使用IL-17拮抗剂治疗强直性脊柱炎的方法
阅读：1发布：2021-12-29
专利汇可以提供使用IL-17拮抗剂治疗强直性脊柱炎的方法专利检索，专利查询，专利分析的服务。并且本 发明 涉及用于 治疗 强直性脊柱炎(AS)的新颖个人化疗法及方法。具体地，本发明涉及治疗患有AS的患者的方法，其通过基于该患者倾向于对接受IL-17拮抗剂治疗具有有利反应而向该AS患者选择性施用该IL-17拮抗剂，例如IL-17 抗体 ，诸如苏金单抗(secukinumab)。本文中也公开了可用于预测患有AS的患者将对接受IL-17拮抗剂(例如IL-17抗体，诸如苏金单抗)治疗有反应的可能性的诊断方法及可传送信息形式。，下面是使用IL-17拮抗剂治疗强直性脊柱炎的方法专利的具体信息内容。
1.一种选择性治疗AS患者的方法，包括基于所述患者具有选自rs2201841反应等位基因或rs11209032反应等位基因的AS反应等位基因，向该患者选择性施用治疗有效量的IL-17拮抗剂。
2.一种选择性治疗AS患者的方法，包括基于所述患者不具有选自rs30187无反应等位基因或rs27434无反应等位基因的AS无反应等位基因，向该患者选择性施用治疗有效量的IL-17拮抗剂。
3.一种选择性治疗AS患者的方法，包括：
a)基于所述患者具有选自rs2201841反应等位基因或rs11209032反应等位基因的AS反应等位基因，向该患者选择性施用治疗有效量的IL-17拮抗剂；或
b)基于所述患者不具有AS反应等位基因，向该患者选择性施用治疗有效量的其他AS药剂。
4.一种选择性治疗AS患者的方法，包括：
a)基于所述患者不具有选自rs30187无反应等位基因或rs27434无反应等位基因的AS无反应等位基因，向该患者选择性施用治疗有效量的IL-17拮抗剂；或
b)基于所述患者具有AS无反应等位基因，向该患者选择性施用治疗有效量的其他AS药剂。
5.如权利要求3或4所述的方法，其中该其他AS药剂选自NSAID、TNFα拮抗剂、柳氮磺胺吡啶、甲氨蝶呤、皮质类固醇或其组合。
6.一种使用IL-17拮抗剂选择性治疗AS患者的方法，包括：
a)基于患者具有AS反应等位基因，或基于患者不具有AS无反应等位基因，选择该AS患者接受IL-17拮抗剂治疗；及
b)其后，向该患者施用治疗有效量的该IL-17拮抗剂。
7.一种使用IL-17拮抗剂选择性治疗AS患者的方法，包括：
a)分析来自AS患者的生物样品AS反应等位基因或者AS无反应等位基因的存在或不存在；及
b)其后，
i.基于来自该患者的生物样品具有AS反应等位基因或基于来自该患者的生物样品不具有AS无反应等位基因，向该患者选择性施用治疗有效量的IL-17拮抗剂；或ii.基于来自该患者的生物样品不具有AS反应等位基因或基于来自该患者的生物样品具有AS无反应等位基因，向该患者选择性施用治疗有效量的其他AS药剂。
8.一种使用IL-17拮抗剂选择性治疗AS患者的方法，包括：
a)分析来自AS患者的生物样品AS反应等位基因或者AS无反应等位基因的存在或不存在；
b)其后，基于来自该患者的生物样品具有AS反应等位基因或基于来自该患者的生物样品不具有AS无反应等位基因，选择该AS患者接受IL-17拮抗剂治疗；及
c)其后，向该患者施用治疗有效量的该IL-17拮抗剂。
9.如权利要求7-8中任一项所述的方法，其中通过分析该生物样品中该AS无反应等位基因或该AS反应等位基因的基因组序列、该AS无反应等位基因或该AS反应等位基因的核酸产物、该AS无反应等位基因或该AS反应等位基因的多肽产物、或者该AS无反应等位基因或该AS反应等位基因的等同遗传标记物检测该AS无反应等位基因或该AS反应等位基因。
10.如权利要求7-8中任一项所述的方法，其中
a)分析该生物样品中AS无反应等位基因的存在，且进一步地，其中该AS无反应等位基因为rs30187无反应等位基因；
b)分析该生物样品中AS无反应等位基因的存在，且进一步地，其中该AS无反应等位基因为rs27434无反应等位基因；
c)分析该生物样品中AS反应等位基因的存在，且进一步地，其中该AS反应等位基因为rs2201841反应等位基因；或
d)分析该生物样品中AS反应等位基因的存在，且进一步地，其中该AS反应等位基因为rs11209032反应等位基因。
11.如前述任一项权利要求所述的方法，其中该患者此前尚未接受AS治疗，未接受TNFα拮抗剂，是TNF-IR或是TNF无反应者。
12.如权利要求7-11中任一项所述的方法，进一步包括分析自该患者获得该生物样品中至少一种AS反应蛋白的测试水平的步骤，该步骤在施用步骤之前进行。
13.如权利要求7-12中任一项所述的方法，其中该生物样品选自滑液、血液、血清、粪便、血浆、尿液、眼泪、唾液、脑脊液、白血球样品及组织样品。
14.如权利要求7-13中任一项所述的方法，其中通过选自以下的技术检测该至少一个AS无反应等位基因的存在或该AS反应等位基因的存在：Northern印迹分析、聚合酶链反应(PCR)、逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)、基于TaqMan的分析、直接测序、动态等位基因特异性杂交、高密度寡核苷酸SNP阵列、限制性片段长度多态现象(RFLP)分析、引物延伸分析、寡核苷酸连接酶分析、单链构象多态现象分析、温度梯度凝胶电泳(TGGE)、变性高效液相层析、高分辨率熔融分析、DNA错配结合蛋白质分析、 毛细电泳法、Southern印迹法、免疫分析、免疫组织化学、ELISA、流式细胞测量术、Western印迹法、HPLC及质谱。
15.如权利要求1-14任一项所述的方法，其中所述施用步骤包括向所述患者静脉内施用两或三剂约10mg/kg剂量的IL-17拮抗剂，所述剂量中的每一剂每隔一周递送。
16.如权利要求1-14任一项所述的方法，其中所述施用步骤包括每周一次、每月两次(每隔一周)、每月一次、每两个月一次或每三个月一次向所述患者皮下施用约75mg至约
300mg的剂量的IL-17拮抗剂。
17.一种选择性治疗AS患者的方法，包括：
a)分析来自AS患者的生物样品中的ERAP1表达水平、ERAP1蛋白质水平或ERAP1活性水平；及
b)其后，若该ERAP1表达水平、ERAP1蛋白质水平或ERAP1活性水平相对于对照降低，则向该患者选择性施用治疗有效量的IL-17拮抗剂。
18.如权利要求17所述的方法，其中通过分析来自该患者的生物样品中导致ERAP1表达水平、ERAP1蛋白质水平和/或ERAP1活性水平相对于对照降低的ERAP1多态现象来测量该ERAP1表达水平、该ERAP1蛋白质水平或该ERAP1活性水平。
19.一种用于治疗AS的IL-17拮抗剂，其特征在于：基于所述患者具有选自rs2201841反应等位基因和rs11209032反应等位基因的AS反应等位基因，向该患者施用治疗有效量的IL-17拮抗剂。
20.一种用于治疗AS的IL-17拮抗剂，其特征在于：基于所述患者不具有选自rs30187无反应等位基因和rs27434无反应等位基因的AS无反应等位基因，向该患者施用治疗有效量的IL-17拮抗剂。
21.如权利要求19-20中任一项所述的用途，其特征在于，该IL-17拮抗剂以三剂约
10mg/kg的剂量向有此需要的患者静脉内施用，该三个剂量中的每一剂每隔一周递送。
22.如权利要求19-20中任一项所述的用途，其特征在于，该IL-17拮抗剂以每周一次、每月两次(每隔一周)、每月一次、每两个月一次或每三个月一次约75mg至约300mg的剂量向该患者皮下施用。
23.一种预测AS患者将对接受IL-17拮抗剂治疗有反应的可能性的方法，该方法包含检测来自该患者的生物样品中：
a)选自rs30187无反应等位基因及rs27434无反应等位基因的AS无反应等位基因的存在；或
b)选自rs2201841反应等位基因及rs11209032反应等位基因的AS反应等位基因的存在，
其中该AS无反应等位基因的存在指示该患者将对接受该IL-17拮抗剂治疗有反应的可能性降低；且该AS反应等位基因的存在指示该患者将对接受该IL-17拮抗剂治疗有反应的可能性增加。
24.如权利要求23所述的方法，进一步包括从该患者获取生物样品的步骤，其中该获取步骤在检测步骤之前进行。
25.一种预测AS患者将对接受IL-17拮抗剂治疗有反应的可能性的方法，该方法包含检测来自该患者的生物样品中ERAP1表达水平、ERAP1蛋白质水平或ERAP1活性水平；其中相对于对照，ERAP1表达水平降低、ERAP1蛋白质水平降低或ERAP1活性水平降低指示该患者将对接受该IL-17拮抗剂治疗有反应的可能性增加。
26.如权利要求25所述的方法，其中通过分析来自该患者的生物样品中导致ERAP1表达水平、ERAP1蛋白质水平和/或ERAP1活性水平相对于对照降低的ERAP1多态现象来测量该ERAP1表达水平、该ERAP1蛋白质水平或该ERAP1活性水平。
27.一种选择性治疗AS患者的方法，包括：
a)基于所述患者的至少一种选自S100A8、S100A9及S100A8+S100A9的AS反应蛋白质的测试水平高于该至少一种AS反应蛋白质的对照水平，向该患者选择性施用治疗有效量的该IL-17拮抗剂；或
b)基于所述患者的至少一种AS反应蛋白质的测试水平低于该至少一种AS反应蛋白质的对照水平，向该患者选择性施用治疗有效量的其他AS药剂。
28.如权利要求27所述的方法，其中该其他AS药剂选自NSAID、TNFα拮抗剂、柳氮磺胺吡啶、甲氨蝶呤、皮质类固醇或其组合。
29.一种使用IL-17拮抗剂选择性治疗AS患者的方法，包括：
a)基于所述患者的至少一种选自S100A8、S100A9及S100A8+S100A9的AS反应蛋白质的测试水平高于该至少一种AS反应蛋白质的对照水平，选择该患者接受IL-17拮抗剂的治疗；且
b)其后，向该患者施用治疗有效量的该IL-17拮抗剂。
30.一种选择性治疗AS患者的方法，包括：
a)分析来自AS患者的生物样品中至少一种选自S100A8、S100A9及S100A8+S100A9的AS反应蛋白质的测试水平；及
b)其后，
i.基于该至少一种AS反应蛋白质的测试水平高于该至少一种AS反应蛋白质的对照水平，向该患者选择性施用治疗有效量的IL-17拮抗剂；或
ii.基于该至少一种AS反应蛋白质的测试水平低于该至少一种AS反应蛋白质的对照水平，向该患者选择性施用治疗有效量的其他AS药剂。
31.一种使用IL-17拮抗剂选择性治疗AS患者的方法，包括：
a)分析来自AS患者的生物样品中至少一种选自S100A8、S100A9及S100A8+S100A9的AS反应蛋白质的测试水平；
b)其后，基于该至少一种AS反应蛋白质的测试水平高于该至少一种AS反应蛋白质的对照水平，选择该患者接受IL-17拮抗剂治疗；以及
c)其后，向该患者选择性施用治疗有效量的IL-17拮抗剂。
32.如权利要求27-31中任一项所述的方法，其中该患者此前尚未接受AS治疗，未接受TNFα拮抗剂，是TNF-IR或是TNF无反应者。
33.如权利要求27-32中任一项所述的方法，其中进一步分析该生物样品中AS无反应等位基因、AS反应等位基因、AS风险标记物或其组合的存在。
34.如权利要求27-32中任一项所述的方法，其中通过选自免疫分析、免疫组织化学、ELISA、Western印迹法、HPLC和质谱的技术检测该AS反应蛋白质的存在。
35.如权利要求27-34中任一项所述的方法，其中所述施用步骤包括向所述患者静脉内施用两或三剂约10mg/kg剂量的IL-17拮抗剂，所述剂量中的每一剂每隔一周递送。
36.如权利要求27-34中任一项所述的方法，其中所述施用步骤包括每周一次、每月两次(每隔一周)、每月一次、每两个月一次或每三个月一次向所述患者皮下施用约75mg至约
300mg的剂量的IL-17拮抗剂。
37.用于治疗AS的IL-17拮抗剂，其特征在于，基于所述患者的至少一种选自S100A8、S100A9及S100A8+S100A9的AS反应蛋白质的测试水平高于该至少一种AS反应蛋白质的对照水平，向该患者选择性施用治疗有效量的该IL-17拮抗剂。
38.如权利要求37所述的用途，其特征在于，该IL-17拮抗剂以三剂约10mg/kg的剂量向有此需要的患者静脉内施用，该三个剂量中的每一剂每隔一周递送。
39.如权利要求37所述的用途，其特征在于，该IL-17拮抗剂以每周一次、每月两次(每隔一周)、每月一次、每两个月一次或每三个月一次约75mg至约300mg的剂量向该患者皮下施用。
40.如权利要求27-39中任一项所述的方法或用途，其中该对照水平获自预定参考标准或来自IL-17无反应者的对照生物样品。
41.如权利要求27-39中任一项所述的方法或用途，其中通过分析该至少一种AS风险蛋白的多肽产物的水平获得所述测试水平。
42.一种预测AS患者将对接受IL-17拮抗剂治疗有反应的可能性的方法，包括检测来自该患者的生物样品中至少一种选自S100A8、S100A9及S100A8+S100A9的AS反应蛋白质的测试水平，其中若该测试水平高于该至少一种AS反应蛋白质的对照水平，则该患者对接受该IL-17拮抗剂治疗有反应的可能性增加，且其中若该测试水平低于该对照水平，则该患者对接受该IL-17拮抗剂治疗有反应的可能性降低。
43.一种预测AS患者将对接受IL-17拮抗剂治疗有反应的可能性的方法，包括：
a)检测来自该患者的生物样品中至少一种选自S100A8、S100A9及S100A8+S100A9的AS反应蛋白质的测试水平；及
b)将该至少一种AS反应蛋白质的测试水平与该至少一种AS反应蛋白质的对照水平比较，其中若该测试水平高于该对照水平，则该患者对接受该IL-17拮抗剂治疗有反应的可能性增加，且其中若该测试水平低于该对照水平，则该患者对接受该IL-17拮抗剂治疗有反应的可能性降低。
44.一种产生用于预测AS患者对接受IL-17拮抗剂治疗的反应性的可传送形式信息的方法，包括：
a)基于来自该患者的生物样品中AS无反应等位基因的存在，确定该患者将对接受该IL-17拮抗剂治疗有反应的可能性降低，其中该AS无反应等位基因选自rs30187无反应等位基因及rs27434无反应等位基因；或基于来自该患者的生物样品中AS反应等位基因的存在，确定该患者将对接受该IL-17拮抗剂治疗有反应的可能性增加，其中该AS反应等位基因选自rs2201841反应等位基因及rs11209032反应等位基因；及
b)在有形或无形媒介形式上记录用于传送的该确定步骤的结果。
45.一种产生用于预测AS患者对接受IL-17拮抗剂治疗的反应性的可传送形式信息的方法，包括：
a)基于来自该患者的生物样品中相对于对照ERAP1表达水平降低、ERAP1蛋白质水平降低或ERAP1活性水平降低，确定该患者将对接受该IL-17拮抗剂治疗有反应的可能性增加；及
b)在有形或无形媒介形式上记录用于传送的该确定步骤的结果。
46.一种产生用于预测AS患者对接受IL-17拮抗剂治疗的反应性的可传送形式信息的方法，包括：
a)基于来自该患者的生物样品中S100A8、S100A9或S100A8+S100A9水平相对于对照增加，确定该患者将对接受该IL-17拮抗剂治疗有反应的可能性增加；及
b)在有形或无形媒介形式上记录用于传送的该确定步骤的结果。
47.如前述任一项权利要求所述的方法或用途，其中该IL-17拮抗剂是IL-17结合分子或IL-17受体结合分子。
48.如权利要求47所述的方法或用途，其中该IL-17结合分子或IL-17受体结合分子是IL-17结合分子。
49.如权利要求48所述的方法或用途，其中该IL-17结合分子选自：
a)与 包 含Leu74、Tyr85、His86、Met87、Asn88、Val124、Thr125、Pro126、Ile127、Val128、His129的IL-17表位结合的IL-17抗体；
b)与包含Tyr43、Tyr44、Arg46、Ala79、Asp80的IL-17表位结合的IL-17抗体；
c)与具有两条成熟IL-17蛋白质链的IL-17同二聚体的表位结合的IL-17抗体，该表位在一条链上包含Leu74、Tyr85、His86、Met87、Asn88、Val124、Thr125、Pro126、Ile127、Val128、His129，且在另一条链上包含Tyr43、Tyr44、Arg46、Ala79、Asp80；
d)与具有两条成熟IL-17蛋白质链的IL-17同二聚体的表位结合的IL-17抗体，该表位在一条链上包含Leu74、Tyr85、His86、Met87、Asn88、Val124、Thr125、Pro126、Ile127、Val128、His129，且在另一条链上包含Tyr43、Tyr44、Arg46、Ala79、Asp80，其中该IL-17结合分子的KD为约100-200pM，且其中该IL-17结合分子的体内半衰期为约23至约35天；及e)包含选自以下抗体的IL-17抗体：
i)包含示于SEQ ID NO:8的氨基酸序列的免疫球蛋白重链可变域(VH)；
ii)包含示于SEQ ID NO:10的氨基酸序列的免疫球蛋白轻链可变域(VL)；
iii)包含示于SEQ ID NO:8的氨基酸序列的免疫球蛋白VH域，及包含示于SEQ ID NO:10的氨基酸序列的免疫球蛋白VL域；
iv)包含示于SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2及SEQ ID NO:3的高变区的免疫球蛋白VH域；
v)包含示于SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5及SEQ ID NO:6的高变区的免疫球蛋白VL域；
vi)包含示于SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12及SEQ ID NO:13的高变区的免疫球蛋白VH域；
vii)包含示于SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2及SEQ ID NO:3的高变区的免疫球蛋白VH域，及包含示于SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5及SEQ ID NO:6的高变区的免疫球蛋白VL域；
viii)包含示于SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12及SEQ ID NO:13的高变区的免疫球蛋白VH域，及包含示于SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5及SEQ ID NO:6的高变区的免疫球蛋白VL域。
50.如权利要求49所述的方法或用途，其中所述IL-17结合分子是苏金单抗。
使用IL-17拮抗剂治疗强直性脊柱炎的方法
技术领域
背景技术
[0003] 强直性脊柱炎(AS)为慢性发炎性疾病，其主要特征在于涉及轴关节及双侧骶髂关节炎。AS也可牵涉外周关节及关节外器官。相关的关节外表达包括心血管及肺异常、神经后遗症及临床与亚临床胃肠道观察到的现象。降低的骨矿物质密度(BMD)为典型关节外症状，且许多AS患者尽管其年龄轻且性别为男性，仍具有骨质疏松症及随之而来的非创伤性骨折。全身性骨质疏松症以及局部骨质减少在AS中较为常见，在脊椎(41-62％)及股骨(46-86％)中骨质疏松症或骨质减少发病率高。HLA-B27抗原的存在与AS高度相关：具有欧洲血统的AS患者中90-95％携带此标记物。AS影响高达0.9％的群体，且与显著发病率及失能相关，因此成为主要的社会经济负担。
[0004] 轻度AS的一线药物疗法为非甾体类抗炎药(NSAID)。NSAID难治性AS的治疗受阻，其原因在于事实上所有的标准改善疾病抗风湿病药(DMARD)(包括甲氨蝶呤(methotrexate，MTX))对其缺乏功效。作为例外，与AS相关的外周关节炎对柳氮磺胺吡啶(sulfasalazine)反应相当好。肿瘤坏死因子(TNF)阻断剂已成功地用来治疗AS(Braun J等人(2002)Lancet 359:1187-93)且在长达三年的随访中显示延长的功效(Braun等人(2005)Rheumatology 44:670-6)。然而，在中断TNF阻断剂后，AS快速复发，表明发炎过程仅可通过TNF阻断来抑制(Baraliakos等人(2005)Arthritis Rheum 53:856-63)。此外，在整体上对长期TNF-α拮抗的短期及长期的耐受性及安全性存在担忧，最显著的是因TNF-α拮抗所引起的严重感染(例如肺结核感染)的再活化、肝毒性、心血管疾病增加、诱发(或加剧)脱髓鞘病状及恶性肿瘤发病率升高(M.Khraishi(2009)J.Rheumatol增刊82:25-32；Salliot等人(2009)Ann.Rheum.Dis.68:25-32)。
[0005] 苏金单抗(Secukinumab)(AIN457)为抑制介白素(Interleukin)-17A(IL-17)活性的高亲和力全人单克隆抗人抗体。在最近的AS概念验证(PoC)研究(AIN457A2209)中，苏金单抗已显现为用于AS患者的潜在治疗。然而，因为患者对生物治疗的反应不同且期望避免将药物提供给将对其具有抗药性的患者，所以需要开发出首先鉴别最可能得益于所选生物治疗的此类患者的AS治疗方法。发明内容
[0006] 尽管若干单核苷酸多态现象(SNP)与AS疾病病况有关(Wellcome Trust等人(2007)Nat Genet.39(11):1329-37)，但迄今尚无生物标记物被鉴别为可预测AS患者是否将对特定药物(例如IL-17拮抗剂)有反应。本文中提供用于治疗AS的新颖个人化疗法及方法，其通过首先鉴别在AS治疗期间最可能对IL-17的拮抗有利地有反应的此类患者，来将IL-17拮抗在AS群体中的益处最大化且风险最小化。此发现部分地基于以下确定：
[0007] 1)ERAP1(内质网氨基肽酶1)rs30187“T”等位基因及ERAP1 rs27434“A”等位基因(两者在本文中均称为“AS无反应等位基因”)与苏金单抗治疗期间减少的ASAS(脊柱关节炎评估(Assessment in SpondyloArthritis))40反应相关；
[0008] 2)在苏金单抗治疗之后，具有至少一个IL23R(介白素-23受体)rs11209032“G”等位基因(在本文中称为“AS反应等位基因”)的患者显示相对于仅具有rs11209032“A”等位基因的患者，巴氏强直性脊柱炎疾病活性指数(Bath Ankylosing Spondylitis Disease Activity Index，BASDAI)记分随时间而改善，且具有至少一个rs2201841“T”等位基因(在本文中也称为“AS反应等位基因”)的患者显示相对于仅具有rs2201841“C”等位基因的患者，其BASDAI记分随时间而改善；
[0010] 4)携带ERAP1风险等位基因rs30187(“T”)或rs27434(“A”)的AS患者典型地显示更高的ERAP1表达水平，而纯合的非携带者大多显示较低ERAP1转录物水平。
[0011] 我们因此预见，测试个体中这些AS无反应等位基因、AS反应等位基因及/或AS反应蛋白质中的一或多者的存在或ERAP1表达水平、ERAP1蛋白质水平或ERAP1活性水平将可用于涉及鉴别更可能对IL-17拮抗有反应的个体的多种诊断性产品及方法中，且帮助医师判断是否给患有AS的患者开IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)处方。因此，本发明的一个目标为提供通过基于患者的生化状况(biochemical profile)的某些方面向患者选择性施用治疗有效量的IL-17拮抗剂(例如IL-17抗体，诸如苏金单抗)来治疗AS的方法。本发明的另一目标为提供基于患者的生化状况的某些方面鉴别更可能对接受IL-17拮抗剂(例如IL-17抗体，诸如AINI457抗体(苏金单抗))治疗AS有反应的患者的方法。本发明的另一目标为提供基于患者的生化状况的某些方面确定AS患者将对接受IL-17拮抗剂(例如IL-17抗体，诸如苏金单抗)治疗有反应的可能性的方法。
[0012] 基于以上目标及发现，本文中公开了各种选择性治疗患有AS的患者的方法。在一些实施方案中，这些方法包含分析来自患者的生物样品中AS无反应等位基因、AS反应等位基因的存在(或不存在)及/或AS反应蛋白质水平的增加；且在此之后，若患者不具有AS无反应等位基因或若患者具有AS反应等位基因或若患者具有增加的AS反应蛋白质水平，则向患者选择性施用治疗有效量的IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)。在其他实施方案中，这些方法包含分析来自患者的生物样品中ERAP1表达水平(例如mRNA、cDNA等)、ERAP1蛋白质水平及/或ERAP1活性水平；且在此之后，若患者相对于对照，ERAP1表达水平降低、ERAP1蛋白质水平降低及/或ERAP1活性水平降低，则向患者选择性施用治疗有效量的IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)。
[0013] 本文中也公开了各种预测患有AS的患者将对接受IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)治疗有反应的可能性的方法。在一些实施方案中，这些方法包含检测来自患者的生物样品中AS无反应等位基因的存在，其中AS无反应等位基因的存在指示患者将对接受IL-17拮抗剂治疗有反应的可能性降低。在一些实施方案中，这些方法包含检测来自患者的生物样品中AS反应等位基因的存在，其中AS反应等位基因的存在指示患者将对接受IL-17拮抗剂治疗有反应的可能性增加。在一些实施方案中，这些方法包含检测来自患者的生物样品中的AS反应蛋白质水平，其中患者中AS反应蛋白质水平相对于对照AS反应蛋白质水平增加指示患者将对接受IL-17拮抗剂治疗有反应的可能性增加。在其他实施方案中，这些方法包含检测来自患者的生物样品中的ERAP1表达水平(例如mRNA、cDNA等)、ERAP1蛋白质水平及/或ERAP1活性水平；其中相对于对照，ERAP1表达水平降低、ERAP1蛋白质水平降低及/或ERAP1程度降低指示患者将对接受IL-17拮抗剂治疗有反应的可能性增加。在一些这些实施方案中，检测步骤是通过分析来自患者的生物样品中所关注的物质来进行。
