1.包含靶结合域和条形码域的测序探针；
其中所述靶结合域包含至少四个核苷酸，并且能够结合靶核酸；
其中所述条形码域包含合成主链，所述条形码域包含至少第一附接区域，所述第一附接区域包含能够被第一互补核酸分子结合的核酸序列且其中所述第一附接区域的所述核酸序列确定由所述靶结合域的第一个核苷酸结合的所述靶核酸中的第一个核苷酸的位置和身份。
2.权利要求1的测序探针，其中所述合成主链包含多糖、多核苷酸、肽、肽核酸或多肽。
3.权利要求1或权利要求2的测序探针，其中所述合成主链包含单链DNA。
4.权利要求1至3中任一项的测序探针，其中所述测序探针在所述靶结合域和所述条形码域之间包含双链DNA间隔物。
5.权利要求1至3中任一项的测序探针，其中所述测序探针在所述靶结合域和所述条形码域之间包含与双链DNA具有类似机械性能的基于聚合物的间隔物。
6.权利要求4至5中任一项的测序探针，其中所述双链DNA间隔物具有1个碱基对至100个碱基对的长度。
7.权利要求4至6中任一项的测序探针，其中所述双链DNA间隔物具有2个碱基对至50个碱基对的长度。
8.权利要求1至7中任一项的测序探针，其中所述第一附接区域与至少一个侧接单链多核苷酸相邻。
9.权利要求1至8中任一项的测序探针，其中所述第一互补核酸是RNA、DNA或PNA。
10.权利要求1至9中任一项的测序探针，其中所述第一互补核酸分子包含可检测标记物。
11.权利要求1至9中任一项的测序探针，其中所述靶结合域中的第一核苷酸是修饰的核苷酸或核酸类似物。
12.权利要求1至11中任一项的测序探针，其中所述条形码域包含至少第二附接区域，所述第二附接区域包含能够被第二互补核酸分子结合的核酸序列且其中所述第二附接区域的所述核酸序列确定由所述靶结合域的第二个核苷酸结合的所述靶核酸中的第二个核苷酸的位置和身份且
其中所述第一互补核酸分子不同于所述第二互补核酸分子。
13.权利要求12的测序探针，其中所述第二附接区域与至少一个侧接单链多核苷酸相邻。
14.权利要求12的测序探针，其中所述第二互补核酸是RNA、DNA或PNA。
15.权利要求14中任一项的测序探针，其中所述第二互补核酸分子包含可检测标记物。
16.权利要求12的测序探针，其中所述靶结合域中的第二核苷酸是修饰的核苷酸或核酸类似物。
17.权利要求12的测序探针，其中确定所述靶核酸中的第一核苷酸的位置和身份的所述第一附接区域的核酸序列和确定所述靶核酸中的第二核苷酸的位置和身份的所述第二附接区域的核酸序列不同，甚至当所述靶核酸中的第一个核苷酸和所述靶核酸中的第二个核苷酸相同时。
18.权利要求1至17中任一项的测序探针，其中所述靶结合域中的核苷酸的数目等于所述条形码域中的附接区域的数目。
19.权利要求1至17中任一项的测序探针，其中所述靶结合域中的核苷酸的数目比所述条形码域中的附接区域的数目多至少一个。
20.权利要求19的测序探针，其中所述靶结合域中的核苷酸的数目比所述条形码域中的附接区域的数目多至少两个。
21.权利要求20的测序探针，其中所述靶结合域中的核苷酸的数目比所述条形码域中的附接区域的数目多至少三个。
22.权利要求21的测序探针，其中所述靶结合域中的核苷酸的数目比所述条形码域中的附接区域的数目多至少四个。
23.权利要求22的测序探针，其中所述靶结合域中的核苷酸的数目比所述条形码域中的附接区域的数目多至少五个。
24.权利要求23的测序探针，其中所述靶结合域中的核苷酸的数目比所述条形码域中的附接区域的数目多至少六个。
25.权利要求24的测序探针，其中所述靶结合域中的核苷酸的数目比所述条形码域中的附接区域的数目多至少七个。
26.权利要求17的测序探针，其中所述靶结合域包含至少七个核苷酸，并且能够结合所述靶核酸。
27.权利要求26的测序探针，其中所述靶结合域中的核苷酸的数目比所述条形码域中的附接区域的数目多至少一个。
28.权利要求26的测序探针，其中所述靶结合域包含至少十个核苷酸，并且能够结合所述靶核酸。
