细菌疗法
阅读：31发布：2022-02-10
专利汇可以提供细菌疗法专利检索，专利查询，专利分析的服务。并且本 发明 涉及包含至少一种分离的细菌和药学上可接受的赋形剂的 治疗 组合物，以及制备这种治疗组合物的方法。所述治疗组合物用于治疗生态失调，特别是胃肠道的生态失调。，下面是细菌疗法专利的具体信息内容。
1.包含至少一种分离的细菌和药学上可接受的赋形剂的治疗组合物，其中所述细菌包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因，并且所述基因包含与SEQ ID NO 1至51任一个所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
2.根据权利要求1所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：1所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
3.根据权利要求1或2所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：2所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：3所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
5.根据权利要求1至4中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：4所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
6.根据权利要求1至5中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：5所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
7.根据权利要求1至6中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：6所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
8.根据权利要求1至7中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：7所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
9.根据权利要求1至8中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：8所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
10.根据权利要求1至9中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：9所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
11.根据权利要求1至10中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：10所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
12.根据权利要求1至11中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：11所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
13.根据权利要求1至12中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：12所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
14.根据权利要求1至13中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：13所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
15.根据权利要求1至14中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：14所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
16.根据权利要求1至15中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：15所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
17.根据权利要求1至16中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：16所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
18.根据权利要求1至17中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：17所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
19.根据权利要求1至18中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：18所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
20.根据权利要求1至19中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：19所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
21.根据权利要求1至20中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：20所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
22.根据权利要求1至21中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：21所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
23.根据权利要求1至22中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：22所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
24.根据权利要求1至23中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：23所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
25.根据权利要求1至24中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：24所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
26.根据权利要求1至25中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：25所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
27.根据权利要求1至26中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：26所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
28.根据权利要求1至27中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：27所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
29.根据权利要求1至28中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：28所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
30.根据权利要求1至29中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：29所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
31.根据权利要求1至30中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：30所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
32.根据权利要求1至31中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：31所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
33.根据权利要求1至32中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：32所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
34.根据权利要求1至33中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：33所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
35.根据权利要求1至34中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：34所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
36.根据权利要求1至35中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：35所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
37.根据权利要求1至36中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：36所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
38.根据权利要求1至37中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：37所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
39.根据权利要求1至38中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：38所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
40.根据权利要求1至39中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：39所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
41.根据权利要求1至40中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：40所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
42.根据权利要求1至41中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：41所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
43.根据权利要求1至42中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：42所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
44.根据权利要求1至43中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：43所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
45.根据权利要求1至44中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：44所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
46.根据权利要求1至45中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：45所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
47.根据权利要求1至46中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：46所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
48.根据权利要求1至47中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：47所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
49.根据权利要求1至48中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：48所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
50.根据权利要求1至49中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：49所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
51.根据权利要求1至50中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：50所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
52.根据权利要求1至51中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：51所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
53.根据权利要求1至52中任一项所述的治疗组合物，其中所述序列同一性为至少
91％。
54.根据权利要求1至52中任一项所述的治疗组合物，其中所述序列同一性为至少
92％。
55.根据权利要求1至52中任一项所述的治疗组合物，其中所述序列同一性为至少
93％。
56.根据权利要求1至52中任一项所述的治疗组合物，其中所述序列同一性为至少
94％。
57.根据权利要求1至52中任一项所述的治疗组合物，其中所述序列同一性为至少
95％。
58.根据权利要求1至52中任一项所述的治疗组合物，其中所述序列同一性为至少
96％。
59.根据权利要求1至52中任一项所述的治疗组合物，其中所述序列同一性为至少
97％。
60.根据权利要求1至52中任一项所述的治疗组合物，其中所述序列同一性为至少
98％。
61.根据权利要求1至52中任一项所述的治疗组合物，其中所述序列同一性为至少
98.7％。
62.根据权利要求1至52中任一项所述的治疗组合物，其中所述序列同一性为至少
99％。
63.根据权利要求1至52中任一项所述的治疗组合物，其中所述序列同一性是100％。
64.根据权利要求1至52中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：21所示的序列具有至少90％序列同一性，与SEQ ID NO 29所示的序列具有至少91％序列同一性，与SEQ ID NO 6，11，19，或24任一个所示的序列具有至少92％序列同一性，与SEQ ID NO 13，22，26或35任一个所示的序列具有至少93％序列同一性，与SEQ ID NO 5，14，15，17，18，23，或50任一个所示的序列具有至少94％序列同一性，与SEQ ID NO 20，33，41，43，45，46，47，或49任一个所示的序列具有至少95％序列同一性，与SEQ ID NO 2，7，8，10，12，30，32，39，42，44，或48任一个所示的序列具有至少96％序列同一性，与SEQ ID NO 3，16，25，31，34，36，37，或40任一个所示的序列具有至少97％序列同一性，与SEQ ID NO 4或9任一个所示的序列具有至少98％序列同一性，或与SEQ ID NO 27，
28，38，或51任一个所示的序列具有至少99％序列同一性的序列。
65.根据权利要求1至52中任一项所述的治疗组合物，其中所述编码16S rRNA的基因包含与SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：21所示的序列具有至少90％序列同一性，与SEQ ID NO 6或
11任一个所示的序列具有至少92％序列同一性，与SEQ ID NO 35所示的序列具有至少93％序列同一性，与SEQ ID NO 5，19，22，23或50任一个所示的序列具有至少94％序列同一性，与SEQ ID NO 13，15，29，33，41，43，45，或46任一个所示的序列具有至少95％序列同一性，与SEQ ID NO 7，12，32，39，42，或44任一个所示的序列具有至少96％序列同一性，与SEQ ID NO 3，8，10，16，34，36，37，40，48，或49任一个所示的序列具有至少97％序列同一性，与SEQ ID NO 4，9，17或31任一个所示的序列具有至少98％序列同一性，与SEQ ID NO 2，20，38，或
51任一个所示的序列具有至少99％序列同一性，或与SEQ ID NO 14，18，24，25，26，27，28，
30或47任一个所示的序列具有100％序列同一性的序列。
66.根据权利要求1至65中任一项所述的治疗组合物，其中所述分离的细菌是按以下登录号保藏在Leibniz-Institut DSMZ的细菌：DSM32191，DSM32147，DSM32149，DSM32175，DSM32153，DSM32152，DSM32158，DSM32192，DSM32148，DSM32166，DSM32151，DSM32150，DSM32193，DSM32162，DSM32194，DSM32163，DSM32205，DSM32195，DSM32164，DSM32177，DSM32167，DSM32165，DSM32169，DSM32168，DSM32178，DSM32182，DSM32179，DSM32180，DSM32184，DSM32181，DSM32183，DSM32262，DSM32211，DSM32219，DSM32222，DSM32261，DSM32212，DSM32220，DSM32213，DSM32226，DSM32215，DSM32216，DSM32217，DSM32221，DSM32218，DSM32224，DSM32214，DSM32263，DSM32223，DSM32225，或DSM32265。
67.根据权利要求1至66中任一项所述的治疗组合物，其中所述组合物包含至少两种不同的分离的细菌，并且其中所述细菌如权利要求1至66中任一项所定义。
68.根据权利要求1至67中任一项所述的治疗组合物，其中所述组合物用于治疗个体胃肠道生态失调的方法。
69.一种治疗个体胃肠道生态失调的方法，所述方法包括向有需要的个体施用治疗有效量的根据权利要求1至67中任一项的治疗组合物。
70.治疗组合物，其用于根据权利要求68的用途或根据权利要求69的方法，其中所述生态失调是与肠细菌感染相关的生态失调。
71.治疗组合物，其用于根据权利要求70的用途或方法，其中所述肠细菌感染是致病性细菌感染。
72.治疗组合物，其用于根据权利要求71的用途或方法，其中所述致病性细菌对用一种或多种抗生素治疗具有抗性。
73.治疗组合物，其用于根据权利要求70-72中任一项的用途或方法，其中所述肠细菌感染是下述属的致病性细菌感染：梭菌属(Clostridium)，埃希氏菌属(Escherichia)，肠球菌属(Enterococcus)，克雷伯氏菌属(Klebsiella)，肠杆菌属(Enterobacter)，变形杆菌属(Proteus)，沙门氏菌属(Salmonella)，志贺氏菌属(Shigella)，葡萄球菌属
(Staphylococcus)，弧菌属(Vibrio)，气单胞菌属(Aeromonas)，弯曲杆菌属
(Campylobacter)，芽孢杆菌属(Bacillus)，螺杆菌属(Helicobacter)，李斯特氏菌属(Listeria)，邻单胞菌属(Plesiomonas)，或耶尔森氏菌属(Yersinia)。
74.治疗组合物，其用于根据权利要求70-73中任一项的用途或方法，其中所述肠细菌感染是致病性细菌感染，并且其中所述致病性细菌是艰难梭菌(Clostridium difficile)或大肠杆菌(Escherichia coli)。
75.治疗组合物，其用于根据权利要求74的用途或方法，其中所述肠细菌感染是致病性艰难梭菌感染。
76.治疗组合物，其用于根据权利要求70-75中任一项的用途或方法，其中所述肠细菌感染是复发性或慢性感染。
77.治疗组合物，其用于根据权利要求68或69中任一项的用途或方法，其中所述生态失调是与炎性肠病(IBD)或脓包炎相关的生态失调。
78.治疗组合物，其用于根据权利要求77的用途或方法，其中所述IBD是溃疡性结肠炎(UC)或克罗恩病。
79.治疗组合物，其用于根据权利要求68或69中任一项的用途或方法，其中所述生态失调是与肠易激综合征(IBS)相关的生态失调。
80.治疗组合物，其用于根据权利要求68或69中任一项的用途或方法，其中所述生态失调是与代谢性疾病，神经精神障碍，自身免疫性疾病，变应性疾病或癌症相关的生态失调。
81.治疗组合物，其用于根据权利要求80的用途或方法，其中所述代谢性疾病选自由以下组成的组：代谢综合征，肥胖症，2型糖尿病，心血管疾病和非酒精性脂肪肝。
82.治疗组合物，其用于根据权利要求80的用途或方法，其中所述神经精神障碍选自由以下组成的组：帕金森病，阿尔茨海默病，多发性硬化，肌阵挛性张力障碍，孤独症和慢性疲劳综合征。
83.治疗组合物，其用于根据权利要求80的用途或方法，其中所述自身免疫性疾病选自由以下组成的组：特发性血小板减少性紫癜，关节炎，舍格伦综合征，系统性红斑狼疮和桥本甲状腺炎。
84.治疗组合物，其用于根据权利要求80的用途或方法，其中所述变应性疾病选自由以下组成的组：特应性和哮喘。
85.治疗组合物，其用于根据权利要求80的用途或方法，其中所述癌症选自由以下组成的组：结肠直肠癌，肠外肿瘤，乳腺肿瘤，肝细胞癌，淋巴瘤，黑素瘤和肺癌。
86.治疗组合物，其用于根据权利要求68或69中任一项的用途或方法，其中所述生态失调是与肝性脑病相关的生态失调。
87.治疗组合物，用于根据权利要求1-86中任一项的用途或方法的治疗组合物，其中所述分离的细菌是形成孢子的细菌。
88.治疗组合物，用于根据权利要求1-87中任一项的用途或方法的治疗组合物，其中所述分离的细菌易感于一种或多种抗生素治疗。
89.治疗组合物，用于根据权利要求88的用途或方法的治疗组合物，其中所述抗生素是β-内酰胺，夫西地酸，阿尔法霉素，氨基糖苷类，磷霉素和/或衣霉素。
90.治疗组合物，用于根据权利要求1-89中任一项的用途或方法的治疗组合物，其中所述组合物中的至少一种细菌对致病性肠道细菌具有拮抗作用，抑制或阻止致病性肠道细菌的生长，或中和肠道细菌产生的毒素或针对肠道细菌产生的毒素进行保护。
91.治疗组合物，用于根据权利要求90的用途或方法的治疗组合物，其中所述致病性细菌是以下属的致病性细菌：梭菌属，埃希氏菌属，肠球菌属，克雷伯氏菌属，肠杆菌属，变形杆菌属，沙门氏菌属，志贺氏菌属，葡萄球菌属，弧菌属，气单胞菌属，弯曲杆菌属，芽孢杆菌属，螺杆菌属，李斯特氏菌属，邻单胞菌属，或耶尔森氏菌属。
92.治疗组合物，用于根据权利要求9的用途或方法的治疗组合物，其中所述致病性细菌是艰难梭菌或大肠杆菌。
93.治疗组合物，用于根据权利要求1-92中任一项的用途或方法的治疗组合物，其中所述组合物中的至少一种细菌具有免疫调节活性。