[0014] 在一些实施方案中，IL-17拮抗剂为IL-17结合分子、优选人类抗体、最优选苏金单抗。
[0017] 图1显示CAIN457A2209临床试验设计。患者在第1天及第22天接受两次10mg/kg苏金单抗或安慰剂的输注。
[0018] 图2显示ERAP1 SNP rs30187无反应等位基因的携带者及非携带者的ASAS反应率的变化。
[0019] 图3显示具有不同IL23R SNP rs11209032基因型的患者的△BASDAI记分(相对于基线)的变化。
[0020] 图4显示具有不同IL23R SNP rs2201841基因型的患者的△BASDAI记分(相对于基线)的变化。
[0021] 图5显示S100蛋白质治疗反应者及无反应者的水平。对于上部图(图A-C)，使用ASAS20反应定义，而对于下部图(图D-F)，应用ASAS40。蛋白质水平针对S100A8(左)或S100A9(中间)单独地或以S100A8+S100A9总和形式(右)显示。
[0022] 图6显示对于AS患者，ERAP1风险等位基因rs30187或rs27434任一者的携带者典型地显示更高的ERAP1基因表达水平，而纯合的非携带者大多显示较低转录水平。
[0023] 发明详细说明
[0024] 术语“分析”用于指鉴别、筛选、探测、测试、测量或测定的行为，该行为可通过任何常规方法来进行。例如，可通过使用ELISA分析、Northern印迹法、成像、血清分型、细胞分型、基因测序、表型分析、单倍型分析、免疫组织化学、Western印迹法、质谱分析等分析样品中特定遗传或蛋白质标记物的存在。术语“检测”(及其类似术语)指自给定来源提取特定信息的行为，其可为直接或间接的。在本文中所公开的预测方法的一些实施方案中，在生物样品中例如通过查询数据库间接检测给定事物(例如等位基因、蛋白质水平等)的存在或不存在。术语“分析”及“测定”涵盖物质变换，例如通过使生物样品(例如血液样品或其他组织样品)经受物理测试，例如使该样品自一种状态变换成另一状态。
[0025] 术语“获得”指以任何方式、例如通过物理介入(例如活检、抽血)或非物理介入(例如经由服务器传送信息)等取得(例如拥有)。
[0026] 短语“分析生物样品”及其类似短语用以指可针对给定因子的存在或不存在(在AS无反应等位基因及AS反应等位基因的情况下)或特定因子的水平(在AS反应蛋白质的情况下)测试(直接或间接)样品。应了解，在其中物质的存在表示一种机率且物质的不存在表示不同机率的情况下，抑或该物质的存在或该物质的不存在可用于引导治疗决策。例如，可通过确定患者基因组中AS无反应等位基因的实际存在或通过确定患者基因组中AS无反应等位基因的不存在来确定患者是否具有AS无反应等位基因。在该两种情况下，均确定患者是否存在AS无反应等位基因。
[0027] 所公开的方法尤其涉及确定特定个体是否具有AS无反应等位基因、AS反应等位基因及/或AS反应蛋白质。在AS无反应等位基因或AS反应等位基因的情况下，此确定是通过鉴别患者是否存在rs30187无反应等位基因、rs27434无反应等位基因、rs11209032反应等位基因或rs2201841反应等位基因来进行。这些确定(即存在或不存在)中的每一者独立地提供患者的等位基因状态，且因此这些确定中的每一者同等地提供特定个体将或不将对IL-17拮抗更有利地有反应的指示。在AS反应蛋白质的情况下，此确定是通过测量个体中S100A8、S100A9或S100A8+S100A9蛋白质的基线水平来进行。
[0028] 应了解，本文中所公开的AS无反应等位基因(rs30187无反应等位基因及rs27434无反应等位基因)杂合或纯合的患者不太可能对IL-17拮抗有利地有反应。因此，为提供反应减少的指示，仅需要对生物样品分析一种AS无反应等位基因，但显然，可分析两种AS无反应等位基因。类似地，应了解，本文中所公开的AS反应等位基因(rs11209032反应等位基因及rs2201841反应等位基因)杂合或纯合的患者更可能对IL-17拮抗有利地有反应。因此，为提供反应增加的指示，仅需要对生物样品分析一种AS反应等位基因，但显然，可分析两种AS反应等位基因。
[0029] 除非上下文另外指示，否则关于数值x的术语“约”指+/-10％。词语“实质上”不排除“完全”，例如“实质上不含”Y的组合物可完全不含Y。需要时，可在本发明的定义中忽略词语“实质上”。
[0030] 如本文中所用的“IL-17拮抗剂”是指能够拮抗(例如减少、抑制、降低、延迟)IL-17功能、表达及/或信号传导(例如通过阻断IL-17与IL-17受体的结合)的分子。IL-17拮抗剂的非限制性实施例包括IL-17结合分子及IL-17受体结合分子。在所公开的方法、方案、试剂盒、工艺、用途及组合物的一些实施方案中，使用IL-17拮抗剂。
[0031] “IL-17结合分子”指能够单独或与其他分子联合而结合于人类IL-17抗原的任何分子。结合反应可通过标准方法(定性分析)(包括例如结合分析、竞争分析或用于测定对IL-17结合于其受体的抑制的生物分析或任何种类的结合分析)、参考阴性对照测试(其中使用具有无关特异性但理想地为同一同型的抗体(例如抗-CD25抗体))来显示。IL-17结合分子的非限制性实施例包括小分子、IL-17受体诱饵及由例如B细胞或杂交瘤所产生的抗体，及嵌合、CDR嫁接或人类抗体或其任何片段(例如F(ab')2及Fab片段)，以及单链或单域抗体。优选地，IL-17结合分子拮抗(例如减少、抑制、降低、延迟)IL-17功能、表达及/或信号传导。在所公开的方法、方案、试剂盒、工艺、用途及组合物的一些实施方案中，使用IL-17结合分子。
[0032] “IL-17受体结合分子”指能够单独或与其他分子联合而结合于人类IL-17受体的任何分子。结合反应可通过标准方法(定性分析)(包括例如结合分析、竞争分析或用于测定对IL-17受体结合于IL-17的抑制的生物分析或任何种类的结合分析)，参考其中使用具有无关特异性但理想地为同一同型的抗体(例如抗-CD25抗体)的阴性对照测试来显示。IL-17受体结合分子的非限制性实施例包括如由B细胞或杂交瘤所产生的小分子、IL-17诱饵及针对IL-17受体的抗体，及嵌合、CDR嫁接或人类抗体或其任何片段(例如F(ab')2及Fab片段)，以及单链或单域抗体。优选地，IL-17受体结合分子拮抗(例如减少、抑制、降低、延迟)IL-17功能、表达及/或信号传导。在所公开的方法、方案、试剂盒、工艺、用途及组合物的一些实施方案中，使用IL-17受体结合分子。
[0033] 如本文中所提及的术语“抗体”包括全抗体及其任何抗原结合部分或单链。天然存在的“抗体”为包含经二硫键相互连接的至少两条重(H)链及两条轻(L)链的糖蛋白。每一重链包含重链可变区(本文中缩写为VH)及重链恒定区。重链恒定区包含三个结构域，即CH1、CH2及CH3。每一轻链包含轻链可变区(本文中缩写为VL)及轻链恒定区。轻链恒定区包含一个结构域，即CL。VH及VL区可进一步再分为高变性区，称为高变区或互补决定区(CDR)，其穿插有称为框架区(FR)的更保守的区。每一VH及VL由自氨基端至羧基端按以下顺序排列的3个CDR及4个FR构成：FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、FR4。重链及轻链的可变区含有与抗原相互作用的结合域。抗体的恒定区可介导免疫球蛋白与宿主组织或因子(包括免疫系统的各种细胞(例如效应细胞)及经典补体系统的第一组分(C1q))的结合。在所公开的方法、方案、试剂盒、工艺、用途及组合物的一些实施方案中，使用针对IL-17或IL-17受体的抗体、优选针对IL-17的抗体，例如苏金单抗。
[0034] 如本文中所用的术语抗体的“抗原结合部分”是指保留特异性结合于抗原(例如IL-17)的能力的抗体片段。已显示抗体的抗原结合功能可由全长抗体的片段实现。涵盖在术语抗体的“抗原结合部分”内的结合片段的实施例包括Fab片段，由VL、VH、CL及CH1域组成的单价片段；F(ab)2片段，包含在铰链区由二硫桥键连接的两个Fab片段的二价片段；由VH及CH1域组成的Fd片段；由抗体单臂的VL及VH域组成的Fv片段；由VH域组成的dAb片段(Ward等人,1989Nature 341:544-546)；及经分离的CDR。示例性抗原结合位点包括如SEQ ID NO:1-6及11-13(表3)中所示的苏金单抗CDR，优选为重链CDR3。此外，尽管Fv片段的两个域(VL及VH)由不同基因编码，但其可使用重组法由合成连接子连接，该连接子使其能够形成其中VL及VH区配对以形成单价分子的单蛋白质链(称为单链Fv(scFv)；
参见例如Bird等人,1988Science 242:423-426；及Huston等人,1988Proc.Natl.Acad.Sci.85:5879-5883)。术语“抗体”也意欲涵盖该类单链抗体。使用本领域技术人员所知的常规技术获得单链抗体及抗原结合部分。在所公开的方法、方案、试剂盒、工艺、用途及组合物的一些实施方案中，使用针对IL-17的抗体(例如苏金单抗)或针对IL-17受体的抗体的单链抗体或抗原结合部分。
参见例如Bird等人,1988Science 242:423-426；及Huston等人,1988Proc.Natl.Acad.Sci.85:5879-5883)。术语“抗体”也意欲涵盖该类单链抗体。使用本领域技术人员所知的常规技术获得单链抗体及抗原结合部分。在所公开的方法、方案、试剂盒、工艺、用途及组合物的一些实施方案中，使用针对IL-17的抗体(例如苏金单抗)或针对IL-17受体的抗体的单链抗体或抗原结合部分。
[0035] 如本文中所用，“分离抗体”是指实质上不含其他具有不同抗原特异性的抗体的抗体(例如特异性结合IL-17的分离抗体实质上不含特异性结合除IL-17以外的抗原的抗体)。如本文中所用的术语“单克隆抗体”或“单克隆抗体组合物”是指具有单一分子组成的抗体分子制剂。如本文中所用，术语“人类抗体”意欲包括具有其中框架区与CDR区均源自人类来源的序列的可变区的抗体。“人类抗体”无需由人类、人类组织或人类细胞产生。本发明的人类抗体可包括并非由人类序列编码的氨基酸残基(例如通过体外随机或位点特异性诱变、通过在抗体基因重组期间体内接合处的N-核苷酸添加或通过体内体细胞突变而引入的突变)。在所公开的方法、方案、试剂盒、工艺、用途及组合物的一些实施方案中，IL-17拮抗剂为人类抗体、分离抗体及/或单克隆抗体。
[0036] 术语“IL-17”是指IL-17A(此前称为CTLA8)，且包括来自各种物种(例如人类、小鼠及猴)的野生型IL-17A、IL-17A的多态变体及IL-17A的功能等同物。本发明的IL-17A的功能等同物优选与野生型IL-17A(例如人类IL-17A)具有至少约65％、75％、85％、95％、96％、97％、98％或甚至99％总体序列一致性，且实质上保留诱导人类真皮纤维母细胞产生IL-6的能力。
[0037] 术语“KD”意欲指特定抗体-抗原相互作用的解离速率。如本文中所用，术语“KD”意欲指解离常数，其是自Kd与Ka的比率(也即Kd/Ka)获得且以摩尔浓度(M)表示。抗体的KD值可使用本领域充分确立的方法测定。一种用于测定抗体KD的方法是通过使用表面等离子共振或使用生物传感器系统(诸如 系统)。在一些实施方案中，IL-17拮抗剂，例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段，例如苏金单抗)或IL-17受体结合分子(例如IL-17受体抗体或其抗原结合片段)以约100-250pM的KD结合人类IL-17。
[0038] 术语“亲和力”是指抗体与抗原之间在单一抗原位点处相互作用的强度。在各抗原位点内，抗体“臂”的可变区经由弱的非共价力与抗原在多个位点处相互作用；相互作用愈大，亲和力愈强。评估抗体对各种物种的IL-17的结合亲和力的标准分析在本领域为已知的，包括例如ELISA、Western印迹法及RIA。抗体的结合动力学(例如结合亲和力)也可通过本领域已知的标准分析(诸如通过Biacore分析)来评估。
[0039] 如本文中所用，术语“个体”及“患者”包括任何人类或非人类动物。术语“非人类动物”包括所有脊椎动物，例如哺乳动物及非哺乳动物，诸如非人类灵长类动物、羊、狗、猫、马、牛、鸡、两栖动物、爬行动物等。
[0040] 如根据本领域已知且本文中所述的方法所确定抗体“抑制”这些IL-17功能特性(例如生物化学、免疫化学、细胞、生理学或其他生物活性或其类似特性)中的一或多者应理解为特定活性相对于在不存在抗体的情况下(或在存在具有无关特异性的对照抗体时)所观察到的特定活性在统计学上显著降低。抑制IL-17活性的抗体在统计学上显著降低所测量参数例如至少10％、至少50％、80％或90％，且在所公开的方法、用途、工艺、试剂盒及组合物的某些实施方案中，所用IL-17抗体可抑制大于95％、98％或99％的IL-17功能活性。
[0041] 如本文中所用的“抑制IL-6”是指IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)减少初级人类真皮纤维母细胞产生IL-6的能力。初级人类(真皮)纤维母细胞中的IL-6产生视IL-17而定(Hwang等人,(2004)Arthritis Res Ther；6:R120-128)。简言之，在各种浓度的具有Fc部分的IL-17结合分子或人类IL-17受体存在下以重组IL-17刺激人类真皮纤维母细胞。宜使用嵌合抗-CD25抗体 (巴利昔单抗(basiliximab))作为阴性对照。在刺激16小时后取得上清液且通过ELISA针对IL-6进行分析。当如上文测试(也即针对人类真皮纤维母细胞中由hu-IL-17所诱导的IL-6产生来测量该抑制活性)时，如本文中所公开的IL-17拮抗剂，例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段，例如苏金单抗)或IL-17受体结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段)抑制IL-6产生(在
1nM人类IL-17存在下)的IC50典型地为约50nM或50nM以下(例如约0.01nM至约50nM)。
在所公开的方法、方案、试剂盒、工艺、用途及组合物的一些实施方案中，IL-17拮抗剂，例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段，例如苏金单抗)或IL-17受体结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段)及其功能衍生物如上文所定义抑制IL-6产生的IC50为约20nM或20nM以下、约10nM或10nM以下、约5nM或5nM以下、约2nM或2nM以下、或约1nM或1nM以下。
1nM人类IL-17存在下)的IC50典型地为约50nM或50nM以下(例如约0.01nM至约50nM)。
在所公开的方法、方案、试剂盒、工艺、用途及组合物的一些实施方案中，IL-17拮抗剂，例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段，例如苏金单抗)或IL-17受体结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段)及其功能衍生物如上文所定义抑制IL-6产生的IC50为约20nM或20nM以下、约10nM或10nM以下、约5nM或5nM以下、约2nM或2nM以下、或约1nM或1nM以下。
[0042] 除非另有指示，术语“衍生物”用以定义本发明的IL-17拮抗剂，例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段，例如苏金单抗)或IL-17受体结合分子(例如IL-17受体抗体或其抗原结合片段)的例如具有特定序列(例如可变域)的氨基酸序列变体及共价修饰(例如聚乙二醇化、脱酰氨化、羟基化、磷酸化、甲基化等)。“功能衍生物”包括具有与所公开的IL-17拮抗剂(例如IL-17结合分子)相同的定性生物活性的分子。功能衍生物包括如本文中所公开的IL-17拮抗剂的片段及肽类似物。片段包含本发明多肽的序列内(例如具有特定序列)的区域。本文中所公开的IL-17拮抗剂的功能衍生物(例如苏金单抗的功能衍生物)优选包含与本文中所公开的IL-17结合分子的VH及/或VL序列(例如表3的VH及/或VL序列)具有至少约65％、75％、85％、95％、96％、97％、98％或甚至99％总体序列一致性的VH及/或VL域，且实质上保留结合人类IL-17或例如抑制IL-17诱导人类真皮纤维母细胞产生IL-6的能力。
[0043] 短语“实质上一致”指相关氨基酸或核苷酸序列(例如VH或VL域)相比于特定参考序列一致或具有非实质差异(例如经由保守氨基酸取代)。非实质差异包括微小的氨基酸变化，诸如特定区(例如VH或VL域)的5个氨基酸组成的序列中的1或2个氨基酸的取代。在抗体的情况下，第二抗体具有与其相同特异性且具有其亲和力的至少50％。与本文中所公开的序列实质上一致(例如至少约85％序列一致性)的序列也为本申请的一部分。在一些实施方案中，衍生IL-17抗体(例如苏金单抗的衍生物，例如苏金单抗生物类似抗体)相对于所公开的序列的序列一致性可为约90％或90％以上，例如90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或99％以上。
[0044] 关于天然多肽及其功能性衍生物的“一致性”在本文中定义为在比对序列且必要时引入空隙以达成最大一致性百分比，且不将任何保守取代视作序列一致性的一部分后，候选序列中与相应天然多肽的残基一致的氨基酸残基的百分比。N端或C端延伸及插入均不应视作会降低一致性。用于比对的方法及计算机程序为熟知的。一致性百分比可通过标准比对算法来测定，例如Altshul等人((1990)J.Mol.Biol.,215:403410)所述的基础局部比对搜索工具(Basic Local Alignment Search Tool，BLAST)；Needleman等人((1970)J.Mol.Biol.,48:444453)的算法；或Meyers等人((1988)Comput.Appl.Biosci.,4:1117)的算法。一组参数可为Blosum62计分矩阵，其中空隙罚分为12分，空隙扩展罚分为4分，且读框转移空隙罚分为5分。也可使用E.Meyers及W.Miller((1989)CABIOS,4:11-17)的算法(其已并入ALIGN程序(2.0版)中)，使用PAM120权重残基表、12分的空隙长度罚分及4分的空隙罚分来测定两个氨基酸或核苷酸序列之间的一致性百分比。
[0045] “氨基酸”是指例如所有天然存在的L-α-氨基酸，且包括D-氨基酸。短语“氨基酸序列变体”是指与本发明的序列相比在氨基酸序列中具有一些差异的分子。本发明多肽的例如具有特定序列的氨基酸序列变体仍能够结合人类IL-17或例如抑制IL-17诱导人类真皮纤维母细胞产生IL-6。氨基酸序列变体包括取代型变体(在本发明的多肽中移除至少一个氨基酸残基且在其相同位置处插入不同氨基酸的变体)、插入型变体(在本发明的多肽中与特定位置处的氨基酸直接相邻地插入一或多个氨基酸的变体)及缺失型变体(在本发明的多肽中移除一或多个氨基酸的变体)。
[0046] 术语“药学上可接受的”指不会干扰活性成分的生物活性的有效性的无毒物质。
[0047] 关于化合物(例如IL-17结合分子或另一试剂)的术语“施用”用于指通过任何途径向患者递送该化合物。
[0048] 如本文中所用，“治疗有效量”是指IL-17拮抗剂，例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段，例如苏金单抗)或IL-17受体结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段)在向患者(诸如人类)施用单次或多次剂量后有效治疗、预防、预防发作、治愈、延迟病症或复发病症、降低其严重程度、改善其至少一种症状，或延长患者存活超过在不存在该治疗下所预期的存活的量。当应用于单独施用的个别活性成分(例如IL-17拮抗剂，例如苏金单抗)时，该术语是指单独该成分。当应用于组合时，该术语是指无论连续还是同时以组合方式施用，产生治疗作用的活性成分的组合量。
[0049] 术语“治疗(名词)”或“治疗(动词)”是指预防性(prophylactic)或防治性(preventative)治疗以及治愈性或疾病改善性治疗，包括治疗有感染疾病的风险或疑似已感染疾病的患者以及患病或已经诊断为患有疾病或医学病况的患者，且包括抑制临床复发。可向患有医学病症或最终会患上该病症的患者施用该治疗，以便预防、治愈、延迟发作病症或复发病症、降低其严重程度或改善其一或多种症状，或以便延长患者存活超过在不存在该治疗下所预期的存活。
[0050] 短语“对治疗有反应”用以指在递送特定治疗(例如IL-17结合分子(例如苏金单抗))后，患者显示来自该治疗的临床上有意义的益处。在AS的情况下，该益处可通过多种标准来测量，例如ASAS20、ASAS40、ASAS 5/6、BASDAI等。(参见例如Zoching等人(2007)Curr.Opin.Rheumatol.19:346-50及实施例1)。所有该类标准均为AS患者是否对给定治疗有反应的可接受量度。短语“对治疗有反应”意欲理解为比较地，而非绝对地反应。例如，预测具有AS无反应等位基因的患者自用IL-17拮抗剂治疗获得的益处比不具有AS无反应等位基因的患者少。类似地，预测具有AS反应等位基因的患者自用IL-17拮抗剂治疗获得的益处比不具有AS反应等位基因的患者多。这些AS无反应等位基因的非携带者及AS反应等位基因的携带者对接受IL-17拮抗剂治疗更有利地有反应，且可简单称为“对”用IL-17拮抗剂“治疗有反应”。
[0051] 如本文中所用，短语“强直性脊柱炎”及其缩写“AS”是指特征为慢性关节(其可包括脊椎及骨盆中的骶髂)发炎且可导致最终脊椎融合的发炎性关节炎。可以使用经修改的纽约AS标准或ASAS轴SPA标准(2009)将患者诊断为患有AS。
[0052] 如本文中所用，关于患者的“选择”用以指特定患者是基于(由于)特定患者具有预定标准(例如患者不具有AS无反应等位基因或患者具有AS反应等位基因)而自较大患者群体中特定地选出。类似地，“选择性治疗患有AS的患者”是指向基于(由于)特定患者具有预定标准(例如患者不具有AS无反应等位基因或患者具有AS反应等位基因)而自较大患者群体特定地选出的AS患者提用于治疗。类似地，“选择性施用”是指向基于(由于)特定患者具有预定标准(例如患者不具有AS无反应等位基因或患者具有AS反应等位基因)而自较大患者群体特定地选出的AS患者施用药物。选择、选择性治疗及选择性施用指基于患者的生物学向患者递送针对AS的个人化疗法，而非仅仅基于患有AS疾病来递送标准治疗方案。
[0053] 如本文中所用，“预测”指示本文中所述的方法提供信息以使医疗提供者能够确定患有AS的个体将对接受IL-17结合分子治疗有反应或将对接受IL-17结合分子治疗更有利地有反应的可能性。其并非指能够以100％精确度预测反应。实际上，本领域技术人员将了解其指增加的机率。
[0054] 如本文中所用，“可能性”及“可能的”为事件发生的机率的量度。其可与“机率”互换使用。可能性是指大于猜测但小于必然的机率。因此，若一理性的人员使用常识、训练或经验得出在给定情况下事件有可能发生的结论，则事件为可能的。在一些实施方案中，一旦确定可能性，则患者可用IL-17结合分子治疗(或继续治疗，或在增加剂量下进行治疗)，或患者不可用IL-17结合分子治疗(或中断治疗，或在降低剂量下进行治疗)。
[0055] 短语“可能性增加”是指事件发生的机率增加。例如，本文中的一些方法允许预测相比于具有AS无反应等位基因的AS患者或不具有AS反应等位基因的AS患者，患者是否将显示对接受IL-17结合分子治疗有反应的可能性增加或对接受IL-17结合分子治疗更好地有反应的可能性增加。
[0056] 短语“可能性降低”是指事件发生的机率降低。例如，本文中的方法允许预测相比于不具有AS无反应等位基因的AS患者或不具有AS反应等位基因的AS患者，患者是否将显示对接受IL-17结合分子治疗有反应的可能性降低或对接受IL-17结合分子治疗更好地有反应的可能性降低。
[0057] 如本文中所用，“SNP”是指“单核苷酸多态现象”。单核苷酸多态现象为当基因组中的单核苷酸(或其他共享序列)在生物物种的成员或个体的成对染色体之间不同时出现的DNA序列变异。大部分SNP仅具有两个等位基因，且一个在该群体中通常更为常见。SNP可存在于基因的外显子或内含子、基因的上游或下游非翻译区中，或在纯粹基因组位置(也即非转录)处。当SNP出现于基因的编码区中时，SNP可由于遗传密码的冗余而为沉默的(也即同义多态现象)，或SNP可引起所编码的多肽的序列变化(也即非同义多态现象)。在本发明中，SNP是通过其单核苷酸多态现象数据库(dbSNP)rs编号(例如rs30187)来鉴别。dbSNP为由国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information，NCBI)与国家人类基因组研究所(National Human Genome Research Institute，NHGRI)合作开发且主办的关于不同物种内及之间的遗传变异的免费公共文件文件。
