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用于剥脱性综合征和青光眼的诊断、预后和治疗的标记物的CHR15Q24上的遗传变异

阅读：144发布：2020-10-21

专利汇可以提供用于剥脱性综合征和青光眼的诊断、预后和治疗的标记物的CHR15Q24上的遗传变异专利检索，专利查询，专利分析的服务。并且本 发明 涉及诊断眼科 疾病 ，包括 青光眼 和剥脱性综合征易感性的方法。本发明提供了诊断剥脱性综合征和青光眼易感性增加或降低的方法，以及 风 险评估、 治疗 和 预后 的方法。本发明进一步涉及用于本发明方法的 试剂 盒 。，下面是用于剥脱性综合征和青光眼的诊断、预后和治疗的标记物的CHR15Q24上的遗传变异专利的具体信息内容。

1.一种确定人类个体中选自剥脱性综合征和青光眼中的至少一种眼科疾病易感性的方法，所述方法包含：
获取关于人类个体的识别与人类LOXL1基因有关的至少一种多态性标记物的至少一种等位基因的核酸序列数据，其中所述至少一种多态性标记物的不同等位基因与所述至少一种人类病症的不同易感性有关，和
由所述核酸序列数据确定选自剥脱性综合征和青光眼中的至少一种病症的易感性。
2.根据权利要求1所述的方法，包含获取关于与所述LOXL1基因有关的至少两种多态性标记物的核酸序列数据。
3.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中，易感性的确定包含将所述核酸序列数据与含有人类LOXL1基因的多态性标记物和所述至少一种病症易感性之间的相关数据的数据库进行比较。
4.根据权利要求3所述的方法，其中，所述数据库包含对于所述LOXL1基因的所述多态性标记物的所述至少一种病症的易感性的至少一个风险测量值。
5.根据权利要求3所述的方法，其中，所述数据库包含含有所述多态性标记物的所述至少一种病症的至少一个风险测量值的查询表。
6.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，获取核酸序列数据包含从所述人类个体获取生物学样品并分析所述样品的核酸中的所述至少一种多态性标记物的序列。
7.根据权利要求6所述的方法，其中，分析所述至少一种多态性标记物的序列包含确定存在或不存在至少一种多态性标记物的至少一种等位基因。
8.根据权利要求1～5中任一项所述的方法，其中，所述获取核酸序列数据包含从现存记录中获得核酸序列信息。
9.根据前述权利要求中任一项所述的方法，进一步包含向选自由所述个体、所述个体的监护人、遗传服务提供商、医师、医疗组织和医疗保险公司组成的组中的至少一个实体报告所述易感性。
10.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述至少一种多态性标记物选自由表16中所列出的标记物以及与其连锁不平衡的标记物组成的组。
11.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述至少一种多态性标记物选自由标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)和rs3825942(SEQ ID NO：107)以及与它们连锁不平衡的标记物组成的组。
2
12.根据权利要求10或权利要求11所述的方法，其中，连锁不平衡通过r 的数值为至少0.2和/或|D’|的值为至少0.8来限定。
13.根据前述权利要求中任一项所述的方法、其中，所述至少一种多态性标记物选自 由 rs4886725(SEQ ID NO：86)、rs12915956(SEQ ID NO：87)、rs896590(SEQ ID NO：
88)、rs12438872(SEQ ID NO：89)、rs4261482(SEQ ID NO：42)、rs2165241(SEQ ID NO：
15)、rs1992314(SEQ ID NO：44)、rs4886776(SEQ ID NO：45)、rs2028386(SEQ ID NO：
46)、rs4337252(SEQ ID NO：47)、rs2028387(SEQ ID NO：48)、rs4077284(SEQ ID NO：
49)、rs893816(SEQ ID NO：50)、rs4886782(SEQ ID NO：51)、rs893817(SEQ ID NO：17)、rs893818(SEQ ID NO：52)、rs893820(SEQ ID NO：53)、rs12440667(SEQ ID NO：54)、rs1530169(SEQ ID NO：19)、rs893821(SEQ ID NO：90)、rs750460(SEQ ID NO：55)、rs4243042(SEQ ID NO：56)、rs2304722(SEQ ID NO：91)、rs4886623(SEQ ID NO：92)、rs2167648(SEQ ID NO：93)、rs1584738(SEQ ID NO：94)、rs1901570(SEQ ID NO：95)、rs8026593(SEQ ID NO：6)、rs4886660(SEQ ID NO：96)、rs4886421(SEQ ID NO：97)、rs4886663(SEQ ID NO：98)、rs4886664(SEQ ID NO：99)、rs4145873(SEQ ID NO：100)、rs4145874(SEQ ID NO：101)、rs1452389(SEQ ID NO：102)、rs1078967(SEQ ID NO：103)、rs8041642(SEQ ID NO：104)、rs8041685(SEQ ID NO：16)、rs8042039(SEQ ID NO：105)、rs2304719(SEQ ID NO：18)、rs12437465(SEQ ID NO：57)、rs1048661(SEQ ID NO：106)和rs3825942(SEQ ID NO：107)组成的组。
14.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述至少一种多态性标记物是标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)或标记物rs3825942(SEQ ID NO：107)。
15.一种确定人类个体中选自剥脱性综合征和青光眼中的至少一种眼科疾病易感性的方法，所述方法包含：
获取有关人类个体的识别与得到人类LOXL1基因有关的至少两种多态性标记物的两种等位基因的核酸序列数据，
确定基于所述序列数据的至少一种单体型的所述同一性，和
由所述单体型数据确定选自剥脱性综合征和青光眼的病症中的至少一种的易感性。
16.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述至少一种等位基因或单体型是剥脱性综合征和/或青光眼易感性升高的指征。
17.根据权利要求16所述的方法，其中，所述易感性升高的特征为相对风险度或优势度为至少1.5，包括至少2.0，至少2.5，至少3.0，至少3.5和至少4.0。
18.根据权利要求16或17所述的方法，其中，所述至少一种等位基因是rs2165241等位基因T、rs1048661等位基因G或rs3825942等位基因G。
19.根据权利要求15或16所述的方法，其中，存在：
a.特征为存在标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)中的等位基因G和标记物
rs3825942(SEQ ID NO：107)中的等位基因G的所述单体型；和/或
b.特征为存在标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)中的等位基因T和标记物
rs3825942(SEQ ID NO：107)中的等位基因G的所述单体型
是剥脱性综合征或青光眼易感性升高的指征。
17.根据权利要求1～15中任一项所述的方法，其中，存在所述至少一种等位基因或单体型是剥脱性综合征和/或青光眼易感性降低的指征。
18.根据权利要求17所述的方法，其中，存在rs1048661等位基因T和/或rs3825942等位基因A是与剥脱性综合征和/或青光眼相关的症状易感性降低的指征。
19.根据权利要求15所述的方法，其中，存在特征为存在标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)中的等位基因G和标记物rs3825942(SEQ ID NO：107)中的等位基因A的所述单体型是发展剥脱性综合征或青光眼的易感性降低的指征。
20.根据权利要求17～19中任一项所述的方法，其中，所述降低的易感性的特征为优势度或相对风险度小于0.7，包括小于0.6，小于0.5，小于0.4，小于0.35，小于0.3和小于
0.25。
21.一种诊断人类个体中与剥脱性综合征和/或青光眼有关的症状易感性的方法，所述方法包含确定存在或不存在从所述个体获得的核酸样品中、或来自所述个体的基因型数据集中的至少一种多态性标记物的至少一种等位基因，其中所述至少一种多态性标记物与所述LOXL1基因有关，并且其中存在所述至少一种等位基因是与剥脱性综合征和/或青光眼有关的症状易感性的指征。
22.根据权利要求21所述的方法，包含确定所述至少一种多态性标记物的两种等位基因。
23.根据权利要求22所述的方法，进一步包含评价所述个体中的至少一种单体型的所述同一性，其中存在所述至少一种单体型是与剥脱性综合征和/或青光眼相关的症状易感性的指征。
24.根据权利要求21～23中任一项所述的方法，其中，所述至少一种多态性标记物选自由表16中所列出的标记物、以及与其连锁不平衡的标记物组成的组。
25.根据权利要求21～24中任一项所述的方法，其中，所述至少一种多态性标记物选自由标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)和rs3825942(SEQ ID NO：107)、以及与其连锁不平衡的标记物组成的组。
2
26.根据权利要求21～25中任一项所述的方法，其中，连锁不平衡由r 的值为至少
0.2和/或|D’|的值为至少0.8来限定。
27.根据权利要求21～26中任一项所述的方法，其中，所述至少一种多态性标记物选自由rs4886725(SEQ ID NO：86)、rs12915956(SEQ ID NO：87)、rs896590(SEQ ID NO：
88)、rs12438872(SEQ ID NO：89)、rs4261482(SEQ ID NO：42)、rs2165241(SEQ ID NO：
15)、rs1992314(SEQ ID NO：44)、rs4886776(SEQ ID NO：45)、rs2028386(SEQ ID NO：
46)、rs4337252(SEQ ID NO：47)、rs2028387(SEQ ID NO：48)、rs4077284(SEQ ID NO：
49)、rs893816(SEQ ID NO：50)、rs4886782(SEQ ID NO：51)、rs893817(SEQ ID NO：17)、rs893818(SEQ ID NO：52)、rs893820(SEQ ID NO：53)、rs12440667(SEQ ID NO：54)、rs1530169(SEQ ID NO：19)、rs893821(SEQ ID NO：90)、rs750460(SEQ ID NO：55)、rs4243042(SEQ ID NO：56)、rs2304722(SEQ ID NO：91)、rs4886623(SEQ ID NO：92)、rs2167648(SEQ ID NO：93)、rs1584738(SEQ ID NO：94)、rs1901570(SEQ ID NO：95)、rs8026593(SEQ ID NO：6)、rs4886660(SEQ ID NO：96)、rs4886421(SEQ ID NO：97)、rs4886663(SEQ ID NO：98)、rs4886664(SEQ ID NO：99)、rs4145873(SEQ ID NO：100)、rs4145874(SEQ ID NO：101)、rs1452389(SEQ ID NO：102)、rs1078967(SEQ ID NO：103)、rs8041642(SEQ ID NO：104)、rs8041685(SEQ ID NO：16)、rs8042039(SEQ ID NO：105)、rs2304719(SEQ ID NO：18)、rs12437465(SEQ ID NO：57)、rs1048661(SEQ ID NO：106)、和rs3825942(SEQ ID NO：107)组成的组。
28.根据权利要求21～27中任一项所述的方法，其中，所述至少一种多态性标记物是标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)或标记物rs3825942(SEQ ID NO：107)。
29.根据权利要求23所述的方法，其中，所述单体型的特征为存在
标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)中的等位基因G和标记物rs3825942(SEQ ID NO：
107)中的等位基因G；或
标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)中的等位基因T和标记物rs3825942(SEQ ID NO：
107)中的等位基因G。
30.根据权利要求21～29中任一项所述的方法，其中，存在所述至少一种等位基因或单体型是与剥脱性综合征和/或青光眼相关的症状易感性升高的指征。
31.根据权利要求30所述的方法，其中，所述升高的易感性的特征为相对风险度或优势度为至少1.5，包括至少2.0，至少2.5，至少3.0，至少3.5，和至少4.0。
32.根据权利要求30或31所述的方法，其中，所述至少一种等位基因是rs2165241等位基因T、rs1048661等位基因G或rs3825942等位基因G。
33.根据权利要求30～32中任一项所述的方法，其中，存在
特征为存在标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)中的等位基因G和标记物
rs3825942(SEQ ID NO：107)中的等位基因G的所述单体型；和/或
特征为存在标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)中的等位基因T和标记物
rs3825942(SEQ ID NO：107)中的等位基因G的所述单体型
是与发展剥脱性综合征或青光眼相关的症状易感性升高的指征。
34.根据权利要求21～28中任一项所述的方法，其中，存在所述至少一种等位基因或单体型是与剥脱性综合征或青光眼相关的症状的易感性下降的指征。
35.根据权利要求34所述的方法，其中，存在rs1048661等位基因T和/或rs3825942等位基因A是与剥脱性综合征或青光眼相关的症状的易感性下降的指征。
36.根据权利要求34所述的方法，其中，存在特征为存在标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)中的等位基因G和标记物rs3825942(SEQ ID NO：107)中的等位基因A的所述单体型是与发展剥脱性综合征或青光眼相关症状的易感性降低的指征。
37.根据权利要求34～36中任一项所述的方法，其中，所述降低的易感性的特征为优势度或相对风险度小于0.7，包括小于0.6，小于0.5，小于0.4，小于0.35，小于0.3，和小于
0.25。
38.根据权利要求21～37中任一项所述的方法，其中，所述与剥脱性综合征和/或青光眼相关的症状由剥脱性综合征和/或青光眼的临床诊断进一步表征。
39.根据权利要求21～38中任一项所述的方法，其中，所述与剥脱性综合征和/或青光眼相关的症状的特征为存在以下症状中的至少一种：视网膜神经节细胞退化、眼压升高、视神经盘变化和周边视力丧失。
40.根据权利要求39所述的方法，其中，视神经盘变化的特征为以下至少之一：(a)杯盘比升高(薄神经视网膜缘)，(b)进行性视神经盘凹陷，(c)不对称性视神经盘凹陷(差异大于0.2)，(d)获得性视神经小凹，(e)周边视网膜神经纤维层损失。
41.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述人类个体进一步具有至少一种剥脱性综合征和/或青光眼的风险因子，所述风险因子选自：眼压升高、高龄、非裔美国人种族、视野异常、近视、青光眼家族病史、薄角膜、系统性高血压、心血管疾病、周期性偏头痛和外周血管痉挛。
42.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述青光眼是剥脱性青光眼。
43.一种诊断人类个体中选自剥脱性综合征和青光眼中的至少一种眼科疾病易感性的方法，所述方法包含：
获取关于至少一种编码人类个体的LOXL1蛋白的LOXL1氨基酸序列数据，
识别与所述LOXL1氨基酸序列相关的至少一个多态位点，其中所述至少一个多态位点的不同氨基酸与人类中所述至少一种病症的不同易感性相关，和
由所述氨基酸序列数据诊断选自剥脱性综合征和青光眼中至少一种病症的易感性。
44.根据权利要求43所述的方法，其中，确定在按照SEQ ID NO：85所示的LOXL1蛋白中位置141处存在精氨酸和/或在位置153处存在甘氨酸是所述至少一种病症易感性升高的指征。
45.根据权利要求43所述的方法，其中，确定在按照SEQ ID NO：85所示的LOXL1蛋白中位置141处存在精氨酸且在位置153处存在甘氨酸是所述至少一种病症易感性升高的指征。
46.根据权利要求43所述的方法，其中，确定在按照SEQ ID NO：85所示的LOXL1蛋白中位置141处存在亮氨酸和/或在位置153处存在天门冬氨酸是所述至少一种病症易感性降低的指征。
47.根据权利要求43所述的方法，其中，确定在按照SEQ ID NO：85所示的LOXL1蛋白中位置141处存在亮氨酸且在位置153处存在天门冬氨酸是所述至少一种病症易感性降低的指征。
48.一种诊断个体中与剥脱性综合征和/或青光眼相关的症状易感性的方法，所述方法包含确定获自所述个体的核酸样品中的至少一种多态性标记物的至少一种等位基因的所述同一性，其中所述至少一种标记物选自位于所述LOXL1 LD结构单元内的标记物的组，其中与剥脱性综合征和/或青光眼相关的病症的易感性与所述至少一种等位基因的所述同一性相关。
49.根据权利要求48所述的方法，包含确定所述至少一种多态性标记物的两种等位基因。
50.根据权利要求49所述的方法，进一步包含评价所述个体中的至少一种单体型的所述同一性，其中存在所述至少一种单体型是与剥脱性综合征和/或青光眼相关的症状的易感性的指征。
51.根据权利要求48～50中任一项所述的方法，其中，所述至少一种多态性标记物选自由表4中所列出的标记物、以及与其连锁不平衡的标记物组成的组。
52.根据权利要求48～51中任一项所述的方法，其中，所述至少一种多态性标记物选自由标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)和rs3825942(SEQ ID NO：107)、以及与之连锁不平衡的标记物组成的组。
2
53.根据权利要求51或52中任一项所述的方法，其中，连锁不平衡由r 的值为至少
0.2和/或|D’|的值为至少0.8来限定。
54.根据权利要求48～53中任一项所述的方法，其中，所述至少一种多态性标记物选自由rs4886725(SEQ ID NO：86)、rs12915956(SEQ ID NO：87)、rs896590(SEQ ID NO：
88)、rs12438872(SEQ ID NO：89)、rs4261482(SEQ ID NO：42)、rs2165241(SEQ ID NO：
15)、rs1992314(SEQ ID NO：44)、rs4886776(SEQ ID NO：45)、rs2028386(SEQ ID NO：
46)、rs4337252(SEQ ID NO：47)、rs2028387(SEQ ID NO：48)、rs4077284(SEQ ID NO：
49)、rs893816(SEQ ID NO：50)、rs4886782(SEQ ID NO：51)、rs893817(SEQ ID NO：17)、rs893818(SEQ ID NO：52)、rs893820(SEQ ID NO：53)、rs12440667(SEQ ID NO：54)、rs1530169(SEQ ID NO：19)、rs893821(SEQ ID NO：90)、rs750460(SEQ ID NO：55)、rs4243042(SEQ ID NO：56)、rs2304722(SEQ ID NO：91)、rs4886623(SEQ ID NO：92)、rs2167648(SEQ ID NO：93)、rs1584738(SEQ ID NO：94)、rs1901570(SEQ ID NO：95)、rs8026593(SEQ ID NO：6)、rs4886660(SEQ ID NO：96)、rs4886421(SEQ ID NO：97)、rs4886663(SEQ ID NO：98)、rs4886664(SEQ ID NO：99)、rs4145873(SEQ ID NO：100)、rs4145874(SEQ ID NO：101)、rs1452389(SEQ ID NO：102)、rs1078967(SEQ ID NO：103)、rs8041642(SEQ ID NO：104)、rs8041685(SEQ ID NO：16)、rs8042039(SEQ ID NO：105)、rs2304719(SEQ ID NO：18)、rs12437465(SEQ ID NO：57)、rs1048661(SEQ ID NO：106)、和rs3825942(SEQ ID NO：107)组成的组。
55.根据权利要求48～54中任一项所述的方法，其中，所述至少一种多态性标记物是标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)或标记物rs3825942(SEQ ID NO：107)。
56.根据权利要求48～55中任一项所述的方法，其中，存在所述至少一种等位基因或单体型是与剥脱性综合征和/或青光眼相关的症状的易感性升高的指征。
57.根据权利要求56所述的方法，其中，所述升高的易感性的特征为优势度或相对风险度为至少1.2，包括至少1.5，至少2.0，至少2.5，至少3.0，至少3.5，和至少4.0。
58.根据权利要求56或57所述的方法，其中，所述至少一种等位基因是rs1048661等位基因G或rs3825942等位基因G、以及在与它们相关的连锁不平衡中的标记物等位基因。
59.根据权利要求56～58中任一项所述的方法，其中，存在
a.特征为存在标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)中的等位基因G和标记物
rs3825942(SEQ ID NO：107)中的等位基因G的所述单体型；和/或
b.特征为存在标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)中的等位基因T和标记物
rs3825942(SEQ ID NO：107)中的等位基因G的所述单体型
是与发展剥脱性综合征或青光眼相关的症状易感性升高的指征。
60.根据权利要求48～55中任一项所述的方法，其中，存在所述至少一种等位基因或单体型是与剥脱性综合征或青光眼相关的症状的易感性下降的指征。
61.根据权利要求60所述的方法，其中，存在rs1048661等位基因T和/或rs3825942等位基因A是与剥脱性综合征或青光眼相关的症状的易感性下降的指征。
62.根据权利要求60所述的方法，其中，存在特征为存在标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)中的等位基因G和标记物rs3825942(SEQ ID NO：107)中的等位基因A的所述单体型是与发展剥脱性综合征或青光眼相关症状的易感性降低的指征。
63.根据权利要求60～62中任一项所述的方法，其中，所述降低的易感性特征为优势度或相对风险度小于0.7，包括小于0.6，小于0.5，小于0.4，小于0.35，小于0.3，和小于
0.25。
64.根据权利要求48～63中任一项所述的方法，其中，所述与剥脱性综合征和/或青光眼相关的症状由剥脱性综合征和/或青光眼的临床诊断进一步表征。
65.根据权利要求48～64中任一项所述的方法，其中，所述与剥脱性综合征和/或青光眼相关的症状的特征为存在以下症状中的至少一种：视网膜神经节细胞退化、眼压升高、视神经盘变化和周边视力丧失。
66.根据权利要求65所述的方法，其中，视神经盘变化的特征为以下至少之一：(a)杯盘比升高(薄神经视网膜缘)，(b)进行性视神经盘凹陷，(c)不对称性视神经盘凹陷(差异大于0.2)，(d)获得性视神经小凹，(e)周边视网膜神经纤维层损失。
67.根据权利要求48～66中任一项所述的方法，其中，所述人类受治疗者进一步具有至少一种剥脱性综合征和/或青光眼的风险因子，所述风险因子选自：眼压升高、高龄、非裔美国人种族、视野异常、近视、青光眼家族病史、薄角膜、系统性高血压、心血管疾病、周期性偏头痛和外周血管痉挛。
68.一种识别用于评价剥脱性综合征和/或青光眼易感性的标记物的方法，所述方法包含：
c.识别与所述LOXL 1基因相关的至少一种多态性；和
d.确定所诊断的患有剥脱性综合征和/或青光眼、或对其具有易感性的个体的样品和对照样品的所述基因型状态；
其中，与所述对照样品中的所述至少一种等位基因的所述频率相比，在所诊断的患有剥脱性综合征、或对其具有易感性的个体中的至少一种多态性的至少一种等位基因的频率的明显差异是用于评价剥脱性综合征和/或青光眼易感性的所述至少一种多态性的指征。
69.根据权利要求68所述的方法，其中，所述至少一种多态性是连锁不平衡的，其特征
2
在于rs1048661(SEQ ID NO：106)或rs3825942(SEQ ID NO：107)的r 的值大于0.2。
70.根据权利要求68或69所述的方法，其中，与所述对照样品中的所述至少一种等位基因的所述频率相比，在所诊断的患有剥脱性综合征、或对其具有易感性的个体中的所述至少一种多态性的所述至少一种等位基因的频率升高是用于评价剥脱性综合征和/或青光眼易感性升高的所述至少一种多态性的指征。
71.根据权利要求68或69所述的方法，其中，与所述对照样品中的所述至少一种等位基因的所述频率相比，在所诊断的患有剥脱性综合征、或对其具有易感性的个体中的至少一种多态性的所述至少一种等位基因的频率降低是用于评价剥脱性综合征和/或青光眼易感性降低、或防止剥脱性综合征和/或青光眼的所述至少一种多态性的指征。
72.一种对从具有患剥脱性综合征和/或青光眼的风险、或诊断患有剥脱性综合征和/或青光眼的人类个体获得的核酸样品进行基因分型的方法，包含确定所述样品中的至少一种多态性标记物的至少一种等位基因的所述同一性，其中所述标记物选自由 rs4886725(SEQ ID NO：86)、rs12915956(SEQ ID NO：87)、rs896590(SEQ ID NO：
88)、rs12438872(SEQ ID NO：89)、rs4261482(SEQ ID NO：42)、rs2165241(SEQ ID NO：
15)、rs1992314(SEQ ID NO：44)、rs4886776(SEQ ID NO：45)、rs2028386(SEQ ID NO：
46)、rs4337252(SEQ ID NO：47)、rs2028387(SEQ ID NO：48)、rs4077284(SEQ ID NO：
49)、rs893816(SEQ ID NO：50)、rs4886782(SEQ ID NO：51)、rs893817(SEQ ID NO：
17)、rs893818(SEQ ID NO：52)、rs893820(SEQ ID NO：53)、rs12440667(SEQ ID NO：
54)、rs1530169(SEQ ID NO：19)、rs893821(SEQ ID NO：90)、rs750460(SEQ ID NO：55)、rs4243042(SEQ ID NO：56)、rs2304722(SEQ ID NO：91)、rs4886623(SEQ ID NO：92)、rs2167648(SEQ ID NO：93)、rs1584738(SEQ ID NO：94)、rs1901570(SEQ ID NO：95)、rs8026593(SEQ ID NO：6)、rs4886660(SEQ ID NO：96)、rs4886421(SEQ ID NO：97)、rs4886663(SEQ ID NO：98)、rs4886664(SEQ ID NO：99)、rs4145873(SEQ ID NO：100)、rs4145874(SEQ ID NO：101)、rs1452389(SEQ ID NO：102)、rs1078967(SEQ ID NO：103)、rs8041642(SEQ ID NO：104)、rs8041685(SEQ ID NO：16)、rs8042039(SEQ ID NO：105)、rs2304719(SEQ ID NO：18)、rs12437465(SEQ ID NO：57)、rs1048661(SEQ ID NO：106)、和rs3825942(SEQ ID NO：107)组成的组、以及与它们连锁不平衡的标记物，并且其中所述至少一种多态性标记物所述至少一种等位基因的所述同一性是剥脱性综合征和/或青光眼易感性的指征。
73.根据权利要求72所述的方法，其中，所述标记物选自标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)和标记物rs3825942(SEQ ID NO：107)。
2
74.根据权利要求72或73所述的方法，其中，连锁不平衡由标记物之间的r 的值为至少0.2和/或|D’|的值为至少0.8来限定。
75.根据权利要求72～74中任一项所述的方法，其中，所述样品是血液样品或口腔拭子。
76.根据权利要求72～75中任一项所述的方法，其中，基因分型包含通过聚合酶链反应(PCR)采用侧接所述至少一种多态性标记物的核苷酸引物对来扩增所述核酸。
77.根据权利要求72～76中任一项所述的方法，其中，基因分型是利用选自等位基因特异性探针杂交、等位基因-特异性引物延伸、等位基因-特异性扩增、核酸测序、5’-核酸外切酶消化、分子信标分析、寡核苷酸连接分析、尺寸分析和单链构象分析的方法来实施的。
78.根据权利要求77所述的方法，其中，所述方法包含等位基因-特异性探针杂交。
79.根据权利要求77所述的方法，其中，所述方法包含核酸测序。
80.根据权利要求77所述的方法，其中，所述核酸测序是DNA测序。
81.根据权利要求72～80中任一项所述的方法，包含：
a.在所述寡核苷酸探针与所述核酸特异性杂交的条件下，使所述核酸的拷贝与检测寡核苷酸探针和增强子寡核苷酸探针接触；
b.其中所述寡核苷酸探针的长度为5～100个核苷酸并特异性地杂交(在严格条件下)至由含有至少一个多态性位点的SEQ ID NO：84给出的核苷酸序列的所述核酸的第一片段；
c.其中所述检测寡核苷酸探针在其3′端包含可检测的标记物，在其5′端包含淬灭部分；
d.其中所述增强子寡核苷酸探针的长度为5～100个核苷酸且与相对于所述寡核苷酸探针是5′的所述核苷酸序列的第二片段互补，以使得当两种寡核苷酸杂交于所述核酸时，所述增强子寡核苷酸探针位于相对于所述检测寡核苷酸探针的3′；
e.其中在所述第一片段和所述第二片段之间存在单个碱基空位，以使得当所述寡核苷酸探针和所述增强子寡核苷酸探针都杂交于所述核酸时，在所述寡核苷酸之间存在单个碱基空位；
f.用核酸内切酶处理所述核酸，当所述检测探针杂交至所述核酸时，所述核酸内切酶从所述检测探针的所述3′端切割所述可检测的标记，以释放游离的可检测标记；和g.测量游离的可检测标记，其中存在所述游离的可检测标记表明，所述检测探针特异性地杂交于所述核酸的所述第一片段，并且表明所述多态性位点的所述序列作为所述核酸探针的互补。
82.根据权利要求81所述的方法，其中，所述核酸的所述拷贝由通过聚合酶链反应(PCR)的扩增来提供。
83.根据权利要求72～82中任一项所述的方法，其中，所述易感性是升高的易感性。
84.根据权利要求72～82中任一项所述的方法，其中，所述易感性是降低的易感性。
85.根据前述权利要求中任一项所述的方法，进一步包含评价来自所述个体的样品中的至少一种生物标记物。
86.根据权利要求85所述的方法，其中，所述样品是血液样品。
87.根据权利要求85所述的方法，其中，所述样品是泪液。
88.根据权利要求85～87中任一项所述的方法，其中，所述生物标记物是LOXL1蛋白。
89.根据前述权利要求中任一项所述的方法，进一步包含分析非遗传信息以完成所述个体的全面风险评价、诊断、或预后。
90.根据权利要求89所述的方法，其中，所述非遗传信息选自年龄、性别、种族、社会经济地位、以前的疾病诊断、受治疗者的治疗史、剥脱性综合征和/或青光眼的家族病史、生化测定、以及临床测定。
91.根据前述权利要求中任一项所述的方法，进一步包含分析来自所述个体的样品中的LOXL1的表达水平。
92.根据权利要求91所述的方法，其中，所述样品是血液样品。
93.根据权利要求91所述的方法，其中，所述样品是核酸样品。
94.根据权利要求93所述的方法，其中，所述样品含有mRNA。
95.根据权利要求91或92所述的方法，其中，表达是通过测量所述样品中LOXL1蛋白水平来确定的。
96.根据权利要求91～94中任一项所述的方法，其中，表达是通过测量所述样品中的LOXL1mRNA水平来确定的。
97.根据权利要求91～96中任一项所述的方法，其中，LOXL1的表达水平降低是剥脱性综合征或青光眼易感性升高的指征。
98.一种评价个体响应预防和/或改善与剥脱性综合征和/或青光眼相关的症状有关的治疗药物的概率的方法，包含：确定从所述个体获得的核酸样品中的至少一种多态性标记物的至少一种等位基因的所述同一性，其中所述至少一种多态性标记物选自与人类LOXL1基因有关的多态性标记物，其中所述至少一种标记物的所述至少一种等位基因的所述同一性是对所述治疗药物阳性响应概率的指征。
99.根据权利要求98所述的方法，其中，所述至少一种多态性标记物是标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)或标记物rs3825942(SEQ ID NO：107)、或与其连锁不平衡的标记物。
100.根据权利要求98或99中任一项所述的方法，其中，所述与剥脱性综合征和/或青光眼相关的症状的特征为存在以下症状中的至少一种：视网膜神经节细胞退化、眼压升高、视神经盘变化和周边视力丧失。
101.根据权利要求100所述的方法，其中，视神经盘变化的特征为以下至少之一：(a)杯盘比升高(薄神经视网膜缘)，(b)进行性视神经盘凹陷，(c)不对称性视神经盘凹陷(差异大于0.2)，(d)获得性视神经小凹，(e)周边视网膜神经纤维层损失。
102.根据权利要求98～101中任一项所述的方法，其中，所述人类受治疗者的特征为具有患剥脱性综合征和/或青光眼的至少一种风险因子，所述风险因子选自：眼压升高、高龄、非裔美国人种族、视野异常、近视、青光眼家族病史、薄角膜、系统性高血压、心血管疾病、周期性偏头痛和外周血管痉挛。
103.根据权利要求98～102中任一项所述的方法，其中，所述治疗药物选自前列腺素类似物、前列腺酰胺、α2肾上腺素能激动剂、碳酸酐酶抑制剂、β-阻断剂、胆碱能受体激动剂。
104.根据权利要求98～103中任一项所述的方法，其中，所述治疗药物选自拉坦前列素、曲伏前列素、乌诺前列酮、比马前列素、溴莫尼定、阿可乐定、多佐胺、布林唑胺、乙酰唑胺、醋甲唑胺、倍他洛尔、卡替洛尔、左布诺洛尔、美替洛尔、噻吗洛尔、匹鲁卡品、卡巴胆碱、二乙氧膦酰硫胆碱和肾上腺素。
105.一种预测经历与剥脱性综合征和/或青光眼有关的症状的个体、或诊断患有剥脱性综合征和/或青光眼的个体的预后的方法，所述方法包含：
获得关于识别至少一种与人类LOXL1基因有关的多态性标记物的至少一种等位基因的人类个体的核酸序列数据，其中所述至少一种多态性标记物的不同等位基因与人类中的所述至少一种病症的不同易感性有关，和
根据所述核酸序列数据预测所述个体的预后。
106.根据权利要求105所述的方法，包含获得关于与所述LOXL1基因有关的至少两种多态性标记物的核酸序列数据。
107.根据权利要求105～106中所述的方法，其中，所述至少一种多态性标记物选自由表16中所列出的标记物、以及与它们连锁不平衡的标记物组成的组。
108.根据权利要求105～107中任一项所述的方法，其中，所述至少一种多态性标记物选自标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)或标记物rs3825942(SEQ ID NO：107)、以及与它们连锁不平衡的标记物。
109.根据权利要求105～108中任一项所述的方法，其中，所述与剥脱性综合征和/或青光眼相关的症状的特征为存在以下至少之一：视网膜神经节细胞退化、眼压升高、视神经盘变化和周边视力丧失。
110.根据权利要求109所述的方法，其中，视神经盘变化的特征为以下至少之一：(a)杯盘比升高(薄神经视网膜缘)，(b)进行性视神经盘凹陷，(c)不对称性视神经盘凹陷(差异大于0.2)，(d)获得性视神经小凹，(e)周边视网膜神经纤维层损失。
111.根据权利要求105～110中任一项所述的方法，其中，所述人类受治疗者的特征为具有患剥脱性综合征和/或青光眼的至少一种风险因子，所述风险因子选自：眼压升高、高龄、非裔美国人种族、视野异常、近视、青光眼家族病史、薄角膜、系统性高血压、心血管疾病、周期性偏头痛和外周血管痉挛。
112.一种预测个体经受剥脱性综合征和/或青光眼治疗的治疗疗效的方法，所述方法包含：
获得关于识别至少一种与人类LOXL1基因有关的多态性标记物的至少一种等位基因的人类个体的核酸序列数据，其中所述至少一种多态性标记物的不同等位基因与人类中所述至少一种病症的不同易感性有关，和
根据所述核酸序列数据预测所述个体的治疗疗效。
113.根据权利要求112所述的方法，包含获得关于与所述LOXL1基因有关的至少两种多态性标记物的核酸序列数据。
114.根据权利要求112或113所述的方法，其中，所述至少一种多态性标记物选自由表
16中所列出的标记物、以及与它们连锁不平衡的标记物组成的组。
115.根据权利要求112-114中任一项所述的方法，其中，所述至少一种多态性标记物选自标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)或标记物rs3825942(SEQ ID NO：107)、以及与它们连锁不平衡的标记物。
116.根据权利要求112-115中任一项所述的方法，其中，所述人类受治疗者的特征为具有患剥脱性综合征和/或青光眼的至少一种风险因子，所述风险因子选自：眼压升高、高龄、非裔美国人种族、视野异常、近视、青光眼家族病史、薄角膜、系统性高血压、心血管疾病、周期性偏头痛和外周血管痉挛。
117.一种用于评价人类个体对与剥脱性综合征和/或青光眼有关的症状易感性的试剂盒，所述试剂盒包含用于选择性检测所述个体的所述基因组中的至少一种多态性标记物的至少一种等位基因的试剂，其中所述多态性标记物选自由列于表4、表6和表6a中的所述多态性标记物、以及与它们连锁不平衡的标记物组成的组，并且其中存在所述至少一种等位基因是与剥脱性综合征和/或青光眼相关症状易感性的指征。
118.根据权利要求117所述的试剂盒，其中，所述至少一种多态性标记物选自由rs4886725(SEQ ID NO：86)、rs12915956(SEQID NO：87)、rs896590(SEQ ID NO：88)、rs12438872(SEQID NO：89)、rs4261482(SEQ ID NO：42)、rs2165241(SEQID NO：15)、rs1992314(SEQ ID NO：44)、rs4886776(SEQID NO：45)、rs2028386(SEQ ID NO：46)、rs4337252(SEQID NO：47)、rs2028387(SEQ ID NO：48)、rs4077284(SEQID NO：49)、rs893816(SEQ ID NO：50)、rs4886782(SEQ IDNO：51)、rs893817(SEQ ID NO：17)、rs893818(SEQ ID NO：52)、rs893820(SEQ ID NO：53)、rs12440667(SEQ ID NO：54)、rs1530169(SEQ ID NO：19)、rs893821(SEQ ID NO：90)、rs750460(SEQ ID NO：55)、rs4243042(SEQ ID NO：56)、rs2304722(SEQ ID NO：91)、rs4886623(SEQ ID NO：92)、rs2167648(SEQ ID NO：93)、rs1584738(SEQ ID NO：94)、rs1901570(SEQ ID NO：95)、rs8026593(SEQ ID NO：6)、rs4886660(SEQ ID NO：96)、rs4886421(SEQ ID NO：97)、rs4886663(SEQ ID NO：98)、rs4886664(SEQ ID NO：99)、rs4145873(SEQ ID NO：100)、rs4145874(SEQ ID NO：101)、rs1452389(SEQ ID NO：102)、rs1078967(SEQ ID NO：103)、rs8041642(SEQ ID NO：104)、rs8041685(SEQ ID NO：16)、rs8042039(SEQ ID NO：105)、rs2304719(SEQ ID NO：18)、rs12437465(SEQ ID NO：57)、rs1048661(SEQ ID NO：106)、和rs3825942(SEQ ID NO：107)、以及与它们连锁不平衡的标记物组成的组。
2
119.根据权利要求117或118所述的试剂盒，其中，连锁不平衡由r 的值为至少0.2和/或|D’|的值为至少0.8来限定。
120.根据权利要求117～119中任一项所述的试剂盒，其中，所述至少一种多态性标记物是标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)或标记物rs3825942(SEQ ID NO：106)。
121.根据权利要求117～120中任一项所述的试剂盒，其中，所述至少一种等位基因选自由rs1048661等位基因G和标记物rs3825942等位基因G组成的组。
122.根据权利要求117～121中任一项所述的试剂盒，其中，所述试剂包含至少一种杂交至含有多态性标记物、缓冲区和可检测标记中的至少一种的个体的所述基因组的片段的邻接寡核苷酸。
123.根据权利要求117～122中任一项所述的试剂盒，其中，所述试剂包含杂交至获自所述受治疗者的基因组核酸片段的相反链的至少一对寡核苷酸，其中每一寡核苷酸引物对被设计为选择性地扩增包括一种多态性标记物的个体所述基因组的片段，其中所述片段的尺寸为至少30个碱基对。
124.根据权利要求122或123所述的试剂盒，其中，所述至少一种寡核苷酸完全互补于所述个体的所述基因组。
125.根据权利要求122～124中任一项所述的试剂盒，其中，所述寡核苷酸的长度为约
18至约50个核苷酸。
126.根据权利要求122～125中任一项所述的试剂盒，其中，所述寡核苷酸的长度为
20至30个核苷酸。
127.根据权利要求117～126中任一项所述的试剂盒，其中，所述试剂盒包含：
a.长度为5～100个核苷酸的检测寡核苷酸探针；
b.长度为5～100个核苷酸的增强子寡核苷酸探针；和
c.核酸内切酶；
其中，所述检测寡核苷酸探针特异性地杂交至所述核酸的第一片段，所述核酸的所述核苷酸序列由包含至少一个多态性位点的SEQ ID NO：84给出；和
其中，所述检测寡核苷酸探针在其3′端包含可检测的标记且在其5′端包含淬灭部分；和
其中，所述增强子寡核苷酸的长度为5-100个核苷酸，并且与相对于所述寡核苷酸探针是5′的所述核苷酸序列的第二片段互补，以使得当两寡核苷酸杂交于所述核酸时，所述增强子寡核苷酸位于相对于所述检测寡核苷酸探针的3′；和
其中，在所述第一片段和所述第二片段之间存在单个碱基空位，以使得当所述寡核苷酸探针和所述增强子寡核苷酸探针都杂交于所述核酸时，在所述寡核苷酸之间存在单个碱基空位；和
其中，用核酸内切酶处理所述核酸，当所述检测探针杂交至所述核酸时，所述核酸内切酶从所述检测探针的所述3′端切割所述可检测的标记，以释放游离的可检测标记。
128.一种寡核苷酸探针在生产用于诊断和/或评价剥脱性综合征或青光眼易感性的诊断试剂中的用途，其中，所述探针杂交于核酸的片段，所述核酸的所述核苷酸序列由包含至少一个多态性位点的SEQ ID NO：84给出，其中所述片段的长度为15～500个核苷酸。
129.根据权利要求128所述的用途、其中，所述多态性位点选自rs4886725(SEQ ID NO：86)、rs12915956(SEQ ID NO：87)、rs896590(SEQ ID NO：88)、rs12438872(SEQ ID NO：89)、rs4261482(SEQ ID NO：42)、rs2165241(SEQ ID NO：15)、rs1992314(SEQ ID NO：
44)、rs4886776(SEQ ID NO：45)、rs2028386(SEQ ID NO：46)、rs4337252(SEQ ID NO：
47)、rs2028387(SEQ ID NO：48)、rs4077284(SEQ ID NO：49)、rs893816(SEQ ID NO：
50)、rs4886782(SEQ ID NO：51)、rs893817(SEQ ID NO：17)、rs893818(SEQ ID NO：52)、rs893820(SEQ ID NO：53)、rs12440667(SEQ ID NO：54)、rs1530169(SEQ ID NO：19)、rs893821(SEQ ID NO：90)、rs750460(SEQ ID NO：55)、rs4243042(SEQ ID NO：56)、rs2304722(SEQ ID NO：91)、rs4886623(SEQ ID NO：92)、rs2167648(SEQ ID NO：93)、rs1584738(SEQ ID NO：94)、rs1901570(SEQ ID NO：95)、rs8026593(SEQ ID NO：6)、rs4886660(SEQ ID NO：96)、rs4886421(SEQ ID NO：97)、rs4886663(SEQ ID NO：98)、rs4886664(SEQ ID NO：99)、rs4145873(SEQ ID NO：100)、rs4145874(SEQ ID NO：101)、rs1452389(SEQ ID NO：102)、rs1078967(SEQ ID NO：103)、rs8041642(SEQ ID NO：104)、rs8041685(SEQ ID NO：16)、rs8042039(SEQ ID NO：105)、rs2304719(SEQ ID NO：18)、rs12437465(SEQ ID NO：57)、rs1048661(SEQ ID NO：106)、和rs3825942(SEQ ID NO：107)、以及与它们连锁不平衡的多态性。
130.根据权利要求128或129所述的用途，其中，所述多态性位点是rs1048661或rs3825942。
131.一种具有用于检测剥脱性综合征和/或青光眼易感性的计算机可执行指令的计算机可读媒质，所述计算机可读媒质包含：
指示至少一种多态性标记物的数据；
存储于所述计算机可读媒质上并且适用于通过处理器执行来对于至少一种多态性标记物确定剥脱性综合征和/或青光眼发展风险的程序；
其中，所述至少一种多态性标记物与所述LOXL1基因有关。
132.根据权利要求131所述的计算机可读媒质，其中，所述计算机可读媒质含有指示至少两种多态性标记物的数据。
133.根据权利要求131或权利要求132所述的计算机可读媒质，其中，所述至少一种多态性标记物选自rs4886725(SEQ ID NO：86)、rs12915956(SEQ ID NO：87)、rs896590(SEQ ID NO：88)、rs12438872(SEQ ID NO：89)、rs4261482(SEQ ID NO：42)、rs2165241(SEQ ID NO：15)、rs1992314(SEQ ID NO：44)、rs4886776(SEQ ID NO：45)、rs2028386(SEQ ID NO：46)、rs4337252(SEQ ID NO：47)、rs2028387(SEQ ID NO：48)、rs4077284(SEQ ID NO：49)、rs893816(SEQ ID NO：50)、rs4886782(SEQ ID NO：51)、rs893817(SEQ ID NO：
17)、rs893818(SEQ ID NO：52)、rs893820(SEQ ID NO：53)、rs12440667(SEQ ID NO：
54)、rs1530169(SEQ ID NO：19)、rs893821(SEQ ID NO：90)、rs750460(SEQ ID NO：55)、rs4243042(SEQ ID NO：56)、rs2304722(SEQ ID NO：91)、rs4886623(SEQ ID NO：92)、rs2167648(SEQ ID NO：93)、rs1584738(SEQ ID NO：94)、rs1901570(SEQ ID NO：95)、rs8026593(SEQ ID NO：6)、rs4886660(SEQ ID NO：96)、rs4886421(SEQ ID NO：97)、rs4886663(SEQ ID NO：98)、rs4886664(SEQ ID NO：99)、rs4145873(SEQ ID NO：100)、rs4145874(SEQ ID NO：101)、rs1452389(SEQ ID NO：102)、rs1078967(SEQ ID NO：103)、rs8041642(SEQ ID NO：104)、rs8041685(SEQ ID NO：16)、rs8042039(SEQ ID NO：105)、rs2304719(SEQ ID NO：18)、rs12437465(SEQ ID NO：57)、rs1048661(SEQ ID NO：106)、和rs3825942(SEQ ID NO：107)、以及与它们连锁不平衡的标记物。
134.根据权利要求131～133中任一项所述的计算机可读媒质，其中，所述至少一种多态性标记物选自标记物rs1048661(SEQID NO：106)和rs3825942(SEQ ID NO：107)、以及与它们连锁不平衡的标记物。
135.根据权利要求131～134中任一项所述的计算机可读媒质，进一步包含指示至少一种包含两种或多种多态性标记物的单体型的数据。
136.一种用于确定人类个体中剥脱性综合征或青光眼的遗传指标的装置，包含：
处理器，
具有适用于在处理器上执行以分析对于至少一种与所述LOXL1基因有关的至少一种多态性标记物的人类个体的标记物和/或单体型信息的计算机可执行指令的计算机可读存储器，和
基于所述标记物或单体型信息产生输出，其中所述输出包含作为所述人类个体剥脱性综合征或青光眼的遗传指标的所述至少一种标记物或单体型的风险测量值。
137.根据权利要求136所述的装置，其中，所述计算机可读存储器进一步包含指示多个诊断患有剥脱性综合征或青光眼、或表现与剥脱性综合征或青光眼相关的症状的个体中的至少一种多态性标记物或至少一种单体型的至少一种等位基因的所述频率的数据，以及指示多个对照个体中的至少一种多态性标记物或至少一种单体型的至少一种等位基因的所述频率的数据，并且其中风险测定是基于所述人类个体的所述至少一种标记物和/或单体型状态与指示所述多个诊断患有剥脱性综合征或青光眼的个体中的至少一种标记物和/或单体型信息的所述频率的所述数据的比较。
138.根据权利要求136所述的装置，其中，所述计算机可读存储器进一步包含指示发展与至少一种多态性标记物或至少一种单体型的至少一种等位基因的剥脱性综合征和/或青光眼的症状有关的所述风险的数据，并且其中所述人类个体的风险测定是基于所述人类个体的所述至少一种标记物和/或单体型状态与关于所述至少一种多态性标记物和/或所述至少一种单体型的所述至少一种等位基因的风险的比较。
139.根据权利要求138所述的装置，其中，所述计算机可读存储器进一步包含指示多个诊断患有剥脱性综合征或青光眼、或表现与剥脱性综合征或青光眼相关的症状的个体中的至少一种多态性标记物或至少一种单体型的至少一种等位基因的所述频率的数据，以及指示多个对照个体中的至少一种多态性标记物或至少一种单体型的至少一种等位基因的所述频率的数据，并且其中发展剥脱性综合征和/或青光眼的风险是基于诊断患有剥脱性综合征或青光眼、或表现与剥脱性综合征或青光眼有关的症状的个体中的所述至少一种等位基因或单体型的所述频率与对照个体的比较。
140.根据权利要求137～139中任一项所述的装置，其中，所述至少一种标记物或单体型包含选自rs4886725(SEQ ID NO：86)、rs12915956(SEQ ID NO：87)、rs896590(SEQ ID NO：88)、rs12438872(SEQ ID NO：89)、rs4261482(SEQ ID NO：42)、rs2165241(SEQ ID NO：15)、rs1992314(SEQ ID NO：44)、rs4886776(SEQ ID NO：45)、rs2028386(SEQ ID NO：46)、rs4337252(SEQ ID NO：47)、rs2028387(SEQ ID NO：48)、rs4077284(SEQ ID NO：49)、rs893816(SEQ ID NO：50)、rs4886782(SEQ ID NO：51)、rs893817(SEQ ID NO：
17)、rs893818(SEQ ID NO：52)、rs893820(SEQ ID NO：53)、rs12440667(SEQ ID NO：
54)、rs1530169(SEQ ID NO：19)、rs893821(SEQ ID NO：90)、rs750460(SEQ ID NO：55)、rs4243042(SEQ ID NO：56)、rs2304722(SEQ ID NO：91)、rs4886623(SEQ ID NO：92)、rs2167648(SEQ ID NO：93)、rs1584738(SEQ ID NO：94)、rs1901570(SEQ ID NO：95)、rs8026593(SEQ ID NO：6)、rs4886660(SEQ ID NO：96)、rs4886421(SEQ ID NO：97)、rs4886663(SEQ ID NO：98)、rs4886664(SEQ ID NO：99)、rs4145873(SEQ ID NO：100)、rs4145874(SEQ ID NO：101)、rs1452389(SEQ ID NO：102)、rs1078967(SEQ ID NO：103)、rs8041642(SEQ ID NO：104)、rs8041685(SEQ ID NO：16)、rs8042039(SEQ ID NO：105)、rs2304719(SEQ ID NO：18)、rs12437465(SEQ ID NO：57)、rs1048661(SEQ ID NO：106)、and rs3825942(SEQ ID NO：107)的标记物、以及与它们连锁不平衡的标记物，并基于所述标记物或单体型信息产生输出，其中所述输出包含对于所述人类个体作为剥脱性综合征或青光眼的遗传指标的所述至少一种标记物或单体型的风险测定。
141.根据权利要求137～140中任一项所述的装置，其中，所述至少一种多态性标记物选自rs1048661(SEQ ID NO：106)和rs3825942(SEQ ID NO：107)、以及与它们连锁不平衡的标记物。
142.根据权利要求137～141中任一项所述的装置，其中，所述至少一种单体型选自：
特征为存在标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)中的等位基因G和rs3825942(SEQ ID NO：107)中的等位基因G的所述单体型；和
特征为存在标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)中的等位基因T和rs3825942(SEQ ID NO：107)中的等位基因G的所述单体型。
143.根据权利要求137～142中任一项所述的装置，其中，所述风险测定的特征为优势度(OR)或相对风险度(RR)。
144.一种用于治疗对其有需要的个体中的与青光眼或剥脱性综合征有关的症状的药物组合物，包含由人类LOXL1基因编码的多肽、或其片段，以及药用载体和/或赋形剂。
145.根据权利要求144所述的药物组合物，其中，所述多肽的特征为在SEQ ID NO：85的位置141处存在亮氨酸。
146.根据权利要求144所述的药物组合物，其中，所述多肽特征为在SEQ ID NO：85的位置153处存在天门冬氨酸。
147.根据权利要求144所述的药物组合物，其中，所述多肽的特征为在SEQ ID NO：85的位置141处存在亮氨酸而在SEQ IDNO：85的位置153处存在天门冬氨酸。
148.一种用于筛选预防或改善与剥脱性综合征和/或青光眼有关的症状的化合物的分析方法，包含：
(v)向患有与剥脱性综合征和/或青光眼有关的症状的动物、或由其分离的细胞群落给予试验化合物；
(vi)确定来自所述动物或由其分离的所述细胞群落样品中的LOXL1的基因表达水平；
(vii)确定在没有所述化合物存在下的来自至少一种不具有与剥脱性综合征或青光眼有关的症状的对照动物、或由其分离的细胞群落的样品中的LOXL 1的基因表达水平；
(viii)比较由(ii)和(iii)中所获得的所述表达水平；
其中，将在所治疗的动物和所述至少一种对照动物中提供相似表达水平的试验药物确定为用于预防、或改善与剥脱性综合征或青光眼有关的症状的候选药物。
149.根据权利要求148所述的方法，其中，所述动物是人类个体。
150.根据权利要求149所述的方法，进一步包含在给予所述试验化合物之前，对于标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)或rs3825942(SEQ ID NO：107)、或与它们连锁不平衡的标记物确定所述人类个体的所述基因型，其中所述人类个体的所述基因型状态用于确定所述动物是否适用于筛选所述试验化合物。
151.根据权利要求150所述的方法，其中，对于标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)或rs3825942(SEQ ID NO：107)来确定所述人类个体的所述基因型，其中在标记物rs1048661处存在等位基因G和/或在标记物rs3825942处存在等位基因G是所述人类个体适用于筛选所述试验化合物的度量。
152.一种用于治疗具有与选自剥脱性综合征和青光眼的眼疾有关的症状的人类个体的方法，包含给予根据根据权利要求148～151中任一项所述的方法确定的化合物。
153.一种用于治疗具有与选自剥脱性综合征和青光眼的眼疾有关的症状的人类个体的方法，包含在体内以足够的量表达人类LOXL1基因来治疗所述病症。
154.根据权利要求153所述的方法，其中，所述LOXL1基因具有如SEQ ID NO：84所示的包含至少一种多态性位点的核苷酸序列。
155.根据权利要求154所述的方法，其中，所述核苷酸序列的特征为在SEQ ID NO：84中的位置7142处存在T。
156.根据权利要求155所述的方法，其中，所述核苷酸序列的特征为在SEQ ID NO：84中的位置7178处存在A。
157.根据权利要求154所述的方法，其中，所述核苷酸序列的特征为在SEQ ID NO：84中的位置7142处存在T且在位置7178处存在A。
158.根据权利要求153～155中任一项所述的方法，包含：
(a)向所述人类个体给予包含人类LOXL1基因的载体；和
(b)使LOXL1蛋白以足够的量表达以治疗所述与剥脱性综合征或青光眼有关的症状。
159.根据权利要求158所述的方法，其中，所述载体选自腺病毒载体和慢病毒载体。
160.根据权利要求158所述的方法，其中，所述载体是复制缺陷病毒载体。
161.根据权利要求158～160中任一项所述的方法，其中，所述载体通过选自局部给药、眼内给药、非肠道给药、鼻腔内给药、气管内给药、支气管内给药和皮下给药中的方法进行给药。
162.一种治疗选自剥脱性综合征和青光眼的眼疾的方法，包含给予调节所述LOXL1基因或其编码RNA或蛋白的所述表达、活性或物理状态的药剂。
163.根据权利要求162所述的方法，其中，所述药剂选自小分子化合物、寡核苷酸、肽和抗体。
164.根据权利要求162所述的方法，其中，所述药剂是反义分子或干扰RNA。
165.根据权利要求162所述的方法，其中，所述药剂是表达修饰剂。
166.根据权利要求165所述的方法，其中，所述药剂是活化剂。
167.根据权利要求165所述的方法，其中，所述药剂是阻遏剂。
168.一种用于治疗青光眼或剥脱性综合征的人类LOXL1多肽。
169.根据权利要求168所述的多肽，其特征为由SEQ ID NO：85所示的所述氨基酸序列。
170.根据权利要求168或169所述的多肽，其特征为由SEQ ID NO：85所示的所述氨基酸序列，在位置141处具有亮氨酸。
171.根据权利要求168或169所述的多肽，其特征为由SEQ ID NO：85所示的所述氨基酸序列，在位置153处具有天门冬氨酸。
172.根据权利要求168或169所述的多肽，其特征为由SEQ ID NO：85所示的所述氨基酸序列，在位置141处具有亮氨酸且在位置153处具有天门冬氨酸。
173.一种预防或改善与青光眼或剥脱性综合征有关的症状的方法，所述方法包含向对其有需要的个体给予包含治疗有效量的LOXL1多肽的组合物。
174.根据权利要求173所述的方法，其中，所述LOXL1多肽的特征为由SEQ ID NO：85所示的所述氨基酸序列。
175.根据权利要求174所述的方法，其中，所述多肽的特征为由SEQ ID NO：85所示的所述氨基酸序列，在位置141处具有亮氨酸。
176.根据权利要求174所述的方法，其中，所述多肽的特征为由SEQ ID NO：85所示的所述氨基酸序列，在位置153处具有天门冬氨酸。
177.根据权利要求174所述的方法，其中，所述多肽的特征为由SEQ ID NO：85所示的所述氨基酸序列，在位置141处具有亮氨酸且在位置153处具有天门冬氨酸。
178.根据权利要求173-177中任一项所述的方法，其中，所述LOXL1多肽通过选自局部给药、眼内给药、非肠道给药、鼻腔内给药、气管内给药、支气管内给药和皮下给药中的方法进行给药。
179.根据权利要求173～178中任一项所述的方法，其中，所述LOXL1多肽通过眼内给药的方式给药。
180.一种确定人类个体是否具有发展作为糖皮质激素治疗药物治疗并发症的眼压升高、剥脱性综合征和/或青光眼的风险的方法，所述方法包含：
确定所述个体中存在或不存在至少一种多态性标记物的至少一种等位基因，其中所述至少一种多态性标记物与所述LOXL1基因相关，并且其中确定存在所述至少一种等位基因是发展作为糖皮质激素治疗药物治疗并发症的眼压升高、剥脱性综合征和/或青光眼的风险升高的指征。
181.根据权利要求180所述的方法，包含确定所述个体中存在或不存在至少两种多态性标记物的至少一种等位基因。
182.根据权利要求180或181所述的方法，其中，所述至少一种多态性标记物选自标记物rs2165241等位基因T、rs1048661等位基因G和rs3825942等位基因G、以及与它们连锁不平衡的标记物。
183.根据权利要求181或权利要求182所述的方法，进一步包含确定所述个体中的至少一种单体型的所述同一性。
184.根据权利要求183所述的方法，其中，所述单体型的特征为存在
标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)中的等位基因G和标记物rs3825942(SEQ ID NO：
107)中的等位基因G；或
标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)中的等位基因T和标记物rs3825942(SEQ ID NO：
107)中的等位基因G。
2
185.根据权利要求182所述的方法，其中，连锁不平衡由r 的值为至少0.2和/或|D’|的值为至少0.8来限定。
186.根据权利要求180-195中任一项所述的方法，其中，所述至少一种多态性标记物选自由rs4886725(SEQ ID NO：86)、rs12915956(SEQ ID NO：87)、rs896590(SEQ ID NO：
88)、rs12438872(SEQ ID NO：89)、rs4261482(SEQ ID NO：42)、rs2165241(SEQ ID NO：
15)、rs 1992314(SEQ ID NO：44)、rs4886776(SEQ ID NO：45)、rs2028386(SEQ ID NO：
46)、rs4337252(SEQ ID NO：47)、rs2028387(SEQ ID NO：48)、rs4077284(SEQ ID NO：
49)、rs893816(SEQ ID NO：50)、rs4886782(SEQ ID NO：51)、rs893817(SEQ ID NO：17)、rs893818(SEQ ID NO：52)、rs893820(SEQ ID NO：53)、rs12440667(SEQ ID NO：54)、rs1530169(SEQ ID NO：19)、rs893821(SEQ ID NO：90)、rs750460(SEQ ID NO：55)、rs4243042(SEQ ID NO：56)、rs2304722(SEQ ID NO：91)、rs4886623(SEQ ID NO：92)、rs2167648(SEQ ID NO：93)、rs1584738(SEQ ID NO：94)、rs1901570(SEQ ID NO：95)、rs8026593(SEQ ID NO：6)、rs4886660(SEQ ID NO：96)、rs4886421(SEQ ID NO：97)、rs4886663(SEQ ID NO：98)、rs4886664(SEQ ID NO：99)、rs4145873(SEQ ID NO：100)、rs4145874(SEQ ID NO：101)、rs1452389(SEQ ID NO：102)、rs1078967(SEQ ID NO：103)、rs8041642(SEQ ID NO：104)、rs8041685(SEQ ID NO：16)、rs8042039(SEQ ID NO：105)、rs2304719(SEQ ID NO：18)、rs12437465(SEQ ID NO：57)、rs1048661(SEQ ID NO：106)、和rs3825942(SEQ ID NO：107)组成的组。
187.根据权利要求180-186中任一项所述的方法，其中，所述糖皮质激素治疗药剂选自由药剂表II中所示的药物。
188.一种对于选自青光眼和剥脱性综合征的眼疾的预防性治疗的方法，包含：
选择具有患选自青光眼和剥脱性综合征的眼疾的风险的人类受治疗者；
向所述受治疗者给予治疗有效量的包含用于青光眼、眼压升高或剥脱性综合征的治疗药剂的组合物，
其中，所述选择包含确定所述人类受治疗者的LOXL1变异，并且为具有与所述眼疾风险增加相关的LOXL1变异的人类受治疗者选择预防性治疗。
189.根据权利要求188所述的方法，其中，所述选择包含确定存在或不存在与所述眼疾风险增加相关的LOXL1基因中的基因型或单体型。
190.根据权利要求189所述的方法，其中，所述基因性包含选自rs1048661和标记物rs3825942、以及与它们连锁不平衡的标记物中的至少一种标记物。
191.根据权利要求189或190所述的方法，其中，所述选择包含选择具有包含
rs1048661等位基因G和/或rs3825942等位基因G的基因型的人类受治疗者。
191.根据权利要求189所述的方法，其中，确定选自以下的单体型
特征为存在标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)中的等位基因G和标记物
rs3825942(SEQ ID NO：107)中的等位基因G的所述单体型，和
特征为存在标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)中的等位基因T和标记物
rs3825942(SEQ ID NO：107)中的等位基因G的所述单体型
是所述个体患所述眼疾的风险升高的指征。
192.根据权利要求188所述的方法，其中，所述选择包含确定在所述人类受治疗者中存在LOXL1蛋白，其在由SEQ ID NO：85所示的所述序列中的位置141处具有精氨酸和/或在位置153处具有甘氨酸。
193.根据权利要求188-192中任一项所述的方法，其中，所述治疗药剂选自由药剂表I中所示的药剂。
194.根据权利要求188-193中任一项所述的方法，其中，所述人类个体处于所述眼疾症状发生前的状态。
195.一种用于治疗具有与患选自青光眼、眼压升高和剥脱性综合征的眼疾的风险升高有关的LOXL1变异的人类受治疗者的所述眼疾的治疗药剂。
196.一种治疗药剂在用于制造治疗具有与选自青光眼、眼压升高和剥脱性综合征的眼疾风险升高相关的LOXL1变异的人类受治疗者的所述眼疾的药物中的用途。
197.根据权利要求195或196所述的用途或药剂，其中，所述人类受治疗者的与患所述眼疾风险升高相关的LOXL1基因中具有至少一种基因型或单体型。
198.根据权利要求197所述的用途或药剂，其中，所述基因型包含选自rs1048661和标记物rs3825942、以及与它们连锁不平衡的标记物中的至少一种标记物。
199.根据权利要求197或198所述的用途或药剂，其中，所述人类受治疗者具有包含rs1048661等位基因G和/或rs3825942等位基因G的基因型。
200.根据权利要求197所述的用途或药剂，其中，所述单体型选自：
特征为存在标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)中的等位基因G和标记物
rs3825942(SEQ ID NO：107)中的等位基因G的所述单体型，和
特征为存在标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)中的等位基因T和标记物
rs3825942(SEQ ID NO：107)中的等位基因G的所述单体型。
201.根据权利要求195或196所述的用途或药剂，其中，所述LOXL1变异包含在由SEQ ID NO：85所示的序列中的位置141处具有精氨酸和/或在位置153处具有甘氨酸的LOXL1蛋白。
202.根据权利要求195-201中任一项所述的用途或药剂，其中，所述治疗药剂选自由药剂表I所示的所述药剂。
203.根据权利要求195-202中任一项所述的用途或药剂，其中，所述人类个体处于所述眼疾症状发生前的状态。