94.治疗组合物，用于根据权利要求1-93中任一项的用途或方法的治疗组合物，其中所述组合物进一步包含益生元。
95.治疗组合物，用于根据权利要求1-94中任一项的用途或方法的治疗组合物，其中所述组合物进一步包含载体。
96.治疗组合物，用于根据权利要求1-95中任一项的用途或方法的治疗组合物，其中所述组合物进一步包含不溶性纤维，缓冲剂，渗透剂，消泡剂和/或防腐剂。
97.治疗组合物，用于根据权利要求1-96中任一项的用途或方法的治疗组合物，其中所述组合物在恒化器培养基中提供。
98.治疗组合物，用于根据权利要求1-97中任一项的用途或方法的治疗组合物，其中所述组合物在盐水中任选地在0.9％盐水中提供。
99.治疗组合物，用于根据权利要求1-98中任一项的用途或方法的治疗组合物，其中所述组合物在还原气氛下提供。
100.治疗组合物，用于根据权利要求99的用途或方法的治疗组合物，其中所述组合物是在N2，CO2，H2或其混合物下。
101.治疗组合物，用于根据权利要求1-100中任一项的用途或方法的治疗组合物，其中所述组合物用于口服施用或直肠施用。
102.治疗组合物，用于根据权利要求1-101中任一项的用途或方法的治疗组合物，其中所述组合物用于口服施用并且是冻干的。
103.治疗组合物，用于根据权利要求102的用途或方法的治疗组合物，其中所述组合物进一步包含稳定剂和/或冷冻保护剂。
104.治疗组合物，用于根据权利要求1-103中任一项的用途或方法的治疗组合物，其中所述组合物是胶囊，片剂或灌肠剂的形式。
105.治疗组合物，用于根据权利要求104的用途或方法的治疗组合物，其中所述胶囊或片剂是肠溶包衣的，pH依赖性的，缓释的和/或胃抗性的。
106.制备根据权利要求1-67中任一项的治疗组合物的方法，其中所述方法包括以下步骤：
(i)培养权利要求1-67中任一项的分离的细菌；和
(ii)将(i)中获得的细菌与药学上可接受的赋形剂混合。
107.根据106所述的制备治疗组合物的方法，其中所述方法包括以下步骤：
(i)培养权利要求1-67中任一项的第一分离的细菌；
(i)培养权利要求1-67中任一项的第二分离的细菌；和
(ii)将(i)和(ii)中获得的细菌与药学上可接受的赋形剂混合，
其中步骤(i)和(ii)中培养的细菌具有不同的16S rRNA序列，并且其中步骤(i)和(ii)独立进行。
108.治疗组合物，其能通过权利要求106或107所述的方法获得。
细菌疗法
发明领域
[0001] 本发明涉及包含至少一种如本文所定义的分离的细菌和药学上可接受的赋形剂的治疗组合物，以及制备这种治疗组合物的方法。治疗组合物可用于治疗生态失调，特别是胃肠道的生态失调。生态失调可以是与肠细菌感染，炎性肠病，脓包皮炎，肠易激综合征，代谢性疾病，神经精神障碍，自身免疫性疾病，变应性疾病，癌症或肝性脑病相关的生态失调。
背景技术
[0002] 典型的人肠道微生物群包含100-1000个细菌物种。个体之间存在广泛的组成多样性，使得每个个体的微生物群与指纹一样独特(Qin，Li等.2010；Nielsen，Almeida等
.2014)。成年人的微生物群中的大多数细菌物种来自四个高水平的分类学分类或门，厚壁
菌门(Firmicutes)，拟杆菌门(Bacteroidetes)，放线菌门(Actinobacteria)和变形菌门
(Proteobacteria)。这些群体从出生到成年到老年都有丰度的变化，其反映环境影响的变
化，例如初始分娩方式，饮食，侵入例如病原体感染等，以及许多情况下的抗生素使用
((Dominguez-Bello，Costello等.2010，Koenig，Spor等.2011，Ottman，Smidt等.2012)。在成年期，肠道微生物群由厚壁菌门和拟杆菌门主导，两者都是严格的厌氧菌。
.2014)。成年人的微生物群中的大多数细菌物种来自四个高水平的分类学分类或门，厚壁
菌门(Firmicutes)，拟杆菌门(Bacteroidetes)，放线菌门(Actinobacteria)和变形菌门
(Proteobacteria)。这些群体从出生到成年到老年都有丰度的变化，其反映环境影响的变
化，例如初始分娩方式，饮食，侵入例如病原体感染等，以及许多情况下的抗生素使用
((Dominguez-Bello，Costello等.2010，Koenig，Spor等.2011，Ottman，Smidt等.2012)。在成年期，肠道微生物群由厚壁菌门和拟杆菌门主导，两者都是严格的厌氧菌。
[0003] 肠道微生物群在以下方面起着关键作用：消化人胃肠道难以获取的食物，例如将碳水化合物代谢成短链脂肪酸(Sekirov，Russell等.2010)，与免疫系统相互作用以维持体内平衡(Hooper，Littman等.2012)，促进肠道成熟(Hooper，Wong等.2001)和免疫系统的发育。肠道微生物群在抵抗病原体入侵方面也起着重要作用，称为“定植抗性”。这通过存在的共生物种的多样性和丰富性以及通过占据关键生态位和营养素的利用来发挥作用(Lawley
and Walker 2013；Britton and Young 2014)。如果微生物体内平衡例如通过使用抗生素
受到干扰，则可能发生向生态失调的转变。
and Walker 2013；Britton and Young 2014)。如果微生物体内平衡例如通过使用抗生素
受到干扰，则可能发生向生态失调的转变。
[0004] 生态失调为病原体提供了建立自身并引起所述个体疾病的机会。关于单个牵连病原体例如艰难梭菌(Clostridium difficile)(Lawley等.2012；Britton and Young 2014；
Buffie等.2015)进行了最好的研究，但是生态失调也与其他更复杂的多因素疾病有关，例
如炎症性肠病(IBD)，脓包炎(Angeriman等.2014)，肠易激综合征(IBS)，肝性脑病(Bajaj
2014；Bajaj等.2012)代谢性疾病(包括代谢综合征，营养不良和肥胖)，神经精神障碍，例如帕金森病和阿尔茨海默病，自身免疫性疾病，变应性疾病和癌症(Jostins，Ripke等.2012，Collins 2014，Hold，Smith等.2014，Perez Martinez，Bauerl等.2014，Scheperjans，Aho等.2015；Blanton等.2016，Xu等.2015)。
Buffie等.2015)进行了最好的研究，但是生态失调也与其他更复杂的多因素疾病有关，例
如炎症性肠病(IBD)，脓包炎(Angeriman等.2014)，肠易激综合征(IBS)，肝性脑病(Bajaj
2014；Bajaj等.2012)代谢性疾病(包括代谢综合征，营养不良和肥胖)，神经精神障碍，例如帕金森病和阿尔茨海默病，自身免疫性疾病，变应性疾病和癌症(Jostins，Ripke等.2012，Collins 2014，Hold，Smith等.2014，Perez Martinez，Bauerl等.2014，Scheperjans，Aho等.2015；Blanton等.2016，Xu等.2015)。
[0005] 粪便微生物群移植(FMT)已成功解决艰难梭菌相关的生态失调(Petrof等.2013，van Nood等.2013)，并且特定细菌的施用也证明对此有效(Lawley等.2012，Buffie等
.2015)。FMT在其他肠道疾病的治疗以及与肠道微生物群相关的肠外疾病(包括代谢性疾
病，神经精神障碍，自身免疫性疾病，变应性疾病和肿瘤)的管理方面也显示出有希望的结果(Xu等.2015)。
.2015)。FMT在其他肠道疾病的治疗以及与肠道微生物群相关的肠外疾病(包括代谢性疾
病，神经精神障碍，自身免疫性疾病，变应性疾病和肿瘤)的管理方面也显示出有希望的结果(Xu等.2015)。
[0006] 近年来，在了解肠道微生物群在健康和疾病中的作用以及如何为宿主的利益进行操作方面取得了很大进展。迄今为止，我们的大多数理解都是通过独立于培养的研究得出
的，即使用分子和基因组技术通过研究微生物群的组成成分以及它们在疾病期间如何变
化。该过程允许鉴定可以解决疾病的潜在治疗候选物。然而，已经证明难以分离，纯化和获得这种候选治疗细菌。
的，即使用分子和基因组技术通过研究微生物群的组成成分以及它们在疾病期间如何变
化。该过程允许鉴定可以解决疾病的潜在治疗候选物。然而，已经证明难以分离，纯化和获得这种候选治疗细菌。
[0007] 因此，本领域需要鉴定和分离可用于治疗生态失调的特定细菌以及细菌组合。基于已知的，确定的细菌或细菌混合物的治疗组合物是有利的，因为它们改善了患者的安全
性，因为它们仅包含确定和充分表征的细菌，所述细菌已知促进且不损害人健康并且消除
了通过FMT无意中转移致病物质至受体的可能性。此外，这种治疗组合物可以使用标准化
的，可重复的程序以大规模方式体外制备，从而提供批次一致性，并且不依赖于健康人类供体的定期捐赠。包含已知的确定的细菌或细菌混合物的治疗组合物也可以在治疗上递送
(例如，以在胶囊，片剂或灌肠剂)，这相比于在FMT情况下使用的粪便材料悬浮液，患者和医疗保健专业人员更容易接受。包含在这种治疗组合物中的细菌可以通过特异性地改变细菌
组成以最佳地解决所讨论的生态状态并因此改善功效而进一步适应于治疗特定的生态状
态和与其相关的疾病。
性，因为它们仅包含确定和充分表征的细菌，所述细菌已知促进且不损害人健康并且消除
了通过FMT无意中转移致病物质至受体的可能性。此外，这种治疗组合物可以使用标准化
的，可重复的程序以大规模方式体外制备，从而提供批次一致性，并且不依赖于健康人类供体的定期捐赠。包含已知的确定的细菌或细菌混合物的治疗组合物也可以在治疗上递送
(例如，以在胶囊，片剂或灌肠剂)，这相比于在FMT情况下使用的粪便材料悬浮液，患者和医疗保健专业人员更容易接受。包含在这种治疗组合物中的细菌可以通过特异性地改变细菌
组成以最佳地解决所讨论的生态状态并因此改善功效而进一步适应于治疗特定的生态状
态和与其相关的疾病。
[0008] 然而，为了分离这种候选治疗细菌用于治疗生态失调，需要充分了解所讨论的候选物的生物学，以及有待从中选择的大量初步候选物。这引起了一个问题，因为肠道微生物群中的大多数细菌被认为是不可培养的并且从未在实验室中被分离(Eckburg，Bik等
.2005，Hattori and Taylor 2009，Stewart 2012)。因此，获得对微生物群功能属性的基本了解，并开发出具有难养的厌氧共生菌株的多物种细菌治疗剂是一项艰巨的挑战。虽然最
近的努力在解决该问题方面取得了进展(Goodman，Kallstrom等.2011，Lagier，Hugon等
.2015)，但是本领域仍需要鉴定和分离能够治疗生态失调的细菌。
.2005，Hattori and Taylor 2009，Stewart 2012)。因此，获得对微生物群功能属性的基本了解，并开发出具有难养的厌氧共生菌株的多物种细菌治疗剂是一项艰巨的挑战。虽然最
近的努力在解决该问题方面取得了进展(Goodman，Kallstrom等.2011，Lagier，Hugon等
.2015)，但是本领域仍需要鉴定和分离能够治疗生态失调的细菌。
[0009] 发明说明
[0010] 本发明涉及治疗组合物，特别是用于治疗个体生态失调的治疗组合物。生态失调可发生在人体或动物体的任何部分，其通常被细菌和其他微生物定殖。本发明特别涉及人
体胃肠道的生态失调。
体胃肠道的生态失调。
[0011] 发明人出人意料地发现，可以培养存在于人肠道微生物群中的大多数细菌，这与本领域的普遍观点相反，即大多数人肠道微生物群是不可培养的。这一重大突破现在可以
分离和表征人类微生物群中存在的大多数细菌，并评估它们在治疗生态失调中的活性。这
不仅可以用于单个细菌分离物，而且可以用于从肠道微生物群中分离的细菌的组合。另外，这些细菌的分离允许细菌被筛选(例如，在它们包含在治疗组合物中之前针对不存在毒力
因子和抗生素抗性进行筛选)，从而提高安全性。此外，治疗组合物中包含的细菌能够通过优化细菌组合物以解决所讨论的生态失调而适应于治疗特定的益生菌状态和/或与之相关
的疾病，从而提高功效。在使用未定义的细菌混合物(通常从健康人类供体的粪便样品中获得)的FMT中，这一点都不可能。使用分离的细菌治疗生态失调的另一个优点是，它可以使细菌疗法治疗得到标准化，使患者的治疗结果更加可预测，并通过在特定疾病的背景下消除
与使用FMT相关的细菌组成的可变性有利于细菌疗法治疗潜力的评估。
分离和表征人类微生物群中存在的大多数细菌，并评估它们在治疗生态失调中的活性。这
不仅可以用于单个细菌分离物，而且可以用于从肠道微生物群中分离的细菌的组合。另外，这些细菌的分离允许细菌被筛选(例如，在它们包含在治疗组合物中之前针对不存在毒力
因子和抗生素抗性进行筛选)，从而提高安全性。此外，治疗组合物中包含的细菌能够通过优化细菌组合物以解决所讨论的生态失调而适应于治疗特定的益生菌状态和/或与之相关
的疾病，从而提高功效。在使用未定义的细菌混合物(通常从健康人类供体的粪便样品中获得)的FMT中，这一点都不可能。使用分离的细菌治疗生态失调的另一个优点是，它可以使细菌疗法治疗得到标准化，使患者的治疗结果更加可预测，并通过在特定疾病的背景下消除
与使用FMT相关的细菌组成的可变性有利于细菌疗法治疗潜力的评估。
[0012] 通过出人意料地能够培养存在于人肠道微生物群中的大多数细菌，发明人能够制备肠细菌文库，然后对其进行全基因组测序并使用计算机上分析和体外实验进行筛选以鉴
定预期有用于治疗生态失调(特别是胃肠道的生态失调)的细菌。使用这种方法，发明人鉴
定了预期有用于此目的的51种细菌，包括以前未描述过的细菌的若干个科，属和种，更不用说分离或用于治疗生态失调。如上所述，本领域认为大多数人的微生物群是不可培养的，因此仅仅公开这些细菌之一的16S核糖体RNA序列本身不能将这种细菌从其天然环境中分离
出来。这种16S核糖体RNA序列的公开也没有表明先前已经分离出具有这种序列的细菌，因
为16S核糖体RNA序列信息可以从细菌群体(包括粪便样品)获得，而不需要分离单个细菌。
然而，将细菌以纯的形式与其天然环境分离的能力是将它们包含在根据本发明的治疗组合
物中的先决条件。
定预期有用于治疗生态失调(特别是胃肠道的生态失调)的细菌。使用这种方法，发明人鉴
定了预期有用于此目的的51种细菌，包括以前未描述过的细菌的若干个科，属和种，更不用说分离或用于治疗生态失调。如上所述，本领域认为大多数人的微生物群是不可培养的，因此仅仅公开这些细菌之一的16S核糖体RNA序列本身不能将这种细菌从其天然环境中分离
出来。这种16S核糖体RNA序列的公开也没有表明先前已经分离出具有这种序列的细菌，因
为16S核糖体RNA序列信息可以从细菌群体(包括粪便样品)获得，而不需要分离单个细菌。
然而，将细菌以纯的形式与其天然环境分离的能力是将它们包含在根据本发明的治疗组合
物中的先决条件。
[0013] 因此，在第一方面，本发明提供了治疗组合物，其包含至少一种分离的细菌和药学上可接受的赋形剂。细菌优选包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因，其中所述基因包含与SEQ ID NO 1至51中任一所示序列具有至少90％序列同一性的序列。
[0014] 除药学上可接受的赋形剂外，治疗组合物还可包含一种以上的分离的细菌。当治疗组合物中包含一种以上的细菌时，所述细菌优选是不同的，其中每种细菌包含编码16S
rRNA的基因，其中所述基因包含与SEQ ID NO 1至51中任一所示序列具有至少90％序列同
一性的序列。因此，例如，治疗组合物可包含两种不同的分离的细菌，其中第一细菌优选包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与SEQ ID NO 1所示序列具有至少90％序列同
一性的序列并且第二细菌优选包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与SEQ ID NO
2所示序列具有至少90％序列同一性的序列。
rRNA的基因，其中所述基因包含与SEQ ID NO 1至51中任一所示序列具有至少90％序列同
一性的序列。因此，例如，治疗组合物可包含两种不同的分离的细菌，其中第一细菌优选包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与SEQ ID NO 1所示序列具有至少90％序列同
一性的序列并且第二细菌优选包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与SEQ ID NO
2所示序列具有至少90％序列同一性的序列。
[0015] 如上所述，本发明的治疗组合物可用于治疗生态失调，特别是治疗肠道的生态失调。因此，在第二方面，本发明提供了根据本发明的治疗组合物，其用于治疗个体中的生态失调，优选胃肠道的生态失调的方法。还提供了治疗个体的生态失调的方法，所述方法包括将治疗有效量的本发明的治疗组合物施用给有需要的个体，以及根据本发明的治疗组合物
用于制备治疗个体生态失调的药物的用途。还提供了至少一种如本文所述的分离的细菌和
任选的药学上可接受的赋形剂用于制备用于治疗个体的生态失调的药物的用途，所述细菌
优选包含编码16S rRNA的基因和所述基因包含与SEQ ID NO 1至51中任一所示序列具有至
少90％序列同一性的序列。
用于制备治疗个体生态失调的药物的用途。还提供了至少一种如本文所述的分离的细菌和
任选的药学上可接受的赋形剂用于制备用于治疗个体的生态失调的药物的用途，所述细菌
优选包含编码16S rRNA的基因和所述基因包含与SEQ ID NO 1至51中任一所示序列具有至
少90％序列同一性的序列。
[0016] 制备或制造根据本发明的治疗组合物的方法也构成本发明的一部分。因此，在第三方面，本发明提供了制备或制造根据本发明的治疗组合物的方法，其中所述方法优选包
括以下步骤：
括以下步骤：
[0017] (i)培养如本文所述的分离的细菌；和
[0018] (ii)将(i)中获得的细菌与药学上可接受的赋形剂混合。
[0019] 如上所述，本发明的治疗组合物可包含至少两种如本文所述的不同的分离的细菌。当治疗组合物包含一种以上不同的分离的细菌时，制备或制造治疗组合物的方法优选
包括以下步骤：
包括以下步骤：
[0020] (i)培养如本文所述的第一分离的细菌；
[0021] (ii)培养如本文所述的第二分离的细菌；和
[0022] (ii)将(i)和(ii)中获得的细菌与药学上可接受的赋形剂混合。步骤(i)和(ii)中培养的细菌优选具有不同的16S rRNA序列。步骤(i)和(ii)优选独立地进行。通过包括用于培养如本文所公开的第三或另外的分离的细菌的另外一个或多个步骤，上述方法可以适于
包括允许培养两种以上不同的分离的细菌(优选具有不同16S rRNA序列的细菌)的其他步
骤。在这种情况下，将在该方法中培养的所有细菌与药学上可接受的赋形剂混合。
包括允许培养两种以上不同的分离的细菌(优选具有不同16S rRNA序列的细菌)的其他步
骤。在这种情况下，将在该方法中培养的所有细菌与药学上可接受的赋形剂混合。
[0023] 如本文所公开的，通过制备或制造治疗组合物的方法可获得的治疗组合物也构成本发明的一部分。
[0025] 图1显示了用于培养，存档和表征肠道微生物群的工作流程的示意图。所述过程包括以下几个步骤：培养，重新划线，存档和表型。(A)新鲜的粪便样品保持未经处理或经过处理以选择具有所下午表型(如孢子形成)的细菌。将粪便匀浆，然后连续稀释，然后将匀浆的等分试样接种在YCFA琼脂上，以培养存在于粪便样品中的细菌。(B)通过选择单个菌落鉴定细菌分离物，然后将其在划线至纯度，之后进行全长16S rRNA基因扩增和测序。(C)将每种独特的，新颖的和希望的细菌分离物冷冻存档在培养物保藏中心中，并为每个细菌分离物
生成全基因组序列。(D)然后使用体外和体内方法进行宏基因组学研究的表型表征和功能
验证。
生成全基因组序列。(D)然后使用体外和体内方法进行宏基因组学研究的表型表征和功能
验证。
[0026] 图2：有针对性的表型培养有助于从健康的人类粪便微生物群中发现细菌。图2显示了通过宏基因组测序确定的粪便样品中细菌的相对丰度(x轴)与在YCFA琼脂平板上生长
的细菌的相对丰度(y轴)的比较。结果表明，在YCFA琼脂上生长的细菌代表完整粪便样品中存在的细菌，如Spearman Rho＝0.75所示。
的细菌的相对丰度(y轴)的比较。结果表明，在YCFA琼脂上生长的细菌代表完整粪便样品中存在的细菌，如Spearman Rho＝0.75所示。
[0027] 图3显示了从6个供体粪便样品中检测到的16S rRNA基因序列的主成分分析(PCoA)图，所述粪便样品代表完整粪便样品(空心圆)中的细菌，从没有乙醇预处理的YCFA
琼脂平板回收的粪便细菌菌落(黑心正方形)或用乙醇预处理(以选择形成抗乙醇孢子的细
菌)的YCFA琼脂平板回收的粪便细菌菌落(黑心圆)。这些结果表明，没有乙醇选择的培养代表了完整的粪便样品，而乙醇处理改变了分布，富集了形成抗乙醇孢子的细菌并允许其随
后的分离。
琼脂平板回收的粪便细菌菌落(黑心正方形)或用乙醇预处理(以选择形成抗乙醇孢子的细
菌)的YCFA琼脂平板回收的粪便细菌菌落(黑心圆)。这些结果表明，没有乙醇选择的培养代表了完整的粪便样品，而乙醇处理改变了分布，富集了形成抗乙醇孢子的细菌并允许其随
后的分离。
[0028] 图4：通过厌氧培养来存档细菌多样性和新颖性。图4A显示发明人采用的培养条件能够从通过宏基因组测序确定的25种最丰富的粪便细菌属中的21种中分离代表。黑点表示
从每个属培养和存档的物种数量。Lachnospiraceae incertae sedis，未分类的毛螺菌科
(Lachnospiraceae)，梭菌属(Clostridium)IV和梭菌属(Clostridium)XI不是严格的属，并且代表目前未分类的物种。图4B显示了通过宏基因组测序确定的24种最丰富的细菌物种
(占物种水平的总细菌丰度的90％)。除Odoribacter splanchnicus外，所有都得以培养和
存档。图4C显示以低丰度存在的肠道微生物群成员也被培养。培养了来自每个属的至少一
种代表性物种。属按丰度减少的顺序列出。
从每个属培养和存档的物种数量。Lachnospiraceae incertae sedis，未分类的毛螺菌科
(Lachnospiraceae)，梭菌属(Clostridium)IV和梭菌属(Clostridium)XI不是严格的属，并且代表目前未分类的物种。图4B显示了通过宏基因组测序确定的24种最丰富的细菌物种
(占物种水平的总细菌丰度的90％)。除Odoribacter splanchnicus外，所有都得以培养和
存档。图4C显示以低丰度存在的肠道微生物群成员也被培养。培养了来自每个属的至少一
种代表性物种。属按丰度减少的顺序列出。
[0029] 图5：来自健康人粪便微生物群的培养的和存档的细菌的系统发生。图5显示了从由全长16S rRNA基因序列构建的6个供体培养的细菌的系统发生树。新的候选物种(黑心
圆)，属(灰心圆)和科(实心星形)用点颜色表示。标明了主要的门和科。变形菌门不是培养的，但是出于上下文包括在内。
圆)，属(灰心圆)和科(实心星形)用点颜色表示。标明了主要的门和科。变形菌门不是培养的，但是出于上下文包括在内。
[0030] 图6：粪便微生物群移植(Faecal Microbiota Transplant，FMT)使反复艰难梭菌(C.difficile)感染的患者的肠道微生物群恢复到健康的状态。图6显示FMT后2-3个月的供
体，受体和对照的主成分分析结果。粪便样品的聚类表明类似的微生物群落结构。如在甲硝唑处理的对照样品中所见，使用抗生素和暴露于艰难梭菌可能导致从健康状态的转变。用
万古霉素(一种针对革兰氏阳性生物的抗生素)治疗艰难梭菌感染(CDI)可能会导致肠道微
生物群的进一步破坏。FMT导致从患病的微生物群转变为健康的微生物群，其中大多数FMT
后样品与供体和健康对照样品聚类。
体，受体和对照的主成分分析结果。粪便样品的聚类表明类似的微生物群落结构。如在甲硝唑处理的对照样品中所见，使用抗生素和暴露于艰难梭菌可能导致从健康状态的转变。用
万古霉素(一种针对革兰氏阳性生物的抗生素)治疗艰难梭菌感染(CDI)可能会导致肠道微
生物群的进一步破坏。FMT导致从患病的微生物群转变为健康的微生物群，其中大多数FMT
后样品与供体和健康对照样品聚类。
[0031] 图7：从使用FMT治疗艰难梭菌的研究的供体，受体和对照的粪便样品中分离的细菌的分类学总结。这些细菌分离物代表肠道微生物群多样性的大横截面。
[0032] 图8：健康个体中细菌疗法候选菌的平均相对丰度。在1883名健康个体(3218个样本)的胃肠道微生物群内，细菌疗法候选菌的平均丰度大于0.001％。
[0033] 图9：细菌疗法候选菌在贫血症和疾病状态中被消耗。
[0034] 与其在健康微生物群中的相对丰度相比，绘制了疾病和生态失调状态中每种细菌疗法候选菌的相对丰度的平均倍数变化。还包括大肠杆菌(Escherichia coli)(生态失调
的标志物)用于比较。细菌的相对丰度是指由所讨论的细菌代表的总微生物群的比例。
的标志物)用于比较。细菌的相对丰度是指由所讨论的细菌代表的总微生物群的比例。
[0035] 图10展示了如何在覆盖测定中测量细菌疗法候选菌周围的清除区域。图10显示了YCFA琼脂平板的一部分，其上的细菌疗法候选菌以X形划线并允许其生长。在细菌疗法候选菌生长后，用包含艰难梭菌和大肠杆菌的覆盖琼脂包覆平板。通过确定在平板上生长的细