[0058] 通常在多态位点(诸如SNP)前面与后面均是所关注的群体的基因组中的保守序列，且因此多态位点通常可参考包夹多态位点的共同核酸序列(例如三十至六十个核苷酸)定位，该共同核酸序列在SNP的情况下通常称为“SNP背景序列”。关于本文中所公开的SNP的背景序列可见于在www.ncbi.nlm.nih.gov/snp上可获得的NCBI SNP数据库中。或者，多态位点的位置可通过其在参考序列(例如GeneBank登记)中相对于基因起始、mRNA转录物、BAC克隆或甚至相对于蛋白质翻译的起始密码子(ATG)的位置来鉴别。本领域技术人员了解，特定多态位点的位置可不出现于所关注的群体中每一个体中的参考或背景序列的准确相同位置处，这是因为与共同或参考序列相比在该个体中存在一或多个插入或缺失。本领域技术人员的惯常做法为，当本领域技术人员提供有待检测的多态位点处的替代性等位基因的身份及其中出现多态位点的参考序列或背景序列中的一或两者时，设计用于检测任何给定个体中的多态位点处的替代性等位基因的强力的、特定的且精确的分析。因此，本领域技术人员应了解，参照参考或情形序列中的特定位置(或相对于此类序列中的起始密码子)说明本文中所述的任何多态位点的位置仅为方便起见，且任何特定列举的核苷酸位置字面上包括在使用本文中所述的任何基因分型方法或本领域熟知的其他基因分型方法测试本发明的遗传标记物存在或不存在的任何个体中相同基因座中的相同多态位点实际上定位的任何核苷酸位置。
[0059] 除了SNP的外，遗传多态现象包括出现于基因增强子、外显子、内含子、启动子、5'UTR、3'UTR等中的转位、插入、取代、缺失等。
[0060] 如实施例中所示，已确定，ERAP1(内质网氨基肽酶1)rs30187“T”等位基因及ERAP1 rs27434“A”等位基因与苏金单抗治疗期间ASAS40反应减少相关。“ERAP1”(也称为ARTS1)是指人类ERAP1基因，其编码内质网氨基肽酶，一种与MHC 1类分子上的抗原呈递之前的肽抗原前体修整有关的酶。ERAP1也已证实促进TNFR1、ILRII(诱捕受体)及IL-6Rα的胞外域排出，从而影响发炎性信号传导。ERAP1基因定位于染色体5上，且某些ERAP1 SNP已显示与AS相关(Wellcome Trust等人(2007)Nat Genet.39(11):1329-37)。
[0061] 如本文中所用，“rs30187”是指定位于染色体5上的人类ERAP1基因中的T/C SNP，其与AS及多发性硬化症(MS)两者相关(Wellcome Trust等人(2007)Nat Genet.39(11):1329-37；M.Brown(2008)Rheumatology 47(2):132-7；Guerini等人(2012)PLoS One 7(1)e29931)。rs30187多态位点定位于以下各处：染色体位置96,150,086(NCBI基因组构筑36.3)；示于GeneBank登记编号NG_027839.1的人类ERAP1基因的位置30,519；示于GeneBank登记编号NM_001198541的人类ERAP1转录物变体3mRNA的位置1,688；示于GeneBank登记编号NM_001040458的人类ERAP1转录物变体2 mRNA的位置1,930；编码示于GeneBank登记编号NP_057526.3的人类ERAP1蛋白质的氨基酸528的密码子。rs30187C等位基因编码具有降低的催化性质的ERAP1的Lys528Arg变体，且与AS发病率降低相关。
(Kochan等人(2011)Proc Natl Acad Sci U S A.108(19):7745-50)。rs30187 SNP为ERAP1基因中已经显示与AS相关的若干SNP之一。(参见Wellcome Trust等人(2007)Nat Genet.39(11):1329-37；M.Brown(2008)Rheumatology 47(2):132-7)。与AS相关的其他ERAP1 SNP包括rs27044、rs27434、rs17482078、rs10050860及rs2287987。rs30187的各“T”疾病等位基因使患有AS的几率增加约1.4倍(表1a)。
(Kochan等人(2011)Proc Natl Acad Sci U S A.108(19):7745-50)。rs30187 SNP为ERAP1基因中已经显示与AS相关的若干SNP之一。(参见Wellcome Trust等人(2007)Nat Genet.39(11):1329-37；M.Brown(2008)Rheumatology 47(2):132-7)。与AS相关的其他ERAP1 SNP包括rs27044、rs27434、rs17482078、rs10050860及rs2287987。rs30187的各“T”疾病等位基因使患有AS的几率增加约1.4倍(表1a)。
[0062] 如本文中所用，术语“rs27434”是指人类ERAP1基因中的A/G SNP。(Lin等人(2011)J Rheumatol.38(2):317-21)。rs27434多态位点定位于以下各处：示于GeneBank登记编号NG_027839.1的人类ERAP1基因的位置25,337(示于GeneBank登记编号NM_016442.3的人类ERAP1mRNA的位置1,415；编码示于GeneBank登记编号NP_057526.3的人类ERAP1蛋白质的氨基酸356的密码子)。rs27434 SNP为ERAP1蛋白质的Ala356的密码子中出现的同义多态现象。(Harvey等人(2009)Hum.Mol.Genet.18(21):4204-4212)。
rs27434的各“A”疾病等位基因使患有AS的几率增加约1.19倍(表1a)。
rs27434的各“A”疾病等位基因使患有AS的几率增加约1.19倍(表1a)。
[0063] 如本文中所用的短语“AS无反应等位基因”是指rs30187多态位点处的T等位基因(在非编码链的情况下为A等位基因)(“rs30187无反应等位基因”)；及rs27434多态位点处的A等位基因(在非编码链的情况下为T等位基因)(“rs27434无反应等位基因”)。这些等位基因显示于表1a中。在所公开的方法、用途及试剂盒的一些实施方案中，患者具有至少一个AS无反应等位基因。
[0064]
[0065] 表1a：AS无反应等位基因。
[0066]
[0067]
[0068] 表1b：AS反应等位基因。*＝基于CC相对于CT+TT，而非基于C等位基因计算的几率比。
[0069] 对于表1a及1b，可如下找到几率比(第6列)：rs27434：TASC等人(2010)Nat Genet.42(2):123-2；rs30187：Wellcome Trust等人(2007)Nat Genet.39(11):1329-37；rs11209032：Wellcome Trust 等 人 (2007)Nat Genet.39(11):1329-37；rs2201841：
Safrany等人(2009)Scand J Immunology 70(1):68-74。
Safrany等人(2009)Scand J Immunology 70(1):68-74。
[0070] 如实施例中所示，在苏金单抗治疗之后，具有至少一个IL23R(介白素-23受体)rs11209032“G”等位基因的患者显示相对于仅具有rs11209032“A”等位基因的患者，巴氏强直性脊柱炎疾病活性指数(BASDAI)记分随时间而改善，且具有至少一个rs2201841“T”等位基因的患者显示相对于仅具有rs2201841“C”等位基因的患者，BASDAI记分随时间而改善。“IL23R”是指人类介白素23受体基因，其编码IL-23细胞因子(一种由树突状细胞及巨噬细胞产生的细胞因子)的受体，且其促进基质金属蛋白酶MMP9的上调、增加血管生成且减少CD8+T细胞浸润。IL-23与IL-6及TGF-β1一起刺激原始CD4+T细胞分化成不同于经典Th1及Th2细胞的新细胞子集，称为Th17细胞。Th17细胞产生IL-17，IL-17为一种促炎性细胞因子，其增强T细胞激活且刺激促炎性分子(诸如IL-1、IL-6、TNF-α、NOS-2及引起发炎的趋化因子)产生。IL23R基因定位于染色体1上，且某些IL23R SNP已显示与AS及RA相关(Wellcome Trust等人(2007)Nat Genet.39(11):1329-37；Farago等人(2008)Ann Rheum Dis.67(2):248-50)。
[0071] 如本文中所用，“rs11209032”是指在人类IL23R基因下游的与AS相关的A/GSNP。(Wellcome Trust等人(2007)Nat Genet.39(11):1329-37；M.Brown(2008)Rheumatology
47(2):132-7；Lee等人(2012)Inflamm.Res.61(2):143-9)。rs11209032多态位点定位于GRCh37.p5(基因组参考序列联盟人类基因组构筑37)的位置67740092处。rs11209032 SNP为IL23R基因附近或IL23R基因中已显示与AS相关的若干SNP之一。(参见Wellcome Trust等 人 (2007)Nat Genet.39(11):1329-37；M.Brown(2008)Rheumatology 47(2):132-7)。
与AS相关的其他IL23R SNP包括rs11209026、rs1004819、rs10489629、rs11465804、rs1343151、rs10889677。rs11209032的各“A”疾病等位基因使患有AS的几率增加约1.3倍(表1b)。
47(2):132-7；Lee等人(2012)Inflamm.Res.61(2):143-9)。rs11209032多态位点定位于GRCh37.p5(基因组参考序列联盟人类基因组构筑37)的位置67740092处。rs11209032 SNP为IL23R基因附近或IL23R基因中已显示与AS相关的若干SNP之一。(参见Wellcome Trust等 人 (2007)Nat Genet.39(11):1329-37；M.Brown(2008)Rheumatology 47(2):132-7)。
与AS相关的其他IL23R SNP包括rs11209026、rs1004819、rs10489629、rs11465804、rs1343151、rs10889677。rs11209032的各“A”疾病等位基因使患有AS的几率增加约1.3倍(表1b)。
[0072] 如本文中所用，“rs2201841”是指定位于人类IL23R基因的内含子内的与AS相关的C/T SNP。(Lee等人(2012)Inflamm.Res.61(2):143-9)。rs11209032多态位点定位于GRCh37.p5的位置67694202处，其为示于GeneBank登记编号NG_011498.1的人类IL23R基因的位置67,034。rs2201841的“CC”基因型使患有AS的几率增加约2.12(表1b)。
[0073] 如本文中所用，短语“rs11209032(A；G)基因型”是指其中患者在rs11209032多态位点处具有一个A等位基因及一个G等位基因的杂合基因型，短语“rs11209032(A；A)基因型”是指其中患者在rs11209032多态位点处具有两个A等位基因的纯合的基因型，且短语“rs11209032(G；G)基因型”是指其中患者在rs11209032多态位点处具有两个G等位基因的纯合的基因型。如本文中所用，短语“rs2201841(C；T)基因型”是指其中患者在rs2201841多态位点处具有一个C等位基因及一个T等位基因的杂合基因型，短语“rs2201841(C；C)基因型”是指其中患者在rs2201841多态位点处具有两个C等位基因的纯合的基因型，且短语“rs2201841(T；T)基因型”是指其中患者在rs2201841多态位点处具有两个T等位基因的纯合的基因型。在所公开的方法、用途及试剂盒的一些实施方案中，患者具有rs11209032(A；G)基因型、rs11209032(A；A)基因型或rs11209032(G；G)基因型。在所公开的方法、用途及试剂盒的一些实施方案中，患者具有rs2201841(C；T)基因型、rs2201841(C；C)基因型或rs2201841(T；T)基因型。
[0074] 如本文中所用的短语“AS反应等位基因”是指rs11209032多态位点处的G等位基因(在非编码链的情况下为C等位基因)(“rs11209032反应等位基因”)；及rs2201841多态位点处的T等位基因(在编码链的情况下为A等位基因)(“rs2201841反应等位基因”)。这些等位基因显示于表1b中。在所公开的主题的一些实施方案中，患者具有至少一个AS反应等位基因。
[0075] 如本领域技术人员所认识，含有特定SNP的核酸样品可以是互补的双链分子，且因此提及有义链上的特定位点同样是指互补反义链上的相应位点。类似地，提及染色体一条链的两个拷贝上的SNP所获得的特定基因型等同于另一条链的两个拷贝上的相同SNP所获得的互补基因型。因此，例如，ERAP1基因的编码链上的rs30187多态位点的C/C基因型等同于非编码链上的该多态位点的G/G基因型。
[0076] 如本文中所用，短语“AS风险标记物”是指表2中所示的多态位点及等位基因，其可用于进一步将具有增加(或降低)的对接受IL-17拮抗剂治疗有反应的可能性的患者分层。应了解，表2中的AS风险标记物可单独或与表1的AS无反应等位基因及AS反应等位基因组合用于预测AS患者对IL-17结合分子(例如苏金单抗)的反应。在一些实施方案中，分析来自患者的生物样品中AS无反应等位基因及/或AS反应等位基因及，任选地，AS风险标记物的存在。表2中与AS疾病相关的AS风险标记物等位基因以加粗加大字体显示于第3行中。
[0077]
[0078] 表2：AS风险标记物
[0079] 如本文中所用，“S100A8”是指由人类S100A8基因编码的人类蛋白质(也称为移动抑制因子相关蛋白质8(MRP-8)或钙粒蛋白(calgranulin)-A)。由此基因编码的该蛋白质为含有2个EF手钙结合基元的S100蛋白家族的成员。S100蛋白质定位于广泛范围细胞的细胞质及/或细胞核中，且参与调节多种细胞过程，诸如细胞周期进程及分化。S100基因包括至少13个成员，其呈簇状定位于染色体1q21上。此蛋白质可用于抑制酪蛋白激酶且充当细胞因子。如本文中所用，“S100A9”是指由人类S100A9基因编码的人类蛋白质(也称为移动抑制因子相关蛋白质14(MRP-14)或钙粒蛋白-B)。S100A8与S100A9复合(同义词：S100A8/S100A9、S100A8+S100A9、钙粒蛋白A/B、钙卫蛋白(Calprotectin))，以尤其通过结合于Toll样受体及晚期糖基化终产物受体来调节骨髓细胞功能(Boyd等人(2008)Circ.Res.102(10)1239-46)，调节血管发炎且促进白血球募集(Croce等人(2009)Circulation120(5):427-36)，且控制嗜中性白血球及巨噬细胞积聚、巨噬细胞细胞因子产生及SMC增殖。S100A8及S100A9的单体形式以及钙粒蛋白为人类中某些发炎性疾病(尤其类风湿性关节炎)的标记物蛋白质(Baillet等人(2010)Rheumatology 49:671-82；Chang等人(2009)J.Rheumatol.36:872-880；de Seny等人(2008)Clin.Chem.54(6):1066-75；Tilleman等人(2005)Proteomics 5(8):2247-57)。近来已报导，钙卫蛋白水平，尽管在AS患者的粪便中时常升高，但在大部分AS患者的血清中正常(Klingberg等人,Scand.J.Gastro.,Early Online 1-10(2012年1月10日)。如本文中所用，术语“S100A9+S100A8”是指S100A8水平及S100A9水平的总和。
[0080] 如实施例中所示，已确定S100A8、S100A9及S100A8+S100A9的升高基线血清水平与苏金单抗治疗期间ASAS20及40反应增加相关。短语“AS反应蛋白质”包括S100A8、S100A9及S100A8+S100A9。当评估S100A8+S100A9的水平时，可将S100A8水平与S100A9水平求和。因此，例如，S100A8+S100A9的测试水平与S100A8+S100A9的对照水平的比较可通过将测试样品中S100A8水平及S100A9水平的总和与对照样品中S100A8水平与S100A9水平的总和比较来达成。作为替代方案，可通过例如使用ELISA分析直接测量未还原S100A8+S100A9复合物的水平来评估样品中S100A8+S100A9的水平。在一些实施方案中，相比于对照，个体的S100A8、S100A9及/或S100A8+S100A9水平增加。
[0081] 测试样品及对照样品中S100A8、S100A9及S100A8+S100A9的水平可通过分析该类样品中S100A8及/或S100A9蛋白质的水平来测定。“测试水平”(直接或间接)获自来自所关注的AS患者的生物样品。“对照水平”(直接或间接)获自对照生物样品或预定参考标准(例如IL-17拮抗剂无反应者患者或一般群体中分析物的参考浓度)。对照生物样品(直接或间接)获自由已知不对接受IL-17拮抗剂治疗有反应的AS患者(“IL-17拮抗剂无反应者”)获得的生物样品。适用的非限制性对照包括例如无反应者中AS反应蛋白质的参考浓度；来自无反应者群体的匹配样品中AS反应蛋白质的平均浓度；例如95％的无反应者低于其的AS反应蛋白质的浓度；或外加的替代基质中的特定蛋白质水平，其反映无反应者中的水平。替代基质定义为不含有所关注的分析物但以其他方式尽可能接近地反映原始基质的属性的基质(例如血浆)。随后将分析物(例如S100A8+S100A9)以确定浓度加至此基质中。在所公开的方法、用途及试剂盒的一些实施方案中，对照水平获自来自IL-17无反应者的预定参考标准或对照生物样品。
[0082] AS反应蛋白质的测试与对照水平的比较可确定AS反应蛋白质(或其组合)的测试水平高于还是低于相应AS反应蛋白质(或其组合)的对照水平。如本文中所用，“高于”指较大值。如本文中所用，“低于”指较小值。在一些实施方案中，测试水平高于对照水平。在一些实施方案中，测试水平为高于对照水平至少约20％、25％、30％、35％、40％、45％、
50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％。
50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％。
[0083] 在一些实施方案中，分析来自患者的生物样品中S100A8、S100A9或S100A8与S100A9的水平以及AS无反应等位基因及/或AS反应等位基因(及任选地AS风险标记物)的存在。
[0084] 如本文中所用，“基因组序列”是指存在于基因组中的DNA序列，且包括等位基因内的区、等位基因本身或含有所关注的等位基因的染色体的较大DNA序列。AS无反应等位基因、AS风险标记物、AS风险蛋白质及AS反应等位基因的产物包括核酸产物及多肽产物。“多肽产物”是指由AS无反应等位基因或AS反应等位基因编码的多肽及其片段。“核酸产物”是指AS无反应等位基因或AS反应等位基因的任何DNA(例如基因组、cDNA)或RNA(例如前mRNA、mRNA、miRNA)产物及其片段。在AS风险蛋白质的情况下，“多肽产物”是指S100A8、S100A9或S100A8+S100A9蛋白质或其片段。
[0085] “等同遗传标记物”是指与所关注的等位基因相关的遗传标记物，例如其显示连锁不平衡(LD)或与所关注的等位基因遗传连锁。等同遗传标记物可用于确定患者是否具有AS无反应等位基因及/或AS反应等位基因，而非关于AS无反应等位基因及/或AS反应等位基因本身直接检测来自患者的生物样品。关于ERAP1以内及周围的广泛LD的信息可见于例如Harvey等人(2009)Hum.Mol.Genet.18(21):4204-4012中。
[0086] 术语“探针”是指适用于特异性检测另一物质(例如与AS无反应等位基因或AS反应蛋白质相关的物质)的任何相关组合物。探针可为特异性杂交于AS无反应等位基因的基因组序列(包括结合的寡核苷酸)或AS无反应等位基因的核酸产物(例如mRNA)的寡核苷酸。结合的寡核苷酸是指共价结合于发色团或含有配体的分子(例如抗原)且对受体分子(例如对抗原具特异性的抗体)具高度特异性的寡核苷酸。探针也可为PCR引物，例如与另一引物一起用于扩增AS无反应等位基因或AS反应等位基因内的特定区。此外，探针可为特异性结合于AS无反应等位基因、AS无反应等位基因、AS反应等位基因或AS反应蛋白质的多肽产物的抗体。此外，探针可为能够检测(例如结合或杂交)AS无反应等位基因或AS反应等位基因的等同遗传标记物的任何相关组合物。在优选实施方案中，探针特异性杂交于核酸序列或特异性结合于多肽序列。
[0087] 短语“特异性杂交”用于指在严格杂交条件下杂交。严格条件为本领域技术人员所知且可见于Current Protocols in Molecular Biology,John Wiley&Sons,N.Y.(1989),6.3.1-6.3.6中。水性及非水性方法描述于该参考文献中且可使用任一者。严格杂交条件的一个实施例为在6×氯化钠/柠檬酸钠(SSC)中于约45℃下杂交，继而在0.2×SSC、0.1％SDS中于50℃下洗涤至少一次。严格杂交条件的第二实施例为在6×SSC中于约45℃下杂交，继而在0.2×SSC、0.1％SDS中于55℃下洗涤至少一次。严格杂交条件的另一实施例为在6×SSC中于约45℃下杂交，继而在0.2×SSC、0.1％SDS中于60℃下洗涤至少一次。严格杂交条件的另一实施例为在6×SSC中于约45℃下杂交，继而在0.2×SSC、
0.1％SDS中于65℃下洗涤至少一次。高度严格条件包括在0.5M磷酸钠、7％SDS中于65℃下杂交，继而在0.2×SSC、1％SDS中于65℃下洗涤至少一次。
0.1％SDS中于65℃下洗涤至少一次。高度严格条件包括在0.5M磷酸钠、7％SDS中于65℃下杂交，继而在0.2×SSC、1％SDS中于65℃下洗涤至少一次。
[0088] 短语“核酸的区”用于指示较大核酸序列内的较小序列。例如，基因为染色体的区，外显子为基因的区等。
[0089] 在多肽的情况下，术语“特异性结合”用以指探针结合给定多肽标靶(例如AS无反应等位基因或AS反应蛋白质的多肽产物)而非随机地结合非所期望的多肽。然而，“特异性结合”不排除与非所期望的多肽的一些交叉反应性，只要该交叉反应性不干扰探针提供对给定多肽标靶的存在或不存在的适用量度的能力即可。
[0090] 术语“能够”用以指达成给定结果的能力，例如能够检测特定物质的存在的探针指探针可用于检测特定物质。
[0091] “寡核苷酸”是指短核苷酸序列，例如2-100个碱基。
[0092] 如本文中所用的术语“生物样品”是指来自患者的可用于鉴别、诊断、预测或监测目的的样品。优选测试样品包括滑液、血液、血液衍生产物(诸如白血球层、血清及血浆)、淋巴、尿液、眼泪、唾液、脑脊液、口腔抹片、粪便、毛球细胞、滑液、滑液细胞、痰或组织样品。另外，本领域技术人员将认识到，一些测试样品在部分分离或纯化程序(例如自全血分离DNA)后将更容易分析。
[0093] 短语“此前已经AS治疗”及“具有此前AS治疗”及其类似短语用以指患者此前已经历例如使用AS试剂的AS疗法，例如患者为此前AS疗法、抗AS试剂或治疗方案失败、不足反应者或不耐受的。该类患者包括此前用例如NSAID、TNF α拮抗剂、柳氮磺胺吡啶、甲氨蝶呤、皮质类固醇或其组合治疗的患者。短语“此前未经AS治疗”用以指患者此前未经历AS治疗，也即患者为“未处理的”。如本文中所用，此前未用TNF α拮抗剂治疗AS的患者视为“TNF α拮抗剂未处理的”。如本文中所用，短语“AS试剂”是指通常开处方给AS患者的药物，例如NSAID(例如吲哚美辛(indomethacin)、萘普生(naproxen)、舒林酸(sulindac)、双氯芬酸(diclofenac)、阿司匹林(aspirin)、氟比洛芬(flurbiprofen)、奥沙普嗪(oxaprozin)、双水杨酸酯(salsalate)、二氟尼柳(difunisal)、吡罗昔康(piroxicam)、依托度酸(etodolac)、甲氯芬那酸(meclofenamate)、布洛芬(ibuprophen)、非诺洛芬(fenoprofen)、酮基布洛芬(ketoprofen)、萘丁美酮(nabumetone)、托美丁(tolmetin)、水杨酸胆碱镁(cholin magnesium salicylate)、COX-2抑制剂[例如塞内昔布(celecoxib)])；TNF α拮抗剂(依那西普(etanercept)、阿达木单抗(adalimumab)、英利昔单抗(infliximab)、戈利木单抗(golimumab))；DMARDS(例如柳氮磺胺吡啶、甲氨蝶呤)；及皮质类固醇。
[0094] 术语对此前AS疗法“失败”是指：(1)不具有有意义的临床益处(原发性功效缺乏)的患者(也称为“无反应者”)；(2)具有可测量且有意义的反应但反应可更佳(例如未达成低AS疾病活性或AS缓解)的患者(也称为“不足反应”或“不完全反应”)；(3)在初始良好反应之后恶化的患者(继发性功效丧失)；及(4)具有良好反应但由于副作用而中断的患者(也称为“不耐受性”)。显示TNF α拮抗剂不完全反应(TNF-IR)或对TNF α拮抗剂的不耐受性的患者视为TNF α拮抗剂失败。显示柳氮磺胺吡啶不足反应(SFS-IR)或对柳氮磺胺吡啶的不耐受性的患者视为柳氮磺胺吡啶失败。显示DMARD不足反应(DMARD-IR)或对DMARD的不耐受性的患者视为DMARD失败。显示NSAID不足反应(NSAID-IR)或对NSAID的不耐受性的患者视为NSAID失败。在所公开的方法的一些实施方案中，患者为TNF失败(例如TNF-IR患者)或为TNF未处理的。
[0095] IL-17拮抗剂
[0096] 各种所公开的药物组合物、方案、工艺、用途、方法及试剂盒使用IL-17拮抗剂，例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段，例如苏金单抗)或IL-17受体结合分子(例如IL-17受体抗体或其抗原结合片段)。
