How to order the orders for products and services, and acceptance, and to satisfy

関連出願との相互参照 本出願は、２００２年１月２５日出願の米国仮出願第６０／３５２，０３９号、２００２年１月２８日出願の米国仮出願第６０／３５２，３５６号、２００２年４月１日出願の米国仮出願第６０／３６９，１２７号、２００２年４月３日出願の米国仮出願第６０／３６９，６５７号、２００２年４月９日出願の米国仮出願第６０／３７０，９２１号、２００２年４月２６日出願の米国仮出願第６０／３７６，１７１号、２００２年５月６日出願の米国仮出願第６０／３８０，０５７号、２００２年５月２８日出願の米国仮出願第６０／３８３，６２７号、２００２年５月２９日出願の米国仮出願第６０／３８３，９５４号、２００２年６月２１日出願の米国仮出願第６０／３９０，７０８号、２００２年７月５日出願の米国仮出願第６０／３９４，１１５号および２００２年７月３１日出願の米国仮出願第６０／３９９，８６０号（これらの全てが、本明細書中でこれらの全体において参考として援用される）に対する優先権を主張する。

（分野）
本出願は、製品およびサービスを配布する方法に関し、より詳しくは、製品およびサービス、特にバイオテクノロジーによる製品およびサービスに対する注文を発注し、受理し、および充足する方法に関する。

（背景）
他種のゲノム配列決定とともにヒトゲノムの最初の概略版が完了して、膨大な量のゲノム源データが利用可能になっている。 このデータによって、遺伝子発現の広範な研究ならびに一塩基多型およびその疾病条件とのつながりの研究が可能になっている。 しかし、これらおよび他の研究は、研究者が実験的アッセイ用のプローブおよびプライマの設計にかなりの時間、金、および手作業を費やす必要により制約されてきた。 一旦設計されると、研究者はプローブおよびプライマを合成し、あるいはそれらをオリゴヌクレオチド合成施設またはサービスに注文し得る。 個々の研究者が特定の実験につながる仕事のそれぞれを完了するために必要な時間的制約を考慮すれば、限られた数の研究しか実行できない。 それゆえ、プロープおよびプライマの設計、製造、および検証サービスの総合的な提供者は、研究者にとって非常に価値あるものであろう。

（要約）
従って、本発明者らは、アッセイを注文するウェブ上のシステムを開発することに成功した。 このシステムは、種々の実施形態において、プローブおよびプライマを含み得る。 種々のこれらのシステムに含まれるのは、設計、製造、および検証手順を経たプローブおよびプライマを注文するシステムである。 これらの種々のシステムのいくつかにおいては、注文されたプローブおよびプライマは、配達されるアッセイの製造に関連する種々のパラメータの詳細を示す情報とともに、研究者に配達される。

従って、本発明の種々の構成においては、一つ以上の一塩基多型（ＳＮＰ）の存在または非存在のような構造的ゲノム情報、および一つ以上の遺伝子の発現または発現量のような機能的ゲノム情報の取得に有用なアッセイを、消費者に供給する方法が提供され得る。 それ自体として、アッセイは、生物試料中の遺伝子物質の存在または発現を検出するために構成され得る。 本方法は、ストックアッセイの注文を受けるために構成されたウェブ上のユーザインターフェースを提供する工程、カスタムアッセイの設計の依頼を受け、前記のアッセイを注文するために構成されたウェブ上のユーザインターフェースを提供する工程、および消費者によって発注される一つのカスタムまたはストックアッセイの注文に応じた、少なくとも一つのカスタムまたはストックアッセイの消費者へ配達する工程を包含する。 特定の他の局面においては、本発明はまた、遺伝物質の存在または発現を検出するために構成されたアッセイを消費者に提供するシステム、およびシステムを構築する方法に指向され得る。

上記に記載される本発明の種々の構成においては、本方法はさらに、ストックアッセイおよびカスタムアッセイのどちらかあるいは両方の選択にあたり、消費者を支援する情報を提供するために構成されたウェブ上の遺伝子探索プラットフォームを提供する工程を包含する。

本発明はまた、種々の構成において、遺伝物質を識別するために提供される検索手段を含み得る。 検索手段は、消費者による選択のために、遺伝子構造または機能を識別する一つ以上のパラメータを提供し得る。 遺伝物質の存在または発現を検出するアッセイは、ＳＮＰを検出するアッセイまたは発現される遺伝子を検出するアッセイを含み得る。 種々の構成においては、注文するインターフェースは、注文されるアッセイの対象となるＳＮＰまたは発現される転写物に関する基準を受けるために構成され得る。

ウェブ上のユーザインターフェースによって提供されるストックＳＮＰアッセイは、いくつかの構成においては、多数のＳＮＰアッセイを含み、たとえば、少なくとも４０，０００対のＳＮＰ対立遺伝子を検出するための、少なくとも４０，０００のＳＮＰアッセイ、または少なくとも１００，０００対のＳＮＰ対立遺伝子を検出するための、少なくとも１００，０００のＳＮＰアッセイを含み得る。 いくつかの構成においては、注文され得るＳＮＰアッセイは、遺伝子領域に位置することが公知のＳＮＰのアッセイであり得る。 いくつかの構成においては、検出可能であり得るＳＮＰは、約１０キロ塩基（ｋｂ）の間隔で位置され得る。 またいくつかの構成においては、ＳＮＰは集団（ヒトの集団であってもよいが、必ずしもヒトの集団には限られない）中に約１０％の小数対立遺伝子頻度を有する。

ウェブ上のユーザインターフェースによって提供されるストック遺伝子発現アッセイは、いくつかの構成においては、少なくとも約１０，０００以上の発現された遺伝子のアッセイを含み得る。 特定の構成においては、複数エキソン遺伝子の遺伝子発現アッセイは、ゲノムＤＮＡの増幅を排除するために、エキソン−エキソン境界上に位置するように設計されるプローブおよびプライマで作製され得る。

本発明のいくつかの構成においては、ＳＮＰアッセイおよび遺伝子発現アッセイに対して、製造前品質管理および製造後品質管理の一方または両方が提供され得る。 製造前品質管理は、一つ以上の処理前選択、プライマおよびプローブの設計、およびインシリコ（ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ）品質管理の実施を含み得る。 ＳＮＰアッセイの場合には、製造前管理は、ＳＮＰも反復配列もまったく含み得ない最適配列領域の識別を含み得る。 遺伝子発現アッセイの場合において、いくつかの構成における最適配列領域は、それを検出するためにアッセイが設計されるＳＮＰを除いてはＳＮＰをまったく含まず、そして反復配列をまったく含まない。 いくつかの構成においては、プライマおよびプローブの設計は、上記に定義される非最適領域の回避、ならびに設計されるアッセイのためにＰＣＲ反応条件を最適化する仕様の使用を含み得る。 このような仕様は、Ｔ _ｍ 、ＧＣ含量、緩衝液および塩条件、アッセイ中のオリゴヌクレオチド濃度、オリゴヌクレオチドの低二次構造、アンプリコンサイズならびにプライマ−二量体形成の低発生率のアッセイ値を含む。 インシリコ品質管理によって、プローブおよびプライマは、標的配列に適合するが、ゲノムまたは他の転写物中の他の配列とは適合しないことが確実になり得る。

いくつかの構成において提供される製造後品質管理は、合成収率試験、分析品質管理試験、機能試験、および検証試験の一つ以上を含む。

いくつかの構成においては、アッセイは、データシートと一緒に発送され得る。 データシートは、ハードコピーデータシートまたは電子データシート、あるいは両方であり得る。 電子データシートは、ＣＤ−ＲＯＭの形態または他の適切な機械読み取り可能形態である。 いくつかの構成においては、発送されるアッセイは、識別子によって識別される。 識別子は、二次元（２−Ｄ）バーコード、およびアッセイ識別番号を含み得る。 特定の構成におけるアッセイ構成部品では、単一管中に二つのプライマおよびＴａｑＭａｎ(登録商標)プローブを含む。 ＳＮＰアッセイの場合には、二つのプライマーと二つのＴａｑＭａｎ(登録商標)プローブ、すなわち、各対立遺伝子に対して一つのＴａｑＭａｎ(登録商標)プローブ、が含まれ得る。 いくつかの構成においては、アッセイを実施するＰＣＲ試薬もまた管の中に含む。

特定の構成においては、本発明は、アッセイキットを提供する。 キットは、ゲノム物質の存在または発現を検出する少なくとも一つのアッセイを含む。 キットはまた、Ｅ−データシート、アッセイ情報ファイル、または少なくとも一つの印刷されたデータシート、またはそれらの組合せを含む情報源を含む。

本発明の種々の構成はまた、少なくとも一つのＳＮＰ遺伝子型解析アッセイおよび遺伝子発現アッセイの注文に有用な提出ファイルを作成する方法も提供する。 この方法は、（ａ）受取人識別、（ｂ）アッセイ量、および（ｃ）少なくとも一つの標的配列、に関する情報を消費者から受けるために構成された、グラフィカルユーザインターフェースを提供する工程、標的配列に関する情報の少なくとも一部分を電子的に検証する工程、ならびに受取人情報、アッセイ量、および標的配列に関する情報をフィルに保存する工程を包含し、ここで標的配列に関する情報は検証された情報を含む。

本発明の種々の構成はまた、ゲノム製品およびサービスを消費者に提供する。 提供される製品およびサービスは、生物試料中の遺伝物質の存在または発現を検出するために用いられ得る。 システムは、生物試料中の遺伝物質の少なくとも一つの存在または発現に関する第一情報源、遺伝物質の分析のための製品およびサービスに関する第二情報源、および第一情報源および第二情報源と連絡するインターフェースシステムを含む。 システムは、消費者による前記の第一情報源への問い合わせに応えて、特定のプロセスおよびサービスを消費者に推薦し得る。

種々の構成において、本発明は、一つ以上のカスタムアッセイの設計依頼、および前記のカスタムアッセイの注文を受け、消費者によって発注される前記の少なくとも一つのカスタムアッセイの注文に応えて、単一の管中の少なくとも一つのカスタムアッセイを消費者に配達するために構成された、ウェブ上のユーザインターフェースを提供し得、前記のアッセイは、少なくとも一つのプローブ、順方向プライマーおよび逆方向プライマーを含む。

種々の構成においては、本発明はまた、一つ以上のストックアッセイの注文を受け、消費者によって発注される前記の少なくとも一つのストックアッセイの注文に応えて、単一の管中の少なくとも一つのストックアッセイを消費者に配達するために構成された、ウェブ上のユーザインターフェースを提供し得、前記のアッセイは、少なくとも一つのプローブ、順方向プライマーおよび逆方向プライマーを含む。

本発明はまた、一つ以上のストックアッセイの注文を受けるために構成されたインターフェース、一つ以上のカスタムアッセイの注文を受けるために構成されたインターフェース、ストックアッセイおよびカスタムアッセイの一方または両方の選択において、ユーザを支援する情報を提供するために構成された、遺伝子探索プラットフォーム、を提供するために構成されたウェブポータルを提供する。

（詳細な説明）
（定義）
対立遺伝子。 特定の染色体位置（遺伝子座）における遺伝子またはＤＮＡ配列のいくつかの選択形の一つ。 個体は、各常染色体遺伝子座に二つの対立遺伝子を有し、一つは父親から遺伝し、一つは母親から遺伝する。

対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）。 多くの場合、約２０塩基の長さの合成オリゴヌクレオチドであって、特異的標的配列とハイブリッド化し、注意深く制御された条件下では、そのハイブリッド化は一つの塩基対の不適合によって妨害され得る。 ＡＳＯは、しばしば、標識化され、対立遺伝子特異的ハイブリッド化プローブとして用いられ得る。 ＡＳＯはまた、ある種のＰＣＲ適用においては、対立遺伝子特異的プライマとして働くように設計され得る。

対立遺伝子会合。 二つ以上の近接遺伝子座における特定の対立遺伝子間の任意の顕著な会合。

代替的スプライシング。 単一の遺伝子から一つより多い産物をつくる、異なる組のエキソンの天然の用法。

アッセイ。 多数の核酸アッセイシステムの任意の一つ（総説については、クリッカ（Ｋｒｉｃｋａ）著、アナールズ・オブ・クリニカル・バイオケミストリー（Ａｎｎ Ｃｌｉｎ Ｂｉｏｃｈｅｍ）、３９巻、１１４−１２９頁、２００２年、シ（Ｓｈｉ）著、クリニカル・ケミストリー（Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．）、４７巻、１６４−１７２頁、２００１年、ベイナー（Ｂａｎｅｒ）ら著、カレント・オピニオン・イン・バイオテクノロジー（Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．）、１２巻、１１−１５頁、２００１年、ウィットウアー（Ｗｉｔｔｗｅｒ）らの米国特許第６１７４６７０号、２００１年を参照のこと）。 さまざまな実施形態において、アッセイは、たとえば、一つ以上のプローブおよび／または順方向プライマおよび逆方向プライマを構成するオリゴヌクレオチドの、核酸塩基ポリマーを含み得る。 アッセイは、ＳＮＰの存在、遺伝子の発現または遺伝子の発現レベルを検出するように構成され得る。 タックマン（ＴａｑＭａｎ（登録商標））手順を用いるとき、アッセイはタックマン（ＴａｑＭａｎ（登録商標））プローブ、順方向プライマおよび逆方向プライマを含む。 「カスタムアッセイ」および「ストックアッセイ」も参照のこと。

Ａｌｕ反復（または配列）。 ヒトゲノム中に分散した約７５０，０００の配列のファミリーの一つであり、７ＳＬ ＲＮＡ遺伝子起源と考えられている。

アンプリコン。 標的部位の周りでの順方向プライマおよび逆方向プライマの対形成により定まる領域。

アンチコドン。 ｍＲＮＡ中の相補的なコドン配列に特異的に結合する、ｔＲＮＡ分子中の三つの連続する塩基の配列。

自動呼出し。 遺伝子型の決定を行うために自動化されたシステムを使用すること。

バイオインフォマティクス。 コンピュータおよびデータベースのネットワークを用いる、大量の生物学的データの収集、組織化および解析。

ＢＬＡＳＴ。 基本局所アラインメント検索ツール（Ｂａｓｉｃ Ｌｏｃａｌ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｓｅａｒｃｈ Ｔｏｏｌ）―配列検索のためのアルゴリズム。 所定の問い合せ配列に適合する部分配列の検出のための迅速な技法。 ＢＬＡＳＴは、コンピュータプログラムにより使用される試行錯誤検索（ｈｅｕｒｉｓｔｉｃ ｓｅａｒｃｈ）アルゴリズムであり、これは、周知の統計的方法（たとえば、配列の類似性にもとづいてＤＮＡデータベースを検索する迅速検索アルゴリズム）を用いる、配列決定の結果に対する有意性に帰する。 （たとえば、アルチュル（Ａｌｔｓｃｈｕｌ）ら著、ジャーナル・オブ・モレキュラー・バイオロジー（Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ）、２１５巻、４０３−１０頁、１９９０年、カーリン（Ｋａｒｌｉｎ）ら著、プロシーディングス・オブ・ナショナル・アカデミー・オブ・サイエンス・オブ・ＵＳＡ（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ'ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ）、８７巻、２２６４−２２６８頁、１９９０年、カーリンら著、プロシーディングス・オブ・ナショナル・アカデミー・オブ・サイエンス・オブ・ＵＳＡ、９０巻、５８７３−５８７７頁、１９９３年、およびアルチュルら著、ネイチャージェネティクス（Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．）、６巻、１１９−１２９頁、１９９４年を参照のこと。）ＢＬＡＳＴ解析は、この文脈では、ｂｌａｓｔｐ、ｂｌａｓｔｎ、ｂｌａｓｔｘ、ｔｂｌａｓｔｎ、ｔｂｌａｓｔｘ（インターネット上ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＢＬＡＳＴ／でアクセスできる）等のＢＬＡＳＴプログラム、またはＭＰＢＬＡＳＴ（コルフ（Ｋｏｒｆ）ら著、バイオインフォマティクス（Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ）、１６巻、１０５２−１０５３頁、（２０００年）を用いる、配列の比較を意味する。「ＢＬＡＳＴＩＮＧ」とは、この文脈では、配列をデータベース中の配列と比較し、配列またはその相補体と類似であるかまたは同一である、データベース中に含まれる配列を同定することを意味する。

ＢＬＡＳＴｎ。 ＤＮＡ配列データベースに対するＤＮＡ配列の検索。

呼び出し。 遺伝子型の決定のプロセス。

ｃＤＮＡ。 相補的ＤＮＡ ― 逆転写によりｍＲＮＡ配列から作製され、そのｍＲＮＡ配列に相補的な一本鎖ＤＮＡ配列。 ｃＤＮＡ配列は蛋白質をコードする遺伝子だけを含む（非コードＤＮＡは含まれない）。

ｃＤＮＡライブラリー。 蛋白質に翻訳されるＤＮＡを表す一本鎖ＤＮＡ配列の集団。 ｃＤＮＡライブラリーはｍＲＮＡから作製される。 ｃＤＮＡライブラリーはゲノムの一部分を表すように設計された。 ゲノムの部分は所定の細胞中で、その細胞中で表される蛋白質を合成する途中でｍＲＮＡとして存在する。

センチモルガン（ｃＭ）。 再結合頻度の尺度の単位。 一センチモルガンはある遺伝的遺伝子座にあるマーカーが、一世代での交差によって、第二の遺伝子座におけるマーカーから離れる１％の確立に等しい。 ヒトの場合、平均して、１センチモルガンは１００万塩基対に等価である。

一般のＳＮＰ。 全集団、例えば、、ヒトの集団または、全集団の特定のサブセットのおける発生の最小パーセントと等しいか、またはより大きい少数対立遺伝子頻度をもつＳＮＰ。 そのようなサブセットは民族的に定義されたサブセット集団を含む。 これは、混合集団、あるいはたとえばコリエル細胞リポジトリ（コリエル医学研究協会（Ｃｏｒｉｅｌｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｆｏｒ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ）、カムデン（Ｃａｍｄｅｎ）、ニュージャージー（Ｎｅｗ Ｊｅｒｓｅｙ））等のリポジトリから入手できるような、白人集団またはアフリカ系アメリカ人集団等の特定の集団からの試料を用いて評価できる。

保存配列。 進化を通じて本質的に不変であったＤＮＡ分子中の塩基配列（または蛋白質中のアミノ酸配列）。

消費者。 本発明の構成中に提供される製品およびサービスの顧客および他のユーザを含む。 とくに明示的に述べない限り、本発明の構成は、配布される製品またはサービスに対して、消費者からの支払いを受け取り、あるいは支払う約束があれば配布することを前提とすることが、可能であるが、要求されるわけではない。 用語「消費者」、「依頼者」、「ユーザ」および「研究者」は、供給者および配布者とは異なる実体を表す。 用語「消費者」、「依頼者」、「ユーザ」および「研究者」は、本明細書中ではしばしば交換可能に用いられる。 しかし、任意の所定の状況において、消費者、依頼者、ユーザおよび／または研究者が、異なる実体または個人であることは可能であり、彼ら自身が代理関係でつながることもある（つながらないこともある）。 たとえば、一つの例では消費者、依頼者、ユーザおよび研究者は、単科大学または総合大学等で研究に従事する単独の個人であり得る。 もう一つの例として、消費者は医療機関であっても、研究者はその医療機関で雇用される医者または研究者であっても、依頼者は研究者の助手であってもよい。 本明細書中ではまた、用語「ユーザ」はコンピュータシステムにアクセスできる一つの実体（消費者、依頼者、または研究者）を示すために頻繁に用いられる。

Ｃｏｎｔｉｇ表示名。 ｃｏｎｔｉｇ表示名は、遺伝子探索システムのいくつかの構成において用いられる、ゲノム集合体（ＧＡ）名である。

潜在スプライス部位。 真のスプライス接合部位に似ていて、特定の環境下では、ＲＮＡスプライシング反応に参加する配列。

カスタムアッセイ。 一般的に標的配列に関するものの、プローブまたは複数のプローブおよびプライマの特定の配列に関する情報を含まない仕様から設計されるアッセイ。

ｄｂＳＮＰ ｒｓ＃ＩＤ。 ｄｂＳＮＰ参照クラスターＩＤによってＳＮＰを検索するための特定のフィールド。

ｄｂＳＮＰ ｓｓ＃ＩＤ。 ｄｂＳＮＰアッセイＩＤによってＳＮＰを検索するための特定のフィールド。

欠失。 ＤＮＡの配列の除去によって生成され得、両側が結合される。

識別子。 ゲノムの一つより多い領域であり得る反復配列のスタック領域である可能性の高い集合を、「Ａ統計学」を用いてスクリーニングする手順。

配布する。 本明細書中で用いられる用語「配布する」および「提供する」は同義的に用いられ、販売、マーケッティング、あるいは製品またはサービスを提供することを含むと意図される。

配布者。 本明細書中で用いられる用語「配布者」、「提供者」および「供給者」は、製品および／またはサービスを配布および／または供給する実体を示すために用いられる。 用語「配布者」、「提供者」、および「供給者」は、販売者、マーケッター、およびこれらの製品およびサービスの他の提供者を含み得る。 配布者、供給者、および提供者は同じ実体、二つの異なる実体、または三つの異なる実体を示し得る。 本明細書中の説明においては、一般に、製造者は本明細書中に記載されるアッセイ関連製品およびサービスの供給者および配布者であると想定され得る。 しかし、本発明のいくつかの構成においては、本発明に記載されるアッセイ関連製品およびサービスの配布は、それらを供給する製造者とは異なる実体によって実施されることがある。

ＤＮＡ配列。 ＤＮＡのフラグメントであっても、遺伝子であっても、染色体であっても、または全ゲノムであっても、その中の塩基対の相対的な順序。 基本配列解析を参照のこと。

ドメイン。 それ自身の機能および構造をもつ蛋白質の個別の部分。 一つの蛋白質中のドメインの組合せによってその全体的な機能が決定される。 染色体のドメインは、その内部では超コイルが他のドメインに依存し得ない領域として定義される個別の構造実体、または酵素ＤＮＡアーゼＩによる分解に対して高められた感度を持ち得る、発現された遺伝子を含む広範な領域を示し得る。

ＥＮＴＲＥＺ。 ＮＣＢＩ（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）の検索および読み出しシステムで、ＮＣＢＩのデータを対象とする。 ＧｅｎＢａｎｋ配列を組織化し、それらが最初に表れた文献ソースにリンクする。

ＥＳＴ。 発現配列タグ（Ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｔａｇ）。 ｃＤＮＡライブラリーからの配列のサンプリング。 ｃＤＮＡクローンの短い配列であり、ＰＣＲアッセイが利用できる。

真正クロマチン。 転写活性なＤＮＡを含み、ヘテロクロマチンとは異なり、比較的伸張した立体配座をもつ核ゲノムのフラクション。

エキソン。 遺伝子の蛋白質コード配列。 エキソンはヒトゲノムのわずか約１０％を構成する。 デコードされてｍＲＮＡ生成物または成熟ＲＮＡ生成物を与える遺伝子のセグメント。 個々のエキソンはコードＤＮＡおよび／または非コードＤＮＡ（非翻訳配列）を含み得る。 イントロンを参照のこと。

ＦＡＳＴＡ（ファイルまたは形式）。 長さ８０文字より短い一行のテキスト記述で始まるＤＮＡ配列形式で、後にＤＮＡ配列ファイルがつづく。

ＦＡＳＴＡ検索：ヌクレオチドまたはペプチド配列を配列データベースと比較するために用いられるデータベース検索ツール。 このプログラムはリップマン（Ｌｉｐｍａｎ）およびピアスン（Ｐｅａｒｓｏｎ）により記述された高速検索アルゴリズムにもとづく。

フラグメント。 ＤＮＡの小さなセクション。

フレームシフト変異。 ＤＮＡ配列の正常な翻訳読みとりフレームを変更する変異。

ジェンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）。 国立医薬図書館の一部である、国立バイオテクノロジー情報センター（ＮＣＢＩ）によって維持管理される公共のＤＮＡ配列データベース。

遺伝子探索プラットフォーム（遺伝子探索システムともいう）。 一つ以上のゲノムおよび／またはトランスクリプトームおよび／またはプロテオームに関する検索可能な情報を提供するために構成されたウェブ上のユーザインターフェース。

遺伝子ファミリー。 類似の生成物をつくる密接に関連した遺伝子のグループ。

遺伝子存在論（ＧＯ）。 すべての真核生物に適用できる遺伝子生成物の分子機能、生物学的プロセスおよび細胞成分の記述のための統制語彙。 ＧＯ用語は検索識別子として用いられる。

遺伝子予測。 ゲノムのままの配列中のコード領域で、既知の指示体を検索する計算機的な方法を用いるプロセス。 これらの指示体としては、コドン使用バイアス、終止コドンの欠如、翻訳された蛋白質配列の既知蛋白質への類似性、上流制御子、スプライス部位、開始コドンが挙げられる。 結果は予測される遺伝子を定義する一組のエキソンであり得る。

遺伝子領域。 ｃｉｓ作用制御領域、転写領域、および介在配列ならびに５'隣接配列の１０キロ塩基対および３'隣接配列の１０キロ塩基対からなる機能遺伝子領域の役を果たすゲノムＤＮＡの線形ストレッチ。

ゲノミクス。 生物の遺伝物質の学問、ゲノムの配列決定およびキャラクタリゼーション、および遺伝子活性と細胞機能との間の関係の解析。 遺伝物質はエキソン、イントロン、制御配列、反復要素およびゲノムのすべての他の識別されていない領域を含む。

ＧＩ。 ジェンバンク識別子（ＧｅｎＢａｎｋ Ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ）、ジェンバンクデータベース中の蛋白質およびヌクレオチド配列に割りあてられる固有の番号。

ＧＴ−ＡＧ則。 核内遺伝子のイントロンの最初の二つの位置および最後の二つの位置における、これらの一定のジヌクレオチドの存在を説明する規則。

ハプロタイプ。 単一の（父系または母系）染色体上の連鎖した遺伝子座において見いだされる一連の対立遺伝子。

ヘテロクロマチン。 細胞サイクルを通じて高度に凝縮されたままであり、活発な遺伝子発現の証拠をほとんどあるいは全く示さない、ゲノム領域。

相同性。 同じ種または異なる種の個体間のＤＮＡ配列またはタンパク質配列中の類似性。 相同染色体。 それぞれ一つの親に由来する同じ直鎖状遺伝子配列を含む一対の染色体。 相同染色体（ホモログ）。 二倍体細胞中に見られる同じ型の染色体の二つのコピー（一方は父親から遺伝され、他方は母親から遺伝される）。 相同遺伝子（ホモログ）。 種間（オルソログ）または種内（パラログ）のいずれかで、密接な進化関係に起因して配列が著しく関連し得る、二つ以上の遺伝子。

ＨＳＰ。 高スコアリングセグメント対。 局所的に最大であり得る整列を伴い、かつその整列スコアは閾値（カットオフ）スコアに達するかまたはそれを超える、任意であるが等しい長さの二つの配列フラグメント。 これらはＢＬＡＳＴによって生成され得る。

情報科学。 コンピュータおよび統計技術の情報の管理への利用の研究。 ゲノムプロジェクトでは、情報科学は、データベースを高速で検索し、ＤＮＡ配列情報を分析し、ＤＮＡ配列データからタンパク質の配列および構造を予測する方法の開発を含む。

イントロン。 タンパク質コード機能を有さない遺伝子中のＤＮＡ配列。 他の非コード領域は、制御配列または調節配列および機能が未知の遺伝子間領域を含む。 非コードＤＮＡは、隣接するエキソン真核生物遺伝子を分ける。 遺伝子発現の間、イントロンはエキソンのようにＲＮＡへと転写され得るが、転写されたイントロン配列は、続いてＲＮＡスプライシングによって除去され得、ｍＲＮＡ中には存在しない。

研究者（ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｏｒ）。 「消費者（ｃｏｎｓｕｍｏｒ）」を参照のこと。

連鎖地図。 どの程度頻繁に遺伝子座は一緒に遺伝されるかに基づいて決定される染色体上の遺伝子座の相対的な位置の地図。 距離はセンチモルガン（ｃＭ）で測定される。

リンカー（またはアダプターオリゴヌクレオチド）。 例えば、そのクローン化される能力を促進するために、クローン化された目的のＤＮＡに連結され得る二本鎖オリゴヌクレオチド。

マーカー。 その遺伝が追跡され得る染色体上の同定可能な物理的位置（例えば、制限酵素切断部位、遺伝子）。 マーカーは、既知のコード機能をもたないが、その遺伝パターンが決定され得るＤＮＡ（遺伝子）の発現領域またはＤＮＡのあるセグメントであり得る。 ＲＦＬＰ（制限断片長多型）を参照のこと。

マスタークラスター。 クラスターと、同じ遺伝子に対して顕著な適合（４０以上の生成物スコア）を有する代表的なクローンを有する単集合（ｓｉｎｇｌｅｔｏｎ）との結合により形成される「超（ｓｕｐｅｒ）クラスター」。 マスタークラスターは、最も高い生成物スコアを有するクラスター（または単集合）にちなんで名づけられる。

メイト対。 互いから大体インサートの長さに等しい距離にある、反対方向にある読み（ｒｅａｄ）の対。

メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）。 タンパク質合成のための鋳型として働くＲＮＡ。 遺伝コードを参照のこと。

ミスセンス変異。 アミノ酸の変化を生じるヌクレオチドの置換。

ｍＲＮＡ（メッセンジャーＲＮＡ）。 タンパク質を合成するために用いられ得る核酸中間体。 ｍＲＮＡはＤＮＡの一つの鎖に対応し、ｍＲＮＡの配列は、Ｔ（チミン）をＵ（ウラシル）で置き換えることを除いて、そのＤＮＡの配列と同一であり得る。

変異頻度。 特定の変異体が集団中に見い出され得る頻度である。

ＮＣＢＩ。 国立バイオテクノロジー情報センター（Ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）。 ウェブサイトｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ． ｎｃｂｉ． ｎｌｍ． ｎｉｈ． ｇｏｖでアクセスできる。

ナンセンス変異。 コドン内で起り、そのコドンを停止コドンに変える、変異。

正規化ライブラリー。 より大きな割合の低頻度メッセンジャーＲＮＡを表すために、高度に発現される配列の大部分が除かれた、ｃＤＮＡライブラリー。 正規化ライブラリーは、組織の遺伝子発現プロフィールの正確な反映ではない。

核酸塩基。 相補的な核酸塩基または核酸塩基アナログ（例えば、プリン、７−デアザプリン、またはピリミジン）との対合形成において、Ｗａｔｓｏｎ−Ｃｒｉｃｋ水素結合を形成することができる任意の窒素含有複素環式部分。 本発明は、いくつかの構成において、ポリヌクレオチドであり得るかまたは核酸アナログのような他の核酸塩基の重合形態であり得るプローブに基づくアッセイを用いる。 代表的な核酸塩基は、天然に存在する核酸塩基であるアデニン、グアニン、シトシン、ウラシル、チミン、および天然に存在する核酸塩基のアナログ（Ｓｅｅｌａの米国特許第５，４４６，１３９号）（例えば、７−デアザアデニン、７−デアザグアニン、７−デアザ−８−アザグアニン、７−デアザ−８−アザアデニン、イノシン、ネブラリン、ニトロピロール（Ｂｅｒｇｓｔｒｏｍ著、Ｊ．Ａｍｅｒ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．、１１７巻、１２０１−０９頁、１９９５年）、ニトロインドール、２−アミノプリン、２−アミノ−６−クロロプリン、２，６−ジアミノプリン、ヒポキサンチン、シュードウリジン、シュードシトシン、シュードイソシトシン、５−プロピニルシトシン、イソシトシン、イソグアニン（Ｓｅｅｌａの米国特許第６，１４７，１９９号）、７−デアザグアニン（Ｓｅｅｌａの米国特許第５，９９０，３０３号）、２−アザプリン（ＳｅｅｌａのＷＯ ０１／１６１４９号）、２−チオピリミジン、６−チオグアニン、４−チオチミン、４−チオウラシル、Ｏ ^６ −メチルグアニン、Ｎ ^６ −メチルアデニン、Ｏ ^４ −メチルチミン、５，６−ジヒドロチミン、５，６−ジヒドロウラシル、４−メチルインドール、ピラゾロ［３，４−Ｄ］ピリミジン類、「ＰＰＧ」（Ｍｅｙｅｒの米国特許第６，１４３，８７７号、ＧａｌｌのＷＯ ０１／３８５８４号）、およびエテノアデニン（Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、３８５−３９４頁、ＣＲＣＰｒｅｓｓ、Ｂｏｃａ Ｒａｔｏｎ、Ｆｌ、中のＦａｓｍａｎ著（１９８９年））である。核酸アナログである核酸塩基としては、ＤＮＡまたはＲＮＡの糖／リン酸骨格が非環式結合、アキラル結合、および中性ポリアミド結合で置換された、ペプチド核酸が挙げられる。アミド結合を通じてその結合に結合された核酸塩基を有する２−アミノエチルグリシンポリアミド結合が報告されている（例えば、ＢｕｃｈａｒｄｔのＷＯ ９２／２０７０２、Ｎｉｅｌｓｅｎ著、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２５４巻、１４９７−１５００頁（１９９１年）、Ｅｇｈｏｌｍ著、Ｎａｔｕｒｅ、３６５巻、５６６−６８頁（１９９３年）を参照のこと。）
オープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）。 一端に開始コドン、一連の３つ組コドンおよび他端に終止コドンを有するひとつながりのヌクレオチド配列であって、まだ同定されていないペプチドまたはタンパク質を潜在的にコード可能である。

オルソログ。 異なる種中の一組の相同遺伝子（例えば、ヒトのＳＲＹとマウスのＳｒｙ）。

パンサー（Ｐａｎｔｈｅｒ）。 Ｃｅｌｅｒａ Ｇｅｎｏｍｉｃｓが専有するタンパク質分類ソフトウェアであって、予想されるタンパク質機能の同定をさらに助けるために、タンパク質のファミリーおよびサブファミリーの階層的分類を可能とする。 パンサーは、タンパク質機能のより正確な予測を可能とすることにより、標的の同定および優先順位付けを容易にする。

パラログ。 単一種内の一組の相同遺伝子のうちの１つ。

薬理ゲノム学。 集団による薬物に対する薬学的応答の層化の学問で、その集団の遺伝変動に基づく。

Ｐｈｒａｐ。 ｔｈｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ ＷａｓｈｉｎｇｔｏｎでＰｈｉｌ Ｇｒｅｅｎによって開発された。 「Ｐｈｉｌ'ｓ Ｒｅｖｉｓｅｄ Ａｓｓｅｍｂｌｙ Ｐｒｏｇｒａｍ」は、ショットガン配列決定ＤＮＡフラグメントを集合するためのツールである。

ＰＨＹＬＩＰ。 系統学のためにＪ． Ｆｅｌｓｅｎｓｔｅｉｎがつくり出したプログラムパッケージ。

物理マップ。 遺伝には関わりなく、ＤＮＡ上の同定可能な目印（例えば、制限酵素切断部位、遺伝子）の位置の地図。 距離は塩基対で測られ得る。 領域の相対的な位置は、電子顕微鏡法、制限分析、または配列決定等の物理的測定によって決定され得る。 ヒトゲノムの場合、最も解像度の低い物理マップは、２４個の異なる染色体上のバンディングパターンであり、最も解像度の高いマップは染色体の完全ヌクレオチド配列である。

点変異。 遺伝子座におけるＤＮＡ配列において小さな変化（しばしば一塩基変化）をひき起こす変異。

ポリジーン形質。 多数の遺伝子座の組合せ作用により決定される形質。 数学的なポリジーン理論は、それぞれが小さな効果を有する非常に多くの遺伝子座があると仮定する。

ポリジーン障害。 一つより多い遺伝子の対立遺伝子の組合せ作用から生じる遺伝障害（例えば、心臓病、糖尿病、およびいくつかの癌）。 このような障害は、遺伝され得るが、その障害は、数個の対立遺伝子が同時存在することに依存し、従って、遺伝パターンは、単一遺伝子障害の遺伝パターンよりも通常は複雑であり得る。

多型。 個体間のＤＮＡ配列中の差異。 集団の１％を超えて起る遺伝変動は、遺伝子連鎖分析のための有用な多型と考えられる。

予備計算（ｐｒｅｃｏｍｐｕｔｅ）。 公開データに対する一連のＣｅｌｅｒａ Ｇｅｎｏｍｉｃｓのデータの計算分析。 用いられる分析としては、遺伝子予測（ＧＲＡＩＬ、Ｇｅｎｓｃａｎ、ＦｇｅｎｅｓＨ）、類似性を示すための、数個の公開データセットおよび専有データセット（ｎｒａａ、ＣＨＧＤ，ＲｅｆＳｅｑ）を用いるＢＬＡＳＴ計算、ならびにコンセンサススプライス部位を見つけるための、ゲノム構造に高度に類似し得る配列とともにＳＩＭ４またはＧｅｎｅｗｉｓｅを用いるＢＬＡＳＴ結果の仕上げ（ｐｏｌｉｓｈｉｎｇ）が挙げられる。

