰谷波动)。在
一些方面,实现这些改善的性质而不显著改变二级结构和/或降低HRS多肽的非典型生物活
性。实际上,一些HRS-Fc缀合物具有增加的非典型生物活性。
[0267] 因此,在一些实施例中,当在相同或相当的条件下向哺乳动物施用时,HRS-Fc缀合物或HRS-Fc融合多肽具有比相应的未修饰或不同修饰的HRS多肽大至少2、3、4、5、6、7、8、9、
10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、50、100、200、300、400或500倍的血浆或血清药代动力学AUC性质。在某些实施例中,当在室温下在类似条件下比较(例如,在pH 7.4的PBS中,约
1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14天,或大约1、2、3、4周)时,HRS-Fc缀合物或HRS-Fc融合多肽具有比相应的未修饰或不同修饰的HRS多肽大至少10%、20%、30%、40%、50%、
60%、70%、80%、90%、100%、200%、300%、400%或500%的稳定性(例如,如通过半衰期测量)。
[0268] 在特定实施例中,HRS-Fc缀合物或HRS-Fc融合多肽在pH 7.4,25℃(例如,生理pH,人体温度(例如,体内、血清中、给定组织中、给定的物种(例如,大鼠、小鼠、猴子或人)中))下具有以下生物学半衰期:约或至少约30分钟、约1小时、约2小时、约3小时、约4小时、约5小时、约6小时、约12小时、约18小时、约20小时、约24小时、约30小时、约36小时、约40小时、约
48小时、约50小时、约60小时、约70小时、约72小时、约80小时、约84小时、约90小时、约96小时、约120小时、或约144小时或更长时间或任何中间的半衰期。
[0269] 在某些实施例中,相较于相应的未修饰的HRS-多肽,HRS-Fc缀合物或HRS-Fc融合多肽在皮下(SC)施用后具有更大的生物利用度。在某些实施例中,相较于相应的未修饰的
HRS多肽,HRS-Fc缀合物或HRS-Fc融合多肽具有至少约20%、至少约30%、至少约40%、至少
约50%、至少约60%、至少约70%、至少约80%、至少约90%、或至少约100%或更大的生物
利用度。
[0270] 在某些实施例中,HRS-Fc融合多肽具有与相应的未修饰或不同修饰的HRS多肽基本上相同的二级结构,如经由UV圆二色性分析确定。在某些实施例中,HRS-Fc融合多肽在抗
炎活性测定中具有与相应的未修饰或不同修饰的HRS多肽基本上相同的活性。在其它实施
例中,HRS-Fc融合多肽在抗炎活性测定中具有比相应的未修饰或不同修饰的HRS多肽大2、
3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20倍的活性。
[0271] 在某些实施例中,可以采用肽连接子序列将HRS多肽和Fc区或PEG分开足够的距离,以确保每个多肽折叠成其期望的二级和三级结构。可以使用本领域熟知的标准技术将
此肽连接子序列掺入缀合物或融合蛋白中。
[0272] 可以基于以下示例性因子选择某些肽连接子序列:(1)它们采用柔性延伸构象的能力;(2)它们不能采用可能与第一和第二多肽上的功能性表位相互作用的二级结构;(3)
他们的生理稳定性;和(4)缺少可能与多肽功能性表位或其它特征反应的疏水性或带电荷
残基。参见例如George和Heringa,《蛋白质工程杂志(J Protein Eng)》,15:871-879,2002。
[0273] 连接子序列的长度通常可以是1到约200个氨基酸。特定连接子可以具有约1-200个氨基酸、1-150个氨基酸、1-100个氨基酸、1-90个氨基酸、1-80个氨基酸、1-70个氨基酸、
1-60个氨基酸、1-50个氨基酸、1-40个氨基酸、1-30个氨基酸、1-20个氨基酸、1-10个氨基
酸、1-5个氨基酸、1-4个氨基酸、1-3个氨基酸、或约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、
15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、
40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、60、70、80、90、100或更多个氨基酸的总氨基酸长度。
[0274] 肽连接子可以采用本文其它地方所述和本领域已知的任何一种或多种天然存在的氨基酸、非天然存在的氨基酸、氨基酸类似物和/或氨基酸模拟物。可以用作连接子的某
些氨基酸序列包含Maratea等人,《基因(Gene)》,40:39-46,1985;Murphy等人,《美国科学院院报(PNAS USA)》83:8258-8262,1986;美国专利第4,935,233号和美国专利第4,751,180号
中公开的那些。特定肽连接子序列含有Gly、Ser和/或Asn残基。如果需要,其它近中性氨基
酸(例如,Thr和Ala)也可以用于肽连接子序列中。
[0275] 某些示例性连接子包含含Gly、Ser和/或Asn的连接子,如下:[G]x、[S]x、[N]x、[GS]x、[GGS]x、[GSS]x、[GSGS]x(SEQ ID NO:173)、[GGSG]x(SEQ ID NO:174)、[GGGS]x(SEQ ID NO:175)、[GGGGS]x(SEQ ID NO:176)、[GN]x、[GGN]x、[GNN]x、[GNGN]x(SEQ ID NO:177)、[GGNG]x(SEQ ID NO:178)、[GGGN]x(SEQ ID NO:179)、[GGGGN]x(SEQ ID NO:180)连接子,其
中x为1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20或更大。这些和相关氨基酸的其它组合对于本领域技术人员而言是显而易见的。
[0276] 连接子肽的另外的实例包含但不限于以下氨基酸序列:Gly-Gly-Gly-Gly-Ser-Gly-Gly-Gly-Gly-Ser-Gly-Gly-Gly-Gly-Ser-(SEQ ID NO:181);Gly-Ser-Gly-Gly-Gly-
Gly-Ser-Gly-Gly-Gly-Gly-Ser-Gly-Gly-Gly-Gly-Ser-Gly-Gly-Gly-Gly-Ser-(SEQ ID 
NO:182);Gly-Gly-Gly-Gly-Ser-Gly-Gly-Gly-Gly-Ser-Gly-Gly-Gly-Gly-Ser-Gly-Gly-
Gly-Gly-Ser-Gly-Gly-Gly-Gly-Ser-Gly-Gly-Gly-Gly-Ser-(SEQ ID NO:183);Asp-Ala-
Ala-Ala-Lys-Glu-Ala-Ala-Ala-Lys-Asp-Ala-Ala-Ala-Arg-Glu-Ala-Ala-Ala-Arg-Asp-
Ala-Ala-Ala-Lys-(SEQ ID NO:184);和Asn-Val-Asp-His-Lys-Pro-Ser-Asn-Thr-Lys-
Val-Asp-Lys-Arg-(SEQ ID NO:185)。
[0277] 连接子肽的另外的非限制性实例包含DGGGS(SEQ ID NO:186);TGEKP(SEQ ID NO:187)(参见例如Liu等人,《美国科学院院报(PNAS)》,94:5525-5530,1997);GGRR(SEQ ID 
NO:188)(Pomerantz等人,1995);(GGGGS)n(SEQ ID NO:176)(Kim等人,《美国科学院院报
(PNAS)》,93:1156-1160,1996);EGKSSGSGSESKVD(SEQ ID NO:189)(Chaudhary等人,《美国
科学院院报(PNAS)》,87:1066-1070,1990);KESGSVSSEQLAQFRSLD(SEQ ID NO:190)(Bird等
人,《科学(Science)》,242:423-426,1988)、GGRRGGGS(SEQ ID NO:191);LRQRDGERP(SEQ ID NO:192);LRQKDGGGSERP(SEQ ID NO:193);LRQKd(GGGS)2ERP(SEQ ID NO:194)。在具体实施
例中,连接子序列包括Gly3连接子序列,其包含三个甘氨酸残基。在特定实施例中,可以使
用能够对DNA结合位点和肽本身进行建模的计算机程序(Desjarlais和Berg,《美国科学院
院报(PNAS)》,90:2256-2260,1993;和《美国科学院院报(PNAS)》,91:11099-11103,1994)或通过噬菌体展示方法合理地设计柔性连接子。
[0278] 肽连接子可以是生理学上稳定的或可以包含可释放的连接子,例如生理可降解的或酶促可切割的连接子(例如,蛋白水解可切割的连接子)。在某些实施例中,一种或多种可
释放的连接子可以导致缀合物的更短半衰期和更快速清除。这些和相关的实施例可以用于
例如增强HRS多肽在血流中的溶解度和血液循环寿命,同时还将HRS多肽递送到血流中,所
述HRS多肽在连接子降解后基本上不含Fc区。这些方面在HRS多肽与Fc区永久缀合时表现出
活性降低的情况下尤其有用。通过使用本文提供的连接子,此些HRS多肽在缀合形式时可以
保持其治疗活性。作为另一个实例,可以施用大且相对惰性的HRS-Fc缀合物多肽,其然后在
体内降解(经由可降解的连接子)以生成具有Fc区的一部分或完全缺少Fc区的生物活性HRS
多肽。以这些和其它方式,可以更有效地调整HRS-Fc缀合物多肽的性质以平衡HRS多肽的生
物活性和循环半衰期随时间的变化。
[0279] 在特定实施例中,连接子肽包括自催化或自切割肽切割位点。在一个特定实施例中,自切割肽包含从马铃薯Y病毒和心病毒2A肽、FMDV(疫病毒)、马鼻炎A病毒、明脉扁
刺蛾β四体病毒病毒和猪捷申病毒获得的那些多肽序列。在某些实施例中,自切割多肽位点
包括2A或2A样位点、序列或结构域(Donnelly等人,《普通病毒学杂志(J.Gen.Virol.)》,82:
1027-1041,2001)。示例性2A位点包含以下序列:LLNFDLLKLAGDVESNPGP(SEQ ID NO:195);
TLNFDLLKLAGDVESNPGP(SEQ ID NO:196);LLKLAGDVESNPGP(SEQ ID NO:197);
NFDLLKLAGDVESNPGP(SEQ ID NO:198);QLLNFDLLKLAGDVESNPGP(SEQ ID NO:199);
APVKQTLNFDLLKLAGDVESNPGP(SEQ  ID  NO:200);VTELLYRMKRAETYC 
PRPLLAIHPTEARHKQKIVAPVKQT(SEQ ID NO:201);LNFDLLKLAGDVESNPGP(SEQ ID NO:202);L
LAIHPTEARHKQKIVAPVKQTLNFDLLKLAGDVESNPGP(SEQ ID NO:203);和EARHKQKIVAPVKQTLNFD
LLKLAGDVESNPGP(SEQ ID NO:204)。在一些实施例中,自催化肽切割位点包括翻译2A信号序
列,诸如例如口蹄疫病毒(FMDV)多蛋白的2A区,其为18氨基酸序列。可以使用的2A样序列的
另外的实例包含昆虫病毒多蛋白、C型轮状病毒的NS34蛋白和锥虫属中的重复序列,如例如
在Donnelly等人,《普通病毒学杂志(Journal of General Virology)》,82:1027-1041,
2001中所描述。
[0280] 合适的蛋白酶切割位点和自切割肽是本领域技术人员已知的(参见例如Ryan等人,《普通病毒学杂志(J.Gener.Virol.)》,78:699-722,1997;和Scymczak等人,《自然生物技术(Nature Biotech)》,5:589-594,2004)。示例性蛋白酶切割位点包含但不限于马铃薯Y
病毒NIa蛋白酶(例如,烟草蚀刻病毒蛋白酶)、马铃薯Y病毒HC蛋白酶、马铃薯Y病毒P1(P35)
蛋白酶、大麦花叶病毒NIa蛋白酶、大麦花叶病毒RNA-2编码的蛋白酶、口蹄疫病毒L蛋白酶、
肠道病毒2A蛋白酶、鼻病毒2A蛋白酶、小核糖核酸3C蛋白酶、豇豆花叶病毒24K蛋白酶、线虫
传多面体病毒24K蛋白酶、RTSV(水稻东格鲁球形病毒)3C样蛋白酶、PYVF(欧防风黄点病毒)
3C样蛋白酶、肝素、凝血酶、Xa因子和肠激酶的切割位点。由于其高的切割严格性,在一些实
施例中包含了TEV(烟草蚀刻病毒)蛋白酶切割位点,例如EXXYXQ(G/S)(SEQ ID NO:205),例
如ENLYFQG(SEQ ID NO:206)和ENLYFQS(SEQ ID NO:207),其中X代表任何氨基酸(TEV的切
割发生在Q和G或Q和S之间)。
[0281] 适用于特定实施例的酶促可降解的连接子的另外的实例包含但不限于:由丝氨酸蛋白酶(例如,凝血酶、胰凝乳蛋白酶、胰蛋白酶、弹性蛋白酶、激肽释放酶或枯草杆菌蛋白
酶)切割的氨基酸序列。凝血酶可切割的氨基酸序列的说明性实例包含但不限于:-Gly-
Arg-Gly-Asp-(SEQ ID NO:208)、-Gly-Gly-Arg-、-Gly-Arg-Gly-Asp-Asn-Pro-(SEQ ID 
NO:209)、-Gly-Arg-Gly-Asp-Ser-(SEQ ID NO:210)、-Gly-Arg-Gly-Asp-Ser-Pro-Lys-
(SEQ ID NO:211)、-Gly-Pro-Arg-、-Val-Pro-Arg-和-Phe-Val-Arg-。弹性蛋白酶可切割的
氨基酸序列的说明性实例包含但不限于:-Ala-Ala-Ala-、-Ala-Ala-Pro-Val-(SEQ ID NO:
212)、-Ala-Ala-Pro-Leu-(SEQ ID NO:213)、-Ala-Ala-Pro-Phe-(SEQ ID NO:214)、-Ala-
Ala-Pro-Ala-(SEQ ID NO:215)和-Ala-Tyr-Leu-Val-(SEQ ID NO:216)。
[0282] 酶促可降解的连接子还包含可以被基质金属蛋白酶(例如,胶原酶、溶基质素和明胶酶)切割的氨基酸序列。基质金属蛋白酶可切割氨基酸序列的说明性实例包含但不限
于:-Gly-Pro-Y-Gly-Pro-Z-(SEQ ID NO:217)、-Gly-Pro-、Leu-Gly-Pro-Z-(SEQ ID NO:
218)、-Gly-Pro-Ile-Gly-Pro-Z-(SEQ ID NO:219)和-Ala-Pro-Gly-Leu-Z-(SEQ ID NO:
220),其中Y和Z是氨基酸。胶原酶可切割的氨基酸序列的说明性实例包含但不限于:-Pro-
Leu-Gly-Pro-D-Arg-Z-(SEQ ID NO:221)、-Pro-Leu-Gly-Leu-Leu-Gly-Z-(SEQ ID NO:
222)、-Pro-Gln-Gly-Ile-Ala-Gly-Trp-(SEQ ID NO:223)、-Pro-Leu-Gly-Cys(Me)-His-
(SEQ ID NO:224)、-Pro-Leu-Gly-Leu-Tyr-Ala-(SEQ ID NO:225)、-Pro-Leu-Ala-Leu-
Trp-Ala-Arg-(SEQ ID NO:226)和-Pro-Leu-Ala-Tyr-Trp-Ala-Arg-(SEQ ID NO:227),其
中Z是氨基酸。溶基质素可切割的氨基酸序列的一个说明性实例是-Pro-Tyr-Ala-Tyr-Tyr-
Met-Arg-(SEQ ID NO:228);明胶酶可切割的氨基酸序列的一个实例是-Pro-Leu-Gly-Met-
Tyr-Ser-Arg-(SEQ ID NO:229)。
[0283] 适用于特定实施例的酶促可降解的连接子包含可以被血管紧张素转化酶切割的氨基酸序列,诸如例如-Asp-Lys-Pro-、-Gly-Asp-Lys-Pro-(SEQ ID NO:230)和-Gly-Ser-
Asp-Lys-Pro-(SEQ ID NO:231)。
[0284] 适用于特定实施例的酶促可降解的连接子包含可以被组织蛋白酶B降解的氨基酸序列,诸如例如Val-Cit、Ala-Leu-Ala-Leu-(SEQ ID NO:232)、Gly-Phe-Leu-Gly-(SEQ ID 
NO:233)和Phe-Lys。
[0285] 在特定实施例中,可释放的连接子在pH 7.4,25℃(例如,生理pH,人体温度(例如,体内、血清中、给定组织中))下具有以下半衰期:约30分钟、约1小时、约2小时、约3小时、约4小时、约5小时、约6小时、约12小时、约18小时、约24小时、约36小时、约48小时、约72小时、或约96小时或更长时间或任何中间的半衰期。本领域技术人员将理解,可以通过使用特定的
可释放连接子精细地调整HRS-Fc缀合物多肽的半衰期。
[0286] 然而,在某些实施例中,任何一种或多种肽连接子是任选的。例如,当第一和第二多肽具有可以用于分开功能结构域并防止位阻影响的非必需N-末端和/或C-末端氨基酸区
时,可能不需要连接子序列。
[0287] HRS多肽和多核苷酸(例如,可表达多核苷酸)可以用于本文所述的任何组合物、方法和/或试剂盒中。
[0288] 免疫调节剂
[0289] 某些实施例采用一种或多种免疫调节剂。示例性免疫调节剂包含小分子、多肽(例如,抗体及其抗原结合片段)、配体、小肽、反义试剂、RNAi试剂及其混合物。
[0290] 在一些实施例中,免疫调节剂选自以下中的一种或多种:鞘氨醇-1-磷酸(S1P)和/或S1P受体(S1PR)调节剂、类固醇、钙调神经磷酸酶抑制剂、雷帕霉素机制性靶标(mTOR)抑
制剂、吲哚胺-吡咯2,3-双加氧酶(IDO)抑制剂、肌苷-5'-一磷酸脱氢酶(IMPDH)抑制剂、细
胞因子和/或细胞因子受体抑制剂、B细胞受体抑制剂、激酶抑制剂和细胞生长抑制剂(例
如,甲氨蝶呤)。
[0291] 在一些实施例中,免疫调节剂是吡非尼酮,其通常用于治疗特发性肺纤维化(IPF)。吡非尼酮在各种体外系统和纤维化动物模型中具有抗纤维化和抗炎性质。例如,基
于细胞的研究已表明,吡非尼酮降低成纤维细胞增殖,抑制TGF-β刺激的胶原蛋白产生,并
减少纤维生成介质(例如,TGF-β)的产生。吡非尼酮还已被示出可以减少培养细胞和分离的
人外周血单核细胞中炎症介质(例如,TNF-α和IL-1β)的产生。在美国,吡非尼酮被批准用于
治疗IPF,即口服801mg剂量单位(三粒267mg胶囊),每日口服3次,总口服剂量为2403mg/天。
本文描述了吡非尼酮的另外的示例性剂量。
[0292] 在一些实施例中,免疫调节剂是尼达尼布,其也用于治疗IPF。尼达尼布抑制参与肺纤维化的某些生长因子受体,包含血小板衍生生长因子受体(PDGFR)、成纤维细胞生长因
子受体(FGFR)和血管内皮生长因子受体(VEGFR)。据信,尼达尼布通过阻断参与纤维化过程
的信号转导途径减少IPF的疾病进展并减缓肺功能的下降。尼达尼布与乙磺酸一起配制成
盐。在美国,尼达尼布被批准用于治疗IPF,即口服150mg剂量单位,每日2次,总量为300mg/
天,其因不良反应可以减少到约100mg剂量,每日2次,总量为200mg/天。本文描述了尼达尼
布的另外的示例性剂量。
[0293] 在一些实施例中,免疫调节剂是鞘氨醇-1-磷酸(S1P)和/或S1P受体(S1PR)调节剂。调节剂的一般实例包含S1P和/或S1PR拮抗剂或抑制剂以及S1P和/或S1PR激动剂或活化
剂。S1P是具有多种生物功能(包含细胞增殖、分化、血管生成、趋化和迁移)的生物活性脂
质。S1P的多种活性是通过在鞘脂代谢中起关键作用的鞘氨醇-1-磷酸受体家族(S1PR)的五
种密切相关的G蛋白偶联受体介导的。S1PR包含S1PR1、S1PR2、S1PR3、S1PR4和S1PR5。这些受体的表达各不相同:S1PR1、S1PR2和S1PR3在多种细胞类型中表达,但大多主要在白细胞上表
达,S1PR4大多在淋巴和造血组织中表达,S1PR5主要在脾脏和中枢神经系统(CNS)的白质中
表达。
[0294] S1P或S1PR调节剂的具体非限制性实例包含阿米莫德(也被称为MT-1303;S1PR拮抗剂;参见Kappos等人,《柳叶刀神经病学(Lancet Neurol)》,2016;15:1148–59,2016)、芬戈莫德(S1PR1功能性拮抗剂)、索尼珠单抗(S1P特异性单克隆抗体)、KRP203(S1PR1激动剂)、
SEW2871(S1PR1激动剂)、辛波莫德(S1PR1和S1PR5调节剂)、RPC1063(S1PR1调节剂)、ONO-
4641(S1PR1和S1PR5激动剂)、JTE-013(S1PR2拮抗剂)、GSK2018682(S1PR1激动剂)、珀奈莫德
(S1PR1激动剂)、苏拉明(选择性S1PR3和S1PR5拮抗剂)、VPC23019(芳基-酰胺类似物;竞争性
S1PR1和S1PR3拮抗剂);和W146(选择性S1PR1拮抗剂)。在具体实施例中,S1P或S1PR调节剂是
阿米莫德。
[0295] 某些S1P或S1PR调节剂包含特异性结合到S1P或S1PR的抗体或抗原结合片段或小分子(参见例如与S1P结合的索尼珠单抗)。在一些实施例中,抗体或其抗原结合片段是S1P
和/或S1PR拮抗剂。在某些实施例中,抗体或其抗原结合片段是S1P和/或S1PR激动剂。
[0296] 某些S1PR拮抗剂或抑制剂包含针对S1PR编码序列的反义试剂和RNAi试剂(参见例如登录号NM_001400.4;NM_004230.3)。某些反义试剂与编码S1PR的前mRNA或mRNA靶序列内
的靶区特异性杂交,例如其中靶区选自mRNA的AUG起始密码子、AUG起始密码子上游的区域、
AUG密码子下游的区域、预处理mRNA的3'或5'剪接位点、分支点、3'非翻译区(UTR)和多腺苷
酸化信号序列中的一种或多种。某些RNAi试剂包括与编码S1PR的mRNA靶序列基本上相同的
正义链,并且任选地包括与编码S1PR的mRNA靶序列互补或基本上互补的反义链。
[0297] 在一些实施例中,免疫调节剂是类固醇或皮质类固醇,例如糖皮质激素。在特定实施例中,类固醇是抗炎类固醇。类固醇的实例包含倍他米松、布地奈德、皮质醇(氢化可的
松)、可的松、地夫可特、脱氧皮质酮、地塞米松、氟氢可的松、氢化可的松、甲基泼尼松龙、泼尼松、泼尼松龙和曲安西龙等。
[0298] 在一些实施例中,免疫调节剂是钙调神经磷酸酶拮抗剂或抑制剂。钙调神经磷酸酶是活化T细胞的钙和钙调蛋白依赖性丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶。具体地,钙调神经磷酸
酶使活化T细胞核因子(NFATc)活化,其转位到细胞核中以上调白细胞介素2(IL-2)的表达,
然后刺激T细胞反应的生长和分化。钙调神经磷酸酶拮抗剂或抑制剂的具体实例包含环孢
菌素、吡美莫司和他克莫司。
[0299] 某些钙调神经磷酸酶拮抗剂或抑制剂包含特异性结合到钙调神经磷酸酶的抗体或抗原结合片段或小分子。还包含针对钙调神经磷酸酶编码序列或其子单元的反义试剂和
RNAi试剂(参见例如登录号NM_000944;NM_021132;NM_005605;NM_000945;NM_147180)。某
些反义试剂与编码钙调神经磷酸酶或其子单元的前mRNA或mRNA靶序列内的靶区特异性杂
交,例如其中靶区选自mRNA的AUG起始密码子、AUG起始密码子上游的区域、AUG密码子下游
的区域、预处理mRNA的3'或5'剪接位点、分支点、3'非翻译区(UTR)和多腺苷酸化信号序列
中的一种或多种。某些RNAi试剂包括与编码钙调神经磷酸酶或其子单元的mRNA靶序列基本
上相同的正义链,并且任选地包括与编码钙调神经磷酸酶或其子单元的mRNA靶序列互补或