[0097] 在一个实施方案中，IL-17拮抗剂，例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段，例如苏金单抗)包含至少一个包含高变区CDR1、CDR2及CDR3的免疫球蛋白重链可变域(VH)，该CDR1具有氨基酸序列SEQ ID NO:1，该CDR2具有氨基酸序列SEQ ID NO:2，且该CDR3具有氨基酸序列SEQ ID NO:3。在一个实施方案中，IL-17拮抗剂，例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段，例如苏金单抗)包含至少一个包含高变区CDR1'、CDR2'及CDR3'的免疫球蛋白轻链可变域(VL')，该CDR1'具有氨基酸序列SEQ ID NO:4，该CDR2'具有氨基酸序列SEQ ID NO:5，且该CDR3'具有氨基酸序列SEQ ID NO:6。在一个实施方案中，IL-17拮抗剂，例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段，例如苏金单抗)包含至少一个包含高变区CDR1-x、CDR2-x及CDR3-x的免疫球蛋白重链可变域(VH)，该CDR1-x具有氨基酸序列SEQ ID NO:11，该CDR2-x具有氨基酸序列SEQ ID NO:12，且该CDR3-x具有氨基酸序列SEQ ID NO:13。
[0098] 在一个实施方案中，IL-17拮抗剂，例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段，例如苏金单抗)包含至少一个免疫球蛋白VH域及至少一个免疫球蛋白VL域，其中：a)免疫球蛋白VH域包含(例如依次)：i)高变区CDR1、CDR2及CDR3，该CDR1具有氨基酸序列SEQ ID NO:1，该CDR2具有氨基酸序列SEQ ID NO:2，且该CDR3具有氨基酸序列SEQ ID NO:3；或ii)高变区CDR1-x、CDR2-x及CDR3-x，该CDR1-x具有氨基酸序列SEQ ID NO:11，该CDR2-x具有氨基酸序列SEQ ID NO:12，且该CDR3-x具有氨基酸序列SEQ ID NO:13；且b)免疫球蛋白VL域包含(例如依次)高变区CDR1'、CDR2'及CDR3'，该CDR1'具有氨基酸序列SEQ ID NO:4，该CDR2'具有氨基酸序列SEQ ID NO:5，且该CDR3'具有氨基酸序列SEQ ID NO:6。
[0099] 在一个实施方案中，IL-17拮抗剂，例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段，例如苏金单抗)包含：a)包含示于SEQ ID NO:8的氨基酸序列的免疫球蛋白重链可变域(VH)；b)包含示于SEQ ID NO:10的氨基酸序列的免疫球蛋白轻链可变域(VL)；c)包含示于SEQ ID NO:8的氨基酸序列的免疫球蛋白VH域，及包含示于SEQ ID NO:10的氨基酸序列的免疫球蛋白VL域；d)包含示于SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2及SEQ ID NO:3的高变区的免疫球蛋白VH域；e)包含示于SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5及SEQ ID NO:6的高变区的免疫球蛋白VL域；f)包含示于SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12及SEQ ID NO:13的高变区的免疫球蛋白VH域；g)包含示于SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2及SEQ ID NO:3的高变区的免疫球蛋白VH域，及包含示于SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5及SEQ ID NO:6的高变区的免疫球蛋白VL域；或h)包含示于SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12及SEQ ID NO:13的高变区的免疫球蛋白VH域，及包含示于SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5及SEQ ID NO:6的高变区的免疫球蛋白VL域。
[0100] 为便于参考，基于Kabat定义及如通过X射线分析且使用Chothia及合作者的方法所确定的苏金单抗单克隆抗体高变区的氨基酸序列提供于下表3中。
[0101]
[0102] 表3：苏金单抗单克隆抗体高变区的氨基酸序列。
[0103] 在优选实施方案中，恒定区结构域优选也包含适合人类恒定区结构域，(例如)如“Sequences of Proteins of Immunological Interest”,Kabat E.A.等人,US Department of Health and Human Services,Public Health Service,National Institute of Health中所述。编码苏金单抗的VL的DNA示于SEQ ID NO:9，且编码苏金单抗的VH的DNA示于SEQ ID NO:7。
[0104] 在一些实施方案中，IL-17拮抗剂，例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段，例如苏金单抗)包含SEQ ID NO:10的三个CDR。在其他实施方案中，IL-17拮抗剂包含SEQ ID NO:8的三个CDR。在其他实施方案中，IL-17拮抗剂包含SEQ ID NO:10的三个CDR及SEQ ID NO:8的三个CDR。根据Chothia及Kabat定义两者的SEQ ID NO:8及SEQ ID NO:10的CDR可见于表3中。
[0105] 在一些实施方案中，IL-17拮抗剂，例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段，例如苏金单抗)包含SEQ ID NO:15的轻链。在其他实施方案中，IL-17拮抗剂包含SEQ ID NO:17的重链。在其他实施方案中，IL-17拮抗剂包含SEQ ID NO:15的轻链及SEQ ID NO:17的重域。在一些实施方案中，IL-17拮抗剂包含SEQ ID NO:15的三个CDR。在其他实施方案中，IL-17拮抗剂包含SEQ ID NO:17的三个CDR。在其他实施方案中，IL-17拮抗剂包含SEQ ID NO:15的三个CDR及SEQ ID NO:17的三个CDR。根据Chothia及Kabat定义两者的SEQ ID NO:15及SEQ ID NO:17的CDR可见于表3中。编码苏金单抗的轻链的DNA示于SEQ ID NO:14。编码苏金单抗的重链的DNA示于SEQ ID NO:16。
[0106] 高变区可与任何种类的框架区相关，但优选为人类来源的。适合框架区描述于Kabat E.A.等人(同上)中。优选重链框架为人类重链框架，例如苏金单抗抗体的重链框架。其依次由例如以下组成：FR1(SEQ ID NO:8的氨基酸1至30)、FR2(SEQ ID NO:8的氨基酸36至49)、FR3(SEQ ID NO:8的氨基酸67至98)及FR4(SEQ ID NO:8的氨基酸117至127)区。考虑到通过X射线分析所确定的苏金单抗高变区，另一优选重链框架依次由以下组成：FR1-x(SEQ ID NO:8的氨基酸1至25)、FR2-x(SEQ ID NO:8的氨基酸36至49)、FR3-x(SEQ ID NO:8的氨基酸61至95)及FR4(SEQ ID NO:8的氨基酸119至127)区。以类似方式，轻链框架依次由以下组成：FR1'(SEQ ID NO:10的氨基酸1至23)、FR2'(SEQ ID NO:10的氨基酸36至50)、FR3'(SEQ ID NO:10的氨基酸58至89)及FR4'(SEQ ID NO:10的氨基酸99至109)区。
[0107] 在一个实施方案中，IL-17拮抗剂，例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段，例如苏金单抗)是选自人类抗IL-17抗体，其至少包含以下：a)免疫球蛋白重链或其片段，其包含依次包含高变区CDR1、CDR2及CDR3的可变域及人类重链的恒定部分或其片段；该CDR1具有氨基酸序列SEQ ID NO:1，该CDR2具有氨基酸序列SEQ ID NO:2，且该CDR3具有氨基酸序列SEQ ID NO:3；及b)免疫球蛋白轻链或其片段，其包含依次包含高变区CDR1'、CDR2'及CDR3'的可变域及人类轻链的恒定部分或其片段，该CDR1'具有氨基酸序列SEQ ID NO:4，该CDR2'具有氨基酸序列SEQ ID NO:5，且该CDR3'具有氨基酸序列SEQ ID NO:6。
[0108] 在一个实施方案中，IL-17拮抗剂，例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段，例如苏金单抗)是选自包含抗原结合位点的单链结合分子，该抗原结合位点包含：a)第一结构域，其依次包含高变区CDR1、CDR2及CDR3，该CDR1具有氨基酸序列SEQ ID NO:1，该CDR2具有氨基酸序列SEQ ID NO:2，且该CDR3具有氨基酸序列SEQ ID NO:3；及b)第二结构域，其包含高变区CDR1'、CDR2'及CDR3'，该CDR1'具有氨基酸序列SEQ ID NO:4，该CDR2'具有氨基酸序列SEQ ID NO:5，且该CDR3'具有氨基酸序列SEQ ID NO:6；及c)肽连接子，其结合于第一结构域的N端末端及第二结构域的C端末端或结合于第一结构域的C端末端及第二结构域的N端末端。
[0109] 或者，用于所公开的方法中的IL-17拮抗剂，例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段)可包含本文中通过序列陈述的IL-17结合分子的衍生物(例如苏金单抗的聚乙二醇化形式)。或者，用于所公开的方法中的IL-17拮抗剂，例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段)的VH或VL域可具有与本文中陈述的VH或VL域(例如SEQ ID NO:8及10中陈述的VH或VL域)实质上一致的VH或VL域。本文中所公开的人类IL-17抗体可包含与示于SEQ ID NO:17的重链实质上一致的重链及/或与示于SEQ ID NO:15的轻链实质上一致的轻链。本文中所公开的人类IL-17抗体可包括包含SEQ ID NO:17的重链及包含SEQ ID NO:15的轻链。本文中所公开的人类IL-17抗体可包含：a)一条重链，其包含具有与SEQ ID NO:8中所示的氨基酸序列实质上一致的氨基酸序列的可变域及人类重链的恒定部分；及b)一条轻链，其包含具有与SEQ ID NO:10中所示的氨基酸序列实质上一致的氨基酸序列的可变域及人类轻链的恒定部分。或者，用于所公开的方法中的IL-17拮抗剂，例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段)可为本文中陈述的参考IL-17结合分子的氨基酸序列变体。在衍生物及变体的所有该类情况下，IL-17拮抗剂能够以约50nM或50nM以下、约20nM或20nM以下、约10nM或10nM以下、约5nM或5nM以下、约2nM或2nM以下或者更优选地约1nM或1nM以下的该分子浓度抑制约1nM(＝
30ng/ml)人类IL-17的活性达50％，其中该抑制活性是基于人类真皮纤维母细胞中测量hu-IL-17所诱导的IL-6产量来决定。
30ng/ml)人类IL-17的活性达50％，其中该抑制活性是基于人类真皮纤维母细胞中测量hu-IL-17所诱导的IL-6产量来决定。
[0110] 针对IL-17与其受体结合性的抑制作用宜在各种分析中测试，包括诸如WO2006/013107中所述的分析。术语“相同程度上”指在本文中所提及的分析之一中，参考物与衍生分子展现统计学上基本上一致的IL-17抑制活性(参见WO2006/013107的实施例1)。例如，本文中所公开的IL-17结合分子抑制人类IL-17于人类真皮纤维母细胞中由人类IL-17所诱导的IL-6产量的IC50典型地比相应参考分子依WO 2006/013107的实施例1中所述分析时的IC50低约10nM，更优选地低约9、8、7、6、5、4、3、2或约1nM，优选与其实质上相同。或者，所用分析可为竞争性抑制IL-17与可溶IL-17受体(例如WO 2006/013107的实施例1的人类IL-17R/Fc构筑体)及与本发明IL-17拮抗剂结合的分析法。
[0111] 本发明也包括其中CDR1、CDR2、CDR3、CDR1-x、CDR2-x、CDR3-x、CDR1'、CDR2'或CDR3'或框架的一或多个氨基酸残基、典型地仅几个(例如1-4个)氨基酸残基例如通过使相应DNA序列突变(例如定点诱变)而改变的IL-17拮抗剂，例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段，例如苏金单抗)。本发明包括编码该类改变的IL-17拮抗剂的DNA序列。具体地，本发明包括CDR1'或CDR2'的一或多个残基自SEQ ID NO:4(对于CDR1')及SEQ ID NO:5(对于CDR2')中所示的残基改变的IL-17结合分子。
[0112] 本发明也包括对人类IL-17具有结合特异性的IL-17拮抗剂，例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段，例如苏金单抗)，尤其能够抑制IL-17与其受体的结合的IL-17抗体，及能够以约50nM或50nM以下、约20nM或20nM以下、约10nM或10nM以下、约5nM或5nM以下、约2nM或2nM以下或者更优选地约1nM或1nM以下浓度的该分子抑制1nM(＝30ng/ml)人类IL-17的活性50％的IL-17抗体(该抑制活性涉及人类真皮纤维母细胞中由hu-IL-17诱导的IL-6产生来测量)。
[0113] 在一些实施方案中，IL-17拮抗剂(例如IL-17抗体，例如苏金单抗)结合于成熟人类IL-17的包含以下的表位：Leu74、Tyr85、His86、Met87、Asn88、Val124、Thr125、Pro126、Ile127、Val128、His129。在一些实施方案中，IL-17抗体(例如苏金单抗)结合于成熟人类IL-17的包含以下的表位：Tyr43、Tyr44、Arg46、Ala79、Asp80。在一些实施方案中，IL-17抗体(例如苏金单抗)结合于具有两条成熟人类IL-17链的IL-17同二聚体的表位，该表位在一条链上包含Leu74、Tyr85、His86、Met87、Asn88、Val124、Thr125、Pro126、Ile127、Val128、His129，且在另一条链上包含Tyr43、Tyr44、Arg46、Ala79、Asp80。用于定义这些表位的残基编号方案基于：残基一为成熟蛋白质的第一氨基酸(也即IL-17A缺乏具有23个氨基酸的N端信号肽且自甘氨酸开始)。未成熟IL-17A的序列示于Swiss-Prot条目Q16552中。在一些实施方案中，IL-17抗体的KD为约100-200pM。在一些实施方案中，IL-17抗体体外中和约0.67nM人类IL-17A的生物活性的IC50为约0.4nM。在一些实施方案中，皮下施用IL-17抗体的绝对生物可利用度处于约60％至约80％范围内，例如为约76％。在一些实施方案中，IL-17拮抗剂，例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体，诸如苏金单抗)或IL-17受体结合分子(例如IL-17受体抗体)的消除半衰期为约4周(例如约23至约
35天、约23至约30天，例如约30天)。在一些实施方案中，IL-17拮抗剂，例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体，诸如苏金单抗)或IL-17受体结合分子(例如IL-17受体抗体)的Tmax为约7至8天。
35天、约23至约30天，例如约30天)。在一些实施方案中，IL-17拮抗剂，例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体，诸如苏金单抗)或IL-17受体结合分子(例如IL-17受体抗体)的Tmax为约7至8天。
[0114] 用于所公开的方法、用途、试剂盒等中的尤其优选的IL-17拮抗剂，例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段，例如苏金单抗)或IL-17受体结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段)为人类抗体，尤其为如WO 2006/013107的实施例1及2中所述的苏金单抗。苏金单抗为IgG1/κ同型的重组高亲和力、完全人类单克隆抗人类介白素-17A(IL-17A、IL-17)抗体，其当前处于治疗免疫介导的发炎性病状的临床试验中。苏金单抗(参见例如WO2006/013107及WO2007/117749)对IL-17具有极高亲和力，也即KD为约100-200pM，且体外中和约0.67nM人类IL-17A的生物活性的IC50为约0.4nM。因此，苏金单抗在约1:1的摩尔比下抑制抗原。此高结合亲和力使得苏金单抗抗体尤其适用于治疗应用。此外，苏金单抗具有极长半衰期，也即为约4周，其允许延长施用之间的周期，这是在治疗慢性终身病症(诸如风湿性关节炎(RA))时的优越性质。
[0115] 用于所公开的方法、试剂盒及用途中的其他优选IL-17拮抗剂为美国专利第8,057,794号、第8,003,099号、第8,110,191号及第7,838,638号以及美国公开专利申请第20120034656号及第20110027290号中陈述的IL-17拮抗剂。
[0116] 分析技术、诊断方法及产生可传送信息形式的方法
[0117] 所公开的方法适用于治疗、预防或改善AS，以及预测AS患者对接受IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)治疗的反应的可能性。这些方法尤其采用检测患者是否存在(或不存在)AS无反应等位基因、AS反应等位基因，测定来自患者的样品中AS反应蛋白质的水平，及/或测定ERAP1表达水平、ERAP1蛋白质水平或ERAP1活性水平。
[0118] 当检测步骤通过分析来自患者的生物样品进行时，分析可通过任何常规方法进行，该类方法将视特定标记物属于外显子、内含子、mRNA的非编码部分还是非编码基因组序列内而选择。
[0119] 众多来源可用于鉴别等位基因或蛋白质的存在或不存在、基因或蛋白质的表达水平及蛋白质活性，例如血液、滑液、白血球层、血清、血浆、淋巴、粪便、尿液、眼泪、唾液、脑脊液、口腔抹片、痰或组织。生物样品内的各种来源可用于所公开的方法中，例如可分析由生物样品获得的基因组DNA以检测等位基因，或可分析等位基因的核酸产物(例如DNA、前mRNA、mRNA、微RNA等)及多肽产物(例如所表达的蛋白质)。
[0120] 我们已确定，ERAP1 rs30187“T”等位基因及ERAP1 rs27434“A”等位基因与苏金单抗治疗期间ASAS40反应减少相关。也已确定，在苏金单抗治疗之后，具有至少一个IL23R rs11209032“G”等位基因的患者相对于仅具有rs11209032“A”等位基因的患者显示BASDAI记分随时间而改善，且具有至少一个rs2201841“T”等位基因的患者相对于仅具有rs2201841“C”等位基因的患者显示BASDAI记分随时间而改善。因此预期，测试个体中这些ERAP1或IL23R等位基因中的一或多者的存在将适用于涉及鉴别更可能对IL-17拮抗疗法有反应的个体的多种药理遗传产品及方法中，且帮助医师判断是否给患有AS的患者开IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)处方。因为rs30187属于ERAP1编码区内且造成ERAP1蛋白质的氨基酸变化，所以转录的ERAP1 mRNA及翻译的ERAP1蛋白质在具有rs30187无反应等位基因及rs30187反应等位基因的个体之间不同。也可能通过测量ERAP1蛋白质的蛋白水解活性来确定rs30187无反应等位基因的存在，因为rs30187变体已显示可影响ERAP1蛋白水解活性。多态位点rs27434也属于ERAP1编码区内，且因此转录的mRNA在具有rs27434无反应等位基因的个体与具有rs27434反应等位基因的个体之间不同。然而，rs27434SNP为同义多态现象，且无法通过分析ERAP1蛋白质的序列来检测患者的rs27434等位基因状态。
[0121] 在IL23R内含子中发现rs2201841 SNP，由此可通过检测例如前mRNA或基因组DNA来确定患者的等位基因状态。在IL23R基因的下游发现rs11209032 SNP，由此可通过检测例如基因组DNA来确定患者的等位基因状态。因此，本领域技术人员应了解，可通过分析AS无反应等位基因的基因组序列、AS无反应等位基因的核酸产物(例如前mRNA、成熟mRNA、微小RNA、由mRNA制得的cDNA等)、AS无反应等位基因的多肽产物(在rs30187的情况下)或AS无反应等位基因或AS反应等位基因的等同遗传标记物来鉴别个体是否具有AS无反应等位基因或AS反应等位基因(或AS风险标记物)。在优选实施方案中，分析AS无反应等位基因或AS反应等位基因的基因组序列或核酸产物以确定个体是否具有AS无反应等位基因或AS反应等位基因。
[0122] 研究显示，ERAP1 rs30187“T”等位基因或rs27434“A”等位基因的AS携带者具有减少的对IL-17拮抗的反应，且这些等位基因的AS携带者典型地显示更高的ERAP1基因表达水平。这表明，ERAP1表达减少可预测AS患者对IL-17拮抗的反应改善。此外，rs30187保护性等位基因“C”编码相对于由rs30187风险等位基因“T”编码的ERAP1蛋白质催化活性降低的ERAP1蛋白质变体(K528R)(Kochan等人(2011)Proc Natl Acad Sci U S A.108(19):7745-50)。因此，研究也表明，ERAP1蛋白质水平或活性水平降低可预测AS患者对IL-17拮抗反应改善。ERAP1表达水平、ERAP1蛋白质水平及/或ERAP1活性水平可通过本文中所公开的各种技术直接测量。另外，也预期导致ERAP1表达水平、ERAP1蛋白质水平及/或ERAP1活性水平变化的任何ERAP1多态现象(例如出现于ERAP1增强子、外显子、内含子、启动子、5'UTR、3'UTR等中的转位、插入、取代、缺失、SNP等)均适用于预测AS患者对接受IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)治疗有反应的可能性增加或降低。
[0123] 存在或不存在AS无反应等位基因、AS反应等位基因(或AS风险标记物)或导致ERAP1的水平或活性变化(例如ERAP1表达水平、ERAP1蛋白质水平或ERAP1活性水平降低)的ERAP1多态现象可通过多种基因分型技术中任一者来检测。典型地，该类基因分型技术利用一或多个与含有所关注的多态位点(例如SNP)或与其相邻的区互补的寡核苷酸。用于对所关注的特定多态位点进行基因分型的寡核苷酸的序列典型地基于背景序列或参考序列来设计。
[0124] 众多方法及装置可用以鉴别存在或不存在AS无反应等位基因、AS反应等位基因(或AS风险标记物)或导致ERAP1表达水平、ERAP1蛋白质水平或ERAP1活性水平降低的ERAP1多态现象。用于SNP检测的DNA(基因组及cDNA)可通过本领域熟知的方法(例如苯酚/氯仿萃取、来自GentAS Systems(Qiagen,CA)的PUREGENE 纯化系统)自生物样品制备。检测DNA序列可包括检查定位于该区域内的有义或反义链处的核苷酸。多态现象的存在或不存在可自由PCR获得的DNA(基因组或cDNA)使用检测多态现象的序列特异性探针(例如来自Taqman,Beacons,Scorpions的水解探针；或杂交探针)检测。为检测多态现象，序列特异性探针可经设计，以使得其特异性杂交于所关注的等位基因的基因组DNA或所关注的序列的cDNA。例如，rs27434的序列特异性探针可见于Li等人(2011)J.Rheumatol.38(2):317-21中，且rs30187的序列特异性探针可见于Pazar等人(2010)J.Rheumatol.37(2):379-84中。这些探针可经标记用于直接检测或与特异性结合于探针的第二可检测分子接触。PCR产物也可通过DNA结合剂来检测。该类PCR产物可随后通过本领域可获得的任何DNA测序方法来测序。或者，等位基因的存在或不存在可通过使用任何测序方法测序来检测，该类测序方法诸如(但不限于)基于Sanger的测序、焦磷酸测序或下一代测序(Shendure J.及Ji,H.,Nature Biotechnology(1998),第26卷,第10期,第
1135-1145页)。另外，SNP的优化等位基因辨别分析可购自Applied Biosystems(Foster City,California,USA)。
1135-1145页)。另外，SNP的优化等位基因辨别分析可购自Applied Biosystems(Foster City,California,USA)。
