1.一种方法，其包括：
提供包含一种或多种双链核酸分子的双链核酸材料，其中每个双链核酸分子包含在每条链上的单分子标识符序列、以及在核酸分子的5′和/或3′末端中的至少一个上的衔接子，并且其中对于每个核酸分子，第一衔接子序列与所述核酸分子的第一链相关，并且第二衔接子序列与所述核酸分子的第二链相关；
扩增所述核酸材料；
将所述扩增的核酸材料分离成第一样品和第二样品；
通过使用对所述第一衔接子序列特异性的引物，扩增所述第一样品中的第一链，以提供第一核酸产物；
通过使用对所述第二衔接子序列特异性的引物，扩增所述第二样品中的第二链，以提供第二核酸产物；
对所述第一核酸产物和第二核酸产物各自进行测序；以及
比较所述第一核酸产物的序列与所述第二核酸产物的序列。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述核酸材料是或包含双链DNA和双链RNA中的至少一种。
3.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述提供步骤包括：
将双链核酸材料连接到至少一个简并或半简并条形码序列，以形成双链核酸分子条形码复合物，其中所述条形码序列包含单分子标识符序列。
4.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述单分子标识符序列是简并或半简并条形码序列中的至少一种、所述核酸材料的一个或多个核酸片段末端或其组合，其独特地标记所述双链核酸分子。
5.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述单分子标识符序列包含内源剪切点或可以与所述剪切点在位置上相关的内源序列。
6.根据权利要求1-5中任一项所述的方法，其中扩增所述核酸材料包括生成源自所述第一链的多个扩增子和源自所述第二链的多个扩增子。
7.根据权利要求1-6中任一项所述的方法，其中扩增所述第一样品中的核酸材料包括：
使用与所述第一衔接子序列中存在的序列至少部分互补的至少一种单链寡核苷酸、以及与目的靶序列至少部分互补的至少一种单链寡核苷酸，扩增源自来自原始双链核酸分子的单条核酸链的核酸材料，使得所述单分子标识符序列至少部分得到维持。
8.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中扩增所述第二样品中的核酸材料包括：
使用与所述第二衔接子序列中存在的序列至少部分互补的至少一种单链寡核苷酸、以及与目的靶序列至少部分互补的至少一种单链寡核苷酸，扩增源自来自原始双链核酸分子的单条核酸链的核酸材料，使得所述单分子标识符序列至少部分得到维持。
9.根据上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述核酸材料中的至少一些是受损的。
10.根据权利要求9所述的方法，其中所述损伤是或包含以下中的至少一种：氧化、烷基化、脱氨基、甲基化、水解、羟基化、产生切口、链内交联、链间交联、平端链断裂、交错末端双链断裂、磷酸化、去磷酸化、SUMO化、糖基化、去糖基化、putrescinylation、羧化、卤化、甲酰化、单链间隙、来自热的损伤、来自干燥的损伤、来自UV暴露的损伤、来自γ辐射的损伤、来自X射线的损伤、来自电离辐射的损伤、来自非电离辐射的损伤、来自重粒子辐射的损伤、来自核衰变的损伤、来自β辐射的损伤、来自α辐射的损伤、来自中子辐射的损伤、来自质子辐射的损伤、来自宇宙辐射的损伤、来自高pH的损伤、来自低pH的损伤、来自活性氧化物种的损伤、来自自由基的损伤、来自过氧化物的损伤、来自次氯酸盐的损伤、来自组织固定如福尔马林或甲醛的损伤、来自活性铁的损伤、来自低离子条件的损伤、来自高离子条件的损伤、来自无缓冲条件的损伤、来自核酸酶的损伤、来自环境暴露的损伤、来自火灾的损伤、来自机