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用于微生物检测和分析的微生物修饰核酸

阅读：423发布：2020-09-08

专利汇可以提供用于微生物检测和分析的微生物修饰核酸专利检索，专利查询，专利分析的服务。并且本 发明 提供了一些用于检测和分析多个 微 生物 的所述微生物的衍生或修饰核酸序列。所述衍生核酸包含腺嘌呤(A)、 鸟 嘌呤(G)、T(胸腺嘧啶)和U 碱 基(尿嘧啶或其它一些非A、G或T碱基或碱基样物质)。假定微生物核酸都不包含甲基化的胞嘧啶(C)或其它C变体，则所有C都被转化为U。扩增这些序列，在所述扩增过程中将衍生核酸中的U取代成T从而产生修饰序列，所得修饰序列与相应的未修饰微生物核酸序列具有相同的总碱基数，但由仅三种碱基(A、G和T)的组合组成。所述扩增过程的结果是使衍生自原dsDNA的上链和下链的核酸不再互补，并且微生物的修饰序列具有相对降低的基因组复杂性以用于微生物的检测和分析。，下面是用于微生物检测和分析的微生物修饰核酸专利的具体信息内容。

1.丙型肝炎病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表51中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：76的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序 列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成 的组。
2.不动杆菌属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表1中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一 部分和能够在严格条件下与所述序列杂交或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
3.芽孢杆菌属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表2中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：12的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一 部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
4.类杆菌属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表3中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部 分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
5.巴尔通体属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表4中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：8的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一 部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
6.博德特氏菌属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表5中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
7.疏螺旋体属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表6中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一 部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
8.布鲁氏菌属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表7中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：8的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一 部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
9.弯曲菌属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表8中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部 分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
10.衣原体属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表9中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：8的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一 部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
11.梭菌属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表10中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：39的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部 分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
12.棒状杆菌属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表11中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：8的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
13.大肠杆菌的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表12中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一 部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
14.埃立克体属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表13中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
15.肠球菌属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表14中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一 部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
16.梭形杆菌属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表15中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
17.嗜血杆菌属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表16中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：8的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
18.螺旋杆菌属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表17中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
19.军团菌属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表18中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一 部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
20.钩端螺旋体属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表19中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：8的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
21.李斯特菌属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表20中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
22.分枝杆菌属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表21中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：12的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序 列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成 的组。
23.支原体属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表22中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一 部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
24.奈瑟氏球菌属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表23中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：12的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序 列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成 的组。
25.诺卡氏菌属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表24中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
26.假单胞菌属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表25中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
27.立克次氏体属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表26中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：12的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序 列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成 的组。
28.沙门氏菌属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表27中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：8的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
29.沙雷氏菌属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表28中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
30.志贺氏菌属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表29中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：12的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序 列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成 的组。
31.葡萄球菌属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表30中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：52的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序 列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成 的组。
32.链球菌属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表31中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：16的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一 部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
33.链霉菌属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表32中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一 部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
34.密螺旋体属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表33中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
35.Trophermya sp的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表34中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
36.疟原虫属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表35中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：60的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一 部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
37.曲霉属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表36中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：8的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部 分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
38.念珠菌属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表37中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：24的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一 部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
39.隐球菌属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表38中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一 部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
40.副球孢子菌属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表39中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
41.根霉菌属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表40中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一 部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
42.弗朗西斯菌属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表41中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
43.弧菌属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表42中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部 分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
44.耶尔森菌属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表43中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
45.JC多瘤病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表44中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
46.安第斯病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表46中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：12的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序 列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成 的组。
47.肝炎病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表52中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：24的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一 部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
48.人类免疫缺陷病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表 53中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：128的序列、包含至少约20个核苷酸的 所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分 子组成的组。
49.流感病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表54中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：162的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的 一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
50.BK病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表55中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一 部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
51.Barmah病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表56中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
52.卡里锡病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表57中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
53.科罗拉多蜱热病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表 58中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：48的序列、包含至少约20个核苷酸的所 述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子 组成的组。
54.口蹄疫病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表59中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：28的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序 列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成 的组。
55.GB型肝炎病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表60 中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序 列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成 的组。
56.亨德拉病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表61中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
57.人类腺病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表62中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：24的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序 列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成 的组。
58.人类星状病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表63中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
59.人类博卡病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表64中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
60.人类冠状病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表65中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：16的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序 列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成 的组。
61.人类肠道病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表66中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：16的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序 列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成 的组。
62.人类疱疹病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表67中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：36的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序 列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成 的组。
63.人类偏肺病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表68中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
64.人类副流感病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表69 中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：12的序列、包含至少约20个核苷酸的所述 序列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组 成的组。
65.人类肠道孤病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表70 中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序 列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成 的组。
66.人类鼻病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表71中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：8的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
67.人类呼吸道合胞病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列 表72中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的 所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分 子组成的组。
68.麻疹病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表73中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一 部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
69.腮腺炎病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表74中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
70.诺罗病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表75中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一 部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
71.诺沃克病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表76中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
72.细小病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表77中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一 部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
73.脊髓灰质炎病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表78 中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序 列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成 的组。
74.狂犬病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表79中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一 部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
75.罗斯河病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表80中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
76.轮状病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表81中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：124的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的 一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
77.SARS冠状病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表82 中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序 列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成 的组。
78.TT病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表83中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部 分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
79.TTV微小病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表84中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
80.西尼罗病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表85中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
81.α-病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表86中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部 分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
82.骆驼痘病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表87中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
83.牛痘病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表88中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一 部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
84.考克斯体属的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表89中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
85.克里米亚-刚果出血热病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由 序列表90中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：12的序列、包含至少约20个核苷 酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核 酸分子组成的组。
86.登革热病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表91中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：16的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序 列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成 的组。
87.东部马脑炎病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表92 中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序 列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成 的组。
88.埃博拉病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表93中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：12的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序 列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成 的组。
89.马尔堡病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表94中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
90.瓜纳瑞托病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表95中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：8的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
91.汉坦病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表96中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：12的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一 部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
92.汉滩病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表97中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：12的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一 部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
93.日本脑炎病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表97中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
94.胡宁病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表99中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：8的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一 部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
95.拉沙病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表100中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：8的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
96.马丘波病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表101中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：8的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
97.猴痘病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表102中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
98.莫莱谷脑炎病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表103 中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序 列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成 的组。
99.尼帕病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表104中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
100.裂谷热病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表105中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：12的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序 列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成 的组。
101.萨比亚病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表106中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：8的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。