プライマー。 プライマーは、例えば、配列が標的配列に対してかまたは標的配列の相補体に対して相補的であるオリゴヌクレオチドなどの、核酸塩基の重合体を含む。 ある局面においては、オリゴヌクレオチドプライマーの３'末端は、ＤＮＡポリメラーゼによって伸長され得る。 そのプライマーは、標的核酸に対して短い。 いくつかの構成においては、プライマー配列は、約１０ヌクレオチド〜５０ヌクレオチドを含み、いくつかの構成においては、約６ヌクレオチド、約８ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約１３ヌクレオチド〜約３０ヌクレオチドまで、およびこれらの間の任意の長さを含む。 ほとんどの場合、ＰＣＲは、標的配列中の反対向きの鎖とハイブリダイズする、順方向プライマーおよび逆方向プライマーを含む。

プローブ。 「プローブ」は、標的配列にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを含む。 ＴａｑＭａｎ（登録商標）アッセイ手順では、そのプローブは、二つのプライマーの結合部位の間に位置する標的部分にハイブリダイズする。 プローブは、レポーター基部分をさらに含み得る。 いくつかの構成においては、そのレポーター基部分は、発蛍光団部分であり得る。 そのレポーター基は、プローブオリゴヌクレオチドに共有結合によって直接結合され得、いくつかの構成においては、そのプローブの５'末端またはプローブの３'末端に位置する塩基に直接結合され得る。 そのレポーター基はまた、それ自身が共有結合によってそのプローブに結合され得る副溝結合剤（ＭＧＢ）に結合され得る（Ａｆｏｎｉｎａら著、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、２５巻、２６５７−２６６０頁（１９９７年）、Ｋｕｔｙａｖｉｎら著、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、２８巻、６５５−６６１頁（２０００年））。 ＭＧＢは、いくつかの構成においては、オリゴヌクレオチドに直接かあるいはそうでなければ発蛍光団部分またはクエンチャー部分に結合されて、プローブの３'末端に結合される。 発蛍光団を含むプローブはまた、さらにクエンチャー部分を含む。 クエンチャー部分は、いくつかの構成においては、非蛍光性クエンチャー（ＮＦＱ）である。 いくつかの構成においては、ＳＮＰ検出のために設計されたプローブ中で、発蛍光団およびクエンチャーは、ＳＮＰヌクレオチドの反対側の鎖のオリゴヌクレオチドに結合され得る。 プローブは、約８ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約１５ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、または約５０ヌクレオチドを含む。 いくつかの構成においては、プローブは、約８ヌクレオチド〜約１５ヌクレオチドを含む。 本明細書中に用いられる場合、用語「プローブ」（単数）の使用は、ＳＮＰアッセイの場合、特に断らない限り、二つの両対立遺伝子（ｂｉａｌｌｅｌｉｃ）プローブを含むかまたはそれを指すことを意図する。

プロテオーム：ゲノムによってコード化されるタンパク質の全セット。

提供する（ｐｒｏｖｉｄｅ）。 「配布する（ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｅ）」を参照のこと。

提供者（ｐｒｏｖｉｄｅｒ）。 「配布者（ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｏｒ）」を参照のこと。

質問式（ｑｕｅｒｙ）。 データベースを検索するために用いられるＤＮＡ配列。

放射線ハイブリッド。 一つの細胞型の染色体のフラグメントがＸ線への曝露によって生成され、続いて、第二の細胞型の染色体中へ組み込まれる、体細胞ハイブリッドの型。

リアルタイム。 用語「リアルタイム」は略さずに常に完全形で記す。 本明細書中で用いられる短縮形の「ＲＴ」は、常に「逆転写酵素（ｒｅｖｅｒｓｅ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔａｓｅ）」を示す。

受容体。 細胞膜を貫いており、細胞外シグナルを受け取り、細胞内へ伝達する分子（通常はタンパク質）。

領域オーバーレイ（ｒｅｇｉｏｎａｌ ｏｖｅｒｌａｙ）。 Ｃｅｌｅｒａ領域オーバーレイは、Ｃｅｌｅｒａフラグメントおよびメイト対結合、外部仕上げ（ｅｘｔｅｒｎａｌ ｆｉｎｉｓｈｅｄ）クローン、およびＢＡＣと呼ばれる未仕上げ（ｕｎｆｉｎｉｓｈｅｄ）クローンからの未秩序化コンティグ（ｃｏｎｔｉｇ）から作製され得る。 Ｃｅｌｅｒａ Ｒｅｇｉｏｎａｌ Ａｓｓｅｍｂｌｅｒが外部データを取り込み、Ｃｅｌｅｒａフラグメントおよびメイト対を用いて、ＢＡＣ中のコンティグ（ｃｏｎｔｉｇ）を秩序化して方向付け、可能なところでギャップを埋める。

調節領域または調節配列。 遺伝子発現を制御するＤＮＡ塩基配列。

反復ＤＮＡ。 著しい配列相同性を示す一組の非対立遺伝子ＤＮＡ配列。

依頼者（ｒｅｑｕｅｓｔｅｒ）。 「消費者（ｃｏｎｓｕｍｅｒ）」を参照のこと。

逆転写酵素（ＲＴ）。 本明細書中においては、省略形「ＲＴ」は「逆転写酵素」についての省略形としてだけ用いられる。 用語「リアルタイム」は略さずに常に完全形で記す。

骨格（ｓｃａｆｆｏｌｄ）。 強制（ｅｎｆｏｒｃｉｎｇ）メイト対を用いて秩序化および方向付けされ得るコンティグ（ｃｏｎｔｉｇ）の組。

配列相同性。 二つの核酸または二つのポリペプチドの配列における類似性の尺度。

配列タグ化部位（ＳＴＳ）。 ヒトゲノム中に一つしかなく、その位置および塩基配列が既知である、短い（２００から５００塩基対）ＤＮＡ配列。 ＳＴＳは、ポリメラーゼ連鎖反応により検出可能であり、多くの異なる実験室から報告されたマッピングおよび配列データを場所決めおよび方向付けするために有用であり、作成中のヒトゲノムの物理マップの目印として役立つ。 発現配列タグ（ＥＳＴ）は、ｃＤＮＡに由来するＳＴＳであり得る。

顕著な相補性。 標的配列の分析を妨害するに十分な相補性を含む。 顕著な相補性は、非限定的な例においては、標的配列の相補体と少なくとも約４０％またはそれ以上の配列同一性を含み得る。

一塩基多型（ＳＮＰ）。 ＤＮＡ配列中の一つのヌクレオチド（Ａ、Ｃ、ＧまたはＴのどれか）の置換、損失、または付加。 ゲノム全体ではおそらく数百万個のＳＮＰがあり、これらの対立遺伝子は、ヒト集団中に見られる変化の多くを説明する。 これらの主に二対立性（ｂｉａｌｌｅｌｉｃ）の多型は、非常に稀な対立遺伝子（１〜５％頻度）から、ありふれた対立遺伝子（２０〜５０％頻度）までの範囲で、集団中に種々の比率で存在し得る。

スプライス受容体部位。 ジヌクレオチドＡＧで終るイントロンの末端と、次のエキソンの開始部分との間の接合。

スプライス供与体部位。 エキソンの末端と、、ジヌクレオチドＧＴで始まる下流のイントロンの開始部との間の接合。

ストックアッセイ。 特注（ｃｕｓｔｏｍ）設計を必要としない予め設計されたアッセイ。 本発明のいくつかの構成においては、ストックアッセイの在庫が維持され得、ユーザはその在庫から発注し得る。

ストリンジェンシー。 クラスター中の配列がどの程度密接に関連していなければならないかに基づく、質問式（ｑｕｅｒｙ）の結果をフィルタリングするためのパラメータ。

対象（ｓｕｂｊｅｃｔ）。 ｂｌａｓｔ検索中で適合を生じるＤＮＡ配列。

供給者（ｓｕｐｐｌｉｅｒ）。 「配布者（ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｏｒ）」を参照のこと。

ＳＷＩＳＳＰＲＯＴ。 ヨーロッパの注釈付き非冗長タンパク質配列データベースであって、最も高度に注釈の付いたタンパク質データベース。

ＴＡ。 転写物集合（ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ ａｓｓｅｍｂｌｙ）。 公開ＥＳＴのＣｅｌｅｒａ集合。

タンデム反復配列。 染色体上の同じ塩基配列の多重コピーであって、物理マッピングのマーカーとして用いられる。

標的。 核酸を含む生物試料。 標的は、一本鎖核酸または二本鎖核酸を含み得、ＲＮＡまたはＤＮＡを含み得る。 ＲＮＡは、非限定的な例においては、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、一次転写物、ウイルスＲＮＡ、またはリボソームＲＮＡである。 ＤＮＡは、非限定的な例においては、一本鎖ＤＮＡ、二本鎖ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ウイルスＤＮＡ、染色体外ＤＮＡ、またはミトコンドリアＤＮＡであり得る。 当業者は用法の文脈から、標的核酸が一本鎖であるか二本鎖であるかを認識する。

ＴＢＬＡＳＴｎ。 全６フレームにて翻訳されたヌクレオチド配列データベースに対する、タンパク質配列のＢＬＡＳＴ検索。

トレースファイル（ｔｒａｃｅ ｆｉｌｅ）。 ＡＢＩ ３７００ Ｐｒｉｓｍによって完了した配列決定の産物。 厳密な品質管理プロセスを経た後、トレースファイルは、アセンブリのためのデータ入力として用いられ得る。

トランスクプリプトーム（ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ）。 ゲノムから発現された活性化遺伝子、ｍＲＮＡ、または転写物の完全相補体。

ＴＲＥＭＢＬ。 翻訳されたＥＭＢＬ（Ｔｒａｎｓｌａｔｅｄ ＥＭＢＬＥ）。 ＥＭＢＬ ＤＮＡデータライブラリーの編集物。

ＵｎｉＧｅｎｅデータベース。 ＮＣＢＩによって維持され、明確な遺伝子の転写産物を表すＧｅｎＢａｎｋ配列の組を一緒にする、公開データベース。

独特の（ｕｎｉｑｕｅ）クローン。 ＧｅｎＢａｎｋまたは他の公開データベース中に適合がない配列。

独特の単集合（ｕｎｉｑｕｅ ｓｉｎｇｌｅｔｏｎ）。 クラスター化せず、公開データベース中に適合がないクローン。

ＵＴＲ（非翻訳領域）。 ｍＲＮＡの５'末端または３'末端において見いだされる非コード領域。

非翻訳配列。 ｍＲＮＡの５'末端および３'末端において見いだされる非コード化配列。

ユーザ。 「消費者（ｃｏｎｓｕｍｏｒ）」を参照のこと。

（アッセイの概要）
（ＳＮＰ遺伝子型決定アッセイ）
いくつかの構成においては、本発明は、ＳＮＰ対立遺伝子の存在の検出に有用なアッセイ、ならびに遺伝子発現の検出または定量に有用なアッセイを、研究者に提供する方法を包含する。 種々の種のゲノム（特に、ヒトゲノム）の配列の解明およびカタログ化は、公開データベースおよび／私有データベースにおける、ゲノム全体に分布する４，０００，０００個を超えるＳＮＰの同定、ならびにおよそ３０，０００個の発現された遺伝子のうちの顕著な部分の同定およびカタログ化を包含し、ＳＮＰまたは遺伝子発現のための検証されたアッセイの集合物の確立のための基礎を提供する。 このようなアッセイは、マッピングされたゲノムにおける事実上どの遺伝子を調査するための分析ツールでも、研究者に提供し得る。

いくつかの構成においては、ＳＮＰデータベースは、同定されるＳＮＰ対立遺伝子の存在に関して、試料を分析する能力を研究者に提供するアッセイを開発するために用いられ得る。 特定の個体由来の試料を試験することによって、その個体のＳＮＰ遺伝子型決定が可能になる。 公開データベースおよび／または非公開データベースからのＳＮＰが、アッセイ開発のために選択され得る。 ＳＮＰ遺伝子型決定（ＳＮＰデータベースの概要については、ＭｃＣａｒｔｈｙら著、Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１８巻、５０５−５０８頁、２０００年；Ｊｕｄｓｏｎら著、Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ、３巻、３７９−３９１頁、２００２年、Ｍｉｌｌｅｒら著、Ｈｕｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．、１０巻、２１９５−２１９８頁、２００１年を参照のこと。）において有用であるＳＮＰデータベースの構築において、多数のアプローチが用いられ得る。 ある局面においては、遺伝子に基づくアプローチが用いられ得る。 遺伝子に基づくアプローチにおいては、「遺伝子領域」に存在するＳＮＰが選択され得る。 例えば、既知の機能配列から上流１０ｋｂおよび下流１０ｋｂを含む６０ｋｂの配列を含む遺伝子領域は、ある場合においては、そのと関連する少なくとも７つの同定されるＳＮＰを有し得る。 それらのＳＮＰは、最も５'側のｃｉｓ作用性制御配列の約１０ｋｂ上流の位置に位置する少なくとも一つの同定されたＳＮＰ、最も３'側のｃｉｓ作用性制御配列の約１０ｋｂ下流の位置に位置する別の同定されたＳＮＰ、およびこの二つの間に位置する少なくとも５つの別の同定されたＳＮＰを含む。 遺伝子領域内では、それらのＳＮＰは、その遺伝子領域にわたって分布し得るように選ばれ得る。 従って、選択されたＳＮＰは、約５ｋｂ離れて、約１０ｋｂ離れて、約１５ｋｂ離れて、またはそれ以上離れて、あるいは５０００塩基と１５０００塩基との間の任意の選ばれた分離距離だけ離れて、あるいは任意の選ばれた無制限の分離距離だけ離れて、位置し得る。 ある遺伝子について、約１０ｋｂの間隔で間隔を空けており得るＳＮＰマーカーについてのアッセイの利用可能性があれば、その遺伝子のためのマーカーとして用いられ得る少なくとも一つのＳＮＰ対立遺伝子を得る機会が研究者に与えられる。 ＳＮＰマーカーは、遺伝子型またはハプロタイプについてのマーカーとして役立ち得、そして遺伝子構造、ハプロタイプ構造、遺伝研究などを研究する際において価値があり得る。

本発明のある局面においては、本発明者らは、「通常の（ｃｏｍｍｏｎ）」ＳＮＰの選択に集中した。 集団または集団部分集合（ｓｕｂｓｅｔ）における最小発生率は、特定の試験の要件に依存し、ある場合では、そのアッセイ要件に依存して、約８％、約１０％、約１５％、約２０％またはそれ以上、あるいはそれらの中間の任意の値、あるいは無制限に選ばれる任意の頻度であるように、選択され得る。 一般に適用可能と考えられ得る特定の最小発生率値は、ある実施形態においては、約１０％であり得、他の実施形態においては、約１５％であり得る。 ある構成においては、少なくとも一つのデータベース中においてカタログ化された既知のＳＮＰは、ＳＮＰの縮小セットを生成するために選別分配（ｔｒｉａｇｅ）手順に供され得る。 さらに、少なくとも二人の異なるドナーで少数（ｍｉｎｏｒ）対立遺伝子が観測されたＳＮＰが、選ばれ得る。 少数対立遺伝子が少なくとも二つの個体中で報告されなければ、ＳＮＰは、以後、そのＳＮＰセットへ含める考慮から除かれ得る。 次に、選択されたＳＮＰを含む配列、ならびにそのＳＮＰから上流の配列および下流の配列は、ＳＮＰアッセイ中の使用に対するそれらの適性を決定するために、分析され得る。 アッセイ開発に使えないと見なされたＳＮＰは、以後、そのセットに含める考慮から除かれ得る。 続く選別分配（ｔｒｉａｇｅ）段階においては、そのセット中に含まれるＳＮＰを減らすために、半経験的な設計品質管理（ＱＣ）基準が用いられ得る。

候補ＳＮＰの以下の性質は、候補ＳＮＰをＳＮＰの縮小セット中に含めるように選択されるか否かの決定において考慮され得る：１）そのＳＮＰは遺伝子ライブラリー中の注釈つき遺伝子の内部または近傍（例えば、約３０，０００のＣｅｌｅｒａ注釈つき遺伝子の１つの内部または１０ｋｂの注釈つき遺伝子の内部）にマッピングし；そして、２）そのＳＮＰは、もっとも近い近傍に対して、約１０ｋｂのＳＮＰ間の間隔で、遺伝子あたり少なくとも３つのＳＮＰを提供するように配置される。 遺伝子領域中の約１０ｋｂより大きな残るギャップは、１０ｋｂあたり少なくとも２つの非選抜ＳＮＰで埋められる。

この選抜手順に合格するアッセイは、いくつかの構成において、次いで、例えば約９０の個体からのゲノムＤＮＡのパネルを用いる実験室遺伝子型解析結果に基づいて、検証され得る。 例えば、ＤＮＡパネルは、白人の個体のサブセット集団およびアフリカ系アメリカ人家系の個体のサブセット集団を代表する約９０の個体からのゲノムＤＮＡを含む。 選抜されたＳＮＰは、少なくとも一つの集団において、少なくとも１０％以上の少数対立遺伝子頻度または少なくとも１５％以上の少数対立遺伝子頻度、あるいは無制限に選択された任意の少数対立遺伝子頻度を有する。

ＳＮＰアッセイは、当該分野においては公知の任意のＳＮＰアッセイを含み得る。 ＳＮＰ検出のための方法は、非制限的な例においては、Ｔｈｉｒｄ Ｗａｖｅ ＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓのＩＮＶＡＤＥＲ ^ＴＭ法、およびＴａｑＭａｎ（登録商標）法のバリエーションが挙げられる。 いくつかの構成においては、アッセイは、標的配列中のＳＮＰ対立遺伝子の同定のために、ＴａｑＭａｎ（登録商標）法において使用するために開発される。 ＴａｑＭａｎ（登録商標）法は、ＰＣＲ配列増幅のために、二つのプライマーオリゴヌクレオチドおよびＤＮＡポリメラーゼ、ならびに一つまたは二つのプローブオリゴヌクレオチドを使用する。 ＴａｑＭａｎ（登録商標）法を用いるＳＮＰ検出では、１つのプライマーオリゴヌクレオチド配列が標的ＳＮＰ配列から上流の部位へマッピングし、第二のプライマーオリゴヌクレオチド配列が標的ＳＮＰ配列から下流の部位へマッピングする。 プローブオリゴヌクレオチド配列は、ＳＮＰへマッピングし、標的ＳＮＰの一つの対立遺伝子、いくつかの実施形態においてはフルオロフォア部分であるレポーター基部分、ある実施形態においてはＮＦＱ部分であり得る蛍光消光剤部分を含み、ＭＧＢ部分もまた含み得る。 ２つのプローブを用いるＴａｑＭａｎ（登録商標）解析においては、第二プローブ配列はまた、ＳＮＰへマッピングし、標的ＳＮＰの代替対立遺伝子、第二のレポーター部分（例えば、第二のフルオロフォア部分）、蛍光消光剤を含み、ＭＧＢもまた含み得る。 ２つのプローブが用いられる場合、フルオロフォアはそれらの吸収または発光スペクトルによって区別されるように選択され得る。 非限定的な例において、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓによってキットで提供されているフルオロフォアＶＩＣ ^ＴＭおよびＦＡＭが、ＳＮＰアッセイにおいてレポーターフルオロフォア部分として用いられ得る。 プローブはさらにＭＧＢを含み得る。 ＭＧＢは、プローブの長さを増やさずに、プローブ／標的ハイブリッドの融点を高め、それによって、短いプローブを使用可能にする（Ａｆｏｎｉｎａら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、２５巻、２６５７−２６６０頁、１９９７年、Ｋｕｔｙａｖｉｎら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、２８巻、６５５−６６１頁、２０００年）。 いくつかの構成においては、ＭＧＢ部分はプローブの３′末端に共有結合で結合され得る。 ＭＧＢの構造は、非限定的な例においては、１，２−ジヒドロ−（３Ｈ）−ピロロ［３，２−ｅ］インドール−７−カルボキシレートの三量体であり得る。 このオリゴペプチドは、二本鎖ＤＮＡ中のＡ−Ｔの多い配列に対する高い親和性によって、二本鎖ＤＮＡの小さい溝に結合する。 ＭＧＢの存在によりハイブリッド核酸の安定性が増すため、オリゴヌクレオチド−ＭＧＢ共役体は、八量体またはＧ−Ｃの多い六量体という短さでも、相補的な配列と安定なハイブリッドを形成することができる。 これらの性質は、６ヌクレオチドという短さのプローブの使用を可能とする。 ＭＧＢはさらにプローブ−標的ハイブリダイゼーションの特異性を増大させる。

ＴａｑＭａｎ（登録商標）アッセイにおいては、フルオロフォア部分の存在にもかかわらず、ＮＦＱの存在のために、各プローブは非蛍光性または低蛍光性であり得る。 しかし、ＴａｑＭａｎ（登録商標）アッセイのＰＣＲ増幅中に、標的ＳＮＰに結合したプローブは、ポリメラーゼの５′エキソヌクレアーゼ活性のため、ポリメラーゼによって消化される。 ＰＣＲ条件は高いストリンジェンシーのハイブリダイゼーション用に選択され得るので、プローブと標的との間の単一のヌクレオチドミスマッチによって安定なハイブリダイゼーションは起らず、標的と完璧に相補的なプローブだけがポリメラーゼによって消化される。 したがって、ＳＮＰの代替の対立遺伝子を表す二つのプローブが用いられる場合、１つのプローブだけがポリメラーゼによる消化を受ける。 プローブの消化によってフルオロフォアが消光剤による消光から解放されるため、試料の吸収または発光波長を測定すれば、どのプローブがポリメラーゼによって消化されたか、したがって、どのＳＮＰ対立遺伝子が試料中に存在するかが明らかになる。 ＳＮＰはヘテロ接合性またはホモ接合性であり得るので、ＰＣＲ増幅中または増幅後に試料中の一つまたは両方のフルオロフォアの吸収または発光スペクトルを検出すれば、標的試料がヘテロ接合性かホモ接合性かが明らかになる。 消光されたプライマーから放出されたフルオロフォアは、当該分野において公知の任意の方法によって定量され得る。 いくつかの構成においては、蛍光測定器が用いられ得る。 いくつかの構成においては、蛍光測定器は統合された核酸分析システムの構成部品を備え、非限定的な例においては、ＡＢＩ ＰＲＩＳＭ（登録商標） ７９００ＨＴ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍを備える。

ＳＮＰ遺伝子型解析アッセイにおいては、ＳＮＰ対立遺伝子ヌクレオチドを除いては同一の配列、異なるフルオロフォア、および同一のＭＧＢおよびＮＦＱを含む二つのプローブが、種々の実施形態において用いられ得る。 両対立遺伝子ＳＮＰアッセイの場合には、蛍光シグナルが非蛍光性消光剤によって消光され得る、スペクトル的に識別可能な任意の二つのフルオロフォアが用いられる。 非限定的な例においては、市販のフルオロフォア、例えば、Ａｐｐｌｉｅｄ ＢｉｏｓｙｓｔｅｍｓからのＶＩＣ ^ＴＭおよびＦＡＭ ^ＴＭが、両対立遺伝子ＳＮＰ遺伝子型解析においてプローブ標識として用いられ得る。

種々の実施形態におけるアッセイの設計においては、少なくとも一つの潜在的なプローブオリゴヌクレオチド配列、ならびに潜在的なプライマーオリゴヌクレオチド配列が、コンピュータでＰＣＲアッセイ中の適性について解析され得る。 オリゴヌクレオチド配列のコンピュータ解析は、数個の判断基準、例えば、非限定的な例では、オリゴヌクレオチド配列とその相補体との二本鎖の予測される融点、顕著な自己相補性（例えば、「ヘアピンループ」）がないこと、アッセイ中で用いられると考えられる任意の他のオリゴヌクレオチドとの顕著な相補性（例えば、「プライマープライマー二量化」）がないこと、および標的部位の外のゲノム配列との有意な相補性がないこと、が考慮され得る。 ある実施形態においては、候補オリゴヌクレオチド配列は、ゲノムに対する「ｂｌａｓｔｉｎｇ」によって検証され、ゲノム中にその配列が一度しか表れない場合のみ、候補配列はアッセイにおける使用のためにさらに開発するために選択される。

コンピュータ検証に続いて、アッセイのために設計される各オリゴヌクレオチドは、当該分野で公知の有機合成法を用いて合成され得る。 プローブオリゴヌクレオチドの合成はまた、レポーター基、蛍光消光剤、および副溝結合剤の共有結合的な結合も含む。

（遺伝子発現アッセイ：）
本発明のいくつかの構成においては、発現されるＲＮＡの存在および量に関して、試料を解析する能力を研究者に提供するアッセイを開発するために、発現される配列に関するデータベース中の情報が用いられ得る。 ある構成においては、研究者が、公知の発現された遺伝子に対して有効なアッセイを得ることを可能にする方法が提供される。 いくつかの構成においては、ポリメラーゼ連鎖反応と共役した逆転写（逆転写−ポリメラーゼ連鎖反応、 Ｒ ｅｖｅｒｓｅ Ｔ ｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ− Ｐ ｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｃ ｈａｉｎ Ｒ ｅａｃｔｉｏｎ，ＲＴ−ＰＣＲ）（Ｓａｍｂｒｏｏｋら、第２版、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ、ＮＹ、１９８９年）を用いる、遺伝子発現レベルの測定のためのアッセイが設計され得る。 これらの構成においては、ｍＲＮＡ配列（または「逆」プライマー配列に対してはその相補体）に対応するＤＮＡ配列を含むプライマーまたはプローブオリゴヌクレオチドが、設計され検証され得る。 いくつかの構成においては、ゲノム核酸からの任意の寄与を低下させるために、少なくとも１つのプローブまたはプライマーが、標的ｍＲＮＡ（またはｃＤＮＡ）配列内のエキソン−エキソン境界にまたがる。

一旦、標的の発現された遺伝子が決定されるかまたは指定されると、研究者により、任意の多数の方法を用いて設計されるアッセイを用いて、遺伝子発現が検出および定量され得る。 従って、いくつかの構成においては、発現される標的のｍＲＮＡの、ＰＣＲで増幅されるｃＤＮＡを定量するためのＴａｑＭａｎ（登録商標）法を用いて、ＲＴ−ＰＣＲ分析アッセイ中で用いるアッセイが開発され得る。 ＴａｑＭａｎ（登録商標）遺伝子発現アッセイは、ＰＣＲ用の一対のオリゴヌクレオチドプライマー、ならびにプローブオリゴヌクレオチドを利用する。 プライマーオリゴヌクレオチドは、ｍＲＮＡの二本鎖ｃＤＮＡ内の種々の部位と、逆向きにハイブリダイズする。 プローブオリゴヌクレオチドは、プライマーハイブリダイゼーション部位の間の部位とハイブリダイズする配列を含む。 ハイブリダイゼーションのストリンジェンシー条件は、プローブおよびプライマーオリゴヌクレオチドの少なくとも１つがゲノムに一意にハイブリダイズするように選択され得る。 いくつかの構成においては、鋳型として作用するゲノムＤＮＡの汚染によって発生する偽シグナルを最小化するために、プローブおよびプライマーオリゴヌクレオチドの少なくとも一つは、エキソン−エキソン境界にかかる配列を含む。 ある構成においては、プローブは、エキソン−エキソン境界にまたがる配列を含む。 プローブオリゴヌクレオチドは、レポーター部分、いくつかの構成においてはフルオロフォア、ならびに蛍光消光剤、いくつかの構成においてはＮＦＱをさらに含む。 消光剤による消光の対象となる任意のフルオロフォアが、レポーター部分として用いられる。 非限定的な例においては、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓによってキットで提供されるフルオロフォアＶＩＣ ^ＴＭが、ＲＴ−ＰＣＲ遺伝子発現アッセイ中でレポーターフルオロフォア部分として用いられる。 プローブはＭＧＢをさらに含むことがある。 いくつかの構成においては、ＭＧＢ部分はプローブの３′末端に共有結合により結合される。 ＭＧＢの構造は、非限定的な例においては、１，２−ジヒドロ−（３Ｈ）−ピロロ［３，２−ｅ］インドール−７−カルボキシレートの三量体であり得る。 ＭＧＢが存在するとハイブリッド核酸の安定性が増大するため、八量体またはＧ−Ｃの多い六量体という短さでも、相補的な配列と安定なハイブリッドを形成することが可能であり、従って、６ヌクレオチドという短さのプローブの使用を可能とする。 ＭＧＢはさらにプローブ−標的ハイブリダイゼーションの特異性を増大させる。

ＲＮＡの存在または量について試料を分析するために、一段階または二段階のいずれかのプロセス構成が用いられ得る。 いくつかの構成においては、ｍＲＮＡを検出し定量するために、一段階プロセス構成が用いられ得る。 一段階プロセス構成においては、逆転写を示す熱安定性ポリメラーゼ、ＤＮＡ鋳型を利用するＤＮＡ合成、および５′から３′方向のエキソヌクレアーゼ活性、非限定的な例においては組換えＴｈｅｒｍｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ ＤＮＡポリメラーゼ（ｒＴｔｈポリメラーゼ）、がＴａｑＭａｎ（登録商標）分析に用いられ得る。 ｒＴｔｈポリメラーゼは、ＲＴ−ＰＣＲ発現分析のために必要な核酸が関与するすべての酵素活性を示すので、標的試料を除いてＲＴ−ＰＣＲ分析のためのすべての成分を含むアッセイが研究者に提供される。 従って、研究者の依頼に従って、あらかじめ検証されたアッセイが、単一の試験管中の混合物として研究者に送付され得る。 研究者は、混合物に標的試料を加え、次いで混合物を標準熱サイクルプロトコルに供するだけでよい。 ある代替の構成においては、アッセイのオリゴヌクレオチドは、単一の試験管中で供給され得、緩衝液、塩、および熱安定ポリメラーゼは別々に供給され得る。 熱サイクルの結果として、プローブおよびプライマーがｃＤＮＡ標的に対してハイブリダイズすれば、フルオロフォアが放出され得る。 放出されたフルオロフォアの測定により、定量化可能なシグナルが提供され、蛍光強度が標的試料中のＲＮＡ濃度に単調に関連し得る。 消光されるプライマーから放出されるフルオロフォアは、当該分野において公知の任意の方法によって定量され得る。 いくつかの構成においては、蛍光測定器が用いられ得る。 いくつかの構成においては、蛍光測定器は、統合された核酸分析システム（非限定的な例において、ＡＢＩ ＰＲＩＳＭ（登録商標） ７９００ＨＴ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ）の構成部品を備える。

さらに他の「二段階」ＲＴ−ＰＣＲ分析構成においては、逆転写およびＰＣＲ増幅は別々に実施され得る。 逆転写は、逆転写酵素（例えば、非限定的な例においては、トリ骨髄芽球症ウイルスまたはモロニーマウス白血病（Ｍｏｌｏｎｅｙ Ｍｕｒｉｎｅ Ｌｅｕｋｅｍｉａ）ウイルス由来の逆転写酵素）を用いて触媒され得る。 第二段階では、第二の鎖の合成、およびｃＤＮＡの増幅が、ＤＮＡポリメラーゼ（例えば、非限定的な例において、Ｔａｑポリメラーゼにような熱安定性ポリメラーゼ）を用いて、続いて引き起こされ得る。 Ｔａｑポリメラーゼは、いくつかの構成においては、熱サイクルプロトコルの開始における初期熱変性工程に先立つオリゴヌクレオチドの伸張を防ぐために、熱変性可能なブロッキング剤（例えば、Ｔａｑポリメラーゼに対する特異的な抗体）と複合体化して提供されるＴａｑポリメラーゼであり得る。

ＳＮＰおよび遺伝子発現アッセイの両方において、試料の高スループット解析を可能にするために、アッセイは一様な条件下で実施され得る。 高スループット能力は自動化およびロボット工学に適し、何百または何千もの個別の遺伝子発現解析が一日の間に実施され得る。 例えば、単一の３８４穴トレイ上に３８４個の別個のＲＴ−ＰＣＲアッセイをセットし、そして単一の熱サイクル装置中で反応を実施することにより、３８４個の試料が同時に分析され得る。 迅速で正確な試料の取扱いを容易にするために、ロボット工学が用いられ得る。

種々の構成において、本発明は、ＰＣＲまたはその変形または改変を用いてＳＮＰまたは発現した遺伝子を分析するためのアッセイの提供を含む。 ＰＣＲの変形は、例えば、１対のプライマーオリゴヌクレオチドおよび少なくとも１つのプローブオリゴヌクレオチドが標的核酸にハイブリダイズされ得るＴａｑＭａｎ（登録商標）アッセイを含む。 ＤＮＡポリメラーゼ、特に熱安定ＤＮＡポリメラーゼ（例えば、ｔａｑポリメラーゼ）は、ポリメラーゼの５′から３′方向のエキソヌクレアーゼ活性の結果として、プローブの加水分解を触媒する。 プローブが、レポーター基としてのフルオロフォア部分および消光部分（例えば、非蛍光消光剤）の両方を含む場合、プローブの加水分解によってフルオロフォアと消光剤とが離れ、レポーター基から得られる蛍光シグナルの増大に至る。

本発明の種々の構成は、ＳＮＰおよびそれらの疾病または条件との関連を研究するため、ならびに遺伝子の発現を研究するための、検証されたアッセイおよびプロトコルの取得のためのシステムを研究者に利用可能とする。 アッセイは、ＳＮＰまたは遺伝子発現の関与する試験の実施のために、多くの数で、そして標準形式で、利用可能になる。 本発明はまた、研究者によって提供される特定の標的配列または遺伝子領域に基づく、新しいアッセイの迅速な開発のためのシステムを提供する。

本発明のいくつかの構成においては、ストック遺伝子発現製品は、既成の定量的な遺伝子発現アッセイであり、５′ヌクレアーゼ化学反応にもとづいて構築され、例えば、公開または非公開データのいずれかを用いるＢＬＡＳＴおよび他の配列分析を実施するバイオインフォマティクスパイプラインを利用して設計されたものである。 本発明のいくつかの構成とともに用いるに適するデータベースの１つの例は、遺伝子探索システム１９の１つの例であるＣｅｌｅｒａ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ Ｓｙｓｔｅｍ（ＣＤＳ ^ＴＭ ）である（図１を参照のこと）。 いくつかの構成においては、アッセイは、２０×混合物に調合され、品質管理試験を受け、そして機能試験を受け得る。 依頼者には、エキソン接合情報およびアッセイ標的配列を転写配列に関連づける情報が提供され得、そしていくつかの構成においては、プローブおよびプライマー配列情報ならびに全転写配列情報を提供され、あるいは提供されるか否かを選択可能である。

対照的に、カスタムアッセイを提供する構成においては、依頼者は、所望であればすぐにＢＬＡＳＴまたは配列分析を自身で実施し得、標的配列および所望のＴａｑＭａｎ（登録商標）ＭＧＢプローブの位置を、業者に提供する。 次いで、本発明の構成は、適切なプログラム（例えば、Ｐｒｉｍｅｒ Ｅｘｐｒｅｓｓまたはその修正版（例えば、バッチモードで実行し得る））を利用して、ＴａｑＭａｎ（登録商標）ＭＧＢプローブおよびプライマーのセットを設計する。 プライマーおよびプローブは、業者によって品質管理試験に供され、次いで、例えば２０倍、６０倍、または他の濃度を有する単一管混合物中に調合される。 いくつかの構成においては、依頼者は特定の部品番号を注文することにより、ある濃度を選択し得る。 業者は、プライマーおよびＴａｑＭａｎ（登録商標）ＭＧＢプローブ配列を依頼者に提供する。

本発明のいくつかの構成は、「カスタム」オプションおよび「ストック」オプションの両方を提供し、１つ以上のあらかじめ設計され、あらかじめ調合され、品質管理試験を受けたアッセイを単一管中で提供する。

（ウェブ上のポータルシステム）
本明細書中に開示されるシステムの種々の局面に従い、ユーザは、ウェブ上のポータルを用いて、アッセイの実施に関連する製品を注文可能である。 ウェブ上のポータルは、カスタムアッセイおよび／またはストックアッセイを注文するために用いられ得る。 この点について、ユーザは初めに図１のブロック１０に示されるように、ポータルにナビゲートする。 任意の他の適切なポータルが用いられ得ると理解されるが、このポータルは、図１７に示されるポータルに類似し得る。 一旦ユーザがポータルに到達すると、ユーザはブロック１２に表されるように所望のアッセイの型を決定する。 例えば、ユーザは遺伝子発現実験のために用いられ得るカスタムアッセイ、ストックアッセイ、あるいはＳＮＰ遺伝子型解析実験のために用いられ得るストックアッセイを注文することを所望し得る。 しかし、このアッセイのセットは、単に性質の例を示すものであり、他のアッセイおよび／または関連する製品を含み得ることが理解される。

ユーザが所望するアッセイの型に依存して、処理は異なる。 例えば、ユーザがカスタムアッセイを取得することを所望する場合、システムは、ブロック１４に示されるように、カスタムアッセイをユーザに送達するために有用であるユーザ情報からカスタムアッセイの取得に進む。 同様に、ユーザが遺伝子発現実験のためのアッセイを取得することを所望する場合、システムは、ブロック１６に表されるようなアッセイを生成するために有用である情報の取得に進む。 さらに、ユーザがＳＮＰ遺伝子型解析のためのアッセイを取得することを望む場合、システムは、ブロック１８に表されるように、そのようなアッセイの提供に有用な情報の収集に進む。 さらに、ユーザは、ブロック１９に示されるように、遺伝子探索システムを用いることを所望し得る。 遺伝子探索システムを以下に記載する。

