1.一种对自身免疫疾病进行鉴别诊断的方法，所述方法包括：
(a)使来自受试者的样品与包含至少10,000个不同的原位合成的肽的肽阵列接触；
(b)检测所述样品中存在的抗体与所述阵列上的至少25个肽的结合，以获得结合信号的组合；以及
(c)将结合信号的所述组合与一组或多组参考结合信号的组合进行比较，其中参考结合信号的组合的每个所述组中的至少一个从已知患有与所述受试者的自身免疫疾病不同的疾病的多个参考受试者获得，从而能够对所述受试者的自身免疫疾病进行鉴别诊断，其中所述方法性能的特征为所述自身免疫疾病与参考结合信号的组合的每个组之间的受试者工作特征(ROC)曲线下面积(AUC)大于0.6。
2.如权利要求1所述的方法，其中通过检测来自所述参考组中的所述多个受试者中的每一个的样品中存在的抗体与包含至少10,000个不同的原位合成的肽的肽阵列上的所述至少25个肽的结合来获得参考结合信号的所述组合中的每个组合。
3.如权利要求2所述的方法，其中针对所述至少25个肽的结合信号的所述组合与所述参考结合信号的所述组合之间的差异确定所述鉴别诊断。
4.如权利要求1所述的方法，其中所述不同的疾病是自身免疫疾病。
5.如权利要求1所述的方法，进一步包括：
(d)将结合信号的所述组合与从已知患有所述自身免疫疾病的多个参考受试者获得的参考结合信号进行比较。
6.如权利要求4所述的方法，其中所述自身免疫疾病是皮肌炎(DM)，并且所述不同的自身免疫疾病是硬皮病(SSc)。
7.如权利要求6所述的方法，其中与所述阵列中的所述至少10,000个肽相比，区分结合信号的所述组合与所述参考结合信号的所述组合的所述至少25个肽对于选自丝氨酸、甘氨酸、酪氨酸、精氨酸、丙氨酸、谷氨酰胺和缬氨酸的一种或多种氨基酸而言富集至少100％。
8.如权利要求6所述的方法，其中与所述阵列中的所述至少10,000个肽相比，区分结合信号的所述组合与所述参考结合信号的所述组合的所述至少25个肽对于图13A所列的一个或多个基序而言富集。
9.如权利要求1所述的方法，进一步包括将来自所述受试者的结合信号与从健康受试者获得的参考结合信号的组合进行比较。
10.如权利要求9所述的方法，其中所述自身免疫疾病是SSc，并且区分结合信号的所述组合与所述参考结合信号的所述组合的所述至少25个肽对于选自酪氨酸、赖氨酸、精氨酸、苯丙氨酸、丝氨酸、色氨酸、甘氨酸和丙氨酸的一种或多种氨基酸而言富集至少100％。
11.如权利要求9所述的方法，其中所述自身免疫疾病是SSc，并且与所述阵列中的所述至少10,000个肽相比，区分结合信号的所述组合与所述参考结合信号的所述组合的所述至少25个肽对于图5A所列的一个或多个基序而言富集。
12.如权利要求9所述的方法，其中所述自身免疫疾病是DM，并且区分结合信号的所述组合与所述参考结合信号的所述组合的所述至少25个肽对于选自酪氨酸、色氨酸、丝氨酸、甘氨酸、天冬氨酸和苯丙氨酸的一种或多种氨基酸而言富集至少100％。
13.如权利要求9所述的方法，其中所述自身免疫疾病是DM，并且与所述阵列中的所述至少10,000个肽相比，区分结合信号的所述组合与所述参考结合信号的所述组合的所述至少25个肽对于图17A中所列的一个或多个基序而言富集。
14.如权利要求1所述的方法，其中所述自身免疫疾病是SSc，并且其中所述一组参考结合信号包含从患有其他自身免疫疾病的多个受试者获得的结合信号的组合，所述其他自身免疫疾病包括混合结缔组织病(MCTD)、未分化结缔组织病(UCTD)、肌炎、多肌炎、系统性红斑狼疮和硬斑病。
15.如权利要求14所述的方法，其中所述自身免疫疾病是SSc，并且区分结合信号的所述组合与所述参考结合信号的所述组合的所述至少25个肽对于选自天冬氨酸、谷氨酸、脯氨酸、缬氨酸、甘氨酸和丝氨酸的一种或多种氨基酸而言富集至少100％。
16.如权利要求14所述的方法，其中所述自身免疫疾病是SSc，并且与所述阵列中的所述至少10,000个肽相比，区分结合信号的所述组合与所述参考结合信号的所述组合的所述至少25个肽对于图7A中所列的一个或多个基序而言富集。
17.如权利要求1所述的方法，其中所述自身免疫疾病是DM，并且其中所述一组参考结合信号包含从患有其他自身免疫疾病的多个受试者获得的结合信号的组合，所述其他自身免疫疾病包括MCTD、UCTD、肌炎、多肌炎、系统性红斑狼疮和硬斑病。
18.如权利要求17所述的方法，其中所述自身免疫疾病是DM，并且区分结合信号的所述组合与所述参考结合信号的所述组合的所述至少25个肽对于选自赖氨酸、组氨酸、丝氨酸、精氨酸、谷氨酸、丙氨酸和甘氨酸的一种或多种氨基酸而言富集至少100％。
19.如权利要求16所述的方法，其中所述自身免疫疾病是DM，并且与所述阵列中的所述至少10,000个肽相比，区分结合信号的所述组合与所述参考结合信号的所述组合的所述至少25个肽对于图19A中所列的一个或多个基序而言富集。