29.权利要求28的测序探针，其中所述靶结合域中的核苷酸的数目比所述条形码域中的附接区域的数目多至少一个。
30.权利要求28的测序探针，其中所述靶结合域包含十个核苷酸，并且所述条形码域包含六个附接区域。
31.权利要求1的测序探针，其中所述条形码域包含至少两个第一附接区域，其中所述至少两个第一附接区域包含能够被第一互补核酸分子结合且确定由所述靶结合域的第一个核苷酸结合的靶核酸中的第一个核苷酸的位置和身份的相同核酸序列。
32.权利要求31的测序探针，其中条形码域中的每个位置具有相同数目的附接区域。
33.权利要求1的测序探针，其中条形码域中的每个位置具有相同数目的附接区域。
34.权利要求33的测序探针，其中条形码域中的每个位置具有一个附接区域。
35.权利要求33的测序探针，其中条形码域中的每个位置具有多于一个附接区域。
36.权利要求1的测序探针，其中条形码域中的至少一个位置具有更大数目的附接区域作为另一位置。
37.权利要求1至36中任一项的测序探针，其中所述第一附接区域与所述合成主链中的修饰单体连接。
38.权利要求37的测序探针，其中所述修饰的单体是修饰的核苷酸。
39.权利要求1至38中任一项的测序探针，其中所述第一附接区域从所述合成主链分支。
40.权利要求12的测序探针，其中所述第二附接区域从所述合成主链分支。
41.权利要求17的测序探针，其中所述至少六个附接区域中的每一个从所述合成主链分支。
42.权利要求1至41中任一项的测序探针，其中所述靶结合域和所述合成主链是可操作地连接的。
43.权利要求12的测序探针，其中所述条形码域包含至少第三附接区域，所述第三附接区域包含能够被第三互补核酸分子结合的核酸序列且其中所述第三附接区域的所述核酸序列确定由所述靶结合域的第三个核苷酸结合的所述靶核酸中的第三个核苷酸的位置和身份且
其中所述第三互补核酸分子不同于所述第一和第二互补核酸分子。
44.权利要求43的测序探针，其中所述第三附接区域与至少一个侧接单链多核苷酸相邻。
45.权利要求43的测序探针，其中所述条形码域包含至少第四附接区域，所述第四附接区域包含能够被第四互补核酸分子结合的核酸序列且其中所述第四附接区域的所述核酸序列确定由所述靶结合域的第四个核苷酸结合的所述靶核酸中的第四个核苷酸的位置和身份且
其中所述第四互补核酸分子不同于所述第一、第二和第三互补核酸分子。
46.权利要求45的测序探针，其中所述第四附接区域与至少一个侧接单链多核苷酸相邻。
47.权利要求45的测序探针，其中所述条形码域包含至少第五附接区域，所述第五附接区域包含能够被第五互补核酸分子结合的核酸序列且其中所述第五附接区域的所述核酸序列确定由所述靶结合域的第五个核苷酸结合的所述靶核酸中的第五个核苷酸的位置和身份且
其中所述第五互补核酸分子不同于所述第一、第二、第三和第四互补核酸分子。
48.权利要求47的测序探针，其中所述第五附接区域与至少一个侧接单链多核苷酸相邻。
49.权利要求47的测序探针，其中所述条形码域包含至少第六附接区域，所述第六附接区域包含能够被第六互补核酸分子结合的核酸序列且其中所述第六附接区域的所述核酸序列确定由所述靶结合域的第六个核苷酸结合的所述靶核酸中的第六个核苷酸的位置和身份且
其中所述第六互补核酸分子不同于所述第一、第二、第三、第四和第五互补核酸分子。
50.权利要求49的测序探针，其中所述第六附接区域与至少一个侧接单链多核苷酸相邻。
51.权利要求1至50中任一项的测序探针，其中附接区域包含核酸序列的一个至五十个拷贝。
52.权利要求51的测序探针，其中所述附接区域包含所述核酸序列的两个至三十个拷贝。
53.权利要求1至52中任一项的测序探针，其包含可操作地连接至合成主链的多个拷贝的靶结合域。
54.权利要求1至53中任一项的测序探针，其中每个互补核酸分子包含可检测标记物。
55.权利要求1至54中任一项的测序探针，其中每个互补核酸分子与一级核酸分子直接连接。
56.权利要求1至54中任一项的测序探针，其中每个互补核酸分子经由核酸间隔物与一级核酸分子间接连接。