说明书全文

用于剥脱性综合征和青光眼的诊断、预后和治疗的标记物

的CHR 15Q24上的遗传变异

技术领域

[0001] 本发明涉及诊断眼科疾病，包括青光眼和剥脱性综合征的易感性的方法。本发明提供了诊断剥脱性综合征和青光眼增加的或降低的易感性的方法，以及风险评估、治疗和
预后的方法。本发明进一步涉及用于本发明方法的试剂盒。

背景技术

[0002] 在美国，青光眼是一种侵袭超过220万人的疾病，预计到2020年其会侵袭340万人(Friedman et al.，Arch Ophthalmol 122，532(2004))。青光眼是全世界6000万例致
盲病例中的排在第二位的最普遍病因(Resnikoff et al.，Bull World Health Organ 82，
844(2004))。青光眼的特征为进行性视力丧失，而直至该疾病后期出现无痛和无症状。人
们对青光眼的病理生理学还了解甚微。因此，对其发病机理和并发症的理解需要面对提供
改进的风险评估和更好的治疗的挑战。
[0003] 青光眼是一组不同种类的眼疾，其共同的特征是视网膜神经节细胞和其轴突的进行性退化，这导致视神经盘出现和伴随视力丧失的模式。患有以无痛视力丧失为特征的开
角型青光眼(OAG)的大多数人群占大多数青光眼病例，并且被定义为视神经盘神经视网膜
边缘组织的进行性丧失并由此导致相应视野缺损的视神经盘的凹陷(Foster，R.et al.，
Br J Ophthalmol 86，238(2002)；Jonasson，F.et al.，Eye 17，747(2003))。开角型青光
眼可以分成原发性开角型青光眼(POAG)和继发性青光眼。POAG不能归因于无房水流出阻
力(aqueous outflow resistance)，而在继发性开角型青光眼中，房水流出阻力是已知的
致病原因，并且在剥脱性青光眼(XFG)中，这被认为是由于剥脱性综合征(XFS)源于其名称
的剥落物质所致。POAG经常与眼压升高(IOP)有关(Hollows & Graham，Br JOphthalmol
50，570(1966))。POAG是高度遗传性的和年龄相关的(Hewitt，et al，Clin Experiment
Ophthalmol 34，472(2006))，而其风险指标、垂直神经盘、垂直视杯、垂直视杯盘比和IOP
参数具有高度的可遗传性(Klein & Lee，Invest Ophthalmol Vis Sci 45，59(2004))。
[0004] 已经报道了先天性和幼年青光眼的许多遗传位点(Hewitt etal.，ClinExperiment Ophthalmol 34，472(2006))。然而，在成年青光眼中，仅为米屋西林
(myocillin)编码的MYOC基因，已经证实对这种疾病带来相当的影响(Stone et al.，
Science 275，668(1997))。MYOC在POAG中具有2％～4％的突变率，迄今具有超过40种不
同的突变，而在幼儿开角型青光眼(JOAG)中超过10％。在MYOC基因中的突变导致在小梁
网中功能障碍，而基因型-表型相关性很强。
[0005] 发展青光眼的风险随着几个已知风险因子而增加。因此随着年龄增加而眼压升高时发展青光眼风险升高的主要的始作俑者(Sommer et al.，Arch.Ophthalmol.109：
1090-95(1991)；Mitchell etal.，Ophthalmol.103：1661-69(1996))。其他风险因素
包括在其他基线视域检测中观察到的视野异常(Kass et al，Arch.Ophthalmol.120：
701-13(2002)；Gordon et al.，Arch Ophthalmol.120：714-20(2002))，高度近视和青
光眼家族病史(Wolfs et al.，Arch Ophthalmol116：1640-45(1998)；Tielsch et al.，
Arch Ophthalmol.112：69-73(1994))，薄角膜(中心角膜厚度小于556μm)和垂直或水平
杯盘比超过0.4(Kass et al，Arch.Ophthalmol.120：701-13(2002)；Gordonet al.，Arch
Ophthalmol.120：714-20(2002))。近来，其他风险因子已经得以证实，包括系统性高血压、
心血管疾病、周期性偏头痛、和外周血管痉挛。
[0006] 剥脱性综合征(XFS)，也被称为假剥脱性综合征(PEX)，是一种与年龄相关的眼疾，其特征为使眼前节起皱的胞外基质(ECM)眼组织发生弹性组织变性。XFS是青光眼的
最大风险因子( -Schrehardt & Naumann，Am J Ophthalmol 141，921(2006))，
并且也经常与白内障有关。该疾病的特征为过度产生胞外纤维化物质，并且累积在眼前节
的房水浴表面(Ritch & -Schrehardt，Surv.Ophthalmology 45，265(2001))。
除了其胞内效应外，XFS已经证明是系统性的，并看起来与心血管和脑血管发病率有关
( -Schrehardt & Naumann，Am J Ophthalmol141，921(2006))。尽管这种疾病
遍及全世界，但是XFS随着年龄增长的患病率增加以及许多文章都已经指出XFS的地理性
聚集性(Ringvold，A.，Acta Ophthalmol Scand 77，371(1999))。XFS在大多数人群中是
继发性开角型青光眼最常见的诱因，而且其特征为发展迅速，对医疗方法的抵抗性高，并且
比POAG的预后性差(Schlotzer-Schrehardt，U.& Naumann，G.O.，Am J Ophthalmol 141，
921(2006))。
[0007] 通过在人群个体中基因中的微妙差异而带来遗传风险。个体之间的基因差异最常见的是由于单核苷酸多态性(SNP)所致，但是其他变化也是很重要的。SNP位于在人类基因
组中平均每500个碱基对上。因此，典型的含有250,000碱基对的人类基因，可以包含500
个不同SNP。仅有较少数量的SNP位于外显子上以改变由该基因编码的蛋白的氨基酸序列。
多数SNP可以对基因功能产生很少的影响或没有影响，而其他的可以改变转录、剪接、翻译
或由该基因编码的mRNA的稳定性。在人类基因组中的其他遗传多态性由插入、删除、染色
体易位或DNA短或长段倒位所致。因此，带来疾病风险的遗传多态性直接改变蛋白的氨基
酸序列，可以增加由该基因产生的蛋白数量，或可以降低由此基因产生的蛋白数量。
[0008] 由于遗传多态性带来常见疾病风险属于未解之谜，对于这种风险因子的遗传试验对于临床医学越来越重要。实例包括载脂蛋白E试验以识别阿尔茨海默症不同诊断的
痴呆患者中apoE4多态性的遗传载体，以及深静脉血栓形成诱因的因子V莱顿(Factor V
Leiden)试验的遗传载体。更重要的是，在癌症的治疗中，肿瘤细胞中基因突变的诊断适用
于对所述个体患者选择最合适的治疗方案。在乳腺癌中，雌激素受体表达或2型生长因子
(heregulin-2)(Her2)受体酪氨酸激酶表达，决定是否抗-雌激素药物(三苯氧胺)还是
抗-Her2抗体(赫赛汀)将会引入到治疗计划中。在慢性髓细胞样白血病(CML)中诊断
费城染色体遗传易位融合编码Bcr和Ab1受体酪氨酸激酶的基因表明，Gleevec(STI571)、
Bcr-Ab1激酶的特异性抑制剂应该用于治疗这种癌症。对于具有这种遗传变异的CML患者，
对Bcr-AB1激酶的抑制作用导致肿瘤细胞的快速消失和白血病的消退。
[0009] 由于青光眼和作为随年高视力沦丧主要原因的XFS的世界范围内的影响，理解助长这种疾病的生化和遗传因素，存在很大的需要。对于提供诊断这些疾病易感性的方法，用
于疾病管理和个别风险评价，也仍存巨大需求。而且，预防和/或改善与这些疾病相关的症
状的改进疗法，具有很大的实用功效。

发明内容

[0010] 本发明涉及诊断眼科疾病(眼功能障碍)，尤其是青光眼和剥脱性综合征(XFS)易感性的方法。本发明包括通过评价已经发现与青光眼和XFS易感性升高或降低相关的某些
标记物来诊断易感性升高的方法以及诊断XFS或青光眼易感性降低的方法。
[0011] 本发明人已经发现，某些与基因组15q24上LOXL1基因相关的变异与剥脱性综合征和青光眼相关。本发明人已经发现，在某些多态位点的某些等位基因在诊断患有剥脱性
综合征和/或青光眼的个体中比在普通人群中更频繁地出现。因此，这种标记物适用于本
发明的各种方法中，也将在本文中更详细地描述。在本文中将提供识别这种标记物的特定
等位基因的方法以用于诊断应用之中。
[0012] 在一方面中，本发明提供了一种检测人类个体中选自剥脱性综合征和青光眼的的至少一种眼疾中易感性的方法，该方法包括：
[0013] 获取关于人类个体识别与人类LOXL1基因有关的至少一种多态性标记物的至少一种等位基因的核酸序列数据，其中所述至少一种多态性标记物的不同等位基因与人类中
的至少一种这种病症不同易感性相关，和
[0014] 从这些核酸序列数据确定选自剥脱性综合征和青光眼中的至少一种病症的易感性。
[0015] 在一些实施方式中，青光眼的表现型是剥脱性青光眼(XFG)。在一般意义上，遗传标记物导致在核酸水平上序列改变。核酸标记物改变由该核酸编码的多肽的密码子，则该
标记物也将导致编码多肽(多肽标记物)的氨基酸水平的序列改变。检测核酸中多态性标
记物的具体等位基因或多肽性标记物的特定等位基因的同一性，包括是否特定等位基因存
在于序列中的某位置。识别标记物处的特定等位基因的序列数据包含足够检测特定等位基
因的序列。对于本文中描述的单核苷酸多态性(SNP)或氨基酸多态性，序列数据能够含有
单一位置的序列，即在序列中单一位置的寡核苷酸或氨基酸的同一性。在某些实施方式中，
这可以适用于检测至少两多态性标记物的核酸序列。在其他实施方式中，检测了至少3种、
至少4种或至少5种或更多种多态性标记物的核酸序列。单体型的信息可以来自于两种或
多种多态性标记物的分析。因此，在某些实施方式中，实施了另一步骤，由此单体型信息基
于至少两个多肽性标记物的序列数据而推知。
[0016] 本发明也提供了用于检测人类个体中选自剥脱性综合征和青光眼中的至少一种眼疾易感性的方法，该方法包括获取关于人类个体识别与人类LOXL1基因有关的至少两种
多态性标记物的两种等位基因的核酸序列数据，基于序列数据确定至少一种单体型的同一
性，和从单体型数据检测选自剥脱性综合征和青光眼中的至少一种病症的易感性。
[0017] 在某些实施方式中，易感性的确定包含将核酸序列数据与包含人类LOXL1基因的多态性标记物和该至少一种病症易感性相关性数据的数据库进行比较。在一些实施方式
中，所述数据库包含至少一种对于所述LOXL1基因的所述多态性标记物的至少一种眼疾易
感性的风险量值。例如，序列数据库按照一个查询表提供来包含指示对于任何一种或许种
特定多态性的眼疾(例如，青光眼或剥脱性综合征)易感性的数据。该数据库也可以包含
指示对于包含至少两种多态性标记物的特定单体型的易感性的数据。在某些实施方式中，
获取核酸序列数据，能够包括获取从人类个体获取生物样品并分析样品核酸序列中的所述
至少一种多态性标记物的序列。分析序列能够包括确定存在或不存在至少一种多态性标记
物的至少一种等位基因。确定存在某种特定易感性等位基因(例如，风险等位基因)是人
类个体中该眼疾易感性的指征。确定不存某个特定易感性等位基因是在所述个体中未产生
特定易感性的指征。
[0018] 在一些实施方式中，获取核酸序列数据包括从先前存在的记录中获取核酸序列信息。先前存在的记录可以例如是计算机文件或包含序列数据的数据库，如对于人类个体的，
对于至少一种多态性标记物的基因型数据。
[0019] 通过本发明诊断方法测定的易感性能够像特定实体进行报道。在一些实施方式中，至少一个实体是选自由所述个体、所述个体的监护人、遗传服务提供商、医师，医疗组
织、和医疗保险公司组成的组。在另一方面，本发明涉及诊断人类个体中与剥脱性综合征
和/或青光眼相关的症状易感性的方法，该方法包括从所述个体中获得的核酸样品中确定
存在或不存至少一种多态性标记物的至少一种等位基因，其中该至少一种多态性标记物与
LOXL1基因相关，而其中存在至少一种等位基因是与剥脱性综合征和/或青光眼相关症状
易感性的指征。该方法也可以包括在所述个体的基因型数据集中确定存在或不存至少一种
多态性标记物的至少一种等位基因。
[0020] 在某些实施方式中，该至少一种多态性标记物由于处于具有LOXL1基因的连锁不平衡中而与LOXL1基因相关。换句话说，该至少一种多态性标记物处于具有LOXL1基因中
至少一种遗传因子的连锁不平衡中。
[0021] 本发明另一方面涉及检测人类个体中与剥脱性综合征和/或青光眼有关的症状易感性的方法，该方法包括在从所述个体中获得的核酸样品，或在衍生于所述个体的基因
型数据集中检测是否存在至少一种多态性标记物的至少一种等位基因，该至少一种多态性
标记物与LOXL1基因有关，而其中存在该至少一种等位基因是与剥脱性综合征和/或青光
眼相关的症状易感性的指征。存在至少一种标记物的至少一种等位基因是与剥脱性综合
征和/或青光眼相关的症状易感性的指征。存在更频繁地出现在诊断患有剥脱性综合征和
/或青光眼的患者中的至少一种等位基因是在所述个体中剥脱性综合征和/或青光眼易感
性升高的指征。在某些实施方式中，该至少一种等位基因是一种风险等位基因，即，该等位
基因使发展剥脱性综合征和/或青光眼的风险增加。
[0022] 确定存在或不存在等位基因间接表明是检测存在或不存在某个特定等位基因，或可替代地多个等位基因的这种检测。确定存在或不存在双等位基因标记物(其中仅存在两
种可能的等位基因)的某个特定等位基因间接提供了关于存在或不存在可替代等位基因
的信息。例如，对于C/T SNP多态性，在特定的基因组中在SNP处检测所述不存在C，间接表
明该基因组含有可替代等位基因(T等位基因)的两个拷贝。检测存在一个C等位基因的
拷贝类似地指示存在一个可替代T等位基因的拷贝。对于具有超过了两个可能等位基因的
多态性，如微卫星，确定存在或不存在等位基因，并不通过自身提供关于存在或不存在该标
记物的其他等位基因的信息来提供。在某些实施方式中，确定特定等位基因同一性，即确定
特定等位位点的所述核苷酸序列。这种实施方式提供了存在或不存在特定的等位基因的直
接指征。
[0023] 本发明的另一方面涉及一种诊断个体中与剥脱性综合征和/或青光眼相关的症状易感性的方法，该方法包括从所述个体中获得的核酸样品中确定至少一种多态性标记物
的至少一种等位基因的同一性，其中该至少一种标记物选自位于LOXL1 LD结构单元中的标
记物的组，其中存在至少一种等位基因是与剥脱性综合征和/或青光眼有关的症状易感性
的指征。
[0024] 本发明另一方面涉及评价个体对预防和/或改善与剥脱性综合征和/或青光眼相关症状的治疗药剂响应概率的方法，包括：从所述个体中获得的核酸样品中确定存在或不
存在至少一种多态性标记物的至少一种等位基因，其中该至少一种多态性标记物选自按照
表4中列出的多态性标记物组成的组，以及与之连锁不平衡的标记物，其中存在或不存在
该至少一种标记物的至少一种等位基因是对预防和/或改善与剥脱性综合征和/或青光眼
相关症状的治疗药剂阳性响应概率的指征。在一种实施方式中，该至少一种多态性标记物
选自与LOXL1基因有关的标记物组。
[0025] 在某些实施方式中，该治疗药剂选自按照药剂表I中列出的药剂。在某些实施方式中，该治疗药剂能够选自前列腺素类似物、前列腺酰胺、α2肾上腺素能激动药、碳酸酐酶
抑制药、β-阻断剂、胆碱能受体激动剂、或用于预防或改善与青光眼和/或剥脱性综合征
相关的症状的其他治疗药剂。
[0026] 在一种优选的实施方式中，该治疗药剂选自拉坦前列素、曲伏前列素、乌诺前列酮、比马前列素，溴莫尼定、阿泊乐定、多佐胺、布林唑胺、乙酰唑胺、甲醋唑胺
(methozolamide)、倍他洛尔、卡替洛尔、左布诺洛尔、美替洛尔、噻吗洛尔、匹鲁卡品(毛果
芸香碱，pilocarpine)、卡巴胆碱、二乙氧膦酰硫胆碱和肾上腺素。
[0027] 本发明也涉及检测给药特定疗法或治疗方法的的个体是否由于给药该医疗或治疗方法而发展剥脱性综合征和/或青光眼，或与其相关的症状的风险升高。
[0028] 因此，本发明的另一方面涉及检测人类个体是否具有作为采用糖皮质激素治疗药物治疗的并发症而发展眼压升高、剥脱性综合征和/或青光眼的风险的方法，该方法包括
从所述个体中获得的核酸样品中检测存在或不存在至少一种多态性标记物的至少一种等
位基因，其中该至少一种多态性标记物与LOXL1基因有关，其中存在该至少一种等位基因
是指示作为采用糖皮质激素治疗药物治疗的并发症而发展眼压升高和/或青光眼风险升
高的指征。
[0029] 在优选的实施方式中，至少一种多态性标记物选自标记物rs2165241等位基因T、标记物rs1048661等位基因G和标记物rs3825942等位基因G，以及与它们连锁不平衡的标
记物。
[0030] 在一个相关方面，本发明涉及一种检测人类个体是否处于作为采用糖皮质激素治疗药物治疗的并发症而发展眼压升高、剥脱性综合征和/或青光眼的风险降低的方法，该
方法包括在来自所述个体的核酸样品中确定是否存在rs1048661等位基因G和rs3825942
等位基因G，或与它们连锁不平衡的标记物。其中存在rs1048661等位基因G或rs3825942
等位基因G是作为采用糖皮质激素治疗药物治疗的并发症而发展眼压升高，剥脱性综合征
和/或青光眼的风险降低的指征。
[0031] 在这方面的一种实施方式中，在来自所述个体的核酸样品中都存在rs1048661等位基因G和rs3825942等位基因G，或与它们连锁不平衡的标记物是作为采用糖皮质激素
治疗药物治疗的并发症而发展眼压升高、剥脱性综合征和/或青光眼的风险降低的指征。
在另一种实施方式中，在来自所述个体的核酸样品中存在两种rs1048661等位基因G和
rs3825942等位基因G的两个拷贝，或与它们连锁不平衡的标记物，是作为采用糖皮质激素
治疗药物治疗的并发症而发展眼压升高，剥脱性综合征和/或青光眼的风险降低的指征。
[0032] 在一些实施方式中，糖皮质激素治疗药物选自由药剂表I中所示的药剂。糖皮质激素治疗药物在优选的实施方式中选自倍他米松(betamethoasone)、丁氯倍他松
(clobetasone butyrate)、地塞米松、氟米龙、醋酸氢化可的松、泼尼松龙、利美索龙、氯替
泼诺、和甲羟松。而且，本发明提供了预测经历与剥脱性综合征和/或青光眼相关症状，或
诊断患有剥脱性综合征和/或青光眼的患者预后的方法，该方法包括从所述个体中获得的
核酸样品中确定存在或不存在至少一种多态性标记物的至少一种等位基因，其中该至少一
种多态性标记物选自由表4中所列的多态性标记物组成的组，以及与它们连锁不平衡的标
记物，其中存在该至少一种等位基因是所述个体中剥脱性综合征和/或青光眼预后恶化的
指征。通过获取关于人类个体识别至少一种与人类LOXL1基因有关的多态性标记物的至少
一种等位基因的核酸序列数据，并从所述核酸序列数据预测所述个体的预后，而能够可选
地在所述个体中预测预后，其中所述至少一种多态性标志的不同等位基因与人类中该至少
一种病症的不同易感性有关。在一些实施方式中，评价有关LOXL1基因的至少两多态性标
记物。
[0033] 本发明的另一方面涉及监控正经历与剥脱性综合征和/或青光眼相关症状治疗的个体治疗疗效的方法，该方法包括从所述个体中获得的核酸样品中检测存在或不存在至
少一种多态性标记物的至少一种等位基因，其中该至少一种多态性标记物选自由表4中所
列的多态性标记物，以及与它们连锁不平衡的标记物组成的组，其中存在至少一种等位基
因是该给体治疗疗效的指征。该方法的一种实施方式涉及与用于监控治疗预后的LOXL1基
因相关的标记物。本发明也提供了预测正经历与剥脱性综合征和/或青光眼相关症状治疗
的个体治疗疗效的方法，该方法包括获取关于人类个体识别至少一种与人类LOXL1基因有
关的多态性标记物的至少一种等位基因的核酸序列数据，并从该核酸序列数据预测该给体
的治疗疗效，其中该至少一种多态性标志的不同等位基因与人体中至少一种病症不同易感
性相关。
[0034] 因此，本文中描述的标记物可以适用于预测与剥脱性综合征和/或青光眼有关的症状，或在诊断患有一种或多种这种疾病的个体中具体治疗的疗效。治疗疗效已知是在个
体之间是高度变化的，而在许多情况下，是很难推理确定是否特定个体将会受益于特定的
治疗。应该设想，本文中描述的变异，因为与眼疾如青光眼和剥脱性综合征的风险有关，而
适用于预测这种特定的治疗疗效。这种预测能够适用于策划治疗策略，例如，通过首先测定
该个体在特定遗传标记物和碱基处的遗传组合而关于这种分析结果确定治疗计划。
[0035] 本发明也涉及在本文中描述的方法中确定LOXL1蛋白的氨基酸序列。本发明人已经发现，在按照SEQ ID NO：85所述的LOXL1氨基酸序列中在多态性位置141和153处氨
基酸的变化与青光眼和剥脱性综合征有关。因此，本发明在一方面中涉及在人类个体中诊
断与剥脱性综合征和/或青光眼有关的症状易感性升高的方法，该方法包括在从该个体中
获得的蛋白样品中检测按照SEQ ID NO：85在位置141或153处的氨基酸，其中在位置141
处存在精氨酸和/或在位置153处存在甘氨酸是与剥脱性综合征和/或青光眼有关症状易
感性升高的指征。在这些位置的氨基酸取代是由LOXL1基因密码子141和密码子153中的
单核苷酸多态性所致。因此，相对而言，在这些位置存在可替代氨基酸对青光眼或剥脱性综
合征是保护性的，即它们与发展青光眼或剥脱性综合征的风险降低有关。因此，在另一方
面，本发明涉及一种诊断人类个体中与剥脱性综合征和/或青光眼有关的症状的易感性降
低的方法，该方法包括在由人类个体获得的蛋白样品中在SEQ ID NO：85中检测位置141和
153位置的氨基酸，其中在位置141处存在亮氨酸和/或在位置153处存在天门冬氨酸是与
剥脱性综合征和/或青光眼相关的症状易感性降低的指征。
[0036] 本发明还提供了一种诊断人类个体中至少一种选自剥脱性综合征和青光眼的眼疾易感性的方法，该方法包括：
[0037] 获取有关至少一种编码人类个体至少一种LOXL1蛋白的LOXL1氨基酸序列数据，
[0038] 识别至少一种与所述LOXL1氨基酸序列相关的多态位点，其中该至少一种多态位点的不同氨基酸与人体中至少一种病症的不同易感性相关，和
[0039] 从该氨基酸序列的数据诊断至少一种选自剥脱性综合征和青光眼的病症的易感性。
[0040] 在某些实施方式中，确定由SEQ ID NO：85所示的LOXL1蛋白中在位置141处存在精氨酸而在位置153处存在甘氨酸是剥脱性综合征和/或青光眼易感性升高的指征。在某
些其他实施方式中，确定由SEQ ID NO：85所示的LOXL1蛋白中在位置141处存在精氨酸
而在位置153处存在甘氨酸是剥脱性综合征和/或青光眼易感性升高的指征。可替代地，
确定由SEQ ID NO：85所示的LOXL1蛋白中在位置141处存在亮氨酸而在位置153处存在
天门冬氨酸是该至少一种病症易感性降低的指征。在某些其他实施方式中，确定由SEQ ID
NO：85所示的LOXL1蛋白中在位置141处存在亮氨酸而在位置153处存在天门冬氨酸是剥
脱性综合征和/或青光眼易感性降低的指征。
[0041] 本发明人的发现能够通过以下的事实用于识别其他携带发展青光眼或剥脱性综合征风险的标记物：这种标记物与本文中所示的与青光眼和剥脱性综合征有关的标记物处
于连锁不平衡中。因此，本发明另一方面涉及一种用于识别适用于评价剥脱性综合征和/
或青光眼易感性的标记物的方法，该方法包括：
[0042] a.识别与所述LOXL1有关的至少一种多态性；和
[0043] b.检测所诊断患有剥脱性综合征和/或青光眼，或对其具有易感性的个体样品和对照样品中的基因型状态；
[0044] 其中在所诊断患有剥脱性综合征，或对其具有易感性的个体样品中的至少一种多态性的至少一种等位基因的频率与在对照样品中至少一种等位基因的频率相比的显著性
差异，是用于评价剥脱性综合征和/或青光眼易感性的指征。
[0045] 在一种实施方式中，在所诊断患有剥脱性综合征，或对其具有易感性的个体样品中所述至少一种多态性的至少一种等位基因的频率与在对照样品中至少一种等位基因的
频率相比升高，是适用于评价剥脱性综合征和/或青光眼易感性升高的至少一种多态性的
指征。
[0046] 在另一种实施方式中，在所诊断患有剥脱性综合征，或对其具有易感性的个体样品所述至少一种多态性的至少一种等位基因的频率，与在对照样品中至少一种等位基因的
频率相比降低，是适用于评价剥脱性综合征和/或青光眼易感性，或对抗剥脱性综合征和/
或青光眼保护性下降的至少一种多态性的征。
[0047] 基因分型的方法也属于本发明的范围。在本发明的这个方面，提供了对从具有患上剥脱性综合征和/或青光眼，或诊断患有剥脱性综合征和/或青光眼的人类个体获得核
酸样品进行基因分型的方法。该方法，包括在该样品中确定存在或不存在至少一种多态性
标记物的至少一种等位基因。该标记物能够是本文中所示的与青光眼或剥脱性综合征有关
的任何标记物，或与它们连锁不平衡的标记物。
[0048] 本发明涉及本文中以一般意义描述的多态性标记物的方法，涉及与LOXL1基因相关的标记物。在一些实施方式中，本发明涉及标记物本文中定义的并按照SEQ ID NO：84所
示的LOXL1LD结构单元中的标记物。在另一实施方式中，该标记物选自相关LOXL1基因的标
记物，在本文的上下文中，这涵盖了LOXL1基因之内的标记物，或在与该基因中的标记物连
锁不平衡或表现出影响该基因功能(例如，表达)的基因之外的标记物。例如，这能够包括
在刻意改变LOXL1表达水平的LOXL1启动子之内的标记物。在一种实施方式中，该标记物选
自表4中所列出的标记物的组。在另一种实施方式中，该标记物选自列于表6中的标记物的
组。在另一种实施方式中，该标记物选自列于表6a中的标记物组。在另一种实施方式中，该
的选自列于表15中的标记物的组。在另一实施方式中，该标记物选自列于表16中的标记物
组。在还有的另一实施方式中，该标记物选自rs4886725(SEQ ID NO：86)、rs12915956(SEQ
ID NO：87)、rs896590(SEQ ID NO：88)、rs12438872(SEQ ID NO：89)、rs4261482(SEQ ID
NO：42)、rs2165241(SEQ ID NO：15)、rs1992314(SEQ ID NO：44)、rs4886776(SEQ ID NO：
45)、rs2028386(SEQID NO：46)、rs4337252(SEQ ID NO：47)、rs2028387(SEQ ID NO：
48)、rs4077284(SEQ ID NO：49)、rs893816(SEQ ID NO：50)、rs4886782(SEQ ID NO：
51)、rs893817(SEQ ID NO：17)、rs893818(SEQ ID NO：52)、rs893820(SEQ ID NO：53)、
rs12440667(SEQID NO：54)、rs1530169(SEQ ID NO：19)、rs893821(SEQ ID NO：90)、
rs750460(SEQ ID NO：55)、rs4243042(SEQ ID NO：56)、rs2304722(SEQ ID NO：91)、
rs4886623(SEQ ID NO：92)、rs2167648(SEQ ID NO：93)、rs1584738(SEQ ID NO：94)、
rs1901570(SEQID NO：95)、rs8026593(SEQ ID NO：6)、rs4886660(SEQ ID NO：96)、
rs4886421(SEQ ID NO：97)、rs4886663(SEQ ID NO：98)、rs4886664(SEQ ID NO：99)、
rs4145873(SEQ ID NO：100)、rs4145874(SEQ ID NO：101)、rs1452389(SEQ ID NO：102)、
rs1078967(SEQ ID NO：103)、rs8041642(SEQ ID NO：104)、rs8041685(SEQ ID NO：16)、
rs8042039(SEQ ID NO：105)、rs2304719(SEQ ID NO：18)、rs12437465(SEQ ID NO：57)、
rs1048661(SEQ ID NO：106)、和rs3825942(SEQ ID NO：107)。在优选的实施方式中，该标记
物是rs1048661(SEQ ID NO：106)或rs3825942(SEQ ID NO：107)、或与之连锁不平衡的标记
物。在尤其优选的实施方式中，该标记物是rs1048661(SEQ ID NO：106)或rs3825942(SEQ
ID NO：107)。在一些优选的实施方式中，该标记物是rs1048661(SEQ ID NO：106)。在另一
优选的实施方式中，该标记物是rs3825942(SEQ ID NO：107)。
[0049] 所有以上提及的标记物都适用于本文中进一步描述的方法、用途、装置、媒质和试剂盒，而能够在具体的实施方式中单独使用或以两种或多种、三种或更多种、四种或多种、
或五种或更多种的任何特定组合进行使用。因此这些标记物的任何一种或多种的组合在本
文中描述的本发明的变异方面使用是可能的。熟练的技术人员将也会理解到，与所引述的
标记物处于连锁不平衡的标记物也适用于本发明的方法中，因而也属于本文中所示的本发
明的范围。
[0050] 在本发明方法的一些实施方式中，实施了在该个体中评价至少一种单体型的频率的另一步骤，其中存在至少一种单体型是眼疾如剥脱性综合征和/或青光眼，或与剥脱
性综合征和/或青光眼有关症状易感性的指征。典型的单体型按照标记物通过标记物
rs1048661和rs3825942提供。因此，在一种实施方式中，本发明涉及评价特征为存在标记
物rs1048661(SEQ ID NO：106)的等位基因G和标记物rs3825942(SEQ ID NO：107)的等
位基因G的单体型，和/或特征为存在标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)的等位基因T和
标记物rs3825942(SEQ ID NO：107)的等位基因G的单体型，其中存在这些单体型之一，是
与剥脱性综合征或青光眼相关的症状发展易感性升高的指征。在另一种实施方式中，存在
特征为存在标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)的等位基因G和标记物rs3825942(SEQ ID
NO：107)的等位基因A的单体型，是与剥脱性综合征或青光眼相关的症状发展易感性降低
的指征。其他含有本文中描述和公开的任何两种或多种标记物的单体型也是设想而属于本
发明的范围内。
[0051] 在本发明的某些实施方式中，连锁不平衡特征为连锁不平衡测定值r2和|D’|的2
特定数值。在某些实施方式中，遗传因子(例如，标记物)之间的遗传连锁不平衡定义为r
2 2
＞0.1(r 超过0.1)。在一些实施方式中，连锁不平衡定义为r ＞0.2。其他实施方式中可
2 2 2 2 2
以包括连锁不平衡的其他定义，如r ＞0.25，r ＞0.3，r ＞0.35，r ＞0.4，r ＞0.45，
2 2 2 2 2 2 2 2 2
r ＞0.5，r ＞0.55，r ＞0.6，r ＞0.65，r ＞0.7，r ＞0.75，r ＞0.8，r ＞0.85，r
2 2 2 2 2
＞0.9，r ＞0.95，r ＞0.96，r ＞0.97，r ＞0.98，或r ＞0.99。连锁不平衡在某些实
施方式中也能够被定义为|D’|＞0.2，或定义为|D’|＞0.3，|D’|＞0.4，|D’|＞0.5，
|D’|＞0.6，|D’|＞0.7，|D’|＞0.8，|D’|＞0.9，|D’|＞0.95，|D’|＞0.98或|D’|
2 2
＞0.99。在某些实施方式中，连锁不平衡定义为满足r 和|D’|两个标准，如r ＞0.2和
2
|D’|＞0.8。对于r 和|D’|值的其他组合也是可能的，而属于本发明的范围，包括但不
限于以上所所示的这些参数的值。
[0052] 在一种实施方式中，连锁不平衡采用从单一人群中收集样品测定，如本文中所述。一种实施方式采用从白种人收集的样品，如从冰岛人收集的样品，通过HapMap工程
(http://www.hapmap.org)描述的CEPH收集的白种人样品收集。其他实施方式采用了其他
人群的样品收集，包括但不限于非裔美国人人群样品、来自Yuroban人群(YRI)的非洲人样
品、或来自中国(CHB)或日本人(JPT)的亚洲人样品。
[0053] 在本发明的某些实施方式中，存在特定的等位基因或单体型是易感性升高，例如与剥脱性综合征和/或青光眼相关的症状易感性升高，或剥脱性综合征和/或青光眼的易
感性升高的指征。在这种实施方式中，所述升高的易感性特征为特定的相对风险值。因此，
在本发明的具体实施方式中，所述升高的易感性特征为相对风险至少1.5，包括相对风险至
少2.0，相对风险至少2.5，相对风险至少3.0，相对风险至少3.5，以及相对风险至少4.0。
其他实施方式特征为相对风险至少1.75、2.25、2.75、3.25、3.75等。然而，相对风险其他值
也属于本发明本发明的范围。在本发明的一种实施方式中，该指示易感性升高的至少一种
等位基因选自由rs2165241等位基因T、rs1048661等位基因G和rs3825942等位基因G组
成的组。
[0054] 在本发明的某些其他实施方式中，某些等位基因或单体型发现在患者中比在人群中的频率发生了下降。因此，某些等位基因或单体型在诊断患有剥脱性综合征或青光眼的
个体中比在普通人群中发现的频率发生了下降。这种标记物是抗剥脱性综合征或青光眼的
保护作用，或发展这些疾病的易感性降低的指征。典型的等位基因是那些rs1048661等位
基因T和/或rs3825942等位基因A的等位基因。
[0055] 在具体实施方式中，易感性降低的特征为相对风险小于0.7，包括相对风险小于0.6，相对风险小于0.5，相对风险小于0.4，相对风险小于0.35，相对风险小于0.3，而相对
风险小于0.25。然而，表征易感性降低或风险降低的其他相对风险也是可能的，也属于本发
明的范围，包括但不限于，小于0.8，小于0.75，小于0.65，小于0.55，小于0.45，小于0.20
等。
[0056] 在本发明的某些实施方式中，如本文中所述，进一步伴有剥脱性综合征和/或青光眼相关的症状，或特征为，剥脱性综合征和/或青光眼的临床诊断。这种症状在一些实
施方式中特征为存在以下至少之一：视网膜神经节细胞退化、眼压升高、视神经盘变化和周
边视力丧失。具体而言，视神经盘变化在某些实施方式中，特征为以下之一：(a)杯盘比升
高(薄神经视网膜缘)，(b)进行性视神经盘凹陷，(c)不对称性视神经盘凹陷(差异大于
0.2)，(d)获得性视神经小凹，(e)周边视网膜神经纤维层损失。
[0057] 在本发明的一些其他实施方式中，所述人类受治疗者特征为具有剥脱性综合征和/或青光眼的至少一种风险因子，所述风险因子选自：眼压升高、高龄、非裔美国人种族、视
野异常、近视、青光眼家族病史、薄角膜、系统性高血压、心血管疾病、周期性偏头痛和外周
血管痉挛。
[0058] 在涉及遗传标记物评价的本发明方法中，能够使用任何含基因组DNA的样品。这包括血液样品、羊水样品、脑脊髓液样品、或皮肤、肌肉、口腔或结膜粘膜(口腔拭子)、胎
盘、胃肠道或其他器官的组织样品，或其他含有基因组DNA的合适样品。在优选的实施方式
中，基因组DNA在分析之前通过聚合物链反应(PCR)进行扩增。
[0059] 在本发明的方法中能够使用的基因分型方法包括，基于等位基因-特异性探针杂交、等位基因-特异性引物延伸、等位基因-特异性扩增、核酸测序(例如，DNA测序)、5’-核
酸外切酶消化、分子信标分析、寡核苷酸连接分析、尺寸分析和单链构象分析的基因分型方
法。
[0060] 在本发明的某些实施方式中，生物标记物也经过评价而提供组合风险评价。生物标记物能够在合适的组织和流体中进行评价，如在血液样品中或来自眼睛的流体(泪液)。
在一种实施方式中，生物标记物是LOXL1蛋白。而且，在其他实施方式中，非遗传信息，如选
自年龄、性别、种族、社会经济地位、以前的疾病诊断、受治疗者的治疗史、剥脱性综合征和/
或青光眼家族病史、生化测定和临床测定，经过评价而作出风险评估、诊断、或个体的预后。
[0061] 而且，本发明的方法能够包括在合适的生物样品，如血液样品中测定LOXL1表达水平。在一种实施方式中，表达水平通过mRNA分析，测定在生物样品中LOXL1转录的数量
而进行评估。在一个优选的实施方式中，LOXL1表达水平降低是剥脱性综合征或青光眼易
感性升高的指征。
[0062] 本发明也提供了适用于本发明各种方法的试剂盒。试剂盒包含用于确定存在或不存在发现与剥脱性综合征和青光眼有关的某些等位基因的必要药剂，如本文中所述的。在
一种实施方式中，所述试剂盒含有用于选择性地在人类个体的基因组中检测至少一种多态
性标记物的至少一种等位基因，其中该多态性标记物选自由表4、表6和表6a中所列出的多
态性标记物组成的组，以及与它们连锁不平衡的标记物，而其中存在至少一种等位基因是
与剥脱性综合征和/或青光眼相关的症状易感性的指征。
[0063] 在一种实施方式中、所述试剂盒包含用于检测选自rs4886725(SEQ ID NO：86)、rs12915956(SEQ ID NO：87)、rs896590(SEQID NO：88)、rs12438872(SEQ ID NO：
89)、rs4261482(SEQ IDNO：42)、rs2165241(SEQ ID NO：15)、rs1992314(SEQ ID NO：
44)、rs4886776(SEQ ID NO：45)、rs2028386(SEQ ID NO：46)、rs4337252(SEQ ID NO：
47)、rs2028387(SEQ ID NO：48)、rs4077284(SEQ ID NO：49)、rs893816(SEQ ID NO：
50)、rs4886782(SEQID NO：51)、rs893817(SEQ ID NO：17)、rs893818(SEQ ID NO：52)、
rs893820(SEQ ID NO：53)、rs12440667(SEQ ID NO：54)、rs1530169(SEQ ID NO：19)、
rs893821(SEQ ID NO：90)、rs750460(SEQ ID NO：55)、rs4243042(SEQ ID NO：56)、
rs2304722(SEQID NO：91)、rs4886623(SEQ ID NO：92)、rs2167648(SEQ ID NO：93)、
rs1584738(SEQ ID NO：94)、rs1901570(SEQ ID NO：95)、rs8026593(SEQ ID NO：6)、
rs4886660(SEQ ID NO：96)、rs4886421(SEQ ID NO：97)、rs4886663(SEQ ID NO：98)、
rs4886664(SEQID NO：99)、rs4145873(SEQ ID NO：100)、rs4145874(SEQ ID NO：101)、
rs1452389(SEQ ID NO：102)、rs1078967(SEQ ID NO：103)、rs8041642(SEQ ID NO：104)、
rs8041685(SEQ ID NO：16)、rs8042039(SEQ ID NO：105)、rs2304719(SEQ ID NO：18)、
rs12437465(SEQ ID NO：57)、rs1048661(SEQ ID NO：106)、和rs3825942(SEQ ID NO：107)、
以及与它们连锁不平衡的标记物中的至少一种标记物的药剂。在一种优选的实施方式中，
所述试剂盒包含用于检测rs1048661(SEQ ID NO：106)、和/或rs3825942(SEQID NO：107)
的药剂。在另一优选的实施方式中，通过该试剂盒检测的该等位基因包括rs1048661等位
基因G和标记物rs3825942等位基因G。
[0064] 所述试剂盒的一种实施方式包含，含有至少一个杂交至含有至少一种多态性标记物的个体基因组的片段的邻接寡核苷酸的药剂、缓冲剂和可检测的标记物。在另一种实施
方式中，该药剂含有至少一对杂交至由受治疗者获得的基因组核酸片段的相反链的寡核苷
酸，其中每一寡核苷酸引物对经设计选择性地扩增包含一种多态性标记物的个体基因组的
片段，而其中该片段的尺寸为至少30个碱基对。在一种优选的实施方式中，至少一个寡核
苷酸完全互补于该个体的基因组。该寡核苷酸可以具有任何合适的尺寸，如长度为15～
100个核苷酸，18～50个核苷酸或20-30个核苷酸。
[0065] 适用于本发明其他方法的试剂盒，如本文中的描述，也可以设想而属于本发明的范围。这种试剂盒具有的共同特征是，如本文中的描述，提供选择性地检测与剥脱性综合征
和/或青光眼的特定等位基因和/或单体型的药剂。
[0066] 在另一种实施方式中，本发明也提供了寡核苷酸探针在生产用于诊断和/或评价剥脱性综合征或青光眼易感性的诊断试剂中的用途，其中该探针杂交至按照含有一
种多态性位点的SEQ ID NO：84给出其核苷酸序列的核酸的片段，其中该片段的长度为
15-500个核苷酸。该多态位点优选选自rs4886725(SEQ ID NO：86)、rs12915956(SEQ ID
NO：87)、rs896590(SEQ ID NO：88)、rs12438872(SEQID NO：89)、rs4261482(SEQ ID NO：
42)、rs2165241(SEQ ID NO：15)、rs1992314(SEQ ID NO：44)、rs4886776(SEQ ID NO：
45)、rs2028386(SEQ ID NO：46)、rs4337252(SEQ ID NO：47)、rs2028387(SEQ ID NO：
48)、rs4077284(SEQ ID NO：49)、rs893816(SEQID NO：50)、rs4886782(SEQ ID NO：
51)、rs893817(SEQ ID NO：17)、rs893818(SEQ ID NO：52)、rs893820(SEQ ID NO：53)、
rs12440667(SEQ ID NO：54)、rs1530169(SEQ ID NO：19)、rs893821(SEQ ID NO：90)、
rs750460(SEQ ID NO：55)、rs4243042(SEQID NO：56)、rs2304722(SEQ ID NO：91)、
rs4886623(SEQ ID NO：92)、rs2167648(SEQ ID NO：93)、rs1584738(SEQ ID NO：94)、
rs1901570(SEQ ID NO：95)、rs8026593(SEQ ID NO：6)、rs4886660(SEQ ID NO：96)、
rs4886421(SEQ ID NO：97)、rs4886663(SEQID NO：98)、rs4886664(SEQ ID NO：99)、
rs4145873(SEQ ID NO：100)、rs4145874(SEQ ID NO：101)、rs1452389(SEQ ID NO：102)、
rs1078967(SEQ ID NO：103)、rs8041642(SEQ ID NO：104)、rs8041685(SEQ ID NO：16)、
rs8042039(SEQ ID NO：105)、rs2304719(SEQ ID NO：18)、rs12437465(SEQ ID NO：57)、
rs1048661(SEQ ID NO：106)、和rs3825942(SEQ ID NO：107)、以及与它们相关的连锁不平
衡的多态性。
[0067] 本发明也提供了一种计算机可读媒质。这种媒质能够含有检测剥脱性综合征或青光眼易感性的信息。在一个具体的方面，媒质含有
[0068] 指示至少一种多态性标记物的数据；
[0069] 存储于计算机可读媒质上适用于通过处理器执行而对于至少一种多态性标记物确定剥脱性综合征和/或青光眼发展风险的程序；
[0070] 其中所述至少一种多态性标记物与所述LOXL1基因有关。
[0071] 在某些实施方式中，计算机可读媒质含有指示至少两个多态性标记物的数据。在某些其他实施方式中，该媒质含有指示三个或更多，四个或更多或五个或更多多态性标记
物的数据。在某些其他实施方式中，该媒质进以含有指示与LOXL1基因有关的至少一种单
体型的数据。这种单体型能够含有两个或多个多态性标记物，包括三个或更多，四个或更多
或五个或更多多态性的标记物。该媒质也可以含有蛋白序列数据，也就是指示通过LOXL1
的编码序列内的多态性标记物编码的至少一种多态性蛋白标记物(氨基酸多态性)。在优
选的实施方式中，因此蛋白标记物含有关于按照SEQ IDNO：85所示的LOXL1蛋白中在位置
141处和/或在位置153处多态性的数据。
[0072] 本发明还有的另一方面涉及检测人类个体中剥脱性综合征或青光眼遗传指标的装置，包括：处理器；具有适用于在处理器上执行而分析对于至少一种关于有关所述LOXL1
基因的至少一种多态性标记物的人类个体的标记物或/或单体型信息的计算机可执行指
令的计算机可读内存；和产生基于标记物或单体型信息的输出，其中所述输出包括作为人
类个体剥脱性综合征或青光眼遗传指标的所述至少一种标记物或单体型的风险测量值。在
某些实施方式中，所述计算机可读内存进一步包含指示在许多诊断患有，或表现出与剥脱
性综合征或青光眼有关症状的个体中至少一种多态性标记物的至少一种等位基因或至少
一种单体型的频率的数据，和指示在许多对照个体中至少一种多态性标记物的至少一种等
位基因或至少一种单体型的频率的数据，而其中风险测量值基于人类个体的至少一种标记
物和/或单体型状态与指示这些许多诊断患有剥脱性综合征或青光眼的个体至少一种标
记物和/或至少一种单体型信息的频率的数据之间的对照。在某些其他实施方式中，所述
计算机可读内存进一步含有指示与至少一种多态性标记物的至少一种等位基因或至少一
种单体型相关的剥脱性综合征和/或青光眼发展风险的数据，而其中对于人类个体风险的
测定基于人类个体的至少一种标记物和/或单体型状态与至少一种多态性标记物的至少
一种等位基因或至少一种单体型相关的风险之间的对照。在其他实施方式中，所述计算机
可读内存可以进一步包含指示在许多诊断患有，或表现出与剥脱性综合征或青光眼有关症
状的个体中至少一种多态性标记物的至少一种等位基因或至少一种单体型的频率的数据，
和指示在许多对照个体中至少一种多态性标记物的至少一种等位基因或至少一种单体型
的频率的数据，而其中发展剥脱性综合征和/或青光眼的风险基于在诊断患有，或表现出
与剥脱性综合征或青光眼有关症状的个体和对照个体中至少一种等位基因或至少一种单
体型的频率之间的对照。
[0073] 本发明也提供了药物组合物和分析方法。在一个这方面，本发明提供了一种用于治疗对其有需要的人类个体中与青光眼或剥脱性综合征相关症状的药物组合物，含有由人
类LOXL1基因编码的多肽，或其片段，以及药用载体和/或赋形剂。在某些实施方式中，该
多肽具有按照SEQ ID NO：85所示的氨基酸序列。在一个实施方式中，该多肽特征为在SEQ
ID NO：85中位置141处存在亮氨酸。在另一实施方式中，该多肽特征为在SEQ ID NO：85中
位置153处存在天门冬氨酸。在一个进一步的实施方式中，该组合物特征为在SEQ ID NO：
85中位置141处存在亮氨酸且在SEQ ID NO：85中位置153处存在天门冬氨酸。
[0074] 本发明也提供了用于筛选预防或改善与剥脱性综合征和/或青光眼相关的症状的化合物的方法，包括
[0075] (i)向患有与剥脱性综合征和/或青光眼相关症状的动物，或由其离析的细胞群落给药试验化合物；
[0076] (ii)检测来自所述动物的样品或由其离析的所述细胞群落中LOXL1的所述基因表达水平；
[0077] (iii)检测至少一种未患与剥脱性综合征或青光眼相关的症状的对照动物的样品，或由其离析的细胞群落中在没有所述化合物存在下LOXL1的所述基因表达水平；
[0078] (iv)对比在(ii)和(iii)中所获得的所述表达水平；
[0079] 其中在所治疗动物和至少一种对照动物中提供相似表达水平的试验药物就确定为预防，或改善与剥脱性综合征或青光眼相关症状的候选药物。该动物优选是人类个
体。在另一优选的实施方式中，该方法进一步包括在给药所述试验化合物之前对于标记物
rs1048661(SEQ ID NO：106)或rs3825942(SEQ ID NO：107)，或与它们连锁不平衡的标记物
而测定所述人类个体的基因型。其中该人类个体的基因型状态用于确定该动物是否适用于
筛选所述试验化合物。优选对于标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)或rs3825942(SEQ ID
NO：107)，测定所述人类个体的所述基因型，其中所述在标记物rs1048661处存在等位基因
G和/或在标记物rs3825942处存在等位基因G是该人类个体适用于筛选所述试验化合物
的度量。
[0080] 本发明进一步提供了治疗人类个体与剥脱性综合征和/或青光眼有关的症状的方法，包括给药通过该筛选分析方法识别的组合物。
[0081] 本发明还有的另一方面涉及治疗人类个体与剥脱性综合征和/或青光眼有关的症状的方法，包括在体内以足够的剂量表达LOXL1基因而治疗该疾病。优选LOXL1基因特
征为按照SEQ ID NO：84所示的序列，可选地含有至少一个多态位点。在一种实施方式中，
LOXL1基因的序列特征为在SEQ ID NO：84中位置7142处存在T。在另一实施方式中，该序
列特征为在SEQ ID NO：84中位置7178处存在A。在还有另一实施方式中，该序列特征为在
SEQ ID NO：84中位置7142处存在T且在SEQ ID NO：84中位置7178处存在A。在一个优
选的实施方式中，该方法可以包括以下步骤：(a)向所述人类个体给药含有人类LOXL1基因
的载体；和(b)使得LOXL1蛋白以足够的量表达来治疗所述与剥脱性综合征或青光眼相关
的症状。该载体合适地选自腺病毒载体和慢病毒载体，或该载体是复制缺陷病毒载体。该
载体可以通过选自局部给药、玻璃体腔给药、眼内给药、非肠道给药、鼻腔内给药、气管内给
药、支气管内给药和皮下给药的方法进行给药。优选该载体通过眼内给药进行递送。
[0082] 本发明也提供了治疗剥脱性综合征或青光眼相关的症状的方法，或治疗选自剥脱性综合征和青光眼的眼疾的方法，包括给药调节LOXL1基因或其编码RNA或蛋白物理状态
的表达、活性的药剂。该药剂在一个实施方式中选自小分子化合物，寡核苷酸，肽和抗体。在
另一种实施方式中，该药剂是反义分子或干扰RNA。在还有另一种实施方式中，该药剂是表
达修饰剂，如活化剂或阻遏剂。因此，通过反义技术或利用干扰RNA的疗法也属于本发明的
范围。
[0083] 应该设想，LOXL1多肽可以适用于治疗青光眼或剥脱性综合征。因此，本发明在一方面中涉及用于治疗青光眼或剥脱性综合征的人类LOXL1多肽。在一种实施方式中，该
LOXL1多肽具有按照SEQ ID NO：85所示的序列。在另一种实施方式中，该LOXL1多肽具有
包含至少一个多态位点的SEQ ID NO：85所示的序列。在一个实施方式中，该多肽特征为在
位置141处具有亮氨酸的SEQ IDNO：85所示的氨基酸序列。该多肽也可以特征为在位置
153处具有天门冬氨酸的SEQ ID NO：85所示的氨基酸序列。该多肽可以另外特征为在SEQ
ID NO：85所示的氨基酸序列在位置141处具有亮氨酸且在位置153处具有天门冬氨酸。在
某些实施方式中，该多肽是全长LOXL1多肽的一个片段。这种片段在某些实施方式中能够
包含20或更多个氨基酸，包括25或更多，30或更多，35或更多，40或更多，50或更多或100
或更多个氨基酸。在某些实施方式中，该片段是生物活性的，即，其涉及与体内LOXL1有关
的至少部分活性。在某些实施方式中，该片段涉及基本与人类LOXL1活性相同的活性。在
另一方面，本发明提供了预防或改善与青光眼或剥脱性综合征相关的症状的方法，该方法
包括向对其有需要的个体以治疗有效剂量给药含有LOXL1多肽的组合物。该多肽在一个实
施方式中特征为在由SEQ ID NO：85所示的序列中在位置141处存在亮氨酸。在另一实施
方式中，该多肽特征为在由SEQ ID NO：85所示的序列中在位置153处存在天门冬氨酸。在
还有另一种实施方式中，该多肽特征为在由SEQ ID NO：85所示的序列中在位置141处存在
亮氨酸且位置153处存在天门冬氨酸。
[0084] 该多肽的给药能够通过选自局部施用给药、眼内给药、非肠道给药、鼻腔内给药、气管内给药、支气管内给药和皮下给药的方法进行实施。优选该LOXL1蛋白通过眼内给药
进行给药。
[0085] 与眼疾有关的标记物也能够适用于选择对于这种条件用治疗药物治疗的个体。具有特定LOXL1变异的个体应该设想而适用于该疗法的给药。因此，本发明一方面提供了选
自青光眼和剥脱性综合征的眼疾的预防疗法的方法，包括以下步骤：选择具有患上选自青
光眼和剥脱性综合征的眼疾风险的人类受治疗者；向该受治疗者给药治疗有效剂量的包含
于青光眼、眼压升高或剥脱性综合征治疗药物的组合物，其中所述选择包括检测所述人类
受治疗者LOXL1变异，并为具有与眼疾风险增加相关的LOXL1变异的人类受治疗者选择预
防疗法。LOXL1变异能够是相关于该眼疾风险的蛋白变异或基因遍变异。在某些实施方
式中，所述选择包括检测与眼疾风险增加相关的LOXL1基因中存在或不存在基因型或单体
型。在一个实施方式中，该基因型包含选自rs1048661和标记物rs3825942的至少一种标
记物，以及与它们连锁不平衡的标记物。在另一种实施方式中，所述选择包括选择具有含
有rs1048661等位基因G和/或rs3825942等位基因G的基因型的人类受治疗者。在另
一种实施方式中，该单体型选自特征为存在标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)的等位基
因G和标记物rs3825942(SEQ ID NO：107)的等位基因G的单体型；和特征为存在标记物
rs1048661(SEQ ID NO：106)的等位基因T和标记物rs3825942(SEQ ID NO：107)的等位基
因G的单体型。在一种优选实施方式中，所述选择包括在人类受治疗者中确定由SEQ ID NO：
85所示的LOXL1蛋白在位置141处存在精氨酸和/或位置153处存在甘氨酸。在一种尤
其优选的实施方式中，所述选择包括在人类受治疗者中确定由SEQ ID NO：85所示的LOXL1
蛋白在位置141处存在精氨酸且在位置153处存在甘氨酸。
[0086] 本发明也提供了用于选自青光眼、眼压升高和剥脱性综合征的眼疾而治疗具有相关于该眼疾风险升高的LOXL1变异的人类受治疗者的治疗药剂。本文中也提供了用于治疗
选自剥脱性综合征和青光眼的LOXL1-相关眼疾的治疗药剂。“LOXL1-相关的眼疾”在本文
上下文中是指在具有患上本文中描述症状风险变异的个体中选自剥脱性综合征和青光眼
的病症。优选风险变异是rs1048661等位基因G或rs3825942等位基因G。该风险变异也能
够包含本文中已证实与剥脱性综合征和青光眼相关的标记物。在某些实施方式中，风险变
异是选自G-rs1048661、G-rs3825942和T-1048661G-rs3825942的单体型。本文中也提供了
用于选自青光眼、眼压升高和剥脱性综合征的眼疾而生产用于治疗具有相关于该眼疾风险
升高的LOXL1变异的人类受治疗者的医药中的治疗药剂的用途。在另一方面，本发明也提
供了用于选自青光眼、眼压升高和剥脱性综合征的眼疾而生产用于治疗LOXL1-相关眼疾
的医药中的治疗药剂的用途。该眼疾在一个实施方式中选自剥脱性综合征和青光眼。在某
些实施方式中，该人类受治疗者在与该眼疾风险升高相关的LOXL1基因中具有至少一种基
因型或单体型。该基因型在一些实施方式中能够包括选自rs1048661和标记物rs3825942
的至少一种标记物，以及与它们连锁不平衡的标记物。在优选的实施方式中，该人类受治
疗者具有的基因型包含rs1048661等位基因G和/或rs3825942等位基因G。在一些实
施方式中，该单体型选自特征为存在标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)的等位基因G和
rs3825942(SEQ ID NO：107)的等位基因G的单体型，和特征为存在标记物rs1048661(SEQ
IDNO：106)的等位基因T和rs3825942(SEQ ID NO：107)的等位基因G的单体型。在某些
实施方式中，该蛋白变异，也就是LOXL1变异，其中该LOXL1变异包括由SEQ ID NO：85所示
的序列中在位置141处具有精氨酸和/或在位置153处具有甘氨酸的LOXL1蛋白。
[0087] 该治疗药剂能够是任何合适的药剂，而适用于治疗这种眼疾，或是适用于预防或改善与该眼疾有关症状的药剂。在一个实施方式中，该药剂选自药剂表I中所示的药剂。本
文中所示药剂中的任何一种药剂或药剂组合都能够进行给药，包括任何其前药、盐或衍生
物。在某种实施方式中，该个体在治疗之前表现出具有这种眼病的症状。然而，可以设想，
症状发生前治疗可以是特别有益的。具有青光眼和/或剥脱性综合征至少一种风险变异的
个体发展这些病症的风险尤其高。因此，在早期阶段是被这种风险以使这些疾病的破坏性
后果最小化是很重要的。理想地，症状发生前治疗能够预防或至少基本上延迟该疾病、与该
疾病相关的症状的发作。因此，早期实施本发明对于眼压升高和剥脱性综合征和青光眼其
他症状的后果最小化可能是非常重要的。
[0088] 本发明在本文中一般在青光眼和剥脱性综合征的上下文中进行描述。然而，本发明各种方面也设想于青光眼，尤其是剥脱性青光眼的子表型(subphenotype)的上下文中。
因此，在某些实施方式中，该眼疾选自剥脱性青光眼(XFG)或剥脱性综合征(XFS)。
[0089] 应该理解到，本文中所描述的各种特征的组合都是可以设想的，即使这些特征组合并未在本文中具体发现于相同的句子或段落。这尤其是包括本文中公开的所有标记物，
单独地或组合地用于分个别地分析或在单体型中，在本文中描述的本发明各方面中的用
途。
附图说明
[0090] 本发明的前述和其他目的、特征和优点将从以下本发明优选实施方式的更具体地描述中变得显而易见。
[0091] 图1示出了在包含LOXL1基因的染色体15上某区域的基因组结构。在该染色体上的位置(以bp计)来自NCBI Build 34。所显示的是LOXL1基因的外显子-内含子结
构，以及Oxford重组热点，这定义了LOXL1 LD结构单元的边界。
[0092] 图2示出了青光眼对15q24.1相关性的示意图。a)在染色体15上以400kb间隔(71.8～72.2Mb，NCBI Build 34)的成对相关结构。上图包括CEU人群的HapMap发布图
2
22的269种普通SNPs(MAF＞5％)的成对D′，而下图包括相同SNP组的成对r 值。b)基
于HapMap数据组按照该间隔的重组热点的定位(Nature 437，1299-1320(2005))。c)在该
区域的8个已知基因的定位。d)195例冰岛人青光眼病例和14474例对照的全基因组关联
研究以该间隔的全基因组关联分析结果的示意图。以-logP对标记物的染色体位置作图，
其中P是校正的P-值。所有4个图谱采用在谱图d)底部所示的相同水平Mb级别。
[0093] 图3示出了XFG对通过两个非同义的SNP、rs1048661和rs3825942形成的单体型的关联分析。该图举例说明了通过两个非同义的SNP、rs1048661和rs3825942的等位基因
形成的三种单体型(G，G)、(G，A)和(T，G)的风险的成对对照。每一箭头指示两个单体型
的对照，而OR是箭头相对于其他单体型所致的单体型的对照。该结果分别显示了a)冰岛
人和b)瑞典人，而c)是两个组合的人群。对于OR′的置信区间(CI)包含在括号内。在个
病例和对照中估算的单体型频率在每一单体型之下的括号内给出。对于组合的人群，所给
的单体型频率是在两个人群中的频率的简单平均。由这些平均值计算OR将不会给出所展
示OR的相同结果，后者采用Mantel-Haenszel模型计算，但是数值接近。应注意的是，在冰
岛人中和瑞典人病例-对照组中并未观察到由保护性等位基因形成的单体型(T，A)。
[0094] 图4显示了rs1048661(R141L)的基因型之间的相关性和脂肪组织中LOXL1的表达。对于非同义风险SNP rs1048661(R141L)的不同基因型，659个个体的脂肪组织中测定
LOXL1的表达。LOXL1的表达显示如10^(平均MLR)，其中MLR是平均log表达率，而该平
均是对具有特定基因型的所有给体的平均。关于风险变异G的个体载体的拷贝数回归MLR
值，我们发现，LOXL1的表达随着所携带的G等位基因(P＝0.00000083)下降估计7.7％。
年龄和性别的影响通过在回归中包括解释变量中的年龄×性别项而纳入考虑。竖线指示
平均值的标准误差(s.e.m)。如果该表达通过包括体重指数(BMI)作为解释性变量(P＝
0.0000013)对于个体进行表达校正，则该相关性保持不变。如果275位男性和384位女性
分别进行分析(分别为P＝0.00029和P＝0.00060)，则获得类似结果。
[0095] 图5示出了采用实时-PCR测定的rs1048661(R141L)的基因型之间的相关性和脂肪组织中LOXL1的表达。脂肪组织中LOXL1的表达。对于采用实时-PCR测定的非同义风险
SNP rs1048661(R141L)的不同基因型，564个个体的脂肪组织中测定LOXL1的表达。LOXL1
的表达相对于GUSP(作为管家基因)的表达而显示。关于风险变异G的个体载体的拷贝数
回归log-转化表达值，我们发现，LOXL1的表达随着所携带的G等位基因(P＝0.000037)
下降估计9.1％。年龄和性别的影响通过在回归中包括解释变量中的年龄×性别项而纳入
考虑。竖线指示平均值的标准误差(s.e.m)。
[0096] 图6示出了本文中描述的和权利要求所要求保护的方法和装置实施的典型计算机环境。

