1.一种方法，其包括：
(a)形成多个容器，每个容器包含
(i)来自包含多个细胞的样品的单细胞，
(ii)多个分子条码化多核苷酸，以及
(iii)容器条码化多核苷酸；
(b)产生：
(i)第一互补多核苷酸，其与来自所述单细胞的第一细胞多核苷酸互补，以及
(ii)第二互补多核苷酸，其与来自所述单细胞的第二细胞多核苷酸互补；
(c)附接：
(i)所述多个分子条码化多核苷酸的第一分子条码化多核苷酸至所述第一互补多核苷
酸，以及
(ii)第二分子条码化多核苷酸至所述第二互补多核苷酸，
从而形成第一和第二单细胞单条码化多核苷酸；以及
(d)将所述容器条码化多核苷酸或其扩增产物附接至
(i)所述第一单细胞单条码化多核苷酸或其扩增产物，以及
(ii)所述第二单细胞单条码化多核苷酸或其扩增产物，
从而形成第一和第二单细胞双条码化序列。
2.一种方法，其包括：
(a)从来自样品的多个免疫细胞产生来自重链免疫球蛋白(IgH)多核苷酸的第一互补
多核苷酸和来自轻链免疫球蛋白(IgL)多核苷酸的第二互补多核苷酸，其中采用：
(i)第一目标引物，其包含与来自所述多个免疫细胞的所述IgH多核苷酸的相同区域互
补的区域；
(ii)第二目标引物，其包含与来自所述多个免疫细胞的所述IgL多核苷酸的相同区域
互补的区域；
(iii)包含非模板末端转移酶活性的逆转录酶，其中将3个或更多个相同的非模板核苷
酸添加至所述第一和第二互补多核苷酸的3’端；
(iv)多个分子条码化多核苷酸，每个包含：
(A)分子条码，
(B)与容器条码化多核苷酸的区域互补的5’端区域，以及
(C)与所述3个或更多个非模板核苷酸互补的3’端区域；以及
(v)容器条码化多核苷酸，
从而形成第一和第二单细胞单条码化多核苷酸；
(b)扩增所述容器条码化多核苷酸，从而形成第一和第二单细胞双条码化多核苷酸；
(c)扩增所述第一和第二单细胞双条码化多核苷酸，从而形成包含所述IgH或IgL多核
苷酸的可变区或其组合的序列的文库；以及
(d)对所述文库的一个或多个所述序列进行测序，
其中(a)在多个容器的容器中进行，其中所述容器包含来自所述多个免疫细胞的单个
免疫细胞。
3.一种方法，其包括：
(a)从来自样品的多个免疫细胞产生来自T细胞受体α(TCRα)多核苷酸的第一互补多核
苷酸和来自T细胞受体β(TCRβ)多核苷酸的第二互补多核苷酸，其中采用：
(i)第一目标引物，其包含与来自所述多个免疫细胞的所述TCRα多核苷酸的相同区域
互补的区域；
(ii)第二目标引物，其包含与来自所述多个免疫细胞的所述TCRβ多核苷酸的相同区域
互补的区域；
(iii)包含非模板末端转移酶活性的逆转录酶，其中将3个或更多个相同的非模板核苷
酸添加至所述第一和第二互补多核苷酸的3’端；
(iv)多个分子条码化多核苷酸，每个包含：
(A)分子条码，
(B)与容器条码化多核苷酸的区域互补的5’端区域，以及
(C)与所述3个或更多个非模板核苷酸互补的3’端区域；以及
(v)容器条码化多核苷酸，
从而形成第一和第二单细胞单条码化多核苷酸；
(b)扩增所述容器条码化多核苷酸，从而形成第一和第二单细胞双条码化多核苷酸；
(c)扩增所述第一和第二单细胞双条码化多核苷酸，从而形成包含所述TCRα或TCRβ多
核苷酸的可变区或其组合的序列的文库；以及
(d)对所述文库的一个或多个所述序列进行测序，
其中(a)在多个容器的容器中进行，其中所述容器包含来自所述多个免疫细胞的单个
免疫细胞。
4.一种方法，其包括：
(a)从来自样品的多个免疫细胞产生来自T细胞受体γ(TCRγ)多核苷酸的第一互补多
核苷酸和来自T细胞受体δ(TCRδ)多核苷酸的第二互补多核苷酸，其中采用：
(i)第一目标引物，其包含与来自所述多个免疫细胞的所述TCRγ多核苷酸的相同区域
互补的区域；
(ii)第二目标引物，其包含与来自所述多个免疫细胞的所述TCRδ多核苷酸的相同区域
互补的区域；
(iii)包含非模板末端转移酶活性的逆转录酶，其中将3个或更多个相同的非模板核苷
酸添加至所述第一和第二互补多核苷酸的3’端；
(iv)多个分子条码化多核苷酸，每个包含：
(A)分子条码，
(B)与容器条码化多核苷酸的区域互补的5’端区域，以及
(C)与所述3个或更多个非模板核苷酸互补的3’端区域；以及
(v)容器条码化多核苷酸，
从而形成第一和第二单细胞单条码化多核苷酸；
(b)扩增所述容器条码化多核苷酸，从而形成第一和第二单细胞双条码化多核苷酸；
(c)扩增所述第一和第二单细胞双条码化多核苷酸，从而形成包含所述TCRγ或TCRδ多
核苷酸的可变区或其组合的序列的文库；以及
(d)对所述文库的一个或多个所述序列进行测序，
其中(a)在多个容器的容器中进行，其中所述容器包含来自所述多个免疫细胞的单个
免疫细胞。
5.根据权利要求2-4中任一项所述的方法，其中所述文库代表所述样品的免疫状态。
6.根据权利要求1-5中任一项所述的方法，其中所述第一和第二单细胞双条码化序列
为第一和第二单细胞双条码化序列的文库。
7.根据权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述第一和第二分子条码化多核苷酸
的分子条码不同。
8.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中所述第一和第二单细胞单条码化多核
苷酸包含不同的分子条码。
9.根据权利要求1-8中任一项所述的方法，其中所述第一和第二单细胞双条码化序列
包含不同的分子条码。
10.根据权利要求1-9中任一项所述的方法，其中所述第一和第二单细胞双条码化序列
包含相同的容器条码。
11.根据权利要求1-10中任一项所述的方法，其中所述多个分子条码化多核苷酸不是
扩增产物。
12.根据权利要求1-11中任一项所述的方法，其中第一容器中分子条码化多核苷酸的
分子条码与第二容器中分子条码化多核苷酸的分子条码不同。
13.根据权利要求1-12中任一项所述的方法，其中所述多个容器的第一容器中每个分
子条码化多核苷酸的分子条码是独特的。
14.根据权利要求13所述的方法，其中所述多个容器的第二容器中每个分子条码化多
核苷酸的分子条码是独特的。
15.根据权利要求1-14中任一项所述的方法，其中第一容器和第二容器中每个分子条
码化多核苷酸的分子条码是独特的。
16.根据权利要求14或15所述的方法，其中所述多个容器的第三容器中每个分子条码
化多核苷酸的分子条码是独特的。
17.根据权利要求16所述的方法，其中所述第一容器、所述第二容器和所述第三容器中
每个分子条码化多核苷酸的分子条码是独特的。
18.根据权利要求1-17中任一项所述的方法，其中所述多个容器的任何单个容器中每
个分子条码化多核苷酸的分子条码是独特的。
19.根据权利要求1-18中任一项所述的方法，其中所述多个容器的任何一个容器中每
个分子条码化多核苷酸的分子条码与所述多个容器的任何其他一个容器中每个分子条码
化多核苷酸的分子条码不同。
20.根据权利要求1-19中任一项所述的方法，其中第一容器中分子条码化多核苷酸的
分子条码与第二容器中分子条码化多核苷酸的分子条码相同。
21.根据权利要求1-5、8-12、14、16、19或20中任一项所述的方法，其中第一容器中分子
条码化多核苷酸的分子条码与所述第一容器中分子条码化多核苷酸的分子条码相同。
22.根据权利要求21所述的方法，其中第二容器中分子条码化多核苷酸的分子条码与
所述第二容器中分子条码化多核苷酸的分子条码相同。
23.根据权利要求1-22中任一项所述的方法，其中所述多个容器的第一容器中容器条
码化多核苷酸或其扩增子的容器条码与所述多个容器的第二容器中容器条码化多核苷酸
或其扩增子的容器条码不同。
24.根据权利要求1-23中任一项所述的方法，其中所述多个容器的第一容器中容器条
码化多核苷酸或其扩增子的容器条码为第一相同容器条码。
25.根据权利要求24所述的方法，其中所述多个容器的第二容器中每个容器条码化多
核苷酸或其扩增子的容器条码为第二相同容器条码。
26.根据权利要求24或25所述的方法，其中所述第一相同容器条码与所述第二相同容
器条码不同。
27.根据权利要求24-26中任一项所述的方法，其中所述多个容器的单个容器中每个容
器条码化多核苷酸或其扩增子的容器条码包含相同的容器条码。
28.根据权利要求24-27中任一项所述的方法，其中所述多个容器的任何单个容器中每
个容器条码化多核苷酸及其扩增子的容器条码对于所述多个容器的任何其他单个容器中
每个容器条码化多核苷酸及其扩增子的容器条码而言是独特的。
29.根据权利要求1-28中任一项所述的方法，其中(a)中的容器条码化多核苷酸以单分
子存在于容器中。
30.根据权利要求1-29中任一项所述的方法，其中(a)中的容器条码化多核苷酸以单分
子存在于所述多个容器的每个容器中。
31.根据权利要求1-30中任一项所述的方法，其中(a)中的容器条码化多核苷酸以至少
单分子存在于所述多个容器的容器中。
32.根据权利要求1-31中任一项所述的方法，其中(a)中的容器条码化多核苷酸以至少
单分子存在于所述多个容器的每个容器中。
33.根据权利要求1-32中任一项所述的方法，其中所述多个容器的第一容器中第一容
器条码化多核苷酸或其扩增子的第一共同容器序列与所述第一容器中第二容器条码化多
核苷酸或其扩增子的第一共同容器序列相同。
34.根据权利要求33所述的方法，其中所述多个容器的所述第一容器中所述第一容器
条码化多核苷酸或其扩增子的第二共同容器序列与所述第一容器中第二容器条码化多核
苷酸或其扩增子的第二共同容器序列相同。
35.根据权利要求33或34所述的方法，其中所述多个容器的任何单个容器中第一容器
条码化多核苷酸或其扩增子的第一共同容器序列与所述单个容器中第二容器条码化多核
苷酸或其扩增子的第一共同容器序列相同。
36.根据权利要求33-35中任一项所述的方法，其中所述多个容器的单个容器中每个容
器条码化多核苷酸包含相同的第一共同容器序列。
37.根据权利要求36所述的方法，其中所述多个容器的单个容器中每个容器条码化多
核苷酸包含相同的第二共同容器序列。
38.根据权利要求1-37中任一项所述的方法，其中所述多个容器的第一容器中第一容
器条码化多核苷酸或其扩增子的第一共同容器序列与所述多个容器的第二容器中第二容
器条码化多核苷酸或其扩增子的第一共同容器序列相同。
39.根据权利要求38所述的方法，其中所述第一容器条码化多核苷酸或其扩增子的第
二共同容器序列与所述第二容器条码化多核苷酸或其扩增子的第二共同容器序列相同。
40.根据权利要求1-39中任一项所述的方法，其中所述多个容器的任何一个容器中每
个容器条码化多核苷酸或其扩增子包含第一共同容器序列，该第一共同容器序列包含与所
述多个容器的任何其他一个容器中容器条码化多核苷酸或其扩增子的第一共同容器序列
相同的序列。
41.根据权利要求40所述的方法，其中所述多个容器的任何一个容器中每个容器条码
化多核苷酸或其扩增子包含第二共同容器序列，该第二共同容器序列包含与所述多个容器
的任何其他一个容器中容器条码化多核苷酸或其扩增子的第二共同容器序列相同的序列。
42.根据权利要求1-41中任一项所述的方法，其中所述多个容器的第一容器中第一分
子条码化多核苷酸的第一共同分子序列与所述第一容器中第二分子条码化多核苷酸的第
一共同分子序列相同。
43.根据权利要求42所述的方法，其中所述多个容器的所述第一容器中所述第一分子
条码化多核苷酸的第二共同分子序列与所述第一容器中第二分子条码化多核苷酸的第二
共同分子序列相同。
44.根据权利要求42或43所述的方法，其中所述多个容器的任何单个容器中第一分子
条码化多核苷酸的第一共同分子序列与所述单个容器中第二分子条码化多核苷酸的第一
共同分子序列相同。
45.根据权利要求42-44中任一项所述的方法，其中所述多个容器的单个容器中每个分
子条码化多核苷酸包含相同的第一共同分子序列。
46.根据权利要求45所述的方法，其中所述多个容器的单个容器中每个分子条码化多
核苷酸包含相同的第二共同分子序列。
47.根据权利要求42-46中任一项所述的方法，其中所述多个容器的第一容器中第一分
子条码化多核苷酸的第一共同分子序列与所述多个容器的第二容器中第二分子条码化多
核苷酸的第一共同分子序列相同。
48.根据权利要求47所述的方法，其中所述第一分子条码化多核苷酸的第二共同分子
序列与所述第二分子条码化多核苷酸的第二共同分子序列相同。
49.根据权利要求42-48中任一项所述的方法，其中所述多个容器的任何一个容器中每
个分子条码化多核苷酸包含第一共同分子序列，该第一共同分子序列包含与所述多个容器
的任何其他一个容器中分子条码化多核苷酸的第一共同分子序列相同的序列。
50.根据权利要求49所述的方法，其中所述多个容器的任何一个容器中每个分子条码
化多核苷酸包含第二共同分子序列，该第二共同分子序列包含与所述多个容器的任何其他
一个容器中分子条码化多核苷酸的第二共同分子序列相同的序列。
51.根据权利要求33-50中任一项所述的方法，其中所述第一共同容器序列包含的序列
包含与所述第一共同分子序列相同的序列。
52.根据权利要求33-51中任一项所述的方法，其中所述第一共同容器序列包含与所述
第一共同分子序列或其互补体互补的序列。
