用于区分肠易激综合征与炎性肠病和乳糜泻的方法和系统
阅读：615发布：2020-05-12
专利汇可以提供用于区分肠易激综合征与炎性肠病和乳糜泻的方法和系统专利检索，专利查询，专利分析的服务。并且本文描述用于区分肠易激综合征(IBS)与炎性肠病(IBD)和 乳糜泻 的方法和系统。所述方法和系统可利用抗粘着斑蛋白 抗体 和抗CdtB抗体的检测来区分IBS与IBD和乳糜泻。进一步描述用于选择疗法来 治疗 IBS、IBD或乳糜泻的方法。，下面是用于区分肠易激综合征与炎性肠病和乳糜泻的方法和系统专利的具体信息内容。
1.如下在制备用于区分肠易激综合征(IBS)与炎性肠病(IBD)和乳糜泻两者的试剂中的用途：粘着斑蛋白或其片段；和/或CdtB或其片段；
其中，所述粘着斑蛋白或其片段以及所述CdtB或其片段分别用于检测从需要诊断以区分IBS与IBD和乳糜泻两者的受试者获得的生物样品中的抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的水平；并且其中，所述生物样品是全血、血清或血浆。
2.如权利要求1所述的用途，其中，所述粘着斑蛋白具有SEQ ID NO:7的氨基酸序列。
3.如权利要求1所述的用途，其中，所述CdtB从空肠弯曲杆菌、沙门氏菌、大肠杆菌和志贺氏菌产生。
4.如权利要求2所述的用途，其中，所述CdtB从空肠弯曲杆菌、沙门氏菌、大肠杆菌和志贺氏菌产生。
5.如权利要求1-3中任一项所述的用途，其中，所述CdtB具有选自SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:1中的一种氨基酸序列。
6.如权利要求1-3中任一项所述的用途，其中，所述CdtB的片段具有选自SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4中的一种氨基酸序列。
7.如权利要求4所述的用途，其中，具有SEQ ID NO:1的氨基酸序列的CdtB通过SEQ ID NO:2编码。
8.如权利要求5所述的用途，其中，具有SEQ ID NO:3的氨基酸序列的CdtB通过SEQ ID NO:6编码。
9.如权利要求1-3中任一项所述的用途，其中，所述试剂进一步包含标记，并且所述标记选自放射性标记、发色团、荧光团、量子点、酶、生物素或其组合。
10.如权利要求9所述的用途，其中，所述标记为辣根过氧化物酶(HRP)或碱性磷酸酶(AP)。
11.如权利要求1-3中任一项所述的用途，其中，使用酶联免疫吸附测定(ELISA)进行所述检测。
12.如权利要求1-3中任一项所述的用途，其中，使用免疫组织化学法、流式细胞术、荧光原位杂交(FISH)、放射免疫测定或亲和纯化进行所述检测。
用于区分肠易激综合征与炎性肠病和乳糜泻的方法和系统
[0001] 相关申请的交叉引用
[0002] 本申请包括根据35U.S.C.§119(e)要求2014年10月9日提交的当前待决的美国临时专利申请号62/061,877和2014年12月1日提交的当前待决的美国临时专利申请号62/
085,825的优先权，所述美国临时专利申请的整体内容据此以引用的方式并入。
发明领域
085,825的优先权，所述美国临时专利申请的整体内容据此以引用的方式并入。
发明领域
[0003] 本发明涉及肠易激综合征、其诊断和治疗。
[0004] 背景
[0005] 本文的所有公布都以引用的方式并入，所述引用的程度就好像明确地和个别地指示将各个别公布或专利申请以引用的方式并入一样。以下描述包括可用于理解本发明的信息。并不承认本文提供的任何信息都是现有技术或与目前要求保护的发明相关，或并不承认明确或含蓄引用的任何出版物是现有技术。
[0006] 肠易激综合征(IBS)是胃肠病学中最通常诊断的疾患，其中报道患病率是人口的约15％。在过去30年中，对IBS的诊断已基于临床标准。这是由于缺乏对这个疾患的病理生理学的了解。
[0007] 在IBS的发病机理方面已出现两种微生物性观念。第一种观念表明IBS症状似乎与小肠微生物菌丛的改变相关。这个观念的证据基于呼吸测试、小肠培养、小肠菌丛深度测序以及对消化道特异性抗生素利福昔明(rifaximin)的临床响应。第二种微生物性观念是一子组受试者在急性胃肠炎(AGE)发作之后发展IBS。对经典爆发的元分析表明在AGE之后的IBS发展率是约10％。
[0008] IBS是一种导致肠功能慢性变化(包括腹泻、便秘和交替样式)，以及腹部症状(包括疼痛和发胀)的疾患。因为IBS的症状可与器质性疾病诸如IBD和乳糜泻重叠，所以常常在排除器质性疾病之后诊断为IBS。在一项新近多国倡议中，IBS专家认同这些受试者遭受显著肠习性变化和发胀作为主要症状。在不存在IBS的明晰病理生理学的情况下，对受试者的鉴定基于“排除诊断”方法。对于患有IBS的患者，特别是患有D-IBS的那些，这个方法涉及大量花费和致病性，包括频繁身体成像、内窥镜检查和血液测试以排除对他们的症状的替代性器质性解释。
[0009] 尽管罗马标准(Rome criteria)已在用于临床试验的IBS募集的标准化方面具有价值，但这些标准仍然依赖于“排除诊断”方法，因为它们是非特异性的。例如，大多数患有克罗恩氏病(Crohn’s disease)或溃疡性结肠炎的受试者符合罗马标准。罗马II标准进一步有助于基于主要肠样式诸如腹泻和便秘主要形式来限定IBS。这个方法产生基于控制IBS的症状来治疗IBS的药物管线。已开发针对C-IBS的促动力剂和促分泌剂以及针对D-IBS的抗动力剂。然而，这些疗法并非基于IBS的原因机理，而代之以基于症状控制。因此，它们可导致产生相反症状。
[0010] 尽管对乳糜泻的诊断已通过测量血清组织转谷氨酰胺酶而得以极大增强，但在检查慢性腹泻时仍然需要区分IBS与IBD的生物标记物。本领域中仍然需要用以诊断IBS以及区分IBS与其它GI病痛诸如IBD和乳糜泻的方法、测定和系统。
[0011] 发明概述
[0012] 与意图具有示例性和说明性，而非限制范围的组合物和方法联合描述和说明以下实施方案及其各个方面。
[0013] 本发明的各种实施方案提供一种区分肠易激综合征(IBS)与炎性肠病(IBD)、乳糜泻或两者的方法，其包括：从需要诊断以区分IBS与IBD、乳糜泻或两者的受试者获得生物样品；检测所述生物样品中抗粘着斑蛋白(vinculin)抗体和抗CdtB抗体的水平；以及如果抗粘着斑蛋白抗体的所述水平高于抗粘着斑蛋白抗体的确定对照水平，抗CdtB抗体的所述水平高于抗CdtB抗体的确定对照水平，或抗粘着斑蛋白抗体的水平和抗CdtB抗体的水平两者均高于抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的所述确定对照水平，那么诊断为IBS，或如果抗粘着斑蛋白抗体的所述水平不高于抗粘着斑蛋白抗体的所述确定对照水平，并且抗CdtB抗体的所述水平不高于抗CdtB抗体的所述确定对照水平，那么诊断为IBD，疑似为IBD、乳糜泻，或疑似为乳糜泻。
[0015] 在各种实施方案中，在生物样品中检测可包括使用酶联免疫吸附测定(ELISA)。在各种实施方案中，在生物样品中检测可包括使用免疫组织化学法、流式细胞术、荧光原位杂交(FISH)、放射免疫测定或亲和纯化。
[0016] 在各种实施方案中，抗粘着斑蛋白抗体可能够特异性结合至粘着斑蛋白或SEQ ID NO:7上的表位。
[0017] 在各种实施方案中，抗CdtB抗体可能够特异性结合至空肠弯曲杆菌(Campylobacter jejuni)的CdtB或SEQ ID NO:5上的表位。
[0018] 在某些实施方案中，如果抗粘着斑蛋白抗体的水平高于抗粘着斑蛋白抗体的确定对照水平，那么可诊断为IBS。在某些实施方案中，如果抗CdtB抗体的水平高于抗CdtB抗体的确定对照水平，那么可诊断为IBS。在各种实施方案中，如果抗粘着斑蛋白抗体的水平和抗CdtB抗体的水平两者均高于抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的确定对照水平，那么可诊断为IBS。
[0019] 在各种实施方案中，抗粘着斑蛋白抗体、抗CdtB抗体或两者的确定对照水平可为光密度测量结果。
[0020] 本发明的各种实施方案提供一种选择针对肠易激综合征(IBS)、炎性肠病(IBD)或乳糜泻的治疗的方法，其包括：从需要诊断以区分IBS与IBD、乳糜泻或两者的受试者获得生物样品；检测所述生物样品中抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的水平；如果抗粘着斑蛋白抗体的所述水平高于抗粘着斑蛋白抗体的确定对照水平，抗CdtB抗体的所述水平高于抗CdtB抗体的确定对照水平，或抗粘着斑蛋白抗体的水平和抗CdtB抗体的水平两者均高于抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的所述确定对照水平，那么诊断为IBS，或如果抗粘着斑蛋白抗体的所述水平不高于抗粘着斑蛋白抗体的所述确定对照水平，并且抗CdtB抗体的所述水平不高于抗CdtB抗体的所述确定对照水平，那么诊断为IBD，疑似为IBD、乳糜泻，或疑似为乳糜泻；以及如果诊断为IBS，那么选择IBS治疗，如果诊断或疑似为IBD，那么选择IBD治疗，或如果诊断或疑似为乳糜泻，那么选择乳糜泻治疗。
[0021] 在各种实施方案中，生物样品可为全血、血清或血浆。
[0022] 在各种实施方案中，在生物样品中检测可包括使用酶联免疫吸附测定(ELISA)。在各种实施方案中，在生物样品中检测可包括使用免疫组织化学法、流式细胞术、荧光原位杂交(FISH)、放射免疫测定或亲和纯化。
[0023] 在各种实施方案中，抗粘着斑蛋白抗体可能够特异性结合至粘着斑蛋白或SEQ ID NO:7上的表位。
[0024] 在各种实施方案中，抗CdtB抗体可能够特异性结合至空肠弯曲杆菌的CdtB或SEQ ID NO:5上的表位。
[0025] 在各种实施方案中，抗粘着斑蛋白抗体、抗CdtB抗体或两者的确定对照水平可为光密度测量结果。
[0026] 在某些实施方案中，如果抗粘着斑蛋白抗体的水平高于抗粘着斑蛋白抗体的确定对照水平，那么可诊断为IBS。在某些实施方案中，如果抗CdtB抗体的水平高于抗CdtB抗体的确定对照水平，那么可诊断为IBS。在某些实施方案中，如果抗粘着斑蛋白抗体的水平和抗CdtB抗体的水平两者均高于抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的确定对照水平，那么可诊断为IBS。
[0028] 附图简述
[0029] 示例性实施方案说明于参照附图中。意图本文公开的实施方案和附图被视为具有说明性而非限制性。
[0030] 图1A描绘根据本发明的各种实施方案，在各组之间进行的抗CdtB抗体OD比较。
[0031] 图1B描绘在各组之间进行的抗CdtB抗体的光密度(OD)比较。各点代表超出须图的离群受试者。相较于任何其它组，IBS受试者中效价更高(p<0.001)。相较于健康对照和IBD受试者，患有乳糜泻的受试者中效价更高(p<0.001)。
[0032] 图2A描绘根据本发明的各种实施方案，在各组之间进行的抗粘着斑蛋白抗体OD比较。
[0033] 图2B描绘在各组之间进行的抗粘着斑蛋白抗体的光密度(OD)比较。各点代表超出须图的离群受试者。相较于任何其它组，IBS受试者中效价更高(p<0.001)。
[0034] 图3A描绘根据本发明的各种实施方案，在研究中在IBS受试者与所有非IBS受试者之间比较抗CdtB和抗粘着斑蛋白水平的接收器操作曲线(ROC)。(抗CdtB–上部线；抗粘着斑蛋白–下部线。)
[0035] 图3B描绘在研究中在IBS受试者与IBD受试者之间比较抗CdtB和抗粘着斑蛋白水平的接收器操作曲线(ROC)。AUC，曲线下面积；CI，置信区间。(抗CdtB–上部线；抗粘着斑蛋白–下部线。)
[0036] 图3C描绘在研究中在IBS受试者与健康受试者之间比较抗CdtB和抗粘着斑蛋白水平的接收器操作曲线(ROC)。(抗CdtB–上部线；抗粘着斑蛋白–下部线。)
[0037] 图4描绘根据本发明的各种实施方案，在研究中在IBS受试者与所有IBD受试者之间比较抗CdtB和抗粘着斑蛋白水平的接收器操作曲线(ROC)。(抗CdtB–上部线；抗粘着斑蛋白–下部线。)
[0038] 图5描绘在IBS受试者与乳糜泻受试者之间比较抗CdtB和抗粘着斑蛋白水平的接收器操作曲线(ROC)。(抗CdtB–开始时是上部线；抗粘着斑蛋白–开始时是下部线。)
[0039] 图6描绘在IBS受试者与患有慢性腹泻(即CD、UC和乳糜泻)的非IBS受试者之间比较抗CdtB和抗粘着斑蛋白水平的接收器操作曲线(ROC)。(抗CdtB–上部线；抗粘着斑蛋白–下部线。)
[0040] 图7描绘在IBS受试者与CD受试者之间比较抗CdtB和抗粘着斑蛋白水平的接收器操作曲线(ROC)。(抗CdtB–上部线；抗粘着斑蛋白–下部线。)
[0041] 图8描绘在IBS受试者与UC受试者之间比较抗CdtB和抗粘着斑蛋白水平的接收器操作曲线(ROC)。(抗CdtB–上部线；抗粘着斑蛋白–下部线。)
[0042] 发明描述
[0043] 本文引用的所有参考资料都好像充分阐述一样以引用的方式整体并入本文。除非另外定义，否则本文所用的技术和科学术语具有与由本发明所属领域中的普通技术人员通常理解相同的含义。Singleton等,Dictionary of Microbiology and Molecular Biology第3版,修订,J.Wiley&Sons(New York,NY 2006)；以及Sambrook和Russel,Molecular Cloning:A Laboratory Manual第4版,Cold Spring Harbor Laboratory Press(Cold
Spring Harbor,NY 2012)向本领域技术人员提供本申请中使用的许多术语的一般性指导。
对于关于如何制备抗体的参考资料，参见D.Lane,Antibodies:A Laboratory Manual第2版(Cold Spring Harbor Press,Cold Spring Harbor NY,2013)；Kohler和Milstein,(1976)Eur.J.Immunol.6:511；Queen等美国专利号5,585,089；以及Riechmann等,Nature 332:323(1988)；美国专利号4,946,778；Bird,Science 242:423-42(1988)；Huston等,
Proc.Natl.Acad.Sci.USA 85:5879-5883(1988)；Ward等,Nature 334:544-54(1989)；
Tomlinson I.和Holliger P.(2000)Methods Enzymol,326,461-479；Holliger P.(2005)Nat.Biotechnol.9月；23(9):1126-36)。
Spring Harbor,NY 2012)向本领域技术人员提供本申请中使用的许多术语的一般性指导。
对于关于如何制备抗体的参考资料，参见D.Lane,Antibodies:A Laboratory Manual第2版(Cold Spring Harbor Press,Cold Spring Harbor NY,2013)；Kohler和Milstein,(1976)Eur.J.Immunol.6:511；Queen等美国专利号5,585,089；以及Riechmann等,Nature 332:323(1988)；美国专利号4,946,778；Bird,Science 242:423-42(1988)；Huston等,
