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胎盘来源的干细胞及其用于恢复再生引擎、纠正蛋白质缺陷并延长衰老个体寿命的用途

阅读:364发布:2021-04-08

专利汇可以提供胎盘来源的干细胞及其用于恢复再生引擎、纠正蛋白质缺陷并延长衰老个体寿命的用途专利检索,专利查询,专利分析的服务。并且本 发明 涉及使用干细胞如胎盘来源的干细胞(PDSC)通过恢复再生引擎和延长衰老个体的寿命来减少衰老的影响。本文提供了随时间维持或增加个体组织中干细胞数量与分化细胞数量的比例的方法,包括向个体施用有效量的干细胞群。还提供了随时间维持或增加个体组织中干细胞数量的方法,包括向个体施用有效量的干细胞群。本文还提供了改变存在于个体组织中的衰老干细胞的表型或 蛋白质 组的方法,包括向个体施用有效量的干细胞群。,下面是胎盘来源的干细胞及其用于恢复再生引擎、纠正蛋白质缺陷并延长衰老个体寿命的用途专利的具体信息内容。

1.一种方法,其中:
(i)所述方法是用于随时间维持或增加个体组织中干细胞数量与分化细胞数量的比例的方法,所述方法包括向个体施用有效量的干细胞群,其中所述比例与对照个体的组织中干细胞数量与分化细胞数量的比例相比随时间维持或增加;
(ii)所述方法是随时间维持或增加个体组织中干细胞数量的方法,所述方法包括向所述个体施用有效量的干细胞群,其中所述个体的组织中的干细胞的数量与对照个体的相同组织中的干细胞数量相比随时间维持或增加;
(iii)所述方法是改变存在于个体组织中的衰老干细胞的表型的方法,所述方法包括向所述个体施用有效量的干细胞群,其中所述量有效改变所述衰老干细胞的环境小生境,使得所述衰老干细胞的表型与存在于对照个体组织中的衰老干细胞的表型相比发生改变;
(iv)所述方法是改变个体组织中衰老细胞的蛋白质组的方法,所述方法包括向所述个体施用有效量的干细胞群,其中所述量有效改变所述衰老细胞的蛋白质组,其中所述改变的蛋白质组包含在对照个体组织的年轻细胞中发现的一种或多种生物标志物;或者(v)所述方法是改变个体组织中衰老细胞的转录组的方法,所述方法包括向所述个体施用有效量的干细胞群,其中所述量有效改变所述衰老细胞的转录组,其中所述改变的转录组包含对照个体组织的年轻细胞中发现的一种或多种转录物。
2.根据权利要求1所述的方法,其中:
(i)所述组织选自肌肉、脑、心脏、肾脏、肝脏、骨髓和皮肤;或者
(ii)衰老细胞是体细胞
其中任选地所述衰老细胞选自由肌细胞、脑细胞、心脏细胞、肝细胞、肾细胞、骨髓细胞和皮肤细胞;和
其中任选地所述肌细胞是骨骼肌细胞或者横纹肌细胞。
3.根据权利要求1-2所述的方法,其中所述对照个体是在施用所述干细胞群之前相同的个体或未接受所述干细胞群的个体。
4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法,其中:
(i)所述干细胞群全身性施用、局部施用至组织、肠胃外、静脉内、肌内、皮下、真皮下、室内、连续滴注或推注施用;
(ii)将所述干细胞群制备成在可注射液体悬浮液或其他生物相容性介质中施用;
(iii)所述干细胞群使用导管控释系统或可植入的基质或基体施用;
(iv)所述干细胞群以1×105个细胞至1×109个细胞、1×105个细胞至1×107个细胞或者
1×106个细胞至1×107个细胞的剂量施用;
(v)所述干细胞群以单剂量或多剂量施用;
(vi)所述干细胞群是对所述个体的第一次施用;
(vii)当个体是10-15岁、15-20岁、20-25岁、25-30岁、30-35岁、35-40岁、40-45岁、45-
50岁、50-55岁、55-60岁、60-65岁、65-70岁、70岁-75岁、75-80岁、80-85岁、85-90岁、90-95岁、95-100岁或100岁以上时,施用所述干细胞群;或者
(viii)所述干细胞群在所述个体的整个寿命期间连续施用。
5.根据权利要求所述1-4中任一项所述的方法,其中所述干细胞群:
(i)包含选自以下的干细胞群:胚胎干细胞、成体干细胞和诱导的全能干细胞;
(ii)基本上由选自以下的干细胞群组成:胚胎干细胞、成体干细胞和诱导的全能干细胞;或者
(iii)由选自以下的干细胞群组成:胚胎干细胞、成体干细胞和诱导的全能干细胞。
6.根据权利要求1-5中任一项所述的方法,其中所述干细胞群:
(i)包含选自以下的干细胞群:骨髓间充质干细胞、羊膜衍生的间充质干细胞、脂肪组织衍生的间充质干细胞、来自人脱落的乳牙的干细胞、骨骼肌来源的干细胞、血液干细胞、皮肤干细胞、脐带血干细胞、膜缘干细胞、造血干细胞、神经干细胞、心脏来源的干细胞、肠干细胞、内皮干细胞、上皮干细胞、嗅觉成体干细胞、神经嵴干细胞、睾丸干细胞、胎盘来源的干细胞和来源的干细胞;
(ii)基本上由选自以下的干细胞群组成:骨髓间充质干细胞、羊膜衍生的间充质干细胞、脂肪组织衍生的间充质干细胞、来自人脱落的乳牙的干细胞、骨骼肌来源的干细胞、血液干细胞、皮肤干细胞、脐带血干细胞、角膜缘干细胞、造血干细胞、神经干细胞、心脏来源的干细胞、肠干细胞、内皮干细胞、上皮干细胞、嗅觉成体干细胞、神经嵴干细胞、睾丸干细胞、胎盘来源的干细胞和羊水来源的干细胞;或者
(iii)由选自以下的干细胞群组成:骨髓间充质干细胞、羊膜衍生的间充质干细胞、脂肪组织衍生的间充质干细胞、来自人脱落的乳牙的干细胞、骨骼肌来源的干细胞、血液干细胞、皮肤干细胞、脐带血干细胞、角膜缘干细胞、造血干细胞、神经干细胞、心脏来源的干细胞、肠干细胞、内皮干细胞、上皮干细胞、嗅觉成体干细胞、神经嵴干细胞、睾丸干细胞、胎盘来源的干细胞和羊水来源的干细胞;
其中任选地所述干细胞群不包含选自以下的一种或多种干细胞:骨髓间充质干细胞、羊膜衍生的间充质干细胞、脂肪组织衍生的间充质干细胞、来自人脱落的乳牙的干细胞、骨骼肌来源的干细胞、血液干细胞、皮肤干细胞、脐带血干细胞、角膜缘干细胞、造血干细胞、神经干细胞、心脏来源的干细胞、肠干细胞、内皮干细胞、上皮干细胞、嗅觉成体干细胞、神经嵴干细胞、睾丸干细胞、胎盘来源的干细胞和羊水来源的干细胞。
7.根据权利要求1-6中任一项所述的方法,其中所述干细胞群(i)包含胎盘来源的干细胞(PDSC),(ii)基本上由PDSC组成,或(iii)由PDSC组成。
8.根据权利要求1-7中任一项所述的方法,其中:
(i)所述干细胞群先前已被冷冻保存;
(ii)所述干细胞群已经传代至少三次;
(iii)所述干细胞群已经传代不超过十次;
(iv)所述干细胞群是来自胎盘干细胞库的细胞;
(v)所述干细胞是胚胎样干细胞;
(vi)所述干细胞是全能干细胞或多能干细胞;
(vii)所述干细胞群包含从已排出脐带血的胎盘获得的细胞;或者
(viii)所述干细胞群包含从已灌注去除残余血液的胎盘获得的细胞。
9.根据权利要求1-8中任一项所述的方法,其中:
(i)所述干细胞群是所述个体自体的;
(ii)所述干细胞群与所述个体是同种异体的;
(iii)所述干细胞群与所述个体是同源的;
其中任选地所述干细胞群是同源细胞群或混合细胞群;
(iv)所述干细胞群是富集的干细胞群;
(v)所述干细胞群包含PSC-100细胞;
其中任选地所述干细胞群是富集的PSC-100细胞群;或者
(vi)所述干细胞群来自多个供体;
其中任选地所述干细胞群是不使用HLA分型从多个供体获得的。
10.根据权利要求1-9中任一项所述的方法,其中:
- + + +
(i)所述干细胞群包含为CD34、CD10、SH2、和CD90胎盘多能细胞的细胞;
(ii)所述干细胞群包含CD34-、CD38-、CD45-、CD10+、CD29+、CD44+、CD54+、CD90+、SH2+、SH3+、SH4+和OCT-4+细胞;
(iii)所述干细胞群包含CD34-、CD10+、CD105+和CD200+细胞;
+
(iv)所述干细胞群包含CD73细胞;
(v)所述干细胞群包含CD73+和CD105+细胞;
(vi)所述干细胞群包含CD200+细胞;
(vii)所述干细胞群包含CD34-、CD38-、CD45-、OCT-4+和CD200+细胞;
- - - + + +
(viii)所述干细胞群包含CD34、CD38、CD45、CD73、OCT-4和CD200细胞;
(ix)所述干细胞群包含OCT-4+细胞;
(x)所述干细胞群包含CD73+、CD105+和OCT4+细胞;
(xi)所述干细胞群包含CD73+、CD105+和CD200+细胞;
(xii)所述干细胞群包含CD200+和OCT-4+细胞;
(xiii)所述干细胞群包含CD73+、CD105+和HLA-G+细胞;
(xiv)所述干细胞群包含CD73+、CD105+、CD200+和HLA-G+细胞;
(xv)所述干细胞群包含CD34-,CD38-,CD45-和HLA-G+细胞;或者
(xvi)所述干细胞群包含CD34-、CD38-、CD45-、CD34-和CD38-、CD34-和CD45-、CD38-和CD45-、或CD34-、CD38-和CD45-细胞。
11.根据权利要求1-10中任一项所述的方法,其中所述方法还包括:
(i)在将所述干细胞群施用于所述个体之前,确定所述组织中的干细胞和/或分化细胞的数量,以及
(ii)在将所述干细胞群施用于所述个体之后确定所述组织中的干细胞和/或分化的细胞的数量;
其中任选地
(A)与施用所述干细胞群之前相比,所述方法在施用后增加所述组织中的干细胞的数量;或者
(B)与未接受干细胞群施用的个体相比,所述个体具有增加数量的干细胞;
并且其中任选地
(1)干细胞数量的增加随时间持续;
(2)干细胞数量的增加是由于所述组织中存在的干细胞扩增或所述组织中干细胞扩增的结果;或者
(3)干细胞数量的增加导致所述个体组织的重塑、更新、革新、复原、修复和/或恢复;
并且其中干细胞数量通过干细胞集落形成单位来评估。
12.根据权利要求1-11中任一项所述的方法,其中所述方法还包括使所述干细胞群与以下接触
(i)年轻干细胞、年轻祖细胞或年轻前体细胞;或者
(ii)从年轻干细胞、年轻祖细胞或年轻前体细胞分离的一种或多种另外的因子;
其中任选地一种或多种另外的因子选自:细胞因子、激素、启动子、阻遏物、蛋白质、核酸、病毒、免疫原、血管生成因子、生长因子、抗凋亡因子和抗化因子。
13.根据权利要求1-12中任一项所述的方法,其中所述方法还包括在施用至所述个体之前培养和/或扩增所述干细胞群,其中
(i)在体外或原位培养和/或扩增;
(ii)所述干细胞群在体外装置中培养和/或扩增;或者
(iii)所述干细胞群在存在以下的条件下培养和/或扩增
(A)年轻干细胞、年轻祖细胞或年轻前体细胞;或者
(B)从年轻干细胞、年轻祖细胞或年轻前体细胞分离的另外的因子;
其中任选地一种或多种另外的因子选自:细胞因子、激素、启动子、阻遏物、蛋白质、核酸、病毒、免疫原、血管生成因子、生长因子、抗凋亡因子和抗氧化因子。
14.根据权利要求1-13中任一项所述的方法,其中所述方法还包括:
(i)表征所述干细胞的所述基因组,其中
(A)在向所述个体施用所述干细胞群之前;
(B)在向所述个体施用所述干细胞群之后;或者
(C)在向所述个体施用所述干细胞群之前以及在向所述个体施用所述干细胞群之后;
进行所述基因组表征;
(ii)表征所述干细胞的所述蛋白质组,其中
(A)在向所述个体施用所述干细胞群之前;
(B)在向所述个体施用所述干细胞群之后;或者
(C)在向所述个体施用所述干细胞群之前以及在向所述个体施用所述干细胞群之后;
进行所述蛋白质组表征;
(iii)表征所述组织中所述干细胞和/或分化细胞的所述基因组,其中
(A)在向所述个体施用所述干细胞群之前;
(B)在向所述个体施用所述干细胞群之后;或者
(C)在向所述个体施用所述干细胞群之前以及在向所述个体施用所述干细胞群之后;
进行所述基因组表征;或者
(iv)表征所述组织中所述干细胞和/或分化细胞的所述蛋白质组,其中
(A)在向所述个体施用所述干细胞群之前;
(B)在向所述个体施用所述干细胞群之后;或者
(C)在向所述个体施用所述干细胞群之前以及在向所述个体施用所述干细胞群之后;
进行所述蛋白质组表征。
15.根据权利要求1-14中任一项所述的方法,其中一种或多种生物标志物是在骨骼肌细胞、横纹肌细胞、脑细胞、心脏细胞、肾细胞、肝细胞、骨髓细胞或皮肤细胞中表达的蛋白质。
16.根据权利要求1-15中任一项所述的方法,其中一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:
(i)肌球蛋白轻链3(MLCF3)、肌球蛋白轻链多肽2(慢)、肌球蛋白轻链1(MLC1F)、肌球蛋白结合蛋白C(MYBPC1)、肌球蛋白结合蛋白H、α肌动蛋白(片段)、肌动蛋白(骨骼肌)、肌动蛋白α(心脏)、肌蛋白T类Iaα-1、肌钙蛋白T类IIaβ-1、肌钙蛋白Tβ/α、capZβ、结蛋白、凝溶胶蛋白(胞质溶胶)、β-微管蛋白、p23、磷酸丙糖异构酶1、糖基化酶I、乙二酶I、烯醇酶3(β肌肉)、甘油3-P脱氢酶、异柠檬酸脱氢酶3(NAD+)、细胞色素c氧化酶(多肽Va)、肌酸激酶(肌肉形式)、Cu/Zn超氧化物歧化酶、蛋白重链(H-铁蛋白)、醛脱氢酶(线粒体)、谷胱甘肽转移酶(ω-1)、热休克20kDa蛋白(Hsp20)、热休克27kDa蛋白(Hsp27)、二硫键异构酶ER60(ERp57)、14-3-3蛋白、嘌呤脱酶(鸟嘌呤酶)、Rho-GDI(α)、磷酸组氨酸磷酸酶、mRNA加帽酶、类似apobec2蛋白、半乳糖凝集素1、白蛋白、维生素D结合蛋白前肽、蛋白激酶C相互作用蛋白1、RIKEN cDNA 1700012G19、肌球蛋白重链2(MYH2)、肌钙蛋白T 1型(TNNT1)、利阿诺定受体1(骨架)(RYR1)、肌集钙蛋白1(快缩,骨骼肌)(CASQ1)、亲联蛋白1(JPH1)、腺苷单磷酸脱氨酶(AMPD1)、磷酸化酶糖原肌肉(PYGM)和烯醇酶3(β,肌肉)(ENO3);
(ii)MLCF3、肌球蛋白轻链多肽2(慢)、MLC1F、肌球蛋白结合蛋白C、肌球蛋白结合蛋白H、α肌动蛋白(片段)、肌动蛋白(骨骼肌)、肌动蛋白α(心脏)、肌钙蛋白T类IIaβ-1、肌钙蛋白Tβ/α、capZβ、磷酸丙糖异构酶1、糖基化酶I、乙二醛酶I、烯醇酶3(β肌肉)、甘油3-P脱氢酶、异柠檬酸脱氢酶3(NAD+)、细胞色素c氧化酶(多肽Va)、肌酸激酶(肌肉形式)、Cu/Zn超氧化物歧化酶、磷酸组氨酸磷酸酶、蛋白激酶C相互作用蛋白-1和RIKEN cDNA 1700012G19,其中一种或多种生物标志物的表达降低指示衰老;
(iii)肌钙蛋白T类Iaα-1、肌钙蛋白T类IIaβ-1、结蛋白、凝溶胶蛋白(胞质溶胶)、β-微管蛋白、p23、铁蛋白重链(H-铁蛋白)、醛脱氢酶(线粒体)、谷胱甘肽转移酶(ω-1)、Hsp20、Hsp20、二硫键异构酶ER60(ERp57)、14-3-3蛋白、鸟嘌呤脱氨酶(鸟嘌呤酶)、Rho-GDI(α)、mRNA加帽酶、类似apobec2蛋白、半乳糖凝集素1、白蛋白、维生素D结合蛋白前肽,其中一种或多种生物标志物的表达增加指示衰老;
(iv)肉豆蔻酰化的富含丙氨酸的C-激酶底物、α-互连蛋白、甲基-CpG-结合蛋白2的同种型B、组蛋白H1.4、血清白蛋白的同种型1、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白G(1)/G(S)/G(T)亚基β-
1、腺苷酸激酶1、果糖二磷酸醛缩酶A、生蛋白-R、丛生蛋白的同种型2、突触传递、阳离子转运、髓磷脂蛋白脂质蛋白的同种型1、神经调理素、二氢嘧啶酶相关蛋白2、二氢蝶啶还原酶、基质蛋白-3、α-烯醇酶、凝溶胶蛋白的同种型1、淀粉样蛋白βA4蛋白(片段)APP714的APP同种型、膜联蛋白A6、微管相关蛋白tau的同种型tau-E、MAP1A 331kDa蛋白、成神经细胞分化相关蛋白AH NAK、细胞周期出口和神经元分化蛋白1、甘油醛-3-磷酸脱氢酶、HIST1H1D、谷酰胺酶肾同种型的KGA同种型、超氧化物歧化酶(Mn)(SOD2)、髓磷脂性蛋白(MBP)的同种型1和波形蛋白(VIM);
(v)淀粉样蛋白β(A4)前体蛋白(APP)、肉豆蔻酰化的富含丙氨酸的蛋白激酶C底物(MARCKS)、互联蛋白神经元中间丝蛋白α(INA)、甲基CpG结合蛋白(MECP)、组蛋白簇1H1e(HIST1H1E)、白蛋白(ALB)、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白)β多肽(GNB1)、腺苷酸激酶1(AK1)、醛糖A果糖二磷酸(ALDOA)、腱生蛋白R(TNR)、丛生蛋白(CLU)、突触蛋白1(SYN1)、ATP合酶、H+转运、线粒体F1复合物、α亚基1、心肌(ATP5A1)、蛋白脂质蛋白1(PLP1)、生长相关蛋白43(GAP43)、二氢嘧啶酶-样2(DPYSL2)、醌型二氢蝶啶还原酶(QDPR)、基质蛋白3(MATR3)、烯醇酶1(α)(ENO1)、凝溶胶蛋白(GSN)、膜联蛋白A6(ANXA6)、微管相关蛋白tau(MAPT)、微管相关蛋白1A(MAP1A)、AHNAK核蛋白、细胞周期出口和神经元分化1(CEND1)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、组蛋白簇1、H1D(HIST1H1D)、谷氨酰胺酶(GLS)、超氧化物歧化酶(SOD2)、MBP、VIM、ELAV样蛋白3(ELAVL3)、神经颗粒素(NRGN)、受体表达增强蛋白2(REEP2)、谷氨酸脱羧酶1(GAD1)、原钙粘蛋白α-1(PCDHA1)、胶质纤维酸性蛋白(GFAP)、S100钙结合蛋白(S100B)、序列相似性19家族(趋化因子(C-C-基序)-样)成员A1(FAM19A1)、水通道蛋白4(AQP4)、c型凝集素结构域家族2成员L(CLEC2L)、神经丝三联体L蛋白(NF-L)、过氧化物氧还蛋白(EC 1.11.1.)、乌头酸水合酶(EC 4.2.1.3)、烯醇酶2(EC 4.2.1.11)和T复合蛋白1;
(vi)淀粉样蛋白β(A4)前体蛋白(APP)、marcks、互联蛋白神经元中间丝蛋白α(INA)、甲基CpG结合蛋白(MECP)、组蛋白簇1H1e(HIST1H1E)、白蛋白(ALB)、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白)β多肽(GNB1)、腺苷酸激酶1(AK1)、醛糖A果糖二磷酸(ALDOA)、腱生蛋白R(TNR)和丛生蛋白(CLU);
(vii)蛋白脂质蛋白1(PLP1)、生长相关蛋白43(GAP43)、二氢嘧啶酶-样2(DPYSL2)、醌型二氢蝶啶还原酶(QDPR)、基质蛋白3(MATR3)、烯醇酶1(α)(ENO1)和凝溶胶蛋白(GSN);
(viii)微管相关蛋白tau(MAPT)、微管相关蛋白1A(MAP1A)、AHNAK核蛋白、细胞周期出口和神经元分化1(CEND1)和甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH);
(ix)神经丝三联体L蛋白(NF-L)、过氧化物氧还蛋白(EC 1.11.1)、乌头酸水合酶(EC 
4.2.1.3)、烯醇酶2(EC 4.2.1.11)和T-复合蛋白1;
(x)肌球蛋白重链6心肌α(MYH6)、肌动蛋白α心肌1(ACTC1)、肌钙蛋白I型3(心脏)(TNNI3)、钠尿肽A(NPPA)、A激酶(PRKA)锚定蛋白6(AKAP6)、巢蛋白(NES)、ATP酶Na+K+转运α
3多肽(ATP1A3)、钙粘蛋白2型1N-钙粘蛋白(神经元)(CDH2)、桥粒斑菲素蛋白22(PKP2)、ATP合酶亚基d(Atp5h)、ATP合酶亚基o(Atp5o)、ATP合酶亚基δ(Atp5d)、ATP合酶亚基α(Atp5a1)、ATP合酶亚基β(Atp5b)、细胞色素c(Cycs)、线粒体丙酸脱氢酶E1组分β亚基(Pdhb)、磷酸甘油酸激酶1(Pgk1)、热休克蛋白70(Hspa9)、60kDa热休克蛋白(Hspd1)、结蛋白(Desm)、肌钙蛋白T2(Tnnt2)、原肌球蛋白α1(Tpm1)、电压依赖性阴离子通道-1(Vdac1)和延伸因子2(Eef2);
(xi)ATP合酶亚基d(Atp5h)、ATP合酶亚基o(Atp5o)、ATP合酶亚基δ(Atp5d)、ATP合酶亚基α(Atp5a1)、ATP合酶亚基β(Atp5b)、细胞色素c(Cycs)、线粒体丙酮酸脱氢酶E1组分β亚基(Pdhb)、磷酸甘油酸激酶1(Pgk1)、热休克蛋白70(Hspa9)、60kDa热休克蛋白(Hspd1)、结蛋白(Desm)、肌钙蛋白T2(Tnnt2)、原肌球蛋白α1(Tpm1)、电压依赖性阴离子通道-1(Vdac1)和延伸因子2(Eef2);
其中任选地所述生物标志物是延伸因子2(Eef2)并且Eef2的表达的增加指示衰老;
(xii)ATP合酶亚基α(Atp5a1)、ATP合酶亚基β(Atp5b)、细胞色素c(Cycs)、线粒体丙酮酸脱氢酶E1组分β亚基(Pdhb)、磷酸甘油酸激酶1(Pgk1)、热休克蛋白70(Hspa9)、结蛋白(Desm)、肌钙蛋白T2(Tnnt2)、原肌球蛋白α1(Tpm1)、电压依赖性阴离子通道-1(Vdac1),其中所述一种或多种生物标志物的表达降低指示衰老;
(xiii)膜蛋白(NPHS2)、肾病蛋白(NPHS1)、IRRE类似物(NEPH1或KIRREL)、足细胞标记蛋白样(PODXL)、成纤维细胞生长因子1FGF1)、粒状生胶家族成员2(CRB2)、溶质载体家族22(有机阴离子转运蛋白)成员8(SLC22A8)、溶质载体家族22(有机阴离子转运蛋白)成员13(SLC22A13)、氨基羧基粘康酸半醛脱羧酶(ACMSD)、胍丁胺精胺脲水解酶(AGMAT)、甜菜碱高半胱氨酸S-甲基转移酶(BHMT)、染色体11开放阅读框54(C11orf54)、钙粘蛋白6、2型K-钙粘蛋白(胎儿肾脏)(CDH6)、二氢嘧啶酶(DPYS)、γ-谷氨酰转移酶1(GGT1)、4-羟基苯基丙酮酸双加氧酶(HPD)、热反应蛋白12(HRSP12)、低密度脂蛋白受体相关蛋白2(LRP2)、丙酮酸激酶、肝脏和RBC(PKLR)、X-脯氨酰氨肽酶(氨肽酶P)2、膜结合(XPNPEP2)、尿调节素(UMOD)、钙结合蛋白(CALB1)、溶质载体家族12(钠//氯化物转运蛋白)成员1(SLC12A1)、溶质载体家族12(钠/氯化物转运蛋白)成员3(SLC12A3)、钙敏感受体(CASR)、水通道蛋白(AQP2)、ATP酶H+转运溶酶体38kDa V0亚基d2(ATP6V0D2)、小清蛋白(PVALB)、跨膜蛋白213(TMEM213)、转铁蛋白、异柠檬酸脱氢酶1(IDH)、3-羟基异丁酸脱氢酶、afenopin、热休克蛋白(HSP)9A、ATP合酶、鸟氨酸氨基转移酶、谷氨酸脱氢酶、磷酸甘油酸变位酶、过氧化氢酶和谷胱甘肽(GSH);
(xiv)转铁蛋白,异柠檬酸脱氢酶1(IDH)和3-羟基异丁酸脱氢酶,其中所述一种或多种生物标志物的表达增加指示衰老;
(xv)afenopin、磷酸甘油酸变位酶和谷胱甘肽(GSH),其中所述一种或多种生物标志物的表达降低指示衰老;
(xvi)载脂蛋白B(APOB)、载脂蛋白A-I(APOA1)、纤维蛋白原γ链(FGG)、补体成分2(C2)、激肽原1(KNG1)、纤维蛋白原α链(FGA)、羟酸氧化酶(乙醇酸氧化酶)1(HAO1)、视黄醇脱氢酶16(全反式)(RDH16)、醛缩酶B、果糖二磷酸(ALDOB)、胆汁酸CoA:氨基酸N-酰基转移酶(甘氨酸N-胆碱基转移酶)(BAAT)、醛酮还原酶家族1成员C4(AKR1C4)、溶质载体家族27(脂肪酸转运蛋白)成员5(SLC27A5)、环氧化物水解酶、3-酮脂酰辅酶A硫解酶A、肌氨酸氧化酶和2,4-二烯酰基还原酶;
(xvii)环氧化物羟化酶、3-酮脂酰辅酶A硫解酶A、肌氨酸氧化酶和2,4-二烯酰基还原酶,其中所述一种或多种生物标志物的表达增加指示衰老;
(xviii)防御素α1(DEFA1)、防御素α1B(DEFA1B)、防御素α3(DEFA3)、防御素α4(DEFA4)、组织蛋白酶G(CTSG)、髓过氧化物酶(MPO)、血红蛋白β(HBB)、血红蛋白α1(HBA1)、血红蛋白α
2(HBA2)、S100钙结合蛋白12(S100A12)、染色体19开放阅读框59(C19orf59)、丙酮酸脱氢酶(硫辛酰胺)β、脂肪酸结合蛋白5、半乳糖凝集素-3、c-突触核蛋白、异源核核糖核蛋白A1、肌球蛋白轻链调控B(Mrlcb)、转凝蛋白、类嘌呤核苷磷酸化酶(punA)、异源核核糖核蛋白A2/B1同种型A2(Hnrpa2b1)、亨廷顿相互作用蛋白K(HYPK)、β-肌动蛋白FE-3(Actg1)、钙调结合蛋白1(Cald1、钙调蛋白-1(Cnn1))、E-FABP FABP)(Fabp5)、加帽蛋白(肌动蛋白丝)、凝溶胶蛋白样(CAPG)、类毛状蛋白样1(cotl1)、钙调蛋白-1(钙调蛋白H1、平滑肌;碱性钙调蛋白)(Cnn1)、纽蛋白(VCL)、VIM、β-原肌球蛋白(TPM2)、转凝蛋白2(Tagln2)、原肌球蛋白1α同种型c(TPM1)、钙调蛋白3酸性(CNN3)、钙调蛋白2同种型a(钙调蛋白2)、F-肌动蛋白加帽蛋白β亚基(Capzb)、α-球蛋白(Hba1)、α-肌动蛋白(aa40-375)(Acta2)、平滑肌蛋白SM22同源物-(片段)(Tagln2)、硫氧还原蛋白2(Txn1)、过氧化氢素2(Prdx2)、过氧化物氧化还原酶5前体(Prdx5)和Cu-Zn超氧化物歧化酶A5(GSTA5);
(xix)脂肪酸结合蛋白5、半乳糖凝集素-3、c-突触核蛋白、异源核核糖核蛋白A1、肌球蛋白轻链调控B、过氧化物氧还蛋白5前体和转凝蛋白;
(xx)β-肌动蛋白FE-3(Actg1)、钙调结合蛋白1(Cald1、钙调蛋白-1(Cnn1))、E-FABP(C-FABP)(Fabp5)、半乳糖凝集素-3(LGALS3)、γ突触核蛋白(Sncg)、异源核核糖核蛋白A1同种型a(HNRPA1)、异源核糖核蛋白A2/B1同种型A2(Hnrpa2b1)、亨廷顿蛋白相互作用蛋白K(HYPK)、肌球蛋白轻链调控B(Mrlcb)、过氧化物氧化还原酶5前体(Prdx5)、类嘌呤核苷磷酸化酶(punA)、丙酮酸脱氢酶(硫辛酰胺)β(PDHB)和转凝蛋白(Tagln);
(xxi)转凝蛋白(Tagln)、加帽蛋白(肌动蛋白丝)、凝溶胶蛋白样(CAPG)、钙调结合蛋白
1(Cald1)、β-肌动蛋白FE-3(Actg1)、类毛状蛋白样1(Cotl1)、钙调蛋白-1(钙调蛋白H1、平滑肌;碱性钙调蛋白)(Cnn1)、纽蛋白(VCL)、VIM、β-原肌球蛋白(TPM2)、肌球蛋白轻链调控B(Mrlcb)、转凝蛋白2(Tagln2)、原肌球蛋白1α同种型c(TPM1)、钙调蛋白3酸性(CNN3)、钙调蛋白2同种型a(钙调蛋白2)、F-肌动蛋白加帽蛋白β亚基(Capzb)、α-球蛋白(Hba1)、α-肌动蛋白(aa40-375)(Acta2)、平滑肌蛋白SM22同源物-牛(片段)(Tagln2)、硫氧还原蛋白2(Txn1)、过氧化氢素2(Prdx2)、过氧化物氧化还原酶5前体(Prdx5)和Cu-Zn超氧化物歧化酶A5(GSTA5);
(xxii)胶原蛋白XVII型α1(COL17A1)、肿瘤蛋白p73(TP73)、角蛋白10(KRT10)、半胱天冬酶14、凋亡相关半胱氨酸肽酶(CASP14)、聚丝蛋白(FLG)、角质细胞富含脯氨酸的蛋白(KPRP)、角膜链蛋白(CDSN)、激肽释放酶相关肽酶5(KLK5)、黑色素-A(MLANA)、多巴色素互变异构酶(DCT)、酪氨酸酶(TYR)、CD1a分子(CD1A)、CD207分子、langerin(CD207)、膜联蛋白A6(ANXA6)、谷氨酰胺tRNA合成酶(QARS)、不依赖阳离子的甘露糖-6-磷酸(IGF2R)、双丝蛋白-2(TWF2)、40S核糖体蛋白S5(RPS5)、推定的前体mRNA剪接因子ATP依赖性RNA解旋酶DHX15(DHX15)、26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基1(PSMD1)、40S核糖体蛋白S29(RPS29)、突触足蛋白-2(SYNPO2)、T-复合蛋白1亚基ζ(CCT6A)、膜联蛋白5(ANXA5)、tRNA剪接连接酶RtcB同系物(C22orf28)、富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)、肌球蛋白轻链多肽6(MYL6)、蛋白磷酸酶1调节亚基7(PPP1R7)、UPF0568蛋白C14orf166(C14orf166)、26蛋白酶体非ATP酶调节亚基14(PSMD14)、丝氨酸羟甲基转移酶线粒体(SHMT2)、热休克70kDa蛋白1A/1B(HSPA1A)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX1(DDX1)、钙调蛋白(CALM1)、AP-2复合亚基α2(AP2A2)、Rho鸟嘌呤核苷交换因子2(ARHGEF2)、膜联蛋白A4(ANXA4)、红细胞带7整合膜蛋白(STOM)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X(DDX3X)、钙蛋白酶小亚基1(CAPNS1)、NAD(P)H脱氢酶[醌]1(NQO1)、蛋白S100-A16(S100A16)、网格蛋白轻链B(CLTB)、脑酸可溶性蛋白1(BASP1)、DnaJ同系物亚家族C成员3(DNAJC3)、AP-2复合亚基α-1(AP2A1)、40S核糖体蛋白(RPS6)、甘氨酰-tRNA合成酶(GARS)、含EH结构域蛋白2(EHD2)、寡核糖核酸酶、线粒体(REXO2)、血小板反应蛋白-1(THBS1)、甘氨酰肽N-十四烷酰转移酶1(NMT1)、腺苷酸环化酶相关蛋白1(CAP1)、热休克相关70kDa蛋白2(HSPA2)、组蛋白H2A型1-A(HIST1H2AA)和T复合蛋白1亚基α(TCP1);
(xxiii)线粒体编码的细胞色素c氧化酶II(MTCO2)、NADH脱氢酶(泛醌)1α亚复合物5(NDUFA5)、NADH脱氢酶(泛醌)1α亚复合物9(NDUFA9)、NADH脱氢酶(泛醌)1α亚复合物10(NDUFA10)和NADH脱氢酶(泛醌)Fe-S蛋白6 13kDa(NADH-辅酶Q还原酶)(NDUFS6),其中所述一种或多种生物标志物的表达降低指示衰老;
(xxiv)膜联蛋白A6(ANXA6)、谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QARS)、不依赖阳离子的甘露糖-
6-磷酸(IGF2R)、双丝蛋白-2(TWF2)、40S核糖体蛋白S5(RPS5)、推定的前体mRNA剪接因子ATP依赖性RNA解旋酶DHX15(DHX15)、26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基1(PSMD1)、40S核糖体蛋白S29(RPS29)、突触足蛋白-2(SYNPO2)、T-复合蛋白1亚基ζ(CCT6A)、膜联蛋白5(ANXA5)、tRNA-剪接连接酶RtcB同系物(C22orf28)、富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)、肌球蛋白轻链多肽6(MYL6)、蛋白磷酸酶1调节亚基7(PPP1R7)、UPF0568蛋白C14orf166(C14orf166)、26蛋白酶体非ATP酶调节亚基14(PSMD14)、丝氨酸羟甲基转移酶线粒体(SHMT2)、热休克70kDa蛋白1A/1B(HSPA1A)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX1(DDX1)、钙调蛋白(CALM1)、AP-2复合亚基α-2(AP2A2)、Rho鸟嘌呤核苷酸核苷交换因子2(ARHGEF2)、膜联蛋白A4(ANXA4)、红细胞带7整合膜蛋白(STOM)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X(DDX3X)、钙蛋白酶小亚基1(CAPNS1)、NAD(P)H脱氢酶[醌]1(NQO1)、蛋白S100-A16(S100A16)、网格蛋白轻链B(CLTB)、脑酸可溶性蛋白1(BASP1)、DnaJ同系物亚家族C成员3(DNAJC3)、AP-2复合亚基α-1(AP2A1)、40S核糖体蛋白(RPS6)、甘氨酰-tRNA合成酶(GARS)、含EH结构域蛋白2(EHD2)、寡核糖核酸酶、线粒体(REXO2)、血小板反应蛋白-1(THBS1)、甘氨酰肽N-十四烷酰转移酶1(NMT1)、腺苷酸环化酶相关蛋白1(CAP1)、热休克相关70kDa蛋白2(HSPA2)、组蛋白H2A型1-A(HIST1H2AA)和T复合蛋白1亚基α(TCP1);
(xxv)膜联蛋白A6(ANXA6)、谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QARS)、不依赖阳离子的甘露糖-
6-磷酸(IGF2R)、推定的mRNA前体剪接因子ATP依赖性RNA解旋酶DHX15(DHX15)、40S核糖体蛋白S29(RPS29)、突触足蛋白-2(SYNPO2)、膜联蛋白5(ANXA5)、富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)、肌球蛋白轻链多肽6(MYL6)、热休克70kDa蛋白1A/1B(HSPA1A)、钙调蛋白(CALM1)、膜联蛋白A4(ANXA4)、红细胞带7整合膜蛋白(STOM)、NAD(P)H脱氢酶[醌]1(NQO1)、网格蛋白轻链B(CLTB)、脑酸可溶性蛋白1(BASP1)、40S核糖体蛋白(RPS6)、含EH结构域蛋白
2(EHD2)、血小板反应蛋白-1(THBS1)、热休克相关70kDa蛋白2(HSPA2),其中所述一种或多种生物标志物的表达增加指示衰老;
(xxvi)双丝蛋白-2(TWF2)、40S核糖体蛋白S5(RPS5)、26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基1(PSMD1)、T复合蛋白1亚基ζ(CCT6A)、tRNA剪接连接酶RtcB同源物(C22orf28)、蛋白磷酸酶1调节亚基7(PPP1R7)、UPF0568蛋白C14orf166(C14orf166)、26蛋白酶体非ATP酶调节亚基14(PSMD14)、丝氨酸羟甲基转移酶线粒体(SHMT2)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX1(DDX1)、AP-2复合亚基α-2(AP2A2)、Rho鸟嘌呤核苷交换因子2(ARHGEF2)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X(DDX3X)、钙蛋白酶小亚基1(CAPNS1)、蛋白S100-A16(S100A16)、DnaJ同系物亚家族C成员3(DNAJC3)、AP-2复合亚基α-1(AP2A1)、甘氨酰tRNA合成酶(GARS)、寡核糖核酸酶、线粒体(REXO2)、甘氨酰肽N-十四烷酰转移酶1(NMT1)、腺苷酸环化酶相关蛋白1(CAP1)、组蛋白H2A型1-A(HIST1H2AA)和T复合蛋白1亚基α(TCP1),其中所述一种或多种生物标志物的表达降低指示衰老;或者
(xxv)Abcg1、Abra、Actn3、Alas2、Alox15、Angptl4、Apod、Apold1、Arc、Arhgap24、Arl4c、Arntl、Arrdc2、Asb5、Atf3、Bag2、Bcl11a、Bcl6、Bdh1、Bdnf、Best3、Bhlhe40、Calhm1、Calml3、Car12、Ccl5、Cd74、Cdc42se1、Chac1、Chst5、Ciart、Cidec、Cish、Cited4、Ckap4、Cldn2、Clic6、Cpt1a、Csrnp1、Cxcl13、Dbp、Dnajb5、Dynll1、Dyrk2、Edn1、Egr1、Egr3、Elfn1、Emb、Enah、Fam107b、Fam110a、Fam134b、Fam167a、Fam46a、Fasn、Fgfr3、Fhl2、Fos、Fosb、Frk、Fst、Gdf15、Gem、Gngt1、Gnl3、Hba1、Hba2、Hbb、Hbb-b1、Hbegf、Hmox1、Hpdl、Hspa1b、Id4、Il2rb、Irs1、Irs2、Junb、Jund、Kbtbd8、Kcnk5、Kctd7、Kirrel2、Ky、Lamc2、Lipg、LOC689064、Lonrf3、Lrrc38、Lrrc52、Lrrn2、Lsr、Maff、Mchr1、Mfrp、Mllt11、Mns1、Mogat1、Mphosph6、Mpz、Muc20、Mybpc2、Myf6、Myh1、Myh2、Myh4、Myocd、Nedd9、Nfil3、Nkg7、Nr1d1、Nr4a2、Nr4a3、Ntf4、Nuak1、Parp16、Pdc、Pde7a、Pfkfb2、Pfkfb3、Pgam1、Phlda1、Pik3ip1、Plk3、Postn、Ppargc1a、Ppp1r14c、Pragmin、Prf1、Ptpn14、Pvalb、Rab23、Rab30、Rbm20、Rcan1、Rell1、Rfx1、RGD1307461、RGD1309676、RGD1359290、RGD1564428、Rhpn2、Rn45s、Rnd1、Rp1、Rrad、RT1-Ba、RT1-Bb、RT1-Da、RT1-Db1、Rtn4rl1、Scd1、Sdc4、Sec14l5、Siglec5、Sik1、Slc18a2、Slc2a5、Slc30a4、Slc4a1、Slc4a5、Slpi、Smad7、Snhg4、Spag8、Stc1、Sv2c、Terf2ip、Thrsp、Tmc8、Tmem171、Tmx4、Tnfrsf12a、Tnni2、Ttc30b、Txnip、Ucp3、Unc5b、Zfp112、Zfp13、Zfp385b、Zfp474、Zfyve28、Zic1和Zmynd10。
17.根据权利要求1-16中任一项所述的方法,其中
(i)所述一种或多种生物标志物的表达增加是性别特异性的;
(ii)所述生物标志物是ATP合酶,并且在衰老雄性中所述ATP合酶的表达上调;
(iii)所述生物标志物是过氧化氢酶,并且在衰老雄性中所述过氧化氢酶的表达下调;
(iv)所述生物标志物是ATP合酶,并且在衰老雌性中所述ATP合酶的表达下调;
(v)所述生物标志物是鸟氨酸转氨酶,并且在衰老雌性中所述鸟氨酸氨基转移酶的表达上调;或者
(vi)所述生物标志物是谷氨酸脱氢酶,并且在衰老雌性中所述谷氨酸脱氢酶的表达下调。
18.根据权利要求1-17中任一项所述的方法,其中所述一种或多种转录物是
(i)使用转录物阵列分析鉴定;
(ii)在骨骼肌、脑、心脏、肾脏、肝脏、骨髓或皮肤中表达;或者
(iii)选自以下:
(A)肌球蛋白轻链3(MLCF3)、肌球蛋白轻链多肽2(慢)、肌球蛋白轻链1(MLC1F)、肌球蛋白结合蛋白C(MYBPC1)、肌球蛋白结合蛋白H、α肌动蛋白(片段)、肌动蛋白(骨骼肌)、肌动蛋白α(心脏)、肌钙蛋白T类Iaα-1、肌钙蛋白T类IIaβ-1、肌钙蛋白Tβ/α、capZβ、结蛋白、凝溶胶蛋白(胞质溶胶)、β-微管蛋白、p23、磷酸丙糖异构酶1、糖基化酶I、乙二醛酶I、烯醇酶3(β肌肉)、甘油3-P脱氢酶、异柠檬酸脱氢酶3(NAD+)、细胞色素c氧化酶(多肽Va)、肌酸激酶(肌肉形式)、Cu/Zn超氧化物歧化酶、铁蛋白重链(H-铁蛋白)、醛脱氢酶(线粒体)、谷胱甘肽转移酶(ω-1)、热休克20kDa蛋白(Hsp20)、热休克27kDa蛋白(Hsp27)、二硫键异构酶ER60(ERp57)、14-3-3蛋白、鸟嘌呤脱氨酶(鸟嘌呤酶)、Rho-GDI(α)、磷酸组氨酸磷酸酶、mRNA加帽酶、类似apobec2蛋白、半乳糖凝集素1、白蛋白、维生素D结合蛋白前肽、蛋白激酶C相互作用蛋白1、RIKEN cDNA 1700012G19、肌球蛋白重链2(MYH2)、肌钙蛋白T 1型(TNNT1)、利阿诺定受体1(骨架)(RYR1)、肌集钙蛋白1(快缩,骨骼肌)(CASQ1)、亲联蛋白1(JPH1)、腺苷单磷酸脱氨酶(AMPD1)、磷酸化酶糖原肌肉(PYGM)和烯醇酶3(β,肌肉)(ENO3);
(B)MLCF3、肌球蛋白轻链多肽2(慢)、MLC1F、肌球蛋白结合蛋白C、肌球蛋白结合蛋白H、α肌动蛋白(片段)、肌动蛋白(骨骼肌)、肌动蛋白α(心脏)、肌钙蛋白T类IIaβ-1、肌钙蛋白Tβ/α、capZβ、磷酸丙糖异构酶1、糖基化酶I、乙二醛酶I、烯醇酶3(β肌肉)、甘油3-P脱氢酶、异柠檬酸脱氢酶3(NAD+)、细胞色素c氧化酶(多肽Va)、肌酸激酶(肌肉形式)、Cu/Zn超氧化物歧化酶、磷酸组氨酸磷酸酶、蛋白激酶C相互作用蛋白-1和RIKEN cDNA 1700012G19,其中所述一种或多种转录物的表达降低指示衰老;
(C)肌钙蛋白T类Iaα-1、肌钙蛋白T类IIaβ-1、结蛋白、凝溶胶蛋白(胞质溶胶)、β-微管蛋白、p23、铁蛋白重链(H-铁蛋白)、醛脱氢酶(线粒体)、谷胱甘肽转移酶(ω-1)、Hsp20、Hsp20、二硫键异构酶ER60(ERp57)、14-3-3蛋白、鸟嘌呤脱氨酶(鸟嘌呤酶)、Rho-GDI(α)、mRNA加帽酶、类似apobec2蛋白、半乳糖凝集素1、白蛋白、维生素D结合蛋白前肽,其中所述一种或多种生物标志物的表达增加指示衰老;
(D)肉豆蔻酰化的富含丙氨酸的C-激酶底物、α-互连蛋白、甲基-CpG-结合蛋白2的同种型B、组蛋白H1.4、血清白蛋白的同种型1、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白G(1)/G(S)/G(T)亚基β-1、腺苷酸激酶1、果糖二磷酸醛缩酶A、腱生蛋白-R、丛生蛋白的同种型2、突触传递、阳离子转运、髓磷脂蛋白脂质蛋白的同种型1、神经调理素、二氢嘧啶酶相关蛋白2、二氢蝶啶还原酶、基质蛋白-3、α-烯醇酶、凝溶胶蛋白的同种型1、淀粉样蛋白βA4蛋白(片段)APP714的APP同种型、膜联蛋白A6、微管相关蛋白tau的同种型tau-E、MAP1A 331kDa蛋白、成神经细胞分化相关蛋白AH NAK、细胞周期出口和神经元分化蛋白1、甘油醛-3-磷酸脱氢酶、HIST1H1D、谷酰胺酶肾同种型的KGA同种型、超氧化物歧化酶(Mn)(SOD2)、髓磷脂碱性蛋白(MBP)的同种型1和波形蛋白(VIM);
(E)淀粉样蛋白β(A4)前体蛋白(APP)、肉豆蔻酰化的富含丙氨酸的C-激酶底物
(MARCKS)、互联蛋白神经元中间丝蛋白α(INA)、甲基CpG结合蛋白(MECP)、组蛋白簇1H1e(HIST1H1E)、白蛋白(ALB)、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白)β多肽(GNB1)、腺苷酸激酶1(AK1)、醛糖A果糖二磷酸(ALDOA)、腱生蛋白R(TNR)、丛生蛋白(CLU)、突触蛋白1(SYN1)、ATP合酶、H+转运、线粒体F1复合物、α亚基1、心肌(ATP5A1)、蛋白脂质蛋白1(PLP1)、生长相关蛋白43(GAP43)、二氢嘧啶酶-样2(DPYSL2)、醌型二氢蝶啶还原酶(QDPR)、基质蛋白3(MATR3)、烯醇酶1(α)(ENO1)、凝溶胶蛋白(GSN)、膜联蛋白A6(ANXA6)、微管相关蛋白tau(MAPT)、微管相关蛋白1A(MAP1A)、AHNAK核蛋白、细胞周期出口和神经元分化1(CEND1)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、组蛋白簇1、H1d(HIST1H1D)、谷氨酰胺酶(GLS)、超氧化物歧化酶(SOD2)、MBP、VIM、ELAV样蛋白3(ELAVL3)、神经颗粒素(NRGN)、受体表达增强蛋白2(REEP2)、谷氨酸脱羧酶1(GAD1)、原钙粘蛋白α-1(PCDHA1)、胶质纤维酸性蛋白(GFAP)、S100钙结合蛋白(S100B)、序列相似性19家族(趋化因子(C-C-基序)-样)成员A1(FAM19A1)、水通道蛋白4(AQP4)、c型凝集素结构域家族2成员L(CLEC2L)、神经丝三联体L蛋白(NF-L)、过氧化物氧还蛋白(EC 1.11.1.)、乌头酸水合酶(EC 4.2.1.3)、烯醇酶2(EC 4.2.1.11)和T复合蛋白1;
(F)淀粉样蛋白β(A4)前体蛋白(APP)、marcks、互联蛋白神经元中间丝蛋白α(INA)、甲基CpG结合蛋白(MECP)、组蛋白簇1H1e(HIST1H1E)、白蛋白(ALB)、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白)β多肽(GNB1)、腺苷酸激酶1(AK1)、醛糖A果糖二磷酸(ALDOA)、腱生蛋白R(TNR)和丛生蛋白(CLU);
(G)蛋白脂质蛋白1(PLP1),生长相关蛋白43(GAP43),二氢嘧啶酶样2(DPYSL2),醌二氢喋呤还原酶(QDPR),基质蛋白3(MATR3),烯醇酶1α(ENO1)和凝溶胶蛋白(GSN);
(H)微管相关蛋白tau(MAPT)、微管相关蛋白1A(MAP1A)、AHNAK核蛋白、细胞周期出口和神经元分化1(CEND1)和甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH);
(I)神经丝三联体L蛋白(NF-L)、过氧化物氧还蛋白(EC 1.11.1)、乌头酸水合酶(EC 
4.2.1.3)、烯醇酶2(EC 4.2.1.11)和T-复合蛋白1;
(J)肌球蛋白重链6心肌α(MYH6)、肌动蛋白α心肌1(ACTC1)、肌钙蛋白I型3(心脏)(TNNI3)、钠尿肽A(NPPA)、A激酶(PRKA)锚定蛋白6(AKAP6)、巢蛋白(NES)、ATP酶Na+K+转运α
3多肽(ATP1A3)、钙粘蛋白2型1N-钙粘蛋白(神经元)(CDH2)、桥粒斑菲素蛋白2(PKP2)、ATP合酶亚基d(Atp5h)、ATP合酶亚基o(Atp5o)、ATP合酶亚基δ(Atp5d)、ATP合酶亚基α(Atp5a1)、ATP合酶亚基β(Atp5b)、细胞色素c(Cycs)、线粒体丙酮酸脱氢酶E1组分β亚基(Pdhb)、磷酸甘油酸激酶1(Pgk1)、热休克蛋白70(Hspa9)、60kDa热休克蛋白(Hspd1)、结蛋白(Desm)、肌钙蛋白T2(Tnnt2)、原肌球蛋白α1(Tpm1)、电压依赖性阴离子通道-1(Vdac1)和延伸因子2(Eef2);
(K)ATP合酶亚基d(Atp5h)、ATP合酶亚基o(Atp5o)、ATP合酶亚基δ(Atp5d)、ATP合酶亚基α(Atp5a1)、ATP合酶亚基β(Atp5b)、细胞色素c(Cycs)、线粒体丙酮酸脱氢酶E1组分β亚基(Pdhb)、磷酸甘油酸激酶1(Pgk1)、热休克蛋白70(Hspa9)、60kDa热休克蛋白(Hspd1)、结蛋白(Desm)、肌钙蛋白T2(Tnnt2)、原肌球蛋白α1(Tpm1)、电压依赖性阴离子通道-1(Vdac1)和延伸因子2(Eef2);
其中任选地,所述生物标志物是延伸因子2(Eef2)并且Eef2的表达的增加指示衰老;
(L)ATP合酶亚基α(Atp5a1)、ATP合酶亚基β(Atp5b)、细胞色素c(Cycs)、线粒体丙酮酸脱氢酶E1组分β亚基(Pdhb)、磷酸甘油酸激酶1(Pgk1)、热休克蛋白70(Hspa9)、结蛋白(Desm)、肌钙蛋白T2(Tnnt2)、原肌球蛋白α1(Tpm1)、电压依赖性阴离子通道-1(Vdac1),其中所述一种或多种转录物的表达降低指示衰老;
(M)膜蛋白(NPHS2)、肾病蛋白(NPHS1)、IRRE类似物(NEPH1或KIRREL)、足细胞标记蛋白样(PODXL)、成纤维细胞生长因子1FGF1)、粒状生胶家族成员2(CRB2)、溶质载体家族22(有机阴离子转运蛋白)成员8(SLC22A8)、溶质载体家族22(有机阴离子转运蛋白)成员13(SLC22A13)、氨基羧基粘康酸半醛脱羧酶(ACMSD)、胍丁胺精胺脲水解酶(AGMAT)、甜菜碱高半胱氨酸S-甲基转移酶(BHMT)、染色体11开放阅读框54(C11orf54)、钙粘蛋白6、2型K-钙粘蛋白(胎儿肾脏)(CDH6)、二氢嘧啶酶(DPYS)、γ-谷氨酰转移酶1(GGT1)、4-羟基苯基丙酮酸双加氧酶(HPD)、热反应蛋白12(HRSP12)、低密度脂蛋白受体相关蛋白2(LRP2)、丙酮酸激酶、肝脏和RBC(PKLR)、X-脯氨酰氨肽酶(氨肽酶P)2、膜结合(XPNPEP2)、尿调节素(UMOD)、钙结合蛋白(CALB1)、溶质载体家族12(钠/钾/氯化物转运蛋白)成员1(SLC12A1)、溶质载体家族12(钠/氯化物转运蛋白)成员3(SLC12A3)、钙敏感受体(CASR)、水通道蛋白(AQP2)、ATP酶H+转运溶酶体38kDa V0亚基d2(ATP6V0D2)、小清蛋白(PVALB)、跨膜蛋白213(TMEM213)、转铁蛋白、异柠檬酸脱氢酶1(IDH)、3-羟基异丁酸脱氢酶、afenopin、热休克蛋白(HSP)9A、ATP合酶、鸟氨酸氨基转移酶、谷氨酸脱氢酶、磷酸甘油酸变位酶、过氧化氢酶和谷胱甘肽(GSH);
(N)转铁蛋白,异柠檬酸脱氢酶1(IDH)和3-羟基异丁酸脱氢酶,其中所述一种或多种转录物的表达增加指示衰老;
(O)afenopin、磷酸甘油酸变位酶和谷胱甘肽(GSH),其中所述一种或多种转录物的表达降低指示衰老;
(P)载脂蛋白B(APOB)、载脂蛋白A-I(APOA1)、纤维蛋白原γ链(FGG)、补体成分2(C2)、激肽原1(KNG1)、纤维蛋白原α链(FGA)、羟酸氧化酶(乙醇酸氧化酶)1(HAO1)、视黄醇脱氢酶
16(全反式)(RDH16)、醛缩酶B、果糖二磷酸(ALDOB)、胆汁酸CoA:氨基酸N-酰基转移酶(甘氨酸N-胆碱基转移酶)(BAAT)、醛酮还原酶家族1成员C4(AKR1C4)、溶质载体家族27(脂肪酸转运蛋白)成员5(SLC27A5)、环氧化物水解酶、3-酮脂酰辅酶A硫解酶A、肌氨酸氧化酶和2,4-二烯酰基还原酶;
(Q)环氧化物羟化酶、3-酮脂酰辅酶A硫解酶A、肌氨酸氧化酶和2,4-二烯酰基还原酶,其中所述一种或多种转录物的表达增加指示衰老;
(R)防御素α1(DEFA1)、防御素α1B(DEFA1B)、防御素α3(DEFA3)、防御素α4(DEFA4)、组织蛋白酶G(CTSG)、髓过氧化物酶(MPO)、血红蛋白β(HBB)、血红蛋白α1(HBA1)、血红蛋白α2(HBA2)、S100钙结合蛋白12(S100A12)、染色体19开放阅读框59(C19orf59)、丙酮酸脱氢酶(硫辛酰胺)β、脂肪酸结合蛋白5、半乳糖凝集素-3、c-突触核蛋白、异源核核糖核蛋白A1、肌球蛋白轻链调控B(Mrlcb)、转凝蛋白、类嘌呤核苷磷酸化酶(punA)、异源核核糖核蛋白A2/B1同种型A2(Hnrpa2b1)、亨廷顿相互作用蛋白K(HYPK)、β-肌动蛋白FE-3(Actg1)、钙调结合蛋白1(Cald1、钙调蛋白-1(Cnn1))、E-FABP FABP)(Fabp5)、加帽蛋白(肌动蛋白丝)、凝溶胶蛋白样(CAPG)、类毛状蛋白样1(Cotl1)、钙调蛋白-1(钙调蛋白H1、平滑肌;碱性钙调蛋白)(Cnn1)、纽蛋白(VCL)、VIM、β-原肌球蛋白(TPM2)、转凝蛋白2(Tagln2)、原肌球蛋白1α同种型c(TPM1)、钙调蛋白3酸性(CNN3)、钙调蛋白2同种型a(钙调蛋白2)、F-肌动蛋白加帽蛋白β亚基(Capzb)、α-球蛋白(Hba1)、α-肌动蛋白(aa40-375)(Acta2)、平滑肌蛋白SM22同源物-牛(片段)(Tagln2)、硫氧还原蛋白2(Txn1)、过氧化氢素2(Prdx2)、过氧化物氧化还原酶5前体(Prdx5)和Cu-Zn超氧化物歧化酶A5(GSTA5);
(S)脂肪酸结合蛋白5、半乳糖凝集素-3、c-突触核蛋白、异源核核糖核蛋白A1、肌球蛋白轻链调控B、过氧化物氧还蛋白5前体和转凝蛋白;
(T)β-肌动蛋白FE-3(Actg1)、钙调结合蛋白1(Cald1、钙调蛋白-1(Cnn1))、E-FABP(C-FABP)(Fabp5)、半乳糖凝集素-3(LGALS3)、γ突触核蛋白(Sncg)、异源核核糖核蛋白A1同种型a(HNRPA1)、异源核糖核蛋白A2/B1同种型A2(Hnrpa2b1)、亨廷顿蛋白相互作用蛋白K(HYPK)、肌球蛋白、轻链调控B(Mrlcb)、过氧化物氧化还原酶5前体(Prdx5)、类嘌呤核苷磷酸化酶(punA)、丙酮酸脱氢酶(硫辛酰胺)β(PDHB)和转凝蛋白(Tagln);
(U)转凝蛋白(Tagln)、加帽蛋白(肌动蛋白丝)、凝溶胶蛋白样(CAPG)、钙调结合蛋白1(Cald1)、β-肌动蛋白FE-3(Actg1)、类毛状蛋白样1(Cotl1)、钙调蛋白-1(钙调蛋白H1、平滑肌;碱性钙调蛋白)(Cnn1)、纽蛋白(VCL)、VIM、β-原肌球蛋白(TPM2)、肌球蛋白轻链调控B(Mrlcb)、转凝蛋白2(Tagln2)、原肌球蛋白1α同种型c(TPM1)、钙调蛋白3酸性(CNN3)、钙调蛋白2同种型a(钙调蛋白2)、F-肌动蛋白加帽蛋白β亚基(Capzb)、α-球蛋白(Hba1)、α-肌动蛋白(aa40-375)(Acta2)、平滑肌蛋白SM22同源物-牛(片段)(Tagln2)、硫氧还原蛋白2(Txn1)、过氧化氢素2(Prdx2)、过氧化物氧化还原酶5前体(Prdx5)和Cu-Zn超氧化物歧化酶A5(GSTA5);
(V)胶原蛋白XVII型α1(COL17A1)、肿瘤蛋白p73(TP73)、角蛋白10(KRT10)、半胱天冬酶
14、凋亡相关半胱氨酸肽酶(CASP14)、聚丝蛋白(FLG)、角质细胞富含脯氨酸的蛋白(KPRP)、角膜锁链蛋白(CDSN)、激肽释放酶相关肽酶5(KLK5)、黑色素-A(MLANA)、多巴色素互变异构酶(DCT)、酪氨酸酶(TYR)、CD1a分子(CD1A)、CD207分子、langerin(CD207)、膜联蛋白A6(ANXA6)、谷氨酰胺tRNA合成酶(QARS)、不依赖阳离子的甘露糖-6-磷酸(IGF2R)、双丝蛋白-
2(TWF2)、40S核糖体蛋白S5(RPS5)、推定的前体mRNA剪接因子ATP依赖性RNA解旋酶DHX15(DHX15)、26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基1(PSMD1)、40S核糖体蛋白S29(RPS29)、突触足蛋白-2(SYNPO2)、T-复合蛋白1亚基ζ(CCT6A)、膜联蛋白5(ANXA5)、tRNA剪接连接酶RtcB同系物(C22orf28)、富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)、肌球蛋白轻链多肽6(MYL6)、蛋白磷酸酶1调节亚基7(PPP1R7)、UPF0568蛋白C14orf166(C14orf166)、26蛋白酶体非ATP酶调节亚基14(PSMD14)、丝氨酸羟甲基转移酶线粒体(SHMT2)、热休克70kDa蛋白1A/1B(HSPA1A)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX1(DDX1)、钙调蛋白(CALM1)、AP-2复合亚基α2(AP2A2)、Rho鸟嘌呤核苷交换因子2(ARHGEF2)、膜联蛋白A4(ANXA4)、红细胞带7整合膜蛋白(STOM)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X(DDX3X)、钙蛋白酶小亚基1(CAPNS1)、NAD(P)H脱氢酶[醌]1(NQO1)、蛋白S100-A16(S100A16)、网格蛋白轻链B(CLTB)、脑酸可溶性蛋白1(BASP1)、DnaJ同系物亚家族C成员3(DNAJC3)、AP-2复合亚基α-1(AP2A1)、40S核糖体蛋白(RPS6)、甘氨酰-tRNA合成酶(GARS)、含EH结构域蛋白2(EHD2)、寡核糖核酸酶、线粒体(REXO2)、血小板反应蛋白-1(THBS1)、甘氨酰肽N-十四烷酰转移酶1(NMT1)、腺苷酸环化酶相关蛋白1(CAP1)、热休克相关70kDa蛋白2(HSPA2)、组蛋白H2A型1-A(HIST1H2AA)和T复合蛋白1亚基α(TCP1);
(W)线粒体编码的细胞色素c氧化酶II(MTCO2)、NADH脱氢酶(泛醌)1α亚复合物5
(NDUFA5)、NADH脱氢酶(泛醌)1α亚复合物9(NDUFA9)、NADH脱氢酶(泛醌)1α亚复合物10(NDUFA10)和NADH脱氢酶(泛醌)Fe-S蛋白6 13kDa(NADH-辅酶Q还原酶)(NDUFS6),其中所述一种或多种转录物的表达降低指示衰老;
(X)膜联蛋白A6(ANXA6)、谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QARS)、不依赖阳离子的甘露糖-6-磷酸(IGF2R)、双丝蛋白-2(TWF2)、40S核糖体蛋白S5(RPS5)、推定的前体mRNA剪接因子ATP依赖性RNA解旋酶DHX15(DHX15)、26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基1(PSMD1)、40S核糖体蛋白S29(RPS29)、突触足蛋白-2(SYNPO2)、T-复合蛋白1亚基ζ(CCT6A)、膜联蛋白5(ANXA5)、tRNA-剪接连接酶RtcB同系物(C22orf28)、富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)、肌球蛋白轻链多肽6(MYL6)、蛋白磷酸酶1调节亚基7(PPP1R7)、UPF0568蛋白C14orf166(C14orf166)、26蛋白酶体非ATP酶调节亚基14(PSMD14)、丝氨酸羟甲基转移酶线粒体(SHMT2)、热休克70kDa蛋白1A/1B(HSPA1A)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX1(DDX1)、钙调蛋白(CALM1)、AP-2复合亚基α-2(AP2A2)、Rho鸟嘌呤核苷酸核苷交换因子2(ARHGEF2)、膜联蛋白A4(ANXA4)、红细胞带7整合膜蛋白(STOM)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X(DDX3X)、钙蛋白酶小亚基1(CAPNS1)、NAD(P)H脱氢酶[醌]1(NQO1)、蛋白S100-A16(S100A16)、网格蛋白轻链B(CLTB)、脑酸可溶性蛋白1(BASP1)、DnaJ同系物亚家族C成员3(DNAJC3)、AP-2复合亚基α-1(AP2A1)、40S核糖体蛋白(RPS6)、甘氨酰-tRNA合成酶(GARS)、含EH结构域蛋白2(EHD2)、寡核糖核酸酶、线粒体(REXO2)、血小板反应蛋白-1(THBS1)、甘氨酰肽N-十四烷酰转移酶1(NMT1)、腺苷酸环化酶相关蛋白1(CAP1)、热休克相关70kDa蛋白2(HSPA2)、组蛋白H2A型1-A(HIST1H2AA)和T复合蛋白1亚基α(TCP1);
(Y)膜联蛋白A6(ANXA6)、谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QARS)、不依赖阳离子的甘露糖-6-磷酸(IGF2R)、推定的mRNA前体剪接因子ATP依赖性RNA解旋酶DHX15(DHX15)、40S核糖体蛋白S29(RPS29)、突触足蛋白-2(SYNPO2)、膜联蛋白5(ANXA5)、富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)、肌球蛋白轻链多肽6(MYL6)、热休克70kDa蛋白1A/1B(HSPA1A)、钙调蛋白(CALM1)、膜联蛋白A4(ANXA4)、红细胞带7整合膜蛋白(STOM)、NAD(P)H脱氢酶[醌]1(NQO1)、网格蛋白轻链B(CLTB)、脑酸可溶性蛋白1(BASP1)、40S核糖体蛋白(RPS6)、含EH结构域蛋白
2(EHD2)、血小板反应蛋白-1(THBS1)、热休克相关70kDa蛋白2(HSPA2),其中所述一种或多种转录物的表达增加指示衰老;
(Z)双丝蛋白-2(TWF2)、40S核糖体蛋白S5(RPS5)、26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基1(PSMD1)、T复合蛋白1亚基ζ(CCT6A)、tRNA剪接连接酶RtcB同源物(C22orf28)、蛋白磷酸酶1调节亚基7(PPP1R7)、UPF0568蛋白C14orf166(C14orf166)、26蛋白酶体非ATP酶调节亚基14(PSMD14)、丝氨酸羟甲基转移酶线粒体(SHMT2)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX1(DDX1)、AP-2复合亚基α-2(AP2A2)、Rho鸟嘌呤核苷交换因子2(ARHGEF2)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X(DDX3X)、钙蛋白酶小亚基1(CAPNS1)、蛋白S100-A16(S100A16)、DnaJ同系物亚家族C成员3(DNAJC3)、AP-2复合亚基α-1(AP2A1)、甘氨酰tRNA合成酶(GARS)、寡核糖核酸酶、线粒体(REXO2)、甘氨酰肽N-十四烷酰转移酶1(NMT1)、腺苷酸环化酶相关蛋白1(CAP1)、组蛋白H2A型1-A(HIST1H2AA)和T复合蛋白1亚基α(TCP1),其中所述一种或多种转录物的表达降低指示衰老;或者
(AA)Abcg1、Abra、Actn3、Alas2、Alox15、Angptl4、Apod、Apold1、Arc、Arhgap24、Arl4c、Arntl、Arrdc2、Asb5、Atf3、Bag2、Bcl11a、Bcl6、Bdh1、Bdnf、Best3、Bhlhe40、Calhm1、Calml3、Car12、Ccl5、Cd74、Cdc42se1、Chac1、Chst5、Ciart、Cidec、Cish、Cited4、Ckap4、Cldn2、Clic6、Cpt1a、Csrnp1、Cxcl13、Dbp、Dnajb5、Dynll1、Dyrk2、Edn1、Egr1、Egr3、Elfn1、Emb、Enah、Fam107b、Fam110a、Fam134b、Fam167a、Fam46a、Fasn、Fgfr3、Fhl2、Fos、Fosb、Frk、Fst、Gdf15、Gem、Gngt1、Gnl3、Hba1、Hba2、Hbb、Hbb-b1、Hbegf、Hmox1、Hpdl、Hspa1b、Id4、Il2rb、Irs1、Irs2、Junb、Jund、Kbtbd8、Kcnk5、Kctd7、Kirrel2、Ky、Lamc2、Lipg、LOC689064、Lonrf3、Lrrc38、Lrrc52、Lrrn2、Lsr、Maff、Mchr1、Mfrp、Mllt11、Mns1、Mogat1、Mphosph6、Mpz、Muc20、Mybpc2、Myf6、Myh1、Myh2、Myh4、Myocd、Nedd9、Nfil3、Nkg7、Nr1d1、Nr4a2、Nr4a3、Ntf4、Nuak1、Parp16、Pdc、Pde7a、Pfkfb2、Pfkfb3、Pgam1、Phlda1、Pik3ip1、Plk3、Postn、Ppargc1a、Ppp1r14c、Pragmin、Prf1、Ptpn14、Pvalb、Rab23、Rab30、Rbm20、Rcan1、Rell1、Rfx1、RGD1307461、RGD1309676、RGD1359290、RGD1564428、Rhpn2、Rn45s、Rnd1、Rp1、Rrad、RT1-Ba、RT1-Bb、RT1-Da、RT1-Db1、Rtn4rl1、Scd1、Sdc4、Sec14l5、Siglec5、Sik1、Slc18a2、Slc2a5、Slc30a4、Slc4a1、Slc4a5、Slpi、Smad7、Snhg4、Spag8、Stc1、Sv2c、Terf2ip、Thrsp、Tmc8、Tmem171、Tmx4、Tnfrsf12a、Tnni2、Ttc30b、Txnip、Ucp3、Unc5b、Zfp112、Zfp13、Zfp385b and Zfp474、Zfyve28、Zic1和Zmynd10。

说明书全文

胎盘来源的干细胞及其用于恢复再生引擎、纠正蛋白质组缺

陷并延长衰老个体寿命的用途

[0001] 相关申请的交叉引用
[0002] 本申请要求于2015年5月28日提交的美国临时专利申请第62/167,786号的优先权,其全部内容通过引用并入本文。

技术领域

[0003] 本发明部分地涉及使用干细胞如胎盘来源的干细胞(PDSC)通过例如恢复再生引擎来减少衰老的影响,从而延长衰老个体的寿命和生活质量,再生引擎是通过重建和更新
受损和患病的组织和器官并且恢复这些组织和器官中存在的合成库的干细胞和祖细胞群
驱动的复杂生理系统。例如,本文提供了用于随时间维持或增加个体组织中干细胞数量与
分化细胞数量的比例的方法,包括向个体施用有效量的干细胞(例如PDSC)群,其中所述比
例与对照个体的组织中干细胞数量与分化细胞数量的比例相比随时间维持或增加。进一步
提供了随时间维持或增加个体组织中干细胞数量的方法,包括向个体施用有效量的干细胞
(例如PDSC)群,其中个体组织中干细胞数量与对照个体的相同组织中的干细胞数量相比,
随时间维持或增加。本文还提供了改变存在于个体组织中的衰老干细胞的表型或蛋白质组
的方法,其包括向个体施用有效量的干细胞(例如PDSC)群,其中所述量有效改变衰老干细
胞的环境小生境使得与对照个体组织中存在的干细胞的表型相比,干细胞的表型或蛋白质
组被改变。

发明内容

[0004] 衰老过程代表个体的生理解剖质量和表现的复杂下降,其特征在于损伤和/或疾病后恢复和修复的能降低。这导致分子和微观缺陷的累积,这些缺陷可以被认为是结合
到老年个体中观察到的宏观表型变化中。这些变化可见于例如老年个体的皮肤中,具有较
小的弹性、减少的膨胀、不规则的质地和颜色,并且损伤后修复能力减弱,而新生个体具有高弹性、具有正常的组织膨胀并且颜色和质地保持非常一致,迅速且功能正常地修复损伤。
Varani et al.(Am J Pathol 2006,168(6):1861-1868)报道,年龄衰老的皮肤中的胶原产
生与年轻的皮肤明显不同。
[0005] 这些变化还可以在软骨系统的组织中看到,其随着年龄而变化并且在老年个体与年轻个体中产生不同范围的蛋白质。有人提出,蛋白质组中的这种差异是老年人软骨组织
中可见的生物力学变化的主要原因。
[0006] Manavalan et al.(Exp Mol Med,2013,45:e39)报道了衰老脑蛋白质组的变化,推测950个蛋白质中有31个显著改变。大多数差异调理蛋白涉及分子运输、神经系统发育、突触可塑性和细胞凋亡。特别地,诸如凝溶胶蛋白(GSN),生蛋白-R(TNR)和AHNAK的蛋白质可能充当与衰老相关的神经变性的新型生物标志物,此外,依赖于蛋白酶系统的蛋白质
周转可能是与年龄相关的痴呆中变化的原因。
[0007] Piec et al.(FASEB J 2005,19:1143-1145)报道了差异蛋白质表达随年龄发生,并且在本文中提出,衰老过程中发生的骨骼肌量和功能的逐渐下降可以通过引入来自年轻
源的细胞来逆转或改善。
[0008] 这些变化发生在所有组织中,并且反映组织中存在的未损伤的干细胞和祖细胞群体(组织的“再生引擎”的燃料)的数量变化。它是保持全部可转录基因组的完整和全部合成库、能够增殖和分化修复、更新老年个体组织并恢复与年轻表现一致的功能状态的完好无
损的干细胞和祖细胞。Chaves et al.(J Proteome Res 2013,12(10):4532-4546)通过比
较蛋白质组学分析显示,衰老的肌肉比年轻的肌肉表现出非常不同的蛋白质组,并且这与
组织的某些性能属性的下降有关。
[0009] 干细胞通过能够分化或成熟为成熟表型的各种高度特化的细胞类型而保留其独特的再生能力。这种以通用方式进行区分的过程被称为“多能性”,其是指干细胞分裂并产生表型上不同于来源的子代的能力。这种分裂既可以是不对称的发生,也可以是对称的发
生。不对称分裂产生彼此不同的子细胞。分化或专化的过程是非常特定的分子信号传导
事件的结果,并且以这些分化细胞读取和转录其DNA上的区域的方式变化,导致特定基因产物的表达和改变的蛋白质组。如本文所用,“蛋白质组”是在特定时间由基因组、细胞组织或生物体表达的全组蛋白质。更具体地说,蛋白质组是在给定时间在确定的条件下给定类型
的细胞或生物体中表达的蛋白质组。
[0010] 因此,随时间,分化细胞专门化并失去产生低分化干细胞蛋白质组库的能力。与年轻个体相比,这种成熟的特化细胞产生整个可转录基因组的能力的下降导致老年个体的蛋白质组的缺失。衰老过程的特征可在于干细胞和祖细胞的数量不足,其可用于更新和革新
生物体组织以响应衰老、损伤或疾病(或其组合),导致由于专门化组织中存在的成熟的、分化的细胞的蛋白质组亏损,丧失了产生完全转录的人类基因组中可获得的完整蛋白质组库
的能力。
[0011] 恢复再生引擎的完整性并纠正高龄发生的蛋白质组亏缺的能力在于以治疗方式递送活的、增殖的和合成活性的干细胞和祖细胞的能力。
[0012] 因此,本发明部分地提供了恢复和产生高度增殖和蛋白质组学完整的干细胞和祖细胞(例如源自胎盘)群的方法和机制。在某些实施方案中,本文提供的方法还包括加工和/或制造大量这些细胞,其质量必须在冷冻保存条件下储存。在某些实施方案中,可以在临床规定的时间间隔连续施用冷冻保存的细胞以恢复受试者的再生引擎并纠正高龄老年人中
存在的蛋白质组缺失。
[0013] 在一个方面,本文提供了用于随时间维持或增加对其有需要的个体的组织中的干细胞数量与分化细胞数量的比例的方法,所述方法包括向个体施用有效量的干细胞群,其
中所述比例与对照个体的组织中的干细胞数量与分化细胞数量的比例相比随时间维持或
增加。在一个实施方案中,干细胞群包含胎盘来源的干细胞(PDSC)群。在另一个实施方案
中,干细胞群基本上由PDSC群组成。在一个具体的实施方案中,干细胞群由PDSC群组成。
[0014] 在第二方面,本文提供了随时间维持或增加对其有需要的个体的组织中干细胞数量的方法,其包括向个体施用有效量的干细胞群,其中个体组织中的干细胞数量与对照个
体的相同组织中的干细胞数量相比随时间维持或增加。在一个实施方案中,干细胞群包含
PDSC群。在另一个实施方案中,干细胞群基本上由PDSC群组成。在一个具体的实施方案中,干细胞群由PDSC群组成。
[0015] 在第三方面,本文提供了改变有需要的个体组织中存在的衰老干细胞的表型的方法,所述方法包括向个体施用有效量的干细胞群,其中所述量对于改变衰老的干细胞的环
境小生境是有效的,使得干细胞的表型与对照个体组织中存在的干细胞的表型相比发生改
变。在一个实施方案中,干细胞群包含PDSC群。在另一个实施方案中,干细胞群基本上由
PDSC群组成。在一个具体的实施方案中,干细胞群由PDSC群组成。
[0016] 在一个实施方案中,本文提供了通过改变其存在的环境小生境来改变衰老干细胞的方法。在一些实施方案中,为了将衰老干细胞的表型重新调理为具有更长寿命的表型,改变环境小生境。在某些实施方案中,所述方法包括将衰老干细胞与来自更年轻来源的祖细
胞(例如PDSC)在体内或体外共培养。在一些实施方案中,共培养导致分子和/或遗传事件,其可以具有使衰老的细胞复原的净效果。在某些实施方案中,本文提供的各种方法可用于
表型修饰衰老生物体表达与年轻表型相一致的性状。
[0017] 在某些实施方案中,本文提供的方法可以涵盖一系列体内和体外方法,通过该方法衰老细胞暴露于年轻的祖细胞导致向年轻表型的转移或转变。在一些实施方案中,本文
提供的各种方法可以包括体外共培养。在其他实施方案中,本文提供的各种方法包括体内
小生境调理。在某些实施方案中,通过将年轻祖细胞(例如PDSC)递送至生理解剖学小生境
(例如,骨髓或器官系统)来完成小生境的再调理。在其他实施方案中,通过递送从年轻祖细胞分离的生物活性因子例如旁分泌因子来实现衰老小生境的调理。
[0018] 在具体的实施方案中,本文提供的各种方法将通过暴露于例如胎盘细胞和/或其分泌的因子来诱导年轻表型状态的基因型表达因子特性的保留而导致衰老细胞表型的调
理。
[0019] 在一个具体的实施方案中,衰老干细胞位于有需要的个体的组织中。在其他实施方案中,衰老干细胞来源于有需要的个体。
[0020] 在一些实施方案中,本文提供的方法包括与胎盘细胞的受控共培养(例如原位或体外)。在其他实施方案中,本文提供的方法包括胎盘细胞(例如PDSC)的治疗性施用。在一些实施方案中,施用于个体。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,个体是有需要的个体。这种细胞可以用来开发受试者的衰老细胞上暂时或永久存在的干细胞的分泌组。胎盘
是一系列高度增殖的干细胞和祖细胞的来源,其表达本文其他地方提供的生长和调理因子
的稳定分泌组。这样的胎盘细胞可以诱导免疫耐受。这样的胎盘细胞也可以刺激内源性干
细胞再生。胎盘细胞也被成功地移植到人体中,用于各种临床适应症,包括自身免疫性疾、中和癌症。
[0021] Conboy等最近的工作(Carlson等,EMBO Mol Med 2009,1(8-9):381-391)表明衰老细胞的分子特征可以在年轻细胞存在下改变。另外,Hariri等人显示了近30年前宿主的
年龄影响移植细胞的行为。
[0022] 本文提供的各种方法可用于例如通过将其暴露于具有年轻的时间生物学年龄的细胞(例如PDSC)来控制细胞(例如衰老细胞)的表型。在一些实施方案中,使用胎盘生物反
应器将衰老细胞暴露于PDSC。在其他实施方案中,使用共培养系统将衰老细胞暴露于PDSC。
在其他实施方案中,在将胎盘细胞施用于个体后,例如通过静脉内输注、直接注射或其他形式的肠胃外施用,衰老细胞暴露于PDSC。在一个具体的实施方案中,衰老细胞是个体的,例如有需要的个体。尽管在此例举了PDSC,但是应该理解,可以使用其他类型的干细胞。
[0023] 在本文提供的各种方法的某些实施方案中,将干细胞(例如源自新生胎盘的干细胞(例如PDSC))用于共培养环境中作为“饲养”层,在其上培养来自较老的供体的细胞。在某些实施方案中,来自较老供体的细胞是干细胞、祖细胞或在返回宿主时保留繁殖能力的其
他细胞。在一些实施方案中,源自新生胎盘的干细胞在培养中体外扩增。在其他实施方案
中,源自新生胎盘的干细胞未扩增。在某些实施方案中,在共培养一段时间之后,供体细胞将从饲养层分离。在一个具体的实施方案中,供体细胞然后将被重新引入供体。在一个具体实施方案中,宿主或供体是有需要的个体。
[0024] 在另一个实施方案中,新生细胞(例如PDSC)在体外装置中培养。在一些实施方案中,将体外装置置于受试者个体的循环回路中,使得新生细胞的分泌的因子被递送至个体。
在一个具体的实施方案中,个体是有需要的个体。
[0025] 在本文提供的各种方法的另外其他实施方案中,治疗性施用(例如全身或局部)新生细胞(例如PDSC)。在一些实施方案中,新生细胞通过注射施用。在其他实施方案中,新生细胞通过输注施用。在这样的方法中,细胞可以通过受试者个体进行通讯并且在受试者衰
老细胞附近短期或长期驻留。然后在某些实施方案中,细胞可以有效地将受试者细胞的衰
老表型改变成更年轻的表型。在一些实施方案中,改变是衰老细胞与旁分泌因子、内分泌因子直接或间接接触和/或直接的细胞与细胞的相互作用(例如与新生细胞)的结果。
[0026] 在另一方面,本文提供了改变有需要的个体的组织中衰老细胞的蛋白质组的方法,所述方法包括向所述个体施用有效量的干细胞群,其中所述量有效改变衰老细胞的蛋
白质组,其中改变的蛋白质组包含在对照个体的组织中的年轻细胞中发现的一种或多种生
物标志物。在一个实施方案中,干细胞群包含PDSC群。在另一个实施方案中,干细胞群基本上由PDSC群组成。在一个具体的实施方案中,干细胞群由PDSC群组成。
[0027] 在一些实施方案中,衰老细胞是体细胞。在一些实施方案中,衰老细胞是骨骼肌细胞。在一些实施方案中,衰老细胞是脑细胞。在一些实施方案中,衰老细胞来自脑。在其他实施方案中,衰老细胞是心脏细胞。在一些实施方案中,衰老细胞来自心脏。在一些情况下,衰老细胞是肾细胞。在一些实施方案中,衰老细胞来自肾脏。在一些实施方案中,衰老细胞是肝细胞。在一些实施方案中,衰老细胞来自肝脏。在其他实施方案中,衰老细胞是粒细胞、肥大细胞或巨噬细胞。在一些实施方案中,衰老细胞来自骨髓。在某些情况下,衰老细胞是皮肤细胞。在一些实施方案中,衰老细胞来自皮肤。
[0028] 在另一方面,本文提供了改变有需要的个体的组织中衰老细胞的转录组的方法,所述方法包括向个体施用有效量的干细胞群,其中所述量有效改变衰老细胞的转录组,其
中所述改变的转录组包含对照个体组织中的年轻细胞中发现的一种或多种转录物。在一个
实施方案中,干细胞群包含PDSC群。在另一个实施方案中,干细胞群基本上由PDSC群组成。
在一个具体的实施方案中,干细胞群由PDSC群组成。在一些实施方案中,使用转录物阵列分析来鉴定一种或多种转录物。在一些实施方案中,使用7900HT实时PCR系统上的
密度阵列(TLDA)鉴定一种或多种转录物。在某些实施方案中,转录物是本文
提供的生物标志物的转录物。
[0029] 在一些实施方案中,衰老细胞是体细胞。在一些实施方案中,衰老细胞是骨骼肌细胞。在一些实施方案中,衰老细胞是脑细胞。在一些实施方案中,衰老细胞来自脑。在其他实施方案中,衰老细胞是心脏细胞。在一些实施方案中,衰老细胞来自心脏。在一些情况下,衰老细胞是肾细胞。在一些实施方案中,衰老细胞来自肾脏。在一些实施方案中,衰老细胞是肝细胞。在一些实施方案中,衰老细胞来自肝脏。在其他实施方案中,衰老细胞是粒细胞、肥大细胞或巨噬细胞。在一些实施方案中,衰老细胞来自骨髓。在某些情况下,衰老细胞是皮肤细胞。在一些实施方案中,衰老细胞来自皮肤。
[0030] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,在施用干细胞(例如PDSC)群之前,对照个体是相同的个体。在其他实施方案中,对照个体是尚未接受干细胞(例如PDSC)群的个
体。
[0031] 在本文提供的各种方法的某些实施方案中,所述方法还包括(i)在将所述干细胞群施用于所述个体之前确定所述组织中的干细胞和/或分化的细胞的数量,和(ii)将干细
胞群施用于个体后确定组织中干细胞和/或分化的细胞的数量。在一个实施方案中,干细胞群包含PDSC群。在另一个实施方案中,干细胞群基本上由PDSC群组成。在一个具体的实施方案中,干细胞群由PDSC群组成。
[0032] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,与施用干细胞(例如PDSC)群之前相比,所述方法在施用后增加组织中干细胞的数量。在一个实施方案中,与未接受干细胞(例如PDSC)群施用的个体相比,个体具有增加数量的干细胞。在某些实施方案中,干细胞数量的增加随时间持续存在。在其他实施方案中,干细胞数量的增加是组织中存在的干细胞扩
增的结果。在一个实施方案中,干细胞数量的增加是组织中干细胞(例如PDSC)扩增的结果。
在另一个实施方案中,通过干细胞集落形成单位来评估干细胞的数量。
[0033] 在一些实施方案中,干细胞数量的增加导致个体组织的重塑、更新、革新、复原、修复和/或恢复。
[0034] 在一些实施方案中,组织是肌肉。在一个实施方案中,组织是脑。在另一个实施方案中,组织是皮肤。在一些实施方案中,组织是骨髓。在一个实施方案中,组织是心脏。在某些实施方案中,组织是肝脏。在另一个实施方案中,组织是肾脏。在一些实施方案中,组织是胰腺。在其他实施方案中,组织是脂肪组织。在某些实施方案中,组织是睾丸。在某些实施方案中,组织是前列腺。在一些实施方案中,组织是子宫内膜。在另一个实施方案中,组织是卵巢。在其他实施方案中,组织是淋巴组织。在某些实施方案中,组织是睾丸。在某些实施方案中,组织是。在一些实施方案中,组织是肾上腺。在另一个实施方案中,组织是甲状腺。在其他实施方案中,组织是脾脏。在某些实施方案中,组织是胃肠道。在某些实施方案中,组织是眼睛。
[0035] 在本文提供的各种方法的某些实施方案中,全身性施用干细胞群。在一个实施方案中,干细胞群局部施用于组织。在一些实施方案中,干细胞群通过胃肠外施用来施用。在另一个实施方案中,静脉内施用干细胞群。在一些实施方案中,干细胞群通过连续滴注或作为丸剂施用。在一个实施方案中,干细胞群被制备成在可注射液体悬浮液或其他生物相容
性介质中施用。在其他实施方案中,使用导管施用干细胞群。在另一个实施方案中,使用控释系统施用干细胞群。在一个实施方案中,使用可植入的基质或基体施用干细胞群。在某些实施方案中,肌内施用干细胞群。在一些实施方案中,皮下(subcutaneously)施用干细胞
群。在一个实施方案中,真皮下(subdermally)施用干细胞群。在另一个实施方案中,筋膜室内施用干细胞群。在其他实施方案中,所述方法进一步包括使所述干细胞群与年轻干细胞、年轻祖细胞或年轻前体细胞接触。在一个实施方案中,干细胞群包含PDSC群。在另一个实施方案中,干细胞群基本上由PDSC群组成。在一个具体的实施方案中,干细胞群由PDSC群组
成。
[0036] 在一个实施方案中,该方法进一步包括使干细胞(例如PDSC)群与从年轻干细胞、年轻祖细胞或年轻前体细胞分离的一种或多种另外的因子接触。在某些实施方案中,一种
或多种另外的因子是从干细胞的分泌组分离的生物活性因子。在某些实施方案中,一种或
多种另外的因子是从PDSC的分泌组分离的生物活性因子。在一些实施方案中,一种或多种
另外的因子选自由以下组成的组:细胞因子、激素、启动子、阻遏物、蛋白质、核酸、病毒、免疫原、血管生成因子、生长因子、抗凋亡因子和抗化因子或它们的任何组合。在另一个实施方案中,该方法进一步包括在向个体施用之前培养和/或扩增干细胞(例如PDSC)群。在一个实施方案中,在体外培养和/或扩增。在某些实施方案中,原位培养和/或扩增。在其他实施方案中,在年轻干细胞、年轻祖细胞或年轻前体细胞的存在下培养和/或扩增干细胞(例
如PDSC)群。在一个实施方案中,干细胞(例如PDSC)群在从年轻干细胞、年轻祖细胞或年轻前体细胞分离的另外的因子的存在下培养和/或扩增。在某些实施方案中,一种或多种另外的因子是从干细胞的分泌组中分离的生物活性因子。在某些实施方案中,一种或多种另外
的因子是从PDAC的分泌组中分离的生物活性因子。在另一个实施方案中,一种或多种另外
的因子选自由以下组成的组:细胞因子、激素、启动子、阻遏物、蛋白质、核酸、病毒、免疫原、血管生成因子、生长因子、抗凋亡因子和抗氧化因子或它们的任何组合。在一些实施方案
中,干细胞(例如PDSC)群在体外装置中培养和/或扩增。在一些实施方案中,干细胞(例如
PDSC)群已经传代至少三次。在一个实施方案中,干细胞(例如PDSC)群已传代不超过十次。
[0037] 在一个实施方案中,干细胞群先前已被冷冻保存。在另一个实施方案中,干细胞群是来自胎盘干细胞库的细胞。在一个实施方案中,干细胞群包含从已经排出脐带血的胎盘获得的细胞。在一个实施方案中,干细胞群包含被灌注除去残余血液的胎盘获得的细胞。在一个实施方案中,干细胞包含PDSC。在一个实施方案中,干细胞基本上由PDSC组成。在一个实施方案中,干细胞由PDSC组成。在一个实施方案中,干细胞是PDSC。
[0038] 在其他实施方案中,PDSC是胚胎样干细胞。在一个实施方案中,干细胞是全能干细胞或多能干细胞。在一个实施方案中,PDSC是全能干细胞或多能干细胞。在某些实施方案中,PDSC群包含为CD34-、CD10+、SH2+、CD90+胎盘多能细胞的细胞。在另一个实施方案中,PDSC群包含为CD34-、CD38-、CD45-、CD10+、CD29+、CD44+、CD54+、CD90+、SH2+、SH3+、SH4+和OCT-4+的细胞。在一个实施方案中,PDSC群包含为CD34-、CD10+、CD105+和CD200+的细胞。在一个实施方案中,PDSC群包含为CD73+的细胞。在一个实施方案中,PDSC群包含为CD73+和CD105+的细胞。在一些实施方案中,PDSC群包含CD200+细胞。在一个实施方案中,PDSC群包含为CD34-、CD38-、CD45-、OCT-4+和CD200+的细胞。在一个实施方案中,PDSC群包含为CD34-、CD38-、- + + + +
CD45、CD73、OCT-4和CD200的细胞。在其他实施方案中,PDSC群包含为OCT-4的细胞。在一个实施方案中,PDSC群包含为CD73+、CD105+和OCT4+的细胞。在一个实施方案中,PDSC群包含为CD73+、CD105+和CD200+的细胞。在另一个实施方案中,PDSC群包含为CD73+和CD105+的细胞。在一些实施方案中,PDSC群包含为CD200+和OCT-4+的细胞。在一个实施方案中,PDSC群包+ + +
含为CD73、CD105和HLA-G的细胞。
[0039] 在某些实施方案中,PDSC群包含为CD73+、CD105+、HLA-G+的细胞。在另一个实施方案中,PDSC群包含为CD73+、CD105+、CD200+和HLA-G+的细胞。在一个实施方案中,PDSC群包含为CD34-、CD38-、CD45-、CD34-和CD38-;CD34-和CD45-;CD38-和CD45-;或CD34-、CD38-和CD45-的细胞。在其他实施方案中,PDSC群包含为CD34-、CD38-、CD45-和HLA-G+的细胞。
[0040] 在一些实施方案中,PDSC群包含为CD10+、CD38-、CD29+、CD34-、CD44+、CD45-、CD54+、CD90+、SH2+、SH3+、SH4+、SSEA3-、SSEA4-、OCT-4+和ABC-p+的细胞。在其他实施方案中,PDSC群包含为CD34-、CD10+、SH2+、CD90+的细胞。在一些实施方案中,PDSC群包含为CD34-、CD38-、CD45-、CD10+、CD29+、CD44+、CD54+、CD90+、SH2+、SH3+、SH4+和OCT-4+的细胞。在一个实施方案中,PDSC群包含为CD29+、CD45-、CD90+、SH2+、SH3+、SH4+或MHCClass II-的细胞。在一些实施- + + +方案中,PDSC群包含为CD34、SH2 、SH3 和SH4 的细胞。在一些实施方案中,PDSC群包含为CD34-和MHC Class II-的细胞。在一些实施方案中,PDSC群包含CD29+、CD34-、CD45-、CD90+、SH2+、SH3+、SH4+和MHC Class II-的细胞。
[0041] 在一些实施方案中,该方法还包括表征干细胞的基因组。在一个实施方案中,在向个体施用干细胞群之前进行基因组的表征。在另一个实施方案中,在向个体施用干细胞群之后进行基因组的表征。在一些实施方案中,在向个体施用干细胞群之前以及在向个体施
用干细胞群之后进行基因组的表征。在一个实施方案中,干细胞包含PDSC。在一个实施方案中,干细胞基本上由PDSC组成。在一个实施方案中,干细胞由PDSC组成。在一个实施方案中,干细胞是PDSC。
[0042] 在一些实施方案中,该方法进一步包括表征干细胞的蛋白质组。在其他实施方案中,在向个体施用干细胞群之前进行蛋白质组的表征。在另一个实施方案中,在向个体施用干细胞群之后进行蛋白质组的表征。在一个实施方案中,在向个体施用干细胞群之前以及
向个体施用干细胞群之后进行蛋白质组的表征。在一个实施方案中,干细胞包含PDSC。在一个实施方案中,干细胞基本上由PDSC组成。在一个实施方案中,干细胞由PDSC组成。在一个实施方案中,干细胞是PDSC。
[0043] 在某些实施方案中,干细胞群是个体自体的。在一些实施方案中,干细胞群与个体是同种异体的。在一个实施方案中,干细胞群与个体是同源的。在另一个实施方案中,干细胞群是同源细胞群。在其他实施方案中,干细胞群是混合细胞群。在一个实施方案中,干细胞群是富集的干细胞群。在某些实施方案中,PDSC群是个体自体的。在一些实施方案中,干细胞群从多个供体获得,任选地没有HLA分型。在一些实施方案中,PDSC群与个体是同种异体的。在一个实施方案中,PDSC群与个体是同源的。在另一个实施方案中,PDSC群是同源细胞群。在其他实施方案中,PDSC群是混合细胞群。在一个实施方案中,PDSC群是富集的PDSC群。在一些实施方案中,PDSC群包含PSC-100细胞。在另一个实施方案中,PDSC群包含富集的PSC-100细胞群。
[0044] 在一个实施方案中,干细胞群以1×105个细胞至1×109个细胞的剂量施用。在某些5 7
实施方案中,干细胞群以1×10个细胞至1×10 个细胞的剂量施用。在其他实施方案中,干
细胞群以1×106个细胞至1×107个细胞的剂量施用。在一个实施方案中,干细胞群包含PDSC
群。在另一个实施方案中,干细胞群基本上由PDSC群组成。在一个具体的实施方案中,干细胞群由PDSC群组成。其他设想的剂量在本文的别处提供。
[0045] 在一个实施方案中,干细胞群以单剂量施用。在另一个实施方案中,干细胞群以多剂量施用。在一个实施方案中,当个体是10-15岁、15-20岁、20-25岁、25-30岁、30-35岁、35-40岁、40-45岁、45-50岁、50-55岁、55-60岁、60-65岁、65-70岁、70岁-75岁、75-80岁、80-85岁、85-90岁、90-95岁、95-100岁或100岁以上时,施用干细胞群。在一些实施方案中,它是干细胞群的第一次施用。在一些实施方案中,在个体的整个寿命期间连续施用干细胞群。在一个实施方案中,干细胞群包含PDSC群。在另一个实施方案中,干细胞群基本上由PDSC群组
成。在一个具体的实施方案中,干细胞群由PDSC群组成。
[0046] 在一些实施方案中,该方法进一步包括表征组织中干细胞和/或分化的细胞的基因组。在另一个实施方案中,在干细胞(例如PDSC)群施用于个体之前进行基因组的表征。在一个实施方案中,在干细胞(例如PDSC)群施用于个体后进行基因组的表征。在一些实施方
案中,在向个体施用干细胞(例如PDSC)群之前以及在向个体施用干细胞(例如PDSC)群之后
进行基因组的表征。
[0047] 在某些实施方案中,该方法还包括表征组织中干细胞和/或分化的细胞的蛋白质组。在一个实施方案中,在向个体施用干细胞(例如PDSC)群之前进行蛋白质组的表征。在另一个实施方案中,在向个体施用干细胞(例如PDSC)群之后进行蛋白质组的表征。在其他实
施方案中,在向个体施用干细胞(例如PDSC)群之前以及在向个体施用干细胞(例如PDSC)群
之后进行蛋白质组的表征。
[0048] 在另一方面,本文提供了回收、分离、表征和/或扩增源自出生残余物(例如胎盘)的细胞的方法,所述细胞保留年轻组织的全能性、分化和蛋白质组合成多样性(例如PDSC)。
在一个实施方案中,所述方法包括回收细胞。在另一个实施方案中,该方法包括分离细胞。
在其他实施方案中,该方法包括表征细胞。在另一个实施方案中,该方法包括扩增细胞。在具体的实施方案中,本文提供的方法用于冷冻保存细胞的目的。在一些实施方案中,将细胞以将来适于例如施用于个体的形式冷冻保存。在一些实施方案中,细胞是个体自体的。在一些实施方案中,干细胞群从多个供体获得,任选地没有HLA分型。在其他实施方案中,细胞对个体是同种异体的。在一些实施方案中,本文提供的方法恢复、补给和/或补充干细胞和祖细胞库(例如,驻留在组织中的那些细胞)。在一些实施方案中,细胞被恢复。在其他实施方案中,细胞(例如,驻留在组织中的那些细胞)被补给。在其他实施方案中,细胞(例如,驻留在组织中的细胞)被补充。当细胞(例如,驻留在组织中的那些细胞)被恢复、补给和/或补充时,在某些实施方案中,可以发生受试者的一般生理解剖学性能的质量的改善。在某些实施方案中,细胞(例如,驻留在组织中的那些细胞)是衰老的或损伤的细胞。
[0049] 在某些实施方案中,为了该目的可以使用另外的方法用于细胞的表征、扩增、鉴定和临床部署,并且在本文其他地方描述。
[0050] 在一些实施方案中,本文提供了用于表征和鉴定扩增的和未操作的细胞的方法。这种表征和鉴定可用于长期冷冻保存和随后的临床应用。临床应用可以是本文提供的各种
方法中的任何一种。在某些实施方案中,所述方法导致恢复受试者的细胞再生潜能和/或受试者的合成能力以对抗、逆转、改善衰老的影响;或它们的任何组合。
[0051] 例如为了纠正与衰老有关的蛋白质组和其他缺陷,细胞的施用和递送可以包括任何肠胃外施用方法,包括静脉内输注、直接肌内、皮下、室内、腹膜内和真皮下施用。所述细胞的剂量和制剂还可以包括悬浮和注射所述产品的任何常规手段,包括本文其他地方提供
的那些。在一个具体的实施方案中,将细胞施用于有需要的个体。
[0052] 附图简要说明
[0053] 图1描述了用于分离和扩增PDSC的示例性方法。
[0054] 图2A-2C描述了大鼠寿命期间(3-24个月)的一般特征,例如体重(图2A)、前肢肌肉的原始质量(三头肌,图2B)和后肢肌肉的原始质量(腓肠肌,图2C)。
[0055] 图3A-3D描述了在大鼠寿命期间(3-24个月)NCAM(CD56)-阳性骨骼肌卫星细胞(图3A)和相对三头肌肌肉质量(图3B)的计数、卫星细胞计数与相对三头肌质量之间的关联性
(图3C)和代表性流式细胞术数据(图3D)。
[0056] 图4A-4B描述了在大鼠寿命期间(3-24个月)的Pax7-阳性骨骼肌卫星细胞计数(图4A)和3个月(顶部,左图)、9个月(顶部,右图)、18个月(底部,左图)和24个月(底部,右图)的肌卫星细胞的代表性Pax7免疫荧光图像(图4B)。
[0057] 图5A-5B描述了在大鼠寿命期间(3-24个月)的三头肌胶原含量(图5A)和3个月(顶部,左图)、9个月(顶部,右图)、18个月(底部,左图)和24个月(底部,右图)的三头肌的代表性TrichromeTM染色图像)。
[0058] 图6描述了大鼠寿命期间(3-24个月)的肌肉性能变量、肌肉耐力(转棒时间)。
[0059] 图7A-7B描述了在大鼠寿命期间(3-24个月)心脏中c-kit阳性细胞的计数(图7A)和代表性流式细胞术数据(图7B)。
[0060] 图8A-8C描述了大鼠寿命期间(3-24个月)的心脏功能包括射血分数(图8A)、缩短分数(图8B)和在收缩期间后室壁增厚(图8C)。
[0061] 图9A-9B描述了在大鼠寿命期间(3-24个月)的左心室胶原蛋白含量(图9A)和3个月(顶部,左图)、9个月(顶部,右图)、18个月(底部,左图)和24个月(底部,右图)的左心室的代表性TrichromeTM染色图像)。
[0062] 图10A-10D描述了在大鼠寿命期间(3-24个月)骨髓中CD44-阳性细胞的计数(图10A)和相对股骨质量(图10B)、代表性流式细胞术数据(图10C)和骨干细胞计数和相对股骨
质量之间的关联性(图10D)。
[0063] 图11A-11B描述了在大鼠寿命期间(3-24个月)海中NCAM(CD56)-阳性细胞的计数(图11A)和代表性流式细胞术数据(图11B)。
[0064] 图12A-12C描述了在大鼠寿命期间(3-24个月)循环的CD31-阳性细胞的计数(图12A)、肝中Tbx3-阳性细胞的计数(图12B)和肾中CD90-阳性细胞的计数(图12C)。
[0065] 图13A-13B描述了皮下或静脉内施用PDSC至11月龄、17月龄或21月龄大鼠后的体重。图13A显示以克为单位的绝对体重,图13B显示在每个年龄组中相对于假模(安慰剂)归
一化的相对体重。
[0066] 图14A-14C描述了皮下或静脉内施用PDSC至11月龄、17月龄或21月龄大鼠后的绝对肌肉性能变量,例如旋转(图14A)、时间(图14B)和距离(图14C)。
[0067] 图15A-15C描述了皮下或静脉内施用PDSC至11月龄、17月龄或21月龄大鼠后的相对肌肉性能变量,诸如旋转(图15A)、时间(图15B)和距离(图15C)。在每个年龄组中相对肌肉耐力参数被相对于假模(安慰剂)归一化。
[0068] 图16A-16B描述了皮下或静脉内施用PDSC至11月龄、17月龄或21月龄大鼠后的绝对右腓肠肌重量(图16A)和绝对左腓肠肌重量(图16B)。
[0069] 图17A-17B描述了皮下或静脉内施用PDSC至11月龄、17月龄或21月龄大鼠后的相对右腓肠肌重量(图17A)和相对左腓肠肌重量(图17B)。在每个年龄组中相对腓肠肌重量被
相对于假模(安慰剂)归一化。
[0070] 图18A-18B描述了皮下或静脉内施用PDSC至11月龄、17月龄或21月龄大鼠后每克体重的左腓肠肌重量(图18A)和每克体重的右腓肠肌重量(图18B)的比例。
[0071] 图19描述了皮下或静脉内施用PDSC至11月龄、17月龄或21月龄大鼠后CD45-CD44+CD73+CD90+CD105+CD271+细胞的流式细胞术数据。
[0072] 图20A-20F描述了皮下或静脉内施用PDSC至11月龄、17月龄或21月龄大鼠后CD45-CD44+细胞(图20A)、CD45-CD73+细胞(图20B)、CD45-CD90+细胞(图20C)、CD45-CD105+细胞(图20D)、CD45-CD271+细胞(图20E)和CD45-细胞(图20F)的流式细胞术数据。
[0073] 图21描述了皮下或静脉内施用PDSC至11月龄、17月龄或21月龄大鼠后CD11+CD34+CD45+CD47+细胞的流式细胞术数据。
[0074] 图21A-21D描述了皮下或静脉内施用PDSC至11月龄、17月龄或21月龄大鼠后CD11+细胞(图21A)、CD34+细胞(图21B)、CD45+细胞(图21C)和CD47+细胞(图21D)的流式细胞术数据。
[0075] 图23A-23C是骨骼肌细胞的Pax7(图23A)、Dapi(图23B)和Pax7/Dapi(图23C)染色的代表性免疫荧光图像。
[0076] 图24A-24B描述了通过在皮下或静脉内施用PDSC至11月龄、17月龄或21月龄大鼠后在视野中测量Pax7+Dapi+细胞核定量跖肌(图24A)和比目鱼肌(图24B)中的内源性干细
胞。
[0077] 图25A-25C是大鼠皮质脑室下区的Ki-67(图25A)、Dapi(图25B)和Ki-67/Dapi(图25C)染色的代表性免疫荧光图像。
[0078] 图26描述了通过在皮下或静脉内施用PDSC至11月龄、17月龄或21月龄大鼠之后测量视野中的Ki-67+Dapi+细胞核定量大鼠皮质脑室下区内源性干细胞。
[0079] 图27A-27B是层粘连蛋白的代表性免疫荧光图像(图27A)和骨骼肌细胞纤维横截面面积的图像分析(图27B)。
[0080] 图28A-28B描述了皮下或静脉内施用PDSC至11月龄、17月龄或21月龄大鼠后定量跖肌(图28A)和比目鱼肌(图28B)的平均肌纤维横截面积(CSA)。
[0081] 图29A-29B描述了皮下或静脉内施用PDSC至11月龄大鼠后跖肌(图29A)或比目鱼肌(图29B)中的CSA频率分布。
[0082] 图30A-30B描述了皮下或静脉内施用PDSC至17月龄大鼠后跖肌(图30A)或比目鱼肌(图30B)中的CSA频率分布。
[0083] 图31A-31B描述了皮下或静脉内施用PDSC至21月龄大鼠后跖肌(图31A)或比目鱼肌(图31B)中的CSA频率分布。
[0084] 图32描述了皮下或静脉内施用PDSC至11、17或21月龄大鼠后的骨髓CFU测定。
[0085] 图33A-33K描述了皮下或静脉内施用PDSC至11月龄大鼠后粒细胞(图33A)、RBC(图33B)、粒细胞%(图33C)、HGB(图33D)、HCT%(图33E)、MCV(图33F)、MCH(图33G)、MCHC(图
33H)、PLT(图33I)、PCT%(图33J)和MVP(图33K)的血液测量。
[0086] 图34A-34M描述了皮下或静脉内施用PDSC至17月龄大鼠后WBC(图34A)、淋巴细胞(图34B)、单核细胞(图34C)、粒细胞(图34D)、淋巴细胞%(图34E)、单核细胞%(图34F)、粒细胞%(图34G)、RBC(图34H)、HGB(图34I)、HCT(图34J)、MCV(图34K)、MCH(图34L)和MCHC(图
34M)的血液测量。
[0087] 图35A-35M描述了皮下或静脉注射施用PDSC至21月龄大鼠后WBC(图35A),淋巴细胞(图35B),单核细胞(图35C),粒细胞(图35D),淋巴细胞%(图35E),单核细胞%(图35F),粒细胞%(图35G),RBC(图35H),HGB(图35I),HCT(图35J),MCV(图35K),MCH(图35L)和MCHC(图35M)的血液测量。
[0088] 图36描述了PDSC处理的大鼠中的基因表达变化可能影响的示例性途径。具体实施方案
[0089] 4.1定义
[0090] 所有专利、申请、公开的申请和其他出版物的全部内容通过引用并入本文。除非另外定义,否则本文使用的所有技术和科学术语具有与本领域普通技术人员通常理解的相同含义。所有专利、申请、公开的申请和其他出版物的全部内容通过引用并入本文。如果本文的术语有多个定义,除非另有说明,否则以本节中的定义为准。
[0091] 术语“约”或“近似”是指给定值或范围的20%以内、10%以内、5%以内、1%以内或更少。
[0092] 如本文所用,“施用”或“施用”是指将存在于身体外的物质(例如,本文提供的PDSC或其他干细胞)注入或以其他方式物理递送到患者体内的行为。例如,递送可以通过任何方法发生,包括但不限于皮内、静脉内、肌内、皮下递送和/或本文所述的或本领域已知的任何其他物理递送方法。
[0093] 如本文所用,术语“自体”是指重新植入与其来源相同的个体中的器官、组织、细胞、流体或其他生物活性分子。
