1.克隆n个核酸区段的方法，其中n是大于1的整数，该方法包括：
(a)提供n个核酸区段，每个区段的侧翼有两个不相互重组的重组位点；
(b)提供包含2n个重组位点的载体，其中该2n个重组位点的每一个均能够与位于一个核酸区段侧翼的重组位点之一重组；和
(c)进行重组反应，以便该n个核酸区段重组进入该载体中，由此克隆该n个核酸区段，其中所述重组反应发生在体外，其中核酸区段和载体的重组位点是att位点且其中n是2、3、4或5。
2.权利要求1的方法，其中这些核酸区段的至少一个与能够调节转录的序列可操作地连接。
3.权利要求2的方法，其中能够调节转录的序列选自：
(a)启动子；
(b)增强子；和
(c)阻遏基因。
4.权利要求3的方法，其中启动子是诱导型启动子或组成型启动子。
5.权利要求1的方法，其中从该克隆的核酸区段产生的RNA的翻译导致产生融合蛋白。
6.权利要求1的方法，其中这些核酸区段的至少一个编码可读框的全部或部分，而且这些核酸区段的至少一个舍有能够调节转录的序列。
7.权利要求1的方法，其中这些核酸区段的至少一个在转录后产生有义RNA链，而且这些核酸区段的至少一个在转录后产生反义RNA。
8.权利要求7的方法，其中有义RNA和反义RNA具有至少一个互补区并能够彼此杂交。
9.权利要求1的方法，其中至少两个核酸区段的转录导致产生单个RNA。
10.权利要求9的方法，其中至少一个核酸区段在转录后产生有义RNA链，而且至少一个核酸区段在转录后产生反义RNA链。
11.权利要求10的方法，其中有义RNA和反义RNA具有至少一个互补区并能够彼此杂交。
12.权利要求1的方法，其中这些核酸区段包含一或多个文库的核酸分子。
13.权利要求12的方法，其中一或多个文库包含cDNA或基因组DNA。
14.权利要求12的方法，其中一或多个文库包含编码抗体分子可变区的核酸分子。
15.权利要求14的方法，其中一或多个文库包含编码抗体轻链和重链可变区的核酸分子。
16.权利要求1的方法，还包括筛选以鉴定编码具有针对一或多种抗原的结合特异性的蛋白质的核酸分子。
17.权利要求1的方法，还包括筛选以鉴定编码具有一或多种活性的蛋白质的核酸分子。
18.权利要求17的方法，其中活性包含一或多个选自下组的活性：
(a)从细胞中分泌；
(b)亚细胞定位；
(c)配体结合活性；和
(d)酶活性。
19.权利要求18的方法，其中蛋白质位于内质网、细胞核、线粒体、叶绿体、或细胞膜。
20.权利要求18的方法，其中该蛋白质与选自下组的配体结合；
(a)核酸；
(b)细胞表面受体；
(c)可溶性蛋白质；和
(d)金属离子。
21.克隆至少一个核酸分子的方法，包括：
(a)提供第1、第2和第3核酸区段，其中该第1核酸区段侧翼有第1和第2重组位点，第2核酸区段的侧翼有第3和第4重组位点，而笫3核酸区段的侧翼有笫5和笫6重组位点，其中该第2重组位点能够和第3重组位点重组，而该第1、4、5或6重组位点均不能够和该第1至第6重组位点中的任一个重组；
(b)提供包含位于第1负选择标记侧翼的第7和第8重组位点并包含位于第2负选择标记侧翼的第9和笫10重组位点的载体，其中该第7至第10重组位点均不能与该第7至第10重组位点中的任一个重组；
(c)进行第1重组反应，使得该第2和第3重组位点重组；和
(d)进行第2重组反应，使得该第1和笫4重组位点与第7和第8重组位点重组，而第
5和第6重组位点与第9和第10重组位点重组，由此克隆该第1、2和3核酸区段，其中所述第1和第2重组反应发生在体外，其中核酸区段和载体的重组位点是att位点。