基本上互补的反义链。
[0300] 在一些实施例中,免疫调节剂是雷帕霉素机制性靶标(mTOR)拮抗剂或抑制剂。mTOR是蛋白激酶的磷脂酰肌醇3-激酶相关激酶家族的成员,并且是两种结构不同的复合物
(mTORC1和mTORC2)的催化子单元,所述mTORC1和mTORC2定位到不同的亚细胞区室,从而影
响它们的活化和特定功能。作为两种复合物的核心组分,mTOR作为丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶
起作用,其调节细胞生长、细胞增殖、细胞运动、细胞存活、蛋白质合成、自噬和转录。作为
mTORC2的核心组分,mTOR还作为酪氨酸蛋白激酶起作用,其促进胰岛素受体和胰岛素样生
长因子1受体的活化。mTORC2还涉及肌动蛋白细胞骨架的控制和维持。mTOR在纤维化疾病和
自身免疫中起作用,并且正在研究将阻断mTORC途径用作针对此些疾病的治疗。
[0301] mTOR抑制剂的具体实例包含依维莫司、雷帕霉素、迪弗莫司和替西罗莫司。mTOR抑制剂的一般实例包含ATP竞争性mTOR激酶抑制剂,包含mTORC1/mTORC2双重抑制剂和mTOR/
PI3K双重抑制剂,其抑制mTORC1、mTORC2和PI3K的催化同种型。具体实例包含达托里昔布、
BGT226、SF1126、PKI-587、NVPBE235、沙帕色替、AZD8055和AZD2014。
[0302] 某些mTOR拮抗剂或抑制剂包含特异性结合到mTOR或mTOR复合物的成员的抗体或抗原结合片段或小分子。还包含针对mTOR或mTOR复合物的成员的编码序列的反义试剂和
RNAi试剂(参见例如Ravichandran等人《,人类分子遗传学(Hum Mol Genet)》,23:4919-31,
2014)。某些反义试剂与编码mTOR或mTOR复合物的成员的前mRNA或mRNA靶序列内的靶区特
异性杂交,例如其中靶区选自mRNA的AUG起始密码子、AUG起始密码子上游的区域、AUG密码
子下游的区域、预处理mRNA的3'或5'剪接位点、分支点、3'非翻译区(UTR)和多腺苷酸化信
号序列中的一种或多种。某些RNAi试剂包括与编码mTOR或mTOR复合物的成员的mRNA靶序列
基本上相同的正义链,并且任选地包括与编码mTOR或mTOR复合物的成员的mRNA靶序列互补
或基本上互补的反义链。
[0303] 在一些实施例中,免疫调节剂是IDO拮抗剂或抑制剂。IDO是一种具有免疫抑制性性质的色氨酸分解代谢酶。例如,已知IDO抑制T细胞和NK细胞,生成并活化Treg和骨髓衍生
的抑制细胞,并且促进肿瘤血管生成。IDO拮抗剂或抑制剂的具体实例包含吲哚莫德(NLG-
8189)、1-甲基-色氨酸(1MT)、β-咔啉(去甲哈尔满;9H-吡啶并[3,4-b]吲哚)、迷迭香酸和艾
卡哚司他(参见例如Sheridan,《自然生物技术(Nature Biotechnology)》,33:321-322,
2015)。某些IDO拮抗剂或抑制剂包含特异性结合到IDO的抗体或抗原结合片段或小分子(参
见例如Platten等人,《免疫学前沿(Front Immunol)》,5:673,2014)。还包含针对IDO编码序
列的反义试剂和RNAi试剂(参见例如登录号AH002828.2)。某些反义试剂与编码IDO的前
mRNA或mRNA靶序列内的靶区特异性杂交,例如其中靶区选自mRNA的AUG起始密码子、AUG起
始密码子上游的区域、AUG密码子下游的区域、预处理mRNA的3'或5'剪接位点、分支点、3'非
翻译区(UTR)和多腺苷酸化信号序列中的一种或多种。某些RNAi试剂包括与编码IDO的mRNA
靶序列基本上相同的正义链,并且任选地包括与编码IDO的mRNA靶序列互补或基本上互补
的反义链。
[0304] 在一些实施例中,免疫调节剂是肌苷-5'-一磷酸脱氢酶(IMPDH)拮抗剂或抑制剂。IMPDH是一种嘌呤生物合成酶,其催化肌苷一磷酸(IMP)到黄苷一磷酸(XMP)的烟酰胺腺嘌
呤二核苷酸(NAD+)依赖性氧化,这是迈向由IMP从头生物合成鸟嘌呤核苷酸的第一个关键
且需限制速率的步骤。鸟嘌呤核苷酸合成对于维持正常细胞功能和生长是必需的,并且对
于维持细胞增殖和免疫反应也很重要。特别地,B和T细胞展现出关于正常活化和功能对
IMPDH的依赖性,并表现出上调的IMPDH表达。
[0305] IMPDH抑制剂的具体实例包含麦考酚酸(吗替麦考酚酯)、利巴韦林和6TGMP(6-硫鸟嘌呤一磷酸)。某些IMPDH拮抗剂或抑制剂包含特异性结合到IMPDH的抗体或抗原结合片
段或小分子。还包含针对IMPDH编码序列的反义试剂和RNAi试剂。某些反义试剂与编码
IMPDH的前mRNA或mRNA靶序列内的靶区特异性杂交,例如其中靶区选自mRNA的AUG起始密码
子、AUG起始密码子上游的区域、AUG密码子下游的区域、预处理mRNA的3'或5'剪接位点、分
支点、3'非翻译区(UTR)和多腺苷酸化信号序列中的一种或多种。某些RNAi试剂包括与编码
IMPDH的mRNA靶序列基本上相同的正义链,并且任选地包括与编码IMPDH的mRNA靶序列互补
或基本上互补的反义链。
[0306] 在一些实施例中,免疫调节剂是细胞因子和/或细胞因子受体拮抗剂或抑制剂。细胞因子是小(糖)蛋白(分子量为8-75kDa),其在造血、免疫反应和炎症中起作用。某些示例
性细胞因子抑制剂减少细胞因子的合成,降低游离活性形式的细胞因子的浓度,阻断细胞
因子与其同源受体之间的相互作用和/或干扰细胞因子受体的信号转导。
[0307] 在一些实施例中,靶细胞因子或细胞因子受体是炎性或促炎细胞因子或细胞因子受体。靶细胞因子的实例包含但不限于白细胞介素-1(IL-1)(包含IL-1α和IL-1β)、白细胞
介素-5(IL-5)、白细胞介素-6(IL-6)、白细胞介素-8(IL-8)、白细胞介素-11(IL-11)、白细
胞介素-12(IL-12)、白细胞介素-17(IL-17)、白细胞介素-18(IL-18)、白细胞介素-20(IL-
20)、白细胞介素-33(IL-33)、肿瘤坏死因子(TNF)、干扰素γ(IFN-γ)、转化生长因子-β
(TGF-β)和粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)及其同源细胞因子受体(例如,IL-1R、
IL-6R、IL-8R、IL-11R、IL-12R、IL-17R、IL-18R、IL-20R、ST2(白细胞介素1受体样1,
IL1RL1)、TNFR(例如,TNFR1)、干扰素-γ受体(IFNGR)、TGF-β受体(例如,TGFβR1(ALK5)或
TGFβR2))。
[0308] 细胞因子和/或细胞因子受体抑制剂的具体实例包含TNF-α抑制剂,例如依那西普,其是人IgG1骨架上可溶性II型TNF受体的重组融合蛋白,和英夫利昔单抗,其是含有鼠
TNF-α结合区和人IgG1骨架的嵌合抗TNF-α单克隆抗体。可作为TNF抑制剂的还包含阿达木
单抗、赛妥珠单抗和戈利木单抗。
[0309] 白细胞介素抑制剂的特定实例包含例如IL-1R拮抗剂(例如,阿那白滞素)、IL-1抑制剂(例如,利纳西普(由IL-1R1组分的细胞外部分的配体结合结构域和线内连接到结合并
中和IL-1的人IgG1的片段可结晶部分(Fc区)的IL-1受体辅助蛋白(IL-1RAcP)组成的二聚
融合蛋白))、IL-2竞争性抑制剂(例如,巴利昔单抗(T细胞IL-2受体的α链(CD25)的嵌合小
鼠-人单克隆抗体)和达克珠单抗(结合到CD25的人源化单克隆抗体))、IL-1β特异性抑制剂
(例如,卡纳单抗(人单克隆抗体))、IL-17拮抗剂(例如,依奇珠单抗(结合到IL-17的人源化
单克隆抗体)和苏金单抗(结合到蛋白白细胞介素(IL)-17A的人IgG1κ单克隆抗体))、IL-5
抑制剂(例如,美泊利单抗(结合到IL-5并使其免于结合到IL-5受体的α子单元的人源化单
克隆抗体)和瑞利珠单抗)、IL-6抑制剂(例如,司妥昔单抗(结合到IL-6的抗体)、司路库单
抗(结合到IL-6的抗体)、赛利鲁单抗(结合到IL-6受体的抗体)、托珠单抗(结合到IL-6受体
的抗体))和IL-12/IL-23信号转导抑制剂(例如,优特克单抗(结合到IL-12和IL-23的p-40
子单元的抗体))。
[0310] 某些细胞因子和/或细胞因子受体拮抗剂或抑制剂包含特异性结合到细胞因子和/或细胞因子受体(例如,一种或多种前述细胞因子和/或细胞因子受体)的抗体或抗原结
合片段或小分子。还包含针对细胞因子和/或细胞因子受体(例如,一种或多种前述细胞因
子和/或细胞因子受体)编码序列的反义试剂和RNAi试剂。某些反义试剂与编码细胞因子或
细胞因子受体的前mRNA或mRNA靶序列内的靶区特异性杂交,例如其中靶区选自mRNA的AUG
起始密码子、AUG起始密码子上游的区域、AUG密码子下游的区域、预处理mRNA的3'或5'剪接
位点、分支点、3'非翻译区(UTR)和多腺苷酸化信号序列中的一种或多种。某些RNAi试剂包
括与编码细胞因子或细胞因子受体的mRNA靶序列基本上相同的正义链,并且任选地包括与
编码细胞因子或细胞因子受体的mRNA靶序列互补或基本上互补的反义链。
[0311] 在一些实施例中,免疫调节剂是激酶拮抗剂或抑制剂,即靶向或被靶向一种或多种激酶的抑制剂。一般实例包含酪氨酸激酶抑制剂(TKI)。靶激酶的实例包含但不限于两面
神激酶(JAK,包含JAK1、JAK2、JAK3、TYK2)、表皮生长因子受体(EGFR)、受体酪氨酸蛋白激酶erbB-2(Her2/neu或ERBB2)、Bcr-Abl、c-SRC、丝裂原活化蛋白激酶(MAP)激酶、间变性淋巴
瘤激酶(ALK)、脾酪氨酸激酶(SYK)、布鲁顿氏酪氨酸激酶(BTK)、血管内皮生长因子(VEGF)、
血管内皮生长因子受体(VEGFR,包含VEGFR1、VEGFR2、VEGFR3)、成纤维细胞生长因子受体
(FGFR)、B-Raf、RET原癌基因、血小板衍生生长因子受体(PDGF-R)、原肌球蛋白受体激酶
(Trk,包含TrkA、TrkB、TrkC)和c-Met等。因此,在某些实施例中,激酶抑制剂是一种或多种
前述激酶的抑制剂或拮抗剂。
[0312] 激酶抑制剂的具体实例包含JAK抑制剂,例如巴瑞替尼、菲徳拉替尼、菲格替尼、冈度替尼、来他替尼、莫美替尼、帕克替尼、培非替尼、鲁索利替尼、托法替尼和帕达替尼。激酶抑制剂的另外的实例包含但不限于尼达尼布、阿法替尼、阿西替尼、博舒替尼、西妥昔单抗、
考比替尼、克唑替尼、卡博替尼、达沙替尼、恩曲替尼、厄洛替尼、福他替尼、吉非替尼、依鲁替尼、伊马替尼、拉帕替尼、乐伐替尼、木利替尼、来那替尼、尼罗替尼、帕唑帕尼、哌加他尼、索拉非尼、舒尼替尼、SU6656、托西尼布、凡德他尼、瓦他拉尼和维罗非尼。
[0313] 某些激酶拮抗剂或抑制剂包含特异性结合到激酶(例如,一种或多种前述激酶)的抗体或抗原结合片段或小分子。还包含针对激酶(例如,一种或多种前述激酶)编码序列的
反义试剂和RNAi试剂。某些反义试剂与编码激酶的前mRNA或mRNA靶序列内的靶区特异性杂
交,例如其中靶区选自mRNA的AUG起始密码子、AUG起始密码子上游的区域、AUG密码子下游
的区域、预处理mRNA的3'或5'剪接位点、分支点、3'非翻译区(UTR)和多腺苷酸化信号序列
中的一种或多种。某些RNAi试剂包括与编码激酶的mRNA靶序列基本上相同的正义链,并且
任选地包括与编码激酶的mRNA靶序列互补或基本上互补的反义链。
[0314] 在一些实施例中,免疫调节剂是B细胞受体抑制剂,例如靶向CD20的试剂。B淋巴细胞抗原CD20或CD20是在pro-B期(CD45R+,CD117+)开始在所有B细胞的表面上表达并且浓度
逐渐增加直至成熟的活化糖基化磷蛋白。所述蛋白质没有已知的天然配体,其功能是能够
实现最佳的B细胞免疫反应(特别针对T非依赖性抗原)。针对CD20的示例性免疫调节剂包含
单克隆抗体替伊莫单抗、奥滨尤妥珠单抗、奥卡拉珠单抗、奥瑞珠单抗、利妥昔单抗、托西莫
单抗和维妥珠单抗。
[0315] 在一些实施例中,免疫调节剂是细胞生长抑制剂或细胞毒性剂。细胞生长抑制剂或细胞毒性剂的实例包含硫唑嘌呤、苯丁酸氮芥、环磷酰胺、环孢菌素A、甲氨蝶呤和氮芥
等。
[0316] 在一些实施例中,如上所述,免疫调节剂是“小分子”,其是指合成或生物来源的有机化合物(生物分子)但通常不是聚合物。有机化合物是指分子含有碳的一大类化学化合
物,通常不包含仅含有碳酸盐、简单碳氧化物或氰化物的那些。“生物分子”通常是指由活生
物体产生的有机分子,包含大聚合分子(生物聚合物)(例如,肽、多糖和核酸)和小分子(例
如,初级次级代谢物、脂质、磷脂、糖脂、固醇、甘油脂、维生素和激素)。“聚合物”通常是指由重复结构单元组成的大分子或巨大分子,其通常通过共价化学键连接。
[0317] 在某些实施例中,小分子的分子量为约或小于约1000-2000道尔顿,通常为约300至700道尔顿,并且包含约或小于约50、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、500、
650、600、750、700、850、800、950、1000或2000道尔顿。
[0318] 某些小分子可以具有本文所述的“特异性结合”特性。例如,在一些实施例中,小分子特异性结合到具有以下结合亲和力(Kd)的靶标(例如,S1P、S1PR、钙调神经磷酸酶、mTOR、
IDO、IMPDH、细胞因子和/或细胞因子受体、B细胞受体、激酶):约、至少约或小于约0.01、
0.05、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、
16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、40或50nM。
[0319] 在特定实施例中,免疫调节剂是多肽或肽。术语“肽”和“多肽”在本文中可互换使用,然而,在某些情况下,术语“肽”可以是指较短的多肽,例如,由约2、3、4、5、6、7、8、9、10、
11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45或50个氨基酸(包含所有整数和期间的范围(例如,5-10、8-12、10-15))组成的多肽。如本文所述,多肽和肽可以由天然存在的氨基
酸和/或非天然存在的氨基酸构成。可作为多肽的还包含抗体。
[0320] 多肽的结合性质可以使用本领域熟知的方法定量(参见Davies等人《,生物化学年鉴(Annual Rev.Biochem)》,59:439-473,1990)。在一些实施例中,多肽与靶分子(例如,
S1P、S1PR、钙调神经磷酸酶、mTOR、IDO、IMPDH、细胞因子和/或细胞因子受体、B细胞受体、激酶或其表位)特异性结合,其平衡解离常数为约≤10-7到约10-8M或在约≤10-7到约10-8M
的范围内。在一些实施例中,平衡解离常数为约≤10-9M到约≤10-10M或在≤10-9M到约≤
10-10M的范围内。在某些说明性实施例中,多肽对于(其特异性结合的)本文所述的靶标(包
含例如S1P、S1PR、钙调神经磷酸酶、mTOR、IDO、IMPDH、细胞因子和/或细胞因子受体、B细胞受体或激酶)的亲和力(Kd)为约、至少约或少于约0.01、0.05、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、
0.7、0.8、0.9、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、
25、26、27、28、29、30、40或50nM。
[0321] 在一些实施例中,免疫调节剂是特异性结合到本文所述靶标的抗体或“其抗原结合片段”。抗体或抗原结合片段基本可以是任何类型。如本领域熟知,抗体是能够通过位于
免疫球蛋白分子的可变区中的至少一个表位识别位点特异性结合到靶标(例如,S1P、S1PR、
钙调神经磷酸酶、mTOR、IDO、IMPDH、细胞因子和/或细胞因子受体、B细胞受体、激酶)的免疫球蛋白分子。
[0322] 如本文使用,术语“抗体”不仅涵盖完整的多克隆或单克隆抗体,还涵盖其片段(例如,dAb、Fab、Fab'、F(ab')2、Fv)、单链(ScFv)、其合成变体、天然存在的变体、包括具有所需特异性的抗原结合片段的抗体部分的融合蛋白、人源化抗体、嵌合抗体、和包括具有所需特
异性的抗原结合位点或片段(表位识别位点)的免疫球蛋白分子的任何其它修饰构型。本文
更详细地描述了抗体(及其抗原结合片段)的某些特征和特性。
[0323] 如本文使用的术语“抗原结合片段”是指含有结合到目标抗原的免疫球蛋白重链和/或轻链的至少一个CDR的多肽片段。在这方面,本文描述的抗体的抗原结合片段可以包
括来自结合到靶分子的抗体的VH和VL序列的1、2、3、4、5或所有6个CDR。
[0324] 术语“抗原”是指能够被选择性结合剂(例如,抗体)结合并且另外能够在动物中使用以产生能够结合到所述抗原的表位的抗体的分子或分子的一部分。抗原可以具有一个或
多个表位。
[0325] 术语“表位”包含任何决定簇,例如能够特异性结合到免疫球蛋白或T细胞受体的多肽决定簇。表位是被抗体结合的抗原或靶蛋白的区域。在某些实施例中,表位决定簇包含
分子的化学活性表面基团(例如,氨基酸、糖侧链、磷酰基或磺酰基),并且在某些实施例中
可以具有具体的三维结构特性和/或具体的电荷特性。表位相对于抗原的一级结构可以是
连续的或非连续的。
[0326] 如果分子(例如,多肽或抗体)相较于替代细胞或物质与特定细胞或物质反应或缔合更频繁、更快速、持续时间更长和/或亲和力更大,则称所述分子表现出“特异性结合”或
“优先结合”。如果抗体相较于与其它物质结合以更大亲和力/亲合性、更容易地和/或以更
长持续时间与靶标结合(例如,相差统计学显著量),则所述抗体“特异性结合”或“优先结
合”到所述靶标。例如,特异性或优先结合到具体表位的抗体是相较于与其它表位结合以亲
和力/亲合性、更容易地和/或以更长持续时间结合所述具体表位的抗体。通过阅读本定义
还可以理解,例如特异性或优先结合到第一靶标的抗体(或部分或表位)可以特异性或优先
结合或不特异性或优先结合到第二靶标。因此,“特异性结合”或“优先结合”不一定需要(尽管它可以包含)排他性结合。通常但不是必须地,对结合的提及是指优先结合。
[0327] 免疫结合通常是指在免疫球蛋白分子和免疫球蛋白特异性的抗原之间发生的类型的非共价相互作用,例如(通过说明而非限制)由于静电、离子、亲水和/或疏水吸引或排
斥、位阻力、氢键合、范德华力和其它相互作用。免疫结合相互作用的强度或亲和力可以用
相互作用的解离常数(Kd)表示,其中Kd越小表示亲和力越大。可以使用本领域熟知的方法
定量选择多肽的免疫结合性质。一种此类方法需要测量抗原结合位点/抗原复合物形成和
解离的速率,其中这些速率取决于复合物配偶体的浓度、相互作用的亲和力、以及同等地影
响两个方向上的速率的几何参数。因此,“缔合速率常数”(Kon)和“解离速率常数”(Koff)都可以通过计算浓度和实际缔合和解离速率来确定。Koff/Kon的比率使得能够约去与亲和力无关
的所有参数,因此等于解离常数Kd。
[0328] 可以通过本领域普通技术人员已知的多种技术中的任何一种制备抗体。参见例如Harlow和Lane,《抗体:实验室手册(Antibodies:A Laboratory Manual)》,冷泉港实验室,
1988。可以例如使用Kohler和Milstein《,欧洲免疫学杂志(Eur.J.Immunol.)》,6:511-519,
1976及其改进制备目标多肽特异性单克隆抗体。还包含利用转基因动物(例如,小鼠)表达
人抗体的方法。参见例如Neuberger等人,《自然生物技术(Nature Biotechnology)》,14:
826,1996;Lonberg等人,《实验药理学手册(Handbook of Experimental Pharmacology)》,
113:49-101,1994;和Lonberg等人,《免疫学内部综述(Internal Review of 
Immunology)》,13:65-93,1995。特定实例包含 的 平台
(参见例如美国专利第6,596,541号)。
[0329] 还可以通过使用噬菌体展示或酵母展示文库来生成或标识抗体(参见例如美国专利第7,244,592号;Chao等人,《自然实验手册(Nature Protocols)》,1:755-768,2006)。可
用文库的非限制性实例包含克隆或合成文库,例如人组合抗体文库(HuCAL),其中人抗体库
的结构多样性由七个重链和七个轻链可变区基因表示。这些基因的组合在主文库中产生了
49个框架。通过在这些框架上叠加高度可变遗传盒(CDR=互补决定区),可以复制巨大的人
抗体库。还包含用编码轻链可变区/重链CDR-3的人供体源片段、编码重链CDR-1多样性的合
成DNA和编码重链CDR-2多样性的合成DNA设计的人文库。适合使用的其它文库对于本领域
技术人员而言是显而易见的。
[0330] 在某些实施例中,如本文所述的抗体及其抗原结合片段包含重链和轻链CDR组,其分别插入重链和轻链框架区(FR)组之间,其为CDR提供支持并限定CDR相对于彼此的空间关
系。如本文使用,术语“CDR组”是指重链或轻链V区的三个高变区。从重链或轻链的N-末端开
始,这些区域分别被表示为“CDR1”、“CDR2”和“CDR3”。因此,抗原结合位点包含六个CDR,包括来自重链和轻链V区中的每一个的CDR组。包括单个CDR(例如,CDR1、CDR2或CDR3)的多肽
在本文中被称为“分子识别单元”。许多抗原-抗体复合物的晶体学分析已经证明,CDR的氨
基酸残基与结合的抗原形成广泛接触,其中最广泛的抗原接触是与重链CDR3的接触。因此,
分子识别单元主要负责抗原结合位点的特异性。
[0331] 如本文使用,术语“FR组”是指构成(frame)重链或轻链V区的CDR组的CDR的四个侧接氨基酸序列。一些FR残基可能与结合的抗原接触;然而,FR主要负责将V区折叠成抗原结
合位点,特别是与CDR直接相邻的FR残基。在FR内,某些氨基酸残基和某些结构特征是非常
高度保守的。在这方面,所有V区序列含有约90个氨基酸残基的内部二硫键环。当V区折叠成
结合位点时,CDR被显示为形成抗原结合表面的突出环基序。通常认为,存在影响CDR环折叠
成某些“典型”结构的折叠形状的FR的保守结构区——无论有无精确的CDR氨基酸序列。此
外,已知某些FR残基参与非共价结构域间接触,其稳定了抗体重链和轻链的相互作用。
[0332] 免疫球蛋白可变结构域的结构和位置可以参考Kabat,E.A.等人,《免疫相关蛋白序列(Sequences of Proteins of Immunological Interest)》第4版,美国卫生与公众服
务部,1987及其更新来确定。
[0333] 还包含“单克隆”抗体,其是指同源抗体群,其中单克隆抗体包含参与表位的选择性结合的氨基酸(天然存在的和非天然存在)。单克隆抗体是高度特异性的,针对单个表位。
术语“单克隆抗体”不仅涵盖完整的单克隆抗体和全长单克隆抗体,还涵盖其片段(例如,
Fab、Fab'、F(ab')2、Fv)、单链(ScFv)、其变体、包括抗原结合部分的融合蛋白、人源化单克隆抗体、嵌合单克隆抗体、和包括具有所需特异性和结合到表位的能力的抗原结合片段(表
位识别位点)的免疫球蛋白分子的任何其它修饰构型。并不旨在限制抗体的来源或其制备
方式(例如,通过杂交瘤、噬菌体选择、重组表达、转基因动物)。所述术语包含全免疫球蛋白
以及上文在“抗体”定义下描述的片段等。
[0334] 蛋白水解酶木瓜蛋白酶优先切割IgG分子以产生几个片段,其中两个(F(ab)片段)各自包括包含完整的抗原结合位点的共价异二聚体。酶胃蛋白酶能够切割IgG分子以提供
