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用于治疗瘤形成、炎性疾病和其他失调的组合物和方法

阅读：456发布：2021-07-20

专利汇可以提供用于治疗瘤形成、炎性疾病和其他失调的组合物和方法专利检索，专利查询，专利分析的服务。并且本发明特征为用于治疗或预防瘤形成的组合物和方法。更确切地，本发明提供了用于破坏包括溴基结构域的BET家族多肽与染色质的相互作用(例如破坏与存在于组蛋白N端尾上的乙酰基-赖氨酸修饰的溴基结构域相互作用)的组合物和方法。，下面是用于治疗瘤形成、炎性疾病和其他失调的组合物和方法专利的具体信息内容。

权利要求

1. 一种具有化学式1:的化合物：
其中 X是N或CR5 ; R5是H、烷基、环烷基、杂环烷基、芳基、或杂芳基,其中的每一个可任选地经取代； Rb是H、烷基、羟烷基、氨基烷基、烷氧基烷基、齒烷基、羟基、烷氧基、或-COO-R3,其中的每一个可任选地经取代；环A是芳基或杂芳基；每一个Ra独立地是烷基、环烷基、杂环烷基、芳基、或杂芳基,其中的每一个可任选地经取代；或者任何两个Ra与各自附接的多个原子一起可以形成一个融合的芳基或杂芳基基团； R是烧基、环烧基、杂环烧基、芳基、或杂芳基；其中的每 !'■可任选地经取代；R1 是—(CH2) n-L,其中 η 是 0-3 并且并且 L 是 H、-COO-R3、-CO-R3、-CO-N (R3R4)、-S (O) 2-R·3、-S(O)2-N(R3R4)、N(R3R4)、N(R4)C(O)R3、可任选地经取代的芳基、或可任选地经取代的杂芳基; R2是H、D、卤素、或可任选地经取代的燒基；每一个R3独立地选自下组,该组由以下各项组成： (i)H、芳基、经取代的芳基、杂芳基、或经取代的杂芳基； (ii)杂环坑基或经取代的杂环保基； (Iii)-C1-C8烷基、-C2-C8链烯基或-C2-C8炔基,每一个包含O、1、2、或3个选自O、S、或N的杂原子；-C3-C12环烷基、经取代的-C3-C12环烷基、-C3-C12环烯基、或经取代的-C3-C12环烯基；其中的每一个可以可任选地经取代；以及(iv)NH2、N = CR4R6 ；每一个R4独立地是H、烷基、烷基、环烷基、杂环烷基、芳基、或杂芳基,其中的每一个可任选地经取代；或将R3和R4与它们附接的氮原子-一起以形成一个4-10元环； R6是保基、链稀基、环保基、环稀基、杂环保基、芳基或杂芳基，其中的每一个5]任选地经取代；或将R4和R6与它们附接的碳原子一起以形成一个4-10元环；m 是 0、1、2、或 3 ；假设 (a)如果环A是噻吩基，X是N，R是苯基或经取代的苯基，R2是H，Rb是甲基,并且R1是-(CH2)n-L,其中η是I并且L是-CO-N(R3R4)，那么不将R3和R4与它们附接的氮原子一起形成一个吗啉代环；(b)如果环A是噻吩基，X是N, R是经取代的苯基，R2是H, Rb是甲基,并且R1是_ (CH2)n_L,其中η是I并且L是-CO-N(R3R4),并且R3和R4之一是H，那么R3和R4中的另一个不是甲基、轻乙基、烧氧基、苯基、经取代的苯基、B比淀基或经取代的B比淀基；并且 (c)如果环A是噻吩基,X是N, R是经取代的苯基,R2是H，Rb是甲基，并且R1是-(CH2)n_L,具中η是I并且L是-COO-R3,那么R3不是甲基或乙基；或其一种盐、溶解物或水合物。
2.如权利要求1所述的化合物，其中R是芳基或杂芳基，其中的每一个可任选地经取代。
3.如权利要求1 所述的化合物，L 是 H、-COO-R3、-CO-N(R3R4)、-S (O)2-R3' -S (O)2-N (R3R4)、N (R3R4)、N (R4) C (O) R3或可任选地经取代的芳基。
4.如权利要求3所述的化合物,其中每一个R3独立地选自下组，该组由以下各项组成：H,包含选自0、S、或N的0、1、2或3个杂原子的-C1-C8烷基；或NH2, N = CR4R60
5.如权利要求1所述的化合物,其中R2是H、D、卤素或甲基。
6.如权利要求1所述的化合物，其中Rb是烷基、羟烷基、卤烷基或烷氧基；其中的每一个可任选地经取代。
7.如权利要求1所述的化合物,其中Rb是甲基、乙基、羟甲基、甲氧基甲基、三氟甲基、C00H、⑶OMe、COOEt.、或 COOCH2OC (O) CH3。
8.如权利要求1所述的化合物，其中环A是5或6元芳基或杂芳基。
9.如权利要求1所述的化合物，其中环A是硫代呋喃基、苯基、萘基、联苯基、四氢萘基、茚满基、吡啶基、呋喃基、喷噪基、嘧啶基、哒嗪基、吡嗪基、咪唑基、噁唑基、噻吩基、噻唑基、三唑基、异噁唑基、喹啉基、吡咯基、吡唑基、或5,6,7,8-四氢异喹啉基。
10.如权利要求1所述的化合物，其中环A是苯基或噻吩基。
11.如权利要求1所述的化合物，其中m是I或2，并且至少一次出现的Ra是甲基。
12.如权利要求1所述的化合物,其中每一个Ra独立地是H、一个可任选地经取代的烷基,或任何两个Ra与各自附接的多个原子^-起可以形成--个芳基。
13. 一种具有化学式II的化合物：
其中 X是N或CR5 ; R5是H、烷基、环烷基、杂环烷基、芳基、或杂芳基,其中的每一个可任选地经取代； Rb是H、烷基、羟烷基、氨基烷基、烷氧基烷基、齒烷基、羟基、烷氧基、或-COO-R3，其中的每一个可任选地经取代；每--个Ra独立地是烷基、环烷基、杂环烷基、芳基、或杂芳基，其中的每一个可任选地经取代；或者任何两个Ra与各自附接的多个原子一起可以形成一个融合的芳基或杂芳基基团； R是烧基、环烧基、杂环烧基、芳基、或杂芳基，其中的每一个可任选地经取代； R’ !是H、-C(X)-R3、-CO-R3、可任选地经取代的芳基、或可任选地经取代的杂芳基；每一个R3独立地选自下组,该组由以下各项组成： (i)H、芳基、经取代的芳基、杂芳基、经取代的杂芳基； (ii)杂环烧基或经取代的杂环院基； (Iii)-C1-C8烷基、-C2-C8链烯基或-C2-C8炔基,每一个包含()、1、2、或3个选自（)、S、或N的杂原子；-C3_C12环燒基、经取代的-C3-C12环燒基；-C3_C12环烯基、或经取代的-C3-C12环烯基；其中的每一个可以可任选地经取代；m 是 0、1、2、或 3 ；假设如果R’ !是-C(X)-R3, X是N, R是经取代的苯基,并且Rb是甲基,那么R3不是甲基或乙基；或其一种盐、溶解物或水合物。
14.如权利要求13所述的化合物,其中R是芳基或杂芳基,其中的每一个可任选地经取代。
15.如权利要求14所述的化合物,其中R是苯基或[I比淀基,其中的每一个可任选地经取代。
16.如权利要求15所述的化合物，其中R是对-Cl-苯基、邻-Cl-苯基、间-Cl-苯基、对-F-苯基、邻-F-苯基、间-F-苯基或吡啶基。
17.如权利要求13所述的化合物,其中R’ i是-COO-R3,、可任选地经取代的芳基、或可任选地经取代的杂芳基；并且R3是-C1-C8烷基,它包含0、1、2、或3个选自0、S、或N的杂原子，并且它可以可任选地经取代。
18.如权利要求17所述的化合物,其中R’ 1是-(IXHR3,并且R3是甲基、乙基、丙基、异丙基、丁基、仲丁基、或叔丁基；或R’ i是H或可任选地经取代的苯基。
19.如权利要求13所述的化合物,其中Rb是甲基、乙基、羟甲基、甲氧基甲基、三氟甲基、C00II, COOMe、COOE t、COOCH2OC (O) CIi3。
20.如权利要求13所述的化合物,其中Rb是甲基、乙基、羟甲基、甲氧基甲基、三氟甲基、C00H、COOMe、COOEt、或⑶OCH2OC (O) CH3。
21.如权利要求13所述的化合物,其中每一个Ra独立地是一个可任选地经取代的烷基，或任何两个Ra与各自附接的多个原子一起可以形成一个融合的芳基。
22.如权利要求21所述的化合物，其中每一个Ra是甲基。
23. 一种具有化学式III的化合物：
其中 X是N或CR5 ; R5是H、烷基、环烷基、杂环烷基、芳基、或杂芳基,其中的每一个可任选地经取代； Rb是H、烷基、羟烷基、氨基烷基、烷氧基烷基、南烷基、羟基、烷氧基、或-COO-R3,其中的每一个可任选地经取代；环A是芳基或杂芳基；每一个Ra独立地是烷基、环烷基、杂环烷基、芳基、或杂芳基，其中的每一个可任选地经取代；或者任何两个Ra与各自附接的多个原子一起可以形成--个融合的芳基或杂芳基基团；R是燒基、环院基、杂环燒基、芳基、或杂芳基，其中的每!'■可任选地经取代；每一个R3独立地选自下组,该组由以下各项组成： (i)H、芳基、经取代的芳基、杂芳基、或经取代的杂芳基； (ii)杂环坑基或经取代的杂环保基； (Iii)-C1-C8烷基、-C2-C8链烯基或-C2-C8炔基,每一个包含O、1、2、或3个选自O、S、或N的杂原子；-C3-C12环烷基、经取代的-C3-C12环烷基、-C3-C12环烯基、或经取代的-C3-C12环烯基；其中的每一个可以可任选地经取代；以及(iv)NH2、N = CR4R6 ；每一个R4独立地是H、烷基、烷基、环烷基、杂环烷基、芳基、或杂芳基,其中的每一个可任选地经取代；或将R3和R4与它们附接的氮原子-一起以形成一个4-10元环； R6是烷基、链烯基、环烷基、环烯基、杂环烷基、芳基、或杂芳基，其中的每一个可任选地经取代；或将R4和R6与它们附接的碳原子一起以形成一个4-10元环；m 是 0、1、2、或 3 ；假设：如果环A是噻吩基,X是N，R是苯基或经取代的苯基，Rb是甲基，那么不将R3和R4与它们附接的氮原子一起形成一个吗啉代环；并且如果A是噻吩基，X是N, R是经取代的苯基，R2是H，Rb是甲基并且R3和R4之一是H，那么R^PR4中的另一个不是甲基、羟乙基、烷氧基、苯基、经取代的苯基、吡啶基或经取代的批唆基；以及或其一种盐、溶解物或水合物。
24.如权利要求23所述的化合物,其中R是芳基或杂芳基,其中的每一个可任选地经取代。
25.如权利要求24所述的化合物,其中R是苯基或吡啶基,其中的每一个可任选地经取代。
26.如权利要求24所述的化合物，其中R是对-Cl-苯基、邻-Cl-苯基、间-Cl-苯基、对-F-苯基、邻-F-苯基、间-F-苯基或吡啶基。
27.如权利要求23所述的化合物,其中R3是H、顺2、或N = CR4R60
28.如权利要求23所述的化合物,其中每一个R4独立地是H、烷基、环烷基、杂环烷基、芳基、杂芳基；其中的每一个可任选地经取代。
29.如权利要求23所述的化合物，其中R6是烧基、链燦基、环烧基、环燦基、杂环烧基、芳基、或杂芳基,其中的每^-个可任选地经取代。
30. 一种具有化学式IV的化合物：
其中 X是N或CR5 ; R5是H、烷基、环烷基、杂环烷基、芳基、或杂芳基,其中的每一个可任选地经取代； Rb是H、烷基、羟烷基、氨基烷基、烷氧基烷基、齒烷基、羟基、烷氧基、或-COO-R3，其中的每一个可任选地经取代；环A是芳基或杂芳基；每一个Ra独立地是烷基、环烷基、杂环烷基、芳基、或杂芳基，其中的每一个可任选地经取代；或者任何两个Ra与各自附接的多个原子一起可以形成一个融合的芳基或杂芳基基团； R1 是-(CH2)n-L,具中 η 是 0-3 并且 L 是 H、-COO-R3、-CO-R3、-CO-N(R3R4)、-S(0)2-R3、-S(0)2-N(R3R4)、N(R3R4)、N(R4)C(0)R3、可任选地经取代的芳基、或可任选地经取代的杂芳基； R2是H、D、卤素、或可任选地经取代的燒基；每一个R3独立地选自下组,该组由以下各项组成： (i)H、芳基、经取代的芳基、杂芳基、或经取代的杂芳基； (ii)杂环坑基或经取代的杂环保基； (Iii)-C1-C8烷基、-C2-C8链烯基或-C2-C8炔基,每一个包含O、1、2、或3个选自O、S、或N的杂原子；-C3-C12环烷基、经取代的-C3-C12环烷基、-C3-C12环烯基、或经取代的-C3-C12环烯基；其中的每一个可以可任选地经取代；以及(iv)NH2、N = CR4R6 ；每-一个&独J-/-.地是H、燒基、院基、环院基、杂环燒基、芳基、或杂芳基,具中的每-一个可任选地经取代；或将R3和R4与它们附接的氮原子一起以形成一个4-10元环； R6是烷基、链烯基、环烷基、环烯基、杂环烷基、芳基、或杂芳基,其中的每一个可任选地经取代；或将R4和R6与它们附接的碳原子一起以形成-一个4-10元环； m 是 0、1、2、或 3 ；假设 (d)如果环A是噻吩基，X是N, R2是H, Rb是甲基，并且R1是-(CH2)n-L，其中η是O并且L是-⑶-N(R3R4),那么不将R3和R4与它们附接的氮原子一起形成一个吗啉代环； (e)如果环A是噻吩基，X是N, R2是H, Rb是甲基，并且R1是-(CH2)n-L,其中η是O并且L是-CO-N(R3R4),并且R3和R4之一是H,那么R3和R4中的另一个不是甲基、羟乙基、烷氧基、苯基、经取代的苯基、B比卩定基或经取代的B比卩定基；并且 (f)如果环A是噻吩基，X是N, R2是H, Rb是甲基,并且R1是-(CH2)n_L,具中η是O并且L是-COO-R3,那么R3不是甲基或乙基；或者其一种盐、溶解物或水合物。
31.如权利要求30所述的化合物,其中R1是-(CH2)n-L,其中η是0-3并且L是-C0()-R3、可任选地经取代的芳基、或可任选地经取代的杂芳基；并且&是<1-(：8烷基,它包含0、1、2、或3个选自O、S、或N的杂原子,并且它可以可任选地经取代。
32.如权利要求31所述的化合物，其中η是I或2并且L是烷基或-COO-R3,,并且R3是甲基、乙基、丙基、异丙基、丁基、仲丁基、或叔丁基；或η是I或2并且L是H或可任选地经取代的苯基。
33.如权利要求30所述的化合物，其中R2是H或甲基。
34.如权利要求30所述的化合物,其中Rb是甲基、乙基、羟甲基、甲氧基甲基、三氟甲基、COOH、C(X)Me、C(X)Et、COOCH2OC (O) CH3。
35.如权利要求30所述的化合物,其中环A是苯基、萘基、联苯基、四氢萘基、茚满基、批啶基、呋喃基、吲哚基、嘧啶基、哒嗪基、吡嗪基、咪唑基、噁唑基、噻吩基、噻唑基、三唑基、异噁唑基、喹啉基、吡咯基、吡唑基、或5,6,7,8-四氢异喹啉基。
36.如权利要求30所述的化合物,其中每一个Ra独立地是一个可任选地经取代的烷基,或任何两个Ra与各自附接的多个原子一起可以形成一个芳基。
37. 一种用于治疗或预防受试者中的瘤形成的方法，该方法包括给予该受试者一种有效量的权利要求1-36中任何一项所述的化合物或其一种衍生物。
38.如权利要求37所述的方法，其中该化合物是一种具有化学式1-1V中任一的化合物。
39. 一种用于减少肿瘤细胞的生长、增殖或存活的方法，该方法包括使该细胞接触一种有效量的权利要求1-36中任一项所述的化合物，由此减少肿瘤细胞的生长、增殖或存活。
40. 一种诱导肿瘤细胞分化的方法,该方法包括使该细胞接触一种权利要求1-36中任-一项所述的化合物，由此诱导该肿瘤细胞的分化。
41. 一种诱导肿瘤细胞的细胞死亡的方法，该方法包括使该细胞接触一种治疗有效量的权利要求1-36中任一项所述的化合物，由此诱导该肿瘤细胞的细胞死亡。
42.如权利要求37-41中任一项所述的方法,进一步包括选择用于结合BET家族的溴基结构域的化合物。
43.如权利要求37-41中任一项所述的方法，进一步包括选择用于抑制结合到细胞环境中的染色质的溴基结构域的化合物。
44.如权利要求37-41中任一项所述的方法,进一步包括使用差示扫描荧光测定法(DSF)、等温滴定量热法、和/或发光接近性均相测定法（ALPHA筛选），针对结合特异性选择该化合物。
45.如权利要求44所述的方法，其中在所述测定中，该化合物增加该溴基结构域的热稳定性。
46.如权利要求42所述的方法,其中该BET家族成员是BRD2、BRD3、BRD4或BRDT。
47.如权利要求39-41中任一项所述的方法,其中该细胞是在一个受试者中。
48. 一种用于治疗或预防受试者中的瘤形成的方法，该方法包括给予需要它的受试者^ -种有效量的权利要求1-36中任一项所述的化合物，由此预防或治疗受试者中的瘤形成。
49.如权利要求48所述的方法，其中该受试者是哺乳动物。
50.如权利要求48所述的方法，其中该受试者是人类患者。
51.如权利要求48所述的方法,其中该方法减少了受试者中的瘤形成的生长或增殖。
52.如权利要求48所述的方法,其中一种转录激活因子驱动该瘤形成。
53.如权利要求52所述的方法，其中该转录激活因子是myc。
54.如权利要求48所述的方法,其中该受试者具有选自下组的一种瘤形成，该组由以下各项组成：伯基特淋巴瘤、小细胞肺癌、乳腺癌、结肠癌、成神经细胞瘤、多形性成胶质细胞瘤、MLL驱动的白血病、慢性淋巴细胞白血病、NUT中线癌、鳞状细胞癌、或与NUT重排有关的任何其他癌。
55. —种组合物，包括一种治疗有效量的权利要求1-36中任一项所述的化合物以及用于它的一种药学上可接受的赋形剂或载体。
56. 一种包装的药物,包括一种治疗有效量的权利要求1-36中任一项所述的化合物以及用于该化合物的给药的书面说明。
57. —种预防或治疗受试者中的瘤形成的方法，该方法包括给予该受试者一种治疗有效量的权利要求1-36中任一项所述的化合物，其中该化合物破坏结合到乙酰基-赖氨酸的溴基结构域，或者从染色质置换一个BET家族成员，由此预防或治疗所述瘤形成。
58.如权利要求57所述的方法,其中该化合物抑制结合到一个BET家族成员的组蛋白H4Kac 肽。
59.如权利要求57所述的方法,其中该BET家族成员是BRD2、BRD3、BRIM或BRDTd
60.如权利要求37-39中任一项所述的方法,其中该化合物结合到一个ffiT家族溴基结构域的Kac结合位点。
61. 一种鉴别用于治疗瘤形成的化合物的方法，该方法包括使一种测试化合物接触包括溴基结构域的BET家族成员；并且检测至该溴基结构域的特定结合，由此鉴别该测试化合物为对治疗瘤形成有用。
62.如权利要求61所述的方法擦，其中使用差示扫描荧光测定法（DSF)来测定结合特异性。
63.如权利要求61所述的方法,其中结合增加了所述溴基结构域的热稳定性。
64.如权利要求61所述的方法，其中使用等温滴定量热法检测结合。
65.如权利要求61所述的方法,其中使用一种发光接近性均相测定法（ALPHA筛选）检测结合。
66.如权利要求61所述的方法,其中该化合物抑制结合到所述溴基结构域的组蛋白MKac 肽。
67.如权利要求61所述的方法，其中该化合物与所述溴基结构域中的一个进化保守的天冬酰胺形成氢键。
68.如权利要求67所述的方法,其中所述BET家族成员是BRD4或BRD2,并且该天冬酰胺是 BRD4(1)中的 Asnl40 和 BRD2(2)中的 Asn429。
69.如权利要求61所述的方法,其中该化合物在细胞环境中与染色质竞争地结合。
70.如权利要求69所述的方法，使用荧光漂白恢复（FRAP)检测与染色质的竞争性结合。
71.如权利要求69所述的而方法，其中在体外，在一种肿瘤细胞中进行该方法。
72.如权利要求71所述的方法，进一步包括检测细胞增殖的减少、细胞死亡的增加、或细胞分化的增加。
73.如权利要求72所述的方法,其中细胞死亡是凋亡性细胞死亡。
74.如权利要求71所述的方法,其中通过检测细胞角蛋白表达的增加来鉴别细胞分化。
75.如权利要求71所述的方法,进一步包括检测转录延伸的减少。
76.--种用于治疗或预防受试者中的瘤形成的方法,该方法包括给予所述受试者一种有效量的权利要求1-36中任一项所述的化合物，其中所述化合物能够结合BET家族溴基结构域,并且破坏所述溴基结构域与染色质的相互作用，由此预防或治疗所述癌。
77.如权利要求76所述的方法，其中该方法诱导所述受试者中的肿瘤细胞的细胞死亡或分化。
78. 一种用于治疗或预防瘤形成的组合物，该组合物包括一种有效量的选自下组的化合物，该组由以下各项组成：权利要求卜36中列举的化合物和一种药学上可接受的赋形剂,其中所述化合物抑制结合到BET家族溴基结构域的组蛋白H4Kac肽。
79.--种用于减少受试者中的炎症的方法,该方法包括给予该受试者一种有效量的权利要求1-36中任一项所述的化合物。
80. —种预防或治疗受试者中的炎性疾病的方法，该方法包括给予需要它的受试者一种有效量的权利要求1-36中任一项所述的化合物。
81.如权利要求80所述的方法,其中该受试者是哺乳动物。
82.如权利要求80所述的方法，其中该受试者是人类患者。
83.如权利要求80所述的方法,其中该方法减少了免疫应答细胞的细胞因子水平、组胺释放、或生物活性。
84.--种鉴别用于治疗炎症的化合物的方法,该方法包括使^-种测试化合物接触包含溴基结构域的BET家族成员；并且检测至该溴基结构域的特定结合，由此鉴别该测试化合物为对治疗炎症有用。
85. 一种由以下化学式表示的化合物：
或其一种盐、溶解物或水合物。
86.如权利要求85所述的化合物,其中该化合物是（+)-JQl ：
或其一种盐、溶解物或水合物。
87. 一种由以下化学式表示的化合物：
或其一种盐、溶解物或水合物。
88. —种由以下化学式表不的化合物：
或其一种盐、溶解物或水合物。
89. 一种由以下化学式中的任何一个表示的化合物：
或其一种盐、溶解物或水合物。
90. 一种由下式中的任何一个表示的化合物：
或其一种盐、溶解物或水合物。
91. 一种由以下结构中的任何一个表示的化合物：
;或其一种盐、溶解物或水合物。
92. 一种由以下结构表示的化合物：
或其^-种盐、溶解物或水合物。
93. 一种由以下结构表示的化合物：
或其一种盐、溶解物或水合物。
94. ^-种由以下结构表示的化合物：
或其一种盐、溶解物或水合物。

说明书全文

用于治疗瘤形成、炎性疾病和其他失调的组合物和方法

[0001] 相关申请

[0002] 本申请要求于2010年5月14日提交的美国临时专利申请号61/334，991 ;2010年8月4日提交的美国临时专利申请号61/370，745 ；2010年8月22日提交的美国临时专利申请号61/375，863 ；以及2011年3月24日提交的美国临时专利申请号61/467, 376的优先权。通过该引用以其全文将这些申请的每一个的内容结合在此。

[0003] 在联邦资助研究下做出本发明的权利陈述

[0004] 本工作由来自美国国立卫生研究院的以下拨款支持，拨款号:K08CA128972。在本发明中政府具有一定的权利。

[0005] 发明背景

[0006] 组蛋白N端尾维持染色质稳定性并且经历与转录调控相关的修饰。最具特征性的这些修饰是乙酰化、甲基化和磷酸化。对于每一修饰，存在放F适当的标志亦或除去它的酶。然后必须通过转录机器解译这些修饰。主要由溴基结构域介导乙酰基-赖氨酸识别，该结构域是转录因子复合物的常见组分。溴基结构域和额外末端（BET)家族（例如BRD2、BRD3、BRD4和BRDT)共享包括表现出高水平序列保守性的两个N端溴基结构域的共用结构域构造，以及在蛋白-蛋白相互作用中牵涉的更趋异的C端结构域。组蛋白修饰的异常调节可以影响基因活性，并且在肿瘤发生中起作用。赖氨酸侧链乙酰化是非组蛋白功能中的重要调节事件，这些非组蛋白的蛋白包括但并不局限于Hsp90、p53、STAT转录因子、皮层肌动蛋白、β-联蛋白和α-微管蛋白。因此,期待赖氨酸侧链识别的调制在广泛地在发育和疾病中发挥重要的表型的和治疗的效果。尽管对于肿瘤发生乙酰基-赖氨酸识别具有重要意义，但是只已经鉴定了乙酰基-赖氨酸识别的很少的调制因子。

[0007] 发明概述

[0008] 如以下所述,本发明特征在于用于治疗或预防瘤形成、炎性疾病、肥胖症、脂肪肝(NASH(非酒精性脂肪性肝炎）或另外的）、糖尿病、动脉硬化、动脉支架闭塞、心衰竭、恶病质、移植物抗宿主疾病、溴基结构域相关传染病，寄生虫、疟疾、锥（体）虫的治疗，以及减少雄性生育率的组合物和方法。在具体的实施方案中,本发明的化合物被用于克服瘤形成(例如癌和非恶性疾病）中的抗药性。本发明的组合物的其他用途包括,但并不局限于,用于器官移植，对于再生药物的细胞状态的调制（即通过促进或抑制细胞分化），以及协助多潜能性。更确切地,本发明提供了用于破坏包括溴基结构域的BET家族多肽与乙酰基-赖氨酸和/或染色质的相互作用（例如破坏与存在于组蛋白N端尾上的乙酰基-赖氨酸修饰的溴基结构域相互作用）并且抑制肿瘤发生的组合物和方法。在另一个实施方案中,本发明预防或治疗炎性疾病。

[0009] 在一个方面，本发明提供了具有化学式I的化合物：

[0010](I)

[0011] 其中

[0012] X 是 N 或 CR5;

[0013] R5是H、燒基、环院基、杂环烧基、芳基、或杂芳基，其中的每个可任选地经取代；

[0014] Rb是H、烷基、羟烷基、氨基烷基、烷氧基烷基、卤烷基、羟基、烷氧基、或-COO-R3,其中的每^-个可任选地经取代；

[0015] 环A是芳基或杂芳基；

[0016] 每 ^ Ra独立地是烧基、环烧基、杂环烧基、芳基、或杂芳基，其中的每一个可任选地经取代；或者任何两个Ra与各自附接的多个原子一起可以形成一个融合的芳基或杂芳基基团；

[0017] R是坑基、环保基、杂环坑基、芳基、或杂芳基；其中的每一个任选地经取代；

[0018] R1 是-(CII2)n-L’ 其中 η 是 0-3 并且并且 L 是 H、-COO-R3、-CO-R3、-CO-N(R3R4)、-S (O)2-R3、-S (O) 2-N. (R3R4)、N (R3R4)、K (R4) C (O) R3、可任选地经取代的芳基、或可任选地经取代的杂芳基；

[0019] R2是H、D、齒素、或B]任选地经取代的保基；

[0020] 每一个R3独立地选自下组，该组由以下各项组成：

[0021] (i)H、芳基、经取代的芳基、杂芳基、或经取代的杂芳基；

[0022] (ii)杂环烷基或经取代的杂环烷基；

[0023] (Iii)-C1-C8烷基、-C2-C8链烯基或-C2-C8炔基，每一个包含0、1、2、或3个选自O、S、或N的杂原子；-C3-C12环烷基、经取代的-C3-C12环烷基、-C3-C12环烯基、或经取代的-C3-C12环烯基；其中的每一个可以可任选地经取代;以及

[0024] (iv)NH2、N = CR4R6 ;

[0025] 每一个R4独立地是H、烷基、烷基、环烷基、杂环烷基、芳基、或杂芳基,其中的每一个可任选地经取代；

[0026] 或将R3和R4与它们附接的氮原子一起以形成一个4-10元环；

[0027] R6是烧基、链稀基、环院基、环稀基、杂环燒基、芳基、或杂芳基,具中的每-一个可任选地经取代;或将R4和R6与它们附接的碳原子一起以形成一个4-10元环；

[0028] m 是 0、1、2、或 3;

[0029] 假设

[0030] (a)如果环A是睡吩基，X是N, R是苯基或经取代的苯基，R2是H, Rb是甲基,并且R1是-(CH2)n-L,其中η是I并且L是-CO-N(R3R4)，那么不将R3和R4与它们附接的氮原子一起形成一个吗啉代环；

[0031] (b)如果环A是噻吩基，X是N，R是经取代的苯基，民是仏Rb是甲基，并且R1是-(CH2)n-L,其中η是I并且L是-⑶-N(R3R4),并且R3和R4之^一是H,那么R3和R4中的另一个不是甲基、羟乙基、烷氧基、苯基、经取代的苯基、吡啶基或经取代的吡啶基；并且

[0032] (c)如果环A是噻吩基，X是N, R是经取代的苯基，R2是H, Rb是甲基，并且Ri是-(CH2)n-L,其中η是I并且L是-C(X)-R3,那么R3不是甲基或乙基；

[0033] 或其--种盐、溶解物或水合物。

[0034] 在某些实施方案中，R是芳基或杂芳基，其中的每一个可任选地经取代。

[0035]在某些实施方案中，L 是 H、-COO-R3、-CO-N (R3R4)、-S (O) 2-R3、-S (O) 2-N (R3R4)、N (R3R4)、N (R4) C (O) R3或可任选地经取代的芳基。在某些实施方案中，每一个R3独立地选自下组,该组由以下各项组成：H,包含选自0、S、或N的O、1、2或3个杂原子的-C1-C8烷基；或NH2 , N = CR4R6。

