1.合成模制分子的方法，包括步骤：
a)提供至少一个包括一个或多个密码子的模板，
b)提供连接于第一拉链寡核苷酸的第一功能实体，所述第一拉链寡核苷酸能够可逆地与第二拉链寡核苷酸相互作用，
c)提供一个或多个构件，每个构件包含通过接头与反密码子连接的再一功能实体，其中反密码子与模板的密码子互补，
其中所述再一功能实体与第二拉链寡核苷酸连接，所述第二拉链寡核苷酸能够可逆地与连接于步骤b)中提供的第一功能实体的第一拉链寡核苷酸相互作用，并且其中所述再一功能实体能够与步骤b)中提供的第一功能实体在化学上连接，d)使步骤a)、b)和c)中提供的组分在允许i)构件反密码子与模板的密码子特异性杂交以及ii)与不同功能实体连接的两个拉链寡核苷酸二聚化的条件下相互接触，e)允许步骤c)中提供的所述一个或多个构件的再一功能实体与步骤b)中提供的第一功能实体形成化学连接，和
f)获得连接于指导了其合成的模板的模制分子。
2.根据权利要求1的方法，其中在步骤f)中获得连接于指导了其合成的模板的模制分子之前，重复步骤d)和e)一次或多次。
3.根据权利要求1的方法，其中第一功能实体共价连接于模板。
4.根据权利要求1的方法，其中第一功能实体与模板杂交。
5.根据权利要求1的方法，其中第一功能实体形成构件的一部分，所述构件还包括：
与模板密码子互补的反密码子，
连接反密码子和第一功能实体的接头，和
与第一功能实体连接的第一拉链寡核苷酸。
6.根据权利要求3的方法，其中第一功能实体形成构件的一部分，所述构件还包括：
与模板密码子互补的反密码子，
连接反密码子和第一功能实体的接头，和
与第一功能实体连接的第一拉链寡核苷酸。
7.根据权利要求4的方法，其中第一功能实体形成构件的一部分，所述构件还包括：
与模板密码子互补的反密码子，
连接反密码子和第一功能实体的接头，和
与第一功能实体连接的第一拉链寡核苷酸。
8.根据权利要求1的方法，其中第一功能实体的拉链寡核苷酸存在于模板中。
9.根据权利要求3的方法，其中第一功能实体的拉链寡核苷酸存在于模板中。
10.根据权利要求5的方法，其中第一功能实体的拉链寡核苷酸存在于模板中。
11.根据权利要求1的方法，其中拉链寡核苷酸包含互补的核酸序列。
12.根据权利要求3的方法，其中拉链寡核苷酸包含互补的核酸序列。
13.根据权利要求4的方法，其中拉链寡核苷酸包含互补的核酸序列。
14.根据权利要求1的方法，其中第一功能实体进一步连接于与模板所带有的核酸序列互补的核酸序列。
15.根据权利要求3的方法，其中第一功能实体进一步连接于与模板所带有的核酸序列互补的核酸序列。
16.根据权利要求4的方法，其中第一功能实体进一步连接于与模板所带有的核酸序列互补的核酸序列。
17.根据权利要求1的方法，其中拉链寡核苷酸形成构件的接头的一部分。
18.根据权利要求5的方法，其中拉链寡核苷酸形成构件的接头的一部分。
19.根据权利要求8的方法，其中拉链寡核苷酸靠近功能实体。
20.根据权利要求17的方法，其中拉链寡核苷酸靠近功能实体。
21.根据权利要求17的方法，其中拉链寡核苷酸离所述第一或再一功能实体间隔不多于2个核苷酸。
22.根据权利要求19的方法，其中拉链寡核苷酸离所述第一或再一功能实体间隔不多于2个核苷酸。
23.根据权利要求21的方法，其中拉链寡核苷酸和第一功能实体间隔不多于2个核苷酸。
24.根据权利要求1的方法，其中所述第一功能实体距离第一拉链寡核苷酸的核苷酸数和所述再一功能实体距离第二拉链寡核苷酸的核苷酸数相同。
25.根据权利要求1的方法，其中拉链寡核苷酸包含3到20个核苷酸。
26.根据权利要求25的方法，其中拉链寡核苷酸包含4到16个核苷酸。
27.根据权利要求26的方法，其中拉链寡核苷酸包含5到10个核苷酸。
28.根据权利要求1的方法，其中构件中反密码子和拉链寡核苷酸之间的接头是单键。
