间质性肺疾病
对疾病管理、研究、流行病学及特异疗法的开发而言，该病的可 靠诊断至关重要。
间质性肺疾病(ILD)是一种异源性类群的肺部慢性炎症反应。已 知的不同形式ILD包括，例如，特发性肺纤维化(IPF)、过敏性肺炎、 硬皮症、系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、丘-施综合征、韦格纳 肉芽肿病，以及肺出血-肾炎综合征。该疾病过程的特征在于损伤与 过度但徒劳的组织修复尝试的结合，其中后者使细胞生长的正常维持 转化为疤痕的进行性发展。该反应特征为：重复性损伤；蛋白水解活 性增强，以及细胞外基质(ECM)组分中的组合物发生变化。这一结合 导致细胞免疫应答偏移，并不断诱发间质生长。
细胞因子，如肿瘤坏死因子-α，以及生长介导因子，如转化生长 因子β1(TGFβ1)，均一直被牵涉在该疾病过程中。在这些介导因子中， TGFβ1很可能是最重要的一个介导因子，因为其具有强烈刺激间质生长 的活性，以及调节细胞免疫功能的能力。已知当动物模型过度表达 TGF-β1时，将导致严重的肺纤维化(Sime PJ，Xing Z，Graham FL， Csaky KG，Gauldie J.活性转化生长因子β1的腺载体介导基因转移 在大鼠肺部诱发长时间的严重纤维化。J Clin Invest 1997； 100：768-76)，并且在人类肺纤维化中也发现该介导因子的显著过度 表达(Broekelmann TJ，Limper AH，Colby TV，McDonald JA.转 化生长因子β1存在于人类肺纤维化中细胞外基质基因表达位点上。 Proc Natl Acad Sci USA 1991；88：6642-6)。TGF-β1的免疫调节作 用是众所周知的(Qin L，Ding Y，Bromberg JS.转化生长因子β1 的基因转移通过对细胞介导的免疫性的抑制延长了鼠科动物心脏同种 移植的存活期。Hum Gene Ther 1996；7：1981-8；Gilbert KM，Thoman M，Bauche K，Pham T，Weigle WO.转化生长因子β1诱发了初始T 细胞中的抗原特异无应答性。Immunol Invest 1997；26：459-72； Lawrence DA.转化生长因子β：一般性综述。Eur Cytokine Netw 1996；7：363-74.)。它包括对干扰素γ释放的抑制(Naganuma H，Sasaki A，Satoh E，Nagasaka M，Nakano S，Isoe S，et al.转化生长因 子β通过以肿瘤细胞刺激淋巴因子活化的杀伤细胞，从而抑制了干扰 素γ的分泌。Neurol Med Chir Tokyo 1996；36：789-95.)，对干扰 素γ依赖性免疫反应的抑制(Lee YJ，Han Y，Lu HT，Nguyen V，Qin H，Howe PH，et al.TGF-β通过抑制I I类反式激活蛋白信使RNA的 表达抑制了干扰素γ对II类MHC基因表达的诱导作用。J Immunol 1997；158：2065-75.)，以及对免疫抑制性CD8+淋巴细胞的诱导(Gray JD，Hirokawa M，Horwitz DA，J Exp Med 180，1937-1942，1994.)。 事实上，对进行性纤维化患者体内细胞免疫性的调节的观察已进行多 年，甚至在形式上，清晰地代表了初始损伤的不同机制。最近的研究 已经证实特发性肺纤维化中的进行性瘢疤形成伴随着有助于所谓T辅 助细胞2型(Th2)反应形成的T淋巴细胞中细胞因子平衡的偏移(Prior C，Haslam PL.干扰素γ在纤维化间质性肺疾病中的体内水平及体外生 成。Clin Exp Immunol 1992；88：280-7.；Ziesche R，Kink E，Herold C，Podolsky A，Block LH.结合干扰素γ及低剂量脱氢皮质醇的慢 性间质性肺疾病疗法。Chest 1996；110：25S)。该反应的特征在于‘Th2’ 细胞因子，如白细胞间介素(IL)-4、IL-10和IL-13的增多，以及T 辅助细胞1型反应的主要介导因子，即干扰素γ的减少或者甚至完全 丧失(Majumdar S，Li D，Ansari T，et al.原因不明性纤维化肺 泡炎(CFA)以及与全身性硬化相关联的纤维化肺泡炎(FASSc)的组 织细胞因子图谱是独特的：开胸肺活检的定量原位研究。Eur Respir J 1999；14：251-7.)。在博莱霉素诱发的肺纤维化中，干扰素γ基因的 转录从第7天起减少，并于第28天便不再可被检测。相反，也具有成 纤维活性的IL-13的转录，(Romagnani S.Th1/Th2 cells.Inflamm Bowel Dis.1999；5：285-94.；Fallon PG，Richardson EJ，McKenzie GJ，McKenzie AN.转基因小鼠的血吸虫感染明确了IL-4与IL-13独 特且对照的致病作用：IL-13为纤维变性原因子。J Immunol.2000； 164：2585-91.)，则于第7天开始增加。
与纤维化中的慢性炎症反应形成对比，肺炎支原体感染导致的肺 间质组织急性炎症的特征在于，Th1与Th2细胞因子基因，即IL-12 和干扰素γ，以及IL-4同时转录。另外，该反应包括TGF-β1转录增加， 可能是组织修复被激活的征兆。
令人遗憾地是，对IPF的识别通常较迟，导致基本上不可能评估 该病中的早期细胞现象。不过，在对患有家族特发性肺纤维化，并具 有不到一年时间的最大用力呼吸困难症状的个体中IL-4、干扰素γ、 TGF-β1的mRNA累积的分析结果已经证实了免疫平衡的偏移，以及 TGF-β1转录的强烈活化作用。在患有特发性肺纤维化的个体小组中， 我们发现TGF-β1基因的mRNA累积量高出正常肺部中累积量的7倍。总 而言之，我们的观察结果无疑验证了病理学上加强的修复机制的特 征。
修复强度直接受导致ECM和细胞组分周转加强的炎症机制的影 响。结果是通常由多种感染剂诱发的慢性炎症恶化了病理组织修复。
即使已知了成因物质，目前还是没有任何一种药疗法能够充分治 疗器官纤维化。数百万人死于功能器官组织的病理重构对重要器官系 统的缓慢破坏。这一不断的过程被认为是主要由于纤维增生机制导致 的纤维化或组织重构。唯一的治疗方法是伴随有诸多高代价并发症的 器官移植。
纤维增生反应涉及肌体的所有器官。在气体交换的肺组织中，纤 维增生反应被称为肺纤维化，在支气管中，被称为支气管哮喘，在肝 脏中，被称为肝硬化，在肾脏中，被称为肾小球硬化症，在总循环中， 被称为动脉硬化和冠状动脉硬化，在肺部循环中，则被称为肺动脉高 血压症。
这些病症被统称为纤维增生病。在纤维化中，人类的健康组织被 肌体中结缔组织和支持组织的成分逐渐取代。该过程基于组织细胞的 病理学加速生长速率，而正常的该速率可实现常规伤口愈合。因此， 可将纤维增生病定义为不可控加速的伤口愈合。在纤维化中，功能器 官组织的取代持续进行，直至器官功能完全丧失。目前尚缺乏可利用 的对所有纤维增生病的诊断与治疗模式。
甲苯吡啶酮
甲苯吡啶酮是一种口服活性小分子药物，似乎可以抑制胶原蛋白 合成，减量调节多个细胞因子的生成，并且在对细胞因子的应答中阻 抑成纤维细胞的增生和刺激。在多重纤维变性适应症中已被证实具有 活性的甲苯吡啶酮目前处于对肺、肾脏及肝脏纤维变性疾病的II期临 床研究阶段。