53.根据权利要求51或52所述的方法，其中所述第二共同分子序列包含与添加至所述
第一互补多核苷酸的3’端的三个或更多个非模板核苷酸互补的区域。
54.根据权利要求53所述的方法，其中所述与添加至所述第一互补多核苷酸的3’端的
三个或更多个非模板核苷酸互补的区域为末端区域。
根据权利要求1-54中任一项所述的方法，其中第一和第二分子条码化多核苷酸不融合
在一起。
55.根据权利要求1-54中任一项所述的方法，其中所述第一和第二单细胞单条码化多
核苷酸不融合在一起。
56.根据权利要求1-55中任一项所述的方法，其中所述第一和第二单细胞双条码化序
列不融合在一起。
57.根据权利要求1-56中任一项所述的方法，其中所述第一细胞多核苷酸为DNA。
58.根据权利要求57所述的方法，其中所述第二细胞多核苷酸为DNA。
59.根据权利要求1-56中任一项所述的方法，其中所述第一细胞多核苷酸为RNA。
60.根据权利要求59所述的方法，其中所述第二细胞多核苷酸为RNA。
61.根据权利要求59或60所述的方法，其中所述RNA为mRNA。
62.根据权利要求59-61中任一项所述的方法，其中(b)的第一互补多核苷酸为cDNA。
63.根据权利要求62所述的方法，其中(b)的第二互补多核苷酸为cDNA。
64.根据权利要求1-63中任一项所述的方法，其中(b)包括延伸与所述第一细胞多核苷
酸杂交的第一目标引物，以及延伸与所述第二细胞多核苷酸杂交的第二目标引物。
65.根据权利要求64所述的方法，其中所述延伸包括用第一目标引物逆转录所述第一
细胞多核苷酸，以及用第二目标引物逆转录所述第二细胞多核苷酸。
66.根据权利要求64或65所述的方法，其中所述第一目标引物包含与所述第一细胞多
核苷酸的目标序列互补的序列。
67.根据权利要求66所述的方法，其中所述第二目标引物包含与所述第二细胞多核苷
酸的目标序列互补的序列。
68.根据权利要求64-67中任一项所述的方法，其中所述第一目标引物包含聚(T)序列。
69.根据权利要求68所述的方法，其中所述第二目标引物包含聚(T)序列。
70.根据权利要求66-69中任一项所述的方法，其中所述第一细胞多核苷酸的所述目标
序列为重链免疫球蛋白(IgH)序列、TCRα序列、TCRγ序列或其组合。
71.根据权利要求66-70中任一项所述的方法，其中所述第一细胞多核苷酸的所述目标
序列为重链恒定区(CH)序列、TCRα恒定区(Cα)序列、TCRγ恒定区(Cγ)序列或其组合。
72.根据权利要求70或71所述的方法，其中所述第二细胞多核苷酸的所述目标序列为
轻链免疫球蛋白(IgL)序列、TCRβ序列、TCRδ序列或其组合。
73.根据权利要求70-72中任一项所述的方法，其中所述第二细胞多核苷酸的所述目标
序列为轻链恒定区(CL)序列、TCRβ恒定区(Cβ)序列、TCRδ恒定区(Cδ)序列或其组合。
74.根据权利要求64-73中任一项所述的方法，其中所述第一目标引物包含多个第一目
标引物。
75.根据权利要求64-74中任一项所述的方法，其中所述第二目标引物包含多个第二目
标引物。
76.根据权利要求74或75所述的方法，其中所述多个第一目标引物包含与多个重链免
疫球蛋白(IgH)序列、TCRα序列、TCRγ序列或其组合互补的多个序列。
77.根据权利要求76所述的方法，其中所述多个重链免疫球蛋白(IgH)序列、TCRα序列
或TCRγ序列包含多个重链恒定区(CH)序列、TCRα恒定区(Cα)序列、TCRγ恒定区(Cγ)序列或其组合。
78.根据权利要求77所述的方法，其中所述多个重链恒定区(CH)序列包含两个或更多个
选自来自IgM、IgD、IgA、IgE、IgG及其组合的重链恒定区(CH)序列的序列。
79.根据权利要求74-78中任一项所述的方法，其中所述多个第二目标引物包含与多个
轻链免疫球蛋白(IgL)序列、TCRβ序列、TCRδ序列或其组合互补的多个序列。
80.根据权利要求79所述的方法，其中所述多个轻链免疫球蛋白(IgL)序列、TCRβ序列
或TCRδ序列包含多个轻链恒定区(CL)序列、TCRβ恒定区(Cβ)序列、TCRδ恒定区(Cδ)序列或其组合。
81.根据权利要求80所述的方法，其中所述多个轻链恒定区(CL)序列包含两个或更多个
选自来自Igκ、Igλ及其组合的轻链恒定区(CL)序列的序列。
82.根据权利要求1-81中任一项所述的方法，其中在(b)中，所述延伸包括使用非模板
末端转移酶，其中将三个或更多个非模板核苷酸添加至所述第一互补多核苷酸的3’端。
83.根据权利要求82所述的方法，其中所述非模板末端转移酶为逆转录酶或聚合酶。
84.根据权利要求82或83所述的方法，其中所述非模板末端转移酶为逆转录酶，并且其
中该逆转录酶选自Superscipt II逆转录酶、Maxima逆转录酶、Protoscript II逆转录酶、
莫洛尼鼠白血病病毒逆转录酶(MMLV-RT)、HighScriber逆转录酶、禽成髓细胞瘤病毒(AMV)
逆转录酶、包含末端脱氧核苷酸转移酶活性的任何逆转录酶及其组合。
85.根据权利要求82-84中任一项所述的方法，其中将三个或更多个非模板核苷酸添加
至所述第二互补多核苷酸的3’端。
86.根据权利要求82-85中任一项所述的方法，其中在(c)中，所述附接包括使第一分子
条码化多核苷酸的区域与添加至所述第一互补多核苷酸的3’端的所述三个或更多个非模
板核苷酸杂交。
87.根据权利要求86所述的方法，其中在(c)中，所述附接包括使第二分子条码化多核
苷酸的区域与添加至所述第二互补多核苷酸的3’端的所述三个或更多个非模板核苷酸杂
交。
88.根据权利要求82-87中任一项所述的方法，其中在(c)中，附接至所述第一互补多核
苷酸的第一分子条码化多核苷酸包含与所述第一互补多核苷酸的3’端上的所述三个或更
多个非模板核苷酸互补的区域。
89.根据权利要求88所述的方法，其中在(c)中，附接至所述第二互补多核苷酸的第二
分子条码化多核苷酸包含与所述第二互补多核苷酸的3’端上的三个或更多个非模板核苷
酸互补的区域。
90.根据权利要求82-89中任一项所述的方法，其中所述三个或更多个非模板核苷酸是
相同的。
91.根据权利要求82-89中任一项所述的方法，其中所述三个或更多个非模板核苷酸中
的至少一个与所述三个或更多个非模板核苷酸中的另一个核苷酸不相同。
92.根据权利要求86-91中任一项所述的方法，其中所述第一分子条码化多核苷酸的杂
交区域的至少一个核苷酸与所述第一分子条码化多核苷酸的杂交区域的另一个核酸不相
同。
93.根据权利要求87-92中任一项所述的方法，其中所述第二分子条码化多核苷酸的杂
交区域的至少一个核苷酸与所述第二分子条码化多核苷酸的杂交区域的另一个核酸不相
同。
94.根据权利要求92或93所述的方法，其中所述至少一个不相同的核苷酸为脱氧核糖
核苷酸或其类似物。
95.根据权利要求92-94中任一项所述的方法，其中所述至少一个不相同的核苷酸不是
核糖核苷酸或其类似物。
96.根据权利要求92-95中任一项所述的方法，其中所述至少一个不相同的核苷酸为脱
氧核糖鸟苷。
97.根据权利要求92-95中任一项所述的方法，其中所述至少一个不相同的核苷酸为脱
氧核糖鸟苷类似物。
98.根据权利要求92-97中任一项所述的方法，其中所述至少一个不相同的核苷酸为所
述第一或第二分子条码化多核苷酸的末端核苷酸。
99.根据权利要求92或93所述的方法，其中所述至少一个不相同的核苷酸为核糖核苷
酸或其类似物。
100.根据权利要求86-99中任一项所述的方法，其中所述第一或第二分子条码化多核
苷酸的杂交区域的末端核苷酸为脱氧核糖核苷酸或其类似物。
101.根据权利要求86-100中任一项所述的方法，其中所述第一或第二分子条码化多核
苷酸的杂交区域的末端核苷酸不是核糖核苷酸或其类似物。
102.根据权利要求86-101中任一项所述的方法，其中所述第一或第二分子条码化多核
苷酸的杂交区域的末端核苷酸为脱氧核糖鸟苷。
103.根据权利要求86-101中任一项所述的方法，其中所述第一或第二分子条码化多核
苷酸的杂交区域的末端核苷酸为脱氧核糖鸟苷类似物。
104.根据权利要求86-99中任一项所述的方法，其中所述第一或第二分子条码化多核
苷酸的杂交区域的末端核苷酸为核糖核苷酸或其类似物。
105.根据权利要求86-104中任一项所述的方法，其中所述第一或第二分子条码化多核
苷酸的杂交区域的至少两个非末端核苷酸为核糖核苷酸或其类似物。
106.根据权利要求86-105中任一项所述的方法，其中所述第一或第二分子条码化多核
苷酸的杂交区域的至少两个非末端核苷酸不是脱氧核糖核苷酸或其类似物。
107.根据权利要求86-104中任一项所述的方法，其中所述第一或第二分子条码化多核
苷酸的杂交区域的至少两个非末端核苷酸为脱氧核糖核苷酸或其类似物。
108.根据权利要求1-107中任一项所述的方法，其中(c)进一步包括在所述附接后延伸
所述第一互补多核苷酸和所述第二互补多核苷酸。
109.根据权利要求1-108中任一项所述的方法，其中所述第一互补多核苷酸包含与第
一分子条码化多核苷酸互补的区域。
110.根据权利要求109中任一项所述的方法，其中所述第二互补多核苷酸包含与第二
分子条码化多核苷酸互补的区域。
111.根据权利要求109或110中任一项所述的方法，其中所述第一互补多核苷酸包含与
第二分子条码化多核苷酸互补的区域。
112.根据权利要求111所述的方法，其中与所述第一或第二分子条码化多核苷酸互补
的所述第一互补多核苷酸的区域不与分子条码序列互补。
113.根据权利要求111或112所述的方法，其中与所述第一或第二分子条码化多核苷酸
互补的所述第一互补多核苷酸的区域不与所述容器条码化多核苷酸或其扩增产物的区域
互补。
114.根据权利要求109-113中任一项所述的方法，其中与所述第一或第二分子条码化
多核苷酸互补的所述第一互补多核苷酸的区域包含添加至所述第一互补多核苷酸的3’端
的三个或更多个非模板核苷酸。
115.根据权利要求114所述的方法，其中与所述第二分子条码化多核苷酸互补的所述
第二互补多核苷酸的区域包含添加至所述第二互补多核苷酸的3’端的三个或更多个非模
板核苷酸。
116.根据权利要求1-115中任一项所述的方法，其中所述第一互补多核苷酸不与所述
容器条码化多核苷酸互补。
117.根据权利要求116所述的方法，其中所述第二互补多核苷酸不与所述容器条码化
多核苷酸互补。
118.根据权利要求1-117中任一项所述的方法，其中第一分子条码化多核苷酸的互补
体的区域与所述容器条码化多核苷酸的区域互补。
119.根据权利要求118所述的方法，其中第二分子条码化多核苷酸的互补体的区域与
所述容器条码化多核苷酸的区域互补。
120.根据权利要求1-119中任一项所述的方法，其中所述第一单细胞单条码化多核苷
酸的区域与所述容器条码化多核苷酸的区域互补。
121.根据权利要求120所述的方法，其中所述第二单细胞单条码化多核苷酸的区域与
所述容器条码化多核苷酸的区域互补。
122.根据权利要求120或121所述的方法，其中所述第一单细胞单条码化多核苷酸的区
域与所述容器条码化多核苷酸中与所述第二单细胞单条码化多核苷酸互补的区域互补。
123.根据权利要求1-122中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括用第一引物
组扩增所述容器条码化多核苷酸，其中所述扩增在附接所述容器条码化多核苷酸之前或与
附接所述容器条码化多核苷酸同时进行。
124.根据权利要求1-123中任一项所述的方法，其中所述容器条码化多核苷酸包含第
一和第二容器条码化多核苷酸，其选自所述容器条码化多核苷酸、所述容器条码化多核苷
酸的互补体、来自所述容器条码化多核苷酸的扩增产物及其任意组合。
125.根据权利要求1-124中任一项所述的方法，其中附接所述容器条码化多核苷酸包
括：
(i)使所述容器条码化多核苷酸或其扩增产物的区域与所述第一单细胞单条码化多核
苷酸的区域杂交，以及
(ii)使所述容器条码化多核苷酸或其扩增产物的区域与所述第二单细胞单条码化多
核苷酸的区域杂交。
126.根据权利要求1-125中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括在附接所述
容器条码化多核苷酸之后延伸所述第一单细胞单条码化序列和所述第二单细胞单条码化
序列多核苷酸，从而形成所述第一和第二单细胞双条码化序列。
127.根据权利要求126所述的方法，其中所述第一单细胞双条码化序列包含与所述容
器条码化多核苷酸互补的区域。
128.根据权利要求127所述的方法，其中所述第二单细胞双条码化序列包含与所述容
器条码化多核苷酸互补的区域。
129.根据权利要求128所述的方法，其中与所述容器条码化多核苷酸互补的所述第一
和第二单细胞双条码化序列的区域为相同序列。
130.根据权利要求129所述的方法，其中与所述第一或第二分子条码化多核苷酸互补
的所述第一单细胞单条码化多核苷酸的区域不与所述容器条码化多核苷酸或其扩增产物
的区域互补。
131.根据权利要求123-130中任一项所述的方法，其中所述第一引物组的第一引物与
