用于评估过氧化物酶体增殖的工具和方法
阅读：1016发布：2020-12-05
专利汇可以提供用于评估过氧化物酶体增殖的工具和方法专利检索，专利查询，专利分析的服务。并且本 发明 涉及用于化合物 风 险分层的毒理评估领域。具体而言，本发明涉及用于(i)诊断提高的过 氧 化物酶体增殖的方法，(ii)测定化合物是否能够诱导提高的过氧化物酶体增殖的方法，(iii)鉴定用于 治疗 提高的过氧化物酶体增殖的药物的方法。此外，本发明涉及包含至少五种 代谢物 的特征值的数据集合、包含该数据集合的数据存储介质，和用于诊断的系统和装置。最后，本发明涉及一组代谢物或用于其测定的工具在制备诊断装置或组合物中的用途。代谢组的代谢物标志物选自：辅酶Q10、16-甲基十七酸、17-甲基十八酸、二十 碳 三烯酸(C20:3)、苏 氨 酸、脯氨酸、酪氨酸、反-4-羟脯氨酸、泛酸、辅酶Q9、甘油、棕榈酸(C16:0)、亚油酸(C18:顺[9，12]2)、14-甲基十六酸、γ-亚麻酸(C18:顺[6，9，12]3)、苏糖酸、胞嘧啶、磷脂酰胆 碱 (C18:0/C22:6)。对于雄性受试者和雌性受试者建议使用不同的多标志物集。，下面是用于评估过氧化物酶体增殖的工具和方法专利的具体信息内容。
1.用于诊断提高的过氧化物酶体增殖的方法，其包括：
(a)测定至少五种以下分析物在疑似患有提高的过氧化物酶体增殖的雄性受试者的测试样品中的量：辅酶Q10、16-甲基十七酸、17-甲基十八酸、二十碳三烯酸(C20:3)、苏氨酸、脯氨酸、酪氨酸、反-4-羟脯氨酸，或至少以下分析物在疑似患有提高的过氧化物酶体增殖的雌性受试者的测试样品中的量：泛酸、辅酶Q9、甘油、棕榈酸(C16:0)、亚油酸(C18:顺[9，12]2)、14-甲基十六酸、γ-亚麻酸(C18:顺[6，9，12]3)、16-甲基十七酸、苏糖酸、胞嘧啶、磷脂酰胆碱(C18:0/C22:6)，和
(b)将步骤(a)中测定的量与参考比较，藉此诊断提高的过氧化物酶体增殖。
2.权利要求1的方法，其中已使所述受试者与疑以能够诱导提高的过氧化物酶体增殖的化合物接触。
3.测定化合物是否能够在受试者中诱导提高的过氧化物酶体增殖的方法，其包括：
(a)测定已使其与疑似能够诱导提高的过氧化物酶体增殖的化合物接触的雄性受试者的样品中至少五种以下分析物的量：辅酶Q10、16-甲基十七酸、17-甲基十八酸、二十碳三烯酸(C20:3)、苏氨酸、脯氨酸、酪氨酸、反-4-羟脯氨酸，或已使其与疑似能够诱导提高的过氧化物酶体增殖的化合物接触的雌性的测试样品中至少五种以下分析物的量：泛酸、辅酶Q9、甘油、棕榈酸(C16:0)、亚油酸(C18:顺[9，12]2)、14-甲基十六酸、γ-亚麻酸(C18:
顺[6，9，12]3)、16-甲基十七酸、苏糖酸、胞嘧啶、磷脂酰胆碱(C18:0/C22:6)；和(b)将步骤(a)中测定的量与参考比较，藉此测定化合物诱导提高的过氧化物酶体增殖的能力。
4.权利要求2或3的方法，其中所述化合物是至少一种选自邻苯二甲酸苄丁酯、非诺贝特、氯贝丁酯、Fenoforbrate、邻苯二甲酸二辛酯或Wy14643的化合物。
5.权利要求1-4中任一项的方法，其中所述参考衍生自(i)患有提高的过氧化物酶体增殖的受试者或(ii)已使其与至少一种选自邻苯二甲酸苄丁酯、非诺贝特、氯贝丁酯、Fenoforbrate、邻苯二甲酸二辛酯或Wy14643的化合物接触的受试者。
6.权利要求5的方法，其中所述测试样品和所述参考中基本相同的分析物的量指示提高的过氧化物酶体增殖。
7.权利要求1-4中任一项的方法，其中所述参考衍生自(i)已知不患有提高的过氧化物酶体增殖的受试者或(ii)未使其与至少一种选自邻苯二甲酸苄丁酯、非诺贝特、氯贝丁酯、Fenoforbrate、邻苯二甲酸二辛酯或Wy 14643的化合物接触的受试者。
8.权利要求1-4中任一项的方法，其中所述参考是一群受试者的分析物的计算的参考。
9.权利要求7或8的方法，其中与所述参考相比，在所述测试样品中不同的分析物的量指示提高的过氧化物酶体增殖。
10.权利要求7-9中任一项的方法，其中提高的过氧化物酶体增殖的指示是与所述参考相比，按如下不同的分析物的量：(i)在雄性的样品中：辅酶Q10降低、16-甲基十七酸降低、17-甲基十八酸降低、二十碳三烯酸(C20:3)提高、苏氨酸降低、脯氨酸降低、酪氨酸降低、反-4-羟脯氨酸降低；和(ii)在雌性受试者的样品中：泛酸提高、辅酶Q9提高、甘油提高、棕榈酸(C16:0)提高、亚油酸(C18:顺[9，12]2)提高、14-甲基十六酸提高、γ-亚麻酸(C18:顺[6，9，12]3)降低、16-甲基十七酸降低、苏糖酸提高、胞嘧啶降低、磷脂酰胆碱(C18:0/C22:6)降低。
11.鉴定用于治疗提高的过氧化物酶体增殖的物质的方法，其包括步骤：
(a)测定已使其与疑似能够治疗提高的过氧化物酶体增殖的候选物质接触的患有提高的过氧化物酶体增殖的雄性受试者的样品中至少五种以下分析物的量：辅酶Q10、16-甲基十七酸、17-甲基十八酸、二十碳三烯酸(C20:3)、苏氨酸、脯氨酸、酪氨酸、反-4-羟脯氨酸，或已使其与疑似能够治疗提高的过氧化物酶体增殖的候选物质接触的患有提高的过氧化物酶体增殖的雌性受试者的样品中至少五种以下分析物的量：泛酸、辅酶Q9、甘油、棕榈酸(C16:0)、亚油酸(C18:顺[9，12]2)、14-甲基十六酸、γ-亚麻酸(C18:顺[6，9，12]3)、
16-甲基十七酸、苏糖酸、胞嘧啶、磷脂酰胆碱(C18:0/C22:6)；和
(b)将步骤(a)中测定的量与参考比较，藉此鉴定能够治疗提高的过氧化物酶体增殖的物质。
12.权利要求11的方法，其中所述参考衍生自(i)患有提高的过氧化物酶体增殖的受试者或(ii)已使其与至少一种选自邻苯二甲酸苄丁酯、非诺贝特、氯贝丁酯、Fenoforbrate、邻苯二甲酸二辛酯或Wy 14643的化合物接触的受试者。
13.权利要求12的方法，其中在所述测试样品和所述参考中不同的分析物的量指示能够治疗提高的过氧化物酶体增殖的物质。
14.权利要求11-13中任一项的方法，其中物质能够治疗提高的过氧化物酶体增殖的指示是与所述参考相比，按如下不同的分析物的量：(i)在雄性的样品中：辅酶Q10提高、
16-甲基十七酸提高、17-甲基十八酸提高、二十碳三烯酸(C20:3)降低、苏氨酸提高、脯氨酸提高、酪氨酸提高、反-4-羟脯氨酸提高；和(ii)在雌性受试者的样品中：泛酸降低、辅酶Q9降低、甘油降低、棕榈酸(C16:0)降低、亚油酸(C18:顺[9，12]2)降低、14-甲基十六酸降低、γ-亚麻酸(C18:顺[6，9，12]3)提高、16-甲基十七酸提高、苏糖酸降低、胞嘧啶提高、磷脂酰胆碱(C18:0/C22:6)提高。
15.权利要求11的方法，其中所述参考衍生自(i)已知不患有提高的过氧化物酶体增殖的受试者或(ii)未使其与至少一种选自邻苯二甲酸苄丁酯、非诺贝特、氯贝丁酯、Fenoforbrate、邻苯二甲酸二辛酯或Wy 14643的化合物接触的受试者。
16.权利要求11的方法，其中所述参考是一群受试者中的分析物的计算的参考。