干扰素γ(IFN-γ)
IFN-γ是一种协同其它细胞因子作用以发挥其广泛效应的天然糖 蛋白细胞因子。IFN-γ是分子量大约为17.000的天然存在的糖蛋白， 现在也可通过重组技术商业性地生产获得。
为改良其药物代谢动力学特征，可通过聚乙二醇化修饰IFN-γ，获 得PEG-IFN-γ。除了注射技术以外，也可通过吸入肺部给药IFN-γ以 减少不希望的副作用。IFN-γ表现出抗病毒活性，并连同其它细胞因子 在人类免疫系统中起到关键性的免疫调节作用(免疫刺激或免疫抑制 效应，取决于细胞活化及定位)。IFN-γ的作用包括诱导MHC II类抗 原，活化吞噬细胞，提高B淋巴细胞来源的免疫球蛋白生成量，以及 增强NK细胞活性。
已有大量文献论述了IFN-γ的普通抗纤维变性特性(Lortat- Jacob H，Kleinman HK，Grimaud JA.干扰素γ与基膜复合体 (matrigel)的高亲和力结合。J Clin Invest.1991；87：878-83.； Narayanan AS，Whithey J，Souza A，Raghu G.γ干扰素对由正常 和纤维变性人肺成纤维细胞所合成胶原蛋白的作用。Chest.1992 May；101(5)：1326-31；Hjelmeland LM，Li JW，Toth CA，Landers MB 3d.兔眼中γ干扰素的抗纤维变性及uveitogenic(葡萄膜形成)特 性。Graefes Arch Clin Exp Ophthalmol.1992；230(1)：84-90；Hyde DM，Henderson TS，Giri SN，Tyler NK，Stovall MY.鼠科动物γ 干扰素在小鼠体内细胞应答博莱霉素方面的作用。Exp Lung Res. 1988；14(5)：687-704.)。IFN-γ已被证实可致使TGF-β1表达降低， 并同时减少纤维化的量(Giri SN，Hyde DM，Marafino BJ Jr.鼠科 动物干扰素γ对小鼠体内博莱霉素诱导的肺胶原蛋白纤维化的改善作 用。Biochem Med Metab Biol.1986 Oct；36(2)：194-7.)。当临 床条件下应用IFN-γ时，TGF-β1和CTGF的转录均于6个月的治疗后显 著减少(Ulloa L，Doody J，Massague J.通过干扰素γ/STAT途径 对转化生长因子-β/SMAD信号传导的抑制。Nature 1999；397：710- 3.)。在患有IPF并接受IFN-γ的个体中，肺功能的同时改善为一种 假说提供了补充依据，该假说即患肺纤维化个体中的间质活动至少部 分地依赖于TGF-β1和CTGF持续性的过度表达(Ziesche R，Hofbauer E，Wittmann K，Petkov V，Block LH.对采用干扰素γ-1b和低剂量 脱氢皮质醇长期治疗特发性肺纤维化患者的初步研究。N Engl J Med. 1999；341：1264-9；EP0795332A2.)。此外，这些研究结果表明IFN-γ 的获得性缺乏可能是进行性器官纤维化的过度伤口愈合过程特征的一 个原因。
IFN-γ被证明是首个临床可应用的抗纤维变性药物。就任何内源物 质而言，IFN-γ具有依赖于肌体内现有条件的多效性作用。在一种过度 的，但非炎症或轻度炎症伤口愈合，诸如IPF的情况中，该药物发挥 了强效高度有利的抗纤维变性的特性。不过，存在并发感染，诸如慢 性细菌性、病毒性或真菌性感染的情况中，该药物则增加了炎症过程， 甚至通过强化组织修复而加剧了纤维变性过程。
因此，为安全并有效地利用该药物，有必要在应用该药物之前对 组织应答进行分子水平的衡量。在存在伤口愈合因子加强转录的情况 中，IFN-γ基因mRNA转录的缺乏，可能在异常伤口愈合本身导致的纤 维化与加剧的炎症导致的纤维化之间充当了首个不明确的鉴别指标。 对动物模型肺纤维化中基因表达模式最初的分析尝试证实了这一指标 区分纤维变性过程本身与伴随机制的效果(Kaminski et al.，Proc Natl Acad Sci U S A 2000 Feb 15；97(4)：1778-83对肺纤维化中基 因表达的整体分析揭示了调节肺炎症及纤维化的独特程序；Katsuma et al.，Biochem Biophys Res Commun 2001 Nov 9；288(4)：747-51 通过cDNA微阵列基础的基因表达谱图对博莱霉素诱导的肺纤维化的分 子监测)。将分子诊断(与具有迥异的独特定量、特异性表达的对照 人群-健康个体或不同肺疾病患者相比较，对患病的ILD患者进行转录 分析)与临床条件下已证实效果的抗纤维变性药物，如IFN-γ或甲苯 吡啶酮相结合的药疗法为这些多功能疾病的首个生物医学基础的治疗 方法提供了基本步骤。
总而言之，IFN-γ疗法的实际效果主要取决于四个条件：
(a)证实肺组织中缺乏IFN-γ；
(b)控制感染或其它先前存在或治疗期间获得的炎症状况；
(c)对怀疑患有间质性肺疾病的患者进行基因表达谱图分析；
(d)疾病相关症状持续时间，反映了完全结疤的程度。
临床经验显示，由于大量多种感染剂的存在，炎症增加的反复阶 段是IFN-γ在ILD治疗中失败的最常见原因。因此，对采用IFN-γ 成功进行抗纤维变性治疗而言，炎症与感染，尤其是外周支气管感染 的临床和分子对照至关重要。
因此，本发明工作的目标是采用药物组合物中含甲苯吡啶酮或 IFN-γ的新药物，结合候选多核苷酸的诊断阵列(基因芯片)改进对 肺部疾病，尤其是ILD及其不同衍生形式的治疗方法。
疾病相关基因表达图谱
随着人类基因组计划测序的完成，借助于对基因组范畴进行研究 的能力将使生物医学研究发生变革。
Arch Ophthalmol 2001 Nov；119(11)：1629-34
人类供体角膜中基因表达的微阵列分析。
Jun AS等人
Ann Surg 2001 Dec；234(6)：769-78；论述778-9
采用DNA阵列技术对慢性胰腺炎中疾病特异性基因的鉴定。
Friess H等人
DNA Cell Biol 2001 Nov；20(11)：683-95
阿耳茨海默氏病的基因表达图谱
Loring JF等人
Pharmacogenomics J 2001；1(4)：272-87
通过药物基因学表达谱图对牛皮癣疾病相关基因的分子分类。
Oestreicher JL等人
作为一种在信使RNA水平上确定潜在的所有人类基因表达的手 段，基因表达技术日益获得广泛的用途。基因特异序列(寡核苷酸、 多核苷酸或cDNA)被固定在阵列上，与分别来自人体活组织检查及其 它人体材料的样品cDNA(逆转录自信使RNA)混合物所代表的复杂探 针杂交，并由不同染色剂进行标记。采用灵敏扫描方法分析杂交过的 载玻片。包含基因序列的基因芯片对生物学样品的表达模式传达出快 速且准确的概观。因此，基因组范围的基因表达分析对疾病成因提供 了新的洞察力，并且阐明了在特定的检测范围中表面上相似疾病之间 还未知的生物学基因表达变异，从而在确诊中获得有价值的新分类体 系。
重要的应用包括：
(a)拓展对促成疾病过程的定性和定量基因表达图谱的更全面理 解；
(b)发现具有治疗反应的新型诊断性和预后性的指示物及生物标 记；
(c)鉴定并验证对药物开发而言新的分子目标；
(d)有助于更好地理解在引导鉴定和最优化期间作用的分子模 式；