[0094] 如本文所用,术语“组合物”旨在涵盖含有特定成分(例如,本文提供的PDSC或其他干细胞)和任选地特定量的产品,以及任何产品,该产品直接地或间接地来自特定成分,任选地,以特定的量的组合。
[0095] 如本文所用,术语“培养”是指通过在环境中在一定条件下温育来繁殖或培养细胞、细胞群、组织或器官,培养时间足以支持细胞繁殖或生存能力。培养可以包括扩增或增殖细胞或细胞群,如PDSC。
[0096] 如本文所用,术语“有效量”是指足以实现期望结果或指定结果的治疗(例如,如本文所提供的干细胞,例如PDSC,或干细胞群,例如PDSC)的量。在一些实施方案中,有效量是足以减少和/或改善给定疾病、紊乱或病症(例如衰老)和/或与其有关的症状的严重性和/或持续时间的量。该术语还包括减少或改善给定疾病、紊乱或病症(例如衰老)的进展或发
展,减轻或改善给定疾病、紊乱或病症(例如衰老)的复发、发展或发作所必需的量。在一些实施方案中,本文提供的PDSC群的有效量为约1×105至约1×1011,例如约3×105、5×105、1
6 6 6 7 7 7 8 8 8 8 8
×10 、3×10 、5×10 、1×10、3×10、5×10 、1×10 、2×10 、3×10 、4×10、5×10、6×
108、7×108、8×108、8×108、1×109、2×109、3×109、4×109、5×109、1×1010、5×1010或1×
1011(或其中的任何范围)。在一些实施方案中,本文使用的“有效量”还指本文提供的以实现特定结果的PDSC群的量。
[0097] 如本文所用的,当细胞群在体外或体内繁殖并通过细胞分裂产生其他细胞时,细胞群“扩增”。细胞的扩增可以随着细胞增殖而自发发生,例如在培养物中,或者可能需要某些生长条件,例如在细胞培养板的表面汇合、最小细胞密度或添加试剂如生长、分化或信号传导因子。在一些实施方案中,细胞是干细胞。在一个实施方案中,干细胞包含PDSC。在一个实施方案中,干细胞基本上由PDSC组成。在一个实施方案中,干细胞由PDSC组成。在某些实施方案中,细胞是PDSC。
[0098] 胎盘具有在其内部发育的胎儿的基因型,但是在妊娠期间胎盘也与母体组织紧密物理接触。因此,如本文所用,术语“胎儿基因型”是指胎儿的基因型,例如与从其获得如本文所述的特定分离的胎盘细胞的胎盘相关的胎儿基因型,与携带胎儿的母体的基因型相
反。如本文所用,术语“母体基因型”是指携带胎儿的母体的基因型,例如与从其获得如本文所述的特定分离的胎盘细胞的胎盘相关的胎儿。
[0099] 如本文所用的术语“产生”、“生成”和“发生”是指个体中新细胞的产生,并且任选地进一步分化为成熟的功能细胞。
[0100] 如本文所用,“分离”细胞(例如PDSC)是指从组织样品(例如胎盘组织)解离或以其他方式移除细胞并从组织中其他细胞或非细胞分离细胞的过程。分离的细胞通常将不受其他细胞类型的污染,并且通常能够被繁殖和扩增。
[0101] 如本文所用,术语“分离的细胞”,例如“分离的干细胞”是指与干细胞源自的组织(例如胎盘)的其他不同细胞基本上分离的细胞。如果细胞群或衍生细胞群的细胞与其天然相关的细胞(即显示不同标记谱的干细胞)的至少50%、60%、70%、80%、90%、95%或至少
99%例如在干细胞的采集和/或培养过程中从干细胞中除去,则干细胞是分离的。在一些实施方案中,在不干扰细胞用于分析、生产或扩增细胞的小部分其他细胞类型的存在下存在
分离的细胞。分离的细胞群可以是至少30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、
95%、98%或99%纯或其任何间隔。在一个具体实施方案中,分离的细胞群为至少98%或至少99%纯。如本文所用,术语“分离的细胞群”是指与细胞群来源的组织(例如胎盘)的其他细胞基本上分离的细胞群。
[0102] 如本文所用,当涉及细胞时,“多能”是指细胞具有分化成身体细胞的一些类型但不一定是全部类型的能力,或者具有分化为具有身体细胞的一些不是全部类型的特性的能力。在某些实施方案中,例如,具有分化为具有神经源性、软骨形成和/或成骨细胞特性的细胞的能力的分离的胎盘细胞是多能细胞。
[0103] 如本文所用,术语“可选”或“可选地”是指随后描述的事件或情况可能发生或可能不发生,并且描述包括但不限于其中发生所述事件或情况的情况和其中不发生所述事件或情况的情况。
[0104] 如本文所用,术语“药学上可接受的”意指由联邦或州政府的管理机构批准或在美国药典、欧洲药典或其他公认的药典中列出的用于动物更具体地用于人类。
[0105] 如本文所用,术语“胎盘来源的干细胞”是指源自哺乳动物胎盘或其部分(例如,羊膜或绒毛膜)的干细胞或祖细胞,而不管形态、细胞表面标志物或原代培养后的代数如何。然而,本文使用的术语“胎盘来源的干细胞”并不指且胎盘干细胞不是滋养层、成血管细胞、造血细胞、胚胎生殖细胞、胚胎干细胞、从胚泡的内细胞团获得的细胞或从晚胚胎例如胚胎生殖细胞的生殖腺脊获得的细胞。如果细胞保留了干细胞的至少一个属性,例如与一种或
多种类型的干细胞相关的标志物或基因表达谱、在培养物中复制至少10-40次的能力、分化成全部三个胚层的细胞的能力、缺乏成人(即分化的)细胞特性等,则细胞被认为是“干细
胞”。术语“胎盘干细胞”、“胎盘来源的干细胞”和“PDSC”可以互换使用。除非另有说明,术语“胎盘”包括脐带。在某些实施方案中,本文公开的分离的胎盘细胞在分化条件下体外分化、体内分化或两者。为了简洁起见,本文中提及的“PDSC”或“PDSC群”(即2个或更多个PDSC)也可以互换使用。例如,关于“PDSC”的施用的讨论也可以意味着可以施用“PDSC群”,反之亦然。
[0106] 如本文所用的,当该标志物可检测到高于背景时,胎盘细胞对于特定标志物是“阳性的”。例如,胎盘细胞对于例如CD73是阳性的,因为CD73可以高于背景(与例如同种型对照相比)的可检测量在胎盘细胞上检测。当标志物可以用于将一种细胞与至少一种其他细胞类型区分时或者当存在或被细胞表达时可以用于选择或分离细胞时,细胞对于该标志物也
是阳性的。在例如抗体介导的检测的情况下,作为指示存在特定细胞表面标志物的“阳性”是指使用对该标志物特异的抗体例如荧光标记的抗体可检测标志物;“阳性”还指以产生可检测地高于背景的信号(例如在细胞计数器中)的量显示标志物的细胞。例如,细胞是
+
“CD200”,其中细胞用对CD200特异的抗体可检测地标记,并且来自抗体的信号可检测地高于对照(例如背景或同种型对照)的信号。相反,在相同的情况下,“阴性”是指与对照(例如背景或同种型对照)相比,使用对该标志物特异性的抗体不能检测到细胞表面标志物。例
如,细胞是“CD34-”,其中细胞不能以比对照(例如背景或同种型对照)更高的程度用CD34特异性的抗体可再生地可检测地标记。使用适当的对照以相似的方式将使用抗体未检测到或
未能检测到的标志物确定为阳性或阴性。例如,如果在来自细胞或细胞群的RNA中检测到的OCT-4RNA的量可检测地大于背景,则可以确定细胞或细胞群为OCT-4+,例如通过检测RNA,如RT-PCR、槽印迹等方法确定。除非本文另有说明,使用抗体检测分化(“CD”)标志物簇。在某些实施方案中,如果使用RT-PCR可检测到OCT-4,确定OCT-4存在,并且细胞是“OCT-4+”。
[0107] 如本文所用,在例如衰老或损伤的细胞或组织的上下文中的术语“保持”是指保护和/或维持细胞或组织或其功能,使得细胞或组织不会进一步衰老、损伤或以其他方式受损,或者进一步衰老、损伤或受损的速度相对于缺乏讨论中的干预的速度而言减慢。在某些实施方案中,保持细胞或组织包括预防或减少衰老的影响。在某些实施方案中,保持细胞或组织包括预防或减少细胞损伤。
[0108] 如本文所用,在衰老或损伤的组织的上下文中的术语“再生”是指生长和/或发育衰老或已经损伤(例如,因疾病损伤)的新组织的过程。在某些实施方案中,组织再生包括活化和/或增强驻留细胞增殖,包括驻留干细胞增殖。
[0109] 如本文所用,术语“SH2”是指结合标志物CD105上的表位的抗体。因此,被称为SH2+的细胞是CD105+。
[0110] 如本文所用,术语“SH3”和“SH4”是指结合标志物CD73上存在的表位的抗体。因此,被称为SH3+和/或SH4+的细胞是CD73+。
[0111] 如本文所用,术语“干细胞”是指具有自我更新并产生分化的子代的能力的细胞。术语“全能干细胞”是指具有完全分化通用性的干细胞,即生长为任何胎儿或成年哺乳动物体的约260种细胞类型的能力。例如,全能干细胞具有分化成三个胚层的潜力:内胚层(例如血管)、中胚层(例如肌肉、骨骼和血液)和外胚层(例如表皮组织和神经系统),因此可以产生任何胎儿或成年细胞类型。如本文所用的术语“诱导性全能干细胞”是指已被重新编程以表现出全能性的至少一个特性的分化的哺乳动物体细胞(例如,成体细胞,如皮肤)。如本文所用,术语“多能干细胞”是指具有生长为胎儿或成年哺乳动物体的约260种细胞类型的任何子集的能力的干细胞。例如,某些多能干细胞可以分化成外胚层、中胚层和内胚层的至少一种细胞类型。如本文所用,术语“胚胎干细胞”是指源自早期胚胎(例如人)的内细胞团的干细胞,其可以在未分化状态下体外增殖并且是全能的。如本文所用,术语“骨髓干细胞”是指从骨髓获得或从骨髓衍生的干细胞。如本文所用,术语“羊膜干细胞”是指从或羊膜采集的干细胞。如本文所用,术语“胚胎生殖细胞”是指源自原始生殖细胞的细胞,其显示胚胎全能细胞表型。
[0112] 如本文所用,术语“个体”和“患者”可互换使用。如本文所用,个体可以是哺乳动物,例如非灵长类动物(例如,,猪,马,猫,狗,大鼠等)或灵长类动物(例如猴和人)。在具体的实施方案中,所述个体是人。在一个实施方案中,个体是患有或处于发展成疾病、紊乱或病症风险的哺乳动物(例如人)。在一些实施方案中,个体是有需要的个体。
[0113] 如本文所用,“治疗”包括疾病、紊乱或病症的严重程度的治愈、治疗、改善、减轻其或病程或其任何参数或症状的减少。
[0114] 4.2使用干细胞(例如PDSC)的方法
[0115] 在某些方面,本发明部分地提供了恢复和产生高度增殖和蛋白质组学完整的干细胞和祖细胞(例如来源于胎盘)群的方法和机制。在某些实施方案中,本文提供的方法进一
步包括在冷冻保存条件下以储存需要的数量和质量加工和/或制造这些细胞。在某些实施
方案中,可以在临床规定的时间间隔连续施用冷冻保存的细胞以恢复受试者的再生引擎并
纠正高龄中存在的蛋白质组缺失。
[0116] 尽管本文例举了PDSC,但也可以考虑使用其他干细胞。
[0117] 例如,在一些实施方案中,干细胞群包含胚胎干细胞。在其他实施方案中,干细胞群包含成体干细胞。在一个实施方案中,干细胞群包含间充质干细胞。在另一个实施方案中,干细胞群包含组织特异性干细胞。在其他实施方案中,干细胞群包含血液干细胞。在一些实施方案中,干细胞群包含皮肤干细胞。在一个实施方案中,干细胞群包含脐带血干细
胞。在其他实施方案中,干细胞群包含膜缘干细胞。在一些实施方案中,干细胞群包含诱导的全能干细胞。在另一个实施方案中,干细胞群包含造血干细胞。在一个实施方案中,干细胞群包含神经干细胞。在其他实施方案中,干细胞群包含心脏来源的干细胞。在一些实施方案中,干细胞群包含肠干细胞。在一些实施方案中,干细胞群包含内皮干细胞。在一个实施方案中,干细胞群包含上皮干细胞。在其他实施方案中,干细胞群包含嗅觉成体干细胞。
在另一个实施方案中,干细胞群包含神经嵴干细胞。在一些实施方案中,干细胞群包含睾丸干细胞。在一个实施方案中,干细胞群包含胎盘来源的干细胞。在其他实施方案中,干细胞群包含羊水来源的干细胞。在具体的实施方案中,干细胞群包含胎盘来源的干细胞。在一些实施方案中,干细胞群基本上由胚胎干细胞组成。在另一个实施方案中,干细胞群基本上由成体干细胞组成。在其他实施方案中,干细胞群基本上由间充质干细胞组成。在一个实施方案中,干细胞群基本上由组织特异性干细胞组成。在一些实施方案中,干细胞群基本上由血液干细胞组成。在其他实施方案中,干细胞群基本上由皮肤干细胞组成。在一些实施方案
中,干细胞群基本上由脐带血干细胞组成。在一个实施方案中,干细胞群基本上由角膜缘干细胞组成。在其他实施方案中,干细胞群基本上由诱导的全能干细胞组成。在另一个实施方案中,干细胞群基本上由造血干细胞组成。在一些实施方案中,干细胞群基本上由神经干细胞组成。在其他实施方案中,干细胞群基本上由心脏来源的干细胞组成。在一个实施方案
中,干细胞群基本上由肠干细胞组成。在一些实施方案中,干细胞群基本上由内皮干细胞组成。在其他实施方案中,干细胞群基本上由上皮干细胞组成。在另一个实施方案中,干细胞群基本上由嗅觉成体干细胞组成。在一个实施方案中,干细胞群基本上由神经嵴干细胞组
成。在其他实施方案中,干细胞群基本上由睾丸干细胞组成。在一些实施方案中,干细胞群基本上由胎盘来源的干细胞组成。在一些实施方案中,干细胞群基本上由羊水来源的干细
胞组成。在具体的实施方案中,干细胞群基本上由胎盘来源的干细胞组成。在其他实施方案中,干细胞群由胚胎干细胞组成。在一个实施方案中,干细胞群由成体干细胞组成。在另一个实施方案中,干细胞群由间充质干细胞组成。在其他实施方案中,干细胞群由组织特异性干细胞组成。在一些实施方案中,干细胞群由血液干细胞组成。在一个实施方案中,干细胞群由皮肤干细胞组成。在其他实施方案中,干细胞群由脐带血干细胞组成。在一些实施方案中,干细胞群由角膜缘干细胞组成。在另一个实施方案中,干细胞群由诱导的全能干细胞组成。在其他实施方案中,干细胞群由造血干细胞组成。在一个实施方案中,干细胞群由神经干细胞组成。在一些实施方案中,干细胞群由心脏来源的干细胞组成。在其他实施方案中,干细胞群由肠干细胞组成。在一些实施方案中,干细胞群由内皮干细胞组成。在一个实施方案中,干细胞群由上皮干细胞组成。在其他实施方案中,干细胞群由嗅觉成体干细胞组成。
在另一个实施方案中,干细胞群由神经嵴干细胞组成。在一些实施方案中,干细胞群由睾丸干细胞组成。在其他实施方案中,干细胞群由胎盘来源的干细胞组成。在一个实施方案中,干细胞群由羊水来源的干细胞组成。在具体的实施方案中,干细胞群由胎盘来源的干细胞
组成。在一些实施方案中,干细胞群包含骨髓间充质干细胞。在其他实施方案中,干细胞群包含羊膜来源的间充质干细胞。在另一个实施方案中,干细胞群包含脂肪组织来源的间充
质干细胞。在一个实施方案中,干细胞群包含来自人脱落乳牙的干细胞。在其他实施方案
中,干细胞群包含骨骼肌来源的干细胞。在一些实施方案中,干细胞群不包含骨髓间充质干细胞。在一些实施方案中,干细胞群不包含羊膜来源的间充质干细胞。在其他实施方案中,干细胞群不包含脂肪组织来源的间充质干细胞。在一个实施方案中,干细胞群不包含来自
人脱落乳牙的干细胞。在另一个实施方案中,干细胞群不包含骨骼肌来源的干细胞。在一些实施方案中,干细胞群基本上由骨髓间充质干细胞组成。在其他实施方案中,干细胞群基本上由羊膜来源的间充质干细胞组成。在一个实施方案中,干细胞群基本上由脂肪组织来源
的间充质干细胞组成。在一些实施方案中,干细胞群基本上由来自人脱落乳牙的干细胞组
成。在其他实施方案中,干细胞群基本上由骨骼肌来源的干细胞组成。在另一个实施方案
中,干细胞群不基本上由骨髓间充质干细胞组成。在一个实施方案中,干细胞群不基本上由羊膜来源的间充质干细胞组成。在一些实施方案中,干细胞群不基本上由脂肪组织来源的
间充质干细胞组成。在其他实施方案中,干细胞群不基本上由来自人脱落乳牙的干细胞组
成。在一些实施方案中,干细胞群不基本上由骨骼肌源干细胞组成。在一个实施方案中,干细胞群由骨髓间充质干细胞组成。在其他实施方案中,干细胞群由羊膜来源的间充质干细
胞组成。在另一个实施方案中,干细胞群由脂肪组织来源的间充质干细胞组成。在一些实施方案中,干细胞群由来自人脱落乳牙的干细胞组成。在其他实施方案中,干细胞群由骨骼肌来源的干细胞组成。在一个实施方案中,干细胞群不由骨髓间充质干细胞组成。在一些实施方案中,干细胞群不由羊膜来源的间充质干细胞组成。在其他实施方案中,干细胞群不由脂肪组织来源的间充质干细胞组成。在另一个实施方案中,干细胞群不由来自人脱落乳牙的
干细胞组成。在一个实施方案中,干细胞群不由骨骼肌来源的干细胞组成。
[0118] 在一个方面,本文提供了用于随时间维持或增加有需要的个体的组织中的干细胞的数量与分化的细胞的数量的比例的方法。在一个实施方案中,所述方法包括向所述个体
施用有效量的干细胞群,其中所述比例与对照个体组织中干细胞的数量与分化的细胞的数
量的比例相比随时间维持或增加。在一个实施方案中,所述方法包括向所述个体施用有效
量的PDSC群,其中所述比例与对照个体组织中干细胞的数量与分化的细胞的数量的比例相
比随时间维持或增加。
[0119] 在第二方面,本文提供一种随时间维持或增加有需要的个体的组织中的干细胞的数量的方法。在某些实施方案中,所述方法包括向所述个体施用有效量的干细胞群,其中所述个体的组织中干细胞的数量与对照个体的相同组织中的干细胞的数量相比随时间维持
或增加。在某些实施方案中,所述方法包括向所述个体施用有效量的PDSC群,其中所述个体的组织中干细胞的数量与对照个体的相同组织中的干细胞的数量相比随时间维持或增加。
在一个实施方案中,干细胞群包含PDSC群。在另一个实施方案中,干细胞群基本上由PDSC群组成。在一个具体的实施方案中,干细胞群由PDSC群组成。
[0120] 在某些实施方案中,在施用干细胞(例如PDSC)群之前,对照个体是相同的个体。在其他实施方案中,对照个体是尚未接受干细胞(例如PDSC)群的个体。
[0121] 在第三方面,本文提供了改变有需要的个体组织中的衰老干细胞的表型的方法,其包括向个体施用有效量的干细胞群,其中所述量可有效改变衰老干细胞的环境小生境,
使得干细胞的表型与对照个体组织中存在的干细胞的表型相比发生改变。本文还提供了改
变有需要的个体组织中的衰老干细胞的表型的方法,其包括向个体施用有效量的PDSC群,
其中所述量有效改变衰老干细胞的环境小生境,使得干细胞的表型与对照个体组织中存在
的干细胞的表型相比发生改变。
[0122] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,此类方法导致衰老干细胞的保持。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,此类方法导致分化细胞的保持,例如在个体的组
织内。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,此类方法导致组织自身的保持。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,此类方法导致降低个体(例如有需要的个体)中的衰老的
影响。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,此类方法导致增加个体(例如有需要的个体)的寿命。在一些实施方案中,所述方法导致先前静止的细胞的增殖。在一些实施方案中,所述方法导致恢复心血管系统的细胞再生潜能。例如,在一些情况下,所述方法导致血管内皮细胞再生潜能的恢复。在其他情况下,所述方法导致血管壁的细胞再生潜能的恢复。在一些实施方案中,所述方法导致血管内皮的结构的维持或改善。在一些情况下,所述方法导致血管内皮功能的维持或改善。在一些实施方案中,所述方法导致血管壁结构的维持或改善。
在一些情况下,所述方法导致血管壁功能的维持或改善。在其他实施方案中,所述方法导致骨骼肌细胞再生潜能的恢复。在一些实施方案中,所述方法导致纤维化程度的降低。在一些情况下,所述方法导致骨骼肌结构的维持或改善。在其他情况下,所述方法导致骨骼肌功能的维持或改善。在一些实施方案中,所述方法导致沉积物的减少。在一些实施方案中,所述方法导致皮肤细胞的增殖增加。例如,在一些情况下,所述方法导致角质形成细胞、黑素细胞、默克尔细胞、郎格罕细胞或其组合的增殖增加。在其他实施方案中,所述方法导致表皮细胞替代率的维持或增加。在一些实施方案中,所述方法导致皮肤细胞中一种或多种蛋
白质的产生的维持或改善。例如,在一些实施方案中,所述方法导致胶原蛋白的产生的维持或改善。在其他实施方案中,所述方法导致弹性蛋白的产生的维持或改善。在一些实施方案中,所述方法导致改善的皮肤外观。例如,在一些实施方案中,所述方法导致更光滑的皮肤外观。在其他实施方案中,所述方法导致皮肤厚度的维持或改善。在一些实施方案中,所述方法导致皮肤对瘀伤或其他类型损伤的敏感性的维持或降低。在一些实施方案中,所述方
法导致皮肤下的脂肪细胞、骨和/或软骨的量的维持或增加。在一些实施方案中,所述方法导致防止皮肤下的脂肪细胞、骨和/或软骨的损失。在一些实施方案中,所述方法导致肝脏的细胞再生潜能的恢复或改善。在一些实施方案中,所述方法导致肝的功能性解剖结构的
维持或改善。例如,在一些情况下,所述方法导致胆解剖结构、肝体积、肝细胞形态、血液供应或其任何组合的维持或改善。在一些实施方案中,所述方法导致肝功能的维持或改善。在一些实施方案中,所述方法导致肾的细胞再生潜能的恢复或改善。在一些实施方案中,所述方法导致功能性肾解剖结构的维持或改善。例如,在一些实施方案中,所述方法导致实质体积、肾小球统一密度、肾灌注或其任何组合的维持或改善。在一些实施方案中,所述方法导致肾实质的保持或改善。在一些实施方案中,所述方法导致肾功能的维持或改善。在一些实施方案中,所述方法导致脑的细胞再生潜能的恢复或改善。在一些实施方案中,所述方法导致脑容积、脑灌注、神经递质合成、神经递质代谢或其组合的维持或改善。在一些实施方案中,所述方法导致脑细胞中蛋白质合成或降解的改变。在一些实施方案中,所述方法导致个体的认知功能的保持或改善。在一些实施方案中,所述方法导致个体的运动功能的保持或
改善。在一些实施方案中,所述方法导致个体的认知和运动功能的保持或改善。在一些实施方案中,所述方法导致个体的认知运动功能下降速率的降低。在一些实施方案中,所述方法导致个体的运动功能下降速率的降低。在一些实施方案中,所述方法导致个体的认知和运
动功能下降速率的降低。在一些实施方案中,所述方法导致骨髓的细胞再生潜能的恢复或
改善。在一些实施方案中,所述方法导致骨髓的集落形成单位潜能的保持或改善。在一些实施方案中,所述方法导致骨髓的细胞性的保持或改善。在一些实施方案中,所述方法导致造血细胞的增加。在一些实施方案中,所述方法导致基质细胞功能的维持或改善。在一些实施方案中,所述方法导致免疫应答的保持或改善。在具体的实施方案中,维持或改善发生在个体中。在具体的实施方案中,维持或改善发生在有需要的个体中。
[0123] 在一些实施方案中,个体患有疾病或病症。在某些实施方案中,疾病或病症是肌肉减少症。在其他实施方案中,疾病或病症是血癌。在其他实施方案中,疾病或病症是退行性病症。在一些情况下,退行性病症是组织或器官中与年龄相关的退行性病症。在一些实施方案中,疾病或病症是代谢病症。在其他实施方案中,疾病或病症是心血管疾病。在一些情况下,疾病或病症是神经变性病症。在某些实施方案中,疾病或病症是骨质疏松症。在其他实施方案中,疾病或病症是皮肤的正常衰老。在一些实施方案中,疾病或病症是肝、肾或免疫疾病。
[0124] 在一个实施方案中,本文提供了通过改变其所处的环境小生境来改变衰老干细胞的方法。在一些实施方案中,为了将衰老干细胞的表型重新调整为具有更长寿命的表型,改变环境小生境。在某些实施方案中,所述方法包括衰老干细胞与来自更年轻来源的祖细胞
(例如PDSC)的体内或体外共培养。在一些实施方案中,共培养导致分子和/或遗传事件,其可以具有使衰老的细胞复原的净效果。在某些实施方案中,本文提供的各种方法可用于表
型修饰衰老生物表达与年轻表型一致的性状。
[0125] 在某些实施方案中,本文提供的方法可以包括一系列体内和体外方法,通过该方法将衰老细胞暴露于年轻的祖细胞导致转移或转变为年轻的表型。在一些实施方案中,本
文提供的各种方法可以包括体外共培养。在其他实施方案中,本文提供的各种方法包括体
内小生境调理。在某些实施方案中,通过将年轻的祖细胞(例如PDSC)递送至生理解剖学小
生境(例如,骨髓或器官系统)来完成小生境复原。在其他实施方案中,通过递送从年轻祖细胞分离的生物活性因子例如旁分泌因子来实现衰老小生境的调理。
[0126] 在具体的实施方案中,本文提供的各种方法将通过暴露于例如胎盘细胞和/或其分泌的因子来诱导年轻表型状态的基因型表达因子特征库而导致衰老细胞表型的调理。
[0127] 在一个具体的实施方案中,衰老干细胞位于有需要的个体的组织中。在其他实施方案中,衰老干细胞来源于有需要的个体。
[0128] 在一些实施方案中,本文提供的方法包括与干细胞的受控共培养(例如原位或体外)。在其他实施方案中,本文提供的方法包括干细胞的治疗性施用。
[0129] 在一些实施方案中,本文提供的方法包括与胎盘细胞的受控共培养(例如原位或体外)。在其他实施方案中,本文提供的方法包括胎盘细胞(例如PDSC)的治疗性施用。在一些实施方案中,施用于个体,例如有需要的个体。这种细胞可以用来开发在受试者衰老细胞上暂时或永久驻留的干细胞的分泌组。胎盘是一系列高度增殖的干细胞和祖细胞的来源,
其表达本文其他地方提供的生长和调理因子的稳健分泌。这样的胎盘细胞可以诱导免疫耐
受。这样的胎盘细胞也可以刺激内源性干细胞再生。胎盘细胞也被成功地移植到人体中用
于各种临床适应症,包括自身免疫性疾病、中风和癌症。
[0130] 本文提供的各种方法可用于例如通过将细胞暴露于年轻时间生物学年龄的细胞(例如PDSC)来控制细胞(例如衰老细胞)的表型。在一些实施方案中,使用胎盘生物反应器
将衰老细胞暴露于PDSC。在其他实施方案中,使用共培养系统将衰老细胞暴露于PDSC。在其他实施方案中,在将胎盘细胞施用于个体后,例如通过静脉内输注、直接注射或其他形式的肠胃外施用,将衰老细胞暴露于PDSC。在一个具体的实施方案中,衰老细胞是个体,例如有需要的个体。
[0131] 在本文提供的各种方法的某些实施方案中,在共培养环境中使用干细胞,例如来自新生胎盘的干细胞(例如PDSC)作为“饲养层”,在其上培养来自较老供体的细胞。在某些实施方案中,来自较老供体的细胞是干细胞、祖细胞或返回宿主时保留繁殖能力的其他细
胞。在一些实施方案中,源自新生胎盘的干细胞在培养中体外扩增。在其他实施方案中,源自新生胎盘的干细胞未扩增。在某些实施方案中,在共培养一段时间之后,供体细胞将从饲养层分离。在一个具体的实施方案中,然后将供体细胞重新引入供体。在一个具体实施方案中,宿主或供体是有需要的个体。
[0132] 在另一个实施方案中,新生细胞(例如PDSC)在体外装置中培养。在一些实施方案中,将体外装置置于受试者个体的循环回路中,使得新生细胞的分泌的因子被递送至个体。
在一个具体的实施方案中,个体是有需要的个体。
[0133] 在本文提供的各种方法的又一些实施方案中,治疗性(例如全身或局部)施用新生细胞(例如PDSC)。在一些实施方案中,新生细胞通过注射施用。在其他实施方案中,新生细胞通过输注施用。在这样的方法中,细胞可以通过受试者个体进行通讯并且在受试者衰老
细胞附近短期或长期驻留。然后在某些实施方案中,细胞可以有效地将受试者细胞的衰老
表型改变至更年轻的表型。在一些实施方案中,改变是衰老细胞与旁分泌因子、内分泌因子直接或间接接触和/或直接的细胞与细胞的相互作用(例如与新生细胞)的结果。
[0134] 在另一方面,本文提供了改变有需要的个体的组织中衰老细胞的蛋白质组的方法。在一些实施方案中,改变组织中衰老细胞的蛋白质组的方法包括向个体施用有效量的
干细胞群,其中所述量有效改变衰老细胞的蛋白质组,其中改变的蛋白质组包含在对照个
体的组织中的年轻细胞中发现的一种或多种生物标志物。本文还提供了改变有需要的个体
的组织中的衰老细胞的蛋白质组的方法。在一些实施方案中,改变组织中的衰老细胞的蛋
白质组的方法包括向个体施用有效量的PDSC群,其中所述量有效改变衰老细胞的蛋白质
组,其中改变的蛋白质组包含在对照个体的组织中的年轻细胞中发现的一种或多种生物标
志物。在一些实施方案中,生物标志物相对于年轻细胞中发现的相同生物标志物增加。在其他实施方案中,生物标志物相对于年轻细胞中发现的相同生物标志物降低。
[0135] 在一些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:肌球蛋白轻链3(MLCF3)、肌球蛋白轻链多肽2(慢)、肌球蛋白轻链1(MLC1F)、肌球蛋白结合蛋白C(MYBPC1)、肌球蛋白结合蛋白H、α肌动蛋白(片段)、肌动蛋白(骨骼肌)、肌动蛋白α(心脏)、肌钙蛋白T类Iaα-1、肌钙蛋白T类IIaβ-1、肌钙蛋白Tβ/α、capZβ、结蛋白、凝溶胶蛋白(胞质溶胶)、β-微管蛋白、p23、磷酸丙糖异构酶1、糖基化酶I、乙二酶I、烯醇酶3(β肌肉)、甘油3-P脱氢酶、异柠檬酸脱氢酶3(NAD+)、细胞色素C氧化酶(多肽Va)、肌酸激酶(肌肉形式)、Cu/Zn超氧化物歧化酶、蛋白重链(H-铁蛋白)、醛脱氢酶(线粒体)、谷胱甘肽转移酶(ω-1)、热休克
20kDa蛋白(Hsp20)、热休克27kDa蛋白(Hsp27)、二硫键异构酶ER60(ERp57)、14-3-3蛋白、嘌呤脱酶(鸟嘌呤酶)、Rho-GDI(α)、磷酸组氨酸磷酸酶、mRNA加帽酶、类似apobec2蛋白、半乳糖凝集素1、白蛋白、维生素D结合蛋白前肽、蛋白激酶C相互作用蛋白1、RIKEN cDNA 
1700012G19、肌球蛋白重链2(MYH2)、肌钙蛋白T 1型(TNNT1)、利阿诺定受体1(骨架)
(RYR1)、肌集钙蛋白1(快缩,骨骼肌)(CASQ1)、亲联蛋白1(JPH1)、腺苷单磷酸脱氨酶
(AMPD1)、磷酸化酶糖原肌肉(PYGM)和烯醇酶3(β,肌肉)(ENO3)。在一些实施方案中,两种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:MLCF3、肌球蛋白轻链多肽2(慢)、MLC1F、MYBPC1、肌球蛋白结合蛋白H、α肌动蛋白(片段)、肌动蛋白(骨骼肌)、肌动蛋白α(心脏)、肌钙蛋白T类Iaα-1、肌钙蛋白T类IIaβ-1、肌钙蛋白Tβ/α、capZβ、结蛋白、凝溶胶蛋白(胞质溶胶)、β-微管蛋白、p23、磷酸丙糖异构酶1、糖基化酶I、乙二醛酶I、烯醇酶3(β肌肉)、甘油3-P脱氢酶、异柠檬酸脱氢酶3(NAD+)、细胞色素C氧化酶(多肽Va)、肌酸激酶(肌肉形式)、Cu/Zn超氧化物歧化酶、铁蛋白重链(H-铁蛋白)、醛脱氢酶(线粒体)、谷胱甘肽转移酶(ω-1)、Hsp20、Hsp20、二硫键异构酶ER60(ERp57)、14-3-3蛋白、鸟嘌呤脱氨酶(鸟嘌呤酶)、Rho-GDI(α)、磷酸组氨酸磷酸酶、mRNA加帽酶、类似apobec2蛋白、半乳糖凝集素1、白蛋白、维生素D结合蛋白前肽、蛋白激酶C相互作用蛋白-1、RIKEN cDNA 1700012G19、MYH2、TNNT1、RYR1、CASQ1、JPH1、AMPD1、PYGM和ENO3。在一些实施方案中,生物标志物是MLCF3。在一些实施方案中,三种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:MLCF3、肌球蛋白轻链多肽2(慢)、MLC1F、
MYBPC1、肌球蛋白结合蛋白H、α肌动蛋白(片段)、肌动蛋白(骨骼肌)、肌动蛋白α(心脏)、肌钙蛋白T类Iaα-1、肌钙蛋白T类IIaβ-1、肌钙蛋白Tβ/α、capZβ、结蛋白、凝溶胶蛋白(胞质溶胶)、β-微管蛋白、p23、磷酸丙糖异构酶1、糖基化酶I、乙二醛酶I、烯醇酶3(β肌肉)、甘油3-P脱氢酶、异柠檬酸脱氢酶3(NAD+)、细胞色素C氧化酶(多肽Va)、肌酸激酶(肌肉形式)、Cu/Zn超氧化物歧化酶、铁蛋白重链(H-铁蛋白)、醛脱氢酶(线粒体)、谷胱甘肽转移酶(ω-1)、热休克20kDa蛋白(Hsp20)、Hsp20、二硫键异构酶ER60(ERp57)、14-3-3蛋白、鸟嘌呤脱氨酶(鸟嘌呤酶)、Rho-GDI(α)、磷酸组氨酸磷酸酶、mRNA加帽酶、类似apobec2蛋白、半乳糖凝集素1、白蛋白、维生素D结合蛋白前肽、蛋白激酶C相互作用蛋白-1、RIKEN cDNA 1700012G19、
MYH2、TNNT1、RYR1、CASQ1、JPH1、AMPD1、PYGM和ENO3。在一些实施方案中,生物标志物是MLCF3。在一些实施方案中,4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、
40或45或更多种生物标志物选自由以下组成的组:MLCF3、肌球蛋白轻链多肽2(慢)、MLC1F、MYBPC1、肌球蛋白结合蛋白H、α肌动蛋白(片段)、肌动蛋白(骨骼肌)、肌动蛋白α(心脏)、肌钙蛋白T类Iaα-1、肌钙蛋白T类IIaβ-1、肌钙蛋白Tβ/α、capZβ、结蛋白、凝溶胶蛋白(胞质溶胶)、β-微管蛋白、p23、磷酸丙糖异构酶1、糖基化酶I、乙二醛酶I、烯醇酶3(β肌肉)、甘油3-P脱氢酶、异柠檬酸脱氢酶3(NAD+)、细胞色素C氧化酶(多肽Va)、肌酸激酶(肌肉形式)、Cu/Zn超氧化物歧化酶、铁蛋白重链(H-铁蛋白)、醛脱氢酶(线粒体)、谷胱甘肽转移酶(ω-1)、热休克20kDa蛋白(Hsp20)、Hsp20、二硫键异构酶ER60(ERp57)、14-3-3蛋白、鸟嘌呤脱氨酶(鸟嘌呤酶)、Rho-GDI(α)、磷酸组氨酸磷酸酶、mRNA加帽酶、类似apobec2蛋白、半乳糖凝集素1、白蛋白、维生素D结合蛋白前肽、蛋白激酶C相互作用蛋白-1、RIKEN cDNA 1700012G19、
MYH2、TNNT1、RYR1、CASQ1、JPH1、AMPD1、PYGM和ENO3。在一些实施方案中,生物标志物是MLCF3。在一些实施方案中,生物标志物是肌球蛋白轻链多肽2(慢)。在一些实施方案中,生物标志物是MLC1F。在一些实施方案中,生物标志物是肌球蛋白结合蛋白C(MYBPC1)。在一些实施方案中,生物标志物是肌球蛋白结合蛋白H。在一些实施方案中,生物标志物是α肌动蛋白(片段)。在一些实施方案中,生物标志物是肌动蛋白(骨骼肌)。在一些实施方案中,生物标志物是肌动蛋白α(心脏)。在一些实施方案中,生物标志物是肌钙蛋白T类Iaα-1。在一些实施方案中,生物标志物是肌钙蛋白T类IIaβ-1。在一些实施方案中,生物标志物是肌钙蛋白Tβ/α。在一些实施方案中,生物标志物是capZβ。在一些实施方案中,生物标志物是结蛋白。在一些实施方案中,生物标志物是凝溶胶蛋白(胞质溶胶)。在一些实施方案中,生物标志物是β-微管蛋白。在一些实施方案中,生物标志物是p23。在一些实施方案中,生物标志物是磷酸丙糖异构酶1。在一些实施方案中,生物标志物是糖基化酶I。在一些实施方案中,生物标志物是乙二醛酶I。在一些实施方案中,生物标志物是烯醇酶3(β肌肉)。在一些实施方案中,生物标志物是甘油3-P脱氢酶。在一些实施方案中,生物标志物是异柠檬酸脱氢酶3
(NAD+)。在一些实施方案中,生物标志物是细胞色素c氧化酶(多肽Va)。在一些实施方案中,生物标志物是肌酸激酶(肌肉形式)。在一些实施方案中,生物标志物是Cu/Zn超氧化物歧化酶。在一些实施方案中,生物标志物是铁蛋白重链(H-铁蛋白)。在一些实施方案中,生物标志物是醛脱氢酶(线粒体)。在一些实施方案中,生物标志物是谷胱甘肽转移酶(ω-1)。在一些实施方案中,生物标志物是热休克20kDa蛋白(Hsp20)。在一些实施方案中,生物标志物是Hsp20。在一些实施方案中,生物标志物是二硫键异构酶ER60(ERp57)。在一些实施方案中,生物标志物是14-3-3蛋白。在一些实施方案中,生物标志物是鸟嘌呤脱氨酶(鸟嘌呤酶)。在一些实施方案中,生物标志物是Rho-GDI(α)。在一些实施方案中,生物标志物是磷酸组氨酸磷酸酶。在一些实施方案中,生物标志物是mRNA加帽酶。在一些实施方案中,生物标志物是类似apobec2蛋白。在一些实施方案中,生物标志物是半乳糖凝集素1。在一些实施方案中,生物标志物是白蛋白。在一些实施方案中,生物标志物是维生素D结合蛋白前肽。在一些实施方案中,生物标志物是蛋白激酶C相互作用蛋白-1。在一些实施方案中,生物标志物是
RIKEN cDNA 1700012G19。在一些实施方案中,生物标志物是MYH2。在一些实施方案中,生物标志物是TNNT1。在一些实施方案中,生物标志物是RYR1。在一些实施方案中,生物标志物是CASQ1。在一些实施方案中,生物标志物是JPH1。在一些实施方案中,生物标志物是AMPD1。在一些实施方案中,生物标志物是PYGM。在一些实施方案中,生物标志物是ENO3。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达在衰老细胞中增
加。在一些实施方案中,生物标志物表达的增加指示衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达降低。在一些实施方案中,生物标志物的表达在衰老细胞中降低。在其他实施方案
中,生物标志物表达的降低指示衰老。在一些实施方案中,生物标志物表达的改变是性别特异性的。在一些实施方案中,在衰老雄性中生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,在衰老雄性中生物标志物的表达降低。在其他实施方案中,在衰老雌性中生物标志物的表达
增加。在其他实施方案中,在衰老雌性中生物标志物的表达降低。
[0136] 在一些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:MLCF3、肌球蛋白轻链多肽2(慢)、MLC1F、肌球蛋白结合蛋白C、肌球蛋白结合蛋白H、α肌动蛋白(片段)、肌动蛋白(骨骼肌)、肌动蛋白α(心脏)、肌钙蛋白T类IIaβ-1、肌钙蛋白Tβ/α、capZβ、磷酸丙糖异构酶1、糖基化酶I、乙二醛酶I、烯醇酶3(β肌肉)、甘油3-P脱氢酶、异柠檬酸脱氢酶3(NAD+)、细胞色素C氧化酶(多肽Va)、肌酸激酶(肌肉形式)、Cu/Zn超氧化物歧化酶、磷酸组氨酸磷酸酶、蛋白激酶C相互作用蛋白-1和RIKEN cDNA 1700012G19,其中一种或多种生物标志
物的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,两种或更多种生物标志物选自由以下组成的
组:MLCF3、肌球蛋白轻链多肽2(慢)、MLC1F、肌球蛋白结合蛋白C、肌球蛋白结合蛋白H、α肌动蛋白(片段)、肌动蛋白(骨骼肌)、肌动蛋白α(心脏)、肌钙蛋白T类IIaβ-1、肌钙蛋白Tβ/α、capZβ、磷酸丙糖异构酶1、糖基化酶I、乙二醛酶I、烯醇酶3(β肌肉)、甘油3-P脱氢酶、异柠檬酸脱氢酶3(NAD+)、细胞色素C氧化酶(多肽Va)、肌酸激酶(肌肉形式)、Cu/Zn超氧化物歧化酶、磷酸组氨酸磷酸酶、蛋白激酶C相互作用蛋白-1和RIKEN cDNA 1700012G19,其中两种或更多种生物标志物的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,三种或更多种生物标志物选
自由以下组成的组:MLCF3、肌球蛋白轻链多肽2(慢)、MLC1F、肌球蛋白结合蛋白C、肌球蛋白结合蛋白H、α肌动蛋白(片段)、肌动蛋白(骨骼肌)、肌动蛋白α(心脏)、肌钙蛋白T类IIaβ-1、肌钙蛋白Tβ/α、capZβ、磷酸丙糖异构酶1、糖基化酶I、乙二醛酶I、烯醇酶3(β肌肉)、甘油3-P脱氢酶、异柠檬酸脱氢酶3(NAD+)、细胞色素C氧化酶(多肽Va)、肌酸激酶(肌肉形式)、Cu/Zn超氧化物歧化酶、磷酸组氨酸磷酸酶、蛋白激酶C相互作用蛋白-1和RIKEN  cDNA 
1700012G19,其中三种或更多种生物标志物的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,4、5、
6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:MLCF3、肌球蛋白轻链多肽2(慢)、MLC1F、肌球蛋白结合蛋白C、肌球蛋白结合蛋白H、α肌动蛋白(片段)、肌动蛋白(骨骼肌)、肌动蛋白α(心脏)、肌钙蛋白T类IIaβ-1、肌钙蛋白Tβ/α、capZβ、磷酸丙糖异构酶1、糖基化酶I、乙二醛酶I、烯醇酶3(β肌肉)、甘油3-P脱氢酶、异柠檬酸脱氢酶3(NAD+)、细胞色素C氧化酶(多肽Va)、肌酸激酶(肌肉形式)、Cu/Zn超氧化物歧化酶、磷酸组氨酸磷酸酶、蛋白激酶C相互作用蛋白-1和RIKEN cDNA 1700012G19,其中生物标志物的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,MLCF3的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,肌球蛋白轻链多肽2(慢)的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,MLC1F的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,肌球蛋白结合蛋白C的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,肌球蛋白结合蛋白H的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,α肌动蛋白(片段)的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,肌动蛋白(骨骼肌)的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,肌动蛋白α(心脏)的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,肌钙蛋白T类IIaβ-1的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,肌钙蛋白Tβ/α的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,capZβ的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,磷酸丙糖异构酶1的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,糖基化酶I的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,乙二醛酶I的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,烯醇酶3(β肌肉)的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,甘油3-P脱氢酶的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,异柠檬酸脱氢酶3(NAD+)的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,细胞色素c氧化酶(多肽Va)的表达降低指示衰
老。在一些实施方案中,肌酸激酶(肌肉形式)的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,Cu/Zn超氧化物歧化酶的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,磷酸组氨酸磷酸酶的表达降
低指示衰老。在一些实施方案中,蛋白激酶C相互作用蛋白-1的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,RIKEN cDNA 1700012G19的表达降低指示衰老。
[0137] 在一些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:肌钙蛋白T类Iaα-1、肌钙蛋白T类IIaβ-1、结蛋白、凝溶胶蛋白(胞质溶胶)、β-微管蛋白、p23、铁蛋白重链(H-铁蛋白)、醛脱氢酶(线粒体)、谷胱甘肽转移酶(ω-1)、热休克20kDa蛋白(Hsp20)、
Hsp20、二硫键异构酶ER60(ERp57)、14-3-3蛋白、鸟嘌呤脱氨酶(鸟嘌呤酶)、Rho-GDI(α)、mRNA加帽酶、类似apobec2蛋白、半乳糖凝集素1、白蛋白、维生素D结合蛋白前肽,其中一种或多种生物标志物的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,两种或更多种生物标志物选
自由以下组成的组:肌钙蛋白T类Iaα-1、肌钙蛋白T类IIaβ-1、结蛋白、凝溶胶蛋白(胞质溶胶)、β-微管蛋白、p23、铁蛋白重链(H-铁蛋白)、醛脱氢酶(线粒体)、谷胱甘肽转移酶(ω-
1)、热休克20kDa蛋白(Hsp20)、Hsp20、二硫键异构酶ER60(ERp57)、14-3-3蛋白、鸟嘌呤脱氨酶(鸟嘌呤酶)、Rho-GDI(α)、mRNA加帽酶、类似apobec2蛋白、半乳糖凝集素1、白蛋白、维生素D结合蛋白前肽,其中生物标志物的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,三种或更多种生物标志物由以下组成的组:肌钙蛋白T类Iaα-1、肌钙蛋白T类IIaβ-1、结蛋白、凝溶胶蛋白(胞质溶胶)、β-微管蛋白、p23、铁蛋白重链(H-铁蛋白)、醛脱氢酶(线粒体)、谷胱甘肽转移酶(ω-1)、热休克20kDa蛋白(Hsp20)、Hsp20、二硫键异构酶ER60(ERp57)、14-3-3蛋白、鸟嘌呤脱氨酶(鸟嘌呤酶)、Rho-GDI(α)、mRNA加帽酶、类似apobec2蛋白、半乳糖凝集素1、白蛋白、维生素D结合蛋白前肽,其中生物标志物的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,4、5、
6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:肌钙蛋白T类Iaα-1、肌钙蛋白T类IIaβ-1、结蛋白、凝溶胶蛋白(胞质溶胶)、β-微管蛋白、p23、铁蛋白重链(H-铁蛋白)、醛脱氢酶(线粒体)、谷胱甘肽转移酶(ω-1)、热休克20kDa蛋白(Hsp20)、Hsp20、二硫键异构酶ER60(ERp57)、14-3-3蛋白、鸟嘌呤脱氨酶(鸟嘌呤酶)、Rho-GDI(α)、mRNA加帽酶、类似apobec2蛋白、半乳糖凝集素1、白蛋白、维生素D结合蛋白前肽,其中生物标志物的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,肌钙蛋白T类Iaα-1的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,肌钙蛋白T类IIaβ-1的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,结蛋白的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,凝溶胶蛋白(胞质溶胶)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,β-微管蛋白的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,p23的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,铁蛋白重链(H-铁蛋白)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,醛脱氢酶(线粒体)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,谷胱甘肽转移酶(ω-1)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,热休克20kDa蛋白(Hsp20)的表达增加
指示衰老。在一些实施方案中,Hsp20的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,二硫键异构酶ER60(ERp57)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,14-3-3蛋白的表达增加指示衰
老。在一些实施方案中,鸟嘌呤脱氨酶(鸟嘌呤酶)的表达增加指示衰老。在一些实施方案
中,Rho-GDI(α)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,mRNA加帽酶的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,类似apobec2蛋白(登录号XP217334)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,半乳糖凝集素1的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,白蛋白的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,维生素D结合蛋白前肽的表达增加指示衰老。
[0138] 在一些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:肉豆蔻酰化的富含丙氨酸的C-激酶底物、α-互连蛋白、甲基-CpG-结合蛋白2的同种型B、组蛋白H1.4、血清白蛋白的同种型1、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白G(1)/G(S)/G(T)亚基β-1、腺苷酸激酶1、果糖二磷酸醛缩酶A、腱生蛋白-R、丛生蛋白的同种型2、突触传递、阳离子转运、髓磷脂蛋白脂质蛋白的同种型1、神经调理素、二氢嘧啶酶相关蛋白2、二氢蝶啶还原酶、基质蛋白-3、α-烯醇酶、凝溶胶蛋白的同种型1、淀粉样蛋白βA4蛋白(片段)APP714的APP同种型、膜联蛋白A6、微管相关蛋白tau的同种型tau-E、MAP1A 331kDa蛋白、成神经细胞分化相关蛋白AH NAK、细胞周期出口和神经元分化蛋白1、甘油醛-3-磷酸脱氢酶、HIST1H1D、谷酰胺酶肾同种型的KGA同种型、超氧化物歧化酶(Mn)(SOD2)、髓磷脂性蛋白(MBP)的同种型1和波形蛋白(VIM)。
在一些实施方案中,两种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:肉豆蔻酰化的富含丙
氨酸的C-激酶底物、α-互连蛋白、甲基-CpG-结合蛋白2的同种型B、组蛋白H1.4、血清白蛋白的同种型1、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白G(1)/G(S)/G(T)亚基β-1、腺苷酸激酶1、果糖二磷酸醛缩酶A、腱生蛋白-R、丛生蛋白的同种型2、突触传递、阳离子转运、髓磷脂蛋白脂质蛋白的同种型1、神经调理素、二氢嘧啶酶相关蛋白2、二氢蝶啶还原酶、基质蛋白-3、α-烯醇酶、凝溶胶蛋白的同种型1、淀粉样蛋白βA4蛋白(片段)APP714的APP同种型、膜联蛋白A6、微管相关蛋白tau的同种型tau-E、MAP1A 331kDa蛋白、成神经细胞分化相关蛋白AH NAK、细胞周期出口和神经元分化蛋白1、甘油醛-3-磷酸脱氢酶、HIST1H1D、谷酰胺酶肾同种型的KGA同种型、超氧化物歧化酶(Mn)(SOD2)、MBP的同种型1和VIM。在一些实施方案中,三种或更多种生物标志物选自选自由以下组成的组:肉豆蔻酰化的富含丙氨酸的C-激酶底物、α-互连蛋白、甲基-CpG-结合蛋白2的同种型B、组蛋白H1.4、血清白蛋白的同种型1、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白G(1)/G(S)/G(T)亚基β-1、腺苷酸激酶1、果糖二磷酸醛缩酶A、腱生蛋白-R、丛生蛋白的同种型2、突触传递、阳离子转运、髓磷脂蛋白脂质蛋白的同种型1、神经调理素、二氢嘧啶酶相关蛋白2、二氢蝶啶还原酶、基质蛋白-3、α-烯醇酶、凝溶胶蛋白的同种型1、淀粉样蛋白βA4蛋白(片段)APP714的APP同种型、膜联蛋白A6、微管相关蛋白tau的同种型tau-E、MAP1A 
331kDa蛋白、成神经细胞分化相关蛋白AH NAK、细胞周期出口和神经元分化蛋白1、甘油醛-
3-磷酸脱氢酶、HIST1H1D、谷酰胺酶肾同种型的KGA同种型、超氧化物歧化酶(Mn)(SOD2)、MBP的同种型1和VIM。在一些实施方案中,4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:肉豆蔻酰化的富含丙氨酸的C-激酶底
物、α-互连蛋白、甲基-CpG-结合蛋白2的同种型B、组蛋白H1.4、血清白蛋白的同种型1、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白G(1)/G(S)/G(T)亚基β-1、腺苷酸激酶1、果糖二磷酸醛缩酶A、腱生蛋白-R、丛生蛋白的同种型2、突触传递、阳离子转运、髓磷脂蛋白脂质蛋白的同种型1、神经调理素、二氢嘧啶酶相关蛋白2、二氢蝶啶还原酶、基质蛋白-3、α-烯醇酶、凝溶胶蛋白的同种型
1、淀粉样蛋白βA4蛋白(片段)APP714的APP同种型、膜联蛋白A6、微管相关蛋白tau的同种型tau-E、MAP1A 331kDa蛋白、成神经细胞分化相关蛋白AH NAK、细胞周期出口和神经元分化蛋白1、甘油醛-3-磷酸脱氢酶、HIST1H1D、谷酰胺酶肾同种型的KGA同种型、超氧化物歧化酶(Mn)(SOD2)、MBP的同种型1和VIM。在一些实施方案中,生物标志物是肉豆蔻酰化的富含丙氨酸的C-激酶底物。在一些实施方案中,生物标志物是α-互联蛋白。在一些实施方案中,生物标志物是甲基-CpG-结合蛋白2的同种型B。在一些实施方案中,生物标志物是组蛋白
H1.4。在一些实施方案中,生物标志物是血清白蛋白的同种型1。在一些实施方案中,生物标志物是鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G(1)/G(S)/G(T)亚基β-1。在一些实施方案中,生物标志物是腺苷酸激酶1。在一些实施方案中,生物标志物是果糖二磷酸醛缩酶A。在一些实施方案
中,生物标志物是腱生蛋白-R。在一些实施方案中,生物标志物是丛生蛋白的同种型2。在一些实施方案中,生物标志物是突触传递。在一些实施方案中,生物标志物是阳离子转运。在一些实施方案中,生物标志物是髓磷脂蛋白脂质蛋白的同种型1。在一些实施方案中,生物标志物是神经调理素。在一些实施方案中,生物标志物是二氢嘧啶酶相关蛋白2。在一些实施方案中,生物标志物是二氢喋呤还原酶。在一些实施方案中,生物标志物是基质蛋白-3。
在一些实施方案中,生物标志物是α-烯醇酶。在一些实施方案中,生物标志物是凝溶胶蛋白的同种型1。在一些实施方案中,生物标志物是淀粉样蛋白βA4蛋白(片段)APP714的APP同种型。在一些实施方案中,生物标志物是膜联蛋白A6。在一些实施方案中,生物标志物是微管相关蛋白tau的同种型tau-E。在一些实施方案中,生物标志物是MAP1A331kDa蛋白。在一些实施方案中,生物标志物是成神经细胞分化相关蛋白AH NAK。在一些实施方案中,生物标志物是细胞周期出口和神经元分化蛋白1。在一些实施方案中,生物标志物是甘油醛-3-磷酸
脱氢酶。在一些实施方案中,生物标志物是HIST1H1D。在一些实施方案中,生物标志物是谷氨酰胺酶肾同种型的KGA同种型。在一些实施方案中,生物标志物是超氧化物歧化酶(Mn)
(SOD2)。在一些实施方案中,生物标志物是MBP的同种型1。在一些实施方案中,生物标志物是VIM。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达在衰老细胞中增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达降低。在一些实施方案中,生物标志物的表达在衰老细胞中降低。在其他实施方案中,生物标志物的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达改变是性别特异性的。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达降低。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达增加。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达降低。
[0139] 在一些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:淀粉样蛋白β(A4)前体蛋白(APP)、肉豆蔻酰化的富含丙氨酸的蛋白激酶C底物(MARCKS)、互联蛋白神经
元中间丝蛋白α(INA)、甲基CpG结合蛋白(MECP)、组蛋白簇1H1e(HIST1H1E)、白蛋白(ALB)、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白)β多肽(GNB1)、腺苷酸激酶1(AK1)、醛糖A果糖二磷酸
(ALDOA)、腱生蛋白R(TNR)、丛生蛋白(CLU)、突触蛋白1(SYN1)、ATP合酶、H+转运、线粒体F1复合物、α亚基1、心肌(ATP5A1)、蛋白脂质蛋白1(PLP1)、生长相关蛋白43(GAP43)、二氢嘧啶酶-样2(DPYSL2)、醌型二氢蝶啶还原酶(QDPR)、基质蛋白-3(MATR3)、烯醇酶1(α)(ENO1)、凝溶胶蛋白(GSN)、膜联蛋白A6(ANXA6)、微管相关蛋白tau(MAPT)、微管相关蛋白1A(MAP1A)、AHNAK核蛋白、细胞周期出口和神经元分化1(CEND1)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、组蛋白簇1、H1D(HIST1H1D)、谷氨酰胺酶(GLS)、超氧化物歧化酶(SOD2)、MBP、VIM、ELAV样蛋白3(ELAVL3)、神经颗粒素(NRGN)、受体表达增强蛋白2(REEP2)、谷氨酸脱羧酶1(GAD1)、原钙粘蛋白α-1(PCDHA1)、胶质纤维酸性蛋白(GFAP)、S100钙结合蛋白(S100B)(A)、序列相似性19家族(趋化因子(C-C-基序)-样)、成员A1(FAM19A1)、水通道蛋白4(AQP4)、c型凝集素结构域家族2、成员L(CLEC2L)、神经丝三联体L蛋白(NF-L)、过氧化物氧还蛋白(EC 1.11.1.)、乌头酸水合酶(EC 4.2.1.3)、烯醇酶2(EC 4.2.1.11)和T复合蛋白1。在一些实施方案中,两种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:淀粉样蛋白β(A4)前体蛋白(APP)、肉豆蔻酰化的富含丙氨酸的蛋白激酶C底物、互联蛋白神经元中间丝蛋白α(INA)、甲基CpG结合蛋白
(MECP)、组蛋白簇1H1e(HIST1H1E)、白蛋白(ALB)、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白)β多肽
(GNB1)、腺苷酸激酶1(AK1)、醛糖A果糖二磷酸(ALDOA)、腱生蛋白R(TNR)、丛生蛋白(CLU)、突触蛋白1(SYN1)、ATP合酶、H+转运、线粒体F1复合物、α亚基1、心肌(ATP5A1)、蛋白脂质蛋白1(PLP1)、生长相关蛋白43(GAP43)、二氢嘧啶酶样2(DPYSL2)、醌型二氢蝶啶还原酶
(QDPR)、基质蛋白-3(MATR3)、烯醇酶1(α)(ENO1)、凝溶胶蛋白(GSN)、膜联蛋白A6(ANXA6)、微管相关蛋白tau(MAPT)、微管相关蛋白1A(MAP1A)、AHNAK核蛋白、细胞周期出口和神经元分化1(CEND1)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、组蛋白簇1、H1D(HIST1H1D)、谷氨酰胺酶
(GLS)、超氧化物歧化酶(SOD2)、MBP、VIM、ELAV样蛋白3(ELAVL3)、神经颗粒素(NRGN)、受体表达增强蛋白2(REEP2)、谷氨酸脱羧酶1(GAD1)、原钙粘蛋白α-1(PCDHA1)、胶质纤维酸性蛋白(GFAP)、S100钙结合蛋白(S100B)、序列相似性19家族(趋化因子(C-C-基序)-样)、成员A1(FAM19A1)、水通道蛋白4(AQP4)、c型凝集素结构域家族2、成员L(CLEC2L)、神经丝三联体L蛋白(NF-L)、过氧化物氧还蛋白(EC 1.11.1.)、乌头酸水合酶(EC 4.2.1.3)、烯醇酶2(EC 
4.2.1.11)和T复合蛋白1。在一些实施方案中,三种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:淀粉样蛋白β(A4)前体蛋白(APP)、marcks、互联蛋白神经元中间丝蛋白α(INA)、甲基CpG结合蛋白(MECP)、组蛋白簇1H1e(HIST1H1E)、白蛋白(ALB)、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白)β多肽(GNB1)、腺苷酸激酶1(AK1)、醛糖A果糖二磷酸(ALDOA)、腱生蛋白R(TNR)、丛生蛋白(CLU)、突触蛋白1(SYN1)、ATP合酶、H+转运、线粒体F1复合物、α亚基1、心肌(ATP5A1)、蛋白脂质蛋白1(PLP1)、生长相关蛋白43(GAP43)、二氢嘧啶酶样2(DPYSL2)、醌型二氢蝶啶还原酶(QDPR)、基质蛋白-3(MATR3)、烯醇酶1(α)(ENO1)、凝溶胶蛋白(GSN)、膜联蛋白A6
(ANXA6)、微管相关蛋白tau(MAPT)、微管相关蛋白1A(MAP1A)、AHNAK核蛋白、细胞周期出口和神经元分化1(CEND1)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、组蛋白簇1、H1D(HIST1H1D)、谷氨酰胺酶(GLS)、超氧化物歧化酶(SOD2)、MBP、VIM、ELAV样蛋白3(ELAVL3)、神经颗粒素
(NRGN)、受体表达增强蛋白2(REEP2)、谷氨酸脱羧酶1(GAD1)、原钙粘蛋白α-1(PCDHA1)、胶质纤维酸性蛋白(GFAP)、S100钙结合蛋白(S100B)(A)、序列相似性19家族(趋化因子(C-C-
基序)-样)、成员A1(FAM19A1)、水通道蛋白4(AQP4)、c型凝集素结构域家族2、成员L
(CLEC2L)、神经丝三联体L蛋白(NF-L)、过氧化物氧还蛋白(EC 1.11.1.)、乌头酸水合酶(EC 
4.2.1.3)、烯醇酶2(EC 4.2.1.11)和T复合蛋白1。在一些实施方案中,4、5、6、7、8、9、10、11、
12、13、14、15、16、17、18、19或20、25、30、35、40、45或50种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:淀粉样蛋白β(A4)前体蛋白(APP)、marcks、、互联蛋白神经元中间丝蛋白α(INA)、甲基CpG结合蛋白(MECP)、组蛋白簇1H1e(HIST1H1E)、白蛋白(ALB)、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白)β多肽(GNB1)、腺苷酸激酶1(AK1)、醛糖A果糖二磷酸(ALDOA)、腱生蛋白R(TNR)、丛生蛋白(CLU)、突触蛋白1(SYN1)、ATP合酶、H+转运、线粒体F1复合物、α亚基1、心肌
(ATP5A1)、蛋白脂质蛋白1(PLP1)、生长相关蛋白43(GAP43)、二氢嘧啶酶样2(DPYSL2)、醌型二氢蝶啶还原酶(QDPR)、基质蛋白-3(MATR3)、烯醇酶1(α)(ENO1)、凝溶胶蛋白(GSN)、膜联蛋白A6(ANXA6)、微管相关蛋白tau(MAPT)、微管相关蛋白1A(MAP1A)、AHNAK核蛋白、细胞周期出口和神经元分化1(CEND1)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、组蛋白簇1、H1d
(HIST1H1D)、谷氨酰胺酶(GLS)、超氧化物歧化酶(SOD2)、MBP、VIM、ELAV样蛋白3(ELAVL3)、神经颗粒素(NRGN)、受体表达增强蛋白2(REEP2)、谷氨酸脱羧酶1(GAD1)、原钙粘蛋白α-1(PCDHA1)、胶质纤维酸性蛋白(GFAP)、S100钙结合蛋白(S100B)(A)、序列相似性19家族(趋化因子(C-C-基序)-样)成员、A1(FAM19A1)、水通道蛋白4(AQP4)、c型凝集素结构域家族2、成员L(CLEC2L)、神经丝三联体L蛋白(NF-L)、过氧化物氧还蛋白(EC 1.11.1.)、乌头酸水合酶(EC 4.2.1.3)、烯醇酶2(EC 4.2.1.11)和T复合蛋白1。在一些实施方案中,生物标志物是淀粉样蛋白β(A4)前体蛋白(APP)。在一些实施方案中,生物标志物是MARCKS。在一些实施方案中,生物标志物是互联蛋白神经元中间丝蛋白α(INA)。在一些实施方案中,生物标志物是甲基CpG结合蛋白(MECP)。在一些实施方案中,生物标志物是组蛋白簇1H1e(HIST1H1E)。在一些实施方案中,生物标志物是白蛋白(ALB)。在一些实施方案中,生物标志物是鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白)β多肽(GNB1)。在一些实施方案中,生物标志物是腺苷酸激酶1(AK1)。
在一些实施方案中,生物标志物是醛糖A果糖二磷酸(ALDOA)。在一些实施方案中,生物标志物是腱生蛋白R(TNR)。在一些实施方案中,生物标志物是丛生蛋白(CLU)。在一些实施方案中,生物标志物是突触蛋白1(SYN1)。在一些实施方案中,生物标志物是ATP合酶。在一些实施方案中,生物标志物是H+转运。在一些实施方案中,生物标志物是线粒体F1复合物。在一些实施方案中,生物标志物是α亚基1。在一些实施方案中,生物标志物是心肌(ATP5A1)。在一些实施方案中,生物标志物是蛋白脂质蛋白1(PLP1)。在一些实施方案中,生物标志物是生长相关蛋白43(GAP43)。在一些实施方案中,生物标志物是二氢嘧啶酶样2(DPYSL2)。在一些实施方案中,生物标志物是醌型二氢喋呤还原酶(QDPR)。在一些实施方案中,生物标志物是基质蛋白-3(MATR3)。在一些实施方案中,生物标志物是烯醇酶1(ENO1)。在一些实施方案中,生物标志物是凝溶胶蛋白(GSN)。在一些实施方案中,生物标志物是膜联蛋白A6
(ANXA6)。在一些实施方案中,生物标志物是微管相关蛋白tau(MAPT)。在一些实施方案中,生物标志物是微管相关蛋白1A(MAP1A)。在一些实施方案中,生物标志物是AHNAK核蛋白。在一些实施方案中,生物标志物是细胞周期出口和神经元分化1(CEND1)。在一些实施方案中,生物标志物是甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)。在一些实施方案中,生物标志物是组蛋白簇
1。在一些实施方案中,生物标志物是H1d(HIST1H1D)。在一些实施方案中,生物标志物是谷氨酰胺酶(GLS)。在一些实施方案中,生物标志物是超氧化物歧化酶(SOD2)。在一些实施方案中,生物标志物是MBP。在一些实施方案中,生物标志物是VIM。在一些实施方案中,生物标志物是ELAV样蛋白质3(ELAVL3)。在一些实施方案中,生物标志物是神经颗粒素(NRGN)。在一些实施方案中,生物标志物是受体表达增强蛋白2(REEP2)。在一些实施方案中,生物标志物是谷氨酸脱羧酶1(GAD1)。在一些实施方案中,生物标志物是原钙粘蛋白α-1(PCDHA1)。在一些实施方案中,生物标志物是胶质纤维酸性蛋白(GFAP)。在一些实施方案中,生物标志物是S100钙结合蛋白(S100B)。在一些实施方案中,生物标志物是具有序列相似性19家族(趋
化因子(C-C-基序)样)。在一些实施方案中,生物标志物是成员A1(FAM19A1)。在一些实施方案中,生物标志物是水通道蛋白4(AQP4)。在一些实施方案中,生物标志物是c型凝集素结构域家族2。在一些实施方案中,生物标志物是成员L(CLEC2L)。在一些实施方案中,生物标志物是神经丝三联体L蛋白(NF-L)。在一些实施方案中,生物标志物是过氧化物氧还蛋白(EC 
1.11.1.)。在一些实施方案中,生物标志物是乌头酸水合酶(EC 4.2.1.3)。在一些实施方案中,生物标志物是烯醇酶2(EC 4.2.1.11)。在一些实施方案中,生物标志物是T复合蛋白1。
在一些实施方案中,生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达在衰老细胞中增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达降低。在一些实施方案中,生物标志物的表达在衰老细胞中降低。在其他实施方案中,生物标志物的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达改变是性别特异性的。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达增加。在一些实施方案
中,衰老雄性中生物标志物的表达降低。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达增加。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达降低。
[0140] 在一些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:淀粉样蛋白β(A4)前体蛋白(APP)、marcks、互联蛋白神经元中间丝蛋白α(INA)、甲基CpG结合蛋白
(MECP)、组蛋白簇1H1e(HIST1H1E)、白蛋白(ALB)、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白)β多肽
(GNB1)、腺苷酸激酶1(AK1)、醛糖A果糖二磷酸(ALDOA)、腱生蛋白R(TNR)和丛生蛋白(CLU)。
在一些实施方案中,两种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:淀粉样蛋白β(A4)前体蛋白(APP)、marcks、互联蛋白神经元中间丝蛋白α(INA)、甲基CpG结合蛋白(MECP)、组蛋白簇1H1e(HIST1H1E)、白蛋白(ALB)、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白)β多肽(GNB1)、腺苷酸激酶1(AK1)、醛糖A果糖二磷酸(ALDOA)、腱生蛋白R(TNR)和丛生蛋白(CLU)。在一些实施方案中,三种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:淀粉样蛋白β(A4)前体蛋白(APP)、
MARCKS、互联蛋白神经元中间丝蛋白α(INA)、甲基CpG结合蛋白(MECP)、组蛋白簇1H1e
(HIST1H1E)、白蛋白(ALB)、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白)β多肽(GNB1)、腺苷酸激酶1
(AK1)、醛糖A果糖二磷酸(ALDOA)、腱生蛋白R(TNR)和丛生蛋白(CLU)。在一些实施方案中,
4、5、6、7、8、9或10种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:淀粉样蛋白β(A4)前体蛋白(APP)、marcks、互联蛋白神经元中间丝蛋白α(INA)、甲基CpG结合蛋白(MECP)、组蛋白簇
1H1e(HIST1H1E)、白蛋白(ALB)、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白)β多肽(GNB1)、腺苷酸激酶1(AK1)、醛糖A果糖二磷酸(ALDOA)、腱生蛋白R(TNR)和丛生蛋白(CLU)。在一些实施方案中,生物标志物是淀粉样蛋白β(A4)前体蛋白(APP)。在一些实施方案中,生物标志物是MARCKS。
在一些实施方案中,生物标志物是互联蛋白神经元中间丝蛋白α(INA)。在一些实施方案中,生物标志物是甲基CpG结合蛋白(MECP)。在一些实施方案中,生物标志物是组蛋白簇1H1e
(HIST1H1E)。在一些实施方案中,生物标志物是白蛋白(ALB)。在一些实施方案中,生物标志物是鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白)β多肽(GNB1)。在一些实施方案中,生物标志物是腺苷酸激酶1(AK1)。在一些实施方案中,生物标志物是醛糖A果糖二磷酸(ALDOA)。在一些实施方案中,生物标志物是腱生蛋白R(TNR)和丛生蛋白(CLU)。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达在衰老细胞中增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达降低。在一些实施方案中,生物标志物的表达在衰老细胞中降低。在其他实施方案中,生物标志物的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达改变是性别特异性的。在一些实施方案
中,衰老雄性中生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达降低。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达增加。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达降低。
[0141] 在一些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:蛋白脂质蛋白1(PLP1)、生长相关蛋白43(GAP43)、二氢嘧啶酶样2(DPYSL2)、醌型二氢蝶啶还原酶(QDPR)、基质蛋白-3(MATR3)、烯醇酶1(α)(ENO1)和凝溶胶蛋白(GSN)。在一些实施方案中,两种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:蛋白脂质蛋白1(PLP1)、生长相关蛋白43(GAP43)、二氢嘧啶酶样2(DPYSL2)、醌型二氢蝶啶还原酶(QDPR)、基质蛋白-3(MATR3)、烯醇酶1(α)
(ENO1)和凝溶胶蛋白(GSN)。在一些实施方案中,三种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:蛋白脂质蛋白1(PLP1)、生长相关蛋白43(GAP43)、二氢嘧啶酶样2(DPYSL2)、醌型二氢蝶啶还原酶(QDPR)、基质蛋白-3(MATR3)、烯醇酶1(α)(ENO1)和凝溶胶蛋白(GSN)。在一些实施方案中,四种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:蛋白脂质蛋白1(PLP1)、生长相关蛋白43(GAP43)、二氢嘧啶酶-样2(DPYSL2)、醌型二氢蝶啶还原酶(QDPR)、基质蛋白-3
(MATR3)、烯醇酶1(α)(ENO1)和凝溶胶蛋白(GSN)。在一些实施方案中,五种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:蛋白脂质蛋白1(PLP1)、生长相关蛋白43(GAP43)、二氢嘧啶酶-样2(DPYSL2)、醌型二氢蝶啶还原酶(QDPR)、基质蛋白-3(MATR3)、烯醇酶1(α)(ENO1)和凝溶胶蛋白(GSN)。在一些实施方案中,生物标志物是蛋白脂质蛋白1(PLP1)。在一些实施方案
中,生物标志物是生长相关蛋白43(GAP43)。在一些实施方案中,生物标志物是二氢嘧啶酶-样2(DPYSL2)。在一些实施方案中,生物标志物是醌型二氢喋呤还原酶(QDPR)。在一些实施方案中,生物标志物是基质蛋白-3(MATR3)。在一些实施方案中,生物标志物是烯醇酶1
(ENO1)。在一些实施方案中,生物标志物是凝溶胶蛋白(GSN)。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达在衰老细胞中增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达降低。在一些实施方案中,生物标志物的表达在衰老细胞中降低。在其他实施方案中,生物标志物的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达改变是性别特异性的。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达降低。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达增加。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达降低。
[0142] 在一些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:微管相关蛋白tau(MAPT)、微管相关蛋白1A(MAP1A)、AHNAK核蛋白、细胞周期出口和神经元分化1(CEND1)和甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)。在一些实施方案中,两种或更多种生物标志选自由以下
组成的组:微管相关蛋白tau(MAPT)、微管相关蛋白1A(MAP1A)、AHNAK核蛋白、细胞周期出口和神经元分化1(CEND1)和甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)。在一些实施方案中,三种或更多
种生物标志物选自由以下组成的组:微管相关蛋白tau(MAPT)、微管相关蛋白1A(MAP1A)、
AHNAK核蛋白、细胞周期出口和神经元分化1(CEND1)和甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)。在一些实施方案中,四种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:微管相关蛋白tau(MAPT)、微管相关蛋白1A(MAP1A)、AHNAK核蛋白、细胞周期出口和神经元分化1(CEND1)和甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)。在一些实施方案中,生物标志物是微管相关蛋白tau(MAPT)。在一些实施方案中,生物标志物是微管相关蛋白1A(MAP1A)。在一些实施方案中,生物标志物是AHNAK核蛋白。在一些实施方案中,生物标志物是细胞周期出口和神经元分化1(CEND1)和甘油醛-
3-磷酸脱氢酶(GAPDH)。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达在衰老细胞中增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加指示衰老。
在一些实施方案中,生物标志物的表达降低。在一些实施方案中,生物标志物的表达在衰老细胞中降低。在其他实施方案中,生物标志物的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达改变是性别特异性的。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达
增加。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达降低。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达增加。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达降低。
[0143] 在一些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:神经丝三联体L蛋白(NF-L)、过氧化物氧还蛋白(EC 1.11.1)、乌头酸水合酶(EC 4.2.1.3)、烯醇酶2(EC 
4.2.1.11)和T-复合蛋白1。在一些实施方案中,两种或更多种生物标志物选自由以下组成
的组:神经丝三联体L蛋白(NF-L)、过氧化物氧还蛋白(EC 1.11.1)、乌头酸水合酶(EC 
4.2.1.3)、烯醇酶2(EC 4.2.1.11)和T-复合蛋白1。在一些实施方案中,三种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:神经丝三联体L蛋白(NF-L)、过氧化物氧还蛋白(EC 1.11.1)、乌头酸水合酶(EC 4.2.1.3)、烯醇酶2(EC 4.2.1.11)和T-复合蛋白1。在一些实施方案中,四种或更多种生物标记选自由以下组成的组:神经丝三联体L蛋白(NF-L)、过氧化物氧还蛋白(EC 1.11.1)、乌头酸水合酶(EC 4.2.1.3)、烯醇酶2(EC 4.2.1.11)和T-复合蛋白1。在一些实施方案中,五种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:神经丝三联体L蛋白(NF-
L)、过氧化物氧还蛋白(EC 1.11.1)、乌头酸水合酶(EC 4.2.1.3)、烯醇酶2(EC 4.2.1.11)和T-复合蛋白1。在一些实施方案中,生物标志物是神经丝三联体L蛋白(NF-L)。在一些实施方案中,生物标志物是过氧化物氧还蛋白(EC 1.11.1。)。在一些实施方案中,生物标志物是乌头酸水合酶(EC 4.2.1.3)。在一些实施方案中,生物标志物是烯醇酶2(EC 4.2.1.11)。在一些实施方案中,生物标志物是T复合蛋白1。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加。
在一些实施方案中,生物标志物的表达在衰老细胞中增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达降低。在一些实施方案中,生物标志物的表达在衰老细胞中降低。在其他实施方案中,生物标志物的表达降低指示衰老。
在一些实施方案中,生物标志物的表达改变是性别特异性的。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达降低。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达增加。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达降低。
[0144] 在一些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:肌球蛋白重链6心肌α(MYH6)、肌动蛋白α心肌1(ACTC1)、肌钙蛋白I型3(心脏)(TNNI3)、钠尿肽A(NPPA)、A激酶(PRKA)锚定蛋白6(AKAP6)、巢蛋白(NES)、ATP酶Na+K+转运α3多肽(ATP1A3)、钙粘蛋白2型
1N-钙粘蛋白(神经元)(CDH2)、桥粒斑菲素蛋白2(PKP2)、ATP合酶亚基d(Atp5h)、ATP合酶亚基o(Atp5o)、ATP合酶亚基δ(Atp5d)、ATP合酶亚基α(Atp5a1)、ATP合酶亚基β(Atp5b)、细胞色素c(Cycs)、线粒体丙酸脱氢酶E1组分β亚基(Pdhb)、磷酸甘油酸激酶1(Pgk1)、热休克蛋白70(Hspa9)、60kDa热休克蛋白(Hspd1)、结蛋白(Desm)、肌钙蛋白T2(Tnnt2)、原肌球蛋白α1(Tpm1)、电压依赖性阴离子通道-1(Vdac1)和延伸因子2(Eef2)。在一些实施方案中,两种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:肌球蛋白重链6心肌α(MYH6)、肌动蛋白α心肌
1(ACTC1)、肌钙蛋白I型3(心脏)(TNNI3)、钠尿肽A(NPPA)、A激酶(PRKA)锚定蛋白6(AKAP6)、巢蛋白(NES)、ATP酶Na+K+转运α3多肽(ATP1A3)、钙粘蛋白2型1N-钙粘蛋白(神经元)
(CDH2)、桥粒斑菲素蛋白2(PKP2)、ATP合酶亚基d(Atp5h)、ATP合酶亚基o(Atp5o)、ATP合酶亚基δ(Atp5d)、ATP合酶亚基α(Atp5a1)、ATP合酶亚基β(Atp5b)、细胞色素c(Cycs)、线粒体丙酮酸脱氢酶E1组分β亚基(Pdhb)、磷酸甘油酸激酶1(Pgk1)、热休克蛋白70(Hspa9)、60kDa热休克蛋白(Hspd1)、结蛋白(Desm)、肌钙蛋白T2(Tnnt2)、原肌球蛋白α1(Tpm1)、电压依赖性阴离子通道-1(Vdac1)和延伸因子2(Eef2)。在一些实施方案中,三种或更多种生物标志
物选自由以下组成的组:肌球蛋白、重链6心肌α(MYH6)、肌动蛋白α心肌1(ACTC1)、肌钙蛋白I型3(心脏)(TNNI3)、钠尿肽A(NPPA)、A激酶(PRKA)锚定蛋白6(AKAP6)、巢蛋白(NES)、ATP酶Na+K+转运α3多肽(ATP1A3)、钙粘蛋白2型1N-钙粘蛋白(神经元)(CDH2)、桥粒斑菲素蛋白2(PKP2)、ATP合酶亚基d(Atp5h)、ATP合酶亚基o(Atp5o)、ATP合酶亚基δ(Atp5d)、ATP合酶亚基α(Atp5a1)、ATP合酶亚基β(Atp5b)、细胞色素c(Cycs)、线粒体丙酮酸脱氢酶E1组分β亚基(Pdhb)、磷酸甘油酸激酶1(Pgk1)、热休克蛋白70(Hspa9)、60kDa热休克蛋白(Hspd1)、结蛋白(Desm)、肌钙蛋白T2(Tnnt2)、原肌球蛋白α1(Tpm1)、电压依赖性阴离子通道-1(Vdac1)和延伸因子2(Eef2)。在一些实施方案中,4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或
20种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:肌球蛋白重链6心肌α(MYH6)、肌动蛋白α心肌1(ACTC1)、肌钙蛋白I型3(心脏)(TNNI3)、钠尿肽A(NPPA)、A激酶(PRKA)锚定蛋白6
(AKAP6)、巢蛋白(NES)、ATP酶Na+K+转运α3多肽(ATP1A3)、钙粘蛋白2型1钙粘蛋白(神经元)(CDH2)、桥粒斑菲素蛋白2(PKP2)、ATP合酶亚基d(Atp5h)、ATP合酶亚基o(Atp5o)、ATP合酶亚基δ(Atp5d)、ATP合酶亚基α(Atp5a1)、ATP合酶亚基β(Atp5b)、细胞色素c(Cycs)、线粒体丙酮酸脱氢酶E1组分β亚基(Pdhb)、磷酸甘油酸激酶1(Pgk1)、热休克蛋白70(Hspa9)、60kDa热休克蛋白(Hspd1)、结蛋白(Desm)、肌钙蛋白T2(Tnnt2)、原肌球蛋白α1(Tpm1)、电压依赖性阴离子通道-1(Vdac1)和延伸因子2(Eef2)。在一些实施方案中,生物标志物是肌球蛋白
重链6心肌α(MYH6)。在一些实施方案中,生物标志物是肌动蛋白α心肌1(ACTC1)。在一些实施方案中,生物标志物是肌钙蛋白I型3(心脏)(TNNI3)。在一些实施方案中,生物标志物是钠尿肽A(NPPA)。在一些实施方案中,生物标志物是A激酶(PRKA)锚定蛋白6(AKAP6)。在一些实施方案中,生物标志物是巢蛋白(NES)。在一些实施方案中,生物标志物是ATP酶Na+K+转运α3多肽(ATP1A3)。在一些实施方案中,生物标志物是钙粘蛋白2型1N-钙粘蛋白(神经元)(CDH2)。在一些实施方案中,生物标志物是桥粒斑菲素蛋白2(PKP2)。在一些实施方案中,生物标志物是ATP合酶亚基d(Atp5h)。在一些实施方案中,生物标志物是ATP合酶亚基o
(Atp5o)。在一些实施方案中,生物标志物是ATP合酶亚基δ(Atp5d)。在一些实施方案中,生物标志物是ATP合酶亚基α(Atp5a1)。在一些实施方案中,生物标志物是ATP合酶亚基β
(Atp5b)。在一些实施方案中,生物标志物是细胞色素c(Cycs)。在一些实施方案中,生物标志物是线粒体丙酮酸脱氢酶E1组分亚基β(Pdhb)。在一些实施方案中,生物标志物是磷酸甘油酸激酶1(Pgk1)。在一些实施方案中,生物标志物是热休克蛋白70(Hspa9)。在一些实施方案中,生物标志物是60kDa热休克蛋白(Hspd1)。在一些实施方案中,生物标志物是结蛋白
(Desm)。在一些实施方案中,生物标志物是肌钙蛋白T2(Tnnt2)。在一些实施方案中,生物标志物是原肌球蛋白α1(Tpm1)。在一些实施方案中,生物标志物是电压依赖性阴离子通道-1(Vdac1)。在一些实施方案中,生物标志物是延伸因子2(Eef2)。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达在衰老细胞中增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达降低。在一些实施方案中,生物标志物的表达在衰老细胞中降低。在其他实施方案中,生物标志物的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达改变是性别特异性的。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达降低。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达增加。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达降低。
[0145] 在一些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:ATP合酶亚基d(Atp5h)、ATP合酶亚基o(Atp5o)、ATP合酶亚基δ(Atp5d)、ATP合酶亚基α(Atp5a1)、ATP合酶亚基β(Atp5b)、细胞色素c(Cycs)、线粒体丙酮酸脱氢酶E1组分β亚基(Pdhb)、磷酸甘油酸激酶1(Pgk1)、热休克蛋白70(Hspa9)、60kDa热休克蛋白(Hspd1)、结蛋白(Desm)、肌钙蛋白T2(Tnnt2)、原肌球蛋白α1(Tpm1)、电压依赖性阴离子通道-1(Vdac1)和延伸因子2(Eef2)。在一些实施方案中,两种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:ATP合酶亚基d(Atp5h)、ATP合酶亚基o(Atp5o)、ATP合酶亚基δ(Atp5d)、ATP合酶亚基α(Atp5a1)、ATP合酶亚基β(Atp5b)、细胞色素c(Cycs)、线粒体丙酮酸脱氢酶E1组分β亚基(Pdhb)、磷酸甘油酸激酶1(Pgk1)、热休克蛋白70(Hspa9)、60kDa热休克蛋白(Hspd1)、结蛋白(Desm)、肌钙蛋白T2
(Tnnt2)、原肌球蛋白α1(Tpm1)、电压依赖性阴离子通道-1(Vdac1)和延伸因子2(Eef2)。在一些实施方案中,生物标志物是ATP合酶亚基d(Atp5h)。在一些实施方案中,三种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:ATP合酶亚基d(Atp5h)、ATP合酶亚基o(Atp5o)、ATP合酶亚基δ(Atp5d)、ATP合酶亚基α(Atp5a1)、ATP合酶亚基β(Atp5b)、细胞色素c(Cycs)、线粒体丙酮酸脱氢酶E1组分β亚基(Pdhb)、磷酸甘油酸激酶1(Pgk1)、热休克蛋白70(Hspa9)、60kDa热休克蛋白(Hspd1)、结蛋白(Desm)、肌钙蛋白T2(Tnnt2)、原肌球蛋白α1(Tpm1)、电压依赖性阴离子通道-1(Vdac1)和延伸因子2(Eef2)。在一些实施方案中,生物标志物是ATP合酶亚基d(Atp5h)。在一些实施方案中,4、5、6、7、8、9或10种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:ATP合酶亚基d(Atp5h)、ATP合酶亚基o(Atp5o)、ATP合酶亚基δ(Atp5d)、ATP合酶亚基α(Atp5a1)、ATP合酶亚基β(Atp5b)、细胞色素c(Cycs)、线粒体丙酮酸脱氢酶E1组分β亚基(Pdhb)、磷酸甘油酸激酶1(Pgk1)、热休克蛋白70(Hspa9)、60kDa热休克蛋白(Hspd1)、结蛋白(Desm)、肌钙蛋白T2(Tnnt2)、原肌球蛋白α1(Tpm1)、电压依赖性阴离子通道-1(Vdac1)和延伸因子2(Eef2)。在一些实施方案中,生物标志物是ATP合酶亚基d(Atp5h)。在一些实施方案中,生物标志物是ATP合酶亚基o(Atp5o)。在一些实施方案中,生物标志物是ATP合酶亚基δ(Atp5d)。在一些实施方案中,生物标志物是ATP合酶亚基α(Atp5a1)、ATP合酶亚基β
(Atp5b)。在一些实施方案中,生物标志物是细胞色素c(Cycs)。在一些实施方案中,生物标志物是线粒体丙酮酸脱氢酶E1组分亚基β(Pdhb)。在一些实施方案中,生物标志物是磷酸甘油酸激酶1(Pgk1)。在一些实施方案中,生物标志物是热休克蛋白70(Hspa9)。在一些实施方案中,生物标志物是60kDa热休克蛋白(Hspd1)。在一些实施方案中,生物标志物是结蛋白
(Desm)。在一些实施方案中,生物标志物是肌钙蛋白T2(Tnnt2)。在一些实施方案中,生物标志物是原肌球蛋白α1(Tpm1)。在一些实施方案中,生物标志物是电压依赖性阴离子通道-1(Vdac1)。在一些实施方案中,生物标志物是延伸因子2(Eef2)。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达在衰老细胞中增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达降低。在一些实施方案中,生物标志物的表达在衰老细胞中降低。在其他实施方案中,生物标志物的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达改变是性别特异性的。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达降低。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达增加。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达降低。
[0146] 在一些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:ATP合酶亚基α(Atp5a1)、ATP合酶亚基β(Atp5b)、细胞色素c(Cycs)、线粒体丙酮酸脱氢酶E1组分β亚基(Pdhb)、磷酸甘油酸激酶1(Pgk1)、热休克蛋白70(Hspa9)、结蛋白(Desm)、肌钙蛋白T2
(Tnnt2)、原肌球蛋白α1(Tpm1)、电压依赖性阴离子通道-1(Vdac1),其中一种或多种生物标志物的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,两种或更多种生物标志物选自由以下组成
的组:ATP合酶亚基α(Atp5a1)、ATP合酶亚基β(Atp5b)、细胞色素c(Cycs)、线粒体丙酮酸脱氢酶E1组分β亚基(Pdhb)、磷酸甘油酸激酶1(Pgk1)、热休克蛋白70(Hspa9)、结蛋白(Desm)、肌钙蛋白T2(Tnnt2)、原肌球蛋白α1(Tpm1)、电压依赖性阴离子通道-1(Vdac1),其中生物标志物的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,三种或更多种生物标志物选自由以下组成
的组:ATP合酶亚基α(Atp5a1)、ATP合酶亚基β(Atp5b)、细胞色素c(Cycs)、线粒体丙酮酸脱氢酶E1组分β亚基(Pdhb)、磷酸甘油酸激酶1(Pgk1)、热休克蛋白70(Hspa9)、结蛋白(Desm)、肌钙蛋白T2(Tnnt2)、原肌球蛋白α1(Tpm1)、电压依赖性阴离子通道-1(Vdac1),其中生物标志物的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,4、5、6、7、8、9或10种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:ATP合酶亚基α(Atp5a1)、ATP合酶亚基β(Atp5b)、细胞色素c(Cycs)、线粒体丙酮酸脱氢酶E1组分β亚基(Pdhb)、磷酸甘油酸激酶1(Pgk1)、热休克蛋白70(Hspa9)、结蛋白(Desm)、肌钙蛋白T2(Tnnt2)、原肌球蛋白α1(Tpm1)、电压依赖性阴离子通道-1
(Vdac1),其中生物标志物的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,ATP合酶亚基α
(Atp5a1)的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,ATP合酶亚基β(Atp5b)的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,细胞色素c(Cyc)的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,线粒体丙酮酸脱氢酶E1组分亚基β(Pdhb)的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,磷酸甘油酸激酶1(Pgk1)的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,热休克蛋白70(Hspa9)的表达降低
指示衰老。在一些实施方案中,结蛋白(Desm)的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,肌钙蛋白T2(Tnnt2)、原肌球蛋白α1(Tpm1)的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,电压依赖性阴离子通道-1(Vdac1)的表达降低指示衰老。
[0147] 在一些实施方案中,生物标志物是延伸因子2(Eef2)。在一些实施方案中,Eef2的表达增加指示衰老。
[0148] 在一些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:膜蛋白(NPHS2)、肾病蛋白(NPHS1)、IRRE类似物(NEPH1或KIRREL)、足细胞标记蛋白样(PODXL)、成纤维细胞生长因子1FGF1)、粒状生胶家族成员2(CRB2)、溶质载体家族22(有机阴离子转运
蛋白)成员8(SLC22A8)、溶质载体家族22(有机阴离子转运蛋白)成员13(SLC22A13)、氨基羧基粘康酸半醛脱羧酶(ACMSD)、胍丁胺精胺脲水解酶(AGMAT)、甜菜碱高半胱氨酸S-甲基转
移酶(BHMT)、染色体11开放阅读框54(C11orf54)、钙粘蛋白62型K-钙粘蛋白(胎儿肾脏)
(CDH6)、二氢嘧啶酶(DPYS)、γ-谷氨酰转移酶1(GGT1)、4-羟基苯基丙酮酸双加氧酶(HPD)、热反应蛋白12(HRSP12)、低密度脂蛋白受体相关蛋白2(LRP2)、丙酮酸激酶、肝脏和RBC
(PKLR)、X-脯氨酰氨肽酶(氨肽酶P)2、膜结合(XPNPEP2)、尿调节素(UMOD)、钙结合蛋白
(CALB1)、溶质载体家族12(钠//氯化物转运蛋白)成员1(SLC12A1)、溶质载体家族12(钠/氯化物转运蛋白)成员3(SLC12A3)、钙敏感受体(CASR)、水通道蛋白(AQP2)、ATP酶H+转运溶酶体38kDa V0亚基d2(ATP6V0D2)、小清蛋白(PVALB)、跨膜蛋白213(TMEM213)、转铁蛋白、异柠檬酸脱氢酶1(IDH)、3-羟基异丁酸脱氢酶、afenopin、热休克蛋白(HSP)9A、ATP合酶、鸟氨酸氨基转移酶、谷氨酸脱氢酶、磷酸甘油酸变位酶、过氧化氢酶和谷胱甘肽(GSH)。在一些实施方案中,两种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:膜蛋白(NPHS2)、肾病蛋白
(NPHS1)、IRRE类似物(NEPH1或KIRREL)、足细胞标记蛋白样(PODXL)、成纤维细胞生长因子
1FGF1)、粒状生胶家族成员2(CRB2)、溶质载体家族22(有机阴离子转运蛋白)成员8
(SLC22A8)、溶质载体家族22(有机阴离子转运蛋白)成员13(SLC22A13)、氨基羧基粘康酸半醛脱羧酶(ACMSD)、胍丁胺精胺脲水解酶(AGMAT)、甜菜碱高半胱氨酸S-甲基转移酶(BHMT)、染色体11开放阅读框54(C11orf54)、钙粘蛋白62型K-钙粘蛋白(胎儿肾脏)(CDH6)、二氢嘧
啶酶(DPYS)、γ-谷氨酰转移酶1(GGT1)、4-羟基苯基丙酮酸双加氧酶(HPD)、热反应蛋白12(HRSP12)、低密度脂蛋白受体相关蛋白2(LRP2)、丙酮酸激酶、肝脏和RBC(PKLR)、X-脯氨酰氨肽酶(氨肽酶P)2、膜结合(XPNPEP2)、尿调节素(UMOD)、钙结合蛋白(CALB1)、溶质载体家族12(钠/钾/氯化物转运蛋白)成员1(SLC12A1)、溶质载体家族12(钠/氯化物转运蛋白)成