57.权利要求55或权利要求56的测序探针，其中每个互补核酸分子包含约8个核苷酸至约20个核苷酸。
58.权利要求57的测序探针，其中每个互补核酸分子包含约10个核苷酸。
59.权利要求58的测序探针，其中每个互补核酸分子包含约12个核苷酸。
60.权利要求59的测序探针，其中每个互补核酸分子包含约14个核苷酸。
61.权利要求55至60中任一项的测序探针，其中每个一级核酸分子与至少一个二级核酸分子杂交。
62.权利要求61的测序探针，其中每个一级核酸分子与至少两个二级核酸分子杂交。
63.权利要求62的测序探针，其中每个一级核酸分子与至少三个二级核酸分子杂交。
64.权利要求63的测序探针，其中每个一级核酸分子与至少四个二级核酸分子杂交。
65.权利要求64的测序探针，其中每个一级核酸分子与至少五个二级核酸分子杂交。
66.权利要求61至65中任一项的测序探针，其中一个或多个二级核酸分子包含至少一个可检测标记物。
67.权利要求61至65中任一项的测序探针，其中每个二级核酸分子与至少一个包含至少一个可检测标记物的三级核酸分子杂交。
68.权利要求67的测序探针，其中每个二级核酸分子与至少两个包含至少一个可检测标记物的三级核酸分子杂交。
69.权利要求68的测序探针，其中每个二级核酸分子与至少三个包含至少一个可检测标记物的三级核酸分子杂交。
70.权利要求69的测序探针，其中每个二级核酸分子与至少四个包含至少一个可检测标记物的三级核酸分子杂交。
71.权利要求70的测序探针，其中每个二级核酸分子与至少五个包含至少一个可检测标记物的三级核酸分子杂交。
72.权利要求71的测序探针，其中每个二级核酸分子与至少六个包含至少一个可检测标记物的三级核酸分子杂交。
73.权利要求71的测序探针，其中每个二级核酸分子与至少七个包含至少一个可检测标记物的三级核酸分子杂交。
74.权利要求61至71中任一项的测序探针，其中至少一个二级核酸分子包含不与一级核酸分子杂交且不与三级核酸分子杂交的区域。
75.权利要求74的测序探针，其中每个二级核酸分子包含不与一级核酸分子杂交且不与三级核酸分子杂交的区域。
76.权利要求74或权利要求75的测序探针，其中不与一级核酸分子杂交且不与三级核酸分子杂交的区域包含与一级核酸分子连接的互补核酸分子的核苷酸序列。
77.权利要求74至76中任一项的测序探针，其中不与一级核酸分子杂交且不与三级核酸分子杂交的区域位于所述二级核酸分子的末端。
78.权利要求74至77中任一项的测序探针，其中不与一级核酸分子杂交且不与三级核酸分子杂交的区域包含约8个核苷酸至约20个核苷酸。
79.权利要求78的测序探针，其中不与一级核酸分子杂交且不与三级核酸分子杂交的区域包含约10个核苷酸。
80.权利要求79的测序探针，其中不与一级核酸分子杂交且不与三级核酸分子杂交的区域包含约12个核苷酸。
81.权利要求80的测序探针，其中不与一级核酸分子杂交且不与三级核酸分子杂交的区域包含约14个核苷酸。
82.核酸测序方法，其包括以下步骤：
(1)使至少一个测序探针与固定至基质的靶核酸杂交；其中所述测序探针包含：
靶结合域和条形码域；
其中所述靶结合域包含至少四个核苷酸，并且能够结合固定的靶核酸；
其中所述条形码域包含合成主链，所述条形码域包含至少第一附接区域，所述第一附接区域包含能够被第一互补核酸分子结合的核酸序列且其中所述第一附接区域的所述核酸序列确定由所述靶结合域的第一个核苷酸结合的所述固定的靶核酸中的第一个核苷酸的位置和身份和
(2)使包含可检测标记物的第一互补核酸分子或包含可检测标记物的第一报告复合物的第一互补核酸分子与第一附接区域结合；
(3)检测结合的第一互补核酸分子的可检测标记物或第一报告复合物的结合的第一互补核酸分子的可检测标记物；和
(4)鉴定固定的靶核酸中的第一核苷酸的位置和身份。
83.权利要求82的方法，其还包括以下步骤：
(5)使所述第一附接区域与缺乏可检测标记物的第一杂交核酸分子接触，从而未结合所述第一互补核酸分子且使缺乏可检测标记物的所述第一杂交核酸分子与所述第一附接区域结合；