17.权利要求15或16的方法，其中所述测试样品和所述参考中基本相同的分析物的量指示能够治疗提高的过氧化物酶体增殖的物质。
18.权利要求1-21中任一项的方法，其中所述提高的过氧化物增殖包含选自癌、甲状腺障碍、生殖功能障碍、骨骼肌病和心肌病，和免疫系统功能障碍的至少一种障碍或疾病。
19.权利要求1-18中任一项的方法，其中所述测定分析物组包括质谱分析法(MS)。
20.权利要求19的方法，其中所述质谱分析法是液相层析(LC)-MS或气相层析(GC)-MS。
21.权利要求1-20中任一项的方法，其中所述样品是所述受试者的体液的样品。
22.权利要求21的方法，其中所述体液是血液。
23.权利要求1-22中任一项的方法，其中所述受试者是哺乳动物。
24.数据集合，其包含至少五种以下分析物的特征值：辅酶Q10、16-甲基十七酸、17-甲基十八酸、二十碳三烯酸(C20:3)、苏氨酸、脯氨酸、酪氨酸、反-4-羟脯氨酸，和/或至少五种以下分析物的特征值：泛酸、辅酶Q9、甘油、棕榈酸(C16:0)、亚油酸(C18:顺[9，12]2)、
14-甲基十六酸、γ-亚麻酸(C18:顺[6，9，12]3)、16-甲基十七酸、苏糖酸、胞嘧啶、磷脂酰胆碱(C18:0/C22:6)。
25.数据存储介质，其包含权利要求23的数据集合。
26.包含以下的系统：
(a)用于比较样品的代谢物的特征值的工具，其有效连接至
(b)权利要求25的数据存储介质。
27.权利要求26的系统，其进一步包含用于测定样品中分析物的特征值的工具。
28.诊断组合物，其包含至少五种以下分析物：辅酶Q10、16-甲基十七酸、17-甲基十八酸、二十碳三烯酸(C20:3)、苏氨酸、脯氨酸、酪氨酸、反-4-羟脯氨酸，和/或至少五种以下分析物：泛酸、辅酶Q9、甘油、棕榈酸(C16:0)、亚油酸(C18:顺[9，12]2)、14-甲基十六酸、γ-亚麻酸(C18:顺[6，9，12]3)、16-甲基十七酸、苏糖酸、胞嘧啶、磷脂酰胆碱(C18:0/C22:6)或用于其测定的工具。
29.诊断装置，其包含：
(a)用于测定至少五种以下分析物的特征值的工具：辅酶Q10、16-甲基十七酸、17-甲基十八酸、二十碳三烯酸(C20:3)、苏氨酸、脯氨酸、酪氨酸、反-4-羟脯氨酸，和/或至少五种以下分析物的特征值的工具：泛酸、辅酶Q9、甘油、棕榈酸(C16:0)、亚油酸(C18:顺[9，
12]2)、14-甲基十六酸、γ-亚麻酸(C18:顺[6，9，12]3)、16-甲基十七酸、苏糖酸、胞嘧啶、磷脂酰胆碱(C18:0/C22:6)；和
(b)用于根据通过(a)的工具测定的特征值诊断提高的过氧化物酶体增殖的工具。
30.至少五种以下分析物：辅酶Q10、16-甲基十七酸、17-甲基十八酸、二十碳三烯酸(C20:3)、苏氨酸、脯氨酸、酪氨酸、反-4-羟脯氨酸，和/或至少五种以下分析物：泛酸、辅酶Q9、甘油、棕榈酸(C16:0)、亚油酸(C18:顺[9，12]2)、14-甲基十六酸、γ-亚麻酸(C18:顺[6，9，12]3)、16-甲基十七酸、苏糖酸、胞嘧啶、磷脂酰胆碱(C18:0/C22:6)在制备用于诊断提高的过氧化物酶体增殖的诊断装置或组合物中的用途。
31.用于测定至少五种以下分析物：辅酶Q10、16-甲基十七酸、17-甲基十八酸、二十碳三烯酸(C20:3)、苏氨酸、脯氨酸、酪氨酸、反-4-羟脯氨酸，和/或至少五种以下分析物：泛酸、辅酶Q9、甘油、棕榈酸(C16:0)、亚油酸(C18:顺[9，12]2)、14-甲基十六酸、γ-亚麻酸(C18:顺[6，9，12]3)、16-甲基十七酸、苏糖酸、胞嘧啶、磷脂酰胆碱(C18:0/C22:6)的工具在制备用于诊断提高的过氧化物酶体增殖的诊断装置或组合物中的用途。
用于评估过氧化物酶体增殖的工具和方法
[0001] 本发明涉及用于化合物风险分层的毒理评估领域。具体而言，本发明涉及用于诊断过氧化物酶体增殖的方法。本发明还涉及测定化合物是否能够在受试者中诱导这种过氧化物酶体增殖的方法和鉴定用于治疗过氧化物酶体增殖的药物的方法。此外，本发明涉及包含至少五种代谢物的特征值的数据集合、包含所述数据集合的数据存储介质和用于诊断过氧化物酶体增殖的系统和装置。最后，本发明涉及一组代谢物或用于其测定的工具在制备用于在受试者中诊断过氧化物酶体增殖的诊断装置或组合物中的用途。
[0002] 过氧化物酶体是真核细胞的胞内细胞器。它们的酶内含物在物种间不同。但是，大体而言，过氧化物酶体包含用于氧化反应，如极长链脂肪酸的β-氧化的酶。在此过程中，脂肪酸一次降解为两个碳单位，转化为乙酰辅酶A，然后其被转运回细胞溶胶用于其他用途。在动物细胞中，β-氧化还可以发生在线粒体中，而在酵母和植物细胞中，此过程专一性发生在过氧化物酶体中。此外，在动物中，形成缩醛磷脂的第一个步骤发生在过氧化物酶体中。缩醛磷脂是髓磷脂中丰度最高的磷脂。缺乏缩醛磷脂引起神经细胞髓鞘化的深度异常，并从而导致神经系统疾病。过氧化物酶体还在胆汁酸和蛋白质的合成中发挥作用。受损的过氧化物酶体功能导致过氧化物酶体障碍，其是一类导致脂质代谢疾病的医学病症。
[0003] 过氧化物酶体数目的提高可导致自由基氧化性分子类别，如活性氧中间体(ROS)的形成提高，并从而导致细胞的提高的氧化应激。因此，提高的过氧化物酶体活性可引出由提高的氧化应激，如对蛋白质、脂质或核酸的损伤引起的障碍。因此，过氧化物酶体增殖可提高体细胞诱变率，以及通过凋亡或甚至坏死诱导细胞死亡。此外，讨论了过氧化物酶体增殖物的肝脏肿瘤促进效应(Reddy，J.K.和Lalwani，N.D.(1983)Carcinogenesisby hepatic peroxisome proliferators：evaluation of the risk ofhypolipidemic drugs and industrial plasticizers to humans.Crit Rev.Toxicol.12，1-58；Moody，D.E.，Reddy，J.K.，Lake，B.G.，Popp，J.A..和Reese，D.H.(1991)Peroxisome proliferation and nongenotoxic carcinogenesis.Commentary on a symposium.Fundam.Appl.Toxicol.16，232-248)。
[0004] 已显示化合物，如邻苯二甲酸酯、非诺贝特或氯贝丁酯诱导过氧化物酶体增殖。这类化合物也称为“过氧化物酶体增殖物”。此外，由于它们诱导过氧化物酶体增殖和随后的事件(自由基氧类别形成和细胞增殖)的能力，这些化合物还提高了导致疾病如癌或受损的代谢(例如甲状腺障碍、生殖功能障碍、骨骼肌和心肌病、免疫系统功能障碍；Youssef，J. 和 Badr，M.(1998)Extraperoxisomal Targets of Peroxisome Proliferators：Mitochondrial，Microsomal，and Cytosolic Effects.Implications for Healthand Disease.Crit.Rev.Toxicol.28：1-33)的体细胞突变的风险。