(e)设计更多特异且有效的治疗方案；
(f)预见开发和毒理学研究期间的潜在副作用；
(g)证实假设检验临床实验期间作用的分子模式；
(h)鉴定赋予药物敏感性及抗性所涉及的基因；
(i)预见最可能受益于该药物的患者，以及该药物在普通药物基 因学研究中的用途。
进一步技术改进的结果是，就针对患者导向疗法的目的，鉴定并 定量个体基因表达模式方面，以及建立预测药物对个体患者功效的方 法，提供大部分疾病，尤其是涉及纤维增生过程的疾病的功能复杂性 方面的临床介入而言，阵列基础的基因芯片将成为必不可少的部分。 考虑到炎症疾病反映了某些基因和/或基因簇的活性方面定性且定量 变化的事实，分子评估将发挥更高特异性及功效的医学治疗，并将被 认为是治疗组合的必要组成部分。
为实现这一目标，改善分期和更好地评估复杂疾病的诊断与治 疗，均需要新的分子标记及进展标记。结合治疗学的基因表达谱图技 术为发现疾病的这种病理生理学相关标记提供了机会。
该公开内容的上下文中，将应用到大量术语。
术语“多核苷酸”指单链，任意含有合成的、非天然或改变的核苷 酸碱基的RNA或DNA的聚合物。DNA聚合物形式的多核苷酸可以包含 cDNA、基因组DNA或合成DNA的一个或多个片段。
术语“亚序列”指包含较长序列核酸的一部分的核酸序列。
术语“被固定在支持物上”指直接或间接地结合于其上，包括通过 共价结合、氢键结合、离子相互作用、疏水性作用或其它方式的附着。
本发明的一个方面涉及多核苷酸阵列，借助于该阵列可以对人体 材料中所选候选基因的mRNA表达水平进行定性且定量的研究。
多核苷酸或DNA阵列由大量按分类顺序被点样于固体支持物或底 物，诸如尼龙膜、载玻片、玻璃珠或硅片上的DNA分子组成。根据该 阵列上每个DNA点的尺寸，可将DNA阵列分为微阵列(每个DNA点的 直径不超过250微米)和大阵列(点直径超过300微米)。当采用的 固体底物尺寸小时，阵列也被称为DNA芯片。根据所采用的点样技术， 玻璃微阵列上布点数量范围可为数百至数万。
DNA微阵列具有多种用途，包括基因表达谱图分析、重新基因测 序、基因突变分析、基因定位及基因分型。cDNA微阵列是由获自cDNA 库的独特cDNA克隆组成。由于每个点均分别来源自一个独特mRNA， 因此也代表一个表达基因。
监测基因表达的方法典型地涉及提供：
(1)一个包含靶基因RNA转录产物的样品多核苷酸集合，或来源 自该RNA转录产物的核酸集合；
(2)使样品多核苷酸或来源自RNA转录产物的核酸与包括控制探 针的探针阵列杂交(例如，获自多核苷酸库的多核苷酸)，以及
(3)检测杂交的双链多核苷酸/核酸。用于标记多核苷酸样品的 标记选自放射性的、比色的、酶的、分子扩增的、生物发光或荧光标 记之一。
本发明也涉及上述任何多核苷酸库，其中该多核苷酸被固定于固 体支持物上，以形成多核苷酸阵列。
支持物优选地选自尼龙膜、载玻片、玻璃珠或硅片之一。
本发明涉及在类似特发性肺纤维化(IPF)的纤维变性间质性肺疾 病的分子表征中有用的多核苷酸库，该多核苷酸库所包括的多核苷酸 序列或其亚序列集合在IPF患病细胞中或表达不足或过度表达。优选 的一组序列选自具有特定序列的寡核苷酸或多核苷酸探针，该特定序 列由选自下面指出的候选基因的基因所限定、与其相关、或由其衍生 的一组序列，该组基因与不同肺功能失调患者来源的细胞相比，在IPF 细胞中表现为基因表达水平提高：
PTH-反应性骨肉瘤B1蛋白，AF095771.1
染色质的基质相关，肌动蛋白依赖性调节因子，亚家族f，成员1， AF231056.1
肺及食道癌1中缺失的(DLEC1)，NM_007337.1
主要组织相容性复合体，II类，DQ β1，AW276186
SB II类组织相容性抗原α链，AI128225
粘蛋白4，气管支气管，AJ242547.1
叉头盒(forkhead box)J1(FOXJ1)，U69537.1
假定蛋白FLJ21616，NM_024567.1
神经元特异性转录因子DAT1，AF258348.1
造血PBX相互作用蛋白，BF344265
脯氨酸氧化酶同源物，AA074145
粘蛋白5，亚型B，气管支气管，AI697108
高尔基膜蛋白GP73，AF236056.1
ATP柠檬酸裂解酶，U18197.1
NG22蛋白，NM_025257.1
cDNA DKFZp434A2322，AL137706.1
肝细胞核因子3，α，U39840.1
主要组织相容性复合体，II类，DQα1，X00452.1
肌球蛋白调节轻链2，平滑肌同工型，J02854.1
plexin B1，AV693216
丙酮酸激酶，肌肉，BC000481.1
四次跨膜蛋白TM4-C，AF133425.1
胰岛素样生长因子结合蛋白2(36kD)，BC004312.1
FLJ13945 fis，克隆Y79AA1000969，AU160041
假定蛋白DKFZp586M1120，NM_031294.1
CD24信号转导物，L33930
假定蛋白FLJ23571，NM_025111.1
谷胱甘肽S-转移酶M2(肌肉)，M63509.1
钙粘素1，1型，E-钙粘素(上皮)，L08599.1
NTT5蛋白，AF265578.1
脂质运载蛋白2(致癌基因24p3)，NM_005564.1
强直性肌营养不良激酶(DM激酶)，L08835
解偶联蛋白2(线粒体，质子载体)，U76367.1
动力蛋白中间链2，NM_023036.1
discoidin受体酪氨酸激酶同工型b，discoidin域受体家族，成 员1，NM_001954.2
精子相关抗原6，AF079363.1
假定蛋白FLJ23049，NM_024687.1
鼻咽上皮特异性蛋白1，AF094758.1
核受体亚家族4，A群，成员2，NM_006186.1
假定蛋白FLJ22215，BC003543.1
非特异性交叉反应抗原，M18728.1
淀粉酶，α1A；唾液的(AMY1A)，NM_004038.1
癌胚抗原相关细胞粘附分子6(非特异性交叉反应抗原)，BC 005008.1
谷胱甘肽S-转移酶亚单位4(EC2.5.1.18)，X08020.1
含SH3蛋白SH3GLB2，AF257319.1
KDEL(Lys-Asp-Glu-Leu)内质网蛋白保留受体1，NM_006801.1
anterior gradient 2(非洲爪蟾)同源物，AF038451.1
sv7-MUC4 apomucin，粘蛋白4，气管支气管，AJ242547.1
stratifin，BC000329.1
结缔组织生长因子，M92934.1
细胞色素P450-IIB(hIIB3)，M29873.1
细丝蛋白A，α(肌动蛋白结合蛋白-280)，AW051856
膜糖蛋白LIG-1，AB050468.1
E74样因子3(ets域转录因子，上皮特异性)，U73844.1
弹性蛋白(心瓣膜上主动脉狭窄，Williams-Beuren综合征)， M36860.1
ephrin受体EPHA3，AF213459.1
原纤蛋白1(Marfan综合征)，L13923.1
discs，大(果蝇)同源物1，U13896.1
类赖氨酰基氧化酶蛋白1(LOXL1)，L21186.1
calumenin，U67280.1
雄性生殖细胞相关激酶，NM_005906.2
网蛋白1，中间丝结合蛋白，500kD，Z54367
过氧化物酶体生物合成因子1，AF026086.1
肥大细胞类胰蛋白酶βIII，AF099143
