신규 항체 라이브러리 제조방법 및 이로부터 제조된 라이브러리 |
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申请号 | KR1020160004232 | 申请日 | 2016-01-13 | 公开(公告)号 | KR1020160087766A | 公开(公告)日 | 2016-07-22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
申请人 | 재단법인 의약바이오컨버젼스연구단; 이화여자대학교 산학협력단; | 发明人 | 심현보; 김지혜; 백설련; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
摘要 | 본발명은신규항체라이브러리제조방법및 이로부터제조된라이브러리에관한것이다. 본발명에의해제조된항체라이브러리는다수의항원에대해우수한물성을가지는항체들을포함하여, 기능적다양성을가질뿐 아니라고유서열을다수포함하는등 항체라이브러리로써유용하게사용될수 있다. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
权利要求 | 항체의 상보성 결정부위(complementarity Determining Regions, CDRs) 서열을 개별적으로 설계하는 단계; 및 상기 설계한 서열을 가지는 상보성 결정부위들을 포함하는 항체를 합성하여 라이브러리를 제조하는 단계를 포함하는, 항체 라이브러리를 제작하는 방법. 제1항에 있어서, 상기 항체 라이브러리를 구성하는 항체의 상보성 결정부위를 이루는 중쇄 상보성 결정부위 1(CDR-H1), 중쇄 상보성 결정부위 2(CDR-H2), 중쇄 상보성 결정부위 3(CDR-H3), 경쇄 상보성 결정부위 1(CDR-L1), 경쇄 상보성 결정부위 2(CDR-L2) 및 경쇄 상보성 결정부위 3(CDR-L3)은 다양성(polymorphism)을 가지는 것인, 항체 라이브러리를 제작하는 방법. 제1항에 있어서, 상보성 결정부위 서열의 개별적인 설계시, CDR-H1, CDR-H2, CDR-L1 또는 CDR-L2에 대하여 실제 인간유래 숙성 항체의 상보성 결정부위의 i) 생식계열(germline) 면역글로불린 유전자 사용빈도, ii) 각 아미노산 위치별로 체세포 초돌연변이에 의한 각 20종의 아미노산으로의 변이 빈도, iii) 상보성 결정부위 서열의 길이별 빈도 또는 iv) 이들의 조합을 분석하여 계산된 각 아미노산 위치별 빈도를 반영하여 모사한 서열을 설계하는 것인, 항체 라이브러리를 제작하는 방법. 제1항에 있어서, 상보성 결정부위 서열의 개별적인 설계시, CDR-L3에 대하여 a) 상기 상보성 결정부위의 N 말단으로부터 7개 내지 8개의 아미노산 서열은 실제 인간유래 숙성 항체의 상보성 결정부위의 i) 생식계열(germline) 면역글로불린 유전자 사용빈도, ii) 각 아미노산 위치별로 체세포 초돌연변이에 의한 각 20종의 아미노산으로의 변이 빈도, iii) 상보성 결정부위 CDR-L3 서열의 길이별 빈도 또는 iv) 이들의 조합을 분석하여 계산된 각 아미노산 위치별 빈도를 반영하여 모사한 서열을 설계하고; b) 상기 상보성 결정부위의 C 말단으로부터 2개 내지 3개의 아미노산 서열은 실제 인간유래 숙성 항체의 상보성 결정부위의 각 아미노산 위치별 빈도를 분석하여 계산된 빈도를 반영하여 모사한 서열을 설계하는 것이며; 상기 CDR-L3는 9개 내지 11개의 아미노산으로 이루어지고, 상기 빈도 분석은 각 길이별로 나누어 분석하며, 상기 CDR-L3 서열의 설계는 설계하고자 하는 CDR-L3의 길이와 동일한 아미노산 길이를 가지는 인간유래 숙성 항체의 상보성 결정부위 CDR-L3를 분석한 결과를 기반으로 설계하는 것인, 항체 라이브러리를 제작하는 방법. 제1항에 있어서, 상기 상보성 결정부위 서열 중 경쇄를 설계하는 경우에 해당 경쇄는 카파(kappa) 경쇄 또는 람다(lambda) 경쇄인 것인, 항체 라이브러리를 제작하는 방법. 제1항에 있어서, 상보성 결정부위 서열의 개별적인 설계시, CDR-H3에 대하여 a) 상기 상보성 결정부위의 C 말단으로부터 3개의 아미노산을 제외한 서열들은 실제 인간유래 숙성 항체의 상보성 결정부위의 각 아미노산 위치별 빈도를 반영하여 모사한 서열을 설계하고; b) 상기 상보성 결정부위의 C 말단으로부터 3개의 아미노산 서열은 실제 인간유래 숙성 항체의 상보성 결정부위의 해당 3개 아미노산 서열의 위치별 빈도를 분석하여 계산된 빈도를 반영하여 모사한 서열을 설계하는 것이며; 상기 CDR-H3는 9개 내지 20개의 아미노산으로 이루어지고, 상기 빈도 분석은 각 길이별로 나누어 분석하며, 상기 CDR-H3 서열의 설계는 설계하고자 하는 CDR-H3의 길이와 동일한 아미노산 길이를 가지는 인간유래 숙성 항체의 상보성 결정부위 CDR-H3를 분석한 결과를 기반으로 설계하는 것인, 항체 라이브러리를 제작하는 방법. 제1항에 있어서, 상기 상보성 결정부위 아미노산 서열을 설계한 후 설계된 서열에서 N-당화, 이성질체화, 탈아미드화, 절단, 산화가 일어날 수 있는 서열을 배제하는 단계를 추가로 포함하는 것인, 항체 라이브러리를 제작하는 방법. 제1항에 있어서, 상기 상보성 결정부위 아미노산 서열을 설계한 후 설계한 서열을 폴리뉴클레오티드로 역번역한 후, 번역된 폴리뉴클레오티드 5' 및 3' 말단에 각각 해당하는 인간항체 생식계열(germline) 유전자의 가변영역 골격부위 서열을 연결한 올리고뉴클레오티드 서열을 설계하는 단계를 추가로 포함하는 것인, 항체 라이브러리를 제작하는 방법. 제1항에 있어서, 상기 항체는 VH3-23 (Genebank accession No. Z12347), VK3-A27 (Genebank accession No. X93639), VL1g(GenBank accession No. Z73663) 또는 이들의 단편으로부터 코딩되는 아미노산 서열을 포함하는 것인, 항체 라이브러리를 제작하는 방법. 제1항에 있어서, 상기 항체는 IgA, IgD, IgE, IgM, IgG, Fc 단편, Fab, Fab', F(ab') 2 및 Fv로 이루어진 군에서 선택된 것인, 항체 라이브러리를 제작하는 방법. 제3항에 있어서, 하기 1) 내지 6) 중 어느 하나 이상에 해당하는 것인, 항체 라이브러리를 제작하는 방법: 1) 상기 중쇄의 CDR-H1에 대한 생식계열 CDR 서열은 서열번호 54 내지 84의 아미노산 서열을 사용; 2) 상기 중쇄의 CDR-H2에 대한 생식계열 CDR 서열은 서열번호 85 내지 121의 아미노산 서열을 사용; 3) 상기 경쇄 CDR 설계에 사용하는 생식계열 CDR 서열로 카파 경쇄를 사용하고, 카파 경쇄의 CDR-L1에 대한 생식계열 CDR 서열은 서열번호 122 내지 145의 아미노산 서열을 사용; 4) 상기 경쇄 CDR 설계에 사용하는 생식계열 CDR 서열로 카파 경쇄를 사용하고, 카파 경쇄의 CDR-L2에 대한 생식계열 CDR 서열은 서열번호 146 내지 165의 아미노산 서열을 사용; 5) 상기 경쇄 CDR 설계에 사용하는 생식계열 CDR 서열로 람다 경쇄를 사용하고, 람다 경쇄의 CDR-L1에 대한 생식계열 CDR 서열로써 서열번호 166 내지 189의 아미노산 서열을 사용; 및 6) 상기 경쇄 CDR 설계에 사용하는 생식계열 CDR 서열로 람다 경쇄를 사용하고, 람다 경쇄의 CDR-L2에 대한 생식계열 CDR 서열은 서열번호 190 내지 209의 아미노산 서열을 사용. 제4항에 있어서, 하기 1) 내지 2) 중 어느 하나 이상에 해당하는 것인, 항체 라이브러리를 제작하는 방법: 1) 경쇄 CDR 설계에 사용하는 생식계열 CDR 서열로 카파 경쇄를 사용하고, 카파 경쇄의 CDR-L3에 대한 생식계열 CDR 서열은 서열번호 210 내지 236의 아미노산 서열을 사용; 및 2) 경쇄 CDR 설계에 사용하는 생식계열 CDR 서열로 람다 경쇄를 사용하고, 람다 경쇄의 CDR-L3에 대한 생식계열 CDR 서열은 서열번호 237 내지 252의 아미노산 서열을 사용. 제11항에 있어서, 상기 각 생식계열 CDR 서열의 사용빈도는 항체서열 데이터베이스의 분석을 통해 알아낸 자연인간항체에서의 각 생식계열 CDR 서열의 사용빈도를 모사한 것인, 항체 라이브러리를 제작하는 방법. 제12항에 있어서, 상기 각 생식계열 CDR 서열의 사용빈도는 항체서열 데이터베이스의 분석을 통해 알아낸 자연인간항체에서의 각 생식계열 CDR 서열의 사용빈도를 모사한 것인, 항체 라이브러리를 제작하는 방법. 제1항 내지 제14항 중 어느 한 항에 따른 방법에 의해 제조된 항체 라이브러리. |
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说明书全文 |
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골격형태 | 서열 |