102.辛诺柏型病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表107 中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：12的序列、包含至少约20个核苷酸的所述 序列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组 成的组。
103.重型天花病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表108 中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序 列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成 的组。
104.轻型天花病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表109 中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序 列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成 的组。
105.委内瑞拉马脑炎病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列 表110中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的 所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分 子组成的组。
106.西部马脑炎病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表 111中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所 述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子 组成的组。
107.黄热病病毒的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表112中 SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列 的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的 组。

说明书全文

技术领域

本发明涉及用于检测和分析微生物的修饰核酸。

背景技术

目前存在多种用于检测特异核酸分子的方法。这些方法通常依赖于靶核 酸和核酸探针间的序列依赖性杂交，并且所述核酸探针的长度可以从短寡核 苷酸(20个碱基或更少)至数千个碱基(kb)之间变化。
从核酸序列群中扩增特定序列的最常用方法是聚合酶链式反应(PCR) (Dieffenbach，C and Dveksler，G.eds.PCR Primer：A Laboratory Manual.Cold Spring Harbor Press，Plainview NY)。在此扩增方法中，利用互补DNA链上长 度通常为20至30个核苷酸且位于待扩增区域任意末端的寡核苷酸，在变性 单链DNA上引发DNA的合成。变性、引物杂交和利用热稳定性DNA聚合 酶合成DNA链的连续循环可以实现引物间序列的指数扩增。可以使用反转 录产生互补DNA(cDNA)拷贝，以通过第一拷贝扩增RNA。可以通过多种 方法测扩增的DNA片段，包括凝胶电泳，与标记的探针杂交，使用能够进 行后续鉴定的带标签的引物(例如通过酶联检测)，以及使用与靶DNA杂交 后可产生信号的带荧光标签的引物。
除了PCR，还开发了其它多种用于检测和扩增特定核酸序列的技术。一 个实例是连接酶链反应(1991，Barany，F.et al.，Proc.Natl.Acad.Sci.USA88， 189-193)。
另一个实例是于1992年首次阐述的等温扩增(Walker GT，Little MC， Nadeau JG and Shank D.Isothermal in vitro amplification of DNA by a restriction enzyme/DNA polymerase system.PNAS 89：392-396(1992))，也被称 作链置换扩增(SDA)。其后又出现许多其它等温扩增技术，包括转录介导的 扩增(TMA)，以及利用RNA聚合酶复制RNA序列而非相应基因组DNA的基 于核酸序列的扩增(NASBA)(Guatelli JC，Whitfield KM，Kwoh DY，Barringer KJ，Richmann DD and Gingeras TR.Isothermal，in vitro amplification of nucleic acids by a multienzyme reaction modeled after retroviral replication.PNAS 87： 1874-1878(1990)；Kievits T，van Gemen B，van Strijp D，Schukkink R，Dircks M， Adriaanse H，Malek L，Sooknanan R，Lens P.NASBA isothermal enzymatic in vitro nucleic acid amplification optimized for the diagnosis of HIV-1 infection.J Virol Methods.1991Dec；35(3)：273-86)。
其它基于DNA的等温技术包括：使用DNA聚合酶延伸靶向环状模板的引 物的滚环扩增(RCA)(Fire A and Xu SQ.Rolling replication of short circles. PNAS92：4641-4645(1995))，将环状探针用于靶标检测的网状分支扩增 (RAM)(Zhang W，Cohenford M，Lentrichia B，Isenberg HD，Simson E，Li H， YiJ，Zhang DY.Detection of Chlamydia trachomatis by isothermal ramification amplification method：a feasibility study.J Clin Microbiol.2002 Jan； 40(1)：128-32.)，以及最近使用解旋酶取代热使DNA解链的解旋酶依赖性等温 DNA扩增(HAD)(Vincent M，Xu Y，Kong H.Helicase-dependent isothermal DNA amplification.EMBO Rep.2004 Aug；5(8)：795-800)。
最近，阐述了DNA扩增的等温方法(Walker GT，Little MC，Nadeau JG and Shank D.Isothermal in vitro amplification of DNA by a restriction enzyme/DNA polymerase system.PNAS 89：392-396(1992))。传统的扩增技术依赖于靶标分 子在扩增反应每个循环中变性和复性的连续循环。DNA的热处理可导致DNA 分子某种程度的剪切(shearing)，因此，当DNA被限定在例如从发育囊胚的 少数细胞中分离DNA时，或者特别在DNA已经是片段化形式(例如在组织切 片、石蜡块和陈旧DNA样本中的DNA)的情况下，这种加热-冷却循环可能 进一步破坏DNA并导致扩增信号的丢失。等温方法不依赖模板DNA的持续变 性以产生用作进一步扩增的模板的单链分子，而是依赖于在恒定温度下特异 限制性核酸内切酶对DNA分子的酶促切刻(nicking)。
被称为链置换扩增(SDA)的技术依赖于特定限制性酶切刻半修饰DNA 中未经修饰链的能力以及缺失5’-3’核酸外切酶活性的聚合酶延伸并置换下游 链的能力。随后，通过将得自于正义反应的置换链作为反义反应的模板以偶 联正义反应和反义反应，从而实现指数扩增(Walker GT，Little MC，Nadeau JG and Shank D.Isothermal in vitro amplification of DNA by a restriction enzyme/DNA polymerase system.PNAS 89：392-396(1992))。此类技术已经用 于成功地扩增结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)(Walker GT，Little MC，Nadeau JG and Shank D.Isothermal in vitro amplification of DNA by a restriction enzyme/DNA polymerase system.PNAS89：392-396(1992)，HIV-1， Hepatitis Cand HPV-16 Nuovo G.J.，2000)，沙眼衣原体(Chlamydia trachomatis)(Spears PA，Linn P，Woodard DL and Walker GT.Simultaneous Strand Displacement Amplification and Fluorescence Polarization Detection of Chlamydia trachomatis.Anal.Biochem.247：130-137(1997))。
目前SDA的应用依赖于修饰硫代磷酸酯核苷酸以产生半硫代磷酸酯 DNA双链，其修饰链对酶的剪切将具有抗性，从而产生酶促切刻而非降解驱 动置换反应。然而，最近利用基因工程产生了多种“切口酶”。这些酶不以 传统方式切割DNA，而是在DNA的一条链上产生切口。“切口酶”包括 N.Alw1(Xu Y，Lunnen KD and Kong H.Engineering a nicking endonuclease N.Alwl by domain swapping.PNAS98：12990-12995(2001))、N.BstNB1 (Morgan RD，Calvet C，Demeter M，Agra R，Kong H.Characterization of the specific DNA nicking activity of restriction endonuclease N.BstNBI.Biol Chem. 2000 Nov；381(11)：1123-5)和Mlyl(Besnier CE，Kong H.Converting MlyI endonuclease into a nicking enzyme by changing its oligomerization state.EMBO Rep.2001 Sep；2(9)：782-6.Epub 2001 Aug 23)。因此，使用此类酶可简化SDA 方法。
此外，现已通过使用热稳定的限制性酶(Aval)和热稳定的外切聚合酶 (exo-polymerase)(Bst聚合酶)的组合来改良SDA。已经证明这种组合可以 将反应的扩增效率从108倍扩增提高至1010倍扩增，所以使用此技术可能扩增 独特的单拷贝分子。使用热稳定聚合酶/酶组合所产生的扩增因子为109数量 级(Milla M.A.，Spears P.A.，Pearson R.E.and Walker G.T.Use of the Restriction Enzyme Ava l and Exo-Bst Polymerase in Strand Displacement Amplification Biotechniques 1997 24：392-396)。
目前，所有等温DNA扩增技术都需要在扩增开始前使起始双链模板DNA 分子变性。此外，每次引发事件仅能发起一次扩增。
对于直接检测，最常见的是通过凝胶电泳根据大小来分离靶核酸，并在 与靶序列互补的探针进行杂交(Southern和Northern杂交)前将靶核酸转移至 固体支持物上。探针可以是天然核酸或类似物，例如肽核酸(PNA)或锁核 酸(LNA)或嵌入性核酸(INA)。可以使用直接标记的探针(例如由32P标 记)，也可以使用间接检测方法。间接方法通常依赖于向探针中引入一个如生 物素或地高辛的“标签”，随后通过如酶联底物转化或化学发光的方法检测 所述探针。
用于直接检测核酸的另一个广泛使用的方法是“夹心”杂交。在此方法 中，将捕获探针偶联到固体支持物上，并且使溶液中的靶核酸与结合的探针 杂交。洗去未结合的靶核酸，并利用与靶序列杂交的第二探针来检测结合的 核酸。可以使用上文简述的直接或间接方法进行检测。此类方法的实例包括 使用夹心杂交原理的“分支DNA”信号检测系统(1991，Urdea，M.S.，et al.， Nucleic Acids Symp.Ser.24，197-200)。利用核酸杂交直接检测核酸序列的一 个快速发展的领域是DNA微阵列(2002，Nature Genetics，32，[Supplement]； 2004，Cope，L.M.，et al.，Bioinformatics，20，323-331；2004，Kendall，S.L.，et al.， Trends in Microbiology，12，537-544)。在此方法中，将短链寡核苷酸(在 Affymetrix系统中通常为25-mers)至长链寡核苷酸(在Applied Biosystems和 Agilent平台中通常为60-mers)，甚至更长序列(例如cDNA克隆)范围内的核 酸分子个体固定在格子状固体支持物上或在固体支持物上光刻合成。随后将 带标签或被标记的核酸群与阵列杂交，并对该阵列中每个点的杂交水平进行 定量。虽然可以应用如化学发光的其它检测系统，但杂交中更常使用的是放 射性标记或荧光标记的核酸(例如cRNA或cDNA)。
利用核酸杂交直接检测核酸序列的一个快速发展的领域是DNA微阵列 (Young RA Biomedical discovery with DNA arrays.Cell 102：9-15(2000)； Watson A New tools.A new breed of hightech detectives.Science 289：850-854 (2000))。在此方法中，将寡核苷酸至较长序列(例如互补DNA(cDNA)克 隆)范围内的核酸分子个体固定在格子状固体支持物上。随后将带标签或被 标记的核酸群与阵列杂交，并对该阵列中每个点的杂交水平进行定量。虽然 可以应用其它检测系统，但杂交中更常使用的是放射性标记或荧光标记的核 酸(例如cDNA)。
检测微生物(例如细菌、酵母和真菌)的传统方法包括在选择性营养培 养基上培养所述微生物，随后根据在常规光学显微镜下观察到的大小、形状、 孢子产生、如生化或酶促反应的特征和特异的染色特性(例如革兰氏染色) 对微生物进行分类。病毒种类必须在特化的组织或细胞中培养，随后根据通 过电子显微镜确定的其结构和大小对所述病毒进行分类。这种技术的一个主 要缺点在于并不是所有微生物都能够在常规培养条件或细胞条件下生长，从 而限制了此类方法的应用。例如，对于细菌，例如脑膜炎奈瑟氏球菌(Neisseria meningitidis)、肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae)和流感嗜血杆菌 (Haemophilus influenzae)(都能引起脑膜炎，并且其中脑膜炎奈瑟氏球菌同 时引起脑膜炎和急性脑膜炎球菌菌血症)这三种都难以培养。对于血培养瓶， 要在7天内每天进行常规检查，并需要传代培养。流感嗜血杆菌需要包含烟酰 胺腺嘌呤二核苷酸和氯化血红素的特殊培养基并在巧克力琼脂平板上培养。 血培养需要胰酪胨大豆肉汤或脑心浸液，并需要加入多种添加剂，例如聚茴 香脑磺酸钠。对于微生物，例如引起严重食物中毒和婴儿松软综合征(floppy baby syndrome)的肉毒梭菌(Clostridium botulinum)，毒素的鉴定包括向小 鼠注射食物提取物或培养物上清，并在2天后观察结果。此外，在特殊培养基 上培养潜在微生物需要一周。可以通过毒素在经过离子交换树脂时的选择性 吸收或通过利用单克隆抗体的逆向被动乳胶凝集(Reverse Passive Latex Agglutination)在数分钟内检测金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)肠 毒素(食物中毒以及皮肤感染、血液感染、肺炎、骨髓炎、关节炎和脑脓肿 的起因)。与其相近的表皮葡萄球菌(S.epidermis)引起血液感染并污染医院 的设备和表面以及保健机器和器具。
非病毒微生物还可以根据其代谢特性进行分类，例如在利用如葡萄糖、 麦芽糖或蔗糖的底物进行发酵反应过程中，产生特异的氨基酸或代谢物。也 可以根据其对抗生素的敏感性对微生物进行分型。还使用针对细胞表面抗原 或分泌蛋白(例如毒素)的特异性抗体来鉴别微生物或对其进行分型。然而， 以上所有方法都依赖于检测前的微生物的培养。微生物的培养耗钱耗时，并 且培养对营养条件不太苛刻的微生物时还可能发生污染或生长过度。此类技 术还不甚成熟，因此需要在同一个样本上进行多个检测以获取确定的诊断结 果。当不同种类微生物的典型混合群体存在于野生样本中或与高等生物相关 时，因为大多数微生物在已知培养基中都不容易生长，所以不能达到检测水 平。
其它检测或鉴定病原微生物的方法是基于产生抗体以响应微生物感染的 血清学途径。例如，对于脑膜炎球菌(meningococci)，可以根据其荚膜多糖 的结构差异进行分类。这些荚膜多糖具有不同的抗原性，由此可以确定五种 主要血清型(A、B、C、Y和W-135)。酶联免疫吸附试验(ELISA)或放射 性免疫试验(RIA)可以评估此类抗体的产生。这两种方法都可以检测宿主 动物在感染过程中产生的特异性抗体。这两种方法的缺点在于宿主动物产生 抗体需要一定时间，由此常会错过感染的极早期。此外，使用此类抗体不能 可靠地区分既往感染和现症感染。
新近，分子方法在诊断感染性疾病中的用途引起了人们的兴趣。这些方 法可以对微生物进行敏感且特异的检测。此类方法的实例包括“分支DNA” 信号检测系统。此方法是使用夹心杂交原则的一个实例(Urdea MS et al. Branched DNA amplification multimers for the sensitive，direct detection of human HIV and hepatitis viruses.Nucleic Acids Symp Ser.1991；(24)：197-200)。
细菌检测和分类的另一个方法是扩增16S核糖体RNA序列。已经报道16S rRNA是使用PCR扩增试验在多种临床或环境样本中检测细菌种类的合适靶 标，并且由于16S rRNA基因具有物种特异的多态性而经常被用于鉴定多种特 异的微生物(Cloud，J.L.，H.Neal，R.Rosenberry，C.Y.Turenne，M.Jama，D.R. Hillyard，and K.C.Carroll.2002.J.Clin.Microbiol.40：400-406)。然而，此类方 法需要细菌的纯培养物，并且在PCR扩增之后，仍需要对样本进行测序或与 微阵列型装置杂交以确定细菌的种类(Fukushima M，Kakinuma K，Hayashi H， Nagai H，Ito K，Kawaguchi R.J Clin Microbiol.2003 Jun；41(6)：2605-15)。因此， 此类方法耗财耗时并且耗力。
虽然已经通过序列分析确定了多数微生物的基因组，但获取用于检测目 标微生物的特异探针或引物仍有困难。由于基因组包含四种碱基，因此通常 很难制备足够的对特定微生物具有特异性的简并引物或探针。另一个潜在的 问题是通过专利权授予的特定微生物的某些重要基因或基因组的使用权。这 种所有权可阻止或延迟具有竞争力的检测方法进入市场。因此，需要可用作 特定微生物的标记物的新核酸。
本发明获取了多种微生物的修饰核酸，所述修饰核酸具有微生物特异性， 并且可用于检测微生物。
发明概述
一方面，本发明提供了丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus)的衍生核酸或 修饰核酸，其序列选自于由序列表51中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：76的 序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所 述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了不动杆菌属(Acinetobacter sp)的衍生核酸或 修饰核酸，其序列选自于由序列表1中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序 列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述 序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了芽孢杆菌属(Bacillus sp)的衍生核酸或修饰核 酸，其序列选自于由序列表2中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：12的序列、包 含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序列 或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了类杆菌属(Bacteroides sp)的衍生核酸或修饰 核酸，其序列选自于由序列表3中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了巴尔通体属(Bartonella sp)的衍生核酸或修饰 核酸，其序列选自于由序列表4中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：8的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了博德特氏菌属(Bordetella sp)的衍生核酸或修 饰核酸，其序列选自于由序列表5中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了疏螺旋体属(Borrelia sp)的衍生核酸或修饰核 酸，其序列选自于由序列表6中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包 含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序列 或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了布鲁氏菌属(Brucella sp)的衍生核酸或修饰 核酸，其序列选自于由序列表7中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：8的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了弯曲菌属(Campylobacter sp)的衍生核酸或修 饰核酸，其序列选自于由序列表8中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了衣原体属(Chlamydia sp)的衍生核酸或修饰 核酸，其序列选自于由序列表9中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：8的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了梭菌属(Clostridium sp)的衍生核酸或修饰核 酸，其序列选自于由序列表10中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：39的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了棒状杆菌属(Cornebacterium sp)的衍生核酸 或修饰核酸，其序列选自于由序列表11中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：8的 序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所 述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了大肠杆菌(Escherichia coli)的衍生核酸或修 饰核酸，其序列选自于由序列表12中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了埃立克体属(Ehrlichia sp)的衍生核酸或修饰 核酸，其序列选自于由序列表13中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了肠球菌属(Enterococcus sp)的衍生核酸或修 饰核酸，其序列选自于由序列表14中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了梭形杆菌属(Fusobacterium sp)的衍生核酸或 修饰核酸，其序列选自于由序列表15中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序 列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述 序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了嗜血杆菌属(Haemophilus sp)的衍生核酸或修 饰核酸，其序列选自于由序列表16中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：8的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了螺旋杆菌属(Helicobacter sp)的衍生核酸或修 饰核酸，其序列选自于由序列表17中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了军团菌属(Legionella sp)的衍生核酸或修饰核 酸，其序列选自于由序列表18中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包 含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序列 或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了钩端螺旋体属(Leptospira sp)的衍生核酸或修 饰核酸，其序列选自于由序列表19中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：8的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了李斯特菌属(Listeria sp)的衍生核酸或修饰核 酸，其序列选自于由序列表20中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包 含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序列 或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了分枝杆菌属(Mycobacterium sp)的衍生核酸或 修饰核酸，其序列选自于由序列表21中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：12的 序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所 述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了支原体属(Mycoplasma sp)的衍生核酸或修饰 核酸，其序列选自于由序列表22中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了奈瑟氏球菌属(Neisseria sp)的衍生核酸或修 饰核酸，其序列选自于由序列表23中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：12的序 列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述 序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了诺卡氏菌属(Norcadia sp)的衍生核酸或修饰 核酸，其序列选自于由序列表24中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了假单胞菌属(Pseudomonas sp)的衍生核酸或 修饰核酸，其序列选自于由序列表25中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序 列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述 序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了立克次氏体属(Rickettsia sp)的衍生核酸或修 饰核酸，其序列选自于由序列表26中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：12的序 列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述 序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了沙门氏菌属(Salmonella sp)的衍生核酸或修 饰核酸，其序列选自于由序列表27中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：8的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了沙雷氏菌属(Seratia sp)的衍生核酸或修饰核 酸，其序列选自于由序列表28中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包 含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序列 或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了志贺氏菌属(Shigella sp)的衍生核酸或修饰核 酸，其序列选自于由序列表29中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：12的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了葡萄球菌属(Staphylococcus sp)的衍生核酸或 修饰核酸，其序列选自于由序列表30中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：52的 序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所 述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了链球菌属(Streptococcus sp)的衍生核酸或修 饰核酸，其序列选自于由序列表31中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：16的序 列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述 序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了链霉菌属(Streptomyces)的衍生核酸或修饰核 酸，其序列选自于由序列表32中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包 含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序列 或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了密螺旋体属(Treponema)的衍生核酸或修饰核 酸，其序列选自于由序列表33中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包 含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序列 或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了Trophermya sp的衍生核酸或修饰核酸，其序列 选自于由序列表34中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约 20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部 分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了疟原虫属(Plasmodium sp)的衍生核酸或修饰 核酸，其序列选自于由序列表35中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：60的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了曲霉属(Aspergillis sp)的衍生核酸或修饰核酸， 其序列选自于由序列表36中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：8的序列、包含至 少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其 一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了念珠菌属(Candida sp)的衍生核酸或修饰核 酸，其序列选自于由序列表37中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：24的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了隐球菌属(Cryptococcus sp)的衍生核酸或修 饰核酸，其序列选自于由序列表38中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了副球孢子菌属(Paracoccidioides sp)的衍生核 酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表39中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4 的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与 所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了根霉菌属(Rhizopus sp)的衍生核酸或修饰核 酸，其序列选自于由序列表40中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包 含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序列 或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了弗朗西斯菌属(Francisella sp)的衍生核酸或 修饰核酸，其序列选自于由序列表41中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序 列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述 序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了弧菌属(Vibrio sp)的衍生核酸或修饰核酸， 其序列选自于由序列表42中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至 少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其 一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了耶尔森菌属(Yersinia sp)的衍生核酸或修饰核 酸，其序列选自于由序列表43中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包 含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序列 或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了JC多瘤病毒(JC polyomavirus)的衍生核酸或 修饰核酸，其序列选自于由序列表44中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序 列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述 序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了安第斯病毒(Andes virus)的衍生核酸或修饰 核酸，其序列选自于由序列表46中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：12的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了肝炎病毒(hepatitis virus)的衍生核酸或修饰 核酸，其序列选自于由序列表52中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：24的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了人类免疫缺陷病毒(Human Immunodeficiency virus，HIV)的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表53中SEQ ID NO： 1至SEQ ID NO：128的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分 和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了流感病毒(Influenza virus)的衍生核酸或修饰 核酸，其序列选自于由序列表54中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：162的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了BK病毒(BK virus)的衍生核酸或修饰核酸， 其序列选自于由序列表55中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至 少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其 一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了Barmah病毒(Barmah virus)的衍生核酸或修 饰核酸，其序列选自于由序列表56中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了卡里锡病毒(Calcivirus virus)的衍生核酸或修 饰核酸，其序列选自于由序列表57中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了科罗拉多蜱热病毒(Colorado tick fever virus) 的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表58中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：48的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严 格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了口蹄疫病毒(Foot and Mouth virus)的衍生核 酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表59中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：28 的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与 所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了GB型肝炎病毒(Hepatitis GB virus)的衍生核 酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表60中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4 