具体实施方式

[0097] 本发明的优选实施方式的描述如下。
[0098] 本发明公开了已经发现与眼疾，尤其是剥脱性综合征(XFS)和青光眼有关的多态性变异和单体型。已经发现在多态性标记物(例如，如本文中所定义的，与LOXL1基因有关
的标记物，以及与它们连锁不平衡的标记物)处的特定等位基因和包含这样的等位基因的
单体型与XFS和青光眼有关。这样的标记物和单体型适用于诊断目的，如在本文中更详细
描述的。本发明的其他应用包括利用本发明的多态性标记物来评价XFS和/或青光眼对治
疗药剂的响应的方法、预测具有与XFS和/或青光眼相关的症状的个体，或诊断患有XFS和
/或青光眼的个体预后的方法、监控接受与XFS和/或青光眼相关症状治疗的个体治疗过程
的方法、计算机执行方面、以及用于评价个体对XFS和/或青光眼易感性的试剂盒。
[0099] 定义
[0100] 除非另外指出，核酸序列按照5′至3′方向从左至右书写。本说明书中引述的数值范围包括限定范围的数值，并包括所限定范围的每一个整数和任何非整数的小数。除非
另外定义，所有本文中使用的技术术语和科学术语都具有本发明涉及领域的普通技术人员
通常理解的相同含义。
[0101] 在本发明上下文中，以下术语应该具有以下所指的意义：
[0102] “多态性标记物”，有时称作“标记物”，如本文中的描述，是指基因组的多态位点。每一多态性标记物在该多态位点具有至少两个序列变异特征的特定等位基因。因此，多态
性标记物的遗传相关性间接表明存在具体多态性标记物的至少一种特异性等位基因的相
关性。该标记物能够包含在基因组中发现的任何变异类型的任何等位基因，包括单核苷酸
多态性(SNP)、小卫星或微卫星、易位和拷贝数变异(插入、删除、重复)。多态性标记物能
够是群体中的任何可测频率。对于疾病基因的映射，群体频率高于5％～10％的多态性标
记物一般是最有用的。然而，多态性标记物也可以具有较低的群体频率，如1％～5％的频
率，或甚至是更低的频率，尤其是拷贝数变异(CNV)。在本发明上下文中，该术语应该选取包
括具有任何群体频率的多态性标记物。
[0103] “等位基因”是指在染色体上的给定位点(位置)的核苷酸序列。因此，多态性标记物等位基因是指染色体上的标记物的组成(即，序列)。个体的基因组DNA含有任何给
定多态性标记物的两个等位基因，表示在每一条染色体上该标记物的每一个拷贝。本文中
所使用核苷酸的序列编码为：A＝1，C＝2，G＝3，T＝4。对于微卫星等位基因，CEPH样
品(Centre d’Etudes du Polymorphisme Humain，基因组库，CEPH样品1347-02)用作参
考，该样品中每一微卫星的较短等位基因被设为0，而其他样品中的所有其他等位基因都相
对于这个参考数字进行编号。因此，例如，等位基因1就比CEPH样品中的较短等位基因长
1bp，等位基因2比CEPH样品中的较短等位基因长2bp，等位基因3比CEPH样品中的较短等
位基因长3bp，而等位基因-1比CEPH样品中的较短等位基因短1bp，而等位基因-2比CEPH
样品中的较短等位基因短2bp，等等。
[0104] 如本文中所描述的序列共有核苷酸(conucleotide)多义性是根据IUPAC-IUB提出的。这些代码与EMBL、GenBank和PIR数据库使用的代码兼容。
[0105]IUB代码 意义
A 腺嘌呤
C 胞嘧啶
G 鸟嘌呤
T 胸腺嘧啶
R G或A
Y T或C
K G或T
M A或C
S G或C
W A或T
B CG或T
D AG或T
H AC或T
V AC或G
N ACG或T(任何碱基)
[0106]
[0107] 在群体中(自然群或合成群，例如合成分子的文库)可能有多于一个序列的核苷酸位置在本文中就称为“多态性位点”。
[0108] “单核苷酸多态性”或“SNP”是当在基因组中特定位置的单个核苷酸与物种的成员之间或个体中的成对染色体之间不相同的时候出现的DNA序列变异。大多数SNP多
态现象具有两个等位基因。在这种情况下，每一个体对于该多态现象的一个等位基因而
言是纯合的(即，所述个体的两条染色体拷贝在SNP位置具有相同的核苷酸)，或该个
体是杂合的(即，该个体的两条姊妹染色体含有不同的核苷酸)。如本文中报道的SNP
术语是指官方参照SNP(rs)ID确认标签，由国家生物技术信息中心(National Center
forBiotechnological Information，NCBI)分配给每一种唯一的SNP。
[0109] 如本文中所描述的，“变异”是指不同于参照DNA的DNA片段。如本文中所定义的，“标记物”或“多态性标记物”就是一种变异。不同于参照的等位基因被称为“变异”等位基
因。
[0110] 如本文中所描述的，核苷酸或蛋白的“片段”包含该核苷酸或蛋白的全部或部分。
[0111] 如本文中所描述的，“动物”是指任何家畜(例如，猫、狗等)、农用动物(例如，奶牛、马、绵羊、家禽等)、或试验物种(例如，兔子、小鼠、大鼠等)，并且也包括人类。
[0112] “微卫星”是在特定位点处的长度为2～8个核苷酸的多个小重复碱基(例如CA重复)的多态性标记物，其中重复长度的数量在一般群体中是不同的。
[0113] “indel”是包含典型地仅有几个核苷酸长度的小插入或删除的多态性的常见形式。
[0114] 如本文中所描述的，“单体型”是指在特征为沿着该片段排列的等位基因的特定组合的一条DNA链中的基因组DNA的片段。对于诸如人类的二倍体生物，单体型包含每一多
态性标记物或基因座(locus)的等位基因对的一个成员。在某一种实施方式中，该单体型
能够包含两个或多个等位基因、三个或多个等位基因、四个或多个等位基因、或五个或多个
等位基因。单体型在本文中描述于标记物名称的上下文中，并且标记物等位基因即为单体
型，例如，“3rs1048661”是指该单体型中的标记物rs1048661的3个等位基因，并且等同于
“rs1048661等位基因3”。而且，单体型中的等位基因代码是就单个标记物而言的，即1＝
A，2＝C，3＝G和4＝T。
[0115] 如本文中描述的，术语“易感性”涵盖了易感性增加和易感性降低。因此，本发明的特定多态性标记物和/或单体型可以由青光眼的易感性升高(即，风险增加)来表征，例
如由相对风险(RR)大于1来表征。可替代地，本发明的标记物和/或单体型可以由青光眼
的易感性降低(即风险降低)来表征，例如由相对风险(RR)小于1来表征。
[0116] 在本发明上下文中，术语“和/或”应该理解为是指其所涉及的条目之一或二者。换句话说，本文中的术语应该采用“一个或另一个或二者”的含义。
[0117] 如本文中所述，术语“查询表”是将一种形式的数据关联到另一种形式的表格，或将一种或多种形式的数据关联至该数据相关的预测输出，如表现型或性状。例如，查询表能
够包含至少一种多态性标记物的等位基因数据和含有特定等位基因数据的个体可能展示
的，或比不含这种特定等位基因数据的个体更有可能展示的具体性状或表现型之间的关联
关系，如具体的疾病诊断。查询表可以是多维的，即它们能够同时含有关于单个标记物的多
个等位基因的信息，或它们能够含有关于多个标记物的信息，而且它们还可以包含其他因
素，如关于疾病诊断的细节、种族信息、生物标记物、生化测定、治疗方法和药物等。
[0118] “计算机可读媒质”，是能够通过计算机利用可商购的或订制接口访问的信息储存媒质。示例性的计算机可读媒质包括存储器(例如，RAM，ROM，闪存等)、光学储存媒质(例
如，CD-ROM)、磁存储媒质(例如，计算机硬盘、软盘等)、打孔卡片、或其他可商购的媒质。信
息可以在所关心的系统和媒质之间、计算机之间、或计算机与信息储存体或所储存的信息
访问的计算机可读媒质之间传递。这种传递能够通过电信号，或通过其他可利用的方法，如
IR连接、无线连接等。
[0119] “核酸样品”是从含有核酸(DNA或RNA)的个体中获得的样品。在某些实施方式中，即在特异性多态性标记物和/或单体型的检测中，核酸样品包含基因组DNA。这种核酸样品
能够从含有基因组DNA的任何来源获得，包括血液样品、羊水样品、脑脊髓液样品，或皮肤、
肌肉、口腔或结膜粘膜(口腔拭子)、胎盘、胃肠道或其他器官的组织样品。
[0120] 如本文中所描述的，术语“多肽”是指氨基酸的聚合物，并且没有具体的长度；因此，肽、寡核苷酸和蛋白都包含在多肽的定义之中。
[0121] 如本文中所描述的，术语“XFS”是指剥脱性综合征。这种疾病的可替代名称是假剥脱性综合征(PEX)。本文中所描述的术语XFS和PEX具有相同的意义，这对于医疗领域的
技术人员而言是众所周知的。
[0122] 如本文中所描述的，术语“青光眼”是指在医疗领域统称为青光眼的各种不同种疾病的组。该术语是指包括各种青光眼的子类型，包括开角型青光眼(OAG)、原发性开角型青
光眼(POAG)、继发性青光眼和剥脱性青光眼(XFG)。
[0123] 如本文中所描述的，术语“XFS和/或青光眼治疗药剂”是指能够用于改善或预防与XFS和/或青光眼相关的症状，即仅与XFS相关的症状、仅与青光眼相关的症状、或与XFS
和青光眼都相关的症状的药剂。
[0124] 如本文中所描述的，术语“XFS和/或青光眼相关的核酸”是指已经发现与XFS和/或青光眼相关的核酸。这包括但不限于，本文中描述的标记物和单体型以及与其强烈连
锁不平衡(LD)的标记物和单体型。在一种实施方式中，XFS和/或青光眼相关的核酸是指
发现通过位于LD-结构单元内或与LD结构单元有关的至少一种多态性标记物而与XFS和
/或青光眼相关的LD-结构单元(例如，LOXL1 LD结构单元)。
[0125] 如本文中所描述的，术语“LOXL1 LD结构单元”、或“LOXL1连锁不平衡结构单元”，也称为“LD Block C15”，是指在NCBI(国家生物技术信息中心，National Center for
BiotechnologyInformation)Build 34的位置71,928,222和71,966,707之间，以及NCBI
Build 36中位置71,999,458和72,037,943之间的染色体15上的连锁不平衡(LD)结构
单元。LOXL1 LD结构单元在两个序列构造(build)中的尺寸为38,486bp。如NCBI Build
34中的定义，LOXL1LD结构单元的核苷酸序列在本文中以SEQ ID NO：84提供。
[0126] 如本文中所描述的，术语“LOXL1基因”，或“LOXL1”，是指赖氨酰氧化酶样(Lysyl Oxidase-Like)1基因，其与赖氨酰氧化酶基因是同源的。该基因位于染色
体15q24.1上，而跨距为约位置71,934,605-71,960,295|(NCBI Build 34)或位置
72,005,841-72,031,531(NCBI Build 36)。该基因在人类基因组图谱的两个这些构造中跨
距25,690bp的基因组序列。
[0127] 如本文中描述的术语“高度近视”，是指特征为6.0的屈光度(D)或更高的近视。一般而言，屈光度高达3.0的近视称为轻度近视，3.0～6.0D为中度近视，而高度近视的屈
光度是6.0D和超过6.0D。
[0128] 如本文中所描述的，术语“薄角膜”是指特征为中心角膜厚度小于556μm的角膜。
[0129] 通过相关性分析诊断患有XFS和/或青光眼的个体的群体发现，在某些多态性标记物处的某些等位基因与XFS和青光眼有关。对于与青光眼有关的变异的全基因组分析揭
示了青光眼与染色体15(即Chr15q24.1)的独特区(distinct region)之间的相关性。随
后的分析揭示了对XFS和青光眼的相关性。发现特定的标记物与在该区域的XFS和青光眼
的风险增加有关。
[0130] 因此，发现SNP标记物rs2165241与XFS和青光眼有关，如表1中所示。还发现与rs2165241有关的几个标记物与XFS强烈相关，如表2中所示。因此，这些标记物以及
与rs2165241连锁不平衡的其他标记物也能够用作检测rs2165241和XFS/青光眼之间相
关性的替代标记物。因此，如本文中的进一步公开，这些标记物识别在本文中下定为LOXL1
LD结构单元的区域，该结构单元含有与XFS和青光眼有关的多态性变异(例如，SNP和微卫
星)，并因此能够用于本发明的方法和试剂盒中。LOXL1基因的随后测序，包括其所有的外
显子，以及5′和3′侧接区域，揭示了几种新的SNP标记物。其他分析也已经揭示了标记
物rs1048661和rs3825942对在LOXL1基因中的相关性信号的贡献最大，这二者都位于该
基因的外显子1中(参见表7)。这两种标记物分别在位置141(R141L)和153(G135D)处引
起氨基酸的取代。因此，这些标记物以及与它们连锁不平衡的标记物(例如，在表15中所
列的标记物)尤其适合用于确定青光眼或剥脱性综合征风险的升高或降低。因此，本发明
的优选实施方式与rs1048661、rs3825942、以及与其连锁不平衡的标记物，如在表15中提
供的标记物的使用有关。
[0131] 与XFS和青光眼有关的染色体15q24.1上的rs2165241标记物位于LOXL1基因的第一内含子内，而rs1048661和rs3825942标记物位于外显子1内。LOXL1基因是在弹性蛋
白聚合物纤维形成中催化弹性蛋白原的赖氨酸残基氧化脱氨的赖氨酰氧化酶家族的成员。
5种LOX家族成员编码原型LOX蛋白和LOX样蛋白1至4(LOXL1、LOXL2、LOXL3和LOXL4)，
其各自在弹性纤维蛋白形成(elastogenesis)中的作用还不清楚(Kagan，HM & Li，W，J
CellBiochem 88：660-672(2003))。LOXL1-缺乏小鼠不能维持弹性纤维的体内平衡而导致
盆腔疾病(pelvic floor disorder)(Liu X，et al.，Am J Pathol 168：519-528(2006))，
并显示出在许多组织中缺乏弹性纤维(Liu X，et al.，Nat Genet 36：178-182(2004))。公
众可获得的基因表达数据库(Gene Expression Omnibus(GEO)(Barrett T，et al.Nucleic
Acids Res 35：D760-765(2007))已经用于验证像巩膜筛板和小梁网的正常和青光眼的两
种眼组织中的LOXL1表达(Hernandez MR，et al.，Glia 38：45-64(2002))。在使用人类巩
膜筛板细胞作为原发性POAG的模型的模型中，用10ng/mL TGF-β1刺激24h后，就会上调
LOXL1(Kirwan RP，et al.，Glia 52：309-324(2005))。
[0132] 青光眼视神经乳头的特征为通过广泛地重塑胞外基质和坍塌底层结缔组织巩膜筛板而引起杯体形成和塌陷。巩膜筛板是保护视神经乳头中的视网膜节细胞轴突的有孔结
缔组织板。在猴子模型中，在巩膜筛板坍塌后，视网膜节细胞轴突中的轴浆流就会被截留
(Pena JD，et al.，Br J Ophthalmol 83：209-218(1999))。而且，巩膜筛板的会柔量随着
年龄而显著降低(Hernandez MR，et al.，Am JOphthalmol 107：476-484(1989)；Albon J，
et al.，Br J Ophthalmol 84：311-317(2000))。巩膜筛板中弹性蛋白的定量研究显示，在
正常眼和青光眼中的含量、数量或结构上均没有差异(Quigley EN，et al.，Ophthalmology
103：1680-1685(1996))。而且，已经通过标记物的和位点特异性的弹性组织证实了在患有
剥脱性综合征和POAG的患者中出现巩膜筛板弹性组织变性，这间接表明了弹性蛋白合成
的异常调节(Pena JD，et al.，Exp Eye Res 67：517-524(1998))。IOP升高使巩膜筛板的
胞外基质经受导致损坏而需要活性重塑的强大应变。为了修复并替代受损的纤维，需要构
成基质的所有分子以及对于交联弹性蛋白的关键酶的协同重新表达。LOXL1的表达不充分
会使得不足以交联和组织化成为功能性三维纤维。青光眼中的假设疾病过程就是LC细胞
不能修复巩膜筛板中的受损弹性纤维，这就导致了永久性地神经退化。调节LOXL1以抵消
导致青光眼中的弹性组织变性的治疗价值是意义重大的而且这通过LC细胞的调节就能实
现。
[0133] 对于先天性和青年青光眼的许多遗传位点都已有报道(HewittAW，et al.，ClinExperiment Ophthalmol 34：472-484(2006))。然而，在成年青光眼中仅已证实一种疾病基
因具有相当的影响，MYOC(Stone EM，et al.Science 275：668-670(1997))，其编码米屋西
林(myocillin)，显示出2％～4％的POAG突变率，而在青年开角型青光眼(JOAG)中超过
10％。MYOC突变在小梁网中会造成功能障碍，并且基因型-表现型的相关性很强。
[0134] LOXL中的风险变异(at-risk variant)对青光眼的遗传贡献度大大超过了在MYOC或在成年发作青光眼、POAG或XFS中已知的任何已知的遗传变异中所观察的结果。本
文中描述的常见风险变异给出了发展成本有效性的给予群体的筛选程序的机会，以能够早
期治疗介入。因为青光眼在开始时是无症状的，因此识别出具有发展该疾病的倾向个体是
很重要的。与未携带者相比，携带一种或多种本文中描述的LOXL1的风险变异拷贝的个体
发展XFS的风险分别超过了3倍(一种拷贝)和10倍(两种拷贝)。而且，与G-rs1048661
和A-rs3825942单体型的载体相比，在相同染色体上标记物rs1048661处的等位基因和标
记物rs3825942处的等位基因G的载体，即G-rs1048661和G-rs3825942单体型的载体剥
脱性青光眼(XFG)风险升高27倍。基于本文公开的变异载体状况，关于如何监控监视、早
期治疗介入以防止失明，能够作出成本有效的决定。
[0135] 开发青光眼和XFS的改进疗法中利用LOXL1基因的可能性
[0136] 因为青光眼的临床信号很微弱，因此大多数青光眼病例直到视力永久丧失才能被发现。然而，青光眼引起视力丧失能够通过当前可用治疗法来限制或预防。因此，表征并利
用与该疾病风险升高相关的风险因子是势在必行的。本发明提供了能够用于识别那些发展
与青光眼和其他眼疾，包括XFS相关的症状的风险升高的个体的标记物。由此，本发明提供
了用于检测和识别这些发展青光眼风险升高的个体的方法和试剂盒。由此，本发明提供了
一种用于提供识别易于发展疾病的个体的更有效和成本有效性方法的方法。采用眼压测量
来筛选青光眼的人群并不是有效的方法(Weinreb & Khaw，Lancet 363：1711-20(2004))。
最广泛使用的方法是戈德曼张力计法(Goldmann tonometry)，其会低估角膜较薄患者的眼
压，而高估具有角膜较厚患者的眼压。而且，所有患有原发性开角型青光眼的患者中的一半
眼压低于22mmHg(Mitchell et al.，Ophthalmol 103：1661-69(1996))。另外，大多数眼压
升高的个体并未出现而且可以根本不出现视神经损伤。因此，目前的方法需要依靠除了眼
压之外的视神经盘、视网膜神经纤维层和视觉功能来进行评价。
[0137] 因此，遗传风险因子的其他应用可以有助于开发更成本有效的针对的眼疾如青光眼、XFS或白内障的早期检测的可靠的预防程序。这种程序可以为具有发展这种疾病的个
体或患有这种疾病的早期症状的个体提供部分基于遗传试验结果的成功治疗介入的希望。
因此，对于遗传试验呈阳性的个体，可以选择更严格的或更频繁的检测，或者，如果他们表
现出该疾病的早期症状，则可以实施更积极的治疗介入。而且，本发明的变体可以用于筛选
那些最易于受益于虹膜切除术(irridectomy)这种侵入性医疗手术过程的个体。
[0138] 现在已经开发许多对于青光眼和降低眼压的医疗方法。前列腺素类似物和前列腺酰胺，包括拉坦前列素、曲伏前列素、乌诺前列酮和比马前列素通过增加房水外流来降低眼
压，一般为第一系列疗法。一些前列腺素类药活化基质金属蛋白酶，并随后重塑胞外基质
以降低外流阻力，容许房水通过该途径外流。其他类型降低眼压的药物包括α2肾上腺素
能激动剂如溴莫尼定和阿可乐定，碳酸酐酶抑制药如杜塞酰胺、布林唑胺、乙酰唑胺和甲醋
唑胺(methozolamide)，β-阻断剂如倍他洛尔、卡替洛尔、左布诺洛尔、美替洛尔和噻吗洛
尔，以及胆碱能受体激动剂如匹鲁卡品和卡巴胆碱。药剂表I中提供了用于青光眼的药物
的其他信息。降低眼压能够使高眼压患者发展为青光眼的数量平均降低一半，并且还能够
预防现有的青光眼患者病情恶化。然而，早期介入是非常重要的。
[0139]
[0140]
[0141]
[0142] 近来，通过眼内注射的方式进行眼睛药物递送已经上市。成功的治疗应用实例包括Lucentis(雷珠单抗注射液)和Macugen(哌加他尼钠注射液)，这两种都是处方开具的
用于治疗湿润的年龄相关黄斑变性。
[0143] 也可以利用青光眼的激光疗法，对于开角型青光眼的最广泛使用的形式是激光小梁成形术，由此激光直接对准小梁网以降低房水外流阻力。另一种方法是用于更难治病例
的激光二极管睫状体光凝固术，其具有较为短暂的疗效。还开发了包括小梁切除术的手术
方法，其中需要切除小部分的小梁网。
[0144] 尽管本发明通过XFS和青光眼与LOXL1基因中的标记物之间非常强的相关性进行了举例说明，但是应该想到，本发明的标记物对于相关病症，包括白内障也具有诊断和/或
治疗价值，对于白内障而言XFS也是风险因子或与这些疾病相关的风险因子。
[0145] 标记物和单体型的评价
[0146] 当进行个体比较时，群体中的基因组序列并不完全相同。相反，在该基因组的许多位点个体之间基因组都表现出序列变异性。这种序列中的变异通常被称为多态性，而在每
一基因组中都存在许多这样的位点。例如，人类基因组展示出平均每500个碱基对就会发
生序列变异。最常见的序列变异包括基因组中单个碱基位置的碱基变异，而这些序列变异，
或多态现象，通常被称为单核苷酸多态性(“SNPs”)。这些SNP被认为已经出现在单个突
变事件中，并因此在每一SNP位点通常可能存在两种可能的等位基因。由于自然遗传漂变
和也有可能存在的选择压力，原始的变异已经导致由在任何给定的群体中其等位基因的特
定频率表征的多态性。许多其他类型的序列变异在人类基因组中也会发现，包括小卫星和
微卫星多态性，以及插入、删除、和倒位(也称之为拷贝数变异(CNV))。多态性微卫星在特
定位点具有多重小重复碱基(例如CA重复、互补链上的TG重复)，其中重复长度的数目在
一般群以中是不同的。概括地讲，关于多态位点的每一版本的序列代表多态位点的特异性
等位基因。这些序列变异能够被统称为多态性，在特异性多态位点出现是所述序列变异的
特征。概括地讲，多态性能够包含任意数量的特异性等位基因。因此，在本发明的一种实施
方式中，多态性的特征为在任何给定群体中存在两个或多个等位基因。在另一实施方式中，
多态性的特征为存在三个或多个等位基因。在其他实施方式中，多态性的特征为四个或多
个等位基因，五个或多个等位基因，六个或多个等位基因，七个或多个等位基因，九个或多
个等位基因，或十个或多个等位基因。所有这样的多态性能够应用于本发明的方法和试剂
盒中，由此它们都包括在本发明的范围内。
[0147] 由于其丰富性，在人类基因组中SNP占序列变异的大多数。迄今为止，已经证实了超过600万个SNP(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/snp_summary.cgi)。然
而，CNV正在受到越来越多的关注。这些大规模的多态性(典型地为1kb或更大)占影响
组装人类基因组的多态性变异的相当大比例；已知的CNV涵盖了超过15％的人类基因组序
列(Estivill，X Armengol；L.，PloS Genetics 3：1787-99(2007)，http://projects.tcag.
ca/variation/)。然而，这些多态性大多数都是很稀少的，而平均仅影响每一个体基因组序
列的一部分。已知CNV通过干扰基因剂量而影响基因表达、表型变异和适应，并且也已知引
起疾病(微删除和微复制病症)和引起常见疑难杂症，包括HIV-1感染和肾小球肾炎的风
险(Redon，R.，et al.Nature 23：444-454(2006))。因此，先前描述的或未知的CNV有可能
代表与本文中描述的与XFS和青光眼有关的变异连锁不平衡的病原性变异。用于检测CNV
的方法包括对比较基因组杂交(CGH)和基因分型，包括利用如Carter描述的基因分型阵列
(Nature gentics 39：S16-S21(2007))。基因组变异的数据库(http://projects.tcag.ca/
variation/)含有关于所描述的CNV的位置、类型和尺寸的升级信息。该数据库目前含有的
数据超过15,000种CNV。
[0148] 在一些情况下，对多态性位点的不同等位基因给出参考号，而不是选择参照等位基因。可替代地，对照序列有时被称为“野生型”等位基因，并且通常选择其作为第一测序
的等位基因或来自“不受影响的”个体(例如，并未表现出性状或疾病表现型的个体)的等
位基因。
[0149] 本文中被称为SNP标记物的等位基因是指其出现在所采用的SNP分析中多态位点的碱基A、C、G或T。本文中所用的SNP的等位基因编码如下：1＝A，2＝C，3＝G，4＝T。
然而，本领域的技术人员将会意识到，通过分析或阅读反向DNA链，能够测定在每一种情况
下的互补等位基因。因此，对于由A/G多态性表征的多态位点(多态性标记物)，所采用的
分析可以经过设计而特异性地确定存在一个或两个碱基的可能性，即A和G。可替代地，通
过设计用于检测DNA模板上相对链的分析方法，也能够测定互补碱基T和C的存在。定量
化(例如，根据相对风险)的相同结果可以根据每一DNA链(+链或-链)的测量而获得。
[0150] 通常，对照序列是指特定的序列。不同于对照的等位基因有时被称为“变异”等位基因。如本文中所使用的，变异序列是指不同于对照序列但却基本上相似的序列。本文中
描述的多态遗传标记物处的等位基因是变异体。变异体能够包括影响多肽的变化。当与对
照核苷酸序列比较时，序列差异能够包括单个核苷酸的插入或删除，或多于一个核苷酸的
插入或删除，导致框漂移；至少一个核苷酸的变化，导致所编码的氨基酸的变化；至少一个
核苷酸的变化，导致产生提前终止密码子；几个核苷酸的删除，导致由核苷酸编码的一个或
多个氨基酸的删除；一个或几个核苷酸的插入，例如通过不等重组或基因转变，导致读码框
编码序列的中断；所有或部分序列的复制；转座；或核酸序列的重排。这种序列变化能够改
变由该核酸编码的多肽。例如，如果该核酸序列中的变化导致框漂移，则该框漂移会导致编
码的氨基酸发生变化，和/或能够导致产生提前终止密码子，导致产生截短的多肽。可替代
地，与疾病或性状相关的多态性在一个或多个核苷酸中是同义变化(即，并未导致氨基酸
序列中发生变化的变化)。例如，这种变化能够改变剪接位点，影响mRNA的稳定性或运输，
或另外影响编码的多肽的转录或翻译。其还能够改变DNA以增加发生在体细胞水平的结构
变化的可能性，如扩增或删除。由对照核苷酸序列编码的多肽是具有特定对照氨基酸序列
的“对照”多肽，而由变异等位基因编码的多肽被称为具有变异氨基酸序列的“变异”多肽。
[0151] 单体型是指特征为沿着该片段排列的等位基因特异性组合的DNA的片段。对于诸如人类的二倍体型生物，单体型包含对于每一多态性标记物或位点的等位基因对的一个成
员。在某种实施方式中，单体型能够包含两个或多个等位基因，三个或多个等位基因，四个
或多个等位基因，或五个或多个等位基因，每个等位基因沿着该片段对应于特异性多态性
标记物。单体型能够包含在多态性位点具有特定等位基因的各种多态性标记物的组合，例
如，SNP和微卫星。因此，单体型在各种遗传标记物处包含等位基因的组合。
[0152] 检测特异性多态性标记物和/或单体型能够通过本领域内检测多态性位点序列的已知方法来完成。例如，能够使用对于SNP和/或微卫星标记物的存在的基因分型的
标准技术，如基于荧光的技术(Chen，X.et al.，Genome Res.9(5)：492-98(1999))，利用
PCR、LCR、连锁式PCR和其他技术进行核酸扩增。可用于SNP基因分型的具体商业化方法
包括但不限于，TaqMan基因分型分析和SNPlex平台法(Applied Biosystems)、凝胶电
泳法(AppliedBiosystems)、质谱法(例如，Sequenom的MassARRAY系统)、微测序法、实
时PCR、Bio-Plex系统(BioRad)、CEQ和SNPstream系统(Beckman)、阵列杂交技术(例
如，Affymetrix基因芯片；Perlegen)、微珠阵列技术(BeadArray Technologies)(例如，
IlluminaGoldenGate和Infinium方法)。由于其丰富性，SNP占人体基因组中序列变异的大
多数。迄今为止，已经证实了超过600万种SNP(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/
SNP/snp_summary.cgi)。然而，CNV正在受到越来越多的关注。这些大规模的多态性(典型
地1kb或更大)占影响组装人类基因组的多态性变异的相当大比例；已知的CNV涵盖了超
过15％的人类基因组序列(Estivill，XArmengol；L.，PloS Genetics 3：1787-99(2007)，
http://projects.tcag.ca/variation/)。然而，这些多态性大多数都是很稀少的，而平均
仅影响每一个体基因组序列的一部分。已知CNV通过干扰基因剂量而影响基因表达，表
型变异和适应，并且也已知引起疾病(微删除和微复制病症)和引起常见疑难杂症，包括
HIV-1感染和肾小球肾炎的风险(Redon，R.，et al.Nature 23：444-454(2006))。因此，先
前描述的或未知的CNV有可能的代表与本文中描述的与XFS和青光眼有关的变异连锁不平
衡的病原性变异。用于检测CNV的方法包括比较基因组杂交(CGH)和基因分型，包括利用
如Carter描述的基因分型阵列(Nature gentics 39：S16-S21(2007))。基因组变异的数
据库(http://projects.tcag.ca/variation/)包含关于所描述的CNV的位置、类型和尺寸
的升级信息。该数据库目前含有的数据超过15,000种CNV。
[0153] 在一些情况下，对多态性位点的不同等位基因给出参考号，而不是选择参照等位基因。可替代地，对照序列有时被称为“野生型”等位基因，并且通常选择其作为第一测序
的等位基因或来自“不受影响的”个体(例如，并未表现出性状或疾病表现型的个体)的等
位基因。
[0154] 本文中被称为SNP标记物的等位基因是指其出现在所采用的SNP分析中多态位点的碱基A、C、G或T。本文中所用的SNP的等位基因编码如下：1＝A、2＝C、3＝G、4＝T。
然而，本领域的技术人员将会意识到，通过分析或阅读反向DNA链，能够测定在每一种情况
下的互补等位基因。因此，对于由A/G多态性表征的多态位点(多态性标记物)，所采用的
分析可以经过设计而特异性地确定存在一个或两个碱基的可能性，即A和G。可替代地，通
过设计用于检测DNA模板上相对链的分析方法，也能够测定互补碱基T和C的存在。定量
化(例如，根据相对风险)的相同结果根据每一DNA链(+链或-链)的测量而获得。
[0155] 通常，对照序列是指特定的序列。不同于对照的等位基因有时被称为“变异”等位基因。如本文中所使用的，变异序列是指不同于对照序列但却基本上相似的序列。本文中
描述的多态遗传标记物处的等位基因是变异体。变异体能够包括影响多肽的变化。当与对
照核苷酸序列比较时，序列差异能够包括单个核苷酸的插入或删除，或多于一个核苷酸的
插入或删除，导致框漂移；至少一个核苷酸的变化，导致所编码的氨基酸的变化；至少一个
核苷酸的变化，导致产生提前终止密码子；几个核苷酸的删除，导致由核苷酸编码的一个或
多个氨基酸的删除；一个或几个核苷酸的插入，例如通过不等重组或基因转变，导致读码框
编码序列的中断；所有或部分序列的复制；转座；或核酸序列的重排。这种序列变化能够改
变由该核酸编码的多肽。例如，如果在该核酸序列中的变化导致框漂移，则框漂移会导致编
码的氨基酸发生变化、和/或能够导致产生提前终止密码子，导致产生截短的多肽。可替代
地，与疾病或性状相关的多态性在一个或多个核苷酸中是同义变化(即，并未导致氨基酸
序列中发生变化的变化)。例如，这种变化能够改变剪接位点，影响mRNA的稳定性或运输，
或另外影响编码的多肽的转录或翻译。其还能够改变DNA以增加发生在体细胞水平的结构
变化的可能性，如扩增或删除。由对照核苷酸序列编码的多肽是具有特定对照氨基酸序列
的“对照”多肽，而由变异等位基因编码的多肽被称为具有变异氨基酸序列的“变异”多肽。
[0156] 单体型是指特征为沿着该片段排列的等位基因特异性组合的DNA的片段。对于诸如人类的二倍体型生物，单体型包含对于每一多态性标记物或位点的等位基因对的一个成
员。在某种实施方式中，单体型能够包含两个或多个等位基因，三个或多个等位基因，四个
或多个等位基因，或五个或多个等位基因，每个等位基因沿着该片段对应于特异性多态性
标记物。单体型能够包含在多态性位点具有特定等位基因的各种多态性标记物的组合，例
如，SNP和微卫星。因此，单体型在各种遗传标记物处包含等位基因的组合。
[0157] 检测特异性多态性标记物和/或单体型能够通过本领域内检测多态性位点序列的已知方法来完成。例如，能够使用对于SNP和/或微卫星标记物的存在的基因分型的
标准技术，如基于荧光的技术(Chen，X.et al.，Genome Res.9(5)：492-98(1999))，利用
PCR、LCR、连锁式PCR和其他技术进行核酸扩增。可用于SNP基因分型的具体商业化方法
包括但不限于，TaqMan基因分型分析和SNPlex平台法(Applied Biosystems)、凝胶电
泳法(AppliedBiosystems)、质谱法(例如，Sequenom的MassARRAY系统)、微测序法、实
时PCR、Bio-Plex系统(BioRad)、CEQ和SNPstream系统(Beckman)、阵列杂交技术(例
如，Affymetrix GeneChip；Perlegen)、微珠阵列技术(BeadArray Technologies)(例如，
IlluminaGoldenGate和Infinium分析)、阵列标记物技术(例如，Parallele)和核酸内切
酶基荧光杂交技术(Invader；Third Wave)。一些可用的阵列平台，包括Affymetrix SNP
Array 6.0和Illumina CNV370-Duo和1M BeadChips，包括标记物某些CNV的SNP。这容许
经由包含在这些平台中的替代SNP来检测CNV。因此，通过采用这些或其他本领域技术人员
可用的方法能够识别在多态性标记物处的一个或多个等位基因，包括微卫星、SNP或其他类
型的多态性标记物。
[0158] 在本文中描述的某些方法中，对于所研究的任何特定的疾病或性状易感性升高(即，风险升高)的个体，就是其中被识别出在一种或多种多态性标记物或单体型处的至
少一种特异性等位基因使得对该疾病或性状易感性升高(即，风险标记物等位基因或单体
型)的个体。一方面，风险标记物或单体型是使得该疾病或性状风险(或易感性)显著性
升高的标记物或单体型。在一种实施方式中，通过相对风险(RR)来测定与标记物或单体型
相关的显著性。在另一实施方式中，通过优势度(OR)来测定与标记物或单体型相关的显著
性。在另外一种实施方式中，通过百分数来测定显著性。在一种实施方式中，风险显著升高
被测定为风险(相对风险度和/或优势度)为至少1.2，包括但不限于，至少1.2，至少1.3，
至少1.4，至少1.5，至少1.6，至少1.7，1.8，至少1.9，至少2.0，至少2.5，至少3.0，至少
4.0，和至少5.0。在一种特定的实施方式中，风险(相对风险度和/或优势度)为至少1.2
是显著的。在另一种特定实施方式中，风险为至少1.3是显著的。在其他的实施方式中，风
险为至少1.4是显著的。在另一种实施方式中，风险为至少1.5是显著的。在另一种实施方
式中，风险显著升高为至少约1.7是显著的。然而，也可以想到断点(cutoff)为例如，至少
1.15、1.25、1.35等，并且这些断点都属于本发明的范围内。在其他实施方式中，风险显著
升高为至少约20％，包括但不限于约25％，30％，35％，40％，45％，50％，55％，60％，65％，
70％，75％，80％，85％，90％，95％，100％，150％，200％，300％，和500％。在一种具体实施方式中，风险显著升高为至少20％。在其他实施方式中，风险显著升高为至少30％，至少
40％，至少50％，至少60％，至少70％，至少80％，至少90％和至少100％。然而，也能够想
到本领域的技术人员合适地认为用于表征本发明的其他断点或范围，并且它们也都属于本
发明的范围。
[0159] 本发明的风险多态性标记物或单体型是其中至少一种标记物或单体型的至少一种等位基因相比于其存在于对照组(对照)更频繁地存在于对该疾病或性状(染病的)具
有风险，或诊断患有该疾病或性状的个体中的标记物或单体型，以至于该标记物或单体型
的存在是该疾病或性状易感性的指征。在一种实施方式中，对照组可以是群体样品，即来自
一般群体的随机样品。在另一实施方式中，对照组由无病个体组代表。在一种实施方式中，
这种无病对照的特征可以是不存在一种或多种特异性疾病相关症状(例如，与XFS和/或
青光眼相关的症状)。在另一实施方式中，无病对照组的特征为不存在一种或多种疾病特
异性风险因子。在一种实施方式中，这种风险因子是至少一种环境风险因子。代表性的环
境风险因子是已知会影响或设想会影响发展特异性疾病或性状的风险的天然产物、矿物或
其他化学品。其他环境风险因子是与生活方式相关的风险因子，包括但不限于饮食习惯、主
要居住的地理位置、和职业风险因子。在另一实施方式中，风险因子是至少一种遗传风险因
子。
[0160] 作为对于相关性的简单检验的一个实例，将是关于2×2表的Fisher-精确检验。给定一股染色体，在包括两个标记物或单体型、标记物或单体型之一的染色体数目之外构
建2×2列表，但不是其他的标记物或单体型也不是标记物或单体型都不存在。
[0161] 在本发明其他实施方式中，对于疾病或性状易感性降低(即风险降低)的个体是其中在使得对该疾病或性状易感性降低的一个或多个多态性标记物或单体型识别出至少
一种特异性等位基因的个体。风险降低的标记物等位基因和/或单体型也被称为是保护性
的。一方面，保护性标记物或单体型是显著降低该疾病或性状风险(或易感性)的标记物
或单体型。在一种实施方式中，风险显著降低按照相对风险小于0.9来测定，包括但不限于
小于0.9，小于0.8，小于0.7，小于0.6，小于0.5，小于0.4，小于0.3，小于0.2和小于0.1。
在一个具体实施方式中，显著降低的风险小于0.7。在另一实施方式中，显著降低的风险小
于0.5。在另外一实施方式中，显著降低的风险小于0.3。在另一种实施方式中，风险(或易
感性)降低至少20％，包括但不限于至少25％，至少30％，至少35％，至少40％，至少45％，
至少50％，至少55％，至少60％，至少65％，至少70％，至少75％，至少80％，至少85％，至
少90％，至少95％和至少98％。在一种具体实施方式中，风险显著降低为至少约30％。在
另一实施方式中，风险显著降低为至少约50％。在另一实施方式中，风险显著降低为至少约
70％。然而，能够想到通过本领域的技术人员合适地认为表征本发明的其他断点或范围，并
且它们也都属于本发明的范围。
[0162] 本领域的技术人员将会理解，对于在所研究群体中的存在具有两种等位基因的标记物，并且其中一种等位基因在群体中具有该性状或疾病的个体组中，发现相比于对照的
频率升高，该标记物的另一种等位基因在具有该性状或疾病的个体组中，发现相比于对照
的频率降低。在这种情况下，该标记物的一种等位基因(在具有该性状或疾病的个体组中
发现的频率升高的那种等位基因)就是风险等位基因，而另一种等位基因就是保护性等位
基因。
[0163] 能够单独使用与疾病或性状(例如，XFS和/或青光眼，如XFG)相关的遗传变异来针对给定的表型预测该疾病的风险。对于双等位基因标记物，如SNP，存在3种可能的表
型：风险变异的纯合子、杂合子、以及风险变异的非载体。与多位点处变异相关的风险能够
n p
用于估计总风险。对于多重SNP变异，存在k种可能的表型k＝3×2 ；其中n是常染色体
的位点数而p是性染色体(性别染色体)的位点数。总风险评估计算通常假设不同遗传变
异乘积的相对风险，即与具体基因型组合相关的总风险(例如，RR或OR)就是对于每一位
点的基因型的风险值的乘积。与性别和种族匹配的对照群体相比，如果目标风险是对于个
人的相对风险，或对于个人的特异性基因型，则组合风险-位点特异性风险值的乘积-也对
应于相对于该群体的总风险评估。如果个体风险是基于与不携带风险等位基因的个体的比
较，则组合风险对应于将该具有在所有位点的基因型给定组合的个人与在这些任何位点都
不携带风险变异的个体组相比较的评估值。不携带任何风险变异的个体的组具有最低的风
险评估值，且其相比于自身(即，非携带者)的综合风险值为1.0，但是相比于该群体，总风
险值小于1.0。应该注意到，非携带者的组可能是非常小的，尤其是对于大量的位点，而且在
那种情况下，其相关性相应地较小。
[0164] 乘法模型是简约模型(parsimonious model)，通常相当好地适合于复杂性状的数据。文中已经很少描述对于常见病的常见变异的偏差的多因素分析(multiplicity)，而且
即使有报道，通常也仅仅是提示性的，这是因为这通常需要非常大的样本规模才能证明位
点之间的统计相关性。
[0165] 以此为例，我们来考虑已经描述与前列腺癌有关的总共8种变异(Gudmundsson，J.，et al.，Nat Genet 39：631-7(2007)，Gudmundsson，J.，et al.，Nat Genet 39：
977-83(2007)；Yeager，M.，et al，Nat Genet 39：645-49(2007)，Amundadottir，L，el al.，
Nat Genet 38：652-8(2006)；Haiman，C.A.，et al.，Nat Genet 39：638-44(2007))。这些
7 1
位点中的7个在常染色体上，而其余位点在染色体X上。则理论基因型组合的总数为3×2
＝4374。这些表型类别中的一些非常稀少，但仍然是可能的，而且应该被考虑到总风险评估
中。将应用于多重遗传变异情况中的乘法模型与假设遗传变异与“环境”因素的相关性并
不清楚的非遗传风险变异相结合可能是有效的。换句话说，假设非遗传和遗传风险因子并
不发生相互作用，则能够在乘法模型下评价遗传和非遗传风险变异以评估组合风险。
[0166] 利用相同的定量方法，也可以评价与XFS和青光眼相关的多重变异相关的变异组合或总体风险。
[0167] 连锁不平衡
[0168] 重组的自然现象，这在每个减数分裂期间对于每对染色体平均发生一次，其代表一种自然提供序列中的变异(和由此产生的生物功能)的方式。已经发现，重组在基因组中
并非随机发生；相反，重组率的频率存在巨大差异，产生高重组频率的小区域(也被称为重
组热点)和低重组频率的大区域，它们一般被称为连锁不平衡(LD)结构单元(Myers，S.et
al.，Biochem Soc Trans 34：526-530(2006)；Jeffreys，A.J.，et al.，Nature Genet 29：
217-222(2001)；May，C.A.，et al.，Nature Genet 31：272-275(2002))。
[0169] 连锁不平衡(LD)是指两种遗传因素的非随机分配。例如，如果特定的遗传因子(例如，多肽性标记物的等位基因，或单体型)出现在群体中的频率为0.50(50％)，且另一
因素出现的频率为0.50(50％)，则这个人具有这两种因子的预测发生率就是0.25(25％)，
假设这些因子呈随机分布。然而，如果发现这两种因素一起出现的频率高于0.25，就认为这
两种因子属于连锁不平衡，因为它们倾向于以比其预测的独立出现频率(例如，等位基因
或单体型频率)更高的比率一起遗传。粗略地讲，LD一般与两种因素之间的重组事件的频
率相关。等位基因或单体型频率能够在群体中通过对群体中的个体进行基因分型并确定群
体中每一等位基因或单体型出现的频率来确定。对于二倍体型的群体，例如人类群体，个体
对于每一遗传因子(例如，标记物、单体型或基因)将典型地具有两个等位基因。
[0170] 已经提出了许多不同的测定方法以用于评价连锁不平衡的强度(LD；Devlin的综述，B.& Risch，N.，Genomics 29：311-22(1995))。多数是获得双等位基因位点之间相
2 2
关性的强度。LD的两个重要的成对关系测量是r(有时表示为Δ)和|D’|(Lewontin，
R.，Genetics49：49-67(1964)；Hill，W.G.& Robertson，A.Theor.Appl.Genet.22：
226-231(1968))。二者的测量范围从0(没有不平衡)～1(‘完全’不平衡)，但是它们的
解释稍有不同。|D’|以以下这种方式来定义，即，如果正好存在两种或三种可能的单体型，
则其等于1，而如果所有四种可能的单体型都存在，则其＜1。因此，|D’|值小于1就表明
已经在两个位点发生历史重组(频发突变也能够导致|D’|＜1)，但是对于单核苷酸多态
2
性(SNP)，这就通常认为不太可能发生重组)。r 测量值表示两个位点之间的统计相关性，
而如果仅存在两种单体型则其取值为1。
[0171] r2测量值可论证地是相关映射中最相关的测量，因为r2和需要检测易感性位点和SNP之间相关性的样本大小之间存在简单的反比关系。这些测量值是对于成对位点来定义
的，但是对于一些应用而言，测量横跨含有许多多态位点的整个区域LD的强烈程度或许也
是需要的(例如，测量位点或整个群体中LD强度是否明显不同，或在某个区域中LD是否存
在比在特定模型下预测的多或少的情况)。测量该区域的LD并不是直接的，而是一种在群
体遗传学中开发出的用于测量r值的方法。粗略地讲，r度量了在特定的群体模型下需要
多少重组才能产生数据上所见的LD。这种类型的方法也能够潜在地提供统计学上的严密
方法，以确定LD数据是否为重组热点的存在提供证据的问题。对于本文中描述的方法，显
2
著的r 值能够是至少0.1，例如至少0.1、0.15、0.2、0.25、0.3、0.35、0.4、0.45、0.5、0.55、
0.6、0.65、0.7、0.75、0.8、0.85、0.9、0.91、0.92、0.93、0.94、0.95、0.96、0.97、0.98、0.99或
2
1.0。在一种优选实施方式中，显著的r 值可以是至少0.2。可替代地，本文中描述的连锁
不平衡是指特征为|D’|值至少0.2，如0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.85、0.9、0.95、0.96、
0.97、0.98、0.99的连锁不平衡。因此，连锁不平衡表示不同标记物的等位基因之间的相关
2
性。其是通过相关系数或|D’|(r 高达1.0且|D’|高达1.0)来测量的。连锁不平衡能
够在单一人群中测定，如本文中所定义的，或能够在含有来自多于一个人群的个体的样本
集合中进行测量。在本发明的一种实施方式中，LD是在来自一个或多个HapMap人群的样
品中确定的。这些样品包括来自伊巴丹约鲁巴人(Yoruba people of Ibadan)、尼日利亚人
(Nigeria(YRI))的样品，来自日本东京地区的个体样品(JPT)，来自中国北京的个体样品
(CHB)，以及来自北欧和西欧血统的美国居民(CFU)的样品，正如文献(The International
HapMapConsortium，Nature 426：789-796(2003)；也参见http://www.hapmap.org)中的描
述。在一种这种实施方式中，在HapMap样品的白种人CEU人群中测量LD。在另一种实施方
式中，在非洲人YRI人群中测量LD。在另外一种实施方式中，在来自冰岛的人群样品中测量
LD。
[0172] 如果基因组中的所有多态性在群体水平上都是独立的(即，多态性之间没有LD)，那么就需要在相关性研究中研究其中它们之中的每一种单个多态性，从而评价所有不同的
多态性状态。然而，由于多态性之间存在连锁不平衡，紧密相连的多态性是强烈相关的，这
就减少了在相关性研究中需要研究的多态性数目，以观察到显著的相关性。LD的另一结果