共济失调-毛细管扩张D群-相关蛋白，AF230388.1
假定蛋白FLJ10921，NM_018272.1
二聚糖蛋白，BC002416.1
BLu蛋白，AC002481
CGI-92蛋白，AF151850.1
连接蛋白-相关蛋白复合体1，mu2亚单位，BC003387.1
角蛋白15，BC002641.1
B7蛋白，U72508.1
S100钙结合蛋白A2，BC002829.1
MUF1蛋白，BC004953.1
胆甾醇25-羟化酶，AF059214.1
胞苷单磷酸-N-乙酰神经氨酸羟化酶
(CMP-N-乙酰神经氨酸单加氧酶)，AF074480.1
神经纤毛蛋白2，AF022859.1
Fas-相互作用丝氨酸苏氨酸激酶3，同源结构域-相互作用蛋白激 酶3，AF305239.1
解离素及金属蛋白酶28区(ADAM28)，转录产物变体2，AF137334.1
cDNA DKFZp434A119，AW663632
补体成分6，J05064.1
细胞角蛋白17，Z19574
无翼型MMTV整合位点家族，成员5A，AI968085
基质金属蛋白酶7(基质溶素，子宫)，BC003635.1
leiomodin 1(平滑肌)，NM_012134.1
Cip1-相互作用锌指结构蛋白，AB030835.1
细胞周期蛋白依赖性激酶抑制因子1A(p21，Cip1)，BC000275.1
整合素，α7，AF032108.1
DKFZp586G011蛋白，BG289527
脂肪酸结合蛋白6，回肠(gastrotropin)，U19869.1
谷胱甘肽S-转移酶M4，M96234.1
与糖尿病有关的Ras相关基因，L24564.1
claudin 3，AB000714.1
基质金属蛋白酶10(基质溶解素2)，BC002591.1
fibulin 2，NM_001998.1
丝氨酸苏氨酸激酶11(STK11)，AF035625
真核翻译起始因子1A：AF000987.1
DEADH(Asp-Glu-Ala-AspHis)盒多肽：AF000985.1
核糖体蛋白S4：AF116711.1
泛素特异性蛋白酶9：AF000986.2
SMC(小鼠)同源物：U52191.1
髓鞘碱性蛋白：L18865.1
S100钙结合蛋白：NM_005980.1
Jagged2(JAG2)：AF003521.1
潜伏转化生长因子β结合蛋白4：NM_003573.1
微管结合蛋白，RPEB家族，成员3：AB025186.1
未知(MGC：2854的蛋白)：BC003629.1
克隆＝IMAGE-2406340：AI830563
水孔3蛋白(水通道)的AQP3基因：AB001325
cDNA DKFZp434A119
有孔内皮连接的结构蛋白(FELS)，PV1蛋白(PLVAP)：AF326591.1
LUNX蛋白；PLUNC(腭、肺及鼻上皮细胞克隆)；气管上皮富集 蛋白(LOC51297)：AB024937.1
RAB，RAS致癌基因家族成员类似物2A：AF095350.1
染色体11开放读码框架16：NM_020643.1
假定蛋白FLJ23049：NM_024687.1
假定蛋白FLJ11767：NM_024593.1
动力蛋白，基因丝，中间多肽：AF091619.1
脑特异性蛋白(LOC51673)：AF132972.1
MUC4 apomucin，粘蛋白4，气管支气管：AJ242547.1
肌强直素蛋白激酶(DM)：M87313.1
细胞角蛋白4：X07695.1
KIAA0362基因，MCF.2细胞系来源转化序列的类似序列： AB002360.1
细胞角蛋白17：Z19574
LIM区蛋白：BC003096.1
E74样因子3(ets域转录因子，上皮特异性)：U73844.1
脂肪酸结合蛋白6，回肠(gastrotropin)：U19869.1
精子相关抗原6：AF079363.1
无眼(果蝇)同源物2：U71207.1
磷脂酸磷酸酶2C型：BC002806.1
环氧化物水解酶2，细胞质：AF233334.1
微管蛋白，β，2：BC002783.1
热休克蛋白105kD：D86956.1
绒毛蛋白2(ezrin)：J05021.1
解离素及金属蛋白酶28区(ADAM28)，转录产物变体3：AF137335.1
肺及食道癌1中缺失的基因：NM_007337.1
花生四烯酸15-脂氧合酶：NM_001140.1
UDP转糖酶家族1，多肽A1：M57899.1
假定蛋白PRO2834：AF119903.1
外源凝集素，结合半乳糖苷，可溶，7(半乳糖凝集素7)：L07769.1
B7蛋白：U72508.1
ephrin受体EPHA3：AF213459.1
叉头盒J1：U69537.1
BLu蛋白：U70824.1
醛脱氢酶家族3，成员A1：BC004370.1
NG22蛋白：NM_025257.1
可诱导的小细胞因子亚家族A(Cys-Cys)，成员14：NM_004166.1
富半胱氨酸蛋白1(肠内)：BC002738.1
类似RAYRAB1C的假定GTP-结合蛋白：BC000566.1
整合素，β4：NM_000213.1
丝氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制因子，进化枝B(卵白蛋白)， 成员5(SERPINB5)：U04313.1
与糖尿病有关的Ras相关基因：L24564.1
肝白血病因子：M95585.1
角蛋白15：BC002641.1
核受体亚家族4，A群，成员2：NM_006186.1
唾液酸转移酶：U14550.1
谷胱甘肽S-转移酶M2(肌肉)：M63509.1
假定蛋白FLJ13110：NM_022912.1
S100钙结合蛋白A2：NM_005978.2
胶原蛋白，VII型，α1(大疱性表皮松解，营养不良，显性和隐 性)：L02870.1
claudin 3：AB000714.1
胰岛素样生长因子结合蛋白6：BC003507.1
成纤维细胞生长因子受体2(细菌表达的激酶，角化细胞生长因子 受体，颅面骨发育不全，Crouzon综合征，Pfeiffer综合征， Jackson-Weiss综合征)：M80634.1
胰岛素样生长因子1受体：NM_000875.2
胰岛素样生长因子结合蛋白2(36kD)：M35410.1
共济失调毛细管扩张D群相关蛋白：AF230388.1
角蛋白5(大疱性表皮松解，Dowling MearaKobnerWeber- Cockayne型)：M21389.1
Duffy血型：U01839.1
转化生长因子β1：NM_000660
其中在结构信息的基础上，每个寡核苷酸或多核苷酸探针均是可 获得的，该结构信息是借助于针对每个候选基因所列出的相应编号提 供的序列资料生成的。
还有另外一组序列选自具有某一特定序列的寡核苷酸或多核苷 酸，该序列受限于，或相关于，或来源自由下列指出的候选基因所组 成的基因组，该基因组在与不同肺功能失调患者相比的IPF细胞中表 现为基因表达水平提高：
分类连接素10(SNX10)，AF121860.1
磷脂酶A1，IIA群(血小板，滑液)，M22430.1
血红蛋白α-1珠蛋白链(HBA1)，AF349571.1
巨噬细胞清道夫受体1，AI299239
表面活性，肺相关蛋白C，BC005913.1
解离素蛋白酶(M12.219)，NM_014479.1
