항체 라이브러리

申请号 KR1020177033563 申请日 2011-07-14 公开(公告)号 KR1020170131711A 公开(公告)日 2017-11-29
申请人 아디맵 엘엘씨; 发明人 바스케스,막시밀리아노; 시바수브라마니안,아르빈드; 펠드하우스,마이클;
摘要 본발명은유도된 (directed) 서열및 길이다양성을가진라이브러리들을특이적으로설계하여항체-인코딩폴리뉴클레오타이드들의라이브러리들을생산하는기지의방법들에서본질적인부적당한점들을극복하고있다.
权利要求
  • TN1은 표 9 내지 10 및 18 내지 26의 TN1 폴리펩타이드들이라면 모두에 해당하는 폴리펩타이드, 또는 표 25 내지 26의 TN1 폴리뉴클레오타이드들이라면 모두의 해독에 의해 생산되는 폴리펩타이드이고;
    DH는 표 9, 11, 17 내지 25 및 28의 DH 폴리펩타이드들이라면 모두에 해당하는 폴리펩타이드, 또는 표 16, 25 및 27의 DH-인코딩 폴리뉴클레오타이드들이라면 모두의 해독에 의해 생산되는 폴리펩타이드이고;
    N2는 표 9, 12, 18 내지 25 및 30의 N2 폴리펩타이드들이라면 모두에 해당하는 폴리펩타이드, 또는 표 25 및 29의 N2-인코딩 폴리뉴클레오타이드들이라면 모두의 해독에 의해 생산되는 폴리펩타이드이고;
    H3-JH는 표 9, 13, 15, 18 내지 25 및 32의 H3-JH 폴리펩타이드들이라면 모두에 해당하는 폴리펩타이드, 또는 표 14, 25 및 31의 H3-JH-인코딩 폴리뉴클레오타이드들이라면 모두의 해독에 의해 생산되는 폴리펩타이드인, [TN1]-[DH]-[N2]-[H3-JH]:
    구조를 가지는 CDRH3 서열들을 포함하는 폴리펩타이드들을 인코딩하는 적어도 약 10 4 개의 폴리뉴클레오타이드들을 포함하는 합성 폴리뉴클레오타이드들의 라이브러리.
  • 제 1항에 있어서,
    적어도 약 1%, 5%, 또는 10%의 서열들이 상기 제공된 구조를 가지는, 라이브러리.
  • 제 1항에 있어서,
    상기 폴리뉴클레오타이드들은 표 23 내지 25의 어느 하나에서 제공된 TN1, DH, N2, 및 H3-JH 폴리펩타이드들의 집합들에 의해 생산된 CDRH3 폴리펩타이드들을 인코드하는, 라이브러리.
  • 제 1항에 있어서,
    상기 폴리뉴클레오타이드들은 표 26에서 제공된 TN1 폴리펩타이드들의 집합, 표 28에서 제공된 DH 폴리펩타이드들의 집합, 표 30에서 제공된 N2 폴리펩타이드들의 집합, 및 표 32에서 제공된 H3-JH 폴리펩타이드들의 집합에 의해 생산된 CDRH3 폴리펩타이드들을 인코드하는, 라이브러리.
  • 상기 라이브러리의 폴리펩타이드 발현 산물들을 항원과 접촉시키고, 상기 항원과 결합한 폴리펩타이드 발현 산물들을 분리하는 단계를 포함하는, 항원과 결합하는 항체를 분리하는 데 제 1항의 라이브러리를 사용하는 방법.
  • 제 1항에 있어서,
    N-연결 당화 부위들, 탈아미노화 모티브들, 및/또는 Cys 잔기들의 수가, 생물학적 출처로부터 나온 목록의 증폭에 의해 생산된 라이브러리들과 비교하여 감소되거나 제거되는, 라이브러리.