Proc.Natl.Acad.Sci.USA 85:5879-5883(1988)；Ward等,Nature 334:544-54(1989)；
Tomlinson I.和Holliger P.(2000)Methods Enzymol,326,461-479；Holliger P.(2005)Nat.Biotechnol.9月；23(9):1126-36)。
[0044] 本领域技术人员将认识到与本文所述的方法和材料类似或等效的可用于实施本发明的许多方法和材料。实际上，本发明决不限于所述方法和材料。出于本发明的目的，下文定义以下术语。
[0045] 如本文所用的“哺乳动物”是指哺乳纲的任何成员，包括不限于人和非人灵长类动物，诸如黑猩猩以及其它猿和猴物种；农场动物，诸如牛、绵羊、猪、山羊和马；家养哺乳动物，诸如狗和猫；实验室动物，包括啮齿动物，诸如小鼠、大鼠和豚鼠等。所述术语不表示特定年龄或性别。因此，成年和新生受试者以及胎儿无论雄性或雌性都意图包括在这个术语的范围内。
[0046] 如本文所用的“治疗(Treatment/treating)”是指治疗性治疗与防治性或预防性措施(例如以降低患有疾患或疾病状况的可能性)两者，其中目标在于预防或减缓(减轻)所靶向病理性疾患或病症，即使治疗最终不成功。需要治疗者包括已患有疾患或病症者、以及倾向于患有疾患或病症者或其中欲预防疾患或病症(例如降低患有疾患或病症的可能性)者。
[0048] 如本文所用的“特异性结合”是指抗体结合它的抗原的行为，并且意图排除可在随机蛋白质之间发生的低水平非特异性结合。如本文所用的“特异性结合”不意图并且不暗示抗体将不结合除如本文公开的蛋白质或多肽以外的任何蛋白质，因为抗体可与包括相关表位的任何蛋白质交叉反应。
[0049] 如本文关于参照量或对照量所用的“显著较高”是指高于所述参照量或对照量的统计显著量。
[0050] 新近验证的基于用空肠弯曲杆菌感染的感染后IBS(PI-IBS)动物模型表明AGE促成PI-IBS，从而导致小肠微生物定殖显著改变。使用这个模型，确定在这些动物中显现IBS样表型取决于特定毒素，即细胞致死性肿胀毒素B(CdtB)。值得注意的是，在不存在CdtB下，IBS样表型在这个动物模型中的显现得以缓和。在一系列随后实验中，我们发现由于分子拟态，针对CdtB的宿主抗体与宿主蛋白质粘着斑蛋白在消化道的神经肌肉器中反应。在动物模型中存在针对CdtB和粘着斑蛋白的循环抗体与显现改变的消化道微生物群体和消化道
神经肌肉器中的变化相关，包括深肌丛中卡哈尔(Cajal)间质细胞(ICC)的数目显著降低。
神经肌肉器中的变化相关，包括深肌丛中卡哈尔(Cajal)间质细胞(ICC)的数目显著降低。
[0051] 基于潜伏于IBS的这些新病理生理机理，我们基于检测人中针对粘着斑蛋白和CdtB的循环抗体来评估抗CdtB抗体和抗粘着斑蛋白抗体以及CdtB在大型IBS患者和非IBS
对照群组中的普遍性以验证IBS的生物标记物。
对照群组中的普遍性以验证IBS的生物标记物。
[0052] 本文描述的是，在不希望受任何特定理论束缚下，基于感染后IBS的病理生理机理以及随后在宿主中产生针对粘着斑蛋白的自体抗体，我们描述D-IBS的生物标记物。测试似乎不仅对于诊断D-IBS，而且在检查慢性腹泻时具有特异性，可区分D-IBS受试者与患有IBD的那些受试者。
[0053] 尽管在单次急性胃肠炎之后显现IBS的比率是约10％，但军事调度数据和数学建模表明PI-IBS可占美国IBS中的大部分。尽管并非全部，但PI-IBS主要发生在细菌性感染诸如空肠弯曲杆菌、沙门氏菌(Salmonella)、大肠杆菌(E.coli)和志贺氏菌(Shigella)感染之后。一种通常由这些生物体中的全部四种产生的毒素是细胞致死性肿胀毒素，即具有三个亚单位CdtA、CdtB和CdtC的异三聚复合物，其中CdtB是活性亚单位。
[0054] 已显示使用空肠弯曲杆菌81-176产生的验证动物模型会展现IBS样表型。值得注意的是，这些大鼠展现粪便形式变化、小肠细菌过度生长(SIBO)和为患有IBS的人所特有的直肠上皮内淋巴细胞增加。在这个模型中，影响似乎归因于消化道神经解剖学变化，其中卡哈尔间质细胞显著降低。此外，相较于被野生型空肠弯曲杆菌感染的那些，被缺乏CdtB的突变空肠弯曲杆菌菌株感染的大鼠展现显著缓和的IBS样表型，从而表明CdtB在IBS于这个模型中显现方面是重要的。通过在这个模型中进行的一系列免疫实验，确定CdtB似乎不只是通过直接毒性，而宁可说是通过针对CdtB的抗体与宿主蛋白质粘着斑蛋白交叉反应来起作用。针对CdtB和粘着斑蛋白的循环抗体的水平与SIBO在这些动物中的显现和水平相关联。
[0055] 粘着斑蛋白是一种117kDa细胞质肌动蛋白(actin)结合蛋白，其是分别在整合素(integrin)或钙粘着蛋白(cadherin)与肌动蛋白细胞骨架之间形成连结的灶性粘着与粘
着连接两者的关键组分。此外，粘着斑蛋白似乎在神经元细胞运动性和收缩性以及心脏形成方面是重要的，如通过粘着斑蛋白剔除小鼠中神经管、心肌和心内缺陷，以及杂合性变异体中应激诱发的心肌病变所证实。在一项新近公布的研究中，已显示来自幼禽螺杆菌
(Helicobacter pullorum)的Cdt会靶向肠上皮细胞中的粘着斑蛋白，从而触发粘着斑蛋白从灶性粘着非典型移位，伴随细胞粘着降低。另一研究证明粘着斑蛋白由志贺氏菌的IpA毒素用于实现细胞进入。
着连接两者的关键组分。此外，粘着斑蛋白似乎在神经元细胞运动性和收缩性以及心脏形成方面是重要的，如通过粘着斑蛋白剔除小鼠中神经管、心肌和心内缺陷，以及杂合性变异体中应激诱发的心肌病变所证实。在一项新近公布的研究中，已显示来自幼禽螺杆菌
(Helicobacter pullorum)的Cdt会靶向肠上皮细胞中的粘着斑蛋白，从而触发粘着斑蛋白从灶性粘着非典型移位，伴随细胞粘着降低。另一研究证明粘着斑蛋白由志贺氏菌的IpA毒素用于实现细胞进入。
[0056] 基于在这个动物模型中的病理生理观察结果，我们基于分子拟态假设暴露于CdtB导致可检测的针对CdtB的免疫性和针对粘着斑蛋白的自体免疫性。在这个研究中，我们使用许多IBS和非IBS患者首次评估这些抗体的水平是否充当人的D-IBS的生物标记物。我们观察到相较于健康对照、患有乳糜泻的受试者和患有IBD的受试者，在D-IBS的情况下，针对粘着斑蛋白和CdtB的血浆抗体升高，以致生物标记物似乎能够区分D-IBS与所有非IBS。基于理想截断效价，测试对于相较于IBD来鉴定D-IBS具有高特异性。因为tTG是针对乳糜泻的稳健测试，所以在检查慢性腹泻时，实际未满足需要是可可靠区分IBS与IBD的生物标记物。引起关注的是，抗CdtB而非抗粘着斑蛋白在乳糜泻的情况下也较高。针对乳糜泻的另一重要未满足需要是易于区分功能性症状与持续麸质暴露的测试。研究表明在麸质暴露之后，IBS是非响应性乳糜泻的第二最常见原因，并且因此，可区分这些症状原因的测试将在临床上是适用的。
[0057] 基于这些结果，循环抗CdtB抗体和抗粘着斑蛋白抗体是D-IBS的生物标记物，并且提供一些关于PI-IBS的病理生理学的独特观点。在不希望受任何特定理论束缚下，首先，这些是基于可涉及对肠神经系统和消化道运动性的改变的IBS显现机理的生物标记物。其次，它们代表用以使得IBS成为纳入诊断而非“排除诊断”的首个机会。因为并非所有D-IBS受试者对于这些生物标记物都测试为阳性，所以也可能这些抗体鉴定可研究出其机理和疗法的一子组IBS。最后，表明IBS可具有器质性基础。作为生物标记物，抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的测量结果可有助于在不过度探究下鉴定D-IBS，并且可有助于以在其中测试是阴性的那些受试者中进行探究为目标。
[0058] 尽管测试对于相较于乳糜泻来鉴定D-IBS具有较低特异性，但用抗tTG进行相伴测试应会对此进行弥补。
[0059] 总之，这个研究使用大规模前瞻性多中心试验验证存在抗粘着斑蛋白和抗CdtB作为区分D-IBS与IBD和健康对照的基于血液的生物标记物。抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体也似乎是感染后IBS的病理生理学的一部分，并且可鉴定一子组D-IBS供使用定向疗法。最重要的是，这似乎是在确定IBS的器质性基础方面的重要步骤。
[0060] 区分IBS与IBD和乳糜泻
[0061] 本发明的各种实施方案提供区分IBS与IBD和乳糜泻的方法、测定和系统。
[0062] 方法可包括提供来自需要诊断以区分IBS与IBD和乳糜泻的受试者的生物样品，检测所述生物样品中抗粘着斑蛋白抗体的存在性，以及如果检测到抗粘着斑蛋白抗体的所述存在性，那么诊断为IBS，或如果不存在抗粘着斑蛋白抗体，那么诊断为IBD，疑似为IBD、乳糜泻，或疑似为乳糜泻。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中存在或不存在抗粘着斑蛋白抗体。在某些实施方案中，方法进一步包括如果诊断为IBS，那么选择IBS治疗，如果诊断或疑似为IBD，那么选择IBD治疗，或如果诊断或疑似为乳糜泻，那么选择乳糜泻治疗。
[0063] 在各种实施方案中，方法可包括提供来自需要诊断以区分IBS与IBD和乳糜泻的受试者的生物样品，检测所述生物样品中抗粘着斑蛋白抗体的水平，以及如果抗粘着斑蛋白抗体的所述水平高于确定对照水平，那么诊断为IBS，或如果抗粘着斑蛋白抗体的所述水平等于或低于所述确定对照水平，那么诊断为IBD，疑似为IBD、乳糜泻，或疑似为乳糜泻。在各种实施方案中，确定对照水平是在来自不患有IBS、IBD、乳糜泻或其组合的健康受试者的抗粘着斑蛋白抗体水平的两个标准偏差内的抗粘着斑蛋白抗体的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中抗粘着斑蛋白抗体的水平。
[0064] 在各种实施方案中，方法可包括提供来自需要诊断以区分IBS与IBD和乳糜泻的受试者的生物样品，检测所述生物样品中抗粘着斑蛋白抗体的水平，以及如果抗粘着斑蛋白抗体的所述水平显著高于确定对照水平，那么诊断为IBS，或如果抗粘着斑蛋白抗体的所述水平不显著高于所述确定对照水平，那么诊断为IBD，疑似为IBD、乳糜泻，或疑似为乳糜泻。在各种实施方案中，确定对照水平是来自不患有IBS、IBD、乳糜泻或其组合的受试者的抗粘着斑蛋白抗体的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中抗粘着斑蛋白抗体的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括如果诊断为IBS，那么选择IBS治疗，如果诊断或疑似为IBD，那么选择IBD治疗，或如果诊断或疑似为乳糜泻，那么选择乳糜泻治疗。
[0065] 方法可包括提供来自需要诊断以区分IBS与IBD和乳糜泻的受试者的生物样品，检测所述生物样品中抗CdtB抗体的存在性，以及如果检测到抗CdtB抗体的所述存在性，那么诊断为IBS，或如果不存在抗CdtB抗体，那么诊断为IBD，疑似为IBD、乳糜泻，或疑似为乳糜泻。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中存在或不存在抗CdtB抗体。在某些实施方案中，方法进一步包括如果诊断为IBS，那么选择IBS治疗，如果诊断或疑似为IBD，那么选择IBD治疗，或如果诊断或疑似为乳糜泻，那么选择乳糜泻治疗。
[0066] 在各种实施方案中，方法可包括提供来自需要诊断以区分IBS与IBD和乳糜泻的受试者的生物样品，检测所述生物样品中抗CdtB抗体的水平，以及如果抗CdtB抗体的所述水平高于确定对照水平，那么诊断为IBS，或如果抗CdtB抗体的所述水平等于或低于所述确定对照水平，那么诊断为IBD，疑似为IBD、乳糜泻，或疑似为乳糜泻。在各种实施方案中，确定对照水平是在来自不患有IBS、IBD、乳糜泻或其组合的健康受试者的抗CdtB抗体水平的两个标准偏差内的抗CdtB抗体的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中抗CdtB抗体的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括如果诊断为IBS，那么选择IBS治疗，如果诊断或疑似为IBD，那么选择IBD治疗，或如果诊断或疑似为乳糜泻，那么选择乳糜泻治疗。
[0067] 在各种实施方案中，方法可包括提供来自需要诊断以区分IBS与IBD和乳糜泻的受试者的生物样品，检测所述生物样品中抗CdtB抗体的水平，以及如果抗CdtB抗体的所述水平显著高于确定对照水平，那么诊断为IBS，或如果抗CdtB抗体的所述水平不显著高于所述确定对照水平，那么诊断为IBD，疑似为IBD、乳糜泻，或疑似为乳糜泻。在各种实施方案中，确定对照水平是来自不患有IBS、IBD、乳糜泻或其组合的受试者的抗CdtB抗体的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中抗CdtB抗体的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括如果诊断为IBS，那么选择IBS治疗，或如果诊断或疑似为IBD，那么选择IBD治疗。
[0068] 在各种实施方案中，方法可包括提供来自需要诊断以区分IBS与IBD和乳糜泻的受试者的生物样品，检测所述生物样品中抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的存在性，以及如果检测到抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的所述存在性，那么诊断为IBS，或如果不存在抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体，那么诊断为IBD，疑似为IBD、乳糜泻，或疑似为乳糜泻。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中存在或不存在抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体。在某些实施方案中，方法进一步包括如果诊断为IBS，那么选择IBS治疗，如果诊断或疑似为IBD，那么选择IBD治疗，或如果诊断或疑似为乳糜泻，那么选择乳糜泻治疗。
[0069] 在各种实施方案中，方法可包括提供来自需要诊断以区分IBS与IBD和乳糜泻的受试者的生物样品，检测所述生物样品中抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的水平，以及如果抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的所述水平高于确定对照水平，那么诊断为IBS，或如果抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的所述水平等于或低于所述确定对照水平，那么诊断为IBD，疑似为IBD、乳糜泻，或疑似为乳糜泻。在各种实施方案中，确定对照水平是在来自不患有IBS、IBD、乳糜泻或其组合的健康受试者的抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体水平的两个标准偏差内的抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括如果诊断为IBS，那么选择IBS治疗，如果诊断或疑似为IBD，那么选择IBD治疗，或如果诊断或疑似为乳糜泻，那么选择乳糜泻治疗。