的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与 所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了亨德拉病毒(Hendra virus)的衍生核酸或修饰 核酸，其序列选自于由序列表61中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了人类腺病毒(Human adenovirus)的衍生核酸 或修饰核酸，其序列选自于由序列表62中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：24 的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与 所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了人类星状病毒(Human astrovirus)的衍生核酸 或修饰核酸，其序列选自于由序列表63中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的 序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所 述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了人类博卡病毒(Human bocavirus virus)的衍生 核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表64中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO： 4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下 与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了人类冠状病毒(Human coronavirus)的衍生核 酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表65中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：16 的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与 所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了人类肠道病毒(Human enterovirus virus)的衍 生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表66中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO： 16的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件 下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了人类疱疹病毒(Human Herpes Virus)的衍生核 酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表67中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：36 的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与 所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了人类偏肺病毒(Human metapneumovirus)的衍 生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表68中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO： 4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下 与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了人类副流感病毒(Human parainfluenzavirus) 的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表69中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：12的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严 格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了人类肠道孤病毒(Human parechovirus)的衍生 核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表70中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO： 4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下 与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了人类鼻病毒(Human Rhinovirus)的衍生核酸 或修饰核酸，其序列选自于由序列表71中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：8的 序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所 述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了人类呼吸道合胞病毒(Human respiratory syncytial virus)的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表72中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部 分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了麻疹病毒(Measles virus)的衍生核酸或修饰 核酸，其序列选自于由序列表73中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了腮腺炎病毒(Mumps virus)的衍生核酸或修饰 核酸，其序列选自于由序列表74中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了诺罗病毒(Norovirus)的衍生核酸或修饰核酸， 其序列选自于由序列表75中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至 少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其 一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了诺沃克病毒(Norwalk virus)的衍生核酸或修 饰核酸，其序列选自于由序列表76中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了细小病毒(Parvovirus)的衍生核酸或修饰核酸， 其序列选自于由序列表77中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至 少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其 一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了脊髓灰质炎病毒(Poliovirus)的衍生核酸或修 饰核酸，其序列选自于由序列表78中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了狂犬病毒(Rabies virus)的衍生核酸或修饰核 酸，其序列选自于由序列表79中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包 含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序列 或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了罗斯河病毒(Ross River virus)的衍生核酸或 修饰核酸，其序列选自于由序列表80中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序 列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述 序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了轮状病毒(Rotavirus)的衍生核酸或修饰核酸， 其序列选自于由序列表81中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：124的序列、包含 至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或 其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了SARS冠状病毒(SARS coronavirus)的衍生核 酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表82中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4 的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与 所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了TT病毒(TT virus)的衍生核酸或修饰核酸， 其序列选自于由序列表83中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至 少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其 一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了TTV微小病毒(TTV minivirus)的衍生核酸或 修饰核酸，其序列选自于由序列表84中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序 列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述 序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了西尼罗病毒(WestNile virus)的衍生核酸或修 饰核酸，其序列选自于由序列表85中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了α-病毒(α-virus)的衍生核酸或修饰核酸，其 序列选自于由序列表86中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少 约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其一 部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了骆驼痘病毒(Camel pox virus)的衍生核酸或 修饰核酸，其序列选自于由序列表87中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序 列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述 序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了牛痘病毒(Cow pox virus)的衍生核酸或修饰 核酸，其序列选自于由序列表88中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了考克斯体属(Coxiella sp)的衍生核酸或修饰 核酸，其序列选自于由序列表89中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了克里米亚-刚果出血热病毒(Crimean-Congo HF) 的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表90中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：12的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严 格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了登革热病毒(Dengue virus)的衍生核酸或修饰 核酸，其序列选自于由序列表91中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：16的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了东部马脑炎病毒(Eastern Equine Encephalitis virus)的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表92中SEQ ID NO：1 至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能 够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了埃博拉病毒(Ebola virus)的衍生核酸或修饰 核酸，其序列选自于由序列表93中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：12的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了马尔堡病毒(Marburg virus)的衍生核酸或修 饰核酸，其序列选自于由序列表94中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了瓜纳瑞托病毒(Guanarito virus)的衍生核酸或 修饰核酸，其序列选自于由序列表95中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：8的序 列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述 序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了汉坦病毒(hanta virus)的衍生核酸或修饰核酸， 其序列选自于由序列表96中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：12的序列、包含 至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或 其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了汉滩病毒(Hantan virus)的衍生核酸或修饰核 酸，其序列选自于由序列表97中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：12的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了日本脑炎病毒(Japanese encephalitis virus)的 衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表97中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条 件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了胡宁病毒(Junin virus)的衍生核酸或修饰核酸， 其序列选自于由序列表99中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：8的序列、包含至 少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序列或其 一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了拉沙病毒(Lassa virus)的衍生核酸或修饰核 酸，其序列选自于由序列表100中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：8的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了马丘波病毒(Machupo virus)的衍生核酸或修 饰核酸，其序列选自于由序列表101中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：8的序 列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述 序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了猴痘病毒(Monkey pox virus)的衍生核酸或修 饰核酸，其序列选自于由序列表102中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序 列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述 序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了莫莱谷脑炎病毒(Murray Valley encephalitis virus)的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表103中SEQ ID NO：1 至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能 够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了尼帕病毒(Nipah virus)的衍生核酸或修饰核 酸，其序列选自于由序列表104中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了裂谷热病毒(Rift Valley Fever virus)的衍生核 酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表105中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：12 的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与 所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了萨比亚病毒(Sabia virus)的衍生核酸或修饰核 酸，其序列选自于由序列表106中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：8的序列、 包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与所述序 列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了辛诺柏型病毒(Sin Nombre virus)的衍生核酸 或修饰核酸，其序列选自于由序列表107中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：12 的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与 所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了重型天花病毒(Variola major vruis)的衍生核 酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表108中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4 的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与 所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了轻型天花病毒(Variola minor virus)的衍生核 酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表109中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4 的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与 所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了委内瑞拉马脑炎病毒(Venezuelan equine encephalitis virus)的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表110中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一 部分和能够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了西部马脑炎病毒(Western equine encephalitis virus)的衍生核酸或修饰核酸，其序列选自于由序列表111中SEQ ID NO：1 至SEQ ID NO：4的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能 够在严格条件下与所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
另一方面，本发明提供了黄热病病毒(Yellow Fever virus)的衍生核酸 或修饰核酸，其序列选自于由序列表112中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：4 的序列、包含至少约20个核苷酸的所述序列的一部分和能够在严格条件下与 所述序列或其一部分杂交的核酸分子组成的组。
衍生核酸或微生物核酸的一部分可以是至少20、21、22、23、24、25、 26、27、28、29、30、40、50、60、70、80、90、100等个核苷酸或更多的 核苷酸。在一些衍生或微生物核酸中，其一部分可以小于20个核苷酸，例如 为15、16、17、18或19个核苷酸。
可以通过利用将胞嘧啶改为尿嘧啶的试剂(例如硫酸氢盐)处理微生物 核酸来形成微生物的衍生核酸。在衍生核酸扩增后，形成基本上具有腺嘌呤、 鸟嘌呤和胸腺嘧啶碱基的修饰微生物核酸。
对于通常不含甲基化胞嘧啶的双链DNA，处理步骤产生两种衍生核酸， 每种都包含腺嘌呤、鸟嘌呤、胸腺嘧啶和尿嘧啶碱基。两种衍生核酸产自于 双链DNA的两个单链。所述两种衍生核酸基本不含胞嘧啶，但仍然与最初 的未处理DNA分子具有相同的总碱基数和序列长度。重要的是，所述两种 衍生物并是彼此互补并形成上链和下链的。可以使用一条或多条链产生衍生 核酸或扩增一条或多条链以产生修饰核酸分子。
除非文章内容另有需要，在本说明书全文中，术语“包含”(comprise、 comprises、comprising)应被理解为含有指定的元素、整体或步骤，或者元 素组、整体组或步骤组，但也不排除其它元素、整体或步骤，或者元素组、 整体组或步骤组。
包含在本说明书中的文件(文献)、操作、材料、装置、物品等的任何讨 论都是仅出于提供本发明内容的目的。不能认为由于以上任一项内容或所有 内容在本申请的各项权利要求的优先权日之前已在澳大利亚存在，就认定这 些内容形成部分现有技术的基础或者是本发明相关领域的普遍常识。
为了更清楚地理解本发明，可参考以下附图和实施例作对优选实施方案 进行阐述。
附图简述
图1：显示丙型肝炎病毒1a的基因组(上链)序列(序列表51中SEQ ID NO： 77)。
图2：显示丙型肝炎病毒1a的基因组(下链)序列(序列表51中SEQ ID NO： 78)。
图3：显示丙型肝炎病毒1a的衍生基因组(上链)序列(序列表51中SEQ ID NO：1)。
图4：显示丙型肝炎病毒1a的衍生基因组(下链)序列(序列表51中SEQ ID NO：20)。
图5：显示丙型肝炎病毒1a的修饰基因组(上链)序列(序列表51中SEQ ID NO：39)。
图6：显示丙型肝炎病毒1a的修饰基因组(下链)序列(序列表51中SEQ ID NO：58)。
本发明的实施方式
定义
本文所使用的术语“基因组的修饰”表示将基因组(或其它)核酸由包 含腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、胸腺嘧啶(T)和胞嘧啶(C)四个碱基的形 式被修饰成基本上包含碱基腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、胸腺嘧啶(T)，但 仍然具有基本相同的总碱基数的形式。
本文所使用的术语“衍生核酸”表示基本上包含A、G、T和U碱基(或 其它一些非A、G或T的碱基或碱基样物质)并具有与相应未修饰微生物核 酸基本相同的总碱基数的核酸。在用试剂处理的过程中，微生物DNA中基 本上所有的胞嘧啶都被转化为尿嘧啶。可以理解，胞嘧啶的变体(例如甲基 化的胞嘧啶)未必转化为尿嘧啶(或其它一些非A、G或T的碱基或碱基样 物质)。由于微生物核酸通常不包含甲基化胞嘧啶(或其它胞嘧啶变体)，因 此处理步骤优选转化所有胞嘧啶。优选胞嘧啶被修饰成尿嘧啶。
本文所使用的术语“修饰核酸”表示扩增衍生核酸后所获取的核酸产 物。在扩增衍生核酸的过程中，衍生核酸中的尿嘧啶被替换为胸腺嘧啶(T) 以形成修饰核酸分子。所产生的产物具有与相应未修饰微生物核酸具有基本 相同的总碱基数，但基本上由三种碱基(A、G和T)的组合组成。
本文所使用的术语“修饰序列”表示扩增衍生核酸形成修饰核酸后产生 的核酸序列。所产生的修饰序列具有与相应未修饰微生物核酸序列基本相同 的总碱基数，但基本上由三种碱基(A、G和T)的组合组成。
本文所使用的术语“未转化序列”表示处理前微生物核酸的核酸序列。 未转化序列通常是天然存在的微生物核酸的序列。
本文所使用的术语“修饰”表示胞嘧啶向另一种核苷酸的转化。优选试 剂将胞嘧啶修饰成尿嘧啶以形成衍生核酸。
本文所使用的术语“修饰胞嘧啶的试剂”表示能够将胞嘧啶转化为另一 个化学物质的试剂。优选，试剂将胞嘧啶转化为尿嘧啶，随后在衍生核酸的 扩增过程中由胸腺嘧啶取代所述尿嘧啶。用于修饰胞嘧啶的试剂优选为亚硫 酸氢钠。在本发明的方法中还可以使用对胞嘧啶但不对甲基化胞嘧啶进行类 似修饰的其它试剂。实例包括但不限于亚硫酸氢盐、醋酸盐或柠檬酸盐。所 述试剂优选在酸性水溶液条件下可以将胞嘧啶修饰成尿嘧啶的亚硫酸氢钠。 亚硫酸氢钠(NaHSO3)易与胞嘧啶的5，6-双键反应以形成磺化胞嘧啶反应中 间物，而此中间物易发生脱氨，并且在有水存在的情况下产生尿嘧啶亚硫酸 盐。如有必要，可以在弱碱性条件下除去亚硫酸盐基团，从而产生尿嘧啶。 因此，所有胞嘧啶都可能被转化为尿嘧啶。然而，由于受到甲基化的保护， 修饰试剂不能转化任何甲基化胞嘧啶。可以理解，也可通过酶促的方式修饰 胞嘧啶(或其它任何碱基)以获得本发明所教导的衍生核酸。
修饰核酸中碱基的基因学方法主要有两种，即化学方法和酶促方法。因 此，本发明的修饰还可以通过天然存在的酶来实施，或者通过目前报道的人 工构建酶或筛选得到的酶来实施。化学处理，例如亚硫酸氢盐方法，可以通 过适当的化学步骤将胞嘧啶转化为尿嘧啶。类似地，例如胞嘧啶脱氨酶可以 完成这一转化以形成衍生核酸。据我们所知，关于胞嘧啶脱氨酶的首次报道 是1932，Schmidt，G.，Z.physiol.Chem.，208，185；(另参见1950，Wang，TP.， Sable，H.Z.，Lampen，J.O.，J.Biol.Chem，184，17-28，Enzymatic deamination of cytosines nucleosides)。在此早期工作中，不能获取不含其它核酸脱氨酶的胞 嘧啶脱氨酶，然而Wang等人可以从酵母或大肠杆菌中纯化出具有此类活性 的物质。因此，对于为形成衍生核酸而进行的胞嘧啶的任何酶促转化(最终 导致随后的复制过程中在发生酶促转化的位点插入不同于胞嘧啶的碱基)都 可产生修饰基因组。先后产生衍生和修饰基因组的化学或酶促转化可以应用 于任何核碱基(nucleo-base)，无论所述核碱基是微生物中天然存在核酸中的 嘌呤还是嘧啶。
本文所使用的术语“基因组或核酸的修饰形式”表示由于通过适当的化 学修饰以随后的扩增过程将基因组中大部分或全部C转化成T，从而使通常 包含四个常见碱基G、A、T和C的天然存在或合成的基因组或核酸现在主 要仅由三种碱基G、A和C组成。基因组的修饰形式意味着基因组的相对复 杂性降低了，其从基于四个碱基的组成减少至三个碱基的组成。
本文所使用的术语“碱基样物质”表示通过胞嘧啶修饰形成的物质。在 衍生核酸的扩增过程中，DNA聚合酶可以识别碱基样物质，并且所述聚合酶 使A、G或T分布于新形成的互补DNA链上与所述衍生核酸上碱基样物质 相对的位置。通常，碱基样物质是对相应未处理微生物核酸中的胞嘧啶进行 修饰得到的尿嘧啶。碱基样物质的实例包括任何核碱基，无论所述核碱基为 嘌呤还是嘧啶。
本文所使用的术语“相对复杂性降低”与探针长度有关，即在给定的分 子条件下，对于相同大小的两个基因组，针对特异位点的探针达到相同特异 性和杂交水平时所需的平均探针长度的增加，其中第一基因组为“原始状态”， 并且由G、A、T和C四种碱基组成，而第二基因组具有完全相同的长度， 但其中一些胞嘧啶(理想情况下为所有胞嘧啶)已经被转化为胸腺嘧啶。要 检测的位点在原始的未转化基因组和转化基因组中位于相同的位置。平均而 言，在由G、A、T和C四种碱基组成的长度为4,194,304个碱基的正常基因 组中，只有唯一的一个位置能够与11-mer探针准确杂交(411＝4,194,304)。 然而，此类4,194,304个碱基的正常基因组一旦通过亚硫酸氢盐或其它合适方 法的转化，所转化的基因组就仅由三种碱基组成，并且其复杂性显著下降。 然而，这种基因组复杂性降低的结果是在修饰基因组内不再具有能够与本文 上述独特的11-mer探针相杂交的唯一位点。而进行亚硫酸氢盐转化的结果是 另行产生了很多11碱基序列的其他可能的等价位点。因此，就需要一个 14-mer的探针以寻找原始位点并与其杂交。虽然这最初似乎与直觉相违背， 但是因为基因组中有更多看似相同的部分(其具有更多类似的序列)，所以人 们需要延长探针的长度以在目前包含三种碱基的修饰基因组检测原始位点。 因此，基因组相对复杂性的降低(或者说是，包含三种碱基这样的简化性) 意味着需要设计更长的探针以寻找最初的唯一位点。
本文所使用的术语“相对基因组复杂性降低”可以通过与未经修饰的 DNA相比，所需微生物特异性探针的长度增加来计算。此术语还涵盖测定微 生物是否存在而使用的探针序列的类型。这些探针可以具有非常规骨架，例 如PNA或LNA的非常规骨架，或者如在INA中阐述的修饰性骨架添加物 (modified additions to a backbone)的非常规骨架。因此，认为基因组具有减 少的相对复杂性与探针是否具有如嵌入性假核苷酸(Intercalating pseudonucleotides)的添加成分(例如在INA中所述)无关。实例包括但不 限于，DNA、RNA、锁核酸(LNA)、肽核酸(PNA)、MNA、阿卓糖醇核 酸(altritol nucleic acid，ANA)、己糖醇核酸(HNA)、嵌入性核酸(INA)、 环己基核酸(CNA)及其混合物和其杂交物、以及其磷原子修饰物，例如但 不限于硫代磷酸酯、甲基磷酸酯、亚磷酰胺、二硫代磷酸酯 (phosphorodithiates)、硒代磷酸酯(phosphoroselenoates)、磷酸三酯和硼烷 基磷酸酯(phosphoboranates)。非天然存在的核苷酸包括但不限于包含于以 下各项中的核苷酸：DNA、RNA、PNA、INA、HNA、MNA、ANA、LNA、 CNA、CeNA、TNA、(2’-NH)-TNA、(3’-NH)-TNA、α-L-核糖-LNA、α-L- 木糖-LNA、β-D-木糖-LNA、α-D-核糖-LNA、[3.2.1]-LNA、双环-DNA、6- 氨基-双环-DNA、5-表-双环-DNA、α-双环-DNA、三环-DNA、双环 [4.3.0]-DNA、双环[3.2.1]-DNA、双环[4.3.0]酰胺-DNA、β-D-吡喃核糖基-NA、 α-L-吡喃来苏糖基-NA、2’-R-RNA、α-L-RNA或α-D-RNA、β-D-RNA。此外， 可使用不包含磷的化合物连接核苷酸，所述化合物例如但不限于甲基亚氨基 甲基、formacetate、thioformacetate和含酰胺的连接基团。特别地，核酸和核 酸类似物可以包含一个或多个嵌入性假核苷酸(IPN)。IPN的存在并不属于 核酸分子复杂性描述这部分内容，也不是该复杂性的骨架部分(例如在PNA 中)。
“INA”表示根据WO 03/051901、WO 03/052132、WO 03/052133和 WO 03/052134(Unest A/S)教导的嵌入性核酸，以上通过引用并入本文。INA 是包含一个或多个嵌入性假核苷酸(IPN)分子的寡核苷酸或寡核苷酸类似 物。
“HNA”表示如Van Aetschot等人于1995年阐述的核酸。
“MNA”表示如Hossain等人于1998年阐述的核酸。
“ANA”指由Allert等人于1999年阐述的核酸。
“LNA”可以是WO 99/14226(Exiqon)阐述的任意LNA分子，LNA 优选选自WO 99/14226摘要中描述的分子。LNA更优选为Singh等人于1998 年、Koshkin等人于1998年或Obika等人于1997年阐述的核酸。
“PNA”指如Nielsen等人于1991年阐述的肽核酸。
本文所使用的“相对复杂性降低”不涉及碱基存在的顺序，例如序列 ATATATATATATAT(SEQ ID NO：)与同样长度的序列AAAAAAATTTTTTT (SEQ ID NO：)间的任何数学复杂性差异，也不涉及相对基因组大小的原始 再关联数据(original re-association data)(以及推论上的基因组复杂性)，其 中由Waring，M.& Britten R.J.1966，Science，154，791-794；和Britten，R.J and Kohne D E.，1968，Science，161，529-540以及其中来源于Carnegie Institution of Washington Yearbook的较早参考将“原始再关联数据”引入到科学文献中。
本文使用的“基因组相对复杂性”是指由分子探针评价的两个基因组中 碱基的未改变位置(原始基因组和未转化基因组均在1至n的恒定位置具有 碱基)。对于特定人类女性30亿碱基对的单倍体人类基因组而言，所述恒定 位置定义为1至n，其中n为3,000,000,000。如果在1至n的序列中，原始 基因组中第i个碱基为C，那么在转化基因组中第i个碱基为T。
本文使用的术语“基因组核酸”包括微生物(原核微生物和单细胞真核 微生物)的RNA、DNA、编码蛋白质的核酸、不编码蛋白质的核酸以及原 核微生物和单细胞真核微生物的核糖体基因区。
本文使用的术语“微生物基因组”涵盖了染色体、染色体外核酸，以及 该基因组的临时组分(例如质粒、微生物噬菌体)和最广义上的可动物质。 所述“基因组”具有一个如S.galactiae示例的核心组分，还可能具有不同分 离物种之间不同的已编码的和未编码的组分。
本文使用的术语“微生物的衍生DNA”包括直接从微生物获取的DNA 或通过任意已知或合适方法(例如反转录)将微生物RNA转化成DNA而间 接获取的DNA。
本文使用的术语“微生物”包括噬菌体、病毒、类病毒、细菌、真菌、 藻类、原生动物、螺旋菌、单细胞生物或任何其它微生物(无论如何分类， 例如借助the Kingdom Protoctista by Margulis，L.，et al 1990，Handbook of Protoctista，Jones and Bartlett，Publishers，Boston USA)或者与人类有关的微生 物(如Harrisons Principles of Internal Medicine，第12版，edited by J D Wilson et al.，McGraw Hill Inc，以及后续的版本中的定义)。还包括所阐述的与OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man，www.ncbi.gov)中定义的人类病症相关 的所有微生物。
本文使用的术语“微生物特异性核酸分子”表示利用本发明的方法确定 或获取的、具有一个或多个微生物特异性序列的分子。
本文使用的术语“微生物的分类学水平”包括科、属、种、株、型或来 自相同或不同地理或深海居群的不同居群。对于细菌而言，可使用常规公认 的细菌分类图(schema)，例如细菌→变形细菌→β-变形细菌→奈瑟氏菌目→ 奈瑟氏菌科→奈瑟氏菌属。由于单核苷酸的变化，或者以细胞内形式存在于 微生物内的DNA分子(例如质粒或噬菌粒)中存在的改变，或者因为微生 物基因组的多态性染色体区(如细菌毒力岛)，从而使不同的居群间可能存在 多态性。微生物和病毒基因组的流动性是得到公认的，其还包括可由独立核 酸片段体现的病毒基因组的嵌合性质。因此，由不同动物基因组的重配 (re-assortment)可产生新菌株，例如新人类流感菌株是从其它哺乳动物或鸟 类病毒基因组所得片段的嵌合体。
本文使用的术语“密切的序列相似性”包括上述序列相对复杂性的定义 并以探针长度作为测量标准。
术语“在严格条件下杂交”可与术语“能够在严格条件下杂交”交换使 用，在本文中表示能够通过其在严格条件下与所有或部分修饰的微生物核酸 杂交的能力简单地鉴别核酸。能够在严格条件下杂交表示核酸的退火在标准 条件(例如高温和/或低盐含量)下发生，这种条件有利于防止非互补核苷酸 序列的杂交。Maniatis，T.，et al.，Molecular Cloning：A Laboratory Manual，Cold Springs Harbor Laboratory，1982，387-389页中阐述了核酸探针与固定DNA杂 交的严格实验方案的实例(包括0.1×SSC，68℃持续2小时)，然而可根据应 用而改变实验条件。
材料和方法
DNA的提取
通常可以从任何合适来源获取微生物DNA(或病毒RNA)。实例包括但 不限于：细胞培养物、肉汤培养物、环境样本、临床样本、体液、液体样本、 固体样本(例如组织)。可以通过标准方法从样本中获取微生物DNA。以下 是合适的提取方法的实例。将目标样本置于包含7M盐酸胍、5mM EDTA、 100mM Tris/HCl(pH6.4)、1％ Triton-X-100、50mM蛋白酶K(Sigma)、 100μg/ml酵母tRNA的400μl溶液中。使用1.5ml一次性研杵使样本彻底匀 浆，并在60℃放置48小时。孵育后，对样本进行五个冻/融循环(干冰5分 钟/95℃5分钟)。随后，对样本进行涡旋振荡(vortex)并在微量离心机中离心 2分钟以沉淀细胞碎片。将上清移入到干净的试管中，稀释以降低盐浓度， 随后进行苯酚：氯仿抽提、乙醇沉淀并重悬于50μl 10mM Tris/0.1mM EDTA 中。
具体地，从生长在标准琼脂平板(具有特异于各菌种的营养需求)上的 革兰氏阳性和革兰氏阴性细菌中提取DNA的方法如下：
以下为从革兰氏阴性菌中提取DNA的实验方案：
a)使用无菌牙签将细菌菌落从培养平板上刮落到1.5ml离心管中。
b)加入180μl硫氰酸胍提取缓冲液(7M硫氰酸胍、5mM EDTA (pH8.0)、40mM Tris/HCl(pH7.6)、1％ Triton-X-100)，混合样本 以重悬微生物菌落。
c)加入20μl(20mg/ml)蛋白酶K并使样本充分混合。
d)在55℃孵育样本3小时以裂解细胞。
e)向每个样本中加入200μl水并通过轻柔吹打混合样本。
f)加入400μl酚/氯仿/异戊醇(25:24:1)，并涡旋振荡样本两次，每 次15秒。
g)随后将样本在微量离心机中以14,000rpm离心4分钟。
h)将水相移至1.5ml干净离心管中。
i)加入400μl酚/氯仿/异戊醇(25:24:1)，并涡旋振荡样本两次，每 次15秒。
j)随后将样本在微量离心机中以14,000rpm离心4分钟。
k)将水相移至1.5ml干净离心管中。
l)向每个样本中加入800μl 100％的乙醇，短暂涡旋振荡样本，随 后在-20℃下静置1小时。
m)在4℃下将样本在微量离心机中以14,000rpm离心4分钟。
n)用500μl 70％乙醇洗涤DNA沉淀。
o)在4℃下将样本在微量离心机中以14,000rpm离心5分钟，除去 乙醇并将沉淀风干5分钟。
p)最后将DNA重悬在100μl 10mM Tris/HCl(pH8.0)、1mM EDTA (pH8.0)中。
