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突变的丙二烯合酶2(AOS2)基因

阅读:522发布:2021-08-02

专利汇可以提供突变的丙二烯合酶2(AOS2)基因专利检索,专利查询,专利分析的服务。并且本 发明 提供了与 植物 中的基因和/或 蛋白质 突变相关的组合物和方法。在某些实施方案中,本公开涉及丙二烯 氧 合酶2基因(即,AOS2)中的突变。在一些实施方案中,本公开涉及抗病原体的植物。,下面是突变的丙二烯合酶2(AOS2)基因专利的具体信息内容。

1.一种用于产生具有突变的AOS2基因的非转基因植物细胞的方法,其包括:
向植物细胞中引入在丙二烯合酶(AOS2)基因中具有靶向突变的基因修复寡核
(GRON)以产生具有AOS2基因的植物细胞,所述AOS2基因表达在对应于选自以下的位置
一个或多个基酸位置处包含突变的AOS2蛋白:SEQ ID NO:5的6、12、30、37、46、48、51、
76、113、145、187、197、200、227、231、256、264、270、282、289、292、309、320、328、337、338、
357、381、394、407、423、430、439、467、480、494和495。
2.一种用于产生具有突变的AOS2基因的非转基因植物细胞的方法,其包括:
向植物细胞中引入在丙二烯氧合酶(AOS2)基因中具有靶向突变的基因修复寡核碱基
(GRON)以产生具有AOS2基因的植物细胞,所述AOS2基因表达相对于AOS2氨基酸序列在对
应于选自以下的位置的一个或多个氨基酸位置处包含突变的AOS2蛋白:SEQ ID NO:1、3、5、
7、9、11、13、15、1719、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47和/或49的F6、R12、P12、A30、I37、L46、F46、V48、V48、T48、I48、M51、N76、G113、D113、F145、L187、D197、E197、K200、A227、I231、G231、T231、F256、V256、A264、L270、F282、S282、V289、S289、N289、V292、L309、I309、M320、L320、M328、L328、V328、E337、D337、V338、L338、I357、M357、P381、L381、T394K G407、C407、F423、L430、E439Δ、G467、S467、V480、G494、D494和T495。
3.一种用于产生具有突变的AOS2基因的非转基因植物细胞的方法,其包括:
向植物细胞中引入在丙二烯氧合酶(AOS2)基因中具有靶向突变的基因修复寡核碱基
(GRON)以产生具有AOS2基因的植物细胞,所述AOS2基因表达在对应于选自以下的位置的
一个或多个氨基酸位置处包含突变的AOS2蛋白:SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13、15、1719、
21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47和/或49的S6、P12、R12、V30、T37、F46、L46、I48、T48、I51、D76、D113、G113、Y145、F187、D197、E197、T200、T227、G231、T231、F256、V256、T264、F270、F282、S282、N289、S289、A292、I309、L309、L320、M320、L328、V328、D337、E337、L338、V338、I357、M357、L381、P381、K394、C407、G407、I423、F430、Δ439(其中Δ表示缺失)、G467、S467、T480、D494、G494和K495。
4.根据权利要求3所述的方法,其中所述突变是选自以下的在一个或多个氨基酸位置
处的一个或多个突变:在对应于SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13、15、1719、21、23、25、27、29、
31、33、35、37、39、41、43、45、47或49的位置6的位置处的苯丙氨酸至丝氨酸、在对应于位置12的位置处的精氨酸至脯氨酸、在对应于位置12的位置处的脯氨酸至精氨酸、在对应于位置30的位置处的丙氨酸至缬氨酸、在对应于位置37的位置处的异亮氨酸至苏氨酸、在对应于位置46的位置处的苯丙氨酸至亮氨酸、在对应于位置46的位置处的亮氨酸至苯丙氨
酸、在对应于位置48的位置处的缬氨酸至苏氨酸、在对应于位置48的位置处的缬氨酸至异亮氨酸、在对应于位置48的位置处的异亮氨酸至苏氨酸、在对应于位置48的位置处的苏氨酸至异亮氨酸、在对应于位置51的位置处的甲硫氨酸至异亮氨酸、在对应于位置76的位置处的天冬酰胺至天冬氨酸、在对应于位置76的位置处的天冬氨酸至天冬酰胺、在对应于位置113的位置处的天冬氨酸至甘氨酸、在对应于位置113的位置处的甘氨酸至天冬氨酸、在对应于位置145的位置处的苯丙氨酸至酪氨酸、在对应于位置187的位置处的亮氨酸至苯
丙氨酸、在对应于位置197的位置处的天冬氨酸至谷氨酸、在对应于位置197的位置处的谷氨酸至天冬氨酸、在对应于位置200的位置处的赖氨酸至苏氨酸、在对应于位置227的位置处的丙氨酸至苏氨酸、在对应于位置231的位置处的异亮氨酸至苏氨酸、在对应于位置231的位置处的异亮氨酸至甘氨酸、在对应于位置231的位置处的甘氨酸至苏氨酸、在对应于位置231的位置处的苏氨酸至甘氨酸、在对应于位置256的位置处的缬氨酸至苯丙氨酸、在对应于位置256的位置处的苯丙氨酸至缬氨酸、在对应于位置264的位置处的丙氨酸至苏
氨酸、在对应于位置270的位置处的亮氨酸至苯丙氨酸、在对应于位置282的位置处的丝氨酸至苯丙氨酸、在对应于位置282的位置处的苯丙氨酸至丝氨酸、在对应于位置289的位置处的缬氨酸至天冬酰胺、在对应于位置289的位置处的缬氨酸至丝氨酸、在对应于位置289的位置处的丝氨酸至天冬酰胺、在对应于位置289的位置处的天冬酰胺至丝氨酸、在对应于位置292的位置处的缬氨酸至丙氨酸、在对应于位置309的位置处的异亮氨酸至亮氨酸、在对应于位置309的位置处的亮氨酸至异亮氨酸、在对应于位置320的位置处的亮氨酸至
甲硫氨酸、在对应于位置320的位置处的甲硫氨酸至亮氨酸、在对应于位置328的位置处的甲硫氨酸至亮氨酸、在对应于位置328的位置处的甲硫氨酸至缬氨酸、在对应于位置328的位置处的缬氨酸至亮氨酸、在对应于位置328的位置处的亮氨酸至缬氨酸、在对应于位置
337的位置处的天冬氨酸至谷氨酸、在对应于位置337的位置处的谷氨酸至天冬氨酸、在对应于位置338的位置处的亮氨酸至缬氨酸、在对应于位置338的位置处的缬氨酸至亮氨酸、在对应于位置357的位置处的甲硫氨酸至异亮氨酸、在对应于位置357的位置处的异亮氨
酸至甲硫氨酸、在对应于位置381的位置处的亮氨酸至脯氨酸、在对应于位置381的位置处的脯氨酸至亮氨酸、在对应于位置394的位置处的苏氨酸至赖氨酸、在对应于位置407的位置处的半胱氨酸至甘氨酸、在对应于位置407的位置处的甘氨酸至半胱氨酸、在对应于位置423的位置处的苯丙氨酸至异亮氨酸、在对应于位置430的位置处的亮氨酸至苯丙氨酸、在对应于位置467的位置处的丝氨酸至甘氨酸、在对应于位置467的位置处的甘氨酸至丝
氨酸、在对应于位置480的位置处的缬氨酸至苏氨酸、在对应于位置494的位置处的天冬氨酸至甘氨酸、在对应于位置494的位置处的甘氨酸至天冬氨酸、在对应于位置495的位置处的苏氨酸至赖氨酸,以及在对应于SEQ ID NO:5、7、9、11、13、15、1719、21、23、25、27、33、39、
41、43、45、47或49的位置439的位置处的谷氨酸缺失。
5.根据权利要求1-4中任一项所述的方法,其中所述非转基因植物细胞为四倍体的;
并且
其中所述突变在对应于SEQ ID NO:2的位置691的核苷酸位置处赋予AAAA的纯合基
因型并在对应于SEQ ID NO:2的692的位置处赋予CCCC的纯合基因型。
6.根据权利要求1-5中任一项所述的方法,其中所述非转基因植物细胞为来自选自
以下的植物的细胞:向日葵、甜菜、玉米、花、小麦、黑麦、燕麦、稻、油菜、果、蔬菜、大麦高粱、芒果、桃子、苹果、梨、草莓、香蕉、甜瓜、胡萝卜、莴苣、洋葱、豆类、甘蔗、豌豆、蚕豆、白杨、葡萄、柑橘、苜蓿、黑麦、燕麦、草坪草和牧草、亚麻、芸苔、黄瓜、牵花、凤仙花、茄子、金盏花、荷花、卷心菜、雏菊、康乃馨、郁金香、鸢尾花、百合和产坚果植物。
7.根据权利要求1-6中任一项所述的方法,其中所述非转基因植物细胞为来自选自
铃薯、番茄、大豆、胡椒和烟草的植物物种的细胞。
8.根据权利要求1-7中任一项所述的方法,其中所述非转基因植物细胞为来自马铃薯
物种的植物细胞。
9.根据权利要求1-8中任一项所述的方法,其中所述非转基因植物细胞为选自以
下的马铃薯品种的细胞:Anya、Arran Victory、Atlantic、Belle de Fontenay、BF-15、Bintje、Cabritas、Camota、Chelina、Chiloé、Cielo、Clavela Blanca、Désirée、Fianna、Fingerling、Flava、Fontana、Golden Wonder、Innovator、Jersey Royal、Kerr's Pink、Kestrel、King Edward、Kipfler、Lady Balfour、Maris Piper、Nicola、 Pink
Eye、Pink Fir Apple、Primura、Red Norland、Red Pontiac、Rooster、Russet Burbank、Russet Norkotah、Shepody、Spunta、Vivaldi、Yukon Gold、Nyayo、Mukori、Roslin Tana、Kerrs’s Pink/Meru、Golof、Kinongo、Ngure、Kenya Baraka、Maritta、Kihoro、Americar、Roslin Bvumbwe、Njine、Roslin Gucha、Arka、Anett、Pimpernel、B53(Roslin Eburu)、Patrones、Robijn、Roslin Chania、Urgentia、Feldeslohn、Kenya Akiba、Mirka和Roslin Sasamua。
10.根据权利要求1-9中任一项所述的方法,其中所述非转基因植物细胞为无性繁殖
的。
11.根据权利要求1-10中任一项所述的方法,其中所述非转基因植物细胞由茎产
生。
12.根据权利要求1-11中任一项所述的方法,其中所述非转基因植物细胞具有中早熟
分级。
13.一种用于产生非转基因抗病原体植物的方法,其包括:
(a)向植物细中胞引入在丙二烯氧合酶(AOS2)基因中具有靶向突变的基因修复寡核
碱基(GRON)以产生具有AOS2基因的植物细胞,所述AOS2基因表达在对应于选自以下的
位置的一个或多个氨基酸位置处包含突变的AOS2蛋白:SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13、15、
1719、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47和/或49的S6、P12、R12、V30、T37、F46、L46、I48、T48、I51、D76、D113、G113、Y145、F187、D197、E197、T200、T227、G231、T231、F256、V256、T264、F270、F282、S282、N289、S289、A292、I309、L309、L320、M320、L328、V328、D337、E337、L338、V338、I357、M357、L381、P381、K394、C407、G407、I423、F430、Δ439(其中Δ表示缺失)、G467、S467、T480、D494、G494和K495;
(b)鉴定在病原体存在下与相应野生型植物细胞相比具有基本上正常的生长和催化活
性的植物细胞;以及
(c)从所述植物细胞再生具有突变的AOS2基因的非转基因抗病原体植物。
14.根据权利要求13所述的方法,其中所述病原体是选自细菌、真菌、病毒、朊病毒
支原体物种的一个或多个物种。
15.根据权利要求14所述的方法,其中所述病原体物种是选自以下的一者或多者:致
病疫霉镰孢属的种、灰霉菌属的种、链格孢属的种、腐霉属的种、霜霉属的种、枝孢属的种、白粉菌属的种、曲霉属的种、锈菌属的种、布氏白粉菌属的种和/或木霉属的种、黄单胞菌属(例如地毯草黄单胞菌柑橘致病变种、野油菜黄单胞菌野油菜致病变种、野油菜黄单胞菌疱病致病变种)、假单胞菌属(丁香假单胞菌番茄致病变种、丁香假单胞菌菜豆致病变
种、丁香假单胞菌丁香致病变种)、欧文氏菌属(例如胡萝卜软腐欧文氏菌黑胫亚种)、罗尔斯通菌属(例如青枯菌)、番茄溃疡病菌、叶缘焦枯菌、大豆花叶病毒、烟草环斑病毒、烟草线条病毒、番茄斑萎病毒等。
16.根据权利要求13-15中任一项所述的方法,其中所述突变包括选自以下的一个或
多个突变:在对应于SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13、15、1719、21、23、25、27、29、31、33、35、
37、39、41、43、45、47或49的位置6的位置处的苯丙氨酸至丝氨酸、在对应于位置12的位置处的精氨酸至脯氨酸、在对应于位置12的位置处的脯氨酸至精氨酸、在对应于位置30的位置处的丙氨酸至缬氨酸、在对应于位置37的位置处的异亮氨酸至苏氨酸、在对应于位置
46的位置处的苯丙氨酸至亮氨酸、在对应于位置46的位置处的亮氨酸至苯丙氨酸、在对应于位置48的位置处的缬氨酸至苏氨酸、在对应于位置48的位置处的缬氨酸至异亮氨酸、在对应于位置48的位置处的异亮氨酸至苏氨酸、在对应于位置48的位置处的苏氨酸至异亮
氨酸、在对应于位置51的位置处的甲硫氨酸至异亮氨酸、在对应于位置76的位置处的天冬酰胺至天冬氨酸、在对应于位置76的位置处的天冬氨酸至天冬酰胺、在对应于位置113的位置处的天冬氨酸至甘氨酸、在对应于位置113的位置处的甘氨酸至天冬氨酸、在对应于位置145的位置处的苯丙氨酸至酪氨酸、在对应于位置187的位置处的亮氨酸至苯丙氨酸、在对应于位置197的位置处的天冬氨酸至谷氨酸、在对应于位置197的位置处的谷氨酸至
天冬氨酸、在对应于位置200的位置处的赖氨酸至苏氨酸、在对应于位置227的位置处的丙氨酸至苏氨酸、在对应于位置231的位置处的异亮氨酸至苏氨酸、在对应于位置231的位置处的异亮氨酸至甘氨酸、在对应于位置231的位置处的甘氨酸至苏氨酸、在对应于位置231的位置处的苏氨酸至甘氨酸、在对应于位置256的位置处的缬氨酸至苯丙氨酸、在对应于位置256的位置处的苯丙氨酸至缬氨酸、在对应于位置264的位置处的丙氨酸至苏氨酸、在对应于位置270的位置处的亮氨酸至苯丙氨酸、在对应于位置282的位置处的丝氨酸至苯
丙氨酸、在对应于位置282的位置处的苯丙氨酸至丝氨酸、在对应于位置289的位置处的缬氨酸至天冬酰胺、在对应于位置289的位置处的缬氨酸至丝氨酸、在对应于位置289的位置处的丝氨酸至天冬酰胺、在对应于位置289的位置处的天冬酰胺至丝氨酸、在对应于位置
292的位置处的缬氨酸至丙氨酸、在对应于位置309的位置处的异亮氨酸至亮氨酸、在对应于位置309的位置处的亮氨酸至异亮氨酸、在对应于位置320的位置处的亮氨酸至甲硫氨
酸、在对应于位置320的位置处的甲硫氨酸至亮氨酸、在对应于位置328的位置处的甲硫氨酸至亮氨酸、在对应于位置328的位置处的甲硫氨酸至缬氨酸、在对应于位置328的位置处的缬氨酸至亮氨酸、在对应于位置328的位置处的亮氨酸至缬氨酸、在对应于位置337的位置处的天冬氨酸至谷氨酸、在对应于位置337的位置处的谷氨酸至天冬氨酸、在对应于位置338的位置处的亮氨酸至缬氨酸、在对应于位置338的位置处的缬氨酸至亮氨酸、在对应于位置357的位置处的甲硫氨酸至异亮氨酸、在对应于位置357的位置处的异亮氨酸至甲
硫氨酸、在对应于位置381的位置处的亮氨酸至脯氨酸、在对应于位置381的位置处的脯氨酸至亮氨酸、在对应于位置394的位置处的苏氨酸至赖氨酸、在对应于位置407的位置处的半胱氨酸至甘氨酸、在对应于位置407的位置处的甘氨酸至半胱氨酸、在对应于位置423的位置处的苯丙氨酸至异亮氨酸、在对应于位置430的位置处的亮氨酸至苯丙氨酸、在对应于位置467的位置处的丝氨酸至甘氨酸、在对应于位置467的位置处的甘氨酸至丝氨酸、在对应于位置480的位置处的缬氨酸至苏氨酸、在对应于位置494的位置处的天冬氨酸至甘
氨酸、在对应于位置494的位置处的甘氨酸至天冬氨酸、在对应于位置495的位置处的苏氨酸至赖氨酸,以及在对应于SEQ ID NO:5、7、9、11、13、15、1719、21、23、25、27、33、39、41、43、
45、47或49的位置439的位置处的谷氨酸缺失。
17.根据权利要求13-16中任一项所述的方法,其中所述非转基因植物细胞为四倍体
的;并且
其中所述突变在对应于SEQ ID NO:2的位置691的核苷酸位置处赋予AAAA的纯合基
因型并在对应于SEQ ID NO:2的692的位置处赋予CCCC的纯合基因型。
18.根据权利要求13-17中任一项所述的方法,其中所述非转基因植物选自:向日葵、
甜菜、玉米、棉花、小麦、黑麦、燕麦、稻、油菜、水果、蔬菜、大麦、高粱、芒果、桃子、苹果、梨、草莓、香蕉、甜瓜、胡萝卜、莴苣、洋葱、豆类、甘蔗、豌豆、蚕豆、白杨、葡萄、柑橘、苜蓿、黑麦、燕麦、草坪草和牧草、亚麻、芸苔、黄瓜、牵牛花、凤仙花、茄子、金盏花、荷花、卷心菜、雏菊、康乃馨、郁金香、鸢尾花、百合、马铃薯、番茄、大豆、胡椒、烟草和产坚果植物。
19.根据权利要求13-18中任一项所述的方法,其中所述非转基因植物为选自马铃薯、
番茄、大豆、胡椒和烟草的物种。
20.根据权利要求13-20中任一项所述的方法,其中所述非转基因植物为马铃薯物种
的植物。
21.根据权利要求13-21中任一项所述的方法,其中所述非转基因植物为选自以
下的马铃薯品种的植物:Anya、Arran Victory、Atlantic、Belle de Fontenay、BF-15、Bintje、Cabritas、Camota、Chelina、Chiloé、Cielo、Clavela Blanca、Désirée、Fianna、Fingerling、Flava、Golden Wonder、Jersey Royal、Kerr's Pink、Kestrel、King Edward、Kipfler、Lady Balfour、Maris Piper、Nicola、 Pink Eye、Pink Fir Apple、
Primura、Red Norland、Red Pontiac、Rooster、Russet Burbank、Russet Norkotah、Shepody、Spunta、Vivaldi、Yukon Gold、Nyayo、Mukori、Roslin Tana、Kerrs’s Pink/Meru、Golof、Kinongo、Ngure、Kenya Baraka、Maritta、Kihoro、Americar、Roslin Bvumbwe、Njine、Roslin Gucha、Arka、Anett、Pimpernel、B53(Roslin Eburu)、Patrones、Robijn、Roslin Chania、Urgentia、Feldeslohn、Kenya Akiba、Mirka和Roslin Sasamua。
22.根据权利要求13-22中任一项所述的方法,其中所述非转基因植物为无性繁殖的。
23.根据权利要求13-23中任一项所述的方法,其中所述非转基因植物由块茎产生。
24.根据权利要求13-23中任一项所述的方法,其中所述非转基因植物具有中早熟分
级。
25.一种用于产生具有中早熟分级的非转基因植物的方法,其包括:
(a)向植物细胞中引入在丙二烯氧合酶(AOS2)基因中具有靶向突变的基因修复寡核
碱基(GRON)以产生具有AOS2基因的植物细胞,所述AOS2基因表达在对应于选自以下的
位置的一个或多个氨基酸位置处包含突变的AOS2蛋白:SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13、15、
1719、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47和/或49的S6、P12、R12、V30、T37、F46、L46、I48、T48、I51、D76、D113、G113、Y145、F187、D197、E197、T200、T227、G231、T231、F256、V256、T264、F270、F282、S282、N289、S289、A292、I309、L309、L320、M320、L328、V328、D337、E337、L338、V338、I357、M357、L381、P381、K394、C407、G407、I423、F430、Δ439(其中Δ表示缺失)、G467、S467、T480、D494、G494和K495;
(b)鉴定在中早熟植物存在下与相应野生型植物细胞相比具有基本上正常的生长和催
化活性的植物细胞;以及
(c)从所述植物细胞再生具有突变的AOS2基因的非转基因中早熟植物。
26.根据权利要求26所述的方法,其中所述病原体为致病疫霉。
27.根据权利要求25-27中任一项所述的方法,其中所述突变包括选自以下的一个或
多个突变:在对应于SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13、15、1719、21、23、25、27、29、31、33、35、
37、39、41、43、45、47或49的位置6的位置处的苯丙氨酸至丝氨酸、在对应于位置12的位置处的精氨酸至脯氨酸、在对应于位置12的位置处的脯氨酸至精氨酸、在对应于位置30的位置处的丙氨酸至缬氨酸、在对应于位置37的位置处的异亮氨酸至苏氨酸、在对应于位置
46的位置处的苯丙氨酸至亮氨酸、在对应于位置46的位置处的亮氨酸至苯丙氨酸、在对应于位置48的位置处的缬氨酸至苏氨酸、在对应于位置48的位置处的缬氨酸至异亮氨酸、在对应于位置48的位置处的异亮氨酸至苏氨酸、在对应于位置48的位置处的苏氨酸至异亮
氨酸、在对应于位置51的位置处的甲硫氨酸至异亮氨酸、在对应于位置76的位置处的天冬酰胺至天冬氨酸、在对应于位置76的位置处的天冬氨酸至天冬酰胺、在对应于位置113的位置处的天冬氨酸至甘氨酸、在对应于位置113的位置处的甘氨酸至天冬氨酸、在对应于位置145的位置处的苯丙氨酸至酪氨酸、在对应于位置187的位置处的亮氨酸至苯丙氨酸、在对应于位置197的位置处的天冬氨酸至谷氨酸、在对应于位置197的位置处的谷氨酸至
天冬氨酸、在对应于位置200的位置处的赖氨酸至苏氨酸、在对应于位置227的位置处的丙氨酸至苏氨酸、在对应于位置231的位置处的异亮氨酸至苏氨酸、在对应于位置231的位置处的异亮氨酸至甘氨酸、在对应于位置231的位置处的甘氨酸至苏氨酸、在对应于位置231的位置处的苏氨酸至甘氨酸、在对应于位置256的位置处的缬氨酸至苯丙氨酸、在对应于位置256的位置处的苯丙氨酸至缬氨酸、在对应于位置264的位置处的丙氨酸至苏氨酸、在对应于位置270的位置处的亮氨酸至苯丙氨酸、在对应于位置282的位置处的丝氨酸至苯
丙氨酸、在对应于位置282的位置处的苯丙氨酸至丝氨酸、在对应于位置289的位置处的缬氨酸至天冬酰胺、在对应于位置289的位置处的缬氨酸至丝氨酸、在对应于位置289的位置处的丝氨酸至天冬酰胺、在对应于位置289的位置处的天冬酰胺至丝氨酸、在对应于位置
292的位置处的缬氨酸至丙氨酸、在对应于位置309的位置处的异亮氨酸至亮氨酸、在对应于位置309的位置处的亮氨酸至异亮氨酸、在对应于位置320的位置处的亮氨酸至甲硫氨
酸、在对应于位置320的位置处的甲硫氨酸至亮氨酸、在对应于位置328的位置处的甲硫氨酸至亮氨酸、在对应于位置328的位置处的甲硫氨酸至缬氨酸、在对应于位置328的位置处的缬氨酸至亮氨酸、在对应于位置328的位置处的亮氨酸至缬氨酸、在对应于位置337的位置处的天冬氨酸至谷氨酸、在对应于位置337的位置处的谷氨酸至天冬氨酸、在对应于位置338的位置处的亮氨酸至缬氨酸、在对应于位置338的位置处的缬氨酸至亮氨酸、在对应于位置357的位置处的甲硫氨酸至异亮氨酸、在对应于位置357的位置处的异亮氨酸至甲
硫氨酸、在对应于位置381的位置处的亮氨酸至脯氨酸、在对应于位置381的位置处的脯氨酸至亮氨酸、在对应于位置394的位置处的苏氨酸至赖氨酸、在对应于位置407的位置处的半胱氨酸至甘氨酸、在对应于位置407的位置处的甘氨酸至半胱氨酸、在对应于位置423的位置处的苯丙氨酸至异亮氨酸、在对应于位置430的位置处的亮氨酸至苯丙氨酸、在对应于位置467的位置处的丝氨酸至甘氨酸、在对应于位置467的位置处的甘氨酸至丝氨酸、在对应于位置480的位置处的缬氨酸至苏氨酸、在对应于位置494的位置处的天冬氨酸至甘
氨酸、在对应于位置494的位置处的甘氨酸至天冬氨酸、在对应于位置495的位置处的苏氨酸至赖氨酸,以及在对应于SEQ ID NO:5、7、9、11、13、15、1719、21、23、25、27、33、39、41、43、
45、47或49的位置439的位置处的谷氨酸缺失。
28.根据权利要求25-28中任一项所述的方法,非转基因植物细胞为四倍体的;并且其
中所述突变在对应于SEQ ID NO:2或SEQ ID NO:4的位置691的核苷酸位置处赋予AAAA
的纯合基因型并在对应于SEQ ID NO:2或SEQ ID NO:4的692的位置处赋予CCCC的纯合
基因型。
29.根据权利要求25-29中任一项所述的方法,其中所述非转基因植物选自:向日葵、
甜菜、玉米、棉花、小麦、黑麦、燕麦、稻、油菜、水果、蔬菜、大麦、高粱、芒果、桃子、苹果、梨、草莓、香蕉、甜瓜、胡萝卜、莴苣、洋葱、豆类、甘蔗、豌豆、蚕豆、白杨、葡萄、柑橘、苜蓿、黑麦、燕麦、草坪草和牧草、亚麻、芸苔、黄瓜、牵牛花、凤仙花、茄子、金盏花、荷花、卷心菜、雏菊、康乃馨、郁金香、鸢尾花、百合和产坚果植物。
30.根据权利要求25-30中任一项所述的方法,其中所述非转基因植物为选自马铃薯、
番茄、大豆、胡椒和烟草的物种。
31.根据权利要求25-31中任一项所述的方法,其中所述非转基因植物为马铃薯物种
的植物。
32.根据权利要求25-32中任一项所述的方法,其中所述非转基因植物为选自以
下的马铃薯品种的植物:Anya、Arran Victory、Atlantic、Belle de Fontenay、BF-15、Bintje、Cabritas、Camota、Chelina、Chiloé、Cielo、Clavela Blanca、Désirée、Fianna、Fingerling、Flava、Golden Wonder、Jersey Royal、Kerr's Pink、Kestrel、King Edward、Kipfler、Lady Balfour、Maris Piper、Nicola、 Pink Eye、Pink Fir Apple、
Primura、Red Norland、Red Pontiac、Rooster、RussetBurbank、Russet Norkotah、Shepody、Spunta、Vivaldi、Yukon Gold、Nyayo、Mukori、Roslin Tana、Kerrs’s Pink/Meru、Golof、Kinongo、Ngure、Kenya Baraka、Maritta、Kihoro、Americar、Roslin Bvumbwe、Njine、Roslin Gucha、Arka、Anett、Pimpernel、B53(Roslin Eburu)、Patrones、Robijn、Roslin Chania、Urgentia、Feldeslohn、Kenya Akiba、Mirka和Roslin Sasamua。
33.根据权利要求25-33中任一项所述的方法,其中所述非转基因植物为无性繁殖的。
34.根据权利要求25-34中任一项所述的方法,其中所述非转基因植物由块茎产生。
35.根据权利要求25-34中任一项所述的方法,其中所述非转基因植物具有中早熟分
级。
36.一种用于增强非转基因植物的病原体抗性的方法,其包括:
(a)向植物细胞中引入在丙二烯氧合酶(AOS2)基因中具有靶向突变的基因修复寡核
碱基(GRON)以产生具有AOS2基因的植物细胞,所述AOS2基因表达在对应于选自以下的
位置的一个或多个氨基酸位置处包含突变的AOS2蛋白:SEQ ID NO:5的6、12、30、37、46、
48、51、76、113、145、187、197、200、227、231、256、264、270、282、289、292、309、320、328、337、
338、357、381、394、407、423、430、439、467、480、494和495;
(b)鉴定在病原体存在下与相应野生型植物细胞相比具有基本上正常的或高于正常的
生长和催化活性的植物细胞;以及
(c)从所述植物细胞再生具有突变的AOS2基因的非转基因抗病原体植物。
37.根据权利要求36所述的方法,其中所述病原体为致病疫霉。
38.根据权利要求36-37中任一项所述的方法,其中所述突变包括选自以下的一个或
多个突变:在对应于位置6的位置处的苯丙氨酸至丝氨酸、在对应于位置12的位置处的精氨酸至脯氨酸、在对应于位置12的位置处的脯氨酸至精氨酸、在对应于位置30的位置处的丙氨酸至缬氨酸、在对应于位置37的位置处的异亮氨酸至苏氨酸、在对应于位置46的位置处的苯丙氨酸至亮氨酸、在对应于位置46的位置处的亮氨酸至苯丙氨酸、在对应于位置48的位置处的缬氨酸至苏氨酸、在对应于位置48的位置处的缬氨酸至异亮氨酸、在对应于位置48的位置处的异亮氨酸至苏氨酸、在对应于位置48的位置处的苏氨酸至异亮氨酸、在对应于位置51的位置处的甲硫氨酸至异亮氨酸、在对应于位置76的位置处的天冬酰胺至天
冬氨酸、在对应于位置76的位置处的天冬氨酸至天冬酰胺、在对应于位置113的位置处的天冬氨酸至甘氨酸、在对应于位置113的位置处的甘氨酸至天冬氨酸、在对应于位置145的位置处的苯丙氨酸至酪氨酸、在对应于位置187的位置处的亮氨酸至苯丙氨酸、在对应于位置197的位置处的天冬氨酸至谷氨酸、在对应于位置197的位置处的谷氨酸至天冬氨酸、在对应于位置200的位置处的赖氨酸至苏氨酸、在对应于位置227的位置处的丙氨酸至苏
氨酸、在对应于位置231的位置处的异亮氨酸至苏氨酸、在对应于位置231的位置处的异亮氨酸至甘氨酸、在对应于位置231的位置处的甘氨酸至苏氨酸、在对应于位置231的位置处的苏氨酸至甘氨酸、在对应于位置256的位置处的缬氨酸至苯丙氨酸、在对应于位置256的位置处的苯丙氨酸至缬氨酸、在对应于位置264的位置处的丙氨酸至苏氨酸、在对应于位置270的位置处的亮氨酸至苯丙氨酸、在对应于位置282的位置处的丝氨酸至苯丙氨酸、在对应于位置282的位置处的苯丙氨酸至丝氨酸、在对应于位置289的位置处的缬氨酸至天
冬酰胺、在对应于位置289的位置处的缬氨酸至丝氨酸、在对应于位置289的位置处的丝氨酸至天冬酰胺、在对应于位置289的位置处的天冬酰胺至丝氨酸、在对应于位置292的位置处的缬氨酸至丙氨酸、在对应于位置309的位置处的异亮氨酸至亮氨酸、在对应于位置309的位置处的亮氨酸至异亮氨酸、在对应于位置320的位置处的亮氨酸至甲硫氨酸、在对应于位置320的位置处的甲硫氨酸至亮氨酸、在对应于位置328的位置处的甲硫氨酸至亮氨
酸、在对应于位置328的位置处的甲硫氨酸至缬氨酸、在对应于位置328的位置处的缬氨酸至亮氨酸、在对应于位置328的位置处的亮氨酸至缬氨酸、在对应于位置337的位置处的天冬氨酸至谷氨酸、在对应于位置337的位置处的谷氨酸至天冬氨酸、在对应于位置338的位置处的亮氨酸至缬氨酸、在对应于位置338的位置处的缬氨酸至亮氨酸、在对应于位置357的位置处的甲硫氨酸至异亮氨酸、在对应于位置357的位置处的异亮氨酸至甲硫氨酸、在对应于位置381的位置处的亮氨酸至脯氨酸、在对应于位置381的位置处的脯氨酸至亮氨
酸、在对应于位置394的位置处的苏氨酸至赖氨酸、在对应于位置407的位置处的半胱氨酸至甘氨酸、在对应于位置407的位置处的甘氨酸至半胱氨酸、在对应于位置423的位置处的苯丙氨酸至异亮氨酸、在对应于位置430的位置处的亮氨酸至苯丙氨酸、在对应于位置467的位置处的丝氨酸至甘氨酸、在对应于位置467的位置处的甘氨酸至丝氨酸、在对应于位置480的位置处的缬氨酸至苏氨酸、在对应于位置494的位置处的天冬氨酸至甘氨酸、在对应于位置494的位置处的甘氨酸至天冬氨酸、在对应于位置495的位置处的苏氨酸至赖氨
酸,以及在对应于位置439的位置处的谷氨酸缺失。
39.根据权利要求37-38中任一项所述的方法,其中所述非转基因植物为四倍体的;并

其中所述突变在对应于SEQ ID NO:2或SEQ ID NO:4的位置691的核苷酸位置处赋予
AAAA的纯合基因型并在对应于SEQ ID NO:2或SEQ ID NO:4的692的位置处赋予CCCC的
纯合基因型。
40.根据权利要求37-39中任一项所述的方法,其中所述非转基因植物选自:向日葵、
甜菜、玉米、棉花、小麦、黑麦、燕麦、稻、油菜、水果、蔬菜、大麦、高粱、芒果、桃子、苹果、梨、草莓、香蕉、甜瓜、胡萝卜、莴苣、洋葱、豆类、甘蔗、豌豆、蚕豆、白杨、葡萄、柑橘、苜蓿、黑麦、燕麦、草坪草和牧草、亚麻、芸苔、黄瓜、牵牛花、凤仙花、茄子、金盏花、荷花、卷心菜、雏菊、康乃馨、郁金香、鸢尾花、百合、马铃薯、番茄、大豆、胡椒、烟草和产坚果植物。
41.根据权利要求37-41中任一项所述的方法,其中所述非转基因植物为选自马铃薯、
番茄、大豆、胡椒和烟草的物种。
42.根据权利要求37-42中任一项所述的方法,其中所述非转基因植物为马铃薯物种
的植物。
43.根据权利要求37-42中任一项所述的方法,其中所述非转基因植物为选自以
下的马铃薯品种的植物:Anya、Arran Victory、Atlantic、Belle de Fontenay、BF-15、Bintje、Cabritas、Camota、Chelina、Chiloé、Cielo、Clavela Blanca、Désirée、Fianna、Fingerling、Flava、Fontana、Golden Wonder、Innovator、Jersey Royal、Kerr's Pink、Kestrel、King Edward、Kipfler、Lady Balfour、Maris Piper、Nicola、 Pink
Eye、Pink Fir Apple、Primura、Red Norland、Red Pontiac、Rooster、Russet Burbank、Russet Norkotah、Shepody、Spunta、Vivaldi、Yukon Gold、Nyayo、Mukori、Roslin Tana、Kerrs’s Pink/Meru、Golof、Kinongo、Ngure、Kenya Baraka、Maritta、Kihoro、Americar、Roslin Bvumbwe、Njine、Roslin Gucha、Arka、Anett、Pimpernel、B53(Roslin Eburu)、Patrones、Robijn、Roslin Chania、Urgentia、Feldeslohn、Kenya Akiba、Mirka和Roslin Sasamua。
44.根据权利要求37-44中任一项所述的方法,其中所述非转基因植物为无性繁殖的。
45.根据权利要求37-45中任一项所述的方法,其中所述非转基因植物由块茎产生。
46.根据权利要求37-45中任一项所述的方法,其中所述非转基因植物具有中早熟分
级。
47.一种包含突变的AOS2基因的马铃薯植物或植物细胞,其中所述基因编码在对应于
选自以下的位置的一个或多个氨基酸位置处包含突变的蛋白:SEQ ID NO:5的位置12、48、
113、282、289、309、320、328、337、338、381、407、467和494。
48.一种包含突变的AOS2基因的Désirée马铃薯植物或植物细胞,其中所述基因编码