[0070] 在各种实施方案中，方法可包括提供来自需要诊断以区分IBS与IBD的受试者的生物样品，检测所述生物样品中抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的水平，以及如果抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的所述水平显著高于确定对照水平，那么诊断为IBS，或如果抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的所述水平不显著高于所述确定对照水平，那么诊断为IBD，疑似为IBD、乳糜泻，或疑似为乳糜泻。在各种实施方案中，确定对照水平是来自不患有IBS、IBD、乳糜泻或其组合的受试者的抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括如果诊断为IBS，那么选择IBS治疗，如果诊断或疑似为IBD，那么选择IBD治疗，或如果诊断或疑似为乳糜泻，那么选择乳糜泻治疗。
[0071] 在各种实施方案中，系统可包括来自需要区分IBS与IBD和乳糜泻的受试者的经分离生物样品，和用于检测所述生物样品中抗粘着斑蛋白抗体的存在性或抗粘着斑蛋白抗体的水平以区分IBS与IBD和乳糜泻的测定。
[0072] 在各种实施方案中，IBS可为C-IBS、D-IBS、A-IBS(也称为M-IBS)或感染后肠易激综合征(PI-IBS)。在特定实施方案中，IBS是D-IBS。
[0073] 在各种实施方案中，如果诊断或疑似为IBD，那么这可进一步与IBD症状相关联以进一步确认IBD。在其它实施方案中，可进行额外IBD测试以进一步确认IBD。
[0074] 在各种实施方案中，如果诊断或疑似为乳糜泻，那么这可进一步与乳糜泻症状相关联以进一步确认乳糜泻。在其它实施方案中，可进行额外乳糜泻测试以进一步确认乳糜泻；例如测量血清组织转谷氨酰胺酶。
[0075] 在各种实施方案中，测定是酶联免疫吸附测定(ELISA)，包括但不限于间接ELISA、夹心式ELISA、竞争性ELISA、多重和便携式ELISA。
[0076] 在各种实施方案中，测定包括如果生物样品包含抗粘着斑蛋白抗体，那么用以与生物样品反应的第一试剂(如果抗粘着斑蛋白抗体不存在，那么所述第一试剂将不与生物样品反应，但所述第一试剂仍然存在于测定中)，用以与抗粘着斑蛋白抗体反应的第二试剂(例如二抗)或用以与所述第一试剂反应的第二试剂，以及底物。在各种实施方案中，第一试剂是粘着斑蛋白或其片段。在各种实施方案中，第二试剂包含用以产生信号以指示存在抗粘着斑蛋白抗体的标记。在各种实施方案中，标记是放射性标记、发色团、荧光团、量子点、酶、辣根过氧化物酶(HRP)、碱性磷酸酶(AP)、生物素或其组合。在各种实施方案中，标记是将与底物反应的酶。在各种实施方案中，第一试剂在固相(例如板、多孔板)上。
[0077] 在各种实施方案中，测定包括用以与抗粘着斑蛋白抗体反应的第一试剂。在各种实施方案中，第一试剂包含用以产生信号以指示存在抗粘着斑蛋白抗体的标记。在各种实施方案中，标记是放射性标记、发色团、荧光团、量子点、酶、辣根过氧化物酶(HRP)、碱性磷酸酶(AP)、生物素或其组合。在各种实施方案中，试剂在固相(例如板、多孔板)上。
[0078] 在各种实施方案中，系统进一步包括如果检测到存在抗粘着斑蛋白抗体、抗CdtB抗体或两者，那么用于确定存在或可能存在IBS，或如果不存在抗粘着斑蛋白抗体、抗CdtB抗体或两者，那么用于确定存在或可能存在IBD或乳糜泻的机器。在各种实施方案中，机器是计算机。在各种实施方案中，计算机包括用于显示患者是否可能患有IBS、IBD或乳糜泻的显示元件。
[0079] 在各种实施方案中，系统进一步包括如果抗粘着斑蛋白抗体、抗CdtB抗体或两者的水平高于确定对照水平，那么用于确定存在或可能存在IBS，或如果抗粘着斑蛋白抗体、抗CdtB抗体或两者的水平等于或低于所述确定对照水平，那么用于确定存在或可能存在IBD的机器。在各种实施方案中，确定对照水平是在来自不患有IBS、IBD、乳糜泻或其组合的健康受试者的抗粘着斑蛋白抗体、抗CdtB抗体或两者的水平的两个标准偏差内的抗粘着斑蛋白抗体、抗CdtB抗体或两者的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中抗粘着斑蛋白抗体的水平。
[0080] 在各种实施方案中，系统进一步包括如果抗粘着斑蛋白抗体、抗CdtB抗体或两者的水平显著高于确定对照水平，那么用于确定存在或可能存在IBS，或如果抗粘着斑蛋白抗体、抗CdtB抗体或两者的水平不显著高于所述确定对照水平，那么用于确定存在或可能存在IBD的机器。在各种实施方案中，确定对照水平是来自不患有IBS、IBD、乳糜泻或其组合的健康受试者的抗粘着斑蛋白抗体、抗CdtB抗体或两者的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中抗粘着斑蛋白抗体、抗CdtB抗体或两者的水平。
[0081] 在各种实施方案中，机器是计算机。在各种实施方案中，计算机包括用于显示患者是否可能患有IBS、IBD或乳糜泻的显示元件。
[0082] 各种实施方案提供治疗可患有IBS、IBD或乳糜泻的受试者的IBS。方法包括提供IBS疗法以及向使用本发明方法被诊断有IBS的受试者施用所述IBS疗法。也就是说，受试者已通过根据如本文讨论的本发明方法检测抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的存在性而被
诊断有IBS。
诊断有IBS。
[0083] 在各种实施方案中，IBS疗法是如本文所述的疗法。在各种实施方案中，IBS疗法包括施用抗生素疗程以治疗IBS。在各种实施方案中，IBS疗法是现有技术中的可用疗法。在各种实施方案中，IBS疗法是如本文所述的抗生素疗程。
[0084] 在各种实施方案中，治疗的IBS可为C-IBS、D-IBS、A-IBS(也称为M-IBS)或感染后肠易激综合征(PI-IBS)。在特定实施方案中，IBS是D-IBS。
[0085] 区分IBS与IBD
[0086] 本发明的各种实施方案提供区分IBS与IBD的方法、测定和系统。
[0087] 方法可包括提供来自需要诊断以区分IBS与IBD的受试者的生物样品，检测所述生物样品中抗粘着斑蛋白抗体的存在性，以及如果检测到抗粘着斑蛋白抗体的所述存在性，那么诊断为IBS，或如果不存在抗粘着斑蛋白抗体，那么诊断为IBD或疑似为IBD。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中存在或不存在抗粘着斑蛋白抗体。在某些实施方案中，方法进一步包括如果诊断为IBS，那么选择IBS治疗，或如果诊断或疑似为IBD，那么选择IBD治疗。
[0088] 在各种实施方案中，方法可包括提供来自需要诊断以区分IBS与IBD的受试者的生物样品，检测所述生物样品中抗粘着斑蛋白抗体的水平，以及如果抗粘着斑蛋白抗体的所述水平高于确定对照水平，那么诊断为IBS，或如果抗粘着斑蛋白抗体的所述水平等于或低于所述确定对照水平，那么诊断为IBD或疑似为IBD。在各种实施方案中，确定对照水平是在来自不患有IBS、IBD或两者的健康受试者的抗粘着斑蛋白抗体水平的两个标准偏差内的抗粘着斑蛋白抗体的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中抗粘着斑蛋白抗体的水平。
[0089] 在各种实施方案中，方法可包括提供来自需要诊断以区分IBS与IBD的受试者的生物样品，检测所述生物样品中抗粘着斑蛋白抗体的水平，以及如果抗粘着斑蛋白抗体的所述水平显著高于确定对照水平，那么诊断为IBS，或如果抗粘着斑蛋白抗体的所述水平不显著高于所述确定对照水平，那么诊断为IBD或疑似为IBD。在各种实施方案中，确定对照水平是来自不患有IBS、IBD或两者的受试者的抗粘着斑蛋白抗体的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中抗粘着斑蛋白抗体的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括如果诊断为IBS，那么选择IBS治疗，或如果诊断或疑似为IBD，那么选择IBD治疗。
[0090] 方法可包括提供来自需要诊断以区分IBS与IBD的受试者的生物样品，检测所述生物样品中抗CdtB抗体的存在性，以及如果检测到抗CdtB抗体的所述存在性，那么诊断为IBS，或如果不存在抗CdtB抗体，那么诊断为IBD或疑似为IBD。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中存在或不存在抗CdtB抗体。在某些实施方案中，方法进一步包括如果诊断为IBS，那么选择IBS治疗，或如果诊断或疑似为IBD，那么选择IBD治疗。
[0091] 在各种实施方案中，方法可包括提供来自需要诊断以区分IBS与IBD的受试者的生物样品，检测所述生物样品中抗CdtB抗体的水平，以及如果抗CdtB抗体的所述水平高于确定对照水平，那么诊断为IBS，或如果抗CdtB抗体的所述水平等于或低于所述确定对照水平，那么诊断为IBD或疑似为IBD。在各种实施方案中，确定对照水平是在来自不患有IBS、IBD或两者的健康受试者的抗CdtB抗体水平的两个标准偏差内的抗CdtB抗体的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中抗CdtB抗体的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括如果诊断为IBS，那么选择IBS治疗，或如果诊断或疑似为IBD，那么选择IBD治疗。
[0092] 在各种实施方案中，方法可包括提供来自需要诊断以区分IBS与IBD的受试者的生物样品，检测所述生物样品中抗CdtB抗体的水平，以及如果抗CdtB抗体的所述水平显著高于确定对照水平，那么诊断为IBS，或如果抗CdtB抗体的所述水平不显著高于所述确定对照水平，那么诊断为IBD或疑似为IBD。在各种实施方案中，确定对照水平是来自不患有IBS、IBD或两者的受试者的抗CdtB抗体的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中抗CdtB抗体的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括如果诊断为IBS，那么选择IBS治疗，或如果诊断或疑似为IBD，那么选择IBD治疗。
[0093] 在各种实施方案中，方法可包括提供来自需要诊断以区分IBS与IBD的受试者的生物样品，检测所述生物样品中抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的存在性，以及如果检测到抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的所述存在性，那么诊断为IBS，或如果不存在抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体，那么诊断为IBD或疑似为IBD。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中存在或不存在抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体。在某些实施方案中，方法进一步包括如果诊断为IBS，那么选择IBS治疗，或如果诊断或疑似为IBD，那么选择IBD治疗。
[0094] 在各种实施方案中，方法可包括提供来自需要诊断以区分IBS与IBD的受试者的生物样品，检测所述生物样品中抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的水平，以及如果抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的所述水平高于确定对照水平，那么诊断为IBS，或如果抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的所述水平等于或低于所述确定对照水平，那么诊断为IBD或疑似为IBD。在各种实施方案中，确定对照水平是在来自不患有IBS、IBD或两者的健康受试者的抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体水平的两个标准偏差内的抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括如果诊断为IBS，那么选择IBS治疗，或如果诊断或疑似为IBD，那么选择IBD治疗。
[0095] 在各种实施方案中，方法可包括提供来自需要诊断以区分IBS与IBD的受试者的生物样品，检测所述生物样品中抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的水平，以及如果抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的所述水平显著高于确定对照水平，那么诊断为IBS，或如果抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的所述水平不显著高于所述确定对照水平，那么诊断为IBD或疑似为IBD。在各种实施方案中，确定对照水平是来自不患有IBS、IBD或两者的受试者的抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括如果诊断为IBS，那么选择IBS治疗，或如果诊断或疑似为IBD，那么选择IBD治疗。
[0096] 在各种实施方案中，系统可包括来自需要区分IBS与IBD的受试者的经分离生物样品，和用于检测所述生物样品中抗粘着斑蛋白抗体的存在性或抗粘着斑蛋白抗体的水平以区分IBS与IBD的测定。
[0097] 在各种实施方案中，IBS可为C-IBS、D-IBS、A-IBS(也称为M-IBS)或感染后肠易激综合征(PI-IBS)。在特定实施方案中，IBS是D-IBS。
[0098] 在各种实施方案中，如果诊断或疑似为IBD，那么这可进一步与IBD症状相关联以进一步确认IBD。在其它实施方案中，可进行额外IBD测试以进一步确认IBD。
[0099] 在各种实施方案中，测定是酶联免疫吸附测定(ELISA)，包括但不限于间接ELISA、夹心式ELISA、竞争性ELISA、多重和便携式ELISA。
[0100] 在各种实施方案中，测定包括如果生物样品包含抗粘着斑蛋白抗体，那么用以与生物样品反应的第一试剂(如果抗粘着斑蛋白抗体不存在，那么所述第一试剂将不与生物样品反应，但所述第一试剂仍然存在于测定中)，用以与抗粘着斑蛋白抗体反应的第二试剂(例如二抗)或用以与所述第一试剂反应的第二试剂，以及底物。在各种实施方案中，第一试剂是粘着斑蛋白或其片段。在各种实施方案中，第二试剂包含用以产生信号以指示存在抗粘着斑蛋白抗体的标记。在各种实施方案中，标记是放射性标记、发色团、荧光团、量子点、酶、辣根过氧化物酶(HRP)、碱性磷酸酶(AP)、生物素或其组合。在各种实施方案中，标记是将与底物反应的酶。在各种实施方案中，第一试剂在固相(例如板、多孔板)上。
