1.用于靶核酸测序的方法，包括：
a)提供通过模板指导合成所产生的S-X子链，所述子链包含偶联于序列中的多个亚基，所述序列对应于全部或部分所述靶核酸的连续核苷酸序列，其中个体亚基包含连接臂、至少一个探针以及至少一个可选择性切割的键，所述至少一个探针包含X个核碱基残基(X是大于1的正整数)和编码所述探针的Y个核碱基残基的遗传信息的至少一个报道构建体(Y是小于X的正整数)；
b)切割所述至少一个可选择性切割的键，以产生长度比所述S-X子链的多个亚基长的S-Xpandomer，所述S-Xpandomer包含所述连接臂和用于确定每X个核碱基中的Y个核碱基的报道元件；以及
c)检测所述至少一个报道构建体，以使所述子链的每X个核碱基中的Y个核碱基的遗传信息解码。
2.如权利要求1所述的方法，其中所述靶核酸通过模板指导滚环聚合方法产生。
3.如权利要求1所述的方法，其中所述模板指导合成包括连接反应。
4.如权利要求3所述的方法，其中所述连接反应是酶促连接反应。
5.如权利要求1所述的方法，其中所述至少一个报道构建体与以下相连：
所述S-Xpandomer的连接臂；
在所述至少一个可选择性切割的键切割前的S-X子链；或
在所述至少一个可选择性切割的键切割后的S-Xpandomer。
6.如权利要求1所述的方法，其中所述至少一个报道构建体在所述S-X子链模板指导合成后，连接于所述S-X子链。
7.如权利要求1所述的方法，其中所述连接臂在所述S-X子链模板指导合成后，连接于所述S-X子链。
8.如权利要求1所述的方法，其中所述S-Xpandomer还包含所述至少一个探针的全部或部分。
9.如权利要求8所述的方法，其中所述至少一个报道构建体是所述至少一个探针或与所述至少一个探针相连。
10.如权利要求1所述的方法，其中所述至少一个可选择性切割的键是：
共价键；
连接臂内的键；
所述S-X子链的探针或核碱基残基之间或之内的键；或
所述S-X子链的探针或核碱基残基和靶模板之间的键。
11.如权利要求1所述的方法，其中所述S-Xpandomer包含下述结构：
其中
T表示所述连接臂；
P1表示第一探针部分；
2
P 表示第二探针部分；
κ表示m个亚基的链中的第κ个亚基，其中m是大于3的整数；以及
α表示选自亚基基序文库的亚基基序的种类，其中每个所述种类都包含部分所述靶核酸的连续核苷酸序列的序列信息；
其中
T表示所述连接臂；
1
P 表示第一探针部分；
2
P 表示第二探针部分；
κ表示m个亚基的链中的第κ个亚基，其中m是大于3的整数；
α表示选自亚基基序文库的亚基基序的种类，其中每个所述种类都包含部分所述靶核酸的连续核苷酸序列的序列信息；以及
χ表示与相邻亚基的连接臂连接的键；
其中
T表示所述连接臂；
P1表示第一探针部分；
P2表示第二探针部分；
κ表示m个亚基的链中的第κ个亚基，其中m是大于3的整数；
α表示选自亚基基序文库的亚基基序的种类，其中每个所述种类都包含部分所述靶核酸的连续核苷酸序列的序列信息；以及
χ表示与相邻亚基的连接臂连接的键；
其中
T表示所述连接臂；
1
P 表示第一探针部分；
2
P 表示第二探针部分；
κ表示m个亚基的链中的第κ个亚基，其中m是大于3的整数；
α表示选自亚基基序文库的亚基基序的种类，其中每个所述种类都包含部分所述靶核酸的连续核苷酸序列的序列信息；以及
χ表示与相邻亚基的连接臂连接的键；
其中
T表示所述连接臂；
κ表示m个亚基的链中的第κ个亚基，其中m是大于3的整数；
α表示选自亚基基序文库的亚基基序的种类，其中每个所述种类都包含部分所述靶核酸的连续核苷酸序列的序列信息；以及
χ表示与相邻亚基的连接臂连接的键；
其中
T表示所述连接臂；
N表示核碱基残基；
κ表示m个亚基的链中的第κ个亚基，其中m是大于10的整数；
α表示选自亚基基序文库的亚基基序的种类，其中每个所述种类都包含部分所述靶核酸的连续核苷酸序列的序列信息；以及
χ表示与相邻亚基的连接臂连接的键；
其中
T表示所述连接臂；
κ表示m个亚基的链中的第κ个亚基，其中m是大于10的整数；
α表示选自亚基基序文库的亚基基序的种类，其中每个所述种类都包含部分所述靶核酸的连续核苷酸序列的序列信息；以及
χ表示与相邻亚基的连接臂连接的键；
其中
T表示所述连接臂；
N表示核碱基残基；
κ表示m个亚基的链中的第κ个亚基，其中m是大于10的整数；
α表示选自亚基基序文库的亚基基序的种类，其中每个所述种类都包含部分所述靶核酸的连续核苷酸序列的序列信息；以及
χ表示与相邻亚基的连接臂连接的键；
其中
T表示所述连接臂；
N表示核碱基残基；
κ表示m个亚基的链中的第κ个亚基，其中m是大于10的整数；
α表示选自亚基基序文库的亚基基序的种类，其中每个所述种类都包含部分所述靶核酸的连续核苷酸序列的序列信息；以及
χ1表示与相邻亚基的连接臂连接的键；以及
χ2表示连接臂间的键；或
其中
T表示所述连接臂；
n1和n2分别表示核碱基残基的第一部分和第二部分；
κ表示m个亚基的链中的第κ个亚基，其中m是大于10的整数；以及
α表示选自亚基基序文库的亚基基序的种类，其中每个所述种类都包含部分所述靶核酸的连续核苷酸序列的序列信息。
12.如权利要求11所述的方法，其中所述S-X子链由多个具有下述结构的寡聚体底物构建体形成：
其中
T表示所述连接臂；
1
P 表示第一探针部分；
2
P 表示第二探针部分；
～表示所述至少一个可选择性切割的键；以及
1 2
R 和R 表示用于所述子链的模板指导合成的相同或不同的末端基团；
其中
T表示所述连接臂；
1
P 表示第一探针部分；
2
P 表示第二探针部分；
1 2
R 和R 表示用于所述子链的模板指导合成的相同或不同的末端基团；
ε表示第一连接基团；
δ表示第二连接基团；以及
“----“表示可切割的连接臂内的交联；
其中
T表示所述连接臂；
P1表示第一探针部分；
P2表示第二探针部分；
R1和R2表示用于所述子链的模板指导合成的相同或不同的末端基团；
ε表示第一连接基团；
δ表示第二连接基团；以及
“----“表示可切割的连接臂内的交联；
其中
T表示所述连接臂；
1
P 表示第一探针部分；
2
P 表示第二探针部分；
～表示所述至少一个可选择性切割的键；
1 2
R 和R 表示用于所述子链的模板指导合成的相同或不同的末端基团；
ε表示第一连接基团；以及
δ表示第二连接基团；
其中
T表示所述连接臂；
1
P 表示第一探针部分；
2
P 表示第二探针部分；
～表示所述至少一个可选择性切割的键；
1 2
R 和R 表示用于所述子链的模板指导合成的相同或不同的末端基团；
ε表示第一连接基团；以及
δ表示第二连接基团；
其中
T表示所述连接臂；
N表示核碱基残基；
1 2
R 和R 表示用于所述子链的模板指导合成的相同或不同的末端基团；
ε表示第一连接基团；
δ表示第二连接基团；以及
“----“表示可切割的连接臂内的交联；
其中
T表示所述连接臂；
N表示核碱基残基；
R1和R2表示用于所述子链的模板指导合成的相同或不同的末端基团；
～表示所述至少一个可选择性切割的键；
ε表示第一连接基团；
δ表示第二连接基团；以及