(6)使包含可检测标记物的第二互补核酸分子或包含可检测标记物的第二报告复合物的第二互补核酸分子与所述第二附接区域结合，所述第二附接区域包含确定由所述靶结合域的第二个核苷酸结合的固定的靶核酸中的第二个核苷酸的位置和身份的核酸序列；
(7)检测结合的第二互补核酸分子的可检测标记物或第二报告复合物的结合的第二互补核酸分子的可检测标记物；和
(8)鉴定固定的靶核酸中的第二核苷酸的位置和身份。
84.权利要求82或权利要求83的方法，其中步骤(5)和(6)依次或同时发生。
85.权利要求82至84中任一项的方法，其中重复步骤(5)至(8)，直到所述条形码域中的每个附接区域已被包含可检测标记物的互补核酸分子或包含可检测标记物的报告复合物的互补核酸分子依次结合，且已检测依次结合的互补核酸分子的可检测标记物或报告复合物的依次结合的互补核酸分子的可检测标记物，
从而对于所述测序探针的靶结合域杂交的固定的靶核酸的区域，鉴定核苷酸的线性顺序。
86.权利要求82至85中任一项的方法，其中所述靶核酸首先通过至少使所述靶核酸的第一位置与包含选择性结合至基质的第一亲和标签的第一捕获探针结合而固定至基质。
87.权利要求86的方法，其中所述靶核酸通过应用足以延伸在第一位置固定至基质的靶核酸的力而伸长。
88.权利要求87的方法，其中所述力是重力、流体动力、电磁力、流动-拉伸、后退弯月面技术或其组合。
89.权利要求86至88中任一项的方法，其中所述靶核酸进一步通过使所述靶核酸的至少第二位置与包含选择性结合至基质的亲和标签的至少第二捕获探针结合而固定至基质。
90.权利要求89的方法，其中所述靶核酸在约3个至约10个位置固定至基质。
91.权利要求89的方法，其中一旦所述靶核酸的第二位置固定至所述基质，就可以去除所述力。
92.权利要求82的方法，其中所述靶核酸在一个或多个位置固定至基质。
93.权利要求82至92中任一项的方法，其中延长所述固定的靶核酸。
94.权利要求82至93中任一项的方法，其中所述合成主链包含多糖、多核苷酸、肽、肽核酸或多肽。
95.权利要求82至94中任一项的方法，其中所述合成主链包含单链DNA或单链RNA或单链PNA。
96.权利要求82至95中任一项的方法，其中所述测序探针在所述靶结合域和所述条形码域之间包含双链DNA间隔物。
97.权利要求82至96中任一项的方法，其中所述第一附接区域与至少一个侧接单链多核苷酸相邻。
98.权利要求82至97中任一项的方法，其中所述第一互补核酸是RNA、DNA或PNA或其它多核苷酸类似物。
99.权利要求82至98中任一项的方法，其中所述靶结合域中的第一核苷酸是修饰的核苷酸或核酸类似物。
100.权利要求82的方法，其中所述条形码域包含至少第二附接区域，所述第二附接区域包含能够被第二互补核酸分子结合的核酸序列且其中所述第二附接区域的所述核酸序列确定由所述靶结合域的第二个核苷酸结合的所述固定的靶核酸中的第二个核苷酸的位置和身份且
其中所述第一互补核酸分子不同于所述第二互补核酸分子。
101.权利要求100的方法，其中所述第二附接区域与至少一个侧接单链多核苷酸或多核苷酸类似物相邻。
102.权利要求100的方法，其中所述第二互补核酸是RNA、DNA或PNA。
103.权利要求100的方法，其中所述靶结合域中的第二核苷酸是修饰的核苷酸或核酸类似物。
104.权利要求83至103中任一项的方法，其中所述第一互补核酸分子和缺乏可检测标记物的第一杂交核酸分子包含相同的核酸序列。
105.权利要求82至104中任一项的方法，其中缺乏可检测标记物的第一杂交核酸分子包含与相邻于所述第一附接区域的侧接单链多核苷酸互补的核酸序列。
106.权利要求105的方法，其中所述靶结合域包含至少三个核苷酸，且其中所述条形码域包含至少第三附接区域，所述第三附接区域包含能够被第三互补核酸分子结合的核酸序列，且其中所述第三附接区域的所述核酸序列确定由所述靶结合域的第三个核苷酸结合的所述靶核酸中的第三个核苷酸的位置和身份。