械应力的损伤、来自酶促降解的损伤、来自微生物的损伤、来自制备性机械剪切的损伤、来自制备性酶促断裂的损伤、在体内已自然发生的损伤、在核酸提取期间已发生的损伤、在测序文库制备期间已发生的损伤、由聚合酶引入的损伤、在核酸修复期间已引入的损伤、在核酸末端加尾期间已发生的损伤、在核酸连接期间已发生的损伤、在测序期间已发生的损伤、由于DNA的机械处理已发生的损伤、在通过纳米孔期间已发生的损伤、作为生物衰老的部分已发生的损伤、由于个体的化学暴露已发生的损伤、已通过诱变剂发生的损伤、已通过致癌物发生的损伤、已通过诱裂剂发生的损伤、由于体内炎症已发生的损伤、由于氧暴露的损伤、由于一个或多条链断裂的损伤及其任何组合。
11.根据上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述核酸材料由包含源自受试者或生物的一种或多种双链核酸分子的样品提供。
12.根据权利要求11所述的方法，其中所述样品是或包含身体组织，活组织切片、皮肤样品、血液、血清、血浆、汗液、唾液、脑脊髓液、粘液、子宫灌洗液、阴道拭子、巴氏涂片、鼻拭子、口腔拭子、组织刮片、毛发、指纹、尿、粪便、玻璃体液、腹膜冲洗液、痰、支气管灌洗液、口腔灌洗液、胸腔灌洗液、胃灌洗液、胃液、胆汁、胰管灌洗液、胆管灌洗液、胆总管灌洗液、胆囊液、滑液、感染伤口、未感染伤口、考古样品、法医样品、水样、组织样品、食物样品、生物反应器样品、植物样品、细菌样品、原生动物样品、真菌样品、动物样品、病毒样品、多生物样品、指甲刮片、精液、前列腺液、阴道液、阴道拭子、输卵管灌洗液、细胞游离核酸、细胞内核酸、宏基因组学样品、植入异物的灌洗液或拭子、鼻灌洗液、肠液、上皮刷洗液、上皮灌洗液、组织活组织切片、尸检样品、尸体剖检样品、器官样品、人体鉴定样品、非人体鉴定样品、人工产生的核酸样品、合成基因样品、库存或贮存样品、肿瘤组织、胎儿样品、器官移植样品、微生物培养样品、核DNA样品、线粒体DNA样品、叶绿体DNA样品、顶质体DNA样品、细胞器样品及其任何组合。
13.根据上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述核酸材料包含基本上或接近均匀长度的核酸分子。
14.根据权利要求13所述的方法，其中所述基本上均匀的长度在约1至约1,000,000个碱基之间。
15.根据权利要求13或权利要求14所述的方法，其中经由靶向核酸内切酶，将所述核酸材料切割成具有基本上或接近均匀长度的核酸分子。
16.根据权利要求1-12中任一项所述的方法，其中所述核酸材料包含长度在一个或多个基本上已知的大小范围内的核酸分子。
17.根据权利要求16所述的方法，其中所述核酸分子在1至约1,000,000个碱基之间、在约10至约10,000个碱基之间、在约100至约1000个碱基之间、在约100至约600个碱基之间、在约100至约500个碱基之间，或为其某些组合。
18.根据上述权利要求中任一项所述的方法，其中在所述提供步骤之前，所述方法包括：
用一种或多种靶向核酸内切酶切割所述核酸材料，使得形成基本上已知长度的靶核酸片段；以及
基于所述基本上已知的长度分离所述靶核酸片段。
19.根据权利要求18所述的方法，其中所述一种或多种靶向核酸内切酶选自核糖核蛋白、Cas酶、Cas9样酶、大范围核酸酶、基于转录激活因子样效应物的核酸酶(TALEN)、锌指核酸酶、argonaute核酸酶或其组合。
20.根据权利要求18或权利要求19所述的方法，其中所述一种或多种靶向核酸内切酶包含Cas9或CPF1或其衍生物。
21.根据权利要求18-20中任一项所述的方法，其还包括在所述提供步骤之前，将所述衔接子连接到靶核酸片段。
22.根据权利要求18-21中任一项所述的方法，其中所述靶核酸片段源于受试者或生物。
23.根据权利要求18-21中任一项所述的方法，其中所述靶核酸片段至少部分是人工合成的。