视黄醇结合蛋白4，间质，AF119868.1
主要组织相容性复合体，II类，DR β3，M27635.1
脂细胞脂肪分化相关蛋白，BC005127.1
血红蛋白，δ，NM_000519.2
β-2-微球蛋白，AW188940
血红蛋白，α2，BC005931.1
蛋白C受体，内皮(EPCR)，L35545.1
胸腺素，β10，M92381.1
载脂蛋白C-I，W79394
假定蛋白，AL133067.1
蛋白聚糖4，(巨核细胞刺激因子，关节浅表区蛋白)，U70136.1
tetranectin(纤维蛋白溶酶原结合蛋白)，NM_003278.1
血小板因子4，M25897.1
组织因子途径抑制因子2，BC005330.1
脂肪酸结合蛋白4，脂细胞，BC003672.1
组织蛋白酶B(CTSB)，M14221.1
跨膜4超家族成员1，M90657.1
MHC I类HLA-B51主要组织相容性复合体，I、E类，M31183.1
内皮PAS区蛋白1，U51626.1
Apo-2配体肿瘤坏死因子(配体)超家族，成员10，U37518.1
结合珠蛋白相关蛋白，NM_020995.1
Rho鸟嘌呤交换因子(GEF)12，AF119898.1
主要组织相容性复合体，II类，DR β5，M11867.1
干扰素，γ可诱导蛋白30，AF097362.1
铁蛋白，轻多肽，BG537190
prosaposin(变异Gaucher病及变异异染性脑白质营养不良)， BC004275.1
钙结合蛋白A4(calvasculin，metastasin)，NM_002961.2
血红蛋白，β，M25079.1
CDW52抗原(CAMPATH-1抗原)，BC000644.1
醛脱氢酶家族1，成员A2，AB015226.1
组织蛋白酶Z，AF032906.1
MHC HLA-B39主要组织相容性复合体，I、B类，L37880.1
主要组织相容性复合体，II类，DQ α1，M33906.1
成纤维细胞生长因子9(神经胶质活化因子)，D14838.1
血红蛋白，α2，AF097635.1
转铁蛋白受体(p90，CD71)，BC001188.1
补体成分3(C3)，K02765.1
cDNA DKFZp564D066，AL050025.1
补体成分1，q亚组分，β多肽，NM_000491.2
可诱导的小细胞因子家族A(Cys-Cys)，成员18，肺部且活化调 节的，AB000221.1
reticulon 1，L10333.1
主要组织相容性复合体，II类，DR β1，M33600.1
结合珠蛋白，L29394.1
酸性磷酸酶5，酒石酸盐抗性，J04430.1
细胞色素P450，XXVIIA亚家族(类固醇27-羟化酶，脑腱性黄瘤 病)，多肽1，M62401.1
CD36抗原(胶原蛋白I型受体，血小板敏感蛋白受体)，M24795.1
钙结合蛋白2，(29kD，calretinin)，NM_001740.2
α-2-HS-糖蛋白，BG538564
cDNA DKFZp564A132，AL049963.1
纤维结合素1，AF130095.1
磷酸二酯酶4C，cAMP特异性，NM_000923.1
转录因子7(T细胞特异性，HMG-box)，NM_003202.1
发现于炎症区的基因3(FIZZ3)，AF323081.1
claudin15，NM_014343.1
羧肽酶B1(组织)，M81057.1
假定蛋白FLJ14054，NM_024563.1
骨髓间质细胞抗原1，D21878.1
白细胞间介素7受体，M29696.1
原骨胶原C-肽链内切酶增强子2，AF098269.1
钙结合蛋白A8(钙粒蛋白A)，AW238654
cDNA DKFZp564D193，AL049252.1
主要组织相容性复合体，II类，DP β1，J03041.1
人白细胞抗原Cα链，主要组织相容性复合体，I、C类，AK024836.1
BCM样膜蛋白前体，AF144235.1
CD14抗原，M86511.1
肺表面活性蛋白(SP5)，J03553
信号转导物和转录活化因子1，91kD，BC002704.1
Wilms肿瘤1(WT1)，转录产物变体D，NM_024424.1
annexin A8，BC004376.1
具有胶原结构的巨噬细胞受体，MARCO，AF035819.1
表面活性，肺相关蛋白A2，NM_006926.1
溶质载体家族6(神经传递素转运体，血清素)，成员4，L05568.1
几丁质酶1(chitotriosidase)，U29615.1
肺I型细胞膜相关糖蛋白，AU154455
纤维结合素富亮氨酸跨膜蛋白2，AB007865.1
γ氨基丁酸(GABA)A受体，α5，BF966183
假定蛋白FLJ12983，NM_024856.1
唾液酸蛋白(gqL115，白细胞唾液酸蛋白，CD43)，J04536.1
小脑变性相关蛋白(34kD)，M16965.1
羟酸氧化酶2(长链)，羟基-δ-5-类固醇脱氢酶(3β-及类固醇 δ-异构酶2)，AL359553
克隆＝IMAGE：1032795＝Hs.83623核受体亚家族1，I群，成员3
可诱导的小细胞因子亚家族C，成员2：NM_003175.1
与猪的酰基神经氨(糖)酸裂解酶类似的假定蛋白：NM_030769.1
纤维蛋白原，γ多肽：AF118092.1
血小板敏感蛋白1：NM_003246.1
SAM区，SH3区及核定位信号，1：AF222927.1
类几丁质酶3蛋白1(软骨糖蛋白-39)：M80927.1
组织蛋白酶Z：AF032906.1
克隆＝IMAGE：3579023胶原蛋白，XIV型，α1(粗纤维调节素)
氯化物细胞内通道2：NM_001289.2
γ干扰素诱导的单核因子：NM_002416.1
KIAA0433蛋白：NM_015216.1
肿瘤坏死因子，α诱导蛋白6：NM_007115.1
信号传导子与转录活化因子1，91kD：BC002704.1
血小板敏感蛋白2：L12350.1
胶原蛋白，IV型，α3(Goodpasture抗原)：NM_000091.1
整合素，β样1(具有类EGF重复区)：AF072752.1
diubiquitin：NM_006398.1
蛋白酶，半胱氨酸，1(legumain)：D55696.1
细胞色素P450，亚家族I(二恶英可诱导)，多肽1(青光眼3， 原发性早期)：U03688.1
整合素，α1：X68742.1
GABA-B受体，G蛋白偶联受体51：AF056085.1
KIAA1199蛋白：AB033025.1
胶原蛋白，V型，α2：NM_000393.1
白细胞间介素13受体，α2：U70981.1
线粒体内膜转位酶8(酵母)同源物A：BC005236.1
类固醇硫酸酯酶(微粒体)，芳基硫酸酯酶C，同功酶S：M16505.1
克隆＝IMAGE：1982571ATP酶，转运H+，溶酶体(空泡型质子泵) 9kD
蛋白聚糖4，(巨核细胞刺激因子，关节浅表区蛋白)：U70136.1
副层粘蛋白nidogen(enactin)：M30269.1
KIAA1598蛋白：AU157109
血管细胞粘附分子1：M60335.1
鸟苷酸结合蛋白1，干扰素可诱导，67kD：BC002666.1
cDNA DKFZp586E1124
载脂蛋白H(β-2-糖蛋白I)：M62839.1
核糖体蛋白L37a：BE857772
cDNA DKFZp564A132