“----“表示可切割的连接臂内的交联；
其中
T表示所述连接臂；
N表示核碱基残基；
1 2
R 和R 表示用于所述子链的模板指导合成的相同或不同的末端基团；
ε表示第一连接基团；
δ表示第二连接基团；以及
“----“表示可切割的连接臂内的交联；
其中
T表示所述连接臂；
N表示核碱基残基；
1 2
R 和R 表示用于所述子链的模板指导合成的相同或不同的末端基团；
ε1和ε2表示相同或不同的第一连接基团；
δ1和δ2表示相同或不同的第二连接基团；以及
“----“表示可切割的连接臂内的交联；或
其中
T表示所述连接臂；
N表示核碱基残基；
V表示所述核碱基残基的内部可切割位点；以及
1 2
R 和R 表示用于所述子链的模板指导合成的相同或不同的末端基团。
1 2
13.如权利要求12所述的方法，其中R 和R 选自羟基、磷酸盐和三磷酸盐。
14.如权利要求1所述的方法，其中所述靶核酸通过滚环聚合方法产生。
15.用于靶核酸测序的方法，包括
a)提供通过双向模板指导合成所产生的末端配对子链，所述末端配对子链包含分别与引物区的第一和第二末端连接的第一和第二序列区，每个序列区独立地包含偶联于序列中的至少10个核碱基残基，所述序列对应于全部或部分所述靶核酸的连续核苷酸序列；
b)利用所述末端配对子链作为分析物输入，对所述第一和第二探针区中每一个的至少
10个核碱基残基进行测序，以使所述靶核酸的遗传信息解码。
16.如权利要求15所述的方法，其中所述双向模板指导合成包括连接反应。
17.如权利要求16所述的方法，其中所述连接反应是酶促连接反应。
18.如权利要求15所述的方法，其中所述双向模板指导合成包括从所述引物区的3’末端开始的聚合酶反应。
19.用于靶核酸测序的方法，包括
a)提供通过双向模板指导合成所产生的末端配对替代多聚体子链，所述末端配对替代多聚体子链具有分别与引物区的第一和第二末端连接的第一和第二探针区，所述第一和第二探针区包含偶联于序列中的多个替代多聚体底物，所述序列对应于全部或部分所述靶核酸的连续核苷酸序列，其中，个体替代多聚体底物包含连接臂、至少一个探针以及至少一个可选择性切割的键，个体探针包含X个核碱基残基(X是大于1的正整数)和编码Y个核碱基残基(Y是至少为1且最大高达X的正整数)的至少一个报道元件；
b)切割所述至少一个可选择性切割的键，以产生长度比所述子链的多个替代多聚体底物长的末端配对替代多聚体，所述末端配对替代多聚体包含所述连接臂和用于确定每X个核碱基中的Y个核碱基的报道元件；以及
c)检测所述报道元件，以确定所述末端配对子链的每X个核碱基中的Y个核碱基。
20.如权利要求19所述的方法，其中所述双向模板指导合成包括连接反应。
21.如权利要求20所述的方法，其中所述连接反应是酶促连接反应。
22.如权利要求19所述的方法，其中所述双向模板指导合成包括从所述引物区的3’末端开始的聚合酶反应。
23.用于产生末端配对核酸的方法，所述末端配对核酸包含分别与引物区的第一和第二末端连接的第一和第二区，其中所述第一和第二区独立地包含至少4个寡核苷酸，所述方法包括：
a)提供引物适配子，其中所述引物适配子包含与引物互补或几乎互补的区域；
b)提供所述引物，其中所述引物包含5’磷酸盐末端和3’羟基末端；
c)使所述引物与所述引物适配子双链体化；以及
d)从所述5’末端和3’末端两端延伸所述引物，其中延伸包括将至少4个寡核苷酸连接于所述引物的5’末端。
24.如权利要求23所述的方法，其中所述末端配对核酸是末端配对替代多聚体子链，且所述核苷酸或寡核苷酸包含Xprobe或S-Xprobe。
25.如权利要求23所述的方法，其中所述引物适配子使靶核酸环化。
26.如权利要求23所述的方法，其中所述引物适配子还包含连接臂，其中所述连接臂任选地连接于固相基质。
27.如权利要求23所述的方法，其中连接包括酶促连接反应。
28.如权利要求23所述的方法，还包括从所述引物的3’末端开始的连接。
29.如权利要求23所述的方法，还包括从所述引物的3’末端延伸的聚合酶反应。
30.末端配对替代多聚体，包含第一探针区和第二探针区，所述第一和第二探针区分别与引物区的第一和第二末端连接，所述第一和第二探针区包含偶联于序列中的多个亚基，所述序列对应于全部或部分靶核酸的连续核苷酸序列。
31.如权利要求30所述的末端配对替代多聚体，其中所述末端配对替代多聚体通过权利要求23所述的方法产生。
32.如权利要求30所述的末端配对核酸，其中所述第一和第二探针区独立地包含4个或更多个探针。
33.试剂盒，包含多个构建体(即具有合适的R1/R2末端基团的Xmer或S-Xmer)，用于通过模板指导合成形成替代多聚体子链，其中所述试剂盒任选地包含利用所述试剂盒形成替代多聚体子链的适当的说明书。
34.如权利要求33所述的试剂盒，其中所述试剂盒包含10至65000个独特的成员。
35.读取替代多聚体的个体报道元件的方法，包括：
a)提供替代多聚体，其中所述替代多聚体包含一个或多个个体报道元件；
b)提供检测器构造体；
b)向所述检测器构造体呈递所述替代多聚体；
c)顺序读取所述个体报道元件，以确定所述报道元件的顺序；以及
d)利用因此确定的报道顺序使所述替代多聚体的遗传信息解码。
36.如权利要求35所述的方法，其中所述检测器构造体包含第一和第二贮存器，所述第一和第二贮存器分别包含第一和第二电极，其中所述第一和第二贮存器通过位于所述第一和第二贮存器之间的纳米孔基质而分离，所述纳米孔基质包含至少一个纳米孔通道，且读取所述个体报道元件包括，使所述替代多聚体从所述第一贮存器通过所述至少一个纳米孔通道转移到所述第二贮存器。
37.如权利要求36所述的方法，其中读取所述个体报道元件还包括，当所述替代多聚体通过所述纳米孔通道转移时，检测所述纳米孔通道中的电阻变化。
38.如权利要求36所述的方法，其中所述个体报道元件包含至少一种FRET(荧光共振能量转移)供体或受体荧光团，且所述纳米孔通道包含至少一种FRET供体或受体荧光团，只要当所述个体报道元件包含FRET供体时，所述纳米孔通道包含FRET受体，且当所述个体报道元件包含FRET受体时，所述纳米孔通道包含FRET供体，且读取所述个体报道元件还包括：
a)当所述替代多聚体通过所述纳米孔通道转移时，用光源激发所述供体荧光团；以及b)检测所述受体荧光团发射的荧光信号。
39.如权利要求38所述的方法，其中所述供体荧光团包含1-4个激发波长。
40.如权利要求35所述的方法，其中所述检测器构造体包括纳米梳检测器阵列，所述纳米梳检测器阵列在纳米梳槽中或末端具有至少一个检测器元件，且读取所述个体报道元件包括使所述替代多聚体穿过所述纳米梳槽的末端。
41.如权利要求40所述的方法，其中所述纳米梳检测器阵列还包括第一和第二电极，且使所述替代多聚体在所述第一和第二电极间穿过。
42.如权利要求41所述的方法，其中当所述替代多聚体在所述第一和第二电极间穿过时，所述个体报道元件诱发电解液电流变化。
43.如权利要求41所述的方法，其中当所述替代多聚体在所述第一和第二电极间穿过时，所述个体报道元件在所述第一和第二电极间形成电流通路。