[0005] 此外，用于欧共体内任意工业种类的化合物例如现在需符合REACH(化学药品的注册、评价和批准)。应理解，可以将化合物诱导过氧化物酶体增殖的潜能视为该化合物的高风险，因此，仅在用于有限的应用且遵守高安全标准时可获得该化合物。
[0006] 用于以有效和可靠的方式评估化合物诱导过氧化物酶体增殖的能力，并在该作用方式和其他肝毒性效应间进行区分的灵敏和特异的方法还不可得，但却是高度需要的。
[0008] 因此，本发明涉及用于诊断提高的过氧化物酶体增殖的方法，其包括：
[0009] (a)测定至少一种，优选至少五种以下分析物在疑似患有提高的过氧化物酶体增殖的雄性受试者的测试样品中的量：辅酶Q10、16-甲基十七酸、17-甲基十八酸、二十碳三烯酸(Eicosatrienoic acid，C20:3)、苏氨酸、脯氨酸、酪氨酸、反-4-羟脯氨酸，或至少一种，优选至少五种以下分析物在疑似患有提高的过氧化物酶体增殖的雌性受试者的测试样品中的量：泛酸、辅酶Q9、甘油、棕榈酸(C16:0)、亚油酸(C18:顺[9，12]2)、14-甲基十六酸、γ-亚麻酸(C18:顺[6，9，12]3)、16-甲基十七酸、苏糖酸、胞嘧啶、磷脂酰胆碱(C18:0/C22:6)，和
[0010] (b)将步骤(a)中测定的量与参照比较，藉此诊断提高的过氧化物酶体增殖。
[0011] 本文所用的术语“磷脂酰胆碱”指分子类别(molecular species)，优选地，其特征在于包含C18:0脂肪酸单位和C22:6脂肪酸单位的组合的甘油磷酰胆碱的总参数。电离类别的质荷比(m/z)为834.6Da(+/-0.3Da)。
[0012] 优选的碎裂方式显示于下文图1中。
[0013] 本发明提到的表述“用于诊断的方法”指基本上由前述步骤组成或可以包含其他步骤的方法。但是，应理解，在优选实施方案中，在离体条件下实施该方法，即不在人体或动物体上实施。本文所用的诊断指评估受试者罹患某种障碍的可能性。如本领域技术人员可理解，虽然优选这种评估对待诊断的受试者100％正确，但其通常不是100％正确。但是，该术语要求可以将统计上显著的受试者部分鉴定为患有该障碍或具有对该障碍的易感性。使用多种公知的统计评价工具，例如置信区间的确定、p值确定、WELCH检验、Mann-Whitney检验等，本领域技术人员可以在没有进一步的麻烦的情况下确定部分是否是统计上显著的。详情见于Dowdy和Wearden，Statistics for Research，John Wiley & Sons，New York
1983中。优选的置信区间是至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％、至少
95％。优选p值是0.2、0.1、0.05。
1983中。优选的置信区间是至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％、至少
95％。优选p值是0.2、0.1、0.05。
[0014] 本发明的诊断包括相关障碍或其症状的监测、确认和分类。监测涉及记录已诊断的障碍，以例如分析该障碍的进展、特定治疗对该障碍的进展的影响。确认涉及强化或证实已用其他指示物或标志物进行的诊断。
[0015] 分类涉及根据症状的强度或种类将诊断分配入不同类型。显示与提高的过氧化物酶体增殖有关的一些病症可以伴随其他代谢变化。
[0016] 本文所用的术语“过氧化物酶体增殖”或“提高的过氧化物酶体增殖”涉及形成于细胞中的过氧化物酶体数目的显著提高，或见于细胞中的过氧化物酶体活性的显著提高，或该二者。提高的过氧化物酶体增殖导致细胞中受损的氧化应激，并从而导致对诱变或细胞死亡以及与自由基氧化性分子类别和抗氧化剂的比率失衡相关的其他细胞障碍的易感性。优选地，本文所用的诱导的过氧化物酶体增殖导致对癌症和选自甲状腺障碍、生殖功能障碍、骨骼肌病和心肌病，或免疫系统功能障碍的疾病的易感性。前述提高的过氧化物酶体增殖现象的症状和临床病征为本领域技术人员公知并详述于H.Marquardt，S.G.R.O.McClellan，F.Welsch(编辑)，“Toxicology”，第13章：The Liver，1999，Academic Press，London中。
[0017] 单独分析时，待在本发明的方法中测定的每一分析物也适合用于诊断本文提到的疾病或障碍。但是，本发明发现，由于每一分析物显然是用于诊断的统计上独立的等价预测因子，至少五种不同分析物的组合进一步强化了诊断。此外，由于均衡了来自其他组织的对标志物丰度的影响，还显著提高了肝脏毒性的特异性。用于特异性肝脏酶诱导化合物类型的优选的标志物组合是见于下文表1和2中的组合。
[0018] 应理解，除由至少五种前述分析物组成的组外，优选地，在本发明的方法中测定其他分析物。优选地，其他分析物也选自前述组。换言之，优选地，在本发明的方法中测定前述组的至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种或所有分析物。这些分析物的其他测定甚至进一步强化了通过本发明的方法获得的结果。此外，还可以额外测定其他分析物或代谢物(即未在前述组中明确列举的代谢物)或生物标志物，如酶。
[0019] 在尤其优选的实施方案中，雄性样品中的该至少一种分析物选自辅酶Q10、16-甲基十七酸、17-甲基十八酸、二十碳三烯酸(C20:3)和反-4-羟脯氨酸。在更优选的实施方案中，测定所有前述分析物。
[0021] 因此，若待按照本发明测定的五种分析物的优选组的第一种分析物是辅酶Q10，则其余四种分析物选自以下分析物：16-甲基十七酸、17-甲基十八酸、二十碳三烯酸(C20:3)、苏氨酸、脯氨酸、酪氨酸和反-4-羟脯氨酸。
[0022] 若第一和第二种分析物是辅酶Q10和16-甲基十七酸，则其余三种分析物选自17-甲基十八酸、二十碳三烯酸(C20:3)、苏氨酸、脯氨酸、酪氨酸和反-4-羟脯氨酸。
[0023] 若第一、第二和第三种分析物是辅酶Q10、16-甲基十七酸、17-甲基十八酸，则其余两种分析物选自二十碳三烯酸(C20:3)、苏氨酸、脯氨酸、酪氨酸和反-4-羟脯氨酸。
[0024] 若第一、第二、第三和第四种分析物是辅酶Q10、16-甲基十七酸、17-甲基十八酸、二十碳三烯酸(C20:3)，则其余一种分析物选自苏氨酸、脯氨酸、酪氨酸和反-4-羟脯氨酸。
[0025] 在尤其优选的实施方案中，雌性中的该至少一种分析物选自泛酸、甘油、亚油酸(C18:顺[9，12]2)、16-甲基十七酸、胞嘧啶和磷脂酰胆碱(C18:0/C22:6)。在更优选的实施方案中，测定了所有六种前述分析物。但是，优选地设想，在待按照本发明测定的至少五种分析物的组中，一种、两种、三种或四种分析物来自前述优选分析物的组，而其余分析物是本文在其他地方指定的用于雌性样品的分析物。
[0026] 但是，还优选地设想，在待按照本发明测定的至少五种分析物的组中，一种、两种、三种或四种分析物来自前述优选分析物的组，而其余分析物是本文在其他地方指定的用于雄性样品的分析物。