  • 제 1항에 있어서,
    상기에 더하여 하나 이상의 경쇄 가변 도메인 폴리펩타이드들을 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드를 포함하는, 라이브러리.
  • 제 7항에 있어서,
    상기 폴리펩타이드들은 전장의 IgGs로서 발현되는, 라이브러리.
  • 제 8항의 라이브러리의 폴리펩타이드 발현 산물들.
  • 제 9항의 폴리펩타이드 발현 산물들로부터 분리된 항체.
  • 제 1항의 라이브러리를 포함하는 벡터.
  • 제 11항의 벡터를 포함하는 숙주세포.
  • 제 12항에 있어서,
    상기 숙주세포는 효모세포인, 숙주세포.
  • 제 13항에 있어서,
    상기 효모는 사카로마이세스 세레비시애 인, 숙주세포
  • 제 1항의 라이브러리를 포함하는 키트.
  • 컴퓨터 해독가능한 형식으로 제 1항의 라이브러리의 재연.
  • TN1은 표 9 내지 10 및 18 내지 26의 TN1 폴리펩타이드들이라면 모두와 적어도 약 80%, 90%, 또는 95% 일치하는 폴리펩타이드, 또는 표 25 내지 26의 TN1 폴리뉴클레오타이드들이라면 모두의 해독에 의해 생산되는 폴리펩타이드와 적어도 약 80%, 90%, 또는 95% 일치하는 폴리펩타이드이고;
    DH는 표 9, 11, 17 내지 25 및 28의 DH 폴리펩타이드들이라면 모두와 적어도 약 80%, 90%, 또는 95% 일치하는 폴리펩타이드, 또는 표 16, 25 및 27의 DH-인코딩 폴리뉴클레오타이드들이라면 모두의 해독에 의해 생산되는 폴리펩타이드와 적어도 약 80%, 90%, 또는 95% 일치하는 폴리펩타이드이고;
    N2는 표 9, 12, 18 내지 25 및 30의 N2 폴리펩타이드들이라면 모두와 적어도 약 80%, 90%, 또는 95% 일치하는 폴리펩타이드, 또는 표 25 및 29의 N2-인코딩 폴리뉴클레오타이드들이라면 모두의 해독에 의해 생산되는 폴리펩타이드와 적어도 약 80%, 90%, 또는 95% 일치하는 폴리펩타이드이고;
    H3-JH는 표 9, 13, 15, 18 내지 25 및 32의 H3-JH 폴리펩타이드들이라면 모두와 적어도 약 80%, 90%, 또는 95% 일치하는 폴리펩타이드, 또는 표 14, 25 및 31의 H3-JH-인코딩 폴리뉴클레오타이드들이라면 모두의 해독에 의해 생산되는 폴리펩타이드와 적어도 약 80%, 90%, 또는 95% 일치하는 폴리펩타이드인, [TN1]-[DH]-[N2]-[H3-JH]:
    구조를 가지는 CDRH3 서열들을 포함하는 폴리펩타이드들을 인코딩하는 적어도 약 10 4 개의 폴리뉴클레오타이드들을 포함하는 합성 폴리뉴클레오타이드들의 라이브러리.
  • 경쇄 가변 부위들이
    (a) 4, 49, 및 46번 위치들의 하나 이상에서 변화된 VK1-05 서열;
    (b) 4, 49, 46, 및 66번 위치들의 하나 이상에서 변화된 VK1-12 서열;
    (c) 4, 49, 및 66번 위치들의 하나 이상에서 변화된 VK1-33 서열;
    (d) 4, 49, 및 46번 위치들의 하나 이상에서 변화된 VK1-39 서열;
    (e) 2, 4, 46, 및 49번 위치들의 하나 이상에서 변화된 VK2-28 서열;
    (f) 2, 4, 36, 및 49번 위치들의 하나 이상에서 변화된 VK3-11 서열;
    (g) 2, 4, 48, 및 49번 위치들의 하나 이상에서 변화된 VK3-15 서열;
    (h) 2, 4, 48, 및 49번 위치들의 하나 이상에서 변화된 VK3-20 서열; 또한
    (i) 4, 46, 49, 및 66번 위치들의 하나 이상에서 변화된 VK4-1 서열:
    로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 경쇄 가변 부위들을 인코딩하는 합성 폴리뉴클레오타이드들의 라이브러리.