q)通过测量溶液在230、260、280nm的吸收值来计算DNA的浓度 和纯度。
从革兰氏阳性细菌中提取DNA的方法如下：
a)使用无菌牙签将细菌菌落从培养平板上刮落到1.5ml离心管中。
b)向每个样本中加入180μl 20mg/ml溶菌酶(Sigma)和200μg溶 葡萄球菌酶(Sigma)，并轻柔混合样本以重悬细菌菌落。
c)样本在37℃孵育30分钟以降解细胞壁。
d)随后处理样本并根据针对革兰氏阳性细菌的QIAamp DNA迷你试 剂盒的方法提取DNA。
从患者细胞样本中提取DNA：
a)用手剧烈摇动样本以重悬任何沉淀细胞并确保溶液的均匀性。
b)将4ml重悬细胞转移至15ml Costar离心管中。
c)将所述试管在甩平式转头(swing-out bucket rotor)中以3000×g离 心15分钟。
d)小心地倾出并弃去上清而不混动沉淀的细胞物质。
e)将沉淀的细胞重悬在200μl裂解缓冲液(100mM Tris/HCl pH8.0、 2mM EDTA pH8.0、0.5％ SDS、0.5％ Triton-X-100)中并充分混 合至获得均匀的溶液。
f)将80μl样本转移到96孔样本制备平板中。
g)加入20μl蛋白酶K并将溶液在55℃孵育1小时(此过程导致细 胞裂解)。
从尿样本中提取DNA
根据QIAamp UltraSensTM病毒手册从起始体积为1rml的尿中提取DNA。 DNA样本的亚硫酸氢盐处理
根据MethylEasyTM高通量DNA亚硫酸氢盐修饰试剂盒(Human Genetic Signatures，澳大利亚)进行亚硫酸氢盐处理，也可参见下文。
令人惊讶的是，本发明人发现不需要将微生物DNA从其它来源的核酸 中分离出来(例如人类细胞样本中具有微生物DNA时)。处理步骤可以用于 不同DNA类型的大量混合物，而且通过本发明依然能够鉴别微生物特异性 核酸。据估计，在复杂DNA混合物中检测的极限值是标准PCR检测法的极 限值，可以低至一个拷贝的靶核酸分子。
样本
任何合适的样本都可以用于本发明。实例包括但不限于微生物培养物、 临床样本、兽医样本、生物液体、组织培养样本、环境样本、水样本、流出 物。由于本发明适合检测任何微生物，因此不应认为以上列表是穷举性的。
试剂盒
可以以各种试剂盒或者组合试剂盒的方式实施本发明，并且由手动、半 自动或全自动平台进行具体实施。在优选方式中，可以利用如EpMotion的 自动化平台，由MethyEasyTM或者高通量MethylEasyTM试剂盒(Human Genetic Signatures Pty Ltd，澳大利亚)在96孔或384孔平板中转化核酸。
亚硫酸氢盐的处理
以下列出了亚硫酸盐有效处理核酸的示例性方法。该方法可基本保留所 有经处理的DNA。在本文中该方法也被称为人类遗传标记(HGS)方法。应 理解，样本或试剂的体积或量是可以变化的。
可以在US 10/428310或PCT/AU2004/000549找到用于亚硫酸氢盐处理 的优选方法，二者均通过引用并入本文。
向2μg DNA(如果需要可以用合适的限制性酶进行预消化)中加入2μl (1/10体积)的3M NaOH(6g/50ml水，新鲜制备)，终体积为20μl。由于 亚硫酸氢盐试剂优选与单链分子反应，所以该步骤把双链DNA分子变性成 单链形式。将该混合物在37℃孵育15分钟。在室温以上的温度进行孵育可 以用于提高变性的效率。
孵育后，依次加入208μl 2M焦亚硫酸氢钠(7.6g/20ml水和416ml10 N NaOH；BDH AnalaR #10356.4D；新鲜制备)和12μl 10mM对苯二酚(0.055 g/50ml水，BDH AnalR #103122E；新鲜制备)。对苯二酚是一种还原剂，并 有助于减少试剂的氧化。也可以使用其它还原剂，例如二硫苏糖醇(DTT)、 巯基乙醇、醌(氢醌)或者其它合适的还原剂。用200μl矿物油覆盖样本。 矿物油的覆盖可以阻止试剂的蒸发和氧化，但却不是必需的。随后将样本在 55℃孵育过夜。或者，使样本在热循环仪中进行如下循环：按如下方式孵育 约4小时或过夜：第1步，在PCR仪中55℃循环2小时；第2步，95℃/2 分钟。第1步可以在37℃至约90℃间的任何温度下进行，并且时间可以在5 分钟至8小时间变化。第2步可以在约70℃至约99℃间的任何温度下进行， 并且时间可以在约1秒至60分钟或更长之间变化。
在用焦亚硫酸氢钠处理后，除去矿物油，并且如果DNA浓度低，则加 入1μl tRNA(20mg/ml)或2μl糖原。这些添加物是任选的，并且特别是在 DNA以低浓度存在时，所述添加物可以通过其与靶DNA的共沉淀而提高 DNA的产量。当核酸的量小于0.5μg时，通常需要使用添加物作为载体以更 有效地沉淀核酸。
按照以下进行异丙醇净化(cleanup)处理：向样本中加入800μl水，混 合，随后加入1ml异丙醇。用水或缓冲液将反应容器中亚硫酸氢盐的浓度降 低至盐不与目标靶核酸一起沉淀的水平。稀释度通常为约1/4至1/1000，只 要盐的浓度被稀释至低于如本文公开的预期范围。
再次混合样本并置于4℃至少5分钟。样本在微量离心机中离心10-15 分钟，并将沉淀用70％的ETOH洗涤两次，每次都进行涡旋振荡。该洗涤处 理可清除与核酸一起沉淀的残余盐。
将沉淀干燥后重悬在合适体积(例如50μl)的pH7.0-12.5的T/E(10mM Tris/0.1mM EDTA)中。现已发现pH10.5的缓冲液尤其有效。根据核酸悬 浮的需要，样本在37℃至95℃孵育1分钟至96小时。
可以在WO 2005021778(通过引用并入本文)中找到亚硫酸氢盐处理的 另一个实例，该实例提供了使胞嘧啶转化为尿嘧啶的方法和材料。在一些实 施方案中，核酸(例如gDNA)与亚硫酸氢盐以及多胺催化剂(例如三胺或 四胺)反应。任选地，所述亚硫酸氢盐包含亚硫酸氢镁。在其它实施方案中， 任选在多胺催化剂和/或季胺催化剂的存在下，使核酸与亚硫酸氢镁反应。还 提供了可用于实施本发明方法的试剂盒。可以理解，在处理步骤中这些方法 都适合于本发明。
扩增
在25μl反应混合物(该混合物含有2μl经亚硫酸氢盐处理的基因组 DNA)中，使用Promega PCR master混合物和引物(每个引物6ng/μl)进行 PCR扩增。使用链特异性套式引物进行扩增。利用PCR引物1和引物4进 行第1轮PCR扩增(见下)。在第1轮PCR扩增后，将1μl扩增物质转移到 包含PCR引物2和引物3的第2轮PCR预混合物中，并按前述进行扩增。 将PCR产物的样本在ThermoHybaid PX2热循环仪中按以下条件进行扩增： 95℃ 4分钟，1个循环；随后95℃ 1分钟，50℃ 2分钟和72℃ 2分钟，共30 个循环；72℃ 10分钟，1个循环。

多重扩增
如果检测需要多重扩增，可以进行以下方法。
将1μl经亚硫酸氢盐处理的DNA加入至包含以下成分的25μl反应体系 中：x1 Qiagen multiplex master混合物、第1轮INA或寡核苷酸引物(每个 5-100ng)、1.5-4.0mM MgSO4、dNTP(每个400uM)和0.5-2单位聚合酶混 合物。随后，所述成分在热盖的热循环仪中进行以下循环。通常每个扩增反 应中可能具有多达200条单独的引物序列。
第1步  94℃ 15分钟    1个循环
第2步  94℃ 1分钟
       50℃ 3分钟     35个循环
       68℃ 3分钟
第3步  68℃ 10分钟    1个循环
随后将1μl第1轮扩增产物转移到第2轮反应试管中进行第二轮扩增， 其中所述第2轮反应试管中含酶反应混合物和合适的第二轮引物。随后如上 所述进行循环。
引物
任何合适的PCR引物都可以用于本发明。引物通常具有与待扩增序列互 补的序列。引物通常是寡核苷酸，但也可以是寡核苷酸类似物。
探针
探针可以是任何合适的核酸分子或核酸类似物。实例包括但不限于 DNA、RNA、锁核酸(LNA)、肽核酸(PNA)、MNA、阿卓糖醇核酸(ANA)、 己糖醇核酸(HNA)、嵌入式核酸(INA)、环己基核酸(CNA)与其混合物 和其杂交物、以及其磷原子修饰物，例如但不限于硫代磷酸酯、甲基磷酸酯、 亚磷酰胺、二硫代磷酸酯、硒代磷酸酯、磷酸三酯和硼烷基磷酸酯。非天然 存在的核苷酸包括但不限于包含于以下物质中的核苷酸：DNA、RNA、PNA、 INA、HNA、MNA、ANA、LNA、CNA、CeNA、TNA、(2’-NH)-TNA、 (3’-NH)-TNA、α-L-核糖-LNA、α-L-木糖-LNA、β-D-木糖-LNA、α-D-核糖 -LNA、[3.2.1]-LNA、双环-DNA、6-氨基-双环-DNA、5-epi-双环-DNA、α- 双环-DNA、三环-DNA、双环[4.3.0]-DNA、双环[3.2.1]-DNA、双环[4.3.0]酰 胺-DNA、β-D-吡喃核糖基-NA、α-L-吡喃来苏糖基-NA、2’-R-RNA、α-L-RNA 或α-D-RNA、β-D-RNA。此外，不包含磷的化合物也可用于连接核苷酸，该 化合物例如但不限于甲基亚氨基甲基、formacetate、thioformacetate和含酰胺 的连接基团。特别是核酸和核酸类似物可以包含一种或多种嵌入式假核苷酸。
探针优选为包含一个或多个由内部IPN形成的INA的DNA或DNA寡 核苷酸。
电泳
根据E-gel系统用户指南(www.invitrogen.doc)进行样本的电泳。
检测方法
存在多种可能的检测系统来测定预期样本的状况。应该理解，任何用于 检测核酸分子的已知系统或方法都可以用于本发明。检测系统包括但不限于：
I.适当标记的DNA与可以筛选10->200,000个单一组分的微阵列型 设备的杂交。该阵列可以由位于任何合适固相(例如玻璃、塑料、云母、尼 龙、微珠、磁珠、荧光珠或膜)表面上的INA、PNA或核苷酸或修饰核苷酸 阵列组成；
II.Southern杂交型检测系统；
III.标准PCR检测系统，例如琼脂糖凝胶，荧光读取例如基因扫描分 析。夹心杂交检测，DNA染色试剂例如溴化乙锭、Sybergreen，抗体检测， ELISA平板读取仪型设备，荧光计设备；
IV.特异基因组扩增片段或多个基因组扩增片段或其上变异的实时 PCR定量；
V.WO 2004/065625中列出的检测系统，例如荧光珠、酶偶联物、放 射性珠等；
VI.利用如连接酶链反应的扩增步骤或如链置换扩增(SDA)的等温 DNA扩增技术的其它检测系统；
VII.多光子检测系统；
VIII.凝胶电泳和可视化；
IX.用于或可能用于检测核酸的检测平台。
嵌入式核酸
嵌入式核酸(INA)为非天然存在的能够序列特异性地与核酸(DNA和 RNA)杂交的多核苷酸。因为具有多种合乎需要的性质，所以INA是基于探 针的杂交试验中核酸探针替代物/取代物的候选者。INA是聚合物，其与核酸 杂交以形成比天然存在的相应核酸/核酸复合体在热力学上更稳定的杂交物。 它们不是能降解肽或核酸的酶的底物。因此，INA在生物样本中将更稳定， 并且与天然存在的核酸片段相比具有更长的贮存期限。与非常依赖于离子强 度的核酸杂交不同，INA与核酸的杂交完全不依赖于离子强度，并且能够在 非常不利于天然核酸与核酸杂交的低离子强度条件下与核酸杂交。INA的结 合强度依赖于通过工程化进入分子中的嵌入基团数量，以及双链结构中以特 异方式堆积的碱基间的常规氢键相互作用。与DNA识别DNA相比，INA识 别DNA的序列识别更加有效。
优选INA为(S)-1-O-(4，4′-二甲氧基三苯基甲基)-3-O-(1-芘基甲基)-甘油的 亚磷酰胺。
通过对可商购形式的标准寡核苷酸合成方法的改造来合成INA。可以在 WO 03/051901、WO 03/052132、WO 03/052133和WO 03/052134(UnestA/S， 属于Human Genetic Signatures Pty Ltd，澳大利亚)中发现INA的完整定义及 其合成，其通过引用并入本文。
在INA探针和标准的核酸探针间确实存在许多差异。这些差异可以方便 地分为生物差异、结构差异和物理化学差异。如上下文中所讨论的，当试图 将INA探针用于通常使用核酸的应用中时，这些生物差异、结构差异和物理 化学差异可产生不可估测的结果。这种不同组分的不等价性通常可在化学领 域中观察到。
关于生物差异，核酸作为遗传传递和表达的物质，其是在活生命体中起 重要作用的生物物质。核酸的体内特性已经得到相当充分的了解。然而，INA 是最近开发出的一种完全人工的分子，由化学家构思并通过有机化学合成制 备。它还没有已知的生物功能。
INA在结构上也与核酸显著不同。虽然两者都能使用常规的核酸碱基 (A、C、G、T和U)，但两个分子的组分在结构上有所不同。RNA、DNA 和INA的骨架由重复的核糖磷酸二酯和2-脱氧核糖磷酸二酯单元组成。INA 与DNA或RNA的区别在于其具有一个或多个通过连接分子与聚合物相结合 的大扁平分子(large flat molecule)。该扁平分子嵌入至双链结构中与INA相 对的互补DNA链的碱基之间。
INA和DNA或RNA的物理/化学差异也是显著的。INA与互补DNA结 合的速度比核酸探针与相同靶标序列结合的速度更快。与DNA或RNA片段 不同，除非嵌入基团位于末端位置，否则INA很少与RNA结合。由于嵌入 基团与互补DNA链的碱基间的强相互作用，INA/DNA复合体的稳定性要高 于DNA/DNA或RNA/DNA类似复合体的稳定性。
与其它核酸如DNA或RNA片段或PNA不同，INA不具有自聚集或结 合的性质。
由于INA与核酸杂交具有序列特异性，所以INA是用于开发基于探针 检测的有用候选物，并尤其适合于试剂盒和筛选检测。然而，INA探针并不 不是核酸探针的等价物。因此，可提高基于探针检测的特异性、灵敏度和可 信度的方法、试剂盒或组合物都可用于含DNA样本的检测、分析和定量。INA 具有实现此目的的必要特性。
结果
为了证明本发明，图2至6显示了丙型肝炎病毒1a的衍生核酸或简化核 酸。图1和图2分别显示了丙型肝炎病毒1a的天然基因组的上链和下链。图 3和图4分别显示了上链和下链中所有胞嘧啶都已经被替换为尿嘧啶的衍生 核酸。图5和图6分别显示了修饰核酸，其中衍生核酸中所有尿嘧啶都已经 被替换为胸腺嘧啶从而形成上链和下链的修饰丙型肝炎病毒1a核酸。
如可以从图2至6中看出的，针对丙型肝炎病毒1a已经产生了四个主要 的可用于检测或获取合适靶标的新的人工基因组。衍生核酸和修饰核酸并不 是天然存在的，但通常可通过亚硫酸氢盐处理(衍生核酸)和扩增(修饰核 酸)而产生。
因此本发明着眼于由天然存在的微生物核酸获得且具有所需要的新用途 的新型核酸。
表1显示了所附序列表(以数字顺序编号)中提供的本发明的微生物的 衍生核酸序列和微生物的修饰核酸序列。由于序列的大小和总数过于庞大， 本发明说明书中没有提供其纸件。然而，所有序列通过引用并入本文。
表1
序列  微生物             序列                              序列
表#                                                        号
1     不动杆菌属         不动杆菌U*                         1
                         不动杆菌T*                         2
                         不动杆菌U RC*                      3
                         不动杆菌T RC*                      4
2     芽孢杆菌属         炭疽芽孢杆菌(Bacillus anthracis)U  1
                         炭疽芽孢杆菌T                      2
                         炭疽芽孢杆菌U RC                   3
                         炭疽芽孢杆菌T RC                   4
                         蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus)U     5
                         蜡样芽孢杆菌T                      6
                         蜡样芽孢杆菌U RC                   7
                         蜡样芽孢杆菌T RC                   8
                         枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)U   9
                         枯草芽孢杆菌T                      10
                         枯草芽孢杆菌U RC                   11
                         枯草芽孢杆菌T RC                   12
3     类杆菌属           脆弱类杆菌(Bacteriodes fragilis)U  1
                         脆弱类杆菌T                        2
                         脆弱类杆菌U RC                     3
                         脆弱类杆菌T RC                     4
4     巴尔通体属         汉塞巴尔通体(Bartonella henselae)U 1
序列  微生物       序列                                        序列
表#                                                            号
                   汉塞巴尔通体T                               2
                   汉塞巴尔通体U RC                            3
                   汉塞巴尔通体T RC                            4
                   五日热巴尔通体(Bartonella quintana)U        5
                   五日热巴尔通体T                             6
                   五日热巴尔通体U RC                          7
                   五日热巴尔通体T RC                          8
5     博德特氏菌属 百日咳博德特氏菌(Bordetella pertussis)U     1
                   百日咳博德特氏菌T                           2
                   百日咳博德特氏菌U RC                        3
                   百日咳博德特氏菌T RC                        4
6     疏螺旋体属   伯氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi)U         1
                   伯氏疏螺旋体T                               2
                   伯氏疏螺旋体U RC                            3
                   伯氏疏螺旋体T RC                            4
7     布鲁氏菌属   羊种布鲁氏菌属(Brucella melitensis)Chr1U    1
                   羊种布鲁氏菌属Chr1 T                        2
                   羊种布鲁氏菌属Chr1 U RC                     3
                   羊种布鲁氏菌属Chr1 T RC                     4
                   羊种布鲁氏菌属Chr2 U                        5
                   羊种布鲁氏菌属Chr2 T                        6
                   羊种布鲁氏菌属Chr2 U RC                     7
                   羊种布鲁氏菌属Chr2 T RC                     8
8     弯曲菌属     空肠弯曲菌(Campylobacter jejuni)U           1
                   空肠弯曲菌T                                 2
                   空肠弯曲菌U RC                              3
                   空肠弯曲菌T RC                              4
9     衣原体属     肺炎衣原体(Chlamydia pneumoniae)U           1
序列  微生物         序列                                     序列
表#                                                           号
                     肺炎衣原体T                              2
                     肺炎衣原体U RC                           3
                     肺炎衣原体T RC                           4
                     沙眼衣原体(Chlamydia trachomatis)U       5
                     沙眼衣原体T                              6
                     沙眼衣原体U RC                           7
                     沙眼衣原体T RC                           8
10    梭菌属         肉毒梭菌(Clostridium botulinum)毒素AU    1
                     肉毒梭菌毒素A T                          2
                     肉毒梭菌毒素A U RC                       3
                     肉毒梭菌毒素A T RC                       4
                     肉毒梭菌毒素B U                          5
                     肉毒梭菌毒素B T                          6
                     肉毒梭菌毒素B U RC                       7
                     肉毒梭菌毒素B T RC                       8
                     肉毒梭菌毒素C U                          9
                     肉毒梭菌毒素C T                          10
                     肉毒梭菌毒素C U RC                       11
                     肉毒梭菌毒素C T RC                       12
                     肉毒梭菌毒素D U                          13
                     肉毒梭菌毒素D T                          14
                     肉毒梭菌毒素D U RC                       15
                     肉毒梭菌毒素D T RC                       16
                     肉毒梭菌毒素E U                          17
                     肉毒梭菌毒素E T                          18
                     肉毒梭菌毒素E F RC                       19
                     肉毒梭菌毒素E T RC                       20
                     肉毒梭菌毒素F U                          21
序列  微生物        序列                                       序列
表#                                                            号
                    肉毒梭菌毒素F T                            22
                    肉毒梭菌毒素F U RC                         23
                    肉毒梭菌毒素F T RC                         24
                    难辨梭菌(Clostridium dififcile)U           25
                    难辨梭菌T                                  26
                    难辨梭菌U RC                               27
                    难辨梭菌T RC                               28
                    产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)U     29
                    产气荚膜梭菌T                              30
                    产气荚膜梭菌U RC                           31
                    产气荚膜梭菌T RC                           32
                    破伤风梭菌(Clostridium tetani)U            33
                    破伤风梭菌T                                34
                    破伤风梭菌U RC                             35
                    破伤风梭菌T RC                             36
                    肉毒梭菌U                                  37
                    肉毒梭菌T                                  38
                    肉毒梭菌U RC                               39
                    肉毒梭菌T RC                               40
11    棒状杆菌属    白喉棒状杆菌(Corynebacterium diptheriae)   1
                    U
                    白喉棒状杆菌T                              2
                    白喉棒状杆菌U RC                           3
                    白喉棒状杆菌T RC                           4
                    杰氏棒状杆菌(Corynebacterium jeikeium)U    5
                    杰氏棒状杆菌T                              6
                    杰氏棒状杆菌U RC                           7
                    杰氏棒状杆菌T RC                           8
序列  微生物        序列                                      序列
表#                                                           号
12    大肠杆菌      大肠杆菌U                                  1
                    大肠杆菌T                                  2
                    大肠杆菌U RC                               3
                    大肠杆菌T RC                               4
13    埃立克体属    查菲埃立克体(Ehrlichia chaffeensis)U       1
                    查菲埃立克体T                              2
                    查菲埃立克体U RC                           3
                    查菲埃立克体T RC                           4
14    肠球菌属      粪肠球菌(Enterococcus faecalis)U           1
                    粪肠球菌T                                  2
                    粪肠球菌U RC                               3
                    粪肠球菌T RC                               4
15    梭形杆菌属    具核梭形杆菌(Fusobacterium nucleatum)U     1
                    具核梭形杆菌T                              2
                    具核梭形杆菌U RC                           3
                    具核梭形杆菌T RC                           4
16    嗜血杆菌属    杜克雷嗜血杆菌(Haemophilus ducreyi)U       1
                    杜克雷嗜血杆菌T                            2
                    杜克雷嗜血杆菌U RC                         3
                    杜克雷嗜血杆菌T RC                         4
                    流感嗜血杆菌U                              5
                    流感嗜血杆菌T                              6
                    流感嗜血杆菌U RC                           7
                    流感嗜血杆菌T RC                           8
17    螺旋杆菌属    幽门螺旋杆菌(Helicobacter pylori)U         1
                    幽门螺旋杆菌T                              2
                    幽门螺旋杆菌U RC                           3
                    幽门螺旋杆菌T RC                           4
序列  微生物         序列                                     序列
表#                                                           号
18    军团菌属       嗜肺军团菌(Legionella pneumophila)U      1
                     嗜肺军团菌T                              2
                     嗜肺军团菌U RC                           3
                     嗜肺军团菌T RC                           4
19    钩端螺旋体属   问号状钩端螺旋体(Leptospira interrogans) 1
                     Chr I U
                     问号状钩端螺旋体Chr I T                  2
                     问号状钩端螺旋体Chr I U RC               3
                     问号状钩端螺旋体Chr I T RC               4
                     问号状钩端螺旋体Chr II U                 5
                     问号状钩端螺旋体Chr II T                 6
                     问号状钩端螺旋体Chr II U RC              7
                     问号状钩端螺旋体Chr II T RC              8
20    李斯特菌属     单核细胞增生性李斯特菌(Listeria          1
                     monocytogenes)U
                     单核细胞增生性李斯特菌T                  2
                     单核细胞增生性李斯特菌U RC               3
                     单核细胞增生性李斯特菌T RC               4
21    分枝杆菌属     鸟分枝杆菌(Mycobacterium avium)U         1
                     鸟分枝杆菌T                              2
                     鸟分枝杆菌U RC                           3
                     鸟分枝杆菌T RC                           4
                     麻风分枝杆菌(Mycobacterium leprae)U      5
                     麻风分枝杆菌T                            6
                     麻风分枝杆菌U RC                         7
                     麻风分枝杆菌T RC                         8
                     结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis) 9
                     U
序列  微生物        序列                                   序列
表#                                                        号
                    结核分枝杆菌T                          10
                    结核分枝杆菌U RC                       11
                    结核分枝杆菌T RC                       12
22    支原体属      肺炎支原体(Mycoplasmapneumoniae)U      1
                    肺炎支原体T                            2
                    肺炎支原体U RC                         3
                    肺炎支原体T RC                         4
23    奈瑟氏球菌属  淋病奈瑟氏球菌(Neisseria gonorrhoeae)U 1
                    淋病奈瑟氏球菌T                        2
                    淋病奈瑟氏球菌U RC                     3
                    淋病奈瑟氏球菌T RC                     4
                    脑膜炎奈瑟氏球菌(Neisseria meningitides)5
                    血清型AU
                    脑膜炎奈瑟氏球菌血清型AT               6
                    脑膜炎奈瑟氏球菌血清型AU RC            7
                    脑膜炎奈瑟氏球菌血清型AT RC            8
                    脑膜炎奈瑟氏球菌血清型B U              9
                    脑膜炎奈瑟氏球菌血清型B T              10
                    脑膜炎奈瑟氏球菌血清型B U RC           11
                    脑膜炎奈瑟氏球菌血清型B T RC           12
24    诺卡氏菌属    皮疽诺卡氏菌(Nocardia farcinica)U      1
                    皮疽诺卡氏菌T                          2
                    皮疽诺卡氏菌U RC                       3
                    皮疽诺卡氏菌T RC                       4
25    假单胞菌属    铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)U  1
                    铜绿假单胞菌T                          2
                    铜绿假单胞菌U RC                       3
                    铜绿假单胞菌T RC                       4
序列  微生物        序列                                       序列
表#                                                            号
26    立克次氏体属  普氏立克次氏体(Rickettsia prowazekii)U     1
                    普氏立克次氏体T                            2
                    普氏立克次氏体U RC                         3
                    普氏立克次氏体T RC                         4
                    斑疹伤寒立克次氏体(Rickettsia typhi)U      5