[0027] 因此，若待按照本发明测定的五种分析物的优选组的第一种分析物是泛酸，则其余四种分析物选自以下分析物：辅酶Q9、甘油、棕榈酸(C16:0)、亚油酸(C18:顺[9，12]2)、14-甲基十六酸、γ-亚麻酸(C18:顺[6，9，12]3)、16-甲基十七酸、苏糖酸、胞嘧啶、磷脂酰胆碱(C18:0/C22:6)。
[0028] 若第一和第二种分析物是泛酸和甘油，则其余三种分析物选自辅酶Q9、棕榈酸(C16:0)、亚油酸(C18:顺[9，12]2)、14-甲基十六酸、γ-亚麻酸(C18:顺[6，9，12]3)、16-甲基十七酸、苏糖酸、胞嘧啶、磷脂酰胆碱(C18:0/C22:6)。
[0029] 若第一、第二和第三种分析物是泛酸、甘油和亚油酸(C18:顺[9，12]2)，则其余两种分析物选自辅酶Q9、棕榈酸(C16:0)、14-甲基十六酸、γ-亚麻酸(C18:顺[6，9，12]3)、16-甲基十七酸、苏糖酸、胞嘧啶、磷脂酰胆碱(C18:0/C22:6)。
[0030] 若第一、第二、第三和第四种分析物是泛酸、甘油、亚油酸(C18:顺[9，12]2)、16-甲基十七酸，则其余一种分析物选自辅酶Q9、棕榈酸(C16:0)、14-甲基十六酸、γ-亚麻酸(C18:顺[6，9，12]3)、苏糖酸、胞嘧啶、磷脂酰胆碱(C18:0/C22:6)。
[0031] 本文所用的分析物指特异性分析物的至少一个分子，至多是该特异性分析物的多个分子。还应理解，一组分析物指多个化学上不同的分子，其中对每一分析物，可以存在至少一个分子至多个分子。本发明的分析物包含所有类型的有机或无机化合物，其包含由生物物质如生物体所包含的化合物。优选地，本发明的分析物是小分子化合物。更优选地，在设想多个分析物的情况下，应理解，每一分析物代表一种代谢物，多个代谢物代表代谢组。代谢组是生物体、器官、组织或细胞在特定时间和特定条件下所包含的代谢物的集合。由于作为纯化步骤的结果产生的化学修饰、GC衍生物或测定所需的其他修饰，分析物可以不同于其所代表的代谢物。但是，本领域技术人员能够容易地将分析物分配至代谢物或代谢物类型。
[0032] 代谢物是小分子化合物，如代谢途径的酶的底物、这类途径的中间物或通过代谢途径获得的产物。代谢途径为本领域公知且在物种间可以不同。优选地，所述途径至少包括柠檬酸循环；呼吸链；糖酵解；糖异生；磷酸己糖途径；氧化戊糖磷酸途径；脂肪酸的产生和β-氧化；鸟氨酸循环；氨基酸生物合成途径；蛋白质降解途径，如蛋白酶体降解；氨基酸降解途径；脂质、聚酮化合物(包含例如黄酮化合物和异黄酮化合物)、类异戊二烯(包含例如萜、固醇、类固醇、类胡萝卜素、叶黄素)、糖类、苯基丙酸(phenylpropanoids)和衍生物、生物碱(alcaloids)、苯环型化合物、吲哚、吲哚-硫磺化合物(indole-sulfur compounds)、卟啉(porphyrine)、激素、维生素、辅因子如辅基或电子载体、芥子油苷、嘌呤、嘧啶、核苷、核苷酸和相关分子如tRNA、microRNA(miRNA)或mRNA的生物合成或降解。因此，优选地，小分子化合物代谢物由以下类型的化合物组成：醇、烷、烯、炔、芳香族化合物、酮、醛、羧酸、酯、胺、亚胺、酰胺、氰化物、氨基酸、肽、硫醇、硫酯、磷酸酯、硫酸酯、硫醚、亚砜、醚或前述化合物的组合物或衍生物。代谢物中的小分子可以是正常细胞功能、器官功能或动物生长、发育或健康所需的初级代谢产物。此外，小分子代谢物还包含具有重要生态学功能的次级代谢产物，例如允许生物体适应其环境的代谢物。此外，代谢物不限于所述初级和次级代谢产物，还包含人工小分子化合物。所述人工小分子化合物衍生自外源提供的小分子，该小分子施用于生物体或由生物体吸收，但其不是上文定义的初级或次级代谢产物。例如，人工小分子化合物可以是通过动物的代谢途径从药物获得的代谢产物。此外，代谢物还包含肽、寡肽、多肽、寡核苷酸和多核苷酸，如RNA或DNA。更优选地，代谢物具有50Da(道尔顿)至30,000Da的分子量，最优选小于30,000Da、小于20,000Da、小于15,000Da、小于
10,000Da、小于8,000Da、小于7,000Da、小于6,000Da、小于5,000Da、小于4,000Da、小于
3,000Da、小于2,000Da、小于1,000Da、小于500Da、小于300Da、小于200Da、小于100Da。
但是，优选地，代谢物具有至少50Da的分子量。最优选地，本发明的代谢物具有50Da至
1,500Da的分子量。
10,000Da、小于8,000Da、小于7,000Da、小于6,000Da、小于5,000Da、小于4,000Da、小于
3,000Da、小于2,000Da、小于1,000Da、小于500Da、小于300Da、小于200Da、小于100Da。
但是，优选地，代谢物具有至少50Da的分子量。最优选地，本发明的代谢物具有50Da至
1,500Da的分子量。
[0033] 本发明提到的分析物是由于纯化和/或测定方法而衍生自天然存在的代谢物的分子类别。在一些情况下，分析物可以是相同的。但是，在其他情况下，分析物可以是其化学衍生物。然而，应理解，分析物的出现必然允许对代谢物的存在下结论。
[0034] 本文所用的术语“测试样品”指待用于通过本发明的方法诊断提高的过氧化物酶体增殖的样品。所述测试样品是生物样品。来自生物来源的样品(即生物样品)通常包含多个代谢物。待用于本发明的方法的优选生物样品是来自体液，优选血液、血浆、血清、唾液、胆汁、尿或脑脊液的样品，或例如通过活检衍生自细胞、组织或器官，优选衍生自肝脏的样品。更优选地，样品是血液、血浆或血清样品，最优选地，是血浆样品。生物样品衍生自本文其他地方指定的受试者。用于获得前述不同类型的生物样品的技术为本领域公知。例如，可以通过采血获得血液样品，而例如通过活检获得组织或器官样品。
[0035] 优选地，在将前述样品用于本发明的方法前对其进行预处理。如下文更详细地描述，所述预处理可以包括释放或分离化合物或除去过量物质或废物所需的处理。适合的技术包括离心、提取、分馏、超滤、蛋白质沉淀，接着过滤和纯化和/或富集化合物。此外，为了以适合用于化合物分析的形式或浓度提供化合物，还进行其他预处理。例如，若在本发明的方法中使用气相层析偶联的质谱分析法，则需在所述气相层析之前衍生化合物。适合和必要的预处理取决于用于实施本发明的方法的工具并为本领域技术人员公知。前述预处理样品也为本发明所用的术语“样品”所包含。
[0036] 本文所用的术语“受试者”涉及动物，优选涉及哺乳动物，如小鼠、大鼠、豚鼠、兔、仓鼠、猪、绵羊、狗、猫、马、猴或牛，且还优选涉及人类。更优选地，受试者是啮齿类动物，最优选地，是大鼠。可以应用本发明的方法诊断的其他动物是鱼类、鸟类或爬行类。优选地，所述受试者正在或已经与疑似能够诱导提高的过氧化物酶体增殖的化合物接触。已使其与疑似诱导提高的过氧化物酶体增殖的化合物接触的受试者可以是例如实验室动物，如大鼠，其用于针对例如化合物毒性的筛选测定。疑似已经与能够诱导提高的过氧化物酶体增殖的化合物接触的受试者还可以是待诊断来选择适合的治疗的受试者。优选地，本文所用的能够诱导提高的过氧化物酶体增殖的化合物是邻苯二甲酸苄丁酯、非诺贝特、氯贝丁酯、Fenoforbrate、邻苯二甲酸二辛酯或Wy 14643。