29.根据权利要求5的方法，其中构件中反密码子和拉链寡核苷酸之间的接头是单键。
30.根据权利要求1的方法，其中密码子：反密码子杂交体的退火温度高于杂交的拉链寡核苷酸的退火温度。
31.根据权利要求30的方法，其中退火温度间的差异为10℃或以上。
32.根据权利要求30的方法，其中退火温度间的差异为25℃或以上。
33.根据权利要求1的方法，其中允许构件反密码子与模板的密码子特异性杂交的条件与允许两个拉链寡核苷酸最佳二聚化的条件不同。
34.根据权利要求33的方法，其中允许构件反密码子与模板密码子特异性杂交的条件包括密码子和/或反密码子的浓度，该浓度高于在两个拉链寡核苷酸二聚化所用的密码子和/或反密码子浓度。
35.根据权利要求34的方法，其中密码子与反密码子杂交期间的浓度与两个拉链寡核苷酸二聚化所用的浓度相比高至少10倍。
36.根据权利要求1的方法，其中根据步骤d)的接触通过使温度在杂交的拉链寡核苷酸退火温度之上和之下交替而进行。
37.根据权利要求36的方法，其中所述温度交替进行多次。
38.根据权利要求36的方法，其中最高温度低于密码子：反密码子杂交体的退火温度。
39.权利要求1的方法，其中模板密码子具有3到30个核苷酸。
40.权利要求1的方法，其中至少两个模板密码子是彼此紧靠地顺次排列的，而且被间隔基团隔开。
41.权利要求40的方法，其中模板包括更多的密码子。
42.权利要求41的方法，其中每一个更多的密码子被间隔核苷酸序列隔开。
43.权利要求40的方法，其中每个间隔核苷酸序列标识相应密码子的位置。
44.权利要求40的方法，其中间隔核苷酸序列含有具有高亲和力的区域，确保模板和反密码子的杂交在框内进行。
45.权利要求40的方法，其中间隔核苷酸序列能调整密码子：反密码子的退火温度。
46.权利要求1的方法，其中模板密码子数为2-100个。
47.权利要求46的方法，其中模板密码子数为3-15个。
48.权利要求1的方法，其中构件的功能实体是掺入模制分子中的功能实体的前体。
49.权利要求48的方法，其中作为模制分子合成过程中功能实体掺入模制分子中的结果，功能实体的结构发生改变。
50.权利要求1的方法，其中所述一个或多个构件的功能实体具有1到10个反应基团。
51.权利要求50的方法，其中以仅仅一个反应基团为特点的构件用于产生多聚物的末位。
52.权利要求50的方法，其中具有两个反应基团的构件用于产生多聚物的干部。
53.权利要求50的方法，其中具有两个反应基团的构件用于产生能够与进一步的功能实体反应的支架。
54.权利要求50的方法，其中具有两个或多个反应基团的功能实体用于和支架进行反应，所述支架是包含数个反应基团的核心结构的形式，其中所述反应导致形成不同的模制分子。
55.权利要求54的方法，其中反应基团的反应得到填充基团或催化剂的帮助。
56.权利要求1的方法，其中所述一个或多个构件的反密码子、接头和第二拉链寡核苷酸形成毗邻的线性寡核苷酸。
57.权利要求1的方法，其中构件反密码子在功能实体彼此通过化学反应连接之前与模板退火。
58.权利要求1的方法，其中单独地添加各个构件，并使之与模板接触。
59.权利要求2的方法，其中在第一个反应循环中构件与模板接触导致形成密码子：反密码子杂交体，该密码子：反密码子杂交体的退火温度比随后添加的进一步的构件在第二或进一步的反应循环中与模板接触时形成的密码子：反密码子杂交体的退火温度更低。
60.权利要求59的方法，其中在第二或进一步的反应循环中密码子：反密码子杂交体的退火温度导致维持仅第二或进一步轮的构件与模板接触，而多数以前合成轮的构件的反密码子或者未反应构件的反密码子变成单链或从模板上离开。
61.权利要求2的方法，其中在构件的功能实体转移到第一功能实体上之后，及在随后的反应循环期间，构件的反密码子保持退火到模板上，其中所述的第一功能实体是支架。
62.权利要求2的方法，其中在重复步骤d)和e)之前，从模板上除去已反应的构件的反密码子。
