用于脓毒症的诊断
专利汇可以提供用于脓毒症的诊断专利检索，专利查询，专利分析的服务。并且一种在确定性临床诊断之前诊断严重脓毒症的方法。在首次临床表现时抽血的患者中鉴定了与严重脓毒症和器官衰竭的进一步诊断密切相关的基因表达模式。所述方法包括鉴定两种或更多种多核苷酸的模式，由此这些多核苷酸改变的表达与预期脓毒症及实际脓毒症相关。还提供了基于该基因表达模式的特征来鉴定用于 治疗 脓毒症的 试剂 的方法。，下面是用于脓毒症的诊断专利的具体信息内容。
1.一种用于在受试者中诊断脓毒症的方法，其包括测定获自所述受试者的生物样品中多种内毒素耐受性标签基因中每一种的表达水平以提供样品基因标签，并比较所述样品基因标签与参考基因标签，其中所述参考基因标签表示所述多种基因中每一种的标准表达水平；其中所述样品基因标签与所述参考基因标签之间的差异指示所述受试者患有脓毒症。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述脓毒症是严重脓毒症。
3.一种用于鉴定处于出现严重脓毒症的风险的受试者的方法，其包括：测定获自所述受试者的生物样品中多种内毒素耐受性标签基因中每一种的表达水平，以提供样品基因标签，并比较所述样品基因标签与参考基因标签，其中所述参考基因标签表示所述多种基因中每一种的标准表达水平；其中所述样品基因标签与所述参考基因标签之间的差异指示所述受试者处于出现严重脓毒症的风险。
4.一种用于鉴定处于器官衰竭风险的受试者的方法，其包括：测定获自所述受试者的生物样品中多种内毒素耐受性标签基因中每一种的表达水平，以提供样品基因标签，并比较所述样品基因标签与参考基因标签，其中所述参考基因标签表示所述多种基因中每一种的标准表达水平；其中所述样品基因标签与所述参考基因标签之间的差异指示所述受试者处于器官衰竭的风险。
5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述受试者疑似患有脓毒症。
6.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中通过标准程序将所述受试者诊断为患有脓毒症。
7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述多种基因选自：ADAM15、
ADAMDEC1、ALCAM、ALDH1A1、ANKRD1、C19orf59、CA12、CAMP、CCL1、CCL19、CCL22、CCL24、CCL7、CD14、CD300LF、CD93、CDK5RAP2、CPVL、CST3、CST6、CTSK、CXCL10、CYP1B1、CYP27B1、DDIT4、DHRS9、DPYSL3、EGR2、EMR1、EMR3、FBP1、FCER1G、FCER2、FPR1、FPR2、GK、GPNMB、GPR137B、HBEGF、HIST1H1C、HIST2H2AA3、HIST2H2AC、HK2、HK3、HPSE、HSD11B1、HTRA1、IL18BP、IL3RA、ITGB8、KIAA1199、LILRA3、LILRA5、LIPA、LY86、MARCO、MGST1、MMP7、MT1F、MT1G、MT1H、MT1M、MT1X、MXD1、MYADM、NEFH、NQO1、NRIP3、OLIG2、PANX2、PAPLN、PDLIM7、PLAUR、PLD3、PPBP、PROCR、PSTPIP2、PTGES、PTGR1、RAB13、RARRES1、RETN、RHBDD2、RNASE1、S100A12、S100A4、S100A8、S100A9、SERPINA1、SERPINB7、SLC16A10、SLC7A11、TGM2、TLR7、TMEM158、TREM1、TSPAN4、UPP1和VCAN。
8.一种用于在受试者中诊断内毒素耐受性的方法，所述方法包括：
a)测定获自所述受试者的生物样品中选自如下的多种基因中的每一种的表达水平：
ADAM15、ADAMDEC1、ALCAM、ALDH1A1、ANKRD1、C19orf59、CA12、CAMP、CCL1、CCL19、CCL22、CCL24、CCL7、CD14、CD300LF、CD93、CDK5RAP2、CPVL、CST3、CST6、CTSK、CXCL10、CYP1B1、CYP27B1、DDIT4、DHRS9、DPYSL3、EGR2、EMR1、EMR3、FBP1、FCER1G、FCER2、FPR1、FPR2、GK、GPNMB、GPR137B、HBEGF、HIST1H1C、HIST2H2AA3、HIST2H2AC、HK2、HK3、HPSE、HSD11B1、HTRA1、IL18BP、IL3RA、ITGB8、KIAA1199、LILRA3、LILRA5、LIPA、LY86、MARCO、MGST1、MMP7、MT1F、MT1G、MT1H、MT1M、MT1X、MXD1、MYADM、NEFH、NQO1、NRIP3、OLIG2、PANX2、PAPLN、PDLIM7、PLAUR、PLD3、PPBP、PROCR、PSTPIP2、PTGES、PTGR1、RAB13、RARRES1、RETN、RHBDD2、RNASE1、S100A12、S100A4、S100A8、S100A9、SERPINA1、SERPINB7、SLC16A10、SLC7A11、TGM2、TLR7、TMEM158、TREM1、TSPAN4、UPP1和VCAN，以提供样品基因标签，和
b)比较所述样品基因标签与参考基因标签，其中所述参考基因标签表示所述多种基因中每一种的标准表达水平；
其中所述样品基因标签与所述参考基因标签之间的差异指示所述受试者具有内毒素耐受性。
9.根据权利要求8所述的方法，其中所述受试者患有或疑似患有脓毒症。
10.根据权利要求8或9所述的方法，其还包括如果所述样品基因标签与所述参考基因标签之前存在差异的话，则鉴定所述受试者为处于严重脓毒症和/或器官衰竭的风险。
11.根据权利要求7至10中任一项所述的方法，其中通过所述多种基因中的至少两种在表达变化方向上的表达差异来定义所述样品基因标签与所述参考基因标签之间的差异。
12.根据权利要求11所述的方法，其中通过所述多种基因中的至少5种在表达变化方向上的表达差异来定义所述样品基因标签与所述参考基因标签之间的差异。
13.根据权利要求11所述的方法，其中通过所述多种基因中的至少10种在表达变化方向上的表达差异来定义所述样品基因标签与所述参考基因标签之间的差异。
14.根据权利要求11所述的方法，其中通过所述多种基因中的至少15种在表达变化方向上的表达差异来定义所述样品基因标签与所述参考基因标签之间的差异。
15.根据权利要求11所述的方法，其中通过所述多种基因中的至少20种在表达变化方向上的表达差异来定义所述样品基因标签与所述参考基因标签之间的差异。
16.根据权利要求11所述的方法，其中通过所述多种基因中的至少25种在表达变化方向上的表达差异来定义所述样品基因标签与所述参考基因标签之间的差异。
17.根据权利要求11所述的方法，其中通过所述多种基因中的至少30种在表达变化方向上的表达差异来定义所述样品基因标签与所述参考基因标签之间的差异。
18.根据权利要求11所述的方法，其中通过所述多种基因中的至少31种在表达变化方向上的表达差异来定义所述样品基因标签与所述参考基因标签之间的差异。
19.根据权利要求11至18中任一项所述的方法，其中如果所述基因是ADAMDEC1、
ANKRD1、C19orf59、CA12、CCL1、CCL19、CCL22、CCL24、CCL7、CD14、CD300LF、CD93、CDK5RAP2、CYP1B1、CYP27B1、DDIT4、DPYSL3、EGR2、EMR1、EMR3、FBP1、FCER1G、FCER2、FPR1、FPR2、GK、GPR137B、HBEGF、HIST1H1C、HIST2H2AA3、HIST2H2AC、HK2、HK3、HPSE、HSD11B1、IL3RA、ITGB8、KIAA1199、LILRA3、LILRA5、MARCO、MGST1、MMP7、MT1F、MT1G、MT1H、MT1M、MT1X、MXD1、MYADM、NEFH、NRIP3、OLIG2、PANX2、PAPLN、PDLIM7、PLAUR、PPBP、PROCR、PTGES、PTGR1、RAB13、RETN、RHBDD2、S100A12、S100A8、S100A9、SERPINA1、SERPINB7、SLC16A10、SLC7A11、TGM2、TMEM158、TREM1、UPP1或VCAN的话，则所述表达变化方向为上调，而如果所述基因是ADAM15、ALCAM、ALDH1A1、CAMP、CPVL、CST3、CST6、CTSK、CXCL10、DHRS9、GPNMB、HTRA1、IL18BP、LIPA、LY86、NQO1、PLD3、PSTPIP2、RARRES1、RNASE1、S100A4、TLR7或TSPAN4的话，则下调。
20.根据权利要求7至19中任一项所述的方法，其中所述多种基因选自：C19orf59、CCL22、CD14、CD300LF、CYP1B1、DHRS9、FCER1G、FPR1、FPR2、GK、HISTH2H2AA3、HK2、HK3、HPSE、LILRA5、MGST1、PDLIM7、PLAUR、PSTPIP2、RAB13、RETN、RHBDD2、S100A4、S100A9、S100A12、SERPINA1、UPP1、CPVL、CST3、LY86和PROCR。
21.根据权利要求7至19中任一项所述的方法，其中所述多种基因包括：C19orf59、CCL22、CD14、CD300LF、CYP1B1、DHRS9、FCER1G、FPR1、FPR2、GK、HISTH2H2AA3、HK2、HK3、HPSE、LILRA5、MGST1、PDLIM7、PLAUR、PSTPIP2、RAB13、RETN、RHBDD2、S100A4、S100A9、S100A12、SERPINA1、UPP1、CPVL、CST3、LY86和PROCR。
22.根据权利要求1至21中任一项所述的方法，其中测定所述表达水平包括检测由所述多种基因中的每一种编码的核酸。
23.根据权利要求22所述的方法，其中测定所述表达水平包括以下中的一种或更多种：
聚合酶链式反应(PCR)扩增法、非PCR基扩增法、逆转录酶-(RT)PCR、Q-β复制酶扩增、连接酶链式反应、信号扩增(Ampliprobe)、轻循环、差异显示、RNA分析、杂交、微阵列分析、DNA测序、Ref-Seq、MassArray分析和MALDI-TOF质谱法。
24.根据权利要求22所述的方法，其中检测所述核酸包括使所述生物样品与微阵列接触，所述微阵列包含能够与由所述多种基因中的每一种编码的所述核酸杂交的多种多核苷酸探针。
25.根据权利要求22所述的方法，其中测定所述表达水平包括从所述生物样品中分离mRNA，逆转录所述mRNA以生成cDNA产物，并使所述cDNA产物与微阵列相接触，所述微阵列包含能够与多种cDNA杂交的多种多核苷酸探针，所述多种cDNA与由所述多种基因表达的多种mRNA互补。
26.根据权利要求1至25中任一项所述的方法，其还包括从所述受试者获取所述生物样品的步骤。
27.根据权利要求1至26中任一项所述的方法，其中所述生物样品包括血液、血浆、血清、组织、羊水、唾液、尿液、粪便、支气管肺泡液、脑脊液或皮肤细胞。
28.根据权利要求1至26中任一项所述的方法，其中所述生物样品包括血液。
29.一种用于治疗脓毒症的方法，所述方法包括向通过根据权利要求1所述的方法诊断为患有脓毒症的受试者施用有效量的一种或更多种抗生素。
30.一种用于在受试者中治疗脓毒症的方法，所述方法包括：
a)通过以下确定所述受试者是否患有脓毒症或者处于患有脓毒症的风险：
(i)测定获自所述受试者的生物样品中选自以下的多种基因中的每一种的表达水平：