是许多多态性可以由于这些多态性强烈相关这一事实而给出相关性的信号。
[0173] 已经产生了整个基因组的基因组LD映射表，并且已经提出利用这种LD映射表作为疾病-基因映射的框架(Risch，N.&Merkiangas，K，Science 273：1516-1517(1996)；
Maniatis，N.，et al.，Proc Natl Acad Sci USA 99：2228-2233(2002)；Reich，DE et al，
Nature411：199-204(2001))。
[0174] 现在已经确定了许多部分的人类基因组能够被分割成含有几种常见单体型的离散单体型结构单元的多个系列；对于这些结构单元，连锁不平衡数据几乎没有提供指示
重组的证据(参见，例如，Wall.，J.D.和Pritchard，J.K.，Nature Reviews gentics 4：
587-597(2003)；Daly，M.et al.，Nature Genet.29：229-232(2001)；Gabriel，S.B.et
al.，Science 296：2225-2229(2002)；Patil，N.et al.，Science294：1719-1723(2001)；
Dawson，E.et al.，Nature 418：544-548(2002)；Phillips，M.S.et al.，Nature Genet.33：
382-387(2003))。
[0175] 对于定义这些单体型结构单元存在两种主要方法：结构单元能够被定义为具有有限单体型差异的DNA的区域(参见，例如，Daly，M.et al.，Nature Genet.29：
229-232(2001)；Patil，N.et al.，Science294：1719-1723(2001)；Dawson，E.et
al.，Nature 418：544-548(2002)；Zhang，K.et al.，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 99：
7335-7339(2002))，或被定义为利用用连锁不平衡识别的具有广泛历史重组的转换区之
间的区域(参见例如，Gabriel，S.B.et al.，Science 296：2225-2229(2002)；Phillips，
M.S.et al.，Nature Genet.33：382-387(2003)；Wang，N.et al.，Am.J.Hum.Genet.71：
1227-1234(2002)；Stumpf，M.P.，和 Goldstein，D.B.，Curr.Biol.13：1-8(2003))。 最
近，已经建立了整个人类基因组的重组率和相应热点的精细规模映射表(Myers，S.，
et al.，Science 310：321-32324(2005)；Myers，S.et al.，Biochem Soc Trans 34：
526530(2006))。该映射表揭示了整个基因组中重组的大量变异，在热点中的重组率高达
10-60cM/Mb，而在干涉区域(intervening region)中则几乎为0，由此这表示有限的单体
型差异和高LD的区域。因此，该映射表能够用于将单体型结构单元/LD结构单元定义为通
过重组热点侧接的区域。如本文中所使用的，术语“单体型结构单元”或“LD结构单元”包
括由以上描述的任何特性，或本领域内技术人员用于定义这种区域的其他可替代方法限定
的结构单元。
[0176] 单体型结构单元(LD结构单元)能够用于利用单个标记物或含有许多标记物的单体型来映射表型与单体型状态之间的映射相关性。主要的单体型能够在每一单体型结构单
元中识别，然后就能识别“标记物的”SNP或标记物的组(需要在单体型中区分的SNP或标
记物的最小组)。然后这些标记物的SNP或标记物就能用于评价来自个体组的样品，以用于
识别表型和单体型之间的相关性。如果需要的话，只要这些单体型结构单元之中也存在连
锁不平衡，就可以同时评价邻近的单体型结构单元。
[0177] 因此，对于基因组中任何给定的所观察的多态性标记物的相关性逐渐明朗，基因组的其他标记物也可能显示出相关性。这是整个基因组中LD不均匀分布的自然结果，正如
通过重组率中的大量变异所观察到的。用于检测相关性的标记物在某种意义上表示基因组
区域的与给定疾病或性状相关的“标记物”(即，单体型结构单元或LD结构单元)，并同样
适用于本发明的方法和试剂盒中。一个或多个原因性的(功能性的)变异或突变可以位
于发现与这种疾病或性状相关的区域。这种功能性变异可以是另一种SNP、串联重复多态
性(如小卫星或微卫星)、转座因子，或拷贝数变异，如倒位、删除或插入。与常用于检测与
疾病或性状的相关性的其他变异(例如，本文中描述的与XFS和青光眼相关的变异)LD的
这种变异，可以比对于用于检测这种相关性的标记物的标记物所观察到的赋予更高的相对
风险度(RR)或优势率(OR)。由此，本发明涉及用于检测与如本文中所描述疾病的相关性
的标记物，以及与该标记物连锁不平衡的标记物。因此，如本文中所描述的，在本发明的某
些实施方式中，具有本发明的标记物和/或单体型LD的标记物可以用作替代标记物。如本
文中所描述的，在一种实施方式中，替代标记物的相对风险度(RR)和/或优势度(OR)值比
开始时发现与该疾病相关的标记物或单体型更小。如本文中的描述，在其他实施方式中，替
代标记物具有的RR或OR值要高于开始时发现的与该疾病相关的标记物或单体型初始测定
的值。这种实施方式的一个实例是在具有开始时发现的与该疾病相关的更常见的变异(＞
10％等位基因群体频率)的LD中具有稀少，或相当稀少的(＜10％等位基因群体频率)变
异，例如本文中所描述的变异。如本文中描述的，识别和使用本发明人发现的这种检测相关
性的标记物能够通过本领域技术人员熟知的常规方法来实施，并且因此也属于本发明的范
围。
[0178] 单体型频率的检测
[0179] 患者和对照组中单体型的频率能够采用期望最大化算法(Dempster A.et al.，J.R.Stat.Soc.B，39：1-38(1977))进行估算。执行这种可以使用的算法能够处理缺失的基
因型和与相位的不确定性。在零假设下，假定患者和对照具有相同的频率。采用似然方法
测试可替代的假设，其中能够包括本文中描述的标记物的候选风险单体型容许在患者中比
在对照中具有更高的频率，同时假设其他单体型的频率比率在两个组中相同。在两种假设
下分别使似然性最大化，并且对应的1-df似然比率统计用于评价统计学显著性。
[0180] 为了在易感性区域，例如在LD结构单元中寻找风险标记物和保护性标记物以及单体型，研究了该区域内基因分型的标记物的所有可能组合的相关性。将混合的患者和对
照组随机分成两组，大小等于初始的患者族和对照组。然后重复标记和单体型分析，以测量
最显著的登记(registered)p-值。这种随机化方案能够例如重复超过100次以创建p-值
的经验分布。在一种优选的实施方式中，p-值＜0.05表示显著性的标记物和/或单体型
相关性。
[0181] 单体型分析
[0182] 一种单体型分析的一般方法涉及采用应用于NEsted Models的基于似然的推论(Gretarsdottir S.，et al.，Nat.Genet.35：131-38(2003))。该方法在程序NEMO中执行，
其能够用于许多多态性标记物、SNP和微卫星。该方法和软件专门设计用于识别具有不同
风险的单体型组的病例-对照研究。其也是用于研究LD结构的工具。在NEMO中，最大似
然估算、似然比和p-值在EM算法辅助下对于处理其作为缺失数据问题的所观察数据直接
进行计算。
[0183] 即使能够依赖于基于似然而直接对于所观察的数据进行计算的似然比检验而给出正确的p-值，其中所述数据是由于相中的不确定性和缺失基因型所产生缺失信息而
获得的，人们仍然对由于信息不完全而丢失了多少信息感兴趣。对于单体型分析的信息
测定描述于文献Nicolae和Kong(Technical Report 537，Department ofStatistics，
University of Statistics，University of Chicago；Biometrics，60(2)：368-75(2004))
中，并作为对于连锁分析而定义的信息测量值结果的自然延伸，并在NEMO中执行。
[0184] 对于疾病的单标记物相关性，Fisher精确检验能够用于计算每一个体等位基因的双侧p-值。通常，除非明确指出，所有p-值都未对多重比较进行调整。所述的频率(对于微
卫星、SNP和单体型)是相对于携带者频率的等位基因频率。为了使由于作为本研究的家族
而招募的患者的相关性带来的任何偏差最小化，将第一种程度和第二种程度的相关性从患
者列表中排除。此外，可以通过延伸先前描述的方差调整程序(Risch，N.& Teng，J.(Genome
Res.，8：1273-1288(1998))，对于患者中任何剩余的相关性进行相关性校正而重复该检验，
由于亲缘关系使得其能够应用于一般家族性关系，并且存在用于比较的调整的和未调整的
p-值。基因组对照的方法(Devlin，B.& Roeder，K.Biometrics 55：997(1999))也能够用
于调节所述个体和可能的层次的相关性。正如所期望的，差异一般非常小。为了评价对于多
重检验校正的单标记物相关性的显著性，我们能够采用相同基因型数据进行随机检验。可
以对患者和对照随机分组并重复进行多次相关性分析(例如多达500,000次)，而该p-值
是对于小于或等于我们采用初始患者和对照分组观察到的p-值的一些标记物等位基因产
生p-值的复制的分数(fraction)。
[0185] 对于单标记物和单体型分析这二者而言，相对风险(RR)和人群归因风险度(PAR)能够假设一种乘法模型来进行计算(单体型相对风险模型)(Terwilliger，J.D.& Ott，J.，
Hum.Hered.42：337-46(1992)和Falk，C.T.& Rubinstein，P，Ann.Hum.Genet.51(Pt 3)：
227-33(1987))，即，一个人多重携带的两种等位基因/单体型的风险。例如，如果RR是A
2
相对于a的风险值，则一个人纯合子AA的风险值将是杂合子Aa的风险值乘以RR和RR 乘
以纯合子aa的风险值。乘法模型具有的较好性质是简化了分析和计算-单体型在患病人
群中以及在对照人群中是独立的，即，处于Hardy-Weinberg平衡。因此，患病个体和对照的
单体型数中的每一个都具有多项分布，但是在可替代的假设下具有不同的单体型频率。尤
其是，对于两单体型hi和hj，风险(hi)/风险(hj)＝(fi/pi)/(fj/pj)，其中f和p分别表示
患病人群和对照人群中的频率。既然即使真实模型并非乘法性的而存在一些功效损失，但
是该损失除了极端情况以外都倾向于较轻。最重要的是，p-值因为其相对于零假设进行计
算而总是有效的。
[0186] 在一种相关性研究中检测的相关性信号可以在第二同龄组，理想地来自相同或不同种族的不同人群(例如，同一国家不同地区，或不同国家)中重复。重复研究的优点在于
在重复研究中实施的检验数，以及由此使用的统计方法严格度放宽。例如，对于特定疾病或
性状易感性变异的全基因组搜索采用300,000个SNP就能够对于所实施的300,000次检验
(每一SNP一次)实施校正。既然在通常使用的阵列上许多SNP都被关联(即，发生LD)，
则它们就不是独立的。因此，校正是保守的。而且，应用这种校正因子要求对于被认为在
来自单个研究分组的结果之上实施这种保守检验是显著性的信号，所观察到的p-值小于
-7
0.05/300,000＝1.7×10 。显而易见得是，在全基因组相关性研究中发现p-值小于该保
守性阈值的信号是真实遗传效应的测定，而在其他分组中重复并不是统计学意义上所必需
的。然而，由于校正因子取决于所实施的统计检验数，因此如果来自初始研究的一个信号在
第二病例-对照分组中发生重复，则显著性的合理统计检验就属于单统计检验，即p-值小
于0.05。在一个或甚至几个其他病例-对照分组中的重复研究具有提供其他人群中的相关
性信号评价的另外优点，因此同时验证了初始搜寻结果并提供了在一般人群中检测的遗传
变异的总显著性评价。
[0187] 也可以将几个病例-对照分组的结果进行组合以提供该基本效应的总体评价。通常用于组合来自多个遗传相关性研究的结果的方法是Mantel-Haenszel模型(Mantel和
Haenszel，J Natl Cancer Inst22：719-48(1959))。该模型被设计为处理来自不同人群的
相关性结果进行组合的情况，每一个可能具有遗传变异的不同人群频率。该模型将这些结
果组合，假设了在疾病风险上的变异效应，通过OR或RR测定的，在所有群体中是相同的，而
变异的频率可以在这些群体中是不同的。从几个群体中组合这些结果所具有的其他优点在
于，检测实际的基本相关性信号的总体效果是增加的，这是由于通过混合的分组提供的统
计功效增加所致。此外，在个体研究中的任何缺陷，例如由于病例和对照或群体层次的不等
匹配所导致的缺陷在组合多个分组的结果时将倾向于抵消，从而再一次提供了真实基本遗
传效应的更好评估。
[0188] 风险评价和诊断
[0189] 在任何给定的群体中，存在发展疾病或性状的绝对风险被定义为个人在指定的时期内发展该特定疾病和性状的可能性。例如，女性的一生中患上乳癌的绝对风险是1/9。
也就是说，在每9位女性中就有一位女性在其一生中的某个时候会患上乳癌。风险典型地
通过调查非常大量的人群中进行测量，而不是在特定的个体中进行。风险经常由绝对风险
(AR)和相对风险(RR)表示。相对风险用于比较两种变异关联的风险或两个不同分组群体
的风险。例如，其能够用于比较具有某种基因型的人群组与另一具有不同基因型的组。对
于疾病而言，相对风险为2是指一组发展该疾病的可能性是另一组的两倍。所表示的风险
通常是对于人，或特定基因型的人，匹配性别和种族的人群相比所具有的相对风险。相同性
别和种族的两个个体的风险能够以简单的方式进行比较。例如，如果与该群体相比，第一个
体的相对风险为1.5，而第二个体的相对风险为0.5，则第一个体相对于第二个体的风险为
1.5/0.5＝3。
[0190] 如本文中的描述，发现某些多态性标记物和含有这种标记物的单体型适用于XFS和/或青光眼的风险评价。风险评价能够涉及使用这种标记物检测XFS和/或青光眼的
易感性。发现多态性标记物特定等位基因与诊断未患XFS和/或青光眼的个体相比，更频
繁地出现在XFS和青光眼的个体中，尤其是剥脱性青光眼(XFG)。因此，这些标记物等位基
因对于在个体中检测XFS和/或青光眼，或XFS和/或青光眼易感性具有预测价值。含有
风险标记物，如本发明的标记物的单体型结构单元或LD结构单元(例如，LOXL1 LD结构单
元)中标记的标记物，能够用作单体型结构单元或LD结构单元中其他标记物和/或单体型
2
的替代标记物。r ＝1的标记物是风险变异的极佳替代标记物，即一种标记的基因型极佳
2
地预测另一标记物的基因型。r 值小于1的标记物也能够用作风险变异的替代标记物，或
可替代地表示具有与相对风险值与风险变异的一样高或可能甚至更高的变异。所识别的风
险变异本身不可以是功能性变异，但是在这种情况下可以与真正的功能性变异产生连锁不
平衡。本发明涵盖了本文中公开的标记物的这种替代标记物的评价。在公共数据库中注解
的、映射的和所列的这种标记物，对于技术人员而言是众所周知的，或能够可替代地易于通
过该区域或通过本发明的标记物在个体组中识别的该区域一部分的测序而识别，并在所得
的序列组中识别多态性。因此，本领域的技术人员无需过度实验就能对本文中描述的标记
物和/或单体型连锁不平衡的替代标记物进行基因分型。在与所检测的风险变异LD的标
记物的或替代的标记物，也具有在个体中检测XFS和/或青光眼相关性，或XFS和/或青光
眼易感性的预测价值。这些具有本发明标记物的LD的标记(tagging)的或替代的标记物，
也能够包括区别于单体型的其他标记物，如那些类似地对于检测XFS和/或青光眼具有预
测价值的标记物。
[0191] 在某些实施方式中，本发明能够通过评价含有来自个体的基因组DNA的样品是否存在本文中描述的与XFS和青光眼相关的变异来实施。这种评价包括采用技术人员熟知的
本文中进一步描述的方法来检测存在或不存在至少一种多态性标记物的至少一种等位基
因的步骤，并基于这种评价的输出来确定样品来源的个体发展XFS和/或青光眼尤其是XFG
的风险升高或降低。可替代地，本发明能够利用含有有关本文中描述的与XFS和青光眼相
关的至少一种多态性标记物的基因型状态(或与本文中所证明的与这些疾病相关的标记
物连锁不平衡的标记物)的信息的数据组来实施。换句话说，含有关于这种基因型状态信
息的数据组，例如以在某多态性标记物处的基因型计数的形式，或多个标记物(例如，某个
风险等位基因存在或不存在的指征)，或对于一个或多个标记物的实际基因型，能够对于存
在或不存在本发明人已经证明与XFS和青光眼(例如，XFG)风险相关的某多态性标记物处
的某个风险等位基因进行查询。如本文中所示，对于与XFG和/或青光眼相关的变异(例
如，标记物等位基因)的阳性结果是数据组来源的个体发展XFG和/或青光眼，尤其是剥脱
性青光眼易感性升高(风险增加)的指征。
[0192] 在本发明的某些实施方式中，多态性标记物通过将该多态性标记物的基因型数据参照于含有该多态性的至少一种等位基因与XFS和/或青光眼之间相关性的查询表而与
XFS和/或青光眼相关联。在一些实施方式中，该表包含一种多态性的相关性。在其他实
施方式中，该表含有多个多态性的相关性。在这两种情形下，通过参照于给出标记物和XFS
和/或青光眼之间相关性指示的查询表，就能在样品来源的个体中识别出XFS和/或青光
眼的风险，或XFS和/或青光眼的易感性。在一些实施方式中，相关性被报道为一个统计测
量结果。统计测量值可以被报道为风险测量值，如相对风险度(RR)、绝对风险度(AR)或优
势度(OR)。
[0193] 本发明的标记物，例如在表4和表6a中所示出的标记物，可以适用于单独地或组合地对XFS和青光眼进行风险评估和诊断目的。因此，即使在个体标记物风险相对适度增
加的情况下，即10％～30％的级别，也会显著影响相关性。因此，相对常见的变异可以对总
风险具有显著的贡献(人群归因风险度(PopulationAttributable Risk)较高)，或标记物
的组合能够使用于基于标记物的综合风险定义发展该疾病的显著性综合风险的个体组。
[0194] 因此，在本发明的一种实施方式中，利用了许多变异(标记物和/或单体型)来评价总体风险。在一种实施方式中，这些变异是选自本文中公开的变异。其他实施方式包含
了本发明的变异结合其他适用于诊断XFS和/或青光眼的已知变异的用途。在这种实施方
式中，在个体中检测许多标记物和/或单体型的基因型状态，并将个体的状态与相关的变
异的人群频率、或在临床健康受治疗者，如年龄匹配和性别匹配的受治疗者中变异的频率
相比较。在本领域中已知的方法，如多变量分析或联合风险分析(joint risk analyses)，
可以随后用于测定基于多位点的基因型状态所赋予的总体风险。如本文中所述，基于这种
分析的风险评价随后可以用于本发明的方法和试剂盒。
[0195] 如上文所述，人类基因组的单体型结构单元结构具有的这种效应，即具有与初始疾病或性状相关的变异的连锁不平衡中的大量变异(标记物和/或单体型)，可以用作评价
该疾病或性状的替代标记物。这种替代标记物的数目取决于这些因素，如在该区域的历史
重组率、在该区域的突变频率(即，在该区域中的多态位点或标记物)、以及该区域的LD程
度(LD结构单元的大小)。这些标记物通常位于采用本文中描述的方法，或本领域内技术人
员已知的其他方法限定的所述LD结构单元或单体型结构单元的物理边界内。然而，有时发
现标记物和单体型相关性超出了所限定的单体型结构单元的物理边界。在这些情况下，这
种标记物和/或单体型可以也用作物理地存在于所限定的单体型结构单元中的标记物和/
或单体型的替代标记物和/或单体型。因此，在与本发明的标记物和单体型LD(典型地由
2 2 2 2
r 大于0.1，如r 大于0.2，包括r 大于0.3，也包括r 大于0.4表征)的标记物，也属于本
发明的范围，即使它们物理定位于所限定的单体型结构单元的边界之外。这包括本文中描
述的标记物(例如表4和6a)，但是也可以包括其他与表4和表6a中所列的一个或多个标
2
记物强烈LD(特征为r 为至少0.2和/或|D’|＞0.8)的标记物。
[0196] 本发明优选的实施方式涉及标记物rs1048661和rs3825942。下表(表15和表2
16)中替代标记物是具有标记物rs1048661和rs3825942连锁不平衡的标记物，特征为r 至
少0.2，举例说明了特异性标记物的LD可以延伸相当大的距离。该表也举例说明了具有用
于检测相关性的标记物的LD中的标记物如何也能够合适地用于检测可比较的相关性。因
此，优选实施方式也涉及表15和表16中所列出的标记物。
[0197] 表15.标记物rs1048661和rs3825942的LD中的标记物，在HapMap CEU样品中2
测定为r ＞0.2
[0198]2
SNP 位置构建34 rs1048661的r SEQ ID NO：
rs4886725 71886823 0.220975 86
rs12915956 71891620 0.218888 87
rs896590 71893370 0.237179 88
rs12438872 71893581 0.237179 89
rs4261482 71916249 0.437932 42
rs2165241 71938019 0.449749 15
rs1992314 71939584 0.898282 44
rs4886776 71940813 0.897254 45
rs2028386 71942525 0.358672 46
rs4337252 71942582 0.433252 47
rs2028387 71942854 0.897325 48
rs4077284 71944208 0.77534 49
rs893816 71944281 0.898282 50
rs4886782 71944627 0.238052 51
rs893817 71944882 0.77534 17
rs893818 71945012 0.898282 52
rs893820 71945420 0.896954 53
rs12440667 71947256 0.365256 54
rs1530169 71952937 0.375365 19
SNP 位置构建34 rs1048661的r2 SEQ ID NO：
rs893821 71957052 0.363904 90
rs750460 71957323 0.324985 55
rs4243042 71957441 0.324985 56
rs2304722 71957566 0.327507 91
SNP 位置构建34 rs3825942的r2 SEQ ID NO：
rs4886623 71808745 0.785579 92
rs2167648 71832650 1 93
rs1584738 71832895 0.845844 94
rs1901570 71834642 0.835538 95
rs8026593 71836202 0.837098 6
rs4886660 71838009 0.837098 96
rs4886421 71838041 0.837098 97
rs4886663 71838661 0.837098 98
rs4886664 71838733 0.835538 99
rs4145873 71839090 0.837098 100
rs4145874 71839381 0.837098 101
rs1452389 71854639 0.600083 102
rs1078967 71938804 1 103
rs8041642 71940923 1 104
rs8041685 71941010 1 16
SNP 位置构建34 rs1048661的r2 SEQ ID NO：
rs8042039 71941335 1 105
rs2304719 71951317 1 18
rs12437465 71959063 1 57
[0199]
[0200]
[0201]
[0202]
[0203]
[0204]
[0205] 另一种优选实施方式涉及含有标记物rs1048661和rs3825942，或与它们连锁不平衡的标记物的单体型。因此，携带G-rs1048661G-rs3825942单体型或
T-rs1048661G-rs3825942单体型的个体相比于携带G-rs1048661A-rs3825942单体型的个
体，发展剥脱性青光眼(XFG)的风险显著升高。
[0206] 对于本文中所述的SNP标记物，在患者中发现等位基因(风险等位基因)的过量相反等位基因(opposite allele)，在诊断患有XFS和/或青光眼，或具有与其相关的症状
的个体中发现的频率降低。例如，在XFS和青光眼患者中发现标记物rs1048661的等位基
因T和标记物rs3825942的等位基因A的频率降低。因此，这些标记物的等位基因对于XFS
和/或青光眼是保护性的，即其使得携带这些发展XFS和/或青光眼的标记物和/或单体
型的个体风险或易感性降低。
[0207] 某些适用于检测XFS和青光眼相关性的单体型在某些情况下可以包含各种遗传标记物的组合，例如，SNP和微卫星。检测这种单体型可以通过本领域中已知的或本文中描
述的用于检测多态位点的序列的方法完成。此外，可以利用标准技术来验证某些单体型或
标记物组与疾病表型之间的相关性。对于相关性简单检验的代表性实例是在2×2表上进
行的Fisher-精确检验。
[0208] 在特定的实施方式中，发现与XFS和/或青光眼风险升高相关的标记物等位基因或单体型，(例如，表4和表6a中所列的标记物)，是该标记物等位基因或单体型相比于存
在于健康个体(对照)中的频率而更经常性地存在于具有XFS和/或青光眼风险(侵袭的)
的个体中的标记物等位基因或单体型，其中存在该标记物等位基因或单体型是XFS和/或
青光眼，或XFS和/或青光眼或与XFS和/或青光眼相关的症状易感性的指征。在其他实
施方式中，与一个或多个发现相关于XFS和/或青光眼的标记物连锁不平衡的风险标记物
(例如，表4和表6a中所列出的标记物)是与其在健康个体(对照)中存在的频率相比更
频繁地存在于具有XFS和/或青光眼风险(侵袭的)的个体中的标记物的标记物(tagging
marker)，其中存在该标记物的标记物是XFS和/或青光眼易感性升高的指征。在另外一种
实施方式中，与一个或多个发现相关于XFS和/或青光眼的标记物(例如，表4和表6a中所
列出的标记物)连锁不平衡的风险标记物(即使易感性升高)是含有与其在健康个体(对
照)中存在的频率相比更频繁地存在于具有XFS和/或青光眼风险的个体中的一个或多个
等位基因的标记物，其中存在该标记物是XFS和/或青光眼易感性升高的指征。
[0209] 研究人群
[0210] 在一般意义上，本发明的方法和试剂盒能够利用于来自任何来源(即，任何个体)的含有基因组DNA的样品。在优选的实施方式中，所述个体是人类个体。该个体可以是成
年人、儿童或胎儿。本发明还提供了用于评价属于目标人群成员的个体中的标记物和/或
单体型。在一种实施方式中，这种目标人群是基于其他遗传因子、生物标记物、生物物理参
数、XFS和/或青光眼或相关疾病的历史、XFS和/或青光眼先前诊断、XFS和/或青光眼家
族历史或一般健康和/或生活方式参数而具有发展XFS和/或青光眼风险的个体的人群或
组。
[0211] 本发明提供的实施方式包含来自特定年龄子组的个体，如年龄超过40岁、超过45岁、或超过50岁、55岁、60岁、65岁、70岁、75岁、80岁、或85岁的个体。XFS和青光眼的风
险随着年龄增长而升高。因此，在优选的实施方式中，本发明涉及年龄超过50岁的个体，如
超过55岁的个体，超过60岁的个体，超过65岁的个体或超过70岁的个体。然而，本领域
技术人员应该理解到，年龄较小的个体，如年龄35岁或更大或年龄40岁或更大的个体，可
以受益于本发明的诊断应用。这对于具有一种或多种发展XFS和/或青光眼的其他风险因
子的个体尤其如此。因此，这样的个体可以特别受益于在相对较小的年龄就开始监控，以使
得由于发展XFS、青光眼和/或白内障而产生视力损失的风险最小化。本发明的其他实施方
式涉及其他年龄组，如年龄小于85岁，如小于80岁，小于75岁，或小于70岁、65岁、60岁、
55岁、50岁、45岁、40岁、35岁，或30岁的个体。其他实施方式涉及以上描述的任何年龄范
围中XFS、白内障和/或青光眼发作年龄的个体。在某些实施方式中，也可以认为与年龄范
围相关，如发作时的年龄大于45岁但小于60岁时。然而，也可以设想其他年龄范围，包括
以上所列出的年龄值组成的范围内的所有年龄。本发明还涉及个体的性别，男性或女性。
[0212] 冰岛人群是北欧血统的白种人人群。在近几年已近出版了报道在冰岛人群中遗传连锁和相关性的大量研究结果。许多这些研究在其他人群中显示出最初在冰岛人群中作
为与特定疾病相关而识别的变异重复性(Styrkarsdottir，U.，et al.N Engl J Med Apr
29 2008(Epub ahead of print)；Thorgeirsson，T.，et al.Nature 452：638-42(2008)；
Gudmundsson，J.，et al.Nat Genet.40：281-3(2008)；Stacey，S.N.，et al.，Nat
Genet.39：865-69(2007)；Helgadottir，A.，et al.，Science 316：1491-93(2007)；
Steinthorsdottir，V.，et al.，Nat Genet.39：770-75(2007)；Gudmundsson，J.，et al.，
Nat Genet.39：631-37(2007)；Frayling，TM，Nature Reviews Genet 8：657-662(2007)；
Amundadottir，L.T.，et al.，Nat Genet.38：652-58(2006)；Grant，S.F.，et al.，Nat
Genet.38：320-23(2006))。因此，发现在冰岛人群中的遗传一般已经在包括非洲和亚洲
人群的其他人群中重复出现过。此外，本文中描述的与XFS和青光眼风险升高的变异的
相关性在几个人群中已经重复出现，包括来自欧洲和北美的白种人( G.，et
al.Mol Vis 14：857-61(2001)；Aragon-Martin，J.A.，et al Mol Vis 14：533-41(2008)；
Pasutto，F.，et al.InvestOphthalmol Vis Sci 49：1459-63(2008)；Challa，P.，et
al.Mol Vis 14：146-9(2008)；Yang，X.，et al.Cell Cycle 7：521-4(2008)；Fingert，
J.H.，et al.144：974-975(2007))；澳大利亚白种人(Hewitt，A.W.，et al.Hum Mol
Genet 17：710-6(2008)；印度人(Ramprasa，V.L.，etal.Mol Vis 14：3182(2008)，种族
混杂的美国人分组(Fan，B.J.etal.BMC Med Genet 9：5(2008)；和日本人(Ozaki，M.，et
al.InvestOphthalmol Vis Sci Apr 30 2008(印刷前的Epub)；Hayashi，H.，et al.Am J
Ophthalmol 145：582-585(2008))。
[0213] 因此，本发明发现与剥脱性综合征和青光眼相关的标记物被认为在所有的人群中都显示出类似的相关性。因此，包含个别人群的具体实施方式也可以认为属于本发明的范
围。这种实施方式涉及来自一个或多个人群的人类受治疗者，包括但不限于，白种人群、欧
洲人群、美洲人群、欧亚人群、亚洲人群、中/南亚人群、东亚人群、中东人群、非洲人群、西
班牙人群和大洋洲人群。欧洲人群包括但不限于、瑞典人、挪威人、芬兰人、俄罗斯人、丹麦
人、冰岛人、爱尔兰人、凯尔特人、英格兰人、苏格兰人、荷兰人、比利时人、法国人、德国人、
西班牙人、葡萄牙人、意大利人、波兰人、保加利亚人、斯拉夫人、塞尔维亚人、波斯尼亚人、
Chech人、希腊人和土耳其人。在其他实施方式中，本发明还能够在特定的人群中实施，包
括班图人、曼丁哥人、约鲁巴人、桑河人、姆巴提俾格米人、英国奥尼克人、Adygel、俄国人、
撒丁岛人、托斯卡纳人、莫桑比克人、贝多因人、德鲁士人、巴勒斯坦人、俾路支人、布拉灰
人、莫克兰人、信德人、帕坦人、布鲁肖人、哈扎拉人、维吾尔族人、卡拉什人、汉族人、傣族
人、达斡尔族人、赫哲族人、拉祜族人、苗族人、鄂伦春族人、畲族人、土家族人、土族人、锡伯
族人、彝族人、蒙古族人、纳西族人、柬埔寨人、日本人、雅库特人、美拉尼西亚人、巴布亚人、
Karitianan、Surui、哥伦比亚人、玛雅人和皮玛族人。
[0214] 在某些实施方式中，本发明涉及的人群包括非洲血统黑种人，如含有非洲血统和世系的人的人群。非洲血统的黑人可以通过自己报称为非裔美国人、美国黑人、黑人美国人
来确测定其属于黑人种族的一员或属于非洲黑人种族的成员。例如，非裔美国人或美国黑
人都是生活在北美而具有任何非洲黑人种族群血缘的人。在另一实例中，自报为非洲血统
的黑人的父母亲可以中的至少一者是非洲血统的黑人的或其祖父母中的至少一者是非洲
血统的黑人。
[0215] 在单个受治疗者中的种族贡献也可以通过遗传分析来确定。血统的遗传分析可以采用未连接的微卫星标记物如在文献Smith et al.(Am J Hum Genet 74，1001-13(2004))
中所列出的那些标记物。
[0216] 在某些实施方式中，本发明涉及标记物和/或单体型在特定的人群中的识别，如本文中以上的描述。本领域的技术人员将会理解到，连锁不平衡(LD)的测定当施用于不同
人群时可以给出不同的结果。这是由于不同人群的不同群体历史以及会导致在特定基因组
区域中的LD中产生差异的不同选择性压力所致。对于本领域技术人员而言，某些标记物，
例如SNP标记物，在不同人群中具有不同的群体频率，或在一个人群中是多态性的而在另
一人群中却不是是众所周知的。然而，本领域的技术人员将会施用可以利用的方法而按照
本文中的教导在任何给定的人群中实施本发明。这可以包括在本发明LD区域中多态性标
记物的评价，从而识别与特定人群强烈相关的那些标记物。因此，本发明的风险变异可以存
在于不同单体型背景中并且在各种人群中具有不同的频率。然而，利用本文中教导的方法
和本发明的标记物，本发明也能够在任何给定的人群中实施。
[0217] 遗传测试的应用
[0218] 本领域技术人员将会知晓和理解到，本文中描述的变异一般不会自身提供将会发展特定疾病的个体的绝对识别。然而，本文中描述的变异确实指示了携带本发明的风险变
异或保护性变异的个体将会发展与XFS和/或青光眼相关的症状的可能性的升高和/或降
低。然而，该信息本身就极具价值，这一点将在下文中更详细地概述，这是因为其能够用于，
例如，在早期阶段就开始实施预防性措施，实施定期的身体和/或精神检查以监控症状的
进展和/或出现，或以规定的时间间隔确定体检时间表以识别所关心的疾病，以至于能够
在其早期阶段就实施治疗。
[0219] 关于发展XFS和/或青光眼风险的遗传变异的知识，提供了实施遗传测试而区分出发展XFS和/或青光眼风险升高的个体(即风险变异携带者)和发展XFS和/或青光眼
风险降低的个体(即保护性变异携带者)的有利条件。对于属于以上提及的两种组群的个
体，遗传试验的核心价值是能够在早期阶段诊断XFS和/或青光眼，或对XFS和/或青光眼
实施预处理并向临床医师提供有关XFS和/或青光眼的预后和侵袭性的信息，从而能够施
用最合适的治疗。
[0220] 具有XFS和/或青光眼家族病史的个体和风险变异携带者可以受益于遗传试验，因为存在遗传风险因子的知识，或一个或多个风险因子的携带者是风险升高的证据，可以
提供对于通过避免或最小化已知对于XFS和/或青光眼的环境风险因子而促进人们采取更
为健康的生活方式。XFS和/或青光眼患者的遗传试验还可以提供有关XFS和/或青光眼
原发性病因的有价值信息，并且能够辅助临床医师为每一个体选择最佳治疗方案和药物治
疗。而且，属于本发明风险变异携带者的个体易于受益于临床医师的定期监控，以使与XFS、
青光眼和/或白内障有关的症状的发展最小化，或诊断患有XFS、青光眼和/或白内障的风
险。
[0221] 本发明进一步涉及XFS和/或青光眼的风险评价，包括诊断个体是否具有发展XFS和/或青光眼的风险。本发明的多态性标记物能够单独使用或组合使用，以及与包含其他
遗传风险因子或生物标记物的其他因子使用联用，以用于对个体进行XFS和/或青光眼的
风险评价。对于本领域的技术人员而言，许多已知影响个体向发展XFS和/或青光眼的发展
风险的诱因是已知的，并且能够利用与这种评价之中。这些诱因包括但不限于，眼压升高、
年龄、在另外的基线视野检查中观察到的视野异常、高度近视、青光眼家族病史和/或XFS、
薄角膜(中心角膜厚度小于556μm)、垂直或水平杯盘比大于0.4、系统性高血压、心血管疾
病、周期性偏头痛、和外周血管痉挛。
[0222] 另一种应用在于使用遗传标记物来确定是否要施用特定的治疗形式。因此，基于本文中描述的与青光眼和/或剥脱性综合征风险相关的特定标记物和单体型的携带者病
状来实施具体的治疗。例如，这能够通过首先确定该个体是否携带至少一种或多个标记物
的至少一种特定的风险等位基因，或通过确定有关至少一种特定单体型的个体的携带状态
来实施。基于遗传分析的结果，就能实施具体的治疗形式。治疗形式例如能够是如本文中
所述的用于青光眼或剥脱性综合征的治疗药剂，或用于降低眼压的治疗药剂。
[0223] 本领域中已知的方法能够用于这种评价，包括多变量分析或逻辑回归。
[0224] 方法
[0225] 本文中描述了XFS、白内障和青光眼风险评价和风险管理的方法并且包括在本发明的范围内。本发明也包括治疗方面、评价个体对XFS和/或青光眼治疗药剂相应可能性
的方法、以及预测XFS和/或青光眼治疗药剂有效性的方法。本发明也包括用于分析受治
疗者样品来检测XFS和/或青光眼易感性的试剂盒。
[0226] 诊断和筛选方法
[0227] 在某些实施方式中，本发明涉及通过检测经常出现在被确诊患有XFS和/或青光眼的受治疗者或易感XFS和/或青光眼相关的症状的受治疗者中的遗传标记物处的特定等
位基因来确定XFS和/或青光眼，尤其是剥脱性青光眼易感性，或其诊断，或辅助诊断的方
法。在一种具体实施方式中，本发明是一种通过检测至少一种多态性标记物的至少一种等
位基因(例如，本文中描述的标记物)是否存在于个体的核酸样品或衍生于个体的基因型
数据表中来诊断XFS和/或青光眼易感性的方法。本发明描述了藉此指示检测XFS和青光
眼易感性的特定标记物或单体型的特定等位基因的方法。这种预后或预测分析方法也能够
用于确定在XFS和/或青光眼的症状发作之前对受治疗者的预防性治疗。
[0228] 在一些实施方式中，本发明涉及诊断的临床应用方法，例如通过医学专业人士实施的诊断。在其他实施方式中，本发明涉及通过非本领域人员实施的易感性的诊断或检
测的方法。非本领域人员可以是基因分型服务的使用者。非本领域人员也可以是基因
分型服务的供应商，其对来自个体的DNA样品实施基因型分析，从而基于个体(即使用
者)的基因型状态提供对于特定性状或疾病遗传风险因子相关的服务。近年来在基因分
型技术方面的技术进步，包括高通量的SNP标记物基因分型，如分子倒位探针阵列技术
(MolecularInversion Probe array technology)(例如，Affymetrix GeneChip)、和微珠
阵列技术(BeadArray Technologies)(例如，Illumina GoldenGate和Infinium assays)
使得个体以对其自身高达一百万SNP的基因组进行评价同时又具有相对低廉的成本成为
可能。将能够对个体作出的所得基因型信息与关于与包括来自公开文献和科技出版物的信
息的各种SNPs有关的疾病或性状风险的信息相比较。因此，本文中描述的疾病相关的等位
基因的诊断应用能够例如通过该个体，通过分析他/她的基因型数据，由健康专业人士或
通过包括基因型服务供应商的第三方基于临床试验的结果来实施。该第三方也可以是服务
提供商，其解释来自使用者的表型信息，或其代表所述个体(即，通过特定多态性标记物基
因分型来自于所述个体)而提供有关包括本文中所述的遗传标记物的特定遗传风险因子
的服务。换句话说，遗传风险易感性的诊断和检测，能够由健康专业人士、遗传顾问、提供基
因分型服务的第三方、提供风险评价服务的第三方或由非本领域人员(例如，所述个体)，
基于有关个体的基因型状态的信息和有关特定遗传风险因子(例如，特定SNP)带来的风险
的知识来实施。在本文的上下文中，术语“诊断”、“诊断易感性”和“检测易感性”意是指通
过特定的人员或任何特定方法，包括上述的方法和人员来确定疾病的易感性。
[0229] 在某些实施方式中，收集含有个体基因组DNA的样品。这种样品可以例如是口腔拭子、唾液样品、血液样品、或如本文中进一步描述的其他含有基因组DNA的合适样品类
型。随后将基因组DNA从样品中离析出来，然后采用技术人员可以采用的任何合适的基因
分型技术，如通过高通量阵列技术或本文中描述的其他方法进行分析。将这种基因分型的
结果储存在便利的数据储存单元中，如数据载体，包括计算机数据库、数据储存盘、或通过
其他便利的数据储存方式进行存储。在某些实施方式中，计算机数据库是对象数据库、关系
数据库或后关系型数据库。基因型数据随后对于存在已知对于特定人类疾病易感性变异的
某些变异，如本文中描述的遗传变异进行分析。可以采用任何便利的数据查询方法从数据
储存单元检索基因型数据。能够基于所述个体基因型与先前对该基因型检测的风险度相比
较(例如，表示为相对风险度(RR)或/和优势度(OR))，例如对于特定疾病或性状(例如，
XFS和/或青光眼，例如，剥脱性青光眼)的风险变异的杂合载体，来计算由所述个体特定基
因型带来的风险。在某些实施方式中，对含有两个或多个多态性标记物的单体型进行了风
险评价。与具有匹配的性别和种族的普通人群相比，对个体进行风险计算可以是对于个人，
或对于个人的特定基因型的相对风险度。普通人群的风险度能够表示为不同基因型风险度
的加权平均值，随后利用对照人群的结果，以及合适的计算法实施相对于该人群的基因型
组的风险计算。可替代地，个体的风险度基于特定基因型的比较，例如将标记物风险等位基
因的杂合载体与不携带风险等位基因的载体相比较。在某些实施方式中，采用群体平均值
可以是更方便的，因为其提供了易于对使用者解释的措施，即基于他/她的基因型，与群体
中的平均值比较从而给出对于该个体的风险度的测定方法。用户可以经由网站，优选安全
的网站来使用所计算的评估风险度。
[0230] 在某些实施方式中，服务供应商在所提供的服务中会包括以下的所有步骤：从用户提供的样品中分离基因组DNA，对所分离DNA实施基因分型，基于该基因型数据计算遗传
风险，以及向用户报告该风险。在一些其他实施方式中，服务供应商在服务中会包括个体基
因型数据的解释，即基于该个体的基因型对特定遗传变异的风险进行评估。在一些其他实
施方式中，服务供应商可以包括的服务包括根据分离的个体(用户)DNA的样品提供基因分
型服务和基因型数据的解释。
[0231] 多风险变异的总体风险能够采用标准方法来实施。例如，假设多变量模型，即假设使个体风险变异的风险相乘以建立总效应，使得能够直接计算多标记物总体风险。
[0232] 另外，在某些其他实施方式中，本发明涉及通过检测与在诊断未患有XFS和/或青光眼的个体中或在一般人群中相比并未在心血管疾病，包括XFS和/或青光眼患者中
频繁出现的特定遗传标记物等位基因或单体型以诊断、或辅助诊断XFS和/或青光眼易感
性降低的方法。例如，尽管本文中公开的标记物的风险等位基因(例如，在LOXL1基因中
的G-rs1048661和G-rs3825942、和在LOXL1基因氨基酸水平的R141和G153)带来了发展
XFS和剥脱性青光眼的高风险，但是对于这些标记物的可替代等位基因(T-rs1048661和
A-rs3825942，L141和D153)却是保护性的，因为携带这些等位基因中的至少一种的个体与
群体平均值或风险等位基因的携带者相比，发展XFS和/或剥脱性青光眼的风险是降低的。
[0233] 如本文中的描述和举例说明，特定的标记物等位基因或单体型(例如，表4和表6a中所列的标记物和单体型，以及与它们连锁不平衡的标记物，例如，rs1048661和
rs3825942，以及rs1048661-rs3825942单体型)都与XFS和/或青光眼的风险有关。在一
种实施方式中，标记物等位基因或单体型是一种带来XFS和/或青光眼显著性风险或易感
性的标记物等位基因或单体型。在另一种实施方式中，本发明涉及在人类个体中诊断XFS
和/或青光眼易感性的方法，该方法包括检测所述个体中获得的核酸样品中是否存在至少
一种多态性标记物的至少一种等位基因，其中该至少一种多态性标记物选自由表4和表6a
2
中所列出的多态性标记物组成的组，以及与其连锁不平衡(例如，定义为r ＞0.2)的标记
物。在另一种实施方式中，本发明涉及通过筛选表15或表16中所列的至少一种标记物等
位基因或单体型或与其连锁不平衡的标记物从而在人类个体中诊断XFS和/或青光眼易感
性的方法。
[0234] 在另一种实施方式中，本发明涉及通过筛选选自rs4886725(SEQ ID NO：86)、rs12915956(SEQ ID NO：87)、rs896590(SEQID NO：88)、rs12438872(SEQ ID NO：89)、
rs4261482(SEQ IDNO：42)、rs2165241(SEQ ID NO：15)、rs 1992314(SEQ ID NO：44)、
rs4886776(SEQ ID NO：45)、rs2028386(SEQ ID NO：46)、rs4337252(SEQ ID NO：47)、
rs2028387(SEQ ID NO：48)、rs4077284(SEQ ID NO：49)、rs893816(SEQ ID NO：50)、
rs4886782(SEQID NO：51)、rs893817(SEQ ID NO：17)、rs893818(SEQ ID NO：52)、
rs893820(SEQ ID NO：53)、rs12440667(SEQ ID NO：54)、rs1530169(SEQ ID NO：19)、
rs893821(SEQ ID NO：90)、rs750460(SEQ ID NO：55)、rs4243042(SEQ ID NO：56)、
rs2304722(SEQID NO：91)、rs4886623(SEQ ID NO：92)、rs2167648(SEQ ID NO：93)、
rs1584738(SEQ ID NO：94)、rs1901570(SEQ ID NO：95)、rs8026593(SEQ ID NO：6)、
rs4886660(SEQ ID NO：96)、rs4886421(SEQ ID NO：97)、rs4886663(SEQ ID NO：98)、
rs4886664(SEQID NO：99)、rs4145873(SEQ ID NO：100)、rs4145874(SEQ ID NO：101)、
rs1452389(SEQ ID NO：102)、rs1078967(SEQ ID NO：103)、rs8041642(SEQ ID NO：104)、
rs8041685(SEQ ID NO：16)、rs8042039(SEQ ID NO：105)、rs2304719(SEQ ID NO：18)、
rs12437465(SEQ ID NO：57)、rs1048661(SEQ ID NO：106)、和rs3825942(SEQ ID NO：107)
中的至少一种标记物而在人类个体中诊断XFS和/或青光眼易感性的方法。
[0235] 在一种优选的实施方式中，本发明涉及通过筛选对于标记物rs1048661和/或标记物rs3825942的至少一种标记物等位基因或单体型而在人类个体中诊断XFS和/或青光
眼易感性的方法。在另一种实施方式中，标记物等位基因或单体型相比于其存在于健康受
治疗者(对照，如人群对照)的频率而更频繁地存在于患有XFS和/或青光眼(侵袭的)，
或易感于XFS和/或青光眼的受治疗者中。在某些实施方式中，至少一种标记物等位基因
或单体型的相关性的显著性特征为p-值＜0.05。在其他实施方式中，相关性的显著性特