44.如权利要求35所述的方法，其中将所述替代多聚体作为线性化阵列呈递于所述检测器构造体，其中所述线性化阵列包含基质。
45.如权利要求44所述的方法，其中读取所述个体报道元件包括电子束显微镜检术，其中所述电子束形成线。
46.如权利要求44所述的方法，其中所述个体报道元件包含硼或纳米金。
47.如权利要求44所述的方法，其中所述基质包含用于改善信噪比的反差包被。
48.如权利要求44所述的方法，其中所述检测器构造体包括至少一个刀刃式电极，所述个体报道元件包含导电聚合丝，且读取所述个体报道元件包括：
a)在所述至少一个刀刃式电极和所述基质间施加电势；以及
b)当所述替代多聚体在所述至少一个刀刃式电极下穿过时，检测电流。
49.如权利要求48所述的方法，其中所述基质包含导电膜。
50.如权利要求48所述的方法，其中所述导电聚合丝包含选自聚乙炔、聚苯胺或聚吡咯的多聚体。
51.如权利要求44所述的方法，其中所述个体报道元件包含至少一种荧光团，其中所述至少一种荧光团包含至少一种光谱类型，且读取所述个体报道元件包括：
a)提供激发能量，定位所述激发能量，以便激发所述个体报道元件的至少一种荧光团；
以及
b)检测所述至少一种荧光团所发射的荧光信号。
52.如权利要求51所述的方法，其中所述激发能量来自近场源，所述近场源自切口出现，且读取所述个体报道元件还包括：
a)平行于所述替代多聚体移动所述切口；以及
b)检测所述个体报道元件的至少一种荧光团的荧光信号。
53.如权利要求52所述的方法，其中在远场中检测所述荧光信号。
54.检测分析物的方法，包括：
a)提供至少一种分析物；
b)提供至少一种指示剂部分，其中所述指示剂部分不与所述分析物相连；
c)提供检测器构造体，其中所述检测器构造体包含第一和第二贮存器，所述第一和第二贮存器分别包含第一和第二电极，其中所述第一和第二贮存器通过位于所述第一和第二贮存器之间的纳米孔基质而分离；
d)向所述第一和第二电极提供电势，其中所述电势足以使所述至少一种分析物和所述至少一种指示剂部分通过所述至少一个纳米孔通道转移；以及
c)当所述至少一种分析物通过所述至少一个纳米孔通道转移时，在所述至少一个纳米孔通道处或附近，检测所述至少一种指示剂部分所发射的光信号的变化。
55.如权利要求54所述的方法，还包括提供激发波长，其中所述激发波长足以从所述至少一种指示剂部分诱发荧光信号。
56.如权利要求54所述的方法，其中所述至少一种分析物是核酸。
57.如权利要求54所述的方法，其中所述至少一种分析物是替代多聚体。
58.如权利要求54所述的方法，其中所述至少一种指示剂部分是荧光团，所述第一贮存器相对于所述第二贮存器包含高浓度的所述荧光团，且检测光信号的变化还包括，当所述荧光团通过所述至少一个纳米孔通道转移时，检测荧光信号的变化。
59.如权利要求58所述的方法，其中落射荧光显微镜检术用于检测所述荧光信号的变化。
60.如权利要求58所述的方法，其中锥光法用于检测所述荧光信号的变化。
61.如权利要求58所述的方法，其中所述纳米孔基质包含封阻膜。
62.如权利要求58所述的方法，其中所述荧光团是荧光素。
63.如权利要求58所述的方法，其中所述第二贮存器包括荧光淬灭剂，且检测光信号的变化还包括，当所述荧光团或淬灭剂通过所述至少一个纳米孔通道转移时，检测荧光信号的变化。
64.如权利要求63所述的方法，其中所述淬灭剂选自QSY7、QSY9和自由基。
65.如权利要求54所述的方法，还包括提供两种指示剂部分，其中第一指示剂部分选自指示剂离子，第二指示剂部分选自荧光指示剂，所述第一贮存器包含指示剂离子，所述第二贮存器包含荧光指示剂，且检测光信号的变化还包括，检测当所述指示剂离子或指示剂部分穿过所述至少一个纳米孔通道时所发射的荧光信号的变化。
66.如权利要求65所述的方法，其中所述第二贮存器还包含不发荧光的吸收剂。
67.如权利要求65所述的方法，其中掩蔽所述纳米孔通道以产生直径为约1μm的圆形开口，其中所述开口与所述纳米孔通道同轴。
68.如权利要求65所述的方法，其中所述指示剂离子选自钙离子、单线态氢离子、单线态氧离子、钾离子、锌离子、镁离子、氯离子以及钠离子。
69.如权利要求65所述的方法，其中所述荧光指示剂选自Fura-3、Fluo-3、Indo-1以及Fura Red。
70.如权利要求65所述的方法，其中所述荧光指示剂是荧光淬灭剂。
71.如权利要求65所述的方法，其中所述第一贮存器包含碘化物离子，且所述第二贮存器包含荧光素。
72.如权利要求54所述的方法，还包括提供两种指示剂部分，其中所述第一贮存器包含第一指示剂部分，而所述第二贮存器包含第二指示剂部分，其中所述第一和第二指示剂部分能结合以形成激发态的第三指示剂部分，且检测光信号的变化还包括，当所述第三指示剂部分松弛回到基态时，检测发射的光子。
73.如权利要求54所述的方法，其中所述至少一个纳米孔包括纳米孔阵列，且所述纳米孔阵列共享所述第一和第二贮存器。
74.呈递至少一个替代多聚体用于检测的方法，包括：
a)提供检测器构造体，其中所述检测器构造体包括至少一个检测器元件；
b)提供所述至少一个替代多聚体，其中所述至少一个替代多聚体包含一个或多个个体报道元件；以及
c)处理所述至少一个替代多聚体，以获得所述一个或多个个体报道元件的统一的空间和时间间隔。
75.如权利要求74所述的方法，其中所述检测器构造体包括至少一个纳米孔通道。
76.如权利要求75所述的方法，其中所述检测器构造体包括规则的纳米孔通道阵列。
77.如权利要求74所述的方法，其中处理所述至少一个替代多聚体包括，将所述至少一个替代多聚体的末端与具有至少一个结合位点的固相基质连接。
78.如权利要求74所述的方法，其中处理所述至少一个替代多聚体包括，使所述至少一个替代多聚体对齐排列在基质表面上。
79.如权利要求75所述的方法，其中处理所述至少一个替代多聚体包括，将低分子量的带电荷的线性多聚体连接于所述至少一个替代多聚体的末端。
80.如权利要求79所述的方法，其中所述带电荷的线性多聚体选自聚谷氨酸和聚磷酸盐。
81.如权利要求75所述的方法，其中处理所述至少一个替代多聚体包括，向所述至少一个纳米孔通道施加电压，其中所述电压高于期望的检测电压，且当在所述纳米孔通道中检测到替代多聚体时，将所述电压降低至所述期望的检测电压。
82.如权利要求81所述的方法，其中操作所述电压，使得一次仅有一个替代多聚体可以占据所述至少一个纳米孔通道。
83.如权利要求75所述的方法，其中处理所述至少一个替代多聚体包括，将障碍物连接于所述至少一个替代多聚体的末端，并在所述至少一个纳米孔通道中预装填所述至少一个替代多聚体，其中所述障碍物防止所述至少一个替代多聚体穿过所述至少一个纳米孔通道，并防止多个替代多聚体占据同一纳米孔通道。
84.如权利要求83所述的方法，其中所述障碍物选自大体积树枝状大分子和珠子。
85.如权利要求84所述的方法，其中所述珠子是磁珠。
86.如权利要求75所述的方法，其中处理所述至少一个替代多聚体包括，将线性铁氧体多聚体连接于所述至少一个替代多聚体的末端，并操作磁场和电场，以获得所述一个或多个个体报道元件的统一的空间和时间间隔。