(VH3-23)-linker-(Vk3-A27) | 5'-gaagtgcagctgctggaaagtggaggtggactggtgcagcctggcggcagcctgcgcctgagctgtgccgccagcggattcaccttcagc NNNNNNNNNNNNNNN tgggttcgccaagcacctggcaaaggcctggaatgggtg NNNNNNNNNNNNNNN cgctttaccatcagccgcgataacagcaaaaacaccctgtatctgcagatgaacagcctgcgcgccgaggacaccgcagtctactactgt NNNNNNNNNNNNNNN tggggacaaggtactctggtgaccgtgagcagc ggtggaggaggtagcggaggtggtggatctggaggtggaggtagt gaaatcgtgctgacccagagccctggcaccctgagcctgagccctggcgaacgcgcaacactgtcatgc NNNNNNNNNNNNNNN tggtatcagcagaaaccaggtcaggctccacgtctgctgatctat NNNNNNNNNNNNNNN ggcatccctgatcgcttctcaggatctggaagcggtaccgattttaccctgaccatcagccgcctggaacctgaggactttgccgtgtattattgt NNNNNNNNNNNNNNN ttcggtcagggcactaaagtggaaatcaaa-3' (서열번호 50) |
N'-EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFS XXXXX WVRQAPGKGLEWV XXXXX RFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAK XXXXX WGQGTLVTVSS GGGGSGGGGSGGGGS EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSC XXXXX WYQQKPGQAPRLLIY XXXXX GIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYC XXXXX FGQGTKVEIK-C' (서열번호 51) | |
(VH3-23)-linker-(Vl1g) | 5'-gaagtgcagctgctggaaagtggaggtggactggtgcagcctggcggcagcctgcgcctgagctgtgccgccagcggattcaccttcagc NNNNNNNNNNNNNNN tgggttcgccaagcacctggcaaaggcctggaatgggtg NNNNNNNNNNNNNNN cgctttaccatcagccgcgataacagcaaaaacaccctgtatctgcagatgaacagcctgcgcgccgaggacaccgcagtctactactgt NNNNNNNNNNNNNNN tggggacaaggtactctggtgaccgtgagcagc ggtggaggaggtagcggaggtggtggatctggaggtggaggtagt cagagcgtgctgacccagcctcctagcgcctccggtacaccaggacagcgcgtgactattagctgt NNNNNNNNNNNNNNN tggtaccagcaactgcctggaactgcacctaagctgctgatctat NNNNNNNNNNNNNNN ggcgtgcctgatcgctttagcggtagcaaatcaggcaccagcgccagcctggccatcagcggccttcgctccgaagatgaagccgattattattgt NNNNNNNNNNNNNNN tttggtggcggtaccaagctgaccgtgctg-3' (서열번호 52) |
N'-EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFS XXXXX WVRQAPGKGLEWV XXXXX RFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAK XXXXX WGQGTLVTVSS GGGGSGGGGSGGGGS QSVLTQPPSASGTPGQRVTISC XXXXX WYQQLPGTAPKLLIY XXXXX GVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYC XXXXX FGGGTKLTVL-C' (서열번호 53) |
상기 표의 핵산서열에서 N는 임의의 핵산, 아미노산 서열에서 X는 임의의 아미노산을 의미하고 밑줄친 부위가 CDR이고, 볼드체로 표시된 부위가 링커(연결부위)이다.
1-2. 항체 라이브러리 상보성 결정부위( CDR ) 서열 설계
상기의 항체 라이브러리의 골격에 다양한 상보성 결정부위(CDR) 서열을 삽입하여 scFv 항체 라이브러리를 제작하였다. 상보성 결정부위의 다양성은 알려진 인간항체들의 CDR 서열의 특성을 분석하고 시뮬레이션하여 인간항체 CDR과 유사한 서열적 다양성을 가지도록 설계되었다. 그 구체적인 방법은 다음과 같다.
- IMGT 데이터베이스 (http://imgt.org)로부터 8,846개의 인간 면역글로불린 중쇄 가변부위 (V H ), 3,110개의 카파 경쇄 가변부위 (V κ ), 2,440개의 람다 경쇄 가변부위 (V λ ) 서열을 다운로드하여 CDR 서열을 추출하였다.
다운로드한 가변부위 서열들은 각 가변부위의 3개의 CDR이 모두 존재하는, 서로 동일하지 않은 서열들이다. CDR을 추출하기 위하여 http://www.bioinf.org.uk/abs/index.html#cdrid 에 있는 규칙을 사용하였다.
- V-base(http://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/vbase/alignments2.php)에 있는 인간항체 생식계열(germline) 면역글로불린 유전자의 CDR 서열들과 상기 IMGT 데이터베이스에서 추출된 숙성(mature) CDR 서열들을 비교 분석하여,
(i) 각 숙성 CDR서열에 가장 가까운 생식계열 CDR 서열을 찾고, 이로부터 각 숙성 CDR에 일어난 돌연변이의 위치, 종류, 빈도를 확인하고 (ii) 각 생식계열 CDR이 숙성 인간항체에서 사용되는 빈도를 확인하였다.
본 발명의 라이브러리 중쇄 CDR 설계에 사용된 생식계열 CDR 서열로써, CDR-H1에 대한 생식계열 CDR 서열은 서열번호 54 내지 84의 아미노산 서열이며, CDR-H2에 대한 생식계열 CDR 서열은 서열번호 85 내지 121의 아미노산 서열을 사용하였다. 한편, CDR-H3의 설계에 있어서는 생식계열 CDR 서열을 사용하지 않고, 그 길이를 아미노산 9개 내지 20개로 하여, 길이별 빈도 및 각 위치에서의 아미노산 사용빈도가 자연인간항체 서열들의 CDR-H3의 길이별 빈도 및 각 위치에서의 아미노산 사용빈도를 모사하도록 하였다.
한편, 본 발명의 라이브러리 경쇄 CDR 설계에 사용된 생식계열 CDR 서열로, 람다 경쇄 또는 카파 경쇄를 가질 수 있으며, 카파 경쇄의 CDR-L1에 대한 생식계열 CDR 서열은 서열번호 122 내지 145의 아미노산 서열이고, 카파 경쇄의 CDR-L2에 대한 생식계열 CDR 서열은 서열번호 146 내지 165의 아미노산 서열이었다. 한편, 카파 경쇄의 CDR-L3에 대한 생식계열 CDR 서열은 서열번호 210 내지 236의 아미노산 서열이다.
한편, 본 발명의 람다 경쇄의 CDR-L1에 대한 생식계열 CDR 서열은 서열번호 166 내지 189의 아미노산 서열이고, 람다 경쇄의 CDR-L2에 대한 생식계열 CDR 서열은 서열번호 190 내지 209의 아미노산 서열이었다. 한편, 람다 경쇄의 CDR-L3에 대한 생식계열 CDR 서열은 서열번호 237 내지 252의 아미노산 서열이다.
- 재조합이 일어나지 않고 체세포 초돌연변이만 일어나는 중쇄 및 경쇄의 CDR1과 CDR2에 대해서 다음과 같은 작업을 수행하였다. 즉 컴퓨터를 이용한 시뮬레이션을 통하여, 인간 생식계열 CDR 서열에 가상의 돌연변이를 도입하여 인간유래 숙성 항체의 CDR과 유사한 서열 및 생식계열 CDR 사용빈도를 가지도록 CDR 서열들을 설계하였다. 각 CDR 별로 1,500개의 시뮬레이션된 서열들이 설계되었다.
- 재조합 및 체세포 초돌연변이가 일어나는 경쇄의 CDR3에 대하여, 카파 경쇄의 경우 첫 7개의 아미노산에 대해서 CDR1 및 CDR2에서와 동일한 작업을 수행하고, 끝의 2개 혹은 3개의 아미노산 서열은 숙성 인간항체의 카파 경쇄 CDR3에서의 아미노산 빈도를 모사하여 총 9개 혹은 10개 아미노산으로 이루어진 1,500개의 서열들을 설계하였다. 람다 경쇄의 경우 첫 7개 혹은 8개의 아미노산에 대하여 CDR1 및 CDR2에서와 동일한 작업을 수행하고, 끝의 2개 혹은 3개의 아미노산 서열은 숙성 인간항체의 람다 경쇄 CDR3에서의 아미노산 빈도를 모사하여 총 9개, 10개, 혹은 11개 아미노산으로 이루어진 1,500개의 서열들을 설계하였다.
-구체적으로, 대표적으로 수행했던 상기 CDR-L3 상보성 결정부위의 C 말단으로부터 2개 내지 3개의 아미노산 서열의 빈도수는 하기 표 2와 같았다.