征为p-值更小，如＜0.01、＜0.001、＜0.0001、＜0.00001、＜0.000001、＜0.0000001、
＜0.00000001或＜0.000000001。
[0236] 在这些实施方式中，存在至少一种标记物等位基因或单体型是XFS和/或青光眼易感性或XFS和/或青光眼风险的指征。这些诊断方法涉及检测是否存在与XFS和/或青
光眼相关的至少一种标记物的等位基因或单体型。本文中描述的单体型包括在各遗传标记
物处等位基因的组合(例如，SNP、微卫星)。可以通过本文中描述的各种方法和本领域内
已知的各种方法来确定组成特定单体型的特定遗传标记物等位基因。例如，如果该遗传标
记物影响由与XFS和/或青光眼有关的核酸(例如，LOXL1-编码的核酸)编码的蛋白的编
码序列，则通过蛋白质测序或通过采用识别这种蛋白的抗体的免疫分析就能够在核酸水平
(例如，通过直接核苷酸测序或通过本领域内的技术人员已知的其他方法)或氨基酸水平
检测该遗传标记物。本发明的标记物等位基因或单体型对应于与XFS和/或青光眼相关的
基因组DNA序列的片段。这样的片段包括所关心的多态性标记物或单体型的DNA序列，但
也可以包括与该标记物或单体型强烈LD(连锁不平衡)的DNA片段。在一种实施方式中，
2
这样的片段包括与该标记物或单体型LD(根据r 值大于0.2和/或|D’|＞0.8确定的)
的片段。
[0237] 在一种实施方式中，可以利用杂交方法来诊断XFS和/或青光眼易感性(参见《分子生物学最新实验指南(Current Protocols inMolecular Biology)》，Ausubel，F.et al.，
eds.，John Wiley & Sons，包括所有增刊)。来自实验基因组DNA、RNA或cDNA的受治疗者
或个体的生物学样品(“试验样品”)从怀疑患病、易感、具有与XFS和/或青光眼相关症
状，或对XFS和/或青光眼预处置的受治疗者(“试验受治疗者”)获得。受治疗者可以是
成人、儿童或胎儿。试验样品可以来自含有基因组DNA的任何来源，如血样品、羊水样品、脑
脊髓液样品、或皮肤、肌肉、口腔或结膜粘膜(口腔拭子)、胎盘、胃肠道或其他器官的组织
样品。胎儿细胞或组织的DNA试验样品可以通过合适的方法获得，如通过羊水诊断或绒毛
膜绒毛取样。然后对DNA、RNA、或cDNA样品进行检测。特定标记物等位基因的存在能够通
过特异于特定等位基因的核酸探针序列特异性杂交来指征。存在多于一种特异性标记物等
位基因或特异性单体型能够通过利用几种序列特异性核酸探针来指征，其中每一种探针都
特异于特定的等位基因。在一种实施方式中，单体型能够通过单个特异于该特定单体型的
核酸探针(即，特异性地杂交至含有该单体型的特定标记物等位基因特征的DNA链)来指
征。序列特异性探针能够定向杂交至基因组DNA、RNA、或cDNA。本文中所使用的“核酸探
针”可以是杂交于互补序列的DNA探针或RNA探针。本领域技术人员知道如何设计这种探
针才能仅在试验样品的基因组序列中存在特定等位基因时产生序列特异性杂交。本发明还
可以采用任何方便的基因分型方法来简化实施，包括可商购获得的技术或通过技术人员可
利用的特定多态性标记物基因分型的其他方法。
[0238] 为了诊断XFS和/或青光眼和/或与XFS和/或青光眼相关的症状的易感性，可以通过将含有XFS和/或青光眼相关核酸的试验样品，如基因组DNA样品与至少一种核酸探
针接触而形成杂交样品。检测mRNA或基因组DNA的探针的非限制性实例有，能够杂交至本
文中描述的mRNA或基因组DNA序列的带标记物核酸探针。例如，该核酸探针可以是全长核
酸分子或其部分，如长度足以在严格条件下特异性杂交至mRNA或基因组DNA的至少10、15、
30、50、100、250或500个核苷酸的寡核苷酸。例如，该核酸探针可以包含所有或部分LOXL1
基因和/或LOXL1LD结构单元(SEQ ID NO：84)的核苷酸序列，如本文中所述，可选地包含
本文中所述标记物的至少一种等位基因，或本文中所述的至少一种单体型，或该探针可以
是这种序列的互补序列。在一种具体实施方式中，该核酸探针是LOXL1基因和/或LOXL1
LD结构单元的部分核苷酸序列，如本文中所述(SEQ ID NO：84)，可选地包含本文中所述标
记物的至少一种等位基因，或含有本文中所述的一种多态性标记物或至少一种多态性标记
物的至少一种单体型的至少一种等位基因，或该探针可以是这种序列的互补序列。本中描
述了在本发明的诊断分析中适用的其他合适探针。通过本领域内技术人员公知的方法就能
够实施杂交(参见例如《分子生物学中的最新实验指南(Current Protocols inMolecular
Biology)》，Ausubel，F.et al.，eds.，John Wiley & Sons，包括所有增刊)。在一种实施方
式中，杂交是指特异性杂交，即非错配杂交(精确杂交)。在一个实施方式中，特异性杂交的
杂交条件是高度严格的。
[0239] 如果存在特异性杂交，就采用标准方法进行检测。如果特异性杂交在核酸探针和试验样品中的核酸之间发生，则样品就含有与核酸探针中存在的核苷酸互补的等位基因。
对于本发明的任何标记物，或构成本发明单体型的标记物，该方法都能重复进行，或多个核
酸探针能够同时用于一次检测多种标记物等位基因。可以设计含有特定单体型多个标记物
等位基因的单个探针(例如，含有与构成特定单体型的2、3、4、5或所有标记物的等位基因
互补的探针)。检测样品中单体型的特定标记物是样品来源具有特定单体型(例如，一个
单体型)并由此认为对于XFS和/或青光眼是易感性的指征。通过这种方法检测的优选单
体型包括(1)rs1048661等位基因G和rs3825942等位基因G；(2)rs1048661等位基因T和
rs3825942等位基因G；以及(3)rs1048661等位基因G和rs3825942等位基因A。
[0240] 在一种优选实施方式中，采用了利用在其3′端含有荧光残基或基团和在其5′端含有淬灭部分的检测寡核苷酸探针，以及增强子寡核苷酸的方法，例如由文献Kutyavin
et al.(Nucleic Acid Res.34：e128(2006))描述的。荧光残基可以是Gig Harbor绿或
Yakima黄，或其他合适的荧光残基。检测探针经过设计而杂交于包含待检的SNP多态性的
短核苷酸序列。优选地，SNP在从末端残基到检测探针的3′端-6个残基的任何位置。增
强子是杂交至相对于检测探针的DNA模板3′的短寡核苷酸探针。该探针经被设计用于检
测探针和增强子寡核苷酸探针都结合至模板时二者之间存在单个核苷酸空位。该空位产生
了核酸内切酶(如核酸内切酶IV)识别的合成无碱基位点。该酶切掉整个互补检测探针的
染色基(dye)，但并不能切掉包含错配的检测探针。因此，通过测量由释放荧光的残基释放
的荧光，就能够评价是否存在通过检测探针的核苷酸序列限定的特定等位基因。
[0241] 检测探针可以是任何合适的尺寸，但优选该探针相对较短。在一种实施方式中，该探针的长度为5～100个核苷酸。在另一种实施方式中，该探针的长度为10～50个核苷
酸。而在另一种实施方式中，该探针的长度为12～30个核苷酸。也可以使用其他长度的
探针，并且都属于本领域普通技术人员能力范围。
[0242] 在一种优选的实施方式中，在检测之前通过聚合酶链反应(PCR)扩增含有SNP多态性的DNA模板。在一种这种实施方式中，扩增的DNA起到检测探针和增强子探针的模板
作用。
[0243] 检测探针、增强子探针和/或用于通过PCR扩增模板的引物的某些实施方式，包括使用修饰的碱基，包括修饰的A和修饰的G。使用修饰的碱基能够用于将核苷酸分子(探针
和/或引物)的解链温度调节至模板DNA的解链温度，例如在含有低百分比的G或C碱基
的区域升高解链温度，其中可以使用能够结合于与其互补的T形成三个氢键的修饰A，或例
如通过采用与双链DNA分子中其互补的C碱基仅形成两个氢键的修饰G碱基，在含有高百
分比的G或C碱基的区域降低解链温度。在一种优选的实施方式中，在涉及检测寡核苷酸
探针设计中使用修饰碱基。在这些方法中可以选择技术人员已知的任何修饰碱基，而基于
本文中的教导和技术人员已知的可商购的已知碱基来选择合适的碱基，都属于技术人员的
知识范围。
[0244] 在另一种杂交方法中，RNA印迹分析(Northern analysis)(参见《分子生物学最新实验指南(Current Protocols in MolecularBiology)》，Ausubel，F.et al.，eds.，John
Wiley & Sons，supra)用于识别是否存在与XFS和/或青光眼相关的多态性。对于RNA印
迹分析，RNA试验样品是通过合适的方法从受治疗者获得的。如本文中所述，核酸探针特异
性杂交至受治疗者的RNA是与探针互补的特定等位基因的指征。使用核酸探针的代表性实
例参见例如美国专利第5,288,611号和第4,851,330号。
[0245] 另外，或可替代地，除了核酸探针之外或代替核酸探针，本文中描述的杂交方法中可以使用肽核酸(PNA)探针。PNA是具有类肽的DNA模拟物，其中无机骨架例如是N-(2-氨
基乙基)甘氨酸单元，有机碱基(A、G、C、T或U)经由亚甲羰基接头(linker)连接至甘氨
酸(参见例如，Nielsen，P.，et al.，Bioconjug.Chem.5：3-7(1994))。PNA探针能够经过
设计而特异性地杂交至怀疑含有一种或多种与XFS和/或青光眼相关的标记物等位基因或
单体型的样品分子。因此，PNA探针的杂交可用于XFS和/或青光眼的诊断。
[0246] 在本发明的一种实施方式中，收集了从受治疗者获得的含有基因组DNA的样品并利用用聚合酶链反应(PCR)扩增含有本发明的一种或多种标记物或单体型的片段。如本文
中所述的，可以利用各种方法来识别与XFS和/或青光眼相关的特定标记物等位基因或单
体型(例如，序列分析、限制性酶切(restriction digestion)分析、特异性杂交、单链构象
多态性分析(SSCP)、电泳分析等)。在另一种实施方式中，通过表达分析来实现诊断，例如
采用定量PCR(动态热循环(kinetic thermal cycling))。这种技术能够例如利用可商购
的技术，如 (Applied Biosystems，Foster City，CA)。该技术能够评价由与XFS
和/或青光眼相关的核酸编码的多肽或剪接变异的表达或组成中是否存在替代方式。而
且，变异的表达能够按照物理上的或功能上的不同而被量化。
[0247] 在本发明的另一种方法中，限制性酶切分析能够在等位基因导致相对于对照序列的限制性位点的产生或消除时用于检测该特定的等位基因。限制性片段长度多态性
(RFLP)分析能够例如按照《分子生物学最新实验指南(Current Protocols in Molecular
Biology)》supra来实施。相关DNA片段的酶切模式指示样品中是否存在该特定的等位基
因。
[0248] 序列分析也能够用于检测与XFS和/或青光眼相关的特异性等位基因或单体型(例如，表4和表6a中的多态性标记物，以及与它们连锁不平衡的标记物)。因此，在一种
实施方式中，检测存在或不存在特定的标记物等位基因或单体型，包括由受治疗者或个体
获得的DNA或RNA试验样品的序列分析。PCR或其他合适的方法能够用于扩增与XFS和/
或青光眼相关的部分核酸，而特异性等位基因的存在则能够通过样品中基因组DNA的多态
性位点(或单体型中的多个多态位点)测序而直接检测。
[0249] 等位基因-特异性寡核苷酸也能够通过使用由等位基因-特异性寡核苷酸(ASO)探针扩增的寡核苷酸印迹杂交而用于检测与XFS和/或青光眼相关的核酸中是否存在特定
的等位基因(例如，表4和表6a中的多态性标记物，以及与其连锁不平衡的标记物)(参见，
例如Saiki，R.et al.，Nature，324：163-166(1986))。“等位基因-特异性寡核苷酸”(本
文中也称为“等位基因-特异性寡核苷酸探针”)是特异性地杂交至与XFS和/或青光眼
相关的核酸并在多态位点含有特异性等位基因(例如本文中描述的标记物或单体型)的约
10～50个碱基对或约15～30个碱基对的寡核苷酸。可以利用标准方法来制备特异于一
种或多种与XFS和/或青光眼相关的特定核酸的等位基因-特异性寡核苷酸探针(参见
例如，《分子生物学最新实验指南(Current Protocols in Molecular Biology)》，supra)。
PCR可以用于扩增所需区域。可以利用标准方法对含有扩增区域的DNA实施印迹分析(参见
例如，《分子生物学最新实验指南(Current Protocols inMolecular Biology)》，supra)，
并使印迹与该寡核苷酸探针接触。然后检测是否存在探针与扩增区域的特异性杂交。等位
基因-特异性寡核苷酸探针特异性地杂交至受治疗者的DNA是在与心血管疾病，包括冠脉
疾病和心肌梗塞相关的多态位点处特异性等位基因的指征(参见，例如，Gibbs，R.et al.，
Nucleic Acids Res.，17：2437-2448(1989)和WO 93/22456)。
[0250] 采用加入锁核酸(LNA)这种类似物，引物和探针的尺寸就能够减少至8个碱基那么少。LNA是一种新型的双环DNA类似物，其中在呋喃糖环上的2′和4′位置经由O-亚甲
基(氧基-LNA)、S-亚甲基(硫代-LNA)或氨基亚甲基(氨基-LNA)残基连接。对于所有
这些LNA变异的共同之处在于对互补核酸的亲合性是目前为止对于DNA类似物报道的最高
的。例如，当在分别与互补DNA或RNA络合时，已经证实了特别是所有氧基-LNA九聚物分
别具有64℃和74℃的解链温度(Tm)，而相对地相应的DNA九聚物对DNA和RNA都的解链温
度为28℃。对于引物和探针，根据其中包括LNA单体(例如，3′端、5′端，或在中部)的情
况，能够明显提高Tm。
[0251] 在另一种实施方式中，互补于来自受治疗者的靶核酸序列的寡核苷酸探针阵列，能够用于识别与XFS和/或青光眼相关的多态性(例如，表4和表6a中的多态性标记物，
以及与其连锁不平衡的标记物)。例如，可以使用寡核苷酸阵列。寡核苷酸阵列典型地
包含许多在不同的已知位置耦合至底物表面的不同寡核苷酸探针。这些阵列一般能够采
用机械合成方法或引入光刻法和固相核苷酸合成的组合的光定向合成方法，或通过本领
域技术人员所已知的其他方法来生产(参见，例如，Bier，F.F.，et al.Adv Biochem Eng
Biotechnol109：433-53(2008)；Hoheisel，J.D.，Nat Rev Genet 7：200-10(2006)；Fan，
J.B.，et al.Methods Enzymol 410：57-73(2006)；Raqoussis，J.& Elvidge，G.，Expert
Rev Mol Diagn 6：145-52(2006)；Mockler，T.C.，et al Genomics 85：1-15(2005)，及其
引述的参考文献，每一参考文献的全部教导都结合于本文中作为参考)。用于检测多态
性的寡核苷酸阵列制备和用途的许多其他描述，能够在例如美国专利US 6,858,394、US
6,429,027、US 5,445,934、US 5,700,637、US5,744,305、US 5,945,334、US 6,054,270、US
6,300,063、US 6,733,977、US 7,364,858、和欧洲专利EP 619 321、EP 373 203中找到，其
全部教导内容结合于本文中作为参考。
[0252] 本领域的技术人员可以利用的其他核酸合成方法能够用于检测与XFS和/或青光眼相关的多态位点的特定等位基因(例如，表4和表6a中所列出的多态性标记物，以及
与其连锁不平衡的标记物)，典型的方法包括，例如，直接手动测序法(Church和Gilbert，
Proc.Natl.Acad.Sci.USA，81：1991-1995(1988)；Sanger，F.，et al.，Proc.Natl.Acad.
Sci.USA，74：5463-5467(1977)；Beavis，et al.，U.S.PatentNo.5,288,644)；自动荧光测
序法；单链构象多态性分析法(SSCP)；钳片变性凝胶电泳法(clamped denaturing gel
electrophoresis，CDGE)；变性梯度凝胶电泳法(DGGE)(Sheffield，V.，et al.，Proc.
Natl.Acad.Sci.USA，86：232-236(1989))，迁移率改变分析(mobility shift analysis)
(Orita，M.，et al.，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，86：2766-2770(1989))；限制性内切酶分析
法(Flavell，R.，et al.，Cell，15：25-41(1978)；Geever，R.，et al.，Proc.Natl.Acad.
Sci.USA，78：5081-5085(1981))；异源双链体分析(heteroduplex analysis)；化学错配切
割(chemical mismatch cleavage)(CMC)(Cotton，R.，et al.，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，
85：4397-4401(1985))；核糖核酸酶保护分析(RNase protection assays)(Myers，R.，et
al.，Science，230：1242-1246(1985)；识别核苷酸错配的多肽的使用，例如大肠杆菌mutS
蛋白；以及等位基因-特异性PCR法。
[0253] 在本发明另一种实施方式中，XFS和/或青光眼的诊断能够通过检测与XFS和/或青光眼相关的核酸编码的多肽(例如，Chr15q24上的LOXL1基因编码的LOXL1多肽，在本发
明的遗传标记物或单体型在多肽的表达(例如，LOXL1的表达)和组成上发生变化的情况
下)的表达和/或组成来实施。因此，XFS和/或青光眼易感性诊断能够通过检测LOXL1，
或另一种与XFS和/或青光眼相关的核酸编码的多肽的表达和/或组成而完成，在那些情
况下，本发明的遗传标记物或单体型在多肽的表达(例如，LOXL1的表达)和组成上发生变
化。本发明已经证明与XFS和/或青光眼相关的单体型和标记物可以通过其对LOXL1基
因，或对一个或多个附近的基因的影响而起到一定作用。影响这些基因的可能机理包括，例
如，影响转录、影响RNA剪接、以相对量的mRNA可替代剪接形式改造、影响RNA稳定性、影
响从细胞核向细胞质的传输、以及影响翻译的效率和精度。例如，本发明人已经发现标记物
rs1048661(SEQ IDNO：106)与LOXL1表达相关。在该多态位点存在等位基因G与在脂肪组
织中LOXL1的表达降低有关。因此在一种实施方式中，可以通过检测LOXL1的表达水平来
诊断青光眼易感性升高，其中表达水平降低是青光眼和/或XFS易感性升高的指征。LOXL1
表达水平的检测也能够在本发明的其他方法，包括筛选分析法中使用。
[0254] 在另一种实施方式中，本发明已经证明与XFS和/或青光眼相关的变异(标记物或单体型)影响LOXL1附近的基因表达。众所周知，影响基因表达的调节元件可以位于远
离基因启动子区域的几十或甚至几百千碱基的位置。通过分析存在或不存在本发明至少一
种多态性标记物的至少一种等位基因，因此，就可能能够评价这种邻近基因的表达水平。因
此，可以设想，本发明的标记物或单体型的检测能够用于评价一个或多个这种邻近基因的
表达。
[0255] 各种方法能够用于检测蛋白表达水平，包括酶联免疫吸附分析法(ELISA)、蛋白质印迹法(Western blot)、免疫沉淀和免疫荧光法。受治疗者的试验样品用来评价是否存在
表达中的改变和/或与XFS和/或青光眼相关的核酸编码的多肽组成的改变。例如，在与
XFS和/或青光眼相关的核酸编码的多肽表达的改变能够是定量多肽表达的改变(即，产生
多肽的量)。与XFS和/或青光眼相关的核酸(例如，LOXL1)编码的多肽表达的改造是定
性多肽表达(例如，突变多肽的或不同剪接变异的表达)的改变。在一种实施方式中，XFS
和/或青光眼易感性的诊断是通过检测LOXL1基因编码的特定剪接变异，或由LOXL1基因
编码的剪接变异的特定模式来完成的。
[0256] 也可以存在这两种改变(定性和定量)。如本文中所使用的，多肽表达或组成的“改变”是指相比于对照样品中多肽的表达或组成，试验样品中的表达或组成的改变。对照
样品是对应于试验样品的样品(例如，来自于相同的细胞类型)，并且其来自于并未受XFS
和/或青光眼侵袭的和/或并不具有XFS和/或青光眼易感性的受治疗者。在一种实施
方式中，对照样品来自并不带有本文中所述的标记物等位基因或单体型的受治疗者。类似
地，与对照样品相比，试验样品中存在一种或多种不同的剪接变异，或试验样品中存在显著
不同含量的不同剪接变异，是XFS和/或青光眼易感性的指征。与对照样品相比，试验样品
中多肽的表达或组成的改变能够是在等位基因相对于对照样品中的参照进行改造的情况
下的特异性等位的指征。检测由核酸编码的多肽的表达或组成的各种方法对于本领域技术
人员是已知的，并且可以使用包括光谱法、比色法、电泳法、等电聚焦法、和免疫分析法(例
如，《分子生物学最新实验指南(Current Protocols in Molecular Biology)》，尤其是第
10章，增刊)。
[0257] 例如，在一种实施方式中，能够结合至由与XFS和/或青光眼相关的核酸，例如LOXL1蛋白或LOXL1蛋白的片段编码的多肽的抗体(例如，具有可检测标记物的抗体)都
可以使用。抗体可以是多克隆抗体或单克隆抗体。完整的抗体，或其片段(例如，Fv、Fab、
Fab’、F(ab’)2)都可以使用。有关探针或抗体的术语“标记物的”预想涵盖通过将可检测
物质结合(即物理地连接)至该探针或抗体而直接标记物该探针或抗体，以及通过与直接
标记物的另一种试剂的反应性而间接标记物探针或抗体。间接标记物的实例包括采用标记
物的二抗(例如，荧光标记物的二抗)检测一抗和采用生物素端标记物DNA探针以使其能
够利用荧光标记物的抗生蛋白链菌素来检测。
[0258] 在该方法的一种实施方式中，将试验样品中的由与XFS和/或青光眼相关的核酸编码的多肽，例如LOXL1蛋白或片段或其剪接变异的水平或含量，与对照样品中多肽的水
平或含量进行比较。试验样品中的多肽水平或含量高于或低于对照样品中多肽的水平或含
量以产生统计学上显著性差异是由核酸编码的多肽表达改变的指征，并用于对主要引起表
达中差异的特定等位基因或单体型的诊断。可替代地，使试验样品中多肽的组成与对照样
品中该多肽的组成进行比较。在另一种实施方式中，多肽的水平或含量和组成二者都在试
验样品和对照样品中进行评价。
[0259] 在另一种实施方式中，XFS和/或青光眼易感性的诊断，通过基于结合其他蛋白、基于RNA或基于DNA分析来检测本发明的至少一种标记物或单体型(例如，与表4和表6a
中所列出的标记物有关的等位基因，以及与其连锁不平衡的标记物)来完成。本发明的方
法也能够结合受治疗者家族病史和风险因子(例如，环境风险因子、生活方式风险因子)的
分析来使用。
[0260] 试剂盒
[0261] 本发明方法中所用试剂盒包含适用于本文中所述任何方法的组分，包括例如，核酸杂交的引物、杂交探针、限制性酶(例如，RFLP分析)、等位基因-特异性核苷酸、结合至
由本文中所述的本发明核酸编码的改造多肽(例如，含有本发明至少一种多态性标记物和
/或单体型的基因组片段)或结合至由本文中所述的本发明核酸编码的未改造(天然的)
多肽的抗体、与XFS和/或青光眼相关的核酸扩增的装置、用于与XFS和/或青光眼相关的
核酸(例如，由LOXL1基因编码的LOXL1蛋白)的核酸序列分析装置等。例如，该试剂盒可
以包括必要的缓冲液、扩增本发明核酸(例如，含有本文中所述一个或多个多态性标记物
的核酸片段)的核酸引物、和用于采用这种引物和必要酶(例如，DNA聚合酶)扩增片段的
等位基因-特异性检测的试剂。另外，该试剂盒能够提供用于与本发明的方法组合使用的
分析方法所使用的试剂，例如，采用其他XFS和/或青光眼诊断分析法所用的试剂。
[0262] 在一种实施方式中，本发明是用于分析来自受治疗者的样品以检测受治疗者中存在XFS和/或青光眼、与XFS和/或青光眼相关的症状、或XFS和/或青光眼易感性的试剂
盒，其中该试剂盒含有选择性检测个体基因组中本发明的至少一种多态性的至少一种等位
基因的必要试剂。在一种具体实施方式中，该试剂含有杂交至含有本发明至少一种多态性
的个体基因组片段的至少一种邻接寡核苷酸。在另一种实施方式中，该试剂包含杂交至由
受治疗者获得的基因组片段的相对链的至少一对寡核苷酸，其中每一寡核苷酸引物对经设
计以选择性地扩增个体包括至少一种多态性的基因组片段，其中该多态性选自由表4和表
6a中所列出的多态性，以及与其连锁不平衡的多态性标记物。在另外一种实施方式中，该片
段的尺寸为20个碱基对。这种寡核苷酸或核酸(例如，寡核苷酸引物)能够利用指征XFS
和/或青光眼的侧接多态性(例如，SNP或微卫星)的部分核酸序列来设计。在另一种实施
方式中，该试剂盒包含能够等位基因特异性检测与XFS和/或青光眼相关的一种或多种特
异性多态性标记物或单体型的一种或多种标记物的核酸、和用于检测该标记物的试剂。合
适的标记物包括，例如，放射同位素、荧光标记物、酶标记物、酶辅因子标记物、磁标记物、自
旋标记物、表位标记物。
[0263] 在特定的实施方式中，通过试剂盒的试剂进行检测的多态性标记物或单体型，含有一种或多种，两种或多种，三种或多种，四种或多种，或五种或多种选自由表4、表6a和表
16所列出的标记物组成的组中的标记物。在另一种实施方式中，该检测的标记物或单体型
包括表4中所列的标记物。在另一种实施方式中，该检测的标记物或单体型包括表6a中所
列的标记物。在另一种实施方式中，该检测的标记物或单体型包括至少一种与表15中所列
2
的标记物组强连锁不平衡(定义为r 值大于0.2)的标记物组中的至少一种标记物。在另
一种实施方式中，该检测的标记物或单体型含有至少一种选自由表16所列出的标记物。在
另一种实施方式中，该检测的标记物或单体型包括标记物rs1048661和rs3825942。
[0264] 在一种优选实施方式中，用于检测本发明标记物的试剂盒包含杂交至含待检测的SNP多态性的模板DNA片段的检测寡核苷酸探针、增强子寡核苷酸探针和核酸内切酶。如上
文所解释的，所述检测寡核苷酸探针在其3′端包含荧光部分或基团并且在其5′端包含
淬灭部分，并且如文献Kutyavin et al.(Nucleic Acid Res.34：e128(2006))中所描述的，
采用了一种增强子寡核苷酸。荧光部分可以是Gig Harbor绿或Yakima黄，或其他合适的
荧光部分。检测探针经过设计而杂交至包含待检SNP多态性的短核苷酸序列。优选地，SNP
在从端残基到检测探针3′端的-6个残基的任何位置。增强子是相对于检测探针的DNA模
板3′的短寡核苷酸探针。该探针被设计用于检测探针和增强子寡核苷酸探针都结合至模
板时二者之间存在单个核苷酸空位。该空位产生了核酸内切酶(如核酸内切酶IV)识别的
合成无碱基位点。该酶切除整个互补检测探针的染色基，但是并不能切除包含错配的检测
探针。因此，通过测定所释放荧光残基的荧光度，就能够评价是否存在通过检测探针的核苷
酸序列限定的特定等位基因。
[0265] 检测探针可以是任何合适的尺寸，但是优选该探针较短。在一种实施方式中，该探针的长度为5～100个核苷酸。在另一种实施方式中，该探针的长度为10～50个核苷酸。
而在另一种实施方式中，该探针的长度为12～30个核苷酸。而在另一种实施方式中，该探
针的长度为12～30个核苷酸。也可以使用其他长度的探针，并且它们都属于本领域普通
技术人员的技能范围。
[0266] 在一种优选的实施方式中，在检测之前通过聚合酶链反应(PCR)扩增含有SNP多态性的DNA模板。在一种这样的实施方式中，扩增的DNA起到检测探针和增强子探针的模
板作用。
[0267] 检测探针、增强子探针和/或用于通过PCR扩增模板的引物的某些实施方式，包括使用修饰的碱基，包括修饰的A和修饰的G。使用修饰的碱基能够用于将核苷酸分子(探针
和/或引物)的解链温度调节至模板DNA的解链温度，例如在含有低百分数的G或C碱基
的区域升高解链温度，其中可以使用能够使用能够结合于与其互补的T形成三个氢键的修
饰A，或例如通过采用对双链DNA分子中其互补的C碱基仅形成两个氢键的修饰G碱基，在
含有高百分比的G或C碱基的区域降低解链温度。在一种优选的实施方式中，在涉及检测寡
核苷酸探针设计中使用修饰碱基。在这些方法中可以选择技术人员已知的任何修饰碱基，
而基于本文中的教导和技术人员已知的可商购的已知碱基来选择合适的碱基，都属于技术
人员的知识范围。
[0268] 在一种这样的实施方式中，存在标记物或单体型是XFS和/或青光眼易感性(易感性升高或易感性降低)的指征。在另一种实施方式中，存在标记物或单体型是响应XFS
和/或青光眼治疗药剂的指正。在另一种实施方式中，存在标记物或单体型是XFS和/或
青光眼预后的指征。在另外一种实施方式中，存在标记物或单体型是XFS和/或青光眼治
疗进展的指征。这种治疗可以包括手术、药物或通过其他方式(例如，生活方式变化)的介
入。
[0269] 在本发明的另一方面，提供了一种药物包装(试剂盒)，该药物装包含治疗药剂和一套用于向诊断性地检测如本文中所述的本发明一种或多种变异的人给予该治疗药剂的
说明书。该治疗药剂可以是小分子药物、抗体、肽、反义或RNAi分子、或其他治疗性分子。在
一种实施方式中，指导被识别为本发明至少一种变异的载体的个体服用处方开具剂量的治
疗药物。在一种这样的实施方式中，指导被识别为本发明至少一种变异的纯合载体的个体
服用处方开具剂量的治疗药物。在另一种实施方式中，指导被识别为不携带本发明至少一
种变异的载体的个体服用处方开具剂量的治疗药物。
[0270] 在某些实施方式中，所述试剂盒进一步包含一套使用包含试剂盒的药剂的说明书。
[0271] 治疗药剂
[0272] 本发明的变异(例如，本发明的标记物和/或单体型，例如表4和表6a中所列出的标记物)能够用于识别XFS和/或青光眼的新型药物靶标。例如，含有与XFS和/或青
光眼相关的变异(标记物和/或单体型)，或其之连锁不平衡的基因(例如LOXL1基因)，
或其产物，以及直接或间接由这些变异基因或其产物调节的基因或其产物或与这些变异基
因或其产物相互作用的的基因或其产物，可以靶向于治疗XFS和/或青光眼，或预防或延迟
与XFS和/或青光眼相关的症状发作的治疗药物的开发。治疗药物可以包含例如，小的非
蛋白和非核酸分子、蛋白、肽、肽片段、核酸(DNA、RNA)、PNA(肽核酸)、或能够调节靶基因或
其基因产物的功能和/或水平的衍生物或模拟物中的一种或多种。在一种优选的实施方式
中，LOXL1基因靶向于预防或改善与XFS和/或青光眼相关的症状的治疗药物的开发。
[0273] 可以设想，基于递送LOXL1蛋白，通过直接递送蛋白，或通过间接递送能够诱使体内LOXL1产生载体的疗法是有利的。本发明人已经发现，LOXL1的两种非同义(编码)多态
性与青光眼(尤其是剥脱性青光眼)和XFS有关。本发明的具有风险变异氨基酸(在SEQ
ID NO：85的位置141处的精氨酸和在SEQ ID NO：85的位置153处的甘氨酸)可能会在蛋
白功能上受损。向对其有需要的人，其为被确诊患有青光眼或XFS或者具有发展青光眼或
XFS风险的个人递送蛋白，可以改善或预防与该病相关的症状。
[0274] LOXL1是在胞外胶原和弹性蛋白中催化赖氨酸(和羟基赖氨酸)残基氧化脱氨的酶家族的成员。这种酶的功能是产生反应性醛，并同时与其他醛类或未修饰的赖氨酸反应
以形成胶原和弹性蛋白纤维中发现的各种分子间或内交联。
[0275] 现在已知存在5种LOX酶家族的成员(Csiszar，K.Prog NucleicAcid Res 70：1-32(2001))。催化结构域是高度保守的并且含有催化功能所需的残基。(一种或多种)酶
利用了独特后翻译产生的辅助因子，其经由催化结构域中严格保守的Tyr和Lys残基之间
的交联而形成。这种辅助因子被称为赖氨酸-酪氨酸-醌(LTQ)，是高度亲电性的且直接
与-胺底物反应。该酶也结合催化性的Cu离子，其涉及过氧化氢的氧化化学和形成。
[0276] LOX成员的序列之间的主要差异在于蛋白的N-端结构域。所有的蛋白在N端都带有一个将蛋白引导至胞外基质(ECM)的约20个氨基酸信号序列。LOX和LOXL1蛋白也带有
一个长的前序列，近来的研究表明其对于使蛋白正确沉积至ECM是很重要的(Thomassin，
L.et al.J Biol Chem 280：42848-55(2005))。LOX和LOXL1的底物/功能性作用之间
主要的差别在于LOX主要负责胶原交联，而LOXL1主要与弹性纤维形成(elastogenesis)
的位点有关并与fibulin-5发生相互作用(Thomassin，L.et al.J Biol Chem280：
42848-55(2005)；Liu，X.et al.Nat Genet 36：178-82(2004))。一般而言，存在多个LOX成
员表明这些蛋白的非冗余功能，这已经在不同组织表达、分布等中得到大概证明。
[0277] 如上所述，LOX/LOXL1的前序列是蛋白在ECM中正确沉积所需的。另外，认为该含有前序列的酶形式是催化上惰性的。这种翻译后调节暗示了胞外蛋白酶，如丝氨酸蛋白酶
活化。
[0278] LOX和LOXL1中负责前序列切割的主要胞外蛋白是成骨蛋白-1(BMP-1)，也称之为前胶原蛋白-C-蛋白酶(PCP)(Csiszar，K.Prog Nucleic Acid Res 70：1-32(2001)；
Trackman，P.C.J Cell Biochem96：927-37(2005))。有意思的是，这种含锌蛋白酶也切割
前胶原蛋白，并且这个过程和随后的成熟胶原蛋白聚集成微原纤维通过LOX的氧化作用是
所需的(Trackman，P.C.J Cell Biochem 96：927-37(2005))。因此，将前胶原蛋白加工成
LOX的胶原蛋白底物的相同蛋白酶也是proLOX向功能性成熟酶的转化器，其对于交联的胶
原蛋白形成表现出高度完整的机制。
[0279] 几种已知的BMP-1底物的比对如下所示。
[0280]Chordin KLGDPMQA--DGPRGCRF
Laminin DTGDCYSG--DENPDlEC
Procollagen α1(I) DGGRYYRA--DDANVVRD
Procollagen α2(I) YDGDFYRA--DQPRSAPS
Procollagen(II) .....QYMRA--DQA............
Procollagen(III) GGFAPYYG--DEPMDFKI
Procollagen(VII) .....PSYAA--DTAG.........
LOX SHVDRMVG--DDPYNPYK
LOXL-1(D153) SVSQQRHG--DSASSVSA
Consensus A/G--D
[0281] 尽管严格定义的BMP-1酶切作用的抑制性序列还未确定，但该酶对在P-位的A或G和P′-位的D表现出了优先性。BMP-介导的人类LOX酶切作用出现在G168-D169
结 合 处(Panchenko，M.V.et al J Biol Chem 271：7113-19(1996)；Cronshaw，A.D.et
al.BiochemJ306：279-84(1995))。这从50kDa的前酶产生了32kDa的成熟蛋白。这在
LOXL1中的对应酶切位置还并未清楚地识别，尽管已经描述了各种产品，包括约66kDa、
56kDa、51kDa、42kDa、37kDa和33kDa的产物(Csiszar，K.Prog Nucleic Acid Res 70：
1-32(2001)；Borel，A.Et al J Biol Chem 276：48944-49(2001))。尽管已经提到了在位
置135和304处的G-D对作为可能的候选物，但在LOXL1(和其他成员)的糖基化作用中差
异很难基于分子量做出分配，并且分离的产物的N-端测序还未得到统一的酶切位点。
[0282] 有意思的是，G153D变异(G-rs1048661A-rs3825942单体型)揭示了哪里可以是BMP-1的隐藏的蛋白水解酶切位点。这就假设了由于ProLOXL1更有效的正确蛋白水解处
理，携带G-rs1048661、A-rs3825942单体型的个体相对于其他单体型而受到保护以避免发
生XFG和XFS。该酶的有效处理能够使得整个总活性和/或该酶在ECM中的沉积增加，这对
于消除在XFG中观察到的异常纤丝物质的有害累积是有益的。因此，可以认为直接地或通
过能够原位产生变异的核酸递送系统进行的G153D变异的治疗性递送是有益的治疗选项。
因此，在一种优选的实施方式中，所递送的蛋白在SEQ IDNO：85中的位置141处含有精氨酸
而在SEQ ID NO：85中的位置153处含有天门冬氨酸。
[0283] 而且，本发明人还发现，特征为在SEQ ID NO：85中的位置141处存在精氨酸的LOXL1蛋白与LOXL1的表达降低有关。这种观察结果指示了在该位置的交替的等位基因除
了将编码的氨基酸从亮氨酸(稀少的变异)改变成精氨酸(常见变异，或“野生型的”变
异)之外，也会影响LOXL1的表达。这种观察结果间接表明，递送LOXL1蛋白或诱导体内生
产LOXL1蛋白作为青光眼和XFS的治疗方式是有益的。
[0284] 本发明的核酸和/或变异，或包含其互补序列的核酸，也可以用作反义结构来控制细胞、组织或器官中的表达。与反义技术有关的方法对于技术人员而言是众所周知
的，并且描述和综述于文献AntisenseDrug Technology：Principles，Strategies，and
Applications，Crooke，ed.，Marcel Dekker Inc.，New York(2001)中。一般而言，反义核
酸分子经设计而互补于由基因表达的mRNA的区域，以使得反义分子杂交于该mRNA，由此阻
断mRNA翻译成蛋白。几种类型的反义寡核苷酸对于本领域内技术人员是已知的，包括切割
酶(cleaver)和阻断剂。前者结合至靶RNA位点，活化切割靶RNA的胞内核酸酶(例如，
RnaseH或Rnase L)。阻断剂结合至靶RNA，通过核糖体的空间位阻作用抑制蛋白翻译。阻断
剂的实例包括核酸、吗啉基化合物、锁核酸和磷酸甲酯(Thompson，Drug DiscoveryToday，
7：912-917(2002))。反义寡核苷酸可以直接用作治疗药剂，并且也适用于，例如通过基
因敲除或基因抑制(gene know-down)实验来确定和证实基因功能。反义技术进一步描
述于以下文献中：Lavery et al.，Curr.Opin.Drug Discov.Devel.6：561-569(2003)、
Stephens et al.，Curr.Opin.Mol.Ther.5：118-122(2003)、Kurreck，Eur.J.Biochem.270：
1628-44(2003)，Dias et al.，Mol.Cancer Ter.1：347-55(2002)、Chen，Methods Mol.
Med.75：621-636(2003)、Wanget al.，Curr.Cancer Drug Targets 1：177-96(2001)、和
Bennett，Antisense Nucleic Acid Drug.Dev.12：215-24(2002)。
[0285] 本文中描述的变异能够适用于选择和设计特异于特定变异的反义试剂。采用有关本文中所述变异的信息，就能设计出特异性地靶向于含有本发明一种或多种变异的mRNA
分子的反义寡核苷酸或其他反义分子。按照这种方式，含有本发明的一种或多种变异(标
记物和/或单体型)的mRNA分子的表达就能够被抑制或阻断。在一个种实施方式中，反义
分子经过设计而特异性地结合靶核酸的特定等位基因形式(即，一个或几个变异(等位基
因和/或单体型))，由此抑制来源于该特异性等位基因或单体型的产物的翻译，却不会结
合靶核酸分子的特异性多态位点的其他或替代变异。
[0286] 由于反义分子能够用于使mRNA失活而抑制基因表达，并由此抑制蛋白表达，因此该分子能够用于治疗诸如XFS和/或青光眼的疾病或病症。这种方法能够涉及借助于含有
互补于mRNA中一个或多个区域以削弱mRNA被翻译能力的核苷酸序列的核酶进行的切割作
用。这种mRNA区域包括，例如，编码蛋白的区域，尤其是对应于催化活性的编码蛋白的区
域、底物和/或配体结合位点、或蛋白的其他功能性结构域。
[0287] 自从其最初在线虫中发现以来，近十几年来已经对RNA干涉(RNAi)的现象进行了积极的研究(Fire et al.，Nature 391：806-11(1998))，并且最近几年，人们在积极地
探寻其在治疗人类疾病中的潜在用途(综述于文献Kim & Rossi，Nature Rev.Genet.8：
173-204(2007)中)。RNA干涉(RNAi)也被称为基因沉默，其基于使用双链RNA分子(dsRNA)
来切断特异性基因。在细胞中，通过细胞复合物将细胞质双链RNA分子(dsRNA)处理为小
干扰RNA(siRNA)中。siRNA引导蛋白-RNA复合物靶向于靶标mRNA上的特异性位点，导致
该mRNA的割裂(Thompson，Drug DiscoveryToday，7：912-917(2002))。siRNA分子的长度
典型地为约20、21、22或23个核苷酸。因此，本发明一方面涉及分离的核酸分子，以及使用
这些分子进行RNA干涉的应用，即作为小干扰RNA分子(siRNA)。在一种实施方式中，分离
的核酸分子的长度为18～26个核苷酸，优选的长度为19～25个核苷酸，更优选的长度为
20～24个核苷酸，而最优选的长度为21，22或23个核苷酸。
[0288] RNAi-介导的基因沉默的另一途径源于内源性编码的初级微小RNA(pri-miRNA)转录物，其在细胞中被处理以产生前体miRNA(pre-miRNA)。这些miRNA分子从细胞核转
运出到细胞质，其中它们经过处理以产生成熟miRNA分子(miRNA)，其通过识别在mRNA的
3′未翻译区域中的靶位点而指引翻译抑制作用，并随后通过加工处理小体(P-body)而使
mRNA降解(综述于文献Kim &Rossi，Nature Rev.Genet.8：173-204(2007)中)。
[0289] RNAi的临床应用包括引入合成的siRNA双链体，其优选尺寸为约20～23个核苷酸，且优选具有2个核苷酸的3′重叠。基因表达的抑制作用通过对于靶mRNA的序列特异
性设计而确立。对于这种分子的最优设计和合成的几个商业化位点对于本领域技术人员而
言是已知的。
[0290] 其他应用提供了更长的siRNA分子(典型地长度上25～30个核苷酸，优选约27个核苷酸)，以及小发夹RNA(shRNAs；典型地长度为约29个核苷酸)。后者自然表
达，如在文献Amarzguioui et al.(FEBS Lett.579：5974-81(2005)中所述。化学合成
的siRNA和shRNA是用于体内加工的底物，而在一些情况下比较短的设计提供更为有效
的基因-沉默(Kim et al.，Nature Biotechnol.23：222-226(2005)；Siolas et al.，
Nature Biotechnol.23：227-231(2005))。一般而言，siRNA提供基因表达的短暂沉默，
因为其胞内浓度通过随后细胞分裂而稀释。相对而言，因为只要shRNA发生转录，表达的
shRNA就会介导长期且稳定的靶标转录物抑制(Marques et al.，Nature Biotechnol.23：
559-565(2006)；Brummelkamp et al.，Science296：550-553(2002))。
[0291] 既然包括siRNA、miRNA和shRNA的RNAi分子以序列依赖性的方式发生作用，则本发明的变异(例如，与LOXL1基因相关的标记物和/或单体型(SEQ ID NO：列于表4、表
6a和表15中的标记物和单体型)，就能够用于设计识别含有特异性等位基因和/或单体型
(例如，本发明的等位基因和/或单体型)的特异性核酸分子而并不识别含有其他等位基
因或单体型的核酸分子的RNAi试剂。这些RNAi试剂因此能够识别和破坏靶核酸分子。正
如反义试剂一样，RNAi试剂能够用作治疗药剂(即，用于切断疾病相关的基因或疾病相关
的基因变异)，并且也可以适用于表征和确认基因功能(例如，通过基因敲除或基因抑制实
验)。
[0292] RNAi的递送可以通过本领域技术人员已知范围内的方法来实施。利用非病毒递送的方法包括胆固醇、稳定核酸-脂质颗粒(SNALP)、重链抗体片段(Fab)、适体(aptamer)
和纳米粒子。病毒递送方法包括使用慢病毒、腺病毒和腺相关的病毒。在一些实施方式
中，siRNA分子经过化学修饰以增加其稳定性。这可以包括在核糖的2′位置的修饰，包括
2’-O-甲基嘌呤和2′-氟嘧啶，这提供了对核糖核酸酶活性的抗性。也可以进行其他化学
修饰，这对于本领技术人员而言是已知的。
[0293] 以下参考文献提供了RNAi进一步的概述，以及使用RNAi用于靶向特异性基因的可能性：Kim & Rossi，Nat.Rev.Genet.8：173-184(2007)、Chen & Rajewsky，Nat.
Rev.Genet.8：93-103(2007)、Reynolds，et al.，Nat.Biotechnol.22：326-330(2004)、
Chi et al.，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 100：6343-6346(2003)、Vickers et al.，J.Biol.
Chem.278：7108-7118(2003)、Agami，Curr.Opin.Chem.Biol.6：829-834(2002)、Lavery，
et al.，Curr.Opin.Drug Discov.Devel.6：561-569(2003)、Shi，Trends Genet.19：
9-12(2003)、Shuey et al.，Drug Discov.Today 7：1040-46(2002)、McManus et al.，Nat.
Rev.Genet.3：737-747(2002)、Xia et al.，Nat.Biotechnol.20：1006-10(2002)，Plasterk
et al.，curr.Opin.Genet.Dev.10：562-7(2000)、Bosher et al.，Nat.Cell Biol.2：
E31-6(2000)、和Hunter，Curr.Biol.9：R440-442(1999)。
[0294] 包括反义、小分子药物和RNAi的抑制剂也能够用于扰乱细胞表达控制以增加LOXL1的表达。因此，抑制剂能够用于靶向LOXL1的转录调节剂。减缓或降低这种调节剂的
活性则将会导致LOXL1转录增加。因此，本发明也涉及靶向LOXL1转录调节剂的抑制剂的
用途。也可以认为位于导致、或影响LOXL1的细胞途径上游的基因产物可以成为这种抑制
剂的靶标。这种抑制剂可以导致LOXL1表达的抑制作用，或它们可以导致LOXL1表达的提
高，这取决于所讨论基因产物的正常生物学功能。
[0295] 眼睛是相对独立的组织隔间，从而使得其对于蛋白疗法或包括利用RNAi分子的基因疗法是很理想的。通过眼内注射而局部递送至眼睛限制了身体的其余部位的暴露，从
而降低了所需治疗药剂的用量。例如，与系统应用相比，用于眼部递送的siRNA用量是很小
的。这使得局部基因沉默，而几乎不会在眼外组织中影响基因。已经报道了几种siRNA眼
部给药的应用，这在文献Campochiaro(GeneTherapy 13：559-62(2006))中进行了综述。
[0296] 导致发展包括XFS和/或青光眼之类的疾病的诱因或风险升高的遗传缺陷，或导致疾病的缺陷，可以通过向携带这种缺陷的受治疗者给予引入提供遗传缺陷位置的正常/
野生型核苷酸修复序列的核酸片段而得到永久性地校正。这样的特异性位点修复序列可以
包括那些起作用以促进受治疗者基因组DNA内生修复的RNA/DNA寡核苷酸。这种修复序列
的给药可以通过合适的载体如与聚乙烯亚胺的络合物、包封在阴离子脂质体中、病毒载体
如腺病毒载体、或适用于促进给定核酸胞内吸收的其他药物组合物。然后，由于嵌合的寡核
苷酸诱使将正常序列引入到受治疗者基因组中，导致正常/野生型基因产物的表达，从而
克服了遗传缺陷。这种替换发生增殖，由此提供永久性修复和改善与该疾病或病症有关的