ADAM15、ADAMDEC1、ALCAM、ALDH1A1、ANKRD1、C19orf59、CA12、CAMP、CCL1、CCL19、CCL22、CCL24、CCL7、CD14、CD300LF、CD93、CDK5RAP2、CPVL、CST3、CST6、CTSK、CXCL10、CYP1B1、CYP27B1、DDIT4、DHRS9、DPYSL3、EGR2、EMR1、EMR3、FBP1、FCER1G、FCER2、FPR1、FPR2、GK、GPNMB、GPR137B、HBEGF、HIST1H1C、HIST2H2AA3、HIST2H2AC、HK2、HK3、HPSE、HSD11B1、HTRA1、IL18BP、IL3RA、ITGB8、KIAA1199、LILRA3、LILRA5、LIPA、LY86、MARCO、MGST1、MMP7、MT1F、MT1G、MT1H、MT1M、MT1X、MXD1、MYADM、NEFH、NQO1、NRIP3、OLIG2、PANX2、PAPLN、PDLIM7、PLAUR、PLD3、PPBP、PROCR、PSTPIP2、PTGES、PTGR1、RAB13、RARRES1、RETN、RHBDD2、RNASE1、S100A12、S100A4、S100A8、S100A9、SERPINA1、SERPINB7、SLC16A10、SLC7A11、TGM2、TLR7、TMEM158、TREM1、TSPAN4、UPP1和VCAN，以提供样品基因标签，和
(ii)比较所述样品基因标签与参考基因标签，其中所述参考基因标签表示所述多种基因中的每一种的标准表达水平，并且其中所述样品基因标签与所述参考基因标签之间的差异指示所述受试者患有脓毒症或处于患有脓毒症的风险，和
b)如果所述受试者患有脓毒症或者处于患有脓毒症的风险，则向所述受试者施用有效量的一种或更多种抗生素。
31.根据权利要求30所述的方法，其中所述脓毒症是严重脓毒症。
32.根据权利要求29至31中任一项所述的方法，其中所述一种或更多种抗生素是糖肽、ceflasporin、β-内酰胺、β-内酰胺酶抑制剂、碳青霉烯、喹诺酮、氟代喹诺酮、氨基糖苷、大环内酯和单菌霉素中的一种或组合。
33.一种用于降低受试者的器官衰竭风险的方法，其包括向通过根据权利要求1至3中任一项所述的方法诊断为患有脓毒症或处于患有严重脓毒症的风险的受试者施用有效量的一种或更多种抗生素。
34.一种用于降低受试者中的器官衰竭风险的方法，所述方法包括：
a)通过以下确定所述受试者是否处于器官衰竭的风险：
(i)测定获自所述受试者的生物样品中选自如下的多种基因中的每一种的表达水平：
ADAM15、ADAMDEC1、ALCAM、ALDH1A1、ANKRD1、C19orf59、CA12、CAMP、CCL1、CCL19、CCL22、CCL24、CCL7、CD14、CD300LF、CD93、CDK5RAP2、CPVL、CST3、CST6、CTSK、CXCL10、CYP1B1、CYP27B1、DDIT4、DHRS9、DPYSL3、EGR2、EMR1、EMR3、FBP1、FCER1G、FCER2、FPR1、FPR2、GK、GPNMB、GPR137B、HBEGF、HIST1H1C、HIST2H2AA3、HIST2H2AC、HK2、HK3、HPSE、HSD11B1、HTRA1、IL18BP、IL3RA、ITGB8、KIAA1199、LILRA3、LILRA5、LIPA、LY86、MARCO、MGST1、MMP7、MT1F、MT1G、MT1H、MT1M、MT1X、MXD1、MYADM、NEFH、NQO1、NRIP3、OLIG2、PANX2、PAPLN、PDLIM7、PLAUR、PLD3、PPBP、PROCR、PSTPIP2、PTGES、PTGR1、RAB13、RARRES1、RETN、RHBDD2、RNASE1、S100A12、S100A4、S100A8、S100A9、SERPINA1、SERPINB7、SLC16A10、SLC7A11、TGM2、TLR7、TMEM158、TREM1、TSPAN4、UPP1和VCAN，以提供样品基因标签，和
(ii)比较所述样品基因标签与参考基因标签，其中所述参考基因标签表示所述多种基因中每一种的标准表达水平，并且其中所述样品基因标签与所述参考基因标签之间的差异指示所述受试者处于器官衰竭的风险，和
b)如果所述受试者处于器官衰竭的风险，则向所述受试者施用有效量的一种或更多种抗生素。
35.根据权利要求29至34中任一项所述的方法，其中通过所述多种基因中的至少两种在表达变化方向上的表达差异来定义所述样品基因标签与所述参考基因标签之间的差异。
36.根据权利要求35所述的方法，其中通过所述多种基因中的至少5种在表达变化方向上的表达差异来定义所述样品基因标签与所述参考基因标签之间的差异。
37.根据权利要求35所述的方法，其中通过所述多种基因中的至少10种在表达变化方向上的表达差异来定义所述样品基因标签与所述参考基因标签之间的差异。
38.根据权利要求35所述的方法，其中通过所述多种基因中的至少15种在表达变化方向上的表达差异来定义所述样品基因标签与所述参考基因标签之间的差异。
39.根据权利要求35所述的方法，其中通过所述多种基因中的至少20种在表达变化方向上的表达差异来定义所述样品基因标签与所述参考基因标签之间的差异。
40.根据权利要求35所述的方法，其中通过所述多种基因中的至少25种在表达变化方向上的表达差异来定义所述样品基因标签与所述参考基因标签之间的差异。
41.根据权利要求35所述的方法，其中通过所述多种基因中的至少30种在表达变化方向上的表达差异来定义所述样品基因标签与所述参考基因标签之间的差异。
42.根据权利要求35所述的方法，其中通过所述多种基因中的至少31种在表达变化方向上的表达差异来定义所述样品基因标签与所述参考基因标签之间的差异。
43.根据权利要求35至42中任一项所述的方法，其中如果所述基因是ADAMDEC1、
ANKRD1、C19orf59、CA12、CCL1、CCL19、CCL22、CCL24、CCL7、CD14、CD300LF、CD93、CDK5RAP2、CYP1B1、CYP27B1、DDIT4、DPYSL3、EGR2、EMR1、EMR3、FBP1、FCER1G、FCER2、FPR1、FPR2、GK、GPR137B、HBEGF、HIST1H1C、HIST2H2AA3、HIST2H2AC、HK2、HK3、HPSE、HSD11B1、IL3RA、ITGB8、KIAA1199、LILRA3、LILRA5、MARCO、MGST1、MMP7、MT1F、MT1G、MT1H、MT1M、MT1X、MXD1、MYADM、NEFH、NRIP3、OLIG2、PANX2、PAPLN、PDLIM7、PLAUR、PPBP、PROCR、PTGES、PTGR1、RAB13、RETN、RHBDD2、S100A12、S100A8、S100A9、SERPINA1、SERPINB7、SLC16A10、SLC7A11、TGM2、TMEM158、TREM1、UPP1或VCAN的话，则所述表达变化方向为上调，而如果所述基因是ADAM15、ALCAM、ALDH1A1、CAMP、CPVL、CST3、CST6、CTSK、CXCL10、DHRS9、GPNMB、HTRA1、IL18BP、LIPA、LY86、NQO1、PLD3、PSTPIP2、RARRES1、RNASE1、S100A4、TLR7或TSPAN4的话，则下调。
44.根据权利要求29至43中任一项所述的方法，其中所述多种基因选自：C19orf59、CCL22、CD14、CD300LF、CYP1B1、DHRS9、FCER1G、FPR1、FPR2、GK、HISTH2H2AA3、HK2、HK3、HPSE、LILRA5、MGST1、PDLIM7、PLAUR、PSTPIP2、RAB13、RETN、RHBDD2、S100A4、S100A9、S100A12、SERPINA1、UPP1、CPVL、CST3、LY86和PROCR。
45.根据权利要求29至43中任一项所述的方法，其中所述多种基因包括：C19orf59、CCL22、CD14、CD300LF、CYP1B1、DHRS9、FCER1G、FPR1、FPR2、GK、HISTH2H2AA3、HK2、HK3、HPSE、LILRA5、MGST1、PDLIM7、PLAUR、PSTPIP2、RAB13、RETN、RHBDD2、S100A4、S100A9、S100A12、SERPINA1、UPP1、CPVL、CST3、LY86和PROCR。
46.一种用于降低受试者出现严重脓毒症的风险的方法，其包括向通过根据权利要求3所述的方法诊断为处于出现严重脓毒症的风险的受试者施用有效量的抵抗内毒素耐受性的试剂。
47.一种用于降低受试者中的器官衰竭风险的方法，其包括向通过根据权利要求4所述的方法诊断为处于器官衰竭风险的受试者施用有效量的抵抗内毒素耐受性的试剂。
48.一种用于降低受试者出现严重脓毒症或器官衰竭的风险的方法，其包括向所述受试者施用有效量的抵抗内毒素耐受性的试剂。
49.根据权利要求48所述的方法，其还包括通过以下确定所述受试者处于出现严重脓毒症或器官衰竭的风险：
(a)测定获自所述受试者的生物样品中选自如下的多种基因的表达水平：ADAM15、ADAMDEC1、ALCAM、ALDH1A1、ANKRD1、C19orf59、CA12、CAMP、CCL1、CCL19、CCL22、CCL24、CCL7、CD14、CD300LF、CD93、CDK5RAP2、CPVL、CST3、CST6、CTSK、CXCL10、CYP1B1、CYP27B1、DDIT4、DHRS9、DPYSL3、EGR2、EMR1、EMR3、FBP1、FCER1G、FCER2、FPR1、FPR2、GK、GPNMB、GPR137B、HBEGF、HIST1H1C、HIST2H2AA3、HIST2H2AC、HK2、HK3、HPSE、HSD11B1、HTRA1、IL18BP、IL3RA、ITGB8、KIAA1199、LILRA3、LILRA5、LIPA、LY86、MARCO、MGST1、MMP7、MT1F、MT1G、MT1H、MT1M、MT1X、MXD1、MYADM、NEFH、NQO1、NRIP3、OLIG2、PANX2、PAPLN、PDLIM7、PLAUR、PLD3、PPBP、PROCR、PSTPIP2、PTGES、PTGR1、RAB13、RARRES1、RETN、RHBDD2、RNASE1、S100A12、S100A4、S100A8、S100A9、SERPINA1、SERPINB7、SLC16A10、SLC7A11、TGM2、TLR7、TMEM158、TREM1、TSPAN4、UPP1和VCAN，以提供样品基因标签，和
(b)比较所述样品基因标签与参考基因标签，其中所述参考基因标签表示所述多种基因中每一种的标准表达水平，
其中所述样品基因标签与所述参考基因标签之间的差异指示所述受试者处于出现严重脓毒症或器官衰竭的风险。
50.根据权利要求46、47或49中任一项所述的方法，其还包括在治疗期间的一个或更多个时间点监测获自所述受试者的样品中所述多种基因的表达。
51.根据权利要求46、47、49或50中任一项所述的方法，其中通过所述多种基因中的至少两种在表达变化方向上的表达差异来定义所述样品基因标签与所述参考基因标签之间的差异。
52.根据权利要求51所述的方法，其中通过所述多种基因中的至少5种在表达变化方向上的表达差异来定义所述样品基因标签与所述参考基因标签之间的差异。
53.根据权利要求51所述的方法，其中通过所述多种基因中的至少10种在表达变化方向上的表达差异来定义所述样品基因标签与所述参考基因标签之间的差异。
54.根据权利要求51所述的方法，其中通过所述多种基因中的至少15种在表达变化方向上的表达差异来定义所述样品基因标签与所述参考基因标签之间的差异。
55.根据权利要求51所述的方法，其中通过所述多种基因中的至少20种在表达变化方向上的表达差异来定义所述样品基因标签与所述参考基因标签之间的差异。
56.根据权利要求51所述的方法，其中通过所述多种基因中的至少25种在表达变化方向上的表达差异来定义所述样品基因标签与所述参考基因标签之间的差异。