[0101] 在各种实施方案中，测定包括用以与抗粘着斑蛋白抗体反应的第一试剂。在各种实施方案中，第一试剂包含用以产生信号以指示存在抗粘着斑蛋白抗体的标记。在各种实施方案中，标记是放射性标记、发色团、荧光团、量子点、酶、辣根过氧化物酶(HRP)、碱性磷酸酶(AP)、生物素或其组合。在各种实施方案中，试剂在固相(例如板、多孔板)上。
[0102] 在各种实施方案中，系统进一步包括如果检测到存在抗粘着斑蛋白抗体、抗CdtB抗体或两者，那么用于确定存在或可能存在IBS，或如果不存在抗粘着斑蛋白抗体、抗CdtB抗体或两者，那么用于确定存在或可能存在IBD的机器。在各种实施方案中，机器是计算机。在各种实施方案中，计算机包括用于显示患者是否可能患有IBS或IBD的显示元件。
[0103] 在各种实施方案中，系统进一步包括如果抗粘着斑蛋白抗体、抗CdtB抗体或两者的水平高于确定对照水平，那么用于确定存在或可能存在IBS，或如果抗粘着斑蛋白抗体、抗CdtB抗体或两者的水平等于或低于所述确定对照水平，那么用于确定存在或可能存在IBD的机器。在各种实施方案中，确定对照水平是在来自不患有IBS、IBD或两者的健康受试者的抗粘着斑蛋白抗体、抗CdtB抗体或两者的水平的两个标准偏差内的抗粘着斑蛋白抗
体、抗CdtB抗体或两者的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中抗粘着斑蛋白抗体的水平。
体、抗CdtB抗体或两者的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中抗粘着斑蛋白抗体的水平。
[0104] 在各种实施方案中，系统进一步包括如果抗粘着斑蛋白抗体、抗CdtB抗体或两者的水平显著高于确定对照水平，那么用于确定存在或可能存在IBS，或如果抗粘着斑蛋白抗体、抗CdtB抗体或两者的水平不显著高于所述确定对照水平，那么用于确定存在或可能存在IBD的机器。在各种实施方案中，确定对照水平是来自不患有IBS、IBD或两者的健康受试者的抗粘着斑蛋白抗体、抗CdtB抗体或两者的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中抗粘着斑蛋白抗体、抗CdtB抗体或两者的水平。
[0105] 在各种实施方案中，机器是计算机。在各种实施方案中，计算机包括用于显示患者是否可能患有IBS或IBD的显示元件。
[0106] 诊断IBS
[0107] 各种实施方案提供诊断或鉴定受试者的IBS的方法、测定和系统。
[0108] 在各种实施方案中，方法包括：提供来自需要诊断IBS的受试者的生物样品，检测所述生物样品中抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的存在性，以及如果检测到抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的所述存在性，那么确定存在或可能存在IBS，或如果检测到抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的不存在性，那么确定不存在或可能不存在IBS。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中存在或不存在抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体。
[0109] 在各种实施方案中，方法包括：提供来自需要诊断IBS的受试者的生物样品，检测所述生物样品中抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的水平，以及如果抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的所述水平高于确定对照水平，那么确定存在或可能存在IBS，或如果抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的所述水平等于或低于所述确定对照水平，那么确定不存在或可能不存在IBS。在各种实施方案中，确定对照水平是在来自不患有IBS的受试者的抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体水平的两个标准偏差内的抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的水平。
[0110] 在各种实施方案中，方法包括：提供来自需要诊断IBS的受试者的生物样品，检测所述生物样品中抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的水平，以及如果抗CdtB抗体的所述水平显著高于确定对照水平，那么确定存在或可能存在IBS，或如果抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的所述水平不显著高于所述确定对照水平，那么确定不存在或可能不存在IBS。在各种实施方案中，确定对照水平是来自不患有IBS的受试者的抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的水平。
[0111] 在各种实施方案中，方法包括：提供来自需要诊断IBS的受试者的生物样品，检测所述生物样品中抗粘着斑蛋白抗体的存在性，以及如果检测到抗粘着斑蛋白抗体的所述存在性，那么确定存在或可能存在IBS，或如果不存在抗粘着斑蛋白抗体，那么确定不存在或可能不存在IBS。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中存在或不存在抗粘着斑蛋白抗体。
[0112] 在各种实施方案中，方法包括：提供来自需要诊断IBS的受试者的生物样品，检测所述生物样品中抗粘着斑蛋白抗体的水平，以及如果抗粘着斑蛋白抗体的所述水平高于确定对照水平，那么确定存在或可能存在IBS，或如果抗粘着斑蛋白抗体的所述水平等于或低于所述确定对照水平，那么确定不存在或可能不存在IBS。在各种实施方案中，确定对照水平是在来自不患有IBS的受试者的抗粘着斑蛋白抗体水平的两个标准偏差内的抗粘着斑蛋白抗体的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中抗粘着斑蛋白抗体的水平。
[0113] 在各种实施方案中，方法包括：提供来自需要诊断IBS的受试者的生物样品，检测所述生物样品中抗粘着斑蛋白抗体的水平，以及如果抗粘着斑蛋白抗体的所述水平显著高于确定对照水平，那么确定存在或可能存在IBS，或如果抗粘着斑蛋白抗体的所述水平不显著高于所述确定对照水平，那么确定不存在或可能不存在IBS。在各种实施方案中，确定对照水平是来自不患有IBS的受试者的抗粘着斑蛋白抗体的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中抗粘着斑蛋白抗体的水平。
[0114] 在各种实施方案中，方法包括：提供来自需要诊断IBS的受试者的生物样品，检测所述生物样品中抗CdtB抗体的存在性，以及如果检测到抗CdtB抗体的所述存在性，那么确定存在或可能存在IBS，或如果不存在抗CdtB抗体，那么确定不存在或可能不存在IBS。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中存在或不存在抗CdtB抗体。
[0115] 在各种实施方案中，方法包括：提供来自需要诊断IBS的受试者的生物样品，检测所述生物样品中抗CdtB抗体的水平，以及如果抗CdtB抗体的所述水平高于确定对照水平，那么确定存在或可能存在IBS，或如果抗CdtB抗体的所述水平等于或低于所述确定对照水平，那么确定不存在或可能不存在IBS。在各种实施方案中，确定对照水平是在来自不患有IBS的受试者的抗CdtB抗体水平的两个标准偏差内的抗CdtB抗体的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中抗CdtB抗体的水平。
[0116] 在各种实施方案中，方法包括：提供来自需要诊断IBS的受试者的生物样品，检测所述生物样品中抗CdtB抗体的水平，以及如果抗CdtB抗体的所述水平显著高于确定对照水平，那么确定存在或可能存在IBS，或如果抗CdtB抗体的所述水平不显著高于所述确定对照水平，那么确定不存在或可能不存在IBS。在各种实施方案中，确定对照水平是来自不患有IBS的受试者的抗CdtB抗体的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中抗CdtB抗体的水平。
[0117] 并非所有存在抗粘着斑蛋白抗体和/或抗CdtB抗体的受试者都将患有或显现IBS；然而，这些方法提供关于受试者是否患有IBS或将显现IBS的可能性的指示。对可能存在IBS的确定可进一步通过其它IBS诊断方法或用本领域中已知的IBS症状加以关联和/或确认。
此外，对可能不存在IBS的确定也可进一步通过本领域中已知的其它IBS诊断方法或IBS症状加以关联和/或确认以排除IBS。
此外，对可能不存在IBS的确定也可进一步通过本领域中已知的其它IBS诊断方法或IBS症状加以关联和/或确认以排除IBS。
[0118] 在各种实施方案中，IBS可为C-IBS、D-IBS、A-IBS(也称为M-IBS)或感染后肠易激综合征(PI-IBS)。在特定实施方案中，IBS是D-IBS。
[0119] 在各种实施方案中，系统包括：来自需要诊断IBS的受试者的经分离生物样品，和用于检测所述生物样品中抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的存在性或水平的测定。
[0120] 在各种实施方案中，系统包括：来自需要诊断IBS的受试者的经分离生物样品，和用于检测所述生物样品中抗粘着斑蛋白抗体的存在性或水平的测定。
[0121] 在各种实施方案中，系统包括：来自需要诊断IBS的受试者的经分离生物样品，和用于检测所述生物样品中抗CdtB抗体的存在性或水平的测定。
[0122] 在各种实施方案中，测定是酶联免疫吸附测定(ELISA)，包括但不限于间接ELISA、夹心式ELISA、竞争性ELISA、多重和便携式ELISA。
[0123] 在各种实施方案中，测定包括用以与生物样品反应的第一试剂，用以与抗粘着斑蛋白抗体反应的第二试剂(例如二抗)，以及底物。在各种实施方案中，第一试剂是粘着斑蛋白或其片段，其将与抗粘着斑蛋白抗体(如果存在于生物样品中)反应。在各种实施方案中，第二试剂包含用以产生信号以指示存在抗粘着斑蛋白抗体的标记。在各种实施方案中，标记是放射性标记、发色团、荧光团、量子点、酶、辣根过氧化物酶(HRP)、碱性磷酸酶(AP)、生物素或其组合。在各种实施方案中，标记是将与底物反应的酶。在各种实施方案中，第一试剂在固相(例如板、多孔板)上。
[0124] 在各种实施方案中，测定包括用以与抗粘着斑蛋白抗体反应的第一试剂。在各种实施方案中，第一试剂包含用以产生信号以指示存在抗粘着斑蛋白抗体的标记。在各种实施方案中，标记是放射性标记、发色团、荧光团、量子点、酶、辣根过氧化物酶(HRP)、碱性磷酸酶(AP)、生物素或其组合。在各种实施方案中，试剂在固相(例如板、多孔板)上。
[0125] 在各种实施方案中，系统进一步包括如果检测到存在抗粘着斑蛋白抗体，那么用于确定存在或可能存在IBS，或如果检测到不存在抗粘着斑蛋白抗体，那么用于确定不存在或可能不存在IBS的机器。在各种实施方案中，机器是计算机。在各种实施方案中，计算机包括用于显示是否存在或不存在IBS的显示元件。
[0126] 在各种实施方案中，系统进一步包括如果抗粘着斑蛋白抗体的水平高于确定对照水平，那么用于确定存在或可能存在IBS，或如果抗粘着斑蛋白抗体的水平等于或低于所述确定对照水平，那么用于确定不存在或可能不存在IBS的机器。在各种实施方案中，确定对照水平是在来自不患有IBS的受试者的抗粘着斑蛋白抗体水平的两个标准偏差内的抗粘着斑蛋白抗体的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中抗粘着斑蛋白抗体的水平。
[0127] 在各种实施方案中，系统进一步包括如果抗粘着斑蛋白抗体的水平显著高于确定对照水平，那么用于确定存在或可能存在IBS，或如果抗粘着斑蛋白抗体的水平不显著高于所述确定对照水平，那么用于确定不存在或可能不存在IBS的机器。在各种实施方案中，确定对照水平是来自不患有IBS的受试者的抗粘着斑蛋白抗体的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中抗粘着斑蛋白抗体的水平。
[0128] 在各种实施方案中，测定包括用以与生物样品反应的第一试剂，用以与抗CdtB抗体反应的第二试剂(例如二抗)，以及底物。在各种实施方案中，第一试剂是CdtB或其片段，其将与抗CdtB抗体(如果存在于生物样品中)反应。在各种实施方案中，第二试剂包含用以产生信号以指示存在抗CdtB抗体的标记。在各种实施方案中，标记是放射性标记、发色团、荧光团、量子点、酶、辣根过氧化物酶(HRP)、碱性磷酸酶(AP)、生物素或其组合。在各种实施方案中，标记是将与底物反应的酶。在各种实施方案中，第一试剂在固相(例如板、多孔板)上。
[0129] 在各种实施方案中，测定包括用以与抗CdtB抗体反应的第一试剂。在各种实施方案中，第一试剂包含用以产生信号以指示存在抗CdtB抗体的标记。在各种实施方案中，标记是放射性标记、发色团、荧光团、量子点、酶、辣根过氧化物酶(HRP)、碱性磷酸酶(AP)、生物素或其组合。在各种实施方案中，试剂在固相(例如板、多孔板)上。
[0130] 在各种实施方案中，系统进一步包括如果检测到存在抗CdtB抗体，那么用于确定存在或可能存在IBS，或如果检测到不存在抗CdtB抗体，那么用于确定不存在或可能不存在IBS的机器。在各种实施方案中，机器是计算机。在各种实施方案中，计算机包括用于显示是否存在或不存在IBS的显示元件。
[0131] 在各种实施方案中，系统进一步包括如果抗CdtB抗体的水平高于确定对照水平，那么用于确定存在或可能存在IBS，或如果抗CdtB抗体的水平等于或低于所述确定对照水平，那么用于确定不存在或可能不存在IBS的机器。在各种实施方案中，确定对照水平是在来自不患有IBS的受试者的抗CdtB抗体水平的两个标准偏差内的抗CdtB抗体的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中抗CdtB抗体的水平。
[0132] 在各种实施方案中，系统进一步包括如果抗CdtB抗体的水平显著高于确定对照水平，那么用于确定存在或可能存在IBS，或如果抗CdtB抗体的水平不显著高于所述确定对照水平，那么用于确定不存在或可能不存在IBS的机器。在各种实施方案中，确定对照水平是来自不患有IBS的受试者的抗CdtB抗体的水平。在某些实施方案中，方法进一步包括分析生物样品中抗CdtB抗体的水平。
[0133] 在各种实施方案中，测定包括用于检测抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的水平的测定(例如如上所述)。
[0134] 在各种实施方案中，确定抗粘着斑蛋白抗体和/或抗CdtB抗体的存在性或水平包括添加如本文讨论的粘着斑蛋白或其片段和/或如本文讨论的CdtB或其片段至来自需要关于IBS进行确定的受试者的生物样品中，其中抗粘着斑蛋白抗体和/或抗CdtB抗体(如果存在于所述生物样品中)特异性结合至所述生物样品中的所述粘着斑蛋白或其所述片段和/