87.如权利要求86所述的方法，其中操作所述磁场和所述电场，使得一次仅有一个替代多聚体可以占据所述至少一个纳米孔通道。
88.如权利要求74所述的方法，其中处理所述至少一个替代多聚体包括，控制所述至少一个替代多聚体向所述检测器构造体的流动。
89.如权利要求88所述的方法，其中所述控制所述至少一个替代多聚体的流动包括，将所述至少一个替代多聚体连接于基质，其中所述连接包括可寻址的、可切割的连接；并选择性切割所述连接，以便每单位时间从所述基质释放一个替代多聚体。
90.如权利要求89所述的方法，其中选择性切割所述可切割的连接包括，控制切割速率，使得一次仅有一个替代多聚体可以占据所述至少一个检测器元件。
91.如权利要求89所述的方法，其中所述连接选自光裂解连接、热裂解连接和电化学裂解连接。
92.如权利要求88所述的方法，其中控制所述至少一个替代多聚体的流动包括：
a)提供至少一个门控构造体，其中所述至少一个门控构造体包括第一、第二和第三电极；以及
b)操作独立施加于所述第一、第二、以及第三电极的电场，以获得所述一个或多个个体报道元件的统一的空间和时间间隔。
93.如权利要求92所述的方法，其中操作所述电场，使得一次仅有一个替代多聚体可以占据所述至少一个检测器元件。
94.如权利要求88所述的方法，其中控制所述至少一个替代多聚体的流动包括：
a)提供至少一个门控构造体，其中所述至少一个门控构造体包括第一和第二多孔电极和门控元件，其中将所述第一和第二多孔电极分别固定于所述门控元件的第一和第二侧；
b)向所述第一和第二电极施加电场；以及
c)通过所述门向所述至少一个检测器元件转运所述至少一个替代多聚体。
95.如权利要求94所述的方法，其中所述门控元件选自多孔膜和纳米孔。
96.如权利要求94所述的方法，其中操作所述电场，以获得所述一个或多个个体报道元件的统一的空间和时间间隔。
97.如权利要求94所述的方法，其中操作所述电场，使得一次仅有一个替代多聚体可以占据所述至少一个检测器元件。
98.如权利要求95所述的方法，其中所述门控元件是多孔膜。
99.如权利要求98所述的方法，其中所述多孔膜包含直径为约20nm到约100nm的孔。
100.如权利要求98所述的方法，其中所述多孔膜选自氧化铝和形成多聚体轨道的膜。
101.如权利要求94所述的方法，其中提供多元门控构造体(即提供多于一个门控构造体)。
102.如权利要求88所述的方法，其中控制所述至少一个替代多聚体的流动包括，提供至少一个选自亲和凝胶或通道的门控构造体，并且处理所述至少一个替代多聚体包括：
a)将亲和拖拉标签连接于所述替代多聚体的末端；以及
b)施加足以通过所述门控构造体向所述至少一个检测器元件转移所述替代多聚体的电场。
103.如权利要求102所述的方法，其中操作所述电场，以获得所述一个或多个个体报道元件的统一的空间和时间间隔。
104.如权利要求102所述的方法，其中操作所述电场，使得一次仅有一个替代多聚体可以占据所述至少一个检测器元件。
105.如权利要求102所述的方法，其中所述门控构造体是亲和凝胶。
106.如权利要求77所述的方法，其中所述固相基质具有均匀间隔的结合位点。
107.如权利要求106所述的方法，其中所述结合位点是大小为约1μm的斑点。
108.如权利要求106所述的方法，其中最多为一个替代多聚体与每个个体结合位点结合。
109.如权利要求108所述的方法，其中所述替代多聚体还包含连接于所述替代多聚体末端的树枝状大分子，其中所述树枝状大分子在空间上阻止另一个替代多聚体与同一位点的结合。
110.如权利要求106所述的方法，其中所述固相基质选自韧性聚对苯二甲酸乙二酯(PET)膜、浮法玻璃、硅晶片以及不锈钢。
111.如权利要求106所述的方法，其中所述至少一个结合位点包括所述固相基质上的行列。
112.如权利要求111所述的方法，其中所述行列的宽度小于与其结合的替代多聚体之间的距离。
113.如权利要求77所述的方法，其中所述基质具有至少一个与其结合的替代多聚体，使所述基质从法线旋转180度，到达施加的电场，所述电场使所述至少一个替代多聚体以顺直且伸展的方向平放在所述基质的表面上。
114.如权利要求113所述的方法，其中还将所述至少一个替代多聚体以平放、顺直且伸展的方向连接于所述基质表面。
115.如权利要求114所述的方法，其中通过所述基质表面的紫外线或化学激活，将所述至少一个替代多聚体连接于所述基质表面。
116.如权利要求113所述的方法，其中所述固相基质是韧性聚对苯二甲酸乙二酯(PET)膜。
117.如权利要求77所述的方法，其中所述基质具有至少一个与其结合的替代多聚体，使所述基质穿过梳状构造体，其中所述梳状构造体包括在输入侧的拉伸电场、在输出侧的固定电场，以及在所述输入侧和输出侧之间的梳状元件，且处理所述至少一个替代多聚体还包括，使所述基质在所述梳状物下穿过所述拉伸电场，并穿过所述固定电场，使得所述至少一个替代多聚体以顺直且伸展的方向平放于所述基质表面上。
118.如权利要求117所述的方法，其中还将所述至少一个替代多聚体以平放、顺直且伸展的方向连接于所述基质表面。
119.如权利要求118所述的方法，其中通过施加电场或通过所述基质表面的紫外线或化学激活，将所述至少一个替代多聚体连接于所述基质表面。
120.如权利要求78所述的方法，其中所述基质具有至少一个与其结合的替代多聚体，使所述基质在刷状构造体下穿过，其中所述刷状构造体包括丝，所述丝使所述至少一个替代多聚体以顺直且伸展的方向平放于所述基质表面上。
121.如权利要求120所述的方法，其中还将所述至少一个替代多聚体以平放、顺直且伸展的方向连接于所述基质表面。
122.如权利要求121所述的方法，其中通过施加电场或通过所述基质表面的紫外线或化学激活，将所述至少一个替代多聚体连接于所述基质表面。
123.如权利要求120所述的方法，其中所述丝的直径为约10nm。
124.如权利要求120所述的方法，其中所述丝包含多聚体。
125.如权利要求124所述的方法，其中所述丝选自紫外线固化或热固化的多聚体。
126.如权利要求77所述的方法，其中所述基质包含闭环韧性膜，且处理所述至少一个替代多聚体还包括连续过程，所述过程包括：
a)使所述基质旋转通过所述检测器构造体；
b)在穿过所述检测器元件后，从所述基质表面除去所述至少一个替代多聚体；
c)再将另一个替代多聚体连接于所述基质表面；
d)以及重复步骤a和b，直到所有替代多聚体都得到分析。
127.如权利要求126所述的方法，其中所述基质是韧性聚对苯二甲酸乙二酯(PET)膜。
128.如权利要求74所述的方法，其中处理所述至少一个替代多聚体包括，将所述至少一个替代多聚体固定于包含纳米孔通道的固相基质上，其中将所述至少一个替代多聚体固定于所述固相基质上包括，将障碍物连接于所述至少一个替代多聚体的末端，并在所述至少一个纳米孔通道中预装填所述至少一个替代多聚体，其中所述障碍物防止所述至少一个替代多聚体穿过所述至少一个纳米孔通道并防止多个替代多聚体占据同一纳米孔通道。