57.根据权利要求51所述的方法，其中通过所述多种基因中的至少30种在表达变化方向上的表达差异来定义所述样品基因标签与所述参考基因标签之间的差异。
58.根据权利要求51所述的方法，其中通过所述多种基因中的至少31种在表达变化方向上的表达差异来定义所述样品基因标签与所述参考基因标签之间的差异。
59.根据权利要求51至58中任一项所述的方法，其中如果所述基因是ADAMDEC1、
ANKRD1、C19orf59、CA12、CCL1、CCL19、CCL22、CCL24、CCL7、CD14、CD300LF、CD93、CDK5RAP2、CYP1B1、CYP27B1、DDIT4、DPYSL3、EGR2、EMR1、EMR3、FBP1、FCER1G、FCER2、FPR1、FPR2、GK、GPR137B、HBEGF、HIST1H1C、HIST2H2AA3、HIST2H2AC、HK2、HK3、HPSE、HSD11B1、IL3RA、ITGB8、KIAA1199、LILRA3、LILRA5、MARCO、MGST1、MMP7、MT1F、MT1G、MT1H、MT1M、MT1X、MXD1、MYADM、NEFH、NRIP3、OLIG2、PANX2、PAPLN、PDLIM7、PLAUR、PPBP、PROCR、PTGES、PTGR1、RAB13、RETN、RHBDD2、S100A12、S100A8、S100A9、SERPINA1、SERPINB7、SLC16A10、SLC7A11、TGM2、TMEM158、TREM1、UPP1或VCAN的话，则所述表达变化方向为上调，而如果所述基因是ADAM15、ALCAM、ALDH1A1、CAMP、CPVL、CST3、CST6、CTSK、CXCL10、DHRS9、GPNMB、HTRA1、IL18BP、LIPA、LY86、NQO1、PLD3、PSTPIP2、RARRES1、RNASE1、S100A4、TLR7或TSPAN4的话，则下调。
60.根据权利要求46、47和49至59中任一项所述的方法，其中多种基因选自：C19orf59、CCL22、CD14、CD300LF、CYP1B1、DHRS9、FCER1G、FPR1、FPR2、GK、HISTH2H2AA3、HK2、HK3、HPSE、LILRA5、MGST1、PDLIM7、PLAUR、PSTPIP2、RAB13、RETN、RHBDD2、S100A4、S100A9、S100A12、SERPINA1、UPP1、CPVL、CST3、LY86和PROCR。
61.根据权利要求46、47和49至59中任一项所述的方法，其中多种基因包括：C19orf59、CCL22、CD14、CD300LF、CYP1B1、DHRS9、FCER1G、FPR1、FPR2、GK、HISTH2H2AA3、HK2、HK3、HPSE、LILRA5、MGST1、PDLIM7、PLAUR、PSTPIP2、RAB13、RETN、RHBDD2、S100A4、S100A9、S100A12、SERPINA1、UPP1、CPVL、CST3、LY86和PROCR。
62.根据权利要求46至61中任一项所述的方法，其中所述抵抗内毒素耐受性的试剂是免疫治疗。
63.根据权利要求62所述的方法，其中所述试剂包括免疫细胞。
64.根据权利要求46至61中任一项所述的方法，其中所述试剂是干扰素-γ、CpG-寡核苷酸(ODN)、CpG ODN与IL-10的组合、抗CD40抗体、STAT3抑制剂、STAT6抑制剂、p50抑制剂、NFκB抑制剂、IKKβ抑制剂、咪唑喹诺酮和唑来膦酸。
65.一种用于鉴定用于治疗脓毒症的候选试剂的方法，所述方法包括：
a)使内毒素耐受性细胞与测试试剂相接触，
b)测定所述内毒素耐受性细胞中多种内毒素耐受性标签基因中的每一种的表达水平，以提供表达标签，
c)比较所述表达标签与参考表达标签，其中所述参考标签表示正常细胞中多种基因的表达水平，和
d)当所述表达标签基本对应于所述参考标签时，选择所述测试试剂作为用于治疗脓毒症的候选试剂。
66.根据权利要求65所述的方法，其中所述多种基因选自：ADAM15、ADAMDEC1、ALCAM、ALDH1A1、ANKRD1、C19orf59、CA12、CAMP、CCL1、CCL19、CCL22、CCL24、CCL7、CD14、CD300LF、CD93、CDK5RAP2、CPVL、CST3、CST6、CTSK、CXCL10、CYP1B1、CYP27B1、DDIT4、DHRS9、DPYSL3、EGR2、EMR1、EMR3、FBP1、FCER1G、FCER2、FPR1、FPR2、GK、GPNMB、GPR137B、HBEGF、HIST1H1C、HIST2H2AA3、HIST2H2AC、HK2、HK3、HPSE、HSD11B1、HTRA1、IL18BP、IL3RA、ITGB8、KIAA1199、LILRA3、LILRA5、LIPA、LY86、MARCO、MGST1、MMP7、MT1F、MT1G、MT1H、MT1M、MT1X、MXD1、MYADM、NEFH、NQO1、NRIP3、OLIG2、PANX2、PAPLN、PDLIM7、PLAUR、PLD3、PPBP、PROCR、PSTPIP2、PTGES、PTGR1、RAB13、RARRES1、RETN、RHBDD2、RNASE1、S100A12、S100A4、S100A8、S100A9、SERPINA1、SERPINB7、SLC16A10、SLC7A11、TGM2、TLR7、TMEM158、TREM1、TSPAN4、UPP1和VCAN。
67.根据权利要求65或66所述的方法，其中所述多种基因包括至少5种基因。
68.根据权利要求65或66所述的方法，其中所述多种基因包括至少10种基因。
69.根据权利要求65或66所述的方法，其中所述多种基因包括至少15种基因。
70.根据权利要求65或66所述的方法，其中所述多种基因包括至少20种基因。
71.根据权利要求65或66所述的方法，其中所述多种基因包括至少25种基因。
72.根据权利要求65或66所述的方法，其中所述多种基因包括至少30种基因。
73.根据权利要求65或66所述的方法，其中所述多种基因包括至少31种基因。
74.根据权利要求65至73中任一项所述的方法，其中所述多种基因选自：C19orf59、CCL22、CD14、CD300LF、CYP1B1、DHRS9、FCER1G、FPR1、FPR2、GK、HISTH2H2AA3、HK2、HK3、HPSE、LILRA5、MGST1、PDLIM7、PLAUR、PSTPIP2、RAB13、RETN、RHBDD2、S100A4、S100A9、S100A12、SERPINA1、UPP1、CPVL、CST3、LY86和PROCR。
75.根据权利要求65至73中任一项所述的方法，其中所述多种基因包括：C19orf59、CCL22、CD14、CD300LF、CYP1B1、DHRS9、FCER1G、FPR1、FPR2、GK、HISTH2H2AA3、HK2、HK3、HPSE、LILRA5、MGST1、PDLIM7、PLAUR、PSTPIP2、RAB13、RETN、RHBDD2、S100A4、S100A9、S100A12、SERPINA1、UPP1、CPVL、CST3、LY86和PROCR。
76.一种试剂盒，其用于测定样品中选自以下的多种基因中的每一种的表达水平：
ADAM15、ADAMDEC1、ALCAM、ALDH1A1、ANKRD1、C19orf59、CA12、CAMP、CCL1、CCL19、CCL22、CCL24、CCL7、CD14、CD300LF、CD93、CDK5RAP2、CPVL、CST3、CST6、CTSK、CXCL10、CYP1B1、CYP27B1、DDIT4、DHRS9、DPYSL3、EGR2、EMR1、EMR3、FBP1、FCER1G、FCER2、FPR1、FPR2、GK、GPNMB、GPR137B、HBEGF、HIST1H1C、HIST2H2AA3、HIST2H2AC、HK2、HK3、HPSE、HSD11B1、HTRA1、IL18BP、IL3RA、ITGB8、KIAA1199、LILRA3、LILRA5、LIPA、LY86、MARCO、MGST1、MMP7、MT1F、MT1G、MT1H、MT1M、MT1X、MXD1、MYADM、NEFH、NQO1、NRIP3、OLIG2、PANX2、PAPLN、PDLIM7、PLAUR、PLD3、PPBP、PROCR、PSTPIP2、PTGES、PTGR1、RAB13、RARRES1、RETN、RHBDD2、RNASE1、S100A12、S100A4、S100A8、S100A9、SERPINA1、SERPINB7、SLC16A10、SLC7A11、TGM2、TLR7、TMEM158、TREM1、TSPAN4、UPP1和VCAN，所述试剂盒包含基因特异性试剂和使用说明书，每一种所述基因特异性试剂均能够检测所述多种基因或其补体中的相应的一种的表达产物。
77.根据权利要求76所述的试剂盒，其中所述多种基因包括至少5种基因。
78.根据权利要求76所述的试剂盒，其中所述多种基因包括至少10种基因。
79.根据权利要求76所述的试剂盒，其中所述多种基因包括至少15种基因。
80.根据权利要求76所述的试剂盒，其中所述多种基因包括至少20种基因。
81.根据权利要求76所述的试剂盒，其中所述多种基因包括至少25种基因。
82.根据权利要求76所述的试剂盒，其中所述多种基因包括至少30种基因。
83.根据权利要求76所述的试剂盒，其中所述多种基因包括至少31种基因。
84.根据权利要求76至83中任一项所述的试剂盒，其中所述多种基因选自：C19orf59、CCL22、CD14、CD300LF、CYP1B1、DHRS9、FCER1G、FPR1、FPR2、GK、HISTH2H2AA3、HK2、HK3、HPSE、LILRA5、MGST1、PDLIM7、PLAUR、PSTPIP2、RAB13、RETN、RHBDD2、S100A4、S100A9、S100A12、SERPINA1、UPP1、CPVL、CST3、LY86和PROCR。
85.根据权利要求76至83中任一项所述的试剂盒，其中所述多种基因包括：C19orf59、CCL22、CD14、CD300LF、CYP1B1、DHRS9、FCER1G、FPR1、FPR2、GK、HISTH2H2AA3、HK2、HK3、HPSE、LILRA5、MGST1、PDLIM7、PLAUR、PSTPIP2、RAB13、RETN、RHBDD2、S100A4、S100A9、S100A12、SERPINA1、UPP1、CPVL、CST3、LY86和PROCR。
86.根据权利要求76至85中任一项所述的试剂盒，其中所述表达产物或其补体是RNA、cDNA或蛋白。
87.根据权利要求86所述的试剂盒，其中每种表达产物是核酸，且每种基因特异性试剂包含能够与至少一种所述核酸表达产物或其补体特异性结合的多核苷酸探针。
88.根据权利要求87所述的试剂盒，其中所述试剂盒还包含用于扩增至少一部分所述核酸表达产物的多核苷酸引物。
89.根据权利要求87或88所述的试剂盒，其中所述多核苷酸探针作为微阵列提供。
90.根据权利要求76至89中任一项所述的试剂盒，其还包含一种或更多种对照。
91.根据权利要求76至90中任一项所述的试剂盒，其中所述试剂盒用于在受试者中诊断脓毒症、确定受试者出现严重脓毒症的风险以及确定受试者中器官衰竭的风险。
92.一种用于检测样品中多种内毒素耐受性标签基因的表达的微阵列，所述微阵列包含多个附着到固体支持物的多核苷酸探针，每个所述多核苷酸探针均能够与所述多种基因或其补体中的相应一种的表达产物特异性杂交。