63.权利要求1的方法，包括如下进一步的步骤：将模制分子转移到模板上的锚点或互补于模板的核苷酸序列上，以建立模板和模制分子间的化学连接，该化学连接允许进行模制分子的变性富集或变性模制后修饰的再进一步步骤。
64.权利要求63的方法，其中化学连接是共价化学键。
65.权利要求63的方法，其中互补核苷酸序列和模板之间形成的杂交体的退火温度比任何构件反密码子和模板之间形成的杂交体的退火温度更高。
66.权利要求65的方法，其中在模制分子富集期间使用严谨条件，导致从模板清除用过的构件。
67.权利要求1的方法，其中第一功能实体是与两个或多个功能实体反应的支架。
68.权利要求67的方法，其中支架与从构件发射出的功能实体反应。
69.权利要求67的方法，其中支架包含两个或多个反应基团。
70.权利要求67的方法，其中支架在模制分子的合成中自始至终保持与模板连接。
71.权利要求1的方法，其中是支架的第一功能实体形成构件的一部分，该构件的反密码子与模板的侧翼位置退火，该侧翼位置不位于模板密码子之间。
72.权利要求1的方法，其中模板包括两个或多个密码子，且通过其反密码子连接于所述两个或多个密码子的所述构件具有能够以有秩序的方式二聚化的相同的互补拉链寡核苷酸。
73.权利要求72的方法，其中密码子和反密码子的杂交以及拉链寡核苷酸的二聚化在分开的步骤中发生，其中反密码子与模板密码子特异性杂交的条件与拉链寡核苷酸二聚化的条件不同。
74.权利要求73的方法，其中拉链寡核苷酸二聚化的步骤在确保密码子和反密码子保持连接的条件和允许不同构件上的功能实体之间反应的条件下进行。
75.权利要求1的方法，其中密码子是以主链上的核酸碱基形式存在的系列核苷酸，其中所述核酸碱基选自天然核酸碱基和遵守Watson-Crick氢键规则的非天然核酸碱基。
76.权利要求75的方法，其中核酸碱基选自腺嘌呤、鸟嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶、尿嘧
6 4
啶、嘌呤、黄嘌呤、二氨基嘌呤、8-氧-N-甲基腺嘌呤、7-脱氮黄嘌呤、7-脱氮鸟嘌呤、N，
4 6 6 3 6
N-桥亚乙基胞嘧啶、N，N-桥亚乙基-2，6-二氨基-嘌呤、5-甲基胞嘧啶、5-(C-C)-炔基胞嘧啶、5-氟尿嘧啶、5-溴尿嘧啶、假异胞嘧啶、2-羟基-5-甲基-4-三唑基嘧啶、异胞嘧啶、异鸟嘌呤和次黄嘌呤核苷。
77.权利要求75的方法，其中主链含有糖部分和核苷间接头。
78.权利要求77的方法，其中主链是选自核糖、2′-脱氧核糖、2′-O-甲基-核糖、
2′-氟-核糖以及2′-4′-O-亚甲基-核糖(LNA)的戊糖。
79.权利要求78的方法，其中核酸碱基连接在戊糖的1′位。
80.权利要求77的方法，其中当主链的糖部分为戊糖时，核苷之间的接头连接在前单体的3′端与后一单体的5′端。
81.权利要求80的方法，其中核苷之间的接头是磷酸二酯键。
82.权利要求80的方法，其中核苷之间的接头是选自硫代磷酸酯键、甲基膦酸酯键、氨基磷酸酯键、磷酸三酯键以及二硫代磷酸酯键的键。
83.权利要求1的方法，其中将模板固定在固体支持物上。
84.权利要求83的方法，其中固体支持物是珠子。
85.权利要求83的方法，其中在模板中掺入生物素基团，而且固体支持物是包被了链霉抗生物素蛋白的基质材料。
86.权利要求1的方法，其中第一功能实体通过选择性可断裂的接头与模板相联，该接头使得模板指导的合成的分子能够在预定的时间从模板上分离。
87.权利要求86的方法，其中第一功能实体是支架。
88.产生不同双功能复合物的文库的方法，所述方法包括步骤：使多个模板经历根据权利要求1-87任一项的方法，由此产生不同双功能复合物的文库，每一个复合物包含连接于指导了模制分子合成的模板或互补模板的模制分子。
3