아미노산 | CDR-L3(%) | ||||||||||||
카파 CDR-L3 길이 9 | 카파 CDR-L3 길이 10 | 람다 CDR-L3 길이 9 | 람다 CDR-L3 길이 10 | 람다 CDR-L3 길이 11 | |||||||||
8번째 | 9번째 | 8번째 | 9번째 | 10 번째 | 8번째 | 9번째 | 8번째 | 9번째 | 10 번째 | 9번째 | 10 번째 | 11 번째 | |
A | 0.4 | 2.5 | 1.2 | 0.0 | 0.4 | 12.8 | 0.6 | 3.7 | 2.5 | 1.0 | 13.2 | 1.2 | 0.6 |
C | 0.7 | 0.0 | 0.2 | 1.8 | 0.0 | 0.0 | 0.0 | 0.0 | 1.2 | 0.0 | 0.0 | 0.3 | 0.0 |
D | 0.4 | 0.1 | 0.2 | 0.8 | 0.0 | 0.6 | 0.0 | 2.9 | 0.2 | 0.0 | 0.8 | 0.5 | 0.0 |
E | 0.2 | 0.0 | 0.2 | 0.4 | 0.0 | 1.1 | 0.0 | 0.2 | 1.0 | 0.0 | 0.5 | 1.9 | 0.0 |
F | 7.2 | 0.0 | 0.4 | 10.1 | 0.0 | 0.0 | 0.0 | 1.2 | 3.4 | 0.0 | 2.9 | 0.8 | 0.0 |
G | 1.5 | 0.3 | 2.8 | 1.8 | 0.2 | 5.6 | 0.0 | 2.9 | 4.9 | 0.0 | 32.9 | 5.7 | 0.0 |
H | 2.1 | 0.1 | 0.4 | 1.4 | 0.2 | 0.6 | 0.0 | 4.7 | 0.7 | 0.0 | 26.5 | 0.2 | 0.0 |
I | 6.2 | 0.2 | 0.6 | 9.3 | 0.4 | 1.7 | 6.7 | 2.7 | 0.2 | 6.9 | 0.2 | 0.0 | 2.8 |
K | 0.2 | 0.0 | 0.2 | 0.4 | 0.0 | 1.7 | 0.0 | 0.7 | 0.0 | 0.0 | 0.1 | 0.3 | 0.0 |
L | 22.7 | 0.3 | 7.5 | 14.1 | 0.2 | 2.8 | 3.9 | 3.2 | 16.4 | 3.9 | 6.8 | 6.5 | 5.2 |
M | 0.1 | 0.1 | 2.8 | 0.0 | 0.2 | 0.6 | 0.0 | 0.0 | 0.5 | 0.0 | 0.0 | 0.4 | 0.0 |
N | 1.7 | 0.1 | 0.0 | 1.2 | 0.2 | 0.6 | 0.0 | 14.7 | 0.0 | 0.0 | 0.3 | 0.5 | 0.0 |
P | 7.6 | 0.3 | 59.4 | 0.0 | 0.0 | 1.1 | 0.0 | 2.2 | 0.5 | 0.0 | 2.5 | 8.9 | 0.0 |
Q | 4.9 | 0.0 | 2.0 | 0.0 | 0.0 | 6.7 | 0.0 | 0.7 | 1.2 | 0.0 | 1.3 | 1.7 | 0.0 |
R | 16.2 | 0.1 | 14.7 | 1.6 | 0.0 | 4.5 | 0.0 | 1.5 | 7.8 | 0.0 | 1.4 | 7.0 | 0.0 |
S | 0.8 | 2.8 | 4.4 | 1.2 | 4.0 | 0.6 | 0.0 | 8.1 | 0.7 | 0.0 | 2.9 | 2.7 | 0.0 |
T | 0.4 | 92.8 | 2.0 | 0.6 | 94.1 | 1.7 | 0.0 | 47.5 | 0.2 | 0.0 | 1.3 | 0.0 | 0.0 |
V | 1.1 | 0.3 | 0.6 | 3.8 | 0.0 | 42.5 | 88.8 | 0.5 | 25.2 | 88.2 | 2.3 | 29.7 | 91.4 |
W | 10.9 | 0.0 | 0.2 | 27.5 | 0.0 | 9.5 | 0.0 | 0.0 | 22.8 | 0.0 | 0.1 | 18.4 | 0.0 |
Y | 14.9 | 0.0 | 0.0 | 23.8 | 0.0 | 5.6 | 0.0 | 2.5 | 10.3 | 0.0 | 4.2 | 13.1 | 0.0 |
이에 따라, CDR-L3의 경우에는 생식계열 CDR 서열을 기반으로 앞쪽 7개(길이 11을 가지는 람다 경쇄 CDR-L3의 경우는 8개) 아미노산 서열을 고른 후, 그 후에 2 또는 3개의 아미노산을 상기 표 2의 빈도수를 기반으로 덧붙였다. 이는 VJ 재조합에 따라 CDR-L3의 C-말단 부위의 서열이 생식계열 서열에서 유래하지 않는 경우가 많고 불확정성이 높기 때문이다.
- 재조합 및 체세포 초돌연변이가 일어나는 중쇄의 CDR3에서는 VDJ 재조합 및 접합부위 유연성(junctional flexibility), P-첨가 (P-addition), N-첨가 (N-addition) 등의 기전에 의하여 생식계열 서열의 확인이 어려운 경우가 많으므로 다른 CDR 같은 분석이 불가하다.
이에 따라 길이별로 9개에서 20개의 아미노산 길이의 CDR-H3 서열을 분석하여, 각 길이의 각 위치에서의 아미노산 사용빈도를 분석하여 시뮬레이션하였다. 다만 마지막 3개의 아미노산 서열은 J 유전자로부터 유래하는 경우가 대부분이므로 각 CDR-H3 길이별로 자주 사용되는 최대 8개의 삼(3)아미노산 서열을 숙성항체에서의 사용빈도를 고려하여 설계하였다.
항원-항체반응에서 CDR-H3의 기여도는 다른 CDR들보다 더 크므로, 다른 CDR보다 많은 수의 CDR-H3 서열을 설계하였다. 한 번의 배열합성에 3,918개의 올리고뉴클레오티드 서열을 합성할 수 있어서, CDR-H3의 길이에 따라 짝수와 홀수로 나누어 각각 3,918개씩 총 7,836개의 서열을 설계하였다. 즉 CDR-H3의 길이가 9,11,13,15,17,19개인 것들을 함께 합성하고, 10,12,14,16,18,20개인 것들을 함께 합성하도록 설계하였다.
상기 서술한, 설계된 CDR들의 가짓수는 중복서열을 고려하지 않은 것으로, 실제 동일한 서열들이 중복되는 것을 제외하면 실제 고유 CDR은 하기 표 3와 같이 측정되었다.
CDR | H1 | H2 | H3 | K1 | K2 | K3 | L1 | L2 | L3 |
전체 | 1,500 | 1,500 | 1,500 | 1,500 | 1,500 | 1,500 | 1,500 | 1,500 | 1,500 |
고유 | 502 | 1,300 | 7,526 | 657 | 202 | 920 | 678 | 279 | 1,015 |
상기 CDR 부위의 설계에 대한 개념설명이 도 1에 제시되어 있다.
- 중쇄, 카파 경쇄, 람다 경쇄에 각각 3개씩의 CDR이 있으며, 총합 9개의 CDR이 있다. 이 중에 중쇄의 첫 번째 CDR (CDR-H1)과 카파 및 람다 경쇄의 두 번째 CDR (CDR-L2)를 제외한 나머지 CDR들은 인간유래 항체에서의 길이의 다양성이 크기 때문에, 다양한 길이를 가지도록 설계되었다. 구체적으로 중쇄의 CDR-H2는 16개 혹은 17개의 아미노산, 카파 경쇄의 CDR-L1은 11,12,16개의 아미노산, 람다 경쇄의 CDR-L1은 11,13,14개의 아미노산, 카파 경쇄의 CDR-L3은 9,10개의 아미노산, 람다 경쇄의 CDR-L3은 9,10,11개의 아미노산, 중쇄의 CDR-H3은 9개에서 20개의 아미노산을 가질 수 있도록 설계하였으며, 각 길이를 가지는 CDR 수의 비율은 인간유래항체에서의 각 길이의 비율을 따랐다.
1-3. 항체 라이브러리 상보성 결정부위( CDR ) 서열 배제 서열
CDR 서열의 설계시, 다음의 번역후 변형(post translational modification) 서열을 포함하는 것들을 배제하였다. 단백질의 번역후 변형은 단백질의 기능 및 물성에 영향을 줄 수 있으므로 항체 라이브러리의 설계시 가능한 한 배제하는 것이 유리하다.
- N-당화 (N-glycosylation) 서열, 즉 Asp-Xaa-Ser/Thr (Asp: 아스파라긴산, Xaa: 시스테인을 제외한 임의의 19종의 아미노산, Ser/Thr: 세린 혹은 트레오닌) 서열을 배제하였다.
