1.一种系统，其包括一个或多个处理核、存储器和显示器，所述存储器存储用于执行用于使用所述一个或多个处理核分析一个或多个数据集的方法的指令，所述方法包括：
获得表示来自单个第一对象的第一多个细胞的第一数据集，其中
所述第一数据集表示第一多个克隆类型，
所述第一数据集包含所述第一多个克隆类型中的每个相应克隆类型的多个重叠群，其中所述多个重叠群中的每个相应重叠群包括：
所述相应重叠群的链类型的指示；
来自多个条形码的针对所述相应重叠群的条形码，其中所述条形码与构建所述相应重叠群的所述第一多个细胞中的相应细胞相关联；以及
所述相应细胞的mRNA的重叠群共有序列；
使用所述第一数据集确定所述第一多个克隆类型中的每个相应克隆类型的表示所述相应克隆类型的所述第一多个细胞的百分比、绝对数或比例；
在所述显示器的第一部分上提供第一二维可视化，其中所述第一二维可视化的第一轴线代表所述第一多个克隆类型中的单独克隆类型，并且所述第一二维可视化的第二轴线代表表示相应克隆类型的所述第一多个细胞的所述百分比、所述绝对数或所述比例；以及在所述显示器的第二部分上提供所述第一多个克隆类型的列表。
2.根据权利要求1所述的系统，其中所述第一可视化为条形图。
3.根据权利要求1或2所述的系统，其中所述第一多个克隆类型中的相应克隆类型在所述二维可视化的所述第二轴线上按具有所述相应克隆类型的所述第一多个细胞的所述百分比、所述绝对数或所述比例排序。
4.根据权利要求1到3中任一项所述的系统，其中所述第一多个克隆类型中的相应克隆类型在所述列表中按具有所述相应克隆类型的所述第一多个细胞的所述百分比、所述绝对数或所述比例排序。
5.根据权利要求1到4中任一项所述的系统，其中所述第一多个细胞中的多于一个细胞具有所述第一多个克隆类型中的同一克隆类型。
6.根据权利要求1到5中任一项所述的系统，其中所述第一多个细胞中的多于十个细胞具有所述第一多个克隆类型中的同一克隆类型。
7.根据权利要求1到6中任一项所述的系统，其中所述第一多个克隆类型包括25个克隆类型，并且其中所述第一多个细胞包含所述第一多个克隆类型中的每个克隆类型的至少一个细胞。
8.根据权利要求1到6中任一项所述的系统，其中所述第一多个克隆类型包括100个克隆类型，并且其中所述第一多个细胞包含所述第一多个克隆类型中的每个克隆类型的至少一个细胞。
9.根据权利要求1到8中任一项所述的系统，其中所述第一多个细胞由来自所述单个第一对象的B细胞组成。
10.根据权利要求9所述的系统，其中所述列表包含所述第一多个克隆类型中的第一克隆类型的所述多个重叠群中的第一重叠群的以下各项：
所述第一重叠群中的V片段的标识符；
所述第一重叠群中的J区的标识符；和
所述第一重叠群中的C区的标识符。
11.根据权利要求10所述的系统，其中所述第一重叠群用于α链或γ链。
12.根据权利要求10所述的系统，其中所述第一重叠群用于β链或δ链，并且其中所述第一重叠群进一步包含所述第一重叠群中的D区的标识符。
13.根据权利要求1所述的系统，其中所述方法进一步包括：
在所述显示器上提供可供性(affordance)，所述可供性允许用户将在所述第一二维可视化和所述列表中显示的克隆类型的数量限制为小于所述第一数据集中的所述第一多个克隆类型的数量。
14.根据权利要求1所述的系统，其中所述方法进一步包括提供第一可供性，其中当用户切换所述第一可供性时，所述第一二维可视化的显示被第二二维可视化代替，同时保持所述第一多个克隆类型的所述列表，
所述第二二维可视化提供用于选择由所述第一数据集表示的淋巴细胞受体的一个或多个基因的第一过滤器，
所述第二二维可视化提供用于一个或多个链类型的第二过滤器，