员3(SLC12A3)、钙敏感受体(CASR)、水通道蛋白(AQP2)、ATP酶H+转运溶酶体38kDa V0亚基d2(ATP6V0D2)、小清蛋白(PVALB)、跨膜蛋白213(TMEM213)、转铁蛋白、异柠檬酸脱氢酶1
(IDH)、3-羟基异丁酸脱氢酶、afenopin、热休克蛋白(HSP)9A、ATP合酶、鸟氨酸氨基转移酶、谷氨酸脱氢酶、磷酸甘油酸变位酶、过氧化氢酶和谷胱甘肽(GSH)。在一些实施方案中,三种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:膜蛋白(NPHS2)、肾病蛋白(NPHS1)、IRRE类似物(NEPH1或KIRREL)、足细胞标记蛋白样(PODXL)、成纤维细胞生长因子1FGF1)、粒状生胶家族成员2(CRB2)、溶质载体家族22(有机阴离子转运蛋白)成员8(SLC22A8)、溶质载体家族22
(有机阴离子转运蛋白)成员13(SLC22A13)、氨基羧基粘康酸半醛脱羧酶(ACMSD)、胍丁胺精胺脲水解酶(AGMAT)、甜菜碱高半胱氨酸S-甲基转移酶(BHMT)、染色体11开放阅读框54
(C11orf54)、钙粘蛋白62型K-钙粘蛋白(胎儿肾脏)(CDH6)、二氢嘧啶酶(DPYS)、γ-谷氨酰转移酶1(GGT1)、4-羟基苯基丙酮酸双加氧酶(HPD)、热反应蛋白12(HRSP12)、低密度脂蛋白受体相关蛋白2(LRP2)、丙酮酸激酶、肝脏和RBC(PKLR)、X-脯氨酰氨肽酶(氨肽酶P)2、膜结合(XPNPEP2)、尿调节素(UMOD)、钙结合蛋白(CALB1)、溶质载体家族12(钠/钾/氯化物转运蛋白)成员1(SLC12A1)、溶质载体家族12(钠/氯化物转运蛋白)成员3(SLC12A3)、钙敏感受
体(CASR)、水通道蛋白(AQP2)、ATP酶H+转运溶酶体38kDa V0亚基d2(ATP6V0D2)、小清蛋白(PVALB)、跨膜蛋白213(TMEM213)、转铁蛋白、异柠檬酸脱氢酶1(IDH)、3-羟基异丁酸脱氢酶、afenopin、热休克蛋白(HSP)9A、ATP合酶、鸟氨酸氨基转移酶、谷氨酸脱氢酶、磷酸甘油酸变位酶、过氧化氢酶和谷胱甘肽(GSH)。在一些实施方案中,4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、
14、15、16、17、18、19、20、25、30、35或40种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:膜蛋白(NPHS2)、肾病蛋白(NPHS1)、IRRE类似物(NEPH1或KIRREL)、足细胞标记蛋白样(PODXL)、成纤维细胞生长因子1(FGF1)、粒状生胶家族成员2(CRB2)、溶质载体家族22(有机阴离子转运蛋白)成员8(SLC22A8)、溶质载体家族22(有机阴离子转运蛋白)成员13(SLC22A13)、氨基羧基粘康酸半醛脱羧酶(ACMSD)、胍丁胺精胺脲水解酶(AGMAT)、甜菜碱高半胱氨酸S-甲基
转移酶(BHMT)、染色体11开放阅读框54(C11orf54)、钙粘蛋白62型K-钙粘蛋白(胎儿肾脏)
(CDH6)、二氢嘧啶酶(DPYS)、γ-谷氨酰转移酶1(GGT1)、4-羟基苯基丙酮酸双加氧酶(HPD)、热反应蛋白12(HRSP12)、低密度脂蛋白受体相关蛋白2(LRP2)、丙酮酸激酶、肝脏和RBC
(PKLR)、X-脯氨酰氨肽酶(氨肽酶P)2膜结合(XPNPEP2)、尿调节素(UMOD)、钙结合蛋白
(CALB1)、溶质载体家族12(钠/钾/氯化物转运蛋白)成员1(SLC12A1)、溶质载体家族12(钠/氯化物转运蛋白)成员3(SLC12A3)、钙敏感受体(CASR)、水通道蛋白(AQP2)、ATP酶H+转运溶酶体38kDa V0亚基d2(ATP6V0D2)、小清蛋白(PVALB)、跨膜蛋白213(TMEM213)、转铁蛋白异柠檬酸脱氢酶1(IDH)、3-羟基异丁酸脱氢酶、afenopin、热休克蛋白(HSP)9A、ATP合酶、鸟氨酸氨基转移酶、谷氨酸脱氢酶、磷酸甘油酸变位酶、过氧化氢酶和谷胱甘肽(GSH)。在一些实施方案中,生物标志物是膜蛋白(NPHS2)。在一些实施方案中,生物标志物是肾病蛋白
(NPHS1)。在一些实施方案中,生物标志物是IRRE类似物例如(NEPH1或KIRREL)。在一些实施方案中,生物标志物是足细胞标记蛋白样(PODXL)。在一些实施方案中,生物标志物是成纤维细胞生长因子1(FGF1)。在一些实施方案中,生物标志物是粒状生胶家族成员2(CRB2)。在一些实施方案中,生物标志物是溶质载体家族22(有机阴离子转运蛋白)成员8(SLC22A8)。
在一些实施方案中,生物标志物是溶质载体家族22(有机阴离子转运蛋白)成员13
(SLC22A13)。在一些实施方案中,生物标志物是氨基羧基粘康酸半醛脱羧酶(ACMSD)。在一些实施方案中,生物标志物是胍丁胺精胺脲水解酶(精胺酶)(AGMAT)。在一些实施方案中,生物标志物是甜菜碱高半胱氨酸S-甲基转移酶(BHMT)。在一些实施方案中,生物标志物是
染色体11开放阅读框54(C11orf54)。在一些实施方案中,生物标志物是钙粘蛋白62型K-钙
粘蛋白(胎儿肾)(CDH6)。在一些实施方案中,生物标志物是二氢嘧啶酶(DPYS)。在一些实施方案中,生物标志物是γ-谷氨酰转移酶1(GGT1)。在一些实施方案中,生物标志物是4-羟基苯基丙酮酸双加氧酶(HPD)。在一些实施方案中,生物标志物是热反应蛋白12(HRSP12)。在一些实施方案中,生物标志物是低密度脂蛋白受体相关蛋白2(LRP2)。在一些实施方案中,生物标志物是丙酮酸激酶、肝脏和RBC(PKLR)。在一些实施方案中,生物标志物是X-脯氨酰氨肽酶(氨肽酶P)2膜结合(XPNPEP2)。在一些实施方案中,生物标志物是尿调节素(UMOD)。
在一些实施方案中,生物标志物是钙结合蛋白(CALB1)。在一些实施方案中,生物标志物是溶质载体家族12(钠/钾/氯化物转运蛋白)成员1(SLC12A1)。在一些实施方案中,生物标志
物是溶质载体家族12(钠/氯化物转运蛋白)成员3(SLC12A3)、钙敏感受体(CASR)。在一些实施方案中,生物标志物是水通道蛋白(AQP2)。在一些实施方案中,生物标志物是ATP酶H+转运溶酶体38kDa V0亚基d2(ATP6VOD2)。在一些实施方案中,生物标志物是小清蛋白
(PVALB)。在一些实施方案中,生物标志物是跨膜蛋白213(TMEM213)。在一些实施方案中,生物标志物是转铁蛋白异柠檬酸脱氢酶1(IDH)。在一些实施方案中,生物标志物是3-羟基异
丁酸脱氢酶。在一些实施方案中,生物标志物是afenopin。在一些实施方案中,生物标志物是热休克蛋白(HSP)9A。在一些实施方案中,生物标志物是ATP合酶。在一些实施方案中,生物标志物是鸟氨酸转氨酶。在一些实施方案中,生物标志物是谷氨酸脱氢酶。在一些实施方案中,生物标志物是磷酸甘油酸变位酶。在一些实施方案中,生物标志物是过氧化氢酶。在一些实施方案中,生物标志物是谷胱甘肽(GSH)。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达在衰老细胞中增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达降低。在一些实施方案
中,生物标志物的表达在衰老细胞中降低。在其他实施方案中,生物标志物的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达改变是性别特异性的。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达降低。
在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达增加。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达降低。
[0149] 在一些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:转铁蛋白,异柠檬酸脱氢酶1(IDH)和3-羟基异丁酸脱氢酶,其中述一种或多种生物标志物的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,两种或更多种生物标志物选自转铁蛋白、异柠檬酸脱氢酶1(IDH)和3-羟基异丁酸脱氢酶,其中生物标志物的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,三种生物标志物选自转铁蛋白、异柠檬酸脱氢酶1(IDH)和3-羟基异丁酸脱氢酶,其中生物标志物
的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,转铁蛋白的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,异柠檬酸脱氢酶1(IDH)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,3-羟基异丁酸脱氢酶的表达增加指示衰老。
[0150] 在一些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由afenopin、磷酸甘油酸变位酶和谷胱甘肽(GSH)组成的组,其中一种或多种生物标志物的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,两种或更多种生物标志物选自afenopin、磷酸甘油酸变位酶和谷胱甘肽(GSH),其中生物标志物的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,三种生物标志物选自afenopin、磷酸甘油酸变位酶和谷胱甘肽(GSH),其中生物标志物的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,afenopin的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,磷酸甘油酸变位酶的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,谷胱甘肽(GSH)生物标志物的表达降低指示衰老。
[0151] 在一些实施方案中,一种或多种生物标志物的表达增加是性别特异性的。例如,在一些情况下,生物标志物是ATP合酶,并且衰老雄性中ATP合酶的表达上调。在一些情况下,生物标志物是过氧化氢酶,衰老雄性中过氧化氢酶的表达下调。在其他情况下,生物标志物是ATP合酶,并且衰老雌性中ATP合酶的表达下调。在一些实施方案中,生物标志物是鸟氨酸转氨酶,衰老雌性中鸟氨酸转氨酶的表达上调。在一些实施方案中,生物标志物是谷氨酸脱氢酶,衰老雌性中谷氨酸脱氢酶的表达下调。
[0152] 在一些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:载脂蛋白B(APOB)、载脂蛋白A-I(APOA1)、纤维蛋白原γ链(FGG)、补体成分2(C2)、激肽原1(KNG1)、纤维蛋白原α链(FGA)、羟酸氧化酶(乙醇酸氧化酶)1(HAO1)、视黄醇脱氢酶16(全反式)
(RDH16)、醛缩酶B、果糖二磷酸(ALDOB)、胆汁酸CoA:氨基酸N-酰基转移酶(甘氨酸N-胆碱基转移酶)(BAAT)、醛酮还原酶家族1成员C4(AKR1C4)、溶质载体家族27(脂肪酸转运蛋白)成
员5(SLC27A5)、环氧化物水解酶、3-酮脂酰辅酶A硫解酶A、肌氨酸氧化酶和2,4-二烯酰基还原酶。在一些实施方案中,生物标志物是载脂蛋白B(APOB)。在一些实施方案中,两种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:载脂蛋白B(APOB)、载脂蛋白A-I(APOA1)、纤维蛋白原γ链(FGG)、补体成分2(C2)、激肽原1(KNG1)、纤维蛋白原α链(FGA)、羟酸氧化酶(乙醇酸氧化酶)1(HAO1)、视黄醇脱氢酶16(全反式)(RDH16)、醛缩酶B、果糖二磷酸(ALDOB)、胆汁酸CoA:氨基酸N-酰基转移酶(甘氨酸N-胆碱基转移酶)(BAAT)、醛酮还原酶家族1成员C4
(AKR1C4)、溶质载体家族27(脂肪酸转运蛋白)成员5(SLC27A5)、环氧化物水解酶、3-酮脂酰辅酶A硫解酶A、肌氨酸氧化酶和2,4-二烯酰基还原酶。在一些实施方案中,三种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:载脂蛋白B(APOB)、载脂蛋白A-I(APOA1)、纤维蛋白原γ链(FGG)、补体成分2(C2)、激肽原1(KNG1)、纤维蛋白原α链(FGA)、羟酸氧化酶(乙醇酸氧化酶)
1(HAO1)、视黄醇脱氢酶16(全反式)(RDH16)、醛缩酶B、果糖二磷酸(ALDOB)、胆汁酸CoA:氨基酸N-酰基转移酶(甘氨酸N-胆碱基转移酶)(BAAT)、醛酮还原酶家族1成员C4(AKR1C4)、溶质载体家族27(脂肪酸转运蛋白)成员5(SLC27A5)、环氧化物水解酶、3-酮脂酰辅酶A硫解酶A、肌氨酸氧化酶和2,4-二烯酰基还原酶。在一些实施方案中,4、5、6、7、8、9、10、11、12或13种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:载脂蛋白B(APOB)、载脂蛋白A-I(APOA1)、纤维蛋白原γ链(FGG)、补体成分2(C2)、激肽原1(KNG1)、纤维蛋白原α链(FGA)、羟酸氧化酶(乙醇酸氧化酶)1(HAO1)、视黄醇脱氢酶16(全反式)(RDH16)、醛缩酶B、果糖二磷酸
(ALDOB)、胆汁酸CoA:氨基酸N-酰基转移酶(甘氨酸N-胆碱基转移酶)(BAAT)、醛酮还原酶家族1成员C4(AKR1C4)、溶质载体家族27(脂肪酸转运蛋白)成员5(SLC27A5)、环氧化物水解
酶、3-酮脂酰辅酶A硫解酶A、肌氨酸氧化酶和2,4-二烯酰基还原酶。在一些实施方案中,生物标志物是载脂蛋白B(APOB)。在一些实施方案中,生物标志物是载脂蛋白A-I(APOA1)。在一些实施方案中,生物标志物是纤维蛋白原γ链(FGG)。在一些实施方案中,生物标志物是补体成分2(C2)。在一些实施方案中,生物标志物是激肽原1(KNG1)。在一些实施方案中,生物标志物是纤维蛋白原α链(FGA)。在一些实施方案中,生物标志物是羟酸氧化酶(乙醇酸氧化酶)1(HAO1)。在一些实施方案中,生物标志物是视黄醇脱氢酶16(全反式)(RDH16)。在一些实施方案中,生物标志物是醛缩酶B。在一些实施方案中,生物标志物是果糖二磷酸
(ALDOB)。在一些实施方案中,生物标志物是胆汁酸CoA:氨基酸N-酰基转移酶(甘氨酸N-胆碱基转移酶)(BAAT)。在一些实施方案中,生物标志物是醛酮还原酶家族1成员C4(AKR1C4)。
在一些实施方案中,生物标志物是溶质载体家族27(脂肪酸转运蛋白)成员5(SLC27A5)。在
一些实施方案中,生物标志物是环氧化物水解酶。在一些实施方案中,生物标志物是3-酮脂酰辅酶A硫解酶A。在一些实施方案中,生物标志物是肌氨酸氧化酶。在一些实施方案中,生物标志物是2,4-二烯酰基还原酶。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达在衰老细胞中增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达降低。在一些实施方案中,生物标志物的表达在衰老细胞中降低。在其他实施方案中,生物标志物的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达改变是性别特异性的。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达降低。在其他实施方案
中,衰老雌性中生物标志物的表达增加。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达降低。
[0153] 在一些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:环氧化物羟化酶、3-酮脂酰辅酶A硫解酶A、肌氨酸氧化酶和2,4-二烯酰基还原酶,其中一种或多种生物标志物的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,两种或更多种生物标志物选自环氧化物羟
化酶、3-酮脂酰辅酶A硫解酶A、肌氨酸氧化酶和2,4-二烯酰基还原酶,其中生物标志物的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,三种或更多种生物标志物选自环氧化物羟化酶、3-酮脂酰辅酶A硫解酶A、肌氨酸氧化酶和2,4-二烯酰基还原酶,其中生物标志物的表达增加指
示衰老。在一些实施方案中,四种生物标志物选自环氧化物羟化酶、3-酮脂酰辅酶A硫解酶A、肌氨酸氧化酶和2,4-二烯酰基还原酶,其中生物标志物的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,环氧化物羟化酶的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,3-酮脂酰辅酶A硫解酶A的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,肌氨酸氧化酶的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,2,4-二烯酰基还原酶的表达增加指示衰老。
[0154] 在一些实施方案中,一种或多种生物标志选自由以下组成的组:防御素α1(DEFA1)、防御素α1B(DEFA1B)、防御素α3(DEFA3)、防御素α4(DEFA4)、组织蛋白酶G(CTSG)、髓过氧化物酶(MPO)、血红蛋白β(HBB)、血红蛋白α1(HBA1)、血红蛋白α2(HBA2)、S100钙结合蛋白12(S100A12)、染色体19开放阅读框59(C19orf59)、丙酮酸脱氢酶(硫辛酰胺)β、脂肪酸结合蛋白5、半乳糖凝集素-3、c-突触核蛋白、异源核核糖核蛋白A1、肌球蛋白轻链调控B
(Mrlcb)、转凝蛋白、类嘌呤核苷磷酸化酶(punA)、异源核核糖核蛋白A2/B1同种型A2
(Hnrpa2b1)、亨廷顿相互作用蛋白K(HYPK)、β-肌动蛋白FE-3(Actg1)、钙调结合蛋白1
(Cald1、钙调蛋白-1(Cnn1))、E-FABP FABP)(Fabp5)、加帽蛋白(肌动蛋白丝)、凝溶胶蛋白样(CAPG)、类毛状蛋白样1(cotl1)、钙调蛋白-1(钙调蛋白H1、平滑肌;碱性钙调蛋白)
(Cnn1)、纽蛋白(VCL)、VIM、β-原肌球蛋白(TPM2)、转凝蛋白2(Tagln2)、原肌球蛋白1α同种型c(TPM1)、钙调蛋白3酸性(CNN3)、钙调蛋白2同种型a(钙调蛋白2)、F-肌动蛋白加帽蛋白β亚基(Capzb)、α-球蛋白(Hba1)、α-肌动蛋白(aa40-375)(Acta2)、平滑肌蛋白SM22同源物-牛(片段)(Tagln2)、硫氧还原蛋白2(Txn1)、过氧化氢素2(Prdx2)、过氧化物氧化还原酶5前体(Prdx5)和Cu-Zn超氧化物歧化酶A5(GSTA5)。在一些实施方案中,两种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:防御素α1(DEFA1)、防御素α1B(DEFA1B)、防御素α3(DEFA3)、防御素α4(DEFA4)、组织蛋白酶G(CTSG)、髓过氧化物酶(MPO)、血红蛋白β(HBB)、血红蛋白α1
(HBA1)、血红蛋白α2(HBA2)、S100钙结合蛋白12(S100A12)、染色体19开放阅读框59
(C19orf59)、丙酮酸脱氢酶(硫辛酰胺)β、脂肪酸结合蛋白5、半乳糖凝集素-3、c-突触核蛋白、异源核核糖核蛋白A1、肌球蛋白轻链、调控B(Mrlcb)、转凝蛋白、类嘌呤核苷磷酸化酶(punA)、异源核核糖核蛋白A2/B1同种型A2(Hnrpa2b1)、亨廷顿相互作用蛋白K(HYPK)、β-肌动蛋白FE-3(Actg1)、钙调结合蛋白1(Cald1、钙调蛋白-1(Cnn1))、E-FABP FABP)(Fabp5)、加帽蛋白(肌动蛋白丝)、凝溶胶蛋白样(CAPG)、类毛状蛋白样1(cotl1)、钙调蛋白-1(钙调蛋白H1、平滑肌;碱性钙调蛋白)(Cnn1)、纽蛋白(VCL)、VIM、β-原肌球蛋白(TPM2)、转凝蛋白
2(Tagln2)、原肌球蛋白1α同种型c(TPM1)、钙调蛋白3酸性(CNN3)、钙调蛋白2同种型a(钙调蛋白2)、F-肌动蛋白加帽蛋白β亚基(Capzb)、α-球蛋白(Hba1)、α-肌动蛋白(aa40-375)(Acta2)、平滑肌蛋白SM22同源物-牛(片段)(Tagln2)、硫氧还原蛋白2(Txn1)、过氧化氢素2(Prdx2)、过氧化物氧化还原酶5前体(Prdx5)和Cu-Zn超氧化物歧化酶A5(GSTA5)。在一些实施方案中,三种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:防御素α1(DEFA1)、防御素α1B(DEFA1B)、防御素α3(DEFA3)、防御素α4(DEFA4)、组织蛋白酶G(CTSG)、髓过氧化物酶(MPO)、血红蛋白β(HBB)、血红蛋白α1(HBA1)、血红蛋白α2(HBA2)、S100钙结合蛋白12(S100A12)、染色体19开放阅读框59(C19orf59)、丙酮酸脱氢酶(硫辛酰胺)β、脂肪酸结合蛋白5、半乳糖凝集素-3、c-突触核蛋白、异源核核糖核蛋白A1、肌球蛋白轻链、调控B(Mrlcb)、转凝蛋白、类嘌呤核苷磷酸化酶(punA)、异源核核糖核蛋白A2/B1同种型A2(Hnrpa2b1)、亨廷顿相互作用蛋白K(HYPK)、β-肌动蛋白FE-3(Actg1)、钙调结合蛋白1(Cald1、钙调蛋白-1(Cnn1))、E-FABP FABP)(Fabp5)、加帽蛋白(肌动蛋白丝)、凝溶胶蛋白样(CAPG)、类毛状蛋白样1
(cotl1)、钙调蛋白-1(钙调蛋白H1、平滑肌;碱性钙调蛋白)(Cnn1)、纽蛋白(VCL)、VIM、β-原肌球蛋白(TPM2)、转凝蛋白2(Tagln2)、原肌球蛋白1α同种型c(TPM1)、钙调蛋白3酸性
(CNN3)、钙调蛋白2同种型a(钙调蛋白2)、F-肌动蛋白加帽蛋白β亚基(Capzb)、α-球蛋白(Hba1)、α-肌动蛋白(aa40-375)(Acta2)、平滑肌蛋白SM22同源物-牛(片段)(Tagln2)、硫氧还原蛋白2(Txn1)、过氧化氢素2(Prdx2)、过氧化物氧化还原酶5前体(Prdx5)和Cu-Zn超氧
化物歧化酶A5(GSTA5)。在一些实施方案中,4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、
19、20、25、30、35或40或更多种生物标志物选自由以下组成的组:防御素α1(DEFA1)、防御素α1B(DEFA1B)、防御素α3(DEFA3)、防御素α4(DEFA4)、组织蛋白酶G(CTSG)、髓过氧化物酶(MPO)、血红蛋白β(HBB)、血红蛋白α1(HBA1)、血红蛋白α2(HBA2)、S100钙结合蛋白12
(S100A12)、染色体19开放阅读框59(C19orf59)、丙酮酸脱氢酶(硫辛酰胺)β、脂肪酸结合蛋白5、半乳糖凝集素-3、c-突触核蛋白、异源核核糖核蛋白A1、肌球蛋白轻链、调控B(Mrlcb)、转凝蛋白、类嘌呤核苷磷酸化酶(punA)、异源核核糖核蛋白A2/B1同种型A2(Hnrpa2b1)、亨廷顿相互作用蛋白K(HYPK)、β-肌动蛋白FE-3(Actg1)、钙调结合蛋白1(Cald1、钙调蛋白-1)(Cnn1)、E-FABP FABP)(Fabp5)、加帽蛋白(肌动蛋白丝)、凝溶胶蛋白样(CAPG)、类毛状蛋白样1(Cotl1)、钙调蛋白-1(钙调蛋白H1、平滑肌;碱性钙调蛋白)(Cnn1)、纽蛋白(VCL)、VIM、β-原肌球蛋白(TPM2)、转凝蛋白2(Tagln2)、原肌球蛋白1α同种型c(TPM1)、钙调蛋白3酸性(CNN3)、钙调蛋白2同种型a(钙调蛋白2)、F-肌动蛋白加帽蛋白β亚基(Capzb)、α-球蛋白(Hba1)、α-肌动蛋白(aa40-375)(Acta2)、平滑肌蛋白SM22同源物-牛(片段)(Tagln2)、硫氧还原蛋白2(Txn1)、过氧化氢素2(Prdx2)、过氧化物氧化还原酶5前体(Prdx5)和Cu-Zn超氧
化物歧化酶A5(GSTA5)。在一些实施方案中,生物标志物是防御素α1(DEFA1)。在一些实施方案中,生物标志物是防御素α1B(DEFA 1B)。在一些实施方案中,生物标志物是防御素α3
(DEFA3)。在一些实施方案中,生物标志物是防御素α4(DEFA4)。在一些实施方案中,生物标志物是组织蛋白酶G(CTSG)。在一些实施方案中,生物标志物是髓过氧化物酶(MPO)。在一些实施方案中,生物标志物是血红蛋白β(HBB)。在一些实施方案中,生物标志物是血红蛋白α1(HBA1)。在一些实施方案中,生物标志物是血红蛋白α2(HBA2)。在一些实施方案中,生物标志物是S100钙结合蛋白12(S100A12)。在一些实施方案中,生物标志物是染色体19开放阅读框59(C19orf59)。在一些实施方案中,生物标志物是丙酮酸脱氢酶(硫辛酰胺)β。在一些实施方案中,生物标志物是脂肪酸结合蛋白5。在一些实施方案中,生物标志物是半乳糖凝集素-3。在一些实施方案中,生物标志物是c-突触核蛋白。在一些实施方案中,生物标志物是异源核核糖核蛋白A1。在一些实施方案中,生物标志物是肌球蛋白轻链调控B(Mrlcb)。在一些实施方案中,生物标志物是转凝蛋白。在一些实施方案中,生物标志物是类嘌呤核苷磷酸化酶(punA)。在一些实施方案中,生物标志物是异源核核糖核蛋白A2/B1同种型A2
(Hnrpa2b1)。在一些实施方案中,生物标志物是亨廷顿蛋白相互作用蛋白K(HYPK)。在一些实施方案中,生物标志物是β-肌动蛋白FE-3(Actg1)。在一些实施方案中,生物标志物是钙调结合蛋白1(Cald1,钙调蛋白-1(Cnn1))。在一些实施方案中,生物标志物是E-FABP(C-
FABP)(Fabp5)。在一些实施方案中,生物标志物是加帽蛋白(肌动蛋白丝)、凝溶胶蛋白样
(CAPG)。在一些实施方案中,生物标志物是类毛状蛋白样1(Cotl1)。在一些实施方案中,生物标志物是纽蛋白(VCL)。在一些实施方案中,生物标志物是VIM。在一些实施方案中,生物标志物是β-原肌球蛋白(TPM2)。在一些实施方案中,生物标志物是转凝蛋白2(Tagln2)。在一些实施方案中,生物标志物是原肌球蛋白1α同种型c(TPM1)。在一些实施方案中,生物标志物是钙调蛋白3酸性(CNN3)。在一些实施方案中,生物标志物是F-肌动蛋白加帽蛋白β亚基(Capzb)。在一些实施方案中,生物标志物是α-球蛋白(Hba1)。在一些实施方案中,生物标志物是α-肌动蛋白(aa40-375)(Acta2)。在一些实施方案中,生物标志物是平滑肌蛋白SM22同源物-牛(片段)(Tagln2)。在一些实施方案中,生物标志物是硫氧还原蛋白2(Txn1)。在一些实施方案中,生物标志物是过氧化氢素2(Prdx2)。在一些实施方案中,生物标志物是过氧化物氧化还原酶5前体(Prdx5)。在一些实施方案中,生物标志物是Cu-Zn超氧化物歧化酶A5(GSTA5)。
[0155] 在一些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:脂肪酸结合蛋白5、半乳糖凝集素-3、c-突触核蛋白、异源核核糖核蛋白A1、肌球蛋白轻链调控B、过氧化物还原蛋白氧化还原酶5前体和转凝蛋白。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达在衰老细胞中增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达降低。在一些实施方案中,生物标志物的表达在衰老细胞中降低。在其他实施方案中,生物标志物的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达改变是性别特异性的。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达降低。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达增加。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达降低。
[0156] 在一些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:β-肌动蛋白FE-3(Actg1)、钙调结合蛋白1(Cald1、钙调蛋白-1(Cnn1))、E-FABP(C-FABP)(Fabp5)、半乳糖凝集素-3(LGALS3)、γ突触核蛋白(Sncg)、异源核核糖核蛋白A1同种型a(HNRPA1)、异源核糖核蛋白A2/B1同种型A2(Hnrpa2b1)、亨廷顿蛋白相互作用蛋白K(HYPK)、肌球蛋白轻链调控B(Mrlcb)、过氧化物氧化还原酶5前体(Prdx5)、类嘌呤核苷磷酸化酶(punA)、丙酮酸脱氢酶(硫辛酰胺)β(PDHB)和转凝蛋白(Tagln)。在一些实施方案中,生物标志物的表达在衰老细胞中增加;在一些实施方案中,生物标志物的表达增加指示衰老;在一些实施方案中,生物标志物的表达降低;在一些实施方案中,生物标志物的表达在衰老细胞中降低;在其他实施方案中,生物标志物的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达改变是性别特异性的。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达降低。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达增
加。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达降低。
[0157] 在一些实施方案中,一种或多种生物标志选自由以下组成的组:转凝蛋白(Tagln)、加帽蛋白(肌动蛋白丝)、凝溶胶蛋白样(CAPG)、钙调结合蛋白1(Cald1)、β-肌动蛋白FE-3(Actg1)、类毛状蛋白样1(Cotl1)、钙调蛋白-1(钙调蛋白H1、平滑肌;碱性钙调蛋白)(Cnn1)、纽蛋白(VCL)、VIM、β-原肌球蛋白(TPM2)、肌球蛋白轻链调控B(Mrlcb)、转凝蛋白2(Tagln2)、原肌球蛋白1α同种型c(TPM1)、钙调蛋白3酸性(CNN3)、钙调蛋白2同种型a(钙调蛋白2)、F-肌动蛋白加帽蛋白β亚基(Capzb)、α-球蛋白(Hba1)、α-肌动蛋白(aa40-375)(Acta2)、平滑肌蛋白SM22同源物-牛(片段)(Tagln2)、硫氧还原蛋白2(Txn1)、过氧化氢素2(Prdx2)、过氧化物氧化还原酶5前体(Prdx5)和Cu-Zn超氧化物歧化酶A5(GSTA5)。在一些实施方案中,两种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:转凝蛋白(Tagln)、加帽蛋白(肌动蛋白丝)、凝溶胶蛋白样(CAPG)、钙调结合蛋白1(Cald1)、β-肌动蛋白FE-3(Actg1)、类毛状蛋白样1(Cotl1)、钙调蛋白-1(钙调蛋白H1、平滑肌;碱性钙调蛋白)(Cnn1)、纽蛋白
(VCL)、VIM、β-原肌球蛋白(TPM2)、肌球蛋白轻链调控B(Mrlcb)、转凝蛋白2(Tagln2)、原肌球蛋白1α同种型c(TPM1)、钙调蛋白3酸性(CNN3)、钙调蛋白2同种型a(钙调蛋白2)、F-肌动蛋白加帽蛋白β亚基(Capzb)、α-球蛋白(Hba1)、α-肌动蛋白(aa40-375)(Acta2)、平滑肌蛋白SM22同源物-牛(片段)(Tagln2)、硫氧还原蛋白2(Txn1)、过氧化氢素2(Prdx2)、过氧化物氧化还原酶5前体(Prdx5)和Cu-Zn超氧化物歧化酶A5(GSTA5)。在一些实施方案中,三种或
更多种生物标志选自由以下组成的组:转凝蛋白(Tagln)、加帽蛋白(肌动蛋白丝)、凝溶胶蛋白样(CAPG)、钙调结合蛋白1(Cald1)、β-肌动蛋白FE-3(Actg1)、类毛状蛋白样1(Cotl1)、钙调蛋白-1(钙调蛋白H1、平滑肌;碱性钙调蛋白)(Cnn1)、纽蛋白(VCL)、VIM、β-原肌球蛋白(TPM2)、肌球蛋白轻链调控B(Mrlcb)、转凝蛋白2(Tagln2)、原肌球蛋白1α同种型c(TPM1)、钙调蛋白3酸性(CNN3)、钙调蛋白2同种型a(钙调蛋白2)、F-肌动蛋白加帽蛋白β亚基
(Capzb)、α-球蛋白(Hba1)、α-肌动蛋白(aa40-375)(Acta2)、平滑肌蛋白SM22同源物-牛(片段)(Tagln2)、硫氧还原蛋白2(Txn1)、过氧化氢素2(Prdx2)、过氧化物氧化还原酶5前体
(Prdx5)和Cu-Zn超氧化物歧化酶A5(GSTA5)。在一些实施方案中,4、5、6、7、8、9、10、11、12、
13、14、15、16、17、18、19或20种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:转凝蛋白
(Tagln)、加帽蛋白(肌动蛋白丝)、凝溶胶蛋白样(CAPG)、钙调结合蛋白1(Cald1)、β-肌动蛋白FE-3(Actg1)、类毛状蛋白样1(Cotl1)、钙调蛋白-1(钙调蛋白H1、平滑肌;碱性钙调蛋白)(Cnn1)、纽蛋白(VCL)、VIM、β-原肌球蛋白(TPM2)、肌球蛋白轻链调控B(Mrlcb)、转凝蛋白2(Tagln2)、原肌球蛋白1α同种型c(TPM1)、钙调蛋白3酸性(CNN3)、钙调蛋白2同种型a(钙调蛋白2)、F-肌动蛋白加帽蛋白β亚基(Capzb)、α-球蛋白(Hba1)、α-肌动蛋白(aa40-375)(Acta2)、平滑肌蛋白SM22同源物-牛(片段)(Tagln2)、硫氧还原蛋白2(Txn1)、过氧化氢素2(Prdx2)、过氧化物氧化还原酶5前体(Prdx5)和Cu-Zn超氧化物歧化酶A5(GSTA5)。在一些实施方案中,生物标志物是转凝蛋白(Tagln)。在一些实施方案中,生物标志物是加帽蛋白(肌动蛋白丝)。在一些实施方案中,生物标志物是凝溶胶蛋白样(CAPG)。在一些实施方案中,生物标志物是钙调结合蛋白1(Cald1)。在一些实施方案中,生物标志物是β-肌动蛋白FE-3
(Actg1)。在一些实施方案中,生物标志物是类毛状蛋白样1(Cot11)。在一些实施方案中,生物标志物是钙调蛋白-1(钙调蛋白H1,平滑肌;碱性钙调蛋白)(Cnn1)。在一些实施方案中,生物标志物是纽蛋白(VCL),VIM。在一些实施方案中,生物标志物是β-原肌球蛋白(TPM2)。
在一些实施方案中,生物标志物是肌球蛋白轻链调控B(Mrlcb)。在一些实施方案中,生物标志物是转凝蛋白2(Tagln2)。在一些实施方案中,生物标志物是原肌球蛋白1α同种型c
(TPM1)。在一些实施方案中,生物标志物是钙调蛋白3酸性(CNN3)。在一些实施方案中,生物标志物是钙调蛋白2同种型α(钙调蛋白2)。在一些实施方案中,生物标志物是F-肌动蛋白加帽蛋白β亚基(Capzb)。在一些实施方案中,生物标志物是α-球蛋白(Hba1)。在一些实施方案中,生物标志物是α-肌动蛋白(氨基酸40-375)(Acta2)。在一些实施方案中,生物标志物是平滑肌蛋白SM22同源物-牛(片段)(Tagln2)。在一些实施方案中,生物标志物是硫氧还原蛋白2(Txn1)。在一些实施方案中,生物标志物是过氧化氢素2(Prdx2)。在一些实施方案中,生物标志物是过氧化物氧化还原酶5前体(Prdx5)。在一些实施方案中,生物标志物是Cu-Zn超氧化物歧化酶A5(GSTA5)。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达在衰老细胞中增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加指示衰
老。在一些实施方案中,生物标志物的表达降低。在一些实施方案中,生物标志物的表达在衰老细胞中降低。在其他实施方案中,生物标志物的表达降低指示衰老。在一些实施方案
中,生物标志物的表达改变是性别特异性的。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达降低。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达增加。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达降低。
[0158] 在一些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:胶原蛋白XVII型α1(COL17A1)、肿瘤蛋白p73(TP73)、角蛋白10(KRT10)、半胱天冬酶14、凋亡相关半胱氨酸肽酶(CASP14)、聚丝蛋白(FLG)、角质细胞富含脯氨酸的蛋白(KPRP)、角膜链蛋白(CDSN)、激肽释放酶相关肽酶5(KLK5)、黑色素-A(MLANA)、多巴色素互变异构酶(DCT)、酪氨酸酶
(TYR)、CD1a分子(CD1A)、CD207分子、langerin(CD207)、膜联蛋白A6(ANXA6)、谷氨酰胺tRNA合成酶(QARS)、阳离子依赖性甘露糖-6-磷酸(IGF2R)、双丝蛋白-2(TWF2)、40S核糖体蛋白S5(RPS5)、推定的前体mRNA剪接因子ATP依赖性RNA解旋酶DHX15(DHX15)、26S蛋白酶体非
ATP酶调节亚基1(PSMD1)、40S核糖体蛋白S29(RPS29)、突触足蛋白-2(SYNPO2)、T-复合蛋白
1亚基ζ(CCT6A)、膜联蛋白5(ANXA5)、tRNA剪接连接酶RtcB同系物(C22orf28)、富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)、肌球蛋白轻链多肽6(MYL6)、蛋白磷酸酶1调节亚基7
(PPP1R7)、UPF0568蛋白C14orf166(C14orf166)、26蛋白酶体非ATP酶调节亚基14(PSMD14)、丝氨酸羟甲基转移酶线粒体(SHMT2)、热休克70kDa蛋白1A/1B(HSPA1A)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX1(DDX1)、钙调蛋白(CALM1)、AP-2复合亚基α2(AP2A2)、Rho鸟嘌呤核苷交换因子2
(ARHGEF2)、膜联蛋白A4(ANXA4)、红细胞带7整合膜蛋白(STOM)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X(DDX3X)、钙蛋白酶小亚基1(CAPNS1)、NAD(P)H脱氢酶[醌]1(NQO1)、蛋白S100-A16
(S100A16)、网格蛋白轻链B(CLTB)、脑酸可溶性蛋白1(BASP1)、DnaJ同系物亚家族C成员3
(DNAJC3)、AP-2复合亚基α-1(AP2A1)、40S核糖体蛋白(RPS6)、甘氨酰-tRNA合成酶(GARS)、含EH结构域蛋白2(EHD2)、寡核糖核酸酶、线粒体(REXO2)、血小板反应蛋白-1(THBS1)、甘氨酰肽N-十四烷酰转移酶1(NMT1)、腺苷酸环化酶相关蛋白1(CAP1)、热休克相关70kDa蛋白2
(HSPA2)、组蛋白H2A型1-A(HIST1H2AA)和T复合蛋白1亚基α(TCP1)。在一些实施方案中,两种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:胶原蛋白XVII型α1(COL17A1)、肿瘤蛋白p73(TP73)、角蛋白10(KRT10)、半胱天冬酶14、凋亡相关半胱氨酸肽酶(CASP14)、聚丝蛋白
(FLG)、角质细胞富含脯氨酸的蛋白(KPRP)、角膜锁链蛋白(CDSN)、激肽释放酶相关肽酶5
(KLK5)、黑色素-A(MLANA)、多巴色素互变异构酶(DCT)、酪氨酸酶(TYR)、CD1a分子(CD1A)、CD207分子、langerin(CD207)、膜联蛋白A6(ANXA6)、谷氨酰胺tRNA合成酶(QARS)、阳离子依赖性甘露糖-6-磷酸(IGF2R)、双丝蛋白-2(TWF2)、40S核糖体蛋白S5(RPS5)、推定的前体
mRNA剪接因子ATP依赖性RNA解旋酶DHX15(DHX15)、26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基1
(PSMD1)、40S核糖体蛋白S29(RPS29)、突触足蛋白-2(SYNPO2)、T-复合蛋白1亚基ζ(CCT6A)、膜联蛋白5(ANXA5)、tRNA剪接连接酶RtcB同系物(C22orf28)、富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)、肌球蛋白轻链多肽6(MYL6)、蛋白磷酸酶1调节亚基7(PPP1R7)、UPF0568蛋白
C14orf166(C14orf166)、26蛋白酶体非ATP酶调节亚基14(PSMD14)、丝氨酸羟甲基转移酶线粒体(SHMT2)、热休克70kDa蛋白1A/1B(HSPA1A)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX1(DDX1)、钙调蛋白(CALM1)、AP-2复合亚基α2(AP2A2)、Rho鸟嘌呤核苷交换因子2(ARHGEF2)、膜联蛋白A4
(ANXA4)、红细胞带7整合膜蛋白(STOM)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X(DDX3X)、钙蛋白酶小亚基1(CAPNS1)、NAD(P)H脱氢酶[醌]1(NQO1)、蛋白S100-A16(S100A16)、网格蛋白轻链B
(CLTB)、脑酸可溶性蛋白1(BASP1)、DnaJ同系物亚家族C成员3(DNAJC3)、AP-2复合亚基α-1(AP2A1)、40S核糖体蛋白(RPS6)、甘氨酰-tRNA合成酶(GARS)、含EH结构域蛋白2(EHD2)、寡核糖核酸酶、线粒体(REXO2)、血小板反应蛋白-1(THBS1)、甘氨酰肽N-十四烷酰转移酶1
(NMT1)、腺苷酸环化酶相关蛋白1(CAP1)、热休克相关70kDa蛋白2(HSPA2)、组蛋白H2A型1-A(HIST1H2AA)和T复合蛋白1亚基α(TCP1)。在一些实施方案中,三种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:胶原蛋白XVII型α1(COL17A1)、肿瘤蛋白p73(TP73)、角蛋白10(KRT10)、半胱天冬酶14、凋亡相关半胱氨酸肽酶(CASP14)、聚丝蛋白(FLG)、角质细胞富含脯氨酸的蛋白(KPRP)、角膜锁链蛋白(CDSN)、激肽释放酶相关肽酶5(KLK5)、黑色素-A(MLANA)、多巴色素互变异构酶(DCT)、酪氨酸酶(TYR)、CD1a分子(CD1A)、CD207分子、langerin(CD207)、膜联蛋白A6(ANXA6)、谷氨酰胺tRNA合成酶(QARS)、阳离子依赖性甘露糖-6-磷酸(IGF2R)、双丝蛋白-2(TWF2)、40S核糖体蛋白S5(RPS5)、推定的前体mRNA剪接因子ATP依赖性RNA解旋酶DHX15(DHX15)、26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基1(PSMD1)、40S核糖体蛋白S29(RPS29)、突触足蛋白-2(SYNPO2)、T-复合蛋白1亚基ζ(CCT6A)、膜联蛋白5(ANXA5)、tRNA剪接连接酶RtcB同系物(C22orf28)、富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)、肌球蛋白轻链多肽6(MYL6)、蛋白磷酸酶1调节亚基7(PPP1R7)、UPF0568蛋白C14orf166(C14orf166)、26蛋白酶体非ATP
酶调节亚基14(PSMD14)、丝氨酸羟甲基转移酶线粒体(SHMT2)、热休克70kDa蛋白1A/1B
(HSPA1A)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX1(DDX1)、钙调蛋白(CALM1)、AP-2复合亚基α2(AP2A2)、Rho鸟嘌呤核苷交换因子2(ARHGEF2)、膜联蛋白A4(ANXA4)、红细胞带7整合膜蛋白(STOM)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X(DDX3X)、钙蛋白酶小亚基1(CAPNS1)、NAD(P)H脱氢酶[醌]1
(NQO1)、蛋白S100-A16(S100A16)、网格蛋白轻链B(CLTB)、脑酸可溶性蛋白1(BASP1)、DnaJ同系物亚家族C成员3(DNAJC3)、AP-2复合亚基α-1(AP2A1)、40S核糖体蛋白(RPS6)、甘氨酰-tRNA合成酶(GARS)、含EH结构域蛋白2(EHD2)、寡核糖核酸酶、线粒体(REXO2)、血小板反应蛋白-1(THBS1)、甘氨酰肽N-十四烷酰转移酶1(NMT1)、腺苷酸环化酶相关蛋白1(CAP1)、热休克相关70kDa蛋白2(HSPA2)、组蛋白H2A型1-A(HIST1H2AA)和T复合蛋白1亚基α(TCP1)。在一些实施方案中,4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45或
50种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:胶原蛋白XVII型α1(COL17A1)、肿瘤蛋白
p73(TP73)、角蛋白10(KRT10)、半胱天冬酶14、凋亡相关半胱氨酸肽酶(CASP14)、聚丝蛋白(FLG)、角质细胞富含脯氨酸的蛋白(KPRP)、角膜锁链蛋白(CDSN)、激肽释放酶相关肽酶5
(KLK5)、黑色素-A(MLANA)、多巴色素互变异构酶(DCT)、酪氨酸酶(TYR)、CD1a分子(CD1A)、CD207分子、langerin(CD207)、膜联蛋白A6(ANXA6)、谷氨酰胺tRNA合成酶(QARS)、阳离子依赖性甘露糖-6-磷酸(IGF2R)、双丝蛋白-2(TWF2)、40S核糖体蛋白S5(RPS5)、推定的前体
mRNA剪接因子ATP依赖性RNA解旋酶DHX15(DHX15)、26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基1
(PSMD1)、40S核糖体蛋白S29(RPS29)、突触足蛋白-2(SYNPO2)、T-复合蛋白1亚基ζ(CCT6A)、膜联蛋白5(ANXA5)、tRNA剪接连接酶RtcB同系物(C22orf28)、富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)、肌球蛋白轻链多肽6(MYL6)、蛋白磷酸酶1调节亚基7(PPP1R7)、UPF0568蛋白
C14orf166(C14orf166)、26蛋白酶体非ATP酶调节亚基14(PSMD14)、丝氨酸羟甲基转移酶线粒体(SHMT2)、热休克70kDa蛋白1A/1B(HSPA1A)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX1(DDX1)、钙调蛋白(CALM1)、AP-2复合亚基α2(AP2A2)、Rho鸟嘌呤核苷交换因子2(ARHGEF2)、膜联蛋白A4
(ANXA4)、红细胞带7整合膜蛋白(STOM)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X(DDX3X)、钙蛋白酶小亚基1(CAPNS1)、NAD(P)H脱氢酶[醌]1(NQO1)、蛋白S100-A16(S100A16)、网格蛋白轻链B
(CLTB)、脑酸可溶性蛋白1(BASP1)、DnaJ同系物亚家族C成员3(DNAJC3)、AP-2复合亚基α-1(AP2A1)、40S核糖体蛋白(RPS6)、甘氨酰-tRNA合成酶(GARS)、含EH结构域蛋白2(EHD2)、寡核糖核酸酶、线粒体(REXO2)、血小板反应蛋白-1(THBS1)、甘氨酰肽N-十四烷酰转移酶1
(NMT1)、腺苷酸环化酶相关蛋白1(CAP1)、热休克相关70kDa蛋白2(HSPA2)、组蛋白H2A型1-A(HIST1H2AA)和T复合蛋白1亚基α(TCP1)。在一些实施方案中,生物标志物是胶原蛋白XVII型α1(COL17A1)。在一些实施方案中,生物标志物是肿瘤蛋白p73(TP73)。在一些实施方案中,生物标志物是角蛋白10(KRT10)。在一些实施方案中,生物标志物是半胱天冬酶14、凋亡相关半胱氨酸肽酶(CASP14)。在一些实施方案中,生物标志物是聚丝蛋白(FLG)。在一些实施方案中,生物标志物是角质细胞富含脯氨酸的蛋白(KPRP)。在一些实施方案中,生物标志物是膜锁链蛋白(CDSN)。在一些实施方案中,生物标志物是激肽释放酶相关肽酶5(KLK5)。
在一些实施方案中,生物标志物是黑色素-A(MLANA)。在一些实施方案中,生物标志物是多巴色素互变异构酶(DCT)。在一些实施方案中,生物标志物是酪氨酸酶(TYR)。在一些实施方案中,生物标志物是CD1a分子(CD1A)。在一些实施方案中,生物标志物是CD207分子,
langerin(CD207)。在一些实施方案中,生物标志物是膜联蛋白A6(ANXA6)。在一些实施方案中,生物标志物是谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QARS)。在一些实施方案中,生物标志物是阳离子依赖性甘露糖-6-磷酸(IGF2R)。在一些实施方案中,生物标志物是双丝蛋白-2(TWF2)。在一些实施方案中,生物标志物是40S核糖体蛋白S5(RPS5)。在一些实施方案中,生物标志物是推定的前体mRNA剪接因子ATP依赖性RNA解旋酶DHX15(DHX15)。在一些实施方案中,生物
标志物是26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基1(PSMD1)。在一些实施方案中,生物标志物是40S核糖体蛋白S29(RPS29)。在一些实施方案中,生物标志物是突触足蛋白-2(SYNPO2)。在一些实施方案中,生物标志物是T复合蛋白1亚基ζ(CCT6A)。在一些实施方案中,生物标志物是膜联蛋白5(ANXA5)。在一些实施方案中,生物标志物是tRNA剪接连接酶RtcB同系物(C22orf28)。
在一些实施方案中,生物标志物是富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)。在一些实施方案中,生物标志物是肌球蛋白轻链多肽6(MYL6)。在一些实施方案中,生物标志物是蛋白磷酸酶1调节亚基7(PPP1R7)。在一些实施方案中,生物标志物是UPF0568蛋白C14orf166
(C14orf166)。在一些实施方案中,生物标志物是26蛋白酶体非ATP酶调节亚基14(PSMD14)。
在一些实施方案中,生物标志物是丝氨酸羟甲基转移酶线粒体(SHMT2)。在一些实施方案
中,生物标志物是热休克70kDa蛋白1A/1B(HSPA1A)。在一些实施方案中,生物标志物是ATP依赖性RNA解旋酶DDX1(DDX1)。在一些实施方案中,生物标志物是钙调蛋白(CALM1)。在一些实施方案中,生物标志物是AP-2复合亚基α-2(AP2A2)。在一些实施方案中,生物标志物是Rho鸟嘌呤核苷酸交换因子2(ARHGEF2)。在一些实施方案中,生物标志物是膜联蛋白A4
(ANXA4)。在一些实施方案中,生物标志物是红细胞带7整合膜蛋白(STOM)。在一些实施方案中,生物标志物是ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X(DDX3X)。在一些实施方案中,生物标志物是钙蛋白酶小亚基1(CAPNS1)。在一些实施方案中,生物标志物是NAD(P)H脱氢酶[醌]1(NQO1)。
在一些实施方案中,生物标志物是蛋白S100-A16(S100A16)。在一些实施方案中,生物标志物是网格蛋白轻链B(CLTB)。在一些实施方案中,生物标志物是脑酸可溶性蛋白1(BASP1)。
在一些实施方案中,生物标志物是DnaJ同系物亚家族C成员3(DNAJC3)。在一些实施方案中,生物标志物是AP-2复合亚基α-1(AP2A1)。在一些实施方案中,生物标志物是40S核糖体蛋白(RPS6)。在一些实施方案中,生物标志物是甘氨酰-tRNA合成酶(GARS)。在一些实施方案中,生物标志物是含EH结构域蛋白2(EHD2)。在一些实施方案中,生物标志物是寡核糖核酸酶。
在一些实施方案中,生物标志物是线粒体(REXO2)。在一些实施方案中,生物标志物是血小板反应蛋白-1(THBS1)。在一些实施方案中,生物标志物是甘氨酰肽N-十四烷酰基转移酶1
(NMT1)。在一些实施方案中,生物标志物是腺苷酸环化酶相关蛋白1(CAP1)。在一些实施方案中,生物标志物是热休克相关70kDa蛋白2(HSPA2)。在一些实施方案中,生物标志物是组蛋白H2A型1-A(HIST1H2AA)。在一些实施方案中,生物标志物是T复合蛋白1亚基α(TCP1)。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达在衰老细胞中增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达降低。在一些实施方案中,生物标志物的表达在衰老细胞中降低。在其他实施方案中,生物标志物的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达改变是性别特异性的。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达降低。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达增
加。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达降低。
[0159] 在一些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:线粒体编码的细胞色素c氧化酶II(MTCO2)、NADH脱氢酶(泛醌)1α亚复合物5(NDUFA5)、NADH脱氢酶(泛醌)
1α亚复合物9(NDUFA9)、NADH脱氢酶(泛醌)1α亚复合物10(NDUFA10)和NADH脱氢酶(泛醌)
Fe-S蛋白6 13kDa(NADH-辅酶Q还原酶)(NDUFS6),其中一种或多种生物标志物的表达降低
指示衰老。在一些实施方案中,两种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:线粒体编码的细胞色素c氧化酶II(MTCO2)、NADH脱氢酶(泛醌)1α亚复合物5(NDUFA5)、NADH脱氢酶(泛醌)1α亚复合物9(NDUFA9)、NADH脱氢酶(泛醌)1α亚复合物10(NDUFA10)和NADH脱氢酶(泛
醌)Fe-S蛋白6 13kDa(NADH-辅酶Q还原酶)(NDUFS6),其中生物标志物的表达降低指示衰
老。在一些实施方案中,三种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:线粒体编码的细胞色素c氧化酶II(MTCO2)、NADH脱氢酶(泛醌)1α亚复合物5(NDUFA5)、NADH脱氢酶(泛醌)1α亚复合物9(NDUFA9)、NADH脱氢酶(泛醌)1α亚复合物10(NDUFA10)和NADH脱氢酶(泛醌)Fe-S蛋白6 13kDa(NADH-辅酶Q还原酶)(NDUFS6),其中生物标志物的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,四种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:线粒体编码的细胞色素c氧化酶II(MTCO2)、NADH脱氢酶(泛醌)1α亚复合物5(NDUFA5)、NADH脱氢酶(泛醌)1α亚复合物9
(NDUFA9)、NADH脱氢酶(泛醌)1α亚复合物10(NDUFA10)和NADH脱氢酶(泛醌)Fe-S蛋白6 
13kDa(NADH-辅酶Q还原酶)(NDUFS6),其中生物标志物的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,五种生物标志选自由以下组成的组:线粒体编码的细胞色素c氧化酶II(MTCO2)、NADH脱氢酶(泛醌)1α亚复合物5(NDUFA5)、NADH脱氢酶(泛醌)1α亚复合物9(NDUFA9)、NADH脱氢酶(泛醌)1α亚复合物10(NDUFA10)和NADH脱氢酶(泛醌)Fe-S蛋白6 13kDa(NADH-辅酶Q还原
酶)(NDUFS6),其中生物标志物的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,细胞色素c氧化酶II(MTCO2)的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,NADH脱氢酶(泛醌)1α亚复合物5
(NDUFA5)的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,NADH脱氢酶(泛醌)1α亚复合物9
(NDUFA9)的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,NADH脱氢酶(泛醌)1α亚复合物10
(NDUFA10)的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,NADH脱氢酶(泛醌)Fe-S蛋白6 13kDa
(NADH-辅酶Q还原酶)(NDUFS6)的表达降低指示衰老。
[0160] 在一些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:膜联蛋白A6(ANXA6)、谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QARS)、阳离子依赖性甘露糖-6-磷酸(IGF2R)、双丝蛋
白-2(TWF2)、40S核糖体蛋白S5(RPS5)、推定的前体mRNA剪接因子ATP依赖性RNA解旋酶
DHX15(DHX15)、26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基1(PSMD1)、40S核糖体蛋白S29(RPS29)、突触足蛋白-2(SYNPO2)、T-复合蛋白1亚基ζ(CCT6A)、膜联蛋白5(ANXA5)、tRNA-剪接连接酶RtcB同系物(C22orf28)、富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)、肌球蛋白轻链多肽6(MYL6)、蛋白磷酸酶1调节亚基7(PPP1R7)、UPF0568蛋白C14orf166(C14orf166)、26蛋白酶体非ATP
酶调节亚基14(PSMD14)、丝氨酸羟甲基转移酶线粒体(SHMT2)、热休克70kDa蛋白1A/1B
(HSPA1A)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX1(DDX1)、钙调蛋白(CALM1)、AP-2复合亚基α-2(AP2A2)、Rho鸟嘌呤核苷酸核苷交换因子2(ARHGEF2)、膜联蛋白A4(ANXA4)、红细胞带7整合膜蛋白
(STOM)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X(DDX3X)、钙蛋白酶小亚基1(CAPNS1)、NAD(P)H脱氢酶
[醌]1(NQO1)、蛋白S100-A16(S100A16)、网格蛋白轻链B(CLTB)、脑酸可溶性蛋白1(BASP1)、DnaJ同系物亚家族C成员3(DNAJC3)、AP-2复合亚基α-1(AP2A1)、40S核糖体蛋白(RPS6)、甘氨酰-tRNA合成酶(GARS)、含EH结构域蛋白2(EHD2)、寡核糖核酸酶、线粒体(REXO2)、血小板反应蛋白-1(THBS1)、甘氨酰肽N-十四烷酰转移酶1(NMT1)、腺苷酸环化酶相关蛋白1
(CAP1)、热休克相关70kDa蛋白2(HSPA2)、组蛋白H2A型1-A(HIST1H2AA)和T复合蛋白1亚基α(TCP1)。在一些实施方案中,两种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:膜联蛋白A6
(ANXA6)、谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QARS)、阳离子依赖性甘露糖-6-磷酸(IGF2R)、双丝蛋
白-2(TWF2)、40S核糖体蛋白S5(RPS5)、推定的前体mRNA剪接因子ATP依赖性RNA解旋酶
DHX15(DHX15)、26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基1(PSMD1)、40S核糖体蛋白S29(RPS29)、突触足蛋白-2(SYNPO2)、T-复合蛋白1亚基ζ(CCT6A)、膜联蛋白5(ANXA5)、tRNA-剪接连接酶RtcB同系物(C22orf28)、富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)、肌球蛋白轻链多肽6(MYL6)、蛋白磷酸酶1调节亚基7(PPP1R7)、UPF0568蛋白C14orf166(C14orf166)、26蛋白酶体非ATP
酶调节亚基14(PSMD14)、丝氨酸羟甲基转移酶线粒体(SHMT2)、热休克70kDa蛋白1A/1B
(HSPA1A)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX1(DDX1)、钙调蛋白(CALM1)、AP-2复合亚基α-2(AP2A2)、Rho鸟嘌呤核苷酸核苷交换因子2(ARHGEF2)、膜联蛋白A4(ANXA4)、红细胞带7整合膜蛋白
(STOM)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X(DDX3X)、钙蛋白酶小亚基1(CAPNS1)、NAD(P)H脱氢酶
[醌]1(NQO1)、蛋白S100-A16(S100A16)、网格蛋白轻链B(CLTB)、脑酸可溶性蛋白1(BASP1)、DnaJ同系物亚家族C成员3(DNAJC3)、AP-2复合亚基α-1(AP2A1)、40S核糖体蛋白(RPS6)、甘氨酰-tRNA合成酶(GARS)、含EH结构域蛋白2(EHD2)、寡核糖核酸酶、线粒体(REXO2)、血小板反应蛋白-1(THBS1)、甘氨酰肽N-十四烷酰转移酶1(NMT1)、腺苷酸环化酶相关蛋白1
(CAP1)、热休克相关70kDa蛋白2(HSPA2)、组蛋白H2A型1-A(HIST1H2AA)和T复合蛋白1亚基α(TCP1)。在一些实施方案中,三种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:膜联蛋白A6
(ANXA6)、谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QARS)、阳离子依赖性甘露糖-6-磷酸(IGF2R)、双丝蛋
白-2(TWF2)、40S核糖体蛋白S5(RPS5)、推定的前体mRNA剪接因子ATP依赖性RNA解旋酶
DHX15(DHX15)、26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基1(PSMD1)、40S核糖体蛋白S29(RPS29)、突触足蛋白-2(SYNPO2)、T-复合蛋白1亚基ζ(CCT6A)、膜联蛋白5(ANXA5)、tRNA-剪接连接酶RtcB同系物(C22orf28)、富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)、肌球蛋白轻链多肽6(MYL6)、蛋白磷酸酶1调节亚基7(PPP1R7)、UPF0568蛋白C14orf166(C14orf166)、26蛋白酶体非ATP
酶调节亚基14(PSMD14)、丝氨酸羟甲基转移酶线粒体(SHMT2)、热休克70kDa蛋白1A/1B
(HSPA1A)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX1(DDX1)、钙调蛋白(CALM1)、AP-2复合亚基α-2(AP2A2)、Rho鸟嘌呤核苷酸核苷交换因子2(ARHGEF2)、膜联蛋白A4(ANXA4)、红细胞带7整合膜蛋白
(STOM)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X(DDX3X)、钙蛋白酶小亚基1(CAPNS1)、NAD(P)H脱氢酶
[醌]1(NQO1)、蛋白S100-A16(S100A16)、网格蛋白轻链B(CLTB)、脑酸可溶性蛋白1(BASP1)、DnaJ同系物亚家族C成员3(DNAJC3)、AP-2复合亚基α-1(AP2A1)、40S核糖体蛋白(RPS6)、甘氨酰-tRNA合成酶(GARS)、含EH结构域蛋白2(EHD2)、寡核糖核酸酶、线粒体(REXO2)、血小板反应蛋白-1(THBS1)、甘氨酰肽N-十四烷酰转移酶1(NMT1)、腺苷酸环化酶相关蛋白1
(CAP1)、热休克相关70kDa蛋白2(HSPA2)、组蛋白H2A型1-A(HIST1H2AA)和T复合蛋白1亚基α(TCP1)。在一些实施方案中,4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35或40或更多种生物标志物选自由以下组成的组:膜联蛋白A6(ANXA6)、谷氨酰胺酰-tRNA合
成酶(QARS)、阳离子依赖性甘露糖-6-磷酸(IGF2R)、双丝蛋白-2(TWF2)、40S核糖体蛋白S5(RPS5)、推定的前体mRNA剪接因子ATP依赖性RNA解旋酶DHX15(DHX15)、26S蛋白酶体非ATP
酶调节亚基1(PSMD1)、40S核糖体蛋白S29(RPS29)、突触足蛋白-2(SYNPO2)、T-复合蛋白1亚基ζ(CCT6A)、膜联蛋白5(ANXA5)、tRNA-剪接连接酶RtcB同系物(C22orf28)、富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)、肌球蛋白轻链多肽6(MYL6)、蛋白磷酸酶1调节亚基7(PPP1R7)、UPF0568蛋白C14orf166(C14orf166)、26蛋白酶体非ATP酶调节亚基14(PSMD14)、丝氨酸羟
甲基转移酶线粒体(SHMT2)、热休克70kDa蛋白1A/1B(HSPA1A)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX1
(DDX1)、钙调蛋白(CALM1)、AP-2复合亚基α-2(AP2A2)、Rho鸟嘌呤核苷酸核苷交换因子2
(ARHGEF2)、膜联蛋白A4(ANXA4)、红细胞带7整合膜蛋白(STOM)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X(DDX3X)、钙蛋白酶小亚基1(CAPNS1)、NAD(P)H脱氢酶[醌]1(NQO1)、蛋白S100-A16
(S100A16)、网格蛋白轻链B(CLTB)、脑酸可溶性蛋白1(BASP1)、DnaJ同系物亚家族C成员3
(DNAJC3)、AP-2复合亚基α-1(AP2A1)、40S核糖体蛋白(RPS6)、甘氨酰-tRNA合成酶(GARS)、含EH结构域蛋白2(EHD2)、寡核糖核酸酶、线粒体(REXO2)、血小板反应蛋白-1(THBS1)、甘氨酰肽N-十四烷酰转移酶1(NMT1)、腺苷酸环化酶相关蛋白1(CAP1)、热休克相关70kDa蛋白2
(HSPA2)、组蛋白H2A型1-A(HIST1H2AA)和T复合蛋白1亚基α(TCP1)。在一些实施方案中,生物标志物是膜联蛋白A6(ANXA6)。在一些实施方案中,生物标志物是谷氨酰胺酰-tRNA合成
酶(QARS)。在一些实施方案中,生物标志物是阳离子依赖性甘露糖-6-磷酸(IGF2R)。在一些实施方案中,生物标志物是双丝蛋白-2(TWF2)。在一些实施方案中,生物标志物是40S核糖体蛋白S5(RPS5)。在一些实施方案中,生物标志物是推定的前体mRNA剪接因子ATP依赖性
RNA解旋酶DHX15(DHX15)。在一些实施方案中,生物标志物是26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基
1(PSMD1)。在一些实施方案中,生物标志物是40S核糖体蛋白S29(RPS29)。在一些实施方案中,生物标志物是突触足蛋白-2(SYNPO2)。在一些实施方案中,生物标志物是T-复合蛋白1亚基ζ(CCT6A)。在一些实施方案中,生物标志物是膜联蛋白5(ANXA5)。在一些实施方案中,生物标志物是tRNA剪接连接酶RtcB同系物(C22orf28)。在一些实施方案中,生物标志物是
富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)。在一些实施方案中,生物标志物是肌球蛋白轻链多肽6(MYL6)。在一些实施方案中,生物标志物是蛋白磷酸酶1调节亚基7(PPP1R7)。在一些实施方案中,生物标志物是UPF0568蛋白C14orf166(C14orf166)。在一些实施方案中,生物标志物是26蛋白酶体非ATP酶调节亚基14(PSMD14)。在一些实施方案中,生物标志物是丝氨酸羟甲基转移酶线粒体(SHMT2)。在一些实施方案中,生物标志物是热休克70kDa蛋白1A/1B(HSPA1A)。在一些实施方案中,生物标志物是ATP依赖性RNA解旋酶DDX1(DDX1)。在一些实施方案中,生物标志物是钙调蛋白(CALM1)。在一些实施方案中,生物标志物是AP-2复合亚基α-2(AP2A2)。在一些实施方案中,生物标志物是Rho鸟嘌呤核苷酸交换因子2(ARHGEF2)。在一些实施方案中,生物标志物是膜联蛋白A4(ANXA4)。在一些实施方案中,生物标志物是红细胞带7整合膜蛋白(STOM)。在一些实施方案中,生物标志物是ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X
(DDX3X)。在一些实施方案中,生物标志物是钙蛋白酶小亚基1(CAPNS1)。在一些实施方案
中,生物标志物是NAD(P)H脱氢酶[醌]1(NQO1)。在一些实施方案中,生物标志物是蛋白
S100-A16(S100A16)。在一些实施方案中,生物标志物是网格蛋白轻链B(CLTB)。在一些实施方案中,生物标志物是脑酸可溶性蛋白1(BASP1)。在一些实施方案中,生物标志物是DnaJ同系物亚家族C成员3(DNAJC3)。在一些实施方案中,生物标志物是AP-2复合亚基α-1(AP2A1)。
在一些实施方案中,生物标志物是40S核糖体蛋白(RPS6)。在一些实施方案中,生物标志物是甘氨酰tRNA合成酶(GARS)。在一些实施方案中,生物标志物是含EH结构域蛋白2(EHD2)。
在一些实施方案中,生物标志物是寡核糖核酸酶线粒体(REXO2)。在一些实施方案中,生物标志物是血小板反应蛋白-1(THBS1)。在一些实施方案中,生物标志物是甘氨酰肽N-十四烷酰基转移酶1(NMT1)。在一些实施方案中,生物标志物是腺苷酸环化酶相关蛋白1(CAP1)。在一些实施方案中,生物标志物是热休克相关70kDa蛋白2(HSPA2)。在一些实施方案中,生物标志物是组蛋白H2A型1-A(HIST1H2AA)。在一些实施方案中,生物标志物是T复合蛋白1亚基α(TCP1)。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达在衰老细胞中增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达降低。在一些实施方案中,生物标志物的表达在衰老细胞中降低。
在其他实施方案中,生物标志物的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达改变是性别特异性的。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达降低。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达增加。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达降低。
[0161] 在一些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:膜联蛋白A6(ANXA6)、谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QARS)、不依赖阳离子的甘露糖-6-磷酸(IGF2R)、推定的mRNA前体剪接因子ATP依赖性RNA解旋酶DHX15(DHX15)、40S核糖体蛋白S29(RPS29)、突触足蛋白-2(SYNPO2)、膜联蛋白5(ANXA5)、富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)、肌球蛋白轻链多肽6(MYL6)、热休克70kDa蛋白1A/1B(HSPA1A)、钙调蛋白(CALM1)、膜联蛋白A4
(ANXA4)、红细胞带7整合膜蛋白(STOM)、NAD(P)H脱氢酶[醌]1(NQO1)、网格蛋白轻链B
(CLTB)、脑酸可溶性蛋白1(BASP1)、40S核糖体蛋白(RPS6)、含EH结构域蛋白2(EHD2)、血小板反应蛋白-1(THBS1)、热休克相关70kDa蛋白2(HSPA2),其中一种或多种生物标志物的表
达增加指示衰老。在一些实施方案中,两种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:膜联蛋白A6(ANXA6)、谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QARS)、不依赖阳离子的甘露糖-6-磷酸(IGF2R)、推定的mRNA前体剪接因子ATP依赖性RNA解旋酶DHX15(DHX15)、40S核糖体蛋白S29(RPS29)、突触足蛋白-2(SYNPO2)、膜联蛋白5(ANXA5)、富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)、肌球蛋白轻链多肽6(MYL6)、热休克70kDa蛋白1A/1B(HSPA1A)、钙调蛋白(CALM1)、膜联蛋白A4(ANXA4)、红细胞带7整合膜蛋白(STOM)、NAD(P)H脱氢酶[醌]1(NQO1)、网格蛋白轻链B
(CLTB)、脑酸可溶性蛋白1(BASP1)、40S核糖体蛋白(RPS6)、含EH结构域蛋白2(EHD2)、血小板反应蛋白-1(THBS1)、热休克相关70kDa蛋白2(HSPA2),其中生物标志物的表达增加指示
衰老。在一些实施方案中,三种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:膜联蛋白A6
(ANXA6)、谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QARS)、不依赖阳离子的甘露糖-6-磷酸(IGF2R)、推定的mRNA前体剪接因子ATP依赖性RNA解旋酶DHX15(DHX15)、40S核糖体蛋白S29(RPS29)、突触足蛋白-2(SYNPO2)、膜联蛋白5(ANXA5)、富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)、肌球蛋白轻链多肽6(MYL6)、热休克70kDa蛋白1A/1B(HSPA1A)、钙调蛋白(CALM1)、膜联蛋白A4
(ANXA4)、红细胞带7整合膜蛋白(STOM)、NAD(P)H脱氢酶[醌]1(NQO1)、网格蛋白轻链B
(CLTB)、脑酸可溶性蛋白1(BASP1)、40S核糖体蛋白(RPS6)、含EH结构域蛋白2(EHD2)、血小板反应蛋白-1(THBS1)、热休克相关70kDa蛋白2(HSPA2),其中生物标志物的表达增加表明
衰老。在一些实施方案中,4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:膜联蛋白A6(ANXA6)、谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QARS)、不依赖阳离子的甘露糖-6-磷酸(IGF2R)、推定的mRNA前体剪接因子ATP依赖性RNA解旋酶
DHX15(DHX15)、40S核糖体蛋白S29(RPS29)、突触足蛋白-2(SYNPO2)、膜联蛋白5(ANXA5)、富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)、肌球蛋白轻链多肽6(MYL6)、热休克70kDa蛋白1A/
1B(HSPA1A)、钙调蛋白(CALM1)、膜联蛋白A4(ANXA4)、红细胞带7整合膜蛋白(STOM)、NAD(P)H脱氢酶[醌]1(NQO1)、网格蛋白轻链B(CLTB)、脑酸可溶性蛋白1(BASP1)、40S核糖体蛋白
(RPS6)、含EH结构域蛋白2(EHD2)、血小板反应蛋白-1(THBS1)、热休克相关70kDa蛋白2
(HSPA2),其中生物标志物的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,膜联蛋白A6(ANXA6)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QARS)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,不依赖阳离子的甘露糖-6-磷酸(IGF2R)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,推定的前体mRNA剪接因子ATP依赖性RNA解旋酶DHX15(DHX15)的表达增加指
示衰老。在一些实施方案中,40S核糖体蛋白S29(RPS29)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,突触足蛋白-2(SYNPO2)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,膜联蛋白5
(ANXA5)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9
(SRSF9)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,肌球蛋白轻链多肽6(MYL6)的表达增加
指示衰老。在一些实施方案中,热休克70kDa蛋白1A/1B(HSPA1A)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,钙调蛋白(CALM1)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,膜联蛋白A4
(ANXA4)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,红细胞带7整合膜蛋白(STOM)的表达增
加指示衰老。在一些实施方案中,NAD(P)H脱氢酶[醌]1(NQO1)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,网格蛋白轻链B(CLTB)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,脑酸可溶性蛋白1(BASP1)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,40S核糖体蛋白(RPS6)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,含有EH结构域蛋白2(EHD2)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,血小板反应蛋白-1(THBS1)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,热休克相关70kDa蛋白2(HSPA2)的表达增加指示衰老。
[0162] 在一些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:双丝蛋白-2(TWF2)、40S核糖体蛋白S5(RPS5)、26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基1(PSMD1)、T复合蛋白1亚基ζ(CCT6A)、tRNA剪接连接酶RtcB同源物(C22orf28)、蛋白磷酸酶1调节亚基7(PPP1R7)、UPF0568蛋白C14orf166(C14orf166)、26蛋白酶体非ATP酶调节亚基14(PSMD14)、丝氨酸羟
甲基转移酶线粒体、ATP依赖性RNA解旋酶DDX1(DDX1)、AP-2复合亚基α-2(AP2A2)、Rho鸟嘌呤核苷交换因子2(ARHGEF2)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X(DDX3X)、钙蛋白酶小亚基1
(CAPNS1)、蛋白S100-A16(S100A16)、DnaJ同系物亚家族C成员3(DNAJC3)、AP-2复合亚基α-1(AP2A1)、甘氨酰tRNA合成酶(GARS)、寡核糖核酸酶、线粒体(REXO2)、甘氨酰肽N-十四烷酰转移酶1(NMT1)、腺苷酸环化酶相关蛋白1(CAP1)、组蛋白H2A型1-A(HIST1H2AA)和T复合蛋
白1亚基α(TCP1),其中一种或多种生物标志物的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,两种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:双丝蛋白-2(TWF2)、40S核糖体蛋白S5
(RPS5)、26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基1(PSMD1)、T复合蛋白1亚基ζ(CCT6A)、tRNA剪接连接酶RtcB同源物(C22orf28)、蛋白磷酸酶1调节亚基7(PPP1R7)、UPF0568蛋白C14orf166
(C14orf166)、26蛋白酶体非ATP酶调节亚基14(PSMD14)、丝氨酸羟甲基转移酶线粒体
(SHMT2)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX1(DDX1)、AP-2复合亚基α-2(AP2A2)、Rho鸟嘌呤核苷交换因子2(ARHGEF2)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X(DDX3X)、钙蛋白酶小亚基1(CAPNS1)、蛋白
S100-A16(S100A16)、DnaJ同系物亚家族C成员3(DNAJC3)、AP-2复合亚基α-1(AP2A1)、甘氨酰tRNA合成酶(GARS)、寡核糖核酸酶、线粒体(REXO2)、甘氨酰肽N-十四烷酰转移酶1
(NMT1)、腺苷酸环化酶相关蛋白1(CAP1)、组蛋白H2A型1-A(HIST1H2AA)和T复合蛋白1亚基α(TCP1),其中生物标志物的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:双丝蛋白-2(TWF2)、40S核糖体蛋白S5(RPS5)、26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基1(PSMD1)、T复合蛋白1亚基ζ(CCT6A)、tRNA剪接连接酶RtcB同源物(C22orf28)、蛋白磷酸酶1调节亚基7(PPP1R7)、UPF0568蛋白C14orf166(C14orf166)、26蛋白酶体非ATP酶
调节亚基14(PSMD14)、丝氨酸羟甲基转移酶线粒体(SHMT2)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX1
(DDX1)、AP-2复合亚基α-2(AP2A2)、Rho鸟嘌呤核苷交换因子2(ARHGEF2)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X(DDX3X)、钙蛋白酶小亚基1(CAPNS1)、蛋白S100-A16(S100A16)、DnaJ同系物亚家族C成员3(DNAJC3)、AP-2复合亚基α-1(AP2A1)、甘氨酰tRNA合成酶(GARS)、寡核糖核酸酶、线粒体(REXO2)、甘氨酰肽N-十四烷酰转移酶1(NMT1)、腺苷酸环化酶相关蛋白1(CAP1)、组蛋白H2A型1-A(HIST1H2AA)和T复合蛋白1亚基α(TCP1),其中生物标志物的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:双丝蛋白-2(TWF2)、40S核糖体蛋白S5(RPS5)、26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基1(PSMD1)、T复合蛋白1亚基ζ(CCT6A)、tRNA剪接连接酶RtcB同源物
(C22orf28)、蛋白磷酸酶1调节亚基7(PPP1R7)、UPF0568蛋白C14orf166(C14orf166)、26蛋白酶体非ATP酶调节亚基14(PSMD14)、丝氨酸羟甲基转移酶线粒体(SHMT2)、ATP依赖性RNA
解旋酶DDX1(DDX1)、AP-2复合亚基α-2(AP2A2)、Rho鸟嘌呤核苷交换因子2(ARHGEF2)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X(DDX3X)、钙蛋白酶小亚基1(CAPNS1)、蛋白S100-A16(S100A16)、DnaJ同系物亚家族C成员3(DNAJC3)、AP-2复合亚基α-1(AP2A1)、甘氨酰tRNA合成酶(GARS)、寡核糖核酸酶、线粒体(REXO2)、甘氨酰肽N-十四烷酰转移酶1(NMT1)、腺苷酸环化酶相关蛋白1(CAP1)、组蛋白H2A型1-A(HIST1H2AA)和T复合蛋白1亚基α(TCP1),其中生物标志物的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,双丝蛋白-2(TWF2)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,40S核糖体蛋白S5(RPS5)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,26S蛋白酶体非
ATP酶调节亚基1(PSMD1)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,T复合蛋白1亚基ζ
(CCT6A)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,tRNA剪接连接酶RtcB同源物(C22orf28)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,蛋白磷酸酶1调节亚基7(PPP1R7)的表达增加指
示衰老。在一些实施方案中,UPF0568蛋白C14orf166(C14orf166)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,26蛋白酶体非ATP酶调节亚基14(PSMD14)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,丝氨酸羟甲基转移酶的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,线粒体(SHMT2)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,ATP依赖性RNA解旋酶DDX1(DDX1)的表达增加指
示衰老。在一些实施方案中,AP-2复合亚基α-2(AP2A2)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,Rho鸟嘌呤核苷酸交换因子2(ARHGEF2)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X(DDX3X)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,钙蛋白酶小亚基
1(CAPNS1)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,蛋白S100-A16(S100A16)的表达增加
指示衰老。在一些实施方案中,DnaJ同系物亚家族C成员3(DNAJC3)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,AP-2复合亚基α-1(AP2A1)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,甘氨酰tRNA合成酶(GARS)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,寡核糖核酸酶的表达增加
指示衰老。在一些实施方案中,线粒体(REXO2)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,甘氨酰肽N-十四烷酰转移酶1(NMT1)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,腺苷酸环化酶相关蛋白1(CAP1)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,组蛋白H2A 1型(HIST1H2AA)的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,T复合蛋白1亚基α(TCP1)的表达增加指示衰老。
[0163] 在一些实施方案中,衰老细胞是体细胞。在一些实施方案中,衰老细胞是骨骼肌细胞。在一些实施方案中,衰老细胞是脑细胞。在一些实施方案中,衰老细胞来自脑。在其他实施方案中,衰老细胞是心脏细胞。在一些实施方案中,衰老细胞来自心脏。在一些情况下,衰老细胞是肾细胞。在一些实施方案中,衰老细胞来自肾脏。在一些实施方案中,衰老细胞是肝细胞。在一些实施方案中,衰老细胞来自肝脏。在其他实施方案中,衰老细胞是粒细胞、肥大细胞或巨噬细胞。在一些实施方案中,衰老细胞来自骨髓。在一些情况下,衰老细胞是皮肤细胞。在一些实施方案中,衰老细胞来自皮肤。
[0164] 在一些实施方案中,一种或多种生物标志物是在骨骼肌中表达的蛋白质。在一些实施方案中,骨骼肌包含横纹肌细胞。在一些实施方案中,一种或多种生物标志物是在横纹肌细胞中表达的蛋白质。在一些实施方案中,在骨骼肌中表达的蛋白质选自由以下组成的
组:MLCF3、肌球蛋白轻链多肽2(慢)、MLC1F、MYBPC1、肌球蛋白结合蛋白H、α肌动蛋白(片段)、肌动蛋白(骨骼肌)、肌动蛋白α(心脏)、肌钙蛋白T类Iaα-1、肌钙蛋白T类IIaβ-1、肌钙蛋白Tβ/α、capZβ、结蛋白、凝溶胶蛋白(胞质溶胶)、β-微管蛋白、p23、磷酸丙糖异构酶1、糖基化酶I、乙二醛酶I、烯醇酶3(β肌肉)、甘油3-P脱氢酶、异柠檬酸脱氢酶3(NAD+)、细胞色素c氧化酶(多肽Va)、肌酸激酶(肌肉形式)、Cu/Zn超氧化物歧化酶、铁蛋白重链(H-铁蛋白)、醛脱氢酶(线粒体)、谷胱甘肽转移酶(ω-1)、热休克20kDa蛋白(Hsp20)、热休克27kDa蛋白(Hsp27)、二硫键异构酶ER60(ERp57)、14-3-3蛋白、鸟嘌呤脱氨酶(鸟嘌呤酶)、Rho-GDI(α)、磷酸组氨酸磷酸酶、mRNA加帽酶、类似apobec2蛋白、半乳糖凝集素1、白蛋白、维生素D结合蛋白前肽、蛋白激酶C相互作用蛋白1、RIKEN cDNA 1700012G19、MYH2、TNNT1、RYR1、CASQ1、JPH1、AMPD1、PYGM和ENO3。在一些实施方案中,生物标志物的表达在骨骼肌中增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达在骨骼肌的衰老细胞中增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加指示骨骼肌的衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达在骨骼肌中减少。
在一些实施方案中,生物标志物的表达在骨骼肌的衰老细胞中降低。在其他实施方案中,生物标志物的表达降低指示骨骼肌衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达改变是性别
特异性的。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达降低。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达增加。
在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达降低。
[0165] 在一些实施方案中,在骨骼肌中表达的蛋白质的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,具有降低的表达的蛋白质选自由以下组成的组:MLCF3、肌球蛋白轻链多肽2(慢)、MLC1F、肌球蛋白结合蛋白C、肌球蛋白结合蛋白H、α肌动蛋白(片段)、肌动蛋白(骨骼肌)、肌动蛋白α(心脏)、肌钙蛋白T类IIaβ-1、capZβ、磷酸丙糖异构酶1、糖基化酶I、乙二醛酶I、烯醇酶3(β肌肉)、甘油3-P脱氢酶、异柠檬酸脱氢酶3(NAD+)、细胞色素c氧化酶(多肽Va)、肌酸激酶(肌肉形式)、Cu/Zn超氧化物歧化酶、磷酸组氨酸磷酸酶、蛋白激酶C相互作用蛋白1和RIKEN cDNA 1700012G19。
[0166] 在其他实施方案中,在骨骼肌中表达的蛋白质的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,具有增加的表达的蛋白质选自由以下组成的组:肌钙蛋白T类Iaα-1、肌钙蛋白T类IIaβ-1、结蛋白、凝溶胶蛋白(胞质溶胶)、β-微管蛋白、p23、铁蛋白重链(H-铁蛋白)、醛脱氢酶(线粒体)、谷胱甘肽转移酶(ω-1)、Hsp20、Hsp20、二硫键异构酶ER60(ERp57)、14-3-3蛋白、鸟嘌呤脱氨酶(鸟嘌呤酶)、Rho-GDI(α)、mRNA加帽酶、类似apobec2蛋白、半乳糖凝集素
1、白蛋白、维生素D结合蛋白前肽。
[0167] 在一些实施方案中,一种或多种生物标志物是在脑中表达的蛋白质。在一些实施方案中,脑包含神经元。在一些实施方案中,一种或多种生物标志物是在神经元中表达的蛋白质。在一些实施方案中,脑包含神经胶质细胞。在一些实施方案中,一种或多种生物标志物是在神经胶质细胞中表达的蛋白质。在一些实施方案中,脑包含海马。在一些实施方案
中,一种或多种生物标志物是在海马中表达的蛋白质。在一些实施方案中,脑包含皮质。在一些实施方案中,一种或多种生物标志物是在顶骨皮质中表达的蛋白质。在一些实施方案
中,脑包含小脑。在一些实施方案中,一种或多种生物标志物是在小脑中表达的蛋白质。在一些实施方案中,在脑中表达的蛋白质选自由以下组成的组:肉豆蔻酰化的富含丙氨酸的
C-激酶底物、α-互连蛋白、甲基-CpG-结合蛋白2的同种型B、组蛋白H1.4、血清白蛋白的同种型1、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白G(1)/G(S)/G(T)亚基β-1、腺苷酸激酶1、果糖二磷酸醛缩酶A、腱生蛋白-R、丛生蛋白的同种型2、突触传递、阳离子转运、髓磷脂蛋白脂质蛋白的同种型1、神经调理素、二氢嘧啶酶相关蛋白2、二氢蝶啶还原酶、基质蛋白-3、α-烯醇酶、凝溶胶蛋白的同种型1、淀粉样蛋白βA4蛋白(片段)APP714的APP同种型、膜联蛋白A6、微管相关蛋白tau的同种型tau-E、MAP1A 331kDa蛋白、成神经细胞分化相关蛋白AH NAK、细胞周期出口和神经元分化蛋白1、甘油醛-3-磷酸脱氢酶、HIST1H1D、谷酰胺酶肾同种型的KGA同种型、超氧化物歧化酶(Mn)(SOD2)、MBP的同种型1和VIM。在一些实施方案中,在脑中表达的蛋白质选自由以下组成的组:淀粉样蛋白β(A4)前体蛋白(APP)、marcks、互联蛋白神经元中间丝蛋白α(INA)、甲基CpG结合蛋白(MECP)、组蛋白簇1H1e(HIST1H1E)、白蛋白(ALB)、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白)β多肽(GNB1)、腺苷酸激酶1(AK1)、醛糖A果糖二磷酸(ALDOA)、腱生蛋白R
(TNR)、丛生蛋白(CLU)、突触蛋白1(SYN1)、ATP合酶、H+转运、线粒体F1复合物、α亚基1、心肌(ATP5A1)、蛋白脂质蛋白1(PLP1)、生长相关蛋白43(GAP43)、二氢嘧啶酶-样2(DPYSL2)、醌型二氢蝶啶还原酶(QDPR)、基质蛋白-3(MATR3)、烯醇酶1(α)(ENO1)、凝溶胶蛋白(GSN)、膜联蛋白A6(ANXA6)、微管相关蛋白tau(MAPT)、微管相关蛋白1A(MAP1A)、AHNAK核蛋白、细胞周期出口和神经元分化1(CEND1)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、组蛋白簇1、H1D
(HIST1H1D)、谷氨酰胺酶(GLS)、超氧化物歧化酶(SOD2)、MBP、VIM、ELAV样蛋白3(ELAVL3)、神经颗粒素(NRGN)、受体表达增强蛋白2(REEP2)、谷氨酸脱羧酶1(GAD1)、原钙粘蛋白α-1(PCDHA1)、胶质纤维酸性蛋白(GFAP)、S100钙结合蛋白(S100B)、序列相似性19家族(趋化因子(C-C-基序)-样)成员A1(FAM19A1)、水通道蛋白4(AQP4)、c型凝集素结构域家族2成员L
(CLEC2L)、神经丝三联体L蛋白(NF-L)、过氧化物氧化还原蛋白(EC 1.11.1.)、乌头酸水合酶(EC 4.2.1.3)、烯醇酶2(EC 4.2.1.11)和T复合蛋白1。在一些实施方案中,在脑中的表达蛋白质选自由以下组成的组:淀粉样蛋白β(A4)前体蛋白(APP)、marcks、互联蛋白神经元中间丝蛋白α(INA)、甲基CpG结合蛋白(MECP)、组蛋白簇1H1e(HIST1H1E)、白蛋白(ALB)、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白)β多肽(GNB1)、腺苷酸激酶1(AK1)、醛糖A果糖二磷酸(ALDOA)、腱生蛋白R(TNR)和丛生蛋白(CLU)。在一些实施方案中,在脑中表达的蛋白质选自由以下组成的组:蛋白脂质蛋白1(PLP1)、生长相关蛋白43(GAP43)、二氢嘧啶酶-样2(DPYSL2)、醌型二氢蝶啶还原酶(QDPR)、基质蛋白-3(MATR3)、烯醇酶1(α)(ENO1)和凝溶胶蛋白(GSN)。在一些实施方案中,在脑中表达的蛋白质选自由以下组成的组:微管相关蛋白tau(MAPT)、微管相关蛋白1A(MAP1A)、AHNAK核蛋白、细胞周期出口和神经元分化1(CEND1)和甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)。在一些实施方案中,在脑中表达的蛋白质选自由以下组成的组:神经丝三联体L蛋白(NF-L)、过氧化物氧还蛋白(EC 1.11.1.)、乌头酸水合酶(EC 4.2.1.3)、烯醇酶2