几个片段,包含包括两个抗原结合位点的F(ab')2片段。根据本发明的某些实施例使用的Fv
片段可以通过IgM的优先蛋白水解切割产生,并且在极少数情况下由IgG或IgA免疫球蛋白
分子产生。然而,Fv片段更常用本领域已知的重组技术衍生。Fv片段包含非共价VH::VL异二
聚体,其包含保留天然抗体分子的大部分抗原识别和结合能力的抗原结合位点。参见Inbar
等人,《美国科学院院报(PNAS USA)》,69:2659-2662,1972;Hochman等人,《生物化学
(Biochem)》,15:2706-2710,1976;和Ehrlich等人,《生物化学(Biochem)》,19:4091-4096,
1980。
[0335] 在某些实施例中,考虑了单链Fv或scFV抗体。例如,κ抗体(Ill等人,《蛋白质工程(Prot.Eng.)》,10:949-57,1997);微抗体(Martin等人,《欧洲分子生物学学会杂志(EMBO 
J)》,13:5305-9,1994);双抗体(Holliger等人,《美国科学院院报(PNAS)》,90:6444-8,
1993);或Janusin(Traunecker等人,《欧洲分子生物学学会杂志(EMBO J)》,10:3655-59,
1991;和Traunecker等人,《国际癌症杂志副刊(Int.J.Cancer Suppl.)》,7:51-52,1992)可
以遵照本申请关于选择具有期望特异性的抗体的教导使用标准分子生物学技术制备。
[0336] 单链Fv(sFv)多肽是共价连接的VH::VL异二聚体,其从包含通过肽编码连接子连接的VH和VL编码基因的基因融合体表达。Huston等人(《美国科学院院报(PNAS USA)》,85
(16):5879-5883,1988)。已经描述了多种方法来辨别用于将天然聚集但化学分离的轻和重
多肽链从抗体V区转化成sFv分子的化学结构,所述sFv分子将折叠成基本上类似于抗原结
合位点的结构的三维结构。参见例如授予Huston等人的美国专利第5,091,513号和第5,
132,405号;和授予Ladner等人的美国专利第4,946,778号。
[0337] 在某些实施例中,如本文所述的抗体是“双抗体”的形式。双抗体是多肽的多聚体,每种多肽包括第一结构域和第二结构域,所述第一结构域包括免疫球蛋白轻链的结合区,
所述第二结构域包括免疫球蛋白重链的结合区,所述两个结构域连接(例如,通过肽连接
子)但不能彼此缔合形成抗原结合位点:通过多聚体内一种多肽的第一结构域与多聚体内
另一种多肽的第二结构域的缔合形成抗原结合位点(WO94/13804)。抗体的dAb片段由VH结
构域组成(Ward等人,《自然(Nature)》,341:544-546,1989)。可以例如通过基因融合构建双
抗体和其它多价或多特异性片段(参见WO94/13804;和Holliger等人,《美国科学院院报
(PNAS USA)》,90:6444-6448,1993))。
[0338] 还包含包括与CH3结构域连结的scFv的微抗体(参见Hu等人,《癌症研究(Cancer Res.)》,56:3055-3061,1996)。还参见Ward等人,《自然(Nature)》,341:544-546,1989;Bird等人《,科学(Science)》,242:423-426,1988;Huston等人,《美国科学院院报(PNAS USA)》,
85:5879-5883,1988);PCT/US92/09965;WO94/13804;和Reiter等人,《自然生物技术
(Nature Biotech)》,14:1239-1245,1996。
[0339] 在应使用双特异性抗体的情况下,这些可以是常规的双特异性抗体,其可以以多种方式制造(Holliger和Winter,《生物技术现状(Current Opinion Biotechnol.)》,4:
446-449,1993),例如化学制备或从杂交杂交瘤制备,或可以是上述任何双特异性抗体片
段。可以仅使用可变结构域在没有Fc区的情况下构建双抗体和scFv,从而潜在地降低抗独
特型反应的作用。
[0340] 与双特异性全抗体相反,双特异性双抗体也可能是特别有用的,因为它们可以容易地构建并在大肠杆菌中表达。可以使用噬菌体展示(WO94/13804)容易地从文库选择具有
适当结合特异性的双抗体(和许多其它多肽,例如抗体片段)。如果双抗体的一个臂要保持
恒定,例如具有针对抗原X的特异性,则可以制备改变另一个臂并选择具有适当特异性的抗
体的文库。双特异性全抗体可以通过钮入扣工程(knobs-into-holes engineering)制备
(Ridgeway等人,《蛋白质工程(Protein Eng.)》,9:616-621,1996)。
[0341] 在某些实施例中,本文描述的抗体可以以 的形式提供。 是去除了铰链区的IgG4抗体(参见GenMab,乌特勒支,荷兰;还参见例如US20090226421)。与目前
的小抗体形式相比,本抗体技术创建了一种稳定的具有更长的预期治疗窗口且更小的抗体
形式。IgG4抗体被认为是惰性的,因此不与免疫系统相互作用。可以通过消除抗体的铰链区
来修饰全人IgG4抗体,以获得相对于相应的完整IgG4具有不同稳定性性质的半分子片段
(GenMab,乌特勒支)。将IgG4分子减半只留下 上可以结合到同源抗原(例如,疾
病靶标)的一个区域,因此 单价地与靶细胞上的唯一一个位点结合。
[0342] 在某些实施例中,本文提供的抗体可以采用纳米抗体的形式。微抗体由单个基因编码,并且在几乎所有原核和真核宿主中有效产生,例如大肠杆菌(参见美国专利第6,765,
087号)、霉菌(例如,曲霉属或木霉属)和酵母(例如,酵母属、克鲁维酵母属、汉逊酵母属或
毕赤酵母属(参见美国专利第6,838,254号)。生产过程是可扩展的,并且已经生产了数千克
量的纳米抗体。纳米抗体可以配制成具有长保质期的即用型溶液。纳米克隆方法(参见WO 
06/079372)是用于基于B细胞的自动化高通量选择来生成针对期望靶标的纳米抗体的专有
方法。
[0343] 在某些实施例中,抗体或其抗原结合片段是人源化的。这些实施例是指通常使用重组技术制备的嵌合分子,其具有衍生自来自非人物种的免疫球蛋白的抗原结合位点和基
于人免疫球蛋白的结构和/或序列的分子的剩余免疫球蛋白结构。抗原结合位点可以包括
融合到恒定结构域上的完整可变结构域或仅包括移植到可变结构域中的适当框架区上的
CDR。表位结合位点可以是野生型或通过一个或多个氨基酸取代修饰。这消除了作为人类个
体中的免疫原的恒定区,但是仍存在对外源可变区的免疫反应的可能性(LoBuglio等人,
《美国科学院院报(PNAS USA)》,86:4220-4224,1989;Queen等人,《美国科学院院报(PNAS 
USA)》,86:10029-10033,1988;Riechmann等人,《自然(Nature)》,332:323-327,1988)。用于抗体人源化的说明性方法包含美国专利第7,462,697中描述的方法。
[0344] 另一种方法不仅关注提供人源恒定区,而且还关注修饰可变区以便将它们重塑,尽可能地接近人类形式。已知重链和轻链的可变区含有三个互补决定区(CDR),其响应于所
讨论的表位而不同并确定结合能力,侧接有四个框架区(FR),其在给定物种中是相对保守
的并假定为CDR提供支架。当针对特定表位制备非人抗体时,可以通过将衍生自非人抗体的
CDR移植到待修饰的人抗体中存在的FR上来“重塑”或“人源化”可变区。Sato等人,《癌症研究(Cancer Res)》,53:851-856,1993;Riechmann等人,《自然(Nature)》,332:323-327,
1988;Verhoeyen等人,《科学(Science)》,239:1534-1536,1988;Kettleborough等人,《蛋白质工程(Protein Engineering)》,4:773-3783,1991;Maeda等人,《人抗体杂交瘤(Human 
Antibodies Hybridoma)》,2:124-134,1991;Gorman等人《,美国科学院院报(PNAS USA)》,
88:4181-4185,1991;Tempest等人,《生物技术(Bio/Technology)》,9:266-271,1991;Co等
人,《美国科学院院报(PNAS USA)》,88:2869-2873,1991;Carter等人,《美国科学院院报
(PNAS USA)》,89:4285-4289,1992;和Co等人,《免疫学杂志(J Immunol)》,148:1149-1154,
1992已经报道了本方法在各种抗体中的应用。在一些实施例中,人源化抗体保留所有CDR序
列(例如,含有来自小鼠抗体的所有六个CDR的人源化小鼠抗体)。在其它实施例中,人源化
抗体具有相对于原始抗体改变的一个或多个CDR(一个、两个、三个、四个、五个、六个),其也被称为“衍生自”来自原始抗体的一个或多个CDR的一个或多个CDR。
[0345] 在某些实施例中,抗体可以是嵌合抗体。在这方面,嵌合抗体包含抗体的抗原结合片段,所述抗体可操作地连接或以其它方式融合到不同抗体的异源Fc部分。在某些实施例
中,异源Fc结构域是人源的。在其它实施例中,异源Fc结构域可以来自与亲本抗体不同的Ig
类,包含IgA(包含IgA1和IgA2亚类)、IgD、IgE、IgG(包含IgG1、IgG2、IgG3和IgG4亚类)和
IgM。在另外的实施例中,异源Fc结构域可以包含来自一个或多个不同Ig类的CH2和CH3结构
域。如上文关于人源化抗体所述,嵌合抗体的抗原结合片段可以仅包括本文描述的抗体的
一个或多个CDR(例如,本文描述的抗体的1、2、3、4、5或6个CDR),或可以包括整个可变结构
域(VL、VH或两者)。
[0346] 在一些实施例中,免疫调节剂是或包括靶分子的“配体”(例如,天然配体)。“配体”通常是指与靶分子(例如,生物分子)形成复合物以用于生物学目的的物质或分子,并且包含“蛋白质配体”,其通常通过结合到靶分子或靶蛋白上的位点产生信号。因此,某些试剂是
蛋白质配体,其本质上结合到靶分子并产生信号。还包含“修饰的配体”,例如与药代动力学
修饰剂(例如,衍生自免疫球蛋白的Fc区)融合的蛋白质配体。
[0347] 在一些实施例中,免疫调节剂或抑制剂是反义试剂。因此,在一些实施例中,本文描述的靶蛋白、靶序列和/或靶基因(例如,S1PR、钙调神经磷酸酶、mTOR、IDO、IMPDH、细胞因子和/或细胞因子受体、B细胞受体、激酶)被任何种类的反义试剂靶向,包含基于寡核苷酸
的试剂或方法。反义试剂或寡核苷酸通常包括靶向靶序列内的区域(例如,与其充分互补或
特异性杂交)的碱基序列,所述区域任选地包含以下中的一种或多种:包含mRNA的AUG起始
密码子或在其周围的区域(例如,起始密码子上游的区域、起始密码子下游的区域、包含起
始密码子的区域)、预处理mRNA的3'或5'剪接位点、剪接受体位点上游的富含嘧啶或多聚嘧
啶串、外显子-内含子边界、内含子-外显子边界、分支位点、外显子剪接增强子元件、5'和3'
非翻译区和多腺苷酸化信号序列。
[0348] 在某些实施例中,反义试剂能够在向有需要的受试者施用时或在与细胞(例如,肌细胞)接触时有效地修饰靶基因的表达(例如,降低表达、改变剪接)。本要求通常在反义试
剂(a)具有被哺乳动物细胞(例如,肌细胞)主动摄取的能力,并且(b)一旦摄取在大于约45
℃的Tm下与靶RNA形成双链体时得到满足。
[0349] 某些“反义试剂”包含“反义寡核苷酸”、“反义寡聚体”和“寡核苷酸”,其是指核苷酸或核苷酸类似物的线性序列,其允许核碱基通过Watson-Crick碱基配对与RNA中的靶序列杂交,以在靶序列内形成寡核苷酸:RNA异源双链体。术语“反义寡核苷酸”、“反义寡聚
体”、“寡聚体”和“化合物”可互换使用以指寡核苷酸。环状子单元可以基于核糖或另一种戊糖,或者在某些实施例中,基于吗啉代基团(参见下文对吗啉代寡核苷酸的描述)。还考虑了
肽核酸(PNA)、锁核酸(LNA)、三环DNA寡聚体、三环硫代磷酸寡核苷酸和2'-O-甲基寡核苷酸
以及本领域已知的其它反义试剂。
[0350] 在某些实施例中,“靶序列”包含包含mRNA的AUG起始密码子或在其周围的区域(例如,起始密码子上游的区域、起始密码子下游的区域、包含起始密码子的区域)、预处理mRNA
的3'或5'剪接位点、分支点或3'非编码mRNA区(例如,3'-UTR或多腺苷酸化信号)。靶序列可
以在外显子内或内含子内。剪接位点的靶序列可以包含其5'端在预处理mRNA(前mRNA)中的
正常剪接受体衔接点下游1到约25个碱基对处的mRNA序列。剪接区的示例性靶序列是预处
理mRNA的任何区域,其包含剪接位点或完全含在外显子编码序列内或跨越剪接受体或供体
位点。当反义试剂以本文所述和本领域已知的方式靶向靶标的氨基酸(例如,与其特异性杂
交或与其互补)时,所述反义试剂更通常被称为“靶向”生物相关靶标。本文描述了靶区或靶
序列的其它实例。
[0351] 术语“靶向序列”是与RNA中的“靶序列”互补(另外还指基本上互补)的寡核苷酸中的序列。反义试剂的完整序列或仅一部分可以与靶序列互补。例如,在具有20-30个碱基的
反义试剂中,约6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28或29个可以是与靶区互补的靶向序列。通常,靶向序列由寡核苷酸中的连续碱基形成,但也
可以可替代地由非连续序列形成,所述非连续序列在被放置到一起(例如,从寡核苷酸的相
对端)时构成跨越靶序列的序列。
[0352] 靶序列可以与靶向序列具有“近似”或“基本”互补性,并且仍然起到本公开目的的作用,即仍然是“互补的”。优选地,本公开中采用的寡核苷酸在10个核苷酸中具有至多一个
与靶序列的错配,优选在20个核苷酸中具有至多一个错配。可替代地,所采用的反义寡核苷
酸与示例性靶向序列具有至少90%序列同源性或同一性、至少95%序列同源性或同一性或
至少98%序列同源性或同一性。
[0353] 包含非天然存在的寡核苷酸或“寡核苷酸类似物”,其包含具有以下的寡核苷酸:(i)修饰的骨架结构,例如除了天然存在的寡核苷酸和多核苷酸中发现的标准磷酸二酯连
键外的骨架,和/或(ii)修饰的糖部分,例如吗啉代部分而非核糖或脱氧核糖部分。寡核苷
酸类似物支持能够通过Watson-Crick碱基配对氢键合到标准多核苷酸碱基的碱基,其中类
似物骨架以允许在寡核苷酸类似物分子和标准多核苷酸(例如,单链RNA或单链DNA)中的碱
基之间以序列特异性方式进行此氢键合的方式呈现碱基。类似物的特定实例包含具有基本
上不带电荷的含磷骨架的那些。
[0354] “核酸酶抗性”寡核苷酸是指其骨架以非杂交或杂交形式基本上对核酸酶切割(通过体内常见的细胞外和细胞内核酸酶(例如,通过核酸外切酶,例如3'-核酸外切酶、核酸内
切酶、核糖核酸酶H))具有抗性的寡核苷酸;即寡核苷酸在寡核苷酸所暴露于的体内的正常
核酸酶条件下表现出很少核酸酶切割的或未表现出核酸酶切割。“核酸酶抗性异源双链体”
是指通过反义寡核苷酸与其互补靶标结合形成的异源双链体,使得异源双链体基本上抵抗
细胞内和细胞外核酸酶(其能够切割双链RNA/RNA或RNA/DNA复合物)的体内降解。“异源双
链体”是指反义寡核苷酸和靶RNA的互补部分之间的双链体。
[0355] 在某些实施例中,反义寡核苷酸被识别为用于穿过细胞膜(例如,肌细胞膜)的活性或易化转运的底物。寡核苷酸与靶RNA形成稳定双链体的能力还可以涉及寡核苷酸骨架
的其它特征,包含反义寡核苷酸相对于靶标的长度和互补程度、G:C与A:T碱基匹配的比率
和任何错配碱基的位置。反义寡核苷酸抵抗细胞核酸酶的能力可以促进试剂的存活以及最
终递送到细胞质。因此,某些实施例包含非天然存在的具有核酸酶抗性或基本上具有核酸
酶抗性的反义寡核苷酸。
[0356] 在某些实施例中,反义寡核苷酸包括选自以下的非天然化学骨架:氨基磷酸酯或二氨基磷酸酯吗啉代寡核苷酸(PMO)、肽核酸(PNA)、锁核酸(LNA)、硫代磷酸寡核苷酸、三环
DNA寡核苷酸、三环硫代磷酸寡核苷酸、2'O-Me-修饰的寡核苷酸(例如,2'O-甲基硫代磷酸
寡核苷酸)或前述的任何组合。
[0357] 如果反义寡核苷酸在生理条件(其中Tm基本上大于40℃或45℃,优选至少50℃,通常为60℃-80℃或更高)下与靶标杂交,则所述寡核苷酸与靶序列或多核苷酸(例如,前
mRNA、mRNA)“特异性杂交”。此杂交优选对应于严格的杂交条件。在给定的离子强度和pH下,Tm是50%的靶序列与互补多核苷酸杂交的温度。此杂交可以在反义寡核苷酸与靶序列的
“近似”或“基本”互补性以及精确互补性的情况下发生。
[0358] 如本文使用,“足够长度”是指与本文所述的靶序列或基因中的至少8个(更通常8-40个)连续核碱基互补的反义寡核苷酸。足够长度的反义寡核苷酸具有至少最少数量的核
苷酸,以能够与靶序列或基因的区域特异性杂交。优选地,足够长度的寡核苷酸的长度为8
到30个核苷酸。更优选地,足够长度的寡核苷酸的长度为9到27个核苷酸。
[0359] 反义寡核苷酸通常包括多个核苷酸子单元,每个核苷酸子单元带有核碱基,其在被放置到一起时形成或包括靶向序列。因此,在一些实施例中,反义寡核苷酸的长度范围为
约10到约40个子单元或约10到30个子单元,并且通常为15-25个子单元。例如,在一些实施
例中,反义寡核苷酸的长度为约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、
26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个子单元,或长度范围为10个子单元到40个子单元、10个子单元到30个子单元、14个子单元到25个子单元、15个子单元到30个子
单元、17个子单元到30个子单元、17个子单元到27个子单元、10个子单元到27个子单元、10
个子单元到25个子单元和10个子单元到20个子单元。在某些实施例中,反义寡核苷酸的长
度为约10到约40或约5到约30个核苷酸。在一些实施例中,反义寡核苷酸的长度为约14到约
25或约17到约27个核苷酸。
[0360] 在一些实施例中,反义寡核苷酸的骨架基本上不带电荷,并且任选地被识别为用于穿过细胞膜的活性或易化转运的底物。在一些实施例中,所有核苷酸间连键均不带电荷。
寡核苷酸与靶RNA形成稳定双链体的能力还可以涉及骨架的其它特征,包含反义寡核苷酸
相对于靶标的长度和互补程度、G:C与A:T碱基匹配的比率和任何错配碱基的位置。反义寡
核苷酸抵抗细胞核酸酶的能力可以促进试剂的存活以及最终递送到细胞质。
[0361] 在某些实施例中,反义寡核苷酸具有至少一个在生理pH下带正电或阳离子的核苷间连键。在一些实施例中,反义寡核苷酸具有至少一个核苷间连键,其表现出约5.5至约12
的pKa。任选地,反义寡核苷酸与碱性氮和烷基、芳基或芳烷基基团具有至少一个核苷间连
键。在特定实施例中,一个或多个阳离子核苷间连键包括4-氨基哌啶-1-基(APN)基团或其
衍生物。尽管不受任何一种理论的束缚,但据信,寡核苷酸中的一个或多个阳离子连键(例
如,APN基团或APN衍生物)的存在促进了与靶核苷酸中带负电的磷酸酯的结合。因此,突变
RNA和含阳离子连键的寡核苷酸之间的异源双链体的形成可以通过离子吸引力和Watson-
Crick碱基配对保持在一起。
[0362] 在一些实施例中,阳离子连键的数量为至少2个且不大于总核苷间连键的约一半,例如约或不大于约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个阳离子连键。然而,在一些实施例中,至多所有核苷间连键是阳离子连键,例如约或至少约1、2、3、4、
5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、
32、33、34、35、36、37、38、39或40个总核苷间连键是阳离子连键。在具体实施例中,约19-20个子单元的寡核苷酸可以具有2-10个(例如,4-8个)阳离子连键,其余为不带电荷连键。在
其它具体实施例中,14-15个子单元的寡核苷酸可以具有2-7个(例如,2、3、4、5、6或7个)阳
离子连键,其余为不带电荷连键。因此,寡核苷酸中阳离子连键的总数可以在约1到10到15
到20到30或更多(包含其间的所有整数)之间变化,并且可以散布在整个寡核苷酸中。
[0363] 在一些实施例中,反义寡核苷酸可以每2-5个或2、3、4或5个不带电荷连键具有约或至多约1个阳离子连键,例如每10个不带电荷连键约4-5个或4或5个。
[0364] 某些实施例包含含有约10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或100%阳离子连键的反义寡核苷酸。
在某些实施例中,如果约25%的骨架连键是阳离子的,则可见反义活性的最佳改善。在某些
实施例中,在存在少量(例如,10-20%)阳离子连键时,或阳离子连键的数量在50-80%的范
围内(例如,约60%),可见增强。
[0365] 在一些实施例中,阳离子连键沿骨架散布。此些寡核苷酸任选地含有至少两个连续的不带电荷连键;即寡核苷酸任选地沿其整个长度不具有严格交替的图案。在具体情况
下,每一个或两个阳离子连键沿骨架分开至少1、2、3、4或5个不带电荷的连键。
[0366] 还包含具有阳离子连键区和不带电荷连键区块的寡核苷酸。例如,中心不带电荷连键区块可以侧接有阳离子连键区块,反之亦然。在一些实施例中,寡核苷酸具有大致相
等长度的5'、3'和中心区域,并且中心区域中阳离子连键的百分比大于阳离子连键的总数
的约50%、60%、70%或80%。
[0367] 在某些反义寡核苷酸中,大部分阳离子连键(例如,70%、75%、80%、90%的阳离子连键)分布在靠近“中心区域”骨架连键的位置,例如6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个最中心连键。例如,16、17、18、19、20、21、22、23或24聚体寡核苷酸的至少50%、60%、70%或
80%的总阳离子连键可以位于8、9、10、11或12个最中心连键。
[0368] 如上所述,反义寡核苷酸可以采用多种反义化学成分。寡核苷酸化学成分的实例包含但不限于肽核酸(PNA)、锁核酸(LNA)、硫代磷酸酯、2'O-Me-修饰的寡核苷酸、吗啉代、
PMO、PPMO、PMO+和PMO-X化学成分(包含前述任何的组合)。通常,PNA和LNA化学成分可以利
用较短的靶向序列,因为它们相对于PMO和2'O-Me寡核苷酸具有相对高的靶结合强度。通常
将硫代磷酸酯和2'O-Me-修饰的化学成分组合以生成2'O-Me-硫代磷酸酯骨架。参见例如
PCT出版号WO/2013/112053和WO/2009/008725,其通过引用整体并入本文。
[0369] 肽核酸(PNA)是DNA的类似物,其中的骨架与脱氧核糖骨架在结构上是同形的,由与嘧啶或嘌呤碱基附接的N-(2-氨基乙基)甘氨酸单元组成。含有天然嘧啶和嘌呤碱基的
PNA遵循Watson-Crick碱基配对规则与互补寡核苷酸杂交,并且在碱基对识别方面酷似DNA
(Egholm,Buchardt等人,1993)。PNA的骨架由肽键而不是磷酸二酯键形成,使得它们非常适
合反义应用(参见下面的结构)。骨架不带电荷,从而产生表现出大于正常热稳定性的PNA/
DNA或PNA/RNA双链体。PNA不被核酸酶或蛋白酶识别。
[0370] 尽管天然结构发生了根本性的结构变化,但PNA能够以螺旋形式与DNA或RNA进行序列特异性结合。PNA的特性包含对互补DNA或RNA的高结合亲和力、由单碱基错配引起的去