                    斑疹伤寒立克次氏体T                        6
                    斑疹伤寒立克次氏体U RC                     7
                    斑疹伤寒立克次氏体T RC                     8
                    康氏立克次氏体(Rickettsia conorii)U        9
                    康氏立克次氏体T                            10
                    康氏立克次氏体U RC                         11
                    康氏立克次氏体T RC                         12 27    沙门氏菌属    肠道沙门氏菌(Salmonella enterica)U           1
                    肠道沙门氏菌T                              2
                    肠道沙门氏菌U RC                           3
                    肠道沙门氏菌T RC                           4
                    鼠伤寒肠道沙门氏菌(Salmonella              5
                    typhimurium)U
                    鼠伤寒肠道沙门氏菌T                        6
                    鼠伤寒肠道沙门氏菌U RC                     7
                    鼠伤寒肠道沙门氏菌T RC                     8
28    沙雷氏菌属    粘质沙雷氏菌(Serratia marscesens)U         1
                    粘质沙雷氏菌T                              2
                    粘质沙雷氏菌U RC                           3
                    粘质沙雷氏菌T RC                           4
29    志贺氏菌属    福氏志贺氏菌(Shigella flexneri)U           1
                    福氏志贺氏菌T                              2
                    福氏志贺氏菌U RC                           3
序列  微生物         序列                                      序列
表#                                                            号
                     福氏志贺氏菌T RC                          4
                     鲍氏志贺氏菌(Shigella boydii)U            5
                     鲍氏志贺氏菌T                             6
                     鲍氏志贺氏菌U RC                          7
                     鲍氏志贺氏菌T RC                          8
                     痢疾志贺氏菌(Shigella dysenteriae)U       9
                     痢疾志贺氏菌T                             10
                     痢疾志贺氏菌U RC                          11
                     痢疾志贺氏菌T RC                          12
30    葡萄球菌属     金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)U    1
                     金黄色葡萄球菌T                           2
                     金黄色葡萄球菌U RC                        3
                     金黄色葡萄球菌T RC                        4
                     表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)  5
                     U
                     表皮葡萄球菌T                             6
                     表皮葡萄球菌U RC                          7
                     表皮葡萄球菌T RC                          8
                     溶血葡萄球菌(Staphylococcus haemolyticus) 9
                     U
                     溶血葡萄球菌T                             10
                     溶血葡萄球菌U RC                          11
                     溶血葡萄球菌T RC                          12
                     葡萄球菌肠毒素AU                          13
                     葡萄球菌肠毒素AT                          14
                     葡萄球菌肠毒素A U RC                      15
                     葡萄球菌肠毒素A T RC                      16
                     葡萄球菌肠毒素B U                         17
序列  微生物       序列                                       序列
表#                                                           号
                   葡萄球菌肠毒素B T                          18
                   葡萄球菌肠毒素A B RC                       19
                   葡萄球菌肠毒素A B RC                       20
                   葡萄球菌肠毒素C U                          21
                   葡萄球菌肠毒素C T                          22
                   葡萄球菌肠毒素C U RC                       23
                   葡萄球菌肠毒素C T RC                       24
                   葡萄球菌肠毒素C1 U                         25
                   葡萄球菌肠毒素C1 T                         26
                   葡萄球菌肠毒素C1 U RC                      27
                   葡萄球菌肠毒素C1 T RC                      28
                   葡萄球菌肠毒素C3 U                         29
                   葡萄球菌肠毒素C3 T                         30
                   葡萄球菌肠毒素C3 U RC                      31
                   葡萄球菌肠毒素C3 T RC                      32
                   葡萄球菌肠毒素D U                          33
                   葡萄球菌肠毒素D T                          34
                   葡萄球菌肠毒素D U RC                       35
                   葡萄球菌肠毒素D T RC                       36
                   葡萄球菌肠毒素E U                          37
                   葡萄球菌肠毒素E T                          38
                   葡萄球菌肠毒素E U RC                       39
                   葡萄球菌肠毒素E T RC                       40
                   葡萄球菌肠毒素G U                          41
                   葡萄球菌肠毒素G T                          42
                   葡萄球菌肠毒素G U RC                       43
                   葡萄球菌肠毒素G T RC                       44
                   葡萄球菌肠毒素H U                          45
序列  微生物        序列                                      序列
表#                                                           号
                    葡萄球菌肠毒素H T                         46
                    葡萄球菌肠毒素H U RC                      47
                    葡萄球菌肠毒素H T RC                      48
                    葡萄球菌肠毒素J&R U                       49
                    葡萄球菌肠毒素J&R T                       50
                    葡萄球菌肠毒素J&RU RC                     51
                    葡萄球菌肠毒素J&R T RC                    52
31链球菌属          无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)U     1
                    无乳链球菌T                               2
                    无乳链球菌U RC                            3
                    无乳链球菌T RC                            4
                    变形链球菌(Streptococcus mutans)U         5
                    变形链球菌T                               6
                    变形链球菌U RC                            7
                    变形链球菌T RC                            8
                    肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae)U     9
                    肺炎链球菌T                               10
                    肺炎链球菌U RC                            11
                    肺炎链球菌T RC                            12
                    化脓性链球菌(Streptococcus pyrogene)U     13
                    化脓性链球菌T                             14
                    化脓性链球菌U RC                          15
                    化脓性链球菌T RC                          16
32    链霉菌属      天蓝色链霉菌(Streptomyces coelicolor)U    1
                    天蓝色链霉菌T                             2
                    天蓝色链霉菌U RC                          3
                    天蓝色链霉菌T RC                          4
33    密螺旋体属    梅毒密螺旋体(Treponema pallidum)U         1
序列  微生物        序列                                      序列
表#                                                           号
                    梅毒密螺旋体T                             2
                    梅毒密螺旋体U RC                          3
                    梅毒密螺旋体T RC                          4
34    Tropheryma属  Tropheryma whippelii U                    1
                    Tropheryma whippelii T                    2
                    Tropheryma whippelii U RC                 3
                    Tropheryma whippelii T RC                 4
35    疟原虫属      恶性疟原虫(Plasmodium falciparum)线粒体   1
                    U
                    恶性疟原虫线粒体T                         2
                    恶性疟原虫线粒体U RC                      3
                    恶性疟原虫线粒体T RC                      4
                    恶性疟原虫Chr1 U                          5
                    恶性疟原虫Chr1 T                          6
                    恶性疟原虫Chr1 U RC                       7
                    恶性疟原虫Chr1 T RC                       8
                    恶性疟原虫Chr2 U                          9
                    恶性疟原虫Chr2 T                          10
                    恶性疟原虫Chr2 U RC                       11
                    恶性疟原虫Chr2 T RC                       12
                    恶性疟原虫Chr3 U                          13
                    恶性疟原虫Chr3 T                          14
                    恶性疟原虫Chr3 U RC                       15
                    恶性疟原虫Chr3 T RC                       16
                    恶性疟原虫Chr4 U                          17
                    恶性疟原虫Chr4 T                          18
                    恶性疟原虫Chr4 U RC                       19
                    恶性疟原虫Chr4 T RC                       20
序列  微生物        序列                                       序列
表#                                                            号
                    恶性疟原虫Chr5 U                           21
                    恶性疟原虫Chr5 T                           22
                    恶性疟原虫Chr5 U RC                        23
                    恶性疟原虫Chr5 T RC                        24
                    恶性疟原虫Chr6 U                           25
                    恶性疟原虫Chr6 T                           26
                    恶性疟原虫Chr6 U RC                        27
                    恶性疟原虫Chr6 T RC                        28
                    恶性疟原虫Chr7 U                           29
                    恶性疟原虫Chr7 T                           30
                    恶性疟原虫Chr7 U RC                        31
                    恶性疟原虫Chr7 T RC                        32
                    恶性疟原虫Chr8 U                           33
                    恶性疟原虫Chr8 T                           34
                    恶性疟原虫Chr8 U RC                        35
                    恶性疟原虫Chr8 T RC                        36
                    恶性疟原虫Chr9 U                           37
                    恶性疟原虫Chr9 T                           38
                    恶性疟原虫Chr9 U RC                        39
                    恶性疟原虫Chr9 T RC                        40
                    恶性疟原虫Chr10 U                          41
                    恶性疟原虫Chr10 T                          42
                    恶性疟原虫Chr10 U RC                       43
                    恶性疟原虫Chr10 T RC                       44
                    恶性疟原虫Chr11 U                          45
                    恶性疟原虫Chr11 T                          46
                    恶性疟原虫Chr11 U RC                       47
                    恶性疟原虫Chr11 T RC                       48
序列  微生物         序列                                      序列
表#                                                            号
                     恶性疟原虫Chr12 U                         49
                     恶性疟原虫Chr12 T                         50
                     恶性疟原虫Chr12 U RC                      51
                     恶性疟原虫Chr12 T RC                      52
                     恶性疟原虫Chr13 U                         53
                     恶性疟原虫Chr13 T                         54
                     恶性疟原虫Chr13 U RC                      55
                     恶性疟原虫Chr13 T RC                      56
                     恶性疟原虫Chr14 U                         57
                     恶性疟原虫Chr14 T                         58
                     恶性疟原虫Chr14 U RC                      59
                     恶性疟原虫Chr14 T RC                      60
36    曲霉属         黑曲霉属(Aspergillus niger)线粒体U        1
      (Aspergillus)  黑曲霉线粒体T                             2
                     黑曲霉线粒体U RC                          3
                     黑曲霉线粒体T RC                          4
                     塔宾曲霉(Aspergillus tubingensis)线粒体U  5
                     塔宾曲霉线粒体T                           6
                     塔宾曲霉线粒体U RC                        7
                     塔宾曲霉线粒体T RC                        8
37    念珠菌属       白色念珠菌(Candida albicans)线粒体U       1
                     白色念珠菌线粒体T                         2
                     白色念珠菌线粒体U RC                      3
                     白色念珠菌线粒体T RC                      4
                     光滑念珠菌(Candida glabrate)线粒体U       5
                     光滑念珠菌线粒体T                         6
                     光滑念珠菌线粒体U RC                      7
                     光滑念珠菌线粒体T RC                      8
序列  微生物         序列                                     序列
表#                                                           号
                     Candida metapsilosis 线粒体U             9
                     Candida metapsilosis 线粒体T             10
                     Candida metapsilosis 线粒体U RC          11
                     Candida metapsilosis 线粒体T RC          12
                     Candida orthopsilosis 线粒体U            13
                     Candida orthopsilosis 线粒体T            14
                     Candida orthopsilosis 线粒体U RC         15
                     Candida orthopsilosis 线粒体T RC         16
                     近平滑念珠菌(Candida parapsilosis)线粒体 17
                     U
                     近平滑念珠菌线粒体T                      18
                     近平滑念珠菌线粒体U RC                   19
                     近平滑念珠菌线粒体T RC                   20
                     Candida stellata 线粒体U                 21
                     Candida stellata 线粒体T                 22
                     Candida stellata 线粒体U RC              23
                     Candida stellata 线粒体T RC              24
38    隐球菌属       新型隐球菌(Cryptococcus neoformans)var U 1
                     新型隐球菌var T                          2
                     新型隐球菌var U RC                       3
                     新型隐球菌var T RC                       4
39    副球孢子菌属   巴西副球孢子菌(Paracoccidioides          1
                     brasiliensis)线粒体U                     2
                     巴西副球孢子菌线粒体T                    3
                     巴西副球孢子菌线粒体U RC                 4
                     巴西副球孢子菌线粒体T RC
40    根霉菌属       米根霉(Rhizopus oryzae)线粒体U           1
                     米根霉线粒体T                            2
序列  微生物         序列                                      序列
表#                                                            号
                     米根霉线粒体U RC                          3
                     米根霉线粒体T RC                          4
41    弗朗西斯菌属   土拉弗朗西斯菌(Francisella tularensis)U   1
                     土拉弗朗西斯菌T                           2
                     土拉弗朗西斯菌U RC                        3
                     土拉弗朗西斯菌T RC                        4
42    弧菌属         霍乱弧菌(Vibrio cholerae)染色体II U       1
                     霍乱弧菌染色体II T                        2
                     霍乱弧菌染色体II U RC                     3
                     霍乱弧菌染色体II T RC                     4
43    耶尔森菌属     鼠疫耶尔森菌(Yersinia pestis)U            1
                     鼠疫耶尔森菌T                             2
                     鼠疫耶尔森菌U RC                          3
                     鼠疫耶尔森菌T RC                          4
44    JC多瘤病毒     JC多瘤病毒U                               1
                     JC多瘤病毒T                               2
                     JC多瘤病毒U RC                            3
                     JC多瘤病毒T RC                            4
45                                                             1
                                                               2
                                                               3
                                                               4
46    安第斯病毒     安第斯病毒大片段U                         1
                     安第斯病毒大片段T                         2
                     安第斯病毒大片段U RC                      3
                     安第斯病毒大片段T RC                      4
                     安第斯病毒中片段U                         5
                     安第斯病毒中片段T                         6
序列  微生物        序列                                     序列
表#                                                          号
                    安第斯病毒中片段U RC                     7
                    安第斯病毒中片段T RC                     8
                    安第斯病毒小片段U                        9
                    安第斯病毒小片段T                        10
                    安第斯病毒小片段U RC                     11
                    安第斯病毒小片段T RC                     12
51    丙型肝炎病毒  丙型肝炎病毒1aT                          1
                    丙型肝炎病毒2b T                         2
                    丙型肝炎病毒1b/2k T                      3
                    丙型肝炎病毒1c T                         4
                    丙型肝炎病毒2a T                         5
                    丙型肝炎病毒2b T                         6
                    丙型肝炎病毒2C T                         7
                    丙型肝炎病毒2K T                         8
                    丙型肝炎病毒3a T                         9
                    丙型肝炎病毒3B T                         10
                    丙型肝炎病毒3k T                         11
                    丙型肝炎病毒4a T                         12
                    丙型肝炎病毒5a T                         13
                    丙型肝炎病毒6a T                         14
                    丙型肝炎病毒6b T                         15
                    丙型肝炎病毒6g T                         16
                    丙型肝炎病毒6d T                         17
                    丙型肝炎病毒6h T                         18
                    丙型肝炎病毒6k T                         19
                    丙型肝炎病毒1a T RC                      20
                    丙型肝炎病毒2b T RC                      21
序列  微生物        序列                                    序列
表#                                                         号
                    丙型肝炎病毒1b/2k T RC                   22
                    丙型肝炎病毒1c T RC                      23
                    丙型肝炎病毒2a T RC                      24
                    丙型肝炎病毒2b T RC                      25
                    丙型肝炎病毒2C T RC                      26
                    丙型肝炎病毒2K T RC                      27
                    丙型肝炎病毒3a T RC                      28
                    丙型肝炎病毒3B T RC                      29
                    丙型肝炎病毒3k T RC                      30
                    丙型肝炎病毒4a T RC                      31
                    丙型肝炎病毒5a T RC                      32
                    丙型肝炎病毒6a T RC                      33
                    丙型肝炎病毒6b T RC                      34
                    丙型肝炎病毒6g T RC                      35
                    丙型肝炎病毒6d T RC                      39
                    丙型肝炎病毒6h T RC                      37
                    丙型肝炎病毒6k T RC                      38
                    丙型肝炎病毒1a U                         39
                    丙型肝炎病毒2b U                         40
                    丙型肝炎病毒1b/2k U                      41
                    丙型肝炎病毒1c U                         42