93.根据权利要求92所述的微阵列，其中所述多种基因选自：ADAM15、ADAMDEC1、ALCAM、ALDH1A1、ANKRD1、C19orf59、CA12、CAMP、CCL1、CCL19、CCL22、CCL24、CCL7、CD14、CD300LF、CD93、CDK5RAP2、CPVL、CST3、CST6、CTSK、CXCL10、CYP1B1、CYP27B1、DDIT4、DHRS9、DPYSL3、EGR2、EMR1、EMR3、FBP1、FCER1G、FCER2、FPR1、FPR2、GK、GPNMB、GPR137B、HBEGF、HIST1H1C、HIST2H2AA3、HIST2H2AC、HK2、HK3、HPSE、HSD11B1、HTRA1、IL18BP、IL3RA、ITGB8、KIAA1199、LILRA3、LILRA5、LIPA、LY86、MARCO、MGST1、MMP7、MT1F、MT1G、MT1H、MT1M、MT1X、MXD1、MYADM、NEFH、NQO1、NRIP3、OLIG2、PANX2、PAPLN、PDLIM7、PLAUR、PLD3、PPBP、PROCR、PSTPIP2、PTGES、PTGR1、RAB13、RARRES1、RETN、RHBDD2、RNASE1、S100A12、S100A4、S100A8、S100A9、SERPINA1、SERPINB7、SLC16A10、SLC7A11、TGM2、TLR7、TMEM158、TREM1、TSPAN4、UPP1和VCAN。
94.根据权利要求92或93所述的微阵列，其中所述多种基因包含至少5种基因。
95.根据权利要求92或93所述的微阵列，其中所述多种基因包括至少10种基因。
96.根据权利要求92或93所述的微阵列，其中所述多种基因包括至少15种基因。
97.根据权利要求92或93所述的微阵列，其中所述多种基因包括至少20种基因。
98.根据权利要求92或93所述的微阵列，其中所述多种基因包括至少25种基因。
99.根据权利要求92或93所述的微阵列，其中所述多种基因包括至少30种基因。
100.根据权利要求92或93所述的微阵列，其中所述多种基因包括至少31种基因。
101.根据权利要求92至100中任一项所述的微阵列，其中所述多种基因选自C19orf59、CCL22、CD14、CD300LF、CYP1B1、DHRS9、FCER1G、FPR1、FPR2、GK、HISTH2H2AA3、HK2、HK3、HPSE、LILRA5、MGST1、PDLIM7、PLAUR、PSTPIP2、RAB13、RETN、RHBDD2、S100A4、S100A9、S100A12、SERPINA1、UPP1、CPVL、CST3、LY86和PROCR。
102.根据权利要求92至100中任一项所述的微阵列，其中所述多种基因包括C19orf59、CCL22、CD14、CD300LF、CYP1B1、DHRS9、FCER1G、FPR1、FPR2、GK、HISTH2H2AA3、HK2、HK3、HPSE、LILRA5、MGST1、PDLIM7、PLAUR、PSTPIP2、RAB13、RETN、RHBDD2、S100A4、S100A9、S100A12、SERPINA1、UPP1、CPVL、CST3、LY86和PROCR。
103.根据权利要求92至102中任一项所述的微阵列，其还包括一个或更多个对照多核苷酸探针。
104.根据权利要求103所述的微阵列，其中所述微阵列基本由以下组成：(i)能够与所述多种基因或其补体中相应一种的表达产物特异性杂交的所述多核苷酸探针；和(ii)所述一种或更多种对照多核苷酸探针。
用于脓毒症的诊断
的变化仍很小[Daniels R.J Antimicrobial Chemotherapy 2011；66(增刊2):ii11-
ii23]。
Nephrology 2010；167:14-24；Salomao R等.Shock 2012；38:227-42]。与此相反，LPS也可以产生被称为内毒素耐受的相反效果，其被定义为在第二次暴露于刺激期间细胞对LPS及
其它细菌产物的响应能力严重降低[Otto GP等.Critical Care 2011；15:R183]。重要的是注意内毒素耐受性，也被称为细胞重新编程，因为它可以由其它微生物分子诱导，并非细胞的抗炎状态，而是细胞的重新编程，使得他们不再能够响应多种微生物标签(signature)，包括内毒素。
Cavaillon J,Adib-Conquy M.Critical Care Medicine 2006；10:233]。然而，对该关系的表征仍然不够，部分是由于迄今使用的离体细胞因子测定的局限性。尽管有这些观察，临床规则是鉴定和治疗脓毒症，尤其是在初期阶段，作为过度的炎性响应。然而，脓毒症的独特免疫抑制状态的特征与该疾病的预后有着内在联系。的确，理解过度炎症与免疫抑制之间
的相对平衡—尤其是在疾病的临床过程中的每个发展时机—是改善脓毒症结果的重要步
骤。
2013/152047号中已提出用于诊断脓毒症的生物标志物。
受性标签基因中每一种的表达水平，以提供样品基因标签，并比较样品基因标签与参考基
因标签，其中所述参考基因标签表示所述多种基因中每一种的标准表达水平；其中所述样
品基因标签与参考基因标签之间的差异指示受试者患脓毒症。
表达水平，以提供样品基因标签，并比较样品基因标签与参考基因标签，其中所述参考基因标签表示所述多种基因中每一种的标准表达水平；其中所述样品基因标签与参考基因标签
之间的差异指示受试者处于出现严重脓毒症的风险。
供样品基因标签，并比较样品基因标签与参考基因标签，其中所述参考基因标签表示所述
多种基因中每一种的标准表达水平；其中所述样品基因标签与参考基因标签之间的差异指
示受试者处于器官衰竭的风险。
ADAM15、ADAMDEC1、ALCAM、ALDH1A1、ANKRD1、C19orf59、CA12、CAMP、CCL1、CCL19、CCL22、CCL24、CCL7、CD14、CD300LF、CD93、CDK5RAP2、CPVL、CST3、CST6、CTSK、CXCL10、CYP1B1、CYP27B1、DDIT4、DHRS9、DPYSL3、EGR2、EMR1、EMR3、FBP1、FCER1G、FCER2、FPR1、FPR2、GK、GPNMB、GPR137B、HBEGF、HIST1H1C、HIST2H2AA3、HIST2H2AC、HK2、HK3、HPSE、HSD11B1、HTRA1、IL18BP、IL3RA、ITGB8、KIAA1199、LILRA3、LILRA5、LIPA、LY86、MARCO、MGST1、MMP7、MT1F、MT1G、MT1H、MT1M、MT1X、MXD1、MYADM、NEFH、NQO1、NRIP3、OLIG2、PANX2、PAPLN、PDLIM7、PLAUR、PLD3、PPBP、PROCR、PSTPIP2、PTGES、PTGR1、RAB13、RARRES1、RETN、RHBDD2、RNASE1、S100A12、S100A4、S100A8、S100A9、SERPINA1、SERPINB7、SLC16A10、SLC7A11、TGM2、TLR7、TMEM158、TREM1、TSPAN4、UPP1和VCAN，以提供样品基因标签，和b)比较样品基因标签与参考基因标签，其中所述参考基因标签表示所述多种基因中每一种的标准表达水平；其中所述
样品基因标签与参考基因标签之间的差异指示受试者具有内毒素耐受性。
ALCAM、ALDH1A1、ANKRD1、C19orf59、CA12、CAMP、CCL1、CCL19、CCL22、CCL24、CCL7、CD14、CD300LF、CD93、CDK5RAP2、CPVL、CST3、CST6、CTSK、CXCL10、CYP1B1、CYP27B1、DDIT4、DHRS9、DPYSL3、EGR2、EMR1、EMR3、FBP1、FCER1G、FCER2、FPR1、FPR2、GK、GPNMB、GPR137B、HBEGF、HIST1H1C、HIST2H2AA3、HIST2H2AC、HK2、HK3、HPSE、HSD11B1、HTRA1、IL18BP、IL3RA、ITGB8、KIAA1199、LILRA3、LILRA5、LIPA、LY86、MARCO、MGST1、MMP7、MT1F、MT1G、MT1H、MT1M、MT1X、MXD1、MYADM、NEFH、NQO1、NRIP3、OLIG2、PANX2、PAPLN、PDLIM7、PLAUR、PLD3、PPBP、PROCR、PSTPIP2、PTGES、PTGR1、RAB13、RARRES1、RETN、RHBDD2、RNASE1、S100A12、S100A4、S100A8、S100A9、SERPINA1、SERPINB7、SLC16A10、SLC7A11、TGM2、TLR7、TMEM158、TREM1、TSPAN4、UPP1和VCAN，以提供样品基因标签，和(ii)比较样品基因标签与参考基因标签，其中所述参考基因标签表示所述多种基因中每一种的标准表达水平；其中所述样品基因标签与参考基因标
签之间的差异指示受试者患有有脓毒症或处于患有脓毒症的风险，和b)如果受试者患有有
脓毒症或者处于患有脓毒症的风险，则向受试者施用有效量的一种或更多种抗生素。
一种或更多种抗生素。
ANKRD1、C19orf59、CA12、CAMP、CCL1、CCL19、CCL22、CCL24、CCL7、CD14、CD300LF、CD93、CDK5RAP2、CPVL、CST3、CST6、CTSK、CXCL10、CYP1B1、CYP27B1、DDIT4、DHRS9、DPYSL3、EGR2、EMR1、EMR3、FBP1、FCER1G、FCER2、FPR1、FPR2、GK、GPNMB、GPR137B、HBEGF、HIST1H1C、HIST2H2AA3、HIST2H2AC、HK2、HK3、HPSE、HSD11B1、HTRA1、IL18BP、IL3RA、ITGB8、KIAA1199、LILRA3、LILRA5、LIPA、LY86、MARCO、MGST1、MMP7、MT1F、MT1G、MT1H、MT1M、MT1X、MXD1、MYADM、NEFH、NQO1、NRIP3、OLIG2、PANX2、PAPLN、PDLIM7、PLAUR、PLD3、PPBP、PROCR、PSTPIP2、PTGES、PTGR1、RAB13、RARRES1、RETN、RHBDD2、RNASE1、S100A12、S100A4、S100A8、S100A9、SERPINA1、SERPINB7、SLC16A10、SLC7A11、TGM2、TLR7、TMEM158、TREM1、TSPAN4、UPP1和VCAN，以提供样品基因标签；和(ii)比较样品基因标签与参考基因标签，其中所述参考基因标签表示所述
多种基因中每一种的标准表达水平；其中所述样品基因标签与参考基因标签之间的差异指
示受试者处于器官衰竭的风险，和b)如果受试者处于器官衰竭的风险，则向受试者施用有
效量的一种或更多种抗生素。
受性的试剂。
案中，该方法还可包括通过如下所述确定受试者处于出现严重脓毒症或器官衰竭的风险：
(a)测定获自受试者的生物样品中选自如下的多种基因的表达水平：ADAM15、ADAMDEC1、
ALCAM、ALDH1A1、ANKRD1、C19orf59、CA12、CAMP、CCL1、CCL19、CCL22、CCL24、CCL7、CD14、CD300LF、CD93、CDK5RAP2、CPVL、CST3、CST6、CTSK、CXCL10、CYP1B1、CYP27B1、DDIT4、DHRS9、DPYSL3、EGR2、EMR1、EMR3、FBP1、FCER1G、FCER2、FPR1、FPR2、GK、GPNMB、GPR137B、HBEGF、HIST1H1C、HIST2H2AA3、HIST2H2AC、HK2、HK3、HPSE、HSD11B1、HTRA1、IL18BP、IL3RA、ITGB8、KIAA1199、LILRA3、LILRA5、LIPA、LY86、MARCO、MGST1、MMP7、MT1F、MT1G、MT1H、MT1M、MT1X、MXD1、MYADM、NEFH、NQO1、NRIP3、OLIG2、PANX2、PAPLN、PDLIM7、PLAUR、PLD3、PPBP、PROCR、PSTPIP2、PTGES、PTGR1、RAB13、RARRES1、RETN、RHBDD2、RNASE1、S100A12、S100A4、S100A8、S100A9、SERPINA1、SERPINB7、SLC16A10、SLC7A11、TGM2、TLR7、TMEM158、TREM1、TSPAN4、UPP1和VCAN，以提供样品的基因标签，和(b)比较样品基因标签与参考基因标签，其中所述参考基因标签表示所述多种基因中每一种的标准表达水平；其中所述样品基因标签与参考基因
