一种马匹常用13个微卫星位点快速检测方法及其用途
技术领域
[0001] 本
发明涉及微卫星位点检测领域,具体是一种马匹常用13个微卫星位点快速检测方法及其用途。
背景技术
[0002] 微卫星标记(Short tandem repeat, STR)是基因组中的一段连续重复的
碱基序列,它由核心的连续重复序列和两侧的保守序列组成。在不同个体的基因组中核心重复序列存在重复次数的差异,这种差异会稳定的遗传给后代。微卫星标记是法医鉴定和亲子鉴定的主要工具。通过收集大量个体在多个微卫星位点上的基因分型结果可以实现对个体的识别和对群体的分类;通过收集父母的基因分型信息可以对其后代做亲子鉴定。
[0003] 中国马业协会(简称中国马会)每年从美国、英国、澳大利亚等国进口大量马匹,需要对马匹进行DNA检测,与出口国提供的微卫星分型结果进行核对,从而达到验证个体身份的目的。中国马会要求用于DNA检测的12个STR位点为:HMS2、HMS3、ASB17、HTG4、HMS7、ASB2、HMS6、VHL20、AHT5、ASB23、AHT4、HTG10。DNA检测结果与出口国提供的STR分型结果一致的马匹才可以进行登记注册。
[0004] 目前我国尚无专业用于马匹12个STR位点的快速检测的方法,早期的DNA检测需要分别进行多次PCR反应或使用进口的马匹STR检测
试剂盒,该试剂盒价格高昂且检测的STR位点与中国马会要求位点不完全相符。
发明内容
[0005] 本发明的目的在于提供一种低成本、高效率马匹常用13个微卫星位点快速检测方法,并用于快速完成马匹的身份识别、新生马驹的亲子鉴定和性别鉴定的用途。
[0006] 本发明针对背景技术中提到的问题,采取的技术方案为:一种马匹常用13个微卫星位点快速检测方法,用于快速完成马匹的身份识别、新生马驹的亲子鉴定和性别鉴定的用途。
[0007] 一种马匹常用13个微卫星(STR)位点快速检测方法,包括合成微卫星标记引物、马匹DNA提取并检测、PCR扩增反应、PCR产物检测和分析检测结果。用于马匹DNA检测的STR位点为:12个常
染色体位点(ASB17,HTG4,AHT4,HMS7,AHT5,ASB2,HTG10,HMS2,ASB23,VHL20,HMS3,HMS6)和一个Y染色体位点(YJ10)。本发明对大部分用于马匹DNA检测的微卫星引物进行了重新设计构建了13重微卫星多重PCR体系,通过
荧光标记的引物对待测马匹DNA进行多重PCR扩增,对扩增产物的荧光
信号进行检测,获得待测马匹在13个微卫星位点上的基因分型数据,从而达到身份识别或亲子鉴定的目的。
[0008] 合成微卫星标记引物步骤为根据引物序列合成带有荧
光标记的微卫星标记引物并按照相应的浓度配置引物
混合液,微卫星位点的引物序列包括微卫星位点:ASB17;引物序列:F: ACCATTCAGGATCTCCACCG,引物混合液浓度为0.125µM;R: GAGTTTGAGTATCGCTGATGG,引物混合液浓度为0.125µM,产物长度为98 140bp;
~
或微卫星位点:AHT5;引物序列:F: CAACCAGCCACGGACACATC,引物混合液浓度为0.15µM;R: TACTCTGACTTCCCCCTCTAAGC,引物混合液浓度为0.15µM,产物长度为186-204bp;
或微卫星位点:HTG10;引物序列:F: ATTGGGCTTTTTATTCTGATCTGTC,引物混合液浓度为
0.15µM;R: CCCTCTGTCTATTTCTCATTTCTGG,引物混合液浓度为0.15µM,产物长度为282-
306bp;
或微卫星位点:ASB23;引物序列:F: GCCTTTATCTCCCCTTTTCAAC,引物混合液浓度为0.2µM;R: GAAAGTCTTGGTTTTGGCATTG,引物混合液浓度为0.2µM,产物长度为344-380bp;