在对应于选自以下的位置的一个或多个氨基酸位置处包含突变的蛋白:SEQ ID NO:1、3、5、
7、9、11、13、15、1719、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47和/或49的S6、P12、R12、V30、T37、F46、L46、I48、T48、I51、D76、D113、G113、Y145、F187、D197、E197、T200、T227、G231、T231、F256、V256、T264、F270、F282、S282、N289、S289、A292、I309、L309、L320、M320、L328、V328、D337、E337、L338、V338、I357、M357、L381、P381、K394、C407、G407、I423、F430、Δ439(其中Δ表示缺失)、G467、S467、T480、D494、G494和K495。
49.根据权利要求46-48中任一项所述的马铃薯植物或植物细胞,其中在一个或多个
氨基酸位置处的所述突变选自:在对应于SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13、15、1719、21、23、
25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47或49的位置6的位置处的苯丙氨酸至丝氨酸、在对应于位置12的位置处的精氨酸至脯氨酸、在对应于位置12的位置处的脯氨酸至精氨酸、在对应于位置30的位置处的丙氨酸至缬氨酸、在对应于位置37的位置处的异亮氨酸至苏
氨酸、在对应于位置46的位置处的苯丙氨酸至亮氨酸、在对应于位置46的位置处的亮氨酸至苯丙氨酸、在对应于位置48的位置处的缬氨酸至苏氨酸、在对应于位置48的位置处的缬氨酸至异亮氨酸、在对应于位置48的位置处的异亮氨酸至苏氨酸、在对应于位置48的位置处的苏氨酸至异亮氨酸、在对应于位置51的位置处的甲硫氨酸至异亮氨酸、在对应于位置
76的位置处的天冬酰胺至天冬氨酸、在对应于位置76的位置处的天冬氨酸至天冬酰胺、在对应于位置113的位置处的天冬氨酸至甘氨酸、在对应于位置113的位置处的甘氨酸至天
冬氨酸、在对应于位置145的位置处的苯丙氨酸至酪氨酸、在对应于位置187的位置处的亮氨酸至苯丙氨酸、在对应于位置197的位置处的天冬氨酸至谷氨酸、在对应于位置197的位置处的谷氨酸至天冬氨酸、在对应于位置200的位置处的赖氨酸至苏氨酸、在对应于位置
227的位置处的丙氨酸至苏氨酸、在对应于位置231的位置处的异亮氨酸至苏氨酸、在对应于位置231的位置处的异亮氨酸至甘氨酸、在对应于位置231的位置处的甘氨酸至苏氨酸、在对应于位置231的位置处的苏氨酸至甘氨酸、在对应于位置256的位置处的缬氨酸至苯
丙氨酸、在对应于位置256的位置处的苯丙氨酸至缬氨酸、在对应于位置264的位置处的丙氨酸至苏氨酸、在对应于位置270的位置处的亮氨酸至苯丙氨酸、在对应于位置282的位置处的丝氨酸至苯丙氨酸、在对应于位置282的位置处的苯丙氨酸至丝氨酸、在对应于位置
289的位置处的缬氨酸至天冬酰胺、在对应于位置289的位置处的缬氨酸至丝氨酸、在对应于位置289的位置处的丝氨酸至天冬酰胺、在对应于位置289的位置处的天冬酰胺至丝氨
酸、在对应于位置292的位置处的缬氨酸至丙氨酸、在对应于位置309的位置处的异亮氨酸至亮氨酸、在对应于位置309的位置处的亮氨酸至异亮氨酸、在对应于位置320的位置处的亮氨酸至甲硫氨酸、在对应于位置320的位置处的甲硫氨酸至亮氨酸、在对应于位置328的位置处的甲硫氨酸至亮氨酸、在对应于位置328的位置处的甲硫氨酸至缬氨酸、在对应于位置328的位置处的缬氨酸至亮氨酸、在对应于位置328的位置处的亮氨酸至缬氨酸、在对应于位置337的位置处的天冬氨酸至谷氨酸、在对应于位置337的位置处的谷氨酸至天冬
氨酸、在对应于位置338的位置处的亮氨酸至缬氨酸、在对应于位置338的位置处的缬氨酸至亮氨酸、在对应于位置357的位置处的甲硫氨酸至异亮氨酸、在对应于位置357的位置处的异亮氨酸至甲硫氨酸、在对应于位置381的位置处的亮氨酸至脯氨酸、在对应于位置381的位置处的脯氨酸至亮氨酸、在对应于位置394的位置处的苏氨酸至赖氨酸、在对应于位置407的位置处的半胱氨酸至甘氨酸、在对应于位置407的位置处的甘氨酸至半胱氨酸、在对应于位置423的位置处的苯丙氨酸至异亮氨酸、在对应于位置430的位置处的亮氨酸至
苯丙氨酸、在对应于位置467的位置处的丝氨酸至甘氨酸、在对应于位置467的位置处的甘氨酸至丝氨酸、在对应于位置480的位置处的缬氨酸至苏氨酸、在对应于位置494的位置处的天冬氨酸至甘氨酸、在对应于位置494的位置处的甘氨酸至天冬氨酸、在对应于位置495的位置处的苏氨酸至赖氨酸,以及在对应于SEQ ID NO:5、7、9、11、13、15、1719、21、23、25、
27、33、39、41、43、45、47或49的位置439的位置处的谷氨酸缺失。
50.根据权利要求46-49中任一项所述的马铃薯植物或植物细胞,其中所述马铃薯植
物或植物细胞为四倍体的;并且
其中所述突变在对应于SEQ ID NO:2或SEQ ID NO:4的位置691的核苷酸位置处赋予
AAAA的纯合基因型并在对应于SEQ ID NO:2的692的位置处赋予CCCC的纯合基因型。
51.根据权利要求46-51中任一项所述的马铃薯植物或植物细胞,其中所述马铃薯植
物或植物细胞为抗病原体的。
52.根据权利要求46-51中任一项所述的马铃薯植物或植物细胞,其中所述马铃薯植
物或植物细胞抗致病疫霉。
53.一种包含突变的AOS2基因的Bintje马铃薯植物或植物细胞,其中所述基因编码
在对应于选自以下的位置的一个或多个氨基酸位置处包含突变的蛋白:SEQ ID NO:1、3、5、
7、9、11、13、15、1719、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47和/或49的S6、P12、R12、V30、T37、F46、L46、I48、T48、I51、D76、D113、G113、Y145、F187、D197、E197、T200、T227、G231、T231、F256、V256、T264、F270、F282、S282、N289、S289、A292、I309、L309、L320、M320、L328、V328、D337、E337、L338、V338、I357、M357、L381、P381、K394、C407、G407、I423、F430、Δ439(其中Δ表示缺失)、G467、S467、T480、D494、G494和K495。
54.根据权利要求53所述的马铃薯植物或植物细胞,其中在一个或多个氨基酸位置处
的所述突变选自:在对应于SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13、15、1719、21、23、25、27、29、31、
33、35、37、39、41、43、45、47或49的位置6的位置处的苯丙氨酸至丝氨酸、在对应于位置12的位置处的精氨酸至脯氨酸、在对应于位置12的位置处的脯氨酸至精氨酸、在对应于位置
30的位置处的丙氨酸至缬氨酸、在对应于位置37的位置处的异亮氨酸至苏氨酸、在对应于位置46的位置处的苯丙氨酸至亮氨酸、在对应于位置46的位置处的亮氨酸至苯丙氨酸、在对应于位置48的位置处的缬氨酸至苏氨酸、在对应于位置48的位置处的缬氨酸至异亮氨
酸、在对应于位置48的位置处的异亮氨酸至苏氨酸、在对应于位置48的位置处的苏氨酸至异亮氨酸、在对应于位置51的位置处的甲硫氨酸至异亮氨酸、在对应于位置76的位置处
的天冬酰胺至天冬氨酸、在对应于位置76的位置处的天冬氨酸至天冬酰胺、在对应于位置
113的位置处的天冬氨酸至甘氨酸、在对应于位置113的位置处的甘氨酸至天冬氨酸、在对应于位置145的位置处的苯丙氨酸至酪氨酸、在对应于位置187的位置处的亮氨酸至苯丙
氨酸、在对应于位置197的位置处的天冬氨酸至谷氨酸、在对应于位置197的位置处的谷氨酸至天冬氨酸、在对应于位置200的位置处的赖氨酸至苏氨酸、在对应于位置227的位置
处的丙氨酸至苏氨酸、在对应于位置231的位置处的异亮氨酸至苏氨酸、在对应于位置231的位置处的异亮氨酸至甘氨酸、在对应于位置231的位置处的甘氨酸至苏氨酸、在对应于位置231的位置处的苏氨酸至甘氨酸、在对应于位置256的位置处的缬氨酸至苯丙氨酸、在对应于位置256的位置处的苯丙氨酸至缬氨酸、在对应于位置264的位置处的丙氨酸至苏
氨酸、在对应于位置270的位置处的亮氨酸至苯丙氨酸、在对应于位置282的位置处的丝氨酸至苯丙氨酸、在对应于位置282的位置处的苯丙氨酸至丝氨酸、在对应于位置289的位置处的缬氨酸至天冬酰胺、在对应于位置289的位置处的缬氨酸至丝氨酸、在对应于位置289的位置处的丝氨酸至天冬酰胺、在对应于位置289的位置处的天冬酰胺至丝氨酸、在对应于位置292的位置处的缬氨酸至丙氨酸、在对应于位置309的位置处的异亮氨酸至亮氨酸、在对应于位置309的位置处的亮氨酸至异亮氨酸、在对应于位置320的位置处的亮氨酸至
甲硫氨酸、在对应于位置320的位置处的甲硫氨酸至亮氨酸、在对应于位置328的位置处的甲硫氨酸至亮氨酸、在对应于位置328的位置处的甲硫氨酸至缬氨酸、在对应于位置328的位置处的缬氨酸至亮氨酸、在对应于位置328的位置处的亮氨酸至缬氨酸、在对应于位置
337的位置处的天冬氨酸至谷氨酸、在对应于位置337的位置处的谷氨酸至天冬氨酸、在对应于位置338的位置处的亮氨酸至缬氨酸、在对应于位置338的位置处的缬氨酸至亮氨酸、在对应于位置357的位置处的甲硫氨酸至异亮氨酸、在对应于位置357的位置处的异亮氨
酸至甲硫氨酸、在对应于位置381的位置处的亮氨酸至脯氨酸、在对应于位置381的位置处的脯氨酸至亮氨酸、在对应于位置394的位置处的苏氨酸至赖氨酸、在对应于位置407的位置处的半胱氨酸至甘氨酸、在对应于位置407的位置处的甘氨酸至半胱氨酸、在对应于位置423的位置处的苯丙氨酸至异亮氨酸、在对应于位置430的位置处的亮氨酸至苯丙氨酸、在对应于位置467的位置处的丝氨酸至甘氨酸、在对应于位置467的位置处的甘氨酸至丝
氨酸、在对应于位置480的位置处的缬氨酸至苏氨酸、在对应于位置494的位置处的天冬氨酸至甘氨酸、在对应于位置494的位置处的甘氨酸至天冬氨酸、在对应于位置495的位置处的苏氨酸至赖氨酸,以及在对应于SEQ ID NO:5、7、9、11、13、15、1719、21、23、25、27、33、39、
41、43、45、47或49的位置439的位置处的谷氨酸缺失。
55.根据权利要求53-54中任一项所述的马铃薯植物或植物细胞,其中所述马铃薯植
物或植物细胞为四倍体的;并且
其中所述突变在对应于SEQ ID NO:2或SEQ ID NO:4的位置691的核苷酸位置处赋予
AAAA的纯合基因型并在对应于SEQ ID NO:2的692的位置处赋予CCCC的纯合基因型。
56.根据权利要求53-55中任一项所述的马铃薯植物或植物细胞,其中所述马铃薯植
物或植物细胞为抗病原体的。
57.根据权利要求53-56中任一项所述的马铃薯植物或植物细胞,其中所述马铃薯植
物或植物细胞抗致病疫霉。
58.根据权利要求1-57中任一项所述的突变,其中所述突变在对应于SEQ ID NO:2的
691的位置处产生A。
59.根据权利要求1-58中任一项所述的突变,其中所述突变在对应于SEQ ID NO:2的
691的至少两个位置处产生A。
60.根据权利要求1-59中任一项所述的突变,其中所述突变在对应于SEQ ID NO:2的
691的至少三个位置处产生A。
61.根据权利要求1-60中任一项所述的突变,其中所述突变在对应于SEQ ID NO:2的
691的至少四个位置处产生A。
62.根据权利要求1-61中任一项所述的突变,其中所述突变在对应于SEQ ID NO:2的
691的位置处产生C。
63.根据权利要求1-62中任一项所述的突变,其中所述突变在对应于SEQ ID NO:2的
692的至少两个位置处产生C。
64.根据权利要求1-63中任一项所述的突变,其中所述突变在对应于SEQ ID NO:2的
692的至少三个位置处产生C。
65.根据权利要求1-64中任一项所述的突变,其中所述突变在对应于SEQ ID NO:2的
692的至少四个位置处产生C。

说明书全文

突变的丙二烯合酶2(AOS2)基因

[0001] 本申请要求于2013年3月14日提交的美国临时专利申请61/785,059的优先权,该临时专利申请据此以引用方式并入。
发明领域
[0002] 本公开部分地涉及植物中的基因和/或蛋白质突变。
[0003] 发明背景
[0004] 提供以下对发明背景的讨论仅仅是为了有助于读者理解本发明,并不承认描述或构成本发明的现有技术
[0005] 致病疫霉(Phytophthora infestans,Pi)是属于卵菌(Oomycota)的并且可对铃薯(Solanum tuberosum)导致毁灭性病害(也称为晚疫病)的生物体。疫霉
(Phytophthora)属在诸如番茄、大豆、胡椒和烟草的其它植物物种中导致病害。Pi已通过
使用诸如溴甲烷和甲霜灵的化学品进行管理。
[0006] 已报道了马铃薯丙二烯氧合酶(StAOS2)基因与对晚疫病的抗性之间的关联。Pajerowska-Mukhtar等,Planta 228:293(2008)公开了“[n]atural variation of potato allene oxide synthase 2 causes differential levels of jasmonates and pathogen
resistance in Arabidopsis”(马铃薯丙二烯氧合酶2的天然变化导致拟南芥属中差异
平的茉莉酸类化合物和病原体抗性)。Pajerowska-Mukhtar等,Genetics 181:1115(2009)
公开了“[a]major association was found at the StAOS2 locus encoding allene oxide synthase 2,a key enzyme in the biosynthesis of jasmonates...”(在编码丙二烯氧合酶2(茉莉酸类化合物生物合成中的关键酶)的StAOS2基因座处发现了主要关联......)
和“[t]wo SNPs at the StAOS2locus were associated with the largest effect on
resistance.StAOS2_snp691and StAOS2_snp692....”(在StAOS2基因座处的两个SNP与
对抗性的最大影响相关:StAOS2_snp691和StAOS2_snp692......)
[0007] 发明概述
[0008] 本公开部分地涉及与植物中的基因和蛋白质突变相关的方法和组合物。在一些方面和实施方案中,本公开还可涉及用于产生抗病原体植物的组合物和方法。在一些方面和
实施方案中,本公开还可涉及用于产生具有正常或改变的成熟分级的转基因或非转基因植
物的组合物和方法。在一些方面和实施方案中,本公开还可涉及用于产生具有升高的茉莉
酸水平的转基因或非转基因植物的组合物和方法。本公开还至少部分地涉及与一个或多个
丙二烯氧合酶2(AOS2)基因/等位基因中的突变相关的组合物和方法。
[0009] 在一个方面,提供了包含突变的AOS2基因的植物或植物细胞。在某些实施方案中,所述突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白。在某些实施方案中,具有包含突变的AOS2
基因的植物细胞的植物可以为抗病原体的;例如,抗植物病原体,诸如致病疫霉(Pi)。在某些实施方案中,具有包含突变的AOS2基因的植物细胞的植物可具有改变的成熟分级。在某
些实施方案中,具有包含突变的AOS2基因的植物细胞的植物可具有升高的茉莉酸水平。
[0010] 与本文所公开的各个方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,植物或植物细胞可以为双子叶、单子叶或裸子植物的任何物种的植物或植物细胞,包括生长为乔
木或灌木的任何木本植物物种,任何草本植物物种,或产生可食果实、种子或蔬菜的任何
物种,或产生多彩或芳香花朵的任何物种。例如,所述植物或植物细胞可选自植物物种,
所述植物选自马铃薯、向日葵、甜菜、玉米、花、大豆、小麦、黑麦、燕麦、稻、油菜、水果、蔬菜、烟草、茄子(aubergine)、大麦、boxthane、高粱、番茄、青番茄、树番茄(tamarillo)、芒果、桃子、苹果、梨、草莓、香蕉、甜瓜、枸杞、园艺黑果木(garden huckleberry)、地樱桃(ground cherry)、胡萝卜、莴苣、洋葱、豆类、甘蔗、豌豆、蚕豆、白杨、葡萄、柑橘、苜蓿、黑麦、燕麦、草坪草和牧草、葫芦科植物、亚麻、芸苔、黄瓜、南瓜、西葫芦、西瓜、香瓜、牵花、凤仙花、胡椒、甜椒、灯笼椒、红辣椒、青红椒、甘椒树、哈瓦那辣椒(habanero)、辣椒、茄子(eggplant)、金盏花、荷花、卷心菜、雏菊、康乃馨、郁金香、鸢尾花、百合和产坚果植物,只要它们尚未具体提及。所述植物或植物细胞可以为选自拟南芥(Arabidopsis thaliana)、
马铃薯、富利亚薯(Solanum phureja)、水稻(Oryza sativa)、糙果苋(Amaranthus
tuberculatus)和玉米(Zea mays)的物种的植物或植物细胞。在多种实施方案中,如本文
所公开的植物可以为茄科的任何种的植物。
[0011] 与本文所公开的各个方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,植物或植物细胞可以为任何商业品种的马铃薯。例如,所述植物或植物细胞可选自马铃薯品
种,所述马铃薯品种选自Anya、Arran Victory、Atlantic、Belle de Fontenay、BF-15、Bintje、Cabritas、Camota、Chelina、Chiloé、Cielo、Clavela Blanca、Désirée、Fianna、Fingerling、Flava、Fontana、Golden Wonder、Innovator、Jersey Royal、Kerr's Pink、Kestrel、King Edward、Kipfler、Lady Balfour、Maris Piper、Nicola、 Pink
Eye、Pink Fir Apple、Primura、Red Norland、Red Pontiac、Rooster、Russet Burbank、Russet Norkotah、Shepody、Spunta、Vivaldi、Yukon Gold、Nyayo、Mukori、Roslin Tana、Kerrs’s Pink/Meru、Golof、Kinongo、Ngure、Kenya Baraka、Maritta、Kihoro、Americar、Roslin Bvumbwe、Njine、Roslin Gucha、Arka、B53(Roslin Eburu)、Kiraya、Kenya Akiba、
9、Original、Gituma、Mukorino、Amin、Pimpernel、Anett、B、Gituru、Feldeslohn、C、Kigeni、Romano、Kenya Ruaka、Purplu、Njae、Suzanna、Cardinal、Kathama、Kinare-Mwene、Kibururu、Karoa-Igura、Muturu、Faraja、Kiamucove、Michiri、Rugano、Njine Giathireko、Meru Mix、Blue Baranja、Patrones、Robijn、Roslin Chania、Urgentia、Mirka和Roslin Sasamua。
[0012] 如本文所用,术语“AOS2基因”是指能够生成与基酸序列SEQ ID NO:1共有同源性和/或氨基酸同一性的丙二烯氧合酶2(AOS2)多肽,和/或编码展现出AOS2活性的蛋
白质的DNA序列。在某些实施方案中,AOS2基因与特定的AOS2基因(例如马铃薯AOS2基
因,例如StAOS2)具有70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%的同一性。在某些实施方案中,AOS2基因与选自SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、
22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48和50的序列具有60%、70%、75%、80%、
85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%的同一性。
[0013] 如本文所用,术语“病原体抗性”是指一旦发生病原性分离株感染后减少病原体生长的植物性状。
[0014] 如本文所用,术语“病原体耐受性”是指植物减轻感染对植物健康的影响的能。在一些实施方案中,抗病原体植物可具有受到限制和/或不会不确定扩散的坏死斑。在耐
病原体植物的一些实施方案中,观察到极少的坏死或未观察到坏死,但可能存在水浸状病
斑。在一些实施方案中,耐病原体植物可以最小的损伤或以可售材料的收获产量的极小降
低而从感染中存活下来。
[0015] 如本文所用,术语“突变”是指至少相对于正常序列或野生型序列或参考序列(例如SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2)在核酸序列中的单个核苷酸变化和/或在多肽中的单个氨基酸变化。在一些实施方案中,突变是指至少相对于不赋予可接受水平的病原体抗性和
/或耐受性的AOS2蛋白的核苷酸或氨基酸序列在核酸序列中的单个核苷酸变化和/或在
多肽中的单个氨基酸变化。在某些实施方案中,突变可包括取代、缺失、倒位或插入。在一些实施方案中,取代、缺失、插入或倒位可包括多于一个核苷酸的变化。在某些实施方案中,取代、缺失、插入或倒位可包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、
21、22、23或24个核苷酸的变化。在一些实施方案中,取代、缺失、插入或倒位可包括1、2、3、
4、5、6、7、8、9、10、11或12个氨基酸位置的变化。术语“核酸”或“核酸序列”是指可以为单链或双链的并表示有义链或反义链的寡核苷酸、核苷酸或多核苷酸,及其片段或部分。核酸可以包括DNA或RNA,并可以为天然或合成来源的。例如,核酸可包括mRNA或cDNA或基因
组DNA。核酸可包括已扩增(例如,使用聚合酶链式反应)的核酸。约定“NTwt###NTmut”
用于指示这样的突变:该突变导致在核酸中的位置###处的野生型核苷酸NTwt被突变体
NTmut代替。核苷酸的单字母代码如美国专利局专利审查程序手册第2422节表1中所述。
就这一点而言,核苷酸名称“R”意指嘌呤,诸如嘌呤或腺嘌呤,“Y”意指嘧啶,诸如胞嘧啶或胸腺嘧啶(如果是RNA则为尿嘧啶);“M”意指腺嘌呤或胞嘧啶;“K”意指鸟嘌呤或胸腺嘧啶;以及“W”意指腺嘌呤或胸腺嘧啶。
[0016] 如本文所用,术语“突变的AOS2基因”是指相对于参考AOS2核酸序列(例如,SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48和/或50)在核苷酸的某些位置处具有一个或多个突变的丙二烯氧合酶2(AOS2)基因。在某些实施方案中,突变的AOS2基因相对于相应的野生型AOS2序列具有一个或多个突变。在一
些实施方案中,突变的AOS2基因相对于编码不赋予可接受水平的病原体抗性和/或耐受性
的AOS2蛋白的相应AOS2序列具有一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因
相对于例如SEQ ID NO:2在其旁系同源物(paralog)的同源位置处具有一个或多个突变。
在一些实施方案中,AOS2基因通过至少一个突变修饰。在某些实施方案中,AOS2基因通过
至少两个突变修饰。在某些实施方案中,AOS2基因通过至少三个突变修饰。在一些实施方
案中,突变的AOS2基因编码两种或多种突变的AOS2蛋白,诸如本文所述。在一些实施方案
中,突变的AOS2基因为突变的马铃薯AOS2基因/等位基因;例如StAOS2。在一些实施方
案中,突变的AOS2基因为突变的Desiree AOS2基因/等位基因。在一些实施方案中,突变
的AOS2基因为突变的Bintje AOS2基因/等位基因。在一些实施方案中,突变的AOS2基
因为突变的Fontana AOS2基因/等位基因。在一些实施方案中,突变的AOS2基因为突变
的Innovator AOS2基因/等位基因。
[0017] 在一些实施方案中,突变的AOS2基因包括在对应于SEQ ID NO:2的位置691的位置处的A。在一些实施方案中,突变的AOS2基因包括在对应于SEQ ID NO:2的位置692的
位置处的C。在一些实施方案中,突变的AOS2基因包括在对应于SEQ ID NO:2的位置678
的位置处的A。在一些实施方案中,突变的AOS2基因包括在对应于SEQ ID NO:2的位置
681的位置处的T。在一些实施方案中,突变的AOS2基因包括在对应于SEQ ID NO:2的位置
727的位置处的C。在一些实施方案中,突变的AOS2基因包括在对应于SEQ ID NO:2的位置
744的位置处的A。在一些实施方案中,突变的AOS2基因包括在对应于SEQ ID NO:2的位
置774的位置处的C。在一些实施方案中,突变的AOS2基因包括在对应于SEQ ID NO:2的
位置879的位置处的A。在一些实施方案中,突变的AOS2基因包括在对应于SEQ ID NO:2
的位置900的位置处的A。在一些实施方案中,突变的AOS2基因包括在对应于SEQ ID NO:2
的位置954的位置处的C。
[0018] 如本文所用,术语“AOS2蛋白”是指与SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13、15、1719、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47和/或49的AOS2蛋白具有同源性和/或氨基酸同一性和/或展现出AOS2活性的蛋白质。在某些实施方案中,AOS2蛋白与特定的AOS2
蛋白(例如,SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13、15、1719、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、
41、43、45、47或49),诸如马铃薯AOS2蛋白,具有70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、
97%、98%、99%或100%的同一性。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白为突变的Desiree AOS2蛋白。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白为突变的Bintje AOS2蛋白。在一些实施
方案中,突变的AOS2蛋白为突变的Fontana AOS2蛋白。在一些实施方案中,突变的AOS2
蛋白为突变的Innovator AOS2蛋白。在某些实施方案中,AOS2蛋白与选自图1、3、5、7、9、
11、13、15、1719、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47和/或49中的序列的序列具有70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%的同一性。
[0019] 如本文所用,术语“突变的AOS2蛋白”是指在相对于参考AOS2氨基酸序列的某些氨基酸位置或在其旁系同源物的某些同源位置处具有一个或多个突变的AOS2蛋白。在一
些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列(例如具有SEQ ID NO:1、3、
5、7、9、11、13、15、1719、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47或49的参考AOS2氨基酸序列或其部分)具有一个或多个突变。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于
相应的AOS2野生型蛋白具有一个或多个突变。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对
应于选自SEQ ID NO:1的6、12、30、37、46、48、51、76、113、145、187、197、200、227、231、256、
264、270、282、289、292、309、320、328、337、338、357、381、394、407、423、430、439、467、480、
494和495的位置的位置处具有一个或多个突变。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相
对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置
6处具有F。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或
多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置12处具有R。在某些实施方案中,突变
的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列
在氨基酸位置12处具有P。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸
序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在位置30处具有A。在某些实施方
案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2
氨基酸序列在位置37处具有I。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨
基酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置46处具有F。在
某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中
参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置46处具有L。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相
对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置
48处具有I。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个
或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置48处具有V。在某些实施方案中,突
变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序
列在氨基酸位置48处具有T。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基
酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置51处具有M。在某
些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中参
考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置76处具有N。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对
于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置76
处具有D。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多
个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在位置113处具有D。在某些实施方案中,突变的AOS2
蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在位置
113处具有G。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个
或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置145处具有F。在某些实施方案中,突
变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序
列在氨基酸位置187处具有L。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨
基酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置197处具有D。在
某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中
参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置197处具有E。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相
对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置
200处具有K。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个
或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置227处具有A。在某些实施方案中,突
变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序
列在氨基酸位置231处具有I。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基
酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置231处具有G。在某
些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中参
考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置231处具有T。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相
对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置
256处具有V。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个
或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置256处具有F。在某些实施方案中,突
变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序
列在氨基酸位置264处具有A。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基
酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置270处具有L。在某
些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中参
考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置282处具有S。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相
对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置
282处具有F。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个
或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置289处具有V。在某些实施方案中,突
变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序
列在氨基酸位置289处具有N。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基
酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置289处具有S。在某
些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中参
考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置292处具有V。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相
对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置
309处具有I。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个
或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置309处具有L。在某些实施方案中,突
变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序
列在氨基酸位置320处具有L。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基
酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置320处具有M。在某
些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中参
考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置328处具有M。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相
对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置
328处具有V。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个
或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置328处具有L。在某些实施方案中,突
变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序
列在氨基酸位置337处具有D。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基
酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置337处具有E。在某
些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中参
考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置338处具有L。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相
对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置
338处具有V。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个
或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置357处具有M。在某些实施方案中,突
变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序
列在氨基酸位置357处具有I。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基
酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置381处具有L。在某
些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中参
考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置381处具有P。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相
对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置
394处具有T。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个
或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置407处具有C。在某些实施方案中,突
变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序
列在氨基酸位置407处具有G。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基
酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置423处具有F。在某
些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中参
考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置430处具有L。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相
对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在位置439处
具有E。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多
个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置467处具有S。在某些实施方案中,突变
的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列
在氨基酸位置467处具有G。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基
酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置480处具有V。在某
些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中参
考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置494处具有D。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相
对于参考AOS2氨基酸序列具有一个或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置
494处具有G。在某些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于参考AOS2氨基酸序列具有一个
或多个突变,其中参考AOS2氨基酸序列在氨基酸位置495处具有T。在另一个实施方案中,
突变的AOS2蛋白可由相对于参考序列(例如EQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13、15、1719、21、23、
25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47和/或49)在蛋白质中的任何位置处的氨基酸突变的任何组合构成。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于赋予低于可接受的病原体
抗性和/或耐受性(例如,抗致病疫霉)的相应AOS2蛋白具有一个或多个突变。在一些实
施方案中,AOS2蛋白通过一个或多个突变修饰。在一些实施方案中,AOS2蛋白通过至少一
个突变修饰。在某些实施方案中,AOS2蛋白通过至少两个突变修饰。在某些实施方案中,
AOS2蛋白通过至少三个突变修饰。在某些实施方案中,AOS2蛋白通过至少四个突变修饰。
在某些实施方案中,AOS2蛋白通过至少五个突变修饰。在某些实施方案中,AOS2蛋白通过
至少六个突变修饰。在某些实施方案中,AOS2蛋白通过至少七个突变修饰。在某些实施方
案中,AOS2蛋白通过至少八个突变修饰。在某些实施方案中,AOS2蛋白通过至少九个突变
修饰。在某些实施方案中,AOS2蛋白通过至少十个突变修饰。在某些实施方案中,AOS2蛋
白通过至少十一个突变修饰。在某些实施方案中,AOS2蛋白通过至少十二个突变修饰。在
一些实施方案中,突变的AOS2蛋白为一种或多种马铃薯AOS2蛋白。在一些实施方案中,术
语突变的AOS2蛋白是指与参考蛋白相比赋予增强的对一种或多种病原体的抗性和/或耐
受性的AOS2蛋白。
[0020] 如本文所用,术语“低于可接受水平的病原体抗性和/或耐受性”意指植物或作物对病原体的易感性损害或破坏该植物或作物的商业盈利能力。在某些实施方案中,低于可接受水平的病原体抗性和/或耐受性与抗和/或耐病原体的类似植物或作物相比将植物或
作物的盈利能力降低至少10%、或至少25%、或至少50%、或至少75%、或至少100%。相比之下,具有“可接受水平的抗性和/或耐受性”的作物或植物的盈利能力不因病原体暴露而基本上受损或破坏。在某些实施方案中,植物或作物的盈利能力在暴露于病原体时降低
20%以下、或15%以下或10%以下。具有对病原体“高于可接受水平的抗性和/或耐受性”的植物或作物的盈利能力在暴露于病原体时降低10%以下、或5%以下或2%以下。
[0021] 与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一种相结合,突变是指至少相对于赋予病原体抗性和/或耐受性的AOS2基因/蛋白的氨基酸序列在AOS2基因中的单个核苷酸变化或在多肽中的单个氨基酸变化。在一些实施方案中,突变是指至少相对于
不赋予可接受水平的病原体抗性和/或耐受性的AOS2蛋白的氨基酸序列在AOS2基因中
的单个核苷酸变化或在多肽中的单个氨基酸变化。在某些实施方案中,突变可包括在基因
和/或蛋白质中的一个或多个位置处的取代、缺失、倒位或插入。在一些实施方案中,取代、缺失、插入或倒位可包括在1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、
22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36或37个氨基酸位置处的变化。
[0022] 与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白中的所述一个或多个突变包括在对应于选自SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13、15、1719、
21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47和 /或 49的 6、12、30、37、46、48、51、76、
113、145、187、197、200、227、231、256、264、270、282、289、292、309、320、328、337、338、357、
381、394、407、423、430、439、467、480、494和495的位置的位置处的一个或多个、两个或多个、三个或多个、四个或多个、五个或多个、六个或多个、七个或多个、八个或多个、九个或多个、或十个或多个、十一个或多个、十二个或多个、十三个或多个、十四个或多个、十五个或多个、十六个或多个、十七个或多个、十八个或多个、十九个或多个、二十个或多个、二十一个或多个、二十二个或多个、二十三个或多个、二十四个或多个、二十五个或多个、二十六个或多个、二十七个或多个、二十八个或多个、二十九个或多个、三十个或多个、三十一个或多个、三十二个或多个、三十三个或多个、三十四个或多个、三十五个或多个、三十六个或多个、三十七个或多个突变。
[0023] 与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白中的所述一个或多个突变包括在选自SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、
25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47和/或49的S6、P12、R12、V30、T37、F46、L46、I48、T48、I51、D76、D113、G113、Y145、F187、D197、E197、T200、T227、G231、T231、F256、V256、T264、F270、F282、S282、N289、S289、A292、I309、L309、L320、M320、L328、V328、D337、E337、L338、V338、I357、M357、L381、P381、K394、C407、G407、I423、F430、Δ439(其中Δ表示缺失)、G467、S467、T480、D494、G494和K495的位置处的一个或多个、两个或多个、三个或多个、四个或多个、五个或多个、六个或多个、七个或多个、八个或多个、九个或多个、或十个或多个、十一个或多个、十二个或多个、十三个或多个、十四个或多个、十五个或多个、十六个或多个、十七个或多个、十八个或多个、十九个或多个、二十个或多个、二十一个或多个、二十二个或多个、二十三个或多个、二十四个或多个、二十五个或多个突变。
[0024] 与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2基因包含在对应于SEQ ID NO:1的位置231的位置处的G和在对应于SEQ ID NO:1的位置
328的位置处的V。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白中的所述一个或多个突变包括一个或多个突变、两个或多个突变、三个或多个
突变、四个或多个突变、五个或多个突变、六个或多个突变、七个或多个突变、八个或多个突变、九个或多个突变、或十个或多个、十一个或多个、十二个或多个、十三个或多个、十四个或多个、十五个或多个、十六个或多个、十七个或多个、十八个或多个、十九个或多个、二十个或多个、二十一个或多个、二十二个或多个、二十三个或多个、二十四个或多个、二十五个或多个突变,这些突变选自:F6S、R12P、P12R、A30V、I37T、L46F、F46L、V48T、V48I、T48I、I48T、M51I、D76N、N76D、G113D、D113G、F145Y、L187F、D197E、E197D、K200T、A227T、I231T、I231G、G231T、T231G、F256V、V256F、A264T、L270F、F282S、S282F、V289N、V289S、S289N、N289S、V292A、L309I、I309L、M320L、L320M、M328L、M328V、L328V、V328L、E337D、D337E、V338L、L338V、I357M、M357I、P381L、L381P、T394K、G407C、C407G、F423I、L430F、E439Δ、G467S、S467G、V480T、G494D、D494G和T495K。在一些实施方案中,在突变的AOS2蛋白中的所述一个或多个突变包括一个或多个突变、两个或多个突变、三个或多个突变、四个或多个突变、五个或多个突变、六个或多个突变、七个或多个突变、八个或多个突变、九个或多个突变、或十个或多个、十一个或多个、十二个或多个、十三个或多个、十四个或多个、十五个或多个、十六个或多个、十七个或多个、十八个或多个、十九个或多个、二十个或多个、二十一个或多个、二十二个或多个、二十三个或多个、二十四个或多个、二十五个或多个突变,这些突变选自:在对应于SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13、15、1719、21、23、25、27、29、31、33、35、
37、39、41、43、45、47或49的位置6的位置处的苯丙氨酸至丝氨酸、在对应于位置12的位置处的精氨酸至脯氨酸、在对应于位置12的位置处的脯氨酸至精氨酸、在对应于位置30的位
置处的丙氨酸至缬氨酸、在对应于位置37的位置处的异亮氨酸至苏氨酸、在对应于位置46
的位置处的苯丙氨酸至亮氨酸、在对应于位置46的位置处的亮氨酸至苯丙氨酸、在对应于
位置48的位置处的缬氨酸至苏氨酸、在对应于位置48的位置处的缬氨酸至异亮氨酸、在对
应于位置48的位置处的异亮氨酸至苏氨酸、在对应于位置48的位置处的苏氨酸至异亮氨
酸、在对应于位置51的位置处的甲硫氨酸至异亮氨酸、在对应于位置76的位置处的天冬酰
胺至天冬氨酸、在对应于位置76的位置处的天冬氨酸至天冬酰胺、在对应于位置113的位
置处的天冬氨酸至甘氨酸、在对应于位置113的位置处的甘氨酸至天冬氨酸、在对应于位
置145的位置处的苯丙氨酸至酪氨酸、在对应于位置187的位置处的亮氨酸至苯丙氨酸、在
对应于位置197的位置处的天冬氨酸至谷氨酸、在对应于位置197的位置处的谷氨酸至天
冬氨酸、在对应于位置200的位置处的赖氨酸至苏氨酸、在对应于位置227的位置处的丙氨
酸至苏氨酸、在对应于位置231的位置处的异亮氨酸至苏氨酸、在对应于位置231的位置处
的异亮氨酸至甘氨酸、在对应于位置231的位置处的甘氨酸至苏氨酸、在对应于位置231的
位置处的苏氨酸至甘氨酸、在对应于位置256的位置处的缬氨酸至苯丙氨酸、在对应于位
置256的位置处的苯丙氨酸至缬氨酸、在对应于位置264的位置处的丙氨酸至苏氨酸、在对
应于位置270的位置处的亮氨酸至苯丙氨酸、在对应于位置282的位置处的丝氨酸至苯丙
氨酸、在对应于位置282的位置处的苯丙氨酸至丝氨酸、在对应于位置289的位置处的缬氨
酸至天冬酰胺、在对应于位置289的位置处的缬氨酸至丝氨酸、在对应于位置289的位置处
的丝氨酸至天冬酰胺、在对应于位置289的位置处的天冬酰胺至丝氨酸、在对应于位置292
的位置处的缬氨酸至丙氨酸、在对应于位置309的位置处的异亮氨酸至亮氨酸、在对应于
位置309的位置处的亮氨酸至异亮氨酸、在对应于位置320的位置处的亮氨酸至甲硫氨酸、
在对应于位置320的位置处的甲硫氨酸至亮氨酸、在对应于位置328的位置处的甲硫氨酸
至亮氨酸、在对应于位置328的位置处的甲硫氨酸至缬氨酸、在对应于位置328的位置处的
缬氨酸至亮氨酸、在对应于位置328的位置处的亮氨酸至缬氨酸、在对应于位置337的位置
处的天冬氨酸至谷氨酸、在对应于位置337的位置处的谷氨酸至天冬氨酸、在对应于位置
338的位置处的亮氨酸至缬氨酸、在对应于位置338的位置处的缬氨酸至亮氨酸、在对应于
位置357的位置处的甲硫氨酸至异亮氨酸、在对应于位置357的位置处的异亮氨酸至甲硫
氨酸、在对应于位置381的位置处的亮氨酸至脯氨酸、在对应于位置381的位置处的脯氨酸
至亮氨酸、在对应于位置394的位置处的苏氨酸至赖氨酸、在对应于位置407的位置处的半
胱氨酸至甘氨酸、在对应于位置407的位置处的甘氨酸至半胱氨酸、在对应于位置423的位
置处的苯丙氨酸至异亮氨酸、在对应于位置430的位置处的亮氨酸至苯丙氨酸、在对应于
位置467的位置处的丝氨酸至甘氨酸、在对应于位置467的位置处的甘氨酸至丝氨酸、在对
应于位置480的位置处的缬氨酸至苏氨酸、在对应于位置494的位置处的天冬氨酸至甘氨
酸、在对应于位置494的位置处的甘氨酸至天冬氨酸、在对应于位置495的位置处的苏氨酸
至赖氨酸,以及在对应于SEQ ID NO:5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、33、39、41、43、
45、47或49的位置439的位置处的谷氨酸缺失。
[0025] 与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白包括SEQ ID NO:1。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白包括SEQ ID NO:3。
[0026] 在另一方面,提供了用于产生植物细胞的方法。在一些实施方案中,所述植物细胞具有突变的AOS2基因。在某些实施方案中,所述突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白。在某些实施方案中,所述植物细胞可以为抗病原体植物的一部分。所述方法可包括向植物
细胞中引入基因修复寡核基(GRON);例如,使用具有靶向突变的GRON在AOS2基因中的
同源位置处产生核苷酸改变。在某些实施方案中,通过所述方法产生的植物细胞可包含能
够表达突变的AOS2蛋白的AOS2基因。所述方法可进一步包括鉴定以下植物细胞或含有植
物细胞的植物,该细胞与相应的野生型植物细胞相比包含(1)突变的AOS2基因,和/或(2)
正常的或改变的生长、和/或AOS2催化活性、增强的AOS2酶稳定性信号传导能力,和/或
(3)更高的病原体抗性和/或耐受性。具有诸如本文所述的植物细胞的抗病原体植物可在
存在病原体的情况下进行鉴定。在一些实施方案中,所述植物细胞为转基因的。在一些实
施方案中,所述植物细胞为非转基因的。包含诸如本文所述的植物细胞的植物可以是非转
基因的抗病原体/耐病原体的植物;例如,所述植物和/或植物细胞可具有产生对至少一种
病原体的抗性和/或耐受性的突变的AOS2基因。在一些实施方案中,具有如本文所述的植
物细胞的植物可以无性方式产生;例如,从一个或多个植物细胞或从由一个或多个植物细
胞构成的植物组织产生;例如,从茎或马铃薯块茎含有至少一个或两个眼(休眠芽)的小
块(通常称为种薯)产生。在某些实施方案中,具有诸如本文所述的植物细胞的植物可以
有性方式产生,从而产生真正的遗传种子。
[0027] 在另一方面,提供了一种用于产生抗和/或耐病原体的植物的方法。所述方法可包括向植物细胞中引入基因修复寡核碱基(GRON);例如,使用具有靶向突变的GRON在AOS2
基因中的同源位置处产生核苷酸改变。所述方法可产生具有突变的AOS2基因的植物细胞。
所述突变的AOS2基因可表达突变的AOS2蛋白。所述方法可进一步包括鉴定与相应的野生
型植物细胞相比具有正常的或改变的生长、AOS2蛋白催化活性、AOS2酶稳定性和/或信号
传导能力的植物。所述方法可进一步包括从具有突变的AOS2基因的植物细胞再生抗病原
体的植物。所述植物可在存在病原体的情况下进行鉴定。在一些实施方案中,所述植物为
转基因的。在一些实施方案中,所述植物为非转基因的。所述植物在一些实施方案中可以
为非转基因的抗病原体植物;例如,所述植物可包含产生对至少一种病原体改善的抗性和
/或耐受性的突变的AOS2基因。在一些实施方案中,所述植物可包含突变的AOS2基因,该
基因产生具有改变的成熟分级的植物。在某些实施方案中,所述植物可包含突变的AOS2基
因,该基因产生具有改变的晚熟分级的植物。
[0028] 在另一方面,提供了一种用于产生具有早熟、中熟、中早熟或晚熟分级的植物的方法。所述方法可包括向植物细胞中引入基因修复寡核碱基(GRON);例如,使用具有靶向突变的GRON在AOS2基因中的同源位置处产生核苷酸改变。所述方法可产生具有突变的AOS2
基因的植物细胞。所述突变的AOS2基因可表达突变的AOS2蛋白。所述方法可进一步包括
鉴定与相应的野生型植物细胞相比具有正常的生长和/或催化活性的植物细胞。所述方法
可进一步包括从具有突变的AOS2基因的植物细胞再生抗病原体的植物。在一些实施方案
中,所述植物为非转基因的。所述植物可以为具有中早熟分级的非转基因植物。所述植物
在一些实施方案中可以为非转基因的抗病原体植物;例如,所述植物可包含产生对至少一
种病原体的抗性和/或耐受性的突变的AOS2基因。在一些实施方案中,所述植物为转基因
的。所述植物可以为具有中早熟分级的非转基因植物。所述植物在一些实施方案中可以为
转基因的抗病原体植物;例如,所述植物可包含产生对至少一种病原体的抗性和/或耐受
性的突变的AOS2基因。
[0029] 在另一方面,提供了一种用于升高植物中的茉莉酸水平的方法。所述方法可包括向植物细胞中引入基因修复寡核碱基(GRON);例如,使用具有靶向突变的GRON在AOS2基
因中的同源位置处产生核苷酸改变。所述方法可产生具有突变的AOS2基因的植物细胞。所
述突变的AOS2基因可表达突变的AOS2蛋白。所述方法可进一步包括鉴定与相应的野生型
植物细胞相比具有正常的或改变的生长、AOS2蛋白催化活性、AOS2酶稳定性和/或信号传
导能力的植物。所述方法可进一步包括从具有突变的AOS2基因的植物细胞再生具有升高
的茉莉酸水平的植物。所述植物可在存在病原体的情况下进行鉴定。在一些实施方案中,
所述植物为非转基因的。所述植物在一些实施方案中可以为非转基因的抗病原体植物;例
如,所述植物可包含产生对至少一种病原体的抗性和/或耐受性的突变的AOS2基因。在一
些实施方案中,所述植物可包含突变的AOS2基因,该基因产生具有升高的茉莉酸水平的植
物。在一些实施方案中,所述植物为转基因的。所述植物在一些实施方案中可以为转基因
的抗病原体植物;例如,所述植物可包含产生对至少一种病原体的抗性和/或耐受性的突
变的AOS2基因。在一些实施方案中,所述植物可包含突变的AOS2基因,该基因产生具有升
高的茉莉酸水平的植物。
[0030] 在另一方面,提供了一种用于升高植物的病原体抗性和/或耐受性的方法。所述方法可包括向植物细胞中引入基因修复寡核碱基(GRON);例如,使用具有靶向突变的GRON
在AOS2基因中的同源位置处产生核苷酸改变。所述方法可产生具有突变的AOS2基因的植
物细胞。所述突变的AOS2基因可表达突变的AOS2蛋白。所述方法可进一步包括鉴定与相
应的野生型植物细胞相比具有正常的或改变的生长和/或AOS2蛋白催化活性和/或AOS2
蛋白稳定性的植物。所述方法可进一步包括从具有突变的AOS2基因的植物细胞再生抗病
原体的植物。所述植物可在存在病原体的情况下进行鉴定。在一些实施方案中,所述植物为非转基因的。所述植物在一些实施方案中可以为非转基因的抗病原体植物;例如,所述植物可包含产生对至少一种病原体的抗性和/或耐受性的突变的AOS2基因。在一些实施方案
中,所述植物可包含突变的AOS2基因,该基因产生具有中早熟分级的植物。在某些实施方
案中,所述植物可包含突变的AOS2基因,该基因产生具有晚熟分级的植物。在一些实施方
案中,所述植物为转基因的。所述植物在一些实施方案中可以为转基因的抗病原体植物;例如,所述植物可包含产生对至少一种病原体的抗性和/或耐受性的突变的AOS2基因。在一
些实施方案中,所述植物可包含突变的AOS2基因,该基因产生具有中早熟分级的植物。在
某些实施方案中,所述植物可包含突变的AOS2基因,该基因产生具有晚熟分级的植物。
[0031] 在另一方面,提供了包含突变的AOS2基因的植物或植物细胞。在某些实施方案中,所述突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白。在某些实施方案中,所述植物或植物细胞
可以为Desiree马铃薯品种的。在某些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为Bintje马
铃薯品种的。在某些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为Fontana马铃薯品种的。在
某些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为Innovator马铃薯品种的。在某些实施方案
中,具有包含突变的AOS2基因的植物细胞的植物可以为抗和/或耐病原体的。在某些实施
方案中,所述植物或植物细胞为非转基因的。在某些实施方案中,所述植物或植物细胞为转基因的。
[0032] 与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,所述组合物和方法可涉及在两套或多套染色体中具有多个AOS2基因而每个基因具有两个等位基因的植物或植物细胞。例如,四倍体植物可包含一个、两个、三个或四个突变的AOS2等位基因。在一些实施方案中,所述多个AOS2基因可包含相同的突变或不同的突变。在一些实施方案
中,所述多个AOS2基因可包括突变(例如,如本文所公开的AOS2突变)的任何组合或排列。
[0033] 与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,所述植物或植物细胞可在一条或多条染色体上的AOS2基因/等位基因/基因座中包含突变。植物或植物细胞可包括具有多种倍数的染色体的植物,例如,至少一套染色体、至少两套染色体、至少三套染色体、至少四套染色体、至少五套染色体、至少六套染色体、至少七套染色体、至少八套染色体、至少九套染色体、至少十套染色体、至少十一套染色体和至少十二套染色体。在一些实施方案中,植物或植物细胞包括具有四套染色体的植物。
[0034] 与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,所述突变的AOS2基因包含赋予病原体抗性和/或耐受性的至少一个突变或赋予晚熟分级的至少一个
突变。在一些实施方案中,赋予病原体抗性和/或耐受性的所述至少一个突变是与赋予晚
熟分级的所述至少一个突变相同的突变。在某些实施方案中,赋予病原体抗性和/或耐受
性的所述至少一个突变与赋予晚熟分级的所述至少一个突变不同。
[0035] 与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中任一种相结合,所述突变的AOS2基因包含赋予病原体抗性和/或耐受性的至少一个突变和赋予中早熟分级的至少一个突变。在一些实施方案中,赋予病原体抗性和/或耐受性的所述至少一个突变是与赋予中早
熟分级的所述至少一个突变相同的突变。在某些实施方案中,赋予病原体抗性和/或耐受
性的所述至少一个突变与赋予中早熟分级的所述至少一个突变不同。
[0036] 与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,所述突变的AOS2基因包含赋予病原体抗性和/或耐受性的至少一个突变和赋予早熟分级的至少一个
突变。在一些实施方案中,赋予病原体抗性和/或耐受性的所述至少一个突变是与赋予早
熟分级的所述至少一个突变相同的突变。在某些实施方案中,赋予病原体抗性和/或耐受
性的所述至少一个突变与赋予早熟分级的所述至少一个突变不同。
[0037] 与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,所述突变的AOS2基因包含赋予病原体抗性和/或耐受性的至少一个突变和赋予中熟分级的至少一个
突变。在一些实施方案中,赋予病原体抗性和/或耐受性的所述至少一个突变是与赋予中
熟分级的所述至少一个突变相同的突变。在某些实施方案中,赋予病原体抗性和/或耐受
性的所述至少一个突变与赋予中熟分级的所述至少一个突变不同。
[0038] 在另一方面,提供了包含突变的AOS2基因的种子。在一些实施方案中,所述种子具有突变的AOS2基因。在一些实施方案中,所述突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白。
在一些实施方案中,所述突变的AOS2蛋白可抗和/或耐病原体。在一些实施方案中,所述
种子抗和/或耐病原体。在一些实施方案中,所述种子可包含突变的AOS2基因,该基因产
生抗和/或耐病原体的植物。在一些实施方案中,所述种子为非转基因的。在一些实施方
案中,所述种子为转基因的。在一些实施方案中,所述种子可包含突变的AOS2基因,该基因产生具有中早熟分级的植物。在一些实施方案中,所述种子可包含突变的AOS2基因,该基
因产生具有晚熟分级的植物。
[0039] 在另一方面,提供了一种可产生新植物的营养性植物材料,所述营养性植物材料包括但不限于具有至少一个突变的AOS2等位基因的块茎或其包含至少单个眼的小块、体
外生长的芽、生根的芽或原生质体衍生的愈伤组织。在一些实施方案中,此类营养繁殖材料具有突变的AOS2基因。在一些实施方案中,所述突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白。
在一些实施方案中,所述突变的AOS2蛋白可抗和/或耐病原体。在一些实施方案中,所述营养材料抗和/或耐病原体。在一些实施方案中,所述营养材料可包含突变的AOS2基因,该
基因产生抗和/或耐病原体的植物。在一些实施方案中,所述营养材料为非转基因的。在
一些实施方案中,所述营养材料为转基因的。在一些实施方案中,所述营养材料可包含突变的AOS2基因,该基因产生具有中早熟分级的植物。在一些实施方案中,所述营养材料可包
含突变的AOS2基因,该基因产生具有晚熟分级的植物。
[0040] 在另一方面,提供了一种通过以下方式提高植物的病原体抗性和/或耐受性的方法:(a)使第一植物与第二植物杂交,其中第一植物包含突变的AOS2基因,其中所述基因编码突变的AOS2蛋白;(b)从杂交中所得的群体中筛选提高的病原体抗性和/或耐受性;(c)
选择具有提高的病原体抗性和/或耐受性的从杂交中所得的成员;以及(d)产生从杂交中
所得的种子。在一些实施方案中,杂交种子通过任何上述方法产生。在一些实施方案中,植物由通过任何上述方法产生的种子长成。在一些实施方案中,所述植物和/或种子为非转
基因的。在一些实施方案中,所述植物和/或种子为转基因的。在一些实施方案中,所述第一和第二植物为马铃薯植株。在一些实施方案中,所述植物和/或种子具有早、中早、中或晚熟分级。
[0041] 在另一方面,提供了突变的AOS2基因的分离核酸。在一些实施方案中,所述分离的核酸编码突变的AOS2蛋白。在某些实施方案中,所述分离的核酸编码抗和/或耐病原体
的突变的AOS2蛋白。在一些实施方案中,所述分离的核酸编码突变的AOS2蛋白,该蛋白产
生具有早、中、中早或晚熟分级的植物。
[0042] 在另一方面,提供了一种包含突变的AOS2基因的分离核酸的表达载体。在一些实施方案中,所述表达载体包含编码AOS2蛋白的分离核酸。
[0043] 与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,本文所公开的方法和组合物包括编码一种或多种AOS2蛋白的一种或多种突变的AOS2基因。在一些
实施方案中,所述方法和组合物包括突变的叶绿体靶向AOS2基因。在一些实施方案中,