(EC 4.2.1.11)和T复合蛋白1。在一些实施方案中,生物标志物的表达在脑中增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达在脑的衰老细胞中增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加指示脑的衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达在脑中减少。在一些实施方案中,生物标志物的表达在脑的衰老细胞中减少。在其他实施方案中,生物标志物的表达降低指示脑的衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达改变是性别特异性的。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达降低。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达增加。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达降低。
[0168] 在一些实施方案中,一种或多种生物标志物是在心脏中表达的蛋白质。在一些实施方案中,心脏包含心肌细胞。在一些实施方案中,一种或多种生物标志物是在心肌细胞中表达的蛋白质。在一些实施方案中,蛋白质。在一些实施方案中,在心脏中表达的蛋白质选自由以下组成的组:肌球蛋白重链6心肌α(MYH6)、肌动蛋白α心肌1(ACTC1)、肌钙蛋白I型3(心脏)(TNNI3)、钠尿肽A(NPPA)、A激酶(PRKA)锚定蛋白6(AKAP6)、巢蛋白(NES)、ATP酶Na+K+转运α3多肽(ATP1A3)、钙粘蛋白2型1N-钙粘蛋白(神经元)(CDH2)、桥粒斑菲素蛋白2
(PKP2)、ATP合酶亚基d(Atp5h)、ATP合酶亚基o(Atp5o)、ATP合酶亚基δ(Atp5d)、ATP合酶亚基α(Atp5a1)、ATP合酶亚基β(Atp5b)、细胞色素c(Cycs)、线粒体丙酮酸脱氢酶E1组分β亚基(Pdhb)、磷酸甘油酸激酶1(Pgk1)、热休克蛋白70(Hspa9)、60kDa热休克蛋白(Hspd1)、结蛋白(Desm)、肌钙蛋白T2(Tnnt2)、原肌球蛋白α1(Tpm1)、电压依赖性阴离子通道-1(Vdac1)和延伸因子2(Eef2)。在一些实施方案中,在心脏中表达的蛋白质选自由以下组成的组:ATP合酶亚基d(Atp5h)、ATP合酶亚基o(Atp5o)、ATP合酶亚基δ(Atp5d)、ATP合酶亚基α(Atp5a1)、ATP合酶亚基β(Atp5b)、细胞色素c(Cycs)、线粒体丙酮酸脱氢酶E1组分β亚基(Pdhb)、磷酸甘油酸激酶1(Pgk1)、热休克蛋白70(Hspa9)、60kDa热休克蛋白(Hspd1)、结蛋白(Desm)、肌钙蛋白T2(Tnnt2)、原肌球蛋白α1(Tpm1)、电压依赖性阴离子通道-1(Vdac1)和延伸因子2
(Eef2)。在一些实施方案中,生物标志物的表达在心脏中增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达在心脏的衰老细胞中增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加指示心
脏的衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达在心脏中降低。在一些实施方案中,生物标志物的表达在心脏的衰老细胞中降低。在其他实施方案中,生物标志物的表达降低指示
心脏的衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达改变是性别特异性的。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达降低。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达增加。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达降低。
[0169] 在一些实施方案中,在心脏中表达的蛋白质的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,具有降低的表达的蛋白质选自由以下组成的组:ATP合酶亚基α(Atp5a1)、ATP合酶亚基β(Atp5b)、细胞色素c(Cycs)、线粒体丙酮酸脱氢酶E1组分β亚基(Pdhb)、磷酸甘油酸激酶
1(Pgk1)、热休克蛋白70(Hspa9)、结蛋白(Desm)、肌钙蛋白T2(Tnnt2)、原肌球蛋白α1
(Tpm1)、电压依赖性阴离子通道-1(Vdac1)。
[0170] 在一些实施方案中,在心脏中表达的蛋白质的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,表达增加的蛋白质是延伸因子2(Eef2)。
[0171] 在一些实施方案中,一种或多种生物标志物是在肾中表达的蛋白质。在一些实施方案中,肾脏包含肾小球。在一些实施方案中,一种或多种生物标志物是在肾小球中表达的蛋白质。在一些实施方案中,肾脏包括近曲小管。在一些实施方案中,一种或多种生物标志物是在近曲小管中表达的蛋白质。在一些实施方案中,肾脏包括远曲小管。在一些实施方案中,一种或多种生物标志物是在远曲小管中表达的蛋白质。在一些实施方案中,肾脏包括采集尿管。在一些实施方案中,一种或多种生物标志物是在集尿管中表达的蛋白质。在一些实施方案中,肾脏包含润细胞。在一些实施方案中,一种或多种生物标志物是在润细胞中表达的蛋白质。在一些实施方案中,肾脏包含足细胞。在一些实施方案中,一种或多种生物标志物是在足细胞中表达的蛋白质。在一些实施方案中,在肾脏中表达的蛋白质选自由以下组
成的组:膜蛋白(NPHS2)、肾病蛋白(NPHS1)、IRRE类似物(NEPH1或KIRREL)、足细胞标记蛋白样(PODXL)、成纤维细胞生长因子1FGF1)、粒状生胶家族成员2(CRB2)、溶质载体家族22(有机阴离子转运蛋白)成员8(SLC22A8)、溶质载体家族22(有机阴离子转运蛋白)成员13
(SLC22A13)、氨基羧基粘康酸半醛脱羧酶(ACMSD)、胍丁胺精胺脲水解酶(AGMAT)、甜菜碱高半胱氨酸S-甲基转移酶(BHMT)、染色体11开放阅读框54(C11orf54)、钙粘蛋白6、2型K-钙粘蛋白(胎儿肾脏)(CDH6)、二氢嘧啶酶(DPYS)、γ-谷氨酰转移酶1(GGT1)、4-羟基苯基丙酮酸双加氧酶(HPD)、热反应蛋白12(HRSP12)、低密度脂蛋白受体相关蛋白2(LRP2)、丙酮酸激
酶、肝脏和RBC(PKLR)、X-脯氨酰氨肽酶(氨肽酶P)2、膜结合(XPNPEP2)、尿调节素(UMOD)、钙结合蛋白(CALB1)、溶质载体家族12(钠/钾/氯化物转运蛋白)成员1(SLC12A1)、溶质载体家族12(钠/氯化物转运蛋白)成员3(SLC12A3)、钙敏感受体(CASR)、水通道蛋白(AQP2)、ATP酶H+转运溶酶体38kDa V0亚基d2(ATP6V0D2)、小清蛋白(PVALB)、跨膜蛋白213(TMEM213)、转铁蛋白、异柠檬酸脱氢酶1(IDH)、3-羟基异丁酸脱氢酶、afenopin、热休克蛋白(HSP)9A、ATP合酶、鸟氨酸氨基转移酶、谷氨酸脱氢酶、磷酸甘油酸变位酶、过氧化氢酶和谷胱甘肽
(GSH)。在一些实施方案中,生物标志物的表达在肾脏中增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达在肾脏的衰老细胞中增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加指示肾脏
的衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达在肾脏中降低。在一些实施方案中,生物标志物的表达在肾脏的衰老细胞中减少。在其他实施方案中,生物标志物的表达降低指示肾
脏的衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达改变是性别特异性的。在一些实施方案
中,衰老雄性中生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达降低。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达增加。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达降低。
[0172] 在一些实施方案中,在骨骼肌中表达的蛋白质的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,表达增加的蛋白质选自转铁蛋白、异柠檬酸脱氢酶1(IDH)和3-羟基异丁酸脱氢酶。
[0173] 在一些实施方案中,在肾脏中表达的蛋白质的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,表达降低的蛋白质选自afenopin、磷酸甘油酸变位酶和谷胱甘肽(GSH)。
[0174] 在一些实施方案中,在肾脏中表达的蛋白质的表达增加是性别特异性的。例如,在一些情况下,蛋白质是ATP合酶,衰老雄性的肾脏中的ATP合酶的表达上调。在某些情况下,蛋白质是过氧化氢酶,衰老雄性的肾脏中过氧化氢酶的表达下调。在其他情况下,蛋白质是ATP合酶,并且在肾衰老雌性中ATP合酶的表达下调。在一些实施方案中,蛋白质是鸟氨酸转氨酶,在衰老雌性的肾中鸟氨酸氨基转移酶的表达上调。在一些实施方案中,蛋白质是谷氨酸脱氢酶并且在衰老雌性的肾中谷氨酸脱氢酶的表达下调。
[0175] 在一些实施方案中,一种或多种生物标志物是在肝脏中表达的蛋白质。在一些实施方案中,在肝脏中表达的蛋白质是血浆蛋白质。在一些实施方案中,由肝脏表达的蛋白质是代谢酶。在一些实施方案中,肝脏中表达的蛋白质是涉及胆汁酸合成的蛋白质。在一些实施方案中,肝脏中表达的蛋白质选自由以下组成的组:载脂蛋白B(APOB)、载脂蛋白A-I
(APOA1)、纤维蛋白原γ链(FGG)、补体成分2(C2)、激肽原1(KNG1)、纤维蛋白原α链(FGA)、羟酸氧化酶(乙醇酸氧化酶)1(HAO1)、视黄醇脱氢酶16(全反式)(RDH16)、醛缩酶B、果糖二磷酸(ALDOB)、胆汁酸CoA:氨基酸N-酰基转移酶(甘氨酸N-胆碱基转移酶)(BAAT)、醛酮还原酶家族1成员C4(AKR1C4)、溶质载体家族27(脂肪酸转运蛋白)成员5(SLC27A5)、环氧化物水解酶、3-酮脂酰辅酶A硫解酶A、肌氨酸氧化酶和2,4-二烯酰基还原酶。在一些实施方案中,生物标志物的表达在肝脏中增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达在肝脏的衰老细胞
中增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加指示肝脏的衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达在肝脏中降低。在一些实施方案中,生物标志物的表达在肝脏的衰老细
胞中降低。在其他实施方案中,生物标志物的表达降低指示肝脏的衰老。在一些实施方案
中,生物标志物的表达改变是性别特异性的。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达降低。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达增加。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达降低。
[0176] 在一些实施方案中,肝脏中表达的蛋白质的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,表达增加的蛋白质选自环氧化物水解酶、3-酮脂酰辅酶A硫解酶A、肌氨酸氧化酶和2,4-二烯酰基还原酶。
[0177] 在一些实施方案中,一种或多种生物标志物是在骨髓中表达的蛋白质。在一些实施方案中,骨髓包含红色骨髓。在一些实施方案中,一种或多种生物标志物是在红色骨髓中表达的蛋白质。在一些实施方案中,骨髓包含造血细胞。在一些实施方案中,一种或多种生物标志物是在造血细胞中表达的蛋白质。在一些实施方案中,在骨髓中表达的蛋白质选自
由以下组成的组:防御素α1(DEFA1)、防御素α1B(DEFA1B)、防御素α3(DEFA3)、防御素α4(DEFA4)、组织蛋白酶G(CTSG)、髓过氧化物酶(MPO)、血红蛋白β(HBB)、血红蛋白α1(HBA1)、血红蛋白α2(HBA2)、S100钙结合蛋白12(S100A12)、染色体19开放阅读框59(C19orf59)、丙酮酸脱氢酶(硫辛酰胺)β、脂肪酸结合蛋白5、半乳糖凝集素-3、c-突触核蛋白、异源核核糖核蛋白A1、肌球蛋白轻链调控B(Mrlcb)、转凝蛋白、类嘌呤核苷磷酸化酶(punA)、异源核核糖核蛋白A2/B1同种型A2(Hnrpa2b1)、亨廷顿相互作用蛋白K(HYPK)、β-肌动蛋白FE-3
(Actg1)、钙调结合蛋白1(Cald1、钙调蛋白-1(Cnn1))、E-FABP(C-FABP)(Fabp5)、加帽蛋白(肌动蛋白丝)、凝溶胶蛋白样(CAPG)、类毛状蛋白样1(Cotl1)、钙调蛋白-1(钙调蛋白H1、平滑肌;碱性钙调蛋白)(Cnn1)、纽蛋白(VCL)、VIM、β-原肌球蛋白(TPM2)、转凝蛋白2
(Tagln2)、原肌球蛋白1α同种型c(TPM1)、钙调蛋白3酸性(CNN3)、钙调蛋白2同种型a(钙调蛋白2)、F-肌动蛋白加帽蛋白β亚基(Capzb)、α-球蛋白(Hba1)、α-肌动蛋白(aa40-375)(Acta2)、平滑肌蛋白SM22同源物-牛(片段)(Tagln2)、硫氧还原蛋白2(Txn1)、过氧化氢素2(Prdx2)、过氧化物氧化还原酶5前体(Prdx5)和Cu-Zn超氧化物歧化酶A5(GSTA5)。在一些实施方案中,在骨髓中表达的蛋白质选自由以下组成的组:脂肪酸结合蛋白5、半乳糖凝集素-
3、c-突触核蛋白、异源核核糖核蛋白A1、肌球蛋白轻链调控B、过氧化物氧化还原蛋白5前体和转凝蛋白。在一些实施方案中,在骨髓中表达的蛋白质选自由以下组成的组:β-肌动蛋白FE-3(Actg1)、钙调结合蛋白1(Cald1、钙调蛋白-1(Cnn1))、E-FABP(C-FABP)(Fabp5)、半乳糖凝集素-3(LGALS3)、γ突触核蛋白(Sncg)、异源核核糖核蛋白A1同种型a(HNRPA1)、异源核糖核蛋白A2/B1同种型A2(Hnrpa2b1)、亨廷顿蛋白相互作用蛋白K(HYPK)、肌球蛋白轻链
调控B(Mrlcb)、过氧化物氧化还原蛋白5前体(Prdx5)、类嘌呤核苷磷酸化酶(punA)、丙酮酸脱氢酶(硫辛酰胺)β(PDHB)和转凝蛋白(Tagln)。在一些实施方案中,在骨髓中表达的蛋白选自由以下组成的组:转凝蛋白(Tagln)、加帽蛋白(肌动蛋白丝)、凝溶胶蛋白样(CAPG)、钙调结合蛋白1(Cald1)、β-肌动蛋白FE-3(Actg1)、类毛状蛋白样1(Cotl1)、钙调蛋白-1(钙调蛋白H1、平滑肌;碱性钙调蛋白)(Cnn1)、纽蛋白(VCL)、VIM、β-原肌球蛋白(TPM2)、肌球蛋白轻链调控B(Mrlcb)、转凝蛋白2(Tagln2)、原肌球蛋白1α同种型c(TPM1)、钙调蛋白3酸性
(CNN3)、钙调蛋白2同种型a(钙调蛋白2)、F-肌动蛋白加帽蛋白β亚基(Capzb)、α-球蛋白(Hba1)、α-肌动蛋白(aa40-375)(Acta2)、平滑肌蛋白SM22同源物-牛(片段)(Tagln2)、硫氧化还原蛋白2(Txn1)、过氧化氢素2(Prdx2)、过氧化物氧化还原酶5前体(Prdx5)和Cu-Zn超
氧化物歧化酶A5(GSTA5)。在一些实施方案中,生物标志物的表达在骨髓中增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达在骨髓的衰老细胞中增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加指示骨髓的衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达在骨髓中降低。在一些实施方案中,生物标志物的表达在骨髓的衰老细胞中降低。在其他实施方案中,生物标志物的表达降低指示骨髓的衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达改变是性别特异性的。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达降低。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达增加。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达降低。
[0178] 在一些实施方案中,一种或多种生物标志物是在皮肤中表达的蛋白质。在一些实施方案中,皮肤包含表皮。在一些实施方案中,一种或多种生物标志物是在表皮中表达的蛋白质。在一些实施方案中,皮肤包含角质形成细胞。在一些实施方案中,一种或多种生物标志物是在角质形成细胞中表达的蛋白质。在一些实施方案中,皮肤包含黑素细胞。在一些实施方案中,一种或多种生物标志物是在黑素细胞中表达的蛋白质。在一些实施方案中,皮肤包含毛囊。在一些实施方案中,一种或多种生物标志物是在毛囊中表达的蛋白质。在一些实施方案中,皮肤包含真皮细胞。在一些实施方案中,一种或多种生物标志物是在真皮细胞中表达的蛋白质。在一些实施方案中,在皮肤中表达的蛋白质选自由以下组成的组:胶原蛋白XVII型α1(COL17A1)、肿瘤蛋白p73(TP73)、角蛋白10(KRT10)、半胱天冬酶14、凋亡相关半胱氨酸肽酶(CASP14)、聚丝蛋白(FLG)、角质细胞富含脯氨酸的蛋白(KPRP)、角膜锁链蛋白
(CDSN)、激肽释放酶相关肽酶5(KLK5)、黑色素-A(MLANA)、多巴色素互变异构酶(DCT)、酪氨酸酶(TYR)、CD1a分子(CD1A)、CD207分子、langerin(CD207)、膜联蛋白A6(ANXA6)、谷氨酰胺tRNA合成酶(QARS)、不依赖阳离子的甘露糖-6-磷酸(IGF2R)、双丝蛋白-2(TWF2)、40S核糖体蛋白S5(RPS5)、推定的前体mRNA剪接因子ATP依赖性RNA解旋酶DHX15(DHX15)、26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基1(PSMD1)、40S核糖体蛋白S29(RPS29)、突触足蛋白-2(SYNPO2)、T-复合蛋白1亚基ζ(CCT6A)、膜联蛋白5(ANXA5)、tRNA剪接连接酶RtcB同系物(C22orf28)、富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)、肌球蛋白轻链多肽6(MYL6)、蛋白磷酸酶1调节亚基7
(PPP1R7)、UPF0568蛋白C14orf166(C14orf166)、26蛋白酶体非ATP酶调节亚基14(PSMD14)、丝氨酸羟甲基转移酶线粒体(SHMT2)、热休克70kDa蛋白1A/1B(HSPA1A)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX1(DDX1)、钙调蛋白(CALM1)、AP-2复合亚基α2(AP2A2)、Rho鸟嘌呤核苷交换因子2
(ARHGEF2)、膜联蛋白A4(ANXA4)、红细胞带7整合膜蛋白(STOM)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X(DDX3X)、钙蛋白酶小亚基1(CAPNS1)、NAD(P)H脱氢酶[醌]1(NQO1)、蛋白S100-A16
(S100A16)、网格蛋白轻链B(CLTB)、脑酸可溶性蛋白1(BASP1)、DnaJ同系物亚家族C成员3
(DNAJC3)、AP-2复合亚基α-1(AP2A1)、40S核糖体蛋白(RPS6)、甘氨酰-tRNA合成酶(GARS)、含EH结构域蛋白2(EHD2)、寡核糖核酸酶、线粒体(REXO2)、血小板反应蛋白-1(THBS1)、甘氨酰肽N-十四烷酰转移酶1(NMT1)、腺苷酸环化酶相关蛋白1(CAP1)、热休克相关70kDa蛋白2
(HSPA2)、组蛋白H2A型1-A(HIST1H2AA)和T复合蛋白1亚基α(TCP1)。在一些实施方案中,在皮肤中表达的蛋白质选自由以下组成的组:膜联蛋白A6(ANXA6)、谷氨酰胺酰-tRNA合成酶
(QARS)、不依赖阳离子的甘露糖-6-磷酸(IGF2R)、双丝蛋白-2(TWF2)、40S核糖体蛋白S5
(RPS5)、推定的前体mRNA剪接因子ATP依赖性RNA解旋酶DHX15(DHX15)、26S蛋白酶体非ATP
酶调节亚基1(PSMD1)、40S核糖体蛋白S29(RPS29)、突触足蛋白-2(SYNPO2)、T-复合蛋白1亚基ζ(CCT6A)、膜联蛋白5(ANXA5)、tRNA-剪接连接酶RtcB同系物(C22orf28)、富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)、肌球蛋白轻链多肽6(MYL6)、蛋白磷酸酶1调节亚基7(PPP1R7)、UPF0568蛋白C14orf166(C14orf166)、26蛋白酶体非ATP酶调节亚基14(PSMD14)、丝氨酸羟
甲基转移酶线粒体(SHMT2)、热休克70kDa蛋白1A/1B(HSPA1A)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX1
(DDX1)、钙调蛋白(CALM1)、AP-2复合亚基α-2(AP2A2)、Rho鸟嘌呤核苷酸核苷交换因子2
(ARHGEF2)、膜联蛋白A4(ANXA4)、红细胞带7整合膜蛋白(STOM)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X(DDX3X)、钙蛋白酶小亚基1(CAPNS1)、NAD(P)H脱氢酶[醌]1(NQO1)、蛋白S100-A16
(S100A16)、网格蛋白轻链B(CLTB)、脑酸可溶性蛋白1(BASP1)、DnaJ同系物亚家族C成员3
(DNAJC3)、AP-2复合亚基α-1(AP2A1)、40S核糖体蛋白(RPS6)、甘氨酰-tRNA合成酶(GARS)、含EH结构域蛋白2(EHD2)、寡核糖核酸酶、线粒体(REXO2)、血小板反应蛋白-1(THBS1)、甘氨酰肽N-十四烷酰转移酶1(NMT1)、腺苷酸环化酶相关蛋白1(CAP1)、热休克相关70kDa蛋白2
(HSPA2)、组蛋白H2A型1-A(HIST1H2AA)和T复合蛋白1亚基α(TCP1)。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达在衰老细胞中增加。在一些实施方案中,生物标志物的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达降低。
在一些实施方案中,生物标志物的表达在衰老细胞中降低。在其他实施方案中,生物标志物的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,生物标志物的表达改变是性别特异性的。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达增加。在一些实施方案中,衰老雄性中生物标志物的表达降低。在其他实施方案中,衰老雌性中生物标志物的表达增加。在其他实施方案
中,衰老雌性中生物标志物的表达降低。
[0179] 在一些实施方案中,在皮肤中表达的蛋白质的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,表达增加的蛋白质选自由以下组成的组:线粒体编码的细胞色素c氧化酶II(MTCO2)、NADH脱氢酶(泛醌)1α亚复合物5(NDUFA5)、NADH脱氢酶(泛醌)1α亚复合物9(NDUFA9)、NADH脱氢酶(泛醌)1α亚复合物10(NDUFA10)和NADH脱氢酶(泛醌)Fe-S蛋白6 13kDa(NADH-辅酶Q
还原酶)(NDUFS6)。在一些实施方案中,表达增加的蛋白质选自由以下组成的组:膜联蛋白A6(ANXA6)、谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QARS)、不依赖阳离子的甘露糖-6-磷酸(IGF2R)、推定的mRNA前体剪接因子ATP依赖性RNA解旋酶DHX15(DHX15)、40S核糖体蛋白S29(RPS29)、突触足蛋白-2(SYNPO2)、膜联蛋白5(ANXA5)、富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)、肌球蛋白轻链多肽6(MYL6)、热休克70kDa蛋白1A/1B(HSPA1A)、钙调蛋白(CALM1)、膜联蛋白A4
(ANXA4)、红细胞带7整合膜蛋白(STOM)、NAD(P)H脱氢酶[醌]1(NQO1)、网格蛋白轻链B
(CLTB)、脑酸可溶性蛋白1(BASP1)、40S核糖体蛋白(RPS6)、含EH结构域蛋白2(EHD2)、血小板反应蛋白-1(THBS1)、热休克相关70kDa蛋白2(HSPA2)。
[0180] 在一些实施方案中,在皮肤中表达的蛋白质的表达降低指示衰老。在一些实施方案中,表达降低的蛋白质选自由以下组成的组:双丝蛋白-2(TWF2)、40S核糖体蛋白S5
(RPS5)、26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基1(PSMD1)、T复合蛋白1亚基ζ(CCT6A)、tRNA剪接连接酶RtcB同源物(C22orf28)、蛋白磷酸酶1调节亚基7(PPP1R7)、UPF0568蛋白C14orf166
(C14orf166)、26蛋白酶体非ATP酶调节亚基14(PSMD14)、丝氨酸羟甲基转移酶线粒体
(SHMT2)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX1(DDX1)、AP-2复合亚基α-2(AP2A2)、Rho鸟嘌呤核苷交换因子2(ARHGEF2)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X(DDX3X)、钙蛋白酶小亚基1(CAPNS1)、蛋白
S100-A16(S100A16)、DnaJ同系物亚家族C成员3(DNAJC3)、AP-2复合亚基α-1(AP2A1)、甘氨酰tRNA合成酶(GARS)、寡核糖核酸酶、线粒体(REXO2)、甘氨酰肽N-十四烷酰转移酶1
(NMT1)、腺苷酸环化酶相关蛋白1(CAP1)、组蛋白H2A型1-A(HIST1H2AA)和T复合蛋白1亚基α(TCP1)。
[0181] 在一个实施方案中,生物标志物是独立地选自由以下组成的组的一种或多种:Abcg1、Abra、Actn3、Alas2、Alox15、Angptl4、Apod、Apold1、Arc、Arhgap24、Arl4c、Arntl、Arrdc2、Asb5、Atf3、Bag2、Bcl11a、Bcl6、Bdh1、Bdnf、Best3、Bhlhe40、Calhm1、Calml3、Car12、Ccl5、Cd74、Cdc42se1、Chac1、Chst5、Ciart、Cidec、Cish、Cited4、Ckap4、Cldn2、Clic6、Cpt1a、Csrnp1、Cxcl13、Dbp、Dnajb5、Dynll1、Dyrk2、Edn1、Egr1、Egr3、Elfn1、Emb、Enah、Fam107b、Fam110a、Fam134b、Fam167a、Fam46a、Fasn、Fgfr3、Fhl2、Fos、Fosb、Frk、Fst、Gdf15、Gem、Gngt1、Gnl3、Hba1、Hba2、Hbb、Hbb-b1、Hbegf、Hmox1、Hpdl、Hspa1b、Id4、Il2rb、Irs1、Irs2、Junb、Jund、Kbtbd8、Kcnk5、Kctd7、Kirrel2、Ky、Lamc2、Lipg、LOC689064、Lonrf3、Lrrc38、Lrrc52、Lrrn2、Lsr、Maff、Mchr1、Mfrp、Mllt11、Mns1、Mogat1、Mphosph6、Mpz、Muc20、Mybpc2、Myf6、Myh1、Myh2、Myh4、Myocd、Nedd9、Nfil3、Nkg7、Nr1d1、Nr4a2、Nr4a3、Ntf4、Nuak1、Parp16、Pdc、Pde7a、Pfkfb2、Pfkfb3、Pgam1、Phlda1、Pik3ip1、Plk3、Postn、Ppargc1a、Ppp1r14c、Pragmin、Prf1、Ptpn14、Pvalb、Rab23、Rab30、Rbm20、Rcan1、Rell1、Rfx1、RGD1307461、RGD1309676、RGD1359290、RGD1564428、Rhpn2、Rn45s、Rnd1、Rp1、Rrad、RT1-Ba、RT1-Bb、RT1-Da、RT1-Db1、Rtn4rl1、Scd1、Sdc4、Sec14l5、Siglec5、Sik1、Slc18a2、Slc2a5、Slc30a4、Slc4a1、Slc4a5、Slpi、Smad7、Snhg4、Spag8、Stc1、Sv2c、Terf2ip、Thrsp、Tmc8、Tmem171、Tmx4、Tnfrsf12a、Tnni2、Ttc30b、Txnip、Ucp3、Unc5b、Zfp112、Zfp13、Zfp385b、Zfp474、Zfyve28、Zic1或Zmynd10。在一个实施方案中,一种或多种生物标志物为2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75或更多种生物标志物或其任何范围或间隔。在一个实施方案中,生物标志物是Abcg1。在一个实施方案中,生物标志物是Abra。在一个实施方案中,生物标志物是Actn3。在一个实施方案中,生物标志物是Alas2。在一个实施方案中,生物标志物是Alox15。在一个实施方案中,生物标志物是Angptl4。在一个实施方案中,生物标志物是Apod。在一个实施方案中,生物标志物是Apold1。在一个实施方案中,生物标志物是Arc。在一个实施方案中,生物标志物是
Arhgap24。在一个实施方案中,生物标志物是Ar14c。在一个实施方案中,生物标志物是
Arnt1。在一个实施方案中,生物标志物是Arrdc2。在一个实施方案中,生物标志物是Asb5。
在一个实施方案中,生物标志物是Atf3。在一个实施方案中,生物标志物是Bag2。在一个实施方案中,生物标志物是Bcl11a。在一个实施方案中,生物标志物是Bcl6。在一个实施方案中,生物标志物是Bdh1。在一个实施方案中,生物标志物是Bdnf。在一个实施方案中,生物标志物是Best3。在一个实施方案中,生物标志物是Bhlhe40。在一个实施方案中,生物标志物是Calhm1。在一个实施方案中,生物标志物是Calml3。在一个实施方案中,生物标志物是
Car12。在一个实施方案中,生物标志物是Ccl5。在一个实施方案中,生物标志物是Cd74。在一个实施方案中,生物标志物是Cdc42se1。在一个实施方案中,生物标志物是Chac1。在一个实施方案中,生物标志物是Chst5。在一个实施方案中,生物标志物是Ciart。在一个实施方案中,生物标志物是Cidec。在一个实施方案中,生物标志物是Cish。在一个实施方案中,生物标志物是Cited4。在一个实施方案中,生物标志物是Ckap4。在一个实施方案中,生物标志物是Cldn2。在一个实施方案中,生物标志物是Clic6。在一个实施方案中,生物标志物是
Cpt1a。在一个实施方案中,生物标志物是Csrnp1。在一个实施方案中,生物标志物是
Cxcl13。在一个实施方案中,生物标志物是Dbp。在一个实施方案中,生物标志物是Dnajb5。
在一个实施方案中,生物标志物是Dynll1。在一个实施方案中,生物标志物是Dyrk2。在一个实施方案中,生物标志物是Edn1。在一个实施方案中,生物标志物是Egr1。在一个实施方案中,生物标志物是Egr3。在一个实施方案中,生物标志物是Elfn1。在一个实施方案中,生物标志物是Emb。在一个实施方案中,生物标志物是Enah。在一个实施方案中,生物标志物是Fam107b。在一个实施方案中,生物标志物是Fam110a。在一个实施方案中,生物标志物是
Fam134b。在一个实施方案中,生物标志物是Fam167a。在一个实施方案中,生物标志物是
Fam46a。在一个实施方案中,生物标志物是Fasn。在一个实施方案中,生物标志物是Fgfr3。
在一个实施方案中,生物标志物是Fhl2。在一个实施方案中,生物标志物是Fos。在一个实施方案中,生物标志物是Fosb。在一个实施方案中,生物标志物是Frk。在一个实施方案中,生物标志物是Fst。在一个实施方案中,生物标志物是Gdf15。在一个实施方案中,生物标志物是Gem。在一个实施方案中,生物标志物是Gngt1。在一个实施方案中,生物标志物是Gn13。在一个实施方案中,生物标志物是Hba1。在一个实施方案中,生物标志物是Hba2。在一个实施方案中,生物标志物是Hbb。在一个实施方案中,生物标志物是Hbb-b1。在一个实施方案中,生物标志物是Hbegf。在一个实施方案中,生物标志物是Hmox1。在一个实施方案中,生物标志物是Hpd1。在一个实施方案中,生物标志物是Hspa1b。在一个实施方案中,生物标志物是Id4。在一个实施方案中,生物标志物是Il2rb。在一个实施方案中,生物标志物是Irs1。在一个实施方案中,生物标志物是Irs2。在一个实施方案中,生物标志物是Junb。在一个实施方案中,生物标志物是Jund。在一个实施方案中,生物标志物是Kbtbd8。在一个实施方案中,生物标志物是Kcnk5。在一个实施方案中,生物标志物是Kctd7。在一个实施方案中,生物标志物是Kirrel2。在一个实施方案中,生物标志物是Ky。在一个实施方案中,生物标志物是
Lamc2。在一个实施方案中,生物标志物是Lipg。在一个实施方案中,生物标志物是
LOC689064。在一个实施方案中,生物标志物是Lonrf3。在一个实施方案中,生物标志物是Lrrc38。在一个实施方案中,生物标志物是Lrrc52。在一个实施方案中,生物标志物是
Lrrn2。在一个实施方案中,生物标志物是Lsr。在一个实施方案中,生物标志物是Maff。在一个实施方案中,生物标志物是Mchr1。在一个实施方案中,生物标志物是Mfrp。在一个实施方案中,生物标志物是M11t11。在一个实施方案中,生物标志物是Mns1。在一个实施方案中,生物标志物是Mogat1。在一个实施方案中,生物标志物是Mphosph6。在一个实施方案中,生物标志物是Mpz。在一个实施方案中,生物标志物是Muc20。在一个实施方案中,生物标志物是Mybpc2。在一个实施方案中,生物标志物是Myf6。在一个实施方案中,生物标志物是Myh1。在一个实施方案中,生物标志物是Myh2。在一个实施方案中,生物标志物是Myh4。在一个实施方案中,生物标志物是Myocd。在一个实施方案中,生物标志物是Nedd9。在一个实施方案中,生物标志物是Nfil3。在一个实施方案中,生物标志物是Nkg7。在一个实施方案中,生物标志物是Nr1d1。在一个实施方案中,生物标志物是Nr4a2。在一个实施方案中,生物标志物是
Nr4a3。在一个实施方案中,生物标志物是Ntf4。在一个实施方案中,生物标志物是Nuak1。在一个实施方案中,生物标志物是Parp16。在一个实施方案中,生物标志物是Pdc。在一个实施方案中,生物标志物是Pde7a。在一个实施方案中,生物标志物是Pfkfb2。在一个实施方案中,生物标志物是Pfkfb3。在一个实施方案中,生物标志物是Pgam1。在一个实施方案中,生物标志物是Pfkfb3。在一个实施方案中,生物标志物是Pgam1。在一个实施方案中,生物标志物是Phlda1。在一个实施方案中,生物标志物是Pik3ip1。在一个实施方案中,生物标志物是Plk3。在一个实施方案中,生物标志物是Postn。在一个实施方案中,生物标志物是
Ppargc1a。在一个实施方案中,生物标志物是Ppp1r14c。在一个实施方案中,生物标志物是Pragmin。在一个实施方案中,生物标志物是Prf1。在一个实施方案中,生物标志物是
Ptpn14。在一个实施方案中,生物标志物是Pvalb。在一个实施方案中,生物标志物是Rab23。
在一个实施方案中,生物标志物是Rab30。在一个实施方案中,生物标志物是Rbm20。在一个实施方案中,生物标志物是Rcan1。在一个实施方案中,生物标志物是Rell1。在一个实施方案中,生物标志物是Rfx1。在一个实施方案中,生物标志物是RGD1307461。在一个实施方案中,生物标志物是RGD1309676。在一个实施方案中,生物标志物是RGD1359290。在一个实施方案中,生物标志物是RGD1564428。在一个实施方案中,生物标志物是Rhpn2。在一个实施方案中,生物标志物是Rn45s。在一个实施方案中,生物标志物是Rnd1。在一个实施方案中,生物标志物是Rp1。在一个实施方案中,生物标志物是Rrad。在一个实施方案中,生物标志物是RT1-Ba。在一个实施方案中,生物标志物是RT1-Bb。在一个实施方案中,生物标志物是RT1-Da。在一个实施方案中,生物标志物是RT1-Db1。在一个实施方案中,生物标志物是Rtn4rl1。
在一个实施方案中,生物标志物是Scd1。在一个实施方案中,生物标志物是Sdc4。在一个实施方案中,生物标志物是Sec1415。在一个实施方案中,生物标志物是Siglec5。在一个实施方案中,生物标志物是Sik1。在一个实施方案中,生物标志物是Slc18a2。在一个实施方案中,生物标志物是Slc2a5。在一个实施方案中,生物标志物是Slc30a4。在一个实施方案中,生物标志物是Slc4a1。在一个实施方案中,生物标志物是Slc4a5。在一个实施方案中,生物标志物是Slpi。在一个实施方案中,生物标志物是Smad7。在一个实施方案中,生物标志物是Snhg4。在一个实施方案中,生物标志物是Spag8。在一个实施方案中,生物标志物是Stc1。在一个实施方案中,生物标志物是Sv2c。在一个实施方案中,生物标志物是Terf2ip。在一个实施方案中,生物标志物是Thrsp。在一个实施方案中,生物标志物是Tmc8。在一个实施方案中,生物标志物是Tmem171。在一个实施方案中,生物标志物是Tmx4。在一个实施方案中,生物标志物是Tnfrsf12a。在一个实施方案中,生物标志物是Tnni2。在一个实施方案中,生物标志物是Ttc30b。在一个实施方案中,生物标志物是Txnip。在一个实施方案中,生物标志物是Ucp3。在一个实施方案中,生物标志物是Unc5b。在一个实施方案中,生物标志物是
Zfp112。在一个实施方案中,生物标志物是Zfp13。在一个实施方案中,生物标志物是
Zfp385b。在一个实施方案中,生物标志物是Zfp474。在一个实施方案中,生物标志物是
Zfyve28。在一个实施方案中,生物标志物是Zic1。在一个实施方案中,生物标志物是
Zmynd10。
[0182] 在一个实施方案中,生物标志物是Abcg1,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Abra,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Actn3,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Actn3,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Alas2,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Alox15,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Alox15,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Angptl4,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Apod,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Apold1,并且生物标志物的水平降
低。在一个实施方案中,生物标志物是Arc,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Arhgap24,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Ar14c,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Arnt1,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Arrdc2,并且生物标志物的水平降
低。在一个实施方案中,生物标志物是Asb5,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Atf3,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是
Bag2,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Bcl11a,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Bcl6,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Bdh1,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Bdnf,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Best3,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Bhlhe40,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Calhm1,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Calml3,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Car12,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Ccl5,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Cd74,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Cdc42se1,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Chac1,并且与对照个体(例如尚未施用干细胞群(例如,PDAC)的个
体)相比,生物标志物的水平降低,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Chst5,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Ciart,生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Cidec,并且生物标志物的水平增加。
在一个实施方案中,生物标志物是Cish,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Cited4,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是
Ckap4,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Cldn2,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Clic6,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Cpt1a,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Csrnp1,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是
Cxcl13,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Cxcl13,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Dbp,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Dnajb5,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Dyn11,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是
Dyrk2,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Edn1,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Egr1,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Egr3,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Elfn1,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Emb,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Enah,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Fam107b,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Fam110a,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Fam134b,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Fam167a,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Fam46a,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Fasn,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Fgfr3,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Fhl2,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Fos,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Fosb,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Fosb,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Frk,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Fst,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Gdf15,并且生物标志物的水平增加。
在一个实施方案中,生物标志物是Gem,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Gngt1,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Gn13,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Hba1,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Hba2,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Hbb,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Hbb-b1,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Hbegf,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Hmox1,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Hpdl,生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Hspa1b,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Id4,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Il2rb,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Irs1,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Irs2,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是
Junb,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Jund,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Kbtbd8,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Kcnk5,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Kctd7,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是
Kirrel2,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Ky,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Lamc2,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Lipg,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是LOC689064,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是
Lonrf3,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Lrrc38,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Lrrc52,并且生物标志物的水平增
加。在一个实施方案中,生物标志物是Lrrn2,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Lsr,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是
Maff,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Mchr1,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Mfrp,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Mllt11,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Mns1,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Mogat1,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Mphosph6,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Mpz,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Muc20,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Mybpc2,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Myf6,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Myh1,并且生物标志物的水平降
低。在一个实施方案中,生物标志物是Myh2,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Myh4,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是
Myocd,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Nedd9,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Nfil3,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Nkg7,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Nr1d1,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Nr4a2,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Nr4a2,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Nr4a3,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Ntf4,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Nuak1,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Parp16,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Pdc,并且生物标志物的水平增加。
在一个实施方案中,生物标志物是Pde7a,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Pfkfb2,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是
Pfkfb3,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Pgam1,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Phlda1,并且生物标志物的水平增加。
在一个实施方案中,生物标志物是Pik3ip1,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Plk3,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是
Postn,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Ppargc1a,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Ppp1r14c,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Pragmin,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Prf1,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Ptpn14,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Pvalb,生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Pvalb,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Rab23,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Rab30,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Rbm20,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Rcan1,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Rell1,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Rfx1,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是RGD1307461,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是RGD1309676,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是RGD1359290,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是RGD1564428,并且生物标志物的水平增
加。在一个实施方案中,生物标志物是Rhpn2,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Rn45s,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Rnd1,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Rp1,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Rrad,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是RT1-Ba,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是RT1-Bb,并且与对照个体(例如尚未施用干细胞群(例如,PDAC)的个体)相比生物
标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是RT1-Da,并且生物标志物的水平增
加。在一个实施方案中,生物标志物是RT1-Db1,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Rtn4rl1,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Scd1,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Scd1,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Sdc4,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Sec1415,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Siglec5,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是
Sik1,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Slc18a2,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Slc2a5,并且生物标志物的水平降低。
在一个实施方案中,生物标志物是Slc30a4,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Slc4a1,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Slc4a1,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Slc4a5,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Slpi,并且生物标志物的水平降低。
在一个实施方案中,生物标志物是Smad7,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Snhg4,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是
Spag8,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Stc1,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Sv2c,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Terf2ip,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Thrsp,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Tmc8,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Tmem171,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Tmx4,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Tnfrsf12a,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Tnni2,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Ttc30b,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Txnip,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Ucp3,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Unc5b,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Zfp112,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Zfp13,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Zfp385b,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Zfp474,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Zfyve28,并且生物标志物的水平降低。在一个实施方案中,生物标志物是Zic,并且生物标志物的水平增加。在一个实施方案中,生物标志物是Zmynd10,并且生物标志物的水平降低。在某些实施方案中,生物标志物的水平与对照个体相比增加。在某些实施方案中,生物标志物的水平与对照个体相比降低。在具体的实施方案中,对照个体是尚未施用干细胞群(例如PDAC)的个体。
[0183] 另一方面,本文提供了改变有需要的个体的组织中衰老细胞的转录组的方法,所述方法包括向个体施用有效量的PDSC群,其中所述量有效改变衰老细胞的转录组,其中改
变的转录组包含对照个体组织中年轻细胞中发现的一种或多种转录物。在一些实施方案
中,使用转录物阵列分析来鉴定一种或多种转录物。在一些实施方案中,使用7900HT实时
PCR系统上的 低密度阵列(TLDA)鉴定一种或多种转录物。在具体的实施方案
中,转录物是本文提供的生物标志物的转录物。在一些实施方案中,转录物相对于年轻细胞中发现的相同转录物增加。在其他实施方案中,转录物相对于年轻细胞中发现的相同转录
物降低。
[0184] 在一些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:MLCF3、肌球蛋白轻链多肽2(慢)、MLC1F、MYBPC1、肌球蛋白结合蛋白H、α肌动蛋白(片段)、肌动蛋白(骨骼肌)、肌动蛋白α(心脏)、肌钙蛋白T类Iaα-1、肌钙蛋白T类IIaβ-1、肌钙蛋白Tβ/α、capZβ、结蛋白、凝溶胶蛋白(胞质溶胶)、β-微管蛋白、p23、磷酸丙糖异构酶1、糖基化酶I、乙二醛酶I、烯醇酶3(β肌肉)、甘油3-P脱氢酶、异柠檬酸脱氢酶3(NAD+)、细胞色素C氧化酶(多肽Va)、肌酸激酶(肌肉形式)、Cu/Zn超氧化物歧化酶、铁蛋白重链(H-铁蛋白)、醛脱氢酶(线粒体)、谷胱甘肽转移酶(ω-1)、Hsp20、Hsp20、二硫键异构酶ER60(ERp57)、14-3-3蛋白、鸟嘌呤脱氨酶(鸟嘌呤酶)、RHO-GDI(α)、磷酸组氨酸磷酸酶、mRNA加帽酶、类似apobec2蛋白、半乳糖凝集素1、白蛋白、维生素D结合蛋白前肽、蛋白激酶C相互作用蛋白-1、RIKEN cDNA 1700012G19、
MYH2、TNNT1、RYR1、CASQ1、JPH1、AMPD1、PYGM和ENO3。
[0185] 在一些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:MLCF3、肌球蛋白轻链多肽2(慢)、MLC1F、肌球蛋白结合蛋白C、肌球蛋白结合蛋白H、α肌动蛋白(片段)、肌动蛋白(骨骼肌)、肌动蛋白α(心脏)、肌钙蛋白T类IIaβ-1、肌钙蛋白Tβ/α、capZβ、结蛋白、磷酸丙糖异构酶1、糖基化酶I、乙二醛酶I、烯醇酶3(β肌肉)、甘油3-P脱氢酶、异柠檬酸脱氢酶3(NAD+)、细胞色素C氧化酶(多肽Va)、肌酸激酶(肌肉形式)、Cu/Zn超氧化物歧化酶、磷酸组氨酸磷酸酶、蛋白激酶C相互作用蛋白-1和RIKEN cDNA 1700012G19,其中一种或多种转录
物的表达降低指示衰老。
[0186] 在一些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的:肌钙蛋白T类Iaα-1、肌钙蛋白T类IIaβ-1、结蛋白、凝溶胶蛋白(胞质溶胶)、β-微管蛋白、p23、铁蛋白重链(H-铁蛋白)、醛脱氢酶(线粒体)、谷胱甘肽转移酶(ω-1)、Hsp20、Hsp20、二硫键异构酶ER60(ERp57)、14-3-3蛋白、鸟嘌呤脱氨酶(鸟嘌呤酶)、Rho-GDI(α)、mRNA加帽酶、类似apobec2蛋白、半乳糖凝集素1、白蛋白、维生素D结合蛋白前肽,其中一种或多种生物标志物的表达增加指示衰老。
[0187] 在一些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:肉豆蔻酰化的富含丙氨酸的C-激酶底物、α-互连蛋白、甲基-CpG-结合蛋白2的同种型B、组蛋白H1.4、血清白蛋白的同种型1、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白G(1)/G(S)/G(T)亚基β-1、腺苷酸激酶1、果糖二磷酸醛缩酶A、腱生蛋白-R、丛生蛋白的同种型2、突触传递、阳离子转运、髓磷脂蛋白脂质蛋白的同种型1、神经调理素、二氢嘧啶酶相关蛋白2、二氢蝶啶还原酶、基质蛋白-3、α-烯醇酶、凝溶胶蛋白的同种型1、淀粉样蛋白βA4蛋白(片段)APP714的APP同种型、膜联蛋白A6、微管相关蛋白tau的同种型tau-E、MAP1A 331kDa蛋白、成神经细胞分化相关蛋白AH NAK、细胞周期出口和神经元分化蛋白1、甘油醛-3-磷酸脱氢酶、HIST1H1D、谷酰胺酶肾同种型的KGA同种型、超氧化物歧化酶(Mn)(SOD2)、MBP的同种型1和VIM。
[0188] 在一些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:淀粉样蛋白β(A4)前体蛋白(APP)、marcks、互联蛋白神经元中间丝蛋白α(INA)、甲基CpG结合蛋白(MECP)、组蛋白簇1H1e(HIST1H1E)、白蛋白(ALB)、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白)β多肽(GNB1)、腺苷酸激酶1(AK1)、醛糖A果糖二磷酸(ALDOA)、腱生蛋白R(TNR)、丛生蛋白(CLU)、突触蛋白1(SYN1)、ATP合酶、H+转运、线粒体F1复合物、α亚基1、心肌(ATP5A1)、蛋白脂质蛋白1(PLP1)、生长相关蛋白43(GAP43)、二氢嘧啶酶-样2(DPYSL2)、醌型二氢蝶啶还原酶(QDPR)、基质蛋白-3(MATR3)、烯醇酶1(α)(ENO1)、凝溶胶蛋白(GSN)、膜联蛋白A6(ANXA6)、微管相关蛋白tau(MAPT)、微管相关蛋白1A(MAP1A)、AHNAK核蛋白、细胞周期出口和神经元分化1(CEND1)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、组蛋白簇1、H1d(HIST1H1D)、谷氨酰胺酶(GLS)、超氧化物歧化酶(SOD2)、MBP、VIM、ELAV样蛋白3(ELAVL3)、神经颗粒素(NRGN)、受体表达增强蛋白2
(REEP2)、谷氨酸脱羧酶1(GAD1)、原钙粘蛋白α-1(PCDHA1)、胶质纤维酸性蛋白(GFAP)、S100钙结合蛋白(S100B)、序列相似性19家族(趋化因子(C-C-基序)-样)成员A1(FAM19A1)、水通道蛋白4(AQP4)、c型凝集素结构域家族2成员L(CLEC2L)、神经丝三联体L蛋白(NF-L)、过氧化物氧还蛋白(EC 1.11.1.)、乌头酸水合酶(EC 4.2.1.3)、烯醇酶2(EC 4.2.1.11)和T复合蛋白1。
[0189] 在一些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:淀粉样蛋白β(A4)前体蛋白(APP)、marcks、互联蛋白神经元中间丝蛋白α(INA)、甲基CpG结合蛋白(MECP)、组蛋白簇1H1e(HIST1H1E)、白蛋白(ALB)、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白)β多肽(GNB1)、腺苷酸激酶1(AK1)、醛糖A果糖二磷酸(ALDOA)、腱生蛋白R(TNR)和丛生蛋白(CLU)。
[0190] 在一些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:蛋白脂质蛋白1(PLP1)、生长相关蛋白43(GAP43)、二氢嘧啶酶-样2(DPYSL2)、醌型二氢蝶啶还原酶(QDPR)、基质蛋白-3(MATR3)、烯醇酶1(α)(ENO1)和凝溶胶蛋白(GSN)。
[0191] 在一些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:微管相关蛋白tau(MAPT)、微管相关蛋白1A(MAP1A)、AHNAK核蛋白、细胞周期出口和神经元分化1(CEND1)和甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)。
[0192] 在一些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:神经丝三联体L蛋白(NF-L)、过氧化物氧还蛋白(EC 1.11.1)、乌头酸水合酶(EC 4.2.1.3)、烯醇酶2(EC 
4.2.1.11)和T-复合蛋白1。
[0193] 在一些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:肌球蛋白重链6心肌α(MYH6)、肌动蛋白α心肌1(ACTC1)、肌钙蛋白I型3(心脏)(TNNI3)、钠尿肽A(NPPA)、A激酶(PRKA)锚定蛋白6(AKAP6)、巢蛋白(NES)、ATP酶Na+K+转运α3多肽(ATP1A3)、钙粘蛋白2型
1N-钙粘蛋白(神经元)(CDH2)、桥粒斑菲素蛋白2(PKP2)、ATP合酶亚基d(Atp5h)、ATP合酶亚基o(Atp5o)、ATP合酶亚基δ(Atp5d)、ATP合酶亚基α(Atp5a1)、ATP合酶亚基β(Atp5b)、细胞色素c(Cycs)、线粒体丙酮酸脱氢酶E1组分β亚基(Pdhb)、磷酸甘油酸激酶1(Pgk1)、热休克蛋白70(Hspa9)、60kDa热休克蛋白(Hspd1)、结蛋白(Desm)、肌钙蛋白T2(Tnnt2)、原肌球蛋白α1(Tpm1)、电压依赖性阴离子通道-1(Vdac1)和延伸因子2(Eef2)。
[0194] 在一些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:ATP合酶亚基d(Atp5h)、ATP合酶亚基o(Atp50)、ATP合酶亚基δ(Atp5d)、ATP合酶亚基α(Atp5a1)、ATP合酶亚基β(Atp5b)、细胞色素c(Cycs)、线粒体丙酮酸脱氢酶E1组分β亚基(Pdhb)、磷酸甘油酸激酶1(Pgk1)、热休克蛋白70(Hspa9)、60kDa热休克蛋白(Hspd1)、结蛋白(Desm)、肌钙蛋白T2(Tnnt2)、原肌球蛋白α1(Tpm1)、电压依赖性阴离子通道-1(Vdac1)和延伸因子2(Eef2)。
[0195] 在一些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:ATP合酶亚基α(Atp5a1)、ATP合酶亚基β(Atp5b)、细胞色素c(Cycs)、线粒体丙酮酸脱氢酶E1组分β亚基(Pdhb)、磷酸甘油酸激酶1(Pgk1)、热休克蛋白70(Hspa9)、结蛋白(Desm)、肌钙蛋白T2
(Tnnt2)、原肌球蛋白α1(Tpm1)、电压依赖性阴离子通道-1(Vdac1),其中一种或多种转录物的表达降低指示衰老。
[0196] 在一些实施方案中,转录物是延伸因子2(Eef2),而Eef2的表达增加指示衰老。
[0197] 在一些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:膜蛋白(NPHS2)、肾病蛋白(NPHS1)、IRRE类似物(NEPH1或KIRREL)、足细胞标记蛋白样(PODXL)、成纤维细胞生长因子1FGF1)、粒状生胶家族成员2(CRB2)、溶质载体家族22(有机阴离子转运蛋白)成员8
(SLC22A8)、溶质载体家族22(有机阴离子转运蛋白)成员13(SLC22A13)、氨基羧基粘康酸半醛脱羧酶(ACMSD)、胍丁胺精胺脲水解酶(AGMAT)、甜菜碱高半胱氨酸S-甲基转移酶(BHMT)、染色体11开放阅读框54(C11orf54)、钙粘蛋白6、2型K-钙粘蛋白(胎儿肾脏)(CDH6)、二氢嘧啶酶(DPYS)、γ-谷氨酰转移酶1(GGT1)、4-羟基苯基丙酮酸双加氧酶(HPD)、热反应蛋白12(HRSP12)、低密度脂蛋白受体相关蛋白2(LRP2)、丙酮酸激酶、肝脏和RBC(PKLR)、X-脯氨酰氨肽酶(氨肽酶P)2、膜结合(XPNPEP2)、尿调节素(UMOD)、钙结合蛋白(CALB1)、溶质载体家族12(钠/钾/氯化物转运蛋白)成员1(SLC12A1)、溶质载体家族12(钠/氯化物转运蛋白)成
员3(SLC12A3)、钙敏感受体(CASR)、水通道蛋白(AQP2)、ATP酶H+转运溶酶体38kDa V0亚基d2(ATP6V0D2)、小清蛋白(PVALB)、跨膜蛋白213(TMEM213)、转铁蛋白、异柠檬酸脱氢酶1
(IDH)、3-羟基异丁酸脱氢酶、afenopin、热休克蛋白(HSP)9A、ATP合酶、鸟氨酸氨基转移酶、谷氨酸脱氢酶、磷酸甘油酸变位酶、过氧化氢酶和谷胱甘肽(GSH)。
[0198] 在一些实施方案中,转录物选自由以下组成的组:转铁蛋白,异柠檬酸脱氢酶1(IDH)和3-羟基异丁酸脱氢酶,其中一种或多种转录物的表达增加指示衰老。
[0199] 在一些实施方案中,一种或多种转录物选自由afenopin、磷酸甘油酸变位酶和谷胱甘肽(GSH)组成的组,其中一种或多种转录物的表达降低指示衰老。
[0200] 在一些实施方案中,一种或多种转录物的表达增加是特异性的。例如,在一些情况下,转录物是ATP合酶,并且衰老雄性中ATP合酶的表达上调。在某些情况下,转录物是过氧化氢酶,衰老雄性中过氧化氢酶的表达下调。在其他情况下,转录物是ATP合酶,在衰老雌性中ATP合酶的表达下调。在一些实施方案中,转录物是鸟氨酸转氨酶,在衰老雌性中鸟氨酸转氨酶的表达上调。在一些实施方案中,转录物是谷氨酸脱氢酶,在衰老雌性中谷氨酸脱氢酶的表达下调。
[0201] 在一些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:载脂蛋白B(APOB)、载脂蛋白A-I(APOA1)、纤维蛋白原γ链(FGG)、补体成分2(C2)、激肽原1(KNG1)、纤维蛋白原α链(FGA)、羟酸氧化酶(乙醇酸氧化酶)1(HAO1)、视黄醇脱氢酶16(全反式)(RDH16)、醛缩酶B、果糖二磷酸(ALDOB)、胆汁酸CoA:氨基酸N-酰基转移酶(甘氨酸N-胆碱基转移酶)(BAAT)、醛酮还原酶家族1成员C4(AKR1C4)、溶质载体家族27(脂肪酸转运蛋白)成员5(SLC27A5)、环氧化物水解酶、3-酮脂酰辅酶A硫解酶A、肌氨酸氧化酶和2,4-二烯酰基还原酶。
[0202] 在一些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:环氧化物羟化酶、3-酮脂酰辅酶A硫解酶A、肌氨酸氧化酶和2,4-二烯酰基还原酶,其中一种或多种转录物的表达增加指示衰老。
[0203] 在一些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:防御素α1(DEFA1)、防御素α1B(DEFA1B)、防御素α3(DEFA3)、防御素α4(DEFA4)、组织蛋白酶G(CTSG)、髓过氧化物酶(MPO)、血红蛋白β(HBB)、血红蛋白α1(HBA1)、血红蛋白α2(HBA2)、S100钙结合蛋白12(S100A12)、染色体19开放阅读框59(C19orf59)、丙酮酸脱氢酶(硫辛酰胺)β、脂肪酸结合蛋白5、半乳糖凝集素-3、c-突触核蛋白、异源核核糖核蛋白A1、肌球蛋白轻链调控B(Mrlcb)、转凝蛋白、类嘌呤核苷磷酸化酶(punA)、异源核核糖核蛋白A2/B1同种型A2(Hnrpa2b1)、亨廷顿相互作用蛋白K(HYPK)、β-肌动蛋白FE-3(Actg1)、钙调结合蛋白1(Cald1、钙调蛋白-1(Cnn1))、E-FABPFABP)(Fabp5)、加帽蛋白(肌动蛋白丝)、凝溶胶蛋白样(CAPG)、类毛状蛋白样1(cotl1)、钙调蛋白-1(钙调蛋白H1、平滑肌;碱性钙调蛋白)(Cnn1)、纽蛋白(Vnc)、VIM、β-原肌球蛋白(TPM2)、转凝蛋白2(Tagln2)、原肌球蛋白1α同种型c(TPM1)、钙调蛋白3酸性(CNN3)、钙调蛋白2同种型a(钙调蛋白2)、F-肌动蛋白加帽蛋白β亚基(Capzb)、α-球蛋白(Hba1)、α-肌动蛋白(aa40-375)(Acta2)、平滑肌蛋白SM22同源物-牛(片段)(Tagln2)、硫氧还原蛋白2(Txn1)、过氧化氢素2(Prdx2)、过氧化物氧化还原酶5前体(Prdx5)和Cu-Zn超氧化物歧化酶A5(GSTA5)。
[0204] 在一些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:脂肪酸结合蛋白5、半乳糖凝集素-3、c-突触核蛋白、异源核核糖核蛋白A1、肌球蛋白轻链调控B、过氧化物氧还原蛋白5前体和转凝蛋白。
[0205] 在一些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:β-肌动蛋白FE-3(Actg1)、钙调结合蛋白1(Cald1、钙调蛋白-1(Cnn1))、E-FABP(C-FABP)(Fabp5)、半乳糖凝集素-3(LGALS3)、γ突触核蛋白(Sncg)、异源核核糖核蛋白A1同种型a(HNRPA1)、异源核糖核蛋白A2/B1同种型A2(Hnrpa2b1)、亨廷顿蛋白相互作用蛋白K(HYPK)、肌球蛋白、轻链调控B(Mrlcb)、过氧化物氧化还原酶5前体(Prdx5)、类嘌呤核苷磷酸化酶(punA)、丙酮酸脱氢酶(硫辛酰胺)β(PDHB)和转凝蛋白(Tagln)。
[0206] 在一些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:转凝蛋白(Tagln)、加帽蛋白(肌动蛋白丝)、凝溶胶蛋白样(CAPG)、钙调结合蛋白1(Cald1)、β-肌动蛋白FE-3(Actg1)、类毛状蛋白样1(cotl1)、钙调蛋白-1(钙调蛋白H1、平滑肌;碱性钙调蛋白)
(Cnn1)、纽蛋白(VCL)、VIM、β-原肌球蛋白(TPM2)、肌球蛋白轻链调控B(Mrlcb)、转凝蛋白2(Tagln2)、原肌球蛋白1α同种型c(TPM1)、钙调蛋白3酸性(CNN3)、钙调蛋白2同种型a(钙调蛋白2)、F-肌动蛋白加帽蛋白β亚基(Capzb)、α-球蛋白(Hba1)、α-肌动蛋白(aa40-375)(Acta2)、平滑肌蛋白SM22同源物-牛(片段)(Tagln2)、硫氧还原蛋白2(Txn1)、过氧化氢素2(Prdx2)、过氧化物氧化还原酶5前体(Prdx5)和Cu-Zn超氧化物歧化酶A5(GSTA5)。
[0207] 在一些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:胶原蛋白XVII型α1(COL17A1)、肿瘤蛋白p73(TP73)、角蛋白10(KRT10)、半胱天冬酶14、凋亡相关半胱氨酸肽酶(CASP14)、聚丝蛋白(FLG)、角质细胞富含脯氨酸的蛋白(KPRP)、角膜锁链蛋白(CDSN)、激肽释放酶相关肽酶5(KLK5)、黑色素-A(MLANA)、多巴色素互变异构酶(DCT)、酪氨酸酶(TYR)、CD1a分子(CD1A)、CD207分子、langerin(CD207)、膜联蛋白A6(ANXA6)、谷氨酰胺tRNA合成酶(QARS)、不依赖阳离子的甘露糖-6-磷酸(IGF2R)、双丝蛋白-2(TWF2)、40S核糖体蛋白S5
(RPS5)、推定的前体mRNA剪接因子ATP依赖性RNA解旋酶DHX15(DHX15)、26S蛋白酶体非ATP
酶调节亚基1(PSMD1)、40S核糖体蛋白S29(RPS29)、突触足蛋白-2(SYNPO2)、T-复合蛋白1亚基ζ(CCT6A)、膜联蛋白5(ANXA5)、tRNA剪接连接酶RtcB同系物(C22orf28)、富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)、肌球蛋白轻链多肽6(MYL6)、蛋白磷酸酶1调节亚基7(PPP1R7)、UPF0568蛋白C14orf166(C14orf166)、26蛋白酶体非ATP酶调节亚基14(PSMD14)、丝氨酸羟
甲基转移酶线粒体(SHMT2)、热休克70kDa蛋白1A/1B(HSPA1A)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX1
(DDX1)、钙调蛋白(CALM1)、AP-2复合亚基α2(AP2A2)、Rho鸟嘌呤核苷交换因子2(ARHGEF2)、膜联蛋白A4(ANXA4)、红细胞带7整合膜蛋白(STOM)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X(DDX3X)、钙蛋白酶小亚基1(CAPNS1)、NAD(P)H脱氢酶[醌]1(NQO1)、蛋白S100-A16(S100A16)、网格蛋白轻链B(CLTB)、脑酸可溶性蛋白1(BASP1)、DnaJ同系物亚家族C成员3(DNAJC3)、AP-2复合亚基α-1(AP2A1)、40S核糖体蛋白(RPS6)、甘氨酰-tRNA合成酶(GARS)、含EH结构域蛋白2
(EHD2)、寡核糖核酸酶、线粒体(REXO2)、血小板反应蛋白-1(THBS1)、甘氨酰肽N-十四烷酰转移酶1(NMT1)、腺苷酸环化酶相关蛋白1(CAP1)、热休克相关70kDa蛋白2(HSPA2)、组蛋白H2A型1-A(HIST1H2AA)和T复合蛋白1亚基α(TCP1)。
[0208] 在一些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:线粒体编码的细胞色素c氧化酶II(MTCO2)、NADH脱氢酶(泛醌)1α亚复合物5(NDUFA5)、NADH脱氢酶(泛醌)1α亚复合物9(NDUFA9)、NADH脱氢酶(泛醌)1α亚复合物10(NDUFA10)和NADH脱氢酶(泛醌)Fe-S蛋白6 13kDa(NADH-辅酶Q还原酶)(NDUFS6),其中一种或多种转录物的表达降低指示衰老。
[0209] 在一些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:膜联蛋白A6(ANXA6)、谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QARS)、不依赖阳离子的甘露糖-6-磷酸(IGF2R)、双丝蛋白-2(TWF2)、40S核糖体蛋白S5(RPS5)、推定的前体mRNA剪接因子ATP依赖性RNA解旋酶
DHX15(DHX15)、26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基1(PSMD1)、40S核糖体蛋白S29(RPS29)、突触足蛋白-2(SYNPO2)、T-复合蛋白1亚基ζ(CCT6A)、膜联蛋白5(ANXA5)、tRNA-剪接连接酶RtcB同系物(C22orf28)、富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)、肌球蛋白轻链多肽6(MYL6)、蛋白磷酸酶1调节亚基7(PPP1R7)、UPF0568蛋白C14orf166(C14orf166)、26蛋白酶体非ATP
酶调节亚基14(PSMD14)、丝氨酸羟甲基转移酶线粒体(SHMT2)、热休克70kDa蛋白1A/1B
(HSPA1A)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX1(DDX1)、钙调蛋白(CALM1)、AP-2复合亚基α-2(AP2A2)、Rho鸟嘌呤核苷酸核苷交换因子2(ARHGEF2)、膜联蛋白A4(ANXA4)、红细胞带7整合膜蛋白
(STOM)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X(DDX3X)、钙蛋白酶小亚基1(CAPNS1)、NAD(P)H脱氢酶
[醌]1(NQO1)、蛋白S100-A16(S100A16)、网格蛋白轻链B(CLTB)、脑酸可溶性蛋白1(BASP1)、DnaJ同系物亚家族C成员3(DNAJC3)、AP-2复合亚基α-1(AP2A1)、40S核糖体蛋白(RPS6)、甘氨酰-tRNA合成酶(GARS)、含EH结构域蛋白2(EHD2)、寡核糖核酸酶、线粒体(REXO2)、血小板反应蛋白-1(THBS1)、甘氨酰肽N-十四烷酰转移酶1(NMT1)、腺苷酸环化酶相关蛋白1
(CAP1)、热休克相关70kDa蛋白2(HSPA2)、组蛋白H2A型1-A(HIST1H2AA)和T复合蛋白1亚基α(TCP1)。
[0210] 在一些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:膜联蛋白A6(ANXA6)、谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QARS)、不依赖阳离子的甘露糖-6-磷酸(IGF2R)、推定的mRNA前体剪接因子ATP依赖性RNA解旋酶DHX15(DHX15)、40S核糖体蛋白S29(RPS29)、突触足蛋白-2(SYNPO2)、膜联蛋白5(ANXA5)、富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)、肌球蛋白轻链多肽6(MYL6)、热休克70kDa蛋白1A/1B(HSPA1A)、钙调蛋白(CALM1)、膜联蛋白A4
(ANXA4)、红细胞带7整合膜蛋白(STOM)、NAD(P)H脱氢酶[醌]1(NQO1)、网格蛋白轻链B
(CLTB)、脑酸可溶性蛋白1(BASP1)、40S核糖体蛋白(RPS6)、含EH结构域蛋白2(EHD2)、血小板反应蛋白-1(THBS1)、热休克相关70kDa蛋白2(HSPA2),其中一种或多种转录物的表达增
加指示衰老。
[0211] 在一些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:双丝蛋白-2(TWF2)、40S核糖体蛋白S5(RPS5)、26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基1(PSMD1)、T复合蛋白1亚基ζ
(CCT6A)、tRNA剪接连接酶RtcB同源物(C22orf28)、蛋白磷酸酶1调节亚基7(PPP1R7)、
UPF0568蛋白C14orf166(C14orf166)、26蛋白酶体非ATP酶调节亚基14(PSMD14)、丝氨酸羟
甲基转移酶线粒体(SHMT2)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX1(DDX1)、AP-2复合亚基α-2(AP2A2)、Rho鸟嘌呤核苷交换因子2(ARHGEF2)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X(DDX3X)、钙蛋白酶小亚基
1CAPNS1)、蛋白S100-A16(S100A16)、DnaJ同系物亚家族C成员3(DNAJC3)、AP-2复合亚基α-1(AP2A1)、甘氨酰tRNA合成酶(GARS)、寡核糖核酸酶、线粒体(REXO2)、甘氨酰肽N-十四烷酰转移酶1(NMT1)、腺苷酸环化酶相关蛋白1(CAP1)、组蛋白H2A型1-A(HIST1H2AA)和T复合蛋
白1亚基α(TCP1),其中一种或多种转录物的表达降低指示衰老。
[0212] 在一个实施方案中,转录物是独立地选自由以下组成的组的一种或多种转录物:Abcg1、Abra、Actn3、Alas2、Alox15、Angptl4、Apod、Apold1、Arc、Arhgap24、Arl4c、Arntl、Arrdc2、Asb5、Atf3、Bag2、Bcl11a、Bcl6、Bdh1、Bdnf、Best3、Bhlhe40、Calhm1、Calml3、Car12、Ccl5、Cd74、Cdc42se1、Chac1、Chst5、Ciart、Cidec、Cish、Cited4、Ckap4、Cldn2、Clic6、Cpt1a、Csrnp1、Cxcl13、Dbp、Dnajb5、Dynll1、Dyrk2、Edn1、Egr1、Egr3、Elfn1、Emb、Enah、Fam107b、Fam110a、Fam134b、Fam167a、Fam46a、Fasn、Fgfr3、Fhl2、Fos、Fosb、Frk、Fst、Gdf15、Gem、Gngt1、Gnl3、Hba1、Hba2、Hbb、Hbb-b1、Hbegf、Hmox1、Hpdl、Hspa1b、Id4、Il2rb、Irs1、Irs2、Junb、Jund、Kbtbd8、Kcnk5、Kctd7、Kirrel2、Ky、Lamc2、Lipg、LOC689064、Lonrf3、Lrrc38、Lrrc52、Lrrn2、Lsr、Maff、Mchr1、Mfrp、Mllt11、Mns1、Mogat1、Mphosph6、Mpz、Muc20、Mybpc2、Myf6、Myh1、Myh2、Myh4、Myocd、Nedd9、Nfil3、Nkg7、Nr1d1、Nr4a2、Nr4a3、Ntf4、Nuak1、Parp16、Pdc、Pde7a、Pfkfb2、Pfkfb3、Pgam1、Phlda1、Pik3ip1、Plk3、Postn、Ppargc1a、Ppp1r14c、Pragmin、Prf1、Ptpn14、Pvalb、Rab23、Rab30、Rbm20、Rcan1、Rell1、Rfx1、RGD1307461、RGD1309676、RGD1359290、RGD1564428、Rhpn2、Rn45s、Rnd1、Rp1、Rrad、RT1-Ba、RT1-Bb、RT1-Da、RT1-Db1、Rtn4rl1、Scd1、Sdc4、Sec14l5、Siglec5、Sik1、Slc18a2、Slc2a5、Slc30a4、Slc4a1、Slc4a5、Slpi、Smad7、Snhg4、Spag8、Stc1、Sv2c、Terf2ip、Thrsp、Tmc8、Tmem171、Tmx4、Tnfrsf12a、Tnni2、Ttc30b、Txnip、Ucp3、Unc5b、Zfp112、Zfp13、Zfp385b and Zfp474、Zfyve28、Zic1或Zmynd10。在一个实施方案中,一种或多种转录物为2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75或更多种转录物或其任何范围或间隔。在一个实施方案中,转录物是Abcg1。在一个实施方案中,转录物是Abra。在一个实施方案中,转录物是Actn3。在一个实施方案中,转录物是Alas2。在一个实施方案中,转录物是Alox15。在一个实施方案中,转录物是Angptl4。在一个实施方案中,转录物是Apod。在一个实施方案中,转录物是Apold1。在一个实施方案中,转录物是Arc。在一个实施方案中,转录物是Arhgap24。在一个实施方案中,转录物是Ar14c。在一个实施方案中,转录物是Arnt1。在一个实施方案中,转录物是Arrdc2。在一个实施方案中,转录物是Asb5。在一个实施方案中,转录物是Atf3。在一个实施方案中,转录物是Bag2。在一个实施方案中,转录物是Bcl11a。在一个实施方案中,转录物是Bcl6。在一个实施方案中,转录物是Bdh1。在一个实施方案中,转录物是Bdnf。在一个实施方案中,转录物是Best3。在一个实施方案中,转录物是Bhlhe40。在一个实施方案中,转录物是Calhm1。在一个实施方案中,转录物是Calml3。在一个实施方案中,转录物是Car12。在一个实施方案中,转录物是Ccl5。在一个实施方案中,转录物是Cd74。在一个实施方案中,转录物是Cdc42se1。在一个实施方案中,转录物是Chac1。在一个实施方案中,转录物是Chst5。在一个实施方案中,转录物是Ciart。
在一个实施方案中,转录物是Cidec。在一个实施方案中,转录物是Cish。在一个实施方案中,转录物是Cited4。在一个实施方案中,转录物是Ckap4。在一个实施方案中,转录物是Cldn2。在一个实施方案中,转录物是Clic6。在一个实施方案中,转录物是Cpt1a。在一个实施方案中,转录物是Csrnp1。在一个实施方案中,转录物是Cxcl13。在一个实施方案中,转录物是Dbp。在一个实施方案中,转录物是Dnajb5。在一个实施方案中,转录物是Dynll1。在一个实施方案中,转录物是Dyrk2。在一个实施方案中,转录物是Edn1。在一个实施方案中,转录物是Egr1。在一个实施方案中,转录物是Egr3。在一个实施方案中,转录物是Elfn1。在一个实施方案中,转录物是Emb。在一个实施方案中,成绩单是Enah。在一个实施方案中,转录物是Fam107b。在一个实施方案中,转录物是Fam110a。在一个实施方案中,转录物是
Fam134b。在一个实施方案中,转录物是Fam167a。在一个实施方案中,转录物是Fam46a。在一个实施方案中,转录物是Fasn。在一个实施方案中,转录物是Fgfr3。在一个实施方案中,转录物是Fhl2。在一个实施方案中,转录物是Fos。在一个实施方案中,转录物是Fosb。在一个实施方案中,转录物是Frk。在一个实施方案中,转录物是Fst。在一个实施方案中,转录物是Gdf15。在一个实施方案中,转录物是Gem。在一个实施方案中,转录物是Gngt1。在一个实施方案中,转录物是Gn13。在一个实施方案中,转录物是Hba1。在一个实施方案中,转录物是Hba2。在一个实施方案中,转录物是Hbb。在一个实施方案中,转录物是Hbb-b1。在一个实施方案中,转录物是Hbegf。在一个实施方案中,转录物是Hmox1。在一个实施方案中,转录物是Hpd1。在一个实施方案中,转录物是Hspa1b。在一个实施方案中,转录物是Id4。在一个实施方案中,转录物是Il2rb。在一个实施方案中,转录物是Irs1。在一个实施方案中,转录物是Irs2。在一个实施方案中,转录物是Junb。在一个实施方案中,转录物是Jund。在一个实施方案中,转录物是Kbtbd8。在一个实施方案中,转录物是Kcnk5。在一个实施方案中,转录物是Kctd7。在一个实施方案中,转录物是Kirrel2。在一个实施方案中,转录物是Ky。在一个实施方案中,转录物是Lamc2。在一个实施方案中,转录物是Lipg。在一个实施方案中,转录物是LOC689064。在一个实施方案中,转录物是Lonrf3。在一个实施方案中,转录物是Lrrc38。在一个实施方案中,转录物是Lrrc52。在一个实施方案中,转录物是Lrrn2。在一个实施方案中,转录物是Lsr。在一个实施方案中,转录物是Maff。在一个实施方案中,转录物是Mchr1。
在一个实施方案中,转录物是Mfrp。在一个实施方案中,转录物是M11t11。在一个实施方案中,转录物是Mns1。在一个实施方案中,转录物是Mogat1。在一个实施方案中,转录物是
Mphosph6。在一个实施方案中,转录物是Mpz。在一个实施方案中,转录物是Muc20。在一个实施方案中,转录物是Mybpc2。在一个实施方案中,转录物是Myf6。在一个实施方案中,转录物是Myh1。在一个实施方案中,转录物是Myh2。在一个实施方案中,转录物是Myh4。在一个实施方案中,转录物是Myocd。在一个实施方案中,转录物是Nedd9。在一个实施方案中,转录物是Nfil3。在一个实施方案中,转录物是Nkg7。在一个实施方案中,转录物是Nr1d1。在一个实施方案中,转录物是Nr4a2。在一个实施方案中,转录物是Nr4a3。在一个实施方案中,转录物是Ntf4。在一个实施方案中,转录物是Nuak1。在一个实施方案中,转录物是Parp16。在一个实施方案中,转录物是Pdc。在一个实施方案中,转录物是Pde7a。在一个实施方案中,转录物是Pfkfb2。在一个实施方案中,转录物是Pfkfb3。在一个实施方案中,转录物是Pgam1。在一个实施方案中,转录物是Phlda1。在一个实施方案中,转录物是Pik3ip1。在一个实施方案中,转录物是Plk3。在一个实施方案中,转录物是Postn。在一个实施方案中,转录物是
Ppargc1a。在一个实施方案中,转录物是Ppp1r14c。在一个实施方案中,转录物是Pragmin。
在一个实施方案中,转录物是Prf1。在一个实施方案中,转录物是Ptpn14。在一个实施方案中,转录物是Pvalb。在一个实施方案中,转录物是Rab23。在一个实施方案中,转录物是
Rab30。在一个实施方案中,转录物是Rbm20。在一个实施方案中,转录物是Rcan1。在一个实施方案中,转录物是Rell1。在一个实施方案中,转录物是Rfx1。在一个实施方案中,转录物是RGD1307461。在一个实施方案中,转录物是RGD1309676。在一个实施方案中,转录物是
RGD1359290。在一个实施方案中,转录物是RGD1564428。在一个实施方案中,转录物是
