通过包括嵌入物分子的探针捕获目标DNA和RNA
阅读：186发布：2022-06-18
专利汇可以提供通过包括嵌入物分子的探针捕获目标DNA和RNA专利检索，专利查询，专利分析的服务。并且本 发明 涉及一种通过包括一个或多个嵌入物分子的互补探针来特定捕获单链目标多核苷酸的技术。本发明方法进一步包括与互补探针相互作用之前去除单链目标多核苷酸中一种或多种类型的 碱 基。结果生成嵌入物分子可与之相互作用或插入其中的一个或多个脱碱基位点。，下面是通过包括嵌入物分子的探针捕获目标DNA和RNA专利的具体信息内容。
1.一种从样品中捕获目标多核苷酸的方法，包括以下步骤：
i)从目标多核苷酸中去除一种或多种类型的碱基A、T、U、C或G、5-羟甲基脱氧胞苷、
5 7
5-甲基胞嘧啶(mC)、假尿苷(Ψ)、二氢尿苷(D)、肌苷(I)、7-甲基鸟苷(MG)、次黄嘌呤、黄嘌呤以及它们的2'-O-甲基衍生物和/或N-甲基衍生物，从而生成一个或多个脱碱基位点，和
ii)用包括一个或多个嵌入物分子的互补探针捕获所述目标多核苷酸，所述嵌入物分子插入到多核苷酸探针的骨架结构中且所述一个或多个嵌入物分子与互补多核苷酸目标序列的一个或多个脱碱基位点形态上相配；
其中所述目标多核苷酸可是由天然存在的核苷酸制成，或者可由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，因此所述目标多核苷酸可由选自以下的核苷酸制成：RNA、α-L-RNA、β-D-RNA、2’-R-RNA、DNA、锁核酸、肽核酸、吗啉寡聚体，苏糖核酸、甘油核酸、寡核苷酸N3’→P5’氨基磷酸酯、BNA、α-L-LNA、HNA、MNA、ANA、CAN、INA、CeNA、(2’-NH)-TNA、(3’-NH)-TNA、α-L- 核 糖 -LNA、α-L- 木 -LNA、β-D- 核 糖 -LNA、β-D- 木 -LNA、[3.2.1]-LNA、二环-DNA、6-氨基-二环-DNA,5-表二环-DNA、α-二环-DNA、三环-DNA、二环[4.3.0]-DNA、二环[3.2.1]-DNA、二环[4.3.0]氨酰DNA、β-D-吡喃核糖基-NA、α-L-来苏糖基-NA、2’-OR-RNA、2’-AE-RNA、及它们的结合物和修饰物。
2.根据权利要求1所述的方法，捕获单链目标DNA包括以下步骤：
(i)提供双链目标多核苷酸，其可是由天然存在的核苷酸制成，或者可由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，如DNA；
(ii)通过去除所述双链目标多核苷酸如DNA中一种或多种类型的碱基使所述双链目标多核苷酸如DNA不稳定，从而生成一个或多个脱碱基位点；
(iii)使所述不稳定的双链目标多核苷酸如DNA变性成单链目标多核苷酸如DNA，和(iv)用互补多核苷酸探针如DNA探针捕获所述单链目标多核苷酸如DNA，所述互补多核苷酸探针包括一个或多个嵌入物分子，其插入到多核苷酸探针的骨架结构中且与互补多核苷酸目标序列的一个或多个脱碱基位点形态上相配。
3.根据任一前述权利要求所述的方法，其中所述互补探针由多核苷酸制成，所述多核苷酸可是由天然存在的核苷酸制成，或者可由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，因此所述互补探针可由选自以下的核苷酸制成：RNA、α-L-RNA、β-D-RNA、
2’-R-RNA、DNA、锁核酸、肽核酸、吗啉寡聚体，苏糖核酸、甘油核酸、寡核苷酸N3’→P5’氨基磷酸酯、BNA、α-L-LNA、HNA、MNA、ANA、CAN、INA、CeNA、(2’-NH)-TNA、(3’-NH)-TNA、α-L-核糖-LNA、α-L-木-LNA、β-D-核糖-LNA、β-D-木-LNA、[3.2.1]-LNA、二环-DNA、
6-氨基-二环-DNA,5-表二环-DNA、α-二环-DNA、三环-DNA、二环[4.3.0]-DNA、二环[3.2.1]-DNA、二环[4.3.0]氨酰DNA、β-D-吡喃核糖基-NA、α-L-来苏糖基-NA、
2’-OR-RNA、2’-AE-RNA、及它们的结合物和修饰物。
4.根据任一前述权利要求所述的方法，其中所述方法进一步包括一个或多个洗涤步骤以去除未结合的核苷酸材料，所述核苷酸材料可是由天然存在的核苷酸制成，或者可由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物。
5.根据任一前述权利要求所述的方法，其中所述方法进一步包括将双链目标多核苷酸中的一种或多种类型的碱基转换成另一化学实体。
6.根据权利要求5所述的方法，其中所述方法进一步包括通过去除所述双链目标多核苷酸中的一个或多个化学实体使所述双链目标多核苷酸不稳定。
7.根据任一前述权利要求所述的方法，其中所述方法进一步包括目标多核苷酸中的一个或多个C转换成一个或多个U。
8.根据权利要求7所述的方法，其中通过亚硫酸氢盐处理使目标多核苷酸中的一个或多个C转换成一个或多个U。
9.根据任一前述权利要求所述的方法，其中从所述双链目标多核苷酸和/或单链多核苷酸中去除A。
10.根据任一前述权利要求所述的方法，其中从所述双链目标多核苷酸和/或单链多核苷酸中去除T。
11.根据任一前述权利要求所述的方法，其中从所述双链目标多核苷酸和/或单链多核苷酸中去除C。
12.根据任一前述权利要求所述的方法，其中从所述双链目标多核苷酸和/或单链多核苷酸中去除G。
13.根据任一前述权利要求所述的方法，其中从所述双链目标多核苷酸和/或单链多核苷酸中去除U。
14.根据任一前述权利要求9-13所述的方法，其中通过一种或多种酶和/或物理应力和/或温度变化来去除碱基。
15.根据权利要求13所述的方法，其中通过使用尿嘧啶脱氢酶来去除U。
16.根据权利要求9所述的方法，其中通过调节pH值来去除A。
17.根据任一前述权利要求所述的方法，其中从目标多核苷酸中去除1、2或3种类型的碱基。
18.根据任一前述权利要求所述的方法，其中从目标多核苷酸中去除的碱基总数为选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20和大于20个碱基。
19.根据任一前述权利要求所述的方法，其中所述互补探针包括一个或多个嵌入物分子。
20.根据权利要求19所述的方法，其中嵌入物分子的总数可选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、
10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20和大于20个嵌入物分子。
21.根据任一前述权利要求所述的方法，其中嵌入物分子插入到目标DNA和/或RNA中
10%-100%的脱碱基位点，如10%-20%、例如20%-30%、如30%-40%、例如40%-50%、如50%-60%、例如60%-70%、如70%-80%、例如80%-90%、如90%-100%或者它们的任何结合。
22.根据任一前述权利要求所述的方法，其中嵌入物分子插入到目标DNA和/或RNA中
10%以上的脱碱基位点，如20%以上，例如30%以上，如40%以上，例如50%以上，如60%以上，例如70%以上，如80%以上，例如90%以上，如95%以上，例如100%。
23.根据权利要求21和22所述的方法，其中嵌入物分子插入的结果增加了由目标多核苷酸与互补探针组成的多核苷酸双链的熔化温度。
24.根据任一前述权利要求所述的方法，其中嵌入物分子的数量与互补探针的碱基总数之间的比例为1:50-1:2，如1:50-1:40、例如1:40-1:30、如1:30-1:20、例如1:20-1:10、如1:10-1:5、例如1:5-1:2，或这些间隔的任何结合。
25.根据任一前述权利要求所述的方法，其中所述一个或多个嵌入物分子选自：TINA、INA、邻-TINA、对-TINA和AMANY。
26.根据任一前述权利要求所述的方法，其中嵌入物分子的面积为 之
间，如 例如 如 例如 如 例如
如 例如 如 例如 如
例如 如 例如 如 例如
如 例如 如 或这些间隔的任何结合。
27.根据任一前述权利要求所述的方法，其中互补探针包括一种或多种类型的嵌入物分子，如2、3、4、5或大于5个不同类型的嵌入物分子。
28.根据任一前述权利要求所述的方法，其中所述互补探针连接支撑物。
29.根据权利要求28所述的方法，其中所述支撑物为选自聚醚醚酮(PEEK)、PP(聚丙烯)、PE(聚乙烯)、聚对苯二甲酸乙二醇酯(PET)、聚氯乙烯(PVC)、聚酰胺/尼龙(PA)、聚碳酸脂(PC)、环烯烃共聚物(COC)、滤纸、棉、纤维素、聚(4-乙烯基苄基氯)(PVBC)、聚偏二氟乙烯(PVDF)、聚苯乙烯(PS)、 水凝胶、聚酰亚胺(PI)、1,2-聚丁二烯(PB)、
液体硅橡胶(Liquid silicon rubber)、聚二甲基硅氧烷(PDMS)、含氟聚合物和共聚物(例如聚(四氟乙烯)(PTFE)、全氟乙烯丙烯共聚物(FEP)、四氟乙烯(ETFE))、聚甲基丙烯酸甲酯(PMMA)、纳米多孔材料、膜、介孔蜂窝泡沫(MCF)和单壁或多壁碳纳米管(SWCNT、MWCNT)、颗粒物质、珠子、磁珠、非磁珠、聚苯乙烯珠子、磁性聚苯乙烯珠子、Sepharose珠子、聚丙烯酰胺葡聚糖珠子、聚苯乙烯珠子、琼脂糖珠子、多糖珠子和聚碳酸酯珠子。
30.根据权利要求29所述的方法，其中所述支撑物是固体支撑物。
31.根据权利要求30所述的方法，其中所述固体支撑物为选自微量滴定板或其他板格式、试剂管、载玻片和其他用于阵列或微阵列分析的支撑物，微流控室或设备的管道或通道和Biacore芯片。
32.根据任一前述权利要求所述的方法，其中所述方法进一步包括使用包括一个或多个标签的互补检测探针。
33.根据任一前述权利要求所述的方法，其中所述互补探针包括一个或多个标签。
34.根据任一权利要求32-33所述的方法，其中所述一个或多个标签选自：生物素、荧光素标签、5-(和6)羧基荧光素、5-或6-羧基荧光素、6-(荧光素)-5-(和6)-羧酰胺己酸、异硫氰酸荧光素氰酸(FITC)、罗丹明、四甲基罗丹明、染料、Cy2、Cy3、和Cy5、PerCP、藻胆蛋白、R-藻红蛋白(RPE)、异藻红蛋白(APC)、德克萨斯(Texas)红、Princeston Red、绿色荧光蛋白(GFP)及它们的类似物、R-藻红蛋白(RPE)或异藻红蛋白(APC)的共缀物、基TM
于半导体纳米晶体(像量子点和Qdot 纳米晶体)的无机荧光标签、基于镧系元素如Eu3+和Sm3+的时间分辨荧光标签、半抗原、DNP、地高辛、酶标签、辣根过氧化物酶(HRP)、磷酸酶(AP)、β-半乳糖苷酶(GAL)、葡萄糖-6-磷酸脱氢酶、β-N-乙酰氨葡萄糖苷酶、β-葡萄糖醛酸酶、黄嘌呤氧化酶、蔗糖酶、萤火虫荧光素酶和葡萄糖氧化酶(GO)、夜光标签、鲁米诺、异鲁米诺、吖啶酯、1,2-二氧环乙烷、吡啶哒嗪、放射性标签、同位素碘、同位素钴、同位素硒、同位素氚和同位素磷。
35.根据权利要求34所述的方法，其中通过用链霉亲和素-R-藻红蛋白检测生物素。
36.根据权利要求34所述的方法，其中所述方法进一步包括加入检测探针之前和/或之后的洗涤步骤。
37.根据任一权利要求34-36所述的方法，其中所述互补检测探针包括一个或多个嵌入物分子。
38.根据权利要求37所述的方法，其中嵌入物分子的总数为选自1,2、3、4、5、6、7、8、9、
10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20以及大于20的不同或相同的嵌入物分子。
39.根据任一前述权利要求所述的方法，其中所述目标多核苷酸来自人类、动物、细菌、病毒、真菌、朊病毒、原生动物和/或植物。
40.根据任一前述权利要求所述的方法，其中目标多核苷酸分离自人或动物身体。
41.根据任一前述权利要求所述的方法，其中所述目标多核苷酸分离自人、动物、鸟类、昆虫、植物、藻类、真菌、酵母、病毒、细菌和噬菌体、多细胞和单细胞有机体。
42.根据任一前述权利要求所述的方法，其中所述目标多核苷酸分离自粪便、血液、精液、脑脊液(CSF)、痰、阴道液、尿液、唾液、毛发、其他体液、组织样品、整个器官、汗、泪、皮肤细胞、毛发、骨骼、牙齿或自来个人物品(如牙刷、剃须刀等)或从样品(如精子或活检组织或液体)的适当液体或组织、或人类或动物的其他子结构。
43.根据任一前述权利要求所述的方法，其中被捕获的不同的目标多核苷酸序列总数为选自1、2-5、5-10、10-15、15-20、20-25、25-30、30-35、35-40、40-45、45-50、50-55、55-60、
60-65、65-70、70-75、75-80、80-85、85-90、95-100、100-150、150-200、200-300、300-500、
500-1000以及大于1000的不同目标多核苷酸序列，或这些间隔的任何结合。
44.一种诊断一种或多种疾病的方法，包括使用根据任一权利要求1-43所述的方法。
45.根据权利要求44所述的方法，其中所述诊断包括从受试个体的基因组中检测目标多核苷酸。
46.根据任一权利要求44-45所述的方法，其中诊断包括检测不是来自受试个体基因组的目标多核苷酸。
47.根据任一权利要求44-46所述的方法，其中诊断包括检测来自细菌、病毒、真菌、朊病毒、原生动物和/或植物的目标多核苷酸。
48.根据任一权利要求44-47所述的方法，其中待诊断的疾病为一种或多种遗传，即遗传性疾病，如选自：CADASIL综合征、迟发性多发性羧化酶缺乏症、家族性小脑视网膜血管瘤病、克罗恩氏病、苯丙氨酸羟化酶缺乏症、法布里病、遗传性粪卟啉病、色素失禁症、头小畸型、多囊肾病、PHF8基因突变引起的Siderius X-链锁智力低下综合征和软骨发育不全的一种或多种疾病。
49.根据任一权利要求44-47所述的方法，其中待诊断的疾病为一种或多种疾病，如遗传性疾病，癌症和传染性疾病，头痛和本发明方法可能是有效的其他疾病。
50.根据任一权利要求44-47和49所述的方法，其中待诊断的疾病是癌症。
51.根据权利要求50所述的方法，其中所述癌症的特征在于一个或多个基因或编码选自101F6、ABR、ADPRTL3、ANP32C、ANP32D、APC2、APC、ARF、ARHGAP8、ARHI、AT1G14320、ATM、ATP8A2、AXUD1、BAP1、BECN1、BIN1、BRCA1、BRCA2、BTG1、BTG2、C1orf11、C5orf4、C5orf7、Cables、CACNA2D2、CAP-1、CARS、CAV1、CD81、CDC23、CDK2AP1、CDKN1A、CDKN1C、CDKN2A、CDKN2B、CDKN2X、Ciao1-pending、CLCA2、CREBL2、CTNNA1、CUL2、CW17R、DAB2、DAF-18、D-APC、DBC2、DCC、DDX26、DEC1、DLC1、DLEC1、DLEU1、DLEU2、DLG1、DLGH1、DLGH3、DMBT1、DNAJA3、DOC-1、DPC4、DPH2L、EGR1、FABP3、FAT、FGL1、FHIT、FLJ10506、FOXD1、FOXP1、FT、FUS1、FUS2、GAK、GAS1、GAS11、GLD-1、GLTSCR1、GLTSCR2、GRC5、GRLF1、HDAC3、HEMK、HIC1、HRG22、HSAL2、HTS1、HYAL1、HYAL2、IFGBP7、IGSF4、ING1、ING1L、ING4、I(2)tid、I(3)mbn、I(3)mbt、LAPSER1、LATS1、LATS2、LDOC1、LOH11CR2A、LRP1B、LUCA3、MAD、MAP2K4、MAPKAPK3、MCC、MDC、MEN1、ML-1、MLH1、MRVI1、MTAP、MXI1、NAP1L4、NBR2、NF1、NF2、NORE1、NPR2L、NtRb1、OVCA2、PDGFRL、PHEMX、pHyde、PIG8、PIK3CG、PINX1、PLAGL1、PRDM2、PTCH、PTEN、PTPNI3、PTPRG、RASSF1、RB1、RBBP7、RBX1、RBM6、RECK、RFP2、RIS1、RPL10、RPS29、RRM1、S100A2、SEMA3B、SF1、SFRP1、SLC22A1L、SLC26A3、SMARCA4、ST7、ST7L、ST13、ST14、STIM1、TCEB2、THW、TIMP3、TP53、TP63、TRIM8、TSC2、TSG101、TSSC1、TSSC3、TSSC4、VHL、Vhlh、WFDC1、WIT-1、WT1和WWOX蛋白质的基因有一个或多个突变。
52.根据权利要求50所述的方法，其中所述癌症的特征在于一个或多个肿瘤抗原选自：α-辅肌动蛋白4、ARTC1、BCR-ABL融合蛋白(b3a2)、B-RAF、CASP-5、CASP-8、β-连环蛋白、Cdc27、CDK4、CDKN2A、COA-1、dek-can融合蛋白、EFTUD2、延伸因子2、ETV6-AML1d d
融合蛋白、FLT3-ITD、FN1、GPNMB、LDLR-岩藻糖转移酶AS融合蛋白,HLA-A2、HLA-A11、f
hsp70-2、KIAAO205、MART2、ME1、MUM-1、MUM-2、MUM-3、neo-PAP、肌球蛋白I、NFYC、OGT、OS-9、P53、pml-RARalpha融合蛋白、PRDX5、PTPRK、K-ras、N-ras、RBAF600、SIRT2、SNRPD1、SYT-SSX1或-SSX2融合蛋白、磷酸丙糖异构酶、BAGE-1、GAGE-1,2,8、GAGE-3,4,5,6,7、f
GnTV、HERV-K-MEL、KK-LC-1、KM-HN-1、LAGE-1、MAGE-A1、MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A4、k
MAGE-A6、MAGE-A9、MAGE-A10、MAGE-A12、MAGE-C2、mucin、NA-88,NY-ESO-1/LAGE-2、SAGE、g
Sp17、SSX-2、SSX-4、TRAG-3、和TRP2-INT2。
53.根据权利要求50所述的方法，其中所述癌症的特征在于一个或多个基因或选自RASSF2和SFRP2的基因发生一个或多个突变。
54.根据权利要求50所述的方法，其中所述癌症的特征在于一个或多个基因或选自TFPI2、NDRG4、GATA4或GATA5的基因发生一个或多个突变。
55.根据权利要求44所述的方法，其中所述诊断包括胎儿疾病的诊断。
56.根据任一权利要求1-43所述的方法在个性化医疗中的用途。
57.一种目标RNA定量的方法，包括使用根据任一权利要求1-43所述的方法。
58.一种检测一个或多个目标多核苷酸的方法，包括使用根据任一权利要求1-43所述的方法。
59.根据权利要求58所述的方法，其中所述样品是饲料、土壤、食品或饮用水。
60.根据任一权利要求57-59所述的方法，其中目标DNA和/或RNA是来自人类、动物、细菌、病毒、真菌、朊病毒、原生动物和/或植物。
61.根据权利要求39和60所述的方法，其中所述细菌选自：金黄醋杆菌、不动杆菌属、鲍氏不动杆菌、乙酸钙不动杆菌、约氏不动杆菌、琼氏不动杆菌、鲁氏不动杆菌、抗辐射不动杆菌、败血症不动杆菌、申氏不动杆菌、邬氏不动杆菌；放线菌属：牛型放线菌、鲍氏放线菌、狗阴道放线菌、卡底弗放线菌)、小狗放线菌、狗阴道放线菌、牙放线菌、齿垢放线菌、欧洲放线菌、芬氏放线菌、乔氏放线菌、戈氏放线菌、葛氏放线菌、香港海鸥放线菌、受损大麦放线菌、豪氏放线菌、腐质生放线菌、猪阴道放线菌、衣氏放线菌、海哺乳动物放线菌、迈氏放线菌、内氏放线菌、居鼻放线菌、纽氏放线菌、龋齿放线菌、口腔放线菌、齿根放线菌、瑞丁放线菌、斯氏放线菌、链霉素放线菌、猪胰腺炎放线菌、猪放线菌、图列茨放线菌、泌尿生殖器放线菌、牛颚放线菌、黏放线菌；放线杆菌属：伴放线凝聚杆菌、关节炎放线杆菌、荚膜放线杆菌、栖海豚放线杆菌、马驹放线杆菌、人放线杆菌、吲哚放线杆菌、李氏放线杆菌、小放线杆菌、小鼠放线杆菌、大叶性肺炎放线杆菌、小猪放线杆菌、罗氏放线杆菌、苏格兰放线杆菌、种子放线杆菌、产琥珀酸放线杆菌、猪放线杆菌、脲放线杆菌；气单胞菌属：异常嗜糖气单胞菌、兽气单胞菌、软壁气单胞菌、鳗鱼气单胞菌、肠产泥气单胞菌、嗜矿泉气单胞菌、嗜水气单胞菌、小鱼气单胞菌、简氏气单胞菌、中间气单胞菌、软体动物气单胞菌、疱氏气单胞菌、斑点气单胞菌、杀鲑气单胞菌、舒氏气单胞菌、夏氏气单胞菌、猴气单胞菌、温和气单胞菌、维罗纳气单胞菌；猫阿菲波菌、农杆菌：放射形农杆菌、发根农杆菌、悬钩子农杆菌、根癌农杆菌；土壤单胞菌属、产碱菌属：水生产碱菌、真氧产碱菌、粪产碱菌、广泛产碱菌、木糖氧化产碱菌；另类希瓦氏菌属、交替球菌属、人粒细胞无形体、边缘无形体、Aquamonas菌属、溶血隐秘杆菌、Aranicola菌属、杀雄菌属、Azotivirga菌属、棕色固氮菌、褐色球形固氮菌、细菌性痢疾(志贺氏细菌性痢疾)、芽孢杆菌属：牛种芽孢杆菌(布氏杆菌生物型流产)、炭疽芽孢杆菌(炭疽热)、短芽孢杆菌、蜡状芽孢杆菌、凝固芽孢杆菌、梭形芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌、葷状芽孢杆菌、纳豆芽孢杆菌、嗜热脂肪芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、球形芽孢杆菌、苏云金芽孢杆菌；拟杆菌属：福赛斯拟杆菌(福赛斯坦纳菌)、产酸拟杆菌、吉氏拟杆菌(重新分类为Parabacteroides distasonis)、狗齿龈卟啉单胞菌、纤细弯曲杆菌、脆弱拟杆菌、口腔拟杆菌、卵形拟杆菌、腐败拟杆菌、化脓拟杆菌、粪便拟杆菌、猪拟杆菌、隐蔽拟杆菌、多形拟杆菌、普通拟杆菌；巴尔通体属：阿尔萨斯巴尔通体、杆状巴尔通体、birtlesii巴尔通体、牛巴尔通体、狗巴尔通体、克氏巴尔通体、多氏巴尔通体、伊氏巴尔通体、格氏巴尔通体、汉氏巴尔通体(猫抓热)、科氏巴尔通体、鼠巴尔通体、跳鼠巴尔通体、五日热巴尔通体、rochalimae巴尔通体、schoenbuchii巴尔通体、鼹巴尔通体、泰勒氏巴尔通体、部落巴尔通体、文氏巴尔通体阿如波亚种、文氏巴尔通体伯氏亚种、文氏巴尔通体文氏亚种、巴尔通体；卡介苗(BCG)、动物溃疡伯杰氏菌(兽伤威克菌)、两歧双歧杆菌、芽生杆菌属、Blochmannia菌属、博德特氏菌属：ansorpii'博得特氏菌、鸟博得特氏菌、支气管炎博得特氏菌、欣氏博德特氏菌、霍氏博得特氏菌、霍氏博德特氏菌、副百日咳博德特氏菌(百日咳)、petrii博德特氏菌、创口博德特氏菌；疏螺旋体属、布氏疏螺旋体、阿氏疏螺旋体、鹅疏螺旋体、嘎氏疏螺旋体、瓦莱疏螺旋体、赫氏蜱疏螺旋体、扁虱疏螺旋体、回归热疏螺旋体；包西氏菌属、慢生根瘤菌属、Brenneria菌属、布鲁氏菌属：牛种布鲁氏菌、犬种布鲁氏菌、马尔它布鲁氏菌、木鼠布鲁氏菌、羊布鲁氏菌、猪布鲁氏菌、鳍脚布鲁氏菌；巴克纳氏菌属、布戴约维采菌属、伯克氏菌属：洋葱伯克氏菌(洋葱假单胞菌)、鼻疽伯克氏菌(鼻疽假单胞菌/鼻疽放线杆菌)、类鼻疽伯克氏菌(类鼻疽假单胞菌)；布丘氏菌属、肉芽肿鞘杆菌、弯曲杆菌属：大肠弯曲杆菌、简明弯曲杆菌、曲形弯曲杆菌、粪弯曲杆菌、纤细弯曲杆菌、瑞士弯曲杆菌、空肠弯曲杆菌、豚肠弯曲杆菌、黑岛弯曲杆菌、空肠弯曲杆菌、lanienae弯曲杆菌、C红嘴鸥弯曲杆菌、粘膜弯曲杆菌、直肠弯曲杆菌、昭和弯曲杆菌、唾液弯曲杆菌、乌普萨拉弯曲杆菌；狗咬二氧化碳噬纤维菌(生长缓慢的发酵罐2型)、棒状杆菌属、人形棒状杆菌、西地西菌属、衣原体属：砂眼衣原体(性病淋巴肉芽肿)、muridarum衣原体、猪衣原体；衣原体属：肺炎衣原体、鹦鹉热衣原体(鹦鹉热)、刚果嗜衣原体、流产衣原体、猫衣原体、豚鼠衣原体；柠檬酸杆菌属：非丙二酸柠檬酸杆菌、布氏柠檬酸杆菌、法氏柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、吉氏柠檬酸杆菌、中间柠檬酸杆菌、差别柠檬酸杆菌又称差别柠檬酸杆菌、莫氏柠檬酸杆菌、腐蚀柠檬酸杆菌、塞氏柠檬酸杆菌、魏氏柠檬酸杆菌、杨氏柠檬酸杆菌；梭菌属：肉毒杆菌、艰难梭菌、诺氏梭菌、败血梭菌、破伤风梭菌(破伤风)、韦氏梭菌(产荚膜梭菌)；棒杆菌属：白喉棒杆菌(白喉)、无枝菌酸棒杆菌、水生棒杆菌、牛棒杆菌、马红球菌、微黄棒杆菌、谷氨酸棒杆菌、溶血隐秘棒杆菌、杰氏棒杆菌(JK小组棒杆菌)、极小棒杆菌(红癣)、小棒杆菌(又称为疮疱棒杆菌)、假白喉棒杆菌(又称为霍氏棒杆菌)、啮齿类假结核棒杆菌(又称为绵羊棒杆菌)、化脓棒杆菌、解脲棒杆菌(D2小组棒杆菌)、兔肾棒杆菌、纹带棒杆菌、纤细棒杆菌(胶群藻色菌毛菌病、腋脉毛发菌病)、溃疡棒杆菌、干燥棒杆菌；伯氏立克次氏体(Q热病原体)、克洛诺菌属：阪崎克洛诺菌、丙二酸年轻泰坦杆菌属、苏黎世年轻泰坦杆菌属、莫氏年轻泰坦杆菌属(Cronobacter muytjensii)、都柏林年轻泰坦杆菌属(Cronobacter dublinensis )；代尔夫特食酸菌(食酸假单胞菌)、迪基氏菌属、爱德华氏菌属、啮蚀艾肯菌、肠杆菌属：产气肠杆菌、阴沟肠杆菌、阪崎肠杆菌；肠球菌属：鸟肠球菌、耐久肠球菌、粪肠球菌(粪链球菌/D组链球菌)、屎肠球菌、孤立肠球菌、鹑鸡肠球菌、病臭肠球菌；恰菲埃里希氏菌、猪肝毒杆菌、欧文氏菌属、埃希氏菌属：非脱羧埃希氏菌、albertii埃希氏菌、蟑螂埃希氏菌、大肠杆菌、弗洛森埃希氏菌、赫氏埃希氏菌、伤口埃希氏菌；爱文氏菌属、黄杆菌属：水生黄杆菌、嗜鳍黄杆菌、黄杆菌、内海黄杆菌、关德瓦纳黄杆菌、黄囊黄杆菌、约氏黄杆菌、噬果胶黄杆菌、嗜冷黄杆菌、嗜糖黄杆菌、需盐黄杆菌、大菱鲆金黄杆菌、琥珀酸黄杆菌；土拉热弗朗西丝氏菌(土拉菌病)、新凶手弗朗西丝氏菌、蜃楼弗朗西丝氏菌、梭杆菌属：坏死弗朗西丝氏菌(勒米埃综合症/坏疽热死杆菌)、具核梭杆菌、多态梭杆菌、偏磷酸四环素梭杆菌、死亡梭杆菌、可变梭杆菌；阴道加德纳氏菌、溶血奈氏球菌、麻疹孪生球菌麻疹微球菌、Grimontella菌属、嗜血菌属：埃及流感嗜血菌(埃及嗜血菌)、嗜沫嗜血菌、鸟巴斯德嗜血菌、杜氏嗜血菌(软下疳)、猫嗜血菌、溶血嗜血菌、流感嗜血杆菌流感嗜血杆菌、副兔嗜血菌、副溶血嗜血菌、副流感嗜血菌、副嗜沫嗜血菌(副嗜沫嗜血菌)、百日咳嗜血菌、pittmaniae嗜血菌、睡眠嗜血菌、阴道嗜血菌；哈夫尼菌属、蜂房哈夫尼菌、螺杆菌属：猎豹螺杆菌、鹅螺杆菌、金仓鼠螺杆菌、胆汁螺杆菌、毕氏螺杆菌、加拿大鹅螺杆菌、加拿大螺杆菌、犬螺杆菌、胆囊螺杆菌、同性恋螺杆菌、胃螺杆菌、猫螺杆菌、芬纳尔螺杆菌、蛇形螺杆菌、海尔曼螺杆菌(人型Gastrospirillum)、螺杆菌、肝螺杆菌、幽门螺杆菌旱獭属、小家鼠螺杆菌、鼬鼠螺杆菌、帕美特螺杆菌、胃肠炎螺杆菌、幽门螺杆菌(胃溃疡)、芜菁幽门螺杆菌、啮齿幽门螺杆菌、扎氏螺杆菌、龋齿螺杆菌、typhlonius幽门螺杆菌、winghamensis幽门螺杆菌；人粒细胞埃立克体病(嗜吞噬细胞无形体/人粒细胞埃立克体)、人类monocytotropic埃立克体病(单核细胞埃立克体病/查菲埃立克体)、克雷伯菌属：肉芽肿克雷伯氏菌(肉芽肿肉芽肿荚膜杆菌)、活动克雷伯氏菌、解鸟氨酸克雷伯氏菌、产酸克雷伯氏菌、臭鼻克雷伯氏菌、植生克雷伯氏菌、肺炎克雷伯氏菌、鼻硬结肺炎克雷伯氏菌、新加波克雷伯氏菌、土生克雷伯氏菌、植生克雷伯氏菌、Klebsiella variicola；金氏金氏菌、克吕沃尔氏菌属、乳酸杆菌属)：耐酸乳杆菌、acidifarinae乳杆菌、马里乳杆菌、嗜酸乳杆菌(德得来因杆菌)、敏捷乳杆菌、食品乳杆菌、消化乳杆菌、溶淀粉乳杆菌、嗜淀粉乳杆菌、嗜淀粉乳杆菌、食淀粉乳杆菌、动物乳杆菌、安德里乳杆菌、apodemi乳杆菌、鸟乳杆菌、双发酵乳杆菌、短乳杆菌、布氏乳杆菌、乳杆菌病、干酪乳杆菌、链状乳杆菌、ceti乳杆菌、人型乳杆菌、丘状菌落乳杆菌、堆肥化处理乳酸菌、弧形乳杆菌、棒状乳杆菌、卷状乳杆菌、面包乳杆菌、弯曲乳杆菌、德氏乳酸杆菌、德氏乳杆菌保加利亚亚种、德氏乳杆菌球菌亚种、diolivorans乳杆菌、小马乳杆菌、马乳杆菌、farraginis乳杆菌、香肠乳杆菌、发酵性乳杆菌、fornicali乳杆菌、食果糖乳杆菌、frument乳杆菌、果糖乳杆菌、鸡乳杆菌、戈氏乳杆菌、胃乳杆菌、ghanensis乳杆菌、草乳杆菌、hammesii乳杆菌、哈氏乳杆菌、harbinensis乳杆菌、hayakitensis乳杆菌、瑞士乳杆菌、希氏乳杆菌、同型腐酒乳杆菌、惰性乳杆菌、ingluviei乳杆菌、肠乳杆菌、詹氏乳杆菌、约氏乳杆菌、kalixensis乳杆菌、马乳酒样乳杆菌、高加索酸奶乳杆菌、韩泡菜乳杆菌、kitasatonis乳杆菌、kunkeei乳杆菌、德氏乳杆菌亚种、林氏乳杆菌、坏发酵乳杆菌、马里乳杆菌、manihotivorans乳杆菌、mindensis乳杆菌、粘膜乳杆菌、鼠乳杆菌、nagelii乳杆菌、namurensis乳杆菌、nantensis乳杆菌、少发酵乳杆菌、口乳杆菌、面包乳杆菌、pantheris乳杆菌、parabrevis乳杆菌、类布氏乳杆菌、paracollinoides乳杆菌、parafarraginis乳杆菌、类高加索酸奶乳杆菌、paralimentarius乳杆菌、植物乳杆菌、戊糖乳杆菌、腐卵乳杆菌、植物乳杆菌、鹦鹉热乳杆菌、凝乳酶乳酸杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、裂乳杆菌、罗氏乳杆菌、rossiae乳杆菌、瘤胃乳杆菌、saerimner乳杆菌、清酒乳杆菌、唾液乳杆菌、sanfranciscensis乳杆菌、satsumensis乳杆菌、旧金山乳杆菌、沙氏乳杆菌、siliginis乳杆菌、spicher乳杆菌、猪双臼乳杆菌、泰国乳杆菌、ultunensis乳杆菌、牛痘乳杆菌、阴道乳杆菌、versmoldensis乳杆菌、嗜葡萄酒乳杆菌、犊乳杆菌、玉米乳杆菌、zymae乳杆菌；勒克氏菌属、军团菌属：阿德莱德军团菌、茴芹军团菌、贝尔亚德军团菌、伯明翰军团菌、博氏军团菌、布吕嫩军团菌、釜山军团菌、彻氏军团菌、辛辛那提军团菌、军团菌、德氏军团菌、德罗氏军团菌、艾斯特军团菌、费氏军团菌、fallonii军团菌、菲氏军团菌、吉斯特军团菌、军团菌基因组种、戈拉提阿纳军团菌、gresilensis军团菌、哈氏军团菌、填土军团菌、以色列军团菌、詹姆斯敦军团菌、Candidatus Legionella jeonii、约旦军团菌、兰斯格军团菌、伦敦军团菌、长滩军团菌、溶解军团菌、梅氏塔特洛克氏菌、麦氏军团菌、摩拉维采军团菌、水手军团菌、橡树岭军团菌、巴黎军团菌、侵肺军团菌、考特拉军团菌、昆里万军团菌、军团菌、红光军团菌、赫伦荒原军团菌、卫生十字军团菌、沙氏军团菌、斯皮里特湖军团菌、施氏军团菌、军团菌、图森军团菌、沃氏军团菌、瓦氏军团菌、沃斯利军团菌、薮内军团菌；勒米诺氏菌属、钩端螺旋体属：问号钩端螺旋体、科氏钩端螺旋体、类黄疸性钩端螺旋体、亚历山大钩端螺旋体、韦氏钩端螺旋体、钩端螺旋体基因组种1、博氏钩端螺旋体、圣地罗斯钩端螺旋体、稻田钩端螺旋体、芬氏钩端螺旋体、布鲁姆钩端螺旋体、licerasiae钩端螺旋体、双曲钩端螺旋体、迈耶钩端螺旋体、钩端螺旋体、钩端螺旋体基因组种3、钩端螺旋体基因组种4、钩端螺旋体基因组种5；瘤型麻风(Danielsse-Boeck病)、钩端螺旋体、钩端螺旋体、细螺旋体病(韦尔病/出血性黄疸钩端螺旋体/黄疸出血群赖型钩端螺旋体)、纤毛菌属、无色藻菌属：肉色无色藻菌、柠檬无色藻菌、榴莲无色藻菌,谲诈无色藻菌、无花果无色藻菌)、果糖无色藻菌、garlicum无色藻菌、酸败气无色藻菌)、硬无色藻菌、银海无色藻菌、韩泡菜无色藻菌、乳无色藻菌、肠膜无色藻菌、假无色藻菌、假肠膜无色藻菌；
利斯特氏菌属：格氏利斯特氏菌)、无害利斯特氏菌、伊氏利斯特氏菌、单核细胞增生利斯特氏菌(李斯特菌病)、斯氏利斯特氏菌、威氏利斯特氏菌；extroquens甲烷杆菌、多形微杆菌、微球菌属：蝰蛇微球菌、黄色微球菌、藤黄微球菌、里拉微球菌、粘膜微球菌、玫瑰色微球菌、栖息微球菌；动弯杆菌属、米勒氏菌属、摩根氏菌属、莫拉氏菌属：亚特兰大莫拉氏菌、boevrei(莫拉氏菌、牛莫拉氏菌、犬莫拉氏菌、山羊莫拉氏菌、粘膜炎莫拉氏菌(粘膜炎布兰汉球菌)、豚鼠莫拉氏菌、兔莫拉氏菌、小马莫拉氏菌、腔隙莫拉氏菌、林氏莫拉氏菌、不液化莫拉氏菌、椭圆莫拉氏菌、奥斯陆莫拉氏菌、解糖莫拉氏菌；摩氏摩根莫拉氏菌、分枝杆菌属：脓肿分枝杆菌、非洲分枝杆菌、田野分枝杆菌、爱知分枝杆菌、蜂房分枝杆菌、临床病例所分枝杆菌、亚洲分枝杆菌、aubagnense分枝杆菌、金色分枝杆菌、南非分枝杆菌、贪食分枝杆菌(巴蒂病/温德米尔夫人综合征)、鸟分枝杆菌副结核亚种在人类克罗恩病和绵羊副结核病中存在、鸟分枝杆菌森林土壤亚种、鸟分枝杆菌人猪亚种、哥伦比亚分枝杆菌、波氏分枝杆菌、波西米亚高地分枝杆菌、博氏分枝杆菌、波特尼亚分枝杆菌、牛分枝杆菌(牛结核病)、德氏分枝杆菌、brisbanense分枝杆菌、冬天分枝杆菌、加那利群岛分枝杆菌、山羊分枝杆菌、隐蔽分枝杆菌、龟分枝杆菌、嵌合体的分枝杆菌、干田分枝杆菌、氯酚红分枝杆菌、楚布分枝杆菌、出众分枝杆菌、汇合分枝杆菌、可见分枝杆菌、库氏分枝杆菌、美容品分枝杆菌、迪氏分枝杆菌、安科纳分枝杆菌、杜氏分枝杆菌、象分枝杆菌、诡诈分枝杆菌、产鼻疽分枝杆菌、微黄分枝杆菌、佛罗伦萨分枝杆菌、食荧蒽分枝杆菌、偶发分枝杆菌、偶发分枝杆菌解乙酰氨亚种、腓特烈斯堡分枝杆菌、加地斯分枝杆菌、胃分枝杆菌、日内瓦分枝杆菌、浅黄分枝杆菌、古地分枝杆菌、戈登分枝杆菌戈氏分枝杆菌、嗜血分枝杆菌、黑森分枝杆菌、柏林半岛分枝杆菌、海德尔贝格分枝杆菌、爱尔兰分枝杆菌、霍氏分枝杆菌、荷尔斯泰因分枝杆菌、休斯顿分枝杆菌、immunogenum分枝杆菌、中庸分枝杆菌、中间分枝杆菌、胞内分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌、科莫斯分枝杆菌、库比尔分枝杆菌、熊本分枝杆菌、拉克丝分枝杆菌、慢生黄分枝杆菌、引起麻疯病或者汉森病/麻风的麻疯分枝杆菌、鼠麻疯分枝杆菌、马达加斯加分枝杆菌、马德里分枝杆菌、玛尔摩分枝杆菌、瘰疠分枝杆菌(鱼缸肉芽肿)、马赛分枝杆菌、田鼠分枝杆菌、莫娜分枝杆菌、montefiorense分枝杆菌、莫里奥卡分枝杆菌、产粘液分枝杆菌、壁分枝杆菌内布拉斯加分枝杆菌、新金色分枝杆菌、新奥尔良分枝杆菌、无色分枝杆菌、新城分枝杆菌、奥布分枝杆菌、沼泽分枝杆菌、副偶然分枝杆菌、副瘰疬分枝杆菌、帕尔门塞分枝杆菌、外来分枝杆菌、草分枝杆菌、弗卡分枝杆菌、鳍脚亚目动物分枝杆菌、猪分枝杆菌、多孔分枝杆菌、假分枝杆菌、灰尘分枝杆菌、耐寒分枝杆菌、食芘分枝杆菌、罗德岛分枝杆菌、saskatchewanense分枝杆菌、瘰疠分枝杆菌、塞内加尔分枝杆菌、首尔分枝杆菌、败血分枝杆菌、石氏分枝杆菌、石氏分枝杆菌、猴分枝杆菌、包皮垢分枝杆菌、泥炭藓分枝杆菌、苏加分枝杆菌、土分枝杆菌、抗热分枝杆菌、东海分枝杆菌、三联结核分枝杆菌、次要分枝杆菌、结核分枝杆菌(主要引起人类结核病)、牛分枝杆菌、非洲分枝杆菌、卡内蒂分枝杆菌、山羊分枝杆菌、鳍脚亚目动物’分枝杆菌、托斯卡纳分枝杆菌、溃疡分枝杆菌(引起拜恩斯代尔溃疡/布路里溃疡)、母牛分枝杆菌、vanbaalenii分枝杆菌、沃氏分枝杆菌、蟾蜍分枝杆菌；枝原体属：发酵枝原体、生殖道枝原体、人型枝原体、穿透枝原体、海豹脑枝原体、肺炎枝原体、钩端螺旋体病(七日热/七日热钩端螺旋体病)、奈瑟氏菌属：淋病奈瑟氏球菌(淋菌/淋病)、脑膜炎奈瑟氏菌(脑膜炎球菌)、干燥奈瑟氏菌、灰色奈瑟氏菌、延长奈瑟氏菌、浅黄奈瑟氏菌、乳糖奈瑟氏菌、粘液奈瑟氏菌、多糖奈瑟氏菌、微黄奈瑟氏菌；硝化杆菌属、诺卡氏菌属：星形诺卡氏菌、巴西诺卡氏菌、豚鼠诺卡氏菌；坏疽性口炎(口腔坏疽性溃疡/坏疽性口炎)、胖杆菌属、寡养菌属、恙虫病(恙虫病)、产甲酸草酸杆菌、泛菌属：
成团泛菌、菠萝泛菌、柠檬泛菌、分散泛菌、斑点泛菌、斯氏泛菌、土壤泛菌；巴斯德氏菌属：
产气巴斯德氏菌、鸭巴斯德氏菌、鸟巴斯德氏菌、贝氏巴斯德氏菌、马巴斯德氏菌、犬巴斯德氏菌、达可马巴斯德氏菌、杀鸡巴斯德氏菌、鸡巴斯德氏菌、肉芽肿巴斯德氏菌、langaaensis巴斯德氏菌、淋巴管炎巴斯德氏菌、麦氏巴斯德氏菌、多杀巴斯德氏菌、侵肺巴斯德氏菌、斯凯岛巴斯德氏菌、口巴斯德氏菌、龟巴斯德氏菌、海藻巴斯德氏菌、土拉热弗朗西斯菌、脲巴斯德氏菌、飞禽巴斯德氏菌；片球菌属：乳酸片球菌、酒窖片球菌、克氏片球菌、有害片球菌、糊精片球菌、耐乙酸片球菌、意外片球菌、小片球菌、戊糖片球菌、斯氏片球菌；消化链球菌属：厌氧消化链球菌、不解糖消化链球菌、海氏消化链球菌、氢消化链球菌、产吲哚消化链球菌、艾氏消化链球菌、人眼消化链球菌、解乳消化链球菌、大消化链球菌、微小消化链球菌、奥克塔维厄斯消化链球菌、普氏消化链球菌、四联消化链球菌、阴道消化链球菌；光杆状菌属、Photorhizobium菌属、类志贺毗邻单胞菌、牙龈卟啉单胞菌、布拉格菌属、普雷沃、痤疮丙酸杆菌属：痤疮丙酸杆菌、丙酸丙酸杆菌；变形杆菌属：奇异变形杆菌、摩根氏变形杆菌、羽状变形菌、雷特格氏变形杆菌、普通变形杆菌；普罗威登斯菌属：弗氏普罗威登斯菌、斯氏普罗威登斯菌；假单胞菌属：铜绿假单胞菌、产碱假单胞菌、病鳝假单胞菌、阿根廷假单胞菌、烂泥假单胞菌、香茅醇假单胞菌、变绿假单胞菌、门多萨假单胞菌、硝基还原假单胞菌、食油假单胞菌、类产碱假单胞菌,食树脂假单胞菌、稻草假单胞菌、桔黄假单胞菌、致金色假单胞菌、绿针假单胞菌、莓实假单胞菌、隆德假单胞菌、腐臭假单胞菌、南极洲假单胞菌、产氮假单胞菌、油菜假单胞菌、布氏假单胞菌、松柏假单胞菌、皱纹假单胞菌、荧光假单胞菌、盖氏假单胞菌、黎巴嫩假单胞菌、孟氏假单胞菌、边缘假单胞菌、地中海假单胞菌、子午线假单胞菌、米氏假单胞菌、霉味假单胞菌、侧柏假单胞菌、人参假单胞菌、proteolytica假单胞菌、罗氏假单胞菌、类黄假单胞菌、thivervalensis假单胞菌、蘑菇褐斑病假单胞菌、韦龙氏假单胞菌、脱氮假单胞菌、百日咳假单胞菌、cremoricolorata假单胞菌、黄褐假单胞菌、蒙氏假单胞菌、摩氏假单胞菌、稻皮假单胞菌、副黄假单胞菌、plecoglossicida假单胞菌、恶臭假单胞菌、巴利阿里假单胞菌、浅黄金色单胞菌、施氏假单胞菌、扁桃假单胞菌、榛色假单胞菌、番木瓜假单胞菌、菊苣假单胞菌、晕斑假单胞菌绛红变种、天仙果假单胞菌、苦揀假单胞菌、萨氏假单胞菌、丁香假单胞菌、绿黄假单胞菌、假单胞菌、嗜酸假单胞菌、伞菌假单胞菌、假单胞菌、解碱假单胞菌、淀粉皮假单胞菌、铁角蕨假单胞菌、固氮假单胞菌、大麻假单胞菌、coenobios假单胞菌、结冰假单胞菌、康氏假单胞菌、克洛 斯韦 假 单胞 菌、delhiensis假 单胞 菌、外囊 假 单胞 菌、远东 假 单胞 菌、frederiksbergensis假单胞菌、褐鞘假单胞菌、石花菜假单胞菌、勒米诺菌假单胞菌、籼稻假单胞菌、jessenii假单胞菌、晋州假单胞菌、基尔假单胞菌、克氏假单胞菌、韩国假单胞菌、利尼假单胞菌、藤黄假单胞菌、摩拉维亚假单胞菌、耳炎假单胞菌、海绵假单胞菌、帕勒隆尼假单胞菌、罂粟假单胞菌、贝利假单胞菌、腐卵假单胞菌、草假单胞菌、浦项假单胞菌、psychrophila假单胞菌、耐寒假单胞菌、拉梭假单胞菌、食爬虫假单胞菌、resiniphila假单胞菌、rhizosphaerae假单胞菌、浅红假单胞菌、salomonii假单胞菌、segitis假单胞菌、环腐假单胞菌、猿猴假单胞菌、猪假单胞菌、耐热假单胞菌、山黄麻假单胞菌、平凡假单胞菌、turbinellae假单胞菌、tuticorinensis假单胞菌、阴城假单胞菌、温哥华假单胞菌、弗村假单胞菌、xanthomarina假单胞菌；拉恩氏菌属、罗尔斯通氏菌属：巴塞尔罗尔斯通氏菌、肯潘罗尔斯通氏菌、富养罗尔斯通氏菌、gilardii罗尔斯通氏菌、诡谲罗尔斯通氏菌、甘露醇罗尔斯通氏菌metallidurans、罗尔斯通氏菌、少见罗尔斯通氏菌、皮氏罗尔斯通氏菌、respiraculi罗尔斯通氏菌、茄科罗尔斯通氏菌、罗尔斯通氏菌、黄山松罗尔斯通氏菌；拉乌尔菌属、Rhodoblastus菌属、红假单胞菌属、鼻硬结病、放射型土壤杆菌、小马红球菌、立克次氏体属：非洲立克次氏体、螨立克次氏体、澳大利亚立克次氏体、斑疹热立克次氏体、猫立克次氏体、日本立克次氏体、莫塞尔立克次氏体、普氏立克次氏体(斑疹伤寒)、立氏立克次氏体、西伯利亚立克次氏体、斑疹立克次氏体、康氏立克次氏体、非洲立克次氏体、鹦鹉热宫川氏体、五日热立克次氏体、立氏立克次氏体、trachomae立克次氏体；龋齿罗氏菌、沙门氏菌属：猪霍乱沙门氏菌亚利桑那亚种、邦戈尔沙门氏菌、肠沙门氏菌、肠炎沙门氏菌、副伤寒沙门氏菌、伤寒沙门氏菌(伤寒症)、鼠伤寒沙门氏菌、萨拉姆沙门氏菌、猪霍乱沙门氏菌亚利桑那亚种、S双亚利桑那肠沙门氏菌,豪顿沙门氏菌、籼型沙门氏菌；Samsonia菌属、沙雷氏菌属：嗜虫沙雷氏菌、无花果沙雷氏菌、居泉沙雷氏菌、格氏沙雷氏菌液化沙雷氏菌、粘质沙雷氏菌、气味沙雷氏菌、普城沙雷氏菌、变形斑沙雷氏菌、quinivorans沙雷氏菌、深门沙雷氏菌、解脲沙雷氏菌；腐败希尔氏菌、鲍氏志贺氏菌、痢疾志贺氏菌、福氏志贺氏菌、宋内氏志贺氏菌、Sodalis菌属、螺菌属：小螺菌鼠咬热、葡萄球菌属：金黄色葡萄球菌、耳葡萄球菌、头状葡萄球菌、山羊葡萄球菌、科氏葡萄球菌、表皮葡萄球菌、猫葡萄球菌、溶血葡萄球菌、人葡萄球菌、中间葡萄球菌、路邓葡萄球菌、葡萄球菌、腐生葡萄球菌,施氏葡萄球菌、模仿葡萄球菌、小牛葡萄球菌、沃氏葡萄球菌、木糖葡萄球菌；窄食单胞菌属：嗜酸窄食单胞菌、独岛窄食单胞菌、韩国窄食单胞菌、嗜麦芽糖窄食单胞菌、亚硝酸盐还原窄食单胞菌、rhizophila窄食单胞菌；链杆菌属：念珠状链杆菌(链杆菌鼠咬热)；链球菌属：A族链球菌、B族链球菌、无乳链球菌、好气链球菌、鸟链球菌、牛链球菌(犬链球菌、大鼠链球菌、粪链球菌、屎链球菌、野生链球菌、鸡链球菌,乳链球菌、米氏链球菌、温和链球菌、缓症链球菌、变异链球菌、口腔链球菌、泛口腔链球菌、肺炎链球菌、酿脓链球菌、拉蒂链球菌、唾液链球菌、血链球菌、表兄链球菌、副血链球菌、猪链球菌,唾液链球菌嗜热亚种、前庭链球菌、绿色链球菌、乳房链球菌、兽瘟链球菌；塔特姆菌属、特拉布斯氏菌属、梅毒螺旋体属：
品他病梅毒螺旋体(平塔)、齿垢密螺旋体、地方性梅毒螺旋体(非性病梅毒)、梅毒密螺旋体(梅毒)、雅司螺旋体(雅司病)；惠普尔密螺旋体(惠普尔病)、结核样型麻风病、解脲脲原体、韦荣球菌属、弧菌属：产气气弧菌、河口弧菌、食琼脂弧菌、易北河弧菌、解藻朊酸弧菌、巴西弧菌、卡尔维湾弧菌、坎氏弧菌、沙氏弧菌、霍乱弧菌(霍乱)、辛辛那提弧菌,逗号弧菌、溶珊瑚弧菌、大牡蛎弧菌、食环弧菌、魔鬼弧菌、双养氧弧菌、吉雄弧菌、费氏弧菌、河流弧菌、富通弧菌、弗氏弧菌、gallicus弧菌、产气弧菌、长牡蛎弧菌、鲍鱼肠弧菌、哈氏弧菌、肝弧菌、西班牙弧菌、ichthyoenteri、夏威夷海神弧菌,缓慢弧菌、litoralis弧菌、火神弧菌、地中海弧菌、梅氏弧菌、最小弧菌、贻贝弧菌、需钠弧菌、纳瓦拉弧菌、新生儿弧菌、海王弧菌、海蛹弧菌、黑美人弧菌、病海鱼弧菌、东方弧菌、pacinii弧菌、副溶血弧菌、杀扇贝弧菌、杀对虾弧菌、波氏弧菌、ponticus、解蛋白弧菌、轮虫弧菌、曲霉弧菌、留萌弧菌、杀鲑弧菌、大菱鲆弧菌、灿烂弧菌、幸存弧菌、蛤弧菌、塔斯曼尼亚弧菌、塔氏弧菌、创伤弧菌、弧菌、弧菌；产靛福格斯氏菌、威格尔斯沃思氏菌属、沃尔巴克氏体属、致病杆菌属、小肠结肠炎耶尔森氏菌、鼠疫耶尔森氏菌、假结核耶尔森氏菌、和约克氏菌属。
62.根据权利要求39和60所述的方法，其中所述病毒选自：阿伯尔森鼠白血病病毒、急性喉气管支气管炎病毒、阿德莱德河病毒、腺相关病毒组、腺病毒、非洲马瘟病毒、非洲猪瘟病毒、艾滋病病毒、水貂阿留申病毒、细小病毒、苜蓿花叶病毒、α-疱疹病毒亚科(包括HSV1、2和水痘)、α逆转录病毒属(禽白血病病毒、劳斯肉瘤病毒)、α病毒属、alkhurma病毒、ALV相关病毒、Amapari病毒、安第斯马铃薯斑驳病毒、口蹄疫、水生病毒(虫媒病毒、虫媒病毒、A组虫媒病毒、B组虫媒病毒、沙粒病毒组、阿根廷出血热病毒)、阿根廷出血热病毒、动脉炎病毒属、星状病毒、Ateline疱疹病毒组、Aujezky氏病病毒、灵气病毒、Ausduk病病毒、澳大利亚蝙蝠狂犬病病毒、禽腺病毒属、禽流红细胞增多症病毒、鸡传染性支气管炎病毒、禽白血病病毒、禽白血病病毒(ALV)、淋巴瘤禽流感病毒、禽成髓细胞瘤病毒、禽副粘病毒、禽肺炎病毒、禽网状内皮增生病病毒、鸟肉瘤病毒、禽流C型逆转录病毒组、禽嗜肝DNA病毒属、禽痘病毒属、B病毒(猴疱疹病毒1型)、B19病毒(B19virus)、细小病毒B型
19、Babanki病毒、狒狒疱疹病毒、细菌病毒、杆状病毒、大麦黄矮病毒、巴马森林病毒、菜豆荚斑驳病毒、豆四射花叶病毒、贝巴鲁病毒、贝里马病毒、β疱疹病毒亚属、β逆转录病毒属)、禽流感、双RNA病毒、比特勒病毒、BK病毒、黑小河运河病毒、蓝舌病病毒、玻利维亚出血热病毒、博马病病毒、羊边界病病毒、博尔纳病毒、牛α疱疹病毒1型、牛α疱疹病毒2型、牛冠状病毒、牛流行热病毒、牛免疫缺陷病毒、牛白血病病毒、牛白血病病毒、牛乳头炎病毒、牛乳头瘤病毒、牛丘疹炎病毒、牛细小病毒、牛合胞病毒、牛C型肿瘤病毒、牛病毒性腹泻病毒、茧蜂病毒属、蚕豆斑驳病毒、蚕豆染色病毒、无芒雀麦花叶病毒、雀麦花叶病毒、越野车溪病毒、子弹形病毒组、布尼安维拉病毒、布尼病毒属、伯基特淋巴瘤病毒、布汪巴热、异质Bwattany病毒、CA病毒(臀部相关的病毒/副流感病毒2型)、杯状病毒、加利福尼亚脑炎病毒、骆驼痘病毒、金丝雀痘病毒、犬科动物疱疹病毒、犬冠状病毒、犬瘟热病毒、犬疱疹病毒、犬病毒、犬细小病毒、卡诺Delgadito病毒、毛状病毒、山羊关节炎病毒、山羊脑炎病毒)、山羊疱疹病毒、羊痘病毒、心脏病毒、香石竹潜伏病毒属、香石竹斑驳病毒属、胡萝卜斑驳病毒、决明子黄色斑病毒、花椰菜花叶病毒、花椰菜花叶病毒、豚鼠疱疹病毒1型、猴疱疹病毒1型、猴疱疹病毒2型、谷物黄矮病毒、钱迪普病毒、昌金努拉病毒、斑点叉尾鮰病毒、沙勒维尔病毒、水痘病毒、基孔肯雅病毒、黑猩猩疱疹病毒、脊椎动物痘病毒亚科、鲢鱼病毒、鲑鱼病毒、线形病毒、科卡尔病毒、银鲑鱼病毒、性交疹病毒、科罗拉多蜱热病毒、Colti病毒哥伦比亚SK病毒、鸭跖草黄斑驳病毒、普通感冒病毒、豇豆花叶病毒属、尖锐湿疣树木腐、Condylomata accuminata、先天性巨细胞病毒、臁疮传染性病毒、传染性脓疱皮炎病毒、冠状病毒、科里帕塔病毒、鼻炎病毒、豇豆褪绿斑驳病毒、豇豆花叶病毒、豇豆病毒、牛痘病毒、柯萨奇病毒、CPV(质型多角体病毒)、蟋蟀麻痹病毒、克里米亚-刚果出血热病毒、哮吼相关病毒、Crypotovirus、黄瓜花叶病毒属、质型多角体病毒、巨细胞病毒(人巨细胞病毒或者人类疱疹病毒5型)、质型多角体病毒、质型弹状病毒属、鹿乳头瘤病毒、δ逆转录病毒属(人类T淋巴细胞病毒)、变形翼病毒DWV、登革热、浓核病毒、依赖病毒属、多理病毒、香石竹病毒属、diplorna病毒、DNA病毒、多布拉瓦贝尔格莱德病毒、狗流感、果蝇肝炎病毒、鸭乙型肝炎病毒、鸭肝炎病毒1型、鸭肝炎病毒2型、轮状病毒、杜文黑基病毒、东部马脑炎病毒、东部马脑炎病毒、埃博拉病毒、类似埃博拉病毒、埃可病毒、埃可病毒10型、埃可病毒28型、埃可病毒9型、小鼠痘病毒、东方马脑脊髓炎病毒、东部马脑炎病毒、EIA病毒、马传染性贫血、脑心肌炎病毒(心肌炎)、贺胥病毒8型6、脑炎病毒、脑心肌炎病毒、内源性逆转录病毒、肠病毒、昆虫痘病毒亚科、昆虫痘病毒A型、痘病毒B型、痘病毒C型、酶增高病毒、流行性出血热病毒、流行性出血性疾病病毒、ε逆转录病毒、Epstein-Barr病毒(EBV；
人类疱疹病毒4型HHV-4)、马α疱疹病毒1型、马α疱疹病毒4型,马疱疹病毒2型、马流产病毒、马动脉炎病毒属、马脑病病毒、马传染性贫血病毒、马麻疹病毒、马鼻肺炎病毒、马鼻病毒、Eubenangu病毒、欧洲麋鹿乳头瘤病毒、欧洲猪瘟病毒、沼泽地病毒、埃亚契病毒)、蚕豆萎蔫病毒属、猫科动物疱疹病毒1型、猫杯状病毒、猫肉瘤病毒、猫科动物的疱疹病毒、猫免疫缺陷病毒、猫传染性腹膜炎病毒、猫白血病/肉瘤病毒、猫白血病病毒、猫泛白细胞减少症病毒、猫细小病毒、猫肉瘤病毒、猫科动物的合胞病毒、缩病毒、纤丝病毒、法兰德斯病毒、黄病毒、手足口病病毒、摩根堡病毒、四角汉坦病毒、禽腺病毒1型、鸡痘病毒、朋友病毒、真菌传棒状病毒、丙型疱疹病毒亚科、γ逆转录病毒属、GB病毒C型(GBV；原庚型肝炎病毒)、双生病毒、德国麻疹病毒、盖塔病毒、长臂猿猿白血病病毒、绿猴病毒(马尔堡)、腺热病毒、山羊痘病毒、金体美鳊鱼病毒、枯叶蛾病毒、鹅细小病毒、颗粒体病毒、毛病毒、黄鼠乙肝病毒、A组虫媒病毒、瓜纳里托病毒、豚鼠巨细胞病毒、豚鼠型肝炎病毒、汉坦病毒、文蛤病毒、兔纤维瘤病毒、巨细胞病毒(人类巨细胞病毒)、辅助病毒、红细胞吸附病毒2型、日本血凝病毒、出血热病毒、亨德拉病毒、亨尼帕病毒、乙型肝炎样病毒、A型肝炎病毒、B型肝炎病毒、C型肝炎病毒、D型肝炎病毒(三角洲)、E型肝炎病毒、F型肝炎病毒、G型肝炎病毒、乙型肝炎病毒诺娜NONB,肝脑脊髓炎病毒3型、嗜肝病毒、苍鹭乙型肝炎病毒、B疱疹病毒、单纯疱疹病毒、单纯疱疹病毒1型、单纯疱疹病毒2型、疱疹病毒、带状疱疹、疱疹病毒6型、疱疹病毒7型、疱疹病毒8型、蛛猴疱疹病毒、人疱疹病毒、松鼠疱疹病毒、猪疱疹病毒、水痘疱疹病毒、高地J病毒、牙鲆弹状病毒、HIV-1(HIV-1)、猪瘟病毒,大麦病毒、马流感、人类T细胞亲淋巴病毒Ⅰ型、人类T细胞亲淋巴病毒Ⅱ型、人腺病毒2型、人类α疱疹病毒1型、人α疱疹病毒2型、人类α疱疹病毒3型、人类B淋巴细胞病毒、人类β疱疹病毒5型、人类冠状病毒、人肠道病毒A型、人类肠道病毒B型、人类流感、人类泡沫病毒、人类γ疱疹病毒4型、人类γ疱疹病毒6型、人类A型肝炎病毒、人类疱疹病毒1组、人类疱疹病毒2组、人类疱疹病毒3组、人类疱疹病毒4组、人类疱疹病毒6型、人类疱疹病毒8型、人类免疫缺陷病毒(艾滋病)、人类免疫缺陷病毒1型、人类免疫缺陷病毒2型、人类偏肺病毒、人类乳头状瘤病毒、人T细胞白血病病毒、人类T细胞白血病病毒I、人类T细胞白血病病毒II、人类T细胞白血病病毒III、人类T细胞淋巴瘤病毒I、人类T细胞淋巴瘤病毒II、人类T细胞白血病病毒1型、人类T细胞白血病病毒2型、人类T淋巴细胞病毒I、人类T淋巴细胞病毒II、人类T淋巴细胞白血病病毒III、姬蜂病毒属、等轴不稳定环斑病毒属、婴幼儿胃肠炎病毒、牛传染性鼻气管炎病毒、传染性造血器官坏死病毒、传染性胰脏坏死病毒、流感病毒、流感病毒A型、流感病毒B型、流感病毒C型、流感病毒D、流感病毒PR8、昆虫虹彩病毒、昆虫病毒、干扰病毒、虹彩病毒、伊萨病毒、日本乙肝病毒、日本脑炎病毒、JC病毒、胡宁病毒、约翰逊草花叶病毒、卡波济氏肉瘤相关疱疹病毒、克麦罗沃病毒、基勒姆大鼠病毒、克拉马斯病毒、科隆各病毒、韩国出血热病毒、昆巴病毒、坎姆林格病毒,库京病毒、森林贾萨努尔疾病、kyzylagach病毒、克罗斯病毒(LaCrosse 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virus)、WVU病毒2型937、WW病毒7型1到212、北美瓶草蚊核型多角体病毒、Wyeomyia病毒、黄单胞菌噬菌体CF、黄单胞菌噬菌体CFLT、黄单胞菌噬菌体RR66、黄单胞菌噬菌体XF、黄单胞菌噬菌体XF2(黄单胞菌噬菌体XP5、非洲爪蟾病毒T21、Xiburema病毒、鑫谷病毒、木冬夜蛾核型多角体病毒、Y73肉瘤病毒、雅巴猴肿瘤病毒、雅巴-1病毒、雅巴-7病毒、Yacaaba病毒、山药花叶病毒、雅温得病毒、亚奎纳头病毒、亚塔痘病毒属、黄热病病毒、约格病毒、约卡痘病毒、Yokase病毒、鲁豫东梨区蝽核型多角体病毒、豫东梨区蝽核型多角体病毒、豫东梨区蝽核型多角体病毒、豫东梨区蝽帕代拉核型多角体病毒、丝兰杆状病毒、尤格Bogdanovac病毒、扎利夫特帕尼亚病毒、玉米病毒、泽格拉病毒、红杉小卷蛾病毒、松线小卷叶蛾核型多角体病毒、泽夸病毒、结缕草花叶病毒、西葫芦黄色斑点病毒、小西葫芦黄花叶病毒、和蟹爪兰病毒。
63.一种适于与多核苷酸目标相互作用的多核苷酸探针，其中所述多核苷酸探针包括确切1个嵌入物分子。
64.一种适于与互补多核苷酸目标相互作用的多核苷酸探针，其中所述多核苷酸探针包括至少2个嵌入物分子。
65.根据任一权利要求63和64所述的多核苷酸探针，其中所述多核苷酸探针由选
自：RNA、α-L-RNA、β-D-RNA、2’-R-RNA、DNA、锁核酸、肽核酸、吗啉寡聚体，苏糖核酸、甘油核酸、寡核苷酸N3’→P5’氨基磷酸酯、BNA、α-L-LNA、HNA、MNA、ANA、CAN、INA、CeNA、(2’-NH)-TNA、(3’-NH)-TNA、α-L-核糖-LNA、α-L-木-LNA、β-D-核糖-LNA、β-D-木-LNA、[3.2.1]-LNA、二环-DNA、6-氨基-二环-DNA,5-表二环-DNA、α-二环-DNA、三环-DNA、二环[4.3.0]-DNA、二环[3.2.1]-DNA、二环[4.3.0]氨酰DNA、β-D-吡喃核糖基-NA、α-L-来苏糖基-NA、2’-OR-RNA、2’-AE-RNA、及它们的结合物和修饰物的核苷酸制成，如选自DNA探针、RNA探针、LNA探针和PNA探针的探针。
66.根据任一权利要求63-65所述的多核苷酸探针，其中嵌入物分子的总数可选自2、
3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20和大于20个嵌入物分子。
67.根据任一权利要求63-66所述的多核苷酸探针，其中嵌入物分子的插入增加了互补探针与目标DNA和/或RNA组成的多核苷酸双链的熔点。
68.根据任一权利要求63-67所述的多核苷酸探针，其中嵌入物分子的数量与多核苷酸探针碱基总数的比率为1:50-1:2，如1:50-1:40，例如1:40-1:30，如1:30-1:20，例如
1:20-1:10，如1:10-1:5，例如1:5-1:2，或这些间隔的任何结合。
69.根据任一权利要求63-68所述的多核苷酸探针，其中一个且唯一的嵌入物分子选自TINA、INA、邻-TINA、对-TINA、AMANY。
70.根据权利要求69所述的多核苷酸探针，其中所述嵌入物分子是TINA。
71.根据权利要求69所述的多核苷酸探针，其中所述嵌入物分子是INA。
72.根据权利要求69所述的多核苷酸探针，其中所述嵌入物分子是邻-TINA。
73.根据权利要求69所述的多核苷酸探针，其中所述嵌入物分子是对-TINA。
74.根据权利要求69所述的多核苷酸探针，其中所述嵌入物分子是AMANY。
75.根据任一权利要求63-69所述的多核苷酸探针，其中两个或多个嵌入物分子可选自TINA、INA、邻-TINA、对-TINA、AMANY。
76.根据任一权利要求63-69所述的多核苷酸探针，其中所述多核苷酸探针包括一种以上类型的嵌入物分子，如2、3、4、5或大于5种不同类型的嵌入物分子。
77.根据任一权利要求63-76所述的多核苷酸探针，其中所述多核苷酸探针连接支撑物。
78.根据权利要求77所述的多核苷酸探针，其中所述支撑物选自颗粒物质、珠子、磁珠、非磁珠、聚苯乙烯珠子、磁性聚苯乙烯珠子、Sepharose珠子、聚丙烯酰胺葡聚糖珠子、聚苯乙烯珠子、琼脂糖珠子、多糖珠子和聚碳酸酯珠子。
79.根据任一权利要求77-78所述的多核苷酸探针，其中所述支撑物为固体支撑物。
80.根据权利要求79所述的多核苷酸探针，其中所述固体支撑物为选自微量滴定板或其他板格式、试剂管、载玻片和其他用于阵列或微阵列分析的支撑物，微流控室或设备的管道或通道和Biacore芯片。
81.根据任一权利要求63-76所述的多核苷酸探针，其中所述多核苷酸探针包括一个或多个标签。
82.根据权利要求81所述的多核苷酸探针，其中所述一个或多个标签可选自生物素、荧光素标签、5-(和6)羧基荧光素、5-或6-羧基荧光素、6-(荧光素)-5-(和6)-羧酰胺己酸、异硫氰酸荧光素氰酸(FITC)、罗丹明、四甲基罗丹明、染料、Cy2、Cy3和Cy5、PerCP、藻胆蛋白、R-藻红蛋白(RPE)、异藻红蛋白(APC)、德克萨斯(Texas)红、Princeston Red、绿色荧光蛋白(GFP)及它们的类似物、R-藻红蛋白(RPE)或异藻红蛋白(APC)的共缀物、基于半导TM
体纳米晶体(像量子点和Qdot 纳米晶体)的无机荧光标签、基于镧系元素如Eu3+和Sm3+的时间分辨荧光、半抗原、DNP、地高辛、酶标签、辣根过氧化物酶(HRP)、磷酸酶(AP)、β-半乳糖苷酶(GAL)、葡萄糖-6-磷酸脱氢酶、β-N-乙酰氨葡萄糖苷酶、β-葡萄糖醛酸酶、黄嘌呤氧化酶、蔗糖酶、萤火虫荧光素酶和葡萄糖氧化酶(GO)、夜光标签、鲁米诺(luminol)、异鲁米诺、吖啶酯、1,2-二氧环乙烷、吡啶哒嗪、放射性标签、同位素碘、同位素钴、同位素硒、同位素氚和同位素磷。
83.根据任一权利要求63-76所述的多核苷酸探针，其中嵌入物的嵌入单元优选包括选自多环芳烃和杂多环芳烃的化学基团。
84.根据权利要求83所述的多核苷酸探针，其中所述多环芳烃或杂多环芳烃组成至少
2个芳环，如3，例如4，如5，例如6，如7，例如8，如大于8个芳环。
85.根据权利要求83-84所述的多核苷酸探针，其中所述杂多环芳烃包括至少一个芳环，其中至少一个碳原子被选自氮和氧的杂原子取代。
86.根据权利要求83-84所述的多核苷酸探针，其中杂多环芳烃包括至少2个杂原子，如3个杂原子，例如4个杂原子，如5个杂原子，例如大于5个个杂原子。
87.根据权利要求83-84和86所述的多核苷酸探针，其中所述杂多环芳烃包括作为唯一杂原子的氧。
88.根据权利要求83-84和86所述的多核苷酸探针，其中所述杂多环芳烃包括作为唯一杂原子的氮。
89.根据权利要求83-84和86所述的多核苷酸探针，其中所述杂多环芳烃包括两种杂原子氮和氧。
90.根据权利要求83-84所述的多核苷酸探针，其中所述多环芳烃或杂多环芳烃被一个或多个取代基取代、所述取代基选自羟基、卤素、巯基、硫代基、氰基、烷硫基、杂环基、芳基、杂芳基、羧基、Carboalkoyl、烷基、烯基、炔基、硝基、氨基、烷氧基和酰氨基或两个相邻的取代基一起形成N=C-CH或C=C。
91.根据任一权利要求83-90所述的多核苷酸探针，其中所述嵌入物的嵌入单元为选自能够增加多核苷酸双链结构稳定性的多环芳烃或杂多环芳烃。
92.根据任一权利要求84-91所述的多核苷酸探针，其中所述嵌入物的嵌入单元为选自邻菲罗啉、吩嗪、菲啶、芘、蒽、萘、菲、二萘品苯、屈、并四苯、苯并蒽、茋、卟啉以及任何前述嵌入物被一个或多个取代基取代、所述取代基选自羟基、卤素、巯基、硫代基、氰基、烷硫基、杂环基、芳基、杂芳基、羧基、Carboalkoyl、烷基、烯基、炔基、硝基、氨基、烷氧基和酰氨基或两个相邻的取代基一起形成N=C-CH或C=C。
93.根据任一权利要求63-76所述的多核苷酸探针，其中所述嵌入单元为选自双环芳香环系、三环芳香环系、四环芳香环系、五环芳香环系和它们的杂芳类似物，在一个特定的实施方式中，所述嵌入单元为选自芘，菲并咪唑和萘二甲酰亚胺。
94.根据任一权利要求63-76所述的多核苷酸探针，其中所述嵌入单元为选自修饰的MPy AMPy Oxo-Py
核碱基，其非限制性例子有 U、 U、 U和其中U被本发明披露的任何其他核碱基所取MPy AMPy Oxo-Py
代的类似物。一个特定的实施方式是针对选自 U、 U、 U的嵌入单元。
95.根据任一权利要求1-43所述的方法在遗传物质的识别和捕获中的用途，所述方法用于选自以下一个或多个领域：
-诊断癌症或不是癌症的遗传性疾病或产前诊断领域；
-监测反义治疗；
-家族亲属鉴定；
-个性化治疗；
-法医遗传学；
-定量RNA分析；
-微生物检测；
-考古学和古病理学；
-食品污染；及
-环境污染
包括从受测试个体的基因组中检测目标多核苷酸。
通过包括嵌入物分子的探针捕获目标DNA和RNA
技术领域
本发明涉及一种通过包括一个或多个嵌入物分子的互补探针进行的包括特异捕获单
链目标多核苷酸的分子诊断技术，所述多核苷酸可以是由天然存在于的核苷酸制成，或者可以由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。该方法进一步涉及，在目标多核苷酸与互补探针相互作用之前，从目标多核苷酸中除去一种或多种类型的碱基，所述多核苷酸可以是由天然存在的核苷酸制成，或者可以由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。
链目标多核苷酸的分子诊断技术，所述多核苷酸可以是由天然存在于的核苷酸制成，或者可以由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。该方法进一步涉及，在目标多核苷酸与互补探针相互作用之前，从目标多核苷酸中除去一种或多种类型的碱基，所述多核苷酸可以是由天然存在的核苷酸制成，或者可以由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。
背景技术
聚合酶链反应(PCR)是一种广泛运用于分子遗传和诊断的技术，可以分析任何短的
DNA序列，即使样品中只含有低水平的DNA。PCR用于扩增分析用的DNA或RNA选定片段。
基于PCR的诊断有若干相关的限制。首先，由于PCR的高度灵敏性，存在于实验室环境
中的非模板PCR(例如来自细菌，病毒和人类的DNA)污染表现为一个显著的问题。其次，罕见目标的扩增往往被量大目标的扩增所抑制。另外，DNA聚合酶也会引入错误。用于PCR的聚合酶通常缺乏3′至5′核酸外切酶活性，如Taq聚合酶。这种酶缺乏纠正误掺入的核苷酸的能力。
诊断和检测短核苷酸序列的已知方法的其他局限性是它们通常涉及至少一个纯化步
骤以及它们的特异性不足以识别一个单独的碱基错配。
被称为嵌入物、嵌入分子或嵌入物分子的共价结合的疏水性结构，以前已被用于核酸
的修饰。若干DNA嵌入物，包括：INA、TINA和AMANY以前已有报道[3，4，5]。芘(Pyrene)先前已与双链DNA中的一个脱碱基位点配对[6]。
DNA序列，即使样品中只含有低水平的DNA。PCR用于扩增分析用的DNA或RNA选定片段。
基于PCR的诊断有若干相关的限制。首先，由于PCR的高度灵敏性，存在于实验室环境
中的非模板PCR(例如来自细菌，病毒和人类的DNA)污染表现为一个显著的问题。其次，罕见目标的扩增往往被量大目标的扩增所抑制。另外，DNA聚合酶也会引入错误。用于PCR的聚合酶通常缺乏3′至5′核酸外切酶活性，如Taq聚合酶。这种酶缺乏纠正误掺入的核苷酸的能力。
诊断和检测短核苷酸序列的已知方法的其他局限性是它们通常涉及至少一个纯化步
骤以及它们的特异性不足以识别一个单独的碱基错配。
被称为嵌入物、嵌入分子或嵌入物分子的共价结合的疏水性结构，以前已被用于核酸
的修饰。若干DNA嵌入物，包括：INA、TINA和AMANY以前已有报道[3，4，5]。芘(Pyrene)先前已与双链DNA中的一个脱碱基位点配对[6]。
发明内容
本发明涉及一种从样品中捕获多核苷酸的方法，所述多核苷酸如单链目标多核苷酸，
例如DNA或RNA，包括以下步骤：
i)从所述目标多核苷酸中去除一种或多种类型的碱基A、T、U、C或G、5-羟甲基脱氧
胞苷(5-hydroxymethyl-dC)、5-甲基胞嘧啶(m5C)、假尿苷(Ψ)、二氢尿苷(D)、肌苷(I)、
7-甲基鸟苷(M7G)、次黄嘌呤、黄嘌呤以及它们的2′-O-甲基衍生物和/或N-甲基衍生
物，从而生成一个或多个脱碱基位点，和
ii)用包括一个或多个嵌入物分子的互补探针捕获所述目标多核苷酸，所述一个或多
个嵌入物分子被插入到多核苷酸探针的骨架结构中且与互补多核苷酸目标序列的脱碱基位点形态上相配；
其中所述目标多核苷酸可以是由天然存在的核苷酸制成，或者可以由自然界中未知的
核苷酸制成，或它们的任何混合物，因此所述目标多核苷酸可以由选自以下的核苷酸制成：
RNA、α-L-RNA、β-D-RNA、2’-R-RNA、DNA、锁核酸(LNA)、肽核酸(PNA)、吗啉寡聚体(PMO)、苏糖核酸(TNA)、甘油核酸(GNA)、寡核苷酸N3’→P5’氨基磷酸酯、BNA、α-L-LNA、HNA、MNA、ANA、CAN、INA、CeNA、(2’-NH)-TNA、(3’-NH)-TNA、α-L-核糖-LNA、α-L-木-LNA、β-D-核糖-LNA、β-D-木-LNA、[3.2.1]-LNA、二环-DNA、6-氨基-二环-DNA、5-表-二环-DNA、α-二环-DNA、三环-DNA、二环[4.3.0]-DNA、二环[3.2.1]-DNA、二环[4.3.0]氨酰-DNA、β-D-吡喃核糖基-NA(β-D-Ribopyranosyl-NA)、α-L-来苏糖基-NA、2’-OR-RNA、
2’-AE-RNA、及它们的结合物和修饰物。
本发明的一个优选实施方式涉及一种捕获单链目标多核苷酸的方法，包括以下步骤：
(i)提供双链目标多核苷酸，其可以是由天然存在的核苷酸制成，或者可以由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，如DNA；
(ii)通过去除所述双链目标多核苷酸如DNA中一种或多种类型的碱基，使所述双链目
标多核苷酸如DNA不稳定，从而生成一个或多个脱碱基位点；
(iii)使所述不稳定的双链目标多核苷酸如DNA变性成单链目标多核苷酸如DNA，和
(iv)用互补多核苷酸探针如DNA探针捕获所述单链目标多核苷酸如DNA，所述互补多
核苷酸探针包括插入到多核苷酸探针的骨架结构中且与互补多核苷酸目标序列的脱碱基位点形态上相配的一个或多个嵌入物分子。
在一个特定的实施方式中，本发明涉及一种从样品中捕获多核苷酸，如单链目标DNA
或RNA的方法，包括以下步骤：
i)从所述目标多核苷酸，如DNA或RNA中除去一种或多种类型的碱基A、T、U、C或G，
从而生成一个或多个脱碱基位点，和
ii)用包括一个或多个嵌入物分子的互补探针捕获所述目标多核苷酸，如DNA或RNA，
所述嵌入物分子可插入到所述一个或多个脱碱基位点的一个或多个中。
在另一个特定的实施方式中，本发明涉及一种捕获单链目标DNA的方法，包括以下步
骤：
(i)提供双链目标DNA
(ii)通过去除所述双链目标DNA的一种或多种类型的碱基A、T、U、C或G使所述双链
目标DNA不稳定从而生成一个或多个脱碱基位点
(iii)使所述不稳定的双链目标DNA变性成单链目标DNA，和
(iv)用一个包括一个或多个嵌入物分子的互补DNA探针捕获所述单链目标DNA，所述
一个或多个嵌入物分子可插入到一个或多个脱碱基位点中。
本发明进一步涉及多核苷酸探针，其可以是由天然存在的核苷酸制成，或者可以由自
然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，所述探针包括两个或多个适于捕获单链目标多核苷酸的嵌入物分子，其中所述单链目标多核苷酸可以是由天然存在的核苷酸制成，或者可以由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。
定义和缩写
术语“核碱基”或“碱基”是指一组氮基分子，是形成多核苷酸所必需的，因为它们为互补核苷酸链的氢键结合提供了必要的分子结构而且是形成稳定的多核苷酸分子的关键组成。核碱基的例子包括但不限于选自A、G、C、T、U、5-羟甲基脱氧胞苷、5-甲基胞嘧啶
7
(m5C)、假尿苷(Ψ)、二氢尿苷(D)、肌苷(I)、7-甲基鸟苷(mG)、次黄嘌呤、黄嘌呤及它们的
2′-O-甲基衍生物和/或N-甲基衍生物。
这些碱基中：
A：腺嘌呤。腺嘌呤与例如胸腺嘧啶形成碱基对。
T：胸腺嘧啶。胸腺嘧啶与例如腺嘌呤形成碱基对。
G：鸟嘌呤。鸟嘌呤与例如胞嘧啶形成碱基对。
C：胞嘧啶。胞嘧啶与例如鸟嘌呤形成碱基对。
U：尿嘧啶。尿嘧啶与例如腺嘌呤形成碱基对。
术语“多核苷酸序列“是指天然存在的或者自然界中未知的核苷酸序列。这些核苷
酸的非限制性例子包括选自：RNA、α-L-RNA、β-D-RNA、2’-R-RNA、DNA、LNA、PNA、PMO、TNA、GNA、寡核苷酸N3’→P5’氨基磷酸酯、BNA、α-L-LNA、HNA、MNA、ANA、CAN、INA、CeNA、(2’-NH)-TNA、(3’-NH)-TNA、α-L-核糖-LNA、α-L-木-LNA、β-D-核糖-LNA、β-D-木-LNA、[3.2.1]-LNA、二环-DNA、6-氨基-二环-DNA，5-表-二环-DNA、α-二
环-DNA、三环-DNA、二环[4.3.0]-DNA、二环[3.2.1]-DNA、二环[4.3.0]氨酰-DNA、β-D-吡喃核糖基-NA、α-L-来苏糖基-NA、2’-OR-RNA、2’-AE-RNA、及它们的结合物和修饰物。
术语“天然存在的核苷酸”和“天然存在的核苷酸序列”是指由天然存在的核苷酸，如包括RNA(如α-L-RNA、β-D-RNA、2’-R-RNA)和/或DNA组成的多核苷酸序列。
术语“自然界中未知的多核苷酸序列”是指自然界中未得知的多核苷酸序列，即，由天然存在的核苷酸的一种或多种类似物制成的多核苷酸。这些类似物的非限制性例子选自：
LNA、PNA、PMO、TNA、GNA、寡核苷酸N3’→P5’氨基磷酸酯、BNA、α-L-LNA、HNA、MNA、ANA、CAN、INA、CeNA、(2’-NH)-TNA、(3’-NH)-TNA、α-L-核糖-LNA、α-L-木-LNA、β-D-核糖-LNA、β-D-木-LNA、[3.2.1]-LNA、及它们的结合物和修饰物。这些“自然界中未知的多核苷酸序列”可以是由自然界未知的核苷酸类似物作为唯一一种核苷酸组成，或者可以是天然存在的核苷酸部分和不存在于自然界中的核苷酸类似物的组合物。
术语“LNA”是指锁核酸，通常为不可接近的RNA而且是修饰过的RNA核苷酸。LNA核
苷酸的核糖部分经额外的桥修饰过，所述额外的桥连接2′氧和4′碳。该桥将核糖“锁定”为3′-内(北)构象：
LNA单体
术语“PNA”是指肽核酸，其中骨架是由通过肽键连接的重复的N-(2-氨基乙基)甘氨
酸单元而成。各种嘌呤和嘧啶碱基通过羰基甲基连接到骨架：
术语“PMO”是指吗啉寡聚体，其中核碱基与吗啉环结合而不是与例如RNA使用的核酸
环结合。吗啉环通过磷二酰胺(phosphorodiamidate)连接，因此PMO的骨架由这些修饰的亚基形成：
术语“TNA”是指苏糖核酸，是一种类似于DNA或RNA的聚合物，但骨架的构成不同，因为TNA的骨架是由重复的苏糖单元通过磷酸二酯键连接构成：
术语“GNA”是指甘油核酸，是一种类似于DNA或RNA的聚合物，但骨架的构成不同，因为GNA的骨架是由重复的甘油单元通过磷酸二酯键连接构成：
术语“BNA”是指包括一种BNA核苷的寡核苷酸，所述BNA核苷酸可如选自下面的核苷：
术语“α-L-LNA”是指一种包括α-L-LNA核苷的寡核苷酸，可如选自下面核苷：
术语“其他限制性核苷酸”是指一种包括限制性核苷的寡核苷酸，可如选自下面的限制性核苷：
术语“寡核苷酸N3’→P5’氨基磷酸酯”指的是一种包括N3’→P5’氨基磷酸酯寡核
苷酸的寡核苷酸，N3’→P5’氨基磷酸酯寡核苷酸如下所示：
目标多核苷酸：本发明所述的目标多核苷酸可以是由天然存在的核苷酸制成，或者可
以由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，如DNA、RNA、LNA或PNA，其在本发明的方法中用于捕获。
探针：探针是限定的核酸，可以是由天然存在的核苷酸制成，或者可以由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物(包括但不限于DNA、RNA、LNA、PNA)，用于识别具有互补序列的特异的目标多核苷酸，所述目标多核苷酸可以是由天然存在的核苷酸制成，或者可以由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，如DNA或RNA分子。在一个优选的实施方式中，探针被定义为单链DNA、RNA、LNA、PNA分子，用于在有其他单链多核苷酸的混合物中探测互补序列的存在，所述单链多核苷酸可以是由天然存在的核苷酸制成，或者可以由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，如DNA和/或RNA分子。
脱碱基位点：多核苷酸缺失一个碱基从而产生一个脱碱基的位点，使核苷酸链出现一
个核苷如脱氧核糖残基，所述多核苷酸可以是由天然存在的核苷酸制成，或者可以由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，如DNA或RNA。多核苷酸中缺失碱基是常见的损伤，其可能是自发的或在辐射和烷基化剂或酶促作用下发生的，所述多核苷酸可以是由天然存在的核苷酸制成，或者可以由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，如DNA或RNA。
嵌入物：一种类似于传统核苷酸的分子，可以插入到多核苷酸探针的骨架结构中且与
互补的多核苷酸目标序列的脱碱基位点形态上相配，所述互补的多核苷酸目标序列可以是由天然存在的核苷酸制成，或者可以由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，如DNA探针、RNA探针、PNA探针或LNA探针。因此嵌入物能够填补探针中核碱基的位置。
嵌入物能够插入到互补多核苷酸的脱碱基位点上，所述多核苷酸可以是由天然存在的核苷酸制成，或者可以由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，如DNA或RNA结构。
所述插入可产生增强的多核苷酸双链结构的稳定性。当化学性质和大小适当的配体与脱碱基位点相配时可发生插入。在本发明中，术语嵌入物和嵌入物分子同义使用。嵌入物可以是如这里所概述，也可以是任何能够插入到多核苷酸探针骨架结构的单元，同时所述单元能够与目标核苷酸的脱碱基位点形态上相配。
TINA：扭曲的嵌入核酸。TINA、对-TINA和邻-TINA的结构如图5所示。
INA：INA的结构如图5所示。
AMANY：AMANY的结构如图5所示。
DNA：术语DNA(脱氧核糖核酸)双链在此是由称为核苷酸的简单单元组成的聚合体，其
骨架由糖和磷原子通过酯键连接而形成。各糖均连接一个碱基。所述碱基可以是C、G、T、U或A。
标签：标签在此可以与标记分子互换使用。本发明所述的标签是一种可识别的物质，其是在分析中可检测到的而且可以连接到分子上生成标记分子。
烷基：术语‘烷基’是指C1-6-烷(烯/炔)基、C3-8-环烷(烯)基或C3-8-环烷(烯)
基-C1-6-烷(烯/炔)基。术语‘C1-6-烷(烯/炔)基’是指C1-6-烷基、C2-6-烯基或C2-6-炔基，其中‘C1-6烷基’是指具有1-6个碳原子的支链或无支链的烷基，如甲基、乙基、1-丙基、
2-丙基、1-丁基、2-丁基、2-甲基-2-丙基和2-甲基-1-丙基；以及‘C2-6-烯基’是指具有
2-6个碳原子的基团，包括至少一个双键，如乙烯基、丙烯基和丁烯基；以及‘C2-6-炔基’是指具有2-6个碳原子的基团，包括一个三键，如乙炔基、丙炔基和丁炔基。术语‘C3-8-环烷(烯)基’是指C3-8-环烷基或C3-8-环烯基，其中‘C3-8-环烷基’是指具有3-8个碳原子的单环或双环碳环，如环丙基、环戊基和环己基；以及‘C3-8-环烯基’是指具有3-8个碳原子和一个双键的单环或双环碳环，如环丙烯基、环丁烯基、环戊烯基、环己烯基。在术语‘C3-8-环烷(烯)基-C1-6-烷(烯/炔)基’中，术语“C3-8-环烷(烯)基”，术语“C1-6-烷(烯/炔)
基”的定义如上所述。
杂原子：选自氮(N)、硫(S)、氧(O)、氯(Cl)、溴(Br)、碘(I)和氟(F)组成的原子。
芳基：碳环芳族基团，优选单环或双环，如苯基或萘基。因此，芳基任选地可被一个或多个取代基取代，如C1-6-烷基或卤素。
杂芳基：含有至少一个碳原子和一个或多个选自O或N、或O和N结合的杂原子的芳族
基团，其中所述芳族基团优选为单环或双环。
多环芳香烃(Polyaromate)：包括至少2个芳香基团的碳环芳香族基团。
异多环芳香烃(heteropolyaromate)：包括至少一个碳原子和一个或多个选自O，N或S
或者是O和N，N和S或S和O结合的杂原子的芳族基团，其中所述芳族基团包括至少2个
芳族基团。
附图说明
图1：从双链目标DNA中去除掉一种类型的碱基。这将产生不稳定的双链目标DNA，它
随后变性成单链目标DNA。单链目标DNA与包括一个或多个嵌入物，如邻-TINA的互补探针混合。这将导致目标DNA被互补探针捕获。
图2：从双链目标DNA中去除掉一种类型的碱基。这将产生不稳定的双链目标DNA，它
随后变性成单链目标DNA。单链目标DNA与包括一个或多个嵌入物，如邻-TINA的互补探针混合。互补探针被连接到支撑物，如珠子。这将使互补探针捕获目标DNA。然后，加入包括标签的检测探针。在一个实施方式中，添加检测探针之前，进行一个或多个洗涤步骤。
图3：双链目标DNA中一种类型的碱基转换成另一种化学实体，如尿嘧啶。随后，从双
链目标DNA中去除所述化学实体，如尿嘧啶。这将产生不稳定的双链目标DNA，它随后变性成单链目标DNA。单链目标DNA与包括一个或多个嵌入物，如邻-TINA的互补探针混合。这将导致目标DNA被互补探针捕获。
图4：双链目标DNA中一种类型的碱基转换成另一种化学实体，如尿嘧啶。随后，从双
链目标DNA中去除所述化学实体，如尿嘧啶。这将产生不稳定的双链目标DNA，它随后变性成单链目标DNA。单链目标DNA与包括一个或多个嵌入物，如邻-TINA的互补探针混合。互补探针被连接到支撑物，如珠子。这将使互补探针捕获目标DNA。然后，加入包括标签的检测探针。在一个实施方式中，加入检测探针之前，进行一个或多个洗涤步骤。
图5：图示了TINA、INA、对-TINA、邻-TINA和AMANY的化学结构。
图6：用亚硫酸氢盐处理双链目标DNA(dsDNA)使胞嘧啶残基转换成尿嘧啶残基。然后，用尿嘧啶-DNA糖基化酶(UNG)去除尿嘧啶残基产生一个或多个脱碱基位点。双链DNA被
转换成可被包含TINA的寡核苷酸捕获的单链目标DNA。捕获寡核苷酸被耦合到磁珠。此外，生物素化的TINA检测寡核苷酸与单链目标DNA杂交。捕获寡核苷酸和/或检测寡核苷酸可包括一个或多个插入到多核苷酸探针骨架结构的嵌入物分子，其与互补多核苷酸目标序列的脱碱基位点形态上相配，其中所述插入发生在与单链目标DNA杂交以后。或者，与单链目标DNA杂交后，捕捉寡核苷酸和/或检测寡核苷酸可以包括一个或多个腺嘌呤残基，它可以插入到一个或多个脱碱基位点。在图6中所示的实验反应条件下，带有嵌入物分子的检测寡核苷酸和捕获寡核苷酸优选与单链目标DNA杂交。链霉亲和素-R-藻红蛋白用于检测。
图7：用亚硫酸氢盐处理双链目标DNA(dsDNA)使胞嘧啶残基转换成尿嘧啶残基。然后，用尿嘧啶-DNA糖基化酶(UNG)去除尿嘧啶残基产生一个或多个脱碱基位点。双链DNA被转换成可被包含TINA的寡核苷酸捕获的单链目标DNA。捕获寡核苷酸被耦合到磁珠。此外，生物素标记的TINA检测寡核苷酸与单链目标DNA杂交。与单链目标DNA杂交以后，捕获寡核苷酸和/或检测寡核苷酸包括一个或多个插入到多核苷酸探针骨架结构的嵌入物分子，其与互补多核苷酸目标序列的脱碱基位点形态上相配。或者，与单链目标DNA杂交后，捕获寡核苷酸和/或检测寡核苷酸可以包括一个或多个腺嘌呤残基，它可以插入到一个或多个脱碱基位点。在图7中所示的实验反应条件下，带有嵌入物分子或腺嘌呤残基的检测寡核苷酸和捕获寡核苷酸将与单链目标DNA杂交。链霉亲和素-R-藻红蛋白用于检测。
图8：检测尿嘧啶-DNA葡糖基化酶处理后的尿嘧啶修饰的双链DNA。x轴上示出双链
DNA目标的量(mol)，y轴示出MFI-零。
例如DNA或RNA，包括以下步骤：
i)从所述目标多核苷酸中去除一种或多种类型的碱基A、T、U、C或G、5-羟甲基脱氧
胞苷(5-hydroxymethyl-dC)、5-甲基胞嘧啶(m5C)、假尿苷(Ψ)、二氢尿苷(D)、肌苷(I)、
7-甲基鸟苷(M7G)、次黄嘌呤、黄嘌呤以及它们的2′-O-甲基衍生物和/或N-甲基衍生
物，从而生成一个或多个脱碱基位点，和
ii)用包括一个或多个嵌入物分子的互补探针捕获所述目标多核苷酸，所述一个或多
个嵌入物分子被插入到多核苷酸探针的骨架结构中且与互补多核苷酸目标序列的脱碱基位点形态上相配；
其中所述目标多核苷酸可以是由天然存在的核苷酸制成，或者可以由自然界中未知的
核苷酸制成，或它们的任何混合物，因此所述目标多核苷酸可以由选自以下的核苷酸制成：
RNA、α-L-RNA、β-D-RNA、2’-R-RNA、DNA、锁核酸(LNA)、肽核酸(PNA)、吗啉寡聚体(PMO)、苏糖核酸(TNA)、甘油核酸(GNA)、寡核苷酸N3’→P5’氨基磷酸酯、BNA、α-L-LNA、HNA、MNA、ANA、CAN、INA、CeNA、(2’-NH)-TNA、(3’-NH)-TNA、α-L-核糖-LNA、α-L-木-LNA、β-D-核糖-LNA、β-D-木-LNA、[3.2.1]-LNA、二环-DNA、6-氨基-二环-DNA、5-表-二环-DNA、α-二环-DNA、三环-DNA、二环[4.3.0]-DNA、二环[3.2.1]-DNA、二环[4.3.0]氨酰-DNA、β-D-吡喃核糖基-NA(β-D-Ribopyranosyl-NA)、α-L-来苏糖基-NA、2’-OR-RNA、
2’-AE-RNA、及它们的结合物和修饰物。
本发明的一个优选实施方式涉及一种捕获单链目标多核苷酸的方法，包括以下步骤：
(i)提供双链目标多核苷酸，其可以是由天然存在的核苷酸制成，或者可以由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，如DNA；
(ii)通过去除所述双链目标多核苷酸如DNA中一种或多种类型的碱基，使所述双链目
标多核苷酸如DNA不稳定，从而生成一个或多个脱碱基位点；
(iii)使所述不稳定的双链目标多核苷酸如DNA变性成单链目标多核苷酸如DNA，和
(iv)用互补多核苷酸探针如DNA探针捕获所述单链目标多核苷酸如DNA，所述互补多
核苷酸探针包括插入到多核苷酸探针的骨架结构中且与互补多核苷酸目标序列的脱碱基位点形态上相配的一个或多个嵌入物分子。
在一个特定的实施方式中，本发明涉及一种从样品中捕获多核苷酸，如单链目标DNA
或RNA的方法，包括以下步骤：
i)从所述目标多核苷酸，如DNA或RNA中除去一种或多种类型的碱基A、T、U、C或G，
从而生成一个或多个脱碱基位点，和
ii)用包括一个或多个嵌入物分子的互补探针捕获所述目标多核苷酸，如DNA或RNA，
所述嵌入物分子可插入到所述一个或多个脱碱基位点的一个或多个中。
在另一个特定的实施方式中，本发明涉及一种捕获单链目标DNA的方法，包括以下步
骤：
(i)提供双链目标DNA
(ii)通过去除所述双链目标DNA的一种或多种类型的碱基A、T、U、C或G使所述双链
目标DNA不稳定从而生成一个或多个脱碱基位点
(iii)使所述不稳定的双链目标DNA变性成单链目标DNA，和
(iv)用一个包括一个或多个嵌入物分子的互补DNA探针捕获所述单链目标DNA，所述
一个或多个嵌入物分子可插入到一个或多个脱碱基位点中。
本发明进一步涉及多核苷酸探针，其可以是由天然存在的核苷酸制成，或者可以由自
然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，所述探针包括两个或多个适于捕获单链目标多核苷酸的嵌入物分子，其中所述单链目标多核苷酸可以是由天然存在的核苷酸制成，或者可以由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。
定义和缩写
术语“核碱基”或“碱基”是指一组氮基分子，是形成多核苷酸所必需的，因为它们为互补核苷酸链的氢键结合提供了必要的分子结构而且是形成稳定的多核苷酸分子的关键组成。核碱基的例子包括但不限于选自A、G、C、T、U、5-羟甲基脱氧胞苷、5-甲基胞嘧啶
7
(m5C)、假尿苷(Ψ)、二氢尿苷(D)、肌苷(I)、7-甲基鸟苷(mG)、次黄嘌呤、黄嘌呤及它们的
2′-O-甲基衍生物和/或N-甲基衍生物。
这些碱基中：
A：腺嘌呤。腺嘌呤与例如胸腺嘧啶形成碱基对。
T：胸腺嘧啶。胸腺嘧啶与例如腺嘌呤形成碱基对。
G：鸟嘌呤。鸟嘌呤与例如胞嘧啶形成碱基对。
C：胞嘧啶。胞嘧啶与例如鸟嘌呤形成碱基对。
U：尿嘧啶。尿嘧啶与例如腺嘌呤形成碱基对。
术语“多核苷酸序列“是指天然存在的或者自然界中未知的核苷酸序列。这些核苷
酸的非限制性例子包括选自：RNA、α-L-RNA、β-D-RNA、2’-R-RNA、DNA、LNA、PNA、PMO、TNA、GNA、寡核苷酸N3’→P5’氨基磷酸酯、BNA、α-L-LNA、HNA、MNA、ANA、CAN、INA、CeNA、(2’-NH)-TNA、(3’-NH)-TNA、α-L-核糖-LNA、α-L-木-LNA、β-D-核糖-LNA、β-D-木-LNA、[3.2.1]-LNA、二环-DNA、6-氨基-二环-DNA，5-表-二环-DNA、α-二
环-DNA、三环-DNA、二环[4.3.0]-DNA、二环[3.2.1]-DNA、二环[4.3.0]氨酰-DNA、β-D-吡喃核糖基-NA、α-L-来苏糖基-NA、2’-OR-RNA、2’-AE-RNA、及它们的结合物和修饰物。
术语“天然存在的核苷酸”和“天然存在的核苷酸序列”是指由天然存在的核苷酸，如包括RNA(如α-L-RNA、β-D-RNA、2’-R-RNA)和/或DNA组成的多核苷酸序列。
术语“自然界中未知的多核苷酸序列”是指自然界中未得知的多核苷酸序列，即，由天然存在的核苷酸的一种或多种类似物制成的多核苷酸。这些类似物的非限制性例子选自：
LNA、PNA、PMO、TNA、GNA、寡核苷酸N3’→P5’氨基磷酸酯、BNA、α-L-LNA、HNA、MNA、ANA、CAN、INA、CeNA、(2’-NH)-TNA、(3’-NH)-TNA、α-L-核糖-LNA、α-L-木-LNA、β-D-核糖-LNA、β-D-木-LNA、[3.2.1]-LNA、及它们的结合物和修饰物。这些“自然界中未知的多核苷酸序列”可以是由自然界未知的核苷酸类似物作为唯一一种核苷酸组成，或者可以是天然存在的核苷酸部分和不存在于自然界中的核苷酸类似物的组合物。
术语“LNA”是指锁核酸，通常为不可接近的RNA而且是修饰过的RNA核苷酸。LNA核
苷酸的核糖部分经额外的桥修饰过，所述额外的桥连接2′氧和4′碳。该桥将核糖“锁定”为3′-内(北)构象：
LNA单体
术语“PNA”是指肽核酸，其中骨架是由通过肽键连接的重复的N-(2-氨基乙基)甘氨
酸单元而成。各种嘌呤和嘧啶碱基通过羰基甲基连接到骨架：
术语“PMO”是指吗啉寡聚体，其中核碱基与吗啉环结合而不是与例如RNA使用的核酸
环结合。吗啉环通过磷二酰胺(phosphorodiamidate)连接，因此PMO的骨架由这些修饰的亚基形成：
术语“TNA”是指苏糖核酸，是一种类似于DNA或RNA的聚合物，但骨架的构成不同，因为TNA的骨架是由重复的苏糖单元通过磷酸二酯键连接构成：
术语“GNA”是指甘油核酸，是一种类似于DNA或RNA的聚合物，但骨架的构成不同，因为GNA的骨架是由重复的甘油单元通过磷酸二酯键连接构成：
术语“BNA”是指包括一种BNA核苷的寡核苷酸，所述BNA核苷酸可如选自下面的核苷：
术语“α-L-LNA”是指一种包括α-L-LNA核苷的寡核苷酸，可如选自下面核苷：
术语“其他限制性核苷酸”是指一种包括限制性核苷的寡核苷酸，可如选自下面的限制性核苷：