第一分子条码化多核苷酸、所述第一单细胞单条码化多核苷酸的互补体、所述第一单细胞
双条码化序列的互补体或其任意组合的区域互补。
132.根据权利要求131所述的方法，其中所述第一引物组的所述第一引物与第二分子
条码化多核苷酸、所述第二单细胞单条码化多核苷酸的互补体、所述第二单细胞双条码化
序列的互补体或其任意组合的区域互补。
133.根据权利要求123-132中任一项所述的方法，其中所述第一引物组的第一引物不
与所述第一细胞多核苷酸或其互补体互补。
134.根据权利要求133所述的方法，其中所述第一引物组的所述第一引物不与所述第
二细胞多核苷酸或其互补体互补。
135.根据权利要求123-134中任一项所述的方法，其中所述第一引物组的第一引物与
所述第一单细胞单条码化序列的互补体在所述分子条码的下游的区域互补。
136.根据权利要求135所述的方法，其中所述第一引物组的所述第一引物与所述第二
单细胞单条码化多核苷酸的互补体在所述分子条码的下游的区域互补。
137.根据权利要求123-136中任一项所述的方法，其中所述第一引物组的第一引物与
所述第一单细胞双条码化序列的互补体在所述容器条码的上游的区域互补。
138.根据权利要求137所述的方法，其中所述第一引物组的所述第一引物与所述第二
单细胞双条码化多核苷酸的互补体在所述容器条码的上游的区域互补。
139.根据权利要求123-138中任一项所述的方法，其中所述第一引物组的第二引物不
与所述第一细胞多核苷酸或其互补体、所述第一互补多核苷酸或其互补体、第一分子条码
化多核苷酸或其互补体、所述第一单细胞单条码化多核苷酸或其互补体或其任意组合的区
域互补。
140.根据权利要求139所述的方法，其中所述第一引物组的所述第二引物不与所述第
二细胞多核苷酸或其互补体、所述第二互补多核苷酸或其互补体、第二分子条码化多核苷
酸或其互补体、所述第二单细胞单条码化多核苷酸或其互补体或其任意组合的区域互补。
141.根据权利要求123-140中任一项所述的方法，其中所述第一引物组的第二引物与
所述第一单细胞双条码化序列的区域互补。
142.根据权利要求141所述的方法，其中所述第一引物组的第二引物与所述第二单细
胞双条码化序列的区域互补。
143.根据权利要求123-142中任一项所述的方法，其中所述第一引物组的第二引物与
所述第一单细胞双条码化序列在所述分子条码的上游的区域互补。
144.根据权利要求143所述的方法，其中所述第一引物组的所述第二引物与所述第二
分子条码化多核苷酸在所述分子条码的上游的区域互补。
145.根据权利要求123-144中任一项所述的方法，其中所述第一引物组的第二引物与
所述第一单细胞双条码化序列在所述容器条码的上游的区域互补。
146.根据权利要求145所述的方法，其中所述第一引物组的所述第二引物与所述第二
分子条码化多核苷酸在所述容器条码的上游的区域互补。
147.根据权利要求1-146中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括打破所述多
个容器中的两个或更多个容器。
148.根据权利要求147所述的方法，其中所述方法进一步包括合并来自所述两个或更
多个打破的容器的所述第一和第二单细胞双条码化序列。
149.根据权利要求1-148中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括
(e)扩增所述第一和第二单细胞双条码化序列。
150.根据权利要求149所述的方法，其中所述扩增所述第一和第二单细胞双条码化序
列在所述多个容器的容器之外进行。
151.根据权利要求123-150中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括
(e)用第二引物组扩增所述第一和第二单细胞双条码化序列。
152.根据权利要求150所述的方法，其中所述第二引物组的第一引物不与所述第一细
胞多核苷酸或其互补体、所述第一互补多核苷酸或其互补体、第一分子条码化多核苷酸或
其互补体、所述第一单细胞单条码化多核苷酸或其互补体或其任意组合的区域互补。
153.根据权利要求152所述的方法，其中所述第二引物组的所述第一引物不与所述第
二细胞多核苷酸或其互补体、所述第二互补多核苷酸或其互补体、第二分子条码化多核苷
酸或其互补体、所述第二单细胞单条码化多核苷酸或其互补体或其任意组合的区域互补。
154.根据权利要求150-153中任一项所述的方法，其中所述第二引物组的第一引物与
所述第一单细胞双条码化序列的区域互补。
155.根据权利要求154所述的方法，其中所述第二引物组的所述第一引物与所述第二
单细胞双条码化序列的区域互补。
156.根据权利要求150-156中任一项所述的方法，其中所述第二引物组的第一引物与
所述第一单细胞双条码化序列在所述分子条码的上游的区域互补。
157.根据权利要求156所述的方法，其中所述第二引物组的所述第一引物与所述第二
单细胞双条码化序列在所述分子条码的上游的区域互补。
158.根据权利要求150-157中任一项所述的方法，其中所述第二引物组的第一引物与
所述第一单细胞双条码化序列在所述容器条码的上游的区域互补。
159.根据权利要求158所述的方法，其中所述第二引物组的所述第一引物与所述第二
单细胞双条码化序列在所述容器条码的上游的区域互补。
160.根据权利要求139-159中任一项所述的方法，其中所述第一引物组的所述第二引
物为所述第二引物组的所述第一引物。
161.根据权利要求150-160中任一项所述的方法，其中所述第二引物组的第二引物与
所述第一和第二细胞多核苷酸、所述第一和第二互补多核苷酸的互补体、所述第一和第二
单细胞单条码化多核苷酸的互补体、所述第一和第二单细胞双条码化序列的互补体或其任
意组合的区域互补。
162.根据权利要求161所述的方法，其中所述第二引物组的所述第二引物包含聚(T)序
列。
163.根据权利要求150-160中任一项所述的方法，其中所述第二引物组的第二引物与
所述第一或第二细胞多核苷酸、所述第一或第二互补多核苷酸的互补体、所述第一或第二
单细胞单条码化多核苷酸的互补体、所述第一或第二单细胞双条码化序列的互补体或其任
意组合的区域互补。
164.根据权利要求163所述的方法，其中所述第二引物组的所述第二引物不与第一或
第二分子条码化多核苷酸或其互补体、所述容器条码化多核苷酸或其互补体或其任意组合
互补。
165.根据权利要求163或164所述的方法，其中所述第二引物组的第三引物与所述第二
细胞多核苷酸、所述第二互补多核苷酸的互补体、所述第二单细胞单条码化多核苷酸的互
补体、所述第二单细胞双条码化序列的互补体或其任意组合的区域互补。
166.根据权利要求165所述的方法，其中所述第二引物组的所述第二引物与所述第一
细胞多核苷酸、所述第一互补多核苷酸的互补体、所述第一单细胞单条码化多核苷酸的互
补体、所述第一单细胞双条码化序列的互补体或其任意组合的区域互补。
167.根据权利要求165或166所述的方法，其中所述第二引物组的所述第三引物不与所
述第一细胞多核苷酸、所述第一互补多核苷酸的互补体、所述第一单细胞单条码化多核苷
酸的互补体、所述第一单细胞双条码化序列的互补体或其任意组合的区域互补。
168.根据权利要求165-167中任一项所述的方法，其中所述第二引物组的所述第三引
物不与第一或第二分子条码化多核苷酸或其互补体、所述容器条码化多核苷酸或其互补体
或其任意组合互补。
169.根据权利要求163-168中任一项所述的方法，其中所述第二引物组的所述第二引
物包含目标特异性序列。
170.根据权利要求169所述的方法，其中所述第二引物组的所述第三引物包含目标特
异性序列。
171.根据权利要求169或170所述的方法，其中所述第二引物组的所述第二引物的所述
目标特异性序列靶向重链免疫球蛋白(IgH)序列、TCRα序列、TCRγ序列或其组合。
172.根据权利要求169-171中任一项所述的方法，其中所述第二引物组的所述第二引
物的所述目标特异性序列靶向重链恒定区序列(CH)、TCRα恒定区(Cα)序列、TCRγ恒定区(Cγ)序列或其组合。
173.根据权利要求169-172中任一项所述的方法，其中所述第二引物的所述目标特异
性序列选自GGGTTGGGGCGGATGCAC、CATCCGGAGCCTTGGTGG、CCTTGGGGCTGGTCGGGG、
CGGATGGGCTCTGTGTGG、CCGATGGGCCCTTGGTGG、GGATTTAGAGTCTCTCAGCTG、
CACGGCAGGGTCAGGGTTC和GGGGAAACATCTGCATCAAGT。
174.根据权利要求171-173中任一项所述的方法，其中所述第二引物组的所述第三引
物的所述目标特异性序列靶向轻链免疫球蛋白(IgL)序列、TCRβ序列、TCRδ序列或其组合。
175.根据权利要求171-174中任一项所述的方法，其中所述第二引物组的所述第三引
物的所述目标特异性序列靶向轻链恒定区序列(CL)、TCRβ恒定区(Cβ)序列、TCRδ恒定区(Cδ)序列或其组合。
176.根据权利要求174或175所述的方法，其中所述第三引物的所述目标特异性序列选
自TTTGATCTCCACCTTGGTCCCTCCGC、TTTGATCTCCAGCTTGGTCCCCTGG、
TTTGATATCCACTTTGGTCCCAGGGC、TTTGATTTCCACCTTGGTCCCTTGGC、
TTTAATCTCCAGTCGTGTCCCTTGGC、GAGGACGGTCACCTTGGTGCCA、TAGGACGGTCAGCTTGGTCCCTCC、
GAGGACGGTCAGCTGGGTGCC、TAAAATGATCAGCTGGGTTCCTCCAC、TAGGACGGTGACCTTGGTCCCAG、
GGGAGATCTCTGCTTCTGATG、CGACCTCGGGTGGGAACAC和CGGATGGTTTGGTATGAGGC。
177.根据权利要求163-175中任一项所述的方法，其中所述第二引物组的所述第二引
物包括多个第二引物。
178.根据权利要求165-177中任一项所述的方法，其中所述第二引物组的所述第三引
物包括多个第三引物。
179.根据权利要求177或178所述的方法，其中所述多个第二引物的所述目标特异性序
列靶向多个重链免疫球蛋白(IgH)序列、TCRα序列、TCRγ序列或其组合。
180.根据权利要求179所述的方法，其中所述多个重链免疫球蛋白(IgH)序列、TCRα序
列或TCRγ序列包括多个重链恒定区(CH)、TCRα恒定区(Cα)序列、TCRγ恒定区(Cγ)序列或其组合。
181.根据权利要求180所述的方法，其中所述多个重链恒定区(CH)序列包括两个或更多
个序列，所述序列选自来自IgM、IgD、IgA、IgE、IgG及其组合的重链恒定区(CH)序列。
182.根据权利要求178-181中任一项所述的方法，其中所述多个第三引物的所述目标
特异性序列靶向多个轻链免疫球蛋白(IgL)序列、TCRβ序列、TCRδ序列或其组合。
183.根据权利要求182所述的方法，其中所述多个轻链免疫球蛋白(IgL)序列、TCRβ序
列或TCRδ序列包括多个轻链恒定区(CL)序列、TCRβ恒定区(Cβ)序列、TCRδ恒定区(Cδ)序列或其组合。
184.根据权利要求183所述的方法，其中所述多个轻链恒定区(CL)序列包括两个或更多
个序列，所述序列选自来自Igκ、Igλ及其组合的轻链恒定区(CL)序列。
185.根据权利要求1-184中任一项所述的方法，其中第一目标引物、第二目标引物、所
述容器条码化多核苷酸、分子条码化多核苷酸或其任意组合不与固体支持体附接。
186.根据权利要求1-185中任一项所述的方法，其中第一目标引物、第二目标引物、所
述第一引物组的引物、所述第二引物组的引物或其任意组合不包括分子条码、容器条码、条
码或其任意组合。
187.根据权利要求1-186中任一项所述的方法，其中第一目标引物、第二目标引物、所
述第一引物组的引物、所述第二引物组的引物或其任意组合不包括突出端区域。
188.根据权利要求1-187中任一项所述的方法，其中所述多个容器的每个容器不包含
固体支持体。
189.根据权利要求1-188中任一项所述的方法，其中所述容器条码化多核苷酸附接至
固体支持体。
190.根据权利要求1-189中任一项所述的方法，其中所述容器条码化多核苷酸附接至
珠子。
191.根据权利要求1-190中任一项所述的方法，其中所述容器条码化多核苷酸、分子条
码化多核苷酸或其任意组合不是引物。
192.根据权利要求1-191中任一项所述的方法，其中所述容器条码化多核苷酸、分子条
码化多核苷酸或其任意组合不是延伸的。
193.根据权利要求1-192中任一项所述的方法，其中(a)-(d)在所述单个容器中进行。
194.根据权利要求1-193中任一项所述的方法，其中(a)-(d)在单个反应中进行。
195.根据权利要求1-194中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括裂解所述单
细胞。
196.根据权利要求195所述的方法，其中所述裂解从所述单细胞释放所述第一和第二