组织蛋白酶S：M86553.1
解离素及金属蛋白酶9区(meltrinγ)(ADAM9)：U41766.1
锌指结构蛋白331：AF272148.1
溶酶体相关膜蛋白2：J04183.1
羧肽酶M：NM_001874.1
胶原蛋白，I型，α2：NM_000089.1
P311蛋白：U36189.1
KIAA0372基因产物：AB002370.1
人T细胞特异性蛋白RANTES：M21121
干扰素γ可诱导吲哚胺2，3-加双氧酶(IDO)：M34455.1
假定蛋白FLJ10430：NM_018092.1
转录因子ISGF-3：M97935
类白细胞间介素1受体蛋白1(IL1RL1)：NM_003856.1
假定α趋化因子(H174)，可诱导的小细胞因子亚家族B(Cys- X-Cys)，成员11：AF002985.1
可诱导的小细胞因子亚家族B(Cys-X-Cys)，成员10： NM_001565.1
中胚层特异性转录产物(小鼠)同源物：BC002413.1
羧肽酶B样蛋白：AB011969.1
CD2抗原(p50)，绵羊红血球细胞受体：M16445
干扰素，α可诱导蛋白(克隆IFI-6-16)：NM_022872.1
RAS脒基释放蛋白1(钙和DAG调节的)：AF081195.1
脂肪酶，内皮：AF118767.1
脂肪酸辅酶A连接酶，长链4：NM_022977.1
klotho：AB005142.1
硫酸软骨素蛋白聚糖2(versican)：NM_004385.1
假定蛋白，表达于成骨细胞中：AB000115.1
CD14抗原：M86511.1
CGI-83蛋白：BC000878.1
亮氨酸氨肽酶：AF061738.1
UDP-Gal：β G1cNAc β1，3-半乳糖转移酶，多肽3：AB050855.1
protocadherin α12：AF152308.1
神经多糖C：AF059274
neuroligin：AI338338
HSPC156蛋白：AF161505.1
假定蛋白FLJ13310：NM_025118.1
嗜酸性粒细胞趋化因子(TSA1902)：AB025008.1
氨肽酶：AF191545.1
semaphorin sem2：AB029496.1
protocadherin 12：AF231025.1
X转运蛋白3：NM_020208.1
跨膜4超家族成员(四次跨膜NET-2)：AF124522.1
假定蛋白FLJ10970：NM_018286.1
穿孔蛋白1(成孔蛋白)：M28393.1
自然杀伤细胞族群7序列：NM_005601.1
假定蛋白DKFZp761N09121：BF435376
整合素，α4(抗原CD49D，VLA-4受体的α4亚单位)：BG532690
类几丁质酶3蛋白2：U58515.1
FYN致癌基因：N20923
松弛素1(H1)：BC005956.1
羟基前列腺素脱氢酶15-(NAD)：U63296.1
磺基转移酶家族，细胞溶质，1C，成员1：AF186254.1
TGF-b超家族受体I型：L17075.1
颗粒酶B(颗粒酶2，细胞毒性T淋巴细胞相关丝氨酸酯酶1)： M36118.1
半胱氨酸蛋白酶抑制素F(白细胞半胱氨酸蛋白酶抑制素)： AF031824.1
G蛋白发信号调节因子Z(RGSZ1)：AF060877.1
克隆MGC：12387：M16942.1
锌-α2-糖蛋白：D90427.1
BCG诱导的内在膜蛋白BIGMo-103：AB040120.1
nectin样蛋白2(NECL2)：AF132811.1
CD209抗原类似物：AB015629.1
溶质载体家族6(神经传递素转运体，血清素)，成员4：L05568.1
MAD(mothers against decapentaplegic，果蝇)同源物6： U59914.1
latrophilin：AF104939.1
血小板因子4：M25897.1
降钙素受体类似物：L76380.1
matrilin 3：NM_002381.2
溶质载体家族14(尿素转运体)，成员1(Kidd血型)：U35735.1
白细胞间介素7受体：M29696.1
MAP激酶激酶6(MKK6)，有丝分裂原活化的蛋白激酶激酶6： U39656.1
protocadherin 17：AF029343.1
颗粒溶解酶：NM_006433.2
干扰素刺激的蛋白，15kDa(ISG15)：M13755.1
钙粘素5，2型，VE-钙粘素(血管上皮)：U84722.1
血栓调节蛋白：M16552.1
干扰素，α可诱导蛋白27：NM_005532.1
干扰素-γ：X87308
其中在结构信息的基础上，每个寡核苷酸或多核苷酸探针均是可 获得的，该结构信息是借助于针对每个候选基因所列出的相应编号提 供的序列资料生成的。
例如，利用基因名称后列编号可以从NCBI GenBank (http：//www.ncbi.nlm.gov/GenBank/index.html)下载获得可用 于设计寡核苷酸的合适序列。
所有编号均可获得mRNA序列；由于患者的cDNA被逆转录，该寡 核苷酸便具有正义链，并因而与mRNA序列一致。
优选的多核苷酸序列或亚序列集合与定性且定量鉴别正常细胞， 或非纤维化肺疾病患者来源细胞、间质性肺疾病患者来源细胞，最为 优选的是特发性肺纤维化(IPF)患者来源细胞所用的多核苷酸序列基 本对应。
本发明涉及检测与IPF相关的差异表达多核苷酸序列所用的药物 组合物部分，该部分包括：
a)从患者获得多核苷酸样品；及b)使步骤a)所获样品多核苷 酸与固体支持物上固定的探针反应，其中该探针包含上述多核苷酸序 列库中任意一个多核苷酸序列，或包含由该多核苷酸库中任意一个多 核苷酸序列所编码的表达产物，及c)作为之后给药合适药物的前提条 件，检测步骤b)的反应产物。
本发明也涉及检测本发明差异表达多核苷酸序列所用的药物组合 物部分，其中步骤c)中反应产物的量是与对照样品相比较。
差异表达多核苷酸序列的检测被用于检测、诊断、分期、监测、 预测、预防或治疗与ILD相关联的病症，即特发性肺纤维化IPF、过敏 性肺炎、硬皮症、系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、丘-施综合征、 Wegener肉芽肿病及Goodpasture综合征。
当检测所基于的受体-配体反应涉及由检测对象，任一多核苷酸序 列或亚序列编码的产物时，该差异表达多核苷酸序列的检测尤其有 用。
本发明也涉及检测上述的差异表达多核苷酸序列，其中样品已经 由待筛选抗ILD药物处理过。
本发明也涉及包含ILD患者来源细胞中过度表达或表达不足的多 核苷酸序列群体的多核苷酸库。本发明的一个特定实施方案涉及与至 少一个特定多核苷酸序列的任意组合基本上对应的多核苷酸库，该特 定多核苷酸序列选自上述所列预先确定的多核苷酸序列组中的每一个 所包括的核苷酸序列。
本发明涉及包含至少一个特定多核苷酸的多核苷酸库，该特定多 核苷酸选自至少50％，优选75％，更为优选100％预先确定的多核苷酸 组所包括的那些多核苷酸，借助于该多核苷酸库，可以获得一个鉴别 基因模式，即用于区分正常个体与ILD，尤其是IPF患者。
有助于实现本发明的多核苷酸序列库也可以包含上述确定的每个 多核苷酸序列组3’末端与5’末端之间所包含的任何序列，从而完善检 测所牵涉的基因。