或微卫星位点:HMS3;引物序列:F: TCAGATAGTGATAATGCCGTGG,引物混合液浓度为0.1µM;R: GCTCTAAAGCCCCAACTCTTTG,引物混合液浓度为0.1µM,产物长度为438-460bp;
或微卫星位点:HMS7;引物序列:F: TGTTGTTGAAACATACCTTGACTGT,引物混合液浓度为
0.2µM;R: ACAACCAGGAAACTCATGTTGATAC,引物混合液浓度为0.2µM,产物长度为170-190bp;
或微卫星位点:VH20;引物序列:F: TGTGGTCAATGGTGCTGTCAAG,引物混合液浓度为
0.125µM;R: GTCAATCCAGAGGTGATTCACATC,引物混合液浓度为0.125µM,产物长度为387-
405bp;
或微卫星位点:HMS6;引物序列:F: AGGTGAGACGCACTTCTGTTATCAG,引物混合液浓度为
0.125µM;R: GTCATTCCCTGCATTTCATCACTAA,引物混合液浓度为0.125µM,产物长度为483-
495bp;
或微卫星位点:HTG4;引物序列:F: CTATCTCAGTCTTGATTGCAGGAC,引物混合液浓度为
0.75µM;R: GCTCCCTCCCTCCCTCTGTTCTC,引物混合液浓度为0.75µM,产物长度为126-138bp;
或微卫星位点:YJ10;引物序列:F: AGTTCCCCTGCACACCT,引物混合液浓度为0.1µM;R: TGCCTCCCACAGCCATAC,引物混合液浓度为0.1µM,产物长度为213bp;
或微卫星位点:ASB2;引物序列:F: CACTAAGTGTCGTTTCAGAAGG,引物混合液浓度为
0.175µM;R: GCACAACTGAGTTCTCTGATAGG,引物混合液浓度为0.175µM,产物长度为220-
254bp;
或微卫星位点:HMS2;引物序列:F: ACGGTGGCAACTGCCAAGGAAG,引物混合液浓度为0.1µM;R :GATCTCTAGCTCAGTAAATCACAGG,引物混合液浓度为0.1µM,产物长度为305-325bp;
或微卫星位点:AHT4;引物序列:F: AACCGCCTGAGCAAGGAAGT,引物混合液浓度为0.1µM;
R: GCTCCCAGAGAGTTTACCCT,引物混合液浓度为0.1µM,产物长度为144-164bp。其中,ASB17或AHT5或HTG10或ASB23或HMS3或AHT4和HMS7或VH20或HMS6或HTG4或YJ10或ASB2或HMS2分别以两种
颜色不同的荧光进行标记。
[0009] 马匹DNA提取并检测步骤为提取马匹DNA作为模板DNA,琼脂
电泳检测DNA
质量,紫外分光光度计测定DNA浓度。
[0010] PCR扩增反应步骤为将5份2xEasyTaq Supermix、2.5 3.9份引物混合液、0.5 1.4~ ~份模板DNA混合,并用双蒸
水定容到10份;PCR反应条件为:95℃ 5分钟,95℃ 30秒、58℃ 30秒、72℃ 1分钟、循环30次,72度℃ 1小时,4度保持待检测。按照本发明方法构建的多重PCR体系,只需一次PCR扩增即可获得全部13个微卫星位点分型信息,上述方法显著降低了检测成本、缩短检测时间,是我国首个用于马匹13重微卫星PCR检测的方法。
[0011] PCR产物检测步骤为用琼脂电泳检测PCR扩增质量,用毛线管电泳及测序仪对PCR产物进行检测。
[0012] 分析检测结果步骤为使用Genemapper V4.0
软件分析检测结果,确定待测马匹在13个STR位点上的基因分型结果。
[0013] 与
现有技术相比,本发明的优点在于:用于马匹DNA检测的STR位点为:12个常染色体位点(ASB17,HTG4,AHT4,HMS7,AHT5,ASB2,HTG10,HMS2,ASB23,VHL20,HMS3,HMS6)和一个Y染色体位点(YJ10)。本发明对大部分用于马匹DNA检测的微卫星引物进行了重新设计构建了13重微卫星多重PCR体系,通过荧光标记的引物对待测马匹DNA进行多重PCR扩增,对扩增产物的荧