所述第二二维可视化的第一轴线表示所述一个或多个单独基因，并且所述第二二维可视化的第二轴线表示所述第一数据集中存在的包含所述一个或多个单独基因——不论所述一个或多个单独基因如何结合到克隆类型中——的所述多个重叠群的所述百分比、所述绝对数或所述比例，
当用户切换所述第一过滤器时，选择所述一个或多个基因的同一性，并且
当用户切换所述第二过滤器时，选择一个或多个链类型，由此将所述第一数据集中存在的包含所述一个或多个单独基因的所述多个重叠群的所述百分比、所述绝对数或所述比例限制为由所述第二过滤器标识的所述一个或多个链类型中包含所述一个或多个单独基因的那些重叠群。
15.根据权利要求14所述的系统，其中
所述第一多个细胞由来自所述单个第一对象的B细胞组成，并且
所述一个或多个基因为V基因、D基因、J基因和C基因的任意组合。
16.根据权利要求1所述的系统，其中
所述第一多个细胞中的相应细胞的所述第一数据集中的所述第一多个克隆类型中的第一克隆类型的所述多个重叠群中的第一重叠群的长度介于600与800个碱基之间，并且通过覆盖所述第一重叠群的多个序列读段来确定，
所述多个序列读段的平均读段长度小于600个碱基，并且
所述多个序列读段中的每个序列读段具有相同的唯一分子标识符。
17.根据权利要求1到8中任一项所述的系统，其中所述第一多个细胞由来自所述单个第一对象的B细胞组成。
18.根据权利要求1到17中任一项所述的系统，其中所述单个第一对象为哺乳动物。
19.根据权利要求1到17中任一项所述的系统，其中所述单个第一对象为哺乳动物、爬行动物、鸟类、两栖动物、鱼类(fish)、有蹄动物、反刍动物、牛科动物、马科动物、山羊类、绵羊类、猪、骆驼科动物、猴、猿、熊科动物、家禽、狗、猫、大鼠、鱼(fish)、海豚、鲸或鲨鱼。
20.根据权利要求1所述的系统，其中所述方法进一步包括提供第一可供性，其中当用户切换所述第一可供性时，所述第一二维可视化的显示被第二二维可视化代替，同时保持所述第一多个克隆类型的所述列表，
所述第二二维可视化提供用于选择由所述第一数据集表示的淋巴细胞受体的基因对的第一过滤器，
所述第二二维可视化提供用于一个或多个链类型的第二过滤器，
所述第二二维可视化的第一轴线表示所述基因对中的第一单独基因，并且所述第二二维可视化的第二轴线表示所述基因对中的第二单独基因，并且其中所述第二二维可视化中的多个二维单元格中与所述第一轴线和所述第二轴线相交的每个相应单元格指示由所述第一数据集中的所述第二过滤器指定的所述一个或多个链类型的重叠群的数量，所述第一数据集包含所述相应二维单元格的所述第一轴线上的所述相应基因和所述第二轴线上的所述相应基因。
21.根据权利要求20所述的系统，其中
所述第二二维可视化为热图，并且
所述热图提供以颜色编码格式提供由所述第一数据集中的所述第二过滤器指定的所述一个或多个链类型的重叠群的数量的数字指示的量表，所述第一数据集包含所述第二二维可视化的所述多个二维单元格中的每个二维单元格的所述第一轴线上的所述相应基因和所述第二轴线上的所述相应基因。
22.根据权利要求1所述的系统，其中所述方法进一步包括：
在所述显示器上提供一个或多个可供性，其中所述一个或多个可供性被配置成接收用户指定的选择标准；以及
响应于接收到所述用户指定的选择标准，将所述列表限制为所述第一多个克隆类型中与所述选择标准匹配的那些克隆类型，其中所述选择标准为至少一个重叠群、至少一个条形码、至少一个氨基酸序列或至少一个核酸序列。
23.根据权利要求22所述的系统，其中所述方法进一步包括：
响应于接收到所述用户指定的选择标准，进一步将所述第一二维可视化限于显示所述第一多个克隆类型中与所述选择标准匹配的那些克隆类型。