细胞多核苷酸。
197.根据权利要求195或196所述的方法，其中所述单细胞在(a)后裂解。
198.根据权利要求195-197中任一项所述的方法，其中所述单细胞在(b)前裂解。
199.根据权利要求195-198中任一项所述的方法，其中所述单细胞在所述容器中裂解。
根据权利要求195-199中任一项所述的方法，其中所述裂解包括化学裂解。
200.根据权利要求195-199中任一项所述的方法，其中所述裂解包括冻融。
201.根据权利要求1-200中任一项所述的方法，其中所述容器条码在(d)前扩增。
202.根据权利要求1-201中任一项所述的方法，其中所述容器条码与(d)同时扩增。
203.根据权利要求1-202中任一项所述的方法，其中所述容器条码和所述第一单细胞
条码化多核苷酸同时扩增或延伸。
204.根据权利要求1-203中任一项所述的方法，其中所述容器条码、所述第一单细胞单
条码化多核苷酸和所述第二单细胞单条码化多核苷酸同时扩增或延伸。
205.根据权利要求1-204中任一项所述的方法，其中所述第一单细胞条码化多核苷酸
和所述第二单细胞单条码化多核苷酸同时扩增或延伸。
206.根据权利要求1-205中任一项所述的方法，其中所述第一单细胞双条码化多核苷
酸和所述第二单细胞双条码化多核苷酸同时扩增或延伸。
207.根据权利要求1-206中任一项所述的方法，其中所述多个容器包含多个孔。
208.根据权利要求1-206中任一项所述的方法，其中所述多个容器包含多份乳液。
209.根据权利要求208所述的方法，其中所述多份乳液的每份乳液的体积为约0.01皮
升至10微升。
210.根据权利要求1-209中任一项所述的方法，其中所述多个容器包含多个器皿。
211.根据权利要求1-210中任一项所述的方法，其中所述第一目标引物、第二目标引
物、所述第一引物组的引物或所述第二引物组的引物包括样品条码。
212.根据权利要求1-211中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括从所述容器
回收所述第一单细胞双条码化多核苷酸、所述第二单细胞双条码化多核苷酸及其扩增产
物。
213.根据权利要求1-212中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括对所述第一
单细胞双条码化多核苷酸、所述第二单细胞双条码化多核苷酸、其扩增产物或其任意组合
测序。
214.根据权利要求213所述的方法，其中所述第一单细胞双条码化多核苷酸、所述第二
单细胞双条码化多核苷酸、其扩增产物或其任意组合同时测序。
215.根据权利要求213所述的方法，其中所述第一单细胞双条码化多核苷酸、所述第二
单细胞双条码化多核苷酸、其扩增产物或其任意组合在相同的反应中测序。
216.根据权利要求1-215中任一项所述的方法，进一步包括基于所述容器条码，确定所
述第一细胞多核苷酸和所述第二细胞多核苷酸的所述细胞来源是相同的。
217.根据权利要求216所述的方法，其中所述确定包括匹配所述第一单细胞双条码化
多核苷酸或其扩增产物的所述容器条码的所述序列与所述第二单细胞双条码化多核苷酸
或其扩增产物的所述容器条码的所述序列。
218.根据权利要求1-217中任一项所述的方法，进一步包括基于所述分子条码，确定具
有所述第一细胞多核苷酸、所述第二细胞多核苷酸或二者的序列的起始分子的数目。
219.根据权利要求216所述的方法，其中所述确定包括确定具有相同第一分子条码、相
同第二分子条码或二者的序列的所述数目。
220.根据权利要求1-219中任一项所述的方法，其中当单细胞双条码化多核苷酸或其
扩增产物的第一序列和单细胞双条码化多核苷酸或其扩增产物的第二序列含有相同的容
器条码或其互补体时，它们来自相同的单个容器或单细胞。
221.根据权利要求220所述的方法，其中当单细胞双条码化多核苷酸或其扩增产物的
所述第一序列和单细胞双条码化多核苷酸或其扩增产物的所述第二序列含有不同的分子
条码或其互补体时，它们来自不同的细胞多核苷酸分子。
222.根据权利要求220或221所述的方法，其中当单细胞双条码化多核苷酸或其扩增产
物的所述第一序列和单细胞双条码化多核苷酸或其扩增产物的所述第二序列含有相同的
分子条码或其互补体时，它们来自相同的细胞多核苷酸分子。
223.根据权利要求220-222中任一项所述的方法，其中当单细胞双条码化多核苷酸或
其扩增产物的所述第一序列和单细胞双条码化多核苷酸或其扩增产物的所述第二序列含
有不同的容器条码或其互补体时，它们来自不同的单个容器或单细胞。
224.根据权利要求1-223中任一项所述的方法，其中所述单细胞包括免疫细胞。
225.根据权利要求1-224中任一项所述的方法，其中所述多个细胞包括多个免疫细胞。
226.根据权利要求224或225所述的方法，其中所述免疫细胞为淋巴细胞或其亚型、B细
胞或其亚型、T细胞或其亚型或其组合。
227.根据权利要求225或226所述的方法，其中所述多个细胞针对记忆B细胞、初始B细
胞、浆B细胞、初始T细胞、浆T细胞、B细胞的任何亚型、T细胞的任何亚型或其任意组合进行了富集。
228.根据权利要求1-223中任一项所述的方法，其中所述单细胞包括癌细胞。
229.根据权利要求228所述的方法，其中所述多个细胞包括多个癌细胞。
230.根据权利要求228或229所述的方法，其中所述癌细胞为鳞状细胞癌细胞、腺癌细
胞、移行细胞癌细胞、骨肉瘤细胞、软骨肉瘤细胞、肌肉肉瘤细胞、白血病细胞、淋巴瘤细胞、神经胶质瘤细胞或其任意组合。
231.根据权利要求229或230所述的方法，其中所述多个癌细胞针对循环癌细胞、内皮
癌细胞、上皮癌细胞、罕见癌细胞或癌细胞的任何类型或亚型进行了富集。
232.根据权利要求1-231中任一项所述的方法，其中所述样品为生物样品。
233.根据权利要求232所述的方法，其中所述生物样品来自受试者。
234.根据权利要求233所述的方法，其中所述方法进一步包括诊断所述受试者为具有
疾病或病况。
235.根据权利要求233或234所述的方法，其中所述受试者为动物。
236.根据权利要求235所述的方法，其中所述动物为人类。
237.根据权利要求233-236中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括确定受试
者对于等位基因是纯合还是杂合的。
238.根据权利要求233-237中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括对具有疾
病或病况的受试者进行诊断、预后或治疗。
239.根据权利要求232-238中任一项所述的方法，其中所述样品为血液样品。
240.根据权利要求1-239中任一项所述的方法，其中从所述样品分离所述第一或第二
细胞多核苷酸。
241.根据权利要求1-239中任一项所述的方法，其中不从所述样品分离所述第一或第
二细胞多核苷酸。
242.根据权利要求1-241中任一项所述的方法，其中所述样品包括多个包含第一样品
和第二样品的样品。
243.根据权利要求242所述的方法，其中所述多个样品包括至少3、4、5、10、20、30、40、
50、60、70、80、90或100个或更多样品。
244.根据权利要求242所述的方法，其中所述多个样品包括至少约100、200、300、400、
500、600、700、800、900或1000个或更多样品。
245.根据权利要求242所述的方法，其中所述多个样品包括至少约1000、2000、3000、
4000、5000、6000、7000、8000个样品、9000或10,000个样品、或100,000个样品、或1,000,000个或更多样品。
246.根据权利要求242所述的方法，其中所述多个样品包括至少约10,000个样品。
247.根据权利要求242-246中任一项所述的方法，其中所述第一样品来自第一受试者，
且所述第二样品来自第二受试者。
248.根据权利要求247所述的方法，其中所述第一受试者为具有疾病或病况的受试者。
249.根据权利要求247或248所述的方法，其中所述第二受试者为不具有疾病或病况的
受试者。
250.根据权利要求1-249中任一项所述的方法，其中所述第一或第二细胞多核苷酸包
含变异序列。
251.根据权利要求250所述的方法，其中所述变异序列包括突变、多态性、缺失或插入。
252.根据权利要求251所述的方法，其中所述多态性为单核苷酸多态性。
253.根据权利要求1-252中任一项所述的方法，其中所述第一或第二细胞多核苷酸为
对于疾病或病况的生物标志物。
254.根据权利要求1-253中任一项所述的方法，其中所述第一或第二细胞多核苷酸来
自病原体。
255.根据权利要求254所述的方法，其中所述病原体为病毒、细菌或真菌。
256.根据权利要求1-255中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括比较来自受
试者的所述第一和第二单细胞双条码化多核苷酸的文库与在不同时间点来自相同受试者
的所述第一和第二单细胞双条码化多核苷酸的文库的所述序列。
257.根据权利要求1-255中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括比较来自具
有疾病或病况的受试者的所述第一和第二单细胞双条码化多核苷酸的文库与来自没有所
述疾病或病况的受试者的所述第一和第二单细胞双条码化多核苷酸的文库的所述序列。
258.根据权利要求1-257中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括确定所述第
一细胞多核苷酸、所述第二细胞多核苷酸或二者的种系序列，其中所述第一细胞多核苷酸
包括IgH或VH序列，且其中所述第二细胞多核苷酸包括IgL或VL序列，或其任意组合。
259.根据权利要求258所述的方法，进一步包括根据所述种系序列中的其序列确定所
述IgL、IgH、VH、VL或其任意组合的序列的变异。
260.根据权利要求258或259所述的方法，其中所述方法进一步包括确定以下至少一
个：
(a)独特的IgH序列的总数目；
(b)独特的IgL序列的总数目；
(c)独特的IgH和IgL序列的总数目；
(d)独特的成对IgL和IgH序列的总数目；
(e)IgH序列或IgL序列的频率；或
(f)IgH序列和IgL序列的组合相对于其他一个或多个组合的频率。
261.根据权利要求1-257中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括确定所述第
一细胞多核苷酸、所述第二细胞多核苷酸或二者的种系序列，其中所述第一细胞多核苷酸
包括TCRα或Vα序列，且其中所述第二细胞多核苷酸包括TCRβ或Vβ序列，或其任意组合。
262.根据权利要求261所述的方法，进一步包括根据所述种系序列中的其序列确定所
述TCRα、TCRβ、Vα、Vβ或其任意组合的序列的变异。
263.根据权利要求261或262所述的方法，其中所述方法进一步包括确定以下至少一
个：
(a)独特的TCRα序列的总数目；
(b)独特的TCRβ序列的总数目；
(c)独特的TCRα和TCRβ序列的总数目；
(d)独特的成对TCRβ和TCRα序列的总数目；
(e)TCRα序列或TCRβ序列的频率；或
(f)TCRα序列和TCRβ序列的组合相对于其他一个或多个组合的频率。
264.根据权利要求1-257中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括确定所述第
一细胞多核苷酸、所述第二细胞多核苷酸或二者的种系序列，其中所述第一细胞多核苷酸
包括TCRγ或Vγ序列，且其中所述第二细胞多核苷酸包括TCRδ或Vδ序列，或其任意组合。
265.根据权利要求264所述的方法，进一步包括根据所述种系序列中的其序列确定所
述TCRγ、TCRδ、Vγ、Vδ或其任意组合的序列的变异。
266.根据权利要求264或265所述的方法，其中所述方法进一步包括确定以下至少一
个：
(a)独特的TCRγ序列的总数目；
(b)独特的TCRδ序列的总数目；
(c)独特的TCRγ和TCRδ序列的总数目；
(d)独特的成对TCRδ和TCRγ序列的总数目；
(e)TCRγ序列或TCRδ序列的频率；或
(f)TCRγ序列和TCRδ序列的组合相对于其他一个或多个组合的频率。
267.根据权利要求1-266中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括确定以下至
少一个：
(a)来自第一基因的序列的总数目；
(b)来自第二基因的序列的总数目；
(c)来自第一基因的独特序列的总数目；
(d)来自第二基因的独特序列的总数目；或
(e)来自第一基因的序列或来自第二基因的序列的频率。
268.根据权利要求258-267中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括基于分别
成对的IgL和IgH序列、或TCRα和TCRβ序列、或TCRγ和TCRδ序列的一对或多对的总量，以及来自种系的变异，来选择抗体或TCR。