稳定作用、对核酸酶和蛋白酶的抗性、与DNA或RNA的杂交(不依赖于盐浓度和与同型嘌呤
TM
DNA形成三链体)。PANAGENE 已开发了Bts PNA单体(Bts;苯并噻唑-2-磺酰基基团)和寡聚
工艺。使用Bts PNA单体的PNA寡聚由脱保护、偶联和加帽的重复循环构成。PNA可以使用本
领域已知的任何技术合成地产生。参见例如美国专利第6,969,766号、第7,211,668号、第7,
022,851号、第7,125,994号、第7,145,006号和第7,179,896号。关于PNA的制备,还参见美国
专利第5,539,082号;第5,714,331号;和第5,719,262号。PNA化合物的进一步教导可以在
Nielsen等人,《科学(Science)》,254:1497-1500,1991中找到。前述每一个都通过引用整体
并入。
[0371] 反义寡核苷酸化合物还可一含有“锁核酸”子单元(LNA)。“LNA”是被称为桥接核酸(BNA)的一类修饰的成员。BNA的特征在于共价连键,其将核糖环的构象锁定在C30-内(北)
糖皱褶中。对于LNA,桥由2'-O和4'-C位置之间的亚甲基构成。LNA增强骨架预组织和碱基堆
积以增加杂交和热稳定性。LNA的结构可以在例如Wengel等人,《化学通讯(Chemical 
Communications)》(1998)455;《四面体(Tetrahedron)》(1998)54:3607和《化学研究报导
(Accounts of Chem.Research)》(1999)32:301;Obika等人,《四面体快报(Tetrahedron 
Letters)》(1997)38:8735;(1998)39:5401和《生物有机药物化学(Bioorganic Medicinal 
Chemistry)》(2008)16:9230中找到。
[0372] 本公开的化合物可以掺入一种或多种LNA;在一些情况下,化合物可以完全由LNA构成。用于合成单个LNA核苷子单元以及将其掺入寡核苷酸的方法描述于例如美国专利第
7,572,582号、第7,569,575号、第7,084,125号、第7,060,809号、第7,053,207号、第7,034,
133号、第6,794,499号和第6,670,461号中,其中每一个都通过引用整体并入。典型的子单
元间连接子包含磷酸二酯和硫代磷酸酯部分;可替代地,可以采用非含磷连接子。一个实施
例是含有LNA的化合物,其中每个LNA子单元被DNA子单元分开。某些化合物由交替的LNA和
DNA子单元构成,其中子单元间连接子是硫代磷酸酯。
[0373] “硫代磷酸酯”(或S-oligo)是正常DNA的变体,其中一个非桥接氧被硫置换。核苷酸间键的硫化降低了核酸内切酶和核酸外切酶(包含5'到3'和3'到5'DNA POL 1核酸外切
酶、核酸酶S1和P1、核糖核酸酶、血清核酸酶和蛇毒磷酸二酯酶)的作用。硫代磷酸酯通过两
种主要途径制备:通过单质硫的二硫化碳溶液对氢膦酸酯的作用,或通过用四乙基秋兰姆
二硫化物(TETD)或3H-1,2-苯并二硫醇-3酮1,1-二氧化物(BDTD)硫化亚磷酸三酯的方法
(参见例如Iyer等人,《有机化学杂志(J.Org.Chem.)》,55,4693-4699,1990)。后一种方法避
免了单质硫在大多数有机溶剂中的不溶性和二硫化碳的毒性问题。TETD和BDTD方法还产生
更高纯度的硫代磷酸酯。
[0374] 三环DNA(tc-DNA)是一类受约束的DNA类似物,其中通过引入环丙烷环来修饰每个核苷酸以限制骨架的构象灵活性并优化扭转γ的骨架几何形状。含有同型碱基腺嘌呤和
胸腺嘧啶的tc-DNA与互补RNA形成非常稳定的A-T碱基对。三环DNA及其合成描述于国际专
利申请出版号WO 2010/115993中。本公开的化合物可以掺入一种或多种三环DNA核苷酸;在
一些情况下,化合物可以完全由三环DNA核苷酸构成。
[0375] 三环硫代磷酸酯核苷酸是具有硫代磷酸酯子单元间连键的三环DNA核苷酸。三环硫代磷酸酯核苷酸及其合成描述于国际专利申请出版号WO 2013/053928中。本公开的化合
物可以掺入一种或多种三环DNA核苷酸;在一些情况下,化合物可以完全由三环DNA核苷酸
构成。
[0376] “2'O-Me寡核苷酸”分子在核糖分子的2'-OH残基处载有甲基基团。2'-O-Me-RNA表现出与DNA相同(或相似)的行为,但被保护免受核酸酶降解。2'-O-Me-RNA也可以与硫代磷
酸寡核苷酸(PTO)组合以进一步稳定化。可以根据本领域的常规技术合成2'O-Me寡核苷酸
(磷酸二酯或硫代磷酸酯)(参见例如Yoo等人,《核酸研究(Nucleic Acids Res)》,32:2008-
16,2004)。在一些情况下,2'O-Me寡核苷酸包括硫代磷酸酯连键(2'O-Me硫代磷酸寡核苷
酸)。
[0377] “吗啉代寡核苷酸”或“PMO”是指具有支持能够与典型多核苷酸氢键合的核碱基的骨架的寡核苷酸,其中所述聚合物缺少戊糖骨架部分,而是含有吗啉代环。因此,在PMO中,
吗啉代环结构支持碱基配对部分,以形成碱基配对部分的序列,其通常被设计成与细胞中
或所治疗的受试者中的选定反义靶标杂交。示例性“吗啉代”寡核苷酸包括通过氨基磷酸酯
或二氨基磷酸酯连键连接在一起的吗啉代子单元结构,将一个子单元的吗啉代氮连结到相
邻子单元的4'环外碳,每个子单元包括有效于通过碱基特异性氢键合结合到多核苷酸中的
碱基的嘌呤或嘧啶核碱基。吗啉代寡核苷酸(包含反义寡核苷酸)详述于例如美国专利第5,
698,685号;第5,217,866号;第5,142,047号;第5,034,506号;第5,166,315号;第5,185,444
号;第5,521,063号;第5,506,337号和待审美国专利申请12/271,036;12/271,040;和PCT出
版号WO/2009/064471和WO/2012/043730中,所有这些都通过引用整体并入本文。
[0378] 在寡核苷酸结构内,磷酸根基团通常被称为形成寡核苷酸的“核苷间连键”。RNA和DNA的天然存在的核苷间连键是3'到5'磷酸二酯连键。“氨基磷酸根”基团包括具有三个附
接的氧原子和一个附接的氮原子的磷,而“二氨基磷酸根”基团包括具有两个附接的氧原子
和两个连接的氮原子的磷。在本文所述的PMO和/或PMO-X寡核苷酸的不带电荷或阳离子子
单元间连键中,一个氮总是悬挂在主链上。二氨基磷酸酯连键中的第二个氮通常是吗啉代
环结构中的环氮。
[0379] “PMO-X”是指具有磷原子的二氨基磷酸酯吗啉代寡核苷酸(PMO),所述磷原子具有(i)与吗啉代环的氮原子的共价键和(ii)与4-氨基哌啶-1-基(即APN)或4-氨基哌啶-1-基
的衍生物的环氮的第二个共价键。示例性PMO-X寡核苷酸公开于PCT申请号PCT/US2011/
38459和PCT出版号WO/2013/074834中,其中每一个都通过引用整体并入本文。“PMO-apn”或
“APN”是指包括至少一个核苷间连键的PMO-X寡核苷酸,其中磷原子与吗啉代基团连接并且
与4-氨基哌啶-1-基(即APN)的环氮连接。在具体实施例中,包括本文所述的靶向序列的反
义寡核苷酸包括至少一个含APN连键或含APN衍生物连键。具体实施例包含具有约10%、
15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、
90%、95%或100%含APN/APN衍生物连键的PMO,其中其余连键(如果小于100%)是不带电
荷连键,例如,约或至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、
22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40总核苷间连键是含APN/APN衍生物连键。
[0380] 可以根据本文提供的方法和组合物使用的另外的反义寡核苷酸/化学成分包含在以下专利和专利出版物中描述的那些,其内容通过引用并入本文:PCT出版号WO/2007/
002390;WO/2010/120820;和WO/2010/148249;美国专利第7,838,657号;和美国申请第
2011/0269820号。
[0381] 在一些实施例中,免疫调节剂或抑制剂是RNA干扰(RNAi)试剂。因此,在一些实施例中,本文描述的靶蛋白、靶序列和/或靶基因(例如,S1PR、钙调神经磷酸酶、mTOR、IDO、
IMPDH、细胞因子和/或细胞因子受体、B细胞受体、激酶)被任何种类的基于RNA干扰的试剂
或方法靶向。RNA干扰(RNAi)是进化上保守的基因沉默机制,最初在秀丽隐杆线虫的研究中
发现(Lee等人,《细胞(cell)》,75:843,1993;Reinhart等人,《自然(Nature)》,403:901,
2000)。它可以通过将dsRNA引入表达适当分子机制的细胞中来触发,其然后降解相应的内
源mRNA。所述机制涉及将dsRNA转化为短RNA,所述短RNA将核糖核酸酶引导到同源mRNA靶标
(参见Ruvkun,《科学(Science)》,2294:797,2001)。
[0382] 在某些实施例中,当RNA试剂包括与以本文所述和本领域已知的方式对应于靶基因的“靶序列”的正义链时,其更通常被称为“被靶向”生物相关靶标(基因)。
[0383] RNAi试剂包含RNAi核酸分子和RNAi核酸类似物分子,例如短干扰核酸和短干扰核酸类似物(siNA),包含短干扰RNA和短干扰RNA核酸类似物(siRNA),并且包含例如双链RNA
和双链RNA类似物(dsRNA)、微RNA和微RNA类似物(miRNA)、短发夹RNA和短发夹RNA类似物
(shRNA)。
[0384] 某些实施例采用双链核糖核酸(dsRNA)分子作为RNAi试剂。dsRNA通常包括两条单链。dsRNA的一条链包括与靶基因或靶序列的一部分基本上相同的核苷酸序列(“正义”链),
并且另一条链(“互补”或“反义”链)包括与靶区的一部分互补或基本上互补的核苷酸序列。
基本上相同的序列包含与靶序列具有至少约80、85、90、95、97、98、99%同一性的那些。链充分互补以杂交形成双链体结构。在某些实施例中,互补RNA链的长度可以小于30个核苷酸,
小于25个核苷酸,或甚至为19到24个核苷酸。在某些方面,互补核苷酸序列的长度可以为
20-23个核苷酸,或长度为22个核苷酸。在某些实施例中,RNAi试剂的正义链与本文所述的
靶序列的一部分基本上相同。在一些实施例中,反义链与本文所述的靶序列的一部分互补
或基本上互补。在某些实施例中,所述部分包括本文所述的靶序列的约、至少约或不大于约
6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个连续核苷酸,由其组成或基本由其组成。
[0385] 可以使用本领域已知的任何方式标识合适的siRNA序列。在一些情况下,使用本文所述的示例性靶序列,将Elbashir等人,《自然(Nature)》,411:494-498(2001)和Elbashir
等人,《欧洲分子生物学学会杂志(EMBO J.)》,20:6877-6888(2001)中描述的方法与
Reynolds等人,《自然生物技术(Nature Biotech.)》,22:326-330(2004)中提出的合理设计
规则相结合。
[0386] 通常,扫描来自目标靶基因的转录物的AUG起始密码子3'的核苷酸序列以找到二核苷酸序列(例如,AA、NA、CC、GG或UU,其中N=C、G或U)(参见例如Elbashir等人,《欧洲分子生物学学会杂志(EMBO J.)》,20:6877-6888(2001))。紧邻二核苷酸序列3'的核苷酸被标识
为潜在siRNA序列(即靶序列或正义链序列)。在一些情况下,紧邻二核苷酸序列3'的19、21、
23、25、27、29、31、33、35或更多个核苷酸被标识为潜在siRNA序列。在一些实施例中,二核苷酸序列是AA或NA序列,并且紧邻AA或NA二核苷酸3'的19个核苷酸被标识为潜在siRNA序列。
siRNA序列通常沿靶基因的长度在不同位置间隔开。为了进一步增强siRNA序列的沉默效
率,可以分析潜在siRNA序列以标识不含有与其它编码序列(例如,靶细胞或生物体中)同源
的区域的位点。例如,约21个碱基对的合适siRNA序列通常不会具有多于16-17个的与靶细
胞或生物体中的编码序列同源的连续碱基对。如果要从RNA Pol III启动子表达siRNA序
列,则选择缺少多于4个的连续A或T的siRNA序列。
[0387] 一旦已标识出潜在siRNA序列,就可以使用本领域已知的各种标准分析序列。例如,为了增强其沉默效率,可以通过合理的设计算法分析siRNA序列以标识具有一个或多个
以下特征的序列:(1)G/C含量为约25%到约60%G/C;(2)正义链的位置15-19处的至少3个
A/U;(3)没有内部重复;(4)正义链的位置19处的A;(5)正义链的位置3处的A;(6)正义链的
位置10处的U;(7)正义链的位置19处没有G/C;和(8)正义链的位置13处没有G。并入了为这
些特征中的每一个赋予合适值并且可用于siRNA选择的算法的siRNA设计工具是已知的。本
领域技术人员将理解,可以选择具有一种或多种前述特性的序列以进行其作为潜在siRNA
序列的进一步分析和测试。
[0388] 另外,具有一种或多种以下标准的潜在siRNA靶序列通常可以作为siRNA消除:(1)一排中包括一连串4个或更多个相同碱基的序列;(2)包括G的均聚体的序列(即减少由于这
些聚合物的结构特性可能产生的非特异性作用;(3)包括三重碱基基序(例如,GGG、CCC、AAA
或TTT)的序列;(4)一排中包括连串7个或更多个G/C的序列;和(5)包括产生内部折回结构
的候选物内的4个或更多个碱基的直接重复的序列。然而,本领域技术人员将理解,仍然可
以选择具有一种或多种前述特性的序列以进行其作为潜在siRNA序列的进一步分析和测
试。
[0389] 在一些实施例中,可以基于siRNA双链体不对称性进一步分析潜在siRNA靶序列,如在例如Khvorova等人,《细胞(Cell)》,115:209-216(2003);和Schwarz等人,《细胞
(Cell)》,115:199-208(2003)中所述。在某些实施例中,可以基于mRNA靶位点处的二级结构
进一步分析潜在siRNA靶序列,如在例如Luo等人,《生物物理学研究通讯
(Biophys.Res.Commun.)》,318:303-310(2004)中所述。例如,可以使用Mfold算法对mRNA二
级结构进行建模,以选择有利于存在较少碱基配对和茎环形式的二级结构的mRNA靶位点的
可及性的siRNA序列。
[0390] 还可以分析潜在siRNA序列是否存在任何免疫刺激性质,例如使用体外细胞因子测定或体内动物模型。siRNA序列的正义和/或反义链中的基序,例如富含GU的基序(例如,
5'-GU-3'、5'-UGU-3'、5'-GUGU-3'、5'-UGUGU-3'等)也可以提供序列是否可以是免疫刺激
性的指示。一旦发现siRNA分子是免疫刺激性的,则可以对其进行修饰以降低其如本文所述
的免疫刺激性质。作为一个非限制性实例,可以在一定条件下使siRNA序列与哺乳动物反应
细胞接触,使得细胞产生可检测的免疫反应以确定siRNA是免疫刺激性siRNA还是非免疫刺
激性siRNA。哺乳动物反应细胞可以来自原初(naive)哺乳动物(即之前未与siRNA序列接触
的哺乳动物)。哺乳动物反应细胞可以是例如外周血单核细胞(PBMC)、巨噬细胞等。可检测
的免疫反应可以包括产生细胞因子或生长因子,例如TNF-α、IFN-α、IFN-β、IFN-γ、IL-6、IL-12或其组合。然后可以通过用修饰的核苷酸置换正义和/或反义链上的至少一个核苷酸
来修饰被标识为免疫刺激性的siRNA分子以降低其免疫刺激性质。例如,siRNA双链体的双
链区域中小于约30%(例如,小于约30%、25%、20%、15%、10%或5%)的核苷酸可以用修
饰的核苷酸(例如,2'OMe核苷酸)置换。然后可以使修饰的siRNA与如上所述的哺乳动物反
应细胞接触,以证实其免疫刺激性质已被降低或消除。
[0391] RNAi试剂通常包含双链部分(尽管任选地且可能优选地存在任何单链突出端),其包括至少16个碱基,任选地至少17个碱基,更任选地至少18个碱基,再更优选地至少19个碱
基,并且通常包括18至35个碱基,任选地19至30个碱基,更任选地20至25个碱基,甚至更任
选地21至23个碱基,所述碱基与需要其沉默并且因此其被所述RNAi试剂靶向的mRNA相同或
几乎相同(例如,表现出与其具有90%或更大(例如,至少95%)的序列同一性,或表现出与
其具有最多2个和任选地仅1个错配)。
[0392] 在某些实施例中,至少一条RNA链包括长度为1到4个核苷酸的核苷酸突出端。在一些实施例中,dsRNA包括至少一种化学修饰的核苷酸。在某些方面,包括1到4个核苷酸的单
链突出端的dsRNA可以包括其中与末端核苷酸对直接相邻的单链突出端的未配对核苷酸含
有嘌呤碱基的分子。在一些实施例中,dsRNA两端的最后的互补核苷酸对是G-C对,或者最后
四个末端核苷酸对中的至少两个是G-C对。
[0393] 在某些实施例中,RNAi试剂包含微RNA。微RNA代表在生物体中天然产生的大量小RNA,其中一些调节靶基因的表达。微RNA由Dicer从大约70核苷酸单链发夹前体转录物形
成。(参见V.Ambros等人,《当代生物学(Current Biology)》,13:807,2003)。微RNA不会被翻译成蛋白质,而是与具体信使RNA结合,从而阻断翻译。据认为,微RNA与其靶标不精确地碱
基配对以抑制翻译。某些微RNA可以被转录为发夹RNA前体,然后其由Dicer酶加工成其成熟
形式。
[0394] 在某些实施例中,RNAi试剂或寡核苷酸是单链的。在一些实施例中,RNAi试剂或寡核苷酸是双链的。某些实施例包含短干扰RNA(siRNA)。在某些实施例中,双链寡核苷酸的第
一链比第二链多含有两个核苷残基。在其它实施例中,第一链和第二链具有相同数量的核
苷;然而,第一和第二链是偏移的,使得第一和第二链上的两个末端核苷不与互补链上的残
基配对。在某些情况下,未配对的两个核苷是胸苷残基。
[0395] 在调节剂包括siRNA的一些情况下,所述试剂包含与靶区具有足够同源性的区域并且具有足够的核苷酸长度,使得siRNA试剂或其片段介导靶基因或RNA的下调。应当理解,
在修饰的RNA或核苷酸替代物的情况下,术语“核糖核苷酸”或“核苷酸”也可以是指在一个
或多个位置处的修饰的核苷酸或替代物置换部分。因此,siRNA试剂是或包含与靶序列至少
部分互补的区域。siRNA试剂和靶序列之间不必存在完美的互补性,但对应性必须足以使
siRNA试剂或其切割产物能够指导序列特异性沉默(例如,通过靶RNA的RNAi切割)。与靶链
的互补性或同源性程度在反义链中是最关键的。尽管通常需要完美的互补性(特别是在反
义链中),但是一些实施例包含相对于靶序列的一个或多个但优选10、8、6、5、4、3、2或更少个错配。在末端区中最容许错配,并且如果存在,错配优选在一个或多个末端区中,例如在
5'和/或3'末端的6、5、4或3个核苷酸内。正义链仅需要与反义链充分互补以维持分子的整
体双链特征。
[0396] 在一些实施例中,RNAi试剂或寡核苷酸(例如,siRNA寡核苷酸)被修饰或包含核苷替代物。siRNA试剂的单链区可以被修饰或包含核苷替代物,例如发夹结构的一个或多个未
配对的区域(例如,连接两个互补区的区域)可以具有修饰或核苷替代物。还包含稳定siRNA
试剂的一个或多个3'-或5'-末端(例如,针对核酸外切酶)或有利于反义siRNA试剂进入
RISC的修饰。示例性修饰包含C3(或C6、C7、C12)氨基连接子、硫醇连接子、羧基连接子、非核苷酸间隔子(C3、C6、C9、C12、无碱基、三甘醇、六甘醇)、和特殊的生物素或荧光素试剂,其以亚磷酰胺形式存在并且具有另一个DMT保护的羟基基团,从而允许在RNA合成期间多重偶
联。
[0397] 某些siRNA试剂包含例如足够长以引发干扰素反应并进入RISC(RNAi诱导的沉默复合物)的分子(其可由Dicer切割(Bernstein等人,2001,《自然(Nature)》,409:363-
366))。还包含足够短以至于不引发干扰素反应的分子(所述分子也可以被Dicer切割和/或
进入RISC),例如具有允许进入RISC的大小的分子,例如类似于Dicer切割产物的分子。足够
短以至于不引发干扰素反应的分子在本文中被称为siRNA试剂或较短RNAi试剂。所使用的
“siRNA试剂或较短RNAi试剂”是指足够短以至于在人细胞中不诱导有害的干扰素反应的
siRNA试剂,例如其具有小于60个但优选小于50、40或30个核苷酸对的双链区。siRNA调节剂
或其切割产物可以下调靶基因,例如通过相对于靶RNA诱导RNAi。
[0398] 在一些情况下,siRNA试剂的每条链的长度为约或小于约35、34、33、32、31、30、29、28、27、26、25、24、23、22、21、20、19、18、17、16或15个核苷酸。例如,每条链的长度可以为约
21至25个核苷酸。具体siRNA试剂具有约17、18、19、29、21、22、23、24或25个核苷酸对的双链体区,和1-3个核苷酸的一个或多个突出端(例如,一个或两个3'突出端)。
[0399] 除了与靶RNA的同源性和下调靶基因的能力外,siRNA试剂可以具有以下一种或多种性质:尽管进行了修饰(甚至对于极大量的核苷或所有核苷),但它仍可以具有反义链,所
述反义链可以在适当的三维框架中呈现碱基(或修饰的碱基),以便能够形成正确的碱基配
对并与形成具有同源靶RNA的双链体结构,所述同源靶RNA足以允许下调靶标,例如通过靶
RNA的切割;尽管进行了修饰(甚至对于极大量的核苷或所有核苷),但它仍然可以具有“RNA
样”性质,即即使它不是基于核糖核苷酸的内容中唯一的或者甚至只是其一部分,它仍可以
具有RNA分子的整体结构、化学和物理性质。例如,siRNA试剂可以含有例如正义链和/或反
义链,其中所有核苷酸糖含有例如2'氟代替2'羟基。仍然可以预期本含有脱氧核糖核苷酸
的试剂表现出RNA样性质。尽管不希望受理论束缚,但电负性氟在附接于核糖的C2'位置时
偏好轴向取向。这种氟的空间偏好又可以迫使糖采用C3'-内皱褶。这与在RNA分子中观察到
的褶皱模式相同,并产生RNA典型性A-家族型螺旋。此外,由于氟是良好的氢键受体,它可以
参与相同的与已知稳定RNA结构的水分子的氢键合相互作用。通常,优选在2'糖位置处的修
饰的部分将能够进入H键合,核糖核苷酸的OH部分的H键合比脱氧核糖核苷酸的H部分的H键
合更具典型性。
[0400] 如本文使用的“单链RNAi试剂”是由单个分子构成的RNAi试剂。它可以包含通过链内配对形成的双链区,例如它可以是或包含发夹或锅柄结构。单链RNAi调节剂优选相对于
靶分子是反义的。单链RNAi试剂应足够长以至于它可以进入RISC并参与RISC介导的靶mRNA
的切割。单链RNAi试剂的长度为至少14个,更优选至少15、20、25、29、35、40或50个核苷酸。
长度优选小于200、100或60个核苷酸。
[0401] 发夹RNAi试剂可以具有等于或至少17、18、19、29、21、22、23、24或25个核苷酸对的双链体区。双链体区的长度优选等于或小于200、100或50。双链体区的某些长度范围为15-30、17到23、19到23和19到21个核苷酸对。发夹可以具有单链突出端或末端未配对区,优选
3',优选发夹的反义侧。在某些实施例中,突出端的长度为2-3个核苷酸。
[0402] 根据本文提供的方法利用的某些调节剂可以包括RNAi寡核苷酸,例如嵌合寡核苷酸或“嵌合体”,其含有两个或更多个化学上不同的区域,每个区域由至少一个单体单元构