症状。
[0297] 本发明提供了用于识别能够用于治疗XFS和/或青光眼的化合物或药剂的方法。因此，本发明的变异使用用作识别和/或开发治疗药剂的靶标。这样的方法可以包括分析
药剂或化合物的调节包含本发明至少一种变异(标记物和/或单体型)，或该核酸编码的产
物的核酸活性和/或表达的能力。而这又能够用于识别抑制或改变所编码的核酸产物的不
需要的活性或表达的药剂或化合物。完成这种实验的分析能够在基于细胞的系统或无细胞
的系统中实施，这对于技术人员而言是已知。基于细胞的系统包括天然表达所关心核酸分
子的细胞，或已经进行遗传修饰而表达某些所需核酸分子的重组细胞。
[0298] 能够通过含变异的核酸序列(例如，含有本发明至少一种变异的基因，其能够转录到含有至少一种变异的RNA中，而翻译到蛋白中)的表达，或通过由于影响正常转录表达
的水平或方式的变异，例如在该基因的调节或控制区域的变异改变正常/野生型核酸序列
的表达来评价患者中的变异基因表达。对于基因表达的分析包括直接核酸分析(mRNA)、表
达的蛋白水平的分析、或在通路例如信号通路中涉及的附带化合物的分析。此外，也能够对
响应该信号通道而上调或下调的基因表达进行分析。一种实施方式包括可操作地将报告基
因(如荧光素酶)连接至所关心基因的调节区域。
[0299] 在一种实施方式中，当细胞与候选化合物或药剂接触时，就能够识别基因表达的调控子，从而确定mRNA的表达。将存在候选化合物或药剂时的mRNA表达水平与不存在该
化合物或药剂时的表达水平相比较。基于这种比较，能够将治疗XFS和/或青光眼的候选
化合物或药剂确定为调控变异基因的基因表达的那些化合物或药剂。当mRNA或所编码蛋
白的表达在存在候选化合物或药剂时比不存在时在统计学上显著性提高时，则候选化合物
或药剂就被认为是该核酸表达的刺激剂或增量调节剂。当存在候选化合物或药剂时核酸表
达或蛋白水平比不存在该候选化合物或药剂时统计学上显著减少时，该候选化合物被认为
是核酸表达的抑制剂或减量调节剂。本发明进一步提供了采用通过药物(化合物和/或药
剂)筛选而识别为基因调节剂(即基因表达的刺激剂和/或抑制剂)的化合物的治疗方法。
[0300] 在本发明的另一方面，提供了一种药物包装(试剂盒)，该药物包装包含治疗药剂和一套用于向诊断测试本发明如本文中所公开的一种或多种变异的人给予该治疗药物的
说明书。治疗药剂可以是小分子药物、抗体、肽、反义或RNAi分子、或其他治疗性分子。在
一种实施方式中，指导被识别为本发明至少一种变异的载体的个体服用处方开具剂量的该
治疗药剂。在一种这样的实施方式中，指导被识别为本发明至少一种变异的纯合载体的个
体服用处方开具剂量的该治疗药剂。在另一种实施方式中，指导被识别为本发明的至少一
种变异的非载体的个体服用处方开具剂量的该治疗药剂。
[0301] 评价响应治疗药剂的概率的方法、监控治疗进展和治疗方法的方法
[0302] 如本领域内所知，个体对特定疗法(如，治疗药剂或治疗方法)具有响应差异。药理基因组学讲述了遗传变异(例如，本发明的变异(标记物和/或单体型))是如何由于
改变的药物性质和/或异常的或改变的药物行为影响药物响应的事项。因此，差异性响应
的基础部分是由遗传上决定的。由于影响药物响应的遗传变异，临床结果可以在某些个体
(例如，本发明遗传变异的载体或非载体)中产生药物毒性，或药物的治疗无效。因此，本发
明的变异可以确定治疗药剂和/或方法作用于身体的方式，或身体代谢治疗药剂的方式。
[0303] 因此，在一种实施方式中，在多态位点处存在特定的等位基因或单体型，是对特定治疗方式不同响应，例如不同响应率的指征。这是指诊断患有XFS和/或青光眼，以及携带
本发明的多态位点某个等位基因或单体型(例如，本发明的风险标记物)的患者，将更好地
或更差地响应具体的治疗、药物和/或其他用于治疗该疾病的疗法。因此，存在或不存在该
标记物等位基因或单体型能够辅助确定应该对该患者采取什么治疗。例如，对于刚刚确诊
的患者，就可以评价本发明的标记物或单体型的存在(例如，通过来源于血样的DNA测试，
如本文中所述)。如果该患者对于标记物等位基因或单体型(即，存在该标记物的至少一
种特异性等位基因，或单体型)呈阳性，则医师就推荐一种特定的疗法，而如果该患者对于
标记物的至少一种等位基因，或单体型呈阴性，就可以推荐一种不同的疗程(除了并行监
控该疾病的进展之外，这可以包括推荐非立即实施的疗法)。因此，患者的携带者状态能够
用于辅助决定应该采取的特定治疗方式。这种价值在于能够在早期阶段诊断该疾病的可能
性，以选择最合适的治疗，并向临床医师提供有关该疾病预后/侵袭的信息，以便能够采取
最合适的治疗。那些尤其受益于特定治疗方式的个体的这类型选择，可设想适用于如青光
眼和剥脱性综合征之类的眼疾的很宽范围内的治疗药物，包括在本文中的药剂表I中所列
出的治疗药剂。
[0304] 本发明另一方面涉及基于其对特定治疗发展特定并发症或副作用而选择适合特定治疗方式的个体的方法。众所周知，大多数治疗药剂都能导致某些有害的并发症或副作
用。类似地，某些治疗方法或手术可以具有与其相关的并发症。这些特定治疗的或与之相
关的并发症或副作用如同疾病一样会遗传。因此，可以设想能够部分地通过确定个体的基
因型，并采用该个体的基因型状态来确定治疗该特定疾病的合适治疗方法或合适治疗药物
来选择合适治疗或治疗药剂。因此，可以设想，本发明的多态性标记物能够按照这种方式来
使用。具体而言，本发明的多态性标记物能够基于对由于给予特定治疗药剂或治疗方式或
方法而使个体发展与剥脱性综合征和/或青光眼相关症状的可能性的评估，来确定给予特
定的治疗药剂或治疗方式或方法是否适合于该个体。这种不加选择地使用这种治疗药物或
治疗方式会由于有害的并发症而导致不必要的和无益的个体失明。
[0305] 在这方面的一种实施方式中，本发明的遗传标记物用于选择性适用于接受玻璃体内类固醇注射的个体。玻璃体内皮脂类固醇常用于治疗眼中由于各种水肿和新生血管的
眼内疾病所致的发炎，包括糖尿病继发性黄斑水肿、人工晶状体、中心视网膜血管堵塞、和
葡萄膜炎、以及辐射诱导的水肿、与色素性视网膜炎有关的黄斑水肿、继发于鸟枪弹样视网
膜脉络病变的囊状黄斑水肿(systoid macularedema)、以及渗出性年龄相关的黄斑退化、
增生性糖尿病视网膜病变、新生血管青光眼、增生性玻璃体视网膜病变、慢性葡萄膜炎、获
得性旁中心凹毛细血管扩张、在眼组织胞浆菌病综合征中的脉络膜新血管化、交感性眼炎、
早期肺结核性低眼压(prephthisical ocularhypotony)、和小柳原田综合征中的浆液性
视网膜脱离(Reichle，M.Optometry 76：450-460(2005))。已知局部和系统性的皮脂类固
醇与眼压升高(IOP)增加有关，一般人群中的30％～40％增加，而在患有原发性开角型
青光眼(POAG)的人的直系近亲属(first-degreerelative)中的约60％增加(Reichle，
M.Optometry 76：450-460(2005)；Krishnadas，R.& Ramakrishnan，R.，Community Eye
Health 14：40-42(2001)；Wordinger，R.J.& Clark，A.F.，Progr Retinal Eye Research
18：629-667(1999))。已知IOP升高与剥脱性综合征和青光眼相关，并且由此由于给予类固
醇，升高的IOP会导致更容易患上剥脱性综合征。具体而言，值得注意的是已知剥脱性综合
征的特征性剥脱性物质会累积于小梁网，而该物质的量与眼中的轴突数反向相关，这指示
了网状结构中剥脱性物质的堆积与疾病症状的发展之间的直接致病关系(Ritch，et al.，
Progr Retinal Eye Research 22：253-275(2003))。
[0306]
[0307]
[0308] 典型的皮脂类固醇由药剂表II中所示出的糖皮质激素类来提供。
[0309] 识别这些由于在选择合适的疗法之前给予类固醇以致发展并发症高风险的个体，能够显著地降低不必要的皮脂类固醇致盲。因为本发明的多态性标记物能够用于确定个
体发展青光眼和伪剥脱性综合征和与之相关的症状，包括眼压升高的风险是否升高(或降
低)，可以认为该标记物也可以用于确定个体是否因为给予天然的或合成的皮脂类固醇而
发展IOC升高和/或青光眼的风险升高。因此，在一种实施方式中，本发明涉及确定人类
个体发展眼压升高和/或青光眼的风险是否作为用糖皮质激素治疗药物治疗并发症的方
法，该方法包括检测是否存在个体中获得的核酸样品中至少一种多态性标记物的至少一种
等位基因，其中该至少一种多态性标记物与LOXL1基因有关，而其中存在至少一种等位基
因是作为用糖皮质激素治疗药物治疗并发症而发展眼压升高和/或青光眼的风险升高的
指征。这些属于本发明风险变异(例如，标记物rs2165241等位基因T、rs1048661等位基
因G或rs3825942等位基因G，或G-rs1048661 G-rs3825942单体型，以及与其连锁不平衡
的标记物)的携带者的个体，发展这些并发症的风险升高，而不太适合接受皮质激素类疗
法。可以认为这些属于本发明多于一种的风险变异(例如，标记物rs2165241等位基因T、
rs1048661等位基因G或rs3825942等位基因G，或G-rs1048661G-rs3825942单体型，以及
与之连锁不平衡的标记物)的携带者的个体对于这些并发症尤其脆弱。而且，可以认为那
些对于本发明的至少一种风险变异(标记物或单体型)是纯合的个体(即，两条染色体都
具有风险变异)尤为脆弱。因此，这可以认为种个体对于作为用糖皮质激素治疗药物治疗
并发症而发展眼压升高和/或青光眼尤为脆弱。
[0310] 常见用于向眼部递送的糖皮质激素治疗药物，包括但不限于，倍他米松、丁氯倍他松、地塞米松、氟米龙、醋酸氢化可的松、泼尼松龙、利美索龙、氯替泼诺、和甲羟松。
[0311] 携带发展与剥脱性综合征和/或青光眼相关症状的保护性变异，例如本发明多态性标记物的保护性等位基因的个体，可以适用于实施糖皮质激素治疗方法，因为作为用糖
皮质激素治疗药物治疗并发症而发展眼压升高和/或青光眼的风险降低。保护性变异包
括标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)等位基因T、标记物rs3825942(SEQID NO：107)等
位基因A、G-rs1048661A-rs3825942单体型、和与其连锁不平衡的标记物或单体型。携带
标记物rs1048661(SEQ IDNO：106)等位基因T和标记物rs3825942(SEQ ID NO：107)等
位基因A这两种标记物的个体，或属于携带G-rs1048661A-rs3825942单体型的个体是更
加适合的。尤其适合的个体是那些携带标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)等位基因T
和/或标记物rs3825942(SEQ ID NO：107)等位基因A、或G-rs1048661A-rs3825942或
T-rs1048661G-rs3825942单体型的两个拷贝的个体，即他们对于两种标记物或单体型是纯
合的。
[0312] 因此，在某些实施方式中，适合接受特定疗法，即糖皮质激素治疗药物疗法的个体是那些并不携带本发明的风险变异的个体，或那些杂合携带者的个体，包括那些对于本发
明SNP标记物或单体型的保护性变异是杂合的个体。
[0313] 本发明的保护性变异的基因型状态(例如，标记物rs1048661(SEQ ID NO：106)等位基因T和标记物rs3825942(SEQ ID NO：107)等位基因A，或G-rs1048661A-rs3825942单
体型)能够通过评价标记物rs1048661和标记物rs3825942的基因型，或通过评价与之连
锁不平衡的标记物的基因型来确定，以得到该保护性变异的遗传效应。
[0314] 本发明也涉及监控XFS和/或青光眼治疗进展或疗效的方法。这可以基于本发明标记物和单体型的基因型和/或单体型状态通过评价存在或不存在本文中所公开的至少
一种多态性标记物的至少一种等位基因，或通过监控与本发明的变异(标记物和单体型)
有关的基因表达而实施。风险基因mRNA或编码的多肽能够在组织样品(例如，外周血液样
品，或活组织检查样品)中测定。因此，表达水平和/或mRNA水平能够在治疗之前和期间
进行检测而监控其疗效。可替代地，或伴随地，按照本文提出的XFS和/或青光眼至少一种
风险变异的基因型和/或单体型状态，在治疗之前和期间进行测定而监控器疗效。
[0315] 可替代地，有关本发明的标记物和单体型的生物网络或代谢途径能够通过检测mRNA和/或多肽水平进行监控。这能够例如通过监控治疗之前和/或期间所取样品中属于
该网络和/或途径的几种基因的表达水平或多肽来实施。可替代地，属于生物网络或代谢
途径的代谢物能够在治疗之前和期间进行测定。治疗的疗效通过在治疗期间所观察到的表
达水平/代谢物水平的变化对照于健康受治疗者对应数据而进行测定。
[0316] 在进一步方面，本发明的标记物能够用于提高临床试验的功效和效率。因此，属于本发明的至少一种风险变异的携带者的个体，即属于带来发展XFS和/或青光眼风险升高
的至少一种多态性标记物的至少一种等位基因携带者的个体，可以更容易地响应特定的治
疗方式。在一种实施方式中，携带特定治疗(例如小分子药剂)靶向的通道和/或代谢网
络中基因风险变异的个体更易于成为这种治疗的响应者。在另一种实施方式中，携带基因
风险变异的个体，通过风险变异改变表达和/或功能，更易于成为靶向那种基因、其表达或
其基因产物的治疗方式的响应者。这种应用能够改进临床诊断的安全性，但是也增强临床
试验将会证实统计学上显著性效能的可能性，这可以限制于某些人群的子组。因此，这种试
验的一个可能的结果是，某些遗传变异，例如本发明的标记物和单倍体的携带者在统计学
上显著地易于显示出对治疗药剂的保护性响应，即当采用这种治疗药剂或药物开具处方时
会体验与XFS和/或青光眼相关症状的改善。
[0317] 在另一方面，本发明的标记物和单体型能够适用于针对特定个人来选择药物。治疗方式的个性化选择以及改变生活方式或这二者的组合能够通过利用本发明的风险变异
实现。因此，对于本发明特定标记物的个人状态的认知，能够适用于选择靶向由本发明风险
变异侵袭的基因或基因产物的治疗选择。变异的某些组合可以适用于治疗选项的一种选
择，而一种基因变异组合可以靶向其他治疗选项。这种变异组合可以包括一个变异、两个变
异、三个变异、或四个或多个变异，按需以临床可靠的精度确定治疗方式的选择。
[0318] 除了本发明变异的诊断和治疗用途，变异(标记物和单倍体)也能够是适用于人类识别的有用标记物，且同样适用于法医取证(forensics)、亲子鉴定试验和生物统
计学中。对于法医取证目的的SNP的特异性用途由文献Gill(Iht.J.Legal Med.114：
204-10(2001))进行了综述。个体之间的基因组DNA中的遗传变异能够用作遗传标记物而
识别个体以及关联个体的生物样品。包括SNP和微卫星的遗传标记物能够用于区分个体。
所分析的标记物越多，在任何给定的个体中标记物的等位基因组合与无关个体(假设该标
记物是无关的，即完美连锁平衡的标记物)中相同的可能性就越低。
[0319] 因此，这些目的所用的变异优选是无关的，即它们独立地进行遗传。因此，优选的标记物是选自可利用的标记物，如本发明的标记物，而所选的标记物可以含有人类基因组
中不同区域的标记物，包括在不同染色体上的标记物。
[0320] 在某些应用中，适用于法医取证试验的SNP来自于退化的密码子位置(即，在某些密码子中第三位置而使SNP的变异并不会影响由该密码子编码的氨基酸)。在其他应用中，
用于预测表型特征应用的这些包括，种族、血统或体格特征，利用影响所编码的蛋白的氨基
酸序列的SNP，或许是更有用的并且是所需的。在其他这种实施方式中，变异(SNP或其他多
态性标记物)影响邻近基因的表达水平，由此导致蛋白表达的改变。
[0321] 核酸和多肽
[0322] 本文中所述的核酸和多肽能够应用于本发明的方法和试剂盒，如上所述。
[0323] 如本文中所使用的，“分离的”核酸分子是一种从正常侧接基因或核苷酸序列(如在基因组序列中的一样)的核酸中离析出来和/或完全或部分从其他转录序列(例如，如
RNA库中的一样)进行纯化的核酸。例如，本发明的离析核酸能够关于其中天然产生的复杂
细胞环境，或当通过重组技术生产时的培养介质，或当化学合成时的化学前体或其他化学
品，基本上是离析的。在一些情况下，离析的物质将形成组合物的部分(例如，含其他物质
的粗提取物)，缓冲系统或试剂混合物。在其他情况下，物质能够纯化成基本均质，例如按
照聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)或柱色谱(例如，HPLC)测定。本发明离析的核酸分子能够
含有所有存在的大分子物种的至少约50％，至少约80％或至少约90％(基于mol)。关于
基因组DNA，术语“离析的”也能够指从基因组DNA天然相关的染色体离析的核酸分子。例
如，离析的核酸分子能够含小于约250kb，200kb，150kb，100kb，75kb，50kb，25kb，10kb，5kb，
4kb，3kb，2kb，1kb，0.5kb或0.1kb在核酸分子衍生的细胞基因组DNA中侧接核酸分子的核
苷酸。
[0324] 核酸分子能够融合到其他编码或调节序列中而仍被当作是离析的。因此，在载体中含有的重组DNA包含于本文所使用的“离析的”的定义中。而且，分类的核酸分子包括杂
合的宿主细胞或杂合的生物种的重组DNA分子，以及溶液中部分或基本纯化的DNA分子。
“离析的”核酸分子也涵盖本发明DNA分子的体内和体外RNA转录物。离析的核酸分子或核
苷酸序列能够包括化学地或通过重组方式合成的核酸分子或核苷酸序列。这种离析的核苷
酸序列，例如，适用于生产编码的多肽，作为用于离析同源序列(例如，从其他哺乳动物物
种)，基因定位(例如，通过原位与染色体杂交)，如通过北方蛋白质印迹分析或其他杂交技
术检测组织中基因的表达(例如，人体组织)的探针。
[0325] 本发明也涉及在高严格杂交条件下杂交，如选择性杂交至本文中描述的核苷酸序列的核酸分子(例如，特异性杂交至含有与本文中所述的标记物或单体型有关的多态位点
的核苷酸序列核酸分子)。这中核酸分子能够通过等位基因-或序列特异性杂交(例如，在
高严格条件下)而进行检测和/或离析。用于核酸杂交的严格条件和方法对于技术人员而
言是众所周知的(参见，例如，CurrentProtocols in Molecular Biology，Ausubel，F.et
al，J ohn Wiley & Sons，(1998)，以及Kraus，M.和Aaronson，S.，Methods Enzymol.，200：
546-556(1991)，其全部教导内容结合于本文中作为参考)。
[0326] 两个核苷酸或氨基酸序列的百分数同一性能够通过为了最佳对照目的而比对序列(例如，可将空位引入到第一序列的序列中)。然后，在对应位置的核苷酸或氨基酸进行
对照，而两序列之间的百分数同一性是由序列共享的同一性位置数的函数(即％同一性＝
#同一性位置数/位置总数#×100)。在某些实施方式中，为了对照目的的比对序列的长度
为参照序列长度的至少30％，至少40％，至少50％，至少60％，至少70％，至少80％，至少
90％，或至少95％。两个序列的试剂对照能够通过熟知的方法，例如采用数学算法而完成。
这种数学算法的非限制性实例描述于文献Karlin，S.和Altschul，S.，Proc.Natl.Acad.
Sci.USA，90：5873-5877(1993)中。这种算法引入到NBLAST和XBLAST程序(2.0版)中，
正如文献Altschul，S.et al.，Nucleic Acids Res.，25：3389-3402(1997)中所述。当采
用NBLAST和XBLAST程序时，能够使用各个程序(例如，NBLAST)的缺省参数。参见万维网
上的网站ncbi.nlm.nih.gov。在一种实施方式中，序列对照中的参数能够设为计分＝100，
字长＝12，或能够进行变化(例如，W＝5或W＝20)。
[0327] 其他实例包括Myers和Miller算法，如在文献Torellis，A.和Robotti，C.，Comput.Appl.Biosci.10：3-5(1994)中描述的CABIOS(1989)，ADVANCE和ADAM；和描述于
文献Pearson，W.和Lipman，D.，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，85：2444-48(1988)中的FASTA。
[0328] 在另一种实施方式中，两氨基酸序列之间的百分比同一性能够采用在GCG软件包中的GAP程序(Accelrys，Cambridge，UK)实现。
[0329] 本发明也提供了含有在高度严格条件下杂交至含有，或由LOXL1 LD结构单元(SEQID NO：84)的核苷酸序列，LOXL1基因的核苷酸序列，或含有，或由LOXL1 LD结构单元，或
LOXL1基因构成的核苷酸序列，而构成的核酸的片段或部分的离析核酸分子，其中所述核苷
酸序列含有本文中所述的标记物和单体型中所含的多态等位基因。本发明还提供含有在
高度严格条件下杂交至含有，或由LOXL1基因(SEQ ID NO：84)的核苷酸序列，或含有或由
LOXL1核苷酸序列的互补链构成的核苷酸序列构成的核酸，其中所述核苷酸序列含有至少
一种本文中所述的标记物和单体型中所含的多态性等位基因。本发明的核酸片段有至少约
15，至少约18，20，23或25个核苷酸，而长度上能够有30、40、50、100、200、500、1000、10,000个或更多个核苷酸。
[0330] 本发明的核酸片段在诸如本文中所描述的那些分析中用作探针或引物。“探针”或“引物”是以碱基特异性模式杂交至核酸分子互补链的寡核苷酸。除了DNA和RNA，
这种探针和引物包括多肽核酸(PAN)如描述于文献Nielsen，P.et al.，Science 254：
1497-1500(1991)中。探针或引物含有杂交至至少约15，典型地约20～25，而在某些实施
方式中约40、50或75个连续核苷酸核酸分子的核苷酸序列的区域。在一种实施方式中，该
探针或引物含有本文中描述的至少一种多态性标记物的至少一种等位基因或至少一种单
体型，或其互补链。在具体实施方式中，探针或引物能够含有100或更少的核苷酸；例如，在
某些实施方式中，6～50个核苷酸，例如，12～30个核苷酸。在其他实施方式中，探针或引
物与邻接核苷酸序列或邻接核苷酸序列的互补链具有至少70％同一性，至少80％同一性，
至少85％同一性，至少90％同一性，或至少95％同一性。在另一种实施方式中，探针或引物
能够选择性地杂交至邻接的核苷酸序列或该邻接核苷酸序列的互补链。该探针或引物经常
进一步包含标记物，例如放射同位素、荧光标记物、酶标记物、酶辅因子标记物、磁标记物、
自旋标记物、表位标记物。
[0331] 本发明的核酸分子，如以上所描述的那些，能够采用技术人员所熟知的标准分子生物学技术来识别和分离。能够对扩增的DNA进行标记物(例如，放射标记物的)，并用作
筛选来自于人类细胞的cDNA文库的探针。cDNA能够来自于mRNA并包含于合适的载体中。
能够分离相应的克隆，由体内切片获得DNA，并将克隆的插入物通过人工识别的方法识别正
确读码框编码的合适分子量多肽而在任一方向或两个方向上进行测序。利用这些或类似的
方法，就能够分离、测序和进一步表征多肽和编码多肽的DNA。
[0332] 一般而言，本发明的分离核酸序列能够用作Southern凝胶上的分子量标记物、和用作标记物以映射有关基因位置的染色体标记物。核酸序列也能够用于与患者内生DNA序
列比较而识别XFS和/或青光眼，以及作为探针，如杂交和发现相关DNA序列或从样品(例
如，消减杂交)中消减已知的序列。该核酸序列能够进一步用于衍生遗传指纹的引物，从而
采用免疫技术产生抗多肽抗体、和/或作为产生抗DNA抗体或引起免疫响应的抗原。
[0333] 本发明也涉及由LOXL1基因及其片段和变异编码的分离多肽，以及由本文中所描述的核苷酸序列编码的多肽。多肽当其从重组和非重组细胞中分离出来时基本上没有细胞
物质，或当其化学合成时无化学前体或其他化学物质，就可以称其为“分离的”或“纯化的”。
然而，多肽能够结合至在细胞中与其并不相关的另一种多肽(例如，在“融合蛋白”中)仍
然是“分离的”或“纯化的”。
[0334] 本发明的多肽能够被纯化成同质性的。然而可以理解，也可以使用其中的多肽并未纯化成同质性的制剂。关键特征就是具有所需的多肽功能的制剂，甚至存在相当多的其
他组分时也是如此。因此，本发明涵盖各种纯度。在一种实施方式中，该多肽制剂含有低于
约30％(干重)其他蛋白(即，污染蛋白)，低于约20％的其他蛋白，低于约10％其他蛋白，
或低于约5％的其他蛋白。
[0335] 当通过重组来生产多肽时，其也能够基本上是无培养基介质的，即培养基介质低于多肽制剂体积约20％，小于约10％，或小于约5％。基本上无化学前体或其他化学物质
的多肽包括多肽从其合成中所涉及的化学前体或其他化学物质分离出来的多肽的制剂。在
某些实施方式中，多肽制剂所含有的化学前体或其他化学物质小于约30％(干重)，小于约
20％，小于约10％，或小于约5％。
[0336] 在一种实施方式中，本发明的多肽含有由包含SEQ ID NO：84核苷酸序列的核酸分子编码的氨基酸序列，其可以可选地包含SEQID NO：84中位置7142和/或7178处的至少
一种多态性的变异等位基因、及其互补链和片段。然而，本发明的多肽也能够包含片段和其
他序列变异。变异包括由生物中相同遗传位点编码的基本同源的多肽，即等位基因变异，以
及其他剪接变异。优选的变异包括在SEQID NO：85的位置141和/或153处的氨基酸置
换(例如，R141L和/或G153D)。优选的变异包括R141 D153变异、L141 G153变异和R141
G153变异。变异也包括基本上同源于或相同于人类LOXL1但来组另一生物，即直系同源。
变异也包括基本同源于或相同于那些通过化学合成产生的多肽的多肽。变异也包括基本同
源于或相同于那些通过重组方法产生的多肽的多肽。
[0337] 如本文中使用的，当该氨基酸序列至少约45-55％，典型地至少约70-75％，更典型地至少约80-85％，而对典型地高于约90％或更多同源性或同一性时，两种多肽(或多肽
的区域)是基本上同源的或相同的。根据本发明，基本同源的氨基酸序列将由在如以上具
体描述的严格条件下杂交至SEQ ID NO：84的核酸分子编码，其可以可选地包含表4和/或
表6a中所示的至少一种多态性，或其部分。
[0338] 为了确定两种氨基酸序列，或两种核酸序列的百分比同源性或同一性，出于最佳对照目的对该序列(例如，为了与其他多肽或核酸分子进行最佳比对而在一个多肽的序列
或核酸分子中引入空位)进行比对。然后比较对应氨基酸位置或核苷酸位置的氨基酸残基
或核苷酸。当在一个序列中的位置被另一序列中对应位置的相同氨基酸残基或核苷酸占据
时，则这些分子在该位置就是同源的。如本文中所使用的，氨基酸或核酸“同源性”等价于
氨基酸或核酸“同一性”。两序列之间的百分比同源性是由序列共享的同一性位置数的函数
(即，百分比同源性等于同一性位置/中的位置数×100)。
[0339] 本发明也包括具有低度同一性但具有充分的类似性从而实现由本发明核酸分子编码的多肽所实施的一种或多种相同功能的多肽。类似性是由保守氨基酸置换确定的。这
种置换是在多肽中通过具有类似特征的另一氨基酸来置换给定的氨基酸。保守置换易于产
生表型沉默。典型地被认为是保守置换的是脂族氨基酸Ala、Val、Leu和Ile中的彼此替
代；羟基残基Ser和Thr的互换，酸性残基Asp和Glu的交换，酰胺残基Asn和Gln之间的
替换，碱基残基Lys和Arg的互换以及芳香残基Phe和Tyr之间的交换。关于氨基酸变化
易于产生表型沉默的指导可以在文献Bowie et al.，Science 247：1306-1310(1990)中找
到。
[0340] 变异多肽能够通过一个或多个替换、删除、插入、倒位、融合和短截或这些任意的组合而在氨基酸序列中是不同的。而且，变异的多肽能够是全功能性的或能够缺少一种或
多种活性的功能。全功能性变异典型地仅含有保守变异或在非严格残基或非严格区域中的
变异。功能变异也可以包含导致功能上无变化或无显著性变化的类似氨基酸的置换。可替
代地，这种置换可以正面或负面地在一定程度上影响功能。非功能性变异典型地含有一个
或多个非保守氨基酸置换、删除、插入，倒位或截短或在严格残基或严格区域内的置换、插
入、倒位或删除。
[0341] 功能上重要的氨基酸能够通过本领域内已知的方法来识别，如定点突变法或丙氨酸扫描突变法(Cunningham et al.，Science，244：1081-1085(1989))。后者的方法在分子
中的每一残基处引入了单丙氨酸突变。然后测试所得的突变分子的体外生物活性，或体外
增殖活性。多肽活性严格位点也能够通过结构分析如结晶、核磁共振或光亲合标记物法进
行测定(Smith et al.，J.Mol.Biol.，224：899-904(1992)；de Vos et al.，Science，255：
306-312(1992))。
[0342] 本发明也包括LOXL1的多肽片段，如SEQ ID NO：85中所示出的，其由LOXL1基因(SEQ ID NO：84)编码，并且其可以可选地包含如表4、表6a和表16中所示的至少一种多态
性，或其部分和其互补链。如本文中所使用的，片段包含至少6个邻接氨基酸。有用的片段
包括那些保留一种或多种生物活性的LOXL1的片段，以及能够用作产生多肽特异性抗体的
免疫原。
[0343] 生物活性片段(长度为例如6、9，、12、15、16、20、30、35、36、37、38、39、40、50、100或更多个氨基酸)能够包含由利用公知的方法进行的多肽序列分析而识别的结构域、片段或基因座，例如信号肽、胞外域、一个或多个跨膜片段或环、配体结合区域、锌指域、DNA结合
域、酰基化位点、糖基化位点、或磷酰基位点。
[0344] 片段可以是离散的(未融合至其他氨基酸或多肽)或位于更大的多肽中。而且，几个片段可以被含在单个的更大多肽中。在一种实施方式中，设计以用于在宿主中表达的片
段可以具有融合至多肽片段的氨基端和融合至片段的羧基端的杂合前-和后-多肽区域。
[0345] 由此，本发明提供了嵌合或融合多肽。这些包含本发明多肽的多肽被可操作地连接到具有并不基本上与该多肽同源的氨基酸序列的杂合蛋白或多肽。可操作地连接多肽是
指多肽和杂合蛋白框内融合。杂合蛋白能够融合至多肽的N-端或C-端。在一种实施方式
中，融合多肽并未影响多肽本身的功能。例如，融合多肽可以是GST-融合多肽，其中多肽序
列融合至GST序列的C-端。融合多台的其他类型包括但不限于酶融合多肽，例如β-半
乳糖苷酶融合、酵母双杂合体GAL融合、聚-His融合以及Ig融合。这种融合多肽，尤其是
聚-His融合，能够有助于纯化重组多肽。在某些宿主细胞(例如哺乳动物宿主细胞)中，
能够通过使用杂合信号序列来提高多肽的表达和/或分泌。因此，在另一种实施方式中，融
合多肽在其N-端含有杂合信号序列。
[0346] 含有免疫球蛋白恒定区各部分的融合蛋白公开于欧洲专利EP-A-O 464 533中。Fc适用于治疗和诊断中，并由此，能够例如导致药物动力学性质的提高((EP-A 0232
262)。在药物研发中，例如，出于高产出筛选分析来识别拮抗剂的目的而使人类蛋白与Fc
部分进行融合。Bennett et al.，Journal of Molecular Recognition，8：52-58(1995)和
Johanson et al.，The Journal of Biological Chemistry，270，16：9459-9471(1995)。因
此，本发明也涵盖含有本发明多肽和各种子类(IgG、IgM、IgA、IgE)免疫球蛋白的重或轻链
恒定区的各部分的可溶性融合多肽。
[0347] 嵌合或融合多肽能够通过标准重组DNA技术来生产。例如，编码不同多肽序列的DNA片段利用常规技术而一起连接于框内。在另一种实施方式中，融合基因能够通过包括自
动DNA合成器的常规技术合成。可替代地，核酸片段的PCR扩增能够采用引起在能够随后的
退火和重新扩增而产生嵌合核酸序列的两个连续核酸片段之间互补悬垂(complementary
overhang)的锚定引物来实施(参见，Ausubel et al.，Current Protocols in Molecular
Biology，1992)。而且，已经编码融合部分的许多表达载体可商购获得(例如，GST蛋白)。
编码本发明多肽的核酸分子能够克隆到这种表达载体中而使融合部分框内连接至多肽。
[0348] 分离的多肽能够从天然表达它的细胞中纯化，从已经被改变而表达它的细胞(重组的)进行纯化，或采用已知的蛋白合成方法进行合成。在一种实施方式中，多肽通过重组
DNA技术产生。例如，将编码多肽的核酸分子克隆到表达载体中，引入到宿主细胞中的表达
载体和多肽在宿主细胞中进行表达。然后，多肽就能够从细胞中通过合适的纯化方案采用
标准的蛋白纯化技术而分离出来。
[0349] 一般而言，本发明的多肽能够采用人工识别的方法用作SDS-PAGE凝胶上或分子筛凝胶过滤柱上的分子量标记物。本发明的多肽能够用于产生抗体或引起免疫响应。多肽
也能够用作试剂，例如标记物的试剂，在分析方法中定量检测多肽水平或其在生物流体中
结合的分子(例如，受体或配体)。多肽也能够用作细胞或组织的标记物，其中相应的多肽
在组织分化期间或在染病状态下优先表达或组成性地表达。多肽可以例如在相互作用陷阱
分析法中用于分离对应的结合剂(例如，受体或配体)，并用于筛分这种结合相互作用的肽
或小分子拮抗剂或激动剂。
[0350] 用作本发明中的治疗剂或其他方法中的蛋白的制备方法对技术人员而言是众所周知的。LOXL1蛋白或重组蛋白能够从合适的宿主中利用本领域已知的方法分离出来，或通
过直接化学合成法来生产。人类LOXL1蛋白能够从表达蛋白的任何人体细胞中分离出来，
包括采用用于表达LOXL1的表达框架转染的细胞。表达载体能够通过已知方法来使用，并
包括用于所插入编码序列的转录和翻译的必要元件。表达载体的表达框架属于技术人员公
知的范围，包括体外重组DNA技术、合成技术和体内基因重组。
[0351] 各种表达载体或载体/宿主系统能够用于表达编码LOXL1的序列。这些包括但不限于，微生物，如用抗菌素转化的细菌、质粒、或粘粒DNA表达载体；用酵母表达载体转化的
酵母、用病毒表达载体(杆状病毒)感染的昆虫细胞体系、用病毒表达载体(例如，花椰菜
花叶病毒，CaMV；烟草花叶病毒，TMV)或)或用细菌表达载体转化的植物细胞体系，或动物
细胞体系。
[0352] 合适的控制元件或调节序列是那些载体-增强剂、启动子-的5′和4′非翻译区域，其与实施转录和翻译的宿主细胞蛋白相互作用。这种样的元件在其强度和特异性上是
不同的。因此，根据所用的载体体系和宿主，能够使用任何数量的合适转录和翻译元件，包
括组成性和可诱导性启动子。例如，BLUESCRIPT质粒的杂合体lacZ启动子可以用于细菌
体系中，杆状病毒启动子能够用于昆虫细胞中，而植物细胞基因组(例如，热休克、二磷酸
核酮糖氧合酶/羧化酶(rubisco)和存储蛋白基因)或植物病毒(例如，病毒启动子或前
导序列)衍生的启动子和增强子能够被克隆到载体中。在哺乳动物体系中，哺乳动物基因
或哺乳动物病毒的启动子是优选的。
[0353] 可以根据宿主细胞调节所插入序列的表达或按所需模式处理表达蛋白(例如，LOXL1)的能力来选择宿主细胞这种多肽的修饰包括糖基化作用，但也可以包括乙酰基化作
用、羧基化作用、磷酰基化作用、脂质化作用和酰基化作用。翻译后修饰将多肽切成“前”或
“预前”形式，也能够用于辅助正确地插入、折叠和/或功能。不同的宿主细胞具有翻译后活
性的特异性细胞机制和特性机制(例如，CHO、HeLa、MDCHK、HEK293、WI38)，并且可以从商购
来源获得。这些能够根据技术人员认为合适的方式来选择以确保选择的宿主细胞体系中外
源蛋白的正确修饰和加工。
[0354] 对于长期高产的重组蛋白生产而言，稳定的表达是优选的，这能够通过已知的方法实现。例如，能够采用含有病毒源或拷贝和/或内生表达元件和在相同的或独立地的载
体上的可选择的标记物基因的表达载体来转化稳定表达LOXL1的细胞系。组织培养技术能
够根据适合使用的每一种细胞类型而用于增殖稳定转化的细胞。可以采用各种选择系统，
如单纯疱疹病毒胸腺嘧啶激酶和腺嘌呤磷酸核糖转移酶基因。而且，可以选择其用于抗代
谢物、抗生素或除草剂抗性。能够采用的可见标记物包括花青素、β-葡糖醛酸糖苷酶和其
底物GUS、以及荧光素酶和其底物萤光素，以用于识别转化体并定量化暂时或稳定的蛋白表
达的量。
[0355] 表达的蛋白能够采用已知的技术，包括高效液相色谱(HPLC)离子交换色谱、体积排阻色谱、亲合色谱、凝胶电泳或其他技术人员可以利用的合适方法进行分离和纯化(参
见，例如，CurrentProtocols in Protein Science，John Wiley & Sons(2007)；ISBN：
978-0-471-11184-9)。
[0356] 纯化的蛋白能够直接给药或在可以可选地以含药物载体和/或赋形剂的药物组合物的形式给药。
[0357] 抗体
[0358] 本发明还提供了特异性地结合LOXL1的一种形式而不结合该蛋白的其他形式的多克隆抗体和/或单克隆抗体。还提供了结合部分变异或含有多态位点或位置的参照基因
产物的抗体。如本文中所使用的，术语“抗体”是指免疫球蛋白分子和免疫球蛋白分子的免
疫活性部分，即含有特异性地结合抗原的抗原结合位点的分子。特异性地结合至本发明多
肽的分子是特异性地结合至那多肽或其片段，但是基本不结合样品，例如其他天然含有多
肽的生物样品中其他分子的分子。免疫球蛋白分子的免疫活性部分的实例包括F(ab)和
F(ab’)2片段，其能够通过用酶(如胃蛋白酶)处理的抗体而产生。本发明提供了结合至
本发明多肽例如，LOXL1的多克隆抗体和单克隆抗体。如本文中所使用的，术语“单克隆抗
体”或“单克隆抗体组合物”是指仅含有一种能够与本发明多肽特定抗原决定基进行免疫反
应的抗原结合位点的抗体分子群。因此，单克隆抗体组合物对与之发生免疫反应的本发明
特定多肽通常展示出单一结合亲合性。
[0359] 多克隆抗体能够如上述通过用所需免疫原，例如本发明的多肽或其片段免疫合适受治疗者来制备。抗体在免疫的受治疗者中的滴度能够随时间通过标准技术如采用使用
固定多肽的酶连接免疫吸附剂分析(ELISA)进行监控。如果需要的话，针对该多肽的抗体
分子能够从哺乳动物中(例如，从血样中)分离出来而进一步通过公知的技术进行纯化，如
蛋白A色谱法以获得IgG部分。在免疫后的合适时间，例如当抗体滴度最高时，获得从受治
疗者能够产生抗体的细胞并用于采用标准技术如最初由文献Kohler和Milstein，Nature
256：495-497(1975)描述的杂交瘤技术、人B细胞杂交瘤技术(Kozbor et al.，Immunol.
Today 4：72(1983))、EBV-杂交瘤技术(Cole et al.，Monoclonal Antibodies and Cancer
Therapy，Alan R.Liss，1985，Inc.，pp.77-96)或三源杂交瘤技术来制备单克隆抗体。生产
杂交瘤的技术是众所周知的(一般参见Current Protocols inImmunology(1994)Coligan
et al.，(eds.)John Wiley & Sons，Inc.，New York，NY)。简而言之，永生化细胞系(典型
地是骨髓瘤)融合至源于用上述免疫原免疫的哺乳动物的淋巴细胞(典型地是脾细胞)，而
所得杂交瘤细胞的培养基上清液经过筛选而识别产生结合本发明多肽的单克隆抗体的杂
交瘤。
[0360] 任何用于融合淋巴细胞和永生化细胞系的许多熟知方案都能用于产生本发明多肽的单克隆抗体的目的(参见，例如，CurrentProtocols in Immunology，supra；
Galfre et al.，Nature 266：55052(1977)；R.H.Kenneth，in Monoclonal Antibodies：
A New Dimension InBiological Analyses，Plenum Publishing Corp.，New York，New
York(1980)；和Lerner，Yale J.Biol.Med.54：387-402(1981))。而且，普通技术人员将会
理解，这种方法存在许多也能使用的变体。
[0361] 制备单克隆抗体-分泌的杂交瘤，本发明多肽的单克隆抗体的可替代物能够通过用该多肽筛选重组的组合免疫球蛋白文库(例如，抗体噬菌体展示文库)进行识别和
分离，并由此分离出结合多肽的免疫球蛋白文库成员。产生和筛选噬菌体展示文库的
试剂盒可以商购获得(例如，the Pharmacia Recombinant Phage Antibody System，
TM
Catalog No.27-9400-01；和the Stratagene SurfZAP Phage DisplayKit，分类编号
240612)。另外，特别适用于产生和筛选抗体展示库的方法和试剂的实例，可以在例如美
国专利5,223,409；PCT公开WO 92/18619；WO 91/17271；WO 92/20791；WO 92/15679；
WO93/01288；WO 92/01047；WO 92/09690；WO 90/02809；Fuchs et al.，Bio/Technology
9：1370-1372(1991)；Hay et al.，Hum.Antibod.Hybridomas 3：81-85(1992)；Huse et
al.，Science 246：1275-1281(1989)；和Griffiths et al.，EMBO J.12：725-734(1993)这
些文献中找到。
[0362] 另外，能够采用标准重组DNA技术来制备重组抗体，如嵌合抗体和人源化单克隆抗体，其既包含人类部分又包含非人类部分，它们都属于本发明的范围。这种嵌合抗体和人
源化的单克隆抗体能够通过本领域已知的重组DNA技术来生产。
[0363] 一般而言，本发明的抗体(例如，单克隆抗体)能够用于通过标准技术如亲和色谱或免疫沉淀法分离本发明的多肽。多肽特异性抗体能够有助于细胞中天然多肽和在宿主细
胞中表达的重组生产的多肽的纯化。而且，本发明多肽特异性的抗体能够用于检测该多肽
(例如，在细胞溶解产物、细胞上清液、或组织样品中)来评价该多肽表达的丰度和模式。抗
体能够作为临床试验过程中的组成部分而诊断性地用于监控组织中蛋白的水平，例如，用
于检测所给定的治疗方案的效能。抗体能够结合于可检测的物质而有助于其检测。可检测
物质的实例包括各种酶、辅基、荧光物质，发光物质，生物发光物质，以及放射活性物质。合
适的酶的实例包括辣根过氧化物酶、碱性磷酸酯酶、β-半乳糖苷酶、乙酰胆碱酯酶；合适
的辅基复合物的实例包括抗生蛋白链菌素/抗生素和抗生物素蛋白/抗生素；合适的荧光
物质的实例包括伞形酮、荧光素、荧光素异硫氰酸酯、若丹明、二氯三嗪基-胺荧光素、丹磺
酰氯或藻红蛋白；发光物质的实例包括鲁米诺；生物发光物质的实例包括荧光素酶、虫萤
125 131 35 3
光素、和发光蛋白；且合适的放射活性物质的实例包括 I、I、S或 H。
[0364] 抗体也可以用于药物基因组学分析。在这种实施方式中，对抗由根据本发明的核酸编码的变异蛋白，如由含有本发明至少一种多态性标记物的核酸编码的变异蛋白的抗
体，能够用于识别需要修饰治疗方式的个体。
[0365] 此外，抗体能够适用于评价变异蛋白在疾病状态下的表达，如在疾病的活性状态下，或在具有有关该蛋白(例如，LOXL1)功能的疾病，尤其是XFS和/或青光眼易感体质的
个体中。特异于本发明变异蛋白(例如，LOXL1的变异体)的抗体，是由含有如本文中所述
的至少一种多态性标记物或单体型的核酸编码的，能够用于筛选存在变异蛋白，例如用于
筛选由存在变异蛋白指示的XFS和/或青光眼易感体质。
[0366] 抗体能够用于其他方法中。因此，抗体适用于结合通过电泳淌度、等电点、胰蛋白酶的或其他蛋白酶消化的分析法而作为评价蛋白如本发明的变异蛋白的诊断工具，或适用
于本领域中技术人员已知的其他物理分析法。抗体也可以用于组织分型中。在一种这样的
实施方式中，特异性变异蛋白已经关联于特异性组织类型中的表达，然后特异于变异蛋白
的抗体就能够用于识别特异性的组织类型。
[0367] 包括变异蛋白的蛋白的亚细胞定位也能够利用抗体来确定，并且能够应用于评价各种组织中的细胞中蛋白的异常亚细胞定位。这种用途能够应用于遗传测试，而且也适用
于监控特定的治疗方式。在其中治疗针对校正变异蛋白的表达水平或存在，或异常组织分
布，或变异蛋白的发育表达的情况下，特异于变体蛋白或其片段的抗体能够用于监控治疗
的疗效。
[0368] 抗体进一步适用于抑制变异蛋白功能，例如通过阻断变异蛋白(例如，LOXL1变异蛋白，如本文中所述，例如，R141 G153变异体)结合至结合分子或伴侣。这种用途也能够
适用于其中治疗涉及抑制变异蛋白功能的治疗环境中。例如，抗体能够适用于阻断或竞争
性地抑制结合作用，由此调节(即，激活或抵消)蛋白活性。抗体能够针对抗含特异性功能
所需位点的特异性蛋白片段或对抗与细胞或细胞膜有关的完整蛋白来制备。对于体内给
药，抗体可以与另外的治疗性有效负载(payload)如放射性核素、酶、免疫原性抗原决定基
或细胞毒性剂，包括细菌毒素(白喉或植物毒素，如蓖麻毒)相连接。抗体或其片段的体内
半衰期可以根据PEG化(pegylation)通过连接至聚乙二醇而提高。
[0369] 本发明进一步涉及在本文中描述的方法中使用抗体的试剂盒。这包括但不限于，用于检测试验样品中存在变异蛋白的试剂盒。一种优选的实施方式包括用于检测生物样品
中变异蛋白的抗体，如标记物的或可标记物的抗体和化合物或药剂，用于检测样品中变异
蛋白的量或存在和/或不存在的工具，以及用于将样品中的变异蛋白与标准进行比较的工
具，以及该试剂盒的使用说明书。
[0370] 药物组合物
[0371] 本发明还涉及包含本文中所述药剂的药物组合物，尤其是编码LOXL1的核苷酸；本文中所述的LOXL1多肽(例如，SEQ ID NO：85及其变异体)；抗体；和/或改变(例如，
增强或抑制)LOXL1基因表达或本文中所述的LOXL1多肽活性的药剂。例如，LOXL1多肽、
LOXL1蛋白、改变LOXL1基因表达的药剂、或LOXL1结合剂或结合伴侣、片段、融合蛋白或其
产物、或核苷酸或包含本发明核苷酸的核酸框架(载体)、或改变LOXL1多肽活性的药剂，
能够与生理上可接受的载体或赋形剂配制而制备成药物组合物。载体和组合物是无菌消毒
的。制剂应该适合给药方式。
[0372] 合适药物载体包括但不限于，水、盐溶液(例如，NaCl)、盐水、缓冲盐水、醇、甘油、乙醇、阿拉伯胶、植物油、苄醇、聚乙二醇、凝胶、碳水化合物如乳糖、多糖或淀粉、右旋糖、硬
脂酸镁、滑石、硅酸、粘性石蜡、芳香油、脂肪酸酯、羟甲基纤维素、聚乙烯吡咯烷酮等，以及
它们的组合。如果需要的话，可以将药物制剂与助剂混合，例如，润滑剂、防腐剂、稳定剂、润
湿剂、乳化剂、影响渗透压的盐、缓冲剂、着色剂、调味剂和/或芳香物质等不会不良地与活
性物质反应的物质。
[0373] 如果需要的话，该组合物也可以含有少量的润湿剂或乳化剂、或pH缓冲剂。该组合物可以是液体溶液、悬混剂、乳剂、片剂、丸剂、胶囊剂、缓释制剂、或粉剂。该组合物能够
采用传统的粘结剂和载体如甘油三酯配制成栓剂。口服制剂能够包括标准的载体如药物级
的甘露醇、乳糖、淀粉、硬脂酸镁、聚乙烯吡咯烷酮、糖精酸钠、纤维素、碳酸镁等。
[0374] 引入这些组合物的方法包括但不限于，皮内、肌肉内、腹膜内、眼内、静脉内、皮下、局部施用、口服和鼻内。其他合适的引入方法也可以包括基因疗法(如以下所述)、可再充
电的或生物降解装置、离子加速装置(“基因枪”)和缓释聚合装置。本发明的药物组合物
也可以作为与其他药剂的组合疗法的部分进行给药。
[0375] 组合物能够根据适用于向人类给药的药物组合物的常规方法来配制。例如，用于静脉注射给药的组合物典型地是无菌等渗含水缓冲液的溶液。必要时，该组合物也可
以包括增溶剂和局部麻醉剂以缓解注射位置的疼痛。一般而言，这些成分可以分开供给
或以单位剂量形式一起混合，例如作为气密性密封容器如安瓿瓶或指示活性剂量的药囊
(sachette)中的冻干粉末或无水浓缩物。在组合物通过灌注给药的情况下，可以将其与含
有无菌药用水、盐水或葡萄糖/水的灌输瓶进行分装。当组合物通过注射给药的情况下，能
够提供注射用的无菌水或盐水的安瓿瓶而在给药之前将这些成分混合。