107.权利要求106的方法，其中所述第三附接区域与至少一个侧接单链多核苷酸或多核苷酸类似物相邻。
108.权利要求106或权利要求107的方法，其中所述靶结合域包含至少四个核苷酸，且其中所述条形码域包含至少第四附接区域，所述第四附接区域包含能够被第四互补核酸分子结合的核酸序列，且其中所述第四附接区域的所述核酸序列确定由所述靶结合域的第四个核苷酸结合的所述靶核酸中的第四个核苷酸的位置和身份。
109.权利要求108的方法，其中所述第四附接区域与至少一个侧接单链多核苷酸相邻。
110.权利要求108或权利要求109的方法，其中所述靶结合域包含至少五个核苷酸，且其中所述条形码域包含至少第五附接区域，所述第五附接区域包含能够被第五互补核酸分子结合的核酸序列，且其中所述第五附接区域的所述核酸序列确定由所述靶结合域的第五个核苷酸结合的所述靶核酸中的第五个核苷酸的位置和身份。
111.权利要求110的方法，其中所述第五附接区域与至少一个侧接单链多核苷酸相邻。
112.权利要求110或权利要求111的方法，其中所述靶结合域包含至少六个核苷酸，且所述条形码域包含至少第六附接区域，所述第六附接区域包含能够被第六互补核酸分子结合的核酸序列，且其中所述第六附接区域的所述核酸序列确定由所述靶结合域的第六个核苷酸结合的所述靶核酸中的第六个核苷酸的位置和身份。
113.权利要求112的方法，其中所述第六附接区域与至少一个侧接单链多核苷酸相邻。
114.权利要求82至113中任一项的方法，其中所述靶结合域中的核苷酸的数目等于所述条形码域中的附接区域的数目。
115.权利要求82至113中任一项的方法，其中所述靶结合域中的核苷酸的数目比所述条形码域中的附接区域的数目多至少一个。
116.权利要求82至113中任一项的方法，其中至少第一附接区域从所述合成主链分支。
117.权利要求116的方法，其中所述第二附接区域从所述合成主链分支。
118.权利要求117的方法，其中所述至少六个附接区域中的每一个从所述合成主链分支。
119.权利要求82至118中任一项的方法，其中所述条形码域包含至少两个第一附接区域，其中所述至少两个第一附接区域包含能够被第一互补核酸分子结合且确定由所述靶结合域的第一个核苷酸结合的靶核酸中的第一个核苷酸的位置和身份的相同核酸序列。
120.权利要求119的方法，其中条形码域中的每个位置具有相同数目的附接区域。
121.权利要求82的方法，其中条形码域中的每个位置具有相同数目的附接区域。
122.权利要求121的方法，其中条形码域中的每个位置具有一个附接区域。
123.权利要求121的方法，其中条形码域中的每个位置具有多于一个附接区域。
124.权利要求82的方法，其中条形码域中的至少一个位置具有更大数目的附接区域作为另一位置。
125.权利要求82至124中任一项的方法，其中附接区域包含核酸序列的一个至五十个拷贝。
126.权利要求125的方法，其中所述附接区域包含所述核酸序列的两个至三十个拷贝。
127.权利要求82至126中任一项的方法，其中所述测序探针包含可操作地连接至合成主链的多个拷贝的靶结合域。
128.权利要求82至127中任一项的方法，其中每个包含可检测标记物的报告复合物包含与一级核酸分子直接连接的互补核酸分子。
129.权利要求80至128中任一项的方法，其中每个包含可检测标记物的报告复合物包含经由核酸间隔物与一级核酸分子间接连接的互补核酸分子。
130.权利要求82至129中任一项的方法，其中每个包含可检测标记物的报告复合物包含经由聚合间隔物与一级核酸分子间接连接的互补核酸分子，所述聚合间隔物具有与核酸间隔物类似的机械性能。
131.权利要求82至130中任一项的方法，其中每个互补核酸分子包含约8个核苷酸至约
20个核苷酸。
132.权利要求82至131中任一项的方法，其中每个互补核酸分子包含约10个核苷酸。
133.权利要求82至132中任一项的方法，其中每个互补核酸分子包含约12个核苷酸。
134.权利要求82至133中任一项的方法，其中每个互补核酸分子包含约14个核苷酸。