24.根据权利要求22所述的系统，其中所述选择标准包含通配符，由此匹配多于一个重叠群、条形码、氨基酸序列或核酸序列。
25.根据权利要求1所述的系统，其中
所述列表包含多个行，并且
所述多个行中的每个相应行指定所述第一多个克隆类型中的克隆类型的所述多个重叠群中的重叠群的链类型的指示，并且
所述方法进一步包括：
响应于用户对所述多个行中的某一行的选择，用由所选行表示的链的汇总信息板代替所述第一二维可视化的显示，同时保持所述列表的显示。
26.根据权利要求25所述的系统，其中所述汇总信息板包括：
参考序列，所述参考序列为所选链类型的公开精选序列，
来自所述第一数据集中包含所述所选链类型的所有重叠群的共有序列，
所述第一数据集中包含所述所选链类型的每个相应重叠群的表示，并且
所述板中的所述参考序列、所述共有序列、每个相应重叠群的每个表示占据所述板中的不同行，并且彼此按顺序对齐。
27.根据权利要求26所述的系统，其中相应重叠群的表示包含一个或多个指示符，其中所述一个或多个指示符包含所述相应重叠群的起始密码子、所述相应重叠群与所述共有序列之间的错配、所述相应重叠群中相对于所述共有序列所引起的缺失、所述相应重叠群的终止密码子或所述相应重叠群的编码区。
28.根据权利要求26所述的系统，其中响应于选择所述共有序列，所述方法进一步包括以被配置成供用户剪切并粘贴到在所述系统上运行的单独分开的应用中的格式显示整个共有序列。
29.根据权利要求26所述的系统，其中响应于选择在所述汇总信息板中显示的重叠群的表示，所述方法进一步包括显示关于所选重叠群的信息，所述信息包含以下中的一个或多个：所述重叠群的条形码、所述重叠群的标识符、支持所述重叠群的唯一分子标识符的数量、支持所述重叠群的序列读段的数量、所述重叠群的V基因的参考同一性、所述重叠群的D基因的参考同一性、所述重叠群的J基因的参考同一性和所述重叠群的C基因的参考同一性。
30.根据权利要求26所述的系统，其中
所述方法进一步包括显示切换键，并且
用户对所述切换键的选择将所述数据集中包含所述所选链类型的每个相应重叠群的所述表示
从(i)每个相应重叠群的图形表示和(ii)每个相应重叠群的序列中的一个切换到(i)每个相应重叠群的图形表示和(ii)每个相应重叠群的序列中的另一个。
31.根据权利要求26所述的系统，其中响应于选择在所述汇总信息板中显示的第一重叠群的表示，所述方法进一步包括显示多个序列读段中的每个序列读段与所述第一重叠群的比对，其中所述多个序列读段中的每个序列读段具有与所述第一重叠群相关联的唯一分子标识符。
32.根据权利要求31所述的系统，其中
多个唯一分子标识符与所述第一重叠群相关联，并且
所述方法进一步包括显示提供在(i)选择所述多个唯一分子标识符中的所有唯一分子标识符与(ii)选择所述多个唯一分子标识符中的单个唯一分子标识符之间进行选择的唯一分子标识符可供性，
当选择所述单个唯一分子标识符时，在多个序列读段中的每个序列读段与所述第一重叠群的所述比对中仅显示所述第一重叠群的具有所述单个唯一分子标识符的那些序列读段。
33.根据权利要求1所述的系统，其中所述方法进一步包括：
获得表示来自单个第二对象的第二多个细胞的第二数据集，其中
所述第二数据集表示第二多个克隆类型，
所述第二数据集包含所述第二多个克隆类型中的每个相应克隆类型的多个重叠群，其中所述多个重叠群中的每个相应重叠群包括：
所述相应重叠群的链类型的指示；
所述相应重叠群的条形码，其中所述条形码与构建所述相应重叠群的所述第二多个细胞中的相应细胞相关联；以及
所述相应细胞的mRNA的重叠群共有序列；