（遺伝子探索システム）
本発明のいくつかの構成は、アッセイ選択の過程においてユーザを支援し得るコンピュータ調査をユーザが実施することを可能にする、遺伝子探索システムまたはプラットフォーム１９を提供する。 遺伝子探索システム１９は、ポータル１０から、あるいはカスタムアッセイおよび／またはストックアッセイブロック１４、１６、および１８からの選択画面から、直接アクセス可能である。 例えば、ユーザがカスタムまたはストックアッセイ画面を入力し、所定のアッセイについてゲノム情報をさらに得ることを望む場合、あるいはユーザが遺伝子の注文の前にさらに調査を実施することを決定する場合、遺伝子発現システムへの適切なエントリーリンクがアクセス可能である。

遺伝子探索プラットフォーム１９は、公開情報源および／または非公開情報源からのゲノムデータおよびバイオメディカルデータのセットへのアクセスを提供し得る。 いくつかの構成は、Ｃｅｌｅｒａ、ＧｅｎＢａｎｋ、および他の公開データ源および非公開データ源からのそのようなデータへの統合されたアクセスを提供する。 遺伝子構造および機能、ゲノム構造および物理マッピング、ならびに／あるいはファミリー、機能、プロセス、および／または細胞内の位置によって分類されるタンパク質の一覧および解析を容易にするために、計算機ツールもまた提供され得る。 容易なナビゲーションおよび解析のために情報を組織化する直感的なユーザインターフェースが提供され得る。

任意の構成においては、ブロック１９の遺伝子探索システムは、図２に例示されるようにゲノムナビゲーションページへのリンクを、ユーザを提供する。 例えば、ヒト、マウス、ヒトおよびマウスの比較ゲノミクス、蛋白質分類、およびファルマコゲノミクスを含む数個のオプションがゲノムナビゲーションのために提供され得る。 例えば、任意の構成においては、ゲノムナビゲーションオプションは、ゲノムマップ、ゲノムアセンブリ、および遺伝子データをブラウズして検索する能力をユーザに提供するために構成され得る。

蛋白質分類オプションは、ユーザが一つ以上の蛋白質情報データベースをブラウズおよび／または検索することを可能にする。 データベース能力は、例えば、ブラウジングおよびテキスト検索セレラパンサー（Ｃｅｌｅｒａ ＰＡＮＴＨＥＲ ^ＴＭ ）ファミリー、ならびに遺伝子存在論分類データを含む。

任意の構成において利用可能なファルマコゲノミクスオプションは、一つ以上のＳＮＰデータベース、例えば、セレラヒトＳＮＰ参照データデータベース（Ｃｅｌｅｒａ Ｈｕｍａｎ ＳＮＰ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｄａｔａ ｄａｔａｂａｓｅ）に対して検索する能力をユーザに提供する。

本発明の任意の構成においては、ナビゲーションバーが提供される。 ナビゲーションバーは、バイオ分子ライブラリー；テキスト検索（ユーザが配列解析アプリケーションをスタートさせることを可能にする）；配列解析（ユーザが配列解析アプリケーションをスタートさせることを可能にする）；ワークスペース（ユーザが新しいセッションをスタートし、セッションを削除、名前変更、インポート、および／またはエクスポートし、および／または削除する質問式を選択し、および／または他の質問とリンクし、複雑な質問式を実施することを可能にする）；キュー表示（ユーザが彼または彼女の配列解析ジョブの状態を表示し、結果を読み込むことを可能にする）；オプション表示（例えば、ユーザアカウント情報の表示および／または表示オプションを提供する）；オンラインヘルプ；およびログオフ等の一つ以上の機能へのアクセスを提供する。 任意の構成はユーザに許されるセッションの数を制限し得る。

本発明の任意の構成は、一つ以上の公開および／または非公開データベースからのゲノムアセンブリおよび注釈データにもとづく研究施設を提供し得る。 これらのデータベースの一つ以上は、セレラ（Ｃｅｌｅｒａ）データベースであり、染色体マップレポート、骨格レポート、配列レポート、遺伝子リスト、染色体マップ表示および／または生物分子レポートを入手できる。

本発明の任意の構成において提供されるような染色体マップレポートの代表的な例を図３に示す。 このレポートは染色体上の骨格をリストする。 任意の構成においては、染色体レポートは染色体の位置によって昇順にソートされる。 各骨格について、対応する骨格レポートへのリンク；基準染色体軸上の骨格の座標および／または向き；ならびに／または骨格の長さを含む一つ以上の情報項目が取得可能である。 染色体マップレポートから、本発明の任意の構成は染色体マップ表示へのアクセスを提供する。

本発明の任意の構成においては、染色体マップ表示を読み込むために、ユーザは最初にゲノムアセンブリ（例えば、セレラ（Ｃｅｌｅｒａ）ゲノムアセンブリ）を検索して、単一染色体上のすべての骨格を読み込む。 ユーザはそれから骨格レポートから染色体マップレポートへのリンクをクリックする。 本発明の任意の構成において提供される骨格レポートの代表的な例は図４に示される。

本発明の任意の構成においては、配列レポートが提供され得る。 本発明の任意の構成によって提供される配列レポートの代表的な例は、図５に示される。 本発明の任意の構成によって提供される配列レポートは、ゲノムアセンブリセグメントの位置を基準染色体軸上に表示し、ヌクレオチドコンセンサス配列（ギャップなし）をＦＡＳＴＡ形式で表示する。

本発明の様々な構成は、遺伝子リストをユーザに利用可能とする。 本発明の任意の構成において提供される遺伝子リストの代表的な例は、図６に示される。 この遺伝子リストは、ゲノム注釈データに関する情報を（例えば）表形式で表示する。

任意の構成における遺伝子リスト情報は、例えば、以下の項目の一つ以上を含む：遺伝子ＩＤ、転写物ＩＤ、蛋白質ＩＤ、遺伝子名（もし割り当てられていれば）、遺伝子記号（もし割り当てられていれば）、遺伝子別称（もし割り当てられていれば）、参照配列ＩＤ（もしあれば）。

本発明の任意の構成は、図７に示されるように、染色体マップ表示を提供する。 染色体マップ表示は、参照ゲノムのグラフィカルな概観を提供し得る。 さらに、それは次の項目の一つ以上へのアクセスを提供する：対応する骨格レポート、対応する生物分子レポート、および／または対応する遺伝子リスト。

任意の構成においては、図８に例示されるように、生物分子レポートが提供される。 このレポートは三つのビューの一つ以上を含む：蛋白質ビュー、ｍＲＮＡビュー、および染色体ビュー。 蛋白質ビュー（図８に例示されるもののような）は、選ばれる蛋白質ＩＤ（例えば、選ばれるセレラ（Ｃｅｌｅｒａ）蛋白質ＩＤ）に対して、以下の情報項目の一つ以上を表示する：対応する遺伝子記号、遺伝子別称（もし割り当てられていれば）、および／または遺伝子ＩＤ、対応する転写物ＩＤ（例えば、セレラ（Ｃｅｌｅｒａ）転写物ＩＤ）、参照ゲノム上の開始および／または終了座標、および／または向き示すアイコン：順方向鎖、逆方向鎖、または不確定鎖；もし利用可能ならヒトゲノム突然変異データベースレポートへのリンク；遺伝子存在論分類；パンサー（Ｐａｎｔｈｅｒ）蛋白質ファミリー分類、および／または蛋白質分域ヒットアイデンティティー。

ｍＲＮＡビュー（代表的な例が図９に示される）は、選ばれる転写物ＩＤ（例えば、選ばれるセレラ（Ｃｅｌｅｒａ）転写物ＩＤ）に対して、以下の情報項目の一つ以上を表示し得る：対応する遺伝子記号、遺伝子別称（もし割り当てられていれば）、および／または遺伝子ＩＤ（例えば、セレラ（Ｃｅｌｅｒａ）遺伝子ＩＤ）、向きを示すアイコンを含み得る参照ゲノム上の開始および終了座標；もし利用可能ならヒトゲノム突然変異データベースレポートへのリンク；対応する蛋白質ＩＤ（例えば、セレラ（Ｃｅｌｅｒａ）蛋白質ＩＤ）、転写物中のヌクレオチドおよびエキソンの数；パンサー（Ｐａｎｔｈｅｒ）蛋白質ファミリー分類；一つ以上の配列データベース（例えば、セレラ（Ｃｅｌｅｒａ）および公開データベース）に対する最善のヒットへのリンク；証拠；および／またはすべてのエキソンに対して転写された配列。

染色体ビュー（代表的な例は図１０に示される）は、選ばれる遺伝子ＩＤ（例えば、選ばれるセレラ（Ｃｅｌｅｒａ）遺伝子ＩＤ）に対して、以下の情報の一つ以上を表示し得る：対応する遺伝子記号および／または遺伝子別称（もし利用できれば）；向きを示すアイコンを含む、参照ゲノム上の開始および終了座標；もし利用可能ならヒトゲノム突然変異データベースレポートへのリンク；対応する転写物ＩＤ（例えば、セレラ（Ｃｅｌｅｒａ）転写物ＩＤ）；対応する蛋白質ＩＤ（例えば、セレラ（Ｃｅｌｅｒａ）蛋白質ＩＤ）；および／または遺伝子配列（例えば、セレラ（Ｃｅｌｅｒａ）遺伝子配列）へのリンク。

本発明の任意の構成においては、図１１に示されるように、ヒトゲノム突然変異データベース（ＨＧＭＤ）レポートが提供され得る。 ＨＧＭＤレポートは以下の一つ以上を含み得る：対応する遺伝子名；対応するＯＭＩＭレコードへのリンク；定期購読者だけがアクセス可能であるＳＮＰ結果へのリンク（例えば、セレラ（Ｃｅｌｅｒａ）ＳＮＰ結果へのリンク）；向きを示すためにアイコンを含む参照ゲノム上の開始および終了座標；ＨＧＭＤ分類突然変異タイプ；および／またはＨＧＭＤ表現型による突然変異。

遺伝子探索プラットフォーム１９の任意の構成は、ゲノムマップの検索および／またはゲノムアセンブリの検索によって、ゲノムのナビゲーションを可能にする。 例えば、染色体番号で検索するために、任意の構成はユーザが「ゲノムマップ」リンク（図２に示される）をクリックすることを可能にし、それに応えて、代表的な例が図１１に示される「ゲノムマップ検索」ウェブページを提供する。 任意の構成においては、そこでユーザは「全染色体画面」プルダウンリストから染色体を選ぶ。 プルダウンリストからの染色体の選択の後、ユーザは「遺伝子リスト」をクリックして、選ばれた染色体の遺伝子のリストを見るか、あるいは「マップ」をクリックして染色体表示を見る。

任意の構成においては、ユーザは遺伝子ＩＤ、遺伝子記号、および／またはＲｅｆ Ｓｅｑ ＩＤで検索し得る。 図１１に示されるウェブページからこのようにするには、例えば、ユーザはプルダウンリストから多数のＩＤタイプの一つを選び得る。 それからユーザは検索するＩＤ、例えば、「ｈＣＧ１４５７１」をテキストボックスの中にタイプし、プルダウンリストから隣接領域を選ぶ。 デフォルト値、例えば０Ｍｂが提供され得る。 ユーザはそれから「遺伝子リスト」をクリックして遺伝子リスト結果を見るか、あるいは「マップ」をクリックして特定したＩＤに対する染色体表示を見る。

任意の構成は、ユーザが細胞遺伝バンドで検索を実施することを可能にする。 これらの構成のいくつかにおいては、ユーザは図１２に示されるような「ゲノムマップ検索」ページを示され得る。 ユーザはそれから第一の「バンド」テキストボックスの中に開始値、「バンドへ」テキストボックスの中に終了値をタイプし得る。 望むなら、プルダウンリストから隣接領域が選ばれ得る。 次に、ユーザは「遺伝子リスト」をクリックして二つの細胞遺伝バンドの間に存在する遺伝子のリストを見るか、または「マップ」をクリックして特定された領域に対する染色体表示を見る。 任意の構成は、ユーザが、単一の細胞遺伝バンドの検索を実施することを可能にする。 例えば、図１２に表される「ゲノムマップ検索」ページにおいては、ユーザは第二の「バンド」テキストボックスの中に値をタイプし、プルダウンリストから隣接領域を選択し、「遺伝子リスト」をクリックして遺伝子リスト結果を見るか、あるいは「マップ」をクリックして特定されたバンドに対する染色体表示を見る。

任意の構成は、ユーザが、染色体上の位置で検索することを可能にする。 例えば、図１２に示される「ゲノムマップ検索」ページにおいては、ユーザはプルダウンリストから染色体を選び得、第一の「位置」テキストボックスの中に開始値（例えばＭｂで）をタイプし、「位置へ」テキストボックスの中へ終了値をタイプし、（望むなら）プルダウンリストから隣接領域を選択し、「遺伝子リスト」をクリックして二つの位置の間に存在する遺伝子のリストを見るか、あるいは「マップ」をクリックして選ばれる領域に対する染色体表示を見る。 任意の構成においては、ユーザはプルダウンリストから染色体を選択し、第二の「位置」テキストボックスの中に望みの位置をタイプし、プルダウンリストから隣接領域を選択し、「遺伝子リスト」または「マップ」上をクリックすることにより、単一の位置を特定し得る。

任意の構成は、ユーザが、例えば、放射ハイブリッドデータベース（ＲＨｄｂ）または配列タグ部位（ｄｂＳＴＳ）のデータベースから、ＳＴＳマーカーを検索することを可能にする。 任意の構成において二つのマーカーによって結合される領域を検索するために、ユーザは「ゲノムマップ」（図２を参照）をクリックし、表示される（図１２を参照）「ゲノムマップ検索」ページにおいて、ユーザは第一の「マーカー」テキストボックスの中にＳＴＳマーカーＩＤをタイプする。 ＲＨｄｂ ＩＤおよびｄｂＳＴＳ ＩＤの検索は、任意の構成においては、ＲＨｄｂ ＩＤを検索するにはユーザが「ＲＨｎ」とタイプし、ここでｎはＩＤ番号であり、あるいはｄｂＳＴＳ ＩＤを検索するにはユーザが「ｄｂＳＴＳｎ」とタイプすることにより区別され得る。 ユーザはそれから「マーカーへ」テキストボックスの中にＳＴＳマーカーＩＤをタイプし、望むなら、プルダウンリストから隣接領域を選択し、「遺伝子リスト」をクリックして二つのＳＴＳマーカーの間に存在する遺伝子のリストを見るか、あるいは「マップ」をクリックして選ばれる領域に対する染色体表示を見る。 任意の構成においては、単一のマーカーを検索するために、ユーザが第二の「マーカー」テキストボックスの中にＳＴＳマーカーＩＤをタイプし、隣接領域を選ぶよう求められることを除いて、ユーザは類似の手順による。

本発明の任意の構成は、ユーザが、二つのＢＡＣの間の領域を検索することを可能とする。 例えば、図１２に示される「ゲノムマップ検索」ページにおいて、ユーザは第一の「ＢＡＣ ＩＤ」テキストボックスの中にＢＡＣ ＩＤをタイプし、「ＢＡＣ ＩＤへ」テキストボックスの中にＢＡＣ ＩＤをタイプする。 望むなら、ユーザはそれからプルダウンリストから隣接領域を選び得る。 デフォルトの隣接領域（例えば、０Ｍｂ）が提供され得る。 ユーザはそれから「遺伝子リスト」をクリックして二つのＢＡＣの間に存在する遺伝子のリストを見るか、あるいは「マップ」をクリックして、特定された領域に対する染色体表示を見る。 任意の構成においては、ＢＡＣ ＩＤが第二の「ＢＡＣ ＩＤ」テキストボックスの中にタイプされることを除いて、類似の手順によって、ユーザは単一のＢＡＣを検索し得る。

本発明の任意の構成は、ユーザが染色体番号でまたはゲノム集合番号でゲノム集合を検索し、以下の一つ以上を読み込むことを可能にする能力を提供する：単一の染色体上のすべての骨格を表示できる染色体マップレポート；単一の骨格に関連するすべてのゲノム集合セグメントを表示できる骨格レポート；および／または単一のゲノム集合配列セグメントを表示できる配列レポート。

例えば、任意の構成においては、単一の染色体上のすべての骨格を読み込むために、ユーザは、図２に例示されるようなページ上で「ゲノム集合」をクリックすることにより、染色体番号で検索して、染色体マップレポートを作製できる。 そのとき、図１３に示されるような「ゲノム集合検索」ウェブページが、サーバからユーザのウェブブラウザに提供され得る。 ユーザはそこでプルダウンリストから染色体を選ぶ。 必要に応じて、ユーザは「骨格長さ」プルダウンリストからサイズを選択して結果をフィルタし、および／またはユーザは「位置」および「位置へ」テキストボックスの中に値をタイプすることにより、染色体上の標的を特定し得る。 「検索」をクリックした後、染色体マップレポートが表示される。

任意の構成は、ユーザがゲノム集合番号で検索して骨格レポートを生成させることを可能にする。 例えば、図１３の「ゲノム集合検索」ウェブページにおいては、「骨格レポート」テキストボックスの中へゲノム集合番号がタイプされ、ユーザはそれから「検索」をクリックする。 すると骨格レポートが表れる。

任意の構成は、ユーザが、ゲノム集合番号セグメントで検索して、配列レポートを生成作製することを可能にする。 例えば、図１３の「ゲノム集合検索」においては、ユーザは配列レポートテキストボックスの中にゲノム集合番号セグメントをタイプして、「検索」をクリックし得る。 すると配列レポートが現れる。

本発明の任意の構成は、パンサー（Ｐａｎｔｈｅｒ）ファミリー蛋白質分類によって遺伝子を見つける能力を、ユーザに提供する。 すなわち、任意の構成は、ユーザが以下の一つ以上を実施することを可能とするパンサー（Ｐａｎｔｈｅｒ）蛋白質機能ファミリーブラウザを提供する：機能カテゴリーおよび蛋白質ファミリー／サブファミリーをブラウズする；機能カテゴリーまたは蛋白質ファミリー／サブファミリーをテキスト検索する；遺伝子リストを新規作成する；あるファミリーのパンサー（Ｐａｎｔｈｅｒ）ツリーを見る；あるファミリーのパンサー（Ｐａｎｔｈｅｒ）複数配列合致（ＭＳＡ）を見る；および／またはあるファミリーのパンサー（Ｐａｎｔｈｅｒ）「部分」ＭＳＡを見る。

任意の構成においては、ユーザが図２に例示されるウェブページ上の「パンサー（Ｐａｎｔｈｅｒ）ファミリー」をクリックすると、パンサー（Ｐａｎｔｈｅｒ）蛋白質機能‐ファミリーブラウザが利用可能になり得る。 パンサー（Ｐａｎｔｈｅｒ）蛋白質機能‐ファミリーブラウザ画面の代表的な例が図１４に示される。 このブラウザ画面は「カテゴリーパネル」および「ファミリーパネル」を含む。 ファミリーパネルはまた、図１４に例示されるようにサブファミリーを示す。

様々な構成においては、ブラウザはまた、テキスト検索（例えば、ユーザはテキスト「キナーゼ」を検索することがある）を受け付ける機能を提供し、その結果、フォルダが開かれ、検索語を含むカテゴリーが見える（任意の構成においては強調され得る）。 任意の構成はまた、サブファミリー検索を提供する。

本発明の任意の構成は、パンサー（Ｐａｎｔｈｅｒ）遺伝子リストを提供する。 例えば、ユーザはファミリーパネルにおいてブラウズまたはテキスト検索して、所望の蛋白質ファミリー／サブファミリーを選択し、選択されたファミリー／サブファミリーに帰属されるすべての蛋白質をリストする遺伝子リストへ行く。 様々なソーティングおよび修正オプションが提供され、エクスポート機能が提供され得る（例えば、他の使用に適する形式での、ユーザのローカルディスクへのリストのエクスポート）。

本発明の任意の構成においては、パンサー（Ｐａｎｔｈｅｒ）ツリービューワーが提供される。 パンサー距離ツリーは、ユーザが、特定のファミリー内の配列の間の関係を探索することを可能にし、またファミリーおよびサブファミリーに注釈付けするために用いられる情報を示す。 様々な例となる構成においては、ツリービューワーはお互いにマップされ得る二つのパネルを有する。 一つのパネルは、異なる配列間の関係をグラフィカルに表示する。 属性テーブルはツリー中の各配列に対して一行を含み、各列は配列に対するジェンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）受入番号；例えば、ＳｗｉｓｓＰｒｏｔまたはジェンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）レコードから文切り出しされた簡潔な定義文；配列が導かれた生物；および／またはＰｕｂＭｅｄからの公開関連要約への関連のような、配列のいろいろな属性を示す。 任意の構成においては、このページはまたＭＳＡビューへリンクし、および／または選ばれたサブファミリーを強調する。

任意の構成はまた、ユーザにパンサー（Ｐａｎｔｈｅｒ）ＭＳＡビューワーを提供する。 パンサー（Ｐａｎｔｈｅｒ）ＭＳＡはパンサー（Ｐａｎｔｈｅｒ）距離ツリー、そしてファミリー／サブファミリー分類の製作に用いられているため、このビューワーは有用である。 任意の構成においては、二つのビューワーモードがある：情報をもたらす複数のアラインメントをつくるために十分なほど密接に関連するファミリー中のすべての公開利用可能配列を含む完全ＭＳＡ；および現に選択されているサブファミリーに対してのみアラインメントを示す部分ＭＳＡである。 任意の構成においては、ＭＳＡビューはツリーにおけると同じ規則化によってサブファミリーに分割され得、その結果、もっとも密接に関連する配列はアラインメント中でお互いにもっとも近接して現れる。 また、ＭＳＡビューワーの任意の構成は、二つのパネルを有する：情報パネルおよびＭＳＡパネルである。 情報パネルは各サブファミリーおよび配列についての情報を含み得る。 この情報はさらに詳しい情報へのハイパーリンクを含み得る。 ＭＳＡパネルは、配列をファミリー隠れマルコフ（Ｍａｒｋｏｖ）モデル（ＨＭＭ）にアラインすることにより作製され得る複数配列アラインメントを表示し得る。

パンサー（Ｐａｎｔｈｅｒ）ＨＭＭアラインメントビューが提供され得る。 このビューは、ＨＭＭの共通配列にアラインされた質問配列を示す。 また、ある闘値よりよいスコアで質問配列にヒットしたすべてのパンサー（Ｐａｎｔｈｅｒ）ファミリー／サブファミリーＨＭＭを示すパンサー（Ｐａｎｔｈｅｒ）ファミリー／サブファミリーヒットビューが提供され得る。

任意の構成においては、ある遺伝子（例えば、セレラ（Ｃｅｌｅｒａ）遺伝子）が遺伝子存在論蛋白質分類により見いだされ得る。 これらの構成は、例えば、テキスト検索または「ドリルダウン」検索のどちらか、あるいは両方を提供し得る。

任意の構成においてテキスト検索を実施するために、ユーザは図２に例示されるページで「遺伝子存在論」をクリックする。 すると「存在論」ページが現れる。 本発明の任意の構成において用いられる存在論頁の代表的な例は図１５に示される。 ユーザはそこで存在論キーワードテキストボックスの中へ検索文字列をタイプし、「検索」上をクリックする。 すると「存在論キーワード結果」頁が作製され、ユーザのブラウザに提供される。 本発明の任意の構成において制作される「存在論キーワード結果」頁の代表的な例は図１６に示される。 ユーザは、そこでリンクをクリックして、その結果に対する遺伝子存在論（ＧＯ）分類リストへドリルダウンする。 ユーザは、彼または彼女が対応する遺伝子リストリンクを有する所望のカテゴリーにアクセスするまでドリルダウンを続ける。

任意の構成においては、ユーザは遺伝子存在論分類をドリルダウンし得る。 例えば、任意の構成においては、図１５の「存在論」ページから、ユーザは、生物種およびＧＯ分類を選び得る。 ユーザは、それから彼または彼女がやはり遺伝子リストへのリンクを有する所望のカテゴリーにアクセスするまでドリルダウンし得る。

任意の構成においては、ジェンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）ヒトヌクレオチド配列は、ＢＬＡＳＴＮおよびＳＩＭ４アルゴリズムの修正版の組合せを用いて、ヒトゲノム集合（例えば、セレラ（Ｃｅｌｅｒａ）ヒトゲノム集合）にマップされ得る。 また、任意の構成は反復ヒット（例えば、ゲノム上の１０より大きな位置へマップする配列）、オーファン（例えば、ゲノムにマップできない配列）、および最善ヒット（例えば、配列が２から１０の位置にマップするなら、最善マッピングを識別する試みができる）を用いて公開配列にマップする。

本発明の任意の構成は、ユーザが、マッピングデータベースの検索によって、公開ＩＤ（例えば、ジェンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）受入）をヒトゲノムプロジェクト（例えば、セレラ（Ｃｅｌｅｒａ）ヒトゲノム）にマップすることを可能にするブラウジング能力を提供する。 任意の構成においては、例えば、ＩＤマッパーが、ジェンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）ＤＮＡ，ジェンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）ｍＲＮＡ、ｄｂＥＳＴ、および／またはＲｅｆ Ｓｅｑを含む一つ以上のマッピングデータベースに対する検索能力を提供する。

任意の構成においては、データのテキスト検索はまたユーザによって実施される。 例えば、セレラ（Ｃｅｌｅｒａ）および非セレラ（Ｃｅｌｅｒａ）データがテキストによって検索され得る。

本発明の様々な構成はまた、配列解析を実施する機能を含む。 例えば、以下の蛋白質解析型の一つ以上が提供され、ユーザのブラウザウィンドウでアクセス可能となる：ＢＬＡＳＴＰ；ＴＢＬＡＳＴＮ；ＴＦＡＳＴＡ；ＦＡＳＴＡ；ＰＳＩ‐ＢＬＡＳＴ；および／またはＨＭＭＰＦＡＭ。 また、以下のヌクレオチド解析型の一つ以上が提供され、ユーザのブラウザウィンドウでアクセス可能となる：ＢＬＡＳＴＮ；ＢＬＡＳＴＸ；および／またはＴＢＬＡＳＴＸ。

本発明の任意の構成は、ユーザが、新しいセッションを開始し、セッション全体およびその結果を削除し、選択される質問式結果を削除し、セッションの名称を変更し、セッション結果をインポートし、セッション結果をエクスポートし、質問式結果を一つのセッションから別のセッションへコピーし、および／または既存の質問式から追加の質問式を実施することを可能にするワークスペースを提供する。 例えば、結果はユーザのローカルハードディスクメモリへエクスポートされ、後に使用のために再インポートされ得る。
計算機システム
本発明の様々な構成および図１８への参照において、複数のコンピュータ２２、２６を含むコンピュータシステム２０が、上記に説明されるカスタムアッセイおよび／またはストックアッセイ等の情報、製品およびサービスを、ユーザまたは消費者２８に配布するために利用され得る。 コンピュータネットワーク２４（例えば、インターネット等の公開ネットワーク）上の第一のコンピュータ２２（すなわち、配布者コンピュータ）は、ヒトまたは非ヒト標的ＤＮＡ（またはＲＮＡ）配列に関する情報を入手するために、第二のコンピュータ２６（すなわち、消費者コンピュータ）を用いる消費者２８と相互作用する。 標的ＤＮＡ（またはＲＮＡ）配列に関する情報は、ＳＮＰおよび／またはエキソン位置、すなわち、配列それ自身、ＳＮＰおよび／もしくはエキソン位置そのもの、またはこれらの項目が決定されるもととなる（例えば、遺伝子名、受入番号）等の他の情報を含み得る。 任意の構成においては、この相互作用は、消費者コンピュータ２６上で稼動するウェブブラウザに、消費者２８がユニフォームリソースロケータ（ＵＲＬ）をタイプし、配布者コンピュータ２２上で稼動するサーバ３０からのウェブポータル（図１のブロック１０でユーザがナビゲートして行くような）として働く、ハイパーテキストマークアップランゲージ（ＨＴＭＬ）または他の型のウェブページを、ダウンロードすることによって開始され得る。

消費者コンピュータ２６上に表示されるウェブページは、様々な型の紹介およびセールス情報を含み、認可されたユーザ／購入者にログインを提供し、ＤＮＡ（またはＲＮＡ）配列および他の情報の購入を、必要なものまたは望ましいものとして、勧誘し得る。 任意の構成においては、開始ウェブページは、情報を入手するために消費者２８と相互作用するサーバ３０によって提供されるいくつかのウェブページの一つであり得る。 例えば、任意の構成においては、消費者２８によってアクセスされる開始ウェブページは、消費者２８に情報を提供する会社のウェブサイトであったり、消費者２８が消費者コンピュータ２６を用いて、識別情報をタイプする用紙であったりし得る。 配布者コンピュータ２２は、消費者２８によって入力され、コンピュータネットワーク２４を介して、消費者コンピュータ２６によって送られる情報を受け取る。

いくつかの構成においては、配布者コンピュータ２２は、消費者２８の身元、およびセールスページにアクセスして、配布者からアッセイを購入する彼または彼女の資格を確認する。 たとえば、この確認は、配布者コンピュータ２２上で稼動するウェブアプリケーションサーバ３２（たとえば、インターナショナルビジネスマシンズコーポレーション（Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｂｕｓｉｎｅｓｓ Ｍａｃｈｉｎｅｓ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、アーモンク（Ａｒｍｏｎｋ）、ニューヨーク（ＮＹ）から入手できるＩＢＭ（登録商標）ＷＥＢＳＰＨＥＲＥ（登録商標）アプリケーションサーバ）によって、有資格消費者および消費者識別用の消費者データベース３４への参照により実施される。 もし消費者２８が確認されず、または購入資格がなければ、この情報は、ウェブアプリケーションサーバ３２およびウェブページサーバ３０によって、コンピュータネットワーク２４を介して、消費者２８に返され、消費者２８は、購入および／またはさらに他の情報にアクセスすることを許されない。

（カスタムアッセイ）
図１８および１９を参照して、本発明のさまざまな構成は、バイオテクノロジー製品を消費者に配布する方法４４を実施する。 より詳しくは、この方法は、少なくとも一つの核酸配列に関する（すなわち、これを表す）情報を得る目的で、消費者２８と４６で相互作用するためのコンピュータネットワーク２４の利用を含む。 消費者から得られる標的核酸配列は、たとえば、標的ＲＮＡまたはＤＮＡ配列であり、それ自身は、エキソンまたはその一部分、および／または一塩基多型（ＳＮＰ）を含む。 情報はＳＮＰ位置および／またはエキソン位置に関する情報をさらに含む。 提供される核酸配列は、４８で形式エラーを解析される。 エラーが検出されれば、形式エラーを訂正するために、４６でさらに相互作用が実施される。 （いくつかの構成においては、核酸配列を含む情報を得るための４６での消費者２８との相互作用に先立ち、消費者２８はコンピュータネットワーク２４を介して彼または彼女の身元を確認し、および／または彼の注文する資格を確認することを要求される。）
消費者２８から情報を得たら、本発明のさまざまな方法は、５０で、特定される特性をもつ順方向プライマ配列、逆方向プライマ配列、およびプローブ配列を提供する。

順方向プライマ配列および逆方向プライマ配列は、一緒に、アンプリコン配列を定義する。 アンプリコンは標的核酸配列内にある。 プローブ配列は、アンプリコン配列の一部分に相補的である。 次に、さまざまな構成においては、一つ以上の順方向プライマ配列、逆方向プライマ配列、およびプローブ配列が、たとえば、データベース４０等のゲノムデータベースを用いて、５２で検証される。 検証は、上記で説明されるように、配列の一つ以上のＢＬＡＳＴ実行を含むことがある。 少なくとも一つのアッセイが５４で製造される。 製造されたアッセイは、順方向プライマ配列による順方向プライマ、逆方向プライマ配列による逆方向プライマ、およびプローブ配列によるプローブを含む。 いくつかの構成においては、順方向プライマ配列、逆方向プライマ配列、および／またはプローブ配列は、５２から検証された配列である。 アッセイは５８で消費者２８に出荷される。 本発明のいくつかの構成は、二次元バーコードをもつ単一管の形式でアッセイを出荷する。 いくつかの構成においては、製造されたアッセイ中のプローブは、蛍光消光剤を含む。 蛍光消光剤は非蛍光性色素である。 いくつかの構成においては、蛍光消光剤は、バックグラウンド蛍光を低下させ、消光効率を増大させるために構成される。 アッセイ自体は、たとえば、リアルタイムＰＣＲシステム等の配列検出システム中での使用に適する。

いくつかの構成は、アッセイが指定された特性を満たすことを確認するために、製造された順方向プライマ、製造された逆方向プライマ、および／または製造されたプローブを、出荷前に５６で試験する。 ５６における試験は、たとえば、製造されたアッセイについてオリゴヌクレオチド配列が正しいことを決定する質量分光法の実施、および／または増幅が起って少なくとも一つの対立遺伝子識別が確認されたことを決定する機能試験の実施を含む。

さまざまな実施形態によると、図１に示されるようにユーザがブロック１４でカスタムアッセイを入手することを選ぶと（および、確認および／または資格が要求される構成においては、ユーザが確認され、認可されれば）、カスタムアッセイの注文の提出方法についてユーザに紹介するウィンドウ画面が、ユーザに提供される。 一つのそのようなウィンドウ画面の非限定的な例が図２０に示される。 この点について、ユーザは、標的配列の選択に関して、ある手順に従い、配列の品質を評価し、提出ファイルを作成し、提出用の配列の形式を整え、注文メッセージを作成し、および電子メール、通常郵便またはインターネットを介して注文を提出することを求められる。 これらの要素のそれぞれは、図２１を参照して、下記でさらに十分に議論される。

図２１に示されるように、本発明のさまざまな構成によると、ユーザは、それに対してアッセイが配達される標的配列（６０）を選ぶ。 標的配列の選択において考慮されるさまざまな因子がある。 これらの因子は、生物学的な配列の意味、配列長さ、配列品質、配列の一意性、および反復要素を含む。 生物学的意味については、本明細書中で議論されるように、プライマおよびプローブの製造中に実施される品質保証アッセイが、プライマおよびプローブの収量が仕様を満たすかどうかを決定するために用いられることが理解されよう。 この理由によって、アッセイの生物的性能が目的の結果を達成するかどうかを最初に決めることが望ましい。

標的配列長さについては、ある実施形態において配列の長さは約６０塩基から約５０００塩基の範囲である。 しかし、さらに長い配列およびさらに短い配列も用いられる。 短い配列（たとえば、３００塩基より少ない）は、設計される潜在的なアッセイの数を限定する。 配列長さの増大は可能なアッセイの数を増大させはするが、この理由により、いくつかの構成においては、約６００塩基の配列長さが提出される。 さらに、配列は、標的部位が提出される配列の中心に来るように選択される。

さらに、ユーザは、提出配列の選択時に、たとえば、配列が公開データベース中で一意かどうかを決定するために、配列の品質を決定する（６２）。 公開データベース中に配列の類似版があれば、どのくらい密接にそれらが一致するかが、配列の品質を決定するために用いられる因子となる。 標的配列の他の版が公開データベース間で異なれば、下記で説明されるようにＮ'を用いて不確定な塩基をマスクすることが可能である。 確定配列をもつデータベースの例は、ｍＲＮＡ配列を含むＲｅｆＳｅｑ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｈｉｈ．ｇｏｖ／ＬｏｃｕｓＬｉｎｋ／ｒｅｆｓｅｑ．ｈｔｍｌ）、およびＳＮＰを含むｄｂＳＮＰ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＳＮＰ）である。 ＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑプロジェクトは、染色体からｍＲＮＡそして蛋白質まで、セントラルドグマの天然物分子のための参照配列標準を提供する。

不確定な塩基が存在すると決められるとき、アッセイの設計のために用いられる配列の領域中の不確定な塩基を回避するために、提出配列を注釈付けすることが望ましい。 不確定な塩基が発生するとき、不確定な塩基はＮで置換される。 たとえば、配列：
ＡＣＧＴＧＡＣＧＴＧＡＣＧＴＧＡＣＧＴＧＡＣＧＴＧＧＡＴｃＧＴＧｇｇｇｇＴＣＣＴ
（配列番号１８）
中の小文字の塩基が不確定なら、小文字の塩基は次のように置換される。

ＡＣＧＴＧＡＣＧＴＧＡＣＧＴＧＡＣＧＴＧＡＣＧＴＧＧＡＴＮＧＴＧＮＮＮＮＴＣＣ
（配列番号１９）
不確定な塩基のＮによる置換の数を最小限にすることが望ましい。 これはシステムがプライマにもプローブにもＮを含まないからで、それゆえ、Ｎをもつ配列は、最適アッセイを選ぶことになる入手可能なプライマおよびプローブの数を低下させる。 さらに、標的部位に近すぎるＮをもたないことも望ましい。 この点については、遺伝子発現アッセイの配列の提出時には、標的部位の五塩基以内に、またＳＮＰアッセイの配列の提出時には、標的部位の二塩基以内に、Ｎをもたないことが望ましい。 しかし、標的部位とＮの位置との間のさらに大きな、あるいはさらに小さな隔たりも用いられると理解されよう。