[0125] 各种技术可应用于检测特定多态现象(例如SNP)，包括例如基于杂交的方法，诸如动态等位基因特异性杂交(DASH)基因分型、经由分子信标的多态位点(例如SNP)检测(Abravaya K.等人(2003)Clin Chem Lab Med.41:468-474)、Luminex xMAP技术、来自Illumina的Illumina Golden Gate技术及市售高密度寡核苷酸SNP阵列(例如Affymetrix Human SNP 5.0 GeneChip执行全基因组分析，其可对超过500,000种人类SNP进行基因分型)BeadChip试剂盒，例如Human660W-Quad及Human 1.2M-Duo；基于酶的方法，诸如限制性片段长度多态现象(RFLP)、基于PCR的方法(例如四引物ARMS-PCR)、Invader分析(Olivier M.(2005)Mutat Res.573(1-2):103-10)、各种引物延伸分析(并入检测格式中，例如MALDI-TOF质谱分析、电泳、印迹法及ELISA样方法)、Taqman分析及寡核苷酸连接酶分析；及其他扩增后方法，例如分析单链构象多态现象(Costabile等人(2006)Hum.Mutat.27(12):1163-73)、温度梯度凝胶电泳(TGGE)、变性高效液相层析、高分辨率熔融分析、DNA错配结合蛋白质分析(例如来自水生栖热菌(Thermus aquaticus)的MutS蛋白质结合具有不同亲和力的不同单核苷酸错配且可用于毛细电泳法中来区分所有六组错配)、(获自Applied Biosystems的专有SNP检测系统)、毛细电泳法、质谱分析；及各种测序方法，例如焦磷酸测序及下一代测序等。用于SNP基因分型的试剂盒包括Fluidigm Dynamic IFCs(Fluidigm)、 SNP基因分型分析(Applied Biosystems)、iPLEX Gold(Sequenom)、Type-it SNP探针PCR试剂盒(Quiagen)。
[0126] 在一些实施方案中，患者中多态位点(例如SNP)的存在或不存在是使用杂交分析来检测。在杂交分析中，基于来自样品的核酸与互补核酸分子(例如寡核苷酸探针)杂交的能力来确定遗传标记物的存在或不存在。多种杂交分析可用。在某些杂交分析中，探针与所关注的序列的杂交是通过目测结合的探针来直接检测，例如Northern或Southern分析。在这些分析中，分离DNA(Southern)或RNA(Northern)。随后用一系列限制酶使DNA或RNA裂解，该类限制酶不经常在基因组中进行裂解且不接近所分析的任何标记物。随后例如经琼脂糖凝胶分离DNA或RNA，且转移至膜上。使例如通过并入放射性核苷酸或结合剂(例如绿)而经标记的探针与膜在低、中或高严格度条件下接触。移除未结合的探针且通过目测经标记的探针来检测结合的存在。在一些实施方案中，可使用阵列，例如MassARRAY系统(Sequenom,San Diego,California,USA)来对个体进行基因分型。
[0127] 传统基因分型方法(例如HLA分型中所用)也可用于SNP基因分型及鉴别多态位点(例如表1及表2的SNP)。该类传统方法包括例如DNA扩增技术，诸如PCR及其变体、直接测序、序列特异性寡核苷酸(SSO)杂交伴Luminex 技术、序列特异性引物(SSP)分型及基于序列的分型(SBT)。基于序列的分型(SBT)是基于PCR标靶扩增，继而对PCR产物进行测序及数据分析。序列特异性寡核苷酸(SSO)分型使用PCR标靶扩增、使PCR产物与珠粒上固定的序列特异性寡核苷酸组杂交、通过产生颜色检测结合探针的扩增产物，继而进行数据分析。序列特异性引物(SSP)分型为一种基于PCR的技术，其使用用于基于DNA的分型的序列特异性引物。技术人员应了解，用所述SSO、SBT及SSP分型的基因分型可使用来自例如Invitrogen的各种市售试剂盒来进行。
[0128] 在一些情况下，也可使用RNA，例如信使RNA(前mRNA及/或成熟mRNA)来确定多态位点(例如SNP)的存在或不存在。可使用本领域的任何已知方法来进行自给定基因转录的mRNA的序列分析，包括(但不限于)Northern印迹分析、核酸酶保护分析(NPA)、原位杂交、逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)、RT-PCR ELISA、基于TaqMan的定量RT-PCR(基于探针的定量RT-PCR)及基于SYBR绿的定量RT-PCR。在一个实施例中，mRNA水平的检测包括使分离的mRNA与可杂交于由AI反应标记物编码的mRNA的寡核苷酸接触。核酸探针典型地可为例如全长cDNA或其一部分，诸如长度为至少7、15、30、50或100个核苷酸且足以在严格条件下特异性杂交于mRNA的寡核苷酸。mRNA与探针杂交指示所讨论的标记物正在被表达。在一种形式中，例如通过使分离的mRNA在琼脂糖凝胶上流动且将mRNA自凝胶转移至膜(诸如硝化纤维)上，将mRNA固定于固体表面上且使其与探针接触。扩增引物定义为可与基因的5'或3'区域(分别为正链与负链，或反之亦然)退火且其间含有短区的一对核酸分子。一般而言，扩增引物长度为约10至30个核苷酸且包夹长度为约50至200个核苷酸的区。在适当条件下且使用适当试剂，这些引物使得包含与引物包夹的核苷酸序列的核酸分子扩增。可通过任何适合方法检测PCR产物，包括(但不限于)凝胶电泳及用DNA特异性染色剂进行染色或与标记的探针杂交。
[0129] 基因(例如ERAP1)的表达水平可通过使用各种熟知的技术测量RNA(或逆转录cDNA)水平来测定，该类技术例如为基于PCR的分析、逆转录酶PCR(RT-PCR)分析、Northern印迹法等。也可利用使用标准化竞争性模板混合物的定量RT-PCR。
[0130] 在一些实施方案中，患者中AS无反应等位基因(在rs30187无反应等位基因的情况下)或在一些情况下AS风险标记物的存在或不存在可通过分析多肽产物(例如ERAP1基因的多肽产物)来确定，其中非同义多态现象可来源于多肽序列。多肽产物分析可使用本领域的任何已知方法来进行，包括(但不限于)免疫细胞化学染色、蛋白质测序、ELISA、流式细胞测量术、Western印迹法、分光亮度法、HPLC及质谱分析。
[0131] 如此前所述，已确定，AS反应蛋白质(也即S100A8、S100A9及S100A8+S100A9)水平更高与苏金单抗治疗期间ASAS20及ASAS40反应改善相关。因此预期，测试个体中至少一种AS反应蛋白质水平将适用于涉及鉴别更可能对IL-17拮抗有反应的个体的多种药物诊断产品及方法中，且帮助医师判断是否给患有AS的患者开IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)处方。
[0132] 我们也得出结论，ERAP1的水平或活性的变化(例如ERAP1蛋白质水平降低)可预测AS患者对IL-17拮抗(例如苏金单抗治疗)的反应改善。因此预期，测试个体中ERAP1蛋白质水平将适用于涉及鉴别更可能对IL-17拮抗有反应的个体的多种药理遗传产品及方法中，且帮助医师判断是否给患有AS的患者开IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)处方。
[0133] 对于蛋白质水平的检测，存在用于检测样品中多肽产物的众多熟知方法，例如通过探针(例如结合蛋白，例如能够与S100A8及/或S100A9特异性相互作用的抗体、能够结合ERAP1的抗体)。可使用标记的抗体、其结合部分或其他结合搭配物。抗体可为单克隆或多克隆来源，或可通过生物合成方式产生。结合搭配物也可为天然存在的分子或以合成方式产生。复合蛋白质的量使用本领域所述的标准蛋白质检测方法来测定。对免疫学分析设计、理论及方案的详细评述可见于本领域的众多著作中，包括Practical Immunology,Butt,W.R.编,Marcel Dekker,New York,1984。
[0134] 多种免疫组织化学分析可用于用标记的抗体检测蛋白质。直接标记包括连接至抗体的荧光或发光标签、金属、染料、放射核酸化物(radionucleide)及其类似物。间接标记包括本领域熟知的各种酶，诸如碱性磷酸酶、过氧化氢酶及其类似物。在一步分析中，将标靶蛋白(例如ERAP1、S100A8及/或S100A9)固定且与标记的抗体一起培育。标记的抗体结合于固定的标靶分子。在洗涤以移除未结合的分子后，分析样品中标记的存在。众多免疫组织化学方法被结合入定点照护形式及手持式中，其均可用于测定蛋白质水平。
[0135] 本发明也涵盖对蛋白质或多肽具特异性的固定的抗体的使用。抗体可固定于多种固体支撑物上，诸如磁性或层析基质粒子、分析位置(诸如微量滴定孔)的表面、固体基底材料(诸如塑料、尼龙、纸)片及其类似物。分析带可通过将抗体或多种抗体以阵列形式涂布于固体支撑物上来制备。可随后将此带浸渍于测试样品中，且经由洗涤及检测步骤处理，以产生可测量信号，例如色斑。
[0136] 在两步分析中，固定的标靶蛋白(例如ERAP1、S100A8及/或S100A9)可与未标记的抗体一起培育。随后未标记的抗体复合物(若存在)结合于对未标记的抗体具特异性的第二标记抗体。洗涤样品且分析标记的存在。用于标记抗体的标记物的选择将视应用而变化。然而，标记物的选择可由本领域技术人员容易地确定。
[0137] 抗体可经放射性原子、酶、发色或荧光部分或比色标签标记。加标签的标记的选择也将视所要检测限制而定。酶分析(ELISA)典型地允许检测由加酶标签的复合物与酶底物32 125 3 14
相互作用而形成的有色产物。放射性原子的一些实施例包括 P、I、H及 P。酶的一些实施例包括辣根过氧化酶、碱性磷酸酶、β-半乳糖苷酶及葡萄糖-6-磷酸去氢酶。发色部分的一些实施例包括荧光素(fluorescein)及若丹明(rhodamine)。抗体可通过本领域已知的方法结合于这些标记。例如，酶及发色分子可通过偶合剂(诸如二醛、碳化二亚胺、二顺丁烯二酰亚胺及其类似物)结合于抗体。或者，结合可经由配体-受体对进行。一些适合的配体-受体对包括例如生物素-抗生物素蛋白或生物素-抗生蛋白链菌素；及抗体-抗原。用于检测钙卫蛋白水平(S100A8/S100A9)的基于ELISA的试剂盒可购自Buhlmann Laboratroies AG,Schonenbuch Basel,Switzerland 及 PhiCal,Immundiagnostic AG,Bensheim,Germany。
相互作用而形成的有色产物。放射性原子的一些实施例包括 P、I、H及 P。酶的一些实施例包括辣根过氧化酶、碱性磷酸酶、β-半乳糖苷酶及葡萄糖-6-磷酸去氢酶。发色部分的一些实施例包括荧光素(fluorescein)及若丹明(rhodamine)。抗体可通过本领域已知的方法结合于这些标记。例如，酶及发色分子可通过偶合剂(诸如二醛、碳化二亚胺、二顺丁烯二酰亚胺及其类似物)结合于抗体。或者，结合可经由配体-受体对进行。一些适合的配体-受体对包括例如生物素-抗生物素蛋白或生物素-抗生蛋白链菌素；及抗体-抗原。用于检测钙卫蛋白水平(S100A8/S100A9)的基于ELISA的试剂盒可购自Buhlmann Laboratroies AG,Schonenbuch Basel,Switzerland 及 PhiCal,Immundiagnostic AG,Bensheim,Germany。
[0138] 在一个方面中，本发明涵盖使用三明治技术检测生物样品中标靶蛋白(例如ERAP1、S100A8及/或S100A9)的水平。该技术需要两种能够结合所关注的蛋白质的抗体：例如一种抗体固定于固体支撑物上，且一种抗体游离于溶液中但经某种容易检测的化合物标记。可用于第二抗体的化学标记的实施例包括(但不限于)放射性同位素、荧光化合物及酶，或在暴露于反应物或酶底物时产生有色或电化学活性产物的其他分子。当将含有AS反应蛋白质的样品置于此系统中时，多肽产物结合于固定的抗体及标记的抗体两者。结果为支撑物表面上的“三明治”免疫复合物。通过洗掉未结合的样品组分及过量经标记的抗体且测量支撑物表面上与蛋白质复合的经标记抗体的量来检测复合蛋白质。当使用具有良好检测极限的标记时，三明治免疫分析具有高度特异性及极大敏感性。
[0139] 技术人员通过使用抗体作为探针常规地进行点印迹法以检测所要蛋白质(Promega Protocols and Applications Guide, 第 2 版 ,1991, 第 263 页 ,Promega Corporation)。使用点印迹设备将样品涂覆于膜上。将经标记的探针与膜一起培育，且检测蛋白质的存在。
[0140] Western印迹法分析为技术人员所熟知(Sambrook等人,Molecular Cloning,A Laboratory Manual,1989,第3卷,第18章,Cold Spring Harbor Laboratory)。在Western印迹法中，通过SDS-PAGE分离样品。将凝胶转移至膜。将膜与经标记的抗体一起培育以检测所要蛋白质。
[0141] 质谱分析也可用于检测单体S100A8及S100A9以及S100A8+S100A9(de Seny等人(2008)Clin.Chem.54(6):1066-75；Tilleman等人(2005)Proteomics 5(8):2247-57)。
[0142] 上文所述的分析涉及以下步骤，诸如(但不限于)免疫印迹、免疫扩散、免疫电泳或免疫沉淀。抗体与蛋白质或多肽的特异性免疫结合可直接或间接检测。在一些实施方案中，使用自动分析仪(例如PCR机或自动测序机)来测定AS反应蛋白质(例如S100A8及/或S100A9)的水平。所有该类方法均为技术人员所熟知。优选地，样品中AS反应蛋白质(例如S100A8及/或S100A9)或ERAP1的水平通过放射免疫分析或酶联免疫分析、竞争性结合酶联免疫分析、质谱分析、定点照护技术/平台、点印迹法、Western印迹法、层析(优选为高效液相层析(HPLC))或本领域已知的其他分析来检测。
[0143] 生物样品中的ERAP1活性水平可通过本领域所公开的各种方法，例如经由Kochan等人(2011)Proc Natl Acad Sci U S A.108(19):7745-50中所陈述的方法来分析。
[0144] 出于比较目的，可将来自患者的生物样品中的ERAP1表达水平、ERAP1蛋白质水平或ERAP1活性水平与来自对照的ERAP1表达水平、ERAP1蛋白质水平及ERAP1活性水平相比。视具体情况而定，对照可为获自已知对接受IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)治疗反应良好的个体(例如AS患者)或已知对接受IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)治疗反应不良的个体的参考ERAP1表达水平、ERAP1蛋白质水平或ERAP1活性水平。对照表达水平可获自来自参考个体(也即已知对接受IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)治疗反应良好的AS患者或已知对接受IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)治疗反应不良的AS患者)的生物样品，或可仅为此前获自参考个体的数值标准(例如平均值、中值、范围[+/-标准偏差])。在一些实施方案中，对照为获自已知对接受IL-17拮抗剂治疗反应不良的个体的参考ERAP1表达水平、ERAP1蛋白质水平或ERAP1活性水平，且将来自患者的ERAP1表达水平、ERAP1蛋白质水平或ERAP1活性水平(视具体情况而定)与此对照相比，其中来自患者的样品中ERAP1表达水平、ERAP1蛋白质水平或ERAP1活性水平相对于对照降低指示患者对接受IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)治疗有反应的可能性将增加。在其他实施方案中，对照为获自已知对接受IL-17拮抗剂治疗反应良好的个体的参考ERAP1表达水平、ERAP1蛋白质水平或ERAP1活性水平，且将来自待治疗患者的ERAP1表达水平、ERAP1蛋白质水平或ERAP1活性水平与此对照相比，其中来自患者的样品中ERAP1表达水平、ERAP1蛋白质水平或ERAP1活性水平相对于对照类似(例如统计学上类似)指示患者对接受IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)治疗有反应的可能性将增加。
[0145] 导致ERAP1的水平及/或活性变化(例如ERAP1表达水平、ERAP1蛋白质水平及/或ERAP1活性水平降低)的AS无反应等位基因、AS反应等位基因、AS风险标记物或ERAP1多态现象也可通过检测其等同遗传标记物来鉴别，该类等同遗传标记物可为例如另一SNP(单核苷酸多态现象)、微卫星标记物、另一等位基因或其他种类的遗传多态现象。例如，与AS无反应等位基因或ERAP1多态现象相同单倍体上的遗传标记物而非AS无反应等位基因或ERAP1多态现象本身的存在可指示患者对接受IL-17拮抗剂治疗有反应的可能性。若一个基因座处一个等位基因的存在倾向于预测另一基因座处另一等位基因的存在，则同一染色体上不同基因座处的两个特定等位基因称为连锁不平衡(LD)。该类变体(在本文中称为连接变体或代理变体)可为与所关注的更优反应等位基因高度LD的任何类型的变体(例如SNP、插入或缺失)。候选连接变体可为具有当前已知的多态现象的等位基因。其他候选连接变体可容易由技术人员使用本领域熟知用于发现多态现象的任何技术来鉴别。
[0146] 所关注的等位基因与候选连接变体之间的LD度可使用本领域已知的任何LD测量来测定。基因组区的LD模式容易在适当选择的样品中凭经验使用本领域已知用于确定任何两个等位基因(例如在不同PS处的核苷酸之间)是否处于连锁不平衡的各种技术来测定(参见例如GENETIC DATA ANALYSIS II,Weir,Sineuer Associates,Inc.Publishers,Sunderland,MA 1996)。技术人员可容易地选择何种测定LD的方法将最适用于特定群体样品尺寸及基因组区。最常使用的连锁不平衡量度之一为r，其是使用由Devlin等人(Genomics,29(2):311-22(1995))所述的公式计算。“r”为第一基因座处的等位基因X预测同一染色体上第二基因座处的等位基因Y的存在如何的量度。“r”仅在预测完美时达至1.0。
[0147] 优选地，连接变体的基因座在跨越表1及2中所公开的多态位点之一的具有约200千碱基、更优选地100千碱基、更优选地约10kb的基因组区中。其他连接变体为如在适合参考群体中所测量，与更优选地反应等位基因的LD的r2值为至少0.75、更优选地至少0.80、甚至更优选地至少0.85或至少0.90、更优选地至少0.95且最优选1.0的变体。用于此r测量的参考群体可为一般群体；使用IL-17拮抗剂的群体；经诊断患有IL-17拮抗剂显示功效的特定病状的群体(诸如AS患者)；或成员自我鉴别为属于相同族群(诸如高加索人、非裔美国人、西班牙人、拉丁美洲人、美洲原住民及其类似族群)的群体；或这些类别的任何组合。优选地，参考群体反映待用IL-17拮抗剂治疗的患者群体的遗传多样性。
[0148] AS反应蛋白质水平、ERAP1表达水平、ERAP1蛋白质水平、ERAP1活性水平或者AS无反应等位基因、AS反应等位基因或AS反应蛋白质的存在(或不存在)的分析可与分析其他遗传序列(例如AS风险标记物)分开或同时进行。例如，技术人员可针对一种以上AS无反应等位基因、一种以上AS反应等位基因、一种以上AS风险标记物、一种以上AS反应蛋白质及其任何组合分析样品。因此，在本发明的一个方面中，提供一种阵列，在序列上对应于基因产物(例如基因组DNA、cDNA、mRNA、cRNA、多肽及其片段)的探针可在已知位置处特异性杂交或结合。因此，可使用此类阵列同时针对患者的各种基因组或生物化学标记物分析来自患者的生物样品。
[0149] 在进行需要测定AS无反应等位基因、AS反应等位基因或ERAP1多态现象的存在、ERAP1表达水平、ERAP1蛋白质水平或ERAP1活性水平的本文中所述的任一方法中，该测定可通过咨询含有关于患者遗传组成的充足信息的数据储存库来进行，以确定患者是否具有所关注的标记物。优选地，数据储存库列出存在(或不存在)于个体中的基因型。数据储存库可包括可由上面可储存有适当信息或遗传数据的计算机或其他电子或非电子媒介存取的个体的患者记录、医疗数据卡、文件(例如平面ASCII文件)。如本文中所用，医疗数据卡为便携型储存装置，诸如磁性数据卡；智能卡，其具有机载(on-board)处理单元且其由供货商(诸如Munich Germany的Siemens)出售；或闪存卡。若数据储存库为可由计算机存取的文件，则该类文件可定位于包括以下的各种媒介上：服务器、客户端、硬盘、CD、DVD、个人数字助手(诸如掌上计算机(Palm Pilot))、磁带、压缩磁盘、计算机的内部ROM(只读存储器)或因特网或全球信息网。用于储存计算机可存取的文件的其他媒介对本领域技术人员而言是显而易见的。
[0150] 典型地，一旦测定ERAP1表达水平、ERAP1蛋白质/活性水平、AS反应蛋白质水平、AS无反应等位基因的存在、AS反应等位基因的存在或ERAP1多态现象的存在，则可告知医师或遗传咨询师或患者或其他研究者结果。具体地，结果可制定成可传送信息形式，其可传达或传送至其他研究者或医师或遗传咨询师或患者。此类形式可不同且可为有形或无形的。结果可以以描述性陈述、图、照片、图表、影像或任何其他可视形式体现。例如，PCR产物的凝胶电泳影像可用于解释结果。显示个体的等位基因中何处出现变体的图也适用于指示测试结果。关于ERAP1表达水平、ERAP1蛋白质水平/活性水平、AS反应蛋白质水平、AS无反应等位基因的存在、AS反应等位基因的存在及ERAP1多态现象的存在的陈述也适用于指示测试结果。这些陈述及可视形式可记录于有形媒介上，诸如纸、计算机可读媒介(诸如软盘、压缩光盘等)，或记录于无形媒介上，例如呈因特网或内部网络上的电子邮件或网站形式的电子媒介。另外，结果也可以声音形式记录且经由任何适合媒介(例如模拟或数字电缆线、光纤电缆等)、经由电话、传真、无线移动电话、因特网电话及其类似媒介传送。所有该类形式(有形及无形)将构成“可传送信息形式”。因此，关于测试结果的信息及数据可在世界上任何地方产生且传送至不同地方。例如，当在海外进行基因分型分析时，可产生关于测试结果的信息及数据且将其制定成如上文所述的可传送形式。呈可传送形式的测试结果因此可引进美国。因此，本发明也涵盖一种用于制备可传送信息形式的方法，该可传送信息形式含有关于个体中ERAP1表达水平、ERAP1蛋白质水平/活性水平、AS反应蛋白质水平或者AS无反应等位基因、AS反应等位基因或ERAP1多态现象的存在的数据。此信息形式适用于预测患有AS的患者对接受IL-17拮抗剂治疗的反应性，适用于基于彼信息选择疗程，且适用于基于彼信息选择性治疗患者。
[0151] 本文中公开了预测患有AS的患者将对接受IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)治疗有反应的可能性的方法，该类方法包含检测来自患者的生物样品中AS无反应等位基因(rs30187无反应等位基因或rs27434无反应等位基因)的存在或AS反应等位基因(rs2201841反应等位基因或rs11209032反应等位基因)的存在，其中：a)AS无反应等位基因的存在指示患者将对接受IL-17拮抗剂治疗有反应的可能性降低；及b)AS反应等位基因的存在指示患者将对接受IL-17拮抗剂治疗有反应的可能性增加。在一些实施方案中，该方法进一步包含自患者获得生物样品的步骤，其中获得步骤是在检测步骤前进行。
[0152] 本文中公开了预测患有AS的患者将对接受IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)治疗有反应的可能性的方法，该类方法包含检测来自患者的生物样品中至少一种AS反应蛋白质(S100A8、S100A9、S100A8+S100A9)的测试水平，其中若至少一种AS反应蛋白质的测试水平高于对照水平，则患者对接受IL-17拮抗剂治疗有反应的可能性增加，且其中若测试水平低于对照水平，则患者对接受IL-17拮抗剂治疗有反应的可能性降低。
[0153] 本文中公开了预测患有AS的患者将对接受IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)治疗有反应的可能性的方法，该类方法包含：a)检测来自患者的生物样品中至少一种AS反应蛋白质(S100A8、S100A9、S100A8+S100A9)的测试水平；及b)将至少一种AS反应蛋白质的测试水平与至少一种AS反应蛋白质的对照水平相比，其中若测试水平高于对照水平，则患者对接受IL-17拮抗剂治疗有反应的可能性增加，且其中若测试水平低于对照水平，则患者对接受IL-17拮抗剂治疗有反应的可能性降低。
[0154] 在一些实施方案中，检测步骤是通过直接分析来自患者的生物样品的所关注的物质(例如等位基因、蛋白质水平等)来进行。在以上方法的一些实施方案中，所关注的等位基因的存在或不存在可通过分析生物样品的基因组序列、核酸产物、多肽产物或等同遗传标记物来检测。所关注的等位基因可为rs30187无反应等位基因、rs27434无反应等位基因、rs2201841反应等位基因及/或rs11209032反应等位基因。在以上方法的一些实施方案中，另外分析生物样品中至少一种选自以下的AS风险标记物的存在：IL-23R SNP、IL-1R2 SNP、ANTXR2 SNP、IL-17A SNP及HLA等位基因，例如rs11209026等位基因、rs10865331等位基因、rs2310173等位基因、rs4333130等位基因、rs2242944等位基因、rs1974226等位基因、rs7747909等位基因、HLA-DRB1*04或HLA-B*27。