[0036] 在某些实施方案中，R1是-(CII2) n-L，其中η是I并且L是-CO-N (R3R4),并且R3和R4中之一是H,并且R3和R4中的另一个是（CH2)p-Y,其中P是1-3 (例如P是2)并且Y是含氮环（它可以是芳香族的或非芳香族的）。

[0037] 在某些实施方案中，R2是H、D、卤素或甲基。

[0038] 在某些实施方案中，Rb是院基、轻烧基、齒烧基、或燒氧基；其中的每一个可任选地经取代。

[0039] 在某些实施方案中，Rb是甲基、乙基、羟甲基、甲氧基甲基、三氟甲基、C00H、C00Me、COOEt、或 COOCH2OC (O) CH3。

[0040] 在某些实施方案中，环A是5或6元芳基或杂芳基。在某些实施方案中,环A是硫代咲喃基、苯基、察基、联苯基、四氢·察基、纟卩满基、啦卩定基、咲喃基、喷噪基、啼淀基、批淀基、吡嗪基、咪唑基、噁唑基、噻吩基、噻唑基、三唑基、异噁唑基、喹啉基、批咯基、_唑基、或5,6,7,8-四氢异喹啉基。
[0041 ] 在某些实施方案中,环A是苯基或噻吩基。

[0042] 在某些实施方案中，ra是I或2,并且至少一次出现的Ra是甲基。

[0043] 在某些实施方案中，每^-个Ra独立地是H、一个可任选地经取代的烷基,或任何两个Ra与各自附接的多个原子一起可以形成一个芳基。

[0044] 在另一个方面，本发明提供了具有化学式II的化合物：

[0045]

[0046] 其中

[0047] X 是 N 或 CR5 ；

[0048] R5是1烷基、环烷基、杂环烷基、芳基、或杂芳基,其中的每一个可任选地经取代；

[0049] Rb是H、烷基、羟烷基、氨基烷基、烷氧基烷基、齒烷基、羟基、烷氧基、或-COO-R3，其中的每^-个可任选地经取代；

[0050] 每一个Ra独立地是保基、环保基、杂环保基、芳基、或杂芳基，其中的每Iv任选地经取代；或者任何两个Ra与各自附接的多个原子一起可以形成一个融合的芳基或杂芳基基团；

[0051] R是烷基、环烷基、杂环烷基、芳基、或杂芳基,其中的每一个可任选地经取代；

[0052] R，,是H、-COO-R3' -CO-R3JT任选地经取代的芳基、或可任选地经取代的杂芳基；

[0053] 每一个R3独立地选自下组,该组由以下各项组成：

[0054] (i) H、芳基、经取代的芳基、杂芳基、经取代的杂芳基；

[0055] (ii)杂环烷基或经取代的杂环烷基；

[0056] (Iii)-C1-C8烷基、-C2-C8链烯基或-C2-C8炔基,每一个包含0、1、2、或3个选自O、S、或N的杂原子；-C3-C12环烷基、经取代的-C3-C12环烷基；-C3-C12环烯基、或经取代的-C3-C12环烯基；其中的每一个可以可任选地经取代；

[0057] m 是 0、1、2、或 3;

[0058] 假设如果R，!是-COO-R3, X是N, R是经取代的苯基，并且Rb是甲基，那么R3不是甲基或乙基；

[0059] 或其一种盐、溶解物或水合物。

[0060] 在某些实施方案中，R是芳基或杂芳基,其中的每一个可任选地经取代。在某些实施方案中，R是苯基或吡啶基，其中的每一个可任选地经取代。在某些实施方案中，R是对-Cl-苯基、邻-Cl-苯基、间-Cl-苯基、对-F-苯基、邻-F-苯基、间-F-苯基或吡啶基。

[0061] 在某些实施方案中，R’ i是-COO-R3、可任选地经取代的芳基、或可任选地经取代的杂芳基；并且R3是-C1-C8烷基,它包含O、1、2、或3个选自O、S、或N的杂原子,并且它可以可任选地经取代。在某些实施方案中，R’ :|是-COO-R3,并且R3是甲基、乙基、丙基、异丙基、丁基、仲丁基、或叔丁基；或R’ !是H或可任选地经取代的苯基。

[0062] 在某些实施方案中，Rb是甲基、乙基、羟甲基、甲氧基甲基、三氟甲基、C00H、COOMe、COOEt.、COOCH2OC (O) CH3。

[0063] 在某些实施方案中，Rb是甲基、乙基、羟甲基、甲氧基甲基、三氟甲基、C00H、COOMe、COOE t、或 COOCH2OC (O) CH3。

[0064] 在某些实施方案中，每一个Ra独立地是一个可任选地经取代的烷基,或任何两个Ra与各自附接的多个原子^-起可以形成--个融合的芳基。

[0065] 在某些实施方案中，每一个Ra是甲基。

[0066] 在另一个方面，本发明提供了具有化学式III的化合物：

[0067]

[0068] 其中

[0069] X 是 N 或 CR5 ;

[0070] R5是H、烷基、环烷基、杂环烷基、芳基、或杂芳基,其中的每^-个可任选地经取代；

[0071] Rb是H、烷基、羟烷基、氨基烷基、烷氧基烷基、卤烷基、羟基、烷氧基、或-COO-R3,其中的每一个可任选地经取代；

[0072] 环A是芳基或杂芳基；

[0073] 每^-个Ra独立地是烷基、环烷基、杂环烷基、芳基、或杂芳基,其中的每一个可任选地经取代；或者任何两个Ra与各自附接的多个原子一起可以形成一个融合的芳基或杂芳基基团；

[0074] R是烷基、环烷基、杂环烷基、芳基、或杂芳基，其中的每一个可任选地经取代；

[0075] 每一个R3独立地选自下组,该组由以下各项组成：

[0076] (i)H、芳基、经取代的芳基、杂芳基、或经取代的杂芳基；

[0077] (ii)杂环燒基或经取代的杂环烧基；

[0078] (iii)-C「C8烷基、-C2-C8链烯基或-C2-C8炔基，每一个包含0、1、2、或3个选自O、S、或N的杂原子；-C3_C12环烧基、经取代的-C3-C12环院基、-C3-C12环烯基、或经取代的-C3-C12环烯基；其中的每一个可以可任选地经取代;以及

[0079] (iv)NH2、N = CR4R6 ;

[0080] 每 ^ Rj独立地是H、烧基、烧基、环烧基、杂环烧基、芳基、或杂芳基,其中的每一个可任选地经取代；

[0081] 或将R3和R4i与它们附接的氣原子一起以形成一个4_10兀环；

[0082] R6是烧基、链稀基、环院基、环稀基、杂环烧基、芳基、或杂芳基，其中的每一个可任选地经取代；或将R4和R6与它们附接的碳原子一起以形成一个4-10元环；

[0083] m 是 0、1、2、或 3;

[0084]假设:

[0085] (a)如果环A是噻吩基，X是N，R是苯基或经取代的苯基，Rb是甲基，那么不将R3和R4与它们附接的氮原子一起形成一个吗啉代环；并且

[0086] (b)如果A是噻吩基,X是N, R是经取代的苯基，R2是H, Rb是甲基并且R3和R4之一是H,那么R3和R4中的另一个不是甲基、羟乙基、烷氧基、苯基、经取代的苯基、吡啶基或经取代的吡啶基；

[0087] 或其一种盐、溶解物或水合物。

[0088] 在某些实施方案中,R是芳基或杂芳基,其中的每一个可任选地经取代。在某些实施方案中，R是苯基或吡啶基,其中的每一个可任选地经取代。

[0089] 在某些实施方案中，R是对-Cl-苯基、邻-Cl-苯基、间-Cl-苯基、对-F-苯基、邻-F-苯基、间-F-苯基或吡啶基。在某些实施方案中，R3是H、NH2、或N = CR4R6。

[0090] 在某些实施力案中，每一个R4独立地是H、烧基、环烧基、杂环烧基、芳基、杂芳基；其中的每^-个可任选地经取代。[0091 ] 在某些实施方案中，每一个R6是坑基、链稀基、环保基、环稀基、杂环保基、芳基、或杂芳基，其中的每一个可任选地经取代。

[0092] 在某些实施方案中，R3和R1之一是H,并且R3和R1中的另一个是（CH2) p-Y,其中P是1-3 (P是2)并且Y是一个含氮环（它可以是芳香族的或非芳香族的）。

[0093] 在另一个方面，本发明提供了具有化学式IV的化合物：

[0094]

[0096] X 是 N 或 CR5 ;

[0097] R5是H、烷基、环烷基、杂环烷基、芳基、或杂芳基,其中的每一个可任选地经取代；

[0098] Rb是H、烷基、羟烷基、氨基烷基、烷氧基烷基、卤烷基、羟基、烷氧基、或-COO-R3,其中的每一个可任选地经取代；

[0099] 环A是芳基或杂芳基；

[0100] 每一个Ra独立地是；基、环保基、杂环保基、芳基、或杂芳基，其中的每一个任选地经取代；或者任何两个Ra与各自附接的多个原子一起可以形成一个融合的芳基或杂芳基基团；[0101 ] Ri 是-(CH2) n~L，具中 η 是 0-3 并且 L 是 H、-COO-R3、-CO-R3、-CO-N (R3R4)、_S (O) 2-R3、-S(O)2-N(R3R4)、N(R3R4)、N(R4)C(O)R3、可任选地经取代的芳基、或可任选地经取代的杂芳基;

[0102] R2是H、D、卤素、或可任选地经取代的烷基;

[0103] 每--个R3独立地选自下组，该组由以下各项组成:

[0104] (i)H、芳基、经取代的芳基、杂芳基、或经取代的杂芳基；

[0105] (ii)杂环焼基或经取代的杂环院基；

[0106] (iii)-C「C8烷基、-C2-C8链烯基或-C2-C8炔基，每一个包含0、1、2、或3个选自O、S、或N的杂原子；-C3_C12环焼基、经取代的-C3-C12环燒基、-C3-C12环烯基、或经取代的-C3-C12环烯基；其中的每一个可以可任选地经取代；以及

[0107] (iv)NH2、N = CR4R6 ;

[0108] 每一个R4独立地是H、烧基、院基、环院基、杂环烧基、芳基、或杂芳基,其中的每一个可任选地经取代；

[0109] 或将R3和R4与它们附接的氮原子一起以形成一个4-10元环；

[0110] R6是保基、链稀基、环坑基、环稀基、杂环保基、芳基、或杂芳基，其中的每一个司任选地经取代；或将R4和R6与它们附接的碳原子一起以形成一个4-10元环；

[0111] m 是()、1、2、或 3;

[0112] 假设

[0113] (a)如果环A是喔吩基，X是N, R2是H, Rb是甲基，并且R1是-(CH2)n-L,其中η是O并且L是-⑶-N(R3R4)，那么不将R3和R4与它们附接的氮原子一起形成一个吗啉代环；

[0114] (b)如果环A是噻吩基，X是K, R2是H, Rb是甲基，并且R1是-(CH2)n-L,其中η是O并且L是-CO-N(R3R4),并且R3和R4之一是H,那么R3和R4中的另一个不是甲基、羟乙基、烷氧基、苯基、经取代的苯基、吡啶基或经取代的吡啶基；并且

[0115] (c)如果环A是噻吩基，X是N, R2是H，Rb是甲基，并且R1是-(CH2)n-L,其中η是O并且L是-COCKR3,那么R3不是甲基或乙基；或者

[0116] 其^-种盐、溶解物或水合物。

[0117] 在某些实施方案中，R1是-(CH2)n-L,其中η是0_3并且L是-COO-R3' S]任选地经取代的芳基、或可任选地经取代的杂芳基；并且R3是-C1-C8烷基，它包含O、1、2、或3个选自0、S、或N的杂原子,并且它可以可任选地经取代。在某些实施方案中，η是I或2并且L是烧基或-COO-R3,,并且R3是甲基、乙基、丙基、异丙基、丁基、仲丁基、或叔丁基；或η是I或2并且L是H或可任选地经取代的苯基。

[0118] 在某些实施方案中，R1是-(CH2) n-L,其中η是O并且L是-CO-N (R3R4)，并且R3和R4之一是H,并且R3和R4中的另一个是（CH2)Ρ-Υ,其中P是1-3 (例如ρ是2)并且Y是含氮环（它可以是芳香族的或非芳香族的）。

[0119] 在某些实施方案中，R2是H或甲基。

[0120] 在某些实施方案中，Rb是甲基、乙基、羟甲基、甲氧基甲基、三氟甲基、⑶OH、COOMe、COOEt、COOCH2OC (O) CH3。

[0121] 在某些实施方案中，环A是苯基、萘基、联苯基、四氢萘基、茚满基、吡啶基、呋喃基、吲哚基、嘧啶基、吡啶基、吡嗪基、咪唑基、噁唑基、噻吩基、噻唑基、三唑基、异噁唑基、喹啉基、吡咯基、吡唑基、或5，6, 7，8-四氢异喹啉基。

[0122] 在某些实施方案中，每一个Ra独立地是一个可任选地经取代的烷基,或任何两个Ra与各自附接的多个原子一起可以形成一个芳基。

[0123] 本发明还在此提供了具有化学式V-XXII的化合物，以及在此所述的任何化合物。

[0124] 在另一个方面，本发明提供了用于治疗或预防受试者中的瘤形成的方法,该方法包括给予受试者一种有效量的具有化学式1-XXII中任一的化合物,或在此所述的任何化合物。

[0125] 在某些实施方案中，该化合物是具有化学式1-1V中任一的化合物。

[0126] 在另一个方面，本发明提供了减少肿瘤细胞的生长、增殖或存活的方法，该方法包括使细胞接触一种有效量的具有化学式1-XXII中任^-的化合物,或在此所述的任何化合物，由此减少肿瘤细胞的生长、增殖或存活。

[0127] 在另一个方面，本发明提供了诱导肿瘤细胞分化的方法，该方法包括使细胞接触具有化学式1-XXII中任一的化合物,或任何在此所述的化合物，由此诱导该肿瘤细胞的分化。

[0128] 在另一个方面,本发明提供了诱导肿瘤细胞的细胞死亡的方法，该方法包括使细胞接触治疗有效量的具有化学式1-XXII中任一的化合物，或任何在此所述的化合物，由此诱导该肿瘤细胞的细胞死亡。

[0129] 在某些实施方案中,这些方法进一步包括选择用于结合BET家族中的溴基结构域的化合物。

[0130] 在某些实施方案中，这些方法进一步包括选择用于抑制结合到细胞环境中的染色质的溴基结构域的化合物。

[0131] 在某些实施方案中，这些方法进一步包括使用差示扫描荧光测定法(differential scanning fluorimetry) (DSF)、等温滴定量热法、和/或发光接近性均相测定法（luminescence proximity homogeneous assay) (ALPHA 筛选），针对结合特异性选择化合物。在某些实施方案中，该化合物增加了所述测定法中的溴基结构域的热稳定性。

[0132] 在这些方法的某些实施方案中，BET家族成员是BRD2、BRD3、BRD4或BRDT。

[0133] 在这些方法的某些实施方案中，细胞是在受试者中。

[0134] 在另一个方面,本发明提供了预防或治疗受试者中的瘤形成的方法，该方法包括给予需要它的受试者一种有效量的具有化学式式1-XXII的化合物,或任何在此所述的化合物，由此预防或治疗受试者中的瘤形成。

[0135] 在某些实施方案中，该受试者是哺乳动物。在某些实施方案中，该受试者是人类患者。

[0136] 在某些实施方案中，该方法减少了受试者中的瘤形成的生长或增殖。

[0137] 在某些实施方案中，由转录激活因子驱动瘤形成。在某些实施方案中，该转录激活因子是myc。

[0138] 在某些实施方案中，受试者具有选自下组的瘤形成，该组由以下各项组成：伯基特淋巴瘤、小细胞肺癌、乳腺癌、结肠癌、成神经细胞瘤、多形性成胶质细胞瘤（glialblastoma multiforme)、MLL驱动的白血病、慢性淋巴细胞白血病、NUT中线癌、鳞状细胞癌、或与NUT重排有关的任何其他癌。

[0139] 在另一个方面，本发明提供了一种组合物，该组合物包括治疗有效量的具有化学式1-XXII中任一的化合物,或任何在此所述的化合物，以及用于它的药学上可接受的赋形剂或载体。

[0140] 在另一个方面，本发明提供了一种包装的药物,该药物包括治疗有效量的具有化学式1-XXII中任一的化合物，或任何在此所述的化合物，以及用于该化合物的给药的书面说明。

[0141] 在另一个方面,本发明提供了预防或治疗受试者中的瘤形成的方法,该方法包括给予受试者治疗有效量的具有化学式1-XXII中任一的化合物，或任何在此所述的化合物，其中该化合物破坏结合到乙酰基-赖氨酸的溴基结构域，或者另外从染色质置换一个BET家族成员，由此预防或治疗所述瘤形成。

[0142] 在某些实施方案中，该化合物抑制结合到BET家族成员的组蛋白MKac肽。

[0143] 在某些实施方案中，BET家族成员是BRD2、BRD3、BRD4或BRDT。

[0144] 在某些实施方案中，该化合物结合到BET家族溴基结构域的Kac结合位点。

[0145] 在另一个方面,本发明提供了鉴别用于治疗瘤形成的化合物的方法,该方法包括使测试化合物接触包括溴基结构域的BET家族成员；并且检测至该溴基结构域的特定结合，由此鉴别该测试化合物为对治疗瘤形成有用。

[0146] 在某些实施方案中，使用差示扫描荧光测定法（DSF)来测定结合特异性。

[0147] 在某些实施方案中，结合增加了所述溴基结构域的热稳定性。

[0148] 在某些实施方案中，使用等温滴定量热法检测结合。

[0149] 在某些实施方案中，使用发光接近性均相测定法（ALPHA筛选)检测结合。

[0150] 在某些实施方案中，该化合物抑制结合到所述溴基结构域的组蛋白H4Kac肽。

[0151] 在某些实施方案中，该化合物与所述溴基结构域中的进化保守的天冬酰胺形成氢键。

[0152] 在某些实施方案中，所述BET家族成员是BRD4或BRD2，并且该天冬酰胺是BRIM (I)中的 AsnHO 和 BRD2 (2)中的 Asn429。

[0153] 在某些实施方案中，该化合物在细胞环境中与染色质竞争地结合。

[0154] 在某些实施方案中，使用荧光漂白恢复（FRAP)检测与染色质的竞争性结合。

[0155] 在某些实施方案中，在体外,在肿瘤细胞中进行该方法。

[0156] 在某些实施方案中，该方法进一步包括检测细胞增殖的减少、细胞死亡的增加、或细胞分化的增加。

[0157] 在某些实施方案中，细胞死亡是凋亡性细胞死亡。

[0158] 在某些实施方案中，通过检测细胞角蛋白表达的增加来鉴别细胞分化。

[0159] 在某些实施方案中，该方法进一步包括检测转录延伸的减少。

[0160] 在另--个方面,本发明提供了用于治疗或预防受试者中的瘤形成的方法,该方法包括给予受试者一种有效量的具有化学式1-XXII中任一的化合物，或任何在此所述的化合物，其中所述化合物能够结合BET家族溴基结构域,并且破坏所述溴基结构域与染色质的相互作用，由此预防或治疗所述癌。[0161 ] 在某些实施方案中，该方法诱导所述受试者中的肿瘤细胞的细胞死亡或分化。

[0162] 在另一个方面,本发明提供了用于治疗或预防瘤形成的组合物,该组合物包括一种有效量的选自下组的化合物，该组由以下各项组成：具有化学式1-XXII中任一的化合物、或任何在此所述的化合物、以及一种药学上可接受的赋形剂,其中所述化合物抑制结合到BET家族溴基结构域的组蛋白MKac肽。

[0163] 在另一个方面，本发明提供了用于减少受试者中的炎症的方法，该方法包括给予受试者一种有效量的具有化学式1-XXII中任一的化合物，或在此所述的任何化合物。

[0164] 在另一个方面，本发明提供了治疗或预防受试者中的炎性疾病的方法,该方法包括给予需要它的受试者一种有效量的具有化学式1-XXII中任一的化合物,或在此所述的任何化合物。

[0165] 在某些实施方案中，该受试者是哺乳动物。在某些实施方案中，该受试者是人类患者。

[0166] 在某些实施方案中，该方法减少了免疫应答细胞的细胞因子水平、组胺释放、或生物活性。

[0167] 在另一个方面，本发明提供了鉴别用于治疗炎症的化合物的方法,该方法包括使测试化合物接触包括溴基结构域的BET家族成员；并且检测至该溴基结构域的特定结合，由此鉴别该测试化合物为对治疗炎症有用。

[0168] 从详细说明书以及从权利要求书，本发明的其他特征和优势将变得明显。定义

[0169] 所谓“试剂（agent) ”意味着任何小分子的化学化合物、抗体、核酸分子、或多肽、或其片段。

[0170] 如在此所使用的，术语“芳族环(aromatic ring) ”或“芳基(aryl) ”意味着单环或多环的芳族环或者包括碳和氢原子的环基团。适合的芳基基团的实例包括，但并不局限于，苯基、甲苯基、蒽基、芴基、茚基、奥基、和萘基、以及苯稠合的碳环部分，如5，6，7，8-四氢萘基。芳基基团可以是未经取代的或可任选地经一个或多个取代基取代,例如，在此所描述的用于芳基基团的取代基（包括但并不局限于烷基（优选是低级烷基或者经一个或多个齒素取代的院基）、轻基、燒氧基（优选是低级院氧基)、燒硫基、Wl基、齒素、氛基、砸酸(-B (OH) 2)、以及硝基）。在某些实施方案中，芳基基团是单环,其中该环包括6个碳原子。

[0171] 如在此所使用的,术语“烷基(alkyl) ”意味着饱和的直链或支链非环烃,该烃典型地具有1-10个碳原子。代表性的饱和的直链烷基包括甲基、乙基、正丙基、正丁基、正戊基、正己基、正庚基、正辛基、正壬基以及正癸基；而饱和的支链烷基包括异丙基、仲-丁基、异丁基、叔-丁基、异戊基、2-甲基丁基、3-甲基丁基、2-甲基戊基、3-甲基戊基、4-甲基戊基、2-甲基己基、3-甲基己基、4-甲基己基、5-甲基己基、2, 3-二甲基丁基、2, 3-二甲基戊基、2，4- 二甲基戊基、2，3- 二甲基己基、2，4- 二甲基己基、2, 5- 二甲基己基、2, 2- 二甲基戊基、2, 2- _■甲基己基、3, 3- _■甲基戊基、3, 3™ —甲基己基、4,4- _■甲基己基、2-乙基戊基、3-乙基戊基、2-乙基己基、3-乙基己基、4-乙基己基、2-甲基-2-乙基戊基、2-甲基-3-乙基戊基、2_甲基_4_乙基戊基、2-甲基-2-乙基己基、2_甲基-3-乙基己基、2_甲基~4~乙基己基、2, 2- 二乙基戊基、3，3- 二乙基己基、2, 2- 二乙基己基、3，3- 二乙基己基等。包括在本发明的化合物中的烷基基团可以是未经取代的、或可任选地经一个或多个取代基取代,诸如氣基、烧氣基、芳氣基、杂芳基氣基、烧氧基、烧硫基、氧基、齒素、酸基、硝基、轻基、氰ί基、芳基、杂芳基、烷芳基、烷基杂芳基、芳氧基、杂芳氧基、芳硫基、杂芳硫基、芳氨基、杂芳氨基、碳环基、碳环氧基、碳环硫基、碳环氨基、杂环基、杂环氧基、杂环氨基、杂环硫基等。典型地优选低级烷基。所谓“溴基结构域OmModomain) ”意味着识别乙酰化的赖氨酸残基的多肽的一部分。在一个实施方案中，BET家族成员多肽的溴基结构域包括大约110个氨基酸并且共享一种保守的折叠,该折叠包括被不同的环区连接的四个《螺旋的一种左旋束,这些环区与染色质相互作用。

[0172] 所谓“BET家族多肽（BET family polypeptide) ”意味着包括两个溴基结构域和一种额外末端（ET)结构域的多肽或其片段,其具有转录调控活性或乙酰化的赖氨酸结合活性。示例性的BET家族成员包括BRD2、BRD3、BRD4以及BRDT。

[0173] 所谓“BRD2多肽(BRD2 polypeptide) ”意味着与能够结合染色质或者调控转录的NP_005095具有至少85%同一性的蛋白质或其片段。[0174] 一个示例性的BRD2多肽的序列如下:

[0175] MLQNVTPHNKLPGEGNAGLLGLGPEAAAPGKRIRKPSLLYEGFESPTMASVPAL

[0176] QLTPANPPPPEVSNPK

[0177] KPGRVTNQLQYLHKVVMKALWKHQFAWPFRQPVDAVKLGLPDYHK I： IKQPMD

[0178] MGTIKRRLENNYYffAASE

[0179] CMQDFNTMFTNCYIYNKPTDDIVLMAQTLEKIFLQKVASMPQEEQELVVTIPKN

[0180] SHKKGAKLAALQGSVT

[0181] SAHQVPAVSSVSHTALYTPPPEIPTT VLNIPHPSV I： SSPLLKSLHSAGPPLLAVTAA

[0182] PPAQPLAKKKGVK

[0183] RKADTTTPTPTAILAPGSPASPPGSLEPKAARLPPMRRESGRPIKPPRKDLPDSQQ

[0184] QHQSSKKGKLSEQL

[0185] KHCNGI：LKELLSKKHAAYAWPFYKPVDASALGLHDYHD11KHPMDLSTVKRKM

[0186] ENRDYRDAQEFAADVRL

[0187] MFSNCYKYNPPDHDVVAMARKLQDVFEFRYAKMPDEPLEPGPLPVSTAMPPGL [0188] AKSSSESSSEESSSESS

[0189] SEEEEEEDEEDEEEEESESSDSEEERAHRLAELQEQLRAVHEQLAALSQGPISKPK

[0190] RKREKKEKKKKRKA

[0191] EKHRGRAGADEDDKGPRAPRPPQPKKSKKASGSGGGSAALGPSGFGPSGGSGTK

[0192] LPKKATKTAPPALPTG

[0193] YDSEEEEESRPMSYDEKRQLSLDINKLPGEKLGRVVHIIQAREPSLRDSKPEEIEID

[0194] FETLKPSTLRELE

[0195] RYVLSCLRKKPRKPYTIKKPVGKTKEELALEKKRELEKRLQDVSGQLNSTKKPP

[0196] KKANEKTESSSAQQVA

[0197] VSRLSASSSSSDSSSSSSSSSSSDTSDSDSG

[0198] 所谓“BRD2核酸分子（BRD2 nucleic acid molecule) ”意味着对BRD2多肽或其片段进行编码的多核苷酸。

[0199] 所谓“BRD3多肽（BRD3 polypeptide) ”意味着与能够结合染色质或者调控转录的NP—031397.1具有至少85%同一性的蛋白质或其片段。

[0200]…-个示例性的BRD3多肽的序列如下：

[0201] I mstattvapa gipatpgpvn ppppevsnps kpgrktnqlq ymqnvvvktl wkhqfawpfy

[0202] 61 qpvdaiklnl pdyhkiiknp mdmgtikkrl ennyywsase cmqdfntmft ncyiynkptd

[0203] 121 diVImaqale kiflqkvaqm pqeevellpp apkgkgrkpa agaqsagtqq vaavssvspa

[0204] 181 tpfqsvpptv sqtpviaatp vptitanvts vpvppaaapp ppatpivpvv pptppvvkkk

[0205] 241 gvkrkadttt pttsaitasr sesppplsdp kqakvvarre sggrpikppk kdledgevpq

[0206] 301 hagkkgklse hlrycdsilr emlskkhaay awpfykpvda ealelhdyhd iikhpmdlst

[0207] 361 vkrkmdgrey pdaqgfaadv rlmfsncyky nppdhevvam arklqdvfein rfakmpdepv

[0208] 421 eapalpapaa pmvskgaess rsseesssds gssdseeera trlaelqeql kavheqlaal

[0209] 481 sqapvnkpkk kkekkekekk kkdkekekek hkvkaeeekk akvappakqa qqkkapakka

[0210] 541 nstttcigrql kkggkqasas ydseeeeegl pmsydekrql sldinrlpge klgrvvhiiq[0211] 601 srepslrdsn pdeieidfet lkpttlrele ryvksclqkk qrkpfsasgk kqaakskeel

[0212] 661 aqekkkelek rlqdvsgqls sskkparkek pgsapsggps rlsssssses gsssssgsss

[0213] 721 dssdse

[0214] 所谓“B核酸分子（B nucleic acid molecule) ”意味着对BRD3多肽进行编码的多核苷酸。

[0215] 所谓“BRD4多肽（BRD4p0lypeptide) ”意味着与能够结合染色质或者调控转录的ΝΡ^055114具有至少85%同一性的蛋白质或其片段。

[0216] I msaesgpgtr Irnlpvmgdg Ietsqrasttq aqaqpqpana astnppppet snpnkpkrqt

[0217] 61 nqlqyllrvv lktlwkhqfa wpfqqpvdav klnlpdyyki iktpmdmgti kkrlennyyw

[0218] 121 naqeciqdfn tmftncyiyn kpgddivlma ealeklfIqk inelpteete imivqakgrg

[0219] 181 rgrketgtak pgvstvpntt q&istppqtqt pqpnpppvqa tphpfpavtp dlivqtpvmt

[0220] 241 vvppqpIqtp ppvppqpqpp papapqpvqs hppi iaatpq pvktkkgvkr kadtttptti

[0221] 301 dpiheppslp pepkttklgq rressrpvkp pkkdvpdsqq hpapeksskv seqlkccsgi

[0222] 361 lkemfakkha ava wpfykpv dvealglhdy cdiikhpmdm stiksklear evrdaqefga

[0223] 421 dvrlmfsncy kynppdhevv amarklqdvf emrfakmpde peepvvavss pavppptkvv

[0224] 481 appsssdsss dsssdsdsst ddseeeraqr laelqeqlka vheqlaalsq pqqnkpkkke

[0225] 541 kdkkekkkek hkrkeeveen kkskakeppp kktkknnssn snvskkepap mkskppptye

[0226] 601 seeedkckpm syeekrqlsl dinklpgekl grvvhiiqsr epslknsnpd eieidfetlk

[0227] 661 pstlrelery vtsclrkkrk pqaekvdvi&i gsskmkgfss sesesssess ssdsedsetg

[0228] 721 pa

[0229] 所谓“B核酸分子（B nucleic acid molecule) ”意味着对BRD4多肽进行编码的多核苷酸。

[0230] 所谓“BRDT多肽（BRDT polypeptide) ”意味着与能够结合染色质或者调控转录的NPJ301717具有至少85%同一性的蛋白质或其片段。