菌疗法候选菌周围的清除区域的宽度来测量细菌疗法候选菌对艰难梭菌和大肠杆菌生长
的抑制。图10中的黑色对角线表示作为示例性细菌疗法候选菌的清除区域的宽度测量和记
录的距离。每个板进行四次这样的测量。
菌疗法候选菌周围的清除区域的宽度来测量细菌疗法候选菌对艰难梭菌和大肠杆菌生长
的抑制。图10中的黑色对角线表示作为示例性细菌疗法候选菌的清除区域的宽度测量和记
录的距离。每个板进行四次这样的测量。
[0036] 图11显示了艰难梭菌和大肠杆菌生长覆盖测定的结果，以确定细菌疗法候选菌的抗病原体活性。如图10所示，用尺子测量清除区域。进行毫米(mm)测量。图11显示了代表性实验的平均测量值±标准偏差。
[0037] 图12显示了艰难梭菌和大肠杆菌生长抑制测定的结果，以确定细菌疗法候选菌的抗病原体活性。图12A显示在18.17h时间点，细菌疗法候选菌培养物的无细胞上清液(CFS)
中艰难梭菌降低的相对生长，而图12B显示来自候选细菌疗法分离株的CFS中的降低的相对
大肠杆菌生长。对照YCFA培养基中任一病原体的相对生长都很高(在18.17小时的时间点，
艰难梭菌＝8.96±0.39相对生长单位；大肠杆菌11.61±2.55相对生长单位)。当来自细菌
疗法候选菌培养物的CFS中任一病原体的相对生长的平均值和两个标准偏差在18.17h时间
点比YCFA中的平均生长低两个以上标准偏差时，病原体的生长被认为是抑制的。只有一个
相对增长值可用于特定CFS(相比于艰难梭菌，图12A：HMI 15，HMI 26，HMI 27，HMI 28)，如果艰难梭菌的相对生长比YCFA液体培养基中艰难梭菌的平均生长低两个标准偏差，则细菌
疗法候选菌被认为是抑制性的。仅显示抑制性CFS的结果。
中艰难梭菌降低的相对生长，而图12B显示来自候选细菌疗法分离株的CFS中的降低的相对
大肠杆菌生长。对照YCFA培养基中任一病原体的相对生长都很高(在18.17小时的时间点，
艰难梭菌＝8.96±0.39相对生长单位；大肠杆菌11.61±2.55相对生长单位)。当来自细菌
疗法候选菌培养物的CFS中任一病原体的相对生长的平均值和两个标准偏差在18.17h时间
点比YCFA中的平均生长低两个以上标准偏差时，病原体的生长被认为是抑制的。只有一个
相对增长值可用于特定CFS(相比于艰难梭菌，图12A：HMI 15，HMI 26，HMI 27，HMI 28)，如果艰难梭菌的相对生长比YCFA液体培养基中艰难梭菌的平均生长低两个标准偏差，则细菌
疗法候选菌被认为是抑制性的。仅显示抑制性CFS的结果。
[0038] 图13显示了在生长覆盖和生长抑制测定中获得的结果的总结。细菌分离物显示在大肠杆菌(AIEC)覆盖测定，艰难梭菌覆盖测定和艰难梭菌与大肠杆菌生长测定中具有抑制
活性。在重叠区域中显示了在两种或更多种测定中显示抑制活性的细菌分离物。细菌分离
物以其分离物编号表示。有关所列细菌分离物的详细信息，请参阅表1。
活性。在重叠区域中显示了在两种或更多种测定中显示抑制活性的细菌分离物。细菌分离
物以其分离物编号表示。有关所列细菌分离物的详细信息，请参阅表1。
[0039] 图14：树形图和条形图，其显示图14中在FMT后3个月在供体和受体中所示的每个属的相对丰度。树状图根据样品中存在的微生物群落的系统发生关系聚类样品。当在FMT后的属级评估时，供体和受体谱的组成相似。
[0040] 详细说明
[0041] 本文公开的细菌是从人粪便样品中获得的，因此天然存在于至少一些健康人类个体的胃肠道中。然而，发明人首次体外培养了这些细菌，从而将它们以纯的形式从它们的环境中分离出来，并使它们可以包含在治疗组合物中作为确定的活性成分。因此分离了存在
于本发明治疗组合物中的细菌。换句话说，存在于治疗组合物中的细菌以分离的和/或纯化的形式提供，例如，从其通常存在的环境例如胃肠道和/或粪便样品中分离和/或纯化。存在于治疗组合物中的分离的细菌可以是基本上纯的或均匀的形式。例如，细菌可以是不含或
基本上不含与其通常存在的环境(例如胃肠道和/或粪便样品)中一起发现的物质。
于本发明治疗组合物中的细菌。换句话说，存在于治疗组合物中的细菌以分离的和/或纯化的形式提供，例如，从其通常存在的环境例如胃肠道和/或粪便样品中分离和/或纯化。存在于治疗组合物中的分离的细菌可以是基本上纯的或均匀的形式。例如，细菌可以是不含或
基本上不含与其通常存在的环境(例如胃肠道和/或粪便样品)中一起发现的物质。
[0042] 存在于本发明治疗组合物中的细菌优选是人肠细菌，即在人肠中发现的细菌。其16S rRNA基因序列如SEQ ID NO 1至51所示的细菌都是肠道细菌。
[0043] 细菌优选是非致病性细菌。换句话说，当施用给所述个体，特别是所述个体的胃肠道时，所述细菌优选地不会在健康的人类个体中引起疾病。如本文其他地方更详细描述的，治疗组合物可以多种方式施用于个体，包括片剂或灌肠剂的形式。
[0044] 存在于本发明治疗组合物中的细菌优选易感于一种或多种抗生素治疗。换句话说，细菌优选不耐受至少一种抗生素的治疗。这允许在施用给个体的治疗组合物中包含的
一种或多种细菌与预期相反引起个体疾病的情况下对个体进行抗生素治疗。本文公开的所
有51种细菌均未发现携带对以下抗生素具有抗性的已知基因：β-内酰胺类，夫西地酸
(fusidic acid)，阿尔法霉素(elfamycin)，氨基糖苷类，磷霉素(fosfomycin)和衣霉素
(tunicamycin)。因此，在优选的实施方案中，细菌易感于一种或多种选自由以下组成的组的抗生素治疗：β-内酰胺，夫西地酸，阿尔法霉素，氨基糖苷，磷霉素和衣霉素。用于筛选抗生素抗性细菌的体外和计算机模拟方法是本领域已知的。示例性的计算机模拟方法也在实
施例1中描述。
一种或多种细菌与预期相反引起个体疾病的情况下对个体进行抗生素治疗。本文公开的所
有51种细菌均未发现携带对以下抗生素具有抗性的已知基因：β-内酰胺类，夫西地酸
(fusidic acid)，阿尔法霉素(elfamycin)，氨基糖苷类，磷霉素(fosfomycin)和衣霉素
(tunicamycin)。因此，在优选的实施方案中，细菌易感于一种或多种选自由以下组成的组的抗生素治疗：β-内酰胺，夫西地酸，阿尔法霉素，氨基糖苷，磷霉素和衣霉素。用于筛选抗生素抗性细菌的体外和计算机模拟方法是本领域已知的。示例性的计算机模拟方法也在实
施例1中描述。
[0045] 包含在本发明治疗组合物中的细菌优选不包含一种或多种编码一种或多种毒力因子的基因和/或优选不产生一种或多种毒力因子。在这种情况下，毒力因子是增强细菌在个体中引起疾病的可能性的特性。毒力因子包括细菌毒素(例如细菌的内毒素和外毒素)的
产生，以及可能有助于细菌致病性的水解酶的产生。用于针对编码毒力因子的基因筛选细
菌的方法是本领域已知的，并且包括实施例1中描述的计算机模拟方法。使用计算机模拟分析发现本文公开的51种细菌不携带任何已知的毒力因子。用于针对产生毒力因子筛选细菌
的方法在本领域中类似地已知。
产生，以及可能有助于细菌致病性的水解酶的产生。用于针对编码毒力因子的基因筛选细
菌的方法是本领域已知的，并且包括实施例1中描述的计算机模拟方法。使用计算机模拟分析发现本文公开的51种细菌不携带任何已知的毒力因子。用于针对产生毒力因子筛选细菌
的方法在本领域中类似地已知。
[0046] 可以基于编码细菌中的16S核糖体RNA(rRNA)的基因的序列对细菌进行分类学分类。该基因序列也称为核糖体DNA序列(rDNA)。包含编码16S rRNA的基因的细菌属于与第二细菌相同的科，所述16S rRNA与由所述第二细菌编码的16S rRNA具有90％或更高的序列同
一性。包含编码16S rRNA的基因的细菌属于与第二细菌相同的属，所述16S rRNA与由所述
第二细菌编码的16S rRNA具有95％或更高的序列同一性。包含编码16S rRNA的基因的细菌
属于与第二细菌相同的物种，所述16S rRNA与由所述第二细菌编码的16S rRNA具有97％或
更多，或98.7％或更多序列同一性。包含在本发明治疗组合物中的细菌可以是与本文公开
的细菌属于同一科，属和/或物种的细菌。
一性。包含编码16S rRNA的基因的细菌属于与第二细菌相同的属，所述16S rRNA与由所述
第二细菌编码的16S rRNA具有95％或更高的序列同一性。包含编码16S rRNA的基因的细菌
属于与第二细菌相同的物种，所述16S rRNA与由所述第二细菌编码的16S rRNA具有97％或
更多，或98.7％或更多序列同一性。包含在本发明治疗组合物中的细菌可以是与本文公开
的细菌属于同一科，属和/或物种的细菌。
[0047] 预期属于与本文公开的细菌相同的科，属和/或物种的细菌保留所公开的细菌的一种或多种性质。因此，在优选的实施方案中，存在于本发明的治疗组合物中的细菌属于与本文公开的细菌相同的可，属和/或物种，并保留本文公开的细菌的至少一种性质。描述了本文公开的细菌的各种性质，包括例如缺乏一种或多种毒力因子的产生，易感于一种或多
种抗生素治疗和缺乏致病性。
种抗生素治疗和缺乏致病性。
[0048] 本发明的治疗组合物可包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与SEQ ID NO 1至51任一个所示的序列具有至少90％，至少
91％，至少92％，至少93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少
98.7％，至少99％或100％序列同一性的序列。
91％，至少92％，至少93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少
98.7％，至少99％或100％序列同一性的序列。
[0049] 例如，本发明的治疗组合物可包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与SEQ ID NO 1至51任一个所示的序列具有至少90％
序列同一性的序列。在优选的实施方案中，治疗组合物包含分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，并且其中所述基因包含与SEQ ID NO：1所示序列具有至少90％序列
同一性的序列。另外地，或备选地，治疗组合物可包含分离的细菌，其中所述细菌包含编码
16S rRNA的基因，并且其中所述基因包含与SEQ ID NO 21所示序列具有至少90％序列同一
性的序列。
序列同一性的序列。在优选的实施方案中，治疗组合物包含分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，并且其中所述基因包含与SEQ ID NO：1所示序列具有至少90％序列
同一性的序列。另外地，或备选地，治疗组合物可包含分离的细菌，其中所述细菌包含编码
16S rRNA的基因，并且其中所述基因包含与SEQ ID NO 21所示序列具有至少90％序列同一
性的序列。
[0050] 另外地或备选地，治疗组合物可包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与SEQ ID NO 1至51任一个所示的序列具有至少
95％序列同一性的序列。在优选的实施方案中，治疗组合物包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，并且其中所述基因包含与SEQ ID NO 2至20，或22至51任一个所示的序列，更优选与SEQ ID NO 5，6，11，13，14，15，17，18，19，20，22，23，24，26，
29，33，35，41，43，45，46，47，49，或50任一个所示的序列，又更优选与SEQ ID NO 5，6，11，
13，15，19，22，23，29，33，35，41，43，45，46，或50任一个所示的序列具有至少95％序列同一性的序列
95％序列同一性的序列。在优选的实施方案中，治疗组合物包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，并且其中所述基因包含与SEQ ID NO 2至20，或22至51任一个所示的序列，更优选与SEQ ID NO 5，6，11，13，14，15，17，18，19，20，22，23，24，26，
29，33，35，41，43，45，46，47，49，或50任一个所示的序列，又更优选与SEQ ID NO 5，6，11，
13，15，19，22，23，29，33，35，41，43，45，46，或50任一个所示的序列具有至少95％序列同一性的序列
[0051] 另外地或备选地，治疗组合物可包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与SEQ ID NO 1至51任一个所示的序列具有至少
97％或至少98.7％序列同一性的序列。在优选的实施方案中，治疗组合物包含至少一种分
离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，并且其中所述基因包含与SEQ ID NO 2至20，或22至51，更优选与SEQ ID NO 2至3，5至8，10至20，22至26，29至37，或39至50任一所示序列，又更优选与SEQ ID NO 3，5至8，10至13，15，16，19，22，23，29，32至37，39至46，或48至50任一所示序列具有至少97％序列同一性的序列。在备选的优选的实施方案中，治疗组
合物可包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，并且其中所述
基因包含与SEQ ID NO 2至20，或22至51，更优选与SEQ ID NO 2至4，5至20，22至26，29至37至51任一所示序列，又更优选与SEQ ID NO 2至8，10至13，15，16，17，19，20，22，23，29，31，
32至37至46，或48至51任一所示序列具有至少98.7％序列同一性的序列。
97％或至少98.7％序列同一性的序列。在优选的实施方案中，治疗组合物包含至少一种分
离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，并且其中所述基因包含与SEQ ID NO 2至20，或22至51，更优选与SEQ ID NO 2至3，5至8，10至20，22至26，29至37，或39至50任一所示序列，又更优选与SEQ ID NO 3，5至8，10至13，15，16，19，22，23，29，32至37，39至46，或48至50任一所示序列具有至少97％序列同一性的序列。在备选的优选的实施方案中，治疗组
合物可包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，并且其中所述
基因包含与SEQ ID NO 2至20，或22至51，更优选与SEQ ID NO 2至4，5至20，22至26，29至37至51任一所示序列，又更优选与SEQ ID NO 2至8，10至13，15，16，17，19，20，22，23，29，31，
32至37至46，或48至51任一所示序列具有至少98.7％序列同一性的序列。
[0052] 如上所述，在优选的实施方案中，本发明的治疗组合物可包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：21所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。另外地，或备选地，治疗组合物可包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与SEQ
ID NO 29所示序列具有至少91％序列同一性的序列。另外地或备选地，治疗组合物可包含
至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与SEQ
ID NO 6，11，19或24任一个所示的序列具有至少92％序列同一性的序列。另外地或备选地，治疗组合物可包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所
述基因包含与SEQ ID NO 13，22，26或35任一个所示的序列具有至少93％序列同一性的序
列。另外地或备选地，治疗组合物可包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与SEQ ID NO 5，14，15，17，18，23，或50任一个所示的序列具有至少94％序列同一性的序列。另外地或备选地，治疗组合物可包含至少一种分离的细
菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与SEQ ID NO 20，33，41，
43，45，46，47，或49任一个所示的序列具有至少95％序列同一性的序列。另外地或备选地，治疗组合物可包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所
述基因包含与SEQ ID NO 2，7，8，10，12，30，32，39，42，44，或48任一个所示的序列具有至少
96％序列同一性的序列。另外地或备选地，治疗组合物可包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述暴因包含与SEQ ID NO 3，16，25，31，34，36，37，或40任一个所示的序列具有至少97％序列同一性的序列。另外地或备选地，治疗组合物可
包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与
SEQ ID NO 4或9任一个所示的序列具有至少98％序列同一性的序列。另外地或备选地，治
疗组合物可包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述
基因包含与SEQ ID NO 27，28，38或51任一个所示的序列具有至少99％序列同一性的序列。
ID NO 29所示序列具有至少91％序列同一性的序列。另外地或备选地，治疗组合物可包含
至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与SEQ
ID NO 6，11，19或24任一个所示的序列具有至少92％序列同一性的序列。另外地或备选地，治疗组合物可包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所
述基因包含与SEQ ID NO 13，22，26或35任一个所示的序列具有至少93％序列同一性的序
列。另外地或备选地，治疗组合物可包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与SEQ ID NO 5，14，15，17，18，23，或50任一个所示的序列具有至少94％序列同一性的序列。另外地或备选地，治疗组合物可包含至少一种分离的细
菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与SEQ ID NO 20，33，41，
43，45，46，47，或49任一个所示的序列具有至少95％序列同一性的序列。另外地或备选地，治疗组合物可包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所
述基因包含与SEQ ID NO 2，7，8，10，12，30，32，39，42，44，或48任一个所示的序列具有至少
96％序列同一性的序列。另外地或备选地，治疗组合物可包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述暴因包含与SEQ ID NO 3，16，25，31，34，36，37，或40任一个所示的序列具有至少97％序列同一性的序列。另外地或备选地，治疗组合物可
包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与
SEQ ID NO 4或9任一个所示的序列具有至少98％序列同一性的序列。另外地或备选地，治
疗组合物可包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述
基因包含与SEQ ID NO 27，28，38或51任一个所示的序列具有至少99％序列同一性的序列。
[0053] 更优选地，本发明的治疗组合物可包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：21所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。另外地或备选地，治疗组合物可包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与SEQ ID NO 6或11任一个所示
的序列具有至少92％序列同一性的序列。另外地，或备选地，治疗组合物可包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与SEQ ID NO 35所
示序列具有至少93％序列同一性的序列。另外地或备选地，治疗组合物可包含至少一种分
离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与SEQ ID NO 5，19，
22，23，或50任一个所示的序列具有至少94％序列同一性的序列。另外地或备选地，治疗组合物可包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因
包含与SEQ ID NO 13，15，29，33，41，43，45，或46任一个所示的序列具有至少95％序列同一性的序列。另外地或备选地，治疗组合物可包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与SEQ ID NO 7，12，32，39，42，或44任一个所示的序列具有至少96％序列同一性，与SEQ ID NO 3，8，10，16，34，36，37，40，48，或49任一个所示的序列具有至少97％序列同一性的序列。另外地或备选地，治疗组合物可包含至少一种分
离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与SEQ ID NO 4，9，
17或31任一个所示的序列具有至少98％序列同一性的序列。另外地或备选地，治疗组合物
可包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含
与SEQ ID NO 2，20，38或51任一个所示的序列具有至少99％序列同一性的序列。另外地或备选地，治疗组合物可包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与SEQ ID NO 14，18，24，25，26，27，28，30，或47任一个所示的序列具有
100％序列同一性的序列。
的序列具有至少92％序列同一性的序列。另外地，或备选地，治疗组合物可包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与SEQ ID NO 35所
示序列具有至少93％序列同一性的序列。另外地或备选地，治疗组合物可包含至少一种分
离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与SEQ ID NO 5，19，
22，23，或50任一个所示的序列具有至少94％序列同一性的序列。另外地或备选地，治疗组合物可包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因
包含与SEQ ID NO 13，15，29，33，41，43，45，或46任一个所示的序列具有至少95％序列同一性的序列。另外地或备选地，治疗组合物可包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与SEQ ID NO 7，12，32，39，42，或44任一个所示的序列具有至少96％序列同一性，与SEQ ID NO 3，8，10，16，34，36，37，40，48，或49任一个所示的序列具有至少97％序列同一性的序列。另外地或备选地，治疗组合物可包含至少一种分
离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与SEQ ID NO 4，9，
17或31任一个所示的序列具有至少98％序列同一性的序列。另外地或备选地，治疗组合物
可包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含
与SEQ ID NO 2，20，38或51任一个所示的序列具有至少99％序列同一性的序列。另外地或备选地，治疗组合物可包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与SEQ ID NO 14，18，24，25，26，27，28，30，或47任一个所示的序列具有