术语“寡核苷酸N3’→P5’氨基磷酸酯”指的是一种包括N3’→P5’氨基磷酸酯寡核
苷酸的寡核苷酸，N3’→P5’氨基磷酸酯寡核苷酸如下所示：
目标多核苷酸：本发明所述的目标多核苷酸可以是由天然存在的核苷酸制成，或者可
以由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，如DNA、RNA、LNA或PNA，其在本发明的方法中用于捕获。
探针：探针是限定的核酸，可以是由天然存在的核苷酸制成，或者可以由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物(包括但不限于DNA、RNA、LNA、PNA)，用于识别具有互补序列的特异的目标多核苷酸，所述目标多核苷酸可以是由天然存在的核苷酸制成，或者可以由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，如DNA或RNA分子。在一个优选的实施方式中，探针被定义为单链DNA、RNA、LNA、PNA分子，用于在有其他单链多核苷酸的混合物中探测互补序列的存在，所述单链多核苷酸可以是由天然存在的核苷酸制成，或者可以由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，如DNA和/或RNA分子。
脱碱基位点：多核苷酸缺失一个碱基从而产生一个脱碱基的位点，使核苷酸链出现一
个核苷如脱氧核糖残基，所述多核苷酸可以是由天然存在的核苷酸制成，或者可以由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，如DNA或RNA。多核苷酸中缺失碱基是常见的损伤，其可能是自发的或在辐射和烷基化剂或酶促作用下发生的，所述多核苷酸可以是由天然存在的核苷酸制成，或者可以由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，如DNA或RNA。
嵌入物：一种类似于传统核苷酸的分子，可以插入到多核苷酸探针的骨架结构中且与
互补的多核苷酸目标序列的脱碱基位点形态上相配，所述互补的多核苷酸目标序列可以是由天然存在的核苷酸制成，或者可以由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，如DNA探针、RNA探针、PNA探针或LNA探针。因此嵌入物能够填补探针中核碱基的位置。
嵌入物能够插入到互补多核苷酸的脱碱基位点上，所述多核苷酸可以是由天然存在的核苷酸制成，或者可以由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，如DNA或RNA结构。
所述插入可产生增强的多核苷酸双链结构的稳定性。当化学性质和大小适当的配体与脱碱基位点相配时可发生插入。在本发明中，术语嵌入物和嵌入物分子同义使用。嵌入物可以是如这里所概述，也可以是任何能够插入到多核苷酸探针骨架结构的单元，同时所述单元能够与目标核苷酸的脱碱基位点形态上相配。
TINA：扭曲的嵌入核酸。TINA、对-TINA和邻-TINA的结构如图5所示。
INA：INA的结构如图5所示。
AMANY：AMANY的结构如图5所示。
DNA：术语DNA(脱氧核糖核酸)双链在此是由称为核苷酸的简单单元组成的聚合体，其
骨架由糖和磷原子通过酯键连接而形成。各糖均连接一个碱基。所述碱基可以是C、G、T、U或A。
标签：标签在此可以与标记分子互换使用。本发明所述的标签是一种可识别的物质，其是在分析中可检测到的而且可以连接到分子上生成标记分子。
烷基：术语‘烷基’是指C1-6-烷(烯/炔)基、C3-8-环烷(烯)基或C3-8-环烷(烯)
基-C1-6-烷(烯/炔)基。术语‘C1-6-烷(烯/炔)基’是指C1-6-烷基、C2-6-烯基或C2-6-炔基，其中‘C1-6烷基’是指具有1-6个碳原子的支链或无支链的烷基，如甲基、乙基、1-丙基、
2-丙基、1-丁基、2-丁基、2-甲基-2-丙基和2-甲基-1-丙基；以及‘C2-6-烯基’是指具有
2-6个碳原子的基团，包括至少一个双键，如乙烯基、丙烯基和丁烯基；以及‘C2-6-炔基’是指具有2-6个碳原子的基团，包括一个三键，如乙炔基、丙炔基和丁炔基。术语‘C3-8-环烷(烯)基’是指C3-8-环烷基或C3-8-环烯基，其中‘C3-8-环烷基’是指具有3-8个碳原子的单环或双环碳环，如环丙基、环戊基和环己基；以及‘C3-8-环烯基’是指具有3-8个碳原子和一个双键的单环或双环碳环，如环丙烯基、环丁烯基、环戊烯基、环己烯基。在术语‘C3-8-环烷(烯)基-C1-6-烷(烯/炔)基’中，术语“C3-8-环烷(烯)基”，术语“C1-6-烷(烯/炔)
基”的定义如上所述。
杂原子：选自氮(N)、硫(S)、氧(O)、氯(Cl)、溴(Br)、碘(I)和氟(F)组成的原子。
芳基：碳环芳族基团，优选单环或双环，如苯基或萘基。因此，芳基任选地可被一个或多个取代基取代，如C1-6-烷基或卤素。
杂芳基：含有至少一个碳原子和一个或多个选自O或N、或O和N结合的杂原子的芳族
基团，其中所述芳族基团优选为单环或双环。
多环芳香烃(Polyaromate)：包括至少2个芳香基团的碳环芳香族基团。
异多环芳香烃(heteropolyaromate)：包括至少一个碳原子和一个或多个选自O，N或S
或者是O和N，N和S或S和O结合的杂原子的芳族基团，其中所述芳族基团包括至少2个
芳族基团。
附图说明
图1：从双链目标DNA中去除掉一种类型的碱基。这将产生不稳定的双链目标DNA，它
随后变性成单链目标DNA。单链目标DNA与包括一个或多个嵌入物，如邻-TINA的互补探针混合。这将导致目标DNA被互补探针捕获。
图2：从双链目标DNA中去除掉一种类型的碱基。这将产生不稳定的双链目标DNA，它
随后变性成单链目标DNA。单链目标DNA与包括一个或多个嵌入物，如邻-TINA的互补探针混合。互补探针被连接到支撑物，如珠子。这将使互补探针捕获目标DNA。然后，加入包括标签的检测探针。在一个实施方式中，添加检测探针之前，进行一个或多个洗涤步骤。
图3：双链目标DNA中一种类型的碱基转换成另一种化学实体，如尿嘧啶。随后，从双
链目标DNA中去除所述化学实体，如尿嘧啶。这将产生不稳定的双链目标DNA，它随后变性成单链目标DNA。单链目标DNA与包括一个或多个嵌入物，如邻-TINA的互补探针混合。这将导致目标DNA被互补探针捕获。
图4：双链目标DNA中一种类型的碱基转换成另一种化学实体，如尿嘧啶。随后，从双
链目标DNA中去除所述化学实体，如尿嘧啶。这将产生不稳定的双链目标DNA，它随后变性成单链目标DNA。单链目标DNA与包括一个或多个嵌入物，如邻-TINA的互补探针混合。互补探针被连接到支撑物，如珠子。这将使互补探针捕获目标DNA。然后，加入包括标签的检测探针。在一个实施方式中，加入检测探针之前，进行一个或多个洗涤步骤。
图5：图示了TINA、INA、对-TINA、邻-TINA和AMANY的化学结构。
图6：用亚硫酸氢盐处理双链目标DNA(dsDNA)使胞嘧啶残基转换成尿嘧啶残基。然后，用尿嘧啶-DNA糖基化酶(UNG)去除尿嘧啶残基产生一个或多个脱碱基位点。双链DNA被
转换成可被包含TINA的寡核苷酸捕获的单链目标DNA。捕获寡核苷酸被耦合到磁珠。此外，生物素化的TINA检测寡核苷酸与单链目标DNA杂交。捕获寡核苷酸和/或检测寡核苷酸可包括一个或多个插入到多核苷酸探针骨架结构的嵌入物分子，其与互补多核苷酸目标序列的脱碱基位点形态上相配，其中所述插入发生在与单链目标DNA杂交以后。或者，与单链目标DNA杂交后，捕捉寡核苷酸和/或检测寡核苷酸可以包括一个或多个腺嘌呤残基，它可以插入到一个或多个脱碱基位点。在图6中所示的实验反应条件下，带有嵌入物分子的检测寡核苷酸和捕获寡核苷酸优选与单链目标DNA杂交。链霉亲和素-R-藻红蛋白用于检测。
图7：用亚硫酸氢盐处理双链目标DNA(dsDNA)使胞嘧啶残基转换成尿嘧啶残基。然后，用尿嘧啶-DNA糖基化酶(UNG)去除尿嘧啶残基产生一个或多个脱碱基位点。双链DNA被转换成可被包含TINA的寡核苷酸捕获的单链目标DNA。捕获寡核苷酸被耦合到磁珠。此外，生物素标记的TINA检测寡核苷酸与单链目标DNA杂交。与单链目标DNA杂交以后，捕获寡核苷酸和/或检测寡核苷酸包括一个或多个插入到多核苷酸探针骨架结构的嵌入物分子，其与互补多核苷酸目标序列的脱碱基位点形态上相配。或者，与单链目标DNA杂交后，捕获寡核苷酸和/或检测寡核苷酸可以包括一个或多个腺嘌呤残基，它可以插入到一个或多个脱碱基位点。在图7中所示的实验反应条件下，带有嵌入物分子或腺嘌呤残基的检测寡核苷酸和捕获寡核苷酸将与单链目标DNA杂交。链霉亲和素-R-藻红蛋白用于检测。
图8：检测尿嘧啶-DNA葡糖基化酶处理后的尿嘧啶修饰的双链DNA。x轴上示出双链
DNA目标的量(mol)，y轴示出MFI-零。
具体实施方式
本发明涉及一种技术，例如其可用于捕获多核苷酸，如单链目标多核苷酸，所述单链目标多核苷酸可以是由天然存在的核苷酸制成，或者可以由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，如DNA和/或RNA构成。所述技术例如可用于分子诊断。因此，一个实施方式涉及一种包括使用本发明方法来检测一个或多个甲基化的目标DNA和/或RNA的方法。
本发明所公开的用于检测目标多核苷酸的方法比本领域中已知的方法更具特异性。由
于Tm偏差显著，有可能从其他核苷酸中常规性地分离目标多核苷酸，即便当所述标多核苷酸和所述其他核苷酸只在一个单一的碱基位置不相同。
虽然目的是为了改善目标多核聚苷酸的稳定性，但初始阶段是使其不稳定。这是极具
争议性且未曾被描述过的。因此，本发明所公开的方法包括裂解目标多核苷酸，从而产生稳定性方面具有改进性能的修饰多核苷酸。
因此，本发明涉及一种从样品中捕获多核苷酸的方法，所述多核苷酸如单链目标多核
苷酸，例如DNA或RNA，包括以下步骤：
iii)从所述目标多核苷酸中去除一种或多种类型的碱基A、T、U、C或G、5-羟甲基脱氧
5 7
胞苷、5-甲基胞嘧啶(mC)、假尿苷(Ψ)、二氢尿苷(D)、肌苷(I)、7-甲基鸟苷(MG)、次黄嘌呤、黄嘌呤以及它们的2′-O-甲基衍生物和/或N-甲基衍生物，从而生成一个或多个脱碱基位点，和
ii)用包括一个或多个嵌入物分子的互补探针捕获所述目标多核苷酸，所述嵌入物分
子插入到多核苷酸探针的骨架结构中且与互补多核苷酸目标序列的脱碱基位点形态上相配；
其中所述多核苷酸可以是由天然存在的核苷酸制成，或者可以由自然界中未知的核
苷酸制成，或它们的任何混合物，因此所述多核苷酸例如可以由选自以下的核苷酸制成，包括：RNA、α-L-RNA、β-D-RNA、2’-R-RNA、DNA、LNA、PNA、PMO、TNA、GNA、寡核苷酸N3’→P5’氨基磷酸酯、BNA、α-L-LNA、HNA、MNA、ANA、CAN、INA、CeNA、(2’-NH)-TNA、(3’-NH)-TNA、α-L-核糖-LNA、α-L-木-LNA、β-D-核糖-LNA、β-D-木-LNA、[3.2.1]-LNA、二环-DNA、
6-氨基-二环-DNA，5-表-二环-DNA、α-二环-DNA、三环-DNA、二环[4.3.0]-DNA、二
环[3.2.1]-DNA、二环[4.3.0]氨酰-DNA、β-D-吡喃核糖基-NA、α-L-来苏糖基-NA、
2’-OR-RNA、2’-AE-RNA、及它们的结合物和修饰物。
本发明的一个优选实施方式涉及一种捕获单链目标多核苷酸的方法，包括以下步骤：
(v)提供双链目标多核苷酸，其可以是由天然存在的核苷酸制成，或者可以由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，如DNA；
(vi)通过去除所述双链目标多核苷酸，如DNA的中一种或多种类型的碱基使所述双链
目标多核苷酸，如DNA不稳定，从而产生一个或多个脱碱基位点；
(vii)使所述不稳定的双链目标多核苷酸，如DNA变性成单链目标多核苷酸，如DNA；和(viii)用互补多核苷酸探针，如DNA探针捕获所述单链目标多核苷酸，如DNA，所述互
补多核苷酸探针包括一个或多个嵌入物分子，其插入到多核苷酸骨架结构中且与互补的多核苷酸目标序列的一个或多个脱碱基位点形态上相配。
在一个特定的实施方式中，本发明涉及一种从样品中捕获多核苷酸，如单链目标DNA
或RNA的方法，包括以下步骤：
(i)从所述目标多核苷酸，如DNA或RNA中除去一种或多种类型的碱基A、T、U、C或G，
从而生成一个或多个脱碱基位点，和
(ii)用包括一个或多个嵌入物分子的互补探针捕获所述目标的多核苷酸，如DNA或
RNA，所述嵌入物分子能够与一个或多个脱碱基位点相互作用或插入到一个或多个脱碱基位点。
本发明的目标多核苷酸的最佳长度取决于被去除的特定碱基数量以及它们在目标多
核苷酸中的分布。通常这种目标多核苷酸的长度优选少于30个碱基。在一个优选的实施方式中，所述目标多核苷酸的长度少于25个碱基。在一个更优选的实施方式中，所述目标多核苷酸的长度少于20个碱基，如17-18个碱基。
单链目标多核苷酸中一种或多种类型的碱基被去除后产生的脱碱基位点优选相互之
间不要太靠近，例如相距1/2或1个螺旋圈。然而，去除两个相邻的碱基也是可能的。在后者的这种情况下，则被插入的嵌入物会是一个双倍体积的嵌入物或两个传统的嵌入物。因此，一个实施方式是针对此类目标，其中脱碱基位点相距1/2或1个螺旋圈，如1个螺旋圈，如1/2个螺旋圈。因此，一个实施方式是针对此类目标，其中脱碱基位点相距1/2或1个螺旋圈，如1个螺旋圈，如1/2个螺旋圈。在一个优选的实施方式中，每个脱碱基位点插入一个嵌入物。由此，在一个实施方式中，出现了多个脱碱基位点且插入的嵌入物是相同的。在另一个实施方式中，出现了一个以上的脱碱基位点且插入的每个嵌入物都相互不同。
在本发明的一个优选的实施方式中，所述目标多核苷酸中出现的脱碱基总数不超过5。
在一个较优选的实施方式中，所述目标多核苷酸中出现的脱碱基总数最多是4。在本发明一个最优选的实施方式中，所述目标多核苷酸包括不多于3个脱碱基位点，如2个脱碱基位点。在本发明的又一个实施方式中，所述目标多核苷酸包括1个脱碱基位点。
本发明所述通过去除一种或多种特定类型的碱基定义为，例如上述步骤(i)中所述目
标多核苷酸通过去除一种或多种以下类型的碱基A、T、U、C或G，至少从所述目标多核苷酸中去除至少70％相关的碱基，例如至少80％，例如至少85％，例如至少90％，例如至少
95％，例如至少97％，例如至少99％。在一个优选的实施方式中，从目标多核苷酸中去除
100％相关的碱基。
在一个特定的实施方式中，目标多核苷酸可以是由天然存在的核苷酸制成，或者可以
由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。在一个特定的实施方式中，所述目标多核苷酸由在于自然界的核苷酸制成。在一个特定的实施方式中，所述目标多核苷酸包括RNA。在另一个特定的实施方式中，所述目标多核苷酸包括DNA。在另一个特定的实施方式中，所述目标多核苷酸可以是由天然存在的核苷酸制成，或者可以由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物。因此所述目标多核苷酸包括一个或多个自然界存在的核苷酸类似物，例如选自：LNA、PNA、PMO、TNA、GNA、核苷酸N3’→P5’氨基磷酸酯、BNA、α-L-LNA和其他限制性核苷酸。在一个特定的实施方式中，所述目标多核苷酸包括LNA。在一个特定的实施方式中，所述目标多核苷酸包括PNA。在一个特定的实施方式中，所述目标多核苷酸包括PMO。在一个特定的实施方式中，所述目标多核苷酸包括TNA。在一个特定的实施方式中，所述目标多核苷酸包括GNA。在一个特定的实施方式中，所述目标多核苷酸包括核苷酸N3’→P5’氨基磷酸酯。在一个特定的实施方式中，所述目标多核苷酸包括BNA。在一个特定的实施方式中，所述目标多核苷酸包括α-L-LNA。在一个特定的实施方式中，所述目标多核苷酸包括如本发明所定义的其他限制性核苷酸。
在一个实施方式中，被去除的碱基选自：A、G、C、T、U和5-羟甲基脱氧胞苷。
在一个实施方式中，从双链目标多核苷酸和/或单链目标多核苷酸中去除的碱基是A。
在其一个特定的实施方式中，将所述目标多核苷酸进行酶处理从而去除所述目标多核苷酸中的A，例如用ANG处理，所述ANG处理是指用腺嘌呤-DNA糖基化酶处理。
在另一个实施方式中，从双链目标多核苷酸和/或单链目标多核苷酸中去除的碱基是
T。在其一个特定实施方式中，将所述目标多核苷酸进行酶处理从而去除所述目标多核苷酸中的T，例如用TNG处理，所述TNG处理是指用胸腺嘧啶-DNA糖基化酶处理。
在另一个实施方式中，从双链目标多核苷酸和/或单链目标多核苷酸中去除的碱基是
U。在其一个特定实施方式中，将所述目标多核苷酸进行酶处理从而中去除所述目标多核苷酸中的U，例如用UNG处理，所述UNG处理是指用尿嘧啶-DNA糖基化酶处理。
在另一个实施方式中，从双链目标多核苷酸和/或单链目标多核苷酸中去除的碱基是
C。在其一个特定实施方式中，将所述目标多核苷酸进行酶处理从而中去除所述目标多核苷酸中的C，例如用CNG处理，所述CNG处理是指用胞嘧啶-DNA糖基化酶处理。
在另一个实施方式中，从双链目标多核苷酸和/或单链目标多核苷酸中去除的碱基是
G。在其一个特定实施方式中，将目标多核苷酸进行酶处理从而中去除所述目标多核苷酸中的G，例如用GNG处理，所述GNG处理是指用鸟嘌呤-DNA糖基化酶处理。
在一个实施方式中，去除的碱基是5-羟甲基脱氧-dC。
5
在一个实施方式中，去除的碱基是5-甲基胞嘧啶(mC)。
在一个实施方式中，去除的碱基是假尿苷(Ψ)。
在一个实施方式中，去除的碱基是二氢尿苷(D)。
在一个实施方式中，去除的碱基是肌苷(I)。
7
在一个实施方式中，去除的碱基是7-甲基鸟苷(MG)。
在一个实施方式中，去除的碱基是次黄嘌呤。
在一个实施方式中，去除的碱基是黄嘌呤。
在另一个实施方式中，去除的碱基是本发明所披露的任何一种碱基的2′-O-甲基衍
生物。
在另一个实施方式中，去除的碱基是本发明所披露的任何一种碱基的N-甲基衍生物。
互补探针可以是任何多核苷酸探针，如由自然界中存在的核苷酸制成的探针或由自然
界中未知的核苷酸制成，或者是它们的任何混合物，如探针选自：DNA探针、RNA探针、LNA探针和PNA探针或任何它们的组合。
互补探针可以是任何多核苷酸探针，由自然界中存在的核苷酸或由自然界中未知的核
苷酸或者是它们的任何混合物，如DNA探针、RNA探针、LNA探针和PNA探针或任何它们的组合。在一个特定的实施方式中，互补探针由自然界中存在的核苷酸制成，如DNA或RNA。
在一个特定的实施方式中，所述互补探针包括RNA。在一个特定的实施方式中，所述互补探针包括DNA。在另一个特定的实施方式中，互补探针由自然界中未知的多核苷酸序列制成。
在一个特定的实施方式中，所述互补探针包括一个或多个类似物，选自：LNA、PNA、PMO、TNA、GNA、寡核苷酸N3’→P5’氨基磷酸酯、BNA、α-L-LNA和其他限制性核苷酸。在一个特定的实施方式中，所述互补探针包括LNA。在一个特定的实施方式中，所述互补探针包括PNA。在一个特定的实施方式中，所述互补探针包括PMO。在一个特定的实施方式中，所述互补探针包括TNA。在一个特定的实施方式中，所述互补探针包括GNA。在一个特定的实施方式中，所述互补探针包括核苷酸N3’→P5’氨基磷酸酯。在一个特定的实施方式中，所述互补探针包括BNA。在一个特定的实施方式中，所述互补探针包括α-L-LNA。在一个特定的实施方式中，所述互补探针包括如本发明所定义的其他限制性核苷酸。
本发明的技术包括通过包括一个或多个嵌入物分子的互补探针特异性捕获多核苷酸，
所述多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成，或者是它们的任何混合物，如单链DNA和/或RNA。该方法进一步包括，在与互补探针相互作用之前，从目标多核苷酸中去除一种或多种类型的碱基，所述目标多核苷酸是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成，或者是它们的任何混合物，如单链DNA和/或RNA。这个反应的结果产生一个或多个脱碱基位点-即碱基被去除的位点。从目标多核苷酸中去除碱基可以是从双链目标多核苷酸如DNA中去除或者从单链目标多核苷酸如DNA和/或RNA中去除，所述目标多核苷酸是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成，或者是它们的任何混合物，如单链DNA和/或RNA。在一个实施方式中，优选从双链目标DNA中去除碱基。该实施方式如图1所示。
互补探针可与支撑物连接，如珠子。其结果是使互补探针捕获目标多核苷酸，所述多
核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成，或者是它们的任何混合物，如单链DNA和/或RNA。然后，加入包括一个或多个标签的检测探针。在一个实施方式中，本发明披露的方法进一步包括一个或多个洗涤步骤以去除未连接的多核苷酸和核苷酸，所述多核苷酸和核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成，或者是它们的任何混合物。在一个实施方式中，所述洗涤步骤是在加入检测探针之前进行的，例如去除非特异性的多核苷酸和核苷酸，所述多核苷酸和核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成，或者是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。该实施方式如图2所示。
例如通过使用特异地可以去除本发明披露的任何碱基如A、T、C、G和/或U的酶从而
去除目标多核苷酸中的碱基，所述目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成，或者是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。或者可以利用特异性地造成去除一种类型碱基的反应条件来去除一种类型的碱基。例如，通过调节pH[7、
8、9]可去除A。在一个特定的实施方式中，从目标多核苷酸如目标DNA和/或RNA中去除
1、2或3种类型的碱基。
在一个实施方式中，本发明披露的方法包括通过从双链目标多核苷酸中去除一种或多
种化学实体，使所述双链目标多核苷酸不稳定，所述双链目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸或由自然界中未知的核苷酸或者是它们的任何混合物。
在一个实施方式中，将双链目标多核苷酸的一种类型的碱基转换成另一种化学实体如
尿嘧啶，所述双链目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或单链DNA和/或RNA。然后，从双链目标多核苷酸和/或单链目标多核苷酸中去除该化学实体如尿嘧啶，所述双链目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA，所述单链目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。在一种实施方式中，通过使用一种或多种酶和/或物理应力如改变盐浓度、pH[7、8、9]或温度等来去除化学实体。MutY是一种腺嘌呤糖基化酶，对G-A错配具有活性。在一个实施方式中，MutY可用于去除DNA中的碱基[8]。
在一个实施方式中，可以通过人尿嘧啶-DNA糖基化酶的突变体从多核苷酸中去除胞
嘧啶和胸腺嘧啶，所述多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA[9]。在一个优选的实施方式中，Asp替换尿嘧啶DNA糖基化酶中的Asn204，或者Ala、Cys或Ser替换尿嘧啶DNA糖基化酶中的Tyr147，结果分别产生具有胞嘧啶-DNA糖基化酶活性或胸腺嘧啶-DNA糖基化酶活性的酶[9]。这些酶可用于去除多核苷酸中的这些碱基，所述多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。在一个实施方式中，用尿嘧啶脱氢酶去除尿嘧啶。在另一个实施方式中，通过调节pH值去除A。
从双链目标多核苷酸中去除化学实体结果使双链目标多核苷酸不稳定，然后变化成单链目标多核苷酸，所述双链目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA，所述单链目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA。单链目标多核苷酸与包括一个或多个嵌入物分子，如邻-TINA的互补探针混合，所述单链目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。结果使互补探针捕获目标多核苷酸，所述目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA。该实施方式如图3所示。
在一个实施方式中，双链目标多核苷酸或单链目标多核苷酸中一种类型的碱基被转换
成另一种化学实体如尿嘧啶，所述双链目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA，所述单链目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。例如可用尿嘧啶脱氢酶去除尿嘧啶。然后，化学实体如尿嘧啶被从双链目标多核苷酸或单链目标多核苷酸去除，所述双链目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA，所述单链目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。通过使用一种或多种酶和/或物理应力如改变浓
度或pH等[7、8、9]去除化学实体。例如可用尿嘧啶脱氢酶去除尿嘧啶。从双链多核苷酸中去除化学实体，结果使双链目标多核苷酸，如DNA不稳定，随后变性成单链目标多核苷酸如DNA，所述双链多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA。单链目标多核苷酸与包括一个或多个嵌入物分子，如邻-TINA的互补探针混合，所述单链目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。互补探针被连接到支撑物上如珠子。结果使互补探针捕获目标多核苷酸，所述目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA。
然后，加入包括标签的检测探针。在一个实施方式中，加入检测探针之前先进行一步洗涤步骤，如去除非特异性的多核苷酸和核苷酸，所述多核苷酸和核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。
该实施方式如图4所示。
本发明包括从目标多核苷酸中去除1、2或3种类型的碱基，所述目标多核苷酸可以是
由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。因此，在第一个实施方式中，本发明披露的碱基被去除，如A、T、C、G或U被去除。在进一步的实施方式中，2或3种类型的碱基被去除，如A和T被去除。
当使用本发明的方法时，实验材料中的目标多核苷酸和其他核苷酸中的碱基被去除。
因此，从目标多核苷酸中被去除的碱基只构成存在于实验材料中核苷酸材料中的一小部分，所述目标多聚核苷可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。
本发明的一个实施方式涉及本发明披露的方法，其中从目标多核苷酸如RNA或DNA中
去除的碱基总数可选自：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20以及大于20个碱基。
在一个特定的实施方式中，从目标多核苷酸中去除的尿嘧啶残基或其他化学实体的可
以是总数为1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或大于20中任何数字的不同的或相同的化学实体或尿嘧啶残基，所述目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。
在另一个实施方式中，从目标多核苷酸中去除的尿嘧啶残基或其他化学实体总数至少
为1，如至少为2，例如3，如至少为4，例如5，如至少为6，例如7，如至少为8，例如9，如至少为10，例如11，如至少为12，例如13，如至少为14，例如15，如至少为16，例如17，如至少为18，例如19，或如至少为20，所述目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。
在另一个实施方式中，从目标多核苷酸中去除的尿嘧啶残基或其他化学实体的可以是
总数小于20，如小于19，例如小于18，如小于17，例如小于16，如小于15，例如小于14，如小于13，例如小于12，如小于11，例如小于10，如小于9，例如小于8，如小于7，例如小于6，如小于5，例如小于4，如小于3，例如小于2或如小于1，所述目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。
去除的残基数目与双链DNA的熔解温度变化有关。在一个的实施方式中，熔解温度的
变化优选对应去除小于5个尿嘧啶残基或其他化学实体。在另一个的实施方式中，熔解温度的变化优选对应去除5-10个尿嘧啶残基或其他化学实体。最后，在一个优选的实施方式中，熔解温度的变化优选对应去除至少10个尿嘧啶残基或其他化学实体。
互补探针中嵌入物分子可选自总数为1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、
17、18、19、20以及大于20的不同的或相同的嵌入分子。因此，在一个与多核苷酸探针相关的实施方式中，所述多核苷酸探针适于与核苷酸目标，如互补RNA和/或DNA目标相互作用，其中所述多核苷酸探针确切地包括1个嵌入物分子。在另一个与多核苷酸探针相关的实施方式中，所述多核苷酸探针适于与核苷酸目标，如互补RNA和/或DNA目标相互作用，其中所述多核苷酸探针包括至少2个嵌入物分子。在又一个与多核苷酸探针相关的实施方式中，所述多核苷酸探针可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，因此所述互补探针可以由例如选自以下的核苷酸制成，包括：RNA、α-L-RNA、β-D-RNA、2’-R-RNA、DNA、LNA、PNA、PMO、TNA、GNA、寡核苷酸N3’→P5’氨基磷酸酯、BNA、α-L-LNA、HNA、MNA、ANA、CAN、INA、CeNA、(2’-NH)-TNA、(3’-NH)-TNA、α-L-核糖-LNA、α-L-木-LNA、β-D-核糖-LNA、β-D-木-LNA、[3.2.1]-LNA、二环-DNA、
6-氨基-二环-DNA，5-表-二环-DNA、α-二环-DNA、三环-DNA、二环[4.3.0]-DNA、二
环[3.2.1]-DNA、二环[4.3.0]氨酰-DNA、β-D-吡喃核糖基-NA、α-L-来苏糖基-NA、
2’-OR-RNA、2’-AE-RNA、及它们的结合物和修饰物。在一个与这种探针相关的特定实施方式中，所述探针选自DNA探针、RNA探针、LNA探针以及PNA探针。在又一个与多核苷酸探针相关的实施方式中，其中嵌入物分子可选自总数为1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、
15、16、17、18、19、20以及大于20的嵌入物分子。在又一个特定的实施方式中，互补探针中嵌入物分子的总数至少为1，如至少为2，例如3，如至少为4，例如5，如至少为6，例如7，如至少为8，例如9，如至少为10，例如11，如至少为12，例如13，如至少为14，例如15，如至少为16，例如17，如至少为18，例如19，或如至少为20。
在另一个实施方式中，互补探针中嵌入物分子的总数小于20，如小于19，例如小于18，如小于17，例如小于16，如小于15，例如小于14，如小于13，例如小于12，如小于11，例如小于10，如小于9，例如小于8，如小于7，例如小于6，如小于5，例如小于4，如小于3，例如小于2或如小于1。
互补探针中嵌入物分子的数量与目标DNA或RNA和互补探针组成的杂交产物的熔解
温度变化有关，所述互补探针可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物。在一个实施方式中，优选的熔解温度变化对应使用带有小于5个嵌入物分子的探针。在另一个的实施方式中，优选的熔解温度变化对应使用带有
5-10个嵌入物分子的探针。最后，在另一个优选的实施方式中，优选的熔解温度变化对应使用至少带有至少10个嵌入物分子的探针。
在优选的实施方式中，一个嵌入物分子被插入到多核苷酸探针的骨架结构中，所述嵌
入物分子与互补多核苷酸目标序列的一个脱碱基位点形态上相配。在一个实施方式中，出现一个以上的脱碱基位点且插入其中的嵌入物是相同的。在另一个实施方式中，出现一个以上的脱碱基位点且插入其中的嵌入物是相互不同的。
在本发明的一个优选的实施方式中，插入到脱碱基位点中的嵌入物总数与目标多核苷
酸中出现的脱碱基位点数量相同。特别优选脱碱基位点的数量和插入脱碱基位点的嵌入物数量不超过5。在一个较优选的实施方式中，脱碱基位点的总数与插入到脱碱基位点中的嵌入物分子数量最多为4。在本发明一个更优选的实施方式中，所述目标多核苷酸包括不大于3个脱碱基位点以及不大于3个插入脱碱基位点的嵌入物，如2个脱碱基位点的插入到脱碱基位点的嵌入物。在本发明的又一个实施方式中，所述目标多核苷酸包括1个脱碱基位点和1个插入脱碱基位点的嵌入物。
如前所述，探针中的嵌入物分子可以是不同的或相同的。在一个实施方式中，用不同
的嵌入物分子来优化探针与目标多核苷酸的杂交特异性，所述目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA或RNA。对有些类型的嵌入物分子而言，当探针中的嵌入物分子相互接近时，如彼此相邻或者当它们之间相距小于2、3、4、5、或6个残基时，优选使用不同类型的嵌入物分子。对其他类型嵌入物分子而言，当探针中的嵌入物分子相互接近时，如彼此相邻或者当它们之间相距小于2、3、4、5、或6个残基时，优选使用相同类型的嵌入物分子。
在一个实施方式中，互补探针的长度选自5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、
19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30和大于30个碱基。优选地，互补探针的长度为
18-22个碱基长。优化探针的长度以优化杂交效率。杂交效率取决于特异性序列以及脱碱基位点的数量。
在一个实施方式中，本发明披露的方法进一步包括将目标多核苷酸的一个或多个C转
换成一个或多个U，其中所述目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物。
在一个实施方式中，本发明披露的方法进一步包括将双链目标多核苷酸中一种或多种
类型的碱基转换成另一种化学实体。在一个特定的实施方式中，所述方法可进一步包括，在去除任何碱基之前，将双链目标多核苷酸中的一个或多个C转换成一个或多个U，所述双链目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA。可用亚硫酸氢盐处理使双链目标DNA中的一个或多个C转化成一个或多个U[1]。
在一个实施方式中，在本发明披露的方法中，用亚硫酸氢盐处理使双链多核苷酸中的
一个或多个C转化成一个或多个U。
在另一个实施方式中，从双链目标多核苷酸如从DNA和/或从单链DNA和/或RNA中
去除一种类型的碱基，所述双链目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物。从双链多核苷酸，如从DNA中去除一种类型碱基的结果是使得双链目标多核苷酸，如DNA不稳定，其随后变性成单链目标多核苷酸，如DNA，所述双链多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物。然后，单链目标多核苷酸与包括一个或多个嵌入物，如邻-TINA的互补探针混合，所述单链目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。互补探针可与支撑物，如珠子连接。结果使得互补探针捕获目标多核苷酸，所述目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。然后，可加入包括标签的检测探针。在一个实施方式中，加入检测探针之前或之后有进行洗涤的步骤。
在一个实施方式中，适于与互补核苷酸目标相互作用的多核苷酸探针确切包括1个嵌
入物分子，所述互补核苷酸目标可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如RNA和/或DNA目标。在一个实施方式中，适于与互补核苷酸目标相互作用的多核苷酸探针包括至少2个嵌入物分子，所述互补核苷酸目标可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如RNA和/或DNA目标。
在一个优选的实施方式中，互补探针和检测探针包括一个或多个嵌入物分子。其优点
是互补探针和检测探针之间不会相互杂交。
在本发明方法的一个实施方式中，互补探针包括一个或多个嵌入物分了。在一个特定
的实施方式中，嵌入物分子可以选自总数为1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、
17、18、19、20和大于20嵌入物分子。
根据本发明的方法，在一个实施方式中涉及一种嵌入物分子10％-100％插入到目
标多核苷酸的方法，如10％-20％，例如20％-30％，如30％-40％，例如40％-50％，如
50％-60％，例如60％-70％，如70％-80％，例如80％-90％，如90％-100％，或者它们的任何结合，所述目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA目标和/或RNA目标。
插入嵌入物分子的结果是使由目标多核苷酸和互补探针组成的多核苷酸双链的熔点
升高，所述目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。在一个优选的实施方式中，涉及多核苷酸探针，其中嵌入物分子插入到多核苷酸探针的骨架结构中，所述嵌入物分子与互补多核苷酸目标序列的一个或多个脱碱基位点形态上相配，结果使由目标DNA和/或RNA以及互补探针组成的多核苷酸双链的熔点升高。
本发明的优点是检测核苷酸目标的单一突变与传统的杂交技术相比可信度大大加强，
所述核苷酸目标可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如目标DNA。从目标中去除一个或多个碱基(产生一个或多个“脱碱基”位点)，结果降低了解链温度，例如每脱碱基位点约12℃。然而，解链温度的确切下降确实取决于目标的大小以及目标中脱碱基位点的数量。探针包含的嵌入物分子与目标中脱碱基位点“碱基配对”(即填空)的相互作用将补偿这种解链温度下降。在本发明一个优选的实施方式中，嵌入物分子插入到多核苷酸探针的骨架结构，结果使由目标多核苷酸，如DNA和/或RNA与互补探针组成的多核苷酸双链的解链温度升高，所述嵌入物分子与互补多核苷酸目标序列的一个或多个脱碱基位点形态上相配。因此，在与目标DNA完全配对的探针和具有一个单一错配的探针之间，将存在相对较大的解链温度的差异。因此，与传统探针的杂交相比，本发明的技术能比较特异性地识别单一错配。
已经发现，与核碱基错配相比，探针中脱碱基位点的出现基本上更加降低Tm。
本发明人发现，处于中心的核碱基错配比位于接近寡核苷酸两端的核碱基错配更加降
低Tm。因此，本发明的一个实施方式涉及这种探针，其中脱碱基位点或核碱基错配位于探针核苷酸序列的端部。本发明的另一个实施方式涉及这种探针，其中脱碱基位点或核碱基错配位于接近探针核苷酸序列的端部。
将双链中寡核苷酸的长度从30减小到18个核苷酸降低了双链的Tm。因此，在本发明
的一个实施方式中，探针核苷酸序列具有25-35个核苷酸的长度，例如约30个核苷酸。在另一个实施方式中，探针核苷酸序列具有15-23个核苷酸的长度。在一个优选的实施方式中，探针核苷酸序列具有约18个核苷酸的长度。
然而，将双链中寡核苷酸的长度从30个核苷酸减少到18个核苷酸降低了双链的Tm且
增加了由于核碱基错配获得的熔点变化(ΔTm)。
包括单个核碱基错配的双链探针获得的ΔTm比包括单个脱碱基位点的探针获得的
ΔTm低。而且，包括两个核碱基错配的双链探针获得的ΔTm比包括两个脱碱基位点获得的ΔTm低。因此，将脱碱基位点或错配数量从1增加到2造成ΔTm增加约2-3倍。因此，在一个实施方式中，双链探针包括至少2个脱碱基位点或错配，如恰好2个脱碱基位点或错配。
当探针中的嵌入物与目标序列中的脱碱基位点互补定位时，嵌入物分子插入到多核苷
酸探针骨架结构提高了探针的稳定性而且显著降低了由此产生的熔点下降。与包括一个错配的探针相比，这种嵌入物的插入显著降低ΔTm，大约是3-4倍。类似地，将包括两个错配位点的探针中观察到的熔点下降与将两个嵌入物插入到所述多核苷酸探针骨架结构的探针(所述嵌入物与目标序列脱碱基位点互补定位)中观察到的熔点下降相比较时，这种嵌入物的插入显著降低了ΔTm，大约2倍，例如3倍。
更具体地，一个实施方式，出现一个错配导致一个22-mer双链的ΔTm约为4℃-13℃，
如约7℃-10℃，通常约8℃。在另一个实施方式中，出现一个脱碱基位点导致一个22-mer双链的ΔTm约为8℃-18℃，如约10℃-16℃，通常约12-14℃。在另一个实施方式中，出现两个错配导致一个22-mer双链的ΔTm约为10℃-28℃，如约13℃-25℃，通常约18℃。
在另一个实施方式中，出现两个脱碱基位点导致一个22-mer双链的ΔTm至少为15℃，如至少17℃，通常至少约20℃。在另一个实施方式中，出现三个错配导致一个22-mer双链的ΔTm至少为20℃，如至少23℃，通常至少约25℃。在另一个实施方式中，出现三个脱碱基位点导致一个22-mer双链的ΔTm至少为25℃，如至少28℃，通常至少约30℃。
在另一个特定的实施方式中，出现一个错配导致一个30-mer双链的ΔTm约为
2℃-8℃，如约4℃-7℃，通常约6℃。在另一个实施方式中，出现一个脱碱基位点导致一个30-mer双链的ΔTm约为8℃-12℃，如约9℃-10℃，通常约8.5-9.5℃。在另一个实施方式中，出现两个错配导致一个30-mer双链的ΔTm约为10℃-17℃，如约11℃-14℃，通常约13℃。在另一个实施方式中，出现两个脱碱基位点导致一个30-mer双链的ΔTm至少
15℃-24℃，如至少17℃-23℃，通常至少约19℃-22℃。在另一个实施方式中，出现三个错配导致一个30-mer双链的ΔTm至少约18℃-25℃，如至少21℃-22℃，通常至少约21.5℃。
在另一个实施方式中，出现三个脱碱基位点导致一个30-mer双链的ΔTm至少25℃，如至少
29℃，通常至少约31℃。
在另一个实施方式中，一个嵌入物分子插入到多核苷酸探针骨架结构，与目标序列的
脱碱基位点互补定位，将导致一个22-mer双链的ΔTm为约0℃-4℃，如约1℃-2℃，通常至少约1.5℃。在另一个实施方式中，两个嵌入物分子插入到多核苷酸探针骨架结构，与目标序列的两个脱碱基位点互补定位，将导致一个22-mer双链的ΔTm为约3℃-8℃，如约5℃-7℃，通常至少约6℃。在另一个实施方式中，三个嵌入物分子插入到多核苷酸探针骨架结构，与目标序列的三个脱碱基位点互补定位，将导致一个22-mer双链的ΔTm为约
10℃-14℃，如约11℃-13℃，通常约12℃。在另一个实施方式中，一个嵌入物分子插入到多核苷酸探针骨架结构，与目标序列的脱碱基位点互补定位，将导致一个30-mer双链的ΔTm为约1℃-2℃，通常约1.5℃。在另一个实施方式中，两个嵌入物分子插入到多核苷酸探针骨架结构，与目标序列的两个脱碱基位点互补定位，将导致一个30-mer双链的ΔTm为约
3℃-7℃，如约4℃-5℃，通常至少约4.5℃。在另一个实施方式中，三个嵌入物分子插入到多核苷酸探针骨架结构，与目标序列的三个脱碱基位点互补定位，将导致一个30-mer双链的ΔTm为约6℃-11℃，如约8℃-9℃，通常约8.5℃。
本发明进一步涉及一种方法，其中嵌入物分子插入到诸如DNA和/或RNA的目标多核
苷酸中10％以上的脱碱基位点，如20％以上，例如30％以上，如40％以上，例如50％以上，如60％以上，例如70％以上，如80％以上，例如90％以上，如95％以上，例如100％。
在一个实施方式中，嵌入物分子总数与互补探针碱基总数的比例为1∶50-1∶2，如
1∶50-1∶40，例如1∶40-1∶30，如1∶30-1∶20，例如1∶20-1∶10，如1∶10-1∶5，例如1∶5-1∶2，或这些间隔的任何结合。本发明一个特定的实施方式涉及一种多核苷酸探针，其中嵌入物分子数量与互补探针碱基总数的比例为1∶50-1∶2，如1∶50-1∶40，例如1∶40-1∶30，如1∶30-1∶20，例如1∶20-1∶10，如1∶10-1∶5，例如
1∶5-1∶2，或这些间隔的任何组合。
在一个实施方式中，根据本发明披露的方法，互补检测探针包括一个或多个嵌入物分
子。因此，在一个实施方式中，互补检测探针可包括一个或多个嵌入物分子，如1、2、3、4、5、
6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或大于20个不同或相同的嵌入物分子。
在一个实施方式中，检测探针的长度为选自5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、
18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30或大于30个碱基组成。
互补探针可以是由多核苷酸制成的任何多核苷酸探针，所述多核苷酸可以是由自然界
中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA、RNA、LAN或PNA探针。在一个特定的实施方式中，检测探针由多核苷酸制成，所述多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成，如DNA或RNA。在一个特定的实施方式中，所述检测探针包括RNA。在另一个特定的实施方式中，所述检测探针包括DNA。在另一个特定的实施方式中，检测探针由自然界中未知的核苷酸制成，如包括一个或多个类似物，选自LNA、PNA、PMO、TNA、GNA、寡核苷酸N3’→P5’氨基磷酸酯、BNA、α-L-LNA和其他限制性核苷酸。在一个特定的实施方式中，所述检测探针包括LNA。在一个特定的实施方式中，所述检测探针包括PNA。在一个特定的实施方式中，所述检测探针包括PMO。在一个特定的实施方式中，所述检测探针包括TNA。在一个特定的实施方式中，所述检测探针包括GNA。在一个特定的实施方式中，所述检测探针包括寡核苷酸N3’→P5’氨基磷酸酯。在一个特定的实施方式中，所述检测探针包括BNA。在一个特定的实施方式中，所述检测探针包括α-L-LNA。在一个特定的实施方式中，所述检测探针包括其他限制性核苷酸。
本发明的方法可用于广泛范围的应用，例如但不限于诊断，监测反义治疗、家族亲属鉴定、个性化医学、法医遗传学、定量RNA分析、微生物检测、考古学和古病理学、食品污染和环境污染。因此，本发明可以用于诊断目的以及医药、医学、环境医学以及食品生产的内部质量控制。
嵌入物
根据本发明的嵌入物，正如已经提到的，是一种类型的分子，像传统的核碱基(碱基)，可插入到多核苷酸的脱碱基位点，所述多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA探针、RNA探针、PNA探针或LNA探针。
除了插入以上提到的脱碱基位点外，本发明的嵌入物也可能能够嵌合在双链多核苷酸
的碱基对之间，所述双链多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物。换而言之，本发明的嵌入物可进一步地能够嵌合在双链多核苷酸的碱基对之间的开放空间。此开放空间不是由脱碱基位点提供的，而是碱基对之间的开放空间的位置。例如，此开放空间是由多核苷酸的解链或所述多核苷酸的端部位置提供的。根据本发明的嵌入物嵌合到该开放空间可以是在有酶或没有使用酶的情况下进行的。因此，在本发明披露方法的一个实施方式中，如本发明所限定的一个或多个嵌入物只插入到一个或多个脱碱基位点。在本发明的另一个实施方式中，本发明所限定的一个或多个嵌入物进一步地位于双链多核苷酸碱基对之间。
在本发明的一个实施方式中，根据本发明的嵌入物与核酸残基不共轭。
在本发明的另一个实施方式中，本发明披露的嵌入物不利用电荷转移。
在本发明一个特定的实施方式中，嵌入物是通式结构X-Y的化学实体，其中X是包括至
少一个基本上平坦的共轭体系的嵌入单元，这能够与核碱基的核酸合作层叠；且Y是将嵌入单元连接到多核苷酸探针的接头，所述多核苷酸探针可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA探针、RNA探针、PNA探针或LNA探针。在本发明一个特定的实施方式中，所述基本上平坦的共轭体系完全是平面。
在一个优选的实施方式中，根据本发明的嵌入物是通式结构X-Y，其中X是嵌入单元；
且是将嵌入单元连接到多核苷酸探针的接头。
根据本发明的嵌入物的嵌入单元优选包括选由多环芳烃和杂多环芳烃组成的化学基
团，甚至较优选嵌入单元基本上是由多环芳烃和杂多环芳烃组成。更优选地，嵌入单元选自多环芳烃和杂多环芳烃。
根据本发明的多环芳烃和杂多环芳烃可由任何适合数量的芳环组成，如至少2，如2，
如3，例如4，如5，例如6，如7，例如8，如大于8个芳环。
在本发明的一个实施方式中，嵌入单元的大小为 之间、如 例如
如 例如 如 例如 如
例如 如 例如 如 例如 如
例如 如 例如 如 例如
如 或这些间隔的任何结合。
根据本发明的杂多环芳烃包括至少一个芳环，其中至少一个碳原子被选自氮和氧，如
氧，例如氮的杂原子取代。根据本发明的杂多环芳烃包括如至少2个杂原子，如至少2个杂原子，如3个杂原子，例如4个杂原子，如5个杂原子，例如大于5个杂原子。根据本发明的包括大于1个杂原子的杂多环芳烃包括如一个或多个氧而无其他杂原子，如一个氧且无其他杂原子，例如一个或多个氮而无其他杂原子，例如一个氮且无其他杂原子，如一个或多个氮和一个或多个氧而无其他杂原子。
根据本发明的多环芳烃和杂多环芳烃可被一个或多个选自羟基、卤素、巯基、硫代基、氰基、烷硫基、杂环基、芳基、杂芳基、羧基、Carboalkoyl、烷基、烯基、炔基、硝基、氨基、烷氧基和/或酰氨基的取代基所取代或两个相邻的取代基可一起形成N＝C-CH或C＝C。
在本发明一个优选的实施方式中，嵌入单元可选自可提高多核苷酸双链结构稳定性的
多环芳烃和杂多环芳烃。
在一个优选的实施方式中，嵌入单元选自邻菲罗啉、吩嗪、菲啶、芘、蒽、萘、菲、二萘品苯、屈、并四苯、苯并蒽、茋、卟啉以及任何前述的被一个或多个选自羟基、卤素、巯基、硫代基、氰基、烷硫基、杂环基、芳基、杂芳基、羧基、Carboalkoyl、烷基、烯基、炔基、硝基、氨基、烷氧基和/或酰氨基的取代基取代的或两个相邻的取代基可一起形成N＝C-CH或C＝C
的嵌入物。
在另一个优选的实施方式中，嵌入单元选自双环芳族环系、三环芳族环系、四环芳香环系、五环芳香环系及其杂环类似物和取代物。在一个特定的实施方式中，所述嵌入单元选自芘、菲并咪唑和萘二甲酰亚胺。
MPy
在另一个优选的实施方式中，嵌入单元选自修饰的核碱基。其非限制性例子为 U、
AMPy Oxo-Py
U、 U以及其中U被任何本发明披露的其他核碱基取代的类似物。一个特定实施方式
MPy AMPy Oxo-Py
是针对那些嵌入单元选自 U、 U、 U(Bag et.al，Bioorganic&MedicinalChemistry
Oxo-Py
Letters20(2010)3227-3230)。特别优选 U。
优选地，嵌入单元为以下结构式1所示：
其中，R1选自羟基、卤素、巯基、硫代基、氰基、烷硫基、杂环基、芳基、杂芳基、羧基、Carboalkoyl、烷基、烯基、炔基、硝基、氨基、烷氧基；和
R2选自羟基、卤素、巯基、硫代基、氰基、烷硫基、杂环基、芳基、杂芳基、羧基、
Carboalkoyl、烷基、烯基、炔基、硝基、氨基、烷氧基和/或酰氨基；或者两个相邻的取代基R1和R2一起形成N＝C-CH或C＝C；和
R3选自羟基、卤素、巯基、硫代基、氰基、烷硫基、杂环基、芳基、杂芳基、羧基、
Carboalkoyl、烷基、烯基、炔基、硝基、氨基、烷氧基；和
R4选自羟基、卤素、巯基、硫代基、氰基、烷硫基、杂环基、芳基、杂芳基、羧基、
Carboalkoyl、烷基、烯基、炔基、硝基、氨基、烷氧基和/或酰氨基；或者两个相邻的取代基R3和R4一起形成N＝C-CH或C＝C。
较优选地，嵌入单元为以下结构式中的一个：
在式1的一个特定和优选的实施方式中，嵌入单元为式2，即芘部分。
在式1的一个特定和优选的实施方式中，嵌入单元为式3。
嵌入单元可以在任何可用的位置与接头相连接。然而优选以下所示的连接：
在式2的一个优选的实施方式中，嵌入单元的连接如式2*所示。
在式3的一个优选的实施方式中，嵌入单元的连接如式3*所示。
以上所列的实例不能理解为任何限制，仅用于提供作为嵌入单元使用的可能结构。此
外，在每个嵌入单元中进行一个或多个化学基团的代取获得的修饰结构也包括在本发明内。
嵌入物伪核苷酸的嵌入单元通过接头Y连接到多核苷酸探针的骨架单元。当从骨架沿
着接头到嵌入单元，接头和嵌入单元之间的连接被定义为在接头原子和作为部分的嵌入单元共轭体系的第一原子之间的键。所述接头分子共价或非共价地将探针骨架与嵌入单元连接起来，从而产生更大的由含接头分子的所有分子组成的双链。
接头是将多核苷酸探针连接至嵌入单元的最短路径。接头通常由原子链或原子支链组
成。链可以是饱和的也可以是不饱和的。接头还可以是有或没有共轭键的环状结构。
在嵌入单元直接连接骨架的实施方式中，接头是键。
在另一个实施方式中，接头包括一个或多个原子或原子之间的键。
在另一个实施方式中，接头可包括共轭体系且嵌入单元可包括另一共轭体系。在这种
情况下，接头共轭体系不能在脱碱基位点与核碱基合作层叠。
例如接头可包括m个原子的链，所述m个原子选自C、O、S、N、P、Se、Si、Ge、Sn和Pb，其中链的一端连接嵌入单元并且链的另一端连接多核苷酸探针单体单元骨架。
在一些实施方式中，接头以及根据本发明的嵌入单元的总长度优选 之间。两个
天然碱基通常占据的面积为 [Kool，6]。因此，m的选择应取决于嵌入单元的大小。
即当嵌入物小时，m应相对大而当嵌入物大时m应相对小。
大多数情况下，m为1-13的整数，如1-12、如1-11、如1-10、如1-9、如1-8、如1-7、如
1-6、如1-5、如1-4。如上所述，接头可以是烷基，如不饱和链或包括共轭键的其他体系。例如接头可包括环状共轭结构。优选地，当接头为饱和链时，m为1-4，而当接头包括环状共轭结构时，m为7-13，如9-11。
在本发明的一个实施方式中，接头的大小为 之间、如 例如
如 例如 如 例如 如
例如 如 例如 如 例如
如 例如 如 例如 如 例如
如 或这些间隔的任何结合。
在另一个实施方式中，接头由1-6个C原子，以下原子O、S、N各0-3个组成。较优选
地，接头由1-6个C原子和O、S、N原子各0-1个组成。
接头的链可以被选自以下的基团取代：卤素、碘、巯基、硫代基、氰基、烷硫基、杂环基、芳基、杂芳基、羧基、Carboalkoyl、烷基、烯基、炔基、硝基、氨基、烷氧基和酰氨基。
更具体地，接头可以由包括选自C、O、S、N、P、Se、Si、Ge、Sn和Pb的原子的链组成。这种链可包括一个或多个烷基，如C1-6-烷(烯/炔)基，如C1-6烷基，例如无支链的烷基链，其中链的一端连接嵌入单元且链的另一端连接多核苷酸探针单体单元骨架，且其中每个C被
2个H取代。在一个优选的实施方式中，除了提到过的烷基链外，所述链含有一个或多个氧原子(O)。在一个实施方式中，所述链是C1-6-烷(烯/炔)基-O-C1-6-烷(烯/炔)基，如
C1-6-烷基-O-C1-6-烷基。优选地，所述无支链的烷基链为1-5个原子长，如1-4个原子长，如1-3个原子长，如2-3个原子长。在一个优选的实施方式中，接头是CH2-O-CH2。
更具体地，接头可包括具有选自C、O、S、N、P、Se、Si、Ge、Sn和Pb的原子的环状结构和链状结构。非限定性的环状结构部分的例子包括芳基或C3-8-环烷(烯)基。在一个特定的实施方式中，接头是芳基，如苯基。其中的链状结构部分可包括一个或多个烷基，如C1-6-烷(烯/炔)基，如C1-6烷基，例如无支链的烷基链，其中链的一端连接嵌入单元且链的另一端连接多核苷酸探针单体单元骨架，且其中每个C被2个H取代。在一个优选的实施方式中，除了提到过的烷基链外，所述链包含一个或多个氧原子(O)。在一个实施方式中，这种接头选自芳基-O-C1-6-烷(烯/炔)基和C1-6-烷(烯/炔)基-芳基-C1-6-烷(烯/炔)
基-O-C1-6-烷(烯/炔)基。在本发明的一个特定的实施方式中，所述接头是芳基-O-C1-6-烷(烯/炔)基，如芳基-O-C1-6-烷(烯/炔)基，如芳基-O-C1-6-烷基。例如这种接头可以被一个或多个取代基取代，所述取代基选自羟基、卤素、巯基、硫代基、氰基、烷硫基、杂环基、芳基、杂芳基、羧基、Carboalkoyl、烷基、烯基、炔基、硝基、氨基、烷氧基和/或酰氨基。在一个优选的实施方式中，这种接头是苯基-O-乙基。在另一个优选的实施方式中，这种接头是萘-O-乙基。在本发明的一个特定的实施方式中，所述接头是C1-6-烷(烯/炔)基-芳
基-C1-6-烷(烯/炔)基-O-C1-6-烷(烯/炔)基，如C1-6-烷(烯/炔)基-芳基-C1-6-烷
(烯/炔)基-O-C1-6-烷(烯/炔)基，如C1-6-烷基-芳基-C1-6-烷基-O-C1-6-烷基。在一
个优选的实施方式中，如接头为乙炔基-苯基-甲基-O-甲基。
更具体地，接头可以是包括选自C、O、S、N、P、Se、Si、Ge、Sn和Pb原子的环状结构。环状结构的非限制性例子是芳基C3-8-环烷(烯)基。例如这种接头可被一个或多个取代基取代，所述取代基选自羟基、卤素、巯基、硫代基、氰基、烷硫基、杂环基、芳基、杂芳基、羧基、Carboalkoyl、烷基、烯基、炔基、硝基、氨基、烷氧基和/或酰氨基。在一个特定的实施方式中，接头是芳基，如芳基，如苯基。
在一个实施方式中，根据本发明的接头的性质是疏水性的。在本发明的另一个实施方
式中，接头的性质是亲水性的。
在一个实施方式中，根据本发明的接头的性质是柔性的。在另一个实施方式中，接头的性质是刚性的。
芘占据面积为 [6]。在本发明的一个实施方式中，嵌入单元是芘且接头大小为
20和 如 例如 如 例如 如 例
如 如 例如 如 或这些间隔的任何结合。
在本发明的一个实施方式中，其中嵌入物是芘，m优选是1-11的整数，如1-10、如1-9、如1-8、如1-7、如1-6、如1-5、如1-4、如1-3。
在一个实施方式中，嵌入单元是芘并且接头是C1-6-烷(烯/炔)基-O-C1-6-烷(烯/
炔)基，如C1-6-烷基-O-C1-6-烷基，如CH2-O-CH2。在一个优选的实施方式中，嵌入单元与接头一起形成如图5中命名为INA的复合物。
在另一个实施方式中，嵌入单元是芘并且接头是C1-6-烷(烯/炔)基-芳基-C1-6-烷
(烯/炔)基-O-C1-6-烷(烯/炔)基，如C1-6-烷(烯/炔)基-芳基-C1-6-烷(烯/炔)
基-O-C1-6-烷(烯/炔)基，如C1-6-烷基-芳基-C1-6-烷基-O-C1-6-烷基，如乙炔基-苯基-甲基-O-甲基。在一个优选的实施方式中，嵌入单元与接头一起形成如图5中命名为INA的复合物。在另一个优选的实施方式中，嵌入单元与接头一起形成图5中命名为对-TINA的复合物。在一个优选的实施方式中，嵌入单元与接头一起形成图5中命名为邻-TINA的复合物。
在另一个实施方式中，嵌入单元为式3且接头是芳基-O-C1-6-烷(烯/炔)基，如芳
基-O-C1-6-烷(烯/炔)基，如芳基-O-C1-6-烷基，如苯基-O-乙基。在另一个优选的实施方式中，嵌入单元与接头形成图5中命名为Amany的复合物。
在一个优选的实施方式中，根据本发明的嵌入物插入到互补DNA或RNA结构的脱碱基
位点，结果提高了多核苷酸双链结构的稳定性。
在一个实施方式中，嵌入物分子的大小为 之间，如 例如
如 例如 如 例如 如
例如 如 例如 如 例如
如 例如 如 例如 如 例如
如 或这些间隔的任何结合。
在一个实施方式中，每个探针使用一种类型以上的嵌入物分子，如2、3、4、5或大于5种不同的类型。因此，在一个实施方式中，多核苷酸探针，如互补探针，包括一种以上类型的嵌入物分子，如2、3、4、5或大于5种不同的类型的嵌入物分子。
在一个优选的实施方式中，嵌入单元与接头一起形成复合物，所述复合物选自如图5
所示的TINA、INA、邻-TINA、对-TINA和AMANY。
本发明一个特定的实施方式涉及一种包括使用一个或多个嵌入物分子的方法，所述嵌
入物分子可选自TINA、INA、邻-TINA、对-TINA和AMANY[3，4，5，6]。
本发明的又一个实施方式涉及多核苷酸探针，其中一个或多个嵌入物分子选自TINA、
INA、邻-TINA、对-TINA和AMANY。本发明的又一个实施方式涉及多核苷酸探针，其中两个或多个嵌入物分子选自TINA、INA、邻-TINA、对-TINA和AMANY。一个特定的实施方式涉及多核苷酸探针，其中嵌入物分子是TINA。又一个特定的实施方式涉及多核苷酸探针，其中嵌入物分子是INA。又一个特定的实施方式涉及多核苷酸探针，其中嵌入物分子是邻-TINA。
又一个特定的实施方式涉及多核苷酸探针，其中嵌入物分子是对-TINA。又一个特定的实施方式涉及多核苷酸探针，其中嵌入物分子是AMANY。
TINA、INA和AMANY是被设计用来稳定Hoogsteen三链DNA的嵌入物，但出人意料地，
它们也可用于稳定双链DNA。
嵌入物分子增加了杂交试验中反向平行双链形成的解链温度(Tm)和ΔTm。
支撑物
互补探针可，如前所述，连接到支撑物。因此，在一个实施方式中，多核苷酸探针，即互补探针连接到支撑物，如固体支撑物。支撑物可以是固体的，半固体的或可溶性的支撑物。
支撑物可以是任何现有技术披露的适当的支撑物。在本发明的一个实施方式中，多核苷酸探针，例如互补探针连接到支撑物。在其一个实施方式中，所述支撑物是固体支撑物。在又一个实施方式中，支撑物选自颗粒物质、珠子、磁珠、非磁珠、聚苯乙烯珠子、磁性聚苯乙烯珠子、Sepharose珠子、聚丙烯酰胺葡聚糖珠子、聚苯乙烯珠子、琼脂糖珠子、多糖珠子和聚碳酸酯珠子。
支撑物的非限定性例子如下所列：
聚醚醚酮(PEEK)、PP(聚丙烯)、PE(聚乙烯)、聚对苯二甲酸乙二醇酯(PET)、聚氯乙
烯(PVC)、聚酰胺/尼龙(PA)、聚碳酸脂(PC)、环烯烃共聚物(COC)、滤纸、棉、纤维素、聚(4-乙烯基苄基氯)(PVBC)、聚偏二氟乙烯(PVDF)、聚苯乙烯(PS)、 水凝胶、聚
酰亚胺(PI)、1，2-聚丁二烯(PB)、液体硅橡胶(Liquid silicon rubber)、聚二甲基硅氧烷(PDMS)、含氟聚合物和共聚物(例如聚(四氟乙烯)(PTFE)、全氟乙烯丙烯共聚物(FEP)、四氟乙烯(ETFE))、聚甲基丙烯酸甲酯(PMMA)、纳米多孔材料、膜、介孔蜂窝泡沫(MCF)和单壁或多壁碳纳米管(SWCNT、MWCNT)、颗粒物、珠子、磁珠、非磁珠、聚苯乙烯珠子、磁性聚苯乙烯珠子、Sepharose珠子、聚丙烯酰胺葡聚糖珠子、聚苯乙烯珠子、琼脂糖珠子、多糖珠子和聚碳酸酯珠子。
在一个特定的实施方式中，支撑物为选自聚合物或有机基质如聚醚醚酮(PEEK)、
PP(聚丙烯)、PE(聚乙烯)、聚对苯二甲酸乙二醇酯(PET)、聚氯乙烯(PVC)、聚酰胺/尼龙(PA)、聚碳酸脂(PC)、环烯烃共聚物(COC)、滤纸、棉、纤维素、聚4-乙烯基苄基氯(PVBC)、聚偏二氟乙烯(PVDF)、聚苯乙烯(PS)、 水凝胶、聚酰亚胺(PI)、1，2-聚丁二
烯(PB)、液体硅橡胶、聚二甲基硅氧烷(PDMS)、含氟聚合物和共聚物(例如聚四氟乙烯(PTFE)、全氟乙烯丙烯共聚物(FEP)、四氟乙烯(ETFE))、聚甲基丙烯酸甲酯(PMMA)。
在另一个特定的实施方式中，支撑物为选自纳米多孔材料、膜、介孔蜂窝泡沫(MCF)和单壁或多壁碳纳米管(SWCNT、MWCNT)。
在另一个特定的实施方式中，支撑物为选自颗粒物、珠子、磁珠、非磁珠、聚苯乙烯珠子、磁性聚苯乙烯珠子、凝胶珠子、聚丙烯酰胺葡聚糖珠子、聚苯乙烯珠子、琼脂糖珠子、多糖珠子和聚碳酸酯珠子。
在又一个实施方式中，固体支撑物为选自微量滴定板、其他板格式、试剂管、载玻片和其他用于阵列或微阵列分析的支撑物，微流控室或设备的管道或通道和Biacore芯片。
标签
如前面提到的检测探针和/或互补DNA探针可包括一个或多个标签，如1、2、3、4、5、6、
7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或大于20个相同或不同的标签。
因此，在一个实施方式中，本发明涉及包括一个或多个标签的多核苷酸探针。又一个实施方式提供本发明公开的方法包括使用包括一个或多个标签的检测探针。在又一个实施方式中，本发明披露的方法包括使用包括一个或多个标签的互补探针。
一个或多个标签可以是任何现有技术中的标签，如一个或多个标签选自：生物素、荧光素标签、5-(和6)-羧基荧光素、5-或6-羧基荧光素、6-(荧光素)-5-(和6)-羧酰胺己酸、异硫氰酸荧光素氰酸(FITC)、罗丹明、四甲基罗丹明、染料、Cy2、Cy3和Cy5、PerCP、藻胆蛋白、R-藻红蛋白(RPE)、异藻红蛋白(APC)、Texas红、Princeston红、绿色荧光蛋白(GFP)及它们的类似物、R-藻红蛋白(RPE)或异藻红蛋白(APC)的共缀物、基于半导体纳米晶体(像量子点和QdotTM纳米晶体)的无机荧光标签、基于镧系元素如Eu3+和Sm3+的时间分
辨荧光、半抗原、DNP、地高辛、酶标签、辣根过氧化物酶(HRP)、磷酸酶(AP)、β-半乳糖苷酶(GAL)、葡萄糖-6-磷酸脱氢酶、β-N-乙酰氨葡萄糖苷酶、β-葡萄糖醛酸酶、转化酶、黄嘌呤氧化酶(Xanthine Oxidase)、萤火虫荧光素酶和葡萄糖氧化酶(GO)、冷光标签、鲁米诺、异鲁米诺、吖啶酯、1，2-二氧环乙烷、吡啶哒嗪、放射性标签、同位素碘、同位素钴、同位素硒、同位素氚和同位素磷。
在一个优选的实施方式中使用生物素标签。生物素可通过链霉亲和素-R-藻红蛋白检
测。
在一个实施方式中，本发明方法中加入检测探针之前或之后包括一个或多个洗涤步
骤。
标签可通过现有技术中任何适当的方法检测。
多个目标DNA序列的检测
本发明一个特定的实施方式涉及使用本发明上文披露的方法检测多个目标多核苷酸，
如DNA、LNA-修饰的DNA、RNA、LNA-修饰的RNA和/或PNA，例如DNA和/或RNA序列。可
在一个实施方式中通过微阵列或微孔板使用多个互补探针来检测目标多核苷酸，如DNA、LNA-修饰的DNA、RNA、LNA-修饰的RNA和/或PNA，例如DNA和/或RNA序列。
在又一个特定的实施方式中，被捕获的目标多核苷酸，如不同的目标多核苷酸，如DNA、LNA-修饰的DNA、RNA、LNA-修饰的RNA和/或PNA，例如DNA和/或RNA序列的总数可
选 自：1、2-5、5-10、10-15、15-20、20-25、25-30、30-35、35-40、40-45、45-50、50-55、55-60、
60-65、65-70、70-75、75-80、80-85、85-90、95-100、100-150、150-200、200-300、300-500、
500-1000，或大于1000，或这些间隔的任何结合。
本发明方法的应用
本发明对广泛的筛选应用有效，包括识别和捕获遗传材料，如选自以下一个或多个应
用：
-诊断癌症或不是癌症的遗传性疾病或产前诊断领域；
-监测反义治疗；
-家族亲属鉴定；
-个性化治疗；
-法医遗传学；
-定量RNA分析；
-微生物检测；
-考古学和古病理学；
-食品污染；及
-环境污染。
诊断
本发明可用于诊断一种或多种疾病。通过从受试者个体基因组中检测目标多核苷酸，
如DNA和/或RNA来诊断疾病，或检测不是来自受试者个体基因组的目标多核苷酸来诊断疾病，所述目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。因此，在一个实施方式中，本发明涉及一种包括使用本发明披露的方法来诊断一种或多种疾病的方法。在又一个实施方式中，诊断包括检测从受试者的个体基因组中检测目标多核苷酸，如DNA和/或RNA。在另一个实施方式中，诊断包括检测不是来自受试者个体基因组的目标多核苷酸，如目标DNA和/或RNA。
本发明可用于诊断某一特定目标多核苷酸是已知的任何疾病，所述目标多核苷酸可以
是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA序列。
在一个实施方式中，本发明用于诊断一种或多种疾病，如遗传性疾病、癌症和传染性疾病、头痛和其中本发明方法可能是有效的其他疾病。本发明的进一步用途是个性化医学领域，例如，但不限于癌症治疗。
本发明的一个实施方式涉及使用本发明披露的方法来诊断可能有疑似疾病体征或症
状或者他可能没有那种疾病的体征或症状的个体。在本发明一个特定的实施方式中，所述个体有被检测疾病的体征或症状。当一个体有被检测疾病的体征或症状，所述个体可能，例如患有感染或患有遗传性异常或疾病。在本发明另一个特定的实施方式中，所述个体没有被检测疾病的体征或症状。当对没有任何临床疾病体征的人进行检测，目的是如早期阶段的筛查以鉴别疾病，从而可以进行早期干预和管理，希望能够降低死亡率和疾病的痛苦。存在几种类型的这些检测：‘普遍筛查’包括筛选特定类别的所有个体(例如所有某一特定年纪的儿童)和‘病例追查’包括筛查基于存在风险因素的一个较小的人群，例如因为家庭成员已经被诊断出患有遗传性疾病。本发明一个特定的实施方式涉及用本发明披露的方法进行普遍筛查。本发明的另一个特定的实施方式涉及用本发明披露的方法进行病例追查。
人和动物样品包括粪便、血液、精液、脑脊液(CSF)、痰、阴道液、尿液、唾液、毛发、其他体液、组织样本、整个器官、汗、泪、皮肤细胞、毛发、骨骼、牙齿或者自来个人物品(如牙刷、剃须刀等)或来自样品(如精子或活检组织或液体)的适当液体或组织或者人类或动物的其他子结构。因此，样品可以是固体、半固体或液体样品。
诊断癌症
在一个优选的实施方式中，本发明用于诊断一种或多种疾病，如癌症。可从受试个体的基因组中检测目标多核苷酸如DNA和/或RNA来诊断癌症。
要诊断的癌症可能是在其疾病的早期阶段也可能在其疾病的晚期阶段。在本发明的一
个实施方式中，要诊断的癌症优选在其较早期阶段，如在其良性或癌前阶段。在本发明的另一个实施方式中，要诊断的癌症优选疾病的1期或2期。在一个实施方式中，要诊断的癌症是良性的。在另一个实施方式中，要诊断的癌症是恶性的。在一个优选的实施方式中，要诊断的癌症是在其癌变前的阶段。在又一个实施方式中，要诊断的癌症是4期。在又一个实施方式中，要诊断的癌症是3期。在又一个实施方式中，要诊断的癌症是2期。在一个优选的实施方式中，要诊断的癌症是1期。
在一个实施方式中，用根据本发明的方法来诊断不同类型的癌症，如那些选自下表A
中所列的癌症：
在一个优选的实施方式中，本发明涉及结肠癌的诊断。该诊断可通过从受试个体的粪
便样品中检测目标多核苷酸如DNA来进行。
在另一个优选的实施方式中，本发明用于诊断肿瘤疾病，如癌症，其特征在于，一个或多个基因或编码蛋白质的基因发生一个或多个突变，如一个或多个如下表B所列以及[2]中所示。
在另一个实施方式中，本发明可用于诊断癌症，其中癌症的特征是选自下表C所列的
一种或多种肿瘤抗原。因此，一个实施方式涉及检测来自一个或多个肿瘤抗原的目标多核苷酸，如DNA，所述肿瘤抗原如下表C所示。
在另一个实施方式中，本发明可用于诊断癌症，通过检测来自一个或多个肿瘤抗原或
癌基因的目标多核苷酸，如DNA，所述肿瘤抗原或癌基因如下表D所示。
表D
在另一个实施方式中，本发明可用于诊断癌症，通过检测选自DNA和RNA的目标多核苷
酸，如检测源自一种或多种肿瘤抗原如的TFPI2、NDRG4、GATA4或GATA5的DNA[2]。这种癌症的特征是选自TFPI2、NDRG4、GATA4或GATA5中的一种或多种基因发生一个或多个突变。
在另一个实施方式中，本发明可用于诊断癌症，通过检测选自DNA和RNA的目标多核苷
酸，如检测源自一个或多个肿瘤抗原如RASSF2和SFRP2的DNA[2]。这种癌症的特征是选自RASSF2和SFRP2的一种或多种基因发生一个或多个突变。
癌症以外的遗传性疾病的诊断
在另一个优选的实施方式中，本发明用于诊断一种或多种癌症外的遗传，即世袭疾病，如选自下表E中的一种或多种疾病。在一个实施方式中，其中本发明方法用于诊断癌症外的遗传性病症，目标多核苷酸选自DNA和RNA，如来自受诊断个体的DNA。
一个特定的实施方式涉及诊断CADASIL综合征。另一个特定的实施方式涉及诊断迟发
性多发性羧化酶缺乏症。另一个特定的实施方式涉及诊断家族性小脑视网膜血管瘤病。另一个特定的实施方式涉及诊断克罗恩氏病。另一个特定的实施方式涉及诊断苯丙氨酸羟化酶缺乏症。另一个特定的实施方式涉及诊断法布里病。另一个特定的实施方式涉及诊断遗传性粪卟啉病。另一个特定的实施方式涉及诊断色素失禁症。另一个特定的实施方式涉及诊断头小畸型。另一个特定的实施方式涉及诊断多囊肾病。另一个特定的实施方式涉及诊断由PHF8基因突变引起的Siderius X-链锁智力低下综合征。另一个特定的实施方式涉及诊断软骨发育不全。
一个进一步的实施方式涉及检测选自血细胞病、氨基酸代谢错误、有机酸代谢错误、脂肪酸代谢错误和杂多系统疾病(miscellaneous multisystem diseases)中的一种或多种疾病。
一个特定的实施方式涉及使用本发明的方法检测血细胞病例如镰状细胞性贫血(Hb
SS)、镰形细胞(贫血)症(Hb S/C)，Hb S/β地中海贫血(Hb S/Th)，变异血红蛋白(包括Hb E)和葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症(G6PD)。
另一个特定的实施方式涉及使用本发明的方法检测氨基酸代谢错误，如酪氨酸I(TYR
I)、酪氨酸血症II(TYR II)、酪氨酸血症III(TYR III)、精氨酸尿症(ASA)、瓜氨酸(CIT)、瓜氨酸血症II型(CIT II)、苯丙酮尿症(PKU)、枫糖浆尿病(MSUD)、高胱胺酸尿症(HCY)、良性高苯丙氨酸血症、生物蝶呤辅因子的生物合成缺陷、生物蝶呤辅因子再生缺陷、高甲硫胺酸血症。
另一个特定的实施方式涉及使用本发明的方法检测有机酸代谢错误，如戊二酸血症
I型(GA I)、羟甲基裂解酶缺乏症(HMG)、异戊酸血症(IVA)、3-甲基巴豆酰辅酶A羧化
酶缺乏(3MCC)、甲基丙酰辅酶A变位酶缺乏症(MUT)、甲基丙二酸尿症(Methylmalonic aciduria)、cblA和CblB形(MMA、Cbl A，B)和β-酮硫解酶缺乏症(BKT)、丙酸血症(PROP)、多辅酶A羧化酶缺乏症(MCD)、甲基丙二酸血症(Cbl C，D)、丙二酸血症、2-甲基3-羟基丁酸尿症、异丁酰辅酶A脱氢酶缺乏症、2-甲基丁酰辅酶A脱氢酶缺乏症、3-甲基戊烯二酸单酰辅酶合酶缺乏症、戊二酸血症II型、HHH综合征(高血氨、高鸟氨酸血症、同型瓜氨酸尿综合征)、β-甲基巴豆酸羧化酶缺乏症及腺苷钴胺合成缺陷。
另一个特定的实施方式涉及使用本发明的方法检测脂肪酸代谢错误，如长链羟酰辅酶
A脱氢酶缺乏症(LCHAD)、中链酰辅酶A脱氢酶缺乏症(MCAD)、非常长链酰辅酶A脱氢酶缺乏(VLCAD)、三官能团的蛋白质缺乏症(TFP)、肉碱摄取缺陷(CUD)、中链酮酰辅酶A硫解酶缺乏症、二烯酰辅酶A还原酶缺乏症、戊二酸血症II型、肉碱棕榈酰转移酶缺乏症1型、肉碱棕榈酰转移酶缺乏症2型、短链酰基辅酶A脱氢酶缺乏症(SCAD)、肉碱/酰基肉碱缺乏症(位移酶)、短链羟酰辅酶A脱氢酶缺乏症(SCHAD)、长链酰基辅酶A脱氢酶缺乏症(LCAD)和多酰基辅酶A脱氢酶缺乏症(MADD)。
另一个特定的实施方式涉及使用本发明的方法检测杂多系统疾病，如囊性纤维化
(CF)、先天性甲状腺功能低下症(CH)、生物素酶缺乏症(BIOT)、先天性肾上腺皮质增生症(CAH)、古典半乳糖血症(GALT)、半乳糖激酶缺乏症和半乳糖异构酶缺乏症。
可以从儿童或成人的样品中进行遗传性疾病的诊断，此外，也可以从胎儿样品进行诊
断。
目标多核苷酸产前诊断
在一个实施方式中，本发明的筛查方法用于产前诊断。产前诊断或产前筛查是测试胎
儿或胚胎，即儿童出生前的疾病或病症。在这个实施方式中，目标多核苷酸选自DNA和RNA，如DNA。因此，本发明的一个实施方式涉及使用本发明的方法诊断胎儿疾病。
在产前诊断中，避免假阳性的测试结果是至关重要的。因此，没有测试结果表明在确实缺乏目标多核苷酸的样品中出现所述目标多核苷酸是至关重要的。在这一方面，由于其优越的特异性，本发明与已知的目标多核苷酸鉴别相比具有优越性。
在产前诊断中，可以从任何来自儿童的生物材料获得目标多核苷酸，如从活检获得的
组织或体液样品、从羊水、从胎盘或从母亲的血液。在一个特定的实施方式中，从活检获得的组织或体液样品、从羊水或从胎盘样品中获得目标多核苷酸。在另一个特定的实施方式中，从母亲的血液中获得目标多核苷酸。
一个实施方式涉及产前诊断或产前筛查，其中检测出生缺陷。本发明的一个特定的实
施方式是针对检测一个或多个出生缺陷，如选自神经管缺陷、唐氏综合征、染色体异常、遗传疾病和其他病症、如脊柱裂、腭裂、河西高盛疾病(Tay Sachs disease)、镰状细胞性贫血、地中海贫血、囊性纤维化和脆性X综合征中的一个或多个出生缺陷。一个特定的实施方式涉及神经管缺陷的产前检测。另一个特定的实施方式涉及唐氏综合征的产前检测。另一个特定的实施方式涉及染色体异常的产前检测。另一个特定的实施方式涉及遗传疾病如选自囊性纤维化、8号染色体三体、9号染色体三体、13号染色体三体、18号染色体三体、21号染色体三体、22号染色体三体或X三体综合征中一种或多种疾病的产前检测。一个特定和优选的实施方式涉及21号染色体三体检测。另一个特定的实施方式涉及13号染色体三体检测。另一个特定的实施方式涉及18号染色体三体检测。另一个特定的实施方式涉及囊性纤维化检测。另一个特定的实施方式涉及脊柱裂的产前检测。另一个特定的实施方式涉及腭裂的产前检测。另一个特定的实施方式涉及河西高盛疾病的产前检测。另一个特定的实施方式涉及检测镰状细胞性贫血的产前检测。另一个特定的实施方式涉及地中海贫血的产前检测。另一个特定的实施方式涉及囊性纤维化的产前检测。另一个特定的实施方式涉及脆性X综合征的产前检测。
一个进一步的实施方式涉及胎儿筛查，目的是确定不视为出生缺陷的一般性特征，如
性别选择或确定儿童的父亲等。一个特定的实施方式涉及确定儿童性别的产前检测。另一个特定的实施方式涉及产前确定父亲。
反义治疗监测
反义治疗是一种治疗形式，例如治疗遗传疾病或感染。当已知一特定基因的遗传序列
是引起某一特定疾病的原因，可以合成有效地将该基因“关闭”的核苷酸链，如通过结合由该基因产生的信使RNA(mRNA)使其灭活。因此，本发明的一个实施方式涉及在反义治疗中用本发明的方法检测多核苷酸。在一个实施方式中，所述多核苷酸是目标多核苷酸，是由自然界中中未知的核苷酸制成，或自然界中存在的目标多核苷酸及本发明所定义的由自然界中未知的核苷酸制成的目标多核苷酸的混合物。在一个实施方式中，所述多核苷酸包括LNA修饰的DNA、LNA修饰的RNA和/或PNA。
在一个特定的实施方式中，所述目标多核苷酸与引起疾病的基因所产生的信使
RNA(mRNA)结合。在另一个特定的实施方式中，所述目标多核苷酸与前信使RNA(mRNA)的剪接位点结合从而修改了mRNA的外显子含量。
在一个特定的实施方式中，所述反义治疗用于治疗一种或多种如本发明所披露的癌
症、糖尿病、肌萎缩性脊髓侧索硬化症(ALS)、杜氏肌营养不良症、巨细胞病毒视网膜炎以及如带有炎性成分的哮喘和关节炎疾病。
家族亲属鉴定
在一个实施方式中，本发明的方法用于通过个体各自的DNA图谱进行的个体鉴别。
在一个实施方式中，本发明的方法用于鉴别家族亲属，被检测的目标多核苷酸是自然
存在的，如一个或多个DNA和/或RNA。
一个特定的实施方式涉及用根据本发明的方法来鉴别可疑的亲属，如鉴别儿童的母亲
或父亲，如其中D21S11、D7S820、TH01、D13S317和D19S433作为DNA分子标记。
在一个特定的实施方式中，目标多核苷酸可获自任何可得到的生物材料，如获自粪便、血液、精液、脑脊液(CSF)、痰、阴道液、尿液、唾液、毛发、其他体液、组织样品、整个器官、汗、泪、皮肤细胞、毛发、骨骼、牙齿或来自个人物品(如牙刷、剃刀等)或来自样品(如精子或活检组织或液体)的适当液体或组织、或者人或动物的其他子结构。
个性化医疗
个性化医疗是一种医疗模式，强调系统使用患者个体信息以选择或优化该患者的预防
和治疗护理。本发明可用于个体医疗方面。检测一个或多个特定目标DNA序列可以，例如用于确定应该采用的药物和/或药物剂量。
待分析样品的类型
本发明涉及检测来自样品的目标多核苷酸，如DNA，所述样品来自人或动物身体。在另一个实施方式中，目标多核苷酸是来自人类、动物、细菌、病毒、真菌、朊病毒、原生生物和/或植物。在又一个实施方式中，目标的多核苷酸是从来自人体或动物体的样品中分离的。
样品来源包括获自活的和非活的来源的样品，包括但不限于人类、动物、鸟类、昆虫、植物、藻类、真菌、酵母、病毒、细菌和噬菌体、多细胞和单细胞的有机体。
人类和动物样品包括粪便、血液、精液、脑脊液(CSF)、痰、阴道液、尿液、唾液、毛发、体液、组织样本、整个器官、汗、泪、皮肤细胞、毛发、骨骼、牙齿或来自个人物品(如牙刷、剃刀等)或来自样品(如精子或活检组织或液体)的适当液体或组织、或人或动物的其他子结构。因此，样品可以是固体、半固体或液体样品。
病原体的来源包括一种或多种细菌、病毒、寄生虫和其他感染性有机体。其他来源可以是环境样品，如饮用水、污水或土壤。
分离的样品可以是侵入性或非侵入性的样品。侵入性样品例子包括吸取血液，切除组
织、器官或其中一部分(如活检)和吸取脑脊液(腰椎穿刺)。非侵入性样品的例子包括收集外部分泌的液体或物质(如痰、尿、粪)。
可处理待分析的样品从而使DNA分离、纯化或富集。
待诊断或测试的个体
待诊断或测试的个体可以是人，如男人或女人。待诊断的个体可以是任何年纪的人，如胎儿、婴儿、儿童或成人。
待诊断的胎儿可以是任何年纪，如8-40孕周(week of gestagation)，例如12-25孕
周，如16-20孕周。任何其他待诊断的个体可以是任何年纪，如从出生至120岁，例如0-6岁，如6-12岁，例如1-5岁，如5-10岁，例如10-15岁，如15-20岁，例如20-25岁，如25-30岁，例如30-35岁，如35-40岁，例如40-45岁，如5-50岁，例如50-60岁，如60-70岁，例如
70-80岁，如80-90岁，例如90-100岁，如100-110岁，例如110-120岁。
待诊断的个体可以是任何种族，如高加索人(Caucasian)、黑人、东亚人(East Asian)、蒙古种族(Mongoloid race)、埃塞俄比亚种族(Ethiopian race)、尼格罗种族(Negroid race)、美洲印第安种族(American Indian race)、或马来种族。
待诊断的个体可以健康的，生病的，被诊断患有一种或多种疾病的，可以有一种或多种疾病的一种或多种的症状，可以是无症状的或者可以是有遗传性的一种或多种疾病。
待诊断的个体可选自细菌、真菌、朊病毒、原生动物和/或植物。
其他用途
原则上，本发明可用于与检测多核苷酸相关的任何方法，所述多核苷酸可以是天然存
在的核苷酸制成，或者是由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。
法医遗传学
根据本发明的方法可用于法医遗传学，包括包括亲子鉴定或孕妇测试。在一个实施方
式中，其中本发明的方法用于法医遗传学中，目标多核苷酸是由自然界存在的核苷酸制成。
因此，本发明的一个实施方式涉及本发明披露的方法在法医学(通常简称为法医)中
的用途。因此，本方法可应用于广泛学科内以解答法制系统感兴趣的问题。一个特定的实施方式涉及本发明方法在有关犯罪或民事诉讼中的用途。
在一个实施方式中，目标多核苷酸可以由受害者和/或罪犯提供。在一个特定的实施
方式中，目标多核苷酸由受害者提供。在另一个特定的实施方式中，目标多核苷酸由罪犯提供，如由嫌疑犯提供。
本发明一个特定的实施方式涉及本发明披露的方法在法医病理学中用途。因此，所述
方法可用于有关通过尸检确定死因的病理学分支中。
本发明又一个特定的实施方式涉及本发明披露的方法在法医考古学中的用途，如鉴别
来自犯罪受害者的埋藏的小件物品或随身物品；鉴别来自罪犯的埋藏的小件物品或随身物品；和/或发现任何人体残骸，如埋藏在潜在的墓地和/或万人坑里。
本发明又一个特定的实施涉及用本发明披露的方法来辅助法医人类学。因此，一个实
施方式涉及用本方法鉴别残骸，如基于这些残骸确定特定的特征，如种族、性别、年龄和身高。
本发明又一个特定的实施涉及本发明披露的方法在法医植物学中的用途。因此，一个
实施方式涉及用本方法从例如无论是在身体上或是在犯罪现场发现的叶子、种子和花粉中获取有关罪案的信息。
本发明又一个特定的实施涉及本发明披露的方法在强奸调查中的用途，例如鉴别强奸
犯。
本发明又一个特定的实施涉及本发明披露的方法在亲子鉴定或孕妇测试中的用途。
定量RNA分析
本发明的另一个用途是分析人类或动物基因表达。在一个实施方式中，本发明披露的
方法可用于定量RNA分析，即目标RNA量化。
微生物检测
本发明也可用于微生物分类。因此，目标DNA和/或RNA可来自一种或多种细菌、一种
或多种病毒、一种或多种真菌、一种或多种朊病毒、和/或一种或多种原生动物。
此外，本方法可用于检测来自受试个体的样品中的细菌、真菌、朊病毒、和/或原生动物的目标多核苷酸，如DNA和/或RNA。因此，在一个实施方式中，本发明可用于检测特定可能引导感染的微生物，然而本发明也可用于将相同家族的细菌按血型分类，如不同血清型的链球菌或沙门氏菌，参见下文。
因此，本发明的一个实施方式涉及检测感染，例如寄生虫定植的宿主生物体。在一个特定的实施方式中，所述感染是由微生物或微寄生虫，如一种或多种细菌、一种或多种病毒、一种或多种真菌、一种或多种朊病毒和/或一种或多种原生动物引起的。