129.如权利要求128所述的方法，其中所述障碍物选自大体积树枝状大分子和珠子。
130.如权利要求129所述的方法，其中所述珠子是磁珠。
1.用于靶核酸测序的方法，包括：
a)提供通过模板指导合成所产生的S-X子链，所述子链包含偶联于序列中的多个亚基，所述序列对应于全部或部分所述靶核酸的连续核苷酸序列，其中个体亚基包含连接臂、至少一个探针以及至少一个可选择性切割的键，所述至少一个探针包含X个核碱基残基(X是大于1的正整数)和编码所述探针的Y个核碱基残基的遗传信息的至少一个报道构建体(Y是小于X的正整数)；
b)切割所述至少一个可选择性切割的键，以产生长度比所述S-X子链的多个亚基长的S-Xpandomer，所述S-Xpandomer包含所述连接臂和用于确定每X个核碱基中的Y个核碱基的报道元件；以及
c)检测所述至少一个报道构建体，以使所述子链的每X个核碱基中的Y个核碱基的遗传信息解码。
2.如权利要求1所述的方法，其中所述靶核酸通过模板指导滚环聚合方法产生。
3.如权利要求1所述的方法，其中所述模板指导合成包括连接反应。
4.如权利要求3所述的方法，其中所述连接反应是酶促连接反应。
5.如权利要求1所述的方法，其中所述至少一个报道构建体与以下相连：
所述S-Xpandomer的连接臂；
在所述至少一个可选择性切割的键切割前的S-X子链；或
在所述至少一个可选择性切割的键切割后的S-Xpandomer。
6.如权利要求1所述的方法，其中所述至少一个报道构建体在所述S-X子链模板指导合成后，连接于所述S-X子链。
7.如权利要求1所述的方法，其中所述连接臂在所述S-X子链模板指导合成后，连接于所述S-X子链。
8.如权利要求1所述的方法，其中所述S-Xpandomer还包含所述至少一个探针的全部或部分。
9.如权利要求8所述的方法，其中所述至少一个报道构建体是所述至少一个探针或与所述至少一个探针相连。
10.如权利要求1所述的方法，其中所述至少一个可选择性切割的键是：
共价键；
连接臂内的键；
所述S-X子链的探针或核碱基残基之间或之内的键；或
所述S-X子链的探针或核碱基残基和靶模板之间的键。
11.如权利要求1所述的方法，其中所述S-Xpandomer包含下述结构：
其中
T表示所述连接臂；
1
P 表示第一探针部分；
2
P 表示第二探针部分；
κ表示m个亚基的链中的第κ个亚基，其中m是大于3的整数；以及
α表示选自亚基基序文库的亚基基序的种类，其中每个所述种类都包含部分所述靶核酸的连续核苷酸序列的序列信息；
其中
T表示所述连接臂；
P1表示第一探针部分；
P2表示第二探针部分；
κ表示m个亚基的链中的第κ个亚基，其中m是大于3的整数；
α表示选自亚基基序文库的亚基基序的种类，其中每个所述种类都包含部分所述靶核酸的连续核苷酸序列的序列信息；以及
χ表示与相邻亚基的连接臂连接的键；
其中
T表示所述连接臂；
1
P 表示第一探针部分；
2
P 表示第二探针部分；
κ表示m个亚基的链中的第κ个亚基，其中m是大于3的整数；
α表示选自亚基基序文库的亚基基序的种类，其中每个所述种类都包含部分所述靶核酸的连续核苷酸序列的序列信息；以及
χ表示与相邻亚基的连接臂连接的键；
其中
T表示所述连接臂；
1
P 表示第一探针部分；
2
P 表示第二探针部分；
κ表示m个亚基的链中的第κ个亚基，其中m是大于3的整数；
α表示选自亚基基序文库的亚基基序的种类，其中每个所述种类都包含部分所述靶核酸的连续核苷酸序列的序列信息；以及
χ表示与相邻亚基的连接臂连接的键；
其中
T表示所述连接臂；
κ表示m个亚基的链中的第κ个亚基，其中m是大于3的整数；
α表示选自亚基基序文库的亚基基序的种类，其中每个所述种类都包含部分所述靶核酸的连续核苷酸序列的序列信息；以及
χ表示与相邻亚基的连接臂连接的键；
其中
T表示所述连接臂；
N表示核碱基残基；
κ表示m个亚基的链中的第κ个亚基，其中m是大于10的整数；
α表示选自亚基基序文库的亚基基序的种类，其中每个所述种类都包含部分所述靶核酸的连续核苷酸序列的序列信息；以及
χ表示与相邻亚基的连接臂连接的键；
其中
T表示所述连接臂；
κ表示m个亚基的链中的第κ个亚基，其中m是大于10的整数；
α表示选自亚基基序文库的亚基基序的种类，其中每个所述种类都包含部分所述靶核酸的连续核苷酸序列的序列信息；以及
χ表示与相邻亚基的连接臂连接的键；
其中
T表示所述连接臂；
N表示核碱基残基；
κ表示m个亚基的链中的第κ个亚基，其中m是大于10的整数；
α表示选自亚基基序文库的亚基基序的种类，其中每个所述种类都包含部分所述靶核酸的连续核苷酸序列的序列信息；以及
χ表示与相邻亚基的连接臂连接的键；
其中
T表示所述连接臂；
N表示核碱基残基；
κ表示m个亚基的链中的第κ个亚基，其中m是大于10的整数；
α表示选自亚基基序文库的亚基基序的种类，其中每个所述种类都包含部分所述靶核酸的连续核苷酸序列的序列信息；以及
1
χ 表示与相邻亚基的连接臂连接的键；以及
2
χ 表示连接臂间的键；或
其中
T表示所述连接臂；
1 2
n 和n 分别表示核碱基残基的第一部分和第二部分；
κ表示m个亚基的链中的第κ个亚基，其中m是大于10的整数；以及
α表示选自亚基基序文库的亚基基序的种类，其中每个所述种类都包含部分所述靶核酸的连续核苷酸序列的序列信息。
12.如权利要求11所述的方法，其中所述S-X子链由多个具有下述结构的寡聚体底物构建体形成：
其中
T表示所述连接臂；
1
P 表示第一探针部分；
2
P 表示第二探针部分；
～表示所述至少一个可选择性切割的键；以及
1 2
R 和R 表示用于所述子链的模板指导合成的相同或不同的末端基团；
其中
T表示所述连接臂；
P1表示第一探针部分；
P2表示第二探针部分；
R1和R2表示用于所述子链的模板指导合成的相同或不同的末端基团；
ε表示第一连接基团；
δ表示第二连接基团；以及
“----“表示可切割的连接臂内的交联；
其中
T表示所述连接臂；
1
P 表示第一探针部分；
2
P 表示第二探针部分；
1 2
R 和R 表示用于所述子链的模板指导合成的相同或不同的末端基团；
ε表示第一连接基团；
δ表示第二连接基团；以及
“----“表示可切割的连接臂内的交联；
其中
T表示所述连接臂；
1
P 表示第一探针部分；
2
P 表示第二探针部分；
～表示所述至少一个可选择性切割的键；
1 2
R 和R 表示用于所述子链的模板指导合成的相同或不同的末端基团；
ε表示第一连接基团；以及
δ表示第二连接基团；
其中
T表示所述连接臂；
1
P 表示第一探针部分；
2
P 表示第二探针部分；
～表示所述至少一个可选择性切割的键；
1 2
R 和R 表示用于所述子链的模板指导合成的相同或不同的末端基团；
ε表示第一连接基团；以及
δ表示第二连接基团；
其中
T表示所述连接臂；
N表示核碱基残基；
1 2
R 和R 表示用于所述子链的模板指导合成的相同或不同的末端基团；
ε表示第一连接基团；
δ表示第二连接基团；以及
“----“表示可切割的连接臂内的交联；
其中