成(在寡核苷酸化合物的情况下,即核苷酸)。这些寡核苷酸通常含有至少一个区域,其中寡
核苷酸被修饰以赋予寡核苷酸增加的对核酸酶降解的抗性、增加的细胞摄取和/或增加的
对于靶核酸的结合亲和力。因此,与硫代磷酸酯寡脱氧核苷酸相比,当使用嵌合寡核苷酸
时,通常可以用较短寡核苷酸获得可比结果。嵌合寡核苷酸可以形成为如上所述的两种或
更多种寡核苷酸、修饰的寡核苷酸、寡核苷酸和/或寡核苷酸模拟物的复合结构。此些寡核
苷酸在本领域中也被称为杂交体或空位体(gapmer)。教导了此些杂交结构的制备的代表性
美国专利包含但不限于美国专利第5,013,830号;第5,149,797号;第5,220,007号;第5,
256,775号;第5,366,878号;第5,403,711号;第5,491,133号;第5,565,350号;第5,623,065
号;第5,652,355号;第5,652,356号;第5,700,922号;和第5,955,589号,其中每一个都通过
引用并入本文。在某些实施例中,嵌合寡核苷酸是RNA-DNA、DNA-RNA、RNA-DNA-RNA、DNA-
RNA-DNA或RNA-DNA-RNA-DNA,其中寡核苷酸的长度为5至60个核苷酸。
[0403] 在一些方面,RNAi试剂包含包括至少一个与改变的或非天然的核碱基连系的配体的寡核苷酸。大量化合物可以用作改变的碱基。改变的碱基的结构在改变的碱基不应基本
上阻止寡核苷酸与其靶标(例如,mRNA)结合的程度上是重要的。在某些实施例中,改变的碱
基是二氟甲苯基、硝基吡咯基、硝基咪唑基、硝基吲哚基、萘基、蒽基、吡啶基、喹啉基、芘基或本文所述的任何一种非天然核碱基的二价自由基。在某些实施例中,非天然核碱基是二
氟甲苯基、硝基吡咯基或硝基咪唑基。在某些实施例中,非天然核碱基是二氟甲苯基。本领
域已知多种配体。例如,配体可以是类固醇、胆汁酸、脂质、叶酸、吡哆醛、B12、核黄素、生物素、芳香族化合物、多环化合物、冠醚、嵌入剂、切割分子、蛋白质结合剂或碳水化合物。在某些实施例中,配体是类固醇或芳香族化合物。在某些情况下,配体是胆固醇基。
[0404] 在一些实施例中,RNAi试剂是与配体连系的寡核苷酸,用于改善细胞靶向和摄取的目的。例如,RNAi试剂可以与抗体或其抗原结合片段连系。作为一个另外的实例,RNAi试
剂可以与特异性配体结合分子连系,例如特异性结合特定细胞表面受体的多肽或多肽片
段。
[0405] 在某些实施例中,RNAi试剂包括非天然核碱基。在一些实施例中,非天然核碱基是二氟甲苯基、硝基咪唑基、硝基吲哚基或硝基吡咯基。在某些实施例中,本文提供的调节剂
涉及双链寡核苷酸序列,其中两条链中只有一条含有非天然核碱基。在某些实施例中,如本
文使用的调节剂涉及双链寡核苷酸序列,其中两条链独立地包括至少一个非天然核碱基。
[0406] 在某些情况下,天然存在于核苷中的核糖部分用己糖置换。在某些方面,己糖是阿洛糖、阿卓糖、葡萄糖、甘露糖、古洛糖、艾杜糖、半乳糖、塔罗糖或其衍生物。在一个优选实施例中,己糖是D-己糖。在某些情况下,天然存在于核苷中的核糖部分用多环杂烷基环或环
己烯基基团置换。在某些情况下,多环杂烷基基团是在环中含有一个氧原子的双环。在某些
情况下,多环杂烷基基团是双环[2.2.1]庚烷、双环[3.2.1]辛烷或双环[3.3.1]壬烷。在某
些实施例中,寡核苷酸的骨架已被修饰以改善寡核苷酸化合物的治疗或诊断性质。在某些
实施例中,寡核苷酸的至少一个碱基或至少一个糖已被修饰以改善寡核苷酸化合物的治疗
或诊断性质。在寡核苷酸是双链的情况下,两条链是互补的、部分互补的或嵌合的寡核苷
酸。
[0407] 修饰的RNAi试剂的实例包含含有修饰的骨架或非天然核苷间连键的寡核苷酸。如本文所定义,具有修饰的骨架或核苷间连键的寡核苷酸包含在骨架中保留磷原子的那些和
在骨架中不具有磷原子的那些。在其糖间骨架中不具有磷原子的修饰的寡核苷酸也可以被
认为是寡核苷酸。下面描述具体寡核苷酸化学修饰。并非给定化合物中的所有位置需要均
匀地被修饰,并且实际上可以将多于一种以下修饰掺入单个寡核苷酸化合物中或甚至其单
个核苷酸中。
[0408] 修饰的核苷间连键或骨架的实例包含例如硫代磷酸酯、手性硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、磷酸三酯、氨基烷基磷酸酯、甲基和其它烷基膦酸酯(包含3'-亚烷基膦酸酯和手性
膦酸酯)、亚膦酸酯、氨基磷酸酯(包含3'-氨基氨基磷酸酯和氨基烷基氨基磷酸酯)、硫代氨
基磷酸酯、硫代烷基膦酸酯、硫代烷基磷酸三酯和具有正常3'-5'连键的硼烷磷酸酯、这些
的2'-5'连接的类似物和具有相反极性的那些,其中相邻的核苷单元对3'-5'到5'-3'或2'-
5'到5'-2'连接。还包含各种盐、混合盐和游离酸形式。
[0409] 教导上述含磷原子的连键的制备的代表性美国专利包含但不限于美国专利第3,687,808号;第4,469,863号;第4,476,301号;第5,023,243号;第5,177,196号;第5,188,897
号;第5,264,423号;第5,276,019号;第5,278,302号;第5,286,717号;第5,321,131号;第5,
399,676号;第5,405,939号;第5,453,496号;第5,455,233号;第5,466,677号;第5,476,925
号;第5,519,126号;第5,536,821号;第5,541,306号;第5,550,111号;第5,563,253号;第5,
571,799号;第5,587,361号;第5,625,050号和第5,697,248号,其中每一个都通过引用并入
本文。
[0410] 其中不包含磷原子的修饰的核苷间连键或骨架(即寡核苷酸)的实例具有由短链烷基或环烷基糖间连键、混合杂原子和烷基或环烷基糖间连键或一个或多个短链杂原子或
杂环糖间连键形成的骨架。这些包含具有吗啉代连键的那些(部分由核苷的糖部分形成);
硅氧烷骨架;硫化物、亚砜和砜骨架;甲乙酰基(formacetyl)和硫代甲乙酰基
(thioformacetyl)骨架;亚甲基甲乙酰基和硫代甲乙酰基骨架;含烯的骨架;氨基磺酸酯
骨架;亚甲基亚胺基和亚甲基肼基骨架;磺酸酯和磺酰胺骨架;酰胺骨架;和具有混合的N、
O、S和CH2组分的其它骨架。
[0411] 教导上述寡核苷酸的制备的代表性美国专利包含但不限于美国专利第5,034,506号;第5,166,315号;第5,185,444号;第5,214,134号;第5,216,141号;第5,235,033号;第5,
264,562号;第5,264,564号;第5,405,938号;第5,434,257号;第5,466,677号;第5,470,967
号;第5,489,677号;第5,541,307号;第5,561,225号;第5,596,086号;第5,602,240号;第5,
610,289号;第5,602,240号;第5,608,046号;第5,610,289号;第5,618,704号;第5,623,070
号;第5,663,312号;第5,633,360号;第5,677,437号;和第5,677,439号,其中每一个都通过
引用并入本文。
[0412] 在寡核苷酸模拟物的其它实例中,核苷单元的糖和核苷间连键(即骨架)可以用其它基团置换。保持核碱基单元与适当的核酸靶化合物杂交。已表现出具有优异杂交性质的
一种此寡核苷酸(寡核苷酸模拟物)被称为肽核酸(PNA)。在PNA化合物中,寡核苷酸的糖骨
架用含酰胺的骨架(特别是氨基乙基甘氨酸骨架)取代。核碱基被保留并直接地或间接地与
骨架的酰胺部分的原子结合。教导PNA化合物的制备的代表性美国专利包含但不限于美国
专利第5,539,082号;第5,714,331号;和第5,719,262号,其中每一个都通过引用并入本文。
PNA化合物的另外的教导可以在Nielsen等人,《科学(Science)》,1991,254,1497中找到。
[0413] 还包含采用核酶的寡核苷酸。催化高度特异性核糖核酸内切酶活性的合成RNA分子及其衍生物被称为核酶。(一般参见授予Haseloff等人的美国专利第5,543,508号和授予
Goodchild等人的美国专利第5,545,729号)。切割反应由RNA分子自身催化。在天然存在的
RNA分子中,自催化切割位点位于RNA二级结构的高度保守区内(Buzayan等人,《美国科学院
院报(PNAS USA)》,83:8859,1986)。天然存在的自催化RNA分子已被修饰以生成核酶,其可
以以高度特异性靶向特定细胞或致病性RNA分子。因此,核酶用于与反义寡核苷酸相同的通
用目的(即调节特异性基因的表达),并且与寡核苷酸一样,核酶是具有单链性的显著部分
的核酸。即核酶与寡核苷酸具有显著的化学和功能同一性,并且因此被认为是用于本文所
述目的的等同物。
[0414] 在某些情况下,RNAi试剂可以通过非配体基团修饰。已经将多种非配体分子与寡核苷酸缀合以增强寡核苷酸的活性、细胞分布、细胞靶向或细胞摄取,并且进行此种缀合的
程序可在文献中获得。非配体部分的实例包含脂质部分,例如胆固醇(Letsinger等人,《美
国科学院院报(Proc.Natl.Acad.Sci.USA)》,1989,86:6553)、胆酸(Manoharan等人,《生物
有机与药物化学快报(Bioorg.Med.Chem.Lett.)》,1994,4:1053)、硫醚,例如己基-5-三苯
甲基硫醇(Manoharan等人,《纽约科学院年刊(Ann.N.Y.Acad.Sci.)》,1992,660:306;
Manoharan等人,《生物有机与药物化学快报(Bioorg.Med.Chem.Let.)》1993,3:2765)、硫代
胆固醇(Oberhauser等人,《核酸研究(Nucl.Acids Res.)》,1992,20:533)、脂肪链,例如十
二烷二醇或十一烷基残基(Saison-Behmoaras等人,《欧洲分子生物学学会杂志(EMBO 
J.)》,1991,10:111;Kabanov等人,《欧洲生化学会联合会快报(FEBS Lett.)》,1990,259:
327;Svinarchuk等人,《生物化学(Biochimie)》,1993,75:49)、磷脂,例如双十六烷基-rac-甘油或三乙基铵1,2-双-O-十六烷基-rac-甘油-3H-膦酸酯(Manoharan等人,《四面体快报
(Tetrahedron Lett.)》,1995,36:3651;Shea等人,《核酸研究(Nucl.Acids Res.)》,1990,
18:3777)、多胺或聚乙二醇链(Manoharan等人,《核苷和核苷酸(Nucleosides&
Nucleotides)》,1995,14:969)、或金刚烷乙酸(Manoharan等人,《四面体快报(Tetrahedron Lett.)》,1995,36:3651)、棕榈基部分(Mishra等人,《生物化学和生物物理学方法
(Biochim.Biophys.Acta)》,1995,1264:229)或十八烷基胺或己基氨基-羰基-羟胆固醇部
分(Crooke等人,《药理学与实验治疗学杂志(J.Pharmacol.Exp.Ther.)》,1996,277:923)。
典型的缀合方案涉及在序列的一个或多个位置处带有氨基连接子的寡核苷酸的合成。然后
使用适当的偶联或活化试剂使氨基基团与所缀合的分子反应。缀合反应可以在寡核苷酸仍
然与固体支持物结合的情况下进行,或者在寡核苷酸在溶液相中切割后进行。通过HPLC纯
化寡核苷酸缀合物通常提供纯的缀合物。
[0415] 提供某些示例性RNAi试剂用于在载体中递送。术语“载体”通常是指核酸节段可以插入并克隆(即传播)到的核酸分子(通常是DNA)。因此,载体通常将含有一个或多个独特的
限制性位点,并且可以能够在限定的宿主或载体生物体中自主复制,使得克隆的序列是可
再现的。载体可以按需包含但不限于质粒、噬菌粒、噬菌体、噬菌体衍生的载体、PAC、BAC、线性核酸(例如,线性DNA)、病毒载体等。表达载体通常被配置成允许和/或实现引入其中的核
酸或ORF在所需表达系统中(例如,在体外,在宿主细胞、宿主器官和/或宿主生物体中)的表
达。例如,表达载体可以有利地包括合适的调节序列。
[0416] 用于本文的示例性载体包含熟知的病毒载体,其包含衍生自例如但不限于以下的载体:逆转录病毒、痘苗病毒、痘病毒、腺病毒和腺相关病毒(AAV)。此些病毒载体可以通过
本身已知的重组技术进行工程化改造,以向其引入编码本文公开的任何一种反义或RNAi试
剂的核酸序列。
[0417] 例如,本文可以使用逆转录病毒载体来递送RNAi试剂。通常,逆转录病毒载体可以包括编码将重组病毒基因组(随机)整合到宿主细胞基因组中所必需的组分的逆转录病毒
基因组序列,和目标核酸序列(例如,特别是编码本文公开的任何一种反义或RNAi试剂的核
酸序列)。此些逆转录病毒载体可以使用标准重组技术(例如,Sambrook等人,《分子克隆:实
验室手册(Molecular Cloning:A Laboratory Manual)》,第2版,冷泉港实验室出版社,
1989)从各种逆转录病毒(包含例如B、C和D型逆转录病毒以及泡沫病毒和慢病毒(参见《RNA
肿瘤病毒(RNA Tumor Viruses)》,第二版,冷泉港实验室,1985))容易地构建。
[0418] 还可以考虑重组腺病毒载体用于如本文公开的RNAi试剂在宿主细胞中的递送和表达。基于腺病毒的病毒载体具有能够感染非分裂宿主细胞的优点,但重组病毒基因组未
整合到宿主细胞基因组中。例如,在Xia H等人(2002)(《自然生物技术(Nat.Biotech.)》,
20:1006-1010)中描述了合适的腺病毒载体、构建其重组腺病毒载体的方法和将重组载体
递送到宿主细胞中的方法。本文还考虑了重组AAV(RAAV)载体的使用。RAAV载体可以感染分
裂和非分裂细胞,并且可以将其重组病毒基因组掺入宿主细胞的基因组中。RAAV载体可以
由多种腺相关病毒生成,包含例如血清型1到6。通常,RAAV载体可以依次包括5'腺相关病毒
反向末端重复(ITR)、目标核酸(例如,特别是编码本文公开的任何一种反义或RNAi试剂的
核酸序列,其与调节其在宿主细胞或宿主生物体中的表达的序列可操作地连接)和3'腺相
关病毒ITR。另外,rAAV载体可以优选地具有多腺苷酸化信号。合适的RAAV载体尤其描述于
WO 1994/13788、WO 1993/24641和Goyenvalle等人,2004(《科学(Science)》,306:1796-
1799)中,其中反义序列与修饰的U7小核RNA连接。
[0419] 用于本文的其它示例性病毒载体是衍生自痘病毒(例如,痘苗病毒,例如减毒痘苗病毒,例如改良安卡拉病毒(MVA)或NYVAC)、禽痘病毒(例如,鸡痘病毒或金丝雀痘病毒)的
载体。
[0420] 调节剂的另外的实例,例如RNAi寡核苷酸(包含siRNA寡核苷酸),可以在美国申请出版号2009/0312531;2009/0318676;2011/0117125;2011/0269814;2007/0275465、2007/
0054279;2006/0287260;2006/0035254;和2006/0008822中找到,其都通过引用并入。
[0421] 使用方法
[0422] 某些实施例包含本文所述的HRS多肽/可表达多核苷酸和组合物单独或与免疫治疗剂组合用于治疗肺部炎症的用途。包含间质性肺病(ILD)和相关病症的治疗。在一些实施
例中,HRS多肽/可表达多核苷酸和组合物、方法和/或组合疗法用于减轻肺部炎症、治疗一
种或多种ILD和/或改善有需要的受试者中的疾病的临床症状或参数。
[0423] 因此,一些实施例包含治疗有需要的受试者中的肺部炎症的方法,其包括向受试者施用组氨酰-tRNA合成酶(HRS)多肽(例如,HRS-Fc融合多肽)或编码HRS多肽的可表达多
核苷酸。
[0424] 某些实施例包含治疗有需要的受试者中的肺部炎症的方法,其包括向受试者施用(a)组氨酰-tRNA合成酶(HRS)多肽或编码HRS多肽的可表达多核苷酸;和(b)免疫调节剂,例
如如本文所述。在一些实施例中,(a)和(b)分开施用,并且任选地如本文所述定义。在某些
实施例中,(a)和(b)一起施用,任选地作为本文所述的治疗组合物。
[0425] 在特定实施例中,免疫调节剂是吡非尼酮或尼达尼布。在一些方法或组合物中,吡非尼酮以约50到约1000mg的单独剂量单位或约、不大于约或至少约50、60、70、80、90、100、
110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、
300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、470、480、
490、500、10、520、530、540、550、560、570、580、590、600、610、620、630、640、650、660、670、
680、690、700、710、720、730、740、750、760、770、780、790、800、810、820、830、840、850、860、
870、880、890、900、910、920、930、940、950、960、970、980、990或1000mg的单独剂量单位施用,例如在约1、2或3粒胶囊中口服给药。
[0426] 在一些实施例中,吡非尼酮以约100到约4000mg/天的每日剂量单位或约、不大于约或至少约100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、
260、270、280、290、300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、
450、460、470、480、490、500、10、520、530、540、550、560、570、580、590、600、610、620、630、
640、650、660、670、680、690、700、710、720、730、740、750、760、770、780、790、800、810、820、
830、840、850、860、870、880、890、900、910、920、930、940、950、960、970、980、990、1000、
1200、1300、1400、1500、1600、1700、1800、2000、2100、2200、2300、2400、2500、2600、2700、
2800、2900、3000、3100、3200、3300、3400、3500、3600、3700、3800、3900或4000mg/天的每日剂量单位施用,例如在约1、2、3、4、5、6、7、8、9粒胶囊中口服给药。
[0427] 在具体实施例中,吡非尼酮以约800mg(例如,801mg)的单独剂量单位施用,例如作为三粒~267mg胶囊口服给药,以每单独剂量三粒胶囊形式服用,或吡非尼酮以约2400mg/
天(例如,2403mg/天)的每日剂量单位施用,例如作为九粒~267mg胶囊口服给药,每日三
次,以每单独剂量三粒胶囊形式服用。
[0428] 在一些方法或组合物中,尼达尼布以约10到约500mg的单独剂量单位或约、不大于约或至少约10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、
200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300、310、320、330、340、350、360、370、380、
390、400、410、420、430、440、450、460、470、480、490或500mg的单独剂量单位施用,例如在约
1、2或3粒胶囊中。
[0429] 在一些实施例中,尼达尼布以约20到约1000mg/天的每日剂量单位或约、不大于约或至少约20、30、40、50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、
210、220、230、240、250、260、270、280、290、300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、
400、410、420、430、440、450、460、470、480、490、500、510、520、530、540、550、560、570、580、
590、600、610、620、630、640、650、660、670、680、690、700、710、720、730、740、750、760、770、
780、790、800、810、820、830、840、850、860、870、880、890、900、910、920、930、940、950、960、
970、980、990、1000mg/天的每日剂量单位施用,例如在约1、2、3、4、5或6粒胶囊中。
[0430] 在具体实施例中,尼达尼布以约100到150mg或约200到300mg/天的每日剂量单位施用,例如每日剂量一次或两次,或尼达尼布以约100或150mg或约200到300mg/天的每日剂
量单位施用,例如每日剂量一次或两次。
[0431] 在一些实施例中,免疫调节剂使HRS多肽的一种或多种药代动力学特性相对于单独的HRS多肽改变或改善。药代动力学特性的实例包含稳定性或半衰期、生物利用度(被吸
收的药物的分数)、组织分布、分布容积(药物在静脉内注射后立即分布并在血浆和周围的
组织之间平衡的表观容积)、浓度(血浆中药物的初始或稳态浓度)、消除速率常数(药物从
体内去除的速率)、消除速率(平衡消除所需的输注速率)、浓度-时间图的曲线下面积(AUC
或暴露;浓度-时间曲线的积分,单次剂量后或稳态下)、清除率(每单位时间血清清除的药
物量)、Cmax(口服施用后药物的峰值血浆浓度)、tmax(达到Cmax的时间)、Cmin(在施用下一剂量前药物达到的最低浓度)和波动(稳态下一个给药间隔内的峰谷波动)。在具体实施例中,
HRS多肽的一种或多种改变的药代动力学特性是血清半衰期增加、生物利用度增加、暴露
(AUC)增加、血清浓度增加和/或清除率降低。
[0432] 在一些实施例中,免疫调节剂使受试者中的HRS多肽的半衰期或血清半衰期相对于单独的HRS多肽增加至少约10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150或200%或更多。在一些实施例中,免疫调节剂使受试者中的HRS多肽的生物利用度相对于单独的HRS多肽增加至
少约10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150或200%或更多。在一些实施例中,免疫调节剂使受试者中的HRS多肽的暴露(AUC)相对于单独的HRS多肽增加至少约10、20、30、40、50、60、
70、80、90、100、150或200%或更多。在一些实施例中,免疫调节剂使受试者中的HRS多肽的
血清浓度相对于单独的HRS多肽增加至少约10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150或
200%或更高。在一些实施例中,免疫调节剂使受试者中的HRS多肽的清除率相对于单独的
HRS多肽降低至少约10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150或200%或更多。在特定实施例FC1
中,HRS多肽包括SEQ ID NO:157(Fc-HRS(2-60)或HRS ),由其组成或基本由其组成,并且
免疫调节剂是吡非尼酮。在具体实施例中,吡非尼酮使受试者中的HRS多肽(例如,HRSFC1)的