[0155] 本文中也公开了预测患有AS的患者将对接受IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)治疗有反应的可能性的各种方法，这些方法包含检测来自患者的生物样品中相对于对照的ERAP1表达(例如mRNA、cDNA等)水平、ERAP1蛋白质水平或ERAP1活性水平；其中相对于对照ERAP1表达水平降低、ERAP1蛋白质水平降低或ERAP1活性水平降低指示患者将对接受IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)治疗有反应的可能性增加。在此类实施方案中，对照为获自已知对接受IL-17拮抗剂治疗反应不良的个体的参考ERAP1表达水平、ERAP1蛋白质水平或ERAP1活性水平。
[0156] 本文中也公开了预测患有AS的患者将对接受IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)治疗有反应的可能性的各种方法，该类方法包含检测来自患者的生物样品中相对于对照的ERAP1表达(例如mRNA、cDNA等)水平、ERAP1蛋白质水平或ERAP1活性水平；其中相对于对照ERAP1表达水平类似、ERAP1蛋白质水平类似或ERAP1活性水平类似指示患者将对接受IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)治疗有反应的可能性增加。在此类实施方案中，对照为获自已知对接受IL-17拮抗剂治疗反应良好的个体的参考ERAP1表达水平、ERAP1蛋白质水平或ERAP1活性水平。
[0157] 在一些实施方案中，ERAP1表达水平、ERAP1蛋白质水平或ERAP1活性水平是通过分析生物样品中导致相对于对照ERAP1表达水平降低、ERAP1蛋白质水平降低及/或ERAP1活性水平降低的ERAP1多态现象来测量。
[0158] 在以上方法的一些实施方案中，生物样品选自：滑液、血液、血清、粪便、血浆、尿液、眼泪、毛球细胞、唾液、脑脊液、白血球样品及组织样品。在以上方法的一些实施方案中，所关注的等位基因的存在或不存在或所关注的蛋白质的水平(视具体情况而定)是通过选自以下的技术检测：Northern印迹分析、聚合酶链反应(PCR)、逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)、基于TaqMan的分析、直接测序、动态等位基因特异性杂交、高密度寡核苷酸SNP阵列、限制性片段长度多态现象(RFLP)分析、引物延伸分析、寡核苷酸连接酶分析、单链构象多态现象分析、温度梯度凝胶电泳(TGGE)、变性高效液相层析、高分辨率熔融分析、DNA错配结合蛋白质分析、 毛细电泳法、Southern印迹法、Western印迹法、蛋白质测序、免疫分析、免疫组织化学、ELISA、流式细胞测量术、HPLC及质谱分析。分析可通过使用“自动分析仪”来进行，自动分析仪为可用来确定所关注的等位基因存在或不存在的任何机器。例如PCR机、自动测序仪、光谱仪、密度计、板式读取器、闪烁计数器等。
[0159] 在以上方法的一些实施方案中，所关注的等位基因用于预测短期或长期后果。短期后果可通过例如炎症的体征及症状的改善来测量，而长期后果可通过例如常规放射线照片及MRI作为成像代替物、功能记分(BASFI、BASMI)及生活质量(QoL)工具来测量。
[0160] IL-17拮抗剂的治疗方法及用途
[0161] 所公开的方法允许临床医师向AS患者提供个人化疗法，也即其允许确定是否用IL-17拮抗剂治疗AS患者或是否用不同AS试剂(例如NSAID、TNFα拮抗剂、DMARD、皮质类固醇或其组合)治疗AS患者。以此方式，临床医师可将IL-17拮抗在整个患有AS的患者群体中的益处最大化且风险最小化。应了解，IL-17拮抗剂，例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段，例如苏金单抗)或IL-17受体结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段)适用于治疗、预防或改善AS(例如炎症体征及症状以及结构变化的临床及影像证据，预防进一步关节腐蚀、改善关节结构、预防关节黏连、预防长期失能等[例如改善BASFI、BASMI、起止点炎记分、生活质量(QoL)记分等])，尤其是不具有AS无反应等位基因、具有AS反应等位基因或一或数种AS反应蛋白质的水平升高的AS患者中。
[0162] IL-17拮抗剂，例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段，例如苏金单抗)或IL-17受体结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段)可体外、离体使用，或并入药物组合物中且体内施用个体(例如人类患者)以治疗、改善或预防AS，例如用于不具有AS无反应等位基因、具有AS反应等位基因、AS反应蛋白质水平升高或ERAP1表达水平及/或ERAP1蛋白质水平/活性水平降低的AS患者中。药物组合物经配制与其预期施用途径相容(例如口服组合物一般包括惰性稀释剂或可食用载体)。施用途径的其他非限制性实施例包括非经肠(例如静脉内)、皮内、皮下、经口(例如吸入)、经皮(局部)、经黏膜及直肠施用。
[0163] IL-17拮抗剂，例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段，例如苏金单抗)或IL-17受体结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段)在与药学上可接受的载体组合时可以以药物组合物形式使用。此类组合物除IL-17拮抗剂之外可含有载体、各种稀释剂、填充剂、盐、缓冲剂、稳定剂、增溶剂及本领域熟知的其他物质。载体的特征将视施用途径而定。用于所公开的方法中的药物组合物也可含有其他用于治疗特定靶向病症的治疗剂。例如，药物组合物也可包括消炎剂。在药物组合物中可包括该类其他因子及/或试剂以与IL-17结合分子产生协同效应，或将由IL-17拮抗剂，例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段，例如苏金单抗)或IL-17受体结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段)所引起的副作用降至最低。
[0164] 用于所公开的方法中的药物组合物可以常规方式制备。在一个实施方案中，药物组合物是以冻干形式提供。为直接施用，将其溶解于例如注射用无菌水或无菌缓冲生理食盐水的适合水性载体中。若认为需要，配制体积较大的溶液以通过输注而非快速注射来施用，则在配制时宜将人血清白蛋白或患者自身的肝素化血液并入生理食盐水中。过量该生理学惰性蛋白质的存在通过吸附于输注溶液所用容器及导管的壁上来防止抗体损失。若使用白蛋白，则适合浓度为以生理食盐水溶液的重量计0.5％至4.5％。其他配制物包含液体或冻干配制物。
[0165] 抗体(例如针对IL-17的抗体)典型地配制成备用于非经肠施用的水性形式或在施用前以适合稀释剂重配的冻干物。在所公开的方法及用途的一些实施方案中，IL-17拮抗剂，例如IL-17抗体，例如苏金单抗是配制成冻干物。适合冻干配制物可以小液体体积(例如2ml或2ml以下)重配以允许皮下施用，且可提供抗体聚集程度低的溶液。抗体作为TM药物活性成分的用途目前为普遍的，包括产品HERCEPTIN (曲妥珠单抗(trastuzumab))、TM TM
RITUXAN (利妥昔单抗(rituximab))、SYNAGIS (帕利珠单抗(palivizumab))等。用于将抗体纯化至药物等级的技术为本领域所熟知。当通过静脉内、皮肤或皮下注射施用治疗有效量的IL-17拮抗剂，例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段，例如苏金单抗)或IL-17受体结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段)时，IL-17拮抗剂将呈无热原质的非经肠可接受溶液形式。用于静脉内、皮肤或皮下注射的药物组合物除IL-17拮抗剂的外可含有等张运载体(vehicle)，诸如氯化钠、林格氏试剂(Ringer's)、右旋糖、右旋糖与氯化钠、乳酸林格氏试剂或如本领域所知的其他运载体。
RITUXAN (利妥昔单抗(rituximab))、SYNAGIS (帕利珠单抗(palivizumab))等。用于将抗体纯化至药物等级的技术为本领域所熟知。当通过静脉内、皮肤或皮下注射施用治疗有效量的IL-17拮抗剂，例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段，例如苏金单抗)或IL-17受体结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段)时，IL-17拮抗剂将呈无热原质的非经肠可接受溶液形式。用于静脉内、皮肤或皮下注射的药物组合物除IL-17拮抗剂的外可含有等张运载体(vehicle)，诸如氯化钠、林格氏试剂(Ringer's)、右旋糖、右旋糖与氯化钠、乳酸林格氏试剂或如本领域所知的其他运载体。
[0166] 适当剂量当然将视例如欲使用的特定IL-17拮抗剂，例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段，例如苏金单抗)或IL-17受体结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段)、宿主、施用模式及所治疗病状的性质及严重程度，且视患者已经历的此前治疗的性质而变化。最终，主治医疗提供者将决定用以治疗各个别患者的IL-17拮抗剂的量。在一些实施方案中，主治医疗提供者可施用低剂量的IL-17拮抗剂且观测患者反应。在其他实施方案中，施用患者的IL-17拮抗剂的初始剂量高，且随后往下滴定，直至出现复发体征为止。可施用较大剂量的IL-17拮抗剂，直至患者获得最佳治疗作用为止，且剂量一般不进一步增加。
[0167] 在进行本发明的一些治疗方法或用途中，向患者(例如哺乳动物(例如人类))施用治疗有效量的IL-17拮抗剂(例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段，例如苏金单抗)或IL-17受体结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段))。尽管了解所公开的方法视AS无反应等位基因、AS反应等位基因的存在(或不存在)及AS反应蛋白质水平而提供AS患者的差异性治疗，但不排除，若患者最终欲用IL-17拮抗剂治疗，则该IL-17拮抗剂疗法必须为单一疗法。实际上，若选择患者用IL-17拮抗剂治疗，则IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)可单独或与用于治疗AS患者的其他试剂及疗法组合施用，例如与至少一种诸如以下的其他试剂组合：免疫抑制剂、疾病改善抗风湿病药(DMARD)(例如柳氮磺胺吡啶)、疼痛控制药、类固醇、非甾体类抗炎药(NSAID)、细胞因子拮抗剂、骨合成代谢剂、骨抗吸收剂及其组合(例如双重及三重疗法)。当与一或多种其他AS试剂共施用时，IL-17拮抗剂可与其他试剂同时或依序施用。若依序施用，则主治医师将决定施用IL-17拮抗剂与其他试剂组合的适当次序及共递送的适当剂量。
[0168] 适用于与IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)组合用于治疗AS患者的非甾体类抗炎药及疼痛控制剂包括丙酸衍生物、乙酸衍生物、烯醇酸衍生物、芬那酸(fenamic acid)衍生物、Cox抑制剂，例如罗美昔布(lumiracoxib)、布洛芬、非诺洛芬、酮基布洛芬、氟比洛芬、奥沙普嗪、吲哚美辛、舒林酸、依托度酸、酮咯酸(ketorolac)、萘丁美酮、阿司匹林、萘普生、伐地昔布(valdecoxib)、依他昔布(etoricoxib)、MK0966、罗非昔布(rofecoxib)、乙酰胺苯酚(acetominophen)、塞内昔布、双氯芬酸、曲马多(tramadol)、吡罗昔康、美洛昔康(meloxicam)、替诺昔康(tenoxicam)、屈恶昔康(droxicam)、氯诺昔康(lornoxicam)、伊索昔康(isoxicam)、甲芬那酸(mefanamic acid)、甲氯芬那酸(meclofenamic acid)、氟芬那酸(flufenamic acid)、托芬那酸(tolfenamic)、伐地昔布、帕瑞昔布(parecoxib)、依托度酸、吲哚美辛、阿司匹林、布洛芬、非罗昔布(firocoxib)。适用于与IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)组合用于治疗不具有AS无反应等位基因的AS患者的DMARD包括甲氨蝶呤(MTX)、抗疟疾药(例如羟氯奎宁(hydroxychloroquine)及氯奎宁(chloroquine))、柳氮磺胺吡啶、来氟米特(Leflunomide)、硫唑嘌呤(azathioprine)、环孢素(cyclosporin)、金盐、二甲胺四环素(minocycline)、环磷酰胺(cyclophosphamide)、D-青霉胺、二甲胺四环素、金诺芬(auranofin)、他克莫司(tacrolimus)、硫代苯酸金钠(myocrisin)、苯丁酸氮芥(chlorambucil)。适用于与IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)组合用于治疗不具有AS无反应等位基因的AS患者的类固醇(例如糖皮质激素)包括泼尼松龙(Prednisolone)、泼尼松(Prednisone)、地塞米松(dexamethasone)、皮质醇(cortisol)、皮质酮(cortisone)、氢皮质酮(hydrocortisone)、甲基泼尼松龙(methylprednisolone)、倍他米松(betamethasone)、曲安西龙(triamcinolone)、倍氯米松(beclometasome)、氟氢可的松(fludrocottisone)、脱氧皮质酮(deoxycorticosterone)、醛固酮(aldosterone)。
[0169] 可用于与IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)组合用于治疗AS患者的生物试剂包括阿达木单抗 依那西普 英利昔单抗( TA-650)、(康纳单抗(canakinumab))、赛妥珠单抗(CERTOLIZUMAB PEGOL)(
CDP870)、戈利木单抗( CNTO148)、阿那白滞素(ANAKINRA) 利
妥昔单抗 阿巴西普(ABATACEPT) 托珠单抗
(TOCILIZUMAB) 整合素(integrin)拮抗剂( (那
他珠单抗(natalizumab)))、CD4拮抗剂、其他IL-17拮抗剂(LY2439821、RG4934、AMG827、SCH900117、R05310074、MEDI-571、CAT-2200)、IL-23拮抗剂、IL-20拮抗剂、IL-6拮抗剂、TNF α拮抗剂(例如TNF α拮抗剂或TNF α受体拮抗剂，例如培那西普(pegsunercept)等)、BLyS拮抗剂(例如阿塞西普(Atacicept)、 (贝利
单抗(belimumab)))、p38抑制剂、CD20拮抗剂(奥克雷珠单抗(Ocrelizumab)、奥发图单抗(Ofatumumab) )、干扰素(Interferon)γ拮抗剂(芳妥珠单抗
(Fontolizumab))。
CDP870)、戈利木单抗( CNTO148)、阿那白滞素(ANAKINRA) 利
妥昔单抗 阿巴西普(ABATACEPT) 托珠单抗
(TOCILIZUMAB) 整合素(integrin)拮抗剂( (那
他珠单抗(natalizumab)))、CD4拮抗剂、其他IL-17拮抗剂(LY2439821、RG4934、AMG827、SCH900117、R05310074、MEDI-571、CAT-2200)、IL-23拮抗剂、IL-20拮抗剂、IL-6拮抗剂、TNF α拮抗剂(例如TNF α拮抗剂或TNF α受体拮抗剂，例如培那西普(pegsunercept)等)、BLyS拮抗剂(例如阿塞西普(Atacicept)、 (贝利
单抗(belimumab)))、p38抑制剂、CD20拮抗剂(奥克雷珠单抗(Ocrelizumab)、奥发图单抗(Ofatumumab) )、干扰素(Interferon)γ拮抗剂(芳妥珠单抗
(Fontolizumab))。
[0170] IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)宜非经肠、经静脉内(例如至肘前或其他周边静脉中)、肌肉内或皮下施用。使用本发明药物组合物的静脉内(i.v.)疗法的持续时间将视所治疗疾病的严重程度及各个别患者的情况及个人反应而变化。也涵盖使用本发明药物组合物的皮下(s.c.)疗法。医疗提供者将决定使用本发明药物组合物的静脉内或皮下疗法的适当持续时间及疗法的施用时程。
[0171] 用于治疗不具有AS无反应等位基因、具有AS反应等位基因或AS反应蛋白质水平升高的AS患者的优选给药及治疗方案(包括诱导及维持方案两者)提供于PCT申请第PCT/US2011/064307号中，其以全文引用的方式并入本文中。应了解，对于某些患者，例如对接受IL-17拮抗剂，例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段，例如苏金单抗)或IL-17受体结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段)治疗显示反应不足的患者，可能需要增加剂量(例如在诱导及/或维持期间)。因此，苏金单抗的皮下剂量可能大于约75mg至约300mg皮下，例如为约80mg、约100mg、约125mg、约175mg、约200mg、约250mg、约350mg、约400mg等；类似地，静脉内剂量可能大于约10mg/kg，例如为约11mg/kg、12mg/kg、15mg/kg、20mg/kg、25mg/kg、30mg/kg、35mg/kg等。也应了解，对于某些患者，例如对接受IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)治疗显示不良反应的患者，也可能需要降低剂量(例如在诱导及/或维持期间)。因此，苏金单抗的剂量可能小于约75mg至约300mg皮下，例如为约25mg、约50mg、约80mg、约100mg、约125mg、约175mg、约200mg、250mg等；类似地，静脉内剂量可能小于约10mg/kg，例如为约9mg/kg、8mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、1mg/kg等。
[0172] 本文中公开了选择性治疗患有AS的患者的方法，该类方法包含基于该患者具有选自rs2201841反应等位基因或rs11209032反应等位基因的AS反应等位基因而向患者选择性施用治疗有效量的IL-17拮抗剂。本文中也公开了选择性治疗患有AS的患者的方法，该类方法包含基于该患者不具有选自rs30187无反应等位基因或rs27434无反应等位基因的AS无反应等位基因而向患者选择性施用治疗有效量的IL-17拮抗剂。
[0173] 本文中公开了选择性治疗患有AS的患者的方法，该类方法包含：a)基于该患者具有AS反应等位基因(rs2201841反应等位基因或rs11209032反应等位基因)或基于该患者不具有AS无反应等位基因(rs30187无反应等位基因或rs27434无反应等位基因)而向患者选择性施用治疗有效量的IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)；或b)基于该患者不具有AS反应等位基因或基于该患者具有AS无反应等位基因而向患者选择性施用治疗有效量的不同AS试剂(例如NSAID、TNF α拮抗剂、柳氮磺胺吡啶、甲氨蝶呤、皮质类固醇及其组合)。
[0174] 本文中也公开了用IL-17拮抗剂选择性治疗患有AS的患者的方法，该类方法包含：a)基于患者具有AS反应等位基因(rs2201841反应等位基因或rs11209032反应等位基因)或基于患者不具有AS无反应等位基因(rs30187无反应等位基因或rs27434无反应等位基因)而选择患者用IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)治疗；及b)其后，向患者施用治疗有效量的IL-17拮抗剂。
[0175] 本文中也公开了用IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)选择性治疗患有AS的患者的方法，该类方法包含：a)分析来自患者的生物样品中AS反应等位基因(rs2201841反应等位基因或rs11209032反应等位基因)或AS无反应等位基因(rs30187无反应等位基因或rs27434无反应等位基因)的存在或不存在；及b)其后，向患者选择性施用：i.基于来自患者的生物样品具有AS反应等位基因或基于来自患者的生物样品不具有AS无反应等位基因而向患者施用治疗有效量的IL-17拮抗剂；或ii.基于来自患者的生物样品不具有AS反应等位基因或基于来自患者的生物样品具有AS无反应等位基因而施用治疗有效量的不同AS试剂(例如NSAID、TNF α拮抗剂、柳氮磺胺吡啶、甲氨蝶呤、皮质类固醇及其组合)。
[0176] 本文中也公开了用IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)选择性治疗患有AS的患者的方法，该类方法包含：a)分析来自患者的生物样品中AS反应等位基因(rs2201841反应等位基因或rs11209032反应等位基因)或AS无反应等位基因(rs30187无反应等位基因或rs27434无反应等位基因)的存在或不存在；b)其后，基于来自患者的生物样品具有AS反应等位基因或基于来自患者的生物样品不具有AS无反应等位基因而选择患者用IL-17拮抗剂治疗；及c)其后，向患者施用治疗有效量的IL-17拮抗剂。
[0177] 在一些实施方案中，该方法进一步包含分析来自患者的生物样品中至少一种AS反应蛋白质的测试水平的步骤，其是在施用步骤前进行。
[0178] 在一些实施方案中，通过分析生物样品中AS无反应等位基因或AS反应等位基因的基因组序列、AS无反应等位基因或AS反应等位基因的核酸产物、AS无反应等位基因或AS反应等位基因的多肽产物或者AS无反应等位基因或AS反应等位基因的等同遗传标记物来检测AS无反应等位基因或AS反应等位基因。在一些实施方案中，至少一种AS无反应等位基因的存在或AS反应等位基因的存在是通过选自以下的技术检测：Northern印迹分析、聚合酶链反应(PCR)、逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)、基于TaqMan的分析、直接测序、动态等位基因特异性杂交、高密度寡核苷酸SNP阵列、限制性片段长度多态现象(RFLP)分析、引物延伸分析、寡核苷酸连接酶分析、单链构象多态现象分析、温度梯度凝胶电泳(TGGE)、变性高效液相层析、高分辨率熔融分析、DNA错配结合蛋白质分析、 毛细电泳法、Southern印迹法、免疫分析、免疫组织化学、ELISA、流式细胞测量术、Western印迹法、HPLC及质谱分析。
[0179] 本文中公开了选择性治疗患有AS的患者的方法，该类方法包含：a)基于该患者的至少一种AS反应蛋白质(S100A8、S100A9、S100A8+S100A9)的测试水平高于至少一种AS反应蛋白质的对照水平而向患者选择性施用治疗有效量的IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)；或b)基于该患者的至少一种AS反应蛋白质的测试水平低于至少一种AS反应蛋白质的对照水平而向患者选择性施用治疗有效量的不同AS试剂(例如NSAID、TNF拮抗剂、柳氮磺胺吡啶、甲氨蝶呤、皮质类固醇及其组合)。
[0180] 本文中公开了用IL-17拮抗剂选择性治疗患有AS的患者的方法，该类方法包含：a)基于该患者的至少一种AS反应蛋白质(S100A8、S100A9、S100A8+S100A9)的测试水平高于至少一种AS反应蛋白质的对照水平而选择患者用IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)治疗；
及b)其后，向患者施用治疗有效量的IL-17拮抗剂。
及b)其后，向患者施用治疗有效量的IL-17拮抗剂。
[0181] 本文中公开了选择性治疗患有AS的患者的方法，该类方法包含：a)分析来自AS患者的生物样品中至少一种AS反应蛋白质(S100A8、S100A9、S100A8+S100A9)的测试水平；及b)其后，向患者选择性施用：i.基于至少一种AS反应蛋白质的测试水平高于至少一种AS反应蛋白质的对照水平而施用治疗有效量的IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)；或ii.基于至少一种AS反应蛋白质的测试水平低于至少一种AS反应蛋白质的对照水平而施用治疗有效量的不同AS试剂。
[0182] 本文中公开了用IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)选择性治疗患有AS的患者的方法，该类方法包含：a)分析来自AS患者的生物样品中至少一种AS反应蛋白质(S100A8、S100A9、S100A8+S100A9)的测试水平；b)其后，基于至少一种AS反应蛋白质的测试水平高于至少一种AS反应蛋白质的对照水平而选择患者用IL-17拮抗剂治疗；及c)其后，向患者施用治疗有效量的IL-17拮抗剂。