[0231] I mslpsrqtai ivnppppeyi ntkkngrltn qlqylqkvvl kdlwkhsfsw pfqrpvdavk

[0232] 61 Iqlpdyvtii knpmdlntik krlenkyyak aseciedfnt mfsncylynk pgddivlmaq

[0233] 121 aleklfmqkl sqmpqeeqvv gvkerikkgt qqniavssak eksspsatek vfkqqeipsv

[0234] 181 fpktsispln vvqgasvnss sqtaaqvtkg vkrkadtttp atsavkasse fsptfteksv

[0235] 241 alppikenmp knvlpdsqqq ynvvktvkvt eqlrhcseil kemlakkhfs yawpfynpvd

[0236] 301 vnalglhnvy dvvknpmdlg tikekmdnqe ykdaykfaad vrlmfmncyk ynppdhevvt

[0237] 361 marmlqdvfe thfskipiep vesmplcyik tditettgre ntneassegn ssddsederv

[0238] 421 krlaklqeql kavhqqlqvl sqvpfrklnk kkekskkekk kekvnnsnen prkmceqmrl

[0239] 481 kekskrnqpk krkqqfiglk sedednakpm nydekrqlsl ninklpgdkl grvvhiiqsr

[0240] 541 epslsnsnpd eieidfetlk astlreleky vsaclrkrpl kppakkimms keelhsqkkq

[0241] 601 eIekrIIdvn nqlnsrkrqt ksdktqpska venvsrlses sssssssses essssdlsss

[0242] 661 dssdsesemf pkftevkpnd spskenvkkm knecilpegr tgvtqigycv qdttsanttI

[0243] 721 vhqttpshvm ppnhhqlafn yqelehlqtv knisplqilp psgdseqlsn gitvmhpsgd

[0244] 781 sdttmlesec qapvqkdiki knadswkslg kpvkpsgvmk ssdelfnqfr kaaiekevka

[0245] 841 rtqelirkhl eqntkelkas qenqrdlgng Itvesfsnki qnkcsgeeqk ehqqsseaqd[0246] 901 ksklwllkdr dlarqkeqer rrreamvgti dmtlqsdimt mfennfd

[0247] 所谓“BRDT核酸分子（BRDT nucleic acid molecule) ”意味着对BRDT多肽进行编码的多核苷酸。

[0248] 所谓“改善（ameliorate) ”意味着减少、抑制、减弱、减小、阻滞、或稳定疾病的发展或进展。

[0249] 所谓“改变(alteration) ”意味着通过标准技术已知的方法（如在此描述的方法）检测的基因或多肽的表达水平或活性的变化（增加或减少）。如在此所使用的，改变包括表达水平的10%变化,优选是表达水平的25%的变化、更优选是40%的变化、以及最优选是50%或更大的变化。

[0250] 所述的“类似物(analog) ”意味着不是相同的但是具有类似的功能或者结构特征的分子。例如,多肽类似物保留了对应的天然存在的多肽的至少一些生物活性，同时相对于天然存在的多肽具有增强其功能的某些生物化学修饰。这样的生物化学修饰可以增加其蛋白酶抗性、膜通透性或半衰期,而不改变，例如,配体结合。类似物可以包括非天然氨基酸。

[0251] 所谓“化合物(compound) ”意味着任何小分子的化学化合物、抗体、核酸分子、或多肽、或其片段。

[0252] 术语“非对映异构体（diastereomers) ”指的是具有两个或更多个不对称中心并且其分子不是彼此镜像的立体异构体。

[0253] 术语“对映异构体(enantiomers) ”指的是一种化合物的两种互为不能重叠的镜像的立体异构体。两种对映异构体的等摩尔混合物被称为“消旋混合物”或“消旋体”。

[0254]术语“齒素（halogen) ” 是指-F、-Cl、-.Br 或-_[。

[0255] 术语“卤烷基(haloalkyl) ”旨在包括如上定义的,经卤素单、双或多取代的烷基基团，例如，氟甲基和三氟甲基。

[0256]术语“轻基（hydroxyl) ” 意味着-0H。

[0257] 如在此所使用的术语“杂原子（heteroatom) ”意味着除了碳或氢之外的任何元素的原子。优选杂原子是氮、氧、硫以及磷。

[0258] 术语“杂芳基(heteroaryl) ”指的是芳族的5_8元单环、8_12元双环、或11_14元三环环系统,如果是单环则具有1-4个环杂原子，如果是双环则具有1-6个杂原子，或如果是三环则具有1-9个杂原子,所述杂原子选自0、N、或S,并且剩余环原子是碳。杂芳基基团可以可任选地经一个或多个如用于芳基基团的取代基取代。杂芳基基团的实例包括,但并不局限于，吡啶基、呋喃基、苯并二氧杂环戊烯基、噻吩基、吡咯基、噁唑基、噁二唑基、咪唑基、噻唑基、异噁唑基、喹啉基、吡唑基、异噻唑基、哒嗪基、嘧啶基、吡嗪基、三嗪基、三唑基、噻二唑基、异喹啉基、吲唑基、苯丙噁唑基、苯并呋喃基、吲嗪基、咪唑并吡啶基、四唑基、苯并咪唑基、苯并噻唑基、苯并噻二唑基、苯并噁二唑基、以及吲哚基。

[0259] 如在此所使用的术语“杂环的(heterocyclic) ”指的是在一个环状结构内包含除了碳之外的至少一个原子（例如，S、O、N)的有机化合物。这些有机化合物中的该环状结构可以是芳族的或者非芳族的。杂环部分的一些实例包括,但并不局限于，吡啶、嘧啶、吡略烷、呋喃、四氢呋喃、四氢噻吩、以及二噁烷。

[0260] 术语“同分异构体（isomers) ”或者“立体异构体（stereoisomers) ”指的是具有相同的化学构成，但是原子或基团的空间安排不同的化合物。[0261] 术语“同位素衍生物（isotopic derivatives) ”包括化合物的衍生物,其中这些化合物中的一个或多个原子被这些原子的相应的同位素替换。例如，含有碳原子（C12)的化合物的同位素衍生物可以是其中该化合物的该碳原子被C13同位素替换的同位素衍生物。

[0262] 术语“瘤形成的（neoplastic)”指的是具有自主性生长能力的细胞，即，以快速增殖的细胞生长为特征的异常状态或者违和。瘤形成疾病状态可以被归类为病态的，即表征或者构成疾病状态，或者被归类为非病态的，即从正常偏离但是不与疾病状态关联。该术语旨在包括所有类型的癌性生长或致癌过程，转移的组织或恶性转化的细胞、组织、或器官，而不考虑侵袭的组织病理学类型或阶段。“病理性过度增殖的（pathologichyperproHferative) ”细胞存在于以恶性肿瘤生长为特征的疾病状态中。非病理性过度增殖的细胞的实例包括与伤口修复关联的细胞增殖。

[0263] 适从用本发明的化合物治疗的示例性的瘤包括，但并不局限于，白血病（例如，急性白血病、急性淋巴细胞性白血病、急性髓细胞性白血病、急性成髓细胞性白血病、急性前髓细胞性白血病、急性骨髓单核细胞性白血病、急性单核细胞性白血病、急性红白血病、混合性白血病、慢性白血病、慢性髓细胞性白血病、慢性淋巴细胞性白血病）、多发性骨髓瘤、真性红细胞增多、皮肤T淋巴细胞瘤(CTCL)、淋巴瘤（霍奇金病、非霍奇金病）、沃尔丹斯特伦氏巨球蛋白血症、重链病、以及实体瘤,如肉瘤和癌（例如,纤维肉瘤、粘液肉瘤、脂肉瘤、软骨肉瘤、骨肉瘤、脊索瘤、血管肉瘤、内皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管内皮肉瘤、滑膜瘤、间皮瘤、尤文氏瘤、平滑肌肉瘤、横纹肌肉瘤、结肠瘤、结肠直肠癌、胰腺癌、乳腺癌、卵巢癌、前列腺癌、鳞状细胞癌、基底细胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳头状癌、乳头状腺癌、囊腺癌、髓样癌、支气管癌、肾细胞癌、肝癌、胆管癌、绒毛膜癌、精原细胞瘤、胚胎性癌、肾母细胞瘤、子宫颈癌、子宫癌、睾丸癌、肺癌、小细胞肺癌、非小细胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神经胶质瘤、恶性胶质瘤、多形性恶性胶质瘤、星形细胞瘤、成神经管细胞瘤、颅咽管瘤、室管膜瘤、松果体瘤、成血管细胞瘤、听神经瘤、神经内分泌瘤、少突神经胶质瘤、神经鞘瘤、脑膜瘤、黑素瘤、成神经细胞瘤、以及视网膜母细胞瘤）。

[0264] 在--个实施方案中，瘤形成由转录激活因子驱动,如原癌基因。这样的癌症包括，但并不局限于，伯基特淋巴瘤O、小细胞肺癌、乳腺癌、结肠癌、成神经细胞瘤、多形性恶性胶质瘤、混合淋巴细胞性淋巴瘤(MLL)促使的白血病、慢性淋巴细胞白血病、涉及NUT重排的鳞状细胞癌、以及涉及含有溴基结构域的蛋白质或者NUT重排的其他癌。

[0265]措辞“抑制瘤生长（inhibiting the growth of the neoplasm) ”包括放慢、中断、阻滞或停止其生长和转移并且不是必须地表明该瘤形成生长的完全消除。

[0266] 所谓“计算机建模（computer modeling) ”意味着应用计算程序确定以下一项或多项：配体对于结合部分的定位和结合邻近，被结合配体占用的空间，结合部分与配体之间的互补接触表面的量,给定配体对结合部分进行结合的变形能，以及配体与结合部分之间的氢键能、范德华相互作用、疏水性相互作用、和/或静电相互作用能的一些估算。计算机建模还可以提供模型系统与候选化合物的特征比较。例如，计算机建模实验可以比较本发明的一个药效团模型与一个候选化合物，以便评估该候选化合物与该模型的适宜性。

[0267] 所谓“计算机系统（computer system) ”意味着用于分析原子坐标数据的硬件装置、软件装置以及数据存储装置。本发明的基于计算机的最小硬件装置包括中央处理器(CPU)、输入装置、输出装置以及数据存储装置。理想的是,提供一个监视器对结构数据进行可视化。该数据存储装置可以是随机存取存储器（RAM)或者对本发明的计算机可读媒质进行存取的装置。这样的系统的实例是从Silicon Graphics Incorporated公司以及SunMicrosystems公司可得到的运行基于Unix的，Windows NT或IBM OS/2的操作系统的微型计算机工作站。

[0268] 所谓“计算机可读媒质（computer readable media) ”意味着可以被计算机直接读取并且存取例如从而使得该媒质适合于在以上提到的计算机系统中使用的任何媒质。该媒质包括，但并不局限于,磁存储媒质如软磁盘、硬磁盘存储媒质以及磁带；光存储媒质如光盘或只读光盘（CD-ROM);电存储媒质如RAM和只读存储器（ROM);以及这些分类的混合体如磁/光存储媒质。

[0269]在本公升中，“包括(comprises、comprising) ”、“包含(containing) ” 以及“具有(having) ”等具有美国专利法指定的意义并且意味着“包括（includes、including) ”等；“基本上由…组成(consisting essentially of 或 consists essentially) ” 同样具有美国专利法指定的意义并且该术语是开放性的,允许超出所叙述的存在，只要所叙述的基本或新特征不被超过叙述的存在改变，但是排除现有技术实施方案。

[0270] “检测（detect) ”指的是识别有待检测的分析物的存在、缺乏或者量。

[0271] 所谓“可检测的标记物（detectable label) ”意味着一种组合物，当把该组合物连接到一个感兴趣的分子时,使后者变成通过光谱、光化学、生物化学、免疫化学、或化学的手段可检测的。例如，有用的标记物包括放射性同位素、磁珠、金属珠、胶粒、荧光染料、高电子密度试剂、酶（例如，如通常在酶联免疫吸附试验（ELISA)中所使用的）、生物素、异羟基洋地黄毒试元、或半抗原。

[0272] 所谓“疾病（disease) ”意味着损害或妨碍细胞、组织、或器官正常功能的任何违和或失调。易于用在此描述的化合物进行治疗的疾病的实例包括瘤形成、炎性疾病、肥胖症、脂肪肝（非酒精性脂肪性肝炎（NASH)或另外的）、糖尿病、动脉硬化、动脉支架闭塞、心衰竭、恶病质、移植物抗宿主疾病、溴基结构域相关传染病，寄生虫、疟疾、锥（体）虫的治疗、以及减少雄性生育率。本发明的组合物的其他用途包括,但并不局限于，用于器官移植、对于再生药物的细胞状态的调制（即通过促进或者抑制细胞分化）、以及促进多潜能性。

[0273] 所谓“有效量（effective amount) ”意味着相对于未治疗的病人，改善疾病的症状所需的药剂的量。用于实施本发明以治疗性地处理疾病的一种或多种活性化合物的有效量随给药方式,受试者的年龄、体重以及总体健康状况而变化。最终地,主治医生或者兽医会决定适当的量以及给药方案。这样的量被指为“有效（effective)”量。

[0274] 术语“对映异构体（enantiomers) ”是指一种化合物的两种互为不能重叠的镜像的立体异构体。两种对映异构体的等摩尔混合物称为“消旋混合物”或者“消旋体”。

[0275]术语“齒素（halogen) ” 是指-F、-Cl、-Br 或-1。

[0276] 术语“卤烷基(haloalkyl) ”旨在包括以上定义的,经卤素单、双或多取代的烷基基团，例如氟甲基以及三氟甲基。

[0277]术语“轻基(hydroxyl) ” 意味着-0H。

[0278] 如在此所使用的术语“杂原子（heteroatom) ”是指除了碳或氢之外的任何元素的原子。优选杂原子是氮、氧、硫以及磷。

[0279] 术语“杂芳基（heteroaryl) ”指的是芳族的5-8元单环、8-12元双环、或11-14元三环环系统,如果是单环则具有1-4个环杂原子,如果是双环则具有1-6个杂原子,或如果是三环则具有1-9个杂原子,所述杂原子选自0、N、或S,并且剩余环原子是碳。杂芳基基团可以可任选地经一个或多个如在此描述的用于芳基基团的取代基取代。杂芳基基团的实例包括，但并不局限于，批淀基、咲喃基、苯并一■氧杂环戊稀基、卩Jl吩基、批略基、嚼卩坐基、卩惡_■唑基、咪唑基、噻唑基、异噁唑基、喹啉基、吡唑基、异噻唑基、哒嗪基、嘧啶基、吡嗪基、三嗪基、三唑基、噻二唑基、异喹啉基、吲唑基、苯丙噁唑基、苯并呋喃基、吲嗪基、咪唑并吡啶基、四唑基、苯并咪唑基、苯并噻唑基、苯并噻二唑基、苯并噁二唑基、以及吲哚基。

[0280] 如在此所使用的术语“杂环的（heterocyclic) ”指的是在一个环状结构内包含除了碳之外的至少^-个原子（例如,S、0、N)的有机化合物。这些有机化合物中的该环状结构可以是芳族的或者，在某些实施方案中，是非芳族的。杂环部分的一些实例包括，但并不局限于，吡啶、嘧啶、吡咯烷、呋喃、四氢呋喃、四氢噻吩、以及二噁烷。

[0281] 术语“同分异构体（isomers) ”或者“立体异构体（stereoisomers) ”指的是具有相同的化学构成，但是原子或基团的空间安排不同的化合物。

[0282] 术语“同位素衍生物(isotopic derivatives) ”包括化合物的衍生物,其中这些化合物中的一个或多个原子被这些原子的相应的同位素替换。例如,含有碳原子（C12)的化合物的同位素衍生物可以是其中该化合物的该碳原子被C13同位素替换的同位素衍生物。

[0283] 本发明提供了多个对于开发高特异性药物是有用的靶点以便治疗以在此描述的方法为特征的失调。此外，本发明的方法提供了一种容易的手段以便识别安全用于受试者的疗法。此外，本发明的方法提供了以高体积通量、高灵敏度、以及低复杂度实际上地分析任何数量的用于作用于在此描述的疾病的化合物的途径。

[0284] 所谓“适宜性（fitting) ”意味着通过自动、或半自动的手段确定试剂分子的一个或多个原子与BET家族成员的一个或多个原子或结合位点（例如，BRD2、BRD3、BRD4以及BRDT的溴基结构域）的相互作用，并且确定这种相互作用稳定的程度。用于适宜性的不同的基于计算机的方法在此进一步地描述。

[0285] 所谓“片段(fragment) ”意味着多肽或者核酸分子的一部分。这--部分包含,优选地，参考核酸分子或多肽的整个长度的至少10 %、20 %、30 %、40 %、50 %、60 %、70 %、80 %、或90%。一个片段可以包含 10、20、30、40、50、60、70、80、90，或 100、200、’300、400、500、600、700、800、900,或1.000个核苷酸或氨基酸。

[0286] “杂交（hybridization) ”意味着互补核碱基之间的氧键合,该氧键合可以为沃森-克里克（Watson-Crick)、霍氏(Hoogsteen)或反霍氏（reversed Hoogsteen)氢键合。例如,腺嘌呤和胸腺嘧啶是通过氢键的形成进行配对的互补核碱基。

[0287] 所谓“分离的多核苷酸（isolated polyrmcleotide) ”意味着脱离了基因的核酸(例如,DNA),该基因在衍生出本发明的核酸分子的有机体的天然存在的基因组中。因此该术语包括，例如,重组DNA,该重组DNA合并进入载体、自主复制质粒或病毒、或原核生物或真核生物的基因组DNA,或者该重组DNA作为不依赖于其他序列的分离的分子存在（例如，通过聚合酶链反应（PCR)或限制性内切核酸酶消化产生的cDNA或者基因组的或cDNA的片段。此外,该术语包括从DNA分子转录的RNA分子，以及是对另外的多肽序列进行编码的杂合基因的一部分的重组DNA。

[0288] 所谓“分离的多肽（isolated polypeptide) ”意味着本发明的从天然伴随它的组分中分离的多肽。典型地，当该多肽以重量计为至少60%时,将它从它天然关联的蛋白质和天然存在的有机分子中分离。优选地，制品是以重量计至少75%、更优选是至少90%、并且最优选是至少99%的本发明的多肽。本发明的分离的多肽可以,例如,通过从天然源提取、对这样的多肽进行编码的重组核酸的表达、或化学合成蛋白质而得到。可以通过任何适当的方法测量纯度，例如，柱色谱法、聚丙烯酰胺凝胶电泳、或高效液相色谱（HPLC)分析。

[0289] 所谓“标记(marker) ”意味着在与疾病或失调相关联的表达水平或活性方面具有改变的任何蛋白质或多核苷酸。

[0290] 在如此所使用的，“获得一种试剂(obtaining an agent) ”中的“获得(obtaining) ”包括合成、购买、或以另外的方式获得该试剂。

[0291] 术语“瘤形成的(neoplastic) ”指的是具有自主性生长能力的细胞，即以快速增殖的细胞生长为特征的异常状态或者违和。瘤形成疾病状态可以被归类为病态的，即表征或者构成疾病状态，或者被归类为非病态的，即从正常偏离但是不与疾病状态相关联。该术语旨在包括所有类型的癌性生长或者致癌过程,转移的组织或者恶性转化的细胞、组织、或器官，而不考虑侵袭的组织病理学类型或阶段。“病理性过度增殖的（pathologichyperproliferative) ”细胞存在于以恶性肿瘤生长为特征的疾病状态中。非病理性过度增殖的细胞的实例包括与伤口修复相关联的细胞增殖。

[0292]措辞“抑制瘤生长（inhibiting the growth of the neoplasm) ”包括放慢、中断、阻滞或停止其生长和转移并且不是必须地表明该瘤形成的生长的完全消除。

[0293] 术语“瘤形成（neoplasia) ”的通常医学意义指的是由正常生长控制响应损失而导致的“新细胞生长（new cell growth) ”,例如瘤形成细胞生长。“增生（hyperplasia) ”指的是细胞发生异常高的生长速率。然而,如在此所使用的，术语瘤形成通常是指经历异常的细胞生长速率的细胞。瘤形成包括可以是良性的、恶变前的或者恶性的“肿瘤(tumors) ”。

[0294] “获得化合物（obtaining compound) ”中的术语“获得（obtaining) ”旨在包括购买、合成或以其他方式获得该化合物。

[0295] 如在此所使用的术语“光学异构体(optical isomers) ”包括互为不能重叠的镜像的分子，也被称为手性分子。

[0296]在此使用的短语“肠胃外给药（parenteral administration 和 administeredparenteral Iy) ”意味着除了肠内以及局部给药之外的给药方式,通常是通过注射，并且包括但并不局限于，静脉内、肌内、动脉内、鞘内、囊内、眼眶内、心内、真皮内、腹膜内、经气管、皮下、表皮下、关节内、囊下、蛛网膜下、脊髓内以及胸骨内注射以及输注。

[0297] 术语“多环基（polycyclyl) ”或者“多环的基团（polycyclic radical)”指的是两个或更多个环的环基团（例如，环烷基、环烯基、环炔基、芳基和/或杂环基），其中两个或更多个碳被两个邻接的环共用，例如,这些环是“稠环”。通过非相邻的原子连接的环称为“桥”环。多环的每个环可以经以上描述的取代基取代，例如，卤素、羟基、烷基羰基氧基、芳基撲基氧基、院氧基撰基氧基、芳氧基擬基氧基、竣基、燒基撲基、烧氧基撲基、氛撰基、院基硫撲基、烧氧基、憐酸根、勝酸基、亚勝酸基、氰■基、氣基（包括烧氣基、~•烧氣基、芳氣基、~■芳氨基、以及烷基芳氨基)、酰胺基（包括烷基羰基氨基、芳基羰基氨基、氨基甲酰基以及脲基）、脒基、亚胺基、硫氢基、烧硫基、芳硫基、硫代駿酸根、硫酸根、磺酸基、氨磺酰基、亚磺酰氨基、硝基、三氟甲基、氰基、叠氮基、杂环基、烷基、烷基芳基、或芳族的或杂芳族的部分。[0298] 如在此所使用的术语“多晶型(polymorph) ”指的是本发明的化合物或其络合物的固体晶型。相同化合物的不同多晶型表现出不同的物理、化学和/或光谱特性。不同的物理特性包括,但并不局限于,稳定性（例如，对热或光）、可压缩性以及密度（在配制和产品制造方面重要）、以及溶解速率（能够影响生物可利用率）。稳定性的不同可由化学反应性(例如,差分氧化，一种剂型当包括一种多晶型时比包括另一种多晶型褪色更快）或力学特征（例如，存储时破碎为动力学上有利的多晶型的片剂转化成热力学上更稳定的多晶型）或两者（例如，具有一种多晶型的片剂在高湿度时更容易断裂）的变化引起。多晶型的不同的物理特性可以影响它们的加工。

[0299] 术语“药物前体（prodrug) ”包括具有可在体内代谢的部分的化合物。通常,药物前体在体内通过酯酶或者其他机制代谢为活性药物。药物前体的实例以及它们的应用在本领域是众所周知的（参见，例如，Berge等人(1977) “药物盐（Pharmaceutical Salts)”《药物科学杂志》（J. Pharm. Sci) 66 :1.-19)。可以在化合物的最终分离和纯化时原位制备这些药物前体,或通过将经纯化的化合物以自由酸形式或羟基分开地与适合的酯化剂进行反应。通过用羧酸进行处理，可以将羟基基团转化成酯类。药物前体部分的实例包括经取代的和未经取代的、支链或无支链的低级烷基酯部分（例如，丙酸酯类)，低级烯基酯类，二 -低级烧基-氣基低级烧基酷类（例如,—■甲基氣基乙基酷)，酸氣基低级烧基酷类（例如，乙酰氧基甲基酯），酰氧基低级烷基酯类（例如，新戊酰氧基甲基酯），芳基酯类（苯基酯），芳基-低级烷基酯类（例如，苯甲基酯），经取代的（例如，用甲基、卤素、或甲氧基取代基）芳基和芳基-低级烷基酯类，酰胺类，低级烷基酰胺类，二 -低级烷基酰胺类，以及羟基酰胺类。优选的药物前体部分是丙酸酯类和酰基酯类。也包括在体内通过其他机制转化成活性形式的药物前体。

[0300] 此外，横跨碳-碳双键的立体化学的表示也与通常的化学领域相反：“Z”指的是经常被称为“顺式（cis) ”（相同侧）的构象而“E”指的是经常被称为“反式（trans)”（相反侧)的构象。本发明的化合物包括这两种构型，顺式/反式和/或Z/E。

[0301] 关于手性中心的命名，术语“d”以及“I”构型正如国际理论与应用化学联合会(IUPAC)所定义的。关于术语非对映异构体、消旋体、差向异构体以及对映异构体,这些将在它们通常的语境中使用以便描述制品的立体化学。

[0302] 所谓“减少（reduces) ”意味着至少10%、25°%、50%、75%、或100%的负的改变。

[0303] 所谓“参考（reference) ”指的是标准或者对照状况。

[0304] “参考序列（reference sequence) ”是定义的作为序列比较的基础的序列。参考序列可以是规定序列的子集或整体，例如全长cDNA或基因序列的区段、或该完整的cDNA或基因序列。对多肽而言,参考多肽序列的长度通常将是至少大约16个氨基酸，优选地是至少大约20个氨基酸,更优选地是至少大约25个氨基酸,并且甚至更优选地是大约35个氨基酸、大约50个氨基酸、或大约100个氨基酸。对核酸而言，参考核酸序列的长度通常将是至少大约50个核苷酸、优选地是至少大约60个核苷酸、更优选地是至少大约75个核苷酸、并且甚至更优选地是大约100个核苷酸或大约300个核苷酸或它们附近的或它们之间的任-一整数。

[0305] 所谓“特异性结合(specifically binds) ”意味着一种化合物或抗体识别并且结合本发明的多肽，但是基本上并不识别并且结合天然地包括本发明的多肽的试样（例如，生物试样）中的其他分子。

[0306] 在本发明的方法中有用的核酸分子包括对本发明的多肽或其片段进行编码的任何核酸分子。这样的核酸分子不需要与内源性核酸序列具有100%的同一性,但是将典型地表现出基本的同一"丨生。与内源性序列具有“基本同一;!'生(substantial identity) ”的多核苷酸典型地能够与双链核酸分子的至少一条链杂交。在本发明的方法中有用的核酸分子包括对本发明的多肽或其片段进行编码的任何核酸分子。这样的核酸分子不需要与内源性核酸序列具有100 %的同一,注，但是将典型地表现出基本的同一,性。与内源性序列具有“基本同一"丨生(substantial identity) ”的多核苷酸典型地能够与双链核酸分子的至少一条链杂交。所谓“杂交（hybridize) ”意味着在不同的严格条件下进行配对以便在互补的多核苷酸序列（例如，在此描述的基因）、或其部分之间形成双链分子。（例如，参见Wahl，G.M.和S. L. Berger (1987)《酶学方法》（Methods Enzymol.) 152 ：399) ,KimmeI, A. R. (1987)《酶学方法》（Methods Enzymol.) 152 :507)。

[0307] 例如,严格的盐浓度通常将是小于大约750mM的氯化钠和75mM的柠檬酸三钠、优选地是小于大约SOOmM的氯化钠和SOmM的柠檬酸三钠、并且更优选地是小于大约250mM的氯化钠和25mM的柠檬酸三钠。在缺少有机溶剂（例如，甲酰胺）下可以获得低严格杂交，而在至少大约35%的甲酰胺、并且更优选地是至少大约50%的甲酰胺存在下可以获得严格杂交。严格的温度条件将通常包括至少大约3(TC、更优选地是至少大约37°C、并且最优选地是至少大约42Γ的温度。不同的另外的参数,如杂交时间、清洁剂（例如,十二烷基硫酸钠(SDS))浓度、以及载体DNA的包含或排除,对本领域的普通技术人员是熟知的。根据需要通过组合这些不同的条件实现不同的严格水平。在一个优选的实施方案中，杂交将会在30。。、在750mM的氯化钠、75mM的柠檬酸三钠、以及I %的SDS中发生。在一个更优选的实施方案中，杂交将会在37 °C、在500mM的氯化钠、SOmM的柠檬酸三钠、I %的SDS、35 %的甲酰胺、以及100 μ g/ml的变性的鲑精DNA(ssDNA)中发生。在一个最优选的实施方案中，杂交将会在42°C、在250mM的氯化钠、25mM的柠檬酸三钠、1%的SDS、50%的甲酰胺、以及200 μ g/ml的ssDNA中发生。这些条件的有用的变体对于本领域的普通技术人员将是显而易见的。

[0308] 对于大多数的应用，杂交之后的洗涤步骤也将会在严格度方面不同。通过盐浓度和温度可以定义洗涤严格条件。如上所述，通过降低盐浓度或增加温度可以增加洗涤严格度。例如，用于洗涤步骤的严格盐浓度将为优选地小于大约30mM的氯化钠和3mM的梓檬酸三钠、并且最优选地是小于大约15mM的氯化钠和1. SmM的柠檬酸三钠。用于洗涤步骤的严格的温度条件将通常包括至少大约25°C、更优选地是至少大约42°C、并且甚至更优选地是至少大约68°C的温度。在一个优选的实施方案中，洗涤步骤将会在25°C、在30mM的氯化钠、3mM的柠檬酸三钠、以及O.1 %的SDS中发生。在一个更优选的实施方案中，洗涤步骤将会在42°C、在15mM的氯化钠、1. SmM的柠檬酸三钠、以及O.1 %的SDS中发生。在一个更优选的实施方案中，洗涤步骤将会在68°C、在15mM的氯化钠、1. SmM的柠檬酸三钠、以及O.1 %的SDS中发生。这些条件的另外的变体对于本领域的普通技术人员将是显而易见的。杂交技术对于本领域的普通技术人员是熟知的并且描述于例如Benton与Davis (《科学》(science) 196 ： 180,1977) ；Grunstein 和 Hogness (《美国科学院院刊》(Pr o c. Natl.Acad. Sc1. , USA) 72 :3961,1975) ；Ausubel等人(《分子生物学实验手册》，威利出版社期刊全文数据库，纽约（Current Protocols in Molecular Biology， Wiley Interscience，New York,) 2001) ;Berger 和 Kimmel (《分子克隆技术指南》(Guide to Molecular CloningTechniques), 1987，学术出版社，纽约(Academic Press，New York));以及 Sambrook 等人，《分子克隆实验指南》，冷泉港实验室出版社,纽约，(Molecular Cloning ：A LaboratoryManual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York)。

[0309] 所谓“基本.....t同一的(substantially identical) ”意味着相对于参考氨基酸序列(例如，在此描述的任一氨基酸序列）或核酸序列（例如，在此描述的任一核酸序列），一种多肽或核酸分子表现出至少85 %的同一性。优选地,相对于用于比较的序列，这样的序列在氨基酸水平或核酸上为至少85%,90%,95%、99%或甚至100%的同一。