由于具体的体征和症状很罕见，因此感染诊断是困难的。本发明的一个实施方式涉及
检测引发如全身乏力、发烧、畏寒症状的细菌和病毒感染。在诊断学中，区分特定的感染原因通常是很困难的。
在一个实施方式中，本发明的方法可用于诊断一种或多种以下疾病：幽门螺旋杆菌病
(H pylori)、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌病(Methicillin-resistant staphylococcus aureus)、骨髓炎、莱姆病(lyme disease)、衣原体疾病、病毒引起的感染和细菌引起的感染。
本发明的一个特定实施方式涉及用本发明披露的方法检测门螺旋杆菌，其与胃的炎症
有关而且是导致胃溃疡和胃炎的常见原因。
本发明的一个特定实施方式涉及用本发明披露的方法检测主要影响皮肤的m。
本发明的一个特定实施方式涉及用本发明披露的方法检测骨髓炎，它是由各种细菌引
起的骨感染。
本发明的一个特定实施方式涉及用本发明披露的方法检测莱姆病，它至少是由3种属
于疏螺旋体(Borrelia)属的细菌引起的。
本发明的一个特定实施方式涉及用本发明披露的方法检测衣原体疾病，它是一种常见
的性传播疾病，可损害女性生殖器官并导致永久性不育。
本发明的一个特定实施方式涉及用本发明披露的方法检测由病毒感染引起的感染，例
如感染不限于选自：麻疹、肝炎、疱疹、传染性单核细胞增多症、艾滋病、肝炎、单纯疱疹、以及所有哺乳动物常见的内源性逆转录病毒和巨细胞病毒(CMV)。
本发明的一个特定实施方式涉及用本发明披露的方法检测由细菌引起的感染。
在一个实施方式中，本发明的方法用于分析样品的微生物污染，如饲料、食品、土壤、饮用水等样品、如饲料、食品、土壤、饮用水等样品。
在一个实施方式中，目标DNA和/或RNA来自一种或多种细菌，如来自一种或多种如下
表F所列的细菌。
在一个实施方式中，目标DNA和/或RNA来自一种或多种如表G所列的病毒。因此，在
一个实施方式中，目标多核苷酸来自选自下表G所列病毒中的病毒。
考古学和古病理学
考古发现和化石遗迹中的感染证据是研究如灭绝的生命形式中发生的伤害和疾病的
考古学家和科学家们感兴趣的课题。因此，本发明的一个实施方式涉及本发明的方法在考古学中的用途。
古病理学是研究古代疾病。因此，本发明的一个实施方式涉及本发明方法在古病理学
中的用途。一个实施方式涉及本发明方法的用途或确定例如性别和个体患有什么类型的疾病，如结核或梅毒。
在一个实施方式中，本发明方法用于考古学和古病理学领域，测试的多核苷酸是由天
然存在的核苷酸制成。
食品污染
食品污染是指任何出现本不应在有问题的食品内的东西，例如可能会导致消费者生病
的未申报食品成分、有害化学物质和微生物。本发明披露的方法可通过识别未申报存在于特定的问题食品内的目标多核苷酸从而检测食品污染。因此，本发明的一个实施方式涉及本发明披露的方法在检测食品污染中的用途，例如污染物选自微生物污染物，转基因食品和含有未申报成分的食品。
在另一个实施方式中，其中本发明披露的方法用于检测食品污染，目标多核苷酸可以
是由自然界存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或由它们的任何混合物制成。
本发明一个特定的实施方式涉及本发明披露的方法在食品的微生物污染检测中的用
途。在一个特定的实施方式中，所述微生物污染是由病原细菌，病毒，外毒类素或寄生虫引起的问题食品污染。在又一个特定实施方式中，所述微生物污染是由于不当处理、制备或食品储藏引起的。在一个特定的实施方式中，所述微生物污染是由于制备食物之前、期间和之后缺乏良好的卫生习惯引起的。在一个特定的实施方式中，所述微生物污染是由选自空肠弯曲菌(Campylobacter jejuni)，产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)，沙门氏菌，大肠杆菌O157:H7，蜡样芽胞杆菌(BacillusCereus)，如侵袭肠黏膜的(EIEC)、肠致病性的(EPEC)、肠毒素的(ETEC)、肠聚集的(EAEC或EAgEC)的大肠杆菌，单核细胞增生李斯特氏菌(Listeria monocytogenes)，志贺氏菌(Shigella)，金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)，金黄色葡萄球菌肠炎(Staphylococcal enteritis)，链球菌(Streptococcus)，包 括O1群 和 非O1群 的 霍 乱弧 菌(VibrioCholerae)，副 溶 血 性 弧菌 (Vibrio parahaemolyticus)，创伤弧菌(Vibrio vulnificus)，小肠结肠炎耶尔森氏菌(Yersinia enterocolitica)，耶尔森菌(Yersinia pseudotuberculosis)，布鲁氏菌(Brucella)，溃疡棒状杆菌(Corynebacterium ulcerans)，贝纳特氏立克次体(Coxiella burnetii)，志贺邻单胞菌(Plesiomonas shigelloides)，肉毒杆菌(Clostridium botulinum)，产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)，金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)和蜡样芽胞杆菌(BacillusCereus)的细菌性食源性致病菌引起的。
本发明另一个特定的实施方式涉及本发明的方法在检测食品中转基因材料的用途。转
基因食品是来自转基因生物的食品。一个特定的实施方式涉及鉴别转基因植物产物的转基因食品，例如大豆、玉米、油菜籽、棉子油。另一个特定的实施方式涉及鉴别动物产品的转基因食品。又一个特定的实施方式涉及为安全理由鉴别转基因食品。另一个特定的实施方式涉及为生态问题鉴别转基因食品。
本发明的另一个特定实施方式涉及本发明披露的方法在检测未申报成分中的用途，例
如猪肉被宣称为牛肉、小牛肉、火鸡、鸡、绵羊或羔羊。
环境污染
水污染是水体污染。导致水污染的具体污染物包括，例如病原体。因此，本发明一个实施方式涉及检测水中的病原体，如供给家庭的水以及湖水，河水，海水和地下水。一个特定的实施方式涉及检测供给家庭的水中的病原体。
在一个实施方式中，其中目标多核苷酸用于检测环境污染，所述目标多核苷酸可以是
由自然界中存在的多核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或它们的任何混合物。
饮用受污染的水可感染传染性疾病如霍乱和伤寒。如果经常饮用受污染的水，对我们
的整个身体系统有很大的危害。
因此，在一个特定的实施方式中，本发明披露的方法用于检测水样品的一种或多种
病原体，例如一种或多种选自：类鼻疽杆菌(Burkholderia pseudomallei)、大肠菌群(Coliform bacterium)、隐孢子虫(Cryptosporidium parvum)、蓝氏贾第鞭毛虫(Giardia lamblia)、沙门氏菌(Salmonella)、诺如病毒(Novovirus)和其他病毒以及寄生虫(蠕
虫)的病原体。一个特定的实施方式涉及根据本发明的方法在水样品中检测类鼻疽杆菌(Burkholderia pseudomallei)中的用途。又一个特定的实施方式涉及根据本发明的方法在水样品中检测大肠菌群(Coliform bacterium)中的用途。又一个特定的实施方式
涉及根据本发明的方法在水样品中检测隐孢子虫(Cryptosporidium parvum)中的用途。
又一个特定的实施方式涉及根据本发明的方法在水样品中检测蓝氏贾第鞭毛虫(Giardia lamblia)中的用途。又一个特定的实施方式涉及根据本发明的方法在水样品中检测沙门氏菌(Salmonella)中的用途。又一个特定的实施方式涉及根据本发明的方法在水样品中检测诺如病毒(Novovirus)和其他病毒中的用途。又一个特定的实施方式涉及根据本发明的方法在水样品中检测寄生虫中的用途。
项目
以下项目1-92中的每一项以及它们各种可能的组合是在本发明的精神内单独的实施
方式并且可以成为一个或多个独立或非独立权利要求的主题：
1.一种从样品中捕获核苷酸，如单链目标DNA或RNA的方法，包括以下步骤：
i)从所述目标多核苷酸，如DNA或RNA中除去一种或多种类型的碱基A、T、U、C或G，
从而生成一个或多个脱碱基位点，和
ii)用包括一个或多个嵌入物分子的互补探针捕获所述目标多核苷酸，如DNA或RNA，
所述嵌入物分子可插入到一个或多个脱碱基位点。
1.根据项目1所述的方法，包括以下步骤：
(i)提供双链目标DNA
(ii)通过去除所述双链目标DNA的一种或多种类型的碱基A、T、U、C或G使所述双链
目标DNA不稳定从而生成一个或多个脱碱基位点
(iii)使所述不稳定的双链目标DNA变性成单链目标DNA，和
(iv)用一个包括一个或多个嵌入物分子的互补DNA探针捕获所述单链目标DNA，所述
嵌入物分子可插入到一个或多个脱碱基位点。
2.根据任一以上项目所述的方法，其中多核苷酸探针可选自DNA探针，RNA探针，LNA
探针和PNA探针。
3.根据任一以上项目所述的方法，其中所述方法进一步包括一个或多个洗涤步骤以去
除未结合的DNA和/或RNA。
4.根据任一以上项目所述的方法，其中所述方法进一步包括双链目标DNA和/或单链
DNA和/或RNA中的一种或多种类型的碱基转换成另一化学实体。
5.根据项目5所述的方法，其中所述方法进一步包括通过去除所述双链目标DNA中的
一个或多个这些化学实体使所述双链目标DNA不稳定。
6.根据任一以上项目所述的方法，其中所述方法进一步包括目标DNA和/或RNA中的
一个或多个C转换成一个或多个U。
7.根据项目7所述的方法，其中通过亚硫酸氢盐处理使目标DNA和/或RNA中的一个
或多个C转换成一个或多个U。
8.根据任一以上项目所述的方法，其中从所述双链目标DNA和/或单链DNA和/或RNA
中去除A。
9.根据任一以上项目所述的方法，其中从所述双链目标DNA和/或单链DNA和/或RNA
中去除T。
10.根据任一以上项目所述的方法，其中从所述双链目标DNA和/或单链DNA和/或
RNA中去除C。
11.根据任一以上项目所述的方法，其中从所述双链目标DNA和/或单链DNA和/或
RNA中去除G。
12.根据任一以上项目所述的方法，其中从所述双链目标DNA和/或单链DNA和/或
RNA中去除U。
13.根据任一项目9-12中所述的方法，其中通过一种或多种酶和/或物理应力来去除
碱基。
14.根据项目13所述的方法，其中通过使用尿嘧啶脱氢酶来去除U。
15.根据项目9所述的方法，其中通过调节pH值来去除A。
16.根据任一以上项目所述的方法，其中从目标DNA和/或RNA去除1，2或3种类型的
碱基。
17.根据任一以上项目所述的方法，其中从目标DNA和/或RNA去除的碱基总数为选自
1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20和大于20个碱基。
18.根据任一以上项目所述的方法，其中互补探针包括一个或多个嵌入物分子。
19.根据项目19所述的方法，其中嵌入物分子的总数可选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、
11、12、13、14、15、16、17、18、19、20和大于20个嵌入物分子。
20.根据项目19所述的方法，其中嵌入物分子插入到目标DNA和/或RNA中
10％-100％的脱碱基位点，如10％-20％，例如20％-30％，如30％-40％，例如40％-50％，如50％-60％，例如60％-70％，如70％-80％，例如80％-90％，如90％-100％或者它们的任何结合。
21.根据任一以上项目所述的方法，其中嵌入物分子插入到目标DNA和/或RNA中10％
以上的脱碱基位点，如20％以上，例如30％以上，如40％以上，例如50％以上，如60％以上，例如70％以上，如80％以上，例如90％以上，如95％以上，例如100％。
22.根据项目21和22所述的方法，其中嵌入物分子插入的结果增加了由目标DNA和/
或RNA与互补探针组成的多核苷酸双链的熔化温度。
23.根据任一以上项目所述的方法，其中嵌入物分子的数量与互补探针的碱基总数之
间的比例为1∶50-1∶2，如1∶50-1∶40、例如1∶40-1∶30、如1∶30-1∶20、例
如1∶20-1∶10、如1∶10-1∶5、例如1∶5-1∶2，或这些间隔的任何结合。
24.根据任一以上项目所述的方法，其中一个或多个嵌入物分子选自：TINA、INA、
邻-TINA、对-TINA和AMANY。
25.根据任一以上项目所述的方法，其中嵌入物分子的面积为 之间，如
例如 如 例如 如 例如
如 例如 如 例如 如 例
如 如 例如 如 例如 如
例如 如 或这些间隔的任何结合。
26.根据任一以上项目所述的方法，其中互补探针包括一种或多种类型的嵌入物分子，如2、3、4、5或大于5个不同类型的嵌入物分子。
27.根据任一以上项目所述的方法，其中互补探针连接支撑物。
28.根据项目28所述的方法，其中支撑物为选自颗粒物质、珠子、磁珠、非磁珠、聚苯乙烯珠子、磁性聚苯乙烯珠子、Sepharose珠子、聚丙烯酰胺葡聚糖珠子、聚苯乙烯珠子、琼脂糖珠子、多糖珠子和聚碳酸酯珠子。
29.根据项目29所述的方法，其中支撑物是固体支撑物。
30.根据项目30所述的方法，其中固体支撑物为选自微量滴定板或其他板格式、试
剂管、载玻片和其他用于阵列或微阵列分析的支撑物，微流控室或设备的管道或通道和Biacore芯片。
31.根据任一以上项目所述的方法，其中所述方法进一步包括使用包括一个或多个标
签的互补检测探针。
32.根据任一以上项目所述的方法，其中互补探针包括一个或多个标签。
33.根据任一项目32-33所述的方法，其中一个或多个标签选自：生物素、荧光素标
签、5-(和6)羧基荧光素、5-或6-羧基荧光素、6-(荧光素)-5-(和6)-羧酰胺己酸、异硫氰酸荧光素氰酸(FITC)、罗丹明、四甲基罗丹明、染料、Cy2、Cy3和Cy5、PerCP、藻胆蛋白、R-藻红蛋白(RPE)、异藻红蛋白(APC)、德克萨斯(Texas)红、Princeston红、绿色荧光蛋白(GFP)及它们的类似物、R-藻红蛋白(RPE)或异藻红蛋白(APC)的共缀物、基于半导体纳米TM
晶体(像量子点和Qdot 纳米晶体)的无机荧光标签、基于镧系元素如Eu3+和Sm3+的时
间分辨荧光标签、半抗原、DNP、地高辛(digoxiginin)、酶标签、辣根过氧化物酶(HR)、磷酸酶(AP)、β-半乳糖苷酶(GAL)、葡萄糖-6-磷酸脱氢酶、β-N-乙酰氨葡萄糖苷酶、β-葡萄糖醛酸酶、黄嘌呤氧化酶(Xanthine Oxidase)、蔗糖酶、萤火虫荧光素酶和葡萄糖氧化酶(GO)、夜光(luminiscence)标签、鲁米诺、异鲁米诺、吖啶酯、1，2-二氧环乙烷、吡啶哒嗪、放射性标签、同位素碘、同位素钴、同位素硒、同位素氚和同位素磷。
34.根据项目34所述的方法，其中通过用链霉亲和素-R-藻红蛋白检测生物素。
35.根据项目34所述的方法，其中所述方法进一步包括加入检测探针之前和/或之后
的洗涤步骤。
36.根据任一项目34-36所述的方法，其中互补检测探针包括一个或多个嵌入物分子。
37.根据项目37所述的方法，其中嵌入物分子的总数为选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、
11、12、13、14、15、16、17、18、19、20以及大于20的不同或相同的嵌入物分子。
38.根据任一以上项目所述的方法，其中目标DNA和/或RNA来自人类，动物，细菌，病
毒，真菌，朊病毒，原生动物和/或植物。
39.根据任一以上项目所述的方法，其中目标DNA和/或RNA分离自人或动物身体。
40.根据任一以上项目所述的方法，其中目标DNA和/或RNA分离自人、动物、鸟类、昆
虫、植物、藻类、真菌、酵母、病毒、细菌和噬菌体、多细胞和单细胞有机体。
41.根据任一以上项目所述的方法，其中目标DNA和/或RNA分离自粪便、血液、精液、
脑脊液(CSF)、痰、阴道液、尿液、唾液、毛发、其他体液、组织样品、整个器官、汗、泪或者人或动物的其他子结构。
42.根据任一以上项目所述的方法，其中被捕获的不同的目标DNA序列总数为选自1、
2-5、5-10、10-15、15-20、20-25、25-30、30-35、35-40、40-45、45-50、50-55、55-60、60-65、
65-70、70-75、75-80、80-85、85-90、95-100、100-150、150-200、200-300、300-500、500-1000以及大于1000的不同目标DNA序列，或这些间隔的任何结合。
43.一种诊断一种或多种疾病的方法，包括使用根据任一项目1-43所述的方法。
44.根据项目44所述的方法，其中诊断包括从受试个体的基因组中检测目标DNA和/
或RNA。
45.根据任一项目44-45所述的方法，其中诊断包括检测不是来自受试个体基因组的
目标DNA和/或RNA。
46.根据任一项目44-46所述的方法，其中诊断包括检测来自细菌，病毒，真菌，朊病
毒，原生动物和/或植物的目标DNA和/或RNA。
47.根据任一项目44-47所述的方法，其中待诊断的疾病为一种或多种遗传，即遗传性
疾病，如选自：CADASIL综合征、迟发性多发性羧化酶缺乏症、家族性小脑视网膜血管瘤病、克罗恩氏病、苯丙氨酸羟化酶缺乏症、法布里病、遗传性粪卟啉病、色素失禁症、头小畸型、多囊肾病、PHF8基因突变引起的Siderius X-链锁智力低下综合征和软骨发育不全的一种或多种疾病。
48.根据任一项目44-47所述的方法，其中待诊断的疾病为一种或多种疾病，如遗传性
疾病、癌症和传染性疾病，头痛和本发明方法可能是有效的其他疾病。
49.根据任一项目44-47和49所述的方法，其中待诊断的疾病是癌症。
50.根据项目50所述的方法，其中癌症的特征在于一个或多个基因或编码选自101F6、
ABR、ADPRTL3、ANP32C、ANP32D、APC2、APC、ARF、ARHGAP8、ARHI、AT1G14320、ATM、ATP8A2、AXUD1、BAP1、BECN1、BIN1、BRCA1、BRCA2、BTG1、BTG2、C1orf11、C5orf4、C5orf7、Cables、CACNA2D2、CAP-1、CARS、CAV1、CD81、CDC23、CDK2AP1、CDKN1A、CDKN1C、CDKN2A、CDKN2B、CDKN2X、Ciao1-pending、CLCA2、CREBL2、CTNNA1、CUL2、CW17R、DAB2、DAF-18、D-APC、DBC2、DCC、DDX26、DEC1、DLC1、DLEC1、DLEU1、DLEU2、DLG1、DLGH1、DLGH3、DMBT1、DNAJA3、DOC-1、DPC4、DPH2L、EGR1、FABP3、FAT、FGL1、FHIT、FLJ10506、FOXD1、FOXP1、FT、FUS1、FUS2、GAK、GAS1、GAS11、GLD-1、GLTSCR1、GLTSCR2、GRC5、GRLF1、HDAC3、HEMK、HIC1、HRG22、HSAL2、HTS1、HYAL1、HYAL2、IFGBP7、IGSF4、ING1、ING1L、ING4、I(2)tid、I(3)mbn、I(3)mbt、LAPSER1、LATS1、LATS2、LDOC1、LOH11CR2A、LRP1B、LUCA3、MAD、MAP2K4、MAPKAPK3、MCC、MDC、MEN1、ML-1、MLH1、MRVI1、MTAP、MXI1、NAP1L4、NBR2、NF1、NF2、NORE1、NPR2L、NtRb1、OVCA2、PDGFRL、PHEMX、pHyde、PIG8、PIK3CG、PINX1、PLAGL1、PRDM2、PTCH、PTEN、PTPNI3、PTPRG、RASSF1、RB1、RBBP7、RBX1、RBM6、RECK、RFP2、RIS1、RPL10、RPS29、RRM1、S100A2、SEMA3B、SF1、SFRP1、SLC22A1L、SLC26A3、SMARCA4、ST7、ST7L、ST13、ST14、STIM1、TCEB2、THW、TIMP3、TP53、TP63、TRIM8、TSC2、TSG101、TSSC1、TSSC3、TSSC4、VHL、Vhlh、WFDC1、WIT-1、WT1和WWOX蛋白质的基因有一个或多个突变。
51.根据项目50所述的方法，其中癌症的特征在于一个或多个肿瘤抗原选自：α-辅
肌动蛋白4、ARTC1、BCR-ABL融合蛋白(b3a2)、B-RAF、CASP-5、CASP-8、β-连环蛋白、Cdc27、CDK4、CDKN2A、COA-1、dek-can融合蛋白、EFTUD2、延伸因子2、ETV6-AML1融合蛋d d
白、FLT3-ITD、FN1、GPNMB、LDLR-岩藻糖转移酶AS融合蛋白、HLA-A2、HLA-All、hsp70-2、
1
KIAAO205、MART2、ME1、MUM-1、MUM-2、MUM-3、neo-PAP、肌球蛋白I、NFYC、OGT、OS-9、P53、pml-RARalpha融合蛋白、PRDX5、PTPRK、K-ras、N-ras、RBAF600、SIRT2、SNRPD1、SYT-SSX1f
或-SSX2融合蛋白、磷酸丙糖异构酶、BAGE-1、GAGE-1，2，8、GAGE-3，4，5，6，7、GnTV、HERV-K-MEL、KK-LC-1、KM-HN-1、LAGE-1、MAGE-A1、MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A4、MAGE-A6、k
MAGE-A9、MAGE-A10、MAGE-A12、MAGE-C2、mucin、NA-88、NY-ESO-1/LAGE-2、SAGE、Sp17、SSX-2、SSX-4、TRAG-3、和TRP2-INT2g。
52.根据项目50所述的方法，其中癌症的特征在于一个或多个基因或选自RASSF2和
SFRP2的基因发生一个或多个突变。
53.根据项目50所述的方法，其中癌症的特征在于一个或多个基因或选自TFPI2、
NDRG4、GATA4或GATA5的基因发生一个或多个突变。
54.根据项目44所述的方法，其中所述诊断包括胎儿疾病的诊断。
55.根据任一项目1-43所述的方法在个性化医疗中的用途。
56.一种目标RNA定量的方法，包括使用根据任一项目1-43所述的方法。
57.一种检测一个或多个目标DNA和/或RNA的方法，包括使用根据任一项目1-43所
述的方法。
58.根据项目58所述的方法，其中所述样品是饲料，食品或饮用水。
59.根据任一项目57-59所述的方法，其中目标DNA和/或RNA是来自人类，动物，细
菌，病毒，真菌，朊病毒，原生动物和/或植物。
60.根据项目39和60所述的方法，其中所述细菌选自：金黄醋杆菌(Acetobacter
aurantius)、不动杆菌属(Acinetobacter species)、鲍氏不动杆菌(Acinetobacter
baumannii)、乙 酸 钙 不 动 杆 菌(AcinetobacterCalcoaceticus)、约 氏 不 动 杆 菌(Acinetobacter johnsonii)、琼氏不动杆菌(Acinetobacter junii)、鲁氏不动杆菌
(Acinetobacter lwoffii)、抗辐射不动杆菌(Acinetobacterradioresistens)、败血症不动杆菌(Acinetobacter septicus)、申氏不动杆菌(Acinetobacter schindleri)、邬氏不动杆菌(Acinetobacter ursingii)；放线菌属(Actinomyces species)：牛型放线菌
(Actinomyces bovis)、鲍 氏 放 线 菌(Actinomyces bowdenii)、狗 阴 道 放 线 菌(ActinomycesCanis)、卡 底弗 放 线 菌 (ActinomycesCardiffensis)、catuli放 线 菌(Actinomyces Catuli)、狗阴道放线菌(ActinomycesColeocanis)、牙放线菌(Actinomyces dentalis)、齿 垢 放线 菌(Actinomyces denticolens)、欧洲 放 线菌 (Actinomyces europaeus)、芬氏放线菌(Actinomyces funkei)、乔氏放线菌(Actinomyces georgiae)、戈氏放线菌(Actinomyces gerencseriae)、葛氏放线菌(Actinomyces graevenitzii)、香港海 鸥 放 线 菌 (Actinomyces hongkongensis)、受 损 大 麦 放 线 菌 (Actinomyces hordeovulneris)、豪氏放线菌(Actinomyces howellii)、腐质生放线菌(Actinomyces humiferus)、猪阴道放线菌(Actinomyces hyovaginalis)、衣氏放线菌(Actinomyces israelii)、海哺乳动物放线菌(Actinomyces marimammalium)、迈氏放线菌(Actinomyces meyeri)、内氏放线菌(Actinomyces naeslundii)、居鼻放线菌(Actinomyces nasicola)、纽氏放线菌(Actinomyces neuii)、龋齿放线菌(Actinomyces odontolyticus)、口腔放线菌(Actinomyces oricola)、齿根放线菌(Actinomyces radicidentis)、瑞丁放线菌
(Actinomyces radingae)、斯 氏 放 线 菌(Actinomyces slackii)、链 霉 素 放 线 菌(Actinomyces streptomycini)、猪胰腺炎放线菌(Actinomyces suimastitidis)、猪放线菌(Actinomyces suis)、图列茨放线菌(Actinomyces turicensis)、泌尿生殖器放线菌(Actinomyces urogenitalis)、牛颚放线菌(Actinomyces vaccimaxillae)、黏放线菌(Actinomyces viscosus)；放线杆菌属(Actinobacillus species)：伴放线凝聚杆菌
(Actinobacillus actinomycetemcomitans)、关 节 炎 放 线 杆 菌 (Actinobacillus arthritidis)、荚膜 放线 杆菌(Actinobacillus Capsulatus)、栖 海豚放 线杆 菌
(Actinobacillus delphinicola)、马驹放线杆菌(Actinobacillus equuli)、人放线杆菌(Actinobacillus hominis)、吲哚放线杆菌(Actinobacillus indolicus)、李氏放线杆菌(Actinobacillus lignieresii)、小放线杆菌(Actinobacillus minor)、小鼠放线杆菌(Actinobacillus muris)、大叶性肺炎放线杆菌(Actinobacillus pleuropneumoniae)、小猪放线杆菌(Actinobacillus porcinus)、罗氏放线杆菌(Actinobacillus rossii)、苏格兰放线杆菌(Actinobacillus scotiae)、种子放线杆菌(Actinobacillus seminis)、产琥珀酸放线杆菌(Actinobacillus succinogenes)、猪放线杆菌(Actinobacillus suis)、脲放线杆菌(Actinobacillus ureae)；气单胞菌属(Aeromonas species)：异常嗜糖气单胞菌(Aeromonas allosaccharophila)、兽气单胞菌(Aeromonas bestiarum)、软壁气单胞菌(Aeromonas bivalvium)、鳗鱼气单胞菌(Aeromonas encheleia)、肠产泥气单胞菌
(Aeromonas enteropelogenes)、嗜矿泉气单胞菌(Aeromonas euchrenophila)、嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)、小鱼气单胞菌(Aeromonas ichthiosmia)、简氏气单胞菌(Aeromonas jaDNAei)、中间气单胞菌(Aeromonas media)、软体动物气单胞菌(Aeromonas molluscorum)、疱氏气单胞菌(Aeromonas popoffii)、斑点气单胞菌(Aeromonas
punctata)、杀鲑气单胞菌(Aeromonas salmonicida)、舒氏气单胞菌(Aeromonas
schubertii)、夏氏气单胞菌(Aeromonas sharmana)、猴气单胞菌(Aeromonas simiae)、温和气单胞菌(Aeromonas sobria)、维罗纳气单胞菌(Aeromonas veronii)；猫阿菲波菌(Afipia felis)、农杆菌(Agrobacterium species)：放射形农杆菌(Agrobacterium
radiobacter)、发根农杆菌(Agrobacterium rhizogenes)、悬钩子农杆菌(Agrobacterium rubi)、根癌农杆菌(Agrobacterium tumefaciens)；土壤单胞菌属(Agromonas species)、产碱菌属(Alcaligenes species)：水生产碱菌(Alcaligenes aquatilis)、真氧产碱菌(Alcaligenes eutrophus)、粪产碱菌(Alcaligenes faecalis)、广泛产碱菌(Alcaligenes latus)、木糖氧化产碱菌(Alcaligenes xylosoxidans)；另类希瓦氏菌属(Alishewanella species)、交替 球 菌 属(Alterococcus species)、人 粒 细 胞 无形 体 (Anaplasma phagocytophilum)、边缘无形体(Anaplasma marginale)、Aquamonas菌属(Aquamonas species)、溶血隐秘杆菌(Arcanobacterium haemolyticum)、Aranicola菌属(Aranicola species)、杀雄菌属(Arsenophonus species)、Azotivirga菌属(Azotivirga species)、棕色固氮菌(Azotobacter vinelandii)、褐色球形固氮菌(Azotobacter Chroococcum)、细菌性痢疾(志贺氏细菌性痢疾)(Bacillary dysentery(Shigellosis))、芽孢杆菌属
(Bacillus species)：牛种芽孢杆菌(布氏杆菌生物型流产)(Bacillus abortus(Brucella melitensis biovar abortus))、 炭 疽 芽 孢 杆 菌 ( 炭 疽 热 )(Bacillus
anthracis(Anthrax))、短芽孢杆菌(Bacillus brevis)、蜡状芽孢杆菌(BacillusCereus)、凝固芽孢杆菌(BacillusCoagulans)、梭形芽孢杆菌(Bacillus fusiformis)、枯草芽孢杆菌(Bacillus globigii)、地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)、巨大芽孢杆菌
(Bacillus megaterium)、葷状芽孢杆菌(Bacillus mycoides)、纳豆芽孢杆菌(Bacillus natto)、嗜热脂肪芽孢杆菌(Bacillus stearothermophilus)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、球形芽孢杆菌(Bacillus sphaericus)、苏云金芽孢 杆菌(Bacillus
thuringiensis)；拟杆菌属(Bacteroides species)：福赛斯拟杆菌(福赛斯坦纳菌)
(Bacteroides forsythus(Tannerella forsythensis))、产 酸 拟 杆 菌 (Bacteroides acidifaciens)、吉氏拟杆菌(Bacteroides distasonis)重新分类为(reclassified as Parabacteroidesdistasonis)、狗齿龈卟啉单胞菌(Bacteroides gingivalis)、纤细弯曲杆菌(Bacteroides gracilis)、脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)、口腔拟杆菌
(Bacteroides oris)、卵形拟杆菌(Bacteroides ovatus)、腐败拟杆菌(Bacteroides putredinis)、化 脓 拟 杆 菌(Bacteroides pyogenes)、粪 便 拟 杆 菌 (Bacteroides stercoris)、猪拟杆菌(Bacteroides suis)、隐蔽拟杆菌(Bacteroides tectus)、多形拟杆菌(Bacteroides thetaiotaomicron)、普通拟杆菌(Bacteroides vulgatus)；巴尔通体属(Bartonella species)：阿尔萨斯巴尔通体(Bartonella alsatica)、杆状巴尔通体
(Bartonella bacilliformis)、birtlesii巴尔通体(Bartonella birtlesii)、牛巴尔通体(Bartonella bovis)、狗巴尔通体(BartonellaCapreoli)、克氏巴尔通体(Bartonella Clarridgeiae)、多氏巴尔通体(Bartonella doshiae)、伊氏巴尔通体(Bartonella
elizabethae)、格氏巴尔通体(Bartonella grahamii)、汉氏巴尔通体(猫抓热)
(Bartonella henselae(cat scratch fever))、科氏巴尔通体(Bartonella koehlerae)、鼠巴尔通体(Bartonella muris)、跳鼠巴尔通体(Bartonella peromysci)、五日热巴尔通体 (Bartonella quintana)、rochalimae 巴 尔 通 体 (Bartonella rochalimae)、
schoenbuchii巴尔通体(Bartonella schoenbuchii)、鼹巴尔通体(Bartonella talpae)、泰勒氏巴尔通体(Bartonella taylorii)、部落巴尔通体(Bartonella tribocorum)、文氏巴尔通体阿如波亚种(Bartonella vinsonii spp.Arupensis)、文氏巴尔通体伯氏亚种(Bartonella vinsonii spp.Berkhoffii)、文氏巴尔通体文氏亚种(Bartonella vinsonii spp.Vinsonii)、washoensis 巴 尔 通 体 (Bartonella washoensis)； 卡 介 苗
(BCG(BacilleCalmette-Guerin))、动物溃疡伯杰氏菌(兽伤威克菌)(Bergeyella
zoohelcum(Weeksella zoohelcum))、两歧双歧杆菌(Bifidobacterium bifidum)、芽生杆菌属(Blastobacter species)、(Blochmannia species)、博德特氏菌属(Bordetella species)：ansorpii′博得特氏菌(Bordetella ansorpii′)、鸟博得特氏菌(Bordetella avium)、支气管炎博得特氏菌(Bordetella bronchiseptica)、欣氏博德特氏菌
(Bordetella hinzii)、霍氏博得特氏菌(Bordetella holmesii)、霍氏博德特氏菌
(Bordetella parapertussis)、副 百 日 咳 博 德 特 氏 菌 (百 日 咳 )(Bordetella pertussis(WhoopingCough))、petrii博德特氏菌(Bordetella petrii)、创口博德特氏菌(Bordetella trematum)；疏螺旋体属(Borrelia species)、布氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi)、阿氏疏螺旋体(Borrelia afzelii)、鹅疏螺旋体(Borrelia anserina)、嘎氏疏螺旋体(Borreliagarinii)、瓦莱疏螺旋体(Borrelia valaisiana)、赫氏蜱疏螺旋体(Borrelia hermsii)、扁虱疏螺旋体(Borrelia Parkeri)、回归热疏螺旋体(Borrelia recurrentis)；包西氏菌属(Bosea species)、慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium species)、Brenneria菌属(Brenneria species)、布鲁氏菌属(Brucella species)：牛种布鲁氏菌(Brucella abortus)、犬种布鲁氏菌(Brucella Canis)、马尔它布鲁氏菌(Brucella
melitensis)、木鼠布鲁氏菌(Brucella neotomae)、羊布鲁氏菌(Brucella ovis)、猪布鲁氏菌(Brucella suis)、鳍脚布鲁氏菌(Brucella pinnipediae)；巴克纳氏菌属(Buchnera species)、布戴约维采菌属(Budvicia species)、伯克氏菌属(Burkholderia species)：
洋葱伯克氏菌(洋葱假单胞菌)(Burkholderia Cepacia(PseudomonasCepacia))、鼻疽伯克氏菌(鼻疽假单胞菌/(鼻疽放线杆菌)(Burkholderia mallei(Pseudomonas mallei/
Actinobacillus mallei)、类鼻疽 伯克氏菌(类 鼻疽假单胞 菌)(Burkholderia
pseudomallei(Pseudomonas pseudomallei))；布丘氏菌属(Buttiauxella species)、肉芽肿鞘杆菌(Calymmato bacterium granulomatis)、弯曲杆菌属(Campylobacter species)：
大肠弯曲杆菌(Campylobacter Coli)、简明弯曲杆菌(Campylobacter Concisus)、曲形弯曲杆菌(Campylobacter Curvus)、粪弯曲杆菌(Campylobacter fetus)、纤细弯曲杆菌(Campylobacter gracilis)、瑞士弯曲杆菌(Campylobacter helveticus)、空肠弯曲杆菌(Campylobacter hominis)、豚肠弯曲杆菌(Campylobacter hyointestinalis)、黑岛弯曲杆菌(Campylobacter insulaenigrae)、空肠弯曲杆菌(Campylobacter jejuni)、弯曲杆菌(Campylobacter lanienae)、C红嘴鸥弯曲杆菌(ampylobacter lari)、粘膜弯曲杆菌
(Campylobacter mucosalis)、直肠弯曲杆菌(Campylobacter rectus)、昭和弯曲杆菌(Campylobacter showae)、唾液弯曲杆菌(Campylobacter sputorum)、乌普萨拉弯曲杆菌(Campylobacter upsaliensis)；狗咬二氧化碳噬纤维菌(生长缓慢的发酵罐2型)
(Capnocytophaga Canimorsus(Dysgonic fermenter type2))、 棒 状 杆 菌 属
(Corynebacterium species)、人形棒状杆菌(Cardiobacterium hominis)、西地西菌属(Cedecea species)、衣原体属(Chlamydia species)：砂眼衣原体(性病淋巴肉芽肿)
(Chlamydia trachomatis(Lymphogranuloma venereum))、 衣 原 体 (Chlamydia
muridarum)、猪衣原体(Chlamydia suis)；衣原体属(Chlamydophila species)：肺炎衣原体 (Chlamydophila pneumoniae)、鹦 鹉 热 衣 原 体 ( 鹦 鹉 热 )(Chlamydophila psittaci(Psittacosis))、刚果嗜衣原体(Chlamydophila pecorum)、流产 衣原体
(Chlamydophila abortus)、猫 衣 原 体 (Chlamydophila felis)、豚 鼠 衣 原 体
(ChlamydophilaCaviae)；柠檬酸杆菌属(Citrobacter species)：非丙二酸柠檬酸杆菌(Citrobacter amalonaticus)、布氏柠檬酸杆菌(Citrobacter braakii)、法氏柠檬酸杆菌(Citrobacter farmeri)、弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacter freundii)、吉氏柠檬酸杆菌(Citrobacter gillenii)、中间柠檬酸杆菌(Citrobacter intermedius)、差别柠檬酸杆菌又称差别柠檬酸杆菌(Citrobacter koseri aka Citrobacter diversus)、莫氏柠檬酸杆菌(Citrobacter murliniae)、腐蚀柠檬酸杆菌(Citrobacter rodentium)、塞氏柠檬酸杆菌(Citrobacter sedlakii)、魏氏柠檬酸杆菌(Citrobacter werkmanii)、杨氏柠檬酸杆菌(Citrobacter youngae)；梭 菌属(Clostridium species)：肉毒杆 菌(Clostridium botulinum)、艰难梭菌(Clostridium difficile)、诺氏梭菌(Clostridium novyi)、败血梭菌(Clostridium septicum)、破伤风梭菌(破伤风)(Clostridium tetani(Tetanus))、韦氏梭菌(产荚膜梭菌)(Clostridium welchii(Clostridium perfringens))；棒杆菌属(Corynebacterium species)： 白 喉 棒 杆 菌 ( 白 喉 )(Corynebacterium
diphtheriae(Diphtheria))、无枝菌酸棒杆菌(Corynebacterium amycolatum)、水生棒杆菌(Corynebacterium aquaticum)、牛棒杆菌(Corynebacterium bovis)、马红球 菌
(Corynebacterium equi)、微黄棒杆菌(Corynebacterium flavescens)、谷氨酸棒杆菌(Corynebacterium glutamicum)、溶血隐秘棒杆菌(Corynebacterium haemolyticum)、杰氏棒杆菌(JK小组棒杆菌)(Corynebacterium jeikeiun(corynebacteria of group JK))、极小棒杆菌(红癣)(Corynebacterium minutissimum(Erythrasma))、小棒杆菌(又称为疮疱棒杆菌)(Corynebacterium parvum(Propionibacterium acnes))、假白喉棒杆菌(又称为 霍 氏 棒 杆 菌 )(Corynebacterium pseudodiptheriticum(Corynebacterium
hofmannii))、啮齿类假结核棒杆菌(又称为绵羊棒杆菌)(Corynebacterium pseudotuberculosis(Corynebacterium ovis))、化脓棒杆菌(Corynebacterium pyogenes)、解脲棒杆菌(D2小组棒杆菌)(Corynebacterium urealyticum(corynebacteria of group D2))、兔肾棒杆菌(Corynebacterium renale)、纹带棒杆菌(Corynebacterium striatum)、纤细棒杆 菌 ( 胶 群 藻 色 菌 毛 菌 病，腋 脉 毛 发 菌 病 )(Corynebacterium
tenuis(Trichomycosispalmellina，Trichomycosis axillaris))、 溃 疡 棒 杆 菌
(Corynebacterium ulcerans)、干燥棒杆菌(Corynebacterium xerosis)；伯氏立克次氏体(Q热病原体)(Coxiella burnetii(Q fever))、克洛诺菌属(Cronobacter species)：阪崎克洛诺菌(Cronobacter sakazakii)、丙二酸年轻泰坦杆菌属、苏黎世年轻泰坦杆菌属(Cronobacter turicensis)、莫氏年轻泰坦杆菌属(Cronobacter muytjensii)、都柏林年轻泰坦杆菌属(Cronobacter dublinensis)；代尔夫特食酸菌(食酸假单胞菌)(Delftia acidovorans(Comamonas acidovorans))、迪基氏菌属(Dickeyaspecies)、爱德华氏菌属(Edwardsiella species)、啮蚀艾肯菌(EikenellaCorrodens)、肠杆菌属(Enterobacter species)：产 气 肠 杆 菌(Enterobacter aerogenes)、阴 沟 肠 杆 菌 (Enterobacter Cloacae)、阪崎肠杆菌(Enterobacter sakazakii)；肠球菌属(Enterococcus species)：
鸟肠球菌(Enterococcus avium)、耐久肠球菌(Enterococcus durans)、粪肠球菌(粪链球菌/D组 链 球 菌 )(Enterococcus faecalis(Streptococcus faecalis/Streptococcus Group D))、屎肠球菌(Enterococcus faecium)、孤立肠球菌(Enterococcus solitarius)、鹑鸡肠球菌(Enterococcus galllinarum)、病臭肠球菌(Enterococcus maloratus)；恰菲埃里希氏菌(Ehrlichia Chaffeensis)、猪肝毒杆菌(Erysipelothrix rhusiopathiae)、欧文氏菌属(Erwinia species)、埃希氏菌属(Escherichia species)：非脱羧埃希氏菌
(Escherichia adecarboxylata)、albertii埃希氏菌(Escherichia albertii)、蟑螂埃希氏 菌(Escherichia blattae)、大肠 杆 菌(EscherichiaColi)、弗 洛 森 埃 希 氏 菌(Escherichia fergusonii)、赫氏埃希氏菌(Escherichia hermannii)、伤口埃希氏菌(Escherichia vulneris)；爱文氏菌属(Ewingella species)、黄杆菌属(Flavobacterium species)：水生黄杆菌(Flavobacterium aquatile)、嗜鳍黄杆菌(Flavobacterium
branchiophilum)、columnare黄 杆 菌 (FlavobacteriumColumnare)、内 海 黄 杆 菌(Flavobacterium flevense)、关德瓦纳黄杆菌(Flavobacterium gondwanense)、黄囊黄杆菌(Flavobacterium hydatis)、约氏黄杆菌(Flavobacterium johnsoniae)、噬果胶黄杆菌(Flavobacterium pectinovorum)、嗜冷黄杆菌(Flavobacterium psychrophilum)、嗜糖黄杆菌(Flavobacterium saccharophilum)、需盐黄杆菌(Flavobacterium salegens)、大菱鲆 金 黄 杆 菌(Flavobacterium scophthalmum)、琥 珀 酸 黄 杆 菌 (Flavobacterium succinans)；土拉热弗朗西丝氏菌(土拉菌病)(Francisella tularensis(Tularaemia))、新凶手弗朗西丝氏菌(Francisella novicida)、蜃楼弗朗西丝氏菌(Francisella
philomiragia)、梭杆菌属(Fusobacterium species)：坏死弗朗西丝氏菌(勒米埃综合症/坏 疽 热 死 杆 菌 )(Fusobacterium necrophorum(Lemierre syndrome/Sphaerophorus necrophorus))、具核梭杆菌(Fusobacterium nucleatum)、多态梭杆菌(Fusobacterium polymorphum)、偏磷酸四环素梭杆菌(Fusobacterium novum)、死亡梭杆菌(Fusobacterium mortiferum)、可变梭杆菌(Fusobacterium varium)；阴道加德纳氏菌(Gardnerella
vaginalis)、溶 血 奈 氏 球 菌(Gemella haemolysans)、麻 疹 孪 生 球 菌 (Gemella morbillorum) 麻 疹 微 球 菌 (Streptococcus morbillorum)、Grimontella 菌 属
(Grimontella species)、嗜血菌属(Haemophilus species)：埃及流感嗜血菌(埃及嗜血菌)(Haemophilus aegyptius(Koch-Weeks bacillus))、嗜 沫 嗜 血 菌 (Haemophilus aphrophilus)、鸟巴斯德嗜血菌(Haemophilus avium)、杜氏嗜血菌(软下 疳)
(Haemophilus ducreyi(Chancroid))、猫嗜血菌(Haemophilus felis)、溶血嗜血菌
(Haemophilus haemolyticus)、流 感 嗜 血 杆 菌 (流 感 嗜 血 杆 菌 )(Haemophilus influenzae(Pfeiffer bacillus))、副兔嗜血菌(Haemophilus paracuniculus)、副溶血嗜血菌(Haemophilus parahaemolyticus)、副流感嗜血菌(Haemophilus parainfluenzae)、副嗜沫嗜血菌(副嗜沫嗜血菌)(Haemophilus paraphrophilus(Aggregatibacter
aphrophilus))、百 日 咳 嗜 血 菌(Haemophilus pertussis)、pittmaniae 嗜 血 菌(Haemophilus pittmaniae)、睡 眠 嗜 血 菌(Haemophilus somnus)、阴 道 嗜 血 菌(Haemophilus vaginalis)；哈夫尼菌属(Hafnia species)、蜂房哈夫尼菌(Hafnia
alvei)、螺杆菌属(Helicobacter species)：猎豹螺杆菌(Helicobacter acinonychis)、鹅螺杆菌(Helicobacter anseris)、金仓鼠螺杆菌(Helicobacter aurati)、胆汁螺杆菌(Helicobacter bilis)、毕氏螺杆菌(Helicobacter bizzozeronii)、加拿大鹅螺杆菌(Helicobacter brantae)、加拿 大螺杆菌(Helicobacter Canadensis)、犬螺杆 菌
(Helicobacter Canis)、胆囊螺杆菌(Helicobacter Cholecystus)、同性恋螺杆菌
(Helicobacter Cinaedi)、胃 螺 杆 菌(Helicobacter Cynogastricus)、猫 螺 杆 菌(Helicobacter felis)、芬纳尔螺杆菌(Helicobacter fennelliae)、蛇形螺杆菌
(Helicobacter ganmani)、海尔曼螺杆菌(人型gastrospirillum)(Helicobacterheilmannii(Gastrospirillum hominis))、螺 杆 菌(Helicobacter hepaticus)、肝 螺 杆 菌(Helicobacter mesocricetorum)、幽门螺杆菌旱獭属(Helicobacter marmotae)、小家鼠螺杆菌(Helicobacter muridarum)、鼬鼠螺杆菌(Helicobacter mustelae)、帕美特螺杆菌(Helicobacter pametensis)、胃肠炎螺杆菌(Helicobacter pullorum)、幽门螺杆菌(胃溃 疡)(Helicobacter pylori(stomach ulcer))、芜菁 幽 门 螺 杆菌 (Helicobacter rappini)、啮齿幽门螺杆菌(Helicobacter rodentium)、扎氏螺杆菌(Helicobacter
salomonis)、龋 齿 螺 杆 菌 (Helicobacter trogontum)、typhlonius幽 门 螺 杆 菌(Helicobacter typhlonius)、winghamensis幽门螺杆菌(Helicobacter winghamensis)；
人粒细胞埃立克体病(嗜吞噬细胞无形体/人粒细胞埃立克体)(Human granulocytic
ehrlichiosis(Anaplasma phagocytophilum/Ehrlichia phagocytophila))、 人 类
monocytotropic埃立克体病(单核细胞埃立克体病/查菲埃立克体)(Human
monocytotropic ehrlichiosis(Monocytic ehrlichiosis/Ehrlichia Chaffeensis))、克雷伯菌属(Klebsiella species)：肉芽肿克雷伯氏菌(肉芽肿肉芽肿荚膜杆菌)
(Klebsiella granulomatis(Calymmato bacterium granulomatis)、活动克雷伯氏菌
(Klebsiella mobilis)、解鸟氨酸克雷伯氏菌(Klebsiella ornithinolytica)、产酸克雷伯氏菌(Klebsiella oxytoca)、臭鼻克雷伯氏菌(Klebsiella ozaenae)、植生克雷伯氏菌(Klebsiella planticola)、肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)、鼻硬结肺炎克雷伯 氏 菌 (Klebsiella rhinoscleromatis)、新 加 波 克 雷 伯 氏 菌(Klebsiella singaporensis)、土生克雷伯氏菌(Klebsiella terrigena)、植生克雷伯氏菌(Klebsiella trevisanii)、Klebsiella variicola；金氏金氏菌(Kingella kingae)、克吕沃尔氏菌属(Kluyvera species)、乳酸杆菌属(Lactobacillus species)：耐酸乳杆菌(Lactobacillus acetotolerans)、acidifarinae乳杆菌(Lactobacillus acidifarinae)、马里乳杆菌
(Lactobacillus acidipiscis)、嗜 酸 乳 杆 菌(德 得 来 因 杆 菌 )(Lactobacillus acidophilus(Doderlein bacillus))、敏捷乳杆菌(Lactobacillus agilis)、食品乳杆菌(Lactobacillus algidus)、消化乳杆菌(Lactobacillus alimentarius)、溶淀粉乳杆菌(Lactobacillus amylolyticus)、嗜淀粉乳杆菌(Lactobacillus amylophilus)、嗜淀粉乳杆菌(Lactobacillus amylotrophicus)、食淀粉乳杆菌(Lactobacillus amylovorus)、动物乳杆菌(Lactobacillus animalis)、安德里乳杆菌(Lactobacillus antri)、apodemi乳杆菌(Lactobacillus apodemi)、鸟乳杆菌(Lactobacillus aviarius)、双发酵乳杆菌(Lactobacillus bifermentans)、短乳杆菌(Lactobacillus brevis)、布氏乳 杆菌
(Lactobacillus buchneri)、乳杆 菌 病(Lactobacillus Camelliae)、干酪 乳 杆 菌(Lactobacillus Casei)、链 状乳 杆菌(LactobacillusCatenaformis)、ceti 乳杆 菌(LactobacillusCeti)、人型乳杆菌(LactobacillusColeohominis)、丘状菌落乳杆菌
(Lactobacillus Collinoide)、堆肥化处理乳酸菌(Lactobacillus Composti)、弧形乳杆菌(Lactobacillus Concavus)、棒状乳杆菌(Lactobacillus Coryniformis)、卷状乳杆菌(Lactobacillus Crispatus)、面包乳杆菌(Lactobacillus Crustorum)、弯曲乳杆菌
(Lactobacillus Curvatus)、德氏乳酸杆菌(Lactobacillus delbrueckii)、德氏乳杆菌保加利亚亚种(Lactobacillus delbrueckii subsp.Bulgaricus)、德氏乳杆菌球菌亚种
(Lactobacillus delbrueckii subsp.Lactis)、diolivorans 乳 杆 菌 (Lactobacillus diolivorans)、小 马 乳 杆 菌(Lactobacillus equi)、马 乳 杆 菌 (Lactobacillus equigenerosi)、farraginis乳 杆 菌 (Lactobacillus farraginis)、香 肠 乳 杆 菌(Lactobacillus farciminis)、发酵性乳杆菌(Lactobacillus fermentum)、fornicalis乳杆菌(Lactobacillus fornicalis)、食果糖乳杆菌(Lactobacillus fructivorans)、
frumenti乳杆菌(Lactobacillus frumenti)、果糖乳杆菌(Lactobacillus fuchuensis)、鸡乳杆菌(Lactobacillus gallinarum)、戈氏乳杆菌(Lactobacillus gasseri)、胃乳杆菌(Lactobacillus gastricus)、ghanensis乳杆菌(Lactobacillus ghanensis)、草乳杆菌(Lactobacillus graminis)、hammesii乳杆菌(Lactobacillus hammesii)、哈氏乳杆菌(Lactobacillus hamsteri)、harbinensis 乳 杆 菌 (Lactobacillus harbinensis)、hayakitensis乳杆菌(Lactobacillus hayakitensis)、瑞士乳杆菌(Lactobacillus
helveticus)、希氏乳杆菌(Lactobacillus hilgardii)、同型腐酒乳杆菌(Lactobacillus homohiochii)、惰性乳杆菌(Lactobacillus iners)、ingluviei乳杆菌(Lactobacillus ingluviei)、肠乳杆菌(Lactobacillus intestinalis)、詹氏乳杆菌(Lactobacillus j ensenii)、约氏乳杆菌(Lactobacillus j ohnsonii)、kalixensis乳杆菌(Lactobacillus kalixensis)、马乳酒样乳杆菌(Lactobacillus kefiranofaciens)、高加索酸奶乳杆菌(Lactobacillus kefiri)、韩泡菜乳杆菌(Lactobacillus kimchii)、kitasatonis乳杆菌(Lactobacillus kitasatonis)、kunkeei乳杆菌(Lactobacillus kunkeei)、德氏乳杆菌亚种(Lactobacillus leichmannii)、林氏乳杆菌(Lactobacillus lindneri)、坏发酵乳杆菌(Lactobacillus malefermentans)、马里乳杆菌(Lactobacillus mali)、manihotivorans乳 杆 菌 (Lactobacillus manihotivorans)、mindensis 乳 杆 菌 (Lactobacillus mindensis)、粘 膜 乳杆 菌 (Lactobacillus muco sae)、鼠乳 杆 菌 (Lactobacillus murinus)、nagelii乳杆菌(Lactobacillus nagelii)、namurensis乳杆菌(Lactobacillus namurensis)、nantensis 乳 杆 菌 (Lactobacillus nantensis)、少 发 酵 乳 杆 菌(Lactobacillus oligofermentans)、口乳杆菌(Lactobacillus oris)、面包乳杆菌
(Lactobacillus panis)、pantheris乳杆菌(Lactobacillus pantheris)、parabrevis乳杆菌(Lactobacillus parabrevis)、类布氏乳杆菌(Lactobacillus parabuchneri)、
paracollinoides乳杆菌(Lactobacillus paracollinoides)、parafarraginis乳杆菌
(Lactobacillus parafarraginis)、类高加索酸奶乳杆菌(Lactobacillus parakefiri)、paralimentarius 乳 杆 菌 (Lactobacillus paralimentarius)、 植 物 乳 杆 菌
(Lactobacillus paraplantarum)、戊糖乳杆菌(Lactobacillus pentosus)、腐卵乳杆菌(Lactobacillus perolens)、植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)、鹦鹉热乳杆菌(Lactobacillus psittaci)、凝乳酶乳酸杆菌(Lactobacillus rennini)、路氏乳杆菌(Lactobacillus reuteri)、鼠李糖乳杆菌(Lactobacillus rhamnosus)、裂乳杆菌
(Lactobacillus rimae)、罗 氏 乳 杆 菌(Lactobacillus rogosae)、rossiae 乳 杆 菌(Lactobacillus rossiae)、瘤胃乳杆菌(Lactobacillus ruminis)、saerimneri乳杆菌(Lactobacillus saerimneri)、清酒 乳杆菌(Lactobacillus sakei)、唾 液乳杆 菌
(Lactobacillus salivarius)、sanfranciscensis 乳 杆 菌 (Lactobacillus
sanfranciscensis)、satsumensis乳杆菌(Lactobacillus satsumensis)、旧金山乳杆菌(Lactobacillus secaliphilus)、沙氏乳杆菌(Lactobacillus sharpeae)、siliginis乳杆菌(Lactobacillus siliginis)、spicheri乳杆菌(Lactobacillus spicheri)、猪双臼乳杆 菌 (Lactobacillus suebicus)、泰 国 乳 杆 菌 (Lactobacillus thailandensis)、ultunensis乳 杆 菌(Lactobacillus ultunensis)、牛 痘 乳 杆 菌 (Lactobacillus vaccinostercus)、阴道乳杆菌(Lactobacillus vaginalis)、versmoldensis乳杆菌
(Lactobacillus versmoldensis)、嗜葡萄酒乳杆菌(Lactobacillus vini)、犊乳杆菌(Lactobacillus vitulinus)、玉 米 乳 杆 菌(Lactobacillus zeae)、zymae 乳 杆 菌(Lactobacillus zymae)；勒克氏菌属(Leclercia species)、军团菌属(Legionella
species)：阿 德 莱 德 军 团 菌 (Legionella adelaidensis)、茴 芹 军 团 菌
(Legionellaanisa)、贝尔亚德军团菌(Legionella beliardensis)、伯明翰军团菌
(Legionella birminghamensis)、博氏军团菌(Legionella bozemanii)、布吕嫩军团菌(Legionella brunensis)、釜 山 军 团 菌(Legionella busanensis)、彻 氏 军 团 菌(LegionellaCherrii)、辛辛那提军团菌(LegionellaCincinnatiensis)、donaldsonii军团菌(Legionella donaldsonii)、德氏军团菌(Legionella drancourtii)、德罗氏军团菌(Legionella drozanskii)、艾 斯 特 军 团菌 (Legionella erythra)、费 氏 军 团 菌(Legionella fairfieldensis)、军团菌(Legionella fallonii)、菲氏军团菌(Legionella feeleii)、吉斯特军团菌(Legionella geestiana)、军团菌基因组种(Legionella
genomospecies)、戈拉提阿纳军团菌(Legionella gratiana)、戈里希尔军团菌
(Legionella gresilensis)、哈 氏 军 团 菌(Legionella hackeliae)、填 土 军 团 菌(Legionella impletisoli)、以色列军团菌(Legionella israelensis)、詹姆斯敦军团菌(Legionella jamestowniensis)、Candidatus Legionella jeonii、约 旦 军 团 菌
(Legionella jordanis)、兰斯格军团菌(Legionella lansingensis)、伦敦军团菌
(Legionella londiniensis)、长滩军团菌(Legionella longbeachae)、溶解军团菌
(Legionella lytica)、梅氏塔特洛克氏菌(Legionella maceachernii)、麦氏军团菌
(Legionella micdadei)、摩拉维采军团菌(Legionella moravica)、水手 军团菌
(Legionella nautarum)、橡树岭军团菌(Legionella oakridgensis)、巴黎军团菌
(Legionella parisiensis)、侵肺军团菌(Legionella pneumophila)、考特拉军团菌
(Legionella quateirensis)、昆里万军团菌(Legionella quinlivanii)、rowbothamii军团菌(Legionella rowbothamii)、红光军团菌(Legionella rubrilucens)、赫伦荒原军团菌(Legionella sainthelensi)、卫生十字军团菌(Legionella santicrucis)、沙氏军团菌(Legionella shakespearei)、斯皮里特湖军团菌(Legionella spiritensis)、施氏军团菌(Legionella steigerwaltii)、都灵军团菌(Legionella taurinensis)、图森军团菌
(Legionella tucsonensis)、沃氏军团菌(Legionella wadsworthii)、瓦氏军团菌
(Legionella waltersii)、沃斯利军团菌(Legionella worsleiensis)、薮内军团菌
(Legionella yabuuchiae)；勒米诺氏菌属(Leminorella species)、钩端螺旋体属
(Leptospira species)：问号钩端螺旋体(Leptospira interrogans)、科氏钩端螺旋体(Leptospira kirschneri)、类黄疸性钩端螺旋体(Leptospira noguchii)、亚历山大钩端螺旋体(Leptospira alexanderi)、韦氏钩端螺旋体(Leptospira weilii)、钩端螺旋体基因组种1(Leptospira genomospecies1)、博氏钩端螺旋体(Leptospira borgpetersenii)、圣地罗斯钩端螺旋体(Leptospira santarosai)、稻田钩端螺旋体(Leptospira inadai)、芬氏钩端螺旋体(Leptospira fainei)、布鲁姆钩端螺旋体(Leptospira broomii)、钩端螺旋体(Leptospira licerasiae)、双曲钩端螺旋体(Leptospira biflexa)、迈耶钩端螺旋体(Leptospira meyeri)、钩端螺旋体(Leptospira wolbachii)、钩端螺旋体基因组种
3(Leptospira genomospecies3)、钩端螺旋体基因组种4(Leptospira genomospecies4)、钩端螺旋体基因组种5(Leptospira genomospecies5)；瘤型麻风(Danielssen-Boeck病)(Lepromatous leprosy(Danielssen-Boeck disease))、 钩 端 螺 旋 体
(LeptospiraCanicola)、钩端螺旋体(Leptospira hebdomadis)、细螺旋体病(韦尔病/出血性黄疸钩端螺旋体/黄疸出血群赖型钩端螺旋体)(Leptospirosis(Weil disease/
Leptospira icterohaemorrhagiae/Leptospira interrogans serovar
icterohaemorrhagiae))、纤毛菌属(Leptotrichia)、无色藻菌属(Leuconostoc species)：
肉色无色藻菌(Leuconostoc Carnosum)、柠檬无色藻菌(LeuconostocCitreum)、榴莲无色藻菌(Leuconostoc durionis)、谲诈无色藻菌(Leuconostoc fallax)、无花果无色藻菌(Leuconostoc ficulneum)、果糖无色藻菌(Leuconostoc fructosum)、garlicum无色藻菌(Leuconostoc garlicum)、酸败气无色藻菌(Leuconostoc gasicomitatum)、硬无色藻菌(Leuconostoc gelidum)、银海无色藻菌(Leuconostoc inhae)、韩泡菜无色藻菌
(Leuconostoc kimchii)、乳无色藻菌(Leuconostoc lactis)、肠膜无色藻菌(Leuconostoc mesenteroides)、假无色藻菌(Leuconostoc pseudoficulneum)、假肠膜无色藻菌
(Leuconostoc pseudomesenteroides)；利斯特氏菌属(Listeria species)：格氏利斯特氏菌(Listeria grayi)、无害利斯特氏菌(Listeria innocua)、伊氏利斯特氏菌
(Listeria ivanovii)、单 核 细 胞 增 生利 斯 特 氏 菌(李 斯 特 菌病 )(Listeria monocytogenes(Listeriosis))、斯氏利斯特氏菌(Listeria seeligeri)、威氏利斯特氏菌(Listeria welshimeri)；甲烷杆菌(Methanobacterium extroquens)、多形微杆菌
(Microbacterium multiforme)、微 球 菌 属(Micrococcus species)：蝰 蛇 微 球 菌(Micrococcus antarcticus)、黄 色 微 球 菌(Micrococcus flavus)、藤 黄 微 球 菌(Micrococcus luteus)、里拉微球菌(Micrococcus lylae)、粘膜微球菌(Micrococcus mucilaginosis)、玫瑰色微球菌(Micrococcus roseus)、栖息微球菌(Micrococcus
sedentarius)；动弯杆菌属(Mobiluncus)、米勒氏菌属(Moellerella species)、摩根氏菌属(Morganella species)、莫拉氏菌属(Moraxella species)：亚特兰大莫拉氏菌
(Moraxella atlantae)、鲍氏莫拉氏菌(Moraxella boevrei)、牛莫拉氏菌(Moraxella bovis)、犬莫拉氏菌(Moraxella Canis)、山羊莫拉氏菌(Moraxella Caprae)、粘膜炎莫拉氏菌(粘膜炎布兰汉球菌)(Moraxella Catarrhalis(Branhamella Catarrhalis))、豚鼠莫拉氏菌(Moraxella Caviae)、兔莫拉氏菌(Moraxella Cuniculi)、小马莫拉氏菌
(Moraxella equi)、腔隙莫拉氏菌(Moraxella lacunata)、林氏莫拉氏菌(Moraxella lincolnii)、不液化莫拉氏菌(Moraxella nonliquefaciens)、椭圆莫拉氏菌(Moraxella oblonga)、奥斯陆莫拉氏菌(Moraxella osloensis)、解糖莫 拉氏菌(Moraxella
saccharolytica)；摩 氏 摩 根 莫 拉 氏 菌 (Morganella morganii)、分 枝 杆 菌 属(Mycobacterium species)：脓肿分枝杆菌(Mycobacterium abscessus)、非洲分枝杆菌(Mycobacterium africanum)、田野分枝杆菌(Mycobacterium agri)、爱知分枝杆菌
(Mycobacterium aichiense)、蜂房分枝杆菌(Mycobacterium alvei)、临床病例所分枝杆菌(Mycobacterium arupense)、亚洲分枝杆菌(Mycobacterium asiaticum)、分枝杆菌(Mycobacterium aubagnense)、金色分枝杆菌(Mycobacterium aurum)、南非分枝杆菌(Mycobacterium austroafricanum)、贪食分枝杆菌(巴蒂病/温德米尔夫人综合征)
(Mycobacterium avium(Battey disease/Lady Windermere syndrome))、鸟分枝杆菌副结核亚种 (在人类 克罗恩 病和 绵羊副 结核病 中存 在)(Mycobacterium avium
paratuberculosis)、鸟分枝杆菌森林土壤亚种(Mycobacterium avium silvaticum)、鸟分枝杆菌人猪亚种(Mycobacterium avium″hominissuis″)、哥伦比亚分枝杆菌
(Mycobacterium Colombiense)、波氏分枝杆菌(Mycobacterium boenickei)、波西米亚高地分枝杆菌(Mycobacterium bohemicum)、博氏分枝杆菌(Mycobacterium bolletii)、波特尼亚分枝杆菌(Mycobacterium botniense)、牛分枝杆菌(牛结核病)(Mycobacterium
bovis(Bovine tuberculosis))、德氏分枝杆菌(Mycobacterium branderi)、分枝杆菌(Mycobacterium brisbanense)、冬天分枝杆菌(Mycobacterium brumae)、加那利群岛分枝杆菌(Mycobacterium Canariasense)、山羊分枝杆菌(Mycobacterium Caprae)、隐蔽分枝杆菌(Mycobacterium Celatum)、龟分枝杆菌(Mycobacterium Chelonae)、嵌合体的分枝杆菌(Mycobacterium Chimaera)、干田分枝杆菌(Mycobacterium Chitae)、氯酚红分枝杆菌(Mycobacterium Chlorophenolicum)、楚布分枝杆菌(Mycobacterium Chubuense)、出众分枝杆菌(Mycobacterium Conceptionense)、汇合分枝杆菌(Mycobacterium Confluentis)、可见分枝杆菌(Mycobacterium Conspicuum)、库氏分枝杆菌(Mycobacterium Cookii)、美容 品 分 枝 杆 菌 (Mycobacterium Cosmeticum)、迪 氏 分 枝 杆 菌 (M ycobacterium diernhoferi)、安科纳分枝杆菌(Mycobacterium doricum)、杜氏分枝杆菌(Mycobacterium duvalii)、象分枝杆菌(Mycobacterium elephantis)、诡诈分枝杆菌(Mycobacterium fallax)、产鼻疽分枝杆菌(Mycobacterium farcinogenes)、微黄分枝杆菌(Mycobacterium flavescens)、佛罗伦萨分枝杆菌(Mycobacterium florentinum)、食荧蒽分枝杆菌
(Mycobacterium fluoroanthenivorans)、偶发分枝杆菌(Mycobacterium fortuitum)、偶发分枝杆菌解乙酰氨亚种(Mycobacterium fortuitum subsp.Acetamidolyticum)、腓特烈斯堡分枝杆菌(Mycobacterium frederiksbergense)、加地斯分枝杆菌(Mycobacterium gadium)、胃分枝杆菌(Mycobacterium gastri)、日内瓦分枝杆菌(Mycobacterium
genavense)、浅黄分枝杆菌(Mycobacterium gilvum)、古地分枝杆菌(Mycobacterium goodii)、戈登分枝杆菌(戈氏分枝杆菌)(Mycobacterium gordonae(Mycobacterium
aquae))、嗜血分枝杆菌(Mycobacterium haemophilum)、黑森分枝杆菌(Mycobacterium hassiacum)、柏林半岛分枝杆菌(Mycobacterium heckeshornense)、海德尔贝格分枝杆菌(Mycobacterium heidelbergense)、爱尔兰分枝杆菌(Mycobacterium hiberniae)、霍氏分枝杆菌(Mycobacterium hodleri)、荷尔斯泰因分枝杆菌(Mycobacterium holsaticum)、休斯顿分枝杆菌(Mycobacterium houstonense)、免疫应答分枝杆菌(Mycobacterium
immunogenum)、中 庸 分 枝 杆 菌(Mycobacterium interj ectum)、中 间 分 枝 杆 菌(Mycobacterium intermedium)、胞内分枝杆菌(Mycobacterium intracellulare)、堪萨斯分枝杆菌(Mycobacterium kansasii)、科莫斯分枝杆菌(Mycobacterium komossense)、库比 尔 分 枝 杆 菌(Mycobacterium kubicae)、熊 本 分 枝 杆 菌 (Mycobacterium kumamotonense)、拉 克丝 分 枝 杆 菌(Mycobacterium lacus)、慢 生 黄 分 枝 杆 菌(Mycobacterium lentiflavum)、引起麻疯病或者汉森病/麻风的麻疯分枝杆菌
(Mycobacterium leprae)、鼠麻疯分枝杆菌(Mycobacterium lepraemurium)、马达加斯加分枝 杆 菌(Mycobacterium madagascariense)、马 德 里分 枝 杆菌 (Mycobacterium mageritense)、玛尔摩分枝杆菌(Mycobacterium malmoense)、瘰疠分枝杆菌(鱼缸肉芽肿)(Mycobacterium marinum(Fish tank granuloma))、马赛分枝杆菌(Mycobacterium massiliense)、田鼠分枝杆菌(Mycobacterium microti)、莫娜分枝杆菌(Mycobacterium monacense)、蒙特医学中心分枝杆菌(Mycobacterium montefiorense)、莫里奥卡分枝杆菌(Mycobacterium moriokaense)、产粘液分枝杆菌(Mycobacterium mucogenicum)、壁分枝杆菌(Mycobacterium murale)、内布拉斯加分枝杆菌(Mycobacterium nebraskense)、新金色 分 枝 杆 菌 (Mycobacterium neoaurum)、新 奥 尔 良 分 枝 杆 菌 (Mycobacterium neworleansense)、无色分枝杆菌(Mycobacterium nonchromogenicum)、新城分枝杆菌(Mycobacterium novocastrense)、奥布分枝杆菌(Mycobacterium obuense)、沼泽分枝杆菌(Mycobacterium palustre)、副偶然分枝杆菌(Mycobacterium parafortuitum)、副瘰疬分枝杆菌(Mycobacterium parascrofulaceum)、帕尔门塞分枝杆菌(Mycobacterium
parmense)、外来分枝杆菌(Mycobacterium peregrinum)、草分枝杆菌(Mycobacterium phlei)、弗卡 分枝杆菌 (Mycobacterium phocaicum)、鳍脚亚 目动物 分枝杆 菌
(Mycobacterium pinnipedii)、猪分枝杆菌(Mycobacterium porcinum)、多孔分枝杆菌(Mycobacterium poriferae)、假分枝杆菌(Mycobacterium pseudoshottsii)、灰尘分枝杆菌(Mycobacterium pulveris)、耐寒分枝杆菌(Mycobacterium psychrotolerans)、食芘分枝杆菌(Mycobacterium pyrenivorans)、罗德岛分枝杆菌(Mycobacterium rhodesiae)、萨斯喀彻温分枝杆菌(Mycobacterium saskatchewanense)、瘰疠分枝杆菌(Mycobacterium scrofulaceum)、塞内加尔分枝杆菌(Mycobacterium senegalense)、首尔分枝杆菌
(Mycobacterium seoulense)、败血分枝杆菌(Mycobacterium septicum)、石氏分枝杆菌(Mycobacterium shimoidei)、石氏分枝杆菌(Mycobacterium shottsii)、猴分枝杆菌(Mycobacterium simiae)、包皮垢分枝杆菌(Mycobacterium smegmatis)、泥炭藓分枝杆菌(Mycobacterium sphagni)、苏加分枝杆菌(Mycobacterium szulgai)、土分枝杆菌