- 이성질체화 (isomerization) 서열을 제외하였다. 단백질 내의 아스파라긴산은 수용액 상태에서 자발적으로 느리게 이소아스파라긴산(isoaspartic acid)으로 이성질체화할 수 있음이 알려져 있으며, 이 반응의 속도는 특히 아스파라긴산의 C-말단에 위치하는 아미노산 잔기에 의해 영향을 받는다. 이 잔기가 글리신일 경우 특히 이성질체화 속도가 빨라짐이 알려져 있으므로, 아스파라긴산-글리신 서열을 가지는 CDR 서열들을 배제하였다.
- 탈아미드화 (deamidation) 서열을 제외하였다. 단백질 내의 아스파라긴은 수용액 상태에서 자발적으로 느리게 아스파라긴산으로 탈아미드화할 수 있음이 알려져 있으며, 이 반응의 속도는 특히 아스파라긴의 C-말단에 위치하는 아미노산 잔기에 의해 영향을 받는다. 이 잔기가 글리신일 경우 특히 탈아미드화 속도가 빨라짐이 알려져 있으므로, 아스파라긴-글리신 서열을 가지는 CDR 서열들을 배제하였다.
- 절단(cleavage) 서열을 제외하였다. 단백질을 이루는 펩타이드 결합은 수용액 상태에서 서서히 절단되며, 특히 아스파라긴산-프롤린 서열에서 이러한 절단이 더 빠르게 일어나므로 아스파라긴산-프롤린 서열을 가지는 CDR 서열들을 배제하였다.
- 산화(oxidation) 서열을 제외하였다. 단백질을 이루는 아미노산 20종 중 여러 개가 산화적 변형을 일으킬 수 있음이 알려져 있으며, 특히 이 중에서 황을 포함하는 시스테인과 메티오닌이 상대적으로 쉽게 산화된다. 따라서 기본적으로 시스테인과 메티오닌이 포함된 CDR 서열들을 배제하되, 생식계열 유전자의 CDR 내에 이미 우세하게 존재하는 메티오닌의 경우는 배제하지 않았다. 구체적으로 중쇄의 CDR-H1의 34번 잔기나 CDR-H3의 100번 잔기가 이에 해당한다.
- 설계된 CDR의 아미노산 서열은 뉴클레오티드 서열로 역번역하였으며 CDR 서열의 양 옆에 항체 가변부위의 프레임워크 서열을 더하여 100개의 뉴클레오티드로 이루어진 올리고뉴클레오티드 서열들을 최종설계하였다. 총 19,836개의 서열을 설계하고, 이를 배열 합성(array synthesis)법을 통하여 올리고뉴클레오티드 혼합물의 형태로 합성하였다 (미국 텍사스주 휴스턴 소재 LC Sciences사).
합성된 올리고뉴클레오티드 혼합물에서 각 CDR들을 중합효소 연쇄반응(PCR)을 통해 증폭하였으며, 이 때 사용된 프라이머 조합을 하기 표 4에 개시하였다. PCR 조건은 다음과 같다: 섭씨 94도, 2분; (섭씨 94도, 30초/섭씨 56도, 30초/섭씨 72도, 30초) 25회 반복; 섭씨 72도, 7분. PCR 반응의 주형으로 1.6 나노그램의 올리고뉴클레오티드 혼합물이 사용되었으며, 프라이머는 각각 600 nM 농도이고 dNTP는 0.8 mM, 중합효소는 Taq (2.5 유닛), 반응 부피는 100마이크로리터이다. 반응 완료후 2% 아가로즈 젤에서 전기영동으로 분리한 후 약 100 염기쌍 (base pair, bp) 크기에 해당하는 DNA 밴드로부터 DNA를 추출, 정제한다.
CDR | 프라이머 | 서열 (5' -> 3') |
CDR-H1 | OPALS-h1-f (서열번호 1) | CAGCGGATTCACCTTCAGC |
OPALS-h1-b (서열번호 2) | AGGTGCTTGGCGAACCCA | |
CDR-H2 | OPALS-h2-f (서열번호 3) | GGCCTGGAATGGGTGAGC |
OPALS-h2-b (서열번호 4) | GCGGCTGATGGTAAAGCG | |
CDR-H3-odd/even | OPALS-h3-f (서열번호 5) | GGACACCGCAGTCTACTACT |
OPALS-h3-b (서열번호 6) | CACCAGAGTACCTTGTCCC | |
CDR-L1 카파 | OPALS-k1-f (서열번호 7) | CGCGCAACACTGTCATGC |
OPALS-k1-b (서열번호 8) | TGGAGCCTGACCTGGTTTC | |
CDR-L2 카파 | OPALS-k2-f (서열번호 9) | CCAGGTCAGGCTCCACGT |
OPALS-k2-b (서열번호 10) | ACCGCTTCCAGATCCTGAG | |
CDR-L3 카파 | OPALS-k3-f (서열번호 11) | CTGGAACCTGAGGACTTTG |
OPALS-k3-b (서열번호 12) | ACTTTAGTGCCCTGACCG | |
CDR-L1 람다 | OPALS-l1-f (서열번호 13) | GCGCGTGACTATTAGCTGT |
OPALS-l1-b (서열번호 14) | AGGTGCAGTTCCAGGCAGT | |
CDR-L2 람다 | OPALS-l2-f (서열번호 15) | GCCTGGAACTGCACCTAAG |
OPALS-l2-b (서열번호 16) | GCCTGATTTGCTACCGCTA | |
CDR-L3 람다 | OPALS-l3-f (서열번호 17) | CTTCGCTCCGAAGATGAAG |
OPALS-l3-b (서열번호 18) | GTCAGCTTGGTACCGCCA |
항체 라이브러리 제작의 골격으로 사용하기 위하여 코돈 최적화된 scFv 유전자들을 합성하였으며 (미국 뉴저지 주 피스카타웨이 시 소재 Genscript 사), 이 유전자들은 생식계열 유전자인 VH3-23와 VK3-A27, 또는 VH3-23과 VL1g가 (Gly-Gly-Gly-Gly-Ser) 3 의 연결부위로 연결된 scFv 유전자들로 pUC57 벡터에 클로닝되어있으며 파지미드 벡터로의 클로닝을 위해 pComb3X 벡터와 호환되는 두 개의 SfiI 제한효소 부위가 포함된다. 라이브러리 제작의 편의를 위하여, pUC57 벡터에 클로닝된 이 유전자들을 pComb3X 벡터로도 클로닝하여 PCR의 주형으로 사용하였다. 골격으로 사용하기 위한 용도이므로 이 유전자들은 서열적 다양성이 없는 단일서열들이며, 포유동물세포에서 발현이 향상되도록 코돈이 최적화되었으나 PCR 과정에서의 비특이적 어닐링(annealing)을 방지하기 위하여 아미노산 서열에 변화가 없는 범위에서 일부 최적화 DNA서열에 변화를 가하였다. 이들(cFv VH3-23_linker_VK3-A27, scFv VH3-23_linker_VL1g)의 서열은 각각 서열번호 19 및 서열번호 20에 개시하였다.
1-4. CDR 라이브러리 제작
코돈 최적화된 scFv 골격의 다양한 절편들을 PCR을 통하여 증폭하고, 이를 역시 PCR 증폭된 CDR 부위 DNA와 중첩연장(overlap extension) PCR을 통하여 연결함으로써 하나의 CDR에만 다양성을 가지는 단일 CDR 라이브러리들을 제작하였다.
PCR 조건은 위와 동일하며, 다만 섭씨 72 ℃에서의 연장 시간은 예측되는 DNA 절편 결과물의 길이에 따라 30초, 1분, 혹은 1분 30초로 조정하였다. 구체적으로 예측되는 길이가 500 염기쌍 이하인 경우는 30초, 500에서 1,000 염기쌍 사이인 경우는 1분, 1,000에서 1,500 염기쌍 사이인 경우에는 1분 30초의 연장 시간을 사용하였다. 이 과정들 및 이에 사용된 프라이머 서열들을 하기 표 5 및 표 6에 정리하였다.