89.权利要求88的方法，其中所述文库中不同双功能复合物的数目是至少10 个。
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90.权利要求88的方法，其中所述文库中不同双功能复合物的数目是至少10 个。
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91.权利要求88的方法，其中所述文库中不同双功能复合物的数目是至少10 个。
92.权利要求88的方法，其中在权利要求1步骤a)中提供多个不同模板，并且在权利要求1步骤c)中提供多个不同构件。
93.权利要求88的方法，其中使所述多个不同模板同时经历权利要求1-75任一项的方法。
94.权利要求88的方法，其中文库的模制分子通过顺序地将模板与待用于模制分子合成的构件小组接触来合成。
95.权利要求88的方法，其中每个模板包含许多编码区，而且每个编码区限定了一个或多个独特的密码子。
96.权利要求95的方法，其中编码区位于线性序列中，各编码区彼此紧邻。
97.权利要求96的方法，其中编码区被间隔序列隔开。
98.权利要求95的方法，其中模板是支链的。
99.权利要求95的方法，其中每个模板具有2至50个编码区。
100.权利要求95的方法，其中每个模板具有3至30个编码区。
101.权利要求95的方法，其中每个模板具有4至15个编码区。
102.权利要求99的方法，其中各编码区内独特密码子的数目相同。
103.权利要求99的方法，其中各编码区包含不同数目的独特密码子。
104.权利要求99的方法，其中各编码区包含一个独特密码子。
105.权利要求88的方法，其包括将双功能复合物文库进行富集处理的进一步的步骤，所述富集包括步骤：
i)将文库暴露于富集文库中具有预定活性的复合物的条件之下，
ii)扩增经富集的文库中的复合物，
iii)获得经富集的文库，该文库具有更高比率的含具有预定活性的模制分子的复合物。
106.权利要求105的方法，其中富集的文库中复合物的扩增包括如下步骤：使复合物文库与扩增手段接触，扩增模板或互补模板，并利用扩增产物作为模板实施权利要求1-87任一项的方法。
107.权利要求105的方法，其中将步骤i)和ii)重复2-5次。
108.权利要求107的方法，其中在每一个重复循环完成之后鉴定产生的复合物。
109.权利要求107的方法，其中在最后一个重复循环后鉴定复合物。
110.权利要求108的方法，其中富集处理后的鉴定包括模板序列的确定和/或具有预定活性的模制分子和/或整个复合物的结构确定。
111.权利要求105的方法，其中文库复合物的富集通过筛选对靶分子具亲和力或效应的复合物来获得。
112.权利要求111的方法，其中靶分子选自可溶性受体、细胞表面受体、酶抑制剂和表面表位。
113.权利要求111的方法，其中靶分子选自受体、酶、激素、转录因子、离子通道和DNA。
114.权利要求113的方法，其中靶分子选自受体和酶。
115.权利要求114的方法，其中靶分子选自G蛋白偶联受体和蛋白酶。
116.权利要求1的方法，其包括如下进一步步骤：将模制分子与选自受体、酶、激素、转录因子、离子通道和DNA的靶分子接触，并鉴定作为靶分子激动剂或拮抗剂接触靶分子的模制分子。
117.双功能复合物，其包含与指导了其合成的模板连接的模制分子，其中所述模板进一步与能够以有秩序的方式可逆地二聚化的至少两个拉链寡核苷酸连接，所述双功能复合物能够通过权利要求1-87任一项的方法获得，其中所述模制分子不是多核苷酸。
118.根据权利要求117的双功能复合物，其中模制分子是β-肽。
119.根据权利要求117的双功能复合物，其中模制分子是γ-肽。
120.根据权利要求117的双功能复合物，其中模制分子是ω-肽。
121.根据权利要求117的双功能复合物，其中模制分子是环己烷和环戊烷主链修饰的β-肽。