所述方法和组合物包括突变的AOS2基因。在一些实施方案中,所述方法和组合物包括突
变的马铃薯AOS2基因;例如StAOS2。在一些实施方案中,所述方法和组合物包括突变的
AOS2基因等位基因StAOS2-1。在一些实施方案中,所述方法和组合物包括突变的AOS2
基因等位基因StAOS2-6。在一些实施方案中,所述方法和组合物包括突变的AOS2基因
等位基因StAOS2-12。在一些实施方案中,所述方法和组合物包括突变的AOS2基因等位
基因StAOS2-7。在一些实施方案中,所述方法和组合物包括突变的AOS2基因等位基因
StAOS2-8。在一些实施方案中,所述方法和组合物包括突变的AOS2基因等位基因StAOS2
CB1。在一些实施方案中,所述方法和组合物包括突变的AOS2基因等位基因StAOS2 CB2。
在一些实施方案中,所述方法和组合物包括突变的AOS2基因等位基因StAOS2 CB3。在一些
实施方案中,所述方法和组合物包括突变的AOS2基因等位基因StAOS2 CB4。在一些实施方
案中,所述方法和组合物包括突变的AOS2基因等位基因StAOS2 CB5。在一些实施方案中,
所述方法和组合物包括突变的AOS2基因等位基因StAOS2 CB6。在一些实施方案中,所述方
法和组合物包括突变的AOS2基因等位基因StAOS2 CB7。在一些实施方案中,所述方法和
组合物包括突变的AOS2基因等位基因StAOS2 CB8。在一些实施方案中,所述方法和组合
物包括突变的AOS2基因等位基因StAOS2 CB9。在一些实施方案中,所述方法和组合物包
括突变的AOS2基因等位基因StAOS2 CB10。在一些实施方案中,所述方法和组合物包括突
变的AOS2基因等位基因StAOS2CB11。在一些实施方案中,所述方法和组合物包括突变的
AOS2基因等位基因StAOS2 CB12。在一些实施方案中,所述方法和组合物包括突变的AOS2
基因等位基因StAOS2 CB13。在一些实施方案中,所述方法和组合物包括突变的AOS2基因
等位基因StAOS2 CB14。在一些实施方案中,所述方法和组合物包括突变的AOS2基因等位
基因StAOS2 CB15。在一些实施方案中,所述方法和组合物包括突变的AOS2基因等位基因
StAOS2 CB16。在一些实施方案中,所述方法和组合物包括突变的AOS2基因等位基因StAOS2 CB17。在一些实施方案中,所述方法和组合物包括突变的AOS2基因等位基因StAOS2CB18。
在一些实施方案中,所述方法和组合物包括突变的AOS2基因等位基因StAOS2 CB19。在一
些实施方案中,所述方法和组合物包括突变的AOS2基因等位基因StAOS2 CB20。
[0044] 与本文所述的各个方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,包含突变的AOS2基因的植物或植物细胞具有在位置691处具有A的至少一个基因/等位基因。在一些实施方案中,包含突变的AOS2基因的植物或植物细胞具有在位置691处具有A的至少两个
基因/等位基因。在一些实施方案中,包含突变的AOS2基因的植物或植物细胞具有在位置
691处具有A的至少三个基因/等位基因。在一些实施方案中,包含突变的AOS2基因的植
物或植物细胞具有在位置691处具有A的至少四个基因/等位基因。在一些实施方案中,
所述植物或植物细胞为马铃薯。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞为Desiree马铃
薯。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞为Bintje马铃薯。在一些实施方案中,所述
一个或多个基因/等位基因不是转基因。在一些实施方案中,AOS2基因为SEQ ID NO:1、3、
5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47或49。
[0045] 与本文所述的各个方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,包含突变的AOS2基因的植物或植物细胞具有在位置692处具有C的至少一个基因/等位基因。在一些实施方案中,包含突变的AOS2基因的植物或植物细胞具有在位置692处具有C的至少两个
基因/等位基因。在一些实施方案中,包含突变的AOS2基因的植物或植物细胞具有在位置
692处具有C的至少三个基因/等位基因。在一些实施方案中,包含突变的AOS2基因的植
物或植物细胞具有在位置692处具有C的至少四个基因/等位基因。在一些实施方案中,
所述植物或植物细胞为马铃薯。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞为Desiree马铃
薯。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞为Bintje马铃薯。在一些实施方案中,所述
一个或多个基因/等位基因不是转基因。在一些实施方案中,AOS2基因为SEQ ID NO:1、3、
5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47或49。
[0046] 与本文所述的各个方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,包含突变的AOS2基因的植物或植物细胞具有在位置691处具有A以及在位置692处具有C的至少一个基因/等位基因。在一些实施方案中,包含突变的AOS2基因的植物或植物细胞具有在位
置691处具有A以及在位置692处具有C的至少两个基因/等位基因。在一些实施方案
中,包含突变的AOS2基因的植物或植物细胞具有在位置691处具有A以及在位置692处具
有C的至少三个基因/等位基因。在一些实施方案中,包含突变的AOS2基因的植物或植物
细胞具有在位置691处具有A以及在位置692处具有C的至少四个基因/等位基因。在一
些实施方案中,所述植物或植物细胞为马铃薯。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞
为Desiree马铃薯。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞为Bintje马铃薯。在一些实
施方案中,所述一个或多个基因/等位基因不是转基因。在一些实施方案中,AOS2基因为
SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48或50。
[0047] 与本文所述的各个方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,所述植物或植物细胞包含在位置691处具有A的突变的AOS2基因。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞为多倍体。在一些实施方案中,多倍体植物的至少一个突变的AOS2基因/等位基因
在位置691处具有A。在一些实施方案中,多倍体植物的至少两个突变的AOS2基因/等位
基因在位置691处具有A。在一些实施方案中,多倍体植物的至少三个突变的AOS2基因/
等位基因在位置691处具有A。在一些实施方案中,多倍体植物的至少四个突变的AOS2基
因/等位基因在位置691处具有A。在一些实施方案中,多倍体植物的至少五个突变的AOS2
基因/等位基因在位置691处具有A。在一些实施方案中,多倍体植物的至少六个突变的
AOS2基因/等位基因在位置691处具有A。在一些实施方案中,多倍体植物的至少七个突
变的AOS2基因/等位基因在位置691处具有A。在一些实施方案中,多倍体植物的至少八
个突变的AOS2基因/等位基因在位置691处具有A。在一些实施方案中,多倍体植物的至
少九个突变的AOS2基因/等位基因在位置691处具有A。在一些实施方案中,多倍体植物
的至少十个突变的AOS2基因/等位基因在位置691处具有A。在一些实施方案中,所述一
个或多个基因/等位基因不是转基因。在一些实施方案中,AOS2基因为SEQ ID NO:2、4、6、
8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48或50。
[0048] 与本文所述的各个方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,马铃薯或马铃薯细胞包含在位置691处具有A的突变的AOS2基因。在一些实施方案中,马铃薯或马铃薯细胞的至少一个突变的AOS2基因/等位基因在位置691处具有A。在一些实施方案中,
马铃薯或马铃薯细胞的至少两个突变的AOS2基因/等位基因在位置691处具有A。在一些
实施方案中,马铃薯或马铃薯细胞的至少三个突变的AOS2基因/等位基因在位置691处具
有A。在一些实施方案中,马铃薯或马铃薯细胞的至少四个突变的AOS2基因/等位基因在
位置691处具有A。在一些实施方案中,所述一个或多个基因/等位基因不是转基因。在
一些实施方案中,AOS2基因为SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、
32、34、36、38、40、42、44、46、48或50。
[0049] 与本文所述的各个方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,Desiree马铃薯或Desiree马铃薯细胞包含在位置691处具有A的突变的AOS2基因。在一些实施方案中,Desiree马铃薯或Desiree马铃薯细胞的至少一个突变的AOS2基因/等位基因在位
置691处具有A。在一些实施方案中,Desiree马铃薯或Desiree马铃薯细胞的至少两个
突变的AOS2基因/等位基因在位置691处具有A。在一些实施方案中,Desiree马铃薯或
Desiree马铃薯细胞的至少三个突变的AOS2基因/等位基因在位置691处具有A。在一些
实施方案中,Desiree马铃薯或Desiree马铃薯细胞的至少四个突变的AOS2基因/等位基
因在位置691处具有A。在一些实施方案中,所述一个或多个基因/等位基因不是转基因。
在一些实施方案中,AOS2基因为SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、
30、32、34、36、38、40、42、44、46、48或50。
[0050] 与本文所述的各个方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,Bintje马铃薯或Bintje马铃薯细胞包含在位置691处具有A的突变的AOS2基因。在一些实施方案中,Bintje马铃薯或Bintje马铃薯细胞的至少一个突变的AOS2基因/等位基因在位置691处
具有A。在一些实施方案中,Bintje马铃薯或Bintje马铃薯细胞的至少两个突变的AOS2
基因/等位基因在位置691处具有A。在一些实施方案中,Bintje马铃薯或Bintje马铃
薯细胞的至少三个突变的AOS2基因/等位基因在位置691处具有A。在一些实施方案中,
Bintje马铃薯或Bintje马铃薯细胞的至少四个突变的AOS2基因/等位基因在位置691处
具有A。在一些实施方案中,所述一个或多个基因/等位基因不是转基因。在一些实施方案
中,AOS2基因为SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、
40、42、44、46、48或50。
[0051] 与本文所述的各个方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,所述植物或植物细胞包含在位置692处具有A的突变的AOS2基因。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞为多倍体。在一些实施方案中,多倍体植物的至少一个突变的AOS2基因/等位基因
在位置692处具有C。在一些实施方案中,多倍体植物的至少两个突变的AOS2基因/等位
基因在位置692处具有C。在一些实施方案中,多倍体植物的至少三个突变的AOS2基因/
等位基因在位置692处具有C。在一些实施方案中,多倍体植物的至少四个突变的AOS2基
因/等位基因在位置692处具有C。在一些实施方案中,多倍体植物的至少五个突变的AOS2
基因/等位基因在位置692处具有C。在一些实施方案中,多倍体植物的至少六个突变的
AOS2基因/等位基因在位置692处具有C。在一些实施方案中,多倍体植物的至少七个突
变的AOS2基因/等位基因在位置692处具有C。在一些实施方案中,多倍体植物的至少八
个突变的AOS2基因/等位基因在位置692处具有C。在一些实施方案中,多倍体植物的至
少九个突变的AOS2基因/等位基因在位置692处具有C。在一些实施方案中,多倍体植物
的至少十个突变的AOS2基因/等位基因在位置692处具有C。在一些实施方案中,所述一
个或多个基因/等位基因不是转基因。在一些实施方案中,AOS2基因为SEQ ID NO:2、4、6、
8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48或50。
[0052] 与本文所述的各个方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,马铃薯或马铃薯细胞包含在位置692处具有C的突变的AOS2基因。在一些实施方案中,马铃薯或马铃薯细胞的至少一个突变的AOS2基因/等位基因在位置692处具有C。在一些实施方案中,
马铃薯或马铃薯细胞的至少两个突变的AOS2基因/等位基因在位置692处具有C。在一些
实施方案中,马铃薯或马铃薯细胞的至少三个突变的AOS2基因/等位基因在位置692处具
有C。在一些实施方案中,马铃薯或马铃薯细胞的至少四个突变的AOS2基因/等位基因在
位置692处具有C。在一些实施方案中,所述一个或多个基因/等位基因不是转基因。在
一些实施方案中,AOS2基因为SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、
32、34、36、38、40、42、44、46、48或50。
[0053] 与本文所公开的各个方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,Desiree马铃薯或Desiree马铃薯细胞包含在位置692处具有C的突变的AOS2基因。在一些实施方案中,Desiree马铃薯或Desiree马铃薯细胞的至少一个突变的AOS2基因/等位基因在
位置692处具有C。在一些实施方案中,Desiree马铃薯或Desiree马铃薯细胞的至少两个
突变的AOS2基因/等位基因在位置692处具有C。在一些实施方案中,Desiree马铃薯或
Desiree马铃薯细胞的至少三个突变的AOS2基因/等位基因在位置692处具有C。在一些
实施方案中,Desiree马铃薯或Desiree马铃薯细胞的至少四个突变的AOS2基因/等位基
因在位置692处具有C。在一些实施方案中,所述一个或多个基因/等位基因不是转基因。
在一些实施方案中,AOS2基因为SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、
30、32、34、36、38、40、42、44、46、48或50。
[0054] 与本文所公开的各个方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,Bintje马铃薯或Bintje马铃薯细胞包含在位置692处具有C的突变的AOS2基因。在一些实施方案中,Bintje马铃薯或Bintje马铃薯细胞的至少一个突变的AOS2基因/等位基因在位置
692处具有C。在一些实施方案中,Bintje马铃薯或Bintje马铃薯细胞的至少两个突变的
AOS2基因/等位基因在位置692处具有C。在一些实施方案中,Bintje马铃薯或Bintje
马铃薯细胞的至少三个突变的AOS2基因/等位基因在位置692处具有C。在一些实施方
案中,Bintje马铃薯或Bintje马铃薯细胞的至少四个突变的AOS2基因/等位基因在位置
692处具有C。在一些实施方案中,所述一个或多个基因/等位基因不是转基因。在一些实
施方案中,AOS2基因为SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、
36、38、40、42、44、46、48或50。
[0055] 与本文所公开的任何各个方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,所述植物或植物细胞为四倍体的。在一些实施方案中,所述四倍体植物或植物细胞在一个或多个AOS2基因/等位基因中包含突变,所述突变在对应于SEQ ID NO:2的691/692的核苷酸
位置处产生AAAA/CCCC的基因型。在一些实施方案中,四倍体植物或植物细胞在一个或多
个AOS2基因/等位基因中包含突变,所述突变在对应于SEQ ID NO:2的691/692的核苷酸
位置处产生AAAG/CCCG的基因型。在一些实施方案中,四倍体植物或植物细胞在一个或多
个AOS2基因/等位基因中包含突变,所述突变在对应于SEQ ID NO:2的691/692的核苷酸
位置处产生AAGG/CCCG的基因型。在一些实施方案中,四倍体植物或植物细胞在一个或多
个AOS2基因/等位基因中包含突变,所述突变在对应于SEQ ID NO:2的691/692的核苷酸
位置处产生AAAG/CCGG的基因型。在一些实施方案中,四倍体植物或植物细胞在一个或多
个AOS2基因/等位基因中包含突变,所述突变在对应于SEQ ID NO:2的691/692的核苷酸
位置处产生AAGG/CCGG的基因型。在一些实施方案中,四倍体植物或植物细胞在一个或多
个AOS2基因/等位基因中包含突变,所述突变在对应于SEQ ID NO:2的691/692的核苷酸
位置处产生AAAG/CCCG的基因型。在一些实施方案中,四倍体植物或植物细胞在一个或多
个AOS2基因/等位基因中包含突变,所述突变在对应于SEQ ID NO:2的691/692的核苷酸
位置处产生AAGG/CCCG的基因型。在一些实施方案中,四倍体植物或植物细胞在一个或多
个AOS2基因/等位基因中包含突变,所述突变在对应于SEQ ID NO:2的691/692的核苷酸
位置处产生AAAG/CCGG的基因型。在一些实施方案中,四倍体植物或植物细胞在一个或多
个AOS2基因/等位基因中包含突变,所述突变在对应于SEQ ID NO:2的691/692的核苷酸
位置处产生AAGG/CCGG的基因型。在一些实施方案中,四倍体植物或植物细胞在一个或多
个AOS2基因/等位基因中包含突变,所述突变在对应于SEQ ID NO:2的691/692的核苷酸
位置处产生AAAG/CGGG的基因型。在一些实施方案中,四倍体植物或植物细胞在一个或多
个AOS2基因/等位基因中包含突变,所述突变在对应于SEQ ID NO:2的691/692的核苷酸
位置处产生AAGG/CGGG的基因型。在一些实施方案中,四倍体植物或植物细胞在一个或多
个AOS2基因/等位基因中包含突变,所述突变在对应于SEQ ID NO:2的691/692的核苷酸
位置处产生AGGG/CGGG的基因型。在一些实施方案中,四倍体植物或植物细胞在一个或多
个AOS2基因/等位基因中包含突变,所述突变在对应于SEQ ID NO:2的691/692的核苷酸
位置处产生AAGG/GGGG的基因型。在一些实施方案中,四倍体植物或植物细胞在一个或多
个AOS2基因/等位基因中包含突变,所述突变在对应于SEQ ID NO:2的691/692的核苷酸
位置处产生AGGG/GGGG的基因型。在一些实施方案中,四倍体植物或植物细胞在一个或多
个AOS2基因/等位基因中包含突变,所述突变在对应于SEQ ID NO:2的691/692的核苷酸
位置处产生GGGG/GGGG的基因型。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞为非转基因的。
在一些实施方案中,所述植物或植物细胞为转基因的。
[0056] 与本文所公开的各个方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,所述植物或植物细胞为马铃薯植物或植物细胞。在一些实施方案中,所述马铃薯植物或马铃薯细胞在一个或多个AOS2基因/等位基因中包含突变,所述突变在对应于SEQ ID NO:2的691/692
的核苷酸位置处产生AAAA/CCCC的基因型。在一些实施方案中,马铃薯植物或马铃薯细胞
在一个或多个AOS2基因/等位基因中包含突变,所述突变在对应于SEQ ID NO:2的691/692
的核苷酸位置处产生AAAG/CCCG的基因型。在一些实施方案中,马铃薯植物或马铃薯细胞
在一个或多个AOS2基因/等位基因中包含突变,所述突变在对应于SEQ ID NO:2的691/692
的核苷酸位置处产生AAGG/CCCG的基因型。在一些实施方案中,四倍体马铃薯植物或马铃
薯细胞在一个或多个AOS2基因/等位基因中包含突变,所述突变在对应于SEQ ID NO:2的
691/692的核苷酸位置处产生AAAG/CCGG的基因型。在一些实施方案中,马铃薯植物或马铃
薯细胞在一个或多个AOS2基因/等位基因中包含突变,所述突变在对应于SEQ ID NO:2的
691/692的核苷酸位置处产生AAGG/CCGG的基因型。在一些实施方案中,马铃薯植物或马铃
薯细胞在一个或多个AOS2基因/等位基因中包含突变,所述突变在对应于SEQ ID NO:2的
691/692的核苷酸位置处产生AAAG/CCCG的基因型。在一些实施方案中,马铃薯植物或马铃
薯细胞在一个或多个AOS2基因/等位基因中包含突变,所述突变在对应于SEQ ID NO:2的
691/692的核苷酸位置处产生AAGG/CCCG的基因型。在一些实施方案中,马铃薯植物或马铃
薯细胞在一个或多个AOS2基因/等位基因中包含突变,所述突变在对应于SEQ ID NO:2的
691/692的核苷酸位置处产生AAAG/CCGG的基因型。在一些实施方案中,马铃薯植物或马铃
薯细胞在一个或多个AOS2基因/等位基因中包含突变,所述突变在对应于SEQ ID NO:2的
691/692的核苷酸位置处产生AAGG/CCGG的基因型。在一些实施方案中,马铃薯植物或马铃
薯细胞在一个或多个AOS2基因/等位基因中包含突变,所述突变在对应于SEQ ID NO:2的
691/692的核苷酸位置处产生AAAG/CGGG的基因型。在一些实施方案中,马铃薯植物或马铃
薯细胞在一个或多个AOS2基因/等位基因中包含突变,所述突变在对应于SEQ ID NO:2的
691/692的核苷酸位置处产生AAGG/CGGG的基因型。在一些实施方案中,马铃薯植物或马铃
薯细胞在一个或多个AOS2基因/等位基因中包含突变,所述突变在对应于SEQ ID NO:2的
691/692的核苷酸位置处产生AGGG/CGGG的基因型。在一些实施方案中,马铃薯植物或马铃
薯细胞在一个或多个AOS2基因/等位基因中包含突变,所述突变在对应于SEQ ID NO:2的
691/692的核苷酸位置处产生AAGG/GGGG的基因型。在一些实施方案中,马铃薯植物或马铃
薯细胞在一个或多个AOS2基因/等位基因中包含突变,所述突变在对应于SEQ ID NO:2的
691/692的核苷酸位置处产生AGGG/GGGG的基因型。在一些实施方案中,马铃薯植物或马铃
薯细胞在一个或多个AOS2基因/等位基因中包含突变,所述突变在对应于SEQ ID NO:2的
691/692的核苷酸位置处产生GGGG/GGGG的基因型。在某些实施方案中,马铃薯为Desiree
马铃薯。在某些实施方案中,马铃薯为Bintje马铃薯。在一些实施方案中,所述植物或植
物细胞为非转基因的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞为转基因的。
[0057] 与本文所公开的各个方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,所述植物或植物细胞为Solanum tuberosum马铃薯植物或植物细胞。
[0058] 与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,具有包含突变的AOS2基因的植物细胞的植物可具有早、中、中早或晚熟分级。在某些实施方案中,所述植物或植物细胞为非转基因的。在某些实施方案中,所述植物或植物细胞为转基因的。在某些实施方案中,植物或植物细胞在AOS2基因的编码序列中包含突变。在某些实施方案中,
植物或植物细胞在AOS2基因的非编码序列中包含突变。在某些实施方案中,植物或植物细
胞在AOS2基因编码序列的上游包含突变。
[0059] 如本文所用,术语“基因”是指包含产生RNA所必需的控制和编码序列的DNA序列,所述RNA可以具有非编码功能(例如,核糖体RNA或转运RNA)或其可以包含多肽或多肽前体。RNA或多肽可由全长编码序列或由编码序列的任何部分编码,只要保留所需的活性或功能即可。术语“基因”也指并涵盖植物栽培种或植物株系的相应等位基因。
[0060] 等位基因是在核酸样本中的给定位置处处于特定变化的基因或核苷酸序列的若干替代形式之一。等位基因可由给定基因座处的一个或多个碱基改变(例如,SNP)来表
示。例如,在每个常染色体基因座处,二倍体个体具有2个等位基因,一个母系遗传,另一个父系遗传。
[0061] 如本文所用,术语“病原体”是指在其宿主中导致病害的致病因子。在某些实施方案中,病原体为致病疫霉。
[0062] 如本文所用,术语“编码序列”是指核酸或其补体或其部分的序列,该序列可以转录和/或翻译而产生多肽或其片段的mRNA和/或产生多肽或其片段。编码序列包含基因组DNA或未成熟的初级RNA转录物中的外显子,它们通过细胞的生物化学机制连接在一起
以提供成熟的mRNA。反义链是此类核酸的补体,并且编码序列可由其进行推导。
[0063] 如本文所用,术语“非编码序列”是指核酸或其补体或其部分的序列,该序列在体内不转录成氨基酸,或其中tRNA不相互作用以放置或试图放置氨基酸。非编码序列包含基因组DNA或未成熟的初级RNA转录物中的内含子序列,以及基因相关序列,诸如启动子、增
强子、沉默子等。
[0064] 核碱基是一种碱基,其在某些优选的实施方案中为嘌呤、嘧啶或其衍生物或类似物。核苷是含有戊呋喃糖基部分的核碱基,例如任选取代的核苷或2'-脱氧核苷。核苷可
通过若干连接部分之一进行连接,所述连接部分可以含有磷或可以不含磷。通过未取代的
磷酸二酯键连接的核苷被称为核苷酸。如本文所用的术语“核碱基”包括肽核碱基、肽核酸的亚单位和吗啉核碱基以及核苷和核苷酸。
[0065] 寡核碱基是包含核碱基的聚合物;优选地其至少一部分可以通过沃森-克里克(Watson-Crick)碱基配对与具有互补序列的DNA杂交。寡核碱基链可以具有单个5'端和
3'端,它们是聚合物的最终的核碱基。特定的寡核碱基链可以包含所有类型的核碱基。寡
核碱基化合物是包含一条或多条寡核碱基链的化合物,所述寡核碱基链可以是互补的并通
过沃森-克里克碱基配对杂交。核糖型核碱基包括含有核碱基的戊呋喃糖基,其中2'
被羟基、烷氧基或卤素取代的亚甲基。脱氧核糖型核碱基是除核糖型核碱基之外的核碱基
并且包括不含戊呋喃糖基部分的所有核碱基。
[0066] 在某些实施方案中,寡核碱基链可以包括寡核碱基链和寡核碱基链的区段或区域。寡核碱基链可以具有3'末端和5'末端,并当寡核碱基链(strand)与链(chain)共同
延伸时,该链(strand)的3'和5'末端也是该链(chain)的3'和5'端。
[0067] 如本文所用,术语“基因修复寡核碱基”或“GRON”是指寡核碱基,其包括混合双链体寡核苷酸、不含核苷酸的分子、单链寡脱氧核苷酸和其它基因修复分子。
[0068] 如本文所用,术语“分离的”当指核酸(例如寡核苷酸,诸如RNA、DNA或混合聚合物)时是指这样的核酸,该核酸与其天然存在于其中的基因组的实质部分分开和/或与天然伴随此类核酸的其它细胞组分基本上分离。例如,通过合成(例如通过连续碱基缩合)
而产生的任何核酸被认为是分离的。同样,重组表达的、克隆的、通过引物延伸反应(例如PCR)产生的或以其它方式从基因组切离的核酸也被认为是分离的。
[0069] 如本文所用,术语“氨基酸序列”是指多肽或蛋白质序列。约定“AAwt###AAmut”用于指示这样的突变:该突变导致在多肽中的位置###处的野生型氨基酸AAwt被突变体AAmut代替。
[0070] 如本文所用,术语“补体”是指根据标准沃森/克里克配对原则的核酸的互补序列。补体序列也可以是与DNA序列或其补体序列互补的RNA序列,并且还可以是cDNA。
[0071] 如本文所用,术语“基本上互补”是指在接近严格杂交条件下杂交的两个序列。技术人员将理解的是,基本上互补的序列不需要沿着它们的整个长度杂交。
[0072] 如本文所用,术语“密码子”是指构成遗传密码的三个相邻的核苷酸(RNA或DNA)的序列,所述遗传密码决定了在蛋白质合成期间多肽链中特定氨基酸的添加或终止蛋白质
合成的信号。术语“密码子”还用来指在原始DNA转录成的信使RNA中三个核苷酸的对应
的(以及互补的)序列。
[0073] 如本文所用,术语“野生型”是指这样的基因或基因产物,其具有从天然存在的来源分离时该基因或基因产物的特性。野生型基因是在群体中最常观察到的基因,并因此被随意地命名为基因的“正常”或“野生型”形式。“野生型”还可以指在一个或多个特定核苷酸位置处的序列,或在一个或多个特定密码子位置处的序列,或在一个或多个特定氨基酸
位置处的序列。
[0074] 如本文所用,术语“突变体”或“修饰的”是指当与野生型基因或基因产物相比时展示出序列和或功能性质的改变(即,改变的特性)的核酸或蛋白质。“突变体”或“修饰的”还指在一个或多个特定核苷酸位置处的序列,或在一个或多个特定密码子位置处的序列,或在一个或多个特定氨基酸位置处的序列,所述序列当与野生型基因或基因产物相比时展
示出序列和或功能性质的改变(即,改变的特性)。
[0075] 如本文所用,术语“同源性”是指蛋白质和DNA之间的序列相似性。术语“同源性”或“同源的”是指同一性的程度。可以存在部分同源性或完全同源性。部分同源的序列是与另一序列相比时具有低于100%序列同一性的序列。
[0076] 如本文所用,术语“杂合的”是指在同源染色体区段中在一个或多个遗传基因座处具有不同的等位基因。如本文所用,“杂合的”还可以指其中可检测到一个或多个遗传基因座处的不同等位基因的样本、细胞、细胞群或生物体。杂合的样本还可以经由本领域已知的方法诸如核酸测序进行测定。例如,如果测序电泳图在单个基因座处显示两个峰并且这两个峰大小大致相同,则该样本可被表征为杂合的。或者,如果一个峰比另一个峰小但却是较大峰大小的至少约25%,则该样本可被表征为杂合的。在一些实施方案中,较小的峰是较大的峰的至少约15%。在某些实施方案中,较小的峰是较大的峰的至少约10%。在某些实施
方案中,较小的峰是较大的峰的至少约5%。在某些实施方案中,检测较小的峰的最小量。
[0077] 如本文所用,“纯合的”是指在同源染色体区段中在一个或多个遗传基因座处具有相同的等位基因。“纯合的”也可以指其中可检测到在一个或多个遗传基因座处的相同等位基因的样本、细胞、细胞群或生物体。纯合的样本可经由本领域已知的方法诸如核酸测序进行测定。例如,如果测序电泳图在特定的基因座处显示单个峰,则所述样本就所述基因座而言可被称为“纯合的”。
[0078] 术语“半合子的”是指因第二等位基因缺失而在细胞或生物体的基因型中仅出现一次的基因或基因区段。如本文所用,“半合子的”也可以指其中一个或多个遗传基因座处的等位基因可在基因型中仅检测到一次的样本、细胞、细胞群或生物体。
[0079] 如本文所用,术语“接合状态”是指如通过本领域已知的和本文所述的测试方法测定时表现为杂合、纯合或半合子的样本、细胞群或生物体。术语“核酸的接合状态”意指确定核酸的来源是表现为杂合、纯合还是半合子的。“接合状态”可以指序列中单个核苷酸的差异。在一些方法中,就单个突变而言的样本的接合状态可以分为纯合野生型、杂合(即,一个野生型等位基因和一个突变等位基因)、纯合突变体或半合子(即,野生型或突变等位基因的单个拷贝)。
[0080] 如本文所用的术语“约”意指定量术语中加或减10%。例如,“约3%”将涵盖2.7-3.3%并且“约10%”将涵盖9-11%。此外,当“约”在本文中结合定量术语使用时,应当理解,除了加或减10%的值以外,还设想并描述该定量术语的确切值。例如,术语“约3%”明确地涵盖、描述并包括精确值3%。
[0081] 附图简述
[0082] 图1是马铃薯AOS2蛋白,等位基因1的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)。
[0083] 图2是马铃薯AOS2基因,等位基因1的核酸序列(SEQ ID NO:2)。
[0084] 图3是马铃薯AOS2蛋白,等位基因6的氨基酸序列(SEQ ID NO:3)。
[0085] 图4是马铃薯AOS2基因,等位基因6的核酸序列(SEQ ID NO:4)。
[0086] 图5是马铃薯AOS2蛋白,等位基因7的氨基酸序列(SEQ ID NO:5)。
[0087] 图6是马铃薯AOS2基因,等位基因7的核酸序列(SEQ ID NO:6)。
[0088] 图7是马铃薯AOS2蛋白,等位基因8的氨基酸序列(SEQ ID NO:7)。
[0089] 图8是马铃薯AOS2基因,等位基因8的核酸序列(SEQ ID NO:8)。
[0090] 图9是马铃薯AOS2蛋白,等位基因12的氨基酸序列(SEQ ID NO:9)。
[0091] 图10是马铃薯AOS2基因,等位基因12的核酸序列(SEQ ID NO:10)。
[0092] 图11是马铃薯AOS2蛋白,等位基因CB1的氨基酸序列(SEQ ID NO:11)。
[0093] 图12是马铃薯AOS2基因,等位基因CB1的核酸序列(SEQ ID NO:12)。
[0094] 图13是马铃薯AOS2蛋白,等位基因CB2的氨基酸序列(SEQ ID NO:13)。
[0095] 图14是马铃薯AOS2基因,等位基因CB2的核酸序列(SEQ ID NO:14)。
[0096] 图15是马铃薯AOS2蛋白,等位基因CB3的氨基酸序列(SEQ ID NO:15)。
[0097] 图16是马铃薯AOS2基因,等位基因CB3的核酸序列(SEQ ID NO:16)。
[0098] 图17是马铃薯AOS2蛋白,等位基因CB4的氨基酸序列(SEQ ID NO:17)。
[0099] 图18是马铃薯AOS2基因,等位基因CB4的核酸序列(SEQ ID NO:18)。
[0100] 图19是马铃薯AOS2蛋白,等位基因CB5的氨基酸序列(SEQ ID NO:19)。
[0101] 图20是马铃薯AOS2基因,等位基因CB5的核酸序列(SEQ ID NO:20)。
[0102] 图21是马铃薯AOS2蛋白,等位基因CB6的氨基酸序列(SEQ ID NO:21)。
[0103] 图22是马铃薯AOS2基因,等位基因CB6的核酸序列(SEQ ID NO:22)。
[0104] 图23是马铃薯AOS2蛋白,等位基因CB7的氨基酸序列(SEQ ID NO:23)。
[0105] 图24是马铃薯AOS2基因,等位基因CB7的核酸序列(SEQ ID NO:24)。
[0106] 图25是马铃薯AOS2蛋白,等位基因CB8的氨基酸序列(SEQ ID NO:25)。
[0107] 图26是马铃薯AOS2基因,等位基因CB8的核酸序列(SEQ ID NO:26)。
[0108] 图27是马铃薯AOS2蛋白,等位基因CB9的氨基酸序列(SEQ ID NO:27)。
[0109] 图28是马铃薯AOS2基因,等位基因CB9的核酸序列(SEQ ID NO:28)。
[0110] 图29是马铃薯AOS2蛋白,等位基因CB10的氨基酸序列(SEQ ID NO:29)。
[0111] 图30是马铃薯AOS2基因,等位基因CB10的核酸序列(SEQ ID NO:30)。