(Mycobacterium terrae)、抗热分枝杆菌(Mycobacterium thermoresistibile)、东海分枝杆菌(Mycobacteriumtokaiense)、三联结核分枝杆菌(Mycobacterium triplex)、次要分枝杆菌(Mycobacterium triviale)、结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)(主要引起人类结核病)、牛分枝杆菌(Mycobacterium bovis)、非洲分枝杆菌(Mycobacterium africanum)、卡内蒂分枝杆菌(Mycobacterium Canetti)、山羊分枝杆菌(Mycobacterium Caprae)、鳍脚亚目动物’分枝杆菌(Mycobacterium pinnipedii′)、托斯卡纳分枝杆菌(Mycobacterium tusciae)、溃疡分枝杆菌(Mycobacterium ulcerans)(引起拜恩斯代尔溃疡/布 路 里 溃 疡(causes Bairnsdale ulcer/Buruli ulcer))、母 牛 分 枝 杆 菌(Mycobacterium vaccae)、vanbaalenii分枝杆菌(Mycobacterium vanbaalenii)、沃氏分枝杆菌(Mycobacterium wolinskyi)、蟾蜍分枝杆菌(Mycobacterium xenopi)；枝原体属(Mycoplasma species)：发 酵 枝 原体 (Mycoplasma fermentans)、生 殖 道 枝 原 体(Mycoplasma genitalium)、人型枝原体(Mycoplasma hominis)、穿透枝原体(Mycoplasma penetrans)、海豹脑枝原体(Mycoplasma phocacerebrale)、肺炎枝原体(Mycoplasma pneumoniae)、钩端螺旋体病(七日热/七日热钩端螺旋体病)(Nanukayami(Seven-day
fever/Gikiyami))、奈瑟氏菌属(Neisseria species)：淋病奈瑟氏球菌(淋菌/淋病)
(Neisseria gonorrhoea(Gonococcus/Gonorrhea))、脑膜炎奈瑟氏菌(脑膜炎球菌)
(Neisseria meningiditis(Meningococcus))、干燥奈瑟氏菌(Neisseria sicca)、灰色奈瑟氏菌(NeisseriaCinerea)、延长奈瑟氏菌(Neisseria elongata)、浅黄奈瑟氏菌
(Neisseria flavescens)、乳糖奈瑟氏菌(Neisseria lactamica)、粘液奈瑟氏菌
(Neisseria mucosa)、多糖奈瑟氏菌(Neisseria polysaccharea)、微黄奈瑟氏菌
(Neisseria subflava)；硝化杆菌属(Nitrobacter species)、诺卡氏菌属(Nocardia species)：星 形 诺 卡 氏 菌(Nocardia asteroides)、巴 西 诺 卡 氏 菌 (Nocardia brasiliensis)、豚鼠诺卡氏菌(NocardiaCaviae)；坏疽性口炎(口腔坏疽性溃疡/坏疽性口炎)(Noma(cancrum oris/gangrenous stomatitis))、胖杆菌属(Obesumbacterium)、寡养菌属(Oligotropha species)、恙虫病(恙虫病)(Orientia tsutsugamushi(Scrub
typhus))、产甲酸草酸杆菌(Oxalobacter formigenes)、泛菌属(Pantoea species)：成团泛 菌 (Pantoea agglomerans)、菠 萝 泛 菌 (Pantoea ananatis)、柠 檬 泛 菌
(PantoeaCitrea)、分散泛菌(Pantoea dispersa)、斑点泛菌(Pantoea punctata)、斯氏泛菌(Pantoea stewartii)、土壤泛菌(Pantoea terrea)；巴斯德氏菌属(Pasteurella
species)：产气巴斯德氏菌(Pasteurella aerogenes)、鸭巴斯德氏菌(Pasteurella
anatis)、鸟巴斯德氏菌(Pasteurella avium)、贝氏巴斯德氏菌(Pasteurella bettyae)、马巴斯德氏菌(PasteurellaCaballi)、犬巴斯德氏菌(PasteurellaCanis)、达可马巴斯德氏菌(Pasteurella dagmatis)、杀鸡巴斯德氏菌(Pasteurella gallicida)、鸡巴斯德氏菌(Pasteurella gallinarum)、肉 芽 肿 巴 斯 德 氏 菌 (Pasteurella granulomatis)、langaaensis巴 斯 德 氏 菌(Pasteurella langaaensis)、淋 巴 管 炎 巴 斯 德 氏 菌(Pasteurella lymphangitidis)、麦氏巴斯德氏菌(Pasteurella mairii)、多杀巴斯德氏菌(Pasteurella multocida)、侵肺巴斯德氏菌(Pasteurella pneumotropica)、斯凯岛巴斯德氏菌(Pasteurella skyensis)、口巴斯德氏菌(Pasteurella stomatis)、龟巴斯德氏菌(Pasteurella testudinis)、海藻巴斯德氏菌(Pasteurella trehalosi)、土拉热弗朗西斯菌(Pasteurella tularensis)、脲巴斯德氏菌(Pasteurella ureae)、飞禽巴斯德氏菌(Pasteurella volantium)；片球菌属(Pediococcus species)：乳酸片球菌(Pediococcus acidilactici)、酒窖片球菌(PediococcusCellicola)、片球菌(PediococcusClaussenii)、有害片球菌(Pediococcus damnosus)、糊精片球菌(Pediococcus dextrinicus)、耐乙酸片球菌(Pediococcus ethanolidurans)、意外片球菌(Pediococcus inopinatus)、小片球菌(Pediococcus parvulus)、戊糖 片球菌(Pediococcus pentosaceus)、斯 氏片球 菌
(Pediococcus stilesii)；消化链球菌属(Peptostreptococcus species)：厌氧消化链球菌(Peptostreptococcus anaerobius)、不 解 糖 消 化 链 球 菌 (Peptostreptococcus asaccharolyticus)、海氏消化链球菌(Peptostreptococcus harei)、氢消化链球菌
(Peptostreptococcus hydrogenalis)、产 吲 哚 消 化 链 球 菌 (Peptostreptococcus indoliticus)、艾氏消化链球菌(Peptostreptococcus ivorii)、人眼消化链球菌
(Peptostreptococcus lacrimalis)、解 乳 消 化 链 球 菌 (Peptostreptococcus
lactolyticus)、大消化链球菌(Peptostreptococcus magnus)、微小消化链球菌
(Peptostreptococcus micros)、奥克塔维厄斯消化链球菌 (Peptostreptococcus
octavius)、普氏消化链球菌(Peptostreptococcus prevotii)、四联消化链球菌
(Peptostreptococcus tetradius)、阴道消化链球菌(Peptostreptococcus vaginalis)；
光杆状菌属(Photorhabdus species)、Photorhizobium菌属(Photorhizobium species)、类志贺毗邻单胞菌(Plesiomonas shigelloides)、牙龈卟啉单胞菌(Porphyromonas
gingivalis)、布拉格菌属(Pragia species)、普雷沃(Prevotella)、痤疮丙酸杆菌属(Propionibacterium species)：痤疮丙酸杆菌(Propionibacterium acnes)、丙酸丙酸杆菌(Propionibacterium propionicus)；变形杆菌属(Proteus species)：奇异变形杆菌(Proteus mirabilis)、摩根氏变形杆菌(Proteus morganii)、羽状变形菌(Proteus
penneri)、雷特格氏变形杆菌(Proteus rettgeri)、普通变形杆菌(Proteus vulgaris)；
普 罗威 登 斯 菌 属(Providencia species)：弗 氏 普 罗威 登 斯 菌(Providencia friedericiana)、斯氏普罗威登斯菌(Providencia stuartii)；假单胞菌属(Pseudomonas species)：铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)、产碱假单胞菌(Pseudomonas
alcaligenes)、病鳝假单胞菌(Pseudomonas anguilliseptica)、阿根廷假单胞菌
(Pseudomonas argentinensis)、烂泥假单胞菌(Pseudomonas borbori)、香茅醇假单胞菌(PseudomonasCitronellolis)、变绿假单胞菌(Pseudomonas flavescens)、门多萨假单胞菌(Pseudomonas mendocina)、硝基还原假单胞菌(Pseudomonas nitroreducens)、食油假单胞菌(Pseudomonas oleovorans)、类产碱假单胞菌(Pseudomonas pseudoalcaligenes)、食树脂假单胞菌(Pseudomonas resinovorans)、稻草假单胞菌(Pseudomonas straminea)、桔 黄 假 单 胞 菌 (Pseudomonas aurantiaca)、致 金 色 假 单 胞 菌 (Pseudomonas aureofaciens)、绿针假单胞菌(Pseudomonas Chlororaphis)、莓实假单胞菌(Pseudomonas fragi)、隆德 假单 胞菌(Pseudomonas lundensis)、腐臭假 单胞菌 (Pseudomonas
taetrolens)、南极洲假单胞菌(Pseudomonas Antarctica)、产氮假单胞菌(Pseudomonas azotoformans)、油 菜 假 单胞 菌(Pseudomonas brassicacearum)、布 氏假 单 胞 菌(Pseudomonas brenneri)、松柏假单胞菌(Pseudomonas Cedrina)、皱纹假单胞菌
(Pseudomonas Corrugate)、荧光假单胞菌(Pseudomonas fluorescens)、盖氏假单胞菌(Pseudomonas gessardii)、黎巴嫩假单胞菌(Pseudomonas libanensis)、孟氏假单胞菌(Pseudomonas mandelii)、边缘假单胞菌(Pseudomonas marginalis)、地中海假单胞菌(Pseudomonas mediterranea)、子午线假单胞菌(Pseudomonas meridiana)、米氏假单胞菌(Pseudomonas migulae)、霉味假单胞菌(Pseudomonas mucidolens)、侧柏假单胞菌
(Pseudomonas orientalis)、人参假单胞菌(Pseudomonas panacis)、proteolytica假单胞菌(Pseudomonas proteolytica)、罗氏假单胞菌(Pseudomonasrhodesiae)、类黄假单胞菌(P seudomonas synxantha)、thivervalensis假单胞菌(Pseudomonas thivervalensis)、蘑菇褐斑病假单胞菌(Pseudomonas tolaasii)、韦龙氏假单胞菌(Pseudomonas veronii)、脱 氮假 单 胞 菌(Pseudomonas denitrificans)、百 日 咳 假 单胞 菌 (Pseudomonas pertucinogena)、乳脂色假单胞菌(PseudomonasCremoricolorata)、黄褐假单胞菌
(Pseudomonas fulva)、蒙氏假单胞菌(Pseudomonas monteilii)、摩氏假单胞 菌
(Pseudomonas mosselii)、稻皮假单胞菌(Pseudomonas oryzihabitans)、副黄假单胞菌(Pseudomonas parafulva)、香鱼假单胞菌(Pseudomonas plecoglossicida)、恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida)、巴利阿里假单胞菌(Pseudomonas balearica)、浅黄金色单胞菌(Pseudomonas luteola)、施氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri)、扁桃假单胞菌
(Pseudomonas amygdale)、榛色假单胞菌(Pseudomonas avellanae)、番木瓜假单胞菌(Pseudomonas Caricapapayae)、菊苣假单胞菌(PseudomonasCichorii)、晕斑假单胞菌绛红变种(PseudomonasCoronafaciens)、天仙果假单胞菌(Pseudomonas ficuserectae)、苦揀假单胞菌(Pseudomonas meliae)、萨氏假单胞菌(Pseudomonas savastanoi)、丁香假单胞 菌 (Pseudomonas syringae)、绿 黄 假 单 胞 菌 (Pseudomonas viridiflava)、abietaniphila假单胞菌(Pseudomonas abietaniphila)、嗜酸假单胞菌(Pseudomonas acidophila)、伞 菌 假 单 胞 菌 (Pseudomonas agarici)、alcaliphila假 单 胞 菌(Pseudomonas alcaliphila)、解碱假单胞菌(Pseudomonas alkanolytica)、淀粉皮假单胞菌(Pseudomonas amyloderamosa)、铁角蕨假单胞菌(Pseudomonas asplenii)、固氮假单胞菌(Pseudomonas azotifigens)、大麻假单胞菌(Pseudomonas Cannabina)、coenobios假单胞菌(Pseudomonas Coenobios)、结冰假单胞菌(PseudomonasCongelans)、康氏假单胞菌(Pseudomonas Costantinii)、克 洛 斯 韦 假 单 胞 菌 (Pseudomonas Cruciviae)、delhiensis假 单 胞 菌(Pseudomonas delhiensis)、外 囊 假 单 胞 菌 (Pseudomonas excibis)、远东假单胞菌(Pseudomonas extremorientalis)、frederiksbergensis假单胞菌(Pseudomonas frederiksbergensis)、褐鞘假单胞菌(Pseudomonas fuscovaginae)、石花菜假单胞菌(Pseudomonas gelidicola)、勒米诺菌假单胞菌(Pseudomonas grimontii)、籼稻假单胞菌(Pseudomonas indica)、jessenii假单胞菌(Pseudomonasjessenii)、晋州假单胞菌(Pseudomonas jinjuensis)、基尔假单胞菌(Pseudomonas kilonensis)、克氏假单胞菌(Pseudomonas knackmussii)、韩国假单胞菌(Pseudomonas koreensis)、利尼假单胞菌(Pseudomonas lini)、藤黄假单胞菌(Pseudomonas lutea)、摩拉维亚假单胞菌
(Pseudomonas moraviensis)、耳炎假单胞菌(Pseudomonas otitidis)、海绵假单胞菌(Pseudomonas pachastrellae)、帕勒隆尼假单胞菌(Pseudomonas palleroniana)、罂粟假单胞菌(Pseudomonas papaveris)、贝利假单胞菌(Pseudomonas peli)、腐卵假单胞菌(Pseudomonas perolens)、草假单胞菌(Pseudomonas poae)、浦项假单胞菌(Pseudomonas pohangensis)、假单胞菌(Pseudomonas psychrophila)、耐寒假单胞菌(Pseudomonas psychrotolerans)、拉梭 假 单 胞 菌(Pseudomonas rathonis)、食爬 虫 假 单 胞 菌(Pseudomonas reptilivora)、resiniphila假单胞菌(Pseudomonas resiniphila)、假单胞菌(Pseudomonas rhizosphaerae)、浅红假单胞菌(Pseudomonas rubescens)、salomonii假单胞菌(Pseudomonas salomonii)、segitis假单胞菌(Pseudomonas segitis)、环腐假单胞菌(Pseudomonas septica)、猿猴假单胞菌(Pseudomonas simiae)、猪假单胞菌
(Pseudomonas suis)、耐热假单胞菌(Pseudomonas thermotolerans)、山黄麻假单胞菌(Pseudomonas tremae)、平凡假单胞菌(Pseudomonas trivialis)、turbinellae假单胞菌(Pseudomonas turbinellae)、tuticorinensis假单胞菌(Pseudomonas tuticorinensis)、阴 城 假 单 胞 菌(Pseudomonas umsongensis)、温 哥 华 假 单 胞 菌 (Pseudomonas vancouverensis)、弗村假单胞菌(Pseudomonas vranovensis)、黄色海假单胞菌
(Pseudomonas xanthomarina)；拉恩氏菌属(Rahnella species)、罗尔斯通氏菌属
(Ralstonia species)：巴塞尔罗尔斯通氏菌(Ralstonia basilensis)、肯潘罗尔斯通氏菌(Ralstonia Campinensis)、富养罗尔斯通氏菌(Ralstonia eutropha)、gilardii罗尔斯通氏菌(Ralstonia gilardii)、诡谲罗尔斯通氏菌(Ralstonia insidiosa)、甘露醇罗尔斯通氏 菌 (Ralstonia mannitolilytica)、metallidurans 罗 尔 斯 通 氏 菌 (Ralstonia metallidurans)、少见罗尔斯通氏菌(Ralstonia paucula)、皮氏罗尔斯通氏菌(Ralstonia pickettii)、罗尔斯通氏菌(Ralstonia respiraculi)、茄科罗尔斯通氏菌(Ralstonia solanacearum)、syzygii罗尔斯通氏菌(Ralstonia syzygii)、黄山松罗尔斯通氏菌
(Ralstonia taiwanensis)；拉乌尔菌属(Raoultella species)、Rhodoblastus菌属
(Rhodoblastus species)、红假单胞菌属(Rhodopseudomonas species)、鼻硬结病
(Rhinoscleroma)、放射型土壤杆菌(Rhizobium radiobacter)、小马红球菌(Rhodococcus equi)、立克次氏体属(Rickettsia species)：非洲立克次氏体(Rickettsia africae)、螨立克次氏体(Rickettsia akari)、澳大利亚立克次氏体(Rickettsia australis)、斑疹热立克次氏体(Rickettsia Conorii)、猫立克次氏体(Rickettsia felis)、日本立克次氏体(Rickettsia japonica)、莫塞尔立克次氏体(Rickettsia mooseri)、普氏立克次氏体(斑疹伤寒)(Rickettsia prowazekii(Typhus fever))、立氏立克次氏体(Rickettsia
rickettsii)、西伯利亚立克次氏体(Rickettsia siberica)、斑疹立克次氏体(Rickettsia typhi)、康氏立克次氏体(Rickettsia Conorii)、非洲立克次氏体(Rickettsia africae)、鹦鹉热宫川氏体(Rickettsia psittaci)、五日热立克次氏体(Rickettsia quintana)、立氏 立 克 次 氏 体(Rickettsia rickettsii)、trachomae 立 克 次 氏 体 (Rickettsia trachomae)；龋齿罗氏菌(Rothia dentocariosa)、沙门氏菌属(Salmonella species)：猪霍乱沙门氏菌亚利桑那亚种(Salmonella arizonae)、邦戈尔沙门氏菌(Salmonella
Bongori)、肠 沙 门 氏 菌 (Salmonella enterica)、肠 炎 沙 门 氏 菌 (Salmonella enteriditis)、副伤寒沙门氏菌(Salmonella paratyphi)、伤寒沙门氏菌(伤寒症)
(Salmonella typhi(Typhoid fever))、鼠伤寒沙门氏菌(Salmonella typhimurium)、萨拉姆沙门氏菌(Salmonella salamae)、猪霍乱沙门氏菌亚利桑那亚种(Salmonella
arizonae)、S双亚利桑那肠沙门氏菌(almonella diarizonae)、豪顿沙门氏菌
(Salmonella houtenae)、籼型沙门氏菌(Salmonella indica)；Samsonia菌属(Samsonia species)、沙雷氏菌属(Serratia species)：嗜虫沙雷氏菌(Serratia entomophila)、无花果沙雷氏菌(Serratia ficaria)、居泉沙雷氏菌(Serratia fonticola)、格氏沙雷氏菌(Serratia grimesii)、液化沙雷氏菌(Serratia liquefaciens)、粘质沙雷氏菌(Serratia marcescens)、气 味沙雷 氏菌(Serratia odoriferae)、普城沙 雷氏 菌(Serratia
plymuthica)、变形斑沙雷氏菌(Serratia proteamaculans)、quinivorans沙雷氏菌
(Serratia quinivorans)、深门沙雷氏菌(Serratia rubidaea)、解脲沙雷氏菌(Serratia ureilytica)；腐败希尔氏菌(Shewanella putrefaciens)、鲍氏志贺氏菌(Shigella
boydii)、痢疾志贺氏菌(Shigella dysenteriae)、福氏志贺氏菌(Shigella flexneri)、宋内氏志贺氏菌(Shigella sonnei)、Sodalis菌属(Sodalis species)、螺菌属(Spirillum species)：小 螺 菌 鼠 咬 热(Spirillum minus rat bite fever)，葡 萄 球 菌 属(Staphylococcus species)：金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、耳葡萄球菌(Staphylococcus auricularis)、头状葡萄球菌(Staphylococcus Capitis)、山羊葡萄球菌(Staphylococcus Caprae)、科氏葡萄球菌(Staphylococcus Cohnii)、表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)、猫葡萄球菌(Staphylococcus felis)、溶血葡萄球菌(Staphylococcus haemolyticus)、人葡萄球菌(Staphylococcus hominis)、中间葡萄球菌(Staphylococcus intermedius)、路邓葡萄球菌(Staphylococcus lugdunensis)、皮氏葡萄 球 菌 (Staphylococcus pettenkoferi)、腐 生 葡 萄 球 菌 (Staphylococcus
saprophyticus)、施 氏 葡 萄球 菌(Staphylococcus schleiferi)、模 仿葡 萄 球 菌(Staphylococcus simulans)、小牛葡萄球菌(Staphylococcus vitulus)、沃氏葡萄球菌(Staphylococcus warneri)、木糖葡萄球菌(Staphylococcus xylosus)；窄食单胞菌属(Stenotrophomonas species)：嗜酸窄食单胞菌(Stenotrophomonas acidaminiphila)、独岛窄食单胞菌(Stenotrophomonas dokdonensis)、韩国窄食单胞菌(Stenotrophomonas koreensis)、嗜麦芽糖窄食单胞菌(Stenotrophomonas maltophilia)、亚硝酸盐还原窄食单 胞 菌 (Stenotrophomonas nitritireducens)、rhizophila 窄 食 单 胞 菌
(Stenotrophomonas rhizophila)；链杆菌属(Streptobacillus species)：念珠状链杆菌(链 杆 菌 鼠 咬 热 )(Streptobacillus moniliformis(Streptobacillary rat bite fever))；链球菌属(Streptococcus species)：A族链球菌(Streptococcus Group A)、B族链球菌(Streptococcus Group B)、无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)、好气链球菌(Streptococcus aginosus)、鸟链球菌(Streptococcus avium)、牛链球菌(Streptococcus bovis)、犬链球菌(Streptococcus Canis)、大鼠链球菌(Streptococcus Cricetus)、粪链球菌(Streptococcus faceium)、屎链球菌(Streptococcus faecalis)、野生链球菌
(Streptococcus ferus)、鸡 链 球 菌 (Streptococcus gallinarum)、乳 链 球 菌
(Streptococcus lactis)、米 氏 链 球 菌(Streptococcus milleri)、温 和 链 球 菌(Streptococcus mitior)、缓 症 链 球 菌 (Streptococcus mitis)、变 异 链 球 菌(Streptococcus mutans)、口 腔链球 菌(Streptococcus oralis)、泛 口腔 链球 菌(Streptococcus peroris)、肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae)、酿脓链球菌
(Streptococcus pyogenes)、拉 蒂 链 球菌(S treptococcus ratti)、唾 液链 球 菌(Streptococcus salivarius)、血链球菌(Streptococcus sanguinis)、表兄链球菌
(Streptococcus sobrinus)、副血链球菌(Streptococcus parasanguinis)、猪链球菌(Streptococcus suis)、唾液链球菌嗜热亚种(Streptococcus thermophilus)、前庭链球菌(Streptococcus vestibularis)、绿色链球菌(Streptococcus viridans)、乳房链球菌(Streptococcus uberis)、兽瘟链球菌(Streptococcus zooepidemicus)；塔特姆菌属(Tatumella species)、特拉布斯氏菌属(Trabulsiella species)、梅毒螺旋体属
(Treponema species)：品他病梅毒螺旋体(平塔)(Treponema Carateum(Pinta))、齿垢密螺旋体(Treponema denticola)、地方性梅毒螺旋体(非性病梅毒)(Treponema
endemicum(Bejel))、梅毒密螺旋体(梅毒)(Treponema pallidum(Syphilis))、雅司螺旋体(雅司病)(Treponema pertenue(Yaws))；惠普尔密螺旋体(惠普尔病)(Tropheryma
whipplei(Whipple disease))、结核样型麻风病(Tuberculoid leprosy)、解脲脲原体(Ureaplasma urealyticum)、韦荣球菌属(Veillonella)、弧菌属(Vibrio species)：产气气弧菌(Vibrio aerogenes)、河口弧菌(Vibrio aestuarianus)、食琼脂弧菌(Vibrio agarivorans)、易北河弧菌(Vibrio albensis)、解藻朊酸弧菌(Vibrio alginolyticus)、巴西弧菌(Vibrio brasiliensis)、卡尔维湾弧菌(Vibrio Calviensis)、坎氏弧菌
(Vibrio Campbellii)、沙 氏 弧 菌(Vibrio Chagasii)、霍 乱 弧菌 (霍乱 )(Vibrio Cholerae(Cholera))、辛辛那提弧菌(Vibrio Cincinnatiensis)、逗号弧菌(Vibrio
Comma)、溶珊瑚弧菌(Vibrio Coralliilyticus)、大牡蛎弧菌(Vibrio Crassostreae)、食环弧菌(Vibrio Cyclitrophicus)、魔鬼弧菌(Vibrio diabolicus)、双养氧弧菌(Vibrio diazotrophicus)、吉雄弧菌(Vibrio ezurae)、费氏弧菌(Vibrio fischeri)、河流弧菌(Vibrio fluvialis)、富通弧菌(Vibrio fortis)、弗氏弧菌(Vibrio furnissii)、高卢弧菌(Vibrio gallicus)、产气弧菌(Vibrio gazogenes)、长牡蛎弧菌(Vibrio gigantis)、鲍鱼肠弧菌(Vibrio halioticoli)、哈氏弧菌(Vibrio harveyi)、肝弧菌(Vibrio
hepatarius)、西班牙弧菌(Vibrio hispanicus)、鱼肠道弧菌(Vibrio ichthyoenteri)、夏威 夷 海 神 弧 菌(Vibrio kanaloae)、缓 慢 弧 菌 (Vibrio lentus)、弧 菌 (Vibrio litoralis)、火神弧菌(Vibrio logei)、地中海弧菌(Vibrio mediterranei)、梅氏弧菌(Vibrio metschnikovii)、最小弧菌(Vibrio mimicus)、贻贝弧菌(Vibrio mytili)、需钠弧菌(Vibrio natriegens)、纳瓦拉弧菌(Vibrio navarrensis)、新生儿弧菌(Vibrio neonatus)、海王弧菌(Vibrio neptunius)、海蛹弧菌(Vibrio nereis)、黑美人弧菌
(Vibrio nigripulchritudo)、病 海 鱼弧 菌 (Vibrio ordalii)、东 方弧 菌 (Vibrio orientalis)、弧菌(Vibrio pacinii)、副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)、杀扇贝弧菌(Vibrio pectenicida)、杀 对虾 弧菌 (Vibrio penaeicida)、波氏 弧菌 (Vibrio pomeroyi)、弧菌(Vibrio ponticus)、解蛋白弧菌(Vibrio proteolyticus)、轮虫弧菌(Vibrio rotiferianus)、曲霉弧菌(Vibrio ruber)、留萌弧菌(Vibrio rumoiensis)、杀鲑弧菌(V ibrio salmonicida)、大菱鲆弧菌(Vibrio scophthalmi)、灿烂弧菌(Vibrio splendidus)、幸存弧菌(Vibrio superstes)、蛤弧菌(Vibrio tapetis)、塔斯曼尼亚弧菌(Vibrio tasmaniensis)、塔氏弧菌(Vibrio tubiashii)、创伤弧菌(Vibrio vulnificus)、天神弧菌(Vibrio wodanis)、徐氏弧菌(Vibrio xuii)；产靛福格斯氏菌(Vogesella
indigofera)、威格尔斯沃思氏菌属(Wigglesworthia species)、沃尔巴克氏体属
(Wolbachia secies)、致病杆菌属(Xenorhabdus species)、小肠结肠炎耶尔森氏菌
(Yersinia enterocolitica)、鼠疫耶尔森氏菌(Yersinia pestis)、假结核耶尔森氏菌(Yersinia pseudotuberculosis)、和约克氏菌属(Yokenella species)。
61.根据项目39和60所述的方法，其中所述病毒选自：阿伯尔森鼠白血病病毒
(Abelson murine leukemia virus(Ab-MLV、A-MuLV))、急性喉气管支气管炎病毒(或
HPIV)、阿德莱德河病毒(Adelaide River virus)、腺相关病毒组(Dependevirus)
(Adeno-associated virus group(Dependevirus))，腺病毒(Adenovirus)，非洲马瘟病毒(African horse sickness virus)，非洲猪瘟病毒(African swine fever virus)，艾滋病病毒，水貂阿留申病毒(Aleutian mink disease)，细小病毒，苜蓿花叶病毒(alfalfa mosaic virus)，α-疱疹病毒亚科(Alphaherpesvirinae(包括HSV1、2和水痘))，α逆转录病毒属(禽白血病病毒，劳斯肉瘤病毒)，α病毒属(Alphavirus)，病毒(alkhurma
virus)、ALV相关病毒(ALV related virus)、Amapari病毒(Amapari virus)、安第斯马铃薯斑 驳病毒 (Andean potato mottle virus)、口蹄 疫(Aphthovirus)、水 生病 毒
(Aquareovirus)、虫媒病毒(arbovirus)、虫媒病毒C型(arbovirusC)、A组虫媒病毒
(arbovirus group A)、B组虫媒病毒(arbovirus group B)、沙粒病毒组(Arenavirus group)、阿根廷出血热病毒(Argentine hemorrhagic fever virus)、阿根廷出血热病毒(Argentinian hemorrhagic fever virus)、动脉炎病毒属(Arterivirus)、星状病毒
(Astrovirus)、Ateline疱疹病毒组(Ateline herpesvirus group)、Aujezky氏病病毒(Aujezky′s disease virus)、灵气病毒(Aura virus)、Ausduk病病毒(Ausduk disease virus)、澳大利亚蝙蝠狂犬病病毒(Australian bat lyssavirus)，禽腺病毒属
(Aviadenovirus)、禽流红细胞增多症病毒(avian erythroblastosis virus)、鸡传染性支气管炎病毒(avian infectious bronchitis virus)、禽白血病病毒(avian leukemia virus)、禽白血病病毒(Avian leukosis virus)(ALV)、淋巴瘤禽流感病毒(avian
lymphomatosis virus)、禽成髓细胞瘤病毒(avian myeloblastosis virus)、禽副粘病毒(avian paramyxovirus)、禽肺炎病毒(avian pneumoencephalitis virus)、禽网状内皮增生病病毒(avian reticuloendotheliosis virus)、鸟肉瘤病毒(avian sarcoma virus)、禽流C型逆转录病毒组(avian typeC retrovirus group)、禽嗜肝DNA病毒 属
(Avihepadnavirus)、禽 痘 病 毒 属 (Avipoxvirus)、B病 毒( 猴 疱 疹 病 毒 1型 )(Bvirus(Cercopithecine herpesvirus1))、B19 病 毒 (B19virus)，细 小 病 毒 B 型
19(Parvovirus B19)、Babanki 病 毒 (Babanki virus)、狒 狒 疱 疹 病 毒 (baboon herpesvirus)、细菌病毒(bacterial virus)、杆状病毒(Baculovirus)、大麦黄矮病毒(barley yellow dwarf virus)、巴马森林病毒(Barmah Forest virus)、菜豆荚斑驳病毒(bean pod mottle virus)、豆四射花叶病毒(bean rugose mosaic virus)、贝巴鲁病毒(Bebaru virus)、贝里马病毒(Berrimah virus)、β疱疹病毒亚属(Betaherpesvirinae)、β逆转录病毒属(Betaretrovirus)、禽流感(Bird flu)、双RNA病毒(Birnavirus)、比特勒病毒(Bittner virus)、BK病毒(BK virus)、黑小河运河病毒(BlackCreekCanal
virus)、蓝舌病病毒(bluetongue virus)、玻利维亚出血热病毒(Bolivian hemorrhagic fever virus)、博马病病毒(Boma disease virus)、羊边界病病毒(border disease of sheep virus)、博 尔 纳 病 毒 (borna virus)、牛 α 疱 疹 病 毒 1 型 (bovine alphaherpesvirus1)、牛α疱疹病毒2型(bovine alphaherpesvirus2)、牛冠状病毒
(bovineCoronavirus)、牛流行热病毒(bovine ephemeral fever virus)、牛免疫缺陷病毒(bovine immunodeficiency virus)、牛白血病病毒(bovine leukemia virus)、牛白血病病毒(bovine leukosis virus)、牛乳头炎病毒(bovine mammillitis virus)、牛乳头瘤病毒(bovine papillomavirus)、牛丘疹炎病毒(bovine papular stomatitis virus)、牛细小病毒(bovine parvovirus)、牛合胞病毒(bovine syncytial virus)、牛C型肿瘤病毒(bovine typeC oncovirus)、牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus)、茧蜂病毒属(bracovirus)、蚕豆斑驳病毒(broad bean mottle virus)、蚕豆染色病毒(broad bean stain virus)、无芒雀麦花叶病毒(brome mosaic virus)、雀麦花叶病毒
(Bromovirus)、越野车溪病毒(BuggyCreek virus)、子弹形病毒组(bullet shaped virus group)、布尼安维拉病毒(Bunyamwera virus)、布尼病毒属(Bunyavirus)、伯基特淋巴瘤病毒(Burkitt′s lymphoma virus)、布汪巴热(Bwamba Fever)、异质Bwattany病毒
(Bwattany hetero virus)、CA病毒(臀部 相关的 病毒/副流 感病毒2型 )(CA
virus(Croup-associated virus/parainfluenza vius type2))、 杯 状 病 毒
(Calicivirus)、加利福尼亚脑炎病毒(California encephalitis virus)、骆驼痘病毒(camelpox virus)、金丝雀痘病毒(canarypox virus)、犬科动物疱疹病毒(canid
herpesvirus)、犬冠状病毒(canineCoronavirus)、犬瘟热病毒(canine distemper
virus)、犬疱疹病毒(canine herpesvirus)、犬病毒(canine minute virus)、犬细小病毒(canine parvovirus)、卡 诺 Delgadito病 毒(Cano Delgadito virus)、毛 状 病 毒(Capillovirus)、山羊关节炎病毒(caprine arthritis virus)、山羊脑炎病毒(caprine encephalitis virus)、山羊疱疹病毒(Caprine Herpes Virus)、羊痘病毒(Capripox virus)、心脏病毒(Cardiovirus)、香石竹潜伏病毒属(Carlavirus)、香石竹斑驳病毒属(Carmovirus)、胡萝卜斑驳病毒(carrot mottle virus)、决明子黄色斑病毒(Cassia yellow blotch virus)、花椰菜花叶病毒(Caulimovirus)、花椰菜花叶病毒(Cauliflower mosaic virus)、豚 鼠 疱 疹 病 毒1型 (caviid herpesvirus1)、猴 疱 疹 病 毒1型(Cercopithecine herpesvirus1)、猴疱疹病毒2型(Cercopithecine herpesvirus2)、谷物黄矮病毒(cereal yellow dwarf virus)、钱迪普病毒(Chandipura virus)、昌金努拉病毒(Changuinola virus)、斑点叉尾鮰病毒(channelCatfish virus)、沙勒维尔病毒
(Charleville virus)、水痘病毒(chickenpox virus)、基孔肯雅病毒(Chikungunya
virus)、黑 猩 猩疱 疹 病毒 (chimpanzee herpesvirus)、脊 椎 动物 痘 病毒 亚 科(Chordopoxvirinae)、鲢鱼病毒(chub reovirus)、鲑鱼病毒(chum salmon virus)、线形病毒(Closterovirus)、科卡尔病毒(Cocal virus)、银鲑鱼病毒(Coho salmon reovirus)、性交疹病毒(coital exanthema virus)、科罗拉多蜱热病毒(Colorado tick fever virus)、Colti病毒哥伦比亚SK病毒(ColtivirusColumbia SK virus)、鸭跖草黄斑驳病毒
(Commelina yellow mottle virus)、普通感冒病毒(CommonCold virus)、豇豆花叶病毒属(Comovirus)、尖锐湿 疣树木 腐，Condylomata accuminata、先天性 巨细胞病 毒
(congenitalCytomegalovirus)、臁疮传染性病毒(contagious ecthyma virus)、传染性脓疱皮炎病毒(contagious pustular dermatitis virus)、冠状病毒(Coronavirus)、科里帕塔病毒(Corriparta virus)、鼻炎病毒(coryza virus)、豇豆褪绿斑驳病毒
(cowpeaChlorotic mottle virus)、豇豆花叶病毒(cowpea mosaic virus)、豇豆病毒(cowpea virus)、牛痘病毒(cowpox virus)、柯萨奇病毒(coxsackie virus)、CPV(质型多角体病毒)(CPV(cytoplasmic polyhedrosis virus))、蟋蟀麻痹病毒(cricket paralysis virus)、克里米亚-刚果出血热病毒(Crimean-Congo hemorrhagic fever virus)、哮吼相关病毒(croup associated virus)、Crypotovirus、黄瓜花叶病毒属(Cucumovirus)、质型多角体病毒(Cypovirus)、巨细胞病毒(人巨细胞病毒或者人类疱疹病毒5型)
(Cytomegalovirus(HCMVor Human Herpesvirus5HHV-5))、质型多角体病毒(cytoplasmic polyhedrosis virus)、质型弹状病毒属(Cytorhabdovirus)、鹿乳头瘤病毒(deer
papillomavirus)、δ逆转录病毒属(人类T淋巴细胞病毒)((Deltaretrovirus)Human
T-lymphotropic virus)、变形翼病毒DWV(Deformed wing virus DWV)、登革热(Dengue)，浓核病毒(Densovirus)、依赖病毒属(Dependovirus)、多理病毒(Dhori virus)、香石竹病毒属(Dianthovirus)、diploma病毒(diploma virus)、DNA病毒(DNA virus)、多布拉瓦贝尔格 莱德 病毒(Dobrava-Belgrade Virus)、狗流 感(Dog Flu)、果 蝇肝 炎病 毒
(DrosophilaC virus)、鸭乙型肝炎病毒(duck hepatitis B virus)、鸭肝炎病毒1型
(duck hepatitis virus1)、鸭肝炎病毒2型(duck hepatitis virus2)、轮状病毒
(duovirus)、杜文黑基病毒(Duvenhage virus)、东部马脑炎病毒(eastern equine
encephalitis virus)、东部马脑炎病毒(eastern equine encephalomyelitis virus)、埃博拉病毒(Ebola virus)、类似埃博拉病毒(Ebola-like virus)、埃可病毒(Echovirus)、埃 可病 毒 10型(echovirus10)、埃 可病 毒28 型(echovirus28)、埃 可病 毒9 型
(echovirus9)、小鼠痘病毒(ectromelia virus)、东方马脑脊髓炎病毒(东部马脑炎病毒)(EEE virus(Eastern equine encephalitis virus))、EIA病毒(马传染性贫血)(EIA
virus(equine infectious anemia))、 脑 心 肌 炎 病 毒 ( 心 肌 炎 )(EMC
virus(Encephalomyocarditis))、贺胥病毒8型6(Emiliania huxleyi virus86)、脑炎病毒(encephalitis virus)、脑心肌炎病毒(encephalomyocarditis virus)、内源性逆转录病 毒 (Endogenous retrovirus)、肠 病 毒 (Enterovirus)、昆 虫 痘 病 毒 亚 科(Entomopoxvirinae)、昆虫痘病毒A型(Entomopoxvirus A)、痘病毒B型(Entomopoxvirus B)、痘病毒C型(EntomopoxvirusC)、酶增高病毒(enzyme elevating virus)、流行性出血热病毒(epidemic hemorrhagic fever virus)、流行性出血性疾病病毒(epizootic
hemorrhagic disease virus)、ε逆转录病毒(Epsilonretrovirus)、Epstein-Barr病毒(Epstein-Barr virus)(EB 病 毒 (EBV)；人 类 疱 疹 病 毒 4 型 HHV-4(Human
herpesvirus4HHV-4)、马α疱疹病毒1型(equid alphaherpesvirus1)、马α疱疹病毒4型(equid alphaherpesvirus4)、马疱疹病毒2型(equid herpesvirus 2)、马流产病毒(equine abortion virus)、马动脉炎病毒(equine arteritis virus)、马脑病病毒
(equine encephalosis virus)、马传染性贫血病毒(equine infectious anemia virus)、马麻疹病毒(equine morbillivirus)、马鼻肺炎病毒(equine rhinopneumonitis virus)、马鼻病毒(equine rhinovirus)、Eubenangu病毒(Eubenangu virus)、欧洲麋鹿乳头瘤病毒(European elk papillomavirus)、欧洲猪瘟病毒(European swine fever virus)、沼泽地病毒(Everglades virus)、埃亚契病毒(Eyach virus)、蚕豆萎蔫病毒属(Fabavirus)、猫科动物疱疹病毒1型(felid herpesvirus1)、猫杯状病毒(felineCalicivirus)、猫肉瘤病毒(feline fibrosarcoma virus)、猫科动物的疱疹病毒(feline herpesvirus)、猫免疫缺陷病毒(feline immunodeficiency virus)、猫传染性腹膜炎病毒(feline infectious peritonitis virus)、猫白血病/肉瘤病毒(feline leukemia/sarcoma virus)、猫白血病病毒(feline leukemia virus)、猫泛白细胞减少症病毒(feline panleukopenia virus)、猫细小病毒(feline parvovirus)、猫肉瘤病毒(feline sarcoma virus)、猫科动物的合胞病毒(feline syncytial virus)、缩病毒(Fijivirus)、纤丝病毒(Filovirus)、法兰德斯病毒(Flanders virus)、黄病毒(Flavivirus)、手足口病病毒(foot and mouth disease virus)、摩根堡病毒(Fort Morgan virus)、四角汉坦病毒(FourCorners hantavirus)、禽腺病毒1型(fowl adenovirus1)、鸡痘病毒(Fowlpox virus)、朋友病毒(Friend virus)、真菌传棒状病毒(Furovirus)、丙型疱疹病毒亚科(Gammaherpesvirinae)、γ逆转录病毒属(gammaretrovirus)、GB病毒C型(原庚型肝炎病毒)(GB virusC(GBV；(formerly
Hepatitis G virus))、双生病毒(Geminivirus)、德国麻疹病毒(German measles virus)、盖塔病毒(Getah virus)、长臂猿猿白血病病毒(gibbon ape leukemia virus)、绿猴病毒(马尔堡)(green monkey virus(mullburg))、腺热病毒(glandular fever virus)、山羊痘病毒(goatpox virus)、金体美鳊鱼病毒(golden shinner virus)、枯叶蛾病毒
(Gonometa virus)、鹅细小病毒(goose parvovirus)、颗粒体病毒(granulosis virus)、毛病毒(Gross′virus)、黄鼠乙肝病毒(ground squirrel hepatitis B virus)、A组虫媒病毒(group A arbovirus)、瓜纳里托病毒(Guanarito virus)、豚鼠巨细胞病毒(guinea pigCytomegalovirus)、豚 鼠 型 肝 炎病 毒(guinea pig typeC virus)、汉 坦 病 毒(Hantavirus)、文蛤病毒(hardClam reovirus)、兔纤维瘤病毒(hare fibroma virus)、巨细胞病毒(人类巨细胞病毒)(HCMV(humanCytomegalovirus))、辅助病毒(helper virus)、红细胞吸附病毒2型(hemadsorption virus2)、日本血凝病毒(hemagglutinating virus of Japan)、出血热病毒(hemorrhagic fever virus)、亨德拉病毒(Hendra virus)、亨尼帕病毒(Henipaviruses)、乙型肝炎样病毒(Hepadnavirus)、A型肝炎病毒(hepatitis A virus)、B型肝炎病毒(hepatitis B virus)、C型肝炎病毒(hepatitisC virus)、D型肝炎病毒(三角洲)(hepatitis D(delta)virus)、E型肝炎病毒(hepatitis E virus)、F型肝炎病毒(hepatitis F virus)、G型肝炎病毒(hepatitis G virus)、乙型肝炎病毒诺娜NONB(hepatitis nonA nonB virus)、肝脑脊髓炎病毒3型(hepatoencephalomyelitis reovirus3)、嗜肝病毒(Hepatovirus)、苍鹭乙型肝炎病毒(heron hepatitis B virus)、B疱疹病毒(herpes B virus)、单纯疱疹病毒(Herpes simplex virus)、单纯疱疹病毒1型(herpes simplex virus1)、单纯疱疹病毒2型(herpes simplex virus2)、疱疹病毒
(Herpesvirus)、带状疱疹(Herpes zoster)、疱疹病毒6型(Herpes virus6)、疱疹病毒7型(Herpes virus7)、疱疹病毒8型(Herpes virus8)、蛛猴疱疹病毒(Herpesvirus
ateles)、人疱疹病毒(Herpesvirus hominis)、松鼠疱疹病毒(Herpesvirus saimiri)、猪疱疹病毒(Herpesvirus suis)、水痘疱疹病毒Herpesvirus varicellae、高地J病毒
(Highlands J virus)、牙鲆弹状病毒(Hirame rhabdovirus)、HIV-1(HIV-1)、猪瘟病毒(hogCholera virus)、大麦病毒(Hordeivirus)、马流感(Horse Flu)、人类T细胞亲淋巴病毒I型(HTLV-1)、人类T细胞亲淋巴病毒II型(HTLV-2)、人腺病毒2型(human
adenovirus2)、人类α疱疹病毒1型(humanalphaherpesvirus1)、人α疱疹病毒2型
(human alphaherpesvirus2)、人类α疱疹病毒3型(human alphaherpesvirus3)、人类B淋 巴 细胞 病 毒 (human B lymphotropic virus)、人 类β疱 疹 病 毒5型 (human betaherpesvirus5)、人类冠状病毒(humanCoronavirus)、人肠道病毒A型(Human
enterovirus A)、人类肠道病毒B型(Human enterovirus B)、人类流感(Human Flu)、人类泡沫病毒(human foamy virus)、人类γ疱疹病毒4型(human gammaherpesvirus4)、人类γ疱疹病毒6型(human gammaherpesvirus6)、人类A型肝炎病毒(human hepatitis A
virus)、人类疱疹病毒1组(human herpesvirus1group)、人类疱疹病毒2组(human
herpesvirus2group)、人类疱疹病毒3组(human herpesvirus3group)、人类疱疹病毒4组(human herpesvirus4group)、人类疱疹病毒6型(human herpesvirus6)、人类疱疹病毒8型(human herpesvirus8)、人类免疫缺陷病毒(艾滋病)(HIV(human immunodeficiency virus))、人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus1)、人类免疫缺陷病毒2型(human immunodeficiency virus2)、人类偏肺病毒(Human metapneumovirus)、人类乳头状瘤病毒(human papillomavirus)、人T细胞白血病病毒(human TCell leukemia
virus)、人类T细胞白血病病毒I(human TCell leukemia virus I)、人类T细胞白血病病毒II(human TCell leukemia virus II)、人类T细胞白血病病毒III(human TCell
leukemia virus III)、人类T细胞淋巴瘤病毒I(human TCell lymphoma virus I)、人类T细胞淋巴瘤病毒II(human TCell lymphoma virus II)、人类T细胞白血病病毒1型(human TCell lymphotropic virus type1)、人 类T细 胞 白 血 病 病 毒2型 (human TCell lymphotropic virus type2)、人类T淋巴细胞病毒I(human T lymphotropic virus I)、人类T淋巴细胞病毒II(human T lymphotropic virus II)、人类T淋巴细胞白血病病毒
III(human Tlymphotropic virus III)、姬蜂病毒属(ichnovirus)、等轴不稳定环斑病毒属(Ilarvirus)、婴幼儿胃肠炎病毒(infantile gastroenteritis virus)、牛传染性鼻气管炎病毒(infectious bovine rhinotracheitis virus)、传染性造血器官坏死病毒
(infectious haematopoietic necrosis virus)、传染性胰脏坏死病毒(infectious
pancreatic necrosis virus)、流 感 病 毒 (influenza virus)、流 感 病 毒 A 型(influenzavirus A)、流 感 病 毒 B 型 (influenzavirus B)、流 感 病 毒 C 型
(influenzavirusC)、流感病毒D(influenzavirus D)、流感病毒PR8(infiuenzavirus pr8)、昆虫虹彩病毒(insect iridescent virus)、昆虫病毒(insect virus)、干扰病毒(interfering virus)、虹彩病毒(iridovirus)、伊萨病毒(Isavirus)、日本乙肝病毒(Japanese B virus)、日本脑炎病毒(Japanese encephalitis virus)、JC病毒(JC
virus)、胡宁病毒(Junin virus)、约翰逊草花叶病毒(Johnson grass mosaic virus)、卡波济氏肉瘤相关疱疹病毒(Kaposi′s sarcoma-associated herpesvirus)、克麦罗沃病毒(Kemerovo virus)、基勒姆大鼠病毒(Kilham′s rat virus)、克拉马斯病毒(Klamath virus)、科隆各病毒(Kolongo virus)、韩国出血热病毒(Korean hemorrhagic fever virus)、昆巴病毒(kumba virus)、坎姆林格病毒(Kumlinge virus)、库京病毒(Kunjin virus)、森林贾萨努尔疾病(Kyasanur forest disease)、kyzylagach病毒(Kyzylagach virus)、克罗斯病毒(LaCrosse virus)、乳酸脱氢酶增高病毒(lactic dehydrogenase elevating virus)、拉各斯蝙蝠病毒(Lagos bat virus)、λ噬菌体(Lambda phage)、冷岳病毒(langat virus)、猴病毒(Langur virus)、兔细小病毒(lapine parvovirus)、拉沙热病毒(Lassa fever virus)、拉沙病毒(Lassa virus)、潜大鼠病毒(latent rat virus)、LCM病毒(LCM virus)、漏病 毒(Leaky virus)、慢病 毒(Lentivirus)、兔 痘病 毒
(Leporipoxvirus)、白血病病毒(leukemia virus)、白血病病毒(leukovirus)、羊跳跃病病毒(louping ill virus)、皱皮病病毒(lumpy skin disease virus)、大麦黄矮病毒属(Luteovirus)、淋巴结病相关病毒(lymphadenopathy associated virus)、淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒(LymphocyticChoriomeningitis virus)，淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒(LCMV)、淋 巴 隐病 毒(Lymphocryptovirus)、淋巴 细胞 性 脉络 丛脑 膜 炎病 毒(lymphocyticChoriomeningitis virus)、淋巴增殖性病毒属(lymphoproliferative
virus group)、狂犬病病毒属(Lyssavirus)、马丘波病毒(Machupo virus)、狂痒病毒(mad itch virus)、玉米褪绿矮星病毒(maizeChlorotic dwarf virus)、玉米粗缩病(maize rough dwarf virus)、哺乳动物B型肿瘤病毒群(mammalian type B oncovirus group)、哺乳动物B型逆转录病毒(mammalian type B retroviruses)、哺乳动物C型逆转录病毒群(mammalian typeC retrovirus group)、哺乳动物D型逆转录病毒(mammalian type D retroviruses)、乳腺肿瘤病毒(mammary tumor virus)、马普埃拉病毒(Mapuera virus)、玉米雷亚多非纳病毒属(Marafivirus)、马尔堡病毒(Marburg virus)、像马尔堡病毒
(Marburg-like virus)、梅森辉瑞猴病毒(Mason Pfizer monkey virus)、乳腺腺病毒属(Mastadenovirus)、马亚罗病毒(Mayaro virus)、脑心肌炎病毒(ME virus)、麻疹病毒(Measles virus)、女娄菜黄色斑点病毒(Melandrium yellow fleck virus)、梅纳格尔埃病毒(Menangle virus)、蒙哥病毒(Mengo virus)、门戈病毒(Mengovirus)、默克尔细胞多瘤病毒(MerkelCell polyomavirus)、米德尔堡病毒(Middelburg virus)、挤奶人结节病毒(milkers nodule virus)、水貂肠炎病毒(mink enteritis virus)、小鼠微小病毒(minute virus of mice)、MLV相关病毒(MLV related virus)、脑心肌炎病毒(MM virus)、莫科拉病 毒(Mokola virus)、软 疣 痘 病 毒 属(Molluscipoxvirus)、传 染 性 软 疣 病 毒(MolluscumContagiosum virus)、莫洛尼鼠白血病病毒(Moloney murine leukemia
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(pigCytomegalovirus)、鸽痘病毒(pigeonpox virus)、皮理病毒(Piry virus)、皮克孙纳病毒(Pixuna virus)、植物弹状病毒群(plant rhabdovirus group)、植物病毒(plant virus)、小鼠肺炎病毒(pneumonia virus of mice)、肺病毒(Pneumovirus)、脊髓灰质炎病 毒 (Poliomyelitis virus)、脊 髓 灰 质 炎 病 毒(Poliovirus)、多 分 DNA病 毒(Polydnavirus)、多角形病毒(polyhedral virus)、多瘤病毒(Polyoma virus)、多瘤病毒(Polyomavirus)、牛 多 瘤 病 毒 (Polyomavirus bovis)、猕 猴 多 瘤 病 毒
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La(SaccharomycesCerevisiae virus La)、酿酒酵母病毒LBC(SaccharomycesCerevisiae virus LBC)、鹭 山 病 毒(Sagiyama virus)、仙人 掌 病毒 (SaguaroCactus virus)、saimiriine疱疹病毒1型(Saimiriine herpesvirus1)、松鼠猴疱疹病毒2型(Saimiriine herpesvirus2)、非洲堇叶坏死病毒(Sainpaulia leaf necrosis virus)、saintabb头病毒(SaintAbb′s Head virus)、圣弗洛里斯病毒(Saint-Floris virus)、萨哈林病毒
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(SiGYVV)(Sida golden yellow vein virus(SiGYVV))、西格玛病毒(Sigma virus)、Sikte水媒病毒(Sikte water-borne virus)、西尔维沃特病毒(Silverwater virus)、Simbu病毒(Simbu virus)、猿猴腺病毒1型-27(Simian adenoviruses 1to27)、猿猴病毒12型
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virus)、南美出血热病毒(South American hemorrhagic fever viruses)、南非西番莲病毒(SouthAfrican passiflora virus)、南江病毒(South River virus)、南方菜豆花叶病毒(Southern bean mosaic virus)、南方马铃薯潜隐病毒(Southern potato latent
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(Spider monkey herpesvirus)、人纹污灯蛾核型多角体病毒(Spilarctia subcarnea NPV)、桃小卷叶蛾核型多角体病毒(Spilonota ocellana NPV)、黄腹斑灯蛾核型多角体病毒(Spilosoma lubricipeda NPV)、菠菜潜隐病毒(Spinach latent virus)、菠菜隐潜病毒(Spinach temperate virus)、噬菌体1(Spiroplasma phage1)、噬菌体4(Spiroplasma phage4)、噬菌体AA(Spiroplasma phageaa)、螺原体噬菌体C1/TS2(Spiroplasma phageC1/TS2)、莎草夜蛾质型多角体病毒(Spodoptera exemptaCypovirus)、甜菜夜蛾病毒
(Spodoptera exigua virus)、草地夜蛾病毒(Spodoptera frugiperda virus)、夜蛾
latifascia 病 毒 (Spodoptera latifascia virus)、海 灰 翅 夜 蛾 (Spodoptera littoralis)、灰翅夜蛾病毒(Spodoptera mauritia virus)、夜蛾ornithogalli病毒
(Spodoptera ornithogalli virus)、斯庞德温尼病毒(Spondweni virus)、春美潜伏病毒(spring beauty latent virus)、鲤春病毒血症病毒(Spring viremia ofCarp virus)、泡沫病毒(SFV、HFV)(Spumavirus(SFV，HFV))、南瓜曲叶病毒(Squash leafCurl virus)、南瓜花叶病毒(squash mosaic virus)、松鼠纤维瘤病毒(squirrel fibroma virus)、松鼠猴疱疹病毒(Squirrel monkey herpesvirus)、松鼠猴逆 转录病 毒(squirrel monkey
retrovirus)、SR-11病毒(SR-11virus)、斯里 兰卡 百香 果斑 驳病 毒(SriLankan
passionfruit mottle virus)、斯里布尔病毒(Sripur virus)、SSV1病毒组(SSV1virus group)、斯坦布斯头病毒(StAbbs Head virus)、圣路易斯脑炎病毒(St.Louis
encephalitis virus)、金黄色葡萄球菌噬菌体107(Staphylococcus phage107)、金黄色葡萄 球 菌 噬 菌 体187(Staphylococcus phage187)、金 黄 色 葡 萄 球 菌 噬 菌 体
2848A(Staphylococcus phage2848A)、金黄色葡萄球菌噬菌体3A(Staphylococcus
phage3A)、金黄色葡萄球菌噬菌体44AHJD(Staphylococcus phage44A HJD)、金黄色葡萄球菌噬菌体77(Staphylococcus phage77)、金黄色葡萄球菌噬菌体B11-M15(Staphylococcus phage B11-M15)、金黄色葡萄球菌噬菌体特沃特(Staphylococcus phage Twort)、燕八哥痘病毒(Starlingpox virus)、补血草属病毒Y，P，STLV(Y Statice virus，P，STLV)，STLV(猴T淋巴细胞病毒I型)(STLV(simian T lymphotropic virus)type I)、STLV(猴T淋巴细胞病毒)II型(STLV(simian T lymphotropic virus)type II)、STLV(猴T-亲淋巴细胞病毒)III型(STLV(simian T lymphotropic virus)type III)，丘疹性口炎病毒
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phageCvir)、链球菌噬菌体H39(Streptococcus phage H39)、夜禽类泡疹病毒1型
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virus)、烟草线条病毒(Tobacco streak virus)、烟草矮化病毒(Tobacco stunt virus)、烟草花叶病毒(Tobacco vein banding mosaic virus)、烟草脉曲黄病毒(Tobacco vein distorting virus)，烟草脉斑驳病毒(Tobacco vein mottling virus)、烟草萎蔫病毒(Tobacco wilt virus)、烟草黄矮病毒(Tobacco yellow dwarf virus)、烟草黄网病毒(Tobacco yellow net virus)、烟草黄脉病毒(Tobacco yellow vein virus)、烟草花叶病毒(Tobamovirus)，烟草脆裂病毒(Tobravirus)、披膜病毒(Togavirus)、Tomato apical stunt viroid、番茄不孕病毒(Tomato aspermy virus)、番茄黑环线虫传多角体病毒
(Tomato black ring virus)、番 茄 黑 环 病 毒 随 体 (Tomato black ring virus satellite)、番茄束顶病毒(Tomato bunchy top viroid)、番笳丛矮病毒(tomato bushy stunt virus)、番茄丛矮病毒随体(Tomato bushy stunt virussatellite)、番茄金色花叶病毒(Tomato golden mosaic virus)、番茄皱叶病毒(Tomato leafCrumple virus)、番茄曲叶病毒(Tomato leafCurl virus)、番茄卷叶病毒(Tomato leafroll virus)、番茄花叶病毒(Tomato mosaic virus)、番茄斑驳病毒(Tomato mottle virus)、番茄淡黄化病毒(Tomato paleChlorosis virus)、番茄雄性株类病毒(Tomato planta macho viroid)、番茄伪曲项病毒(Tomato pseudo-curly top virus)、番茄环斑病毒(Tomato ringspot
virus)、番茄斑萎病毒(Tomato spotted wilt virus)、番茄顶级坏死病毒(Tomato top necrosis virus)、番茄叶脉黄化病毒(Tomato vein yellowing virus)、番茄黄矮病毒(Tomato yellow dwarf virus)、番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leafCurl virus)、番茄黄化花叶病毒(Tomato yellow mosaic virus)、番茄黄顶病毒(Tomato yellow top virus)、番茄丛矮病毒属(Tombusvirus)、同安区香草病毒(Tongan vanilla virus)、环曲病毒(Torovirus)、扭矩特诺病毒(Torque teno virus)、卷蛾核型多角体病毒(Tortrix loeflingiana NPV)、栎绿卷蛾核型多角体病毒(Tortrix viridana NPV)、托斯卡纳病毒(Toscana virus)、番茄斑萎病毒(Tospovirus)、短须长体巨蚊核型多角体病毒
(Toxorhynchites brevipalpis NPV)、Trabala vishnou核型 多 角体 病 毒(Trabala vishnou NPV)、紫露草/吊竹梅病毒(Tradescantia/Zebrina virus)、载体鸭脾坏死病毒(Trager duck spleen necrosis virus)、tranosema藻病毒(Tranosema sp.Virus)、转化病毒(transforming virus)、树鼩腺病毒1型(Tree shrew adenovirus1)、树鼩鼱疱疹病毒(Tree shrew herpesvims)、蝽病毒(Triatoma virus)、特里贝克病毒(Tribec virus)、不整叶蜂核型多角体病毒(Trichiocampus irregularis NPV)、青杨毛叶蜂核型多角体病毒(Trichiocampus viminalis NPV)、阴道毛滴虫病毒(Trichomonas vaginalis virus)、粉纹夜蛾质型多角体病毒5型(Trichoplusia niCypovirus5)、粉纹夜蛾颗粒体病毒
(Trichoplusia ni granulovirus)、粉纹夜蛾多角体病毒(Trichoplusia ni MNPV)、粉纹夜蛾单核多角体病毒(Trichoplusia ni Single SNPV)、甘兰尺蠖病毒(Trichoplusia ni virus)、瓜蒌斑驳病毒(Trichosanthes mottle virus)、小麦黄化斑点病毒(Triticum aestivumChlorotic spot virus)、特里费塔图斯病毒(Trivittatus virus)、流动病毒(Trombetas virus)、旱金莲病毒1型(Tropaeolum virus1)、旱金莲病毒2型(Tropaeolum virus2)、Trubanarnan病毒(Trubanarnan virus)、特苏鲁斯病毒(Tsuruse virus)、图坎杜巴病毒(Tucunduba virus)、杜拉尔苹果花叶病毒(Tulare apple mosaic virus)、郁金香的断带病毒(Tulip band breaking virus)、郁金香碎色病毒(Tulip breaking virus)、郁金香褪绿斑病毒(TulipChlorotic blotch virus)、郁金香碎色病毒(Tulip top
breaking virus)、郁金香病毒X(Tulip virus X)、肿瘤病毒(tumor virus)、树鼩病毒(Tupaia virus)、树鼩鼱疱疹病毒(Tupaiid herpesvirus1)、大菱鲆疱疹病毒(Turbot herpesvirus)、大 菱 鲆 病 毒(Turbot reovirus)、土 耳 其 腺 病 毒1-3型 (Turkey adenoviruses1to3)、火鸡冠状病毒(TurkeyCoronavirus)、火鸡疱疹病毒1型(Turkey herpesvirus1)、火鸡鼻气管炎病毒(turkey rhinotracheitis virus)、火鸡痘病毒
(turkeypox virus)、特洛克病毒(Turlock virus)、芜菁皱缩病毒(TurnipCrinkle
virus)、芜菁皱缩病毒随体(TurnipCrinkle virus satellite)、芜菁轻微黄化病毒
(Turnip mild yellows virus)、芜菁花叶病毒(Turnip mosaic virus)、芜菁丛簇病毒(Turnip rosette virus)、芜菁黄花叶病毒(turnip yellow mosaic virus)、土耳其病毒(Turuna virus)、芜菁病毒(Tymovirus)、为勒尼病毒(Tyuleniy virus)、C型逆转录病毒(typeC retroviruses)、D型肿瘤病毒(type D oncovirus)、D型逆转录病毒群(type D retrovirus group)、瓦辛吉舒病病毒(Uasin Gishu disease virus)、乌干达病毒(UgaDNA S virus)、Ugymyia蛆蝇核型多角体病毒(Ugymyia sericariae NPV)、溃疡性疾病杆状病毒(ulcerative disease rhabdovirus)、块茎藜轻斑驳病毒(Ullucus mild mottle virus)、块茎藜花叶病毒(Ullucus mosaic virus)、块茎藜病毒C型(Ullucus virusC)、乌马蒂拉病毒(Umatilla virus)、安布勒病毒(Umbre virus)、乌纳病毒(Una virus)、乌波卢病毒(Upolu virus)、UR2肉瘤病毒(UR2sarcoma virus)、小垂中国蓝带蚊核型多角体病毒
(Uranotaenia sapphirina NPV)、乌尔巴努斯变形杆菌核型多角体病毒(Urbanus proteus NPV)、尤鲁库里病毒(Urucuri virus)、玉米黑粉菌病毒1型(Ustilago maydis virus1)、玉米黑粉菌病毒4型(Ustilago maydis virus4)、玉米黑粉菌病毒6型(Ustilago maydis virus6)、乌苏图病毒(Usutu virus)、尤廷加病毒(Utinga virus)、乌蒂韦病毒(Utive virus)、乌库涅米病毒群(Uukuniemi virus group)、牛痘病毒(Vaccinia virus)、韦略病毒(Vaeroy virus)、非洲石蒜花叶病毒(Vallota mosaic virus)、大西洋赤蛱蝶核型多角体病毒(Vanessa atalanta NPV)、小苎麻赤蚨蝶核型多角体病毒(VanessaCardui NPV)、Vanessa prorsa核型多角体病毒(Vanessa prorsa NPV)、香草花叶病毒(Vanilla mosaic virus)、香草坏死病毒(Vanilla necrosis virus)、水痘-带状疱疹病毒(Varicella
zoster virus)、水痘病毒属(Varicellovirus)、天花病毒(Varicola virus)、重型天花病毒(variola major virus)、天花病毒(variola virus)、瓦信义秀病病毒(Vasin Gishu disease virus)、韦洛尔病毒(Vellore virus)、天鹅绒烟草斑驳病毒(Velvet tobacco mottle virus)、绒毛烟草斑驳病毒随体(Velvet tobacco mottle virus satellite)、委内瑞拉马脑炎病毒(VenezueLNAequine encephalitis virus)、委内瑞拉型马脑脊髓炎病毒 (VenezueLNAequine encephalomyelitis virus)、委 内 瑞 拉 出 血 热 病 毒
(VenezueLNAhemorrhagic fever virus)、水泡性口炎病 毒(Vesicular stomatitis
virus)、水泡性病毒属(Vesiculovirus)、弧菌噬菌体06n-22p(Vibrio phage06N-22P)、弧菌噬菌体06n-58p(Vibrio phage06N-58P)、弧菌噬菌体4996(Vibrio phage4996)、弧菌噬菌体A3A(Vibrio phage a3a)、弧菌噬菌体I(Vibrio phage I)、弧菌噬菌体II(Vibrio phage II)、弧菌噬菌体III(Vibrio phage III)、弧菌噬菌体IV(Vibrio phage IV)、弧菌噬菌体卡拉(Vibrio phage kappa)、弧菌噬菌体nt-1(Vibrio phage nt-1)、弧菌噬菌体OXN-52P(Vibrio phage OXN-52P)、弧菌噬菌体OXN-lOOP(Vibrio phage OXN-lOOP)、弧菌噬菌体v6(Vibrio phage v6)、弧菌噬菌体Vfl2(Vibrio phageVfl2)、弧菌噬菌体
Vf33(Vibrio phage Vf33)、弧菌噬菌体VP1(Vibrio phageVP1)、弧菌噬菌体VP11(Vibrio phage VP11)、弧菌噬菌体VP3(Vibrio phageVP3)、弧菌噬菌体VP5(Vibrio phage VP5)、弧菌噬菌体X29(Vibrio phageX29)、蚕豆潜隐病毒(ViciaCryptic virus)、豇豆花叶病毒(Vigna sinensis mosaic virus)、维琉斯克病毒(Vilyuisk virus)、宾塞斯病毒(Vinces virus)、中提琴斑驳病毒(Viola mottle virus)、蝰蛇逆病毒(viper retrovirus)、病毒性出血性败血症病毒(viral haemorrhagic septicemia virus)、类肉瘤粒(virus-like particle)、绵羊脱髓鞘性脑白质炎梅迪病毒(Visna Maedi virus)、绵羊脱髓鞘性脑白质炎病毒(Visna virus)、沃安齐贾花叶病毒(Voandzeia mosaic virus)、沃安齐贾坏死花叶病毒(Voandzeia necrotic mosaic virus)、田鼠痘病毒(volepox virus)、瓦德麦达尼病毒(Wad Medani virus)、沃洛尔病毒(Wallal virus)、角膜白斑表皮增生(Walleye
epidermal hyperplasia)、海象杯状病毒(WalrusCalicivirus)、沃诺赖病毒(Wanowrie virus)、瓦里各病毒(Warregovirus)、西瓜褪绿矮病毒(WatermelonChlorotic stunt virus)、西瓜卷曲的斑驳病毒(WatermelonCurly mottle virus)、西瓜花叶病毒1型
(Waterrnelon mosaic virus1)、西瓜花叶病毒2型(Watermelon mosaic virus2)、威德尔海的水性病毒(Weddel water-borne virus)、韦尔多纳病毒(Weldona virus)、韦塞尔斯布朗病毒(Wesselsbron virus)、西尼罗病毒(West Nile virus)、西方马脑炎病毒(western equine encephalitis virus)、西 方 型 马 脑 脊 髓 炎 病 毒 (western equine
encephalomyelitis virus)、韦克斯福德病毒(Wexford virus)、沃达罗河病毒(Whataroa virus)、美国小麦条纹花叶病毒(Wheat American striate mosaic virus)、小麦褪绿斑病毒(WheatChlorotic streak virus)、小麦矮缩病毒(Wheat dwarf virus)、小麦丛矮病毒(Wheat rosette stunt virus)、小麦线条花叶病毒(Wheat streak mosaic virus)、小麦黄花叶病毒(Wheat yellow leaf virus)、小麦黄花叶病毒(Wheat yellow mosaic