22.克隆至少一个核酸分子的方法，包括：
(a)提供第1、2和3核酸区段，其中该第1核酸区段的侧翼有第1和第2重组位点，第
2核酸区段的侧翼有第3和第4重组位点，而第3核酸区段的侧翼有第5和第6重组位点，其中该第2重组位点能够和第3重组位点重组，而笫4重组位点能够和第5重组位点重组；
(b)提供包含第7和第8重组位点的载体；和
(c)进行至少一个重组反应，使得该第2和第3重组位点重组，而第4和第5重组位点重组，第1和第6重组位点分别与第7和第8重组位点重组，由此克隆该第1、2和3核酸区段，
其中所述至少一个重组反应发生在体外，其中核酸区段和载体的重组位点是att位点，
其中该重组反应在存在一或多个重组蛋白时在利于该重组的条件下进行。
23.克隆n个核酸片段的方法，其中n是大于2的整数，包括：
(a)提供第1至第n核酸区段，每个区段的侧翼有两个重组位点，其中对这些重组位点进行选择以致位于第i区段ni侧翼的两个重组位点之一与位于第ni-1区段侧翼的重组位点之一反应，而位于第i区段侧翼的另一重组位点和位于笫nH核酸区段侧翼的重组位点之一反应；
(b)提供含有至少两个重组位点的载体，其中载体上的两个重组位点之一可与第1核酸区段上的位点之一反应，载体上的另一个位点可与第n核酸区段上的重组位点反应；和(c)进行至少一个重组反应使得所有的核酸片段都重组进入载体中，
其中所述至少一个重组反应发生在体外，其中核酸区段和载体的重组位点是att位点，且其中n是2、3、4或5。
24.权利要求23的方法，其中彼此重组的重组位点包含具有相同7碱基对重叠区的att位点。
25.通过权利要求21的方法制备的核酸分子。
26.克隆至少一个核酸分子的方法，包括：
(a)提供第一群核酸分子，其中这些分子的全部或部分的侧翼有第1和第2重组位点；
(b)提供至少一个侧翼有第3和第4重组位点的核酸区段，其中该第1或第2重组位点能够与第3或第4重组位点重组；
(c)进行重组反应以致在该群体中所有或部分核酸分子与该区段重组，形成第2群核酸分子；和
(d)克隆笫2群核酸分子，
其中所述重组反应发生在体外。
27.权利要求26的方法，其中第2群核酸分子编码融合蛋白。
28.权利要求26的方法，其中该核酸区段编码选自下组的多肽：
(a)免疫球蛋白的Fc部分；
(b)β-葡糖醛酸糖苷酶；
(c)荧光蛋白；
(d)纯化标签；和
(e)表位标签。
29.权利要求28的方法，其中该核酸区段编码选自下组的荧光蛋白：
(a)绿色荧光蛋白；
(b)黄色荧光蛋白；
(c)红色荧光蛋白；和
(d)蓝色荧光蛋白。
30.权利要求28的方法，其中该核酸区段编码选自下组的纯化标签：
(a)表位标签；
(b)麦芽糖结合蛋白；
(c)6组氨酸标签；和
(d)谷胱甘肽S转移酶。
31.通过权利要求26的方法制备的核酸分子。
32.克隆至少一个核酸分子的方法，包括：
(a)提供第一群核酸分子，其中这些分子中的所有或部分分子的侧翼有至少第1和第2重组位点；
(b)提供第二群核酸分子，其中这些分子中的所有或部分分子的侧翼有第3和第4重组位点，其中该第1或第2重组位点能够与第3或第4重组位点重组；
(c)进行重组反应，使得第一群中的所有或部分分子与第二群的一或多个分子重组，形成第三群核酸分子；和
(d)克隆该第三群核酸分子，
其中所述重组反应发生在体外。
33.权利要求32的方法，其中该重组反应在存在一或多个重组蛋白时在利于该重组的条件进行。