本发明也涉及有利于区分正常细胞与ILD患者来源细胞的多核苷 酸库，其中该多核苷酸序列或亚序列集合基本上对应于至少一个特定 多核苷酸序列的组合，其中该特定多核苷酸序列选自上述所列预先确 定的多核苷酸序列组中的每一个所包括的那些多核苷酸序列，有助于 区分正常细胞与ILD患者来源细胞。
当患者材料来源信号至少低于或高于比较材料，即健康志愿者材 料或其它患病材料来源信号的2倍时，基因表达上的差异被认为是不 同的。这一阈值通常被接受用于评估表达阵列。
本发明另外提供了一种鉴定基因表达或感染剂的基因组DNA的方 法，感染剂包括细菌(分支杆菌种、支原体种、金黄色葡萄球菌、链 球菌种、包柔氏螺旋体菌、梅毒螺旋体、问号钩端螺旋体、胚胎空肠 弯曲杆菌；大肠杆菌、EPEC、ETEC、EIEC、EHEC肠沙门氏菌、小肠结 肠炎耶尔森氏菌、气单胞菌种、胚胎弯曲杆菌、粘膜炎莫拉氏菌、布 鲁氏菌种、弓形体、志贺杆菌种、霍乱弧菌、铜绿假单胞菌、洋葱伯 克霍尔德菌、嗜麦芽寡养单胞菌、鲍氏不动杆菌、醋酸钙不动杆菌、 克雷白杆菌属、肠杆菌属、柠檬酸细菌属、变形菌、沙雷氏菌属、摩 根菌属、普罗威登斯菌属、人心杆菌、腐蚀埃肯菌、阴道加德诺菌、 肉芽肿鞘杆菌、类杆菌属、卟啉单胞菌属、普雷沃菌属、梭菌属、普 氏立克次体、杆菌状巴尔通体、汉氏巴尔通体及衣原体种)、酵母、 真菌或病毒(逆转录病毒、腺病毒、肝DNA病毒、疱疹病毒、流感病 毒、副粘液病毒)，以及ILD患者来源细胞中的细胞寄生物。
发明概述
我们惊讶地发现，干扰素γ的药物组合物结合对肺疾病患者基因 表达的分析，可以更快速且更成功地治疗肺疾病，优选的是ILD及其 相关肺疾病。因此，本发明涉及包含干扰素γ或甲苯吡啶酮，以及疾 病导向基因表达分析的新型药物组合物和药物试剂盒。
总而言之，本发明更具体地涉及下列主题：
·一种药物组合物，包含
(i)干扰素γ(IFN-γ)，聚乙二醇化(PEG)的IFN-γ，或甲苯 吡啶酮，任选与药物可接受载体，稀释剂或赋形剂共同存在，
(ii)间质性肺疾病患者的基因表达分析(基因芯片)；
·一种相应的药物组合物，另外包含一种糖皮质激素化合物；
·一种相应的药物组合物，其中该药疗法选自下列：
·一种药物试剂盒，包含
(i)含有IFN-γ、PEG-IFN-γ或甲苯吡啶酮的包装，
(ii)含有肺疾病患者基因表达分析(基因芯片)的包装；
·一种相应的药物试剂盒，进一步包括含有一种糖皮质激素化合物 的包装；
·根据药物生产商详细说明的药物组合物的组合或药物试剂盒治 疗间质性肺疾病(ILD)的方法或用途；
·一种相应的方法或用途，其中将单剂的量为2.0-3.0μg/kg体 重的IFN-γ给予个体；
·一种相应的方法或用途，其中将单剂的量为100-150μg/kg体 重的糖皮质激素化合物给予个体；
·一种相应的方法或用途，其中在基因表达分析之后通过吸入方式 将IFN-γ给予个体。
发明详述
在根据本发明的组合范围内具有治疗效果的合适化合物，除了干 扰素γ、聚乙二醇化的干扰素γ、甲苯吡啶酮之外，还包括与带病患者 基因表达分析结合，具有与干扰素γ、聚乙二醇化的干扰素γ，或甲苯 吡啶酮相同，甚至增强的生物学活性的化合物。
本发明也包括所公开药物的，如上文更具体描述的，具有与干扰 素γ或甲苯吡啶酮相同生物学活性的衍生物、类似物、同系物、融合 蛋白、稳定形式等。
术语“相同生物学活性”在此处指基本上相同的生物学、生理学或 治疗活性或功能性，不过，也可以是与该药物的相应特性比较后在数 量上有提高或降低。
术语“稳定形式”指为了获得在血液及血清中更稳定且延长的半衰 期，而对母体药物进行改造所获得的衍生物或类似物。通过附着化学 部分可以保护多肽及蛋白质不被水解。这种附着可有效地阻抑蛋白水 解酶与蛋白质主链本身的物理接触，并从而阻止降解。聚乙二醇便是 这样一种已显示可以保护蛋白质不被水解的化学部分(Sada，et al.， J.Fermentation Bioengineering  71：137-139，1991)。除了可避 免蛋白水解裂解之外，还发现生物学活性蛋白的化学修饰在某些情况 下赋予蛋白质其它的优势，诸如提高治疗蛋白的稳定性，延长其循环 时间，并降低其免疫原性。(US.4,179,337；Abuchowski等人， Enzymes as Drugs.；J.S.Holcerberg和J.Roberts，eds.367-383 页，1981；Francis，Focus on Growth Factors 3：4-10；EP 0 401 384)。与非聚乙二醇化的化合物相比，聚乙二醇的添加提高了本发明 的肽及多肽在生理pH的稳定性。对盐而言，聚乙二醇化的多肽/蛋白 质也是稳定的。
术语“融合蛋白”指与其它肽或蛋白质融合的根据本发明的多肽， 优选的干扰素γ所组成的化合物，尤其是稳定形式的化合物。
术语“药物试剂盒”指包括含有一种或多种，优选的一种药物活性 化合物或药剂，以及一种基因表达分析装置的两个或多个小包装或容 器的包装，其中该小包装或容器内的药剂或化合物是于基因表达分析 完成之后被给予个体。
根据本发明的药物组合物可被用作治疗个体的药物，该组合物包 含上下文所定义的干扰素γ或甲苯吡啶酮，以及基因表达分析。
术语“个体”优选地指哺乳动物，尤其是人类。
根据本发明的化合物，IFN-γ或甲苯吡啶酮被用在药物配方中，该 配方通常还包含药物可接受载体、赋形剂或稀释剂。配制并给药本发 明化合物的技术可参考“Remington’s Pharmaceutical Sciences” Mack Publishing Co.，Easton PA。
此处所用术语“药物可接受载体”指一种惰性、无毒性固体或液体 填充剂、稀释剂或密封材料，该材料不与活性化合物或个体，或其它 任何配方，诸如片剂、丸剂、糖衣丸、胶囊、凝胶、糖浆、悬浮物、 悬液等发生不利反应。本领域已知的合适优选液体载体为，诸如无菌 水、盐水、葡萄糖水溶液、糖溶液、乙醇、乙二醇，以及包括石油、 动物、植物或合成来源的那些油在内的油类，如花生油，大豆油及矿 物油。适合口服给药的片剂和胶囊含有常规赋形剂，如结合剂、填充 剂、稀释剂、压片剂、润滑剂、崩解剂及润湿剂。片剂可根据本领域 熟知的方法进行包被。
根据本发明的配方可以单位剂量形式给药，该单位剂量含有典型 地适合非肠道给药的常规无毒性药物可接受载体、稀释剂、佐剂及赋 形剂。
术语“非肠道”在此处包括皮下、静脉内、关节内及气管内注射和 输注技术。非肠道组合物及组合最为优选地是以药丸形式，或根据已 知操作方法恒量输注地静脉给药。本发明的目标也包括其它给药方 式，诸如口服给药或通过吸入或鼻部喷雾的方式给药。吸入含有本发 明所描述干扰素γ的蒸汽也是给药的优选途径。为吸入根据本发明的 化合物，优选地将其制成气雾剂形式。气雾剂及其制备技术是本领域 所熟知的。如果必须治疗直接的肺部症状，则含有本发明多肽，例如， 干扰素γ，且借助于吸入器可利用的气雾剂是优选的。
根据本发明的单位剂量可以含有每日所需量的根据本发明的化合 物，或其共计后可达预期剂量的倍减量。用于指定个体(哺乳动物， 包括人类)的最适治疗可接受剂量及剂量率取决于多个因素，诸如所 应用特定活性材料的活性、治疗对象的年龄、体重、整体健康状况、 性别、饮食、给药时间及方式，清除率、酶活性、治疗目的，即治疗 或预防，以及待治疗疾病的特性。因此，在用于治疗个体的根据本发 明的药物组合物中，相应化合物的药物有效每日剂量分别为：