virus)、白葡萄病毒(White bryony virus)、白三叶草潜隐病毒1型(WhiteCloverCryptic virus1)、白三叶草潜隐病毒2型(WhiteCloverCryptic virus2)、白三叶草潜隐病毒3型(WhiteCloverCryptic virus3)、白三叶草花叶病毒(WhiteClover mosaic virus)、White lupinrnosaic病毒(White lupinrnosaic virus)、野生黄瓜花叶病毒(WildCucumber
mosaic virus)、野生马铃薯花叶病毒(Wild potato mosaic virus)、角马疱疹病毒
(Wildbeest herpesvirus)、悬钩子潜伏病毒(Wineberry latent virus)、冬麦花叶病毒(Winter wheat mosaic virus)、俄罗斯的冬小麦花叶病毒(Winter wheat Russian mosaic virus)、弄蝶病毒(WiseanaCervinata virus)、斑鞘蝙蝠病毒(Wiseana signata virus)、umbraculata蝙蝠病毒(Wiseana umbraculata virus)、隔蒴苘属花叶病毒(Wissadula mosaic virus)、紫藤脉花叶病毒(Wisteria vein mosaic virus)、威特沃特斯兰病毒(Witwatersrand virus)、王盖病毒(Wongal virus)、王戈尔病毒(Wongorr virus)、冬季呕吐病毒(Winter Vomiting Virus)、土拨鼠乙肝病毒(woodchuck hepatitis B virus)、土拨鼠旱獭疱疹1(Woodchuck herpesvirus marmota1)、毛猿肉瘤相关病毒(woolly monkey sarcoma virus)、伤口肿瘤病毒(wound tumor virus)、WRSV病毒(WRSV virus)、WVU病毒
2型937(WVU virus2937)、WW病毒7型1到212(WW virus71to212)、北美瓶草蚊核型多角体病毒(Wyeomyia smithii NPV)、Wyeomyia病毒(Wyeomyiavirus)、黄单胞菌噬菌体
CF(Xanthomonas phageCf)、黄单胞菌噬菌体CFLT(Xanthomonas phageCflt)、黄单胞菌噬菌体RR66(Xanthomonas phage RR66)、黄单胞菌噬菌体XF(Xanthomonas phage Xf)、黄单胞菌噬菌体XF2(Xanthomonas phage Xf2)、黄单胞菌噬菌体XP5(Xanthomonas phage
XP5)、非洲爪蟾病毒T21(Xenopus virus T21)、Xiburema病毒(Xiburema virus)、鑫谷病毒(Xingu viru)、木冬夜蛾核型多角体病毒(XylenaCurvimacula NPV)、Y73肉瘤病毒
(Y73sarcoma virus)、雅巴猴肿瘤病毒(Yaba monkey tumor virus)、雅巴-1病毒
(Yaba-1virus)、雅巴-7病毒(Yaba-7virus)、Yacaaba病毒(Yacaaba virus)、山药花叶病毒(Yam mosaic virus)、雅温得病毒(Yaounde virus)、亚奎纳头病毒(Yaquina Head virus)、亚塔痘病毒属(Yatapoxvirus)、黄热病病毒(Yellow fever virus)、约格病毒(Yogue virus)、约卡痘病毒(Yokapox virus)、Yokase病毒(Yokase virus)、鲁豫东梨区蝽核型多角体病毒(YponomeutaCognatella NPV)、豫东梨区蝽核型多角体病毒
(Yponomeuta evonymella NPV)、豫东梨区蝽核型多角体病毒(Yponomeuta malinellus NPV)、豫东梨区蝽帕代拉核型多角体病毒(Yponomeuta padella NPV)、丝兰杆状病毒
(Yucca baciliform virus)、尤格Bogdanovac病毒(Yug Bogdanovac virus)、扎利夫特帕尼亚病毒(Zaliv Terpeniya virus)、玉米病毒(Zea mays virus)、泽格拉病毒(Zegla virus)、红杉小卷蛾病毒(Zeiraphera diniana virus)、松线小卷叶蛾核型多角体病毒(Zeiraphera pseudotsugana NPV、Zika virus)、泽夸病毒(Zirqa virus)、结缕草花叶病毒(Zoysia mosaic virus)、西葫芦黄色斑点病毒(Zucchini yellow fleck virus)、小西葫芦黄花叶病毒(Zucchini yellow mosaic virus)、和蟹爪兰病毒(Zygocactus virus)。
62.一种适于与互补RNA和/或DNA目标相互作用的多核苷酸探针，其中所述多核苷酸
探针包括确切1个嵌入物分子。
63.一种适于与互补RNA和/或DNA目标相互作用的多核苷酸探针，其中所述多核苷酸
探针包括至少2个嵌入物分子。
64.根据任一项目63和64所述的多核苷酸探针，其中所述多核苷酸探针可选自DNA探
针、RNA探针、LNA探针和PNA探针。
65.根据任一项目63-65所述的多核苷酸探针，其中嵌入物分子的总数可选自2、3、4、
5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20和大于20个嵌入物分子。
66.根据任一项目63-66所述的多核苷酸探针，其中嵌入物分子的插入增加了互补探
针与目标DNA和/或RNA组成的多核苷酸双链的熔点。
67.根据任一项目63-67所述的多核苷酸探针，其中嵌入物分子的数量与多核苷
酸探针碱基总数的比率为1∶50-1∶2，如1∶50-1∶40、例如1∶40-1∶30、如
1∶30-1∶20、例如1∶20-1∶10、如1∶10-1∶5、例如1∶5-1∶2，或这些间隔的任
何结合。
68.根据任一项目63-68所述的多核苷酸探针，其中一个且唯一的嵌入物分子选自
TINA、INA、邻-TINA、对-TINA、AMANY。
69.根据项目69所述的多核苷酸探针，其中所述嵌入物分子是TINA。
70.根据项目69所述的多核苷酸探针，其中所述嵌入物分子是INA。
71.根据项目69所述的多核苷酸探针，其中所述嵌入物分子是邻-TINA。
72.根据项目69所述的多核苷酸探针，其中所述嵌入物分子是对-TINA。
73.根据项目69所述的多核苷酸探针，其中所述嵌入物分子是AMANY。
74.根据任一项目63-69所述的多核苷酸探针，其中两个或多个嵌入物分子可选自
TINA、INA、邻-TINA、对-TINA、AMANY。
75.根据任一项目63-69所述的多核苷酸探针，其中所述多核苷酸探针包括一种以上
类型的嵌入物分子，如2、3、4、5或大于5种不同类型的嵌入物分子。
76.根据任一项目63-76所述的多核苷酸探针，其中所述多核苷酸探针连接支撑物。
77.根据项目77所述的多核苷酸探针，其中所述支撑物选自颗粒物质、珠子、磁珠、非磁珠、聚苯乙烯珠子、磁性聚苯乙烯珠子、凝胶珠子、聚丙烯酰胺葡聚糖珠子、聚苯乙烯珠子、琼脂糖珠子、多糖珠子和聚碳酸酯珠子。
78.根据任一项目77-78所述的多核苷酸探针，其中所述支撑物为固体支撑物。
79.根据项目79所述的多核苷酸探针，其中所述固体支撑物为选自微量滴定板ak其他
板格式、试剂管、载玻片和其他用于阵列或微阵列分析的支撑物、微流控室或设备的管道或通道和Biacore芯片。
80.根据任一项目63-76所述的多核苷酸探针，其中所述多核苷酸探针包括一个或多
个标签。
81.根据项目81所述的多核苷酸探针，其中所述一个或多个标签可选自生物素、荧光
素标签、5-(和6)羧基荧光素、5-或6-羧基荧光素、6-(荧光素)-5-(和6)-羧酰胺己酸、异硫氰酸荧光素氰酸(FITC)、罗丹明、四甲基罗丹明、染料、Cy2、Cy3和Cy5、PerCP、藻胆蛋白、R-藻红蛋白(RPE)、异藻红蛋白(APC)、德克萨斯(Texas)红、Princeston Red、绿色荧光蛋白(GFP)及它们的类似物、R-藻红蛋白(RPE)或异藻红蛋白(APC)的共缀物、基于半导体TM
纳米晶体(像量子点和Qdot 纳米晶体)的无机荧光标签、基于镧系元素如Eu3+和Sm3+
的时间分辨荧光、半抗原、DNP、地高辛、酶标签、辣根过氧化物酶(HRP)、磷酸酶(AP)、β-半乳糖苷酶(GAL)、葡萄糖-6-磷酸脱氢酶、β-N-乙酰氨葡萄糖苷酶、β-葡萄糖醛酸酶、黄嘌呤氧化酶、蔗糖酶、萤火虫荧光素酶和葡萄糖氧化酶(GO)、夜光标签、鲁米诺(luminol)、异鲁米诺、吖啶酯、1，2-二氧环乙烷、吡啶哒嗪、放射性标签、同位素碘、同位素钴、同位素硒、同位素氚和同位素磷。
82.根据任一项目63-76所述的多核苷酸探针，其中嵌入物的嵌入单元优选包括选自
多环芳烃和杂多环芳烃的化学基团。
83.根据项目83所述的多核苷酸探针，其中所述多环芳烃或杂多环芳烃组成至少2个
芳环，如3，例如4，如5，例如6，如7，例如8，如大于8个芳环。
84.根据项目83-84所述的多核苷酸探针，其中所述杂多环芳烃包括至少一个芳环，其
中至少一个碳原子被选自氮和氧的杂原子取代。
85.根据项目83-84所述的多核苷酸探针，其中杂多环芳烃包括至少2个杂原子，如3
个杂原子，例如4个杂原子，如5个杂原子，例如大于5个个杂原子。
86.根据项目83-84和86所述的多核苷酸探针，其中所述杂多环芳烃包括作为唯一杂
原子的氧。
87.根据项目83-84和86所述的多核苷酸探针，其中所述杂多环芳烃包括作为唯一杂
原子的氮。
88.根据项目83-84和86所述的多核苷酸探针，其中所述杂多环芳烃包括两种杂原子
氮和氧。
89.根据项目83-84所述的多核苷酸探针，其中所述多环芳烃或杂多环芳烃被选自羟
基、卤素、巯基、硫代基、氰基、烷硫基、杂环基、芳基、杂芳基、羧基、Carboalkoyl、烷基、烯基、炔基、硝基、氨基、烷氧基和酰氨基的一个或多个取代基取代。
90.根据任一项目83-90所述的多核苷酸探针，其中所述嵌入物的嵌入单元为选自能
够增加多核苷酸双链结构稳定性的多环芳烃或杂多环芳烃。
91.根据任一项目84-91所述的多核苷酸探针，其中所述嵌入物的嵌入单元为选自邻
菲罗啉、吩嗪、菲啶、芘、蒽、萘、菲、二萘品苯、屈、并四苯、苯并蒽、茋、卟啉以及任何前述嵌入物被一个或多个选自羟基、卤素、巯基、硫代基、氰基、烷硫基、杂环基、芳基、杂芳基、羧基、Carboalkoyl、烷基、烯基、炔基、硝基、氨基、烷氧基和酰氨基的取代基取代。
实施例
通过获得熔解曲线评估脱碱基位点对Tm的影响
使用 2.0上的荧光共振能量转移(FRET)系统评估两个不同的寡核苷酸
序列中由碱基错配或脱碱性位点(B)引起的熔点(Tm)变化。
寡核苷酸购自IBMGmbH( Germany)或者DNA TechnologyA/S(Risskov，
Denmark)，以0.2μmol合成规模进行高效液相色谱(HPLC)纯化和随后的质量控制。寡核苷酸是使用3’氨基-改性剂-C7然后连接到ATTO495NHS-酯，或者使用5’氨基-改性剂-C6然后连接到ATTO590NHS-酯而合成。ATTO495发挥FRET供体的作用，是吖啶橙的修饰物，最大激发在495nm以及最大发射在527nm。ATTO590是Rhodamine染料的衍生物，最大激发在594nm以及最大发射在624nm。将ATTO495/ATTO590FRET对在 2.0(Roche
Applied Science、Basel、Switzerland)上470nm处激发，在640nm处检测到荧光发射。
为了评估含有尿嘧啶的寡核苷酸的尿嘧啶-DNA糖基化酶(UNG)处理情况，在Tm测定
之前进行预孵育步骤。在每50pmol寡核苷酸含有或不含有1单位UNG的情况下，将10μM寡核苷酸在20mM Tris-HCl(pH8.2，25℃)，10mM NaCl，1mM EDTA中于37℃孵育1小时。
用20μL的LightCycler毛细管在 2.0上进行熔解曲线实验。将每种寡
核苷酸1.0μM与pH7.0的磷酸钠缓冲液(50mMNaH2PO4/Na2HPO4、100mM NaCl和0.1mM EDTA)混合。用标准程序进行Tm测量：(i)在37至95℃为解离步骤，缓变速率为0.2℃/秒，并在
95℃保持5分钟，(ii)在95至37℃退火，缓变速率为0.05℃/秒，并持续测量荧光；(iii)在37℃保持5分钟，以及(iv)在37至95℃变性，缓变速率为0.05℃/秒，并持续测量荧
光。退火和变性曲线二者的荧光数据都用于Tm测定，并且没有观察到滞后现象。Tm是使用用于熔解曲线分析的LightCycler Software4.1软件来鉴别，并被定义为一阶导数的峰值。
所有溶解曲线测定都以单毛细管测量方式进行。在Tm鉴别之前，通过减去背景荧光的荧光团进行颜色补偿。
结果如表1至表3所示。单个脱碱基位点使Tm平均降低10℃(表1)。对于带有两个
错配或两个脱碱基位点的寡核苷酸(表2)，观察到两个错配使Tm平均降低15.7℃(7.8℃/错配)，相比之下两个脱碱基位点使Tm平均降低23.8℃(11.9℃/脱碱基位点)。脱碱基
位点使Tm平均降低要比错配碱基多52％((11.9-7.8)/7.8*100)。
表2：相比于碱基错配，两个脱碱基位点对Tm的影响。
表3示出经过或未经UNG处理对含有尿嘧啶的寡核苷酸的预孵育的影响。未经UNG处
理时，两处错配使Tm平均降低17.4℃(8.7℃/错配)，相比之下两个经UNG处理的尿嘧啶碱基使Tm平均降低21.3℃(10.6℃/UNG处理的尿嘧啶)。
表3：UNG对含有尿嘧啶的寡核苷酸的预孵育的影响。非UNG处理的含有尿嘧啶和寡核
苷酸以及UNG或非UNG处理的含有脱碱基位点(B)的寡核苷酸作为对照。
总之，示出了脱碱基位点更有效地使寡核苷酸杂交变得不稳定，比碱基错配有效52％。
此外，示出了与碱基错配位点相比，脱碱基位点的影响不仅存在于稳定的脱碱基位点，还存在于UNG处理的尿嘧啶碱基。
用含有对-TINA的寡核苷酸或常规的DNA寡核苷酸对包含目标和特定捕获物的尿嘧啶
的UNG处理
本实验的目的是除去dsDNA的特定碱基，然后通过互补碱基已用对-TINA取代的寡核
苷酸捕获DNA(图6&7)。
寡核苷酸购自IBA GmbH( Germany)或DNA Technology A/S(Risskov，
Denmark)，以0.2μmol合成规模进行高效液相色谱(HPLC)纯化以及随后的质量控制。用大肠杆菌(Escherichia Coli)的STX2基因碱基对230至300作为目标序列。寡核苷酸为
STX2230-300F：5’-GCUGUGGAUAUACGAGGGCUUGAUGUCUAUCAGGCGCGUUUUGACCAUCUUCGUCUGAUUAUUGAGCAAAA-3’和STX2230-300R：5’-UUUUGCUCAAUAAUCAGACGAAGAUGGUCAAAACGCGCCUGAUAGA CAUCAAGCCCUCGUAUAUCCACAGC-3’，其中胸腺嘧啶被脱氧尿嘧啶(dU)取代。捕获寡核苷酸为常规DNA寡核苷酸STX2-A003C：5’-CGTTTTGACCATCTTCGTCTGATTAA-HEX-CX-NH2-3’或对-TINA寡核苷酸STX2-A004C：5’-CGTTTTGXCCXTCTTCGTCTGXTTAA-HEX-CX-NH2-3’。HEG是六甘醇间隔体，CX-NH2是氨修饰的环己烷间隔体以及X是对-TINA。检测是用常规DNA寡核苷酸STX2-A001B：bio-GGGCTTGATGTCTATCAGGC-3’或者对-TINA寡核苷酸STX2-A002B：
bio-GGGCTTGXTGTCTXTCXGGC-3’完成。Bio-是C6-生物素间隔体以及X是对-TINA。
dsDNA的预孵育和UNG处理
为了形成dsDNA，将1.00pmol的STX2230-300R与1.60pmol的STX2230-300F在20mM
Tris-HCl(pH8.2，25℃)，10mM NaCl，1mMEDTA中混合并加热到95℃保持5分钟。重退火是在60℃持续15分钟接着在25℃持续15分钟而完成。合适时，加入1单位的尿嘧啶-DNA
糖基化酶并于37℃孵育1小时。在20mM Tris-HCl(pH8.2，25℃)，10mM NaCl和1mM EDTA中，将UNG处理的dsDNA按10倍稀释从1.0*10^-12mol/孔稀释至1.0*10^-18mol/孔。
寡核苷酸偶联至Luminex MagPlexTM微球
TM
根据Luminex公司的建议，将常规DNA捕获寡核苷酸(STX2-A003C)偶联到MagPlex -C
6
磁性羧基化微球。简而言之，将2.5x10 微球在0.1MMES、pH4.5中活化，加入0.2nmole寡核苷酸和25μg EDC。偶联反应在黑暗中孵育30分钟，加入25μg EDC再培养30分钟。加入1.0mL的0.02％Tween-20，在DynaMagm-2磁粉浓缩器(Invitrogen， Denmark)
上磁选1分钟后，除去上清液。加入1mL的0.1％SDS并涡旋，接着进行磁选并在100μL Tris-EDTA缓冲液，pH8.0中重悬浮，并保存在冰箱中。
用新的公司内部碳二亚胺/磺基-NHS偶联程序偶联对-TINA修饰的寡核苷酸
6
(STX2-A004C)。将2.5x10 个微球转移到低滞留微离心管(Axygen，Union City，CA，USA)中。将微球洗涤并在100μL的0.1M MES、pH6.0中活化，接着在35μL缓冲液中重悬浮。加入125μg硫代-NHS，接着加入625μgEDC。将微球在黑暗中孵育15分钟，加入625μgEDC，接着再孵育15分钟。除去活化缓冲液，并加入97μL0.1M，pH7.2的磷酸盐缓冲液，接着加入0.3nmol寡核苷酸。微球在Thermo-shaker TS-100(BioSan，Riga，Latvia)上以900rpm于室温孵育2小时。在非振动条件下继续孵育过夜(任选的)。微球在100μL的0.1M，
pH7.2的磷酸盐缓冲液中洗涤一次，接着在0.1M的含50mM乙醇胺的pH7.2的磷酸盐缓冲
液中封闭，并在热振动筛TS-100上以900rpm于室温孵育15分钟。将微球分离，在100μL pH8.0的Tris-EDTA缓冲液中重悬浮，并在5℃保存。所有分离步骤是通过在磁选机的微离心管中放置1分钟来完成，并且在每次添加缓冲液或试剂之后，将所述管以低速涡旋20秒。
为了确保碳二亚胺和碳二亚胺/硫代-NHS偶联程序有相等的偶联效率，每个偶联程序
中都包括含有或不含有对-TINA的生物素化的寡核苷酸。通过用0.5μg链霉亲和素-R-藻红蛋白(特级，S-21388，Invitrogen A/S， Denmark)孵育0.2μL微球来评估偶
联效率，其含有10μg白蛋白组分V(Merck&Co Inc.)，0.03％Triton X-100，以及10mM，pH6.4的含有200mM NaCl的磷酸盐缓冲液。反应混合物在25℃和900rpm下在
Incubator/Shaker HT(Thermo Fisher Scientific)中孵育15分钟。在含有200mM NaCl和0.03％Triton X-100的10mM，pH6.4的磷酸盐缓冲液中洗涤三次，接着在
200TM仪器上计数350个微球。类似的偶联效率都用这两个程序得到。
Luminex检测UNG处理的dsDNA
将0.2μL的STX2-A003C或STX2-A004C珠子在圆锥底形状的96MicroWellTM板中
(NUNC，Thermo Fisher Scientific，Roskilde，Denmark)与作为检测寡糖的1.0pmol/孔的STX2-A001B或STX2-A002B在含有100mMNaCl，0.1mM EDTA和0.03％Triton X-100的
50mM pH7.0的NaH2PO4/Na2HPO4中混合，并且加入按10倍稀释从1.0*10^-12mol/孔稀释至1.0*10^-18mol/孔的经UNG或未经UNG处理的dsDNA。混合物在 Incubator/
Shaker HT(Thermo Fisher Scientific)中以900rpm于69℃孵育10分钟，然后以900rpm于35℃孵育15分钟。孵育后，通过将板置于96-孔磁选机(PerkinElmer，Skovlunde，
Denmark)上将板洗涤三次(，并除去上清液，接着加入12.5mM，pH7.0的含有25mM NaCl，
25μM EDTA和0.03％Triton X-100的NaH2PO4/Na2HPO4中。每个孔加入0.5μg链霉亲和素-R-藻红蛋白(特级)(S-21388，Invitrogen A/S， Denmark)，含有10μg白蛋
白组分V(Merck&Co Inc.)在50mM，pH7.0的含有100mMNaCl，0.1mM EDTA和0.03％Triton X-100的NaH2PO4/Na2HPO4中。将板在 HT中以900rpm于35℃孵
育15分钟。孵育后，将板按之前所述洗涤三次。加入12.5mM，pH7.0的含有25mM NaCl，TM
25μM EDTA和0.03％Triton X-100的NaH2PO4/Na2HPO4，并且在Luminex200 仪器上分析之前将板于35℃孵育30分钟，每个微球组上计数150个。最后在35℃的步骤是有必要的，以避免整个Luminex分析中因为大小不均的微球的沉降而减弱背景荧光(Hanley BP，Xing L，Cheng RH(2007)Variance in multiplex suspension array assays：microsphere size variation impact.Theor Biol Med Model4：31)。
表4和图8比较了一式两份的非-UNG和UNG处理的dsDNA的Luminex读数。对于未
经UNG处理的常规DNA寡核苷酸(表4栏1和2)，发现MFI随着dsDNA的浓度增加而增加，
因为一小部分dsDNA在69℃的孵育温度下会变性。这种信号的增加会通过UNG处理而消除(表4栏3和4)，表明脱氧尿嘧啶碱基已经从dsDNA上分离，留下了常规DNA寡核苷酸在严格的缓冲条件下不能退火的脱碱基位点。对于含有对-TINA的寡核苷酸，对于未经UNG处理的dsDNA没有观察到信号(表4栏5和6)，推想是因为对-TINA直接处于脱氧尿嘧啶碱
基的对面。在UNG处理之后，含有对-TINA的寡核苷酸观察到MFI的线性浓度依赖性增加(表4栏7和8和图8)，推想是因为被UNG除去的脱氧尿嘧啶离开脱碱基位点，并且降低了dsDNA螺旋体的退火温度。
表4：来自Luminex系统的平均荧光强度-MFI的原始数据
总之示出了脱氧尿嘧啶碱基可以从dsDNA上被切割，留下不稳定的dsDNA，其在变性后
可以用于退火为寡核苷酸，其中腺嘌呤碱基被对-TINA取代，使嵌入物质作为一种特殊的碱基在退火中进入DNA链。
当放置在未修饰的目标序列对面时，探针中的核碱基错配和脱碱基位点对熔点(Tm)
的影响以及当放置在寡核苷酸目标序列的脱碱基位点对面时，探针中核碱基错配、脱碱基位点和邻-TINA分子的影响。
用 2.0上的荧光共振能量转移(FRET)系统来评探针中核碱基错配或脱
碱基位点(B)引起的熔点(Tm)变化。同样评估了带有脱碱基位点的目标寡核苷酸与含有碱基位点、邻-TINA分子或天然DNA核碱基的互补探针寡核苷酸的杂交。
0.2μmol合成规模的寡核苷酸购自Eurofins(Ebersberg，Germany)。该寡核苷酸是在
ABI-3900上合成，经反相高效液相色谱法(RP-HPLC)纯化且用质谱分析进行最终质量控制后冻干。使用前将寡核苷酸以100μM的母液浓度溶解于双蒸水中并于5℃下放置过夜。用
3’氨基-改性剂-C7合成寡核苷酸，然后接连到ATTO647N NHS-酯或者用5’氨基-改性
剂-C6合成寡核苷酸，然后连接到ATTO488NHS-酯。在 2.0(Roche Applied
Science，Basel，Switzerland)中ATTO488/ATTO647N FRET对在470nm处被激发，并在670nm处进行荧光检测。
用20μL LightCycler毛细管在 2.0上进行熔解曲线实验。将1.0μM的
各种寡核苷酸与pH7.0的磷酸钠缓冲液(50mMNaH2PO4/Na2HPO4，100mM NaCl和0.1mM EDTA)混合。用标准程序进行Tm测量：(i)在37至95℃为解离步骤，缓变速率为0.2℃/秒，并在
95℃保持5分钟，(ii)从95至37℃退火，缓变速率为0.05℃/秒，并持续测量荧光；(iii)在37℃保持5分钟，以及(iv)在37至95℃变性，缓变速率为0.05℃/秒，并持续测量荧
光。退火和变性曲线的荧光数据用于确定Tm且没有观察到滞后现象。通过识别初始荧光高原和最终荧光高原以经典的Tm测定方法来鉴别Tm。以这两个高原之间的荧光中位数来确定Tm。以单毛细管测量确定所有熔解曲线。鉴别Tm之前，通过减去实验中使用的缓冲液荧光背景的荧光进行色彩补偿。
结果如表4-13所示。
表4-8示出了探针序列中1-3个核碱基错配或脱碱基位点对Tm的影响。总体上，观察
到中间的核碱基错配比趋向寡核苷酸端点的核酸错配减少Tm更多。同样，将双链中寡核苷酸的长度从30个核苷酸减少到18个可减小双链的Tm，但是核酸错配可增加Tm变化，因此遵从了关于错配、寡核苷酸长度和ΔTm的传统规则。在所有情况下，探针中的脱碱基位点比核碱基错配基本上减少Tm更多。
与正确配对的寡核苷酸的Tm相比，一个30-mer双链探针中有一个核碱基错配引起的
Tm平均下降为5.9℃(范围为2.8℃至7.8℃)。一个脱碱基位点引起的Tm平均下降为
9.6℃(范围从8.3℃至11.9℃)，或者一个脱碱基位点比单个核碱基错配额外再降低63％(一些数据如表4和表5所示)。同样，对一个22-mer双链而言，单个核碱基错配引起的Tm平均下降为8.5℃(范围从4.3℃至13.0℃)，相比之下，一个脱碱基位点引起的Tm平均下降为12.9℃(范围从12.8℃至12.9℃)，或者由脱碱基位点，而不是单个碱基错配引起额外减少52％。
表4和表5.长度为18-30个核苷酸的寡核苷酸中单个核碱基错配或一脱碱基位点对
Tm的影响。
与正确配对的寡核苷酸探针相比，一个30-mer双链探针中有两个核苷酸碱基错配引
起的Tm平均下降为13.2℃(范围为10.5℃至16.5℃)。两个脱碱基位点引起的Tm平均
下降为21.6℃(范围从19.3℃至23.6℃)，或者两个脱碱基位点比两个核碱基错配额外再降低63％(一些数据如表6和表7所示)。同样，对一个22-mer双链而言，两个核碱基错
配引起的Tm平均下降为18.2℃(范围从13.4至25.3℃)，相比之下，两个脱碱基位点引起的Tm平均下降为20.9℃以上(范围从19.9℃至超出LightCycler2.0检测Tm的限值)。
表6和表7：长度为22-30个核苷酸的寡核苷酸中两个核碱基错配或两个脱碱基位点
对Tm的影响。
与正确配对的寡核苷酸探针相比，一个30-mer双链探针中有三个核苷酸碱基错配引
起的Tm平均下降为21.5℃(范围为19.3℃至24.3℃)。三个脱碱基位点引起的Tm平均
下降为31.4℃，或者三个脱碱基位点比三个核碱基错配额外再降低46％(如表8所)。同样，对一个22-mer双链而言，三个核碱基错配引起的Tm平均下降为26.3℃(范围从25.0℃起)，相比之下，三个脱碱基位点引起的Tm平均下降为30.3℃以上。
表8：长度为22-30个核苷酸的寡核苷酸中三个核碱基错配或三个脱碱基位点对Tm的
影响。
表9至13示出了在寡核苷酸目标序列与互补寡核苷酸探针的杂交中，寡核苷酸目标序
列的1至3个脱碱基位点与互补寡核苷酸探针中互补放置在脱碱基位点上的A、T、C或G核苷酸、脱碱基位点或邻-TINA分子的结合对Tm的影响。
与碱基对匹配的Tm相比，一个30-mer双链目标中有一个脱碱基位点被放置在一个天
然的核苷酸碱基对面，Tm平均下降5.3℃(范围从0.7℃至7.2℃)。当双链中的两条链都有一个脱碱基位点，Tm平均下降8.8℃(范围从7.3℃至10.2℃)，或者与一个脱碱基位点和一个核碱基相对相比额外下降了66％。将探针中一个邻-TINA分子放置在目标的一个脱碱基位点对面，其Tm与碱基对匹配的寡核苷酸的Tm相比平均下降1.6℃(1.5℃至1.6℃)。
一个22-mer双链目标，目标中的一个脱碱基位点被放置在探针中一个核碱基对面，则Tm平均下降5.8℃(范围从2.3℃至9.2℃)。当目标中一个脱碱基位点被放置探针中一个脱碱基位点对面，则Tm相比平均下降9.4℃(范围从5.8℃至12.9℃)，或者与一个脱碱基位点和一个核碱基相对相比额外下降62％。与碱基对匹配的双链相比，探针中一个邻-TINA分子放置在22-mer双链目标中的脱碱基位点对面，Tm平均下降1.6℃(范围从3.6℃至Tm升高0.4℃)。(数据如表9和10所示)。
表9(表9＝表9a+表9b)和表10(表10＝表10a+表10b)：目标中单个脱碱基位点
放置在探针中的核碱基错配、其他脱碱基位点或邻-TINA分子对面对Tm的影响。
与碱基对匹配的双链的Tm相比，一个30-mer双链目标中有两个脱碱基位点被放置在
探针中的两个核苷酸对面，则Tm平均下降13.5℃(范围从10.8℃至17.2℃)。当双链中的两条链都有两个脱碱基位点，Tm平均下降17.7℃(范围从15.4℃至20.6℃)，或者与两个脱碱基位点和两个核碱基相对相比额外下降了31％。与碱基对匹配的寡核苷酸的Tm相比，将探针中两个邻-TINA分子放置在在目标的脱碱基位点对面，则Tm平均下降4.5℃(范围从3.3℃至6.4℃)。一个22-mer双链目标的两个脱碱基位点被放置在探针中的核苷酸对面，则Tm平均下降15.9℃(范围从11.2℃至21.5℃)。当探针中两个脱碱基位点被放置在目标中的脱碱基位点对面，则Tm平均下降19.6℃(范围从16.9℃至23.2℃)。或者与两
个脱碱基位点和两个核碱基相对相比额外下降23％。与碱基对匹配的双链的Tm相比，探针中两个邻-TINA分子放置在22-mer双链目标中的脱碱基位点对面，Tm平均下降5.8℃(范围从3.3℃至7.2℃)。(数据如表11和12所示)。
表11(表11＝表11a+表11b)和表12(表12＝12a+表12b)：目标中两个脱碱基位
点放置在探针中的核碱基错配、其他脱碱基位点或邻-TINA分子对面对Tm的影响。
与碱基对匹配的双链的Tm相比，一个30-mer双链目标中有三个脱碱基位点被放置探
针中的三个核苷酸对面，则Tm平均下降22.7℃(范围从21.4℃至24.3℃)。当双链中的
两条链都有三个脱碱基位点，Tm平均下降27.4℃或者与三个脱碱基位点和三个核碱基相对相比额外下降了21％。将探针中的三个邻-TINA分子放置在目标的脱碱基位点对面，其Tm与碱基对匹配的寡核苷酸的Tm相比平均下降8.5℃。一个22-mer双链目标的三个脱碱基位点被放置在探针中的核苷酸对面，则Tm平均下降27.9℃(范围从26.2℃至29.2℃)。
当探针中三个脱碱基位点被放置在目标中的脱碱基位点对面，则Tm下降30.0℃以上(确切数据超出LightCycler2.0的限值)。与碱基对匹配的双链的Tm相比，探针中三个邻-TINA分子放置在22-mer双链目标中的脱碱基位点对面，Tm平均下降11.8℃。(数据如表13所示)。
表13：目标中三个脱碱基位点放置在探针中的核碱基错配、其他脱碱基位点或
邻-TINA分子对面对Tm的影响。
参考文献
本发明所公开的用于检测目标多核苷酸的方法比本领域中已知的方法更具特异性。由
于Tm偏差显著，有可能从其他核苷酸中常规性地分离目标多核苷酸，即便当所述标多核苷酸和所述其他核苷酸只在一个单一的碱基位置不相同。
虽然目的是为了改善目标多核聚苷酸的稳定性，但初始阶段是使其不稳定。这是极具
争议性且未曾被描述过的。因此，本发明所公开的方法包括裂解目标多核苷酸，从而产生稳定性方面具有改进性能的修饰多核苷酸。
因此，本发明涉及一种从样品中捕获多核苷酸的方法，所述多核苷酸如单链目标多核
苷酸，例如DNA或RNA，包括以下步骤：
iii)从所述目标多核苷酸中去除一种或多种类型的碱基A、T、U、C或G、5-羟甲基脱氧
5 7
胞苷、5-甲基胞嘧啶(mC)、假尿苷(Ψ)、二氢尿苷(D)、肌苷(I)、7-甲基鸟苷(MG)、次黄嘌呤、黄嘌呤以及它们的2′-O-甲基衍生物和/或N-甲基衍生物，从而生成一个或多个脱碱基位点，和
ii)用包括一个或多个嵌入物分子的互补探针捕获所述目标多核苷酸，所述嵌入物分
子插入到多核苷酸探针的骨架结构中且与互补多核苷酸目标序列的脱碱基位点形态上相配；
其中所述多核苷酸可以是由天然存在的核苷酸制成，或者可以由自然界中未知的核
苷酸制成，或它们的任何混合物，因此所述多核苷酸例如可以由选自以下的核苷酸制成，包括：RNA、α-L-RNA、β-D-RNA、2’-R-RNA、DNA、LNA、PNA、PMO、TNA、GNA、寡核苷酸N3’→P5’氨基磷酸酯、BNA、α-L-LNA、HNA、MNA、ANA、CAN、INA、CeNA、(2’-NH)-TNA、(3’-NH)-TNA、α-L-核糖-LNA、α-L-木-LNA、β-D-核糖-LNA、β-D-木-LNA、[3.2.1]-LNA、二环-DNA、
6-氨基-二环-DNA，5-表-二环-DNA、α-二环-DNA、三环-DNA、二环[4.3.0]-DNA、二
环[3.2.1]-DNA、二环[4.3.0]氨酰-DNA、β-D-吡喃核糖基-NA、α-L-来苏糖基-NA、
2’-OR-RNA、2’-AE-RNA、及它们的结合物和修饰物。
本发明的一个优选实施方式涉及一种捕获单链目标多核苷酸的方法，包括以下步骤：
(v)提供双链目标多核苷酸，其可以是由天然存在的核苷酸制成，或者可以由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，如DNA；
(vi)通过去除所述双链目标多核苷酸，如DNA的中一种或多种类型的碱基使所述双链
目标多核苷酸，如DNA不稳定，从而产生一个或多个脱碱基位点；
(vii)使所述不稳定的双链目标多核苷酸，如DNA变性成单链目标多核苷酸，如DNA；和(viii)用互补多核苷酸探针，如DNA探针捕获所述单链目标多核苷酸，如DNA，所述互
补多核苷酸探针包括一个或多个嵌入物分子，其插入到多核苷酸骨架结构中且与互补的多核苷酸目标序列的一个或多个脱碱基位点形态上相配。
在一个特定的实施方式中，本发明涉及一种从样品中捕获多核苷酸，如单链目标DNA
或RNA的方法，包括以下步骤：
(i)从所述目标多核苷酸，如DNA或RNA中除去一种或多种类型的碱基A、T、U、C或G，
从而生成一个或多个脱碱基位点，和
(ii)用包括一个或多个嵌入物分子的互补探针捕获所述目标的多核苷酸，如DNA或
RNA，所述嵌入物分子能够与一个或多个脱碱基位点相互作用或插入到一个或多个脱碱基位点。
本发明的目标多核苷酸的最佳长度取决于被去除的特定碱基数量以及它们在目标多
核苷酸中的分布。通常这种目标多核苷酸的长度优选少于30个碱基。在一个优选的实施方式中，所述目标多核苷酸的长度少于25个碱基。在一个更优选的实施方式中，所述目标多核苷酸的长度少于20个碱基，如17-18个碱基。
单链目标多核苷酸中一种或多种类型的碱基被去除后产生的脱碱基位点优选相互之
间不要太靠近，例如相距1/2或1个螺旋圈。然而，去除两个相邻的碱基也是可能的。在后者的这种情况下，则被插入的嵌入物会是一个双倍体积的嵌入物或两个传统的嵌入物。因此，一个实施方式是针对此类目标，其中脱碱基位点相距1/2或1个螺旋圈，如1个螺旋圈，如1/2个螺旋圈。因此，一个实施方式是针对此类目标，其中脱碱基位点相距1/2或1个螺旋圈，如1个螺旋圈，如1/2个螺旋圈。在一个优选的实施方式中，每个脱碱基位点插入一个嵌入物。由此，在一个实施方式中，出现了多个脱碱基位点且插入的嵌入物是相同的。在另一个实施方式中，出现了一个以上的脱碱基位点且插入的每个嵌入物都相互不同。
在本发明的一个优选的实施方式中，所述目标多核苷酸中出现的脱碱基总数不超过5。
在一个较优选的实施方式中，所述目标多核苷酸中出现的脱碱基总数最多是4。在本发明一个最优选的实施方式中，所述目标多核苷酸包括不多于3个脱碱基位点，如2个脱碱基位点。在本发明的又一个实施方式中，所述目标多核苷酸包括1个脱碱基位点。
本发明所述通过去除一种或多种特定类型的碱基定义为，例如上述步骤(i)中所述目
标多核苷酸通过去除一种或多种以下类型的碱基A、T、U、C或G，至少从所述目标多核苷酸中去除至少70％相关的碱基，例如至少80％，例如至少85％，例如至少90％，例如至少
95％，例如至少97％，例如至少99％。在一个优选的实施方式中，从目标多核苷酸中去除
100％相关的碱基。
在一个特定的实施方式中，目标多核苷酸可以是由天然存在的核苷酸制成，或者可以
由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。在一个特定的实施方式中，所述目标多核苷酸由在于自然界的核苷酸制成。在一个特定的实施方式中，所述目标多核苷酸包括RNA。在另一个特定的实施方式中，所述目标多核苷酸包括DNA。在另一个特定的实施方式中，所述目标多核苷酸可以是由天然存在的核苷酸制成，或者可以由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物。因此所述目标多核苷酸包括一个或多个自然界存在的核苷酸类似物，例如选自：LNA、PNA、PMO、TNA、GNA、核苷酸N3’→P5’氨基磷酸酯、BNA、α-L-LNA和其他限制性核苷酸。在一个特定的实施方式中，所述目标多核苷酸包括LNA。在一个特定的实施方式中，所述目标多核苷酸包括PNA。在一个特定的实施方式中，所述目标多核苷酸包括PMO。在一个特定的实施方式中，所述目标多核苷酸包括TNA。在一个特定的实施方式中，所述目标多核苷酸包括GNA。在一个特定的实施方式中，所述目标多核苷酸包括核苷酸N3’→P5’氨基磷酸酯。在一个特定的实施方式中，所述目标多核苷酸包括BNA。在一个特定的实施方式中，所述目标多核苷酸包括α-L-LNA。在一个特定的实施方式中，所述目标多核苷酸包括如本发明所定义的其他限制性核苷酸。
在一个实施方式中，被去除的碱基选自：A、G、C、T、U和5-羟甲基脱氧胞苷。
在一个实施方式中，从双链目标多核苷酸和/或单链目标多核苷酸中去除的碱基是A。
在其一个特定的实施方式中，将所述目标多核苷酸进行酶处理从而去除所述目标多核苷酸中的A，例如用ANG处理，所述ANG处理是指用腺嘌呤-DNA糖基化酶处理。
在另一个实施方式中，从双链目标多核苷酸和/或单链目标多核苷酸中去除的碱基是
T。在其一个特定实施方式中，将所述目标多核苷酸进行酶处理从而去除所述目标多核苷酸中的T，例如用TNG处理，所述TNG处理是指用胸腺嘧啶-DNA糖基化酶处理。
在另一个实施方式中，从双链目标多核苷酸和/或单链目标多核苷酸中去除的碱基是
U。在其一个特定实施方式中，将所述目标多核苷酸进行酶处理从而中去除所述目标多核苷酸中的U，例如用UNG处理，所述UNG处理是指用尿嘧啶-DNA糖基化酶处理。
在另一个实施方式中，从双链目标多核苷酸和/或单链目标多核苷酸中去除的碱基是
C。在其一个特定实施方式中，将所述目标多核苷酸进行酶处理从而中去除所述目标多核苷酸中的C，例如用CNG处理，所述CNG处理是指用胞嘧啶-DNA糖基化酶处理。
在另一个实施方式中，从双链目标多核苷酸和/或单链目标多核苷酸中去除的碱基是
G。在其一个特定实施方式中，将目标多核苷酸进行酶处理从而中去除所述目标多核苷酸中的G，例如用GNG处理，所述GNG处理是指用鸟嘌呤-DNA糖基化酶处理。
在一个实施方式中，去除的碱基是5-羟甲基脱氧-dC。
5
在一个实施方式中，去除的碱基是5-甲基胞嘧啶(mC)。
在一个实施方式中，去除的碱基是假尿苷(Ψ)。
在一个实施方式中，去除的碱基是二氢尿苷(D)。
在一个实施方式中，去除的碱基是肌苷(I)。
7
在一个实施方式中，去除的碱基是7-甲基鸟苷(MG)。
在一个实施方式中，去除的碱基是次黄嘌呤。
在一个实施方式中，去除的碱基是黄嘌呤。
在另一个实施方式中，去除的碱基是本发明所披露的任何一种碱基的2′-O-甲基衍
生物。
在另一个实施方式中，去除的碱基是本发明所披露的任何一种碱基的N-甲基衍生物。
互补探针可以是任何多核苷酸探针，如由自然界中存在的核苷酸制成的探针或由自然
界中未知的核苷酸制成，或者是它们的任何混合物，如探针选自：DNA探针、RNA探针、LNA探针和PNA探针或任何它们的组合。
互补探针可以是任何多核苷酸探针，由自然界中存在的核苷酸或由自然界中未知的核
苷酸或者是它们的任何混合物，如DNA探针、RNA探针、LNA探针和PNA探针或任何它们的组合。在一个特定的实施方式中，互补探针由自然界中存在的核苷酸制成，如DNA或RNA。
在一个特定的实施方式中，所述互补探针包括RNA。在一个特定的实施方式中，所述互补探针包括DNA。在另一个特定的实施方式中，互补探针由自然界中未知的多核苷酸序列制成。
在一个特定的实施方式中，所述互补探针包括一个或多个类似物，选自：LNA、PNA、PMO、TNA、GNA、寡核苷酸N3’→P5’氨基磷酸酯、BNA、α-L-LNA和其他限制性核苷酸。在一个特定的实施方式中，所述互补探针包括LNA。在一个特定的实施方式中，所述互补探针包括PNA。在一个特定的实施方式中，所述互补探针包括PMO。在一个特定的实施方式中，所述互补探针包括TNA。在一个特定的实施方式中，所述互补探针包括GNA。在一个特定的实施方式中，所述互补探针包括核苷酸N3’→P5’氨基磷酸酯。在一个特定的实施方式中，所述互补探针包括BNA。在一个特定的实施方式中，所述互补探针包括α-L-LNA。在一个特定的实施方式中，所述互补探针包括如本发明所定义的其他限制性核苷酸。
本发明的技术包括通过包括一个或多个嵌入物分子的互补探针特异性捕获多核苷酸，
所述多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成，或者是它们的任何混合物，如单链DNA和/或RNA。该方法进一步包括，在与互补探针相互作用之前，从目标多核苷酸中去除一种或多种类型的碱基，所述目标多核苷酸是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成，或者是它们的任何混合物，如单链DNA和/或RNA。这个反应的结果产生一个或多个脱碱基位点-即碱基被去除的位点。从目标多核苷酸中去除碱基可以是从双链目标多核苷酸如DNA中去除或者从单链目标多核苷酸如DNA和/或RNA中去除，所述目标多核苷酸是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成，或者是它们的任何混合物，如单链DNA和/或RNA。在一个实施方式中，优选从双链目标DNA中去除碱基。该实施方式如图1所示。
互补探针可与支撑物连接，如珠子。其结果是使互补探针捕获目标多核苷酸，所述多
核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成，或者是它们的任何混合物，如单链DNA和/或RNA。然后，加入包括一个或多个标签的检测探针。在一个实施方式中，本发明披露的方法进一步包括一个或多个洗涤步骤以去除未连接的多核苷酸和核苷酸，所述多核苷酸和核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成，或者是它们的任何混合物。在一个实施方式中，所述洗涤步骤是在加入检测探针之前进行的，例如去除非特异性的多核苷酸和核苷酸，所述多核苷酸和核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成，或者是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。该实施方式如图2所示。
例如通过使用特异地可以去除本发明披露的任何碱基如A、T、C、G和/或U的酶从而
去除目标多核苷酸中的碱基，所述目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成，或者是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。或者可以利用特异性地造成去除一种类型碱基的反应条件来去除一种类型的碱基。例如，通过调节pH[7、
8、9]可去除A。在一个特定的实施方式中，从目标多核苷酸如目标DNA和/或RNA中去除
1、2或3种类型的碱基。
在一个实施方式中，本发明披露的方法包括通过从双链目标多核苷酸中去除一种或多
种化学实体，使所述双链目标多核苷酸不稳定，所述双链目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸或由自然界中未知的核苷酸或者是它们的任何混合物。
在一个实施方式中，将双链目标多核苷酸的一种类型的碱基转换成另一种化学实体如
尿嘧啶，所述双链目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或单链DNA和/或RNA。然后，从双链目标多核苷酸和/或单链目标多核苷酸中去除该化学实体如尿嘧啶，所述双链目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA，所述单链目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。在一种实施方式中，通过使用一种或多种酶和/或物理应力如改变盐浓度、pH[7、8、9]或温度等来去除化学实体。MutY是一种腺嘌呤糖基化酶，对G-A错配具有活性。在一个实施方式中，MutY可用于去除DNA中的碱基[8]。
在一个实施方式中，可以通过人尿嘧啶-DNA糖基化酶的突变体从多核苷酸中去除胞
嘧啶和胸腺嘧啶，所述多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA[9]。在一个优选的实施方式中，Asp替换尿嘧啶DNA糖基化酶中的Asn204，或者Ala、Cys或Ser替换尿嘧啶DNA糖基化酶中的Tyr147，结果分别产生具有胞嘧啶-DNA糖基化酶活性或胸腺嘧啶-DNA糖基化酶活性的酶[9]。这些酶可用于去除多核苷酸中的这些碱基，所述多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。在一个实施方式中，用尿嘧啶脱氢酶去除尿嘧啶。在另一个实施方式中，通过调节pH值去除A。
从双链目标多核苷酸中去除化学实体结果使双链目标多核苷酸不稳定，然后变化成单链目标多核苷酸，所述双链目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA，所述单链目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA。单链目标多核苷酸与包括一个或多个嵌入物分子，如邻-TINA的互补探针混合，所述单链目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。结果使互补探针捕获目标多核苷酸，所述目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA。该实施方式如图3所示。
在一个实施方式中，双链目标多核苷酸或单链目标多核苷酸中一种类型的碱基被转换
成另一种化学实体如尿嘧啶，所述双链目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA，所述单链目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。例如可用尿嘧啶脱氢酶去除尿嘧啶。然后，化学实体如尿嘧啶被从双链目标多核苷酸或单链目标多核苷酸去除，所述双链目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA，所述单链目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。通过使用一种或多种酶和/或物理应力如改变浓
度或pH等[7、8、9]去除化学实体。例如可用尿嘧啶脱氢酶去除尿嘧啶。从双链多核苷酸中去除化学实体，结果使双链目标多核苷酸，如DNA不稳定，随后变性成单链目标多核苷酸如DNA，所述双链多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA。单链目标多核苷酸与包括一个或多个嵌入物分子，如邻-TINA的互补探针混合，所述单链目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。互补探针被连接到支撑物上如珠子。结果使互补探针捕获目标多核苷酸，所述目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA。
然后，加入包括标签的检测探针。在一个实施方式中，加入检测探针之前先进行一步洗涤步骤，如去除非特异性的多核苷酸和核苷酸，所述多核苷酸和核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。
该实施方式如图4所示。
本发明包括从目标多核苷酸中去除1、2或3种类型的碱基，所述目标多核苷酸可以是
由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。因此，在第一个实施方式中，本发明披露的碱基被去除，如A、T、C、G或U被去除。在进一步的实施方式中，2或3种类型的碱基被去除，如A和T被去除。
当使用本发明的方法时，实验材料中的目标多核苷酸和其他核苷酸中的碱基被去除。
因此，从目标多核苷酸中被去除的碱基只构成存在于实验材料中核苷酸材料中的一小部分，所述目标多聚核苷可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。
本发明的一个实施方式涉及本发明披露的方法，其中从目标多核苷酸如RNA或DNA中
去除的碱基总数可选自：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20以及大于20个碱基。
在一个特定的实施方式中，从目标多核苷酸中去除的尿嘧啶残基或其他化学实体的可
以是总数为1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或大于20中任何数字的不同的或相同的化学实体或尿嘧啶残基，所述目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。
在另一个实施方式中，从目标多核苷酸中去除的尿嘧啶残基或其他化学实体总数至少
为1，如至少为2，例如3，如至少为4，例如5，如至少为6，例如7，如至少为8，例如9，如至少为10，例如11，如至少为12，例如13，如至少为14，例如15，如至少为16，例如17，如至少为18，例如19，或如至少为20，所述目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。
在另一个实施方式中，从目标多核苷酸中去除的尿嘧啶残基或其他化学实体的可以是
总数小于20，如小于19，例如小于18，如小于17，例如小于16，如小于15，例如小于14，如小于13，例如小于12，如小于11，例如小于10，如小于9，例如小于8，如小于7，例如小于6，如小于5，例如小于4，如小于3，例如小于2或如小于1，所述目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。
去除的残基数目与双链DNA的熔解温度变化有关。在一个的实施方式中，熔解温度的
变化优选对应去除小于5个尿嘧啶残基或其他化学实体。在另一个的实施方式中，熔解温度的变化优选对应去除5-10个尿嘧啶残基或其他化学实体。最后，在一个优选的实施方式中，熔解温度的变化优选对应去除至少10个尿嘧啶残基或其他化学实体。
互补探针中嵌入物分子可选自总数为1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、
17、18、19、20以及大于20的不同的或相同的嵌入分子。因此，在一个与多核苷酸探针相关的实施方式中，所述多核苷酸探针适于与核苷酸目标，如互补RNA和/或DNA目标相互作用，其中所述多核苷酸探针确切地包括1个嵌入物分子。在另一个与多核苷酸探针相关的实施方式中，所述多核苷酸探针适于与核苷酸目标，如互补RNA和/或DNA目标相互作用，其中所述多核苷酸探针包括至少2个嵌入物分子。在又一个与多核苷酸探针相关的实施方式中，所述多核苷酸探针可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，因此所述互补探针可以由例如选自以下的核苷酸制成，包括：RNA、α-L-RNA、β-D-RNA、2’-R-RNA、DNA、LNA、PNA、PMO、TNA、GNA、寡核苷酸N3’→P5’氨基磷酸酯、BNA、α-L-LNA、HNA、MNA、ANA、CAN、INA、CeNA、(2’-NH)-TNA、(3’-NH)-TNA、α-L-核糖-LNA、α-L-木-LNA、β-D-核糖-LNA、β-D-木-LNA、[3.2.1]-LNA、二环-DNA、
6-氨基-二环-DNA，5-表-二环-DNA、α-二环-DNA、三环-DNA、二环[4.3.0]-DNA、二
环[3.2.1]-DNA、二环[4.3.0]氨酰-DNA、β-D-吡喃核糖基-NA、α-L-来苏糖基-NA、
2’-OR-RNA、2’-AE-RNA、及它们的结合物和修饰物。在一个与这种探针相关的特定实施方式中，所述探针选自DNA探针、RNA探针、LNA探针以及PNA探针。在又一个与多核苷酸探针相关的实施方式中，其中嵌入物分子可选自总数为1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、
15、16、17、18、19、20以及大于20的嵌入物分子。在又一个特定的实施方式中，互补探针中嵌入物分子的总数至少为1，如至少为2，例如3，如至少为4，例如5，如至少为6，例如7，如至少为8，例如9，如至少为10，例如11，如至少为12，例如13，如至少为14，例如15，如至少为16，例如17，如至少为18，例如19，或如至少为20。
在另一个实施方式中，互补探针中嵌入物分子的总数小于20，如小于19，例如小于18，如小于17，例如小于16，如小于15，例如小于14，如小于13，例如小于12，如小于11，例如小于10，如小于9，例如小于8，如小于7，例如小于6，如小于5，例如小于4，如小于3，例如小于2或如小于1。
互补探针中嵌入物分子的数量与目标DNA或RNA和互补探针组成的杂交产物的熔解
温度变化有关，所述互补探针可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物。在一个实施方式中，优选的熔解温度变化对应使用带有小于5个嵌入物分子的探针。在另一个的实施方式中，优选的熔解温度变化对应使用带有
5-10个嵌入物分子的探针。最后，在另一个优选的实施方式中，优选的熔解温度变化对应使用至少带有至少10个嵌入物分子的探针。
在优选的实施方式中，一个嵌入物分子被插入到多核苷酸探针的骨架结构中，所述嵌
入物分子与互补多核苷酸目标序列的一个脱碱基位点形态上相配。在一个实施方式中，出现一个以上的脱碱基位点且插入其中的嵌入物是相同的。在另一个实施方式中，出现一个以上的脱碱基位点且插入其中的嵌入物是相互不同的。
在本发明的一个优选的实施方式中，插入到脱碱基位点中的嵌入物总数与目标多核苷
酸中出现的脱碱基位点数量相同。特别优选脱碱基位点的数量和插入脱碱基位点的嵌入物数量不超过5。在一个较优选的实施方式中，脱碱基位点的总数与插入到脱碱基位点中的嵌入物分子数量最多为4。在本发明一个更优选的实施方式中，所述目标多核苷酸包括不大于3个脱碱基位点以及不大于3个插入脱碱基位点的嵌入物，如2个脱碱基位点的插入到脱碱基位点的嵌入物。在本发明的又一个实施方式中，所述目标多核苷酸包括1个脱碱基位点和1个插入脱碱基位点的嵌入物。
如前所述，探针中的嵌入物分子可以是不同的或相同的。在一个实施方式中，用不同
的嵌入物分子来优化探针与目标多核苷酸的杂交特异性，所述目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA或RNA。对有些类型的嵌入物分子而言，当探针中的嵌入物分子相互接近时，如彼此相邻或者当它们之间相距小于2、3、4、5、或6个残基时，优选使用不同类型的嵌入物分子。对其他类型嵌入物分子而言，当探针中的嵌入物分子相互接近时，如彼此相邻或者当它们之间相距小于2、3、4、5、或6个残基时，优选使用相同类型的嵌入物分子。
在一个实施方式中，互补探针的长度选自5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、
19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30和大于30个碱基。优选地，互补探针的长度为
18-22个碱基长。优化探针的长度以优化杂交效率。杂交效率取决于特异性序列以及脱碱基位点的数量。
在一个实施方式中，本发明披露的方法进一步包括将目标多核苷酸的一个或多个C转
换成一个或多个U，其中所述目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物。
在一个实施方式中，本发明披露的方法进一步包括将双链目标多核苷酸中一种或多种
类型的碱基转换成另一种化学实体。在一个特定的实施方式中，所述方法可进一步包括，在去除任何碱基之前，将双链目标多核苷酸中的一个或多个C转换成一个或多个U，所述双链目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA。可用亚硫酸氢盐处理使双链目标DNA中的一个或多个C转化成一个或多个U[1]。
在一个实施方式中，在本发明披露的方法中，用亚硫酸氢盐处理使双链多核苷酸中的
一个或多个C转化成一个或多个U。
在另一个实施方式中，从双链目标多核苷酸如从DNA和/或从单链DNA和/或RNA中
去除一种类型的碱基，所述双链目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物。从双链多核苷酸，如从DNA中去除一种类型碱基的结果是使得双链目标多核苷酸，如DNA不稳定，其随后变性成单链目标多核苷酸，如DNA，所述双链多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物。然后，单链目标多核苷酸与包括一个或多个嵌入物，如邻-TINA的互补探针混合，所述单链目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。互补探针可与支撑物，如珠子连接。结果使得互补探针捕获目标多核苷酸，所述目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。然后，可加入包括标签的检测探针。在一个实施方式中，加入检测探针之前或之后有进行洗涤的步骤。
在一个实施方式中，适于与互补核苷酸目标相互作用的多核苷酸探针确切包括1个嵌
入物分子，所述互补核苷酸目标可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如RNA和/或DNA目标。在一个实施方式中，适于与互补核苷酸目标相互作用的多核苷酸探针包括至少2个嵌入物分子，所述互补核苷酸目标可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如RNA和/或DNA目标。
在一个优选的实施方式中，互补探针和检测探针包括一个或多个嵌入物分子。其优点
是互补探针和检测探针之间不会相互杂交。
在本发明方法的一个实施方式中，互补探针包括一个或多个嵌入物分了。在一个特定
的实施方式中，嵌入物分子可以选自总数为1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、
17、18、19、20和大于20嵌入物分子。
根据本发明的方法，在一个实施方式中涉及一种嵌入物分子10％-100％插入到目
标多核苷酸的方法，如10％-20％，例如20％-30％，如30％-40％，例如40％-50％，如
50％-60％，例如60％-70％，如70％-80％，例如80％-90％，如90％-100％，或者它们的任何结合，所述目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA目标和/或RNA目标。
插入嵌入物分子的结果是使由目标多核苷酸和互补探针组成的多核苷酸双链的熔点
升高，所述目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。在一个优选的实施方式中，涉及多核苷酸探针，其中嵌入物分子插入到多核苷酸探针的骨架结构中，所述嵌入物分子与互补多核苷酸目标序列的一个或多个脱碱基位点形态上相配，结果使由目标DNA和/或RNA以及互补探针组成的多核苷酸双链的熔点升高。
本发明的优点是检测核苷酸目标的单一突变与传统的杂交技术相比可信度大大加强，
所述核苷酸目标可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如目标DNA。从目标中去除一个或多个碱基(产生一个或多个“脱碱基”位点)，结果降低了解链温度，例如每脱碱基位点约12℃。然而，解链温度的确切下降确实取决于目标的大小以及目标中脱碱基位点的数量。探针包含的嵌入物分子与目标中脱碱基位点“碱基配对”(即填空)的相互作用将补偿这种解链温度下降。在本发明一个优选的实施方式中，嵌入物分子插入到多核苷酸探针的骨架结构，结果使由目标多核苷酸，如DNA和/或RNA与互补探针组成的多核苷酸双链的解链温度升高，所述嵌入物分子与互补多核苷酸目标序列的一个或多个脱碱基位点形态上相配。因此，在与目标DNA完全配对的探针和具有一个单一错配的探针之间，将存在相对较大的解链温度的差异。因此，与传统探针的杂交相比，本发明的技术能比较特异性地识别单一错配。
已经发现，与核碱基错配相比，探针中脱碱基位点的出现基本上更加降低Tm。
本发明人发现，处于中心的核碱基错配比位于接近寡核苷酸两端的核碱基错配更加降
低Tm。因此，本发明的一个实施方式涉及这种探针，其中脱碱基位点或核碱基错配位于探针核苷酸序列的端部。本发明的另一个实施方式涉及这种探针，其中脱碱基位点或核碱基错配位于接近探针核苷酸序列的端部。
将双链中寡核苷酸的长度从30减小到18个核苷酸降低了双链的Tm。因此，在本发明
的一个实施方式中，探针核苷酸序列具有25-35个核苷酸的长度，例如约30个核苷酸。在另一个实施方式中，探针核苷酸序列具有15-23个核苷酸的长度。在一个优选的实施方式中，探针核苷酸序列具有约18个核苷酸的长度。
然而，将双链中寡核苷酸的长度从30个核苷酸减少到18个核苷酸降低了双链的Tm且
增加了由于核碱基错配获得的熔点变化(ΔTm)。
包括单个核碱基错配的双链探针获得的ΔTm比包括单个脱碱基位点的探针获得的
ΔTm低。而且，包括两个核碱基错配的双链探针获得的ΔTm比包括两个脱碱基位点获得的ΔTm低。因此，将脱碱基位点或错配数量从1增加到2造成ΔTm增加约2-3倍。因此，在一个实施方式中，双链探针包括至少2个脱碱基位点或错配，如恰好2个脱碱基位点或错配。
当探针中的嵌入物与目标序列中的脱碱基位点互补定位时，嵌入物分子插入到多核苷
酸探针骨架结构提高了探针的稳定性而且显著降低了由此产生的熔点下降。与包括一个错配的探针相比，这种嵌入物的插入显著降低ΔTm，大约是3-4倍。类似地，将包括两个错配位点的探针中观察到的熔点下降与将两个嵌入物插入到所述多核苷酸探针骨架结构的探针(所述嵌入物与目标序列脱碱基位点互补定位)中观察到的熔点下降相比较时，这种嵌入物的插入显著降低了ΔTm，大约2倍，例如3倍。
更具体地，一个实施方式，出现一个错配导致一个22-mer双链的ΔTm约为4℃-13℃，
如约7℃-10℃，通常约8℃。在另一个实施方式中，出现一个脱碱基位点导致一个22-mer双链的ΔTm约为8℃-18℃，如约10℃-16℃，通常约12-14℃。在另一个实施方式中，出现两个错配导致一个22-mer双链的ΔTm约为10℃-28℃，如约13℃-25℃，通常约18℃。
在另一个实施方式中，出现两个脱碱基位点导致一个22-mer双链的ΔTm至少为15℃，如至少17℃，通常至少约20℃。在另一个实施方式中，出现三个错配导致一个22-mer双链的ΔTm至少为20℃，如至少23℃，通常至少约25℃。在另一个实施方式中，出现三个脱碱基位点导致一个22-mer双链的ΔTm至少为25℃，如至少28℃，通常至少约30℃。
在另一个特定的实施方式中，出现一个错配导致一个30-mer双链的ΔTm约为
2℃-8℃，如约4℃-7℃，通常约6℃。在另一个实施方式中，出现一个脱碱基位点导致一个30-mer双链的ΔTm约为8℃-12℃，如约9℃-10℃，通常约8.5-9.5℃。在另一个实施方式中，出现两个错配导致一个30-mer双链的ΔTm约为10℃-17℃，如约11℃-14℃，通常约13℃。在另一个实施方式中，出现两个脱碱基位点导致一个30-mer双链的ΔTm至少
15℃-24℃，如至少17℃-23℃，通常至少约19℃-22℃。在另一个实施方式中，出现三个错配导致一个30-mer双链的ΔTm至少约18℃-25℃，如至少21℃-22℃，通常至少约21.5℃。
在另一个实施方式中，出现三个脱碱基位点导致一个30-mer双链的ΔTm至少25℃，如至少
29℃，通常至少约31℃。
在另一个实施方式中，一个嵌入物分子插入到多核苷酸探针骨架结构，与目标序列的
脱碱基位点互补定位，将导致一个22-mer双链的ΔTm为约0℃-4℃，如约1℃-2℃，通常至少约1.5℃。在另一个实施方式中，两个嵌入物分子插入到多核苷酸探针骨架结构，与目标序列的两个脱碱基位点互补定位，将导致一个22-mer双链的ΔTm为约3℃-8℃，如约5℃-7℃，通常至少约6℃。在另一个实施方式中，三个嵌入物分子插入到多核苷酸探针骨架结构，与目标序列的三个脱碱基位点互补定位，将导致一个22-mer双链的ΔTm为约
10℃-14℃，如约11℃-13℃，通常约12℃。在另一个实施方式中，一个嵌入物分子插入到多核苷酸探针骨架结构，与目标序列的脱碱基位点互补定位，将导致一个30-mer双链的ΔTm为约1℃-2℃，通常约1.5℃。在另一个实施方式中，两个嵌入物分子插入到多核苷酸探针骨架结构，与目标序列的两个脱碱基位点互补定位，将导致一个30-mer双链的ΔTm为约
3℃-7℃，如约4℃-5℃，通常至少约4.5℃。在另一个实施方式中，三个嵌入物分子插入到多核苷酸探针骨架结构，与目标序列的三个脱碱基位点互补定位，将导致一个30-mer双链的ΔTm为约6℃-11℃，如约8℃-9℃，通常约8.5℃。
本发明进一步涉及一种方法，其中嵌入物分子插入到诸如DNA和/或RNA的目标多核
苷酸中10％以上的脱碱基位点，如20％以上，例如30％以上，如40％以上，例如50％以上，如60％以上，例如70％以上，如80％以上，例如90％以上，如95％以上，例如100％。
在一个实施方式中，嵌入物分子总数与互补探针碱基总数的比例为1∶50-1∶2，如
1∶50-1∶40，例如1∶40-1∶30，如1∶30-1∶20，例如1∶20-1∶10，如1∶10-1∶5，例如1∶5-1∶2，或这些间隔的任何结合。本发明一个特定的实施方式涉及一种多核苷酸探针，其中嵌入物分子数量与互补探针碱基总数的比例为1∶50-1∶2，如1∶50-1∶40，例如1∶40-1∶30，如1∶30-1∶20，例如1∶20-1∶10，如1∶10-1∶5，例如
1∶5-1∶2，或这些间隔的任何组合。
在一个实施方式中，根据本发明披露的方法，互补检测探针包括一个或多个嵌入物分
子。因此，在一个实施方式中，互补检测探针可包括一个或多个嵌入物分子，如1、2、3、4、5、
6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或大于20个不同或相同的嵌入物分子。
在一个实施方式中，检测探针的长度为选自5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、
18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30或大于30个碱基组成。
互补探针可以是由多核苷酸制成的任何多核苷酸探针，所述多核苷酸可以是由自然界
中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA、RNA、LAN或PNA探针。在一个特定的实施方式中，检测探针由多核苷酸制成，所述多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成，如DNA或RNA。在一个特定的实施方式中，所述检测探针包括RNA。在另一个特定的实施方式中，所述检测探针包括DNA。在另一个特定的实施方式中，检测探针由自然界中未知的核苷酸制成，如包括一个或多个类似物，选自LNA、PNA、PMO、TNA、GNA、寡核苷酸N3’→P5’氨基磷酸酯、BNA、α-L-LNA和其他限制性核苷酸。在一个特定的实施方式中，所述检测探针包括LNA。在一个特定的实施方式中，所述检测探针包括PNA。在一个特定的实施方式中，所述检测探针包括PMO。在一个特定的实施方式中，所述检测探针包括TNA。在一个特定的实施方式中，所述检测探针包括GNA。在一个特定的实施方式中，所述检测探针包括寡核苷酸N3’→P5’氨基磷酸酯。在一个特定的实施方式中，所述检测探针包括BNA。在一个特定的实施方式中，所述检测探针包括α-L-LNA。在一个特定的实施方式中，所述检测探针包括其他限制性核苷酸。
本发明的方法可用于广泛范围的应用，例如但不限于诊断，监测反义治疗、家族亲属鉴定、个性化医学、法医遗传学、定量RNA分析、微生物检测、考古学和古病理学、食品污染和环境污染。因此，本发明可以用于诊断目的以及医药、医学、环境医学以及食品生产的内部质量控制。
嵌入物
根据本发明的嵌入物，正如已经提到的，是一种类型的分子，像传统的核碱基(碱基)，可插入到多核苷酸的脱碱基位点，所述多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA探针、RNA探针、PNA探针或LNA探针。
除了插入以上提到的脱碱基位点外，本发明的嵌入物也可能能够嵌合在双链多核苷酸
的碱基对之间，所述双链多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物。换而言之，本发明的嵌入物可进一步地能够嵌合在双链多核苷酸的碱基对之间的开放空间。此开放空间不是由脱碱基位点提供的，而是碱基对之间的开放空间的位置。例如，此开放空间是由多核苷酸的解链或所述多核苷酸的端部位置提供的。根据本发明的嵌入物嵌合到该开放空间可以是在有酶或没有使用酶的情况下进行的。因此，在本发明披露方法的一个实施方式中，如本发明所限定的一个或多个嵌入物只插入到一个或多个脱碱基位点。在本发明的另一个实施方式中，本发明所限定的一个或多个嵌入物进一步地位于双链多核苷酸碱基对之间。
在本发明的一个实施方式中，根据本发明的嵌入物与核酸残基不共轭。
在本发明的另一个实施方式中，本发明披露的嵌入物不利用电荷转移。
在本发明一个特定的实施方式中，嵌入物是通式结构X-Y的化学实体，其中X是包括至
少一个基本上平坦的共轭体系的嵌入单元，这能够与核碱基的核酸合作层叠；且Y是将嵌入单元连接到多核苷酸探针的接头，所述多核苷酸探针可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA探针、RNA探针、PNA探针或LNA探针。在本发明一个特定的实施方式中，所述基本上平坦的共轭体系完全是平面。
在一个优选的实施方式中，根据本发明的嵌入物是通式结构X-Y，其中X是嵌入单元；
且是将嵌入单元连接到多核苷酸探针的接头。
根据本发明的嵌入物的嵌入单元优选包括选由多环芳烃和杂多环芳烃组成的化学基
团，甚至较优选嵌入单元基本上是由多环芳烃和杂多环芳烃组成。更优选地，嵌入单元选自多环芳烃和杂多环芳烃。
根据本发明的多环芳烃和杂多环芳烃可由任何适合数量的芳环组成，如至少2，如2，
如3，例如4，如5，例如6，如7，例如8，如大于8个芳环。
在本发明的一个实施方式中，嵌入单元的大小为 之间、如 例如
如 例如 如 例如 如
例如 如 例如 如 例如 如
例如 如 例如 如 例如
如 或这些间隔的任何结合。
根据本发明的杂多环芳烃包括至少一个芳环，其中至少一个碳原子被选自氮和氧，如
氧，例如氮的杂原子取代。根据本发明的杂多环芳烃包括如至少2个杂原子，如至少2个杂原子，如3个杂原子，例如4个杂原子，如5个杂原子，例如大于5个杂原子。根据本发明的包括大于1个杂原子的杂多环芳烃包括如一个或多个氧而无其他杂原子，如一个氧且无其他杂原子，例如一个或多个氮而无其他杂原子，例如一个氮且无其他杂原子，如一个或多个氮和一个或多个氧而无其他杂原子。
根据本发明的多环芳烃和杂多环芳烃可被一个或多个选自羟基、卤素、巯基、硫代基、氰基、烷硫基、杂环基、芳基、杂芳基、羧基、Carboalkoyl、烷基、烯基、炔基、硝基、氨基、烷氧基和/或酰氨基的取代基所取代或两个相邻的取代基可一起形成N＝C-CH或C＝C。
在本发明一个优选的实施方式中，嵌入单元可选自可提高多核苷酸双链结构稳定性的
多环芳烃和杂多环芳烃。
在一个优选的实施方式中，嵌入单元选自邻菲罗啉、吩嗪、菲啶、芘、蒽、萘、菲、二萘品苯、屈、并四苯、苯并蒽、茋、卟啉以及任何前述的被一个或多个选自羟基、卤素、巯基、硫代基、氰基、烷硫基、杂环基、芳基、杂芳基、羧基、Carboalkoyl、烷基、烯基、炔基、硝基、氨基、烷氧基和/或酰氨基的取代基取代的或两个相邻的取代基可一起形成N＝C-CH或C＝C
的嵌入物。
在另一个优选的实施方式中，嵌入单元选自双环芳族环系、三环芳族环系、四环芳香环系、五环芳香环系及其杂环类似物和取代物。在一个特定的实施方式中，所述嵌入单元选自芘、菲并咪唑和萘二甲酰亚胺。
MPy
在另一个优选的实施方式中，嵌入单元选自修饰的核碱基。其非限制性例子为 U、
AMPy Oxo-Py
U、 U以及其中U被任何本发明披露的其他核碱基取代的类似物。一个特定实施方式
MPy AMPy Oxo-Py
是针对那些嵌入单元选自 U、 U、 U(Bag et.al，Bioorganic&MedicinalChemistry
Oxo-Py
Letters20(2010)3227-3230)。特别优选 U。
优选地，嵌入单元为以下结构式1所示：
其中，R1选自羟基、卤素、巯基、硫代基、氰基、烷硫基、杂环基、芳基、杂芳基、羧基、Carboalkoyl、烷基、烯基、炔基、硝基、氨基、烷氧基；和
R2选自羟基、卤素、巯基、硫代基、氰基、烷硫基、杂环基、芳基、杂芳基、羧基、
Carboalkoyl、烷基、烯基、炔基、硝基、氨基、烷氧基和/或酰氨基；或者两个相邻的取代基R1和R2一起形成N＝C-CH或C＝C；和
R3选自羟基、卤素、巯基、硫代基、氰基、烷硫基、杂环基、芳基、杂芳基、羧基、
Carboalkoyl、烷基、烯基、炔基、硝基、氨基、烷氧基；和
R4选自羟基、卤素、巯基、硫代基、氰基、烷硫基、杂环基、芳基、杂芳基、羧基、
Carboalkoyl、烷基、烯基、炔基、硝基、氨基、烷氧基和/或酰氨基；或者两个相邻的取代基R3和R4一起形成N＝C-CH或C＝C。
较优选地，嵌入单元为以下结构式中的一个：
在式1的一个特定和优选的实施方式中，嵌入单元为式2，即芘部分。
在式1的一个特定和优选的实施方式中，嵌入单元为式3。
嵌入单元可以在任何可用的位置与接头相连接。然而优选以下所示的连接：
在式2的一个优选的实施方式中，嵌入单元的连接如式2*所示。
在式3的一个优选的实施方式中，嵌入单元的连接如式3*所示。
以上所列的实例不能理解为任何限制，仅用于提供作为嵌入单元使用的可能结构。此
外，在每个嵌入单元中进行一个或多个化学基团的代取获得的修饰结构也包括在本发明内。
嵌入物伪核苷酸的嵌入单元通过接头Y连接到多核苷酸探针的骨架单元。当从骨架沿
着接头到嵌入单元，接头和嵌入单元之间的连接被定义为在接头原子和作为部分的嵌入单元共轭体系的第一原子之间的键。所述接头分子共价或非共价地将探针骨架与嵌入单元连接起来，从而产生更大的由含接头分子的所有分子组成的双链。
接头是将多核苷酸探针连接至嵌入单元的最短路径。接头通常由原子链或原子支链组
成。链可以是饱和的也可以是不饱和的。接头还可以是有或没有共轭键的环状结构。
在嵌入单元直接连接骨架的实施方式中，接头是键。
在另一个实施方式中，接头包括一个或多个原子或原子之间的键。
在另一个实施方式中，接头可包括共轭体系且嵌入单元可包括另一共轭体系。在这种
情况下，接头共轭体系不能在脱碱基位点与核碱基合作层叠。
例如接头可包括m个原子的链，所述m个原子选自C、O、S、N、P、Se、Si、Ge、Sn和Pb，其中链的一端连接嵌入单元并且链的另一端连接多核苷酸探针单体单元骨架。
在一些实施方式中，接头以及根据本发明的嵌入单元的总长度优选 之间。两个
天然碱基通常占据的面积为 [Kool，6]。因此，m的选择应取决于嵌入单元的大小。
即当嵌入物小时，m应相对大而当嵌入物大时m应相对小。
大多数情况下，m为1-13的整数，如1-12、如1-11、如1-10、如1-9、如1-8、如1-7、如
1-6、如1-5、如1-4。如上所述，接头可以是烷基，如不饱和链或包括共轭键的其他体系。例如接头可包括环状共轭结构。优选地，当接头为饱和链时，m为1-4，而当接头包括环状共轭结构时，m为7-13，如9-11。
在本发明的一个实施方式中，接头的大小为 之间、如 例如
如 例如 如 例如 如
例如 如 例如 如 例如
如 例如 如 例如 如 例如
如 或这些间隔的任何结合。
在另一个实施方式中，接头由1-6个C原子，以下原子O、S、N各0-3个组成。较优选
地，接头由1-6个C原子和O、S、N原子各0-1个组成。
接头的链可以被选自以下的基团取代：卤素、碘、巯基、硫代基、氰基、烷硫基、杂环基、芳基、杂芳基、羧基、Carboalkoyl、烷基、烯基、炔基、硝基、氨基、烷氧基和酰氨基。
更具体地，接头可以由包括选自C、O、S、N、P、Se、Si、Ge、Sn和Pb的原子的链组成。这种链可包括一个或多个烷基，如C1-6-烷(烯/炔)基，如C1-6烷基，例如无支链的烷基链，其中链的一端连接嵌入单元且链的另一端连接多核苷酸探针单体单元骨架，且其中每个C被
2个H取代。在一个优选的实施方式中，除了提到过的烷基链外，所述链含有一个或多个氧原子(O)。在一个实施方式中，所述链是C1-6-烷(烯/炔)基-O-C1-6-烷(烯/炔)基，如
C1-6-烷基-O-C1-6-烷基。优选地，所述无支链的烷基链为1-5个原子长，如1-4个原子长，如1-3个原子长，如2-3个原子长。在一个优选的实施方式中，接头是CH2-O-CH2。
更具体地，接头可包括具有选自C、O、S、N、P、Se、Si、Ge、Sn和Pb的原子的环状结构和链状结构。非限定性的环状结构部分的例子包括芳基或C3-8-环烷(烯)基。在一个特定的实施方式中，接头是芳基，如苯基。其中的链状结构部分可包括一个或多个烷基，如C1-6-烷(烯/炔)基，如C1-6烷基，例如无支链的烷基链，其中链的一端连接嵌入单元且链的另一端连接多核苷酸探针单体单元骨架，且其中每个C被2个H取代。在一个优选的实施方式中，除了提到过的烷基链外，所述链包含一个或多个氧原子(O)。在一个实施方式中，这种接头选自芳基-O-C1-6-烷(烯/炔)基和C1-6-烷(烯/炔)基-芳基-C1-6-烷(烯/炔)
基-O-C1-6-烷(烯/炔)基。在本发明的一个特定的实施方式中，所述接头是芳基-O-C1-6-烷(烯/炔)基，如芳基-O-C1-6-烷(烯/炔)基，如芳基-O-C1-6-烷基。例如这种接头可以被一个或多个取代基取代，所述取代基选自羟基、卤素、巯基、硫代基、氰基、烷硫基、杂环基、芳基、杂芳基、羧基、Carboalkoyl、烷基、烯基、炔基、硝基、氨基、烷氧基和/或酰氨基。在一个优选的实施方式中，这种接头是苯基-O-乙基。在另一个优选的实施方式中，这种接头是萘-O-乙基。在本发明的一个特定的实施方式中，所述接头是C1-6-烷(烯/炔)基-芳
基-C1-6-烷(烯/炔)基-O-C1-6-烷(烯/炔)基，如C1-6-烷(烯/炔)基-芳基-C1-6-烷
(烯/炔)基-O-C1-6-烷(烯/炔)基，如C1-6-烷基-芳基-C1-6-烷基-O-C1-6-烷基。在一
个优选的实施方式中，如接头为乙炔基-苯基-甲基-O-甲基。
更具体地，接头可以是包括选自C、O、S、N、P、Se、Si、Ge、Sn和Pb原子的环状结构。环状结构的非限制性例子是芳基C3-8-环烷(烯)基。例如这种接头可被一个或多个取代基取代，所述取代基选自羟基、卤素、巯基、硫代基、氰基、烷硫基、杂环基、芳基、杂芳基、羧基、Carboalkoyl、烷基、烯基、炔基、硝基、氨基、烷氧基和/或酰氨基。在一个特定的实施方式中，接头是芳基，如芳基，如苯基。
在一个实施方式中，根据本发明的接头的性质是疏水性的。在本发明的另一个实施方
式中，接头的性质是亲水性的。
在一个实施方式中，根据本发明的接头的性质是柔性的。在另一个实施方式中，接头的性质是刚性的。
芘占据面积为 [6]。在本发明的一个实施方式中，嵌入单元是芘且接头大小为
20和 如 例如 如 例如 如 例
如 如 例如 如 或这些间隔的任何结合。
在本发明的一个实施方式中，其中嵌入物是芘，m优选是1-11的整数，如1-10、如1-9、如1-8、如1-7、如1-6、如1-5、如1-4、如1-3。
在一个实施方式中，嵌入单元是芘并且接头是C1-6-烷(烯/炔)基-O-C1-6-烷(烯/
炔)基，如C1-6-烷基-O-C1-6-烷基，如CH2-O-CH2。在一个优选的实施方式中，嵌入单元与接头一起形成如图5中命名为INA的复合物。
在另一个实施方式中，嵌入单元是芘并且接头是C1-6-烷(烯/炔)基-芳基-C1-6-烷
(烯/炔)基-O-C1-6-烷(烯/炔)基，如C1-6-烷(烯/炔)基-芳基-C1-6-烷(烯/炔)
基-O-C1-6-烷(烯/炔)基，如C1-6-烷基-芳基-C1-6-烷基-O-C1-6-烷基，如乙炔基-苯基-甲基-O-甲基。在一个优选的实施方式中，嵌入单元与接头一起形成如图5中命名为INA的复合物。在另一个优选的实施方式中，嵌入单元与接头一起形成图5中命名为对-TINA的复合物。在一个优选的实施方式中，嵌入单元与接头一起形成图5中命名为邻-TINA的复合物。
在另一个实施方式中，嵌入单元为式3且接头是芳基-O-C1-6-烷(烯/炔)基，如芳
基-O-C1-6-烷(烯/炔)基，如芳基-O-C1-6-烷基，如苯基-O-乙基。在另一个优选的实施方式中，嵌入单元与接头形成图5中命名为Amany的复合物。
在一个优选的实施方式中，根据本发明的嵌入物插入到互补DNA或RNA结构的脱碱基
位点，结果提高了多核苷酸双链结构的稳定性。
在一个实施方式中，嵌入物分子的大小为 之间，如 例如
如 例如 如 例如 如
例如 如 例如 如 例如
如 例如 如 例如 如 例如
如 或这些间隔的任何结合。
在一个实施方式中，每个探针使用一种类型以上的嵌入物分子，如2、3、4、5或大于5种不同的类型。因此，在一个实施方式中，多核苷酸探针，如互补探针，包括一种以上类型的嵌入物分子，如2、3、4、5或大于5种不同的类型的嵌入物分子。
在一个优选的实施方式中，嵌入单元与接头一起形成复合物，所述复合物选自如图5
所示的TINA、INA、邻-TINA、对-TINA和AMANY。
本发明一个特定的实施方式涉及一种包括使用一个或多个嵌入物分子的方法，所述嵌
入物分子可选自TINA、INA、邻-TINA、对-TINA和AMANY[3，4，5，6]。
本发明的又一个实施方式涉及多核苷酸探针，其中一个或多个嵌入物分子选自TINA、
INA、邻-TINA、对-TINA和AMANY。本发明的又一个实施方式涉及多核苷酸探针，其中两个或多个嵌入物分子选自TINA、INA、邻-TINA、对-TINA和AMANY。一个特定的实施方式涉及多核苷酸探针，其中嵌入物分子是TINA。又一个特定的实施方式涉及多核苷酸探针，其中嵌入物分子是INA。又一个特定的实施方式涉及多核苷酸探针，其中嵌入物分子是邻-TINA。
又一个特定的实施方式涉及多核苷酸探针，其中嵌入物分子是对-TINA。又一个特定的实施方式涉及多核苷酸探针，其中嵌入物分子是AMANY。
TINA、INA和AMANY是被设计用来稳定Hoogsteen三链DNA的嵌入物，但出人意料地，
它们也可用于稳定双链DNA。
嵌入物分子增加了杂交试验中反向平行双链形成的解链温度(Tm)和ΔTm。
支撑物
互补探针可，如前所述，连接到支撑物。因此，在一个实施方式中，多核苷酸探针，即互补探针连接到支撑物，如固体支撑物。支撑物可以是固体的，半固体的或可溶性的支撑物。
支撑物可以是任何现有技术披露的适当的支撑物。在本发明的一个实施方式中，多核苷酸探针，例如互补探针连接到支撑物。在其一个实施方式中，所述支撑物是固体支撑物。在又一个实施方式中，支撑物选自颗粒物质、珠子、磁珠、非磁珠、聚苯乙烯珠子、磁性聚苯乙烯珠子、Sepharose珠子、聚丙烯酰胺葡聚糖珠子、聚苯乙烯珠子、琼脂糖珠子、多糖珠子和聚碳酸酯珠子。
支撑物的非限定性例子如下所列：
聚醚醚酮(PEEK)、PP(聚丙烯)、PE(聚乙烯)、聚对苯二甲酸乙二醇酯(PET)、聚氯乙
烯(PVC)、聚酰胺/尼龙(PA)、聚碳酸脂(PC)、环烯烃共聚物(COC)、滤纸、棉、纤维素、聚(4-乙烯基苄基氯)(PVBC)、聚偏二氟乙烯(PVDF)、聚苯乙烯(PS)、 水凝胶、聚
酰亚胺(PI)、1，2-聚丁二烯(PB)、液体硅橡胶(Liquid silicon rubber)、聚二甲基硅氧烷(PDMS)、含氟聚合物和共聚物(例如聚(四氟乙烯)(PTFE)、全氟乙烯丙烯共聚物(FEP)、四氟乙烯(ETFE))、聚甲基丙烯酸甲酯(PMMA)、纳米多孔材料、膜、介孔蜂窝泡沫(MCF)和单壁或多壁碳纳米管(SWCNT、MWCNT)、颗粒物、珠子、磁珠、非磁珠、聚苯乙烯珠子、磁性聚苯乙烯珠子、Sepharose珠子、聚丙烯酰胺葡聚糖珠子、聚苯乙烯珠子、琼脂糖珠子、多糖珠子和聚碳酸酯珠子。
在一个特定的实施方式中，支撑物为选自聚合物或有机基质如聚醚醚酮(PEEK)、
PP(聚丙烯)、PE(聚乙烯)、聚对苯二甲酸乙二醇酯(PET)、聚氯乙烯(PVC)、聚酰胺/尼龙(PA)、聚碳酸脂(PC)、环烯烃共聚物(COC)、滤纸、棉、纤维素、聚4-乙烯基苄基氯(PVBC)、聚偏二氟乙烯(PVDF)、聚苯乙烯(PS)、 水凝胶、聚酰亚胺(PI)、1，2-聚丁二
烯(PB)、液体硅橡胶、聚二甲基硅氧烷(PDMS)、含氟聚合物和共聚物(例如聚四氟乙烯(PTFE)、全氟乙烯丙烯共聚物(FEP)、四氟乙烯(ETFE))、聚甲基丙烯酸甲酯(PMMA)。
在另一个特定的实施方式中，支撑物为选自纳米多孔材料、膜、介孔蜂窝泡沫(MCF)和单壁或多壁碳纳米管(SWCNT、MWCNT)。