使用所述第二数据集确定所述第二多个克隆类型中的每个相应克隆类型的表示所述相应克隆类型的所述第二多个细胞的百分比、绝对数或比例；
在成对克隆类型单细胞层面执行所述第一数据集与所述第二数据集的比较，所述比较对具有所述第一数据集中的给定克隆类型的与具有所述第二数据集中的同一克隆类型的细胞的克隆类型匹配的细胞数量进行评估，由此标识所述第一数据集与所述第二数据集之间的成对克隆类型共通性。
34.根据权利要求33所述的系统，其中所述第一数据集与所述第二数据集之间的所述成对克隆类型共通性为森下-霍恩(Morisita-Horn)度量。
35.根据权利要求33所述的系统，其中所述方法进一步包括显示所述第一多个克隆类型的子集中的每个克隆类型的以下各项：
表示所述第一数据集中的所述相应克隆类型的所述第一多个细胞的百分比、绝对数或比例，以及
表示所述第二数据集中的所述相应克隆类型的所述第二多个细胞的百分比、绝对数或比例。
36.根据权利要求35所述的系统，其中所述第一多个克隆类型的所述子集为所述第一多个克隆类型中各自至少由所述第一多个细胞的阈值百分比、绝对数或比例表示的那些克隆类型。
37.根据权利要求33所述的系统，其中所述方法进一步包括显示多个克隆类型元件中的每个相应克隆类型元件的以下各项：
所述第一数据集中包含所述相应克隆类型元件的所述重叠群的百分比、绝对数或比例，以及
所述第二数据集中包含所述相应克隆类型元件的所述重叠群的百分比、绝对数或比例。
38.根据权利要求37所述的系统，其中所述多个克隆类型元件中的每个克隆类型元件为不同的V基因序列。
39.根据权利要求37所述的系统，其中所述多个克隆类型元件中的每个克隆类型元件为不同的D基因序列。
40.根据权利要求37所述的系统，其中所述多个克隆类型元件中的每个克隆类型元件为不同的J基因序列。
41.根据权利要求37所述的系统，其中所述多个克隆类型元件中的每个克隆类型元件为不同的C基因序列。
42.根据权利要求33所述的系统，其中
所述第一多个细胞由来自所述单个第一对象的B细胞组成，并且
所述第二多个细胞由来自所述单个第二对象的B细胞组成，并且
所述方法进一步包括显示多个B细胞同种型中的每个相应B细胞同种型的以下各项：
所述第一数据集的具有所述相应B细胞同种型的百分比、绝对数或比例，以及所述第二数据集的具有所述相应B细胞同种型的百分比、绝对值或比例。
43.根据权利要求33到42中任一项所述的系统，其中所述单个第一对象和所述单个第二对象为同一对象。
44.根据权利要求33到42中任一项所述的系统，其中所述单个第一对象和所述单个第二对象为不同对象。
45.根据权利要求1所述的系统，其中所述方法进一步包括：
(A)获得表示来自单个第二对象的第二多个细胞的第二数据集，其中
所述第二数据集包括所述第二多个细胞中的每个相应细胞的多个基因中的每个基因的mRNA的对应离散属性值，
所述第二多个细胞中的每个相应细胞的多个基因中的每个基因的mRNA的每个相应离散属性值由所述多个条形码中的一个或多个条形码支持，并且
由所述第一数据集表示的所述第一多个细胞中的单独相应细胞存在于所述第二多个细胞中，并且能够通过所述多个条形码在所述第一数据集与所述第二数据集之间映射；
(B)使用所述第二多个细胞中的每个相应细胞的所述多个基因中的每个基因的mRNA的所述离散属性值或由此导出的主分量对所述第二数据集进行聚类，由此将所述第二多个细胞中的每个相应细胞分配给多个集群中的对应集群，其中
所述多个集群中的每个相应集群由所述第二多个细胞的唯一不同子集组成；
(C)通过选择所述第一多个细胞中映射到从所述多个集群中选择的集群中的所述第二多个细胞中的所述细胞上的那些细胞来选择所述第一多个细胞的子集；以及
