VIPR1基因与公鸡体质量和屠宰性状相关性的检测方法及
应用
技术领域
[0001] 本
发明涉及
生物基因领域和动物学领域，尤其涉及一种基于VIPR1基因C1853921T位点与公鸡体质量和屠宰性状相关性的检测方法及应用。
背景技术
[0002]
家禽繁殖内分泌调控机制和血管活性肠肽I型受体(vasoactive intestinal peptide receptor 1，VIPR1)基因的体内体外表达实验以及VIPR1基因多态性与繁殖性状相关证明，VIPR1基因参与了繁殖行为的调控(Kansaku等，2001；You等，2001；Zhou等，2008；周敏等，2008；周敏等，2011)。禽类VIPR-1多态性及其多态性与母禽繁殖性能的相关性已有大量研究。
申请者曾以鸡VIPR1基因作为体质量的候选基因，选取了12个多态位点对586只宁都黄母鸡进行基因型检测并分析与77日龄、84日龄、91日龄体质量的相关性，发现C1853921T位点仅与84日龄体质量显著相关(P<0.05)。但该位点是否与公禽体质量、屠宰性状有关，还未见有报道。本
专利以VIPR-1基因C1853921T位点为候选标记检测该位点在地方鸡公鸡中的多态性并分析其与不同周龄体质量与屠宰性状的关系，以便为地方鸡种公鸡选育及标记辅助选择提供依据。
发明内容
[0003] 为了克服上述
缺陷，本发明提供一种利用检测鸡VIPR1基因内含C1853921T位点的多态性与不同周龄公鸡体质量与屠宰性状相关性的关系，并利用这种关系和方法作为地方鸡种公鸡选育和标记的手段。
[0004] 为了实现上述发明目的，本发明采用的技术方案为：一种基于VIPR1基因C1853921T位点与公鸡体质量和屠宰性状相关性的检测方法，其特征在于，包括以下步骤：
[0005] (1)提取待检测鸡种的基因组DNA；
[0006] (2)采用PCR反应扩增VIPR-1基因C1853921T位点上下游203bp
片段；
[0007] (3)将得到的PCR产物使用RFLP分型；
[0008] (4)采用SAS 9.0 GLM程序进行统计分析VIPR1基因位点rs15863161不同基因型与公鸡体质量和屠宰性状的相关性。
[0009] 步骤(1)，在翅下静脉
采血1～2mL，用2％EDTA抗凝，-20℃保存备用。所采血样用常规的酚/氯仿抽提法提取基因组DNA，并稀释成100ng/μL备用。
[0010] 步骤(2)从NCBI上下载鸡VIPR1基因组序列(GenBank登录号：NM_0010975230)，应用Genetool
软件设计上下游引物，引物序列：F:5’-agaggaacgcagccagtg-3’，R:5’-cccacctaacataaaagctcaac-3’，扩增VIPR-1基因C1853921T位点上下游203bp片段。引物由湖南擎科生物有限公司合成。
[0011] 步骤(3)，检测后的PCR产物使用RFLP分型。酶切反应体系为：PCR产物6.5μL，内切酶BsuR I 0.3μL，10×buffer缓冲液1.0μL，ddH2O 2.2μL，37℃恒温箱放置过夜。2％琼脂糖凝胶
电泳检测酶切产物。凝胶成像系统拍照，根据带型判定基因型。
[0012] 步骤(4)中采用SAS 9.0 GLM程序进行统计分析，构建模型如下：Yij＝μ+Gi+eij。其中Yij为性状表型值，μ为该性状的总体均值，Gi为基因型效应值，eij为随机残差效应。
[0013] VIPR1基因C1853921T位点在检测公鸡体质量和屠宰性状相关性中的应用。
[0014] 所述应用具体为通过鸡种VIPR1基因位点C1853921T为候选标记，分析其基因型与不同周龄公鸡体质量与屠宰性状的关系，从而对地方鸡种公鸡进行选育。
[0015] 相对于
现有技术，本发明是采用一种利用检测鸡种VIPR1基因内含C1853921T位点的多态性与公鸡不同周龄体质量与屠宰性状相关性的关系，并利用这种关系和方法作为鸡种品种选育和标记的的手段。这种选育方法相较于现在的屠宰选育，不仅成本低、操作简便，并且结果准确。本方法简单易行，可重复性强，在普通实验室即可进行。