在另一个特定的实施方式中，支撑物为选自颗粒物、珠子、磁珠、非磁珠、聚苯乙烯珠子、磁性聚苯乙烯珠子、凝胶珠子、聚丙烯酰胺葡聚糖珠子、聚苯乙烯珠子、琼脂糖珠子、多糖珠子和聚碳酸酯珠子。
在又一个实施方式中，固体支撑物为选自微量滴定板、其他板格式、试剂管、载玻片和其他用于阵列或微阵列分析的支撑物，微流控室或设备的管道或通道和Biacore芯片。
标签
如前面提到的检测探针和/或互补DNA探针可包括一个或多个标签，如1、2、3、4、5、6、
7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或大于20个相同或不同的标签。
因此，在一个实施方式中，本发明涉及包括一个或多个标签的多核苷酸探针。又一个实施方式提供本发明公开的方法包括使用包括一个或多个标签的检测探针。在又一个实施方式中，本发明披露的方法包括使用包括一个或多个标签的互补探针。
一个或多个标签可以是任何现有技术中的标签，如一个或多个标签选自：生物素、荧光素标签、5-(和6)-羧基荧光素、5-或6-羧基荧光素、6-(荧光素)-5-(和6)-羧酰胺己酸、异硫氰酸荧光素氰酸(FITC)、罗丹明、四甲基罗丹明、染料、Cy2、Cy3和Cy5、PerCP、藻胆蛋白、R-藻红蛋白(RPE)、异藻红蛋白(APC)、Texas红、Princeston红、绿色荧光蛋白(GFP)及它们的类似物、R-藻红蛋白(RPE)或异藻红蛋白(APC)的共缀物、基于半导体纳米晶体(像量子点和QdotTM纳米晶体)的无机荧光标签、基于镧系元素如Eu3+和Sm3+的时间分
辨荧光、半抗原、DNP、地高辛、酶标签、辣根过氧化物酶(HRP)、磷酸酶(AP)、β-半乳糖苷酶(GAL)、葡萄糖-6-磷酸脱氢酶、β-N-乙酰氨葡萄糖苷酶、β-葡萄糖醛酸酶、转化酶、黄嘌呤氧化酶(Xanthine Oxidase)、萤火虫荧光素酶和葡萄糖氧化酶(GO)、冷光标签、鲁米诺、异鲁米诺、吖啶酯、1，2-二氧环乙烷、吡啶哒嗪、放射性标签、同位素碘、同位素钴、同位素硒、同位素氚和同位素磷。
在一个优选的实施方式中使用生物素标签。生物素可通过链霉亲和素-R-藻红蛋白检
测。
在一个实施方式中，本发明方法中加入检测探针之前或之后包括一个或多个洗涤步
骤。
标签可通过现有技术中任何适当的方法检测。
多个目标DNA序列的检测
本发明一个特定的实施方式涉及使用本发明上文披露的方法检测多个目标多核苷酸，
如DNA、LNA-修饰的DNA、RNA、LNA-修饰的RNA和/或PNA，例如DNA和/或RNA序列。可
在一个实施方式中通过微阵列或微孔板使用多个互补探针来检测目标多核苷酸，如DNA、LNA-修饰的DNA、RNA、LNA-修饰的RNA和/或PNA，例如DNA和/或RNA序列。
在又一个特定的实施方式中，被捕获的目标多核苷酸，如不同的目标多核苷酸，如DNA、LNA-修饰的DNA、RNA、LNA-修饰的RNA和/或PNA，例如DNA和/或RNA序列的总数可
选 自：1、2-5、5-10、10-15、15-20、20-25、25-30、30-35、35-40、40-45、45-50、50-55、55-60、
60-65、65-70、70-75、75-80、80-85、85-90、95-100、100-150、150-200、200-300、300-500、
500-1000，或大于1000，或这些间隔的任何结合。
本发明方法的应用
本发明对广泛的筛选应用有效，包括识别和捕获遗传材料，如选自以下一个或多个应
用：
-诊断癌症或不是癌症的遗传性疾病或产前诊断领域；
-监测反义治疗；
-家族亲属鉴定；
-个性化治疗；
-法医遗传学；
-定量RNA分析；
-微生物检测；
-考古学和古病理学；
-食品污染；及
-环境污染。
诊断
本发明可用于诊断一种或多种疾病。通过从受试者个体基因组中检测目标多核苷酸，
如DNA和/或RNA来诊断疾病，或检测不是来自受试者个体基因组的目标多核苷酸来诊断疾病，所述目标多核苷酸可以是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。因此，在一个实施方式中，本发明涉及一种包括使用本发明披露的方法来诊断一种或多种疾病的方法。在又一个实施方式中，诊断包括检测从受试者的个体基因组中检测目标多核苷酸，如DNA和/或RNA。在另一个实施方式中，诊断包括检测不是来自受试者个体基因组的目标多核苷酸，如目标DNA和/或RNA。
本发明可用于诊断某一特定目标多核苷酸是已知的任何疾病，所述目标多核苷酸可以
是由自然界中存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或是它们的任何混合物，如DNA和/或RNA序列。
在一个实施方式中，本发明用于诊断一种或多种疾病，如遗传性疾病、癌症和传染性疾病、头痛和其中本发明方法可能是有效的其他疾病。本发明的进一步用途是个性化医学领域，例如，但不限于癌症治疗。
本发明的一个实施方式涉及使用本发明披露的方法来诊断可能有疑似疾病体征或症
状或者他可能没有那种疾病的体征或症状的个体。在本发明一个特定的实施方式中，所述个体有被检测疾病的体征或症状。当一个体有被检测疾病的体征或症状，所述个体可能，例如患有感染或患有遗传性异常或疾病。在本发明另一个特定的实施方式中，所述个体没有被检测疾病的体征或症状。当对没有任何临床疾病体征的人进行检测，目的是如早期阶段的筛查以鉴别疾病，从而可以进行早期干预和管理，希望能够降低死亡率和疾病的痛苦。存在几种类型的这些检测：‘普遍筛查’包括筛选特定类别的所有个体(例如所有某一特定年纪的儿童)和‘病例追查’包括筛查基于存在风险因素的一个较小的人群，例如因为家庭成员已经被诊断出患有遗传性疾病。本发明一个特定的实施方式涉及用本发明披露的方法进行普遍筛查。本发明的另一个特定的实施方式涉及用本发明披露的方法进行病例追查。
人和动物样品包括粪便、血液、精液、脑脊液(CSF)、痰、阴道液、尿液、唾液、毛发、其他体液、组织样本、整个器官、汗、泪、皮肤细胞、毛发、骨骼、牙齿或者自来个人物品(如牙刷、剃须刀等)或来自样品(如精子或活检组织或液体)的适当液体或组织或者人类或动物的其他子结构。因此，样品可以是固体、半固体或液体样品。
诊断癌症
在一个优选的实施方式中，本发明用于诊断一种或多种疾病，如癌症。可从受试个体的基因组中检测目标多核苷酸如DNA和/或RNA来诊断癌症。
要诊断的癌症可能是在其疾病的早期阶段也可能在其疾病的晚期阶段。在本发明的一
个实施方式中，要诊断的癌症优选在其较早期阶段，如在其良性或癌前阶段。在本发明的另一个实施方式中，要诊断的癌症优选疾病的1期或2期。在一个实施方式中，要诊断的癌症是良性的。在另一个实施方式中，要诊断的癌症是恶性的。在一个优选的实施方式中，要诊断的癌症是在其癌变前的阶段。在又一个实施方式中，要诊断的癌症是4期。在又一个实施方式中，要诊断的癌症是3期。在又一个实施方式中，要诊断的癌症是2期。在一个优选的实施方式中，要诊断的癌症是1期。
在一个实施方式中，用根据本发明的方法来诊断不同类型的癌症，如那些选自下表A
中所列的癌症：
在一个优选的实施方式中，本发明涉及结肠癌的诊断。该诊断可通过从受试个体的粪
便样品中检测目标多核苷酸如DNA来进行。
在另一个优选的实施方式中，本发明用于诊断肿瘤疾病，如癌症，其特征在于，一个或多个基因或编码蛋白质的基因发生一个或多个突变，如一个或多个如下表B所列以及[2]中所示。
在另一个实施方式中，本发明可用于诊断癌症，其中癌症的特征是选自下表C所列的
一种或多种肿瘤抗原。因此，一个实施方式涉及检测来自一个或多个肿瘤抗原的目标多核苷酸，如DNA，所述肿瘤抗原如下表C所示。
在另一个实施方式中，本发明可用于诊断癌症，通过检测来自一个或多个肿瘤抗原或
癌基因的目标多核苷酸，如DNA，所述肿瘤抗原或癌基因如下表D所示。
表D
在另一个实施方式中，本发明可用于诊断癌症，通过检测选自DNA和RNA的目标多核苷
酸，如检测源自一种或多种肿瘤抗原如的TFPI2、NDRG4、GATA4或GATA5的DNA[2]。这种癌症的特征是选自TFPI2、NDRG4、GATA4或GATA5中的一种或多种基因发生一个或多个突变。
在另一个实施方式中，本发明可用于诊断癌症，通过检测选自DNA和RNA的目标多核苷
酸，如检测源自一个或多个肿瘤抗原如RASSF2和SFRP2的DNA[2]。这种癌症的特征是选自RASSF2和SFRP2的一种或多种基因发生一个或多个突变。
癌症以外的遗传性疾病的诊断
在另一个优选的实施方式中，本发明用于诊断一种或多种癌症外的遗传，即世袭疾病，如选自下表E中的一种或多种疾病。在一个实施方式中，其中本发明方法用于诊断癌症外的遗传性病症，目标多核苷酸选自DNA和RNA，如来自受诊断个体的DNA。
一个特定的实施方式涉及诊断CADASIL综合征。另一个特定的实施方式涉及诊断迟发
性多发性羧化酶缺乏症。另一个特定的实施方式涉及诊断家族性小脑视网膜血管瘤病。另一个特定的实施方式涉及诊断克罗恩氏病。另一个特定的实施方式涉及诊断苯丙氨酸羟化酶缺乏症。另一个特定的实施方式涉及诊断法布里病。另一个特定的实施方式涉及诊断遗传性粪卟啉病。另一个特定的实施方式涉及诊断色素失禁症。另一个特定的实施方式涉及诊断头小畸型。另一个特定的实施方式涉及诊断多囊肾病。另一个特定的实施方式涉及诊断由PHF8基因突变引起的Siderius X-链锁智力低下综合征。另一个特定的实施方式涉及诊断软骨发育不全。
一个进一步的实施方式涉及检测选自血细胞病、氨基酸代谢错误、有机酸代谢错误、脂肪酸代谢错误和杂多系统疾病(miscellaneous multisystem diseases)中的一种或多种疾病。
一个特定的实施方式涉及使用本发明的方法检测血细胞病例如镰状细胞性贫血(Hb
SS)、镰形细胞(贫血)症(Hb S/C)，Hb S/β地中海贫血(Hb S/Th)，变异血红蛋白(包括Hb E)和葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症(G6PD)。
另一个特定的实施方式涉及使用本发明的方法检测氨基酸代谢错误，如酪氨酸I(TYR
I)、酪氨酸血症II(TYR II)、酪氨酸血症III(TYR III)、精氨酸尿症(ASA)、瓜氨酸(CIT)、瓜氨酸血症II型(CIT II)、苯丙酮尿症(PKU)、枫糖浆尿病(MSUD)、高胱胺酸尿症(HCY)、良性高苯丙氨酸血症、生物蝶呤辅因子的生物合成缺陷、生物蝶呤辅因子再生缺陷、高甲硫胺酸血症。
另一个特定的实施方式涉及使用本发明的方法检测有机酸代谢错误，如戊二酸血症
I型(GA I)、羟甲基裂解酶缺乏症(HMG)、异戊酸血症(IVA)、3-甲基巴豆酰辅酶A羧化
酶缺乏(3MCC)、甲基丙酰辅酶A变位酶缺乏症(MUT)、甲基丙二酸尿症(Methylmalonic aciduria)、cblA和CblB形(MMA、Cbl A，B)和β-酮硫解酶缺乏症(BKT)、丙酸血症(PROP)、多辅酶A羧化酶缺乏症(MCD)、甲基丙二酸血症(Cbl C，D)、丙二酸血症、2-甲基3-羟基丁酸尿症、异丁酰辅酶A脱氢酶缺乏症、2-甲基丁酰辅酶A脱氢酶缺乏症、3-甲基戊烯二酸单酰辅酶合酶缺乏症、戊二酸血症II型、HHH综合征(高血氨、高鸟氨酸血症、同型瓜氨酸尿综合征)、β-甲基巴豆酸羧化酶缺乏症及腺苷钴胺合成缺陷。
另一个特定的实施方式涉及使用本发明的方法检测脂肪酸代谢错误，如长链羟酰辅酶
A脱氢酶缺乏症(LCHAD)、中链酰辅酶A脱氢酶缺乏症(MCAD)、非常长链酰辅酶A脱氢酶缺乏(VLCAD)、三官能团的蛋白质缺乏症(TFP)、肉碱摄取缺陷(CUD)、中链酮酰辅酶A硫解酶缺乏症、二烯酰辅酶A还原酶缺乏症、戊二酸血症II型、肉碱棕榈酰转移酶缺乏症1型、肉碱棕榈酰转移酶缺乏症2型、短链酰基辅酶A脱氢酶缺乏症(SCAD)、肉碱/酰基肉碱缺乏症(位移酶)、短链羟酰辅酶A脱氢酶缺乏症(SCHAD)、长链酰基辅酶A脱氢酶缺乏症(LCAD)和多酰基辅酶A脱氢酶缺乏症(MADD)。
另一个特定的实施方式涉及使用本发明的方法检测杂多系统疾病，如囊性纤维化
(CF)、先天性甲状腺功能低下症(CH)、生物素酶缺乏症(BIOT)、先天性肾上腺皮质增生症(CAH)、古典半乳糖血症(GALT)、半乳糖激酶缺乏症和半乳糖异构酶缺乏症。
可以从儿童或成人的样品中进行遗传性疾病的诊断，此外，也可以从胎儿样品进行诊
断。
目标多核苷酸产前诊断
在一个实施方式中，本发明的筛查方法用于产前诊断。产前诊断或产前筛查是测试胎
儿或胚胎，即儿童出生前的疾病或病症。在这个实施方式中，目标多核苷酸选自DNA和RNA，如DNA。因此，本发明的一个实施方式涉及使用本发明的方法诊断胎儿疾病。
在产前诊断中，避免假阳性的测试结果是至关重要的。因此，没有测试结果表明在确实缺乏目标多核苷酸的样品中出现所述目标多核苷酸是至关重要的。在这一方面，由于其优越的特异性，本发明与已知的目标多核苷酸鉴别相比具有优越性。
在产前诊断中，可以从任何来自儿童的生物材料获得目标多核苷酸，如从活检获得的
组织或体液样品、从羊水、从胎盘或从母亲的血液。在一个特定的实施方式中，从活检获得的组织或体液样品、从羊水或从胎盘样品中获得目标多核苷酸。在另一个特定的实施方式中，从母亲的血液中获得目标多核苷酸。
一个实施方式涉及产前诊断或产前筛查，其中检测出生缺陷。本发明的一个特定的实
施方式是针对检测一个或多个出生缺陷，如选自神经管缺陷、唐氏综合征、染色体异常、遗传疾病和其他病症、如脊柱裂、腭裂、河西高盛疾病(Tay Sachs disease)、镰状细胞性贫血、地中海贫血、囊性纤维化和脆性X综合征中的一个或多个出生缺陷。一个特定的实施方式涉及神经管缺陷的产前检测。另一个特定的实施方式涉及唐氏综合征的产前检测。另一个特定的实施方式涉及染色体异常的产前检测。另一个特定的实施方式涉及遗传疾病如选自囊性纤维化、8号染色体三体、9号染色体三体、13号染色体三体、18号染色体三体、21号染色体三体、22号染色体三体或X三体综合征中一种或多种疾病的产前检测。一个特定和优选的实施方式涉及21号染色体三体检测。另一个特定的实施方式涉及13号染色体三体检测。另一个特定的实施方式涉及18号染色体三体检测。另一个特定的实施方式涉及囊性纤维化检测。另一个特定的实施方式涉及脊柱裂的产前检测。另一个特定的实施方式涉及腭裂的产前检测。另一个特定的实施方式涉及河西高盛疾病的产前检测。另一个特定的实施方式涉及检测镰状细胞性贫血的产前检测。另一个特定的实施方式涉及地中海贫血的产前检测。另一个特定的实施方式涉及囊性纤维化的产前检测。另一个特定的实施方式涉及脆性X综合征的产前检测。
一个进一步的实施方式涉及胎儿筛查，目的是确定不视为出生缺陷的一般性特征，如
性别选择或确定儿童的父亲等。一个特定的实施方式涉及确定儿童性别的产前检测。另一个特定的实施方式涉及产前确定父亲。
反义治疗监测
反义治疗是一种治疗形式，例如治疗遗传疾病或感染。当已知一特定基因的遗传序列
是引起某一特定疾病的原因，可以合成有效地将该基因“关闭”的核苷酸链，如通过结合由该基因产生的信使RNA(mRNA)使其灭活。因此，本发明的一个实施方式涉及在反义治疗中用本发明的方法检测多核苷酸。在一个实施方式中，所述多核苷酸是目标多核苷酸，是由自然界中中未知的核苷酸制成，或自然界中存在的目标多核苷酸及本发明所定义的由自然界中未知的核苷酸制成的目标多核苷酸的混合物。在一个实施方式中，所述多核苷酸包括LNA修饰的DNA、LNA修饰的RNA和/或PNA。
在一个特定的实施方式中，所述目标多核苷酸与引起疾病的基因所产生的信使
RNA(mRNA)结合。在另一个特定的实施方式中，所述目标多核苷酸与前信使RNA(mRNA)的剪接位点结合从而修改了mRNA的外显子含量。
在一个特定的实施方式中，所述反义治疗用于治疗一种或多种如本发明所披露的癌
症、糖尿病、肌萎缩性脊髓侧索硬化症(ALS)、杜氏肌营养不良症、巨细胞病毒视网膜炎以及如带有炎性成分的哮喘和关节炎疾病。
家族亲属鉴定
在一个实施方式中，本发明的方法用于通过个体各自的DNA图谱进行的个体鉴别。
在一个实施方式中，本发明的方法用于鉴别家族亲属，被检测的目标多核苷酸是自然
存在的，如一个或多个DNA和/或RNA。
一个特定的实施方式涉及用根据本发明的方法来鉴别可疑的亲属，如鉴别儿童的母亲
或父亲，如其中D21S11、D7S820、TH01、D13S317和D19S433作为DNA分子标记。
在一个特定的实施方式中，目标多核苷酸可获自任何可得到的生物材料，如获自粪便、血液、精液、脑脊液(CSF)、痰、阴道液、尿液、唾液、毛发、其他体液、组织样品、整个器官、汗、泪、皮肤细胞、毛发、骨骼、牙齿或来自个人物品(如牙刷、剃刀等)或来自样品(如精子或活检组织或液体)的适当液体或组织、或者人或动物的其他子结构。
个性化医疗
个性化医疗是一种医疗模式，强调系统使用患者个体信息以选择或优化该患者的预防
和治疗护理。本发明可用于个体医疗方面。检测一个或多个特定目标DNA序列可以，例如用于确定应该采用的药物和/或药物剂量。
待分析样品的类型
本发明涉及检测来自样品的目标多核苷酸，如DNA，所述样品来自人或动物身体。在另一个实施方式中，目标多核苷酸是来自人类、动物、细菌、病毒、真菌、朊病毒、原生生物和/或植物。在又一个实施方式中，目标的多核苷酸是从来自人体或动物体的样品中分离的。
样品来源包括获自活的和非活的来源的样品，包括但不限于人类、动物、鸟类、昆虫、植物、藻类、真菌、酵母、病毒、细菌和噬菌体、多细胞和单细胞的有机体。
人类和动物样品包括粪便、血液、精液、脑脊液(CSF)、痰、阴道液、尿液、唾液、毛发、体液、组织样本、整个器官、汗、泪、皮肤细胞、毛发、骨骼、牙齿或来自个人物品(如牙刷、剃刀等)或来自样品(如精子或活检组织或液体)的适当液体或组织、或人或动物的其他子结构。因此，样品可以是固体、半固体或液体样品。
病原体的来源包括一种或多种细菌、病毒、寄生虫和其他感染性有机体。其他来源可以是环境样品，如饮用水、污水或土壤。
分离的样品可以是侵入性或非侵入性的样品。侵入性样品例子包括吸取血液，切除组
织、器官或其中一部分(如活检)和吸取脑脊液(腰椎穿刺)。非侵入性样品的例子包括收集外部分泌的液体或物质(如痰、尿、粪)。
可处理待分析的样品从而使DNA分离、纯化或富集。
待诊断或测试的个体
待诊断或测试的个体可以是人，如男人或女人。待诊断的个体可以是任何年纪的人，如胎儿、婴儿、儿童或成人。
待诊断的胎儿可以是任何年纪，如8-40孕周(week of gestagation)，例如12-25孕
周，如16-20孕周。任何其他待诊断的个体可以是任何年纪，如从出生至120岁，例如0-6岁，如6-12岁，例如1-5岁，如5-10岁，例如10-15岁，如15-20岁，例如20-25岁，如25-30岁，例如30-35岁，如35-40岁，例如40-45岁，如5-50岁，例如50-60岁，如60-70岁，例如
70-80岁，如80-90岁，例如90-100岁，如100-110岁，例如110-120岁。
待诊断的个体可以是任何种族，如高加索人(Caucasian)、黑人、东亚人(East Asian)、蒙古种族(Mongoloid race)、埃塞俄比亚种族(Ethiopian race)、尼格罗种族(Negroid race)、美洲印第安种族(American Indian race)、或马来种族。
待诊断的个体可以健康的，生病的，被诊断患有一种或多种疾病的，可以有一种或多种疾病的一种或多种的症状，可以是无症状的或者可以是有遗传性的一种或多种疾病。
待诊断的个体可选自细菌、真菌、朊病毒、原生动物和/或植物。
其他用途
原则上，本发明可用于与检测多核苷酸相关的任何方法，所述多核苷酸可以是天然存
在的核苷酸制成，或者是由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，如DNA和/或RNA。
法医遗传学
根据本发明的方法可用于法医遗传学，包括包括亲子鉴定或孕妇测试。在一个实施方
式中，其中本发明的方法用于法医遗传学中，目标多核苷酸是由自然界存在的核苷酸制成。
因此，本发明的一个实施方式涉及本发明披露的方法在法医学(通常简称为法医)中
的用途。因此，本方法可应用于广泛学科内以解答法制系统感兴趣的问题。一个特定的实施方式涉及本发明方法在有关犯罪或民事诉讼中的用途。
在一个实施方式中，目标多核苷酸可以由受害者和/或罪犯提供。在一个特定的实施
方式中，目标多核苷酸由受害者提供。在另一个特定的实施方式中，目标多核苷酸由罪犯提供，如由嫌疑犯提供。
本发明一个特定的实施方式涉及本发明披露的方法在法医病理学中用途。因此，所述
方法可用于有关通过尸检确定死因的病理学分支中。
本发明又一个特定的实施方式涉及本发明披露的方法在法医考古学中的用途，如鉴别
来自犯罪受害者的埋藏的小件物品或随身物品；鉴别来自罪犯的埋藏的小件物品或随身物品；和/或发现任何人体残骸，如埋藏在潜在的墓地和/或万人坑里。
本发明又一个特定的实施涉及用本发明披露的方法来辅助法医人类学。因此，一个实
施方式涉及用本方法鉴别残骸，如基于这些残骸确定特定的特征，如种族、性别、年龄和身高。
本发明又一个特定的实施涉及本发明披露的方法在法医植物学中的用途。因此，一个
实施方式涉及用本方法从例如无论是在身体上或是在犯罪现场发现的叶子、种子和花粉中获取有关罪案的信息。
本发明又一个特定的实施涉及本发明披露的方法在强奸调查中的用途，例如鉴别强奸
犯。
本发明又一个特定的实施涉及本发明披露的方法在亲子鉴定或孕妇测试中的用途。
定量RNA分析
本发明的另一个用途是分析人类或动物基因表达。在一个实施方式中，本发明披露的
方法可用于定量RNA分析，即目标RNA量化。
微生物检测
本发明也可用于微生物分类。因此，目标DNA和/或RNA可来自一种或多种细菌、一种
或多种病毒、一种或多种真菌、一种或多种朊病毒、和/或一种或多种原生动物。
此外，本方法可用于检测来自受试个体的样品中的细菌、真菌、朊病毒、和/或原生动物的目标多核苷酸，如DNA和/或RNA。因此，在一个实施方式中，本发明可用于检测特定可能引导感染的微生物，然而本发明也可用于将相同家族的细菌按血型分类，如不同血清型的链球菌或沙门氏菌，参见下文。
因此，本发明的一个实施方式涉及检测感染，例如寄生虫定植的宿主生物体。在一个特定的实施方式中，所述感染是由微生物或微寄生虫，如一种或多种细菌、一种或多种病毒、一种或多种真菌、一种或多种朊病毒和/或一种或多种原生动物引起的。
由于具体的体征和症状很罕见，因此感染诊断是困难的。本发明的一个实施方式涉及
检测引发如全身乏力、发烧、畏寒症状的细菌和病毒感染。在诊断学中，区分特定的感染原因通常是很困难的。
在一个实施方式中，本发明的方法可用于诊断一种或多种以下疾病：幽门螺旋杆菌病
(H pylori)、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌病(Methicillin-resistant staphylococcus aureus)、骨髓炎、莱姆病(lyme disease)、衣原体疾病、病毒引起的感染和细菌引起的感染。
本发明的一个特定实施方式涉及用本发明披露的方法检测门螺旋杆菌，其与胃的炎症
有关而且是导致胃溃疡和胃炎的常见原因。
本发明的一个特定实施方式涉及用本发明披露的方法检测主要影响皮肤的m。
本发明的一个特定实施方式涉及用本发明披露的方法检测骨髓炎，它是由各种细菌引
起的骨感染。
本发明的一个特定实施方式涉及用本发明披露的方法检测莱姆病，它至少是由3种属
于疏螺旋体(Borrelia)属的细菌引起的。
本发明的一个特定实施方式涉及用本发明披露的方法检测衣原体疾病，它是一种常见
的性传播疾病，可损害女性生殖器官并导致永久性不育。
本发明的一个特定实施方式涉及用本发明披露的方法检测由病毒感染引起的感染，例
如感染不限于选自：麻疹、肝炎、疱疹、传染性单核细胞增多症、艾滋病、肝炎、单纯疱疹、以及所有哺乳动物常见的内源性逆转录病毒和巨细胞病毒(CMV)。
本发明的一个特定实施方式涉及用本发明披露的方法检测由细菌引起的感染。
在一个实施方式中，本发明的方法用于分析样品的微生物污染，如饲料、食品、土壤、饮用水等样品、如饲料、食品、土壤、饮用水等样品。
在一个实施方式中，目标DNA和/或RNA来自一种或多种细菌，如来自一种或多种如下
表F所列的细菌。
在一个实施方式中，目标DNA和/或RNA来自一种或多种如表G所列的病毒。因此，在
一个实施方式中，目标多核苷酸来自选自下表G所列病毒中的病毒。
考古学和古病理学
考古发现和化石遗迹中的感染证据是研究如灭绝的生命形式中发生的伤害和疾病的
考古学家和科学家们感兴趣的课题。因此，本发明的一个实施方式涉及本发明的方法在考古学中的用途。
古病理学是研究古代疾病。因此，本发明的一个实施方式涉及本发明方法在古病理学
中的用途。一个实施方式涉及本发明方法的用途或确定例如性别和个体患有什么类型的疾病，如结核或梅毒。
在一个实施方式中，本发明方法用于考古学和古病理学领域，测试的多核苷酸是由天
然存在的核苷酸制成。
食品污染
食品污染是指任何出现本不应在有问题的食品内的东西，例如可能会导致消费者生病
的未申报食品成分、有害化学物质和微生物。本发明披露的方法可通过识别未申报存在于特定的问题食品内的目标多核苷酸从而检测食品污染。因此，本发明的一个实施方式涉及本发明披露的方法在检测食品污染中的用途，例如污染物选自微生物污染物，转基因食品和含有未申报成分的食品。
在另一个实施方式中，其中本发明披露的方法用于检测食品污染，目标多核苷酸可以
是由自然界存在的核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或由它们的任何混合物制成。
本发明一个特定的实施方式涉及本发明披露的方法在食品的微生物污染检测中的用
途。在一个特定的实施方式中，所述微生物污染是由病原细菌，病毒，外毒类素或寄生虫引起的问题食品污染。在又一个特定实施方式中，所述微生物污染是由于不当处理、制备或食品储藏引起的。在一个特定的实施方式中，所述微生物污染是由于制备食物之前、期间和之后缺乏良好的卫生习惯引起的。在一个特定的实施方式中，所述微生物污染是由选自空肠弯曲菌(Campylobacter jejuni)，产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)，沙门氏菌，大肠杆菌O157:H7，蜡样芽胞杆菌(BacillusCereus)，如侵袭肠黏膜的(EIEC)、肠致病性的(EPEC)、肠毒素的(ETEC)、肠聚集的(EAEC或EAgEC)的大肠杆菌，单核细胞增生李斯特氏菌(Listeria monocytogenes)，志贺氏菌(Shigella)，金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)，金黄色葡萄球菌肠炎(Staphylococcal enteritis)，链球菌(Streptococcus)，包 括O1群 和 非O1群 的 霍 乱弧 菌(VibrioCholerae)，副 溶 血 性 弧菌 (Vibrio parahaemolyticus)，创伤弧菌(Vibrio vulnificus)，小肠结肠炎耶尔森氏菌(Yersinia enterocolitica)，耶尔森菌(Yersinia pseudotuberculosis)，布鲁氏菌(Brucella)，溃疡棒状杆菌(Corynebacterium ulcerans)，贝纳特氏立克次体(Coxiella burnetii)，志贺邻单胞菌(Plesiomonas shigelloides)，肉毒杆菌(Clostridium botulinum)，产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)，金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)和蜡样芽胞杆菌(BacillusCereus)的细菌性食源性致病菌引起的。
本发明另一个特定的实施方式涉及本发明的方法在检测食品中转基因材料的用途。转
基因食品是来自转基因生物的食品。一个特定的实施方式涉及鉴别转基因植物产物的转基因食品，例如大豆、玉米、油菜籽、棉子油。另一个特定的实施方式涉及鉴别动物产品的转基因食品。又一个特定的实施方式涉及为安全理由鉴别转基因食品。另一个特定的实施方式涉及为生态问题鉴别转基因食品。
本发明的另一个特定实施方式涉及本发明披露的方法在检测未申报成分中的用途，例
如猪肉被宣称为牛肉、小牛肉、火鸡、鸡、绵羊或羔羊。
环境污染
水污染是水体污染。导致水污染的具体污染物包括，例如病原体。因此，本发明一个实施方式涉及检测水中的病原体，如供给家庭的水以及湖水，河水，海水和地下水。一个特定的实施方式涉及检测供给家庭的水中的病原体。
在一个实施方式中，其中目标多核苷酸用于检测环境污染，所述目标多核苷酸可以是
由自然界中存在的多核苷酸制成或由自然界中未知的核苷酸制成或它们的任何混合物。
饮用受污染的水可感染传染性疾病如霍乱和伤寒。如果经常饮用受污染的水，对我们
的整个身体系统有很大的危害。
因此，在一个特定的实施方式中，本发明披露的方法用于检测水样品的一种或多种
病原体，例如一种或多种选自：类鼻疽杆菌(Burkholderia pseudomallei)、大肠菌群(Coliform bacterium)、隐孢子虫(Cryptosporidium parvum)、蓝氏贾第鞭毛虫(Giardia lamblia)、沙门氏菌(Salmonella)、诺如病毒(Novovirus)和其他病毒以及寄生虫(蠕
虫)的病原体。一个特定的实施方式涉及根据本发明的方法在水样品中检测类鼻疽杆菌(Burkholderia pseudomallei)中的用途。又一个特定的实施方式涉及根据本发明的方法在水样品中检测大肠菌群(Coliform bacterium)中的用途。又一个特定的实施方式
涉及根据本发明的方法在水样品中检测隐孢子虫(Cryptosporidium parvum)中的用途。
又一个特定的实施方式涉及根据本发明的方法在水样品中检测蓝氏贾第鞭毛虫(Giardia lamblia)中的用途。又一个特定的实施方式涉及根据本发明的方法在水样品中检测沙门氏菌(Salmonella)中的用途。又一个特定的实施方式涉及根据本发明的方法在水样品中检测诺如病毒(Novovirus)和其他病毒中的用途。又一个特定的实施方式涉及根据本发明的方法在水样品中检测寄生虫中的用途。
项目
以下项目1-92中的每一项以及它们各种可能的组合是在本发明的精神内单独的实施
方式并且可以成为一个或多个独立或非独立权利要求的主题：
1.一种从样品中捕获核苷酸，如单链目标DNA或RNA的方法，包括以下步骤：
i)从所述目标多核苷酸，如DNA或RNA中除去一种或多种类型的碱基A、T、U、C或G，
从而生成一个或多个脱碱基位点，和
ii)用包括一个或多个嵌入物分子的互补探针捕获所述目标多核苷酸，如DNA或RNA，
所述嵌入物分子可插入到一个或多个脱碱基位点。
1.根据项目1所述的方法，包括以下步骤：
(i)提供双链目标DNA
(ii)通过去除所述双链目标DNA的一种或多种类型的碱基A、T、U、C或G使所述双链
目标DNA不稳定从而生成一个或多个脱碱基位点
(iii)使所述不稳定的双链目标DNA变性成单链目标DNA，和
(iv)用一个包括一个或多个嵌入物分子的互补DNA探针捕获所述单链目标DNA，所述
嵌入物分子可插入到一个或多个脱碱基位点。
2.根据任一以上项目所述的方法，其中多核苷酸探针可选自DNA探针，RNA探针，LNA
探针和PNA探针。
3.根据任一以上项目所述的方法，其中所述方法进一步包括一个或多个洗涤步骤以去
除未结合的DNA和/或RNA。
4.根据任一以上项目所述的方法，其中所述方法进一步包括双链目标DNA和/或单链
DNA和/或RNA中的一种或多种类型的碱基转换成另一化学实体。
5.根据项目5所述的方法，其中所述方法进一步包括通过去除所述双链目标DNA中的
一个或多个这些化学实体使所述双链目标DNA不稳定。
6.根据任一以上项目所述的方法，其中所述方法进一步包括目标DNA和/或RNA中的
一个或多个C转换成一个或多个U。
7.根据项目7所述的方法，其中通过亚硫酸氢盐处理使目标DNA和/或RNA中的一个
或多个C转换成一个或多个U。
8.根据任一以上项目所述的方法，其中从所述双链目标DNA和/或单链DNA和/或RNA
中去除A。
9.根据任一以上项目所述的方法，其中从所述双链目标DNA和/或单链DNA和/或RNA
中去除T。
10.根据任一以上项目所述的方法，其中从所述双链目标DNA和/或单链DNA和/或
RNA中去除C。
11.根据任一以上项目所述的方法，其中从所述双链目标DNA和/或单链DNA和/或
RNA中去除G。
12.根据任一以上项目所述的方法，其中从所述双链目标DNA和/或单链DNA和/或
RNA中去除U。
13.根据任一项目9-12中所述的方法，其中通过一种或多种酶和/或物理应力来去除
碱基。
14.根据项目13所述的方法，其中通过使用尿嘧啶脱氢酶来去除U。
15.根据项目9所述的方法，其中通过调节pH值来去除A。
16.根据任一以上项目所述的方法，其中从目标DNA和/或RNA去除1，2或3种类型的
碱基。
17.根据任一以上项目所述的方法，其中从目标DNA和/或RNA去除的碱基总数为选自
1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20和大于20个碱基。
18.根据任一以上项目所述的方法，其中互补探针包括一个或多个嵌入物分子。
19.根据项目19所述的方法，其中嵌入物分子的总数可选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、
11、12、13、14、15、16、17、18、19、20和大于20个嵌入物分子。
20.根据项目19所述的方法，其中嵌入物分子插入到目标DNA和/或RNA中
10％-100％的脱碱基位点，如10％-20％，例如20％-30％，如30％-40％，例如40％-50％，如50％-60％，例如60％-70％，如70％-80％，例如80％-90％，如90％-100％或者它们的任何结合。
21.根据任一以上项目所述的方法，其中嵌入物分子插入到目标DNA和/或RNA中10％
以上的脱碱基位点，如20％以上，例如30％以上，如40％以上，例如50％以上，如60％以上，例如70％以上，如80％以上，例如90％以上，如95％以上，例如100％。
22.根据项目21和22所述的方法，其中嵌入物分子插入的结果增加了由目标DNA和/
或RNA与互补探针组成的多核苷酸双链的熔化温度。
23.根据任一以上项目所述的方法，其中嵌入物分子的数量与互补探针的碱基总数之
间的比例为1∶50-1∶2，如1∶50-1∶40、例如1∶40-1∶30、如1∶30-1∶20、例
如1∶20-1∶10、如1∶10-1∶5、例如1∶5-1∶2，或这些间隔的任何结合。
24.根据任一以上项目所述的方法，其中一个或多个嵌入物分子选自：TINA、INA、
邻-TINA、对-TINA和AMANY。
25.根据任一以上项目所述的方法，其中嵌入物分子的面积为 之间，如
例如 如 例如 如 例如
如 例如 如 例如 如 例
如 如 例如 如 例如 如
例如 如 或这些间隔的任何结合。
26.根据任一以上项目所述的方法，其中互补探针包括一种或多种类型的嵌入物分子，如2、3、4、5或大于5个不同类型的嵌入物分子。
27.根据任一以上项目所述的方法，其中互补探针连接支撑物。
28.根据项目28所述的方法，其中支撑物为选自颗粒物质、珠子、磁珠、非磁珠、聚苯乙烯珠子、磁性聚苯乙烯珠子、Sepharose珠子、聚丙烯酰胺葡聚糖珠子、聚苯乙烯珠子、琼脂糖珠子、多糖珠子和聚碳酸酯珠子。
29.根据项目29所述的方法，其中支撑物是固体支撑物。
30.根据项目30所述的方法，其中固体支撑物为选自微量滴定板或其他板格式、试
剂管、载玻片和其他用于阵列或微阵列分析的支撑物，微流控室或设备的管道或通道和Biacore芯片。
31.根据任一以上项目所述的方法，其中所述方法进一步包括使用包括一个或多个标
签的互补检测探针。
32.根据任一以上项目所述的方法，其中互补探针包括一个或多个标签。
33.根据任一项目32-33所述的方法，其中一个或多个标签选自：生物素、荧光素标
签、5-(和6)羧基荧光素、5-或6-羧基荧光素、6-(荧光素)-5-(和6)-羧酰胺己酸、异硫氰酸荧光素氰酸(FITC)、罗丹明、四甲基罗丹明、染料、Cy2、Cy3和Cy5、PerCP、藻胆蛋白、R-藻红蛋白(RPE)、异藻红蛋白(APC)、德克萨斯(Texas)红、Princeston红、绿色荧光蛋白(GFP)及它们的类似物、R-藻红蛋白(RPE)或异藻红蛋白(APC)的共缀物、基于半导体纳米TM
晶体(像量子点和Qdot 纳米晶体)的无机荧光标签、基于镧系元素如Eu3+和Sm3+的时
间分辨荧光标签、半抗原、DNP、地高辛(digoxiginin)、酶标签、辣根过氧化物酶(HR)、磷酸酶(AP)、β-半乳糖苷酶(GAL)、葡萄糖-6-磷酸脱氢酶、β-N-乙酰氨葡萄糖苷酶、β-葡萄糖醛酸酶、黄嘌呤氧化酶(Xanthine Oxidase)、蔗糖酶、萤火虫荧光素酶和葡萄糖氧化酶(GO)、夜光(luminiscence)标签、鲁米诺、异鲁米诺、吖啶酯、1，2-二氧环乙烷、吡啶哒嗪、放射性标签、同位素碘、同位素钴、同位素硒、同位素氚和同位素磷。
34.根据项目34所述的方法，其中通过用链霉亲和素-R-藻红蛋白检测生物素。
35.根据项目34所述的方法，其中所述方法进一步包括加入检测探针之前和/或之后
的洗涤步骤。
36.根据任一项目34-36所述的方法，其中互补检测探针包括一个或多个嵌入物分子。
37.根据项目37所述的方法，其中嵌入物分子的总数为选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、
11、12、13、14、15、16、17、18、19、20以及大于20的不同或相同的嵌入物分子。
38.根据任一以上项目所述的方法，其中目标DNA和/或RNA来自人类，动物，细菌，病
毒，真菌，朊病毒，原生动物和/或植物。
39.根据任一以上项目所述的方法，其中目标DNA和/或RNA分离自人或动物身体。
40.根据任一以上项目所述的方法，其中目标DNA和/或RNA分离自人、动物、鸟类、昆
虫、植物、藻类、真菌、酵母、病毒、细菌和噬菌体、多细胞和单细胞有机体。
41.根据任一以上项目所述的方法，其中目标DNA和/或RNA分离自粪便、血液、精液、
脑脊液(CSF)、痰、阴道液、尿液、唾液、毛发、其他体液、组织样品、整个器官、汗、泪或者人或动物的其他子结构。
42.根据任一以上项目所述的方法，其中被捕获的不同的目标DNA序列总数为选自1、
2-5、5-10、10-15、15-20、20-25、25-30、30-35、35-40、40-45、45-50、50-55、55-60、60-65、
65-70、70-75、75-80、80-85、85-90、95-100、100-150、150-200、200-300、300-500、500-1000以及大于1000的不同目标DNA序列，或这些间隔的任何结合。
43.一种诊断一种或多种疾病的方法，包括使用根据任一项目1-43所述的方法。
44.根据项目44所述的方法，其中诊断包括从受试个体的基因组中检测目标DNA和/
或RNA。
45.根据任一项目44-45所述的方法，其中诊断包括检测不是来自受试个体基因组的
目标DNA和/或RNA。
46.根据任一项目44-46所述的方法，其中诊断包括检测来自细菌，病毒，真菌，朊病
毒，原生动物和/或植物的目标DNA和/或RNA。
47.根据任一项目44-47所述的方法，其中待诊断的疾病为一种或多种遗传，即遗传性
疾病，如选自：CADASIL综合征、迟发性多发性羧化酶缺乏症、家族性小脑视网膜血管瘤病、克罗恩氏病、苯丙氨酸羟化酶缺乏症、法布里病、遗传性粪卟啉病、色素失禁症、头小畸型、多囊肾病、PHF8基因突变引起的Siderius X-链锁智力低下综合征和软骨发育不全的一种或多种疾病。
48.根据任一项目44-47所述的方法，其中待诊断的疾病为一种或多种疾病，如遗传性
疾病、癌症和传染性疾病，头痛和本发明方法可能是有效的其他疾病。
49.根据任一项目44-47和49所述的方法，其中待诊断的疾病是癌症。
50.根据项目50所述的方法，其中癌症的特征在于一个或多个基因或编码选自101F6、
ABR、ADPRTL3、ANP32C、ANP32D、APC2、APC、ARF、ARHGAP8、ARHI、AT1G14320、ATM、ATP8A2、AXUD1、BAP1、BECN1、BIN1、BRCA1、BRCA2、BTG1、BTG2、C1orf11、C5orf4、C5orf7、Cables、CACNA2D2、CAP-1、CARS、CAV1、CD81、CDC23、CDK2AP1、CDKN1A、CDKN1C、CDKN2A、CDKN2B、CDKN2X、Ciao1-pending、CLCA2、CREBL2、CTNNA1、CUL2、CW17R、DAB2、DAF-18、D-APC、DBC2、DCC、DDX26、DEC1、DLC1、DLEC1、DLEU1、DLEU2、DLG1、DLGH1、DLGH3、DMBT1、DNAJA3、DOC-1、DPC4、DPH2L、EGR1、FABP3、FAT、FGL1、FHIT、FLJ10506、FOXD1、FOXP1、FT、FUS1、FUS2、GAK、GAS1、GAS11、GLD-1、GLTSCR1、GLTSCR2、GRC5、GRLF1、HDAC3、HEMK、HIC1、HRG22、HSAL2、HTS1、HYAL1、HYAL2、IFGBP7、IGSF4、ING1、ING1L、ING4、I(2)tid、I(3)mbn、I(3)mbt、LAPSER1、LATS1、LATS2、LDOC1、LOH11CR2A、LRP1B、LUCA3、MAD、MAP2K4、MAPKAPK3、MCC、MDC、MEN1、ML-1、MLH1、MRVI1、MTAP、MXI1、NAP1L4、NBR2、NF1、NF2、NORE1、NPR2L、NtRb1、OVCA2、PDGFRL、PHEMX、pHyde、PIG8、PIK3CG、PINX1、PLAGL1、PRDM2、PTCH、PTEN、PTPNI3、PTPRG、RASSF1、RB1、RBBP7、RBX1、RBM6、RECK、RFP2、RIS1、RPL10、RPS29、RRM1、S100A2、SEMA3B、SF1、SFRP1、SLC22A1L、SLC26A3、SMARCA4、ST7、ST7L、ST13、ST14、STIM1、TCEB2、THW、TIMP3、TP53、TP63、TRIM8、TSC2、TSG101、TSSC1、TSSC3、TSSC4、VHL、Vhlh、WFDC1、WIT-1、WT1和WWOX蛋白质的基因有一个或多个突变。
51.根据项目50所述的方法，其中癌症的特征在于一个或多个肿瘤抗原选自：α-辅
肌动蛋白4、ARTC1、BCR-ABL融合蛋白(b3a2)、B-RAF、CASP-5、CASP-8、β-连环蛋白、Cdc27、CDK4、CDKN2A、COA-1、dek-can融合蛋白、EFTUD2、延伸因子2、ETV6-AML1融合蛋d d
白、FLT3-ITD、FN1、GPNMB、LDLR-岩藻糖转移酶AS融合蛋白、HLA-A2、HLA-All、hsp70-2、
1
KIAAO205、MART2、ME1、MUM-1、MUM-2、MUM-3、neo-PAP、肌球蛋白I、NFYC、OGT、OS-9、P53、pml-RARalpha融合蛋白、PRDX5、PTPRK、K-ras、N-ras、RBAF600、SIRT2、SNRPD1、SYT-SSX1f
或-SSX2融合蛋白、磷酸丙糖异构酶、BAGE-1、GAGE-1，2，8、GAGE-3，4，5，6，7、GnTV、HERV-K-MEL、KK-LC-1、KM-HN-1、LAGE-1、MAGE-A1、MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A4、MAGE-A6、k
MAGE-A9、MAGE-A10、MAGE-A12、MAGE-C2、mucin、NA-88、NY-ESO-1/LAGE-2、SAGE、Sp17、SSX-2、SSX-4、TRAG-3、和TRP2-INT2g。
52.根据项目50所述的方法，其中癌症的特征在于一个或多个基因或选自RASSF2和
SFRP2的基因发生一个或多个突变。
53.根据项目50所述的方法，其中癌症的特征在于一个或多个基因或选自TFPI2、
NDRG4、GATA4或GATA5的基因发生一个或多个突变。
54.根据项目44所述的方法，其中所述诊断包括胎儿疾病的诊断。
55.根据任一项目1-43所述的方法在个性化医疗中的用途。
56.一种目标RNA定量的方法，包括使用根据任一项目1-43所述的方法。
57.一种检测一个或多个目标DNA和/或RNA的方法，包括使用根据任一项目1-43所
述的方法。
58.根据项目58所述的方法，其中所述样品是饲料，食品或饮用水。
59.根据任一项目57-59所述的方法，其中目标DNA和/或RNA是来自人类，动物，细
菌，病毒，真菌，朊病毒，原生动物和/或植物。
60.根据项目39和60所述的方法，其中所述细菌选自：金黄醋杆菌(Acetobacter
aurantius)、不动杆菌属(Acinetobacter species)、鲍氏不动杆菌(Acinetobacter
baumannii)、乙 酸 钙 不 动 杆 菌(AcinetobacterCalcoaceticus)、约 氏 不 动 杆 菌(Acinetobacter johnsonii)、琼氏不动杆菌(Acinetobacter junii)、鲁氏不动杆菌
(Acinetobacter lwoffii)、抗辐射不动杆菌(Acinetobacterradioresistens)、败血症不动杆菌(Acinetobacter septicus)、申氏不动杆菌(Acinetobacter schindleri)、邬氏不动杆菌(Acinetobacter ursingii)；放线菌属(Actinomyces species)：牛型放线菌
(Actinomyces bovis)、鲍 氏 放 线 菌(Actinomyces bowdenii)、狗 阴 道 放 线 菌(ActinomycesCanis)、卡 底弗 放 线 菌 (ActinomycesCardiffensis)、catuli放 线 菌(Actinomyces Catuli)、狗阴道放线菌(ActinomycesColeocanis)、牙放线菌(Actinomyces dentalis)、齿 垢 放线 菌(Actinomyces denticolens)、欧洲 放 线菌 (Actinomyces europaeus)、芬氏放线菌(Actinomyces funkei)、乔氏放线菌(Actinomyces georgiae)、戈氏放线菌(Actinomyces gerencseriae)、葛氏放线菌(Actinomyces graevenitzii)、香港海 鸥 放 线 菌 (Actinomyces hongkongensis)、受 损 大 麦 放 线 菌 (Actinomyces hordeovulneris)、豪氏放线菌(Actinomyces howellii)、腐质生放线菌(Actinomyces humiferus)、猪阴道放线菌(Actinomyces hyovaginalis)、衣氏放线菌(Actinomyces israelii)、海哺乳动物放线菌(Actinomyces marimammalium)、迈氏放线菌(Actinomyces meyeri)、内氏放线菌(Actinomyces naeslundii)、居鼻放线菌(Actinomyces nasicola)、纽氏放线菌(Actinomyces neuii)、龋齿放线菌(Actinomyces odontolyticus)、口腔放线菌(Actinomyces oricola)、齿根放线菌(Actinomyces radicidentis)、瑞丁放线菌
(Actinomyces radingae)、斯 氏 放 线 菌(Actinomyces slackii)、链 霉 素 放 线 菌(Actinomyces streptomycini)、猪胰腺炎放线菌(Actinomyces suimastitidis)、猪放线菌(Actinomyces suis)、图列茨放线菌(Actinomyces turicensis)、泌尿生殖器放线菌(Actinomyces urogenitalis)、牛颚放线菌(Actinomyces vaccimaxillae)、黏放线菌(Actinomyces viscosus)；放线杆菌属(Actinobacillus species)：伴放线凝聚杆菌
(Actinobacillus actinomycetemcomitans)、关 节 炎 放 线 杆 菌 (Actinobacillus arthritidis)、荚膜 放线 杆菌(Actinobacillus Capsulatus)、栖 海豚放 线杆 菌
(Actinobacillus delphinicola)、马驹放线杆菌(Actinobacillus equuli)、人放线杆菌(Actinobacillus hominis)、吲哚放线杆菌(Actinobacillus indolicus)、李氏放线杆菌(Actinobacillus lignieresii)、小放线杆菌(Actinobacillus minor)、小鼠放线杆菌(Actinobacillus muris)、大叶性肺炎放线杆菌(Actinobacillus pleuropneumoniae)、小猪放线杆菌(Actinobacillus porcinus)、罗氏放线杆菌(Actinobacillus rossii)、苏格兰放线杆菌(Actinobacillus scotiae)、种子放线杆菌(Actinobacillus seminis)、产琥珀酸放线杆菌(Actinobacillus succinogenes)、猪放线杆菌(Actinobacillus suis)、脲放线杆菌(Actinobacillus ureae)；气单胞菌属(Aeromonas species)：异常嗜糖气单胞菌(Aeromonas allosaccharophila)、兽气单胞菌(Aeromonas bestiarum)、软壁气单胞菌(Aeromonas bivalvium)、鳗鱼气单胞菌(Aeromonas encheleia)、肠产泥气单胞菌
(Aeromonas enteropelogenes)、嗜矿泉气单胞菌(Aeromonas euchrenophila)、嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)、小鱼气单胞菌(Aeromonas ichthiosmia)、简氏气单胞菌(Aeromonas jaDNAei)、中间气单胞菌(Aeromonas media)、软体动物气单胞菌(Aeromonas molluscorum)、疱氏气单胞菌(Aeromonas popoffii)、斑点气单胞菌(Aeromonas
punctata)、杀鲑气单胞菌(Aeromonas salmonicida)、舒氏气单胞菌(Aeromonas
schubertii)、夏氏气单胞菌(Aeromonas sharmana)、猴气单胞菌(Aeromonas simiae)、温和气单胞菌(Aeromonas sobria)、维罗纳气单胞菌(Aeromonas veronii)；猫阿菲波菌(Afipia felis)、农杆菌(Agrobacterium species)：放射形农杆菌(Agrobacterium
radiobacter)、发根农杆菌(Agrobacterium rhizogenes)、悬钩子农杆菌(Agrobacterium rubi)、根癌农杆菌(Agrobacterium tumefaciens)；土壤单胞菌属(Agromonas species)、产碱菌属(Alcaligenes species)：水生产碱菌(Alcaligenes aquatilis)、真氧产碱菌(Alcaligenes eutrophus)、粪产碱菌(Alcaligenes faecalis)、广泛产碱菌(Alcaligenes latus)、木糖氧化产碱菌(Alcaligenes xylosoxidans)；另类希瓦氏菌属(Alishewanella species)、交替 球 菌 属(Alterococcus species)、人 粒 细 胞 无形 体 (Anaplasma phagocytophilum)、边缘无形体(Anaplasma marginale)、Aquamonas菌属(Aquamonas species)、溶血隐秘杆菌(Arcanobacterium haemolyticum)、Aranicola菌属(Aranicola species)、杀雄菌属(Arsenophonus species)、Azotivirga菌属(Azotivirga species)、棕色固氮菌(Azotobacter vinelandii)、褐色球形固氮菌(Azotobacter Chroococcum)、细菌性痢疾(志贺氏细菌性痢疾)(Bacillary dysentery(Shigellosis))、芽孢杆菌属
(Bacillus species)：牛种芽孢杆菌(布氏杆菌生物型流产)(Bacillus abortus(Brucella melitensis biovar abortus))、 炭 疽 芽 孢 杆 菌 ( 炭 疽 热 )(Bacillus
anthracis(Anthrax))、短芽孢杆菌(Bacillus brevis)、蜡状芽孢杆菌(BacillusCereus)、凝固芽孢杆菌(BacillusCoagulans)、梭形芽孢杆菌(Bacillus fusiformis)、枯草芽孢杆菌(Bacillus globigii)、地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)、巨大芽孢杆菌
(Bacillus megaterium)、葷状芽孢杆菌(Bacillus mycoides)、纳豆芽孢杆菌(Bacillus natto)、嗜热脂肪芽孢杆菌(Bacillus stearothermophilus)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、球形芽孢杆菌(Bacillus sphaericus)、苏云金芽孢 杆菌(Bacillus
thuringiensis)；拟杆菌属(Bacteroides species)：福赛斯拟杆菌(福赛斯坦纳菌)
(Bacteroides forsythus(Tannerella forsythensis))、产 酸 拟 杆 菌 (Bacteroides acidifaciens)、吉氏拟杆菌(Bacteroides distasonis)重新分类为(reclassified as Parabacteroidesdistasonis)、狗齿龈卟啉单胞菌(Bacteroides gingivalis)、纤细弯曲杆菌(Bacteroides gracilis)、脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)、口腔拟杆菌
(Bacteroides oris)、卵形拟杆菌(Bacteroides ovatus)、腐败拟杆菌(Bacteroides putredinis)、化 脓 拟 杆 菌(Bacteroides pyogenes)、粪 便 拟 杆 菌 (Bacteroides stercoris)、猪拟杆菌(Bacteroides suis)、隐蔽拟杆菌(Bacteroides tectus)、多形拟杆菌(Bacteroides thetaiotaomicron)、普通拟杆菌(Bacteroides vulgatus)；巴尔通体属(Bartonella species)：阿尔萨斯巴尔通体(Bartonella alsatica)、杆状巴尔通体
(Bartonella bacilliformis)、birtlesii巴尔通体(Bartonella birtlesii)、牛巴尔通体(Bartonella bovis)、狗巴尔通体(BartonellaCapreoli)、克氏巴尔通体(Bartonella Clarridgeiae)、多氏巴尔通体(Bartonella doshiae)、伊氏巴尔通体(Bartonella
elizabethae)、格氏巴尔通体(Bartonella grahamii)、汉氏巴尔通体(猫抓热)
(Bartonella henselae(cat scratch fever))、科氏巴尔通体(Bartonella koehlerae)、鼠巴尔通体(Bartonella muris)、跳鼠巴尔通体(Bartonella peromysci)、五日热巴尔通体 (Bartonella quintana)、rochalimae 巴 尔 通 体 (Bartonella rochalimae)、
schoenbuchii巴尔通体(Bartonella schoenbuchii)、鼹巴尔通体(Bartonella talpae)、泰勒氏巴尔通体(Bartonella taylorii)、部落巴尔通体(Bartonella tribocorum)、文氏巴尔通体阿如波亚种(Bartonella vinsonii spp.Arupensis)、文氏巴尔通体伯氏亚种(Bartonella vinsonii spp.Berkhoffii)、文氏巴尔通体文氏亚种(Bartonella vinsonii spp.Vinsonii)、washoensis 巴 尔 通 体 (Bartonella washoensis)； 卡 介 苗
(BCG(BacilleCalmette-Guerin))、动物溃疡伯杰氏菌(兽伤威克菌)(Bergeyella
zoohelcum(Weeksella zoohelcum))、两歧双歧杆菌(Bifidobacterium bifidum)、芽生杆菌属(Blastobacter species)、(Blochmannia species)、博德特氏菌属(Bordetella species)：ansorpii′博得特氏菌(Bordetella ansorpii′)、鸟博得特氏菌(Bordetella avium)、支气管炎博得特氏菌(Bordetella bronchiseptica)、欣氏博德特氏菌
(Bordetella hinzii)、霍氏博得特氏菌(Bordetella holmesii)、霍氏博德特氏菌
(Bordetella parapertussis)、副 百 日 咳 博 德 特 氏 菌 (百 日 咳 )(Bordetella pertussis(WhoopingCough))、petrii博德特氏菌(Bordetella petrii)、创口博德特氏菌(Bordetella trematum)；疏螺旋体属(Borrelia species)、布氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi)、阿氏疏螺旋体(Borrelia afzelii)、鹅疏螺旋体(Borrelia anserina)、嘎氏疏螺旋体(Borreliagarinii)、瓦莱疏螺旋体(Borrelia valaisiana)、赫氏蜱疏螺旋体(Borrelia hermsii)、扁虱疏螺旋体(Borrelia Parkeri)、回归热疏螺旋体(Borrelia recurrentis)；包西氏菌属(Bosea species)、慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium species)、Brenneria菌属(Brenneria species)、布鲁氏菌属(Brucella species)：牛种布鲁氏菌(Brucella abortus)、犬种布鲁氏菌(Brucella Canis)、马尔它布鲁氏菌(Brucella
melitensis)、木鼠布鲁氏菌(Brucella neotomae)、羊布鲁氏菌(Brucella ovis)、猪布鲁氏菌(Brucella suis)、鳍脚布鲁氏菌(Brucella pinnipediae)；巴克纳氏菌属(Buchnera species)、布戴约维采菌属(Budvicia species)、伯克氏菌属(Burkholderia species)：
洋葱伯克氏菌(洋葱假单胞菌)(Burkholderia Cepacia(PseudomonasCepacia))、鼻疽伯克氏菌(鼻疽假单胞菌/(鼻疽放线杆菌)(Burkholderia mallei(Pseudomonas mallei/
Actinobacillus mallei)、类鼻疽 伯克氏菌(类 鼻疽假单胞 菌)(Burkholderia
pseudomallei(Pseudomonas pseudomallei))；布丘氏菌属(Buttiauxella species)、肉芽肿鞘杆菌(Calymmato bacterium granulomatis)、弯曲杆菌属(Campylobacter species)：
大肠弯曲杆菌(Campylobacter Coli)、简明弯曲杆菌(Campylobacter Concisus)、曲形弯曲杆菌(Campylobacter Curvus)、粪弯曲杆菌(Campylobacter fetus)、纤细弯曲杆菌(Campylobacter gracilis)、瑞士弯曲杆菌(Campylobacter helveticus)、空肠弯曲杆菌(Campylobacter hominis)、豚肠弯曲杆菌(Campylobacter hyointestinalis)、黑岛弯曲杆菌(Campylobacter insulaenigrae)、空肠弯曲杆菌(Campylobacter jejuni)、弯曲杆菌(Campylobacter lanienae)、C红嘴鸥弯曲杆菌(ampylobacter lari)、粘膜弯曲杆菌
(Campylobacter mucosalis)、直肠弯曲杆菌(Campylobacter rectus)、昭和弯曲杆菌(Campylobacter showae)、唾液弯曲杆菌(Campylobacter sputorum)、乌普萨拉弯曲杆菌(Campylobacter upsaliensis)；狗咬二氧化碳噬纤维菌(生长缓慢的发酵罐2型)
(Capnocytophaga Canimorsus(Dysgonic fermenter type2))、 棒 状 杆 菌 属
(Corynebacterium species)、人形棒状杆菌(Cardiobacterium hominis)、西地西菌属(Cedecea species)、衣原体属(Chlamydia species)：砂眼衣原体(性病淋巴肉芽肿)
(Chlamydia trachomatis(Lymphogranuloma venereum))、 衣 原 体 (Chlamydia
muridarum)、猪衣原体(Chlamydia suis)；衣原体属(Chlamydophila species)：肺炎衣原体 (Chlamydophila pneumoniae)、鹦 鹉 热 衣 原 体 ( 鹦 鹉 热 )(Chlamydophila psittaci(Psittacosis))、刚果嗜衣原体(Chlamydophila pecorum)、流产 衣原体
(Chlamydophila abortus)、猫 衣 原 体 (Chlamydophila felis)、豚 鼠 衣 原 体
(ChlamydophilaCaviae)；柠檬酸杆菌属(Citrobacter species)：非丙二酸柠檬酸杆菌(Citrobacter amalonaticus)、布氏柠檬酸杆菌(Citrobacter braakii)、法氏柠檬酸杆菌(Citrobacter farmeri)、弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacter freundii)、吉氏柠檬酸杆菌(Citrobacter gillenii)、中间柠檬酸杆菌(Citrobacter intermedius)、差别柠檬酸杆菌又称差别柠檬酸杆菌(Citrobacter koseri aka Citrobacter diversus)、莫氏柠檬酸杆菌(Citrobacter murliniae)、腐蚀柠檬酸杆菌(Citrobacter rodentium)、塞氏柠檬酸杆菌(Citrobacter sedlakii)、魏氏柠檬酸杆菌(Citrobacter werkmanii)、杨氏柠檬酸杆菌(Citrobacter youngae)；梭 菌属(Clostridium species)：肉毒杆 菌(Clostridium botulinum)、艰难梭菌(Clostridium difficile)、诺氏梭菌(Clostridium novyi)、败血梭菌(Clostridium septicum)、破伤风梭菌(破伤风)(Clostridium tetani(Tetanus))、韦氏梭菌(产荚膜梭菌)(Clostridium welchii(Clostridium perfringens))；棒杆菌属(Corynebacterium species)： 白 喉 棒 杆 菌 ( 白 喉 )(Corynebacterium
diphtheriae(Diphtheria))、无枝菌酸棒杆菌(Corynebacterium amycolatum)、水生棒杆菌(Corynebacterium aquaticum)、牛棒杆菌(Corynebacterium bovis)、马红球 菌
(Corynebacterium equi)、微黄棒杆菌(Corynebacterium flavescens)、谷氨酸棒杆菌(Corynebacterium glutamicum)、溶血隐秘棒杆菌(Corynebacterium haemolyticum)、杰氏棒杆菌(JK小组棒杆菌)(Corynebacterium jeikeiun(corynebacteria of group JK))、极小棒杆菌(红癣)(Corynebacterium minutissimum(Erythrasma))、小棒杆菌(又称为疮疱棒杆菌)(Corynebacterium parvum(Propionibacterium acnes))、假白喉棒杆菌(又称为 霍 氏 棒 杆 菌 )(Corynebacterium pseudodiptheriticum(Corynebacterium
hofmannii))、啮齿类假结核棒杆菌(又称为绵羊棒杆菌)(Corynebacterium pseudotuberculosis(Corynebacterium ovis))、化脓棒杆菌(Corynebacterium pyogenes)、解脲棒杆菌(D2小组棒杆菌)(Corynebacterium urealyticum(corynebacteria of group D2))、兔肾棒杆菌(Corynebacterium renale)、纹带棒杆菌(Corynebacterium striatum)、纤细棒杆 菌 ( 胶 群 藻 色 菌 毛 菌 病，腋 脉 毛 发 菌 病 )(Corynebacterium
tenuis(Trichomycosispalmellina，Trichomycosis axillaris))、 溃 疡 棒 杆 菌
(Corynebacterium ulcerans)、干燥棒杆菌(Corynebacterium xerosis)；伯氏立克次氏体(Q热病原体)(Coxiella burnetii(Q fever))、克洛诺菌属(Cronobacter species)：阪崎克洛诺菌(Cronobacter sakazakii)、丙二酸年轻泰坦杆菌属、苏黎世年轻泰坦杆菌属(Cronobacter turicensis)、莫氏年轻泰坦杆菌属(Cronobacter muytjensii)、都柏林年轻泰坦杆菌属(Cronobacter dublinensis)；代尔夫特食酸菌(食酸假单胞菌)(Delftia acidovorans(Comamonas acidovorans))、迪基氏菌属(Dickeyaspecies)、爱德华氏菌属(Edwardsiella species)、啮蚀艾肯菌(EikenellaCorrodens)、肠杆菌属(Enterobacter species)：产 气 肠 杆 菌(Enterobacter aerogenes)、阴 沟 肠 杆 菌 (Enterobacter Cloacae)、阪崎肠杆菌(Enterobacter sakazakii)；肠球菌属(Enterococcus species)：
鸟肠球菌(Enterococcus avium)、耐久肠球菌(Enterococcus durans)、粪肠球菌(粪链球菌/D组 链 球 菌 )(Enterococcus faecalis(Streptococcus faecalis/Streptococcus Group D))、屎肠球菌(Enterococcus faecium)、孤立肠球菌(Enterococcus solitarius)、鹑鸡肠球菌(Enterococcus galllinarum)、病臭肠球菌(Enterococcus maloratus)；恰菲埃里希氏菌(Ehrlichia Chaffeensis)、猪肝毒杆菌(Erysipelothrix rhusiopathiae)、欧文氏菌属(Erwinia species)、埃希氏菌属(Escherichia species)：非脱羧埃希氏菌
(Escherichia adecarboxylata)、albertii埃希氏菌(Escherichia albertii)、蟑螂埃希氏 菌(Escherichia blattae)、大肠 杆 菌(EscherichiaColi)、弗 洛 森 埃 希 氏 菌(Escherichia fergusonii)、赫氏埃希氏菌(Escherichia hermannii)、伤口埃希氏菌(Escherichia vulneris)；爱文氏菌属(Ewingella species)、黄杆菌属(Flavobacterium species)：水生黄杆菌(Flavobacterium aquatile)、嗜鳍黄杆菌(Flavobacterium
branchiophilum)、columnare黄 杆 菌 (FlavobacteriumColumnare)、内 海 黄 杆 菌(Flavobacterium flevense)、关德瓦纳黄杆菌(Flavobacterium gondwanense)、黄囊黄杆菌(Flavobacterium hydatis)、约氏黄杆菌(Flavobacterium johnsoniae)、噬果胶黄杆菌(Flavobacterium pectinovorum)、嗜冷黄杆菌(Flavobacterium psychrophilum)、嗜糖黄杆菌(Flavobacterium saccharophilum)、需盐黄杆菌(Flavobacterium salegens)、大菱鲆 金 黄 杆 菌(Flavobacterium scophthalmum)、琥 珀 酸 黄 杆 菌 (Flavobacterium succinans)；土拉热弗朗西丝氏菌(土拉菌病)(Francisella tularensis(Tularaemia))、新凶手弗朗西丝氏菌(Francisella novicida)、蜃楼弗朗西丝氏菌(Francisella
philomiragia)、梭杆菌属(Fusobacterium species)：坏死弗朗西丝氏菌(勒米埃综合症/坏 疽 热 死 杆 菌 )(Fusobacterium necrophorum(Lemierre syndrome/Sphaerophorus necrophorus))、具核梭杆菌(Fusobacterium nucleatum)、多态梭杆菌(Fusobacterium polymorphum)、偏磷酸四环素梭杆菌(Fusobacterium novum)、死亡梭杆菌(Fusobacterium mortiferum)、可变梭杆菌(Fusobacterium varium)；阴道加德纳氏菌(Gardnerella
vaginalis)、溶 血 奈 氏 球 菌(Gemella haemolysans)、麻 疹 孪 生 球 菌 (Gemella morbillorum) 麻 疹 微 球 菌 (Streptococcus morbillorum)、Grimontella 菌 属
(Grimontella species)、嗜血菌属(Haemophilus species)：埃及流感嗜血菌(埃及嗜血菌)(Haemophilus aegyptius(Koch-Weeks bacillus))、嗜 沫 嗜 血 菌 (Haemophilus aphrophilus)、鸟巴斯德嗜血菌(Haemophilus avium)、杜氏嗜血菌(软下 疳)
(Haemophilus ducreyi(Chancroid))、猫嗜血菌(Haemophilus felis)、溶血嗜血菌
(Haemophilus haemolyticus)、流 感 嗜 血 杆 菌 (流 感 嗜 血 杆 菌 )(Haemophilus influenzae(Pfeiffer bacillus))、副兔嗜血菌(Haemophilus paracuniculus)、副溶血嗜血菌(Haemophilus parahaemolyticus)、副流感嗜血菌(Haemophilus parainfluenzae)、副嗜沫嗜血菌(副嗜沫嗜血菌)(Haemophilus paraphrophilus(Aggregatibacter
aphrophilus))、百 日 咳 嗜 血 菌(Haemophilus pertussis)、pittmaniae 嗜 血 菌(Haemophilus pittmaniae)、睡 眠 嗜 血 菌(Haemophilus somnus)、阴 道 嗜 血 菌(Haemophilus vaginalis)；哈夫尼菌属(Hafnia species)、蜂房哈夫尼菌(Hafnia
alvei)、螺杆菌属(Helicobacter species)：猎豹螺杆菌(Helicobacter acinonychis)、鹅螺杆菌(Helicobacter anseris)、金仓鼠螺杆菌(Helicobacter aurati)、胆汁螺杆菌(Helicobacter bilis)、毕氏螺杆菌(Helicobacter bizzozeronii)、加拿大鹅螺杆菌(Helicobacter brantae)、加拿 大螺杆菌(Helicobacter Canadensis)、犬螺杆 菌
(Helicobacter Canis)、胆囊螺杆菌(Helicobacter Cholecystus)、同性恋螺杆菌
(Helicobacter Cinaedi)、胃 螺 杆 菌(Helicobacter Cynogastricus)、猫 螺 杆 菌(Helicobacter felis)、芬纳尔螺杆菌(Helicobacter fennelliae)、蛇形螺杆菌
(Helicobacter ganmani)、海尔曼螺杆菌(人型gastrospirillum)(Helicobacterheilmannii(Gastrospirillum hominis))、螺 杆 菌(Helicobacter hepaticus)、肝 螺 杆 菌(Helicobacter mesocricetorum)、幽门螺杆菌旱獭属(Helicobacter marmotae)、小家鼠螺杆菌(Helicobacter muridarum)、鼬鼠螺杆菌(Helicobacter mustelae)、帕美特螺杆菌(Helicobacter pametensis)、胃肠炎螺杆菌(Helicobacter pullorum)、幽门螺杆菌(胃溃 疡)(Helicobacter pylori(stomach ulcer))、芜菁 幽 门 螺 杆菌 (Helicobacter rappini)、啮齿幽门螺杆菌(Helicobacter rodentium)、扎氏螺杆菌(Helicobacter
salomonis)、龋 齿 螺 杆 菌 (Helicobacter trogontum)、typhlonius幽 门 螺 杆 菌(Helicobacter typhlonius)、winghamensis幽门螺杆菌(Helicobacter winghamensis)；
人粒细胞埃立克体病(嗜吞噬细胞无形体/人粒细胞埃立克体)(Human granulocytic
ehrlichiosis(Anaplasma phagocytophilum/Ehrlichia phagocytophila))、 人 类
monocytotropic埃立克体病(单核细胞埃立克体病/查菲埃立克体)(Human
monocytotropic ehrlichiosis(Monocytic ehrlichiosis/Ehrlichia Chaffeensis))、克雷伯菌属(Klebsiella species)：肉芽肿克雷伯氏菌(肉芽肿肉芽肿荚膜杆菌)
(Klebsiella granulomatis(Calymmato bacterium granulomatis)、活动克雷伯氏菌
(Klebsiella mobilis)、解鸟氨酸克雷伯氏菌(Klebsiella ornithinolytica)、产酸克雷伯氏菌(Klebsiella oxytoca)、臭鼻克雷伯氏菌(Klebsiella ozaenae)、植生克雷伯氏菌(Klebsiella planticola)、肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)、鼻硬结肺炎克雷伯 氏 菌 (Klebsiella rhinoscleromatis)、新 加 波 克 雷 伯 氏 菌(Klebsiella singaporensis)、土生克雷伯氏菌(Klebsiella terrigena)、植生克雷伯氏菌(Klebsiella trevisanii)、Klebsiella variicola；金氏金氏菌(Kingella kingae)、克吕沃尔氏菌属(Kluyvera species)、乳酸杆菌属(Lactobacillus species)：耐酸乳杆菌(Lactobacillus acetotolerans)、acidifarinae乳杆菌(Lactobacillus acidifarinae)、马里乳杆菌
(Lactobacillus acidipiscis)、嗜 酸 乳 杆 菌(德 得 来 因 杆 菌 )(Lactobacillus acidophilus(Doderlein bacillus))、敏捷乳杆菌(Lactobacillus agilis)、食品乳杆菌(Lactobacillus algidus)、消化乳杆菌(Lactobacillus alimentarius)、溶淀粉乳杆菌(Lactobacillus amylolyticus)、嗜淀粉乳杆菌(Lactobacillus amylophilus)、嗜淀粉乳杆菌(Lactobacillus amylotrophicus)、食淀粉乳杆菌(Lactobacillus amylovorus)、动物乳杆菌(Lactobacillus animalis)、安德里乳杆菌(Lactobacillus antri)、apodemi乳杆菌(Lactobacillus apodemi)、鸟乳杆菌(Lactobacillus aviarius)、双发酵乳杆菌(Lactobacillus bifermentans)、短乳杆菌(Lactobacillus brevis)、布氏乳 杆菌
(Lactobacillus buchneri)、乳杆 菌 病(Lactobacillus Camelliae)、干酪 乳 杆 菌(Lactobacillus Casei)、链 状乳 杆菌(LactobacillusCatenaformis)、ceti 乳杆 菌(LactobacillusCeti)、人型乳杆菌(LactobacillusColeohominis)、丘状菌落乳杆菌
(Lactobacillus Collinoide)、堆肥化处理乳酸菌(Lactobacillus Composti)、弧形乳杆菌(Lactobacillus Concavus)、棒状乳杆菌(Lactobacillus Coryniformis)、卷状乳杆菌(Lactobacillus Crispatus)、面包乳杆菌(Lactobacillus Crustorum)、弯曲乳杆菌
(Lactobacillus Curvatus)、德氏乳酸杆菌(Lactobacillus delbrueckii)、德氏乳杆菌保加利亚亚种(Lactobacillus delbrueckii subsp.Bulgaricus)、德氏乳杆菌球菌亚种
(Lactobacillus delbrueckii subsp.Lactis)、diolivorans 乳 杆 菌 (Lactobacillus diolivorans)、小 马 乳 杆 菌(Lactobacillus equi)、马 乳 杆 菌 (Lactobacillus equigenerosi)、farraginis乳 杆 菌 (Lactobacillus farraginis)、香 肠 乳 杆 菌(Lactobacillus farciminis)、发酵性乳杆菌(Lactobacillus fermentum)、fornicalis乳杆菌(Lactobacillus fornicalis)、食果糖乳杆菌(Lactobacillus fructivorans)、
frumenti乳杆菌(Lactobacillus frumenti)、果糖乳杆菌(Lactobacillus fuchuensis)、鸡乳杆菌(Lactobacillus gallinarum)、戈氏乳杆菌(Lactobacillus gasseri)、胃乳杆菌(Lactobacillus gastricus)、ghanensis乳杆菌(Lactobacillus ghanensis)、草乳杆菌(Lactobacillus graminis)、hammesii乳杆菌(Lactobacillus hammesii)、哈氏乳杆菌(Lactobacillus hamsteri)、harbinensis 乳 杆 菌 (Lactobacillus harbinensis)、hayakitensis乳杆菌(Lactobacillus hayakitensis)、瑞士乳杆菌(Lactobacillus
helveticus)、希氏乳杆菌(Lactobacillus hilgardii)、同型腐酒乳杆菌(Lactobacillus homohiochii)、惰性乳杆菌(Lactobacillus iners)、ingluviei乳杆菌(Lactobacillus ingluviei)、肠乳杆菌(Lactobacillus intestinalis)、詹氏乳杆菌(Lactobacillus j ensenii)、约氏乳杆菌(Lactobacillus j ohnsonii)、kalixensis乳杆菌(Lactobacillus kalixensis)、马乳酒样乳杆菌(Lactobacillus kefiranofaciens)、高加索酸奶乳杆菌(Lactobacillus kefiri)、韩泡菜乳杆菌(Lactobacillus kimchii)、kitasatonis乳杆菌(Lactobacillus kitasatonis)、kunkeei乳杆菌(Lactobacillus kunkeei)、德氏乳杆菌亚种(Lactobacillus leichmannii)、林氏乳杆菌(Lactobacillus lindneri)、坏发酵乳杆菌(Lactobacillus malefermentans)、马里乳杆菌(Lactobacillus mali)、manihotivorans乳 杆 菌 (Lactobacillus manihotivorans)、mindensis 乳 杆 菌 (Lactobacillus mindensis)、粘 膜 乳杆 菌 (Lactobacillus muco sae)、鼠乳 杆 菌 (Lactobacillus murinus)、nagelii乳杆菌(Lactobacillus nagelii)、namurensis乳杆菌(Lactobacillus namurensis)、nantensis 乳 杆 菌 (Lactobacillus nantensis)、少 发 酵 乳 杆 菌(Lactobacillus oligofermentans)、口乳杆菌(Lactobacillus oris)、面包乳杆菌
(Lactobacillus panis)、pantheris乳杆菌(Lactobacillus pantheris)、parabrevis乳杆菌(Lactobacillus parabrevis)、类布氏乳杆菌(Lactobacillus parabuchneri)、
paracollinoides乳杆菌(Lactobacillus paracollinoides)、parafarraginis乳杆菌
(Lactobacillus parafarraginis)、类高加索酸奶乳杆菌(Lactobacillus parakefiri)、paralimentarius 乳 杆 菌 (Lactobacillus paralimentarius)、 植 物 乳 杆 菌
(Lactobacillus paraplantarum)、戊糖乳杆菌(Lactobacillus pentosus)、腐卵乳杆菌(Lactobacillus perolens)、植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)、鹦鹉热乳杆菌(Lactobacillus psittaci)、凝乳酶乳酸杆菌(Lactobacillus rennini)、路氏乳杆菌(Lactobacillus reuteri)、鼠李糖乳杆菌(Lactobacillus rhamnosus)、裂乳杆菌
(Lactobacillus rimae)、罗 氏 乳 杆 菌(Lactobacillus rogosae)、rossiae 乳 杆 菌(Lactobacillus rossiae)、瘤胃乳杆菌(Lactobacillus ruminis)、saerimneri乳杆菌(Lactobacillus saerimneri)、清酒 乳杆菌(Lactobacillus sakei)、唾 液乳杆 菌