[0112] 图31是马铃薯AOS2蛋白,等位基因CB11的氨基酸序列(SEQ ID NO:31)。
[0113] 图32是马铃薯AOS2基因,等位基因CB11的核酸序列(SEQ ID NO:32)。
[0114] 图33是马铃薯AOS2蛋白,等位基因CB12的氨基酸序列(SEQ ID NO:33)。
[0115] 图34是马铃薯AOS2基因,等位基因CB12的核酸序列(SEQ ID NO:34)。
[0116] 图35是马铃薯AOS2蛋白,等位基因CB13的氨基酸序列(SEQ ID NO:35)。
[0117] 图36是马铃薯AOS2基因,等位基因CB13的核酸序列(SEQ ID NO:36)。
[0118] 图37是马铃薯AOS2蛋白,等位基因CB14的氨基酸序列(SEQ ID NO:37)。
[0119] 图38是马铃薯AOS2基因,等位基因CB14的核酸序列(SEQ ID NO:38)。
[0120] 图39是马铃薯AOS2蛋白,等位基因CB15的氨基酸序列(SEQ ID NO:39)。
[0121] 图40是马铃薯AOS2基因,等位基因CB15的核酸序列(SEQ ID NO:40)。
[0122] 图41是马铃薯AOS2蛋白,等位基因CB16的氨基酸序列(SEQ ID NO:41)。
[0123] 图42是马铃薯AOS2基因,等位基因CB16的核酸序列(SEQ ID NO:42)。
[0124] 图43是马铃薯AOS2蛋白,等位基因CB17的氨基酸序列(SEQ ID NO:43)。
[0125] 图44是马铃薯AOS2基因,等位基因CB17的核酸序列(SEQ ID NO:44)。
[0126] 图45是马铃薯AOS2蛋白,等位基因CB18的氨基酸序列(SEQ ID NO:45)。
[0127] 图46是马铃薯AOS2基因,等位基因CB18的核酸序列(SEQ ID NO:46)。
[0128] 图47是马铃薯AOS2蛋白,等位基因CB19的氨基酸序列(SEQ ID NO:47)。
[0129] 图48是马铃薯AOS2基因,等位基因CB19的核酸序列(SEQ ID NO:48)。
[0130] 图49是马铃薯AOS2蛋白,等位基因CB20的氨基酸序列(SEQ ID NO:49)。
[0131] 图50是马铃薯AOS2基因,等位基因CB20的核酸序列(SEQ ID NO:50)。

具体实施方式

[0132] 丙二烯氧化酶合酶蛋白
[0133] 丙二烯氧合酶2(AOS2)蛋白属于细胞色素P450超家族并包括在氢过氧化物的代谢中特化的CYP74组。这些蛋白质在对生成以下物质具有重要意义的植物氧脂素
(oxylipin)生物合成途径中发挥作用,所述物质在多种植物胁迫和发育过程(包括病原体
/昆虫攻击)以及植物育性中发挥着重要的作用。Hughes等,Chembiochem 10:1122(2009)。
这些酶由三种不同的基因AOS1、2和3编码,这些酶催化C6、茉莉酸(JA)和C9醛的相
应产生。AOS1和AOS2是位于叶绿体中的酶,而据报道AOS3的表达在马铃薯中局限于地
下器官。Stumpe等,Plant J 47:883(2006)。所有三种酶都是不常见的细胞色素P450蛋
白,其不结合分子氧而是使用已经氧合的脂肪酸氢过氧化物底物作为氧供体。Schaller和
Stintzi,Phytochemistry 70:1532(2009)。AOS2蛋白催化植物的茉莉酸(JA)形成中的决
定性步骤。茉莉酸在响应于植物伤害和病原体攻击的植物防御诱导中的重要作用是人们熟
知的。
[0134] 与病原体抗性和/或耐受性相关的丙二烯氧化酶合酶2(AOS2)等位基因和SNP。
[0135] AOS2基因产物被称为丙二烯氧合酶2并催化氢过氧化物向丙二烯氧化物的转化,该转化是茉莉酸(JA)生物合成中的关键步骤。统称为茉莉酸类化合物的茉莉酸及其衍生
物是响应于病原体攻击或伤害的植物防御反应诱导中涉及的关键信号传导分子。不产生
JA或丧失对其的敏感性导致植物–例如拟南芥属coi1突变体升高的病害易感性(Feys
等,Plant Cell.6(5):751-759(1994))。在马铃薯中,应用JA抑制致病疫霉(Pi)的孢子囊
萌发和菌丝体生长。将马铃薯AOS2(StAOS2)基因标绘到具有R3a抗性基因的马铃薯染色
体XI上的数量抗性基因座(QRL),所述R3a抗性基因在针对Pi的种特异性抗病性中发挥作
用。Pajerowska等,Planta 228:293(2008)。此外,在马铃薯中AOS2基因的沉默导致受伤
植物中茉莉酸水平的大大降低以及在被Pi感染时病斑扩展的增加。(Pajerowska-Mukhtar
等,2008,Planta 228:293(2008)。StAOS2基因与缺乏JA的拟南芥AOS2基因敲出株系互
补,并且该互补的植物株系与基因缺失株系相比时表现出对拟南芥属细菌病原体增强的抗
性(Pajerowska-Mukhtar等,2008)。
[0136] 源自用于前育种群体的二倍体马铃薯的五种AOS2等位基因的序列是已知的。Pajerowska等,(2008);Pajerowska-Mukhtar等,Genetics 181:1115(2009)。这五种不
同的等位基因被分为三类:“抗性”(StAOS2-1、StAOS2-6)、“中性”(StAOS2-12)和“易感性”(StAOS2-7、StAOS2-8)。在上述已公布的研究中,将杂合亲本系的F1子代的两个群体
根据晚疫病发展分成量抗性、量中性和量易感性。随后,将这些分类与上列StAOS2基因的
特定等位基因相关联。对具有StAOS2等位基因的拟南芥属JA缺陷型突变体的互补分析导
致了JA产生(和12-氧代-植物二烯酸盐(OPDA)还原酶,JA生物合成中的中间体)的恢
复。另外,“抗性”等位基因的互补导致了与“易感性”等位基因产生的JA水平相比JA的产生升高10倍。“中性”等位基因具有中间水平的JA和OPDA。另外,利用欧氏杆菌胡萝卜软
腐亚种(Erwinia carotovora ssp.carotovora)对这些互补的拟南芥属株系进行的病原体
测定因在由“易感性”等位基因互补的植物中表现出比“抗性”等位基因10倍以上的细菌
生长而确证了JA的产生概况。
[0137] 对这五种不同等位基因的氨基酸序列的比较揭露了沿着AOS2基因等位基因另外高度保守的序列存在多个氨基酸差异。二十五个氨基酸变化和一个InDel(插入/缺失多
态性)存在于这五个等位基因中,而五个氨基酸(N76D、V289S、V292A、M328L和T495K)和
InDel基于易感性等位基因StAOS2-7(SEQ ID NO:5)的编号为“抗性”等位基因特异性的。
无氨基酸变化为“易感性”等位基因特异性的。三个取代(Y145F、T231I/G和K394T)存在
于中性等位基因中。Pajerowska等,Planta 228:293(2008)。
[0138] 氨基酸改变T495K和N76D与活性位点紧邻。有人提出,StAOS2-1与StAOS2-6之间的F256V多态性可基于StAOS2-6相对于底物结合口袋的位置而解释StAOS2-6略差的性
能。此外,中性等位基因的Y145F可有助于其居中的活性谱,因为该残基与活性位点相邻。
Pajerowska-Mukhtar等,Planta 228:293(2008)。
[0139] 对马铃薯栽培种对Pi的田间抗性的评价揭露了AOS2基因是一种重要的基因座,其控制某些栽培种的抗性表型。Pajerowska-Mukhtar等,Genetics 181:1115(2009)。两
个SNP即StAOS2_SNP691(A)和StAOS2_SNP692(C)与田间抗性相关(0.15的rAUDPC值,其
指示极低的病害确立)。在该研究中,对晚疫病抗性最高的基因型具有纯合的AAAA/CCCC基
因型,并且对于与此的偏离程度和晚疫病发展的严重性观察到了正相关性。据报道,这两个SNP也与植物成熟(PM)相关。一般来讲,在马铃薯成熟分级(早与晚熟栽培种)与Pi抗
性之间存在正相关性。Wastie RL,Adv Plant Pathology 7:193(1999)。然而,对于A和C
等位基因而言为纯合的那些个体落入中早熟分类中,从而将它们与高度期望的晚熟表型分
开。Pajerowska-Mukhtar等,Genetics 181:1115(2009)。
[0140] 马铃薯是非常杂合的四倍体,这使得难以在栽培种之间传递所需的性状以在子代中的表达。此外,具有对昆虫害和病害的天然抗性的茄属(Solanum)的一些种(诸如存在
于秘鲁和中美洲的若干种)为二倍体的并且不易用四倍体马铃薯育种。用于马铃薯育种的
同源四倍体基因组和无性繁殖在开发具有所需性状的新栽培种中带来挑战。在二倍体物种
例如Solanum bulbocastanum中展现出的抗性性状不能用于育种,因为该物种的胚乳平衡
数为1,相比之下,马铃薯的胚乳平衡数为4。
[0141] 在马铃薯中使用RTDSTM相比于传统的育种具有转基因遗传工程的一些优势。TM
RTDS 使得可以操纵内源性AOS2基因,从而无需在传统育种中移除不期望的性状所需的回
TM
交。RTDS 使得可以在基因中引入突变,所述突变赋予由不具有与马铃薯相容倍性的其它
TM
物种展现出的抗性和/或耐受性。此外,RTDS 具有相比于转基因遗传工程的优势。与引
TM
入外源转基因相对,RTDS 能够操纵内源性基因。
[0142] 快速性状开发系统(RTDSTM)
[0143] 在本文所公开的组合物和方法的各个方面和实施方案的任一者中,可例如使用由TM
Cibus开发的快速性状开发系统(RTDS )技术进行基因和蛋白质的突变。以组合方式或单
独地,含有本文所公开的任何突变的植物可形成新的抗和/或耐病原体产品的基础。还提
供了由突变的植物产生的种子/营养性材料,其中所述AOS2基因对于突变而言为纯合的或
杂合的。本文所公开的突变可与任何其它已知的突变或与将来发现的突变相结合。
[0144] 在一些实施方案中,RTDSTM基于:通过利用细胞自身的基因修复系统来改变靶向基因,以在原位特异性修饰基因序列,而不插入外源DNA和基因表达控制序列。该程序可实现遗传序列的精确改变,而基因组的其余序列保持不变。与传统的转基因GMO相比,没有整TM
合外源遗传物质,也没有任何外源遗传物质留在植物中。在许多实施方案中,由RTDS 引入的遗传序列中的改变不随意插入。因为受影响的基因保持在其原来的位置,所以不存在随
意、不受控制或不利的表达模式。
[0145] RTDSTM过程使用可由DNA和修饰的RNA碱基以及其它化学部分构成的化学合成寡核苷酸(基因修复寡核碱基(GRON))实现,并被设计成在靶向基因位置处杂交以产生一个
或多个错配的碱基对。该错配的碱基对起到信号的作用,以将细胞自身的天然基因修复系
统吸引到该位点并纠正(代替、插入或缺失)基因中指定的一个或多个核苷酸。一旦纠正
过程完成,GRON分子便降解并且在该基因的正常内源性控制机制下继续表达现已修饰的或
修复的基因。
[0146] 基因修复寡核碱基(“GRON”)
[0147] 本文所公开的方法和组合物可以用例如具有下文详细描述的构象和化学结构的“基因修复寡核碱基”实施或制备。本文设想的“基因修复寡核碱基”也已经使用其它名称在已公布的科学和专利文献中进行了描述,这些名称包括“重组诱发性寡核碱基”、“RNA/DNA嵌合寡核苷酸”、“嵌合寡核苷酸”、“混合双链体寡核苷酸”(MDON)、“RNA DNA寡核苷酸(RDO)”、“基因靶向寡核苷酸”、“genoplast”、“单链修饰的寡核苷酸”、“单链寡脱氧核苷酸突变载体”(SSOMV)、“双链体突变载体”和“异源双链体突变载体”。
[0148] 具有据此以引用方式并入的Kmiec(Kmiec I)的美国专利号5,565,350和Kmiec(Kmiec II)的美国专利号5,731,181中所述的构象和化学结构的寡核碱基适于用作
本公开的“基因修复寡核碱基”。Kmiec I和/或Kmiec II中的基因修复寡核碱基含有两
条互补链,其中一条含有RNA型核苷酸的至少一个区段(“RNA区段”),所述RNA型核苷酸
与另一条链的DNA型核苷酸进行碱基配对。
[0149] Kmiec II公开了含有嘌呤和嘧啶碱基的非核苷酸可以取代核苷酸。可用于本发明的另外的基因修复分子在美国专利号5,756,325、5,871,984、5,760,012、5,888,983、
5,795,972、5,780,296、5,945,339、6,004,804和6,010,907中和在国际专利 号PCT/
US00/23457中;以及在国际专利公开号WO 98/49350、WO 99/07865、WO 99/58723、WO
99/58702和WO 99/40789中有所描述,它们各自据此全文以引用方式并入。
[0150] 在一个实施方案中,基因修复寡核碱基是混合双链体寡核苷酸(MDON),其中混合双链体寡核苷酸的RNA型核苷酸通过用氟、氯、溴官能团代替2'-羟基或通过在2’-O上放
置取代基而成为抗RNA酶的。合适的取代基包括Kmiec II教导的取代基。替代的取代基
包括美国专利号5,334,711(Sproat)教导的取代基以及专利公开EP 629 387和EP 679
657(均为Martin申请)教导的取代基,它们据此以引用方式并入。如本文所用,核糖核苷
酸的2’-氟、氯或溴衍生物或2’-OH被Martin申请或Sproa中所述的取代基取代的核糖
核苷酸被称为“2'-取代的核糖核苷酸”。如本文所用,术语“RNA-型核苷酸”意指2'-羟基或2'-取代的核苷酸,其通过未取代的磷酸二酯键或Kmiec I或Kmiec II教导的任何非天
然键与混合双链体寡核苷酸的其它核苷酸相连。如本文所用,术语“脱氧核糖型核苷酸”意指具有2'-H的核苷酸,其可以通过未取代的磷酸二酯键或Kmiec I或Kmiec II教导的任
何非天然键与基因修复寡核碱基的其它核苷酸相连。
[0151] 在本发明的一个特定实施方案中,基因修复寡核碱基是只通过未取代的磷酸二酯键而连接的混合双链体寡核苷酸(MDON)。在替代实施方案中,连接通过取代的磷酸二酯、磷酸二酯衍生物和如Kmiec II所教导的非基于磷的键进行。在又一个实施方案中,混合双链
体寡核苷酸中的每个RNA-型核苷酸均是2'-取代的核苷酸。2'-取代的核糖核苷酸特别优
选的实施方案是2'-氟、2'-甲氧基、2'-丙氧基、2'-烯丙氧基、2'-羟基乙氧基、2'-甲氧基乙氧基、2'-氟丙氧基和2'-三氟丙氧基取代的核糖核苷酸。2'-取代的核糖核苷酸的更优
选的实施方案是2'-氟、2'-甲氧基、2'-甲氧基乙氧基和2'-烯丙氧基取代的核苷酸。在
另一个实施方案中,混合双链体寡核苷酸通过未取代的磷酸二酯键进行连接。
[0152] 尽管仅具有单一类型的2'-取代RNA-型核苷酸的混合双链体寡核苷酸(MDON)合成更方便,但本发明的方法可以用具有两种或多种类型的RNA-型核苷酸的混合双链体寡
核苷酸实施。RNA区段的功能可以不受由在两个RNA-型三核苷酸之间引入脱氧核苷酸而
引起的中断的影响,因此,术语RNA区段涵盖诸如“中断的RNA区段”的术语。未中断的RNA区段被称为连续RNA区段。在一个替代实施方案中,RNA区段可以含有交替的抗RNA酶核
苷酸和未取代的2'-OH核苷酸。混合双链体寡核苷酸优选地具有少于100个核苷酸并且更
优选地少于85个核苷酸,但多于50个核苷酸。第一条链和第二条链进行沃森-克里克碱
基配对。在一个实施方案中,混合双链体寡核苷酸的链通过诸如单链六核苷酸、五核苷酸或四核苷酸的连接基而共价键合,以使得第一条链和第二条链是具有单个3'末端和单个5'
末端的单条寡核苷酸链的区段。3'和5'末端可以通过添加“发夹帽”来保护,从而将3'和
5'端的核苷酸与相邻的核苷酸进行沃森-克里克配对。另外,第二发夹帽可以放置在远离
3'和5'末端的第一条链与第二条链之间的连接处,以使得稳定第一条链与第二条链之间
的沃森-克里克配对。
[0153] 第一条链与第二条链含有两个区,这两个区与靶基因的两个片段同源,即具有与靶基因相同的序列。同源区含有RNA区段的核苷酸并且可以含有连接性DNA区段的一个或
多个DNA-型核苷酸以及还可以含有不在间插DNA区段内的DNA-型核苷酸。同源的两个
区被具有不同于靶基因序列的序列的区(称为“异源区”)分开,并且每个区与所述“异源
区”相邻。异源区可以含有一个、两个或三个或多个错配的核苷酸。错配的核苷酸可以是
连续的或者可以被与靶基因同源的一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、十个、十一个、十二个、十三个、十四个或十五个核苷酸分开。或者,异源区还可以含有插入或一个、两个、三个或五个或更少的核苷酸。或者,混合双链体寡核苷酸的序列可以仅因从混合双链寡核苷酸中缺失一个、两个、三个或五个或更少的核苷酸而不同于靶基因的序列。在这种情况下,异源区的长度和位置被认为是缺失的长度,即使混合双链体寡核苷酸没有核
苷酸在异源区内。与两个异源区互补的靶基因片段之间的距离与旨在进行一个取代或多个
取代的异源区长度相同。当异源区含有插入时,同源区因此比其互补同源片段在基因中更
远地在混合双链体寡核苷酸中分开,而当异源区对缺失进行编码时则适用相反的情况。
[0154] 混合双链体寡核苷酸的RNA区段各自为同源区(即序列中与靶基因片段相同的区)的一部分,这些区段一起优选地含有至少13个RNA-型核苷酸以及优选地16至25个
RNA-型核苷酸或还要优选地18-22个RNA-型核苷酸或最优选地20个核苷酸。在一个实施
方案中,同源区的RNA区段被间插DNA区段分开并与之相邻,即通过间插DNA区段“连接”。
在一个实施方案中,异源区的每个核苷酸均为间插DNA区段的核苷酸。含有混合双链体寡
核苷酸的异源区的间插DNA区段被称为“增变区段”(mutator segment)。
[0155] 在本公开的另一个实施方案中,基因修复寡核碱基(GRON)是单链寡脱氧核苷酸突变载体(SSOMV),比如在全文以引用方式并入的国际专利申请PCT/US2000/23457,美国
专利号6,271,360、6,479,292和7,060,500中有所公开。SSOMV的序列基于与下列专利中
所述的突变载体相同的原理:美国专利号5,756,325、5,871,984、5,760,012、5,888,983、
5,795,972、5,780,296、5,945,339、6,004,804和6,010,907以及国际公开号WO 98/49350、WO 99/07865、WO 99/58723、WO 99/58702和WO 99/40789。SSOMV的序列含有两个区,这两个区与靶序列同源,被称为增变区的含有所需遗传改变的区分开。增变区可以具有这样的
序列,该序列与在靶序列中分开同源区的序列长度相同,但具有不同的序列。此类增变区可以引起取代。或者,SSOMV中的同源区可以彼此连续,而具有相同序列的靶基因中的区被一个、两个或多个核苷酸分开。此类SSOMV引起SSOMV中不存在的核苷酸从靶基因中缺失。最
后,与同源区相同的靶基因的序列在靶基因中可以相邻,但在SSOMV的序列中被一个、两个或多个核苷酸分开。此类SSOMV引起靶基因序列中的插入。
[0156] SSOMV的核苷酸是脱氧核糖核苷酸,该脱氧核糖核苷酸通过未修饰的磷酸二酯键连接,只是3'端和/或5'端核苷酸间键合或者两个3'端和/或5'端核苷酸间键合可以
是硫代磷酸酯或氨基磷酸酯(phosphoamidate)。如本文所用,核苷酸间键合是SSOMV的核
苷酸之间的键合并且不包括3'末端核苷酸或5'末端核苷酸与封端取代基之间的连接。在
一个具体的实施方案中,SSOMV的长度是21至55个脱氧核苷酸之间,并因此同源区的长度
是至少20个脱氧核苷酸的总长度,并且至少两个同源区应各自具有至少8个脱氧核苷酸的
长度。
[0157] SSOMV可被设计成与靶基因的编码链或非编码链互补。当所需的突变是单个碱基的取代时,优选的是,增变核苷酸和靶向核苷酸均是嘧啶。就与实现所需的功能结果一致而言,优选的是,增变核苷酸与互补链中的靶向核苷酸均是嘧啶。特别优选的是这样的SSOMV,其编码颠换突变,即C或T增变核苷酸分别与互补链中的C或T核苷酸错配。
[0158] 除寡脱氧核苷酸外,SSOMV也可以含有5'封端取代基,该封端取代基通过连接基与5'端的碳相连。连接基的化学性质(除了其长度)不是关键的,连接基长度应当优选
地为至少6个原子长并且连接基应当是柔性的。可以使用多种无毒的取代基,诸如生物
素、胆固醇或其它类固醇或非嵌入性阳离子荧光染料。用于制备SSOMV的特别优选的试
TM TM
剂是由Glen Research,Sterling Va.(现为GE Healthcare)作为Cy3 和Cy5 销售的
试剂,它们是封端的氨基亚磷酸酯(phosphoramidite),其在掺入寡核苷酸中后分别得到
3,3,3’,3’-四甲基N,N’-异丙基取代的吲哚单碳花青(indomonocarbocyanine)和吲哚
TM
二碳花青(indodicarbocyanine)染料。Cy3 是特别优选的。当吲哚碳花青被N-氧烷基取
代时,其可以作为带有5'端磷酸酯的磷酸二酯与寡脱氧核苷酸的5'端方便地连接。染料
与寡脱氧核苷酸之间的染料连接基的化学性质不是关键的,并且为了合成方便而选择。当
TM
如指示使用可商购获得的Cy3 氨基亚磷酸酯时,所得的5'修饰由封端取代基和连接基一
起组成,它们是N-羟丙基,N'-磷脂酰丙基3,3,3’,3’-四甲基吲哚单碳花青。
[0159] 在一个优选的实施方案中,吲哚碳花青染料在吲哚环的3和3'位被四取代。不受理论的限制,这些取代防止染料成为嵌入性染料。在这些位置处的取代基的身份不是关键
的。SSOMV可以另外具有3'封端取代基。3'封端取代基的化学性质也不是关键的。
[0160] 本文描述的突变也可以通过诱变(随机、体细胞或定向)和其它DNA编辑或重组技术来获得,这些技术包括但不限于通过锌指核酸酶、大范围核酸酶或其它核酸酶采用位
点特异性同源重组的基因靶向。
[0161] 将基因修复寡核碱基递送进植物细胞
[0162] 用于转化植物细胞的任何通常已知的方法均可用来递送基因修复寡核碱基。下面描述说明性方法。
[0163] 微载体和微纤维
[0164] 通过射弹穿透(projectile penetration)将DNA大片段引入具有纤维素细胞壁的植物细胞的金属微载体(微球)的用途对相关领域的技术人员而言是熟知的(此后称为
生物射弹递送)。美国专利号4,945,050、5,100,792和5,204,253描述了选择微载体的一
般技术和投射它们的装置。
[0165] 在本发明的方法中使用微载体的具体条件在国际公开WO 99/07865中有所描述。在说明性技术中,依次添加冷的微载体(60mg/mL)、混合双链体寡核苷酸(60mg/mL)、2.5M CaCl2和0.1M亚精胺;将混合物例如通过涡旋轻轻地搅动10分钟,然后放置在室温下10分
钟,而后将微载体稀释在5倍体积的乙醇中、离心并重悬在100%乙醇中。通过8-10μg/μL微载体、14-17μg/mL混合双链体寡核苷酸、1.1-1.4M CaCl2和18-22mM亚精胺的粘附溶
液浓度可以获得良好的结果。在8μg/μL微载体、16.5μg/mL混合双链体寡核苷酸、1.3M CaCl2和21mM亚精胺的条件下观察到了最佳的结果。
[0166] 对于本发明的实践,也可以使用微纤维穿过细胞壁和细胞膜而将基因修复寡核碱基引入植物细胞中。Coffee等的美国专利号5,302,523描述了使用30X 0.5μm和10X
0.3μm碳化纤维促进Black Mexican Sweet玉米悬浮培养物的转化。可以应用微纤维用
来引入DNA以进行植物细胞转化的任何机械技术均可用来递送基因修复寡核碱基以进行
转变(transmutation)。
[0167] 基因修复寡核碱基的微纤维递送的说明性技术如下:将无菌微纤维(2μg)悬浮在150μL含有约10μg混合双链体寡核苷酸的植物培养基中。使悬浮培养物静置并将等
体积的浓集细胞和无菌纤维/核苷酸悬液涡旋10分钟然后铺板。根据特定的性状,立即或
延迟长达约120h施加选择性培养基。
[0168] 原生质体电穿孔
[0169] 在一个替代实施方案中,基因修复寡核碱基可以通过源自植物部分或植物细胞悬液的原生质体的电穿孔而递送到植物细胞。根据本领域技术人员熟知的技术,原生质体通
过植物部分特别是叶的酶处理而形成。参见例如Gallois等,1996,Methods in Molecular
Biology55:89-107,Humana Press,Totowa,N.J.;Kipp 等 ,1999,Methods in Molecular
Biology 133:213-221,Humana Press,Totowa,N.J.。在电穿孔之前原生质体不需要在生长
5
培养基中培养。电穿孔的说明性条件是在0.3mL的总体积中3X10个原生质体,而基因修
复寡核碱基的浓度在0.6-4μg/mL之间。
[0170] 原生质体PEG介导的DNA摄取
[0171] 在一个替代实施方案中,根据本领域技术人员熟知的技术(参见例如Gharti-Chhetri 等 ,Physiol.Plant.85:345-351(1992);Datta 等 ,Plant Molec.
Biol.20:619-629(1992)),核酸在存在膜改性剂聚乙二醇的情况下被植物原生质体摄取。
[0172] 显微注射
[0173] 在一个替代实施方案中,基因修复寡核碱基可以通过将其用微毛细管注射到植物细胞或原生质体中而递送(参见例如Miki B.等,Meth.Cell Science 12:139-144(1989);
Schnorf M,等,Transgen.Res.1:23-30(1991))。
[0174] 转基因
[0175] 在本文所公开的组合物和方法的各个方面和实施方案中的任一者中,基因和蛋白质中的突变可使用例如转基因技术实现。在一些实施方案中,所述组合物和方法包括具有
转化的核酸构建体的植物或植物细胞,所述构建体包含可操作地连接到本文所公开的AOS2
核苷酸的启动子。本文所公开的方法可包括将本文所公开的AOS2核酸构建体引入至少一
个植物细胞并从其再生转化的植物。所述核酸构建体包含编码如本文所公开的抗和/或耐
病原体的AOS2蛋白的至少一个核苷酸序列,特别是在图2和图4中所示的核苷酸序列,及
其片段和变体。所述方法进一步涉及使用能够驱动在植物细胞中的基因表达的启动子。在
一个实施方案中,此类启动子为组成型启动子或组织优选的启动子。由这些方法产生的植
物可具有增加的或稳定的AOS2活性和/或升高的茉莉酸和/或12-氧-植物二烯酸(OPDA)
水平,从而导致与未转化的植物相比增强的对病原体的抗性和/或耐受性。因此,所述方法可用于增强或提高植物对至少一种病原体的抗性和/或耐受性。
[0176] 在一个实施方案中,用于产生抗和/或耐病原体植物的方法包括将植物细胞用核酸构建体转化,所述构建体包含可操作地连接到启动子的核苷酸序列,所述启动子驱动植
物细胞中的表达;以及从所述转化的植物细胞再生转化的植物。所述核苷酸序列选自编码
本文所公开的抗和/或耐病原体AOS2的那些核苷酸序列,特别是在图2和图4中所示的核
苷酸序列,及其片段和变体。由该方法产生的抗和/或耐病原体植物与未转化的植物相比
包括对至少一种病原体(例如致病疫霉)增强的抗性和/或耐受性。
[0177] 所公开的核酸分子可用于核酸构建体以转化植物,例如作物植物,诸如马铃薯。在一个实施方案中,含有本公开的核酸分子的此类核酸构建体可用于产生转基因植物,以提供对病原体(诸如致病疫霉)的抗性和/或耐受性。所述核酸构建体可用于表达盒、表达载
体、转化载体、质粒等。用此类构建体转化后得到的转基因植物展现出增加的对病原体(比如致病疫霉)的抗性和/或耐受性。
[0178] 构建体
[0179] 本文所公开的核酸分子(例如,突变的AOS2基因)可用于产生重组核酸构建体。在一个实施方案中,本发明的核酸分子可用于制备核酸构建体,例如,用于在所关注的植物中表达的表达盒。
[0180] 表达盒可包含可操作地连接到本文所公开的AOS2核酸序列的调控序列。所述盒可另外包含将共转化进生物体中的至少一个另外的基因。或者,可在多个表达盒上提供所
述另外的一个或多个基因。
[0181] 可以为核酸构建体提供多个限制位点以供插入AOS2核酸序列,从而使其处于调控区的转录调控之下。核酸构建体可以另外包含编码选择性标记基因的核酸分子。
[0182] 在核酸构建体的产生中可以使用任何启动子。启动子对于植物宿主和/或对于本文所公开的AOS2核酸序列而言可以是天然的或类似的,或是外源的或异源的。另外,启动
子可以是天然的序列,或者是合成的序列。当启动子对于植物宿主而言是“外源的”或“异源的”时,表示该启动子不存在于该启动子所引入的天然植物中。当启动子对于本文所公开的AOS2核酸序列而言是“外源的”或“异源的”时,表示该启动子对于本文所公开的可操作地连接的AOS2核酸序列而言不是天然的或天然存在的启动子。如本文所用,嵌合基因包含
编码序列,所述编码序列可操作地连接到与其异源的转录起始区。
[0183] 在一些实施方案中,使用异源启动子表达本文所公开的AOS2核酸序列,但在构建体的制备中可以使用天然的启动子序列。此类构建体将在植物或植物细胞中改变AOS2蛋
白的表达水平。因此,改变植物或植物细胞的表型。
[0184] 在构建体的制备中可以使用任何启动子以控制AOS2编码序列的表达,诸如组成型启动子、组织优选的启动子、诱导型启动子或用于在植物中表达的其它启动子。组成型
启动子包括例如WO 99/43 838和美国专利号6,072,050中公开的Rsyn7启动子和其它组
成型启动子的核心启动子;核心CaMV 35S启动子(Odell等(1985)Nature 313:810-812);
稻肌动蛋白(McElroy等(1990)Plant Cell 2:163-171);泛素(Christensen等(1989)
Plant Mol.Biol.12:619-632以及Christensen等(1992)Plant Mol.Biol.18:675-689);
pEMU(Last 等 (1991)Theor.Appl.Genet.81:581-588);MAS(Velten 等 (1984)EMBO
J.3:2723-2730);ALS启动子(美国专利号5,659,026)等。其它组成型启动子包括例
如 美 国 专 利 号 5,608,149、5,608,144、5,604,121、5,569,597、5,466,785、5,399,680、
5,268,463、5,608,142和6,177,611。
[0185] 组织优选的启动子可用来引导特定植物组织内的AOS2表达。此类组织优选的启动子包括但不限于叶优选的启动子、根优选的启动子、种子优选的启动子和茎优选的启动子。
组织优选的启动子包括Yamamoto等(1997)Plant J.12(2):255-265;Kawamata等(1997)
Plant Cell Physiol.38(7):792-803;Hansen等(1997)Mol.Gen Genet.254(3):337-343;
Russell 等 (1997)Transgenic Res.6(2):157-168;Rinehart 等 (1996)Plant
Physiol.112(3):1331-1341;Van Camp 等 (1996)Plant Physiol.112(2):525-535;
Canevascini等(1996)Plant Physiol.112(2):513-524;Yamamoto等(1994)Plant Cell
Physiol.35(5):773-778;Lam(1994)Results Probl.Cell Differ.20:181-196;Orozco等
(1993)Plant Mol Biol.23(6):1129-1138;Matsuoka等(1993)Proc Natl.Acad.Sci.USA
90(20):9586-9590;以及Guevara-Garcia等(1993)Plant J.4(3):495-505。
[0186] 核酸构建体还可以包含转录终止区。当使用转录终止区时,可将任何终止区用于制备核酸构建体。例如,终止区对转录起始区而言可以是天然的,对于可操作地连接的
所关注的AOS2序列而言可以是天然的,对于植物宿主而言可以是天然的,或可以衍自另
一来源(即,对于所述启动子、所述所关注的AOS2核酸分子、所述植物宿主或其任何组合
而言是外源的或异源的)。可用于本发明的构建体的终止区的实例包括得自根癌农杆菌
(A.tumefaciens)的Ti质粒的那些,诸如章鱼碱合酶和胭脂碱合酶终止区。另见Guerineau
等 (1991)Mol.Gen.Genet.262:141-144;Proudfoot(1991)Cell 64:671-674;Sanfacon 等(1991)Genes Dev.5:141-149;Mogen等(1990)Plant Cell 2:1261-1272;Munroe等(1990)
Gene 91:151-158;Ballas等(1989)Nucleic Acids Res.17:7891-7903;以及Joshi等
(1987)Nucleic Acid Res.15:9627-9639。
[0187] 在一些实施方案中,可对核酸进行优化以增强在转化植物中的表达。也就是说,可使用植物优选的密码子来合成编码突变体AOS2蛋白的核酸以改善表达。有关宿主优选的密码子用法,参见例如Campbell和Gowri(1990)Plant Physiol.92:1-11。本领域可获得用
于合成植物优选的基因的方法。参见例如美国专利号5,380,831和5,436,391,以及Murray
等(1989)Nucleic Acids Res.17:477-498。
[0188] 此外,可对本文所公开的核酸序列进行其它序列修饰。例如,另外的序列修饰增强细胞宿主中的基因表达。这些包括消除:编码假多聚腺苷酸化信号、外显子/内含子剪接位点信号、转座子样重复区的序列,以及其它此类充分表征的可能对基因表达有害的序列。还可将序列的G-C含量调整到靶细胞宿主的平均水平,这通过参考在宿主细胞中表达的已知基因而计算得出。此外,可对序列进行修饰以避免预测的发夹二级mRNA结构。
[0189] 其它核酸序列也可用于制备本发明的构建体,例如以增强AOS2编码序列的表达。此类核酸序列包括玉米Adh1基因的内含子1(Callis等(1987)Genes and Development
1:1183-1200),以及来自烟草花叶病毒(TMV)、玉米褪绿斑驳病毒和苜蓿花叶病毒的前导序列(W-序列)(Gallie等,(1987)Nucleic Acid Res.15:8693-8711和Skuzeski等,(1990)
Plant Mol.Biol.15:65-79)。已表明,来自玉米shrunken-1基因座的第一个内含子增加嵌
合基因构建体中的基因表达。美国专利号5,424,412和5,593,874公开了特定内含子在基
因表达构建体中的用途,并且Gallie等,Plant Physiol.106:929-939(1994))也已证实内
含子对于在组织特异性基础上调节基因表达是有用的。为了进一步增强或优化AOS2基因
表达,本文所公开的植物表达载体还可以包含含有基质附着区(MAR)的DNA序列。用此类经
修饰的表达系统转化的植物细胞则可表现出本发明的核苷酸序列的过表达或组成型表达。
[0190] 本文所公开的表达构建体也可以包含能够将AOS2序列的表达引向叶绿体的核酸序列。此类核酸序列包括编码叶绿体转运肽以将所关注的基因产物引向植物细胞叶
绿体的叶绿体靶向序列。此类转运肽是本领域已知的。就叶绿体靶向序列而言,“可操
作地连接”意指编码转运肽的核酸序列(即,叶绿体靶向序列)与本发明的AOS2核酸分
子连接以使得两个序列是连续的并在同一阅读框中。参见例如Von Heijne等(1991)
Plant Mol.Biol.Rep.9:104-126;Clark 等 (1989)J.Biol.Chem.264:17544-17550;
Della-Cioppa等(1987)Plant Physiol.84:965-968;Romer等 (1993)Biochem.Biophys.