269.根据权利要求258-268中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括基于一个
或多个IgL或IgH序列、或TCRα和TCRβ序列、或TCRγ和TCRδ序列，以及来自种系的变异，来选择抗体或TCR。
270.根据权利要求258-269中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括基于一个
或多个序列模式、变异分析、动力学或频率来选择抗体或TCR。
271.根据权利要求270所述的方法，其中所述方法进一步包括基于频率选择抗体或
TCR。
272.根据权利要求268-271中任一项所述的方法，其中所述选定的抗体或TCR以小于约
或等于1x10-7、1x10-8、1x10-9、1x10-10、1x10-11或1x10-12M的KD与表位结合。
273.根据权利要求268-272中任一项所述的方法，其中所述选定的抗体或TCR为人类治
疗性抗体或TCR。
274.根据权利要求268-273中任一项所述的方法，其中所述选定的抗体或TCR为中和抗
体或TCR。
275.根据权利要求268-274中任一项所述的方法，其中所述选定的抗体或TCR结合的目
标是未知的。
276.根据权利要求268-275中任一项所述的方法，其中所述选定的抗体或TCR结合的目
标在选择所述选定的抗体或TCR时是未知的。
277.根据权利要求268-276中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括使所述选
定的抗体或TCR与至少一个生物标志物候选物接触以发现生物标志物。
278.根据权利要求277中任一项所述的方法，其中所述生物标志物候选物在固体支持
体上。
279.根据权利要求277中任一项所述的方法，其中所述生物标志物在溶液中。
280.根据权利要求277-279中任一项所述的方法，其中所述抗体或TCR在固体支持体
上。
281.根据权利要求277-279中任一项所述的方法，其中所述抗体或TCR在溶液中。
282.根据权利要求278或280中任一项所述的方法，其中所述固体支持体为阵列。
283.根据权利要求278或280中任一项所述的方法，其中所述固体支持体为珠子。
284.根据权利要求1-283中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括将所述第一
细胞多核苷酸插入载体中。
285.根据权利要求284所述的方法，进一步包括将所述第二细胞多核苷酸插入所述载
体中。
286.根据权利要求284或285所述的方法，其中所述载体为克隆载体。
287.根据权利要求284-286中任一项所述的方法，其中所述载体为表达载体。
288.根据权利要求1-287中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括匹配具有相
同分子条码的序列。
289.根据权利要求1-288中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括从所述文库
形成共有序列。
290.根据权利要求1-289中任一项所述的方法，其中测序和PCR错误被最小化、消除或
小于0.01％、0.001％、0.0001％、0.00001％、0.000001％或0.0000001％。
291.根据权利要求1-290中任一项所述的方法，其中扩增反应中循环的数目限于1-40
个循环的任何一个。
292.由权利要求1-291中任一项所述的方法鉴别的分离、纯化的抗体或TCR。
293.由权利要求1-291中任一项所述的方法鉴别的分离、纯化的抗体IgL、TCRβ或TCRδ。
294.由权利要求1-291中任一项所述的方法鉴别的分离、纯化的抗体IgH、TCRα或TCR
γ。
295.由权利要求1-291中任一项所述的方法鉴别的分离、纯化的抗体或TCR的Fab片段。
296.由权利要求1-291中任一项所述的方法鉴别的分离、纯化的抗体或TCR的Fab2片段。
297.由权利要求1-291中任一项所述的方法鉴别的分离、纯化的抗体或TCR的Fv片段。
298.由权利要求1-291中任一项所述的方法鉴别的分离、纯化的抗体的ScFv片段。
299.一种治疗有需要的受试者的方法，包括将权利要求268-298中任一项所述的选定
的抗体或TCR或其片段施用给有需要的受试者。
300.根据权利要求299所述的方法，其中所述抗体、TCR或其片段鉴别为来自所述有需
要的受试者。
301.根据权利要求299所述的方法，其中所述抗体、TCR或其片段未鉴别为来自所述有
需要的受试者。
302.根据权利要求299-301中任一项所述的方法，其中所述有需要的受试者展示疾病
的一种或多种症状。
303.根据权利要求299-302中任一项所述的方法，其中所述有需要的受试者具有疾病。
304.根据权利要求302或303所述的方法，其中所述疾病是未知的。
305.根据权利要求302或303所述的方法，其中所述疾病是已知的。
306.根据权利要求1-305中任一项所述的方法，其中所述样品包括在第一时间点从受
试者获取的第一样品和在第二时间点从所述受试者获取的第二样品。
307.根据权利要求306所述的方法，进一步包括确定来自在所述第一和第二时间点获
取的样品的所述第一或第二细胞多核苷酸的量中的增加或减少。
308.根据权利要求307所述的方法，其中所述量中的增加或减少为范围至少约：0.1倍、
0.2倍、0.3倍、0.4,倍、0.5倍、0.6倍、0.7倍、0.8倍、0.9倍、1.5倍、2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、
100倍、1,000倍、10,000倍、100,000倍、1,000,000倍或更多的增加或减少。
309.根据权利要求306-308中任一项所述的方法，其中所述第一和第二时间点之间的
所述时间为约或至少约：1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、8小时、9小时、10小时、11小时、12小时、13小时、14小时、15小时、16小时、17小时、18小时、19小时、20小时、21小时、22小时、23小时、1天、2天、3天、4天、5天、6天、1周、2周、3周、4周、5周、6周、7周、8周、9周、10周、11周、12周、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月、12个月或更久。
310.根据权利要求1-309中任一项所述的方法，其中所述测序为高通量的。
311.根据权利要求1-310中任一项所述的方法，其中所述方法不包括引物的复用和/或
附接至固体支持体的引物的复用。
312.根据权利要求1-311中任一项所述的方法，其中所述方法不使用包含与单功能性V
区段或V区段的小家族互补的序列的多重V-区段引物。
313.根据权利要求1-312中任一项所述的方法，其中所述方法不使用分离所述第一或
第二细胞多核苷酸的步骤。
314.根据权利要求1-313中任一项所述的方法，其中所述测序通过大规模平行合成完
成。
315.根据权利要求1-314中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括比较所述序
列读取与种系序列，并确定所述序列读取的体细胞超突变积累。
316.根据权利要求1-315中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括确定抗体序
列的同种型分布以选择特异性同种型。
317.根据权利要求268-316中任一项所述的方法，其中选定的抗体包括特异性Ig同种
型。
318.根据权利要求317所述的方法，其中所述Ig同种型为IgA、IgG、IgM、IgD或IgE。
319.根据权利要求1-318中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括生成成对的
IgH和IgL抗体序列或TCRα和TCRβ序列的文库。
320.根据权利要求319所述的方法，其中所述文库为数据库。
321.根据权利要求1-320中任一项所述的方法，其中所述第一和第二单细胞双条码化
多核苷酸包括遍布抗体或TCR编码序列中的CDR1、CDR2、CDR3和/或超突变区域。
322.根据权利要求268-321中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括将所述选
定的抗体或TCR直接克隆用于表面展示技术。
323.根据权利要求268-322中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括通过定向
演化来演化所述选定的抗体或TCR。
324.根据权利要求268-323中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括对于功能
特异性、亲和力或中和能力筛选所述选定的抗体或TCR。
325.根据权利要求1-324中任一项所述的方法，其中以99％或更高的置信度确定体细
胞突变。
326.根据权利要求1-325中任一项所述的方法，其中鉴别来自每个多核苷酸分子的V、D
和J区段。
327.根据权利要求1-326中任一项所述的方法，其中所述容器条码包含至少2个核苷
酸。
328.根据权利要求327所述的方法，其中所述容器条码包含至少3、4、5、6、7、8或9个核
苷酸。
329.根据权利要求327所述的方法，其中所述容器条码包含至少10个核苷酸。
330.根据权利要求327所述的方法，其中所述容器条码包含至少15个核苷酸。
331.根据权利要求327所述的方法，其中所述容器条码包含最多50个核苷酸。
332.根据权利要求327所述的方法，其中所述容器条码包含10-30个核苷酸。
333.根据权利要求327-332中任一项所述的方法，其中所述容器条码包含简并序列。
334.根据权利要求327-333中任一项所述的方法，其中所述容器条码包含完整或部分
的简并序列。
335.根据权利要求327-334所述的方法，其中所述容器条码包含所述序列
NNNNNNNNNNNNNNN，其中N为任何核酸。
336.根据权利要求327-334中任一项所述的方法，其中所述容器条码包含所述序列
NNNNNWNNNNNWNNNNN，其中N为任何核酸，且W为腺嘌呤或胸腺嘧啶。
337.根据权利要求327-334中任一项所述的方法，其中所述容器条码包含所述序列
NNNNNXNNNNNXNNNNN，其中N为任何核酸，且X为任何已知的核苷酸。
338.根据权利要求327-334中任一项所述的方法，其中所述容器条码包含所述序列
NNNNNNNNNNNNNNNNN，其中N为任何核酸，且序列中至少一个或两个N为W，其中W为腺嘌呤或
胸腺嘧啶。
339.根据权利要求327-334中任一项所述的方法，其中所述容器条码包含所述序列
NNNNNNNNNNNNNNNNN，其中N为任何核酸，且序列中至少一个或两个N为X，其中X为任何已知
的核苷酸。
340.根据权利要求1-339中任一项所述的方法，其中所述分子条码包含至少2个核苷
酸。
341.根据权利要求340所述的方法，其中所述分子条码包含至少3、4、5、6、7、8或9个核
苷酸。
342.根据权利要求340所述的方法，其中所述分子条码包含至少10个核苷酸。
343.根据权利要求340所述的方法，其中所述分子条码包含至少15个核苷酸。
344.根据权利要求340所述的方法，其中所述分子条码包含最多50个核苷酸。
345.根据权利要求340所述的方法，其中所述分子条码包含10-30个核苷酸。
346.根据权利要求340-345中任一项所述的方法，其中所述分子条码包含简并序列。
347.根据权利要求340-346中任一项所述的方法，其中所述分子条码包含完整或部分
的简并序列。
348.根据权利要求340-347所述的方法，其中所述分子条码包含序列NNNNNNNN，其中N
为任何核酸。
349.根据权利要求340-347中任一项所述的方法，其中所述分子条码包含序列
NNTNNANN，其中N为任何核酸。
350.根据权利要求340-347中任一项所述的方法，其中所述分子条码包含序列
NNWNNWNN，其中N为任何核酸，且W为腺嘌呤或胸腺嘧啶。
351.根据权利要求340-347中任一项所述的方法，其中所述分子条码包含序列
NNXNNXNN，其中N为任何核酸，且X为任何已知的核苷酸。
352.根据权利要求340-347中任一项所述的方法，其中所述分子条码包含序列
NNNNNNNN，其中N为任何核酸，且序列中至少一个或两个N为W，其中W为腺嘌呤或胸腺嘧啶。
353.根据权利要求340-347中任一项所述的方法，其中所述分子条码包含序列
NNNNNNNN，其中N为任何核酸，且序列中至少一个或两个N为X，其中X为任何已知的核苷酸。
354.根据权利要求1-353中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括修正扩增错