[0183] 在一些实施方案中，AS反应蛋白质的测试水平是通过选自以下的技术来检测：免疫分析、免疫组织化学、ELISA、Western印迹法、HPLC及质谱分析。在一些实施方案中，另外分析生物样品中AS无反应等位基因、AS反应等位基因、AS风险标记物或其组合的存在。
[0184] 在一些实施方案中，对照水平是获自预定参考标准或来自IL-17无反应者的对照生物样品。在一些实施方案中，测试水平是获自分析至少一种AS风险蛋白质的多肽产物的水平。
[0185] 本文中公开了一种IL-17拮抗剂，其用于制备用于治疗患有AS的患者的药物，其中患者是基于不具有AS无反应等位基因而选择进行治疗或其中患者是基于具有AS反应等位基因而选择进行治疗。
[0186] 本文中公开了一种IL-17拮抗剂，其用于制备用于治疗特征在于不具有AS无反应等位基因的患者或特征在于具有AS反应等位基因的患者的AS的药物，其中该药物经配制以包含容器，其中各容器具有：充足量的IL-17拮抗剂以允许每单位剂量递送至少约75mg至约150mg IL-17拮抗剂；或充足量的IL-17拮抗剂以允许每单位剂量每公斤患者体重递送至少约10mg IL-17拮抗剂。本文中也公开了一种IL-17拮抗剂，其用于制备用于治疗特征在于不具有AS无反应等位基因的患者或特征在于具有AS反应等位基因的患者的AS的药物，其中该药物被配制为一剂量以允许：每单位剂量每公斤患者体重静脉内递送约10mg IL-17拮抗剂；或每单位剂量皮下递送约75mg至约150mg IL-17拮抗剂。
[0187] 本文中公开了一种用于选择患者使用IL-17拮抗剂治疗AS的体外测试方法，该方法包含确定患者是否不具有AS无反应等位基因或确定患者是否具有至少一种AS反应等位基因，其中患者对以下方案具有改善的治疗反应：a)向患者施用三次剂量的约10mg/kg IL-17拮抗剂，所述剂量中的每一剂每隔一周递送；及a)其后，在第八周期间开始，每月两次、每月一次、每两个月一次或每三个月一次向患者施用约75mg至约300mg IL-17拮抗剂。
[0188] 本文中公开了一种用于选择患者使用IL-17拮抗剂治疗AS的体外测试方法，该方法包含确定患者是否不具有AS无反应等位基因或确定患者是否具有至少一种AS反应等位基因，其中患者对以下方案具有改善的治疗反应：a)向患者施用五次剂量的约75mg至约300mg IL-17拮抗剂，所述剂量中的每一剂每周一次递送；及b)其后，在第八周期间开始，每月两次、每月一次、每两个月一次或每三个月一次向患者施用约75mg至约300mg IL-17拮抗剂。
[0189] 本文中也公开了治疗AS患者的方法，该方法包含接收关于由该患者获得的生物样品中AS无反应等位基因的存在或AS反应等位基因的存在的数据；及若患者不具有AS无反应等位基因，则向AS患者选择性施用治疗有效量的IL-17拮抗剂，或若患者具有AS反应等位基因，则向AS患者施用治疗有效量的IL-17拮抗剂。短语“接收数据”用于指通过任何可用方法，例如口头、电子(例如通过电子邮件、编码于磁盘或其他媒介上)、书面等获得信息的所有权。
[0190] 本文中公开了选择性治疗患有AS的患者的各种方法，该类方法包含分析来自患者的生物样品中ERAP1表达(例如mRNA、cDNA等)水平、ERAP1蛋白质水平或ERAP1活性水平；及其后，若患者相对于对照ERAP1表达降低、ERAP1蛋白质水平降低或ERAP1活性水平降低，则向患者选择性施用治疗有效量的IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)。在此类实施方案中，对照为获自已知对接受IL-17拮抗剂治疗反应不良的个体的参考ERAP1表达水平、ERAP1蛋白质水平或ERAP1活性水平。
[0191] 在一些实施方案中，ERAP1表达水平、ERAP1蛋白质水平或ERAP1活性水平是通过分析来自患者的生物样品中导致相对于对照ERAP1表达水平降低、ERAP1蛋白质水平降低或ERAP1活性水平降低的ERAP1多态现象来测量。
[0192] 以上一些方法在分析步骤前进一步包含获得来自患者的生物样品的步骤。
[0193] 如本文中所用，短语“容器具有充足量的IL-17拮抗剂以允许递送[指定剂量]”用于指给定容器(例如小瓶、笔、注射器)当中放置可用于提供所要剂量的体积的IL-17拮抗剂(例如作为药物组合物的一部分)。例如，若所要剂量为75mg，则临床医师可使用来自含有浓度为25mg/ml的IL-17抗体配制物的容器的3ml、来自含有浓度为37.5mg/ml的IL-17抗体配制物的容器的2ml、来自含有浓度为75mg/ml的IL-17抗体配制物的容器的1ml、来自含有浓度为150mg/ml的IL-17抗体配制物的容器的0.5ml。在各该情况下，这些容器具有充足量的IL-17拮抗剂以允许递送所要75mg剂量。
[0194] 如本文中所用，短语“配制为一剂量以允许[施用途径]递送[指定剂量]”用于指给定药物组合物可用于经由指定施用途径(例如皮下或静脉内)提供所要剂量的IL-17拮抗剂，例如IL-17抗体，例如苏金单抗。例如，若所要皮下剂量为75mg，则临床医师可使用2ml浓度为37.5mg/ml的IL-17抗体配制物、1ml浓度为75mg/ml的IL-17抗体配制物、0.5ml浓度为150mg/ml的IL-17抗体配制物等。在各该情况下，这些IL-17抗体配制物的浓度足够高以允许皮下递送IL-17抗体。皮下递送典型地需要递送约2ml以下的体积、优选约1ml或1ml以下的体积。
[0195] 试剂盒
[0196] 本发明也涵盖用于检测来自患者的生物样品中AS无反应等位基因、AS反应等位基因、ERAP1多态现象、AS反应蛋白质、ERAP1蛋白质或ERAP1活性水平的试剂盒。该类试剂盒可用于预测患有AS的患者是否可能对接受IL-17拮抗剂，例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段，例如苏金单抗)或IL-17受体结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段)治疗有反应(或具有更高反应)。例如，试剂盒可包含能够检测生物样品中存在(或不存在)AS无反应等位基因、AS反应等位基因及/或导致ERAP1的水平及/或活性变化(例如导致ERAP1表达水平降低、ERAP1蛋白质水平降低或ERAP1活性水平降低)的ERAP1多态现象、此类等位基因的产物及/或此类等位基因的等同遗传标记物的探针(例如寡核苷酸、抗体、标记的化合物或其他试剂)。试剂盒也可包含提供患者将对接受IL-17拮抗剂治疗有反应的可能性的预测的说明书。
[0197] 探针可特异性杂交于基因组序列、核酸产物或多肽产物。示例性探针为特异性杂交于rs2201841、rs11209032、rs30187或rs27434多态位点的寡核苷酸或结合寡核苷酸；PCR引物，与另一引物一起用于扩增rs2201841、rs11209032、rs30187或rs27434多态位点(例如来自DNA、cDNA、mRNA等)；能够在由所公开的等位基因编码的多肽产物之间进行区分的抗体(例如能够在ERAP1蛋白质中的Lys528与Arg528之间进行区分的抗体)；能够检测S100A8、S100A9或S100A8+S100A9的抗体；引物延伸寡核苷酸；等位基因特异性引物；等位基因特异性引物、等位基因特异性探针及引物延伸引物的组合等。任选地，试剂盒可含有靶向内部对照等位基因的探针，该类位基因可为一般群体中呈现的任何等位基因。内部对照等位基因的检测经设计以确保试剂盒的效能。所公开的试剂盒也可包含例如缓冲剂、防腐剂或蛋白质稳定剂。试剂盒也可包含检测可检测因子(例如酶或受质)所需的组分。试剂盒也可含有对照样品或一系列对照样品，其可经分析且与所含测试样品相比较。试剂盒的各组分通常封闭于个别容器内，且所有各个容器均与使用说明书一起处于单一包装内。
[0198] 该类试剂盒也可包含IL-17拮抗剂，例如IL-17结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段，例如苏金单抗)或IL-17受体结合分子(例如IL-17抗体或其抗原结合片段)(例如呈液体或冻干形式)，或包含IL-17拮抗剂(上述)的药物组合物。另外，该类试剂盒可包含用于施用IL-17拮抗剂的工具(例如注射器及小瓶、预填充注射器、预填充笔)及使用说明书。这些试剂盒可含有例如用于与所封闭的IL-17拮抗剂(例如苏金单抗)组合递送的用于治疗AS的其他治疗剂(上述)。
[0199] 短语“用于施用的工具”用于指示用于向患者全身施用药物的任何可用器具，包括(但不限于)预填充注射器、小瓶及注射器、注射笔、自动注射器、静脉内滴注器及袋、泵等。使用该类物品，患者可自施用药物(也即为自己施用药物)或医师可施用药物。
[0200] 所公开的试剂盒可为适用于同时测量遗传组分(例如特定SNP)存在或不存在及蛋白质存在或不存在或其水平的多任务试剂盒，其将允许医师进行复合标记物预测。
[0201] 概述
[0202] 应了解，在上文提及的方法、治疗方案、试剂盒、用途及药物组合物中，技术人员可分析一种以上等位基因或标记物。预见到复合标记物组可用于确定治疗决策或预测患者反应，例如包括分析一或数种蛋白质、一或数种SNP或其组合(也即蛋白质及SNP)。例如，预见到临床医师可选择分析单一患者中之一或多种ERAP1 SNP、一或多种IL23R SNP及S100A8及/或S100A9水平。在一些实施方案中，分析生物标记物的其他组合，例如其他遗传标记物(AS风险标记物)、转录标记物(例如来源于血液、PBMC、活检等的mRNA/miRNA)及蛋白质及细胞标记物(例如血清中的蛋白质生物标记物以及Th17及Treg细胞)。
[0203] 在所公开的方法、治疗、方案、用途及试剂盒的一些实施方案中，IL-17结合分子是选自：a)结合于包含Leu74、Tyr85、His86、Met87、Asn88、Val124、Thr125、Pro126、Ile127、Val128、His129的IL-17表位的IL-17抗体；b)结合于包含Tyr43、Tyr44、Arg46、Ala79、Asp80的IL-17表位的IL-17抗体；c)结合于具有两条成熟IL-17蛋白质链的IL-17同二聚体的表位的IL-17抗体，该表位在一条链上包含Leu74、Tyr85、His86、Met87、Asn88、Val124、Thr125、Pro126、Ile127、Val128、His129，且在另一条链上包含Tyr43、Tyr44、Arg46、Ala79、Asp80；d)结合于具有两条成熟IL-17蛋白质链的IL-17同二聚体的表位的IL-17抗体，该表位在一条链上包含Leu74、Tyr85、His86、Met87、Asn88、Val124、Thr125、Pro126、Ile127、Val128、His129，且在另一条链上包含Tyr43、Tyr44、Arg46、Ala79、Asp80，其中IL-17结合分子的KD为约100-200pM，且其中IL-17结合分子的体内半衰期为约23至约35天；及e)包含选自由以下的抗体的IL-17抗体：i)包含示于SEQ ID NO:8的氨基酸序列的免疫球蛋白重链可变域(VH)；ii)包含示于SEQ ID NO:10的氨基酸序列的免疫球蛋白轻链可变域(VL)；iii)包含示于SEQ ID NO:8的氨基酸序列的免疫球蛋白VH域，及包含示于SEQ ID NO:10的氨基酸序列的免疫球蛋白VL域；iv)包含示于SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2及SEQ ID NO:3的高变区的免疫球蛋白VH域；v)包含示于SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5及SEQ ID NO:6的高变区的免疫球蛋白VL域；vi)包含示于SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12及SEQ ID NO:13的高变区的免疫球蛋白VH域；vii)包含示于SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2及SEQ ID NO:3的高变区的免疫球蛋白VH域，及包含示于SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5及SEQ ID NO:6的高变区的免疫球蛋白VL域；及viii)包含示于SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12及SEQ ID NO:13的高变区的免疫球蛋白VH域，及包含示于SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5及SEQ ID NO:6的高变区的免疫球蛋白VL域。在所公开的方法、治疗、方案、用途及试剂盒的优选实施方案中，IL-17拮抗剂为苏金单抗。
[0204] 本发明的一或多个实施方案的细节陈述于以上随附描述中。尽管在实践或测试本发明时可使用类似或等效于本文中所述的任何方法及材料，但在此描述优选方法及材料。本发明的其他特征、目的及优势根据该描述及权利要求将是显而易见的。在说明书及随附权利要求中，除非上下文另外明确规定，否则单数形式包括多个指代物。除非另外定义，否则本文中所用的所有技术及科学术语的含义与本发明所属技术的一般技术者通常所了解的含义相同。本说明书中所引用的所有专利及公开均以引用的方式并入本文中。呈现以下实施例以更全面地说明本发明的优选实施方案。这些实施例绝不应视作限制如由随附权利要求所确定的所公开的本发明内容的范围。
实施例
实施例
[0205] 实施例1：概念验证AS试验CAIN457A2209
[0206] 实施例1.1-研究设计CAIN457A2209
[0207] 这是多个10mg/kg、1.0mg/kg及0.1mg/kg剂量的苏金单抗(相隔3周进行2次输注)用于治疗经诊断为中度至重度AS且此前有或无TNF拮抗剂治疗的患者的两部分多中心概念验证研究(图1)。在部分1中，30名患者以4:1比率接收苏金单抗10mg/kg或安慰剂。在部分2中，另外30名患者以2:2:1比率接收苏金单抗0.1mg/kg、1.0mg/kg或10mg/kg。研究由28天的筛选期、3周的治疗期及25周的随访期组成。筛选符合入选/排除标准的个体接受基线评估，包括ASAS核心组合(1-6)(Zochling等人(2006)Ann Rheum Dis65:442-452)、BASMI记分、BASDAI记分及医师总体评估。此试验的主要终点为在第6周达成ASAS20反应的患者的比例。
[0208] 将符合修改后的纽约AS诊断标准且疾病不受NSAID(至少一种NSAID在最大剂量下超过至少3个月时段)控制的中度至重度AS患者随机分组成接收2×10mg/kg AIN457或安慰剂。基于ASAS核心组合领域(ASAS core set domain)评估入选患者的最小疾病活性：尽管同时使用NSAID但背痛及夜间疼痛记分≥4，外加BASDAI记分≥4。如入选/排除标准中所定义，允许同时使用稳定剂量的甲氨蝶呤(MTX)、柳氮磺胺吡啶(SSZ)及低剂量的皮质类固醇。除MTX、SSZ及全身性低剂量皮质类固醇以外的免疫抑制剂在基线前需要1个月的洗脱期。
[0209] 功效评估是基于ASAS核心组合且由以下评估领域组成：(1)患者总体评估(PGA)，(2)发炎性背痛，(3)巴氏强直性脊柱炎功能指数(BASFI)，(4)通过巴氏强直性脊柱炎疾病活性指数(BASDAI)评估的晨起关节僵硬。次级目标包括使用用于定量AS相关病理的计分系统的脊椎磁共振成像(MRI)研究，以研究这些变化是否受AIN457的治疗影响。研究的探索性目的为在中度至重度AS患者中使用遗传、mRNA表达状况分析、流式细胞测量术及血清蛋白质评估来定义生物标记物状况，及确定用苏金单抗治疗是否影响这些生物标记物。
[0210] 将三十(30)名患者以4:1比率随机分成接收两次静脉内输注苏金单抗(AIN457)10mg/kg i.v.或静脉内施用安慰剂，相隔3周(第1天及第22天)。跟踪患者的安全性达至第28周。进行AIN457及安慰剂的第6周ASAS20反应率的贝叶斯(Bayesian)分析。此前反应率分布定为β分布，且针对各组中所观测的反应者数目假定呈二项分布。使用自AS中抗TNF α治疗的8个随机、安慰剂对照试验的综合分析获得的预测的安慰剂反应率分布作为此前安慰剂反应率分布。该此前分布等同于在43名反应者中观测到11名(也即26％的反应率)。采用弱的此前分布作为活性反应率(等同于在1.5名反应者中观测到
0.5名)。在基线、第6周及第28周进行脊椎的矢状MR成像，包括T1及短τ反转回复(short tau inversion recovery，STIR)序列。由独立读者使用AS脊椎MRI(ASspiMRI-a(2))计分系统的“柏林(Berlin)修改”分析影像，该读者不知治疗分配及影像时序。威尔卡逊符号秩检验(Wilcoxon signed-rank test)用于评估各治疗组中基线与随访之间的变化。
0.5名)。在基线、第6周及第28周进行脊椎的矢状MR成像，包括T1及短τ反转回复(short tau inversion recovery，STIR)序列。由独立读者使用AS脊椎MRI(ASspiMRI-a(2))计分系统的“柏林(Berlin)修改”分析影像，该读者不知治疗分配及影像时序。威尔卡逊符号秩检验(Wilcoxon signed-rank test)用于评估各治疗组中基线与随访之间的变化。
[0211] ASAS(脊柱关节炎评估)
[0212] ASAS(脊柱关节炎评估)核心组合(1-6)由以下评估领域组成：(1)患者的疾病活性总体评估，以100mm视觉模拟量表(VAS)评估；(2)发炎性背痛，以100mm VAS评估；(3)身体功能，通过BASFI评估；(4)晨起关节僵硬(脊椎活动性)，使用BASDAI评估；(5)巴氏强直性脊柱炎计量指数(Bath Ankylosing Spondylitis Metrology Index，BASMI)记分(颈椎旋转、胸胀、腰椎侧屈、经修改的肖伯指数(modified Schober index)、枕骨部至壁距离)；(6)马斯特里赫特强直性脊柱炎起止点炎记分(Maastricht Ankylosing Spondylitis Enthesitis Score，MASES)及利兹起止点炎指数(Leeds enthesis index)。
[0213] ASAS20反应者定义
[0214] 若且仅若以下条件两者均成立，则个体被定义为ASAS20反应者：
[0215] 1.其在以下4个领域中的3者中具有≥20％改善及≥1个单位的绝对改善：患者总体评估(以VAS量表测量，0-10)；疼痛(以VAS量表测量，0-10)；功能(如由BASFI所测量，0-10)；发炎(如自BASDAI的两个晨起关节僵硬相关问题的平均值所测量，0-10)；
[0216] 2.其在可能剩余领域中无劣化(劣化定义为≥20％恶化及≥1个单位的绝对恶化)
[0217] ASAS40反应者定义
[0218] 若且仅若以下条件两者均成立，则个体被定义为ASAS40反应者：
[0219] 1.其在以下4个领域中的3者中具有≥40％改善及≥2个单位的绝对改善：患者总体评估(以VAS量表测量，0-10)；疼痛(以VAS量表测量，0-10)；功能(如由BASFI所测量，0-10)；发炎(如自BASDAI的两个晨起关节僵硬相关问题的平均值所测量，0-10)；
[0220] 2.其在可能剩余领域中无劣化(劣化定义为≥40％恶化及≥2个单位的绝对恶化)
[0221] ASAS 5/6反应者定义
[0222] 若且仅若个体在以下六个领域中的五者中具有至少20％改善，则其定义为ASAS5/6反应者：患者总体评估(以VAS量表测量，0-10)；疼痛(以VAS量表测量，0-10)；功能(如由BASFI所测量，0-10)；发炎(如自BASDAI的两个晨起关节僵硬相关问题的平均值所测量，0-10)；脊椎活动性(如由BASMI测量，0-10)；急性期反应物(如由CRP测量)[0223] ASAS部分缓解定义
[0224] 若且仅若个体在以下4个领域中的每一者中具有<2个单位的值，则其定义为达成部分缓解：患者总体评估(以VAS量表测量，0-10)；疼痛(以VAS量表测量，0-10)；功能(如由BASFI所测量，0-10)；发炎(如自BASDAI的两个晨起关节僵硬相关问题的平均值所测量，0-10)
[0225] 巴氏强直性脊柱炎功能指数(BASFI)
[0226] BASFI为设计用来测定此类AS患者中功能受限程度的一组10个问题。选择十个问题，其中主要输入来自AS患者。前8个问题考虑与功能解剖学相关的活性。后2个问题评估患者应付日常生活的能力。10cm视觉模拟量表用于回答问题。十个量表的平均值得到BASFI记分-0与10之间的值。
[0227] 巴氏强直性脊柱炎疾病活性指数(BASDAI)
[0228] BASDAI由1至10级(1为无问题且10为最差问题)组成，其用于回答涉及5种主要AS症状的6个问题：1.疲劳；2.脊椎疼痛；3.关节疼痛/肿胀；4.局部压痛区域(称为起止点炎或腱及韧带发炎)；5.晨起关节僵硬持续时间；6.晨起关节僵硬严重强度。为使各症状同等加权，获取涉及晨起关节僵硬的两个记分的平均值(平均)。将所得0至50记分除5，得到最终0-10 BASDAI记分。4或4以上的记分表明疾病的非最优控制，且记分为4或4以上的患者通常为改变其医学疗法或参与评估针对强直性脊柱炎的新药物疗法的临床试验的良好候选者。
[0229] 患者的疾病活性总体评估
[0230] 将在问题“考虑你的关节炎影响你的所有方式，在关于你做得如何的量表上划线”之后，使用自无疾病活性至最大疾病活性范围内的100mm VAS进行患者的疾病活性总体评估。在研究者位点，测量距量表的左边缘以mm为单位的距离，且将值输入于eCRF上。
[0231] 患者的疼痛强度评估
[0232] 将使用自不疼痛至不可忍受疼痛范围内的100mm VAS进行患者的发炎性背痛评估。在研究者位点，测量距量表的左边缘以mm为单位的距离，且将值输入于eCRF上。
[0233] 巴氏强直性脊柱炎计量指数(BASMI)
[0234] BASMI为使用评估精确轴状态的最小数目的临床上适当测量的经验证手段，目的为界定脊椎活动的临床上显著变化。参数包括：1.颈椎旋转；2.耳屏至壁距离；3.腰椎侧屈；4.经修改的肖伯指数；5.踝间距离。
[0235] 马斯特里赫特强直性脊柱炎起止点炎记分(MASES)
[0236] 马斯特里赫特强直性脊柱炎起止点炎记分(MASES)是自曼德指数(Mander index)产生，且包括13处位点的评估。包括于MASES指数中的起止点炎位点为：第1肋骨软骨、第7肋骨软骨、髂后上棘(posterior superior iliac spine)、髂前上棘(anterior superior iliac spine)、髂脊(所有上述均双侧评估)、第5腰椎棘突、近跟(双侧)。
[0237] 利兹起止点炎指数(LEI)
[0238] LEI为仅使用以下6处位点评估起止点炎的经验证起止点炎指数：肱骨外上髁L+R、近跟L+R及股骨外侧髁。尽管LEI显示与牛皮癣性关节炎的指示中的其他记分实质上至极佳一致，但LEI显示与强直性脊柱炎的MASES低程度的一致，且因此可能在此指示中产生其他信息。
[0239] MRI
[0240] 使用用于定量AS相关病理的计分系统进行脊椎磁共振成像(MRI)，以研究这些变化是否受用苏金单抗治疗影响。在临床位点处局部获得MRI，且影像经传送、质量控制(QC'd)、去鉴别(必要时)及集中分析(盲性审查)。在基线(优选第一次治疗前2周内)及在第6周(±1周)及第28周(±1周)收集MRI扫描。MRI扫描包括用于评估发炎的前及后静脉内钆造影剂增强MRI，以及脂肪饱和技术(诸如短τ反转回复(STIR))，以监测骨髓水肿。分析方法为“ASspiMRI-a的柏林修改”(Lukas C等人(2007)J Rheumatol；
34(4):862-70及Rudwaleit等人(2005)[摘要]Arthritis Rheum50:S211)，其对几乎整个脊柱中的发炎变化计分(C2-S1)。
34(4):862-70及Rudwaleit等人(2005)[摘要]Arthritis Rheum50:S211)，其对几乎整个脊柱中的发炎变化计分(C2-S1)。
[0241] 实施例1.2-苏金单抗在治疗活性强直性脊柱炎中显示良好安全性及功效[0242] 人口统计数据及基线特征在组之间可比较。经苏金单抗治疗的患者的基线处的平均(SD)BASDAI为7.1(1.4)，且安慰剂治疗的患者为7.2(1.8)。安慰剂上的3名患者及苏金单抗上的2名患者在主要终点之前中断研究，主要由于不令人满意的治疗效果。来自1名患者的功效数据由于在随机分组之后方案违规而不可用。在第6周，进入功效分析的14/23经苏金单抗治疗的患者对比1/6经安慰剂治疗的患者达成ASAS20反应(61％对比17％，正治疗差的机率＝99.8％，置信区间11.5％、56.3％)(表4)。
[0243]
[0244]
[0245] 表4：试验CAIN457A2209的第6周结果
[0246] 经苏金单抗治疗的患者的ASAS40及ASAS5/6反应分别为30％及35％，且平均(范围)BASDAI变化为-1.8(-5.6至0.8)。在大多数ASAS20反应者中，苏金单抗在一周治疗内诱导反应。ASAS反应率在第6周的主要终点时最大，且其后下降直至第28周的研究结束，与如关于此概念验证研究所选的仅在第1及22天给出两次10mg/kg剂量的初步给药方案一致。亚组的事后分析显示在TNF α拮抗剂未处理患者情况下的反应率(11/13；85％)优于TNF α拮抗剂预先暴露的患者(3/10；30％)。药物动力学状况如对IgG1mAb所预期且与针对其他适应症所给出的苏金单抗类似。
[0247] 由于在第6周苏金单抗诱导ASAS20反应显著高于安慰剂，所以符合此研究的主要终点。在此研究群体中未注意到早期安全性信号。