T表示所述连接臂；
N表示核碱基残基；
1 2
R 和R 表示用于所述子链的模板指导合成的相同或不同的末端基团；
～表示所述至少一个可选择性切割的键；
ε表示第一连接基团；
δ表示第二连接基团；以及
“----“表示可切割的连接臂内的交联；
其中
T表示所述连接臂；
N表示核碱基残基；
1 2
R 和R 表示用于所述子链的模板指导合成的相同或不同的末端基团；
ε表示第一连接基团；
δ表示第二连接基团；以及
“----“表示可切割的连接臂内的交联；
其中
T表示所述连接臂；
N表示核碱基残基；
1 2
R 和R 表示用于所述子链的模板指导合成的相同或不同的末端基团；
ε1和ε2表示相同或不同的第一连接基团；
δ1和δ2表示相同或不同的第二连接基团；以及
“----“表示可切割的连接臂内的交联；或
其中
T表示所述连接臂；
N表示核碱基残基；
V表示所述核碱基残基的内部可切割位点；以及
1 2
R 和R 表示用于所述子链的模板指导合成的相同或不同的末端基团。
1 2
13.如权利要求12所述的方法，其中R 和R 选自羟基、磷酸盐和三磷酸盐。
14.如权利要求1所述的方法，其中所述靶核酸通过滚环聚合方法产生。
15.用于靶核酸测序的方法，包括
a)提供通过双向模板指导合成所产生的末端配对子链，所述末端配对子链包含分别与引物区的第一和第二末端连接的第一和第二序列区，每个序列区独立地包含偶联于序列中的至少10个核碱基残基，所述序列对应于全部或部分所述靶核酸的连续核苷酸序列；
b)利用所述末端配对子链作为分析物输入，对所述第一和第二探针区中每一个的至少
10个核碱基残基进行测序，以使所述靶核酸的遗传信息解码。
16.如权利要求15所述的方法，其中所述双向模板指导合成包括连接反应。
17.如权利要求16所述的方法，其中所述连接反应是酶促连接反应。
18.如权利要求15所述的方法，其中所述双向模板指导合成包括从所述引物区的3’末端开始的聚合酶反应。
19.用于靶核酸测序的方法，包括
a)提供通过双向模板指导合成所产生的末端配对替代多聚体子链，所述末端配对替代多聚体子链具有分别与引物区的第一和第二末端连接的第一和第二探针区，所述第一和第二探针区包含偶联于序列中的多个替代多聚体底物，所述序列对应于全部或部分所述靶核酸的连续核苷酸序列，其中，个体替代多聚体底物包含连接臂、至少一个探针以及至少一个可选择性切割的键，个体探针包含X个核碱基残基(X是大于1的正整数)和编码Y个核碱基残基(Y是至少为1且最大高达X的正整数)的至少一个报道元件；
b)切割所述至少一个可选择性切割的键，以产生长度比所述子链的多个替代多聚体底物长的末端配对替代多聚体，所述末端配对替代多聚体包含所述连接臂和用于确定每X个核碱基中的Y个核碱基的报道元件；以及
c)检测所述报道元件，以确定所述末端配对子链的每X个核碱基中的Y个核碱基。
20.如权利要求19所述的方法，其中所述双向模板指导合成包括连接反应。
21.如权利要求20所述的方法，其中所述连接反应是酶促连接反应。
22.如权利要求19所述的方法，其中所述双向模板指导合成包括从所述引物区的3’末端开始的聚合酶反应。
23.用于产生末端配对核酸的方法，所述末端配对核酸包含分别与引物区的第一和第二末端连接的第一和第二区，其中所述第一和第二区独立地包含至少4个寡核苷酸，所述方法包括：
a)提供引物适配子，其中所述引物适配子包含与引物互补或几乎互补的区域；
b)提供所述引物，其中所述引物包含5’磷酸盐末端和3’羟基末端；
c)使所述引物与所述引物适配子双链体化；以及
d)从所述5’末端和3’末端两端延伸所述引物，其中延伸包括将至少4个寡核苷酸连接于所述引物的5’末端。
24.如权利要求23所述的方法，其中所述末端配对核酸是末端配对替代多聚体子链，且所述核苷酸或寡核苷酸包含Xprobe或S-Xprobe。
25.如权利要求23所述的方法，其中所述引物适配子使靶核酸环化。
26.如权利要求23所述的方法，其中所述引物适配子还包含连接臂，其中所述连接臂任选地连接于固相基质。
27.如权利要求23所述的方法，其中连接包括酶促连接反应。
28.如权利要求23所述的方法，还包括从所述引物的3’末端开始的连接。
29.如权利要求23所述的方法，还包括从所述引物的3’末端延伸的聚合酶反应。
30.末端配对替代多聚体，包含第一探针区和第二探针区，所述第一和第二探针区分别与引物区的第一和第二末端连接，所述第一和第二探针区包含偶联于序列中的多个亚基，所述序列对应于全部或部分靶核酸的连续核苷酸序列。
31.如权利要求30所述的末端配对替代多聚体，其中所述末端配对替代多聚体通过权利要求23所述的方法产生。
32.如权利要求30所述的末端配对核酸，其中所述第一和第二探针区独立地包含4个或更多个探针。
33.包含多个构建体的试剂盒，其中所述构建体包含S-Xmer，用于通过模板指导合成形成S-X子链，所述S-Xmer包含合适的R1/R2末端基团，其中所述试剂盒任选地包含利用所述试剂盒形成S-X子链的适当的说明书。
34.如权利要求33所述的试剂盒，其中所述试剂盒包含10至65000个独特的成员。
35.读取替代多聚体的个体报道元件的方法，包括：
a)提供替代多聚体，其中所述替代多聚体包含一个或多个个体报道元件；
b)提供检测器构造体；
b)向所述检测器构造体呈递所述替代多聚体；
c)顺序读取所述个体报道元件，以确定所述报道元件的顺序；以及
d)利用因此确定的报道顺序使所述替代多聚体的遗传信息解码。
36.如权利要求35所述的方法，其中所述检测器构造体包含第一和第二贮存器，所述第一和第二贮存器分别包含第一和第二电极，其中所述第一和第二贮存器通过位于所述第一和第二贮存器之间的纳米孔基质而分离，所述纳米孔基质包含至少一个纳米孔通道，且读取所述个体报道元件包括，使所述替代多聚体从所述第一贮存器通过所述至少一个纳米孔通道转移到所述第二贮存器。
37.如权利要求36所述的方法，其中读取所述个体报道元件还包括，当所述替代多聚体通过所述纳米孔通道转移时，检测所述纳米孔通道中的电阻变化。
38.如权利要求36所述的方法，其中所述个体报道元件包含至少一种FRET(荧光共振能量转移)供体或受体荧光团，且所述纳米孔通道包含至少一种FRET供体或受体荧光团，只要当所述个体报道元件包含FRET供体时，所述纳米孔通道包含FRET受体，且当所述个体报道元件包含FRET受体时，所述纳米孔通道包含FRET供体，且读取所述个体报道元件还包括：
a)当所述替代多聚体通过所述纳米孔通道转移时，用光源激发所述供体荧光团；以及b)检测所述受体荧光团发射的荧光信号。
39.如权利要求38所述的方法，其中所述供体荧光团包含1-4个激发波长。
40.如权利要求35所述的方法，其中所述检测器构造体包括纳米梳检测器阵列，所述纳米梳检测器阵列在纳米梳槽中或末端具有至少一个检测器元件，且读取所述个体报道元件包括使所述替代多聚体穿过所述纳米梳槽的末端。
41.如权利要求40所述的方法，其中所述纳米梳检测器阵列还包括第一和第二电极，且使所述替代多聚体在所述第一和第二电极间穿过。