  • 제 18항에 있어서,
    상기 라이브러리는 표 3에서 제공된 경쇄 폴리펩타이드 서열들의 둘 이상과 적어도 약 80%, 90%, 또는 95% 일치하는 폴리펩타이드 서열들을 포함하는 경쇄 가변 부위들을 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드들을 포함하는, 라이브러리.
  • 제 18항에 있어서,
    상기 경쇄 가변 부위들은 표 3에서 제공된 폴리펩타이드 서열들을 포함하는, 라이브러리.
  • 경쇄 가변 부위들의 폴리펩타이드 서열들이 가변 경쇄 폴리펩타이드 서열에 포함되는 89 내지 94번 위치들 사이의 둘 또는 세 개의 잔기들에서 변화되는, 경쇄 가변 부위들을 인코딩하는 합성 폴리뉴클레오타이드들의 라이브러리.
  • 제 21항에 있어서,
    상기 라이브러리는 표 5 내지 7에서 제공된 둘 이상의 폴리뉴클레오타이드 서열들의 해독에 의해 생산된 폴리펩타이드들과 적어도 약 80%, 90%, 또는 95% 일치하는 폴리펩타이드 서열들을 포함하는 경쇄 가변 부위들을 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드들을 포함하는, 라이브러리.
  • 제 21항에 있어서,
    상기 경쇄 가변 부위들은 표 5 내지 7에서 제공된 폴리뉴클레오타이드 서열들의 해독에 의해 생산된 폴리펩타이드들을 포함하는, 라이브러리.
  • 컴퓨터 해독가능한 형식으로 다음의
    표 10, 23 내지 25 및 26의 TN1 폴리펩타이드들;
    표 11, 23 내지 25 및 28의 DH 폴리펩타이드들;
    표 12, 23 내지 25 및 30의 N2 폴리펩타이드들;
    표 13, 15, 17, 23 내지 25 및 32의 H3-JH 폴리펩타이드들;
    표 25 내지 26의 TN1 폴리뉴클레오타이드들;
    표 25 및 27의 DH 폴리뉴클레오타이드들;
    표 25 및 29의 N2 폴리뉴클레오타이드들; 또한
    표 25 및 31의 H3-JH 폴리뉴클레오타이드들:
    이라면 모두의 재연.
  • 컴퓨터 해독가능한 형식으로 인간 전면역 집합 (부록 A)의 폴리뉴클레오타이드 서열들, 또는 그들의 폴리펩타이드 발현 산물들의 재연.
  • (a) TN1, DH, N2, 및 H3-JH 분절들을 포함하는 이론적인 분절 풀을 제공하고;
    (b) CDRH3 서열들의 기준 집합을 제공하고;
    (c) 상기 이론적인 분절 풀을 상기 기준 집합 (b)에서의 각 CDRH3 서열에 가장 근접한 매칭(들)를 확인하는 데 사용하고;
    (d) 합성 라이브러리에 포함을 위해 상기 이론적인 분절 풀로부터 분절들을 선택하고; 또한
    (e) 합성 CDRH3 라이브러리를 합성하는:
    단계를 포함하는, CDRH3 서열들을 포함하는 폴리펩타이드들을 인코딩하는 합성 폴리뉴클레오타이드들의 라이브러리를 제조하는 방법.
  • 제 26항의 방법에 따라 제조된 폴리뉴클레오타이드들의 라이브러리.