산출물명 | DNA 주형 | 프라이머 | |
단일 CDR 라이브러리 제작을 위한 골격부위 PCR | |||
1 | VH3-23/VL1g-pUC57 | pUC57-b | OPALS-H1-rc-b |
2 | VH3-23/VL1g-pUC57 | pUC57-b | OPALS-H2-rc-b |
3 | VH3-23/VL1g-pUC57 | pUC57-b | OPALS-H3-rc-b |
4 | VH3-23/VL1g-pUC57 | pUC57-b | OPALS-L1-rc-b |
5 | VH3-23/VL1g-pUC57 | pUC57-b | OPALS-L2-rc-b |
6 | VH3-23/VL1g-pUC57 | pUC57-b | OPALS-L3-rc-b |
7 | VH3-23/VL1g-pComb3X | OPALS-H1-rc-f | pC3X-b |
8 | VH3-23/VL1g-pComb3X | OPALS-H2-rc-f | pC3X-b |
9 | VH3-23/VL1g-pComb3X | OPALS-H3-rc-f | pC3X-b |
10 | VH3-23/VL1g-pComb3X | OPALS-L1-rc-f | pC3X-b |
11 | VH3-23/VL1g-pComb3X | OPALS-L2-rc-f | pC3X-b |
12 | VH3-23/VL1g-pComb3X | OPALS-L3-rc-f | pC3X-b |
13 | VH3-23/VK3-A27-pComb3X | OPALS-K1-rc-f | pC3X-b |
14 | VH3-23/VK3-A27-pComb3X | OPALS-K2-rc-f | pC3X-b |
15 | VH3-23/VK3-A27-pComb3X | OPALS-K3-rc-f | pC3X-b |
26 | VH3-23/VK3-A27-pUC57 | pUC57-b | OPALS-K1-rc-b |
27 | VH3-23/VK3-A27-pUC57 | pUC57-b | OPALS-K2-rc-b |
28 | VH3-23/VK3-A27-pUC57 | pUC57-b | OPALS-K3-rc-b |
단일 CDR 라이브러리 제작 | |||
H1 | 1 + CDR-H1 + 7 | pC3x-b | pUC57-b |
H2 | 2 + CDR-H2 + 8 | ||
Odd | 3 + CDR-H3-odd + 9 | ||
Even | 3 + CDR-H3-even + 9 | ||
λ1 | 4 + CDR-L1-람다 + 10 | ||
λ2 | 5 + CDR-L2-람다 + 11 | ||
λ3 | 6 + CDR-L3-람다 + 12 | ||
κ1 | 26 + CDR-L1-카파 + 13 | ||
κ2 | 27 + CDR-L2-카파 + 14 | ||
κ3 | 28 + CDR-L3-카파 + 15 |
프라이머 | 서열(5'->3') |
OPALS-H1-rc-f (서열번호 21) | TGGGTTCGCCAAGCACCT |
OPALS-H2-rc-f (서열번호 22) | CGCTTTACCATCAGCCGC |
OPALS-H3-rc-f (서열번호 23) | GGGACAAGGTACTCTGGTG |
OPALS-L1-rc-f (서열번호 24) | ACTGCCTGGAACTGCACCT |
OPALS-L2-rc-f (서열번호 25) | TAGCGGTAGCAAATCAGGC |
OPALS-L3-rc-f (서열번호 26) | TGGCGGTACCAAGCTGAC |
OPALS-K1-rc-f (서열번호 27) | GAAACCAGGTCAGGCTCCA |
OPALS-K2-rc-f (서열번호 28) | CTCAGGATCTGGAAGCGGT |
OPALS-K3-rc-f (서열번호 29) | CGGTCAGGGCACTAAAGT |
OPALS-H1-rc-b (서열번호 30) | GCTGAAGGTGAATCCGCTG |
OPALS-H2-rc-b (서열번호 31) | GCTCACCCATTCCAGGCC |
OPALS-H3-rc-b (서열번호 32) | AGTAGTAGACTGCGGTGTCC |
OPALS-L1-rc-b (서열번호 33) | ACAGCTAATAGTCACGCGC |
OPALS-L2-rc-b (서열번호 34) | CTTAGGTGCAGTTCCAGGC |
OPALS-L3-rc-b (서열번호 35) | CTTCATCTTCGGAGCGAAG |
OPALS-K1-rc-b (서열번호 36) | GCATGACAGTGTTGCGCG |
OPALS-K2-rc-b (서열번호 37) | ACGTGGAGCCTGACCTGG |
OPALS-K3-rc-b (서열번호 38) | CAAAGTCCTCAGGTTCCAG |
pC3x-b (서열번호 39) | AACCATCGATAGCAGCACCG |
pUC57-b (서열번호 40) | TTCGCCATTCAGGCTGCG |
제작된 단일 CDR 라이브러리는 1% 아가로즈 젤 전기영동을 통해 분리 정제하였고, 이를 SfiI 제한효소로 섭씨 50 ℃에서 12시간 이상 처리하여 절단한 후, 역시 SfiI 제한효소로 같은 방식으로 절단한 pComb3X 파지미드 벡터와 라이게이션 하였다. 1 ㎍의 벡터와 1 ㎍의 scFv DNA를 T4 라이게이즈 1,000 유닛이 첨가된 50 ㎕의 T4 라이게이즈 완충용액에서 16시간 상온 반응하였다. 반응물에는 5 ㎕의 3M 아세트산 소듐 (pH 5.2)과 110 ㎕의 에탄올을 첨가하여 섭씨 영하 20 ℃에서 1시간 이상 DNA를 침전시키고, 침전된 DNA를 원심분리하여 차가운 70% 에탄올로 세척하고 20 ㎕의 멸균순수에 용해하였다. 이것을 ER2537 대장균에 전기천공법으로 트랜스폼하고 암피실린 항생제를 함유하는 배지에서 12 내지 16시간 배양하여 단일 CDR 라이브러리를 획득하였다.
단일 CDR 라이브러리를 제작한 목적은 합성된 CDR 올리고뉴클레오티드 내에 존재하는 뉴클레오티드의 삽입/결손/치환 등으로 일어나는 부정확하고 번역 조기종결(premature translational termination)을 일으키는 CDR 서열들을 제거하기 위해서이다. 단일 CDR 라이브러리가 형질전환된 대장균을 배양하고, 대수기(log phase)일 때 보조 파지와 카나마이신을 차례로 첨가 후 밤새 배양하여 파지 라이브러리를 얻었다. 이를 면역시험관(immunotube) 표면에 흡착된 항-HA 항체에 대하여 1회 패닝하여 HA-태그를 발현하는 파지 클론만을 선별하였다. HA-태그는 9개의 아미노산(YPYDVPDYA)으로 이루어진 짧은 펩타이드 서열로 pComb3X 파지미드 벡터의 SfiI 클로닝 위치의 3' 말단에 위치하며, 따라서 발현된 scFv 단백질의 C-말단에 존재하게 된다. 올리고뉴클레오티드의 화학적 합성법의 단계적 효율성은 완벽하지 않으므로, 합성된 CDR 올리고뉴클레오티드 중에는 번역 조기종결을 일으키는 삽입/결손/치환이 생긴 서열들이 다수 존재하게 되고, 이들을 포함하는 파지 클론들은 HA-태그를 가질 수 없으므로 패닝에 의해 제거된다. 결과적으로 이 과정을 통해 결함이 없는 CDR 서열들을 선별할 수 있다.
1-5. scFv 항체 라이브러리 제작
선별된 CDR 서열들은 전술한 조건에 따라 PCR을 통해 증폭되었고, 증폭된 DNA 단편들은 다시 중첩 연장 PCR을 통해 경쇄와 중쇄 가변부위로 조합되었다. 경쇄 가변부위에 연결부위를 중첩연장 PCR로 연결하고, 이를 다시 중쇄 가변부위와 중첩연장 PCR로 조합하여 최종적으로 scFv 유전자 라이브러리를 획득하였다. 본 최종 CDR 라이브러리를 제작하기 위한 PCR 과정을 도 2에 도식화하였다(도 2). 이 과정들 및 이에 사용된 프라이머 서열들을 하기 표 7 및 표 8에 정리하였다.
산출물명 | 주형 | 프라이머 | |
선택된 CDR과 연결부위의 증폭 | |||
VH-CDR1 | H1 | pC3x-f | OPALS-H2-rc-b |
VH-CDR2 | H2 | OPALS-H1-rc-f | OPALS-H3-rc-b |
VH-CDR3-odd | Odd | OPALS-H2-rc-f | OPALS-FR4-b |
VH-CDR3-even | Even | ||
VL-CDRλ1 | λ1 | OPALS-L1-f | OPALS-L2-rc-b |
VL-CDRλ2 | λ2 | OPALS-L1-rc-f | lFR3-b |
VL-CDRλ3 | λ3 | lFR3-f | pC3x-b |
Linker-λ | OPALS-lambda | OPALS-FR4-f | OPALS-L1-rc-b |
VL-CDRκ1 | κ1 | kFR1-f | OPALS-K2-rc-b |
VL-CDRκ2 | κ2 | OPALS-K1-rc-f | OPALS-K3-rc-b |
VL-CDRκ3 | κ3 | OPALS-K2-rc-f | pC3x-b |
Linker-κ | OPALS-kappa | OPALS-FR4-f | kFR1-b |
경쇄 및 중쇄 가변부위의 증폭 | |||
VH-Odd | VH-(CDR1+CDR2+CDR3-odd) | pC3x-f | OPALS-FR4-b |
VH-Even | VH-(CDR1+CDR2+CDR3-even) | ||
VL-Lambda | VL-(CDRλ1+λ2+λ3) | OPALS-L1-f | pC3x-b |
VL-Kappa | VL-(CDRκ1+κ2+κ3) | OPALS-K1-f | |
경쇄 가변부위와 연결부위의 연결 | |||
λ | VL-Lambda+linker-λ | OPALS-FR4-f | pC3x-b |
κ | VL-Kappa+linker-κ | ||
ScFv 라이브러리 제작을 위한 최종 PCR | |||
Oλ | VH-Odd+λ | pC3-seq | dp-seq |
Eλ | VH-Even+λ | ||
Oκ | VH-Odd+κ | ||
Eκ | VH-Even+κ |
프라이머 | 서열(5'->3') |
pC3x-f (서열번호 41) | GCACGACAGGTTTCCCGAC |
lFR3-f (서열번호 42) | CTGGCCATCAGCGGCCTTC |
lFR3-b (서열번호 43) | CTGGGTCAGCACGATTTC |
kFR1-f (서열번호 44) | GAAATCGTGCTGACCCAG |
kFR1-b (서열번호 45) | CTGGGTCAGCACGATTTC |
OPALS-FR4-f (서열번호 46) | CTGGTGACCGTGAGCAGC |
OPALS-FR4-b (서열번호 47) | GCTGCTCACGGTCACCAG |
pC3-seq (서열번호 48) | GTGAGCGGATAACAATTGA |
dp-seq (서열번호 49) | AGAAGCGTAGTCCGGAACG |
scFv 유전자 라이브러리는 전술한 방법대로 SfiI 제한효소로 절단하고 pComb3X 벡터에 라이게이션한 후 ER2537 대장균에 트랜스폼하여 scFv 라이브러리를 완성하였다. 구체적으로 CDR-H3의 아미노산 개수(길이)가 짝수인 것과 홀수인 것을 따로 제작하고, 카파 경쇄와 람다 경쇄를 따로 제작하여 이들을 PCR 조합하여 라이게이션-트랜스폼하였으므로 총 4개의 서브 라이브러리가 만들어졌다. 이를 각각 OL (odd-lambda), EL (even-lambda), OK (odd-kappa), EK (even-kappa) 라이브러리로 칭하였으며, 각각의 라이브러리로 형질전환된 박테리아 역가(titer), 즉 라이브러리의 크기가 1.3x10 8 , 1.4x10 8 , 1.9x10 8 , 3.7x10 8 로 총합 8.3x10 8 크기인 1차 라이브러리, 총합 10 10 에 이르른 2차 라이브러리를 제작하였다. 제작된 OL 라이브러리, EL 라이브러리의 서열비교를 도 5a에 표시하였으며, OK 라이브러리, EK 라이브러리의 서열비교를 도 5b에 표시하였다.