42.如权利要求41所述的方法，其中当所述替代多聚体在所述第一和第二电极间穿过时，所述个体报道元件诱发电解液电流变化。
43.如权利要求41所述的方法，其中当所述替代多聚体在所述第一和第二电极间穿过时，所述个体报道元件在所述第一和第二电极间形成电流通路。
44.如权利要求35所述的方法，其中将所述替代多聚体作为线性化阵列呈递于所述检测器构造体，其中所述线性化阵列包含基质。
45.如权利要求44所述的方法，其中读取所述个体报道元件包括电子束显微镜检术，其中所述电子束形成线。
46.如权利要求44所述的方法，其中所述个体报道元件包含硼或纳米金。
47.如权利要求44所述的方法，其中所述基质包含用于改善信噪比的反差包被。
48.如权利要求44所述的方法，其中所述检测器构造体包括至少一个刀刃式电极，所述个体报道元件包含导电聚合丝，且读取所述个体报道元件包括：
a)在所述至少一个刀刃式电极和所述基质间施加电势；以及
b)当所述替代多聚体在所述至少一个刀刃式电极下穿过时，检测电流。
49.如权利要求48所述的方法，其中所述基质包含导电膜。
50.如权利要求48所述的方法，其中所述导电聚合丝包含选自聚乙炔、聚苯胺或聚吡咯的多聚体。
51.如权利要求44所述的方法，其中所述个体报道元件包含至少一种荧光团，其中所述至少一种荧光团包含至少一种光谱类型，且读取所述个体报道元件包括：
a)提供激发能量，定位所述激发能量，以便激发所述个体报道元件的至少一种荧光团；
以及
b)检测所述至少一种荧光团所发射的荧光信号。
52.如权利要求51所述的方法，其中所述激发能量来自近场源，所述近场源自切口出现，且读取所述个体报道元件还包括：
a)平行于所述替代多聚体移动所述切口；以及
b)检测所述个体报道元件的至少一种荧光团的荧光信号。
53.如权利要求52所述的方法，其中在远场中检测所述荧光信号。
54.检测分析物的方法，包括：
a)提供至少一种分析物；
b)提供至少一种指示剂部分，其中所述指示剂部分不与所述分析物相连；
c)提供检测器构造体，其中所述检测器构造体包含第一和第二贮存器，所述第一和第二贮存器分别包含第一和第二电极，其中所述第一和第二贮存器通过位于所述第一和第二贮存器之间的纳米孔基质而分离；
d)向所述第一和第二电极提供电势，其中所述电势足以使所述至少一种分析物和所述至少一种指示剂部分通过所述至少一个纳米孔通道转移；以及
c)当所述至少一种分析物通过所述至少一个纳米孔通道转移时，在所述至少一个纳米孔通道处或附近，检测所述至少一种指示剂部分所发射的光信号的变化。
55.如权利要求54所述的方法，还包括提供激发波长，其中所述激发波长足以从所述至少一种指示剂部分诱发荧光信号。
56.如权利要求54所述的方法，其中所述至少一种分析物是核酸。
57.如权利要求54所述的方法，其中所述至少一种分析物是替代多聚体。
58.如权利要求54所述的方法，其中所述至少一种指示剂部分是荧光团，所述第一贮存器相对于所述第二贮存器包含高浓度的所述荧光团，且检测光信号的变化还包括，当所述荧光团通过所述至少一个纳米孔通道转移时，检测荧光信号的变化。
59.如权利要求58所述的方法，其中落射荧光显微镜检术用于检测所述荧光信号的变化。
60.如权利要求58所述的方法，其中锥光法用于检测所述荧光信号的变化。
61.如权利要求58所述的方法，其中所述纳米孔基质包含封阻膜。
62.如权利要求58所述的方法，其中所述荧光团是荧光素。
63.如权利要求58所述的方法，其中所述第二贮存器包括荧光淬灭剂，且检测光信号的变化还包括，当所述荧光团或淬灭剂通过所述至少一个纳米孔通道转移时，检测荧光信号的变化。
64.如权利要求63所述的方法，其中所述淬灭剂选自QSY7、QSY9和自由基。
65.如权利要求54所述的方法，还包括提供两种指示剂部分，其中第一指示剂部分选自指示剂离子，第二指示剂部分选自荧光指示剂，所述第一贮存器包含指示剂离子，所述第二贮存器包含荧光指示剂，且检测光信号的变化还包括，检测当所述指示剂离子或指示剂部分穿过所述至少一个纳米孔通道时所发射的荧光信号的变化。
66.如权利要求65所述的方法，其中所述第二贮存器还包含不发荧光的吸收剂。
67.如权利要求65所述的方法，其中掩蔽所述纳米孔通道以产生直径为约1μm的圆形开口，其中所述开口与所述纳米孔通道同轴。
68.如权利要求65所述的方法，其中所述指示剂离子选自钙离子、单线态氢离子、单线态氧离子、钾离子、锌离子、镁离子、氯离子以及钠离子。
69.如权利要求65所述的方法，其中所述荧光指示剂选自Fura-3、Fluo-3、Indo-1以及Fura Red。
70.如权利要求65所述的方法，其中所述荧光指示剂是荧光淬灭剂。
71.如权利要求65所述的方法，其中所述第一贮存器包含碘化物离子，且所述第二贮存器包含荧光素。
72.如权利要求54所述的方法，还包括提供两种指示剂部分，其中所述第一贮存器包含第一指示剂部分，而所述第二贮存器包含第二指示剂部分，其中所述第一和第二指示剂部分能结合以形成激发态的第三指示剂部分，且检测光信号的变化还包括，当所述第三指示剂部分松弛回到基态时，检测发射的光子。
73.如权利要求54所述的方法，其中所述至少一个纳米孔包括纳米孔阵列，且所述纳米孔阵列共享所述第一和第二贮存器。
74.呈递至少一个替代多聚体用于检测的方法，包括：
a)提供检测器构造体，其中所述检测器构造体包括至少一个检测器元件；
b)提供所述至少一个替代多聚体，其中所述至少一个替代多聚体包含一个或多个个体报道元件；以及
c)处理所述至少一个替代多聚体，以获得所述一个或多个个体报道元件的统一的空间和时间间隔。
75.如权利要求74所述的方法，其中所述检测器构造体包括至少一个纳米孔通道。
76.如权利要求75所述的方法，其中所述检测器构造体包括规则的纳米孔通道阵列。
77.如权利要求74所述的方法，其中处理所述至少一个替代多聚体包括，将所述至少一个替代多聚体的末端与具有至少一个结合位点的固相基质连接。
78.如权利要求74所述的方法，其中处理所述至少一个替代多聚体包括，使所述至少一个替代多聚体对齐排列在基质表面上。
79.如权利要求75所述的方法，其中处理所述至少一个替代多聚体包括，将低分子量的带电荷的线性多聚体连接于所述至少一个替代多聚体的末端。
80.如权利要求79所述的方法，其中所述带电荷的线性多聚体选自聚谷氨酸和聚磷酸盐。
81.如权利要求75所述的方法，其中处理所述至少一个替代多聚体包括，向所述至少一个纳米孔通道施加电压，其中所述电压高于期望的检测电压，且当在所述纳米孔通道中检测到替代多聚体时，将所述电压降低至所述期望的检测电压。
82.如权利要求81所述的方法，其中操作所述电压，使得一次仅有一个替代多聚体可以占据所述至少一个纳米孔通道。
83.如权利要求75所述的方法，其中处理所述至少一个替代多聚体包括，将障碍物连接于所述至少一个替代多聚体的末端，并在所述至少一个纳米孔通道中预装填所述至少一个替代多聚体，其中所述障碍物防止所述至少一个替代多聚体穿过所述至少一个纳米孔通道，并防止多个替代多聚体占据同一纳米孔通道。