光信号进行检测,获得待测马匹在13个微卫星位点上的基因分型数据,从而达到身份识别或亲子鉴定的目的。按照本发明方法构建的多重PCR体系,只需一次PCR扩增即可获得全部13个微卫星位点分型信息,上述方法显著降低了检测成本、缩短检测时间,是我国首个用于马匹13重微卫星PCR检测的方法。
附图说明
[0014] 图1为
实施例1琼脂电泳图;图2为实施例1马匹A的Genemapper V4.0软件检测峰图;
图3为实施例2琼脂电泳图;
图4为实施例2马匹B的Genemapper V4.0软件检测峰图。
具体实施方式
[0015] 下面通过实施例对本发明方案作进一步说明:实施例1:
如图1 2所示,一种马匹常用13个微卫星(STR)位点快速检测方法,包括合成微卫星标~
记引物、马匹DNA提取并检测、PCR扩增反应、PCR产物检测和分析检测结果。
[0016] 合成微卫星标记引物步骤为根据引物序列合成带有荧光标记的微卫星标记引物并按照相应的浓度配置引物混合液,微卫星位点的引物序列包括微卫星位点:ASB17;引物序列:F: ACCATTCAGGATCTCCACCG,引物混合液浓度为0.125µM;R: GAGTTTGAGTATCGCTGATGG,引物混合液浓度为0.125µM,产物长度为98 140bp;
~
或微卫星位点:AHT5;引物序列:F: CAACCAGCCACGGACACATC,引物混合液浓度为0.15µM;R: TACTCTGACTTCCCCCTCTAAGC,引物混合液浓度为0.15µM,产物长度为186-204bp;
或微卫星位点:HTG10;引物序列:F: ATTGGGCTTTTTATTCTGATCTGTC,引物混合液浓度为
0.15µM;R: CCCTCTGTCTATTTCTCATTTCTGG,引物混合液浓度为0.15µM,产物长度为282-
306bp;
或微卫星位点:ASB23;引物序列:F: GCCTTTATCTCCCCTTTTCAAC,引物混合液浓度为0.2µM;R: GAAAGTCTTGGTTTTGGCATTG,引物混合液浓度为0.2µM,产物长度为344-380bp;
或微卫星位点:HMS3;引物序列:F: TCAGATAGTGATAATGCCGTGG,引物混合液浓度为0.1µM;R: GCTCTAAAGCCCCAACTCTTTG,引物混合液浓度为0.1µM,产物长度为438-460bp;
或微卫星位点:HMS7;引物序列:F: TGTTGTTGAAACATACCTTGACTGT,引物混合液浓度为
0.2µM;R: ACAACCAGGAAACTCATGTTGATAC,引物混合液浓度为0.2µM,产物长度为170-190bp;
或微卫星位点:VH20;引物序列:F: TGTGGTCAATGGTGCTGTCAAG,引物混合液浓度为
0.125µM;R: GTCAATCCAGAGGTGATTCACATC,引物混合液浓度为0.125µM,产物长度为387-
405bp;
或微卫星位点:HMS6;引物序列:F: AGGTGAGACGCACTTCTGTTATCAG,引物混合液浓度为
0.125µM;R: GTCATTCCCTGCATTTCATCACTAA,引物混合液浓度为0.125µM,产物长度为483-
495bp;
或微卫星位点:HTG4;引物序列:F: CTATCTCAGTCTTGATTGCAGGAC,引物混合液浓度为
0.75µM;R: GCTCCCTCCCTCCCTCTGTTCTC,引物混合液浓度为0.75µM,产物长度为126-138bp;
或微卫星位点:YJ10;引物序列:F: AGTTCCCCTGCACACCT,引物混合液浓度为0.1µM;R: TGCCTCCCACAGCCATAC,引物混合液浓度为0.1µM,产物长度为213bp;
或微卫星位点:ASB2;引物序列:F: CACTAAGTGTCGTTTCAGAAGG,引物混合液浓度为