[0376] 对于局部施用，可以使用不可喷雾的形式、包含与局部施用相容并优选具有比水的动态粘滞度大的载体的半固体或固体形式。合适的制剂包括但不限于，溶液、混悬剂、乳
剂、霜剂、油膏剂、粉剂、灌肠剂、洗剂、溶胶、搽剂、软膏剂、气雾剂等，如果需要的话，其与消毒的或与助剂混合，例如，防腐剂、稳定剂、润湿剂、缓冲剂或影响渗透压的盐等。可以将该
药剂引入到美容制剂中。对于局部施用，可喷雾的气溶胶制剂也是适合的，其中活性成分，
优选结合固体或液体惰性载体物质，并包装于塑料挤瓶或与加压挥发性物质，通常是气态
推进剂如压缩空气的掺混物进行包装。
[0377] 本文中所描述的药剂能够作为中性或盐形式配制。药用盐包括那些与游离氨基形成的盐，如那些衍生自盐酸、磷酸、乙酸、草酸、酒石酸等的盐、以及那些与游离羧基形成的
盐，例如那些衍生自氢氧化钠、氢氧化钾、氢氧化铵、氢氧化钙、氢氧化铁、异丙胺、三乙胺、
2-乙胺基乙醇、组氨酸、普鲁卡因等的盐。
[0378] 药剂以治疗有效剂量进行给药。药剂在治疗特定疾病或病症中的治疗有效剂量的量将根据该病症或疾病的性质来确定，并且能够通过标准的临床技术来确定。另外，体外或
体内化验可以可选地用于辅助确定最佳的剂量范围。制剂中适用的精确剂量将还取决于给
药途径，以及XFS和/或青光眼的严重程度，并且应该根据医师的判断和每一位患者的病况
来决定。有效剂量可以从来自于体外或动物模型试验体系的剂量响应曲线而推知。
[0379] 本发明也提供了含有用本发明的药物组合物的一种或多种成分填充的一个或多个容器的药物包装或试剂盒。可选地，这种容器可以与通过规范药物和生物产品生产、使用
和销售的政府代理机构规定形式的通告有关，这种通告反映了用于人类给药的销售品的生
产、使用的机构批准。该药物包装或试剂盒可以具有关于给药方式、给药顺序(例如，分开
地、按序地、或同时地)等的信息标识。药物包装和试剂盒也可以包含提醒患者服药的装
置。该药物包装或试剂盒可以是组合疗法的单个单位剂量，或者可以是多个单位剂量形式。
具体而言，药剂可以是可分开的、一起混合的组合形式存在于单个药瓶或片剂中。将药剂装
在泡罩包装或其他分散装置中是优选的。为了实现本发明的目的，单位剂量倾向于意指根
据每一种药物的个体药物代谢动力学而在标准时间段内以FDA批准的剂量给药的剂量。
[0380] 治疗方法
[0381] 本发明包括利用LOXL1治疗药剂治疗(预防和/或治疗)XFS和/或青光眼或XFS和/或青光眼易感性的方法，尤其是剥脱性青光眼，如本文中所述的目标人群中的个体。
“LOXL1治疗药剂”是改变(例如，增强或抑制)LOXL1多肽(酶活性)和/或LOXL1基因表
达的药剂，如本文中所述的(例如LOXL1激动剂或拮抗剂)。LOXL1治疗药剂能够通过各
种方式，例如通过提供另外的LOXL1多肽或通过上调LOXL1多肽的转录或翻译；通过改变
LOXL1多肽的翻译后修饰；通过改变LOXL1剪接变异的转录；或通过用LOXL1多肽活性(例
如通过结合至LOXL1多肽)干涉，或通过下调LOXL1基因的转录或翻译而改变LOXL1多肽
活性或核酸表达。
[0382] 具体而言，本发明涉及治疗XFS和/或青光眼或XFS和/或青光眼易感性(例如，对于如本文中描述的风险人群中的个体)的方法。
[0383] 代表性的LOXL1治疗药剂包括以下成分：
[0384] 本文中所述的核酸或其片段或衍生物，尤其是本文中描述的编码LOXL1多肽的核苷酸和包含这种核酸的载体(例如，基因、cDNA、和/或mRNA、双链干扰RNA、编码LOXL1多
肽的核酸或其片段或衍生物、或寡核苷酸；例如可选地含有表4或表6a中所示的至少一种
多态性或其片段或衍生物的SEQ ID NO：84或其片段)，反义核酸或小的双链干扰RNA；
[0385] 本文中所述的多肽(例如，SEQ ID NO：85、和/或其他由LOXL1编码的剪接变异、或其片段或衍生物)，可选地含有表6a中所列出的至少一个氨基酸置换，如R141L和/或
G135D；
[0386] 其他多肽(例如，LOXL1-相互作用的蛋白)；LOXL1结合剂；肽模拟物；融合蛋白或其前药；抗体(例如，突变LOXL1多肽的抗体，或未突变LOXL1多肽的抗体，或由LOXL1编码
的特定剪接变异的抗体，如上所述)；核酶；其他小分子；
[0387] 和改变(例如，抑制或抵消)LOXL1基因表达或多肽活性，或调节LOXL1剪接变异(例如影响剪接变异表达，或影响表达的每一剪接变异的量)的其他药剂。
[0388] 如果需要的话，可以同时使用多于一种的LOXL1治疗药剂。
[0389] LOXL1治疗药剂(其为一种核酸)适用于治疗XFS和/或青光眼。本文中所使用的术语“治疗”是指不仅改善与该疾病相关的症状，而且也包括预防或延迟疾病的发
作，并且还包括降低疾病症状的严重程度或频率、预防或延迟该疾病或病症的二次发作
(secondepisode)的发生；和/或降低疾病或症状的症状的严重程度或频率。该疗法经设计
而改变(例如，抑制或增强)、替代或补充个体中LOXL1多肽的活性。例如，可以给予LOXL1
治疗药剂以上调或提高LOXL1基因或LOXL1特异性剪接变异的表达或可用度，或相反地，下
调或降低LOXL1基因或LOXL1特异性剪接变异的表达或可用度。上调或提高天然LOXL1基
因或特异性剪接变异的表达或可用度能够干涉或补偿缺失基因或另一剪接变异的表达或
活性；下调或降低天然LOXL1基因或特异性剪接变异的表达或可用度能够使缺失基因或特
定剪接变异的表达或活性最小化，并由此使缺失基因或特定剪接变异的影响最小化。
[0390] LOXL1治疗药剂以治疗有效剂量(即，足以治疗该病的剂量，例如，通过改善与该病有关症状、预防或延迟该病的发作、和/或也将降低该疾病的症状的严重度或频率)给
药。治疗特定个体疾病或病症的治疗有效的剂量将取决于该疾病的症状和严重程度，并且
能够通过标准的临床技术来确定。另外，可以可选地利用体外或体内化验以有助于确定最
佳的剂量范围。在制剂中所采用的精确剂量也将依赖于给药的途径、疾病或病症的严重程
度，并且应该根据医师的判断和每一位患者的病况来确定。有效剂量可以由来自于体外或
动物模型试验系统的剂量响应曲线而推知。
[0391] 在一种实施方式中，本发明的核酸(例如，编码LOXL1多肽的核酸，如SEQ ID NO：85，其可以可选地含有表4或表6a中所示的至少一种多态性)可以单独使用或如上文述以
药物组合物的形式使用。例如，编码LOXL1多肽的LOXL1或cDNA可将其自身引入细胞，或
将其包含于载体内而引入细胞(体外或体内)，以使细胞产生天然的LOXL1多肽。如果必要
的话，将用基因或cDNA或含有基因或cDNA的载体转化的细胞引入(或重新引入)到该病侵
袭的个体中。因此，本质上缺乏天然LOXL1表达和活性，或具有突变LOXL1表达和活性，或
具有与疾病相关的LOXL1剪接变异的表达的细胞能够经过设计以表达LOXL1多肽或LOXL1
多肽的活性片段(或LOXL1多肽的不同变异体)。在另一种实施方式中，可将编码LOXL1多
肽的核酸，或其活性片段或衍生物引入到表达载体，如病毒载体中，并将该载体引入到动物
体内的合适细胞中。可以使用其他基因转移体系，包括病毒或非病毒转移体系。可替代地，
也可以使用非病毒基因转移方法，如磷酸钙共沉淀法、机械技术(例如，微注射，例如，眼内
注射)；经由脂质体的膜融合介导转移；或直接DNA摄取。
[0392] 可替代地，在本发明的另一种实施方式中，本发明的核酸；与本发明的核酸互补的核酸；或这种核酸的部分(例如下文所述的寡核苷酸)能够使用于“反义”疗法，其中给予
或原位产生特异性地杂交至LOXL1的mRNA和/或基因组DNA的核酸(例如，寡核苷酸)。
特异性地杂交至LOXL1的mRNA和/或DNA的反义核酸例如通过抑制翻译和/或转录而抑
制LOXL1多肽的表达。反义核酸的结合能够通过常规的碱基对互配能力，或例如，在结合至
DNA双链体的情况下，通过双螺旋的大沟(major groove)中的特异性相互作用来实现。
[0393] 本发明的反义框架能够例如与上述的表达质粒那样进行递送。当该质粒在细胞中转录时，其产生的RNA互补于部分mRNA和/或编码LOXL1多肽的DNA。可替代地，反义框架
可以是在生物体外产生并引入到细胞中的寡核苷酸探针；然后其通过与mRNA和/或LOXL1
的基因组DNA杂交而抑制表达。在一种实施方式中，寡核苷酸探针是耐内生核酶，例如核酸
外切酶和/或核酸内切酶的修饰寡核苷酸，从而使得其在体内具有稳定性。适用于反义寡
核苷酸的典型核酸分子有DNA的氨基磷酸酯、磷硫酰和磷酸甲酯类似物(也参见，美国专利
5,176,996；5,264,564；和5,256,775)。另外，还描述了构建适用于反义疗法的寡聚物的一
般方法，例如文献Van derKrol et al.((1988)Biotechniques 6：958-976)；和Stein et
al.((1988)Cancer Res 48：2659-2668)。对于反义DNA，优选衍生于翻译初始位点，例如在
LOXL1序列的-10～+10之间的寡脱氧核糖核苷酸。
[0394] 为了实施反义疗法，寡核苷酸(mRNA，cDNA或DNA)经设计而互补于编码LOXL1的mRNA。反义寡核苷酸结合至LOXL1mRNA转录物并阻止翻译。尽管优选绝对互补性，但是其
不是必需的。正如本文中所述的，序列“互补”于部分RNA是指序列具有足够的互补性而能
够与RNA杂交形成稳定的双链体；在双链反义核酸的情况下，由此可以对双链体DNA的单
链进行检测，或可以分析三倍体的形成。杂交能力取决于互补的程度和反义核酸的长度，
正如以上的详细描述。一般而言，杂交核酸越长，其可以含有的与RNA的碱基错配就越多
但仍然形成稳定的双链体(或三倍体，有可能是这样的情况)。本领域技术人员能够通过
使用标准的方法来确定错配的可承受程度。反义疗法中所使用的寡核苷酸可以是单链或
双链的DNA、RNA，或其嵌合混合物或衍生物或它们的修饰版本。该寡核苷酸能够例如在碱
基部分、糖部分，或磷酸酯骨架处进行修饰，以改进分子稳定性、杂交等。该寡核苷酸能够
包括其他附加基团如肽(例如，用于体内靶向宿主细胞受体)，或促进穿过细胞膜运输(参
见，例如，Letsinger et al.(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.USA86：6553-6556；Lemaitre et
al.，(1987)，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 84：648-652；PCT国际出版物WO88/09810)或血脑
屏障(参见，例如，PCT国际出版物WO89/10134)的试剂、或启动杂交的裂解剂(参见，例
如，Krol et al.(1988)BioTechniques 6：958-976)或插入剂(参见，例如，Zon，(1988)，
Pharm.Res.5：539-549)。为此，寡核苷酸可以共轭配对至另一分子(例如，肽、杂交启动交
联剂、运输剂、启动杂交的裂解剂)。
[0395] 反义分子被递送至体内表达LOXL1的细胞。许多方法都能够用于向细胞递送反义DNA或RNA；例如，能够将反义分子直接注入到组织位点，或将修饰的反义分子设计为靶向
所需的细胞(例如，反义连接于肽或特异性结合受体的抗体或在靶细胞表面表达的抗原)
以系统性地给药。可替代地，在另一种实施方式中，利用重组DNA结构，其中反义寡核苷酸
置于强启动子(例如，polIII或polII)的控制之下。使用这种转染患者靶细胞的结构会导
致与内源性LOXL1转录物形成互补碱基对并由此阻止LOXL1 mRNA翻译的足量单链RNA的转
录。例如，载体能够体内引入而使之被细胞摄取并引导反义RNA的转录。只要这种载体能
够转录产生所需的反义RNA，其就能够保持游离基因(episomal)或发生染色体地整合。这
样的载体能够通过本领域的重组DNA技术方法标准方法和上述的方法进行构建。例如，质
粒、粘粒、YAC或病毒载体能够用于制备能够直接引入到组织位点的重组DNA结构。可替代
地，使用病毒载体以选择性地感染所需的组织，在这种情况下，给药可以通过另一途径(例
如，系统性的途径)完成。
[0396] 正如本文中详细描述的，也可以通过RNA干涉通过给予靶蛋白活性的RNA抑制剂来实施调节LOXL1表达的方法。由此，给予siRNA而诱导基因沉默也属于调节LOXL1表达
的本发明方法的范围。
[0397] 内源性LOXL1表达也能够通过采用靶向同源性重组而钝化或“敲除”LOXL1或其启动子(例如，参见，Smithies et al.(1985)Nature317：230-234；Thomas & Capecchi(1987)
Cell 51：503-512；Thompsonet al.(1989)Cell 5：313-321)而降低。例如，可以使用通
过同源于内源性LOXL1(或LOXL1的编码区或调节区)的通过DNA同源物侧接于该内源性
LOXL1的突变的非功能性LOXL1(或完全不相关的DNA序列)来转染体内表达LOXL1的细
胞，无论其是否具有可选择的标记物和/或阴性可选择的标记物。DNA结构经由靶向同源性
重组的插入导致LOXL1的失活。如上文所描述的，重组DNA结构能够直接给予或利用合适
的载体在体内靶向于所需的位点。可替代地，非突变LOXL1的表达能够利用类似的方法来
提高：靶向同源性重组能够用于插入含有非突变功能性LOXL1(例如，具有SEQ ID NO：84的
基因，其可以可选地包含如表4和表6a中所示的至少一种多态性)的DNA结构，或其部分，
而代替细胞中的突变LOXL1，如上文所述。在另一种实施方式中，靶向同源性重组能够用于
插入包含不同于细胞中现存的LOXL1多肽的LOXL1多肽变异体的编码核酸的DNA结构。
[0398] 可替代地，内源性LOXL1表达能够通过靶向互补于LOXL1调节区(即，LOXL1启动子和/或增强子)的脱氧核糖核苷酸序列以形成防止LOXL1在体内靶细胞中发生
转录的三螺旋结构而降低(一般参见，Helene，C.(1991)Anticancer Drug Des.，6(6)：
569-84；Helene，C.，et al.(1992)Ann，N.Y.Acad.Sci.，660：27-36；和Maher，L.J.(1992)
Bioassays 14(12)：807-15)。同样，本文中所述的反义结构，能够通过抵消一种LOXL1蛋白
的正常生物活性而应用于组织的处理(manipulation)，例如组织分化，包括体内的和体外
组织培养。而且，反义技术(例如，微注射反应分子，或用转录物是有关LOXL1mRNA或基因
序列反义的质粒进行转染)能够用于研究LOXL1在发育事件上的作用，以及LOXL1在成人
组织中的正常细胞功能。这种技术能够应用于细胞培养中，但是也能够用于转基因动物的
产生。
[0399] 在本发明的另一种实施方式中，其他如本文中所述的LOXL1治疗药剂也能够用于XFS和/或青光眼的治疗或预防。如上所述，这种治疗药剂能够以组合物的方式递送，或以
其自身进行递送。它们能够系统性进行给药，或能够靶向于特定的组织。该治疗药剂能够
通过各种方式生产，包括化学合成；重组生产；体内生产(例如转基因动物，如授予Meade
等的美国专利4,873,316)，例如，能够利用诸如本文中所描述方法的标准方法进行分离。
[0400] 也可以采用以上治疗方法的任意组合(例如，非突变LOXL1多肽结合靶向突变LOXL1mRNA的反义疗法的给药；由LOXL1编码的第一剪接变异结合靶向由LOXL1编码的第
二剪接的反义疗法的给药)。
[0401] 计算机实施方面
[0402] 正如本领域的普通技术人员所理解的，本文中所描述的方法和信息，所有的或部分，能够作为计算机可执行指令在已知计算可读媒质上进行执行。例如，本文中描述的方法
可以在硬件上执行。可替代地，该方法可以在例如存储于一个或多个内存或其他计算机可
读媒质上的软件中和在一个或多个处理器上实施。如所知的，处理器可以与一个或多个控
制器、计算单元和/或其他计算机系统的单元关联，或按所需而移植到固件中。如果在软件
中执行，可以将程序存储于已知的任何计算机可读内存如RAM、ROM、闪存、磁盘、光盘、或其
他储存媒质中。类似地，这种软件可以经由任何已知的传输方法，包括例如通信信道如电话
线、网络、无线连接等，或经由可传输媒质，如计算机可读盘、光驱等而传输至计算装置。
[0403] 更一般地，并且正如本领域技术人员所理解的，以上描述的各步骤可以作为在硬件、固件、软件，或硬件、固件和/或软件的任意组合中执行的各种结构单元、操作单元、工
具、模块和技术来实施。当在硬件中实施时，一些或所有结构单元、操作单元、技术等可以例
如在常规集成电路(IC)、应用专用集成电路(ASIC)、场可编程逻辑阵列(FPGA)、可编程逻
辑阵列(PLA)等之上实施。
[0404] 当在软件中实施时，软件可以存储于任何已知的计算机可读媒质如磁盘、光盘，或其他储存媒质、储存于计算机RAM或ROM或闪存、处理器、硬盘驱动器、光盘驱动器、磁带机
等。类似地，该软件可以经由已知的任何传输方法，包括例如在计算机可读磁盘或其他可传
输计算机储存机制传输至用户或计算系统。
[0405] 图6举例说明了合适的计算系统环境100的一个实例，在该环境中要求所要求保护的方法的步骤和装置的系统是可以实施的。计算系统环境100仅仅是一种合适的计算系
统环境的一个实例，而不应认为是暗示对权利要求的方法或装置的用途或或功能的范围的
任何限制。计算环境100绝不应该解释为具有有关在示例性操作环境100中所图示的组件
的任意之一或组合的任何依赖性或条件。
[0406] 所要求保护的方法的步骤和系统采用各种其他一般目的或专用目的计算系统环境或配置是可运行的。众所周知的适用于所要求保护的方法或系统的计算系统、环境、和
/或配置的实例包括但不限于，个人计算机、服务器计算机、手提或便携式电脑装置、多处理
器系统、微处理器基的系统、机顶盒、可编程的用户电子产品、网络PC、微型计算机、大型计
算机，包括任意以上系统或设备的分布式计算环境等。
[0407] 所要求保护的方法的步骤和系统可以描述于通过计算机执行的计算机可执行指令的一般内容中，如程序模块。一般而言，程序模块包括子程序、程序、对象、组件、数据结构
等，而实施特定任务或执行特定的抽象数据类型。该方法和装置也可以在分布式计算环境
中实施，其中通过采用通信网络连接的远程处理设备实施任务。在集成的和分布式的计算
环境中，程序模块可以位于本地计算机和远程计算机存储媒质，包括记忆存储设备上。
[0408] 参照图6，实施要求保护的方法的步骤和系统的示例性系统包括计算机110形式的一般目的的计算装置。计算机110的组件可以包括但不限于，处理单元120、
系统存储器130、和将包括系统存储器耦接于处理单元120的系统总线121。系统总
线121可以是采用任何各种总线体系结构并包括存储总线或存储控制器、外围总线和
局域总线的任几种类型的总线结构。例如但非限制性地，这种体系结构包括工业标准
体系结构(Industry Standard Architecture(ISA))总线、微通道体系结构(Micro
Channel Architecture(MCA))总线、增强ISA(EISA)总线、视频电子标准协会(Video
ElectronicsStandards Association(VESA))局域总线、和外围组件互联(Peripheral
Component Interconnect(PCI))总线也称为为Mezzanine总线。
[0409] 计算机110典型地包括各种计算机可读媒质。计算机可读媒质可以是任何能够通过计算机110访问的可利用媒质，包括易失性的和非易失性的媒质、可移动的和不可移动
媒质。例如但非限制性地，计算机可读媒质可以包括计算机存储媒质和通信媒质。计算机
存储媒质包括在用于储存信息如计算机可读指令、数据结构、程序模块或其他数据的任何
方法或技术中执行的易失性和非易失性的媒质、可移动的和不可移动媒质。计算机存储媒
质包括但不限于，RAM、ROM、EEPROM、闪存或其他存储技术、CD-ROM、数字多功能光盘(DVD)
或其他光盘存储器、磁带盒、磁带、磁盘存储器或其他磁存储器、或任何其他能够用于储存
所需信息并能够通过计算机访问的媒质。通信媒质典型地实施计算机可读指令，数据结构，
程序模块或其他在模块化数字信号如载波或其他传输机制中的数据，并包括任何信息递送
媒质。术语“模块化数字信号”是指具有一个或多个其特性组或按照这种方式改变而在该
信号中编码信息的信号。例如，而非限制性的，通信媒质包括电缆媒质如电缆网络或直接电
缆连接，以及无线媒质如声音、RF、红外和其他无线媒质。
[0410] 以上的任意组合也应该包含在计算机可读媒质的范围内。
[0411] 系统存储器130包括以易失性和/或非易失性内存，如只读存储器(ROM)131和随机存取存储器(RAM)132的形式。基本输入/输出系统133(BIOS)，包括有助于如在启动期
间传输计算机110中组件之间的信息的基本子程序，典型地存储于ROM 131中。RAM132典
型地含有通过处理单元120直接可访问的和/或当前在处理单元120上运行的数据和/或
程序模块。例如，而非限制性的，图6举例说明了操作系统134、应用程序135，其他程序模
块和程序数据137。
[0412] 计算机110也可以包括其他可移动/固定的、易失性的/非易失性的计算机存储媒质。仅以举例的方式，图6举例说明了读取或写入至固定非易失性磁媒质的硬盘驱动器
140、读取或写入至固定非易失性磁盘152的磁盘驱动器151、和读取或写入至固定非易失
性光盘156如CD ROM或其他光学媒质的光盘驱动器155。其他能够在典型的运行环境中使
用的可移动/固定，易失性的/非易失性计算机储存媒质包括但不限于，磁带盒、闪存卡、数
字多功能光盘、数字视频磁带、固态RAM、固态ROM等。硬盘驱动器141典型地通过固定记忆
接口如接口140连接至系统总线121，而磁盘驱动器151和光盘驱动器155典型地通过可移
动记忆接口如接口150连接至系统总线121。
[0413] 以上讨论的和图6中举例说明的驱动器和其相关计算机存储媒质提供了计算机110的计算机可读指令、数据结构、程序模块和其他数据的储存。例如，在图6中，硬盘141
被示出为储存操作系统144、应用程序145、其他程序模块146和程序数据147。应注意的
是，这些组件可以与操作系统134、应用程序135、其他程序模块136、和程序数据137相同
或不同。在这里对操作系统144、应用程序145、其他程序模块146和程序数据147给出了
不同数字来举例说明它们至少是不同的复件。用户可以通过输入设备如键盘162和点击装
置161，通常称为鼠标、光标运动球或触控板，来向计算机20输入指令和信息。其他输入设
备(未示出)可以包括麦克风、操纵杆、游戏垫、圆盘式卫星电视天线、扫描仪等。这些和其
他输入设备通过耦合于系统总线的用户输入接口160而连接至处理器单元120，但是也可
以通过其他接口和总线结构如并行端口、游戏端口或通用串行总线(USB)进行连接。监视
器191或其他类型的显示设备也能经由诸如视频接口190的接口连接至系统总线121。除
了监视器之外，计算机也可以包括其他外围输出设备，如扬声器197和打印机196，这些设
备可以通过输出外围接口190连接。
[0414] 计算机110可以在联网环境中采用逻辑连接至一台或多个远程计算机如远程计算机180而进行工作。远程计算机180可以是个人计算机、服务器、路由器、网络PC、点对点
设备或其他常见的网络节点，而典型地包含许多或所有的以上与计算机110有关的组件，
尽管图6中仅举例说明了记忆存储设备181。描述于图6中的逻辑连接包括本地局域网
(LAN)171和广域网(WAN)173，但也可以包括其他网络。这种网络环境在办公室、企业级计
算机网络、内部网和互联网中是常见的。
[0415] 当用于LAN网络环境时，计算机110通过网络接口或适配器170连接至LAN171。当用于WAN网络环境中时，计算机110典型地包括调制解调器172或其他用于搭建WAN173
如因特网通信的设备。调制解调器172，其可以是内部的或外部的，可以经由用于输入接口
160，或其他合适的机制连接到系统总线121。在网络环境中，相对于计算机110描述的程序
模块，或其部分，可以存储于远程记忆储存设备中。举例而言，而不限于，图6举例说明了驻
留于内存设备181上的远程应用程序185。应该理解到，所示网络连接是示例性的并且也可
以使用其他建立计算机之间通信连接的方式。
[0416] 尽管前文中提出了本发明各种不同实施方式的详细描述，但是应该理解到，本发明的范围由在本文所附权利要求来限定。详细的描述将解释为仅仅是示例性的而并不是描
述本发明每一可能实施方式，因为描述每一种可能实施方式是不现实的，即使需要也是不
可能的。能够利用当前的技术或本专利申请日之后开发的技术是来实施各种可替代的实施
方式，这仍将包括在本发明限定的权利要求的范围内。
[0417] 尽管风险评估系统和方法，以及其他组件，都已经按照优选在软件中实施的方式进行描述，但是它们可以在硬件、固件等中实施，而可以通过任何其他处理器实施。因此，
本文中描述的组件可以在标准多用途CPU中或在专门设计的硬件或固件如专用集成电路
(ASIC)或其他按需要的硬导线连接设备来实施，包括但不限于图6中的计算机上。当在软
件上实施时，软件子程序可以储存于任何计算机可读记忆体如磁盘、激光盘、或其他储存媒
质，在计算机或处理器的RAM或ROM，在任何数据库中等。类似地，该软件可以经由任何已知
的或所需的递送方法包括，例如，在计算机可读盘或其他可传输计算机存储基质或在通信
信道如电话线，英特网，无线通信等(这可以是与经由传输存储媒质提供这种软件相同或
可互换的)递送至用户或诊断系统。
[0418] 因此，许多修改和变体可以本文描述和举例说明的技术和结构中做出而不会超出本发明的精神和范围。因此，应该理解到，本文中描述的方法和装置仅仅示例性的，而不应
构成对本发明范围的限制。
[0419] 本发明现在将通过以下非限制性实施例进行举例说明。
[0420] 实施例1.
[0421] 患者同龄组
[0422] 剥脱性综合征(XFS)(也被称为剥脱性综合征(XFS))、和剥脱性青光眼(XFG)的诊断，按照先前文献Jonasson et al.(Eye 17：747-753(2003)中的描述来完成。存在XFS
通过在瞳孔缘或在晶状体前表面(anterior lens surface)上寻找典型的白色、绒毛状或
粒状物质来证实。而且，在晶状体前囊膜上的中心遮蔽(cental shield)和/或周边带被
认为是具有明确的XFS，而如果他们也具有POAG，则就认为他们患有XFG。对于原发性开角
型青光眼(POAG)的诊断标准可按照文献Jonasson et al.(Eye 17：747-753(2003)中的描
述进行。
[0423] 基因分型
[0424] 利用Illumina的Infinium HumanHap300SNP切片分析在单切片(Illumina，SanDiego，CA，USA)上的约317,000个单核苷酸多态性(SNP)来实施诊断出患有青光眼、原发
性开角型青光眼(POAG)、具有青光眼的XFS和没有青光眼的XFS的冰岛人个体，以及超过
14,000例的对照人群的全基因组扫描。对于在其他病例-对照组中重复的SNP基因分型利
用Centaurus platform(Nanogen)来实施。
[0425] 相关性分析的统计方法
[0426] 为了确定个体标记物的对疾病表型如冠脉疾病或心肌梗塞的相关性，我们采用了似然比检验计算标记物的每一等位基因的双面P-值。我们假设一个乘法模型(C.T.Falk，
P.Rubinstein，Ann HumGenet 51(Pt 3)，227(1987)；J.D.Terwilliger，J.Ott，Hum Hered
42，337(1992))计算相对风险(RR)和人群特异性风险(PAR)。为了阐明该区域内标记物
之间的连锁不平衡，我们采用了CEPHCaucasian HapMap数据。我们采用D′的标准定义
2
(R.C.Lewontin，Genetics 50，757(1964))并对于相关系数r(W.G.Hill，A.Robertson，
Genetics 60，615(1968年11月))计算了SNP对之间的LD。对于冰岛人组，为了考虑
一些个体相互有亲缘关系，我们根据通过冰岛人谱系模拟基因型或从所有在初始全基因
组相关性扫描(引用)检验的300,000人的检验统计而获得检验统计的零统计(null
statistic)。基因型型相对风险的无模型估计如下产生：相比于基因型G0的基因型G1的
RR，通过[n(G1)/n(G0)]/[m(G1)/m(G0)]进行估计，其中n和m分别表示患者和对照的基因
型计数。不同组的结果采用Mantel-Hanezel模型(引述)合并，其中各组容许具有等位基
因/基因型的不同人群频率，但是假设具有共同的相对风险。
[0427] 结果
[0428] 全基因组相关性研究
[0429] 我们成功地对165例冰岛人青光眼患者、78例诊断患有原发性开角型青光眼(POAG)、60例诊断患有XFS和青光眼的患者和55例诊断患有无青光眼的XFS、以及14474
例无已知XFS或青光眼病史的对照个体人群采用Illumina 330K芯片进行基因分型。我们
实施了青光眼和XFS相关性的全基因组扫描，在成功基因分型的切片上的每一SNP进行了
个别检测。
[0430] 我们发现，在染色体15q24.1上的一个标记物rs2165241显示出对青光眼(表1；综合的青光眼)显著的相关性，优势度为约2.35。
[0431] 既然其已经充分建立了XFS是发展青光眼的主要风险因子，我们决定分析表型明确的组，即(1)含有患有确证青光眼的个体组(综合的青光眼)，(2)含有诊断患有原发性
开角型青光眼的个体的组(POAG)，(3)含有诊断患有XFS(其中一些也患有青光眼)的个体
的组(XFS+G)，和(4)含有诊断患有XFS而无青光眼的个体的组(XFS)。分析这些组而使我
们能够研究各种表型对所观察信号的相对分布。
[0432] 如表1中所示，在青光眼的表型中观察到的OR为2.35，在POGA组中降低至1.37。然而，在XFS-青光眼患者(XFG)组中观察到更高的OR为3.50。这是在该表型组中影响最
强的指征。在仅患有XFS的组中所观察的OR值3.18，接近于在XFG组中的一样强，表明所
观察到的影响主要源于XFS，而在青光眼患者中通过XFS-青光眼表型发挥其影响作用。
[0433] rs2165241标记物位于在染色体15q24.1上强连锁不平衡的小区域，此处标识为LOXL1 LD结构单元。在该区域的几个其他SNPs研究了对XFS的相关性，如表2中所示。这
些结果表明，包含LOXL1基因的染色体15上的该区域与XFS强烈相关。
[0434] 由于rs2165241风险T-等位基因在一般人群中十分相同(47.3％的等位基因频率)且观察到非常高的OR值这个事实，该相关性的影响是显著的。因此，rs2165241的T等
位基因能够在欧洲人血统的个体中的一般人群中占了超过37％的XFS病例。
[0435] LOXL1基因的测序
[0436] LOXL1基因的测序进行实施，而研究外显子、启动子区域或3′未翻译区域中的变异是否能够存在所观察的XFS和青光眼相关性。从四个人群中的取样进行测序，每一人群
94个样本：冰岛人对照、HapMap CEU样本、冰岛人青光眼患者、和冰岛人XFS患者。对5′
序列约1000bp，以及侧接每一外显子的200bp和3′序列的300bp进行了评价。
[0437] 测序的结果如表6中所述。除了先前已知的SNPs，我们确定了几个新的SNPs，其中几个我们发现在该样品中是高度相关于XFS。具体而言，两个SNPs，SG15S209(rs8023330)
2
和SG15S210(rs12441130)发现是高度相关于rs2165241(r 分别为0.98和0.96)，对于
rs2165241估计的优势度(OR)值甚至高高超过了现有发现值。
[0438] 表1：15q24.1对XFS和青光眼的相关性
[0439] 在冰岛人病例-对照组中显示出SNP rs2165241的风险等位基因对青光眼的相关性。结果独立地对于所有青光眼病例和原发性开角型青光眼(POAG)病例和假性-剥脱性
青光眼病例(XFG；诊断患有XFS和青光眼的个体)进行显示。结果也包括Reykjavik Eye
Study(RES)的不存在青光眼的假性剥落病例的独立组结果。研究人群包括病例数(n)和
对照数(m)。结果包括OR，95％置信区间(CI)和假设乘法模型计算的P值，以及对于杂合
(OX)和纯合载体(XX)对比于不携带(00)风险的基因型特异性OR。P值和CI通过模拟而
调节病例和对照的亲缘关系。
[0440]
[0441] 表2：对于在LOXL1区域内另外标记物的XFS相关性
[0442] 所示的是对于10个位于LOXL1基因的SNPs，包括rs2165241的剥脱性综合征(XFS)相关性。相关性是对于115个XFS病例的合并组vs.14474个对照进行计算的。结果
包括对于病例和对照中的每一SNP频率，OR，95％CI和假设乘法模型计算的P-值。结果也
2
包括了每一另外的标记物和风险SNP rs2165241之间的相关系数r。
[0443]
[0444] a基于HapMap CEU数据而与标记物rs2165241的相关性
[0445] 表3：与rs2165241相关的标记物
[0446] 在15q24.1上区域71.8～72.2Mb中的所有SNP(基于HapMapv22 CEU数据集)是2
风险标记物rs2165241处(以粗体指示)相关的，r ≥0.2。该表中包括了rs2165241相
2
关性的两个测量值：D’和r，都是由HapMap CEU数据集估算而得到。
[0447]
[0448] aNCBI构架34中染色体16上碱基对位置
[0449] b与SNP rs2165241的相关系数，D′和r2。
[0450] 表4.染色体15上LOXL1 LD结构单元内的多态性SNP标记物
[0451] 所示的是标记物名(公用的rs-名，多态性的核苷酸碱基变化，多态性的位置(基于NCBI Build 34的坐标)，按照所列(+或-)的多态性的链)，和在SEQ ID NO：84中的多
态性位置。
[0452]SEQ ID NO：84中
标记物 碱基变化 chr15 位置 链
的位置
rs4243038 A/G chr15 71928236 + 15
rs7182614 A/G chr15 71928738 + 517
rs28394669 C/G chr15 71928840 + 619
rs28542042 C/T chr15 71929174 + 953
rs28394570 A/G chr15 71929203 + 982
rs12898282 A/G chr15 71929417 + 1196
rs7167367 A/G chr15 71929689 + 1468
rs35022996 A/T chr15 71930241 + 2020
rs7173684 A/G chr15 71930700 + 2479
rs7174531 G/T chr15 71930903 + 2682
rs4886761 C/T chr15 71931368 + 3147
rs8040846 G/T chr15 71932091 + 3870
rs4886764 C/T chr15 71932241 + 4020
rs12914565 C/T chr15 71932422 + 4201
rs8026259 C/T chr15 71932576 + 4355
rs28437367 C/T chr15 71932770 + 4549
rs11852604 A/G chr15 71933334 + 5113
rs6495084 C/T chr15 71933656 + 5435
SEQ ID NO：84中
标记物 碱基变化 chr15 位置 链
的位置
rs12708513 C/G chr15 71933995 + 5774
rs16958477 A/C chr15 71934283 + 6062
rs1048661 G/T chr15 71935363 + 7142
rs3825942 C/T chr15 71935399 - 7178
rs12906373 C/T chr15 71935877 + 7656
rs1130133 A/G chr15 71936009 + 7788
rs8023330 A/G chr15 71936416 + 8195
rs28710821 A/G chr15 71936592 + 8371
rs11637907 C/T chr15 71936633 + 8412
rs1550436 C/T chr15 71936974 + 8753
rs1550437 C/T chr15 71937115 + 8894
rs6495085 C/G chr15 71937130 + 8909
rs1550438 C/T chr15 71937207 + 8986
rs6495086 C/T chr15 71937309 + 9088
rs1550439 A/T chr15 71937456 + 9235
rs8034403 A/G chr15 71937845 + 9624
rs8034017 A/G chr15 71937860 + 9639
rs2165241 C/T chr15 71938019 + 9798
rs1078967 A/G chr15 71938804 - 10583
SEQ ID NO：84中
标记物 碱基变化 chr15 位置 链
的位置
rs1550433 A/C chr15 71939126 + 10905
SEQ ID NO：84中
标记物 碱基变化 chr15 位置 链
的位置
rs28588430 C/G chr15 71939247 + 11026
rs28617339 C/T chr15 71939388 + 11167
rs2415204 A/C chr15 71939440 + 11219
rs28522673 C/G chr15 71939533 + 11312
rs1992314 C/G chr15 71939584 + 11363
rs1440101 A/G chr15 71940448 + 12227
rs2289414 A/G chr15 71940617 + 12396
rs4886776 A/G chr15 71940813 + 12592
rs8041642 A/G chr15 71940923 + 12702
rs8041685 A/G chr15 71941010 + 12789
rs4886778 A/C chr15 71941205 + 12984
rs8042039 C/T chr15 71941335 + 13114
rs8027093 C/T chr15 71941484 + 13263
rs8027022 A/G chr15 71941955 + 13734
rs28603291 C/T chr15 71942287 + 14066
rs4283182 A/G chr15 71942439 + 14218
SEQ ID NO：84中
标记物 碱基变化 chr15 位置 链
的位置
rs2028386 C/G chr15 71942525 + 14304
rs4337252 C/G chr15 71942582 + 14361
rs4243039 A/G chr15 71942719 + 14498
rs2028387 A/C chr15 71942854 + 14633
rs12594472 A/T chr15 71942957 + 14736
rs2415205 C/G chr15 71943636 + 15415
rs2899807 A/T chr15 71943637 + 15416
rs28739347 G/T chr15 71943854 + 15633
rs893815 C/G chr15 71943981 + 15760
rs4077284 A/G chr15 71944208 + 15987
rs893816 C/T chr15 71944281 + 16060
rs4886782 A/G chr15 71944627 + 16406
rs893817 A/G chr15 71944882 + 16661
rs893818 A/G chr15 71945012 + 16791
rs12917501 A/G chr15 71945220 + 16999
rs4423374 A/G chr15 71945327 + 17106
rs893819 A/G chr15 71945341 + 17120
rs4243040 A/G chr15 71945380 + 17159
rs893820 C/T chr15 71945420 + 17199
SEQ ID NO：84中
标记物 碱基变化 chr15 位置 链
的位置
rs4243041 C/G chr15 71945598 + 17377
rs4886785 A/G chr15 71945608 + 17387
rs16958494 C/T chr15 71947166 + 18945
rs12440667 C/T chr15 71947256 + 19035
rs28594928 C/T chr15 71947265 + 19044
rs11855863 C/T c11r15 71947320 + 19099
rs9944214 C/T chr15 71947674 + 19453
rs12594324 C/T chr15 71948182 + 19961
rs12905253 A/G chr15 71948254 + 20033
rs10851865 A/G chr15 71948314 + 20093
SEQ ID NO：84中
标记物 碱基变化 chr15 位置 链
的位置
rs9783739 A/T chr15 71949568 + 21347
rs11638944 C/G chr15 71949899 + 21678
rs8042181 A/G chr15 71949988 + 21767
rs11072449 A/G chr15 71950301 + 22080
rs12441130 C/T chr15 71950719 + 22498
rs2304719 C/T chr15 71951317 + 23096
rs11631579 A/G chr15 71951521 + 23300
SEQ ID NO：84中
标记物 碱基变化 chr15 位置 链
的位置
rs28758267 A/G chr15 71951664 + 23443
rs12906558 A/C chr15 71951724 + 23503
rs7173840 G/T chr15 71952189 + 23968
rs7173508 A/G chr15 71952224 + 24003
rs1001507 G/T chr15 71952770 + 24549
rs11638420 G/T chr15 71952845 + 24624
rs1530167 C/T chr15 71952901 + 24680
rs1530168 C/T chr15 71952914 + 24693
rs1530169 C/T chr15 71952937 + 24716
rs10775207 A/G chr15 71953837 + 25616
rs7163406 A/G chr15 71954089 + 25868
rs35439299 C/G chr15 71954426 + 26205
rs2304720 C/T chr15 71954551 + 26330
rs28706550 A/C chr15 71954672 + 26451
rs13329465 G/T chr15 71955016 + 26795
rs11636165 A/G chr15 71955154 + 26933
rs13329473 C/T chr15 71955342 + 27121
rs4595753 G/T chr15 71955686 + 27465
rs2304721 A/C chr15 71956171 + 27950
SEQ ID NO：84中
标记物 碱基变化 chr15 位置 链
的位置
rs4497636 A/G chr15 71956354 + 28133
rs28578363 C/T chr15 71956919 + 28698
rs893821 C/T chr15 71957052 + 28831
rs4886796 A/T chr15 71957185 + 28964
rs750460 C/T chr15 71957323 - 29102
rs4243042 A/T chr15 71957441 + 29220
rs2304722 C/T chr15 71957566 + 29345
rs35203737 A/C chr15 71957708 + 29487
rs1440102 A/G chr15 71957803 + 29582
rs28566488 C/G chr15 71958285 + 30064
rs12437465 C/T chr15 71959063 + 30842
rs11072450 A/G chr15 71959561 + 31340
rs12441138 A/G chr15 71959714 + 31493
rs8818 C/G chr15 71960095 + 31874
rs3522 C/T chr15 71960161 + 31940
rs7168465 C/T chr15 71960239 + 32018
rs7173049 A/G chr15 71960427 + 32206
rs7175324 G/T chr15 71960824 + 32603
rs12442139 C/T chr15 71961303 + 33082
SEQ ID NO：84中
标记物 碱基变化 chr15 位置 链
的位置
SEQ ID NO：84中
标记物 碱基变化 chr15 位置 链
的位置
rs12442211 A/G chr15 71961492 + 33271
rs12913399 C/G chr15 71961862 + 33641
rs12102180 A/C chr15 71962242 + 34021
rs28463653 G/T chr15 71962334 + 34113
rs12899085 A/G chr15 71962739 + 34518
rs4886494 A/G chr15 71963285 + 35064
rs4886802 C/T chr15 71963288 + 35067
rs11072451 C/G chr15 71963601 + 35380
rs28563987 A/G chr15 71963685 + 35464
rs2415206 C/T chr15 71963713 + 35492
rs8031396 A/G chr15 71963745 + 35524
rs11072452 G/T chr15 71963748 + 35527
rs11631102 A/G chr15 71963752 + 35531
rs8030957 A/G chr15 71963755 + 35534
rs12904518 A/C chr15 71963761 + 35540
rs12102015 C/T chr15 71964177 + 35956
rs12101466 A/G chr15 71964205 + 35984
SEQ ID NO：84中
标记物 碱基变化 chr15 位置 链
的位置
rs12102019 C/T chr15 71964294 + 36073
rs12101479 C/G chr15 71964365 + 36144
rs28642047 A/G chr15 71964681 + 36460
rs28433432 A/C chr15 71965447 + 37226
rs28707234 A/G chr15 71965670 + 37449
rs11072453 A/T chr15 71965673 + 37452
rs4886803 C/G chr15 71965791 + 37570
rs12907105 C/G chr15 71966244 + 38023
[0453]
[0454]
[0455]
[0456] 表5.在染色体15上LOXL1 LD结构单元内的微卫星标记物。
[0457] 所示的是标记物名，多态性的位置(关于NCBI Build 34的起始和结束)，扩增引物的尺寸和多态性扩增的正向和反向引物。
[0458]GTT
AC
CGC
GG
物 TAG
引 AA
向反 TCG