각 서브 라이브러리로부터 24개씩의 클론을 임의로 선택하여 그 박테리아를 배양하고, IPTG로 scFv 항체의 발현을 유도한 후 섭씨 30 ℃에서 밤새 배양하였다. 이로부터 수크로즈 완충용액을 이용한 삼투 충격법(osmotic shock)으로 페리플라즘 추출물(periplasmic extract)를 얻은 후 이것을 1 ㎕씩 니트로셀룰로즈 박막에 가하였다. 박막을 건조시킨 후 3% 탈지분유 완충용액에 담가 블로킹하고, 항 HA 항체-HRP(horseradish peroxidase)를 1시간 동안 결합시킨 후 세척하였다. 루미놀을 이용하여 HA-태그의 존재여부를 검출함으로써 scFv의 발현을 확인하였다 (도 3).
본 실시예 1의 항체 라이브러리 제조 단계를 도식화한 결과는 도 4에 정리하였다.
실시예 2: 서열 분석
제조된 라이브러리에 반영된 CDR 설계의 정확도를 측정하기 위해, 상기 라이브러리의 차세대 서열분석(Next generation sequencing, NGS)을 수행하였다. 수백만 개의 CDR 서열을 분석하고 설계 서열과 비교하였다(표 9).
CDR | H1 | H2 | H3 | K1 | K2 | K3 | L1 | L2 | L3 |
제조된 서열 수 (x 10 6 ) | 4.75 | 4.70 | 4.53 | 2.58 | 2.31 | 2.52 | 2.14 | 2.12 | 2.09 |
인프레임 % | 91.3 | 89.7 | 90.3 | 92.2 | 91.6 | 93.2 | 91.5 | 78.7 | 90.7 |
설계 길이 % | 89.4 | 88.4 | 85.6 | 87.1 | 82.3 | 90.7 | 84.6 | 56.2 | 89.4 |
설계 서열 % | 80.9 | 52.0 | 51.8 | 62.4 | 70.3 | 74.3 | 56.2 | 47.6 | 67.2 |
proofreading 전 인프레임% | 85.7 | 50.0 | 67.9 | 53.3 | 44.4 | 66.7 | 38.5 | 31.3 | 66.7 |
설계 커버리지 % | 100 | 100 | 97.3 | 99.8 | 100 | 99.9 | 100 | 100 | 100 |
비록 긴 CDR에 대해서는 고유 서열의 대부분이 전체 설계서열 중 오직 한번 또는 두번만 반복되도록 설계되어 정량 계수(r 2 )가 상대적으로 낮으나, 제조된 라이브러리에는 설계된 서열의 거의 전부가 커버된 것을 확인하였으며, 각 설계된 CDR 서열의 발생 빈도 또한 실제 라이브러리에 나타났다(도 6). 당연하게도, 해당 라이브러리는 제조 오류에 따라 어느 설계 서열과도 매칭되지 않은 저-빈도 CDR 서열을 많이 포함하고 있는 것으로 확인되었다. 이 중에는 핵산 첨가 또는 결실 등에 의해서 프레임 시프트가 일어난 비-기능(non-functional) 서열이 포함되어 있었다. 항-HA 항체를 이용한 단일-CDR 라이브러리의 proofreading 패닝을 통해서 비-기능 CDR 서열을 제거하였으며, proofreading 패닝 전에 활성 인프레임 CDR 서열의 비율은 31 내지 86 %인데 비하여, proofreading 패닝 이후에는 대략 90에서 93% 정도임을 확인하였다. 다만, CDR-L2만 약 79%에 불과했으나 이는 중첩 PCR의 부정확한 어닐링 때문이었던 것으로 사료된다. 설계된 길이에 비교한 CDR 서열의 비율은 약 82 내지 91 %(CDR-L2는 약 56%)였다.
종합적으로, V H , V κ , 및 V λ 서열의 약 75%는 종결 코돈없는 다양한 기능 도메인들이었고, 라이브러리에서 기능성 scFv 클론은 약 55%에 이르는 것으로 추정되었다. 이러한 추정은 무작위적으로 선택한 라이브러리 클론에 대한 닷-블랏 어세이 결과와 일치하였다. 닷-블랏을 위하여 셀렉션되지 않은 라이브러리로부터 무작위적으로 선택된 scFv 클론의 페리플라즘 추출물을 니트로셀룰로즈 막에 블랏팅을 하였고, 및 추출물 상의 수용성 발현 scFv의 존재를 C 말단의 HA 태그를 측정하여 확인하였다. 그 결과 수용성 발현 scFv 클론은 대략 60% 가량되었다(도 3).
NGS 데이터로부터 다양한 도메인 중에서 고유한 도메인이 분석되었다. 종결 코돈을 포함하지 않는 각 heavy, 카파 및 람다의 다양한 도메인 서열 약 1.3 x 10 6 개를 분석하였으며, V H 의 98%, V κ 의 89% 및 V λ 의 98%이 반복되지 않았다(도 7).
전체 서열 중에서 상이한 다양한 도메인 서열의 수의 %는 V H , V κ , 및 V λ 각각이 99%, 92% 및 99%였다. 한편, 이러한 수치를 기 보고된 다른 항체 라이브러리들의 CDR-H3에서의 고유도(uniqueness)인 97 내지 98%에 비교하였을 때, 셀렉션되지 않은 라이브러리 내의 scFv 클론 중에서 중복도는 그다지 심각하지 않음을 시사한다.
제조된 라이브러리에서 CDR 길이의 분포, 특히 CDR-H3 길이의 분포는 설계와 상이하였고, 긴 CDR에 비교해서 짧은 길이의 CDR이 현저히 높은 빈도로 나타났다(도 8). 이는 일부분 올리고뉴클레오티드 어레이 제조 과정에서 프레임 시프트가 일어나거나 조기 스탑 코돈이 도입되는 등의 부정확함 때문인 것으로 사료된다. 이러한 오류는 긴 CDR을 제조하는 동안에 더 자주 발생하고 그들 중 대부분은 항-HA-태그 항체를 이용한 단일 CDR 라이브러리 proofreading 패닝 동안에 제거되기 때문에, 라이브러리에서 긴 CDR이 더 많이 제거되는 원인일 것으로 사료된다. 또한, 짧은 CDR을 가진 scFv가 항-HA-태그 항체에 대한 패닝에 의해서 우선적으로 선별 및 증폭되었을 가능성도 있다.
라이브러리 CDR 서열과 자연 CDR 서열간의 유사도를 가장 가까운 생식 CDR 서열로부터 각 CDR 서열의 아미노산 변이 수를 분석하여 측정하였다. CDR을 자연 체세포 초돌연변이(SHM) 패턴을 시뮬레이션하여 설계되었기 때문에, 설계 서열은 자연 유사도가 매우 높을 것이 예상되었다. 이에 따라, 설계 CDR 서열과 자연 CDR 서열 간에 CDR 서열 당 평균 변이 횟수를 비교하였다(표 10).