[0310] 使用序列分析软件（例如，威斯康星大学生物技术中心（麦迪逊大学道1710,威斯康星州53705())遗传计算组的序列分析软件包，BLAST、BESTFIT, GAP、或PILEUP/PRETTYB0X程序）典型地测量序列同一性。这种软件通过将同源性程度分配给不同的取代、缺失、和/或其他修饰进行相同或相似序列的匹配。保守取代典型地包括以下组内的取代：甘氨酸、丙氨酸；缬氨酸、异亮氨酸、亮氨酸；天冬氨酸、谷氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺；丝氨酸、苏氨酸；赖氨酸、精氨酸；以及苯丙氨酸、酪氨酸。在确定同一性程度的示例性方法中，可以使用BLAST程序,其中在e_3到之间的概率分数表示密切相关的序列。

[0311] 所谓“减少（reduces) ”或“增加（increases) ”意味着相对于参考,分别地至少大约10%,25%,50%,75%,^ 100%的负的或正的改变。

[0312] 所谓“均方根偏差（ro ot mean square deviation) ”是指离均差的平方的算术平均数的平方根。

[0313] 所谓“减少细胞存活（reducing cell survival) ”意味着相对于参考细胞,抑制细胞的生存力或诱导细胞死亡。

[0314] 所谓“参考（reference) ”意味着标准或对照状况。

[0315] “参考序列（reference sequence) ”是定义的作为序列比较的基础的序列。参考序列可以是规定序列的子集或者整体,例如全长cDNA或基因序列的区段、或者该完整的cDNA或基因序列。对多肽而言，参考多肽序列的长度将通常是至少大约16个氨基酸，优选地是至少大约20个氨基酸，更优选地是至少大约25个氨基酸，并且甚至更优选地是大约35个氨基酸、大约50个氨基酸、或大约100个氨基酸。对核酸而言，参考核酸序列的长度将通常是至少大约50个核苷酸、优选地是至少大约60个核苷酸、更优选地是至少大约75个核苷酸、并且甚至更优选地是大约100个核苷酸或大约300个核苷酸或它们附近的或者它们之间的任一整数。

[0316] 所谓“受试者（subject) ”意味着哺乳动物,包括但并不局限于，人或非人类的哺乳动物，如牛、马、犬、绵羊、或猫。

[0317] 所谓“特异性结合(specifically binds) ”意味着一种化合物或抗体识别并且结合本发明的多肽，但是基本上并不识别并且结合天然地包括本发明的多肽的试样（例如，生物试样）中的其他分子。

[0318]术语“巯基(sulfhydryl 或 thiol) ” 意味着-SH。

[0319] 如在此所使用的,术语“互变异构体(tautomers) ”指的是通过互变异构化容易地进行相互转化的有机分子的同分异构体，其中氢原子或质子在该反应中迁移，在一些场合伴随着单键与相邻双键的转换。

[0320] 在此使用的术语“治疗（treat、treating、treatment等）”是指减少或者改善失调和/或与其相关联的症状。所谓“改善（ameliorate) ”是指减少、抑制、减弱、减小、阻滞、或稳定疾病的发展或进展。将被理解的是,尽管不能排除,治疗失调或违和不要求完全地消除该失调、违和或与其相关联的症状。

[0321] 如在此所使用的术语，“预防（prevent、preventing、prevention) ”、“预防性治疗(prophylactic treatment) ”等指的是减少失调或违和在受试者中的发展的可能性，该受试者没有失调或违和，但是有发展失调或违和的风险或者容易发展失调或违和。

[0322] “有效量（effective amount) ”指的是对经治疗的受试者产生治疗作用的化合物的量。这种治疗效果可以是客观的（即通过一些测试或标记是可测量的）或主观的（即受试者给出了作用的指征或感觉到了作用）。在此描述的化合物的有效量可以在每千克体重大约Img到大约5000mg的范围内。有效剂量还会根据给药途径，以及与其他药剂共同使用的可能性而改变。

[0323] 将在此提供的范围理解为该范围内的所有值的简略表达。例如，将I至50的范围理解为包括下组的任一数、数的组合、或者下组的子范围，该组由以下各项组成:1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、或 50。

[0324] 如在此所使用的术语“治疗（treat、treating、treatment等）”指的是减少或改善失调和/或与其相关联的症状。将被理解的是，尽管不能排除，治疗失调或违和并不要求完全地消除该失调、违和或与其相关联的症状。

[0325] 除非明确声明或从上下文显而易见,如在此所使用的,术语“或（or) ”被理解为包括在内。除非明确声明或从上下文显而易见，如在此所使用的，术语“一个、一种（a、an) ”、和“该（the)”被理解为单一的或复数的。

[0326] 除非明确声明或从上下文显而易见,如在此所使用的，术语“大约（about) ”被理解为在本领域的正常容差范围内，例如,在平均数的2标准差之内。大约可以被理解为在声明值的 10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、1%、0· 5%,0. 1%,0. 05%、或0.01%之内。除非从上下文显而易见，在此提供的所有数值被该术语大约修饰。

[0327] 在此的变量的任何定义中的一系列化学基团的陈述包括该变量作为任何单个基团或所列出基团的组合的定义。在此针对变量或方面的实施方案的陈述包括该实施方案作为任何单个的实施方案或与任何其他实施方案或其部分的组合。

[0328] 在此提供的任何组合物或方法可以与在此提供的一个或多个任何其他组合物和方法进行组合。

[0329] 附图简要说明

[0330] 附图1示出了这两个.JQl立体异构体的结构。在C6处的立体中心用一个星号（*)标明。

[0331] 附图2A、2B、以及2C都是显示该（-)-JQl对映异构体在细胞里不竞争地结合于BRD4-NUT的图。附图2A示出，与载体对照比较，GFP-BRD4的荧光漂白恢复（FRAP)不受(-)'JQl (250nM, 5h)存在的影响。数据表示平均值土 s. d. (η = 5)。附图2Β显示，在一个平行对比研究中，在存在⑴-JQl(250nM，5h)时表达的GFP-BRD4表现出增强的恢复。数据表示平均值士 S. d. (η = 5)。附图2C提供了在FRAP研究中观察到的GFP-BRD4的移动分数的一个定量对比(a，b)。数据表示平均值士 s. d. (η = 5)并且用从将经配体处理的样品与载体对照对比的双尾t-检验获得的ρ值进行注释。

[0332] 附图3A至3J显示JQl与染色质竞争性地结合BRD4并且分化人类NUT中线癌细胞。附图3A显示GFP-BRD4的荧光漂白恢复（FRAP)在JQl存在时表现出恢复增强。将核与荧光强度成比例地假着色。白圈表示光漂白区。附图3B至3D显示在用转染了的（附图3B)GFP-BRD4和（附图3C)GFP-BRD4-NUT进行的FMP实验中，JQl促进荧光恢复，但是对核GFP-NUT(附图3D)的恢复没有影响。附图SE示出FRAP研究(附图3B至3D)的最大荧光恢复半值的时间一个定量对比。数据表示平均值土s. d. (η = 5)并且用从双尾t-检验获得的P值进行注释。附图3F显示JQl (500nM, 48h)促进针对NUT (抗NUT ；40)的焦核染色的损失。附图3G显示用JQl(500nM,48h)处理后的NMC细胞表现出鳞状分化（H&E,40x)的细胞学征兆。附图3H显示利用JQl (SOOnM)的NMC细胞的分化是迅速的，时间依赖性的并且通过细胞角蛋白表达的明显增加来表征O。附图31至3J显示JQl在体外减缓797 (附图31)和Per403NMC细胞株的快速（附图3.J)增殖(ΚΪ67 ；40)。

[0333] 附图4A、4B、以及4C都是显示出JQl在NUT中线癌中选择性地诱导鳞状分化的显微照片。附图4a显示，用JQl (500nM)处理后的NMC 797细胞表现出鳞状分化的时间依赖性细胞学征兆(H&E ；40和100,如所示的），例如细胞细长平整化以及开放染色质的发展。附图4B显示，用.JQl (500nM, 48h)处理后的NMCPer403细胞呈现出可比较的鳞状分化征兆。分别用H&E和角蛋白染色来图示细胞细长化和胞质角质化（40)。附图4C显示非-NMC鳞癌细胞株TElO不能响应JQl(SOOnM)分化，用H&E和角蛋白（AE1/AE3)染色来说明（40)。

[0334] 附图4D-a_4D_b显不JQl使NMC细胞增殖减缓。附图4D_a包括显不JQl在体外使NMC Per403细胞株的快速增殖减缓的两张显微照片（Ki67 ;40x)。图象以相同放大倍数进行显示。附图4D-b是一个图，图中显示了通过如在和附图3J中进行的IHC而测量的JQl对细胞增殖的影响（Ki67染色和阳性；％ )。在五个高倍视野中，将细胞人为评分为Ki67阳性（深染核）或阴性（染淡蓝色的核）。数据表示平均值土 s. d. (η = 5)并且用从双尾t-检验获得的P值进行注释。

[0335] 附图4E-a、b、C、d显示在NUT中线癌细胞中利用JQl的鳞状分化的诱导是立体特异性的的并且是时间依赖性的。附图4E-a包括六张显微照片,这些显微照片显示，与用载体处理过的对照相比,在腔室玻片中用(-)-JQl (IOOnM)处理后的NMC 797细胞呈现出可比较的胞质表型。⑴-.JQl (IOOnM, 48h)促进了由细胞细长化，平整化以及角蛋白的表达增加所呈现的鳞状分化。附图4E-b显示，针对角蛋白表达将用JQl对映异构体或载体处理后的NMC 797细胞进行离心、固定、切片以及染色（左；ΑΕ1/ΑΕ3，20χ)。利用可以对核进行染色强度评定的无偏掩模和量化算法在同时制备的载玻片上进行基于图像的角蛋白表达分析（右；20x)。附图4E-c显示，如利用定量免疫细胞化学法所确定的，与（-)-JQl(250nM)和载体对照相比较，（+)-JQl(250nM)在处理后的NMC 797细胞中诱导了的角蛋白的快速表达。给出了每个处理条件下的阳性核百分率。数据表示平均值士s. d. (η = 3)并且用从双尾t-检验获得的ρ值进行注释附图4E_d,与(-)-JQl (250nM)相比，（+)-JQl (250Nm)引出处理后的NMC 797细胞的强（3+)角蛋白染色的时间依赖性诱导。给出了每个处理条件下的阳性核百分率。数据表示平均值土s. d. (η = 3)并且用从双尾t-检验获得的ρ值进行注释。分组图片以相同放大倍数进行显示。

[0336] 附图4Fa_c显示，不具有该BRD4-NUT易位的鳞癌细胞株对JOl处理敏感度较低。在（+)-JQl (250nM，红圈）或（-)-JQl (250nM,黑圈）存在下将胃肠鳞癌细胞株（TT和TE10)培养72小时。利用JQl观察到的对细胞增殖的最小影响与有丝分裂细胞中的细胞周期进展中的合理作用相一致。数据用平均值士s. d(n = 3)表示。通过逻辑回归计算IC5。值。附图5A至5K显示，JQl处理抑制了增殖,促进体内和体外的分化和细胞死亡。附图5a显示出BRD4抑制对BRD4-NUT依赖性细胞株的生长影响。用（+) -JQl (红圈)或（-)-JQl (黑圈）对细胞进行培养,在72小时后对增殖进行监控。⑴-JQl通过NMC细胞株独特地使增殖减缓。数据用平均值士s. d. (η = 3)表示。通过逻辑回归计算IC5。值。附图5B显示，随着时间的推移（+)_JQ1对NMC 797细胞的渐进的抗增殖效果在第1、3、7和10天得以证明。数据点均为平均值土 s. d. (η = 3)。附图5C显示出NMC 797细胞中DNA含量的流式细胞计量术的结果。与(-)-JQl(250nM)和载体对照相比，（+) -JQl (250nM, 48h)诱导了 Gl抑制。附图5D示出了用载体、JQl或星孢素（STA)处理后的NMC 797鳞癌细胞的流式细胞计量术分析结果，如所示。P I，碘化丙锭。AV，膜联蛋白-V。附图5E示出了鼠NMC 797异种移植的PET成像结果。与载体对照相比，利用50mgkg 1减少了后肢异种移植中的FDG吸收附图5F显示,与载体对照相比，在用每天50mg kg^JQl治疗的具有确定疾病的小鼠中（NMC797异种移植），肿瘤体积减小。在第14天通过双尾t-检验观察到了对治疗的明显反应（ρ=O. 039)。数据表示平均值土s.d. (n = 7)。附图5G显示,与经载体治疗的动物相比，从接受JQl治疗的动物身上切除的NMC 797肿瘤的组织病理学分析揭示了角蛋白表达（AEl/AE3,40x)的诱导以及减缓的增殖(Ki67,40x)(比例尺为20 μ in) 0在增补附图11,12中提供了多个扩展视野。附图5H显示,利用PET成像证实了病人衍生的NMC11060异种移植的生存力。附图51显示，通过PET成像证明了原11060NMC异种移植对（+) -JQl (每天50mgkg S持续四天）的治疗反应。附图5J显示，与接受载体治疗的动物相比，从接受W-JQl治疗的动物身上切除的NMC 1.1060肿瘤的组织病理学分析揭示了角蛋白表达的诱导（AEl/AE3, 20x ；比例尺为20 μ m)。使用图像掩模（附图5J,右板）和像素阳性分析（附图5K)对角蛋白诱导进行定量分析。通过双尾t-检验观察到了对治疗的明显反应O。数据代表三个独立的宽的显微镜视野的平均值土s. d.。附图9中提供了染色的切除肿瘤和定量掩模(quantitative masks)的对比图像。

[0337] 附图5L_a和5L_b都是显示了荷有NMC 797异种移植的小鼠对引出抗肿瘤效果的JQl治疗耐受的图。附图5L-a显示,用JQl (每天50mg kg—1)对荷有NMC 797异种移植小鼠的处理在治疗超过14天后降低了肿瘤负荷。数据表示平均值土s.d. (η =7)。附图5L-b显示，JQl不产生不良症状或体重减轻。数据表示平均值土s. d. (η = 7)。

[0338] 附图5M-a_d显示,在NUT中线癌细胞中利用JOl的鳞状分化诱导是立体特异性的的并且是时间依赖性的。附图5M_a是显微照片，这些显微照片显示，与用载体处理过的对照相比，在腔室玻片中用㈠-JQl (IOOnM)处理后的NMC 797细胞呈现出可比较的胞质表型。（+)-JQl(100nM,48h)促进了由细胞细长化,平整化以及角蛋白的表达增加所呈现的鳞状分化。附图5M-b是显微照片。针对角蛋白表达将用JQl对映异构体或载体处理后的NMC 797细胞进行离心、固定、切片以及染色(左；ΑΕ1/ΑΕ3，20χ)。利用可以对核进行染色强度评定的无偏掩模和量化算法在同时制备的载玻片上进行基于图像的角蛋白表达分析（右；20x)。附图5M-c是^-个图，该图示出如利用定量免疫细胞化学法所确定的，与(-)-.JQl(250nM)和载体对照相比较，(+)-JQl (250nM)在处理后的NMC 797细胞中诱导了的角蛋白的快速表达。给出了每个处理条件下的阳性核百分率。数据表示平均值土s.d. (η = 8)并且用从双尾t-检验获得的ρ值进行注释。附图5M-d是一个图，该图示出与(-)-JQl(250nM)相比，(+)-JQl (250nM)引出处理后的NMC 797细胞的强(3+)角蛋白染色的时间依赖性诱导。给出了每个处理条件F的阳性核百分率。数据表示平均值士s. d. (η=3)并且用从双尾t-检验获得的ρ值进行注释。分组图片以相同放大倍数进行显示。

[0339] 附图6A和6B-a-6B-e提供了多个显微照片，这些显微照片显示,如用IHC确定的，JQl在体内促进了鳞状分化、生长抑制以及细胞凋亡。与接受载体治疗的动物（左板）相比，从接受JQl治疗的动物身上切除的NMC 797肿瘤的组织病理学分析揭示了鳞状分化（H&E,40x)、核NUT灶消除（NUT，100倍）、增殖减缓（Ki67,40x)、角蛋白表达(AE1/AE3,40x)的诱导以及细胞凋亡反应（TUNEU40X)。

[0340] 附图7A和7B显示,在人类鳞癌细胞株中，JQl在NMC中选择性地诱导的细胞凋亡。附图7A提供了 FACS分析结果。与非-NMC鳞状癌细胞株TElO和TT相对比，通过流式细胞计量术，JQl (500nM, 24或48h)处理后的NMC Per403细胞呈现出细胞凋亡的诱导。PI，碘化丙锭，AV,膜联蛋白V。附图7通过如在附图5b和a中进行的流式细胞计量术示出膜联蛋白-V阳性细胞的定量和对比。与非-NMC鳞癌细胞株相比,JQl (SOOnM)在NMC细胞株中呈现出迅速且时间依赖性的细胞凋亡诱导。数据表示平均值土 s. d(n = 3)并且用从双尾t-检验获得的ρ值进行注释。

[0341] 附图8A至SC是显示在体外NMC病人衍生组织对(+)-JQl的抗增殖效敏感的图。附图8A示出病人衍生NMC 11060细胞的分析结果。将这些细胞从废弃的临床材料中分离出来并且短期培养生长以用于体外研究。在用（+)-JQl (红圈）或（_)-JQl (黑圈）培养72小时后,对BRD4抑制对NMC 11060细胞的抗增殖效果进行测量。NMC 11060细胞独特地对该(+)-JQl对映异构体敏感。数据用平均值（η = 3)表示。通过逻辑回归计算IC5ci值。附图SB示出如在第1、3、7和10天证明的随着时间推移（+)-JQl对病人衍生的NMC 11060细胞的渐进的抗增殖效果。数据点均为平均值土s. d. (η = 3)。附图8C示出在NMC 11060细胞中的DNA含量的流式细胞计量术的结果。与(-)-JQl(250nM)和载体对照相比，（+)-JQl (250nM，48h)诱导了 Gl抑制。

[0342] 附图9A和9B提供了在病人衍生的11060原异种移植肿瘤中诱导的弥漫性、强角蛋白表达的定量。附图9a示出了一个由接受载体治疗的动物衍生的,针对角蛋白表达而经切片以及染色的切除的NMC 11060原异种移植的一个低放大倍数（0.8)图像O。在该切片肿瘤的各处，角蛋白的整体染色是低的。利用可以针对染色强度对个体像素进行评分的无偏掩模和量化算法进行基于图像的角蛋白表达分析（右）。附图9B示出了一个由接受(+)-.JQl治疗的动物（每天50mg kg—1,持续四天）衍生的,针对角蛋白表达而经切片以及染色的切除的NMC 11060原异种移植的一个低放大倍数(O. 8)图像O。观察到了与经JQl治疗的肿瘤中的角蛋白诱导的均匀效果相一致的弥漫性染色。利用可以针对染色强度对个体像素进行评分的无偏掩模和量化算法进行基于图像的角蛋白表达分析（右）对像素阳性进行定量评分并且进行视觉报告如蓝色（O)、黄色（I+)、橙黄色（2+)以及红色（3+)。所有的成对图片均以相同放大倍数进行显示。[0343] 附图10显示,JQl在啮齿动物类中呈现出极好的口腔生物利用率和足够的药物代谢动力学接触。在静脉（附图10A、B)和口腔（附图10B、C)给药后，在CDl小鼠中进行药物代谢动力学研究。a，静脉给药O后(+)-JQl的平均血浆浓度-时间曲线。数据表示平均值和s. d. (η = 8)。附图1OB显示,计算出的静脉内的(+)-JQl的药物动力学参数证明了极好的药物接触[该曲线下面积（AUC) = 2090hr*ng/mL]以及近一个小时的半衰期(T1/2)。附图1OC示出口腔给药O后（+)_JQ1的平均血浆浓度-时间曲线。数据表示平均值和s. d. (η=3)。附图1OD显示，计算出的口腔（+)-JQl的药物动力学参数证明了极好的口腔生物利用率(F = 49% ),峰血浆浓度(Cma = 1180ng/mL)以及药物接触(AUC = 2090hr*ng/inL)。CL,间隙；Vss,稳态体积；MRTINF,外推至无穷大的平均停留时间；Tmax,最大浓度时间。

[0344] 附图11是一个示出JQl对映异构体抑制BRD4.1的AlphaScreen结合数据的图。

[0345] 附图12是一个示出JQl对映异构体抑制BRD4. 2的AlphaScreen结合数据的图。

[0346] 附图13是一个示出JQlS针对其他BET家族成员（有活性的）和CBP (无活性的）的曲线的图。

[0347] 附图14是一个示出JQl衍生物集中库的剂量范围研究的图。

[0348] 附图15A和附图15B都是图。附图15A显不，在Nut中线癌的一个鼠异种移植模型中，JQl减小了肿瘤负荷。附图15B示出用JQl处理后的小鼠的体重。

[0349] 附图16A至16D是显示了 JQl及其衍生物的BRD4(1)和BRD4(2)结合活性的图。

[0350] 附图17A至17D是显示了 .JQl及其衍生物对Nut中线癌（NMC)细胞生存力的影响的图。

[0351] 附图18-55示出用 JQl及其衍生物处理的多种癌细胞株的剂量反应生存力。

[0352] 附图56A至56D是示出了前导化合物结合测定结果的图。

[0353] 发明的详细说明

[0354] 本发明特征在于对于瘤形成、炎性疾病、肥胖症、脂肪肝（非酒精性脂肪性肝炎(NASH)或另外的）、糖尿病、动脉硬化、动脉支架闭塞、心衰竭、恶病质、移植物抗宿主疾病、溴基结构域相关传染病治疗或者预防，寄生虫、疟疾、锥虫的治疗，以及对于减少雄性生育率有用的组合物和方法。本发明的组合物的其他用途包括，但并不局限于，用于器官移植、针对再生药物的细胞状态的调制（即通过促进或者抑制细胞分化）、以及促进多潜能性。

[0355] 本发明（至少部分地）基于对具有溴基结构域的BET家族具有生化选择性的、细胞可渗透的有效的小分子抑制剂（JQ1),以及能够调节该溴基结构域家族的有关化合物的发现，该溴基结构域家族是一个含有识别核染色质上乙酰基-赖氨酸残基的溴基结构域的多肽家族。赖氨酸乙酰化已经成为与细胞生物学和疾病生物学广泛相关的信号修饰.靶向可逆地介导侧链乙酰化的酶已是药物发现研究的一个活跃领域.迄今为止,成功的成果局限于核染色质背景下的共价键修饰的“写入物”（乙酰转移酶）和“擦除物”（组蛋白脱乙酰基酶）乙酰基-赖氨酸识别分子、或溴基结构域的有效抑制剂尚未被描述。最近对BRD4的高分辨率的共晶结构的表征显示了与乙酰基-赖氨酸结合腔的优异的形状互补性.JQl结合到BRIM的串联溴基结构域是乙酰基—赖氨酸竞争的并且在人类细胞中从染色质替代BRD4。在不能治愈的、遗传上定义的人类鳞状细胞癌亚型中观察到BRD4的再发易位。JQl到BRD4融合癌蛋白的竞争结合在病人衍生的细胞株以及BRD4依赖性癌的鼠类模型中导致了立即的鳞状分化以及特异的抗增殖效果。这些数据建立了靶向表观遗传“读出物”的蛋白质-蛋白质相互作用的可行性并且报告了用于更广泛地遍及溴基结构域家族的化学探针的研发的通用化学平台。

[0356] 含有溴基结构域的蛋白质

[0357] 基因调控基本上被可逆的、非共价的大分子组装控制。至RNA聚合酶的信号转导要求更高级的蛋白质复合体,该复合体被能够解释染色质的翻译后修饰状态的组装因子在空间上调控。表观遗传读出物是结构上不同的蛋白质，各自具有一个或多个进化上保守的效应物模块，该效应物模块识别组蛋白或DNA的共价修饰。组蛋白尾上的赖氨酸残基的ε -N-乙酰化（Kac)与开放的染色质构造以及转录激活相关联3乙酰基-赖氨酸的背景特异的分子识别主要由溴基结构域介导。

[0358] 作为转录因子复合体(TAFK PCAF, GcnS以及CBP)的组分以及表观遗传记忆的决定子、含有漠基结构域的蛋白质有重要的生物学意义。有含有总共57种不同的漠基结构域的41种人类蛋白质。尽管大量序列不同，但所有的溴基结构域共享一个保守的折叠，该折叠包括由确定底物特异性的不同环区（ZA与BC环）连接的四个α螺旋（αζ、α Α、α Β、α c)的一种左旋束。具有肽底物的共晶体结构表明乙酰基-赖氨酸被一种中心疏水腔识别并且通过与存在于大多数溴基结构域中的天冬酰胺残基的氢键得以锚定5。溴基结构域和额外末端(BET)家族（BRD2、BRD3、BRD4以及BRDT)共享一种共同结构域构造以及一种更趋异的C端募集结构域,该共同结构域构造包括表现高水平的序列保守性的两个N端溴基结构域（图1E)6。

[0359] BRD4

[0360] 最近的研究建立了在癌中靶向BRD4的令人信服的理论。BRIM功能是推进细胞周期前进并且在培养的癌细胞中其敲低促进了 Gl期阻滞。BRD4是转录延伸的重要介导子，功能是招募正的转录延伸因子复合体（P-TEFb)7’8。细胞周期蛋白依赖性激酶-9 (P-TEFb的核心组分)是在慢性淋巴细胞白血病中经确证的靶点9，并且最近被联系到c-Myc依赖性转录 ' 存在于BRD4中的溴基结构域招募P-TEFb到有丝分裂染色体,导致生长促进基因的表达增加' BRD4保持结合到在M/G1期间表达的基因的转录起始位点,但是在细胞周期稍后表达的起始位点没有被发现。增殖细胞中BRD4的敲低已被证明是通过降低对于有丝分裂进展13和存活14而言重要的基因的表达水平导致Gl期阻滞和凋亡12。

[0361] 最重要的是，BRD4最近已经被鉴别为侵袭形式的人类鳞状细胞癌中再发t (15 ；19)染色体易位的一种组分。这样的易位表达BRD4的串联N端溴基结构域为与NUT (睾丸中的核蛋白）蛋白的框内嵌合体，遗传—t地定义所谓的NUT中线癌（NMC)。在病人衍生的NMC细胞株中的功能性研究已经确认了 BRD4-NUT癌蛋白在维持这种一贯致命的恶性肿瘤的特征性增殖优势以及分化区组上的必须作用。值得注意的是，BRIM-NUT基因表达的RNA沉默阻滞了增殖并且引起了细胞角蛋白表达明显增加的鳞状分化。这些观察强调了人类溴基结构域蛋白质的直接作用抑制剂的广泛实用性以及直接的治疗潜力。

[0362] 本发明特征在于用于抑制人类溴基结构域蛋白质的组合物和方法。

[0363] 本发明的化合物

[0364] 本发明提供了多种化合物（例如，JQl和具有在此描述的化学式的化合物），这些化合物结合在BET家族成员（例如BRD4)的第一溴基结构域的apo晶体结构的结合袋中。不希望受理论的约束,这些化合物可以特别有效地抑制增殖的瘤形成细胞的生长、增殖、或生存,或者诱导这样的细胞的分化。在一种方法中，使用分子对接程序对以下化合物进行选择：对于瘤形成、炎性疾病、肥胖症、脂肪肝（非酒精性脂肪性肝炎（NASH)或另外的）、糖尿病、动脉硬化、动脉支架闭塞、心衰竭、恶病质、移植物抗宿主疾病、溴基结构域相关传染病的治疗，寄生虫、疟疾、锥虫的治疗，以及对于减少雄性生育率；或者对于在器官移植中使用、针对再生药物的细胞状态的调制（即通过促进或抑制细胞分化）、以及协助多潜能性有用的化合物，以鉴别预期结合到溴基结构域结构结合袋的化合物。在某些实施方案中，本发明的化合物可以结合到BET家族成员并且减少该BET家族成员的生物活性（例如，减少延伸）和/或破坏该BET家族成员的亚细胞定位（例如，减少染色质结合）。

[0365] 在某些实施方案中，本发明的化合物可以阻止、抑制、或破坏、或减少BET家族成员 U^^n,BRD2、BRD3、BRD4、BRDT)的至少 10 %、25%、50%、75%、或 100% 的生物活性，和/或例如通过结合到溴基结构域apo结合袋内的结合位点破坏这类蛋白质的亚细胞定位。

[0366] 在某些实施方案中，本发明的化合物是小分子，其分子量小于大约1000道尔顿、小于800、小于600、小于500、小于400、或小于大约300道尔顿。本发明的化合物的实例包括.JQl和其他化合物，这些化合物结合到BET家族成员（例如，BRD4 (下文指BRD4 (I) ；PDBID 20SS))的第一溴基结构域的apo晶体结构的结合袋。JQl是一种新型的噻吩并-三唑并-1，4- 二氮杂环庚烷。本发明进一步提供了这些化合物的药学上可接受的盐。

[0367] 在^-个方面,本发明提供了具有化学式I的化合物：

[0368]

[0369] 其中

[0370] X 是 N 或 CR5 ;

[0371] R5是H、烧基、环烧基、杂环院基、芳基、或杂芳基,其中的每一个可任选地经取代；

[0372] Rb是.H、烧基、轻烧基、氣基烧基、烧氧基烧基、齒烧基、轻基、烧氧基、或-COCHR3，其中的每一个可任选地经取代；

[0373] 环A是芳基或杂芳基；

[0374] 每一个Ra独立地是燒基、环院基、杂环燒基、芳基、或杂芳基，其中的每 Iv可任选地经取代；或者任何两个Ra与各自附接的多个原子一起可以形成一个融合的芳基或杂芳基基团；

[0375] R是烷基、环烷基、杂环烷基、芳基、或杂芳基，其中的每一个可任选地经取代；

[0376] R1 是-(CH2)n-L,其中 η 是 0-3 并且 L 是 H、-COO-R3、-CO-R3、-CO-N(R3R4)、-S (O) 2-R3、-S (O) 2-N (R3R4)、K (R3R4)、N (R4) C (O) R3、可任选地经取代的芳基、或可任选地经取代的杂芳基;

[0377] R2是H、D、齒素、或S]任选地经取代的坑基；[0378] 每--个R3是独立地选自下组,该组由以下各项组成：

[0379] ⑴H、芳基、经取代的芳基、杂芳基、或经取代的杂芳基；

[0380] (ii)杂环烧基或经取代的杂环燒基；

[0381] (I ii)^CrC8烷基、-C2-C8链烯基或-C2-C8炔基，每一个包含()、1、2、或3个选自O、S、或N的杂原子；-C3_C12环烧基、经取代的-C3-C12环燒基、-C3-C12环烯基、或经取代的-C3-C12环烯基，其中的每一个可以可任选地经取代；以及