                    丙型肝炎病毒2a U                         43
                    丙型肝炎病毒2b U                         44
                    丙型肝炎病毒2C U                         45
                    丙型肝炎病毒2K U                         46
                    丙型肝炎病毒3a U                         47
                    丙型肝炎病毒3B U                         48
                    丙型肝炎病毒3k U                         49
序列  微生物     序列                               序列
表#                                                 号
                 丙型肝炎病毒4a U                   50
                 丙型肝炎病毒5a U                   51
                 丙型肝炎病毒6a U                   52
                 丙型肝炎病毒6b U                   53
                 丙型肝炎病毒6g U                   54
                 丙型肝炎病毒6d U                   55
                 丙型肝炎病毒6h U                   56
                 丙型肝炎病毒6k U                   57
                 丙型肝炎病毒1a U RC                58
                 丙型肝炎病毒2b U RC                59
                 丙型肝炎病毒1b/2k U RC             60
                 丙型肝炎病毒1c U RC                61
                 丙型肝炎病毒2a U RC                62
                 丙型肝炎病毒2b U RC                63
                 丙型肝炎病毒2C U RC                64
                 丙型肝炎病毒2K U RC                65
                 丙型肝炎病毒3a U RC                66
                 丙型肝炎病毒3B U RC                67
                 丙型肝炎病毒3k U RC                68
                 丙型肝炎病毒4a U RC                69
                 丙型肝炎病毒5a U RC                70
                 丙型肝炎病毒6a U RC                71
                 丙型肝炎病毒6b U RC                72
                 丙型肝炎病毒6g U RC                73
                 丙型肝炎病毒6d U RC                74
                 丙型肝炎病毒6h U RC                75
                 丙型肝炎病毒6k U RC                76
                 丙型肝炎病毒1a基因组T              77
序列  微生物        序列                                        序列
表#                                                             号
                    丙型肝炎病毒1a基因组UC                      78
52    肝炎病毒      甲型肝炎(Hepatitis A)病毒                   1
                    乙型肝炎(Hepatitis B)病毒                   2
                    丁型肝炎(Hepatitis D)病毒                   3
                    戊型肝炎(Hepatitis E)病毒                   4
                    GA型肝炎(Hepatitis GA)病毒                  5
                    GB型肝炎(Hepatitis GB)病毒                  6
                    甲型肝炎病毒RC                              7
                    乙型肝炎病毒RC                              8
                    丁型肝炎病毒RC                              9
                    戊型肝炎病毒RC                              10
                    GA型肝炎病毒RC                              11
                    GB型肝炎病毒RC                              12
                    甲型肝炎病毒U                               13
                    乙型肝炎病毒U                               14
                    丁型肝炎病毒U                               15
                    戊型肝炎病毒U                               16
                    GA型肝炎病毒U                               17
                    GB型肝炎病毒U                               18
                    甲型肝炎病毒U RC                            19
                    乙型肝炎病毒U RC                            20
                    丁型肝炎病毒U RC                            21
                    戊型肝炎病毒U RC                            22
                    GA型肝炎病毒U RC                            23
                    GB型肝炎病毒U RC                            24
53    人类免疫缺陷   HIV-1 Gp MA1亚型                           1
      病毒(HIV)      HIV-1 Gp MA2亚型                           2
                     HIV-1 Gp MB亚型                            3
序列  微生物      序列                             序列
表#                                                号
                  HIV-1 Gp M C亚型                  4
                  HIV-1 Gp M D亚型                  5
                  HIV-1 Gp M F1亚型                 6
                  HIV-1 Gp M F2亚型                 7
                  HIV-1 Gp M G亚型                  8
                  HIV-1 Gp M H亚型                  9
                  HIV-1 Gp M J亚型                  10
                  HIV-1 Gp M K亚型                  11
                  HIV-1 Gp M CRFA/E                 12
                  HIV-1 Gp M A/G                    13
                  HIV-1 Gp M A/B                    14
                  HIV-1 Gp M A/G/I                  15
                  HIV-1 Gp M F/D                    16
                  HIV-1 Gp M A/G/J                  17
                  HIV-1 Gp M C/B                    18
                  HIV-1 Gp M B/C                    19
                  HIV-1 Gp M A/F/G                  20
                  HIV-1 Gp M C/D                    21
                  HIV-1 Gp M A/E/J/G                22
                  HIV-1 Gp M B/F                    23
                  HIV-1 Gp M A，CRF01AE             24
                  HIV-1 Gp M B/G                    25
                  HIV-1 Gp M CRF01AE/B              26
                  HIV-1 Gp M A2/D                   27
                  HIV-1 Gp M A，F，G，H，J          28
                  HIV-1 Gp M A/D/G                  29
                  HIV-1 Gp N                        30
                  HIV-1 GpO                         31
序列  微生物     序列                            序列
表#                                              号
                 HIV-2                           32
                 HIV-1 Gp M A1亚型RC             33
                 HIV-1 Gp M A2亚型RC             34
                 HIV-1 Gp M B亚型RC              35
                 HIV-1 Gp M C亚型RC              36
                 HIV-1 Gp M D亚型RC              37
                 HIV-1 Gp M F1亚型RC             38
                 HIV-1 Gp M F2亚型RC             39
                 HIV-1 Gp M G亚型RC              40
                 HIV-1 Gp M H亚型RC              41
                 HIV-1 Gp M J亚型RC              42
                 HIV-1 Gp M K亚型RC              43
                 HIV-1 Gp M CRFA/E RC            44
                 HIV-1 Gp MA/G RC                45
                 HIV-1 Gp MA/B RC                46
                 HIV-1 GpMA/G/I RC               47
                 HIV-1 Gp M F/D RC               48
                 HIV-1 Gp MA/G/J RC              49
                 HIV-1 Gp M C/B RC               50
                 HIV-1 Gp M B/C RC               51
                 HIV-1 Gp MA/F/G RC              52
                 HIV-1 Gp M C/D RC               53
                 HIV-1 Gp MA/E/J/G RC            54
                 HIV-1 Gp M B/F RC               55
                 HIV-1 Gp M A，CRF01AE RC        56
                 HIV-1 Gp M B/G RC               57
                 HIV-1 Gp M CRF01AE/B RC         58
                 HIV-1 Gp M A2/D RC              59
序列  微生物      序列                          序列
表#                                             号
                  HIV-1 Gp MA，F，G，H，J RC     60
                  HIV-1 Gp MA/D/G RC             61
                  HIV-1 GpN RC                   62
                  HIV-1 Gp O RC                  63
                  HIV-2 RC                       64
                  HIV-1 Gp M A1亚型U             65
                  HIV-1 Gp M A2亚型U             66
                  HIV-1 Gp M B亚型U              67
                  HIV-1 Gp M C亚型U              68
                  HIV-1 Gp M D亚型U              69
                  HIV-1 Gp M F1亚型U             70
                  HIV-1 Gp M F2亚型U             71
                  HIV-1 Gp M G亚型U              72
                  HIV-1 Gp M H亚型U              73
                  HIV-1 Gp M J亚型U              74
                  HIV-1 Gp M K亚型U              75
                  HIV-1 Gp M CRFA/E U            76
                  HIV-1 Gp M A/G U               77
                  HIV-1 Gp M A/B U               78
                  HIV-1 Gp M A/G/I U             79
                  HIV-1 Gp M F/D U               80
                  HIV-1 Gp M A/G/J U             81
                  HIV-1 Gp M C/B U               82
                  HIV-1 Gp M B/C U               83
                  HIV-1 Gp M A/F/G U             84
                  HIV-1 Gp M C/D U               85
                  HIV-1 Gp M A/E/J/G U           86
                  HIV-1 Gp M B/F U               87
序列  微生物       序列                      序列
表#                                          号
                   HIV-1 Gp M A，CRF01AEU    88
                   HIV-1 Gp M B/GU           89
                   HIV-1 Gp M CRF01AE/BU     90
                   HIV-1 Gp M A2/DU          91
                   HIV-1 Gp M A，F，G，H，JU 92
                   HIV-1 Gp M A/D/GU         93
                   HIV-1 Gp N U              94
                   HIV-1 Gp O U              95
                   HIV-2 U  96
                   HIV-1 Gp M A1亚型URC      97
                   HIV-1 Gp M A2亚型URC      98
                   HIV-1 Gp M B亚型URC       99
                   HIV-1 Gp M C亚型URC       100
                   HIV-1 Gp M D亚型URC       101
                   HIV-1 Gp M F1亚型URC      102
                   HIV-1 Gp M F2亚型URC      103
                   HIV-1 Gp M G亚型URC       104
                   HIV-1 Gp M H亚型URC       105
                   HIV-1 Gp M J亚型URC       106
                   HIV-1 Gp M K亚型URC       107
                   HIV-1 Gp M CRFA/EURC      108
                   HIV-1 Gp M A/GURC         109
                   HIV-1 Gp M A/BURC         110
                   HIV-1 Gp M A/G/IURC       111
                   HIV-1 Gp M F/DURC         112
                   HIV-1 Gp M A/G/JURC       113
                   HIV-1 Gp M C/BURC         114
                   HIV-1 Gp M B/CURC         115
序列  微生物          序列                                         序列
表#                                                                号
                      HIV-1 Gp MA/F/G URC                          116
                      HIV-1 Gp MC/DU RC                            117
                      HIV-1 Gp MA/E/J/GURC                         118
                      HIV-1 Gp MB/FU RC                            119
                      HIV-1 Gp MA，CRF01AEURC                      120
                      HIV-1 Gp MB/GU RC                            121
                      HIV-1 Gp MCRF01AE/BU RC                      122
                      HIV-1 Gp MA2/DU RC                           123
                      HIV-1 Gp MA，F，G，H，JURC                   124
                      HIV-1 Gp MA/D/GURC                           125
                      HIV-1 Gp NURC                                126
                      HIV-1 Gp OURC                                127
                      HIV-2 U RC                                   128
54流感病毒            A型流感病毒片段1                             1
                      A型流感病毒片段2                             2
                      A型流感病毒片段3                             3
                      A型流感病毒片段4                             4
                      A型流感病毒片段5                             5
                      A型流感病毒片段6                             6
                      A型流感病毒片段7                             7
                      A型流感病毒片段8                             8
                      B型流感病毒HA                                9
                      B型流感病毒NP                                10
                      B型流感病毒PB1 T                             11
                      B型流感病毒PB2 T                             12
                      B型流感病毒NBBA T                            13
                      B型流感病毒M1BM2 T                           14
                      B型流感病毒PA T                              15
序列  微生物          序列                                序列
表#                                                       号
                      B型流感病毒NS1 NS2 T                16
                      B型流感病毒HA H1N1 T                17
                      B型流感病毒HA H2N2 T                18
                      B型流感病毒HA H3N2 T                19
                      B型流感病毒HA H4N2 T                20
                      B型流感病毒HA H5N1 T                21
                      B型流感病毒HA H6N2 T                22
                      B型流感病毒HA H7N1 T                23
                      B型流感病毒HA H8N4 T                24
                      B型流感病毒HA H9N2 T                25
                      B型流感病毒HA H10N7 T               26
                      B型流感病毒HA H11N2 T               27
                      B型流感病毒HA H12N1 T               28
                      B型流感病毒HA H13N2 T               29
                      B型流感病毒HA H14 T                 30
                      B型流感病毒HA H15N2 T               31
                      B型流感病毒HA H16N3 T               32
                      B型流感病毒NA H1N1 T                33
                      B型流感病毒NA H5N1 T                34
                      B型流感病毒NA H3N2 T                35
                      B型流感病毒NA H3N3 T                36
                      B型流感病毒NA H8N4 T                37
                      B型流感病毒NA H6N5 T                38
                      B型流感病毒NA H4N6 T                39
                      B型流感病毒NA H7N7 T                40
                      B型流感病毒NA H3N8 T                41
                      B型流感病毒NA H2N9 T                42
                      A型流感病毒片段1 T RC               43
序列  微生物           序列                              序列
表#                                                      号
                       A型流感病毒片段2 T RC             44
                       A型流感病毒片段3 T RC             45
                       A型流感病毒片段4 T RC             46
                       A型流感病毒片段5 T RC             47
                       A型流感病毒片段6 T RC             48
                       A型流感病毒片段7 T RC             49
                       A型流感病毒片段8 T RC             50
                       B型流感病毒HA T RC                51
                       B型流感病毒NP T RC                52
                       B型流感病毒PB1 T RC               53
                       B型流感病毒PB2 T RC               54
                       B型流感病毒NB BA T RC             55
                       B型流感病毒M1 BM2 T RC            56
                       B型流感病毒PA T RC                57
                       B型流感病毒NS1 NS2 T RC           58
                       B型流感病毒HA H1N1 T RC           59
                       B型流感病毒HA H2N2 T RC           60
                       B型流感病毒HA H3N2 T RC           61
                       B型流感病毒HA H4N2 T RC           62
                       B型流感病毒HA H5N1 T RC           63
                       B型流感病毒HA H6N2 T RC           64
                       B型流感病毒HA H7N1 T RC           65
                       B型流感病毒HA H8N4 T RC           66
                       B型流感病毒HA H9N2 T RC           67
                       B型流感病毒HA H10N7 T RC          68
                       B型流感病毒HA H11N2 T RC          69
                       B型流感病毒HA H12N1 T RC          70
                       B型流感病毒HA H13N2 T RC          71
序列  微生物          序列                              序列
表#                                                     号
                      B型流感病毒HA H14 T RC            72
                      B型流感病毒HA H15N2 T RC          73
                      B型流感病毒HA H16N3 T RC          74
                      B型流感病毒NA H1N1 T RC           75
                      B型流感病毒NA H5N1 T RC           76
                      B型流感病毒NA H3N2 T RC           77
                      B型流感病毒NA H8N4 T RC           78
                      B型流感病毒NA H6N5 T RC           79
                      B型流感病毒NA H4N6 T RC           80
                      B型流感病毒NA H7N7 T RC           81
                      B型流感病毒NA H3N8 T RC           82
                      B型流感病毒NA H2N9 T RC           83
                      A型流感病毒片段1 U                84
                      A型流感病毒片段2 U                85
                      A型流感病毒片段3 U                86
                      A型流感病毒片段4 U                87
                      A型流感病毒片段5 U                88
                      A型流感病毒片段6 U                89
                      A型流感病毒片段7 U                 90
                      A型流感病毒片段8                  91
                      B型流感病毒HA U                   92
                      B型流感病毒NP U                   93
                      B型流感病毒PB1 U                  94
                      B型流感病毒PB2 U                  95
                      B型流感病毒NB NA U                96
                      B型流感病毒M1 BM2 U               97
                      B型流感病毒PA U                   98
                      B型流感病毒NS1 NS2 U              99
序列  微生物          序列                              序列
表#                                                     号
                      B型流感病毒HA H1N1 U              100
                      B型流感病毒HA H2N2 U              101
                      B型流感病毒HA H3N2 U              102
                      B型流感病毒HA H4N2 U              103
                      B型流感病毒HA H5N1 U              104
                      B型流感病毒HA H6N2 U              105
                      B型流感病毒HA H7N1 U              106
                      B型流感病毒HA H8N4 U              107
                      B型流感病毒HA H9N2 U              108
                      B型流感病毒HA H10N7 U             109
                      B型流感病毒HA H11N2 U             110
                      B型流感病毒HA H12N1 U             111
                      B型流感病毒HA H13N2 U             112
                      B型流感病毒HA H14 U               113
                      B型流感病毒HA H15N2 U             114
                      B型流感病毒HA H16N3 U             115
                      B型流感病毒NA H1N1 U              116
                      B型流感病毒NA H5N1 U              117
                      B型流感病毒NA H3N2 U              118
                      B型流感病毒NA H8N4 U              119
                      B型流感病毒NA H6N5 U              120
                      B型流感病毒NA H4N6 U              121
                      B型流感病毒NA H7N7 U              122
                      B型流感病毒NA H3N8 U              123
                      B型流感病毒NA H2N9 U              124
                      A型流感病毒片段1U RC              125
                      A型流感病毒片段2U RC              126
                      A型流感病毒片段3U RC              127
序列  微生物         序列                          序列
表#                                                号