Rhpn2。在一个实施方案中,转录物是Rn45s。在一个实施方案中,转录物是Rnd1。在一个实施方案中,转录物是Rp1。在一个实施方案中,转录物是Rrad。在一个实施方案中,转录物是RT1-Ba。在一个实施方案中,转录物是RT1-Bb。在一个实施方案中,转录物是RT1-Da。在一个实施方案中,转录物是RT1-Db1。在一个实施方案中,转录物是Rtn4rl1。在一个实施方案中,转录物是Scd1。在一个实施方案中,转录物是Sdc4。在一个实施方案中,转录物是Sec1415。
在一个实施方案中,转录物是Siglec5。在一个实施方案中,转录物是Sik1。在一个实施方案中,转录物是Slc18a2。在一个实施方案中,转录物是Slc2a5。在一个实施方案中,转录物是Slc30a4。在一个实施方案中,转录物是Slc4a1。在一个实施方案中,转录物是Slc4a5。在一个实施方案中,转录物是Slpi。在一个实施方案中,转录物是Smad7。在一个实施方案中,转录物是Snhg4。在一个实施方案中,转录物是Spag8。在一个实施方案中,转录物是Stc1。在一个实施方案中,转录物是Sv2c。在一个实施方案中,转录物是Terf2ip。在一个实施方案中,转录物是Thrsp。在一个实施方案中,转录物是Tmc8。在一个实施方案中,转录物是Tmem171。
在一个实施方案中,转录物是Tmx4。在一个实施方案中,转录物是Tnfrsf12a。在一个实施方案中,转录物是Tnni2。在一个实施方案中,转录物是Ttc30b。在一个实施方案中,转录物是Txnip。在一个实施方案中,转录物是Ucp3。在一个实施方案中,转录物是Unc5b。在一个实施方案中,转录物是Zfp112。在一个实施方案中,转录物是Zfp13。在一个实施方案中,转录物是Zfp385b。在一个实施方案中,转录物是Zfp474。在一个实施方案中,转录物是Zfyve28。在一个实施方案中,转录物是Zic1。在一个实施方案中,转录物是Zmynd10。
[0213] 在一个实施方案中,转录物是Abcg1,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Abra,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Actn3,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Actn3,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Alas2,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Alox15,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Alox15,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Angptl4,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Apod,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Apold1,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Arc,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Arhgap24,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Ar14c,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Arnt1,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Arrdc2,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Asb5,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Atf3,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Bag2,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Bcl11a,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Bcl6,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Bdh1,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Bdnf,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Best3,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Bhlhe40,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Calhm1,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Calml3,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Car12,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Ccl5,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Cd74,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Cdc42se1,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Chac1,与对照个体(例如未施用干细胞群(例如,PDAC)的个体)相比转录物表达降低,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Chst5,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Ciart,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Cidec,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Cish,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Cited4,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是
Ckap4,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Cldn2,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Clic6,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是
Cpt1a,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Csrnp1,并且转录物表达增加。
在一个实施方案中,转录物是Cxcl13,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Cxcl13,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Dbp,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Dnajb5,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是
Dynll1,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Dyrk2,并且转录物表达增加。
在一个实施方案中,转录物是Edn1,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是
Egr1,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Egr3,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Elfn1,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Emb,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Enah,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Fam107b,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Fam110a,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Fam134b,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Fam167a,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Fam46a,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Fasn,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Fgfr3,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Fh12,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Fos,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Fosb,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Fosb,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Frk,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Fst,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Gdf15,并且转录物表达增加。
在一个实施方案中,转录物是Gem,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是
Gngt1,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Gn13,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Hba1,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Hba2,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Hbb,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Hbb-b1,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Hbegf,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Hmox1,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Hpd1,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Hspa1b,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Id4,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Il2rb,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Irs1,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Irs2,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Junb,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Jund,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Kbtbd8,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是
Kcnk5,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Kctd7,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Kirrel2,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Ky,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Lamc2,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Lipg,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是
LOC689064,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Lonrf3,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Lrrc38,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Lrrc52,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Lrrn2,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Lsr,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Maff,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Mchr1,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Mfrp,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是
M11t11,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Mns1,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Mogat1,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是
Mphosph6,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Mpz,并且转录物表达降低。
在一个实施方案中,转录物是Muc20,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Mybpc2,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Myf6,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Myh1,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Myh2,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Myh4,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Myocd,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Nedd9,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Nfil3,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Nkg7,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Nr1d1,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Nr4a2,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Nr4a2,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Nr4a3,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Ntf4,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Nuak1,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Parp16,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Pdc,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Pde7a,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Pfkfb2,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Pfkfb3,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Pgam1,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Phlda1,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Pik3ip1,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Plk3,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Postn,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Ppargc1a,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Ppp1r14c,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Pragmin,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Prf1,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Ptpn14,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Pvalb,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Pvalb,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Rab23,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Rab30,并且转录物表达增加。
在一个实施方案中,转录物是Rbm20,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Rcan1,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Rell1,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Rfx1,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是
RGD1307461,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是RGD1309676,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是RGD1359290,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是RGD1564428,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Rhpn2,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Rn45s,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Rnd1,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Rp1,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Rrad,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是RT1-Ba,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是RT1-Bb,并且与对照个体(例如尚未施用干细胞群(例如,PDAC)的个体)相比转录物表达增加。在一个实施方案
中,转录物是RT1-Da,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是RT1-Db1,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Rtn4rl1,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Scd1,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Scd1,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Sdc4,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Sec1415,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Siglec5,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Sik1,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Slc18a2,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Slc2a5,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Slc30a4,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Slc4a1,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Slc4a1,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Slc4a5,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Slpi,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Smad7,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Snhg4,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Spag8,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Stc1,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Sv2c,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Terf2ip,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Thrsp,并且转录物表达降低。
在一个实施方案中,转录物是Tmc8,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是
Tmem171,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Tmx4,并且转录物表达增加。
在一个实施方案中,转录物是Tnfrsf12a,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Tnni2,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Ttc30b,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Txnip,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Ucp3,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Unc5b,并且转录物表达增加。
在一个实施方案中,转录物是Zfp112,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Zfp13,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Zfp385b,并且转录物表达增加。
在一个实施方案中,转录物是Zfp474,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Zfyve28,并且转录物表达降低。在一个实施方案中,转录物是Zic,并且转录物表达增加。在一个实施方案中,转录物是Zmynd10,并且转录物表达降低。在某些实施方案中,增加的转录物表达与对照个体相比较。在某些实施方案中,降低的转录物表达与对照个体相比较。在具体的实施方案中,对照个体是尚未施用干细胞群(例如PDAC)的个体。
[0214] 在一些实施方案中,在施用干细胞(例如PDSC)后,在个体中调节基因表达。在一个实施方案中,所述基因是表5-9中提供的任一种基因。在一个实施方案中,所述基因选自表5中提供的基因。在一个实施方案中,所述基因选自表6中提供的基因。在一个实施方案中,所述基因选自表7中提供的基因。在一个实施方案中,所述基因选自表8中提供的基因。在一个实施方案中,所述基因选自表9中提供的基因。在一个实施方案中,所述基因是独立地选自由以下组成的组的一种或多种基因:Abcg1、Abra、Actn3、Alas2、Alox15、Angptl4、Apod、Apold1、Arc、Arhgap24、Arl4c、Arntl、Arrdc2、Asb5、Atf3、Bag2、Bcl11a、Bcl6、Bdh1、Bdnf、Best3、Bhlhe40、Calhm1、Calml3、Car12、Ccl5、Cd74、Cdc42se1、Chac1、Chst5、Ciart、Cidec、Cish、Cited4、Ckap4、Cldn2、Clic6、Cpt1a、Csrnp1、Cxcl13、Dbp、Dnajb5、Dynll1、Dyrk2、Edn1、Egr1、Egr3、Elfn1、Emb、Enah、Fam107b、Fam110a、Fam134b、Fam167a、Fam46a、Fasn、Fgfr3、Fhl2、Fos、Fosb、Frk、Fst、Gdf15、Gem、Gngt1、Gnl3、Hba1、Hba2、Hbb、Hbb-b1、Hbegf、Hmox1、Hpdl、Hspa1b、Id4、Il2rb、Irs1、Irs2、Junb、Jund、Kbtbd8、Kcnk5、Kctd7、Kirrel2、Ky、Lamc2、Lipg、LOC689064、Lonrf3、Lrrc38、Lrrc52、Lrrn2、Lsr、Maff、Mchr1、Mfrp、Mllt11、Mns1、Mogat1、Mphosph6、Mpz、Muc20、Mybpc2、Myf6、Myh1、Myh2、Myh4、Myocd、Nedd9、Nfil3、Nkg7、Nr1d1、Nr4a2、Nr4a3、Ntf4、Nuak1、Parp16、Pdc、Pde7a、Pfkfb2、Pfkfb3、Pgam1、Phlda1、Pik3ip1、Plk3、Postn、Ppargc1a、Ppp1r14c、Pragmin、Prf1、Ptpn14、Pvalb、Rab23、Rab30、Rbm20、Rcan1、Rell1、Rfx1、RGD1307461、RGD1309676、RGD1359290、RGD1564428、Rhpn2、Rn45s、Rnd1、Rp1、Rrad、RT1-Ba、RT1-Bb、RT1-Da、RT1-Db1、Rtn4rl1、Scd1、Sdc4、Sec14l5、Siglec5、Sik1、Slc18a2、Slc2a5、Slc30a4、Slc4a1、Slc4a5、Slpi、Smad7、Snhg4、Spag8、Stc1、Sv2c、Terf2ip、Thrsp、Tmc8、Tmem171、Tmx4、Tnfrsf12a、Tnni2、Ttc30b、Txnip、Ucp3、Unc5b、Zfp112、Zfp13、Zfp385b and Zfp474、Zfyve28、Zic1或Zmynd10。在一个实施方案中,一种或多种基因为2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75种或更多种基因或其任何范围或间隔。在一个实施方案中,该基因是Abcg1。在一个实施方案中,该基因是Abra。在一个实施方案中,该基因是Actn3。在一个实施方案中,该基因是Alas2。在一个实施方案中,该基因是Alox15。在一个实施方案中,该基因是Angptl4。在一个实施方案中,该基因是Apod。在一个实施方案中,该基因是Apold1。在一个实施方案中,该基因是Arc。在一个实施方案中,该基因是Arhgap24。在一个实施方案中,该基因是Ar14c。在一个实施方案中,该基因是Arnt1。在一个实施方案中,该基因是Arrdc2。在一个实施方案中,该基因是Asb5。在一个实施方案中,该基因是Atf3。在一个实施方案中,该基因是Bag2。在一个实施方案中,该基因是Bcl11a。在一个实施方案中,该基因是Bcl6。在一个实施方案中,该基因是Bdh1。在一个实施方案中,该基因是Bdnf。在一个实施方案中,该基因是Best3。在一个实施方案中,该基因是Bhlhe40。在一个实施方案中,该基因是Calhm1。在一个实施方案中,该基因是Calml3。在一个实施方案中,该基因是Car12。在一个实施方案中,该基因是Ccl5。在一个实施方案中,该基因是Cd74。在一个实施方案中,该基因是Cdc42se1。在一个实施方案中,该基因是Chac1。在一个实施方案中,该基因是Chst5。在一个实施方案中,该基因是Ciart。在一个实施方案中,该基因是Cidec。在一个实施方案中,该基因是Cish。在一个实施方案中,该基因是Cited4。在一个实施方案中,该基因是Ckap4。在一个实施方案中,该基因是Cldn2。在一个实施方案中,该基因是Clic6。在一个实施方案中,该基因是Cpt1a。在一个实施方案中,该基因是Csrnp1。在一个实施方案中,该基因是Cxcl13。在一个实施方案中,该基因是Dbp。在一个实施方案中,该基因是Dnajb5。在一个实施方案中,该基因是Dynll1。
在一个实施方案中,该基因是Dyrk2。在一个实施方案中,该基因是Edn1。在一个实施方案中,该基因是Egr1。在一个实施方案中,该基因是Egr3。在一个实施方案中,该基因是Elfn1。
在一个实施方案中,该基因是Emb。在一个实施方案中,该基因是Enah。在一个实施方案中,该基因是Fam107b。在一个实施方案中,该基因是Fam110a。在一个实施方案中,该基因是
Fam134b。在一个实施方案中,该基因是Fam167a。在一个实施方案中,该基因是Fam46a。在一个实施方案中,该基因是Fasn。在一个实施方案中,该基因是Fgfr3。在一个实施方案中,该基因是Fhl2。在一个实施方案中,该基因是Fos。在一个实施方案中,该基因是Fosb。在一个实施方案中,该基因是Frk。在一个实施方案中,该基因是Fst。在一个实施方案中,该基因是Gdf15。在一个实施方案中,该基因是Gem。在一个实施方案中,该基因是Gngt1。在一个实施方案中,该基因是Gn13。在一个实施方案中,该基因是Hba1。在一个实施方案中,该基因是Hba2。在一个实施方案中,该基因是Hbb。在一个实施方案中,该基因是Hbb-b1。在一个实施方案中,该基因是Hbegf。在一个实施方案中,该基因是Hmox1。在一个实施方案中,该基因是Hpd1。在一个实施方案中,该基因是Hspa1b。在一个实施方案中,该基因是Id4。在一个实施方案中,该基因是Il2rb。在一个实施方案中,该基因是Irs1。在一个实施方案中,该基因是Irs2。在一个实施方案中,该基因是Junb。在一个实施方案中,该基因是Jund。在一个实施方案中,该基因是Kbtbd8。在一个实施方案中,该基因是Kcnk5。在一个实施方案中,该基因是Kctd7。在一个实施方案中,该基因是Kirrel2。在一个实施方案中,所述基因是Ky。在一个实施方案中,所述基因是Lamc2。在一个实施方案中,该基因是Lipg。在一个实施方案中,该基因是LOC689064。在一个实施方案中,该基因是Lonrf3。在一个实施方案中,该基因是
Lrrc38。在一个实施方案中,该基因是Lrrc52。在一个实施方案中,该基因是Lrrn2。在一个实施方案中,该基因是Lsr。在一个实施方案中,该基因是Maff。在一个实施方案中,该基因是Mchr1。在一个实施方案中,该基因是Mfrp。在一个实施方案中,该基因是M11t11。在一个实施方案中,该基因是Mns1。在一个实施方案中,该基因是Mogat1。在一个实施方案中,该基因是Mphosph6。在一个实施方案中,该基因是Mpz。在一个实施方案中,该基因是Muc20。在一个实施方案中,该基因是Mybpc2。在一个实施方案中,该基因是Myf6。在一个实施方案中,该基因是Myh1。在一个实施方案中,该基因是Myh2。在一个实施方案中,该基因是Myh4。在一个实施方案中,该基因是Myocd。在一个实施方案中,该基因是Nedd9。在一个实施方案中,该基因是Nfil3。在一个实施方案中,该基因是Nkg7。在一个实施方案中,该基因是Nr1d1。在一个实施方案中,该基因是Nr4a2。在一个实施方案中,该基因是Nr4a3。在一个实施方案中,该基因是Ntf4。在一个实施方案中,该基因是Nuak1。在一个实施方案中,该基因是Parp16。在一个实施方案中,该基因是Pdc。在一个实施方案中,该基因是Pde7a。在一个实施方案中,该基因是Pfkfb2。在一个实施方案中,该基因是Pfkfb3。在一个实施方案中,该基因是Pgam1。在一个实施方案中,该基因是Phlda1。在一个实施方案中,该基因是Pik3ip1。在一个实施方案中,该基因是Plk3。在一个实施方案中,该基因是Postn。在一个实施方案中,该基因是
Ppargc1a。在一个实施方案中,该基因是Ppp1r14c。在一个实施方案中,该基因是Pragmin。
在一个实施方案中,该基因是Prf1。在一个实施方案中,该基因是Ptpn14。在一个实施方案中,该基因是Pvalb。在一个实施方案中,该基因是Rab23。在一个实施方案中,该基因是
Rab30。在一个实施方案中,该基因是Rbm20。在一个实施方案中,该基因是Rcan1。在一个实施方案中,该基因是Rell1。在一个实施方案中,该基因是Rfx1。在一个实施方案中,该基因是RGD1307461。在一个实施方案中,该基因是RGD1309676。在一个实施方案中,该基因是
RGD1359290。在一个实施方案中,该基因是RGD1564428。在一个实施方案中,该基因是
Rhpn2。在一个实施方案中,该基因是Rn45s。在一个实施方案中,该基因是Rnd1。在一个实施方案中,该基因是Rp1。在一个实施方案中,该基因是Rrad。在一个实施方案中,该基因是RT1-Ba。在一个实施方案中,该基因是RT1-Bb。在一个实施方案中,该基因是RT1-Da。在一个实施方案中,该基因是RT1-Db1。在一个实施方案中,该基因是Rtn4rl1。在一个实施方案中,该基因是Scd1。在一个实施方案中,该基因是Sdc4。在一个实施方案中,该基因是Sec1415。
在一个实施方案中,该基因是Siglec5。在一个实施方案中,该基因是Sik1。在一个实施方案中,该基因是Slc18a2。在一个实施方案中,该基因是Slc2a5。在一个实施方案中,该基因是Slc30a4。在一个实施方案中,该基因是Slc4a1。在一个实施方案中,该基因是Slc4a5。在一个实施方案中,该基因是Slpi。在一个实施方案中,该基因是Smad7。在一个实施方案中,该基因是Snhg4。在一个实施方案中,该基因是Spag8。在一个实施方案中,该基因是Stc1。在一个实施方案中,该基因是Sv2c。在一个实施方案中,该基因是Terf2ip。在一个实施方案中,该基因是Thrsp。在一个实施方案中,该基因是Tmc8。在一个实施方案中,该基因是Tmem171。
在一个实施方案中,该基因是Tmx4。在一个实施方案中,该基因是Tnfrsf12a。在一个实施方案中,该基因是Tnni2。在一个实施方案中,该基因是Ttc30b。在一个实施方案中,该基因是Txnip。在一个实施方案中,该基因是Ucp3。在一个实施方案中,该基因是Unc5b。在一个实施方案中,该基因是Zfp112。在一个实施方案中,该基因是Zfp13。在一个实施方案中,该基因是Zfp385b。在一个实施方案中,该基因是Zfp474。在一个实施方案中,该基因是Zfyve28。在一个实施方案中,该基因是Zic1。在一个实施方案中,该基因是Zmynd10。在一些实施方案中,调节的基因被上调。在其他实施方案中,调节的基因被下调。在某些实施方案中,基因的调节与施用干细胞(例如PDSC)群之前的相同个体相比较。在某些实施方案中,基因的调节
与尚未施用干细胞(例如PDSC)群的对照个体相比较。在某些实施方案中,基因的调节与年
轻个体相比较。在某些实施方案中,基因的调节与较老的个体相比较。
[0215] 在一个实施方案中,该基因是Abcg1,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Abra,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Actn3,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Actn3,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Alas2,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Alox15,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Alox15,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Angptl4,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Apod,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Apold1,并且基因表达降低。在一个实施方案中,基因是Arc,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Arhgap24,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Ar14c,并且基因表达增加。在一个实施方案中,基因是Arnt1,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Arrdc2,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Asb5,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Atf3,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Bag2,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Bcl11a,并且基因表达增加。
在一个实施方案中,该基因是Bcl6,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Bdh1,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Bdnf,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Best3,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Bhlhe40,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Calhm1,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Calml3,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Car12,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Ccl5,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Cd74,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Cdc42se1,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Chac1,与对照个体(例如未施用干细胞群(例如,PDAC)的个体)相比基因表达降低,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Chst5,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Ciart,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Cidec,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Cish,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Cited4,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Ckap4,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Cldn2,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Clic6,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Cpt1a,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Csrnp1,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Cxcl13,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Cxcl13,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Dbp,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Dnajb5,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Dynll1,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Dyrk2,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Edn1,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Egr1,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Egr3,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Elfn1,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Emb,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Enah,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Fam107b,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Fam110a,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Fam134b,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Fam167a,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Fam46a,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Fasn,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Fgfr3,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Fh12,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Fos,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Fosb,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Fosb,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Frk,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Fst,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Gdf15,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Gem,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Gngt1,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Gn13,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Hba1,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Hba2,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Hbb,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Hbb-b1,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Hbegf,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Hmox1,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Hpd1,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Hspa1b,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Id4,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Il2rb,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Irs1,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Irs2,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Junb,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Jund,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Kbtbd8,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Kcnk5,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Kctd7,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Kirrel2,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Ky,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Lamc2,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Lipg,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是LOC689064,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是
Lonrf3,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Lrrc38,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Lrrc52,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Lrrn2,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Lsr,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Maff,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Mchr1,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Mfrp,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是M11t11,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Mns1,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Mogat1,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Mphosph6,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Mpz,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Muc20,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Mybpc2,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Myf6,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Myh1,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Myh2,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Myh4,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Myocd,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Nedd9,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Nfil3,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Nkg7,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Nr1d1,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Nr4a2,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Nr4a2,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Nr4a3,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Ntf4,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Nuak1,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Parp16,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Pdc,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Pde7a,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Pfkfb2,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Pfkfb3,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Pgam1,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是
Phlda1,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Pik3ip1,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Plk3,并且基因表达降低。在一个实施方案中,基因是Postn,基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Ppargc1a,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Ppp1r14c,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Pragmin,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Prf1,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Ptpn14,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Pvalb,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Pvalb,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Rab23,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Rab30,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Rbm20,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Rcan1,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Rell1,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Rfx1,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是RGD1307461,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是RGD1309676,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是RGD1359290,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是RGD1564428,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Rhpn2,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Rn45s,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Rnd1,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Rp1,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Rrad,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是RT1-Ba,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是RT1-Bb,并且与对照个体(例如尚未施用干细胞群(例如,PDAC)的个体)相比基因表达增加。在一个实施方案中,所述基因是RT1-Da,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是RT1-Db1,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Rtn4rl1,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Scd1,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Scd1,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Sdc4,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Sec1415,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Siglec5,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Sik1,并且基因表达增加。
在一个实施方案中,该基因是Slc18a2,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Slc2a5,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Slc30a4,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Slc4a1,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是
Slc4a1,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Slc4a5,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Slpi,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Smad7,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Snhg4,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Spag8,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Stc1,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Sv2c,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Terf2ip,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Thrsp,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Tmc8,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Tmem171,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Tmx4,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Tnfrsf12a,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Tnni2,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Ttc30b,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Txnip,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Ucp3,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Unc5b,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Zfp112,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Zfp13,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Zfp385b,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是
Zfp474,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Zfyve28,并且基因表达降低。在一个实施方案中,该基因是Zic,并且基因表达增加。在一个实施方案中,该基因是Zmynd10,并且基因表达降低。在某些实施方案中,增加的基因表达与对照个体相比较。在某些实施方案中,降低的基因表达与对照个体相比较。在具体的实施方案中,对照个体是尚未施用干细胞群(例如PDAC)的个体。
[0216] 在一些实施方案中,在施用干细胞(例如PDSC)后,调节个体中的蛋白质表达。在一个实施方案中,蛋白质由表5-9中任一个提供的基因编码。在一个实施方案中,蛋白质由表5中提供的基因编码。在一个实施方案中,蛋白质由表6中提供的基因编码。在一个实施方案中,蛋白质由表7中提供的基因编码。在一个实施方案中,蛋白质由表8中提供的基因编码。在一个实施方案中,蛋白质由表9中提供的基因编码。在一个实施方案中,蛋白质是独立地选自由以下组成的组的一种或多种蛋白质:Abcg1、Abra、Actn3、Alas2、Alox15、Angptl4、Apod、Apold1、Arc、Arhgap24、Arl4c、Arntl、Arrdc2、Asb5、Atf3、Bag2、Bcl11a、Bcl6、Bdh1、Bdnf、Best3、Bhlhe40、Calhm1、Calml3、Car12、Ccl5、Cd74、Cdc42se1、Chac1、Chst5、Ciart、Cidec、Cish、Cited4、Ckap4、Cldn2、Clic6、Cpt1a、Csrnp1、Cxcl13、Dbp、Dnajb5、Dynll1、Dyrk2、Edn1、Egr1、Egr3、Elfn1、Emb、Enah、Fam107b、Fam110a、Fam134b、Fam167a、Fam46a、Fasn、Fgfr3、Fhl2、Fos、Fosb、Frk、Fst、Gdf15、Gem、Gngt1、Gnl3、Hba1、Hba2、Hbb、Hbb-b1、Hbegf、Hmox1、Hpdl、Hspa1b、Id4、Il2rb、Irs1、Irs2、Junb、Jund、Kbtbd8、Kcnk5、Kctd7、Kirrel2、Ky、Lamc2、Lipg、LOC689064、Lonrf3、Lrrc38、Lrrc52、Lrrn2、Lsr、Maff、Mchr1、Mfrp、Mllt11、Mns1、Mogat1、Mphosph6、Mpz、Muc20、Mybpc2、Myf6、Myh1、Myh2、Myh4、Myocd、Nedd9、Nfil3、Nkg7、Nr1d1、Nr4a2、Nr4a3、Ntf4、Nuak1、Parp16、Pdc、Pde7a、Pfkfb2、Pfkfb3、Pgam1、Phlda1、Pik3ip1、Plk3、Postn、Ppargc1a、Ppp1r14c、Pragmin、Prf1、Ptpn14、Pvalb、Rab23、Rab30、Rbm20、Rcan1、Rell1、Rfx1、RGD1307461、RGD1309676、RGD1359290、
RGD1564428、Rhpn2、Rn45s、Rnd1、Rp1、Rrad、RT1-Ba、RT1-Bb、RT1-Da、RT1-Db1、Rtn4rl1、Scd1、Sdc4、Sec14l5、Siglec5、Sik1、Slc18a2、Slc2a5、Slc30a4、Slc4a1、Slc4a5、Slpi、Smad7、Snhg4、Spag8、Stc1、Sv2c、Terf2ip、Thrsp、Tmc8、Tmem171、Tmx4、Tnfrsf12a、Tnni2、Ttc30b、Txnip、Ucp3、Unc5b、Zfp112、Zfp13、Zfp385b andZfp474、Zfyve28、Zic或Zmynd10。
在一个实施方案中,一种或多种蛋白质是2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、
50、55、60、65、70、75或更多种蛋白质或其任何范围或间隔。在一个实施方案中,蛋白质是Abcg1。在一个实施方案中,蛋白质是Abra。在一个实施方案中,蛋白质是Actn3。在一个实施方案中,蛋白质是Alas2。在一个实施方案中,蛋白质是Alox15。在一个实施方案中,蛋白质是Angptl4。在一个实施方案中,蛋白质是Apod。在一个实施方案中,蛋白质是Apold1。在一个实施方案中,蛋白质是弧。在一个实施方案中,蛋白质是Arhgap24。在一个实施方案中,蛋白质是Ar14c。在一个实施方案中,蛋白质是Arnt1。在一个实施方案中,蛋白质是Arrdc2。在一个实施方案中,蛋白质是Asb5。在一个实施方案中,蛋白质是Atf3。在一个实施方案中,蛋白质是Bag2。在一个实施方案中,蛋白质是Bcl11a。在一个实施方案中,蛋白质是Bcl6。在一个实施方案中,蛋白质是Bdh1。在一个实施方案中,蛋白质是Bdnf。在一个实施方案中,蛋白质是Best3。在一个实施方案中,蛋白质是Bhlhe40。在一个实施方案中,蛋白质是Calhm1。在一个实施方案中,蛋白质是Calml3。在一个实施方案中,蛋白质是Car12。在一个实施方案中,蛋白质是Ccl5。在一个实施方案中,蛋白质是Cd74。在一个实施方案中,蛋白质是
Cdc42se1。在一个实施方案中,蛋白质是Chac1。在一个实施方案中,蛋白质是Chst5。在一个实施方案中,蛋白质是Ciart。在一个实施方案中,蛋白质是Cidec。在一个实施方案中,蛋白质是Cish。在一个实施方案中,蛋白质是Cited4。在一个实施方案中,蛋白质是Ckap4。在一个实施方案中,蛋白质是Cldn2。在一个实施方案中,蛋白质是Clic6。在一个实施方案中,蛋白质是Cpt1a。在一个实施方案中,蛋白质是Csrnp1。在一个实施方案中,蛋白质是Cxcl13。
在一个实施方案中,蛋白质是Dbp。在一个实施方案中,蛋白质是Dnajb5。在一个实施方案中,蛋白质是Dynll1。在一个实施方案中,蛋白质是Dyrk2。在一个实施方案中,蛋白质是Edn1。在一个实施方案中,蛋白质是Egr1。在一个实施方案中,蛋白质是Egr3。在一个实施方案中,蛋白质是Elfn1。在一个实施方案中,蛋白质是Emb。在一个实施方案中,蛋白质是
Enah。在一个实施方案中,蛋白质是Fam107b。在一个实施方案中,蛋白质是Fam110a。在一个实施方案中,蛋白质是Fam134b。在一个实施方案中,蛋白质是Fam167a。在一个实施方案中,蛋白质是Fam46a。在一个实施方案中,蛋白质是Fasn。在一个实施方案中,蛋白质是Fgfr3。
在一个实施方案中,蛋白质是Fhl2。在一个实施方案中,蛋白质是Fos。在一个实施方案中,蛋白质是Fosb。在一个实施方案中,蛋白质是Frk。在一个实施方案中,蛋白质是Fst。在一个实施方案中,蛋白质是Gdf15。在一个实施方案中,蛋白质是Gem。在一个实施方案中,蛋白质是Gngt1。在一个实施方案中,蛋白质是Gn13。在一个实施方案中,蛋白质是Hba1。在一个实施方案中,蛋白质是Hba2。在一个实施方案中,蛋白质是Hbb。在一个实施方案中,蛋白质是Hbb-b1。在一个实施方案中,蛋白质是Hbegf。在一个实施方案中,蛋白质是Hmox1。在一个实施方案中,蛋白质是Hpdl。在一个实施方案中,蛋白质是Hspa1b。在一个实施方案中,蛋白质是Id4。在一个实施方案中,蛋白质是Il2rb。在一个实施方案中,蛋白质是Irs1。在一个实施方案中,蛋白质是Irs2。在一个实施方案中,蛋白质是Junb。在一个实施方案中,蛋白质是Jund。在一个实施方案中,蛋白质是Kbtbd8。在一个实施方案中,蛋白质是Kcnk5。在一个实施方案中,蛋白质是Kctd7。在一个实施方案中,蛋白质是Kirrel2。在一个实施方案中,蛋白质是Ky。在一个实施方案中,蛋白质是Lamc2。在一个实施方案中,蛋白质是Lipg。在一个实施方案中,蛋白质是LOC689064。在一个实施方案中,蛋白质是Lonrf3。在一个实施方案中,蛋白质是Lrrc38。在一个实施方案中,蛋白质是Lrrc52。在一个实施方案中,蛋白质是
Lrrn2。在一个实施方案中,蛋白质是Lsr。在一个实施方案中,蛋白质是Maff。在一个实施方案中,蛋白质是Mchr1。在一个实施方案中,蛋白质是Mfrp。在一个实施方案中,蛋白质是Mllt11。在一个实施方案中,蛋白质是Mns1。在一个实施方案中,蛋白质是Mogat1。在一个实施方案中,蛋白质是Mphosph6。在一个实施方案中,蛋白质是Mpz。在一个实施方案中,蛋白质是Muc20。在一个实施方案中,蛋白质是Mybpc2。在一个实施方案中,蛋白质是Myf6。在一个实施方案中,蛋白质是Myh1。在一个实施方案中,蛋白质是Myh2。在一个实施方案中,蛋白质是Myh4。在一个实施方案中,蛋白质是Myocd。在一个实施方案中,蛋白质是Nedd9。在一个实施方案中,蛋白质是Nfil3。在一个实施方案中,蛋白质是Nkg7。在一个实施方案中,蛋白质是Nr1d1。在一个实施方案中,蛋白质是Nr4a2。在一个实施方案中,蛋白质是Nr4a3。在一个实施方案中,蛋白质是Ntf4。在一个实施方案中,蛋白质是Nuak1。在一个实施方案中,蛋白质是Parp16。在一个实施方案中,蛋白质是Pdc。在一个实施方案中,蛋白质是Pde7a。在一个实施方案中,蛋白质是Pfkfb2。在一个实施方案中,蛋白质是Pfkfb3。在一个实施方案中,蛋白质是Pgam1。在一个实施方案中,蛋白质是Phlda1。在一个实施方案中,蛋白质是
Pik3ip1。在一个实施方案中,蛋白质是Plk3。在一个实施方案中,蛋白质是Postn。在一个实施方案中,蛋白质是Ppargc1a。在一个实施方案中,蛋白质是Ppp1r14c。在一个实施方案中,蛋白质是Pragmin。在一个实施方案中,蛋白质是Prf1。在一个实施方案中,蛋白质是
Ptpn14。在一个实施方案中,蛋白质是Pvalb。在一个实施方案中,蛋白质是Rab23。在一个实施方案中,蛋白质是Rab30。在一个实施方案中,蛋白质是Rbm20。在一个实施方案中,蛋白质是Rcan1。在一个实施方案中,蛋白质是Rell1。在一个实施方案中,蛋白质是Rfx1。在一个实施方案中,蛋白质是RGD1307461。在一个实施方案中,蛋白质是RGD1309676。在一个实施方案中,蛋白质是RGD1359290。在一个实施方案中,蛋白质是RGD1564428。在一个实施方案中,蛋白质是Rhpn2。在一个实施方案中,蛋白质是Rn45s。在一个实施方案中,蛋白质是Rnd1。在一个实施方案中,蛋白质是Rp1。在一个实施方案中,蛋白质是Rrad。在一个实施方案中,蛋白质是RT1-Ba。在一个实施方案中,蛋白质是RT1-Bb。在一个实施方案中,蛋白质是RT1-Da。
在一个实施方案中,蛋白质是RT1-Db1。在一个实施方案中,蛋白质是Rtn4rl1。在一个实施方案中,蛋白质是Scd1。在一个实施方案中,蛋白质是Sdc4。在一个实施方案中,蛋白质是Sec14l5。在一个实施方案中,蛋白质是Siglec5。在一个实施方案中,蛋白质是Sik1。在一个实施方案中,蛋白质是Slc18a2。在一个实施方案中,蛋白质是Slc2a5。在一个实施方案中,蛋白质是Slc30a4。在一个实施方案中,蛋白质是Slc4a1。在一个实施方案中,蛋白质是
Slc4a5。在一个实施方案中,蛋白质是Slpi。在一个实施方案中,蛋白质是Smad7。在一个实施方案中,蛋白质是Snhg4。在一个实施方案中,蛋白质是Spag8。在一个实施方案中,蛋白质是Stc1。在一个实施方案中,蛋白质是Sv2c。在一个实施方案中,蛋白质是Terf2ip。在一个实施方案中,蛋白质是Thrsp。在一个实施方案中,蛋白质是Tmc8。在一个实施方案中,蛋白质是Tmem171。在一个实施方案中,蛋白质是Tmx4。在一个实施方案中,蛋白质是Tnfrsf12a。
在一个实施方案中,蛋白质是Tnni2。在一个实施方案中,蛋白质是Ttc30b。在一个实施方案中,蛋白质是Txnip。在一个实施方案中,蛋白质是Ucp3。在一个实施方案中,蛋白质是
Unc5b。在一个实施方案中,蛋白质是Zfp112。在一个实施方案中,蛋白质是Zfp13。在一个实施方案中,蛋白质是Zfp385b。在一个实施方案中,蛋白质是Zfp474。在一个实施方案中,蛋白质是Zfyve28。在一个实施方案中,蛋白质是Zic1。在一个实施方案中,蛋白质是Zmynd10。
在一些实施方案中,调节的蛋白质被上调。在其他实施方案中,调节的蛋白质被下调。在某些实施方案中,蛋白质的调节与施用干细胞(例如PDSC)群之前的相同个体相比较。在某些
实施方案中,蛋白质的调节与尚未施用干细胞(例如PDSC)群的对照个体相比较。在某些实
施方案中,蛋白质的调节与年轻个体相比较。在某些实施方案中,蛋白质的调节与较老个体相比较。
[0217] 在一个实施方案中,蛋白质是Abcg1,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Abra,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Actn3,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Actn3,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Alas2,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Alox15,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Alox15,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Angptl4,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Apod,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Apold1,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Arc,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Arhgap24,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Arl4c,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Arntl,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Arrdc2,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Asb5,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Atf3,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Bag2,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Bcl11a,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Bcl6,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Bdh1,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Bdnf,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Best3,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Bhlhe40,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Calhm1,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Calml3,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Car12,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Ccl5,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Cd74,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Cdc42se1,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Chac1,与对照个体(例如尚未施用干细胞群(例如,PDAC)的个体)相比蛋白质表达降低,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Chst5,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Ciart,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Cidec,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Cish,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Cited4,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Ckap4,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Cldn2,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Clic6,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是
Cpt1a,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Csrnp1,并且蛋白质表达增加。
在一个实施方案中,蛋白质是Cxcl13,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Cxcl13,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Dbp,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Dnajb5,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是
Dynll1,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Dyrk2,并且蛋白质表达增加。
在一个实施方案中,蛋白质是Edn1,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是
Egr1,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Egr3,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Elfn1,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Emb,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Enah,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Fam107b,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Fam110a,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Fam134b,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Fam167a,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Fam46a,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Fasn,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Fgfr3,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Fhl2,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Fos,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Fosb,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Fosb,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Frk,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Fst,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Gdf15,并且蛋白质表达增加。
在一个实施方案中,蛋白质是Gem,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是
Gngt1,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Gn13,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Hba1,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Hba2,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Hbb,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Hbb-b1,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Hbegf,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Hmox1,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Hpdl,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Hspa1b,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Id4,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Il2rb,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Irs1,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Irs2,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Junb,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Jund,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Kbtbd8,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是
Kcnk5,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Kctd7,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Kirrel2,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Ky,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Lamc2,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Lipg,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是
LOC689064,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Lonrf3,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Lrrc38,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Lrrc52,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Lrrn2,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Lsr,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Maff,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Mchr1,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Mfrp,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是
Mllt11,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Mns1,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Mogat1,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是
Mphosph6,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Mpz,并且蛋白质表达降低。
在一个实施方案中,蛋白质是Muc20,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Mybpc2,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Myf6,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Myh1,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Myh2,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Myh4,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Myocd,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Nedd9,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Nfil3,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Nkg7,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Nr1d1,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Nr4a2,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Nr4a2,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Nr4a3,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Ntf4,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Nuak1,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Parp16,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Pdc,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Pde7a,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Pfkfb2,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Pfkfb3,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Pgam1,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Phlda1,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Pik3ip1,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Plk3,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Postn,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Ppargc1a,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Ppp1r14c,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Pragmin,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Prf1,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Ptpn14,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Pvalb,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Pvalb,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Rab23,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Rab30,并且蛋白质表达增加。
在一个实施方案中,蛋白质是Rbm20,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Rcan1,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Rell1,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Rfx1,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是
RGD1307461,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是RGD1309676,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是RGD1359290,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是RGD1564428,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Rhpn2,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Rn45s,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Rnd1,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Rp1,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Rrad,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是RT1-Ba,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是RT1-Bb,与对照个体(例如尚未施用干细胞群(例如,PDAC)的个体)相比蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是RT1-Da,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是RT1-Db1,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Rtn4rl1,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Scd1,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Scd1,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Sdc4,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Sec14l5,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Siglec5,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Sik1,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Slc18a2,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Slc2a5,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Slc30a4,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Slc4a1,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Slc4a1,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Slc4a5,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Slpi,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Smad7,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Snhg4,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Spag8,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Stc1,并且蛋白质表达增加。