标签之间的差异指示受试者处于出现严重脓毒症或器官衰竭的风险。
毒素耐受性标签基因中的每一种的表达水平，以提供表达标签；c)比较表达标签与参考表
达标签，其中参考标签表示正常细胞中多种基因的表达水平；和d)当表达标签基本对应于
参考标签时，选择作为用于治疗脓毒症的候选试剂的测试试剂。
达产物。
均能够与多种基因或其补体中的相应一种的表达产物特异性杂交。
基因(倍数变化>2，p值<0.05)。通过选择被一贯在体内内毒素血症数据集中差异表达的基
因将炎性标签定义为93种基因的标签。
的数据集的对照的“内毒素耐受性”富集。所有数据集均包含在ICU收住(ICU admission)后第1或3天招募的脓毒症患者，并与“健康”对照进行比较。ROAST基因集测试以99999转运行，以便从该测试得到的最显著p值是0.00001。将来自ROAST基因集测试的P值绘制为对数(1/p
值)，但示出未转化的p值以便于可视化。
性标签(白色)相对于“内毒素耐受性”标签(灰色)的富集。所有数据集均包含在ICU收住后第1和/或3天招募的脓毒症患者，并与“健康”对照进行比较。ROAST基因集测试以99999转运行，以便从该测试得到的最显著p值是0.00001。将来自ROAST基因集测试的P值绘制为对数
(1/p值)，但示出未转化的p值以便于可视化。
截止P值(p-value cut-off)独特地差异表达的基因鉴定不同的内毒素耐受性相关标签。数
据集描述于图3的说明中，第0天的RNA测序数据集为此处所述除外。以分别为2和0.05的倍
数变化(FC)和截止P值定义最终内毒素耐受性标签。
者中内毒素耐受性和炎性标签的富集(参考对照)(即，在ICU收住之前一般在急诊病室)。然后，基于与目前的脓毒症标准(表3)相一致的“脓毒症”或“无脓毒症”的可追溯临床表征定义患者组(表3)。比较“脓毒症”和“无脓毒症”组相比于对照(a)和“脓毒症”相比于“无脓毒症”组(b)进行分析。此外，还基于“脓毒症”组(c)和“无脓毒症”(d)组(c)中的微生物培养结果分析标签的富集。
标签的富集(参考手术对照)，如图5所述。(a)将患者分组为单一、组合(3+)、单一类型的器官衰竭和无器官衰竭组。(b)将患者分组为需要转移到ICU的那些和不需要转移到ICU的那
些。
标签的99种基因中的31种基因的核心集。为了进行不同研究之间的更好视觉比较，通过将
基因表达值分为6种对相等的区段(bin)来进一步转化每种单独的数据集。数据显示为具有
最亮和最暗阴影的热图(heatmap)，最亮和最暗阴影分别表示较大表达变化和较小表达变
化。彩色热图的差异更明显。
的生物学上有意义的关系；即，这些基因是共同调节的或在细胞中参与共同的目的。网络中明显的是枢纽蛋白(hub protein)(参与细胞信号传导和转运的中央高度互连蛋白)，包括
Serpin A1、转录因子CEBPα、β、EGR2、HNF4A、CXCL10和FCER2以及突出的先天免疫转录因子NFKB1、IRF1、STAT6、JUN和FOS以及受体TLR4(未失调本身)，这表明他们可能参与内毒素耐受。
症或未出现脓毒症，并且还预测器官衰竭。
在指示患者患有脓毒症，并且另外指示患者处于患严重脓毒症和/或器官衰竭的风险。本发明的某些实施方案涉及使用本文所述的内毒素耐受性标签在受试者中诊断脓毒症的方法。
在某些实施方案中，脓毒症是严重的脓毒症。某些实施方案涉及使用本文所述的内毒素耐
受性标签在怀疑患有脓毒症的受试者中确认脓毒症的方法。一些实施方案涉及使用本文所
述的内毒素耐受性标签预测受试者是否处于患严重脓毒症和/或器官衰竭的风险的方法。
床疾病的所有阶段内毒素耐受性介导的免疫功能障碍疾病，并因而将内毒素耐受性定义为
早期和晚期脓毒症的潜在治疗目标。
因标签，并比较样品基因标签与参考基因标签，其中所述参考基因标签表示所述多种基因
中每一种的标准表达水平；其中所述样品基因标签与参考基因标签之间的差异指示受试者
患脓毒症。
以提供样品基因标签，并比较样品基因标签与参考基因标签，其中所述参考基因标签表示
所述多种基因中每一种的标准表达水平；其中所述样品基因标签与参考基因标签之间的差
异指示受试者处于患严重脓毒症的风险。
提供样品基因标签，并比较样品基因标签与参考基因标签，其中所述参考基因标签表示所
述多种基因中每一种的标准表达水平；其中所述样品基因标签与参考基因标签之间的差异
指示受试者处于器官衰竭的风险。
面的理解。除非另有定义，否则本文使用的所有技术和科学术语与本发明所属领域普通技
术人员通常的含义相同。
学结构、表达率或表达控制方式的编码区或非翻译区中包含一个或更多个修饰。这样的修
饰包括但不限于：突变、插入、缺失和替换一个或更多个核苷酸，包括在群体中天然存在的单核苷酸多态性。该基因可构成连续的编码序列，或者它可以包括一个或更多个亚序列。本文所用术语“基因”包括在表1中鉴定的基因变体。
其能够与天然碱基对形成碱基对关系。能够形成碱基配对关系的非天然碱基的实例包括但
不限于氮杂和脱氮嘧啶类似物、氮杂和脱氮嘌呤类似物及其它杂环碱基类似物，其中嘧啶
环的一个或更多个碳原子和氮原子被杂原子取代，所述杂原子例如氧、硫、硒、磷等。
“TATAC”，并且与参考序列“GTATA”互补。本文所用“其补体”是指核苷酸序列与参考核酸互补的核酸。mRNA的补体可以RNA多核苷酸序列或DNA多核苷酸序列。DNA多核苷酸的补体可以是RNA多核苷酸或DNA多核苷酸。
常(无病)组织或细胞和/或对照组织或细胞中的表达水平发生基因或蛋白的表达时，基因
或蛋白差异表达。
Balk RA,Cerra FB等.Chest 2009；136(增刊5):e28)，但是，这些症状对脓毒症均无特异
性。脓毒症可以通过器官功能衰竭而复杂化，并且可能需要入住重症监护病房，在这种情况下，将其称为“严重脓毒症。”当患者—通常在急诊病房里的患者—获得了与脓毒症相关的早期症状时，他们经常被认为是疑似脓毒症患者，其中触发专科医院程序进行治疗。然而，只有在通过微生物测试确认了感染或患者获得更严重的症状(包括更多个器官之一的衰
竭)回顾24至48小时后，他们被确认为“早期阶段脓毒症”患者(参见Lyle NH等,Annals of the New York Academy of Sciences 2014,1323:101-14的综述)。
示内毒素耐受性的基因标签(“内毒素耐受性标签”)。在表1中提供了根据本发明的某些实施方案的内毒素耐受性标签所包含的内毒素耐受性标签基因(ETSG)的非限制性实例。
ETSG和高达99种表1所示ETSG。在一些实施方案中、内毒素耐受性标签包括至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种或至少九种、至少十种、至少十一种、至少十二种、至少十三种、至少十四种或至少十五种表1的ETSG。在一些实施方案中，内毒素耐受性标签包含15种或更多种ETSG，例如，20种或更多，25种或更多，或30种或更多种ETSG。在一些实施方案中，内毒素耐受性标签包含表1的约31种ETSG。在一些实施方案中，内毒素耐受性标签包含约35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95或99种ETSG。
40、41、42、43、44、45、46、47、48、49 50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、
65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、
90、91、92、93、94、95、96、97、98或99种表1中的ETSG。
ANKRD1、C19orf59、CA12、CCL1、CCL19、CCL22、CCL24、CCL7、CD14、CD300LF、CD93的上调、CDK5RAP2、CYP1B1、CYP27B1、DDIT4、DPYSL3、EGR2、EMR1、EMR3、FBP1、FCER1G、FCER2、FPR1、FPR2、GK、GPR137B、HBEGF、HIST1H1C、HIST2H2AA3、HIST2H2AC、HK2、HK3、HPSE、HSD11B1、IL3RA、ITGB8、KIAA1199、LILRA3、LILRA5、MARCO、MGST1、MMP7、MT1F、MT1G、MT1H、MT1M、MT1X、MXD1、MYADM、NEFH、NRIP3、OLIG2、PANX2、PAPLN、PDLIM7、PLAUR、PPBP、PROCR、PTGES、PTGR1、RAB13、RETN、RHBDD2、S100A12、S100A8S100A9、SERPINA1、SERPINB7、SLC16A10、SLC7A11、TGM2、TMEM158、TREM1、UPP1或VCAN，和如下中的一种或更多种的下调：ADAM15、ALCAM、ALDH1A1、CAMP、CPVL、CST3、CST6、CTSK、CXCL10、DHRS9、GPNMB、HTRA1、IL18BP、LIPA、LY86、NQO1、PLD3、PSTPIP2、RARRES1、RNASE1、S100A4、TLR7或TSPAN4。
少1.5倍的变化。在一些实施方案中，上调或下调给定ETSG可以定义为基因表达水平与对照相比2倍或更大的变化。对照(或标准或参考)表达水平可以是例如来自健康受试者的样品
中ETSG的表达水平或非内毒素耐受性细胞的ETSG表达水平。
个，或者处于脓毒症、严重脓毒症和/或器官衰竭中的一个或更多个的风险。
ETSG的表达差异指示该受试者患有脓毒症、严重脓毒症和/或器官衰竭中的一个或更多个，或者处于脓毒症、严重脓毒症和/或器官衰竭中的一个或更多个的风险。在一些实施方案
中，与对照样品相比，内毒素耐受性标签中约31种ETSG的表达差异指示该受试者患有脓毒
症、严重脓毒症和/或器官衰竭中的一个或更多个，或者处于脓毒症、严重脓毒症和/或器官衰竭中的一个或更多个的风险。
中的一个或更多个的风险。在一些实施方案中，与对照样品相比，内毒素耐受性标签中至少
35％的ETSG表达差异指示该受试者患有脓毒症、严重脓毒症和/或器官衰竭中的一个或更
多个，或者处于脓毒症、严重脓毒症和/或器官衰竭中的一个或更多个的风险。
约99种ETSG，例如约3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20、25或30及约99种ETSG。
40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、
65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、
90、91、92、93、94、95、96、97、98或99种ETSG的表达差异指示该受试者患有脓毒症、严重脓毒症和/或器官衰竭中的一个或更多个，或者处于脓毒症、严重脓毒症和/或器官衰竭中的一
个或更多个的风险。
且包括使用可检测标记的多核苷酸探针、抗体、适体等。
多个。在一些实施方案中，可以将用于确定ETSG表达的多核苷酸探针固定在固体载体上，例如，作为允许样品的更快速处理的阵列或微阵列。制备阵列和微阵列的方法在本领域中是
公知的。此外，许多标准的微阵列是市售的，包括用于检测一些本文中鉴定为ETSG的基因并TM
且因此可以适合于在所公开的诊断方法中使用的探针。例如，Affymetrix U133GeneChip
阵列(Affymetrix,Inc.,Santa Clara,CA)、Agilent Technologies genomic cDNA微阵列