24.根据权利要求18-23中任一项所述的方法，其中切割所述核酸材料包括用一种或多种靶向核酸内切酶切割所述核酸材料，使得形成具有基本上已知长度的多于一种靶核酸片段。
25.根据权利要求24所述的方法，其中所述靶核酸片段具有不同的基本上已知的长度。
26.根据权利要求24所述的方法，其中所述靶核酸片段各自包含来自基因组中的一个或多个不同位置的目的基因组序列。
27.根据权利要求24所述的方法，其中所述靶核酸片段各自包含来自所述核酸材料内的基本上已知区域的靶向序列。
28.根据权利要求18-27中任一项所述的方法，其中基于所述基本上已知的长度分离所述靶核酸片段包括通过凝胶电泳、凝胶纯化、液相层析、尺寸排阻纯化、过滤或SPRI珠纯化来富集所述靶核酸片段。
29.根据上述权利要求中任一项所述的方法，其中至少一个扩增步骤包括至少一种引物，所述至少一种引物是或包含至少一种非标准核苷酸。
30.根据上述权利要求中任一项所述的方法，其中至少一种衔接子序列是或包含至少一种非标准核苷酸。
31.根据权利要求29或权利要求30所述的方法，其中所述非标准核苷酸选自尿嘧啶、甲基化核苷酸、RNA核苷酸、核糖核苷酸、8-氧代-鸟嘌呤、生物素化核苷酸、脱硫生物素核苷酸、硫醇修饰的核苷酸、acrydite修饰的核苷酸、异dC、异dG、2′-O-甲基核苷酸、肌苷核苷酸、锁核酸、肽核酸、5甲基dC、5-溴脱氧尿苷、2，6-二氨基嘌呤、2-氨基嘌呤核苷酸、脱碱基核苷酸、5-硝基吲哚核苷酸、腺苷酸化核苷酸、叠氮核苷酸、地高辛核苷酸、I-接头、5′己炔基修饰的核苷酸、5-辛二炔基dU、光可切割间隔物、非光可切割间隔物、点击化学相容的修饰核苷酸、荧光染料、生物素、呋喃、BrdU、氟-dU、loto-dU及其任何组合。
32.根据上述权利要求中任一项所述的方法，其中对所述第一核酸产物和第二核酸产物各自进行测序包括：
比较所述第一核酸产物中多条链的序列，以确定第一链共有序列；以及
比较所述第二核酸产物中多条链的序列，以确定第二链共有序列。
33.根据权利要求32所述的方法，其中比较所述第一核酸产物的序列与所述第二核酸产物的序列包括比较所述第一链共有序列和所述第二链共有序列，以提供错误纠正的共有序列。
34.根据上述权利要求中任一项所述的方法，其中对第一核酸产物和第二核酸产物各自进行测序包括：
测序所述第一链中的至少一条，以确定第一链序列读数；
测序所述第二链中的至少一条，以确定第二链序列读数；以及
比较所述第一链序列读数和所述第二链序列读数，以生成错误纠正的序列读数。
35.根据权利要求34所述的方法，其中所述错误纠正的序列读数包括在所述第一链序列读数和所述第二链序列读数之间一致的核苷酸碱基。
36.根据权利要求34或权利要求35所述的方法，其中在所述错误纠正的序列读数中的特定位置处发生的变异被鉴定为真实变体。
37.根据权利要求34-36中任一项所述的方法，其中在所述第一链序列读数或所述第二链序列读数中的仅一个中的特定位置处发生的变异被鉴定为潜在的人工产物。
38.根据权利要求34-36中任一项所述的方法，其中所述错误纠正的序列读数用于鉴定或表征在双链靶核酸分子源自其的生物或受试者中的癌症、癌症风险、癌症突变、癌症代谢状态、突变体表型、致癌物暴露、毒素暴露、慢性炎症暴露、年龄、神经退行性疾病、病原体、抗药变体、胎儿分子、法医相关分子、免疫相关分子、突变的T细胞受体、突变的B细胞受体、突变的免疫球蛋白基因座、基因组中的kategis位点、基因组中的高突变位点、低频变体、亚克隆变体、次要分子群体、污染源、核酸合成错误、酶促修饰错误、化学修饰错误、基因编辑错误、基因治疗错误、核酸信息贮存片、微生物准种、病毒准种、器官移植、器官移植排斥、癌症复发、治疗后残留癌症、肿瘤前状态、发育不良状态、微嵌合状态、干细胞移植状态、细胞治疗状态、附着至另一种分子的核酸标记或其组合。