或所述CdtB或其所述片段；测量所述生物样品中的所述抗粘着斑蛋白抗体和所述抗CdtB抗体的水平；以及如果所述抗粘着斑蛋白抗体的所述水平高于所述抗CdtB抗体的所述水平，那么鉴定所述受试者患有IBS。
或所述CdtB或其所述片段；测量所述生物样品中的所述抗粘着斑蛋白抗体和所述抗CdtB抗体的水平；以及如果所述抗粘着斑蛋白抗体的所述水平高于所述抗CdtB抗体的所述水平，那么鉴定所述受试者患有IBS。
[0135] 在各种实施方案中，测定包括添加如本文讨论的粘着斑蛋白或其片段和/或如本文讨论的CdtB或其片段至来自需要关于IBS进行确定的受试者的生物样品中，其中抗粘着斑蛋白抗体和/或抗CdtB抗体(如果存在于所述生物样品中)特异性结合至所述生物样品中的所述粘着斑蛋白或其所述片段和/或所述CdtB或其所述片段；测量所述生物样品中的所述抗粘着斑蛋白抗体和所述抗CdtB抗体的水平；以及如果所述抗粘着斑蛋白抗体的所述水平高于所述抗CdtB抗体的所述水平，那么鉴定所述受试者患有IBS。
[0136] 选择治疗和治疗
[0137] 各种实施方案提供一种选择用于有此需要的受试者的IBS疗法的方法。
[0138] 在各种实施方案中，方法包括：检测需要诊断以区分IBS与IBD、乳糜泻或两者的受试者中抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的存在性；以及选择用以治疗IBS的疗法。
[0139] 在各种实施方案中，方法包括：检测需要诊断以区分IBS与IBD、乳糜泻或两者的受试者中抗粘着斑蛋白抗体的存在性；以及选择用以治疗IBS的疗法。
[0140] 在各种实施方案中，方法包括：检测需要诊断以区分IBS与IBD、乳糜泻或两者的受试者中抗CdtB抗体的存在性；以及选择用以治疗IBS的疗法。
[0142] 在各种实施方案中，方法进一步包括施用疗法以治疗IBS。在各种实施方案中，疗法是如本文所述的疗法。在各种实施方案中，可用疗法包括施用抗生素疗程以治疗IBS。在各种实施方案中，疗法是现有技术中的可用疗法。
[0143] 在各种实施方案中，方法包括：检测抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的存在性；以及选择抗生素疗程以治疗IBS。在各种实施方案中，方法进一步包括施用抗生素疗程治疗IBS。
[0144] 在各种实施方案中，方法包括：检测抗粘着斑蛋白抗体的存在性；以及选择抗生素疗程以治疗IBS。在各种实施方案中，方法进一步包括施用抗生素疗程治疗IBS。
[0145] 在各种实施方案中，方法包括：检测抗CdtB抗体的存在性；以及选择抗生素疗程以治疗IBS。在各种实施方案中，方法进一步包括施用抗生素疗程治疗IBS。
[0146] 在各种实施方案中，检测抗粘着斑蛋白抗体、抗CdtB抗体或两者的存在性可如所述通过本发明的方法或系统来进行。
[0147] 在各种实施方案中，受试者可为呈现IBS的一种或多种症状；例如如本文讨论的症状的受试者。
[0148] 抗生素的实例包括但不限于氨基糖苷(aminoglycoside)(例如阿米卡星(amikacin)、庆大霉素(gentamicin)、卡那霉素(kanamycin)、新霉素(neomycin)、奈替米星(netilmicin)、链霉素(streptomycin)、妥布霉素(tobramycin)、巴龙霉素
(paromomycin))、安沙霉素(ansamycin)(例如格尔德霉素(geldanamycin)、除莠霉素
(herbimycin))、碳头孢烯(carbacephem)(例如氯拉卡比(loracarbef))、碳青霉烯
(carbapenem)(例如厄他培南(ertapenem)、多利培南(doripenem)、亚胺培南(imipenem)、西司他丁(cilastatin)、美罗培南(meropenem))、头孢菌素(cephalosporin)(例如第一代：
头孢羟胺苄(cefadroxil)、头孢唑啉(cefazolin)、头孢噻吩(cefalotin)或头孢噻吩
(cefalothin)、头孢立新(cefalexin)；第二代：头孢克洛(cefaclor)、头孢羟唑
(cefamandole)、头孢西丁(cefoxitin)、头孢罗齐(cefprozil)、头孢呋辛(cefuroxime)；第三代：头孢克肟(cefixime)、头孢地尼(cefdinir)、头孢托仑(cefditoren)、头孢哌酮
(cefoperazone)、头孢噻肟(cefotaxime)、头孢泊肟(cefpodoxime)、头孢他啶
(ceftazidime)、头孢布坦(ceftibuten)、头孢唑肟(ceftizoxime)、头孢曲松
(ceftriaxone)；第四代：头孢吡肟(cefepime)；第五代：头孢吡普(ceftobiprole))、糖肽(例如替考拉宁(teicoplanin)、万古霉素(vancomycin))、大环内酯(macrolide)(例如阿奇霉素(azithromycin)、克拉霉素(clarithromycin)、地红霉素(dirithromycin)、红霉素(erythromycin)、罗红霉素(roxithromycin)、醋竹桃霉素(troleandomycin)、泰利霉素(telithromycin)、壮观霉素(spectinomycin))、单环β-内酰胺(monobactam)(例如胺曲南(aztreonam))、青霉素(penicillin)(例如阿莫西林(amoxicillin)、氨苄青霉素
(ampicillin)、阿洛西林(azlocillin)、羧苄青霉素(carbenicillin)、氯唑西林
(cloxacillin)、双氯西林(dicloxacillin)、氟氯西林(flucloxacillin)、美洛西林
(mezlocillin)、甲氧西林(meticillin)、萘夫西林(nafcillin)、苯唑西林(oxacillin)、青霉素(penicillin)、哌拉西林(piperacillin)、提卡西林(ticarcillin))、抗生素多肽(例如杆菌肽(bacitracin)、粘菌素(colistin)、多粘菌素b(polymyxin b))、喹诺酮
(quinolone)(例如环丙沙星(ciprofloxacin)、依诺沙星(enoxacin)、加替沙星
(gatifloxacin)、左氧氟沙星(levofloxacin)、洛美沙星(lomefloxacin)、莫西沙星
(moxifloxacin)、诺氟沙星(norfloxacin)、氧氟沙星(ofloxacin)、曲伐沙星
(trovafloxacin))、利福霉素(rifamycin)(例如利福平(rifampicin)或利福平
(rifampin)、利福布丁(rifabutin)、利福喷丁(rifapentine)、利福昔明(rifaximin))、磺酰胺(sulfonamide)(例如磺胺米隆(mafenide)、偶氮磺胺(prontosil)、乙酰磺胺
(sulfacetamide)、磺胺甲噻二唑(sulfamethizole)、磺胺(sulfanilamide)、硫氮磺胺吡啶(sulfasalazine)、磺胺异噁唑(sulfisoxazole)、三甲氧苄二氨嘧啶(trimethoprim)、三甲氧苄二氨嘧啶-磺胺甲噁唑(trimethoprim-sulfamethoxazole)(复方磺胺甲噁唑)，“tmp-smx”)和四环素(tetracycline)(例如地美环素(demeclocycline)、多西环素
(doxycycline)、米诺环素(minocycline)、氧四环素(oxytetracycline)、四环素
(tetracycline))以及胂凡纳明(arsphenamine)、氯霉素(chloramphenicol)、克林达霉素(clindamycin)、林肯霉素(lincomycin)、乙胺丁醇(ethambutol)、磷霉素(fosfomycin)、梭链孢酸(fusidic acid)、呋喃唑酮(furazolidone)、异烟肼(isoniazid)、利奈唑胺
(linezolid)、甲硝哒唑(metronidazole)、莫匹罗星(mupirocin)、硝呋妥因
(nitrofurantoin)、平板霉素(platensimycin)、吡嗪酰胺(pyrazinamide)、奎奴普丁
(quinupristin)/达福普汀(dalfopristin)组合和磺甲硝咪唑(tinidazole)或其组合。在各种实施方案中，抗生素是利福昔明和新霉素的组合。在各种实施方案中，抗生素是利福昔明和多西环素的组合。在各种实施方案中，抗生素是利福昔明和甲硝哒唑的组合。
(paromomycin))、安沙霉素(ansamycin)(例如格尔德霉素(geldanamycin)、除莠霉素
(herbimycin))、碳头孢烯(carbacephem)(例如氯拉卡比(loracarbef))、碳青霉烯
(carbapenem)(例如厄他培南(ertapenem)、多利培南(doripenem)、亚胺培南(imipenem)、西司他丁(cilastatin)、美罗培南(meropenem))、头孢菌素(cephalosporin)(例如第一代：
头孢羟胺苄(cefadroxil)、头孢唑啉(cefazolin)、头孢噻吩(cefalotin)或头孢噻吩
(cefalothin)、头孢立新(cefalexin)；第二代：头孢克洛(cefaclor)、头孢羟唑
(cefamandole)、头孢西丁(cefoxitin)、头孢罗齐(cefprozil)、头孢呋辛(cefuroxime)；第三代：头孢克肟(cefixime)、头孢地尼(cefdinir)、头孢托仑(cefditoren)、头孢哌酮
(cefoperazone)、头孢噻肟(cefotaxime)、头孢泊肟(cefpodoxime)、头孢他啶
(ceftazidime)、头孢布坦(ceftibuten)、头孢唑肟(ceftizoxime)、头孢曲松
(ceftriaxone)；第四代：头孢吡肟(cefepime)；第五代：头孢吡普(ceftobiprole))、糖肽(例如替考拉宁(teicoplanin)、万古霉素(vancomycin))、大环内酯(macrolide)(例如阿奇霉素(azithromycin)、克拉霉素(clarithromycin)、地红霉素(dirithromycin)、红霉素(erythromycin)、罗红霉素(roxithromycin)、醋竹桃霉素(troleandomycin)、泰利霉素(telithromycin)、壮观霉素(spectinomycin))、单环β-内酰胺(monobactam)(例如胺曲南(aztreonam))、青霉素(penicillin)(例如阿莫西林(amoxicillin)、氨苄青霉素
(ampicillin)、阿洛西林(azlocillin)、羧苄青霉素(carbenicillin)、氯唑西林
(cloxacillin)、双氯西林(dicloxacillin)、氟氯西林(flucloxacillin)、美洛西林
(mezlocillin)、甲氧西林(meticillin)、萘夫西林(nafcillin)、苯唑西林(oxacillin)、青霉素(penicillin)、哌拉西林(piperacillin)、提卡西林(ticarcillin))、抗生素多肽(例如杆菌肽(bacitracin)、粘菌素(colistin)、多粘菌素b(polymyxin b))、喹诺酮
(quinolone)(例如环丙沙星(ciprofloxacin)、依诺沙星(enoxacin)、加替沙星
(gatifloxacin)、左氧氟沙星(levofloxacin)、洛美沙星(lomefloxacin)、莫西沙星
(moxifloxacin)、诺氟沙星(norfloxacin)、氧氟沙星(ofloxacin)、曲伐沙星
(trovafloxacin))、利福霉素(rifamycin)(例如利福平(rifampicin)或利福平
(rifampin)、利福布丁(rifabutin)、利福喷丁(rifapentine)、利福昔明(rifaximin))、磺酰胺(sulfonamide)(例如磺胺米隆(mafenide)、偶氮磺胺(prontosil)、乙酰磺胺
(sulfacetamide)、磺胺甲噻二唑(sulfamethizole)、磺胺(sulfanilamide)、硫氮磺胺吡啶(sulfasalazine)、磺胺异噁唑(sulfisoxazole)、三甲氧苄二氨嘧啶(trimethoprim)、三甲氧苄二氨嘧啶-磺胺甲噁唑(trimethoprim-sulfamethoxazole)(复方磺胺甲噁唑)，“tmp-smx”)和四环素(tetracycline)(例如地美环素(demeclocycline)、多西环素
(doxycycline)、米诺环素(minocycline)、氧四环素(oxytetracycline)、四环素
(tetracycline))以及胂凡纳明(arsphenamine)、氯霉素(chloramphenicol)、克林达霉素(clindamycin)、林肯霉素(lincomycin)、乙胺丁醇(ethambutol)、磷霉素(fosfomycin)、梭链孢酸(fusidic acid)、呋喃唑酮(furazolidone)、异烟肼(isoniazid)、利奈唑胺
(linezolid)、甲硝哒唑(metronidazole)、莫匹罗星(mupirocin)、硝呋妥因
(nitrofurantoin)、平板霉素(platensimycin)、吡嗪酰胺(pyrazinamide)、奎奴普丁
(quinupristin)/达福普汀(dalfopristin)组合和磺甲硝咪唑(tinidazole)或其组合。在各种实施方案中，抗生素是利福昔明和新霉素的组合。在各种实施方案中，抗生素是利福昔明和多西环素的组合。在各种实施方案中，抗生素是利福昔明和甲硝哒唑的组合。
[0149] 在各种实施方案中，抗生素是非可吸收抗生素。非可吸收抗生素的实例包括但不限于利福昔明、新霉素、杆菌肽、万古霉素、替考拉宁、雷莫拉宁(ramoplanin)和巴龙霉素。
[0150] 在各种实施方案中，治疗的IBS可为C-IBS、D-IBS、A-IBS(也称为M-IBS)或感染后肠易激综合征(PI-IBS)。在特定实施方案中，IBS是D-IBS。
[0151] 各种实施方案提供治疗受试者的IBS。方法包括提供IBS疗法以及向使用本发明方法被诊断有IBS的受试者施用所述IBS疗法。也就是说，受试者已通过根据如本文讨论的本发明方法检测抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB抗体的存在性而被诊断有IBS。
[0152] 在各种实施方案中，IBS疗法是如本文所述的疗法。在各种实施方案中，IBS疗法包括施用抗生素疗程以治疗IBS。在各种实施方案中，IBS疗法是现有技术中的可用疗法。在各种实施方案中，IBS疗法是如本文所述的抗生素疗程。
[0153] 在各种实施方案中，治疗的IBS可为C-IBS、D-IBS、A-IBS(也称为M-IBS)或感染后肠易激综合征(PI-IBS)。在特定实施方案中，IBS是D-IBS。
[0154] 光密度作为抗体水平的测量结果