                     A型流感病毒片段4 U RC         128
                     A型流感病毒片段5 U RC         129
                     A型流感病毒片段6 U RC         130
                     A型流感病毒片段7 U RC         131
                     A型流感病毒片段8 U RC         132
                     B型流感病毒HA U RC            133
                     B型流感病毒NP U RC            134
                     B型流感病毒PB1 U RC           135
                     B型流感病毒PB2 U RC           136
                     B型流感病毒NB BA U RC         137
                     B型流感病毒M1 BM2 U RC        138
                     B型流感病毒PA U RC            139
                     B型流感病毒NS1 N S2 U RC      140
                     B型流感病毒HA H2N2 U RC       141
                     B型流感病毒HA H3N2 U RC       142
                     B型流感病毒HA H4N2 U RC       143
                     B型流感病毒HA H5N1 U RC       144
                     B型流感病毒HA H6N2 U RC       145
                     B型流感病毒HA H7N1 U RC       146
                     B型流感病毒HA H8N4 U RC       147
                     B型流感病毒HA H9N2 U RC       148
                     B型流感病毒HA H10N7 U RC      149
                     B型流感病毒HA H11N2 U RC      150
                     B型流感病毒HA H12N1 U RC      151
                     B型流感病毒HA H13N2 U RC      152
                     B型流感病毒HA H14 U RC        153
                     B型流感病毒HA H15N2 U RC      154
                     B型流感病毒HA H16N3 U RC      155
序列  微生物          序列                             序列
表#                                                    号
                      B型流感病毒NA H1N1 U RC          156
                      B型流感病毒NA H5N1 U RC          157
                      B型流感病毒NA H3N2 U RC          158
                      B型流感病毒NA H6N5 U RC          159
                      B型流感病毒NA H7N7 U RC          160
                      B型流感病毒NA H3N8 U RC          161
                      B型流感病毒NA H2N2 U RC          162
55    BK病毒          BK病毒U                          1
                      BK病毒T                          2
                      BK病毒U RC                       3
                      BK病毒T RC                       4 56    巴马病毒        巴马森林病毒(Barmah Forest virus)U 1
      (Barmah)        巴马森林病毒T                    2
                      巴马森林病毒U RC                 3
                      巴马森林病毒T RC                 4
57    卡里锡病毒      卡里锡病毒U                      1
      (Calicivirus)   卡里锡病毒T                      2
                      卡里锡病毒U RC                   3
                      卡里锡病毒T RC                   4
58    科罗拉多蜱热    科罗拉多蜱热病毒片段1 U          1
      病毒            科罗拉多蜱热病毒片段1 T          2
                      科罗拉多蜱热病毒片段1 U RC       3
                      科罗拉多蜱热病毒片段1 T RC       4
                      科罗拉多蜱热病毒片段2 U          5
                      科罗拉多蜱热病毒片段2 T          6
                      科罗拉多蜱热病毒片段2 U RC       7
                      科罗拉多蜱热病毒片段2 T RC       8
                      科罗拉多蜱热病毒片段3 U          9
序列  微生物           序列                                     序列
表#                                                             号
                       科罗拉多蜱热病毒片段3 T                  10
                       科罗拉多蜱热病毒片段3 U RC               11
                       科罗拉多蜱热病毒片段3 T RC               12
                       科罗拉多蜱热病毒片段4 U                  13
                       科罗拉多蜱热病毒片段4 T                  14
                       科罗拉多蜱热病毒片段4 U RC               15
                       科罗拉多蜱热病毒片段4 T RC               16
                       科罗拉多蜱热病毒片段5 U                  17
                       科罗拉多蜱热病毒片段5 T                  18
                       科罗拉多蜱热病毒片段5 U RC               19
                       科罗拉多蜱热病毒片段5 T RC               20
                       科罗拉多蜱热病毒片段6 U                  21
                       科罗拉多蜱热病毒片段6 T                  22
                       科罗拉多蜱热病毒片段6 U RC               23
                       科罗拉多蜱热病毒片段6 T RC               24
                       科罗拉多蜱热病毒片段7 U                  25
                       科罗拉多蜱热病毒片段7 T                  26
                       科罗拉多蜱热病毒片段7 U RC               27
                       科罗拉多蜱热病毒片段7 T RC               28
                       科罗拉多蜱热病毒片段8 U                  29
                       科罗拉多蜱热病毒片段8 T                  30
                       科罗拉多蜱热病毒片段8 U RC               31
                       科罗拉多蜱热病毒片段8 T RC               32
                       科罗拉多蜱热病毒片段9 U                  33
                       科罗拉多蜱热病毒片段9 T                  34
                       科罗拉多蜱热病毒片段9 U RC               35
                       科罗拉多蜱热病毒片段9 T RC               36
                       科罗拉多蜱热病毒片段10 U                 37
序列  微生物          序列                              序列
表#                                                     号
                      科罗拉多蜱热病毒片段10 T          38
                      科罗拉多蜱热病毒片段10 U RC       39
                      科罗拉多蜱热病毒片段10 T RC       40
                      科罗拉多蜱热病毒片段11 U          41
                      科罗拉多蜱热病毒片段11 T          42
                      科罗拉多蜱热病毒片段11 U RC       43
                      科罗拉多蜱热病毒片段11 T RC       44
                      科罗拉多蜱热病毒片段12 U          45
                      科罗拉多蜱热病毒片段12 T          46
                      科罗拉多蜱热病毒片段12 U RC       47
                      科罗拉多蜱热病毒片段12 T RC       48
59    口蹄疫病毒      口蹄疫病毒A U                     1
                      口蹄疫病毒A T                     2
                      口蹄疫病毒A U RC                  3
                      口蹄疫病毒A T RC                  4
                      口蹄疫病毒亚洲1型U                5
                      口蹄疫病毒亚洲1型T                6
                      口蹄疫病毒亚洲1型U RC             7
                      口蹄疫病毒亚洲1型T RC             8
                      口蹄疫病毒C U                     9
                      口蹄疫病毒C T                     10
                      口蹄疫病毒C U RC                  11
                      口蹄疫病毒C T RC                  12
                      口蹄疫病毒O U                     13
                      口蹄疫病毒O T                     14
                      口蹄疫病毒O U RC                  15
                      口蹄疫病毒O T RC                  16
                      口蹄疫病毒SAT1U                   17
序列  微生物          序列                             序列
表#                                                    号
                      口蹄疫病毒SAT 1 T                18
                      口蹄疫病毒SAT 1 U RC             19
                      口蹄疫病毒SAT 1 T RC             20
                      口蹄疫病毒SAT 2 U                21
                      口蹄疫病毒SAT 2 T                22
                      口蹄疫病毒SAT 2 U RC             23
                      口蹄疫病毒SAT 2 T RC             24
                      口蹄疫病毒SAT 3 U                25
                      口蹄疫病毒SAT 3 T                26
                      口蹄疫病毒SAT 3 U RC             27
                      口蹄疫病毒SAT 3 T RC             28
60    GB型肝炎病毒    GB型病毒C U                      1
                      GB型病毒C T                      2
                      GB型病毒C U RC                   3
                      GB型病毒C T RC                   4
61    亨德拉病毒      亨德拉病毒U                      1
      (Hendra virus)  亨德拉病毒T                      2
                      亨德拉病毒U RC                   3
                      亨德拉病毒T RC                   4
62    人类腺病毒      A型人类腺病毒U                   1
                      A型人类腺病毒T                   2
                      A型人类腺病毒U RC                3
                      A型人类腺病毒T RC                4
                      B型人类腺病毒U                   5
                      B型人类腺病毒T                   6
                      B型人类腺病毒U RC                7
                      B型人类腺病毒T RC                8
                      C型人类腺病毒U                   9
序列  微生物          序列                                 序列
表#                                                        号
                      C型人类腺病毒T                       10
                      C型人类腺病毒RC                      11
                      C型人类腺病毒T RC                    12
                      D型人类腺病毒U                       13
                      D型人类腺病毒T                       14
                      D型人类腺病毒U RC                    15
                      D型人类腺病毒T RC                    16
                      E型人类腺病毒U                       17
                      E型人类腺病毒T                       18
                      E型人类腺病毒U RC                    19
                      E型人类腺病毒T RC                    20
                      F型人类腺病毒U                       21
                      F型人类腺病毒T                       22
                      F型人类腺病毒U RC                    23
                      F型人类腺病毒T RC                    24
63    人类星状病毒    人类星状病毒U                        1
                      人类星状病毒T                        2
                      人类星状病毒U RC                     3
                      人类星状病毒T RC                     4
64    人类博卡病毒    人类博卡病毒U                        1
                      人类博卡病毒T                        2
                      人类博卡病毒U RC                     3
                      人类博卡病毒T RC                     4
65    人类冠状病毒    人类冠状病毒229E U                   1
                      人类冠状病毒229E T                   2
                      人类冠状病毒229E U RC                3
                      人类冠状病毒229E TRC                 4
                      人类冠状病毒HKU1 A型U                5
序列  微生物           序列                                  序列
表#                                                          号
                       人类冠状病毒HKU1 A型T                 6
                       人类冠状病毒HKU1 A型U RC              7
                       人类冠状病毒HKU1 A型T RC              8
                       人类冠状病毒NL63 U                    9
                       人类冠状病毒NL63 T                    10
                       人类冠状病毒NL63 U RC                 11
                       人类冠状病毒NL63 T RC                 12
                       人类冠状病毒OU43 U                    13
                       人类冠状病毒OU43 T                    14
                       人类冠状病毒OU43 U RC                 15
                       人类冠状病毒OU43 T RC                 16
66    人类肠道病毒     人类肠道病毒-A U                      1
                       人类肠道病毒-AT                       2
                       人类肠道病毒-A-U RC                   3
                       人类肠道病毒-A-T RC                   4
                       人类肠道病毒-B U                      5
                       人类肠道病毒-B T                      6
                       人类肠道病毒-B U RC                   7
                       人类肠道病毒-B T RC                   8
                       人类肠道病毒-C U                      9
                       人类肠道病毒-C T                      10
                       人类肠道病毒-C U RC                   11
                       人类肠道病毒-C T RC                   12
                       人类肠道病毒-D U                      13
                       人类肠道病毒-D T                      14
                       人类肠道病毒-D U RC                   15
                       人类肠道病毒-D T RC                   16
67    人类疱疹病毒     人类疱疹病毒-1 U                      1
序列  微生物          序列                                   序列
表#                                                          号
                      人类疱疹病毒-1 T                       2
                      人类疱疹病毒-1 U RC                    3
                      人类疱疹病毒-1 T RC                    4
                      人类疱疹病毒-2 U                       5
                      人类疱疹病毒-2 T                       6
                      人类疱疹病毒-2 U RC                    7
                      人类疱疹病毒-2 T RC                    8
                      人类疱疹病毒-3 U                       9
                      人类疱疹病毒-3 T                       10
                      人类疱疹病毒-3 U RC                    11
                      人类疱疹病毒-3 T RC                    12
                      人类疱疹病毒-4 U                       13
                      人类疱疹病毒-4 T                       14
                      人类疱疹病毒-4 U RC                    15
                      人类疱疹病毒-4 T RC                    16
                      人类疱疹病毒-5(AD169)U                 17
                      人类疱疹病毒-5(AD169)T                 18
                      人类疱疹病毒-5(AD169)U RC              19
                      人类疱疹病毒-5T(AD169)RC               20
                      人类疱疹病毒-6A U                      21
                      人类疱疹病毒-6A T                      22
                      人类疱疹病毒-6A URC                    23
                      人类疱疹病毒-6A T RC                   24
                      人类疱疹病毒-6B U                      25
                      人类疱疹病毒-6B T                      26
                      人类疱疹病毒-6B URC                    27
                      人类疱疹病毒-6B T RC                   28
                      人类疱疹病毒-7 U                       29
序列  微生物           序列                                序列
表#                                                        号
                       人类疱疹病毒-7 T                    30
                       人类疱疹病毒-7 U RC                 31
                       人类疱疹病毒-7 T RC                 32
                       人类疱疹病毒-8 U                    33
                       人类疱疹病毒-8 T                    34
                       人类疱疹病毒-8 U RC                 35
                       人类疱疹病毒-8 T RC                 36
68    人类偏肺病毒     人类偏肺病毒U                       1
                       人类偏肺病毒T                       2
                       人类偏肺病毒U RC                    3
                       人类偏肺病毒T RC                    4
69    人类副流感病     人类副流感病毒-1 U                  1
      毒               人类副流感病毒-1 T                  2
                       人类副流感病毒-1 U RC               3
                       人类副流感病毒-1 T RC               4
                       人类副流感病毒-2 U                  5
                       人类副流感病毒-2 T                  6
                       人类副流感病毒-2 U RC               7
                       人类副流感病毒-2 T RC               8
                       人类副流感病毒-3 U                  9
                       人类副流感病毒-3 T                  10
                       人类副流感病毒-3 U RC               11
                       人类副流感病毒-3 T RC               12
70    人类肠道孤病     人类肠道孤病毒U                     1
毒                     人类肠道孤病毒T                     2
                       人类肠道孤病毒U RC                  3
                       人类肠道孤病毒T RC                  4
71    人类鼻病毒       人类鼻病毒-A U                      1
序列  微生物           序列                                     序列
表#                                                             号
                       人类鼻病毒-A T                           2
                       人类鼻病毒-A U RC                        3
                       人类鼻病毒-A T RC                        4
                       人类鼻病毒-B U                           5
                       人类鼻病毒-B T                           6
                       人类鼻病毒-B U RC                        7
                       人类鼻病毒-B T RC                        8
72    人类呼吸道合     人类RSV U                                1
胞病毒                 人类RSV T                                2
                       人类RSV U RC                             3
                       人类RSV T RC                             4
73    麻疹病毒         麻疹病毒U                                1
                       麻疹病毒T                                2
                       麻疹病毒RC U                             3
                       麻疹病毒RC T                             4
74    腮腺炎病毒       腮腺炎病毒U                              1
                       腮腺炎病毒T                              2
                       腮腺炎病毒RC U                           3
                       腮腺炎病毒RC T                           4
75    诺罗病毒         诺罗病毒U                                1
                       诺罗病毒T                                2
                       诺罗病毒RC U                             3
                       诺罗病毒RC T                             4
76    诺沃克病毒       诺沃克病毒U                              1
                       诺沃克病毒T                              2
                       诺沃克病毒RC U                           3
                       诺沃克病毒RC T                           4
77    细小病毒B19      细小病毒B19 U                            1
序列  微生物           序列                                      序列
表#                                                              号
                       细小病毒B19 T                             2
                       细小病毒B19RC U                           3
                       细小病毒B19RC T                           4
78    脊髓灰质炎病     脊髓灰质炎病毒U                           1
      毒               脊髓灰质炎病毒T                           2
                       脊髓灰质炎病毒RC U                        3
                       脊髓灰质炎病毒RC T                        4
79    狂犬病毒         狂犬病毒U                                 1
                       狂犬病毒T                                 2
                       狂犬病毒RC U                              3
                       狂犬病毒RC T                              4
80    罗斯河病毒       罗斯河病毒U                               1
                       罗斯河病毒T                               2
                       罗斯河病毒RC U                            3
                       罗斯河病毒RC T                            4
81    轮状病毒         轮状病毒A NSP1 U                          1
                       轮状病毒A NSP1 T                          2
                       轮状病毒A NSP1 U RC                       3
                       轮状病毒A NSP1 T RC                       4
                       轮状病毒B NSP1 U                          5
                       轮状病毒B NSP1 T                          6
                       轮状病毒B NSP1 U RC                       7
                       轮状病毒B NSP1 T RC                       8
                       轮状病毒C NSP1 U                          9
                       轮状病毒C NSP1 T                          10
                       轮状病毒C NSP1 U RC                       11
                       轮状病毒C NSP1 T RC                       12
                       轮状病毒A NSP2 U                          13
序列  微生物           序列                                     序列
表#                                                             号
                       轮状病毒A NSP2 T                         14
                       轮状病毒A NSP2 U RC                      15