さまざまな構成においては、ユーザは、望むなら、特定の配列に対して一意なプライマおよびプローブが生成されるかどうかの決定によって、配列の品質をさらに評価する（６２）。 一意なプライマおよびプローブが製造できるかどうかを決定するために、さまざまな方法が用いられる。 ＤＮＡ配列に対して、一意なプライマおよびプローブが生成されるかどうかの決定のための一つの非限定的な例においては、ＢＬＡＳＴ検索が以下のように用いられる。 そのようなＢＬＡＳＴ検索ツールは、標的領域の一意性の決定に有用である。 全標的配列またはその一部分、たとえば、あるＳＮＰから５０ｂｐ上流および下流、のどちらかを用いて、ＢＬＡＳＴ検索が実施される（たとえば、ウェブサイトｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＢＬＡＳＴ）。 ＢＬＡＳＴ検索は、配列類似性および反復要素をもつ領域を検出する。

配列がＢＬＡＳＴ検索を受けた後、配列は、共通の反復要素を検出するために、リピートマスカー（Ｒｅｐｅａｔ Ｍａｓｋｅｒ）等のプログラムにかけられる。 リピートマスカー（Ｒｅｐｅａｔ Ｍａｓｋｅｒ）はｈｔｔｐ：／／ｒｅｐｅａｔｍａｓｋｅｒ． ｇｅｎｏｍｅ． ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ． ｅｄｕ． にある。 リピートマスカー（Ｒｅｐｅａｔ Ｍａｓｋｅｒ）等のプログラムを実行した後で、類似の配列をもつ多くの領域が見つかったら、類似の配列をもつ領域の数を制限するために、フィルタが用いられる。 たとえば、ＳＮＰまたは遺伝子発現のためのｍＲＮＡ／ｃＤＮＡに対して、ＤＮＡ検索をヒトゲノムＤＮＡに限定することは有用である。 ユニバーシティ・オブ・カリフォルニア、サンタクルス（ｔｈｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ）におけるＢＬＡＴサーバは、集合したゲノム配列を用いて検索を行うことを注記する。 ユニバーシティ・オブ・カリフォルニア、サンタクルス（ｔｈｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ）のＢＬＡＴサーバは、ｈｔｔｐ：／／ｇｅｎｏｍｅ． ｕｃｓｃ． ｅｄｕ／ｇｏｌｄｅｎＰａｔｈ／ｏｃｔＴｒａｃｋｓ． ｈｔｍｌにある。

もう一つの非限定的な例においては、ユーザは、エキソン−エキソン境界に伸びる標識領域のＢＬＡＳＴ検索の実施によって、遺伝子発現アッセイのために、有用なプローブおよびプライマが製造できるかどうかを評価できる。 反復、ＳＮＰ、および不確定な配列の小さな領域に対して、Ｎは置換される。 標識領域が一意でないことが見いだされたら、別のエキソン−エキソン境界が選ばれ、代りのエキソン−エキソン境界に広がる標的領域上で、ＢＬＡＳＴ検索が実施される。

標的配列が選択された後ではあるが、提出ファイルが作成される前に、配列中の問題がアッセイ設計中の不良の原因となるか決定するために、配列データは見直しされる。 上記で議論されるように，配列が短すぎ、配列の低い信頼性が存在し、配列が貧弱な品質であり、マスクされた塩基があり、あまりに多いＮが設計を制限し、プローブの標的部位に近すぎるＮがあると、これらの問題が起る。 これらの問題のそれぞれは上記で論じられている。

ユーザがブロック６０で標的配列を選択し、ブロック６２で配列の品質を評価した後、ユーザは、それからプライマおよびプローブが設計される標的配列データ等の、アッセイの注文のための関連情報を含む提出ファイルを作成する。 設計選択として、本発明の構成において利用されるプログラムは、入力データの切り出しを単純化するために、入力データに対して定型化要件を課する。 たとえば、いくつかの構成における提出ファイルは、各アッセイに対してヘッダーラインおよび一つの配列レコードを含み、いくつかの構成は、提出ファイルがこのように定型化されることを要求する。 例としての定型化要件による、ヘッダーラインおよび配列レコードの定型をもつＳＮＰアッセイ（配列番号１、配列番号３、および配列番号４を示す）のための提出ファイルの例は、以下のようである。

（提出ファイルの手動作成）
ユーザ２８が６４で提出ファイルを手動で作成することを選ぶと、ユーザ２８は、ファイルビルダープログラムを使わずに提出ファイルを作成する。 提出ファイルの構造がここで説明される。 提出ファイルの内容は、設計されるアッセイが、ＳＮＰ遺伝子型解析アッセイの新規作成のために用いられるのか、あるいは遺伝子発現のために用いられるアッセイであるかに依存して変る。

上記で議論されたように、提出ファイルは二つの構成成分：ヘッダーラインおよび一つ以上の配列レコード、を含む。 ヘッダーラインは、アッセイを注文する個人に関する情報を含み、ユーザ２８が一つ以上のＳＮＰ遺伝子型解析アッセイまたは一つ以上の遺伝子発現アッセイを注文するなら、同じ内容をもつ。 提出ファイルのヘッダーラインは、以下のフィールドの一つ以上を含む。 より大（＞）記号（またはこのラインを提出ファイルのヘッダーラインとして識別する役に立つもう一つの記号または印）、名前フィールド、電話番号フィールド、および部品番号フィールド。 いくつかの構成においては、この定型化は要件として課される。 さらに、また設計選択として、いくつかの構成はヘッダーラインを２５５文字以下に限定する。 ヘッダーライン中のこれらのフィールドについての説明は、図２２に示されるようである。 またいくつかの構成においては、設計選択として、各配列レコードは、長さに関わらず単一のラインに限定される。

これらの定型化規約に抵触しないヘッダーを新規作成するには、マイクロソフト（Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ（登録商標））ノートパッド（Ｎｏｔｅｐａｄ）等の標準的なテキストエディターが用いられる。 より大記号（＞）が第一の文字として入力され、契約名および電話番号が続く。 それから、結果として得られるアッセイのパラメータを選ぶために用いられる部品番号が入力される。 いくつかの構成においては、アッセイの型および合成の規模を示す部品番号が、供給者により割り当てられる。 供給者は、そうする必要はないが、依頼される各アッセイに対して別個の提出ファイルを要求する。 いくつかの構成においては、ＳＮＰヒトアッセイ、ＳＮＰ非ヒトアッセイ、および遺伝子発現アッセイは異なる部品番号を割り当てられる。 またいくつかの構成においては、異なる部品番号はまた、アッセイの規模によって割り当てられる。 非限定的な例として、ＳＮＰヒトアッセイ、ＳＮＰ非ヒトアッセイ、および遺伝子発現アッセイが、それぞれ三つの異なる規模で供給されるいくつかの構成においては、合計で九つの異なる部品番号が使われる。

部品番号および宛先の非限定的な例が、下記に複製された表中に示される。

ＳＮＰヒトアッセイ部品番号
反応の数
スケール ２５−μＬ反応 ５μＬ 部品
９６ウェル 反応 番号
３８４−ウェル Ｖスケール ２００ １，０００ ４３３１３４９
Ｓスケール ６００ ３，０００ ４３３２０７２
Ａスケール ２，４００ １２，０００ ４３３２０７３

ＳＮＰ非ヒトアッセイ部品番号
反応の数
スケール ２５‐μＬ反応 ５μＬ 部品
９６ウェル 反応 番号
３８４ウェル Ｖスケール ２００ １，０００ ４３３２０７７
Ｓスケール ６００ ３，０００ ４３３２０７５
Ａスケール ２，４００ １２，０００ ４３３２０７６

遺伝子発現アッセイ部品番号
反応の数
スケール ２５‐μＬ反応 ５μＬ 部品
９６ウェル 反応 番号
３８４ウェル Ｖスケール １４０ ３６０ ４３３１３４８
Ｓスケール ３００ ７５０ ４３３２０７８
Ａスケール １，１６０ ２，９００ ４３３２０７９
この例においては、各レコードに対して、ただ一つの部品番号しかないことに注意すべきである。 したがって、望まれる各アッセイタイプまたは各スケールに対して、異なる提出ファイルが新規作成される。 完結したヘッダーラインは、この一般規則が満足される範囲で変化する。

配列レコードは、プライマおよびプローブの設計のための配列データを含み、依頼されるアッセイがＳＮＰアッセイであるか、遺伝子発現アッセイであるかに依存して変わる。 アッセイがＳＮＰアッセイなら、配列レコードは、図２３に示されるように以下のフィールドをもつ。 レコード名フィールド、配列フィールド、および特定の標的部位の位置および名称を提供する座標フィールド。 レコード名フィールドは、配列レコードを識別する一意なものであり、いくつかの構成にいては、設計選択として、長さ１０文字以下に限定される。 また、設計選択として、レコード名フィールドは、スペースまたはタブなしの文字、数字、アンダースコア、ハイフンまたはピリオド文字の組合せだけを含むように限定される。 図２３に示される例においては、レコード名はｓｅｑ＿０００００１である。 配列フィールドは、ＳＮＰ標的部位に印をつけた核酸配列を収容するために用いられる。 図２３に示される例においては、二つのＳＮＰ標的部位、すなわち［Ａ／Ｇ］および「Ｇ／Ｔ」がある。 本発明の構成は、配列フィールド中のエントリーが５'から３'の向きであること、それらが５，０００文字を超えないこと、フィールド中にタブもスペースもないこと、および表れる文字が、ＳＮＰあるいは挿入または削除標的部位が指示されている場合を除き、Ａ，Ｃ，Ｇ，Ｔ，またはＮであることを要求することが許される。 挿入または削除標的部位は、本明細書中では、時に「挿入／削除」標的部位または「ｉｎｄｅｌ」標的部位として参照される。 これらの規則を課す例となる構成が説明されるが、他の構成は、より多い、またはより少ない制約的規則および／または異なる規則を課すことがある。 本発明の諸構成はまた、データの処理を単純化するために、すべての小文字を大文字に変換することが許される。

他の規約が用いられることはあるが、諸構成は、ＳＮＰ標的部位が各部位の周囲の角括弧によって示され、個別の対立遺伝子に対応する二つの配列が順方向スラッシュによって分けられるよう要求することが許される。 たとえば、ＡＣＡＣ［Ｇ／Ｔ］ＴＣＴは二つの対立遺伝子、ＡＣＡＣＧＴＣＴまたはＡＣＡＣＴＴＣＴによって表される。 また諸構成は、ｉｎｄｅｌ標的部位が各部位の周囲の角括弧で示されること、および角括弧の中では、存在する塩基が示され、順方向スラッシュおよびアステリスクが続き、アステリスクが削除を示すことを要求することが許される。 たとえば、ＡＣＡＣ［ＧＡ／ ^＊ ］ＴＣは、二つの対立遺伝子、ＡＣＡＣＧＡＴＣまたはＡＣＡＣＴＣを示す。 ｉｎｄｅｌ標的配列は、さまざまな実施形態において、挿入／削除塩基（単数または複数）に加えて、６塩基を含むことに注意すべきである。

最後に、座標フィールドは印をつけた標的部位を識別し名前をつける。 諸構成は、標的部位が５'から３'の順で示されることを要求することが許される。 他の規約が用いられる。 が、諸構成は、座標フィールドが標的部位順位置、等号（＝）記号、および四文字を超えないアルファニューメリック標的部位名を含むことを要求することが許される。 いくつかの構成においては、複数の座標が特定され、これらの構成が、座標がスペースなしのコンマで分けられることを要求することが許される。 たとえば、図２３に示される配列レコードにおいては、配列レコードは、それぞれが各標的部位を識別する二つの座標を識別する。 この点について、「１＝ｓ３３ｄ」は第一のＳＮＰ標的部位を５'末端から識別し、その結果生じるプローブ配列はＣＧＡＧＡおよびＣＧＧＧＡを含む。 加えて、「２＝ｓ３３ｇ」は第二のＳＮＰ標的部位を５'末端から識別し、その結果生じるプローブ配列はＣＡＧＣＴおよびＣＡＴＣＴを含む。 しかし、配列レコードは多くの異なる長さの任意の数の異なるフィールドを含むことが理解されるであろう。

いくつかの構成においては、各レコードに対して、ただ一つのアッセイが合成される。 最終的に合成される特定のアッセイに関連するアッセイ名は、レコード名および座標によって定義される。 たとえば、図２３に示される配列レコードにおいては、座標「１＝ｓ３３ｄ」をもつレコード「ｓｅｑ＿０００００１」に関連するアッセイ名は、「ｓｅｑ＿００００１−ｓ３３ｄ」である。 加えて、座標「２＝ｓｇｇ」をもつレコード「ｓｅｑ＿０００００１」に関連するアッセイ名は、「ｓｅｑ＿０００００１−ｓ３３ｇ」である。

上記で議論されるように、本発明の構成は、遺伝子発現アッセイのための配列レコードの形式が、ＳＮＰ遺伝子型解析アッセイのための配列レコードから変化することを要求する（または許す）ことが許される。 この点について、遺伝子発現アッセイのための配列レコードは、三つのフィールド、レコード名フィールド、配列フィールド、および座標フィールドを含む。 レコード名フィールドは、配列レコードを識別するために用いられる一意な名である。 本発明の構成は、一意な名に制約を課す、たとえば、それを１０文字以下に限定することが許される。 図２４に示される遺伝子発現アッセイのための配列レコードの例においては、レコード名は「ｓｅｑ＿０００００４」である。 配列フィールドは、標的部位に印のない核酸配列である。 座標フィールドは、遺伝子発現標的部位を識別し名前をつけるために用いられる。 用いられ、本発明のいくつかの構成によって課されることが許される一つの規約は、座標フィールドが標的部位ヌクレオチド位置、等号、および標的部位名を含むことである。 本発明の構成は、標的部位名に、たとえば、名前はアルファニューメリックであり、四文字を超えないという制約を課すことが許される。 さまざまな構成は、複数の座標が存在することを可能にし、たとえば、複数の座標がコンマおよびスペースなしで分けられることを要求する。 たとえば、図２４に示される配列レコードにおいては、各標的部位に対して一つずつ、二つの座標がある。 この点について、「１３＝ｍ１３」は、標的配列の中心に位置して、５'末端から１３番目のヌクレオチドを識別し、生じるプローブ配列は、ＡＧＡＴＡＧＧＣＡＧ（配列番号２０）を含む。 さらに、座標「２０＝ｔｘｙｚ」は、標的配列の中心に位置して、５'末端から２０番目のヌクレオチドを識別し、生じるプローブ配列は、ＣＡＧＣＴＣＣＴＧＣ（配列番号２１）を含む。 この例においては、ユーザが提供したｔｘｙｚ座標がアッセイ設計のために選択され、これが新しいレコード名、たとえば、ｓｅｑ＿０００００４ｔｘｙｚを作成するために、一意な識別子としてレコード名に加えられる。

配列フィールド情報は５'から３'の向きに並べられ（いくつかの構成においては、要求され）、いくつかの構成においては、配列フィールド情報を約５，０００文字以下に限定することが許される。 しかし、配列フィールドは、いくつかの構成においては、５，０００文字より多くをもつことがある（またはもつことを許される。）。 設計選択により、諸構成はまた、文字の間にスペースまたはタブがないこと、許される文字はＡ，Ｃ、Ｇ，Ｔ、またはＮだけであることを要求する。 諸構成は、たとえば、処理の容易さのために、小文字を大文字に自動的に変換することが許される。

要求されてはいないが、配列レコードの座標フィールド中の少なくとも一つの座標は、標的位置、一つの「等号」記号、および各部位の標的部位名を含む。 座標フィールドがスペースを含まず、複数の部位がコンマで分けられることを要求することが許される。 上記で議論されたように、各配列レコードに対して、少なくとも一つの座標が要求される。 特定の標的部位が存在しなければ、複数の部位は配列全体から選択される。

配列レコードの入力時には、上記のガイドラインに従って、レコード名が入力される。 次いで、やはり上記で議論されたガイドラインに従って、一つのスペースまたはタブ、続いて、配列データが入力される。 次いで、別のスペースまたはタブ、続いて、上記の座標が入力され、次いでエンターキーが押される。 これらのステップが、各配列レコードに対して繰り返される。

いくつかの構成においては、ファイルをテキスト（すなわち、「．ｔｘｔ」）文書として保存するために、ファイル＞保存（Ｆｉｌｅ ＞ Ｓａｖｅ）が選択される。 マイクロソフトウィンドウズ（登録商標）２０００（Ｍｉｘｒｏｓｏｆｔ Ｗｉｎｄｏｗｓ（登録商標）２０００）オペレーティングシステム上でマイクロソフト（Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ）ノートパッド（Ｎｏｔｅｐａｄ）が使われるなら、ＡＮＳＩコード化が選択される。 本発明の構成は、保存されるファイルのために選択される名前に対して、制限を課すことが許される。 たとえば、いくつかの構成は、八文字以下の英数字のファイル名を要求し、拡張子． ｔｘｔが存在することを要求する。

ファイルが保存された後、提出ファイルが図２５に示される定形要件を満足するかどうかを決定するために、さらにチェックが実施される。 遺伝子発現アッセイ提出ファイルのための、眼で見るチェックリストが図２６に示される。

一旦提出ファイルがエラーチェックされ、提出準備完了になると、ブロック７０で示されるように、注文メッセージが作成される。 注文メッセージは、提出ファイルおよび提出ファイルのヘッダー中にリストされる部品番号を含む、注文情報をもつ。 一つより多い提出ファイルが提出されるなら、各提出ファイルに対して、提出ファイルおよび対応する部品番号が存在し得る。 さらに、注文メッセージは、購入注文番号、またはクレジットカード面に表れる名前、カード番号および有効期限をもつクレジットカード情報を含む。 注文メッセージはまた、名前、ｅ−メールアドレス、電話番号、提出ファイルに問題があったときの第一連絡先の住所およびｅ−メールアドレスも含む。 荷物を受け取る人物の身元、たとえば、その人物の名前、住所（部屋番号、建物および部局を含む）および／または電話番号を含む発送情報がまた提供される。 送り状番号および購入代理人店または送り状の詳細を受ける人物の身元がまた含まれ、そのような身元は、その人物の名前、住所、ｅ−メールアドレスおよび／または電話番号を含み得る。

一旦提出ファイルがエラーチェックされたら、提出ファイルは、ｅ−メールによって、通常郵便によってまたはウェブアクセスによってシステムに提出される。 注文がｅ−メールによって送られるなら、提出ファイルは注文メッセージに添付され、処理法の指定がメッセージの件名ラインに置かれる。 たとえば、注文がカスタムアッセイとして処理されることを示すために、件名ラインにテキスト「ＣＡ」が置かれる。 ｅ−メールメッセージはそれから設計プロセスを行う施設に送られ、たとえば、ｅ−メールメッセージはｃｕｓｔｏｍ． ａｓｓａｙ＠Ｃｏｍｐａｎｙ． ｃｏｍへ送られる。

注文が普通または速達郵便で提出されるなら、注文メッセージ一部が含まれる。 提出ファイルは、機械可読媒体、たとえば、３．５インチフロッピー（登録商標）ディスクまたはＣＤ ＲＯＭ上に（たとえば）マイクロソフトウィンドウズ（登録商標）（Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ Ｗｉｎｄｏｗｓ（登録商標））オペレーティングシステム上で読める形式で置かれる。 それから、注文メッセージおよび提出ファイルは本発明を用いる施設に提出される。

（ファイルビルダー）
カスタムアッセイシステムへの提出のための配列の作成においてユーザ２８を支援するために、本発明のさまざまな実施形態は、ブロック７４によって表されるように、提出ファイルを作成するファイルビルダープログラムを含む。 ファイルビルダープログラムは、ＳＮＰ遺伝子型解析アッセイ用配列の提出のため、および遺伝子発現アッセイ用配列の提出のために用いられる。 本発明のファイルビルダープログラム構成は、新規配列提出ファイルの構築、編集、および訂正ならびにインポートされる配列提出ファイルの検証を容易にするために、ＤＮＡ配列チェッカーならびにテキストエディターを含む。 一旦提出ファイルがファイルビルダープログラムを用いて作成されると、提出ファイルは、インターネット越しに、合成のためのシステムにアップロードされ、あるいは他の手段で提出される。 ファイルビルダープログラムは消費者コンピュータ２６に駐在することがあり、あるいはウェブ上のアプリケーションであり、またはホストコンピュータ上に駐在する。

ファイルビルダープログラムの例となる構成は、図２７および図２８を参照して、ここでさらに詳しく説明される。 ユーザ２８がブロック７６でファイルビルダープログラムの例となる構成を開始するとき、ユーザ２８は、提出ファイルの構築を容易にするために、一つ以上のオプションを選ぶことができる。 さまざまなファイルビルダー構成において、利用可能なオプションは、本明細書中に説明されるものから変ることが理解される。 しかし、例となるいくつかの構成においては、ユーザ２８は、最初にブロック７８でファイルビルダープログラムについてもっと学ぶことを選ぶことができる。 ユーザ２８がブロック７８においてファイルビルダープログラムについて学ぶことを選ぶと、ユーザ２８は、ブロック８０に示されるように、消費者コンピュータ２６上で実行されるか、またはウェブサイトであるかのどちらかであり、カスタムアッセイ提出ガイドラインプロトコルに関する情報を含む、一組のインストラクションに導かれる。 一つのそのようなチュートリアルと関連するウィンドウ画面の例が図２９に表される。

いくつかの構成においては、ユーザ２８はまた、意志決定ブロック８２でファイルビルダーデモンストレーションプログラムを見るオプションを選び得る。 ファイルビルダーデモンストレーションプログラムは、ユーザ２８が、提出ファイルの作成のために、ファイルビルダープログラムを用いて（下記で説明されるように）、フィールドをどのようにして埋めるかを示す。 この点について、ファイルビルダーデモンストレーションプログラムは、アッセイ依頼を定型化するためのファイルビルダープログラムの使用に関して、段階的なインストラクションを提供する。 ユーザ２８が、意志決定ブロック８２で、ファイルビルダーデモンストレーションを見ることを選ぶと、ブロック８４でユーザ２８のためにファイルビルダーデモンストレーションプログラムが表示される。 設計選択として、ファイルビルダーデモンストレーションプログラムのいくつかの構成は、マクロメディアフラッシュ（Ｍａｃｒｏｍｅｄｉａ Ｆｌａｓｈ）を利用する。 ファイルビルダーデモンストレーションプログラムによって生成される例となるウィンドウ画面が図３０に示される。

ユーザ２８はまた、意志決定ブロック８６に示されるように、提出ファイルの作成のための提出ガイドラインを見ることを選んでもよい。 ユーザ２８が、意志決定ブロック８６で提出ガイドラインを見ることを選ぶと、ファイルビルダープログラムはブロック８８で適当な表示形式で提出ガイドラインを含むファイルを表示する。 表示形式の一例は、ポータブル文書フォーマット（ＰＤＦ）である。 ブロック８８で表示される提出ガイドラインを示す例となるウィンドウ画面が図３１に示される。

ユーザ２８はまた、意志決定ブロック９０で提出ファイルを作成することを選ぶことができる。 ユーザ２８が、意志決定ブロック９０で提出ファイルを作成することを選ぶと、ユーザ２８は、ブロック９２で、ユーザ２８が上記で説明した型のヘッダーライン情報を入力することを可能にする一連のウィンドウ画面に導かれる。 この点について、図３２のブロック１００で、ユーザ２８は、ＳＮＰ遺伝子型解析または遺伝子発現アッセイに関連する部品番号を選ぶ。 以下の一つ以上を含む、アッセイに関する追加情報が部品番号とともに含まれる。 すなわち、アッセイスケール、たとえば、Ｖスケール、Ａスケール、またはＳスケール、標的種、たとえば、ヒトまたは非ヒト、アッセイ濃度、およびアッセイ体積。 さらに、ユーザ２８は、注文品を受け取る人物のファーストネーム、ラストネーム、電話番号およびｅ−メールアドレスを提供することを要求される。 この目的のために用いられるウィンドウ画面の例は図３３に示される。

ユーザ２８がブロック１００で関連ヘッダーファイル情報を入力した後、ファイルビルダープログラムはブロック１０２で、ユーザ２８によって特定の配列に与えられる名前である配列名の入力を要求する。 さらに、ユーザ２８はまた、ブロック１０４によって示されるように、標的配列を提供することを求められる。 最後に、ユーザ２８はまた、ブロック１０６で標的座標を提供する。 この情報が入力される例となるウィンドウ画面は図３４に示される。

配列名、標的配列および標的座標が入力された後、ユーザ２８は、ブロック１０８で配列を検証する（すなわち、定型化および誤植のチェック）。 ユーザ２８は、図３４に示されるもののような、「検証する」ボタンをクリックすることにより、ファイルビルダープログラムに配列を検証するよう指示する。 ユーザ２８が配列を検証することを選ぶとき、ファイルビルダープログラムは、配列のテキストをエラーについて見直す。

ファイルビルダープログラムが標的配列中に誤植エラーを検出すると、いくつかの構成は誤植エラーが存在することをユーザ２８に示すウィンドウ画面を生成する。 図３４に示される例では、配列中に数２および数５が存在するので、二つのエラーが存在した。 ファイルビルダープログラムは、ユーザ２８の注意をエラーに向けるために、図３５に示される出力のような適当な出力を提供する。 次いで、ユーザ２８はブロック１１０で、ファイルビルダープログラムに対して提供された標的配列情報中のエラーの一つまたはすべてを修正するオプションをもつ。 ブロック１１０で標的配列エラーが訂正された後、配列が上記で説明されたように適正に定型化されたかどうかに関する情報をさらに提供する、エラーメッセージログがブロック１１２で生成される。 エラーメッセージログが、情報の定型化にエラーがあることを示すと、ユーザ２８はブロック１１４で、定型化エラーを直す。 ファイルが適正に定型化されると、エラーメッセージログは配列レコードが検証されたことを示す。 ユーザ２８によって提供されたその情報が成功裡に検証されたウィンドウ画面を示す、非限定的な例は図３６に示される。

ユーザ２８からの情報が成功裡に検証された後、情報は、ブロック１１６によって示されるように、ディスクに保存される（図３７を参照のこと）。 ファイルが保存される場所は、提出ファイルの内容が表示されるように、ファイルビルダープログラムによって表示されることに注意すべきである（図３８を参照のこと）。

規約により、いくつかの構成におけるファイルは「．ｔｘｔ」のファイル拡張子をつけて保存される。 ファイルが保存された後、ユーザ２８は、ブロック１１８で適当なボタンをクリックするかまたは押し下げることにより、提出ファイルをシステムにアップロードする。 配列情報がシステムにアップロードされることを、ユーザ２８が依頼する前または後に、ユーザ２８は適当な身分証明およびパスワード情報を提供することを求められる。 本発明の諸構成は、そのような身分証明を必須とすることを許される。 そのような身分証明情報を求めるウィンドウ画面の非限定的な例は、図３９に示される。 ユーザ２８が適切な身分証明およびパスワード情報を入力した後、ファイルはｅ‐コマースウェブサイト店舗にアップロードされる。 一旦提出ファイルが店舗にアップロードされると、ユーザ２８は、ブロック１２０で注文プロセスを完了する。 いくつかの構成においては、ユーザ２８は、同じユーザ身分証明およびパスワードを用いて店舗のウェブサイトの中に接続し、エレクトロニックショッピングバスケットへ進む。 この時点で、注文がユーザ２８に表示される。 ユーザ２８はそこで注文を見直し、ショッピングを続けるかまたは注文を処理することへ進む。 いくつかの構成においては、ユーザは一つより多いアッセイが注文されることを認め、認められたアッセイのすべてが注文され、ショッピングバスケットに加えられる。 さらに、ユーザは一つ以上のアッセイをショッピングバスケットの中に入れ、そこでショッピングの続きに戻り、続いて、一つ以上の追加アッセイをショッピングバスケットの中に入れる。

いくつかの構成においては、ユーザ２８が注文を処理することを選ぶと、ストアは記憶された連絡先および発送情報を提供し、ユーザ２８が情報を確認するとともになにか特定の指示を提供するよう求める。 次いで、ユーザ２８は支払い情報を確認し、すべての情報が正しければ、発注する。

図１８に戻り、いくつかの構成においては、下記で議論されるように、指定された特性のリストを作成するために、変化形の構成プログラム３６（セレクティカ社（Ｓｅｌｅｃｔｉｃａ，Ｉｎｃ．）、サンノゼ（Ｓａｎ Ｊｏｓｅ）、カリフォルニア（ＣＡ）から入手できるセレクティカコンフィギュレータ（ＳＥＬＥＣＴＩＣＡ（登録商標） Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｏｒ ^ＴＭ ）等）が、ネットワーク２４を介して消費者２８と相互作用する。 構成プログラム３６は、本質的に、アッセイ設計プログラム３８のための入力を作成し、アッセイ設計プログラム３８への入力パラメータが、プログラム３８によって取扱える境界内にあることを保証する、自動化された意志決定ツリーである。 エラーがなければ、そこで、アッセイ設計プログラム３８は、特定された特性をもつ順方向プライマ配列、逆方向プライマ配列、およびプローブ配列を提供するために、ルックアッププロセス、設計プロセス、またはもう一つの適当な方法を用いる。

検証が成功したら、オリゴファクトリー４２は、消費者２８からの注文を受け取り、順方向プライマ、逆方向プライマおよびプローブを含む構成成分をもつ少なくとも一つのアッセイを製造し、製造されたアッセイを消費者に発送する。 順方向プライマ、逆方向プライマ、およびプローブは検証された配列によって製造される。

いくつかの構成および図４０への参照においては、たとえば、ＴａｑＭａｎ（登録商標）アッセイ等のアッセイの、自動化された、高スループット設計を可能にするコンピュータソフトウェアとして、アッセイ設計システム１２２が提供される。 設計されたアッセイは、さまざまな実施形態において、バッチ形式の対立遺伝子識別および遺伝子発現アッセイのためのプライマおよびプローブを含む。 このコンピュータソフトウェアは、数百または数千のアッセイの設計時にとくに有用である。 アッセイ設計プログラム３８は、ＴａｑＭａｎ（登録商標）または他のプローブおよびプライマ試薬設計用アルゴリズムのノンインタラクティブパイプラインである。 いくつかの構成においては、学習規則がアッセイ設計プログラム３８中で利用される。 処理前および処理後ユーティリティープログラムおよびラッパースクリプトが、全アッセイ設計システム１２２のコンポーネントとして利用される。

さまざまな構成においては、アッセイ設計プログラム３８への入力は、設計規則および一つ以上の配列データファイル１２４を特定する、パラメータファイル１２６を含む。 出力は、システム設定および成功した試薬設計（プローブ、プライマ、およびアンプリコン配列を含む）のそれぞれを記述する属性を報告する、ログファイル１３２を含む。 いくつかの構成においては、プログラムが進むにつれて、システム状態を示す追加出力が表示画面に報告される。

配列入力ファイル１２４は、定型化され、注釈付けされた配列データを含む。 パラメータファイル１２６は、設計の間に適用された規則および採点を支配するキーワード関連設定を含む。 任意の設計の試行に先立って、供給された配列データの形式は、１２８でエラーチェックされる。 １３０で入力ファイル１２４からの配列データ中にエラーが見つかると、エラーはエラーログ１４０に報告され、プロセスは終了される。

さまざまな構成においては、アッセイ設計プログラム３８は、規則および採点方式を設定するために、パラメータファイル１２６の切り出しによって開始する。 初期化エラーが起るなら、それらは相反するオプションまたは不正なファイル名または形式によってひき起こされる。 開始段階のあいだにエラーに遭遇したら、エラーはログファイル１４０に報告され、アッセイ設計プログラム３８はそこで停止する。 初期化が成功すると、続いてアッセイ設計プログラム３８は、パラメータファイル１２６から、入力配列データ中にリストされた各配列中の各標的部位に対して、アッセイセットを設計することを順次試みる。 設計が処理されると、処理された設計は設計ログファイル１３２中に記録される。 失敗した設計試行もログファイル１３２中に記録される。 設計不合格は、配列標的に対して、すべての規則および得点を満足する合格品の試薬セットが一つもみつからないときに起る。

１３４で、設計ログファイル１３２中に妥当な設計が一つもないと、この事実はエラーレポート１４０中に報告される。 そうでなければ、設計ログファイル１３２は、コア設計プロセスに続いて、出力配列データを多数の異なる形式で生成するために用いられる。 ログピックプログラム１３６は、定型化された出力１３８を作成するために、設計ログ１３２データのこの後処理を実施する。 図４０に示されるプロセスのすべてを一緒に結びつけることによって全システムを統合するために、ＵＮＩＸ（登録商標）オペレーティングシステムを用いて、スクリプトが実行される。 スクリプトはまた、プロセス１２２の諸工程をログに記録し、追跡のために各出力バッチに連続番号を割り当てる。

検討中のプローブ、プライマ、およびアンプリコンに対して、別個の設計規則および制約が適用される。 与えられた実行から生じるすべての設計は、規則のコメントセットを共有する。 プローブ制約は、サイズ（すなわち、プローブ長さ）、Ｔ _ｍ （目標、最低、および最高温度）、内部ループ（「ヘアピン幹」中の全および隣接適合塩基）、Ｇ＋Ｃ含量（すなわち、ＧとＣとの合計百分率）、および与えられた塩基、たとえばＧのつながりを含む。 別個に類似の制約がまたプライマに適用され、この制約はプライマの３′末端（５塩基）に対して追加的な制限をもつ。 アンプリコンに適用される制約は、長さ（プライマを含む）、Ｇ＋Ｃ含量、および不確定な塩基の数（不確定な塩基は一般にはプローブまたはプライマ中で許されないことに注意すること）を含む。 さらに、アンプリコンを定義するプライマは、内部プライミング部位（すなわち、他のプライマの任意の部分と相補関係にある一つのプライマの３′末端で開始する隣接適合塩基の数）の最大サイズを限定する制約を受ける。

上記に列挙した制約の多くについて、システム１２２は、フィルタまたは評点法を適用する。 フィルタとして適用されるとき、対応する設計が合格となるか不合格となるかによって、制約は満たされあるいは満たされない。 評点法として適用されるとき、諸属性は与えられた設計がどの程度「最適か」を反映する、段階的な値を与えられる。 たとえば、最適値の近くにすべての制約属性をもつ設計は、最適値から離れている属性をもつものより有利である。 評点法は、システム１２２が設計を評価し選ぶために用いる制約の微調整を提供する。

アッセイ設計プログラム３８のいくつかの構成を表す論理フローは図４１にさらに詳しく示される。 プログラム３８を１４２で開始すると、初期化段階１４４は、パラメータファイル１２６からパラメータデータ、配列データファイル１２４から配列データを読む。 （図４０に示されるように、配列データ１２４は、アッセイ設計プログラム３８によって読まれる前に、１２８および１３０でエラーチェックされる。）初期化１４４は、パラメータファイル１２６の切り出し、およびそれに続くプローブ設計の設定を含む。 初期化１４４の結果として１４６でなにか問題に遭遇すると、アッセイ設計プログラム３８は、診断メッセージを報告し、１５０で停止する。 そうでなければ、処理が続行される。 本発明のいくつかの構成においては、パラメータファイル１２６のほとんどのオプションは、既定値をもち、コマンドラインオプションによって変更される。 設計の間に実際に用いられたオプションは、図４０の設計ログ１３２の部分であるか、または部分となるログファイルヘッダー１４８中で報告される。

アッセイ設計プログラム３８のさまざまな構成は、１５６で、各標的部位に対して合格となるようにアッセイセットを設計することを試みる。 これらの設計は１５８でログに記録される。 配列データファイル１２４からの各入力配列レコードに対して、合格となるような設計を見つける試みが１６０で行われる。 １５２でレコードが尽きると、アッセイ設計プログラム３８は１５０で終了する。 そうでなければ、１５６で、各レコードについて、リストの順に各標的が試される。 標的情報がなにも提供されなければ、配列中点（配列がＳＮＰ注釈を含まなければ）または最初のＳＮＰ（注釈づけられていれば）が標的として用いられる。 １５４で、与えられたレコードに対して標的がなにも残らなければ、アッセイ設計プログラム３８は１５２で次のレコードに進む。

標的部位に対して、アッセイ設計プログラム３８のいくつかの構成は、設計計量法および評点法計量法によって、１６０で成功および不成功の設計を識別する。 ある標的に対してプログラム３８が設計に失敗すると、この事実は対応する不成功の設計とともにログファイル１３２に報告され、プログラムは１５４でそのレコードに関連する次の標的に進む。 ある標的に対して設計に成功すれば、選ばれたレコードの詳細はログファイル１３２に報告される。 通常、単一の成功設計はアッセイ設計プログラム３８を１５２で次のレコードに進ませる。 しかし、いくつかの構成においては、各レコードに対してリストされたすべての標的を評価するオプションが有効にされていると、アッセイ設計プログラム３８は、成功の設計に続き１６２において、１５２で次のレコードにではなく、１５４で次の標的に進む。