20.如权利要求1所述的方法，其中所述方法性能的特征为所述受试者工作特征(ROC)曲线下面积(AUC)在0.60至0.70、0.70至0.79、0.80至0.89或0.90至1.00的范围内。
21.一种用于确定已知患有自身免疫疾病的受试者的疾病进展的方法，所述方法包括：
(a)使来自受试者的样品与包含至少10,000个不同的原位合成的肽的肽阵列接触；
(b)检测所述样品中存在的抗体与所述阵列上的至少25个肽的结合，以获得结合信号的第一组合；以及
(c)将结合信号的所述第一组合与至少参考结合信号的第二组合进行比较，其中所述参考结合信号的第二组合包括从包括具有指示所述自身免疫疾病的进展的临床表现的多个受试者的参考组获得的结合信号的组合，从而进行所述鉴别诊断，其中所述方法性能的特征为受试者工作特征(ROC)曲线下面积(AUC)大于0.6。
22.如权利要求21所述的方法，进一步包括：
(d)将结合信号的所述组合与从已知患有所述自身免疫疾病的多个参考受试者获得的参考结合信号进行比较。
23.如权利要求21所述的方法，其中通过检测来自所述参考组中的所述多个受试者中的每一个的样品中存在的抗体与包含至少10,000个不同的原位合成的肽的肽阵列上的所述至少25个肽的结合来获得参考结合信号的所述组合中的每个组合。
24.如权利要求23所述的方法，其中针对所述至少25个肽的结合信号的所述组合与所述参考结合信号的所述组合之间的差异确定所述疾病进展。
25.如权利要求21所述的方法，其中所述疾病进展在硬皮病(SSc)中确定。
26.如权利要求21所述的方法，其中所述疾病进展在SSc中确定，并且所述临床表现选自肾危象、间质性肺病(ILD)和胃窦血管扩张(GAVE)。
27.如权利要求21所述的方法，其中所述疾病进展在患有SSc的受试者中确定，并且所述临床表现是肾危象。
28.如权利要求27所述的方法，其中与所述阵列中的所述至少10,000个肽相比，区分结合信号的所述组合与所述参考结合信号的所述组合的所述至少25个肽对于选自脯氨酸、天冬氨酸和谷氨酸的一种或多种氨基酸而言富集至少100％。
29.如权利要求27所述的方法，其中与所述阵列中的所述至少10,000个肽相比，区分结合信号的所述组合与所述参考结合信号的所述组合的所述至少25个肽至少对于图9A中所列的一个或多个基序而言富集。
30.如权利要求21所述的方法，其中所述疾病进展在SSc中确定，并且所述临床表现是ILD。
31.如权利要求30所述的方法，其中与所述阵列中的所述至少10,000个肽相比，区分结合信号的所述组合与所述参考结合信号的所述组合的所述至少25个肽至少对于选自脯氨酸、精氨酸、赖氨酸、组氨酸和天冬氨酸的一种或多种氨基酸而言富集。
32.如权利要求30所述的方法，其中所述自身免疫疾病是SSc，并且与所述阵列中的所述至少10,000个肽相比，区分结合信号的所述组合与所述参考结合信号的所述组合的所述至少25个肽对于图15A中所列的一个或多个基序而言富集。
33.如权利要求21所述的方法，其中所述疾病进展在SSc中确定，并且所述临床表现是GAVE。
34.如权利要求33所述的方法，其中与所述阵列中的所述至少10,000个肽相比，区分结合信号的所述组合与所述参考结合信号的所述组合的所述至少25个肽至少对于选自精氨酸、酪氨酸、丝氨酸、组氨酸、赖氨酸和苯丙氨酸的一种或多种氨基酸而言富集。
35.如权利要求33所述的方法，其中所述自身免疫疾病是SSc，并且与所述阵列中的所述至少10,000个肽相比，区分结合信号的所述组合与所述参考结合信号的所述组合的所述至少25个肽对于图11A中所列的一个或多个基序而言富集。
36.如权利要求21所述的方法，其中所述疾病进展在皮肌炎(DM)中确定。
37.如权利要求21所述的方法，其中所述疾病进展在DM中确定，并且所述临床表现是ILD。
38.如权利要求37所述的方法，其中与所述阵列中的所述至少10,000个肽相比，区分结合信号的所述组合与所述参考结合信号的所述组合的所述至少25个肽至少对于选自脯氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、丝氨酸、甘氨酸和谷氨酰胺的一种或多种氨基酸而言富集。
39.如权利要求37所述的方法，其中所述自身免疫疾病是DM，并且与所述阵列中的所述至少10,000个肽相比，区分结合信号的所述组合与所述参考结合信号的所述组合的所述至少25个肽对于图21A中所列的一个或多个基序而言富集。
40.如权利要求21所述的方法，其中所述方法性能的特征为所述受试者工作特征(ROC)曲线下面积(AUC)在0.60至0.70、0.70至0.79、0.80至0.89或0.90至1.00的范围内。
41.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述受试者是人。
42.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述样品是血液样品。