                       轮状病毒A NSP2 T RC                      16
                       轮状病毒B NSP2 U                         17
                       轮状病毒B NSP2 T                         18
                       轮状病毒B NSP2 U RC                      19
                       轮状病毒B NSP2 T RC                      20
                       轮状病毒C NSP2 U                         21
                       轮状病毒C NSP2 T                         22
                       轮状病毒C NSP2 U RC                      23
                       轮状病毒C NSP2 T RC                      24
                       轮状病毒A NSP3 U                         25
                       轮状病毒A NSP3 T                         26
                       轮状病毒A NSP3 U RC                      27
                       轮状病毒A NSP3 T RC                      28
                       轮状病毒B NSP3 U                         29
                       轮状病毒B NSP3 T                         30
                       轮状病毒B NSP3 U RC                      31
                       轮状病毒B NSP3 T RC                      32
                       轮状病毒C NSP3 U                         33
                       轮状病毒C NSP3 T                         34
                       轮状病毒C NSP3 U RC                      35
                       轮状病毒C NSP3 T RC                      36
                       轮状病毒A NSP4 U                         37
                       轮状病毒A NSP4 T                         38
                       轮状病毒A NSP4 U RC                      39
                       轮状病毒A NSP4 T RC                      40
                       轮状病毒B NSP4 U                         41
序列  微生物        序列                              序列
表#                                                   号
                    轮状病毒B NSP4 T                   42
                    轮状病毒B NSP4 U RC                43
                    轮状病毒B NSP4 T RC                44
                    轮状病毒C NSP4 U                   45
                    轮状病毒C NSP4 T                   46
                    轮状病毒C NSP4 U RC                47
                    轮状病毒C NSP4 T RC                48
                    轮状病毒A NSP5 U                   49
                    轮状病毒A NSP5 T                   50
                    轮状病毒A NSP5 U RC                51
                    轮状病毒A NSP5 T RC                52
                    轮状病毒B NSP5 U                   53
                    轮状病毒B NSP5 T                   54
                    轮状病毒B NSP5 U RC                55
                    轮状病毒B NSP5 T RC                56
                    轮状病毒C NSP5 U                   57
                    轮状病毒C NSP5 T                   58
                    轮状病毒C NSP5 U RC                59
                    轮状病毒C NSP5 T RC                60
                    轮状病毒A VP1 U                    61
                    轮状病毒AVP1 T                     62
                    轮状病毒AVP1 U RC                  63
                    轮状病毒A VP1 T RC                 64
                    轮状病毒C VP1 U                    65
                    轮状病毒C VP1 T                    66
                    轮状病毒C VP1 U RC                 67
                    轮状病毒CVP1 T RC                  68
                    轮状病毒A VP2 U                    69
序列  微生物         序列                              序列
表#                                                    号
                     轮状病毒A VP2 T                    70
                     轮状病毒A VP2 U RC                 71
                     轮状病毒A VP2 T RC                 72
                     轮状病毒B VP2 U                    73
                     轮状病毒B VP2 T                    74
                     轮状病毒BVP2 U RC                  75
                     轮状病毒B VP2 T RC                 76
                     轮状病毒C VP2 U                    77
                     轮状病毒C VP2 T                    78
                     轮状病毒C VP2 U RC                 79
                     轮状病毒C VP2 T RC                 80
                     轮状病毒A VP3 U                    81
                     轮状病毒A VP3 T                    82
                     轮状病毒A VP3 U RC                 83
                     轮状病毒A VP3 T RC                 84
                     轮状病毒C VP3 U                    85
                     轮状病毒C VP3 T                    86
                     轮状病毒C VP3 U RC                 87
                     轮状病毒C VP3 T RC                 88
                     轮状病毒A VP4 U                    89
                     轮状病毒A VP4 T                    90
                     轮状病毒A VP4 U RC                 91
                     轮状病毒A VP4 T RC                 92
                     轮状病毒B VP4 U                    93
                     轮状病毒B VP4 T                    94
                     轮状病毒B VP4 U RC                 95
                     轮状病毒B VP4 T RC                 96
                     轮状病毒C VP4 U                    97
序列微  生物       序列                                        序列
表#                                                            号
                   轮状病毒C VP4 T                              98
                   轮状病毒C VP4 U RC                           99
                   轮状病毒C VP4 T RC                           100
                   轮状病毒A VP6 U                              101
                   轮状病毒A VP6 T                              102
                   轮状病毒A VP6 U RC                           103
                   轮状病毒A VP6 T RC                           104
                   轮状病毒B VP6 U                              105
                   轮状病毒B VP6 T                              106
                   轮状病毒B VP6 U RC                           107
                   轮状病毒B VP6 T RC                           108
                   轮状病毒C VP6 U                              109
                   轮状病毒C VP6 T                              110
                   轮状病毒C VP6 U RC                           111
                   轮状病毒C VP6 T RC                           112
                   轮状病毒A VP7 U                              113
                   轮状病毒A VP7 T                              114
                   轮状病毒A VP7 U RC                           115
                   轮状病毒A VP7 T RC                           116
                   轮状病毒B VP7 U                              117
                   轮状病毒B VP7 T                              118
                   轮状病毒B VP7 U RC                           119
                   轮状病毒B VP7 T RC                           120
                   轮状病毒C VP7 U                              121
                   轮状病毒C VP7 T                              122
                   轮状病毒C VP7 U RC                           123
                   轮状病毒C VP7 T RC                           124
82    SARS 冠状病  SARS冠状病毒U                                1
序列  微生物         序列                              序列
表#                                                    号
      毒             SARS冠状病毒T                     2
                     SARS冠状病毒RC U                  3
                     SARS冠状病毒RC T                  4
83    TT病毒         TT病毒U                           1
                     TT病毒T                           2
                     TT病毒RC U                        3
                     TT病毒RC T                        4
84    TTV微小病毒    TTV微小病毒U                      1
                     TTV微小病毒T                      2
                     TTV微小病毒U RC                   3
                     TTV微小病毒T RC                   4
85    西尼罗         病毒西尼罗病毒U                   1
                     西尼罗病毒T                       2
                     西尼罗病毒U RC                    3
                     西尼罗病毒T RC                    4
86    α-病毒         α-病毒U                          1
                     α-病毒T                          2
                     α-病毒U RC                       3
                     α-病毒T RC                       4
87    骆驼痘病毒     骆驼痘病毒U                       1
                     骆驼痘病毒T                       2
                     骆驼痘病毒U RC                    3
                     骆驼痘病毒T RC                    4
88    牛痘病毒       牛痘病毒U                         1
                     牛痘病毒T                         2
                     牛痘病毒U RC                      3
                     牛痘病毒T RC                      4
89    伯氏考克斯体   伯氏考克斯体U                     1
序列  微生物          序列                                     序列
表#                                                            号
      (Coxiella       伯氏考克斯体T                            2
      burnetii)       伯氏考克斯体U RC                         3
                      伯氏考克斯体T RC                         4
90    克里米亚-刚果   克里米亚-刚果出血热病毒S U               1
      出血热病毒      克里米亚-刚果出血热病毒S T               2
                      克里米亚-刚果出血热病毒S U RC            3
                      克里米亚-刚果出血热病毒S T RC            4
                      克里米亚-刚果出血热病毒L U               5
                      克里米亚-刚果出血热病毒L T               6
                      克里米亚-刚果出血热病毒L U RC            7
                      克里米亚-刚果出血热病毒L T RC            8
                      克里米亚-刚果出血热病毒M U               9
                      克里米亚-刚果出血热病毒M T               10
                      克里米亚-刚果出血热病毒M U RC            11
                      克里米亚-刚果出血热病毒M T RC            12
91    登革热病毒      登革热病毒-1U                            1
                      登革热病毒-1 T                           2
                      登革热病毒-1 U RC                        3
                      登革热病毒-1 T RC                        4
                      登革热病毒-2 U                           5
                      登革热病毒-2 T                           6
                      登革热病毒-2 U RC                        7
                      登革热病毒-2 T RC                        8
                      登革热病毒-3 U                           9
                      登革热病毒-3 T                           10
                      登革热病毒-3 U RC                        11
                      登革热病毒-3 T RC                        12
                      登革热病毒-4 U                           13
序列  微生物           序列                                序列
表#                                                        号
                       登革热病毒-4 T                      14
                       登革热病毒-4 U RC                   15
                       登革热病毒-4 T RC                   16
92    东部马脑炎病     东部马脑炎病毒U                     1
      毒               东部马脑炎病毒T                     2
                       东部马脑炎病毒U RC                  3
                       东部马脑炎病毒T RC                  4
93    埃博拉病毒       苏丹埃博拉病毒U                     1
                       苏丹埃博拉病毒T                     2
                       苏丹埃博拉病毒U RC                  3
                       苏丹埃博拉病毒T RC                  4
                       瑞斯顿埃博拉(Ebola-Reston)病毒U     5
                       瑞斯顿埃博拉病毒T                   6
                       瑞斯顿埃博拉病毒U RC                7
                       瑞斯顿埃博拉病毒T RC                8
                       扎伊尔埃博拉(Ebola-Zaire)病毒U      9
                       扎伊尔埃博拉病毒T                   10
                       扎伊尔埃博拉病毒U RC                11
                       扎伊尔埃博拉病毒T RC                12
94    马尔堡病毒       马尔堡病毒U                         1
                       马尔堡病毒T                         2
                       马尔堡病毒U RC                      3
                       马尔堡病毒T RC                      4
95    瓜纳瑞托病毒     瓜纳瑞托病毒L U                     1
                       瓜纳瑞托病毒L T                     2
                       瓜纳瑞托病毒L U RC                  3
                       瓜纳瑞托病毒L T RC                  4
                       瓜纳瑞托病毒S U                     5
序列  微生物     序列                             序列
表#                                               号
                   瓜纳瑞托病毒S T                6
                   瓜纳瑞托病毒S U RC             7
                   瓜纳瑞托病毒S T RC             8
96    汉坦病毒     汉坦病毒M U                    1
                   汉坦病毒M T                    2
                   汉坦病毒M U RC                 3
                   汉坦病毒M T RC                 4
                   汉坦病毒L U                    5
                   汉坦病毒L T                    6
                   汉坦病毒L U RC                 7
                   汉坦病毒L T RC                 8
                   汉坦病毒S U                    9
                   汉坦病毒S T                    10
                   汉坦病毒S U RC                 11
                   汉坦病毒S T RC                 12
97    汉滩病毒     汉滩病毒L U                    1
                   汉滩病毒L T                    2
                   汉滩病毒L U RC                 3
                   汉滩病毒L T RC                 4
                   汉滩病毒M U                    5
                   汉滩病毒M T                    6
                   汉滩病毒L M RC                 7
                   汉滩病毒L M RC                 8
                   汉滩病毒S U                    9
                   汉滩病毒S T                    10
                   汉滩病毒S U RC                 11
                   汉滩病毒S T RC                 12
98    日本脑炎病毒 日本脑炎病毒U                  1
序列  微生物      序列                                       序列
表#                                                          号
                  日本脑炎病毒T                              2
                  日本脑炎病毒U RC                           3
                  日本脑炎病毒T RC                           4
99    胡宁病毒    胡宁病毒S U                                1
                  胡宁病毒S T                                2
                  胡宁病毒S U RC                             3
                  胡宁病毒S T RC                             4
                  胡宁病毒L U                                5
                  胡宁病毒L T                                6
                  胡宁病毒L U RC                             7
                  胡宁病毒L T RC                             8
100   拉沙病毒拉  沙病毒L U                                  1
                  拉沙病毒L T                                2
                  拉沙病毒L U RC                             3
                  拉沙病毒L T RC                             4
                  拉沙病毒S U                                5
                  拉沙病毒S T                                6
                  拉沙病毒S U RC                             7
                  拉沙病毒S T RC                             8
101   马丘波病毒  马丘波病毒L U                              1
                  马丘波病毒L T                              2
                  马丘波病毒L U RC                           3
                  马丘波病毒L T RC                           4
                  马丘波病毒S U                              5
                  马丘波病毒S T                              6
                  马丘波病毒S U RC                           7
                  马丘波病毒S T RC                           8
102   猴痘病毒猴  痘病毒U                                    1
序列  微生物        序列                                       序列
表#                                                            号
                    猴痘病毒T                                  2
                    猴痘病毒U RC                               3
                    猴痘病毒T RC                               4
103   莫莱谷脑炎病  莫莱谷脑炎病毒U                            1
      毒            莫莱谷脑炎病毒T                            2
                    莫莱谷脑炎病毒U RC                         3
                    莫莱谷脑炎病毒T RC                         4
104   尼帕病毒      尼帕病毒U                                  1
                    尼帕病毒T                                  2
                    尼帕病毒U RC                               3
                    尼帕病毒T RC                               4
105   裂谷热病毒    裂谷热病毒S U                              1
                    裂谷热病毒S T                              2
                    裂谷热病毒S U RC                           3
                    裂谷热病毒S T RC                           4
                    裂谷热病毒M U                              5
                    裂谷热病毒M T                              6
                    裂谷热病毒M U RC                           7
                    裂谷热病毒M T RC                           8
                    裂谷热病毒L U                              9
                    裂谷热病毒L T                              10
                    裂谷热病毒L U RC                           11
                    裂谷热病毒L T RC                           12
106   萨比亚病毒    萨比亚病毒S U                              1
                    萨比亚病毒S T                              2
                    萨比亚病毒S U RC                           3
                    萨比亚病毒S T RC                           4
                    萨比亚病毒L U                              5
序列  微生物          序列                  序列
表#                                         号
                      萨比亚病毒L T          6
                      萨比亚病毒L U RC       7
                      萨比亚病毒L T RC       8
107   辛诺柏型病毒    辛诺柏型病毒LU         1
      (Sin Nombre     辛诺柏型病毒L T        2
      virus)          辛诺柏型病毒LU RC      3
                      辛诺柏型病毒L T RC     4
                      辛诺柏型病毒S U        5
                      辛诺柏型病毒S T        6
                      辛诺柏型病毒S U RC     7
                      辛诺柏型病毒S T RC     8
                      辛诺柏型病毒M U        9
                      辛诺柏型病毒M T        10
                      辛诺柏型病毒M U RC     11
                      辛诺柏型病毒M T RC     12
108   重型天花病毒    重型天花病毒U          1
                      重型天花病毒T          2
                      重型天花病毒U RC       3
                      重型天花病毒T RC       4
109   轻型天花病毒    轻型天花病毒U          1
                      轻型天花病毒T          2
                      轻型天花病毒U RC       3
                      轻型天花病毒T RC       4
110   委内瑞拉马脑    委内瑞拉马脑炎病毒U    1
      炎病毒          委内瑞拉马脑炎病毒T    2
                      委内瑞拉马脑炎病毒U RC 3
                      委内瑞拉马脑炎病毒T RC 4
111   西部马脑炎病    西部马脑炎病毒U        1
序列 微生物       序列                 序列
表#                                    号
     毒           西部马脑炎病毒T      2
                  西部马脑炎病毒U RC   3
                  西部马脑炎病毒T RC   4
112  黄热病病毒   黄热病病毒U          1
                  黄热病病毒T          2
                  黄热病病毒U RC       3
                  黄热病病毒T RC       4
*U所有胞嘧啶都被尿嘧啶取代的衍生上链
*T所有尿嘧啶都被腺嘌呤取代的修饰上链
*U RC所有胞嘧啶都被尿嘧啶取代的衍生下链
*T RC所有尿嘧啶都被腺嘌呤取代的修饰下链
本领域技术人员可以理解，可以对具体实施方案中所示的本发明进行多 种改变和/或改进，而不偏离广泛阐述的本发明的精神或范围。因此，在所有 方面考虑，本实施方案都是说明性的而非限制性的。
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