[0037] 本文所用的术语“测定量”指测定所述至少五种分析物的每一分析物的至少一种特征特性。本发明的特征特性是表征分析物的物理和/或化学性质，包括生物学性质的特性。这类性质包含例如分子量、黏度、密度、电荷、自旋、光学活性、颜色、荧光、化学发光、元素组成、化学结构、与其他化合物反应的能力、在生物读出系统中引起反应(例如报道基因的诱导)的能力等。所述性质的值可以作为特征特性并可以通过本领域公知的技术测定。此外，特征特性可以是通过标准操作，例如数学计算，如乘法、除法或对数计算衍生自分析物物理和/或化学性质的值的任意特性。最优选地，该至少一种特征特性允许分析物及其量的测定和/或化学鉴定。因此，优选地，特征值还包含与衍生该特征值的代谢物的丰度相关的信息。例如，代谢物的特征值可以是质谱中的峰。这种峰包含该代谢物的特征信息，即m/z(质荷比)信息，以及与所述代谢物在该样品中的丰度(即它的量)相关的强度值。
[0038] 如前文所讨论，优选地，可以定量或半定量地测定待按照本发明的方法测定的分析物组的每一分析物。对于定量测定，根据针对上文提到的特征特性测定的值，可测定代谢物的绝对量或精确量，或可测定分析物的相对量。在不可或不应测定分析物的精确量的情况下，可以测定相对量。在所述情况下，对于以第二种量包含所述代谢物的第二种样品，可以测定分析物存在的量是否扩大或减小。因此，定量分析分析物还包括有时称为分析物的半定量分析的分析。
[0039] 此外，优选地，本发明的方法中使用的测定包括在前文提到的分析步骤之前使用化合物分离步骤。优选地，所述化合物分离步骤产生样品所包含的分析物的时间分辨分离。因此，待按照本发明优选使用的适合的分离技术包括所有层析分离技术，如液相层析(LC)、高效液相层析(HPLC)、气相层析(GC)、薄层层析、大小排阻层析或亲和层析。这些技术为本领域公知，且本领域技术人员可以在没有进一步的麻烦的情况下应用。最优选地，LC和/或GC是本发明的方法所设想的层析技术。用于代谢物的这种测定的适合的装置为本领域公知。优选地，使用质谱分析法，尤其是气相层析质谱分析法(GC-MS)、液相层析质谱分析法(LC-MS)、直接注入质谱分析法或傅里叶变换离子回旋共振质谱分析法(FT-ICR-MS)、毛细管电泳质谱分析法(CE-MS)、偶联高效液相层析的质谱分析法(HPLC-MS)、四极质谱分析法、任意连续偶联的质谱分析法如MS-MS或MS-MS-MS、电感耦合等离子体质谱分析法(ICP-MS)、热解质谱分析法(Py-MS)、离子迁移率质谱分析法或飞行时间质谱分析法(TOF)。最优选地，按下文详述使用LC-MS和/或GC-MS。所述技术公开于例如Nissen，Journal of Chromatography A，703，1995：37-57、US 4,540,884或US 5,397,894，中，其公开内容在此引用作为参考。作为质谱分析法技术的替代或除质谱分析法技术外，可以将以下技术用于化合物测定：核磁共振(NMR)、磁共振成像(MRI)、傅里叶转换红外分析(FT-IR)、紫外光(UV)光谱学、折射率(RI)、荧光检测、放射化学检测、电化学检测、光散射(LS)、色散拉曼光谱学或火焰离子化检测(FID)。这些技术为本领域技术人员公知且可以在没有进一步的麻烦的情况下使用。优选地，可以通过自动化辅助本发明的方法。例如，可以通过机器人自动化样品加工或预处理。优选地，通过适合的计算机程序和数据库辅助数据处理和比较。前文所述的自动化允许以高流通量途径使用本发明的方法。
[0040] 此外，还可以通过特异性的化学或生物学测定来测定分析物。所述测定可以包含允许特异性检测样品中的分析物的工具。优选地，根据其与其他化合物反应的能力或其在生物读出系统中引起反应(例如报道基因的诱导)的能力，所述工具能够特异性识别分析物的化学结构或能够特异性鉴定分析物。优选地，能够特异性识别代谢物化学结构的工具是抗体或特异性与化学结构相互作用的其他蛋白质，如受体或酶。例如，可以通过本领域公知的方法用代谢物为抗原获得特异性抗体。本文提到的抗体包含多克隆和单克隆抗体二者，以及其能够结合抗原或半抗原的片段，如Fv、Fab和F(ab)2片段。本发明还包含人源化的杂种抗体，其中将显示所希望的抗原特异性的非人供体抗体的氨基酸序列与人受体抗体的序列组合。此外，(本发明)包含单链抗体。供体序列通常可至少包含供体的抗原结合氨基酸残基，但也可以包含供体抗体的其他结构上和/或功能上相关的氨基酸残基。可以通过本领域公知的几种方法制备这类杂种。优选地，适合的能够特异性识别代谢物的蛋白质是涉及所述代谢物的代谢转化的酶。所述酶可以用该代谢物为底物或可以将底物转化为该代谢物。此外，可以用所述抗体为基础来产生特异性识别该代谢物的寡肽。这些寡肽可以例如包含酶对所述代谢物的结合结构域或袋。适合的基于抗体和/或酶的测定可以是RIA(放射免疫测定)、ELISA(酶联免疫吸附测定)、三明治酶免疫测试、电化学发光三明治免疫测定(ECLIA)、解离增强的镧系元素荧光免疫测定(dissociation-enhanced lanthanide fluoro immuno assay，DELFIA)或固相免疫测试。此外，还可以根据其与其他化合物反应的能力，即通过特异性化学反应来鉴定代谢物。此外，可以由于其在生物读出系统中引起反应的能力而在样品中测定代谢物。可以将生物反应检测为表明样品所包含的代谢物的存在和/或量的读出。生物反应可以是，例如基因表达的诱导，或细胞或生物体的表型反应。
[0041] 术语“参考”指可以与提高的过氧化物酶体增殖相关的分析物组的每一分析物的特征特性的值。优选地，这类参考结果获自衍生于已使其与邻苯二甲酸苄丁酯、非诺贝特、氯贝丁酯、Fenoforbrate、邻苯二甲酸二辛酯或Wy 14643接触的受试者的样品。可以通过每一局部或全身施用方式使受试者与所述化合物接触，只要该化合物是生物可利用的。可以按照上文针对分析物的量所述测定参考结果。备选地，但也是优选地，参考结果可以获自衍生自未使其与邻苯二甲酸苄丁酯、非诺贝特、氯贝丁酯、Fenoforbrate、邻苯二甲酸二辛酯或Wy 14643接触的受试者或关于提高的过氧化物酶体增殖和，优选地，其他疾病的健康受试者的样品。此外，参考还优选可以是衍生自包含待研究受试者的一群个体的分析物组的每一分析物的相对或绝对量的计算的参考，最优选平均值或中位值。但是，应理解，优选地，待研究以确定计算的参考的受试者群体由表观上健康的(例如未治疗的)受试者组成或包含大量表观上健康的受试者，其数量足够大，以致在统计上对抗由于测试受试者在所述群体中的存在引起的显著的平均值或中位值变化。可以按本文其他地方所指定来测定群体的所述个体的分析物的绝对或相对量。如何计算适合的参考值，优选平均值或中位值为本领域公知。前文提到的受试者群体可以包含多个受试者，优选地，至少5、10、50、100、1,000或10,000个受试者。应理解，待通过本发明的方法诊断的受试者和所述多个受试者的受试者属于同一物种。