[0155] 在某些实施方案中，光密度(OD)用于度量抗粘着斑蛋白抗体和/或抗CDT抗体的水平。例如，在各种实施方案中，光密度充当确定对照水平。在某些实施方案中，当抗粘着斑蛋白抗体的OD(ODV)大于1.62、1.86或2.23时，受试者被确定患有IBS。在各种实施方案中，当抗粘着斑蛋白抗体的OD(ODV)大于1.00、1.25、1.50、1.75、2.00、2.25、2.50、2.75时，受试者被确定患有IBS。在某些实施方案中，这些OD数值基于1:32的生物样品稀释度和1.2ug/ml的抗原浓度。
[0156] 在某些实施方案中，当抗CDT抗体的OD(ODCDT)大于2.48或2.79时，受试者被确定患有IBS。在各种实施方案中，当抗CDT抗体的OD(ODCDT)大于2.00、2.25、2.50、2.75、3.00时，受试者被确定患有IBS。在某些实施方案中，这些OD数值基于1:512的生物样品稀释度和1.2ug/ml的抗原浓度。
[0157] 在其它实施方案中，ODV和ODCDT截断点可基于不同生物样品稀释度和抗原来确定，并且包括在本发明的实施方案内。
[0158] 在其它实施方案中，以上确定可用于指导对受试者的治疗。在一个实施方案中，可能存在IBS或可能患有IBS的受试者可用一种或多种IBS疗法治疗。
[0159] 本领域普通技术人员将能够基于对IBS的诊断来选择可用于IBS的治疗。例如，诸如利福昔明和新霉素的抗生素可用于治疗IBS。特定来说，利福昔明可用于治疗腹泻占主导地位的IBS，并且利福昔明/新霉素组合可用于治疗便秘占主导地位的IBS。
[0160] 抗粘着斑蛋白抗体
[0161] 在各种实施方案中，以这些方法或系统检测的抗粘着斑蛋白抗体是特异性结合至粘着斑蛋白的抗体。
[0162] 在各种实施方案中，抗粘着斑蛋白抗体是特异性结合至与粘着斑蛋白的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22个连续残基具有至少95％、96％、97％、
98％、99％或100％同源性的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22残基肽的抗体。
98％、99％或100％同源性的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22残基肽的抗体。
[0163] 在另一实施方案中，抗粘着斑蛋白抗体特异性结合至包含5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22个残基，与粘着斑蛋白的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、
15、16、17、18、19、20、21或22个连续残基具有至少95％、96％、97％、98％、99％或100％同源性的多肽。
15、16、17、18、19、20、21或22个连续残基具有至少95％、96％、97％、98％、99％或100％同源性的多肽。
[0164] 在另一实施方案中，抗粘着斑蛋白抗体特异性结合至包含粘着斑蛋白的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22个连续残基或由所述连续残基组成的多肽。
[0165] 在各种实施方案中，抗粘着斑蛋白抗体是特异性结合至SEQ ID NO:7的抗体。
[0166] 在各种实施方案中，抗粘着斑蛋白抗体是特异性结合至与SEQ ID NO:7的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22个连续残基具有至少95％、96％、97％、
98％、99％或100％同源性的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22残基肽的抗体。
98％、99％或100％同源性的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22残基肽的抗体。
[0167] 在另一实施方案中，抗粘着斑蛋白抗体特异性结合至包含5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22个残基，与SEQ ID NO:7的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、
15、16、17、18、19、20、21或22个连续残基具有至少95％、96％、97％、98％、99％或100％同源性的多肽。
15、16、17、18、19、20、21或22个连续残基具有至少95％、96％、97％、98％、99％或100％同源性的多肽。
[0168] 在另一实施方案中，抗粘着斑蛋白抗体特异性结合至包含SEQ ID NO:7的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22个连续残基或由所述连续残基组成的多肽。
[0169] 粘着斑蛋白或SEQ ID NO:7的连续残基包括粘着斑蛋白或SEQ ID NO:7的在任何氨基酸处开始以及在任何氨基酸处结束的那些。
[0170] 粘着斑蛋白的蛋白质序列(SEQ ID NO：7)：
[0171] MPVFHTRTIESILEPVAQQISHLVIMHEEGEVDGKAIPDLTAPVAAVQAAVSNLVRVGKETVQTTEDQILKRDMPPAFIKVENACTKLVQAAQMLQSDPYSVPARDYLIDGSRGILSGTSDLLLTFDEAEVRKIIRVCKGILEYLTVAEVVETMEDLVTYTKNLGPGMTKMAKMIDERQQELTHQEHRVMLVNSMNTVKELLPVLISAMKIFVTTKNSKNQGIEEALKNRNFTVEKMSAEINEIIRVLQLTSWDEDAWASKDTEAMKRALASIDSKLNQAKGWLRDPSASPGDAGEQAIRQILDEAGKVGELCAGKERREILGTCKMLGQMTDQVADLRARGQGSSPVAMQKAQQVSQGLDVLTAKVFNAARKLEAMTNSKQSIAKKIDAAQNWLADPNGGPEGEEQIRGALAEARKIAELCDDPKERDDILRSLGEISALTSKLADLRRQGKGDSPEARALAKQVATALQNLQTKTNRAVANSRPAKAAVHLEGKIEQAQRWIDNPTVDDRGVGQAAIRGLVAEGHRLANVMMGPYRQDLLAKCDRVDQLTAQLADLAARGEGESPQARALASQLQDSLKDLKARMQEAMTQEVSDVFSDTTTPIKLLAVAATAPPDAPNREEVFDERAANFENHSGKLGATAEKAAAVGTANKSTVEGIQASVKTARELTPQVVSAARILLRNPGNQAAYEHFETMKNQWIDNVEKMTGLVDEAIDTKSLLDASEEAIKKDLDKCKVAMANIQPQMLVAGATSIARRANRILLVAKREVENSEDPKFREAVKAASDELSKTISPMVMDAKAVAGNISDPGLQKSFLDSGYRILGAVAKVREAFQPQEPDFPPPPPDLEQLRLTDELAPPKPPLPEGEVPPPRPPPPEEKDEEFPEQKAGEVTNQPMMMAARQLHDEARKWSSKGNDIIAAAKRMALLMAEMSRLVRGGSGTKRALIQCAKDIAKASDEVTRLAKEVAKQCTDKRIRTNLLQVCERIPTISTQLKILSTVKATMLGRTNISDEESEQATEMLVHNAQNLMQSVKETVREAEAASIKIRTDAGFTLRWVRKTPWYQ
[0172] 在各种实施方案中，对从受试者获得的生物样品进行抗体的存在性或不存在性的检测。在另一实施方案中，对从受试者获得的血液、血清、或粪便样品进行抗体的存在性或不存在性的检测。本领域普通技术人员将易于了解可用于检测特异性结合至粘着斑蛋白、SEQ ID NO：7或其片段的抗体的存在性或不存在性的方法和系统。这些方法和系统包括但不限于ELISA、免疫组织化学法、流式细胞术、荧光原位杂交(FISH)、放射免疫测定和亲和纯化。
[0173] 在各种实施方案中，粘着斑蛋白、SEQ ID NO：7或其片段(如上所述)作为被作用物或试剂(例如收集剂、捕集剂)用于结合抗粘着斑蛋白抗体(如果存在)。
[0174] 在某些实施方案中，检测特异性结合至粘着斑蛋白、SEQ ID NO：7或其片段的抗体的存在性或不存在性可通过使粘着斑蛋白、SEQ ID NO：7或其片段与从受试者获得的生物样品接触以分离特异性结合至粘着斑蛋白、SEQ ID NO：7或其片段的所述抗体来进行，其中分离到特异性结合至粘着斑蛋白、SEQ ID NO：7或其片段的所述抗体指示存在所述抗体，而缺乏分离到特异性结合至粘着斑蛋白、SEQ ID NO：7或其片段的所述抗体指示缺乏所述抗体。在各种实施方案中，粘着斑蛋白或SEQ ID NO：7的片段可为如本文所述的片段。作为一实例，可使包含粘着斑蛋白、SEQ ID NO：7或其片段的亲和基质结合于固体载体；可使生物样品与所述亲和基质接触以产生亲和基质-抗体复合物(如果抗体存在)；可使所述亲和基质-抗体复合物与生物样品的其余部分分离；并且可使抗体从所述亲和基质释放。在另一实例中，可将标记(例如荧光标记)放置在粘着斑蛋白、SEQ ID NO：7或其片段上；可使经标记粘着斑蛋白、SEQ ID NO：7或其片段与生物样品接触以使抗体(如果存在)特异性结合至所述经标记粘着斑蛋白、SEQID NO：7或其片段。在各种实施方案中，可分离出经标记粘着斑蛋白、SEQ ID NO：7或其片段，并且分析它与抗体的结合。
[0175] 抗CdtB抗体
[0176] 在各种实施方案中，抗CdtB抗体是特异性结合至CDT的CdtB亚单位的抗体。CdtB氨基酸序列的一实例是具有氨基酸序列(SEQ ID NO：5)的空肠弯曲杆菌细胞致死性肿胀毒素B。CdtB氨基酸序列的另一实例是具有氨基酸序列(SEQ ID NO：1)和核酸序列(SEQ ID NO：2)的大肠弯曲杆菌(Campylobacter coli)细胞致死性肿胀毒素B。
[0177] SEQ ID NO：5：
[0178] MKKIICLFLSFNLAFANLENFNVGTWNLQGSSAATESKWSVSVRQLVSGANPLDILMIQEAGTLPRTATPTGRHVQQGGTPIDEYEWNLGTLSRPDRVFIYYSRVDVGANRVNLAIVSRMQAEEVIVLPPPTTVSRPIIGIRNGNDAFFNIHALANGGTDVGAIITAVDAHFANMPQVNWMIAGDFNRDPSTITSTVDRELANRIRVVFPTSATQASGGTLDYAITGNSNRQQTYTPPLLAAILMLASLRSHIVSDHFPVNFRKF
[0179] SEQ ID NO：1：
[0180] MKKIVFLILSFNVLFAALENYNTGTWNLQGSSAATESKWNVSIRQLITGANPMDVLAVQEAGVLPSTAMMTPRQVQPVGVGIPIHEYIWNLGSVSRPSSVYIYYSRVDVGANRVNLAIVSRVQADEVFVLPPPTVASRPIIGIRIGNDAFFNIHALASGGNDAGAIVAAVDMFFRNRPDINWMILGDFNRESGALVTLLDPDLRARTRVVVPPSSTQTSGRTIDYAITGNSNTAALYNPPPIVAILALEGLRTFLASDHFPVNFRRP
[0181] SEQ ID NO：2：
[0182]
[0183] 因此，在各种实施方案中，抗体特异性结合至SEQ ID NO：5(空肠弯曲杆菌的CdtB)。在各种实施方案中，抗CdtB抗体是特异性结合至与SEQ ID NO：5至少80％、85％、
90％、95％、96％、97％、98％或99％同一的氨基酸序列的抗体。
90％、95％、96％、97％、98％或99％同一的氨基酸序列的抗体。
[0184] 在另一实施方案中，抗CdtB抗体是特异性结合至SEQ ID NO：1(大肠弯曲杆菌的CdtB)的抗体。在各种实施方案中，抗CdtB抗体是特异性结合至与SEQ ID NO：1至少80％、
85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％同一的氨基酸序列的抗体。
85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％同一的氨基酸序列的抗体。
[0185] 在另一实施方案中，抗CdtB抗体是特异性结合至CdtB的17残基肽(例如SEQ.ID NO:1或5的17个残基)的抗体。在一个实施方案中，17残基肽具有以下序列：
LDYAITGNSNRQQTYTP(SEQ ID NO:3)。
LDYAITGNSNRQQTYTP(SEQ ID NO:3)。
[0186] 在其它实施方案中，抗CdtB抗体是特异性结合至与CdtB的17个连续残基具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％同源性的17残基肽(例如SEQ.ID NO:
1或5的17个连续残基)的抗体。在一个实施方案中，CdtB的17个残基具有以下序列：
LDYAITGNSNRQQTYTP(SEQ ID NO:3)。
1或5的17个连续残基)的抗体。在一个实施方案中，CdtB的17个残基具有以下序列：
LDYAITGNSNRQQTYTP(SEQ ID NO:3)。
[0187] 在其它实施方案中，抗CdtB抗体是特异性结合至包含17个残基，与CdtB的17个连续残基具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％同源性的多肽(例如SEQ.ID NO:1或5的17个残基)的抗体。在一个实施方案中，CdtB的17个连续残基具有以下序列：LDYAITGNSNRQQTYTP(SEQ ID NO:3)。
[0188] 在另一实施方案中，抗CdtB抗体是特异性结合至具有以下序列的18残基肽的抗体：CLDYAITGNSNRQQTYTP(SEQ ID NO:4)。出于缀合的目的将在N末端的半胱氨酸添加至SEQ ID NO:3中。
[0189] 在其它实施方案中，抗CdtB抗体是特异性结合至包含18个残基，与CLDYAITGNSNRQQTYTP(SEQ ID NO:4)具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、
99％或100％同源性的多肽的抗体。
99％或100％同源性的多肽的抗体。
[0190] 在另一实施方案中，抗CdtB抗体是特异性结合至与CdtB的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22个连续残基具有至少80％、85％、90％、95％、96％、
97％、98％、99％或100％同源性的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或
22残基肽(例如SEQ ID NO:1或5的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或
22个连续残基)的抗体。在另一实施方案中，抗CdtB抗体是特异性结合至包含5、6、7、8、9、
10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22个残基，与CdtB的5、6、7、8、9、10、11、12、13、