手順１５６のさまざまな構成に適する単純な標的に対する試薬設計のための代表的なロジックは、図４２にさらに詳しく示される。 １６４で開始すると、レコード／標的のための設計プログラム１５６は、１６６で設計「ウィンドウ」を抽出し、たとえば、標的の周囲の一つまたは二つのサブ配列が抽出される。 ＳＮＰ標的に対しては、１６６でＳＮＰ標的部位の周囲に、各対立遺伝子に対して一つずつ、二つの個別のウィンドウが抽出される。 さらに、ウィンドウの配列内にあることが知られている任意の他のＳＮＰは、それを任意のヌクレオチドを表すＮに変換することによりマスクされる。 非ＳＮＰ標的に対しては、単一のサブ配列ウィンドウが１６６で抽出される。 ウィンドウは、供給された入力配列長さまたは最大可能アンプリコンサイズによって、サイズが制限される。 ウィンドウの抽出時に１６８で遭遇する問題（たとえば、不正に定型化されたＳＮＰ注釈）は、１８８で失敗の原因となる。 （一般に、この手順および他の手順または機能における失敗は、消費者に報告され、製品が出荷されない結果となる。不適当、不一致、範囲外等であるデータから生じる失敗は、致命的であるとは限らない。すなわち、さまざまな構成において、ソフトウェアは、注文または失敗のあとそれ自身をリセットし、それゆえ次の注文に対して準備完了となるために構成される。）
なんの問題にも遭遇しなければ、１７０でプライマだけを設計するオプションが有効にされていない限り、通常は次に１７２でプローブの位置決めが試みられる。 プライマだけを設計するオプションが有効にされていると、実行は１７６で続行する。 （プライマだけのオプションは、たとえば、「−ｏｐ」等のコマンドラインオプションによって有効にされる。）１７２でのプローブの位置決めは、一つまたは二つの合格プローブ（それぞれ非ＳＮＰおよびＳＮＰの場合、）のどちらかをもたらすか、あるいはもたらさないかである。 １７４で合格プローブが見いだされなければ、標的設計プロセス１５６は１８８で失敗となる。 そうでなければ、１７６でプライマに対して境界が設定される。

本発明のいくつかの構成においては、１７６でプライマ境界を設定するために、設計ウィンドウ内に三つのサブ領域が定義される。 プローブが設計される場合（たとえば、プライマだけが設計されるのでない場合）には、プローブの座標に対応する中央マスク領域が定義される。 マスク領域の境界は、標的部位座標に対して明示的に設計される。 たとえば、いくつかの構成においては、マスク領域が標的部位座標に対して設計されることを指定するために、コマンドラインオプション（「−ｐｍ」等）が用いられる。 この場合には、実際のマスク領域は、指定された境界またはプローブによってつくられるマスクの大きい方である。 中央マスク領域の固定は、プライマが設計される二つのサブ領域を決定する。 「上流鎖」サブ領域はウィンドウの開始点で始まり、マスク領域の開始点に延びる。 「下流鎖」サブ領域はマスクに続き、ウィンドウの末端に伸びる。 ウィンドウの三つのサブ領域（すなわち、上流鎖、マスク、および下流鎖）は重ならない。

上流鎖および下流鎖サブ領域が定まると、設計手順１５６は、各サブ領域中で多数のプライマを集めることを１７８で試みる。 順方向プライマは上流鎖領域から取られ、逆方向プライマは下流鎖領域から取られ得る。 潜在的なプライマは、マスク（すなわち、それぞれ上流鎖および下流鎖領域の終止および開始座標）にもっとも近い座標から始まる各ヌクレオチド位置で評価され得る。 そのような評価は、たとえば、潜在的なプライマが当分野で既知かつ認知された基準によって合格かどうかを決定する。 いくつかの構成においては、設計手順１５６は、１０個までの順方向および１０個までの逆方向プライマを集めるが、コマンドラインオプション（「‐ｎｐ」等）を設定することによって、１０という限界は他の数に変えられる。

少なくとも一つの潜在的な順方向および一つの潜在的な逆方向プライマが１８０で見つからなければ、設計プロセス１５６は１８８で失敗となる。 二つのプライマのリストをもつと、設計プロセス１５６は次に１８２で合格の順方向／逆方向対を識別することを試みる。 もし１８４で合格プライマ対が一つも識別されなければ、設計プロセス１５６は１８８で失敗となる。 そうでなければ、１８６で完全な設計がみつかる。

本発明のさまざまな構成におけるプローブの場所決めのための、手順１７２の代表的な構成のロジックは、図４３にさらに詳しく示される。 設計試行が１８８で開始され、プローブの場所決めが試みられる。 標的がＳＮＰ部位かまたは非ＳＮＰ部位かの決定に依存して、１９０でロジックは若干異なるが類似の経路をとる。 ＳＮＰ部位の場合には、両方の鎖の両方の対立遺伝子上の試料配列が１９４で検討される。 非ＳＮＰ部位の場合には、１９４、１９６、または１９８で両方の鎖または一本の鎖だけが用いられるかどうかについて、１９２で決定がなされる。 それから明示的な鎖が２００または２０４で決定され、２０８または２１０で最善のプローブを選ぶために、非標的鎖プローブが２０２または２０６で除かれる。 最善のプローブを選び出すために用いられる特徴は、Ｔ _ｍ値およびフィルタまたは得点値をもとに決定される。 最小標的重複は入力パラメータである。 非ＳＮＰ標的の場合、この値は負のことがあり、より大きな配列領域がサンプルされることを可能にする。 ＳＮＰ領域の場合、標的重複の最小値は二塩基であるが、重なりは増大する。 順方向および逆方向鎖を標的とするプローブが評価される。 プローブはＧで開始しないことがあり、通常はＧ含量がＣ含量を超えない要件が適用されるが、Ｇ≦Ｃ規則を除くためにオプションが提供される。 いくつかの構成において、およびいくつかの場合において、順方向および逆方向鎖は明示的にＴ _ｍデリニエーションに対して考慮される。 プローブ評点法が適用されると、最高得点のプローブが選ばれる。 そうでなければ、標的部位ともっとも重なりあう制約を満たすプローブが選択される。 ２１２または２１４でのプローブが合格か否かのこの決定から、２１６で基準に合格するプローブが選ばれ、あるいは２１８で基準に不合格のプローブが選ばれる。

ＳＮＰ標的部位に対して、両方の対立遺伝子に対応する配列（いくつかの構成においては、両対立的なＳＮＰ部位だけが支持される）は、明示的に構築され、両方の対立遺伝子配列の両方の鎖に対する最善のプローブは上記のように見つけ出される。 ＳＮＰプローブの合格対は同じ配列鎖を標的としなければならない。 合格プローブ対が両方の鎖に対して見つかれば、最大の全得点をもつ対をもたらす鎖が選ばれる。 入力配列が指定された複数のＳＮＰ部位をもつときには、明示的に標的とされる対立遺伝子のそれぞれに対する配列が構築されるとき、非標的ＳＮＰ部位はマスクされる（すなわち、塩基Ｎに設定される）。

与えられた標的に対して、合格プローブ（または、ＳＮＰに対しては、合格プローブ対）が一つもみつからないなら、システムはこの事実を報告し、供給された配列標的の数および形式に依存して、続行を試みる。 もし単一の配列が入力として供給されれば、プローブ（または対）を選ぶ失敗は、プログラム終了の結果となる。 与えられた配列に対して複数の標的座標（またはＳＮＰ）がリストされていれば、一つの標的座標でのプローブ位置決めの失敗は、すべてのリストされた標的がなくなるまで、プローブ位置決めプロセス１７２が次のリストされた座標を検討する原因となる。 複数の配列入力に対して、任意の標的座標でのプローブ位置決めの失敗は、すべての入力配列が尽きるまで、プログラムを次のリストされた配列にアドレスさせる。 与えられた配列に対して複数の標的があれば、任意の一個の標的上でプローブが位置決めできてもできなくても、すべての標的が試験され、最善の設計が選ばれる。

ひとたびプローブ（またはプローブ対）配列が選ばれると、プローブ位置の直前および直後から始まる上流（順方向）および下流（逆方向）プライマのリストが記述される。 これらは、Ｔ _ｍ （いくつかの構成においては、プローブ設計のために用いられたものとは異なるアルゴリズムを用いる）を介して記述され、フィルタをかけられるか、得点を与えられる。 ＳＮＰプローブ対が設計されているなら、プライマは、両方のＳＮＰを標的とするプローブ位置に対応するフットプリントの直前および直後で始まって記述される。 少なくとも一つの順方向および一つの逆方向プライマが見つけ出されなければならない。 既定値により、１０個までの順方向および１０個までの逆方向プライマが集められるが、上流および下流プライマの数は、コマンドラインスイッチの使用等により変えられる。 順方向または逆方向プライマを一つも見つけ出せないと、プローブ位置決めプロセス１７２は、上記のように、問題を報告し、次の標的座標または次の配列で続行する。

順方向および逆方向プライマは対としての適合性をチェックされ、対応するアンプリコンはフィルタされまたは評点される。 適合性チェックは、与えられたプライマ対形成と関連するアンプリコン上で、プライマの３′末端を検索することを含む。 もしあまりに大きな３′適合が見つかれば、そのプライマは対にならない。 本発明のいくつかの構成においては、最高得点を得たプライマの対は、基底値により、最短アンプリコンであり、選ばれる。 合格プライマ対の選択に失敗すると、プローブ位置決めプロセス１７２は、上記のように問題を報告し、続行する。

一つまたは二つのプローブ配列（たとえば、タックマン（ＴａｑＭａｎ ^（Ｒ） ）プローブをつくるために用いられるプローブ配列等の）を含む合格設計は、対応する順方向および逆方向プライマ配列とともにログファイル中に記録される。 配列とともに、座標、Ｔ _ｍ値、およびスコアが各プローブおよびプライマ二ついて報告される。 配列および標的入力の間にロードされた任意の関連する補助的データ（たとえば、トラッキング情報）もまた成功した設計が得られたときにログファイルに報告される。 与えられた標的配列に対して合格設計が一つもみつからなければ、標的名だけがログファイル中に記録される。

（ストックアッセイ：遺伝子発現）
いくつかの構成においては、カスタム遺伝子発現製品は規格アッセイを含む。 いくつかの構成においては、アッセイは、ＮＣＢＩ参照配列データベースプロジェクト（ＮＣＢＩ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄａｔａｂａｓｅ Ｐｒｏｊｅｃｔ、ＲｅｆＳｅｑ）にもとづく１５，０００の遺伝子に対して提供される。 いくつかの構成においては、規格アッセイは、約３０，０００遺伝子（すなわち、すべてのヒト遺伝子またはほとんどすべてのヒト遺伝子）に対して提供される。 さまざまな構成は、５′ヌクレアーゼ化学反応をＴａｑＭａｎ ^（Ｒ） ＭＧＢプローブとともに用い、および／または普遍的な製剤化および熱サイクルパラメータ（たとえば、これらの構成のいくつかにおいては、９００ｎＭプライマ、２５０ｎＭプローブ）を用いて稼動する。 いくつかの構成は、Ｃｅｌｅｒａデータおよび公開データの組合せ、あるいは非公開データまたは公開データのどちらか単独等の、非公開および公開データを含むバイオインフォマティクスパイプラインを利用して設計されたアッセイを提供する。

（遺伝子発現アッセイ調製）
いくつかの構成においては、遺伝子発現アッセイは、二つの非標識化オリゴヌクレオチドプライマおよびＭＧＢ部分をもつ一つのＴａｑＭａｎ ^（Ｒ）プローブ（Ｌｉｖａｋら、ＰＣＲ Ｍｅｔｈｏｄｓ Ａｐｐｌ、４：３５７−３６２頁）を含む。 アッセイ設計は、転写物前処理、プライマおよびプローブの実設計およびプローブの製造に先立つｉｎ ｓｉｌｉｃｏ品質管理を含む。

前処理：いくつかの構成においては、転写物内のある配列領域は、５′ヌクレアーゼアッセイのためのオリゴヌクレオチドプライマおよびプローブの設計のための前処理段階で識別される。 たとえば、既知の一塩基多型または反復配列をなにも含まない配列領域が選択される。 また、遺伝子発現に対する５′ヌクレアーゼアッセイは、エキソン‐エキソン境界にまたがって設計される。 すなわち、いくつかの構成においては、複数エキソン転写物内のエキソン境界のそれぞれの位置は、各アッセイの設計に先立って決定される。

いくつかの構成においては、転写物前処理は、転写物のバッチが一度マルチＦＡＳＴＡファイル中にコンパイルされたら開始する。 いくつかの構成においては、各転写物中の反復および低複雑度領域はマスクされる（すなわち、ヌクレオチドはＮで置換される）。 マスクされる反復配列は、たとえば、単純反復（ジ‐およびトリ‐ヌクレオチド反復）、Ａｌｕ制約部位リピート、長分散核要素（ＬＩＮＥ）、および短分散核要素（ＳＩＮＥ）を含む。

エキソン‐エキソン境界は、アラインメントソフトウェアを用いて、マスクされた転写物のヒトゲノムへのマッピングによって識別される。 各エキソン‐エキソン境界の位置は、各複数エキソン転写物に対してマークされ、単一エキソン転写物はそのように識別される。 マッピングはＣｅｌｅｒａゲノム集合に対して実施され、補助的マッピング情報は公開配列データによって提供される。 この段階の間に公開転写物とＣｅｌｅｒａゲノムとの間に配列不一致がみつかると、不一致塩基はマスクされる。

いくつかの構成においては、最終前処理段階において、すべての既知の一塩基多型（ＳＮＰ）は、当分野で既知の方法（Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３−４１０、１９９０）を用いて、ゲノムデータベースに対するＢＬＡＳＴ分析の実施後に、マスクされる。 既知のＳＮＰのすべては各転写物内で識別される。 ＳＮＰマスク化および配列不一致マスク化段階は、オリゴヌクレオチドプライマおよびプローブアッセイが、不確定または既知の変化ヌクレオチド上で設計されることを防ぐ上で、ともに有用である。

アッセイ設計：遺伝子発現アッセイ設計は、最適Ｔｍ要件、ＧＣ含量、緩衝液／塩条件、オリゴヌクレオチド濃度、二次構造、最適アンプリコンサイズ、およびプライマ−二量体生成の低減を含む上記のような仕様にもとづく。 上記のように、各遺伝子発現アッセイは、いくつかの構成においては、二つの非標識化オリゴヌクレオチドプライマおよび単一のＴａｑＭａｎ ^（Ｒ）プローブを含む。 ＴａｑＭａｎ ^（Ｒ）プローブは、ＭＧＢおよびＮＦＱをともにオリゴヌクレオチドの３′末端に組込む。 ＭＧＢプローブの使用は、伝統的に難しい配列領域（たとえば、ＡＴが多い配列）中でのアッセイの設計の確率を増大する。 さらに、比較的短いＭＧＢプローブは、複数エキソン遺伝子のすべてのエキソン‐エキソン境界上で、プローブが設計される確率を増大する。

複数エキソン遺伝子からの転写物の場合には、アッセイ標的位置は、各エキソン−エキソン境界で選ばれる。 プライマが二つの異なるエキソン中に結合することを保証するために、一般に、常にではないが、プライマの一つではなくプローブがエキソン−エキソン境界上に置かれる。 プローブをエキソン−エキソン境界上に置くことにより、プライマが二つの異なるエキソン中にあり、プローブが特異的に結合し開裂されるアンプリコンからだけ蛍光シグナルが発生することを保証する。 エキソン‐エキソン境界上で設計されたアッセイは、Ｈｓ ^{＊＊＊＊＊＊＊＊} ＿ｍ ^＊で指定され、ここで「ｍ」は複数エキソンを示す。

単一エキソン遺伝子の場合には、プライマおよびプローブはともにエキソンの内部に置かれなければならない。 したがって、単一エキソンの内部に置かれたプライマおよびプローブをもつアッセイは、どれもＨｓ ^{＊＊＊＊＊＊＊＊} ＿ｓ ^＊で指定され、ここで「ｓ」は単一エキソンを示す。 この指定形式は、ＲＮＡ試料中の汚染性のゲノムＤＮＡを増幅する可能性あり、したがってこの問題を回避するために、適切な実験設計管理が実行されることの指摘をユーザに提供する。

複数エキソン遺伝子の場合には、ｎがエキソンの数であれば、ｎ−１個のアッセイが設計される。 単一エキソン遺伝子からの転写物については、複数のアッセイはまた、転写物の全長にわたって分散する標的位置の指定により設計される。 各転写物に対する複数アッセイの設計は、二つの利点を提供する。 １）全設計および品質管理プロセスの終りに成功アッセイが出てくる確率を高める。 ２）すべての転写物の５′から３′末端への向きで設計されるアッセイをもち、転写物上の任意の位置での高品質アッセイの選択に大きな柔軟性を提供する。

Ｉｎ Ｓｉｌｉｃｏ品質管理：いくつかの構成においては、設計後、プライマおよびプローブセットは品質管理段階を通って処理される。 このプロセスは、１）対象遺伝子に対して高度に特異的ではないアッセイ設計、および２）５′ヌクレアーゼアッセイで、特定の標的に対して定量的な発現結果（すなわち、正確なしきいサイクル（Ｃｔ）値）を正確に報告しないアッセイ設計、を罰し、したがって、選んで除外する助けとなる。

いくつかの構成においては、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ品質管理は、三つの主要部品を含み、各段階は与えられたアッセイ設計に対して特異的な罰点を発生する。 各アッセイ設計に対する最終的な罰点は、三つの独立な罰点のそれぞれの和を含む。 各転写物に対してもっとも低い累積罰点をもつアッセイ設計は、製造のために選ばれるアッセイである。

いくつかの構成においては、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ品質管理プロセスを構成する三つの部品は下記を含む。

１）アッセイと他の密接に関連する転写物との間のＢＬＡＳＴによる、相同性の度合いの決定を含む転写物ＢＬＡＳＴ評点法。 意図した標的以外の密接に相同な転写物をアッセイが検出すると、罰が割り当てられる。

２）アッセイとゲノムＤＮＡの非自己領域（たとえば、相同性遺伝子および偽遺伝子）との間のＢＬＡＳＴによる、相同性の度合いの決定を含むゲノムＢＬＡＳＴ評点法。 対象遺伝子の位置に加えて、ゲノム上で第二（またはより大きい数）の物理的位置をアッセイがヒットしたら、罰が割り当てられる。

３）プローブがかかるイントロンのサイズの決定（多重エキソン遺伝子に対するアッセイの場合）。 小さなイントロン（たとえば＜２ｋｂ）にかかるエキソン−エキソン境界にわたってアッセイが設計されるとき、罰が割り当てられる。

さまざまな構成においては、すべてのＢＬＡＳＴ検索に対して、二つのプライマおよび介在するプローブのそれぞれを含むアンプリコン配列の発生により、品質管理質問式がつくられる。 アンプリコンはプライマとプローブとの間の特定数のヌクレオチドをＮで埋める（図４４および図４５）ことにより作成される。

１）転写物ＢＬＡＳＴ評点法。 各５′ヌクレアーゼアッセイに対する品質管理質問式は、いくつかの構成においては、１）品質管理質問配列中の各プライマ／プローブトリオが、標的転写物配列と適合し、２）各アッセイが対象遺伝子に対して特異的であり、他の遺伝子からの転写物を増幅しない、ことを保証するために、転写物データベースに対してＢＬＡＳＴされる。 他の遺伝子への相同性をもつ（介在する相同なプローブをもつ）プライマは、望ましくない蛍光シグナル、したがって人為的に低いＣｔ値をつくる。 相同な遺伝子へのプライマ（介在する相同なプローブをもたない）は、標的転写物に加えて、相同な転写物を増幅することがあり、ＰＣＲ反応において試薬の競合の原因となり、競合する相同な転写物が高レベルで発現されると、人為的に高いしきいサイクル（Ｃｔ）値をもたらす。 これらの型の副反応は対象遺伝子に対するＣｔを変え、したがって標的転写物に対して誤った定量的結果を生み出す。 相同性が存在すると、アッセイは他の転写物への相同性の度合いによって罰点を割り当てられる。 いくつかの構成においては、この転写物ＢＬＡＳＴ段階で、下記に説明されるように三組の数が報告される。

（ａ）自己に対するＢＬＡＳＴヒット（Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ＿ＳｅｌｆＨＳＰ）。

このＢＬＡＳＴからの高得点対（ＨＳＰ）は、自己と１００％相同性の適合をつくる。 このＨＳＰは、転写物データベース中の標的転写物への品質管理質問式のアラインメントを表し、標的転写物が読み出された（図４６）データベースに対してＢＬＡＳＴされるとき、「０ ０ ０」（順方向プライマ配列中の不適合０、プローブ配列中の不適合０、および逆方向プライマ配列中の不適合０を表す）の結果を示す。 品質管理質問式が特定の転写物データベースに対してヒットを一つももたなければ、不適合は人為的に高い不適合の値（たとえば、「５０ ５０ ５０」）として報告され、アッセイには、問題ありのフラグをたてられる。

（ｂ）非自己転写物に対する連続ＢＬＡＳＴヒット（Ｔｒａｓｃｒｉｐｔ＿ＨｏｍｏＨＳＰ）
このＢＬＡＳＴ結果の組では、トップ非自己ＨＳＰ（すなわち、相同な転写物へのＢＬＡＳＴ結果）が報告される。 もっとも近いホモログであるが、品質管理質問式に対して完全適合ではないＨＳＰにもっとも高い罰が割り当てられる。 二つのＨＳＰが質問式に対して同じ相同性得点をもつと、プローブ領域により高い相同性をもつ方がトップヒットとして選ばれる。

このアプローチは「０ ０ ０」適合をもつすべてのホモログを無視して、トップ非ゼロＨＳＰを報告するだけである。 それゆえ、同じ遺伝子に対して択一的スプライス変化型を増幅するプライマ／プローブの組は、質問されたデータベース内で、これらの択一的スプライスされた転写物が、一意な転写物として存在するので、罰されない。 この段階は、アッセイが遺伝子特異的であるが、必ずしも転写物特異的ではないことを保証することを助ける。

二つ以上の高度に相同な遺伝子が、遺伝子が同一の配列をもつ領域で、同一のアッセイ設計に終ることがある。 そのような状態では、転写物の罰は割り当てられない（「０ ０ ０」適合ゆえ）。 アッセイが一つより多い遺伝子から転写物を検出できる状況は、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ品質管理プロセスの下流部分で、ゲノム集合に対してＢＬＡＳＴｉｎｇが実施されるときに罰される（下記を見よ）。 プロセスのこのように設計は、択一的スプライスされた同じ遺伝子の変化形を検出するアッセイと、異なる遺伝子座からの転写物を検出するアッセイとの間の差別化を容易にする。

（Ｃ）非自己転写物に対する非連続ＢＬＡＳＴヒット（Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ＿ＨｏｍｏＨＩＴ）。

いくつかの構成においては、二つのプライマのそれぞれに対して高い相同性をもつが、相同転写物の非連続領域からくるアラインメントを分析するために、ＢＬＡＳＴ質問が実施される。 品質管理質問式は、非自己転写物の二つの異なる（非隣接）部品（ＨＳＰ）をヒットする。 このＢＬＡＳＴ結果は、標的アンプリコンとは異なるサイズの相同転写物からのアンプリコンを示す。 これらのＢＬＡＳＴ結果は、二つの異なるＨＳＰ（図４７、４８、および４９）からのものである。 プライマとＨＩＴとの間の相同性が高いほど、大きな罰となる。 罰は、標識以外の転写物の非特異的増幅の可能性を最小にし、したがって、対象の標識のしきいサイクル（Ｃｔ）に影響するＰＣＲ反応中の試薬に対する競合を最小にするために割り当てられる。

２）ゲノムＢＬＡＳＴ評点法。 いくつかの構成においては、転写物データベースに対してＢＬＡＳＴされた同じ品質管理質問式はまた、ヒトゲノム集合に対してもＢＬＡＳＴされ、出力は類似の方法で報告される。 この品質管理段階は、転写物データベース中のまだ知られていない相同転写物の取りこぼしを回避し、ゲノムアラインメントによって、同じ遺伝子の択一的スプライス変化形からの異なる遺伝子の差別化を容易にし、全ＲＮＡ試料中の汚染性ゲノムＤＮＡの存在による人工物の増幅を減らし、汚染性ゲノムＤＮＡを含む全ＲＮＡ試料中の偽遺伝子を増幅するプライマ／プローブを罰する。

（ａ）自己に対するＢＬＡＳＴヒット（Ｇｅｎｏｍｅ ＳｅｌｆＨＩＴ）。 プライマおよびプローブを転写物データベース中の標的配列にアラインさせるＢＬＡＳＴ検索のように、プライマおよびプローブをそれらが設計されたゲノム中の一意な遺伝子にアラインさせるために、類似のＢＬＡＳＴ検索が用いられる。 複数エキソン遺伝子の場合には、適合は罰を避けるためにプライマ／プローブセットに対して「０ Ｘ ０」でなければならない。 二つのゼロは、順方向および逆方向プライマ配列とゲノム配列との間に不適合がないことを表し、それらが二つの異なるＨＳＰからくるという事実は、プライマがイントロンで隔てられた二つの異なるエキソン上にあることを示す。 ゼロでないＸの値は、プローブがイントロンで中断され、したがって、ゲノムＤＮＡ中の隣接する配列に自身をアラインしない事実を反映する。 単一エキソン遺伝子の場合には、プローブ配列を中断するイントロン領域がないため、ＢＬＡＳＴ検索アラインメントは「０ ０ ０」の値を返し、不適合に導く。

（ｂ）非自己遺伝子に対する連続ＢＬＡＳＴヒット（Ｇｅｎｏｍｅ＿ＨｏｍｏＨＳＰ）。 Ｇｅｎｏｍｅ＿ＨｏｍｏＨＳＰ ＢＬＡＳＴ結果は、プライマおよびプローブに対して高い相同性をもつゲノム領域を識別し、任意のＲＮＡテンプレート中に存在する汚染性ゲノムＤＮＡからの、標的転写物と類似のサイズのＰＣＲ生成物を増幅する。 この状況は、大抵、ゲノム遺伝子中の偽遺伝子の存在のために起る。 このＢＬＡＳＴ結果は、主に二つのプライマ領域に焦点をあてて、アンプリコンに対してもっとも高い相同性をもつＨＳＰを識別する。 二つのＨＳＰがプライマ配列中で同じ度合いの相同性をもつと、プローブ領域に対してより高い相同性をもつＨＳＰがトップヒットとして選ばれ、プライマおよびプローブ中の不適合度合いが、罰を発生するために用いられる。 プライマおよびプローブとＨＳＰとの間の相同性の度合いが高いほど、罰は大きくなる。 これは、実際は、このゲノムＤＮＡペナルティの割り当てにより、アッセイを過剰に罰する。 しかし、この罰は、ゲノムＤＮＡで汚染されているＲＮＡ調製物中の対象標的を、正確に定量するアッセイの能力を最大化するために適用される。

（ｃ）非自己遺伝子に対する非連続ＢＬＡＳＴヒット（Ｇｅｎｏｍｅ＿ＨｏｍｏＨＩＴ）。 このゲノムＢＬＡＳＴアラインメントは、各プライマに対して最高の相同性をもつが、二つの異なるＨＳＰからくるゲノム配列を識別する。 二つのＨＳＰの間に介在する配列が短ければ、罰は高くなる。 これは、ゲノムＤＮＡ汚染されたＲＮＡ調製物中の非標的テンプレートを増幅する機会を最小化する。 二つのプライマの間のゲノム間隔が大きいと、プライマが実際にこの型の二次テンプレートからアンプリコンをつくることはありそうにないため、罰は小さくなる。

上記のように、転写物ＢＬＡＳＴ品質管理段階における非自己「０ ０ ０」ヒットに対しては罰がなく、したがって、相同遺伝子の間を区別しないアッセイを罰するために、Ｇｅｎｏｍｅ＿ＨｏｍｏＨＩＴ ＢＬＡＳＴ結果が用いられる。 二つ以上の高度に相同な遺伝子に対して、同一のアッセイが設計されると（たとえば、二つの異なる遺伝子が同一の配列をもつ領域において）、アッセイはこの段階で罰される。 Ｇｅｎｏｍｅ＿ＨｏｍｏＨＩＴ結果が、自己に加えて、少なくとも一つのゲノム位置で「０ Ｘ ０」ヒットを示すと、この二番目のヒットは別の異なる遺伝子に対してのものであると想定されるから、アッセイは大きな罰を割り当てられる。

３）イントロンサイズ評点法。 インシリコ品質管理評点法プロセスの第三部は、エキソン−エキソン境界にかかるプローブをもつ、複数エキソン遺伝子に対するアッセイのイントロンサイズの決定であり得る。 小さなイントロンサイズに対するペナルティは、ｇｅｎｏｍｅ＿ＨｏｍｏＨＩＴ規則中に統合され得るが、別個の規則がまた小さなサイズのイントロンにかかるプライマー／プローブの組を罰する。 これは、ゲノムＤＮＡで汚染されたＲＮＡサンプル中の試薬に対する競合の可能性を減らし、そしてまた、不完全にスプライスされた転写物を増幅する機会を減らす。 イントロンペナルティはイントロンのサイズに基づき得る。 すなわち、イントロンが大きいほど、ペナルティは小さくなる。

（アッセイの転写物へのリンク付け：）
上記で概略が示されたように、アッセイ設計プロセスの間には、非常に多数のＢＬＡＳＴ検索がさまざまなデータベースに対して実施され得る。 一つの非限定的な例においては、各アッセイに対して、約１００ものＢＬＡＳＴ結果が記憶され得る。 ＴａｑＤＢ中にロードされるＢＬＡＳＴファイルは、これらのさまざまなデータベースに対するプライマーおよびプローブの比較から生じるミスマッチ情報を含む。 転写物に対する完全適合（０，０，０）を示すＢＬＡＳＴファイルがあるとき（これは、定義により、最初にアッセイが設計された転写物に対して起る）、データベース中でアッセイとその転写物の受入ＩＤとの間にリンクが作成される。 プライマーおよびプローブに完全に適合する追加の転写物があるとき、それらもまたデータベースに加えられ、その特定のアッセイに「仮想的に」リンクされ得る。 これらのリンクは、もともと検出するためにアッセイが設計されなかったのに、検出することになる転写物へのリンクであり得るから、仮想的と考えられ得る。 特定の遺伝子の択一的スプライス形態が、仮想リンクのもっとも一般的な供給源である。 このような方法によるすべてのＢＬＡＳＴファイルとすべてのアッセイとの交互参照は、アッセイと転写物との間で多数 対 多数関係の作成を可能とし、従って、アッセイがどの転写物を増幅し得るかを定義する。 このプロセスの結果として、アッセイは複数の転写物受入ＩＤ、例えば、複数のＲｅｆＳｅｑエントリーと適合し得る。 さらに、小さなミスマッチを含む他のＢＬＡＳＴファイルはまた、データベース中にロードされ、ＢＬＡＳＴ品質管理データとして、アッセイにリンクされ得る。

アッセイ対多数転写物関係は、ウェブサイトオンライン注文システムに表示され得、その結果、アッセイの購入に先立って、アッセイが検出するすべての転写物に関する情報を研究者がもつ。

（再マッピング：）
絶えず新しい転写物が発見されるので、転写物データベースは、時を経ると変り、ときには、もともとは転写物であると思われたエントリーが誤りであることが発見され得、削除され得る。 特定の構成においては、アッセイの集合を最新に保つために、新しい転写物データベースが公開された（例えば、ＲｅｆＳｅｔは大体４週間ごとに更新される）後、アッセイを転写物の新しい組にマッピングするために、ＢＬＡＳＴ検索が用いられ得る。 このプロセスは、特定のアッセイが増幅し得るすべての既知転写物の識別によって、情報を最新に保ち、そしてまた、最新の転写物に対してもはやマッピングしない、集合中の任意のアッセイの除去を可能にする。 再マッピングプロセスの追加的な利点は、転写物データベースことに、配列ごとに、アッセイを設計する必要がないことである。 多くの場合、既存のアッセイから新しい配列へのリンクを見いだし、従って、アッセイ製品の研究者への配布の時間をかなり節減できる。

（データマイニング：）
不合格品分析から、以後アッセイが強固な５'ヌクレアーゼアッセイとして設計され得るように、問題となり得るオリゴヌクレオチド配列を認識することが可能であり得る。 すなわち、不合格アッセイ設計を含むデータベースは、設計プロセスの改善のための基盤を提供する。 例えば、製造プロセス（例えば、定量化、または分析的品質管理）中で不合格となったアッセイからオリゴヌクレオチド配列を抽出することによって、共通性を同定するために、問題のある配列を比較できる。 ある種の配列は製造することが難しい傾向があり、そのような製造しにくい配列は、そのような問題のある配列を含むオリゴヌクレオチドに対してペナルティを評価され得る。 これが、今度は、次の製造における不合格率を低下させ、よりよい機能アッセイを生じる。

（設計されたアッセイの評価：）
アッセイ設計プロセスの非限定的な例においては、１６，０００を超えるＲｅｆＳｅｑ転写物が、アッセイ設計プロセスにかけられた。 これらの転写物から、１３，６３３のアッセイが製造に送られた。 製造への注文がまったくない約２０００の転写物があり、これらのアッセイは下記の範疇に入る：
１． アッセイが一つも設計されない
２． 設計されたアッセイが、現行のペナルティカットオフに一つも合格しない
ａ． イントロンサイズペナルティ（複数エキソン遺伝子のみ）
ｂ． 転写物ペナルティ
ｃ． ゲノムペナルティ。

インシリコ品質管理標準に合格しないアッセイの多くが、ある条件下では適格なアッセイとなり得るが、ある実施形態においては、解釈しにくい定量的遺伝子発現結果を生じる潜在性をもつアッセイの製造を避けるために、特別に厳密な標準が用いられ得る。 なぜ、設計されたアッセイが、特定のＲＮＡサンプル中のｍＲＮＡ転写物レベルの、定量的な決定のための強固なアッセイであり得ないか、さまざまな理由があり得る。 すなわち、これらのインシリコ品質管理段階のすべてが、すべてのアッセイのユーザにとって重要なわけではないが、それでも、特定のアッセイの広範なユーザにより利用される、すべての範囲のサンプル型のスペクトルおよびサンプル調製方法論の要件に合う、もっとも強固な定量的アッセイを提供することが望ましい。

表１は、このプロセスがどのように機能するかの例を提供し、ヒトのプラコフィリン（ｐｌａｋｏｐｈｉｌｉｎ）４（ＰＫＰ４）ｍＲＮＡ（ＲｅｆＳｅｑ ＩＤ ＮＭ＿００３６２８）のエキソン−エキソン境界にかかって設計されたアッセイのすべてを示す。

いくつかの構成においては、必要に応じて依頼者によって注文された遺伝子発現製品が、改善された感度および定量精度のために非蛍光クエンチャーを利用する、ＦＡＭ標識およびＴａｑＭａｎ（登録商標）ＭＧＢ技術とともに、供給者から入手できる。 より短いＭＧＢプローブを設計できるという柔軟性が有利に利用でき、ヒトゲノムの全コレクションのアドレッシングが可能となる。 また、いくつかの構成においては、カスタム化製品の供給者によって、依頼者にＴＡＭＲＡ ＴａｑＭａｎプローブが利用可能にされ得る。

与えられたアッセイ（またはＰＣＲ反応）のＰＣＲ効率は、以下のように定義され得る。 各ＰＣＲサイクルでアンプリコンの重複を生じるアッセイは、１００％の効率をもつ。 比較Ｃｔ定量法の使用時には、効率は関心の的である。 比較Ｃｔ法による倍差を計算するために用いられる式中の一つの仮定は、比較されるアッセイ／遺伝子は同等の効率でなければならないということである。 いくつかの構成においては、外れ品、すなわち、汚染からではなく設計から生じ得る、明らかに劣った効率のアッセイを見つけるために、テストが行なわれ得る。 いくつかの構成においては、高い効率を目的として設計および試験された遺伝子のサブセットが提供され得る。

（遺伝子発現アッセイの注文：）
上で議論されるように、ブロック１２（図１を見よ）で、ユーザが遺伝子発現実験用のストックアッセイを取得することを望むと、ブロック１６において、ユーザは一連の質問によって誘導され得、ここで遺伝子発現アッセイの性質に関する情報が集められ得る。

いくつかの構成においては、購入可能なカスタム遺伝子発現アッセイは、受入番号（ＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ ＩＤ）遺伝子名、遺伝子ファミリー、および／または機能グループおよびカテゴリーで選ばれ得る。 例えば、「癌遺伝子」は、３つのグループを含むカテゴリーである。 いくつかの構成は、各グループに対して、依頼者がセットとして、または個別に注文し得るアッセイのリストを提供する。 依頼者がこれらの対象となる特定の興味ある遺伝子発現アッセイを見つけなければ、対象の遺伝子発現に対して新しいアッセイが利用可能になったどうかを決定するために、依頼者は定期的に再チェックできる。 あるいは、依頼者は設計によるサービスを用い得る。 いくつかの構成においては、重要なスプライス変異株に対して、ストックアッセイおよびカスタムアッセイ設計が利用可能になり得る。 さらに、他の検索オプションおよびアッセイに関連する情報が、望まれるように利用可能になり得る。

遺伝子発現アッセイのための情報の収集を開始するウィンドウ画面の非限定的な例は、図５０に示される。 この点について、ユーザは、遺伝子発現用のストックアッセイサービス、ならびに、遺伝子発現用ストックアッセイを得るために必要な情報の提出によって、受け取ることができる製品の説明を提供され得る。

図５１を参照して、２２０でストックアッセイシステムの概略を見た後、ブロック２２２によって示されるように、ユーザが遺伝子発現用ストックアッセイに関する注文情報を得ることを望めば、ブロック２２４において注文情報がユーザに提供され得る。 この点について、ユーザは、提供されるアッセイの内容に関する情報、ならびに、アッセイに関する技術情報を提供され得る。 さらに、製造するための体積および反応に関する情報、ならびに、必要な機器プラットフォームが提供され得る。 アッセイの部品番号情報、ならびに、関連装置の部品番号もまた入手できる。 一つの非限定的な例においては、ユーザは、ユーザによって受け取られるであろう遺伝子発現アッセイの構成部品について通知され得る。 この情報がユーザに提供されるウィンドウ画面例は、図５２に示される。