0.175µM;R: GCACAACTGAGTTCTCTGATAGG,引物混合液浓度为0.175µM,产物长度为220-
254bp;
或微卫星位点:HMS2;引物序列:F: ACGGTGGCAACTGCCAAGGAAG,引物混合液浓度为0.1µM;R :GATCTCTAGCTCAGTAAATCACAGG,引物混合液浓度为0.1µM,产物长度为305-325bp;
或微卫星位点:AHT4;引物序列:F: AACCGCCTGAGCAAGGAAGT,引物混合液浓度为0.1µM;
R: GCTCCCAGAGAGTTTACCCT,引物混合液浓度为0.1µM,产物长度为144-164bp。其中,ASB17或AHT5或HTG10或ASB23或HMS3或AHT4和HMS7或VH20或HMS6或HTG4或YJ10或ASB2或HMS2分别以两种颜色不同的荧光进行标记。
[0017] 马匹DNA提取并检测步骤为提取进口马匹A的毛发DNA作为模板DNA,琼脂电泳检测DNA质量,紫外分光光度计测定DNA浓度。
[0018] PCR扩增反应步骤为将5份2xEasyTaq Supermix、3.5份引物混合液、1份模板DNA混合,并用双蒸水定容到10份;PCR反应条件为:95℃ 5分钟,95℃ 30秒、58℃ 30秒、72℃ 1分钟、循环30次,72度℃ 1小时,4度保持待检测。按照本发明方法构建的多重PCR体系,只需一次PCR扩增即可获得全部13个微卫星位点分型信息,上述方法显著降低了检测成本、缩短检测时间,是我国首个用于马匹13重微卫星PCR检测的方法。
[0019] PCR产物检测步骤为用琼脂电泳检测PCR扩增质量,用毛线管电泳及测序仪对PCR产物进行检测。
[0020] 分析检测结果步骤为使用Genemapper V4.0 软件分析检测结果,确定待测马匹在13个STR位点上的基因分型结果。
[0021] 如图1 2所示,从图中可见马匹A在各位点的分型结果;在Y染色体STR位点YJ10上~有一个单峰,说明该马匹为公马。
[0022] DNA检测结果为:鉴定结论:马匹性别为公马,检测结果与出口国提供的检测结果一致。
[0023] 实施例2:如图3 4所示,一种马匹常用13个微卫星(STR)位点快速检测方法,包括合成微卫星标~
记引物、马匹DNA提取并检测、PCR扩增反应、PCR产物检测和分析检测结果。
[0024] 合成微卫星标记引物步骤为根据引物序列合成带有荧光标记的微卫星标记引物并按照相应的浓度配置引物混合液,微卫星位点的引物序列包括微卫星位点:ASB17;引物序列:F: ACCATTCAGGATCTCCACCG,引物混合液浓度为0.125µM;R: GAGTTTGAGTATCGCTGATGG,引物混合液浓度为0.125µM,产物长度为98 140bp;
~
或微卫星位点:AHT5;引物序列:F: CAACCAGCCACGGACACATC,引物混合液浓度为0.15µM;R: TACTCTGACTTCCCCCTCTAAGC,引物混合液浓度为0.15µM,产物长度为186-204bp;
或微卫星位点:HTG10;引物序列:F: ATTGGGCTTTTTATTCTGATCTGTC,引物混合液浓度为
0.15µM;R: CCCTCTGTCTATTTCTCATTTCTGG,引物混合液浓度为0.15µM,产物长度为282-
306bp;
或微卫星位点:ASB23;引物序列:F: GCCTTTATCTCCCCTTTTCAAC,引物混合液浓度为0.2µM;R: GAAAGTCTTGGTTTTGGCATTG,引物混合液浓度为0.2µM,产物长度为344-380bp;
或微卫星位点:HMS3;引物序列:F: TCAGATAGTGATAATGCCGTGG,引物混合液浓度为0.1µM;R: GCTCTAAAGCCCCAACTCTTTG,引物混合液浓度为0.1µM,产物长度为438-460bp;