14、15、16、17、18、19、20、21或22个连续残基具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、
98％、99％或100％同源性的多肽(例如SEQ ID NO:1或5的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、
16、17、18、19、20、21或22个连续残基)的抗体。SEQ ID NO:1的连续残基包括SEQ ID NO:1的在任何氨基酸处开始以及在任何氨基酸处结束的那些。SEQ ID NO:5的连续残基包括SEQ ID NO:5的在任何氨基酸处开始以及在任何氨基酸处结束的那些。
97％、98％、99％或100％同源性的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或
22残基肽(例如SEQ ID NO:1或5的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或
22个连续残基)的抗体。在另一实施方案中，抗CdtB抗体是特异性结合至包含5、6、7、8、9、
10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22个残基，与CdtB的5、6、7、8、9、10、11、12、13、
14、15、16、17、18、19、20、21或22个连续残基具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、
98％、99％或100％同源性的多肽(例如SEQ ID NO:1或5的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、
16、17、18、19、20、21或22个连续残基)的抗体。SEQ ID NO:1的连续残基包括SEQ ID NO:1的在任何氨基酸处开始以及在任何氨基酸处结束的那些。SEQ ID NO:5的连续残基包括SEQ ID NO:5的在任何氨基酸处开始以及在任何氨基酸处结束的那些。
[0191] 在另一实施方案中，抗CdtB抗体是特异性结合至与LDYAITGNSNRQQTYTP(SEQ ID NO:3)的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16或17个连续残基具有至少80％、85％、90％、
95％、96％、97％、98％、99％或100％同源性的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16或17残基肽(例如SEQ ID NO:3的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16或17个连续残基)的抗体。在另一实施方案中，纯化抗体特异性结合至包含5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16或17个残基，与SEQ ID NO:3的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16或17个连续残基具有至少80％、
85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％同源性的多肽(例如SEQ ID NO:3的5、6、7、
8、9、10、11、12、13、14、15、16或17个连续残基)。SEQ ID NO:3的连续残基包括SEQ ID NO:3的在任何氨基酸处开始以及在任何氨基酸处结束的那些。
95％、96％、97％、98％、99％或100％同源性的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16或17残基肽(例如SEQ ID NO:3的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16或17个连续残基)的抗体。在另一实施方案中，纯化抗体特异性结合至包含5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16或17个残基，与SEQ ID NO:3的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16或17个连续残基具有至少80％、
85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％同源性的多肽(例如SEQ ID NO:3的5、6、7、
8、9、10、11、12、13、14、15、16或17个连续残基)。SEQ ID NO:3的连续残基包括SEQ ID NO:3的在任何氨基酸处开始以及在任何氨基酸处结束的那些。
[0192] 在另一实施方案中，抗CdtB抗体是特异性结合至由CdtB基因序列编码的17残基肽的抗体。在特定实施方案中，抗CdtB抗体是特异性结合至由SEQ ID NO:2编码的17残基肽的抗体。在各种实施方案中，抗CdtB抗体是特异性结合至由SEQ ID NO:2编码的14、15、16、17、18、19、20、21或22残基肽的抗体。在各种实施方案中，纯化抗体特异性结合至与由SEQ ID NO:2编码的14、15、16、17、18、19、20、21或22个连续残基具有至少80％、85％、90％、95％、
96％、97％、98％、99％或100％同源性的14、15、16、17、18、19、20、21或22残基肽。在各种实施方案中，抗CdtB抗体是特异性结合至包含14、15、16、17、18、19、20、21或22个残基，与由SEQ ID NO:2编码的14、15、16、17、18、19、20、21或22个连续残基具有至少80％、85％、90％、
95％、96％、97％、98％、99％或100％同源性的多肽的抗体。
96％、97％、98％、99％或100％同源性的14、15、16、17、18、19、20、21或22残基肽。在各种实施方案中，抗CdtB抗体是特异性结合至包含14、15、16、17、18、19、20、21或22个残基，与由SEQ ID NO:2编码的14、15、16、17、18、19、20、21或22个连续残基具有至少80％、85％、90％、
95％、96％、97％、98％、99％或100％同源性的多肽的抗体。
[0193] 在另一实施方案中，抗CdtB抗体是特异性结合至由具有以下序列的核酸序列编码的肽的抗体：CTTGATTATGCAATTACAGGAAATTCAAATA GACAACAAACCTATACTCCA(SEQ ID NO:6)，其编码具有SEQ ID NO.3的17氨基酸肽。在另一实施方案中，抗CdtB抗体是特异性结合至包含由SEQ ID NO:6编码的肽的多肽的抗体。
[0194] 在另一实施方案中，抗CdtB抗体是特异性结合至从过度表达接近全长CdtB ORF的大肠杆菌纯化的CdtB的抗体。(参见Infection and Immunity,2000年12月,第6535-6541页,第68卷,第12期,好像充分阐述一样以引用的方式整体并入本文。)
[0195] 在各种实施方案中，当确定抗粘着斑蛋白抗体的存在性或水平时，如本文所述的粘着斑蛋白或其片段作为抗原在约1.2μg/ml浓度下使用。在其它实施方案中，浓度可为约0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1.0、1.1.、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9或2.0μg/ml浓度。在各种实施方案中，约1:32稀释度的生物样品(例如血浆)用于确定抗粘着斑蛋白抗体的存在性或水平。在其它实施方案中，约1:8、1:10、1:12；1:16、1:20、1:24、1:30、1:
36、1:48或1:64稀释度的生物样品(例如血浆)用于确定抗粘着斑蛋白抗体的存在性或水
平。在其它实施方案中，约1:8至1:64稀释度的生物样品(例如血浆)用于确定抗粘着斑蛋白抗体的存在性或水平。
36、1:48或1:64稀释度的生物样品(例如血浆)用于确定抗粘着斑蛋白抗体的存在性或水
平。在其它实施方案中，约1:8至1:64稀释度的生物样品(例如血浆)用于确定抗粘着斑蛋白抗体的存在性或水平。
[0196] 在各种实施方案中，当确定抗CdtB抗体的存在性或水平时，如本文所述的CdtB蛋白或其片段作为抗原在约1.2μg/ml浓度下使用。在其它实施方案中，浓度可为约0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1.0、1.1.、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9或2.0μg/ml浓度。在各种实施方案中，1:512稀释度的生物样品(例如血浆)用于确定抗CdtB抗体的存在性或水平。在其它实施方案中，约1:128、1:256、1:768或1:1024稀释度的生物样品(例如血浆)用于确定抗CdtB抗体的存在性或水平。在其它实施方案中，约1:100、1:150、1:200、1:250、
1:300、1:350、1:400、1:500、1:550；1:600、1:650、1:700、1:750、1:800、1:850、1:900、1:950或1:1000稀释度的生物样品(例如血浆)用于确定抗CdtB抗体的存在性或水平。在其它实施方案中，约1:100-1:1000稀释度的生物样品(例如血浆)用于确定抗CdtB抗体的存在性或水平。
1:300、1:350、1:400、1:500、1:550；1:600、1:650、1:700、1:750、1:800、1:850、1:900、1:950或1:1000稀释度的生物样品(例如血浆)用于确定抗CdtB抗体的存在性或水平。在其它实施方案中，约1:100-1:1000稀释度的生物样品(例如血浆)用于确定抗CdtB抗体的存在性或水平。
[0197] 将抗原于硼酸盐缓冲盐水(BBS)中在8.2的pH下在约4℃下持续约8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20小时(例如过夜，>16小时)固定于高结合板(例如96孔板)上。各孔交替地用抗原涂覆或保持未涂覆而处于BBS中以允许测定血浆的非特异性结合。各孔用含约3％牛血清白蛋白的1xPBS在约室温下封闭约1小时。接着使涂覆孔和未涂覆孔与1:512稀释度的血浆(对于CdtB)和1:32稀释度的血浆(对于粘着斑蛋白)一起在室温下孵育约1小时。针对CdtB和粘着斑蛋白的抗体用作阳性对照。这继之以与HRP缀合的二抗一起孵育约1小时。各步骤都继之以使用0.05％PBS-吐温20(Tween20)进行一系列洗涤。最后，3,3’,5,
5’-四甲基联苯胺(TMB)底物溶液用于显影，并且立刻在读板仪(例如BioTek Synergy HT；
Winooski,VT)上读取。在370nm下持续约90分钟读取光密度(OD)，并且用于比较抗CdtB或抗粘着斑蛋白的水平。原始OD值用于数据分析。
5’-四甲基联苯胺(TMB)底物溶液用于显影，并且立刻在读板仪(例如BioTek Synergy HT；
Winooski,VT)上读取。在370nm下持续约90分钟读取光密度(OD)，并且用于比较抗CdtB或抗粘着斑蛋白的水平。原始OD值用于数据分析。
[0198] IBS的类型
[0199] 在各种实施方案中，通过方法、测定或系统检测的IBS是便秘占主导地位的IBS(C-IBS)、腹泻占主导地位的IBS(D-IBS)、交替型IBS(A-IBS)(更新近被重新命名为混合型(M-IBS))或感染后肠易激综合征(PI-IBS)。在各种实施方案中，IBS是D-IBS。
[0200] 在某些实施方案中，需要根据本发明的方法、测定和系统诊断IBS的受试者可具有一种或多种指示IBS的症状。IBS症状的实例包括但不限于腹泻、便秘、发胀和腹部疼痛。
[0201] 生物样品
[0202] 生物样品的实例包括但不限于体液、全血、血浆、粪便、肠液或抽吸物、以及胃液或抽吸物、血清、脑脊髓液(CSF)、尿、汗液、唾液、泪、肺分泌物、乳腺抽吸物、前列腺液、精液、子宫颈刮削物、羊水、眼内液、粘液和呼吸湿气。在方法的特定实施方案中，生物样品可为全血、血浆、血清、粪便、肠液或抽吸物或胃液或抽吸物。在各种实施方案中，生物样品可为全血。在各种实施方案中，生物样品可为血清。在各种实施方案中，生物样品可为血浆。实施例
[0203] 提供以下实施例以更好说明要求保护的本发明，并且不应解释为限制本发明的范围。就提及特定材料而言，仅出于说明目的，并且不意图限制本发明。本领域技术人员可在不施展创造能力和不脱离本发明的范围下开发等效手段或反应物。
[0204] 实施例1–材料和方法
[0205] 受试者组
[0206] 为验证这个血清标记物，招募来自180中心大规模随机化对照治疗试验的患有腹泻占主导地位的IBS(D-IBS)的受试者(目标3(TARGET 3))。基于存在罗马III标准来选择患有D-IBS的受试者。从赛达斯-西奈医疗中心(Cedars-Sinai Medical Center)和贝斯以色列女执事医疗中心(Beth Israel Deaconess Medical Center)招募6名健康对照。所有健康对照都基于历史和对肠症状问卷的完成来针对先前胃肠病历史和活跃的胃肠症状加以
筛选。基于存在肠不适和对结肠或小肠中与克罗恩氏病、溃疡性结肠炎(UC)或乳糜泻一致的慢性炎性变化的组织学确认来招募患有炎性肠病(IBD)和乳糜泻的受试者。
筛选。基于存在肠不适和对结肠或小肠中与克罗恩氏病、溃疡性结肠炎(UC)或乳糜泻一致的慢性炎性变化的组织学确认来招募患有炎性肠病(IBD)和乳糜泻的受试者。
[0207] 如果受试者具有糖尿病、HIV、不稳定甲状腺疾病和长期麻醉剂使用的历史，那么将他们从研究排除。对于IBS受试者和健康对照，肠部手术(胆囊切除术或阑尾切除术除外)也是排除标准。
[0208] 患者数据
[0209] 获得所有受试者的患者人口统计数据，包括年龄和性别。在IBD的情况下，疾病的类型(UC或克罗恩氏病)。
[0210] 血浆收集
[0211] 从所有受试者收集血浆。通过静脉穿刺将此收集于淡紫色顶部管中，在3500rpm下离心15分钟，接着在-80℃下冷冻储存直至测试时。在来自目标3的D-IBS受试者的情况下，在于试验中进行治疗之前收集血浆。
[0212] ELISA测试
[0213] 使用完整重组弯曲杆菌CdtB蛋白(Creative Biomart,Shirley,NY)或全长粘着斑蛋白蛋白(Novoprotein,Short Hills,NJ)作为抗原在1.2μg/ml浓度下进行ELISA。将抗原于硼酸盐缓冲盐水(BBS)(Medicago,Uppsala,Sweden)中在8.2的pH下在4℃下过夜固定于
高结合96孔板(Grenier Bio-One,Monroe,NC)上。将各孔于BBS中交替地用抗原涂覆或保持未涂覆以允许测定血浆的非特异性结合。各孔用含3％牛血清白蛋白在1xPBS中在室温下封闭1小时。接着使涂覆孔和未涂覆孔与1:512稀释的血浆(对于CdtB)和1:32稀释的血浆(对于粘着斑蛋白)一起在室温下孵育1小时。针对CdtB和粘着斑蛋白的抗体用作阳性对照。这继之以与HRP缀合的二抗(Jackson ImmunoResearch,West Grove,PA)一起孵育1小时。各步骤都继之以使用0.05％PBS-吐温20进行一系列洗涤。最后，3,3’,5,5’-四甲基联苯胺(TMB)底物溶液(Pierce,Rockford,IL)用于显影，并且立刻在BioTek Synergy HT读板仪