干扰素γ(IFN-γ)：在根据本发明的联合疗法中，剂量为1.0- 5.0μg/kg体重，优选地2.0-3.0μg/kg体重，每周1-5次给药的干扰 素γ显示为有效。上述单剂干扰素γ是通过非肠道，优选的皮下方式给 药患者。
可任意结合IFN-γ给药患者的糖(肾上腺)皮质激素的剂量根据本 发明的变化范围是10-100mg/单剂，更为优选的是15-80mg，即对应大 约100-350μg/kg体重，优选的100-150μg/kg体重。
附图简述
图1：图1描述了在组织学上已证实患有UIP(开胸肺活检)，且 采用干扰素γ进行免疫抑制治疗(f，59yr)失败的患者的肺总容量 (TLC)，动脉血氧分压(PaO2)，及用力肺活量(FVC)。
实例
在取得严重间质性肺疾病(ILD)患者非正式应允后，采用支气管 镜检的外科方法，从其肌体内取出活组织进行检查。保存所获得的组 织探针，并进行加工，以在RNAlaterTM(专利申请中)，一种水性、 无毒性组织保存试剂中分离出总RNA，该保存试剂可使完整、未冷冻组 织样品中的细胞RNA稳定并其保护作用。
室温下，将解离的组织(任一尺寸不超过0.5cm)浸没于大约5 倍体积的RNAlater(如0.5g样品需大约2.5ml RNAlater)中。该溶 液渗透细胞后，使RNA稳定。继而，采用一步RNA分离法，如TRIzol 试剂(Life Technologies)，并参照提供者的说明书分离RNA，最后 于H2O中洗脱。
标记cRNA的制备及其与微阵列的杂交
采用cDNA合成试剂盒(Superscript；Life Technologies)， 并利用寡(dT)引发，从分离的患者RNA样品中合成双链cDNA。在生 物素-11-CTP和生物素-16-UTP(Enzo Diagnostics)的存在条件下， 将所获cDNA用于体外转录(Ambion T7 Megascript系统)。于缓冲 液[40mM Tris乙酸(pH8.1)/100mM乙酸钾/30mM乙酸镁]中，94□下 持续35分钟，使总计25-50μg的cRNA产物断裂。继而将断裂的cDNA 作为对应每个患者来源的杂交探针，参照推荐方法(Affymetrix， Santa Clara，CA)进行杂交。
将等份的杂交患者cDNA混合物(200μl杂交混合物中含有10μg cDNA)与人类基因组U133A阵列杂交。根据生产商(Affymetrix)开 发的操作方法对每个阵列进行洗涤和扫描(Hewlett Packard， GeneArray扫描仪G2500A)。
基因芯片资料的分析。目检扫描输出文件以审视杂交的人工产 物，并进而利用GENECHIP 3.1软件(Affymetrix)进行分析。
将GENECHIP 3.1软件生成的表达分析文件转移至数据库 (Microsoft Access)，并链接至互联网基因组数据库(如NHLBI， 或Swiss Prot)。
活组织检查中感染剂的分析。当ILD患者反复发作炎症时，检验 活组织检查的材料中是否存在感染剂。大部分情况是观测到潜伏的疱 疹病毒感染(采用Ganciclovir治疗)以及多种细菌感染(采用多种 抗生素治疗)，或者少数真菌感染。
治疗。采用干扰素γ的疗法仅在成功预处理潜伏感染，以及评估 内源性疾病标记基因表达之后才开始。应用分子基因表达分析，继而 采用干扰素γ，可获得令人惊讶的结果，即在统计学上高度显著地提高 了肺总容量，同时也基本上提高了物理用力容量，统计学上显著提高 了休息时的动脉血氧分压，并有力地缓解了疾病症状。这些结果表明 基因表达分析与其后采用的干扰素γ的药用组合能够制衡间质性肺疾 病中的纤维形成反应，并有利地延长了IPF患者的存活期。
图1a)描述了治疗的初始资料#1。
                                                                           长期治疗期间基因转录水平     #     IFNg     IL-13   TGF-β1     CTGF     1     1.7     1.8     13.1     2.9     2     3     4                               ｜                              t｜                               ｜                               ↓
                                                                     免疫应答                             伤口愈合
图2b)描述了在组织学上已证实患有UIP(开胸肺活检)，且第#1 次与第#2次之间的免疫抑制疗法失败的同一患者的肺总容量(TLC)， 动脉血氧分压(PaO2)，及用力肺活量(FVC)。
                                                                             长期治疗期间基因转录水平     #     IFNg     IL-13   TGF-β1     CTGF     1     1.7     1.8     13.1     2.9     2     0     0     5.4     2.1     3     4                                 ｜                                t｜                                 ｜                                 ↓
                                                                      免疫应答                            伤口愈合
图1c)描述了第#1次与第#4次之间同一患者的相同资料。
                                                                             长期治疗期间基因转录水平     #     IFNg     IL-13   TGF-β1     CTGF     1     1.7     1.8     13.1     2.9     2     0     0     5.4     2.1     3     0     0.2     3.1     1.3     4     0     0     1.2     0.4                                 ｜                                t｜                                 ｜                                 ↓
                                                                      免疫应答                            伤口愈合
先采用CMV预处理，再进行选定基因的转录分析，继而采用干扰 素γ治疗的方法可使患有这一致命疾病的患者病情稳定。