误。
355.根据权利要求1-354中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括修正测序错
误。
356.根据权利要求1-355中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括将包含所述
相同分子条码的序列分箱或分组。
357.根据权利要求1-356中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括使用计算机
或算法将包含所述相同分子条码的序列分箱或分组。
358.根据权利要求1-357中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括使用计算机
或算法将包含所述相同容器条码的序列分箱或分组。
359.根据权利要求1-358中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括簇集具有至
少约90％、95％或99％序列同源性的序列。
360.根据权利要求1-359中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括对具有至少
约90％、95％或99％序列同源性的序列进行比对。
361.根据权利要求359或360所述的方法，其中所述簇集或比对在计算机或算法的帮助
下进行。
362.根据权利要求1-361中任一项所述的方法，包括确定含有所述相同分子条码的序
列读取的数目。
363.根据权利要求1-362中任一项所述的方法，包括确定含有所述相同分子条码和具
有至少约90％、95％或99％序列同源性的相同第一细胞多核苷酸序列的序列读取的数目。
364.根据权利要求363所述的方法，包括确定含有所述相同分子条码和具有至少约
90％、95％或99％序列同源性的相同第二细胞多核苷酸序列的序列读取的数目。
365.根据权利要求1-364中任一项所述的方法，包括确定所述样品中第一或第二细胞
多核苷酸的所述量。
366.根据权利要求1-365中任一项所述的方法，包括形成来自两个或更多个序列、序列
读取、扩增子序列、分箱序列、比对序列、簇集序列、或包含所述相同分子条码或容器条码或二者的扩增子集序列的共有序列。
367.根据权利要求1-366中任一项所述的方法，包括确定以至少约80％、81％、82％、
83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、
98％、99％、99.5％、99.6％、99.7％、99.8％、99.9％、99.99％或100％的准确度或置信度确定第一或第二细胞多核苷酸序列。
368.根据权利要求1-367中任一项所述的方法，其中测序和PCR错误被最小化、消除或
小于0.01％、0.001％、0.0001％、0.00001％、0.000001％或0.0000001％。
369.根据权利要求1-368中任一项所述的方法，其中所述测序的错误率小于或等于
0.00001％、0.0001％、0.001％、0.01％或0％。
370.根据权利要求1-369中任一项所述的方法，其中所述测序的错误率不是0。
371.根据权利要求1-370中任一项所述的方法，其中对至少1,000、5,000、10,000、20,
6 6 6 6 6 6
000、30,000、40,000、50,000、1000,000、500,000或1x10 、2x10、3x10、4x10、5x10 、6x10、
7x106、8x106、9x106、1x107、2x107、3x107、4x107、5x107、6x107、7x107、8x107、9x107、1x108、
2x108、3x108、4x108、5x108、6x108、7x108、8x108、9x108、1x109、2x109、3x109、4x109、5x109、
6x109、7x109、8x109、9x109、1x1010、2x1010、3x1010、4x1010、5x1010、6x1010、7x1010、8x1010、
10 11 11 11 11 11 11 11 11 11 12 12
9x10 、1x10 、2x10 、3x10 、4x10 、5x10 、6x10 、7x10 、8x10 、9x10 、1x10 、2x10 、
3x1012、4x1012、5x1012、6x1012、7x1012、8x1012或9x1012个多核苷酸测序。
372.根据权利要求1-371中任一项所述的方法，其中所述方法在小于或等于4周、3周、2
周、1周、6天、5天、5天、4天、3天、2天、1天、18小时、12小时、9小时、6小时、3小时、2小时或1小时的为正值的时间内进行。
373.根据权利要求1-372中任一项所述的方法，其中用于达到特定置信度或碱基判定
精确度的读取的数目比使用相似的方法但不使用分子条码、容器条码或二者而用于达到所
述相同、相似或更高的置信度或碱基判定精确度的读取的数目少至少约1.1、1.5、2、2.5、3、
3.5、4、4.5、5、5.5、6、6.5、7、7.5、8、8.5、9、9.5、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、30、
40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900或1000倍。
374.根据权利要求1-373中任一项所述的方法，其中用于达到特定置信度或碱基判定
精确度的读取的数目比使用相似的方法但不使用分子条码、容器条码或二者而用于达到所
述相同、相似或更高的置信度或碱基判定精确度的读取的数目少至少约1、2、3、4、5、5.5、6、
6.5、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、
400、500、600、700、800、900、1000、2000、3000、4000、5000、6000、7000、8000、9000、10,000、
15,000、20,000、25,000、30,000、35,000、40,000、45,000、50,000、60,000、70,000、80,000、
90,000、100,000、200,000、300,000、400,000、500,000、600,000、700,000、800,000、900,
000、1x106、2x106、3x106、4x106、5x106、6x106、7x106、8x106、9x106、1x107、2x107、3x107、
4x107、5x107、6x107、7x107、8x107、9x107、1x108、2x108、3x108、4x108、5x108、6x108、7x108、
8x108、9x108、1x109、2x109、3x109、4x109、5x109、6x109、7x109、8x109、9x109、1x1010、2x1010、
3x1010、4x1010、5x1010、6x1010、7x1010、8x1010、9x1010、1x1011、2x1011、3x1011、4x1011、5x1011、
11 11 11 11 12 12 12 12 12 12 12 12
6x10 、7x10 、8x10 、9x10 、1x10 、2x10 、3x10 、4x10 、5x10 、6x10 、7x10 、8x10 或
9x1012个读取。
375.根据权利要求1-374中任一项所述的方法，其中所述多个容器包括至少3、4、5、
5.5、6、6.5、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、30、40、50、60、70、80、90、100、
200、300、400、500、600、700、800、900、1000、2000、3000、4000、5000、6000、7000、8000、9000、
10,000、15,000、20,000、25,000、30,000、35,000、40,000、45,000、50,000、60,000、70,000、
80,000、90,000、100,000、200,000、300,000、400,000、500,000、600,000、700,000、800,
000、900,000、1x106、2x106、3x106、4x106、5x106、6x106、7x106、8x106、9x106、1x107、2x107、
3x107、4x107、5x107、6x107、7x107、8x107、9x107、1x108、2x108、3x108、4x108、5x108、6x108、
7x108、8x108、9x108、1x109、2x109、3x109、4x109、5x109、6x109、7x109、8x109、9x109、1x1010、
2x1010、3x1010、4x1010、5x1010、6x1010、7x1010、8x1010、9x1010、1x1011、2x1011、3x1011、4x1011、
5x1011、6x1011、7x1011、8x1011、9x1011、1x1012、2x1012、3x1012、4x1012、5x1012、6x1012、7x1012、
8x1012或9x1012个或更多容器。
376.根据权利要求1-375中任一项所述的方法，其中所述多个细胞多核苷酸包括至少
3、4、5、5.5、6、6.5、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、30、40、50、60、70、80、90、
100、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、2000、3000、4000、5000、6000、7000、8000、
9000、10,000、15,000、20,000、25,000、30,000、35,000、40,000、45,000、50,000、60,000、
70,000、80,000、90,000、100,000、200,000、300,000、400,000、500,000、600,000、700,000、
6 6 6 6 6 6 6 6 6 7
800,000、900,000、1x10 、2x10 、3x10 、4x10 、5x10 、6x10 、7x10 、8x10 、9x10、1x10 、
2x107、3x107、4x107、5x107、6x107、7x107、8x107、9x107、1x108、2x108、3x108、4x108、5x108、
6x108、7x108、8x108、9x108、1x109、2x109、3x109、4x109、5x109、6x109、7x109、8x109、9x109、
1x1010、2x1010、3x1010、4x1010、5x1010、6x1010、7x1010、8x1010、9x1010、1x1011、2x1011、3x1011、
11 11 11 11 11 11 12 12 12 12 12 12
4x10 、5x10 、6x10 、7x10 、8x10 、9x10 、1x10 、2x10 、3x10 、4x10 、5x10 、6x10 、
7x1012、8x1012或9x1012个或更多细胞多核苷酸。
377.一种组合物，包含：
(a)多个容器，每个包含
(i)来自包含多个细胞的样品的单细胞，
(ii)多个分子条码化多核苷酸，
(iii)容器条码化多核苷酸；
(iv)第一互补多核苷酸，其与来自所述单细胞的第一细胞多核苷酸互补，以及
(v)第二互补多核苷酸，其与来自所述单细胞的第二细胞多核苷酸互补；
其中所述第一互补多核苷酸包含所述多个分子条码化多核苷酸的第一分子条码和所
述容器条码化多核苷酸的扩增产物或所述容器条码化多核苷酸的所述容器条码，以及
其中所述第二互补多核苷酸包含所述多个分子条码化多核苷酸的第二分子条码和所
述容器条码化多核苷酸的扩增产物或所述容器条码化多核苷酸的所述容器条码。
378.根据权利要求377所述的组合物，其中所述第一和第二分子条码化多核苷酸的所
述分子条码不同。
379.根据权利要求377或378所述的组合物，其中所述第一和第二互补多核苷酸包含不
同的分子条码。
380.根据权利要求377-379中任一项所述的组合物，其中所述第一和第二互补多核苷
酸包含相同的容器条码。
381.根据权利要求377-380中任一项所述的组合物，其中所述多个分子条码化多核苷
酸不是扩增产物。
382.根据权利要求377-380中任一项所述的组合物，其中第一容器中分子条码化多核
苷酸的所述分子条码与第二容器中分子条码化多核苷酸的所述分子条码不同。
383.根据权利要求377-380中任一项所述的组合物，其中所述多个容器的第一容器中
每个分子条码化多核苷酸的所述分子条码是独特的。
384.根据权利要求383所述的组合物，其中所述多个容器的第二容器中每个分子条码
化多核苷酸的所述分子条码是独特的。
385.根据权利要求377-384中任一项所述的组合物，其中第一容器和第二容器中每个
分子条码化多核苷酸的所述分子条码是独特的。