  • 제 26항에 있어서,
    상기 합성 라이브러리에 포함을 위해 선택된 분절들은 CDRH3 서열들의 기준 집합에서 그들의 분절 사용도 무게에 따라 선택되는, 방법.
  • 제 26항에 있어서,
    상기 합성 라이브러리에 포함을 위해 선택된 분절들은 하나 이상의 물리화학적 성질들에 따라 선택되는, 방법.
  • 제 26항에 있어서, 상기 CDRH3 서열들의 기준 집합는 전면역 CDRH3 서열들의 기준 집합인, 방법.
  • 제 26항에 있어서,
    상기에 더하여 상기 기준 집합에서는 생기지만 이론적인 분절 풀에서는 생기지 않는 추가적인 TN1 및 N2 분절들 선택하는 단계를 포함하는, 방법.
  • 제 26항에 있어서,
    종결 코돈이 감소되거나 라이브러리로부터 배제되는, 방법.
  • 제 26항에 있어서,
    쌍을 형성하지 않는 Cys 잔기들, N-연결 당화 모티브들, 및 탈아미노화 모티브들이 라이브러리의 해독 산물들에서 감소되거나 배제되는, 방법.
  • 제 26항에 있어서,
    DH 분절들 및 H3-JH 분절들이 기준 집합에서의 CDRH3 서열들과 매칭시키기 이전에 점진적으로 절단되는, 방법.
  • 제 26항에 있어서,
    상기에 더하여 DH 및 N2, 또는 그들의 조합으로 이루어진 그룹으로부터 선택된 분절에서 하나 이상의 중복 코돈들을 도입하는 단계를 포함하는, 방법.
  • 제 26항에 있어서,
    상기에 더하여 H3-JH 분절에서 하나의 중복 코돈을 도입하는 단계를 포함하는, 방법.
  • 제 26항의 라이브러리의 폴리펩타이드 발현 산물들.
  • 제 37항의 폴리펩타이드 발현 산물들로부터 분리되는 항체.
  • (i) 기준 집합과 동일한 IGVL 배아계열 유전자 및/또는 그의 대립인자 변이체들로부터 기원한 VL 분절들을 가진 경쇄 서열들을 포함하는, 경쇄 서열들의 기준 집합을 획득하고;
    (ii) 상기 IGVL 유전자에 의해 인코드되는 기준 집합에서 각 CDRL3 위치들에서 출현하는 아미노산들을 결정하고;
    (iii) 89 및 94번 위치들 사이에 둘 또는 세 개의 위치들이 기준 집합에서 해당하는 위치들에서 가장 빈번하게 출현하는 다섯 개의 아미노산 잔기들의 둘 이상을 인코딩하는 중복 코돈들을 포함하는, 경쇄 가변 도메인을 인코딩하는 서열들을 합성하고; 또한
    (iv) CDRL3 라이브러리를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드를 합성하는:
    단계를 포함하는, CDRL3 라이브러리를 인코딩하는 합성 폴리뉴클레오타이드들을 제조하는 방법.
  • 제 39항의 방법에 따라 제조되는 폴리뉴클레오타이드들의 라이브러리.
  • 인간 IGHV 서열의 카밧 잔기들 1 내지 94번을 포함하는 하나 이상의 VH 틀;
    인간 CDRH3 서열들의 기준 집합로부터 선택되는 하나 이상의 TN1 분절들;
    인간 CDRH3 서열들의 기준 집합과 매칭되었던 이론적인 분절 풀로부터 선택되는 하나 이상의 DH 분절들;
    인간 CDRH3 서열들의 기준 집합으로부터 선택되는 하나 이상의 N2 분절들; 또한
    인간 CDRH3 서열들의 기준 집합과 매칭되었던 이론적인 분절 풀로부터 선택되는 하나 이상의 H3-JH 분절들:
    을 포함하는 폴리펩타이드들을 인코딩하는 합성 폴리뉴클레오타이드들의 라이브러리.
  • 说明书全文
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