Res.Commun.196:1414-1421;以及Shah等(1986)Science 233:478-481。尽管本文所公开
的AOS2蛋白可包括天然叶绿体转运肽,但是本领域已知的任何叶绿体转运肽均可通过将
叶绿体靶向序列与编码本发明的成熟AOS2蛋白的核苷酸序列的5’-末端可操作地连接而
与本发明的成熟AOS2蛋白的氨基酸序列融合。
[0191] 叶绿体靶向序列是本领域已知的,并包括核糖-1,5-二磷酸羧化酶(Rubisco)的叶绿体小亚 基(de Castro Silva Filho等(1996)Plant Mol.Biol.30:769-780;
Schnell等(1991)J.Biol.Chem.266(5):3335-3342);5-(烯醇丙酮酰)莽草酸-3-磷
酸 合 酶 (EPSPS)(Archer 等 (1990)J.Bioenerg.Biomemb.22(6):789-810);色 氨 酸
合 酶 (Zhao 等 (1995)J.Biol.Chem.270(11):6081-6087);质 体 蓝 素 (Lawrence 等
(1997)J.Biol.Chem.272(33):20357-20363);分支酸合酶(Schmidt等(1993)J.Biol.
Chem.268(36):27447-27457)和捕光叶绿素a/b结合蛋白(LHBP)(Lamppa等(1988)J.Biol.
Chem.263:14996-14999)。另见Von Heijne等(1991)Plant Mol.Biol.Rep.9:104-126;
Clark 等 (1989)J.Biol.Chem.264:17544-17550;Della-Cioppa 等 (1987)Plant
Physiol.84:965-968;Romer等(1993)Biochem.Biophys.Res.Commun.196:1414-1421;以
及Shah等(1986)Science 233:478-481。
[0192] 在另一个实施方案中,可制备核酸构建体以指导突变AOS2编码序列从植物细胞叶绿体表达。转化叶绿体的方法是本领域已知的。参见例如Svab等(1990)Proc.
Natl.Acad.Sci.USA 87:8526-8530;Svab 和 Maliga(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.USA
90:913-917;Svab和Maliga(1993)EMBO J.12:601-606。该方法依赖于粒子枪递送含选择
性标志物的DNA以及通过同源重组将DNA靶向质体基因组。此外,质体转化可以通过细胞
核编码和质体介导的RNA聚合酶的组织优选表达来反式激活沉默的质体携带的转基因而
完成。此类系统已在McBride等(1994)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 91:7301-7305中进行了
报道。
[0193] 可对要靶向叶绿体的所关注核酸进行优化以在叶绿体中表达从而考虑植物细胞核与该细胞器之间的密码子用法的差异。这样,可使用叶绿体优选的密码子合成所关注的
核酸。参见例如以引用方式并入本文的美国专利号5,380,831。
[0194] 核酸构建体可用于转化植物细胞并再生包含突变AOS2编码序列的转基因植物。可以获得许多用于转化植物的植物转化载体和方法。参见例如美国专利
号 6,753,458;An,G. 等 (1986)Plant Physiol,81:301-305;Fry,J. 等 (1987)Plant
Cell Rep.6:321-325;Block,M.(1988)Theor.Appl Genet.76:767-774;Hinchee
等 (1990)Stadler.Genet.Symp.203212.203-212;Cousins 等 (1991)Aust.J.Plant
Physiol.18:481-494;Chee,P.P.等(1992)Gene.118:255-260;Christou等(1992)Trends.
Biotechnol.10:239-246;D'Halluin 等(1992)Bio/Technol.10:309-314;Dhir等 (1992)
Plant Physiol.99:81-88;Casas 等 (1993)Proc.Nat.Acad.Sci.USA 90:11212-11216;
Christou,P.(1993)In Vitro Cell.Dev.Biol.-Plant;29P:119-124;Davies 等 (1993)
Plant Cell Rep.12:180-183;Dong,J.A.等(1993)Plant Sci.91:139-148;Franklin,C.
I.等(1993)Plant.Physiol.102:167;Golovkin等(1993)Plant Sci.90:41-52;Guo Chin
Sci.Bull.38:2072-2078;Asano 等 (1994)Plant Cell Rep.13;Ayeres,N.M. 等 (1994)
Crit.Rev.Plant.Sci.13:219-239;Barcelo 等 (1994)Plant.J.5:583-592;Becker, 等
(1994)Plant.J.5:299-307;Borkowska 等 (1994)Acta.Physiol Plant.16:225-230;
Christou,P.(1994)Agro.Food.Ind.Hi Tech.5:17-27;Eapen 等 (1994)Plant Cell
Rep.13:582-586;Hartman等(1994)Bio-Technology 12:919923;Ritala等(1994)Plant.
Mol.Biol.24:317-325;和Wan,Y.C.等(1994)Plant Physiol.104:3748。构建体还可以用
同源重组转化进植物细胞。
[0195] 所公开的包含本文所公开的AOS2核酸序列的构建体可用于多种方法以产生转基因宿主细胞,诸如细菌、酵母,以及转化植物细胞并在一些情况下再生转基因植物。例如,产生含有本文所公开的AOS2突变蛋白的转基因作物植物的方法,其中与野生型植物相比
或与已知的AOS2突变体型植物相比,一种或多种核酸在植物中的表达导致病原体抗性和/
或耐受性,所述方法包括:(a)向植物细胞中引入表达载体,所述表达载体包含编码突变体AOS2蛋白的核酸,以及(b)从植物细胞产生抗和/或耐病原体的转基因植物。
[0196] AOS2突变
[0197] 所述组合物和方法可至少部分地涉及AOS2基因中的突变,例如使得植物抗或耐病原体的突变。所述组合物和方法在某些实施方案中还涉及使用基因修复寡核碱基在植物
的染色体或附加体序列的编码AOS2蛋白的基因中进行所需的突变。突变的蛋白质可以在
一些实施方案中基本上保持野生型蛋白的催化活性,允许植物对病原体增强的抗性或耐受
性,并因此在一些实施方案中与野生型植物相比允许植物、其器官、组织或细胞基本上正常或改变的生长或发育,而不论是否存在病原体。所述组合物和方法还涉及其中AOS2基因已
发生突变的非转基因植物细胞,由其再生的非转基因植物,以及例如使用再生的非转基因
植物与在不同AOS2基因中或在相同AOS2基因中具有突变的植物杂交而产生的植物。所述
组合物和方法还涉及其中AOS2基因已发生突变的转基因植物细胞,由其再生的转基因植
物,以及例如使用再生的转基因植物与在不同AOS2基因中或在相同AOS2基因中具有突变
的植物杂交而产生的植物。
[0198] 与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于选自SEQ ID NO:5的6、12、30、37、46、48、51、76、113、145、187、197、200、227、
231、256、264、270、282、289、292、309、320、328、337、338、357、381、394、407、423、430、439、
467、480、494和495的位置的位置处具有一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5的位置6的位置处具有一个或多个突变。在一些实施方案中,
突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5的位置12的位置处具有一个或多个突变。在一些
实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5的位置30的位置处具有一个或多个突
变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5的位置37的位置处具有一
个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5的位置46的
位置处具有一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5
的位置48的位置处具有一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于
SEQ ID NO:5的位置51的位置处具有一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2
蛋白在对应于SEQ ID NO:5的位置76的位置处具有一个或多个突变。在一些实施方案中,
突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5的位置113的位置处具有一个或多个突变。在一
些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5的位置145的位置处具有一个或多
个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5的位置187的位置处
具有一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5的位置
197的位置处具有一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID
NO:5的位置200的位置处具有一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对
应于SEQ ID NO:5的位置227的位置处具有一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的
AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5的位置231的位置处具有一个或多个突变。在一些实施方
案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5的位置256的位置处具有一个或多个突变。
在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5的位置264的位置处具有一个
或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5的位置270的
位置处具有一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5
的位置282的位置处具有一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于
SEQ ID NO:5的位置289的位置处具有一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2
蛋白在对应于SEQ ID NO:5的位置292的位置处具有一个或多个突变。在一些实施方案
中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5的位置309的位置处具有一个或多个突变。在
一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5的位置320的位置处具有一个或
多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5的位置328的位置
处具有一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5的位
置337的位置处具有一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ
ID NO:5的位置338的位置处具有一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白
在对应于SEQ ID NO:5的位置357的位置处具有一个或多个突变。在一些实施方案中,突
变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5的位置381的位置处具有一个或多个突变。在一些
实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5的位置394的位置处具有一个或多个
突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5的位置407的位置处具
有一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5的位置
423的位置处具有一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID
NO:5的位置430的位置处具有一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在
对应于SEQ ID NO:5的位置439的位置处具有一个或多个突变。在一些实施方案中,突变
的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5的位置467的位置处具有一个或多个突变。在一些实
施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5的位置480的位置处具有一个或多个突
变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5的位置494的位置处具有
一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5的位置495
的位置处具有一个或多个突变。
[0199] 与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:7的氨基酸位置6处具有F、在SEQ ID NO:5的氨基酸位置12处
具有P、在SEQ ID NO:11的氨基酸位置12处具有R、在SEQ ID NO:5的氨基酸位置30处具
有A、在SEQ ID NO:5的氨基酸位置37处具有I、在SEQ ID NO:5的氨基酸位置46处具有
L、在SEQ ID NO:3的氨基酸位置46处具有F、在SEQ ID NO:5的氨基酸位置48处具有T、
在SEQ ID NO:27的氨基酸位置48处具有I、在SEQ ID NO:7的氨基酸位置48处具有V、在
SEQ ID NO:5的氨基酸位置51处具有M、在SEQ ID NO:5的氨基酸位置76处具有D、在SEQ
ID NO:5的氨基酸位置76处具有N、在SEQ ID NO:5的位置113处具有G、在SEQ ID NO:49
位置113处具有D、在SEQ ID NO:9氨基酸位置145处具有F、在SEQ ID NO:5的氨基酸位
置187处具有L、在SEQ ID NO:5的氨基酸位置197处具有E、在SEQ ID NO:3的氨基酸位
置197处具有D、在SEQ ID NO:7的氨基酸位置200处具有K、在SEQ ID NO:5的氨基酸位
置227处具有A、在SEQ ID NO:5的氨基酸位置231处具有T、在SEQ ID NO:7的氨基酸位
置231处具有I、在SEQ ID NO:9的氨基酸位置231处具有G、在SEQ ID NO:5的氨基酸位
置256处具有F、在SEQ ID NO:3的氨基酸位置256处具有V、在SEQ ID NO:7的氨基酸位
置264处具有A、在SEQ ID NO:7的氨基酸位置270处具有L、在SEQ ID NO:5的氨基酸位
置282处具有F、在SEQ ID NO:41的氨基酸位置282处具有S、在SEQ ID NO:5的氨基酸位
置289处具有V、在SEQ ID NO:11的氨基酸位置289处具有S、在SEQ ID NO:13的氨基酸
位置289处具有N、在SEQ ID NO:5的氨基酸位置292处具有V、在SEQ ID NO:5的氨基酸
位置309处具有L、在SEQ ID NO:19的氨基酸位置309处具有I、在SEQ ID NO:5的氨基酸
位置320处具有M、在SEQ ID NO:23的氨基酸位置320处具有L、在SEQ ID NO:5的氨基酸
位置328处具有M、在SEQ ID NO:19的氨基酸位置328处具有L、在SEQ ID NO:27的氨基
酸位置328处具有V、在SEQ ID NO:5的氨基酸位置337处具有E、在SEQ ID NO:13的氨基
酸位置337处具有D、在SEQ ID NO:5的氨基酸位置338处具有V、在SEQ ID NO:13的氨基
酸位置338处具有L、在SEQ ID NO:5的氨基酸位置357处具有I、在SEQ ID NO:3的氨基
酸位置357处具有M、在SEQ ID NO:5的氨基酸位置381处具有P、在SEQ ID NO:35的氨基
酸位置381处具有L、在SEQ ID NO:9的氨基酸位置394处具有T、在SEQ ID NO:5的氨基
酸位置407处具有G、在SEQ ID NO:13的氨基酸位置407处具有C、在SEQ ID NO:7的氨基
酸位置423处具有F、在SEQ ID NO:5的氨基酸位置430处具有L、在SEQ ID NO:5的位置
439处具有氨基酸E的缺失、在SEQ ID NO:5的氨基酸位置467处具有G、在SEQ ID NO:39
的氨基酸位置467处具有S、在SEQ ID NO:5的氨基酸位置480处具有V、在SEQ ID NO:5
的氨基酸位置494处具有G、在SEQ ID NO:21的氨基酸位置494处具有D和/或在SEQ ID
NO:5的氨基酸位置495处具有T的AOS2氨基酸序列包含一个或多个突变。在一些实施方
案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:7的氨基酸位置6处具有F的AOS2氨基酸序
列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨
基酸位置12处具有P的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变
的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:11的氨基酸位置12处具有R的AOS2氨基酸序列包括一
个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置
30处具有A的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋
白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置37处具有I的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突
变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置46处具有
L的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于
在SEQ ID NO:3的氨基酸位置46处具有F的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一
些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置48处具有T的AOS2
氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID
NO:27的氨基酸位置48处具有I的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方
案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:7的氨基酸位置48处具有V的AOS2氨基酸序
列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨
基酸位置51处具有M的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变
的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置76处具有N的AOS2氨基酸序列包括一
个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置
76处具有D的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋
白相对于在SEQ ID NO:5的位置113处具有G的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。
在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:49的位置113处具有D的AOS2
氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID
NO:9的氨基酸位置145处具有F的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方
案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置187处具有L的AOS2氨基酸
序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:5的
氨基酸位置197处具有E的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突
变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:3的氨基酸位置197处具有D的AOS2氨基酸序列包括
一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:7的氨基酸位
置200处具有K的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2
蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置227处具有A的AOS2氨基酸序列包括一个或多
个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置231处
具有T的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相
对于在SEQ ID NO:7的氨基酸位置231处具有I的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。
在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:9的氨基酸位置231处具有G的
AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ
ID NO:5的氨基酸位置256处具有F的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施
方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:3的氨基酸位置256处具有V的AOS2氨基酸
序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:7的
氨基酸位置264处具有A的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突
变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:7的氨基酸位置270处具有L的AOS2氨基酸序列包括
一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位
置282处具有F的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2
蛋白相对于在SEQ ID NO:41的氨基酸位置282处具有S的AOS2氨基酸序列包括一个或多
个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置289处
具有V的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对
于在SEQ ID NO:11的氨基酸位置289处具有S的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。
在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:13的氨基酸位置289处具有N的
AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ
ID NO:5的氨基酸位置292处具有V的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施
方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置309处具有L的AOS2氨基
酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:19
的氨基酸位置309处具有I的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,
突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置320处具有M的AOS2氨基酸序列包
括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:23的氨基
酸位置320处具有L的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的
AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置328处具有M的AOS2氨基酸序列包括一个
或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:19的氨基酸位置
328处具有L的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋
白相对于在SEQ ID NO:27的氨基酸位置328处具有V的AOS2氨基酸序列包括一个或多个
突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置337处具
有E的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对
于在SEQ ID NO:13的氨基酸位置337处具有D的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。
在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置338处具有V的
AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ
ID NO:13的氨基酸位置338处具有L的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实
施方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置357处具有I的AOS2氨基
酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:3
的氨基酸位置357处具有M的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,
突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置381处具有P的AOS2氨基酸序列包
括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:35的氨基
酸位置381处具有L的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的
AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:9的氨基酸位置394处具有T的AOS2氨基酸序列包括一个或
多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置407
处具有G的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白
相对于在SEQ ID NO:13的氨基酸位置407处具有C的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突
变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:7的氨基酸位置423处具有
F的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于在
SEQ ID NO:5的氨基酸位置430处具有L的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一
些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:5的位置439处具有氨基酸E缺失的
AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ
ID NO:5的氨基酸位置467处具有G的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施
方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:39的氨基酸位置467处具有S的AOS2氨基
酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:5
的氨基酸位置480处具有V的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,
突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置494处具有G的AOS2氨基酸序列包
括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:21的氨基
酸位置494处具有D的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的
AOS2蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置495处具有和/或T的AOS2氨基酸序列包
括一个或多个突变。
[0200] 与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白。在一些实施方案中,突变的AOS2基因包括在对应于SEQ ID
NO:2的位置691的位置处的A。在一些实施方案中,突变的AOS2基因包括在对应于SEQ ID
NO:2的位置692的位置处的C。在一些实施方案中,突变的AOS2基因包括在对应于SEQ ID
NO:2的位置678的位置处的A。在一些实施方案中,突变的AOS2基因包括在对应于SEQ ID
NO:2的位置681的位置处的T。在一些实施方案中,突变的AOS2基因包括在对应于SEQ ID
NO:2的位置727的位置处的C。在一些实施方案中,突变的AOS2基因包括在对应于SEQ ID
NO:2的位置744的位置处的A。在一些实施方案中,突变的AOS2基因包括在对应于SEQ ID
NO:2的位置774的位置处的C。在一些实施方案中,突变的AOS2基因包括在对应于SEQ ID
NO:2的位置879的位置处的A。在一些实施方案中,突变的AOS2基因包括在对应于SEQ ID
NO:2的位置900的位置处的A。在一些实施方案中,突变的AOS2基因包括在对应于SEQ ID
NO:2的位置954的位置处的C。
[0201] 与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2基因可编码突变的AOS2蛋白。在一些实施方案中,所述突变的AOS2基因编码突变的AOS2
蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:7的氨基酸位置6处具有F、在SEQ ID NO:5的氨基酸
位置12处具有P、在SEQ ID NO:11的氨基酸位置12处具有R、在SEQ ID NO:5的氨基酸位
置30处具有A、在SEQ ID NO:5的氨基酸位置37处具有I、在SEQ ID NO:5的氨基酸位置
46处具有L、在SEQ ID NO:3的氨基酸位置46处具有F、在SEQ ID NO:5的氨基酸位置48
处具有T、在SEQ ID NO:27的氨基酸位置48处具有I、在SEQ ID NO:7的氨基酸位置48处
具有V、在SEQ ID NO:5的氨基酸位置51处具有M、在SEQ ID NO:5的氨基酸位置76处具有
D、在SEQ ID NO:5的氨基酸位置76处具有N、在SEQ ID NO:5的位置113处具有G、在SEQ
ID NO:49位置113处具有D、在SEQ ID NO:9氨基酸位置145处具有F、在SEQ ID NO:5的
氨基酸位置187处具有L、在SEQ ID NO:5的氨基酸位置197处具有E、在SEQ ID NO:3的
氨基酸位置197处具有D、在SEQ ID NO:7的氨基酸位置200处具有K、在SEQ ID NO:5的
氨基酸位置227处具有A、在SEQ ID NO:5的氨基酸位置231处具有T、在SEQ ID NO:7的
氨基酸位置231处具有I、在SEQ ID NO:9的氨基酸位置231处具有G、在SEQ ID NO:5的
氨基酸位置256处具有F、在SEQ ID NO:3的氨基酸位置256处具有V、在SEQ ID NO:7的
氨基酸位置264处具有A、在SEQ ID NO:7的氨基酸位置270处具有L、在SEQ ID NO:5的
氨基酸位置282处具有F、在SEQ ID NO:41的氨基酸位置282处具有S、在SEQ ID NO:5的
氨基酸位置289处具有V、在SEQ ID NO:11的氨基酸位置289处具有S、在SEQ ID NO:13
的氨基酸位置289处具有N、在SEQ ID NO:5的氨基酸位置292处具有V、在SEQ ID NO:5
的氨基酸位置309处具有L、在SEQ ID NO:19的氨基酸位置309处具有I、在SEQ ID NO:5
的氨基酸位置320处具有M、在SEQ ID NO:23的氨基酸位置320处具有L、在SEQ ID NO:5
的氨基酸位置328处具有M、在SEQ ID NO:19的氨基酸位置328处具有L、在SEQ ID NO:27
的氨基酸位置328处具有V、在SEQ ID NO:5的氨基酸位置337处具有E、在SEQ ID NO:13
的氨基酸位置337处具有D、在SEQ ID NO:5的氨基酸位置338处具有V、在SEQ ID NO:13
的氨基酸位置338处具有L、在SEQ ID NO:5的氨基酸位置357处具有I、在SEQ ID NO:3
的氨基酸位置357处具有M、在SEQ ID NO:5的氨基酸位置381处具有P、在SEQ ID NO:35
的氨基酸位置381处具有L、在SEQ ID NO:9的氨基酸位置394处具有T、在SEQ ID NO:5
的氨基酸位置407处具有G、在SEQ ID NO:13的氨基酸位置407处具有C、在SEQ ID NO:7
的氨基酸位置423处具有F、在SEQ ID NO:5的氨基酸位置430处具有L、在SEQ ID NO:5
的位置439处具有氨基酸E缺失、在SEQ ID NO:5的氨基酸位置467处具有G、在SEQ ID
NO:39的氨基酸位置467处具有S、在SEQ ID NO:5的氨基酸位置480处具有V、在SEQ ID
NO:5的氨基酸位置494处具有G、在SEQ ID NO:21的氨基酸位置494处具有D和/或在
SEQ ID NO:5的氨基酸位置495处具有T的AOS2氨基酸序列包含一个或多个突变。在一
些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:7的
氨基酸位置6处具有F的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变
的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置12处具
有P的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码
突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:11的氨基酸位置12处具有R的AOS2氨
基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋
白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置30处具有A的AOS2氨基酸序列包括一
个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对
于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置37处具有I的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在
一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:5
的氨基酸位置46处具有L的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,
突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:3的氨基酸位置46
处具有F的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因
编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置48处具有T的AOS2
氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋
白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:27的氨基酸位置48处具有I的AOS2氨基酸序列包括一
个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对
于在SEQ ID NO:7的氨基酸位置48处具有V的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在
一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:5
的氨基酸位置51处具有M的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,
突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置76
处具有D的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因
编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置76处具有N的AOS2
氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2
蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置113处具有G的AOS2氨基酸序列包括
一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相
对于在SEQ ID NO:49的氨基酸位置113处具有D的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突
变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:9的氨基酸位置145处具有F的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方
案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位
置187处具有L的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2
基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置197处具有E的
AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的
AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:3的氨基酸位置197处具有D的AOS2氨基酸序列
包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋
白相对于在SEQ ID NO:7的氨基酸位置200处具有K的AOS2氨基酸序列包括一个或多个
突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ
ID NO:5的氨基酸位置227处具有A的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实
施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基
酸位置231处具有T的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的
AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:7的氨基酸位置231处具有
I的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突
变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:9的氨基酸位置231处具有G的AOS2氨基
酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,
所述蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置256处具有F的AOS2氨基酸序列包括一个
或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于
在SEQ ID NO:3的氨基酸位置256处具有V的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在
一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:7
的氨基酸位置264处具有A的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,
突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:7的氨基酸位置270
处具有L的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因
编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置282处具有F的AOS2
氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2
蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:41的氨基酸位置282处具有S的AOS2氨基酸序列包
括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋
白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置289处具有V的AOS2氨基酸序列包括一个或多个
突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ
ID NO:11的氨基酸位置289处具有S的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实
施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:13的氨
基酸位置289处具有N的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变
的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置292处
具有V的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编
码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置309处具有L的AOS2
氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2
蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:19的氨基酸位置309处具有I的AOS2氨基酸序列包
括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白
相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置320处具有M的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突
变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:23的氨基酸位置320处具有L的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方
案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位
置328处具有M的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2
基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:19的氨基酸位置328处具有L
的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变
的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:27的氨基酸位置328处具有V的AOS2氨基酸
序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所
述蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置337处具有E的AOS2氨基酸序列包括一个或
多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在
SEQ ID NO:13的氨基酸位置337处具有D的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一
些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:5的
氨基酸位置338处具有V的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突
变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:13的氨基酸位置338
处具有L的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因
编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置357处具有I的AOS2
氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2
蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:3的氨基酸位置357处具有M的AOS2氨基酸序列包
括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋
白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置381处具有P的AOS2氨基酸序列包括一个或多个
突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ
ID NO:35的氨基酸位置381处具有L的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实
施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:9的氨基
酸位置394处具有T的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的
AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置407处具有
G的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突
变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:13的氨基酸位置407处具有C的AOS2氨基
酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,
所述蛋白相对于在SEQ ID NO:7的氨基酸位置423处具有F的AOS2氨基酸序列包括一个
或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于
在SEQ ID NO:5的氨基酸位置430处具有L的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在
一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:5
的位置439处具有氨基酸E缺失的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方
案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位
置467处具有G的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2
基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:39的氨基酸位置467处具有S
的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变
的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置480处具有V的AOS2氨基酸
序列包括一个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所
述蛋白相对于在SEQ ID NO:5的氨基酸位置494处具有G的AOS2氨基酸序列包括一个或
多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在
SEQ ID NO:21的氨基酸位置494处具有D的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。在一
些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白相对于在SEQ ID NO:5的
氨基酸位置495处具有和/或T的AOS2氨基酸序列包括一个或多个突变。
[0202] 与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,所述突变的AOS2蛋白在选自SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、
39、41、43、45、47和/或49的S6、P12、R12、V30、T37、F46、L46、I48、T48、I51、D76、N76、D113、G113、Y145、F187、D197、E197、T200、T227、G231、T231、F256、V256、T264、F270、F282、S282、N289、S289、A292、I309、L309、L320、M320、L328、V328、D337、E337、L338、V338、I357、M357、L381、P381、K394、C407、G407、I423、F430、Δ439(其中Δ表示缺失)、G467、S467、T480、D494、G494和K495的位置处包含一个或多个、两个或多个、三个或多个、四个或多
个、五个或多个、六个或多个、七个或多个、八个或多个、九个或多个、或十个或多个、或十一个或多个、或十二个或多个、十三个或多个、十四个或多个、十五个或多个、十六个或多个、十七个或多个、十八个或多个、十九个或多个、二十个或多个、二十一个或多个、二十二个或多个、二十三个或多个、二十四个或多个、二十五个或多个突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白包含两个或多个突变,其中至少一个突变在对应于选自SEQ ID NO:1、3、5、7、
9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47和/或49的S6、P12、R12、V30、T37、F46、L46、I48、T48、I51、D76、D113、G113、Y145、F187、D197、E197、T200、T227、G231、T231、F256、V256、T264、F270、F282、S282、N289、S289、A292、I309、L309、L320、M320、L328、V328、D337、E337、L338、V338、I357、M357、L381、P381、K394、C407、G407、I423、F430、Δ439(其中Δ表示缺失)、G467、S467、T480、D494、G494和K495的位置的氨基酸位置处。
在一些实施方案中,突变的AOS2基因包含三个或多个突变,其中至少一个突变在对应于选
自 SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、