122.根据权利要求117的双功能复合物，其中模制分子是vinylogous多肽。
123.根据权利要求117的双功能复合物，其中模制分子是具有辅基的肽。
124.根据权利要求117的双功能复合物，其中模制分子是脂肪族多环化合物。
125.根据权利要求117的双功能复合物，其中模制分子是芳香族多环化合物。
126.根据权利要求117的双功能复合物，其中模制分子是多杂环化合物。
127.根据权利要求117的双功能复合物，其中模制分子是单官能、双官能或三官能的非芳族碳环。
128.根据权利要求117的双功能复合物，其中模制分子是单环、双环或三环烃。
129.根据权利要求117的双功能复合物，其中模制分子是单官能、双官能或三官能非芳族杂环。
130.根据权利要求117的双功能复合物，其中模制分子是单环、双环或三环杂环。
131.根据权利要求117的双功能复合物，其中模制分子是桥接多环杂环。
132.根据权利要求117的双功能复合物，其中模制分子是单官能、双官能或三官能芳族碳环。
133.根据权利要求117的双功能复合物，其中模制分子是单环、双环或三环芳族碳环。
134.根据权利要求117的双功能复合物，其中模制分子是单官能、双官能或三官能芳族杂环。
135.根据权利要求117的双功能复合物，其中所述模制分子是类固醇。
136.双功能复合物，其包含与指导了其合成的模板连接的模制分子，其中所述模板进一步与能够以有秩序的方式可逆地二聚化的至少两个拉链寡核苷酸连接，所述双功能复合物能够通过权利要求1-87任一项的方法获得，其中所述模制分子选自α-肽、β-肽、γ-肽、ω-肽；单-取代的肽、双-取代的肽、三-取代的肽；L-型肽、D-型肽；
环己烷主链修饰的β-肽、环戊烷主链修饰的β-肽；vinylogous多肽；糖多肽；聚酰胺；
vinylogous氨磺酰肽；聚磺酰胺类；具有辅基的缀合肽；聚酯；多糖；聚氨基甲酸酯类；聚碳酸酯类；聚脲类；聚-肽基膦酸酯；azatides；寡聚N-取代的甘氨酸形式的类肽；聚醚；
ethoxyformacetal寡聚物；聚-硫醚；聚乙二醇(PEG)；聚乙烯类；聚二硫化物；聚亚芳基硫化物；PNA；LNA；吗啉代；寡聚吡咯啉酮；聚肟类；聚亚胺；聚乙烯亚胺；聚醋酸酯类；聚苯乙烯；聚乙炔；聚乙烯化合物；脂肪；磷脂；糖酯；脂肪族多环化合物；芳香族多环化合物；
多杂环化合物；蛋白聚糖；聚硅氧烷；聚异氰化物；聚异氰酸酯；聚甲基丙烯酸酯类；单官能开链烃、双官能开链烃、三官能开链烃、寡聚官能开链烃；单官能非芳族碳环、双官能非芳族碳环、三官能非芳族碳环、寡聚官能非芳族碳环；单环烃、双环烃、三环烃、多环烃；桥接多环烃；单官能非芳族杂环、双官能非芳族杂环、三官能非芳族杂环、寡聚官能非芳族杂环；
单环杂环、双环杂环、三环杂环、多环杂环、桥接多环杂环；单官能芳族碳环、双官能芳族碳环、三官能芳族碳环、寡聚官能芳族碳环；单环芳族碳环、双环芳族碳环、三环芳族碳环、多环芳族碳环；单官能芳族杂环、双官能芳族杂环、三官能芳族杂环、寡聚官能芳族杂环；螯合物；fullerenes；以及类固醇。
137.不同的根据权利要求117或136的双功能复合物的文库。
138.根据权利要求137的文库，其中各双功能复合物包含不同的模制分子。
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139.根据权利要求137的文库，其中文库中不同双功能复合物的数目为至少10 个。
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140.根据权利要求137的文库，其中文库中不同双功能复合物的数目为至少10 个。
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141.根据权利要求137的文库，其中文库中不同双功能复合物的数目为至少10 个。