[0382] (iv)N1-UN = CR4R6 ；

[0383] 每个R4独立地是.H、烧基、烧基、环烧基、杂环烧基、芳基、或杂芳基,其中的每一个可任选地经取代；

[0384] 或者将R3和R4与它们附接的氮原子一起以形成一个4-10元的环；

[0385] R6是燒基、链稀基、环烧基、环稀基、杂环院基、芳基、或杂芳基，其中的每 Iv可任选地经取代；或者将R4和R6与它们附接的碳原子一起以形成一个4-10元的环；

[0386] m 是 0、1、2、或 3;

[0387] 假设

[0388] (a)如果环A是噻吩基，X是N，R是苯基或经取代的苯基，R2是H, Rb是甲基，并且R1是-(CH2)n-U其中η是I并且L是-CO-N (R3R4),那么不将R3和R4与它们附接的氮原子一起形成一个吗啉代环；

[0389] (b)如果环A是噻吩基，X是N，R是经取代的苯基，R2是H，Rb是甲基，并且R1是-(CII2)n-L，其中η是I并且L是-⑶-N(R3R4)，并且R3和R4之一是H,那么R3和R4中的另一个不是甲基、羟乙基、烷氧基、苯基、经取代的苯基、吡啶基或经取代的吡啶基；并且

[0390] (c)如果环A是唾吩基，X是N, R是经取代的苯基，R2是H, Rb是甲基，并且R1是-(CH2)n-L,其中η是I并且L是-COO-R3,那么R3不是甲基或乙基；[0391 ] 或其一种盐、溶解物或水合物。

[0392] 在某些实施方案中，R是芳基或杂芳基,其中的每一个可任选地经取代。

[0393]在某些实施方案中，L 是 H、-COO-R3' -CO-N (R3R4)、_S (O) 2_R3、-S (O) 2_N (R3R4)、N (R3R4)、N (R4) C (O) R3或可任选地经取代的芳基。在某些实施方案中，每一个R3独立地选自下组，该组由以下各项组成=Ii,可任选地经取代的、包含O、1、2、或3个选自0、S、或N的杂原子的-C1-C8 烷基,或 NH2, K = CR4R6。

[0394] 在某些实施方案中，R2是H、D、卤素或甲基。

[0395] 在某些实施方案中，Rb是烷基、羟烷基、卤烷基、或烷氧基；其中的每一个可任选地经取代

[0396] 在某些实施方案中，Rb是甲基、乙基、羟甲基、甲氧基甲基、三氟甲基、C00H、COOMe、COOEt、或 COOCH2OC (O) CH3。

[0397] 在某些实施方案中,环A是5或6元芳基或杂芳基。在某些实施方案中，环A是硫代呋喃基、苯基、萘基、联苯基、四氢萘基、茚满基、吡啶基、呋喃基、吲哚基、嘧啶基、哒嗪基、吡嗪基、咪唑基、噁唑基、噻吩基、噻唑基、三唑基、异噁唑基、喹啉基、吡咯基、吡唑基、或5,6,7,8-四氢异喹啉基。

[0398] 在某些实施方案中，环A是苯基或噻吩基。

[0399] 在某些实施方案中，m是I或2,并且至少一次出现的Ra是甲基。[0400] 在某些实施方案中，每^-个Ra独立地是H、一个可任选地经取代的烷基,或任何两个Ra与各自附接的多个原子一起可以形成一个芳基。

[0401] 在另一个方面，本发明提供了具有化学式II的化合物：

[0402]

[0403] 其中

[0404] X 是 N 或 CR5 ;

[0405] R5是H、烷基、环烷基、杂环烷基、芳基、或杂芳基,其中的每一个可任选地经取代；

[0406] Rb是H、烷基、羟烷基、氨基烷基、烷氧基烷基、齒烷基、羟基、烷氧基、或-COO-R3,其中的每一个可任选地经取代；

[0407] 每^-个Ra独立地是烷基、环烷基、杂环烷基、芳基、或杂芳基,其中的每一个可任选地经取代；或者任何两个Ra与各自附接的多个原子一起可以形成一个融合的芳基或杂芳基基团；

[0408] R是烷基、环烷基、杂环烷基、芳基、或杂芳基，其中的每一个可任选地经取代；

[0409] R’ i是H、-COO-R3' -CO-R3、可任选地经取代的芳基、或可任选地经取代的杂芳基；

[0410] 每一个R3是独立地选自F组，该组由以下各项组成：

[0411] (i)H、芳基、经取代的芳基、杂芳基、经取代的杂芳基；

[0412] (ii)杂环烷基或经取代的杂环烷基；

[0413] (Iii)-C1-C8烷基、-C2-C8链烯基或-C2-C8炔基，每-一个包含0、1、2、或3个选自O、S、或N的杂原子；-C3-C12环烷基、经取代的-C3-C12环烷基；-C3-Cl2环烯基、或经取代的-C3-C12环烯基；其中的每一个可以可任选地经取代；

[0414] m 是 0、1、2、或 3;

[0415] 假设如果R’ I是-COO-R3, X是N, R是经取代的苯基，并且Rb是甲基，那么R3不是甲基或乙基;

[0416] 或其一种盐、溶解物或水合物。

[0417] 在某些实施方案中，R是芳基或杂芳基,其中的每一个可任选地经取代。在某些实施方案中，R是苯基或吡啶基,其中的每^-个可任选地经取代。在某些实施方案中，R是对-Cl-苯基、邻-Cl-苯基、间-Cl-苯基、对-F-苯基、邻-F-苯基、间-F-苯基或吡啶基。

[0418] 在某些实施方案中，R’ i是-C00-R3、可任选地经取代的芳基、或可任选地经取代的杂芳基；并且R3是-C1-C8烷基，它包含O、1、2、或3个选自0、S、或N的杂原子，并且它可以可任选地经取代。在某些实施方案中，R’ !是-COO-R3,并且R3是甲基、乙基、丙基、异丙基、丁基、仲丁基、或叔丁基；或R’，是H或可任选地经取代的苯基。

[0419] 在某些实施方案中，Rb是甲基、乙基、羟甲基、甲氧基甲基、三氟甲基、C00I1、COOMe、COOEt.、COOCH2OC (O) CH3。

[0420] 在某些实施方案中，Rb是甲基、乙基、羟甲基、甲氧基甲基、三氟甲基、C00H、COOMe、COOE t、或 COOCH2OC (O) CH3。

[0421] 在某些实施方案中，每一个Ra独立地是一个可任选地经取代的烷基,或任何两个Ra与各自附接的多个原子^-起可以形成--个融合的芳基。

[0422] 在某些实施方案中，每一个Ra是甲基。

[0423] 在另一个方面，本发明提供了具有化学式III的化合物：

[0424]

[0425] 其中

[0426] X 是 N 或 CR5 ;

[0427] R5是H、烧基、环烧基、杂环院基、芳基、或杂芳基,其中的每一个可任选地经取代；

[0428] Rb是.H、烧基、轻烧基、氣基烧基、烧氧基烧基、齒烧基、轻基、烧氧基、或-COCHR3，其中的每一个可任选地经取代；

[0429] 环A是芳基或杂芳基；

[0430] 每一个Ra独立地是燒基、环院基、杂环燒基、芳基、或杂芳基，其中的每 Iv可任选地经取代；或者任何两个Ra与各自附接的多个原子一起可以形成一个融合的芳基或杂芳基基团；

[0431] R是烷基、环烷基、杂环烷基、芳基、或杂芳基，其中的每一个可任选地经取代；

[0432] 每一个R3是独立地选自下组’该组由以下各项组成：

[0433] (i)H、芳基、经取代的芳基、杂芳基、或经取代的杂芳基；

[0434] (ii)杂环烷基或经取代的杂环烷基；

[0435] (Iii)-C1-C8烷基、-C2-C8链烯基或-C2-C8炔基，每一个包含0、1、2、或3个选自O、S、或N的杂原子；-C3-C12环烷基、经取代的-C3-C12环烷基、-C3-C12环烯基、或经取代的-C3-C12环烯基,其中的每一个可以可任选地经取代；以及

[0436] (iv)NH2, N = CR4R6 ；

[0437] 每一个R4独立地是H、烷基、烷基、环烷基、杂环烷基、芳基、或杂芳基,其中的每一个可任选地经取代；

[0438] 或将R3和R4与它们附接的氮原子一起以形成一个4-10元环；

[0439] R6是烧基、链稀基、环院基、环稀基、杂环燒基、芳基、或杂芳基,具中的每-一个可任选地经取代;或将R4和R6与它们附接的碳原子一起以形成一个4-10元环；

[0440] m 是 0、1、2、或 3;

[0441] 假设[0442] 如果环A是噻吩基,X是N, R是苯基或经取代的苯基,Rb是甲基,那么不将R3和R4与它们附接的氮原子一起形成一个吗啉代环；并且

[0443] 如果A是噻吩基，X是N, R是经取代的苯基，R2是H, Rb是甲基，并且R3和R4之一是H,那么R3和R1中的另一个不是甲基、羟乙基、烷氧基、苯基、经取代的苯基、吡啶基或经取代的吡啶基；

[0444] 或其一种盐、溶解物或水合物。

[0445] 在某些实施方案中，R是芳基或杂芳基,其中的每一个可任选地经取代。在某些实施方案中，R是苯基或吡啶基,其中的每一个可任选地经取代。

[0446] 在某些实施方案中，R是对-Cl-苯基、邻-Cl-苯基、间-Cl-苯基、对-F-苯基、邻-F-苯基、间-F-苯基或吡啶基。在某些实施方案中，R3是H、NH2、或N = CR4R6。

[0447] 在某些实施方案中，每一个R4独立地是H、烷基、环烷基、杂环烷基、芳基、杂芳基；其中的每一个可任选地经取代。

[0448] 在某些实施方案中，R6是烷基、链烯基、环烷基、环烯基、杂环烷基、芳基、或杂芳基，其中的每一个可任选地经取代。

[0449] 在另一个方面，本发明提供了具有化学式IV的化合物：

[0450]

[0451] 其中

[0452] X 是 N 或 CR5 ;

[0453] R5是H、燒基、环院基、杂环烧基、芳基、或杂芳基，其中的每个可任选地经取代；

[0454] Rb是H、烷基、羟烷基、氨基烷基、烷氧基烷基、卤烷基、羟基、烷氧基、或-COO-R3，其中的每^-个可任选地经取代；

[0455] 环A是芳基或杂芳基；

[0456] 每 ^ Ra独立地是烧基、环烧基、杂环烧基、芳基、或杂芳基，其中的每一个可任选地经取代；或者任何两个Ra与各自附接的多个原子一起可以形成一个融合的芳基或杂芳基基团；

[0457] Rl 是-(CH2)n-L,其中 η 是 0-3 并且并且 L 是 H、-COO-R3、-CO-R3、-CO-N(R3R4)、-S (O)2-R3、-S (O) 2-N (R3R4)、N (R3R4)、N (R4) C (0) R3、可任选地经取代的芳基、或可任选地经取代的杂芳基；

[0458] R2是H、D、卤素、或可任选地经取代的烷基；[0459] 每^-个R3独立地选自下组,该组由以下各项组成成

[0460] (i)H、芳基、经取代的芳基、杂芳基、或经取代的杂芳基；[0461 ] (ii)杂环烧基或经取代的杂环燒基；

[0462] (Ui)-C1-C8烷基、-C2-C8链烯基或-C2-C8炔基，每一个包含()、1、2、或3个选自O、S、或N的杂原子；-C3_C12环烧基、经取代的-C3-C12环燒基、-C3-C12环烯基、或经取代的-C3-C12环烯基，其中的每一个可以可任选地经取代；以及

[0463] (Iv)NH2, N = CR4R6 ；

[0464] 每个R4独立地是.H、烧基、烧基、环烧基、杂环烧基、芳基、或杂芳基,其中的每一个可任选地经取代；

[0465] 或将R3和R4与它们附接的氮原子一起以形成一个4-10元环；

[0466] R6是燒基、链稀基、环烧基、环稀基、杂环院基、芳基、或杂芳基，其中的每 Iv可任选地经取代；或将R4和R6与它们附接的碳原子一起以形成一个4-10元环；

[0467] m 是 0、1、2、或 3;

[0468] 假设

[0469] (a)如果环A是噻吩基，X是N, R2是H, Rb是甲基，并且R1是-(CH2)n-L,其中η是O并且L是-CO-N(R3R1)，那么不将R3和R4与它们附接的氮原子一起形成一个吗啉代环；

[0470] (b)如果环A是噻吩基，X是N, R2是H, Rb是甲基，并且R1是-(CH2)n-L,具中η是O并且L是-CO-N(R3R4),并且R3和R4之一是H，那么R3和R4中的另一个不是甲基、羟乙基、烧氧基、苯基、经取代的苯基、B比淀基或经取代的B比淀基；并且

[0471] (c)如果环A是噻吩基，X是K, R2是H, Rb是甲基，并且R1是™ (CH2)n-L,其中η是O并且L是-COO-R3,那么R3不是甲基或乙基；或者

[0472] 其一种盐、溶解物或水合物。

[0473] 在某些实施方案中，R1是-(CH2)n-L,其中η是0-3并且L是-COO-R3、可任选地经取代的芳基、或可任选地经取代的杂芳基；并且R3是-C1-C8烷基,它包含0、1、2、或3个选自O、S、或N的杂原子,并且它可以可任选地经取代。在某些实施方案中，η是I或2并且L是烷基或-COO-R3,并且R3是甲基、乙基、丙基、异丙基、丁基、仲丁基、或叔丁基；或η是I或2并且L是H或可任选地经取代的苯基。

[0474] 在某些实施方案中，R2是H或甲基。

[0475] 在某些实施方案中，Rb是甲基、乙基、羟甲基、甲氧基甲基、三氟甲基、C00H、C00Me、COOEt、COOCH2OC (O) CH3。

[0476] 在某些实施方案中，环A是苯基、萘基、联苯基、四氢萘基、茚满基、吡啶基、呋喃基、喷噪基、嘧啶基、哒嗪基、吡嗪基、咪唑基、噁唑基、噻吩基、噻唑基、三唑基、异噁唑基、喹啉基、吡咯基、吡唑基、或5,6, 7,8-四氢异喹啉基。

[0477] 在某些实施方案中，每一个Ra独立地是一个可任选地经取代的烷基，或任何两个Ra与各自附接的多个原子一起可以形成一个芳基。

[0478] 本发明还提供了具有化学式V-XXII的化合物，以及在此所述的任何化合物

[0479] 在另--个方面,本发明提供了由以下化学式表示的化合物：

[0480][0481] 其一种盐、溶解物或水合物。

[0482] 在某些实施方案中，该化合物是(+)-JQl ：

[0483]

[0484] 其一种盐、溶解物或水合物。

[0485] 在另一个方面，本发明提供了由以下化学式表示的化合物：

[0486]

[0487]

[0488] 其ー种盐、溶解物或水合物。

[0489] 在另一个方面,本发明提供了由以下化学式表示的化合物：

[0490]

[0491] 其ー种盐、溶解物或水合物。

[0492] 在另ー个方面，本发明提供了由以下化学式中的任何ー个表示的化合物：

[0493]

[0494] 或其ー种盐、溶解物或水合物

[0495] 在另ー个方面，本发明提供了由以下化学式中的任何ー个表示的化合物：

[0496]

[0497] 或其一种盐、溶解物或水合物。

[0498] 在另ー个方面，本发明提供了由以下结构中的任何ー个表示的化合物：

[0499]

[0500]

[0505]

[0506] 或其…-种盐、溶解物或水合物。

[0507] 在某些实施方案中，本发明的ー种化合物可由以下结构之一表示

[0508]

[0509]

[0510]

[0512]

[0514] 或其ー种盐、溶解物或水合物。

[0515] 在一个实施方案中，该化合物由以下结构表示：

[0516]

[0517] 或其--种盐、溶解物或水合物。

[0518] 在另ー个实施方案中，该化合物由以F结构表示：

[0519]

[0520] 或其一种盐、溶解物或水合物。

[0521] 在另ー个实施方案中，该化合物由以下结构表示：

[0522]

[0523] 或其ー种盐、溶解物或水合物。

[0524] 在某些实施方案中，本发明的化合物可以具有与在此列出的任何化合物相反的手性。

[0525] 在某些实施方案中，本发明提供了ー种由化学式（V)、(VI)、或（VII)表示的化合物：

[0526]

[0527]

[0528] 其中，R、R1、以及R2和Rb具有如在化学式(I)中相同的意义；Y是O、N、S、或CR5,其中R5具有如在化学式（I)中相同的意义是0或I ;并且化学式（VII)中的虚线圈表示芳族的或者非芳族的环；或其ー种盐、溶解物或水合物。

[0529] 在化学式1-1V和VI (或在此的任何化学式）中任一的某些实施方案中，R6表示下面表A中列出的醛的非羰基部分（即,对具有化学式R6CHO的醛而言,R6是该醛的非羰基部分）。在某些实施方案中，R4和R6 —起表示表A中列出的酮的非羰基部分（即，对化学式R6C(O)R4的酮而言，R4和R6是该酮的非羰基部分）

[0530]表 A ：

[0531]

[0533] 在一个实施方案中，化合物可由以F化学式表示••[0534]或其ー种盐、溶解物或水合物。

[0535] 在某些实施方案中，该化合物是（消旋的）JQl ;在某些实施方案中，这种化合物是(+)_JQ1。在某些实施方案中，该化合物是选自下组，该组由以下各项组成：

[0536]

[0537]和

[0538]^. 或其一种盐、溶解物或水合物。

[0539] 化合物的另外的实例包括根据以下化学式中任--所述的化合物：

[0540]

[0542] 或其一种盐、溶解物或水合物。

[0543] 在化学式IX-XXII中，R和ST可以是，例如，H、芳基、经取代的芳基、杂芳基、杂芳基、杂环燒基、-C1-C8燒基、-C2-C8链烯基、-C2-C8块基、-C3-C12环院基、经取代的-C3-C12环烷基、-C3-C12环烯基、或经取代的-C3-C12环烯基，其中的每ー个可以可任选地经取代。在化学式XIV中，X可以是用于如在此所描述的芳基基团的任何取代基。

[0544] 可以通过多种方法制备本发明的化合物，其中ー些方法在本领域是已知的。例如，下文提供的化学实例提供了用于制备化合物JQl (作为消旋体）以及对映异构体（+)-JQl和(-)-JQl的合成方案（见方案SI和S2)。可以替换适当的起始材料通过类似的的方法制备具有化学式（I)-(XXII)的化合物。

[0545] 例如，从JQl起始,类似的胺可以按照下面所示的方案I制备。

[0546]

[0547] 如方案I中所示，JQl的叔丁基酯的水解提供羧酸,用ニ苯基磷酰基叠氮化物(DPPA)处理该羧酸并使其经历克尔蒂斯(Curtius)重排条件以提供苄氧羰基(Cbz)保护的胺，然后脱保护产生该胺。该胺基团的后续加工，例如通过还原氨化，产生仲胺，这种仲胺可以被进一步地烧基化以提供叔胺。

[0548]

[0549] 方案2列出了本发明的化合物的另外的实例的合成,例如具有化学式I的化合物，其中稠环核心被修饰（例如，通过如化学式I中环A的不同的芳基环的取代）。使用具有适当官能度的氨基ニ芳基酮（例如，替换以下方案SI中的氨基ニ芳基酮）提供了具有多种稠环核心和/或芳基基团附属物（相应于化学式]:中的基团R)的新颖化合物。这样的氨基ニ芳基酮是可商购的或者可以通过多种方法制备，其中一些方法在本领域是已知的。

[0550] 方案3提供了用于制备本发明的另外的化合物的其他示例性合成方案。

[0551]

[0552] 如方案3所示,用R部分（DAM= ニ甲氨基亚甲基保护基团）对稠合的ニ环前体(參见以下用于合成这种化合物的方案SI)进行官能化,并且然后通过与酰胼进行反应对其进行加工以形成三环的稠合核心。通过选择合适的酰肼可以改变取代基Rx。

[0553] 本发明的化合物的其他实例（可以通过在此描述的方法制备)包括：

[0554] 酰胺类：

[0555] 可以通过例如以下的步骤制备酰胺类：制备相应的羧酸或酷，随后用适当的胺在标准条件下对其进行酰胺化。在某些实施方案中，酰胺提供了具有含有末端氮的环（例如，吡啶基、哌啶基、哌嗪基、咪唑基（包括N-甲基-咪唑基）、吗啉基等）的ニ碳“连接子”。示例性的酰胺结构包含：

[0556]

[0557] 优选使用酰胺部分与含有末端氮的环之间的ニ碳链接子。

[0558] “反向酰胺类”：

[0559]

[0560] 仲胺类:

[0561]

[0562] 硼酸类：

[0563]

[0564] 在某些实施方案中，具有至少ー个手性中心的化合物以消旋形式存在。在某些实施方案中，具有至少ー个手性中心的化合物是在对映异构体意义上富集的，即，具有至少大约 10%、20 %、30 % ,40%, 50 %、60 %、70 %、80 % ,85 % ,90 % ,95% ,99 % gK 100 % 的对映异构体过量（e. e.)。在某些实施方案中，化合物与在此描述的化合物（+)-JQl ((S)-叔丁基2-(4-(4-氯苯基）-2, 3，9-三甲基-6H-噻吩并[3,2-f] [1,2,4]三唑并[4,3-a] [1,4] ニ氮杂环庚-6-基）乙酸酷）具有相同的绝对构型。

[0565] 在于此披露的任一化学式的某些实施方案中，该化合物不由以下结构表示：

[0566]

[0567]其中：

[0568] R’ i 是 C1-C4 烷基；

[0569] R’ 2是氢、卤素、或可任选地经卤素原子或羟基基团取代的C1-C4烷基；

[0570] R’ 3是卤素原子、可任选地经卤素原子取代的苯基、C1-C4烷基、C1-C4烷氧基、或氰基；-NR5-(CH2)m-R6，其中R5是氢原子或C1-C4烷基，m是0-4的整数,并且R6是可任选地经卤素原子取代的苯基或吡啶基；或-NR7-CO-(CII2)n-R8，其中R7是氢原子或C1-C4烷基，n是0-2的整数,并且R8是可任选地经卤素原子取代的苯基或吡啶基；并且

[0571] R，4 是-(CH2)a-CO-NH-R9,具中 a 是 1-4 的整数，并且 R9 是 C1-C4 烧基;C「C4 轻燒基A-C4烷氧基；或可任选地经C1-C4烷基、C1-C4烷氧基、氨基或羟基基团取代的苯基或吡啶基，或-(CII2)b-COOR10，其中b是1-4的整数,并且Rltl是C1-C4烷基。

[0572] 术语“药学上可接受的盐（pharmaceutically acceptable salt)”指的是由在此披露的化合物（例如，JQl,具有化学式1-XXII的化合物）或在此描述的任何其他化合物制备的盐，这种盐具有酸性官能团，如羧酸官能团，以及药学上可接受的无机或有机碱。适合的碱包括，但并不局限于,碱金属，如钠、钾、以及锂，的氢氧化物；碱土金属，如1¾和镁，的氢氧化物；其他金属，如铝和锌，的氢氧化物；氨、和有机胺类,如未经取代的或经羟基取代的单_、ニ-、或二院基胺；ニ环己胺；ニ丁基胺；卩比卩定；N-甲基-N- Zj基胺；ニ乙胺；ニ乙胺；单_、双-或三-(2-羟基-低级烷基胺类),如单_、双-、或三-(2-羟基乙基)胺、2-羟基-叔丁胺、或三-(羟基甲基)甲胺，N, N- ニ -低级烷基-N-(羟基低级烷基）-胺,如N,N-二甲基-N-(2-羟基乙基）胺,或三-(2-羟基乙基）胺；N-甲基-D-葡糖胺；以及氨基酸类，如精氨酸、赖氨酸等。术语“药学上可接受的盐(pharmaceutically acceptable salt) ”还指的是由在此披露的化合物，或在此描述的任何其他化合物制备的盐，这种盐具有碱性官能团，如氨基官能团，以及药学上可接受的无机或有机酸。适合的酸包括，但并不局限于，硫酸氢盐、柠檬酸、乙酸、草酸、盐酸、溴化氢、碘化氢、硝酸、磷酸、异烟酸、乳酸、水杨酸、酒石酸、抗坏血酸、琥拍酸、马来酸、苯磺酸0、富马酸、葡糖酸、glucaronic acid、糖ニ酸、甲酸、苯甲酸、谷氨酸、甲磺酸、乙磺酸、苯磺酸O、以及对甲苯磺酸。

[0573] In Silico筛选法和系统

[0574] 在另一方面，本发明提供了一种机器可读存储媒质,这种媒质包括在此鉴别的:BET家族成员多肽（例如，BRD4结构域）结合位点的结构坐标。这是JQl的推荐结合位点。用这些数据进行编码的存储媒质可以在计算机屏幕或者类似的观看装置上显示包括这样的结合位点的分子或分子络合物的三维图形表示。

[0575] 本发明还提供了用于设计、评估以及鉴别结合到上述结合位点的化合物的方法。预期这样的化合物会抑制BET家族成员W_，BRD2、BRD3、BRD4、BRDT)的生物活性和/或破坏BET家族成员（例如，BRD2、BRD3、BRD4、BRDT)的亚細胞定位。本发明提供了ー种计算机，该计算机用于产生a)分子或分子络合物的三维表示，其中所述分子或分子络合物包括结合位点山）所述分子或分子络合物的同系物的三维表示,其中所述同系物包括与所述氨基酸的主链原子的均方根偏差不大于大约2. 0 (更优选地是不大于1. 5)埃的结合位点，其中所述计算机包括：

[0576] (i) ー个包括用机器可读数据进行编码的数据存储材料的机器可读数据存储媒质，其中所述数据包括在溴基结构域结构结合袋或其他BET家族成员结合位点内的氨基酸残基的结构坐标；

[0577] (ii) 一个用于存储处理所述机器可读数据的指令的工作存储器；

[0578] (iii) 一个耦合到所述工作存储器和所述机器可读数据存储媒质的、用于将所述机器可读数据处理成所述三维表示的中央处理器；以及

[0579] (iv) 一个耦合到所述中央处理器的、用于显示所述三维表示的显示器。

[0580] 如此,该计算机产生了包括结合位点的分子或者分子络合物的三维图形结构。[0581 ] 在另ー个实施方案中，本发明提供了一种计算机，该计算机用于产生由BET家族成员（__,BRD2、BRD3、BRD4、BRI)T)氨基酸的结构坐标定义的分子或分子络合物的三维表示，或者所述分子或分子络合物的同系物的三维表示,其中所述同系物包括与所述氨基酸的主链原子的均方根偏差不大于2. 0(更优选地是不大于1. 5)埃的结合位点。

[0582] 在多个示例性实施方案中，该计算机或计算机系统可以包括本领域常规的部件，例如美国专利号5，978，740和/或6，183，121 (通过引用结合在此）披露的。例如，计算机系统可以包括一个包括中央处理器（“CPU”）的计算机V-个工作存储器（可以是例如RAM (随机存取存储器)或“核心（core) ”存储器)、ー个海量存储存储器（如ー个或多个磁盘驱动器或CD-ROM驱动器）、一个或多个阴极射线管（CRT)或液晶显示器(LCD)显示终端、一个或多个键盘、ー个或多个输入线、以及ー个或多个输出线,所有的部件通过常规的系统总线互相连接。

[0583] 可以通过使用一个调制解调器或通过数据线连接的多个调制解调器将本发明的机器可读数据输入到该计算机。可替代地或者另外地，该输入硬件可以包括CD-ROM驱动器、磁盘驱动器或闪存。键盘连同显示终端也可以用作输入装置。

[0584] 通过输出线耦合到该计算机的输出硬件同样可以由常规的装置实现。通过举例，输出硬件可以包括用于使用程序（如QUANTA或PYM0L)显示本发明的结合袋的图形表示的CRT或LCD显示终端。输出硬件还可以包括打印机、或磁盘驱动器以便存储稍后使用的系统输出。

[0585] 在操作中，该CPU协调各种输入和输出装置的使用、协调从该海量存储器的数据存取以及到和从该工作存储器的数据存取、并且确定数据处理步骤的順序。可以使用多个程序，包括商购的软件，处理本发明的机器可读数据。[0586] 用于存储根据本发明的机器可读数据的磁存储媒质可以是常规的。可以用一种机器可读数据对磁数据存储媒质进行编码，该机器可读数据能通过系统来执行，如以上描述的计算机系统。该媒质可以是ー种常规的软磁盘或硬磁盘，具有一个适合的基底，该基底可以是常规的,和一个适合的涂层,该涂层也可以是常规的,在ー侧或两侧,包含其极性或定向可以被磁性地改变的多个磁结构域。该媒质还可以具有一个用于接收磁盘驱动器或其他数据存储装置的轴(spindle)的开ロ（未示出）。

[0587] 对该媒质的这些磁结构域进行极化或定向以便以ー种方式（可以是常规的)对用于通过ー种系统执行（如在此描述的计算机系统）的机器可读数据进行编码，如在此描述的机器可读数据。

[0588] 也可以用可通过计算机系统执行的机器可读数据、或指令集对ー种光学可读数据存储媒介进行编码。该媒介可以是常规的光盘只读存储器（CD-ROM)或可改写的媒介，如光学可读的并且磁光可写的磁光盘

[0589] 对CD-ROM而言，正如熟知的一样,磁盘涂层是反射的并且被压印了多个凹以便编码该机器可读数据。通过该涂层的表面的反射激光读取凹的排列。在该反射涂层的顶部提供保护性涂层，该保护性涂层优选是基本透明的。

[0590] 对磁光盘而言，正如熟知的一祥,数据记录涂层没有凹，但是具有多个磁结构域，当例如通过激光将其加热到高于特定的温度时,这些磁结构域的极性或定向可以被磁性地改变。可以通过测量从该涂层反射的激光的极化读取这些结构域的定向。这些结构域的排列对以上描述的数据进行编码。

[0591] 当与用软件编程的计算机连同使用以将那些坐标翻译成包括结合袋的分子或分子络合物的三维结构时,结构数据可以被用于多种目的，如药物发现。

[0592] 例如，可以对由数据编码的结构通过计算来评估其与化学实体相关联的能力。与BET家族成员（例如，BRD2、BRD3、BRD4、BRDT)的結合位点相关联的化学实体预期能抑制瘤形成細胞的増殖或诱导其分化、抑制BET家族成员(例如，BRD2、BRD3、BRIM、BRDT)的生物活性、和/或破坏亚细胞定位。这样的化合物是潜在的药物候选物。可替代地,可以在计算机屏幕上以图形三维表示的形式显示由数据进行编码的结构。这允许了对结构的可视观察，以及对结构与化学实体的关联的可视观察。