(Santa Clara,CA)和可得自Illumina,Inc.(San Diego,CA)的阵列。这些阵列具有针对固
定在芯片上的全人基因组的探针集，并且可用于确定受试样品中基因的上调和下调。用于
检测预先选择的基因的定制阵列和微阵列也可商购自许多公司。用于进行基因表达分析的
仪器和试剂可商购(例如，Affymetrix Affymetrix GeneChipTMSystem)。然后，如果必要或期望的话，可以将从该分析获得的表达数据输入到适当的数据库用于进一步分析。
到(参见，例如，Kricka LJ.Clin Chem 1999；45:453-458)。
中的基因的表达提供了用于确定基因表达谱的技术正常工作的进一步的保证。适当的参考
基因(在本文中也称为对照基因和管家基因)可由本领域技术人员容易地选择。
性细胞中ETSG的表达水平。该比较可以包括例如目视检查和/或测量的算术或统计比较，并且可以考虑到任何参考基因的表达。用于确定基因表达水平差异的合适的比较方法在本领
域中是公知的。
如，微生物培养分析、测量血压、白细胞计数、测量温度、测量呼吸速率和/或测量心脏速率。
在某些实施方案中，可以使用诊断方法在已通过标准诊断标准被诊断为患脓毒症的患者中
确认脓毒症。在某些实施方案中，所述诊断方法可用于诊断患脓毒症的患者患严重脓毒症
和/或处于器官衰竭的风险。
在包括使用从生物样品获得的mRNA进行逆转录反应以产生cDNA产物，并使cDNA产物与能够
与cDNA杂交的核酸探针接触，所述cDNA含与由ETSG编码的mRNA互补的核苷酸序列。
mRNA互补的核苷酸序列的cDNA杂交。
合适的疗法。
脓毒症的至少一种抗生素。
内毒素耐受性的试剂。在某些实施方案中，通过本文所述的诊断方法鉴定患者处于患脓毒
症、严重脓毒症和/或器官衰竭的风险。
γ、单独或与IL-10组合的CpG寡核苷酸、抗CD40抗体、STAT3抑制剂、STAT6抑制剂、p50抑制剂、NFκB抑制剂、IKKβ抑制剂、咪唑喹诺酮和唑来膦酸。
患严重脓毒症和/或器官衰竭的风险的方法，所述方法包括向患者施用将巨噬细胞表型从
M2遍为M1的试剂。在某些实施方案中，通过本文所述的诊断方法将患者鉴定为处于患脓毒
性、严重脓毒症和/或器官衰竭。
STAT6抑制剂、p50抑制剂、NFκB抑制剂、IKKβ抑制剂、咪唑喹诺酮和唑来膦酸。
中，通过本文公开的方法将受试者诊断处于患严重脓毒症的风险。
通过本文公开的方法将受试者诊断处于器官衰竭的风险。
法将受试者诊断为患脓毒症。
用途的试剂包括免疫细胞。在一个实施方案中，免疫细胞是同基因免疫细胞，例如所述细胞可以来自施用所述免疫细胞的受试者。在另一个实施方案中，免疫细胞是同种异体免疫细
胞，即，来自施用免疫细胞的受试者以外的个体。
的试剂是CpG-寡核苷酸(ODN)。在一个实施方案中，抵抗内毒素耐受性并且在本文公开的方法中找到用途的试剂是CpG ODN与白细胞介素-10(IL-10)的组合。在一个实施方案中，抵抗内毒素耐受性并且在本文公开的方法中找到用途的试剂是抗CD40抗体。在一个实施方案
中，该抵抗内毒素耐受性并且在本文公开的方法中找到用途的试剂是STAT3抑制剂。在一个实施方案中，该抵抗内毒素耐受性并且在本文公开的方法中找到用途的试剂是STAT-6抑制
剂。在一个实施方案中，该抵抗内毒素耐受性并且在本文公开的方法中找到用途的试剂是
p50抑制剂。在一个实施方案中，该抵抗内毒素耐受性并且在本文公开的方法中找到用途的试剂是NFκB抑制剂。在一个实施方案中，该抵抗内毒素耐受性并且在本文公开的方法中找到用途的试剂是Iκκβ抑制剂。在一个实施方案中，该抵抗内毒素耐受性并且在本文公开的方法中找到用途的试剂是咪唑并喹诺酮。在一个实施方案中，该抵抗内毒素耐受性并且在
本文公开的方法中找到用途的试剂是唑来膦酸。
试化合物影响ETSG表达的能力：使细胞与受试化合物离体接触，确定ETSG在细胞中的表达，并将ETSG在细胞中的表达与对照细胞中相同ETSG的表达水平进行比较。
候选试剂。上下文中的“基本上对应于”意指在内毒素耐受性细胞中上调的那些ETSG的表达降低，而在内毒素耐受性细胞中下调的那些ETSG的表达增加。
内、约±20％以内、约±15％以内或约±10％以内。
壁酸或其组合。LPS或脂磷壁酸可以是分离的形式，或者可通过使细胞与天然含有脂多糖
和/或脂磷壁酸的细菌接触来提供了。诱导内毒素耐受性所需的时间量可以由技术人员容
易地确定。可能需要用内毒素进行超过一次处理以诱导内毒素耐受性。一般而言，可以采用约12小时至约24小时，例如约14、约16、约18或约20小时的时间及用内毒素进行一次至三次处理。当采用多次处理时，每次处理中所用内毒素可以相同或不同。
的表达，所述已知抵抗内毒素耐受性的试剂例如干扰素-γ、CpG-寡核苷酸(有或无IL-10)、抗CD40抗体、STAT3抑制剂、STAT6抑制剂、p50抑制剂、NFκB抑制剂、IKKβ抑制剂、咪唑并喹诺酮或唑来膦酸。
骤，并且其通常在常用包装中一起提供了。
扩增来自ETSG或由ETSG编码的mRNA制备的cDNA的核酸序列的多核苷酸引物。
36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49 50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、
61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、
86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98或99种的基因特异性探针。
(例如，管家基因)具有特异性的对照多核苷酸探针。
品。
的实施的其他组分。该试剂盒还可包括用于辅助获得受试样品的仪器，例如注射器、移液
管、镊子等。
的颜色变化，从而提供了提示实施了该步骤。
使用试剂盒获得的结果。
中的各个表达产物(或其补体)杂交。所述微阵列可任选地包括一个或更多个对照探针，例
如，能够检测管家基因的表达的探针。在一些实施方案中，所述微阵列还可包括针对多个炎性标签基因的探针，例如，选自在表4中鉴定的那些的基因。为了微量分析，探针序列的长度通常为约15至约100个核苷酸，例如，长度为约15至约90个核苷酸、长度为约15至约80个核苷酸、长度为约15至约70个核苷酸、长度为约15至约60个核苷酸或长度为约20至约60个核
苷酸。仅通过示例而无意于限制，探针序列一般在Affymetrix阵列中包含约25nt，而在
Agilent阵列中包含约60nt。
(ⅰ)能够与包含与由多种ETSG编码的mRNA互补的核苷酸序列的cDNA杂交的核酸探针，和
(ii)能够与包含与由非ETSG的部分集合编码的mRNA互补的核苷酸序列的cDNA杂交的核酸
探针。在一些实施方案中，所述微阵列基本上由以下组成：(ⅰ)能够与包含与由多种ETSG编码的mRNA互补的核苷酸序列的cDNA杂交的核酸探针，和(ii)能够与包含与由管家基因的部
分集合编码的mRNA互补的核苷酸序列的cDNA杂交的核酸探针。在一些实施方案中，所述微
阵列基本上由以下组成：(ⅰ)能够与包含与由多种ETSG编码的mRNA互补的核苷酸序列的
cDNA杂交的核酸探针，和(ii)能够与包含与由多种炎性标签基因编码的mRNA互补的核苷酸
序列的cDNA杂交的核酸探针。在一些实施方案中，所述微阵列基本上由以下组成：(ⅰ)能够与包含与由多种ETSG编码的mRNA互补的核苷酸序列的cDNA杂交的核酸探针，(ii)能够与包
含与由多种炎性标签基因编码的mRNA互补的核苷酸序列的cDNA杂交的核酸探针，和(iii)
能够与包含与由管家基因的部分集合编码的mRNA互补的核苷酸序列的cDNA杂交的核酸探
针。在一些实施方案中，所述微阵列基本上由以下组成：(ⅰ)能够与包含与由多种ETSG编码的mRNA互补的核苷酸序列的cDNA杂交的核酸探针，(ii)能够与包含与由多种炎性标签基因
编码的mRNA互补的核苷酸序列的cDNA杂交的核酸探针，和(iii)能够与包含与由非ETSG的
部分集合编码的mRNA互补的核苷酸序列的cDNA杂交的核酸探针。
由非ETSG的部分集合编码的mRNA互补的核苷酸序列的cDNA杂交的核酸探针。在一些实施方
案中，所述微阵列由以下组成：(ⅰ)能够与包含与由多种ETSG编码的mRNA互补的核苷酸序列的cDNA杂交的核酸探针，和(ii)能够与包含与由管家基因的部分集合编码的mRNA互补的核
苷酸序列的cDNA杂交的核酸探针。在一些实施方案中，所述微阵列由以下组成：(ⅰ)能够与包含与由多种ETSG编码的mRNA互补的核苷酸序列的cDNA杂交的核酸探针，和(ii)能够与包
含与由多种炎性标签基因编码的mRNA互补的核苷酸序列的cDNA杂交的核酸探针。在一些实
施方案中，所述微阵列由以下组成：(ⅰ)能够与包含与由多种ETSG编码的mRNA互补的核苷酸序列的cDNA杂交的核酸探针，(ii)能够与包含与由多种炎性标签基因编码的mRNA互补的核
苷酸序列的cDNA杂交的核酸探针，和(iii)能够与包含与由管家基因的部分集合编码的
mRNA互补的核苷酸序列的cDNA杂交的核酸探针。在一些实施方案中，所述微阵列由以下组
成：(ⅰ)能够与包含与由多种ETSG编码的mRNA互补的核苷酸序列的cDNA杂交的核酸探针，
(ii)能够与包含与由多种炎性标签基因编码的mRNA互补的核苷酸序列的cDNA杂交的核酸
探针，和(iii)能够与包含与由非ETSG的部分集合编码的mRNA互补的核苷酸序列的cDNA杂
交的核酸探针。
与包含与由ETSG编码的mRNA互补的核苷酸序列的cDNA杂交的核酸探针的数目加上能够与
包含与由炎性标签基因编码的mRNA互补的核苷酸序列的核酸探针的数目大于微阵列中其
他核酸探针的数目。
37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、
62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、
87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、或99个的探针。
少两个或更多种基因的表达水平，从而通过内毒素耐受性标签基因相对于非脓毒症个体中
相同基因的表达的改变的表达来指示脓毒症、严重脓毒症或器官衰竭的风险。
少三种、或至少四种、或至少五种或至少六种或至少七种、或至少八种、或至少九种或至少十种、或至少十一种或至少十二种或至少十三种或至少十四种或至少十五种不同的内毒素
耐受性标签基因(ETSG)的表达水平，由此通过ETSG的表达水平指示严重脓毒症的高风险或
存在。在一个实施方案中，测定了超过15种不同ETSG的表达水平。在一个实施方案中，测定了超过20种不同ETSG的表达水平。在一个实施方案中，测定了超过25种不同ETSG的表达水
平。在一个实施方案中，测定了超过30种不同ETSG的表达水平。在一个实施方案中，测定了超过31种不同ETSG的表达水平。
43、44、45、46、47、48、49 50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、
68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、
93、94、95、96、97、98、或99种ETSG的表达水平。
重脓毒症或处于严重脓毒症的风险。
应(PCR)、逆转录酶-(RT)PCR、Q-β复制酶扩增、连接酶链反应、核酸序列扩增、信号扩增(Ampliprobe)、轻循环和基于PCR或非PCR扩增方法的其他变化形式、差异显示、RNA分析、杂交、微阵列、DNA测序、RNA测序、核酸测序、MassArray分析和MALDI-TOF质谱法。
在一个实施方案中，测定超过20种不同ETGS的表达水平。在一个实施方案中，测定超过25种不同ETGS的表达水平。在一个实施方案中，测定超过30种不同ETGS的表达水平。在一个实施方案中，测定超过31种不同ETGS的表达水平。