135.权利要求82至134中任一项的方法，其中每个一级核酸分子与至少一个二级核酸分子杂交。
136.权利要求135的方法，其中每个一级核酸分子与至少两个二级核酸分子杂交。
137.权利要求136的方法，其中每个一级核酸分子与至少三个二级核酸分子杂交。
138.权利要求137的方法，其中每个一级核酸分子与至少四个二级核酸分子杂交。
139.权利要求138的方法，其中每个一级核酸分子与至少五个二级核酸分子杂交。
140.权利要求135至139中任一项的测序探针，其中一个或多个二级核酸分子包含至少一个可检测标记物。
141.权利要求135至139中任一项的方法，其中每个二级核酸分子与至少一个包含至少一个可检测标记物的三级核酸分子杂交。
142.权利要求141的方法，其中每个二级核酸分子与至少两个包含至少一个可检测标记物的三级核酸分子杂交。
143.权利要求142的方法，其中每个二级核酸分子与至少三个包含至少一个可检测标记物的三级核酸分子杂交。
144.权利要求143的方法，其中每个二级核酸分子与至少四个包含至少一个可检测标记物的三级核酸分子杂交。
145.权利要求144的方法，其中每个二级核酸分子与至少五个包含至少一个可检测标记物的三级核酸分子杂交。
146.权利要求145的方法，其中每个二级核酸分子与至少六个包含至少一个可检测标记物的三级核酸分子杂交。
147.权利要求146的方法，其中每个二级核酸分子与至少七个包含至少一个可检测标记物的三级核酸分子杂交。
148.权利要求135至147中任一项的方法，其中至少一个二级核酸分子包含不与一级核酸分子杂交且不与三级核酸分子杂交的区域。
149.权利要求148的方法，其中每个二级核酸分子包含不与一级核酸分子杂交且不与三级核酸分子杂交的区域。
150.权利要求148或权利要求149的方法，其中不与一级核酸分子杂交且不与三级核酸分子杂交的区域包含与一级核酸分子直接连接的互补核酸分子的核苷酸序列。
151.权利要求148至150中任一项的方法，其中不与一级核酸分子杂交且不与三级核酸分子杂交的区域位于所述二级核酸分子的末端。
152.权利要求148至151中任一项的方法，其中不与一级核酸分子杂交且不与三级核酸分子杂交的区域包含约8个核苷酸至约20个核苷酸。
153.权利要求152的方法，其中不与一级核酸分子杂交且不与三级核酸分子杂交的区域包含约12个核苷酸。
154.核酸测序的方法，其包括以下步骤：
(1)使测序探针的第一群体与固定至基质的靶核酸杂交，其中所述第一群体中的每个测序探针包含：
靶结合域和条形码域；
其中所述靶结合域包含至少四个核苷酸，并且能够结合靶核酸；
其中所述条形码域包含合成主链，所述条形码域包含第一附接区域，所述第一附接区域包含能够被第一互补核酸分子结合的核酸序列，且其中所述第一附接区域的所述核酸序列确定由所述靶结合域的第一个核苷酸结合的所述靶核酸中的第一个核苷酸的位置和身份，且
所述条形码域还包含至少第二附接区域，所述第二附接区域包含能够被第二互补核酸分子结合的核酸序列，且其中所述第二附接区域的所述核酸序列确定由所述靶结合域的第二个核苷酸结合的所述靶核酸中的第二个核苷酸的位置和身份，且
其中所述第一互补核酸分子不同于所述第二互补核酸分子，
其中所述第一群体中的每个测序探针在约相同条件下从固定的靶核酸去杂交；
(2)使各自包含可检测标记物的多个第一互补核酸分子或各复合物包含可检测标记物的多个第一报告复合物的多个第一互补核酸分子与第一群体中的各测序探针中的第一附接区域结合；
(3)检测各结合的第一互补核酸分子或各第一报告复合物的各第一互补核酸分子的可检测标记物，
(4)鉴定通过第一群体中的测序探针杂交的固定的靶核酸中的多个第一核苷酸的位置和身份；
(5)使第一群体的每个测序探针的各第一附接区域与多个各自缺乏可检测标记物的第一杂交核酸分子接触，从而未结合包含可检测标记物的第一互补核酸分子或各第一报告复合物的第一互补核酸分子且使缺乏可检测标记物的第一杂交核酸分子与每个第一附接区域结合；