[0593] 这样,根据另ー个实施方案,本发明涉及ー种方法，该方法用于评估ー种化学实体与以下相关联的潜力：包括由如在此所描述的BET家族成员（例如,BRD2、BRD3、BRD4、BRDT)的结构坐标定义的结合位点的分子或分子络合物，或者所述分子或分子络合物的同系物，其中所述同系物包括与所述氨基酸的主链原子的均方根偏差不大于2. 0 (更优选地是1. 5)埃的结合袋。

[0594] 该方法包括以下步骤：

[0595] i)使用计算手段进行该化学实体与BET家族成员（例如,BRD2、BRD3、BRD4、BRDT)多肽或其片段或分子络合物之间的适宜度操作；并且

[0596] ii)分析该适宜度操作的结果以便量化该化学实体与该结合袋之间的关联。这个实施方案涉及评估化学实体关联或结合BET家族成员（例如,BRD2、BRD3、BRD4、BRDT)或其片段的结合位点的潜力。

[0597] 如在此所使用的术语“化学实体（chemical enti ty) ”指的是化学化合物、至少两种化学化合物的络合物、以及这样的化合物或络合物的片段。

[0598] 在某些实施方案中，该方法评估了化学实体关联由如在此所描述的BET家族成员(例如，BRD2、BRD3、BRD4、BRDT)的所有氨基酸的结构坐标定义的分子或分子络合物、或者所述分子或分子络合物的同系物的潜力，该同系物的与所述氨基酸的主链原子的均方根偏差不大于2. 0 (更优选地是不大于1. 5)埃。

[0599] 在ー个另外的实施方案中，在ー种用于鉴别包括溴基结构域结合位点（例如，溴基结构域结构结合袋）的分子的拮抗剂的方法中可以使用在此描述的结合位点中之一的结构坐标。该方法包括以下步骤：

[0600] a)使用BET家族成员的原子坐标；并且

[0601] b)使用三维结构以便设计或选择潜在的促效剂或拮抗剂。通过任何可用的手段可以获得该化合物。所谓“获得（obtaining) ”意味着,例如，合成、购买、或以其他得到该促效剂或拮抗剂的方式。如果希望，该方法进ー步地包括将该促效剂或拮抗剂与BET家族成员多肽或其片段进行接触，以便确定该潜在的促效剂或拮抗剂与该分子相互作用的能力。如果希望，该方法还进一歩地包括以下步骤：将瘤形成細胞与溴基结构域结合化合物进行接触并且评价细胞毒性，评价瘤形成細胞増殖、細胞死亡、BET家族成员生物活性、或亚细胞定位。

[0602] 在另一个实施方案中，本发明提供了一种用于鉴别BET家族成员（例如，BRD2、BRD3、BRD4、BRDT)的潜在拮抗剂的方法，该方法包括以下步骤:

[0603] a)使用BET家族成员（例如，BRD2、BRD3、BRD4、BRDT)的原子坐标（例如，溴基结构域结构结合袋）；并且

[0604] b)使用三维结构以便设计或选择潜在的促效剂或拮抗剂。

[0605] 本发明人关于迄今为止末鉴别的溴基结构域结合位点的说明为设计新颖化学实体和化合物提供了必要的信息，这些化学实体和化合物可以整体或部分地与溴基结构域相互作用，并且可以因此调制(例如’抑制)BET家族成员(例如，BRD2、BRD3、BRD4、BRDT)的活性。

[0606] 根据本发明，结合到BET家族成员（例如，BRD2、BRD3、BRD4和BRDT)结构结合袋序列的，降低溴基结构域的生物活性、或者破坏了 BET家族成员的亚細胞定位的化合物的设计总体上包含几种因素的考虑。在一个实施方案中，该化合物物理地和/或结构地关联BET家族成员（例如，BRD2、BRD3、BRD4和BRDT)的至少--个片段,如溴基结构域结构结合袋序列内的结合位点。在这种关联中重要的非共价分子相互作用包括氢键、范德华相互作用、疏水相互作用以及静电相互作用。令人希望的是,该化合物采取允许其直接关联ー个或多个溴基结构域結合位点的构象。尽管该化合物的某些部分并不直接地參与这些关联,该实体的那些部分仍然可以影响该分子的总体构象。反过来,这可以对该化合物的效能有重要的影响。这样的对构象的要求包括与该结合位点的全部或一部分有关的该化学化合物的总体三维结构和定向，或官能团的间距，这些官能团包括与该结合位点直接作用的几种化学化合物或其同系物。

[0607] 可以在实际合成和测试之前,通过计算机建模技术分析化学化合物对于溴基结构域结合位点潜在的抑制或结合作用。如果给定化合物的理论结构暗示了其与目标结合位点之间不充分的相互作用和关联,就取消这种化合物的测试。然而，如果计算机建模表明了强相互作用，则合成这种化合物并且对其结合BET家族成员（例如,BRD2、BRD3、BRD4和BRDT)结构结合袋序列的能力进行测试，或者通过测定例如在瘤形成細胞内的細胞毒性、通过测定BET家族成员生物活性的減少、或者通过测定BET家族成员（例如，BRD2、BRD3、BRD4和BRDT)的亚细胞定位对其生物活性进行测试。可以通过一系列的步骤对候选化合物经计算进行评估，其中针对其关联溴基结构域结构结合袋的能力对化学实体或片段进行筛选和选择。

[0608] 本领域普通技术人员可以针对其关联溴基结构域結合位点的能力使用几种方法之ー筛选化学化合物或片段。该过程可以通过对例如基于在此描述的BET家族成员的结构坐标、或定义类似的从机器可读存储媒质产生的形状的其他坐标的、计算机屏幕上的结合位点进行可视观察而开始。然后在如上文所定义的结合位点内，对被选择的片段或化学化合物进行多种定向的定位或者对接。使用软件，如Quanta和DOCK,可以完成对接，随后用标准分子力学カ场，如CHARMM和AMBER进行能量最低化以及分子动力学。

[0609] 专门的计算机程序（例如,在本领域已知的和/或可商购的和/或如在此所描述的）也可以辅助选择片段或化学实体的过程。

[0610] 一旦选择了适合的化学实体或片段，可以将它们组装成单个的化合物或络合物。可以通过可视观察与目标结合位点的结构坐标有关的计算机上显示的三维图像中的片段彼此之间的相互关系来进行组装。

[0611] 代替继续如以上所描述的一次一个片段或化学实体的逐步方式构建结合袋的抑制子,可以使用空的結合位点或可任选地包括ー个或多个抑制剂的ー个或多个部分将抑制子或其他结合化合物作为ー个整体或“从头（denovo) ”进行设计。在本领域有很多熟知的从头的配体设计方法,其中一些是可商购的（例如,可从圣路易斯密苏里州0的公司获得白勺 LeapFrog)

[0612] 根据本发明，也可以使用其他分子建模技术（参见例如，N.C.Cohen等人，“用于药物化学的分子建模软件和方法(Molecular Modeling Software and Methods forMedicinal Chemistry) ”，《医药化学杂志》(J. Med. Chem.), 33, pp. 883-894 (1990);还可参见，M. A. Navia和M. A. Murcko, “结构信息在药物设计中的用途（The Use of StructuralInformation in Drug Design) ”,《结构生物学当前观点〉〉(Current Opinions inStructural Biology), 2, pp. 202-210 (1992) ；L. M. Balbes 等人，“现代方法在计算机辅助药物设i十中的®望(A Perspective of Modern Methods in Computer-Aided Drug Design) n《计算化学综述》（Reviews in Computational Chemistry),第 5 卷，K. B. Lipkowitz 和D. B. Boyd,编辑，VCII，纽约，pp. 337-380(1994);还可参见,I C. Guida，“用于基于结构的药物设计的软件（Software For Structure-Based Drug Design) ”，《结构生物学当前观点》(Curr. Opin. Struct. Biology)”, 4，pp.777-781(1994))

[0613] 一旦设计或选择了ー种化合物，就可以通过计算评估对这种实体结合到结合位点的效率进行测试和优化。

[0614] 专门的计算机软件在本领域是可获得的，以便评估化合物变形能和静电相互作用。为此用途设计的程序实例包括：AMBER、QUANTA/CHARMM(公司，威斯康星麦迪逊（)）等。例如，可以通过使用可商购的图形工作站实现这些程序。其他的硬件系统和软件包对本领域的普通技术人员将是已知的。[0615]另--个技术包含化合物的虚拟库的in silico筛选,例如,如在此所描述的（參见例如，实例部分）的。可以快速地筛选数千化合物并且可以选择最好的虚拟化合物用于进一歩的筛选（例如，通过合成和体外或体内测试）。小分子数据库可用于筛选化学实体或化合物,这些化学实体或化合物可以整体或部分地结合到BET家族成员（例如，BRD2、BRDS,BRD4和BRDT)的溴基结构域结合位点。在这种筛选中，可以通过形状互补性或通过估算的相互作用能判断这样的实体适宜到该结合位点的质量。

[0616] ー种用于产生以下各项的三维表不的计算机

[0617] a)分子或分子络合物，其中所述分子或分子络合物包括由在溴基结构域的结构结合袋序列内的氨基酸残基的结构坐标定义的BET家族成员的结构结合袋；或

[0618] b)所述分子或分子络合物的同系物的三维表示,其中所述同系物包括与所述氨基酸的主链原子的均方根偏差不大于大约2. 0(更优选地是不大于1. 5)埃的結合位点，其中所述计算机包括：

[0619] (i)--个包括用机器可读数据进行编码的数据存储材料的机器可读数据存储媒质，其中所述数据包括在BET家族成员结构结合袋序列内的氨基酸残基的结构坐标；

[0620] (ii) 一个用于存储处理所述机器可读数据的指令的工作存储器；

[0621] (iii) 一个耦合到所述工作存储器和所述机器可读数据存储媒质的、用于将所述机器可读数据处理成所述三维表示的中央处理器；以及

[0622] (iv) 一个耦合到所述中央处理器的、用于显示所述三维表示的显示器。如在实例中所描述的，可以使用例如以下描述的“另外的筛选方法”、或本领域已知的任何其他方法对使用in silico方法鉴别的化合物可任选地进行体外或体内测试。

[0623] 另外的筛选方法

[0624] 如以....ヒ所描述的，本发明提供了化学化合物的具体实例，这些化学化合物包括JQ1、以及结合溴基结构域结合袋的以及在瘤形成細胞内诱导細胞分化或减少细胞增殖的其他取代的化合物。然而,本发明并不是局限于此。本发明进一歩提供了一种用于鉴别试剂（包括核酸、肽、小分子抑制子、以及模拟物）的简单手段,这种试剂能够结合到BET家族成员，对于瘤形成細胞是细胞毒性的，降低BET家族成员的生物活性,或破坏BET家族成员的亚细胞定位。这样的化合物还预期对于瘤形成、炎性疾病、肥胖症、脂肪肝（非酒精性脂肪性肝炎（NASH)或另外的）、糖尿病、动脉硬化、动脉支架闭塞、心衰竭、恶病质、移植物抗宿主疾病、溴基结构域相关传染病的治疗或者预防，寄生虫、疟疾、锥虫的治疗，以及用于减少雄性生育率是有用的。本发明的组合物的其他用途包括，但并不局限于，用于器官移植，针对再生药物的細胞状态的调制（即通过促进或抑制細胞分化），以及协助多潜能性。

[0625] 具体地，本发明的某些方面至少部分的基于以下发现：降低BET家族成员多肽的生物活性的试剂作为对于瘤形成、炎性疾病、肥胖症、脂肪肝（非酒精性脂肪性肝炎(NASH)或另外的)、糖尿病、动脉硬化、动脉支架闭塞、心衰竭、恶病质、移植物抗宿主疾病、漠基结构域相关传染病的治疗或者预防，寄生虫、症疾、维虫的治疗，以及对于减少雄性生育率的疗法可能是有用的。本发明的组合物的其他用途包括,但并不局限于,用于器官移植,针对再生药物的細胞状态的调制（即通过促进或抑制細胞分化），以及协助多潜能性。在具体实施方案中，通过测定細胞増殖、細胞存活或細胞死亡对本发明的化合物或其他试剂的作用进行分析。在另ー个方法中，对本发明的试剂和化合物对于转录调控或延伸的作用进行了測定。本发明的減少瘤形成的生长、増殖、或侵袭性的试剂和化合物被鉴别为对于瘤形成的治疗或预防是有用的。在又一个实施方案中，对本发明的化合物对于免疫应答细胞、細胞因子或组胺释放、或炎性疾病的任何其他标记的作用进行了測定。

[0626] 事实上,可以在本发明的方法中使用特异结合到BET家族成员或减少BET家族成员生物活性的任何试剂。本发明的方法对于減少、放慢、或稳定瘤形成的生长或増殖的候选试剂的高通量低成本筛选，或炎性疾病的治疗或预防是有用的。然后，分离特异结合到BET家族成员溴基结构域的候选试剂,并且针对对其減少瘤形成細胞増殖、诱导分化、和/或增加瘤形成细胞死亡的能力,在体外测定或体内测定中进行了活性测试。本领域普通技术人员应当理解候选试剂对于細胞的作用典型地是和未与该候选试剂接触的对照细胞进行比絞。如此，这些筛选方法包括将与候选试剂进行接触的瘤形成細胞的増殖和未处理的对照细胞的增殖进行比较。

[0627] 在其他实施方案中，将用候选试剂处理的细胞中的BET家族成员的表达或活性与未处理的对照样品进行比较，以便鉴别降低接触过的細胞中的BET家族成员的生物活性的候选化合物。可以通过本领域熟知的程序，如蛋白质印迹法、流式细胞计量术、免疫细胞化学、结合到磁和/或溴基结构域特异抗体覆盖的珠、原位杂交、荧光原位杂交（FISH)、酶联免疫吸附测定（ELISA)、微型阵列分析、反转录-聚合酶链反应（RT-PCR)、RNA印迹法、或比色测定法，如布拉福德测定法(Bradford Assay)和劳里测定法(Lowry Assay),对多肽表达或活性进行比絞。

[0628] 在ー个工作实例中，将ー个或多个候选试剂以不同的浓度添加到含有瘤形成细胞的培养基。降低在该细胞中表达的BET家族成员的表达的试剂被认为是在本发明中有用的；可以将这样的试剂用作,例如'^-种疗法，以预防、延迟、改善、稳定、或治疗瘤形成或炎性疾病。一旦得以鉴别，就可以将本发明的试剂（例如，特异结合到和/或拮抗溴基结构域的试剂）用于治疗瘤形成、炎性疾病、肥胖症、脂肪肝（非酒精性脂肪性肝炎（NASH)或另外的)、糖尿病、动脉硬化、动脉支架闭塞、心衰竭、恶病质、移植物抗宿主疾病、溴基结构域相关传染病，治疗寄生虫、疟疾、锥虫，以及用于减少雄性生育率。本发明的组合物的其他用途包括，但并不局限于，用于器官移植，针对再生药物的細胞状态的调制（即通过促进或抑制細胞分化），以及协助多潜能性。根据本发明的方法得以鉴别的试剂被局部或全身地递送以治疗瘤形成、炎性疾病、肥胖症、脂肪肝（非酒精性脂肪性肝炎（NASH)或另外的）、糖尿病、动脉硬化、动脉支架闭塞、心衰竭、恶病质、移植物抗宿主疾病、溴基结构域相关传染病，治疗寄生虫、疟疾、锥虫，以及用于减少雄性生育率，或用于在器官移植中使用，针对再生药物的細胞状态的调制（即通过促进或抑制細胞分化），以及原位协助多潜能性。

[0629] 在一个实施方案中,可替代地,可以使用同样的通常方法和标准免疫技术,如蛋白质印迹法或用对于BET家族成员特异的抗体的免疫沉淀反应,在BET家族成员产物水平上对候选试剂的作用进行测量。例如，可以使用免疫測定来检测或监测瘤形成細胞中的BET家族成员的表达。在一个实施方案中，本发明鉴别了ー种多克隆或单克隆抗体（如在此所描述来产生），该抗体能够结合到并且阻断BET家族成员的生物活性或破坏其亚细胞定位。破坏亚細胞定位、或減少BET家族成员生物活性的化合物被认为是特别有用的。再--次地，这样的试剂可以用作，例如ー种疗法，以预防或治疗瘤形成或炎性疾病。

[0630] 可替代地、或此外地，候选化合物可以通过以下步骤进行鉴别：首先测定特异结合到并且拮抗本发明的BET家族成员（例如，BRD2、BRD3、BRD4和BRDT)的那些化合物，随后如在实例中所描述的测试它们对于瘤形成細胞的作用。在一个实施方案中，候选试剂的疗效依赖于它与BET家族成员相互作用的能力。可以使用任一数量的标准结合技术和功能测定法（例如,上文Ausubel等人描述的那些）对这样的相互作用容易地进行測定。例如,可以对候选化合物与本发明的多肽的相互作用和结合进行体外测试,并且可以通过任何标准測定法（例如，在此描述的那些）对它调制瘤形成細胞増殖的能力进行測定。在一个实施方案中，可以通过使用流式細胞计量术分析对5-溴脱氧尿苷(BrdU)掺入进行测定来确定瘤形成細胞的分裂。在另ー个实施方案中,对BET家族成员的表达进行免疫组织化学监测。

[0631] 潜在的溴基结构域拮抗剂包括结合到BET家族成员溴基结构域并且減少其活性的有机分子、肽、肽模拟物、多肽、核酸配体、适体、以及抗体。在ー个特别实例中，可以使用基于色谱法的技术对结合到BET家族成员的候选化合物进行鉴别。例如,可以通过标准技术将本发明的重组BET家族成员多肽从经工程化而表达该多肽的細胞中纯化出来,或者可以对其进行化学合成,一旦被纯化,这种肽就被固定在柱上。然后使候选试剂的溶液通过这个柱，基于其结合到BET家族成员多肽的能力，特异结合BET家族成员多肽或其片段的试剂被鉴别并且被固定到这个柱上。为了分离该试剂，洗涤该柱以便去除非特异性結合的分子,然后关注的试剂从该柱上得以释放并且对其进行采集。如果希望,可以对通过这种方法(或任何其他适当的方法）分离的试剂进行迸'^-步的纯化（例如,通过高效液相色谱法）。此外，可以对这些候选试剂減少瘤形成細胞増殖或生存力的能力进行测试。还可以将通过这种方法分离的试剂用作，例如疗法，以治疗或预防瘤形成、炎性疾病、肥胖症、脂肪肝（非酒精性脂肪性肝炎（NASH)或另外的)、糖尿病、动脉硬化、动脉支架闭塞、心衰竭、恶病质、移植物抗宿主疾病、溴基结构域相关传染病，治疗寄生虫、疟疾、锥虫，以及用于减少雄性生育率，或在器官移植中使用，针对再生药物的細胞状态的调制（即通过促进或抑制細胞分化），以及协助多潜能性。在本发明中，被鉴别为以小于或等于lnM、5nM、10nM、100nM、lM或IOM的亲和常数结合到BET家族成员的化合物被考虑为是特别有用的。

[0632] 测试化合物和提取物

[0633] 在某些实施方案中，根据本领域已知的方法，从天然产物或合成（或半合成）提取物的大库或从化学品库,或从多肽或核酸库中鉴别出BET族成员拮抗剂（例如特异地结合并降低一种溴基结构域的活性的试剂）。药物研究和开发领域的技术人员将会理解，测试提取物或化合物的确切来源对本发明的（这些）筛选过程不是关键的。用在筛选中的试剂包括那些已知的作为疗法用于治疗肿瘤或炎性疾病的那些。可替代地，事实上，使用在此描述的这些方法可以对任何数量的未知化学提取物或化合物进行筛选。此类提取物或化合物的实例包括但不限于,植物基提取物、真菌基提取物、原核生物基提取物或动物基提取物,发酵液，和合成的化合物，以及现有多肽的变体。

[0634] 細菌、真菌、植物和动物提取物形式的天然多肽库可从许多来源（包括Biotics公司(萨西克斯郡，英国(Sussex, UK))、Xenova公司(其Jf劳，英国(Slough, UK)、HarborBranch Oceangraphics Institute 研究所（皮尔斯堡,福罗里达州(Ft. Pierce, Fla.)),以及PharmaMar, U. S. A.公司（剑桥,马萨诸塞州0)处商购。可以使用本领域已知的以及在此描述的方法对此类多肽进行修饰以包括ー个蛋白质转导域。此外，如果希望，根据本领域已知的方法,例如通过标准提取和分级分离方法，来产生天然的和合成产生的库。用于合成分子库的方法的实例均能够在本领域中找到，例如在=DeWitt等人，《美国科学院院刊》(Proc. Natl. Acad. Sc1. U. S. A. )90 :6909,1993 ；Erb 等人,《美国科学院院刊》91 :11422,1994 ;Zuckermann等人，《医药化学杂志》(J. Med. Chem.) 37 :2678,1994 ；Cho等人，《科学》(Science) 261 :1303,1993 ； Carre 11 等人，《德国应用化学英文国际版》(Angew. Chem.1nt.Ed. Engl.) 33 =2059,1994 ；Carell等人，《德国应用化学英文国际版》33 :2061,1994 ;以及Gallop等人，《医药化学杂志》37 :1233,1994中找到。此外,如果希望,使用标准的化学、物理、或生物化学方法可容易对任何库或化合物进行修改。

[0635] 众多方法也可以用于产生任何数量的多肽、化学化合物（包括但不限干,糖基化合物、脂质基化合物、肽基化合物、以及核酸基化合物）的随机或定向合成。合成化合物库可商购自Brandon Associates公司（梅里马克，新罕布什尔州(Merrimack, N.H.))和Aldrich Chemical公司(密尔沃基，威斯康辛州（Milwaukee, Wis.))。可替代地，待用作候选化合物的化学化合物可使用本领域的普通技术人员已知的标准合成技术和方法,从容易得到的起始原料进行合成。对用此处所描述的方法得以鉴别的这些化合物有用的合成化学转换和基团保护法（保护和脱保护）在本领域中是已知的，并且包括,例如，在R. Larock,《综合有机转换》（Comprehensive Organic Transformations), VCH 出片反公司(1989)；T. W. Greene 和 P. G. M. Wuts,《有机合成中的保护基团》（Protective Groups in OrganicSynthesis),第二版，(1991) ；L. Fieser和M. Fieser,《费塞尔和费塞尔有机合成试剂》(Fieser and Fieser/ s Reagents for Organic Synthesis), (1994)；以及 L. Paquette,编辑，《有机合成试剂百科全书》（Encyclopedia of Reagents for Organic Synthesis),(1995)，及其多次再版中描述的那些方法。

[0636] 化合物的库可以出现在溶液中（例如Hought.en,《生物技术》(Biotechniques) 13 ：412-421,1992)，或在珠上(Lam,《自然》(N ature) 354 :82-84,1991),芯片上(Fodor,《自然》364 :555-556,1993)，细菌（Ladner,美国专利号5, 223, 409)上，孢子上(Ladner，美国专利号5，223，409)，质粒上(Cull等人，《美国科学院院刊》89 :1865-1869,1.992)或在噬菌体上(Scott 和 Smith,《科学》249 :386-390,1990) ;Devlin,《科学》249 :404-406,1990 ;Cwirla等人，《美国科学院院刊》87 =6378-6382,1990 ;Felici，《分子生物学杂志》(J. MoL Biol.) 222 ：301-310,1991 ；Ladner 同前)。

[0637] 此外，药物研究和开发领域的普通技术人员很容易理解,只要可能就应该使用用于去重复化（例如分类去重复、生物去重复，以及化学去重复,或其任何组合）或消除已知活性的多种材料的复制或重复的方法。

[0638] 当发现ー种粗提物具有BET族成员溴基结构域结合活性吋，对该阳性前导提取物的进ー步分级分离是必要的，以分离对该观察效果负责的分子结构。因此,该提取、分级分离和纯化过程的目标是在该粗提物中仔细表征或鉴别降低了瘤形成細胞増殖或生存力的ー种化学实体。此类异质性提取物的分级分离和纯化方法在本领域内是已知的。如果希望，根据本领域已知的方法，对显示出可用作治疗的化合物进行化学修饰。

[0639] 本发明提供了治疗疾病和/或失调或其症状的方法,该方法包括给予受试者（例如哺乳动物如人类）一种治疗有效量的包含具有此处的化学式的化合物的药用组合物。因此，一个实施方案是ー种治疗患有或易患肿瘤形成疾病或失调或其症状的受试者的方法。该方法包括给予该哺乳动物足以治疗该疾病或失调或其症状的一种治疗量的在此的化合物的步骤,在这样的条件下使得该疾病或失调得以治疗。

[0640] 此处的这些方法包括给予该受试者（包括经鉴别需要此类治疗的受试者）ー种有效量的此处描述的化合物，或此处描述的组合物以产生这种效果。确定需要这样治疗的受试者可以是受试者或医疗保健专业人士的判断，并且可以是主观的（例如意见）或客观的(例如是通过测试或诊断方法可测量的）。

[0641] 本发明的这些治疗方法（包括预防治疗）总体上包括将治疗有效量的此处的这些化合物，如ー种具有此处的化学式的化合物,给予需要其的受试者（例如动物、人类），包括哺乳动物，尤其是人类。此类治疗将适当地给予患有、具有、易患ー种疾病、失调或其症状或在处于危险中的受试者，尤其是人类。那些在“危险中0”的受试者的确定可以通过诊断测试或受试者或卫生保健提供者（例如基因测试、酶或蛋白标记、标记（如此处定义的）、家族病史等）的任何客观的或主观的确定来做出。此处的这些化合物还可以用在肿瘤形成或炎症可以被牵涉其中的任何其他失调。

[0642] 在一个实施方案中,本发明提供了一种监控治疗进程的方法。该方法包括在患有或易患与肿瘤形成的失调及其症状的受试者中确定诊断标记（Marker)(例如此处描绘的、受此处的一种化合物调节的任何勒!标，一种蛋白或其指不剂等等）的水平或诊断措施（例如筛选、測定）的步骤,其中已对该受试者施用了治疗量的足以治疗这种疾病及其症状的此处的--种化合物。在本方法中确定的标记水平可以与健康正常对照和其他受折磨的病人中的已知标记水平相比较，以确定该受试者的疾病状況。在优选实施方案中,对受试者中的标记的第二水平在晚于该第一水平的确定的一个时间点进行确定，并且对这两个水平进行比较以监测病程或该治疗的效果。在某些优选的实施方案中，根据本发明，在开始治疗前对该受试者中的标记的预治疗水平进行确定；然后将标记的这个预治疗水平与治疗开始后的该受试者中的标记的水平进行比较，以确定该治疗的效果。

[0643] 药物治疗

[0644] 在其它实施方案中，使用此处描述的方法发现的有药用价值的试剂（例如JQl或具有此处描绘的化学式的化合物），例如,通过合理的药物设计,可用作用于现有化合物的结构修饰的ー种药物或信息。这类方法可用于筛选对瘤形成、炎性疾病、肥胖症、脂肪肝(NASIK非酒精性脂肪性肝炎）或另外的）、糖尿病、动脉硬化、动脉支架闭塞、心衰竭、恶病质、移植物抗宿主疾病、溴基结构域相关传染病，寄生虫、疟疾、锥虫的治疗,用于降低男性生育能力或用于器官移植,针对再生药物的細胞状态的调制（即通过促进或抑制細胞分化)，以及协助多潜能性有效果的试剂。

[0645] 对于治疗用途而言，用此处披露的方法得以鉴别的这些组合物或试剂可以全身性地给药,例如配制在药学上可接受的缓冲液如生理盐水中。优选的给药途径包括,例如，在病人体内提供连续的、持续的药物水平的皮下注射、静脉注射、腹腔注射、肌内注射或皮内注射。使用ー种在生理—ヒ可接受的载体中的、在此处得以鉴别的治疗有效量的治疗剂来对人类病人或其它动物进行治疗。对合适的载体以及它们的配制进行了描述，例如，在E. ff. Martin 著作的《雷明顿氏药学全书》（Remin.gt.on.'' s Pharmaceutical Sciences)中进行了描迷。待被给药的治疗剂的用量的变化取决于给药方式、该病人的年龄和体重，以及瘤形成、炎症性疾病、肥胖、脂肪肝（NASH或另外的）、糖尿病、动脉粥样硬化、动脉支架闭塞、脏衰竭、恶病质、移植物抗宿主病、溴基结构域相关感染性疾病的临床症状，寄生虫、疟疾、锥虫的治疗,用于降低男性生育能力或用于器官移植,针对再生药物的細胞状态的调制(即通过促进或抑制細胞分化），以及协助多潜能性。总体上，尽管在某些情况下，由于该化合物特异性増加会需要较低的用量,但是用量会处于在与这样的疾病或状态相关的其他疾病的治疗中使用的其他试剂所使用的那些范围内。以对瘤形成细胞有細胞毒性的ー种剂量、以减少了 BET族成员的生物活性的一种剂量、或降低了瘤形成細胞増殖、生存、或侵袭性的一种剂量将ー种化合物进行给药，这个剂量通过使用本领域的技术人员已知的方法或使用任何一种测量BET族成员的表达或生物活性的测定法来确定。在另ー个实施方案中，以减少炎症或炎性疾病症状的ー种剂量将该化合物进行给药。

[0646] 炎性疾病

[0647] 本发明的多种组合物，包括具有此处描述的化学式的多种化合物，对减少炎症和对炎性疾病的治疗是有用的。炎症通常是涉及免疫系统的一系列复杂的分子信号的結果，通常是响应于感染或细胞或组织损伤。炎症通常构成人体愈合的起始；但是当受不当调节吋,炎症可导致慢性疾病,如关节炎。

[0648] 用“炎性反应”或“免疫反应”意思是活体组织对损伤、感染或刺激的反应，特征是由血流量增加以及免疫細胞和分泌物流入产生的发红、发热、肿胀、疼痛、以及的功能缺失。炎症是身体对侵入的感染性微生物的反应并且致使流去患处的血流量增加，吸引白细胞的化学物质的释放，血浆流量増加，以及单核細胞到达以清除残骇。刺激该炎性反应的任何东西都被认为是炎性的。

[0649] 该先天级联反应，或该先天免疫反应，是通过免疫系统发动的非特异性反应的,并且其特征在于，响应于在损伤或感染部位的化学趋向信号，細胞，如白細胞、自然杀伤細胞、肥大細胞、嗜酸性粒細胞和嗜碱性粒細胞，以及吞噬细胞如嗜中性粒細胞、巨噬细胞和树突状細胞的浸润。由上述細胞分泌的分子，如组胺和多种细胞因子；以及循环蛋白的补体系统促进炎症。

[0650] 以炎症为特征的疾病是人类中发病率和死亡率的重要原因。

[0651] 在某些实施方案中，该炎性失调是--种类风湿失调。类风湿失调,如此处所使用的，指的是以结缔组织结构的（尤其是关节、韧带、和腱的）炎症以及有时退化和/或代谢失调为特征的多种炎性失调中的任ー种。类风湿失调典型地导致疼痛、僵硬、和/或活动受限。受影响的该或这些具体组织取决于该类风湿失调。示例性类风湿失调包括但不限于，类风湿关节炎、幼年型关节炎、滑囊炎、脊柱炎、痛风、硬皮病、斯蒂尔氏病0和血管炎。