39.根据权利要求34-36中任一项所述的方法，其中所述错误纠正的序列读数用于鉴定诱变化合物或暴露。
40.根据权利要求34-36中任一项所述的方法，其中所述错误纠正的序列读数用于鉴定致癌化合物或暴露。
41.根据权利要求34-36中任一项所述的方法，其中所述核酸材料源自法医样品，并且其中所述错误纠正的序列读数用于法医分析中。
42.根据上述权利要求中任一项所述的方法，其中至少一个扩增步骤包括聚合酶链反应(PCR)。
43.根据上述权利要求中任一项所述的方法，其中最初提供至多1000ng核酸材料。
44.根据上述权利要求中任一项所述的方法，其中最初提供至多10ng核酸材料。
45.根据权利要求1-44中任一项所述的方法，其中扩增所述第一样品中的核酸材料还包括在所述分离步骤后且在所述第一样品扩增前，破坏或破裂在所述核酸材料上发现的第二衔接子序列。
46.根据权利要求1-45中任一项所述的方法，其中扩增所述第二样品中的核酸材料还包括在所述分离步骤后且在所述第二样品扩增前，破坏或破裂在所述核酸材料上发现的第一衔接子序列。
47.根据权利要求45或权利要求46所述的方法，其中所述破坏包括以下中的至少一种：
酶促消化、至少一种复制抑制分子的包括、酶促切割、一条链的酶促切割、两条链的酶促切割、修饰核酸的掺入随后为导致一条链或两条链切割的酶促处理、复制阻断核苷酸的掺入、链终止子的掺入、光可切割接头的掺入、尿嘧啶的掺入、核糖基的掺入、8-氧代-鸟嘌呤加合物的掺入、限制性核酸内切酶的使用、靶向核酸酶的使用及其任何组合。
48.根据上述权利要求中任一项所述的方法，其中扩增包括滚环扩增、多重置换扩增、等温扩增、桥式扩增或表面结合扩增。
49.根据上述权利要求中任一项所述的方法，其中扩增所述核酸材料包括与目的序列至少部分互补的单链寡核苷酸、以及与衔接子的区域至少部分互补的单链寡核苷酸的使用。
50.根据上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述核酸材料包含在所述核酸材料的每条链的5′和3′末端各自上的衔接子。
51.根据权利要求50所述的方法，其中扩增所述核酸材料包括与所述第一衔接子序列和所述第二衔接子序列的区域至少部分互补的单链寡核苷酸的使用。
52.根据上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述衔接子包含至少一个核苷酸位置，所述核苷酸位置是至少部分非互补的或包含至少一种非标准碱基。
53.根据上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述衔接子包含由约5个或更多个自互补核苷酸形成的单个“U形”寡核苷酸序列。
54.一种方法，其包括：
提供双链核酸材料，其中由于用靶向核酸内切酶切割，所述核酸材料在约1至1,000,
000个碱基之间，并且其中所述核酸材料包含在所述核酸材料的每条链上的单分子标识符序列、以及在所述核酸材料的每条链的5′和3′末端中的至少一个上的衔接子序列，其中第一衔接子序列位于所述核酸材料的第一链的5′末端或3′末端之一上，并且第二衔接子序列位于所述核酸材料的第二链的相对末端上，并且其中所述第一链和所述第二链源于相同的双链核酸分子；
扩增所述核酸材料；
将所述扩增的核酸材料分离成第一样品和第二样品；
通过使用对所述第一衔接子序列特异性的引物，扩增所述第一样品中的第一链，以提供第一核酸产物；
通过使用对所述第二衔接子序列特异性的引物，扩增所述第二样品中的第二链，以提供第二核酸产物；
对所述第一核酸产物和第二核酸产物各自进行测序；以及
比较所述第一核酸产物的序列与所述第二核酸产物的序列。
55.根据上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述核酸材料包含源自多于一种来源的核酸材料。