附图说明
[0016] 图1 VIPR1基因C1853921T位点的酶切结果；其中：M是DS2000 DNA Marker 1、2：TC型；3、4、5、7：TT型；6：CC型。
具体实施方式
[0017] 为了阐述本发明的技术方案和技术目的，下面具体实施方式对本发明做进一步介绍。
[0018] 1材料与方法
[0019] 1.1试验材料、指标测定及样品采集
[0020] 试验鸡群由江西南师科技有限公司提供，饲养时间为2018年4月-2018年8月，鸡苗数为700羽，饲养模式为种公鸡笼养模式，按照肉种鸡常规免疫程序进行统一免疫，其它均按照常规方法进行饲养管理。在出生第一天戴上翅号，第5周戴上脚号。从试验鸡出生开始，每周测定体质量，饲养至16周龄进行屠宰，测定。指标测定有屠体质量、半净膛质量、全净膛质量、半侧胸肌质量、半侧腿质量。去除死亡、逃逸、以及
明显错误与重复数据，最后得到的试验公鸡499只。指标测定参照NY/T 823—2004《家禽生产性能名词术语和度量统计方法》规定的方法。在翅下静脉采血1～2mL，用2％EDTA抗凝，-20℃保存备用。所采血样用常规的酚/氯仿抽提法提取基因组DNA，并稀释成100ng/μL备用。
[0021] 1.2引物设计与合成
[0022] 从NCBI上下载鸡VIPR1基因组序列(GenBank登录号：NM_0010975230)，应用Genetool软件设计上下游引物，引物序列：F:5’-agaggaacgcagccagtg-3’，R:5’-cccacctaacataaaagctcaac-3’，扩增VIPR-1基因C1853921T位点上下游203bp片段。引物由湖南擎科生物有限公司合成。
[0023] PCR反应体系为(10μL)：2×PCR mix 5μL，上下游引物各0.2μL，DNA模板0.6μL，ddH2O 4μL。PCR反应程序为：95℃预变性3min；95℃变性30s，58℃
退火30s，72℃延伸30s，35个循环；后延伸72℃5min。PCR产物用1％琼脂糖凝胶电泳检测片段大小是否符合预期。检测后的PCR产物使用RFLP分型。酶切反应体系为：PCR产物6.5μL，内切酶BsuR I 0.3μL，10×buffer缓冲液1.0μL，ddH2O 2.2μL，37℃恒温箱放置过夜。2％琼脂糖凝胶电泳检测酶切产物。凝胶成像系统拍照，根据带型判定基因型。
[0024] 1.3统计分析
[0025] 由于所观察群体拥有相同的遗传背景，均为16w公鸡，且在饲养标准相同条件下饲养，所以标记与生长、屠宰性状间的关联分析采用SAS 9.0GLM程序进行统计分析，构建模型如下：Yij＝μ+Gi+eij。其中Yij为性状表型值，μ为该性状的总体均值，Gi为基因型效应值，eij为随机残差效应。
[0026] 2结果与分析
[0027] VIPR1基因位点C1853921T不同基因型与生长、屠宰性状的相关性见表1。从表1可以看出，在所测定的22个性状中，不同基因型间的17个性状生长、屠宰性状存在显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)差异，CC型个体的4w体质量～16w体质量显著(P<0.05)或极显著(P<0.01高于TT与TC型个体)，CC型个体的屠体质量、半净膛质量、全净膛质量、半侧腿质量极显著高于TT与TC型个体(P<0.01)。与其他5个性状不相关(P>0.05)。
[0028] 表1位点C1853921T基因型与笼养宁都黄公鸡生长、屠宰性状的相关性[0029] 可根据上述获得的相关性分析结果，针对数据优异的基因型鸡种进行筛选育种。
[0030] 以上显示和描述了本发明的基本原理和主要特征和本发明的优点。本行业的技术人员应该了解，本发明不受上述
实施例的限制，上述实施例和
说明书中描述的只是说明本发明的原理，在不脱离本发明精神和范围的前提下，本发明还会有各种变化和改进，这些变化和改进都落入要求保护的本发明范围内。本发明要求保护范围由所附的
权利要求书及其等效物界定。
