1.一种用于生产蛋白质水解产物的方法，该方法包括：
a)向包括底物蛋白质的组合物中添加热稳定性内肽酶；
b)通过在至少75℃的温度下将步骤a)的组合物孵育至少10分钟来进行第一水解步骤；
c)向步骤b)的组合物中添加蛋白酶制剂，该制剂具有至少200LAPU/g的氨基肽酶活性；
并且
d)通过在比步骤b)中使用的温度低至少10℃的温度下将步骤c)的组合物孵育至少10分钟来进行第二水解步骤。
2.如权利要求1所述的方法，其中该热稳定性内肽酶是非特异性内肽酶。
3.如权利要求2所述的方法，其中该非特异性内肽酶特征在于，在该内肽酶表现出其最大活性的至少40％的温度和pH下，将0.5％(w/w)BSA与该内肽酶孵育4小时导致至少10％的水解度。
4.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中该热稳定性内肽酶是一种内肽酶，在80℃和pH 9下孵育15分钟后，相对于其在37℃下孵育后的活性，该内肽酶具有至少80％的残留活性。
5.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中该热稳定性内肽酶(i)与SEQ ID NO:3的多肽具有至少60％序列一致性，(ii)由与SEQ ID NO:1的成熟多肽编码序列具有至少60％序列一致性的多核苷酸编码，或(iii)是在一个或多个位置处包括取代、缺失和/或插入的SEQ ID NO:3的多肽的变体。
6.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中该热稳定性内肽酶(i)与SEQ ID NO:8的多肽具有至少60％序列一致性，(ii)由与SEQ ID NO:5的成熟多肽编码序列具有至少60％序列一致性的多核苷酸编码，或(iii)是在一个或多个位置处包括取代、缺失和/或插入的SEQ ID NO:8的多肽的变体。
7.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中该热稳定性内肽酶(i)与SEQ ID NO:4的多肽具有至少60％的序列一致性，或(ii)是在一个或多个位置处包括取代、缺失和/或插入的SEQ ID NO:4的多肽的变体。
8.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中在步骤c)中添加的蛋白酶制剂是来自曲霉属，优选米曲霉的蛋白酶制剂。
9.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中在步骤c)中添加的蛋白酶制剂包括至少五种蛋白质水解组分，每种蛋白质水解组分分别具有选自23kD、27kD、31kD、32kD、35kD、
38kD、42kD、47kD、53kD和100kD的近似分子量。
10.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中在步骤d)中，将该组合物在30℃-65℃的温度下孵育。
11.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中在步骤c)的同时或之后添加能够将Gln转化为Glu的酶。
12.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中在步骤d)中获得的蛋白质水解产物具有至少10％的水解度。
13.一种用于生产蛋白质水解产物的方法，该方法包括：
a)向包括底物蛋白质的组合物中添加热稳定性内肽酶，该内肽酶(i)与SEQ ID NO:3的多肽具有至少60％序列一致性，(ii)由与SEQ ID NO:1的成熟多肽编码序列具有至少60％序列一致性的多核苷酸编码，或(iii)是在一个或多个位置处包括取代、缺失和/或插入的SEQ ID NO:3的多肽的变体；并且
b)在至少75℃的温度下将步骤a)的组合物孵育至少10分钟。
14.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中该底物蛋白质选自大豆蛋白质、小麦谷蛋白蛋白质或乳清蛋白质。
15.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中该包括底物蛋白质的组合物具有至少
1％(w/w)的干物质含量。