[0248] 实施例1.3-如由磁共振成像所检测，苏金单抗早在第6周即减少AS患者的脊椎发炎
[0249] 磁共振成像(MRI)视为评估AS中的脊椎发炎的最高标准。因此确定2次输注(10mg/kg i.v.)苏金单抗之后所观测到的临床效应是否与MRI上见到的骨髓水肿减少一致。在基线(BL)、第6周及第28周进行脊椎的矢状MRI，包括T1及短τ反转回复(STIR)序列。由独立读者使用AS脊椎MRI(ASspiMRI-a)计分系统的“柏林修改”分析影像，该读者不知治疗分配及影像时序。通过威尔卡逊符号秩检验评估各治疗队组中基线与随访之间的变化。
[0250] 27名患者(22名苏金单抗；5名安慰剂)在基线具有可评估MRI影像。少数患者(在第6周：2名苏金单抗；3名安慰剂；在第28周：6名苏金单抗，1名安慰剂)未进行随访MRI，主要由于早期中断。基线的MRI记分以及第6周及第28周的变化显示于表5中。MRI记分改善早在第6周即见到且持续至第28周。第6周的早期改善尤其在具有较高基线记分的患者中注意到。在用安慰剂的患者中仅见到细微变化。
[0251]
[0252]
[0253] 表5：在用苏金单抗治疗之后第6及28周MRI记分及ASAS反应
[0254] 在患有活动性AS的患者中的此探索性研究结果表明，在仅2次输注苏金单抗的治疗后，如由MRI所检测，脊椎发炎实质上减少。MRI变化早在治疗开始后第6周即见到且持续至第28周。结果与此前在用TNF阻断剂的AS试验中所获得的MRI发现一致。这些结果证实苏金单抗可为患有活动性AS的患者的潜在治疗。
[0255] 实施例2：用于AS试验CAIN457A2209中药理遗传分析的材料及方法
[0256] 实施例2.1：样品及处理
[0257] 在参与研究的27名同意患者中对DNA进行基因分型。在药理遗传(PG)分析中使用23名接收苏金单抗的患者。一名用苏金单抗的患者在第6周前中断且因此被排除，从而得到22名患者的PG分析组。
[0258] 在个别试验位点处收集来自同意患者的血液样品，且随后将其运送至Covance(Geneva,Switzerland)。由Covance使用PUREGENE D-50K DNA分离试剂 盒(Gentra,Minneapolis,MN,USA)自血液中提取各患者的基因组DNA且运送至Novartis进行基因分型。
[0259] 对据报导与AS疾病风险或IL17路径相关的总共11种SNP进行基因分型。使用TaqMan Assays-by-Design及Assays-on-Demand(Applied Biosystems,Foster City,CA)在ABI 7900HT序列检测系统上执行 基因分型。根据制备商的说明书在实验中使用高达20ng基因组DNA。
[0260] 鉴于HLA-B*27等位基因组为AS的主要遗传风险因子，其也被选择用于基因分型。另外，HLA-DRB1*04等位基因组(2位等位基因)由于此前发现其与类风湿性关节炎(RA)试验中对苏金单抗治疗的差异性反应相关而包括于测试中。使用序列特异性寡核苷酸杂交(SSO)方法测试研究中来自同意患者的所有DNA样品。通过使用 HD B及DRB1
Typing Test(One lambda,Inc,CA)根据制备商的说明书用Luminex IS200仪器执行SSO实验。通过使用HLA 2.0软件(One Lambda)分配HLA基因型。
Typing Test(One lambda,Inc,CA)根据制备商的说明书用Luminex IS200仪器执行SSO实验。通过使用HLA 2.0软件(One Lambda)分配HLA基因型。
[0261] 实施例2.2：统计分析
[0262] 一般而言，药理遗传分析的统计模型是基于用于临床试验分析中的模型，添加一个测试变体的基因型的项目。分别测试所有变体，也即在模型中每次仅包括1个变体。使用标准累加效应编码针对临床终点测试所有SNP：视个体携带的不太频繁等位基因的拷贝数目而定，将个体编码为0、1或2。使用标准累加效应，通过视个体携带的HLA-B*27等位基因的拷贝数目而定将个体编码为0、1或2，来测试等位基因组HLA-B*27的相关性。使用标准累加效应，通过视个体携带的HLA-DRB1*04等位基因的拷贝数目而定将个体编码为0、1或2，来测试等位基因组HLA-DRB1*04的相关性。
[0263] 累加等位基因效应的所有相关性测试均为双尾单点测试。仅仅直至第6周仍继续在研究中的经苏金单抗治疗的患者用于遗传分析(N＝22)。虚无假设为基因型变量的系数等于零，且呈现相应p值。否决虚无假设将指得出以下结论：如由特定临床终点所测量的，基因型为对苏金单抗的反应的预测因子。
[0264] 所有统计测试均在SAS(SAS Institute Inc.,Cary,NC,USA)中进行。使用逻辑回归模型(SAS 9.2PROC GENMOD)分别分析第4周/第6周功效变量ASAS20、ASAS40、ASAS5/6，且使用ANCOVA模型(SAS 9.2PROC MIXED)分别分析第4周/第6周功效变量BASDAI，其中功效终点作为应变量，SNP或HLA等位基因组基因型(如上文编码)作为自变量(固定效应)，且基线BASDAI记分作为固定效应共变量。进行置换测试以说明小样品尺寸及13种遗传变体的多重比较，其中基因型随机置换250,000次。
[0265] 实施例3：AS试验CAIN457A2209中药理遗传分析的结果
[0266] 实施例3.1：在经苏金单抗治疗的患者中遗传变体与AIN457功效的相关性[0267] 测试包括11种SNP及2种HLA等位基因组的总共13种变体与功效终点的相关性(表6)。
[0268] 在使用针对基线BASDAI记分调节的累加模型的22名患者中，在13种变体中，ERAP1基因的非同义SNP rs30187具有最优选p值，其中与第6周ASAS40的相关性的标称p-5 -3值＝8.14×10 (表7)，且与第4周ASAS40的相关性的标称p值＝4.45×10 (表8)。ERAP1-3
基因的另一SNP rs27434也显示与第6周ASAS40的标称显著相关性(p值＝4.75×10 )。
基因的另一SNP rs27434也显示与第6周ASAS40的标称显著相关性(p值＝4.75×10 )。
[0269] 对第6周ASAS40进行250,000次置换的置换测试在说明小样品尺寸及13种遗传变体的多重比较之后返回rs30187的显著p值(经调节的p值＝0.004)。
[0270] ERAP1与AS疾病的相关性最初是由威康信托基金会病例控制协会(Wellcome Trust Case Control Consortium)(Burton等人(2007)Nat.Genet.,39,1329-1337)鉴别，随后在独立群体中重复且进一步证实。ERAP1基因定位于染色体上且编码氨基肽酶，该氨基肽酶为一种使其他蛋白质裂解为称为肽的较小片段的酶。ERAP1蛋白质具有两个主要生物功能，两者对正常免疫系统功能而言均为重要的。第一，ERAP1使细胞表面上的细胞因子受体裂解，降低其将化学信号传送至细胞中的能力且转而又影响发炎过程。第二，ERAP1蛋白质参与修整用于主要组织相容复合体(MHC)呈现的肽。
[0271] rs30187为ERAP1的非同义(氨基酸变化)SNP。此前已证实，rs30187造成氨基肽酶对合成肽底物的活性显著降低以及底物亲和力的改变(Goto等人(2008)Biochem.J.,416,109-116)。也已观测到类淋巴母细胞系中ERAP1表达与接近ERAP1及ERAP1内的SNP(包括标记物rs30187)的强烈相关性(Dixon等人(2007)Nat.Genet.,39,1202-1207)。
[0272]
[0273]
[0274] 表6显示所测试的13种遗传变体的基因、等位基因及位置信息。
[0275]
[0276] 表7显示来自各遗传变体针对第6周ASAS20、ASAS40、ASAS5/6及BASDAI的相关性测试的p值。
[0277]
[0278]
[0279] 表8显示来自各遗传变体针对第4周ASAS20、ASAS40、ASAS5/6及BASDAI的相关性测试的p值。
[0280] 实施例3.2：在经苏金单抗治疗的患者中ERAP1 SNP rs30187等位基因对苏金单抗反应的作用
[0281] 22名经苏金单抗治疗的患者中的14名具有至少一个rs30187无反应等位基因(T)。如表9中所示，在用苏金单抗治疗之后第4与6周，较低百分比的具有至少一个rs30187AS无反应等位基因的患者达成ASAS20及ASAS40。
[0282]
[0283] 表9显示经苏金单抗治疗的患者达至给定终点(ASAS20、ASAS40、ASAS5/6)的百分比，根据rs30187无反应等位基因的携带者/非携带者状态进行分组。
[0284] rs30187基因型对接受苏金单抗治疗随时间的反应的作用可见于图2中。rs30187无反应等位基因的携带者(携有T等位基因之一或两个拷贝的携带者)具有比非携带者(不携有T等位基因的携带者)更低的ASAS40反应率，一致地随时间推移直至苏金单抗的第一次给药后第10周。
[0285] 实施例3.3：在经苏金单抗治疗的患者中ERAP1 SNP rs27434等位基因对苏金单抗反应的作用
[0286] 研究中所测试的另一ERAP1 SNP(rs27434；澳-英-美脊柱关节炎协会(Australo-Anglo-American Spondyloarthritis Consortium，TASC) 等 人 (2010)Nat.Genet.,42(2):123-127)也显示与第6周(表7)但非第4周(表8)的ASAS40的标称显著相关性。22名经苏金单抗治疗的患者中的12名具有至少一个rs27434无反应等位基因(A)。如表10中所示，在用苏金单抗治疗之后第4及6周，较低百分比的具有至少一个rs27434无反应等位基因的患者达成ASAS20及ASAS40。
[0287]
[0288] 表10显示经苏金单抗治疗的患者达至给定终点(ASAS20、ASAS40、ASAS5/6)的百分比，基于rs27434无反应等位基因的携带者/非携带者状态进行分组。
[0289] 两种ERAP1 SNP rs30187及rs27434在染色体5(人类基因组hg18坐标)上的ERAP1基因的编码区中相隔5,182个碱基对，且根据1000基因组试验1CEU(来自Utah(USA)2
的具有欧洲血统的高加索居民)组呈中度连锁不平衡(r ＝0.63)。
的具有欧洲血统的高加索居民)组呈中度连锁不平衡(r ＝0.63)。
[0290] 实施例3.4：在携有HLA-B*27等位基因或此前未用抗TNF治疗的经苏金单抗治疗的患者中ERAP1 SNP rs30187及rs27434对苏金单抗反应的作用
[0291] PG分析组中总共41％患者此前经抗TNF疗法治疗。为测试对抗TNF疗法具有较差反应(难治性)的患者是否对接受苏金单抗治疗具有难治性，通过排除此前经抗TNF疗法治疗的患者，进行类似于实施例3.1中所述分析的分析。如表11中所示，在抗TNF未处理亚组中，如在所有患者中一样，观测到rs30187与第4周及第6周ASAS40的苏金单抗反应之间的类似相关性。
[0292] 在PG分析组中总共77％患者携带HLA-B*27等位基因的至少一个拷贝。有趣地，尽管HLA-B*27为AS的主要遗传风险因子，但分析未鉴别出HLA-B*27与功效终点(ASAS20、ASAS40、ASAS5/6及BASDAI)之间的显著相关性。此前已显示，ERAP1 SNP仅影响HLA-B27阳性个体中的AS风险(Evans等人(2011)Nat Genet.,43(8):761-767)。因此，为测试在携有HLA-B*27等位基因的患者中ERAP1 SNP与苏金单抗功效之间的相关性，通过排除不具有HLA-B*27等位基因的患者，进行类似于实施例3.1中所述分析的分析。如表11中所示，在HLA-B*27阳性亚组中，如在所有患者中一样，观测到rs30187与第4及6周ASAS40及第4周ASAS5/6的苏金单抗反应之间的类似相关性。
[0293]
[0294] 表11显示在携有HLA-B*27等位基因或此前未经抗TNF治疗的经苏金单抗治疗的患者亚组中来自ERAP1 SNP针对第4及6周ASAS20、ASAS40、ASAS5/6及BASDAI的相关性测试的p值。
[0295] 实施例3.5在经苏金单抗治疗的患者中IL23R SNP(rs11209032及rs2201841)等位基因对苏金单抗反应的作用
[0296] 对第28周功效终点(ASAS20、ASAS40、ASAS5/6及BASDAI)进行如实施例3.1中所述分析的类似分析。基于分析，已确定，IL23R基因的两种SNP(Safrany等人(2009)Scandinavian Journal of Immunology 70,68-74)具有最佳p值，其中SNP rs11209032与-3第28周BASDAI的相关性的标称p值＝3.65×10 ，且SNP rs2201841与第28周BASDAI的-3
相关性的p值＝8.52×10 。
相关性的p值＝8.52×10 。
[0297] 22名经苏金单抗治疗的患者中的3名具有至少两个rs11209032AS无反应等位基因(A)，且11名经苏金单抗治疗的患者具有一个rs11209032 AS无反应等位基因。如图3中所示，在苏金单抗治疗之后，具有至少一个IL23R rs11209032“G”等位基因的患者相对于具有两个“A”等位基因的患者显示BASDAI记分随时间而改善。
[0298] 对IL23R rs2201841观测到类似作用(图4)。22名经苏金单抗治疗的患者中的3名具有至少两个rs2201841 AS无反应等位基因(C)，且9名经苏金单抗治疗的患者具有一个rs2201841 AS无反应等位基因。在苏金单抗治疗之后，具有至少一个rs2201841”T”等位基因的患者相对于具有两个“C”等位基因的患者显示BASDAI记分随时间而改善。
[0299] 两种IL23R SNP rs11209032及rs2201841在染色体1(人类基因组hg18坐标)上的IL23R基因中相隔45,890个碱基对，且根据1000基因组试验1CEU(来自Utah(USA)的2
具有欧洲血统的高加索居民)组呈中度连锁不平衡(r ＝0.50)。然而，两种IL23R SNP在来自AS试验CAIN457A2209的22名经苏金单抗治疗的患者的此PG分析组中显示高度连锁
2
不平衡(r ＝0.90)。此数据集中所观测的高度连锁不平衡表明，rs11209032及rs2201841与BASDAI的相关性类似可归因于两种SNP之间的强相关性，且所观测的表型(BASDAI)无法明确地分配至单一SNP。
具有欧洲血统的高加索居民)组呈中度连锁不平衡(r ＝0.50)。然而，两种IL23R SNP在来自AS试验CAIN457A2209的22名经苏金单抗治疗的患者的此PG分析组中显示高度连锁
2
不平衡(r ＝0.90)。此数据集中所观测的高度连锁不平衡表明，rs11209032及rs2201841与BASDAI的相关性类似可归因于两种SNP之间的强相关性，且所观测的表型(BASDAI)无法明确地分配至单一SNP。
[0300] 实施例4-用于AS试验CAIN457A2209中的S100蛋白质分析的材料及方法
[0301] 实施例4.1-样品处理及S100蛋白质水平测量
[0302] 在第0周及第6周自参与AIN457A2209的个体获得血浆样品。将替代基质及人类血清样品(50μL)与250μL含有1mM CaCl2的100mM Tris缓冲液(pH 8.0)混合。使用市售还原剂根据制备商的建议使样品还原。添加胰蛋白酶(75μL，1mg/mL)至各样品中。在37℃下在循环水浴中培育消化物隔夜(16小时)。用40μL含10％甲酸的水(v/v)终止酶促反应。随后添加PDS(10mM最终浓度)至各样品中，持续20分钟。以5,000rpm(2655rcf)将样品离心5分钟。通过液相层析连接串联质谱分析(LC-MS/MS)鉴别S100A8、S100A9、S100A12标签(signature)肽及内标。使用CTC Analytics HTS Pal自动取样器(CTC Analytics,Switzerland)及二元1100LC泵(Agilent,Santa Clara,CA)，注射(50μL)至
150×2.00mm 4微米Synergi Hydro-RP管柱(Phenomenex,Torrance,CA,USA)上。移动相A为含0.1％甲酸的水。移动相B为含0.1％甲酸的90:10乙腈/水(v/v)。每一样品的总操作时间为20分钟。使用API-5000三重四极质谱仪(Applied Biosystems,Foster City,CA)来检测。以MRM模式用正电喷雾电离(ESI)获得LC-MS/MS资料。监测(停留时间：200毫秒)各标签肽的两种转变离子(定量及定性)以证实特异性。S100A8、S100A9及S100A12标签肽的洗脱时间分别为14.6、10.5及7.5分钟。
150×2.00mm 4微米Synergi Hydro-RP管柱(Phenomenex,Torrance,CA,USA)上。移动相A为含0.1％甲酸的水。移动相B为含0.1％甲酸的90:10乙腈/水(v/v)。每一样品的总操作时间为20分钟。使用API-5000三重四极质谱仪(Applied Biosystems,Foster City,CA)来检测。以MRM模式用正电喷雾电离(ESI)获得LC-MS/MS资料。监测(停留时间：200毫秒)各标签肽的两种转变离子(定量及定性)以证实特异性。S100A8、S100A9及S100A12标签肽的洗脱时间分别为14.6、10.5及7.5分钟。
[0303] 通过使用Analyst 1.5.1软件(Applied Biosystems,Foster City,CA)整合所提取的离子峰面积，确定S100A8、S100A9及S100A12标签肽及内标的强度。使用标签肽(定量)与内标峰面积比在样品间进行比较。通过绘制标签肽与内标峰面积比与浓度(ng/mL)的关系图来制备校准曲线。使用7个浓度建立校准曲线。在分析操作开始及结束时，自校准样品(C样品)选择数据点。校准曲线的模型为线性，在整个研究中(1/x2)加权一致。自替代基质中新鲜制备的C标准制备S100A8、S100A9及S100A12标签肽的校准曲线。各校准曲线由7个浓度组成，用Analyst 1.5.1软件(Applied Biosystems,Foster City,CA)拟合为线性回归模型。三个校准曲线的相关性系数(r)≥0.95。各C标准中的2/3的准确度在±15％(对于LLOQ而言为±20％)内。校准曲线的分析内(日内)准确度及精确度在±15％内，其计算为该日分析的C标准的所有各浓度的平均偏差(％)及精确度(CV，％)。
[0304] 在外加于人类血清的三个QC浓度下评估方法的准确度及精确度。S100A8、S100A9及S100A12标签肽的内源性水平分别低于5、1及0.25ng/mL的LLOQ。
[0305] 实施例5：AS试验CAIN457A2209中的S100蛋白质分析的结果
[0306] 针对AIN457A2209研究的经苏金单抗治疗的患者，测定一系列蛋白质的基线水 平：BDEF2、DKK1、IL17A、IL17F、IL22、MIP3A(CCL20)、MMP3、NGAL、S100A8、S100A9 及S100A12。随后在使用ASAS20或ASAS40截止值定义反应的第6周临床反应者及无反应者之间比较蛋白质水平。所测试的蛋白质中除了S100A8及S100A9外无一者在反应者与无反应者之间显示显著不同水平，且因此被视为对预测反应而言无信息性。
[0307] 在AIN457A2209研究中ASAS20或ASAS40反应者与无反应者之间的S100基线蛋白质水平的逐组比较指示在ASAS20反应者中S100A8(2样品t测试，p＝0.041)及S100A8+S100A9(p＝0.031)蛋白质的水平显著更高。在ASAS40反应者中，S100A9(p＝0.026)及S100A8+S100A9(p＝0.017)蛋白质显著更高。
[0308] 实施例6：AS试验CAIN457A2209中的PGx及S100蛋白质分析的结论
[0309] 在来自AIN457A2209研究的样品中观测到AS无反应等位基因ERAP1 rs30187的存在与对苏金单抗的更差反应相关。对另一ERAP1 SNP rs27434，也观测到类似但较小的显著相关性。本文中所提供的数据证实这些ERAP1等位基因与AS患者对苏金单抗的反应之间的相关性。也已显示，在苏金单抗治疗之后，具有至少一个IL23R rs11209032“G”等位基因的患者相对于仅具有rs11209032“A”等位基因的患者显示BASDAI记分随时间而改善，且具有至少一个rs2201841“T”等位基因的患者相对于仅具有rs2201841“C”等位基因的患者显示BASDAI记分随时间而改善。这些发现已无法仅仅基于某些ERAP SNP及IL23R SNP与患者发展AS疾病的可能性增加相关的事实来预测。例如，如表6中所示，与AS疾病相关的各种其他SNP(包括HLA-B*27，AS的主要遗传风险因子)并不预测AS患者对接受苏金单抗的IL-17拮抗的反应。因此，无法仅仅基于患者是否携带与特定疾病(诸如AS)相关的等位基因来预测患者将对药物如何反应。也已显示，S100A8、S100A9或S100A8+S100A9基线水平升高的患者在苏金单抗治疗时比这些蛋白质的基线水平低的患者更可能显示临床改善，表明这些蛋白质测量对关于AS患者的治疗策略的决策可具有信息性。增加S100A8及S100A9水平可补偿一些技术或生物差异性，且可提供更有力的预测信息。注意到，也与IL-17通路或发炎性信号传导相关的其他蛋白质对预测治疗的临床益处不具有信息性，表明预测性信息并不是许多IL-17或炎症通路成员的一般特征且自身无法预见。
[0310] 实施例7：来自CAIN457A2209的AS患者中的ERAP1表达
[0311] 实施例7.1：材料及方法
[0312] 使用Affymetrix DNA微阵列(Human Genome 133 Plus 2.0)测定来自研究CAIN457A2209的患者的全血中的ERAP1基因转录物水平。简言之，在PAXgene Blood RNA管中，根据制备商的建议(PreAnalytiX,Hombrechtikon,Switzerland)，收集患者血液样品。在大约-80℃下储存样品，直至RNA提取步骤。用PAXgene Blood RNA试剂盒(Qiagen,Hilden,Germany)根据制备商的程序分离总RNA。通过其在λ＝260nm下的吸光度(A260nm)定量总RNA，且自其A260nm/A280nm比估计纯度。在Caliper LabChip GX系统上评估RNA完整性。在大约-80℃下储存RNA样品，直至下一步骤cDNA合成。使用NuGEN Ovation RNA扩增系统V2，包括Ribo-SPIA扩增过程，根据制备商(NuGEN Technologies Inc.；San Carlos,U.S.)的说明书，用起始量大约50ng的总RNA进行cDNA的合成。如由制备商所规定，将所得cDNA与Affymetrix Human Genome 133Plus 2.0GeneChip杂交。在GeneChip扫描仪3000 7G(一种GCOS(GeneChip操作软件)控制系统)上扫描阵列。使用Affymetrix软件将扫描的影像转化为探针强度(信号)的数值，且储存为“.cel”文件数据。使用标准Affymetrix“.cdf”文件，对“.cel”文件进行RMA(鲁棒多芯片平均(Robust Multichip Average))标准化(Rafael.A.Irizarry,Benjamin M.Bolstad,Francois Collin,Leslie M.Cope,Bridget Hobbs及Terence P.Speed(2003),Summaries of Affymetrix GeneChip probe level data Nucleic Acids Research 31(4):e15)。通过比较AIN457治疗组的第6周ASAS40反应者与ASAS40无反应者的基线转录物水平，检测ERAP1转录物(209788_s_at)的差异性表达。此组比较的过滤截止值为：中值倍数变化>＝1.5×，使用威尔卡逊测试的p值<＝0.05。
[0313] 实施例7.2：结果
[0314] 结果呈现于图6中，其显示ERAP1基因表达及基因型以及与ASAS40反应者及无反应者的第6周临床反应的相关性。将ERAP1基因表达水平及ERAP1 AS风险等位基因基因型(rs30187及rs27434)的表示组合。点代表基线处各个经苏金单抗治疗的患者。第6周ASAS40无反应者呈现在左侧，且反应者呈现在右侧。ERAP1风险等位基因rs30187(“T”)或rs27434(“A”)的携带者典型地显示更高的ERAP1基因表达水平，而纯合的非携带者大多显示较低ERAP1转录物水平。另外，对于IL-23R多态现象rs11209032及rs2201841，观察到与BASDAI随时间变化相关的趋势。
[0315] 显示rs30187“T”等位基因或rs27434“A”等位基因的携带者典型地显示更高的ERAP1基因表达水平。已知rs30187保护性等位基因“C”编码相对于由rs30187风险等位基因“T”编码的ERAP1蛋白质催化活性降低的ERAP1蛋白质变体(K528R)(Kochan等人(2011)Proc Natl Acad Sci U S A.108(19):7745-50)。因此，可合理地得出结论，ERAP1表达水平及/或ERAP1蛋白质水平或活性增加可用于预测AS患者对IL-17拮抗(例如苏金单抗)的反应减少，而ERAP1表达水平及/或ERAP1蛋白质水平或活性降低可用于预测AS患者对IL-17拮抗(例如苏金单抗)的反应改善。
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