血清浓度相对于单独的HRS多肽增加至少约10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150或
200%或更多。
[0433] 因此,某些实施例包含改变受试者中的HRS-Fc融合多肽的一种或多种药代动力学特性的方法,其包括向受试者施用HRS-Fc融合多肽或编码HRS-Fc融合多肽的可表达多核苷
酸,与吡非尼酮的组合。在特定实施例中,HRS-Fc融合多肽包括与选自表H8的序列具有至少
80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%同一性的氨基酸序列,由其组成或基FC1
本由其组成。在具体实施例中,HRS多肽包括SEQ ID NO:157(Fc-HRS(2-60)或HRS ),由其
组成或基本由其组成。
[0434] 在某些实施例中,有需要的受试者患有炎性肺病或间质性肺病或具有患炎性肺病或间质性肺病的风险。间质性肺病(ILD)是指广泛类型的肺病,其包含特征在于肺部的瘢痕
形成(即“纤维化”)和/或炎症的多于130种病症。ILD占肺病学家所见病例的15%。在一些情
况下,ILD是特发性的。然而,在一些情况下,ILD可以从各种来源或病状发展或与其相关,囊
括其它疾病到环境因素。ILD的一些病因或与其的相关包含例如结缔组织疾病、自身免疫疾
病(包含例如硬皮病/进行性全身性硬化病)、狼疮(全身性红斑狼疮)、类风湿性关节炎和多
肌炎/皮肌炎。还包含职业和环境暴露,包含例如暴露于吸入物质,例如灰尘、气体、过敏原
或毒素/毒物;暴露于药物,例如抗生素、化学治疗剂、抗心律失常剂和他汀类药物;暴露于
感染,例如肺炎(例如,非典型肺炎)、肺孢子虫性肺炎(PCP)、肺结核、沙眼衣原体、呼吸道合胞病毒(RSV)、隐源性机化性肺炎;暴露于放射治疗;和恶性肿瘤,例如淋巴管癌病或淋巴
瘤。在某些实施例中,有需要的受试者患有急性呼吸窘迫综合征(ARDS)。
[0435] 在ILD中,肺部中的组织变得发炎和/或形成瘢痕。肺部的间质包含血管和肺泡(肺胞囊)中及其周围的区域,氧气和二氧化碳的交换在此处发生。间质的炎症和瘢痕形成破坏
了本组织并导致肺从空气中提取氧气的能力降低。
[0436] ILD的进展因疾病并且因人而异。由于间质性肺病会破坏肺部中氧气和二氧化碳的转移,因此其症状通常表现为呼吸问题。ILD的两个最常见症状是运动时呼吸短促和干
咳。
[0437] 在某些实施例中,ILD选自特发性间质性肺炎、特发性肺纤维化、结节病、汉曼-里奇综合征、抗合成酶综合征、特发性嗜酸性粒细胞性肺炎、肺泡出血综合征、肺泡蛋白沉积
症、石棉沉滞症、硅肺病、铍中毒、类风湿性关节炎、红斑狼疮、慢性移植物抗宿主病伴肺部
受累、硬化病(全身性)或硬皮病、多肌炎、皮肌炎、慢性肺病、哮喘、支气管炎(呼吸性支气管炎)、肺炎、过敏性肺炎、慢性过敏性肺炎、呼吸窘迫综合征、斯蒂尔病、急性肺损伤、显微镜下多血管炎、肺水肿、肺朗格汉斯细胞组织细胞增生症、急性吸入性暴露、药物性肺病、脱屑
性间质性肺炎和/或囊性纤维化中的一种或多种或与其相关。
[0438] 某些遗传缺陷或突变也与ILD相关。例如,在某些实施例中,ILD与表面活性物质-蛋白B缺陷(SFTPB中的突变)、表面活性物质-蛋白C缺陷(SFTPC中的突变)、ABCA3缺陷
(ABCA3中的突变)、脑肺甲状腺综合征(TTF1中的突变)或先天性肺泡蛋白沉积症(CSFR2A、
CSFR2B中的突变)、肺泡毛细血管发育不良(FoxF1中的突变)、端粒酶逆转录酶(TERT)中的
突变、端粒酶RNA组分(TERC)中的突变、端粒延伸解旋酶调节因子1(RTEL1)中的突变和/或
poly(A)特异性核糖核酸酶(PARN)中的突变中的一种或多种相关。
[0439] 在一些实施例中,所述有需要的受试者患有选自特应性哮喘、非特应性哮喘、过敏性哮喘、特应性支气管IgE介导的哮喘、支气管哮喘、原发性哮喘、真哮喘、由病理生理障碍
引起的内源性哮喘、由环境因素引起的外源性哮喘、未知或不明病因的原发性哮喘、非特应
性哮喘、支气管哮喘、肺气肿性哮喘、运动诱发的哮喘、过敏原诱发的哮喘、冷空气诱发的哮
喘、职业性哮喘、由细菌、真菌、原生动物或病毒感染引起的感染性哮喘、非过敏性哮喘、早
期哮喘、喘息性婴儿综合征和支气管扩张、慢性或急性支气管收缩、慢性支气管炎、小气道
阻塞和肺气肿中的一种或多种的病状。
[0440] 在一些实施例中,有需要的受试者患有阻塞性或炎性气道疾病。实例包含慢性嗜酸性粒细胞性肺炎、慢性阻塞性肺病(COPD)、包含慢性支气管炎、肺气肿或呼吸困难的
COPD、特征在于不可逆进行性气道阻塞的COPD和急性呼吸窘迫综合征(ARDS)。在一些实施
例中,有需要的受试者患有与其它药物治疗后气道高反应性恶化相关的病状、与肺动脉高
压相关的气道疾病、支气管炎或急性支气管炎、急性喉气管支气管炎、花生仁吸入性支气管
炎、卡他性支气管炎、格鲁布性支气管炎、干性支气管炎、感染性哮喘性支气管炎、增生性支
气管炎、葡萄球菌或链球菌支气管炎、肺泡性支气管炎、急性肺损伤、支气管扩张或圆柱状
支气管扩张、囊状支气管扩张、梭形支气管扩张、毛细血管支气管扩张、囊性支气管扩张、干
性支气管扩张或滤泡性支气管扩张。
[0441] 在某些实施例中,如本文所述,有需要的受试者患有纤维化或肺纤维化。肺纤维化的严重程度可以用数值标度测量,其被称为Ashcroft评分(参见例如Ashcroft等人,《临床
病理学杂志(J.Clin.Path.)》,41:467-470,1988)。Ashcroft评分的范围囊括肺泡或支气管
壁的最小纤维增厚、壁的中度增厚且未伴有明显的肺部结构损伤、纤维化增加并伴有明确
的肺部结构损伤和纤维带或小纤维包块的形成、结构和大纤维区域的严重变形(包含“蜂窝
肺”)和所述区域的完全纤维性闭塞。Ashcroft评分为0表示正常肺部。在一些实施例中,例
如在治疗之前,有需要的受试者的Ashcroft评分为1、2、3、4、5、6、7或8(在标度上,1为最佳评分,8为最差评分)。
[0442] 在某些实施例中,肺部炎症具有自身免疫组分。例如,患有严重肺气肿的患者中的肺部和外周血T细胞当在体外用弹性蛋白肽刺激时分泌Th1细胞因子和趋化因子,并且与对
照相比,这些患者具有增加的抗弹性蛋白抗体(参见Goswami等人,《免疫学杂志(The 
Journal of Immunology)》,178:130.41,2007)。此外,对于肺上皮具有亲和性的IgG自身抗
体和介导细胞毒性的可能性在COPD患者中是普遍的(参见Feghali-Bostwick等人,《美国呼
吸与重症监护医学杂志(Am J Respir Crit Care Med)》,177:156-63,2008)。由于自身反
应性免疫反应在本疾病的病因学中可能是重要的,包含例如对自身抗原(例如,弹性蛋白)
的自身反应性反应可能在COPD中起作用,因此可以使用本文所述的组合疗法来使这些抗原
的免疫细胞脱敏,并从而减少肺部炎症。
[0443] 在一些实施例中,所述方法和组合物增加有需要的受试者的预期寿命,例如增加约或至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、
26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、
51、52、53、54、55、56、57、58、59、60或更多年。
[0444] 在一些实施例中,所述方法和组合物改善有需要的受试者种的肺部炎症的一个或多个临床症状或参数。示例性临床症状或参数包含肺纤维化、肺中的炎性细胞浸润、呼吸功
能和体重。
[0445] 因此,在一些实施例中,所述方法和组合物使有需要的受试者中的肺纤维化改善约或至少约10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900、
1000%或更多,例如如在约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、
22、23或24个月或更长时段内测量。特定实施例改善有需要的受试者中的肺纤维化,如通过
Ashcroft评分降低(例如,Ashcroft评分相对于较早的评分降低1、2、3、4、5、6、7或8个等级)测量。在一些实施例中,所述方法和组合物导致Ashcroft评分为0、1、2或3或更低。
[0446] 在一些实施例中,所述方法和组合物使肺中的炎性细胞浸润减少约或至少约10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900、1000%或更多,例如如在约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个月或更长时段内测量。
[0447] 在一些实施例中,所述方法和组合物使呼吸功能改善约或至少约10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900、1000%或更多,例如如在约1、
2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个月或更长时段内测量。在一些实施例中,呼吸功能选自呼气时间增加、吸气时间增加、峰值呼气流量减少、峰
值吸气流量减少、每分钟呼吸量(RMV)减少和呼吸率降低中的一种或多种。用于测量此些症
状或参数的示例性方法是本领域已知的或在本文中描述(参见实例)。
[0448] 药物组合物和试剂盒
[0449] 某些实施例包含药物组合物、治疗组合物和适于本文所述的HRS多肽/可表达多核苷酸和免疫调节剂的治疗性递送的调配物。因此,一些实施例包含药学上可接受的组合物,
其包括治疗有效量的一种或多种本文所述的HRS多肽/可表达多核苷酸和免疫调节剂,其与
一种或多种药学上可接受的载剂和/或稀释剂一起调配。
[0450] 所述组合物可以被特别调配成以固体或液体形式施用,包含适于以下的那些:(1)口服施用,例如浸液(水性或非水性溶液或混悬液)、片剂(例如,被靶向用于口腔、舌下和全
身吸收的那些)、大丸剂、粉末、颗粒、涂于舌头的糊剂;(2)肠胃外施用,例如通过皮下、肌肉内、静脉内或硬膜外注射,例如无菌溶液或混悬液、或缓释调配物;(3)局部涂用,例如涂于
皮肤的霜剂、软膏剂或控释剂贴剂或喷雾剂;(4)阴道内或直肠内,例如阴道栓剂、霜剂或泡
沫;(5)舌下;(6)眼部;(7)经皮;或(8)鼻腔。
[0451] 短语“药学上可接受的”在本文中用于指在合理的医学判断范围内适合用于与人类和动物的组织接触而与合理的利益/风险比相称但没有过量毒性、刺激、过敏反应或其它
问题或并发症的那些化合物、材料、组合物和/或剂型。
[0452] 如本文使用的短语“药学上可接受的载剂”是指药学上可接受的材料、组合物或媒剂,例如液体或固体填充剂、稀释剂、赋形剂、制造助剂(例如,润滑剂、滑石粉、硬脂酸镁、钙或锌、或硬脂酸)或溶剂包封材料,其涉及将主题化合物从一个器官或身体的一部分载运或
转运到另一个器官或身体的一部分。在与调配物的其它成分相容并且对受试者无害的意义
上,每种载剂必须是“可接受的”。
[0453] 可以用作药学上可接受的载剂的材料的一些实例包含但不限于:(1)糖,例如乳糖、葡萄糖和蔗糖;(2)淀粉,例如玉米淀粉和马铃薯淀粉;(3)纤维素及其衍生物,例如羧甲
基纤维素钠、乙基纤维素和乙酸纤维素;(4)粉末黄蓍胶;(5)麦芽;(6)明胶;(7)滑石粉;(8)赋形剂,例如可可脂和栓剂蜡;(9)油,例如花生油棉籽油、红花油、芝麻油、橄榄油、玉米油和豆油;(10)二醇,例如丙二醇;(11)多元醇,例如甘油、山梨糖醇、甘露醇和聚乙二醇;(12)酯,例如油酸乙酯和月桂酸乙酯;(13)琼脂;(14)缓冲剂,例如氢氧化镁和氢氧化;(15)海
藻酸;(16)无热原水;(17)等渗盐水;(18)林格氏溶液;(19)乙醇;(20)pH缓冲溶液;(21)聚
酯、聚碳酸酯和/或聚酐;和(22)药物调配物中采用的其它无毒相容物质。
[0454] 适用于与HRS多肽/可表达多核苷酸和免疫调节剂一起调配的试剂的另外的非限制性实例包含:PEG缀合的核酸、磷脂缀合的核酸、含有亲脂部分的核酸、硫代磷酸酯、P-糖
蛋白抑制剂(例如,Pluronic P85),其可以增强各种组织的药物进入;可生物降解聚合物,
例如用于植入后的持续释放递送的聚(DL-丙交酯-共-乙交酯)微球(Emerich,D F等人,
1999,《细胞移植(Cell Transplant)》,8,47-58),Alkermes,Inc.,坎布里奇,马萨诸塞州;
和负载的纳米颗粒,例如由聚氰基丙烯酸丁酯制成的那些,其可以穿过血脑屏障递送药物
并且可以改变神经元摄取机制(《神经心理药理学与生物精神病学进展(Prog 
Neuropsychopharmacol Biol Psychiatry)》,23,941-949,1999)。
[0455] 还包含包括表面修饰的脂质体的组合物,所述表面修饰的脂质体含有聚(乙二醇)脂质(PEG-修饰的、有支链的和无支链的或其组合,或长循环脂质体或隐形脂质体)。HRS多
肽/可表达多核苷酸和/或免疫调节剂还可以包括各种分子量的共价附接的PEG分子。这些
调配物提供了一种增加靶组织中药物积累的方法。与阳离子脂质体相比,长循环脂质体还
可以基于其避免在代谢侵袭性MPS组织(例如,肝脏和脾脏)中积累的能力在更大程度上保
护药物免受核酸酶降解。
[0456] 还包含被制备用于递送的组合物,如美国专利第6,692,911号、第7,163,695号和第7,070,807号中所述。在这方面,某些实施例包含单独的包括如美国专利第7,163,695号、
第7,070,807号和第6,692,911号中所述的赖氨酸和组氨酸(HK)的共聚物的组合物、其与
PEG(例如,有支链的或无支链的PEG或两者的混合物)的组合、其与PEG和靶向部分的组合或
任何前述物质与交联剂的组合。一些实施例在包括葡糖酸修饰的多组氨酸或葡糖酸化的多
组氨酸/转铁蛋白-聚赖氨酸的组合物中提供HRS多肽/可表达多核苷酸和/或免疫调节剂。
本领域技术人员还将认识到,具有与His和Lys相似的性质的氨基酸可以在组合物内被取
代。
[0457] 本文所述的某些试剂可以含有碱性官能团,例如氨基或烷基氨基,其能够与药学上可接受的酸形成药学上可接受的盐。在这方面,术语“药学上可接受的盐”是指试剂的相
对无毒的无机和有机酸加成盐。这些盐可以在施用媒剂中或在剂型制造过程中原位制备,
或者通过使纯化的试剂以其游离碱形式分别与合适的有机或无机酸反应并在随后的纯化
期间分离由此形成的盐来制备。代表性盐包含氢溴酸盐、盐酸盐、硫酸盐、硫酸氢盐、磷酸
盐、硝酸盐、乙酸盐、戊酸盐、油酸盐、棕榈酸盐、硬脂酸盐、月桂酸盐、苯甲酸盐、乳酸盐、磷酸盐、甲苯磺酸盐、柠檬酸盐、马来酸盐、富马酸盐、琥珀酸盐、酒石酸盐、萘酸盐、甲磺酸盐、葡庚糖酸盐、乳糖酸盐和月桂基磺酸盐等。
[0458] 本文所述试剂的药学上可接受的盐包含化合物的常规无毒盐或季铵盐,例如来自无毒的有机或无机酸。例如,此些常规的无毒盐包含衍生自无机酸(例如,盐酸、氢溴酸盐、
硫酸盐、氨基磺酸盐、磷酸盐、硝酸盐等)的那些;由有机酸(例如,乙酸、丙酸、琥珀酸、乙醇酸、硬脂酸、乳酸、苹果酸、酒石酸、柠檬酸、抗坏血酸、棕榈酸、马来酸、羟基马来酸、苯乙酸、谷氨酸、苯甲酸、水杨酸、磺胺酸、2-乙酰氧基苯甲酸、富马酸、甲苯磺酸、甲磺酸、乙烷二磺酸、草酸、异硫羰酸等)制备的盐。
[0459] 在某些实施例中,本文所述的试剂含有一个或多个酸性官能团,并因此能够与药学上可接受的碱形成药学上可接受的盐。在这些情况下,术语“药学上可接受的盐”是指试
剂的相对无毒的无机和有机碱加成盐。这些盐同样可以在施用媒剂中或在剂型制造过程中
原位制备,或者通过使纯化的化合物以其游离酸形式与合适的碱(例如,药学上可接受的金
属阳离子的氢氧化物、碳酸盐或碳酸氢盐)或与药学上可接受的有机伯胺、仲胺或叔胺分别
反应来制备。代表性碱金属或碱土金属盐包含锂盐、钠盐、盐、钙盐、镁盐和铝盐等。可用
于形成碱加成盐的代表性有机胺包含乙胺、二乙胺、乙二胺、乙醇胺、二乙醇胺、哌嗪等。
[0460] 润湿剂、乳化剂和润滑剂(例如,月桂基硫酸钠和硬脂酸镁)以及着色剂脱模剂、包衣剂、甜味剂调味剂香味剂、防腐剂和抗氧化剂也可以存在于组合物中。
[0461] 药学上可接受的抗氧化剂的实例包含:(1)水溶性抗氧化剂,例如抗坏血酸、半胱氨酸盐酸盐、硫酸氢钠、偏亚硫酸氢钠、亚硫酸钠等;(2)油溶性抗氧化剂,例如抗坏血酸棕
榈酸酯、丁基化羟基苯甲醚(BHA)、丁基化羟基甲苯(BHT)、卵磷脂、没食子酸丙酯、α-生育酚等;和(3)金属螯合剂,例如柠檬酸、乙二胺四乙酸(EDTA)、山梨糖醇、酒石酸、磷酸等。
[0462] 调配物包含适用于静脉内、肌肉内、口服、鼻腔、肺部、局部(包含口腔和舌下)、直肠、阴道和/或肠胃外施用的那些。调配物可以方便地以单位剂型存在,并且可以通过药学
领域熟知的任何方法制备。可以与载剂材料组合以产生单一剂型的活性成分的量将取决于
所治疗的宿主、特定施用方式而变化。可以与载剂材料组合以产生单一剂型的活性成分的
量通常是产生治疗作用的化合物的量。通常,在百分之百中,本量为约百分之0.1到约百分
之九十九活性成分,优选约百分之5到约百分之70,最优选百分之10到约百分之30。
[0463] 在某些实施例中,组合物或调配物包括赋形剂,其选自环糊精、纤维素、脂质体、胶束形成剂(例如,胆汁酸)和聚合载剂(例如,聚酯和聚酐);和HRS多肽/可表达多核苷酸和免
疫调节剂。
[0464] 适于口服施用的调配物可以是胶囊、扁囊剂、丸剂、片剂、糖锭剂(使用调味基质,通常是蔗糖和阿拉伯胶或黄蓍胶)、粉末、颗粒的形式,或作为水性或非水性液体中的溶液
或混悬液,或作为水包油或油包水液体乳剂,或作为酏剂或糖浆剂,或作为锭剂(使用惰性
基质,例如明胶和甘油或蔗糖和阿拉伯胶),和/或作为漱口水等,每个都含有预定量的HRS
多肽/可表达多核苷酸和/或免疫调节剂作为活性成分。组合物或试剂也可以以大丸剂、药
糖剂或糊剂形式施用。
[0465] 在用于口服施用的固体剂型(胶囊、片剂、丸剂、糖衣丸、粉末、颗粒、小片等)中,活性成分可以与一种或多种药学上可接受的载剂混合,例如柠檬酸钠或磷酸二钙和/或以下任何一种:(1)填充剂或增充剂,例如淀粉、乳糖、蔗糖、葡萄糖、甘露醇和/或硅酸;(2)粘合剂,例如羧甲基纤维素、藻酸盐、明胶、聚乙烯吡咯烷酮、蔗糖和/或阿拉伯胶;(3)保湿剂,例如甘油;(4)崩解剂,例如琼脂、碳酸钙、马铃薯或木薯淀粉、海藻酸、某些硅酸盐和碳酸钠;
(5)溶解延迟剂,例如石蜡;(6)吸收促进剂,例如季铵化合物和表面活性剂(例如,泊洛沙姆
和月桂基硫酸钠);(7)润湿剂,诸如例如鲸蜡醇、单硬脂酸甘油酯和非离子表面活性剂;(8)
吸收剂,例如高岭土膨润土;(9)润滑剂,例如滑石粉、硬脂酸钙、硬脂酸镁、固体聚乙二
醇、月桂基硫酸钠、硬脂酸锌、硬脂酸钠、硬脂酸及其混合物;(10)着色剂;和(11)控释剂,例如交聚维酮或乙基纤维素。在胶囊、片剂和丸剂的情况下,组合物还可以包括缓冲剂。相似
类型的固体组合物也可以用作使用诸如乳糖或奶糖以及高分子量聚乙二醇等赋形剂的软
和硬壳明胶胶囊中的填充剂。
[0466] 片剂可以通过压制或模制任选地与一种或多种辅助成分一起制备。压制片剂可以使用粘合剂(例如,明胶或羟丙基甲基纤维素)、润滑剂、惰性稀释剂、防腐剂、崩解剂(例如,羟基乙酸淀粉钠或交联羧甲基纤维素钠)、表面活性剂或分散剂来制备。模制片剂可以通过
在合适的机器中模制用惰性液体稀释剂润湿的粉末化合物的混合物来制备。
[0467] 片剂和其它固体剂型,例如糖衣丸、胶囊、丸剂和颗粒,可以任选地带有刻痕或者制备有包衣和壳,例如药物调配领域熟知的肠包衣和其它包衣。还可以使用例如羟丙基甲
基纤维素(不同比例以提供所需的释放性质)、其它聚合物基质、脂质体和/或微球将它们调
配成提供其中的活性成分的缓慢或控制释放。它们可以被调配成用于快速释放,例如冷冻
干燥。它们可以通过例如经细菌截留过滤器或通过在临用前掺入可以溶于无菌水或一些其
它无菌可注射介质的无菌固体组合物形式的灭菌剂来进行灭菌。这些组合物还可以任选地
含有遮光剂,并且可以具有仅在或优选在胃肠道的某一部分释放活性成分(任选地,以延迟
方式)的组合物。可以使用的包埋组合物的实例包含聚合物质和蜡。活性成分还可以是微包
封形式,按需具有一种或多种上述赋形剂。
[0468] 用于口服施用HRS多肽/可表达多核苷酸和免疫调节剂的液体剂型包含药学上可接受的乳剂、微乳剂、溶液、混悬液、糖浆剂和酏剂。除了活性成分外,液体剂型还可以含有
本领域常用的惰性稀释剂,诸如例如水或其它溶剂、增溶剂和乳化剂,例如乙醇、异丙醇、碳
酸乙酯、乙酸乙酯、苄基醇、苯甲酸苄基酯、丙二醇、1,3-丁二醇、油(特别是棉籽油、花生油、玉米油、胚油、橄榄油、蓖麻油和芝麻油)、甘油、四氢呋喃基甲醇、聚乙二醇和脱水山梨糖醇脂肪酸酯及其混合物。
[0469] 除了惰性稀释剂,口服组合物还可以包含佐剂(例如,润湿剂)、乳化和助悬剂、甜味剂、调味剂、着色剂、香味剂和防腐剂。
[0470] 除了活性化合物外,混悬液还可以含有助悬剂,如例如乙氧基化异硬脂醇、聚氧乙烯山梨糖醇和脱水山梨糖醇酯、微晶纤维素、偏氢氧化铝、膨润土、琼脂和西黄蓍胶及其混
合物。
[0471] 用于局部或经皮施用HRS多肽/可表达多核苷酸和免疫调节剂的调配物或剂型包含粉末、喷雾剂、软膏剂、糊剂、霜剂、洗剂、凝胶、溶液、贴剂和吸入剂。活性HRS多肽/可表达多核苷酸和/或免疫调节剂可以在无菌条件下与药学上可接受的载剂以及可能需要的任何
防腐剂、缓冲液或抛射剂混合。除了HRS多肽/可表达多核苷酸和/或免疫调节剂外,软膏剂、
糊剂、霜剂和凝胶可以含有赋形剂,例如动物和植物脂肪、油、蜡、石蜡、淀粉、黄蓍胶、纤维素衍生物、聚乙二醇、硅氧烷、膨润土、硅酸、滑石粉和氧化锌或其混合物。
[0472] 粉末和喷雾剂可以含有赋形剂,例如乳糖、滑石粉、硅酸、氢氧化铝、硅酸钙和聚酰胺粉末或这些物质的混合物。喷雾剂可以另外含有惯用抛射剂,例如氯氟烃和挥发性未取
代的烃(例如,丁烷和丙烷)。
[0473] 经皮贴剂具有附加优点,即向身体提供HRS多肽/可表达多核苷酸和/或免疫调节剂的受控递送。此些剂型可以通过将试剂溶解或分散在适当的介质中来制备。还可以使用
吸收促进剂来增加试剂穿过皮肤的流量。此流量的速率可以通过提供速率控制膜或将时间
分散在聚合物基质或凝胶中来进行控制。
[0474] 适于胃肠外施用的药物组合物可以包括一种或多种HRS多肽/可表达多核苷酸和/或免疫调节剂与一种或多种药学上可接受的无菌等渗水性或非水性溶液、分散液、混悬液
或乳液的组合或者可以在临用前重构入无菌可注射溶液或分散液的无菌粉末,其可以含有
糖、醇、抗氧化剂、缓冲液、抑菌剂、使调配物与预期接受者的血液等渗的溶质或者助悬或增
稠剂。可以用于药物组合物中的合适的水性和非水性载剂的实例包含水、乙醇、多元醇(例
如,甘油、丙二醇、聚乙二醇等)及其合适的混合物、植物油(例如,橄榄油)和可注射有机酯
(例如,油酸乙酯)。适当的流动性可以例如通过使用包衣材料(例如,卵磷脂),通过保持所
需的粒度(在分散液的情况下)和通过使用表面活性剂来保持。
[0475] 这些组合物还可以含有佐剂,例如防腐剂、润湿剂、乳化剂和分散剂。阻止微生物对主题的作用可以通过包含各种抗细菌剂和抗真菌剂(例如,对羟基苯甲酸酯、氯代丁醇、
苯酚、山梨酸等)来确保。还可以期望在组合物中包含等渗剂,例如糖、氯化钠等。另外,通过包含延迟吸收的试剂(例如,单硬脂酸铝和明胶)可以使可注射药物形式的吸收延长。
[0476] 在某些情况下,为了延长药物的作用,期望减缓来自皮下或肌内注射的药物的吸收。这可以通过使用具有较差水溶性的结晶或无定形材料的液体混悬液以及本领域已知的
其它方法来完成。于是,药物的吸收速率取决于其溶出速率,而溶出速率又可能取决于结晶
尺寸和结晶形式。可替代地,通过将药物溶解或混悬于油媒剂中来完成胃肠外施用的药物