在一个实施方案中,蛋白质是Sv2c,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是
Terf2ip,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Thrsp,并且蛋白质表达降低。
在一个实施方案中,蛋白质是Tmc8,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是
Tmem171,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Tmx4,并且蛋白质表达增加。
在一个实施方案中,蛋白质是Tnfrsf12a,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Tnni2,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Ttc30b,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Txnip,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Ucp3,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Unc5b,并且蛋白质表达增加。
在一个实施方案中,蛋白质是Zfp112,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Zfp13,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Zfp385b,并且蛋白质表达增加。
在一个实施方案中,蛋白质是Zfp474,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Zfyve28,并且蛋白质表达降低。在一个实施方案中,蛋白质是Zic,并且蛋白质表达增加。在一个实施方案中,蛋白质是Zmynd10,并且蛋白质表达降低。在某些实施方案中,增加的蛋白质表达与对照个体相比较。在某些实施方案中,降低的蛋白质表达与对照个体相比较。在具体的实施方案中,对照个体是尚未施用干细胞群(例如PDAC)的个体。
[0218] 在其他实施方案中,衰老细胞是体细胞。在一些实施方案中,衰老细胞是骨骼肌细胞。在一些实施方案中,衰老细胞是脑细胞。在一些实施方案中,衰老细胞来自脑。在其他实施方案中,衰老细胞是心脏细胞。在一些实施方案中,衰老细胞来自心脏。在一些情况下,衰老细胞是肾细胞。在一些实施方案中,衰老细胞来自肾脏。在一些实施方案中,衰老细胞是肝细胞。在一些实施方案中,衰老细胞来自肝脏。在其他实施方案中,衰老细胞是粒细胞、肥大细胞或巨噬细胞。在一些实施方案中,衰老细胞来自骨髓。在某些情况下,衰老细胞是皮肤细胞。在一些实施方案中,衰老细胞来自皮肤。
[0219] 在一些实施方案中,本文公开的方法涉及个体。在一些实施方案中,个体是10-15岁。在一些实施方案中,个体是15-20岁。在一些实施方案中,个体是20-25岁。在一些实施方案中,个体是25-30岁。在一些实施方案中,个体是30-35岁。在一些实施方案中,个体是35-
40岁。在一些实施方案中,个体是40-45岁。在一些实施方案中,个体是45-50岁。在一些实施方案中,个体是50-55岁。在一些实施方案中,个体是55-60岁。在一些实施方案中,个体是
60-65岁。在一些实施方案中,个体是65-70岁。在一些实施方案中,个体是70-75岁。在一些实施方案中,个体是75-80岁。在一些实施方案中,个体是80-85岁。在一些实施方案中,个体是85-90岁。在一些实施方案中,个体是90-95岁。在一些实施方案中,个体是95-100岁。在一些实施方案中,个体是100岁或100岁以上。
[0220] 在一些实施方案中,本文公开的方法涉及对照个体。在一些实施方案中,对照个体是施用干细胞(例如PDSC)群之前的相同个体。在其他实施方案中,对照个体是尚未接受干细胞(例如PDSC)群的个体。
[0221] 在本文提供的各种方法的某些实施方案中,所述方法还包括(i)在将干细胞(例如PDSC)群施用至个体之前测定组织中的干细胞和/或分化的细胞的数量,(ii)在将干细胞
(例如PDSC)群施用至个体之后测定组织中的干细胞和/或分化的细胞的数量。
[0222] 在一些实施方案中,与施用干细胞(例如PDSC)群之前相比,所述方法在施用后增加组织中干细胞的数量。在一个实施方案中,与未接受干细胞群施用的个体(例如PDSC)相
比,个体具有增加数量的干细胞。在某些实施方案中,干细胞数量的增加持续存在。在其他实施方案中,干细胞数量的增加是组织中驻留的干细胞扩增的结果。在一个实施方案中,干细胞数量的增加是组织中干细胞(例如PDSC)扩增的结果。
[0223] 在另一个实施方案中,通过干细胞集落形成单位来评估干细胞的数量。
[0224] 在一些实施方案中,干细胞的数量增加约10%至约100%。在一个实施方案中,干细胞的数量增加约10%。在一个实施方案中,干细胞的数量增加约15%。在一个实施方案
中,干细胞的数量增加约20%。在一个实施方案中,干细胞的数量增加约25%。在一个实施方案中,干细胞的数量增加约30%。在一个实施方案中,干细胞的数量增加约35%。在一个实施方案中,干细胞的数量增加约40%。在一个实施方案中,干细胞的数量增加约45%。在一个实施方案中,干细胞的数量增加约50%。在一个实施方案中,干细胞的数量增加约
55%。在一个实施方案中,干细胞的数量增加约60%。在一个实施方案中,干细胞的数量增加约65%。在一个实施方案中,干细胞的数量增加约70%。在一个实施方案中,干细胞的数量增加约75%。在一个实施方案中,干细胞的数量增加约80%。在一个实施方案中,干细胞的数量增加约85%。在一个实施方案中,干细胞的数量增加约90%。在一个实施方案中,干细胞的数量增加约95%。在一个实施方案中,干细胞的数量增加约100%。也可以考虑其任何范围或间隔。在一些实施方案中,干细胞的数量增加约10%至约10倍。在一些实施方案
中,干细胞的数量增加约2倍至约10倍。在某些实施方案中,干细胞的数量增加约2倍、约3倍、约4倍、约5倍、约6倍、约7倍、约8倍、约9倍或约10倍或其任何范围。在一个实施方案中,干细胞的数量增加约2倍。在一个实施方案中,干细胞的数量增加约3倍。在一个实施方案
中,干细胞的数量增加约4倍。在一个实施方案中,干细胞的数量增加约5倍。在一个实施方案中,干细胞的数量增加约6倍。在一个实施方案中,干细胞的数量增加约7倍。在一个实施方案中,干细胞的数量增加约8倍。在一个实施方案中,干细胞的数量增加约9倍。在一个实施方案中,干细胞的数量增加约10倍。也可以考虑其任何范围或间隔。在一些实施方案中,干细胞的数量增加约10%至约10倍或其任何范围。在一些实施方案中,干细胞的数量增加
至对照(例如,在接受干细胞施用之前的个体;尚未接受干细胞施用的个体;或一般群体,如由平均值或中值确定的)中存在的干细胞数量的约20%、约10%或约5%内的量。
[0225] 本文提供的某些方法涉及干细胞与分化的细胞的比例增加。在一些实施方案中,干细胞与分化的细胞的比例增加约10%至约100%,例如约10%、约15%、约20%、约25%、约30%、约35%、约40%、约45%、约50%、约55%、约60%、约65%、约70%、约75%、约80%、约85%、约90%、约95%或100%。
[0226] 在一些实施方案中,干细胞与分化的细胞的比例增加约10%。在一些实施方案中,干细胞与分化的细胞的比例增加约15%。在一些实施方案中,干细胞与分化的细胞的比例增加约20%。在一些实施方案中,干细胞与分化的细胞的比例增加约25%。在一些实施方案中,干细胞与分化的细胞的比例增加约30%。在一些实施方案中,干细胞与分化的细胞的比例增加约35%。在一些实施方案中,干细胞与分化的细胞的比例增加约40%。在一些实施方案中,干细胞与分化的细胞的比例增加约45%。在一些实施方案中,干细胞与分化的细胞的比例增加约50%。在一些实施方案中,干细胞与分化的细胞的比例增加约55%。在一些实施方案中,干细胞与分化的细胞的比例增加约60%。在一些实施方案中,干细胞与分化的细胞的比例增加约65%。在一些实施方案中,干细胞与分化的细胞的比例增加约70%。在一些实施方案中,干细胞与分化的细胞的比例增加约75%。在一些实施方案中,干细胞与分化的细胞的比例增加约80%。在一些实施方案中,干细胞与分化的细胞的比例增加约85%。在一些实施方案中,干细胞与分化的细胞的比例增加约90%。在一些实施方案中,干细胞与分化的细胞的比例增加约95%。在一些实施方案中,干细胞与分化的细胞的比例增加约100%。也可以考虑其任何范围或间隔。在一些实施方案中,干细胞与分化的细胞的比例增加约10%
至约10倍。在一些实施方案中,干细胞与分化的细胞的比例增加约2倍增加至约10倍。在一些实施方案中,干细胞与分化的细胞的比例增加约2倍。在一些实施方案中,干细胞与分化的细胞的比例增加约3倍。在一些实施方案中,干细胞与分化的细胞的比例增加约4倍。在一些实施方案中,干细胞与分化的细胞的比例增加约5倍。在一些实施方案中,干细胞与分化的细胞的比例增加约6倍。在一些实施方案中,干细胞与分化的细胞的比例增加约7倍。在一些实施方案中,干细胞与分化的细胞的比例增加约8倍。在一些实施方案中,干细胞与分化的细胞的比例增加约9倍。在一些实施方案中,干细胞与分化的细胞的比例增加约10倍。也可以考虑其任何范围或间隔。在一些实施方案中,干细胞与分化的细胞的比例增加约10%
至约10倍或其任何范围。在一些实施方案中,干细胞与分化的细胞的比例增加至对照(例
如,在接受干细胞施用之前的个体;尚未接受干细胞施用的个体;或一般群体,如由平均值或中值确定的)中存在的干细胞与分化的细胞的比例的约20%、约10%或约5%内的量。
[0227] 在一些实施方案中,干细胞数量(或干细胞与分化的细胞的比例)的增加导致个体组织的重塑、更新、革新、复原、修复和/或恢复。在其他实施方案中,干细胞数量的增加导致个体组织的重塑。在一些实施方案中,干细胞数量的增加导致个体组织的更新。在其他实施方案中,干细胞数量的增加导致个体组织的革新。在一些实施方案中,干细胞数量的增加导致个体组织的复原。在其他实施方案中,干细胞数量的增加导致个体组织的修复。在一些实施方案中,干细胞数量的增加导致个体组织的恢复。
[0228] 在一个实施方案中,该方法进一步包括使干细胞(例如PDSC)群与从年轻干细胞、年轻祖细胞或年轻前体细胞分离的一种或多种另外的因子接触。在某些实施方案中,一种
或多种另外的因子是从干细胞的分泌组中分离的生物活性因子。在某些实施方案中,一种
或多种另外的因子是从PDSC的分泌组中分离的生物活性因子。在一些实施方案中,一种或
多种另外的因子选自由以下组成的组:细胞因子、激素、启动子、阻遏物、蛋白质、核酸、病毒、免疫原、血管生成因子、生长因子、抗凋亡因子和抗氧化因子或它们的任何组合。在另一个实施方案中,该方法进一步包括在施用于个体之前培养和/或扩增干细胞(例如PDSC)群。
在一个实施方案中,培养和/或扩增是体外的。在某些实施方案中,培养和/或扩增是原位
的。在其他实施方案中,在年轻干细胞、年轻祖细胞或年轻前体细胞的存在下培养和/或扩增干细胞(例如PDSC)群。在一个实施方案中,干细胞(例如PDSC)群在从年轻干细胞、年轻祖细胞或年轻前体细胞分离的另外的因子的存在下培养和/或扩增。在某些实施方案中,一种或多种另外的因子是从干细胞的分泌组中分离的生物活性因子。在某些实施方案中,一种
或多种另外的因子是从PDAC的分泌组中分离的生物活性因子。在另一个实施方案中,一种
或多种另外的因子选自由以下组成的组:细胞因子、激素、启动子、阻遏物、蛋白质、核酸、病毒、免疫原、血管生成因子、生长因子、抗凋亡因子和抗氧化因子或它们的任何组合。在一些实施方案中,干细胞(例如PDSC)群在体外装置中培养和/或扩增。在一些实施方案中,干细胞(例如PDSC)群已经传代至少三次。在一个实施方案中,干细胞(例如PDSC)群已传代不超
过十次。
[0229] 在一些实施方案中,该方法进一步包括表征干细胞的基因组。在一个实施方案中,在向个体施用干细胞群之前进行基因组表征。在另一个实施方案中,在向个体施用干细胞群之后进行基因组表征。在一些实施方案中,在向个体施用干细胞群之前以及在向个体施
用干细胞群之后进行基因组表征。在一些实施方案中,该方法进一步包括表征PDSC的基因
组。在一个实施方案中,在将PDSC群施用于个体之前进行基因组表征。在另一个实施方案
中,在向个体施用于PDSC群之后进行基因组表征。在一些实施方案中,在向个体施用PDSC群之前以及向个体施用PDSC群之后进行基因组表征。在施用来自多个供体的干细胞的情况
下,基因组表征可以促进选择用于制备待施用的组合物的不同干细胞。这允许在组合物中
包含干细胞制剂的混合物,其中混合物中使用的每种干细胞制剂具有特定的所需基因型。
在一些实施方案中,选择来自来自不同供体的干细胞制剂而不使用HLA分型来确定与受体
的相容性。
[0230] 在一些实施方案中,该方法还包括表征干细胞的蛋白质组。在其他实施方案中,在向个体施用干细胞群之前进行蛋白质组表征。在另一个实施方案中,在向个体施用干细胞群之后进行蛋白质组表征。在一个实施方案中,在向个体施用干细胞群之前以及在向个体
施用干细胞群之后进行蛋白质组表征。在一些实施方案中,该方法还包括表征PDSC的蛋白
质组。在其他实施方案中,在向个体施用PDSC群之前进行蛋白质组表征。在另一个实施方案中,在向个体施用PDSC群之后进行蛋白质组表征。在一个实施方案中,在向个体施用PDSC群之前以及在向个体施用PDSC群之后进行蛋白质组表征。
[0231] 在一些实施方案中,该方法进一步包括表征组织中干细胞和/或分化的细胞的基因组。在另一个实施方案中,在干细胞(例如PDSC)群施用于个体之前进行基因组表征。在一个实施方案中,在干细胞(例如PDSC)群施用于个体后进行基因组表征。在一些实施方案中,在向个体施用干细胞(例如PDSC)群之前以及在向个体施用干细胞(例如PDSC)群之后进行
基因组表征。
[0232] 在某些实施方案中,该方法还包括表征组织中干细胞和/或分化的细胞的蛋白质组。在一个实施方案中,在向个体施用干细胞(例如PDSC)群之前进行蛋白质组表征。在另一个实施方案中,在向个体施用干细胞(例如PDSC)群之后进行蛋白质组表征。在其他实施方
案中,在向个体施用干细胞(例如PDSC)群之前以及在向个体施用干细胞(例如PDSC)群之后
进行蛋白质组表征。
[0233] 本文提供的生物标志物(例如,核酸或蛋白质)的表达水平可以用于本文提供的方法中。例如,在某些实施方案中,可使用生物标志物的表达来确认分离的干细胞(例如PDSC)群的身份,以将细胞群鉴定为包含至少多个分离的干细胞(例如,PDSC)等。分离的干细胞
(例如PDSC)群(其身份已被证实)可以是克隆的,例如从单个分离的干细胞(例如PDSC)扩增
的分离的干细胞(例如PDSC)群或干细胞(例如PDSC)的混合群,例如包含从多个分离的干细
胞(例如PDSC)扩增的分离的干细胞(例如PDSC)的细胞群,或包含分离的干细胞(例如PDSC)
的细胞群,如本文所述,以及至少一种其他类型的细胞的细胞群。
[0234] 这些基因的表达水平也可用于选择分离的干细胞(例如PDSC)群。例如,如本文所提供的一种或多种基因在来自细胞群的样品中的表达显著高于在骨髓来源的间充质干细
胞的等效群中的表达,则可以选择细胞群例如克隆扩增的干细胞(例如PDSC)。这样的选择
可以是来自多个分离的胎盘干细胞群的群,来自多个身份未知的细胞群等。
[0235] 可以根据与对照细胞(例如干细胞,如无关干细胞)中的一种或多种基因的表达水平相比一种或多种这样的基因的表达水平来选择分离的干细胞(例如PDSC)。
[0236] 例如,可以根据与在例如骨髓来源的间充质干细胞对照中的一种或多种基因的表达水平相比一种或多种这样的基因的表达水平来选择分离的PDSC。在一个实施方案中,将
包含相当数量的骨髓来源的间充质干细胞的样品中一种或多种基因的表达水平用作对照。
在另一个实施方案中,对于在某些条件下测试的分离的PDSC,对照是代表在所述条件下一
种或多种基因在骨髓来源的间充质干细胞中的表达水平的数值。例如,在一些实施方案中,基于一种或多种基因的基因表达来选择分离的PDSC或分离的PDSC群的方法包括选择以比
骨髓来源的间充质干细胞水平高的可检测水平表达一种或多种基因的细胞,其中一种或多
种基因选自由以下组成的组:ACTG2、ADARB1、AMIGO2、ARTS-1、B4GALT6、BCHE、C11orf9、CD200、COL4A1、COL4A2、CPA4、DMD、DSC3、DSG2、ELOVL2、F2RL1、FLJ10781、GATA6、GPR126、GPRC5B、HLA-G、ICAM1、IER3、IGFBP7、IL1A、IL6、IL18、KRT18、KRT8、LIPG、LRAP、MATN2、MEST、NFE2L3、NUAK1、PCDH7、PDLIM3、PKP2、RTN1、SERPINB9、ST3GAL6、ST6GALNAC5、SLC12A8、TCF21、TGFB2、VTN和ZC3H12A,并且其中所述骨髓来源的干细胞培养经历了与所述PDSC经历的传代次数相等的传代次数。在一个更加具体的实施方案中,所述选择包括选择以比骨髓
来源的间充质干细胞水平高的可检测水平表达ACTG2、ADARB1、AMIGO2、ARTS-1、B4GALT6、BCHE、C11orf9、CD200、COL4A1、COL4A2、CPA4、DMD、DSC3、DSG2、ELOVL2、F2RL1、FLJ10781、GATA6、GPR126、GPRC5B、HLA-G、ICAM1、IER3、IGFBP7、IL1A、IL6、IL18、KRT18、KRT8、LIPG、LRAP、MATN2、MEST、NFE2L3、NUAK1、PCDH7、PDLIM3、PKP2、RTN1、SERPINB9、ST3GAL6、ST6GALNAC5、SLC12A8、TCF21、TGFB2、VTN和ZC3H12A的的细胞。
[0237] 在一些实施方案中,组织是肌肉。在一个实施方案中,组织是脑。在另一个实施方案中,组织是皮肤。在一些实施方案中,组织是骨髓。在一个实施方案中,组织是心脏。在某些实施方案中,组织是肝脏。在另一个实施方案中,组织是肾脏。
[0238] 在一些实施方案中,本文公开的方法包括向个体施用干细胞群。在一个实施方案中,该干细胞群包含干细胞群。在另一个实施方案中,该干细胞群基本上由干细胞群组成。
在一个具体的实施方案中,该干细胞群由干细胞群组成。
[0239] 在某些实施方案中,每千克受试者约1×105至约1×108个干细胞,例如每千克受试者约1×106至约1×107个干细胞。在多个实施方案中,施用于个体的干细胞包含至少1×
105、3×105、5×105、1×106、3×106、5×106、1×107、3×107、5×107、1×108、2×108、3×108、
4×108、5×108、6×108、7×108、8×108、8×108、1×109、2×109、3×109、4×109、5×109、1×
10 10 11
10 、5×10 或1×10 个或更多个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含
至少1×105、3×105、5×105、1×106、3×106、5×106、1×107、3×107、5×107、1×108、2×108、
3×108、4×108、5×108、6×108、7×108、8×108、8×108、1×109、2×109、3×109、4×109、5×
109、1×1010、5×1010或1×1011个或更多个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含至少1×105个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含至少3×105
个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含至少5×105个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含至少1×106个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含至少3×106个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含
至少5×106个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含至少1×107个干细
胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含至少3×107个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含至少5×107个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含至少1×108个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含至少2×
108个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含至少3×108个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含至少4×108个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含至少5×108个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包
含至少6×108个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含至少7×108个干细
胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含至少8×108个干细胞。在一个实施方案
8
中,施用于个体的干细胞群包含至少8×10个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干
细胞群包含至少1×109个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含至少2×
109个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含至少3×109个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含至少4×109个干细胞。在一个实施方案中,施用于
9
个体的干细胞群包含至少5×10个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包
含至少1×1010个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含至少5×1010个干
细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含至少1×1011个干细胞。
[0240] 在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含1×105个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含3×105个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含5×105个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含1×106个干细
胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含3×106个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含5×106个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群
包含1×107个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含3×107个干细胞。在
一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含5×107个干细胞。在一个实施方案中,施用于
8
个体的干细胞群包含1×10个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含2×
108个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含3×108个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含4×108个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含5×108个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含6×108个干细
8
胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含7×10个干细胞。在一个实施方案中,
施用于个体的干细胞群包含8×108个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群
包含8×108个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含1×109个干细胞。在
一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含2×109个干细胞。在一个实施方案中,施用于
9
个体的干细胞群包含3×10个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含4×
109个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含5×109个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含1×1010个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含5×1010个干细胞。在一个实施方案中,施用于个体的干细胞群包含1×1011个干
细胞。
[0241] 在一些实施方案中,本文公开的方法包括将PDSC群施用于个体。在一个实施方案中,干细胞群包含PDSC群。在另一个实施方案中,干细胞群基本上由PDSC群组成。在一个具体的实施方案中,干细胞群由PDSC群组成。
[0242] 在某些实施方案中,每千克受试者约1×105至约1×108个PDSC,例如每千克受试者约1×106至约1×107个PDSC。在多个实施方案中,施用于个体的PDSC包含至少1×105、3×
105、5×105、1×106、3×106、5×106、1×107、3×107、5×107、1×108、2×108、3×108、4×108、
5×108、6×108、7×108、8×108、8×108、1×109、2×109、3×109、4×109、5×109、1×1010、5×
1010或1×1011个或更多个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含至少1×105、3×105、5×105、1×106、3×106、5×106、1×107、3×107、5×107、1×108、2×108、3×108、4×
108、5×108、6×108、7×108、8×108、8×108、1×109、2×109、3×109、4×109、5×109、1×
1010、5×1010或1×1011个或更多个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含至少
1×105个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含至少3×105个PDSC。在一个实
5
施方案中,施用于个体的PDSC群包含至少5×10个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的
PDSC群包含至少1×106个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含至少3×106个
PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含至少5×106个PDSC。在一个实施方案
中,施用于个体的PDSC群包含至少1×107个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群
7 7
包含至少3×10个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含至少5×10个PDSC。
在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含至少1×108个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含至少2×108个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含至
少3×108个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含至少4×108个PDSC。在一个
实施方案中,施用于个体的PDSC群包含至少5×108个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含至少6×108个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含至少7×108
个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含至少8×108个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含至少8×108个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含至少1×109个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含至少2×109个PDSC。
在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含至少3×109个PDSC。在一个实施方案中,施用
9
于个体的PDSC群包含至少4×10个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含至
少5×109个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含至少1×1010个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含至少5×1010个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含至少1×1011个PDSC。
[0243] 在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含1×105个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含3×105个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含5×
105个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含1×106个PDSC。在一个实施方案
中,施用于个体的PDSC群包含3×106个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含
6 7
5×10个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含1×10个PDSC。在一个实施方
案中,施用于个体的PDSC群包含3×107个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含5×107个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含1×108个PDSC。在一个实施
方案中,施用于个体的PDSC群包含2×108个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含3×108个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含4×108个PDSC。在一个实
施方案中,施用于个体的PDSC群包含5×108个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含6×108个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含7×108个PDSC。在一个
实施方案中,施用于个体的PDSC群包含8×108个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的
PDSC群包含8×108个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含1×109个PDSC。在
一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含2×109个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含3×109个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含4×109个PDSC。
在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含5×109个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含1×1010个PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含5×1010个
PDSC。在一个实施方案中,施用于个体的PDSC群包含1×1011个PDSC。
[0244] PDSC还可以与一种或多种第二类干细胞一起施用,例如来自骨髓的间充质干细胞、来自脑或脊髓的神经干细胞或来自脂肪组织的干细胞。这样的第二干细胞可以与所述
PDSC以例如约1:10至约10:1的比例施用于个体。
[0245] 为了促进PDSC和免疫细胞在体内的接触或接近,可以通过足以使PDSC和免疫细胞彼此接触或接近的任何途径将PDSC施用于个体。例如,可以将PDSC施用于个体,例如静脉
内、肌内、腹膜内、眼内、肠胃外、鞘内、动脉内、皮下或直接施用至器官。可以将PDSC配制成如本文别处所述的药物组合物。在一个具体的实施方案中,皮下施用PDSC。
[0246] 在一些实施方案中,全身施用干细胞(例如PDSC)群。在一个实施方案中,将干细胞(例如PDSC)群局部施用于组织。在其他实施方案中,干细胞(例如PDSC)群通过肠胃外施用来施用。在另一个实施方案中,静脉内施用干细胞(例如PDSC)群。在一些实施方案中,干细胞(例如PDSC)群通过连续滴注或推注施用。在一个实施方案中,干细胞(例如PDSC)群被制
备成在可注射液体混悬液或其他生物相容性介质中施用。在其他实施方案中,使用导管施
用干细胞(例如PDSC)群。在另一个实施方案中,使用控释系统施用干细胞(例如PDSC)群。在一个实施方案中,使用可植入的基质或基质施用干细胞(例如PDSC)群。在某些实施方案中,肌内施用干细胞(例如PDSC)群。在一些实施方案中,皮下地施用干细胞(例如PDSC)群。在一个实施方案中,皮下施用干细胞(例如PDSC)群。在另一个实施方案中,干细胞(例如PDSC)群在室内施用。在一些实施方案中,干细胞(例如PDSC)群通过腹膜内施用来施用。在其他实施方案中,该方法还包括使干细胞(例如PDSC)群与年轻干细胞、年轻祖细胞或年轻前体细胞
接触。
[0247] 在某些实施方案中,干细胞(例如PDSC)在生物相容性介质中施用,所述生物相容性介质是或原位成为半固体或固体基质。在一些实施方案中,基质是聚合成半固体凝胶的
可注射液体,如胶原及其衍生物,聚乳酸或聚乙醇酸。在其他实施方案中,基质是以其最终形式植入的柔性固体基质的一或多层,例如浸渍的纤维基质。基质可以是,例如
(Upjohn,Kalamazoo,MI)或生物基质。在某些实施方案中,基质是永久的。在其
他实施方案中,基质是可降解的或生物可降解的。在一些实施方案中,将干细胞嵌入含有例如胶原蛋白基质的组织工程化贴片中。然后可以将这种贴片附着或以其他方式递送至组
织,例如用密封剂(例如纤维蛋白)。
[0248] 在某些实施方案中,干细胞(例如PDSC)以可药用液体介质(例如盐水或缓冲液)中的细胞悬浮液的形式施用,例如直接地全身施用或局部施用至个体。
[0249] 用于本文提供的方法中的干细胞的有效量或剂量将根据使用的干细胞类型和/或递送部位(例如静脉内或局部)而变化,并且这样的剂量可以容易地通过医师确定。
[0250] 在一个实施方案中,干细胞(例如PDSC)群以单一剂量施用。在另一个实施方案中,干细胞(例如PDSC)群以多剂量施用。
[0251] 在一个实施方案中,干细胞(例如PDSC)(或干细胞(例如PDSC)群)以1×105至1×1011个细胞的剂量施用。在一个实施方案中,干细胞(例如PDSC)以1×105个细胞至1×109个
细胞的剂量施用。在某些实施方案中,干细胞(例如PDSC)群以1×105至1×107个细胞的剂量
施用。在其他实施方案中,干细胞(例如PDSC)群以1×106至1×107个细胞的剂量施用。在其
他实施方案中,干细胞(例如PDSC)群以1×108至1×109个细胞的剂量施用。在一些实施方案
中,干细胞(例如PDSC)群以约1×106个细胞的剂量施用。在一些实施方案中,干细胞(例如
PDSC)群以约1×107个细胞的剂量施用。在一些实施方案中,干细胞(例如PDSC)群以约1×
108个细胞的剂量施用。在一些实施方案中,干细胞(例如PDSC)群以约1×109个细胞的剂量
施用。
[0252] 例如,干细胞(例如PDSC)可以以约1×106至1×108例如1×107至5×107的剂量施用。根据衰老或损伤的程度,可以使用更多或更少的细胞。较大损伤可能需要更大剂量的细胞(例如,在较老个体中),并且较小损伤可能需要较小剂量的细胞(例如在较年轻个体中)。
根据受体的体重,有效剂量可以为每千克体重1×105至1×107个细胞,例如1×106至5×106
个细胞。患者年龄、一般状况和免疫状态可以用作确定施用剂量的因素,并且将由医师容易地确定。
[0253] 在一个实施方案中,当个体是10-15岁、15-20岁、20-25岁、25-30岁、30-35岁、35-40岁、40-45岁、45-50岁、50-55岁、55-60岁、60-65岁、65岁-70岁、70-75岁、75-80岁、80-85岁、85-90岁、90-95岁、95-100岁或100岁以上时,施用干细胞(例如PDSC)群。在一些实施方案中,施用是第一次施用。在一个实施方案中,干细胞(例如PDSC)在10至15岁之间施用。在另一个实施方案中,干细胞(例如PDSC)在15至20岁之间施用。在另一个实施方案中,干细胞(例如PDSC)在20至25岁之间施用。在一个实施方案中,干细胞(例如PDSC)在25至30岁之间
施用。在具体的实施方案中,干细胞(例如PDSC)在30至35岁之间施用。在另一个实施方案
中,干细胞(例如PDSC)在35至40岁之间施用。在一个实施方案中,干细胞(例如PDSC)在40至
45岁之间施用。在具体的实施方案中,干细胞(例如PDSC)在45至50岁之间施用。在具体的实施方案中,干细胞(例如PDSC)在50至55岁之间施用。在一个实施方案中,干细胞(例如PDSC)在60至65岁之间施用。在另一个实施方案中,干细胞(例如PDSC)在65至70岁之间施用。在具体的实施方案中,干细胞(例如PDSC)在70至75岁之间施用。在一个实施方案中,干细胞(例如PDSC)在75至80岁之间施用。在另一个实施方案中,干细胞(例如PDSC)在80至85岁之间施用。在具体的实施方案中,干细胞(例如PDSC)在85至90岁之间施用。在一个实施方案中,干细胞(例如PDSC)在90至95岁之间施用。在另一个实施方案中,干细胞(例如PDSC)在95至100岁之间施用。在具体的实施方案中,干细胞(例如PDSC)在100岁后施用。在一些实施方案中,干细胞(例如PDSC)群在个体的整个寿命期内连续施用。
[0254] 在某些实施方案中,干细胞(例如PDSC)一次施用于个体。在其他实施方案中,干细胞(例如PDSC)不止一次施用于个体。在一个具体的实施方案中,干细胞(例如PDSC)在个体的一生过程中连续施用。在一些实施方案中,施用干细胞(例如PDSC)群。
[0255] 在一个实施方案中,干细胞(例如PDSC)每月施用一次、每隔一月施用一次、每三个月施用一次、每四个月施用一次、每年施用两次、每年施用一次。在一些实施方案中,干细胞(例如PDSC)每隔一年施用一次、每三年施用一次、每四年施用一次、每五年施用一次、每十年施用一次、每15年施用一次、每20年施用一次或每25年施用一次。
[0256] 在某些实施方案中,干细胞(例如PDSC)施用1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90年或更长。
[0257] 在一些实施方案中,干细胞(例如PDSC)以一个剂量施用。在某些实施方案中,干细胞(例如PDSC)以两个或更多个剂量施用,例如2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个剂量或其任何间隔。
[0258] 在一些实施方案中,干细胞(例如PDSC)每年递送一次,递送两年或两年以上,例如约2年、约3年、约4年、约5年、约6年、约7年、约8年、约9年、约10年、约15年、约20年、约25年或更长、约30年、约35年、约40年、约45年、约50年、约55年、约60年、约65年、约70年、约75年、约80年、约85年、约90年、约95年、约100年,或者其任何间隔,或者个体的整个寿命。
[0259] 在其他实施方案中,干细胞(例如PDSC)每两年递送一次,递送四年或四年以上,例如约4年、约6年、约8年、约10年、约20年、约30年、约40年、约50年、约60年、约70年、约80年、约90年、约100年,或者任何时间间隔,或者个体的整个寿命。
[0260] 在其他实施方案中,干细胞(例如PDSC)每五年递送一次,递送十年或更多年,例如约10年、约15年、约20年、约25年或更长、约30年、约35年、约40年、约45年、约50年、约55年、约60年、约65年、约70年、约75年、约80年、约85年、约90年、约95年、约100年,或任何时间间隔,或个体的整个寿命。
[0261] 在其他实施方案中,干细胞(例如PDSC)每十年递送一次,递送20年或更多年,例如约20年、约30年、约40年、约50年、约60年、约70年、约80年、约90年、约100年,或者任何时间间隔,或个体的整个寿命。
[0262] 在一些实施方案中,在整个寿命过程中以多种间隔向个体施用干细胞(例如PDSC)2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、17、18、19、20、21、22、23、24、25或更多次。以不同间隔向个体连续施用干细胞(例如PDSC)的剂量可以与之前的剂量相同或不同。
[0263] 在某些实施方案中,向个体施用一定剂量的干细胞(例如PDSC)的途径是静脉内、肌内、室内(intracompartmental)或它们的组合,但本文所述的其他途径也是可接受的。每个剂量可以或可以不通过相同的施用途径施用。在一些实施方案中,抗体可以经由多种施
用途径与其他剂量的本文提供的相同或不同的干细胞(例如PDSC)群同时或顺序地施用。
[0264] 还设想了这里提供的年龄、剂量和施用频率的各种组合。
[0265] 本文提供的一种或多种递送方法或组合物可用于施用本文提供的干细胞(例如PDSC)。例如,在某些实施方案中,干细胞(例如PDSC)可以通过第一递送方法和/或第一制剂(例如液体制剂的直接针注射)施用于个体,干细胞(例如PDSC)可以使用第二递送方法和/
或在第二种制剂(例如,基质)中同时或顺序地施用于个体。
[0266] 另一方面,本文提供回收、分离、表征和/或扩增源自出生残余物(例如胎盘)的细胞的方法,所述细胞保留年轻组织(例如PDSC)的全能性、分化和蛋白质组合成多样性。在一个实施方案中,所述方法包括回收细胞。在另一个实施方案中,该方法包括分离细胞。在其他实施方案中,该方法包括表征细胞。在另一个实施方案中,该方法包括扩增细胞。回收、分离、表征和扩增诸如PDSC的细胞的示例性方法在本文的其他地方提供。
[0267] 在具体的实施方案中,本文提供的方法用于冷冻保存细胞的目的。在一些实施方案中,将细胞以将来可以被占用的形式冷冻保存,例如施用于个体。在一些实施方案中,细胞对于个体是自体的。在一些实施方案中,细胞对个体是同种异体的。本文其他地方提供了冷冻保存和胎盘干细胞烘焙的示例性方法。
[0268] 在一些实施方案中,本文提供的方法恢复、补给和/或补充干细胞和祖细胞(例如,驻留在组织中的那些细胞)库。在一些实施方案中,细胞被恢复。在其他实施方案中,细胞(例如,驻留在组织中的那些细胞)被补给。在其他实施方案中,细胞(例如,驻留在组织中的细胞)被补充。当细胞(例如,驻留在组织中的那些细胞)被恢复、补给和/或补充时,在某些实施方案中,可以发生受体的一般生理解剖学性能的质量的改善。在某些实施方案中,细胞(例如,驻留在组织中的那些细胞)是衰老或损伤的细胞。
[0269] 在某些实施方案中,为了该目的可以使用另外的方法用于细胞的表征、扩增、鉴定和临床部署,并且在本文其他地方描述。
[0270] 在一些实施方案中,本文提供了用于表征和鉴定扩增和未操作的细胞的方法。这种表征和鉴定可用于长期冷冻保存和随后的临床应用。临床应用可以是本文提供的各种方
法中的任何一种。在某些实施方案中,所述方法导致恢复受体的细胞再生潜能和/或受体的合成能力以对抗、逆转、改善衰老的影响或它们的任何组合。
[0271] 例如为了纠正与衰老有关的蛋白质组和其他缺陷,细胞的施用和递送可以包括任何肠胃外施用方法,包括静脉内输注、直接肌内、皮下、室内、腹膜内和皮下施用。其它示例性递送方法在本文的其它地方提供。所述细胞的剂量和制剂还可以包括悬浮和注射所述产
品的任何常规手段,包括本文其他地方提供的那些。在一个具体的实施方案中,将细胞施用于有需要的个体。
[0272] 4.3胎盘来源的干细胞(PDSC)
[0273] 胎盘来源的干细胞是可从胎盘或其部分获得的干细胞,其具有分化成非胎盘细胞类型的能力。在一个具体的实施方案中,PDSC粘附于组织培养底物。PDSC既可以是胎儿也可以是母体来源(即可以分别具有胎儿或母体的基因型)。在某些实施方案中,本文提供的
PDSC群是胎儿来源的。PDSC群或包含PDSC的细胞群可以包含来源于单独的胎儿或母体的
PDSC,或者可以包含来源于胎儿和母体两者的PDSC的混合群。PDSC和包含PDSC的细胞群可
以通过下文讨论的形态学、标记和培养特征来鉴定和选择。
[0274] 在一个实施方案中,PDSC群先前已被冷冻保存。在另一个实施方案中,PDSC群是来自胎盘干细胞库的细胞。在一个实施方案中,PDSC群包含从已排出脐带血的胎盘获得的细胞。在一个实施方案中,PDSC群包含从灌注除去残余血液的胎盘获得的细胞。
[0275] 4.3.1PDSC细胞表面、分子和遗传标志物
[0276] 本文公开的胎盘来源的干细胞和胎盘来源的干细胞群表达可用于鉴定和/或分离干细胞或包含干细胞的细胞群的多个标志物。本文提供的PDSC和PDSC群(即两个或更多个
PDSC)包括直接从胎盘或其任何部分获得的干细胞和含有干细胞的细胞群(例如羊膜、绒毛
膜、胎盘子叶等)。胎盘干细胞群还包括培养中的(即,两种或更多种)PDSC群,以及容器例如袋中的群。然而,PDSC不是滋养层细胞。
[0277] 在其他实施方案中,PDSC是胚胎样干细胞。在一个实施方案中,PDSC是全能干细胞或多潜能干细胞。在某些实施方案中,PDSC群包含为CD34-、CD10+、SH2+、CD90+胎盘多能细胞的细胞。在另一个实施方案中,PDSC群包含为CD34-、CD38-、CD45-、CD10+、CD29+、CD44+、CD54+、CD90+、SH2+、SH3+、SH4+和OCT-4+的细胞。在一个实施方案中,PDSC群包含为CD34-、CD10+、CD105+和CD200+的细胞。在一个实施方案中,PDSC群包含CD73+细胞。在一个实施方案中,PDSC群包含为CD73+和CD105+的细胞。在一些实施方案中,PDSC群包含CD200+细胞。在一个实施方案中,PDSC群包含为CD34-、CD38-、CD45-、OCT-4+和CD200+的细胞。在一个实施方案中,PDSC群包含为CD34-、CD38-、CD45-、CD73+、OCT-4+和CD200+的细胞。在其他实施方案中,PDSC群包含为OCT-4+的细胞。在一个实施方案中,PDSC群包含为CD73+、CD105+和OCT4+的细胞。在一个实施方案中,PDSC群包含为CD73+、CD105+和CD200+的细胞。在另一个实施方案中,PDSC群包含为CD73+和CD105+的细胞。在一些实施方案中,PDSC群包含为CD200+和OCT-4+的细胞。在一个实施方案中,PDSC群包含为CD73+、CD105+和HLA-G+的细胞。
[0278] 在某些实施方案中,PDSC群包含为CD73+、CD105+、HLA-G+的细胞。在另一个实施方案中,PDSC群包含为CD73+、CD105+、CD200+和HLA-G+的细胞。在一个实施方案中,PDSC群包含- - - - - - - - - - - -为CD34、CD38、CD45 、CD34和CD38、CD34和CD45 、CD38和CD45、或CD34、CD38 和CD45的细胞。在其他实施方案中,PDSC群包含为CD34-、CD38-、CD45-和HLA-G+的细胞。
[0279] 在某些实施方案中,PDSC群包含为CD73、CD105、CD200、HLA-G和/或OCT-4,但不表达CD34、CD38或CD45的细胞。在一些实施方案中,PDSC群包含还表达HLA-ABC(MHC-1)和HLA-DR的细胞。这些标志物可用于鉴定PDSC,并区分PDSC与其他干细胞类型。由于PDSC可以表达CD73和CD105,它们可以具有间充质干细胞样特征。然而,由于PDSC可以表达CD200和胎儿特异性标志物HLA-G,因此它们可以与间充质干细胞(例如,既不表达CD200也不表达HLA-G的骨髓来源的间充质干细胞)区分。以相同的方式,CD34、CD38和/或CD45的表达缺乏将PDSC鉴定为非造血干细胞。
[0280] 在某些实施方案中,PDSC群包含为CD200+或HLA-G+的细胞。在一个具体的实施方案中,PDSC群包含CD200+和HLA-G+的细胞。在一个具体的实施方案中,PDSC群包含为CD73+和CD105+的细胞。在另一个具体实施方案中,PDSC群包含为CD34-、CD38-或CD45-细胞。在另一个具体实施方案中,PDSC群包含为CD34-、CD38-和CD45-细胞。在另一个具体的实施方案中,PDSC群包含为CD34-、CD38-、CD45-、CD73+和CD105+的细胞。在另一个具体的实施方案中,所述+ +CD200或HLA-G干细胞促进在允许胚状体样体形成的条件下在包含干细胞的胎盘细胞群中
形成胚状体样体的步骤。在另一个具体的实施方案中,所述PDSC从非干细胞(例如,所述
PDSC)的胎盘细胞分离。在另一个具体的实施方案中,所述PDSC从不显示这些标志物的PDSC分离。
[0281] 在一些实施方案中,通过包括选择CD200+或HLA-G+胎盘细胞的方法从多个胎盘细胞中选择PDSC,由此所述细胞是PDSC。在一个具体的实施方案中,所述群是胎盘细胞群。在各种实施方案中,所述细胞的至少约10%、至少约20%、至少约30%、至少约40%、至少约
50%或至少约60%是CD200+、HLA-G+干细胞。在一些实施方案中,所述细胞的至少约70%是+ + +
CD200 、HLA-G干细胞。在其他实施方案中,所述细胞的至少约90%、95%或99%是CD200 、HLA-G+干细胞。在分离群的具体实施方案中,所述干细胞也是CD73+和CD105+。在另一个具体的实施方案中,所述干细胞也是CD34-、CD38-或CD45-。在更具体的实施方案中,所述干细胞也是CD34-、CD38-、CD45-、CD73+和CD105+。在另一个实施方案中,当在允许胚状体样体形成的条件下培养时,所述分离群产生一种或多种胚状体样体。在另一个具体的实施方案中,所述PDSC群与不为干细胞的胎盘细胞分离。在另一个具体的实施方案中,所述PDSC群与不显示
这些标志物的PDSC分离。
[0282] 在一些实施方案中,通过包括选择胎盘细胞群的方法从多个胎盘细胞中选择PDSC,其中所述细胞的至少约10%、至少约20%、至少约30%、至少约40%、至少约50%、至少约60%、至少约70%、至少约80%、至少约90%或至少约95%是CD200+、HLA-G+干细胞。在具体的实施方案中,所述选择包括选择也为CD73+和CD105+的干细胞。在另一个具体的实施方案中,所述选择包括选择也为CD34-、CD38-或CD45-的干细胞。在另一具体的实施方案中,所述选择包括选择也为CD34-、CD38-、CD45-、CD73+和CD105+的干细胞。在另一个具体的实施方案中,所述选择还包括选择在允许形成胚状体样体的条件下培养时形成一种或多种胚状
体样体的PDSC群。
[0283] 在另一个实施方案中,PDSC群包含为CD73+、CD105+和CD200+的细胞。在另一个具体实施方案中,PDSC群包含为HLA-G+的细胞。在另一个具体实施方案中,PDSC群包含为CD34-、- - - - -CD38或CD45的细胞。在另一个具体实施方案中,PDSC群包含为CD34 、CD38和CD45的细胞。
在更具体的实施方案中,PDSC群包含为CD34-、CD38-、CD45-和HLA-G+的细胞。在另一个具体的实施方案中,当在允许形成胚状体样体的条件下培养细胞群时,分离的CD73+、CD105+和CD200+干细胞有助于在包含干细胞的胎盘细胞群中形成一种或多种胚状体样体。在另一个
具体的实施方案中,所述PDSC从不为干细胞的胎盘细胞分离。在另一个具体的实施方案中,所述PDSC与从不显示这些标志物的PDSC分离。
[0284] 在一些实施方案中,通过包括选择CD73+、CD105+和CD200+胎盘细胞的方法从多个胎盘细胞中选择PDSC,由此所述胎盘细胞是PDSC。在各种实施方案中,所述细胞的至少约
10%、至少约20%、至少约30%、至少约40%、至少约50%或至少约60%是CD73+、CD105+、CD200+细胞。在另一个实施方案中,所述细胞群中所述细胞的至少约70%是CD73+、CD105+、CD200+干细胞。在另一个实施方案中,所述PDSC群中所述细胞的至少约90%、95%或99%是CD73+、CD105+、CD200+干细胞。在一个具体的实施方案中,PDSC群包含为HLA-G+的细胞。在另一个具体实施方案中,PDSC群包含为CD34-、CD38-或CD45-的细胞。在另一个具体实施方案中,PDSC群包含为CD34-、CD38-和CD45-的细胞。在更具体的实施方案中,PDSC群包含为
- - - +
CD34 、CD38、CD45 和HLA-G 的细胞。在另一个具体实施方案中,所述细胞群在允许胚状体样体形成的条件下培养时产生一种或多种胚状体样体。在另一个具体的实施方案中,所述
PDSC群与从不为干细胞的胎盘细胞分离。在另一个具体实施方案中,所述PDSC群与从不显
示这些特征的PDSC分离。
[0285] 在另一个实施方案中,通过包括选择胎盘细胞群的方法从多个胎盘细胞中选择PDSC群,所述胎盘细胞群中所述细胞的至少约10%、至少约20%、至少约30%、至少约40%、至少约50%、至少约60%、至少约70%、至少约80%、至少约90%或至少约95%是CD73+、CD105+、CD200+干细胞。在具体的实施方案中,所述选择包括选择也为HLA-G+的干细胞。在另- - -
一个具体的实施方案中,所述选择包括选择也为CD34 、CD38或CD45的干细胞。在另一个具体的实施方案中,所述选择包括选择也为CD34-、CD38-和CD45-的干细胞。在另一个具体的实施方案中,所述选择包括选择也为CD34-、CD38-、CD45-和HLA-G+的干细胞。在另一个具体的实施方案中,所述选择另外包括当群在允许胚状体样体形成的条件下培养时选择产生一种
或多种胚状体样体的胎盘细胞群。
[0286] 在一些实施方案中,PDSC群包含为CD200+和OCT-4+的细胞。在一个具体的实施方案中,PDSC群包含为CD73+和CD105+的细胞。在另一个具体的实施方案中,PDSC群包含为HLA-G+的细胞。在另一个具体实施方案中,PDSC群包含为CD34-、CD38-或CD45-的细胞。在另一个具体实施方案中,PDSC群包含为CD34-、CD38-和CD45-的细胞。在更具体的实施方案中,PDSC群包含为CD34-、CD38-、CD45-、CD73+、CD105+和HLA-G+的细胞。在另一个具体的实施方案中,当群在允许胚状体样体形成的条件下培养时,PDSC促进包含干细胞的胎盘细胞群产生一种或多种胚状体样体。在另一个具体的实施方案中,所述PDSC从不为干细胞的胎盘细胞分离。在另一个具体的实施方案中,所述PDSC从不显示这些标志物的PDSC分离。
[0287] 在另一个实施方案中,通过包括选择CD200+和OCT-4+胎盘细胞的方法从多个胎盘细胞中选择PDSC,由此所述细胞是PDSC。在具体的实施方案中,所述选择包括选择也为HLA-G+的胎盘细胞。在另一具体实施方案中,所述选择包括选择也为CD34-、CD38-或CD45-的胎盘细胞。在另一具体实施方案中,所述选择包括选择也为CD34-、CD38-和CD45-的胎盘细胞。在- - - + + +
另一具体实施方案中,所述选择包括选择也为CD34、CD38、CD45、CD73、CD105和HLA-G的
胎盘细胞。在另一个具体的实施方案中,所述选择包括当群在允许形成胚状体样体的条件
下培养时选择也促进包含干细胞的胎盘细胞群产生一种或多种胚状体样体的PDSC。
[0288] 在一些实施方案中,PDSC群包含例如富含CD200+、OCT-4+干细胞。在各种实施方案中,所述细胞的至少约10%、至少约20%、至少约30%、至少约40%、至少约50%或至少约60%是CD200+、OCT-4+干细胞。在另一个实施方案中,所述细胞的至少约70%是所述CD200+、OCT-4+干细胞。在另一个实施方案中,所述细胞的至少约90%、95%或99%是所述CD200+、OCT-4+干细胞。在一个具体的实施方案中,PDSC群包含为CD73+和CD105+的细胞。在另一个具体的实施方案中,PDSC群包含为HLA-G+的细胞。在另一个具体实施方案中,PDSC群包含为
CD34-、CD38-和CD45-的细胞。在更具体的实施方案中,PDSC群包含为CD34-、CD38-、CD45-、CD73+、CD105+和HLA-G+的细胞。在另一个具体的实施方案中,当在允许胚状体样体形成的条件下培养时,群产生一种或多种胚状体样体。在另一个具体的实施方案中,所述PDSC群从不为干细胞的胎盘细胞分离。在另一个具体实施方案中,所述PDSC群从不显示这些特征的
PDSC分离。
[0289] 在另一个实施方案中,通过包括选择胎盘细胞群的方法从多个胎盘细胞中选择PDSC群,所述胎盘细胞群中所述细胞的至少约10%、至少约20%、至少约30%、至少约40%、至少约50%、至少约60%、至少约70%、至少约80%、至少约90%或至少约95%是CD200+、OCT-4+干细胞。在具体的实施方案中,所述选择包括选择也为CD73+和CD105+的干细胞。在另+
一个具体的实施方案中,所述选择包括选择也为HLA-G 的干细胞。在另一个具体的实施方
案中,所述选择包括选择也为CD34-、CD38-和CD45-的干细胞。在另一个具体实施方案中,所述干细胞也是CD34-、CD38-、CD45-、CD73+、CD105+和HLA-G+。
[0290] 在一些实施方案中,PDSC群包含为CD73+、CD105+和HLA-G+的细胞。在另一个具体实- - -施方案中,PDSC群包含为CD34 、CD38或CD45的细胞。在另一个具体实施方案中,PDSC群包含为CD34-、CD38-和CD45-的细胞。在另一个具体实施方案中,PDSC群包含OCT-4+细胞。在另一个具体的实施方案中,PDSC群包含CD200+的细胞。在更具体的实施方案中,PDSC群包含为CD34-、CD38-、CD45-、OCT-4+和CD200+的细胞。在另一个具体的实施方案中,当群在允许胚状体样体形成的条件下培养时,所述PDSC促进在包含所述干细胞的胎盘细胞群中形成胚状体
样体。在另一个具体的实施方案中,所述PDSC从不为干细胞的胎盘细胞分离。在另一个具体的实施方案中,所述PDSC从不显示这些特征的PDSC分离。
[0291] 在另一个实施方案中,PDSC选自多种胎盘细胞,包括选择CD73+、CD105+和HLA-G+胎盘细胞,由此所述细胞是PDSC。在各种实施方案中,至少约10%、至少约20%、至少约30%、至少约40%、至少约50%或至少约60%的所述细胞是CD73+、CD105+和HLA-G+干细胞。在另一个实施方案中,至少约70%的所述细胞是CD73+、CD105+和HLA-G+。在另一个实施方案中,至少约90%、95%或99%的所述细胞是CD73+、CD105+和HLA-G+干细胞。在上述群的具体实施方案中,所述干细胞是CD34-、CD38-或CD45-。在另一个具体的实施方案中,所述干细胞是CD34-、CD38-和CD45-。在另一个具体的实施方案中,所述干细胞是OCT-4+。在另一个具体的实施方案中,所述干细胞是CD200+。在更具体的实施方案中,所述干细胞是CD34-、CD38-、CD45-、OCT-4+和CD200+。在另一个具体的实施方案中,所述PDSC群从不为干细胞的胎盘细胞分离。在另一个具体实施方案中,所述PDSC群从不显示这些特征的PDSC分离。
[0292] 在另一个实施方案中,通过包括选择其中大多数所述细胞是CD73+、CD105+和HLA-G+的胎盘细胞群的方法从多个胎盘细胞中选择PDSC群。在一个具体的实施方案中,所述大部分细胞也是CD34-、CD38-和/或CD45-。在另一个具体实施方案中,所述大部分细胞也是CD200+。在另一个具体的实施方案中,所述大部分细胞也是CD34-、CD38-、CD45-、OCT-4+和CD200+。
[0293] 在另一个实施方案中,PDSC群包含为CD73+和CD105+的细胞,并且当所述群在允许形成胚状体样体的条件下培养时促进在包含所述干细胞的分离的胎盘细胞群中形成一种
或多种胚状体样体。在各种实施方案中,至少约10%、至少约20%、至少约30%、至少约
40%、至少约50%、至少约60%、至少约70%、至少约80%、至少约90%或至少约95%的所述分离的胎盘细胞是CD73+、CD105+干细胞。在一个具体的实施方案中,PDSC群包含为CD34-、CD38-或CD45-的细胞。在另一个具体实施方案中,PDSC群包含为CD34-、CD38-和CD45-的细胞。
在另一个具体实施方案中,PDSC群包含为OCT-4+的细胞。在更具体的实施方案中,PDSC群包含为OCT-4+、CD34-、CD38-和CD45-的细胞。在其他具体实施方案中,所述群已经扩增,例如已经传代了至少一次、至少三次、至少五次、至少十次、至少十五次或至少二十次。在另一个具体的实施方案中,所述PDSC群从不为干细胞的胎盘细胞分离。在另一个具体实施方案中,所述PDSC群从不显示这些特征的PDSC分离。
[0294] 在一些实施方案中,PDSC群包含为OCT-4+的细胞,其在允许形成胚状体样体的条件下培养时促进在包含所述干细胞的分离的胎盘细胞群中形成一种或多种胚状体样体。在
各种实施方案中,至少约10%、至少约20%、至少约30%、至少约40%、至少约50%、至少约+
60%、至少约70%、至少约80%至少约90%或至少约95%的所述分离的胎盘细胞是OCT4 干细胞。在一个具体的实施方案中,PDSC群包含为CD73-和CD105+的细胞。在另一个具体的实施方案中,PDSC群包含为CD34-、CD38-或CD45-的细胞。在另一个具体的实施方案中,PDSC群包含为CD200+的细胞。在更具体的实施方案中,PDSC群包含为CD73+、CD105+、CD200+、CD34-、- -
CD38和CD45的细胞。在另一个具体的实施方案中,所述群已经扩增,例如传代至少一次、至少三次、至少五次、至少十次、至少十五次或至少二十次。在另一个具体的实施方案中,所述PDSC群从不为干细胞的胎盘细胞分离。在另一个具体实施方案中,所述PDSC群从不显示这
些特征的PDSC分离。
[0295] 在另一个实施方案中,PDSC群包含为CD10+、CD34-、CD105+和CD200+的细胞。在一些实施方案中,PDSC群中至少约70%、至少约80%、至少约90%、至少约95%或至少约99%的所述PDSC是CD10+、CD34-、CD105+、CD200+。在一个具体的实施方案中,PDSC群包含另外为CD90+和CD45-的细胞。在一个具体的实施方案中,所述干细胞或PDSC群从不为干细胞的胎盘细胞分离。在另一个具体的实施方案中,所述干细胞或PDSC群从不显示这些特征的PDSC分离。在另一个具体的实施方案中,所述分离的PDSC来源于非母体。在另一个具体的实施方案中,所述分离的PDSC群中至少约90%,至少约95%或至少约99%的所述细胞来源于非母体。
[0296] 在另一个实施方案中,PDSC群包含为HLA-A、B、C-、CD45-、CD133-和CD34-的细胞。在一些实施方案中,PDSC群中的至少约70%、至少约80%、至少约90%、至少约95%或至少约99%的所述PDSC是HLA-A、B、C-、CD45-、CD133-和CD34-。在一个具体的实施方案中,所述干细胞或PDSC群从不为干细胞的胎盘细胞分离。在另一个具体实施方案中,所述PDSC群从不显
示这些特征的PDSC分离。在另一个具体的实施方案中,所述分离的PDSC来源于非母体。在另一个具体的实施方案中,所述分离的PDSC群中至少约90%,至少约95%或至少约99%的所
- - - -
述细胞来源于非母体。在另一个实施方案中,获得为HLA-A、B、C 、CD45 、CD133 和CD34的PDSC的方法包括从胎盘灌流液中分离所述细胞。
[0297] 在另一个实施方案中,PDSC群包含为CD10+、CD13+、CD33+、CD45-、CD117-和CD133-的细胞。在一些实施方案中,PDSC群中至少约70%、至少约80%、至少约90%、至少约95%或至+ + + - - -少约99%的所述PDSC是CD10 、CD13、CD33、CD45 、CD117和CD133。在一个具体的实施方案中,所述干细胞或PDSC群从不是干细胞的胎盘细胞分离。在另一个具体的实施方案中,所述分离的PDSC来源于非母体。在另一个具体的实施方案中,所述分离的PDSC群中至少约90%,至少约95%或至少约99%的所述细胞来源于非母体。在另一个具体的实施方案中,所述干
细胞或PDSC群从不显示这些特征的PDSC分离。在另一个实施方案中,获得CD10+、CD13+、CD33+、CD45-、CD117-和CD133-的PDSC的方法包括从胎盘灌注溶液中分离所述细胞。
[0298] 在另一个实施方案中,本文提供了分离的PDSC,其为CD10-、CD33-、CD44+、CD45-和CD117-。还提供了分离的PDSC群,其中所述PDSC的至少约70%、至少约80%、至少约90%、至少约95%或至少约99%是CD10-、CD33-、CD44+、CD45-和CD117-。在一个具体的实施方案中,所述干细胞或PDSC群从不是干细胞的胎盘细胞分离。在另一个具体的实施方案中,所述分离的PDSC来源于非母体。在另一个具体的实施方案中,所述分离的PDSC群中至少约90%、至少约95%或至少99%的所述细胞来源于非母体。在另一个具体的实施方案中,所述干细胞或
PDSC群从不显示这些特征的PDSC分离。在另一个实施方案中,提供了获得CD10-、CD33-、CD44+、CD45-和CD117-的PDSC的方法,包括从胎盘灌流液中分离所述细胞。
[0299] 在另一个实施方案中,PDSC群包含为CD10-、CD13-、CD33-、CD45-和CD117-的细胞。在一些实施方案中,PDSC群的所述PDSC的至少约70%、至少约80%、至少约90%、至少约95%或至少约99%是CD10-、CD13-、CD33-、CD45-和CD117-。在一个具体的实施方案中,所述干细胞或PDSC群从不是干细胞的胎盘细胞分离。在另一个具体的实施方案中,所述分离的PDSC来源于非母体。在另一个具体的实施方案中,所述分离的PDSC群中至少约90%、至少约95%或至少99%的所述细胞来源于非母体。在另一个具体的实施方案中,所述干细胞或PDSC群从
不显示这些特征的PDSC分离。在另一个实施方案中,获得CD10-、CD13-、CD33-、CD45-和CD117+的PDSC的方法包括从胎盘灌注溶液中分离所述细胞。
[0300] 在另一个实施方案中,PDSC群包含为HLA-A、B、C-、CD45-、CD34-、CD133-且对于CD10、CD13、CD38、CD44、CD90、CD105、CD200和/或HLA-G阳性和/或对于CD117阴性的细胞。在一些实施方案中,PDSC群包含为HLA-A、B、C-、CD45-、CD34-、CD133-的细胞,并且群中至少约20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、
95%、98%或约99%的干细胞对于CD10、CD13、CD38、CD44、CD90、CD105、CD200和/或HLA-G阳性和/或对于CD117阴性。在一个具体的实施方案中,所述干细胞或PDSC群从不是干细胞的
胎盘细胞分离。在另一个具体的实施方案中,所述分离的PDSC来源于非母体。在另一个具体的实施方案中,所述分离的PDSC群中至少约90%,至少约95%或至少约99%的所述细胞来
源于非母体。在另一个具体的实施方案中,所述干细胞或PDSC群从不显示这些特征的PDSC
分离。在另一个实施方案中,获得为HLA-A、B、C-、CD45-、CD34-、CD133-且对于CD10、CD13、CD38、CD44、CD90、CD105、CD200和/或HLA-G阳性和/或对于CD117阴性的PDSC的方法包括从胎盘灌流液中分离所述细胞。
[0301] 在另一个实施方案中,PDSC群包含通过抗体结合测定的CD200+和CD10+细胞和通过- + - +
抗体结合和RT-PCR测定的CD117。在另一个实施方案中,PDSC群包含为CD10 、CD29、CD54 、CD200+、HLA-G+、HLA I-类和β-2-微球蛋白-的细胞。在另一个实施方案中,PDSC群包含表达比间充质干细胞(例如骨髓来源的间充质干细胞)高至少两倍的至少一个标志物的细胞。在
另一个具体的实施方案中,所述分离的PDSC来源于非母体。在另一个具体的实施方案中,所述分离的PDSC群中的所述细胞的至少约90%、至少约95%或至少99%是非母体来源的。
[0302] 在另一个实施方案中,PDSC群是分离的PDSC群,其中多个所述PDSC对醛脱氢酶(ALDH)呈阳性,如通过醛脱氢酶活性测定评估的。这样的测定法是本领域已知的(参见例如Bostian and Betts,Biochem.J.1978,173:787-798)。在一个具体的实施方案中,所述ALDH测定使用ALDEFLUORTM(Aldagen,Inc.,Ashland,OR)作为醛脱氢酶活性的标志物。在具体实
施方案中,所述多个是所述细胞群中的细胞的约3%至约25%。在另一个实施方案中,提供了脐带干细胞群,其中多个所述脐带干细胞对于醛脱氢酶呈阳性,如通过使用ALDEFLUORTM作为醛脱氢酶活性的指标的醛脱氢酶活性测定评估的。在具体实施方案中,所述多个是所
述细胞群中的细胞的约3%至约25%。在另一个实施方案中,所述PDSC群或脐带干细胞群显示出比具有相同细胞数并在相同条件下培养的骨髓来源的间充质干细胞群高至少三倍或
至少五倍的ALDH活性。
[0303] 在某些实施方案中,PDSC或PDSC群已经传代了至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、14、16、18或20次或更多次,或者增殖(扩增)了至少大约或不超过1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、
12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38或40次群体倍增。
[0304] 在分离的PDSC或包含分离的PDSC的细胞群的具体实施方案中,所述细胞或群已经传代了至少大约或不超过3次、4次、5次或6次。在分离的PDSC或包含分离的PDSC的细胞群的具体实施方案中,所述细胞或群已经传代了至少、大约或不超过3-10次、4-8次或5-7次。在分离的PDSC或包含分离的PDSC的细胞群的具体实施方案中,所述细胞或群已经增殖了至
少、大约或不超过2、3、4、5或6次群体倍增。在分离的PDSC或包含分离的PDSC的细胞群的具体实施方案中,所述细胞或群已经增殖了至少、大约或不超过3-10、4-8或5-7次群体倍增。
在分离的PDSC或包含分离的PDSC的细胞群的具体实施方案中,所述细胞或群已经增殖了至
少、大约或不超过6-10、11-14、15-30、30-45或18-26或24-38次群体倍增。在所述分离的PDSC或包含分离的PDSC的细胞群的另一个具体实施方案中,所述细胞或群是原始分离物。
在本文公开的分离的PDSC或包含分离的PDSC的细胞群的另一个具体实施方案中,所述分离
的PDSC来源于胎儿(即,具有胎儿基因型)。
[0305] 在某些实施方案中,所述分离的PDSC在生长培养基(即配制成促进增殖的培养基)中培养期间(例如在生长培养基中的增殖期间)不分化。在另一个具体的实施方案中,所述
分离的PDSC不需要饲养层以增殖。在另一个具体的实施方案中,所述分离的PDSC在不存在
饲养层的情况下在培养中不分化,这仅仅是因为缺乏饲养细胞层。
[0306] 在包含本文所述的分离的PDSC的任何细胞群的某些实施方案中,所述细胞群中的PDSC基本上不含具有母体基因型的细胞;例如所述群中至少40%、45%、50%、55%、60%、
65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%或99%的PDSC具有胎儿基因型。在包含本文所述的分离的PDSC的任何细胞群的某些其他实施方案中,包含所述PDSC的细胞群基本上不
含具有母体基因型的细胞;例如所述群中至少40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、
75%、80%、85%、90%、95%、98%或99%的细胞具有胎儿基因型。
[0307] 在任何上述PDSC或细胞群的具体实施方案中,细胞的核型或所述群中至少约95%或约99%的细胞是正常的。在任何上述PDSC或细胞群的另一个具体实施方案中,细胞或细
胞群中的细胞来源于非母体。
[0308] 在本文公开的PDSC的任何实施方案的具体实施方案中,PDSC是遗传稳定的,显示正常的二倍体染色体计数和正常核型。
[0309] 携带任何上述标志物组合的分离的PDSC或分离的PDSC群可以以任何比例组合。在某些实施方案中,预期可分离或富集任何两种或更多种上述PDSC群以形成PDSC群。例如,本文提供了分离的PDSC群,其包含由上述标志物组合中的一种定义的第一PDSC群和由上述标
志物组合中的另一种定义的第二PDSC群,其中所述第一群和第二群组合比例为1:99、2:98、
3:97、4:96、5:95、10:90、20:80、30:70、40:60、50:50、60:40、70:30、80:20、90:10、95:5、96:
4、97:3、98:2或约99:1。以类似的方式,可以将上述PDSC或PDSC群的任何三种、四种、五种或更多种组合。
[0310] 在其他实施方案中,本文还提供了PDSC,其通过破坏胎盘组织(伴随或不伴随酶消化)然后进行如本文其他地方所提供的培养或灌注来获得。例如,在某些实施方案中,提供了根据包括以下方法生产的分离的PDSC群,所述方法包括灌注已排出脐带血并灌注除去残
余血液的哺乳动物胎盘;用灌注溶液灌注所述胎盘;以及采集所述灌注溶液,其中灌注后的所述灌注溶液包含含有PDSC的胎盘细胞群;和从所述细胞群中分离出多个所述PDSC。在具
体的实施方案中,灌注溶液通过脐静脉和脐动脉,并在从胎盘渗出后采集。通过该方法产生的PDSC群通常包含胎儿和母体细胞的混合物。在另一具体实施方案中,灌注溶液通过脐静
脉并从脐动脉采集,或通过脐动脉并从脐静脉采集。通过这种方法产生的PDSC群通常基本
上完全是胎儿来源的;也就是说,例如群中大于90%、95%、99%或99.5%的PDSC是胎儿来源的。
[0311] 在各种实施方案中,包含在从胎盘灌注获得的细胞群内的PDSC为至少50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%或至少99.5%的所述胎盘细胞群。在另一个具体的实施方案中,通过灌注采集的PDSC包含胎儿和母体细胞。在另一个具体的实施方案中,通过灌注采集的PDSC是至少50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%或至少99.5%的胎儿细胞。
[0312] 在另一个具体的实施方案中,本文提供了包含通过灌注采集(分离)的如本文所述的分离的PDSC群的组合物,其中所述组合物包含用于分离PDSC的至少一部分灌注溶液。
[0313] 在一些实施方案中,本文所述的分离的PDSC群根据包括以下方法产生的分离的PDSC群,所述方法包括用组织破坏酶消化胎盘组织以获得包含PDSC的胎盘细胞群,并且从
所述胎盘细胞的剩余物中分离多个PDSC。胎盘的全部或任何部分可被消化以获得PDSC。在
具体的实施方案中,例如,所述胎盘组织是完整的胎盘、羊膜、绒毛膜、羊膜和绒毛膜的组合或者前述的任何组合。在其他具体实施方案中,组织破坏酶是胰蛋白酶或胶原蛋白酶。在各种实施方案中,包含在从消化胎盘获得的细胞群内的PDSC是所述胎盘细胞群的至少50%、
60%、70%、80%、90%、95%、99%或至少99.5%。
[0314] 基因图谱证实,分离的PDSC和分离的PDSC群可与其他细胞(例如间充质干细胞或骨髓来源的干细胞)区分开来。本文所述的PDSC可以基于一种或多种基因的表达与间充质
干细胞区分,一种或多种基因的表达与骨髓间充质干细胞相比对PDSC或脐带干细胞是特异
性的。具体而言,如本文别处更详细地提供的,PDSC可以基于一种或多种基因的表达区别于间充质干细胞,基因在PDSC中的表达显著高于(即,至少两倍高)在间充质干细胞中的表达,其中一种或多种基因是ACTG2、ADARB1、AMIGO2、ARTS-1、B4GALT6、BCHE、C11orf9、CD200、COL4A1、COL4A2、CPA4、DMD、DSC3、DSG2、ELOVL2、F2RL1、FLJ10781、GATA6、GPR126、GPRC5B、HLA-G、ICAM1、IER3、IGFBP7、IL1A、IL6、IL18、KRT18、KRT8、LIPG、LRAP、MATN2、MEST、NFE2L3、NUAK1、PCDH7、PDLIM3、PKP2、RTN1、SERPINB9、ST3GAL6、ST6GALNAC5、SLC12A8、TCF21、TGFB2、VTN、ZC3H12A或前述任一种的组合,其中当干细胞在同等条件下生长时这些基因在PDSC或
脐带干细胞中的表达高于骨髓来源的干细胞中的表达。在具体的实施方案中,PDSC特异性
基因或脐带干细胞特异性基因是CD200。
[0315] 这些基因的表达水平可用于确认胎盘细胞群的身份,以将细胞群鉴定为包含至少多个PDSC等。确认其身份的PDSC群可以是克隆的,例如,PDSC群从单个PDSC或混合的干细胞群扩增,混合的干细胞群例如仅包含从多个PDSC扩增的细胞群PDSC或包含PDSC和至少一种
其他类型的细胞的细胞群。
[0316] 这些基因的表达水平可用于选择PDSC群。例如,如果一种或多种这些基因在来自细胞群的样品中的表达显著高于在间充质干细胞的等效群中的表达,则选择细胞群例如克
隆扩增的细胞群。这样的选择可以是来自多个PDSC群的群,来自多个不知道其身份的细胞
群等。
[0317] 可以根据与间充质干细胞对照中的一种或多种基因的表达水平相比的一种或多种这样的基因的表达水平来选择PDSC。在一个实施方案中,将包含相当数量的骨髓来源的
间充质干细胞的样品中一种或多种基因的表达水平用作对照。在另一个实施方案中,对于
在某些条件下测试的分离的PDSC,对照是代表在所述条件下一种或多种基因在骨髓来源的
间充质干细胞中的表达水平的数值。
[0318] PDSC群的PDSC在原代培养物中或在含有60%DMEM-LG(Gibco)、40%MCDB-201(Sigma)、2%胎牛血清(FCS)(Hyclone Laboratories)、1X胰岛素-转铁蛋白-硒(ITS)、1X亚麻酸-牛血清白蛋白(LA-BSA)、10-9M地塞米松(Sigma)、10-4M抗坏血酸2-磷酸(Sigma)、表皮生长因子(EGF)10ng/ml(R&D Systems)、血小板衍生生长因子(PDGF-BB)10ng/ml(R&D 
Systems)和100U青霉素/1000U链霉素的培养基中增殖期间显示以上特征(例如细胞表面标
志物和/或基因表达谱的组合)。
[0319] 在另一个具体的实施方案中,本文提供了一种组合物,其包含通过灌注采集(分离)的如本文所述的分离的PDSC群,其中所述组合物包含用于分离PDSC的至少一部分灌注
溶液。
[0320] 本文所述的分离的PDSC群可以通过用组织破坏酶消化胎盘组织以获得包含PDSC的胎盘细胞群,并从所述胎盘细胞的剩余物中分离或基本上分离多个PDSC。胎盘的全部或
任何部分可被消化以获得本文所述的分离的PDSC。在具体的实施方案中,例如,所述胎盘组织可以是完整的胎盘(例如包括脐带)、羊膜、绒毛膜、羊膜和绒毛膜的组合或前述的任何组合。在其他具体的实施方案中,组织破坏酶是胰蛋白酶或胶原蛋白酶。在各种实施方案中,包含在从消化胎盘获得的细胞群内的分离的PDSC是所述胎盘细胞群的至少50%、60%、
70%、80%、90%、95%、99%或至少99.5%。
[0321] 上述分离的PDSC群和分离的PDSC群通常可以包含大约、至少或不超过1×105、5×105、1×106、5×106、1×107、5×107、1×108、5×108、1×109、5×109、1×1010、5×1010、1×
11
10 或更多个分离的PDSC。可用于本文所述方法的分离的PDSC群包含至少50%、55%、60%、
65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%或99%活的分离的PDSC,例如,如通过例如台盼蓝排除法测定的。
[0322] 对于任何上述PDSC或PDSC群,PDSC细胞或PDSC群是或可以包含已经传代了至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、14、16、18或20次或更多或者已经扩增了1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、
12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38或40次群体倍增或更多的细胞。
[0323] 在任何上述PDSC群的具体实施方案中,细胞的核型或所述群中至少约95%或约99%的细胞是正常的。在任何上述PDSC群的另一个具体实施方案中,细胞或细胞群中的细
胞来源于非母体。
[0324] 携带任何上述标志物组合的分离的PDSC或分离的PDSC群可以以任何比例组合。任何两个或更多的上述PDSC群可以被分离或富集以形成PDSC群。例如,包含由上述标志物组
合中的一种所定义的第一PDSC群的分离的PDSC群可以与由上述标志物组合中的另一种所
定义的第二PDSC群组合,其中所述第一群和第二群以约1:99、2:98、3:97、4:96、5:95、10:
90、20:80、30:70、40:60、50:50、60:40、70:30、80:20、90:10、95:5、96:4、97:3、98:2或99:1的比例组合。以类似的方式,可以将上述PDSC或PDSC群的任何三种、四种、五种或更多种组合。
[0325] 在上述PDSC的具体实施方案中,PDSC组成型分泌IL-6、IL-8和单核细胞趋化蛋白(MCP-1)。
[0326] 上述分离的PDSC群和PDSC群通常可包含大约、至少或不超过1×105、5×105、1×106、5×106、1×107、5×107、1×108、5×108、1×109、5×109、1×1010、5×1010、1×1011或更多个PDSC。
[0327] 在某些实施方案中,在本文提供的方法中有用的PDSC在暴露于1-100ng/mL VEGF 4至21天后不表达CD34,如通过免疫定位所检测的。在一个具体的实施方案中,所述PDSC粘附于组织培养塑料。在另一个具体的实施方案中,例如当在存在血管生成因子如血管内皮
生长因子(VEGF)、上皮生长因子(EGF),血小板衍生生长因子因子(PDGF)或碱性成纤维细胞生长因子(bFGF),例如在诸如MATRIGEL TM的底物上培养时,所述PDSC诱导内皮细胞形成芽(sprouts)或管状结构。
[0328] 另一方面,本文提供的PDSC,或细胞群例如PDSC群,或其中所述细胞群中至少约50%、60%、70%、80%、90%、95%或98%的细胞是PDSC的细胞群,将VEGF、HGF、IL-8、MCP-
3、FGF2、follistatin、G-CSF、EGF、ENA-78、GRO、IL-6、MCP-1、PDGF-BB、TIMP-2、uPAR或半乳糖凝集素-1的一种或多种或全部分泌到例如其中生长细胞的培养基中。在另一个实施方案
中,与常氧条件(例如,约20%或约21%O2)下相比,PDSC在低氧条件下(例如,低于约5%O2)表达CD202b、IL-8和/或VEGF的水平增加。
[0329] 在另一个实施方案中,本文所述的包含PDSC的任何PDSC或细胞群可以导致在与所述PDSC接触或接近的内皮细胞群中形成芽或管状结构。在一个具体的实施方案中,PDSC与
人内皮细胞共培养,所述人内皮细胞形成芽或管状结构或支持内皮细胞芽的形成,例如当
在细胞外基质蛋白如I型和IV型胶原蛋白和/或血管生成因子如VEGF,EGF,PDGF或bFGF存在下在诸如胎盘胶原蛋白或MATRIGELTM的底物中或上培养至少4天。在另一个实施方案中,本文所述的包含PDSC的任何细胞群分泌血管生成因子如VEGF、肝细胞生长因子(HGF)、PDGF、bFGF或白细胞介素-8(IL-8),从而当在细胞外基质蛋白如I型和IV型胶原蛋白存在下例如
在胎盘胶原蛋白或MATRIGELTM等底物中或底物上培养时可以诱导人内皮细胞形成芽或管状
结构。
[0330] 在另一个实施方案中,包含PDSC的任何上述细胞群分泌血管生成因子。在具体的实施方案中,细胞群分泌VEGF、HGF、PDGF、bFGF或IL-8。在其他具体的实施方案中,包含PDSC的细胞群分泌一种或多种血管生成因子,从而在体外伤口愈合测定中诱导人内皮细胞迁
移。在其他具体的实施方案中,包含PDSC的细胞群诱导人内皮细胞、内皮祖细胞、肌细胞或成肌细胞的成熟、分化或增殖。
[0331] 4.3.2培养中的生长
[0332] 与任何哺乳动物细胞一样,本文所述的PDSC的生长部分地取决于所选择的用于生长的特定培养基。在最佳条件下,PDSC的数量通常在3-5天内翻一番。在培养过程中,本文提供的PDSC可以粘附到培养底物上,例如组织培养容器(例如组织培养皿塑料、纤连蛋白涂覆的塑料等)的表面并形成单层
[0333] 在一些实施方案中,当在合适的条件下培养时,包含PDSC的分离的胎盘细胞群可以形成胚状体样体,即三维细胞群在贴壁干细胞层顶上生长。胚状体样体内的细胞表达与
极早期干细胞相关的标志物,例如OCT-4、Nanog、SSEA3和SSEA4。胚状体样体内的细胞通常不与培养底物粘附,如本文所述的PDSC,但是在培养过程中保持粘附于贴壁细胞。胚状体样体细胞依赖于贴壁PDSC存活,因为在不存在贴壁干细胞的情况下不形成胚状体样体。因此,贴壁PDSC促进包含贴壁PDSC的胎盘细胞群中的一种或多种胚状体样体的生长。不希望受理
论束缚,胚状体样体的细胞被认为在贴壁PDSC上生长,就像胚胎干细胞在细胞的饲养层上
生长一样。间充质干细胞,例如骨髓来源的间充质干细胞,在培养中不发育胚状体样体。
[0334] 在某些实施方案中,PDSC群对于患者是自体的。在一些实施方案中,PDSC群与个体是同种异体的。在一个实施方案中,PDSC群与个体是同源的。
[0335] 干细胞可以是同源组合物或混合细胞群,例如富含特定类型的干细胞。均质细胞组合物可以例如通过干细胞特有的细胞表面标志物或特定类型的干细胞与针对特定细胞
表面标志物的单克隆抗体一起获得。在一些实施方案中,PDSC群是同源细胞群。在其他实施方案中,PDSC群是混合细胞群。在一个实施方案中,PDSC群是富集的PDSC群。在一些实施方案中,PDSC群包含PSC-100细胞。在另一个实施方案中,PDSC群包含PSC-100细胞富集的群。
在一些实施方案中,PDSC群包含PDA-001细胞。在另一个实施方案中,PDSC群包含PDA-001细胞富集的群。
[0336] 4.3.3分化
[0337] 在某些实施方案中,可用于本文提供的方法的胎盘细胞可分化为不同的定型细胞谱系。例如,在某些实施方案中,胎盘细胞可以分化成脂肪形成、软骨形成、神经原性或成骨细胞谱系的细胞。这样的分化可以通过例如本领域已知的用于将例如骨髓来源的间充质干
细胞分化成相似的细胞谱系的任何方法来完成,或通过本文其他地方所述的方法来完成。
将胎盘细胞分化成特定细胞谱系的具体方法公开于例如美国专第7,311,905号和第8,057,
788号专利,其公开内容在此通过引用整体并入。
[0338] 本文提供的PDSC可表现出在体外、体内或体外和体内分化为特定细胞谱系的能力。在一个具体的实施方案中,本文提供的PDSC当置于引起或促进分化成特定细胞谱系的
条件下时,可以在体外分化,但在体内例如在NOD-SCID小鼠模型中不可检测地分化。
[0339] 4.4获得PDSC的方法
[0340] 4.4.1干细胞采集组合物
[0341] 通常,使用生理学上可接受的溶液(例如干细胞采集组合物)从哺乳动物胎盘获得干细胞。干细胞采集组合物在2005年12月29日提交的题为“用于采集胎盘细胞和保持器官
的改进培养基”的美国临时申请No.60/754,969中详细描述。
[0342] 干细胞采集组合物可包含任何适于干细胞采集和/或培养的生理学上可接受的溶液,例如盐溶液(如磷酸缓冲盐溶液,Kreb's溶液,改良的Kreb's溶液,Eagle's溶液,0.9%NaCl等),培养基(例如DMEM、HDMEM等)等。
[0343] 干细胞采集组合物可包含从采集到培养的时间倾向于保持PDSC的一种或多种组分,即防止PDSC死亡或延迟PDSC的死亡、减少死亡细胞群中PDSC的数量。这样的组分可以是例如凋亡抑制剂(例如半胱天冬酶抑制剂或JNK抑制剂);血管扩张剂(例如硫酸镁、降压药、钠尿肽(ANP)、促肾上腺皮质激素、促肾上腺皮质素释放激素、硝普钠、肼苯哒嗪、三磷酸腺苷、腺苷、吲哚美辛或硫酸镁、磷酸二酯酶抑制剂等);坏死抑制剂(例如2-(1H-吲哚-3-基)-
3-戊基氨基马来酰亚胺、吡咯烷二硫代氨基甲酸酯或氯硝西泮);TNF-α抑制剂;和/或携氧的全氟化(例如全氟辛基溴、全氟溴癸烷等)。
[0344] 干细胞采集组合物可以包含一种或多种组织降解酶,例如金属蛋白酶,丝氨酸蛋白酶,中性蛋白酶,RNA酶或DNA酶等。这样的酶包括但不限于胶原蛋白酶(例如胶原蛋白酶I、II、III或IV,来自溶组织梭菌的胶原蛋白酶等)、分散酶、嗜热菌蛋白酶、弹性蛋白酶、胰蛋白酶、LIBERASETM、透明质酸酶等。
[0345] 干细胞采集组合物可以包含杀菌或抑菌有效量的抗生素。在某些非限制性实施方案中,抗生素是大环内酯类(例如妥布霉素)、头孢菌素(例如头孢氨苄、头孢拉定、头孢呋辛、头孢罗齐、头孢克洛、头孢克肟或头孢羟氨苄)、克拉霉素、红霉素、青霉素(例如青霉素V)或喹诺酮(例如氧氟沙星、环丙沙星或诺氟沙星)、四环素、链霉素等。在一个具体的实施方案中,抗生素对革兰氏阳性菌和/或革兰氏阴性菌例如绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌
(Staphylococcus aureus)等有活性。
[0346] 干细胞采集组合物还可以包含一种或多种以下化合物:腺苷(约1mM至约50mM);D-葡萄糖(约20mM至约100mM);镁离子(约1mM至约50mM);分子量大于20,000道尔顿的大分子,在一个实施方案中,其以足以维持内皮完整性和细胞活力的量存在(例如合成或天然存在
的胶体,多糖,如以约25g L至约100g/L,或约40g/L至约60g/L存在的右旋糖或聚乙二醇);
氧化剂(例如以约25μM至约100μM存在的丁基化羟基茴香醚,丁基化羟基甲苯,谷胱甘肽,维生素C或维生素E);还原剂(例如以约0.1mM至约5mM存在的N-乙酰半胱氨酸);防止钙进入细胞的试剂(例如以约2μM至约25μM存在的维拉帕米);硝酸甘油(例如约0.05g/L至约0.2g/L);抗凝剂,在一个实施方案中,其以足以有助于防止残留血液的凝结的量存在(例如,以约
1000单位/升至约100,000单位/升的浓度存在的肝素或水蛭素);或含有阿米洛利的化合物
(例如以约1.0μM至约5μM存在的阿米洛利、乙基异丙基阿米洛利、六亚甲基阿米洛利、二甲基阿米洛利或异丁基阿米洛利)。
[0347] 4.4.2胎盘的采集和处理
[0348] 一般来说,人胎盘在出生后排出不久后被回收。在一个实施方案中,在知情同意后并且在患者完成病史并且与胎盘有关之后,从患者身上回收胎盘。在一些实施方案中,分娩之后病史继续。这种病史可用于协调随后胎盘的使用或从中采集的干细胞。例如,根据病史,人PDSC可用于与胎盘有关的婴儿或婴儿的父母、兄弟姐妹或其他亲属的个性化药物。
[0349] 在恢复PDSC之前,除去脐带血和胎盘血。在某些实施方案中,分娩后,回收胎盘中的脐带血。胎盘可以经受传统的脐带血回收过程。典型地,借助重力使用针或套管使胎盘放血(参见例如Anderson,美国专利号5,372,581;Hessel等,美国专利号5,415,665)。通常将针或套管置于脐静脉中,并轻轻地按摩胎盘以帮助从胎盘排出脐带血。这种脐带血回收可以在商业上进行,例如LifeBank USA、Cedar Knolls、N.J.、ViaCord、Cord Blood Registry和Cryocell。在一些实施方案中,胎盘在没有进一步操作的情况下通过重力排出,以使脐带血回收期间的组织破裂最小化。
[0350] 典型地,将胎盘从递送室或分娩室运送到另一位置,例如实验室,以通过例如灌注或组织解离来回收脐带血和采集干细胞。胎盘可以在无菌的、绝热的运输装置(保持胎盘的温度在20-28℃之间)中运输,例如通过将带有夹紧的近端脐带的胎盘置于无菌的拉链塑料袋中,然后将其放置在绝热容器中。在另一个实施方案中,胎盘在脐带血采集套件中运输,如美国第7,147,626号专利中所描述的。分娩后四到二十四小时可将胎盘运送到实验室。在某些实施方案中,在脐带血回收之前,将近侧脐带夹紧,例如插入胎盘中4-5厘米内。在其他实施方案中,在脐带血回收之后但在进一步处理胎盘之前,将近端脐带夹紧。
[0351] 在干细胞采集之前,胎盘可以在无菌条件下并在室温或5-25℃(摄氏度)的温度下储存。在灌注胎盘以除去任何残留的脐带血之前,可以将胎盘储存四至二十四小时、至多四十八小时或超过四十八小时的一段时间。在一个实施方案中,胎盘在排出后约0小时至约2
小时之间收获。胎盘可储存在温度为5-25℃(摄氏度)的抗凝剂溶液中。合适的抗凝剂溶液
在本领域中是公知的。例如,可以使用肝素或华法林钠的溶液。在一个实施方案中,抗凝剂溶液包含肝素溶液(例如,1%w/w在1:1000溶液中)。在采集PDSC之前,放血的胎盘可以储存不超过36小时。
[0352] 哺乳动物胎盘或其一部分,一旦如上所述采集和制备,可以以任何本领域已知的方式进行处理,例如可灌注或破碎(例如用一种或多种组织破坏酶消化)以获得干细胞。
[0353] 4.4.3胎盘组织的物理破坏和酶消化
[0354] 在一个实施方案中,干细胞通过物理破坏所有器官的一部分从哺乳动物胎盘中采集。例如,可以将胎盘或其一部分例如粉碎、剪切、剁碎、切碎、斩碎、浸软等。然后可以培养组织以获得干细胞群。通常,使用例如本文其他地方提供的干细胞采集组合物来破坏胎盘
组织。
[0355] 胎盘可以在物理破坏和/或酶消化和干细胞回收之前被解剖成组分。PDSC可以从全部或部分羊膜、绒毛膜、脐带、胎盘子叶或其任何组合(包括从整个胎盘)获得。PDSC可以从包含羊膜和绒毛膜的胎盘组织获得。通常,PDSC可以通过破坏胎盘组织的小来获得,例如所述胎盘组织块是大约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、
300、400、500、600、700、800、900或约1000立方毫米的体积。可以使用任何物理破坏的方法,条件是破坏的方法留下所述器官中多个或甚至大部分如至少60%,70%,80%,90%,95%,
98%或99%的活细胞,如通过例如台盼蓝排除法测定的。
[0356] 通常可以在排出后大约头三天内,例如排出后大约8小时至大约18小时之间的任何时间,从胎盘或其部分采集干细胞。
[0357] 在一个具体的实施方案中,将破碎的组织在适合于PDSC增殖的组织培养基中培养,例如如本文别处所述。
[0358] 在另一个具体的实施方案中,干细胞通过胎盘组织的物理破坏来采集,其中物理破坏包括酶消化,其可以通过使用一种或多种组织消化酶来完成。胎盘或其一部分也可以
用一种或多种酶进行物理破坏和消化,然后将所得材料浸入或混合到干细胞采集组合物
中。
[0359] 示例性的干细胞采集组合物包含一种或多种组织破坏酶。酶消化可以使用酶的组合,例如基质金属蛋白酶和中性蛋白酶的组合,例如胶原蛋白酶和分散酶的组合。在一个实施方案中,胎盘组织的酶消化使用基质金属蛋白酶、中性蛋白酶和消化透明质酸的粘液分