100％序列同一性的序列。
[0054] 序列同一性通常参考算法GAP(Wisconsin GCG package，Accelerys Inc，San Diego USA)定义。GAP使用Needleman和Wunsch算法来对齐两个完整序列，以最大化匹配数
并最小化缺口数。通常，使用默认参数，缺口创建罚分＝12且缺口延伸罚分＝4。可以使用适合于核苷酸序列比对的其他算法(例如BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)(其
使用Altschul等.(1990)J.MoI.Biol.215：405-410的方法)，FASTA(其使用Pearson和
Lipman(1988)PNAS USA 85：2444-2448的方法)，Smith-Waterman算法(Smith和Waterman
(1981)J.MoI Biol.147：195-197)，TBLASTN程序(Altschul等.(1990)同上)，或psi-Blast算法(Nucl.Acids Res.(1997)253389-3402)，这些通常采用默认参数)来代替GAP。特别地，可以使用BLAST，优选使用默认参数。
并最小化缺口数。通常，使用默认参数，缺口创建罚分＝12且缺口延伸罚分＝4。可以使用适合于核苷酸序列比对的其他算法(例如BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)(其
使用Altschul等.(1990)J.MoI.Biol.215：405-410的方法)，FASTA(其使用Pearson和
Lipman(1988)PNAS USA 85：2444-2448的方法)，Smith-Waterman算法(Smith和Waterman
(1981)J.MoI Biol.147：195-197)，TBLASTN程序(Altschul等.(1990)同上)，或psi-Blast算法(Nucl.Acids Res.(1997)253389-3402)，这些通常采用默认参数)来代替GAP。特别地，可以使用BLAST，优选使用默认参数。
[0055] 序列比对算法，例如BLAST，计算查询序列和主题序列之间的相似性得分。查询序列与主题序列的序列同一性可以取决于与主题序列重叠所需的查询序列的百分比。这也称
为查询覆盖。在优选的实施方案中，存在于本发明的治疗组合物中的分离的细菌包含编码
16S rRNA的基因，其中所述基因包含序列，其(除了指定的序列同一性)还具有至少98％，至少99％，或100％，优选至少98％的查询覆盖率。查询覆盖率是指所述序列的百分比，其与具有指定序列同一性的序列例如SEQ ID NO：1重叠。例如，存在于治疗组合物中的细菌可包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与SEQ ID NO 1至51任一个所示的序列具有至少
90％序列同一性并且具有至少98％查询覆盖率的序列。
为查询覆盖。在优选的实施方案中，存在于本发明的治疗组合物中的分离的细菌包含编码
16S rRNA的基因，其中所述基因包含序列，其(除了指定的序列同一性)还具有至少98％，至少99％，或100％，优选至少98％的查询覆盖率。查询覆盖率是指所述序列的百分比，其与具有指定序列同一性的序列例如SEQ ID NO：1重叠。例如，存在于治疗组合物中的细菌可包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与SEQ ID NO 1至51任一个所示的序列具有至少
90％序列同一性并且具有至少98％查询覆盖率的序列。
[0056] 更优选地，本发明的治疗组合物可以包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌是根据《国际承认用于专利程序的微生物保存布达佩斯条约》(Budapest Treaty on the
International Recognition of the Deposit of Microorganisms for the Purposes
of Patent Procedures)保藏在德国微生物和细胞培养物保藏中心(Leibniz-Institut
DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH)(DSMZ)
(Inhoffenstr.7B，38124Braunschweig，Genome Research Limited)的细菌，登录号如下表
1所列。具体地，本发明的治疗组合物可以包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌是根据布达佩斯条约保藏在DSMZ的细菌，其具有以下列登录号之一(保藏的每种细菌的DSMZ保藏
日期是在登录号后的括号内标明)：DSM32191(2015年10月27日)，DSM32147(2015年9月23
日)，DSM32149(2015年9月23日)，DSM32175(2015年10月6日)，DSM32153(2015年10月27日)，DSM32152(2015年9月23日)，DSM32158(2015年9月23日)，DSM32192(2015年10月27日)，
DSM32148(2015年9月23日)，DSM32166(2015年10月6日)，DSM32151(2015年9月23日)，
DSM32150(2015年9月23日)，DSM32193(2015年10月27日)，DSM32162(2015年10月6日)，
DSM32194(2015年10月27日)，DSM32163(2015年10月6日)，DSM32205(2016年3月1日)，
DSM32195(2015年10月27日)，DSM32164(2015年10月6日)，DSM32177(2015年10月13日)，
DSM32167(2015年10月6日)，DSM32165(2015年10月6日)，DSM32169(2015年10月6日)，
DSM32168(2015年10月6日)，DSM32178(2015年10月13日)，DSM32182(2015年10月13日)，
DSM32179(2015年10月13日)，DSM32180(2015年10月13日)，DSM32184(2015年10月13日)，
DSM32181(2015年10月13日)，DSM32183(2015年10月13日)，DSM 32262(2016年2月2日)，
DSM32211(2015年12月2日)，DSM 32219(2015年12月8日)，DSM 32222(2015年12月8日)，DSM
32261(2016年2月2日)，DSM32212(2015年12月2日)，DSM32220(2015年12月8日)，DSM32213(2015年12月2日)，DSM 32226(2015年12月8日)，DSM32215(2015年12月2日)，DSM32216
(2015年12月2日)，DSM 32217(2016年2月2日)，DSM32221(2015年12月8日)，DSM32218(2015年12月2日)，DSM 32224(2015年12月8日)，DSM 32214(2015年12月2日)，DSM 32263(2016年
2月2日)，DSM 32223(2015年12月8日)，DSM 32225(2015年12月8日)和DSM 32265(2016年2
月10日)。保藏的细菌的推定属和种名称以及它们的已知特征列于下表1中。
International Recognition of the Deposit of Microorganisms for the Purposes
of Patent Procedures)保藏在德国微生物和细胞培养物保藏中心(Leibniz-Institut
DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH)(DSMZ)
(Inhoffenstr.7B，38124Braunschweig，Genome Research Limited)的细菌，登录号如下表
1所列。具体地，本发明的治疗组合物可以包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌是根据布达佩斯条约保藏在DSMZ的细菌，其具有以下列登录号之一(保藏的每种细菌的DSMZ保藏
日期是在登录号后的括号内标明)：DSM32191(2015年10月27日)，DSM32147(2015年9月23
日)，DSM32149(2015年9月23日)，DSM32175(2015年10月6日)，DSM32153(2015年10月27日)，DSM32152(2015年9月23日)，DSM32158(2015年9月23日)，DSM32192(2015年10月27日)，
DSM32148(2015年9月23日)，DSM32166(2015年10月6日)，DSM32151(2015年9月23日)，
DSM32150(2015年9月23日)，DSM32193(2015年10月27日)，DSM32162(2015年10月6日)，
DSM32194(2015年10月27日)，DSM32163(2015年10月6日)，DSM32205(2016年3月1日)，
DSM32195(2015年10月27日)，DSM32164(2015年10月6日)，DSM32177(2015年10月13日)，
DSM32167(2015年10月6日)，DSM32165(2015年10月6日)，DSM32169(2015年10月6日)，
DSM32168(2015年10月6日)，DSM32178(2015年10月13日)，DSM32182(2015年10月13日)，
DSM32179(2015年10月13日)，DSM32180(2015年10月13日)，DSM32184(2015年10月13日)，
DSM32181(2015年10月13日)，DSM32183(2015年10月13日)，DSM 32262(2016年2月2日)，
DSM32211(2015年12月2日)，DSM 32219(2015年12月8日)，DSM 32222(2015年12月8日)，DSM
32261(2016年2月2日)，DSM32212(2015年12月2日)，DSM32220(2015年12月8日)，DSM32213(2015年12月2日)，DSM 32226(2015年12月8日)，DSM32215(2015年12月2日)，DSM32216
(2015年12月2日)，DSM 32217(2016年2月2日)，DSM32221(2015年12月8日)，DSM32218(2015年12月2日)，DSM 32224(2015年12月8日)，DSM 32214(2015年12月2日)，DSM 32263(2016年
2月2日)，DSM 32223(2015年12月8日)，DSM 32225(2015年12月8日)和DSM 32265(2016年2
月10日)。保藏的细菌的推定属和种名称以及它们的已知特征列于下表1中。
[0057] 更优选地，本发明的治疗组合物包含至少一种分离的细菌，其中所述细菌是根据布达佩斯条约在DSMZ保藏的具有以下登录号之一的细菌：DSM32191和DSM32177。另外地或
备选地，治疗组合物可包含至少一种分离的细菌，其中细菌是根据布达佩斯条约在DSMZ保
藏的具有以下登录号之一的细菌：DSM32153，DSM32152，DSM32151，DSM32193，DSM32162，DSM32194，DSM32205，DSM32195，DSM32164，DSM32177，DSM32165，DSM32169，DSM32168，DSM32182，DSM32184，DSM32211，DSM32222，DSM32215，DSM32217，DSM32218，DSM32224，DSM32214，DSM32223，和DSM32225；更优选地，具有以下列登录号之一的细菌：DSM32153，DSM32152，DSM32151，DSM32193，DSM32194，DSM32164，DSM32165，DSM32169，DSM32184，DSM32211，DSM32222，DSM32215，DSM32217，DSM32218，DSM32224，和DSM32225。
备选地，治疗组合物可包含至少一种分离的细菌，其中细菌是根据布达佩斯条约在DSMZ保
藏的具有以下登录号之一的细菌：DSM32153，DSM32152，DSM32151，DSM32193，DSM32162，DSM32194，DSM32205，DSM32195，DSM32164，DSM32177，DSM32165，DSM32169，DSM32168，DSM32182，DSM32184，DSM32211，DSM32222，DSM32215，DSM32217，DSM32218，DSM32224，DSM32214，DSM32223，和DSM32225；更优选地，具有以下列登录号之一的细菌：DSM32153，DSM32152，DSM32151，DSM32193，DSM32194，DSM32164，DSM32165，DSM32169，DSM32184，DSM32211，DSM32222，DSM32215，DSM32217，DSM32218，DSM32224，和DSM32225。
[0058] 备选地，本发明的治疗组合物可包含至少一种分离的细菌，所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与编码上述保藏的细菌中的16S rRNA的基因的序列具有至少90％，至少91％，至少92％，至少93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少
98％，至少98.7％，至少99％或100％序列同一性的序列。
98％，至少98.7％，至少99％或100％序列同一性的序列。
[0059] 本发明的治疗组合物可包含至少一种，至少两种，至少三种，至少四种，至少五种，至少六种，至少七种，至少八种，至少九种，至少十种，至少十一种，至少十二种，至少十三种，至少十四种，至少十五种，至少十六种，至少十七种，至少十八种，至少十九种，至少十九种，至少二十种，至少二十一种，至少二十二种，至少二十三种，至少二十四种，至少二十五种，至少二十六种，至少二十七种，至少二十八种，至少二十九种，至少三十种，至少三十一种，至少三十二种，至少三十三种，至少三十四种，至少三十五种，至少三十六种，至少三十七种，至少三十八种，至少三十九种，至少四十种，至少四十一种，至少四十二种，至少四十三种，至少四十四种，至少四十五种，至少四十六种，至少四十七种，至少四十八种，至少四十九种，至少五十种，或至少五十一种如本文所公开的细菌。
[0060] 本发明的治疗组合物可包含一种，多达两种，多达三种，多达四种，多达五种，多达六种，多达七种，多达八种，多达九种，多达十种，多达十一种，多达十二种，多达十三种，多达十四种，多达十五种，多达十六种，多达十七种，多达十八种，多达十九种，多达十九种，多达二十种，多达二十一种，多达二十二种，多达二十三种，多达二十四种，多达二十五种，多达二十六种，多达二十七种，多达二十八种，多达二十九种，多达三十种，多达三十一种，多达三十二种，多达三十三种，多达三十四种，多达三十五种，多达三十六种，多达三十七种，多达三十八种，多达三十九种，多达四十种，多达四十一种，多达四十二种，多达四十三种，多达四十四种，多达四十五种，多达四十六种，多达四十七种，多达四十七种，多达四十八种，多达四十九种，多达五十种，或多达五十一种如本文所公开的细菌。优选地，本发明的治疗组合物包含多达20种，优选多达10种如本文所公开的细菌。
[0061] 当治疗组合物包含一种以上分离的细菌时，分离的细菌优选是不同的。“不同”可以指编码不同16S rRNA序列的分离的细菌。
[0062] 本发明的治疗组合物可包含至少一种形成孢子的分离的细菌。这种细菌也称为孢子形成型细菌。孢子是代谢休眠的结构，其对环境损害具有弹性，并且在遇到不利条件时被某些细菌用作存活策略。从乙醇处理的样品中分离出细菌疗法候选菌HMI_1，HMI_2，HMI_4，HMI_6，HMI_10，HMI_15，HMI_17，HMI_21，HMI_22，HMI_33，HMI_36，HMI_37，HMI_38，HMI_44，HMI_47，HMI_48，HMI_50，HMI_51和HMI_52并且因此预期其能够形成孢子。此外，HMI_3，HMI_
7，HMI_8，HMI_16，HMI_18，HMI_19，HMI_24，HMI_25，HMI_26，HMI_27，HMI_28，HMI_29，HMI_
30，HMI_34，HMI_41和HMI_46预期将是基于系统发生分析的孢子形成者。
7，HMI_8，HMI_16，HMI_18，HMI_19，HMI_24，HMI_25，HMI_26，HMI_27，HMI_28，HMI_29，HMI_
30，HMI_34，HMI_41和HMI_46预期将是基于系统发生分析的孢子形成者。
[0063] 因此，本发明的治疗组合物可包含至少一种，至少两种，至少三种，至少四种，至少五种，至少六种，至少七种，至少八种，至少九种，至少十种，至少十一种，至少十二种，至少十三种，至少十四种，至少十五种，至少十六种，至少十七种，至少十八种，至少十九种，至少二十种，至少二十一种，至少二十二种，至少二十三种，至少二十四种，至少二十五种，至少二十六种，至少二十七种，至少二十八种，至少二十九种，至少三十种，至少三十一种，至少三十二种，至少三十三种，至少三十四种，或至少三十五种分离的产生孢子的细菌。在一个实施方案中，治疗组合物中的细菌可以由形成孢子的细菌组成。
[0064] 因此，形成孢子的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO 1，2，3，4，6，7，8，10，14，15，16，17，18，20，21，23，24，25，26，27，
28，29，32，33，35，36，37，40，43，45，46，47，49，50，或51任一个所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。备选地，形成孢子的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的
细菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO 1，2，4，6，10，14，16，20，21，32，35，36，37，43，46，47，
49，50，或51任一个所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
28，29，32，33，35，36，37，40，43，45，46，47，49，50，或51任一个所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。备选地，形成孢子的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的
细菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO 1，2，4，6，10，14，16，20，21，32，35，36，37，43，46，47，
49，50，或51任一个所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
[0065] 形成孢子的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO 1，2，3，4，6，7，8，10，14，15，16，17，18，20，21，23，24，25，26，27，28，29，
32，33，35，36，37，40，43，45，46，47，49，50，或51任一个所示的序列具有至少91％，至少
92％，至少93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少98.7％，至少
99％或100％序列同一性的序列。备选地，形成孢子的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA
(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO 1，2，4，6，10，14，16，20，21，32，35，
36，37，43，46，47，49，50，或51任一个所示的序列具有至少91％，至少92％，至少93％，至少
94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少98.7％，至少99％或100％序列同一性的序列。
32，33，35，36，37，40，43，45，46，47，49，50，或51任一个所示的序列具有至少91％，至少
92％，至少93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少98.7％，至少
99％或100％序列同一性的序列。备选地，形成孢子的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA
(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO 1，2，4，6，10，14，16，20，21，32，35，
36，37，43，46，47，49，50，或51任一个所示的序列具有至少91％，至少92％，至少93％，至少
94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少98.7％，至少99％或100％序列同一性的序列。
[0066] 优选地，形成孢子的细菌是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO 1或SEQ ID NO 21所示的序列具有至少90％序列同一性和/或与
SEQ ID NO 2，3，4，6，7，8，10，14，15，16，17，18，20，23，24，25，26，27，28，29，32，33，35，36，
37，40，43，45，46，47，49，50，或51任一个所示的序列具有至少91％，至少92％，至少93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少98.7％，至少99％或100％的序列同一性的序列。更优选地，形成孢子的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的细
菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO 1或SEQ ID NO 21所示的序列具有至少90％序列同一
性和/或与SEQ ID NO 2，4，6，10，14，16，20，32，35，36，37，43，46，47，49，50，或51任一个所示的序列具有至少91％，至少92％，至少93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少98.7％，至少99％或100％的序列同一性的序列。
SEQ ID NO 2，3，4，6，7，8，10，14，15，16，17，18，20，23，24，25，26，27，28，29，32，33，35，36，
37，40，43，45，46，47，49，50，或51任一个所示的序列具有至少91％，至少92％，至少93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少98.7％，至少99％或100％的序列同一性的序列。更优选地，形成孢子的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的细
菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO 1或SEQ ID NO 21所示的序列具有至少90％序列同一
性和/或与SEQ ID NO 2，4，6，10，14，16，20，32，35，36，37，43，46，47，49，50，或51任一个所示的序列具有至少91％，至少92％，至少93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少98.7％，至少99％或100％的序列同一性的序列。
[0067] 更优选地，形成孢子的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：21所示的序列具有至少90％序列同一性，与SEQ ID NO：29所示的序列具有至少92％序列同一性，与SEQ ID NO 6或24所示的序列具
有至少92％序列同一性，与SEQ ID NO 35或26所示的序列具有至少93％序列同一性，与SEQ ID NO 14，15，17，18，23，或50任一个所示的序列具有至少94％序列同一性，与SEQ ID NO
20，33，43，45，46，47，或49任一个所示的序列具有至少95％序列同一性，与SEQ ID NO 2，7，