CDR | H1 | H2 | K1 | K2 | K3 | L1 | L2 | L3 | ||||||||
길이 | 5 | 16 | 17 | 11 | 12 | 16 | 7 | 9 | 10 | 11 | 13 | 14 | 7 | 9 | 10 | 11 |
설계 | 0.75 | 2.14 | 2.55 | 1.0 | 1.18 | 1.85 | 0.47 | 0.73 | 0.65 | 1.03 | 1.10 | 0.98 | 0.61 | 0.83 | 1.18 | 0.70 |
비- 설계 | 1.84 | 4.30 | 3.67 | 2.77 | 3.44 | 3.82 | 2.01 | 1.55 | 1.45 | 2.82 | 3.22 | 2.75 | 1.85 | 1.67 | 2.11 | 1.45 |
자연 | 0.82 | 2.09 | 2.37 | 1.08 | 1.29 | 0.93 | 0.49 | 0.72 | 0.54 | 0.95 | 1.10 | 1.00 | 0.66 | 0.88 | 1.14 | 0.75 |
제조 오류에 의하여 설계 서열 중 어느 것과도 매치되지 않는 라이브러리 CDR(비-설계 CDR) 서열을 분석할 때, 가장 유사한 생식계열 CDR 서열로부터의 평균 아미노산 변이 수는 설계 CDR 서열의 평균 아미노산 변이 수에 비해서 평균 1 내지 2 아미노산만 차이났다. 이러한 결과는 라이브러리의 CDR 서열이 인간 생식 CDR 서열로부터 오직 적은 수의 변이만을 포함하고 있으며, 자연 인간 항체의 CDR 서열과 매우 유사함을 시사한다. CDR-H3에 대해, 각 위치의 아미노산 분포를 분석하였다 (도 9). 자연 인간 항체, 시뮬레이션된 레파토리 및 제조 라이브러리의 CDR-H3 사이에서 아미노산 분포 패턴이 유사함이 확인되었으며, 이는 라이브러리 CDR의 높은 자연-유사도를 보여주고 있다.
예측한 대로, 상기 CDR에서 바람직하지 않은 번역-후 수식(Post-translation modification, PTM) 모티프의 발생 빈도가 자연 인간 항체 CDR보다 현저히 낮았다. 다만, 각각 5개 및 7개의 아미노산으로 이루어져 짧고 자연 인간 항체에서 상대적으로 적은 PTM 모티프를 가지고 있는 CDR-H1 및 CDR-L2는 예외였다 (표 11).
모티프 | CDR | H1 | H2 | H3 | K1 | K2 | K3 | L1 | L2 | L3 |
Asp-Gly | 라이브러리 | 0.05 | 0.31 | 0.66 | 0.03 | 0.34 | 0.10 | 0.32 | 3.41 | 0.34 |
자연 | 0.08 | 10.79 | 6.45 | 6.03 | 0.32 | 0.09 | 0.28 | 0.30 | 1.98 | |
Asn-Gly | 라이브러리 | 0.04 | 0.62 | 0.32 | 0.05 | 0.63 | 0.12 | 0.60 | 4.51 | 0.32 |
자연 | 0.02 | 5.96 | 3.03 | 4.54 | 0.53 | 0.50 | 0.06 | 0.12 | 7.61 | |
Asp-Pro | 라이브러리 | 0.01 | 0.16 | 0.25 | 0.04 | 0.08 | 0.10 | 0.04 | 0.20 | 0.05 |
자연 | 0.00 | 2.40 | 10.13 | 0.00 | 0.04 | 0.14 | 0.11 | 0.00 | 0.66 | |
N-glyc | 라이브러리 | 0.66 | 1.91 | 2.77 | 1.35 | 1.46 | 1.00 | 1.97 | 0.94 | 1.30 |
자연 | 0.59 | 0.78 | 7.73 | 0.61 | 0.07 | 1.69 | 6.74 | 0.30 | 8.20 | |
Met | 라이브러리 | 0.35 | 1.03 | 1.80 | 0.90 | 0.55 | 0.29 | 1.78 | 0.70 | 1.70 |
자연 | 0.06 | 2.72 | 9.04 | 0.88 | 0.11 | 12.36 | 0.39 | 0.18 | 0.86 | |
Cys | 라이브러리 | 0.30 | 1.96 | 0.49 | 1.30 | 0.64 | 0.77 | 2.10 | 0.87 | 1.29 |
자연 | 0.35 | 17.50 | 1.46 | 0.92 | 0.18 | 1.19 | 0.61 | 0.24 | 1.98 | |
총 PTM | 라이브러리 | 1.36 | 5.44 | 5.87 | 3.60 | 3.58 | 2.32 | 6.16 | 10.48 | 4.81 |
자연 | 1.09 | 36.70 | 32.92 | 12.55 | 1.23 | 15.56 | 8.08 | 1.13 | 20.70 |
상이한 CDR에서 PTM 모티프는 독립적으로 발생하는 것으로 가정했을 때, 라이브러리의 scFv 서열에서 최소한 하나의 PTM 모티프 발생 확률이 대략 20 내지 30 %이고 70 내지 80%의 클론은 PTM 모티프 없는 것으로 추정된다. 이에 반해, 자연 유래의 경우에는 PTM 모티프를 가지지 않은 scFv의 비율이 24 내지 27 %에 불과하다.
실시예 3: 항원을 이용한 라이브러리 패닝 및 스크리닝
제조된 라이브러리는 이의 기능성을 확인하기 위하여, 4가지 항원에 대해서 패닝을 수행하였다. 플라스틱 표면에 고정된 항원에 대한 패닝을 4번 반복한 후 다수의 타겟-결합 scFv 클론들을 분리하였다. 3번째 또는 4번째 패닝으로부터 분리된 콜로니들을 ELISA를 통해 스크리닝하고, 양성 신호를 보이는 클론 중 일부를 서열분석하였다(표 12).
항원 | 패닝 횟수 | ELISA 양성 수/스크리닝 수 | 고유 서열/ 전체 분석 서열 | Kappa/lambda |
AIMP1 | 3 | 10/94 | 6/6 | 1/5 |
SerRS | 4 | 16/94 | 3/14 | 0/14 |
hEpCAM-ECD | 4 | 18/94 | 3/15 | 3/12 |
HER3-ECD | 4 | 46/188 | 6/16 | 8/8 |
HEW Lysozyme | 4 | 151/188 | 6/13 | 1/12 |
테스트된 항원의 숫자와 서열분석된 클론의 수가 경쇄 클래스 선호성을 일반화하기에는 충분하지 않았으나, 분리된 클론의 대부분은 람다 경쇄 클래스(lambda light chain class)였다. 파지 항체 라이브러리로부터 특정 경쇄 패밀리/클래스를 가지는 클론에 대한 우선 셀렉션(preferential selection)이 기존에 알려졌으며, 특정 V H -V L 도메인의 선호 우선 쌍(preferential pairing)과 서브-라이브러리의 기능 길이상 차이에 기여하였다. 커다란 자연 scFv 라이브러리의 항원-유래 파지 표시 셀렉션 이후에 람다 경쇄 강한 선호성도 알려졌으며, 이는 람다 쇄 선호성이 특정 항체 라이브러리의 특징이라기 보다 scFv 라이브러리의 파지 표시 셀렉션의 보편적인 현상임을 시사한다.
라이브러리로부터 분리된 ELISA-양성 scFv 클론 중 일부의 결합 에너지를 SPR을 이용하여 분석하였다 (표 13).
항원-클론 | K on (M -1 s -1 ) | K off (s -1 ) | K D (M) |
HER3-G3 | 6.8 x 10 5 | 2.8 x 10 -3 | 4.2 x 10 -9 |
HER3-C5 | 1.2 x 10 5 | 1.0 x 10 -3 | 8.1 x 10 -9 |
HER3-D11 | 7.8 x 10 4 | 5.3 x 10 -3 | 6.8 x 10 -8 |
HEWL-B6 | 1.1 x 10 5 | 5.3 x 10 -3 | 4.8 x 10 -8 |
HEWL-F8 | 5.8 x 10 4 | 1.9 x 10 -3 | 3.3 x 10 -8 |
HEWL-B2 | 1.1 x 10 6 | 3.0 x 10 -3 | 2.8 x 10 -9 |
HEWL-G7 | 1.4 x 10 5 | 3.2 x 10 -3 | 2.4 x 10 -8 |
SRS-A3 | 2.7 x 10 4 | 1.8 x 10 -3 | 6.7 x 10 -8 |
SRS-C4 | 9.5 x 10 4 | 1.3 x 10 -3 | 1.4 x 10 -8 |
SRS-D8 | 6.5 x 10 4 | 1.4 x 10 -3 | 2.2 x 10 -8 |
3개의 상이한 항원에 대한 10개의 scFv들에 대한 해리 상수 ( K d)가 10 -9 내지 10 -7 M 범위로 측정되었다.
셀렉션되지 않은 라이브러리의 NGS 결과를 패닝 이후에 라이브러리로부터 선택된 고유 scFv의 서열과 비교하였다. 패닝 과정이 설계된 CDR 서열의 비율 또는 CDR 잔기당 평균 변이 횟수를 현저히 바꿔주는 것은 아닌 것으로 나타났다 (표 14).