解酶的组合,例如胶原蛋白酶、分散酶和透明质酸酶的组合或LIBERASETM(Boehringer 
Mannheim Corp.,Indianapolis,IN)和透明质酸酶的组合。可用于破坏胎盘组织的其他酶包括木瓜蛋白酶、脱氧核糖核酸酶、丝氨酸蛋白酶,如胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶或弹性蛋白酶。丝氨酸蛋白酶可被血清中的α2微球蛋白抑制,因此用于消化的培养基通常不含血清。
EDTA和DNase通常用于酶消化过程以提高细胞回收效率。消化物可以被稀释以避免将干细
胞捕获在粘性消化物内。
[0360] 可以使用组织消化酶的任何组合。组织消化酶的典型浓度包括:例如胶原蛋白酶I和胶原蛋白酶IV为50-200U/mL,分散酶为1-10U/mL,弹性蛋白酶为10-100U/mL。蛋白酶可以组合使用,即两种或更多种蛋白酶在相同的消化反应中使用,或者可以依次使用以释放
PDSC。例如,在一个实施方案中,首先用合适量的胶原蛋白酶I以约1mg/ml至约2mg/ml消化胎盘或其部分例如30分钟,然后用浓度为约0.25%的胰蛋白酶消化,例如在37℃,例如10分钟。丝氨酸蛋白酶可以在使用其他酶之后连续使用。
[0361] 在另一个实施方案中,可通过将螯合剂例如乙二醇双(2-氨基乙基醚)-N,N,N',N'-四乙酸(EGTA)或乙二胺四乙酸(EDTA)添加到包含干细胞的干细胞采集组合物中,或在
用干细胞采集组合物分离干细胞之前将上述螯合剂添加到其中组织被破坏和/或消化的溶
液中,来进一步破坏组织。
[0362] 在一个实施方案中,消化可以如下进行。获得并切碎大约一克胎盘组织。在约100RPM的振荡器中,将组织在10mL包含约1mg/mL胶原蛋白酶1A和约0.25%胰蛋白酶的溶液
中在37℃下消化。消化液用培养基洗涤三次,洗涤的细胞接种到2个T-75烧瓶中。然后通过差异粘附分离细胞,并表征例如存活力、细胞表面标志物、分化等。
[0363] 应当理解的是,在整个胎盘或包含胎儿和母体细胞的胎盘部分(例如包含绒毛膜或子叶的胎盘部分)的情况下,所采集的PDSC将包含来源于胎儿和母体两者的PDSC混合物。
当胎盘部分不包含或包含可忽略数量的母体细胞(例如羊膜)时,所采集的PDSC几乎只包含
胎儿PDSC。
[0364] 可以通过差异性胰蛋白酶消化,然后在新鲜增殖培养基中的一种或多种新培养容器中培养,任选接着进行第二差异胰蛋白酶消化步骤来从破坏的组织中分离干细胞。
[0365] 4.4.4.胎盘灌注
[0366] PDSC也可以通过灌注哺乳动物胎盘来获得。灌注哺乳动物胎盘以获得干细胞的方法公开于例如Hariri于2005年12月29日提交的标题为“Improved Medium for Collecting PDSC和Preserving Organs”的美国申请公开第2002/0123141号以及相关的美国临时申请
第60/754,969号。
[0367] 可通过灌注(例如通过胎盘脉管系统)使用例如干细胞采集组合物作为灌注溶液来采集PDSC。在一个实施方案中,通过使灌注溶液通过脐动脉和脐静脉中的一者或两者来
灌注哺乳动物胎盘。灌注溶液通过胎盘的流动可以使用例如重力流入胎盘来完成。使用
(例如蠕动泵)可将灌注溶液强制通过胎盘。脐静脉可以例如用插管例如TEFLONTM或塑料插
管进行插管,插管与无菌连接装置如无菌管连接。无菌连接装置连接到灌注歧管
[0368] 在准备灌注时,胎盘可以以脐动脉和脐静脉位于胎盘的最高点的方式定向(例如悬浮)。胎盘可以通过灌注流体通过胎盘脉管系统和周围组织来灌注。胎盘还可以通过灌注流体进入脐静脉并从脐动脉采集或灌注流体通过脐动脉并从脐静脉采集来灌注。
[0369] 在一个实施方案中,例如,脐动脉和脐静脉同时连接到例如经由柔性连接器连接到灌注溶液的储存器的移液管。灌注溶液通入脐静脉和脐动脉。灌注溶液从血管壁渗出和/或穿过血管壁进入胎盘的周围组织,并在合适的开放血管中从消化过程中胎盘附着于母体
子宫的胎盘表面采集。灌注溶液也可以通过脐带开口引入,并允许从与母体子宫壁交界的
胎盘壁中的开口流出或渗出。通过这种方法采集的胎盘细胞(可称为“盘”方法),通常是胎儿和母体细胞的混合物。
[0370] 在另一个实施方案中,灌注溶液通过脐静脉并从脐动脉采集,或通过脐动脉并从脐静脉采集。通过这种方法采集的胎盘细胞通常几乎全是胎儿,可以被称为“闭路”方法。
[0371] 可以理解的是,采用盘方法进行灌注,也就是灌流液从胎盘的母体侧渗出之后采集,导致胎儿和母体细胞的混合。结果,通过该方法采集的细胞包含胎儿和母体来源的PDSC的混合群。相反,在闭路方法中仅通过胎盘脉管系统进行灌注,由此灌注流体通过一个或两个胎盘血管并且仅通过剩余的血管被采集,导致几乎仅采集到胎儿来源的PDSC群。
[0372] 在一个实施方案中,闭路灌注方法可以如下进行。产后约48小时内获得产后胎盘。脐带被夹紧并在夹子上方切割。脐带可以被丢弃,或者可以被处理以回收例如脐带干细胞,和/或处理脐带膜用于生产生物材料。羊膜可以在灌注期间保留,或者可以从绒毛膜分离,例如使用手指钝性分离。如果羊膜在灌注之前从绒毛膜分离,则可例如丢弃或处理羊膜,例如通过酶消化获得干细胞,或产生例如羊膜生物材料,例如美国申请公开号2004/0048796
中所述的生物材料。在例如使用无菌纱布清洁所有可见血液凝块和残余血液的胎盘之后,
例如通过部分切割脐带膜以暴露脐带的横截面来暴露脐带血管。识别容器并打开,例如通
过推进闭合的鳄鱼夹通过每个容器的切割端。然后将装置(例如连接到灌注装置或蠕动泵
的塑料管)插入每个胎盘动脉中。该泵可以是任何适用于该目的的泵,例如蠕动泵。然后将连接到无菌采集储液器的塑料管(例如,诸如250mL采集袋的血液袋)插入到胎盘静脉中。或者,将连接到泵的管插入胎盘静脉中,并将采集储液器的管插入一个或两个胎盘动脉中。然后用一定体积的灌注溶液灌注胎盘,例如约750mL的灌注溶液。然后采集灌注溶液中的细
胞,例如通过离心。
[0373] 在一个实施方案中,近端脐带在灌注期间例如在脐带插入胎盘中4-5cm内被夹住。
[0374] 通常在放血过程中从哺乳动物胎盘中采集的第一批灌注溶液用脐带血和/或胎盘血的残余红细胞染色。随着灌注的进行,灌注溶液变得更无色,残留的脐带血细胞被洗出胎盘。通常30-100ml(毫升)的灌注溶液足以开始胎盘放血,但根据观察结果可以使用更多或
更少的灌注溶液。
[0375] 用于采集PDSC的灌注溶液的体积可以根据干细胞的数量、胎盘大小、从单个胎盘进行采集的次数等而变化。在各种实施方案中,灌注溶液的体积可以为50毫升到5000毫升,
50毫升到4000毫升,50毫升到3000毫升,100毫升到2000毫升,250毫升到2000毫升,500毫升到2000毫升,或750mL到2000毫升。通常,放血后,用700-800mL灌注溶液灌注胎盘。
[0376] 胎盘可以在数小时或数天的时间内灌注多次。在胎盘多次灌注的情况下,可以在无菌条件下在容器或其他合适的容器中维持或培养胎盘,并用干细胞采集组合物或标准灌
注溶液(例如生理盐水溶液如磷酸盐缓冲溶液(“PBS”))灌注,该标准灌注溶液含有和/或不含有抗凝剂(例如肝素,华法林钠,香豆素,双羟基香豆素)和/或含有或不含有抗微生物剂(例如β-巯基乙醇(0.1mM))、抗生素例如链霉素(例如40-100μg/mL)、青霉素(例如40U/mL)、两性霉素B(例如0.5μg/mL)。在一个实施方案中,将分离的胎盘维持或培养一段时间而不采集灌注溶液,使得所述胎盘维持或培养1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、
18、19、20、21、22、23或24小时,或者2天或3天或更多天,然后灌注和采集灌注溶液。灌注的胎盘可以保持一种或多种额外时间,例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、
18、19、20、21、22、23、24或更多小时,并用例如700-800mL灌注溶液第二次灌注。胎盘可以灌注1,2,3,4,5或更多次,例如每1,2,3,4,5或6小时灌注一次。在一个实施方案中,重复胎盘的灌注和灌注溶液的采集(例如干细胞采集组合物)直至回收的有核细胞的数量降至100个
细胞/ml以下。可以进一步单独处理不同时间点的灌流液以恢复细胞(例如干细胞)的时间
依赖性群。来自不同时间点的灌流液也可以混合使用。在一个具体的实施方案中,干细胞在排出后约8小时至约18小时之间的一段时间内采集。
[0377] 不希望受任何理论束缚,在放血和充足的胎盘灌注时间之后,认为PDSC迁移到胎盘的放血和灌注的微循环中,根据本文提供的方法,采集它们,例如通过灌注洗入采集容器中。灌注分离的胎盘不仅可以除去残留的脐带血,还可以为胎盘提供适当的营养,包括氧
气。胎盘可以用类似的溶液培养和灌注,所述溶液用于除去残留的脐带血细胞,例如不添加抗凝剂。
[0378] 根据本文提供的方法的灌注可以导致比从未用所述溶液灌注的哺乳动物胎盘可获得的数量显著更多的PDSC的采集,并且不另外处理以获得干细胞(例如通过组织破坏,例如酶消化)。在这种情况下,“显著更多”意味着至少10%以上。根据本文提供的方法的灌注可以产生相比例如从其中已经培养胎盘或其部分的培养基中可获得的PDSC的数量显著更
多的PDSC。
[0379] 可以通过用包含一种或多种蛋白酶或其他组织破坏酶的溶液灌注来从胎盘中分离干细胞。在一个具体的实施方案中,将胎盘或其部分(例如羊膜,羊膜和绒毛膜,胎盘小叶或子叶,脐带,或任何前述的组合)置于25-37℃,并与一种或多种组织破坏酶在200mL培养基中温育30分钟。采集来自灌注溶液的细胞,使其达到4℃,并用包含5mM EDTA、2mM二硫苏糖醇和2mMβ-巯基乙醇的冷抑制剂混合物洗涤。几分钟后用冷的(例如4℃)干细胞采集组合物洗涤干细胞。
[0380] 4.4.5PDSC的分离、分选和表征
[0381] 来自哺乳动物胎盘的干细胞,无论是通过灌注还是酶消化获得,都可以通过梯度离心从其他细胞中初步纯化(即从其中分离)。这样的离心可以遵循对于离心
速度等的任何标准方案。在一个实施方案中,例如,通过在室温下以5000×g离心15分钟从
灌注溶液回收从胎盘采集的细胞,其将细胞从例如污染碎片和血小板分离。在另一个实施
方案中,将胎盘灌注溶液浓缩至约200ml,在Ficoll上轻轻分层,并在22℃下以约1100×g离心20分钟,采集细胞的低密度界面层用于进一步处理。
[0382] 可以将细胞团块重新悬浮于新鲜干细胞采集组合物或适合于干细胞维持的培养基,例如含有2U/mL肝素和2mM EDTA(GibcoBRL,NY)的IMDM无血清培养基。可以根据制造商推荐的程序,例如使用LymphoprepTM(Nycomed Pharma,Oslo,Norway)分离总单核细胞部分。
[0383] 如本文所用的,“分离”PDSC意指除去至少20%,30%,40%,50%,60%,70%,80%,90%,95%或99%的细胞,其与干细胞通常在完整的哺乳动物胎盘中相关。当来自器官的干细胞存在于包含少于50%的细胞(其与干细胞通常在完整器官中相关)的细胞群中
时是“分离的”。
[0384] 通过灌注或消化获得的胎盘细胞可以例如进一步或最初通过使用例如0.05%胰蛋白酶和0.2%EDTA(Sigma,St.Louis,MO)的溶液的差异胰蛋白酶消化来分离。差异胰蛋白
酶消化是可能的,因为PDSC通常在约五分钟内从塑料表面分离,而其他粘附的群通常需要
超过20-30分钟的温育。使用例如胰蛋白酶中和溶液(TNS,Cambrex)在胰蛋白酶消化和胰蛋
白酶中和后收获分离的PDSC。在分离贴壁细胞的一个实施方案中,将例如约5-10×106个细
胞的等分试样置于数个T-75烧瓶(如纤连蛋白包被的T75烧瓶)中的每一个中。在这样的实
施方案中,细胞可以用市售间充质干细胞生长培养基(MSCGM)(Cambrex)培养,并置于组织
培养孵化器(37℃,5%CO2)中。10-15天后,通过用PBS洗涤从烧瓶除去未贴壁细胞。然后用MSCGM代替PBS。可以每天检查烧瓶中是否存在各种贴壁细胞类型,特别是用于鉴定和扩增
成纤维细胞的细胞群。
[0385] 可以例如通过使用标准细胞检测技术如流式细胞术、细胞分选、免疫细胞化学(例如用组织特异性或细胞标志物特异性抗体染色)、荧光激活细胞分选(FACS)、磁激活细胞分选(MACS)测量形态学和细胞表面标志物的变化,通过使用光学或共焦显微镜检查细胞的形
态,和/或通过使用本领域中众所周知的技术如PCR和基因表达谱分析测量基因的表达变
化,来监测从哺乳动物胎盘采集的细胞的数量和类型。在具体的实施方案中,该技术是流式细胞术。在其他具体实施方案中,该技术是FACS。也可以使用这些技术来鉴定对一种或多种特定标志物呈阳性的细胞。例如,使用CD34抗体,可以使用上述技术确定细胞是否包含可检测量的CD34;如果包含,则细胞是CD34+。同样,如果细胞产生可以通过RT-PCR检测到的足够的OCT-4RNA,或者比成人细胞显著更多的OCT-4RNA,则细胞是针对细胞表面标志物的OCT-4+抗体(例如CD标志物如CD34),干细胞特异性基因如OCT-4的序列在本领域中是公知的。
[0386] 可以使用荧光激活细胞分选器(FACS)分选胎盘细胞,特别是已通过 分离、差异粘附或两者的组合分离的细胞。荧光激活细胞分选(FACS)是基于颗粒的荧光特性
分离颗粒(包括细胞)的公知方法(Kamarch,Methods Enzymol 1987;151:150-165)。单个颗粒中的荧光部分的激光激发产生小的电荷,从而允许从混合物中电磁分离正颗粒和负颗
粒。在一个实施方案中,细胞表面标志物特异性抗体或配体用不同的荧光标记进行标记。细胞通过细胞分选器进行处理,允许基于其结合所用的抗体的能力分离细胞。FACS分选的颗
粒可以直接沉积到96孔板或384孔板的各个孔中以促进分离和克隆。
[0387] 在一种分选方案中,基于标志物CD34、CD38、CD44、CD45、CD73、CD105、OCT-4和/或HLA-G的表达对来自胎盘的干细胞进行分选。这可以通过基于其在培养物中的粘附特性选择干细胞的程序来实现。例如,可以在基于标志物表达进行分选之前或之后完成粘附选择
干细胞。在一个实施方案中,例如,细胞首先根据其CD34的表达进行分选;CD34-细胞被保留,而CD200+HLA-G+细胞与所有其他CD34-细胞分离。在另一个实施方案中,来自胎盘的细胞基于其标志物CD200和/或HLA-G的表达;例如,展示这些标志物中的任一个的细胞被分离用于进一步的使用。在具体的实施方案中,表达例如CD200和/或HLA-G的细胞可以基于它们的CD73和/或CD105的表达或者由抗体SH2、SH3或SH4识别的表位或者缺乏表达CD34、CD38或
CD45进一步分选。例如,在一个实施方案中,胎盘细胞通过CD200、HLA-G、CD73、CD105、CD34、CD38和CD45的表达或缺乏来分选,并且为CD200+、HLA-G+、CD73+、CD105+、CD34-、CD38-和CD45-胎盘细胞从其他胎盘细胞中分离以供进一步使用。
[0388] 就PDSC的抗体介导的检测和分选而言,可以使用对特定标志物特异的任何抗体并结合适于检测和分选细胞的任何荧光团或其他标记(例如荧光激活的细胞分选)。针对特定
标志物的抗体/荧光团组合包括但不限于异硫氰酸荧光素(FITC)缀合的抗HLA-G(可从
Serotec,Raleigh,NC获得)、抗CD10(可从BD Immunocytometry Systems,San Jose,CA获得)、抗CD44(可从BD Biosciences Pharmingen,San Jose,CA获得)和抗CD105(可从R&D 
Systems Inc.,Minneapolis,MN获得)的单克隆抗体;藻红蛋白(PE)缀合的抗CD44、CD200、CD117和CD13(BD Biosciences Pharmingen)的单克隆抗体;藻红蛋白-Cy7(PE Cy7)缀合的
抗CD33和CD10的单克隆抗体;别藻蓝蛋白(APC)缀合的抗生蛋白链菌素和抗CD38的单克隆
抗体(BDBiosciences Pharmingen);和生物素化的CD90(BD Biosciences Pharmingen)。可使用的其他抗体包括但不限于CD133-APC(Miltenyi)、KDR-生物素(CD309、Abcam)、细胞角蛋白K-Fitc(Sigma或Dako)、HLA ABC-Fitc(BD)、HLA DRDQDP-PE(BD)、β-2-微球蛋白-PE
(BD)、CD80-PE(BD)和CD86-APC(BD)。
[0389] 可使用的其他抗体/标记组合包括但不限于CD45-PerCP(peridin叶绿素蛋白);CD44-PE;CD19-PE;CD10-F(荧光素);HLA-G-F和7-氨基-放线菌素-D(7-AAD);HLA-ABC-F;等等。
[0390] 可使用例如藻红蛋白-Cy5(PE Cy5)缀合的抗生蛋白链菌素和生物素缀合的抗CD117或CD133的单克隆抗体来测定CD117或CD133的PDSC;然而,使用该系统,由于背景相对较高,细胞可能分别对CD117或CD133呈阳性。
[0391] PDSC可以用针对单个标志物的抗体标记并进行检测和/分选。PDSC也可以同时用针对不同标志物的多种抗体标记。
[0392] 在另一个实施方案中,可以使用磁珠来分离细胞。可以使用磁激活细胞分选(MACS)技术来分选细胞,所述技术是基于其结合磁珠(直径0.5-100μm)的能力来分离颗粒
的方法。可以在磁性微球体上进行各种有用的修饰,包括共价加入特异性识别特定细胞表
面分子或半抗原的抗体。然后将珠子与细胞混合以允许结合。然后将细胞通过磁场分离出
具有特定细胞表面标志物的细胞。在一个实施方案中,然后可以将这些细胞分离并与针对
另外的细胞表面标志物的抗体偶联的磁珠重新混合。细胞再次通过磁场,分离结合两种抗
体的细胞。然后可以将这些细胞稀释到单独的培养皿中,例如用于克隆分离的微量滴定盘。
[0393] 还可以基于细胞形态和生长特征来表征和/或分类PDSC。例如,可以将PDSC表征为具有和/或基于例如培养物中的成纤维细胞样外观进行选择。PDSC也可以被表征为具有和/
或基于其形成胚状体样体的能力被选择。在一个实施方案中,例如,成纤维细胞样的胎盘细胞表达CD73和CD105并在培养物中产生一种或多种胚状体样体,将该胎盘细胞与其他胎盘
细胞分离。在另一个实施方案中,在培养物中产生一种或多种胚状体样体的OCT-4+胎盘细
胞与其他胎盘细胞分离。
[0394] 在另一个实施方案中,可以通过集落形成单位测定来鉴定和表征PDSC。集落形成单位测定在本领域中是公知的,例如MESEN CULTTM培养基(Stem Cell Technologies,Inc.,Vancouver,British Columbia)。
[0395] 可以使用本领域已知的标准技术如台盼蓝排除测定法、荧光素二乙酸酯摄取测定法、碘化丙啶吸收测定法(评估存活力)和胸苷吸收测定法、MTT细胞增殖测定(评估增殖)评估PDSC的存活力、增殖潜力和寿命。寿命可以通过本领域众所周知的方法确定,例如通过确定扩展培养物中群体倍增的最大数量来确定寿命。
[0396] 还可以使用本领域已知的其他技术,例如期望的细胞的选择性生长(阳性选择)、不需要的细胞的选择性破坏(阴性选择)、基于混合群中差异细胞(例如与大豆凝集素)可凝
集性的分离、冻融程序、过滤、常规和区域离心、离心淘洗(逆流离心分离)、单位重力分离、逆流分配、电泳等,将PDSC与其他胎盘细胞分离。
[0397] 4.6PDSC的培养
[0398] 4.6.1培养基
[0399] 可以使用分离的PDSC或PDSC群或PDSC从其中培养出的细胞或胎盘组织来启动或播种细胞培养物。通常将细胞转移到未包被的或用细胞外基质或配体例如层粘连蛋白、胶
原(例如天然或变性的)、明胶、纤连蛋白、鸟氨酸、玻连蛋白和胞外膜蛋白(例如MATRIGELTM(BD Discovery Labware,Bedford,MA))包被的无菌组织培养容器中。
[0400] PDSC可以在任何培养基中培养,并且在本领域认为可接受用于干细胞培养的任何条件下培养。培养基可以包含血清。PDSC可以在例如含有ITS(胰岛素-转铁蛋白-硒)、LA+
BSA(亚油酸-牛血清白蛋白)、右旋糖,L-抗坏血酸,PDGF,EGF,IGF-1和青霉素/链霉素的DMEM-LG(Dulbecco改良的必需培养基,低葡萄糖)/MCDB 201(鸡成纤维细胞基础培养基);
含有10%胎牛血清(FBS)的DMEM-HG(高葡萄糖);含有15%FBS的DMEM-HG;含有10%FBS、
10%马血清和氢化可的松的IMDM(Iscove's改良Dulbecco's培养基);含有10%FBS、EGF和
肝素的M199;含有10%FBS、GLUTAMAXTM和庆大霉素的α-MEM(最小基本培养基);含有10%FBS、GLUTAMAX TM和庆大霉素的DMEM等。示例性培养基是含有2%FBS、ITS、LA+BSA、右旋糖、L-抗坏血酸、PDGF、EGF和青霉素/链霉素的DMEM-LG/MCDB-201。
[0401] 可以用于培养PDSC的其他培养基包括DMEM(高或低葡萄糖)、Eagle's基础培养基、Ham's F10培养基(F10)、Ham's F-12培养基(F12)、Iscove's改良的Dulbecco's培养基、间充质干细胞生长培养基(MSCGM)、Liebovitz's L-15培养基、MCDB、DMEM/F12、RPMI 1640、高级DMEM(Gibco)、DMEM/MCDB201(Sigma)和CELL-GRO FREE。
[0402] 可以用一种或多种组分补充培养基,所述组分包括例如血清(例如胎牛血清(FBS),例如约2-15%(v/v);马(horse)血清(ES));人血清(HS));β-巯基乙醇(BME),如约
0.001%(v/v);一种或多种生长因子,例如血小板衍生生长因子(PDGF),表皮生长因子
(EGF),碱性成纤维细胞生长因子(bFGF),胰岛素样生长因子-1(IGF-1),白血病抑制因子
(LIF),血管内皮生长因子(VEGF)和促红细胞生成素(EPO);氨基酸,包括L-缬氨酸;和一种或多种抗生素和/或抗真菌剂,以单独或组合地控制微生物污染,例如青霉素G、硫酸链霉
素、两性霉素B、庆大霉素和制霉菌素。
[0403] 可以在标准组织培养条件下,例如在组织培养皿或多孔板中培养PDSC。PDSC也可以使用悬滴法进行培养。在该方法中,将PDSC以约1×104个细胞/mL悬浮于约5mL的培养基
中,并将一滴或多滴培养基置于组织培养容器如100mL培养皿的盖的内侧。液滴可以是例如单滴,或来自例如多通道移液管的多滴。小心翻转盖子并将其置于盛有一定体积的液体(例如无菌PBS)的培养皿底部的顶部,所述液体的体积足以维持培养皿气氛中的水分含量,并
培养干细胞。
[0404] 在一个实施方案中,PDSC在化合物存在下培养,所述化合物在PDSC中起到维持未分化表型的作用。在具体的实施方案中,该化合物是取代的3,4-二氢吡啶并[4,5-d]嘧啶。
化合物可以以例如约1μM至约10μM的浓度与PDSC或PDSC群接触。
[0405] 4.6.2PDSC的扩增和增殖
[0406] 一旦分离的PDSC或分离的干细胞群(例如从与干细胞或干细胞群通常在体内相关的至少50%的胎盘细胞分离的干细胞或干细胞群),干细胞或干细胞群可在体外增殖和扩
增。例如,可以将PDSC群在组织培养容器如培养皿、烧瓶、多孔板等中培养足够的时间以使干细胞增殖至70-90%汇合度,即直到干细胞及其子代占组织培养容器培养表面积的70-
90%。
[0407] PDSC可以以允许细胞生长的密度接种在培养容器中。例如,细胞可以以低密度(例2 2
如,约1,000至约5,000个细胞/cm)至高密度(例如约50,000或更多细胞/cm)接种。在一个
实施方案中,细胞在空气中以约0至约5体积%的CO2培养。在一些实施方案中,细胞在空气中以约2至约25%O2培养,例如在空气中约5至约20%O2培养。细胞可以在约25℃至约40℃如
37℃培养。细胞可以在培养箱中培养。培养基可以是静态的或搅动的,例如使用生物反应
器。PDSC可以在低氧化应激下生长(例如,添加谷胱甘肽、抗坏血酸、过氧化氢酶、生育酚、N-乙酰半胱氨酸等)。
[0408] 一旦获得70%-90%的汇合度,细胞可以传代。例如,可以使用本领域公知的技术对细胞进行酶处理,例如胰蛋白酶消化,以将其从组织培养表面分离。通过移液和计数细胞去除细胞后,将约20,000-100,000个干细胞,如约50,000个干细胞传代到含有新鲜培养基
的新培养容器中。通常,新的培养基是干细胞被去除的相同类型的培养基。已经传代至少1、
2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、14、16、18或20次或更多次的PDSC群也可以用于本文提供的方法。
[0409] 在一个具体的实施方案中,本文提供的PDSC已经在培养中传代了至少一次。在另一个具体的实施方案中,与驻留在胎盘中的PDSC的表型相比,本文提供的PDSC具有不同的
表型(例如具有一种或多种不同的细胞表面标志物)。在又一个具体的实施方案中,本文提
供的PDSC与传代之前的PDSC的表型相比在传代后具有不同的表型(例如,具有一种或多种
不同的细胞表面标志物)。
[0410] 4.7胎盘干细胞库的生产
[0411] 可以以多种不同的方式培养来自产后胎盘的干细胞以产生一组PDSC批次,例如一组可独立施用剂量的PDSC。例如,这样的批次可以从胎盘灌注溶液的干细胞或从酶消化的
胎盘组织获得。从多个胎盘获得的数组PDSC批次可以布置在PDSC库中用于例如长期储存。
通常,贴壁干细胞从胎盘材料的初始培养物中获得以形成种子培养物,其在受控条件下扩
增以形成大致相等倍增数量的细胞群。批次可以从单个胎盘的组织得到,但也可以从多个
胎盘的组织得到。
[0412] 在一个实施方案中,干细胞批次如下获得。首先破碎胎盘组织,例如通过切碎,用合适的酶如胶原蛋白酶消化,如本文别处所提供的。胎盘组织可以包含例如来自单一胎盘的整个羊膜、整个绒毛膜或两者,但是可以仅包含羊膜或绒毛膜的一部分。消化的组织例如培养约1-3周,如约2周。除去非贴壁细胞后,采集形成的高密度集落,例如通过胰蛋白酶消化。将这些细胞采集并重新悬浮于方便体积的培养基中,定义为0代细胞。
[0413] 然后使用0代细胞来接种扩增培养物。扩增培养物可以是任何分开的细胞培养装置的排列,例如NUNCTM的Cell Factory。0代培养物中的细胞可以被细分到任何程度以便用例如1×103、2×103、3×103、4×103、5×103、6×103、7×103、8×103、9×103、1×104、1×104、
2×104、3×104、4×104、5×104、6×104、7×104、8×104、9×104或10×104个干细胞接种扩增
培养物。在一些实施方案中,使用约2×104至约3×104个传代细胞来接种每种扩增培养物。
扩增培养物的数量可以取决于0代细胞的数量,取决于获得干细胞的特定胎盘,扩增培养物的数量可以更多或更少。
[0414] 生长扩增培养物直到培养物中的细胞密度达到某个值,例如约1×105个细胞/cm2。细胞可以在这个时候采集并冷冻保存,或者如上所述传代到新的扩增培养物中。在使用前,细胞可以传代,例如2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20次。扩增培养期间可以保持累积的群体倍增数的记录。来自0代培养物的细胞可以扩增2、3、4、5、6、7、8、
9、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38或40倍增,或多达60次倍增。然而,在某些实施方案中,在将细胞群分成单独剂量之前,群体倍增数量在约15和约30之间,例如约
20倍增。细胞可以在整个扩增过程中连续培养,也可以在扩增期间在一个或多个点冻结。
[0415] 待用于单独剂量的细胞可以冷冻,例如冷冻保存以备后用。单独剂量可以包含例6 9
如每毫升约100万至约1亿个细胞,并且可以包含总共约10至约10个细胞。
[0416] 在该方法的具体实施方案中,将第0代细胞培养第一次倍增,例如大约4次倍增,然后在第一个细胞库中冷冻。将来自第一细胞库的细胞冷冻并用于接种第二细胞库,将其细胞扩增第二次倍增,例如约另外8次倍增。采集此阶段的细胞并冷冻,并用于接种新的扩增培养物,允许进行第三次倍增,例如约8次另外的倍增,使细胞倍增的累积次数达到约20次。
中间点处的细胞在传代中可以以约100,000个细胞/mL至约1,000,000个细胞/mL或约1百万
个细胞/mL的单位冷冻,用于随后的扩增培养。可将约20次倍增的细胞以约1百万个细胞/mL至约1亿个细胞/mL的单独剂量冷冻以用于施用或用于制备含干细胞的组合物。
[0417] 因此,在一个实施方案中,提供了一种制备胎盘干细胞库的方法,包括:使来自人类产后胎盘的原代培养物PDSC扩增第一多个群体倍增;冷冻保存PDSC以形成主细胞库;扩增来自主细胞库的多个PDSC用于第二多个群体倍增;冷冻保存PDSC以形成工作细胞库;扩
增来自工作单元库的多个PDSC用于第三多个群体倍增;并且以单独剂量冷冻保存所述
PDSC,其中所述单独剂量共同构成胎盘干细胞库。在一个具体的实施方案中,群体倍增总次数约为20。在另一个具体实施方案中,所述第一多个群体倍增是约四个群体倍增;所述第二多个群体倍增是约八个群体倍增;并且所述第三多个群体倍增是约八个群体倍增。在另一
个具体的实施方案中,所述原代培养物PDSC包含来自胎盘灌流液的PDSC。在另一个具体的
实施方案中,所述原代培养物PDSC包含来自消化的胎盘组织的PDSC。在另一个具体实施方
案中,所述原代培养物PDSC包含来自胎盘灌流液的PDSC和来自消化的胎盘组织的PDSC。在
另一个具体的实施方案中,所述胎盘干细胞原代培养物中的所有所述PDSC来自相同的胎
盘。在另一具体实施方案中,所述方法还包括从所述多个来自所述工作细胞库的所述PDSC
中选择CD200+或HLA-G+PDSC以形成单独剂量的步骤。在另一个具体的实施方案中,所述单独
4 5 5 6
剂量包含约10 至约10个PDSC。在另一具体实施方案中,所述单独剂量包含约10至约10 个
PDSC。在另一具体实施方案中,所述单独剂量包含约106至约107个PDSC。在另一个具体的实施方案中,所述单独剂量包含约107至约108个PDSC。
[0418] 在一个实施方案中,测试获得胎盘的供体(例如,母体)的至少一种病原体。如果母体对一种被测试的病原体显示阳性,则丢弃来自胎盘的整个批次。这种测试可以在产生胎盘干细胞批次的任何时间进行,包括在0代细胞建立之前或之后,或在扩增培养期间。检测其存在的病原体可以包括但不限于甲型肝炎、乙型肝炎、丙型肝炎、丁型肝炎、戊型肝炎、人免疫缺陷病毒(I型和II型)、巨细胞病毒、疱疹病毒等。
[0419] 4.8保存PDSC
[0420] PDSC可以被保存,即置于允许长期储存的条件下,或者通过例如细胞凋亡或坏死抑制细胞死亡的条件。
[0421] 可以使用例如包含凋亡抑制剂、坏死抑制剂和/或携氧全氟化碳的组合物来保存PDSC,如2005年12月25日提交的标题为“Improved Medium for Collecting PDSC and 
Preserving Organs”的相关美国临时申请No.60/754,969中所描述的。在一个实施方案中,提供了一种保存干细胞群的方法,其包括使所述干细胞群与包含凋亡抑制剂和携氧全氟化
碳的干细胞采集组合物接触,与未接触凋亡抑制剂的干细胞群相比,其中所述凋亡抑制剂
以足以减少或防止干细胞群中凋亡的量和时间存在。在一个具体的实施方案中,所述凋亡
抑制剂是半胱天冬酶抑制剂。在另一个具体的实施方案中,所述凋亡抑制剂是JNK抑制剂。
在更具体的实施方案中,所述JNK抑制剂不调节所述干细胞的分化或增殖。在另一个实施方案中,所述干细胞采集组合物包含处于分离相的所述凋亡抑制剂和所述携氧全氟化碳。在
另一个实施方案中,所述干细胞采集组合物包含乳液中的所述凋亡抑制剂和所述携氧全氟
化碳。在另一个实施方案中,干细胞采集组合物另外包含乳化剂,例如卵磷脂。在另一个实施方案中,所述凋亡抑制剂和所述全氟化碳在与干细胞接触时在约0℃和约25℃之间。在另一个更具体的实施方案中,在与干细胞接触时,所述凋亡抑制剂和所述全氟化碳在约2℃和
10℃之间,或在约2℃和约5℃之间。在另一个更具体的实施方案中,所述接触在所述干细胞群的运输过程中进行。在另一个更具体的实施方案中,所述接触在所述干细胞群的冷冻和
融化过程中进行。
[0422] 在另一个实施方案中,提供了保存PDSC群的方法,包括使所述干细胞群与凋亡抑制剂和器官保存化合物接触,与未接触凋亡抑制剂的干细胞群相比,其中所述凋亡抑制剂
以足以减少或防止干细胞群中的细胞凋亡的量和时间存在。在一个具体的实施方案中,器
官保存化合物是UW溶液(描述于美国专利4,798,824;也被称为 也参见
Southard等人,Transplantation 1990,49(2):251-257)或在Stern等人的美国专利No.5,
552,267中描述的溶液。在另一个实施方案中,所述器官保存化合物是羟乙基淀粉、乳糖酸、子糖或其组合。在另一个实施方案中,干细胞采集组合物另外包含两相或作为乳液的携
氧全氟化碳。
[0423] 在该方法的另一个实施方案中,在灌注期间使PDSC与包含凋亡抑制剂和携氧全氟化碳、器官保存化合物或其组合的干细胞采集组合物接触。在另一个实施方案中,所述干细胞在组织破坏(例如酶消化)过程中接触。在另一个实施方案中,PDSC在通过灌注采集后或
者通过组织破坏(例如酶消化)采集后与所述干细胞采集化合物接触。
[0424] 典型地,在胎盘细胞采集、富集和分离期间,由于缺氧和机械应力引起的细胞应力被最小化或消除。因此,在该方法的另一个实施方案中,在所述保存过程中,在采集、富集或分离过程中,干细胞或干细胞群暴露于低氧条件少于6小时,其中低氧条件是氧浓度低于正常血氧浓度。在一个更具体的实施方案中,所述干细胞群在所述保存期间暴露于所述缺氧条件少于两个小时。在另一个更具体的实施方案中,所述干细胞群在采集、富集或分离过程中暴露于所述缺氧条件少于1小时,或少于30分钟,或不暴露于低氧条件。在另一个具体的实施方案中,所述干细胞群在采集、富集或分离期间不暴露于剪切应力
[0425] 可以将本文提供的PDSC冷冻保存,例如在小容器(例如安瓿)中的冷冻保存介质中。合适的冷冻保存培养基包括但不限于培养基,包括例如生长培养基或细胞冷冻培养基,例如市售细胞冷冻培养基,例如C2695、C2639或C6039(Sigma)。冷冻保存介质可以包含浓度为例如约10%(v/v)的DMSO(二甲基亚砜)。冷冻保存介质可以包含另外的试剂,例如甲基纤维素和/或甘油。在冷冻过程中,PDSC可以以约1℃/分钟的速度冷却。示例性的冷冻保存温度为约-80℃至约-180℃,例如约-125℃至约-140℃。冷冻保存的细胞可以在解冻使用前转移到液氮中。在一些实施方案中,例如,一旦安瓿已经达到约90℃,它们被转移到液氮储存区域。冷冻保存也可以使用控制速率的冷冻机来完成。冷冻保存的细胞可以在约25℃至约
40℃的温度下解冻,例如约37℃的温度。
[0426] 4.9药物组合物
[0427] 可以将分离的胎盘细胞群或包含分离的胎盘细胞的细胞群配制成用于体内使用的药物组合物,例如在本文提供的方法中。这样的药物组合物包含在药学上可接受的载体
(例如盐溶液或其他接受的生理上可接受的用于体内施用的溶液)中的分离的胎盘细胞群
或包含分离的胎盘细胞的细胞群。包含本文所述的分离的胎盘细胞的药物组合物可包含本
文别处所述的分离的胎盘细胞群或分离的胎盘细胞的任何或任何组合。药物组合物可以包
含胎儿、母体或胎儿和母体分离的胎盘细胞。本文提供的药物组合物还可以包含从单个个
体或胎盘或者从多个个体或胎盘获得的分离的胎盘细胞。
[0428] 本文提供的药物组合物可以包含任何数量的分离的胎盘细胞。例如,在各种实施方案中,单个单位剂量的分离的胎盘细胞可包含约、至少或不超过1×105、5×105、1×106、5×106、1×107、5×107、1×108、5×108、1×109、5×109、1×1010、5×1010、1×1011或更多个分离的胎盘细胞。
[0429] 本文提供的药物组合物包含包含50%或更多存活细胞(即,群中至少50%的细胞是功能的或活的)的细胞群。在某些实施方案中,群中至少60%的细胞是存活的。在一个具体的实施方案中,药物组合物中至少70%、80%、90%、95%或99%的细胞是存活的。
[0430] 本文提供的药物组合物可以包含一种或多种例如促进植入的化合物(例如抗T细胞受体抗体,免疫抑制剂等)、稳定剂如白蛋白、右旋糖40、明胶、羟乙基淀粉、血浆液等。
[0431] 当配制成可注射溶液时,在一个实施方案中,药物组合物包含约1%至1.5%的HSA和约2.5%的右旋糖。在一个实施方案中,所述药物组合物在包含5%HSA和10%右旋糖的溶
6 7
液中包含约5×10个细胞/毫升至约2×10个细胞/毫升,任选地包含免疫抑制剂,例如环孢
菌素A,例如10mg/kg。
[0432] 在其他实施方案中,药物组合物(例如溶液)包含多个细胞,例如分离的胎盘细胞,例如PDSC,其中所述药物组合物包含约1.0±0.3×106个细胞/毫升至约每毫升5.0±1.5×6 6
10个细胞。在其他实施方案中,药物组合物包含每毫升约1.5×10个细胞/毫升至约3.75×
106个细胞/毫升。在其他实施方案中,药物组合物包含约1×106个细胞/mL至约50×106个细
胞/mL,约1×106个细胞/mL至约40×106个细胞/mL,约1×106个细胞/mL至约30×106个细
胞/mL,约1×106个细胞/mL至约20×106个细胞/mL,约1×106个细胞/mL至约15×106个细
胞/mL或约1×106个细胞/mL至约10×106个细胞/mL。在某些实施方案中,药物组合物不包含
可见的细胞团块(即,没有大的细胞团块),或基本没有这种可见的团块。如本文所用,“大细胞团块”是指在没有放大的情况下可见的细胞聚集,例如肉眼可见,并且通常指大于约150微米的细胞聚集。在一些实施方案中,药物组合物包含约2.5%、3.0%、3.5%、4.0%、
4.5%、5.0%、5.5%、6.0%、6.5%、7.0%、7.5%、8.0%、8.5%、9.0%、9.5%或10%的右旋糖,例如右旋糖-40。在具体的实施方案中,所述组合物包含约7.5%至约9%的右旋糖-40。
在具体的实施方案中,所述组合物包含约5.5%右旋糖-40。在某些实施方案中,药物组合物包含约1%至约15%的人血清白蛋白(HSA)。在具体的实施方案中,药物组合物包含约1%、
2%、3%、4%、5%、65,75、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%的HSA。在一个具体的实施方案中,所述细胞已经被冷冻保存和解冻。在另一个具体的实施方案中,所述细胞已经通过70μM至100μM的过滤器过滤。在另一个具体实施方案中,所述组合物不包含可见的细胞团块。在另一个具体的实施方案中,所述组合物每106个细胞包含少于约200个细胞团块,其中所述细胞团块仅在显微镜如光学显微镜下可见。在另一个具体的实施方案中,所述组合
物每106个细胞包含少于约150个细胞团块,其中所述细胞团块仅在显微镜如光学显微镜下
6
可见。在另一个具体的实施方案中,所述组合物每10 个细胞包含少于约100个细胞团块,其中所述细胞团块仅在显微镜如光学显微镜下可见。
[0433] 在一个具体的实施方案中,药物组合物包含约1.0±0.3×106个细胞/毫升、约5.5%右旋糖-40(w/v)、约10%HSA(w/v)和约5%DMSO(v/v)。
[0434] 在其他实施方案中,药物组合物包含多个细胞,例如在包含10%右旋糖-40的溶液中的多个分离的胎盘细胞,其中所述药物组合物包含约1.0±0.3×106个细胞/毫升至约
5.0±1.5×106个细胞/毫升,并且其中所述组合物不包含肉眼可见的细胞团块(即,不包含
宏观细胞团块)。在一些实施方案中,药物组合物包含每毫升约1.5×106个细胞/毫升至约
3.75×106个细胞/毫升。在一个具体的实施方案中,所述细胞已经被冷冻保存和解冻。在另一个具体的实施方案中,所述细胞已经通过70μM至100μM的过滤器过滤。在另一个具体实施方案中,所述组合物每106个细胞包含少于约200个微细胞团块(即,仅在放大时可见的细胞团块)。在另一个具体的实施方案中,药物组合物每106个细胞包含少于约150个微细胞团
块。在另一个具体的实施方案中,药物组合物每106个细胞包含少于约100个微细胞团块。在另一具体实施方案中,药物组合物包含小于15%、14%、13%、12%、11%、10%、9%、8%、
7%、6%、5%、4%、3%或2%的DMSO或小于1%、0.9%、0.8%、0.7%、0.6%、0.5%、0.4%、
0.3%、0.2%或0.1%的DMSO。
[0435] 本文还提供了包含细胞的组合物,其中所述组合物通过本文公开的方法之一产生。例如,在一个实施方案中,所述药物组合物包含细胞,其中所述药物组合物通过包括过滤包含PDSC的溶液的方法生产,以形成过滤的含细胞溶液;用第一溶液稀释过滤的含细胞
的溶液至每毫升约1-50×106、1-40×106、1-30×106、1-20×106、1-15×106或1-10×106个
细胞,例如在冷冻保存之前;并用包含右旋糖但不包含人血清白蛋白(HSA)的第二溶液稀释得到的过滤的含细胞的溶液以产生所述组合物。在某些实施方案中,所述稀释不超过约15
×106个细胞/毫升。在某些实施方案中,所述稀释不超过约10±3×106个细胞/毫升。在某些
实施方案中,所述稀释不超过约7.5×106个细胞/毫升。在其他某些实施方案中,如果过滤
的含细胞的溶液在稀释之前包含小于约15×106个细胞/毫升,则过滤是任选的。在其他某
些实施方案中,如果过滤的含细胞的溶液在稀释之前包含小于约10±3×106个细胞/毫升,
则过滤是任选的。在其他某些实施方案中,如果在稀释之前,过滤的含细胞的溶液包含小于约7.5×106个细胞/毫升,则过滤是任选的。
[0436] 在一个具体的实施方案中,细胞在用第一稀释溶液稀释和用所述第二稀释溶液稀释之间进行冷冻保存。在另一具体实施方案中,第一稀释溶液包含右旋糖和HSA。第一稀释溶液或第二稀释溶液中的右旋糖可以是任何分子量的右旋糖,例如分子量为约10kDa至约
150kDa的右旋糖。在一些实施方案中,所述第一稀释溶液或所述第二溶液中的所述右旋糖
为约2.5%、3.0%、3.5%、4.0%、4.5%、5.0%、5.5%、6.0%、6.5%、7.0%、7.5%、8.0%、
8.5%、9.0%、9.5%或10%的右旋糖。在另一具体实施方案中,所述第一稀释溶液或所述第二稀释溶液中的右旋糖是右旋糖-40。在另一具体实施方案中,所述第一稀释溶液和所述第二稀释溶液中的右旋糖是右旋糖-40。在另一具体实施方案中,所述第一稀释溶液中的所述右旋糖-40是5.0%的右旋糖-40。在另一具体实施方案中,所述第一稀释溶液中的所述右旋糖-40是5.5%的右旋糖-40。在另一具体实施方案中,所述第二稀释溶液中的所述右旋糖-
40是10%的右旋糖-40。在另一个具体的实施方案中,所述包含HSA的溶液中的所述HSA为1-
15%的HSA。在另一个具体实施方案中,所述包含HSA的溶液中的所述HSA为约1%、2%、3%、
4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%或15%的HSA。在另一个具体的实施方案中,所述包含HSA的溶液中的所述HSA是10%的HSA。在另一具体实施方案中,所述第一稀释溶液包含HSA。在另一个具体的实施方案中,所述第一稀释溶液中的所述HSA是10%
的HSA。在另一具体实施方案中,所述第一稀释溶液包含冷冻保护剂。在另一个具体实施方案中,所述冷冻保护剂是DMSO。在另一具体实施方案中,所述第二稀释溶液中的所述右旋
糖-40是约10%的右旋糖-40。在另一个具体的实施方案中,所述包含细胞的组合物包含约
7.5%至约9%的右旋糖。在另一个具体的实施方案中,药物组合物包含每毫升约1.0±0.3
×106个细胞至每毫升约5.0±1.5×106个细胞。在另一个具体的实施方案中,药物组合物包
含每毫升约1.5×106个细胞/毫升至约3.75×106个细胞/毫升。
[0437] 在另一个实施方案中,药物组合物通过包括以下步骤的方法制备:(a)在冷冻保存之前过滤包含PDSC的含细胞溶液以产生过滤的含细胞溶液;(b)在每毫升约1-50×106、1-
40×106、1-30×106、1-20×106、1-15×106或1-10×106个细胞的过滤的含细胞溶液中冷冻
保存细胞;(c)解冻细胞;和(d)用右旋糖-40溶液将过滤的含细胞溶液稀释为约1:1至约1:
11(v/v)。在某些实施方案中,如果在步骤(a)之前细胞的数量少于约10±3×106个细胞/毫
升,则过滤是任选的。在另一个具体的实施方案中,步骤(b)中的细胞以约10±3×106个细
胞/毫升冷冻保存。在另一个具体的实施方案中,将步骤(b)中的细胞在包含约5%至约10%右旋糖-40和HSA的溶液中冷冻保存。在某些实施方案中,步骤(b)中的所述稀释不超过约15×106个细胞/毫升。
[0438] 在另一个实施方案中,药物组合物通过包括以下步骤的方法制备:(a)将PDSC悬浮于包含10%HSA的5.5%右旋糖-40溶液中以形成含细胞溶液;(b)通过70μM过滤器过滤含细胞溶液;(c)用含有5.5%右旋糖-40、10%HSA和5%DMSO的溶液将含细胞溶液稀释至每毫升约1-50×106、1-40×106、1-30×106、1-20×106、1-15×106或1-10×106个细胞;(d)冷冻保
存细胞;(e)解冻细胞;和(f)用10%右旋糖-40将含细胞溶液稀释为1:1至1:11(v/v)。在某些实施方案中,步骤(c)中的所述稀释不超过约15×106个细胞/毫升。在某些实施方案中,
步骤(c)中的所述稀释不超过约10±3×106个细胞/mL。在某些实施方案中,步骤(c)中的所
述稀释不超过约7.5×106个细胞/mL。
[0439] 在另一个实施方案中,包含细胞的组合物通过包括以下步骤的方法制备:(a)离心多个细胞以采集细胞;(b)将细胞重悬于5.5%右旋糖-40中;(c)离心细胞以采集细胞;(d)将细胞重悬于含有10%HSA的5.5%右旋糖-40溶液中;(e)通过70μM滤器过滤细胞;(f)在
5.5%右旋糖-40、10%HSA和5%DMSO中稀释细胞至每毫升约1-50×106、1-40×106、1-30×
6 6 6 6
10、1-20×10、1-15×10或1-10×10个细胞;(g)冷冻保存细胞;(h)解冻细胞;(i)用10%
右旋糖-40将细胞稀释为1:1至1:11(v/v)。在某些实施方案中,步骤(f)中的所述稀释不超
过约15×106个细胞/毫升。在某些实施方案中,步骤(f)中的所述稀释不超过约10±3×106
个细胞/毫升。在某些实施方案中,步骤(f)中的所述稀释不超过约7.5×106个细胞/毫升。
6
在其他某些实施方案中,如果细胞的数量少于每毫升约10±3×10个细胞,则过滤是可选
的。
[0440] 本文所述的组合物(例如包含分离的胎盘细胞的药物组合物)可以包含本文所述的任何分离的胎盘细胞。
[0441] 可以使用适于施用细胞产物的其他可注射制剂。
[0442] 在一个实施方案中,药物组合物包含分离的胎盘细胞,其基本上或完全是非母体来源的,即具有胎儿基因型;例如至少约90%,95%,98%,99%或约100%是非母体来源的。
例如,在一个实施方案中,当所述胎盘细胞群在允许形成胚状体样体的条件下培养时,药物组合物包含为CD200+和HLA-G-;CD73+、CD105+和CD200+;CD200+和OCT-4+;CD73+、CD105+和HLA-G-;CD73+和CD105+的分离的胎盘细胞群,并促进在包含所述分离的胎盘细胞群的胎盘细胞群中形成一种或多种胚状体样体;或者,当所述胎盘细胞群在允许形成胚状体样体的
条件下培养时,药物组合物包含OCT-4+的分离的胎盘细胞群并促进在包含所述分离的胎盘
细胞群的胎盘细胞群中形成一种或多种胚状体样体;或前述的组合,其中所述分离的胎盘
细胞的至少70%、80%、90%、95%或99%来源于非母体。在另一个实施方案中,当所述胎盘细胞群在允许形成胚状体样体的条件下培养时,药物组合物包含为CD10+、CD105+和CD34–;
CD10+、CD105+、CD200+和CD34–;CD10+、CD105+、CD200+、CD34–和至少一种CD90+或CD45–;CD10+、CD90+、CD105+、CD200+、CD34–和CD45–;CD10+、CD90+、CD105+、CD200+、CD34–和CD45–;CD200+和HLA-G–;CD73+、CD105+和CD200+;CD200+和OCT-4+;CD73+、CD105+和HLA-G–;CD73+和CD105+的分离的胎盘细胞群,并促进在包含所述分离的胎盘细胞的胎盘细胞群中形成一种或多种胚状
体样体;或者,当所述胎盘细胞群在允许形成胚状体样体的条件下培养时,药物组合物包含OCT-4+的分离的胎盘细胞群并促进在包含所述分离的胎盘细胞的胎盘细胞群中形成一种
– – – – – +
或多种胚状体样体;或者包含CD117、CD133 、KDR 、CD80 、CD86 、HLA-A,B,C、HLA-DP、DQ、DR–和/或PDL1+的一种或多种;或前述的组合,其中所述分离的胎盘细胞的至少70%、80%、
90%、95%或99%来源于非母体。在具体的实施方案中,药物组合物另外包含不从胎盘获得的干细胞。
[0443] 本文提供的组合物(例如药物组合物)中的分离的胎盘细胞可以包含源自单个供体或来自多个供体的胎盘细胞。分离的胎盘细胞可以与预期的受体完全HLA匹配,或部分或完全HLA错配。
[0444] 4.10包括分离的胎盘细胞的基质
[0445] 本文进一步提供了包含基质,水凝胶,支架等的组合物,其包含胎盘细胞或分离的胎盘细胞群。这种组合物可以代替液体悬浮液中的细胞或除液体悬浮液中的细胞之外另使用。
[0446] 本文所述的分离的胎盘细胞可以被接种到天然基质上,例如胎盘生物材料如羊膜材料。这样的羊膜材料可以是例如直接从哺乳动物胎盘解剖的羊膜;固定或热处理的羊膜、基本干燥的(即<20%H2O)羊膜、绒毛膜、基本干燥的绒毛膜、基本干燥的羊膜和绒毛膜等。
在Hariri的美国申请公开号2004/0048796中描述了可以在其上接种分离的胎盘细胞的示
例性胎盘生物材料,其公开内容通过引用整体并入本文。
[0447] 本文所述的分离的胎盘细胞可以悬浮在适用于例如注射的水凝胶溶液中。用于这种组合物的合适的水凝胶包括自组装肽,如RAD16。在一个实施方案中,可以允许包含细胞的水凝胶溶液例如在模具中硬化以形成具有分散在其中的细胞用于植入的基质。在这种基
质中也可以培养分离的胎盘细胞,使得细胞在植入之前有丝分裂地扩增。水凝胶是例如通
过共价键、离子键或氢键交联的有机聚合物(天然或合成的)以产生三维开放晶格结构,其
截留水分子形成凝胶。水凝胶形成材料包括离子交联的多糖如藻酸盐及其盐、肽、聚磷腈和聚丙烯酸,或者分别通过温度或pH交联的聚环氧乙烷-聚丙二醇嵌段共聚物等嵌段聚合物。
在一些实施方案中,水凝胶或基质是可生物降解的。
[0448] 在一些实施方案中,制剂包含原位可聚合凝胶(参见例如美国专利申请公开2002/0022676,其公开内容通过引用整体并入本文;Anseth等人,J.Control Release(1-3):199-
209;Wang等人,Biomaterials 2003,24(22):3969-3980。
[0449] 在一些实施方案中,聚合物至少部分可溶于具有带电侧基的水溶液或其单价离子盐,例如水、缓冲盐溶液或含水醇溶液。具有可与阳离子反应的酸性侧基的聚合物的实例是聚(磷腈)、聚(丙烯酸)、聚(甲基丙烯酸)、丙烯酸和甲基丙烯酸的共聚物、聚(乙酸乙烯酯)和磺化聚合物,如磺化聚苯乙烯。也可以使用具有由丙烯酸或甲基丙烯酸与乙烯基醚单体
或聚合物反应形成的酸性侧基的共聚物。酸性基团的实例是羧酸基团、磺酸基团、卤化(例如氟化)醇基团、酚OH基团和酸性OH基团。
[0450] 在一个具体的实施方案中,基质是毛毡,其可以由由生物可吸收材料例如PGA、PLA、PCL共聚物或共混物或透明质酸制成的复丝纱组成。使用由卷曲、切割、梳理和针刺组成的标准纺织品加工技术将纱线制成毛毡。在其他实施方案中,将细胞接种到可以是复合
结构的泡沫支架上。另外,三维框架可以被模制成有用的形状,例如待修复、替换或增强的主体中的特定结构。可以使用的支架的其他例子包括无纺垫、多孔泡沫或自组装肽。无纺垫可以使用由羟基乙酸和乳酸(例如PGA/PLA)( Ethicon,Inc.,Somerville,
N.J.)的合成可吸收共聚物组成的纤维形成。由例如聚(ε-己内酯)/聚(乙醇酸)(PCL/PGA)
共聚物组成的泡沫体,通过诸如冷冻干燥或冻干法(参见例如美国专利号6,355,699)的方
法形成的,也可以用作支架。
[0451] 可将本文所述的分离的胎盘细胞或其共培养物接种到三维框架或支架上并植入体内。这样的框架可以与任何一种或多种生长因子、细胞、药物或其他组分(例如刺激组织形成)组合植入。
[0452] 可以使用的支架的实例包括无纺垫、多孔泡沫或自组装肽。无纺垫可以使用由羟基乙酸和乳酸(例如PGA/PLA)( Ethicon,Inc.,Somerville,N.J。)的合成可吸
收共聚物组成的纤维形成。由例如聚(ε-己内酯)/聚(乙醇酸)(PCL/PGA)共聚物组成的泡沫体,通过诸如冷冻干燥或冻干法(参见例如美国专利号6,355,699)的方法形成的,也可以用作支架。
[0453] 在另一个实施方案中,分离的胎盘细胞可以被接种到毛毡上,或与毛毡接触,该毛毡例如可以由由诸如PGA、PLA、PCL共聚物或共混物或者透明质酸的生物可吸收材料制成的复丝纱组成。
[0454] 本文提供的分离的胎盘细胞在另一个实施方案中可以被接种到可以是复合结构的泡沫支架上。这种泡沫支架可以被模制成有用的形状,例如待修理、替换或增强的体内特定结构的一部分。在一些实施方案中,在接种细胞之前,例如用0.1M乙酸处理框架,然后在聚赖氨酸、PBS和/或胶原中温育以增强细胞附着。可修改基质的外表面以改善细胞的附着
或生长和组织的分化,例如通过等离子涂覆基质,或添加一种或多种蛋白质(例如胶原蛋
白、弹性纤维、网状纤维),糖蛋白、糖胺聚糖(例如硫酸肝素、硫酸软骨素-4、硫酸软骨素-6、硫酸皮肤素、硫酸角蛋白等)、细胞基质和/或其他材料,例如但不限于明胶、藻酸盐、琼脂、琼脂糖和植物胶等。
[0455] 在一些实施方案中,支架包含使其成为非血栓形成的材料或用其处理。这些治疗和材料也可以促进和维持内皮生长、迁移和细胞外基质沉积。这些材料和处理的实例包括
但不限于天然材料,例如基底膜蛋白如层粘连蛋白和IV型胶原蛋白,合成材料如
和嵌段聚氨酯脲酮,例如 (The Polymer Technology Group,Inc.,
Berkeley,CA)。支架还可以包含抗血栓剂如肝素;在接种分离的胎盘细胞之前,也可以处理支架以改变表面电荷(例如用血浆包被)。
[0456] 本文提供的胎盘细胞(例如,PDSC)也可以接种到生理上可接受的陶瓷材料上或与其接触,所述陶瓷材料包括但不限于单、二、三、a-三-、β-三-和四-磷酸钙、羟基磷灰石、氟磷灰石、硫酸钙、氟化钙、氧化钙、碳酸钙、磷酸镁钙、生物活性玻璃如 及它
们的混合物。目前可商购获得的多孔生物相容性陶瓷材料包括(加拿大CanMedica公司)、
(法国默克生物材料公司)、 (Mathys公司,瑞士Bettlach)和矿
化胶原骨移植产品如HEALOSTM(DePuy,Inc.,Raynham,MA)和
和 (Orthovita,Malvern,PA)。该框架可以是天然和/或合成材料的混合物、
共混物或复合物。
[0457] 在一个实施方案中,将分离的胎盘细胞以约0.5×106至约8×106个细胞/mL接种到合适的支架上或与其接触。
[0458] 4.11永生化胎盘细胞系
[0459] 通过用任何含有生长促进基因的合适载体转染可以使PDSC有条件地永生化,该生长促进基因即编码在适当条件下促进转染细胞生长的蛋白质的基因,使得生长促进蛋白的
产生和/或活性可通过外部因素调节。在一个实施方案中,生长促进基因是致癌基因,例如但不限于人乳头瘤病毒的v-myc、N-myc、c-myc、p53、SV40大T抗原、多瘤大T抗原、E1a腺病毒或E7蛋白。
[0460] 生长促进蛋白的外部调节可以通过将生长促进基因置于可外部调节的启动子的控制下来实现,例如所述启动子的活性可以通过例如改变转染细胞的温度或与细胞接触的
培养基的组成。在一个实施方案中,可以使用四环素(tet)-控制的基因表达系统(参见
Gossen等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 1992,89:5547-5551;Hoshimaru et al.,
Proc.Natl.Acad.Sci.USA 1996,93:1518-1523)。在不存在tet的情况下,该载体内的tet-
控制的反式激活因子(tTA)强烈地激活phCMV*-1(来自人巨细胞病毒与tet操纵子序列融合
的最小启动子)的转录。tTA是大肠杆菌的转座子-10衍生的tet抗性操纵子的阻遏物(tetR)
和单纯疱疹病毒VP16的酸性结构域的融合蛋白。tet的低无毒浓度(例如0.01-1.0μg/mL)几乎完全消除tTA的反式激活作用。
[0461] 在一个实施方案中,载体还含有编码选择性标志物的基因,例如赋予耐药性的蛋白质。细菌新霉素抗性基因(neoR)是可以在本发明方法中使用的一种这样的标志物。携带
R
neo的细胞可以通过本领域普通技术人员已知的方法进行选择,例如向生长培养基中加入
100-200μg/mL的G418。
[0462] 可以通过本领域普通技术人员已知的多种手段中的任一种来实现转染,包括但不限于逆转录病毒感染。一般而言,细胞培养物可以通过与从载体的生产细胞系采集的条件
培养基和含有N2补充物的DMEM/F12的混合物一起温育来转染。例如,如上所述制备的胎盘
细胞培养物可以在例如体外五天后通过在一个体积的条件培养基和两个体积的含有N2补
充物的DMEM/F12中温育约20小时而感染。然后可以如上所述选择带有选择性标志物的转染
细胞。
[0463] 转染后,将培养物传代到允许增殖的表面上,例如允许至少30%的细胞在24小时内翻倍。在一些实施方案中,底物是聚鸟氨酸/层粘连蛋白底物,其由涂覆有聚鸟氨酸(10μg/mL)和/或层粘连蛋白(10μg/mL)的组织培养塑料、聚赖氨酸/层粘连蛋白底物或用纤连蛋白处理的表面组成。然后,培养物每3-4天用生长培养基喂养,所述生长培养基可以补充或不补充一种或多种增殖促进因子。当培养物的汇合度少于50%时,可以将增殖促进因子添
加到生长培养基中。
[0464] 当80-95%汇合度时,可以使用标准技术例如通过胰蛋白酶消化将条件性永生化的胎盘细胞系进行传代。直到大约第二十代,在一些实施方案中,维持选择(例如,通过添加含有新霉素抗性基因的细胞的G418)是有益的。细胞也可以在液氮中冷冻以进行长期储存。
[0465] 可以从如上所述制备的条件性永生化人胎盘细胞系中分离克隆细胞系。通常,可以使用标准技术(例如通过有限稀释或使用克隆环)分离这些克隆细胞系并进行扩增。通常
可以如上所述将克隆细胞系喂养和传代。
[0466] 条件性永生化人胎盘细胞系可以是克隆的但不必须是克隆的,其通常可以通过在促进分化的培养条件下抑制生长促进蛋白的产生和/或活性来诱导分化。例如,如果编码生长促进蛋白的基因处于可外部调节的启动子的控制之下,则可以改变例如温度或培养基组
成的条件以抑制生长促进基因的转录。对于上面讨论的四环素控制的基因表达系统,通过
加入四环素抑制生长促进基因的转录可以实现分化。通常,1μg/mL的四环素4-5天足以启动分化。为了促进进一步分化,可以在生长培养基中包含其他药剂。
[0467] 4.12PDSC条件化培养基
[0468] 本文提供的PDSC可用于产生条件培养基,即包含一种或多种由干细胞分泌或排出的生物分子的培养基。这种条件化培养基可以用于本文提供的各种方法中。在某些实施方
案中,条件化培养基包含其中PDSC已经生长了至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或更多天的培养基。在其他实施方案中,条件化培养基包含其中PDSC已经生长至至少30%、
40%、50%、60%、70%、80%、90%汇合度或高达100%汇合度的培养基。这种条件化培养基可用于支持单独的PDSC群或另一种干细胞的培养。在另一个实施方案中,条件化培养基包
含其中PDSC已经分化成成体细胞类型的培养基。在另一个实施方案中,条件化培养基包含
已经培养了PDSC和非PDSC的培养基。
[0469] 4.13测定
[0470] 本文提供的PDSC(或其他细胞)可用于测定中以确定培养条件、环境因素、分子(例如生物分子、小无机分子等)等对干细胞增殖、扩增和/或分化的影响,将其与不暴露于这种条件的PDSC比较。
[0471] 在一个实施方案中,测定本文提供的PDSC(或其他细胞)与分子接触后增殖、扩增或分化的变化。在一个实施方案中,例如,提供了鉴定调节多个PDSC增殖的化合物的方法,所述方法包括使所述多种PDSC与所述化合物在允许增殖的条件下接触,其中与多个未接触
所述化合物的PDSC相比,如果所述化合物引起所述多个PDSC在增殖中可检测的变化,则所
述化合物被鉴定为调节PDSC增殖的化合物。在具体的实施方案中,所述化合物被鉴定为增
殖抑制剂。在另一个具体实施方案中,所述化合物被鉴定为增殖增强子。
[0472] 在另一个实施方案中,提供了鉴定调节多个PDSC的扩增的化合物的方法,包括使所述PDSC与所述化合物在允许扩增的条件下接触,其中与未接触所述化合物的多个PDSC相
比,如果所述化合物引起所述PDSC在扩增中可检测的变化,则所述化合物被鉴定为调节
PDSC扩增的化合物。在一个具体的实施方案中,所述化合物被鉴定为扩增抑制剂。在另一个具体的实施方案中,所述化合物被鉴定为扩增增强子。
[0473] 在另一个实施方案中,提供了鉴定调节PDSC分化的化合物的方法,包括在允许分化的条件下使所述干细胞与所述化合物接触,其中与未接触所述化合物的PDSC相比,如果
所述化合物引起所述PDSC分化的可检测变化,则所述化合物被鉴定为调节PDSC增殖的化合
物。在具体的实施方案中,所述化合物被鉴定为分化抑制剂。在另一具体实施方案中,所述化合物被鉴定为分化增强子。
[0474] 4.14试剂盒
[0475] 另一方面,本文提供了适于本文提供的方法的试剂盒,其包含与剩余试剂盒内容物分开的容器中的PDSC和使用说明书。在某些实施方案中,胎盘细胞以药学上可接受的溶
液提供,例如适于施用的溶液,例如静脉内施用。在某些实施方案中,PDSC是本文所述的任何CD10+、CD34-、CD105+胎盘细胞,例如CD10+、CD34-、CD105+、CD200+胎盘细胞或CD10+、CD34-、- + + +
CD45、CD90、CD105、CD200胎盘细胞。
[0476] 在某些实施方案中,试剂盒包含促进胎盘细胞递送至个体的一种或多种组分。例如,在某些实施方案中,试剂盒包含促进胎盘细胞静脉内或其他肠胃外递送至个体的的组
分。在这样的实施方案中,试剂盒可以包含例如适于将细胞递送至个体的注射器和针等。在这样的实施方案中,胎盘细胞可以包含在袋中的试剂盒中,或装在一个或多个小瓶中。在某些其他实施方案中,试剂盒包含促进胎盘细胞静脉内或动脉内递送至个体的组分。在这样
的实施方案中,可以将胎盘细胞包含在例如瓶子或袋子(例如,能够容纳约1.5L包含细胞的溶液的血袋或类似的袋子)内,并且该试剂盒另外包含适于将细胞递送至个体的管和针。
[0477] 另外,所述试剂盒可包含:一种或多种减少个体疼痛炎症的化合物(例如止痛剂、甾体或非甾体抗炎化合物等),所述试剂盒还可包含抗细菌剂或抗病毒剂化合物(例如
一种或多种抗生素),减轻个体焦虑的化合物(例如阿拉伯唑仑),降低个体免疫应答的化合物(例如环孢菌素A),抗组胺剂(苯海拉明,氯雷他定,地氯雷他定,喹硫平,非索非那定,西替利嗪,异丙嗪,氯苯那敏,左西替利嗪,西咪替丁,法莫替丁,雷尼替丁,尼扎替丁,罗沙替丁,拉呋替丁等)。
[0478] 另外,试剂盒可以包含一次性物品,例如无菌擦拭物、一次性纸制品、手套等,其便于个体用于递送的制备,或者由于胎盘细胞的施用而降低个体感染的可能性。
[0479] 4.15其他实施方案
[0480] 以下提供本文所述的各种方法的其他实施方案。
[0481] 在一个方面,本文提供了用于随时间维持或增加个体组织中干细胞数量与分化细胞数量的比例的方法,所述方法包括向所述个体施用有效量的干细胞群,其中该比例与对
照个体组织中的干细胞数量与分化细胞数量的比例相比随时间维持或增加。在一个实施方
案中,干细胞群包含PDSC群。在另一个实施方案中,干细胞群基本上由PDSC群组成。在一个具体的实施方案中,干细胞群由PDSC群组成。
[0482] 另一方面,本文提供了随时间维持或增加有需要的个体的组织中干细胞数量的方法,其包括向个体施用有效量的干细胞群,其中个体组织中的干细胞数量与对照个体的相
同组织中的干细胞数量相比随时间维持或增加。在一个实施方案中,干细胞群包含PDSC群。
在另一个实施方案中,干细胞群基本上由PDSC群组成。在一个具体的实施方案中,干细胞群由PDSC群组成。
[0483] 另一方面,本文提供了改变个体组织中存在的衰老干细胞的表型的方法,其包括向个体施用有效量的干细胞群,其中所述量对于改变衰老的干细胞的环境小生境是有效
的,从而干细胞的表型与对照个体组织中存在的干细胞的表型相比改变。在一个实施方案
中,干细胞群包含PDSC群。在另一个实施方案中,干细胞群基本上由PDSC群组成。在一个具体的实施方案中,干细胞群由PDSC群组成。
[0484] 另一方面,本文提供了改变个体组织中衰老细胞的蛋白质组的方法,所述方法包括向个体施用有效量的干细胞群,其中所述量有效地改变衰老细胞的蛋白质组,其中改变
的蛋白质组包含在对照个体组织中的年轻细胞中发现的一种或多种生物标志物。在一个实
施方案中,干细胞群包含PDSC群。在另一个实施方案中,干细胞群基本上由PDSC群组成。在一个具体的实施方案中,干细胞群由PDSC群组成。在其他实施方案中,一种或多种生物标志物是在骨骼肌、脑、心脏、肝脏、肾脏、骨髓或皮肤中表达的蛋白质。在一些实施方案中,一种或多种生物标志物是在骨骼肌中表达的蛋白质。在一些实施方案中,一种或多种生物标志
物是在脑中表达的蛋白质。在其他实施方案中,一种或多种生物标志物是在心脏中表达的
蛋白质。在某些实施方案中,一种或多种生物标志物是肝脏中表达的蛋白质。在一些实施方案中,一种或多种生物标志物是在肾脏中表达的蛋白质。在其他实施方案中,一种或多种生物标志物是在骨髓中表达的蛋白质。在一些实施方案中,一种或多种生物标志物是在皮肤
中表达的蛋白质。
[0485] 另一方面,本文提供了改变个体组织中衰老细胞的转录组的方法,包括向个体施用有效量的干细胞群,其中所述量有效改变衰老细胞的转录组,其中改变的转录组包含在
对照个体组织中的年轻细胞中发现的一种或多种转录物。在一个实施方案中,干细胞群包
含PDSC群。在另一个实施方案中,干细胞群基本上由PDSC群组成。在一个具体的实施方案
中,干细胞群由PDSC群组成。在某些实施方案中,使用转录物阵列分析来鉴定一种或多种转录物。
[0486] 在本文提供的各种方法的某些实施方案中,衰老细胞是体细胞。
[0487] 在本文提供的各种方法的其他实施方案中,在施用干细胞群之前,对照个体是相同的个体。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,在施用干细胞群之前,对照个体是相同的个体。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,对照个体是未接受干细胞群的个体。
在一个实施方案中,干细胞群包含PDSC群。在另一个实施方案中,干细胞群基本上由PDSC群组成。在一个具体的实施方案中,干细胞群由PDSC群组成。
[0488] 在本文提供的各种方法的其他实施方案中,所述方法进还包括(i)在将所述干细胞群施用于所述个体之前确定所述组织中的干细胞和/或分化细胞的数量,和(ii)将干细
胞群施用于个体后确定组织中干细胞和/或分化细胞的数量。在本文提供的各种方法的某
些实施方案中,对照个体是尚未接受干细胞群的个体。
[0489] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,与施用干细胞群之前相比,所述方法在施用后增加组织中干细胞的数量。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,与未接受
干细胞群施用的个体相比,个体具有增加数量的干细胞。在本文提供的各种方法的一些实
施方案中,干细胞数量的增加随时间持续存在。在本文提供的各种方法的某些实施方案中,干细胞的数量是组织中存在的干细胞扩增的结果。在本文提供的各种方法的其他实施方案
中,干细胞数量的增加是组织中干细胞扩增的结果。在本文提供的各种方法的一些实施方
案中,干细胞数量的增加是组织中干细胞(例如干细胞群、PDSC群)扩增的结果。
[0490] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,通过干细胞集落形成单位来评估干细胞的数量。
[0491] 在本文提供的各种方法的其他实施方案中,干细胞数量的增加导致个体组织的重塑、更新、革新、复原、修复和/或恢复。
[0492] 在本文提供的各种方法的某些实施方案中,组织是肌肉。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,组织是脑。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,组织是皮肤。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,组织是骨髓。在本文提供的各种方法的某些实施
方案中,组织是心脏。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,组织是肝脏。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,组织是肾脏。
[0493] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,全身性施用干细胞群。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,干细胞群局部施用于组织。在本文提供的各种方法的某些实
施方案中,干细胞群通过胃肠外施用来施用。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,静脉内施用干细胞群。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,干细胞群通过连续滴注或
推注(bolus)施用。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,干细胞群被制备成在可注射液体悬浮液或其他生物相容性介质中施用。在本文提供的各种方法的某些实施方案中,使
用导管施用干细胞群。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,使用控释系统施用干细
胞群。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,使用可植入的基质或基体施用干细胞群。
在本文提供的各种方法的一些实施方案中,肌内施用干细胞群。在本文提供的各种方法的
其他实施方案中,皮下(subcutaneously)施用干细胞群。在本文提供的各种方法的某些实
施方案中,真皮下(subdermally)施用干细胞群。在本文提供的各种方法的一些实施方案
中,室内施用干细胞群。在一个具体的实施方案中,干细胞群是PDSC群。
[0494] 在本文提供的各种方法的其他实施方案中,所述方法还包括使所述干细胞群与年轻干细胞、年轻祖细胞或年轻前体细胞接触。在一个实施方案中,干细胞群包含PDSC群。在另一个实施方案中,干细胞群基本上由PDSC群组成。在一个具体的实施方案中,干细胞群由PDSC群组成。
[0495] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,所述方法进一步包括使干细胞群与从年轻干细胞、年轻祖细胞或年轻前体细胞分离的一种或多种另外的因子接触。在本文提供
的各种方法的某些实施方案中,一种或多种另外的因子选自由以下组成的组:细胞因子、激素、启动子、阻遏物、蛋白质、核酸、病毒、免疫原、血管生成因子、生长因子、抗凋亡因子和抗氧化因子。在一个实施方案中,干细胞群包含PDSC群。在另一个实施方案中,干细胞群基本上由PDSC群组成。在一个具体的实施方案中,干细胞群由PDSC群组成。
[0496] 在本文提供的各种方法的其他实施方案中,所述方法还包括在施用于个体之前培养和/或扩增干细胞群。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,培养和/或扩增是体外
的。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,培养和/或扩增是原位的。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,干细胞群在年轻干细胞、年轻祖细胞或年轻前体细胞的存在下
培养和/或扩增。在本文提供的各种方法的某些实施方案中,干细胞群在在从年轻干细胞、年轻祖细胞或年轻前体细胞分离的另外的因子的存在下培养和/或扩增。在本文提供的各
种方法的一些实施方案中,一种或多种另外的因子选自由以下组成的组:细胞因子、激素、启动子、阻遏物、蛋白质、核酸、病毒、免疫原、血管生成因子、生长因子、抗凋亡因子和抗氧化因子。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,干细胞群在体外装置中培养和/或扩
增。在一个实施方案中,干细胞群包含PDSC群。在另一个实施方案中,干细胞群基本上由
PDSC群组成。在一个具体的实施方案中,干细胞群由PDSC群组成。
[0497] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,干细胞群先前已被冷冻保存。在本文提供的各种方法的某些实施方案中,干细胞群已经传代了至少三次。在本文提供的各种方
法的其他实施方案中,干细胞群已经传代不超过十次。在本文提供的各种方法的一些实施
方案中,干细胞群是来自胎盘干细胞库的细胞。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,干细胞是胚胎样干细胞。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,干细胞是全能干细胞
或多能干细胞。在本文提供的各种方法的某些实施方案中,干细胞群包含从已排出脐带血
的胎盘获得的细胞。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,干细胞群包含从灌注去除
残余血液的胎盘获得的细胞。在一个实施方案中,干细胞群包含PDSC群。在另一个实施方案中,干细胞群基本上由PDSC群组成。在一个具体的实施方案中,干细胞群由PDSC群组成。在一个实施方案中,干细胞包含PDSC。在一个实施方案中,干细胞基本上由PDSC组成。在一个实施方案中,干细胞由PDSC组成。在一个实施方案中,干细胞是PDSC。在具体的实施方案中,干细胞是PDSC。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,先前已经将PDSC群冷冻保存。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,PDSC群已经传代了至少三次。在本文提供的各种
方法的某些实施方案中,PDSC群传代不超过十次。在本文提供的各种方法的其他实施方案
中,PDSC群是来自胎盘干细胞库的细胞。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,PDSC是胚胎样干细胞。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,PDSC是全能干细胞或多能干细
胞。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,PDSC群包含从已排出脐带血的胎盘获得的
细胞。在本文提供的各种方法的某些实施方案中,PDSC群包含从灌注去除残余血液的胎盘
获得的细胞。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,PDSC群由从灌注去除残余血液的
胎盘获得的细胞组成。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,PDSC群基本上由从灌注
去除残余血液的胎盘获得的细胞组成。
[0498] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,PDSC群包含为CD34-、CD10+、SH2+、CD90+胎盘多能细胞的细胞。在本文提供的各种方法的某些实施方案中,PDSC群包含为CD34-、CD38-、CD45-、CD10+、CD29+、CD44+、CD54+、CD90+、SH2+、SH3+、SH4+和OCT-4+的细胞。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,PDSC群包含为CD34-、CD10+、CD105+和CD200+的细胞。在本文+
提供的各种方法的一些实施方案中,PDSC群包含CD73细胞。在本文提供的各种方法的一些
实施方案中,PDSC群包含为CD73+和CD105+的细胞。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,PDSC群包含CD200+细胞。在本文提供的各种方法的某些实施方案中,PDSC群包含为
CD34-、CD38-、CD45-、OCT-4+和CD200+的细胞。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,- - - + + +
PDSC群包含为CD34 、CD38、CD45、CD73、OCT-4 和CD200的细胞。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,PDSC群包含为OCT-4+的细胞。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,PDSC群包含为CD73+、CD105+和OCT4+的细胞。在本文提供的各种方法的某些实施方案中,
PDSC群包含为CD73+、CD105+和CD200+的细胞。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,PDSC群包含为CD73+和CD105+的细胞。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,PDSC群包含为CD200+和OCT-4+的细胞。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,PDSC群包含为CD73+、CD105+和HLA-G+的细胞。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,PDSC群包含为CD73+、CD105+、HLA-G+的细胞。在本文提供的各种方法的某些实施方案中,PDSC群包含为CD73+、CD105+、CD200+和HLA-G+的细胞。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,PDSC群包含为CD34-、CD38-、CD45-和HLA-G+的细胞。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,PDSC群包含为CD34-、CD38-、CD45-、CD34-和CD38-;CD34-和CD45-;CD38-和CD45-;或CD34-、CD38-和CD45-的细胞。
[0499] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,所述方法还包括表征干细胞的基因组。在本文提供的各种方法的某些实施方案中,在向个体施用干细胞群之前进行基因组表
征。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,在向个体施用干细胞群之后进行基因组表
征。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,在向个体施用干细胞群之前以及在向个体
施用干细胞群之后进行基因组表征。在一个实施方案中,干细胞包含PDSC。在一个实施方案中,干细胞基本上由PDSC组成。在一个实施方案中,干细胞由PDSC组成。在一个实施方案中,干细胞是PDSC。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,所述方法还包括表征PDSC的基
因组。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,在向个体施用干细胞群之前进行基因组
表征。在本文提供的各种方法的某些实施方案中,在向个体施用干细胞群之后进行基因组
表征。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,在向个体施用干细胞群之前以及向个体
施用干细胞群之后进行蛋白质组表征。
[0500] 在本文提供的各种方法的其他实施方案中,所述方法还包括表征干细胞的蛋白质组。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,在向个体施用干细胞群之前进行蛋白质组
表征。在本文提供的各种方法的某些实施方案中,在向个体施用干细胞群之后进行蛋白质
组表征。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,在向个体施用干细胞群之前和向个体
施用干细胞群之后进行蛋白质组表征。在一个实施方案中,干细胞包含PDSC。在一个实施方案中,干细胞基本上由PDSC组成。在一个实施方案中,干细胞由PDSC组成。在一个实施方案中,干细胞是PDSC。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,所述方法还包括表征PDSC的蛋白质组。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,在向个体施用PDSC群之前进行蛋白
质组表征。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,在向个体施用PDSC群之后进行蛋白
质组表征进行蛋白质组表征。在本文提供的各种方法的某些实施方案中,在向个体施用
PDSC群之前以及在向个体施用PDSC群之后进行蛋白质组表征。
[0501] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,干细胞群是个体自体的。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,干细胞群与个体是同种异体的。在本文提供的各种方法的
一些实施方案中,干细胞群与个体是同源的。在本文提供的各种方法的某些实施方案中,干细胞群是同源细胞群。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,干细胞群是混合细胞群。
在本文提供的各种方法的一些实施方案中,干细胞群是富集的干细胞群。在一个实施方案
中,干细胞包含PDSC。在一个实施方案中,干细胞基本上由PDSC组成。在一个实施方案中,干细胞由PDSC组成。在一个实施方案中,干细胞是PDSC。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,PDSC群是个体自体的。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,PDSC群与个体是同种异体的。在本文提供的各种方法的某些实施方案中,PDSC群与个体是同源的。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,PDSC群是同源细胞群。在本文提供的各种方法的其他实施
方案中,PDSC群是混合细胞群。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,PDSC群是富集的PDSC群。在本文提供的各种方法的某些实施方案中,干细胞群包含PSC-100细胞。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,PDSC群包含PSC-100细胞。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,PDSC群是富集的PSC-100细胞群。
[0502] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,干细胞群以1×105个细胞至1×109个细胞的剂量施用。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,干细胞群以1×105个细胞至1
×107个细胞的剂量施用。在本文提供的各种方法的某些实施方案中,干细胞群以1×106个
细胞至1×107个细胞的剂量施用。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,干细胞群以
单剂量施用。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,干细胞群以多剂量施用。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,干细胞群是对个体的第一次施用。在本文提供的各种方
法的某些实施方案中,当个体是10-15岁、15-20岁、20-25岁、25-30岁、30-35岁、35-40岁、
40-45岁、45-50岁、50-55岁、55-60岁、60-65岁、65-70岁、70岁-75岁、75-80岁、80-85岁、85-
90岁、90-95岁、95-100岁或100岁以上时,施用干细胞群。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,在个体的整个寿命期间连续施用干细胞群。在一个实施方案中,干细胞群包含
PDSC群。在另一个实施方案中,干细胞群基本上由PDSC群组成。在一个具体的实施方案中,干细胞群由PDSC群组成。
[0503] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,所述方法还包括表征组织中干细胞和/或分化细胞的基因组。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,其中在将干细胞群施用于个体之前进行基因组表征。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,在将干细胞群
施用于个体后进行基因组表征。在本文提供的各种方法的某些实施方案中,在将干细胞群
施用于个体之前以及在将干细胞群施用于个体之后进行基因组表征。在一个实施方案中,
干细胞群包含PDSC群。在另一个实施方案中,干细胞群基本上由PDSC群组成。在一个具体的实施方案中,干细胞群由PDSC群组成。
[0504] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,所述方法还包括表征组织中干细胞和/或分化细胞的蛋白质组。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,在将干细胞群施用于个体之前进行蛋白质组表征。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,在将干细胞群
施用于个体之后进行蛋白质组表征。在本文提供的各种方法的某些实施方案中,在向个体
施用干细胞群之前以及在向个体施用干细胞群之后进行蛋白质组表征。在一个实施方案
中,干细胞群包含PDSC群。在另一个实施方案中,干细胞群基本上由PDSC群组成。在一个具体的实施方案中,干细胞群由PDSC群组成。
[0505] 在本文提供的各种方法的其他实施方案中,一种或多种生物标志物是在骨骼肌细胞和/或横纹肌细胞中表达的蛋白质。
[0506] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:肌球蛋白轻链3(MLCF3)、肌球蛋白轻链多肽2(慢)、肌球蛋白轻链1(MLC1F)、肌球蛋白结合蛋白C(MYBPC1)、肌球蛋白肌球蛋白结合蛋白H、α肌动蛋白(片段)、肌动蛋白(骨骼肌)、肌动蛋白α(心脏)、肌钙蛋白T类Iaα-1、肌钙蛋白T类IIaβ-1、肌钙蛋白Tβ/α、capZβ、结蛋白、凝溶胶蛋白(胞质溶胶)、β-微管蛋白、P23、磷酸丙糖异构酶1、糖基化酶I、乙二醛酶I、烯醇酶3(β肌肉)、甘油3-P脱氢酶、异柠檬酸脱氢酶3(NAD+)、细胞色素C氧化酶(多肽Va)、肌酸激酶(肌肉形式)、Cu/Zn超氧化物歧化酶、铁蛋白重链(H-铁蛋白)、醛脱氢酶(线粒体)、谷胱甘肽转移酶(ω-1)、热休克20kDa蛋白(Hsp20)、热休克27kDa蛋白(Hsp27)、二硫键异构酶ER60(ERp57)、14-3-3蛋白、鸟嘌呤脱氨酶(鸟嘌呤酶)、Rho-GDI(α)、磷酸组氨酸磷酸酶、mRNA加帽酶、类似apobec2蛋白、半乳糖凝集素1、白蛋白、维生素D结合蛋白前肽、蛋白激酶C相互作用蛋白1、RIKEN cDNA 1700012G19、肌球蛋白重链2(MYH2)、肌钙蛋白T 1型(TNNT1)、利阿诺定受体1(骨架)(RYR1)、肌集钙蛋白1(快缩,骨骼肌)(CASQ1)、亲联蛋白1(JPH1)、腺苷单磷酸脱氨酶(AMPD1)、磷酸化酶糖原肌肉(PYGM)和烯醇酶3(β,肌肉)(ENO3)。
[0507] 在本文提供的各种方法的某些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:MLCF3、肌球蛋白轻链多肽2(慢)、MLC1F、肌球蛋白结合蛋白C、肌球蛋白结合蛋白H、α肌动蛋白(片段)、肌动蛋白(骨骼肌)、肌动蛋白α(心脏)、肌钙蛋白T类IIaβ-1、肌钙蛋白Tβ/α、capZβ、结蛋白、磷酸丙糖异构酶1、糖基化酶I、乙二醛酶I、烯醇酶3(β肌肉)、甘油3-P脱氢酶、异柠檬酸脱氢酶3(NAD+)、细胞色素C氧化酶(多肽Va)、肌酸激酶(肌肉形式)、Cu/Zn超氧化物歧化酶、磷酸组氨酸磷酸酶、蛋白激酶C相互作用蛋白-1和RIKEN cDNA 1700012G19,其中一种或多种生物标志物的表达降低指示衰老。在本文提供的各种方法的其他实施方案
中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:肌钙蛋白T类Iaα-1、肌钙蛋白T类IIaβ-1、结蛋白、凝溶胶蛋白(胞质溶胶)、β-微管蛋白、p23、铁蛋白重链(H-铁蛋白)、醛脱氢酶(线粒体)、谷胱甘肽转移酶(ω-1)、热休克20kDa蛋白(Hsp20)、Hsp20、二硫键异构酶ER60
(ERp57)、14-3-3蛋白、鸟嘌呤脱氨酶(鸟嘌呤酶)、Rho-GDI(α)、mRNA加帽酶、类似apobec2蛋白、半乳糖凝集素1、白蛋白、维生素D结合蛋白前肽,其中一种或多种生物标志物的表达增加指示衰老。
[0508] 在本文提供的各种方法的其他实施方案中,一种或多种生物标志物是在脑中表达的蛋白质。
[0509] 在本文提供的各种方法的其他实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:肉豆蔻酰化的富含丙氨酸的C-激酶底物、α-互连蛋白、甲基-CpG-结合蛋白2的同种型B、组蛋白H1.4、血清白蛋白的同种型1、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白G(1)/G(S)/G(T)亚基β-1、腺苷酸激酶1、果糖二磷酸醛缩酶A、腱生蛋白-R、丛生蛋白的同种型2、突触传递、阳离子转运、髓磷脂蛋白脂质蛋白的同种型1、神经调理素、二氢嘧啶酶相关蛋白2、二氢蝶啶还原酶、基质蛋白-3、α-烯醇酶、凝溶胶蛋白的同种型1、淀粉样蛋白βA4蛋白(片段)APP714的APP同种型、膜联蛋白A6、微管相关蛋白tau的同种型tau-E、MAP1A 331kDa蛋白、成神经细胞分化相关蛋白AH NAK、细胞周期出口和神经元分化蛋白1、甘油醛-3-磷酸脱氢酶、HIST1H1D、谷酰胺酶肾同种型的KGA同种型、超氧化物歧化酶(Mn)(SOD2)、髓磷脂碱性蛋白(MBP)的同种
型1和波形蛋白(VIM)。
[0510] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,一种或多种生物标记选自由以下组成的组:淀粉样蛋白β(A4)前体蛋白(APP)、肉豆蔻酰化的富含丙氨酸的蛋白激酶C底物
(MARCKS)、互联蛋白神经元中间丝蛋白α(INA)、甲基CpG结合蛋白(MECP)、组蛋白簇1H1e
(HIST1H1E)、白蛋白(ALB)、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白)β多肽(GNB1)、腺苷酸激酶1
(AK1)、醛糖A果糖二磷酸(ALDOA)、腱生蛋白R(TNR)、丛生蛋白(CLU)、突触蛋白1(SYN1)、ATP合酶、H+转运、线粒体F1复合物、α亚基1、心肌(ATP5A1)、蛋白脂质蛋白1(PLP1)、生长相关蛋白43(GAP43)、二氢嘧啶酶-样2(DPYSL2)、醌型二氢蝶啶还原酶(QDPR)、基质蛋白-3
(MATR3)、烯醇酶1(α)(ENO1)、凝溶胶蛋白(GSN)、膜联蛋白A6(ANXA6)、微管相关蛋白tau(MAPT)、微管相关蛋白1A(MAP1A)、AHNAK核蛋白、细胞周期出口和神经元分化1(CEND1)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、组蛋白簇1、H1D(HIST1H1D)、谷氨酰胺酶(GLS)、超氧化物歧化酶(SOD2)、MBP、VIM、ELAV样蛋白3(ELAVL3)、神经颗粒素(NRGN)、受体表达增强蛋白2
(REEP2)、谷氨酸脱羧酶1(GAD1)、原钙粘蛋白α-1(PCDHA1)、胶质纤维酸性蛋白(GFAP)、S100钙结合蛋白(S100B)(A)、序列相似性19家族(趋化因子(C-C-基序)-样)成员A1(FAM19A1)、
水通道蛋白4(AQP4)、c型凝集素结构域家族2成员L(CLEC2L)、神经丝三联体L蛋白(NF-L)、过氧化物氧还蛋白(EC 1.11.1.)、乌头酸水合酶(EC 4.2.1.3)、烯醇酶2(EC 4.2.1.11)和T复合蛋白1。
[0511] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:淀粉样蛋白β(A4)前体蛋白(APP)、marcks、互联蛋白神经元中间丝蛋白α(INA)、甲基CpG结合蛋白(MECP)、组蛋白簇1H1e(HIST1H1E)、白蛋白(ALB)、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白)β多肽(GNB1)、腺苷酸激酶1(AK1)、醛糖A果糖二磷酸(ALDOA)、腱生蛋白R(TNR)和丛生蛋白(CLU)。
[0512] 在本文提供的各种方法的其他实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:蛋白脂质蛋白1(PLP1)、生长相关蛋白43(GAP43)、二氢嘧啶酶-样2(DPYSL2)、醌型二氢蝶啶还原酶(QDPR)、基质蛋白-3(MATR3)、烯醇酶1(α)(ENO1)和凝溶胶蛋白(GSN)。
[0513] 在本文提供的各种方法的某些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:微管相关蛋白tau(MAPT)、微管相关蛋白1A(MAP1A)、AHNAK核蛋白、细胞周期出口和神经元分化1(CEND1)和甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)。
[0514] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:神经丝三联体L蛋白(NF-L)、过氧化物氧还蛋白(EC 1.11.1)、乌头酸水合酶(EC 
4.2.1.3)、烯醇酶2(EC 4.2.1.11)和T-复合蛋白1。
[0515] 在本文提供的各种方法的其他实施方案中,其中一种或多种生物标志物是在心脏中表达的蛋白质。
[0516] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:肌球蛋白重链6心肌αα(MYH6)、肌动蛋白α心肌1(ACTC1)、肌钙蛋白I型3(心脏)(TNNI3)、钠尿肽A(NPPA)、A激酶(PRKA)锚定蛋白6(AKAP6)、巢蛋白(NES)、ATP酶Na+K+转运α
3多肽(ATP1A3)、钙粘蛋白2型1N-钙粘蛋白(神经元)(CDH2)、桥粒斑菲素蛋白2(PKP2)、ATP合酶亚基d(Atp5h)、ATP合酶亚基o(Atp5o)、ATP合酶亚基δ(Atp5d)、ATP合酶亚基α
(Atp5a1)、ATP合酶亚基β(Atp5b)、细胞色素c(Cycs)、线粒体丙酮酸脱氢酶E1组分β亚基(Pdhb)、磷酸甘油酸激酶1(Pgk1)、热休克蛋白70(Hspa9)、60kDa热休克蛋白(Hspd1)、结蛋白(Desm)、肌钙蛋白T2(Tnnt2)、原肌球蛋白α1(Tpm1)、电压依赖性阴离子通道-1(Vdac1)和延伸因子2(Eef2)。
[0517] 在本文提供的各种方法的某些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:ATP合酶亚基d(Atp5h)、ATP合酶亚基o(Atp50)、ATP合酶亚基δ(Atp5d)、ATP合酶亚基α(Atp5a1)、ATP合酶亚基β(Atp5b)、细胞色素c(Cycs)、线粒体丙酮酸脱氢酶E1组分β亚基(Pdhb)、磷酸甘油酸激酶1(Pgk1)、热休克蛋白70(Hspa9)、60kDa热休克蛋白(Hspd1)、结蛋白(Desm)、肌钙蛋白T2(Tnnt2)、原肌球蛋白α1(Tpm1)、电压依赖性阴离子通道-1(Vdac1)和延伸因子2(Eef2)。
[0518] 在本文提供的各种方法的某些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:ATP合酶亚基α(Atp5a1)、ATP合酶亚基β(Atp5b)、细胞色素c(Cycs)、线粒体丙酮酸脱氢酶E1组分β亚基(Pdhb)、磷酸甘油酸激酶1(Pgk1)、热休克蛋白70(Hspa9)、结蛋白
(Desm)、肌钙蛋白T2(Tnnt2)、原肌球蛋白α1(Tpm1)、电压依赖性阴离子通道-1(Vdac1),其中一种或多种生物标志物的表达降低指示衰老。
[0519] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,生物标志物是延伸因子2(Eef2),并且Eef2的表达增加指示衰老。
[0520] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,一种或多种生物标志物是在肾脏中表达的蛋白质。
[0521] 在本文提供的各种方法的其他实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:膜蛋白(NPHS2)、肾病蛋白(NPHS1)、IRRE类似物(NEPH1或KIRREL)、足细胞标记蛋白样(PODXL)、成纤维细胞生长因子1FGF1)、粒状生胶家族成员2(CRB2)、溶质载体家族22(有机阴离子转运蛋白)成员8(SLC22A8)、溶质载体家族22(有机阴离子转运蛋白)成员13
(SLC22A13)、氨基羧基粘康酸半醛脱羧酶(ACMSD)、胍丁胺精胺脲水解酶(AGMAT)、甜菜碱高半胱氨酸S-甲基转移酶(BHMT)、染色体11开放阅读框54(C11orf54)、钙粘蛋白6、2型K-钙粘蛋白(胎儿肾脏)(CDH6)、二氢嘧啶酶(DPYS)、γ-谷氨酰转移酶1(GGT1)、4-羟基苯基丙酮酸双加氧酶(HPD)、热反应蛋白12(HRSP12)、低密度脂蛋白受体相关蛋白2(LRP2)、丙酮酸激