47和/或49的S6、P12、R12、V30、T37、F46、L46、I48、T48、I51、D76、D113、G113、Y145、F187、D197、E197、T200、T227、G231、T231、F256、V256、T264、F270、F282、S282、N289、S289、A292、I309、L309、L320、M320、L328、V328、D337、E337、L338、V338、I357、M357、L381、P381、K394、C407、G407、I423、F430、Δ439(其中Δ表示缺失)、G467、S467、T480、D494、G494和K495的位置的氨基酸位置处。
[0203] 与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:7或9的位置F6的氨基酸位置处包含突变。与本文所公开的方
面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、
7、9、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47或49的位置R12的氨基酸位置处包含突变。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:11的位置P12的氨基酸位置处包含突变。与本文所公
开的任何方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5的位置的氨基酸位置A30处包含突变。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和
方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、7、9、11、13、15、17、19、
21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47或49的位置V30的氨基酸位置处包含突变。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5的位置的氨基酸位置I37处包含突变。与本文所公开的方面、实施方
案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:3的位置的氨
基酸位置F46处包含突变。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、
33、35、37、39、41、43、45、47或49的位置L46的氨基酸位置处包含突变。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:27、
47或49的位置I48的氨基酸位置处包含突变。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和
方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:7的位置V48的氨基酸位
置处包含突变。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、5、9、11、13、15、17、19、21、23、25、29、31、33、35、37、39、
41、43或45的位置T48的氨基酸位置处包含突变。与本文所公开的方面、实施方案、组合
物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5的位置M51的氨基酸
位置处包含突变。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5、7、9、19、21、23、25、29、31或43的位置N76的氨基酸位置处包含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、
13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45或47的位置G113的氨基酸位置处包含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:49的位置D113的
氨基酸位置处包含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:9的位
置F145的氨基酸位置处包含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID
NO:5的位置L187的氨基酸位置处包含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应
于 SEQ ID NO:1、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47或49的位置E197的氨基酸位置处包含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应
于SEQ ID NO:3的位置D197的氨基酸位置处包含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2
蛋白在对应于SEQ ID NO:7或9的位置K200的氨基酸位置处包含突变。在一些实施方案
中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5的位置A227的氨基酸位置处包含突变。在一些
实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:7的位置I231的氨基酸位置处包含突
变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:9、11、13、15、17、19、21、29、
43或45的位置G231的氨基酸位置处包含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对
应于SEQ ID NO:1、3、5、23、25、27、31、33、35、37、39、41、47或49的位置T231的氨基酸位置处包含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1、5、7、9、11、13、
15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47或49的位置F256的氨基酸位置处包含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:3的位置V256的
氨基酸位置处包含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:7的位
置A264的氨基酸位置处包含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID
NO:7的位置L270的氨基酸位置处包含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应
于SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、43、45、47或
49的位置F282的氨基酸位置处包含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于
SEQ ID NO:41的位置S282的氨基酸位置处包含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋
白在对应于SEQ ID NO:13的位置N289的氨基酸位置处包含突变。在一些实施方案中,突
变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5、7或9的位置V289的氨基酸位置处包含突变。在一
些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、11、15、17、19、21、23、25、27、29、
31、33、35、37、39、41、43、45、47或49的位置S289的氨基酸位置处包含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5、7、9或13的位置V292的氨基酸位置处包含
突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13、15、17、
27、29、31、33、35、37、39、41、45、47或49的位置L309的氨基酸位置处包含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:19、21、23、25或43的位置I309的氨基酸
位置处包含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、5、7、9、
11、13、15、1719、21、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47或49的位置M320的氨基酸位置处包含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:23的位置L320
的氨基酸位置处包含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:27、
33、47或49的位置V328的氨基酸位置处包含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白
在对应于SEQ ID NO:5、7、9、13或15的位置M328的氨基酸位置处包含突变。在一些实施
方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、11、17、19、21、23、25、29、31、35、37、39、
41、43或45的位置L328的氨基酸位置处包含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白
在对应于SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、
47或49的位置E337的氨基酸位置处包含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在
对应于SEQ ID NO:13或15的位置D337的氨基酸位置处包含突变。在一些实施方案中,突
变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、
39、41、43、45、47或49的位置V338的氨基酸位置处包含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:13或15的位置L338的氨基酸位置处包含突变。在一些实
施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、
31、33、35、37、39、41、43、45、47或49的位置I357的氨基酸位置处包含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:3的位置M357的氨基酸位置处包含突变。在
一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、
23、25、27、29、31、33、37、39、41、43、45、47或49的位置P381的氨基酸位置处包含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:35的位置L381的氨基酸位置处包
含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:9的位置T394的氨基
酸位置处包含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:13或15的
位置C407的氨基酸位置处包含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ
ID NO:1、3、5、7、9、11、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47或 49的 位置G407的氨基酸位置处包含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID
NO:7、25、27、33、47或49的位置F423的氨基酸位置处包含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5的位置L430的氨基酸位置处包含突变。在一些实施方
案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:39的位置S467的氨基酸位置处包含突变。在
一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、
23、25、27、29、31、33、35、37、41、43、45、47或49的位置G467的氨基酸位置处包含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5的位置V480的氨基酸位置处包
含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:21、23、31或43的位
置D494的氨基酸位置处包含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID
NO:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、25、27、29、33、35、37、39、41、45、47或49的位置G494的氨基酸位置处包含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5、7或9
的位置T495的氨基酸位置处包含突变。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ
ID NO:5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、33、39、41、43、45、47或49的位置E439的氨基酸位置处包含缺失。
[0204] 与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3的位置6的位置处包含氨基酸丝氨酸。与本文
所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3的位置12的位置处包含氨基酸脯氨酸。与本文所公开的方面、实
施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:11的位
置12的位置处包含氨基酸精氨酸。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任
一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3的位置30的位置处
包含氨基酸缬氨酸。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3的位置37的位置处包含氨基酸苏氨
酸。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1的位置46的位置处包含氨基酸亮氨酸。与本文所公开的方面、实施
方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:3的位置46
的位置处包含氨基酸苯丙氨酸。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:47或SEQ ID NO:49的位置
48的位置处包含氨基酸异亮氨酸。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任
一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3的位置48的位置处
包含氨基酸苏氨酸。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3的位置51的位置处包含氨基酸异亮
氨酸。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3的位置76的位置处包含氨基酸天冬氨酸。与本文
所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3的位置76的位置处包含氨基酸天冬酰胺。与本文所公开的方面、
实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3的位置113的位置处包含氨基酸甘氨酸。与本文所公开的方面、实施方案、组合物
和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:49的位置113的位置处
包含氨基酸天冬氨酸。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1或SEQ
ID NO:3的位置145的位置处包含氨基酸酪氨酸。与本文所公开的方面、实施方案、组合物
和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3的位置
187的位置处包含氨基酸苯丙氨酸。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1的位置197的位置处包含氨基酸谷氨
酸。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:3的位置197的位置处包含氨基酸天冬氨酸。与本文所公开的方面、实施
方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1或SEQ ID
NO:3的位置200的位置处包含氨基酸苏氨酸。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3的位置227
的位置处包含氨基酸苏氨酸。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3的位置231的位置处包含
氨基酸苏氨酸。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:9的位置231的位置处包含氨基酸甘氨酸。在一些实施方案
中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1的位置256的位置处包含氨基酸苯丙氨酸。在
一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:3的位置256的位置处包含氨基酸
缬氨酸。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3的位置264的位置处包含氨基酸苏氨酸。与本文
所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3的位置270的位置处包含氨基酸苯丙氨酸。与本文所公开的方面、
实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3的位置282的位置处包含氨基酸苯丙氨酸。与本文所公开的方面、实施方案、组合
物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:41的位置282的位置
处包含氨基酸丝氨酸。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1或SEQ
ID NO:3的位置289的位置处包含氨基酸丝氨酸。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在
对应于SEQ ID NO:13的位置289的位置处包含氨基酸天冬酰胺。在一些实施方案中,突变
的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3的位置292的位置处包含氨基酸丙氨
酸。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3的位置309的位置处包含氨基酸亮氨酸。与本文所公
开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:19的位置309的位置处包含氨基酸异亮氨酸。与本文所公开的方面、实施方案、组合物
和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3的位置
320的位置处包含氨基酸甲硫氨酸。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:23的位置320的位置处包含氨基酸亮
氨酸。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3的位置328的位置处包含氨基酸亮氨酸。与本文所
公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:27的位置328的位置处包含氨基酸缬氨酸。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和
方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3的位置337
的位置处包含氨基酸谷氨酸。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:13或SEQ ID NO:15的位置337的位置处包含
氨基酸天冬氨酸。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3的位置338的位置处包含氨基酸缬氨
酸。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:13或SEQ ID NO:15的位置338的位置处包含氨基酸亮氨酸。与本文所
公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1的位置357的位置处包含氨基酸异亮氨酸。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:3的位置357的位置处包含
氨基酸甲硫氨酸。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3的位置381的位置处包含氨基酸脯氨
酸。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:35的位置381的位置处包含氨基酸亮氨酸。与本文所公开的方面、实施
方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1或SEQ ID
NO:3的位置394的位置处包含氨基酸赖氨酸。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3的位置407
的位置处包含氨基酸甘氨酸。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:13或SEQ ID NO:15的位置407的位置处包含
氨基酸半胱氨酸。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3的位置423的位置处包含氨基酸异亮
氨酸。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3的位置430的位置处包含氨基酸苯丙氨酸。与本文
所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:5的位置439的位置处包含氨基酸谷氨酸的缺失。与本文所公开的方面、实施方案、
组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3
的位置466的位置处包含氨基酸甘氨酸。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:39的位置467的位置处包含氨基酸
丝氨酸。与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3的位置479的位置处包含氨基酸苏氨酸。与本文
所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3的位置493的位置处包含氨基酸甘氨酸。与本文所公开的方面、实
施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID NO:21的位置
494的位置处包含氨基酸天冬氨酸。在一些实施方案中,突变的AOS2蛋白在对应于SEQ ID
NO:1或SEQ ID NO:3的位置494的位置处包含氨基酸赖氨酸。
[0205] 与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白具有一个或更多个突变、两个或多个突变、三个或多
个突变、四个或多个突变、五个或多个突变、六个或多个突变、七个或多个、八个或多个、九个或多个、或十个或多个、十一个或多个、十二个或多个、十三个或多个、十四个或多个、十五个或多个、十六个或多个、十七个或多个、十八个或多个、十九个或多个、二十个或多个、二十一个或多个、二十二个或多个、二十三个或多个、二十四个或多个、二十五个或多个突变,这些突变选自:在对应于SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、
31、33、35、37、39、41、43、45、47或49的位置6的位置处的苯丙氨酸至丝氨酸、在对应于位置
12的位置处的精氨酸至脯氨酸、在对应于位置12的位置处的脯氨酸至精氨酸、在对应于位
置30的位置处的丙氨酸至缬氨酸、在对应于位置37的位置处的异亮氨酸至苏氨酸、在对应
于位置46的位置处的苯丙氨酸至亮氨酸、在对应于位置46的位置处的亮氨酸至苯丙氨酸、
在对应于位置48的位置处的缬氨酸至苏氨酸、在对应于位置48的位置处的缬氨酸至异亮
氨酸、在对应于位置48的位置处的异亮氨酸至苏氨酸、在对应于位置48的位置处的苏氨酸
至异亮氨酸、在对应于位置51的位置处的甲硫氨酸至异亮氨酸、在对应于位置76的位置处
的天冬酰胺至天冬氨酸、在对应于位置76的位置处的天冬氨酸至天冬酰胺、在对应于位置
113的位置处的天冬氨酸至甘氨酸、在对应于位置113的位置处的甘氨酸至天冬氨酸、在对
应于位置145的位置处的苯丙氨酸至酪氨酸、在对应于位置187的位置处的亮氨酸至苯丙
氨酸、在对应于位置197的位置处的天冬氨酸至谷氨酸、在对应于位置197的位置处的谷氨
酸至天冬氨酸、在对应于位置200的位置处的赖氨酸至苏氨酸、在对应于位置227的位置处
的丙氨酸至苏氨酸、在对应于位置231的位置处的异亮氨酸至苏氨酸、在对应于位置231的
位置处的异亮氨酸至甘氨酸、在对应于位置231的位置处的甘氨酸至苏氨酸、在对应于位
置231的位置处的苏氨酸至甘氨酸、在对应于位置256的位置处的缬氨酸至苯丙氨酸、在对
应于位置256的位置处的苯丙氨酸至缬氨酸、在对应于位置264的位置处的丙氨酸至苏氨
酸、在对应于位置270的位置处的亮氨酸至苯丙氨酸、在对应于位置282的位置处的丝氨酸
至苯丙氨酸、在对应于位置282的位置处的苯丙氨酸至丝氨酸、在对应于位置289的位置处
的缬氨酸至天冬酰胺、在对应于位置289的位置处的缬氨酸至丝氨酸、在对应于位置289的
位置处的丝氨酸至天冬酰胺、在对应于位置289的位置处的天冬酰胺至丝氨酸、在对应于
位置292的位置处的缬氨酸至丙氨酸、在对应于位置309的位置处的异亮氨酸至亮氨酸、在
对应于位置309的位置处的亮氨酸至异亮氨酸、在对应于位置320的位置处的亮氨酸至甲
硫氨酸、在对应于位置320的位置处的甲硫氨酸至亮氨酸、在对应于位置328的位置处的甲
硫氨酸至亮氨酸、在对应于位置328的位置处的甲硫氨酸至缬氨酸、在对应于位置328的位
置处的缬氨酸至亮氨酸、在对应于位置328的位置处的亮氨酸至缬氨酸、在对应于位置337
的位置处的天冬氨酸至谷氨酸、在对应于位置337的位置处的谷氨酸至天冬氨酸、在对应
于位置338的位置处的亮氨酸至缬氨酸、在对应于位置338的位置处的缬氨酸至亮氨酸、在
对应于位置357的位置处的甲硫氨酸至异亮氨酸、在对应于位置357的位置处的异亮氨酸
至甲硫氨酸、在对应于位置381的位置处的亮氨酸至脯氨酸、在对应于位置381的位置处的
脯氨酸至亮氨酸、在对应于位置394的位置处的苏氨酸至赖氨酸、在对应于位置407的位置
处的半胱氨酸至甘氨酸、在对应于位置407的位置处的甘氨酸至半胱氨酸、在对应于位置
423的位置处的苯丙氨酸至异亮氨酸、在对应于位置430的位置处的亮氨酸至苯丙氨酸、在
对应于位置467的位置处的丝氨酸至甘氨酸、在对应于位置467的位置处的甘氨酸至丝氨
酸、在对应于位置480的位置处的缬氨酸至苏氨酸、在对应于位置494的位置处的天冬氨酸
至甘氨酸、在对应于位置494的位置处的甘氨酸至天冬氨酸、在对应于位置495的位置处的
苏氨酸至赖氨酸,以及在对应于SEQ ID NO:5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、33、39、
41、43、45、47或49的位置439的位置处的谷氨酸缺失。
[0206] 与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、5、11、13、15、1719、21、23、
25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47或49的位置6的位置处包含从苯丙氨酸至丝氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对
应于SEQ ID NO:1、3、5、7、9、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47或49的位置12的位置处包含从精氨酸至脯氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的
AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:11的位置12的位置处包含
从脯氨酸至精氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋
白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、
37、39、41、43、45、47或49的位置30的位置处包含从丙氨酸至缬氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、
7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47或49的位置37的位置处包含从异亮氨酸至苏氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码
突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:1、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、
29、31、33、35、37、39、41、43、45、47或49的位置46的位置处包含从苯丙氨酸至亮氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于
SEQ ID NO:3的位置46的位置处包含从亮氨酸至苯丙氨酸的氨基酸突变。在一些实施方
案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、5、9、11、
13、15、17、19、21、23、25、29、31、33、35、37、39、41、43或45的位置48的位置处包含从缬氨酸至苏氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所
述蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、5、9、11、13、15、17、19、21、23、25、29、31、33、35、37、39、41、
43或45的位置48的位置处包含从异亮氨酸至苏氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,
突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:27、47或49的位置
48的位置处包含从苏氨酸至异亮氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因
编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:27、47或49的位置48的位置处包含
从缬氨酸至异亮氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2
蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、7、9、11、13、15、1719、21、23、25、27、29、31、33、35、
37、39、41、43、45、47或49的位置51的位置处包含从甲硫氨酸至异亮氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:1、
3、11、13、15、17、27、33、35、37、39、41、45、47或49的位置76的位置处包含从天冬酰胺至天冬氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋
白在对应于SEQ ID NO:1、3、11、13、15、17、27、33、35、37、39、41、45、47或49的位置76的位置处包含从天冬氨酸至天冬酰胺的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码
突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、
27、29、31、33、35、37、39、41、43、45或47的位置113的位置处包含从天冬氨酸至甘氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于
SEQ ID NO:49的位置113的位置处包含从甘氨酸至天冬氨酸的氨基酸突变。在一些实施方
案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、5、7、11、
13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47或49的位置145的位置处包含从苯丙氨酸至酪氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的
AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、
33、35、37、39、41、43、45、47或49的位置187的位置处包含从亮氨酸至苯丙氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:3的位置197的位置处包含从谷氨酸至天冬氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突
变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:1、5、7、9、11、13、15、
17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47或49的位置197的位置处包含从天冬氨酸至谷氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋
白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、5、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、
39、41、43、45、47或49的位置200的位置处包含从赖氨酸至苏氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、
7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47或49的位置227的位置处包含从丙氨酸至苏氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突
变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、5、23、25、27、31、33、35、37、39、41、47或
49的位置231的位置处包含从异亮氨酸至苏氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变
的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:9、11、13、15、17、19、21、
29、43或45的位置231的位置处包含从异亮氨酸至甘氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案
中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:9、11、13、15、17、
19、21、2943或45的位置231的位置处包含从苏氨酸至甘氨酸的氨基酸突变。在一些实施
方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、5、23、
25、27、31、33、35、37、39、41、47或49的位置231的位置处包含从甘氨酸至苏氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ
ID NO:3的位置256的位置处包含从苯丙氨酸至缬氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,
突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:1、5、7、9、11、13、15、
17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47或49的位置256的位置处包含从缬氨酸至苯丙氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋
白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、5、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、
37、39、41、43、45、47或49的位置264的位置处包含从丙氨酸至苏氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、
5、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47或49的位置270的位置处包含从亮氨酸至苯丙氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码
突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:41的位置282的位置处包含从苯丙氨酸
至丝氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述
蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、
43、45、47或49的位置282的位置处包含从丝氨酸至苯丙氨酸的氨基酸突变。在一些实施
方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:13的位置
289的位置处包含从缬氨酸至天冬酰胺的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基
因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、11、15、17、19、21、23、25、27、
29、31、33、35、37、39、41、43、45、47或49的位置289的位置处包含从缬氨酸至丝氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、11、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47或49的位置289的位置处包含天冬酰胺至丝氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码
突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:13的位置289的位置处包含从丝氨酸至
天冬酰胺的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述
蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、11、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、
47或49的位置292的位置处包含从缬氨酸至丙氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,
突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:19、21、23、25或43
的位置309的位置处包含从亮氨酸至异亮氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的
AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13、15、17、
27、29、31、33、35、37、39、41、45、47或49的位置309的位置处包含从异亮氨酸至亮氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应
于SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47或
49的位置320的位置处包含从亮氨酸至甲硫氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变
的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:23的位置320的位置处
包含从甲硫氨酸至亮氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的
AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:27、33、47或49的位置328的位置处包含从甲硫
氨酸至缬氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,
所述蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、11、17、19、21、23、25、29、31、35、37、39、41、43或45的位置328的位置处包含从甲硫氨酸至亮氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2
基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:27、33、47或49的位置328的位
置处包含从亮氨酸至缬氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突
变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、11、17、19、21、23、25、29、31、35、37、39、
41、43或45的位置328的位置处包含从缬氨酸至亮氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案
中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、
17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47或49的位置337的位置处包含从天冬氨酸至谷氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋
白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:13或15的位置337的位置处包含从谷氨酸至天冬氨酸
的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对
应于SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47或
49的位置338的位置处包含从亮氨酸至缬氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的
AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:13或15的位置338的位置
处包含从缬氨酸至亮氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的
AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:1、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、
33、35、37、39、41、43、45、47或49的位置357的位置处包含从甲硫氨酸至异亮氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ
ID NO:3的位置357的位置处包含从异亮氨酸至甲硫氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案
中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、
13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、37、39、41、43、45、47或49的位置381的位置处包含从亮氨酸至脯氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋
白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:35的位置381的位置处包含从脯氨酸至亮氨酸的氨基酸
突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ
ID NO:1、3、5、7、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47或49的位置394的位置处包含从苏氨酸至赖氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2
基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、17、19、21、23、25、
27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47或49的位置407的位置处包含从半胱氨酸至甘氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对
应于SEQ ID NO:13或15的位置407的位置处包含从甘氨酸至半胱氨酸的氨基酸突变。在
一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:1、
3、5、9、11、13、15、1719、21、23、29、31、35、37、39、41、43或45的位置423的位置处包含从苯丙氨酸至异亮氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋
白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、
37、39、41、43、45、47或49的位置430的位置处包含从亮氨酸至苯丙氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:5、
7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、33、41、43、45、47或49的位置467或SEQ ID NO:1、3、
29、31、35或37的位置466的位置处包含从丝氨酸至甘氨酸的氨基酸突变。在一些实施方
案中,突变的AOS2基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:39的位置467
的位置处包含从甘氨酸至丝氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码
突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、
31、33、35、37、39、41、43、45、47或49的位置480或SEQ ID NO:1、3、29、31、35或37的位置
479的位置处包含从缬氨酸至苏氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因
编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:5、7、9、11、13、15、17、19、25、27、29、
33、35、37、39、41、45、47或49的位置494或SEQ ID NO:1、3、29、35或37的位置493的位置处包含从天冬氨酸至甘氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2基因编码突变
的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:21、23或43的位置494或SEQ ID NO:31的位
置493的位置处包含从甘氨酸至天冬氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2
基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:11、13、15、17、19、21、23、25、27、
29、31、33、35、37、39、41、43、45、47或49的位置495或SEQ ID NO:1、3、29、31、35或37的位置494的位置处包含从苏氨酸至赖氨酸的氨基酸突变。在一些实施方案中,突变的AOS2
基因编码突变的AOS2蛋白,所述蛋白在对应于SEQ ID NO:1、3、29、31、35或37的位置439的位置处包含谷氨酸缺失的氨基酸突变。
[0207] 与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,突变的AOS2基因包含至少一个突变、至少两个突变、至少三个突变、至少四个突变、至少五个突变、至少六个突变、至少七个突变、至少八个突变、至少九个突变、至少十个突变、至少十一个突变、至少十二个突变、至少十三个突变、至少十四个突变、至少十五个突变、至少十六个突变、至少十七个突变、至少十八个突变、至少十九个突变、至少二十个突变、至少二十一个突变、至少二十二个突变、至少二十三个突变、至少二十四个突变、至少二十五个突变、至少二十六个突变、至少二十七个突变、至少二十八个突变、至少二十九个突变、至少三十个突变、至少三十一个突变、至少三十二个突变、至少三十三个突变、至少三十四个突变、至少三十五个突变、至少三十六个突变或至少三十七个突变。
[0208] 旁系同源物
[0209] AOS2基因中的主题突变使用所选的马铃薯AOS2基因和蛋白质进行了大致描述,其中氨基酸参考SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13、15、1719、21、23、25、27、29、31、33、35、37、
39、41、43、45、47和49中的位置,而核酸位置参考SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14、16、18、
20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48和50中的位置。所述组合物和方法还涵盖其它马铃薯栽培种以及其它植物物种的突变体AOS2基因和蛋白质(旁系同源物)。然
而,由于不同物种的AOS2基因中的变化,在一个物种中要改变的氨基酸残基数可不同于另
一物种。尽管如此,类似位置仍可由本领域的技术人员通过序列同源性而容易地鉴定。因
此,可鉴定旁系同源物中的类似位置,并且其可以突变。
[0210] 病原体
[0211] 本文所提供的组合物和方法包括赋予对病原体的抗性和/或耐受性的AOS2基因和AOS2蛋白。在一些实施方案中,病原体为疫霉属(Phytophthora)病原体。在特定
的实施方案中,病原体为致病疫霉。在特定的实施方案中,病原体为病毒、细菌、线虫真菌等。病毒病原体包括任何植物病毒,例如烟草或黄瓜花叶病毒、马铃薯病毒Y、环斑病
毒、坏死病毒、玉米矮花叶病毒等。主要作物的真菌、卵菌和病毒病原体包括但不限于疫
霉属(Phytophthora)、镰孢属的亚种(Fusarium ssp)、链格孢属(Alternaria)、腐霉属的
种(Pythium spp)、大豆花叶病毒、烟草环斑病毒、烟草线条病毒、番茄斑萎病毒、菌核菌属(Sclerotinia)、霜霉属(Peronospora)、枝孢属(Cladosporium)、白粉菌属(Erysiphe)、
曲霉属(Aspergillus)、柄锈菌属的种(Puccinia spp)、灰霉菌属的种(Botrytis spp)、布氏白粉菌属的种(Blumeria spp)和木霉属(Trichoderma)。细菌植物病原体包括感染植
物的任何细菌种并包括但不限于黄单胞菌属(Xanthomonas)(例如地毯草黄单胞菌柑橘致
病变种(Xanthomonas axonopodis pv.aurantifolii)、野油菜黄单胞菌野油菜致病变种
(Xanthomonas campestris pv.campestris)、野油菜黄单胞菌疱病致病变种(Xanthomonas campestris pv.vesicatoria))、假单胞菌属(Pseudomonas)(丁香假单胞菌番茄致病变种
(Pseudomonas syringae pv.tomato)、丁香假单胞菌菜豆致病变种(Pseudomonas syringae pv.phaseolicola)、丁香假单胞菌丁香致病变种(Pseudomonas syringae pv.syringae))、欧文氏菌属(Erwinia)(例如胡萝卜软腐欧文氏菌黑胫亚种(Erwinia carotovora subsp.