8，10，或32任一个所示的序列具有至少96％序列同一性，与SEQ ID NO 3，16，25，36，37或40任一个所示的序列具有至少97％序列同一性，与SEQ ID NO 4所示的序列具有至少98％序
列同一性，或与SEQ ID NO 27，28，或51任一个所示的序列具有至少99％序列同一性的序
列。又更优选地，形成孢子的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：21所示的序列具有至少90％序列同一性，与SEQ ID NO：6所示的序列具有至少92％序列同一性，与SEQ ID NO：35所示的序列具有至少93％序列同一性，与SEQ ID NO 14或50任一个所示的序列具有至少94％序列同一性，与SEQ ID NO 20，43，46，47，或49任一个所示的序列具有至少95％序列同一性，与SEQ ID NO 2，10或
32任一个所示的序列具有至少96％序列同一性，与SEQ ID NO 16，36，或37任一个所示的序列具有至少97％序列同一性，与SEQ ID NO：4所示的序列具有至少98％序列同一性，或与
SEQ ID NO：51所示的序列具有至少99％序列同一性的序列。
有至少92％序列同一性，与SEQ ID NO 35或26所示的序列具有至少93％序列同一性，与SEQ ID NO 14，15，17，18，23，或50任一个所示的序列具有至少94％序列同一性，与SEQ ID NO
20，33，43，45，46，47，或49任一个所示的序列具有至少95％序列同一性，与SEQ ID NO 2，7，
8，10，或32任一个所示的序列具有至少96％序列同一性，与SEQ ID NO 3，16，25，36，37或40任一个所示的序列具有至少97％序列同一性，与SEQ ID NO 4所示的序列具有至少98％序
列同一性，或与SEQ ID NO 27，28，或51任一个所示的序列具有至少99％序列同一性的序
列。又更优选地，形成孢子的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：21所示的序列具有至少90％序列同一性，与SEQ ID NO：6所示的序列具有至少92％序列同一性，与SEQ ID NO：35所示的序列具有至少93％序列同一性，与SEQ ID NO 14或50任一个所示的序列具有至少94％序列同一性，与SEQ ID NO 20，43，46，47，或49任一个所示的序列具有至少95％序列同一性，与SEQ ID NO 2，10或
32任一个所示的序列具有至少96％序列同一性，与SEQ ID NO 16，36，或37任一个所示的序列具有至少97％序列同一性，与SEQ ID NO：4所示的序列具有至少98％序列同一性，或与
SEQ ID NO：51所示的序列具有至少99％序列同一性的序列。
[0068] 更优选地，形成孢子的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：21所示的序列具有至少90％序列同一性，与SEQ ID NO：6所示的序列具有至少92％序列同一性，与SEQ ID NO：35所示的序列具有至少93％序列同一性，与SEQ ID NO 23或50所示的序列具有至少94％序列同一性，与SEQ ID NO 15，29，33，43，45，或46任一个所示的序列具有至少95％序列同一性，与SEQ ID NO 7或
32所示的序列具有至少96％序列同一性，与SEQ ID NO 3，10，16，36，37，40或49任一个所示的序列具有至少97％序列同一性，与SEQ ID NO 4，8或17所示的序列具有至少98％序列同
一性，与SEQ ID NO 2，20，或51任一个所示的序列具有至少99％序列同一性，或与SEQ ID NO 14，18，25，26，27，28，或47任一个所示的序列具有100％序列同一性的序列。甚至更优选地，形成孢子的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包
含与SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：21所示的序列具有至少90％序列同一性，与SEQ ID NO：6所示的序列具有至少92％序列同一性，与SEQ ID NO：35所示的序列具有至少93％序列同一
性，与SEQ ID NO 50所示的序列具有至少94％序列同一性，与SEQ ID NO 43或46任一个所
示的序列具有至少95％序列同一性，与SEQ ID NO 32所示的序列具有至少96％序列同一
性，与SEQ ID NO 10，16，36，37或49任一个所示的序列具有至少97％序列同一性，与SEQ ID NO 4所示的序列具有至少98％序列同一性，与SEQ ID NO 2，20或51任一个所示的序列具有至少99％序列同一性，或与SEQ ID NO 14或47任一个所示的序列具有100％序列同一性的
序列。
32所示的序列具有至少96％序列同一性，与SEQ ID NO 3，10，16，36，37，40或49任一个所示的序列具有至少97％序列同一性，与SEQ ID NO 4，8或17所示的序列具有至少98％序列同
一性，与SEQ ID NO 2，20，或51任一个所示的序列具有至少99％序列同一性，或与SEQ ID NO 14，18，25，26，27，28，或47任一个所示的序列具有100％序列同一性的序列。甚至更优选地，形成孢子的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包
含与SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：21所示的序列具有至少90％序列同一性，与SEQ ID NO：6所示的序列具有至少92％序列同一性，与SEQ ID NO：35所示的序列具有至少93％序列同一
性，与SEQ ID NO 50所示的序列具有至少94％序列同一性，与SEQ ID NO 43或46任一个所
示的序列具有至少95％序列同一性，与SEQ ID NO 32所示的序列具有至少96％序列同一
性，与SEQ ID NO 10，16，36，37或49任一个所示的序列具有至少97％序列同一性，与SEQ ID NO 4所示的序列具有至少98％序列同一性，与SEQ ID NO 2，20或51任一个所示的序列具有至少99％序列同一性，或与SEQ ID NO 14或47任一个所示的序列具有100％序列同一性的
序列。
[0069] 更优选地，形成孢子的细菌可以是以如下登录号保藏于DSMZ的细菌：DSM32191，DSM32147，DSM32175，DSM32152，DSM32166，DSM32162，DSM32163，DSM32177，DSM32167，DSM
32262，DSM 32222，DSM 32261，DSM32212，DSM32217，DSM32224，DSM32214，DSM32223，DSM32225，DSM32265，DSM32149，DSM32158，DSM32192，DSM32194，DSM32205，DSM32195，DSM32169，DSM32168，DSM32178，DSM32182，DSM32179，DSM32180，DSM32211，DSM32226，或DSM32218。最优选地，形成孢子的细菌可以是以如下登录号保藏于DSMZ的细菌：DSM32191，DSM32147，DSM32175，DSM32152，DSM32166，DSM32162，DSM32163，DSM32177，DSM32167，DSM
32262，DSM 32222，DSM 32261，DSM32212，DSM32217，DSM32224，DSM32214，DSM32223，DSM32225，或DSM32265。备选地，本发明的治疗组合物可包含至少一种分离的形成孢子的细菌，所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与编码上述保藏的细菌中的16S rRNA的基因的序列具有至少90％，至少91％，至少92％，至少93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少98.7％，至少99％或100％序列同一性的序列。
32262，DSM 32222，DSM 32261，DSM32212，DSM32217，DSM32224，DSM32214，DSM32223，DSM32225，DSM32265，DSM32149，DSM32158，DSM32192，DSM32194，DSM32205，DSM32195，DSM32169，DSM32168，DSM32178，DSM32182，DSM32179，DSM32180，DSM32211，DSM32226，或DSM32218。最优选地，形成孢子的细菌可以是以如下登录号保藏于DSMZ的细菌：DSM32191，DSM32147，DSM32175，DSM32152，DSM32166，DSM32162，DSM32163，DSM32177，DSM32167，DSM
32262，DSM 32222，DSM 32261，DSM32212，DSM32217，DSM32224，DSM32214，DSM32223，DSM32225，或DSM32265。备选地，本发明的治疗组合物可包含至少一种分离的形成孢子的细菌，所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与编码上述保藏的细菌中的16S rRNA的基因的序列具有至少90％，至少91％，至少92％，至少93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少98.7％，至少99％或100％序列同一性的序列。
[0070] 存在于治疗组合物中的分离的细菌可以拮抗肠道细菌，抑制或阻止肠道细菌的生长或孢子形成，和/或中和或保护免受肠细菌产生的毒素。优选地，细菌抑制或阻止肠细菌的生长。肠细菌可以是致病性或非致病性肠细菌。优选地，肠细菌是致病性细菌。在用于治疗与肠细菌感染相关的生态失调的治疗组合物的背景下，这是特别优选的。然而，还已知其他疾病的特征在于胃肠道中某些类型细菌的增加。例如，已知炎性肠病的特征在于肠道微
生物群中来自变形菌门(Proteobacteria phylum)的细菌增加，例如大肠杆菌。类似地，已知肠易激综合征，肥胖和营养不良的特征在于胃肠道中某些类型细菌的增加。包含拮抗肠
道细菌，抑制或阻止肠道细菌的生长或孢子形成，和/或中和或保护免受肠细菌产生的毒素的至少一种细菌的细菌组合物因此也可用于治疗与炎症肠病，肠易激综合征，肥胖或营养
不良相关的生态失调。
生物群中来自变形菌门(Proteobacteria phylum)的细菌增加，例如大肠杆菌。类似地，已知肠易激综合征，肥胖和营养不良的特征在于胃肠道中某些类型细菌的增加。包含拮抗肠
道细菌，抑制或阻止肠道细菌的生长或孢子形成，和/或中和或保护免受肠细菌产生的毒素的至少一种细菌的细菌组合物因此也可用于治疗与炎症肠病，肠易激综合征，肥胖或营养
不良相关的生态失调。
[0071] 致病细菌可以是革兰氏阳性细菌或革兰氏阴性细菌。示例性致病性细菌包括以下属的致病性细菌：梭菌属(Clostridium)，埃希氏菌属(Escherichia)，肠球菌属
(Enterococcus)，克雷伯氏菌属(Klebsiella)，肠杆菌属(Enterobacter)，变形杆菌属
(Proteus)，沙门氏菌属(Salmonella)，志贺氏菌属(Shigella)，葡萄球菌属
(Staphylococcus)，弧菌属(Vibrio)，气单胞菌属(Aeromonas)，弯曲杆菌属
(Campylobacter)，芽孢杆菌属(Bacillus)，螺杆菌属(Helicobacter)，李斯特氏菌属
(Listeria)，邻单胞菌属(Plesiomonas)，或耶尔森氏菌属(Yersinia)。在优选的实施方案中，致病细菌是梭菌属(Clostridium)或埃希氏菌属(Escherichia)的致病性细菌，例如艰
难梭菌或大肠杆菌。
(Enterococcus)，克雷伯氏菌属(Klebsiella)，肠杆菌属(Enterobacter)，变形杆菌属
(Proteus)，沙门氏菌属(Salmonella)，志贺氏菌属(Shigella)，葡萄球菌属
(Staphylococcus)，弧菌属(Vibrio)，气单胞菌属(Aeromonas)，弯曲杆菌属
(Campylobacter)，芽孢杆菌属(Bacillus)，螺杆菌属(Helicobacter)，李斯特氏菌属
(Listeria)，邻单胞菌属(Plesiomonas)，或耶尔森氏菌属(Yersinia)。在优选的实施方案中，致病细菌是梭菌属(Clostridium)或埃希氏菌属(Escherichia)的致病性细菌，例如艰
难梭菌或大肠杆菌。
[0072] 致病性大肠杆菌的实例包括粘附侵入性大肠杆菌(AIEC)，肠聚集性大肠杆菌，肠出血性大肠杆菌，肠侵袭性大肠杆菌，肠产毒性大肠杆菌和大肠杆菌0157∶H7。肠产毒性大肠杆菌可产生热不稳定肠毒素或热稳定肠毒素。
[0073] 例如，致病性细菌可以是艰难梭菌或粘附侵入性大肠杆菌(AIEC)。
[0074] 已经显示细菌疗法候选菌HMI_14，HMI_25，HMI_42，HMI_26，HMI_28，HMI_35和HMI_46在覆盖测定中抑制艰难梭菌的生长。此外，HMI_2，HMI_4，HMI_5，HMI_6，HMI_15，HMI_26，HMI_27，HMI_28，HMI_34，HMI_35，HMI_39，HMI_40，HMI_43，HMI_44，HMI_46和HMI_47已在CFS相对生长抑制测定中被证明抑制艰难梭菌的生长(参见实施例2，图13和表1)。
[0075] 已经显示细菌疗法候选菌HMI_4，HMI_10，HMI_11，HMI_14，HMI_26，HMI_28，HMI_33，HMI_35，HMI_42和HMI_46在覆盖测定中抑制大肠杆菌的生长。此外，已显示HMI_46和
HMI_28在CFS相对生长抑制测定中抑制大肠杆菌的生长(参见实施例2，图13和表1)。
HMI_28在CFS相对生长抑制测定中抑制大肠杆菌的生长(参见实施例2，图13和表1)。
[0076] 预计抑制大肠杆菌生长的细菌也抑制其他变形菌的生长。因此，致病性细菌可以是变形菌。变形菌(除了埃希氏菌属物种)还包括沙门氏菌属物种(Salmonella species，)，弯曲杆菌属物种(Campylobacter species)，弧菌属物种(Vibrio species)，螺杆菌属物种(Helicobacter species)和耶尔森氏菌属物种(Yersinia species)。
[0077] 预计抑制艰难梭菌生长的细菌也抑制梭菌属的其他细菌的生长。因此，致病性细菌可以是梭菌属的细菌。梭菌属的致病性细菌(除了艰难梭菌)还包括产气荚膜梭菌
(Clostridium perfringens)，肉毒梭菌(Clostridium botulinum)和破伤风梭菌
(Clostridium tetani)。
(Clostridium perfringens)，肉毒梭菌(Clostridium botulinum)和破伤风梭菌
(Clostridium tetani)。
[0078] 因此，治疗组合物可包含至少一种分离的细菌，其抑制艰难梭菌和/或大肠杆菌的生长。例如，本发明的治疗组合物可包含至少一种，至少两种，至少三种，至少四种，至少五种，至少六种，至少七种，至少八种，至少九种，至少十种，至少十一种，至少十二种，至少十三种，至少十四种，至少十五种，至少十六种，至少十七种，至少十八种，至少十九种，至少二十种，至少二十一种，或至少二十二种抑制艰难梭菌和/或大肠杆菌生长的分离的细菌。在一个实施方案中，治疗组合物中的细菌可以由一种或多种分离的细菌组成，所述细菌已经
显示出抑制艰难梭菌和/或大肠杆菌。
显示出抑制艰难梭菌和/或大肠杆菌。
[0079] 在一个优选的实施方案中，治疗组合物可以包含至少一种分离的细菌，其已经显示出抑制艰难梭菌的生长。这在用于治疗与肠道感染相关的生态失调特别是与致病性梭菌
属相关物种(例如艰难梭菌，产气荚膜梭菌，肉毒梭菌或破伤风梭菌，最优选艰难梭菌)感染相关的生态失调的治疗组合物的背景下是优选的。
属相关物种(例如艰难梭菌，产气荚膜梭菌，肉毒梭菌或破伤风梭菌，最优选艰难梭菌)感染相关的生态失调的治疗组合物的背景下是优选的。
[0080] 例如，本发明的治疗组合物可包含至少一种，至少两种，至少三种，至少四种，至少五种，至少六种，至少七种，至少八种，至少九种，至少十种，至少十一种，至少十二种，至少十三种，至少十四种，至少十五种，至少十六种，至少十七种，至少十八种，或至少十九种抑制艰难梭菌生长的分离的细菌。在一个实施方案中，治疗组合物中的细菌可以由抑制艰难梭菌生长的细菌组成。
[0081] 抑制艰难梭菌的生长的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO 2，4，5，6，13，14，24，25，26，27，33，34，38，39，41，42，43，45和46任一个所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
[0082] 备选地，抑制艰难梭菌生长的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO 2，4，5，6，13，14，24，25，26，27，33，34，38，39，41，42，
43，45和46任一个所示的序列具有至少91％，至少92％，至少93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少99％或100％序列同一性的序列。
43，45和46任一个所示的序列具有至少91％，至少92％，至少93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少99％或100％序列同一性的序列。
[0083] 更优选地，抑制艰难梭菌生长的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO：6或24任一个所示的序列具有至少92％序列同一
性，与SEQ ID NO 13或26任一个所示的序列具有至少93％序列同一性，与SEQ ID NO 5或14任一个所示的序列具有至少94％序列同一性，与SEQ ID NO 33，41，43，45或46任一个所示的序列具有至少95％序列同一性，与SEQ ID NO 2，39，或42任一个所示的序列具有至少
96％序列同一性，与SEQ ID NO 25或34任一个所示的序列具有至少97％序列同一性，与SEQ ID NO 4所示的序列具有至少98％序列同一性，或与SEQ ID NO 27或38任一个所示的序列
具有至少99％序列同一性的序列。
性，与SEQ ID NO 13或26任一个所示的序列具有至少93％序列同一性，与SEQ ID NO 5或14任一个所示的序列具有至少94％序列同一性，与SEQ ID NO 33，41，43，45或46任一个所示的序列具有至少95％序列同一性，与SEQ ID NO 2，39，或42任一个所示的序列具有至少
96％序列同一性，与SEQ ID NO 25或34任一个所示的序列具有至少97％序列同一性，与SEQ ID NO 4所示的序列具有至少98％序列同一性，或与SEQ ID NO 27或38任一个所示的序列
具有至少99％序列同一性的序列。
[0084] 甚至更优选地，抑制艰难梭菌生长的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO：6所示的序列具有至少92％序列同一性，与
SEQ ID NO 5所示的序列具有至少94％序列同一性，与SEQ ID NO 13，33，41，43，45，或46任一个所示的序列具有至少95％序列同一性，与SEQ ID NO 39或42任一个所示的序列具有至
少96％序列同一性，与SEQ ID NO 34所示的序列具有至少97％序列同一性，与SEQ ID NO 4所示的序列具有至少98％序列同一性，与SEQ ID NO 2或38任一个所示的序列具有至少
99％序列同一性，或与SEQ ID NO 14，24，25，26，或27任一个所示的序列具有100％序列同一性的序列。
SEQ ID NO 5所示的序列具有至少94％序列同一性，与SEQ ID NO 13，33，41，43，45，或46任一个所示的序列具有至少95％序列同一性，与SEQ ID NO 39或42任一个所示的序列具有至
少96％序列同一性，与SEQ ID NO 34所示的序列具有至少97％序列同一性，与SEQ ID NO 4所示的序列具有至少98％序列同一性，与SEQ ID NO 2或38任一个所示的序列具有至少
99％序列同一性，或与SEQ ID NO 14，24，25，26，或27任一个所示的序列具有100％序列同一性的序列。
[0085] 最优选地，抑制艰难梭菌生长的细菌可以是以如下登录号保藏于DSMZ的细菌：DSM32147，DSM32175，DSM32153，DSM32152，DSM32193，DSM32162，DSM32168，DSM32178，DSM32182，DSM32179，DSM32211，DSM 32219，DSM32220，DSM32213，DSM32215，DSM32216，DSM
32217，DSM32218，DSM 32224。备选地，本发明的治疗组合物可包含至少一种抑制艰难梭菌生长的分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与编码上
述保藏的细菌中的16S rRNA的基因的序列具有至少90％，至少91％，至少92％，至少93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少98.7％，至少99％或100％序列同一性的序列。
32217，DSM32218，DSM 32224。备选地，本发明的治疗组合物可包含至少一种抑制艰难梭菌生长的分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与编码上
述保藏的细菌中的16S rRNA的基因的序列具有至少90％，至少91％，至少92％，至少93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少98.7％，至少99％或100％序列同一性的序列。
[0086] 在备选的优选的实施方案中，治疗组合物可包含至少一种抑制大肠杆菌生长的分离的细菌。这在用于治疗以下的治疗组合物的背景下是优选的：与肠道感染相关的生态失
调，特别是与变形菌感染相关的生态失调，例如埃希氏菌属物种，沙门氏菌物种，弯曲杆菌属物种，弧菌属物种，螺杆菌属物种和耶尔森氏菌属物种，最优选是与大肠杆菌感染相关的生态失调。
调，特别是与变形菌感染相关的生态失调，例如埃希氏菌属物种，沙门氏菌物种，弯曲杆菌属物种，弧菌属物种，螺杆菌属物种和耶尔森氏菌属物种，最优选是与大肠杆菌感染相关的生态失调。
[0087] 例如，治疗组合物可包含至少一种，至少两种，至少三种，至少四种，至少五种，至少六种，至少七种，至少八种，至少九种，或至少十种抑制大肠杆菌生长的分离的细菌。在一个实施方案中，治疗组合物中的细菌可以由抑制大肠杆菌生长的细菌组成。
[0088] 抑制大肠杆菌的生长的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO 4，10，11，13，25，27，32，34，41，和45任一个所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
[0089] 备选地，抑制大肠杆菌生长的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO 4，10，11，13，25，27，32，34，41，和45任一个所示的序列具有至少91％，至少92％，至少93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少
98％，至少99％或100％序列同一性的序列。
98％，至少99％或100％序列同一性的序列。
[0090] 更优选地，抑制大肠杆菌生长的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO：11所示的序列具有至少92％序列同一性，与SEQ ID NO 13所示的序列具有至少93％序列同一性，与SEQ ID NO 41或45任一个所示的序列具
有至少95％序列同一性，与SEQ ID NO 10或32任一个所示的序列具有至少96％序列同一
性，与SEQ ID NO 25或34任一个所示的序列具有至少97％序列同一性，与SEQ ID NO：4所示的序列具有至少98％序列同一性，或与SEQ ID NO：27所示的序列具有至少99％序列同一性的序列。
有至少95％序列同一性，与SEQ ID NO 10或32任一个所示的序列具有至少96％序列同一
性，与SEQ ID NO 25或34任一个所示的序列具有至少97％序列同一性，与SEQ ID NO：4所示的序列具有至少98％序列同一性，或与SEQ ID NO：27所示的序列具有至少99％序列同一性的序列。