(Lactobacillus salivarius)、sanfranciscensis 乳 杆 菌 (Lactobacillus
sanfranciscensis)、satsumensis乳杆菌(Lactobacillus satsumensis)、旧金山乳杆菌(Lactobacillus secaliphilus)、沙氏乳杆菌(Lactobacillus sharpeae)、siliginis乳杆菌(Lactobacillus siliginis)、spicheri乳杆菌(Lactobacillus spicheri)、猪双臼乳杆 菌 (Lactobacillus suebicus)、泰 国 乳 杆 菌 (Lactobacillus thailandensis)、ultunensis乳 杆 菌(Lactobacillus ultunensis)、牛 痘 乳 杆 菌 (Lactobacillus vaccinostercus)、阴道乳杆菌(Lactobacillus vaginalis)、versmoldensis乳杆菌
(Lactobacillus versmoldensis)、嗜葡萄酒乳杆菌(Lactobacillus vini)、犊乳杆菌(Lactobacillus vitulinus)、玉 米 乳 杆 菌(Lactobacillus zeae)、zymae 乳 杆 菌(Lactobacillus zymae)；勒克氏菌属(Leclercia species)、军团菌属(Legionella
species)：阿 德 莱 德 军 团 菌 (Legionella adelaidensis)、茴 芹 军 团 菌
(Legionellaanisa)、贝尔亚德军团菌(Legionella beliardensis)、伯明翰军团菌
(Legionella birminghamensis)、博氏军团菌(Legionella bozemanii)、布吕嫩军团菌(Legionella brunensis)、釜 山 军 团 菌(Legionella busanensis)、彻 氏 军 团 菌(LegionellaCherrii)、辛辛那提军团菌(LegionellaCincinnatiensis)、donaldsonii军团菌(Legionella donaldsonii)、德氏军团菌(Legionella drancourtii)、德罗氏军团菌(Legionella drozanskii)、艾 斯 特 军 团菌 (Legionella erythra)、费 氏 军 团 菌(Legionella fairfieldensis)、军团菌(Legionella fallonii)、菲氏军团菌(Legionella feeleii)、吉斯特军团菌(Legionella geestiana)、军团菌基因组种(Legionella
genomospecies)、戈拉提阿纳军团菌(Legionella gratiana)、戈里希尔军团菌
(Legionella gresilensis)、哈 氏 军 团 菌(Legionella hackeliae)、填 土 军 团 菌(Legionella impletisoli)、以色列军团菌(Legionella israelensis)、詹姆斯敦军团菌(Legionella jamestowniensis)、Candidatus Legionella jeonii、约 旦 军 团 菌
(Legionella jordanis)、兰斯格军团菌(Legionella lansingensis)、伦敦军团菌
(Legionella londiniensis)、长滩军团菌(Legionella longbeachae)、溶解军团菌
(Legionella lytica)、梅氏塔特洛克氏菌(Legionella maceachernii)、麦氏军团菌
(Legionella micdadei)、摩拉维采军团菌(Legionella moravica)、水手 军团菌
(Legionella nautarum)、橡树岭军团菌(Legionella oakridgensis)、巴黎军团菌
(Legionella parisiensis)、侵肺军团菌(Legionella pneumophila)、考特拉军团菌
(Legionella quateirensis)、昆里万军团菌(Legionella quinlivanii)、rowbothamii军团菌(Legionella rowbothamii)、红光军团菌(Legionella rubrilucens)、赫伦荒原军团菌(Legionella sainthelensi)、卫生十字军团菌(Legionella santicrucis)、沙氏军团菌(Legionella shakespearei)、斯皮里特湖军团菌(Legionella spiritensis)、施氏军团菌(Legionella steigerwaltii)、都灵军团菌(Legionella taurinensis)、图森军团菌
(Legionella tucsonensis)、沃氏军团菌(Legionella wadsworthii)、瓦氏军团菌
(Legionella waltersii)、沃斯利军团菌(Legionella worsleiensis)、薮内军团菌
(Legionella yabuuchiae)；勒米诺氏菌属(Leminorella species)、钩端螺旋体属
(Leptospira species)：问号钩端螺旋体(Leptospira interrogans)、科氏钩端螺旋体(Leptospira kirschneri)、类黄疸性钩端螺旋体(Leptospira noguchii)、亚历山大钩端螺旋体(Leptospira alexanderi)、韦氏钩端螺旋体(Leptospira weilii)、钩端螺旋体基因组种1(Leptospira genomospecies1)、博氏钩端螺旋体(Leptospira borgpetersenii)、圣地罗斯钩端螺旋体(Leptospira santarosai)、稻田钩端螺旋体(Leptospira inadai)、芬氏钩端螺旋体(Leptospira fainei)、布鲁姆钩端螺旋体(Leptospira broomii)、钩端螺旋体(Leptospira licerasiae)、双曲钩端螺旋体(Leptospira biflexa)、迈耶钩端螺旋体(Leptospira meyeri)、钩端螺旋体(Leptospira wolbachii)、钩端螺旋体基因组种
3(Leptospira genomospecies3)、钩端螺旋体基因组种4(Leptospira genomospecies4)、钩端螺旋体基因组种5(Leptospira genomospecies5)；瘤型麻风(Danielssen-Boeck病)(Lepromatous leprosy(Danielssen-Boeck disease))、 钩 端 螺 旋 体
(LeptospiraCanicola)、钩端螺旋体(Leptospira hebdomadis)、细螺旋体病(韦尔病/出血性黄疸钩端螺旋体/黄疸出血群赖型钩端螺旋体)(Leptospirosis(Weil disease/
Leptospira icterohaemorrhagiae/Leptospira interrogans serovar
icterohaemorrhagiae))、纤毛菌属(Leptotrichia)、无色藻菌属(Leuconostoc species)：
肉色无色藻菌(Leuconostoc Carnosum)、柠檬无色藻菌(LeuconostocCitreum)、榴莲无色藻菌(Leuconostoc durionis)、谲诈无色藻菌(Leuconostoc fallax)、无花果无色藻菌(Leuconostoc ficulneum)、果糖无色藻菌(Leuconostoc fructosum)、garlicum无色藻菌(Leuconostoc garlicum)、酸败气无色藻菌(Leuconostoc gasicomitatum)、硬无色藻菌(Leuconostoc gelidum)、银海无色藻菌(Leuconostoc inhae)、韩泡菜无色藻菌
(Leuconostoc kimchii)、乳无色藻菌(Leuconostoc lactis)、肠膜无色藻菌(Leuconostoc mesenteroides)、假无色藻菌(Leuconostoc pseudoficulneum)、假肠膜无色藻菌
(Leuconostoc pseudomesenteroides)；利斯特氏菌属(Listeria species)：格氏利斯特氏菌(Listeria grayi)、无害利斯特氏菌(Listeria innocua)、伊氏利斯特氏菌
(Listeria ivanovii)、单 核 细 胞 增 生利 斯 特 氏 菌(李 斯 特 菌病 )(Listeria monocytogenes(Listeriosis))、斯氏利斯特氏菌(Listeria seeligeri)、威氏利斯特氏菌(Listeria welshimeri)；甲烷杆菌(Methanobacterium extroquens)、多形微杆菌
(Microbacterium multiforme)、微 球 菌 属(Micrococcus species)：蝰 蛇 微 球 菌(Micrococcus antarcticus)、黄 色 微 球 菌(Micrococcus flavus)、藤 黄 微 球 菌(Micrococcus luteus)、里拉微球菌(Micrococcus lylae)、粘膜微球菌(Micrococcus mucilaginosis)、玫瑰色微球菌(Micrococcus roseus)、栖息微球菌(Micrococcus
sedentarius)；动弯杆菌属(Mobiluncus)、米勒氏菌属(Moellerella species)、摩根氏菌属(Morganella species)、莫拉氏菌属(Moraxella species)：亚特兰大莫拉氏菌
(Moraxella atlantae)、鲍氏莫拉氏菌(Moraxella boevrei)、牛莫拉氏菌(Moraxella bovis)、犬莫拉氏菌(Moraxella Canis)、山羊莫拉氏菌(Moraxella Caprae)、粘膜炎莫拉氏菌(粘膜炎布兰汉球菌)(Moraxella Catarrhalis(Branhamella Catarrhalis))、豚鼠莫拉氏菌(Moraxella Caviae)、兔莫拉氏菌(Moraxella Cuniculi)、小马莫拉氏菌
(Moraxella equi)、腔隙莫拉氏菌(Moraxella lacunata)、林氏莫拉氏菌(Moraxella lincolnii)、不液化莫拉氏菌(Moraxella nonliquefaciens)、椭圆莫拉氏菌(Moraxella oblonga)、奥斯陆莫拉氏菌(Moraxella osloensis)、解糖莫 拉氏菌(Moraxella
saccharolytica)；摩 氏 摩 根 莫 拉 氏 菌 (Morganella morganii)、分 枝 杆 菌 属(Mycobacterium species)：脓肿分枝杆菌(Mycobacterium abscessus)、非洲分枝杆菌(Mycobacterium africanum)、田野分枝杆菌(Mycobacterium agri)、爱知分枝杆菌
(Mycobacterium aichiense)、蜂房分枝杆菌(Mycobacterium alvei)、临床病例所分枝杆菌(Mycobacterium arupense)、亚洲分枝杆菌(Mycobacterium asiaticum)、分枝杆菌(Mycobacterium aubagnense)、金色分枝杆菌(Mycobacterium aurum)、南非分枝杆菌(Mycobacterium austroafricanum)、贪食分枝杆菌(巴蒂病/温德米尔夫人综合征)
(Mycobacterium avium(Battey disease/Lady Windermere syndrome))、鸟分枝杆菌副结核亚种 (在人类 克罗恩 病和 绵羊副 结核病 中存 在)(Mycobacterium avium
paratuberculosis)、鸟分枝杆菌森林土壤亚种(Mycobacterium avium silvaticum)、鸟分枝杆菌人猪亚种(Mycobacterium avium″hominissuis″)、哥伦比亚分枝杆菌
(Mycobacterium Colombiense)、波氏分枝杆菌(Mycobacterium boenickei)、波西米亚高地分枝杆菌(Mycobacterium bohemicum)、博氏分枝杆菌(Mycobacterium bolletii)、波特尼亚分枝杆菌(Mycobacterium botniense)、牛分枝杆菌(牛结核病)(Mycobacterium
bovis(Bovine tuberculosis))、德氏分枝杆菌(Mycobacterium branderi)、分枝杆菌(Mycobacterium brisbanense)、冬天分枝杆菌(Mycobacterium brumae)、加那利群岛分枝杆菌(Mycobacterium Canariasense)、山羊分枝杆菌(Mycobacterium Caprae)、隐蔽分枝杆菌(Mycobacterium Celatum)、龟分枝杆菌(Mycobacterium Chelonae)、嵌合体的分枝杆菌(Mycobacterium Chimaera)、干田分枝杆菌(Mycobacterium Chitae)、氯酚红分枝杆菌(Mycobacterium Chlorophenolicum)、楚布分枝杆菌(Mycobacterium Chubuense)、出众分枝杆菌(Mycobacterium Conceptionense)、汇合分枝杆菌(Mycobacterium Confluentis)、可见分枝杆菌(Mycobacterium Conspicuum)、库氏分枝杆菌(Mycobacterium Cookii)、美容 品 分 枝 杆 菌 (Mycobacterium Cosmeticum)、迪 氏 分 枝 杆 菌 (M ycobacterium diernhoferi)、安科纳分枝杆菌(Mycobacterium doricum)、杜氏分枝杆菌(Mycobacterium duvalii)、象分枝杆菌(Mycobacterium elephantis)、诡诈分枝杆菌(Mycobacterium fallax)、产鼻疽分枝杆菌(Mycobacterium farcinogenes)、微黄分枝杆菌(Mycobacterium flavescens)、佛罗伦萨分枝杆菌(Mycobacterium florentinum)、食荧蒽分枝杆菌
(Mycobacterium fluoroanthenivorans)、偶发分枝杆菌(Mycobacterium fortuitum)、偶发分枝杆菌解乙酰氨亚种(Mycobacterium fortuitum subsp.Acetamidolyticum)、腓特烈斯堡分枝杆菌(Mycobacterium frederiksbergense)、加地斯分枝杆菌(Mycobacterium gadium)、胃分枝杆菌(Mycobacterium gastri)、日内瓦分枝杆菌(Mycobacterium
genavense)、浅黄分枝杆菌(Mycobacterium gilvum)、古地分枝杆菌(Mycobacterium goodii)、戈登分枝杆菌(戈氏分枝杆菌)(Mycobacterium gordonae(Mycobacterium
aquae))、嗜血分枝杆菌(Mycobacterium haemophilum)、黑森分枝杆菌(Mycobacterium hassiacum)、柏林半岛分枝杆菌(Mycobacterium heckeshornense)、海德尔贝格分枝杆菌(Mycobacterium heidelbergense)、爱尔兰分枝杆菌(Mycobacterium hiberniae)、霍氏分枝杆菌(Mycobacterium hodleri)、荷尔斯泰因分枝杆菌(Mycobacterium holsaticum)、休斯顿分枝杆菌(Mycobacterium houstonense)、免疫应答分枝杆菌(Mycobacterium
immunogenum)、中 庸 分 枝 杆 菌(Mycobacterium interj ectum)、中 间 分 枝 杆 菌(Mycobacterium intermedium)、胞内分枝杆菌(Mycobacterium intracellulare)、堪萨斯分枝杆菌(Mycobacterium kansasii)、科莫斯分枝杆菌(Mycobacterium komossense)、库比 尔 分 枝 杆 菌(Mycobacterium kubicae)、熊 本 分 枝 杆 菌 (Mycobacterium kumamotonense)、拉 克丝 分 枝 杆 菌(Mycobacterium lacus)、慢 生 黄 分 枝 杆 菌(Mycobacterium lentiflavum)、引起麻疯病或者汉森病/麻风的麻疯分枝杆菌
(Mycobacterium leprae)、鼠麻疯分枝杆菌(Mycobacterium lepraemurium)、马达加斯加分枝 杆 菌(Mycobacterium madagascariense)、马 德 里分 枝 杆菌 (Mycobacterium mageritense)、玛尔摩分枝杆菌(Mycobacterium malmoense)、瘰疠分枝杆菌(鱼缸肉芽肿)(Mycobacterium marinum(Fish tank granuloma))、马赛分枝杆菌(Mycobacterium massiliense)、田鼠分枝杆菌(Mycobacterium microti)、莫娜分枝杆菌(Mycobacterium monacense)、蒙特医学中心分枝杆菌(Mycobacterium montefiorense)、莫里奥卡分枝杆菌(Mycobacterium moriokaense)、产粘液分枝杆菌(Mycobacterium mucogenicum)、壁分枝杆菌(Mycobacterium murale)、内布拉斯加分枝杆菌(Mycobacterium nebraskense)、新金色 分 枝 杆 菌 (Mycobacterium neoaurum)、新 奥 尔 良 分 枝 杆 菌 (Mycobacterium neworleansense)、无色分枝杆菌(Mycobacterium nonchromogenicum)、新城分枝杆菌(Mycobacterium novocastrense)、奥布分枝杆菌(Mycobacterium obuense)、沼泽分枝杆菌(Mycobacterium palustre)、副偶然分枝杆菌(Mycobacterium parafortuitum)、副瘰疬分枝杆菌(Mycobacterium parascrofulaceum)、帕尔门塞分枝杆菌(Mycobacterium
parmense)、外来分枝杆菌(Mycobacterium peregrinum)、草分枝杆菌(Mycobacterium phlei)、弗卡 分枝杆菌 (Mycobacterium phocaicum)、鳍脚亚 目动物 分枝杆 菌
(Mycobacterium pinnipedii)、猪分枝杆菌(Mycobacterium porcinum)、多孔分枝杆菌(Mycobacterium poriferae)、假分枝杆菌(Mycobacterium pseudoshottsii)、灰尘分枝杆菌(Mycobacterium pulveris)、耐寒分枝杆菌(Mycobacterium psychrotolerans)、食芘分枝杆菌(Mycobacterium pyrenivorans)、罗德岛分枝杆菌(Mycobacterium rhodesiae)、萨斯喀彻温分枝杆菌(Mycobacterium saskatchewanense)、瘰疠分枝杆菌(Mycobacterium scrofulaceum)、塞内加尔分枝杆菌(Mycobacterium senegalense)、首尔分枝杆菌
(Mycobacterium seoulense)、败血分枝杆菌(Mycobacterium septicum)、石氏分枝杆菌(Mycobacterium shimoidei)、石氏分枝杆菌(Mycobacterium shottsii)、猴分枝杆菌(Mycobacterium simiae)、包皮垢分枝杆菌(Mycobacterium smegmatis)、泥炭藓分枝杆菌(Mycobacterium sphagni)、苏加分枝杆菌(Mycobacterium szulgai)、土分枝杆菌
(Mycobacterium terrae)、抗热分枝杆菌(Mycobacterium thermoresistibile)、东海分枝杆菌(Mycobacteriumtokaiense)、三联结核分枝杆菌(Mycobacterium triplex)、次要分枝杆菌(Mycobacterium triviale)、结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)(主要引起人类结核病)、牛分枝杆菌(Mycobacterium bovis)、非洲分枝杆菌(Mycobacterium africanum)、卡内蒂分枝杆菌(Mycobacterium Canetti)、山羊分枝杆菌(Mycobacterium Caprae)、鳍脚亚目动物’分枝杆菌(Mycobacterium pinnipedii′)、托斯卡纳分枝杆菌(Mycobacterium tusciae)、溃疡分枝杆菌(Mycobacterium ulcerans)(引起拜恩斯代尔溃疡/布 路 里 溃 疡(causes Bairnsdale ulcer/Buruli ulcer))、母 牛 分 枝 杆 菌(Mycobacterium vaccae)、vanbaalenii分枝杆菌(Mycobacterium vanbaalenii)、沃氏分枝杆菌(Mycobacterium wolinskyi)、蟾蜍分枝杆菌(Mycobacterium xenopi)；枝原体属(Mycoplasma species)：发 酵 枝 原体 (Mycoplasma fermentans)、生 殖 道 枝 原 体(Mycoplasma genitalium)、人型枝原体(Mycoplasma hominis)、穿透枝原体(Mycoplasma penetrans)、海豹脑枝原体(Mycoplasma phocacerebrale)、肺炎枝原体(Mycoplasma pneumoniae)、钩端螺旋体病(七日热/七日热钩端螺旋体病)(Nanukayami(Seven-day
fever/Gikiyami))、奈瑟氏菌属(Neisseria species)：淋病奈瑟氏球菌(淋菌/淋病)
(Neisseria gonorrhoea(Gonococcus/Gonorrhea))、脑膜炎奈瑟氏菌(脑膜炎球菌)
(Neisseria meningiditis(Meningococcus))、干燥奈瑟氏菌(Neisseria sicca)、灰色奈瑟氏菌(NeisseriaCinerea)、延长奈瑟氏菌(Neisseria elongata)、浅黄奈瑟氏菌
(Neisseria flavescens)、乳糖奈瑟氏菌(Neisseria lactamica)、粘液奈瑟氏菌
(Neisseria mucosa)、多糖奈瑟氏菌(Neisseria polysaccharea)、微黄奈瑟氏菌
(Neisseria subflava)；硝化杆菌属(Nitrobacter species)、诺卡氏菌属(Nocardia species)：星 形 诺 卡 氏 菌(Nocardia asteroides)、巴 西 诺 卡 氏 菌 (Nocardia brasiliensis)、豚鼠诺卡氏菌(NocardiaCaviae)；坏疽性口炎(口腔坏疽性溃疡/坏疽性口炎)(Noma(cancrum oris/gangrenous stomatitis))、胖杆菌属(Obesumbacterium)、寡养菌属(Oligotropha species)、恙虫病(恙虫病)(Orientia tsutsugamushi(Scrub
typhus))、产甲酸草酸杆菌(Oxalobacter formigenes)、泛菌属(Pantoea species)：成团泛 菌 (Pantoea agglomerans)、菠 萝 泛 菌 (Pantoea ananatis)、柠 檬 泛 菌
(PantoeaCitrea)、分散泛菌(Pantoea dispersa)、斑点泛菌(Pantoea punctata)、斯氏泛菌(Pantoea stewartii)、土壤泛菌(Pantoea terrea)；巴斯德氏菌属(Pasteurella
species)：产气巴斯德氏菌(Pasteurella aerogenes)、鸭巴斯德氏菌(Pasteurella
anatis)、鸟巴斯德氏菌(Pasteurella avium)、贝氏巴斯德氏菌(Pasteurella bettyae)、马巴斯德氏菌(PasteurellaCaballi)、犬巴斯德氏菌(PasteurellaCanis)、达可马巴斯德氏菌(Pasteurella dagmatis)、杀鸡巴斯德氏菌(Pasteurella gallicida)、鸡巴斯德氏菌(Pasteurella gallinarum)、肉 芽 肿 巴 斯 德 氏 菌 (Pasteurella granulomatis)、langaaensis巴 斯 德 氏 菌(Pasteurella langaaensis)、淋 巴 管 炎 巴 斯 德 氏 菌(Pasteurella lymphangitidis)、麦氏巴斯德氏菌(Pasteurella mairii)、多杀巴斯德氏菌(Pasteurella multocida)、侵肺巴斯德氏菌(Pasteurella pneumotropica)、斯凯岛巴斯德氏菌(Pasteurella skyensis)、口巴斯德氏菌(Pasteurella stomatis)、龟巴斯德氏菌(Pasteurella testudinis)、海藻巴斯德氏菌(Pasteurella trehalosi)、土拉热弗朗西斯菌(Pasteurella tularensis)、脲巴斯德氏菌(Pasteurella ureae)、飞禽巴斯德氏菌(Pasteurella volantium)；片球菌属(Pediococcus species)：乳酸片球菌(Pediococcus acidilactici)、酒窖片球菌(PediococcusCellicola)、片球菌(PediococcusClaussenii)、有害片球菌(Pediococcus damnosus)、糊精片球菌(Pediococcus dextrinicus)、耐乙酸片球菌(Pediococcus ethanolidurans)、意外片球菌(Pediococcus inopinatus)、小片球菌(Pediococcus parvulus)、戊糖 片球菌(Pediococcus pentosaceus)、斯 氏片球 菌
(Pediococcus stilesii)；消化链球菌属(Peptostreptococcus species)：厌氧消化链球菌(Peptostreptococcus anaerobius)、不 解 糖 消 化 链 球 菌 (Peptostreptococcus asaccharolyticus)、海氏消化链球菌(Peptostreptococcus harei)、氢消化链球菌
(Peptostreptococcus hydrogenalis)、产 吲 哚 消 化 链 球 菌 (Peptostreptococcus indoliticus)、艾氏消化链球菌(Peptostreptococcus ivorii)、人眼消化链球菌
(Peptostreptococcus lacrimalis)、解 乳 消 化 链 球 菌 (Peptostreptococcus
lactolyticus)、大消化链球菌(Peptostreptococcus magnus)、微小消化链球菌
(Peptostreptococcus micros)、奥克塔维厄斯消化链球菌 (Peptostreptococcus
octavius)、普氏消化链球菌(Peptostreptococcus prevotii)、四联消化链球菌
(Peptostreptococcus tetradius)、阴道消化链球菌(Peptostreptococcus vaginalis)；
光杆状菌属(Photorhabdus species)、Photorhizobium菌属(Photorhizobium species)、类志贺毗邻单胞菌(Plesiomonas shigelloides)、牙龈卟啉单胞菌(Porphyromonas
gingivalis)、布拉格菌属(Pragia species)、普雷沃(Prevotella)、痤疮丙酸杆菌属(Propionibacterium species)：痤疮丙酸杆菌(Propionibacterium acnes)、丙酸丙酸杆菌(Propionibacterium propionicus)；变形杆菌属(Proteus species)：奇异变形杆菌(Proteus mirabilis)、摩根氏变形杆菌(Proteus morganii)、羽状变形菌(Proteus
penneri)、雷特格氏变形杆菌(Proteus rettgeri)、普通变形杆菌(Proteus vulgaris)；
普 罗威 登 斯 菌 属(Providencia species)：弗 氏 普 罗威 登 斯 菌(Providencia friedericiana)、斯氏普罗威登斯菌(Providencia stuartii)；假单胞菌属(Pseudomonas species)：铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)、产碱假单胞菌(Pseudomonas
alcaligenes)、病鳝假单胞菌(Pseudomonas anguilliseptica)、阿根廷假单胞菌
(Pseudomonas argentinensis)、烂泥假单胞菌(Pseudomonas borbori)、香茅醇假单胞菌(PseudomonasCitronellolis)、变绿假单胞菌(Pseudomonas flavescens)、门多萨假单胞菌(Pseudomonas mendocina)、硝基还原假单胞菌(Pseudomonas nitroreducens)、食油假单胞菌(Pseudomonas oleovorans)、类产碱假单胞菌(Pseudomonas pseudoalcaligenes)、食树脂假单胞菌(Pseudomonas resinovorans)、稻草假单胞菌(Pseudomonas straminea)、桔 黄 假 单 胞 菌 (Pseudomonas aurantiaca)、致 金 色 假 单 胞 菌 (Pseudomonas aureofaciens)、绿针假单胞菌(Pseudomonas Chlororaphis)、莓实假单胞菌(Pseudomonas fragi)、隆德 假单 胞菌(Pseudomonas lundensis)、腐臭假 单胞菌 (Pseudomonas
taetrolens)、南极洲假单胞菌(Pseudomonas Antarctica)、产氮假单胞菌(Pseudomonas azotoformans)、油 菜 假 单胞 菌(Pseudomonas brassicacearum)、布 氏假 单 胞 菌(Pseudomonas brenneri)、松柏假单胞菌(Pseudomonas Cedrina)、皱纹假单胞菌
(Pseudomonas Corrugate)、荧光假单胞菌(Pseudomonas fluorescens)、盖氏假单胞菌(Pseudomonas gessardii)、黎巴嫩假单胞菌(Pseudomonas libanensis)、孟氏假单胞菌(Pseudomonas mandelii)、边缘假单胞菌(Pseudomonas marginalis)、地中海假单胞菌(Pseudomonas mediterranea)、子午线假单胞菌(Pseudomonas meridiana)、米氏假单胞菌(Pseudomonas migulae)、霉味假单胞菌(Pseudomonas mucidolens)、侧柏假单胞菌
(Pseudomonas orientalis)、人参假单胞菌(Pseudomonas panacis)、proteolytica假单胞菌(Pseudomonas proteolytica)、罗氏假单胞菌(Pseudomonasrhodesiae)、类黄假单胞菌(P seudomonas synxantha)、thivervalensis假单胞菌(Pseudomonas thivervalensis)、蘑菇褐斑病假单胞菌(Pseudomonas tolaasii)、韦龙氏假单胞菌(Pseudomonas veronii)、脱 氮假 单 胞 菌(Pseudomonas denitrificans)、百 日 咳 假 单胞 菌 (Pseudomonas pertucinogena)、乳脂色假单胞菌(PseudomonasCremoricolorata)、黄褐假单胞菌
(Pseudomonas fulva)、蒙氏假单胞菌(Pseudomonas monteilii)、摩氏假单胞 菌
(Pseudomonas mosselii)、稻皮假单胞菌(Pseudomonas oryzihabitans)、副黄假单胞菌(Pseudomonas parafulva)、香鱼假单胞菌(Pseudomonas plecoglossicida)、恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida)、巴利阿里假单胞菌(Pseudomonas balearica)、浅黄金色单胞菌(Pseudomonas luteola)、施氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri)、扁桃假单胞菌
(Pseudomonas amygdale)、榛色假单胞菌(Pseudomonas avellanae)、番木瓜假单胞菌(Pseudomonas Caricapapayae)、菊苣假单胞菌(PseudomonasCichorii)、晕斑假单胞菌绛红变种(PseudomonasCoronafaciens)、天仙果假单胞菌(Pseudomonas ficuserectae)、苦揀假单胞菌(Pseudomonas meliae)、萨氏假单胞菌(Pseudomonas savastanoi)、丁香假单胞 菌 (Pseudomonas syringae)、绿 黄 假 单 胞 菌 (Pseudomonas viridiflava)、abietaniphila假单胞菌(Pseudomonas abietaniphila)、嗜酸假单胞菌(Pseudomonas acidophila)、伞 菌 假 单 胞 菌 (Pseudomonas agarici)、alcaliphila假 单 胞 菌(Pseudomonas alcaliphila)、解碱假单胞菌(Pseudomonas alkanolytica)、淀粉皮假单胞菌(Pseudomonas amyloderamosa)、铁角蕨假单胞菌(Pseudomonas asplenii)、固氮假单胞菌(Pseudomonas azotifigens)、大麻假单胞菌(Pseudomonas Cannabina)、coenobios假单胞菌(Pseudomonas Coenobios)、结冰假单胞菌(PseudomonasCongelans)、康氏假单胞菌(Pseudomonas Costantinii)、克 洛 斯 韦 假 单 胞 菌 (Pseudomonas Cruciviae)、delhiensis假 单 胞 菌(Pseudomonas delhiensis)、外 囊 假 单 胞 菌 (Pseudomonas excibis)、远东假单胞菌(Pseudomonas extremorientalis)、frederiksbergensis假单胞菌(Pseudomonas frederiksbergensis)、褐鞘假单胞菌(Pseudomonas fuscovaginae)、石花菜假单胞菌(Pseudomonas gelidicola)、勒米诺菌假单胞菌(Pseudomonas grimontii)、籼稻假单胞菌(Pseudomonas indica)、jessenii假单胞菌(Pseudomonasjessenii)、晋州假单胞菌(Pseudomonas jinjuensis)、基尔假单胞菌(Pseudomonas kilonensis)、克氏假单胞菌(Pseudomonas knackmussii)、韩国假单胞菌(Pseudomonas koreensis)、利尼假单胞菌(Pseudomonas lini)、藤黄假单胞菌(Pseudomonas lutea)、摩拉维亚假单胞菌
(Pseudomonas moraviensis)、耳炎假单胞菌(Pseudomonas otitidis)、海绵假单胞菌(Pseudomonas pachastrellae)、帕勒隆尼假单胞菌(Pseudomonas palleroniana)、罂粟假单胞菌(Pseudomonas papaveris)、贝利假单胞菌(Pseudomonas peli)、腐卵假单胞菌(Pseudomonas perolens)、草假单胞菌(Pseudomonas poae)、浦项假单胞菌(Pseudomonas pohangensis)、假单胞菌(Pseudomonas psychrophila)、耐寒假单胞菌(Pseudomonas psychrotolerans)、拉梭 假 单 胞 菌(Pseudomonas rathonis)、食爬 虫 假 单 胞 菌(Pseudomonas reptilivora)、resiniphila假单胞菌(Pseudomonas resiniphila)、假单胞菌(Pseudomonas rhizosphaerae)、浅红假单胞菌(Pseudomonas rubescens)、salomonii假单胞菌(Pseudomonas salomonii)、segitis假单胞菌(Pseudomonas segitis)、环腐假单胞菌(Pseudomonas septica)、猿猴假单胞菌(Pseudomonas simiae)、猪假单胞菌
(Pseudomonas suis)、耐热假单胞菌(Pseudomonas thermotolerans)、山黄麻假单胞菌(Pseudomonas tremae)、平凡假单胞菌(Pseudomonas trivialis)、turbinellae假单胞菌(Pseudomonas turbinellae)、tuticorinensis假单胞菌(Pseudomonas tuticorinensis)、阴 城 假 单 胞 菌(Pseudomonas umsongensis)、温 哥 华 假 单 胞 菌 (Pseudomonas vancouverensis)、弗村假单胞菌(Pseudomonas vranovensis)、黄色海假单胞菌
(Pseudomonas xanthomarina)；拉恩氏菌属(Rahnella species)、罗尔斯通氏菌属
(Ralstonia species)：巴塞尔罗尔斯通氏菌(Ralstonia basilensis)、肯潘罗尔斯通氏菌(Ralstonia Campinensis)、富养罗尔斯通氏菌(Ralstonia eutropha)、gilardii罗尔斯通氏菌(Ralstonia gilardii)、诡谲罗尔斯通氏菌(Ralstonia insidiosa)、甘露醇罗尔斯通氏 菌 (Ralstonia mannitolilytica)、metallidurans 罗 尔 斯 通 氏 菌 (Ralstonia metallidurans)、少见罗尔斯通氏菌(Ralstonia paucula)、皮氏罗尔斯通氏菌(Ralstonia pickettii)、罗尔斯通氏菌(Ralstonia respiraculi)、茄科罗尔斯通氏菌(Ralstonia solanacearum)、syzygii罗尔斯通氏菌(Ralstonia syzygii)、黄山松罗尔斯通氏菌
(Ralstonia taiwanensis)；拉乌尔菌属(Raoultella species)、Rhodoblastus菌属
(Rhodoblastus species)、红假单胞菌属(Rhodopseudomonas species)、鼻硬结病
(Rhinoscleroma)、放射型土壤杆菌(Rhizobium radiobacter)、小马红球菌(Rhodococcus equi)、立克次氏体属(Rickettsia species)：非洲立克次氏体(Rickettsia africae)、螨立克次氏体(Rickettsia akari)、澳大利亚立克次氏体(Rickettsia australis)、斑疹热立克次氏体(Rickettsia Conorii)、猫立克次氏体(Rickettsia felis)、日本立克次氏体(Rickettsia japonica)、莫塞尔立克次氏体(Rickettsia mooseri)、普氏立克次氏体(斑疹伤寒)(Rickettsia prowazekii(Typhus fever))、立氏立克次氏体(Rickettsia
rickettsii)、西伯利亚立克次氏体(Rickettsia siberica)、斑疹立克次氏体(Rickettsia typhi)、康氏立克次氏体(Rickettsia Conorii)、非洲立克次氏体(Rickettsia africae)、鹦鹉热宫川氏体(Rickettsia psittaci)、五日热立克次氏体(Rickettsia quintana)、立氏 立 克 次 氏 体(Rickettsia rickettsii)、trachomae 立 克 次 氏 体 (Rickettsia trachomae)；龋齿罗氏菌(Rothia dentocariosa)、沙门氏菌属(Salmonella species)：猪霍乱沙门氏菌亚利桑那亚种(Salmonella arizonae)、邦戈尔沙门氏菌(Salmonella
Bongori)、肠 沙 门 氏 菌 (Salmonella enterica)、肠 炎 沙 门 氏 菌 (Salmonella enteriditis)、副伤寒沙门氏菌(Salmonella paratyphi)、伤寒沙门氏菌(伤寒症)
(Salmonella typhi(Typhoid fever))、鼠伤寒沙门氏菌(Salmonella typhimurium)、萨拉姆沙门氏菌(Salmonella salamae)、猪霍乱沙门氏菌亚利桑那亚种(Salmonella
arizonae)、S双亚利桑那肠沙门氏菌(almonella diarizonae)、豪顿沙门氏菌
(Salmonella houtenae)、籼型沙门氏菌(Salmonella indica)；Samsonia菌属(Samsonia species)、沙雷氏菌属(Serratia species)：嗜虫沙雷氏菌(Serratia entomophila)、无花果沙雷氏菌(Serratia ficaria)、居泉沙雷氏菌(Serratia fonticola)、格氏沙雷氏菌(Serratia grimesii)、液化沙雷氏菌(Serratia liquefaciens)、粘质沙雷氏菌(Serratia marcescens)、气 味沙雷 氏菌(Serratia odoriferae)、普城沙 雷氏 菌(Serratia
plymuthica)、变形斑沙雷氏菌(Serratia proteamaculans)、quinivorans沙雷氏菌
(Serratia quinivorans)、深门沙雷氏菌(Serratia rubidaea)、解脲沙雷氏菌(Serratia ureilytica)；腐败希尔氏菌(Shewanella putrefaciens)、鲍氏志贺氏菌(Shigella
boydii)、痢疾志贺氏菌(Shigella dysenteriae)、福氏志贺氏菌(Shigella flexneri)、宋内氏志贺氏菌(Shigella sonnei)、Sodalis菌属(Sodalis species)、螺菌属(Spirillum species)：小 螺 菌 鼠 咬 热(Spirillum minus rat bite fever)，葡 萄 球 菌 属(Staphylococcus species)：金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、耳葡萄球菌(Staphylococcus auricularis)、头状葡萄球菌(Staphylococcus Capitis)、山羊葡萄球菌(Staphylococcus Caprae)、科氏葡萄球菌(Staphylococcus Cohnii)、表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)、猫葡萄球菌(Staphylococcus felis)、溶血葡萄球菌(Staphylococcus haemolyticus)、人葡萄球菌(Staphylococcus hominis)、中间葡萄球菌(Staphylococcus intermedius)、路邓葡萄球菌(Staphylococcus lugdunensis)、皮氏葡萄 球 菌 (Staphylococcus pettenkoferi)、腐 生 葡 萄 球 菌 (Staphylococcus
saprophyticus)、施 氏 葡 萄球 菌(Staphylococcus schleiferi)、模 仿葡 萄 球 菌(Staphylococcus simulans)、小牛葡萄球菌(Staphylococcus vitulus)、沃氏葡萄球菌(Staphylococcus warneri)、木糖葡萄球菌(Staphylococcus xylosus)；窄食单胞菌属(Stenotrophomonas species)：嗜酸窄食单胞菌(Stenotrophomonas acidaminiphila)、独岛窄食单胞菌(Stenotrophomonas dokdonensis)、韩国窄食单胞菌(Stenotrophomonas koreensis)、嗜麦芽糖窄食单胞菌(Stenotrophomonas maltophilia)、亚硝酸盐还原窄食单 胞 菌 (Stenotrophomonas nitritireducens)、rhizophila 窄 食 单 胞 菌
(Stenotrophomonas rhizophila)；链杆菌属(Streptobacillus species)：念珠状链杆菌(链 杆 菌 鼠 咬 热 )(Streptobacillus moniliformis(Streptobacillary rat bite fever))；链球菌属(Streptococcus species)：A族链球菌(Streptococcus Group A)、B族链球菌(Streptococcus Group B)、无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)、好气链球菌(Streptococcus aginosus)、鸟链球菌(Streptococcus avium)、牛链球菌(Streptococcus bovis)、犬链球菌(Streptococcus Canis)、大鼠链球菌(Streptococcus Cricetus)、粪链球菌(Streptococcus faceium)、屎链球菌(Streptococcus faecalis)、野生链球菌
(Streptococcus ferus)、鸡 链 球 菌 (Streptococcus gallinarum)、乳 链 球 菌
(Streptococcus lactis)、米 氏 链 球 菌(Streptococcus milleri)、温 和 链 球 菌(Streptococcus mitior)、缓 症 链 球 菌 (Streptococcus mitis)、变 异 链 球 菌(Streptococcus mutans)、口 腔链球 菌(Streptococcus oralis)、泛 口腔 链球 菌(Streptococcus peroris)、肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae)、酿脓链球菌
(Streptococcus pyogenes)、拉 蒂 链 球菌(S treptococcus ratti)、唾 液链 球 菌(Streptococcus salivarius)、血链球菌(Streptococcus sanguinis)、表兄链球菌
(Streptococcus sobrinus)、副血链球菌(Streptococcus parasanguinis)、猪链球菌(Streptococcus suis)、唾液链球菌嗜热亚种(Streptococcus thermophilus)、前庭链球菌(Streptococcus vestibularis)、绿色链球菌(Streptococcus viridans)、乳房链球菌(Streptococcus uberis)、兽瘟链球菌(Streptococcus zooepidemicus)；塔特姆菌属(Tatumella species)、特拉布斯氏菌属(Trabulsiella species)、梅毒螺旋体属
(Treponema species)：品他病梅毒螺旋体(平塔)(Treponema Carateum(Pinta))、齿垢密螺旋体(Treponema denticola)、地方性梅毒螺旋体(非性病梅毒)(Treponema
endemicum(Bejel))、梅毒密螺旋体(梅毒)(Treponema pallidum(Syphilis))、雅司螺旋体(雅司病)(Treponema pertenue(Yaws))；惠普尔密螺旋体(惠普尔病)(Tropheryma
whipplei(Whipple disease))、结核样型麻风病(Tuberculoid leprosy)、解脲脲原体(Ureaplasma urealyticum)、韦荣球菌属(Veillonella)、弧菌属(Vibrio species)：产气气弧菌(Vibrio aerogenes)、河口弧菌(Vibrio aestuarianus)、食琼脂弧菌(Vibrio agarivorans)、易北河弧菌(Vibrio albensis)、解藻朊酸弧菌(Vibrio alginolyticus)、巴西弧菌(Vibrio brasiliensis)、卡尔维湾弧菌(Vibrio Calviensis)、坎氏弧菌
(Vibrio Campbellii)、沙 氏 弧 菌(Vibrio Chagasii)、霍 乱 弧菌 (霍乱 )(Vibrio Cholerae(Cholera))、辛辛那提弧菌(Vibrio Cincinnatiensis)、逗号弧菌(Vibrio
Comma)、溶珊瑚弧菌(Vibrio Coralliilyticus)、大牡蛎弧菌(Vibrio Crassostreae)、食环弧菌(Vibrio Cyclitrophicus)、魔鬼弧菌(Vibrio diabolicus)、双养氧弧菌(Vibrio diazotrophicus)、吉雄弧菌(Vibrio ezurae)、费氏弧菌(Vibrio fischeri)、河流弧菌(Vibrio fluvialis)、富通弧菌(Vibrio fortis)、弗氏弧菌(Vibrio furnissii)、高卢弧菌(Vibrio gallicus)、产气弧菌(Vibrio gazogenes)、长牡蛎弧菌(Vibrio gigantis)、鲍鱼肠弧菌(Vibrio halioticoli)、哈氏弧菌(Vibrio harveyi)、肝弧菌(Vibrio
hepatarius)、西班牙弧菌(Vibrio hispanicus)、鱼肠道弧菌(Vibrio ichthyoenteri)、夏威 夷 海 神 弧 菌(Vibrio kanaloae)、缓 慢 弧 菌 (Vibrio lentus)、弧 菌 (Vibrio litoralis)、火神弧菌(Vibrio logei)、地中海弧菌(Vibrio mediterranei)、梅氏弧菌(Vibrio metschnikovii)、最小弧菌(Vibrio mimicus)、贻贝弧菌(Vibrio mytili)、需钠弧菌(Vibrio natriegens)、纳瓦拉弧菌(Vibrio navarrensis)、新生儿弧菌(Vibrio neonatus)、海王弧菌(Vibrio neptunius)、海蛹弧菌(Vibrio nereis)、黑美人弧菌
(Vibrio nigripulchritudo)、病 海 鱼弧 菌 (Vibrio ordalii)、东 方弧 菌 (Vibrio orientalis)、弧菌(Vibrio pacinii)、副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)、杀扇贝弧菌(Vibrio pectenicida)、杀 对虾 弧菌 (Vibrio penaeicida)、波氏 弧菌 (Vibrio pomeroyi)、弧菌(Vibrio ponticus)、解蛋白弧菌(Vibrio proteolyticus)、轮虫弧菌(Vibrio rotiferianus)、曲霉弧菌(Vibrio ruber)、留萌弧菌(Vibrio rumoiensis)、杀鲑弧菌(V ibrio salmonicida)、大菱鲆弧菌(Vibrio scophthalmi)、灿烂弧菌(Vibrio splendidus)、幸存弧菌(Vibrio superstes)、蛤弧菌(Vibrio tapetis)、塔斯曼尼亚弧菌(Vibrio tasmaniensis)、塔氏弧菌(Vibrio tubiashii)、创伤弧菌(Vibrio vulnificus)、天神弧菌(Vibrio wodanis)、徐氏弧菌(Vibrio xuii)；产靛福格斯氏菌(Vogesella
indigofera)、威格尔斯沃思氏菌属(Wigglesworthia species)、沃尔巴克氏体属
(Wolbachia secies)、致病杆菌属(Xenorhabdus species)、小肠结肠炎耶尔森氏菌
(Yersinia enterocolitica)、鼠疫耶尔森氏菌(Yersinia pestis)、假结核耶尔森氏菌(Yersinia pseudotuberculosis)、和约克氏菌属(Yokenella species)。
61.根据项目39和60所述的方法，其中所述病毒选自：阿伯尔森鼠白血病病毒
(Abelson murine leukemia virus(Ab-MLV、A-MuLV))、急性喉气管支气管炎病毒(或
HPIV)、阿德莱德河病毒(Adelaide River virus)、腺相关病毒组(Dependevirus)
(Adeno-associated virus group(Dependevirus))，腺病毒(Adenovirus)，非洲马瘟病毒(African horse sickness virus)，非洲猪瘟病毒(African swine fever virus)，艾滋病病毒，水貂阿留申病毒(Aleutian mink disease)，细小病毒，苜蓿花叶病毒(alfalfa mosaic virus)，α-疱疹病毒亚科(Alphaherpesvirinae(包括HSV1、2和水痘))，α逆转录病毒属(禽白血病病毒，劳斯肉瘤病毒)，α病毒属(Alphavirus)，病毒(alkhurma
virus)、ALV相关病毒(ALV related virus)、Amapari病毒(Amapari virus)、安第斯马铃薯斑 驳病毒 (Andean potato mottle virus)、口蹄 疫(Aphthovirus)、水 生病 毒
(Aquareovirus)、虫媒病毒(arbovirus)、虫媒病毒C型(arbovirusC)、A组虫媒病毒
(arbovirus group A)、B组虫媒病毒(arbovirus group B)、沙粒病毒组(Arenavirus group)、阿根廷出血热病毒(Argentine hemorrhagic fever virus)、阿根廷出血热病毒(Argentinian hemorrhagic fever virus)、动脉炎病毒属(Arterivirus)、星状病毒
(Astrovirus)、Ateline疱疹病毒组(Ateline herpesvirus group)、Aujezky氏病病毒(Aujezky′s disease virus)、灵气病毒(Aura virus)、Ausduk病病毒(Ausduk disease virus)、澳大利亚蝙蝠狂犬病病毒(Australian bat lyssavirus)，禽腺病毒属
(Aviadenovirus)、禽流红细胞增多症病毒(avian erythroblastosis virus)、鸡传染性支气管炎病毒(avian infectious bronchitis virus)、禽白血病病毒(avian leukemia virus)、禽白血病病毒(Avian leukosis virus)(ALV)、淋巴瘤禽流感病毒(avian
lymphomatosis virus)、禽成髓细胞瘤病毒(avian myeloblastosis virus)、禽副粘病毒(avian paramyxovirus)、禽肺炎病毒(avian pneumoencephalitis virus)、禽网状内皮增生病病毒(avian reticuloendotheliosis virus)、鸟肉瘤病毒(avian sarcoma virus)、禽流C型逆转录病毒组(avian typeC retrovirus group)、禽嗜肝DNA病毒 属
(Avihepadnavirus)、禽 痘 病 毒 属 (Avipoxvirus)、B病 毒( 猴 疱 疹 病 毒 1型 )(Bvirus(Cercopithecine herpesvirus1))、B19 病 毒 (B19virus)，细 小 病 毒 B 型
19(Parvovirus B19)、Babanki 病 毒 (Babanki virus)、狒 狒 疱 疹 病 毒 (baboon herpesvirus)、细菌病毒(bacterial virus)、杆状病毒(Baculovirus)、大麦黄矮病毒(barley yellow dwarf virus)、巴马森林病毒(Barmah Forest virus)、菜豆荚斑驳病毒(bean pod mottle virus)、豆四射花叶病毒(bean rugose mosaic virus)、贝巴鲁病毒(Bebaru virus)、贝里马病毒(Berrimah virus)、β疱疹病毒亚属(Betaherpesvirinae)、β逆转录病毒属(Betaretrovirus)、禽流感(Bird flu)、双RNA病毒(Birnavirus)、比特勒病毒(Bittner virus)、BK病毒(BK virus)、黑小河运河病毒(BlackCreekCanal
virus)、蓝舌病病毒(bluetongue virus)、玻利维亚出血热病毒(Bolivian hemorrhagic fever virus)、博马病病毒(Boma disease virus)、羊边界病病毒(border disease of sheep virus)、博 尔 纳 病 毒 (borna virus)、牛 α 疱 疹 病 毒 1 型 (bovine alphaherpesvirus1)、牛α疱疹病毒2型(bovine alphaherpesvirus2)、牛冠状病毒
(bovineCoronavirus)、牛流行热病毒(bovine ephemeral fever virus)、牛免疫缺陷病毒(bovine immunodeficiency virus)、牛白血病病毒(bovine leukemia virus)、牛白血病病毒(bovine leukosis virus)、牛乳头炎病毒(bovine mammillitis virus)、牛乳头瘤病毒(bovine papillomavirus)、牛丘疹炎病毒(bovine papular stomatitis virus)、牛细小病毒(bovine parvovirus)、牛合胞病毒(bovine syncytial virus)、牛C型肿瘤病毒(bovine typeC oncovirus)、牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus)、茧蜂病毒属(bracovirus)、蚕豆斑驳病毒(broad bean mottle virus)、蚕豆染色病毒(broad bean stain virus)、无芒雀麦花叶病毒(brome mosaic virus)、雀麦花叶病毒
(Bromovirus)、越野车溪病毒(BuggyCreek virus)、子弹形病毒组(bullet shaped virus group)、布尼安维拉病毒(Bunyamwera virus)、布尼病毒属(Bunyavirus)、伯基特淋巴瘤病毒(Burkitt′s lymphoma virus)、布汪巴热(Bwamba Fever)、异质Bwattany病毒
(Bwattany hetero virus)、CA病毒(臀部 相关的 病毒/副流 感病毒2型 )(CA
virus(Croup-associated virus/parainfluenza vius type2))、 杯 状 病 毒
(Calicivirus)、加利福尼亚脑炎病毒(California encephalitis virus)、骆驼痘病毒(camelpox virus)、金丝雀痘病毒(canarypox virus)、犬科动物疱疹病毒(canid
herpesvirus)、犬冠状病毒(canineCoronavirus)、犬瘟热病毒(canine distemper
virus)、犬疱疹病毒(canine herpesvirus)、犬病毒(canine minute virus)、犬细小病毒(canine parvovirus)、卡 诺 Delgadito病 毒(Cano Delgadito virus)、毛 状 病 毒(Capillovirus)、山羊关节炎病毒(caprine arthritis virus)、山羊脑炎病毒(caprine encephalitis virus)、山羊疱疹病毒(Caprine Herpes Virus)、羊痘病毒(Capripox virus)、心脏病毒(Cardiovirus)、香石竹潜伏病毒属(Carlavirus)、香石竹斑驳病毒属(Carmovirus)、胡萝卜斑驳病毒(carrot mottle virus)、决明子黄色斑病毒(Cassia yellow blotch virus)、花椰菜花叶病毒(Caulimovirus)、花椰菜花叶病毒(Cauliflower mosaic virus)、豚 鼠 疱 疹 病 毒1型 (caviid herpesvirus1)、猴 疱 疹 病 毒1型(Cercopithecine herpesvirus1)、猴疱疹病毒2型(Cercopithecine herpesvirus2)、谷物黄矮病毒(cereal yellow dwarf virus)、钱迪普病毒(Chandipura virus)、昌金努拉病毒(Changuinola virus)、斑点叉尾鮰病毒(channelCatfish virus)、沙勒维尔病毒
(Charleville virus)、水痘病毒(chickenpox virus)、基孔肯雅病毒(Chikungunya
virus)、黑 猩 猩疱 疹 病毒 (chimpanzee herpesvirus)、脊 椎 动物 痘 病毒 亚 科(Chordopoxvirinae)、鲢鱼病毒(chub reovirus)、鲑鱼病毒(chum salmon virus)、线形病毒(Closterovirus)、科卡尔病毒(Cocal virus)、银鲑鱼病毒(Coho salmon reovirus)、性交疹病毒(coital exanthema virus)、科罗拉多蜱热病毒(Colorado tick fever virus)、Colti病毒哥伦比亚SK病毒(ColtivirusColumbia SK virus)、鸭跖草黄斑驳病毒
(Commelina yellow mottle virus)、普通感冒病毒(CommonCold virus)、豇豆花叶病毒属(Comovirus)、尖锐湿 疣树木 腐，Condylomata accuminata、先天性 巨细胞病 毒
(congenitalCytomegalovirus)、臁疮传染性病毒(contagious ecthyma virus)、传染性脓疱皮炎病毒(contagious pustular dermatitis virus)、冠状病毒(Coronavirus)、科里帕塔病毒(Corriparta virus)、鼻炎病毒(coryza virus)、豇豆褪绿斑驳病毒
(cowpeaChlorotic mottle virus)、豇豆花叶病毒(cowpea mosaic virus)、豇豆病毒(cowpea virus)、牛痘病毒(cowpox virus)、柯萨奇病毒(coxsackie virus)、CPV(质型多角体病毒)(CPV(cytoplasmic polyhedrosis virus))、蟋蟀麻痹病毒(cricket paralysis virus)、克里米亚-刚果出血热病毒(Crimean-Congo hemorrhagic fever virus)、哮吼相关病毒(croup associated virus)、Crypotovirus、黄瓜花叶病毒属(Cucumovirus)、质型多角体病毒(Cypovirus)、巨细胞病毒(人巨细胞病毒或者人类疱疹病毒5型)
(Cytomegalovirus(HCMVor Human Herpesvirus5HHV-5))、质型多角体病毒(cytoplasmic polyhedrosis virus)、质型弹状病毒属(Cytorhabdovirus)、鹿乳头瘤病毒(deer
papillomavirus)、δ逆转录病毒属(人类T淋巴细胞病毒)((Deltaretrovirus)Human
T-lymphotropic virus)、变形翼病毒DWV(Deformed wing virus DWV)、登革热(Dengue)，浓核病毒(Densovirus)、依赖病毒属(Dependovirus)、多理病毒(Dhori virus)、香石竹病毒属(Dianthovirus)、diploma病毒(diploma virus)、DNA病毒(DNA virus)、多布拉瓦贝尔格 莱德 病毒(Dobrava-Belgrade Virus)、狗流 感(Dog Flu)、果 蝇肝 炎病 毒
(DrosophilaC virus)、鸭乙型肝炎病毒(duck hepatitis B virus)、鸭肝炎病毒1型
(duck hepatitis virus1)、鸭肝炎病毒2型(duck hepatitis virus2)、轮状病毒
(duovirus)、杜文黑基病毒(Duvenhage virus)、东部马脑炎病毒(eastern equine
encephalitis virus)、东部马脑炎病毒(eastern equine encephalomyelitis virus)、埃博拉病毒(Ebola virus)、类似埃博拉病毒(Ebola-like virus)、埃可病毒(Echovirus)、埃 可病 毒 10型(echovirus10)、埃 可病 毒28 型(echovirus28)、埃 可病 毒9 型
(echovirus9)、小鼠痘病毒(ectromelia virus)、东方马脑脊髓炎病毒(东部马脑炎病毒)(EEE virus(Eastern equine encephalitis virus))、EIA病毒(马传染性贫血)(EIA
virus(equine infectious anemia))、 脑 心 肌 炎 病 毒 ( 心 肌 炎 )(EMC
virus(Encephalomyocarditis))、贺胥病毒8型6(Emiliania huxleyi virus86)、脑炎病毒(encephalitis virus)、脑心肌炎病毒(encephalomyocarditis virus)、内源性逆转录病 毒 (Endogenous retrovirus)、肠 病 毒 (Enterovirus)、昆 虫 痘 病 毒 亚 科(Entomopoxvirinae)、昆虫痘病毒A型(Entomopoxvirus A)、痘病毒B型(Entomopoxvirus B)、痘病毒C型(EntomopoxvirusC)、酶增高病毒(enzyme elevating virus)、流行性出血热病毒(epidemic hemorrhagic fever virus)、流行性出血性疾病病毒(epizootic
hemorrhagic disease virus)、ε逆转录病毒(Epsilonretrovirus)、Epstein-Barr病毒(Epstein-Barr virus)(EB 病 毒 (EBV)；人 类 疱 疹 病 毒 4 型 HHV-4(Human
herpesvirus4HHV-4)、马α疱疹病毒1型(equid alphaherpesvirus1)、马α疱疹病毒4型(equid alphaherpesvirus4)、马疱疹病毒2型(equid herpesvirus 2)、马流产病毒(equine abortion virus)、马动脉炎病毒(equine arteritis virus)、马脑病病毒
(equine encephalosis virus)、马传染性贫血病毒(equine infectious anemia virus)、马麻疹病毒(equine morbillivirus)、马鼻肺炎病毒(equine rhinopneumonitis virus)、马鼻病毒(equine rhinovirus)、Eubenangu病毒(Eubenangu virus)、欧洲麋鹿乳头瘤病毒(European elk papillomavirus)、欧洲猪瘟病毒(European swine fever virus)、沼泽地病毒(Everglades virus)、埃亚契病毒(Eyach virus)、蚕豆萎蔫病毒属(Fabavirus)、猫科动物疱疹病毒1型(felid herpesvirus1)、猫杯状病毒(felineCalicivirus)、猫肉瘤病毒(feline fibrosarcoma virus)、猫科动物的疱疹病毒(feline herpesvirus)、猫免疫缺陷病毒(feline immunodeficiency virus)、猫传染性腹膜炎病毒(feline infectious peritonitis virus)、猫白血病/肉瘤病毒(feline leukemia/sarcoma virus)、猫白血病病毒(feline leukemia virus)、猫泛白细胞减少症病毒(feline panleukopenia virus)、猫细小病毒(feline parvovirus)、猫肉瘤病毒(feline sarcoma virus)、猫科动物的合胞病毒(feline syncytial virus)、缩病毒(Fijivirus)、纤丝病毒(Filovirus)、法兰德斯病毒(Flanders virus)、黄病毒(Flavivirus)、手足口病病毒(foot and mouth disease virus)、摩根堡病毒(Fort Morgan virus)、四角汉坦病毒(FourCorners hantavirus)、禽腺病毒1型(fowl adenovirus1)、鸡痘病毒(Fowlpox virus)、朋友病毒(Friend virus)、真菌传棒状病毒(Furovirus)、丙型疱疹病毒亚科(Gammaherpesvirinae)、γ逆转录病毒属(gammaretrovirus)、GB病毒C型(原庚型肝炎病毒)(GB virusC(GBV；(formerly
Hepatitis G virus))、双生病毒(Geminivirus)、德国麻疹病毒(German measles virus)、盖塔病毒(Getah virus)、长臂猿猿白血病病毒(gibbon ape leukemia virus)、绿猴病毒(马尔堡)(green monkey virus(mullburg))、腺热病毒(glandular fever virus)、山羊痘病毒(goatpox virus)、金体美鳊鱼病毒(golden shinner virus)、枯叶蛾病毒
(Gonometa virus)、鹅细小病毒(goose parvovirus)、颗粒体病毒(granulosis virus)、毛病毒(Gross′virus)、黄鼠乙肝病毒(ground squirrel hepatitis B virus)、A组虫媒病毒(group A arbovirus)、瓜纳里托病毒(Guanarito virus)、豚鼠巨细胞病毒(guinea pigCytomegalovirus)、豚 鼠 型 肝 炎病 毒(guinea pig typeC virus)、汉 坦 病 毒(Hantavirus)、文蛤病毒(hardClam reovirus)、兔纤维瘤病毒(hare fibroma virus)、巨细胞病毒(人类巨细胞病毒)(HCMV(humanCytomegalovirus))、辅助病毒(helper virus)、红细胞吸附病毒2型(hemadsorption virus2)、日本血凝病毒(hemagglutinating virus of Japan)、出血热病毒(hemorrhagic fever virus)、亨德拉病毒(Hendra virus)、亨尼帕病毒(Henipaviruses)、乙型肝炎样病毒(Hepadnavirus)、A型肝炎病毒(hepatitis A virus)、B型肝炎病毒(hepatitis B virus)、C型肝炎病毒(hepatitisC virus)、D型肝炎病毒(三角洲)(hepatitis D(delta)virus)、E型肝炎病毒(hepatitis E virus)、F型肝炎病毒(hepatitis F virus)、G型肝炎病毒(hepatitis G virus)、乙型肝炎病毒诺娜NONB(hepatitis nonA nonB virus)、肝脑脊髓炎病毒3型(hepatoencephalomyelitis reovirus3)、嗜肝病毒(Hepatovirus)、苍鹭乙型肝炎病毒(heron hepatitis B virus)、B疱疹病毒(herpes B virus)、单纯疱疹病毒(Herpes simplex virus)、单纯疱疹病毒1型(herpes simplex virus1)、单纯疱疹病毒2型(herpes simplex virus2)、疱疹病毒
(Herpesvirus)、带状疱疹(Herpes zoster)、疱疹病毒6型(Herpes virus6)、疱疹病毒7型(Herpes virus7)、疱疹病毒8型(Herpes virus8)、蛛猴疱疹病毒(Herpesvirus
ateles)、人疱疹病毒(Herpesvirus hominis)、松鼠疱疹病毒(Herpesvirus saimiri)、猪疱疹病毒(Herpesvirus suis)、水痘疱疹病毒Herpesvirus varicellae、高地J病毒
(Highlands J virus)、牙鲆弹状病毒(Hirame rhabdovirus)、HIV-1(HIV-1)、猪瘟病毒(hogCholera virus)、大麦病毒(Hordeivirus)、马流感(Horse Flu)、人类T细胞亲淋巴病毒I型(HTLV-1)、人类T细胞亲淋巴病毒II型(HTLV-2)、人腺病毒2型(human
adenovirus2)、人类α疱疹病毒1型(humanalphaherpesvirus1)、人α疱疹病毒2型
(human alphaherpesvirus2)、人类α疱疹病毒3型(human alphaherpesvirus3)、人类B淋 巴 细胞 病 毒 (human B lymphotropic virus)、人 类β疱 疹 病 毒5型 (human betaherpesvirus5)、人类冠状病毒(humanCoronavirus)、人肠道病毒A型(Human
enterovirus A)、人类肠道病毒B型(Human enterovirus B)、人类流感(Human Flu)、人类泡沫病毒(human foamy virus)、人类γ疱疹病毒4型(human gammaherpesvirus4)、人类γ疱疹病毒6型(human gammaherpesvirus6)、人类A型肝炎病毒(human hepatitis A
virus)、人类疱疹病毒1组(human herpesvirus1group)、人类疱疹病毒2组(human
herpesvirus2group)、人类疱疹病毒3组(human herpesvirus3group)、人类疱疹病毒4组(human herpesvirus4group)、人类疱疹病毒6型(human herpesvirus6)、人类疱疹病毒8型(human herpesvirus8)、人类免疫缺陷病毒(艾滋病)(HIV(human immunodeficiency virus))、人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus1)、人类免疫缺陷病毒2型(human immunodeficiency virus2)、人类偏肺病毒(Human metapneumovirus)、人类乳头状瘤病毒(human papillomavirus)、人T细胞白血病病毒(human TCell leukemia
virus)、人类T细胞白血病病毒I(human TCell leukemia virus I)、人类T细胞白血病病毒II(human TCell leukemia virus II)、人类T细胞白血病病毒III(human TCell
leukemia virus III)、人类T细胞淋巴瘤病毒I(human TCell lymphoma virus I)、人类T细胞淋巴瘤病毒II(human TCell lymphoma virus II)、人类T细胞白血病病毒1型(human TCell lymphotropic virus type1)、人 类T细 胞 白 血 病 病 毒2型 (human TCell lymphotropic virus type2)、人类T淋巴细胞病毒I(human T lymphotropic virus I)、人类T淋巴细胞病毒II(human T lymphotropic virus II)、人类T淋巴细胞白血病病毒
III(human Tlymphotropic virus III)、姬蜂病毒属(ichnovirus)、等轴不稳定环斑病毒属(Ilarvirus)、婴幼儿胃肠炎病毒(infantile gastroenteritis virus)、牛传染性鼻气管炎病毒(infectious bovine rhinotracheitis virus)、传染性造血器官坏死病毒
(infectious haematopoietic necrosis virus)、传染性胰脏坏死病毒(infectious
pancreatic necrosis virus)、流 感 病 毒 (influenza virus)、流 感 病 毒 A 型(influenzavirus A)、流 感 病 毒 B 型 (influenzavirus B)、流 感 病 毒 C 型
(influenzavirusC)、流感病毒D(influenzavirus D)、流感病毒PR8(infiuenzavirus pr8)、昆虫虹彩病毒(insect iridescent virus)、昆虫病毒(insect virus)、干扰病毒(interfering virus)、虹彩病毒(iridovirus)、伊萨病毒(Isavirus)、日本乙肝病毒(Japanese B virus)、日本脑炎病毒(Japanese encephalitis virus)、JC病毒(JC
virus)、胡宁病毒(Junin virus)、约翰逊草花叶病毒(Johnson grass mosaic virus)、卡波济氏肉瘤相关疱疹病毒(Kaposi′s sarcoma-associated herpesvirus)、克麦罗沃病毒(Kemerovo virus)、基勒姆大鼠病毒(Kilham′s rat virus)、克拉马斯病毒(Klamath virus)、科隆各病毒(Kolongo virus)、韩国出血热病毒(Korean hemorrhagic fever virus)、昆巴病毒(kumba virus)、坎姆林格病毒(Kumlinge virus)、库京病毒(Kunjin virus)、森林贾萨努尔疾病(Kyasanur forest disease)、kyzylagach病毒(Kyzylagach virus)、克罗斯病毒(LaCrosse virus)、乳酸脱氢酶增高病毒(lactic dehydrogenase elevating virus)、拉各斯蝙蝠病毒(Lagos bat virus)、λ噬菌体(Lambda phage)、冷岳病毒(langat virus)、猴病毒(Langur virus)、兔细小病毒(lapine parvovirus)、拉沙热病毒(Lassa fever virus)、拉沙病毒(Lassa virus)、潜大鼠病毒(latent rat virus)、LCM病毒(LCM virus)、漏病 毒(Leaky virus)、慢病 毒(Lentivirus)、兔 痘病 毒
(Leporipoxvirus)、白血病病毒(leukemia virus)、白血病病毒(leukovirus)、羊跳跃病病毒(louping ill virus)、皱皮病病毒(lumpy skin disease virus)、大麦黄矮病毒属(Luteovirus)、淋巴结病相关病毒(lymphadenopathy associated virus)、淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒(LymphocyticChoriomeningitis virus)，淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒(LCMV)、淋 巴 隐病 毒(Lymphocryptovirus)、淋巴 细胞 性 脉络 丛脑 膜 炎病 毒(lymphocyticChoriomeningitis virus)、淋巴增殖性病毒属(lymphoproliferative
virus group)、狂犬病病毒属(Lyssavirus)、马丘波病毒(Machupo virus)、狂痒病毒(mad itch virus)、玉米褪绿矮星病毒(maizeChlorotic dwarf virus)、玉米粗缩病(maize rough dwarf virus)、哺乳动物B型肿瘤病毒群(mammalian type B oncovirus group)、哺乳动物B型逆转录病毒(mammalian type B retroviruses)、哺乳动物C型逆转录病毒群(mammalian typeC retrovirus group)、哺乳动物D型逆转录病毒(mammalian type D retroviruses)、乳腺肿瘤病毒(mammary tumor virus)、马普埃拉病毒(Mapuera virus)、玉米雷亚多非纳病毒属(Marafivirus)、马尔堡病毒(Marburg virus)、像马尔堡病毒
(Marburg-like virus)、梅森辉瑞猴病毒(Mason Pfizer monkey virus)、乳腺腺病毒属(Mastadenovirus)、马亚罗病毒(Mayaro virus)、脑心肌炎病毒(ME virus)、麻疹病毒(Measles virus)、女娄菜黄色斑点病毒(Melandrium yellow fleck virus)、梅纳格尔埃病毒(Menangle virus)、蒙哥病毒(Mengo virus)、门戈病毒(Mengovirus)、默克尔细胞多瘤病毒(MerkelCell polyomavirus)、米德尔堡病毒(Middelburg virus)、挤奶人结节病毒(milkers nodule virus)、水貂肠炎病毒(mink enteritis virus)、小鼠微小病毒(minute virus of mice)、MLV相关病毒(MLV related virus)、脑心肌炎病毒(MM virus)、莫科拉病 毒(Mokola virus)、软 疣 痘 病 毒 属(Molluscipoxvirus)、传 染 性 软 疣 病 毒(MolluscumContagiosum virus)、莫洛尼鼠白血病病毒(Moloney murine leukemia