386.根据权利要求384或385所述的组合物，其中所述多个容器的第三容器中每个分子
条码化多核苷酸的所述分子条码是独特的。
387.根据权利要求386所述的组合物，其中所述第一容器、所述第二容器和所述第三容
器中每个分子条码化多核苷酸的所述分子条码是独特的。
388.根据权利要求377-387中任一项所述的组合物，其中所述多个容器的任何单个容
器中每个分子条码化多核苷酸的所述分子条码是独特的。
389.根据权利要求377-388中任一项所述的组合物，其中所述多个容器的任何一个容
器中每个分子条码化多核苷酸的所述分子条码与所述多个容器的任何其他一个容器中每
个分子条码化多核苷酸的所述分子条码不同。
390.根据权利要求377-389中任一项所述的组合物，其中第一容器中分子条码化多核
苷酸的所述分子条码与第二容器中分子条码化多核苷酸的所述分子条码相同。
391.根据权利要求377-390中任一项所述的组合物，其中第一容器中分子条码化多核
苷酸的所述分子条码与所述第一容器中分子条码化多核苷酸的所述分子条码相同。
392.根据权利要求391所述的组合物，其中第二容器中分子条码化多核苷酸的所述分
子条码与所述第二容器中分子条码化多核苷酸的所述分子条码相同。
393.根据权利要求377-392中任一项所述的组合物，其中所述多个容器的第一容器中
容器条码化多核苷酸或其扩增子的所述容器条码与所述多个容器的第二容器中容器条码
化多核苷酸或其扩增子的所述容器条码不同。
394.根据权利要求377-393中任一项所述的组合物，其中所述多个容器的第一容器中
容器条码化多核苷酸或其扩增子的所述容器条码为第一相同容器条码。
395.根据权利要求394所述的组合物，其中所述多个容器的第二容器中每个容器条码
化多核苷酸或其扩增子的所述容器条码为第二相同容器条码。
396.根据权利要求394或395所述的组合物，其中所述第一相同容器条码与所述第二相
同容器条码不同。
397.根据权利要求394-396中任一项所述的组合物，其中所述多个容器的单个容器中
每个容器条码化多核苷酸或其扩增子的所述容器条码包含相同的容器条码。
398.根据权利要求394-397中任一项所述的组合物，其中所述多个容器的任何单个容
器中每个容器条码化多核苷酸及其扩增子的所述容器条码对于所述多个容器的任何其他
单个容器中每个容器条码化多核苷酸及其扩增子的所述容器条码而言是独特的。
399.根据权利要求377-398中任一项所述的组合物，其中所述容器条码化多核苷酸以
单分子存在于容器中。
400.根据权利要求377-399中任一项所述的组合物，其中所述容器条码化多核苷酸以
单分子存在于所述多个容器的每个容器中。
401.根据权利要求377-400中任一项所述的组合物，其中所述容器条码化多核苷酸以
至少单分子存在于所述多个容器的容器中。
402.根据权利要求377-401中任一项所述的组合物，其中所述容器条码化多核苷酸以
至少单分子存在于所述多个容器的每个容器中。
403.根据权利要求377-402中任一项所述的组合物，其中所述多个容器的第一容器中
第一容器条码化多核苷酸或其扩增子的第一共同容器序列与所述第一容器中第二容器条
码化多核苷酸或其扩增子的第一共同容器序列相同。
404.根据权利要求403所述的组合物，其中所述多个容器的所述第一容器中所述第一
容器条码化多核苷酸或其扩增子的第二共同容器序列与所述第一容器中第二容器条码化
多核苷酸或其扩增子的第二共同容器序列相同。
405.根据权利要求403或404所述的组合物，其中所述多个容器的任何单个容器中第一
容器条码化多核苷酸或其扩增子的第一共同容器序列与所述单个容器中第二容器条码化
多核苷酸或其扩增子的第一共同容器序列相同。
406.根据权利要求403-405中任一项所述的组合物，其中所述多个容器的单个容器中
每个容器条码化多核苷酸包含相同的第一共同容器序列。
407.根据权利要求406所述的组合物，其中所述多个容器的单个容器中每个容器条码
化多核苷酸包含相同的第二共同容器序列。
408.根据权利要求377-407中任一项所述的组合物，其中所述多个容器的第一容器中
第一容器条码化多核苷酸或其扩增子的第一共同容器序列与所述多个容器的第二容器中
第二容器条码化多核苷酸或其扩增子的第一共同容器序列相同。
409.根据权利要求408所述的组合物，其中所述第一容器条码化多核苷酸或其扩增子
的第二共同容器序列与所述第二容器条码化多核苷酸或其扩增子的第二共同容器序列相
同。
410.根据权利要求377-409中任一项所述的组合物，其中所述多个容器的任何一个容
器中每个容器条码化多核苷酸或其扩增子包含第一共同容器序列，所述第一共同容器序列
包含与所述多个容器的任何其他一个容器中容器条码化多核苷酸或其扩增子的第一共同
容器序列相同的序列。
411.根据权利要求410所述的组合物，其中所述多个容器的任何一个容器中每个容器
条码化多核苷酸或其扩增子包含第二共同容器序列，所述第二共同容器序列包含与所述多
个容器的任何其他一个容器中容器条码化多核苷酸或其扩增子的第二共同容器序列相同
的序列。
412.根据权利要求377-411中任一项所述的组合物，其中所述多个容器的第一容器中
第一分子条码化多核苷酸的第一共同分子序列与所述第一容器中第二分子条码化多核苷
酸的第一共同分子序列相同。
413.根据权利要求412所述的组合物，其中所述多个容器的所述第一容器中所述第一
分子条码化多核苷酸的第二共同分子序列与所述第一容器中第二分子条码化多核苷酸的
第二共同分子序列相同。
414.根据权利要求412-413所述的组合物，其中所述多个容器的任何单个容器中第一
分子条码化多核苷酸的第一共同分子序列与所述单个容器中第二分子条码化多核苷酸的
第一共同分子序列相同。
415.根据权利要求412-414中任一项所述的组合物，其中所述多个容器的单个容器中
每个分子条码化多核苷酸包含相同的第一共同分子序列。
416.根据权利要求415所述的组合物，其中所述多个容器的单个容器中每个分子条码
化多核苷酸包含相同的第二共同分子序列。
417.根据权利要求412-416中任一项所述的组合物，其中所述多个容器的第一容器中
第一分子条码化多核苷酸的第一共同分子序列与所述多个容器的第二容器中第二分子条
码化多核苷酸的第一共同分子序列相同。
418.根据权利要求417所述的组合物，其中所述第一分子条码化多核苷酸的第二共同
分子序列与所述第二分子条码化多核苷酸的第二共同分子序列相同。
419.根据权利要求412-418中任一项所述的组合物，其中所述多个容器的任何一个容
器中每个分子条码化多核苷酸包含第一共同分子序列，所述第一共同分子序列包含与所述
多个容器的任何其他一个容器中分子条码化多核苷酸的第一共同分子序列相同的序列。
420.根据权利要求419所述的组合物，其中所述多个容器的任何一个容器中每个分子
条码化多核苷酸包含第二共同分子序列，所述第二共同分子序列包含与所述多个容器的任
何其他一个容器中分子条码化多核苷酸的第二共同分子序列相同的序列。
421.根据权利要求403-420中任一项所述的组合物，其中所述第一共同容器序列包含
的序列包含与所述第一共同分子序列相同的序列。
422.根据权利要求403-421中任一项所述的组合物，其中所述第一共同容器序列包含
与所述第一共同分子序列或其互补体互补的序列。
423.根据权利要求421或422所述的组合物，其中所述第二共同分子序列包含与添加至
所述第一互补多核苷酸的3’端的三个或更多个非模板核苷酸互补的区域。
424.根据权利要求423所述的组合物，其中与添加至所述第一互补多核苷酸的所述3’
端的三个或更多个非模板核苷酸互补的所述区域为末端区域。
425.根据权利要求377-424中任一项所述的组合物，其中第一和第二分子条码化多核
苷酸不融合在一起。
426.根据权利要求377-424中任一项所述的组合物，其中所述第一和第二互补多核苷
酸不融合在一起。
427.根据权利要求377-426中任一项所述的组合物，其中所述第一细胞多核苷酸为
DNA。
428.根据权利要求427所述的组合物，其中所述第二细胞多核苷酸为DNA。
429.根据权利要求377-426中任一项所述的组合物，其中所述第一细胞多核苷酸为
RNA。
430.根据权利要求429所述的组合物，其中所述第二细胞多核苷酸为RNA。
431.根据权利要求429或430所述的组合物，其中所述RNA为mRNA。
432.根据权利要求429-431中任一项所述的组合物，其中所述第一互补多核苷酸为
cDNA。
433.根据权利要求432所述的组合物，其中所述第二互补多核苷酸为cDNA。
434.根据权利要求377-433中任一项所述的组合物，其中所述组合物进一步包含非模
板末端转移酶、逆转录酶、聚合酶或其任意组合。
435.根据权利要求434所述的组合物，其中所述第一和/或第二互补多核苷酸包含添加
至所述3’端的三个或更多个非模板核苷酸。
436.根据权利要求434或435所述的组合物，其中所述非模板末端转移酶为逆转录酶，
并且其中所述逆转录酶选自Superscipt II逆转录酶、、Maxima逆转录酶、Protoscript II
逆转录酶、莫洛尼鼠白血病病毒逆转录酶(MMLV-RT)、HighScriber逆转录酶、禽成髓细胞瘤
病毒(AMV)逆转录酶、包含末端脱氧核苷酸转移酶活性的任何逆转录酶及其组合。
437.根据权利要求434-436中任一项所述的组合物，其中第一分子条码化多核苷酸包
含与所述第一互补多核苷酸的所述3’端上的所述三个或更多个非模板核苷酸互补的区域。
438.根据权利要求437所述的组合物，其中第二分子条码化多核苷酸包含与所述第二
互补多核苷酸的所述3’端上的三个或更多个非模板核苷酸互补的区域。
439.根据权利要求435-438中任一项所述的组合物，其中所述三个或更多个非模板核
苷酸为相同的。
440.根据权利要求435-438中任一项所述的组合物，其中所述三个或更多个非模板核
苷酸的至少一个与所述三个或更多个非模板核苷酸的另一个核苷酸不相同。
441.根据权利要求437-440中任一项所述的组合物，其中所述第一分子条码化多核苷
酸的所述互补区域的至少一个核苷酸与所述第一分子条码化多核苷酸的所述互补区域的
另一个核酸不相同。
442.根据权利要求437-441中任一项所述的组合物，其中所述第二分子条码化多核苷
酸的所述互补区域的至少一个核苷酸与所述第二分子条码化多核苷酸的所述互补区域的
另一个核酸不相同。
443.根据权利要求441或442所述的组合物，其中所述至少一个不相同的核苷酸为脱氧
核糖核苷酸或其类似物。
444.根据权利要求441-443中任一项所述的组合物，其中所述至少一个不相同的核苷
酸不是核糖核苷酸或其类似物。
445.根据权利要求441-444中任一项所述的组合物，其中所述至少一个不相同的核苷
酸为脱氧核糖鸟苷。
446.根据权利要求441-444中任一项所述的组合物，其中所述至少一个不相同的核苷
酸为脱氧核糖鸟苷类似物。
447.根据权利要求441-446中任一项所述的组合物，其中所述至少一个不相同的核苷
酸为所述第一或第二分子条码化多核苷酸的末端核苷酸。
448.根据权利要求441或442所述的组合物，其中所述至少一个不相同的核苷酸为核糖
核苷酸或其类似物。
449.根据权利要求437-448中任一项所述的组合物，其中所述第一或第二分子条码化
多核苷酸的所述互补区域的末端核苷酸为脱氧核糖核苷酸或其类似物。
450.根据权利要求437-449中任一项所述的组合物，其中所述第一或第二分子条码化
多核苷酸的所述杂交区域的末端核苷酸不是核糖核苷酸或其类似物。
451.根据权利要求437-450中任一项所述的组合物，其中所述第一或第二分子条码化
多核苷酸的所述杂交区域的末端核苷酸为脱氧核糖鸟苷。
452.根据权利要求437-450中任一项所述的组合物，其中所述第一或第二分子条码化
多核苷酸的所述杂交区域的末端核苷酸为脱氧核糖鸟苷类似物。
453.根据权利要求43786-448中任一项所述的组合物，其中所述第一或第二分子条码
化多核苷酸的所述杂交区域的末端核苷酸为核糖核苷酸或其类似物。
454.根据权利要求437-453中任一项所述的组合物，其中所述第一或第二分子条码化
多核苷酸的所述杂交区域的至少两个非末端核苷酸为核糖核苷酸或其类似物。
455.根据权利要求437-454中任一项所述的组合物，其中所述第一或第二分子条码化
多核苷酸的所述杂交区域的至少两个非末端核苷酸不是脱氧核糖核苷酸或其类似物。
456.根据权利要求437-455中任一项所述的组合物，其中所述第一或第二分子条码化
多核苷酸的所述杂交区域的至少两个非末端核苷酸为脱氧核糖核苷酸或其类似物。
457.根据权利要求377-456中任一项所述的组合物，其中所述第一互补多核苷酸包含
与第一分子条码化多核苷酸互补的区域。
458.根据权利要求457所述的组合物，其中所述第二互补多核苷酸包含与第二分子条
码化多核苷酸互补的区域。
459.根据权利要求457或458中任一项所述的组合物，其中所述第一互补多核苷酸包含
与第二分子条码化多核苷酸互补的区域。
460.根据权利要求459所述的组合物，其中与所述第一或第二分子条码化多核苷酸互