酶、肝脏和RBC(PKLR)、X-脯氨酰氨肽酶(氨肽酶P)2、膜结合(XPNPEP2)、尿调节素(UMOD)、钙结合蛋白(CALB1)、溶质载体家族12(钠/钾/氯化物转运蛋白)成员1(SLC12A1)、溶质载体家族12(钠/氯化物转运蛋白)成员3(SLC12A3)、钙敏感受体(CASR)、水通道蛋白(AQP2)、ATP酶H+转运溶酶体38kDa V0亚基d2(ATP6V0D2)、小清蛋白(PVALB)、跨膜蛋白213(TMEM213)、转铁蛋白、异柠檬酸脱氢酶1(IDH)、3-羟基异丁酸脱氢酶、afenopin、热休克蛋白(HSP)9A、ATP合酶、鸟氨酸氨基转移酶、谷氨酸脱氢酶、磷酸甘油酸变位酶、过氧化氢酶和谷胱甘肽
(GSH)。
[0522] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,生物标志物选自由以下组成的组:转铁蛋白,异柠檬酸脱氢酶1(IDH)和3-羟基异丁酸脱氢酶,其中述一种或多种生物标志物的
表达增加指示衰老。
[0523] 在本文提供的各种方法的其他实施方案中,一种或多种生物标志物选自由afenopin、磷酸甘油酸变位酶和谷胱甘肽(GSH)组成的组,其中一种或多种生物标志物的表达降低指示衰老。
[0524] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,一种或多种生物标志物的表达增加是性别特异性的。在本文提供的各种方法的某些实施方案中,生物标志物是ATP合酶,并且衰老雄性中ATP合酶的表达上调。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,生物标志物是过氧化氢酶,并且衰老雄性中过氧化氢酶的表达下调。在本文提供的各种方法的一些实施方
案中,生物标志物是ATP合酶,并且衰老雌性中ATP合酶的表达下调。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,生物标志物是鸟氨酸转氨酶,并且衰老雌性中鸟氨酸氨基转移酶的表
达上调。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,生物标志物是谷氨酸脱氢酶,并且衰老雌性中谷氨酸脱氢酶的表达下调。
[0525] 在本文提供的各种方法的某些实施方案中,一种或多种生物标志物是在肝脏中表达的蛋白质。
[0526] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:载脂蛋白B(APOB)、载脂蛋白A-I(APOA1)、纤维蛋白原γ链(FGG)、补体成分2(C2)、激肽原1(KNG1)、纤维蛋白原α链(FGA)、羟酸氧化酶(乙醇酸氧化酶)1(HAO1)、视黄醇脱氢酶
16(全反式)(RDH16)、醛缩酶B、果糖二磷酸(ALDOB)、胆汁酸CoA:氨基酸N-酰基转移酶(甘氨酸N-胆碱基转移酶)(BAAT)、醛酮还原酶家族1成员C4(AKR1C4)、溶质载体家族27(脂肪酸转运蛋白)成员5(SLC27A5)、环氧化物水解酶、3-酮脂酰辅酶A硫解酶A、肌氨酸氧化酶和2,4-二烯酰基还原酶。
[0527] 在本文提供的各种方法的其他实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:环氧化物羟化酶、3-酮脂酰辅酶A硫解酶A、肌氨酸氧化酶和2,4-二烯酰基还原酶,其中一种或多种生物标志物的表达增加指示衰老。
[0528] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,一种或多种生物标志物是在骨髓中表达的蛋白质。
[0529] 在本文提供的各种方法的某些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:防御素α1(DEFA1)、防御素α1B(DEFA1B)、防御素α3(DEFA3)、防御素α4(DEFA4)、组织蛋白酶G(CTSG)、髓过氧化物酶(MPO)、血红蛋白β(HBB)、血红蛋白α1(HBA1)、血红蛋白α2(HBA2)、S100钙结合蛋白12(S100A12)、染色体19开放阅读框59(C19orf59)、丙酮酸脱氢酶(硫辛酰胺)β、脂肪酸结合蛋白5、半乳糖凝集素-3、c-突触核蛋白、异源核核糖核蛋白A1、肌球蛋白轻链调控B(Mrlcb)、转凝蛋白、类嘌呤核苷磷酸化酶(punA)、异源核核糖核蛋白A2/B1同种型A2(Hnrpa2b1)、亨廷顿相互作用蛋白K(HYPK)、β-肌动蛋白FE-3(Actg1)、钙调结合蛋白1(Cald1、钙调蛋白-1(Cnn1))、E-FABP FABP)(Fabp5)、加帽蛋白(肌动蛋白丝)、凝溶胶蛋白样(CAPG)、类毛状蛋白样1(cotl1)、钙调蛋白-1(钙调蛋白H1、平滑肌;碱性钙调蛋白)(Cnn1)、纽蛋白(Vnc)、VIM、β-原肌球蛋白(TPM2)、转凝蛋白2(Tagln2)、原肌球蛋白1α同种型c(TPM1)、钙调蛋白3酸性(CNN3)、钙调蛋白2同种型a(钙调蛋白2)、F-肌动蛋白加帽蛋白β亚基(Capzb)、α-球蛋白(Hba1)、α-肌动蛋白(aa40-375)(Acta2)、平滑肌蛋白SM22同源物-牛(片段)(Tagln2)、硫氧还原蛋白2(Txn1)、过氧化氢素2(Prdx2)、过氧化物氧化还原酶5前体(Prdx5)和Cu-Zn超氧化物歧化酶A5(GSTA5)。
[0530] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:脂肪酸结合蛋白5、半乳糖凝集素-3、c-突触核蛋白、异源核核糖核蛋白A1、肌球蛋白轻链调控B、过氧化物氧还原蛋白5前体和转凝蛋白。
[0531] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:β-肌动蛋白FE-3(Actg1)、钙调结合蛋白1(Cald1、钙调蛋白-1(Cnn1))、E-FABP(C-FABP)(Fabp5)、半乳糖凝集素-3(LGALS3)、γ突触核蛋白(Sncg)、异源核核糖核蛋白A1同种型a(HNRPA1)、异源核糖核蛋白A2/B1同种型A2(Hnrpa2b1)、亨廷顿蛋白相互作用蛋白K
(HYPK)、肌球蛋白、轻链调控B(Mrlcb)、过氧化物氧化还原酶5前体(Prdx5)、类嘌呤核苷磷酸化酶(punA)、丙酮酸脱氢酶(硫辛酰胺)β(PDHB)和转凝蛋白(Tagln)。
[0532] 在本文提供的各种方法的其他实施方案中,一种或多种生物标记选自由以下组成的组:转凝蛋白(Tagln)、加帽蛋白(肌动蛋白丝)、凝溶胶蛋白样(CAPG)、钙调结合蛋白1
(Cald1)、β-肌动蛋白FE-3(Actg1)、类毛状蛋白样1(Cotl1)、钙调蛋白-1(钙调蛋白H1、平滑肌;碱性钙调蛋白)(Cnn1)、纽蛋白(VCL)、VIM、β-原肌球蛋白(TPM2)、肌球蛋白轻链调控B(Mrlcb)、转凝蛋白2(Tagln2)、原肌球蛋白1α同种型c(TPM1)、钙调蛋白3酸性(CNN3)、钙调蛋白2同种型a(钙调蛋白2)、F-肌动蛋白加帽蛋白β亚基(Capzb)、α-球蛋白(Hba1)、α-肌动蛋白(aa40-375)(Acta2)、平滑肌蛋白SM22同源物-牛(片段)(Tagln2)、硫氧还原蛋白2
(Txn1)、过氧化氢素2(Prdx2)、过氧化物氧化还原酶5前体(Prdx5)和Cu-Zn超氧化物歧化酶A5(GSTA5)。
[0533] 在本文提供的各种方法的某些实施方案中,一种或多种生物标志物是在皮肤中表达的蛋白质。
[0534] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:胶原蛋白XVII型α1β1(COL17A1)、肿瘤蛋白p73(TP73)、角蛋白10(KRT10)、半胱天冬酶14、凋亡相关半胱氨酸肽酶(CASP14)、聚丝蛋白(FLG)、角质细胞富含脯氨酸的蛋白
(KPRP)、角膜锁链蛋白(CDSN)、激肽释放酶相关肽酶5(KLK5)、黑色素-A(MLANA)、多巴色素互变异构酶(DCT)、酪氨酸酶(TYR)、CD1a分子(CD1A)、CD207分子、langerin(CD207)、膜联蛋白A6(ANXA6)、谷氨酰胺tRNA合成酶(QARS)、阳离子依赖性甘露糖-6-磷酸(IGF2R)、双丝蛋白-2(TWF2)、40S核糖体蛋白S5(RPS5)、推定的前体mRNA剪接因子ATP依赖性RNA解旋酶
DHX15(DHX15)、26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基1(PSMD1)、40S核糖体蛋白S29(RPS29)、突触足蛋白-2(SYNPO2)、T-复合蛋白1亚基ζ(CCT6A)、膜联蛋白5(ANXA5)、tRNA剪接连接酶RtcB同系物(C22orf28)、富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)、肌球蛋白轻链多肽6(MYL6)、蛋白磷酸酶1调节亚基7(PPP1R7)、UPF0568蛋白C14orf166(C14orf166)、26蛋白酶体非ATP
酶调节亚基14(PSMD14)、丝氨酸羟甲基转移酶线粒体(SHMT2)、热休克70kDa蛋白1A/1B
(HSPA1A)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX1(DDX1)、钙调蛋白(CALM1)、AP-2复合亚基α2(AP2A2)、Rho鸟嘌呤核苷交换因子2(ARHGEF2)、膜联蛋白A4(ANXA4)、红细胞带7整合膜蛋白(STOM)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X(DDX3X)、钙蛋白酶小亚基1(CAPNS1)、NAD(P)H脱氢酶[醌]1
(NQO1)、蛋白S100-A16(S100A16)、网格蛋白轻链B(BASB1)、脑酸可溶性蛋白1(BASP1)、DnaJ同系物亚家族C成员3(DNAJC3)、AP-2复合亚基α-1(AP2A1)、40S核糖体蛋白(RPS6)、甘氨酰-tRNA合成酶(GARS)、含EH结构域蛋白2(EHD2)、寡核糖核酸酶、线粒体(REXO2)、血小板反应蛋白-1(THBS1)、甘氨酰肽N-十四烷酰转移酶1(NMT1)、腺苷酸环化酶相关蛋白1(CAP1)、热休克相关70kDa蛋白2(HSPA2)、组蛋白H2A型1-A(HIST1H2AA)和T复合蛋白1亚基α(TCP1)。
[0535] 在本文提供的各种方法的某些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:线粒体编码的细胞色素c氧化酶II(MTCO2)、NADH脱氢酶(泛醌)1α亚复合物5
(NDUFA5)、NADH脱氢酶(泛醌)1α亚复合物9(NDUFA9)、NADH脱氢酶(泛醌)1α亚复合物10
(NDUFA10)和NADH脱氢酶(泛醌)Fe-S蛋白6 13kDa(NADH-辅酶Q还原酶)(NDUFS6),其中一种
或多种生物标志物的表达降低指示衰老。
[0536] 在本文提供的各种方法的其他实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:膜联蛋白A6(ANXA6)、谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QARS)、阳离子依赖性甘露糖-6-磷酸(IGF2R)、双丝蛋白-2(TWF2)、40S核糖体蛋白S5(RPS5)、推定的前体mRNA剪接因子ATP依赖性RNA解旋酶DHX15(DHX15)、26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基1(PSMD1)、40S核糖体蛋白S29(RPS29)、突触足蛋白-2(SYNPO2)、T-复合蛋白1亚基ζ(CCT6A)、膜联蛋白5(ANXA5)、tRNA-剪接连接酶RtcB同系物(C22orf28)、富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)、肌球蛋白轻链多肽6(MYL6)、蛋白磷酸酶1调节亚基7(PPP1R7)、UPF0568蛋白C14orf166(C14orf166)、26蛋白酶体非ATP酶调节亚基14(PSMD14)、丝氨酸羟甲基转移酶线粒体(SHMT2)、热休克70kDa蛋白1A/1B(HSPA1A)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX1(DDX1)、钙调蛋白(CALM1)、AP-2复合亚基α-2(AP2A2)、Rho鸟嘌呤核苷酸核苷交换因子2(ARHGEF2)、膜联蛋白A4(ANXA4)、红细胞带7整合膜蛋白(STOM)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X(DDX3X)、钙蛋白酶小亚基1(CAPNS1)、NAD(P)H脱氢酶[醌]1(NQO1)、蛋白S100-A16(S100A16)、网格蛋白轻链B(BASB1)、脑酸可溶性蛋白1
(BASP1)、DnaJ同系物亚家族C成员3(DNAJC3)、AP-2复合亚基α-1(AP2A1)、40S核糖体蛋白(RPS6)、甘氨酰-tRNA合成酶(GARS)、含EH结构域蛋白2(EHD2)、寡核糖核酸酶、线粒体
(REXO2)、血小板反应蛋白-1(THBS1)、甘氨酰肽N-十四烷酰转移酶1(NMT1)、腺苷酸环化酶相关蛋白1(CAP1)、热休克相关70kDa蛋白2(HSPA2)、组蛋白H2A型1-A(HIST1H2AA)和T复合
蛋白1亚基α(TCP1)。在一些实施方案中,两种或更多种生物标志物选自由以下组成的组:膜联蛋白A6(ANXA6)、谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QARS)、阳离子依赖性甘露糖-6-磷酸(IGF2R)、双丝蛋白-2(TWF2)、40S核糖体蛋白S5(RPS5)、推定的前体mRNA剪接因子ATP依赖性RNA解旋酶DHX15(DHX15)、26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基1(PSMD1)、40S核糖体蛋白S29(RPS29)、突触足蛋白-2(SYNPO2)、T-复合蛋白1亚基ζ(CCT6A)、膜联蛋白5(ANXA5)、tRNA-剪接连接酶RtcB同系物(C22orf28)、富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)、肌球蛋白轻链多肽6
(MYL6)、蛋白磷酸酶1调节亚基7(PPP1R7)、UPF0568蛋白C14orf166(C14orf166)、26蛋白酶体非ATP酶调节亚基14(PSMD14)、丝氨酸羟甲基转移酶线粒体(SHMT2)、热休克70kDa蛋白
1A/1B(HSPA1A)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX1(DDX1)、钙调蛋白(CALM1)、AP-2复合亚基α-2
(AP2A2)、Rho鸟嘌呤核苷酸核苷交换因子2(ARHGEF2)、膜联蛋白A4(ANXA4)、红细胞带7整合膜蛋白(STOM)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X(DDX3X)、钙蛋白酶小亚基1(CAPNS1)、NAD(P)H脱氢酶[醌]1(NQO1)、蛋白S100-A16(S100A16)、网格蛋白轻链B(BASB1)、脑酸可溶性蛋白1
(BASP1)、DnaJ同系物亚家族C成员3(DNAJC3)、AP-2复合亚基α-1(AP2A1)、40S核糖体蛋白(RPS6)、甘氨酰-tRNA合成酶(GARS)、含EH结构域蛋白2(EHD2)、寡核糖核酸酶、线粒体
(REXO2)、血小板反应蛋白-1(THBS1)、甘氨酰肽N-十四烷酰转移酶1(NMT1)、腺苷酸环化酶相关蛋白1(CAP1)、热休克相关70kDa蛋白2(HSPA2)、组蛋白H2A型1-A(HIST1H2AA)和T复合
蛋白1亚基α(TCP1)。
[0537] 在本文提供的各种方法的其他实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:膜联蛋白A6(ANXA6)、谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QARS)、不依赖阳离子的甘露糖-6-磷酸(IGF2R)、推定的mRNA前体剪接因子ATP依赖性RNA解旋酶DHX15(DHX15)、40S核糖体蛋
白S29(RPS29)、突触足蛋白-2(SYNPO2)、膜联蛋白5(ANXA5)、富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)、肌球蛋白轻链多肽6(MYL6)、热休克70kDa蛋白1A/1B(HSPA1A)、钙调蛋白
(CALM1)、膜联蛋白A4(ANXA4)、红细胞带7整合膜蛋白(STOM)、NAD(P)H脱氢酶[醌]1(NQO1)、网格蛋白轻链B(CLTB)、脑酸可溶性蛋白1(BASP1)、40S核糖体蛋白(RPS6)、含EH结构域蛋白
2(EHD2)、血小板反应蛋白-1(THBS1)、热休克相关70kDa蛋白2(HSPA2),其中一种或多种生物标志物的表达增加指示衰老。在一些实施方案中,两种或更多种生物标志物选自由以下
组成的组:膜联蛋白A6(ANXA6)、谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QARS)、不依赖阳离子的甘露糖-
6-磷酸(IGF2R)、推定的mRNA前体剪接因子ATP依赖性RNA解旋酶DHX15(DHX15)、40S核糖体
蛋白S29(RPS29)、突触足蛋白-2(SYNPO2)、膜联蛋白5(ANXA5)、富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)、肌球蛋白轻链多肽6(MYL6)、热休克70kDa蛋白1A/1B(HSPA1A)、钙调蛋白
(CALM1)、膜联蛋白A4(ANXA4)、红细胞带7整合膜蛋白(STOM)、NAD(P)H脱氢酶[醌]1(NQO1)、网格蛋白轻链B(CLTB)、脑酸可溶性蛋白1(BASP1)、40S核糖体蛋白(RPS6)、含EH结构域蛋白
2(EHD2)、血小板反应蛋白-1(THBS1)、热休克相关70kDa蛋白2(HSPA2),其中生物标志物的表达增加指示衰老。
[0538] 在本文提供的各种方法的某些实施方案中,一种或多种生物标志物选自由以下组成的组:双丝蛋白-2(TWF2)、40S核糖体蛋白S5(RPS5)、26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基1
(PSMD1)、T复合蛋白1亚基ζ(CCT6A)、tRNA剪接连接酶RtcB同源物(C22orf28)、蛋白磷酸酶1调节亚基7(PPP1R7)、UPF0568蛋白C14orf166(C14orf166)、26蛋白酶体非ATP酶调节亚基14(PSMD14)、丝氨酸羟甲基转移酶线粒体、ATP依赖性RNA解旋酶DDX1(DDX1)、AP-2复合亚基α-
2(AP2A2)、Rho鸟嘌呤核苷交换因子2(ARHGEF2)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X(DDX3X)、钙蛋白酶小亚基1(CAPNS1)、蛋白S100-A16(S100A16)、DnaJ同系物亚家族C成员3(DNAJC3)、AP-2复合亚基α-1(AP2A1)、甘氨酰tRNA合成酶(GARS)、寡核糖核酸酶、线粒体(REXO2)、甘氨酰肽N-十四烷酰转移酶1(NMT1)、腺苷酸环化酶相关蛋白1(CAP1)、组蛋白H2A型1-A(HIST1H2AA)和T复合蛋白1亚基α(TCP1),其中一种或多种生物标志物的表达降低指示衰老。
[0539] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,一种或多种转录物是在骨骼肌中表达的转录物。
[0540] 在本文提供的各种方法的某些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:MLCF3、肌球蛋白轻链多肽2(慢)、MLC1F、MYBPC1、肌球蛋白结合蛋白H、α肌动蛋白(片段)、肌动蛋白(骨骼肌)、肌动蛋白α(心脏)、肌钙蛋白T类Iaα-1、肌钙蛋白T类IIaβ-1、肌钙蛋白Tβ/α、capZβ、结蛋白、凝溶胶蛋白(胞质溶胶)、β-微管蛋白、p23、磷酸丙糖异构酶1、糖基化酶I、乙二醛酶I、烯醇酶3(β肌肉)、甘油3-P脱氢酶、异柠檬酸脱氢酶3(NAD+)、细胞色素c氧化酶(多肽Va)、肌酸激酶(肌肉形式)、Cu/Zn超氧化物歧化酶、铁蛋白重链(H-铁蛋白)、醛脱氢酶(线粒体)、谷胱甘肽转移酶(ω-1)、Hsp20、Hsp20、二硫键异构酶ER60(ERp57)、14-
3-3蛋白、鸟嘌呤脱氨酶(鸟嘌呤酶)、Rho-GDI(α)、磷酸组氨酸磷酸酶、mRNA加帽酶、类似apobec2蛋白、半乳糖凝集素1、白蛋白、维生素D结合蛋白前肽、蛋白激酶C相互作用蛋白1、RIKEN cDNA 1700012G19、MYH2、TNNT1、RYR1、CASQ1、JPH1、AMPD1、PYGM和ENO3。
[0541] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:MLCF3、肌球蛋白轻链多肽2(慢)、MLC1F、肌球蛋白结合蛋白C、肌球蛋白结合蛋白H、α肌动蛋白(片段)、肌动蛋白(骨骼肌)、肌动蛋白α(心脏)、肌钙蛋白T类Iaα-1、肌钙蛋白T类IIaβ-1、肌钙蛋白Tβ/α、capZβ、磷酸丙糖异构酶1、糖基化酶I、乙二醛酶I、烯醇酶3(β肌肉)、甘油3-P脱氢酶、异柠檬酸脱氢酶3(NAD+)、细胞色素c氧化酶(多肽Va)、肌酸激酶(肌肉形式)、Cu/Zn超氧化物歧化酶、磷酸组氨酸磷酸酶、蛋白激酶C相互作用蛋白1和RIKEN cDNA 
1700012G19,其中一种或多种转录物的表达降低指示衰老。
[0542] 在本文提供的各种方法的某些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:肌钙蛋白T类Iaα-1、肌钙蛋白T类IIaβ-1、结蛋白、凝溶胶蛋白(胞质溶胶)、β-微管蛋白、p23、铁蛋白重链(H-铁蛋白)、醛脱氢酶(线粒体)、谷胱甘肽转移酶(ω-1)、Hsp20、Hsp20、二硫键异构酶ER60(ERp57)、14-3-3蛋白、鸟嘌呤脱氨酶(鸟嘌呤酶)、Rho-GDI(α)、mRNA加帽酶、类似apobec2蛋白、半乳糖凝集素1、白蛋白、维生素D结合蛋白前肽,其中一种或多种转录物的表达增加指示衰老。
[0543] 在本文提供的各种方法的其他实施方案中,一种或多种转录物是在脑中表达的转录物。
[0544] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:肉豆蔻酰化的富含丙氨酸的C-激酶底物、α-互连蛋白、甲基-CpG-结合蛋白2的同种型B、组蛋白H1.4、血清白蛋白的同种型1、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白G(1)/G(S)/G(T)亚基β-1、腺苷酸激酶1、果糖二磷酸醛缩酶A、腱生蛋白-R、丛生蛋白的同种型2、突触传递、阳离子转运、髓磷脂蛋白脂质蛋白的同种型1、神经调理素、二氢嘧啶酶相关蛋白2、二氢蝶啶还原酶、基质蛋白-3、α-烯醇酶、凝溶胶蛋白的同种型1、淀粉样蛋白βA4蛋白(片段)APP714的APP同种型、膜联蛋白A6、微管相关蛋白tau的同种型tau-E、MAP1A 331kDa蛋白、成神经细胞分化相关蛋白AH NAK、细胞周期出口和神经元分化蛋白1、甘油醛-3-磷酸脱氢酶、HIST1H1D、谷酰胺酶肾同种型的KGA同种型、超氧化物歧化酶(Mn)(SOD2)、MBP的同种型1和VIM。
[0545] 在本文提供的各种方法的某些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:淀粉样蛋白β(A4)前体蛋白(APP)、marcks、互联蛋白神经元中间丝蛋白α(INA)、甲基CpG结合蛋白(MECP)、组蛋白簇1H1e(HIST1H1E)、白蛋白(ALB)、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白)β多肽(GNB1)、腺苷酸激酶1(AK1)、醛糖A果糖二磷酸(ALDOA)、腱生蛋白R(TNR)、丛生蛋白(CLU)、突触蛋白1(SYN1)、ATP合酶、H+转运、线粒体F1复合物、α亚基1、心肌(ATP5A1)、蛋白脂质蛋白1(PLP1)、生长相关蛋白43(GAP43)、二氢嘧啶酶-样2(DPYSL2)、醌型二氢蝶啶还原酶(QDPR)、基质蛋白-3(MATR3)、烯醇酶1(α)(ENO1)、凝溶胶蛋白(GSN)、膜联蛋白A6
(ANXA6)、微管相关蛋白tau(MAPT)、微管相关蛋白1A(MAP1A)、AHNAK核蛋白、细胞周期出口和神经元分化1(CEND1)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、组蛋白簇1、H1d(HIST1H1D)、谷氨酰胺酶(GLS)、超氧化物歧化酶(SOD2)、MBP、VIM、ELAV样蛋白3(ELAVL3)、神经颗粒素
(NRGN)、受体表达增强蛋白2(REEP2)、谷氨酸脱羧酶1(GAD1)、原钙粘蛋白α-1(PCDHA1)、胶质纤维酸性蛋白(GFAP)、S100钙结合蛋白(S100B)(A)、序列相似性19家族(趋化因子(C-C-
基序)-样)成员A1(FAM19A1)、水通道蛋白4(AQP4)、c型凝集素结构域家族2成员L(CLEC2L)、神经丝三联体L蛋白(NF-L)、过氧化物氧还蛋白(EC 1.11.1.)、乌头酸水合酶(EC 
4.2.1.3)、烯醇酶2(EC 4.2.1.11)和T复合蛋白1。
[0546] 在本文提供的各种方法的其他实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:淀粉样蛋白β(A4)前体蛋白(APP)、marcks、互联蛋白神经元中间丝蛋白α(INA)、甲基CpG结合蛋白(MECP)、组蛋白簇1H1e(HIST1H1E)、白蛋白(ALB)、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白)β多肽(GNB1)、腺苷酸激酶1(AK1)、醛糖A果糖二磷酸(ALDOA)、腱生蛋白R(TNR)和丛生蛋白(CLU)。
[0547] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:蛋白脂质蛋白1(PLP1)、生长相关蛋白43(GAP43)、二氢嘧啶酶-样2(DPYSL2)、醌型二氢蝶啶还原酶(QDPR)、基质蛋白-3(MATR3)、烯醇酶1(α)(ENO1)和凝溶胶蛋白(GSN)。
[0548] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:微管相关蛋白tau(MAPT)、微管相关蛋白1A(MAP1A)、AHNAK核蛋白、细胞周期出口和神经元分化1(CEND1)和甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)。
[0549] 在本文提供的各种方法的其他实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:神经丝三联体L蛋白(NF-L)、过氧化物氧还蛋白(EC 1.11.1)、乌头酸水合酶(EC 
4.2.1.3)、烯醇酶2(EC 4.2.1.11)和T-复合蛋白1。
[0550] 在本文提供的各种方法的某些实施方案中,一种或多种转录物是在心脏中表达的转录物。
[0551] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:肌球蛋白重链6心肌αα(MYH6)、肌动蛋白α心肌1(ACTC1)、肌钙蛋白I型3(心脏)(TNNI3)、钠尿肽A(NPPA)、A激酶(PRKA)锚定蛋白6(AKAP6)、巢蛋白(NES)、ATP酶Na+K+转运α3多肽
(ATP1A3)、钙粘蛋白2型1N-钙粘蛋白(神经元)(CDH2)、桥粒斑菲素蛋白2(PKP2)、ATP合酶亚基d(Atp5h)、ATP合酶亚基o(Atp5o)、ATP合酶亚基δ(Atp5d)、ATP合酶亚基α(Atp5a1)、ATP合酶亚基β(Atp5b)、细胞色素c(Cycs)、线粒体丙酮酸脱氢酶E1组分β亚基(Pdhb)、磷酸甘油酸激酶1(Pgk1)、热休克蛋白70(Hspa9)、60kDa热休克蛋白(Hspd1)、结蛋白(Desm)、肌钙蛋白T2(Tnnt2)、原肌球蛋白α1(Tpm1)、电压依赖性阴离子通道-1(Vdac1)和延伸因子2(Eef2)。
[0552] 在本文提供的各种方法的其他实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:ATP合酶亚基d(Atp5h)、ATP合酶亚基o(Atp5o)、ATP合酶亚基δ(Atp5d)、ATP合酶亚基α(Atp5a1)、ATP合酶亚基β(Atp5b)、细胞色素c(Cycs)、线粒体丙酮酸脱氢酶E1组分β亚基(Pdhb)、磷酸甘油酸激酶1(Pgk1)、热休克蛋白70(Hspa9)、60kDa热休克蛋白(Hspd1)、结蛋白(Desm)、肌钙蛋白T2(Tnnt2)、原肌球蛋白α1(Tpm1)、电压依赖性阴离子通道-1(Vdac1)和延伸因子2(Eef2)。
[0553] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:ATP合酶亚基α(Atp5a1)、ATP合酶亚基β(Atp5b)、细胞色素c(Cycs)、线粒体丙酮酸脱氢酶E1组分β亚基(Pdhb)、磷酸甘油酸激酶1(Pgk1)、热休克蛋白70(Hspa9)、结蛋白(Desm)、肌钙蛋白T2(Tnnt2)、原肌球蛋白α1(Tpm1)、电压依赖性阴离子通道-1(Vdac1),其中一种或多种转录物的表达降低指示衰老。
[0554] 在本文提供的各种方法的某些实施方案中,转录物是延伸因子2(Eef2),并且Eef2的表达增加指示衰老。
[0555] 在本文提供的各种方法的其他实施方案中,一种或多种转录物是在肾脏中表达的转录物。
[0556] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:膜蛋白(NPHS2)、肾病蛋白(NPHS1)、IRRE类似物(NEPH1或KIRREL)、足细胞标记蛋白样(PODXL)、成纤维细胞生长因子1FGF1)、粒状生胶家族成员2(CRB2)、溶质载体家族22(有机阴离子转运蛋白)成员8(SLC22A8)、溶质载体家族22(有机阴离子转运蛋白)成员13
(SLC22A13)、氨基羧基粘康酸半醛脱羧酶(ACMSD)、胍丁胺精胺脲水解酶(AGMAT)、甜菜碱高半胱氨酸S-甲基转移酶(BHMT)、染色体11开放阅读框54(C11orf54)、钙粘蛋白6、2型K-钙粘蛋白(胎儿肾脏)(CDH6)、二氢嘧啶酶(DPYS)、γ-谷氨酰转移酶1(GGT1)、4-羟基苯基丙酮酸双加氧酶(HPD)、热反应蛋白12(HRSP12)、低密度脂蛋白受体相关蛋白2(LRP2)、丙酮酸激
酶、肝脏和RBC(PKLR)、X-脯氨酰氨肽酶(氨肽酶P)2、膜结合(XPNPEP2)、尿调节素(UMOD)、钙结合蛋白(CALB1)、溶质载体家族12(钠/钾/氯化物转运蛋白)成员1(SLC12A1)、溶质载体家族12(钠/氯化物转运蛋白)成员3(SLC12A3)、钙敏感受体(CASR)、水通道蛋白(AQP2)、ATP酶H+转运溶酶体38kDa V0亚基d2(ATP6V0D2)、小清蛋白(PVALB)、跨膜蛋白213(TMEM213)、转铁蛋白、异柠檬酸脱氢酶1(IDH)、3-羟基异丁酸脱氢酶、afenopin、热休克蛋白(HSP)9A、ATP合酶、鸟氨酸氨基转移酶、谷氨酸脱氢酶、磷酸甘油酸变位酶、过氧化氢酶和谷胱甘肽
(GSH)。
[0557] 在本文提供的各种方法的其他实施方案中,转录物选自由以下组成的组:转铁蛋白,异柠檬酸脱氢酶1(IDH)和3-羟基异丁酸脱氢酶,其中一种或多种转录物的表达增加指
示衰老。
[0558] 在本文提供的各种方法的某些实施方案中,一种或多种转录物选自由afenopin、磷酸甘油酸变位酶和谷胱甘肽(GSH)组成的组,其中一种或多种转录物的表达降低指示衰
老。
[0559] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,一种或多种转录物的表达增加是特异性的。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,转录物是ATP合酶,并且衰老雄性中ATP合酶的表达上调。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,转录物是过氧化氢酶并且衰老
雄性中过氧化氢酶的表达下调。在本文提供的各种方法的某些实施方案中,转录物是ATP合酶,并且衰老雌性中ATP合酶的表达下调。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,转录物是鸟氨酸转氨酶,并且衰老雌性中鸟氨酸氨基转移酶的表达上调。在本文提供的各种方
法的一些实施方案中,转录物是谷氨酸脱氢酶,并且衰老雌性中谷氨酸脱氢酶的表达下调。
[0560] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,一种或多种转录物是肝脏中表达的转录物。
[0561] 在本文提供的各种方法的其他实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:载脂蛋白B(APOB)、载脂蛋白A-I(APOA1)、纤维蛋白原γ链(FGG)、补体成分2(C2)、激肽原1(KNG1)、纤维蛋白原α链(FGA)、羟酸氧化酶(乙醇酸氧化酶)1(HAO1)、视黄醇脱氢酶16(全反式)(RDH16)、醛缩酶B、果糖二磷酸(ALDOB)、胆汁酸CoA:氨基酸N-酰基转移酶(甘氨酸N-胆碱基转移酶)(BAAT)、醛酮还原酶家族1成员C4(AKR1C4)、溶质载体家族27(脂肪酸转运蛋白)成员5(SLC27A5)、环氧化物水解酶、3-酮脂酰辅酶A硫解酶A、肌氨酸氧化酶和2,4-二烯酰基还原酶。
[0562] 在本文提供的各种方法的某些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:环氧化物羟化酶、3-酮脂酰辅酶A硫解酶A、肌氨酸氧化酶和2,4-二烯酰基还原酶,其中一种或多种转录物的表达增加指示衰老。
[0563] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,一种或多种转录物是在骨髓中表达的转录物。
[0564] 在本文提供的各种方法的其他实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:防御素α1(DEFA1)、防御素α1B(DEFA1B)、防御素α3(DEFA3)、防御素α4(DEFA4)、组织蛋白酶G(CTSG)、髓过氧化物酶(MPO)、血红蛋白β(HBB)、血红蛋白α1(HBA1)、血红蛋白α2(HBA2)、S100钙结合蛋白12(S100A12)、染色体19开放阅读框59(C19orf59)、丙酮酸脱氢酶(硫辛酰
胺)β、脂肪酸结合蛋白5、半乳糖凝集素-3、c-突触核蛋白、异源核核糖核蛋白A1、肌球蛋白轻链调控B(Mrlcb)、转凝蛋白、类嘌呤核苷磷酸化酶(punA)、异源核核糖核蛋白A2/B1同种型A2(Hnrpa2b1)、亨廷顿相互作用蛋白K(HYPK)、β-肌动蛋白FE-3(Actg1)、钙调结合蛋白1(Cald1、钙调蛋白-1(Cnn1))、E-FABP FABP)(Fabp5)、加帽蛋白(肌动蛋白丝)、凝溶胶蛋白样(CAPG)、类毛状蛋白样1(cotl1)、钙调蛋白-1(钙调蛋白H1、平滑肌;碱性钙调蛋白)
(Cnn1)、纽蛋白(Vnc)、VIM、β-原肌球蛋白(TPM2)、转凝蛋白2(Tagln2)、原肌球蛋白1α同种型c(TPM1)、钙调蛋白3酸性(CNN3)、钙调蛋白2同种型a(钙调蛋白2)、F-肌动蛋白加帽蛋白β亚基(Capzb)、α-球蛋白(Hba1)、α-肌动蛋白(aa40-375)(Acta2)、平滑肌蛋白SM22同源物-牛(片段)(Tagln2)、硫氧还原蛋白2(Txn1)、过氧化氢素2(Prdx2)、过氧化物氧化还原酶5前体(Prdx5)和Cu-Zn超氧化物歧化酶A5(GSTA5)。
[0565] 在本文提供的各种方法的某些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:脂肪酸结合蛋白5、半乳糖凝集素-3、c-突触核蛋白、异源核核糖核蛋白A1、肌球蛋白轻链调控B、过氧化物氧还原蛋白5前体和转凝蛋白。
[0566] 在本文提供的各种方法的其他实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:β-肌动蛋白FE-3(Actg1)、钙调结合蛋白1(Cald1、钙调蛋白-1(Cnn1))、E-FABP(C-FABP)(Fabp5)、半乳糖凝集素-3(LGALS3)、γ突触核蛋白(Sncg)、异源核核糖核蛋白A1同种型a
(HNRPA1)、异源核糖核蛋白A2/B1同种型A2(Hnrpa2b1)、亨廷顿蛋白相互作用蛋白K(HYPK)、肌球蛋白、轻链调控B(Mrlcb)、过氧化物氧化还原酶5前体(Prdx5)、类嘌呤核苷磷酸化酶
(punA)、丙酮酸脱氢酶(硫辛酰胺)β(PDHB)和转凝蛋白(Tagln)。
[0567] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:转凝蛋白(Tagln)、加帽蛋白(肌动蛋白丝)、凝溶胶蛋白样(CAPG)、钙调结合蛋白1
(Cald1)、β-肌动蛋白FE-3(Actg1)、类毛状蛋白样1(Cotl1)、钙调蛋白-1(钙调蛋白H1、平滑肌;碱性钙调蛋白)(Cnn1)、纽蛋白(VCL)、VIM、β-原肌球蛋白(TPM2)、肌球蛋白轻链调控B(Mrlcb)、转凝蛋白2(Tagln2)、原肌球蛋白1α同种型c(TPM1)、钙调蛋白3酸性(CNN3)、钙调蛋白2同种型a(钙调蛋白2)、F-肌动蛋白加帽蛋白β亚基(Capzb)、α-球蛋白(Hba1)、α-肌动蛋白(aa40-375)(Acta2)、平滑肌蛋白SM22同源物-牛(片段)(Tagln2)、硫氧还原蛋白2
(Txn1)、过氧化氢素2(Prdx2)、过氧化物氧化还原酶5前体(Prdx5)和Cu-Zn超氧化物歧化酶A5(GSTA5)。
[0568] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,一种或多种转录物是在皮肤中表达的转录物。
[0569] 在本文提供的各种方法的其他实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:胶原蛋白XVII型α1(COL17A1)、肿瘤蛋白p73(TP73)、角蛋白10(KRT10)、半胱天冬酶14、凋亡相关半胱氨酸肽酶(CASP14)、聚丝蛋白(FLG)、角质细胞富含脯氨酸的蛋白(KPRP)、角膜锁链蛋白(CDSN)、激肽释放酶相关肽酶5(KLK5)、黑色素-A(MLANA)、多巴色素互变异构酶(DCT)、酪氨酸酶(TYR)、CD1a分子(CD1A)、CD207分子、langerin(CD207)、膜联蛋白A6
(ANXA6)、谷氨酰胺tRNA合成酶(QARS)、不依赖阳离子的甘露糖-6-磷酸(IGF2R)、双丝蛋白-
2(TWF2)、40S核糖体蛋白S5(RPS5)、推定的前体mRNA剪接因子ATP依赖性RNA解旋酶DHX15
(DHX15)、26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基1(PSMD1)、40S核糖体蛋白S29(RPS29)、突触足蛋
白-2(SYNPO2)、T-复合蛋白1亚基ζ(CCT6A)、膜联蛋白5(ANXA5)、tRNA剪接连接酶RtcB同系物(C22orf28)、富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)、肌球蛋白轻链多肽6(MYL6)、蛋白磷酸酶1调节亚基7(PPP1R7)、UPF0568蛋白C14orf166(C14orf166)、26蛋白酶体非ATP酶调
节亚基14(PSMD14)、丝氨酸羟甲基转移酶线粒体(SHMT2)、热休克70kDa蛋白1A/1B
(HSPA1A)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX1(DDX1)、钙调蛋白(CALM1)、AP-2复合亚基α2(AP2A2)、Rho鸟嘌呤核苷交换因子2(ARHGEF2)、膜联蛋白A4(ANXA4)、红细胞带7整合膜蛋白(STOM)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X(DDX3X)、钙蛋白酶小亚基1(CAPNS1)、NAD(P)H脱氢酶[醌]1
(NQO1)、蛋白S100-A16(S100A16)、网格蛋白轻链B(CLTB)、脑酸可溶性蛋白1(BASP1)、DnaJ同系物亚家族C成员3(DNAJC3)、AP-2复合亚基α-1(AP2A1)、40S核糖体蛋白(RPS6)、甘氨酰-tRNA合成酶(GARS)、含EH结构域蛋白2(EHD2)、寡核糖核酸酶、线粒体(REXO2)、血小板反应蛋白-1(THBS1)、甘氨酰肽N-十四烷酰转移酶1(NMT1)、腺苷酸环化酶相关蛋白1(CAP1)、热休克相关70kDa蛋白2(HSPA2)、组蛋白H2A型1-A(HIST1H2AA)和T复合蛋白1亚基α(TCP1)。
[0570] 在本文提供的各种方法的其他实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:线粒体编码的细胞色素c氧化酶II(MTCO2)、NADH脱氢酶(泛醌)1α亚复合物5(NDUFA5)、NADH脱氢酶(泛醌)1α亚复合物9(NDUFA9)、NADH脱氢酶(泛醌)1α亚复合物10(NDUFA10)和
NADH脱氢酶(泛醌)Fe-S蛋白6 13kDa(NADH-辅酶Q还原酶)(NDUFS6),其中一种或多种转录
物的表达降低指示衰老。
[0571] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:膜联蛋白A6(ANXA6)、谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QARS)、不依赖阳离子的甘露糖-6-磷酸(IGF2R)、双丝蛋白-2(TWF2)、40S核糖体蛋白S5(RPS5)、推定的前体mRNA剪接因子ATP依赖性RNA解旋酶DHX15(DHX15)、26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基1(PSMD1)、40S核糖体蛋白S29
(RPS29)、突触足蛋白-2(SYNPO2)、T-复合蛋白1亚基ζ(CCT6A)、膜联蛋白5(ANXA5)、tRNA-剪接连接酶RtcB同系物(C22orf28)、富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)、肌球蛋白轻链多肽6(MYL6)、蛋白磷酸酶1调节亚基7(PPP1R7)、UPF0568蛋白C14orf166(C14orf166)、26蛋白酶体非ATP酶调节亚基14(PSMD14)、丝氨酸羟甲基转移酶线粒体(SHMT2)、热休克70kDa蛋白1A/1B(HSPA1A)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX1(DDX1)、钙调蛋白(CALM1)、AP-2复合亚基α-2(AP2A2)、Rho鸟嘌呤核苷酸核苷交换因子2(ARHGEF2)、膜联蛋白A4(ANXA4)、红细胞带7整合膜蛋白(STOM)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X(DDX3X)、钙蛋白酶小亚基1(CAPNS1)、NAD(P)H脱氢酶[醌]1(NQO1)、蛋白S100-A16(S100A16)、网格蛋白轻链B(CLTB)、脑酸可溶性蛋白1
(BASP1)、DnaJ同系物亚家族C成员3(DNAJC3)、AP-2复合亚基α-1(AP2A1)、40S核糖体蛋白(RPS6)、甘氨酰-tRNA合成酶(GARS)、含EH结构域蛋白2(EHD2)、寡核糖核酸酶、线粒体
(REXO2)、血小板反应蛋白-1(THBS1)、甘氨酰肽N-十四烷酰转移酶1(NMT1)、腺苷酸环化酶相关蛋白1(CAP1)、热休克相关70kDa蛋白2(HSPA2)、组蛋白H2A型1-A(HIST1H2AA)和T复合
蛋白1亚基α(TCP1)。
[0572] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:膜联蛋白A6(ANXA6)、谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QARS)、不依赖阳离子的甘露糖-6-磷酸(IGF2R)、推定的mRNA前体剪接因子ATP依赖性RNA解旋酶DHX15(DHX15)、40S核糖体蛋白S29(RPS29)、突触足蛋白-2(SYNPO2)、膜联蛋白5(ANXA5)、富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9
(SRSF9)、肌球蛋白轻链多肽6(MYL6)、热休克70kDa蛋白1A/1B(HSPA1A)、钙调蛋白(CALM1)、膜联蛋白A4(ANXA4)、红细胞带7整合膜蛋白(STOM)、NAD(P)H脱氢酶[醌]1(NQO1)、网格蛋白轻链B(CLTB)、脑酸可溶性蛋白1(BASP1)、40S核糖体蛋白(RPS6)、含EH结构域蛋白2(EHD2)、血小板反应蛋白-1(THBS1)、热休克相关70kDa蛋白2(HSPA2),其中一种或多种转录物的表
达增加指示衰老。
[0573] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,一种或多种转录物选自由以下组成的组:双丝蛋白-2(TWF2)、40S核糖体蛋白S5(RPS5)、26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基1(PSMD1)、T复合蛋白1亚基ζ(CCT6A)、tRNA剪接连接酶RtcB同源物(C22orf28)、蛋白磷酸酶1调节亚基
7(PPP1R7)、UPF0568蛋白C14orf166(C14orf166)、26蛋白酶体非ATP酶调节亚基14
(PSMD14)、丝氨酸羟甲基转移酶线粒体、ATP依赖性RNA解旋酶DDX1(DDX1)、AP-2复合亚基α-
2(AP2A2)、Rho鸟嘌呤核苷交换因子2(ARHGEF2)、ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X(DDX3X)、钙蛋白酶小亚基1(CAPNS1)、蛋白S100-A16(S100A16)、DnaJ同系物亚家族C成员3(DNAJC3)、AP-2复合亚基α-1(AP2A1)、甘氨酰tRNA合成酶(GARS)、寡核糖核酸酶、线粒体(REXO2)、甘氨酰肽N-十四烷酰转移酶1(NMT1)、腺苷酸环化酶相关蛋白1(CAP1)、组蛋白H2A型1-A(HIST1H2AA)和T复合蛋白1亚基α(TCP1),其中一种或多种转录物的表达降低指示衰老。
[0574] 在本文提供的各种方法的一些实施方案中,衰老细胞来自肌肉。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,衰老细胞是肌肉细胞。在本文提供的各种方法的一些实施方案
中,肌肉细胞是骨骼肌细胞。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,肌肉细胞是横纹肌细胞。在本文提供的各种方法的某些实施方案中,衰老细胞来自脑。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,衰老细胞是脑细胞。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,衰老细胞来自心脏。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,衰老细胞是心脏细胞。在本文提供的各种方法的某些实施方案中,衰老细胞来自肾脏。在本文提供的各种方法的其他实施方
案中,衰老细胞是肾细胞。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,衰老细胞来自肝脏。
在本文提供的各种方法的一些实施方案中,衰老细胞是肝细胞。在本文提供的各种方法的
其他实施方案中,衰老细胞来自骨髓。在本文提供的各种方法的某些实施方案中,衰老细胞是骨髓细胞。在本文提供的各种方法的一些实施方案中,衰老细胞来自皮肤。在本文提供的各种方法的其他实施方案中,衰老细胞是皮肤细胞。
[0575] 5.实施例
[0576] 5.1实施例1-干细胞小生境的检测和定量:衰老中阶段I计划
[0577] 阶段I实验的目的如下:
[0578] 1)确定骨骼肌、肝脏、皮肤、肾脏、脑、心脏组织和骨髓的干细胞中年龄相关的变化;和
[0579] 2)将骨骼肌和心肌干细胞的年龄相关性下降与功能性结果(通过“回声”的心室功能)以及骨骼肌强度(使用转棒法的耐力)相关联。
[0580] 材料和方法:
[0581] Fisher 344大鼠购自商业实验室(Harlan Laboratories,Indianapolis,IN),并且在实验前允许在动物住房设施中适应环境至少一周。在适应期间,在保持的环境温度
恒定的12小时光照:12小时黑暗循环下,向动物提供标准啮齿动物食物(24%蛋白质,58%CHO,18%脂肪;Teklad Global#2018饮食,Harlan Laboratories)。
[0582] 实验的早晨,将动物运送到分子和应用科学实验室,并使用转棒法(Med Associates Inc.,St.Albans,VT)进行肌肉耐力测试。将大鼠置于旋转杆上,通过其施用渐进速度方案(4-40rpm)。大鼠只允许在转棒法上转动一次,并记录下落之前在装置上花费的时间。
[0583] 在肌肉耐力测试之后,允许动物适应大约两小时。此后,进行超声心动图评估,由此将动物用异氟烷麻醉,对胸腔剃光,并将与高分辨率声波(LogiqTM S7 R2 Expert;General Electric,Fairfield,CT)接口的大鼠特异性探针置于胸腔上方以记录10秒钟内
逐搏心跳心脏功能数据。之后,将大鼠放回居住笼中,并使其从异氟烷麻醉中恢复。
[0584] 麻醉恢复后大约30分钟,使动物在2L感应室(VetEquip,Inc.,Pleasanton,CA)中在CO2气体下安乐死。安乐死之后,通过心脏穿刺使用多个具有23号针头的3ml注射器来移
全血。将等分试样的血液置于用于外周血单核细胞(PMBC)分离的K-EDTA管中,并随后用
流式细胞计量术进行下文所述的循环内皮祖细胞(EPC)定量。将第二等分试样置于血清分
离管中,在室温下以3,000×g离心5分钟,并将血清等分用于代谢组学。
[0585] 采集血液后,解剖出不同的组织(即右三头肌,左心室,海马,右肾,肝脏,右股骨),称重,并处理用于下述干细胞分离。此外,将另外的右三头肌和左心室组织置于OCT培养基中,并在液氮冷却的异戊烷中缓慢冷冻,并在-80℃下储存,直到下面描述的冷冻切片。
[0586] 对八组(3、6、9、12、15、18、21和24个月)年龄匹配的大鼠安乐死以进行干细胞定量。每组由9-10只动物组成。
[0587] 一般衰老特征测量:
[0588] 体重测量
[0589] 图2A显示3-6个月的急剧增长突发和15个月时的终生峰值质量。
[0590] 原始三头肌肌肉质量测量
[0591] 图2B显示在9个月时实现了最高终身三头肌质量,并且与年龄相关的下降从12个月开始。这可能是由于前肢在大鼠中没有被大量利用(即,以后肢动作发生进食和饮用),导致在前肢肌肉中以更快的速率发生与年龄有关的萎缩。
[0592] 原腓肠肌肌肉质量测量
[0593] 图2C显示在6个月时达到最高终生腓肠肌质量,并且与年龄相关的下降在18个月时开始。同样,这是因为大鼠经常使用这些肌肉进食和饮用,因此,神经肌肉激活可能保护这种肌肉免于年龄相关的萎缩。
[0594] 骨骼肌干细胞测量:
[0595] NCAM(CD56)阳性骨骼肌卫星细胞流式细胞术
[0596] 因为年龄相关性萎缩比后肢肌肉更多地影响前肢肌肉(参见上文),所以选择使用流式细胞术对三头肌中的干细胞定量进行评估。选择NCAM(CD56)作为标志物,因为这是在
肌卫星细胞上表达的细胞表面标志物(Trapecar et al.,J  Muscle  Res Cell 
Motil.2014,35(5-6):249-257)。
[0597] 在提取右三头肌后,称重肌肉,取出长头部分(~200mg),用冷的PBS冲洗,并置于20体积的消化溶液(1%胶原蛋白酶II的磷酸盐缓冲盐水(PBS)溶液)。然后切碎组织,随后在37℃的摇摆平台(150rpm)上温育30分钟。将所得浆液通过100μm细胞过滤器,并将流出物采集在50mL锥形管中。将管在2500×g下离心5分钟。虹吸掉上清液,所得颗粒物用5ml 
PBS洗涤。管再次以2,500×g离心5分钟,将所得沉淀重新悬浮于200μL流式细胞术(FC)缓冲液(eBiosciences)中,将50μL重新悬浮的细胞浆液置于新的1.7mL微量离心管中,并在室温下将样品重悬于一抗溶液(2μL小鼠抗大鼠NCAM IgG1(Abcam)+48μL FC缓冲液)60分钟。在一抗温育前,细胞没有在多聚甲醛中固定,因为在试验实验期间,至试验结束,固定显著地降低了细胞产量。
[0598] 在一抗温育后,将管以2,500×g离心5分钟。将所得沉淀重新悬浮并用500μL FC缓冲液洗涤。管再次以2,500×g离心5分钟,并将得到的沉淀物在室温下在黑暗中在二抗溶液
(2μL FITC缀合的抗小鼠IgG1抗体(eBiosciences)+98μL FC缓冲液)中重新悬浮60分钟。将管以2,500×g离心5分钟。将所得沉淀重新悬浮并用500μL FC缓冲液洗涤。管再次以2,500
×g离心5分钟。将沉淀重悬于100μL FC缓冲液中,并使用流式细胞仪(BD Accuri C6)检测
FITC标记的细胞。具体而言,使用预定义的门量化10,000个事件,并且发射荧光强度高于背景荧光(在未染色的样品中检测到)的细胞的部分被认为是FITC标记的NCAM-阳性肌肉卫星
细胞。
[0599] NCAM(CD56)阳性骨骼肌卫星细胞计数(图3A)与Day et al.一致,它报道19-25个月的小鼠具有3-4个月的小鼠一半的卫星细胞(Dev Biol.2010,340(2):330–343)。图3B显
示在9个月时实现了最高终生相对三头肌质量(mg肌肉/g体重),并且在12个月时开始与年
龄相关的下降。图3C表明卫星细胞含量和相对三头肌肌肉质量之间可能存在预测关系。图
3D显示代表性的流式细胞术数据,包括门、阴性对照、3月龄大鼠和24月龄大鼠。
[0600] 骨骼肌卫星细胞的Pax7免疫荧光测量
[0601] 另外,进行Pax7免疫荧光。使用冷冻切片机(HM 525Cryostat;Thermo Fisher Scientific,Waltham,MA)将来自OCT保存的样品的三头肌切片切成10μm的厚度,并粘附到带正电的组织学载玻片上。一旦所有样品被切片,就进行Pax7免疫荧光的批处理。简而言
之,将切片在室温下干燥30分钟,并在透化溶液(0.5%Triton X-100的PBS溶液)中温育。切片用PBS中冲洗,并在室温下用兔抗肌萎缩蛋白IgG(1:100;Abcam公司)和小鼠抗Pax7IgG
(1:100;Developmental Studies Hybridoma Bank,University of Iowa,Iowa City,IA)
的混合物在含有5%阻断溶液(Super Blocker;Thermo Fisher Scientific,Waltman,MA)
的PBS中免疫染色60分钟。之后,将载玻片用PBS冲洗并与含有山羊抗-兔IgG(Texas Red-
conjugated)(1:100;Vector Laboratories,Burlingame,CA)和抗小鼠IgG(FITC缀合的;
Santa Cruz Biotech,Dallas,TX)的混合物一起温育60分钟。此后,将载玻片用PBS冲洗,用玻璃盖玻片和DAPI培养基(Vector Laboratories,Burlingame,CA)进行安装,并在黑暗中保存直到成像。
[0602] 使用荧光显微镜(Nikon Eclipse Ti-U;Nikon Instruments,Melville,NY)获得每个相应荧光过滤器(细胞膜,德克萨斯红;卫星细胞,FITC;细胞核,DAPI)的40×图像。使用NIS Elements软件(Nikon)合并图像,并且对每个40×图像具有细胞核的Pax-7阳性细胞
的数量进行定量。
[0603] 图4A显示大鼠寿命期(3-24个月)的Pax7-阳性骨骼肌卫星细胞计数,图4B是来自3、9、18或24月龄大鼠的肌卫星细胞的示例性Pax7染色图像。Pax7免疫荧光数据一般与NCAM(CD56)流式细胞术数据一致,但有可能不同,这是因为NCAM被用作流式细胞术的细胞表面
标志物,并且Pax7被用于免疫荧光。
[0604] 三头肌纤维化测量
[0605] 此外,通过使用TrichromeTM染色来研究三头肌纤维化。使用冷冻切片机(HM 525Cryostat;Thermo Fisher Scientific,Waltham,MA)将来自OCT保存的样品的三头肌切片切成10μm的厚度,并粘附到带正电的组织学载玻片上。一旦将所有样品切片,就按照制造商的说明书(Abcam)使用市售试剂盒进行三色染色的批处理。染色后,安装载玻片并使用明场像(Nikon Eclipse Ti-U;Nikon Instruments,Melville,NY)成像。
[0606] 获得染色的三头肌组织的20×图像。然后通过ImageJ(National Institutes of Health,Bethesda,MD)分析图像,由此定量每个纤维化图像的百分比。
[0607] 在12月龄开始观察到三头肌纤维化增加,随后在15-24月龄时稳定。图5A显示通过TrichromeTM染色大鼠寿命(3-24个月)期间的三头肌胶原含量,图5B是来自3、9、18或24月龄大鼠的三头肌的示例性TrichromeTM染色图像。
[0608] 肌肉性能测量
[0609] 如同肌肉质量(伴随衰老的质量以及卫星细胞含量的减少)一样,肌肉性能也随着衰老而降低。接下来,评估肌肉性能变量肌肉耐力(转棒时间)(图6)。具体而言,肌肉耐力在
3个月后下降和12个月后再次下降。
[0610] 心肌干细胞测量:
[0611] C-kit阳性心肌干细胞流式细胞术
[0612] 使用流式细胞术定量心脏干细胞。选择c-kit作为心脏干细胞的标志物,因为这是在心脏干细胞上表达的细胞表面标志物(Magenta et al.,Circ Res.2013,112:1202-
1204)。
[0613] 在提取心脏之后,称重整个心脏,并从心脏其余部分分离左心室。将组织在冰冷的PBS中冲洗并置于20体积的消化溶液(0.13%胶原蛋白酶II的磷酸盐缓冲盐水(PBS)溶液)中。然后切碎组织,随后在37℃的摇摆平台(150rpm)上温育30分钟。将所得浆液通过40μm细胞过滤器,并将流出物采集在50mL锥形管中。将管以2,500×g离心5分钟,虹吸掉上清液,用
5mL PBS洗涤所得沉淀。管再次以2,500×g离心5分钟,虹吸掉上清液,将所得沉淀在37℃重悬于1mL固定液(4%多聚甲醛的PBS溶液)中10min。随后在冰上温育一分钟。管再次以2,500×g离心5分钟,将所得沉淀重新悬浮于200μL流式细胞术(FC)缓冲液(eBiosciences)中,将
50μL重新悬浮的细胞浆液置于新的1.7mL微量离心管中,并在室温下将样品重悬于一抗溶
液(2μl生物素标记的小鼠抗-大鼠c-kit IgG1(Abcam)+48μL FC缓冲液)60分钟。
[0614] 在一抗温育后,将管以2,500×g离心5分钟,将所得沉淀重新悬浮并用500μL FC缓冲液洗涤。管再次以2,500×g离心5分钟,将所得沉淀在室温下在黑暗中在第二溶液(2μL 
FITC缀合的链霉抗生物素蛋白(Abcam)+98μL FC缓冲液)中重新悬浮60分钟。将管以2,500
×g离心5分钟,将所得沉淀重新悬浮并用500μL FC缓冲液洗涤。管再次以2,500×g离心5分
钟,将沉淀重悬于100μL FC缓冲液中,并使用流式细胞仪(BD Accuri C6)检测FITC标记的细胞。具体而言,使用预定义的门对10,000个事件进行定量,并且发射荧光强度高于背景荧光(在未染色的样品中检测到)的细胞的部分被认为是FITC标记的c-kit阳性心室干细胞。
[0615] C-kit阳性心脏干细胞随着衰老而增加(图7A),这与Torella等人的报道一致,其报道了20-22月龄的小鼠相比4月龄的小鼠具有更多的c-kit阳性心脏干细胞(Circ 
Res.2004,94(4):514-524,例如图8E)。然而,Torella等人证实在老年小鼠中干细胞衰老也加速,使得这些干细胞在生理学上较不相关(即不能促成心室修复)。图7B显示代表性的流
式细胞术数据,包括门、阴性对照、3月龄大鼠和21月龄大鼠。
[0616] 心脏功能测量
[0617] 使用用于超声心动图的小型动物探针评估心脏功能,包括射血分数(图8A)、缩短分数(分数缩短,图8B)和收缩期间的后室壁增厚(图8C)。如数据所示,所有这些心脏功能随着衰老而下降。我们的结果与Hacker等人(AJP-Heart 2006,290(1):H304-H311)的一致,他们报道缩短分数和射血分数随衰老而降低。此外,观察到分数缩短与心脏干细胞含量之间
呈负相关(r=-0.39,数据未显示)。这可能说明心脏干细胞含量与心脏功能之间的负相关,这与我们的骨骼肌干细胞结果相反(即,肌肉干细胞含量与肌肉性能之间呈正相关)。一个
假设的模型可能是:1.功能性心室质量减少是由于纤维化导致衰老而发生,导致FS%和射
血分数下降;或2.干细胞增殖试图挽救这种年龄相关的缺失(可能由于“干细胞质量/衰老”而失败)。
[0618] 心脏纤维化测量
[0619] 然后通过TrichromeTM的纤维化进行染色。使用冷冻切片机(HM 525Cryostat;Thermo Fisher Scientific,Waltham,MA)将来自OCT保存的样品的左心室切片以10μm的厚度切割并粘附到带正电的组织学载玻片上。一旦将所有样品切片,就按照制造商的说明书
(Abcam)使用市售试剂盒进行三色染色的批处理。染色后,安装载玻片并使用明场像(Nikon Eclipse Ti-U;Nikon Instruments,Melville,NY)成像。
[0620] 获得染色的心室组织的10×图像。然后通过ImageJ(National Institutes of Health,Bethesda,MD)分析图像,由此定量每个纤维化图像的百分比。
[0621] 在6月龄时开始观察到左心室纤维化持续增加,随着衰老稳定增加。图9A显示大鼠寿命期(3-24个月)的心室胶原含量,图9B是来自3、9、18或24月龄大鼠的示例性TrichromeTM染色的左心室图像。
[0622] 骨干细胞测量:
[0623] 使用流式细胞术定量骨干细胞。选择CD44作为骨干细胞的标志物,因为它是在源自骨髓的间充质干细胞中表达的细胞表面标志物(Kern et al.,Stem Cells 2006,24(5):
1294-1301)。
[0624] 在提取右股骨之后,称重骨头,分别在髁间窝和股骨头中钻两个孔,并且将1ml含有1%肝素盐的PBS冲洗通过骨。流出物通过采集在50mL锥形管中的70μm细胞过滤器。将管以2,500×g离心5分钟,虹吸掉上清液,用5mL PBS洗涤所得沉淀。管再次以2,500×g离心5
分钟,虹吸掉上清液,将所得沉淀在37℃重悬于1mL固定液(4%多聚甲醛的PBS溶液)中
10min。随后在冰上温育一分钟。管再次以2,500×g离心5分钟,并在室温下将所得沉淀重悬于500μL透化溶液(0.1%吐温20的PBS溶液)中15分钟。管再次以2,500×g离心5分钟,将所
得沉淀重新悬浮于200μL流式细胞术(FC)缓冲液(eBiosciences)中,将50μL重新悬浮的细胞浆液置于新的1.7mL微量离心管中,并在室温下将样品重悬于一抗溶液(2μL小鼠抗大鼠
CD44IgG2b(Abcam,Cambridge,MA)+48μL FC缓冲液)中60分钟。
[0625] 在一抗温育之后,将管以2,500×g离心5分钟,将所得沉淀重新悬浮并用500μL FC缓冲液洗涤。管再次以2,500×g离心5分钟,并将得到的沉淀物在室温下在黑暗中在二抗溶
液(2μL PE缀合的抗小鼠IgG2b抗体(eBiosciences)+98μL FC缓冲液)中重新悬浮60分钟。
将管以2,500×g离心5分钟,将所得沉淀重新悬浮并用500μL FC缓冲液洗涤。管再次以2,
500×g离心5分钟,将沉淀重新悬浮于100μL FC缓冲液中,并使用流式细胞仪(BD Accuri 
C6)检测PE标记的细胞。具体而言,使用预定义的门对10,000个事件进行量化,并且发射荧光强度高于背景荧光(在未染色的样品中检测到)的细胞的部分被认为是PE标记的CD44阳
性骨干细胞。
[0626] 骨髓中CD44阳性细胞的计数(图10A)与Stolzing等人的一致,他报道了骨髓来源的干细胞作为年龄的函数线性降低(Mech Aging和Dev 2008,129:163-173)。图10C显示代表性流式细胞术数据,包括门、阴性对照、3月龄大鼠和24月龄大鼠。另一方面,相对股骨质量随着年龄而增加(图10B)。观察到相对右股骨质量和骨干细胞之间的负相关(图10D)。测
量股骨中的骨小梁和皮质骨形态计量学和功能结果(使用动物外周CT技术)以确定特定的
关系。
[0627] 脑干细胞测量:
[0628] 使用流式细胞术定量海马(脑)干细胞。选择NCAM(CD56)作为海马干细胞的标志物记,因为这是在海马中的神经元祖细胞中表达的细胞表面标志物(Schwartz et al.,J 
Neuroscience Res.2003,74(6):838-851)。
[0629] 脑提取后,将脑在冰冷的PBS中冲洗,并置于大鼠特定化脑模具中。来自两个半球的海马通过Paxinos(Paxinos,The brain brain in stereotaxic coordinates,San 
Diego Academic(1998))提供的地标移除。然后将提取的脑组织置于20体积的消化溶液
(2%木瓜蛋白酶的磷酸盐缓冲盐水(PBS)溶液)中。然后切碎组织,随后在37℃的摇摆平台
(150rpm)上温育30分钟。将所得浆液通过40μm细胞过滤器,并将流出物采集在50mL锥形管中。将管以2500×g离心5分钟,虹吸掉上清液,所得沉淀用5ml PBS洗涤。管再次以2500×g
离心5分钟,虹吸掉上清液,将所得沉淀在37℃重悬于1ml固定液(4%多聚甲醛的PBS溶液)
中10分钟。随后在冰上温育一分钟。管再次以2,500×g离心5分钟,将所得沉淀重新悬浮于
200μL流式细胞术(FC)缓冲液(eBiosciences)中,将50μL重新悬浮的细胞浆液置于新的
1.7mL微量离心管中,并在室温下将样品重悬于一抗溶液(2μL小鼠抗大鼠NCAM IgG1
(Abcam)+48μL FC缓冲液)中60分钟。
[0630] 在一抗温育后,将管以2500×g离心5分钟,将所得沉淀重新悬浮并用500μL FC缓冲液洗涤。管再次以2,500×g离心5分钟,并将得到的沉淀物在室温下在黑暗中在二抗溶液
(2μL FITC缀合的抗小鼠IgG1抗体(eBiosciences)+98μL FC缓冲液)中重新悬浮60分钟。将管以2500×g离心5分钟,将所得沉淀重新悬浮并用500μL FC缓冲液洗涤。管再次以2,500×
g离心5分钟,将沉淀重悬于100μL FC缓冲液中,并使用流式细胞仪(BD Accuri C6)检测
FITC标记的细胞。具体而言,使用预定义的门量化10,000个事件,并且发射荧光强度高于背景荧光(在未染色的样品中检测到)的细胞的部分被认为是FITC标记的NCAM阳性神经元。
[0631] 海马体中NCAM阳性细胞的计数(图11A)与Encinas等人的一致,他们报道海马干细胞随着年龄而线性降低(Cell Stem Cell 2011,8(5):566-579)。图11B显示代表性流式细
胞术数据,包括门、阴性对照、3月龄大鼠和24月龄大鼠。
[0632] 其他干细胞测量:
[0633] 循环内皮干细胞、肝干细胞和肾干细胞被进一步分析。选择CD31作为循环内皮干细胞的标志物(图12A);选择Tbx3作为肝干细胞的标志物(图12B);并选择CD90作为肾干细
胞的标志物(图12C)。
[0634] CD31阳性循环内皮干细胞测量
[0635] 首先通过将3ml全血和3mL磷酸盐缓冲盐水(PBS)置于15mLFalcon管中,使采集在3ml K-EDTA管(如上所述)中的全血经受 密度梯度。然后使用25mL注射器下铺3毫
升 -Paque PLUS(GE Healthcare,Atlanta,GA),而不破坏全血/PBS混合物。此后,
在室温下将管以400×g离心20分钟,进行缓慢的加速和减速,以防止梯度中断。将大约1mL
所得的PMBC层置于新的15mL Falcon管中,用5mL PBS洗涤,并在室温下以400×g离心5分
钟。弃去所得上清液,用200μL FC缓冲液重悬PMBC沉淀,将50μL重悬的细胞浆液置于新的
1.7mL微量离心管中,室温下将样品重悬于一抗溶液(2μL小鼠抗大鼠CD31IgG2a(Abcam)+48μL FC缓冲液)中60分钟。根据Yoder和Ingram的报道,CD31被用作循环内皮干细胞标志物,表明循环内皮干细胞是CD31阳性的(Yoder和Ingram,Biochim Biophys Acta 2009,1796:
50-54)。
[0636] 在一抗温育后,将管以2,500×g离心5分钟,将所得沉淀重新悬浮并用500μL FC缓冲液洗涤。管再次以2,500×g离心5分钟,并将得到的沉淀物在室温下在黑暗中在二抗溶液
(2μL FITC-缀合的抗-小鼠IgG2a抗体(eBiosciences)+98μL的FC缓冲液)中重新悬浮60分
钟。将管以2,500×g离心5分钟,将所得沉淀重新悬浮并用500μL FC缓冲液洗涤。管再次以
2,500×g离心5分钟,将沉淀重悬于100μL FC缓冲液中,并使用流式细胞仪(BD Accuri C6)检测FITC标记的细胞。具体而言,使用预定义的门对10,000个事件进行定量,并且发射荧光强度高于背景荧光(在未染色的样品中检测到)的细胞的部分被认为是FITC标记的CD31阳
性循环内皮细胞。
[0637] 图12A显示循环CD31阳性细胞计数在9个月时增加,在15个月时达到峰值,然后减少。
[0638] Tbx3阳性肝干细胞测量
[0639] 肝脏提取后,称重整个肝脏,取出靠近中央静脉的一部分肝脏(~200-300mg),用冰冷的PBS冲洗,置于20倍体积的消化液溶液(0.2%胶原蛋白酶I的磷酸盐缓冲盐水(PBS)
溶液)。然后切碎组织,随后在37℃的摇摆平台(150rpm)上温育30分钟。将所得浆液通过70μm细胞过滤器,并将流出物采集在50mL锥形管中。将管以2,500×g离心5分钟,虹吸掉上清
液。用5mL的PBS洗涤得到的沉淀。管再次以2,500×g离心5分钟,虹吸掉上清液。并将所得沉淀重悬于37℃的1ml固定溶液(4%多聚甲醛的PBS溶液)中10分钟。随后在冰上温育一分钟。
管再次以2,500×g离心5分钟。并将所得沉淀在室温下重悬于500μL透化溶液(0.1%吐温20
的PBS溶液)中15分钟。管再次以2,500×g离心5分钟,将所得沉淀重新悬浮于200μL流式细
胞术(FC)缓冲液(eBiosciences,San Diego,CA)中,将50μL重新悬浮的细胞浆液置于新的
1.7mL微量离心管中,并在室温下将样品重新悬浮于一抗溶液(2μL小鼠抗大鼠Tbx3IgG1
(Abcam,Cambridge,MA,USA)+48μL FC缓冲液)中60分钟。根据Wang等人的发现,Tbx3被用作肝脏干细胞标志物。这表明肝干细胞是Tbx3阳性的(Wang等,Nature 2015,524:180-185)。
[0640] 在一抗温育后,将管以2,500×g离心5分钟,将所得沉淀重新悬浮并用500μL FC缓冲液洗涤。管再次以2,500×g离心5分钟,并将所得沉淀在室温下在黑暗中在二抗溶液(2μL FITC-缀合的抗小鼠IgG1抗体(eBiosciences)+98μL FC缓冲液)中重新悬浮60分钟。将管以
2,500×g离心5分钟,将所得沉淀重新悬浮并用500μL FC缓冲液洗涤。管再次以2,500×g离
心5分钟,将沉淀物重新悬浮于100μL的FC缓冲液中,使用流式细胞术(BD Accuri C6,San Jose,CA)检测FITC标记的细胞。具体而言,使用预定义的门量化10,000个事件,并且发射荧光强度高于背景荧光(在未染色的样品中检测到)的细胞的部分被认为是FITC标记的Tbx3
阳性肝干细胞。
[0641] 图12B显示肝脏中Tbx3阳性细胞计数在9个月时增加,在15个月后减少。
[0642] CD90阳性肾脏干细胞测量
[0643] 在右肾提取后,称重整个肾脏,取出一部分肾脏(~200-300mg),在冰冷的PBS中冲洗,并置于20体积的消化溶液(0.1%胶原蛋白酶I的磷酸盐缓冲盐水(PBS)溶液)。然后切碎组织,随后在37℃的摇摆平台(150rpm)上温育30分钟。将所得浆液通过40μm细胞过滤器,并将流出物采集在50mL锥形管中。将管以2,500×g离心5分钟,虹吸掉上清液,用5mL PBS洗涤所得沉淀。管再次以2,500×g离心5分钟,虹吸掉上清液,将所得沉淀在37℃重悬于1mL固定液(4%多聚甲醛的PBS溶液)中10分钟。随后在冰上温育一分钟。管再次以2,500×g离心5分钟,并将所得沉淀重悬于500μL透化溶液(0.1%吐温20的PBS溶液)中15分钟。在室温下。管再次以2,500×g离心5分钟,将所得沉淀重新悬浮于200μL流式细胞术(FC)缓冲液
(eBiosciences)中,将50μL重新悬浮的细胞浆液置于新的1.7mL微量离心管中,并在室温下将样品重悬于一抗溶液(2μL小鼠抗大鼠FITC-缀合的CD90(Abcam,Cambridge,MA)+48μL FC缓冲液)中60分钟。根据Gupta等人的报道,CD90被用作肾脏干细胞标志物,表明肾干细胞是CD90阳性的(Gupta等,J Am Soc Nephrol 2006,17:3028-3040)。
[0644] 在一抗温育后,将管以2,500×g离心5分钟,将所得沉淀重新悬浮并用500μL FC缓冲液洗涤。管再次以2,500×g离心5分钟,将沉淀重悬于100μL FC缓冲液中,并使用流式细胞仪(BD Accuri C6)检测FITC标记的细胞。具体而言,使用预定义的门量化10,000个事件,并且发射荧光强度高于背景荧光(在未染色的样品中检测到)的细胞的部分被认为是FITC
标记的CD90阳性肾干细胞。
[0645] 图12C显示在15个月时肾脏中CD90阳性细胞的计数增加并且维持该水平至24个月。
[0646] 所有年龄组与24月龄大鼠的统计学比较:
[0647] 统计分析通过比较每个年龄组的数据与24月龄组的数据来进行。标准误差和T测试值汇总在下表中。
[0648]
[0649]
[0650] 表3衰老对肌肉和心脏纤维化以及肌肉Pax-7阳性细胞的影响
[0651]
[0652] 表4.衰老对功能性超声心动图测量的影响
[0653]
[0654] 分子分析:
[0655] 还采集相同的组织(例如皮肤、肾、肝、脑、心脏、肌肉等)用于进一步的分子分析。
[0656] 保存mRNA样品:
[0657] RNA稳定化-收获的动物组织中的RNA不被保护,直到组织完全浸没在足够体积的RNA稳定试剂(Qiagen)中。收获后,立即将组织放入至少10倍体积的试剂中
(或每1mg组织约10μl试剂)。如果必要或需要,可以使用更大的体积;而较小的体积可能导致在储存过程中RNA降解。使用的储存容器足够宽,以便试剂覆盖整个组织。尽可能快地进行组织采集和RNA稳定的程序。
[0658] 应根据制造商的说明书对组织大小进行优化以确保用 RNA稳定化的RNA成功稳定化。
[0659] 接触后,试剂立即扩散到固体组织的表层和外部。为了确保RNA的快速和可靠的稳定化(例如,在实体组织的内部部分),将样品切成小于0.5cm厚的切片。切片可以是任何方便的尺寸,条件是样品的一个尺寸小于0.5厘米。如果切片厚于0.5厘米,那么试剂可能会太慢地扩散到样品内部,并且可能发生RNA降解。诸如大鼠肾脏和脾脏的小器官或大多数小鼠器官(肝脏除外)不需要切片,整个器官可以放置在 RNA稳定剂中。
[0660] 下列指南可以用来确定RNA稳定化所需的 RNA稳定剂的量:
[0661] 具有5mm边缘长度((5mm)3=125mm3=125μL)的体积量的大鼠肾脏的重量为150-175mg,并且需要至少1.5-1.75mL试剂。3mm体积量((3mm)3=27mm3=27μL)的大多数动物组织重30-35mg,并且需要至少300-350μL试剂。
[0662] 尽管称重组织通常更精确,但未稳定组织中的RNA在称重过程中可能会降解。然而,在某些情况下,快速估计组织块的重量可能更为方便。下表中提供了各种全部成年小鼠器官的平均重量以及所用的相应量的 RNA稳定剂。重达150mg的组织中的RNA
可以稳定在1.5 TissuePortectTM管中。对于重量超过150mg且小于500mg
的组织碎片,可使用5mL 组织保护管。
[0663]
[0664]
[0665] 待保存的组织-保存脑、心脏和主要血管、肺、肝、肾、骨髓、骨骼肌和皮肤。其他可以保存的组织包括脊髓、肺、眼睛、脂肪组织、胰腺、淋巴结、睾丸、前列腺、卵巢、子宫内膜、甲状腺、脾脏、胃肠道和血清蛋白。
[0666] 生物标志物发现:
[0667] 分析脑、心脏和主要血管、肺、肝、肾、骨髓、骨骼肌、皮肤的生物标志物。
[0668] 基因表达分析-基因表达分析通过 低密度阵列在7900HT实时PCR系统上进行。总的方案总结如下:
[0669] 首先,使用High CapacityTM cDNA Archive Kit(PN 4322171)从总RNA样品合成DNA。使用随机引物从总RNA样品中产生cDNA。cDNA样品可以储存在-15℃至-25℃。
[0670] 接下来,扩增cDNA,制备样品特异性PCR混合物。对于每个cDNA样品,标记1.5mL微量离心管。如果将cDNA样品储存在-15℃至-25℃,则将样品解冻。涡旋样品,并且离心管。对于每个样品,将下列组分添加到标记的1.5mL微量离心管中:
[0671]
[0672] 微量离心管加盖,通过轻轻涡旋使溶液充分混合。将管离心以消除混合物中的气泡。然后如下所述加载 阵列。
[0673] 然后将样品特异性PCR反应混合物加入以填充储存器。当原包装(塑料桶)达到室温时,将 Array从包装中取出。将 阵列放置在实验台上,箔片朝
下。
[0674] 将100微升所需的样品特异性PCR反应混合物装入100μL微量移液管中。将微量移液器保持在一个角度位置,并将尖端放入填充口。然后分配样品特异性PCR反应混合物,使其在填充储存器中和周围扫向通风口。
[0675] 接下来,将 阵列离心。将 阵列放入桶中。获得一个空的Sorvall/Heraeus定制桶和阵列固定器。将桶放在实验台上。然后将 阵列放入
阵列固定器中,确保填充储存器向上突出阵列固定器,反应孔面向与“This Side Out”标签相同的方向。空白平衡阵列用于填充阵列固定器中的任何剩余位置。填充的阵列固定器被
填充在桶中,使得“This Side Out”标签面向桶的前部,其上可能有 标志。
[0676] 离心机设置使用以下操作参数来设定:
[0677]参数 EASYSet(触摸板) QUIKSet(按钮操作)
向上缓变率 9 3
向下缓变率 9 N/A
旋转速度 1,200rpm(331x g) 1200rpm
离心时间 2×1min 2×1min
[0678] 然后将桶放置在离心机中并启动离心机。
[0679] 然后密封该 阵列。密封器放置在坚固的实验台上,将插入密封器中。 在密封器的插入板上取向正确。
TaqMan阵列的填充储存器末端是最接近密封器底部蚀刻的箭头的末端。阵列的后针槽,箔
面朝上,排列在密封器上的触针上。阵列轻轻地放置在插入板的顶部,并确保阵列的前端通过弹簧夹牢固地保持在适当位置。将 阵列轻轻拉出,直至其牢牢固定在插入板
上。穿过密封器底座的托架被推向箭头的方向。然后将密封的 阵列通过抓住其
侧面并将其举离密封器的插板而取下。检查 阵列的适当密封性。触针组件的凹
痕与 阵列的主要通道相匹配。
[0680] 接下来,填充储存器被修剪掉。使用剪刀,从 阵列中修整填充储存器。Array载体的边缘用作指导。
[0681] 最后,执行实时数据分析。SDS板文档存储从运行采集的数据,包括样品名称和检测器。在计算机上,启动SDS软件,并将设置文件导入新的板文档并保存板文档。要执行运行,打开SDS软件中的板文档,然后选择板文档的“文档”选项卡,然后选择“实时”选项卡。验证“Connected to Plate Name(连接到板名称)”以显示在状态栏中。然后验证
阵列热循环块以安装在仪器托盘中。然后将准备好的阵列放置在仪器托盘中,在托盘左上
角有A1孔,右上角有切口角,仪器前面有条码。运行完成并出现“运行完成”对话框时,关闭对话框。
[0682] 蛋白质表达定量-通过二维差异凝胶电泳(2D-DIGE)(Aberdeen Proteomics,www.abdn.ac.uk/ims/proteomics)进行蛋白质表达定量。分析工作流程总结如下:
[0683] 首先,使用用于2D-DIGE的蛋白质分析的标准方案制备样品,并确定蛋白质浓度。将蛋白质沉淀并以约6μg/μL的浓度重新悬浮于相容缓冲液中用于标记。
[0684] 接下来,使用Cy3或Cy5染料以最小标记方案标记各个蛋白质样品;根据制造商的方案标记50μg蛋白质。用Cy2染料标记通过在实验中混合等量的所有样品的蛋白质而制备
的池样品。
[0685] 标记后,将样品加载到固定的pH梯度(IPG)凝胶条上。具体而言,将Cy3和Cy5标记的样品连同等分的Cy2标记的池样品加载到每个IPG凝胶中。
[0686] 然后在使用标准平衡缓冲液将IPG凝胶条转移至Criterion预制板凝胶(Bio-Rad Ltd)用于第二维电泳步骤之前,将其聚焦于 instrument(GE Healthcare)上。
(Cash et al.,Methods Mol Bio 2009,519:131-144).
[0687] 最后,使用EttanTM DIGE成像仪(GE Healthcare)对凝胶进行扫描以对每个凝胶成像以检测Cy2-、Cy3-和Cy5-标记的蛋白质。图像文件被转移到Progenesis SameSpots,版本
4.2(非线性动力学),用于凝胶对准、斑点检测和统计分析。数据处理使用Progenesis 
SameSpots软件中可用的内置程序。
[0688] 蛋白质鉴定-通过质谱法进行蛋白质鉴定。
[0689] 5.2实施例2-长寿研究
[0690] 进行该研究以评估施用外源性干细胞对实验动物寿命的影响,并确定这些细胞如何影响各种器官和组织中干细胞储库的质量和数量。
[0691] 材料和方法
[0692] 动物
[0693] 以12小时光照/12小时黑暗循环饲养11、17和21个月的F344 Fisher大鼠,随意提供标准大鼠食物和水。动物被称重并分配ID号码。使用随机数发生器将动物随机分组。所有程序均通过动物护理机构和使用委员会批准。
[0694] 大鼠在11、17或21个月时皮下或静脉内施用PDSC。在这里给出的所有数据中,大鼠的年龄是指当大鼠被治疗时的年龄,而不是被处死的年龄。
[0695] 血样制备和分析
[0696] 从隐静脉采集静脉血样品并采集到乙二胺四乙酸(EDTA)(全血计数)和肝素锂(血浆)管中。在实验期之前和之后从每只动物中采集总共大约400μL。使用VestScanII血液面板确定全血计数(WBC)。将肝素锂管以1200×g离心10分钟。将血浆转移至新鲜的微管并立
即在-80℃冷冻以用于后续的分析。
[0697] PSC-100的制备和移植
[0698] PSC-100细胞在37℃水浴中快速解冻直至剩余少量冷冻物质。将细胞以约10倍重悬于2.5%牛血清白蛋白(BSA)的磷酸盐缓冲盐水(PBS)溶液中,并取细胞计数等份以确定
获得的总细胞。然后将细胞以500×g离心5分钟。用合适体积的的2.5%BSA的PBS溶液将细
胞沉淀重新悬浮至每只动物产生0.5mL剂量的浓度。使用纠正因子(18.74%)来解释在用26
号针头注射期间发生的细胞溶解,并且通过在通过26号针头之前和之后的样品细胞制备细
胞计数的试验来实验地确定。F344大鼠皮下或静脉内(通过尾静脉)施用0.5mL安慰剂(阴性
对照)、100万PSC-100(低剂量)或1000万PSC-100(高剂量)。
[0699] 转棒评估
[0700] 使用配有9.5厘米直径的桶的IITC转棒(IITC Life Science Inc.,Woodlands Hills,CA)。所有的动物完成了一个训练阶段,在这个阶段中,在转棒上进行了重复的回合(bouts),直到连续两次成功的10秒时间的持续回合都能够进行。在该训练阶段后大约2小
时,实际测试以2的RPM启动,100秒内恒定加速度至30RPM进行。总的测试时间是100秒。动物连续进行3次数据采集试验。
[0701] RNAseq分析
[0702] 使用Trizol(Thermo Fisher Scientific Inc.,San Jose,CA)提取以及随后使用Mini Column(Qiagen Inc.,Valencia,CA)柱纯化的组合进行组织样品的RNA
提取。在Trizol中使用5mm不锈珠与 TissuLyser II设置在50Hz下均化样品3
分钟。将萃取液用于 Mini  Column并根据制造商的说明进行纯化。使用
Nanodrop分光光度计测定样品浓度,并使用Bioanalyzer评估RNA质量。
[0703] 使用来自New England Biolabs(Ipswich,MA)的试剂盒分离Poly(A)RNA,即Poly(A)mRNA磁性分离分子,并且使用用于 (NEB,Ipswich,MA)的
UltraTM定向RNA库制备试剂盒制备带条码的抗体。使用高输出V2试剂盒(Illumina Inc.,
San Diego,CA)合并文库并在 NextSeq 500上进行单末端测序(1X75),每个样
品产生大约3000万读数。读取数据在BaseSpace(basespace.illumina.com)中处理。使用
STAR aligner(https://code.google.com/p/rna-star/)以默认设置将读数与褐家鼠
(rutus norvegicus)基因组(rn5)对齐。使用Cufflinks Cuffdiff软件包(http://
cufflinks.cbcb.umd.edu/)确定差异转录物表达,使用2倍差异截止值和小于0.05的假发
现率产生结果列表。将差异表达基因列表输入到独创性途径分析(IPA)中以鉴定网络并确
定推定的上游调节子。
[0704] 骨骼肌肉制备
[0705] 快速解剖来自左腿的比目鱼肌和跖肌并在液氮(N2)中快速冷冻,在-80℃下储存用于RNA和蛋白质组分析。将右腿比目鱼肌和跖肌解剖,包埋在冷冻模型中,并在液氮冷却的异戊烷中冷冻并储存在-80℃下。取出总腓肠肌,称重,并在液氮中快速冷冻。
[0706] 皮质制备
[0707] 迅速从处死大鼠中取出脑,分离半球。右半球用于提取在液氮中快速冷冻的海马。将左半球置于22mm冷冻模型中,用OCT包埋,并冷冻在液氮冷却的异戊烷中。
[0708] 骨髓制备、CFU测定和流式细胞术
[0709] 通过去除股骨的末端从大鼠骨髓中分离细胞,并用具有10%FBS的5mLα-MEM用21号针头冲洗总共三次。然后使粗制骨髓悬浮液通过70μm过滤器以获得细胞悬浮液。然后将细胞悬浮液在4℃以300×g离心5分钟。吸出上清液,将沉淀重新悬浮于5mL 1×RBC裂解缓
冲液(BioLegend目录号420301)中。将RBC裂解缓冲液中的细胞保持在冰上,每分钟搅拌一
次,持续5分钟。5分钟后,加入25mL PBS使反应停止。对于集落形成单位(CFU)测定,将细胞以300×g沉淀5分钟。弃去上清液,将沉淀物重新悬浮于20mL PBS中,并以300×g旋转5分
钟。弃去上清液,将沉淀物重新悬浮于5-10mL的α-MEM+10%FBS培养基中。然后使用
Countess机器(Cat#C10277)通过台盼蓝拒染法对细胞进行计数,并加入适量的培养基以使
最终浓度为1-2百万个细胞/mL。对于CFU测定,将两种稀释液接种在T75烧瓶中的1百万个细胞和在T75烧瓶中的250,000个细胞。
[0710] 从制备的骨髓中取出1000万个细胞,并在室温搅拌10分钟,用2%PFA固定。然后通过离心沉淀细胞以除去PFA并用PBS洗涤两次。预偶联的抗体被用于流式细胞术以鉴定和定量细胞类型。
[0711] 内源性干细胞的免疫荧光检测
[0712] 内源性干细胞的免疫荧光检测
[0713] 使用来自Developmental Studies Hybridoma Bank(Iowa City,IA)的抗Pax7抗体来检测卫星细胞。将新鲜冷冻的肌肉样品在-20℃下切成10微米,并在2%PFA中固定10分钟。固定后,使用HistoVTTMOne(70℃20分钟)进行抗原修复。然后用PBS洗涤载玻片并用含有
0.3%Triton-X 100的5%正常驴血清封闭20分钟。在过夜温育中使用1:20稀释的抗Pax7抗
体。然后用PBS将载玻片洗涤3次,每次10分钟,然后用驴抗小鼠抗体#555(来自英国剑桥的Abcam公司)温育1-2小时。将载玻片洗涤一次并用DAPI温育5分钟,随后在PBS中洗涤3次。然后用FluorsaveTM(德国Darmstadt的EMD Millipore)将载玻片安装并盖上#1-1/2盖玻片。使用Zeiss Axiovision直立式荧光显微镜进行成像,使用Zeiss软件包获得图像。然后将图像导入NIH ImageJ进行分析。
[0714] 使用来自Abcam Inc.(Cambridge UK)的抗Ki67抗体来检测脑室下区干细胞。将新鲜冷冻的皮质样品在-20℃下以10微米进行弧形切片,并在冰冷的丙酮中固定5分钟。固定
后,载玻片用PBS洗涤并用含0.3%Triton-X 100的5%正常驴血清封闭20分钟。以1:200稀
释的抗Ki67抗体用于过夜温育。然后用PBS将载玻片洗涤3次,每次10分钟,然后与驴抗兔抗体#555(来自Abcam)温育1-2小时。将载玻片洗涤一次并用DAPI温育5分钟,随后在PBS中洗
涤3次。随后将幻灯片安装在Fluorsave上,盖上#1-1/2盖玻片。使用Zeiss Axiovision直立式荧光显微镜进行成像,使用Zeiss软件包获得图像。然后将图像导入NIH ImageJ进行分
析。
[0715] 使用来自Developmental Studies Hybridoma Bank(Iowa City,Iowa)的抗层粘连蛋白抗体来检测肌纤维边界。将新鲜冷冻的肌肉样品在-20℃下切成10微米,并在2%PFA中固定10分钟。然后用PBS洗涤载玻片并用含有0.3%Triton-X 100的5%正常驴血清封闭
20分钟。以1:200稀释的抗层粘连蛋白抗体用于过夜温育。然后用PBS将载玻片洗涤3次,每次10分钟,然后与驴抗小鼠抗体#555(来自Abcam)温育1-2小时。将载玻片洗涤一次并用
DAPI温育5分钟,然后在PBS中洗涤3次。随后将载玻片安装在Fluorsave上,盖上#1-1/2盖玻片。使用Zeiss Axiovision直立式荧光显微镜进行成像,使用Zeiss软件包获得图像。然后将图像导入NIH ImageJ进行分析。
[0716] 图像分析和定量
[0717] 在合适的阈值处理后,通过ImageJ软件中的颗粒计数函数定量由肌肉中的Pax7或海马中的Ki67鉴定的干细胞群。参数被调整为与独立的手动计数测量一致。
[0718] 肌纤维横截面积(CSA)的确定
[0719] 用NIH ImageJ分析抗层粘连蛋白肌肉切片图像,调整阈值以选择纤维实体。像素大小限制设置在400和60,000之间,并且进行颗粒计数,其中输出是每个计数实体的纤维数量和相应的CSA。
[0720] CSA频率分布分析
[0721] 将CSA数据输入到GraphPadTM Prism程序中,并使用频率分析,其中分箱设置为0.05。输出文件提供了每个箱的纤维数量。
[0722] 统计分析
[0723] 使用具有多重比较的单向方差分析(ANOVA)来确定平均值之间的显著性差异,并使用Tukey事后检验来鉴定显著不同的组。
[0724] 结果
[0725] 衰老期间维持大鼠的总体重(图13A-13B)。然而,观察到身体组成的变化(数据未显示),通过纤维化的组织替代也是如此,这导致组织功能性下降,这与干细胞储库的下降同时发生。
[0726] 骨骼肌肉性能测试
[0727] 转棒测试测量骨骼肌耐力。测试的一些功能包括平衡、握力和神经肌肉协调。它被用来模仿人类的2-6分钟步行试验、步行速度和平衡,这与老年人的生存有关。
[0728] 图14A-14C(绝对数据)和15A-15C(数据归一化为假模相同年龄组)显示研究终点的转棒评估。动物连续进行3次数据采集试验。测量是在动物降至基线并触发测量结束时触发的。与年龄匹配的对照相比,接受PSC-100注射的17和21月龄的动物表现出改善的性能。
这在17月龄的尾静脉注射的动物中特别明显,其继续保持60%更多的转数(图14A和15A),
250%更长的时间(图14B和15B)和120%更大的距离(图14C和15C)。
[0729] 间充质干细胞(MSC)流式细胞术
[0730] 通过流式细胞术鉴定的间充质干细胞(MSC)样细胞对于CD45的表达是阴性的但对于CD44、CD73、CD90、CD105和CD271是阳性的。接受PSC-100注射4周的大鼠表现出MSC样干细胞的百分比增加(图19和20A-20F)。这在通过尾静脉或皮下注射接受PSC-100的17月龄鼠中
最明显。在较年长的21月龄鼠中,MSC样细胞的增加在尾静脉注射的大鼠中最明显。
[0731] 肌内内源性Pax7+干细胞的定量
[0732] Pax7是在肌肉干细胞(也称为卫星细胞)表面上表达的标志物。图23A-23C和24B显示了通过皮下和尾静脉注射在老龄大鼠中PSC-100的注射增加了17月龄大鼠比目鱼肌中
Pax7+肌肉干细胞的百分比。
[0733] 脑中的内源性Ki67+干细胞的定量
[0734] 已知干细胞驻留在脑的脑室下区。这些细胞可以增殖并迁移以再生脑细胞。抗Ki67抗体仅在包括脑的所有组织中结合增殖细胞。图25A-25C和26表明PSC-100的注射增加
了11月龄大鼠和21月龄大鼠脑室下区Ki67阳性脑干细胞的数量。
[0735] 肌纤维尺寸的确定
[0736] 肌肉强度与肌纤维尺寸有关,其随着年龄增长而减少,因此导致衰老人体的力量、平衡和行走持续时间的减少。为了检测用PSC-100处理的衰老大鼠的肌纤维尺寸,使用来自Developmental Studies Hybridoma Bank的抗层粘连蛋白抗体来检测肌纤维边界(图27A-27B)。
[0737] 图30B(17个月龄大鼠比目鱼肌)和31B(21月龄鼠比目鱼肌)证明注射PSC-100的大鼠具有改善的(增加的)纤维尺寸分布,并且尾静脉注射显示出比皮下注射更多的改善。这
种肌肉纤维尺寸的改善可以转化成用PSC-100处理增加的强度,并且可能至少部分与图
14A-14C和图15A-15C中所示的改善的转棒性能相关。
[0738] 集落形成单位(CFU)测定
[0739] 使用CFU-F测定来确定从组织分离的细胞群中存在的MSC样细胞的数量。干细胞增殖形成集落,然后进行计数,每个集落代表存在于起始群中的干细胞。如该方法所述,进行股骨骨髓CFU测定。图32表明,PSC-100注射增加了从11个月的皮下处理的大鼠、17个月的皮下处理的大鼠、17个月的静脉处理的大鼠和21个月的皮下处理的大鼠形成的集落数量,而
没有增加11或21个月的静脉处理的大鼠形成的集落数量。在测定中形成的更多集落表明在
股骨骨髓中有更多的干细胞。因此,总之,六个治疗组中的四个显示出这种重要干细胞群的增加。
[0740] RNAseq分析结果
[0741] 在衰老的F344大鼠中施用PSC-100后对RNA的表达分析证实了在几种途径中涉及的基因的显著变化。这些基因为单独或联合治疗各种疾病提供了潜在的新的治疗靶点。
[0742] RNA表达的整体分析表明用PSC-100静脉内处理的21个月龄大鼠的基因表达谱更接近于17个月龄的假模对照动物的基因表达谱,而不是21个月龄的假模对照动物的基因表
达谱(数据未显示)。这表明PSC-100的治疗使得PSC-100受体动物与其年轻的对应动物相
似。
[0743] 在下表5-9中总结了基因表达变化,具有2倍的截止值。第一列的值是治疗组和假模对照组大鼠之间表达比例的log2值。因此,-1.0的log2值意味着2倍减小,而1.0的log2值意味着2倍增加。
[0744] 表5.与17月龄的对照大鼠相比,皮下施用PDSC的17月龄大鼠的海马中的基因表达变化
[0745]
[0746] 表6.与17月龄的对照大鼠相比,皮下施用PDSC的17月龄大鼠比目鱼肌中的基因表达变化
[0747]
[0748]
[0749] 表7.与17月龄的对照大鼠相比,静脉内施用PDSC的17月龄大鼠比目鱼肌中的基因表达变化
[0750]
[0751] 表8.与21月龄的对照大鼠相比,皮下施用PDSC的21月龄大鼠比目鱼肌中的基因表达变化
[0752]
[0753]
[0754] 表9.与21月龄的对照大鼠相比,静脉内施用PDSC的21月龄大鼠的比目鱼肌中的基因表达变化
[0755]
[0756]
[0757]
[0758]
[0759]
[0760] 处理的大鼠与对照大鼠相比基因的表达变化可以指导治疗各种疾病的新的治疗发展。例如,如表7所示,与17个月对照相比,Alox15基因显著下调,而在17月龄大鼠静脉内施用PSC-100时,Myh4基因和Nr4a2基因急剧上调。
[0761] Alox15编码花生四烯酸15-脂氧合酶,其为与动脉疾病、白细胞软化和滑膜细胞凋亡性死亡相关的蛋白质。
[0762] Myh4编码肌球蛋白重链。与假模对照组相比,经静脉施用处理的动物中Myh4的表达增加表明通过PSC-100治疗改善了肌肉维持,并且可以解释在转棒测试中治疗动物的性
能提高。
[0763] Nr4a2编码类固醇-甲状腺激素-类视黄醇受体超家族成员。该蛋白质可以作为其他基因表达增加的转录因子。Nr4a2中的突变与多巴胺能功能障碍相关的疾病有关,包括帕金森病精神分裂症和躁狂抑郁症。这个基因的失调可能与类风湿关节炎有关。已经描述了剪接的转录物变体,但是它们的生物学有效性尚未确定。
[0764] 在图36中示出了改变的基因表达可以影响的途径的例子。
[0765] *****
[0766] 本文描述了本发明的具体实施方案,包括发明人已知的用于实施本发明的最佳方式。在阅读前面的描述之后,所公开的实施方案的变化对于本领域的技术人员而言可变得
显而易见,并且预期本领域技术人员可以视情况采用这样的变化。因此,本发明旨在以不同于本文具体描述的方式来实施,并且本发明包括适用法律允许的所附权利要求书中所述主
题的所有修改和等同方案。此外,除非本文另有说明或者与上下文明显矛盾,否则本发明涵盖上述要素在其所有可能变型中的任何组合。
[0767] 本说明书中引用的所有出版物、专利申请、登录号以及其他参考文献均通过引用整体并入本文,如同每个单独的出版物或专利申请被具体地和单独地指出通过引用并入。
提供本文讨论的出版物仅仅是为了在本申请的提交日期之前公开。本文中的任何内容都不
应被解释为承认本发明由于在先发明而无权先于这种出版物。此外,所提供的出版日期可
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