ユーザはまた、図５１に示されるように、意志決定ブロック２２６において、システムから資料を依頼できる。 ブロック２２６において、ユーザが遺伝子発現アッセイに関する資料を請求すると、ブロック２２８において、システムはストックアッセイに関する文書を配達する。 この情報は、パンフレット、製品掲示板、ユーザ掲示板ならびに他の型の指導情報または他の情報であり得る。 この情報は、ダウンロード、ファックス、ｅ−メールまたはハードコピーのいずれかで配達され得る。 文書がユーザに配達され得る様子を例示する代表的なウィンドウ画面が、図５３に示される。 いくつかの構成においては、ユーザは、利用可能な任意のまたはすべての配達形式で、任意の数のリストされた文書の配達を選べる。

さらに、ユーザはまた、意志決定ブロック２３０において、参照情報を依頼することもできる。 意志決定ブロック２３０において、ユーザが参照情報を依頼すると、ブロック２３２において、ユーザは一般に利用可能なデータベースへのリンクであり得る情報を提供され得る。 例えば、ブロック２３２において、ユーザはＮＣＢＩ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｐｒｏｊｅｃｔ（ＲｅｆＳｅｑ）データベースにリンクされ得る。 しかし、他の適当なデータベースも参照され得ると理解されるべきである。

ユーザはまた、ブロック２３０によって表されるように、遺伝子発現アッセイを検索することを決定し得る。 ブロック２３４において、ユーザが遺伝子発現アッセイを検索することを決定すると、ブロック２４０（図５４を見よ）において、ユーザはアッセイ検索のための一定の使用契約条項を受け入れることを求められ得る。 使用契約条項の提供に加えて、ユーザはまた、名前、機関、ｅ−メール、電話番号および／または住所等、ユーザに関する情報を提供することを求められ得る。 さらに、ユーザはまた、ブロック２４０において、製品またはサービスに関する情報を希望するかをたずねられ得る。 代表的なウィンドウ画面は、図５５に示される。

ユーザが使用契約条項を受け入れると、ブロック２４２において、ユーザは、遺伝子発現生成物のためのストックアッセイをユーザが検索することを可能にするウィンドウ画面に導かれ得る。 例となるウィンドウ画面は、図５６に示される。 ユーザはそこでさまざまな方法で遺伝子発現アッセイを検索する機会を与えられ得る。 例えば、意志決定ブロック２４２において、ユーザは遺伝子名、遺伝子記号または遺伝子存在論分類等のキーワードの検索によって、アッセイを見つけるために、キーワード検索を用い得る。 意志決定ブロック２４２において、ユーザがキーワード検索を選ぶと、以下にさらに詳しく開示されるように、ブロック２４４において、キーワード検索が行われ得る。 ユーザはまたブロック２４６において、例えばＣｅｌｅｒａ、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓまたは公開データベース等の公開または非公開供給源からの複数の受入番号を検索することによってアッセイを見つけるために、バッチＩＤ検索を行うことを決定し得る。 ブロック２４６において、ユーザがバッチＩＤ検索を実施することを選ぶと、以下にさらに詳しく開示されるように、ブロック２４８において、バッチＩＤ検索が実施され得る。 最後に、意志決定ブロック２５０において、ユーザは、Ｃｅｌｅｒａ Ｐａｎｔｈｅｒタンパク質分類システム等の適当な分類システムによって、アッセイを見つけるために、分類検索を実施することを決定し得る。

ブロック２４２において、ユーザがキーワード検索を実施することを選ぶと、ユーザは基本または上級キーワード検索のどちらかを実施できる。 基本キーワードが実施されると、ユーザは検索が行われる検索フィールドを選択し、それとともに、特定の検索用語を入力することができる。 検索できる特定のフィールドとしては、以下の非限定的な例が挙げられる：
遺伝子記号（Ｇｅｎｅ Ｓｙｍｂｏｌ）
遺伝子名（Ｇｅｎｅ Ｎａｍｅ）
ＲｅｆＳｅｑ受入（Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ）
Ｐａｎｔｈｅｒ機能（Ｐａｎｔｈｅｒ Ｆｕｎｃｔｉｏｎ）
Ｐａｎｔｈｅｒプロセス（Ｐａｎｔｈｅｒ Ｐｒｏｃｅｓｓ）
ＧＯ機能（ＧＯ Ｆｕｎｃｔｉｏｎ）
ＧＯプロセス（ＧＯ Ｐｒｏｃｅｓｓ）
ＧＯ ＩＤ
ＡＢアッセイＩＤ（ＡＢ Ａｓｓａｙ ＩＤ）
Ｃｅｌｅｒａ遺伝子（ｈＣＧ）
Ｃｅｌｅｒａ転写物（ｈＣＴ）
Ｃｅｌｅｒａタンパク質（ｈＣＰ）
ＬｏｃｕｓＬｉｎｋ ＩＤ
ＧｅｎＢａｎｋヌクレオチドＩＤ（ＧｅｎＢａｎｋ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ＩＤ）
ＧｅｎＢａｎｋタンパク質ＩＤ（ＧｅｎＢａｎｋ Ｐｒｏｔｅｉｎ ＩＤ）
生物種（Ｓｐｅｃｉｅｓ）
染色体（Ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ）
細胞遺伝バンド（Ｃｙｔｏｂａｎｄ）
ＲｅｆＳｅｑ ＧＩ
基本キーワード検索用の情報の入力を可能にするウィンドウ画面の非限定的な例は、図５７に示される。

上級キーワード検索がユーザによって選ばれると、ユーザは、すべての上記のフィールドに対して、検索基準を挿入できる。 上級キーワード検索用の情報の入力を可能にするウィンドウ画面の非限定的な例は、図５８に示される。

ブロック２４６において、ユーザがバッチＩＤ検索を行うことが望ましいと決定すると、ブロック２４８において、バッチＩＤ検索が行われ得る。 バッチＩＤ検索は、リスト識別番号の使用によってアッセイを見つける。 この点について、ユーザは ＲｅｆＳｅｑ受入番号 ＧｅｎＢａｎｋタンパク質（ＧｅｎＰｅｐｔ）受入番号 ＧｅｎＢａｎｋ ＧＩ番号 ＬｏｃｕｓＬｉｎｋ
ＬｏｃｕｓＬｉｎｋ遺伝子記号 Ｃｅｌｅｒａ遺伝子（ｈＣＧ）
Ｃｅｌｅｒａ転写物（ｈＣＴ）
Ｃｅｌｅｒａタンパク質（ｈＣＰ）
ＡＢアッセイＩＤ
等の、さまざまな供給源から識別番号で検索することができる。 情報は多数の形式で入力でき、例えば、識別番号は、タブ、改行復帰、行復帰、コンマまたはスペースのどれかで区切られ得る。 さらに、遺伝子発現検索に続いて、以前にエクスポートされたファイル等、特定の識別番号、または不定の識別番号を含むファイルをアップロードすることが可能である。 ユーザがバッチＩＤ検索用の情報を入力することを可能にするウィンドウ画面例は、図５９に示される。

最後に、ブロック２５０において、ユーザはまた、Ｃｅｌｅｒａ ｐａｎｔｈｅｒ分類システムの使用等の、分類検索が行われるかどうかを決定することができる。 Ｃｅｌｅｒａ Ｐａｎｔｈｅｒ分類システムは、配列関係の文脈でのタンパク質の機能の分類および予測用のシステムである（例えば、２００２年１２月１４日出願、米国特許出願シリアル番号６０／［シリアル番号未定］、代理人仮番号９６９２−３０ＵＳＢの「２つ以上の種の間の代理および相同ゲノム領域を識別し、視察し、解析する方法」という標題の明細書（その全体が本明細書中に参考として援用される）を見よ）。 同じように割り当てられたＣｅｌｅｒａ遺伝子データへの適合にもとづいて、アッセイはＰａｎｔｈｅｒカテゴリーに割り当てられ得る。 Ｐａｎｔｈｅｒカテゴリーは３つのレベルの深さまで構築され、３つのレベルの任意の１つにおいてアッセイが帰属され得る。

ブロック２５０において、ユーザが分類検索を実施することを望むと、ブロック２５２において、分類検索が行われ得る。 ユーザはそこで、タンパク質の属性、あるいはレセプター、キナーゼまたはヒドロラーゼ等のタンパク質によって実施される特定の生化学反応の属性を含む、分子機能カテゴリーで検索することができる。 さらに、ユーザはまた、共通の生物学的対象に向ってともに機能する生化学反応を含む、生物学的プロセスカテゴリーで検索することができる。 プロセスは、グリコリシスおよびシグナル伝達等の細胞レベルか、あるいは感覚認知における免疫および防御等のシステムレベルであり得る。

ブロック２５２において、分類検索が行われ得る様子の例は、図６０に示される。 この点について、ブロック２５６において、ユーザは分類検索を開始する。 ユーザが分類検索を開始した後、ブロック２５８において、ユーザは分類が分子機能に対して行われるか、生物学的プロセスに対して行われるか決定する。 ユーザがこの選択をすることを可能にするウィンドウ画面例は、図６１に示される。 ブロック２５８において、ユーザが分子機能で検索すると決定すると、ユーザは、望みの分子機能に対する一組のアッセイがユーザに提示されるまで、分子機能の階層を見ることができる。 この点について、ブロック２６０において、ユーザは分子機能のカテゴリーを選ぶことができる。 次いで、処理がブロック２６２へ進み、階層検索が完了したかどうかユーザが決定することを可能にする。 これは検索されたカテゴリー内にそれ以上のサブ分類がない場合に生じる。 例えば、選ばれる分子機能のカテゴリーが「レセプター」であると、３つのサブカテゴリー（すなわち、プロテインキナーゼレセプター、サイトカインレセプターおよびリガンド依存性イオンチャンネルレセプター）を含めて、この分子機能に関連する７つのカテゴリーがある。 レセプター分子機能に関連するカテゴリーを示すウィンドウ画面例は、図６２に例示される。 ブロック２６２において、ユーザが分子機能のサブカテゴリーを検索することを決定すると、ブロック２６０において、ユーザは別の特定の分子機能を選ぶ。 例えば、図６３に示されるように、ユーザが「プロテインキナーゼレセプター」のサブカテゴリーを選ぶと、図６４に示されるようなウィンドウ画面例が表示され、プロテインキナーゼレセプターのカテゴリーを表示し得る。 ブロック２６２において、ユーザが階層検索を完了したとき、ブロック２６４において、ユーザはアッセイを同定して注文し得る。

同様に、ブロック２５８において、ユーザは生物学的プロセスにもとづく検索を行うことを選べる。 ユーザがこの選択をすると、ユーザは、システムがブロック２６６においてユーザに提供する、多数の広範な生物学的プロセスの中の一つを選ぶ。 ユーザが選ぶことができる生物学的プロセスを示すウィンドウ画面例は、図６５に例示される。

ブロック２６６における、広範なカテゴリーの生物学的プロセス中の一つの選択後、ブロック２６８において、ユーザは検索階層が完了したかどうかを決める。 ユーザが検索階層を完了していなかったら（すなわち、ユーザに表示される関連生物学的プロセスが、サブカテゴリーを含んでいれば）、ブロック２６６において、ユーザは再びサブカテゴリーの一つを選ぶ。 ブロック２６８において、ユーザがこの検索階層を完了したら、２７０において、ユーザはアッセイを識別して注文する。

生物学的プロセスに関する分類検索の非限定的な例は、図６６に示される。 この例においては、ブロック２６６において、ユーザがアポトーシスに関連する生物学的プロセスを選ぶと、ユーザは図６６に示されるものに類似のウィンドウ画面を提示される。 ユーザはそこで、アッセイカラムの番号と関連する番号をクリックすることにより、特定の対象フィールドに関連するカテゴリーおよびそれに関わるアッセイを選ぶ。

ユーザが検索情報を入力した後、検索の結果がユーザに提供される。 ユーザに結果を提供するウィンドウ画面の一つの非限定的な例は、図６７に示される。 この点について、ユーザは、検索基準を満たすアッセイのアッセイＩＤ、ＲｅｆＳｅｑ ＩＤ、ローカスリンク（ＬｏｃｕｓＬｉｎｋ）遺伝子名、機能、プロセス、セレラ（Ｃｅｌｅｒａ）ＩＤおよび位置を提供される。 各列とつながる任意のキャプションを押し下げることにより、ユーザは結果をアルファベット順にソートする。 ウィンドウ画面はまた、ユーザが一つ以上の特定のアッセイを選びことを可能にするチェックボックスを含む。 このボックスがチェックされると、アッセイは、ログイン後に続く購入のためのユーザ「ショッピングバスケット」に加えられる。 ユーザはまた、非限定的な例において、書庫への収蔵または「オフライン」で行われる配列比較解析の目的で、一つ以上のアッセイがエクスポートされることを選ぶ。 関連遺伝子に関する情報が、ＮＣＢＩローカスリンク（ＬｏｃｕｓＬｉｎｋ）等の、第三者または公開データベースから得られることを可能にするリンクが提示される。 さらに、ユーザは、アッセイにより検出された遺伝子に関わる分子機能および／または生物学的プロセスについての情報を得る。

ユーザがあるアッセイを選ぶと、この特定のアッセイに関する情報は、図６８に示されるものと類似の様子で提示される。 この点について、特定の遺伝子の識別および位置に関する情報、ならびにその生物的意義に関する情報が与えられる。 とくに、提供される情報は、存在し得る分子機能ならびに生物学的プロセスの両方に関する。

いくつかの構成においては、遺伝子発現の相対的定量のために内在性コントロールが入手できる。 容易な識別および注文のために、いくつかの構成においては、コントロールは注文システム中で強調される。

（ストックアッセイ：ＳＮＰ遺伝子型決定）
いくつかの構成においては、少なくとも４０，０００の在庫ＳＮＰ遺伝子型解析製品が入手できる。 これらの構成のいくつかにおいては、少なくとも７７，０００のそのような製品が入手できる。 これらの構成のいくつかにおいては、少なくとも１５０，０００のそのような製品が入手でき、これらの構成のいくつかにおいては、２００，０００の在庫ＳＮＰ遺伝子型解析製品が入手できる。

さまざまな構成においては、ＳＮＰ遺伝子型解析製品は、たとえば、２つのプライマおよび２つのプローブを含み、各プローブはｖｉｃまたはｆａｍ等の種々の標識をもち、単一の試験管中にあり、ＣＤまたは他の媒体上で提供されるアッセイ情報をもち、あるいはもたない。 さまざまな構成は上記のいくつかまたはすべてを含む。

さまざまな構成においては、普遍的なアッセイ条件下でＴａｑＭａｎ（登録商標）ＭＧＢプローブ技術を用いる、少なくとも４０，０００のアッセイが入手できる。 これらの構成のいくつかにおいては、少なくとも１５０，０００のそのようなアッセイが入手でき、これらの構成のいくつかにおいては、普遍的なアッセイ条件下でＴａｑＭａｎ（登録商標）ＭＧＢプローブ技術を用いる、少なくとも２００，０００のアッセイが入手できる。

（ＳＮＰ遺伝子型解析アッセイ調製：）
いくつかの構成においては、ＳＮＰ検出製品は在庫アッセイを含む。 さまざまな構成は、ＴａｑＭａｎ（登録商標）ＭＧＢプローブによる５′ヌクレアーゼ化学反応、および／または、普遍的製剤化および熱サイクルパラメータ（たとえば、これらの構成のいくつかにおいては、９００ｎＭプライマ、２５０ｎＭプローブ）を用いて機能する。 いくつかの構成は、Ｃｅｌｅｒａデータと公開データとの組合せ、あるいは非公開データまたは公開データのどちらか単独のような、非公開および公開データを含む、バイオインフォマティクスパイプラインを利用して設計されたアッセイを提供する。

ＳＮＰ遺伝子型解析アッセイの設計は、いくつかの構成中の多数の局面においては、遺伝子発現アッセイの設計に類似する。 各ＳＮＰアッセイは、二つの非標識化オリゴヌクレオチドプライマおよび二つのＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブを含み、各プローブは蛍光発色剤、蛍光消光剤、およびマイナーグルーブバインダをもつ。 アッセイ設計は、予備処理選択プロセス中でのアッセイ設計に対するＳＮＰの選択、プライマおよびプローブの設計、およびプライマおよびプローブの製造に先立つインシリコ（ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ）品質管理を含む。

予備処理：いくつかの構成においては、転写物中のある配列領域は、遺伝子発現アッセイ設計の場合に上で説明された５'ヌクレアーゼアッセイに対する、オリゴヌクレオチドプライマおよびプローブの設計のための予備処理段階で識別される。 中の反復および低複雑性領域は、アッセイが設計されるＳＮＰとは異なるＳＮＰとともにマスクされる（すなわち、ヌクレオチドはＮで置換される）。 マスクされる反復配列の非限定的な例は、単純反復（ジ−およびトリ−ヌクレオチド反復）、Ａｌｕ制約部位反復、長分散核要素（ＬＩＮＥ）、および短分散核要素（ＳＩＮＥ）を含む。

ＳＮＰは、当分野で既知の方法を用いるゲノムデータベースに対するＢＬＡＳＴ解析の実施により、遺伝子領域中で識別されるＡｌｔｓｃｈｕｌら著、Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． 、２１５巻、４０３−４１０頁、（１９９０年）を参照のこと）か、あるいはＳＮＰデータベース中で識別される（たとえば、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＳＮＰ／でアクセスできるｄｂＳＮＰデータベース）。 不一致がみつかると、不確定ヌクレオチド上でオリゴヌクレオチドプライマまたはプローブが、一つでも設計されないことを保証することを助けるために、不一致マスキング段階が用いられる。

アッセイ設計：ＳＮＰアッセイ設計は、最適Ｔｍ要件、ＧＣ含量、緩衝液／塩条件、オリゴヌクレオチド濃度、二次構造、最適アンプリコンサイズ、および上で遺伝子発現アッセイの場合に説明されたようにプライマ−二量体生成の低減等の仕様に基づく。

インシリコ品質管理：いくつかの構成においては、設計後、プライマおよびプローブの組は、品質管理ステップを通って処理される。 このプロセスは、概念的には上で遺伝子発現アッセイの場合に説明されたものに類似しているが、下で説明されるようにＳＮＰ遺伝子型解析アッセイに適用できる品質管理ステップを含む。 品質管理ステップは、試験の各相で与えられたアッセイ設計に特有の罰点を発生して、アッセイを罰する。 各アッセイ設計に対する最終的な罰点は、個別罰点のそれぞれの和を含む。 各ＳＮＰに対して、もっとも低い累積罰点をもつアッセイ設計が、製造のために選ばれるアッセイである。

いくつかの構成においては、ＳＮＰ遺伝子型解析アッセイに対するインシリコ品質管理プロセスは、ＢＬＡＳＴによる、アッセイとゲノムＤＮＡの非自己領域との間の相同性の度合い（たとえば、相同遺伝子および偽遺伝子）の決定を含むゲノムＢＬＡＳＴ評点法を含む。 対象遺伝子の位置に加えて、アッセイがゲノム上で第二の（またはさらに大きい数）物理位置をヒットすると、罰が割り当てられる。

すべてのＢＬＡＳＴ検索に対して、二つのプライマおよび介在するプローブのそれぞれを含むアンプリコン配列の生成により、品質管理質問式がつくられる。 アンプリコンは、プライマとプローブとの間の特定の数のヌクレオチドをＮで埋めることにより作成される。 各５'ヌクレアーゼアッセイのための品質管理質問式は、１）品質管理質問配列中の各プライマ／プローブの組が、標的ＳＮＰ配列に完全に適合する（プローブ中のＳＮＰ対立遺伝子を除いて）こと、および２）各アッセイが対象ＳＮＰに対して特異的であり、ゲノムの他のどの領域からもＳＮＰを検出しないこと、を保証するために、ゲノムデータベースに対してＢＬＡＳＴされる。 他の遺伝子に相同性をもつプライマ（介在する相同プローブをもつ）は望ましくない蛍光シグナルを生み出し、したがって、真のＳＮＰの分析をマスクする。 相同遺伝子に対するプライマ（介在する相同プローブをもたない）は、標的ＳＮＰを含む遺伝子に加えて、相同遺伝子を増幅することがあり、ＰＣＲ反応において試薬に対する競争をひき起こし、偽の結果の原因となる。 相同性が存在すると、アッセイは、他のＳＮＰへの相同性の度合いにもとづいて、罰を割り当てられる。 二組の数がこのＳＮＰ ＢＬＡＳＴ段階で報告され、下で説明される。

（ａ）自己に対するＢＬＡＳＴヒット このＢＬＡＳＴからの高得点対（ＨＳＰ）は、自己と１００％相同性の適合をつくる。 このＨＳＰは、ＳＮＰデータベース中の標的ＳＮＰに対する品質管理質問式のアラインメントを表し、標的ＳＮＰが読み出されたデータベースに対してＢＬＡＳＴされるとき、「０ ０ ０」（順方向プライマ配列中の不適合０、プローブ配列中の不適合０（ＳＮＰ対立遺伝子を除く）、および逆方向プライマ配列中の不適合０を表す）を示す。 ＳＮＰデータベース中でどのＳＮＰに対しても、品質管理質問式にヒットが一つもなければ、不適合は「５０ ５０ ５０」（人為的に高い不適合値）と報告され、アッセイには、問題ありのフラグを立てられる。

（ｂ）非自己ＳＮＰに対する連続ＢＬＡＳＴヒット。

このＢＬＡＳＴ結果の組では、トップ非自己ＨＳＰ（すなわち、相同なＳＮＰに対するＢＬＡＳＴ結果）が報告される。 もっとも近いホモログであるが、品質管理質問式に対して完全適合ではないＨＳＰにもっとも高い罰が割り当てられる。 二つのＨＳＰが質問式に対して同じ相同性特定をもつと、プローブ領域により高い相同性をもつ方がトップヒットとして選ばれる。

二つ以上の高度に相同な遺伝子が、遺伝子が同一の配列をもつ領域で、同一のアッセイ設計に終る。 二つ以上の高度に相同な遺伝子が、同一のアッセイを設計されると（たとえば、二つの異なる遺伝子が同一の配列をもつ領域中で）、第二のヒットは離れた、別の遺伝子へのヒットであると想定されるため、アッセイは大きな罰を割り当てられる。

（アッセイのＳＮＰへのリンク作成：）
上記で概要が示されたように、アッセイ設計プロセスの間には、非常に多数のＢＬＡＳＴ検索がさまざまなデータベースに対して実施される。 一つの非限定的な例においては、各アッセイに対して、約１００のＢＬＡＳＴ結果が記憶される。 ＴａｑＤＢ等のデータベース中にロードされるＢＬＡＳＴファイルは、これらのさまざまなデータベースに対するプライマおよびプローブの比較から生じる不適合情報を含む。 一組のプライマおよびＳＮＰプローブに対して、完全適合を示すＢＬＡＳＴファイルがあるとき（これは、定義により、アッセイがもともと設計されたＳＮＰに対して起る）、データベース中で、アッセイとそのＳＮＰの受入番号との間にリンクが作成される。 プライマおよびプローブに完全に適合する追加のＳＮＰがあるとき、それらはまたデータベースに加えられ、その特定のアッセイに「仮想的に」リンクされる。 これらのリンクは、もともと検出するためにアッセイが設計されなかったのに、検出することになる転写物へのリンクであるから、仮想的と考えられる。 このような方法によるすべてのＢＬＡＳＴファイルとすべてのアッセイとの交互参照は、アッセイと転写物との間で多数対多数関係の作成を可能とし、したがって、アッセイがどのＳＮＰを増幅するかを定義する。 このプロセスの結果として、アッセイは複数のＳＮＰ受入ＩＤ、たとえば、複数のＲｅｆＳｅｑエントリーと適合する。 さらに、小さな不適合を含む他のＢＬＡＳＴファイルはまた、データベースにロードされ、ＢＬＡＳＴ品質管理データとしてアッセイにリンクされる。

ＳＮＰ対ゲノム関係は、アッセイの購入に先立って、ＳＮＰに関する情報を研究者がもつように、オンライン注文システム上に表示される（たとえば、図７６を参照のこと）。

（再マッピング：）
ある構成においては、アップデートされたＳＮＰデータベースが公開されると、上記で遺伝子発現アッセイの場合に説明されたものに類似の方法で、ＳＮＰ遺伝子型解析アッセイに対して、ＢＬＡＳＴ検索が繰り返される。 このプロセスは、特定のアッセイが増幅するすべての既知のＳＮＰの識別によって、情報を最新に維持し、最新のＳＮＰにもはやマップしない集合中の任意アッセイ除去を可能にする。 さらに、更新されたＳＮＰデータベース中で識別される新しい配列への、既存のアッセイからのリンクが発見されることがしばしばあり、したがって、研究者へのアッセイ製品の配布時間を節減できる。

（データマイニング：）
ある構成においては、遺伝子発現の場合に上記で説明されたように、設計プロセスの改善のための情報を提供するために、アッセイ設計不合格品の解析が実施される。 これは、次の製造における不合格率を低下させ、よりよい機能アッセイを生む。

（設計されたアッセイの評価：）
アッセイ設計プロセスの非限定的な例においては、数１０万のＳＮＰがアッセイ設計プロセスにかけられた。 これらのＳＮＰから、１０万を超えるアッセイが製造に送られた。 製造への注文がまったくない多くのＳＮＰがあり、これらのアッセイは下記の範疇に入る。

１． アッセイが一つも設計されない。

２． 設計されたアッセイが、現行の罰選考に一つも合格しない。

インシリコ品質管理標準に合格しないアッセイの多くが、ある状況下では適格なアッセイとなる。 が、解釈しにくい結果を生む潜在性をもつアッセイの製造を避けるために、ある状況では、特別に厳密な標準が用いられる。 なぜ、設計されたアッセイが、ＳＮＰに対して堅牢なアッセイでないことがあるか、さまざまな理由がある。 すなわち、これらのインシリコ品質管理段階のすべてが、アッセイのすべてのユーザにとって重要なわけではないが、それでも、特定のアッセイの広範なユーザにより利用される、すべての範囲の試料型および調製方法論の要件に合う、もっとも堅牢な定量的アッセイを提供することが望ましい。

（ＳＮＰ遺伝子型解析アッセイの注文：）
ユーザがＳＮＰ遺伝子型解析製品に対するストックアッセイを得ることを望むと、ユーザは、図１に示されるように、ブロック１２において、この機能を選ぶ。 ユーザがＳＮＰ遺伝子型解析に対するストックアッセイを選ぶとき、ブロック１８において、ユーザは一連の質問によって誘導され、ＳＮＰアッセイの性質に関する情報が集められる。 ＳＮＰ遺伝子型解析製品に対するストックアッセイの概観をユーザに提供するウィンドウ画面例は、図６９に示される。

ブロック２７２（図７０を参照のこと）において、ユーザがＳＮＰ遺伝子型解析に対するストックアッセイシステムの概観を見た後、ブロック２７４において、ユーザは注文情報を見ることが有用かどうか決める。 ユーザが注文情報を見ることを望むと、ブロック２７６において、システムはユーザに注文情報を提供する。 注文情報は、ＳＮＰ遺伝子型解析製品の部品番号、ならびにアッセイの内容を含む。 たとえば、注文情報は以下のものを含む。

あらかじめ製剤化されたアッセイ（１８７．５μＬ、２０ｘミックス）
２個の非標識化プライマ １個のＦＡＭ ^ＴＭ色素標識化ＴａｑＭａｎ（登録商標）ＭＧＢプローブ １個のＶＩＣ（登録商標）色素標識化ＴａｑＭａｎ（登録商標）ＭＧＢプローブ 以下を含むコンパクトディスク：
プロトコル これらの文書の製品添付用ハードコピーも提供される。

以下を含むアッセイ情報ファイル。 販売注文番号、穴位置、アッセイＩＤ、バイアルＩＤ、セレラ（Ｃｅｌｅｒａ）ＩＤ、遺伝子名、遺伝子記号、カテゴリー、カテゴリーＩＤ、グループ名、グループＩＤ，染色体、細胞遺伝バンド、ＮＣＢＩ遺伝子参照、ＮＣＢＩ ＳＮＰ参照、ＳＮＰ少数対立遺伝子頻度、ＳＮＰ型、コンテキスト配列、レポーター色素 注文ごとに以下が付属する 各アッセイ管の底面にレーザエッチングされた２‐Ｄバーコード チューブの各ラックに印刷された１‐Ｄバーコード インスツルメントプラットフォーム。 ７９００ＨＴ ７７００、７０００
反応体積。 ５μＬ ２５μＬ
反応数／管。 ７５０ １５０
ユーザはまた、ＳＮＰ遺伝子型解析製品を説明する資料を注文することができる。 この点について、ブロック２７８において、ユーザは文書を注文することを選ぶ。 ブロック２７８において、ユーザが文書を注文することを選ぶと、ブロック２８０において、ＳＮＰ遺伝子型解析アッセイに関する資料がユーザに提供される。 とくに、資料は、遺伝子発現アッセイに関わるものと類似の方法で、ウィンドウ画面によって提供される（図５３を参照のこと）。

さらに、ユーザはまた、ブロック２８２において、ユーザが参照情報を受け取りたいか決めることができる。 この情報は、ＳＮＰ遺伝子型解析製品の使用、ならびに対立遺伝子頻度に関する一般的な情報の提供のための一般的な段階を含む。 ブロック２８２において、ユーザが参照情報を得ることを選ぶと、ブロック２８４において、ユーザはこの情報を提供される。 さらに、ブロック２８６において、ユーザはＳＮＰ遺伝子型解析のために用いられるアッセイを検索することができる。 ブロック２８６において、ユーザがアッセイを検索することを決めると、ブロック２８８において、ユーザは検索を行う。

図７７を参照して、ブロック２９２において、ユーザが検索の契約条項に同意した後、ユーザはさまざまな技法により、ＳＮＰ遺伝子型解析アッセイを検索する機会を与えられる。 たとえば、意志決定ブロック２９４において、ユーザは遺伝子名、遺伝子記号または遺伝子存在論分類等のキーワードの検索により、アッセイを見つけるために、キーワード検索を用いる。 意志決定ブロック２９４において、ユーザがキーワード検索を選ぶと、下記にさらに詳しく開示されるように、ブロック２９６において、キーワード検索が行われる。 ブロック２９８において、ユーザはアッセイを見つけるために位置検索を行うことを決める。 ブロック２９８において、ユーザが位置検索を実施することを選ぶと、下記にさらに詳しく開示されるように、ブロック３００において、位置検索が実施される。 最後に、ブロック３０２において、ユーザは、たとえば、Ｃｅｌｅｒａ、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓまたは公開データベース等の、公開または非公開源からの複数の受入番号の検索により、アッセイを見つけるために、バッチＩＤ検索を実施することを決める。 意志決定ブロック３０２において、ユーザがバッチＩＤ検索を実施することを選ぶと、ブロック３０４において、バッチＩＤ検索が実施される。 最後に、ブロック３０６において、ユーザはシステムを出ることを決める。

ブロック２９４において、ユーザがＳＮＰ遺伝子型解析に対してキーワード検索を実施することを決めると、ユーザは選択用語のための選択フィールドで検索することができる。 検索される特定のフィールドは以下のようである。

ｄｂＳＮＰ ｒｓ＃ＩＤ
ｄｂＳＮＰ ｓｓ＃ＩＤ
遺伝子記号 ＬｏｃｕｓＬｉｎｋ 遺伝子名 ＲｅｆＳｅｑ受入 ＡＢアッセイＩＤ
Ｃｅｌｅｒａ ＳＮＰ（ｈＣＶ）
Ｃｅｌｅｒａ遺伝子（ｈＣＧ）
Ｃｅｌｅｒａ転写物（ｈＣＴ）
Ｃｅｌｅｒａ蛋白質（ｈＣＰ）
染色体 細胞遺伝バンド ＬｏｃｕｓＬｉｎｋ ＩＤ
さらに、以下を含む特定のＳＮＰ型で検索をフィルタすることが可能である。

受容体スプライス部位 コーディング領域 供与体スプライス部位 遺伝子間／未知 イントロン ミスセンス突然変異 ナンセンス突然変異 ｕｔｒ（非翻訳領域）候補 ３
ｕｔｒ候補 ５
反復 サイレント突然変異 ｕｔｒ ３
ｕｔｒ ５
さらに、すべてのこれらのＳＮＰ型を一緒に検索することが可能である。

さらに、システムはまた、１０ｋｂ隣接配列を除外するために、フィルタの使用を許す。 与えられた遺伝子に対して、ローカスリンク（ＬｏｃｕｓＬｉｎｋ）中の遺伝子に関連するすべてのＲｅｆＳｅｑ配列データは、ゲノム上にマップされる。 遺伝子は、遺伝子に関連するＲｅｆＳｅｑ配列データのもっとも遠い５'およびもっとも遠い３'塩基として定義される。 遺伝子関連フィールド上での検索時に、ユーザは、１０ｋｂ隣接配列を含めるか除外するかを選ぶ。 したがって、システムが検索するとき、上流配列および下流配列の１０ｋｂまでを質問中に含む。 このフィルタは、以下のフィールドに対して有効である。

遺伝子記号 ＬｏｃｕｓＬｉｎｋ遺伝子名 ＲｅｆＳｅｑ受入 Ｃｅｌｅｒａ転写物（ｈＣＴ）
Ｃｅｌｅｒａ蛋白質（ｈＣＰ）
Ｃｅｌｅｒａ遺伝子（ｈＣＧ）
ＬｏｃｕｓＬｉｎｋ ＩＤ
ある構成においては、ユーザが上記に挙げていないフィールド上で検索すると、システムはこのフィルタを無視する。 セレラ（Ｃｅｌｅｒａ）遺伝子（ｈＣＧ）ＩＤでＳＮＰアッセイを検索すると、ユーザは、検索フィルタの０ｋｂへの設定により、遺伝子内の検索または１０ｋｂの５'および３'隣接配列を含む遺伝子領域内の検索を選ぶ。 ユーザが検索フィルタを用いてキーワード検索を実施することを可能にするウィンドウ画面例は、図７１に示される。

あるいは、上記で説明されたように、ＳＮＰ遺伝子型解析に対する一つ以上のさまざまなフィールドに検索用語が入力される、上級キーワード検索を行うことも可能である。 ユーザが上級キーワード検索を行うことを可能にするウィンドウ画面例は、図７２に示される。

さらに、システムは、ユーザが白人およびアフリカ系アメリカ人の分布範囲の少数対立遺伝子頻度を選ぶことを可能にする。 対立遺伝子頻度は、ＳＮＰ部位に配列される染色体の全数中に見られる対立遺伝子の発生の数を示す。 ストックアッセイＳＮＰ遺伝子多型解析製品の対立遺伝子頻度は、コリエル（Ｃｏｒｉｅｌｌ）ヒト変化コレクションからの９０個の個別のヒトゲノムＤＮＡ試料、４５個はアフリカ系アメリカ人、４５個は白人、から得られる。 ストックアッセイＳＮＰ遺伝子型解析製品中に提供されるすべてのＳＮＰが多型であり、対立遺伝子頻度はさまざまな集団中の関連研究に適することを保証するために、試料は検証試験室にかけられる。 そのような検証段階から求められる結果は、またハプロタイプブロックの推定およびこれらのメーカー間の結合非平衡の度合いの分析を可能にする。 ＳＮＰ遺伝子型解析アッセイの組に対する選択および検証基準が、Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ ｄｅ ｌａ Ｖｅｇａら著、「全ゲノム結合非平衡マッピングセットのための一塩基多型の選択」中に説明されている。 このポスターにアクセスするためには、ｗｗｗ． ａｌｌｓｎｐｓ． ｃｏｍへ行くこと。

ブロック２９８において、ユーザが位置で検索するために選ぶとき、ブロック３００において、ユーザは最初マッピング型および関連識別情報を選ぶ。 この点について、ユーザは与えられた範囲内でＳＮＰ、遺伝子またはマーカー位置によってアッセイを選び得る。 あるいは、ＳＮＰアッセイはまた、染色体の位置上でも決定され得る。 これは、最初利用できる染色体を選び、それから染色体内の位置を選ぶことにより実行され得、メガ塩基の単位で報告され得る。 あるいは、ＳＮＰアッセイは、ＡＢＩ ＰＲＩＳＭ（登録商標） Ｌｉｎｋａｇｅ Ｍａｐｐｉｎｇ Ｓｅｔｓ ｖ２．５を用いて、位置で決められ得る。 ＡＢＩ ＰＲＩＳＭ（登録商標） Ｌｉｎｋａｇｅ Ｍａｐｐｉｎｇ Ｓｅｔｓ ｖ２．５は、高度な情報を与える二つの塩基対反復マイクロサテライト遺伝子座を増幅するために選ばれる８１１個の蛍光標識化ＰＣＲマーカーからなる。 これらのマーカーは、５Ｃ ^Ｍおよび１０Ｃ ^Ｍ平均解像度でヒトゲノムへの適用を提供するために二つの組に配置され得る。 マーカーは、１９９６年ジェネソン（Ｇｅｎｅｔｈｏｎ）ヒト遺伝子マップ由来であり得、染色体位置およびヘテロ接合性にもとづいて選択された。 ＡＢＩ ＰＲＩＳＭ（登録商標） Ｌｉｎｋ Ｍａｐｐｉｎｇ Ｓｅｔｓ ｖ２．５に関するより多くの情報は、アプライドバイオシステムズ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）から入手できる。