TCC
CT
GTA
TC
TCC
物 TA
引向 CGT
正 GT

3
尺 寸 41

625
64
束结 917

48
364
始 91
起 7
5
r 1r
hC hc

81
8S
称名 51D

[0459] 表6.LOXL1基因内外显子和侧接内含子序列中的多态性标记物
[0460] 通过对总共94例来自HapMap Caucasian样品(CEU；参见，http://www.hapmap.org关于人群的细节)的个体、94例冰岛人对照样品、94例青光眼患者和94例患有XFS的
患者中LOXL1基因的所有外显子和其侧接序列，以及5′启动子和3′区域进行测序，我们
确定了几种新型的多态性。在表中NCBI Build 34中的位置示出了氨基酸变化的类型、多
态性等位基因的频率、基因中的位置、XFS相关性优势度(OR)、多态性和标记物rs2165241
之间的相关性和相关系数的P-值。
[0461]SNP 位置 Var rs名称 CEU 青光眼 对照 XFS OR P r2 基因中位置
SG15S202 71933656 C/T rs6495084 0.0398 0.0269 0.0055 0.0000 启动子
SG15S203 71933995 C/G rs12708513 0.0393 0.0269 0.0055 0.0000 启动子
SG15S204 71934283 A/C rs16958477 0.3764 0.4154 0.3611 0.5208 1.92 0.046 0.28 启动子
SG15S205 71934326 C/G 0.0225 0.0000 0.0167 0.0000 启动子
SG15S206 71934869 A/G 0.0000 0.0040 0.0110 0.0000 5′UTR
SG15S178 71935363 G/T rs1048661 0.5511 0.7188 0.6404 0.8400 2.95 0.005 0.46 Exon 1
SG15S179 71935399 A/G rs3825942 0.1534 0.1181 0.1833 0.0000 外显子1
SG15S208 71935817 C/T 0.0282 0.0126 0.0432 0.0000 外显子1
SG15S242 71935901 G/T 0.0000 0.0405 0.0067 0.0833 外显子1
SG15S243 71936221 A/C 0.0000 0.0242 0.0056 0.0455 Intron 1
SG15S209 71936416 A/G rs8023330 0.3897 0.5273 0.4389 0.7391 3.62 0.00022 0.98 内含子1
SG15S210 71950719 C/T rs12441130 0.3706 0.5615 0.4444 0.8000 5.00 4.44E-06 0.96 内含子1
SG15S211 71951055 C/T 0.0000 0.0038 0.0055 0.0000 外显子2
SG15S185 71951317 C/T rs2304719 0.7159 0.7752 0.6209 0.8800 4.48 0.00021 0.49 内含子2
SG15S212 71951378 A/G 0.0000 0.0039 0.0055 0.0200 内含子2
SG15S213 71954551 C/T rs2304720 0.7216 0.7756 0.6209 0.8696 4.07 0.00064 0.49 内含子2
SG15S214 71955070 A/G 0.0506 0.0440 0.0275 0.0652 2.47 0.25 0.02 内含子3
SG15S215 71955124 A/G 0.7360 0.8320 0.8500 0.9348 2.53 0.1 0.14 内令子3
SG15S216 71955125 C/T 0.0393 0.0280 0.0167 0.0217 1.31 0.82 0.01 内含子3
SG15S217 71955189 A/G 0.0000 0.0040 0.0000 0.0000 内含子3
SG15S218 71955295 A/G 0.0000 0.0038 0.0110 0.0000 外显子4
SG15S219 71955430 A/G 0.0805 0.0465 0.0714 0.0000 内含子4
SG15S220 71955686 G/T rs4595753 0.0393 0.0115 0.0055 0.0000 内含子4
SG15S221 71955688 C/T 0.7360 0.8269 0.8516 0.9400 2.73 0.076 0.14 内含子4
SG15S222 71956120 A/G 0.0056 0.0000 0.0000 0.0000 内含子5
SG15S223 71956163 C/G 0.0000 0.0039 0.0000 0.0000 内含子5
SG15S224 71956171 A/C rs2304721 0.0506 0.0440 0.0281 0.0600 2.21 0.31 0.02 内含子5
SG15S225 71956354 A/G rs4497636 0.0291 0.0119 0.0057 0.0000 内含子5
SG15S180 71957323 A/G rs750460 0.3603 0.5391 0.4691 0.7708 3.81 0.00016 0.95 内含子5
SNP 位置 Var rs名称 CEU 青光眼 对照 XFS OR P r2 基因中位置
SG15S175 71957441 A/T rs4243042 0.3391 0.5385 0.4396 0.7600 4.04 4.14E-05 0.98 内含子5
SG15S226 71957496 C/T 0.0398 0.0269 0.0165 0.0200 1.22 0.87 0.01 内含子5
SG15S227 71957566 C/T rs2304722 0.7360 0.8192 0.8462 0.9400 2.85 0.062 0.15 内含子5
SG15S228 71957884 A/G 0.0000 0.0273 0.0055 0.0400 内含子6
SG15S229 71960095 C/G rs8818 0.8483 0.8231 0.8462 0.8800 1.33 0.54 0.04 3′UTR
SG15S230 71960130 G/T 0.0112 0.0000 0.0000 0.0000 3′UTR
SG15S231 71960161 C/T rs3522 0.5375 0.4922 0.4667 0.5000 1.14 0.7 0.15 3′UTR
SG15S234 71960409 C/T 0.8295 0.8885 0.8462 0.8913 1.49 0.42 0.01 下游
SG15S235 71960427 A/G rs7173049 0.8125 0.8115 0.8407 0.9000 1.71 0.28 0.15 下游
SG15S236 71960695 A/G 0.0114 0.0039 0.0167 0.0000 下游
SG15S237 71960719 A/G 0.9716 0.9805 0.9719 0.9783 1.30 0.81 0.02 下游
SG15S238 71960811 C/T 0.0000 0.0000 0.0056 0.0000 下游
SG15S239 71960824 G/T rs7175324 0.4034 0.4767 0.4663 0.5217 1.25 0.5 0.31 下游[0462]
[0463]
[0464]
[0465]
[0466] 实施例2.LOXL1基因中常见序列变异赋予剥脱性青光眼的易感性
[0467] 青光眼是世界上第二最常见的致盲病因(Resnikoff，S.，et al.，Bulll WorldHealth Organ 82，844(2004年11月))。由于对其病理生理学知之甚少，因此存在对于改
进风险评价和较好治疗的迫切需要。
[0468] 青光眼是一组不同类型的眼疾，其共同特征为视神经损伤。患有以无痛视力丧失为特征的开角型青光眼(OAG)的大多数人群占大多数青光眼病例，并且被定义为视神经盘
神经视网膜边缘组织的进行性丧失并由此导致相应视野缺损的视神经盘的凹陷(Foster，
P.J.et al.，Br J Ophthalmol 86，238(2002 年 2 月 )；Jonasson，F.et al.，Eye 17，
747(2003年8月))。OAG可以分成原发性开角型青光眼(POAG)和继发性开角型青光眼。
POAG不能归因于无房水流出阻力(aqueous outflow resistance)，而在继发性开角型青
光眼中，房水引流阻力是已知的病因，而在XFS中被认为是由于该综合征源于其名称的剥
脱性物质所致。剥脱性综合征(XFS)的特征为排列于眼睛前段的房水浴表面(aqueous
bathed surface)上的异常微纤维沉积的累积。随着年龄增长，XFS的患病率增加，而且
尽管发现XFS是世界范围的，但许多论文都指出了这种病症的地域性聚集(Ringvold，
A.Acta Ophthalmol Scand 77，371(1999))。XFS在大多数人群中是继发性开角的最常
见病因，其特征为发展迅速，对药物疗法具有高度耐受性，而比POAG具有更差的预后性
(Schlotzer-Schrehardt，U.et al.，Am J Ophthalmol 141，921(2006))。
[0469] 家族病史对于POAG和XFS都是一种重要的风险因子，其连同POAG发病率的种族差异一起起到这些病症风险中遗传因子的作用(Hewitt，A.W.et al.，Clin Experiment
Ophthalmol 34，472(2006))。已经发现三种基因，MYOC(Stone，E.M.et al.，Science 275，
668(1997))、OPTN(Rezaie，T.et al.，Science 295，1077(2002))、和WDR36(Monemi，S.et.
al.，M.：Hum.Molec.Genet.14：725(2005))在POAG患者中发生了突变。然而，这些基因中
的突变是中等频率，并且由此解释了为何仅仅只有少部分的POGA病例((Hewitt，A.W.et
al.，Clin Experiment Ophthalmol 34，472(2006))。
[0470] 出于识别带来青光眼风险的序列变异的目的，我们采用Illnmina Hap300切片实施了有关患有青光眼的冰岛患者的全基因组的相关性研究。进行质量过滤后，检验在195
个病例和14474例对照人群的样品中的304,250个SNP的青光眼的相关性。利用基因组
对照方法对于个体和潜在人群分层次之间的亲缘关系来调节结果(Devlin，B.和Roeder，
K.Biometrics 55，997(1999))。具体而言，卡方统计值除以一个1.055的校正因子。
[0471] 结果与讨论
[0472] 总之，三种SNP达到了全基因组显著性(P＜1.6×10-7)，并且所有的SNP都处于染色体15q24.1上强连锁不平衡的小区域内(图2)。对rs2165241的等位基因T(表7)观
-14
察到了与青光眼的最强相关性，优势度为2.28(P＝2.0×10 )。而且，全基因组显著的是
-8
rs2304719的等位基因C(OR＝2.07，P＝1.2×10 )和rs893817的等位基因A(OR＝1.85，
-7
P＝1.4×10 )，但是它们都与rs2165241实质相关，并且在对rs2165241的影响校正后就
不再是显著性的(P＞0.05)。
[0473] 195例青光眼病例包括90例分类成POAG的病例、75例已知是XFG的病例和30例并没有精确分类的病例。进一步分析显示，rs2165241的评估作用较弱，而仅对POAG具有或
多或少的显著性(OR＝1.36，P＝0.040)，但是对于XFG具有很强的显著性(OR＝3.40，P
-12
＝4.3×10 )(表7)。在试图重复所观察的相关性中，我们在包括200个POAG病例、199个
XFG病例和198个对照的瑞典人样品中对rs2165241进行了基因分型。对于POAG没有观察
到相关性(OR＝0.83，P＝0.18)，但是对于XFG所观察到的相关性类似于冰岛人样品(OR
-17
＝3.78，P＝3.1×10 )。采用Mantel-Haenszel模型(Mantel，N.& Haenszel，W.J Natl
-27
Cancer Inst 22，719(1959))合并这两种样品组的结果得到OR为3.62(P＝1.0×10 )(表
7)。
[0474] 为了进一步探究变异的影响，我们对患有青光眼的另外55例冰岛人XFS病例-8
进行基因分型。与对照组相比，OR为3.18(P＝1.9×10 )，而在无青光眼的XFS病例中
rs2165241的频率类似于患有青光眼的XFS病例中的情况(P＞0.5)。这些结果表明，由
rs2165241T标记物的易感性变异是XFS的主要易感性变异，从而支持了该变异主要由XFS
带来青光眼风险的观点。
[0475] SNPrs2165241位于赖氨酰氧化酶样蛋白1(LOXL1)基因的第一内含子中。在试图提炼所观察的相关性信号中，我们基于HapMapCEU数据而并非Illumina Hap300芯片的部
2
分识别了基本相关于rs2165241的SNP(r ＞0.2)(表3)。除了全基因组扫描的3种最好
的SNP之外，这些SNP中的8种在所有冰岛人和瑞典人XFG病例，所有瑞典人对照和647例
冰岛人对照中成功地进行了基因分型。还也对两种已知的非同义SNP，即都位于LOXL1的
第一外显子中的rs1048661(Arg→Leu，R141L)和rs3825942(Gly→Leu，G135D)进行了
基因分型。rs1048661通过dbSNP数据库进行识别，而rs3825942通过HapMap SNP进行识
别。两种非同义SNP表现出与XFG具有强相关性(合并冰岛人和瑞典人，对于rs1048661
-12
的等位基因G，OR＝2.46，P＝2.3×10 ，而对于rs3825942的等位基因G，OR＝20.10，
-21 -27
P＝3.0×10 )(表7)。进一步分析表明，当rs2165241(P＝1.0×10 )比rs1048661
和rs3825942中的一者更具显著性时，在对两种非同义SNP同时进行校正后(表8，9和
10)其不再具有显著性(P＝0.71)，后者也对于我们进行的分型其他SNP也是如此。研究
rs1048661和rs3825942的联合效应的结果总结于图3中。两种SNP基本上是连锁不平衡
(D’＝1)，而在我们的样品中四种可能单体型中仅检测到3种。在所观察到的三种单体型
中，(G，A)具有最低的估计风险值。对于来自冰岛和瑞典的综合结果，相对于(G，A)、(G，G)
-27 -8
的OR为27.05(P＝4.0×10 )，而(T，G)的OR为8.90(P＝1.6×10 )。rs2165241的等
2
位基因T与XFG强烈相关，因为其有效标记物了高风险单体型(G，G)(r ＝0.9)。基于这两
种风险等位基因风险的乘法模型，rs1048661的等位基因G相比于等位基因T的相对风险
度为3.04＝27.05/8.90，而rs3825942的等位基因G相比于等位基因A的相对风险度为
27.05。有意思的是，注意到在我们的样品中未见的单体型(T，A)将会预测出具有比(G，A)
更低的风险。所观察的三种单体型在每一病例或对照中并未显示出偏离Hardy-Weinberg
平衡，这与个体携带的两种单体型的风险相乘的模型是一致的。在该模型下，携带高风险单
体型(G，G)的两种拷贝的个体风险是携带(G，A)两种拷贝两种高风险单体型的700倍，并
且比人群平均风险高约2.47倍。如果两种较高的风险单体型(G，G)和(T，G)的风险能够
被降低至(G，A)的风险，则这将消除超过99％的XFG病例。因此，两个更高风险单体型的
人群归因风险度超过99％。7个LOXL1外显子的序列并未进一步识别出与该疾病相关的其
他变异(表11)。
[0476] 为了确定是否风险变异能够影响LOXL1的mRNA表达，我们在来自659个具有rs1048661和rs3825942基因型数据的个体的脂肪样品中分析了其表达(微阵列表达数
-7
据)。LOXL1的表达对于携带rs1048661风险等位基因(P＝8.3×10 )的每一拷贝估计降
低7.7％；这种效应对于男性和女性都是显著的，并且即使对于个体的体重校正了表达也没
有发生变化(图4)。相反，在rs3825942的风险G等位基因和LOXL1的表达之间观察到弱
正向相关(P＝0.034)，而当对于rs1048661的影响调整相关性时，这种效应完全消失(P＝
0.55)。该微阵列表达数据的结果用实时PCR对于659个个体的564个的子组来确认。
[0477] LOXL1基因是催化氧化弹性蛋白原赖氨酸残基去氨化而导致其与随后形成的弹性蛋白聚合物纤维自发交联的赖氨酰氧化酶家族的成员(Liu，X.et al.，Nat Genet 36，
178(2004)，Lucero，H.A.et al.，Cell Mol Life Sci 63，2304(2006))。弹性蛋白纤维
的形成也需要起到引导交联过程和弹性蛋白沉积的支架作用的含微纤维蛋白的微原纤维
(Thomassin，L.et al.，J Biol Chem 280，42848(2005))。赖氨酰氧化酶家族成员有5个，
而编码原型LOX蛋白和LOX样蛋白1至4(LOXL1、LOXL2、LOXL3和LOXL4)。所有5个LOX家
族成员具有由7个外显子组成的类似外显子结构，其中5个(外显子2～6)显示出强同源
性，并编码这些蛋白的C-端催化区域。LOX基因残基之间的序列差异主要在于编码前肽的
外显子1，也就是说，在将LOXL1连接至支架结构之后，利用酶的催化活化作用进行裂解。若
干研究已经证实，LOXL1前肽都连接至弹性蛋白原和fibulin-5，并且这些相互作用对于引
导酶沉积于弹性纤维上是很重要的(Liu，X.et al.，Nat Genet 36，178(2004)，Thomassin，
L.et al.，J Biol Chem 280，42848(2005))。
[0478] XFS的病理学过程的特征为异常原纤物质在眼睛前段中慢性积累，导致除了继发性开角发展之外的各种临床综合征。基于XFS物质的分析，已经提出XFS是由于
由各种眼内细胞类型产生的弹性蛋白微原纤维组分的异常积累(弹性微纤维病理学
(elasticmicrofibrillopathy))(Schlotzer-Schrehardt，U.et al.，Am JOphthalmol
141，921(2006)，Ritch，R.et al.，Prog Retin Eye Res 22，253(2003))。尽管在形成眼
睛的胞外基质中对于LOXL1的作用还没有文献报道，在类似于巩膜筛板、晶状体上皮、角
膜、睫状肌和小梁网的眼组织，所有可以涉及到胞外基质形成的组织中检测了LOXL1表达
(Kirwan，R.P.et al.，Mol Vis 11，798(2005)，Netland，P.A.et al.，Ophthalmology 102，
878(1995)，Pena，J.D.et al.，Exp EyeRes 67，517(1998))，(在NCBI GEO数据库中可查
询数据)。我们在本文中已经证实了两种编码的SNP，rs1048661和rs3825942，与分别导致
位置141处(Arg-Leu)和153(Gly-Asp)处的氨基酸改变的XFG相关性，这两个位置都位于
N-端前肽中。基于前肽的功能性作用，这些改变能够通过前肽切割和连接至弹性蛋白原和
fibulin-5的底物的修饰对蛋白的催化活性产生影响。另外，我们证实了rs1048661的风
险等位基因与脂肪组织中的LOXL1 mRNA的低水平相关。这种作用能够通过其连锁不平衡
于非编码调节元件或通过其自身对mRNA稳定性的影响或按照先前文献对诸如DRDl、MDR1
和OPRM1的基因中同义和非同义编码突变进行加工处理而进行校正(Duan，J.et.al.，Hum
Molec Genet 12，205(2003)，Wand，D.et.al.，PharmacoGenet Genomics 15，693(2005)，
Zhang，H.et.al.，Hum Molec Genet 15，807(2006))。假设在脂肪和眼组织中具有LOXL1表
达的类似调节网络，这些数据暗示了LOXL1水平不足以使个体患上XFS。
[0479] 总之，我们已经在两个独立的研究组中证实，染色体15q24.1上的LOXL1基因的外显子1中的两种非同义变化与XFG相关。在冰岛人和瑞典人中，高风险单体型是很常见的，
在一般人群中频率平均为约50％。在一般人群中约25％的个体对于具有最高风险的单体
型是纯合的，而其患XFG的风险估计比仅携带低风险的单倍体的个体高约700倍，或是平均
人群的约2.47倍。共同地，这两种非同义变化占所有XFG病例的超过99％。LOXL1基因的
产物修饰了这种主要构成XFG中眼病变的弹性蛋白纤维。至于其他形式的青光眼，在除去
LOXL1区域中的SNP之后，对POAG和青光眼的基因组-扫描Q-Q作图全都不能从随机噪声
产生的结果中分辨出，这或许表明，POAG是一种比XFG更复杂的疾病。
[0480] 方法
[0481] 来自冰岛的受治疗者
[0482] 患有剥脱性综合征(XFS)的受治疗者从Reykjavik Eye Study(RES)招募，其是来自国家人口统计的随机样品(Jonasson F.，etal.Eye 17，747-753(2003))。对所
有的参与者进行最大散瞳，以特别地寻找XFS。XFS的定义包括那些仅在裂隙灯检查中
发现在前晶状体囊上具有剥脱性物质而没有青光眼视神经病变的迹象也没有青光眼视
野缺损 的人(Jonasson F.，et al.Eye 17，747-753(2003)；Foster P.J.，et al.Br.
J.Ophthalmol.86，238-242(2002)；WolfsR.C.V.，et al.Invest.Ophthalmol.Vis.Sci.41，
3309-3321(2000))。患有剥脱性青光眼(XFG)和原发性开角型青光眼(POAG)的受治疗者
从RES和从由冰岛眼科医师所撰列表中招募。RES采用如上所述的剥落综合征相同的定义
并对立体眼底照片分级以确定青光眼视神经病变(GON)。GON的定义包括垂直杯盘比，以及
th
当伴有青光眼视野缺损时杯盘不对称度≥97.5 百分点以及当不能获得可靠GVFD时杯盘
th
不对称度≥99.5 百分点。眼科医师使用的诊断标准包括对视神经乳头的青光眼损伤和/
或对视域的青光眼损伤。判断视神经损伤由检测医师完成。相应地，采用不同的视野计方
法并基于检测医师评价进行视域分级。
[0483] 招募用于全基因组相关性研究的14474例对照作为deCODE的各遗传项目的一部分。对照的治疗史是未知的。将对照组细分到各遗传项目中，约为(括号内是rs2165241的
T等位基因对应频率)：II型糖尿病1200例(0.49)、精神分裂症550例(0.46)、前列腺癌
1300例(0.48)、乳癌1400例(0.48)、结肠癌900例(0.45)、成瘾症2800例(0.47)、焦虑症
900例(0.47)、传染病1500例(0.48)、人群对照550例(0.46)、心肌梗塞1900例(0.48)、
中风1500例(0.46)、长寿1300例(0.46)、偏头痛150例(0.49)、下肢不宁综合征150例
(0.49)。应注意的是，一些个体参与多于一个遗传项目。最重要的是，在补足对照组的疾病
组中没有观察到频率的显著差异(P＝0.65)。
[0484] 研究的伦理批准由国家生物伦理学委员会(National BioethicsCommittee)和冰岛数据保护局(Icelandic Data Protection Authority)授权。在这项研究的所有参与者
签署知情并同意。与血液样本、临床信息和谱系学有关的所有个人身份信息都由数据保护
局采用第三方的加密系统加密，代码由数据保护局进行维护。
[0485] 瑞典受治疗者
[0486] 患者从位于Uppsala附近的Uppsala大学医学院眼科学系(Department ofOphthalmology，University Hospital，Uppsala)以及Tierp大学医学院眼科学系
(Department of Ophthalmology，TierpsHospital，Tierp)门诊招募。获得知情同意之后，
从200例诊断患有POAG的无亲缘患者和200例患有剥脱性青光眼的无亲缘患者中收集外
周血样。诊断标准包括升高的IOP和视神经乳头的青光眼损伤和/或视域的青光眼损伤。诊
断从患者的医疗记录中获得。因此，视神经乳头损伤分级通过患者治疗和检测医师来实施。
相应地，利用许多不同的视野计方法用于视域检测，而视域分级是基于检测医师的评价。在
研究中所涉及的两个门诊，散瞳和前房角镜检查都是用于诊断青光眼的标准方法。在例如
虹膜或晶状体上存在剥脱性物质，对于剥脱性青光眼的诊断是比需的。在POAG和剥脱性青
光眼组中没有患者具有亲缘关系。其他200例样品从与年龄、性别和地缘和种族本源匹配
的对照个体中收集，其中青光眼采用IOP测定和视神经盘的测眼膜曲率术进行排除。研究
由当地研究伦理学委员会批准并根据Helsinki的声明来实施。
[0487] Illumina全基因组的基因分型
[0488] 所有冰岛人的病例和对照样品采用Infinium HumanHap300SNP芯片(Illumina，SanDiego，CA，USA)进行分析，包含标记物来自于International HapMap工程I阶段的SNP
的317,503个单体型。在芯片上分析的SNP中，如果它们(a)在病例或对照中的收率低于
95％，(b)在人群中次要等位基因频率小于1％，或(c)在对照中显示出与Hardy-Weinberg
平衡的显著性偏差(P＜0.001)，排除了13,253个SNP。将检出率(call rate)低于98％
的样品从分析物中排除。最终的分析包含304,250个SNP。
[0489] 单个SNP基因分型
[0490] 对所有样品的单个SNP基因分型在Reykjavik的deCODEGenetics处实施，冰岛对所有研究人群采用了相同的平台。基因分型采用Centaurus(Nanogen)平台来实施
(Kutyavin，I.V.et al.NucleicAcids Research 34，e128(2006))。
[0491] 通过在CEU样品上的每一分析进行基因分型并对照HapMap数据的结果来评价每一Centaurus SNP分析。分析具有＞1.5％错配率就排除，而对已知是LD的标记物采用连
锁不平衡(LD)检验。全基因组分析的关键标记物对于超过10％的样品进行重新基因分型，
并在小于0.5％的样品中观察错配。
[0492] 相关性分析
[0493] 对于相关性分析，我们利用了在NEMO软件中实施的标准似然比统计(Gretarsdottir，S.et al.Nat Genet 35，131-8(2003))。
[0494] 为了计算每一个体等位基因的双侧P值和优势度(OR)，假设风险遵循乘法模型，即将个人携带的两种等位基因风险相乘(Rice，J.A.Wadsworth Inc.，Belmont，CA，1995))。
对于该标记物存在等位基因频率而不是携带者的频率，并在受治疗者的亲缘关系校正之后
给出P-值。当估算的基因型特异性OR时(表7)，估算人群中的基因型频率假设HWE。
[0495] 一般而言，等位基因和单体型频率通过最大似然来估计，而病例和对照之间的检6
验差异采用普遍化的似然比检验 。这种方法尤其适用于其中存在一些所关心的标记物的
丢失基因型和与所关心的标记物强LD的另一标记物的基因型，以用于提供一些部分信息。
这用于在表7、12、13和14中的相关性检验，以确保利用相同数目的个体完成高度相关的标
记物比较。为了处理与相位和丢失基因型的不确定性，对于所观察的数据直接计算最大似
然估算、似然比和P值，因此由于在相位和丢失基因型中的不确定性信息的丢失由似然比
自动获得。
[0496] 多个病例-对照组的结果采用Mantel-Haenszel模型合并(Mantel，N.&Haenszel，W.J.Natl.Cancer Inst.22，719-748(1959))，其中各组对于等位基因、单体型和
基因型容许具有不同人群频率，但是假设具有共同的相对风险。
[0497] 受治疗者和基因组对照的亲缘关系校正
[0498] 在冰岛人患者和对照组中一些个体相互有亲缘关系，导致卡方检验统计具有平均值＞1而中值＞0.675。我们通过计算304,250个卡方统计的平均而估算对于全基因组相
关性的膨胀因子(inflationfactor)，其是对亲缘关系和潜在人群细分分层进行校正的基
因组对照方法(Devlin，B.& Roeder，K.Biometrics 55，997-1004(1999))。膨胀因子估计
为1.055，而由全基因组相关性和表7和12中的结果基于通过其中每一个除以1.055来校
正卡方统计。对于对照，我们也采用先前所描述的方法，其中我们通过708,683例冰岛人的
种系学模拟基因型而估算校正因子(Stefansson，H.et al.Nat Genet 37，129-37(2005))。
对应的校正因子为1.030。由于模拟的校正因子比采用基因组对照的方法估算的要小，因此
我们采用后者作为更保守估计。利用用模拟实验来估算对75例XFG病例、90例POAG病例
和55例无青光眼的XFS病例的子组的校正因子，分别为1.016、1.007和1.003。
[0499] LOXL1的测序
[0500] 在277例冰岛人对照组样品、89例HapMap CEU人群的样品和140例冰岛人青光眼病例，包括患有XFG的25个病例中对LOXL1基因的所有7个外显子进行测序。对于部分外
显子1,180个来自HapMap YRI和CHB/JPT人群的样品也进行测序。PCR扩增和测序反应在
Zymark SciClone ALH300机器人工作站上进行并在MJRTetrads上扩增。通过琼脂糖胶电
泳校验PCR产物的精确长度并利用AMPure(Agencourt Bioscience)来纯化。纯化的产物采
用ABIPRISM Fluorescent Dye Terminator系统进行测序，采用CleanSEQ(Agencourt)重新
纯化，并在Applied Biosystems 3730毛细管测序仪进行解析。由原始序列数据调用SNP，
采用deCODE GeneticsSequence Miner软件进行实施。所有通过自动系统识别的LOXL1变
异，通过手动检查原始信号轨迹而验证。
[0501] 脂肪组织中LOXL1的基因型和表达之间的相关性
[0502] 在采用10mL利多卡因-肾上腺素(1％)对659个个体实施局部麻醉后，通过在比基尼线处切开3cm切口(一直保持相同位置而避免位置特异性变异)以取出皮下脂肪样品
3
(5-10cm)。总RNA的纯化采用RNeasy Mini Kit(QIAGEN GmbH，Hilden，德国)来实施。总
RNA的完整性通过在Agilent 2100 Bioanalyzer(AgilentTechnologies，Palo Alto，U.S.，
CA)上分析来评价。每一标记物的RNA样品包括参照池，其被杂交至Agilent Technologies
生产的Human 25K阵列。阵列图像按照先前获得的背景噪声、单通道强度和相关测量误差
估计值来处理(Monks，S.A.et al.，Am J Hum Genet75，1094-105(2004))。将两种样品之
间的表达变化量化为平均对数(log10)表达比(MLR)，即与背景的表达率相比，对阵列上每
个点的两通道校正强度值(Schadt，E.E.et.al.Nature 422，297-302(2003))。通过标准QC
方法，即峰值化合物处的信噪比、再现率和精度来实施杂交。用于检验LOXL1表达的探针驻
留于该基因的3′未翻译区域(在Build 34中71957636-71957696位置)。
[0503] LOXL1的MLR和两种非同义SNP、rsl048661和rs3825942的基因型之间的相关性通过关于风险G等位基因拷贝数回归MLR’s来的是。年龄和性别的影响通过包括年龄×
性别项作为回归分析中解释性变量而进行考虑。为了校正个体的体重，包括他们的体重指
数(BMI)作为解释性变量。所有的P值按照前述通过冰岛人谱系学模拟基因型而对个体亲
缘关系进行校正。
[0504] TaqMan校验和DNA微阵列结果的复制
[0505] 利用高容量cDNA锚定试剂盒(High Capacity cDNA ArchiveKit)(AppliedBiosystems)将总RNA转化成cDNA，用无规六聚物作引物。LOXL1基因的基因表达分析
的TaqMan分析利用引物表达软件(Primer Express software)(Applied Biosystems；
正 向 引 物：TGTGCTGCGGAGGAGAAGT，反 向 引 物：ATCGTAGTCGGTGGCCTCAG和MGB探 针：
6FAM-GGCCAGCACAGCC)来设计。实时PCR根据在ABI Prism7900HT序列检测系统的制造商
介绍来实施。采用ΔΔCt方法(用户公告号为2，Applied Biosystems 2001)使用Human
GUS(AppliedBiosystems)标准化输入cDNA而实施定量化。
[0506] NCBI GEO数据库的LOXL1表达数据
[0507] 眼组织中LOXL1的表达通过以下在NCBI GEO数据库中获得的组织的分析数据进行验证：巩膜筛板(GEO登记号GDS1313)、晶状体上皮(GDS1327)、角膜(GDS3023)、睫状肌
(GDS3359)和小梁网(GDS3359)。
[0508]
[0509]
[0510]
[0511] 表10：对于在LOXL1基因中和LOXL1基因附近的SNP型的成对相关性
[0512] 对于LOXL1中检验对XFG相关性的13个SNPs的成对的相关性，D’(左下角)和2
r(右上角)。对于对照个体从冰岛人和瑞典人研究组中分别估算相关性。
[0513]
[0514]
[0515] 表12：青光眼和15q24.1中的变异之间的相关性
[0516] 在全基因相关性研究中染色体15q24.1(NCBI build 34)上71.8～72.2Mb区间内对于41个SNP在Illumina Hap300芯片上检验对青光眼相关性的结果。该结果基于来
自冰岛发现病例-对照组的195例青光眼病例(包括POAG和XFG两种)和14474例对照。
也包括在对所观察的rs1048661和rs3825942的相关性校正后的对应结果。
[0517]
[0518] aNCBI Build 34中的碱基对位置.b对于亲缘关系和人群分层分化采用方法基因c
组对照校正的P值。 对于两种外显子SNP，rs1048661和rs3825942所观察的相关性校正
的优势度(OR)和P值。
[0519]
[0520] 表14.对于在序列列表中提供的标记物的序列识别
[0521]
[0522] 实施例3.对LOXL1的内源性加工处理的LOXL1变异的检测
[0523] LOXL1的前体序列是蛋白在ECM中适当沉积所需的。负责前体序列切割的主要胞外蛋白酶是骨形态发生蛋白-1(BMP-1)，也称为原骨胶原-C-蛋白酶(PCP)(3，9)。尽管未建
立BMP-1酶切的严格定义的共有序列，但是该酶显示出对P-位点和在P′-位点的D处的
A或G的优先性。例如，人类LOX的BMP-1介导酶切出现在G168-D169连接处。然而，LOXL1
中的相应的酶切位点并未被识别，但是已经提到了135和304处的G-D作为可能的候选。
[0524] 有意思的是，G153D变异(GA单体型)表明，什么可以是BMP-1的隐秘蛋白水解酶切位点。相对于其他单体型，携带GA单体型的个体可以由于ProLOXL1更有效的正确蛋白
水解加工处理而受到保护从而对抗XFG。该酶的有效加工处理能够导致整个总体活性和/
或该酶在ECM中的沉积增加，这对于消除XFG中观察到的异常纤丝物质的有害累积是有益
的。
[0525] 设计以下实验来研究体内的LOXL1的加工处理，并开发了用于设计优化蛋白水解酶切作用的LOXL1的策略。
[0526] 实验设计：
[0527] A)作为BMP-1底物的LOX和LOXL1变异的表达
[0528] 为了确定G153D变异是否确实引入了新的BMP-1酶切位点，与BMP-1的处理反应的研究需要在受控的体外环境中进行。LOXL1的变异将在大肠杆菌中足量产生以用作
BMP-1的底物。也LOX产生用作对照。
[0529] LOXL1的以下变异将被作出：
[0530] i)R141L
[0531] ii)G153D
[0532] iii)R141L、G153D
[0533] 提高溶解作用的含smt3标记物(11kDa)的结构和纯化的His-标记物将在大肠杆菌中表达。
[0534] B)LOX和LOXL1的体外加工处理
[0535] LOXL1变异的体外处理的分析采用如同用于识别LOX酶切位点的类似方法来实施(Panchenko，M.V.et al.J Biol Chem 271：7113-19(1996)；Uzel，M.I.et al.J Biol Chem
276：22537-43(2001))。LOXL1(或LOX)smt3融合蛋白将用人体重组BMP-1(R&D Systems)
来培养，而蛋白水解反应将通过SDS-PAGE分离之后免疫染色的蛋白片段检测而进行监控。
凝胶的免疫染色可采用商购的C-端片段的LOX/LOXL1抗体(Santa Cruz Biotechnology)
和N-端片段的smt3抗体(AbCam)进行实施。实施处理反应的量化和动力学。实施分离的
蛋白条带的N-端测序以精确测定所有变异的酶切位点。
[0536] C)EMC沉积和RFL-6细胞中LOXL1变异的处理
[0537] Thommasin等的精巧实验已经证明，LOX和LOXL1的前体序列是ECM中靶向和沉积到弹性纤维上所需的(Thomassin，L.Et alJ Biol Chem 280：42848-55(2005))。他们研究
了在鼠胎肺成纤维细胞(RFL-6，ATCC#CCL-192)中的该过程，主要是因为该细胞系产生含
有各种ECM蛋白，包括弹性蛋白原和原纤维蛋白-1和原纤维蛋白-2的精致纤维基质。它
们能够证明，LOX/LOXL1通过几种含C-端V5抗原决定基标记物的LOX/LOXL1构建结构的
瞬时转染而共同定位到弹性纤维上。
[0538] 将LOXL1变异克隆到pcDNA4-V5/His载体(Invitrogen)上并用于如所述的脂质体-胺(lipofect-amine)转染RFL-6细胞(Thomassin，L.Et al J Biol Chem 280：
42848-55(2005))。利用免疫荧光显微法使用单克隆抗-V5抗体(Invitrogen)来评价LOXL1
变异对于ECM的靶向，并将利用多克隆AB′s至弹性蛋白原(AbCam)来测定与弹性蛋白
的共定位作用。在如所述的介质和RFL-6细胞的细胞层中评价V 5-抗原决定基标记物的
LOXL1变异的蛋白水解处理(Thomassin，L.Et al J Biol Chem 280：42848-55(2005))。
[0539] D)RFL-6细胞中LOXL1变异的活性
[0540] Thomassin等并未评价转染的RFL-6细胞中LOXL1的酶活性。将建立适用于测定细胞提取物中LOXL1活性的敏感的酶分析方法(Palamakumbura，A.H.& Trackman，P.C.Anal
Biochem 300：245-51(2002))。这种荧光计分析法检测经由其HRP介导的与Amplex Red(分
子探针)的反应而形成过氧化物。所产生的荧光团(试卤灵(resorufin))能够在远可见
光区域(＞500nm)被激发，这就消除了各种干扰如荧光淬灭。与介质和细胞层中蛋白产物
量结合的酶活性的测定，应该容许对不同LOXL1变异的影响作用定量评价。1，5-二氨基戊
烷或弹性蛋白原中的一种可以用作LOXL1的底物。为了确保特异性，采用BAPN控制反应，
已知的特异性和不可逆的LOX/LOXL抑制剂将会传导。在介质和非转染细胞的细胞层中背
景活性也会被量化。
[0541] 另一种可能性是使用V5抗体而降低(IP)表达的特异性LOXL1变异，并评价其活性。这种方法将仅仅采用在介质中发现的蛋白才是可能得到的。
[0542] E)人体晶状体细胞线中内生LOXL1的表达和活性
[0543] 在XFG中的剥脱性物质主要与晶状体的前表面有关( -Gerhardt，U.Naumann，G.O.H.Am J Ophthalmol 141：921-37(2006))。检测人类晶状体细胞系中
的LOXL1的内源性表达并研究与XFG有关条件下的LOXL 1功能。这种细胞系(B-3，
ATCC#CRL-11421)属于上皮形态学，并用SV-40病毒进行永生化。LOX/LOXL活性也将在介
质和这些细胞的细胞层中按照以上对于RFL-6细胞的描述进行评价。
[0544] F)在B-3细胞中LOXL1变异的转染和研究
[0545] 利用人类B-3晶状体细胞实施与对于RFL-6细胞所用的相同LOXL1变异结构的转染(稳定转染或瞬时转染)。按照部分C和部分D中描述的类似实验来实施力探测B-3细
胞中LOXL1中特异性位点的突变的影响作用。在这些细胞中主要关注处理和LOX/LOXL1的
活性。
[0546] G)在LOXL1中最佳酶切位点的设计
[0547] 基于采用D153变异的结果，“最佳”BMP-1酶切位点将在LOXL1中设计。系列靶位点结构(target onstructs)将采用在部分A中描述的方法而制备和表达于大肠杆菌中。
smt3标记物的LOXL1蛋白按照部分B中的描述在体外加工处理分析中对于BMP-1的活性测
定smt3标记物的LOXL1蛋白。最好的BMP-1底物随后在按照以上对于天然变异描述的其
他细胞分析环境中评价。
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