[0652] 在某些实施方案中，该类风湿失调是类风湿性关节炎，并且“治疗”类风湿性关节炎包括減少类风湿性关节炎ー个或多个症状的严重度、频率和/或发生率。在其他实施方案中，该类风湿失调是幼年型关节炎、滑囊炎、脊柱炎、痛风、硬皮病、斯蒂尔氏病、或血管炎。本发明的方法减少了这些情况的一个或多个症状的严重度、频率和/或发生率。

[0653] 在不同的实施方案中，关节炎或其他炎性疾病的症状包括发红、肿胀、发炎、发烧、活动度縮小、以及疼痛。減少症状发生率或严重度的实例包括但不限于，減少肿胀关节的个数，减少疼痛关节的个数，减少对疼痛药物的依赖,減少病人对他们疼痛的频率或严重度的自我评价,増加活动自由度,増加移动性,減少发烧，以及增加执行日常任务的能力。

[0654] 以活化的小胶质細胞和星形细胞以及炎症介质宽范围的局部表达为特征的神经炎症是对无论是由外伤、中风、感染、或神经退行性疾病引起的脑损伤的ー个基本反应。这种局部组织反应被认为是修复和恢复过程的一部分。像在外周疾病中的许多炎症'^-样,ネ申经炎症可以促进中枢神经系统（CNS)失调的病理生理学。

[0655] 在某个实施方案中，该炎性失调是ー种炎性皮肤失调。炎性皮肤失调包括但不限于,红斑痤疮、特应性皮炎、痤疮、脂溢性皮炎、以及蜂窝组织炎。在其他实施方案中，该炎性疾病是-一种缺血性或炎性心血管疾病。炎性心血管疾病或失调可以是但不限于，闭塞性疾病或失调、动脉粥样硬化、心脏瓣膜疾病、狭窄、再狭窄、支架内狭窄、心肌梗塞、冠状动脉疾病、急性冠脉综合征、充血性心脏衰竭、心绞痛、心肌缺血或血栓形成。在其他实施方案中，该位置是缺血性损伤的第二位置,如CNS或肾。

[0656] 在其他实施方案中,该炎性疾病是一种缺血性或炎性肠病。

[0657] 炎性肠病(IBD)是指影响小肠和结肠，病因不明的ー种慢性复发性炎性疾病，其包括克罗恩氏病（CD)和溃疡性结肠炎（UC)。克罗恩氏病可以够涉及肠道的任何部分但最常见的是涉及远端小肠和/或结肠。溃疡性结肠炎仅涉及结肠,通常限于直肠或远端结肠。CD和UC的鼠类模型研究有力地表明，这两种疾病均是由粘膜菌群（Sartor,R. B. (1995). Gastroenterol Clin North Am 24,475-507)(Strober ff,et al. (2002)Annu.Rev.1mmunol. 20 :495-549)中对抗原类的粘膜免疫反应失调导致的。

[0658] 溃疡性结肠炎或不确定结肠炎指的是ー种其特征在于炎症状态的结肠情况,在该炎症状态中，以下的组织学特征中一个或多个是可检出的：特征在于出现上皮细胞损失和片状溃疡的表面炎症，产粘蛋白杯状細胞的明显消耗，以及管状腺体密度的減少。此外，在该固有层中,观察到由与細胞的渗出物到肠腔中相关的淋巴細胞和粒細胞（后者主要是由嗜中性粒细胞以及,在较少程度上,嗜酸性粒細胞）组成的ー种混合的炎性細胞浸润。并且，该黏膜下层用很少的炎性細胞能够显示明显的水肿,而在该外肌肉层中，在本技术领域的技术人员会看到很少或看不到炎症迹象。见例如Boirivant等人，《实验医学期刊》(Journal of Experimental Medicine) 188 :1929-1939(1998)。

[0659] 临床症状可以包括但不限于，腹泻、直肠脱垂、体重减轻、腹痛、以及脱水。

[0660] 克罗恩氏病指的是影响消化道任何部分但最常见是影响小肠的端部和/或附近的升结肠的炎症。经常地，这种炎症其特征在于正常黏膜区交替炎症区构成的“跳跃性病变”。克罗恩氏病的肠患处有明显的红斑,水肿和脆度増加；有吋，该肠变窄并且附着在其他腹器官上或附着在肠壁上。在该患病肠和包括该皮肤的其他结构之间的瘘并不少见。克罗恩氏病中的组织的镜检显示上皮糜烂，产粘蛋白的杯状細胞损失以及涉及该粘膜所有层的广泛的淋巴細胞浸润；这种浸润液有时含有指示肉芽肿形成的巨細胞。当炎症出现很长时间（慢性），它有时会导致瘢痕形成（纤维化）。瘢痕组织典型地不如健康组织软。因此，当纤维化在场内发生时,这个瘢痕形成可以使该肠的所涉及段的通道（内腔）变窄这些变窄的区被称为狭窄。这些狭窄可以是轻微或严重的,这取决于它们阻挡该肠内容物通过该变窄区的程度。克罗恩氏病的临床体征/症状包括但不限于：恶病质、体重减轻、发育不良、腹痛、漏瘘，直肠脱垂以及脱水。

[0661] 在某些实施方案中，一种炎性肝病或失调。举例,一种炎性肝病或失调选自下组，该组由以下各项组成：自身免疫性肝炎、肝硬化、以及胆汁性肝硬化。

[0662] 药用组合物的配制

[0663] 一种用于治疗瘤形成或炎性疾病的化合物可以通过使与其他组分组合的该治疗剂的浓度对改善、減少、或稳定瘤形成或炎症性疾病有效的任何合适的手段来进行给药。该化合物可以任何合适量地包含于任何合适的载体物质中，并且总体上以该组合物总重的1-95% (按重量计）存在。该组合物可以是以一种适合于肠胃外（例如,皮下、静脉内、肌肉内、或腹膜内）给药途径的剂型来提供。这些药用组合物可以按常规药物实践（见,例如，《雷明顿：试剂的科学与实践》(第20版)(Remington ：The Science and Practice ofPharmacy (20th ed. ), ed. )，A. R. Gennaro, Lippincott ffilliams&ffilkins, 2000,以及《制药技术百科全书》（Encyclopedia of Pharmaceutical Technology),编辑,J. Swarbrick 与j. C. Boylan, 1988-1999 年，Marcel Dekker 公司，纽约)进行配制。

[0664] 人类剂量最初可以通过从小鼠中使用的化合物的量进行推断来确定,正如本领域技术人员认识到的，与动物模型相比来修改対人类的剂量是本领域中的惯例。在某些实施方案中，可以想象到的是，剂量变化可以从大约I U g化合物/Kg体重之间至大约SOOOmg化合物/Kg体重；或从大约5rag/Kg体重至大约4000rag/Kg体重；或大约10mg/Kg体重至大约3000mg/Kg体重,或从大约50mg/Kg体重到大约2000mg/Kg体重；或从大约100mg/Kg体重到大约1000mg/Kg体重;或从大约150mg/Kg体重至大约500mg/Kg体重。在其他实施方案中，这个剂量可以是大约 1、5、10、25、50、75、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050、1100、1150、1200、1250、1300、1350、1400、1450、1500、1600、1700、1800、1900、2000、2500、3000、3500、4000、4500、或 5000mg/Kg 体重。在其他实施方案中，可以想到的是，剂量可以在大约5mg化合物/Kg体重至大约20mg化合物/Kg体重的范围内。在其他实施方案中，剂量可以是大约8、10、12、14、16或18mg/Kg体重。当然，同在此类的治疗方案中常规做的一祥，这个剂量可以往上或往下调节，这个调节取决于最初的临床试验和具体病人的需要。

[0665] 根据本发明的这些药用组合物可以配制成在给药时基本上立刻释放出该活性化合物或者在给药后任何ー个预定的时刻或时间段释放出该活性化合物。后一种类型的组合物一般被称为控制释放配制品，它包括（i)在身体内在较长的时间内广生基本上恒足的药物浓度的配制品;(ii)预定的滞后时间后,在身体内在较长的时间内产生一个基本上恒定的药物浓度的配制品;(iii)在一段预定的时间期间，通过维持身体内相对恒定有效的水平，同时相伴的与该活性物质的血浆水平波动（锯齿动力学模式）相关的不希望的副作用最小化,来維持作用的配制品；（iv)通过,例如，控释组合物与胸腺相邻或接触的空间放置来定位作用的配制品；(V)允许方便给药,使得,例如,每一个或两个星期给药-一次的配制品•’以及(vi)通过使用载体或化学衍生物靶向瘤形成或炎性疾病以递送该治疗剂至具体细胞类型（例如瘤形成細胞）的配制品。对于某些应用而言，控释配制品排除了对在白天频繁给药以维持血浆水平于治疗水平的需要。

[0666] 可以遵循许多策略中的任何一个，以便获得其中释放速率大于所谈论的化合物的代谢速率的控释。在一个实例中，控释是通过对各种配方参数和成分的合适选择来获得，包括，例如,不同的控释组合物和包衣类型。因此,将该治疗剂与合适的赋形剂配入一种给药时以受控方式释放该治疗剂的药用组合物中。实例包括单或多单位片剂或胶囊组合物、油溶液、悬浮液、乳剂、微胶囊、微球、分子复合物、纳米颗粒、贴剂、以及脂质体

[0667] 多种肠胃外组合物

[0668] 该药用组合物能以剂型、配制品通过注射、输注或植入（皮下、静脉内、肌内、腹膜内、等等）或经由合适的含有常规的、无毒的药学上可接受的载体和佐剂的递送装置或植入物进行肠胃外给药。此类组合物的配制和制备对药物配制领域的普通技术人员而言是众所周知的。配制能在雷明顿：《药学科学与实践》（Remington :The Science and PracticeofPhartnacy,同上）中找到。

[0669] 可以用单位剂型（例如,在单剂量的安瓿中），或者用包括若干剂量的小瓶来提供肠胃外使用組合物，并且其中可以加入合适的防腐剤（见下文）。该组合物的形式可以是ー种溶液、悬浮液、乳液、输注装置、或用于植入的递送装置，或者它可以是ー种在使用前用水或其它合适的载体复原的干粉剂。除減少或改善瘤形成或炎性疾病的活性剂外,该组合物可以包含合适的肠胃外可接受的载体和/或赋形剂。该（这些）活性治疗剂可以掺入到用于控释的微球、微胶囊、纳米颗粒、脂质体等中。此外,该组合物可以包含悬浮、增溶、稳定、PU调节剂，张度调节剂，和/或分散剂。

[0670] 如上文所述,根据本发明的这些药用组合物可以是适合于无菌注射的形式。为了制备这样的--种组合物，将该（这些）合适的活性抗瘤治疗剂溶解于或悬浮于一种肠胃外可接受的液体载体中。可接受的载体和溶剂是水，通过加入适量的盐酸、氢氧化钠或合适的缓冲液调整到合适的PH值的水，1，3- 丁ニ醇,林格氏溶液（)，以及等渗氯化钠溶液和葡萄糖溶液。该水性配制品还可以包含ー种或多种防腐剂（例如甲基、乙基或对羟基苯甲酸正丙酷）。在其中这些化合物之一仅少量或微溶于水的情況下,可以添加一种溶解增强剂或增溶剂，或该溶剂可包括10%-60% (w/w)的丙ニ醇等。

[0671] 控释的肠胃外组合物

[0672] 多种控释的肠胃外组合物可以是水悬浮液,微球,微胶囊,磁性微球,油溶液,油悬浮液,或乳液形式。可替代地,该活性药可以掺入到生物相容的载体、脂质体、纳米颗粒、埋植剂、或输注设备中。

[0673] 用于制备微球和/或微胶囊的材料是,例如可生物降解的/可生物蚀解的聚合物如：聚泌乳激素、聚氰基丙烯酸异丁酷、聚2-羟基乙基-L-左旋谷氨酸、以及聚乳酸。当配き-种控释的肠胃外配制品时,可以使用的生物相容载体是碳水化合物（例如葡聚糖)、蛋白质（例如清蛋白）、脂蛋白或抗体。在埋植剂中使用的材料可以是非可生物降解的（例如聚ニ甲基硅氧烷）或可生物降解的（例如聚己内酷、聚乳酸、聚乙醇酸或聚邻醚或其组合物）。

[0674] ロ服的固体制剂形式

[0675] ロ服的配制品包括含有与无毒的药学上可接受的赋形剂混合的该（这些）活性成分的片剂。此类配制品对熟练的业内人士而言是已知的。赋形剂可以是,例如，惰性稀释剂或填充剂（例如,鹿糖、山梨醇、糖、甘露醇、微晶纤维素、淀粉（包括马铃薯淀粉)、碳酸钙、氯化钠、乳糖、磷酸钙、硫酸钙、或磷酸钠）；造粒剂和崩解剂（例如,纤维素衍生物（包括微晶纤维素）、淀粉（包括马铃薯淀粉）、交联羧甲基纤维素钠、藻酸盐、或藻酸）；结合剂(例如，蔗糖、葡萄糖、山梨糖醇、阿拉伯胶、藻酸、藻酸钠、明胶、淀粉、预胶化淀粉、微晶纤维素、硅酸铝镁、羧甲基纤维素钠、甲基纤维素、羟丙基甲基纤维素、乙基纤维素、聚乙烯吡咯烷酮、或聚乙ニ醇）；以及润滑剤,助流剂,和抗结合剂（例如,硬脂酸镁、硬脂酸锌、硬脂酸、硅酸盐、氢化植物油、或滑石）。其他药学上可接受的赋形剂可以是着色剂、调味剂、增塑剤、湿润剂、缓冲剂,等。[0676] 这些片剂可以是无包衣的或或它们可以通过已知技术包衣,来可任选地延迟在胃肠道中的崩解和吸收并且从而提供在较长的时间内的持续作用该包衣可以调适于以ー种预定的模式释放该活性药物（例如，为了获得一种控释配制品），或者它可以调适于不释放该活性药物,直到通过胃后（肠溶包衣）。该包衣可以是ー种糖包衣、一种膜包衣（例如，基于羟丙基甲基纤维素、甲基纤维素、甲基羟こ基纤维素、羟丙基纤维素、羧甲基纤维素、丙烯酸酯共聚物、聚乙ニ醇和/或聚乙烯吡咯烷酮），或一种肠溶包衣（例如，基于甲基丙烯酸共聚物、乙酸邻苯ニ甲酸纤维素、羟丙基甲基纤维素邻苯ニ甲酸酷、醋酸羟丙基甲基纤维素琥珀酸酯、聚醋酸乙烯酯邻苯ニ甲酸酷、虫胶、和/或乙基纤维素)。此外,可以使用一种延时材料，例如,单硬脂酸甘油酯或ニ硬脂酸甘油酷。

[0677] 这些固体片剂组合物可以包含调适于使该组合物避免不需要的化学变化（例如，该活性治疗物质的释放前的化学降解）的ー种包衣。该包衣可以是以与在《制药技术百科全书》0中表述的ー种相似方式应用于该固体制剂形式。

[0678] 可以将至少两种治疗剂--起混合在该片剂中，或者可以分开。在一个实例中，该第一活性抗瘤形成治疗剂包含在该片剂的内部，并且该第二活性抗瘤形成治疗剂包含在该片剂的外部，使得该第二治疗剂的实质部分在该第一治疗剂释放前得以释放。

[0679] ロ服用配制品还可以呈现为咀嚼片、或硬明胶胶囊,其中该活性成分与惰性固体稀释剂（例如,马铃薯淀粉、乳糖、微晶纤维素、碳酸钙、磷酸钙或高岭土）混合,或呈现为软明胶胶囊，其中该活性成分与水或ー种油介质混合，例如，花生油，液体石蜡或橄榄油。可以用上述的按照片剂和胶囊剂的这些成分，以ー种常规的使用例如混合器、流化床装置或喷雾干燥设备的方式来制备粉剂和颗粒剂。

[0680] 控释的ロ服制剂形式

[0681] 可以将多种用于ロ服的控释组合物,例如,构建成通过控制该活性物质的溶解和/或扩散来释放该活性抗瘤形成或抗炎治疗剂。通过化合物的片剂、胶囊、丸、或颗粒配制品的适当包衣,或通过将该化合物掺入到一种合适的基质中，从而可以够获得溶解或扩散的控释。一种控释包衣可以包含以上提到的这些包衣物质中的--种或多种和/或例如虫胶、蜂蜡、糖蜡、蓖麻蜡、巴西棕榈蜡、硬脂醇、单硬脂酸甘油酷、ニ硬脂酸甘油酷、棕榈酰硬脂酰甘油酷、こ基纤维素、丙烯酸树脂、(11-聚乳酸、醋酸丁酸纤维素、聚氯乙烯、聚乙酸乙烯酷、乙烯吡硌烷酮、聚乙烯、聚甲基丙烯酸酯、甲基丙烯酸甲酷、2-羟甲基丙烯酸酯、甲基丙烯酸酷水凝胶、1, 3- 丁ニ醇、乙ニ醇甲基丙烯酸酯,和!或聚乙烯醇。在一个控释基质配制品中’该基质材料还可以包括，例如，水合甲基纤维素、巴西棕榈蜡和硬脂醇，卡波姆934 ()、硅酮、甘油三硬脂酸酷、丙烯酸甲酯-甲基丙烯酸甲酷、聚氯乙烯、聚こ烯、和/或卤化氟烷。

[0682] 含有一种或多种治疗化合物的控释组合物还可以是ー种胃飘浮片剂或胶囊形式(例如,在ロ服给药时,漂浮在胃内容物之上一定时间段的一种片剂或胶囊）。该（这些）化合物的胃飘浮片剂配制品可以通过将该（这些）化合物与赋形剂以及20-75% (w/w)的水状胶质（例如羟乙基纤维素、羟丙基纤维素、或羟丙基纤维素）的混合物进行粒化来制备。然后将所得颗粒压制成片剂。在与胃液接触时，该片剂在它的表面周围形成了ー个基本上不透水的凝胶屏障。这个凝胶屏障參与保持小于一的密度,从而使该片剂仍然漂浮在胃液中。

[0683] 联合治疗[0684] 可任选的,抗瘤形成或抗炎治疗剂可以与本领域已知的任何其他的标准抗瘤形成或抗炎治疗剂联合给药；此类方法对熟练的业内人士而言是已知的并且在E. ff. Martin的《雷明顿氏药学全书》(Remington, s Pharmaceutical Sciences)中给予描述。如果希望，将本发明的试剂（例如JQl、具有在此描绘的化学式的化合物、及其衍生物）与任何常规的抗瘤治疗联合给予，常规的抗瘤治疗包括但不限于外科手术、放射治疗、或化学治疗。在优选的实施方案中，将本发明的ー种化合物与表观遗传或转录调节剂（例如=DNA甲基转移酶抑制剂、组蛋白脱こ酰基酶抑制剂（HDAC抑制剂)、赖氨酸甲基转移酶抑制剂)、与抗有丝分裂药（例如紫杉烧、长春花碱）、激素受体调节剂（例如：雌激素受体调节剂、雄激素受体调节剂）、細胞信号路径抑制剂（例如：酪氨酸激酶抑制剂）、蛋白质稳定性调节剂（蛋白酶体抑制剂）、hsp90抑制剂、常规化学疗法、糖皮质激素、全反式视黄酸或其他促进分化的试剂联合给予。

[0685] 试剂盒或药物系统

[0686] 本发明的组合物可以被组装成用于改善瘤形成或炎性疾病的试剂盒或药物系統。根据本发明的这个方面的试剂盒或药物系统包括一个载体工具，如ー个盒、纸盒、管等，该载体工具中严格限定地具有ー个或多个容器工具,如：小瓶、管、安瓿、瓶子等。本发明的试剂盒或药物系统还可以包括用于使用本发明的这些试剂的相关使用说明书。

[0687] 除非另外指明，本发明的实施使用很好地处在熟练业内人士的见识范围之内的分子生物学（包含重组技术）、微生物学、細胞生物学、生物化学和免疫学的常规技术此类技术在文献中给予充分地说明，如：“分子克隆：实验指南” 0，第二版，(Sambrook, 1989)寡核苷酸合成”（(Gait, 1984);“动物细胞培养”（(Freshney，1987);“酶学方法”（“实验免疫学手册” ((Weir, 1996)哺乳动物細胞的基因转移载体”（(Miller和Calos, 1987)分子生物学现行规范”（(Ausubel，1987) ;“PCR :聚合酶链式反应”（，(Mul I is, 1994)免疫学现行规范”（(Coligan, 1991)。这些技术适用于本发明的多核苷酸和多肽的生产，以及，按照这样，可以被考虑用于制备和实施本发明对具体实施方案特别有用的技术将在下面的部分进行讨论。

[0688] 给出以下的实例是为了给本领域普通技术人员提供对如何进行和使用测试、对筛选和对本发明的治疗方法的一个完整的公开和说明，而不是g在限定诸位发明人认为是自己的发明的范围。

[0689] 实例

[0690] 除非另外指明,本发明的实施采用很好地处在熟练业内人士的见识范围之内的分子生物学（包含重组技术）、微生物学、細胞生物学、生物化学和免疫学的常规技木。此类技术在文献中进行充分地说明，如：“分子克隆：实验指南” 0，第二版’ (Sambrook, 1989)寡核苷酸合成”（(Gait, 1984)动物细胞培养”（(Freshney, 1987);“酶学方法”（“实验免疫学手册”（(Weir, 1996)哺乳动物細胞的基因转移载体”（(Miller and Calos, 1987)分子生物学现行规范”（(Ausubel, 1987) ;“PCR :聚合酶链式反应”（，(Mul I is, 1994) •/‘免疫学现行规范”（(Coligan,1991)。这些技术适用于本发明的多核苷酸和多肽的生产，并且按照这样，可以被考虑用于制备和实施本发明。对具体实施方案特别有用的技术将在下面的部分进行讨论。

[0691] 给出以下的实例是为了给本领域普通技术人员提供对如何进行和使用测试、对筛选和对本发明的治疗方法的一个完整的公开和说明，而不是g在限定诸位发明人认为是自己的发明的范围。

[0692]1.化学实例-制剂的合成和方法

[0693] 本发明的化合物可以用此处描述的方法,和/或根据由此处描述的本领域的普通技术人员已知的方法进行合成。

[0694] 方案SL消旋溴基结构域抑制剂（土）-JQl的合成。

[0695]

[0696] 2-氨基-4, 5- ニ甲基噻吩-3-基）（4-氯苯基）甲酮（S2)

[0697] 根据以上所示的方案制备该化合物JQl。

[0698] 固体硫磺(220mg, 6. 9mmol,1. 00当量）在23 °C加入到4_氯苯甲酰基乙腈SI (1. 24g, 6. 9mmol , I 当量），2- 丁.酮(0. 62ml，6. 9mmol，I 当量），以及吗啉（0. 60ml，6.9mmol,1.00当量）的こ醇（）溶液中。该然后将该混合物加热至70°C。12小时后，将该反应混合物冷却至23°C并且倒入盐水（IOOml)中。该将该水层用乙酸乙酯（3X50ml)进行萃取。将这些合并的有机层用盐水(50ml)洗涤,用无水硫酸钠干燥,过滤并且在减压下进行浓缩。残余物用快速柱色谱法（Combiflash RF系统,40克硅凝胶,梯度0至100%的乙酸乙酯-己烷)纯化以获得黄色固体状的S2 (1. 28g, 70% )0

[0699] (S)-叔丁基-3- ({[ (9H-芴-9-基）甲氧基]羰基）氨基)-4- {[3- (4-氯苯甲酰基）-4, 5-ニ甲基噻吩-2-基]氨基}-4-氧丁酸酯（S3)

[0700] 将（2-(6-氯-1H-苯并三唑-1-基）-1，I , 3，3-四甲铵六氟磷酸酯（HCTU) (827mg,2. Ommol, 2. 00当量），和N，N-ニ异丙基乙胺(0. 72ml, 4. Ommol, 4. 00当量）依次加入到9-菊' 甲氧羰基-天冬氨酸 ^ -叔丁基酯[Fraoc-Asp (Ot-Bu) -OH] (864mg, 2.1inmol, 2. 10 当量）的N, N-ニ甲基甲酰胺溶液中（1. 5ml,1. OM)。然后将该混合物在23撹拌5分钟。再添加固体S2 (266mg,1. Ommol, I当量）。将该反应混合物在23搅拌。16小时后,添加乙酸乙酷(20ml)和盐水(20ml)。将这两个层分离，并且将该水层用乙酸乙酯(2X20ml)萃取。这些合并的有机层用盐水(30ml)洗涤,用无水硫酸钠干燥,过滤而且在减压下进行浓缩。将残余物用快速柱色谱法(Combiflash RF系統，40克硅凝胶，梯度0至100%的乙酸乙酯-己烷)纯化以获得棕色油状的S3(625mg，90% )。[0701 ] ⑶-叔丁基-3-氨基4- ((3- (4-氯苯甲酰基）-4, 5- ニ甲基噻吩-2-基）氨基）-4-氧丁酸酯（S4)

[0702] 将化合物S3(560mg，0. 85mmol, I当量）在23°C溶解于20%哌啶的DMF溶液中(4. 0ml，0. 22M)。30分钟后，将乙酸乙酷(20ml)和盐水(20ml)加入到该反应混合物中。将这两个层分离，并且将该水层用乙酸乙酯（2X20ml)萃取。这些合并的有机层用盐水(3 X 25ml)洗涤,用无水硫酸钠干燥,过滤并且在减压下进行浓缩。

[0703] 将残余物用快速柱色谱法(Combiflash RF系统,24克硅凝胶,梯度0至100 %的乙酸こ酯-己烷)纯化以获得黄色固体状的游离胺S4(370mg，90% )。

[0704] 对映异构体的纯度降至75% (用采用AS-H柱的Berger超临界流体色谱法（SFC)确定)。

[0705] (S)-叔]基-2_ (5_ (4_ 氣苯基）-6, 7_ ニ甲基-2_ 氧-2, 3_ ニ氧-1H-卩塞吩并[2,3-e][l’4] ニ氮杂环庚-3-基)乙酸酷(S5)

[0706] 将氨基酮(S4) (280rag, 0. 68minol)溶解于10%乙酸乙醇溶液中(2Iral, 0. 03M)。该反应混合物被加热至85 °C。30分钟后,将所有的溶剂在减压下去除。将残余物用快速柱色谱法（Combiflash RF系统,12克硅凝胶,梯度0至100%的乙酸乙酯-己烷）纯化以获得白色固体状的化合物S5(241mg,95% )。S5的对映异构体纯度为67% (用采用AS-1I柱的Berger 超临界流体色谱法（SFC)确定）。

[0707]叔丁基 _2_ (5- (4-氣苯基）-6,7- ニ甲基-2_ 硫代-2, 3_ ニ氣-1H-唾吩并[2, 3_e][1,4] ニ氮杂环庚-3-基）乙酸酷(S6)

[0708]将五硫化ニ磷(222mg,1. Ommol, 2. 00 当量)、碳酸氢钠(168mg, 2. Ommol, 4. 00 当量）依次加到S5()的ニ甘醇ニ甲醚溶液(1. 25m 1,0. 4M)中。将该反应混合物加热至90°C。16h后,添加盐水(20ml)和乙酸Z；酷(35ml)。将这两个层分离，并且将该水层用乙酸乙酯(3 X 30ml)萃取。将这些合并的有机层用盐水（2 X 15ml)洗漆,用无水硫酸钠〒燥，过滤并且在减压下进行浓缩。将残余物用快速柱色谱法（Combiflash RF系统，24克硅凝胶，梯度0至100%的乙酸乙酯-己烷)纯化以获得棕色固体状的含有回收的S5(73mg,34% )的S6 (141mg, 65% ) o

[0709] 叔丁基-2-(4-(4-氯苯基）-2, 3，9-三甲基-6H-噻吩并[3,2-f] [1,2,4]三唑并[4,3-a] [1,4] ニ氮杂环庚-6-基）乙酸酉旨[(±) JQl]

[0710]在将胼(()• 015ml, 0. 45tnmo!,1. 25 当量)加到 S6 (158mg, 0. 36tnmo!, I 当量）的THF(2. 6ml,0. 14M)溶液中。将该反应混合物加温至23°C,并且在23°C搅拌I小吋。将所有的溶剂在减压下去除。该得到的肼直接使用，无需纯化。然后将该胼溶解于原乙酸三甲酯和甲苯（6ml，0.06M)的混合物中。该反应混合物加热至120°C。2h后，将所有的溶剂在减压下去除。将残余物用快速柱色谱法（Combiflash.系统,4克娃凝胶,梯度0至100%的乙酸乙酷-己烷）纯化以获得白色固体状的JQl (在两步中，140mg,85%)。这些反应条件进一步使该手性中心差向异构化，产生消旋体，JQl (用采用AS-H柱的Berger超临界流体色谱法（SFC)确定）。[0711] 方案S2.富含对映异构体的(+)-JQl的合成

[0712]

[0713] (S)-叔丁基-3-({[(9H-芴-9-基）甲氧基]羰基}氨基）-4-([3-(4-氯苯甲酰基)-4, 5- ニ甲基噻吩-2-基]氨基} -4-氧丁酸酯（S3)

[0714] 将苯并三唑吡咯烷磷（）（494mg，0. 95mmol,当量）、N, N- ニ异丙基乙胺(0. 50ml, 2. SmmoI, 2. 75当量）依次加入到9-芴甲氧羰基-天冬氨酸f3 -叔丁基酯[Fmoc-Asp (Ot-Bu) -QH] (41 ling,1. OOminol,1. 0 当量）的 N, N- ニ甲基甲酸胺溶液中(1. 0ml,1. OM)中。然后在23将该混合物搅拌5分钟。然后添加固体状S2 (266mg,1. Ommol,I当量）。将该反应混合物在23搅拌。4h后，添加Z；酸乙酯(20ml)和盐水(20ml).将这两个层分离，并且将该水层用乙酸乙酯(2X20ml)萃取。将这些合并的有机层用盐水(30m!)洗涤,用无水硫酸钠干燥，过滤并且在减压下进行浓缩。将残余物用快速柱色谱法(Combiflash RF系统,40克桂凝胶,梯度0至100%的乙酸乙酯-己院）纯化以获得榇色油状的 S3(452mg,72% )。

[0715] (S)-叔丁基-3-氨基4-((3-(4-氯苯甲酰基）-4,5-ニ甲基噻吩-2-基）氨基）-4-氧丁酸酷(S4)。

[0716] 将化合物S3(310mg,0. 47mmol, I当量)在23°C下溶解于20%哌啶的DMF溶液中(2. 2ml,0. 22M)。30分钟后，将乙酸乙酯(20ml)和盐水(20ml)加入到该反应混合物中。将这两个层分离，并且将该水层用こ酸こ酯(2X 20ml)萃取。这些合并的有机层用盐水0洗涤，用无水硫酸钠干燥，过滤并且在减压下进行浓缩。将残余物用快速柱色谱法（CombiflashRF系统,24克硅凝胶,梯度0至100%的乙酸乙酯-己烷)纯化以获得黄色固体状的游离胺S4(184mg,90% ) o该对映异构体的纯度是91 % (用采用AS-H柱的Berger超临界流体色谱法（SFC)确定）。

[0717] (S)-叔丁基-2- (5- (4-氯苯基）-6, 7- ニ甲基-2-氧-2, 3- ニ氢-1H-噻吩并[2,3-e][l,4] ニ氮杂环庚-3-基）乙酸酷(S5)

[0718] 将氨基酉同(S4) (184mg,0. 42mmol)溶解于甲苯(10ml,0. 04M)中。添加桂凝胶(300mg),并且将该反应混合物加热至90°C。3h后,将该混合物冷却至23°C。将该硅凝胶进行过滤并且用乙酸乙酯进行洗涤。将这些合并的滤液浓缩。将残余物用快速柱色谱法(Combiflash RF系統，12克硅胶,梯度0至100%的乙酸乙酯-己烷）纯化以获得白色固体状的化合物S5 (168mg, 95% ) o S5的对映异构体纯度为90% (用采用AS-H柱的Berger超临界流体色谱法（SFC)确定）。

[0719] (S)-叔]基-2- (4- (4-氣苯基）-2, 3,9_ ニ甲基-6H-唾吩并[3, 2-f] [1,2,4] ニ唑并[4,3-a] [I，4] ニ氮杂环庚-6-基）乙酸酷[(+)JQ1]

[0720]在-78 0C 将叔丁醇钾(1. OM THF 溶液’()• 3ml，0. 30mmoI,1. 10 当量）加到S5(114mg,0. 27mmol, I当量）的THF ()溶液中。将该反应混合物加温至-10,并且在23搅拌30min。将该反应混合物冷却至-78V。将氯磷酸ニ乙酯（0. 047ml,0. 32mmol,1. 20当量）加入反应混合物中22。将该获得的混合物经45min加温至-10°C。将乙酰肼(30mg,()• 40mmol,1. 50当量)加入反应混合物中。将该反应混合物在23搅拌。Ih后,将1- 丁醇(2.25ml)加到反应混合物中，将其加热至90°C。Ih后,将所有溶剂在减压下去除。将残余物用快速柱色谱法(Combiflash RF系统,4克硅胶,梯度0至100%的こ酸ZJ旨-己烷）纯化以获得对映异构体纯度（用采用AS-1I柱的Berger超临界流体色谱法确定,85 %己烷-甲醇，tE (R-对映异构体)=1. 59m in, t.K(S-对映异构体）=3. 67min))为90%的白色固体状的（+)-JQl (114mg,92% )。用制备型HPLC(采用OD-H柱的Agilent高压液相色谱)将该产物进ー步纯化以获得大于99% ee的S-对映异构体。

[0721] 1II NMR(600MHz, CDCl3, 25 °C ) 6 7. 39 (d, J = 8. 4Hz,2H) ,7. 31 (d, J = 8. 4Hz,2H)，4. 54 (t, J = 6. 6MH:z, 1H), 3. 54-3. 52 (m, 2H)，2. 66 (s,3H), 2. 39 (s, 3H),1. 67 (s,3H),1. 48(s,9H).