[0091] 甚至更优选地，抑制大肠杆菌生长的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO：11所示的序列具有至少92％序列同一性，与SEQ ID NO 13，41或45任一个所示的序列具有至少95％序列同一性，与SEQ ID NO 32所示
的序列具有至少96％序列同一性，与SEQ ID NO 10或34任一个所示的序列具有至少97％序
列同一性，与SEQ ID NO 4所示的序列具有至少98％序列同一性，或与SEQ ID NO 25或27任一个所示的序列具有100％序列同一性的序列。
的序列具有至少96％序列同一性，与SEQ ID NO 10或34任一个所示的序列具有至少97％序
列同一性，与SEQ ID NO 4所示的序列具有至少98％序列同一性，或与SEQ ID NO 25或27任一个所示的序列具有100％序列同一性的序列。
[0092] 最优选地，抑制大肠杆菌生长的细菌可以是以如下登录号保藏于DSMZ的细菌：DSM32175，DSM32166，DSM32151，DSM32193，DSM32178，DSM32179，DSM 32262，DSM 32219，DSM32215，DSM32218。备选地，本发明的治疗组合物可包含至少一种抑制大肠杆菌生长的分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与编码上述保藏的
细菌中的16S rRNA的基因的序列具有至少90％，至少91％，至少92％，至少93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少98.7％，至少99％或100％序列同一性的序列。
细菌中的16S rRNA的基因的序列具有至少90％，至少91％，至少92％，至少93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少98.7％，至少99％或100％序列同一性的序列。
[0093] 除了抑制艰难梭菌和/或大肠杆菌生长的分离的细菌外，治疗组合物还可包含至少一种与如本文所公开的抑制艰难梭菌和/或大肠杆菌生长的细菌共同发生的分离的细
菌。已显示与如本文所公开的抑制艰难梭菌和/或大肠杆菌生长的细菌共同发生细菌疗法
候选菌是HMI_2，HMI_5，HMI_6，HMI_7，HMI_8，HMI_9，HMI_10，HMI_11，HMI_12，HMI_14，HMI_
15，HMI_16，HMI_17，HMI_18，HMI_19，HMI_20，HMI_26，HMI_27，HMI_31，HMI_33，HMI_34，HMI_
35，HMI_37，HMI_38，HMI_39，HMI_41，HMI_42，HMI_43，HMI_44，HMI_46，HMI_47，HMI_48，HMI_
50，HMI_51，和HMI_52(详见表1)。
菌。已显示与如本文所公开的抑制艰难梭菌和/或大肠杆菌生长的细菌共同发生细菌疗法
候选菌是HMI_2，HMI_5，HMI_6，HMI_7，HMI_8，HMI_9，HMI_10，HMI_11，HMI_12，HMI_14，HMI_
15，HMI_16，HMI_17，HMI_18，HMI_19，HMI_20，HMI_26，HMI_27，HMI_31，HMI_33，HMI_34，HMI_
35，HMI_37，HMI_38，HMI_39，HMI_41，HMI_42，HMI_43，HMI_44，HMI_46，HMI_47，HMI_48，HMI_
50，HMI_51，和HMI_52(详见表1)。
[0094] 因此，本发明的治疗组合物可包含至少一种，至少两种，至少三种，至少四种，至少五种，至少六种，至少七种，至少八种，至少九种，至少十种，至少十一种，至少十二种，至少十三种，至少十四种，至少十五种，至少十六种，至少十七种，至少十八种，至少十九种，至少十九种，至少二十种，至少二十一种，至少二十二种，至少二十三种，至少二十四种，至少二十五种，至少二十六种，至少二十七种，至少二十八种，至少二十九种，至少三十种，至少三十一种，至少三十二种，至少三十三种，至少三十四种，或三十五种与如本文所公开的抑制艰难梭菌和/或大肠杆菌生长的细菌共同发生的分离的细菌。
[0095] 与如本文所公开的抑制艰难梭菌和/或大肠杆菌生长的细菌共同发生的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO 2，5，6，7，
8，9，10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，25，26，30，32，33，34，36，37，38，40，41，42，43，45，
46，47，49，50或51任一个所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
8，9，10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，25，26，30，32，33，34，36，37，38，40，41，42，43，45，
46，47，49，50或51任一个所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
[0096] 备选地，与如本文所公开的抑制艰难梭菌和/或大肠杆菌生长的细菌共同发生的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO
2，5，6，7，8，9，10，11，12，13，16，15，16，17，18，19，25，26，30，32，33，34，36，37，38，40，41，
42，43，45，46，47，49，50，或51任一个所示的序列具有至少91％，至少92％，至少93％，至少
94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少98.7％，至少99％或100％序列同一性的序列。
2，5，6，7，8，9，10，11，12，13，16，15，16，17，18，19，25，26，30，32，33，34，36，37，38，40，41，
42，43，45，46，47，49，50，或51任一个所示的序列具有至少91％，至少92％，至少93％，至少
94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少98.7％，至少99％或100％序列同一性的序列。
[0097] 优选地，与如本文所公开的抑制艰难梭菌和/或大肠杆菌生长的细菌共同发生的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包含
[0098] 与SEQ ID NO 6，11或19任一个所示的序列具有至少92％序列同一性，与SEQ ID NO 13或26任一个所示的序列具有至少93％序列同一性，与SEQ ID NO 5，14，15，17，18，或
50任一个所示的序列具有至少94％序列同一性，与SEQ ID NO，33，41，43，45，46，47，或49任一个所示的序列具有至少95％序列同一性，与SEQ ID NO 2，7，8，10，12，30，32，或42任一个所示的序列具有至少96％序列同一性，与SEQ ID NO 16，25，34，36，37，或40任一个所示的序列具有至少97％序列同一性，与SEQ ID NO 9所示的序列具有至少98％序列同一性，或与SEQ ID NO 38或51任一个所示的序列具有至少99％序列同一性的序列。
50任一个所示的序列具有至少94％序列同一性，与SEQ ID NO，33，41，43，45，46，47，或49任一个所示的序列具有至少95％序列同一性，与SEQ ID NO 2，7，8，10，12，30，32，或42任一个所示的序列具有至少96％序列同一性，与SEQ ID NO 16，25，34，36，37，或40任一个所示的序列具有至少97％序列同一性，与SEQ ID NO 9所示的序列具有至少98％序列同一性，或与SEQ ID NO 38或51任一个所示的序列具有至少99％序列同一性的序列。
[0099] 更优选地，与如本文所公开的抑制艰难梭菌和/或大肠杆菌生长的细菌共同发生的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包含
[0100] 与SEQ ID NO 6或11任一个所示的序列具有至少92％序列同一性，与SEQ ID NO 5，19或50任一个所示的序列具有至少94％序列同一性，与SEQ ID NO 13，15，33，41，43，45，或46任一个所示的序列具有至少95％序列同一性，与SEQ ID NO 7，12，32，或42任一个所示的序列具有至少96％序列同一性，与SEQ ID NO 8，10，16，34，36，37，40，或49任一个所示的序列具有至少97％序列同一性，与SEQ ID NO 9或17任一个所示的序列具有至少98％序列
同一性，与SEQ ID NO 2，38或51任一个所示的序列具有至少99％序列同一性，与SEQ ID NO
14，18，25，26，30，或47任一个所示的序列具有至少100％序列同一性的序列。
同一性，与SEQ ID NO 2，38或51任一个所示的序列具有至少99％序列同一性，与SEQ ID NO
14，18，25，26，30，或47任一个所示的序列具有至少100％序列同一性的序列。
[0101] 最优选地，与如本文所公开的抑制艰难梭菌和/或大肠杆菌生长的细菌共同发生的细菌是以如下登录号在DSMZ保藏的细菌：DSM32147，DSM32153，DSM32152，DSM32158，
DSM32192，DSM32148，DSM32166，DSM32151，DSM32150，DSM32193，DSM32162，DSM32194，DSM32163，DSM32205，DSM32195，DSM32164，DSM32178，DSM32182，DSM32181，DSM32262，DSM32211，DSM32219，DSM32261，DSM32212，DSM32220，DSM32226，DSM32215，DSM32216，DSM32217，DSM32218，DSM32224，DSM32214，DSM32223，DSM32225，或DSM32265。备选地，本发明的治疗组合物可包含至少一种与如本文所公开的抑制艰难梭菌和/或大肠杆菌生长的细
菌共同发生的分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与
编码上述保藏的细菌中的16S rRNA的基因的序列具有至少90％，至少91％，至少92％，至少
93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少98.7％，至少99％或100％序列同一性的序列。
DSM32192，DSM32148，DSM32166，DSM32151，DSM32150，DSM32193，DSM32162，DSM32194，DSM32163，DSM32205，DSM32195，DSM32164，DSM32178，DSM32182，DSM32181，DSM32262，DSM32211，DSM32219，DSM32261，DSM32212，DSM32220，DSM32226，DSM32215，DSM32216，DSM32217，DSM32218，DSM32224，DSM32214，DSM32223，DSM32225，或DSM32265。备选地，本发明的治疗组合物可包含至少一种与如本文所公开的抑制艰难梭菌和/或大肠杆菌生长的细
菌共同发生的分离的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与
编码上述保藏的细菌中的16S rRNA的基因的序列具有至少90％，至少91％，至少92％，至少
93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少98.7％，至少99％或100％序列同一性的序列。
[0102] 已经显示与梭菌属相关的细菌通过与宿主免疫系统的相互作用有益于减少炎症(Atarashi，Tanoue等.2013)。因此，治疗组合物中存在的分离的细菌可以是具有免疫调节活性的细菌。例如，细菌可以减少个体的炎症，例如，个体的胃肠道中的炎症。与已经显示通过与宿主免疫系统的相互作用有益于减少炎症的细菌相同属的细菌疗法候选菌是HMI_4，
HMI_9，HMI_10，HMI_15，HMI_27，HMI_28和HMI_38。因此预期所述细菌具有免疫调节活性，例如减少个体的炎症，例如，个体的胃肠道中的炎症。
HMI_9，HMI_10，HMI_15，HMI_27，HMI_28和HMI_38。因此预期所述细菌具有免疫调节活性，例如减少个体的炎症，例如，个体的胃肠道中的炎症。
[0103] 因此，治疗组合物可包含至少一种，至少两种，至少三种，至少四种，至少五种，至少六种，或至少七种具有免疫调节活性的分离的细菌。在一个实施方案中，治疗组合物中的细菌可以由减少个体炎症的细菌组成。
[0104] 具有免疫调节活性的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO 4，9，10，14，26，27，或37任一个所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
[0105] 备选地，具有免疫调节活性的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO 4，9，10，14，26，27，或37任一个所示的序列具有至少
91％，至少92％，至少93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少99％或100％序列同一性的序列。
91％，至少92％，至少93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少99％或100％序列同一性的序列。
[0106] 优选地，具有免疫调节活性的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO：26所示的序列具有至少93％序列同一性的，与SEQ ID NO：14所示的序列具有至少94％序列同一性，与SEQ ID NO：10所示的序列具有至少96％序列同一性，与SEQ ID NO 37所示的序列具有至少97％序列同一性，与SEQ ID NO 4或9任
一个所示的序列具有至少98％序列同一性，或与SEQ ID NO 27所示的序列具有至少99％序
列同一性的序列。更优选地，具有免疫调节活性的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA
(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO：10或37所示的序列具有至少97％序列同一性，与SEQ ID NO 4或9任一个所示的序列具有至少98％序列同一性，或与SEQ ID NO
14，26或27任一个所示的序列具有至少100％序列同一性的序列。
一个所示的序列具有至少98％序列同一性，或与SEQ ID NO 27所示的序列具有至少99％序
列同一性的序列。更优选地，具有免疫调节活性的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA
(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO：10或37所示的序列具有至少97％序列同一性，与SEQ ID NO 4或9任一个所示的序列具有至少98％序列同一性，或与SEQ ID NO
14，26或27任一个所示的序列具有至少100％序列同一性的序列。
[0107] 最优选地，有免疫调节活性的细菌可以是以如下登录号保藏于DSMZ的细菌：DSM32175，DSM32148，DSM32166，DSM32162，DSM32182，DSM32179，或DSM32212。备选地，本发明的治疗组合物可包含至少一种具有免疫调节活性的分离的细菌，其中所述细菌包含编码
16S rRNA的基因，其中所述基因包含与编码上述保藏的细菌中的16S rRNA的基因的序列具
有至少90％，至少91％，至少92％，至少93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少98.7％，至少99％或100％序列同一性的序列。
16S rRNA的基因，其中所述基因包含与编码上述保藏的细菌中的16S rRNA的基因的序列具
有至少90％，至少91％，至少92％，至少93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少98.7％，至少99％或100％序列同一性的序列。
[0108] 本发明的治疗组合物可包含至少一种分离的细菌，其位于人微生物组计划(Human Microbiome Project，HMP)“最需要的”的列表中。细菌疗法候选菌HMI_1，HMI_2，HMI_4，HMI_5，HMI_7，HMI_11，HMI_12，HMI_15，HMI_16，HMI_17，HMI_18，HMI_19，HMI_35，HMI_37，HMI_38，HMI_39，HMI_45，HMI_50，和HMI_51是HMP的“最需要的”列表。
[0109] 因此，本发明的治疗组合物可包含HMP的“最需要的”清单上的至少一种，至少两种，至少三种，至少四种，至少五种，至少六种，至少七种，至少八种，至少九种，至少十种，至少十一种，至少十二种，至少十三种，至少十四种，至少十五种，至少十六种，至少十七种，至少十八种，或十九种细菌。在一个实施方案中，治疗组合物中的细菌可以由HMP的“最需要的”列表中的细菌组成。
[0110] 在HMP的“最需要的”列表上的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO 1，2，4，5，7，11，12，14，15，16，17，18，34，36，37，38，
44，49，或50中任一个所示序列具有至少90％序列同一性的序列。
44，49，或50中任一个所示序列具有至少90％序列同一性的序列。
[0111] 备选地，在HMP的“最需要的”列表上的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO 1，2，4，5，7，11，12，14，15，16，17，18，34，
36，37，38，44，49，或50任一个所示的序列具有至少91％，至少92％，至少93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少98.7％，至少99％或100％序列同一性的序列。
36，37，38，44，49，或50任一个所示的序列具有至少91％，至少92％，至少93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少98.7％，至少99％或100％序列同一性的序列。
[0112] 优选地，在HMP的“最需要的”列表上的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO：1所示的序列具有至少90％序列同一性，与SEQ ID NO 11所示的序列具有至少92％序列同一性，与SEQ ID NO 5，14，15，17，18，或50任一个所示的序列具有至少94％序列同一性，与SEQ ID NO 49所示的序列具有至少95％序列
同一性，与SEQ ID NO 2，7，12，或44任一个所示的序列具有至少96％序列同一性，与SEQ ID NO 16，34，36，或37任一个所示的序列具有至少97％序列同一性，与SEQ ID NO 4所示的序列具有至少98％序列同一性，或与SEQ ID NO或38所示的序列具有至少99％序列同一性的序列。
同一性，与SEQ ID NO 2，7，12，或44任一个所示的序列具有至少96％序列同一性，与SEQ ID NO 16，34，36，或37任一个所示的序列具有至少97％序列同一性，与SEQ ID NO 4所示的序列具有至少98％序列同一性，或与SEQ ID NO或38所示的序列具有至少99％序列同一性的序列。
[0113] 更优选地，在HMP的“最需要的”列表上的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO：1所示的序列具有至少90％序列同
一性，与SEQ ID NO 11所示的序列具有至少92％序列同一性，与SEQ ID NO 5或50任一个所示的序列具有至少94％序列同一性，与SEQ ID NO 15所示的序列具有至少95％序列同一
性，与SEQ ID NO 7，12，或44任一个所示的序列具有至少96％序列同一性，与SEQ ID NO
16，34，36，37或49任一个所示的序列具有至少97％序列同一性，与SEQ ID NO 4或17任一个所示的序列具有至少98％序列同一性，与SEQ ID NO 2或38任一个所示的序列具有至少
99％序列同一性，或与SEQ ID NO 14或18任一个所示的序列具有100％序列同一性的序列。
一性，与SEQ ID NO 11所示的序列具有至少92％序列同一性，与SEQ ID NO 5或50任一个所示的序列具有至少94％序列同一性，与SEQ ID NO 15所示的序列具有至少95％序列同一
性，与SEQ ID NO 7，12，或44任一个所示的序列具有至少96％序列同一性，与SEQ ID NO
16，34，36，37或49任一个所示的序列具有至少97％序列同一性，与SEQ ID NO 4或17任一个所示的序列具有至少98％序列同一性，与SEQ ID NO 2或38任一个所示的序列具有至少
99％序列同一性，或与SEQ ID NO 14或18任一个所示的序列具有100％序列同一性的序列。
[0114] 最优选地，HMP的“最需要的”列表上的细菌是以如下登录号保藏在DSMZ的细菌：DSM32191，DSM32147，DSM32175，DSM32153，DSM32158，DSM32151，DSM32150，DSM32162，DSM32194，DSM32163，DSM32205，DSM32195，DSM32219，DSM32261，DSM32212，DSM32220，DSM32221，DSM32223，或DSM32225。备选地，本发明的治疗组合物可包含HMP的“最需要的”列表上的至少一种细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中所述基因包含与编码
上述保藏的细菌中的16S rRNA的基因的序列具有至少90％，至少91％，至少92％，至少
93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少98.7％，至少99％或100％序列同一性的序列。
上述保藏的细菌中的16S rRNA的基因的序列具有至少90％，至少91％，至少92％，至少
93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少98.7％，至少99％或100％序列同一性的序列。
[0115] 本发明的治疗组合物可包含至少一种分离的细菌，其是关键物种。生物疗法候选菌HMI_17，HMI_23，HMI_24，HMI_25，HMI_26，HMI_27，HMI_28，HMI_29，HMI_30，HMI_31，HMI_
32，HMI_45，HMI_49，HMI_51和HMI_52将成为关键物种。
32，HMI_45，HMI_49，HMI_51和HMI_52将成为关键物种。
[0116] 因此，本发明的治疗组合物可包含至少一种，至少两种，至少三种，至少四种，至少五种，至少六种，至少七种，至少八种，至少九种，至少十种，至少十一种，至少十二种，至少十三种，至少十四种，或十五种作为关键物种的细菌。在一个实施方案中，治疗组合物中的细菌可以由作为关键物种的细菌组成。
[0117] 作为关键物种的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO 16，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，44，48，50或51任一个所示的序列具有至少90％序列同一性的序列。
[0118] 备选地，作为关键物种的细菌可以是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO 16，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，44，48，50或51任一个所示的序列具有至少91％，至少92％，至少93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少98.7％，至少99％或100％序列同一性的序列。