(D)显示来自所述第一多个细胞的所述子集的所述第一数据集的克隆类型信息，而不显示所述第一多个细胞中处于所述第一多个细胞的所述子集之外的细胞的克隆类型信息。
46.根据权利要求45所述的系统，其中所述显示克隆类型信息包括提供第二二维可视化，其中
所述第二二维可视化的第一轴线代表在所述第一多个细胞的所述子集中表示的单独克隆类型，并且
所述二维可视化的第二轴线代表表示所述第一多个细胞的所述子集中的相应克隆类型的所述第一多个细胞的所述子集的百分比、绝对值或比例。
47.根据权利要求45所述的系统，其中所述单个第一对象和所述单个第二对象为同一对象。
48.根据权利要求45所述的系统，其中所述对所述第二数据集进行聚类包括层次聚类、使用最近邻算法进行的凝聚聚类、使用最远邻算法进行的凝聚聚类、使用平均联动算法进行的凝聚聚类、使用质心算法进行的凝聚聚类或使用平方和算法进行的凝聚聚类。
49.根据权利要求45所述的系统，其中所述对所述第二数据集进行聚类包括应用鲁汶(Louvain)模块度算法、k-均值聚类、模糊k-均值聚类算法或Jarvis-Patrick聚类。
50.根据权利要求45所述的系统，其中所述对所述第二数据集进行聚类包括将所述离散属性值数据集k均值聚类成预定集群数量。
51.根据权利要求50所述的系统，其中所述预定集群数量为介于2与50之间的整数。
52.一种用于分析一个或多个数据集的方法，所述方法包括：
在包括存储器、处理器和显示器的计算机系统处：
使用所述处理器获得表示来自单个第一对象的第一多个细胞的第一数据集，其中所述第一数据集表示第一多个克隆类型，
所述第一数据集包含所述第一多个克隆类型中的每个相应克隆类型的多个重叠群，其中所述多个重叠群中的每个相应重叠群包括：
所述相应重叠群的链类型的指示；
来自多个条形码的针对所述相应重叠群的条形码，其中所述条形码与构建所述相应重叠群的所述第一多个细胞中的相应细胞相关联；以及
所述相应细胞的mRNA的重叠群共有序列；
使用所述第一数据集和所述处理器确定所述第一多个克隆类型中的每个相应克隆类型的表示所述相应克隆类型的所述第一多个细胞的百分比、绝对数或比例；
在所述显示器的第一部分上提供第一二维可视化，其中所述第一二维可视化的第一轴线代表所述第一多个克隆类型中的单独克隆类型，并且所述第一二维可视化的第二轴线代表表示相应克隆类型的所述第一多个细胞的所述百分比、所述绝对数或所述比例；以及在所述显示器的第二部分上提供所述第一多个克隆类型的列表。
53.一种非暂时性计算机可读存储介质，其中所述非暂时性计算机可读存储介质存储指令，所述指令当由具有显示器的计算机系统执行时使所述计算机系统执行用于分析一个或多个数据集的方法，所述方法包括：
获得表示来自单个第一对象的第一多个细胞的第一数据集，其中
所述第一数据集表示第一多个克隆类型，
所述第一数据集包含所述第一多个克隆类型中的每个相应克隆类型的多个重叠群，其中所述多个重叠群中的每个相应重叠群包括：
所述相应重叠群的链类型的指示；
来自多个条形码的针对所述相应重叠群的条形码，其中所述条形码与构建所述相应重叠群的所述第一多个细胞中的相应细胞相关联；以及
所述相应细胞的mRNA的重叠群共有序列；
使用所述第一数据集确定所述第一多个克隆类型中的每个相应克隆类型的表示所述相应克隆类型的所述第一多个细胞的百分比、绝对数或比例；
在所述显示器的第一部分上提供第一二维可视化，其中所述第一二维可视化的第一轴线代表所述第一多个克隆类型中的单独克隆类型，并且所述第一二维可视化的第二轴线代表表示相应克隆类型的所述第一多个细胞的所述百分比、所述绝对数或所述比例；以及在所述显示器的第二部分上提供所述第一多个克隆类型的列表。