CDR 또는 FR | H1 | H2 | H3 | K1 | K2 | K3 | L1 | L2 | L3 | V H FR | V κ FR | V λ FR |
셀렉션 전 서열 중 설계된 서열의 비율(%) | 80.9 | 52.0 | 51.8 | 62.4 | 70.3 | 74.3 | 56.2 | 47.6 | 67.2 | |||
셀렉션 후 서열 중 설계된 서열의 비율(%) | 92.0 | 48.3 | 64.5 | 57.1 | 60.0 | 83.3 | 60.0 | 60.0 | 60.0 | |||
잔기당 평균변이수 셀렉션 전 | 0.21 | 0.18 | N/A | 0.13 | 0.11 | 0.06 | 0.11 | 0.12 | 0.13 | 0.0067 | 0.0144 | 0.0187 |
잔기당 평균변이수,셀렉션 후 | 0.17 | 0.17 | N/A | 0.14 | 0.10 | 0.09 | 0.14 | 0.11 | 0.10 | 0.0018 | 0.0019 | 0.0046 |
올리고뉴클레오티드 합성 또는 PCR 과정에서의 오류에 의한 추가적인 CDR 다양성은 라이브러리의 다양성에 큰 영향을 주지 않음을 확인할 수 있다. 한편, 골격부위(framework region, FR)에서 변이 빈도가 패닝 셀렉션 이후에 감소하는 것을 확인하였다.
실시예 4: 라이브러리 구체적 구축 확인
상기 실시예 1-5을 통한 항체 라이브러리의 구축을 검증하기 위하여, scFv의 서열을 분석하였다. 각 서브 라이브러리로부터 임의의 클론들을 선택하고 scFv 유전자를 PCR 기법으로 증폭한 후, DNA를 정제하여 서열분석을 의뢰하였다. 서열분석 결과가 도 5에 제시되어 있으며, 설계한 대로 다양한 서열과 길이를 가지는 CDR들이 라이브러리를 이루는 scFv 클론들에 도입되어 있음을 확인할 수 있다.
구체적인 서열분석 결과, 18개의 scFv 서열들 중 절단(아스파라긴산-프롤린)서열이 PCR 오류로 도입된 1건을 제외하면 배제하고자 하였던 번역후 변형 서열들이 존재하지 않는 것을 확인하였다. 이에 비하여 인간유래 숙성항체의 각 CDR에서의 이러한 번역 후 변형을 유발할 수 있는 서열들의 존재비율을 분석한 결과 중쇄의 CDR-H1에서 5.7%, CDR-H2에서 39.7%, CDR-H3에서 34.5%, 카파 경쇄의 CDR-L1에서 12.6%, CDR-L2에서 0.6%, CDR-L3에서 15.9%, 람다 경쇄의 CDR-L1에서 8.3%, CDR-L2에서 6.4%, CDR-L3에서 24.0% 발견되었다. 이로부터 설계의도대로 번역후 변형이 최소화될 수 있는 항체 라이브러리가 구축되었음을 확인하였다.
형질전환된 대장균 라이브러리를 배양하고 VCSM13 보조 파지(helper phage)로 감염시켜 scFv 클론이 표면제시된 항체파지 라이브러리를 얻었다 (HYYang et al., Mol. Cells 2009, 27, 225-235). 이 라이브러리는 1 ㎖ 당 10 12 이상의 콜로니형성단위 (colony forming unit, CFU)를 포함한다. 이를 사용하여 라이소자임(Hen egg white lysozyme, HEWL) 및 AIMP1(101-192) 항원에 대하여 항원특이적 항체를 선별하는 패닝 실험을 통해 아래와 같이 항체파지 라이브러리의 기능성을 검증하였다. 이후 면역시험관(immunotube)에 10 μg/ml 농도의 항원 용액을 첨가하여 1시간동안 시험관 표면에 단백질을 흡착시킨 후 탈지분유 3% 완충용액을 시험관에 첨가하여 항원이 흡착되지 않은 표면을 보호하였다.
상기 시험관을 비운 후 여기에 탈지분유 3% 완충용액에 분산된 10 12 CFU의 항체파지 라이브러리를 넣어 1-2 시간 동안 항원과 결합시켰다. 비특이적으로 결합한 파지를 TBST (tris buffered saline - tween20) 용액으로 3회 씻어낸 후, 남아있는 항원특이적 파지 항체를 100 mM 트리에틸아민 용액을 이용하여 용리하였다.
상기 용리된 파지를 1.0M 농도의 Tris-HCl 버퍼 (pH 7.8)로 중화시킨 후 ER2537 대장균에 37 ℃에서 1시간 감염시키고, 감염된 대장균을 암피실린과 2% 포도당을 함유하는 LB (Luria-Bertani) 한천배지에 도포하여 37 ℃에서 배양하였다.
다음날 배양된 대장균을 5 mL의 SB (super broth) 배양액에 현탁하고 15% 글리세롤을 첨가하여 -80 ℃에 보관하고, 50 ㎕를 20 mL의 SB-암피실린 용액에 접종하여 37 ℃에서 배양하였다.
상기 배양액의 600 나노미터 광선의 흡광도가 0.5가 되면 10 11 PFU (플라크 형성단위)의 VCSM13 보조파지를 넣고 서서히 교반하며 37 ℃에서 배양하였다. 1시간 후 카나마이신 70 μg/ml을 첨가하고 30 ℃에서 빠르게 교반하며 (220 rpm) 밤새 배양하였다. 다음날 배양액을 원심분리한 후, 상층액에 5 ㎖의 5x PEG 침전용액 (20% w/v PEG8000, 15% w/v NaCl)을 넣어 혼합하였다. 혼합액을 얼음에서 30분 이상 두어 파지를 침전시키고, 이를 원심분리하여 300 ㎕의 PBS에 분산시켰다. 다시 파지 용액을 원심분리하여 맑은 상층액만 취하고, 여기에 700 마이크로리터의 3% 탈지분유 완충용액을 섞고 이를 이용하여 위의 패닝 과정을 반복함으로써 항원특이적 클론을 농축시켰다. 3 내지 4회 정도의 반복적인 패닝 후 항체유전자를 포함하는 대장균을 암피실린과 2% 포도당을 함유하는 LB 한천배지에 도포, 배양하여 단일 콜로니들을 얻고, 이를 200 ㎕ SB-암피실린 용액에 접종, 배양한 후 IPTG로 유도하여 scFv 단백질을 대장균의 페리플라즘(periplasm)에서 발현유도하였다.
대장균으로부터 수크로즈 완충용액을 이용한 삼투 충격법(osmotic shock)으로 페리플라즘 추출물(periplasmic extract)를 얻은 후, 이를 ELISA 기법을 사용하여 항원과 scFv와의 결합을 확인하는 데 사용하였다 (HYYang et al., Mol. Cells 2009, 27, 225-235). 결합한 scFv는 항-HA 항체-HRP와 테트라메틸벤지딘(TMB) 기질을 이용하여 검출하였다. 이로부터 확인된 항원특이적 항체 클론은 염기서열 분석법을 통해 분석하였다.
HEWL 항원에 대하여 188개의 클론들을 ELISA로 스크리닝하여 배경신호 대비 3배 이상의 결합신호를 보이는 ELISA 양성 클론들을 150개 확인하였으며 이 중 16개를 서열분석하여 5개의 고유 서열을 발견하였다. AIMP1(101-192)에 대하여 94개의 클론들을 ELISA로 스크리닝하여 배경신호 대비 3배 이상의 결합신호를 보이는 ELISA양성 클론들을 18개 확인하였으며 이 중 5개를 서열분석하여 2개의 고유 서열을 발견하였다.
상기 내용을 종합하면, 본 발명에 의해 제조된 항체 라이브러리는 다수의 항원에 대해 우수한 물성을 가지는 항체들을 포함하여, 기능적 다양성을 가질 뿐 아니라 고유서열을 다수 포함하는 등 항체 라이브러리로써 유용하게 사용될 수 있음을 확인하였다.
이상의 설명으로부터, 본 발명이 속하는 기술분야의 당 업자는 본 발명이 그 기술적 사상이나 필수적 특징을 변경하지 않고서 다른 구체적인 형태로 실시될 수 있다는 것을 이해할 수 있을 것이다. 이와 관련하여, 이상에서 기술한 실시예들은 모든 면에서 예시적인 것이며 한정적인 것이 아닌 것으로서 이해해야만 한다. 본 발명의 범위는 상기 상세한 설명보다는 후술하는 특허 청구범위의 의미 및 범위 그리고 그 등가 개념으로부터 도출되는 모든 변경 또는 변형된 형태가 본 발명의 범위에 포함되는 것으로 해석되어야 한다.
<110> Ewha University - Industry Collaboration Foundation <120> Novel method for generating a antibody library and the generated library therefrom <130> KPA141431-KR-P1 <150> KR 10-2015-0006358 <151> 2015-01-13 <160> 252 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> OPALS-h1-f <400> 1 cagcggattc accttcagc 19 <210> 2 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> OPALS-h1-b primer <400> 2 aggtgcttgg cgaaccca 18 <210> 3 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> OPALS-h2-f primer <400> 3 ggcctggaat gggtgagc 18 <210> 4 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> OPALS-h2-b primer <400> 4 gcggctgatg gtaaagcg 18 <210> 5 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> OPALS-h3-f primer <400> 5 ggacaccgca gtctactact 20 <210> 6 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> OPALS-h3-b primer <400> 6 caccagagta ccttgtccc 19 <210> 7 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> OPALS-k1-f 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