[0042] 更优选地，参考结果，即分析物的至少一种特征特性的值可以存储在适合的数据存储介质如数据库中，并从而还可以获得用于将来的诊断。这还允许有效地诊断对疾病的易感性，因为一旦已确认(将来)从其获得对应的参考样品的受试者(确实)显示提高的过氧化物酶体增殖，即可以在数据库中鉴定适合的参考结果。
[0043] 术语“比较”指评估上文详述的测定的结果，即分析物的定性或定量测定的结果是否与参考结果相同或相似或与其不同。
[0044] 在参考结果获自衍生于已使其与邻苯二甲酸苄丁酯、非诺贝特、氯贝丁酯、Fenoforbrate、邻苯二甲酸二辛酯或Wy 14643接触的受试者的样品的情况下，可以根据获自测试样品的测试结果与前述参考结果间的同一性或相似性程度，即根据关于前述分析物的相同或相似的定性或定量组成来诊断提高的过氧化物酶体增殖。若特征特性的值和(在定量测定的情况下)强度值相同，则测试样品的结果和参考结果相同。若特征特性的值相同而强度值不同，则所述结果相似。优选地，这种差异不显著且可以表征为强度值至少在参考值的第1和第99百分位数间、第5和第95百分位数间、第10和第90百分位数间、第20和第80百分位数间、第30和第70百分位数间、第40和第60百分位数间的区间内，参考值的第50、第60、第70、第80、第90或第95百分位数。
[0045] 在参考结果获自未使其与邻苯二甲酸苄丁酯、非诺贝特、氯贝丁酯、Fenoforbrate、邻苯二甲酸二辛酯或Wy 14643接触的受试者的情况下，可以根据获自测试样品的测试结果与前述参考结果间的差异，即关于前述分析物的定性或定量组成中的差异来诊断提高的过氧化物酶体增殖。若使用上文指定的计算的参考，则适用相同的诊断。差异可以是分析物绝对量或相对量的提高(有时称为代谢物的上调；还见实施例)或所述量的任一个的降低或无可检测量的分析物(有时称为代谢物的上调；还见实施例)。优选地，相对或绝对量的差异是显著的，即在参考值的第45和第55百分位数间、第40和第60百分位数间、第30和第70百分位数间、第20和第80百分位数间、第10和第90百分位数间、第
5和第95百分位数间和第1和第99百分位数间的区间之外。
5和第95百分位数间和第1和第99百分位数间的区间之外。
[0046] 优选地，与参考相比，分析物的量按以下不同：(i)在雄性的样品中：辅酶Q10降低、16-甲基十七酸降低、17-甲基十八酸降低、二十碳三烯酸(C20:3)提高、苏氨酸降低、脯氨酸降低、酪氨酸降低、反-4-羟脯氨酸降低，和(ii)在雌性受试者的样品中：泛酸提高、辅酶Q9提高、甘油提高、棕榈酸(C16:0)提高、亚油酸(C18:顺[9，12]2)提高、14-甲基十六酸提高、γ-亚麻酸(C18:顺[6，9，12]3)降低、16-甲基十七酸降低、苏糖酸提高、胞嘧啶降低、磷脂酰胆碱(C18:0/C22:6)降低。对于本说明书中提到的具体分析物，优选的相对量变化值(即“倍数”变化)和变化种类(即导致更高或更低的相对和/或绝对量的“上”调或“下”调)显示于下文实施例中。
[0047] 优选地，通过自动化辅助比较。例如，可以使用包含用于比较两个不同数据集(例如包含特征特性的值的数据集)的算法的适合的计算机程序。这类计算机程序和算法为本领域公知。尽管如上文所述，还可以手工进行比较。
[0048] 前述用于分析物测定的方法可以在装置中实现(implemented)。本文所用的装置可以至少包含前述工具。此外，优选地，装置还包含用于比较和评价所检测的分析物特征特性和还优选所测定的信号强度的工具。优选地，装置的工具彼此有效连接。如何以有效方式连接工具将取决于该装置所包含的工具的类型。例如，应用用于自动定性或定量测定代谢物的工具时，为了便于诊断，可以通过例如计算机程序处理通过所述自动操作工具获得的数据。优选地，在这种情况下，该工具为单个装置所包含。所述装置可以相应地包含用于分析物的分析单元和用于处理产生的用于诊断的数据的计算机单元。备选地，使用如测试条的工具测定分析物时，用于诊断的工具可以包含对照条或对照表，其将所测定的结果数据分配至已知伴随提高的过氧化物酶体增殖的结果数据或指示上文所讨论的健康受试者的数据。优选的装置是可以在没有专业医师的具体知识的情况下应用的装置，例如仅需要加样的测试条或电子装置。
[0049] 备选地，用于测定分析物的方法可以在包含几种装置的系统中实现，优选地，这些装置彼此有效连接。具体而言，该工具必须以允许按上文详述实施本发明的方法的方式连接。因此，优选地，本文所用的有效连接指功能性连接。取决于待用于本发明的系统的工具，可以通过允许所述工具间的数据传入的工具，例如玻璃纤维电缆和用于高流通量数据传输的其他电缆将每一工具与其他工具相连来功能性连接所述工具。然而，本发明还设想工具间的无线数据转移，例如通过LAN(无线LAN，W-LAN)。优选的系统包含用于测定分析物的工具。本文所用的用于测定分析物的工具包含用于分离分析物的工具(如层析装置)和用于分析物测定的工具(如质谱装置)。上文已详述了适合的装置。待用于本发明的系统中的优选的用于化合物分离的工具包含层析装置，更优选用于液相层析、HPLC和/或气相层析的装置。优选的用于化合物测定的装置包含质谱装置，更优选GC-MS、LC-MS、直接注入质谱、FT-ICR-MS、CE-MS、HPLC-MS、四极质谱、连续偶联质谱(包含MS-MS或MS-MS-MS)、ICP-MS、Py-MS或TOF。优选地，分离和测定工具彼此偶联。最优选地，按本说明书中的其他地方详述将LC-MS和/或GC-MS用于本发明的系统中。还可以包含用于比较和/或分析获自用于测定分析物的工具的结果的工具。用于比较和/或分析结果的工具可以包含用于比较结果的至少一个数据库和实现的计算机程序。还在下文中详述了前述系统和装置的优选实施方案。
[0050] 有利地，已在本发明潜在的研究中发现，一组至少五种前述分析物的量可作为提高的过氧化物酶体增殖，尤其是由过氧化物酶体增殖物邻苯二甲酸苄丁酯、非诺贝特、氯贝丁酯、Fenoforbrate、邻苯二甲酸二辛酯或Wy 14643诱导的那些过氧化物酶体增殖的生物标志物。通过测定所有前述分析物可以进一步提高该方法的特异性和准确度。关于这些具体分析物的代谢组的定量和/或定性组成的变化指示提高的过氧化物酶体增殖。与本发明所提供的生物标志物测定相比，目前用于诊断过氧化物酶体增殖的形态学、生理学以及生物化学参数具有较低的特异性和较低的敏感性。由于本发明，可以更有效和可靠地评估化合物诱导过氧化物酶体增殖，即作为所谓的“过氧化物酶体增殖物”的能力。此外，根据前述发现，针对缓解或抑制提高的过氧化物酶体增殖的药物的筛选测定是可行的。此外，除其他效应外还诱导过氧化物酶体增殖且具有降脂(lipid lowering)性质的化合物是如MCPA(甲基-氯-苯氧基-乙酸)、Dichlorprop(二氯-苯氧基-丙酸(dichloro-phenoxy-proionicacid))和Mecoprop(甲基-氯-苯氧基-乙酸)的化合物。
它们也可以通过本发明的方法鉴定。
它们也可以通过本发明的方法鉴定。