84.如权利要求83所述的方法，其中所述障碍物选自大体积树枝状大分子和珠子。
85.如权利要求84所述的方法，其中所述珠子是磁珠。
86.如权利要求75所述的方法，其中处理所述至少一个替代多聚体包括，将线性铁氧体多聚体连接于所述至少一个替代多聚体的末端，并操作磁场和电场，以获得所述一个或多个个体报道元件的统一的空间和时间间隔。
87.如权利要求86所述的方法，其中操作所述磁场和所述电场，使得一次仅有一个替代多聚体可以占据所述至少一个纳米孔通道。
88.如权利要求74所述的方法，其中处理所述至少一个替代多聚体包括，控制所述至少一个替代多聚体向所述检测器构造体的流动。
89.如权利要求88所述的方法，其中所述控制所述至少一个替代多聚体的流动包括，将所述至少一个替代多聚体连接于基质，其中所述连接包括可寻址的、可切割的连接；并选择性切割所述连接，以便每单位时间从所述基质释放一个替代多聚体。
90.如权利要求89所述的方法，其中选择性切割所述可切割的连接包括，控制切割速率，使得一次仅有一个替代多聚体可以占据所述至少一个检测器元件。
91.如权利要求89所述的方法，其中所述连接选自光裂解连接、热裂解连接和电化学裂解连接。
92.如权利要求88所述的方法，其中控制所述至少一个替代多聚体的流动包括：
a)提供至少一个门控构造体，其中所述至少一个门控构造体包括第一、第二和第三电极；以及
b)操作独立施加于所述第一、第二、以及第三电极的电场，以获得所述一个或多个个体报道元件的统一的空间和时间间隔。
93.如权利要求92所述的方法，其中操作所述电场，使得一次仅有一个替代多聚体可以占据所述至少一个检测器元件。
94.如权利要求88所述的方法，其中控制所述至少一个替代多聚体的流动包括：
a)提供至少一个门控构造体，其中所述至少一个门控构造体包括第一和第二多孔电极和门控元件，其中将所述第一和第二多孔电极分别固定于所述门控元件的第一和第二侧；
b)向所述第一和第二电极施加电场；以及
c)通过所述门向所述至少一个检测器元件转运所述至少一个替代多聚体。
95.如权利要求94所述的方法，其中所述门控元件选自多孔膜和纳米孔。
96.如权利要求94所述的方法，其中操作所述电场，以获得所述一个或多个个体报道元件的统一的空间和时间间隔。
97.如权利要求94所述的方法，其中操作所述电场，使得一次仅有一个替代多聚体可以占据所述至少一个检测器元件。
98.如权利要求95所述的方法，其中所述门控元件是多孔膜。
99.如权利要求98所述的方法，其中所述多孔膜包含直径为约20nm到约100nm的孔。
100.如权利要求98所述的方法，其中所述多孔膜选自氧化铝和形成多聚体轨道的膜。
101.如权利要求94所述的方法，其中提供多元门控构造体(即提供多于一个门控构造体)。
102.如权利要求88所述的方法，其中控制所述至少一个替代多聚体的流动包括，提供至少一个选自亲和凝胶或通道的门控构造体，并且处理所述至少一个替代多聚体包括：
a)将亲和拖拉标签连接于所述替代多聚体的末端；以及
b)施加足以通过所述门控构造体向所述至少一个检测器元件转移所述替代多聚体的电场。
103.如权利要求102所述的方法，其中操作所述电场，以获得所述一个或多个个体报道元件的统一的空间和时间间隔。
104.如权利要求102所述的方法，其中操作所述电场，使得一次仅有一个替代多聚体可以占据所述至少一个检测器元件。
105.如权利要求102所述的方法，其中所述门控构造体是亲和凝胶。
106.如权利要求77所述的方法，其中所述固相基质具有均匀间隔的结合位点。
107.如权利要求106所述的方法，其中所述结合位点是大小为约1μm的斑点。
108.如权利要求106所述的方法，其中最多为一个替代多聚体与每个个体结合位点结合。
109.如权利要求108所述的方法，其中所述替代多聚体还包含连接于所述替代多聚体末端的树枝状大分子，其中所述树枝状大分子在空间上阻止另一个替代多聚体与同一位点的结合。
110.如权利要求106所述的方法，其中所述固相基质选自韧性聚对苯二甲酸乙二酯(PET)膜、浮法玻璃、硅晶片以及不锈钢。
111.如权利要求106所述的方法，其中所述至少一个结合位点包括所述固相基质上的行列。
112.如权利要求111所述的方法，其中所述行列的宽度小于与其结合的替代多聚体之间的距离。
113.如权利要求77所述的方法，其中所述基质具有至少一个与其结合的替代多聚体，使所述基质从法线旋转180度，到达施加的电场，所述电场使所述至少一个替代多聚体以顺直且伸展的方向平放在所述基质的表面上。
114.如权利要求113所述的方法，其中还将所述至少一个替代多聚体以平放、顺直且伸展的方向连接于所述基质表面。
115.如权利要求114所述的方法，其中通过所述基质表面的紫外线或化学激活，将所述至少一个替代多聚体连接于所述基质表面。
116.如权利要求113所述的方法，其中所述固相基质是韧性聚对苯二甲酸乙二酯(PET)膜。
117.如权利要求77所述的方法，其中所述基质具有至少一个与其结合的替代多聚体，使所述基质穿过梳状构造体，其中所述梳状构造体包括在输入侧的拉伸电场、在输出侧的固定电场，以及在所述输入侧和输出侧之间的梳状元件，且处理所述至少一个替代多聚体还包括，使所述基质在所述梳状物下穿过所述拉伸电场，并穿过所述固定电场，使得所述至少一个替代多聚体以顺直且伸展的方向平放于所述基质表面上。
118.如权利要求117所述的方法，其中还将所述至少一个替代多聚体以平放、顺直且伸展的方向连接于所述基质表面。
119.如权利要求118所述的方法，其中通过施加电场或通过所述基质表面的紫外线或化学激活，将所述至少一个替代多聚体连接于所述基质表面。
120.如权利要求78所述的方法，其中所述基质具有至少一个与其结合的替代多聚体，使所述基质在刷状构造体下穿过，其中所述刷状构造体包括丝，所述丝使所述至少一个替代多聚体以顺直且伸展的方向平放于所述基质表面上。
121.如权利要求120所述的方法，其中还将所述至少一个替代多聚体以平放、顺直且伸展的方向连接于所述基质表面。
122.如权利要求121所述的方法，其中通过施加电场或通过所述基质表面的紫外线或化学激活，将所述至少一个替代多聚体连接于所述基质表面。
123.如权利要求120所述的方法，其中所述丝的直径为约10nm。
124.如权利要求120所述的方法，其中所述丝包含多聚体。
125.如权利要求124所述的方法，其中所述丝选自紫外线固化或热固化的多聚体。
126.如权利要求77所述的方法，其中所述基质包含闭环韧性膜，且处理所述至少一个替代多聚体还包括连续过程，所述过程包括：
a)使所述基质旋转通过所述检测器构造体；
b)在穿过所述检测器元件后，从所述基质表面除去所述至少一个替代多聚体；
c)再将另一个替代多聚体连接于所述基质表面；
d)以及重复步骤a和b，直到所有替代多聚体都得到分析。
127.如权利要求126所述的方法，其中所述基质是韧性聚对苯二甲酸乙二酯(PET)膜。
128.如权利要求74所述的方法，其中处理所述至少一个替代多聚体包括，将所述至少一个替代多聚体固定于包含纳米孔通道的固相基质上，其中将所述至少一个替代多聚体固