43.如权利要求40所述的方法，其中所述血液样品选自全血、血浆或血清。
44.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述样品是血清样品。
45.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述样品是血浆样品。
46.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述样品是干燥的血液样品。
47.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述肽阵列上的所述至少10,000个不同的肽的长度为至少5个氨基酸。
48.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述肽阵列上的所述至少10,000个不同的肽的长度为5至15个氨基酸。
49.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述至少10,000个不同的肽由少于20种氨基酸合成。
50.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中通过排除半胱氨酸、甲硫氨酸、异亮氨酸和苏氨酸中的一种或多种来合成所述肽阵列上的所述至少10,000个不同的肽。
51.一种用于鉴定自身免疫疾病的候选蛋白质生物标志物的方法，所述方法包括：
(a)鉴定区分所述自身免疫疾病与一种或多种不同的健康状况的一组辨别肽；
(b)将所述(辨别)肽组与蛋白质组中的蛋白质进行比对，以获得所述辨别肽组与所述蛋白质组中的一种或多种蛋白质的比对评分；
(d)根据统计学显著性对所述鉴定的蛋白质进行排序；以及
(d)将所述蛋白质鉴定为用于治疗所述自身免疫疾病的候选蛋白质生物标志物。
52.如权利要求51所述的方法，进一步包括获得重叠评分，其中所述评分校正肽文库的肽组成。
53.如权利要求51所述的方法，进一步包括鉴定区分所述自身免疫疾病与健康状况的一组辨别肽。
54.如权利要求51所述的方法，其中所述候选蛋白质生物标志物选自表3中所列的靶标。
55.如权利要求51所述的方法，其中所述辨别肽被鉴定为具有小于10-5、小于10-6、小于
10-7、小于10-8、小于10-9、小于10-10、小于10-11、小于10-12、小于10-13、小于10-14或小于10-15的p值。
56.如权利要求51所述的方法，其中按照小于10-3、小于10-4、小于10-5或小于10-6的p值对所述候选蛋白质生物标志物进行排序。
57.一种用于对自身免疫疾病进行鉴别诊断的系统，所述系统包括：
(a)包含至少10,000个不同的原位合成的肽的肽阵列，其中来自受试者的样品与所述阵列接触；
(b)用于检测所述样品中存在的抗体与所述阵列上的至少25个肽的结合的检测器，以获得结合信号的组合；以及
(c)用于分析和比较结合信号的所述组合与一组或多组参考结合信号的组合的数字处理设备，其中参考结合信号的组合的每个所述组包括从患有不同的疾病的多个受试者获得的结合信号的组合，从而进行所述鉴别诊断，其中所述方法性能的特征为受试者工作特征(ROC)曲线下面积(AUC)大于0.6。
58.如权利要求57所述的方法，其中所述不同的疾病是自身免疫疾病。
59.如权利要求58所述的方法，其中所述自身免疫疾病是皮肌炎(DM)，并且所述不同的自身免疫疾病是硬皮病(SSc)。
60.一种用于确定已知患有自身免疫疾病的受试者的疾病进展的系统，所述方法包括：
(a)包含至少10,000个不同的原位合成的肽的肽阵列；
(b)用于检测所述样品中存在的抗体与所述阵列上的至少25个肽的结合的检测器，以获得结合信号的第一组合；以及
(c)用于分析和比较结合信号的所述第一组合与至少参考结合信号的第二组合的数字处理设备，其中所述参考结合信号的第二组合包括从包括具有指示所述自身免疫疾病的进展的临床表现的多个受试者的参考组获得的结合信号的组合，从而进行所述鉴别诊断，其中所述方法性能的特征为受试者工作特征(ROC)曲线下面积(AUC)大于0.6。
61.如权利要求60所述的系统，其中所述疾病进展在硬皮病(SSc)中确定。
62.如权利要求61所述的系统，其中所述疾病进展在SSc中确定，并且所述临床表现选自肾危象、间质性肺病(ILD)和胃窦血管扩张(GAVE)。
63.如权利要求60所述的系统，其中所述疾病进展在患有SSc的受试者中确定，并且所述临床表现是肾危象。
64.如权利要求60所述的系统，其中所述疾病进展在SSc中确定，并且所述临床表现是ILD。
65.如权利要求60所述的系统，其中所述疾病进展在SSc中确定，并且所述临床表现是GAVE。
66.如权利要求60所述的系统，其中所述疾病进展在皮肌炎(DM)中确定。
67.如权利要求60所述的系统，其中所述疾病进展在DM中确定，并且所述临床表现是ILD。