(Winooski,VT)上读取。在370nm下持续90分钟读取光密度(OD)，并且用于比较抗CdtB或抗粘着斑蛋白的水平。原始OD值用于数据分析。
高结合96孔板(Grenier Bio-One,Monroe,NC)上。将各孔于BBS中交替地用抗原涂覆或保持未涂覆以允许测定血浆的非特异性结合。各孔用含3％牛血清白蛋白在1xPBS中在室温下封闭1小时。接着使涂覆孔和未涂覆孔与1:512稀释的血浆(对于CdtB)和1:32稀释的血浆(对于粘着斑蛋白)一起在室温下孵育1小时。针对CdtB和粘着斑蛋白的抗体用作阳性对照。这继之以与HRP缀合的二抗(Jackson ImmunoResearch,West Grove,PA)一起孵育1小时。各步骤都继之以使用0.05％PBS-吐温20进行一系列洗涤。最后，3,3’,5,5’-四甲基联苯胺(TMB)底物溶液(Pierce,Rockford,IL)用于显影，并且立刻在BioTek Synergy HT读板仪
(Winooski,VT)上读取。在370nm下持续90分钟读取光密度(OD)，并且用于比较抗CdtB或抗粘着斑蛋白的水平。原始OD值用于数据分析。
[0214] 统计分析(数据不包括乳糜泻患者)
[0215] 将数据表示为平均值±标准误差(SE)和精确95％置信区间(CI)。在通过巴特利特氏检验(Bartlett’s test)确认方差相等之后，使用单因素方差分析(ANOVA)进行多组比较。与重叠核密度和正态分布曲线一起使用直方图来评估数据分布的正态性。在将数值分别变换成平方根和平方之后使抗粘着斑蛋白抗体和抗CdtB的分布归一化。学生t检验
(Student’s t-test)用于比较两组之间的正态分布变量。皮尔逊氏卡方检验(Pearson’s chi-squared test)用于比较分类数据。使用非参数方法构建受试者工作特征(ROC)曲线。
使用德朗氏方法(DeLong’s method)计算曲线下面积(AUC)的置信区间。计算并评估抗粘着斑蛋白和抗CdtB的达到0.01OD精度的各独立值的灵敏度、特异性和似然比以捕集最优截断值。P值<0.05被视为具有显著性。使用11.2版STATA(STATA Corp.,Texas,USA)进行分析
(Student’s t-test)用于比较两组之间的正态分布变量。皮尔逊氏卡方检验(Pearson’s chi-squared test)用于比较分类数据。使用非参数方法构建受试者工作特征(ROC)曲线。
使用德朗氏方法(DeLong’s method)计算曲线下面积(AUC)的置信区间。计算并评估抗粘着斑蛋白和抗CdtB的达到0.01OD精度的各独立值的灵敏度、特异性和似然比以捕集最优截断值。P值<0.05被视为具有显著性。使用11.2版STATA(STATA Corp.,Texas,USA)进行分析
[0216] 统计分析(数据包括乳糜泻患者)
[0217] 通过平均值±标准偏差来概述数值变量。与重叠核密度和正态分布曲线一起使用直方图来评估数据分布的正态性。通过平方根变换来使抗粘着斑蛋白分布标准化。通过巴特利特氏检验来评估方差齐性。
[0218] 学生t检验用于比较两组之间的正态分布变量。通过单因素ANOVA和邓奈特氏事后检验(Dunnett’s post hoc test)，以IBS作为参照组，在超过两组之间比较正态分布变量。通过频率和百分比来概述分类变量。皮尔逊氏卡方检验用于比较分类数据。以标准方式构建受试者工作特征(ROC)曲线。使用DeLong等21的方法计算曲线下面积(AUC)的置信区间。
计算并评估达到0.01OD精度的抗粘着斑蛋白和抗CdtB的灵敏度、特异性和似然比以获得有利截断值。始终使用0.05显著性水平。使用11.2版STATA(STATA Corp.,Texas,USA)和9.3版SAS(SAS Institute,Cary,North Carolina,USA)进行统计分析。
计算并评估达到0.01OD精度的抗粘着斑蛋白和抗CdtB的灵敏度、特异性和似然比以获得有利截断值。始终使用0.05显著性水平。使用11.2版STATA(STATA Corp.,Texas,USA)和9.3版SAS(SAS Institute,Cary,North Carolina,USA)进行统计分析。
[0219] 实施例1-结果
[0220] 患者人口统计数据(不包括关于乳糜泻患者的分析)
[0221] 总计，招募2767名受试者(表1A)。这包括2564名D-IBS受试者，43名健康受试者，10名乳糜泻受试者和150名IBD受试者(n＝78例克罗恩氏病，72例溃疡性结肠炎(UC))。相较于IBD群组，在健康志愿者、IBS和乳糜泻群组中有显著更多女性(P＝0.01)。IBS受试者比非IBS受试者年长平均6.7岁(P<0.01)。在其它组之间，年龄并不显著不同。
[0222] 表1A：患者人口统计数据。
[0223] 受试者的数目 年龄 女性％
健康对照 43 36.0±9.9 67.4
IBS 2564 46.4±13.6 68.2
CD 78 41.8±13.1 56.4
UC 72 40.2±12.9 55.5
IBD(UC+CD) 150 41.0±13.0 56.0
乳糜泻 10 35.6±10.3 70
健康对照 43 36.0±9.9 67.4
IBS 2564 46.4±13.6 68.2
CD 78 41.8±13.1 56.4
UC 72 40.2±12.9 55.5
IBD(UC+CD) 150 41.0±13.0 56.0
乳糜泻 10 35.6±10.3 70
[0224] 数值以平均值±SD形式给出；OD–光密度；CD–克罗恩氏病，UC–溃疡性结肠炎
[0225] 患者人口统计数据(包括关于乳糜泻患者的分析)
[0226] 总计，招募2681名受试者(表1B)。这包括2375名D-IBS受试者、43名健康受试者、121名乳糜泻受试者和142名IBD受试者(n＝73例克罗恩氏病，n＝69例溃疡性结肠炎)。IBS受试者比非IBS组年长平均3.9岁(p<0.001)。IBS受试者和非IBS受试者在性别分布方面不存在差异；然而，相较于IBD组，在健康对照、IBS和乳糜泻组中，女性的百分比更大(P<
0.001)。
0.001)。
[0227] 表1B：患者人口统计数据。
[0228]
[0229] 数值以平均值±标准偏差形式给出；CD–克罗恩氏病，UC–溃疡性结肠炎
[0230] 在各组之间的ELISA比较(不包括乳糜泻患者)
[0231] IBS受试者中抗CdtB水平显著高于所有非IBS受试者中(2.54±0.01(95％CI 2.52-2.57)相较于1.68±0.05(95％CI1.58-1.79))(P<0.001)(图1A)。在非IBS受试者之
间，在抗CdtB水平方面不存在显著差异(F检验，P＝0.25)。
间，在抗CdtB水平方面不存在显著差异(F检验，P＝0.25)。
[0232] 当相较于所有非IBS受试者时，IBS受试者中抗粘着斑蛋白水平显著更高(1.3334±0.02(95％CI 1.30-1.37)相较于1.01±0.06(95％CI 0.89-1.12))(P<0.001)(图2A)。在
非IBS受试者之间，在抗粘着斑蛋白水平方面的差异并不具有统计显著性(F检验，P＝
0.08)。
非IBS受试者之间，在抗粘着斑蛋白水平方面的差异并不具有统计显著性(F检验，P＝
0.08)。
[0233] 在各组之间的ELISA比较(包括乳糜泻患者)
[0234] 在使用光密度水平的情况下，D-IBS受试者中抗CdtB抗体水平(2.53±0.69)显著高于健康受试者(1.81±0.73)、克罗恩氏病(1.72±0.81)、溃疡性结肠炎(1.54±0.68)和
乳糜泻(2.23±0.70)(P<0.001)(图1B)。在健康受试者与IBD受试者之间在抗CdtB水平方面不存在差异(p＝0.23)；然而，患有乳糜泻的受试者相比于所有其它非IBS组具有更高抗
CdtB水平(p<0.001)。
乳糜泻(2.23±0.70)(P<0.001)(图1B)。在健康受试者与IBD受试者之间在抗CdtB水平方面不存在差异(p＝0.23)；然而，患有乳糜泻的受试者相比于所有其它非IBS组具有更高抗
CdtB水平(p<0.001)。
[0235] 当相较于健康受试者(0.81±0.59)、克罗恩氏病(1.05±0.91)、溃疡性结肠炎(0.96±0.77)和乳糜泻(1.07±0.98)时，D-IBS受试者中抗粘着斑蛋白水平也显著更高
(1.34±0.85)(P<0.0001)(图1B)。在非IBS受试者之间，在抗粘着斑蛋白水平方面的差异并不具有统计显著性。
(1.34±0.85)(P<0.0001)(图1B)。在非IBS受试者之间，在抗粘着斑蛋白水平方面的差异并不具有统计显著性。
[0236] 灵敏度和特异性分析(不包括乳糜泻患者)
[0237] 受试者工作特征(ROC)用于评估抗粘着斑蛋白和抗CdtB水平在区分IBS受试者与非IBS、IBD和健康个体方面的效用。图3A和4分别显示当将IBS受试者与所有非IBS受试者和IBD受试者进行比较时，这两种测试的ROC曲线。抗CdtB测试表现好于抗粘着斑蛋白，并且似乎同等辨别IBS与所有非IBS受试者以及IBS与单独IBD组。在子组分析中，基于IBD的类型，似乎不存在差异(数据未显示)。抗CdtB与抗粘着斑蛋白两者的ROC曲线均显示基于这个测试可将D-IBS与健康受试者加以辨别。
[0238] 各测试的光密度(OD)水平接着用于确定用于鉴定D-IBS的理想阈值。表2A和3A基于灵敏度、特异性和似然比显示一些用于鉴定IBS的潜在光密度阈值。对于D-IBS，较高特异性即使在伴有较低灵敏度时也更加合乎需要。在D-IBS的情况下，理想测试将确定地诊断IBS，因此减少对侵袭性测试的需要。因此，特异性和似然比被视为更加重要。基于ROC曲线，理想的抗CdtB水平似乎是≥2.48的水平，并且对于抗粘着斑蛋白，最优水平是≥1.62，似乎在对灵敏度的影响相对有限的情况下使特异性最优化。
[0239] 表2A：诊断为IBS而非其它病因的有利的抗CdtB截断值
[0240]OD 特异性％ 灵敏度％ +LR -LR
≥2.48 84.7 60.7 4.0 0.5
≥2.79 91.1 44.4 5.0 0.6
≥2.48 84.7 60.7 4.0 0.5
≥2.79 91.1 44.4 5.0 0.6
[0241] OD-光密度，+LR-阳性似然比，-LR-阴性似然比
[0242] 表3A：诊断为IBS而非其它病因的的有利的抗粘着斑蛋白截断值
[0243]OD 特异性％ 灵敏度％ +LR -LR
≥1.62 82.3 35.0 2.0 0.78
≥1.86 86.7 26.5 2.0 0.8
≥2.23 92.1 15.7 2.0 0.9
≥1.62 82.3 35.0 2.0 0.78
≥1.86 86.7 26.5 2.0 0.8
≥2.23 92.1 15.7 2.0 0.9
[0244] OD-光密度，+LR-阳性似然比，-LR-阴性似然比
[0245] 灵敏度和特异性分析(包括乳糜泻患者)
[0246] 受试者工作特征(ROC)用于评估粘着抗斑蛋白和抗CdtB水平在区分D-IBS受试者与IBD受试者方面的效用。图3B显示当将D-IBS受试者与IBD受试者进行比较时，这两种测试的ROC曲线。尽管两种测试均有效辨别D-IBS受试者与IBD组，但用于相对于IBD来诊断D-IBS的曲线下面积(AUC)对于抗CdtB高于对于抗粘着斑蛋白(分别是0.81和0.62)。在子组分析中，基于IBD的类型，似乎不存在差异(数据未显示)。对于D-IBS相较于非IBS、乳糜泻受试者和健康对照，ROC曲线也具有鉴别性。
[0247] 各测试的光密度(OD)水平接着用于确定用于相较于IBD来鉴定D-IBS的理想阈值。表2B和3B基于灵敏度、特异性和似然比显示一些用于鉴定D-IBS的潜在光密度阈值。理想测试将确定地诊断IBS，因此减少对侵袭性测试的需要。因此，我们集中于特异性和阳性似然比。基于此，用以鉴定D-IBS的理想抗CdtB阈值似乎是≥2.80，而对于抗粘着斑蛋白，最优阈值似乎是≥1.68。
[0248] 表2B：诊断为D-IBS而非IBD的有利的抗CdtB截断值
[0249]OD 特异性％ 灵敏度％ +LR -LR
≥2.49 85.9 60.0 4.3 0.5
≥2.80 91.6 43.7 5.2 0.6
≥3.04 95.8 28.3 6.7 0.7
≥2.49 85.9 60.0 4.3 0.5
≥2.80 91.6 43.7 5.2 0.6
≥3.04 95.8 28.3 6.7 0.7
[0250] OD–光密度，+LR–阳性似然比，-LR–阴性似然比
[0251] 表3B：诊断为D-IBS而非IBD的有利的抗粘着斑蛋白截断值
[0252]OD 特异性％ 灵敏度％ +LR -LR
≥1.53 80.3 37.8 1.9 0.8
≥1.68 83.8 32.6 2.0 0.8
≥1.80 84.5 28.9 1.8 0.8
≥1.53 80.3 37.8 1.9 0.8
≥1.68 83.8 32.6 2.0 0.8
≥1.80 84.5 28.9 1.8 0.8
[0253] OD–光密度，+LR–阳性似然比，-LR–阴性似然比
[0254] 性别对生物标记物的影响(不包括乳糜泻患者)
[0255] 也比较仅女性中和仅男性中抗CdtB和抗粘着斑蛋白水平。尽管在患有D-IBS的受试者与对照组之间具有性别差异，但两种生物标记物均可用于成功鉴定男性与女性两者的D-IBS。
[0256] 本文所用的标题仅用于进行组织，并且不意图以任何方式限制本公开。任何个别章节的内容都可同等应用于所有章节。
[0257] 本发明的各种实施方案在以上描述于详细描述中。尽管这些描述直接描述以上实施方案，但应了解本领域技术人员可设想对本文显示和描述的特定实施方案的修改和/或变化。落在这个描述的界限内的任何所述修改或变化也都意图包括在其中。除非明确指示，否则本发明者意图说明书和权利要求中的用词和短语被赋予对于可应用领域中的普通技术人员来说是普通和惯常的含义。
[0258] 已呈现为申请人在提交本申请时所知的本发明的各种实施方案的先前描述，并且意图出于说明和描述的目的。本描述不意图是详尽的，也不使本发明限于所公开的确切形式，并且鉴于以上教义，许多修改和变化是可能的。所述实施方案用于解释本发明的原理和它的实际应用，并且使得本领域其它技术人员能够以各种实施方案以及采用如适合于所预期的特定用途的各种修改来利用本发明。因此，意图本发明不限于所公开的用于进行本发明的特定实施方案。
[0259] 尽管已显示和描述本发明的特定实施方案，但将对本领域技术人员明显的是基于本文教义，可在不脱离本发明和它的较广泛方面的情况下进行变化和修改，并且因此，随附权利要求将在它们的范围内涵盖如在本发明的真实精神和范围内的所有所述变化和修改。本领域技术人员应了解，一般来说，本文所用的术语通常意图为“开放”术语(例如术语“包括(including)”应解释为“包括但不限于(including but not limited to)”，术语“具有”应解释为“具有至少”，术语“包括(includes)”应解释为“包括但不限于(includes but is not limited to)”等)。
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