[0051] 大体而言，本发明涉及至少一种，优选至少五种以下分析物：辅酶Q10、16-甲基十七酸、17-甲基十八酸、二十碳三烯酸(C20:3)、苏氨酸、脯氨酸、酪氨酸、反-4-羟脯氨酸或用于其检测的工具在制备用于在雄性受试者中诊断提高的过氧化物酶体增殖的诊断装置或组合物中的用途，或至少一种，优选至少五种以下分析物：泛酸、辅酶Q9、甘油、棕榈酸(C16:0)、亚油酸(C18:顺[9，12]2)、14-甲基十六酸、γ-亚麻酸(C18:顺[6，9，12]3)、16-甲基十七酸、苏糖酸、胞嘧啶、磷脂酰胆碱(C18:0/C22:6)或用于其检测的工具在制备用于在雌性受试者中诊断提高的过氧化物酶体增殖的诊断装置或组合物中的用途。
[0052] 上文所作的术语的所有定义和解释加以必要的变通应用于前述方法和下文进一步描述的其他实施方案，除非下文中另作说明。
[0053] 由上文产生，本发明还考虑测定化合物是否能够在受试者中诱导提高的过氧化物酶体增殖的方法，其包括：
[0054] (a)测定已使其与疑似能够诱导提高的过氧化物酶体增殖的化合物接触的雄性受试者的样品中至少一种，优选至少五种以下分析物的量：辅酶Q10、16-甲基十七酸、17-甲基十八酸、二十碳三烯酸(C20:3)、苏氨酸、脯氨酸、酪氨酸、反-4-羟脯氨酸，或已使其与疑似能够诱导提高的过氧化物酶体增殖的化合物接触的雌性的测试样品中至少一种，优选至少五种以下分析物(的量)：泛酸、辅酶Q9、甘油、棕榈酸(C16:0)、亚油酸(C18:顺[9，12]2)、14-甲基十六酸、γ-亚麻酸(C18:顺[6，9，12]3)、16-甲基十七酸、苏糖酸、胞嘧啶、磷脂酰胆碱(C18:0/C22:6)；和
[0055] (b)将步骤(a)中测定的量与参考比较，藉此测定该化合物诱导提高的过氧化物酶体增殖的能力。
[0056] 在所述方法的优选实施方案中，所述化合物是至少一种选自邻苯二甲酸苄丁酯、非诺贝特、氯贝丁酯、Fenoforbrate、邻苯二甲酸二辛酯或Wy14643的化合物。
[0057] 优选地，所述参考衍生自患有提高的过氧化物酶体增殖的受试者或衍生于已使其与至少一种选自邻苯二甲酸苄丁酯、非诺贝特、氯贝丁酯、Fenoforbrate、邻苯二甲酸二辛酯或Wy 14643的化合物接触的受试者。更优选地，测试样品和参考中基本相同的分析物的量是提高的过氧化物酶体增殖的指示。
[0058] 还优选地，所述参考衍生自已知不患有提高的过氧化物酶体增殖的受试者或衍生自未使其与至少一种选自邻苯二甲酸苄丁酯、非诺贝特、氯贝丁酯、Fenoforbrate、邻苯二甲酸二辛酯或Wy 14643的化合物接触的受试者。备选地，但也是优选地，所述参考是一群受试者的分析物的计算的参考。更优选地，与参考相比，测试样品中不同的分析物的量是提高的过氧化物酶体增殖的指示。
[0059] 优选的用于提高的过氧化物酶体增殖的指示量在本说明书中的其他地方公开。
[0060] 本发明还涉及鉴定用于治疗提高的过氧化物酶体增殖的物质的方法，其包括步骤：
[0061] (a)测定已使其与疑似能够治疗提高的过氧化物酶体增殖的候选物质接触的患有提高的过氧化物酶体增殖的雄性受试者的样品中至少一种，优选至少五种以下分析物的量：辅酶Q10、16-甲基十七酸、17-甲基十八酸、二十碳三烯酸(C20:3)、苏氨酸、脯氨酸、酪氨酸、反-4-羟脯氨酸，或已使其与疑似能够治疗提高的过氧化物酶体增殖的候选物质接触的患有提高的过氧化物酶体增殖的雌性受试者的样品中至少一种，优选至少五种以下分析物的量：泛酸、辅酶Q9、甘油、棕榈酸(C16:0)、亚油酸(C18:顺[9，12]2)、14-甲基十六酸、γ-亚麻酸(C18:顺[6，9，12]3)、16-甲基十七酸、苏糖酸、胞嘧啶、磷脂酰胆碱(C18:0/C22:6)；和
[0062] (b)将步骤(a)中测定的量与参考比较，藉此鉴定能够治疗提高的过氧化物酶体增殖的物质。
[0063] 具体而言，在鉴定用于治疗提高的过氧化物酶体增殖的物质的方法的情况下，优选地，所述参考衍生于已使其与至少一种选自邻苯二甲酸苄丁酯、非诺贝特、氯贝丁酯、Fenoforbrate、邻苯二甲酸二辛酯或Wy 14643的化合物接触的受试者或患有提高的过氧化物酶体增殖的受试者。更优选地，在测试样品和参考中不同的代谢物的量指示用于治疗提高的过氧化物酶体增殖的物质。
[0064] 具体而言，物质能够治疗提高的过氧化物酶体增殖的指示是与参考相比，按以下不同的分析物的量：(i)在雄性的样品中：辅酶Q10提高、16-甲基十七酸提高、17-甲基十八酸提高、二十碳三烯酸(C20:3)降低、苏氨酸降低、脯氨酸提高、酪氨酸提高、反-4-羟脯氨酸提高；和(ii)在雌性受试者的样品中：泛酸降低、辅酶Q9降低、甘油降低、棕榈酸(C16:0)降低、亚油酸(C18:顺[9，12]2)降低、14-甲基十六酸降低、γ-亚麻酸(C18:顺[6，9，12]3)提高、16-甲基十七酸提高、苏糖酸降低、胞嘧啶提高、磷脂酰胆碱(C18:0/C22:6)提高。
[0065] 备选地，所述参考可以优选衍生自未使其与邻苯二甲酸苄丁酯、非诺贝特、氯贝丁酯、Fenoforbrate、邻苯二甲酸二辛酯或Wy 14643接触的受试者或已知不患有提高的过氧化物酶体增殖的受试者或可以是一群受试者中的分析物的计算的参考。若使用这种参考，则测试样品和参考中相同或相似的代谢物的量是用于治疗提高的过氧化物酶体增殖的物质的指示。
[0066] 术语“用于治疗提高的过氧化物酶体增殖的物质”指可以直接干扰诱导本说明书中的其他地方提到的提高的过氧化物酶体增殖的生物学机制的化合物。待通过本发明的方法鉴定的物质可以是有机和无机化学药品，如小分子、多核苷酸、寡核苷酸、肽、包含抗体的多肽或其他人工或生物聚合物。优选地，该物质适合作为药物、前体药物或用于开发药物或前体药物的前导物质。
[0067] 应理解，若将本发明的方法用于鉴定用于治疗提高的过氧化物酶体增殖的药物或用于化合物的毒理评估(即测定化合物是否能够诱导提高的过氧化物酶体增殖)，则由于统计的原因可以研究多个受试者的测试样品。优选地，为了避免由例如待研究化合物之外的因子引起的差异，这样一群测试受试者内的代谢组应尽可能相似。优选地，待用于所述方法的受试者是实验室动物，如啮齿类动物，且更优选大鼠。还应理解，优选地，在完成本发明的方法后可处死所述实验室动物。可将一群测试和参考动物的所有受试者保持在相同条件下，以避免任意不同的环境影响。提供这类动物的适合的条件和方法详述于WO2007/014825中。所述条件在此引用作为参考。
[0068] 本发明还涉及包含以下分析物的特征值的数据集合：辅酶Q10、16-甲基十七酸、17-甲基十八酸、二十碳三烯酸(C20:3)、苏氨酸、脯氨酸、酪氨酸、反-4-羟脯氨酸，和/或至少以下分析物：泛酸、辅酶Q9、甘油、棕榈酸(C16:0)、亚油酸(C18:顺[9，12]2)、14-甲基十六酸、γ-亚麻酸(C18:顺[6，9，12]3)、16-甲基十七酸、苏糖酸、胞嘧啶、磷脂酰胆碱(C18:0/C22:6)。