形式的延迟吸收。
[0477] 可注射贮库形式可以通过在可生物降解聚合物(例如,聚丙交酯-聚乙交酯)中形成主题HRS多肽/可表达多核苷酸和/或免疫调节剂的微包封基质来制备。取决于试剂与聚
合物的比率以及所采用的特定聚合物的性质,可以控制释放速率。其它可生物降解聚合物
的实例包含聚(原酸酯)和聚(酐)。贮库可注射调配物还可以通过将药物包藏在与身体组织
相容的脂质体或微乳液中来制备。
[0478] 当HRS多肽/可表达多核苷酸和/或免疫调节剂作为药物向人和动物施用时,它们可以原样给予或者作为含有例如0.1到99%(更优选10到30%)活性成分与药学上可接受的
载剂的组合的药物组合物给予。
[0479] 如本文使用的短语“胃肠外施用(parenteral administration/administered parenterally)”是指除肠内和局部施用以外的施用模式,通常通过注射,包括但不限于静
脉内、肌肉内、动脉内、鞘内、囊内、眶内、心内、皮内、腹膜内、经气管、皮下、表皮下、关节内、囊下、蛛网膜下、脊柱内和胸骨内注射和输注。
[0480] 如本文使用的短语“全身施用(systemic administration/administered systemically)”和“外周施用(peripheral administration/administered 
peripherally)”是指不直接进入中枢神经系统的化合物、药物或其它材料的施用,使得其
进入患者的全身并且因此进行代谢和其它相似过程,例如皮下施用。
[0481] 无论选择何种施用途径,HRS多肽/可表达多核苷酸和/或免疫调节剂可以通过本领域技术人员已知的常规方法被调配成药学上可接受的剂型。药物组合物中活性成分的实
际剂量水平可以变化,以便得到对于特定患者、组合物和施用模式而言有效实现所需治疗
反应而对患者没有不可接受的毒性的活性成分的量。
[0482] 选定剂量水平将取决于多种因素,包含所采用的特定HRS多肽/可表达多核苷酸和/或免疫调节剂或其酯、盐或酰胺的活性、施用途径、施用时间、所采用的特定试剂的排泄
率或代谢率、吸收速率和程度、治疗持续时间、与所采用的特定试剂组合使用的其它药物、
化合物和/或材料、所治疗的患者的年龄、性别、体重、病状、一般健康和既往病史等医学领
域熟知的因素。
[0483] 具有本领域普通技术的医生可以容易地确定和开据出所需的药物组合物的有效量。例如,医生可以从比达到所需治疗作用所需的水平低的水平开始药物组合物中所采用
的HRS多肽/可表达多核苷酸和/或免疫调节剂的剂量并且逐渐增加剂量直至达到所需作
用。通常,合适的HRS多肽/可表达多核苷酸和/或免疫调节剂的每日剂量将是化合物的如下
量:其有效地产生治疗作用的最低剂量。此有效剂量通常将取决于上述因素。通常,当用于
所指示的作用时,HRS多肽/可表达多核苷酸和/或免疫调节剂的口服、静脉内、肌肉内、脑室
内的和皮下剂量将为约0.0001到约100mg/千克体重/剂量,或约0.0001到约100mg/千克体
重/剂量。
[0484] 如果需要,活性试剂的有效每日剂量可以作为在一天或一周中以适当间隔分开施用的一个、两个、三个、四个、五个、六个或更多个亚剂量进行施用(例如,以单位剂型)。在某些情况下,给药是每天施用一次。在某些情况下,给药是每周施用一次、两次或三次。在某些
实施例中,按治疗预期病状所需,给药是每2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14天,或每1、2、
3、4、5、6、7、8、9、10、11、12周,或每1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12个月施用一次或多次。
[0485] HRS多肽/可表达多核苷酸和/或免疫调节剂可以通过熟悉本领域的人员已知的多种方法向细胞施用,包含但不限于在脂质体中包封,通过离子电渗疗法或通过掺入其它媒
剂,例如如本文所述和本领域已知的水凝胶、环糊精、可生物降解纳米胶囊和生物粘附微
球。在某些实施例中,微乳化技术可以用于改善亲脂性(水不溶性)药剂的生物利用度。实例
包含Trimetrine(Dordunoo,S.K.等人,《药物开发与工业制药(Drug Development and 
Industrial Pharmacy)》,17(12),1685-1713,1991和REV 5901(Sheen,P.C.等人,《药物科
学杂志(J Pharm Sci)》,80(7),712-714,1991)。除了其它益处外,微乳化通过以下来提供
增强的生物利用度:优先将吸收引导到淋巴系统而不是循环系统,从而绕过肝脏并防止化
合物在肝胆循环中破坏。
[0486] 在一些实施例中,组合物或调配物含有由HRS多肽/可表达多核苷酸和/或免疫调节剂和至少一种两亲性载剂形成的胶束,其中胶束的平均直径小于约100nm。示例性实施例
提供平均直径小于约50nm的胶束,甚至某些实施例提供平均直径小于约30nm或甚至小于约
20nm的胶束。尽管考虑了所有合适的两亲性载剂,但目前优选的载剂通常是具有公认为安
全(GRAS)状态并且在溶液与复杂的水相接触(例如,人体胃肠道中所发现)的后期可以溶解
活性成分并对其进行微乳化的那些。通常,满足这些要求的两亲性成分具有2-20的HLB(亲
水性/亲脂性平衡)值,并且它们的结构含有C-6到C-20范围内的直链脂肪族自由基。实例是
聚乙二醇化的脂肪酸甘油酯和聚乙二醇。
[0487] 两亲性载剂的实例包含饱和和单不饱和的聚乙二醇化脂肪酸甘油酯,例如由完全或部分氢化的各种植物油获得的那些。此些油可以有利地由三脂肪酸甘油酯、二脂肪酸甘
油酯和单脂肪酸甘油酯和相应脂肪酸的二聚乙二醇酯和单聚乙二醇酯组成,其中特别优选
的脂肪酸组合物包含癸酸4-10%、癸酸3-9%、月桂酸40-50%、肉豆蔻酸14-24%、棕榈酸4-
14%和硬脂酸5-15%。另一类有用的两亲载剂包含部分酯化的脱水山梨糖醇和/或山梨糖
醇以及饱和或单不饱和脂肪酸(SPAN-系列)或相应的乙氧基化类似物(TWEEN-系列)。
[0488] 市售的两亲性载剂可能是特别有用的,包含Gelucire系列、Labrafil、Labrasol或Lauroglycol(均由嘉法狮公司,圣普列斯特,法国制造和分销)、PEG-单油酸酯、PEG-二油酸
酯、PEG-单月桂酸酯和二月桂酸酯、卵磷脂、聚山梨醇酯80等(由美国和全球的许多公司生
产和分销)。
[0489] 在某些实施例中,递送可以通过使用脂质体、纳米胶囊、微粒、微球、脂质颗粒、囊泡等进行,以将HRS多肽/可表达多核苷酸和/或免疫调节剂引入合适的宿主细胞中。特别
地,组合物可以被调配成用于包封在脂质颗粒、脂质体、囊泡、纳米球、纳米颗粒等中的递
送。可以使用已知和常规技术进行此些递送载剂的调配和使用。
[0490] 适合使用的亲水性聚合物是易溶于水的、可共价附接到囊泡形成脂质并且在体内耐受而没有毒性作用的那些(即生物相容)。合适的聚合物包含聚乙二醇(PEG)、聚乳酸(也
被称为聚丙交酯)、聚乙醇酸(也被称为聚乙交酯)、聚乳酸-聚乙醇酸共聚物和聚乙烯醇。在
某些实施例中,聚合物的分子量为约100或120道尔顿到约5,000或10,000道尔顿,或约300
道尔顿到约5,000道尔顿。在其它实施例中,聚合物是分子量为约100到约5,000道尔顿,或
分子量为约300到约5,000道尔顿的聚乙二醇。在某些实施例中,聚合物是750道尔顿的聚乙
二醇(PEG(750))。聚合物也可以由其中的单体数量来定义。
[0491] 可能合适的其它亲水性聚合物包含聚乙烯吡咯烷酮、聚甲基恶唑啉、聚乙基恶唑啉、聚羟丙基甲基丙烯酰胺、聚甲基丙烯酰胺,聚二甲基丙烯酰胺和衍生的纤维素(例如,羟
甲基纤维素或羟乙基纤维素)。
[0492] 在某些实施例中,组合物或调配物包括选自由以下组成的组的生物相容聚合物:聚酰胺、聚碳酸酯、聚亚烷基(polyalkylene)、丙烯酸酯和甲基丙烯酸酯的聚合物、聚乙烯
基聚合物、聚乙交酯、聚硅氧烷、聚氨酯及其共聚物、纤维素、聚丙烯、聚乙烯、聚苯乙烯、乳酸和乙醇酸的聚合物、聚酐、聚(原酸)酯、聚(丁酸)、聚(戊酸)、聚(丙交酯-共-己内酯)、多
糖、蛋白质、聚透明质酸、聚氰基丙烯酸酯、及其共混物、混合物或共聚物。
[0493] 环糊精是由6、7或8个葡萄糖单元组成的环状低聚糖,分别用希腊字母α、β或γ表示。葡萄糖单元通过α-1,4-糖苷键连接。由于糖单元的椅式构象,所有仲羟基基团(在C-2、
C-3处)位于环的一侧,而所有在C-6处的伯羟基基团位于另一侧。因此,外侧面是亲水性的,
使环糊精是水溶性的。与之相反,环糊精的腔是疏水性的,因为它们排列有原子C-3和C-5的
氢和醚样氧。这些构造允许了与多种相对疏水性化合物(包含例如类固醇化合物,例如17α-
雌二醇)的复合(参见例如van Uden等人,《植物细胞组织与器官培养(Plant Cell 
Tiss.Org.Cult.)》,38:1-3-113(1994))。复合通过范德华相互作用并通过氢键形成来进
行。环糊精衍生物的物理化学性质取决于取代的种类和程度。例如,它们在水中的溶解度的
范围为不溶(例如,三乙酰基-β-环糊精)到147%可溶(w/v)(G-2-β-环糊精)。另外,它们可
溶于多种有机溶剂中。环糊精的性质使得能够通过增加或降低它们的溶解度来控制各种调
配物组分的溶解度。
[0494] 已经描述了多种环糊精及其制备方法。例如,Parmeter(I)等人(美国专利第3,453,259号)和Gramera等人(美国专利第3,459,731号)描述了电中性环糊精。其它衍生物包
含具有阳离子性质的环糊精[Parmeter(II),美国专利第3,453,257号]、不溶性交联环糊精
(Solms,美国专利第3,420,788号)和具有阴离子性质的环糊精[Parmeter(III),美国专利
第3,426,011号]。在具有阴离子性质的环糊精衍生物中,已经将甲酸、亚磷酸、亚膦酸、膦
酸、磷酸、硫代膦酸、硫代亚磺酸和磺酸附加在环糊精母体上[参见Parmeter(III),出处同
上]。而且,Stella等人还已经描述了磺烷基醚环糊精衍生物(美国专利第5,134,127号)。
[0495] 一些实施例涉及包括含有HRS多肽/可表达多核苷酸和/或免疫调节剂的脂质体的调配物,其中脂质体膜被调配成提供具有增加的载运能力的脂质体。可替代地或另外地,活
性成分可以含在脂质体的脂质体双层内或吸附在脂质体的脂质体双层上。HRS多肽/可表达
多核苷酸和/或免疫调节剂可以与脂质表面活性物质聚集并在脂质体的内部空间内载运;
在这些情况下,脂质体膜被调配成抵抗活性试剂-表面活性物质聚集物的破坏作用。
[0496] 脂质体由至少一个包封水性内部区室的脂质双层膜组成。脂质体可以由膜类型和尺寸表征。小单层囊泡(SUV)具有单个膜,并且直径通常为0.02至0.05μm;大单层囊泡
(LUVS)通常大于0.05μm;寡层大囊泡和多层囊泡具有多个常常是向心性的膜层,并且通常
大于0.1μm。具有多个非向心性的膜的脂质体,即在较大囊泡内含有的多个较小的囊泡,被
称为多囊囊泡。
[0497] 在一些实施例中,脂质体的脂质双层含有用聚乙二醇(PEG)衍生的脂质,使得PEG链从脂质双层的内表面延伸到由脂质体包封的内部空间中,并从脂质双层的外部延伸到周
围环境中。
[0498] 脂质体可以通过本领域已知的多种技术中的任何一种来制备。参见例如美国专利第4,235,871号;出版的PCT申请WO  96/14057;New RRC,《脂质体:一种实用方法
(Liposomes:A practical approach)》,IRL出版社,牛津(1990),第33-104页;Lasic DD,
《脂质体:从物理学到应用(Liposomes from physics to applications)》,爱思唯尔科学
出版公司,阿姆斯特丹,1993。例如,脂质体可以通过将用亲水性聚合物衍生的脂质扩散到
预先形成的脂质体中来制备(例如,通过将预先形成的脂质体暴露于由脂质接枝聚合物构
成的胶束,其脂质浓度对应于脂质体中所需的衍生脂质的最终摩尔百分比)。含有亲水性聚
合物的脂质体也可以如通过本领域已知的均质化、脂质区域水合(lipid-field 
hydration)或挤出技术形成。
[0499] 在另一个示例性调配程序中,首先通过超声处理将HRS多肽/可表达多核苷酸和/或免疫调节剂分散在溶血磷脂酰胆碱或其它低CMC表面活性物质(包含聚合物接枝脂质)
中,其容易地溶解疏水性分子。然后,使用所得的活性试剂胶束混悬液来对含有合适摩尔百
分比的聚合物接枝脂质或胆固醇的干燥脂质样品进行再水合。然后,如使用本领域已知的
挤出技术将脂质和活性试剂混悬液形成为脂质体,并通过标准柱分离将所得的脂质体与未
包封的溶液分离。
[0500] 在一个方面,脂质体被制备成具有在选定尺寸范围内的基本上均匀的尺寸。一种有效的尺寸控制方法涉及将脂质体的水性混悬液挤出通过一系列具有选定均一孔径的聚
碳酸酯膜;膜的孔径将大致相当于通过挤出通过所述膜所产生的脂质体的最大尺寸。参见
例如美国专利4,737,323号(1988年4月12日)。在某些实施例中,可以利用诸如DharmaFECTTM
和LipofectamineTM的试剂来将多核苷酸或蛋白质引入细胞中。
[0501] 调配物的释放特性取决于包封材料、被包封药物的浓度和释放改性剂的存在。例如,释放可以被处置成pH依赖性的,例如使用仅在低pH(如在胃中)或较高pH(如在肠中)释
放的pH敏感性包衣。可以使用肠包衣来阻止释放发生直至通过胃。在可以使用不同材料中
包封的氨腈的多重包衣或混合物来获得在胃中的初始释放以及随后的在肠中的稍后释放。
释放可以通过包含盐或孔形成剂(其可以通过从胶囊中扩散而增加水摄取或药物释放)来
进行处置。还可以使用改变药物溶解度的赋形剂来控制释放速率。还可以掺入增强基质的
降解或从基质释放的试剂。取决于化合物,它们可以被加入药物中,作为单独相(例如,作为
粒子)被加入,或者可以共同溶解在聚合物相中。在大多数情况下,所述量应当为百分之0.1
至百分之三十(w/w聚合物)。降解促进剂的类型包含无机盐(例如,硫酸铵和氯化铵)、有机
酸(例如,柠檬酸、苯甲酸和抗坏血酸)、无机碱(例如,碳酸钠、碳酸钾、碳酸钙、碳酸锌和氢氧化锌)、有机碱(例如,硫酸鱼精蛋白、精胺、胆碱、乙醇胺、二乙醇胺和三乙醇胺)和表面活性剂(例如,TweenTM和PluronicTM)。将微结构加入到基质中的孔形成剂(即水溶性化合物,
例如无机盐和糖)作为粒子被加入。所述范围通常为百分之一至百分之三十(w/w聚合物)。
[0502] 还可以通过改变颗粒在肠中的停留时间来处置摄取。这可以例如通过粘膜粘附聚合物包覆颗粒或选择粘膜粘附聚合物作为包封材料来达到。实例包含大多数具有游离羧基
基团的聚合物,例如壳聚糖、纤维素且尤其是聚丙烯酸酯(如本文使用,聚丙烯酸酯是指包
含丙烯酸根基团和修饰的丙烯酸根基团(例如,氰基丙烯酸根和甲基丙烯酸根)的聚合物)。
[0503] HRS多肽/可表达多核苷酸和/或免疫调节剂可以被调配成含在外科或医疗装置或植入物内或适于由外科或医疗装置或植入物释放。在某些方面,植入物可以用试剂包覆或
以其它方式处理。例如,水凝胶或其它聚合物(例如,生物相容和/或可生物降解聚合物)可
以用于包覆具有HRS多肽/可表达多核苷酸和/或免疫调节剂的植入物(即通过使用水凝胶
或其它聚合物,组合物可以适于与医疗装置一起使用)。用于包覆具有试剂的医疗装置的聚
合物和共聚物在本领域中是熟知的。植入物的实例包含但不限于支架、药物洗脱支架、缝合
线、假体、血管导管透析导管、血管移植物、假体心脏瓣膜心脏起搏器、可植入心律转复除颤器、IV针、用于骨固定和形成的装置(例如,销、螺钉、板和其它装置)和用于伤口愈合的人
造组织基质。
[0504] HRS多肽/可表达多核苷酸和/或免疫调节剂可以在生理学上可接受的任何方便的媒剂中施用。此组合物可以包含本领域普通技术人员采用的各种标准药学上可接受的载剂
中的任何一种。实例包含但不限于盐水、磷酸盐缓冲盐水(PBS)、水、乙醇水溶液、乳液(例
如,油/水乳液或甘油三酯乳液)、片剂和胶囊。合适的生理学上可接受的载剂的选择将取决
于选定施用方式而不同。
[0505] 还包含试剂盒,例如患者护理试剂盒,其包括一个或多个装有本文所述的治疗组合物、HRS多肽/可表达多核苷酸和/或免疫调节剂中的一种或多种的容器。在一些实施例
中,试剂盒包含关于如何使用此些组合物的书面说明(例如,用于治疗一种或多种疾病)。
[0506] 因此,某些实施例包含患者护理试剂盒,其包括:(a)组氨酰-tRNA合成酶(HRS)多肽或编码HRS多肽的可表达多核苷酸;和(b)免疫调节剂。在一些试剂盒中,(a)和(b)在单独
的组合物中,并且任选地如本文所述定义。在一些试剂盒中,(a)和(b)在同一组合物中,任
选地作为如本文所述的治疗组合物。
[0507] 在特定实施例中,治疗组合物和/或患者护理试剂盒中的免疫调节剂是吡非尼酮或尼达尼布。
[0508] 在一些实施例中,所述吡非尼酮的单独剂量单位为约50到约1000mg(任选地在约1、2或3粒胶囊中口服给药),或单独剂量单位为约、不大于约或至少约50、60、70、80、90、
100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、
290、300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、470、
480、490、500、10、520、530、540、550、560、570、580、590、600、610、620、630、640、650、660、
670、680、690、700、710、720、730、740、750、760、770、780、790、800、810、820、830、840、850、
860、870、880、890、900、910、920、930、940、950、960、970、980、990或1000mg(任选地在1、2或
3粒胶囊中口服给药)。
[0509] 在一些实施例中,所述吡非尼酮的每日剂量单位为约100到约4000mg/天(任选地在约3、4、5、6、7、8、9粒胶囊中口服给药),或每日剂量单位为约、不大于约或至少约100、
110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、
300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、470、480、
490、500、10、520、530、540、550、560、570、580、590、600、610、620、630、640、650、660、670、
680、690、700、710、720、730、740、750、760、770、780、790、800、810、820、830、840、850、860、
870、880、890、900、910、920、930、940、950、960、970、980、990、1000、1200、1300、1400、1500、
1600、1700、1800、2000、2100、2200、2300、2400、2500、2600、2700、2800、2900、3000、3100、
3200、3300、3400、3500、3600、3700、3800、3900或4000mg/天(任选地在约3、4、5、6、7、8、9粒胶囊中口服给药)。
[0510] 在具体实施例中,所述吡非尼酮的单独剂量单位为约800mg(例如,801mg),例如作为三粒~267mg胶囊口服给药,以每单独剂量三粒胶囊形式服用。在具体实施例中,所述吡
非尼酮的每日剂量单位为约2400mg/天(例如,2403mg/天),例如作为九粒~267mg胶囊口服
给药,每日三次,以每单独剂量三粒胶囊形式服用。
[0511] 在一些实施例中,所述尼达尼布的单独剂量单位为约10到约500mg(任选地在约1、2或3粒胶囊中),或单独剂量单位为约、不大于约或至少约10、20、30、40、50、60、70、80、90、
100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、
290、300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、470、
480、490或500mg(任选地在约1、2或3粒胶囊中)。
[0512] 在一些实施例中,所述尼达尼布的每日剂量单位为约20到约1000mg/天(任选地在约1、2、3、4、5或6粒胶囊中),或每日剂量单位为约、不大于约或至少约20、30、40、50、60、70、
80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、
270、280、290、300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、
460、470、480、490、500、510、520、530、540、550、560、570、580、590、600、610、620、630、640、
650、660、670、680、690、700、710、720、730、740、750、760、770、780、790、800、810、820、830、
840、850、860、870、880、890、900、910、920、930、940、950、960、970、980、990、1000mg/天(任选地在约1、2、3、4、5或6粒胶囊中)。
[0513] 在一些实施例中,所述尼达尼布的每日剂量单位为约100到150mg或约200到300mg/天,任选地每日给药一次或两次。在一些实施例中,所述尼达尼布的剂量单位为约
100或150mg或约200到300mg/天,任选地每日给药一次或两次。
[0514] 本文所述的试剂盒和组合物还可以包含一种或多种另外的治疗剂或适合或期望用于所治疗的适应症的其它组分。如果需要,可以在第二容器中含有另外的治疗剂。另外的
治疗剂的实例包含但不限于抗炎剂、抗癌剂、抗细菌剂、抗病毒剂等。
[0515] 本文的试剂盒还可以包含一个或多个注射器(例如,可注射注射器)或促进预期递送模式所需或需要的其它组件(例如,支架、可植入贮库等)。
[0516] 实例
[0517] 在小鼠或大鼠的博来霉素诱导的肺纤维化模型中测试组氨酰-tRNA合成酶(HRS)多肽的活性。气管内施用博来霉素(BLM)诱导了肺部的相继变化,其类似于某些ILD的那些,
包含例如肺部炎症和人类各种ILD中所见的纤维化,表明它可以作为一般模型用于研究治
疗ILD、肺损伤、炎症和纤维化的治疗剂的评价(参见例如Adamson和Bowden,《美国病理学杂
志(The American J.Path.)》,77:185-197,1974;Wynn,《实验医学杂志(J Exp Med)》,208:
1339-1350,2011;Williamson等人,》《实验性肺部研究(Exp.Lung Res.)》,41:57-73,
2015)。
[0518] 实例1
[0519] HRS多肽治疗博来霉素诱导的间质性肺病的评价
[0520] 进行研究以确定示例性HRS多肽(HisRS1N8)是否在博来霉素诱导的肺纤维化的小鼠模型中减少呼吸受损和/或肺纤维化。通过测量支气管肺泡灌洗(BAL)的细胞含量、组织
学纤维化评分和肺胶原蛋白含量来确定HRS多肽对炎性和纤维化过程的作用。
[0521] 方案和方法。通过口咽施用BLM在雄性C57Bl/6J小鼠中诱导肺部炎症和纤维化。在适应期后,基于体重将小鼠随机化分成不同组。在异氟烷麻醉下,将50μl PBS或BLM滴在声
带上以促进抽吸。在异氟烷麻醉下,使用末端出血在第21天处死小鼠。如以下表E1中所示治
疗动物。
[0522] 表E1.