器官衰竭的风险。
43、44、45、46、47、48、49 50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、
68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、
93、94、95、96、97、98或99种ETSG的表达水平。
在抗生素治疗所述患者。在一个实施方案中，患者鉴定包括从患者获得生物样品，并测定生物样品中的至少两种、或至少三种、或至少四种、或至少五种或至少六种、或至少七种、或至少八种、或至少九种或至少十种、或至少十一种、或至少十二种或至少十三种、或至少十四种、或至少十五种不同ETSG的表达水平，由此通过至少两种ETSG的表达水平指示处于严重
脓毒症或严重脓毒症的高风险。在一个实施方案中，测定超过15种不同ETGS的表达水平。在一个实施方案中，测定超过20种不同ETGS的表达水平。在一个实施方案中，测定超过25种不同ETGS的表达水平。在一个实施方案中，测定超过30种不同ETGS的表达水平。在一个实施方案中，测定超过31种不同ETGS的表达水平。
44、45、46、47、48、49 50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、
69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、
94、95、96、97、98或99种ETSG的表达水平。
重脓毒症，并向患者施用治疗有效计量的指示用于治疗严重脓毒症的至少一种强效抗生
素。
列。在一个实施方案中，所述试剂盒包含超过15种不同的核酸。在一个实施方案中，所述试剂盒包含超过20种不同的核酸。在一个实施方案中，所述试剂盒包含超过25种不同的核酸。
在一个实施方案中，所述试剂盒包含超过30种不同的核酸。在一个实施方案中，所述试剂盒包含超过31种不同的核酸。
42、43、44、45、46、47、48、49 50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、
67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、
92、93、94、95、96、97、98或99种不同的核酸，其中每种均包含对应于表1中的不同ETSG的核苷酸序列或与之互补的核苷酸序列。
与之互补的核苷酸序列。在一个实施方案中，所述试剂盒包含超过15种不同的核酸。在一个实施方案中，所述试剂盒包含超过20种不同的核酸。在一个实施方案中，所述试剂盒包含超过25种不同的核酸。在一个实施方案中，所述试剂盒包含超过30种不同的核酸。在一个实施方案中，所述试剂盒包含超过31种不同的核酸。
42、43、44、45、46、47、48、49 50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、
67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、
92、93、94、95、96、97、98或99种不同的核酸，其中每种均包含对应于表1中的不同ETSG的核苷酸序列或与之互补的核苷酸序列。
补的核苷酸序列。在一个实施方案中，所述试剂盒包含超过15种不同的核酸。在一个实施方案中，所述试剂盒包含超过20种不同的核酸。在一个实施方案中，所述试剂盒包含超过25种不同的核酸。在一个实施方案中，所述试剂盒包含超过30种不同的核酸。在一个实施方案
中，所述试剂盒包含超过31种不同的核酸。
42、43、44、45、46、47、48、49 50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、
67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、
92、93、94、95、96、97、98或99种不同的核酸，其中每种均包含对应于表1中的不同ETSG的核苷酸序列或与之互补的核苷酸序列。
抗内毒素耐受性的试剂。
的抵抗内毒素耐受性的试剂。
内毒素耐受性的试剂，并且还包括在治疗期间监测取自患者的样品中至少两种、或至少三
种、或至少四种、或至少五种或至少六种、或至少七种、或至少八种、或至少九种或至少十种、或至少十一种、或至少十二种或至少十三种、或至少十四种、或至少十五种或至少31种不同的ETSG。
的抵抗内毒素耐受性的试剂，并且还包括在治疗期间监测取自患者的样品中至少两种、或
至少三种、或至少四种、或至少五种或至少六种、或至少七种、或至少八种、或至少九种或至少十种、或至少十一种、或至少十二种或至少十三种、或至少十四种、或至少十五种或至少
31种不同的ETSG。
抵抗内毒素耐受性的试剂，并且还包括在治疗期间监测取自患者的样品中至少两种、或至
少三种、或至少四种、或至少五种或至少六种、或至少七种、或至少八种、或至少九种或至少十种、或至少十一种、或至少十二种或至少十三种、或至少十四种、或至少十五种或至少31种不同的ETSG。
STAT6、p50NFκB和IKKβ抑制剂；咪唑并喹诺酮；和唑来膦酸。在一个实施方案中，所述方法还包括在治疗期间监测取自患者的样品中至少两种、或至少三种、或至少四种、或至少五种或至少六种、或至少七种、或至少八种、或至少九种或至少十种、或至少十一种、或至少十二种或至少十三种、或至少十四种、或至少十五种或至少31种不同的ETSG。
STAT6、p50NFκB和IKKβ抑制剂；咪唑并喹诺酮；和唑来膦酸。在一个实施方案中，所述方法还包括在治疗期间监测取自患者的样品中至少两种、或至少三种、或至少四种、或至少五种或至少六种、或至少七种、或至少八种、或至少九种或至少十种、或至少十一种、或至少十二种或至少十三种、或至少十四种、或至少十五种或至少31种不同的ETSG。
耐受性细胞，然后用本发明的试剂孵育内毒素耐受性细胞，检查细胞与第三剂量的内毒素
相互作用能力的恢复(打破耐受性)。
用本发明的试剂孵育内毒素耐受性细胞，检查细胞与第三剂量的内毒素相互作用能力的恢
复(打破耐受性)。在一个实施方案中，内毒素是细菌脂多糖或脂磷壁酸。
分析。为了能够进行标签之间的更直接的比较，通过与来自用低剂量LPS体内刺激2至6小时的健康个体的PBMC的实验内毒素血症微阵列数据集(GSE3284)[Calvano等,Nature,2005,
437:1032-1037]重叠将差异表达的炎性基因进一步从178减少至93。使用统计学上严格的
基因集测试ROAST[Wu D等.Bioinformatics 2010；26:2176-82]进行患者和对照中“内毒素耐受性”和“炎性”标签的分析。数据集的选择基于如下排除标准：1)横断面或纵向群组研究。2)全血或纯化的白细胞群。3)儿童或成人患者。4)用作对照的健康受试者。5)仅公开于科学文献中的数据集。使用Bioconductor包GEOquery从NCBI GEO下载标准化数据组[Davis S,Meltzer PS.Bioinformatics 2007；23:1846-7]。所有数据处理均使用Bioconductor于R中进行[Gentleman RC等.Genome Biology2004；5:R80]。对于此处报道的RNA Seq研究，在急诊室中首次检查时根据UBC人伦许可基于医生对于患者的症状可能发展成脓毒症的意见
以延迟同意书(deferred consent)招募73位患者(年龄为60±17；46位男性，27位女性)。第一次抽血后，从全血制备总RNA，转化为cDNA，在Illumia Genome Analyzer IIx上测序，对人类基因组作图并通过标准方法转化为表达表格。使用Limma包函数voom进行归一化。通过检查患者的图表获得基于常规测试的全部其他临床参数。
Plus_2]Affymetrix Human Genome U133Plus 2.0阵列；B.GPL6947Illumina HumanHT-
12V3.0表达珠芯。
脓毒症患者。在研究中使用健康受试者作为正常对照。
疾病(2周内)、最近使用了炎性药物(2周内)或任何与炎症相关的慢性或急性疾病病史。
照患者：最近发热的疾病(2周内)、最近使用抗炎性药物(2周内)或与炎症相关的慢性或急
性疾病的任何病史。
者：最近发热的疾病(2周内)、最近使用抗炎性药物(2周内)或与炎症相关的慢性或急性疾
病的任何病史。
作为正常对照。
Harrison.Emergency medicine Journal 2003；20,453-458,2003]。为了获得在95％置信
水平至少0.9的灵敏度，估计35位脓毒症患者和总计70位患者的所需样品大小(假设50％的
疑似脓毒症患者实际上患有脓毒症)。总计招募了72位患者，其后来证实包括37位脓毒症患者。该研究的唯一纳入标准是在主治医师观察后怀疑脓毒症。大多数患者(83％)从急诊室
登记。如表3所示，这些个体不同类。UBC道德批准规程授权延期同意书，允许群组中的早期患者招募跨未感染到脓毒性休克。作为对照，招募知情的健康个体，其证明没有感染，计划用于非紧急手术。在初始血液培养时于EDTA管中收集血液，并立即放在冰上。分离血浆与血沉棕黄层(buffy coat)，并将两个1ml的等分试样转移到-20℃带条码的冷冻管直至将其转
移到安全的带有警报的-80℃冷冻器。基于这些担保的登记形式指定研究鉴定数目并在全
部后续分析期间使用；因而，对这些患者的研究者分析基因表达就患者身份或临床过程而
言是盲的，其仅在最终数据分析期间披露。将临床数据存储在圣保罗医院的有防火墙的RSS加密的服务器上基于ORACLE的数据库内。
加压药治疗)、急性呼吸窘迫综合征(需要机械通气)、凝血(血小板计数<80个/μL)，肝功能衰竭(总胆红素>34μmol/L)和急性肾损伤(相对于基线血清肌酸酐上升≥26.5μmol/L或≥
1.5倍)。纸上记录中回溯提取初始生命体征。
是否在第一次临床检查后转移到ICU。根据[Bone RC,RA Balk,FB Cerra,RP Dellinger,
AM Fein,WA Knaus,RM Schein,WJ Sibbald,ASCC Committee.Definitions for sepsis
and organ failure and guidelines for the use of innovative therapies in
sepsis.The ACCP/SCCM Consensus Conference Committee.American College of Chest
Physicians/Soc Critical Care Medicine.1992.Chest 2009；136:e28；Hotchkiss,RS,IE Karl,The pathophysiology and treatment of sepsis.N Engl J Med 2003；348,138-
150]，脓毒症的诊断标准。呼吸速率和部分CO2不再是标准，而是作为额外信息添加。3NA：表示未得到。4对患者通气。5没有(none)表示不要求培养物。
index)(Illumina)，将样品运行、汇集并加载到单流细胞泳道以减少技术变化。使用63bp长序列读取(+适配体/指数序列)使用单一读取运行在GAIIx仪(Illumina)上进行RNA-Seq。使
用离线Basecaller 1.9.4(Ilumina)和定制Perl脚本将原始主要(basecall)数据转化为
FASTQ序列文件。用TopHat版本2.06和Bowtie2 2.0.0-beta6将读取值与hg19人类基因组进
行比对。最初将读取值映射到Ensembl转录物以搜索新的禁用连接点。然后，将基因组坐标转化为蛋白质-编码Ensembl基因的计数内。为此，首先通过融合针对给定基因的全部编码