(6)使各自包含可检测标记物的多个第二互补核酸分子或各复合物包含可检测标记物的多个第二报告复合物的多个第二互补核酸分子与第一群体中的各测序探针中的第二附接区域结合；
(7)检测各结合的第二互补核酸分子或各第二报告复合物的各第二互补核酸分子的可检测标记物，
(8)鉴定通过第一群体中的测序探针杂交的固定的靶核酸中的多个第二核苷酸的位置和身份；和
(9)重复步骤(5)至(8)，直到已鉴定固定的靶核酸中对应于第一群体中的各测序探针的靶结合域的各核苷酸。
155.权利要求154的方法，其中使所述第一群体中的各测序探针从所述固定的靶核酸去杂交的条件包括添加离液剂、还原剂、改变pH、改变盐浓度、改变温度或流体动力中的一种或多种。
156.权利要求155的方法，其中所述离液剂选自丁醇、乙醇、盐酸胍、乙酸锂、高氯酸锂、氯化镁、苯酚、丙醇、十二烷基硫酸钠、十二烷基硫酸锂、甲酰胺、硫脲和尿素。
157.权利要求155的方法，其中所述还原剂选自TCEP(三(2-羧乙基)膦)、DTT(二硫苏糖醇)和β-巯基乙醇。
158.权利要求155的方法，其中所述改变温度是升高温度。
159.权利要求154的方法，其中步骤(5)和(6)依次或同时发生。
160.权利要求154或权利要求159的方法，其还包括以下步骤：
(10)将测序探针的第一群体的每个测序探针从所述核酸去杂交；
(11)去除第一群体的每个去杂交的测序探针；
(12)使至少测序探针的第二群体与固定的靶核酸杂交，其中所述第二群体中的每个测序探针包含：
靶结合域和条形码域；
其中所述靶结合域包含至少四个核苷酸，并且能够结合靶核酸；
其中所述条形码域包含合成主链，所述条形码域包含第一附接区域，所述第一附接区域包含能够被第一RNA分子结合的核酸序列，且其中所述第一附接区域的所述核酸序列确定由所述靶结合域的第一个核苷酸结合的所述靶核酸中的第一个核苷酸的位置和身份，且所述条形码域包含至少第二附接区域，所述第二附接区域包含能够被第二互补核酸分子结合的核酸序列，且其中所述第二附接区域的所述核酸序列确定由所述靶结合域的第二个核苷酸结合的所述靶核酸中的第二个核苷酸的位置和身份，且其中所述第一互补核酸分子不同于所述第二互补核酸分子，
其中所述第二群体中的每个测序探针在约相同条件下与固定的靶核酸去杂交；并且在与第一群体中的测序探针不同的条件与来自固定的靶核酸去杂交；
(13)使各自包含可检测标记物的多个第一互补核酸分子或各复合物包含可检测标记物的多个第一报告复合物的多个第一互补核酸分子与第二群体中的各测序探针中的第一附接区域结合；
(14)检测各结合的第一互补核酸分子或各第一报告复合物的各第一互补核酸分子的可检测标记物，
(15)鉴定通过第二群体中的测序探针杂交的固定的靶核酸中的多个第一核苷酸的位置和身份；
(16)使所述第二群体的各测序探针的各第一附接区域与多个缺乏可检测标记物的第一杂交核酸分子接触，从而未结合包含可检测标记物的第一互补核酸分子或各第一报告复合物的第一互补核酸分子且使缺乏可检测标记物的第一杂交核酸分子与各第一附接区域结合；
(17)使各自包含可检测标记物的多个第二互补核酸分子或各复合物包含可检测标记物的多个第二报告复合物的多个第二互补核酸分子与第二群体中的各测序探针中的第二附接区域结合；
(18)检测各结合的第二互补核酸分子或各第二报告复合物的各第二互补核酸分子的可检测标记物；
(19)鉴定通过第二群体中的测序探针杂交的固定的靶核酸中的多个第二核苷酸的位置和身份；和
(20)重复步骤(16)至(20)，直到已鉴定固定的靶核酸中对应于第二群体中的各测序探针的靶结合域的各核苷酸。
161.权利要求160的方法，其中步骤(16)和(17)依次或同时发生。
162.权利要求160或权利要求161的方法，其中使所述第二群体中的各测序探针从所述固定的靶核酸去杂交的条件包括添加离液剂、还原剂、改变pH、改变盐浓度、改变温度或流体动力中的一种或多种。
163.权利要求162的方法，其中所述离液剂选自丁醇、乙醇、盐酸胍、乙酸锂、高氯酸锂、氯化镁、苯酚、丙醇、十二烷基硫酸钠、硫脲和尿素。