补的所述第一互补多核苷酸的所述区域不与分子条码序列互补。
461.根据权利要求459或460所述的组合物，其中与所述第一或第二分子条码化多核苷
酸互补的所述第一互补多核苷酸的所述区域不与所述容器条码化多核苷酸或其扩增产物
的区域互补。
462.根据权利要求457-461中任一项所述的组合物，其中与所述第一或第二分子条码
化多核苷酸互补的所述第一互补多核苷酸的所述区域包含添加至所述第一互补多核苷酸
的3’端的三个或更多个非模板核苷酸。
463.根据权利要求462所述的组合物，其中与所述第二分子条码化多核苷酸互补的所
述第二互补多核苷酸的所述区域包含添加至所述第二互补多核苷酸的3’端的三个或更多
个非模板核苷酸。
464.根据权利要求457-463中任一项所述的组合物，其中所述第一互补多核苷酸不与
所述容器条码化多核苷酸互补。
465.根据权利要求464所述的组合物，其中所述第二互补多核苷酸不与所述容器条码
化多核苷酸互补。
466.根据权利要求377-465中任一项所述的组合物，其中第一分子条码化多核苷酸的
互补体的区域与所述容器条码化多核苷酸的区域互补。
467.根据权利要求466所述的组合物，其中第二分子条码化多核苷酸的互补体的区域
与所述容器条码化多核苷酸的区域互补。
468.根据权利要求377中任一项所述的组合物，其中所述组合物进一步包含来自以上
所述方法的任何一个或多个引物。
469.根据权利要求377-468中任一项所述的组合物，其中所述多个容器的每个容器不
包含固体支持体。
470.根据权利要求377-469中任一项所述的组合物，其中所述容器条码化多核苷酸附
接至固体支持体。
471.根据权利要求377-470中任一项所述的组合物，其中所述容器条码化多核苷酸附
接至珠子。
472.根据权利要求377-471中任一项所述的组合物，其中所述容器条码化多核苷酸、分
子条码化多核苷酸或其任意组合不是引物。
473.根据权利要求377-472中任一项所述的组合物，其中所述容器条码化多核苷酸、分
子条码化多核苷酸或其任意组合不是延伸的多核苷酸。
474.根据权利要求377-473中任一项所述的组合物，其中所述细胞为裂解的。
475.根据权利要求377-474中任一项所述的组合物，其中所述多个容器包含多个孔。
476.根据权利要求377-474中任一项所述的组合物，其中所述多个容器包含多份乳液。
477.根据权利要求476所述的组合物，其中所述多份乳液的每份乳液的体积为约0.01
皮升至10微升。
478.根据权利要求377-477中任一项所述的组合物，其中所述单细胞包括免疫细胞。
479.根据权利要求377-478中任一项所述的组合物，其中所述多个细胞包括多个免疫
细胞。
480.根据权利要求478或479所述的组合物，其中所述免疫细胞为淋巴细胞或其亚型、B
细胞或其亚型、T细胞或其亚型或其组合。
481.根据权利要求479或480所述的组合物，其中所述多个细胞针对记忆B细胞、初始B
细胞、成浆B细胞、初始T细胞、成浆T细胞、B细胞的任何亚型、T细胞的任何亚型或其任意组合进行富集。
482.根据权利要求377-477中任一项所述的组合物，其中所述单细胞包括癌细胞。
483.根据权利要求482所述的组合物，其中所述多个细胞包括多个癌细胞。
484.根据权利要求482或483所述的组合物，其中所述癌细胞为鳞状细胞癌细胞、腺癌
细胞、移行细胞癌细胞、骨肉瘤细胞、软骨肉瘤细胞、肌肉肉瘤细胞、白血病细胞、淋巴瘤细胞、神经胶质瘤细胞或其任意组合。
485.根据权利要求483或484所述的组合物，其中所述多个癌细胞针对循环癌细胞、内
皮癌细胞、上皮癌细胞、罕见癌细胞或癌细胞的任何类型或亚型进行富集。
486.根据权利要求377-485中任一项所述的组合物，其中所述第一或第二细胞多核苷
酸包含变异序列。
487.根据权利要求486所述的组合物，其中所述变异序列包括突变、多态性、缺失或插
入。
488.根据权利要求487所述的组合物，其中所述多态性为单核苷酸多态性。
489.根据权利要求377-488中任一项所述的组合物，其中所述第一或第二细胞多核苷
酸为对于疾病或病况的生物标志物。
490.根据权利要求377-488中任一项所述的组合物，其中所述第一或第二细胞多核苷
酸来自病原体。
491.根据权利要求377-490中任一项所述组合物法，其中所述第一和第二互补多核苷
酸包括遍布抗体或TCR编码序列中的CDR1、CDR2、CDR3和/或超突变区域。
492.根据权利要求377-491中任一项所述的组合物，其中所述容器条码包含至少2个核
苷酸。
493.根据权利要求492所述的组合物，其中所述容器条码包含至少3、4、5、6、7、8或9个
核苷酸。
494.根据权利要求492所述的组合物，其中所述容器条码包含至少10个核苷酸。
495.根据权利要求492所述的组合物，其中所述容器条码包含至少15个核苷酸。
496.根据权利要求492所述的组合物，其中所述容器条码包含最多50个核苷酸。
497.根据权利要求492所述的组合物，其中所述容器条码包含10-30个核苷酸。
498.根据权利要求492-497中任一项所述的组合物，其中所述容器条码包含简并序列。
499.根据权利要求492-498中任一项所述的组合物，其中所述容器条码包含完整或部
分的简并序列。
500.根据权利要求499所述的组合物，其中所述容器条码包含序列NNNNNNNNNNNNNNN，
其中N为任何核酸。
501.根据权利要求499所述的 组合物，其中 所述容器条码包含序列
NNNNNWNNNNNWNNNNN，其中N为任何核酸，且W为腺嘌呤或胸腺嘧啶。
502.根据权利要求499所述的 组合物，其中 所述容器条码包含序列
NNNNNXNNNNNXNNNNN，其中N为任何核酸，且X为任何已知的核苷酸。
503.根据权利要求499所述的 组合物，其中 所述容器条码包含序列
NNNNNNNNNNNNNNNNN，其中N为任何核酸，且序列中至少一个或两个N为W，其中W为腺嘌呤或
胸腺嘧啶。
504.根据权利要求499所述的 组合物，其中 所述容器条码包含序列
NNNNNNNNNNNNNNNNN，其中N为任何核酸，且序列中至少一个或两个N为X，其中X为任何已知
的核苷酸。
505.根据权利要求377-504中任一项所述的组合物，其中所述分子条码包含至少2个核
苷酸。
506.根据权利要求505所述的组合物，其中所述分子条码包含至少3、4、5、6、7、8或9个
核苷酸。
507.根据权利要求505所述的组合物，其中所述分子条码包含至少10个核苷酸。
508.根据权利要求505所述的组合物，其中所述分子条码包含至少15个核苷酸。
509.根据权利要求505所述的组合物，其中所述分子条码包含最多50个核苷酸。
510.根据权利要求505所述的组合物，其中所述分子条码包含10-30个核苷酸。
511.根据权利要求505-510中任一项所述的组合物，其中所述分子条码包含简并序列。
512.根据权利要求505-511中任一项所述的组合物，其中所述分子条码包含完整或部
分的简并序列。
513.根据权利要求512所述的组合物，其中所述分子条码包含序列NNNNNNNN，其中N为
任何核酸。
514.根据权利要求512所述的组合物，其中所述分子条码包含序列NNTNNANN，其中N为
任何核酸。
515.根据权利要求512所述的组合物，其中所述分子条码包含序列NNWNNWNN，其中N为
任何核酸，且W为腺嘌呤或胸腺嘧啶。
516.根据权利要求512所述的组合物，其中所述分子条码包含序列NNXNNXNN，其中N为
任何核酸，且X为任何已知的核苷酸。
517.根据权利要求512所述的组合物，其中所述分子条码包含序列NNNNNNNN，其中N为
任何核酸，且序列中至少一个或两个N为W，其中W为腺嘌呤或胸腺嘧啶。
518.根据权利要求512所述的组合物，其中所述分子条码包含序列NNNNNNNN，其中N为
任何核酸，且序列中至少一个或两个N为X，其中X为任何已知的核苷酸。
519.根据权利要求377-518中任一项所述的组合物，其中所述多个容器包括至少3、4、
5、5.5、6、6.5、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、30、40、50、60、70、80、90、100、
200、300、400、500、600、700、800、900、1000、2000、3000、4000、5000、6000、7000、8000、9000、
10,000、15,000、20,000、25,000、30,000、35,000、40,000、45,000、50,000、60,000、70,000、
80,000、90,000、100,000、200,000、300,000、400,000、500,000、600,000、700,000、800,
6 6 6 6 6 6 6 6 6 7 7
000、900,000、1x10 、2x10 、3x10 、4x10 、5x10 、6x10、7x10 、8x10、9x10 、1x10、2x10 、
3x107、4x107、5x107、6x107、7x107、8x107、9x107、1x108、2x108、3x108、4x108、5x108、6x108、
7x108、8x108、9x108、1x109、2x109、3x109、4x109、5x109、6x109、7x109、8x109、9x109、1x1010、
2x1010、3x1010、4x1010、5x1010、6x1010、7x1010、8x1010、9x1010、1x1011、2x1011、3x1011、4x1011、
11 11 11 11 11 12 12 12 12 12 12 12
5x10 、6x10 、7x10 、8x10 、9x10 、1x10 、2x10 、3x10 、4x10 、5x10 、6x10 、7x10 、
8x1012或9x1012个或更多容器。
520.根据权利要求377-519中任一项所述的组合物，其中所述多个细胞多核苷酸包括
至少3、4、5、5.5、6、6.5、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、30、40、50、60、70、80、
90、100、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、2000、3000、4000、5000、6000、7000、
8000、9000、10,000、15,000、20,000、25,000、30,000、35,000、40,000、45,000、50,000、60,
000、70,000、80,000、90,000、100,000、200,000、300,000、400,000、500,000、600,000、700,
000、800,000、900,000、1x106、2x106、3x106、4x106、5x106、6x106、7x106、8x106、9x106、1x107、
2x107、3x107、4x107、5x107、6x107、7x107、8x107、9x107、1x108、2x108、3x108、4x108、5x108、
6x108、7x108、8x108、9x108、1x109、2x109、3x109、4x109、5x109、6x109、7x109、8x109、9x109、
1x1010、2x1010、3x1010、4x1010、5x1010、6x1010、7x1010、8x1010、9x1010、1x1011、2x1011、3x1011、
4x1011、5x1011、6x1011、7x1011、8x1011、9x1011、1x1012、2x1012、3x1012、4x1012、5x1012、6x1012、
7x1012、8x1012或9x1012个或更多细胞多核苷酸。
521.一种多核苷酸条码化方法，包括：
(a)使分子条码化多核苷酸与来自单细胞的多个多核苷酸中的每个杂交，其中所述杂
交分子条码化多核苷酸来自包含所述单细胞的容器内多个独特的分子条码化多核苷酸；
(b)延伸与分子条码化多核苷酸杂交的来自所述单细胞的多核苷酸，以形成分子条码
细胞多核苷酸；
(c)使容器条码化多核苷酸与分子条码细胞多核苷酸杂交，其中所述容器条码化多核
苷酸对于多个容器中的单个容器是独特的；
(d)延伸与容器条码化多核苷酸杂交的分子条码细胞多核苷酸，以形成双条码化细胞
多核苷酸；以及
(e)对所述双条码化细胞多核苷酸测序。
522.根据权利要求521所述的方法，其中(a)中的所述杂交不是通过在来自单细胞的所
述多核苷酸上天然存在的序列的碱基配对进行的。
523.根据权利要求521或522所述的方法，其中与所述分子条码细胞多核苷酸杂交的所
述容器条码化多核苷酸为扩增产物。
524.根据权利要求521-523中任一项所述的方法，其中(c)中的所述杂交不是通过在来
自单细胞的所述多核苷酸上天然存在的序列的互补体的碱基配对进行的。
525.根据权利要求521-524中任一项所述的方法，其中(c)中的所述杂交不是通过与来
自(b)中延伸的所述单细胞的所述多核苷酸的区域的碱基配对进行的。