[0722] 13C NMR(150MHz, CDCl3, 25°C ) 8 171. 0,163. 8，155. 7,150. 0，136. 9,131. 1，130. 9,130. 6，130. 3,128. 9,81. 2,54. 1,38. 1,28. 4，14. 6,13. 5,12.1.

[0723]对 C21H24ClN2O3S[M+H]+ 的 HRMS(ESI)计算值(ca:[c，d) :457. 1460,实验值(found) 457. 1451m/ z. [0724] TLC (EtOAc)，R f :0. 32 (UV)

[0725] [ a ]22d = +75 (c 0. 5, CHCl3)

[0726] 采用Fmoc-D-Asp(0t-Bu)-OH作为起始材料，以相似的方式合成（-)™JQ1,并且用制备型HPLC (采用OD-H柱的Agilent高压液相色谱）将该产品进一步纯化以获得大于99 %ee 的 R-对映异构体。[a ]22D = +75 (c 0. 5，CHCl3)

[0727] 另外的化合物的合成

[0728] 如方案S3图示制备本发明的另外的化合物。

[0729] 方案S3.肼衍生物的合成

[0730]

[0731] 如方案S3所示,将W-JQl(I)的叔丁基醚进行裂解以生成自由酸（2),这种自由酸与胼偶联生成酰胼（3)。与4-羟基苯甲醛的反应生成腙（4)。

[0732] 酰肼（3)和腙（4) 二者均在至少一个生物测定中显示出活性。

[0733] 通过酰胼（3)与多种含有羰基的化合物（见上表A)的反应制备ー种化合物库。

[0734] 制备另外化合物用作，如，测试开发的探针。在下面的方案S4中示出一个示例性的合成。

[0735] 方案S4.可用作探针的衍生物的合成。

[0736]

[0737] 制备如下表B中所示的另外的化合物：

[0738]

[0739]

[0744]

[0746] 每个化合物的色谱数据与该指定结构相一致。

[0747] IL生物活性

[0748]实例 I JQl

[0749] 附图1示出JQl的多种对映异构体。

[0750] 实例2 :在细胞中JQl从核染色质置换BRD4。

[0751] 为了确定在细胞环境中JQl是否可竞争性地与染色质溴基结构域相结合，对BRIM进行了荧光漂白恢复（FRAP)实验。以往的研究已经证明了在选择性漂白核染色质的离散区域之后FRAP在评价含有溴基结构域的荧光嵌合体的横向再分布步速中的实用性。经GFP-BRD4转染的人类骨肉瘤细胞（U20S)呈现出荧光强度的时间依赖性恢复（附图2A和2B)。在JQl (SOOnM)存在时,观察到的恢复直接与被置换的BRD4(附图3A和SB)相一致。细胞FRAP研究证实了对BRD4的移动分数的效果受限于该具有生化活性的（+)_JQ1立体异构体（附图2A至2C)。[0752] 已经证明了在均相并且基于细胞的测试法中对BRD4有效的选择性结合,对JQl在疾病相关、BRD4-依赖性的细胞表型上的影响进行了评价。在NMC里由t(15 ；19)易位产生的该致病BRD4-NUT融合蛋白贪婪地结合于乙酰化的染色质的离散灶,赋予增生优势和分化团块。采用FRAPJ^JQl直接靶向该BRD4-NUT癌蛋白质的能力进行了评价。与一个载体对照相比，JQl (SOOnM)显著地加速了经GFP-BRD4-NUT(附图3C、3E)转染的细胞的光漂白区域里的荧光强度的恢复时间。重要的是，没有观察到对GFP-NUT(附图3D、3E)再分布的影响。总的说来，这些数据与在培养细胞中的JQl对BRD4的竞争结合相一致。

[0753] 实例5 :在BRD4-依赖性癌中JQl诱导鳞状分化和生长抑制。

[0754] 直接抑制从再发的、致癌的易位表达的基因产物的是^-个有效的癌症治疗途径。对BET-族溴基结构域对BRD4-依赖性NUT中线癌的化学抑制的表型结果进行了探究。将BRD4-NUT染色质位置机制性地连接至该融合蛋白中的BRD4的受保护的串联的溴基结构域。NMC的一个特征性特点是通过针对NUT的免疫细胞化学法（IHC)测定的该BRIM-NUT癌蛋白质的离散核小点的出现。通过IHC,用JQl(SOOnM)处理该病人衍生的797NMC细胞株48小时消除了细胞核聚集点，产生弥漫性核NUT染色（附图3f)。

[0755] 随着NMC细胞株中的BRD4-NUT的敲低(knock-down)观察到一个显著的分化表型。JQl产生一种的相同的、剂量和时间依赖性的分化表型,其特征为细胞铺展和扁平化、NMC 797和Per403细胞中的开放性染色质以及纺锤体形态（附图3g和附图4A、4B、4C)。分化是迅速的（<24小时）并且以细胞角蛋白的显著增加表达为特征,它是鳞状分化的一个标志（附图3h)。在以亚微摩尔暴露于JQl的培养七天后,观察到终末分化。重要的是，非BRD4-依赖性鳞癌细胞株(ΊΈ10和TI)未能显示JQl (附图4A、4B、4C)的分化效果。在BRD4-依赖性NMC细胞中，分化预期地伴随着生长抑制,这通过减少的Ki67染色（附图31、j和4L-a、4L-b)得以证实。仅（+)-JQl促进了分化和生长抑制表型,而（_)_JQ1没有显示出可观察到的效果（附图4E-a-4E-d),这进一步支持了作用的精确机制。

[0756] 值得注意地，JQl处理表型模拟出这些形态的变化以及随着通过RNA干扰的BRD4-NUT静默而观察到的增加的角蛋白表达（（附图4F-a、b)。通过RT-PCR对三个典型鳞状组织基因的表达分析而鉴定了在NMC 797细胞中（+)_JQ1对角蛋白-14的显著(30倍)诱导（附图3i),这确证了这些形态的以及IHC的研究。角蛋白-10的温和诱导以及对表皮转谷氨酰胺酶（TGMl)没有影响与朝向胸鳞状上皮细胞的渐进分化相一致,与由NMC 797细胞从其衍生的纵隔原发性肿瘤相^-致28。如通过定量IHC分析所确定的,通过IHC的具有强（3+)角蛋白染色的分化诱导渐进超过72h(附图4M)。仅（+)-JQl促进了分化表型，而没有显示出可观察到的效果，这进一步支持了作用的精确机制。重要的是,非BRD4-依赖性鳞癌细胞株(TEK)和TI)未能显示来自JQl处理的分化效果(附图4N-c)。在BRD4™依赖性NMC细胞中，分化预期地伴随着生长抑制,这通过减少的ΚΪ67染色（附图4A至4G)得以证实。

[0757] 接下来在BRD4-依赖性（797和Per403)以及BRD4-非依赖性O的人类鳞癌细胞株中对这些JQl对映异构体的抗增殖活性进行评价如附图5a和附图4F-a-c所示，(+) -JQl独特地显示出仅在BRD4-依赖性细胞株（中的细胞生长的剂量依赖性抑制。通过IHC观察到的有效的抗增殖效果以及不可逆的分化显示出细胞死亡诱导。因此，通过流式细胞计量术利用膜联蛋白以及碘化丙锭染色对早期和晚期的细胞凋亡进行评价。正如预料的，在BRD4-依赖性人类癌细胞中JQl诱导了即刻和渐进的细胞凋亡,但是在所用浓度下,在没有携带该BRD-NUT融合的细胞株中没有检测到显著水平的凋亡细胞（附图5b与附图7)。

[0758] 实例6 :在NMC鼠模型中JQl的体内效果和药效学效果。

[0759] 为了确认JQl作为一种体内单剂是否能使BRD4-依赖性癌的生长减慢,使用该NMC797细胞株在小鼠中开发了一个NMC小鼠异种移植模型。用PET成像作为一个主要终点进行了短期的治疗研究来探索JQl的抗肿瘤活性是否能被证明以及随后是否能被无创成像。通过每日腹腔注射，用JQUSOmgkg—1)或载体对具有确定的且可比较的可预测疾病负担的小鼠匹配队列进行随机治疗。在随机化之前以及治疗四天后,用PET成像对小鼠进行评价。随着JQl治疗,观察到了对FDG摄取的显著反应,而经载体治疗的动物呈现出明显的、渐进的疾病O。

[0760] 平行地,通过测径器测量针对JQl对肿瘤体积的影响以及通过定量IIiC针对药效学效果而对NMC 797荷瘤小鼠的匹配队列进行研究。NMC 797异种移植的侵袭性生长促进了在治疗第十四天时本研究的终止,在这一点上,所有用载体治疗的动物已接近规定的肿瘤大小限制。接受JQl的动物显示出统计学上显著的肿瘤生长减缓（双尾检验）。为了获取可比较的机制的以及药效学的数据,将所有的动物处死，以及将肿瘤移出用于组织病理学分析。值得注意的是,JQl在这个剂量和方案下很好地被耐受，无不利的毒性迹象或明显的体重减轻（附图5d,5L)。[0761 ] 为了确认用JQl治疗观察到的抗肿瘤效果与靶点衔接相关联，就BRD4-NUT癌蛋白质对切片的肿瘤组织进行检查。如附图5e和附图6A所示,JQl治疗使NUT核小点消失,这与竞争性地结合至核染色质相一致。细胞铺展和增加的角蛋白表达证实了药效学的鳞状分化。Ki67的减少的核染色以及在接受治疗的动物中增加的TUNEL染色证实了正在进行的抗增殖、细胞凋亡的效果。共同地，这些数据提供了 BRD4抑制和体内.JOl的治疗反应之间的机制联系。

[0762] 为了以一种无偏性方式报告肿瘤角蛋白表达的药效学(PD)生物标志物,建立了方案用于定量的IHC图像获取和分析。对来自经治疗的以及未经治疗的动物的成对样品进行制备并且使用标准化规程和可商购的软件进行分析。.JQl在NMC 797异种移植中在被切除的肿瘤样品中均匀地诱导强（3+)角蛋白表达（附图6Ba-e)。

[0763] 与这些研究相平行地，对具有由纵隔产生的广泛转移的BRD4-NUT阳性NMC的一位29岁的病人进行了鉴定。为了开发更临床相关的疾病模型,利用从该病人的一个舒缓胸腔引流管引流的胸腔积液获得的废弃的临床材料建立短期培养。如附图8所示，体外研究证实了（+)-JQl在细胞生存力(IC50 = 4nM)、生长以及细胞周期进展上的立体选择性的、有效的效果。被植入病人衍生的肿瘤材料的四只动物呈现了强PET阳性的可预测的疾病（附图5h)。将动物们随机地指定给载体或（+)-JQl治疗队列。在治疗指定之前以及治疗四天后，用PET成像对小鼠进行评价。随着（+)-JQl治疗观察到了对FDG摄取的显著反应,而经载体治疗的动物呈现出明显的、渐进的疾病（附图5i)。再次，制备肿瘤材料用于进行定量IHC分析，该定量IHC分析证明了 (+)-JQl治疗后角蛋白表达的诱导(附图5j、k,附图9)。共同地,这些数据提供了 BRD4抑制和体内JOl的治疗反应之间的机制联系。

[0764] 在癌基因组的新现的、复杂突变景象中，再发的染色体重排包括癌中清晰的遗传靶的一个令人注目的亚群。如通过靶向CML中BCR-ABL的激酶抑制剂的成功开发所证实的,具有很好特征的探针化合物31’32、高分辨率的晶体学数据33、翻译研究、以及信息性的鼠模型（如果可用的话）为配体发现和靶标确认提供了一个最佳平台。如在此处所报告的，一种新型的针对BRD4的小分子抑制剂有可能对与该NUT-BRD4融合相关的遗传上定义的人类鳞癌的治疗有用。

[0765] 除了 NUT中线癌，BET-族溴基结构域促成许多其他肿瘤性以及非肿瘤性疾病。BRD4将该P-TEFb复合物靶向有丝分裂染色体，导致例如c-Myc11 9以及该被很好地确定了的癌症革G标极光B (Aurora B)13的生长促进基因的表达。此外，BRD4在乳腺癌中被放大并且是乳腺癌病人中的存活者的一个预测指标。除了在癌生物学中的这些功能以外,BET-族成员已经被鉴定为病毒复制和介导炎性反应的必需基因。因此，（+)-JQl和（-)-JQl作为成对化学探针的可用性将会广泛地促进转录、发育以及疾病生物学中的信息研究。还发现JQl在细胞受体上呈现出很少的脱靶效应以及包括49% 口腔生物利用率（附图10)的优异的药效学特性,这确定了开发用于治疗应用的类药衍生物的似然性。

[0766] 表观遗传靶点的小分子抑制剂的发现和优化是当前生物医学研究的主要焦点。迄今为止成功的方法限于染色质修饰酶类的配体的鉴定。可能大多数的研究是赖氨酸侧链脱乙酰作用的调节子，针对其已临床开发了许多药物抑制剂。本发明提供了用于开发表观遗传阅读子O的有效选择性抑制剂的组合物以及方法,包括首先得以充分表征的溴基结构域BET-族的抑制子。鉴于这个发现,此处描述的方法可以用于另外的候选因子的鉴定,这些另外的候选因子用于鉴定在BET-族中具有选择性的另外的抑制剂。

[0767] 实例7 JQl对映异构体结合并且抑制BRD4.1和BRD4. 2

[0768] 附图11和12显示JQl对映异构体结合并且抑制BRD4.1和BRD4. 2。附图13显示BET族成员（活性的）和CBP (无活性的）的JQlS结合和抑制对比。附图14显示了凡1衍生物（化合物结构见上面的表B)的一个集中库的剂量范围研究结果。

[0769] 实例8 JQl对BRD3-NUT癌症的治疗是有效的

[0770] 将BRD3-NUT细胞皮下移植于小鼠。一周收集一次肿瘤测量数据。当肿瘤变得可摸到的时，将这些小鼠分为2个治疗组O。每周七天以50mg/kg向腹腔内（IP)给予JQl以及每周七天向腹腔内给予载体。在注射后的第24天，对每组中的五只小鼠处以安乐死并且收集肿瘤样品送去实验室分析。当小鼠被处死时,收集所有这些研究肿瘤样品的残余部分。对于所有样品，将肿瘤的一半固定在10%福尔马林中并且将另外一半速冻于干冰上。治疗在第32天结束。获取肿瘤体积和重量直到所有小鼠频临死亡或肿瘤以任何尺寸达到2cm。附图15A显示在一个鼠异种移植模型中.JQl显示出了对抗BRD3-NUT的体内疗效。用JQl治疗致使在治疗时肿瘤退行。停止治疗后，肿瘤生长恢复。在所有的点（在第24天P=7. 65274E-09)，肿瘤体积差异显著。以50mg/kg给予JQl。附图1 SB显示接受JQl治疗的小鼠呈现出轻度的体重减轻,在停止治疗后迅速恢复。

[0771] 实例9 ：JQ1及其类似物有效对抗多种癌症

[0772] 附图16A-16D显示JQl及其衍生物在5 μ M JQl处抑制Brd4.1和Brd4. 2结合（化合物结构见上面的表A)。附图17A-17D显示出在2 μ M化合物（化合物结构见上面的表Α)处用JQl及其衍生物治疗后的NUT中线癌（NMC)细胞的生存能力。附图18-55显示对于多种癌细胞株的剂量反应生存能力。这些数据表明JQl及其衍生物对广泛范围的癌症显示出抗癌疗效。[0773] 使用下面的方法和材料获得了在此报告的这些结果。

[0774] 实例10 :结合测定结果

[0775] 将结合测定结果不于下面的表C。

[0776] 表C生物测定IC5ci和细胞测定ICm

[0777]

[0778]

[0779] 前导化合物与BRD4位置I的结合活性通过具有一个12-点剂量反应曲线的Alpha-测定法进行确定（附图56A)。将化合物(S)-JQl(JQS)用作一种阳性对照。将(R)-JQl(JQR)用作一种阴性对照。化合物JQ6、JQ8、JQ13、.JQ33以及JQ35显示出优异的结合活性。所有前导化合物与BRD4位置2的结合活性结果也通过具有一个12-点剂量反应曲线的Alpha-测定法进行确定(附图56B)。化合物JQ6、JQ8、JQ13、JQ33以及JQ35显示出优异的结合活性。

[0780] 用797细胞株（从病人衍生）在细胞测定中对这些前导化合物的活性进行检查以确定BRD4抑制对BRD4-NUT依赖性细胞株的生长影响。将细胞与化合物进行孵育并且针对增殖在72小时后进行监测。利用逻辑回归对曲线拟合进行计算（附图56C)。用直接从一位病人衍生的10326细胞株在一个细胞测定中对所有前导化合物进行检查以确定BRD4抑制对BRD4-NUT依赖性细胞株的生长影响（附图56D)。将细胞与化合物进行孵育并且针对增殖在72小时后进行监测。利用逻辑回归对曲线拟合进行计算。

[0781] 试剂

[0782] 内源性BRD4-NUT-表达的中线癌细胞株、7971以及PER-4032在前面描述过。非-NMC人类鳞癌细胞株TElO和TT从Drs. Anil Rustgi (宾夕凡尼亚州大学O)和AdamBass (Dana-Farber癌症研究所O)处获得。U20S细胞从ATCC处获得。用于GFP-BRD4、GFP-NUT以及GFP-BRD4-NUT的哺乳动物过表达构建已在前面描述过。用于组织培养的培养基、胰蛋白酶以及抗生素购自Mediatech公司。抗体和用于免疫细胞化学法以及流式细胞计量术的染色剂从Dako公司（细胞角蛋白AE1/AE3抗体，Cat#N1590)、公司（TUNEL，Cat#S7100)、公司(Ki67,Cat#VP-RM04)、公司(NUT，Cat#3625)、BD Pharmingen 公司（膜联蛋白 V-FI：TC, Cat#556547)和 Invitrogen 公司(碘化丙锭，Cat#P3566)处获得。

[0783] 乙酰基组蛋白结合测定

[0784] 如前面描述的进行测定8，对来制造商的方案少许修改。将所用试剂稀释于50mMIiEPES, IOOmM NaCUO.1 % BSA 中，pH = 7. 4，补充 O. 05% CIiAPS 并且允许在加到板上前平衡至室温。在150μ M至Ομ M的范围内制备这些配体的24-点1: 2系列稀释液，并且将4 μ I转移到多个小体积384-孔板(ProxiPlateTM-384Plus, PerkinElmer公司，美国)上，接着转移 4 μ I 经 HIS-标记的蛋白（BRD4/1，250nM, BRD4/2 以及 CREBBP，2000ηΜ)。在将等摩尔浓度的4μ I生物素酰化肽加入该蛋白质[针对BRD4(1)&BRD4(2)的多肽：H4K5acK8acK12acK16ac, H-SGRGK (Ac) GGK (Ac) GLGK (Ac) GGAK (Ac) RHRK (生物素)-OH ;针对CREBBP 的多肽：H3K36ac, Biotin-KSAPATGGVK(Ac)KPHRYRPGT-OH(英国剑桥研究生化药剂(Cambridge Research Biochemicals),英国）]前将板密封并且在室温培养30分钟。在低光条件下将4μ I涂覆了链霉抗生物素蛋白的供体珠以及4μ I镍螯合物受体珠（25μ g/ml)加入前，将板密封并且另外培养30分钟。对板进行箔密封以避光,在室温下培养60分钟并且在一个使用AlphaScreen 680激发/570发射滤波器组的PHERAstar FS酶标仪上读取。针对相应的DMSO对照进行归一化后以Prism 5 (GraphPad Software公司，美国）计算IC50值，并且作为在20反应体积中的化合物的最终浓度给出。

[0785] 序列比对

[0786] 全长人类溴基结构域的氨基酸序列从NCBI (BRD2登录号NP_005095, BRD3登录号 NP_031397.1, BRD4 登录号 NP_055114.1, BRD-T 登录号 NP_001717. 2)处获得。使用Clustalff19进行个体溴基结构域的多序列比对。

[0787] 荧光漂白恢复（FRAP)

[0788] 如前面描述的对U20S细胞进行FRAP研究。简言之,将编码具有BRD4、NUT以及BRD4-NUT的GFP嵌合体的哺乳动物过表达构建转染U20S细胞（脂质体转染法，Invitrogen公司)。在每个场内的一个细胞里采用高激光强度对5 μ m2核区进行漂白，并且采用低高激光强度和一个150 μ m针孔对恢复进行测量。经90秒使用装配有一个37°C加热室和多个FRAP模块的Nikon ClPlus共焦显微镜来获取多个相同场的图像。随着时间的推移,使用MetaMorph v7测量该被漂白区的平均强度，并且归一化为漂白前感兴趣的独立区域。然后对数据进行分析以评估Microsoft Excel Mac 12. 2. 4中的最大突光半值恢复的时间。

[0789] 分化和增殖免疫细胞化学法

[0790] 培养的癌细胞株（797、Per403、TT以及TE10)生长在腔室玻片中，每个腔室（4_腔室玻片）1. O IO4个细胞或每个腔室（8-腔室玻片）5. OlO3个细胞。用JQl-消旋体、(+)_JQ1、(-)-JQU或载体（DMSO)处理细胞并且培养不同的时间间隔。然后将培养基去除并且用冷PBS洗涤腔室。然后在4°C下将细胞固定在4%甲醛中20分钟,用PBS洗涤并且转移至Brigham妇女医院的Dana-Farber/Harvard癌症中心(DF/HCC)专业组织病理学服务中心(Dana-Farber/Harvard Cancer Center(DF/HCC)Specialized Histopathology ServicesCore)进行染色，如以下描述。通过以下进行细胞沉淀物免疫组织化学研究：首先在T-75烧瓶中培养癌症细胞株（797和Per403),用JQl或载体（DMSO)处理48小时。然后对细胞进行胰酶消化并且通过在2000rpm转速下离心10分钟形成细胞沉淀物,用体积的HistoGel(Richard-Alien Scientific公司）和10%牛血清白蛋白进行稳定。将细胞沉淀物用PBS洗涤并且在4°C固定于4%甲醛中20分钟。然后将这些细胞用PBS洗涤并且转移至Brigham妇女医院的DF/HCC中心实验室O进行染色,如以下描述。通过每次实验使用5个高倍（40倍）视场的光学显微镜进行Ki67染色的定量分析（细胞评分)。使用确定的最优化的方案，Brigham妇女医院的DF/HCC中心实验室将所有被固定的材料嵌入、切片并且染色。使用Olympus BX40显微镜（美国奥林巴斯影像公司，中心谷，宾夕法尼亚州（Olympus ImagingAmerica, Center Valley, PA))以及 Micropubl isher 3. 3RTV 彩色照相机(QImaging 公司，Surrey, BC)获取影像。

[0791] 细胞增殖测定

[0792] 将细胞种入白色的384-孔微孔板（Nunc公司）中，在总体积50 μ L的培养基中每孔中500个细胞。这些797,TT和TElO细胞生长于含有I %青霉素/链霉素以及10% FBS的DMEM中。这些Per403细胞生长于含有I %青霉素/链霉素以及20 % FBS的DMEM中。利用机器人针转移（装配有V&P Scientific IOOnL针具的PerkinElmer JANUS)将化合物输送至微孔测定板。在37°C下培养48h后，将细胞裂解并且使用商品化的增殖测定仪（CellTiterGlo公司；Promega公司）对孔进行总ATP含量估计。就剂量对重复测量进行分析并且通过逻辑回归（GraphPad Prism软件）对IC5ci的估计值进行计算。

[0793] 流式细胞计量术

[0794] 将培养的人类癌细胞（797、Per403、TT和TE I O)在6-孔组织培养板(BI) Falcon公司）上生长,每孔起始浓度为5. O X IO4个细胞。细胞用JQl (SOOnM)、星孢素(50nM)或载体（DMS0 O. 05% )处理24或28小时。在冰上将胰酶消化后的细胞1:1与含有膜联蛋白-V-FITC(BD Pharmingen 公司，I ： 500)以及碘化丙锭（InvitiOgen 公司，1 ： 1000)的膜联蛋白-V/碘化丙锭缓冲液(IOmM HEPES pH 7. 4, HOmM NaCl, 2. 5m：M： CaC12)混合。立刻在BD FACS Canto II上对样品进行分析。利用FlowJo流式细胞计量术分析软件（TreeStar公司)对细胞凋亡分数进行可视化和分析。

[0795] 异种移植效果研究。

[0796]通过将 30% Matrigel (Bi) Biosciences 公司)中的 NMC 797 细胞(IO7)注射至 6周龄的雌性NCr裸鼠（Charles River实验室）的胁腹中来创建NMC异种移植。注射后12天，将具有可预测肿瘤的小鼠分为有待用50mg/kg .JQl或载体（5% DMSO的5%右旋糖溶液）治疗的多个队列。在治疗开始时，JQl治疗组Cn = 8)和载体组（η = 7)中的肿瘤的平均尺寸相似（分别是63. 8+/-17.1和73. 6+/-14. 4mra3)。对动物每天的临床症状进行跟踪。通过测径器测量对肿瘤测量进行评估，并且使用公式Vol = O. SxLxW2计算体积。治疗2周后，对所有小鼠施以安乐死，并且将肿瘤固定在10%福尔马林中用于组织病理学检查。利用双侧t分布检验O计算肿瘤体积的统计显著性。所有的动物研究经DFCI的IACUC批准。

[0797] 仪器

[0798] 核磁共振（在用δ量表....t的百万分率记录化学位移，并且分别从用于1H NMR的NMR溶剂（CHCl3 ： δ 7. 24)中的该残余氕和用于13C NMR的溶剂(CDCl3 ： δ 77. 2)的碳共振进行参考。数据报告如下：化学位移[多重性（s =单峰，d = 二重峰，t = 二重峰，q =四重峰,m=多重峰,br=宽峰），以赫兹的偶合常数,积分O]使用电喷离子源（ESI)在麻省理工学院化学系仪器设备实验室（t.he Instrumentation Facility of the Department ofChemistry, Massachusetts Institute of Technology)的 Bruker APEX 4. 7Tesler FTMS分光计上记录高分辨质谱(HRMS) ο利用CoinbiFlash RF系统(Teledyne Isco公司)对这些中间和最终产物进行纯化。在BUchi R-205旋转蒸发器上对有机溶液进行浓缩。用Berger超临界流体色谱法(SFC)和AS-H柱对对映异构体纯度进行检测。利用Agilent高压液相色谱法O和0D-H柱（哈佛大学-麻省理工学院伯德研究所（Broad Insti tute of Harvardand MIT))进行该对映异构体的制备纯化。

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[0840] 其他实施方案[0841 ] 从上述的描述中看出，很明显可以对在此描述的本发明进行变体和修改以使其适合于不同的用途和情况。这样的实施方案也在下述权利要求的范围内。

[0842] 在此的变量的任何定义中的一系列要素的详述包括作为所列出要素的任何单个要素或组合（或子组合）的那个变量的定义。在此的实施方案的详述包括作为任何单个实施方案或与任何其他实施方案或其部分结合的实施方案。

[0843] 本申请涉及2010年5月14日提交的美国临时专利申请号61/334，991 ；2010年8月4日提交的美国临时专利申请号61/370，745 ;以及2010年8月22日提交的美国临时专利申请号61/375，863。通过引用将这些申请的每一个的内容结合在此

[0844] 通过引用将在这个说明书中提到的所有专利和出版物结合在此，其程度如同将每一个单独的专利和出版物具体并且个别地指明通过引用结合在此。

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