[0523]
[0524]
[0525] 在第0天接受PBS的动物用作非患病对照。在第0天口咽接受BLM的动物不接受治疗,接受口服媒剂(0.5%羟乙基纤维素),接受口服尼达尼布(羟乙基纤维素中60mg/kg),接
受口服地塞米松(水中0.25mg/kg),接受静脉内(IV)媒剂(50mM His,140mM NaCl,0.05%聚
山梨醇酯20,pH 7.3)或在IV媒剂中以1、3或10mg/kg稀释的测试物品(HisRS1N8;批号
S0613043)。每日口服治疗在第0天开始,而每日IV治疗在第8天开始。计划给药至终止日(第
21天),然而,由于IV治疗组的高死亡率(参见结果),在第19天和第20天跳过IV给药。为了确
定新胶原蛋白形成,在第7天(开始用测试物品治疗前一天)给予小鼠100%氘代(D2O)水/
0.9%NaCl(35μl/克体重)的IP大剂量注射。随后,小鼠接受8%D2O(Kinemed,爱莫利维尔)
饮用水直至处死以维持新形成的胶原蛋白的标记。每周监测三次体重。
[0526] 在终止时,在最后一次给药(非患病对照、地塞米松和媒剂组)一天后或在最后一次IV施用测试物品2小时后,使用异氟烷并经由心脏穿刺放血处死小鼠。将血液样品加工成
血浆(新胶原蛋白测定)或血清并冷冻储存(<-70℃)。
[0527] 将肺部用750μl PBS冲洗两次,合并成一个支气管肺泡灌洗(BAL)样品,并在上储存直至离心。收集上清液并冷冻储存(<-70℃)。裂解细胞团块中的红细胞,将其余的细胞
重悬于100μl PBS中。将20μl在台盼蓝溶液中稀释并用于使用血细胞计数器对活细胞进行
计数。
[0528] 收集并分离五个肺叶。记录内侧和副肺叶的湿重。然后将叶快速冷冻并在<-70℃下储存直至用于羟脯氨酸分析。将左肺叶充气并在4%甲醛中固定48小时并包埋在石蜡中
用于组织学分析。将颅肺叶快速冷冻并在-80℃下储存直至运送至Kinemed以测定新胶原蛋
白形成。
[0529] 使用马松三色对左肺叶切片进行染色,并使用改良的Ashcroft评分(Hubner等人,《生物技术(BioTechniques)》,44:507-511,514-507,2008)以盲法方式评分。使用酸水解并
随后进行显色测定(QuickZyme Biosciences,莱顿,荷兰)在内侧和副肺叶中确定羟脯氨酸
含量。由Kinemed公司,爱莫利维尔,美国使用富含2H的体内水分进行标准化来在颅肺叶中
测量新形成的胶原蛋白。
[0530] 使用Windows统计软件包的SPSS 22(SPPS公司,芝加哥,伊利诺伊州,美国)进行所有统计分析。首先,使用Levene测试测试误差方差齐性;在p>0.01时假设方差齐。在误差方
差齐的情况下,使用单因素ANOVA测试比较各组,随后在适当时通过事后Dunnett测试与BLM
+适当媒剂组进行比较。在误差方差不齐的情况下,使用Kruskall-Wallis测试比较各组,随
后进行Mann-Whitney测试。
[0531] 结果-存活率。所述研究以非患病对照组中的7只动物和BLM诱导组中的12只动物开始。存活率在以下表E2中示出。
[0532]
[0533] 非患病对照(盐水IT)组和BLM治疗的PO-媒剂组中的所有动物在实验期间存活。BLM未治疗组的存活率为83%。在口服治疗组中,地塞米松治疗后的存活率为75%,而尼达
尼布治疗组的存活率为92%。IV媒剂中的存活率降到58%,与测试物品治疗组中的范围相
似(参见表E2)。
[0534] 结果-体重。基于来自存活至预定尸检的动物的数据,在肺部中施用BLM导致小鼠在实验的初始阶段(前八到十天)体重降低,这是本模型的特性。在本阶段之后,BLM诱导的
小鼠的体重稳定并且在剩余的实验期间开始缓慢增加。在PBS诱导的未治疗组中,体重在整
个实验期间保持稳定并缓慢增加(总共6%)。当动物每天用媒剂、地塞米松或尼达尼布口服
治疗时,体重与未治疗的BLM诱导的动物相当,并保持其初始体重的约90%。在IV治疗开始
之前,所有IV组的体重相当。在第8天开始用测试物品进行IV治疗后,1和3mg/kg治疗的体重
下降或低于BLM未治疗组的趋势线。与较低剂量组相比,10mg/kg的测试物品的每日IV治疗
对BW具有正面作用。
[0535] 结果-BAL液中的细胞计数。通过BLM诱导肺纤维化后,每个样品的BAL中的细胞总数高出了19.8倍(参见图1)。用地塞米松或尼达尼布口服治疗对终止时BAL液中计数的活细
胞没有显著影响。在测试物品治疗组中,与IV媒剂治疗组相比,BAL液中的细胞数量在用1、3
或10mg/kg测试物品IV治疗后分别减少了约46%、38%和45%。
[0536] 结果-肺部肿块、胶原蛋白含量和新胶原蛋白含量。BLM诱导显著影响BLM诱导的未治疗小鼠的肺湿重和干重,导致与PBS诱导的小鼠相比湿重增加1.8倍并且肺干重增加2.1
倍。与PO载剂治疗组相比,地塞米松使肺湿重降低15.6%。其它治疗未观察到肺湿重或干重
的显著变化。
[0537] 与PBS诱导的小鼠相比,用BLM诱导导致内侧和副肺肺叶中胶原蛋白含量显著增加1.97倍。任何治疗均未观察到内侧和副肺叶中胶原蛋白含量的显著变化。
[0538] 与接受PBS IT的小鼠相比,观察到BLM施用后新胶原蛋白合成显著增加5.4倍。任何治疗均未观察到新胶原蛋白合成的显著变化。
[0539] 结果-组织学纤维化(Ashcroft)评分。通过对左肺叶的马松三色染色石蜡切片的Ashcroft评分来确定肺部中的纤维化程度。与PBS诱导的动物相比,BLM诱导导致左肺叶中
的纤维化评分显著增加8.3倍。与PO媒剂组相比,用地塞米松或尼达尼布口服治疗未导致组
平均组织学评分显著降低,但是地塞米松治疗表现出组织学评分降低11.7%。类似地,与IV
媒剂组相比,用测试物品治疗未导致组织学评分的显著降低,但是测试物品10mg/kg剂量表
现出组织学评分降低12.3%。
[0540] 已经注意到由于模型的焦点性质而造成的组内平均Ashcroft指数评分以及每个个体内肺病理学的高度易变性,所以对来自所有评分的区域(每只动物13-20个)的
Ashcroft评分进行分析,这使BLM诱导组中的观察数增加到84-182。使用本综合分析,与媒
剂治疗对照相比,用0.25mg/kg地塞米松和10mg/kg测试物品治疗显著减少了肺纤维化(参
见图2)。
[0541] 总结。本研究的目的是研究用测试物品治疗对口咽施用BLM诱导的小鼠肺纤维化的治疗剂量反应作用。通过将BLM单次口咽滴入雄性C57Bl/6J小鼠的肺部诱导肺纤维化。接
受PBS而不是BLM的动物用作对照。通过左肺叶中BAL细胞计数增加19.8倍和纤维化评分增
加8.3倍证明肺部中纤维化过程的诱导。观察到总胶原蛋白增加1.97倍。此外,还观察到肺
湿重和干重的显著增加。总之,这些数据支持了在肺部中显著诱导纤维化的结论。
[0542] 静脉注射与BLM的组合导致所有IV注射组中动物的显著损失。尽管无法确定本存活率损失的确切原因,但我们怀疑是为了促进静脉注射而将动物置于加热垫上引起的体温
升高以及BLM对肺部的损伤起到了作用。
[0543] 用测试物品治疗导致BAL液中总细胞显著减少(即对于1、3和10mg/kg,分别为46%、38%和45%)。在将BLM滴入肺部八天后开始用测试物品治疗还以剂量相关的方式改
善Ashcroft纤维化评分(即对于1、3和10mg/kg,分别为4.9%、8.6%和13.1%),从而在用
10mg/kg测试物品治疗的动物中达到统计学显著性。
[0544] 在将BLM滴入肺部当天开始用地塞米松(0.25mg/kg/剂量)治疗导致肺湿重的显著降低和Ashcroft纤维化评分的显著改善(11.3%)。
[0545] 在将BLM滴入肺部当天开始用尼达尼布(60mg/kg/剂量)治疗在本实验中未表现出显著作用。没有作用可能反映了在本实验条件下改善纤维化存在高度障碍。已知模型中的
诱导在实验重复之间和之内有所不同,并且已经在文献中示出尼达尼布以相似的剂量水平
和给药范例改善纤维化(参见Wollin等人,《药理学与实验治疗学杂志(The Journal of 
Pharmacology and Experimental Therapeutics)》,349:209-220,2014)。
[0546] 结论。总体而言,在治疗性给药时(即从BLM滴注8天后开始),测试物品在BLM诱导的肺部炎症和纤维化模型中表现出强烈的疾病改善活性。在BAL液中获得的细胞计数被认
为反映了肺部的免疫细胞浸润程度。测试物品显著减少了这些细胞,强烈地暗示它减少了
肺部的免疫细胞浸润。与之相反,尽管进行预防性施用,但抗纤维化剂尼达尼布和免疫抑制
剂地塞米松都没有任何作用。
[0547] 在BLM滴注21天后,用测试物品治疗性干预还改善(减少)了组织学纤维化,证明了所述分子的抗纤维化潜力。地塞米松对本终点具有相似的作用,但是尼达尼布没有作用。在
本研究中,测试物品的表现优于针对特发性肺纤维化治疗而销售的尼达尼布。这些结果表
明,HRS多肽(例如,测试物品)在大范围ILD中表现出治疗肺部炎症和纤维化的显著治疗效
用。
[0548] 实例2
[0549] HRS多肽-Fc融合蛋白治疗博来霉素诱导的间质性肺病的评价
[0550] 进行研究以确定示例性HRS-Fc融合蛋白(HRSFC1)是否在博来霉素诱导的肺纤维化的大鼠模型中减少呼吸受损和/或肺纤维化。通过测量组织学纤维化和炎症评分以及肺胶
原蛋白含量来确定HRS-Fc融合蛋白对炎症和纤维化过程的作用。
[0551] 方案和方法。通过以100μl中大约1 mg/kg的剂量水平口咽施用博莱霉素(BLM)并持续连续7天在雄性Sprague Dawley(Crl:CD(SD))大鼠中诱导肺部炎症和纤维化。在异氟
烷麻醉下施用PBS或BLM。BLM施用的第一天被定义为第1天。在第22天使用二氧化碳施用后
的末端出血处死大鼠。如以下表E3所示治疗动物。
[0552] 表E3
[0553]
[0554] n=8/组雄性SD大鼠;每日BW和存活率
[0555] ↓到达肺部的博来霉素
[0556] V-媒剂
[0557] ↓-剂量施用
[0558] P-全身体积描记(剂量施用前)
[0559] S-血浆(体积描记后,剂量施用前)
[0560] X记录-血清、BALF、肺组织学、肺胶原蛋白、冷冻肺、四头肌和肝
[0561] 由于接受BLM的动物的较大体重减轻,在第4和5天跳过口咽施用。在第1、2、3、6和7天接受PBS的动物作为非患病对照。在第1、2、3、6和7天口咽接受BLM的动物不接受治疗,接
受口服媒剂(水),接受口服尼藤替尼(水中60mg/kg),接受静脉注射(IV)媒剂(20mM His,
150mM NaCl,pH 6.9)或在IV媒剂中以0.1、0.3、1或3mg/kg稀释的测试物品(HRSFC1;批号H-
Fcv3-N4-921)。每日口服治疗在第1天开始,而每周IV治疗在第9天(所有剂量水平)或第2天
(1mg/kg)开始。
[0562] 存活时,测量体重并每天进行临床观察。在第8天和第15天,将动物从其家笼中取出并单独放入全身体积描记室中。在20分钟的适应期后,记录呼吸参数10分钟。
[0563] 在终止时,在最后一次口服给药(非患病对照,尼达尼布和口服媒剂组)一天后或在最后一次IV施用测试物品6天后,使用二氧化碳并经由心脏穿刺放血处死大鼠。
[0564] 收集五个肺叶并称重。将右肺叶充气并在10%中性缓冲福尔马林中固定并包埋在石蜡中用于组织学分析。将大约50mg左肺叶快速冷冻并在-80℃下储存以便可能的RNA分
析。叶的其余部分也快速冷冻直至分析胶原蛋白含量。
[0565] 用天狼猩红对组织学切片进行染色,并由兽医病理学家使用改良的Ashcroft评分(Hubner等人,2008)以盲法方式评分(4个叶中每一个1种评分)。使用质谱法在左肺叶中确
定羟脯氨酸含量。
[0566] 使用GraphPad Prism(GraphPad Software,圣地亚哥,加利福尼亚州)进行所有统计学分析。使用单因素ANOVA测试比较各组,随后在适当时通过事后Dunnett t测试与BLM+
适当媒剂组进行比较。
[0567] 结果-存活率。由于BLM诱导引起的严重体重减轻,几个动物由于人道原因需要安乐死。第3组和第8组分别有2只动物。在测试物品施用之前进行了其中的三次安乐死。余下
的那次安乐死在第13天在第8组(测试物品3mg/kg)中进行。由于本动物在开始治疗之前已
经失去了11%的体重,因此安乐死并非归因为测试物品的不良作用。
[0568] 结果-体重。基于来自存活至预定尸检的动物的数据,在整个实验中,在肺部中施用BLM导致大鼠相对于非患病对照的体重降低,这是本模型的特性。用尼达尼布或测试物品
治疗的组的体重曲线均未与其相应的对照有显著不同。
[0569] 结果-呼吸测量。在第8天进行呼吸测量,其表现出明显的由BLM诱导的损伤。结果在以下表E4中示出。
[0570]
[0571]
[0572] 观察到呼气和吸气时间显著减少,而峰值呼气流量、峰值吸气流量、每分钟呼吸量(RMV)和呼吸率显著增加。在第8天,BLM诱导动物和非诱导动物的潮气量相似。
[0573] 在第15天进行的呼吸测量(表E4)示出了BLM诱导的媒剂治疗组的持续损伤。用尼达尼布治疗并未显著影响BLM诱导的呼吸参数改变。与之相反,测试物品显著逆转了BLM诱
导受损的所有呼吸测量(呼气和吸气时间朝着非患病对照增加,并且峰值呼气流量、峰值吸
气流量、RMV和呼吸率朝着非患病对照降低)。有趣的是,测试物品治疗降低了BLM暴露未显
著提升的潮气量。
[0574] RMV的图形表示如图3中所示。RMV是每分钟吸入或呼出的气体量。如图3中所示,BLM诱导显著提升了RMV(将媒剂组与接受盐水IT的组进行比较),这可能反映了对肺泡空间
和血液之间的气体交换受损的生理补偿。由于继发于高水平免疫细胞浸润的持续组织水肿
以及其它人的模型中所描述的细胞因子的释放,气体交换可能很差。尼达尼布对RMV(或任
何其它呼吸测量)没有影响。与之相反,在第9天或第2天开始的测试物品在所有剂量水平下
显著降低了本终点。实际上,测试物品治疗将RMV标准化(即与口咽盐水没有不同)。
[0575] 结果-肺部肿块和胶原蛋白含量。在第1、2、3、4、6和7天,BLM诱导显著提升了在第22天在尸检时获得的肺部肿块(湿重)和胶原蛋白含量。治疗组中无一显著改变肺湿重或胶
原蛋白含量。
[0576] 结果-组织学评分。由兽医病理学家读取载玻片,并且所评价的4个叶中每一个被指定4种评分[纤维化Ashcroft(评分范围为0到8),血管周围/细支气管周围炎性细胞浸润
Ashcroft(评分范围为0到5),间质/肺泡炎性细胞浸润Ashcroft(评分范围为0到5),II型肺
细胞增生Ashcroft(评分范围为0到5)]。
[0577] PBS诱导的动物指定的Ashcroft评分一律为0分,而BLM诱导的媒剂治疗的动物的评分范围在8分级别上的2到6,从而证实已诱导显著的纤维化。与PO媒剂组相比,用尼达尼
布口服治疗使组平均组织学评分降低5%,这不符合统计学标准。类似地,与IV媒剂组相比,
用测试物品治疗并未导致组织学评分显著降低,但是在第2、9和16天接受1mg/kg测试物品
的组表现出Ashcroft评分降低15.3%。
[0578] 已经注意到由于模型的焦点性质而造成的组内平均Ashcroft指数评分以及每个个体内肺病理学的高度易变性,所以我们对来自所有评分的区域(每只动物4个)的
Ashcroft评分进行分析,这使BLM诱导组中的观察数增加到24-32。使用本综合分析,与媒剂
治疗对照相比,在第2、9和16天用1mg/kg测试物品治疗显著减少了肺纤维化(参见图4)。
[0579] 在来自盐水诱导的非患病对照的所有切片中都不存在血管周围/细支气管周围炎性细胞浸润和II型非细胞增生。在除了接受媒剂PO的2只动物和接受媒剂IV的1只动物(其
中观察到最小到轻度(评分=1-2)的浸润)之外的所有动物中都不存在血管周围/细支气管
周围炎性细胞浸润。由于BLM几乎没有作用,因此没有对本终点进行统计学评价。类似地,在
来自BLM诱导的动物的一些切片中观察到最小(评分=1)II型肺细胞增生,但不受治疗影
响。
[0580] 在来自盐水诱导的肺部的所有切片中不存在间质/肺泡炎性细胞浸润(评分=0)。在用BLM诱导的动物中,观察到最小到中度(评分=1-3)间质炎性细胞浸润,如图5中所示。
用尼达尼布口服治疗对间质炎性细胞浸润没有作用,而与媒剂治疗对照相比,在第2、9和16
天用1mg/kg测试物品治疗显著减少了间质炎性细胞浸润。
[0581] 总结。本研究的总体目标是确定测试物品是否在博来霉素诱导的肺纤维化的大鼠模型中降低呼吸受损和/或肺纤维化的程度。在实验的前7天期间,通过将BLM口咽滴入雄性
Sprague Dawley大鼠的肺部五次来诱导肺纤维化。接受盐水而不是BLM的动物用作对照。通
过BLM诱导的动物中最小到中度间质/肺泡炎性细胞浸润的组织学观察和2到6的Ashcroft
纤维化评分证明肺部中炎症和纤维化过程的诱导。在第8天和第15天进行的呼吸测量表现
出由BLM诱导的显著变化,其持续存在于接受媒剂的动物中,从而支持了气体交换可能是由
于炎症相关的肺水肿而受损的假设。总之,这些数据支持了在肺部中显著诱导炎症和纤维
化(其中不迟于至少第8天存在病理变化)的结论。
[0582] 用测试物品治疗导致在第15天进行的呼吸测量的惊人消退(resolution)。而在第8天和第15天之间,媒剂治疗动物具有稳定的值,测试物品治疗引起了所有测量朝向(并且
在许多情况下匹配)盐水诱导的非患病对照中获得的测量的显著变化。跨各个剂量水平
(0.1-3mg/kg)观察测试物品的活性。测试物品的治疗还在第2、9和16天接受1mg/kg的大鼠
中导致了在第22天测量的Ashcroft评分和间质炎症的显著降低(改善)。
[0583] 从第9天开始用尼达尼布(50mg/kg/剂量)治疗在本实验中未表现出显著作用。没有作用可能反映了在本实验条件下改善纤维化存在高度障碍。已知模型中的诱导在实验重
复之间和之内有所不同,并且已经在文献中示出尼达尼布以相似的剂量水平改善纤维化
(参见Chaudhary等人,《欧洲呼吸杂志:欧洲临床呼吸生理学会官方杂志(The European 
Respiratory Journal:Official Journal of the European Society for Clinical 
Respiratory Physiology)》,29:976-985,2007)。
[0584] 结论。总体而言,在治疗性给药时(即从BLM滴注2或9天后开始),测试物品在BLM诱导的肺部炎症和纤维化模型中表现出强烈的疾病改善活性。呼吸测量是本研究中最敏感的
终点,在测试的所有剂量和范例(每周施用0.1-3mg/kg)下表现出显著作用。与之相反但并
不令人惊讶的是,鉴于呼吸测量可能依赖于本模型中的免疫驱动的间质水肿,抗纤维化剂
尼达尼布没有作用。
[0585] 用测试物品治疗性干预还改善(减少)了在第22天测量的组织学纤维化和间质免疫细胞浸润,进一步证实了免疫调节潜力并证明了所述分子的抗纤维化潜力。测试物品的
表现优于在研究没有显著作用但针对特发性肺纤维化治疗而销售的尼达尼布。这些结果表
明,HRS多肽(例如,测试物品)在大范围ILD中表现出治疗肺部炎症和纤维化的显著治疗效
用。
[0586] 实例3
[0587] HRS多肽-Fc融合蛋白与尼达尼布或吡非尼酮的组合治疗博莱霉素诱导的间质性肺病的评价
[0588] 进行研究以确定示例性HRS-Fc融合蛋白(HRSFC1)与尼达尼布或吡非尼酮组合的组合(其针对IPF治疗而销售)是否在博来霉素诱导的肺纤维化的大鼠模型中减少呼吸受损
和/或肺纤维化。通过测量呼吸测量、组织学纤维化和炎症评分以及肺胶原蛋白含量来确定
HRS-Fc融合蛋白对炎症和纤维化过程的作用。还确定了HRSFC1的循环水平。
[0589] 方案和方法。在使用与实例2中描述的那些相同的方法的相同实验室中,通过以100μl中大约1mg/kg的剂量水平口咽施用博莱霉素(BLM)并持续连续7天在雄性Sprague 
Dawley(Crl:CD(SD))大鼠中诱导肺部炎症和纤维化。在异氟烷麻醉下施用PBS或BLM。用BLM
诱导过量的大鼠,并用其替代体重减轻过多的任何动物。BLM施用的第一天被定义为第1天。
在第17或22天使用二氧化碳施用后的末端出血处死大鼠。如以下表E5-A和E5-B所示治疗动
物。
[0590] 表E5-A
[0591]
[0592] 表E5-B
[0593]
[0594]
[0595]
[0596] 由于接受BLM的动物的较大体重减轻,在第4和7天跳过口咽施用。在第1、2、3、5和6天接受PBS的动物作为非患病对照(第1组)。在第1、2、3、5和6天口咽接受BLM的动物接受每
天3次口服媒剂(0.5%CMC和0.5%吐温-80)加每周一次IV媒剂(20mM His,125mM NaCl,
10mM蛋氨酸,3%蔗糖,0.02%PS20,pH 6.9)(第2组),接受每天中午一次口服尼达尼布
(60mg/kg)加每天早晚两次口服媒剂加每周一次IV媒剂(第3组);接受每天三次口服吡非尼
酮(70mg/kg/剂量)加每周一次IV媒剂(第4组),接受每天三次口服媒剂加每周一次测试物
品(HRSFC1;3mg/kg;批号H-Fcv3-N4-1005)(第5组),接受每天中午口服尼达尼布较每天早晚
两次口服媒剂加每周一次IV测试物品(第6组),或接受每天三次口服吡非尼酮加每周一次
IV测试物品(第4组)。所有治疗均在第9天开始。
[0597] 存活时,测量体重并每天进行临床观察。在第8、15和21天,将动物从其家笼中取出并单独放入全身体积描记室中。在20分钟的适应期后,记录呼吸参数10分钟。在研究之前以
及第10天和第17天,从尾静脉获得全血并加工成血清以进行HRSFC1的测量。
[0598] 在第17天(n=4)或第22天(n=8)终止时,在最后一次口服给药(非患病对照,尼达尼布和口服媒剂组)一天后或在最后一次IV施用测试物品6天后,使用二氧化碳并经由心脏
穿刺放血处死大鼠。
[0599] 收集五个肺叶并称重。在第17天,保留右侧副叶并干燥以获得干重。将其余的右肺叶充气并在10%中性缓冲福尔马林中固定并包埋在石蜡中用于组织学分析。将大约50mg左
肺叶快速冷冻并在-80℃下储存以便可能的RNA分析。叶的其余部分也快速冷冻直至分析胶
原蛋白含量。
[0600] 用天狼猩红对组织学切片进行染色,并由兽医病理学家使用改良的Ashcroft评分(Hubner等人,2008)以盲法方式评分(3-4个叶中每一个1种评分)。使用质谱法在左肺叶中
确定羟脯氨酸含量。
[0601] 使用来自用HRSFC1治疗的动物的血清样品来使用标准夹心ELISA技术利用捕获HRS部分并检测融合蛋白的Fc部分的抗体确定体循环中蛋白质的水平。
[0602] 使用GraphPad Prism(GraphPad Software,圣地亚哥,加利福尼亚州)进行所有统计学分析。使用单因素ANOVA测试(组织学、肺重量、胶原蛋白含量)或双因素重复测量ANOVA
测试(药代动力学)并随后在适当时通过事后Dunnett测试来比较各组。
[0603] 结果-存活率。在第9天开始治疗的所有动物存活至预定尸检。
[0604] 结果-体重。在整个实验中,在肺部中施用BLM导致大鼠相对于非患病对照的体重降低,这是本模型的特性。单独或组合地用尼达尼布、吡非尼酮或测试物品治疗的组的体重
曲线均未与其相应的对照有显著不同。
[0605] 结果-呼吸测量。在第8天进行呼吸测量,其表现出明显的由BLM诱导的损伤(表E6)。
[0606]
[0607]
[0608] 在第8天,在任何治疗之前,观察到呼气和吸气时间的显著降低,而峰值呼气流量和呼吸率显著增加。在本实验中,第8天的BLM诱导动物和非诱导动物的潮气量、峰值吸气流
量和每分钟呼吸量(RMV)相似。
[0609] 在第15天和第21天进行的呼吸测量(表E6)示出了BLM诱导的媒剂治疗组的损伤减少,表明快速自发消退,这已在博来霉素模型中报道。在本研究中,用尼达尼布、吡非尼酮或
测试物品治疗并未显著影响BLM诱导的呼吸参数改变——可能是因为疾病的这种快速自发
消退。
[0610] 结果-肺部肿块和胶原蛋白含量。在第1、2、3、5和6天,BLM诱导显著提升了在第17天或第22天在尸检时获得的肺部肿块(湿重)和在第22天测量的胶原蛋白含量。治疗组中无
一显著改变肺湿重或胶原蛋白含量(数据未示出)。
[0611] 结果-组织学评分。由兽医病理学家读取载玻片,并且所评价的3个叶中每一个被指定4种评分类型[纤维化Ashcroft(评分范围为0到8),血管周围/细支气管周围炎性细胞
浸润Ashcroft(评分范围为0到5),间质/肺泡炎性细胞浸润(评分范围为0到5),II型肺细胞
增生(评分范围为0到5)]。
[0612] PBS诱导的动物指定的Ashcroft评分一律为0分,而BLM诱导的媒剂治疗的动物的评分范围在8分级别上的1到5,从而证实已诱导显著的纤维化,但比在实例2中观察到的更
温和。与接受PO+IV媒剂的对照相比,单独或组合地用尼达尼布、吡非尼酮或测试物品干预
对间质炎性细胞浸润没有显著作用(数据未示出)。
[0613] 在来自盐水诱导的肺部的所有切片中都不存在间质/肺泡炎性细胞浸润(评分=0)。在用BLM诱导的动物中,观察到最小到中度(评分=1-3)间质炎性细胞浸润。与接受PO+
IV媒剂的对照相比,单独或组合地用尼达尼布、吡非尼酮或测试物品干预对间质炎性细胞
浸润没有显著作用(数据未示出)。
[0614] 结果:PK。在第9和16天接受测试物品HRSFC1的动物中,在第10、17和22天可检测到HRSFC1的血清水平。如所预期,HRSFC1的水平在第17和22天之间降低,证明了测试物品随时间
FC1
的清除。在还接受尼达尼布或吡非尼酮的动物中也可测量HRS 。然而,令人惊讶的是,在口
咽施用BLM诱导的肺部炎症和纤维化的本啮齿动物模型中,用针对IPF治疗而销售的小分子
同时治疗显著增加了剂量后~24小时测量的HRSFC1水平(图6)。
[0615] 总结。本研究的总体目标是确定测试物品是否在博来霉素诱导的肺纤维化的大鼠模型中降低呼吸受损和/或肺纤维化的程度。在实验的前7天期间,通过将BLM口咽滴入雄性
Sprague Dawley大鼠的肺部五次来诱导肺纤维化。接受盐水而不是BLM的动物用作对照。通
过BLM诱导的动物中最小到中度间质/肺泡炎性细胞浸润的组织学观察和1到5的Ashcroft
纤维化评分证明肺部中炎症和纤维化过程的诱导。在第8天进行的呼吸测量表现出BLM诱导
的显著变化,但是这些在接受媒剂的动物中下降。总之,这些数据支持了在肺部中瞬时诱导
炎症(其中不迟于至少第8天存在病理变化)并且中度炎症和纤维化持续至第22天的结论。
[0616] 与实例2中总结的实验相反,在第9天开始用尼达尼布、吡非尼酮或测试物品干预在本实验中没有显著作用,这可能与本研究中反应的快速自发消退和瞬时性质有关。
[0617] 结论。总体而言,无论单独施用或组合施用,所测试的干预(尼达尼布、吡非尼酮或测试物品)均未改善本实验中的疾病测量。这些结果可能继发于本实验组中引起的较温和
的表型,因为已经报道了尼达尼布和吡非尼酮在本模型中都是有效的。
[0618] 尽管测试物品和小分子不影响模型功效终点,但HRSFC1数据清楚地表明,尼达尼布和吡非尼酮都与测试物品(其为一种工程化改造蛋白质)的药代动力学特性相互作用。
[0619] 为了证实尼达尼布和吡非尼酮改变HRSFC1的PK的观察,我们使用与实例3中描述的方法相同的方法在同一实验室中对进行的第二项研究进行了评价。令人惊讶的是,同时施
用尼达尼布和吡非尼酮增加了IV注射24小时后血清中测量的HRSFC1的量(数据未示出),从
而证实了初始观察。在这两种情况下,第2次注射后作用更明显。HRSFC1(一种工程化改造HRS
多肽)在存在具有不同作用机制的两种小分子IPF治疗剂的情况下PK改变的这种新奇且意
外的观察表明这些分子在炎性和纤维化疾病的背景下直接或在共享途径上相互作用。
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