[0119] 优选地，作为关键物种的细菌是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO：29所示的序列具有至少91％序列同一性，与SEQ ID NO 24所示的序列具有至少92％序列同一性，与SEQ ID NO 22或26任一个所示的序列具有至少93％
序列同一性，与SEQ ID NO 23或50任一个所示的序列具有至少94％序列同一性，与SEQ ID NO 30，44或48任一个所示的序列具有至少96％序列同一性，与SEQ ID NO 16，25或31任一个所示的序列具有至少97％序列同一性，或与SEQ ID NO 27，28，或51任一个所示的序列具有至少99％序列同一性的序列。
序列同一性，与SEQ ID NO 23或50任一个所示的序列具有至少94％序列同一性，与SEQ ID NO 30，44或48任一个所示的序列具有至少96％序列同一性，与SEQ ID NO 16，25或31任一个所示的序列具有至少97％序列同一性，或与SEQ ID NO 27，28，或51任一个所示的序列具有至少99％序列同一性的序列。
[0120] 更优选地，作为关键物种的细菌是包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因的细菌，其中所述基因包含与SEQ ID NO 22，23或50任一个所示的序列具有至少94％序列同一性，
与SEQ ID NO 29所示的序列具有至少95％序列同一性，与SEQ ID NO 44所示的序列具有至
少96％序列同一性，与SEQ ID NO 16或48任一个所示的序列具有至少97％序列同一性，与
SEQ ID NO：31所示的序列具有至少98％序列同一性，与SEQ ID NO：51所示的序列具有至少
99％序列同一性，或与SEQ ID NO 24，25，26，27，28，或30任一个所示的序列具有100％序列同一性的序列。
与SEQ ID NO 29所示的序列具有至少95％序列同一性，与SEQ ID NO 44所示的序列具有至
少96％序列同一性，与SEQ ID NO 16或48任一个所示的序列具有至少97％序列同一性，与
SEQ ID NO：31所示的序列具有至少98％序列同一性，与SEQ ID NO：51所示的序列具有至少
99％序列同一性，或与SEQ ID NO 24，25，26，27，28，或30任一个所示的序列具有100％序列同一性的序列。
[0121] 最优选地，作为关键物种的细菌是以如下登录号保藏在DSMZ的细菌：DSM32163，DSM32165，DSM32169，DSM32168，DSM32178，DSM32182，DSM32179，DSM32180，DSM32184，DSM32181，DSM32183，DSM32221，DSM32263，DSM32225，或DSM32265。备选地，本发明的治疗组合物可包含至少一种作为关键物种的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基因，其中
所述基因包含与编码上述保藏的细菌中的16S rRNA的基因的序列具有至少90％，至少
91％，至少92％，至少93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少
98.7％，至少99％或100％序列同一性的序列。
所述基因包含与编码上述保藏的细菌中的16S rRNA的基因的序列具有至少90％，至少
91％，至少92％，至少93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少
98.7％，至少99％或100％序列同一性的序列。
[0122] 此外或可替代地，本发明的治疗组合物可包含至少一种已显示在FMT后存在的分离的细菌。适用的细菌疗法候选菌列于表1。因此，本发明的治疗组合物可包含已经显示在FMT后存在的至少一种，至少两种，至少三种，至少四种，至少五种，至少六种，至少七种，至少八种，至少九种，至少十种，至少十一种，至少十二种，至少十三种，至少十四种，至少十五种，至少十六种，至少十七种，至少十八种，至少十九种，至少二十种，至少二十一种，或二十二种细菌。例如，已经显示在FMT后存在的细菌可包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因，其中所述基因包含与SEQ ID NO 22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，36，38，40，43，
44，45，46，48或51任一个所示的序列具有至少90％，至少91％，至少92％，至少93％，至少
94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少98.7％，至少99％或100％序列同一性的序列。最优选地，已经显示在FMT后存在的细菌是以如下登录号保藏在DSMZ的细菌：
DSM32165，DSM32169，DSM32168，DSM32178，DSM32182，DSM32179，DSM32180，DSM32184，DSM32181，DSM32183，DSM32262，DSM32211，DSM32219，DSM32261，DSM32220，DSM32226，DSM32217，DSM32221，DSM32218，DSM32224，DSM32263，或DSM32265。备选地，本发明的治疗组合物可包含已经显示在FMT后存在的至少一种细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基
因，其中所述基因包含与编码上述保藏的细菌中的16S rRNA的基因的序列具有至少90％，
至少91％，至少92％，至少93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少
98.7％，至少99％或100％序列同一性的序列。
44，45，46，48或51任一个所示的序列具有至少90％，至少91％，至少92％，至少93％，至少
94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少98.7％，至少99％或100％序列同一性的序列。最优选地，已经显示在FMT后存在的细菌是以如下登录号保藏在DSMZ的细菌：
DSM32165，DSM32169，DSM32168，DSM32178，DSM32182，DSM32179，DSM32180，DSM32184，DSM32181，DSM32183，DSM32262，DSM32211，DSM32219，DSM32261，DSM32220，DSM32226，DSM32217，DSM32221，DSM32218，DSM32224，DSM32263，或DSM32265。备选地，本发明的治疗组合物可包含已经显示在FMT后存在的至少一种细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA的基
因，其中所述基因包含与编码上述保藏的细菌中的16S rRNA的基因的序列具有至少90％，
至少91％，至少92％，至少93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少
98.7％，至少99％或100％序列同一性的序列。
[0123] 另外地或备选地，本发明的治疗组合物可包含至少一种分离的细菌，其预期产生一种或多种有益代谢物，例如短链脂肪酸(SCFA)。适用的细菌疗法候选菌列于表1。因此，治疗组合物可包含至少一种，至少两种，至少三种，至少四种，至少五种，至少六种，至少七种，至少八种，至少九种，至少十种，至少十一种，至少十二种，至少十三种，或十四种产生一种或多种有益代谢物的细菌。例如，产生一种或多种有益代谢物的细菌可包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因，其中所述基因包含与SEQ ID NO 9，12，19，20，22，23，24，25，26，27，28，
29，30或31任一个所示的序列具有至少90％，至少91％，至少92％，至少93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少98.7％，至少99％或100％序列同一性的序列。
优选地，预期产生一种或多种有益代谢物的细菌是以如下登录号保藏在DSMZ的细菌：
DSM32148，DSM32150，DSM32164，DSM32177，DSM32165，DSM32169，DSM32168，DSM32178，DSM32182，DSM32179，DSM32180，DSM32184，DSM32181，或DSM32183。备选地，本发明的治疗组合物可包含至少一种产生一种或多种有益代谢物的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA
的基因，其中所述基因包含与编码上述保藏的细菌中的16S rRNA的基因的序列具有至少
90％，至少91％，至少92％，至少93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少98.7％，至少99％或100％序列同一性的序列。
29，30或31任一个所示的序列具有至少90％，至少91％，至少92％，至少93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少98.7％，至少99％或100％序列同一性的序列。
优选地，预期产生一种或多种有益代谢物的细菌是以如下登录号保藏在DSMZ的细菌：
DSM32148，DSM32150，DSM32164，DSM32177，DSM32165，DSM32169，DSM32168，DSM32178，DSM32182，DSM32179，DSM32180，DSM32184，DSM32181，或DSM32183。备选地，本发明的治疗组合物可包含至少一种产生一种或多种有益代谢物的细菌，其中所述细菌包含编码16S rRNA
的基因，其中所述基因包含与编码上述保藏的细菌中的16S rRNA的基因的序列具有至少
90％，至少91％，至少92％，至少93％，至少94％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％，至少98.7％，至少99％或100％序列同一性的序列。
[0124] 存在于治疗组合物中的分离的细菌可构成按体积或重量计治疗组合物的至少1％，5％，10％，15％，20％，25％，30％，35％，40％，45％，50％，55％，60％，65％，7％，75％，
80％，85％或90％。
80％，85％或90％。
[0125] 治疗组合物可以不包含除所分离的细菌之外的其他活性成分，并且任选地包含益生元。因此，治疗组合物的活性成分可以由本文公开的一种或多种分离的细菌和任选的益
生元组成。这也可以称为确定的活性成分。
生元组成。这也可以称为确定的活性成分。
[0126] 本发明的治疗组合物不是粪便微生物群移植物(FMT)。FMT通常由来自健康人类供体的粪便样品组成，其例如以灌肠剂的形式在将FMT施用给受体之前不分离粪便样品中存
在的细菌的情况下直接施用于受体。本发明治疗组合物的一个优点是它可以不包含存在于
FMT中的不确定组分，从而使治疗组合物标准化并增加安全性。
在的细菌的情况下直接施用于受体。本发明治疗组合物的一个优点是它可以不包含存在于
FMT中的不确定组分，从而使治疗组合物标准化并增加安全性。
[0127] 本发明的治疗组合物可以通过包括在合适的培养基中培养治疗组合物中存在的一种或多种分离的细菌的方法制备。适用于培养待包括在本发明治疗组合物中的细菌的培
养基和条件在本文其他地方详细描述。例如，制备根据本发明的治疗组合物的方法可包括
以下步骤：
养基和条件在本文其他地方详细描述。例如，制备根据本发明的治疗组合物的方法可包括
以下步骤：
[0128] (i)培养第一分离的细菌；
[0129] (ii)任选地培养第二分离的细菌；和
[0130] (iii)混合(i)和任选(ii)中获得的细菌以制备治疗组合物。待包含在治疗组合物中的分离的细菌优选在分开的步骤中培养。换句话说，优选制备待包含在治疗组合物中的
每种细菌的单独培养物。这允许评估每种细菌的生长，并且根据需要控制包含在药物组合
物中的每种细菌的量。步骤(i)和(ii)中培养的细菌优选具有不同的16S rRNA序列。
每种细菌的单独培养物。这允许评估每种细菌的生长，并且根据需要控制包含在药物组合
物中的每种细菌的量。步骤(i)和(ii)中培养的细菌优选具有不同的16S rRNA序列。
[0131] 上述方法可包括培养待包含在治疗组合物中的每种分离的细菌的步骤。因此，所述方法可以是例如进一步包括根据需要培养第三，第四，第五，第六，第七，第八，第九和/或第十种不同的分离的细菌的步骤。以这种方式，所述方法包括培养多达51种不同的分离的
细菌的步骤。通过所述方法培养的细菌可以是本文公开的任何细菌。
细菌的步骤。通过所述方法培养的细菌可以是本文公开的任何细菌。
[0132] 所述方法可任选地包括一个或多个其他步骤，其中细菌与一种或多种另外的成分(例如药学上可接受的赋形剂，益生元，载体，不溶性纤维，缓冲剂，渗透剂，消泡剂和/或防腐剂)混合。另外地，或备选地，所述方法可以包括将在(i)和任选(ii)中获得的细菌悬浮在恒化器培养基或盐水例如0.9％生理盐水中。在(i)和任选(ii)中获得的细菌可以在还原气
氛(例如N2，CO2，H2，或其混合物，例如，N2：CO2：H2)下提供。所述气体可以以适当的比例存在，以保护治疗组合物中存在的细菌。例如，还原气氛可包括80％N2，10％CO2和10％H2。另外或备选地，所述方法可以包括任选地在稳定剂和/或冷冻保护剂的存在下冻干在(i)和任选(ii)中获得的细菌的步骤。所述方法还可包括制备包含在(i)和任选(ii)中获得的细菌的胶囊，片剂或灌肠剂的步骤。胶囊或片剂可以是肠溶包衣的，pH依赖性的，缓释的和/或胃抗性的。
氛(例如N2，CO2，H2，或其混合物，例如，N2：CO2：H2)下提供。所述气体可以以适当的比例存在，以保护治疗组合物中存在的细菌。例如，还原气氛可包括80％N2，10％CO2和10％H2。另外或备选地，所述方法可以包括任选地在稳定剂和/或冷冻保护剂的存在下冻干在(i)和任选(ii)中获得的细菌的步骤。所述方法还可包括制备包含在(i)和任选(ii)中获得的细菌的胶囊，片剂或灌肠剂的步骤。胶囊或片剂可以是肠溶包衣的，pH依赖性的，缓释的和/或胃抗性的。
[0133] 本发明还包括通过本文公开的方法能获得或能获得的治疗组合物。此类治疗组合物可进一步用于治疗方法中的治疗目的，或用于制备如本文所述的药物，例如治疗生态失
调，特别是胃肠道的生态失调。
调，特别是胃肠道的生态失调。
[0134] 预期本文公开的细菌适用于治疗生态失调，特别是胃肠道的生态失调。不希望受理论限制，预期将本文公开的一种或多种细菌施用给个体将解决个体中存在的胃肠道生态
失调，和/或预防胃肠道生态失调的发生。如本文所用，“个体”是指人个体或人患者。
失调，和/或预防胃肠道生态失调的发生。如本文所用，“个体”是指人个体或人患者。
[0135] 生态失调的治疗可以指治愈，预防或改善生态失调或改善与生态失调相关的至少一种症状。当生态失调与诸如炎性肠病的疾病相关时，生态失调的治疗可以指治愈，预防或改善所述疾病，或改善与所述疾病相关的至少一种症状。
[0136] 因此，本发明的治疗组合物可用于治疗生态失调，特别是胃肠道的生态失调。因此，本发明提供治疗生态失调的方法(其包括向有需要的个体施用治疗有效量的本发明治
疗组合物)，用于在治疗个体的生态失调的方法中使用的本发明的治疗组合物，以及本发明的治疗组合物在制备用于治疗个体生态失调的药物中的用途。
疗组合物)，用于在治疗个体的生态失调的方法中使用的本发明的治疗组合物，以及本发明的治疗组合物在制备用于治疗个体生态失调的药物中的用途。
[0137] 在本发明的上下文中，“生态失调”是指微生物群或微生物组，特别是人胃肠道微生物群的正常多样性和/或功能被破坏的状态。健康个体中微生物群的正常状态的任何破坏都可以被认为是生态失调，即使生态失调不导致个体健康的可检测的降低。在优选的实
施方案中，生态失调可与一种或多种病理症状有关。例如，“生态失调”可以指微生物群的微生物多样性的降低。另外地，或备选地，“生态失调”可以指相对于健康个体(即没有生态失调的个体)的微生物群中的一种或多种的丰度，在所述个体的微生物群中所述一种或多种
细菌(例如一种或多种致病性细菌)的丰度增加。在生态失调期间存在的致病性细菌通常是
变形菌并且对一种或多种抗生素具有抗性。变形菌门的实例包括埃希氏菌属，沙门氏菌属，弯曲杆菌属，弧菌属，螺杆菌属和耶尔森氏菌属。
施方案中，生态失调可与一种或多种病理症状有关。例如，“生态失调”可以指微生物群的微生物多样性的降低。另外地，或备选地，“生态失调”可以指相对于健康个体(即没有生态失调的个体)的微生物群中的一种或多种的丰度，在所述个体的微生物群中所述一种或多种
细菌(例如一种或多种致病性细菌)的丰度增加。在生态失调期间存在的致病性细菌通常是
变形菌并且对一种或多种抗生素具有抗性。变形菌门的实例包括埃希氏菌属，沙门氏菌属，弯曲杆菌属，弧菌属，螺杆菌属和耶尔森氏菌属。
[0138] 生态失调可以是与肠细菌感染(例如用致病性细菌感染胃肠道)相关的生态失调。许多能够引起人胃肠道感染的细菌是已知的，包括：革兰氏阳性细菌和革兰氏阴性细菌。致病性细菌优选是以下属的致病性物种：梭菌属(Clostridium)，埃希氏菌属(Escherichia)，肠球菌属(Enterococcus)，克雷伯氏菌属(Klebsiella)，肠杆菌属(Enterobacter)，变形杆菌属(Proteus)，沙门氏菌属(Salmonella)，志贺氏菌属(Shigella)，葡萄球菌属
(Staphylococcus)，弧菌属(Vibrio)，气单胞菌属(Aeromonas)，弯曲杆菌属
(Campylobacter)，邻单胞菌属(Plesiomonas)，芽孢杆菌属(Bacillus)，螺杆菌属
(Helicobacter)，李斯特氏菌属(Listeria)，或耶尔森氏菌属(Yersinia)。这种致病菌的优选实例包括艰难梭菌，产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)，肉毒梭菌(Clostridium botulinum)，大肠杆菌，伤寒沙门氏菌(Salmonella typhi)，金黄色葡萄球菌
(Staphylococcus aureus)，霍乱弧菌(Vibrio cholerae)，副溶血性弧菌(Vibrio
parahaemolyticus)，创伤弧菌(Vibrio vulnificus)，胎儿弯曲杆菌(Campylobacter
fetus)，空肠弯曲杆菌(Campylobacter jejuni)，嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)，类志贺邻单胞菌(Plesiomonas shigelloides)，蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus)，幽门螺杆菌(Helicobacter pylori)，单核细胞增多性李斯特氏菌(Listeria monocytogenes)，和小肠结肠炎耶尔森氏菌(Yersinia enterocolitica)。更优选地，致病性细菌是梭菌属或埃希氏菌属的致病性物种。最优选地，致病性细菌是艰难梭菌或大肠杆菌。
(Staphylococcus)，弧菌属(Vibrio)，气单胞菌属(Aeromonas)，弯曲杆菌属
(Campylobacter)，邻单胞菌属(Plesiomonas)，芽孢杆菌属(Bacillus)，螺杆菌属
(Helicobacter)，李斯特氏菌属(Listeria)，或耶尔森氏菌属(Yersinia)。这种致病菌的优选实例包括艰难梭菌，产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)，肉毒梭菌(Clostridium botulinum)，大肠杆菌，伤寒沙门氏菌(Salmonella typhi)，金黄色葡萄球菌
(Staphylococcus aureus)，霍乱弧菌(Vibrio cholerae)，副溶血性弧菌(Vibrio
parahaemolyticus)，创伤弧菌(Vibrio vulnificus)，胎儿弯曲杆菌(Campylobacter
fetus)，空肠弯曲杆菌(Campylobacter jejuni)，嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)，类志贺邻单胞菌(Plesiomonas shigelloides)，蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus)，幽门螺杆菌(Helicobacter pylori)，单核细胞增多性李斯特氏菌(Listeria monocytogenes)，和小肠结肠炎耶尔森氏菌(Yersinia enterocolitica)。更优选地，致病性细菌是梭菌属或埃希氏菌属的致病性物种。最优选地，致病性细菌是艰难梭菌或大肠杆菌。
[0139] 致病性细菌可以对一种或多种抗生素具有抗性。例如，致病性细菌例如艰难梭菌可对氟喹诺酮类具有抗性。另外地，或备选地，致病性细菌可以对一种或多种碳青霉烯类具有抗性。碳青霉烯类抗生素是用于治疗多药耐药(MDR)性细菌感染的抗生素，实例包括亚胺培南(imipenem)，美罗培南(meropenem)，厄他培南(ertapenem)，多利培南(doripenem)，帕尼培南(panipenem)和比阿培南(biapenem)。
[0140] 与致病性细菌感染相关的生态失调的治疗可以包括相对于治疗前的致病性细菌的丰度例如在个体的胃肠道中减少致病性细菌的丰度。
[0141] 生态失调可以是复发性或慢性生态失调。例如，已知艰难梭菌在一些个体中导致复发性感染，一旦抗生素治疗停止，感染就会再次发生。这可称为复发性或慢性生态失调。
[0142] 已知胃肠道的生态失调与许多不同的疾病(包括炎性肠病，肠易激综合征，代谢性疾病，神经精神障碍，自身免疫性疾病，变应性疾病或癌症)相关，并且被认为在其中起因果作用。因此，生态失调可以是与炎性肠病，肠易激综合征，代谢性疾病，神经精神障碍，自身免疫性疾病，变应性疾病，癌症或肝性脑病相关的生态失调。炎性肠病的实例包括溃疡性结肠炎和克罗恩病。
[0144] 已显示胃肠道生态失调发挥作用的神经精神障碍包括帕金森病，阿尔茨海默病，多发性硬化，肌阵挛性张力障碍，孤独症和慢性疲劳综合征。
[0145] 已显示胃肠道生态失调发挥作用的自身免疫性疾病包括特发性血小板减少性紫癜，关节炎，舍格伦综合征( syndrome)，系统性红斑狼疮和桥本甲状腺炎
(Hashimoto′s thyroiditis)。
(Hashimoto′s thyroiditis)。
[0146] 已显示胃肠道生态失调发挥作用的变应性疾病包括特应性(atopy)和哮喘。
[0148] 本发明的治疗组合物可包含药学上可接受的赋形剂，载体，缓冲剂，稳定剂或本领域技术人员熟知的其他材料。这些材料应该是无毒的并且不应该干扰治疗组合物中存在的分离的细菌的功效。药学上可接受的赋形剂或其他材料的确切性质将取决于施用途径，其
可以是口服或直肠施用。用于制备治疗组合物的许多方法是本领域技术人员已知的。参见
例如Robinson ed.，Sustained and Controlled Release Drug Delivery Systems，
Marcel Dekker，Inc.，New York，1978。
可以是口服或直肠施用。用于制备治疗组合物的许多方法是本领域技术人员已知的。参见
例如Robinson ed.，Sustained and Controlled Release Drug Delivery Systems，
Marcel Dekker，Inc.，New York，1978。
[0149] 本发明的治疗组合物可包含益生元，载体，不溶性纤维，缓冲剂，渗透剂，消泡剂和/或防腐剂。
[0150] 益生元可以为治疗组合物中存在的分离的细菌提供营养，以帮助它们在施用给个体后的早期生长和定植。可以使用本领域已知的任何益生元。益生元的非限制性实例包括
低聚糖，例如果寡糖，例如低聚果糖和菊粉，甘露聚糖寡糖和低聚半乳糖，可溶性、富含低聚果糖的菊粉和可溶性纤维。不溶性纤维可以作为载体包含在治疗组合物中，例如，以在运输或储存期间提供保护。治疗组合物中可包含缓冲剂以促进存在的分离的细菌的活力。抗真
菌剂可以作为防腐剂包含在治疗组合物中。
低聚糖，例如果寡糖，例如低聚果糖和菊粉，甘露聚糖寡糖和低聚半乳糖，可溶性、富含低聚果糖的菊粉和可溶性纤维。不溶性纤维可以作为载体包含在治疗组合物中，例如，以在运输或储存期间提供保护。治疗组合物中可包含缓冲剂以促进存在的分离的细菌的活力。抗真
菌剂可以作为防腐剂包含在治疗组合物中。
[0151] 治疗组合物可以在恒化器培养基中制备或提供。或者，治疗组合物可以用盐水例如0.9％盐水制备或提供。应当理解，可以使用任何不损害治疗组合物中存在的细菌活力并且与个体施用相容的载体或溶液。