マッピング型および識別情報が入力された後、ユーザはまた、隣接領域表示結果を選ぶ機会をもつ。 １０ｋｂの隣接領域が選ばれ、あるいは、ユーザが０ｋｂ、１００ｋｂ、５００ｋｂ、および１００Ｍｂを選べるようにシステムが構成され得る。 最後に、ユーザは、白人およびアフリカ系アメリカ人少数対立遺伝子頻度ならびにＳＮＰ型を用いて、結果にフィルタをかけることができる。 ユーザが位置で検索することを可能にするウィンドウ画面例は、図７３に示される。

最後に、意志決定ブロック３０２において、ユーザはまた、バッチＩＤ検索を用いてＳＮＰ遺伝子型解析アッセイを検索するかどうか決め得る。 この点について、ブロック２８８において、ユーザは妥当なＩＤ型をシステムに入力する。 妥当なＩＤ型は、たとえば、以下のものの一つ以上であり得る。

ｄｂＳＮＰ参照クラスターまたはアッセイＩＤ
セレラ（Ｃｅｌｅｒａ）ｈＣＶ
ＡＢアッセイＩＤ
ローカスリンク（ＬｏｃｕｓＬｉｎｋ）遺伝子記号 ＲｅｆＳｅｑ受入番号 セレラ（Ｃｅｌｅｒａ）遺伝子（ｈＣＧ）
あるいは、ユーザは、ＳＮＰ遺伝子型解析検索からの、以前にエクスポートされた結果からの、ユーザのコンピュータ上のファイルをアップロードし得る。 この場合、ファイルが識別番号のリストを含むと、識別番号のそれぞれは、さまざまな実施形態において、タブ、改行復帰、行復帰、コンマまたはスペースで区切られる。 以前にエクスポートされたアッセイ結果を用いることをユーザが選ぶと、ストックアッセイエクスポート特徴から生じる、タブ区切りファイルが用いられ得る。 ユーザがバッチＩＤ検索を行うことを可能にするウィンドウ画面例は、図７４に示される。

ＳＮＰ遺伝子型解析アッセイ検索からの結果は、上記で遺伝子発現アッセイの場合に説明されたのと類似の方法で、ユーザに提供され得る。 ユーザに結果を提供するウィンドウ画面の一つの非限定的な例は、図７５に示される。 この点については、ユーザは、ｄｂＳＮＰ ＩＤ、名前および記号によるローカスリンク（ＬｏｃｕｓＬｉｎｋ）遺伝子位置、絶対位置、次のＳＮＰへの距離、白人およびアフリカ系アメリカ人中の主な少数対立遺伝子頻度、ならびにセレラ（Ｃｅｌｅｒａ）ＩＤを提供され得る。 ウィンドウ画面はまた、それらのアッセイをユーザ「ショッピングバスケット」に加えることにより、ユーザが一つ以上の特定のアッセイを注文のために選ぶことを可能にする、チェックボックスを含む。 さらに、ユーザはまた、一つ以上のアッセイおよびアッセイに関する情報を、エクスポート用に、および、さらに、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ作業（例えば、非限定的な例においては、アーカイブに収蔵することまたは配列比較分析）用に、またはＮＣＢＩローカスリンク（ＬｏｃｕｓＬｉｎｋ）等のゲノムデータベースへのリンク作成用に、選択できる。

ユーザが与えられたアッセイを選ぶと、この特定のアッセイに関する情報は、図７６に示されるものと類似の方法で提示され得る。 この点について、アッセイに関連する特定の遺伝子、遺伝子の位置、ならびに遺伝子の生化学的および生物学的特徴に関係する情報のようなデータが提供され得る。

高能力製造 さまざまな構成においては、オリゴヌクレオチド合成および検証のために、高能力および高スループット装置が用いられ得る。 製造活動は、製造プロセス中の段階ごとに明確に定義され検証された手順によって駆動されるプロセスであり得る。

ＤＮＡ合成機は、当該分野ではよく知られている。 ＤＮＡ合成機は、固体担体に固定された３′−末端ヌクレオチドである、第一残基で始まるオリゴヌクレオチドを製造するために用いられ得る。 次いで、ヌクレオチド鎖を組立てるために、３′から５′の向きで進めながら、追加の各ヌクレオチドが望みの順序で加えられ得る。

Ｈ−ホスホン酸法等の他の試薬も用いられ得る（概論のためには、オリゴヌクレオチドおよびアナログ 実際的アプローチ（Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ａｎｄ Ａｎａｌｏｇｕｅｓ ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ）、エフ．エクスチエン（Ｆ．Ｅｃｈｓｔｉｅｎ）編、ＩＲＬプレス（ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ）、オックスフォード（Ｏｘｆｏｒｄ）、イギリス（ＵＫ）、（１９９５年）中のブラウン（Ｂｒｏｗｎ）ら著、「最新機械支援オリゴヌクレオチド合成法（Ｍｏｄｅｒｎ ｍａｃｈｉｎｅ−ａｉｄｅｄ ｍｅｔｈｏｄ ｏｆ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ）」を見よ）が、付加反応のためには、ホスホルアミダイト試薬が用いられる。 この合成においては、四つの段階が実施される。 代表的に、制御された多孔性のガラスであり得る固体の担体に、塩基の３′−ヒドロキシルへのエステル結合によって、最初の塩基が結合される。 それから、合成を開始するために、たとえば、ジクロロメタン中のジクロロ酢酸またはトリクロロ酢酸等の酸による短い処理を用いて、塩基の５′−トリチルブロッキング基が開裂され得る。 それから、合成されるオリゴヌクレオチドの次の単量体が、テトラゾール中のＤＮＡホスホルアミダイトの形で加えられ、第一の塩基の利用可能な５′−ヒドロキシル基と結合される。 その結果生成した亜りん酸エステル結合は、それから、ＴＨＦおよびピリジンを含む水溶液中でのよう素による処理によってりん酸エステルへ酸化され、オリゴヌクレオチド合成の最初のサイクルを完了する。 次いで、これが、加えられるそれぞれの塩基について、繰り返され得る。

本発明のいくつかの構成において用いられるＤＮＡ合成機は、約４０ｎｍｏｌ、約０．２μｍｏｌまたは約１μｍｏｌの量で、オリゴヌクレオチドを製造する能力がある。 さまざまな構成においては、少なくとも約１００、少なくとも約２００以上のプライマ長さのオリゴを、４０および２００ｎｍｏｌ量で、約１０時間の期間で製造できるＤＮＡ合成機が用いられ得る。

本発明のいくつかの構成において用いられるＤＮＡ合成機はまた、適切な蛍光発色剤または消色剤を合成後のプローブに結合することができる。

タックマン（ＴａｑＭａｎ（登録商標））法にもとづくＳＮＰアッセイの場合、タックマン（ＴａｑＭａｎ（登録商標））アッセイの実施のためのプローブおよびプライマが合成され得る。 ある実施形態においては、二つのＳＮＰ対立遺伝子の間を区別するために、二つのタックマン（ＴａｑＭａｎ（登録商標））ＭＧＢプローブが設計され得、製造され得る。 各タックマン（ＴａｑＭａｎ（登録商標））ＭＧＢプローブは、いくつかの構成においては、各プローブの５′末端にレポーター色素を含む。 レポーター色素は、たとえば、ＶＩＣ ^ＴＭ色素またはｂ−ＦＡＭ ^ＴＭ色素等の、多数の適当な色素の任意のものであり得る。 したがって、たとえば、与えられたアッセイ中に用いられるＳＮＰの一つの対立遺伝子に対して特異的な第一のプローブの５′末端に、ＶＩＣ ^ＴＭ色素が結合され得、第二の対立遺伝子に対して特異的な第二のプローブの５′末端に、６−ＦＡＭ ^ＴＭ色素が結合され得る。 上記で説明されたように、各プローブ中には、ＭＧＢも含まれ得る。 これはプローブの長さを増加させずに融点（Ｔｍ）を上昇させ、それによって、より短いプローブの設計を可能にする。 ＭＧＢの使用により、適合するプローブと適合しないプローブとの間のＴｍ値の差が大きくなり、さらに正確な対立遺伝子の区別を生じる。

他のある構成においては、遺伝子発現アッセイのプローブおよびプライマが合成され得る。 いくつかの構成においては、レポーター色素が各プローブの５′末端に結合され得る。 レポートされる色素は、任意の適当な色素であり得、たとえば、ＶＩＣ ^ＴＭ色素または６−ＦＡＭ ^ＴＭ色素等の色素である。 上記で説明されたように、ＭＧＢもプローブ中に含まれ得る。 従って、たとえば、与えられたアッセイ中での使用のために、一つのＦＡＭ ^ＴＭ色素標識したタックマン（ＴａｑＭａｎ（登録商標））ＭＧＢプローブが、二つの標的特異的プライマとともに合成され得る。

ある局面においては、消光剤はまた、ＳＮＰおよび遺伝子発現アッセイの両方のためのプローブに結合され得る。 消光剤は、さまざまな構成においては、各プローブの３′末端に結合されたＮＦＱであり得る。

本発明のさまざまな構成においては、合成されたオリゴヌクレオチドは、たとえば、長さで５０塩基より長いオリゴヌクレオチドに対しては、ポリアクリルアミドゲル電気泳動（ＰＡＧＥ）、長さで５０塩基より短いオリゴヌクレオチドに対しては、高性能液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）を含み得る、精製法に付され得る。 ２３量体の一般的なアニオン交換ＨＰＬＣプロフィールは、図７８に示され、これは、出力生成物の９０％が、完全な長さのオリゴヌクレオチドであり得ることを示している。

本発明のいくつかの構成において用いられるＤＮＡ合成機は、コンピュータと結合され、それによって、ＤＮＡ合成の自動化実施のために諸条件が設定されることを可能にする。

本発明のいくつかの構成においては、用いられるＤＮＡ合成機は、高速サイクル時間、低試薬消費量および信頼性でＤＮＡオリゴヌクレオチドを合成する能力がある。 使用に適するそのような高能力、高スループットＤＮＡ合成機の一つは、市販のＡＢＩ ３９００ ＤＮＡ合成機（アプライドバイオシステムズ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）、フォスターシティー（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ）、カリフォルニア（ＣＡ））である。

さまざまな構成においては、少なくとも１０、少なくとも２０、少なくとも５０、少なくとも７０以上の非常に多数のＤＮＡ合成機が製造施設で使用され得る。 複数の製造施設もまた用いられ得、個々の施設におけるオリゴヌクレオチドの製造は、望まれれば、連動され得る。 複数の製造施設は、世界中の市場に効率的に供給するために、戦略的な地理的場所に置かれ得る。

製造後検証および品質管理 本発明のさまざまな構成においては、選ばれた品質チェックが供給者によって実施され得る。 品質チェックは、合成収率、分析品質管理（たとえば、質量分析を用いて実施され得る）、機能試験および検証試験を含み得る。 検証試験は、製造されたアッセイについて、消費者への配達に先立って、アッセイが指定された特徴を満たすことを確認するために実施され得る。 アッセイが品質チェック（単一または複数）を満たさなければ、アッセイは発送前に再度合成され得るか、あるいは、アッセイが依頼者に送られる前に他の適当な矯正行動が取られる。 試験は、個別の質量分析によるプライマおよび／またはプローブの試験、および／または、ヒトＳＮＰアッセイの場合には、増幅の進行および少なくとも一つの対立遺伝子識別クラスター（ヘテロ接合またはホモ接合、テンプレートを用いないコントロールと比較して）を確認するためのヒトゲノムＤＮＡを用いる機能試験による、合成されたオリゴヌクレオチド配列が正しいことの確認を含み得る。

合成収率試験：
さまざまな構成においては、アッセイを形成する各構成部分、すなわちプローブおよびプライマは、合成後に収率を試験され得る。 そのような試験は、精製プロセスの部分として行われ得、ＰＡＧＥおよびＨＰＬＣを含む、当分野における任意の適当な公知の方法が用いられ得る。 さまざまな構成においては、約４０より少ない長さから約５０塩基の長さをもつオリゴヌクレオチドに対しては、イオン交換ＨＰＬＣが用いられ得る。 そのようなアニオン交換ＨＰＬＣは、ＡＢＩ ３９００ ＤＮＡ合成機の統合された機能として実施され得る（ＨＰＬＣ百分率収率プロットについては図７８を見よ）。

さまざまな構成においては、アッセイの個々の構成部品は、最小収率仕様を満たさなければならない。 そのような最小収率仕様は、合成生成物の全重量に対する望みのオリゴヌクレオチドの重量×１００として表して、たとえば、少なくとも約６０％（重量／重量）、少なくとも約８０％（重量／重量）、少なくとも約９０％（重量／重量）または少なくとも約９５％（重量／重量）以上であり得る。 最小収率仕様として設定される特定のパーセント収量は、利用分野に依存するが、しかし一般的には、少なくとも約９０％の収率が望まれる。 低収率合成反応、すなわち約４０％未満、約８０％未満、約９０％未満または約９５％未満を生成する反応は、本発明のいくつかの構成においては、不合格となり得る。

ある局面においては、合成収率試験は、アッセイごとのプローブおよびプライマのそれぞれに対して実施され得る。

分析品質管理：
さまざまな構成においては、プローブおよびプライマのそれぞれは、その配列の正確さを保証するために、個別に試験され得る。 プローブおよびプライマの配列の正確さを検証するために、当分野において公知の任意の方法が用いられ得る。 本発明のいくつかの構成において用いられ、高スループット製造および検証に適用可能な一つのそのような方法は、質量分析である。 質量分析はイオンを検出し、それらの質量の電荷に対する比を測定する分析ツールである。 マトリックス支援レーザ脱着イオン化およびエレクトロスプレイイオン化等のイオン化方法は、ＤＮＡ等の高分子量分子の測定を可能にする。 飛行時間型質量分析と組合わされたマトリックス支援レーザ脱着イオン化（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦと呼ばれる）は、ＤＮＡ分子の高スループット分析を可能にする。 分析品質管理中での使用に適する一つのそのような質量分析計は、市販のＡＢＩボイジャー（Ｖｏｙａｇｅｒ）−ＤＥ ^ＴＭ ＳＴＲ ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析計（アプライドバイオシステムズ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）社、フォスターシティー（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ）、カリフォルニア（ＣＡ））である。

さまざまな構成においては、ＤＮＡ試料は、有機マトリックスと混合され得、試料プレート上で共結晶化され得る。 そこで、固定された、パルス化レーザビームが試料プレートを照射する。 マトリックスはレーザエネルギーを吸収してＤＮＡに移動させ、イオン化された気相をつくる。 すると電場がイオン化されたＤＮＡ分子をそれらのもつ質量に応じて、より小さい質量の分子がより大きい質量の分子より速く加速されるように加速する。 したがって、ＤＮＡ分子の質量が決定され得る。

測定された質量は、次に、計算されたプローブまたはプライマの質量と比較され得る。 プローブまたはプライマは、計算されたと同じ質量であるか、または仕様に合格する許容される偏差内になければならない。 本発明のさまざまな構成においては、許容される偏差は、たとえば、ＤＮＡ分子の実際の質量が、計算された質量より約１％を超えない範囲、約２％を超えない範囲、約５％を超えない範囲、約１０％超えない範囲または約２０％超えない範囲で大きいか小さいような偏差であり得る。

いくつかの構成においては、この分析品質管理試験はアッセイごとに実施され得る。

機能試験：
本発明のさまざまな構成においては、アッセイに対して機能試験も実施され得るが、しかし、いくつかの構成においては、ＳＮＰアッセイおよび遺伝子発現アッセイに対しては、異なる機能試験が実施され得る。

ＳＮＰ試験：
さまざまな構成においては、すべてのヒトＳＮＰアッセイは、少なくとも１０から２０のヒトゲノムＤＮＡ試料のパネル由来のサンプルに対して試験される。 本発明のアッセイを実施することができる配列検出システムが用いられ得る。 いくつかの構成においては、配列検出システムは、タックマン（ＴａｑＭａｎ（登録商標））プローブを用いる蛍光性５′ヌクレアーゼ試薬アッセイを実施することができる。 一つの適当な配列検出システムは、ＡＢＩプリズム７９００ＨＴシーケンスディテクションシステム（ＡＢＩ ＰＲＩＳＭ（登録商標） ７９００ＨＴ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ）（アプライドバイオシステムズ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）社、フォスターシティー（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ）、カリフォルニア（ＣＡ））である。

参照ヒトゲノム試料は、混合人種グループ由来、あるいは単一人種グループ由来であり、試料はヒト細胞リポジトリ（例えば、コリエル細胞リポジトリ（Ｃｏｒｉｅｌｌ Ｃｅｌｌ Ｒｅｐｏｓｉｔｏｒｉｅｓ）（コリエル医学研究所（Ｃｏｒｉｅｌｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｆｏｒ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ）、カムデン（Ｃａｍｄｅｎ）、ニュージャージー（Ｎｅｗ Ｊｅｒｓｅｙ）））から入手できる。

いくつかの構成においては、標準的なロボット機構を用いて、試験プローブおよびプライマを含むユニバーサルマスターミックスが、乾燥またはフレッシュＤＮＡ試料のプレートに直接加えられ得る。 プレートはシールされ、たとえば、アプライドバイオシステムズ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）デュアル３８４穴ジーンアンプ（ＧｅｎｅＡｍｐ（登録商標））ＰＣＲシステム９７００熱サイクル機（アプライドバイオシステムズ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）社、フォスターシティー（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ）、カリフォルニア（ＣＡ））等の標準的な熱サイクル機を用いて、サイクルされ得る。 サイクル運転に続いて、プレートは自動的に７９００ＨＴ配列検出器上で読まれ得る。 自動化されたリッド取扱い機能をもつ９７００等の熱サイクル機が利用可能であると、２４時間無人運転のためのロボット機構統合化を可能にすることにより、スループットを増大できる。

二対立遺伝子系においては、各対立遺伝子に対するタックマン（ＴａｑＭａｎ（登録商標））プローブは、単一の管中で多重鎖化でき、各プローブは異なる５′蛍光色素をもつ。 終点蛍光は７９００ＨＴシステムによって測定され得、実験結果は対立遺伝子判別ビューワー上に表示され得る。 判別ビューワーは、一つの対立遺伝子を表す一方の色素の蛍光値を、他の色素の蛍光値と対比して表示する。

それぞれ異なる試料からのクラスターである四つの点クラスターは、一般的には長方形の異なる象限に入る（図７９）。 一つの点クラスターは、一つの色素からの高蛍光と他からのほとんどないかまったくない蛍光とを示す象限に入り、これは、試料が一つの対立遺伝子に対してホモ接合であり得るサンプルであることを示す。 これは図７９中の四角形および三角形の場合である。 もう一つのクラスターは、図７９中のひし形で例示されるように、両方の蛍光色素からの蛍光を示す。 図７９で丸印で表される第四の点クラスターは、テンプレートをもたないコントロール（ＮＴＣ）試料から生じる。

偽ＳＮＰは、ミスアセンブリ、パラログ、または反復要素から生じるよくある問題であり得る。 ゲノム中の異なる領域からの類似の配列が、ほんの二三個の塩基における適合によって、誤ってアラインすることがある。 従って、これらの異なる塩基が間違ってＳＮＰであると想定され得る。 偽ＳＮＰが遺伝子型解析されると、各試料は偽対立遺伝子を両方含む（図８０を見よ）ので、試料はみなヘテロ接合型にみえることになる。

起り得るもう一つの問題は、図８１に示されるような、色素強度の予期せぬクラスター化であり得、これは、とくに、プローブまたはプライマ配列内に未知のＳＮＰが存在することにより起り得る。 これは正確な遺伝子型の決定を困難にする。 したがって、いくつかの構成においては、ＳＮＰアッセイ設計の試行前に、ＳＮＰの周囲の配列についての情報が取得され得、調査され得る。

図７９に示されるように、クラスター化は、普通は四つの象限内にあり得るが、他の変化が可能である。 たとえば、図８２に示される二つのクラスターは、全ホモ接合遺伝子型の結果であり得る。 図８３に示されるように、稀な対立遺伝子ホモ接合体をもたないＳＮＰからは、三つのクラスターが生じ得る。 未知のＳＮＰの存在により、五つのクラスターがつくられ得る（図８１）。 図８４は散乱したクラスターを示す。

遺伝子型の決定は、いくつかの構成においては、訓練された観測者によって、あるいは、他の構成においては、自動化されたシステムによって行われ得る（たとえば、マイン（Ｍｅｉｎ）ら著、ゲノム・リサーチ（Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ）、第１０巻、３３０−３４３頁、（２０００年）を見よ）。

さまざまな構成においては、アッセイは、少なくとも一つのクラスターを増幅し、テンプレートなしコントロール（ＮＴＣ）から区別できれば、仕様を満たすと考えられ得る。 遺伝子型が区別できないようなクラスターの過剰な散乱は、仕様を満たすとは考えられないアッセイを生じる。 いくつかの構成においては、この試験は、カスタムアッセイ製品およびストックアッセイ製品の両方に対して実施され得る。

遺伝子発現試験：
さまざまな構成において、遺伝子発現アッセイは、ゲノムＤＮＡ（ｇＤＮＡ）テンプレートおよびテンプレートなしコントロール（ＮＴＣ）の両方に対して試験され得る。

いくつかの構成においては、遺伝子発現アッセイは、二段階ＲＴ‐ＰＣＲ反応中で実施され得る。 逆転写（ＲＴ）段階では、逆転写酵素を用いて、全ＲＮＡ試料からｃＤＮＡが逆転写され得る。 ハイキャパシティーｃＤＮＡアーカイブキット（Ｈｉｇｈ−Ｃａｐａｃｉｔｙ ｃＤＮＡ Ａｒｃｈｉｖｅ Ｋｉｔ）（アプライドバイオシステムズ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）社、フォスターシティー（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ）、カリフォルニア（ＣＡ））等の市販のＲＴキットが用いられ得る。 ＰＣＲ工程は、ＤＮＡポリメラーゼを用いる。 このプロセスは、キットからのマスターミックスの調製、ｃＤＮＡアーカイブ反応プレートの作製および逆転写の実施を含む。 ＲＴ反応は、たとえば、アプライドバイオシステムズデュアル３８４穴ジーンアンプ（登録商標）ＰＣＲシステム９７００（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ Ｄｕａｌ ３８４−ｗｅｌｌ ＧｅｎｅＡｍｐ（登録商標） ＰＣＲ Ｓｙｓｔｅｍ ９７００）熱サイクル機（アプライドバイオシステムズ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）社、フォスターシティー（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ）、カリフォルニア（ＣＡ））またはＡＢＩプリズム６７００オートメーテドニュークレイックアシッドワークステーション（ＡＢＩ ＰＲＩＳＭ ^ＴＭ ６７００ Ａｕｔｏｍａｔｅｄ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｗｏｒｋｓｔａｔｉｏｎ）（アプライドバイオシステムズ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）社、フォスターシティー（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ）、カリフォルニア（ＣＡ））等、任意の適当なシステム中で実施され得る。 本発明のさまざまな構成においては、ｃＤＮＡをテンプレートとして用いる標的増幅が、遺伝子発現アッセイの第二段階であり得る。 この段階では、タックマン（登録商標）ユニバーサルＰＣＲマスターミックス（ＴａｑＭａｎ（登録商標） Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ＰＣＲ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ）（アプライドバイオシステムズ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）社、フォスターシティー（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ）、カリフォルニア（ＣＡ））からのアンプリタックゴールド（ＡｍｐｌｉＴａｑＧｏｌｄ）ＤＮＡポリメラーゼが用いられ得る。 これは、配列特異的プライマおよびジーンエクスプレッションアッセイミックス（Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ａｓｓａｙ Ｍｉｘ）（アプライドバイオシステムズ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）社、フォスターシティー（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ）、カリフォルニア（ＣＡ））からのタックマン（登録商標）（ＴａｑＭａｎ（登録商標））ＭＧＢプローブを用いて、ＲＮＡ試料から合成された標的ｃＤＮＡを増幅する。 ＰＣＲ段階は、たとえば、７９００ＨＴシーケンスディテクションシステム（７９００ＨＴ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ）等のＡＢＩプリズムシーケンスディテクションシステム（ＡＢＩ ＰＲＩＳＭ ^ＴＭ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ）上で実施しなければならない。 ３８４穴形式のシングルプレックスアッセイのためのＰＣＲ段階の実施は、配列検出器プレート文書の構成、反応プレートの調製およびプレートの移動を含み得る。

さまざまな構成においては、複数エキソン遺伝子（アッセイＩＤ中の「＿ｍ」で示される）に対するアッセイは、ｇＤＮＡに対してまったく増幅を示してはならないが、単一エキソン遺伝子（アッセイＩＤ中の「＿ｓ」で示される）に対するアッセイは、ｇＤＮＡ中の標的を増幅する。

検証試験：
本発明のさまざまな構成においては、ＳＮＰアッセイおよび遺伝子発現アッセイは、検証試験を受ける。

ＳＮＰ試験：
いくつかの構成においては、すべてのヒトＳＮＰアッセイについて、各標的は、機能を確認し、アッセイの「確固性（ｒｏｂｕｓｔｎｅｓｓ）」を判定し、対立遺伝子の頻度を検証するために、非常に多数のヒトゲノムＤＮＡ試料に対して用いられ得る。 ９０のヒトゲノム試料の一つのそのようなグループが、白人およびアフリカ系アメリカ人集団の両方から得られた。 ４５のアフリカ系アメリカ人および４５の白人のゲノムＤＮＡ試料が、コリエル（Ｃｏｒｉｅｌｌ）ヒト変化コレクション（コリエル細胞レポジトリーズ（Ｃｏｒｉｅｌｌ Ｃｅｌｌ Ｒｅｐｏｓｉｔｏｒｉｅｓ）、コリエル医学研究所（Ｃｏｒｉｅｌｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｆｏｒ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｓｅａｒｃｈ）、カムデン（Ｃａｍｄｅｎ）、ニュージャージー（Ｎｅｗ Ｊｅｒｓｅｙ））から得られ得る。

本発明のさまざまな構成においては、ＳＮＰアッセイは、上記で説明されたように実施され得る。 この検証プロセスは、対立遺伝子頻度データを提供し、アッセイ性能を確認する。 いくつかの構成においては、検証に合格するために、ＳＮＰは意味のあるアッセイを提供するために、最小限の定義された対立遺伝子頻度をもたなければならない。 さまざまな構成においては、最小限の対立遺伝子頻度は少なくとも約８％、少なくとも約１０％、少なくとも約１２％、少なくとも約１５％、少なくとも約１８％または少なくとも約２０％以上あるいは任意の望ましい対立遺伝子頻度であり得る。 この試験は、ＳＮＰが真のＳＮＰであり得ること、対立遺伝子頻度が最小限の定義された対立遺伝子頻度を満たすこと、およびシステムが実用的なアッセイに適する様式で機能することを検証する。

図８５は、検証されたＳＮＰの対立遺伝子頻度分布を示す。 図中に見られるように、ＳＮＰの約９３％より多くが、白人またはアフリカ系アメリカ人グループのどちらかで、１０％以上の対立遺伝子頻度をもつ。

したがって、さまざまな構成においては、製造され検証された製品は、低バックグラウンドシグナル、適正なシグナル発生、対立遺伝子シグナル特異性および少なくとも二つの対立遺伝子クラスターを示す。

いくつかの構成においては、最小限の対立遺伝子頻度を生み出し、堅牢なアッセイをつくるアッセイだけが、販売目的で製造される。

（遺伝子発現試験：）
本発明のさまざまな構成においては、遺伝子発現アッセイの場合に、機能を確認するために、各標的は、ＲＮＡからつくられたヒトｃＤＮＡの一つ以上のプールに対して実行される。 ある局面においては、少なくとも約１０のヒトｃＤＮＡ試料がこのようなプールを構成する。

さまざまな構成においては、カスタムアッセイの機能試験は、上記で説明された手順によって実施される。 たとえば、いくつかの構成において有用な一次テンプレートは、ユニバーサルヒト参照ＲＮＡ（Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ Ｈｕｍａｎ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ ＲＮＡ）（ストラタジーン（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）社、ラ・ホヤ（Ｌａ Ｊｏｌｌａ）、カリフォルニア（ＣＡ））であり、有用な二次テンプレートは、脳、心臓、腎臓、肝臓、および肺ならびに五つの組織のプールからあらかじめ単離されたディスカバリーライン（Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ Ｌｉｎｅ ^ＴＭヒト全ＲＮＡ（インビトロジェン（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）社、カールスバード（Ｃａｒｌｓｂａｄ）、カリフォルニア（ＣＡ））、およびＲａｊ−コントロールヒト全ＲＮＡ（アプライドバイオシステムズ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）社、フォスターシティー（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ）、カリフォルニア（ＣＡ））を含む。

（表２Ａ．Ａｓｓａｙｓ−ｏｎ−Ｄｅｍａｎｄ ^ＴＭ製品を用いる種々の組織において決定されるＣ _Ｔ （ＰＣＲ閾値（Ｔｈｒｅｓｏｌｄ）回路））

^ＴＭ製品を用いる組織にわたる遺伝子発現の要約）

いくつかの構成においては、仕様内のヒトｃＤＮＡプールに対する増幅を生み出すアッセイ、すなわち、試料組織ＲＮＡ基準に対して発現を示すアッセイだけが、販売用に製造される。

本発明のいくつかの構成に対する全体的な製造および検証システムは、ＳＮＰおよび遺伝子発現アッセイについて、図８６および８７にそれぞれ例示される。

図８６に示されるように、いくつかの構成においては、プローブおよびプライマは、バイオインフォマティクスにもとづいて設計され、ＡＢＩ ３９００等のＤＮＡ合成機を用いて製造される。 合成収率試験および分析品質管理試験（示されていない）に続いて、ＡＢＩ ＰＲＩＳＭ（登録商標）７９００ＨＴ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍを用いて、機能および検証試験が実施される。 対立遺伝子対を区別するアッセイに適するプローブおよびプライマが検証される。

図８７に示されるように、いくつかの構成においては、プローブおよびプライマは、バイオインフォマティクスにもとづいて設計され、ＡＢＩ ３９００等のＤＮＡ合成機を用いて製造される。 合成収率試験および分析品質管理試験（示されていない）に続いて、ＧｅｎｅＡｍｐ（登録商標） ＰＣＲ Ｓｙｓｔｅｍ ９７００およびＡＢＩ ＰＲＩＳＭ（登録商標）７９００ＨＴ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍを用いて、機能および検証試験が実施される。 参照ＲＮＡ試料を検出するプローブおよびプライマが、アッセイに適し、検証されたと考慮される。

（発送：）
本発明のさまざまな構成においては、顧客は注文として受理されたアッセイ、および品質管理（ＱＣ）機能試験に合格するアッセイの最終発送について、通知される。 少なくとも部分的には供給者の製造および試験設備によって、アッセイならびに関連情報および材料（「アッセイキット」３０８、これの非限定的な例は、図８８に例示される）の配達は、いくつかの構成においては、注文が受理された日付から約１４日間で行われる。 注文されたアッセイの数によって、配達にはそれ以上またはそれ以下の時間がかかる。 たとえば、いくつかの構成においては、所要時間は、３，０００未満のアッセイの注文が受理されたときから１４営業日である。

いくつかの構成においては、アッセイプローブは、バックグラウンド蛍光を減らし消光効率を高めるために構成される非蛍光色素を含む。 すなわち、そのようなアッセイは、アプライドバイオシステムズ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）社のＰＲＩＳＭ（登録商標）７９００ＨＴ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ等、のＰＣＲ配列検出システムを用いる消費者にとっては、一日あたり約２５０，０００の遺伝子型が分析され、それぞれが少量の試料ＤＮＡしか必要としない高スループットＳＮＰ遺伝子型解析を可能にするので、とくに適し、著しい恩恵を提供する。 いくつかの構成においては、ＭＧＢ技術が非蛍光消光剤とともに利用される。 これらの構成において提供されるより短いＭＧＢプローブは、より高い柔軟性をアッセイ設計に提供し、より多くの標的に対して、より堅牢なアッセイならびにより多くの数のアッセイを提供する。 非蛍光消光剤はバックグラウンド蛍光を除き、感度を向上させる。

さまざまな構成においては、供給者によって供給されるＳＮＰアッセイ（ヒトあるいは非ヒト）の構成部品は、以下のものの一つ以上を含む。

一つのＴａｑＭａｎ（登録商標）ＭＧＢ ６−ＦＡＭ ^ＴＭ色素標識化プローブ、
一つのＴａｑＭａｎ（登録商標）ＭＧＢ ＶＩＣ ^ＴＭ色素標識つきプローブ、 および／または 二つ対立遺伝子の間を区別するために構成された二つの標的特異的プライマ。

二つのＴａｑＭａｎ（登録商標）ＭＧＢプローブは、二つの対立遺伝子の間を区別するために構成される。 各ＴａｑＭａｎ（登録商標）ＭＧＢプローブは、いくつかの構成においては、以下を含む。

各プローブの５'末端におけるレポーター色素。 ここで、ＶＩＣ ^ＴＭ色素は、対立遺伝子１プローブの５'末端に結合され、６−ＦＡＭ ^ＴＭ色素は、対立遺伝子２プローブの５'末端に結合される。

ＭＧＢ。 これはプローブの長さの増加なしに融点（Ｔ _ｍ ）を上昇させ、より短いプローブの設計を可能にする。 ＭＧＢの使用により、適合するプローブと適合しないプローブとの間のＴ _ｍ値の差異がより大きくなり、より正確な対立遺伝子差別をつくる。 および、
プローブの３'末端におけるＮＦＱ。 この消光剤は蛍光を発しないので、アプライドバイオシステムズ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）社のものを含むさまざまな配列検出システムは、レポーター色素からの寄与をより正確に測定できる。

ＰＣＲの間に、各ＴａｑＭａｎ（登録商標）ＭＧＢプローブは、順方向および逆方向プライマ部位の間で、相補配列に特異的にアニールする。 プローブが不変のとき、レポーター色素の消光色素への距離の近さにより、主にＦｏｅｒｓｔｅｒ型のエネルギー抑制によりレポーター蛍光が抑制される。

ＡｍｐｌｉＴａｑ Ｇｏｌｄ（登録商標）ＤＮＡポリメラーゼは、標的にハイブリダイズすることができるプローブだけを開裂する。 ＡｍｐｌｉＴａｑ Ｇｏｌｄ（登録商標）ＤＮＡポリメラーゼは、非熱安定ポリメラーゼ抑制剤、たとえば、ポリメラーゼに対して誘導された抗体、と複合化した熱安定ポリメラーゼである。 この組合せは、熱せられるまではその活性が抑制されている。

開裂によって、レポーター色素を消光色素から分離し、レポーターによる蛍光の増大を生じる。 標的配列がプローブと相補的で、ＰＣＲ中に増幅されると、蛍光シグナルの増大が起る。 したがって、ＰＣＲ増幅によって発生する蛍光シグナルは、試料中にどの対立遺伝子が存在するかを示す。

本発明のさまざまな構成においては、蛍光シグナルと試料中の配列との間に、相関関係が存在する。 より詳しくは、さまざまな構成においては、ＶＩＣ色素蛍光があって６−ＦＡＭ色素蛍光がないのは、対立遺伝子１のホモ接合性を示す。 ＶＩＣ色素蛍光がなくて６−ＦＡＭ色素蛍光があるのは、対立遺伝子２のホモ接合性を示す。 両方の色素の蛍光があるのは、対立遺伝子１−対立遺伝子２ヘテロ接合性を示す。

さまざまの構成においてはまた、供給者により供給される遺伝子発現アッセイの構成部品は、以下のものの一つ以上を含む。

一つのＴａｑＭａｎ ＭＧＢ ６＿ＦＡＭ色素標識化プローブ、および／または 二つの標的特異的プライマ。

いくつかの構成においては、カスタムアッセイは、二つのＰＣＲプライマおよび一つのＦＡＭ ^ＴＭ色素標識化ＴａｑＭａｎ（登録商標）ＭＧＢプローブを、単一管、即使用可能な２０×ミックス（２５０μＬ）の中で一緒にする。 ＴａｑＭａｎ（登録商標）Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ＰＣＲ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘおよび相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）を用いる、二段階ＲＴ−ＰＣＲ用にさまざまな構成が設計され最適化される。 たとえば、ＲＮＡをｃＤＮＡへ変換するためのＡＢ Ｈｉｇｈ Ｃａｐａｃｉｔｙｃｉｔｙ ＤＮＡ Ａｒｃｈｉｖｅ Ｋｉｔ（Ｐ／Ｎ ４３２２１７１）が用いられる。 アッセイはまた、ＡＢＩ ＰＲＩＳＭ（登録商標）７９００ＨＴ、７７００、および７０００ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍｓに対して、使用試験される。 さまざまな構成においては、製品は、あらかじめ選ばれた普遍的な濃度条件（たとえば、プライマ９００ｎＭおよびプローブ２５０ｎＭの最終反応濃度）で製剤化され、あらかじめ選ばれた普遍的な熱サイクルパラメータを用いて運転するために構成される。 結果として、さまざまな構成においては、複数のアッセイが単一のプレート上で使用され、実験室法は容易に他の研究者に移転され、遺伝子発現結果は他の研究者および他の実験室の結果と直接的に比較できる。 いくつかの構成においては、アッセイは、プレート上の別の穴の中、外部の内因性コントロールとともに実行される、シングルプレックス形式での反応のために構成される。