164.权利要求162的方法，其中所述还原剂选自TCEP(三(2-羧乙基)膦)、DTT(二硫苏糖醇)和β-巯基乙醇。
165.权利要求162的方法，其中所述改变温度是升高温度。
166.权利要求160至165中任一项的方法，其中所述第二群体中的各测序探针从固定的靶核酸去杂交的温度高于所述第一群体中的测序探针从靶核酸去杂交的温度。
167.权利要求166的方法，其中用一种或多种额外的探针群体重复步骤(10)至(20)。
168.权利要求167的方法，其还包括组装固定的靶核酸的每个区域的核苷酸的每个鉴定的线性顺序、从而鉴定固定的靶核酸的序列的步骤。
169.权利要求168的方法，其中组装的步骤包括具有存储在其上的可执行程序的非暂时计算机可读存储介质，其中所述程序指示微处理器以排列靶核酸的每个区域的核苷酸的每个鉴定的线性顺序，从而获得核酸的序列。
170.权利要求154至169中任一项的方法，其中测序探针的群体包含针对所述靶核酸中的特定感兴趣区域的额外测序探针。
171.权利要求170的方法，其中所述感兴趣的区域包含突变或SNP等位基因。
172.权利要求170的方法，其中所述感兴趣的区域不包含已知突变或SNP等位基因。
173.权利要求154至172中任一项的方法，其中测序探针的群体包含较少针对所述靶核酸中的特定不感兴趣区域的测序探针。
174.权利要求154至173中任一项的方法，其中缩短测序探针群体中的靶结合域的长度以增加靶核酸的特定区域中的探针的覆盖度。
175.权利要求154至174中任一项的方法，其中增加测序探针群体中的靶结合域的长度以减小靶核酸的特定区域中的探针的覆盖度。
176.权利要求154至175中任一项的方法，其中将测序探针群体区室化成测序探针的离散的较小集合。
177.权利要求176的方法，其中所述区室化基于所述测序探针中的靶结合域的预测解链温度。
178.权利要求176的方法，其中所述区室化基于所述测序探针中的靶结合域的序列基序。
179.权利要求176的方法，其中所述区室化基于经验推导的规则。
180.权利要求176至179中任一项的方法，其中测序探针的不同集合可以使用不同的反应条件与所述靶核酸反应。
181.权利要求180的方法，其中所述反应条件基于温度。
182.权利要求180的方法，其中所述反应条件基于盐浓度。
183.权利要求180的方法，其中所述反应条件基于缓冲液含量。
184.权利要求176至183中任一项的方法，其中进行区室化以覆盖具有均匀覆盖度的靶核酸。
185.权利要求176至183中任一项的方法，其中进行区室化以覆盖具有已知覆盖度概况的靶核酸。
186.权利要求154至185中任一项的方法，其中所述靶核酸为约4至1,000,000个核苷酸的长度，直至完整染色体或其片段的长度。
187.权利要求154至186中任一项的方法，其中附接区域包含核酸序列的一个至五十个拷贝。
188.权利要求187的方法，其中所述附接区域包含所述核酸序列的两个至三十个拷贝。
189.权利要求154至188中任一项的方法，其中所述测序探针包含可操作地连接至合成主链的多个拷贝的靶结合域。
190.权利要求82至189中任一项的方法，其中经由测序探针与缺乏可检测标记物的杂交核酸分子的接触而加速互补核酸分子从测序探针去结合的速率。
191.权利要求154至190中任一项的方法，其中当探针群体的第一等分试样从所述靶核酸去杂交且所述探针群体的第二等分试样与所述靶核酸杂交时，所述探针群体的第二等分试样以前没有与靶核酸杂交。
192.用于执行根据权利要求82至191中任一项的方法的装置。
193.权利要求192的装置，其包含如图24中所示的可消耗测序卡。
194.试剂盒，其包含基质，多个权利要求1至81中任一项的测序探针，至少一种捕获探针，至少一种包含可检测标记物的互补核酸分子，至少一种缺乏可检测标记物的互补核酸分子和使用说明书。
195.权利要求193的试剂盒，其还包含如图24中所示的可消耗测序卡。