蛋白的转录物来限定嵌合基因模型。将在全部样品中于其少于50％的外显子中具有读取值
的转录物定义为未表达，并从嵌合转录组中排除。使用交点非空模型(参见EMBL网站)中的
htseq计数脚本对与嵌合基因重叠的读取值进行计数。该脚本弃除多次映射读取值以及重
叠多个不同基因的读取值以产生特殊映射基因计数的文件。
话，还包括分位数归一化步骤。对于RNA Seq分析，使用Limma功能包中的Voom函数对数据进行归一化，其将读取计数转化为加权对数，每百万计数为2。对于meta分析和RNA-Seq分析二者，使用Limma包中的线性模型总结数据。
的更直接的比较，使用从用低剂量LPS体内刺激2和6小时的健康个体的PBMC获得的实验内
毒素血症微阵列数据集(GSE3284)将差异表达的炎性基因进一步从178减少至93。重要的
是，然后从后续基因集炎症测试中排除用于获得标签的两个主要基因表达数据集
(GSE22248&GSE3284)。使用已建好的统计学严格基因集测试ROAST进行患者和对照中内毒
素耐受性和炎性标签的存在或不存在的分析。基因集测试基本上询问给定基因/标签是否
为数据集中富集的标签。ROAST在计算富集性时还允许考虑基因的表达方向，其在已知基因表达方向的情况下增加测试的精确度(Wu等.Bioinformatics 2010126(17):2176-82)。
ROAST以99999转进行，因此，从该测试中得到的最显著的p值是0.00001。另外的内毒素耐受性-相关标签还被定义为具有基本相同结果的囊性纤维化患者的来自此前公开的数据集
(图4)和来自替选的独立内毒素耐受性数据集[Del Fresno C等Journal of Immunology
2009；182:6494-507]的多重显著性截止值。
GSE13015和GSE11755，这是由于每个数据集中低数目的对照(N＝3)。对于剩余的8个数据集中的每一个，使用随机Forest包[Liaw A,Wiener M.R News 2002；2:18-22]将ntree设置为
1000，基于训练集定义模型，然后基于测试集进行评估。重复该程序100次，并记录每个数据集的平均预测精确度。
两次以对内毒素耐受性建模的微阵列分析。与对照相比，基于在内毒素耐受性PBMC而非炎
性PBMC中独特地差异表达的基因鉴定包含99种基因的“内毒素耐受性标签”(下表A)。为了比较，我们对来自此前的PBMC微阵列数据(Pena等，2011)和体内实验内毒素血症数据集
(Calvano等，2005)(图1，表4)的“炎性标签”进行了定义。已对针对内毒素耐受性的遗传标签进行了定义，我们对9个公开、独立且盲的临床脓毒症组群进行了全球meta-分析，涵盖
536位早期脓毒症患者(ICU收住后1天或3天)和142位健康对照(表2；图2、3、4)。在全部这些再次分析的数据集中，已在ICU收住1天或3天招募患者。
部9个群组的脓毒症患者与对照相比示出与内毒素耐受性标签密切相关的免疫表达谱(图
2)。这些结果独立于用于定义内毒素耐受性标签的倍数变化/统计学截止值(图4)。尽管炎
性标签与大多数数据集显著关联，这种关联始终比内毒素耐受性标签弱(图3)。相较于此前仅与晚期脓毒症的内毒素耐受性相关的报道(Cavaillon J,C Adrie,C Fitting,M Adib-
Conquy.J Endotoxin Res 2005；11:311-320；Otto,GP,M Sossdorf,RA Claus,J Rodel,K Menge,K Reinhart,M Bauer,NC Riedemann.Critical Care2011；15:R183；Schefold JC,D Hasper,HD Volk,PReinke.Medical hypotheses 2008；71:203-208)，与“内毒素耐受性标签”的相关性早在ICU收住后第1天即存在于脓毒症患者中，并且在第3天仍保持，这与脓毒症患者中“稳定的”内毒素耐受性曲线的早期发展相一致(图2)。因而，脓毒症的免疫功能障碍似乎由内毒素耐受性来表征。
认的诊断”之后而非在首次呈现时分析脓毒症患者转录组。因此，在临床疾病的最早期可能阶段产生特殊群组的患者以更好的理解内毒素耐受性发展的时机和本文所鉴定的标签的
诊断用途。基于主治医师的患者病史分析、身体检查和对微生物培养物测试的状态请求在
临床怀疑脓毒症后立即招募患者。对从培养物获取的初始血液样品中分离的RNA进行RNA测
序以辅助脓毒症诊断/微生物鉴定。进行合适的功率计算，并且基于此，招募72位处于非常早期的疑似脓毒症患者(表3)以及在可选的手术之前招募的没有潜在并发症的另外11位对
照患者。研究该临床上有挑战性的初始表现出可变的严重生理错乱(潜在由脓毒症导致)的
患者群组的早期差异诊断方式的潜力具有主要的临床启示。
5A)。当与来自此前的meta-分析的结果组合时，脓毒症似乎在临床疾病的整个所有初始阶
段与内毒素耐受性密切相关(图2&5A)。此外，当炎性标签未达到“无脓毒症”组的统计学显著性时，2个组中内毒素耐受性与炎性标签的相比较的相对富集可表示对于脓毒症患者而
言独特的内毒素耐受性与炎症的平衡的基础差异。最终，当直接与“无脓毒症”组(图5B)相比时，内毒素耐受性标签也在“脓毒症”组中富集，其支持内毒素耐受性对脓毒症的特异性，而不仅仅是对于“患病”患者而言。
“感染阴性”患者的存在是一致的(图5C)。由于对用于诊断微生物培养物的相同的血液样品进行RNA-Seq分析，脓毒症与内毒素耐受性标签之间的强相关性表明内毒素耐受性标签可
以提供比微生物培养物更灵敏的诊断工具。
研究。独立于脓毒症诊断，在回溯地将患者分组为器官功能障碍阳性组和阴性组的研究登
记(心血管、凝固、肾、肝和呼吸；表4&5)48小时内评估后续器官功能障碍发展。然后按照上述对这些组经受相同的基因集测试分析。有趣的是，发现内毒素耐受性标签与个体或多个
(3+)器官功能障碍显著相关(图6A；凝血衰竭除外)。虽然ICU收住可取决于医院制度的内在主观性，例如每个部门可用空间或病床数目，但被转移到ICU的患者一般处于具有增加的死亡率风险的恶化情况下。因此，也将对ICU收住的要求作为疾病严重程度的第二不那么精确的度量来评估，并且再次显示内毒素耐受性标签与增加的疾病严重程度相关(图6B)。这些
结果表明，内毒素耐受性与脓毒症严重程度并且具体地器官衰竭的后续发展相关。
耐受性标签可用于表征脓毒症中的免疫功能障碍，更小数目的基因更可用于诊断测试中。
因而，对99种基因的标签进行进一步分析以鉴定该初始标签的可用子集，随后可测试其诊
断用途。为此，选择9个文献数据集的大多数(7+)中脓毒症患者与对照之间的大于1.5倍的
差异表达的基因。这鉴定了来自原始99种基因的内毒素耐受性标签的31种基因的子集(图
7)。
立地执行随机Forest分类。当在所有数据集中将脓毒症患者与对照以95.7％的精确度区分
时，31种基因子集示出优异的精确度(表6)。31种基因的子集也在疑似脓毒症的患者组中显示出预测脓毒症和单个/组合的器官衰竭的强大性能，其精确度为62.4％至87.4％(表6)。
还使用全99-基因内毒素耐受性标签进行这种相同的分析，并且发现该基因集提供支持基
因减少策略的合适性的等同性能(表7)。类似地进行受试者工作特征(AUC)评估的曲线下面
积。多个不同数据集及在临床相关时间点(当前诊断培养物)的31种基因子集的强性能支持
使用31种基因子集诊断脓毒症。鉴定10个不同数据集中内毒素耐受性与脓毒症之间的该强
关联，并且独立于位置、方法、性别、年龄、种族和脓毒症诊断标准变量。因此，全99种基因内毒素耐受性标签与31种基因子集两者将具有作为脓毒症诊断工具的用途。脓毒症的精确诊
断工具将因脓毒症早期干预的重要性和缺乏脓毒症特有的临床特征而具有高度临床优先
性[Hotchkiss RS,Monneret G,Payen D.Lancet Infectious Diseases 2013；13:260-8]。
使用内毒素耐受性相关的生物标志物的另外益处是其还提供关于患者的免疫功能状态的
信息。
Forest包将ntree设置为1000，基于训练集定义模型，然后基于测试集进行评估。重复该程序1000次，并记录每个数据集的平均预测精确度。对数据集重复该分析以对继续或未继续
出现脓毒症或器官衰竭的初始疑似脓毒症患者进行分类。
器官功能障碍的发展测量的疾病严重程度相关。因此，示出了通过内毒素耐受性-介导的免疫功能障碍介导的脓毒症发病机理新模型。此外，结果表明，可以在临床相关诊断时间点检测到免疫功能障碍，提供关于患者的功能相关状态的独特信息。因此，内毒素耐受性标签或子集可有助于定义可能获益于免疫调节(例如，抗内毒素耐受性)和支持性治疗的患者子
集。
组显示出与内毒素耐受性标签和子集并在整个早期临床疾病的所有阶段密切相关的免疫
表达谱(图2、5和6)。从一般的临床角度来看，考虑如何治疗这种疾病时，表征过度炎性和抗炎/免疫抑制阶段的性质和时机是至关重要的。这在不同的治疗方法迄今在很大程度上是
不成功时，可能尤其重要，这可能是因为缺乏关于患者的免疫学状态的知识。本文提供的数据还表明，该标签能够预测脓毒症的发展，这表明内毒素耐受性标签和子集具有作为诊断
工具的用途。
素。重要的是，内毒素耐受性标签在出现器官功能障碍之前长达48小时是存在的，表明该标签或子集还可另外用作筛选方法以评估哪些患者处于出现恶化状况的较高风险。
内毒素耐受性越来越占主导的状态的不利不平衡。因而，本文的发现表明，存在初始(不受控)感染，期间静息免疫细胞(例如嗜中性粒细胞和单核细胞/巨噬细胞)变得活化，导致患
者出现第一强临床症状。在脓毒症患者中，第二内毒素刺激可能导致内毒素耐受性特征的
快速活化。在首次被医院收住时，该内毒素耐受性特征在全身外周血单核细胞中占主导，而残余的嗜中性粒细胞炎症仍在该迅速转变的群体中快速发生。
图减少过多的嗜中性粒细胞炎症及其后果，例如血管渗漏、凝血、淋巴细胞死亡等。然而，削弱患者的单核细胞/巨噬细胞反应也可以导致无法清除原发性感染和对二次感染的易感性
增加，尽管其他免疫细胞群例如嗜中性粒细胞持续活化。由于其从骨髓连续补充，嗜中性粒细胞可能是促炎性细胞因子应答的主要驱动因子，尽管它们也有可能最终进入内毒素耐受
状态(Parker LC等,J Leukocyte Biology 2005；78:1301-1305)。
症”患者中占主导，在具有阳性培养物的那些中具有较强的存在(图5D)。有趣的是，观察各组患者中的不同趋势，这与先前所讨论的点一致：在“无脓毒症”组中，在阴性到阳性培养物方向中增加的初始炎性标签表明可能局限的感染或初始灭菌炎性过程期间炎症的早期增
加阶段。随后，在病情极其快速恶化的患者中，如在“脓毒症”组的那些患者的情况下，向全身感染导致的耐受性状态迅速转变，导致更强的和增加的内毒素耐受性状态存在，如所述
结果中观察到的，表明培养物阴性到培养物阳性的趋势。
段占主导，并且有可能驱动脓毒症的免疫功能障碍。因此，如果存在仅由过度炎症表征的免疫相，其很可能会预临床发生。然而，鉴于炎性标签在许多脓毒症患者组中显著富集，内毒素耐受性与炎症的组合可能有助于脓毒症发病机制的独特模式。这些发现使从两阶段模型
移开并朝向临床疾病的早期阶段由内毒素耐受性驱动的免疫功能障碍表征的临床相关免
疫病原学。主要的内毒素耐受性标签的检测支持疑似脓毒症，并因此将指导治疗组考虑合
适的支持疗法和免疫调节疗法以平衡免疫应答。
可能患脓毒症的患者实际上需要这样做(参见，例如表3)。已知患者在疾病过程的非常早期患脓毒症可使医师能够开出最积极的疗法以尽量降低感染的影响。
的抵御脓毒症的能力变差的潜力。一贯地，在超过31种用于抑制高炎性状态的临床测试中，该方法失败。
将M2巨噬细胞的特性在体外或体内转化为M1巨噬细胞的那些化学试剂、细胞或天然产物
[Sica和Mantovani,2012]。
所有这些修改旨在包括在所附权利要求的范围内。
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