[0069] 术语“数据集合”指可以在物理上和/或逻辑上集合在一起的数据的收集。因此，数据集合可以在单个数据存储介质中或彼此有效连接的物理上分开的数据存储介质中实现。优选地，利用数据库实现数据集合。因此，本文所用的数据库包含在适合的存储介质上的数据集合。此外，优选地，数据库还包含数据库管理系统。优选地，数据库管理系统是基于网络的分层或面向对象的数据库管理系统。此外，数据库可以是联合(federal)或综合(integrated)数据库。更优选地，数据库可以作为分布式(联合)系统，如作为客户机-服务器系统实现。更优选地，将数据库构造为允许搜索算法，以将测试数据集与数据集合所包含的数据集比较。具体而言，通过使用这种算法，可以针对指示提高的过氧化物酶体增殖的相似或相同的数据集搜索数据库(例如查询搜索)。因此，若可以在数据集合中鉴定出相同或相似的数据集，则测试数据集可以与提高的过氧化物酶体增殖相关。因此，根据获自受试者的测试数据集，可以用获自数据集合的信息来诊断提高的过氧化物酶体增殖。
[0070] 此外，本发明涉及包含所述数据集合的数据存储介质。
[0071] 本文所用的术语“数据存储介质”包含基于单个物理实体如CD、CD-ROM、硬盘、光存储介质或软盘的数据存储介质。此外，该术语还包含由物理上分开的实体组成的数据存储介质，该实体以这样的方式彼此有效连接，该方式优选以适合用于查询搜索的方式提供前述数据集合。
[0072] 本发明还涉及包含以下的系统：
[0073] (a)用于比较样品的代谢物的特征值的工具，其有效连接至
[0074] (b)本发明的数据存储介质。
[0075] 本文所用的术语“系统”涉及彼此有效连接的不同工具。所述工具可以在单个装置中实现或可以在彼此有效连接的物理上分开的装置中实现。优选地，用于比较分析物的特征值的工具根据前文所述的比较算法运行。优选地，数据存储介质包含前述数据集合或数据库，其中所存储的每一数据集指示提高的过氧化物酶体增殖。因此，本发明的系统允许鉴定测试数据集是否包含于存储在数据存储介质中的数据集合。因此，本发明的系统可以在诊断提高的过氧化物酶体增殖中作为诊断工具应用。
[0076] 在该系统的优选实施方案中，包含了用于测定样品的代谢物的特征值的工具。
[0077] 术语“用于测定代谢物的特征值的工具”优选涉及前述用于测定分析物的装置，如质谱装置、NMR装置或用于实施分析物的化学或生物学测定的装置。
[0078] 本发明还包含含有至少一种，优选至少五种以下分析物的诊断组合物或用于其测定的工具：辅酶Q10、16-甲基十七酸、17-甲基十八酸、二十碳三烯酸(C20:3)、苏氨酸、脯氨酸、酪氨酸、反-4-羟脯氨酸，和/或至少一种，优选至少五种以下分析物的诊断组合物或用于其测定的工具：泛酸、辅酶Q9、甘油、棕榈酸(C16:0)、亚油酸(C18:顺[9，12]2)、14-甲基十六酸、γ-亚麻酸(C18:顺[6，9，12]3)、16-甲基十七酸、苏糖酸、胞嘧啶、磷脂酰胆碱(C18:0/C22:6)。
[0079] 还包含诊断装置，其包含：
[0080] (a)用于测定至少一种，优选至少五种以下分析物的特征值的工具：辅酶Q10、16-甲基十七酸、17-甲基十八酸、二十碳三烯酸(C20:3)、苏氨酸、脯氨酸、酪氨酸、反-4-羟脯氨酸，和/或至少一种，优选至少五种以下分析物的特征值的工具：泛酸、辅酶Q9、甘油、棕榈酸(C16:0)、亚油酸(C18:顺[9，12]2)、14-甲基十六酸、γ-亚麻酸(C18:顺[6，9，
12]3)、16-甲基十七酸、苏糖酸、胞嘧啶、磷脂酰胆碱(C18:0/C22:6)；和
12]3)、16-甲基十七酸、苏糖酸、胞嘧啶、磷脂酰胆碱(C18:0/C22:6)；和
[0081] (b)用于根据通过(a)的工具测定的特征值诊断肝毒性的工具。
[0082] 优选地，术语“诊断工具”涉及发明详述中的其他地方指定的诊断装置、系统或生物学或化学测定。
[0083] 表述“用于测定一组代谢物的特征值的工具”指能够特异性识别代谢物的装置或物质。适合的装置可以是诸如质谱的质谱装置、NMR装置或用于实施代谢物的化学或生物学测定的装置。适合的物质可以是特异性检测代谢物的化合物。本文所用的检测可以是两步法，即化合物可以先特异性结合待检测的代谢物，随后产生可检测的信号，例如荧光信号、化学发光信号、放射性信号等。对于产生可检测的信号，可以需要其他化合物，其均为术语“用于测定一组代谢物的特征值的工具”所包含。特异性结合代谢物的化合物详述于本说明书中的其他地方，并优选包含酶、抗体、配体、受体或特异性结合代谢物的其他生物分子或化学药品。
[0084] 上文提到的所有参考文献在此以其整体公开内容以及上文描述中明确提到的具体公开内容引入作为参考。
[0086] 以下实施例仅是为了说明本发明的目的。无论如何，不应将它们解释为在任意方面限制本发明的范围。
[0087] 实施例：与提高的过氧化物酶体增殖相关的生物标志物
[0088] 在28天内，按照管饲法以10和100mg/kg体重用所示化合物(见下表)每天对雄性和雌性各5只的一组大鼠给药一次。其他雄性和雌性各5只的动物组作为对照。在开始处理期之前，使动物(其在供给时为62-64日龄)适应房屋和环境条件7天。将动物群体的所有动物保持在相同的恒定温度(20-24±3℃)和相同的恒定湿度(30-70％)下。将动物群体的每一动物保持在分开的笼中。动物群体的动物随意进食。待使用的食物基本上无化学或微生物污染物。还随意提供饮用水。因此，如European DrinkingWater Directive98/83/EG中所规定，该水无化学和微生物污染物。光照期为12小时光亮，随后12小时黑暗(12小时光亮，从6:00至18:00；12小时黑暗，从18:00至6:00)。
[0089] 在第7、14和28天的上午，从空腹麻醉动物的眶后静脉丛采血。对每一动物，以EDTA为抗凝剂收集1ml血液。将样品离心以产生血浆。用氮气覆盖所有血浆样品，然后保存在-80℃下直至分析。
[0090] 对于基于质谱分析法的代谢物谱分析，提取血浆样品并获得极性和非极性级分。对于GC-MS分析，在酸性条件下用甲醇测试非极性级分以产生脂肪酸甲酯。用O-甲基-羟基胺氢氯化物和吡啶进一步衍生两种级分以将桥氧基转化为O-甲肟(O-metyloximes)，随后在水解前用甲硅烷基化剂衍生。在LC-MS分析中，将两种级分都重溶(reconstituted)于适当的溶剂混合物中。通过在反向分离柱上梯度洗脱进行HPLC。对于质谱分析法检测，应用代谢组学(metanomics)特有技术，其允许与全筛选分析平行的靶向和高敏感性MRM(多反应监测，Multiple Reaction Monitoring)谱分析(profiling)。
[0091] 广泛的分析验证步骤之后，针对来自合并样品的数据归一化每一分析物的数据。这些样品平行贯穿整个方法，以解释方法可变性。通过用斯氏t检验比较处理组的平均值和各未处理的对照组的平均值来确定处理组值对性别、剂量组和代谢物特异的显著性。将归一化的处理组值及其显著性注入数据库用于其他统计和数据挖掘方法。
[0092] 处理大鼠后指示提高的过氧化物酶体增殖的血浆代谢组的变化显示于下表中：
[0093] 表1：雄性大鼠中过氧化物酶体增殖物的标志物
[0094]
[0095] 表2：雌性大鼠中过氧化物增殖物的标志物
[0096]
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