virus)莫洛尼鼠白血病病毒(M-MuLV)、猴B病毒(monkey B virus)、猴痘病毒(Monkeypox virus)、单股负链病毒(Mononegavirales)、麻疹病毒(Morbillivirus)、山埃尔贡蝙蝠病毒(Mount Elgon bat virus)、鼠标巨细胞病毒(mouseCytomegalovirus)、小鼠脑脊髓炎病毒(mouse encephalomyelitis virus)、鼠肝炎病毒(mouse hepatitis virus)、小鼠K病毒(mouse K virus)、小鼠白血病病毒(mouse leukemia virus)、小鼠乳腺肿瘤病毒(mouse mammary tumor virus)、小鼠细小病毒(mouse minute virus)、小鼠肺炎病毒(mouse pneumonia virus)、小鼠脊髓灰质炎病毒(mouse poliomyelitis virus)、鼠多瘤病毒(mouse polyomavirus)、小鼠肉瘤病毒(mouse sarcoma virus)、痘病毒(mousepox virus)、莫桑比克病毒(Mozambique virus)、穆坎布病毒(Mucambo virus)、粘膜病病毒(mucosal disease virus)、腮腺炎病毒(Mumps virus)、小鼠β疱疹病毒1型(murid
betaherpesvirus1)、小鼠巨细胞病毒2型(muridCytomegalovirus2)、鼠巨细胞病毒群(murineCytomegalovirus group)、小鼠脑脊髓炎病毒(murine encephalomyelitis
virus)、鼠肝炎病毒(murine hepatitis virus)、鼠白血病病毒(murine leukemia
virus)、小鼠结节诱导病毒(murine nodule inducing virus)、鼠多瘤病毒(murine
polyomavirus)、鼠肉瘤病毒(murine sarcoma virus)、鼠巨细胞病毒(Muromegalovirus)、墨累谷脑炎病毒(Murray Valley encephalitis virus)、粘液瘤病毒(myxoma virus)、粘病毒(Myxovirus)、多形粘病毒(Myxovirus multiforme)、parotitidis粘病毒(Myxovirus parotitidis)、内 罗 毕 羊 病 病 毒(Nairobi sheep disease virus)、内 罗 病 毒(Nairovirus)、nanirna病毒(Nanirnavirus)、纳里瓦(啮齿类)病毒(Nariva virus)、恩杜莫病毒(Ndumo virus)、坏死病毒属(Necrovirus)、结节性皮肤病病毒(Neethling
virus)、尼尔森湾病毒(Nelson Bay virus)、nemtick病毒(Nemtick Virus)、线虫传多角体病毒属(Nepovirus)、嗜神经病毒(neurotropic virus)、新的世界沙粒病毒(New World Arenavirus)、新生儿肺炎病毒(newborn pneumonitis virus)、新城鸡瘟病毒(Newcastle disease virus)、尼帕病毒(Nipah virus)、非细胞病变病毒(noncytopathogenic virus)、诺沃克类病毒(Norovirus)、诺瓦克病毒(Norwalk virus)、核型多角体病毒(nuclear polyhedrosis virus)核型多角体病毒(NPV)、乳头颈病(nipple neck virus)、奥-奈氏病毒(O′nyong′nyong virus)、燕麦无菌矮病毒(oat sterile dwarf virus)、奥克尔布病毒(Ockelbo virus)、鄂木斯克出血热病毒(Omsk hemorrhagic fever virus)、致癌病毒(oncogenic virus)、致癌病毒样颗粒(oncogenic viruslike particle)、致癌RNA病毒(oncornavirus)、环状病毒(Orbivirus)、羊痘病毒(Orf virus)、奥罗普切病毒
(Oropouche virus)、Orthohepadna 病 毒 属 (Orthohepadnavirus)、正 粘 病 毒
(orthomyxovirus)、正痘病毒属(Orthopoxvirus)、正病毒属(Orthoreovirus)、奥罗戈病毒(Orungo)、羊乳头瘤病毒(ovine papillomavirus)、绵羊卡他热病毒(ovineCatarrhal fever virus)、猫头鹰猴疱疹病毒(owl monkey herpesvirus)、巴尼亚姆病毒(Palyam virus)、乳头状瘤病毒(Papillomavirus)、乳头状瘤病毒sylvilagi(Papillomavirus sylvilagi)、乳头多瘤空泡病毒(Papovavirus)、人类副流感病毒(HPIV)(Parainfluenza virus human(HPIV))、1型人副流感病毒(parainfluenza virus type1human(HPIV-1))、2型人副流感病毒(parainfluenza virus type2human(HPIV-2))2、3型人副流感病毒
(parainfluenza virus type3human(HPIV-3))、4型人副流感病毒(parainfluenza virus type4human(HPIV-4))、副黏液病毒(Paramyxovirus)、副痘病毒属(Parapoxvirus)、副痘苗病毒(paravaccinia virus)、欧洲防风草黄色斑点病毒(parsnip yellow fleck
virus)、细小病毒(Parvovirus)、细小病毒B型19(Parvovirus B19)、豌豆耳突花叶病(pea enation mosaic virus)、瘟病毒属(Pestivirus)、白蛉病毒属(Phlebovirus)、海豹瘟热病毒(phocine distemper virus)、植物呼肠病毒(Phytoreovirus)、细小脱氧核糖核酸病毒(Picodnavirus)、微 小 核 糖 核 酸 病 毒 (Picornavirus)、猪 巨 细 胞 病 毒
(pigCytomegalovirus)、鸽痘病毒(pigeonpox virus)、皮理病毒(Piry virus)、皮克孙纳病毒(Pixuna virus)、植物弹状病毒群(plant rhabdovirus group)、植物病毒(plant virus)、小鼠肺炎病毒(pneumonia virus of mice)、肺病毒(Pneumovirus)、脊髓灰质炎病 毒 (Poliomyelitis virus)、脊 髓 灰 质 炎 病 毒(Poliovirus)、多 分 DNA病 毒(Polydnavirus)、多角形病毒(polyhedral virus)、多瘤病毒(Polyoma virus)、多瘤病毒(Polyomavirus)、牛 多 瘤 病 毒 (Polyomavirus bovis)、猕 猴 多 瘤 病 毒
(PolyomavirusCercopitheci)、多瘤病毒2型(Polyomavirus hominis2)、多瘤病毒
maccacae1(Polyomavirus maccacae1)、小鼠多瘤病毒1型(Polyomavirus muris1)、小鼠多瘤病毒2型(Polyomavirus muris2)、多瘤病毒papionis1(Polyomavirus papionis1)、多瘤 病 毒 papionis2(Polyomavirus papionis2)、多 瘤 病 毒 sylvilagi(Polyomavirus sylvilagi)、pongine疱疹病毒1型(Pongine herpesvirus1)、猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus)、猪血凝性脑脊髓炎病毒(porcine hemagglutinating
encephalomyelitis virus)、猪细小病毒(porcine parvovirus)、猪传染性胃肠炎病毒(porcine transmissible gastroenteritis virus)、猪C型肝炎病毒(porcine typeC virus)、马铃薯卷叶病毒(Potato leaf roll virus)、马铃薯拖把顶病毒(Potato mop top virus)、马铃薯Y病毒(Potato virus Y)、马铃薯X病毒(Potexvirus)、马铃薯Y病毒
(Potyvirus)、布氏脑炎病毒(Powassan encephalitis virus)、痘病毒属(Poxvirus)、天花病毒(poxvirus variolae)、展望山病毒(Prospect Hill virus)、前病毒(provirus)、假牛痘病毒(pseudocowpox virus)、伪狂犬病毒(pseudorabies virus)、鹦鹉痘病毒
(psittacinepox virus)、普马拉病毒(Puumala virus)、夸尔亚病毒(Qalyub virus)、鹌鹑豌豆花叶病毒(Quail pea mosaic virus)、鹌鹑痘病毒(quailpox virus)、昆士兰果蝇病毒(Queensland fruitfly virus)、短尾矮袋鼠痘病毒(Quokkapox virus)、兔纤维瘤病毒(rabbit fibroma virus)、兔肾波动病毒(rabbit kidney vaculolating virus)、兔乳头瘤病毒(rabbit papillomavirus)、狂犬病病毒(Rabies virus)、貉细小病毒(raccoon parvovirus)、浣熊痘病毒(raccoonpox virus)、萝卜花叶病毒(radish mosaic virus)、拉尼凯德病毒(Ranikhet virus)、鼠巨细胞病毒(ratCytomegalovirus)、大鼠细小病毒(rat parvovirus)、大鼠病毒(rat virus)、劳舍尔的病毒(Rauscher′s virus)、重组痘苗病毒(recombinant vaccinia virus)、重组病毒(recombinant virus)、红三叶草坏死花叶病毒(RedClover Necrotic Mosaic Virus)、病毒(reovirus)、病毒1型(reovirus1)、病毒2型(reovirus2)、病毒3型(reovirus3)、爬虫类型肝炎病毒(reptilian typeC virus)、呼吸道合胞病毒(Respiratory syncytial virus)、呼吸道病毒(respiratory virus)、禽网状内皮组织增生症病毒(reticuloendotheliosis virus)、逆转录病毒(Retrovirus)、弹状病毒属(Rhabdovirus)、鲤弹状病毒(Rhabdovirus Carpia)、猴病毒属(Rhadinovirus)、鼻病毒(Rhinovirus)、根前毛菌噬菌体属(Rhizidiovirus)、水稻矮缩病毒(rice dwarf virus)、水稻瘤矮病毒(rice gall dwarf virus)、大米赫亚布兰卡病毒(rice hoja
blanca virus)、水稻草丛矮化病毒(rice ragged stunt virus)、裂谷热病毒(Rift
Valley fever virus)、莱利的病毒(Riley′s virus)、牛瘟病毒(rinderpest virus)、致瘤 核 糖 核 酸 病 毒(RNA tumor virus)、RNA病 毒 (RNA virus)、玫 瑰 疹 病 毒 属(Roseolovirus)、罗斯河病毒(Ross River virus)、轮状病毒(Rotavirus)、麻疹病毒(rougeole virus)、劳氏肉瘤病毒(Rous sarcoma virus)、风疹病毒(Rubella virus)、风疹病毒(rubeola virus)、风疹病毒属(Rubivirus)、俄罗斯秋脑炎病毒(Russian autumn encephalitis virus)、s6-14-03病毒(S6-14-03virus)、SA11猿猴病毒(SA11simian
virus)、SA15(SA15)、疫苗病毒(SA2virus)、SA6病毒(SA6virus)、全病毒(SA8virus)、萨比亚病毒(Sabia virus)、萨维奥病毒(Sabio virus)、萨博病毒(Sabo virus)、萨博亚病毒(Saboya virus)、杂食尺蠖颗粒体病毒(SabulodesCaberata GV)、囊状幼虫病毒(Sacbrood virus)、酿酒酵母病毒L-A(SaccharomycesCerevisiae virus L-A)、酿酒酵母病毒
La(SaccharomycesCerevisiae virus La)、酿酒酵母病毒LBC(SaccharomycesCerevisiae virus LBC)、鹭 山 病 毒(Sagiyama virus)、仙人 掌 病毒 (SaguaroCactus virus)、saimiriine疱疹病毒1型(Saimiriine herpesvirus1)、松鼠猴疱疹病毒2型(Saimiriine herpesvirus2)、非洲堇叶坏死病毒(Sainpaulia leaf necrosis virus)、saintabb头病毒(SaintAbb′s Head virus)、圣弗洛里斯病毒(Saint-Floris virus)、萨哈林病毒
(Sakhalin virus)、萨尔别哈病毒(Sal Viej a virus)、萨兰加病毒(Salanga virus)、Salangapox病毒(Salangapox virus)、塞尔哈巴德(虫媒)病毒(Salehabad virus)、唾液腺病毒(salivary gland virus)、鲑疱疹病毒1型(Salmonid herpesvirus1)、鲑鱼疱疹病毒2型(Salmonid herpesvirus2)、鲑病毒(Salmonis virus)、接骨木脉清病毒(Sambucus veinClearing virus)、萨米亚辛西娅核型多角体病毒(SamiaCynthia NPV)、萨米亚斑核型多角体病毒(Samia pryeri NPV)、萨米亚蚕核型多角体病毒(Samia ricini NPV)、萨蒙斯仙人掌病毒(Sammons′Opuntia virus)、SanAngelo病毒(SanAngelo virus)、圣胡安病毒(San Juan virus)、圣米格尔海狮病毒(San Miguel sealion virus)、San Perlita病毒(San Perlita virus)、砂鼠核包涵剂(Sand rat nuclear inclusion agents)、白蛉热那不勒斯病毒(Sandfly fever Naples virus)、白蛉热西西里病毒(Sandfly fever
Sicilian virus)、圣德吉姆巴病毒(Sandjimba virus)、桑戈病毒(Sango virus)、圣罗莎病毒(Santa Rosa virus)、圣塔伦病毒(Santarem virus)、圣图塞芜菁和性病毒
(Santosai temperate virus)、蓝宝石II病毒(Sapphire II virus)、札幌样病毒
(Sapporo-like virus)、无忧花属病毒(Saraca virus)、瓶子草病毒(Sarracenia
purpurea virus)、SARS病毒(SARS virus)、卫星病毒(satellite virus)、萨苏伯里病毒(Sathuperi virus)、温州蜜柑萎缩病毒(Satsuma dwarf virus)、萨图尼亚帕法尼葵病毒(Saturnia pavonia virus)、天蚕蛾核型多角体病毒(Saturnia pyri NPV)、索马里滋里夫病毒(Saumarez Reef virus)、锯齿草病毒(Sawgrass virus)、SceliodesCordalis核型多角体病毒(SceliodesCordalis NPV)、鹅掌环斑病毒(Schefflera ringspot virus)、双工草属颗粒体病毒(Sciaphila duplex GV)、三化螟核型多角体病毒(Scirpophaga
incertulas NPV)、松鼠疱疹病毒(Sciurid herpesvirus)、松鼠疱疹病毒2型(Sciurid herpesvirus2)、棘翅夜蛾核型多角体病毒(Scoliopteryx libatFix NPV)、球须刺蛾感染的核型多角体病毒(ScopelodesContracta NPV)、球须刺蛾属红螺核型多角体病毒
(Scopelodes venosa NPV)、茶银尺蠖核型多角体病毒(Scopula subpunctaria NPV)、旋幽夜蛾颗粒体病毒(Scotogramma trifolii GV)、幽夜蛾属核型多角体病毒(Scotogramma trifolu NPV)、玄参斑驳病毒(Scrophularia mottle virus)、(涎管泪腺炎病毒)
(SDAV(sialodacryoadenitis virus))、海豹痘病毒(sealpox virus)、杉枯叶蛾核型多角体病毒(Selenephera lunigera NPV)、瘤蛾颗粒体病毒(SelepaCeltis GV)、塞勒塔病毒(Seletar virus)、核型多角体病毒(Selidosema suavis NPV)、半齿舟蛾核型多角体病毒(Semidonta biloba NPV)、槐蚜颗粒体病毒(Semiothisa sexmaculata GV)、森林脑炎病毒(Semliki Forest Virus)、塞纳马杜雷拉病毒(Sena Madureira virus)、仙台病毒(SeDNAi virus)、SEN病毒D亚型(SENV-D)、SEN病毒H亚型(SENV-H)、汉城病毒(Seoul virus)、塞皮克病毒(Sepik virus)、塞拉多纳沃病毒(Serra do Navio virus)、塞拉诺金色花叶病毒(Serrano golden mosaic virus)、芝麻黄色花叶病毒(Sesame yellow mosaic virus)、蛀茎夜蛾核型多角体病毒(SesamiaCalamistis NPV)、大螟蕨颗粒体病毒(SesamiaCretica GV)、大螟核型多角体病毒(Sesamia inferens NPV)、蛀茎夜蛾颗粒体病毒(Sesamia
nonagrioides GV)、桑鲷病毒(Setora nitens virus)、葱潜隐病毒(Shallot latent virus)、沙门达病毒(ShamoDNA virus)、鲨鱼河病毒(Shark River virus)、羊相关恶性卡他 热 (Sheep associated malignantCatarrhal fever)、羊 乳 头 瘤 病 毒 (Sheep papillomavirus)、绵 羊 肺 腺 瘤 相关 疱 疹 病 毒 (Sheep pulmonary adenomatosis associated herpesvirus)、绵羊痘病毒(sheeppox virus)、希恩特群岛病毒(Shiant Islands virus)、Shokwe病毒(Shokwe virus)、舒普纤维瘤病毒(Shope fibroma virus)、舒普乳头状瘤病毒(Shope papilloma virus)、哈基病毒(Shuni virus)、暹罗眼镜蛇疱疹病毒(SiameseCobra herpesvirus)、褐色鞍浓核病毒(Sibine fusca densovirus)、思达金色花叶病毒(SiGMV)(Sida golden mosaic virus(SiGMV))、思达金色的黄脉病毒
(SiGYVV)(Sida golden yellow vein virus(SiGYVV))、西格玛病毒(Sigma virus)、Sikte水媒病毒(Sikte water-borne virus)、西尔维沃特病毒(Silverwater virus)、Simbu病毒(Simbu virus)、猿猴腺病毒1型-27(Simian adenoviruses 1to27)、猿猴病毒12型
(Simian agent virus12)、猴肠道病毒1-18型(Simian enterovirus1to18)、猴泡沫病毒(simian foamy virus)、猴出血热病毒(Simian hemorrhagic fever virus)、猴A型肝炎病毒(simian hepatitis A virus)、猿人类免疫缺陷病毒(simian human immunodeficiency virus)、猴免疫缺陷病毒(simian immunodeficiency virus)、猴副流感病毒(simian parainfluenza virus)、猴轮状病毒SA11(Simian rotavirus SA11)、猿猴肉瘤病毒
(Simian sarcoma virus)、猴T细胞淋巴性病毒(simian TCell lymphotrophic virus)、猴D型 病 毒1 型(Simian type D virus1)、猴 水 痘 疱 疹 病 毒 (Simian vancella herpesvirus)、猿肾病毒(simian virus)、猿猴病毒40(simian virus40)、类单纯疱疹病毒属(Simplexvirus)、带蚋浓核病毒(Simulium vittatum densovirus)、辛诺柏病毒(Sin Nombre virus)、辛德毕斯病毒(Sindbis virus)、Sint1em的洋葱潜伏病毒(Sint1em′s onion latent virus)、西克斯冈市病毒(SixgunCity virus)、臭鼬痘病毒(Skunkpox virus)、天花病毒(Smallpox virus)、鱼病毒(Smelt reovirus)、灰天蛾胞质型多角体病毒(Smerinthus ocellata NPV)、苦苣苔草病毒(Smithiantha virus)、黑鱼杆状病毒
(Snakehead rhabdovirus)、雪兔病毒(Snowshoe hare virus)、Snyder-Theilen猫肉瘤病毒(Snyder-Theilen feline sarcoma virus)、南方豆花叶病毒(Sobemovirus)、Sofyn病毒(Sofyn virus)、土传小麦花叶病毒(Soil-borne wheat mosaic virus)、索科卢克病毒(Sokoluk virus)、龙心尖卷叶病毒(Solanum apical leafCurl virus)、茄斑点病毒
(Solanum nodiflorum mottle virus)、solanurn黄化病毒(Solanurn yellows virus)、索尔达多病毒(Soldado virus)、萨默维尔病毒4型(Somerville virus4)、苦苣菜斑驳病毒(Sonchusmottle virus)、苣荬菜病毒(Sonchus virus)、苣荬菜黄网病毒(Sonchus yellow net virus)、高粱褪绿斑病毒(SorghumChlorotic spot virus)、高粱花叶病毒(Sorghum mosaic virus)、高粱病毒(Sorghum virus)、索鲁鲁卡病毒(Sororoca virus)、番荔枝黄斑病毒(Soursop yellow blotch virus)、南非西番莲病毒(SouthAfrican passiflora
virus)、南美出血热病毒(South American hemorrhagic fever viruses)、南非西番莲病毒(SouthAfrican passiflora virus)、南江病毒(South River virus)、南方菜豆花叶病毒(Southern bean mosaic virus)、南方马铃薯潜隐病毒(Southern potato latent
virus)、藜草花叶病毒(Sowbane mosaic virus)、苦菜黄脉病毒(Sowthistle yellow vein virus)、大豆褪绿斑驳病毒(SoybeanChlorotic mottle virus)、大豆皱叶病毒
(SoybeanCrinkle leaf virus)、大豆矮缩病毒(Soybean dwarf virus)、大豆花叶病毒(Soybean mosaic virus)、SPAr2317病毒(SPAr-2317virus)、长须卷蛾核型多角体病毒(Sparganothis pettitana NPV)、麻雀痘病毒(sparrow pox virus)、互花米草斑驳病毒(Spartina mottle virus)、有眼镜状斑纹的凯门鳄痘病毒(SpectacledCaimanpox
virus)、SPH114202 病 毒(SPH114202virus)、Sphenicid 疱 疹 病 毒 1 型 (Sphenicid herpesvirus1)、女贞天蛾核型多角体病毒(Sphinx ligustri NPV)、蜘蛛猴疱疹病毒
(Spider monkey herpesvirus)、人纹污灯蛾核型多角体病毒(Spilarctia subcarnea NPV)、桃小卷叶蛾核型多角体病毒(Spilonota ocellana NPV)、黄腹斑灯蛾核型多角体病毒(Spilosoma lubricipeda NPV)、菠菜潜隐病毒(Spinach latent virus)、菠菜隐潜病毒(Spinach temperate virus)、噬菌体1(Spiroplasma phage1)、噬菌体4(Spiroplasma phage4)、噬菌体AA(Spiroplasma phageaa)、螺原体噬菌体C1/TS2(Spiroplasma phageC1/TS2)、莎草夜蛾质型多角体病毒(Spodoptera exemptaCypovirus)、甜菜夜蛾病毒
(Spodoptera exigua virus)、草地夜蛾病毒(Spodoptera frugiperda virus)、夜蛾
latifascia 病 毒 (Spodoptera latifascia virus)、海 灰 翅 夜 蛾 (Spodoptera littoralis)、灰翅夜蛾病毒(Spodoptera mauritia virus)、夜蛾ornithogalli病毒
(Spodoptera ornithogalli virus)、斯庞德温尼病毒(Spondweni virus)、春美潜伏病毒(spring beauty latent virus)、鲤春病毒血症病毒(Spring viremia ofCarp virus)、泡沫病毒(SFV、HFV)(Spumavirus(SFV，HFV))、南瓜曲叶病毒(Squash leafCurl virus)、南瓜花叶病毒(squash mosaic virus)、松鼠纤维瘤病毒(squirrel fibroma virus)、松鼠猴疱疹病毒(Squirrel monkey herpesvirus)、松鼠猴逆 转录病 毒(squirrel monkey
retrovirus)、SR-11病毒(SR-11virus)、斯里 兰卡 百香 果斑 驳病 毒(SriLankan
passionfruit mottle virus)、斯里布尔病毒(Sripur virus)、SSV1病毒组(SSV1virus group)、斯坦布斯头病毒(StAbbs Head virus)、圣路易斯脑炎病毒(St.Louis
encephalitis virus)、金黄色葡萄球菌噬菌体107(Staphylococcus phage107)、金黄色葡萄 球 菌 噬 菌 体187(Staphylococcus phage187)、金 黄 色 葡 萄 球 菌 噬 菌 体
2848A(Staphylococcus phage2848A)、金黄色葡萄球菌噬菌体3A(Staphylococcus
phage3A)、金黄色葡萄球菌噬菌体44AHJD(Staphylococcus phage44A HJD)、金黄色葡萄球菌噬菌体77(Staphylococcus phage77)、金黄色葡萄球菌噬菌体B11-M15(Staphylococcus phage B11-M15)、金黄色葡萄球菌噬菌体特沃特(Staphylococcus phage Twort)、燕八哥痘病毒(Starlingpox virus)、补血草属病毒Y，P，STLV(Y Statice virus，P，STLV)，STLV(猴T淋巴细胞病毒I型)(STLV(simian T lymphotropic virus)type I)、STLV(猴T淋巴细胞病毒)II型(STLV(simian T lymphotropic virus)type II)、STLV(猴T-亲淋巴细胞病毒)III型(STLV(simian T lymphotropic virus)type III)，丘疹性口炎病毒
(stomatitis papulosa virus)、斯特拉特福病毒(Stratford virus)、草莓皱缩病毒
(StrawberryCrinkle virus)、草莓潜环斑病毒(Strawberry latent ringspot virus)、草莓轻型黄边病毒(Strawberry mild yellow edge virus)、草莓镶脉病毒(Strawberry vein banding virus)、链球菌噬菌体182(Streptococcus phage182)、链球菌噬菌体
2BV(Streptococcus phage2BV)、链球菌噬菌体A25(Streptococcus phage A25)、链球菌噬菌体24(Streptococcus phage24)、链球菌噬菌体PE1(Streptococcus phage PE1)、链球菌噬菌体VD13(Streptococcus phage VD13)、链球菌噬菌体FD8(Streptococcus phagefD8)、链球菌噬菌体CP-1(Streptococcus phageCP-1)、链球菌噬菌体25(Streptococcus
phageCvir)、链球菌噬菌体H39(Streptococcus phage H39)、夜禽类泡疹病毒1型
(Strigid herpesvirus1)、鲈鱼病毒(Striped bass reovirus)、鱼参神经坏死病毒
(Striped Jack nervous necrosis virus)、残尾猕猴病 毒(Stump-tailed macaque
virus)、颌下病毒(submaxillary virus)、地下三叶草斑驳病毒(SubterraneanClover mottle virus)、地下三 叶草斑点 病毒随 体(SubterraneanClover mottle virus
satellite)、地下三叶草红色叶病毒(SubterraneanClover red leaf virus)、地下三叶草特技病毒(SubterraneanClover stunt virus)、甘蔗杆状病毒(Sugarcane bacilliform virus)、甘蔗花叶病毒(Sugarcane mild mosaic virus)、甘蔗花叶病毒(Sugarcane
mosaic virus)、甘蔗条纹病毒(Sugarcane streak virus)、猪α疱疹病毒1型(suid
alphaherpesvirus1)、猪疱疹病毒2(suid herpesvirus2)、猪痘病毒属(Suipoxvirus)、硫化病毒1型(Sulfolobus virus1)、星期日狭谷病毒(SuDNAyCanyon virus)、向日葵皱缩病毒(SunflowerCrinkle virus)、向日葵花叶病毒(Sunflower mosaic virus)、向日葵四射花叶病毒(Sunflower rugose mosaic virus)、向日葵黄色斑病毒(Sunflower yellow blotch virus)、向日葵黄色环斑病毒(Sunflower yellow ringspot virus)、太阳麻花叶病毒(Sun-hemp mosaic virus)、沼泽热病毒(swamp fever virus)、甜三叶草坏死花叶病毒(SweetClover necrotic mosaicvirus)、红薯病毒(Sweet potato A virus)、甘薯褪绿斑病病毒(Sweet potatoChlorotic leafspot virus)、甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus)、甘薯内木栓病毒(Sweet potato internalCork virus)、Sweet甜马铃薯潜伏病毒(potato latent virus)、甘薯轻斑驳病毒(Sweet potato mild mottle virus)、甘薯褐裂病毒(Sweet potato russetCrack virus)、甘薯脉花叶病毒(Sweet potato vein mosaic virus)、红薯黄矮病毒(Sweet potato yellow dwarf virus)、斯威特沃特枝病毒(Sweetwater Branch virus)、猪巨细胞病毒(SwineCytomegalovirus)、猪流感(Swine Flu)、猪不孕与呼吸综合征病毒(Swine infertility and respiratory
syndrome virus)、猪痘病毒(swinepox virus)、瑞士小鼠白血病病毒(Swiss mouse
leukemia virus)、刀豆失真花叶病毒(Sword bean distortion mosaic virus)、Synaxis jubararia核型多角体病毒(Synaxis jubararia NPV)、Synaxis pallulata核型多角体病毒(Synaxis pallulata NPV)、synetaeris tenuifemur病毒(Synetaeris tenuifemur virus)、芹菜塞尔克塔核型多角体病毒(Syngrapha selecta NPV)、T4噬菌体(T4phage)、T7噬菌体(T7phage)、TAC病毒(TAC virus)、塔卡厄马病毒(Tacaiuma virus)、塔卡里伯复合病毒(TacaribeComplex virus)、Tacaribe病毒(Tacaribe virus)、蝌蚪水肿病毒LT1-4(Tadpole edema virus LT1-4)、塔格特病毒(Taggert virus)、塔海娜病毒(Tahyna virus)、Tai病毒(Tai virus)、Taiassui病毒(Taiassui virus)、塔玛纳蝙蝠病毒(Tamana bat virus)、树番茄花叶病毒(Tamarillo mosaic virus)、坦姆狄病毒(Tamdy virus)、Tamiami病毒(Tamiami virus)、特纳河痘病毒(Tanapox virus)、坦加病毒(Tanga
virus)、坦琼-拉博克(虫媒)病毒(Tanjong Rabok virus)、芋头杆状病毒(Taro
bacilliform virus)、塔克尤马杆状DNA病毒(Badnavirus Tataguine virus)、非洲大沙鼠属痘病毒(Taterapox virus)、非洲大沙鼠属痘病毒(Taterapox virus)、毛草花叶病毒(Teasel mosaic virus)、德黑兰病毒(Tehran virus)、Telfairia花叶病毒(Telfairia mosaic virus)、直落森林病毒(Telok Forest virus)、滕贝病毒(Tembe virus)、登布苏病毒(Tembusu virus)、坦 奇 病 毒(Tench reovirus)、滕 索 病 毒 (Tensaw virus)、Tenvivirus、山毛豆症病毒(Tephrosia symptomless virus)、Termeil病毒(Termeil virus)、特特病毒(Tete virus)、核型多角体病毒(Tetralopha scortealis NPV)、核型多角体病毒(TetropiumCinnamoptemm NPV)、德州辣椒病毒(Texas pepper virus)、泰国病毒(Thailand virus)、欧洲松带蛾病毒(Thaumetopoea pityocampa virus)、泰勒脑脊髓炎病毒(Theiler′s encephalomyelitis virus)、泰勒的病毒(Theiler′s virus)、野蚕核型多角体病毒(Theophila maDNArina NPV)、葡萄天蛾核型多角体病毒(Theretra japonica NPV)、热变形菌噬菌体1(Thermoproteus virus1)、热变形菌噬菌体2(Thermoproteus virus2)、热变形菌噬菌体3(Thermoproteus virus3)、热变形菌噬菌体4(Thermoproteus virus4)、Thiafora病毒(Thiafora virus)、西米里病毒(Thimiri virus)、蓟斑驳病毒(Thistle mottle virus)、索戈托病毒(Thogoto virus)、病毒(Thormodseyjarklettur virus)、asigna剌 蛾 病 毒 (Thosea asigna virus)、褐 剌 蛾 核 型 多 角 体 病 毒(Thoseabaibarana NPV)、扁剌蛾颗粒体病毒(Thosea sinensis GV)、索塔帕拉亚姆病毒(Thottapalayam virus)、核型多角体病毒(Thylidolpteryx ephemeraeformis NPV)、弄蝶细线核型多角体病毒(Thymelicus lineola NPV)、tibrogargan病毒(Tibrogargan
virus)、Ticera栗核型多角体病毒(TiceraCastanea NPV)、蜱传脑炎病毒(TBEV)-欧洲和远 东 亚 型 (Tick borne encephalitis virus(TBEV)-European and Far Eastern
subtypes)、蒂拉穆克病毒(Tillamook virus)、蒂利吉里病毒(Tilligerry virus)、蒂姆博病毒(Timbo virus)、Tilmboteua病毒(Tilmboteua virus)、塔尔米罗病毒(Tilmaroo virus)、蒂思霍尔麦病毒(Tindholmur virus)、织网衣蛾核型多角体病毒(Tinea
pellionella NPV)、负袋衣蛾核型多角体病毒(Tineola hisselliella NPV)、紫露草核型多角体病毒(Tinpula paludosa NPV)、松毒蛾核型多角体病毒(Tinracola plagiata
NPV)、刁曼岛病毒(Tioman virus)、特拉科托尔潘病毒(Tlacotalpan virus)、烟草丛顶病毒(Tobacco bushy top virus)、烟草蚀纹病毒(Tobacco etch virus)、烟草曲叶病毒(Tobacco leafCurl virus)、绿烟温和花叶病毒(Tobacco mild green mosaic virus)、烟草花叶病毒(tobacco mosaic virus)、烟草花叶病毒随体(Tobacco mosaic virus
satellite)、烟草斑点病毒(Tobacco mottle virus)、烟草坏死病毒(Tobacco necrosis virus)、烟草坏死病毒随体(Tobacco necrosis virus satellite)、烟草坏死病毒小随体(Tobacco necrosis virus small satellite)、烟草坏死矮病毒(Tobacco necrotic dwarf virus)、烟草脆裂病毒(tobacco rattle virus)、烟草环斑病毒(Tobacco ringspot
virus)、烟草线条病毒(Tobacco streak virus)、烟草矮化病毒(Tobacco stunt virus)、烟草花叶病毒(Tobacco vein banding mosaic virus)、烟草脉曲黄病毒(Tobacco vein distorting virus)，烟草脉斑驳病毒(Tobacco vein mottling virus)、烟草萎蔫病毒(Tobacco wilt virus)、烟草黄矮病毒(Tobacco yellow dwarf virus)、烟草黄网病毒(Tobacco yellow net virus)、烟草黄脉病毒(Tobacco yellow vein virus)、烟草花叶病毒(Tobamovirus)，烟草脆裂病毒(Tobravirus)、披膜病毒(Togavirus)、Tomato apical stunt viroid、番茄不孕病毒(Tomato aspermy virus)、番茄黑环线虫传多角体病毒
(Tomato black ring virus)、番 茄 黑 环 病 毒 随 体 (Tomato black ring virus satellite)、番茄束顶病毒(Tomato bunchy top viroid)、番笳丛矮病毒(tomato bushy stunt virus)、番茄丛矮病毒随体(Tomato bushy stunt virussatellite)、番茄金色花叶病毒(Tomato golden mosaic virus)、番茄皱叶病毒(Tomato leafCrumple virus)、番茄曲叶病毒(Tomato leafCurl virus)、番茄卷叶病毒(Tomato leafroll virus)、番茄花叶病毒(Tomato mosaic virus)、番茄斑驳病毒(Tomato mottle virus)、番茄淡黄化病毒(Tomato paleChlorosis virus)、番茄雄性株类病毒(Tomato planta macho viroid)、番茄伪曲项病毒(Tomato pseudo-curly top virus)、番茄环斑病毒(Tomato ringspot
virus)、番茄斑萎病毒(Tomato spotted wilt virus)、番茄顶级坏死病毒(Tomato top necrosis virus)、番茄叶脉黄化病毒(Tomato vein yellowing virus)、番茄黄矮病毒(Tomato yellow dwarf virus)、番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leafCurl virus)、番茄黄化花叶病毒(Tomato yellow mosaic virus)、番茄黄顶病毒(Tomato yellow top virus)、番茄丛矮病毒属(Tombusvirus)、同安区香草病毒(Tongan vanilla virus)、环曲病毒(Torovirus)、扭矩特诺病毒(Torque teno virus)、卷蛾核型多角体病毒(Tortrix loeflingiana NPV)、栎绿卷蛾核型多角体病毒(Tortrix viridana NPV)、托斯卡纳病毒(Toscana virus)、番茄斑萎病毒(Tospovirus)、短须长体巨蚊核型多角体病毒
(Toxorhynchites brevipalpis NPV)、Trabala vishnou核型 多 角体 病 毒(Trabala vishnou NPV)、紫露草/吊竹梅病毒(Tradescantia/Zebrina virus)、载体鸭脾坏死病毒(Trager duck spleen necrosis virus)、tranosema藻病毒(Tranosema sp.Virus)、转化病毒(transforming virus)、树鼩腺病毒1型(Tree shrew adenovirus1)、树鼩鼱疱疹病毒(Tree shrew herpesvims)、蝽病毒(Triatoma virus)、特里贝克病毒(Tribec virus)、不整叶蜂核型多角体病毒(Trichiocampus irregularis NPV)、青杨毛叶蜂核型多角体病毒(Trichiocampus viminalis NPV)、阴道毛滴虫病毒(Trichomonas vaginalis virus)、粉纹夜蛾质型多角体病毒5型(Trichoplusia niCypovirus5)、粉纹夜蛾颗粒体病毒
(Trichoplusia ni granulovirus)、粉纹夜蛾多角体病毒(Trichoplusia ni MNPV)、粉纹夜蛾单核多角体病毒(Trichoplusia ni Single SNPV)、甘兰尺蠖病毒(Trichoplusia ni virus)、瓜蒌斑驳病毒(Trichosanthes mottle virus)、小麦黄化斑点病毒(Triticum aestivumChlorotic spot virus)、特里费塔图斯病毒(Trivittatus virus)、流动病毒(Trombetas virus)、旱金莲病毒1型(Tropaeolum virus1)、旱金莲病毒2型(Tropaeolum virus2)、Trubanarnan病毒(Trubanarnan virus)、特苏鲁斯病毒(Tsuruse virus)、图坎杜巴病毒(Tucunduba virus)、杜拉尔苹果花叶病毒(Tulare apple mosaic virus)、郁金香的断带病毒(Tulip band breaking virus)、郁金香碎色病毒(Tulip breaking virus)、郁金香褪绿斑病毒(TulipChlorotic blotch virus)、郁金香碎色病毒(Tulip top
breaking virus)、郁金香病毒X(Tulip virus X)、肿瘤病毒(tumor virus)、树鼩病毒(Tupaia virus)、树鼩鼱疱疹病毒(Tupaiid herpesvirus1)、大菱鲆疱疹病毒(Turbot herpesvirus)、大 菱 鲆 病 毒(Turbot reovirus)、土 耳 其 腺 病 毒1-3型 (Turkey adenoviruses1to3)、火鸡冠状病毒(TurkeyCoronavirus)、火鸡疱疹病毒1型(Turkey herpesvirus1)、火鸡鼻气管炎病毒(turkey rhinotracheitis virus)、火鸡痘病毒
(turkeypox virus)、特洛克病毒(Turlock virus)、芜菁皱缩病毒(TurnipCrinkle
virus)、芜菁皱缩病毒随体(TurnipCrinkle virus satellite)、芜菁轻微黄化病毒
(Turnip mild yellows virus)、芜菁花叶病毒(Turnip mosaic virus)、芜菁丛簇病毒(Turnip rosette virus)、芜菁黄花叶病毒(turnip yellow mosaic virus)、土耳其病毒(Turuna virus)、芜菁病毒(Tymovirus)、为勒尼病毒(Tyuleniy virus)、C型逆转录病毒(typeC retroviruses)、D型肿瘤病毒(type D oncovirus)、D型逆转录病毒群(type D retrovirus group)、瓦辛吉舒病病毒(Uasin Gishu disease virus)、乌干达病毒(UgaDNA S virus)、Ugymyia蛆蝇核型多角体病毒(Ugymyia sericariae NPV)、溃疡性疾病杆状病毒(ulcerative disease rhabdovirus)、块茎藜轻斑驳病毒(Ullucus mild mottle virus)、块茎藜花叶病毒(Ullucus mosaic virus)、块茎藜病毒C型(Ullucus virusC)、乌马蒂拉病毒(Umatilla virus)、安布勒病毒(Umbre virus)、乌纳病毒(Una virus)、乌波卢病毒(Upolu virus)、UR2肉瘤病毒(UR2sarcoma virus)、小垂中国蓝带蚊核型多角体病毒
(Uranotaenia sapphirina NPV)、乌尔巴努斯变形杆菌核型多角体病毒(Urbanus proteus NPV)、尤鲁库里病毒(Urucuri virus)、玉米黑粉菌病毒1型(Ustilago maydis virus1)、玉米黑粉菌病毒4型(Ustilago maydis virus4)、玉米黑粉菌病毒6型(Ustilago maydis virus6)、乌苏图病毒(Usutu virus)、尤廷加病毒(Utinga virus)、乌蒂韦病毒(Utive virus)、乌库涅米病毒群(Uukuniemi virus group)、牛痘病毒(Vaccinia virus)、韦略病毒(Vaeroy virus)、非洲石蒜花叶病毒(Vallota mosaic virus)、大西洋赤蛱蝶核型多角体病毒(Vanessa atalanta NPV)、小苎麻赤蚨蝶核型多角体病毒(VanessaCardui NPV)、Vanessa prorsa核型多角体病毒(Vanessa prorsa NPV)、香草花叶病毒(Vanilla mosaic virus)、香草坏死病毒(Vanilla necrosis virus)、水痘-带状疱疹病毒(Varicella
zoster virus)、水痘病毒属(Varicellovirus)、天花病毒(Varicola virus)、重型天花病毒(variola major virus)、天花病毒(variola virus)、瓦信义秀病病毒(Vasin Gishu disease virus)、韦洛尔病毒(Vellore virus)、天鹅绒烟草斑驳病毒(Velvet tobacco mottle virus)、绒毛烟草斑驳病毒随体(Velvet tobacco mottle virus satellite)、委内瑞拉马脑炎病毒(VenezueLNAequine encephalitis virus)、委内瑞拉型马脑脊髓炎病毒 (VenezueLNAequine encephalomyelitis virus)、委 内 瑞 拉 出 血 热 病 毒
(VenezueLNAhemorrhagic fever virus)、水泡性口炎病 毒(Vesicular stomatitis
virus)、水泡性病毒属(Vesiculovirus)、弧菌噬菌体06n-22p(Vibrio phage06N-22P)、弧菌噬菌体06n-58p(Vibrio phage06N-58P)、弧菌噬菌体4996(Vibrio phage4996)、弧菌噬菌体A3A(Vibrio phage a3a)、弧菌噬菌体I(Vibrio phage I)、弧菌噬菌体II(Vibrio phage II)、弧菌噬菌体III(Vibrio phage III)、弧菌噬菌体IV(Vibrio phage IV)、弧菌噬菌体卡拉(Vibrio phage kappa)、弧菌噬菌体nt-1(Vibrio phage nt-1)、弧菌噬菌体OXN-52P(Vibrio phage OXN-52P)、弧菌噬菌体OXN-lOOP(Vibrio phage OXN-lOOP)、弧菌噬菌体v6(Vibrio phage v6)、弧菌噬菌体Vfl2(Vibrio phageVfl2)、弧菌噬菌体
Vf33(Vibrio phage Vf33)、弧菌噬菌体VP1(Vibrio phageVP1)、弧菌噬菌体VP11(Vibrio phage VP11)、弧菌噬菌体VP3(Vibrio phageVP3)、弧菌噬菌体VP5(Vibrio phage VP5)、弧菌噬菌体X29(Vibrio phageX29)、蚕豆潜隐病毒(ViciaCryptic virus)、豇豆花叶病毒(Vigna sinensis mosaic virus)、维琉斯克病毒(Vilyuisk virus)、宾塞斯病毒(Vinces virus)、中提琴斑驳病毒(Viola mottle virus)、蝰蛇逆病毒(viper retrovirus)、病毒性出血性败血症病毒(viral haemorrhagic septicemia virus)、类肉瘤粒(virus-like particle)、绵羊脱髓鞘性脑白质炎梅迪病毒(Visna Maedi virus)、绵羊脱髓鞘性脑白质炎病毒(Visna virus)、沃安齐贾花叶病毒(Voandzeia mosaic virus)、沃安齐贾坏死花叶病毒(Voandzeia necrotic mosaic virus)、田鼠痘病毒(volepox virus)、瓦德麦达尼病毒(Wad Medani virus)、沃洛尔病毒(Wallal virus)、角膜白斑表皮增生(Walleye
epidermal hyperplasia)、海象杯状病毒(WalrusCalicivirus)、沃诺赖病毒(Wanowrie virus)、瓦里各病毒(Warregovirus)、西瓜褪绿矮病毒(WatermelonChlorotic stunt virus)、西瓜卷曲的斑驳病毒(WatermelonCurly mottle virus)、西瓜花叶病毒1型
(Waterrnelon mosaic virus1)、西瓜花叶病毒2型(Watermelon mosaic virus2)、威德尔海的水性病毒(Weddel water-borne virus)、韦尔多纳病毒(Weldona virus)、韦塞尔斯布朗病毒(Wesselsbron virus)、西尼罗病毒(West Nile virus)、西方马脑炎病毒(western equine encephalitis virus)、西 方 型 马 脑 脊 髓 炎 病 毒 (western equine
encephalomyelitis virus)、韦克斯福德病毒(Wexford virus)、沃达罗河病毒(Whataroa virus)、美国小麦条纹花叶病毒(Wheat American striate mosaic virus)、小麦褪绿斑病毒(WheatChlorotic streak virus)、小麦矮缩病毒(Wheat dwarf virus)、小麦丛矮病毒(Wheat rosette stunt virus)、小麦线条花叶病毒(Wheat streak mosaic virus)、小麦黄花叶病毒(Wheat yellow leaf virus)、小麦黄花叶病毒(Wheat yellow mosaic
virus)、白葡萄病毒(White bryony virus)、白三叶草潜隐病毒1型(WhiteCloverCryptic virus1)、白三叶草潜隐病毒2型(WhiteCloverCryptic virus2)、白三叶草潜隐病毒3型(WhiteCloverCryptic virus3)、白三叶草花叶病毒(WhiteClover mosaic virus)、White lupinrnosaic病毒(White lupinrnosaic virus)、野生黄瓜花叶病毒(WildCucumber
mosaic virus)、野生马铃薯花叶病毒(Wild potato mosaic virus)、角马疱疹病毒
(Wildbeest herpesvirus)、悬钩子潜伏病毒(Wineberry latent virus)、冬麦花叶病毒(Winter wheat mosaic virus)、俄罗斯的冬小麦花叶病毒(Winter wheat Russian mosaic virus)、弄蝶病毒(WiseanaCervinata virus)、斑鞘蝙蝠病毒(Wiseana signata virus)、umbraculata蝙蝠病毒(Wiseana umbraculata virus)、隔蒴苘属花叶病毒(Wissadula mosaic virus)、紫藤脉花叶病毒(Wisteria vein mosaic virus)、威特沃特斯兰病毒(Witwatersrand virus)、王盖病毒(Wongal virus)、王戈尔病毒(Wongorr virus)、冬季呕吐病毒(Winter Vomiting Virus)、土拨鼠乙肝病毒(woodchuck hepatitis B virus)、土拨鼠旱獭疱疹1(Woodchuck herpesvirus marmota1)、毛猿肉瘤相关病毒(woolly monkey sarcoma virus)、伤口肿瘤病毒(wound tumor virus)、WRSV病毒(WRSV virus)、WVU病毒
2型937(WVU virus2937)、WW病毒7型1到212(WW virus71to212)、北美瓶草蚊核型多角体病毒(Wyeomyia smithii NPV)、Wyeomyia病毒(Wyeomyiavirus)、黄单胞菌噬菌体
CF(Xanthomonas phageCf)、黄单胞菌噬菌体CFLT(Xanthomonas phageCflt)、黄单胞菌噬菌体RR66(Xanthomonas phage RR66)、黄单胞菌噬菌体XF(Xanthomonas phage Xf)、黄单胞菌噬菌体XF2(Xanthomonas phage Xf2)、黄单胞菌噬菌体XP5(Xanthomonas phage
XP5)、非洲爪蟾病毒T21(Xenopus virus T21)、Xiburema病毒(Xiburema virus)、鑫谷病毒(Xingu viru)、木冬夜蛾核型多角体病毒(XylenaCurvimacula NPV)、Y73肉瘤病毒
(Y73sarcoma virus)、雅巴猴肿瘤病毒(Yaba monkey tumor virus)、雅巴-1病毒
(Yaba-1virus)、雅巴-7病毒(Yaba-7virus)、Yacaaba病毒(Yacaaba virus)、山药花叶病毒(Yam mosaic virus)、雅温得病毒(Yaounde virus)、亚奎纳头病毒(Yaquina Head virus)、亚塔痘病毒属(Yatapoxvirus)、黄热病病毒(Yellow fever virus)、约格病毒(Yogue virus)、约卡痘病毒(Yokapox virus)、Yokase病毒(Yokase virus)、鲁豫东梨区蝽核型多角体病毒(YponomeutaCognatella NPV)、豫东梨区蝽核型多角体病毒
(Yponomeuta evonymella NPV)、豫东梨区蝽核型多角体病毒(Yponomeuta malinellus NPV)、豫东梨区蝽帕代拉核型多角体病毒(Yponomeuta padella NPV)、丝兰杆状病毒
(Yucca baciliform virus)、尤格Bogdanovac病毒(Yug Bogdanovac virus)、扎利夫特帕尼亚病毒(Zaliv Terpeniya virus)、玉米病毒(Zea mays virus)、泽格拉病毒(Zegla virus)、红杉小卷蛾病毒(Zeiraphera diniana virus)、松线小卷叶蛾核型多角体病毒(Zeiraphera pseudotsugana NPV、Zika virus)、泽夸病毒(Zirqa virus)、结缕草花叶病毒(Zoysia mosaic virus)、西葫芦黄色斑点病毒(Zucchini yellow fleck virus)、小西葫芦黄花叶病毒(Zucchini yellow mosaic virus)、和蟹爪兰病毒(Zygocactus virus)。
62.一种适于与互补RNA和/或DNA目标相互作用的多核苷酸探针，其中所述多核苷酸
探针包括确切1个嵌入物分子。
63.一种适于与互补RNA和/或DNA目标相互作用的多核苷酸探针，其中所述多核苷酸
探针包括至少2个嵌入物分子。
64.根据任一项目63和64所述的多核苷酸探针，其中所述多核苷酸探针可选自DNA探
针、RNA探针、LNA探针和PNA探针。
65.根据任一项目63-65所述的多核苷酸探针，其中嵌入物分子的总数可选自2、3、4、
5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20和大于20个嵌入物分子。
66.根据任一项目63-66所述的多核苷酸探针，其中嵌入物分子的插入增加了互补探
针与目标DNA和/或RNA组成的多核苷酸双链的熔点。
67.根据任一项目63-67所述的多核苷酸探针，其中嵌入物分子的数量与多核苷
酸探针碱基总数的比率为1∶50-1∶2，如1∶50-1∶40、例如1∶40-1∶30、如
1∶30-1∶20、例如1∶20-1∶10、如1∶10-1∶5、例如1∶5-1∶2，或这些间隔的任
何结合。
68.根据任一项目63-68所述的多核苷酸探针，其中一个且唯一的嵌入物分子选自
TINA、INA、邻-TINA、对-TINA、AMANY。
69.根据项目69所述的多核苷酸探针，其中所述嵌入物分子是TINA。
70.根据项目69所述的多核苷酸探针，其中所述嵌入物分子是INA。
71.根据项目69所述的多核苷酸探针，其中所述嵌入物分子是邻-TINA。
72.根据项目69所述的多核苷酸探针，其中所述嵌入物分子是对-TINA。
73.根据项目69所述的多核苷酸探针，其中所述嵌入物分子是AMANY。
74.根据任一项目63-69所述的多核苷酸探针，其中两个或多个嵌入物分子可选自
TINA、INA、邻-TINA、对-TINA、AMANY。
75.根据任一项目63-69所述的多核苷酸探针，其中所述多核苷酸探针包括一种以上
类型的嵌入物分子，如2、3、4、5或大于5种不同类型的嵌入物分子。
76.根据任一项目63-76所述的多核苷酸探针，其中所述多核苷酸探针连接支撑物。
77.根据项目77所述的多核苷酸探针，其中所述支撑物选自颗粒物质、珠子、磁珠、非磁珠、聚苯乙烯珠子、磁性聚苯乙烯珠子、凝胶珠子、聚丙烯酰胺葡聚糖珠子、聚苯乙烯珠子、琼脂糖珠子、多糖珠子和聚碳酸酯珠子。
78.根据任一项目77-78所述的多核苷酸探针，其中所述支撑物为固体支撑物。
79.根据项目79所述的多核苷酸探针，其中所述固体支撑物为选自微量滴定板ak其他
板格式、试剂管、载玻片和其他用于阵列或微阵列分析的支撑物、微流控室或设备的管道或通道和Biacore芯片。
80.根据任一项目63-76所述的多核苷酸探针，其中所述多核苷酸探针包括一个或多
个标签。
81.根据项目81所述的多核苷酸探针，其中所述一个或多个标签可选自生物素、荧光
素标签、5-(和6)羧基荧光素、5-或6-羧基荧光素、6-(荧光素)-5-(和6)-羧酰胺己酸、异硫氰酸荧光素氰酸(FITC)、罗丹明、四甲基罗丹明、染料、Cy2、Cy3和Cy5、PerCP、藻胆蛋白、R-藻红蛋白(RPE)、异藻红蛋白(APC)、德克萨斯(Texas)红、Princeston Red、绿色荧光蛋白(GFP)及它们的类似物、R-藻红蛋白(RPE)或异藻红蛋白(APC)的共缀物、基于半导体TM
纳米晶体(像量子点和Qdot 纳米晶体)的无机荧光标签、基于镧系元素如Eu3+和Sm3+
的时间分辨荧光、半抗原、DNP、地高辛、酶标签、辣根过氧化物酶(HRP)、磷酸酶(AP)、β-半乳糖苷酶(GAL)、葡萄糖-6-磷酸脱氢酶、β-N-乙酰氨葡萄糖苷酶、β-葡萄糖醛酸酶、黄嘌呤氧化酶、蔗糖酶、萤火虫荧光素酶和葡萄糖氧化酶(GO)、夜光标签、鲁米诺(luminol)、异鲁米诺、吖啶酯、1，2-二氧环乙烷、吡啶哒嗪、放射性标签、同位素碘、同位素钴、同位素硒、同位素氚和同位素磷。
82.根据任一项目63-76所述的多核苷酸探针，其中嵌入物的嵌入单元优选包括选自
多环芳烃和杂多环芳烃的化学基团。
83.根据项目83所述的多核苷酸探针，其中所述多环芳烃或杂多环芳烃组成至少2个
芳环，如3，例如4，如5，例如6，如7，例如8，如大于8个芳环。
84.根据项目83-84所述的多核苷酸探针，其中所述杂多环芳烃包括至少一个芳环，其
中至少一个碳原子被选自氮和氧的杂原子取代。
85.根据项目83-84所述的多核苷酸探针，其中杂多环芳烃包括至少2个杂原子，如3
个杂原子，例如4个杂原子，如5个杂原子，例如大于5个个杂原子。
86.根据项目83-84和86所述的多核苷酸探针，其中所述杂多环芳烃包括作为唯一杂
原子的氧。
87.根据项目83-84和86所述的多核苷酸探针，其中所述杂多环芳烃包括作为唯一杂
原子的氮。
88.根据项目83-84和86所述的多核苷酸探针，其中所述杂多环芳烃包括两种杂原子
氮和氧。
89.根据项目83-84所述的多核苷酸探针，其中所述多环芳烃或杂多环芳烃被选自羟
基、卤素、巯基、硫代基、氰基、烷硫基、杂环基、芳基、杂芳基、羧基、Carboalkoyl、烷基、烯基、炔基、硝基、氨基、烷氧基和酰氨基的一个或多个取代基取代。
90.根据任一项目83-90所述的多核苷酸探针，其中所述嵌入物的嵌入单元为选自能
够增加多核苷酸双链结构稳定性的多环芳烃或杂多环芳烃。
91.根据任一项目84-91所述的多核苷酸探针，其中所述嵌入物的嵌入单元为选自邻
菲罗啉、吩嗪、菲啶、芘、蒽、萘、菲、二萘品苯、屈、并四苯、苯并蒽、茋、卟啉以及任何前述嵌入物被一个或多个选自羟基、卤素、巯基、硫代基、氰基、烷硫基、杂环基、芳基、杂芳基、羧基、Carboalkoyl、烷基、烯基、炔基、硝基、氨基、烷氧基和酰氨基的取代基取代。
实施例
通过获得熔解曲线评估脱碱基位点对Tm的影响
使用 2.0上的荧光共振能量转移(FRET)系统评估两个不同的寡核苷酸
序列中由碱基错配或脱碱性位点(B)引起的熔点(Tm)变化。
寡核苷酸购自IBMGmbH( Germany)或者DNA TechnologyA/S(Risskov，
Denmark)，以0.2μmol合成规模进行高效液相色谱(HPLC)纯化和随后的质量控制。寡核苷酸是使用3’氨基-改性剂-C7然后连接到ATTO495NHS-酯，或者使用5’氨基-改性剂-C6然后连接到ATTO590NHS-酯而合成。ATTO495发挥FRET供体的作用，是吖啶橙的修饰物，最大激发在495nm以及最大发射在527nm。ATTO590是Rhodamine染料的衍生物，最大激发在594nm以及最大发射在624nm。将ATTO495/ATTO590FRET对在 2.0(Roche
Applied Science、Basel、Switzerland)上470nm处激发，在640nm处检测到荧光发射。
为了评估含有尿嘧啶的寡核苷酸的尿嘧啶-DNA糖基化酶(UNG)处理情况，在Tm测定
之前进行预孵育步骤。在每50pmol寡核苷酸含有或不含有1单位UNG的情况下，将10μM寡核苷酸在20mM Tris-HCl(pH8.2，25℃)，10mM NaCl，1mM EDTA中于37℃孵育1小时。
用20μL的LightCycler毛细管在 2.0上进行熔解曲线实验。将每种寡
核苷酸1.0μM与pH7.0的磷酸钠缓冲液(50mMNaH2PO4/Na2HPO4、100mM NaCl和0.1mM EDTA)混合。用标准程序进行Tm测量：(i)在37至95℃为解离步骤，缓变速率为0.2℃/秒，并在
95℃保持5分钟，(ii)在95至37℃退火，缓变速率为0.05℃/秒，并持续测量荧光；(iii)在37℃保持5分钟，以及(iv)在37至95℃变性，缓变速率为0.05℃/秒，并持续测量荧
光。退火和变性曲线二者的荧光数据都用于Tm测定，并且没有观察到滞后现象。Tm是使用用于熔解曲线分析的LightCycler Software4.1软件来鉴别，并被定义为一阶导数的峰值。
所有溶解曲线测定都以单毛细管测量方式进行。在Tm鉴别之前，通过减去背景荧光的荧光团进行颜色补偿。
结果如表1至表3所示。单个脱碱基位点使Tm平均降低10℃(表1)。对于带有两个
错配或两个脱碱基位点的寡核苷酸(表2)，观察到两个错配使Tm平均降低15.7℃(7.8℃/错配)，相比之下两个脱碱基位点使Tm平均降低23.8℃(11.9℃/脱碱基位点)。脱碱基
位点使Tm平均降低要比错配碱基多52％((11.9-7.8)/7.8*100)。
表2：相比于碱基错配，两个脱碱基位点对Tm的影响。
表3示出经过或未经UNG处理对含有尿嘧啶的寡核苷酸的预孵育的影响。未经UNG处
理时，两处错配使Tm平均降低17.4℃(8.7℃/错配)，相比之下两个经UNG处理的尿嘧啶碱基使Tm平均降低21.3℃(10.6℃/UNG处理的尿嘧啶)。
表3：UNG对含有尿嘧啶的寡核苷酸的预孵育的影响。非UNG处理的含有尿嘧啶和寡核
苷酸以及UNG或非UNG处理的含有脱碱基位点(B)的寡核苷酸作为对照。
总之，示出了脱碱基位点更有效地使寡核苷酸杂交变得不稳定，比碱基错配有效52％。
此外，示出了与碱基错配位点相比，脱碱基位点的影响不仅存在于稳定的脱碱基位点，还存在于UNG处理的尿嘧啶碱基。
用含有对-TINA的寡核苷酸或常规的DNA寡核苷酸对包含目标和特定捕获物的尿嘧啶
的UNG处理
本实验的目的是除去dsDNA的特定碱基，然后通过互补碱基已用对-TINA取代的寡核
苷酸捕获DNA(图6&7)。
寡核苷酸购自IBA GmbH( Germany)或DNA Technology A/S(Risskov，
Denmark)，以0.2μmol合成规模进行高效液相色谱(HPLC)纯化以及随后的质量控制。用大肠杆菌(Escherichia Coli)的STX2基因碱基对230至300作为目标序列。寡核苷酸为
STX2230-300F：5’-GCUGUGGAUAUACGAGGGCUUGAUGUCUAUCAGGCGCGUUUUGACCAUCUUCGUCUGAUUAUUGAGCAAAA-3’和STX2230-300R：5’-UUUUGCUCAAUAAUCAGACGAAGAUGGUCAAAACGCGCCUGAUAGA CAUCAAGCCCUCGUAUAUCCACAGC-3’，其中胸腺嘧啶被脱氧尿嘧啶(dU)取代。捕获寡核苷酸为常规DNA寡核苷酸STX2-A003C：5’-CGTTTTGACCATCTTCGTCTGATTAA-HEX-CX-NH2-3’或对-TINA寡核苷酸STX2-A004C：5’-CGTTTTGXCCXTCTTCGTCTGXTTAA-HEX-CX-NH2-3’。HEG是六甘醇间隔体，CX-NH2是氨修饰的环己烷间隔体以及X是对-TINA。检测是用常规DNA寡核苷酸STX2-A001B：bio-GGGCTTGATGTCTATCAGGC-3’或者对-TINA寡核苷酸STX2-A002B：
bio-GGGCTTGXTGTCTXTCXGGC-3’完成。Bio-是C6-生物素间隔体以及X是对-TINA。
dsDNA的预孵育和UNG处理
为了形成dsDNA，将1.00pmol的STX2230-300R与1.60pmol的STX2230-300F在20mM
Tris-HCl(pH8.2，25℃)，10mM NaCl，1mMEDTA中混合并加热到95℃保持5分钟。重退火是在60℃持续15分钟接着在25℃持续15分钟而完成。合适时，加入1单位的尿嘧啶-DNA
糖基化酶并于37℃孵育1小时。在20mM Tris-HCl(pH8.2，25℃)，10mM NaCl和1mM EDTA中，将UNG处理的dsDNA按10倍稀释从1.0*10^-12mol/孔稀释至1.0*10^-18mol/孔。
寡核苷酸偶联至Luminex MagPlexTM微球
TM
根据Luminex公司的建议，将常规DNA捕获寡核苷酸(STX2-A003C)偶联到MagPlex -C
6
磁性羧基化微球。简而言之，将2.5x10 微球在0.1MMES、pH4.5中活化，加入0.2nmole寡核苷酸和25μg EDC。偶联反应在黑暗中孵育30分钟，加入25μg EDC再培养30分钟。加入1.0mL的0.02％Tween-20，在DynaMagm-2磁粉浓缩器(Invitrogen， Denmark)
上磁选1分钟后，除去上清液。加入1mL的0.1％SDS并涡旋，接着进行磁选并在100μL Tris-EDTA缓冲液，pH8.0中重悬浮，并保存在冰箱中。
用新的公司内部碳二亚胺/磺基-NHS偶联程序偶联对-TINA修饰的寡核苷酸
6
(STX2-A004C)。将2.5x10 个微球转移到低滞留微离心管(Axygen，Union City，CA，USA)中。将微球洗涤并在100μL的0.1M MES、pH6.0中活化，接着在35μL缓冲液中重悬浮。加入125μg硫代-NHS，接着加入625μgEDC。将微球在黑暗中孵育15分钟，加入625μgEDC，接着再孵育15分钟。除去活化缓冲液，并加入97μL0.1M，pH7.2的磷酸盐缓冲液，接着加入0.3nmol寡核苷酸。微球在Thermo-shaker TS-100(BioSan，Riga，Latvia)上以900rpm于室温孵育2小时。在非振动条件下继续孵育过夜(任选的)。微球在100μL的0.1M，
pH7.2的磷酸盐缓冲液中洗涤一次，接着在0.1M的含50mM乙醇胺的pH7.2的磷酸盐缓冲
液中封闭，并在热振动筛TS-100上以900rpm于室温孵育15分钟。将微球分离，在100μL pH8.0的Tris-EDTA缓冲液中重悬浮，并在5℃保存。所有分离步骤是通过在磁选机的微离心管中放置1分钟来完成，并且在每次添加缓冲液或试剂之后，将所述管以低速涡旋20秒。
为了确保碳二亚胺和碳二亚胺/硫代-NHS偶联程序有相等的偶联效率，每个偶联程序
中都包括含有或不含有对-TINA的生物素化的寡核苷酸。通过用0.5μg链霉亲和素-R-藻红蛋白(特级，S-21388，Invitrogen A/S， Denmark)孵育0.2μL微球来评估偶
联效率，其含有10μg白蛋白组分V(Merck&Co Inc.)，0.03％Triton X-100，以及10mM，pH6.4的含有200mM NaCl的磷酸盐缓冲液。反应混合物在25℃和900rpm下在
Incubator/Shaker HT(Thermo Fisher Scientific)中孵育15分钟。在含有200mM NaCl和0.03％Triton X-100的10mM，pH6.4的磷酸盐缓冲液中洗涤三次，接着在
200TM仪器上计数350个微球。类似的偶联效率都用这两个程序得到。
Luminex检测UNG处理的dsDNA
将0.2μL的STX2-A003C或STX2-A004C珠子在圆锥底形状的96MicroWellTM板中
(NUNC，Thermo Fisher Scientific，Roskilde，Denmark)与作为检测寡糖的1.0pmol/孔的STX2-A001B或STX2-A002B在含有100mMNaCl，0.1mM EDTA和0.03％Triton X-100的
50mM pH7.0的NaH2PO4/Na2HPO4中混合，并且加入按10倍稀释从1.0*10^-12mol/孔稀释至1.0*10^-18mol/孔的经UNG或未经UNG处理的dsDNA。混合物在 Incubator/
Shaker HT(Thermo Fisher Scientific)中以900rpm于69℃孵育10分钟，然后以900rpm于35℃孵育15分钟。孵育后，通过将板置于96-孔磁选机(PerkinElmer，Skovlunde，
Denmark)上将板洗涤三次(，并除去上清液，接着加入12.5mM，pH7.0的含有25mM NaCl，
25μM EDTA和0.03％Triton X-100的NaH2PO4/Na2HPO4中。每个孔加入0.5μg链霉亲和素-R-藻红蛋白(特级)(S-21388，Invitrogen A/S， Denmark)，含有10μg白蛋
白组分V(Merck&Co Inc.)在50mM，pH7.0的含有100mMNaCl，0.1mM EDTA和0.03％Triton X-100的NaH2PO4/Na2HPO4中。将板在 HT中以900rpm于35℃孵
育15分钟。孵育后，将板按之前所述洗涤三次。加入12.5mM，pH7.0的含有25mM NaCl，TM
25μM EDTA和0.03％Triton X-100的NaH2PO4/Na2HPO4，并且在Luminex200 仪器上分析之前将板于35℃孵育30分钟，每个微球组上计数150个。最后在35℃的步骤是有必要的，以避免整个Luminex分析中因为大小不均的微球的沉降而减弱背景荧光(Hanley BP，Xing L，Cheng RH(2007)Variance in multiplex suspension array assays：microsphere size variation impact.Theor Biol Med Model4：31)。
表4和图8比较了一式两份的非-UNG和UNG处理的dsDNA的Luminex读数。对于未
经UNG处理的常规DNA寡核苷酸(表4栏1和2)，发现MFI随着dsDNA的浓度增加而增加，
因为一小部分dsDNA在69℃的孵育温度下会变性。这种信号的增加会通过UNG处理而消除(表4栏3和4)，表明脱氧尿嘧啶碱基已经从dsDNA上分离，留下了常规DNA寡核苷酸在严格的缓冲条件下不能退火的脱碱基位点。对于含有对-TINA的寡核苷酸，对于未经UNG处理的dsDNA没有观察到信号(表4栏5和6)，推想是因为对-TINA直接处于脱氧尿嘧啶碱
基的对面。在UNG处理之后，含有对-TINA的寡核苷酸观察到MFI的线性浓度依赖性增加(表4栏7和8和图8)，推想是因为被UNG除去的脱氧尿嘧啶离开脱碱基位点，并且降低了dsDNA螺旋体的退火温度。
表4：来自Luminex系统的平均荧光强度-MFI的原始数据
总之示出了脱氧尿嘧啶碱基可以从dsDNA上被切割，留下不稳定的dsDNA，其在变性后
可以用于退火为寡核苷酸，其中腺嘌呤碱基被对-TINA取代，使嵌入物质作为一种特殊的碱基在退火中进入DNA链。
当放置在未修饰的目标序列对面时，探针中的核碱基错配和脱碱基位点对熔点(Tm)
的影响以及当放置在寡核苷酸目标序列的脱碱基位点对面时，探针中核碱基错配、脱碱基位点和邻-TINA分子的影响。
用 2.0上的荧光共振能量转移(FRET)系统来评探针中核碱基错配或脱
碱基位点(B)引起的熔点(Tm)变化。同样评估了带有脱碱基位点的目标寡核苷酸与含有碱基位点、邻-TINA分子或天然DNA核碱基的互补探针寡核苷酸的杂交。
0.2μmol合成规模的寡核苷酸购自Eurofins(Ebersberg，Germany)。该寡核苷酸是在
ABI-3900上合成，经反相高效液相色谱法(RP-HPLC)纯化且用质谱分析进行最终质量控制后冻干。使用前将寡核苷酸以100μM的母液浓度溶解于双蒸水中并于5℃下放置过夜。用
3’氨基-改性剂-C7合成寡核苷酸，然后接连到ATTO647N NHS-酯或者用5’氨基-改性
剂-C6合成寡核苷酸，然后连接到ATTO488NHS-酯。在 2.0(Roche Applied
Science，Basel，Switzerland)中ATTO488/ATTO647N FRET对在470nm处被激发，并在670nm处进行荧光检测。
用20μL LightCycler毛细管在 2.0上进行熔解曲线实验。将1.0μM的
各种寡核苷酸与pH7.0的磷酸钠缓冲液(50mMNaH2PO4/Na2HPO4，100mM NaCl和0.1mM EDTA)混合。用标准程序进行Tm测量：(i)在37至95℃为解离步骤，缓变速率为0.2℃/秒，并在
95℃保持5分钟，(ii)从95至37℃退火，缓变速率为0.05℃/秒，并持续测量荧光；(iii)在37℃保持5分钟，以及(iv)在37至95℃变性，缓变速率为0.05℃/秒，并持续测量荧
光。退火和变性曲线的荧光数据用于确定Tm且没有观察到滞后现象。通过识别初始荧光高原和最终荧光高原以经典的Tm测定方法来鉴别Tm。以这两个高原之间的荧光中位数来确定Tm。以单毛细管测量确定所有熔解曲线。鉴别Tm之前，通过减去实验中使用的缓冲液荧光背景的荧光进行色彩补偿。
结果如表4-13所示。
表4-8示出了探针序列中1-3个核碱基错配或脱碱基位点对Tm的影响。总体上，观察
到中间的核碱基错配比趋向寡核苷酸端点的核酸错配减少Tm更多。同样，将双链中寡核苷酸的长度从30个核苷酸减少到18个可减小双链的Tm，但是核酸错配可增加Tm变化，因此遵从了关于错配、寡核苷酸长度和ΔTm的传统规则。在所有情况下，探针中的脱碱基位点比核碱基错配基本上减少Tm更多。
与正确配对的寡核苷酸的Tm相比，一个30-mer双链探针中有一个核碱基错配引起的
Tm平均下降为5.9℃(范围为2.8℃至7.8℃)。一个脱碱基位点引起的Tm平均下降为
9.6℃(范围从8.3℃至11.9℃)，或者一个脱碱基位点比单个核碱基错配额外再降低63％(一些数据如表4和表5所示)。同样，对一个22-mer双链而言，单个核碱基错配引起的Tm平均下降为8.5℃(范围从4.3℃至13.0℃)，相比之下，一个脱碱基位点引起的Tm平均下降为12.9℃(范围从12.8℃至12.9℃)，或者由脱碱基位点，而不是单个碱基错配引起额外减少52％。
表4和表5.长度为18-30个核苷酸的寡核苷酸中单个核碱基错配或一脱碱基位点对
Tm的影响。
与正确配对的寡核苷酸探针相比，一个30-mer双链探针中有两个核苷酸碱基错配引
起的Tm平均下降为13.2℃(范围为10.5℃至16.5℃)。两个脱碱基位点引起的Tm平均
下降为21.6℃(范围从19.3℃至23.6℃)，或者两个脱碱基位点比两个核碱基错配额外再降低63％(一些数据如表6和表7所示)。同样，对一个22-mer双链而言，两个核碱基错
配引起的Tm平均下降为18.2℃(范围从13.4至25.3℃)，相比之下，两个脱碱基位点引起的Tm平均下降为20.9℃以上(范围从19.9℃至超出LightCycler2.0检测Tm的限值)。
表6和表7：长度为22-30个核苷酸的寡核苷酸中两个核碱基错配或两个脱碱基位点
对Tm的影响。
与正确配对的寡核苷酸探针相比，一个30-mer双链探针中有三个核苷酸碱基错配引
起的Tm平均下降为21.5℃(范围为19.3℃至24.3℃)。三个脱碱基位点引起的Tm平均
下降为31.4℃，或者三个脱碱基位点比三个核碱基错配额外再降低46％(如表8所)。同样，对一个22-mer双链而言，三个核碱基错配引起的Tm平均下降为26.3℃(范围从25.0℃起)，相比之下，三个脱碱基位点引起的Tm平均下降为30.3℃以上。
表8：长度为22-30个核苷酸的寡核苷酸中三个核碱基错配或三个脱碱基位点对Tm的
影响。
表9至13示出了在寡核苷酸目标序列与互补寡核苷酸探针的杂交中，寡核苷酸目标序
列的1至3个脱碱基位点与互补寡核苷酸探针中互补放置在脱碱基位点上的A、T、C或G核苷酸、脱碱基位点或邻-TINA分子的结合对Tm的影响。
与碱基对匹配的Tm相比，一个30-mer双链目标中有一个脱碱基位点被放置在一个天
然的核苷酸碱基对面，Tm平均下降5.3℃(范围从0.7℃至7.2℃)。当双链中的两条链都有一个脱碱基位点，Tm平均下降8.8℃(范围从7.3℃至10.2℃)，或者与一个脱碱基位点和一个核碱基相对相比额外下降了66％。将探针中一个邻-TINA分子放置在目标的一个脱碱基位点对面，其Tm与碱基对匹配的寡核苷酸的Tm相比平均下降1.6℃(1.5℃至1.6℃)。
一个22-mer双链目标，目标中的一个脱碱基位点被放置在探针中一个核碱基对面，则Tm平均下降5.8℃(范围从2.3℃至9.2℃)。当目标中一个脱碱基位点被放置探针中一个脱碱基位点对面，则Tm相比平均下降9.4℃(范围从5.8℃至12.9℃)，或者与一个脱碱基位点和一个核碱基相对相比额外下降62％。与碱基对匹配的双链相比，探针中一个邻-TINA分子放置在22-mer双链目标中的脱碱基位点对面，Tm平均下降1.6℃(范围从3.6℃至Tm升高0.4℃)。(数据如表9和10所示)。
表9(表9＝表9a+表9b)和表10(表10＝表10a+表10b)：目标中单个脱碱基位点
放置在探针中的核碱基错配、其他脱碱基位点或邻-TINA分子对面对Tm的影响。
与碱基对匹配的双链的Tm相比，一个30-mer双链目标中有两个脱碱基位点被放置在
探针中的两个核苷酸对面，则Tm平均下降13.5℃(范围从10.8℃至17.2℃)。当双链中的两条链都有两个脱碱基位点，Tm平均下降17.7℃(范围从15.4℃至20.6℃)，或者与两个脱碱基位点和两个核碱基相对相比额外下降了31％。与碱基对匹配的寡核苷酸的Tm相比，将探针中两个邻-TINA分子放置在在目标的脱碱基位点对面，则Tm平均下降4.5℃(范围从3.3℃至6.4℃)。一个22-mer双链目标的两个脱碱基位点被放置在探针中的核苷酸对面，则Tm平均下降15.9℃(范围从11.2℃至21.5℃)。当探针中两个脱碱基位点被放置在目标中的脱碱基位点对面，则Tm平均下降19.6℃(范围从16.9℃至23.2℃)。或者与两
个脱碱基位点和两个核碱基相对相比额外下降23％。与碱基对匹配的双链的Tm相比，探针中两个邻-TINA分子放置在22-mer双链目标中的脱碱基位点对面，Tm平均下降5.8℃(范围从3.3℃至7.2℃)。(数据如表11和12所示)。
表11(表11＝表11a+表11b)和表12(表12＝12a+表12b)：目标中两个脱碱基位
点放置在探针中的核碱基错配、其他脱碱基位点或邻-TINA分子对面对Tm的影响。
与碱基对匹配的双链的Tm相比，一个30-mer双链目标中有三个脱碱基位点被放置探
针中的三个核苷酸对面，则Tm平均下降22.7℃(范围从21.4℃至24.3℃)。当双链中的
两条链都有三个脱碱基位点，Tm平均下降27.4℃或者与三个脱碱基位点和三个核碱基相对相比额外下降了21％。将探针中的三个邻-TINA分子放置在目标的脱碱基位点对面，其Tm与碱基对匹配的寡核苷酸的Tm相比平均下降8.5℃。一个22-mer双链目标的三个脱碱基位点被放置在探针中的核苷酸对面，则Tm平均下降27.9℃(范围从26.2℃至29.2℃)。
当探针中三个脱碱基位点被放置在目标中的脱碱基位点对面，则Tm下降30.0℃以上(确切数据超出LightCycler2.0的限值)。与碱基对匹配的双链的Tm相比，探针中三个邻-TINA分子放置在22-mer双链目标中的脱碱基位点对面，Tm平均下降11.8℃。(数据如表13所示)。
表13：目标中三个脱碱基位点放置在探针中的核碱基错配、其他脱碱基位点或
邻-TINA分子对面对Tm的影响。
参考文献
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