atroseptica))、罗尔斯通菌属(Ralstonia)(例如青枯菌(Ralstonia solanacearum))、番
茄溃疡病菌(Clavibacter michiganensis)和叶缘焦枯菌(Xylella fastidiosa)。
[0212] 还提供了在AOS2基因中具有一个或多个突变的转基因或非转基因植物或植物细胞,比如本文所公开的。在某些实施方案中,在AOS2基因中具有一个或多个突变的所述植
物或植物细胞具有对病原体增加的抗性和/或耐受性。在某些实施方案中,在AOS2基因中
具有一个或多个突变的所述植物或植物细胞与相应的野生型植物或细胞相比可表现出植
物、其器官、组织或细胞基本上正常的生长或发育。尤其是,所提供的方面和实施方案是在AOS2基因中具有突变的非转基因植物,比如本文所公开的,该植物在某些实施方案中具有
对致病疫霉增加的抗性和/或耐受性。
[0213] 进一步提供了用于产生具有突变的AOS2基因(例如具有如本文所述的一个或多个突变)的植物的方法;优选地该植物基本上维持野生型蛋白的催化活性,而不论是否存
在相关的病原体。在某些实施方案中,所述方法包括向植物细胞中引入在AOS2基因中具有
一个或多个靶向突变的基因修复寡核碱基(诸如本文所公开的)并鉴定具有突变的AOS2
基因的细胞、种子或植物。
[0214] 植物物种
[0215] 与本文所公开的各个方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,植物或植物细胞可以为双子叶、单子叶或裸子植物的任何物种的植物或植物细胞,包括生长为乔木或灌木的任何木本植物种,任何草本植物物种,或产生可食果实、种子或蔬菜的任何物种,或产生多彩或芳香花朵的任何物种。例如,所述植物或植物细胞可选自植物物种,所述植
物选自马铃薯、向日葵、甜菜、玉米、棉花、大豆、小麦、黑麦、燕麦、稻、油菜、水果、蔬菜、烟草、茄子(aubergine)、大麦、boxthane、高粱、番茄、青番茄、树番茄、芒果、桃子、苹果、梨、草莓、香蕉、甜瓜、枸杞、园艺黑果木、地樱桃、胡萝卜、莴苣、洋葱、豆类、甘蔗、豌豆、蚕豆、白杨、葡萄、柑橘、苜蓿、黑麦、燕麦、草坪草和牧草、葫芦科植物、亚麻、芸苔、黄瓜、南瓜、西葫芦、西瓜、香瓜、牵牛花、凤仙花、胡椒、甜椒、灯笼椒、红辣椒、青红椒、甘椒树、哈瓦那辣椒(habanero)、辣椒、茄子(eggplant)、金盏花、荷花、卷心菜、雏菊、康乃馨、郁金香、鸢尾花、百合和产坚果植物,只要它们尚未具体提及。所述植物或植物细胞可以为选自拟南芥
(Arabidopsis thaliana)、马铃薯、富利亚薯(Solanum phureja)、水稻(Oryza sativa)、糙果苋(Amaranthus tuberculatus)和玉米(Zea mays)的物种的植物或植物细胞。在多种
实施方案中,如本文所公开的植物可以为茄科的任何种的植物。
[0216] 在一些实施方案中,植物或植物细胞可以为番茄。在一些实施方案中,植物或植物细胞可以为茄子。在一些实施方案中,植物或植物细胞可以为胡椒。在一些实施方案中,植物或植物细胞可以为大豆。在一些实施方案中,植物或植物细胞可以为烟草。
[0217] 与本文所公开的方面、实施方案、组合物和方法中的任一者相结合,植物可以为任何商业品种的马铃薯。例如,所述植物或植物细胞可选自马铃薯品种,所述马铃薯品种选择选自Anya、Arran Victory、Atlantic、Belle de Fontenay、BF-15、Bintje、Cabritas、Camota、Chelina、Chiloé、Cielo、Clavela Blanca、Désirée、Fianna、Fingerling、Fontana、Flava、Golden Wonder、Innovator、Jersey Royal、Kerr's Pink、Kestrel、King Edward、Kipfler、Lady Balfour、Maris Piper、Nicola、 Pink Eye、Pink Fir Apple、
Primura、Red Norland、Red Pontiac、Rooster、Russet Burbank、Russet Norkotah、
Shepody、Spunta、Vivaldi、Yukon Gold、Nyayo、Mukori、Roslin Tana、Kerrs’s Pink/Meru、Golof、Kinongo、Ngure、Kenya Baraka、Maritta、Kihoro、Americar、Roslin Bvumbwe、Njine、Roslin Gucha、Arka、B53(Roslin Eburu)、Kiraya、Kenya Akiba、9、Original、Gituma、Mukorino、Amin、Pimpernel、Anett、B、Gituru、Feldeslohn、C、Kigeni、Romano、Kenya Ruaka、Purplu、Njae、Suzanna、Cardinal、Kathama、Kinare-Mwene、Kibururu、Karoa-Igura、Muturu、Faraja、Kiamucove、Michiri、Rugano、Njine Giathireko、Meru Mix、Blue Baranja、Patrones、Robijn、Roslin Chania、Urgentia、Mirka和Roslin Sasamua。
[0218] 在多种实施方案中,如本文所公开的植物或植物细胞可以为任何商业品种的马铃薯。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Anya的。在一些实施方案
中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Arran Victory的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Atlantic的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可
以为马铃薯品种Belle de Fontenay的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种BF-15的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Bintje的。
在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Cabritas的。在一些实施方案
中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Camota的。在一些实施方案中,所述植物或植
物细胞可以为马铃薯品种Chelina的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马
铃薯品种Chiloé、Cielo的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种
Clavela Blanca的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Désirée
的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Fianna的。在一些实施
方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Fingerling的。在一些实施方案中,所述
植物或植物细胞可以为马铃薯品种Flava的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可
以为马铃薯品种Fontana的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种
Golden Wonder的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Innovator
的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Jersey Royal的。在一些
实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Kerr's Pink的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Kestrel的。在一些实施方案中,所述植物或植物
细胞可以为马铃薯品种King Edward的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为
马铃薯品种Kipfler的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Lady
Balfour的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Maris Piper的。
在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Nicola的。在一些实施方案
中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种 的。在一些实施方案中,所述植物
或植物细胞可以为马铃薯品种Pink Eye的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以
为马铃薯品种Pink Fir Apple的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯
品种Primura的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Red Norland
的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Red Pontiac的。在一些
实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Rooster的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Russet Burbank的。在一些实施方案中,所述植物或植
物细胞可以为马铃薯品种Russet Norkotah的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞
可以为马铃薯品种Shepody的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品
种Spunta的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Vivaldi的。在
一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Yukon Gold的。在一些实施方案
中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Nyayo的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Mukori的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯
品种Roslin Tana的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Kerrs’s Pink/Meru的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Golof的。在
一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Kinongo的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Ngure的。在一些实施方案中,所述植物或植物细
胞可以为马铃薯品种Kenya Baraka的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马
铃薯品种Maritta的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Kihoro
的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Americar的。在一些实施
方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Roslin Bvumbwe的。在一些实施方案中,
所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Njine的。在一些实施方案中,所述植物或植物细
胞可以为马铃薯品种Roslin Gucha的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马
铃薯品种Arka的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种B53(Roslin Eburu)的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Kiraya的。在一些
实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Kenya Akiba的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种9的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可
以为马铃薯品种Original的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种
Gituma的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Mukorino的。在
一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Amin的。在一些实施方案中,所
述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Pimpernel的。在一些实施方案中,所述植物或植物
细胞可以为马铃薯品种Anett的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯
品种B的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Gituru的。在一些
实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Feldeslohn的。在一些实施方案中,
所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种C的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可
以为马铃薯品种Kigeni的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种
Romano的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Kenya Ruaka的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Purplu的。在一些实施方案中,
所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Njae的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞
可以为马铃薯品种Suzanna的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品
种Cardinal的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Kathama的。
在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Kinare-Mwene的。在一些实施
方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Kibururu的。在一些实施方案中,所述植
物或植物细胞可以为马铃薯品种Karoa-Igura的。在一些实施方案中,所述植物或植物细
胞可以为马铃薯品种Muturu的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品
种Faraja的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Kiamucove的。
在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Michiri的。在一些实施方案
中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Rugano的。在一些实施方案中,所述植物或植
物细胞可以为马铃薯品种Njine Giathireko的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞
可以为马铃薯品种Meru Mix的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品
种Blue Baranja的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Patrones
的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Robijn的。在一些实施方
案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Roslin Chania的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种Urgentia的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞
可以为马铃薯品种Mirka的。在一些实施方案中,所述植物或植物细胞可以为马铃薯品种
Roslin Sasamua的。
[0219] 可使用本领域常用的任何方法将基因修复寡核碱基引入植物细胞,这些方法包括但不限于微载体(生物射弹递送)、微纤维、聚乙二醇(PEG)介导的摄取、电穿孔和显微注
射。
[0220] 还提供了这样的方法和组合物,其涉及培养根据如本文所公开的方法突变的细胞以便获得产生种子的植物(此后称为“可育植物”),以及从此类可育植物产生种子和另外
的植物。
[0221] 还提供了这样的方法和组合物,其涉及培养根据如本文所公开的方法突变的细胞以便获得以基本上正常的产量产生基本上正常的块茎的植物,以使得基本上正常的植物从
块茎或含有至少一个或两个眼(休眠芽)的小块(通常称为马铃薯种薯)产生。
[0222] 还提供了AOS2基因中的突变,所述突变向植物赋予对相关病原体的抗性和/或耐受性或其中突变的AOS2基因具有与野生型AOS2相比基本上相同的或改变的酶活性。
[0223] 选择抗病原体植物和施加病原体
[0224] 可使用本领域通常已知的方法测试植物和植物细胞对病原体的抗性和/或耐受性,例如,通过使植物或植物细胞在存在病原体的情况下生长并测量与不存在病原体的情
况下的生长速率相比的生长速率。用于选择抗性和/或耐受性植物的病原体激发可通过使
用病原体的孢子囊或游动孢子施加而实现。接受这些激发的植物的抗性水平可根据各种方
法评定,诸如确定病原体DNA从受感染的植物材料中的增加速率、病斑大小进展速率等。
[0225] 如本文所用,植物、植物器官、植物组织或植物细胞基本上正常的生长定义为:植物、植物器官、植物组织或植物细胞的生长速率或细胞分裂速率为表达野生型AOS2蛋白的相应植物、植物器官、植物组织或植物细胞中的生长速率或细胞分裂速率的至少35%、至少
50%、至少60%或至少75%。
[0226] 如本文所用,植物、植物器官、植物组织或植物细胞基本上正常的发育定义为:植物、植物器官、植物组织或植物细胞中一个或多个发育事件的出现与出现在表达野生型AOS2蛋白的相应植物、植物器官、植物组织或植物细胞中的那些基本上相同。
[0227] 在某些实施方案中,本文所提供的植物器官包括但不限于叶子、茎干、根、叶芽、花芽、分生组织、胚、子叶、胚乳、萼片、花瓣、雌蕊、心皮、雄蕊、花药、小孢子、花粉、花粉管、胚珠、子房和果实,或取自它们的部分、切片、圆片等。植物组织包括但不限于愈伤组织、基本组织、维管组织、贮藏组织、分生组织、叶组织、茎组织、根组织、瘿瘤组织、植物肿瘤组织和生殖组织。植物细胞包括但不限于有细胞壁的分离细胞及其各种大小的团聚体,和原生质体。
[0228] 当植物接受相关病原体处理并提供与由接受类似处理的非耐受性类似植物所提供的剂量/反应曲线相比时向右偏移的剂量/反应曲线时,该植物为基本上“耐”该病原体
的。此类剂量/反应曲线具有绘制在X轴上的“剂量”和绘制在y轴上的“杀死百分比”、
“致病作用”等。耐受性植物将需要比非耐受性类似植物更多的病原体以产生给定的致病作用。当以田间病原体暴露的典型浓度和速率接受病原体处理时,基本上“抗”病原体的植物很少(如果有的话)表现出坏死、裂解、萎黄病或其它病变。抗病原体的植物也耐病原体。
[0229] 用于检测和定量植物中的病原体的聚合酶链式反应方法
[0230] 可利用已确立的和本领域技术人员已知的方法确定宿主对病原体的抗性。一般来讲,通常将各种不同的方法用于各种不同的病原体,但一般可将以下方法应用于真菌和细
菌病原体。
[0231] 病原体抗性和/或耐受性可通过监测植物中病原体特异性核酸的存在性和量而确定。例如,将植物中的小叶用10μL孢子囊悬液(30-40个孢子囊/μL)的液滴在中脉的
两面上接种。Oberhagemann,P,等Mol.Breed.第5卷,第399-415页(1999)。可在感染
后7天对病害症状评分。从感染的植物材料中提取DNA。使用如(示例性正向引物序列:
5’-GAAAGGCATAGAAGGTAGA-3’和示例性反向引物序列:5’-TAACCGACCAAGTAGTAAA-3’)中所述的致病疫霉–核糖体DNA特异性引物监测病原体生长。相对于马铃薯微管蛋白DNA条
带校准致病疫霉扩增子的强度。对条带强度进行定量,并转化成相对于得自对照植物的绝
对值的任意单位。Judelson,HS,等Phytopathology,第90卷,第1112-1119页(2000)。
[0232] 可通过用致病疫霉或其它所关注的病原体激发植物而评估所关注的马铃薯植物的病原体抗性水平。对于致病疫霉,将6-8周龄的植物的叶片摘下,并使背轴面向上而置于
4%的水琼脂板上。将叶子用巴斯德吸管(Pasteur pipette)在叶子的背轴面上通过一滴
孢子囊悬液(40,000-100,000个孢子囊/mL)接种。将板置于18℃的培养箱中,光周期为
12h。
[0233] 将在接种后6天并在必要时根据已公布的方法对病害发展评分,如见于Vleeshouwers等(2000)Physiol and Mol Plant Pathology,第57卷,第35–42 页;
Vleeshouwers 等 (1999)Europ J of Plant Pathology, 第 105 卷 , 第 241-250 页;
Oberhagemann等(1999)Molecular Breeding,第5卷,第399-415页。
[0234] 对于真菌感染测定,将根据针对每种真菌-宿主相互作用的已公布方法进行感染水平评估。参考文献包括Rogers等(1994)Plant Cell,第6卷,第935–945页;Valent
等(1991)Genetics,第127卷,第87-101页;Thomas等(1997)Plant Cell,第9卷,第
2209–2224页。
[0235] 通常,对于形成孢子的真菌,利用以所需的浓度含有所关注真菌的孢子的接种物进行接种。该接种物将在特定的发育阶段(例如:在第4片叶子出现前/6-8周龄等)喷在
植物上。接种的植物将在高湿度条件下在接种后温育24h,然后将转移到所需的生长条件,该条件处于适合宿主植物生长的昼夜循环下。感染密度将通常在感染后3-4天进行评估,
并根据用于宿主-病原体系统的既定方法进行评分。通常,不形成孢子的病斑将被评估为
“抗性”反应,而形成孢子的病斑被视为“易感性”反应。对后者根据病斑的大小和外观评定感染严重性。
[0236] 对于与细菌病原体相关的病害严重性的评估,将如以下文献中所述使用每种细菌物种的已公布方法:Elibox,W,等(2008)Phytopathology,第98卷,第421-426页;
Chaudhry等(2006)–Pakistan J of Botany,第38卷第1期,第193–203页;Zhao等
(2005)J of Bacteriology,第187卷,第8088页。通常,对于细菌病原体,处于预定密度
4
(例如:5x10个集落形成单位)的细菌悬液将在特定的发育阶段(例如:3周大的植物)浸
润到宿主植物的叶子中。将接种后的植物维持在高湿度下3-4天,然后通过以下方式评估
感染严重性:采集两至三个叶圆片,碾碎,并将所得的上清液铺板到细菌生长培养基上,以对由感染的植物材料产生的细菌集落形成单位计数。
[0237] 转化植物的感染严重性将通过评价与由野生型植物的感染组织产生的集落形成单位相比较的由转化植物的感染组织产生的集落形成单位而评估。
[0238] 本领域的技术人员将容易地认识到,本发明能够很好地完成本发明的目标并获得提到的以及其中固有的那些结果和优点。本文提供的实例代表优选的实施方案,是示例性
的,而无意限制本发明的范围。
[0239] 实施例
[0240] 以下是实施例,其示出用于实践本发明的程序。这些实施例不应被理解为限制性的。除非另外指明,否则所有百分比均以重量计并且所有溶剂混合物比例均按体积计。
[0241] 实施例1:使用RTDSTM技术提高植物病原体抗性
[0242] 评价所关注的栽培种在AOS2基因座处的基因型
[0243] 利用本领域技术人员已知的职业技巧,使所关注的马铃薯栽培种如下接受基因分型:将所关注的植物栽培种的基因组DNA通过已知的方法提取并接受聚合酶链式反应
(PCR)介导的基因扩增以分离存在于所述基因组DNA样本中的所有AOS2等位基因。用于扩
增的PCR引物如下:正向引物5’-CACCTTTGTATCACTAACATTACCCATCC-3’(SEQ ID NO:51)和
反向引物5’-GCATGTGTTGCTTGTTCTTATA ATTTCAG-3’(SEQ ID NO:52)。将扩增的片段克隆
进TOPO 2.1载体(Invitrogen Corporation,Carlsbad,CA)并以每次扩增12个克隆进行
测序。利用Vector NTI软件分析包(Invitrogen Corporation,Carlsba d,CA),将所得的
序列与参考序列(SEQ ID NO 2)进行比对并确定多态性位点。还利用Vector NTI序列分
析软件进行了所述核酸序列向蛋白编码序列的翻译,并将所得的序列与参考蛋白序列(SEQ ID NO1)进行比较以鉴定多态性氨基酸。迄今为止收集的所有检测到的氨基酸多态性及其
在蛋白质序列中的位置在表1中提供。根据由SEQ ID NO 1给出的参考蛋白序列的氨基酸
位置对氨基酸位置命名。
[0244] AOS2等位基因的生化活性的表征(体外)
[0245] 将鉴定的AOS2等位基因的核酸用如早前所述的引物进行PCR扩增,但分别向正向和反向引物添加Xma I和Pst I位点,以分别在等位基因的5’和3’末端引入Xma I和
Pst I位点,以有利于将扩增的产物克隆进pQE30载体从而在大肠杆菌(E.coli)(M15菌株,
Qiagen Inc,Valencia,CA)中进行异源表达。将PCR扩增的片段用Xma I和Pst I限制酶
消化,然后克隆进类似地消化的pQE30b载体(接受了定点诱变以在Xma I位点的5’插入
核苷酸以使得克隆进Xma I位点的任何基因片段与pQE30载体的编码序列在同一框内)并
通过转化进大肠杆菌菌株XL-1Blue而对克隆进行选择。将所得的表达质粒从XL-1Blue细
胞中提取出来并接受菌落PCR和测序以确认任何移码的克隆和不存在。将确认的克隆转化
进M15细胞(Qiagen Inc,Valencia,CA)并用于蛋白质表达分析。
[0246] 对于蛋白质表达分析,取所关注的菌株(例如,具有质粒而无AOS2基因的仅载体菌株和具有AOS2基因的单个等位基因的所关注菌株)的5mL过夜培养物中的500μL,各
自接种到补充了羧苄西林(100μg/mL)和卡那霉素(25μg/mL)的10mL LB培养基中。将
培养物在37℃与250rpm搅拌下温育,直到在600nm下的吸光度(A600)达到所需的OD单
位(例如,0.6-0.8个OD单位)。然后用1mM IPTG诱导细胞的蛋白质表达,并在所需的温
度(例如,12℃)与100rpm搅拌下温育所需的时间段(例如,3-7天)。用SDS PAGE凝胶
电泳监测蛋白质表达,并通过光谱分析监测I型细胞色素P450蛋白的表达。利用可商购获
得的Ni NTA结合柱根据制造商说明(Thermo Scientific,Rockford,IL)进行AOS2蛋白纯
化。
[0247] 用于表征AOS2蛋白的催化活性的生化测定
[0248] 将在大肠杆菌中表达的纯化蛋白用于测定由AOS2基因的鉴定的不同等位基因编码的蛋白质的催化活性。根据已公布的方案(Schreier和Lorenz(1982)Z.Naturforsch,
第37℃卷,第165页)进行测定。一般来讲,13S-氢过氧基-9Z,11E-十八碳三烯酸
(13-HPODE)和13S-氢过氧基-9Z,11E,15Z-十八碳三烯酸(HPOTrE)充当酶测定的底物并
且不添加酶的参考样本用作阴性对照。为了评估由不同的AOS2等位基因编码的不同蛋白
质的催化活性,通过在0.1M磷酸盐缓冲液(pH 6.0)中的3–13μM的底物溶液测定通过光
谱分析或其它手段标准化的纯化蛋白质的已知量。监测随着时间变化在A234的吸光度的
降低速率,并将所得的动力学数据用于计算每种所关注的蛋白质的比活性。将具有最高比
活性的酶视为所关注的那些酶,并将此类酶的氨基酸序列与具有较低比活性的那些进行比
较以鉴定向AOS2蛋白赋予优异催化活性的特定氨基酸位置。
[0249] 为了评价G231T突变的作用,将Bintje的StAOS2等位基因StAOS2_CB17和StAOS2_CB18的691/692核苷酸(nt)使用定点诱变(SDM)从G/G转化成A/C,从而导致相
应AOS2蛋白中的G231T转变。在整个这些AOS2蛋白中发现的氨基酸(aa)多态性在表2
中给出。使那些克隆接受了如上所述的生化测定,并且那些蛋白质以及在231aa位置处改
变的那些蛋白质的比活性在表3中给出。
[0250] 表2:在接受生化活性测定的Bintje的StAOS2等位基因的氨基酸位置48、76、231、328、423和494之间的基因型差异。
[0251]48 76 231 328 423 494
StAOS2_CB17 T N G L I D
StAOS2_CB17_G231T T N T L I D
StAOS2_CB18 T D G L I G
StAOS2_CB18_231T T D T L I G
[0252] 表3:编码蛋白质的StAOS2等位基因即StAOS2_CB18和StAOS2_CB17及其衍生物的比活性。在691/692nt位置处分别作为G/G和A/C的基因型对应于编码蛋白质中在231aa
处的G和T。
[0253]
[0254]
[0255] 如表3中所示,当将仅在231aa位置处不同的同基因蛋白的比活性彼此进行比较时,在StAOS2基因等位基因的691/692nt位置处的基因型从G/G向A/C的转化导致编码蛋
白质比活性的增加。
[0256] 对在由StAOS2_CB18编码的蛋白质的231和328位置处氨基酸谱的作用进行进一步的评价,表明在这两个位置处的氨基酸组成的组合提高AOS2蛋白的比活性。数据在表4
中提供。
[0257] 表4:由StAOS2_CB18等位基因编码的蛋白质及其在231和328aa残基处不同的衍生物的比活性。
[0258]
[0259] 由StAOS2_CB18等位基因编码的AOS2蛋白在328aa位置处的氨基酸(aa)谱从L变成V(StAOS2_CB1_L328V)在与231aa位置处的G相结合时提高活性,但与231aa位置处
的T相结合时降低活性(StAOS2_CB18_G231_L328V)。数据指出G231T转变在与L328V突变
相结合时导致AOS2蛋白比活性的降低并表明在这两个位置处的aa谱之间的相互作用影响
AOS2蛋白的活性。
[0260] 还利用了体外活性测定来测试在StAOS2_CB19中的D76N突变的作用。使StAOS2_CB19接受了SDM以产生StAOS2_CB19_D76N等位基因,其中在AOS2蛋白中的第76个残基从
天冬氨酸(D)转化成天冬酰胺(N)。利用上述方法评价了这些的比活性差异。从这些独立
试验中收集的数据表明D76N突变导致酶活性下降约30%。
[0261] 选择具有优异催化活性的那些等位基因用于植物体内测定。
[0262] AOS2等位基因的生化活性的表征(体内)
[0263] 为了评价具有优异体外生化活性的那些AOS2蛋白也将具有优异的植物体内生化活性这一假设,将表现出优异比活性的那些AOS2等位基因在组成型或拟南芥属AOS2启动
子下克隆进植物二元载体。利用根癌农杆菌介导的转化方法,将这些构建体经由既定的方
法(Bent等(2000)Plant Physiol,第124卷,第1540页)转化进拟南芥AOS2基因受到
破坏的植物株系CS6149(TAIR,http://www.arabidopsis.org/)。通过以下方面鉴定转化
体:适当的选择(取决于存在于二元载体中的选择性标记–即用于nptII基因的卡那霉素
作为选择性标记),分子手段,以及引入的AOS2基因互补因不存在功能性AOS2基因所致的
雄性不育而导致的不正常授粉/果发育AOS2缺陷表型的能力。使用既定的方法(Chebab
等(2008),PLoS ONE,第3卷:第e1904页;Schmelz等(2003)Plant Physiol,第133卷:
第295页;Engelberth等(2003)Anal Biochem,第312卷,第242页)在基础和诱导条件
下评估了AOS2基因互补的植物株系的JA和/或OPDA水平。或者,将互补的株系用于采用
拟南芥属病原体(诸如胡萝卜软腐欧文氏菌或胡萝卜亚种(ssp.carotovora)或活体营养
型卵菌(Hyaloperonospora arabidopsidis)和/或其它菌)的植物病害测定以检验以下
假设:更高的JA水平或AOS2催化活性导致对病原体增强的抗性和/或耐受性。
[0264] 为了评价AOS2蛋白的aa多态性对植物体内茉莉酸(JA)蓄积的影响,将由拟南芥AtAOS2启动子驱动的Bintje马铃薯栽培种的两个等位基因StAOS2_CB18_G231T用于互补
拟南芥aos2突变体植物的无效突变体表型。使所得的转基因进入T3代以得到纯合子,并使
所得的植物根据所述的方法(Chebab等(2008),PLoS ONE,第3卷:第e1904页;Schmelz
等(2003)Plant Physiol,第133卷:第295页;Engelberth等(2003)Anal Biochem,第
312卷,第242页)接受JA定量研究。结果示于表5中。
[0265] 表5:具有StAOS2_CB19或StAOS2_Cb18_G231T等位基因的拟南芥转基因株系的JA蓄积概况。所示的平均JA量代表在处于基础表达水平下的拟南芥属叶子组织中存在的
JA水平(以ng每克鲜重表示)。所示的结果为包括多片叶子的两个重复样本的平均值。
[0266]StAOS2等位基因 植物株系 平均JA 标准误差
StAOS2_CB19 1001-13-6 32.34 4.25
1001-14-6 29.94 5.69
1001-14-7 59.91 1.96
1001-19-4 107.21 22.59
1001-4-6 16.04 1.63
1001-9-1 20.48 7.47

StAOS2_CB18_G231T 1003-10-8 20.90 6.26
1003-16-6 84.20 24.58
1003-17-1 97.60 18.37
1003-17-2 81.08 1.81
1003-4-4 95.50 3.61
1003-7-9 67.66 30.93

aos2 0.16 0.02
Co1-0 74.17 7.53
[0267] 实验指出:总的来说,具有分别在231和328aa位置处带有T和L谱的StAOS2_CB18_G231T的拟南芥转基因比具有分别在所述位置处带有T和Vaa谱的StAOS2_CB19的那
些转基因(平均74.45ng JA/g鲜重)蓄积了更高水平的JA(平均44.32ng JA/g鲜重)。
该数据与表3中所示的一致,条件是AOS2蛋白的231与328aa之间的相互作用在调节AOS2
蛋白活性中发挥着重要作用。该数据还验证了本文所述的植物体内的体外采集数据,从而
表明AOS2蛋白的231和328位置在调节植物体内的JA水平中发挥着作用。
[0268] 为了评价StAOS2基因型和随后的AOS2蛋白的aa谱对病害耐受性的作用,将Bintje马铃薯栽培种的具有StAOS2等位基因StAOS2_CB18_G231T和StAOS2_
CB19的拟南芥转基因植物用胡萝卜软腐欧文氏菌胡萝卜亚种(Erwinia carotovora
ssp.carotovora(Ecc)) 以 5x104cfu/ml 根 据 既 定 的 方 法 (Kariola 等 ,(2003)
Arabidopsis,16:MPMI,179-187)接种。在接种后的多个时间点,取回叶子样本,并对细菌滴度定量。细菌生长在具有StAOS2_CB18_G231T的拟南芥转基因中比具有StAOS2_CB19等位
基因的那些明显更低。
[0269] 评价231aa谱对马铃薯的致病疫霉耐受性的作用
[0270] 为了将功能差别与StAOS2基因等位基因中的基因型差异相关联并检验以下假设:在691/692nt处具有A/C的StAOS2基因等位基因与在这些位置处含有G/G的那些相比
时赋予增强的耐受性,使在691/692nt位置处分别具有G/G和A/C的StAOS2等位基因的两
个变体StAOS2_CB18和StAOS2_CB18_G231T在马铃薯中在35S启动子下过表达。使用标准
离体叶片测定测试了一些所得的株系对致病疫霉的耐受性。简而言之,对于每种测试的等
位基因,从在土壤中生长的大约六株独立的4-8周龄的转基因马铃薯植物上摘下叶子,并
在叶子的背轴面上的4个位置用300个孢子接种。在接种后将叶子保持在暗处24小时,然
后在18℃下以12小时的黑暗和光照温育8天。使用独立的离体叶片测定重复实验,结果
相同。虽然得自过表达StAOS2_CB18的植物的叶子产生了与野生型Bintje马铃薯植物和
空白载体对照转基因相似的病斑,但得自具有StAOS2_CB18_G231T的转基因植物的叶子显
示出明显减少的病斑产生或无病斑产生。因此,这支持在691/692nt处具有A/C基因型的
StAOS2基因等位基因的过表达导致马铃薯植物对致病疫霉增强的耐受性。
[0271] 相似地,还使这两个基因构建体在马铃薯植物中在StAOS2基因的天然启动子下表达。马铃薯栽培种Bintje是转基因的亲系,而Bintje_pJIHoon是仅载体对照转基因株
系。还使用标准离体叶片测定(本文所述)使所得的植物株系接受了致病疫霉感染。与转
基因过表达植物所得的结果相似,虽然得自过表达StAOS2_CB18的植物的那些叶子产生了
与空白载体对照转基因相似的病斑,但得自具有StAOS2_CB1_G231T的植物的叶子显示出
明显减少的病斑产生或无病斑产生。
[0272] RTDSTM介导的AOS2等位基因转化
[0273] 为了经由RTDSTM技术转化所关注的AOS2等位基因,将AOS2GRON递送到在所关注的靶向核酸残基处携带特定改变的植物原生质体(即,经由PEG介导的核酸摄取、通过电穿
孔等)。例如,为了分别在AOS2基因的691/692位置处获得所需的A/C转化,GRON携带与
靶AOS2等位基因的691/692位置的上下游相同的序列,但在691/692位置处具有AC。使用
既定的方法使经过GRON处理的细胞发育成愈伤组织。
[0274] 选择具有所需基因型变化的植物/愈伤组织
[0275] 通过病原体激发选择法来选择具有所需变化的那些植物/愈伤组织(在马铃薯晚疫病病害系统中,病原体激发将由疫霉属孢子囊或游动孢子的施加而构成)。或者,基于非选择方法来选择具有所需变化的植物/愈伤组织,诸如对愈伤组织/植物材料进行测序,例
如对所需的靶标进行引物介导的特异性扩增以鉴定具有所需变化的那些。
[0276] 多轮RTDSTM的评价和应用
[0277] 一旦鉴定出在AOS2基因中具有所需变化的植物材料,即重复AOS2基因座的基因型分析,以完全评价AOS2等位基因多样性的性质。如果仍存在“易感性”或“中间”型等位基因,则使那些植物/愈伤组织再次接受RTDS操纵以在等位基因处产生所需的变化。如果
需要,在必要时迭代重复RTDS和选择数轮,直到获得在一个或多个AOS2基因座处的所需基
因型。
[0278] 对具有所需变化的栽培种的最终评估。
[0279] 一旦鉴定出具有靶向变化的愈伤组织,即将那些再生成植物。使用病原体测定、JA/OPDA水平评估、蛋白质表达分析,使此类植物接受评价。对于这些努力,将野生型植物用作对照以评估预期改变的程度,诸如更高的病原体抗性、含有所需转化的植物中更高的JA/OPDA水平。
[0280] 实施例2:鉴定增强AOS2活性的AOS2基因的新突变以及植物体内功能测定。
[0281] 生成StAOS2基因的新等位基因
[0282] 为了找到在自然界中未观察到的可以增强AOS2蛋白催化活性或稳定性的那些氨基酸或未通过此类基因分型分析(参见上文)检测到的那些氨基酸,利用易错PCR或定点
诱变(SDM)作出了随机诱变努力或以AOS2蛋白的特定靶残基的靶向诱变作出了更直接的
努力。对于定点诱变,靶位点可由以下位点构成:通过上述基因分型努力鉴定的和表1中的AOS2基因中的位点(例如N76D和T495K);其它位点,诸如经预测在可对底物结合或催化活
性具有影响的酶活性位点或可在一定的距离处影响催化活性的其它位点附近的那些位点。
[0283] 对于此类努力,使用包含参考基因(诸如由SEQ ID NO:2给出的)的构建体的质粒DNA,并使用既定的方法(Diversify随机PCR诱变试剂盒,Clonetech,Mountain view,CA);
易错参考(Error prone refs);QuikChange XL定点诱变试剂盒,Stratagene,San
Diego,CA)使该质粒DNA接受诱变。对突变的克隆进行选择并接受序列分析以鉴定突变,并
选择所关注的那些以使用Qiagen Inc,Valencia,CA的pQE30表达系统(参见下文)进行
异源蛋白表达。
[0284] 或者,将此类诱变构建体的文库克隆进二元载体,并转化进植物原生质体,并使转化体发育成愈伤组织并再生成植物。通过既定的方法(参见例如Chebab等,(2008),PLoSONE,第3卷:第e1904页;Schmelz(2003)Plant Physiol,第133卷:第295页;Engelberth
等(2003)Anal Biochem,第312卷,第242页)使所得的愈伤组织接受JA/OPDA水平定量,
并使用所关注的病原体(例如致病疫霉)评估这些株系的耐受性。
[0285] 实施例3:鉴定增强AOS2活性的AOS2基因的新突变以及拟南芥属中的互补分析
[0286] 将经由上述基因分型分析或诱变程序收集的AOS2基因变体转化进拟南芥aos2突变体株系CS6149(TAIR,http://www.arabidopsis.o rg/),并通过JA/OPDA水平或通过如
上所述的病原体测定来选择所关注的AOS2等位基因。
[0287] 虽然为了使本领域的技术人员完成和利用本发明已经足够详细地描述和示例性地示出了本发明,但是在不脱离本发明精神和范围的情况下各种替代形式、修改和改进应
是显而易见的。本文提供的实施例代表优选的实施方案,是示例性的,而无意作为对本发明范围的限制。其中的修改和其它用途将是本领域的技术人员能够想到的。这些修改包括在
本发明的精神内并由权利要求书的范围限定。
[0288] 对于本领域技术人员将显而易见的是,在不脱离本发明精神和范围的情况下可对本文公开的发明进行各种替换和修改。
[0289] 本说明书中提及的所有专利和出版物表明本发明所属领域的普通技术人员的水平。所有专利和出版物均以引用方式并入本文,达到如同各个出版物具体且单独地表明以
引用方式并入的相同程度。
[0290] 可将本文示例性描述的发明适宜地在不存在本文未具体公开的任何一个或多个要素、任何一个或多个限制的情况下实施。因此,例如,在本文各种情况下,术语“包含”、“基本上由...组成”和“由...组成”的任何一个均可使用另外两个术语中的任一个代替。已
采用的术语和措辞是用作描述性而非限制性的术语,并且在此类术语和措辞的使用中并不
意图排除所示的和所描述的特征或其部分的任何等同物,而是应认识到在受权利要求书保
护的本发明的范围之内可以作出各种修改。因此,应当理解,虽然本发明已通过优选的实施方案和任选的特征具体地进行公开,但本领域技术人员可能采用本文所公开的构思的修改
和变型,并且此类修改和变型被视为在本发明的范围内,本发明的范围由附随的权利要求
书限定。
[0291] 其它实施方案在以下权利要求书中陈述。
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