在庫から注文された遺伝子発現製品は、アッセイが二段階ＲＴ−ＰＣＲプロトコルのために最適化される構成におけるＲＴ−ＰＣＲプロトコル中で用いられる。 これらの製品をＲＮＡと用いるために、ＲＮＡがｃＤＮＡへ変換されなければならないなら、ＡＢ Ｈｉｇｈ Ｃａｐａｃｉｔｙ ｃＤＮＡ Ａｒｃｈｉｖｅ Ｋｉｔ（Ｐ／Ｎ ４３２２１７１）または他の適当な変換製品が、この変換のために用いられる。 いくつかの構成においては、ＴａｑＭａｎ（登録商標）Ｏｎｅ−Ｓｔｅｐ ＲＴ−ＰＣＲ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ Ｒｅａｇｅｎｔｓ Ｋｉｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌ（Ｐ／Ｎ ４３１０２９９）の使用による等、一段階プロトコルが用いられる。

本発明のいくつかの構成により提供される遺伝子発現のためのストックアッセイは、マルチプレックス化（ｍｕｌｔｉｐｌｅｘｉｎｇ）のために用いられる。 シングル−プレックス反応中で用いるために、ユーザは別の穴の中で実行される適正な内因性コントロールを選ぶ。 遺伝子発現製品と同じ濃度および標識化をもつ外部、内因性コントロールの組（たとえば、ＦＡＭ ^ＴＭ色素で標識化されたＴａｑＭａｎ（登録商標）ＭＧＢプローブ）が提供される。 マルチプレックス反応の場合には、選ばれた内因性コントロールは、ＰＣＲ競合がないことをユーザが確認するための、時間のかかる検証実験を要求しないので、別の穴で実行される（シングルプレックス）。 しかし、ユーザがマルチプレックス実験を試みることを選ぶと、ユーザは、ＰＣＲ反応および相対定量化計算がマルチプレックス化によって影響されないことを確認するために、その中でマルチプレックス対シングルプレックスアッセイが実施される、実験を実施する。

ストックアッセイは、ある配列情報とともに配達される。 たとえば、いくつかの配列コンテキスト情報（ＲｅｆＳｅｑ配列中の順方向プライマ位置）、アッセイが転写物中のどこに位置するかについてユーザが感覚をもてるように、アッセイがどのエキソン−エキソン接合をカバーするか示す。 さらに多くの情報が提供される。

いくつかの構成においては、結果がより容易に他の研究者および実験室と比較および／または移動されることを可能にする、普遍的な濃度または一様な熱サイクルパラメータのどちらか、あるいは両方を含む標準化されたアッセイ設計が、カスタムアッセイおよび／またはストックアッセイのために提供される。 いくつかの構成においてはまた、アッセイは、用いるのに便利かつ容易で、調製も清掃もまったく必要とせず、結果への時間がより速い、単一管２０×ミックス形式に製剤化される。

いくつかの構成においては、製造されたアッセイは、単一管形式の均一アッセイとして発送される。 たとえば、少なくともいくつかの構成においては、一つ以上の利用のために、ＡＢＩ ＰＲＩＳＭ（登録商標）Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍプラットフォーム上の即時使用に適する、単一管、即刻使用可形式が提供される。

図８８および８９を参照して、各管３１２上の人が読めるラベル３１０（たとえば、アッセイ名が表れるラベル）に加えて、いくつかの構成においては、アッセイが高スループット用途のための自動化に適合できるように、各アッセイ管の底部に２−Ｄバーコード３１４、およびアッセイの各９６管ラック３１６に１−Ｄバーコード（示されていない）がレーザエッチングされ、アッセイ管およびラックを機械識別可能とする。

さまざまな構成においては、Ｅ−データシートまたはアッセイ情報ファイルが、アッセイとともに提供される。 Ｅ−データシートまたはアッセイ情報ファイルは、いくつかの構成においては、電子ファイルまたはデータ記憶媒体３１８上に電子的に記憶されたデータである。 このファイルまたはデータは、たとえば、一つ以上のアッセイに関する情報、一つ以上のポリヌクレオチド配列に関する情報、ポリヌクレオチド配列を表すアルファニューメリック配列または類似のものを含む。 あるいは、またはさらに、Ｅ−データシートまたはＥ−データシート情報の印刷コピーまたは印刷出力が提供される。

いくつかの構成においては、各アッセイに関する情報を含むデータシートの印刷コピーが提供される。 この情報は、とくに、プレートラック中の各アッセイの位置を含む。 いくつかの構成は、データシートの印刷コピーの代わり、または、に加えて、そこに記録された一つ以上のデータファイルをもつＣＤ−ＲＯＭを提供する。 データファイルは、たとえば、任意のまたはすべての以下のファイルを含む。 データシートおよび発送されるワークシートを含む電子アッセイワークブック、アッセイプロトコル用指示書の電子的に可読なおよび／または印刷可能なコピー、電子的に可読なおよび／または印刷可能なコピー注文依頼ならびに提出依頼プロトコル、および／または製品添付物の電子的に可読なコピー。

本発明のいくつかの構成においては、カスタムアッセイとともに、データシートおよび／または電子アッセイワークブックが提供される。 いくつかの構成においては、９２アッセイまでの各注文品とともに、電子的アッセイワークブックが含まれる。 さまざまな構成においては、ワークブックファイル名は、容易な相関のために、プレート上のバーコード上の数字を含む。 いくつかの構成においては、ワークブックは、二つのワークシート、すなわち、「データシート」ワークシートおよび「発送品」ワークシートを含む。 いくつかの構成においてはまた、ワークブックは、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ（登録商標） Ｅｘｃｅｌ（登録商標）ファイル等のスプレッドシートファイルであり、マクロを含みおよび／またはパスワード保護されることがある。 ワークブックのセルは、新しいワークシート中にコピーアンドペーストされ、新しいワークシート中で変更される。 設計によって注文されたアッセイの発送とともに、電子ファイルからのデータシートの印刷コピーが含まれることがある。 データシートは、管上の２−Ｄバーコードの、対応するアッセイ名およびプライマおよびプローブ特異的情報への相関を含む。

いくつかの構成においては、注文品とともに含まれるデータシートは、以下の情報のすべてを含む。 各管中のアッセイの識別、アッセイ名、依頼者が一つより多い標的部位を含む配列レコードを提出したなら、どの標的部位が使われたか、アッセイラック中の各管の位置、プライマおよびプローブの配列、およびプライマおよびプローブの濃度（μＭ）。 他の構成は、必ずしもこの情報のすべてを含まず、より多い、または、より少ない情報を含む。

たとえば、いくつかの構成においては、データのシートには以下の列がある。

・顧客名（供給者によって割り当てられる）、
・注文番号（供給者によって割り当てられ、いくつかの構成においては、プレート上の１−Ｄバーコードの上にある数字に対応する）、
・発送日付（供給者によって発送される日付）
・セットＩＤ（依頼者の提出ファイル中のレコード情報から作成されるアッセイ名であり、レコード名および標的部位座標からの標的部位名を含む。提出された配列レコードが複数の標的部位を含んでいたら、アッセイを作製するためにどの部位が使われたかを決定するために、セットＩＤの値が用いられる）、
・セットＮｏ． （供給者によって内部の品質管理のために用いられる）
・プレートＩＤ（供給者によって割り当てられ、注文番号の値を含み、１−Ｄバーコードとしてプレートラック上に表れる）、
・バイアルＩＤ（各管の底部に表れる２−Ｄバーコード、いくつかの構成においては、データシート中のエントリーは、先頭のゼロを省略することがある）、
・穴位置（プレートラック中のアッセイ管の位置）
・ライン項目（供給者によって内部の品質管理のために用いられる）
・ＶＩＣプローブ名（供給者によって社内の品質管理のために用いられる）、
・ＶＩＣプローブ配列（ＶＩＣ色素で標識されたプローブの５'から３'への配列、３'非蛍光消光剤−マイナーグルーブバインダ（ＮＦＱ−ＭＧＢ）はリストされないが、プローブ上に存在する）、
・ＶＩＣ（μＭ）濃度（プローブ濃度）
・ライン項目（供給者によって内部の品質管理のために用いられる）
・６ＦＡＭプローブ名（供給者によって社内の品質管理のために用いられる）
・６ＦＡＭプローブ配列（６ＦＡＭ色素で標識されたプローブの５'から３'への配列、いくつかの構成においては、３'ＮＦＱ−ＭＧＢはリストされないが、プローブ上に存在することに注意せよ）
・６ＦＡＭ（μＭ）濃度（プローブ濃度）
・ライン項目（供給者によって内部の品質管理のために用いられる）
・順方向プライマ名（供給者によって内部の品質管理のために用いられる）
・順方向プライマ配列 ・順方向（μＭ）プライマ濃度 ・ライン項目（供給者によって内部の品質管理のために用いられる）
・逆方向プライマ名（供給者によって内部の品質管理のために用いられる）
・逆方向プライマ配列 ・逆（μＭ）プライマ濃度 ・部品番号（依頼者によって注文された部品番号）。

発送されるワークシートは、アッセイのユーザが、管は、アッセイが発送されたときと同じプレートラック内の位置にあることを、決めることを可能にするために提供される。 たとえば、いくつかの構成においては、発送されるワークシート中に以下の列が表れる。

・位置（プレート内の位置）
・バイアルＩＤ（管の底部の指定された位置の２−Ｄバーコード数、いくつかの構成においては、先頭のゼロは省略される）。

（アッセイの使用法：）
本発明のいくつかの構成によって利用される、ＴａｑＭａｎ（登録商標）プラットフォーム中で用いられる、５'ヌクレアーゼ対立遺伝子差別化法は、実験室での人の労力を低減する。 チップへのハイブリッド化、または別個の対立遺伝子反応を必要とする、他の方法とは異なり、ＴａｑＭａｎ（登録商標）ＰＣＲ調製は、緩衝液、デオキシリボヌクレオチド、およびＤＮＡポリメラーゼを含む、あらかじめつくられたマスターミックスを、試料テンプレートおよびＳＮＰ特異的オリゴヌクレオチドに加えることにより、チップへのハイブリッド化または個別の対立遺伝子反応を回避する。

ＳＮＰ遺伝子型解析アッセイのためのＴａｑＭａｎ（登録商標）試薬は、普通のＰＣＲプライマに加えて、各ＳＮＰに対して、二つの対立遺伝子特異的プローブを使用する。 各プローブは、特定の対立遺伝子の存在を検出するために、たとえば、ＶＩＣまたはＦＡＭ等の５'蛍光色素を含み、対立遺伝子が存在しないときには、蛍光を吸収するために３'消光剤を含んでいる。 結果は任意のマイクロアレイまたは分子ビーコン技術によく似て、ホモ接合性の対立遺伝子に対しては、一方の色素が蛍光を発し、ヘテロ接合体に対しては、両方の色素が蛍光を発する。

いくつかの構成においては、アプライドバイオシステムズ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）社から入手できるＡＢＩ Ｐｒｉｓｍ（登録商標）７７００、およびＡＢＩ Ｐｒｉｓｍ（登録商標）７９００ＨＴシーケンスディテクションシステム（Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ）が、９６穴および３８４穴プレートの終点解析について、各穴のＰＣＲ生成物の蛍光を記録するためにそれぞれ用いられる。 後者は長期無人自動化のために、８４プレートロボットと組み合わされる。

いくつかの構成においては、連続運転のために、一基の７９００ＨＴに適正な数のＰＣＲプレートを供給するために、およそ２６台のデュアルプレートＧｅｎｅＡｍｐ（登録商標）ＰＣＲ Ｓｙｓｔｅｍ ９７００サーマルサイクラーが用いられる。 しかし、いくつかの構成においては、たとえば、連続運転および／あるいはより大きなまたはより小さな処理能力が望まれるなら、異なる量および／または型の熱サイクル機が用いられる。 いくつかの構成においてはまた、成績を評価することを目的として、用いられる情報ハードウェア、プレート、アッセイプローブおよびプライマ、作業者および時間を記録するために、バーコード化が用いられる。

いくつかの構成においては、アッセイ自体が−１５℃と−２５℃との間で貯蔵されるために構成されるが、凍結−解凍サイクルの回数は、ワーキングストックの複数の分液の貯蔵によって、最小化される。 さらに、蛍光プローブは、アッセイの光への直接的な曝露の回避によって保護される。

いくつかの構成においては、凍結−解凍サイクルを最小化し、アッセイミックスを光への曝露から保護するために、アッセイは日常作業用に希釈され、分液される。 アッセイミックスを希釈するために、４０×または８０×ＳＮＰアッセイミックスは、１×ＴＥをもつ２０×ワーキングストックに希釈される。 １×ＴＥは、１０ｍＭトリス−ＨＣｌ、１ｍＭ ＥＤＴＡ ｐＨ８．０であり、ＤＮａｓｅフリーの無菌ろ過した水を用いてつくられる。 アッセイミックスの複数分液は、それから、−１５℃と−２５℃との間で貯蔵される。

ラックプレート中の各管の位置を検証するために、アッセイのユーザによって、手動法が用いられる。 これらの構成においては、ラックプレート位置および管ラベル上のアッセイ名は、データシートワークシート中の穴位置およびセットＩＤ列の値と比較される。 （この「検証」は、プレートラック中の各管の位置の検証が、ユーザによって実施され、管が「発送品」ワークシートに適合する位置に、管があることを単に確認するという意味で、アッセイの「検証」とは異なる。管が正しい位置になければ、ワークシートに合致するように再配置される。管の中に含まれるアッセイの運転品質は、供給者の工場において検証される。）
いくつかの構成においては、ラックプレート中の各管の位置を検証するために、アッセイのユーザによって、自動化された方法が用いられる。 この方法は、２−Ｄバーコードリーダーを用いるプレートおよび管の走査、およびプレート検証スプレッドシートマクロ（たとえば、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ（登録商標） Ｅｘｃｅｌ（登録商標） マクロ）の実行を含む。 いくつかの構成においては、プレートおよび管を走査するために、プレートラックは、標準的な方向において、２−Ｄバーコードリーダー上に置かれる。 たとえば、位置「Ａ１」がリーダーの左上隅に置かれる。 プレートラック上の１−Ｄバーコードがそこで走査される。 バーコードリーダーは、必要なら、そこで一つの列中の位置を読み、位置カラムの次のカラム内のバーコードを読むために構成される。 次に、プレートラックが走査され、結果は電子ファイルを含むコンピュータからアクセスされるディレクトリーへ保存される。 いくつかの構成においては、走査結果は、タブ区切りファイルとして保存される。

「発送品」ワークシートは、検証するために、スプレッドシート中で開かれ、マクロは使用可能にされ、検証マクロは実行される。 テキストファイルを作成できるソフトウェアを利用するいくつかの構成においては、検証は、電子ワークブックのオープン、検証マクロを含むワークシートを見るための「発送品」タブ上でのマウスのクリック、プレート検証マクロをスタートさせるための「検証」ボタン上でのクリック、および「プレートスキャンをインポート」ダイアログボックス表示時の、２−Ｄバーコード走査からのファイル位置を特定するための「ブラウズ」の選択によって実施される。 「ブラウズ」が選ばれた後で、２−Ｄバーコード走査から生じたファイルが選ばれ、いくつかの構成においては、「納入品」と呼ばれる新しいワークシート中にインポートされる。 マクロは、それから、各バーコードおよびプレートラック中のその位置を、「発送品」ワークシート（すなわち、「バイアルＩＤ」列中の値）中の対応するバーコードと比較する。 マクロは、それから、結果を「発送品」ワークシート中の「検証」列中に入力する。 各エントリーの結果は、「ＯＫ」（または適合を示すとして理解される任意のエントリー）または「エラー」（または非適合を示すとして理解される任意のエントリー）のどちらかである。 次に、「発送検証」ダイアログボックスが、検証が完了したことを告げ、ユーザは「ＯＫ」をクリックして、ダイアログボックスを終了させる。

プレート検証エラーは、管が、供給者によって依頼者へ発送されたときと同じ位置にないことを示す。 ユーザは、「発送品」ワークシートに適合するように管を再配置することにより、プレート検証エラーを解消することができる。 ユーザは、それから、プレートを検証するために、プレートを再走査して検証マクロを再び実行する。

（実験室情報管理システム）
本発明のさまざまな構成においては、オリゴセットは、上記で説明されたように、オリゴセットのユーザによって用いられる実験室情報管理システムの使用を容易にするために、既にバーコードがつけられた単一の管で、または９６ウェルマイクロ滴定プレート中で供給される。 さまざまな構成においては、供給されたオリゴは、データベース中へ走査され、在庫は追跡され、次の日に実行可能なセットについて実験室マネージャに知らせるために、夜間レポートが生成される。

本発明のいくつかの構成においては、依頼者に供給される試料は、９６または３８４ウェルプレート中に配置され、プレートの地図がデータベース中に入力される。 医療用ＤＮＡを保存するために、本発明のさまざまな構成は、検証に合格し、医療用試料に対して要求される集団頻度を満たすＳＮＰだけを供給する。

本発明のさまざまな構成においては、与えられた実行に対して、プローブおよびプライマセットならびにタックマンユニバーサルＰＣＲマスターミックス（ＴａｑＭａｎ（登録商標） Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ＰＣＲ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ）を用いて、アッセイが調製される。 プロテダイン（Ｐｒｏｔｅｄｙｎｅ）ロボット等のロボットが、アッセイ混合物のプレートウェルへの添加により、娘試料プレートを調製する。 プレートは、たとえば、ジーンアンプ９７００（ＧｅｎｅＡｍｐ（登録商標） ９７００）を用いて、熱サイクルされる。 アッセイ実施の各段階は、７９００ＨＴによって用いられる配列検出システム（ＳＤＳ）バイナリファイルを、ソフトウェアが自動的にトリガーし作成することを可能にするために、ＬＩＭＳ中にログ記録される。 この手順によって、実験室スタッフは、７９００ＨＴの一つのスタッカー中にプレートを置き、ロボットプログラム中にあらかじめ作成されたファイルを選ぶだけでよくなる。 さまざまな構成においては、ＳＤＳファイルは、ＳＤＳソフトウェアを用いて手動で作成される必要はない。

いくつかの構成においては、７９００ＨＴからの走査されたデータファイルは、ソフトウェアによって認識され、多成分分析ソフトウェアに渡される。 この分析ソフトウェアは、各ウェルの色素強度を含む他成分ファイルを作成し、このファイルを次に自動呼出しプログラムへ渡す。 下記にさらに詳しく説明されるように、自動呼出しプログラムは、遺伝子型クラスターを識別し、ウェルへの適切な呼出しを割り当てる。 いくつかの構成においては、候補遺伝子型が、自動呼出しの信頼性に依存して、手動視察または即時配布のために、データベースにロードされる。

さまざまな構成においては、７９００ＨＴおよび多成分分析ソフトウェアは、自動化されたソフトウェアと、アッセイの実験室実施における段階の予測および検出を可能にする、トリガーとの組合せによって制御され、それにより、データファイルを手動で作成することも、識別することも、探することも、解析することも、遺伝子型を呼ぶことも、データファイルをエクスポートする必要もなしに、７９００ＨＴによる連続的な走査を可能にする。

本発明のいくつかの構成においては、実験室情報管理システムはまた、製造後検証プロセスにおいても使用される。 したがって、現行の遺伝子型解析施設に疾病関連研究が寄せる、増大する需要を満たすハイスループットＳＮＰ遺伝子型解析を支援するために、自動化されたコンピュータシステムが提供される。 このシステムは、標的ＳＮＰ選択、自動化されたオリゴ設計、インシリコアッセイ品質検証、試料、試薬およびプレートの実験室管理、自動化された対立遺伝子呼出し、オプションの自動呼出しの手動見直し、正常状態レポート、ならびに結合非平衡分析を提供する。 いくつかの構成においては、限られた人的干渉および実験室ハードウェアを利用して、一時間あたり機械あたり少なくとも１０，０００遺伝子型を標的容量として、１０，０００ＳＮＰより多くから２５０万を超える遺伝子型を発生させることが実際的であることが見いだされた。

さまざまな構成においては、遺伝子型解析プロセスを通じて集められた情報は、プロジェクト管理および実験室図式に分割される中央データベース中に記憶される。

プロジェクト図式は、ＳＮＰ、試料供与体、または遺伝子型等の抽象的な実体の管理を可能とする。 たとえば、プロジェクトは、意図される顧客の指示、望みのＳＮＰ情報のロードにより作成される。 依頼者は、どのＳＮＰが注文され、走査され、検証されたとみなされ、おそらくは棄てられあるいは再設計され、依頼者に配達されるか決める。 さまざまな構成においては、ＳＮＰの最新進行状況、試料の不合格率、または集団あたりの対立遺伝子頻度に関して、報告が生成される。

プロジェクト管理成分は、供与体およびＳＮＰへの効率的な表現型関係を可能にすることにより、迅速なデータ解析を可能にする。 さまざまな構成においては、プロジェクト図式はまた、分析後に特定のＳＮＰ対立遺伝子から構築されるハプロタイプを記憶する能力をもつ。 図式はまた、個別のＳＮＰおよび供与体についての参照を追跡する。

さまざまな構成においては、一つの実験室成分は、実験室性能の実際の物理的局面によって取られるプロセスの詳細の追跡を提供し、これは、プロジェクト管理成分に反映される。 試料は、受け取られ、バーコード化され、プレートおよび冷凍庫中に置かれる。 オリゴは受け取られ、希釈され、セット中に割り当てられ、また、冷凍庫中に置かれる。 プレートは、特定のプロジェクトのために、特定の試料およびオリゴを配置される。 各ウェルは、高い正確性を提供するために、走査される（いくつかの構成においては、何回も再走査され）。 しかし、さまざまな構成においては、「最終」の遺伝子型だけがプロジェクト管理成分にコピーされ、最終的に顧客に配達される。

プロジェクト管理および実験室成分の共通の、しかし別々の区分の所有の利点は、実験室空間が追跡環境を提供し、実験は組み直され、再実行され、複数回見直されるが、一方プロジェクト管理成分は、分析が速度および明晰さのために設計されたコンパクトな図式を要求するので、細部に煩わされずに残ることである。 ＬＩＭＳおよびデータ解析のこの統合は、個別の遺伝子型の全履歴を追跡する能力のためにデータを一つのレポジトリに保ちながら、各図式の種々の要求を満足する別々の記憶場所を提供する。

データベース図式はまた、比較的少数の表の追加によって、大規模再配列実験室を支援し、それによって、ＳＮＰ発見、検証、および遺伝子型解析を一つの中央レポジトリ中に結合する。

上記の方法および組成中においては、本発明の範囲から逸脱することなく、さまざまな変化が行われるので、上記の説明中に含まれるすべての事柄は、例示的であり、限定的な意味においてではないと解釈されると意図される。 本明細書中で実施例が詳述されるところでは、そのような実施例は非限定的であることが意図される。 また本明細書中に用いられるように、とくに明示的に記述しない限り、用語「ａ」、「ａｎ」、「ｔｈｅ」、「前記の（ｓａｉｄ）」および「少なくとも一つ」は、数において「一つ」に限定されると意図されず、「一つより多い」（すなわち複数）を含むとして読まれることが意図される。

本発明の説明は、本質として、単に例示のためであり、したがって、本発明の要点から逸脱しない変化形は、本発明の範囲内にあることが意図される。 そのような変化形は、本発明の精神および範囲からの逸脱とはみなされない。

本説明中に引用されたすべての参考文献は、参照により本明細書中にそれらの全体が組込まれる。 米国出願、代理人仮番号４７９７（５０１０−０２２−１２）、発明者デ・ラ・ベガ、フランシスコ（Ｄｅ Ｌａ Ｖｅｇａ，Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ）ら、２００３年１月２日出願の「ＳＮＰの検証およびアッセイのライブラリーの集積方法」という標題の明細書、および米国出願、代理人仮番号４７９７（５０１０−０２２−１３）、発明者デ・ラ・ベガ、フランシスコ（Ｄｅ Ｌａ Ｖｅｇａ，Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ）ら、出願２００３年１月２日の「単一管、即時使用可能アッセイキット、およびこれを使用する方法」という標題の明細書は、引用によりともに本明細書中にそれらの全体が取り込まれる。

本発明は、詳細な説明および付属する図面からより十分に理解される。

図１は、本発明の種々の実施形態の一つによって、アッセイを消費者に提供する一つの方法を表すブロック図である。

図２は、ゲノム情報ナビゲーション用のウィンドウ画面例である。

図３は、染色体マップレポート用のウィンドウ画面例である。

図４は、骨格レポート用のウィンドウ画面例である。

図５は、配列レポート用のウィンドウ画面例である。

図６は、遺伝子リスト用のウィンドウ画面例である。

図７は、染色体マップ表示用のウィンドウ画面例である。

図８は、生物分子レポート用のウィンドウ画面例である。

図９は、生物分子レポートのｍＲＮＡ視察用のウィンドウ画面例である。

図１０は、生物分子レポートの染色体視察用のウィンドウ画面例である。

図１１は、ヒトゲノム変異データベースレポート用のウィンドウ画面例である。

図１２は、ゲノムマップ検索用のウィンドウ画面例である。

図１３は、ゲノムアセンブリ検索用のウィンドウ画面例である。

図１４は、Ｐａｎｔｈｅｒ蛋白質機能−ファミリーブラウザ用のウィンドウ画面例である。

図１５は、存在論調査用のウィンドウ画面例である。

図１６は、存在論キーワード結果調査用のウィンドウ画面例である。

図１７は、ゲノムアッセイの設計または選択用の紹介ウィンドウ画面例である。

図１８は、バイオテクノロジー製品の消費者への配達に用いられる、本発明のコンピュータシステムの種々の構成を表すブロック図である。

図１９は、図３によって表されるもののような計算システム構成によって、または他のコンピュータシステム構成によって機能し得る本発明の種々の方法構成を表すフローチャートである。

図２０は、本発明の種々の実施形態の一つによるカスタムアッセイの注文に関して、ユーザに操作指示を提供するウィンドウ画面例である。

図２１は、本発明の種々の実施形態の一つによるカスタムアッセイの取得のためにユーザが情報を提出する様式を例示するフローチャートである。

図２２は、本発明の種々の実施形態の一つによる、提出ファイルのヘッダー部分の内容を例示する。

図２３は、本発明の種々の実施形態の一つによって、カスタムＳＮＰ遺伝子型解析アッセイの取得に用いられる配列レコードの例示であり、配列

図２４は、本発明の種々の実施形態の一つによる、カスタム遺伝子発現アッセイの取得ための配列レコードの例示であり、配列

（配列番号２）を示す。

図２５は、本発明の種々の実施形態の一つによる、ＳＮＰ提出ファイルの目視チェックリストの表示であり、配列

を示し、ここでＷＩＰＯ標準ＳＴ． ２５よって、ＲはＡまたはＧであり、ＫはＧまたはＴであり、ＮはＡ、Ｃ、Ｇ、またはＴである。

図２６は、本発明の種々の実施形態の一つによる、遺伝子発現アッセイ用提出ファイルの目視チェックリストの例示であり、配列

を示す。

図２７は、本発明の種々の実施形態の一つによる、ファイルビルダープログラムのフローチャートである。

図２８は、本発明の種々の実施形態の一つによる、ファイルビルダープログラムを用いて、ユーザが提出ファイルを作成することを可能にするウィンドウ画面例である。

図２９は、本発明の種々の実施形態の一つによって、表示される使い方の情報を示すウィンドウ画面例である。

図３０は、本発明の種々の実施形態の一つによる、ファイルビルダープログラムの演示を示すウィンドウ画面例である。

図３１は、本発明の種々の実施形態の一つによる、カスタムアッセイの取得のための提出ガイドラインを例示するウィンドウ画面例である。

図３２は、本発明の種々の実施形態の一つによって、ファイルビルダーがどのように流れたかを例示するフローチャートである。

図３３は、本発明の種々の実施形態の一つによって、提出ファイル用のヘッダーライン情報をユーザが入力することを可能にするウィンドウ画面例である。

図３４は、本発明の種々の実施形態の一つによって、配列レコードに関する情報をユーザが入力することを可能にするウィンドウ画面例であり、配列

（配列番号６）を示す。

図３５は、本発明の種々の実施形態の一つによって、ファイルビルダープログラムが実行されている間に、エラーにユーザの注意を引く様子を例示するウィンドウ画面例であり、配列

（配列番号６）を示す。

図３６は、本発明の種々の実施形態の一つによって、ファイルビルダープログラムによって配列が検証された後で生成されるウィンドウ画面例であり、配列

（配列番号７）を示す。

図３７は、本発明の種々の実施形態の一つによって、提出ファイルが保存される様子を例示するウィンドウ画面表示であり、配列

（配列番号７）を示す。

図３８は、本発明の種々の実施形態の一つによって、配列レコードが保存された後のファイルビルダープログラムの表示を例示するウィンドウ画面例であり、配列

（配列番号７）を示す。

図３９は、本発明の種々の実施形態の一つによって、ファイルビルダープログラムが情報をアップロードする様子を例示するウィンドウ画面例であり、配列

（配列番号７）を示すが、コンピュータプログラムのダイアログボックスによって部分的に隠れている。

図４０は、アッセイ設計システムの種々の構成におけるコンポーネントおよびデータフローを表すブロック図である。

図４１は、図４０によって表されるアッセイ設計システム構成中での使用に適する、アッセイ設計プログラムロジックの種々の構成を表す図である。

図４２は、図４１によって表されるアッセイ設計プログラムロジック構成中での使用に適する、試薬設計手順の種々の構成を表す図である。

図４３は、図４２によって表される試薬設計手順構成中での使用に適する、プローブ配置手順の種々の構成を表す図である。

図４４は、ヒトゲノムデータベースに対するＢＬＡＳＴの結果を例示する。 単一エキソン遺伝子である遺伝子ＮＭ＿０００２１７を示し、プライマ（影つき矢印）およびプローブ（影つきボックス）がゲノムＤＮＡ配列と完璧に適合することを示し、配列

図４５はヒトゲノムデータベースに対するＢＬＡＳＴの結果を例示する。 多重エキソン遺伝子である遺伝子ＮＭ＿０００２１６を示し、アッセイはエキソン６−エキソン７境界上で設計され、プローブ配列は二つのエキソンの間で分けられ、約１４ｋｂの長さであるイントロンによって隔てられ、配列

（配列番号１１）を示す。

図４６は、アッセイが設計される転写物に対する、二つのプライマおよびタックマン（ＴａｑＭａｎ（登録商標））プローブ配列のＢＬＡＳＴアライメントを例示する。 プライマ配列は影つき矢印によって示され、プローブ配列は影つきボックスによって示され、配列：

を示す。

図４７は、非自己転写物へのＢＬＡＳＴヒットを例示する。 ＮＭ＿０００２０００のエキソン４〜５にわたって設計されるアッセイを示し、自己転写物（示されていない）に対して完璧なＢＬＡＳＴアライメントを提供するが、プライマがそれぞれ一つだけ不適合をもち、プローブが完璧な適合である第二の非自己転写物（ＮＭ＿００２１５９）に対しても顕著なアライメントを示し、配列：

を示す。

図４８は、ＮＭ＿０００２０００とのプライマおよびプローブの適合を例示する。

図４９は、ＮＭ＿００２１５９０とのプライマおよびプローブの顕著な適合を例示する。

図５０は、本発明のさまざまな実施形態の一つによる、遺伝子発現アッセイのための情報の収集を開始するために用いられ得る、ウィンドウ画面例である。

図５１は、本発明のさまざまな実施形態の一つによる、遺伝子発現ストックアッセイのための情報をユーザが収集する様子を例示するフローチャートである。

図５２は、本発明のさまざまな実施形態の一つによる、遺伝子発現のためのストックアッセイの取得に関する注文情報を例示するウィンドウ画面例である。

図５３は、本発明のさまざまな実施形態の一つによる、アッセイに関する文書が取得される様子を例示するウィンドウ画面例である。

図５４は、本発明のさまざまな実施形態の一つによる、ユーザが遺伝子発現アッセイの検索を行う順序を例示するフローチャートである。

図５５は、本発明のさまざまな実施形態の一つによる、アッセイ情報を検索するための契約条件にユーザが同意する様子を例示するウィンドウ画面例である。

図５６は、本発明のさまざまな実施形態の一つによる、遺伝子発現のためのストックアッセイをユーザが検索することを可能にするウィンドウ画面例である。

図５７は、本発明のさまざまな実施形態の一つによる、遺伝子発現アッセイの基本キーワード検索をユーザが行うことを可能にするウィンドウ画面例である。

図５８は、本発明のさまざまな実施形態の一つによる、遺伝子発現アッセイの上級キーワード検索をユーザが行うことを可能にするウィンドウ画面例である。

図５９は、本発明のさまざまな実施形態の一つによる、遺伝子発現アッセイのバッチ識別検索をユーザが行うことを可能にするウィンドウ画面例である。

図６０は、本発明のさまざまな実施形態の一つによる、ユーザが分類検索を行う様子を例示するフローチャートである。

図６１は、本発明のさまざまな実施形態の一つによって実施される、遺伝子発現産物の分類検索を例示するウィンドウ画面例である。

図６２は、本発明のさまざまな実施形態の一つによって実施される、遺伝子発現産物の分類検索を例示するウィンドウ画面例である。

図６３は、本発明のさまざまな実施形態の一つによって実施される、遺伝子発現産物の分類検索を例示するウィンドウ画面例である。

図６４は、本発明のさまざまな実施形態の一つによって実施される、遺伝子発現産物の分類検索を例示するウィンドウ画面例である。

図６５は、本発明のさまざまな実施形態の一つによって実施される、遺伝子発現産物の分類検索を例示するウィンドウ画面例である。

図６６は、本発明のさまざまな実施形態の一つによって実施される、遺伝子発現産物の分類検索を例示するウィンドウ画面例である。

図６７は、本発明のさまざまな実施形態の一つによる、遺伝子発現アッセイの検索の出力を例示するウィンドウ画面例である。

図６８は、本発明のさまざまな実施形態の一つによる、遺伝子発現アッセイの検索中に特定のアッセイに対して提供される情報を例示するウィンドウ画面例である。

図６９は、ＳＮＰ遺伝子型決定産物用のストックアッセイの概観をユーザに提供するウィンドウ画面例である。

図７０は、本発明のさまざまな実施形態の一つによる、ＳＮＰ遺伝子型決定についてユーザが情報を入手し、ストックアッセイを注文する様子を例示する。

図７１は、本発明のさまざまな実施形態の一つによる、ＳＮＰ遺伝子型決定についてのアッセイ選択の基本キーワード検索を行うために用いられるウィンドウ画面例である。

図７２は、本発明のさまざまな実施形態の一つによる、ＳＮＰ遺伝子型決定アッセイ検索のための上級キーワード検索を実施するために用いられるウィンドウ画面例である。

図７３は、本発明のさまざまな実施形態の一つによる、ユーザがＳＮＰ遺伝子型決定アッセイの位置検索を行うことを可能にするウィンドウ画面例である。

図７４は、本発明のさまざまな実施形態の一つによる、ユーザがＳＮＰ遺伝子型決定アッセイのバッチ識別検索を行うことを可能にするウィンドウ画面例である。

図７５は、本発明のいくつかの構成の一つによる、ＳＮＰ遺伝子型決定アッセイの検索の出力を例示するウィンドウ画面例である。

図７６は、本発明のさまざまな実施形態の一つによる、ＳＮＰ遺伝子型決定アッセイ検索を行った後の、特定のアッセイの出力を例示するウィンドウ画面例である。

図７７は、本発明のさまざまな実施形態の一つによる、ユーザがＳＮＰ遺伝子型決定検索を実施し得る様子を例示する。

図７８は、産物の９０％が完全な長さをもつＤＮＡ分子であることを示す、０．２μモルの２３量体のアニオン交換ＨＰＬＣプロフィールを例示する。

図７９は、分析された一般的なタックマン（ＴａｑＭａｎ（登録商標））プレートを例示し、特定のＳＮＰに対する四つの遺伝子型クラスターを示す。 各データ点は、二つの蛍光色素のそれぞれからの強度の尺度によってプロットされる一つの試料を表し、点のクラスターはどちらかの対立遺伝子に対してホモ接合型、ヘテロ接合型、または増幅なしに分類される。

図８０は、ヘテロ接合型に見えるすべての試料中で生じる擬ＳＮＰを例示する。

図８１は、プローブ配列中にある他の未知のＳＮＰに起因する、望ましくない遺伝子型クラスター化を例示する。

図８２は、すべてホモ接合型の遺伝子型である試料からの結果を例示する。 二つのクラスターを生成している。

図８３は、希少対立遺伝子ホモ接合体を含まないＳＮＰをもつ試料からの結果を例示する。 三つのクラスターを生成している。

図８４は、仕様に合わないとみなされるアッセイ中で生じる、あまり明瞭ではない四つのクラスターを例示する。

図８５は、検証のために試験されるＳＮＰの対立遺伝子頻度を例示する。

図８６は、ＳＮＰアッセイ製造および検証を例示する。

図８７は、遺伝子発現アッセイ製造および検証を例示する。

図８８は、本発明のさまざまな実施形態の一つによる、アッセイキットの例を例示する。

図８９は、図７２のアッセイキット例の一部分、詳しくは、単一管アッセイのラックの一部分を例示する。 図８９はアッセイ管上の人間が読める識別番号および二次元バーコード、およびアッセイ管上でのこれらの識別マークの位置を説明する例を示す。