或微卫星位点:HMS7;引物序列:F: TGTTGTTGAAACATACCTTGACTGT,引物混合液浓度为
0.2µM;R: ACAACCAGGAAACTCATGTTGATAC,引物混合液浓度为0.2µM,产物长度为170-190bp;
或微卫星位点:VH20;引物序列:F: TGTGGTCAATGGTGCTGTCAAG,引物混合液浓度为
0.125µM;R: GTCAATCCAGAGGTGATTCACATC,引物混合液浓度为0.125µM,产物长度为387-
405bp;
或微卫星位点:HMS6;引物序列:F: AGGTGAGACGCACTTCTGTTATCAG,引物混合液浓度为
0.125µM;R: GTCATTCCCTGCATTTCATCACTAA,引物混合液浓度为0.125µM,产物长度为483-
495bp;
或微卫星位点:HTG4;引物序列:F: CTATCTCAGTCTTGATTGCAGGAC,引物混合液浓度为
0.75µM;R: GCTCCCTCCCTCCCTCTGTTCTC,引物混合液浓度为0.75µM,产物长度为126-138bp;
或微卫星位点:YJ10;引物序列:F: AGTTCCCCTGCACACCT,引物混合液浓度为0.1µM;R: TGCCTCCCACAGCCATAC,引物混合液浓度为0.1µM,产物长度为213bp;
或微卫星位点:ASB2;引物序列:F: CACTAAGTGTCGTTTCAGAAGG,引物混合液浓度为
0.175µM;R: GCACAACTGAGTTCTCTGATAGG,引物混合液浓度为0.175µM,产物长度为220-
254bp;
或微卫星位点:HMS2;引物序列:F: ACGGTGGCAACTGCCAAGGAAG,引物混合液浓度为0.1µM;R :GATCTCTAGCTCAGTAAATCACAGG,引物混合液浓度为0.1µM,产物长度为305-325bp;
或微卫星位点:AHT4;引物序列:F: AACCGCCTGAGCAAGGAAGT,引物混合液浓度为0.1µM;
R: GCTCCCAGAGAGTTTACCCT,引物混合液浓度为0.1µM,产物长度为144-164bp。其中,ASB17或AHT5或HTG10或ASB23或HMS3或AHT4和HMS7或VH20或HMS6或HTG4或YJ10或ASB2或HMS2分别以两种颜色不同的荧光进行标记。
[0025] 马匹DNA提取并检测步骤为提取进口马匹B的毛发DNA作为模板DNA,琼脂电泳检测DNA质量,紫外分光光度计测定DNA浓度。
[0026] PCR扩增反应步骤为将5份2xEasyTaq Supermix、3.4份引物混合液、1份模板DNA混合,并用双蒸水定容到10份;PCR反应条件为:95℃ 5分钟,95℃ 30秒、58℃ 30秒、72℃ 1分钟、循环30次,72度℃ 1小时,4度保持待检测。按照本发明方法构建的多重PCR体系,只需一次PCR扩增即可获得全部13个微卫星位点分型信息,上述方法显著降低了检测成本、缩短检测时间,是我国首个用于马匹13重微卫星PCR检测的方法。
[0027] PCR产物检测步骤为用琼脂电泳检测PCR扩增质量,用毛线管电泳及测序仪对PCR产物进行检测。
[0028] 分析检测结果步骤为使用Genemapper V4.0 软件分析检测结果,确定待测马匹在13个STR位点上的基因分型结果。
[0029] 如图3 4所示,从图中可见马匹B在各位点的分型结果;在Y染色体STR位点YJ10上~有一个单峰,说明该马匹为公马。
[0030] DNA检测结果为:鉴定结论:马匹性别为母马,检测结果与出口国提供的检测结果一致。
[0031] 本发明的操作步骤中的常规操作为本领域技术人员所熟知,在此不进行赘述。
[0032] 以上所述的实施例对本发明的技术方案进行了详细说明,应理解的是以上所述仅为本发明的具体实施例,并不用于限制本发明,凡在本发明的原则范围内所做的任何
修改、补充或类似方式替代等,均应包含在本发明的保护范围之内。