[0152] 治疗组合物可以在还原气氛下，即在不存在氧气的情况下制备或提供。合成粪便制剂可以在N2，CO2，H2或其混合物(任选地具有受控水平的N2：CO2：H2的分压水平)下制备或提供。
[0153] 治疗组合物可以用于口服或直肠施用给个体。当治疗组合物用于口服施用时，治疗组合物可以是胶囊或片剂的形式。当治疗组合物用于直肠施用时，治疗组合物可以是灌
肠剂的形式。合适的胶囊，片剂和灌肠剂的制备在本领域中是众所周知的。胶囊或片剂可包含涂层以保护胶囊或片剂免受胃酸的影响。例如，胶囊或片剂可以是肠溶包衣的，pH依赖性的，缓释的和/或胃抗性的。例如，使用这种胶囊和片剂以使胶囊或片剂在胃中的溶解最小化，但允许在小肠中溶解。
肠剂的形式。合适的胶囊，片剂和灌肠剂的制备在本领域中是众所周知的。胶囊或片剂可包含涂层以保护胶囊或片剂免受胃酸的影响。例如，胶囊或片剂可以是肠溶包衣的，pH依赖性的，缓释的和/或胃抗性的。例如，使用这种胶囊和片剂以使胶囊或片剂在胃中的溶解最小化，但允许在小肠中溶解。
[0154] 可以将治疗组合物冻干。冻干的治疗组合物可包含一种或多种稳定剂和/或冷冻保护剂。在施用给个体之前，可以使用合适的稀释剂重构冻干的治疗组合物。
[0155] 根据本发明的治疗组合物可以单独施用或与其他治疗进行组合同时或相继施用或作为与另外治疗剂的组合制剂施用，用于治疗生态失调或与本文所述的生态失调相关的
疾病。例如，本发明的缀合物可以与现有的用于炎性肠病，肠易激综合征，代谢性疾病，神经精神障碍，自身免疫性疾病，变应性疾病，癌症或肝性脑病的治疗剂组合使用。
疾病。例如，本发明的缀合物可以与现有的用于炎性肠病，肠易激综合征，代谢性疾病，神经精神障碍，自身免疫性疾病，变应性疾病，癌症或肝性脑病的治疗剂组合使用。
[0156] 例如，当治疗组合物用于治疗与癌症相关的生态失调时，治疗组合物可任选地与癌症免疫疗法(例如免疫检查点抑制剂)组合施用于个体。在这种情况下可以使用的检查点
抑制剂的实例包括程序性细胞死亡蛋白1(PD-1)抑制剂，程序性死亡配体1(PD-L1)抑制剂，细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4(CTLA-4)抑制剂。与免疫检查点抑制剂治疗相结合的肠道微
生物群的操作已被证明可提高免疫检查点抑制剂治疗癌症的功效(Snyder等.2015)。在优
选的实施方案中，本文中的癌症是肺癌或黑素瘤。免疫检查点抑制剂已经被批准用于治疗
这些癌症，并且已经显示细菌疗法提高检查点抑制剂在治疗黑素瘤中的功效(Snyder等
.2015)。
抑制剂的实例包括程序性细胞死亡蛋白1(PD-1)抑制剂，程序性死亡配体1(PD-L1)抑制剂，细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4(CTLA-4)抑制剂。与免疫检查点抑制剂治疗相结合的肠道微
生物群的操作已被证明可提高免疫检查点抑制剂治疗癌症的功效(Snyder等.2015)。在优
选的实施方案中，本文中的癌症是肺癌或黑素瘤。免疫检查点抑制剂已经被批准用于治疗
这些癌症，并且已经显示细菌疗法提高检查点抑制剂在治疗黑素瘤中的功效(Snyder等
.2015)。
[0157] 本发明的治疗组合物可以施用给个体，优选人个体。施用可以是“治疗有效量”，这足以对个体显示益处。这种益处可以至少改善至少一种症状。因此，特定疾病的“治疗”是指至少一种症状的改善。施用的实际量，施用的速率和时间过程将取决于所治疗的性质和严重程度，所治疗的具体患者，个体患者的临床状况，生态失调的原因，组合物的递送位点，治疗组合物的类型，施用方法，施用方案和医疗从业者已知的其他因素。治疗处方，例如关于剂量等的决定是全科医师和其他医师的责任，并且可能取决于症状的严重程度和/或所治
疗疾病的进展。本发明治疗组合物的治疗有效量或合适剂量可通过比较其动物模型中的体
外活性和体内活性来确定。用于将小鼠和其他试验动物中的有效剂量外推至人的方法是已
知的。精确剂量取决于许多因素，包括治疗组合物是用于预防还是用于治疗。
疗疾病的进展。本发明治疗组合物的治疗有效量或合适剂量可通过比较其动物模型中的体
外活性和体内活性来确定。用于将小鼠和其他试验动物中的有效剂量外推至人的方法是已
知的。精确剂量取决于许多因素，包括治疗组合物是用于预防还是用于治疗。
[0158] 鉴于本公开内容，本发明的其它方面和实施方案对于本领域技术人员而言是显而易见的，包括以下实验例证。
[0160] 除非上下文另有规定，否则单数包括复数。
[0161] 本文中使用的术语“和/或”被认为是两个特定特征或部件在具有或不具有另一的情况下每一个的具体公开。例如“A和/或B”应被视为(i)A，(ii)B和(iii)A和B中每一个的具体披露，就像每个在此单独列出一样。
[0162] 除非上下文另有规定，否则上述特征的描述和定义不限于本发明的任何特定方面或实施方案，并且同样适用于所描述的所有方面和实施例。
[0163] 现在将通过示例并参考上述附图来说明本发明的某些方面和实施方案。实施例
[0164] 实施例1-鉴定和分离细菌疗法候选菌
[0165] 材料和方法
[0166] 两种不同的方法用于分离细菌物种以包含在用于治疗生态失调的治疗组合物中。第一种方法依靠来自健康成年供体的广泛培养方法来建立培养物集合，其尽可能代表健康
个体的肠道微生物群的细菌组分。所述方法还结合了靶向培养方法以优先选择显示特定表
型或功能(例如孢子形成)的细菌。第二种方法在性质上更具针对性，旨在通过比较施用以
解决与艰难梭菌相关的生态失调的粪便微生物移植(FMT)之前和之后的个体微生物群来分
离特异性地与解决胃肠道生态失调相关的细菌物种。这两种方法分别称为下面的候选菌分
离方法1(CIP1)和候选菌分离方法2(CIP2)。
个体的肠道微生物群的细菌组分。所述方法还结合了靶向培养方法以优先选择显示特定表
型或功能(例如孢子形成)的细菌。第二种方法在性质上更具针对性，旨在通过比较施用以
解决与艰难梭菌相关的生态失调的粪便微生物移植(FMT)之前和之后的个体微生物群来分
离特异性地与解决胃肠道生态失调相关的细菌物种。这两种方法分别称为下面的候选菌分
离方法1(CIP1)和候选菌分离方法2(CIP2)。
[0167] 样品采集和培养
[0168] 对于CIP1，从六个知情同意的健康成年人供体(每个供体一个粪便样品-最小0.5g)获得新鲜的粪便样品。在传送的1小时内将样品置于厌氧条件下以保持厌氧细菌的活
力。所有样品处理和培养均在Whitley DG250工作站(Don Whitley，West Yorkshire，UK)的厌氧条件下在37℃下进行。培养基，磷酸盐缓冲盐水(PBS)和用于培养的所有其他材料在使用前24小时置于厌氧柜中。将粪便样品分成两部分。将一部分在还原的PBS(0.1g粪便/ml
PBS)中匀浆，并连续稀释并直接铺在大(直径13.5cm)培养皿中的YCFA(Duncan，Hold等
.2002)琼脂(补充有葡萄糖，麦芽糖和纤维二糖各0.002g/ml)上。还对该样品进行宏基因组测序以描绘整个群落。另一部分在室温和环境需氧条件下用等体积的70％(v/v)乙醇处理4
小时以杀死营养细胞。然后，用PBS洗涤固体材料3次，最后将其重悬于PBS中。以与上述非乙醇处理的样品所述相同的方式进行铺板。
力。所有样品处理和培养均在Whitley DG250工作站(Don Whitley，West Yorkshire，UK)的厌氧条件下在37℃下进行。培养基，磷酸盐缓冲盐水(PBS)和用于培养的所有其他材料在使用前24小时置于厌氧柜中。将粪便样品分成两部分。将一部分在还原的PBS(0.1g粪便/ml
PBS)中匀浆，并连续稀释并直接铺在大(直径13.5cm)培养皿中的YCFA(Duncan，Hold等
.2002)琼脂(补充有葡萄糖，麦芽糖和纤维二糖各0.002g/ml)上。还对该样品进行宏基因组测序以描绘整个群落。另一部分在室温和环境需氧条件下用等体积的70％(v/v)乙醇处理4
小时以杀死营养细胞。然后，用PBS洗涤固体材料3次，最后将其重悬于PBS中。以与上述非乙醇处理的样品所述相同的方式进行铺板。
[0169] 对于乙醇处理的CIPl样品，培养基补充有0.1％牛磺胆酸钠以刺激孢子萌发。在铺板后72小时从具有非汇合生长的乙醇处理和非乙醇处理的条件的培养皿(即菌落不同且不
接触的平板)中挑取菌落。将挑取的菌落重新划线以确认纯度。
接触的平板)中挑取菌落。将挑取的菌落重新划线以确认纯度。
[0170] 对于CIP2，选择12名个体(其经历超过3次艰难梭菌感染(CDI)的复发，其中使用甲硝唑和万古霉素治疗失败)用于粪便微生物移植(FMT)。如前所述(Landy，Al-Hassi等
.2011)，对供体进行了病原体和其他病毒感染的筛选。患者在FMT前1-2天停用口服万古霉
素。通过灌肠(n＝3)，药丸(n＝6)，两者的组合(n＝2，R8和R10)或通过鼻胃输注(n＝1，R7)向受体施用FMT。在停止万古霉素治疗(FMT前)后1-2天和FMT后不同时间从患者收集粪便样
品。还从捐赠者处收集用于FMT的粪便样品。还包括来自健康个体和用抗生素治疗的感染艰难梭菌的个体的样品作为对照。将粪便样品收集在无菌容器中并在-80℃下冷冻。从所有样品中提取DNA用于454测序和随后的如下所述的分析。
.2011)，对供体进行了病原体和其他病毒感染的筛选。患者在FMT前1-2天停用口服万古霉
素。通过灌肠(n＝3)，药丸(n＝6)，两者的组合(n＝2，R8和R10)或通过鼻胃输注(n＝1，R7)向受体施用FMT。在停止万古霉素治疗(FMT前)后1-2天和FMT后不同时间从患者收集粪便样
品。还从捐赠者处收集用于FMT的粪便样品。还包括来自健康个体和用抗生素治疗的感染艰难梭菌的个体的样品作为对照。将粪便样品收集在无菌容器中并在-80℃下冷冻。从所有样品中提取DNA用于454测序和随后的如下所述的分析。
[0171] 为了培养来自粪便微生物群移植(FMT)受体(CIP2)的样品，将50mg每种粪便样品在0.5ml无菌的还原磷酸盐缓冲盐水(PBS)中彻底混合。将匀浆物连续稀释至10-6，并将该稀释液的等分试样在厌氧条件下铺板在一组培养基上。使用以下培养基：含有2％去纤维马
血，脑心浸液(BHI，Oxoid UK)，de Man Rogosa Sharpe和CCEY(Bioconnections，UK)琼脂的苛刻无氧琼脂(FAA，Lab M Ltd，Lancashire，UK)，其中添加或不添加10μg/ml万古霉素
(AppliChem，Germany)。将所有铺板培养基在37℃下厌氧培养48-72小时，除了BHI琼脂，其在37℃下需氧培养24-48小时。
血，脑心浸液(BHI，Oxoid UK)，de Man Rogosa Sharpe和CCEY(Bioconnections，UK)琼脂的苛刻无氧琼脂(FAA，Lab M Ltd，Lancashire，UK)，其中添加或不添加10μg/ml万古霉素
(AppliChem，Germany)。将所有铺板培养基在37℃下厌氧培养48-72小时，除了BHI琼脂，其在37℃下需氧培养24-48小时。
[0172] 微生物特征分析和测序
[0173] 通过PCR扩增全长16S rRNA基因(使用7F(5′-AGAGTTTGATYMTGGCTCAG-3′)正向引物和1510R(5′-ACGGYTACCTTGTTACGACTT-3′)反向引物)，然后进行毛细管测序，进行每种培养分离物的鉴定。对于CIP1和CIP2，16S rRNA基因序列读数在核糖体数据库计划
(Ribosomal Database Project，RDP)中比对并在ARB中手动策划(Ludwig，Strunk等
.2004)。对于CIP1，R包seqinr 3.1版用于确定16S rRNA基因序列之间的序列相似性，并且当产生全长16S rRNA基因序列读数时，98.7％用作物种水平截止值以将读数分类为运算分
类单元(Operational Taxonomic Unit，OTU)(Bosshard，Abels等.2003，Clarridge 2004)。
由于来自CIP2的候选细菌仅产生了部分长度的16S rRNA基因序列读数，因此97％被用作物
种水平截止值(Bosshard，Abels等.2003，Clarridge 2004)，并且此截止值时的OTU是使用mothur确定(Schloss，Westcott等.2009)。对于CIP1和CIP2，然后将每个物种水平OTU的16S rRNA基因序列与核糖体数据库计划(RDP)参考数据库进行比较，以将分类学指定分配至属
水平(Wang，Garrity等.2007)。然后用16S rRNA基因序列进行BLASTn搜索，以确定OTU是否代表先前表征的物种或新物种(Altschul，Gish等.1990)。
(Ribosomal Database Project，RDP)中比对并在ARB中手动策划(Ludwig，Strunk等
.2004)。对于CIP1，R包seqinr 3.1版用于确定16S rRNA基因序列之间的序列相似性，并且当产生全长16S rRNA基因序列读数时，98.7％用作物种水平截止值以将读数分类为运算分
类单元(Operational Taxonomic Unit，OTU)(Bosshard，Abels等.2003，Clarridge 2004)。
由于来自CIP2的候选细菌仅产生了部分长度的16S rRNA基因序列读数，因此97％被用作物
种水平截止值(Bosshard，Abels等.2003，Clarridge 2004)，并且此截止值时的OTU是使用mothur确定(Schloss，Westcott等.2009)。对于CIP1和CIP2，然后将每个物种水平OTU的16S rRNA基因序列与核糖体数据库计划(RDP)参考数据库进行比较，以将分类学指定分配至属
水平(Wang，Garrity等.2007)。然后用16S rRNA基因序列进行BLASTn搜索，以确定OTU是否代表先前表征的物种或新物种(Altschul，Gish等.1990)。
[0174] OTU与人类微生物组计划(HMP)“最需要的”列表和参考基因组数据库的比较使用16S rRNA基因序列的97％序列同一性来进行以定义细菌物种，因为对于HMP“最需要的”列表和参考基因组数据库上的细菌，只有部分16S rRNA基因序列可用。关于最需要的分类群
和完成的测序计划的HMP数据分别下载自NIH人类微生物组计划的“最需要的”的人类微生
物组全基因组测序分类群(Web 8 March 2016＞)和NIH人类微生物组计划的参考基因组数据(Web 8 March 2016HMRGD/＞)。使用基于苯酚-氯仿的DNA分离程序从每个独特OTU的至少一个代表中提取基因
组DNA。在Illumina HiSeq平台上对DNA进行测序，产生100bp的读数长度，并将它们组装并注释用于进一步分析。
和完成的测序计划的HMP数据分别下载自NIH人类微生物组计划的“最需要的”的人类微生
物组全基因组测序分类群(Web 8 March 2016
组DNA。在Illumina HiSeq平台上对DNA进行测序，产生100bp的读数长度，并将它们组装并注释用于进一步分析。
[0175] 还使用用于土壤的MP Biomedical FastDNA SPIN试剂盒直接从每个粪便样品中提取DNA用于整个群落宏基因组和16S rRNA基因扩增子测序。为了能够与完整的群落样品
进行比较，在接种初始粪便样品后72小时从琼脂平板上刮下非汇合培养物，并使用相同的
DNA分离过程从该群落中提取DNA。使用New England Biolabs提供的Q5高保真聚合酶试剂
盒，通过PCR扩增16S rRNA基因的可变区1和2制备16S rRNA基因扩增子文库。使用引物27F AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACAC TATGGTAATT CC AGMGTTYGATYMTGGCTCAG(第1部分＝
Illumina衔接子，第2部分＝正向引物垫，第3部分＝正向引物接头和第4部分＝正向引物)
和338R CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT ACGAGACTGATT AGTCAGTCAG AA GCTGCCTCCCGTAGGAGT
(第1部分＝3′Illumina衔接子的反向互补，第2部分＝golay条形码，第3部分＝反向引物
垫，第4部分＝反向引物接头和第5部分＝反向引物)。每个样品进行四次PCR扩增反应；合并产物并以等摩尔量组合以使用Illumina MiSeq平台进行测序，产生150bp的读数。
进行比较，在接种初始粪便样品后72小时从琼脂平板上刮下非汇合培养物，并使用相同的
DNA分离过程从该群落中提取DNA。使用New England Biolabs提供的Q5高保真聚合酶试剂
盒，通过PCR扩增16S rRNA基因的可变区1和2制备16S rRNA基因扩增子文库。使用引物27F AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACAC TATGGTAATT CC AGMGTTYGATYMTGGCTCAG(第1部分＝
Illumina衔接子，第2部分＝正向引物垫，第3部分＝正向引物接头和第4部分＝正向引物)
和338R CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT ACGAGACTGATT AGTCAGTCAG AA GCTGCCTCCCGTAGGAGT
(第1部分＝3′Illumina衔接子的反向互补，第2部分＝golay条形码，第3部分＝反向引物
垫，第4部分＝反向引物接头和第5部分＝反向引物)。每个样品进行四次PCR扩增反应；合并产物并以等摩尔量组合以使用Illumina MiSeq平台进行测序，产生150bp的读数。
[0176] 对于CIP2衍生的粪便样品的454扩增子测序，按照制造商的说明，在Fastprep仪器(MP Biomedicals，USA)上使用用于土壤的FastDNA Spin试剂盒，直接从粪便样品(70mg)中提取DNA。使用用接头进行适配的条形码引物338F(5′-ACTCCTACGGGAGGCAGCAG-3′)和926R(5′-CCG TCA ATT CMT TTR AGT-3′)扩增16S rRNA基因的V3-V5区。热循环涉及在94℃下的初始2分钟变性步骤，接着进行20个变性循环(94℃持续30秒)，退火(53℃持续30秒)和伸长(68℃持续2分钟)。使用Wizard SV Gel和PCR Clean-Up System(Promega，UK)按照制造商
的方案纯化PCR产物，并使用 dsDNA HS测定试剂盒(Life_Technologies，UK)定量。
在Roche 454 FLX-Titanium平台上对每个PCR反应的每种清洁产物的等摩尔体积进行测序。
的方案纯化PCR产物，并使用 dsDNA HS测定试剂盒(Life_Technologies，UK)定量。
在Roche 454 FLX-Titanium平台上对每个PCR反应的每种清洁产物的等摩尔体积进行测序。
[0177] 微生物群分析
[0178] 使用具有以下设置的FastTree 2.1.3版(Price，Dehal等.2010)从比对的RDP序列产生来自CIP1的培养物衍生细菌的最大可能系统发生：核苷酸置换的广义时间可逆
(Generalised Time-Reversible，GTR)模型和具有20个速率类别的位点间速率变化的CAT
近似。乙醇抗性系统发生直接来自整个培养系统发生。所有系统发生树都在ITOL中编辑
(Letunic和Bork 2011)。
(Generalised Time-Reversible，GTR)模型和具有20个速率类别的位点间速率变化的CAT
近似。乙醇抗性系统发生直接来自整个培养系统发生。所有系统发生树都在ITOL中编辑
(Letunic和Bork 2011)。
[0179] 从CIP1衍生的粪便样品中的16S rRNA基因扩增子文库产生的部分16S rRNA基因序列的分析使用mothur MiSeq SOP(Kozich，Westcott等.2013)于2014年8月29日进行，鉴
定所有样品的7549OTU。序列同一性阈值≥97％再次用于定义OTU。
定所有样品的7549OTU。序列同一性阈值≥97％再次用于定义OTU。
[0180] 对于来自CIP2衍生的粪便样品的454序列分析，使用2012年11月接入的mothur软件454SOP(Schloss，Westcott等.2009，Schloss，Gevers等.2011)修剪，过滤和预处理序列读数。为了确保用于分析的高质量序列数据，使用50bp的窗口大小(平均质量得分为35bp)
修剪序列，除去＞8bp的均聚物，并且不允许引物序列中的模糊碱基或错配。去除冗余序列读数以产生独特序列，其与SILVA比对数据库(Pruesse，Quast等.2007)比对。筛选这些比对的序列以确保使用mothur中的screen.seqs命令序列在相同的比对空间中重叠。再次产生
独特序列并将序列预聚簇以去除可能由焦磷酸测序错误引起的序列(Huse，Dethlefsen等
.2008)。使用Perseus(Quince，Lanzen等.2011)除去嵌合序列，并除去其他污染物例如叶绿体和线粒体。根据核糖体数据库计划(RDP)(Cole，Wang等.2014)和SILVA(Pruesse，Quast
等.2007)数据库，具有≥97％序列同一性的序列及其从门到属的指定分类被视为属于相同
的运算分类单位(OTU)。通过计算Shannon多样性指数(Shannon diversity Index，SDI)来
测量每个样品中的物种多样性，该指数考虑了物种丰富度和相对比例丰度(Schloss，
Westcott等.2009)。然后使用mothur包中的Bray Curtis计算器将OTU用于聚簇树状图。其
他分析，例如Invsimpson指数，主成分分析(PCA)和比较微生物群落的UniFrac方法如前所
述使用mothur软件进行(Lozupone and Knight 2005，Lawley，Clare等.2012)。
修剪序列，除去＞8bp的均聚物，并且不允许引物序列中的模糊碱基或错配。去除冗余序列读数以产生独特序列，其与SILVA比对数据库(Pruesse，Quast等.2007)比对。筛选这些比对的序列以确保使用mothur中的screen.seqs命令序列在相同的比对空间中重叠。再次产生
独特序列并将序列预聚簇以去除可能由焦磷酸测序错误引起的序列(Huse，Dethlefsen等
.2008)。使用Perseus(Quince，Lanzen等.2011)除去嵌合序列，并除去其他污染物例如叶绿体和线粒体。根据核糖体数据库计划(RDP)(Cole，Wang等.2014)和SILVA(Pruesse，Quast
等.2007)数据库，具有≥97％序列同一性的序列及其从门到属的指定分类被视为属于相同
的运算分类单位(OTU)。通过计算Shannon多样性指数(Shannon diversity Index，SDI)来
测量每个样品中的物种多样性，该指数考虑了物种丰富度和相对比例丰度(Schloss，
Westcott等.2009)。然后使用mothur包中的Bray Curtis计算器将OTU用于聚簇树状图。其
他分析，例如Invsimpson指数，主成分分析(PCA)和比较微生物群落的UniFrac方法如前所
述使用mothur软件进行(Lozupone and Knight 2005，Lawley，Clare等.2012)。
[0181] 宏基因组分析
[0182] 使用人类泛微生物群落数据库(Forster，Browne等.2015)针对1883个健康个体(3218个样品)和458个患病个体(628个样品)计算微生物丰度。计算出的发生大于1000个独
立的标准化读数，其中相对于样品中的总高质量读数计算丰度。使用针对在完整基因组序
列中注释的蛋白质序列的自动序列同源性搜索进行抗微生物抗性和毒力因子鉴定。基于综
合抗微生物CARD数据库(McArthur，Waglechner等.2013)定义抗微生物抗性参考列表，而毒素通过人类细菌外毒素数据库(Database of Bacterial Exotoxins for Humans，DBETH)
中的发生来鉴定(Chakraborty，Ghosh等.2012)。
立的标准化读数，其中相对于样品中的总高质量读数计算丰度。使用针对在完整基因组序
列中注释的蛋白质序列的自动序列同源性搜索进行抗微生物抗性和毒力因子鉴定。基于综
合抗微生物CARD数据库(McArthur，Waglechner等.2013)定义抗微生物抗性参考列表，而毒素通过人类细菌外毒素数据库(Database of Bacterial Exotoxins for Humans，DBETH)
中的发生来鉴定(Chakraborty，Ghosh等.2012)。
[0183] 实验设置和结果
[0184] 发明人建立了分离和鉴定细菌的方法，所述细菌用于掺入治疗组合物中，所述治疗组合物定制用于治疗胃肠道的生态失调，以及例如肠道感染，例如但不限于由艰难梭菌
引起的感染。如上所述，采用两种不同的方法来获得包含在治疗剂中的细菌候选菌。第一种方法(CIP1)依靠来自健康成年供体的广泛培养方法来建立培养物集合，其尽可能代表健康
人肠道微生物群的细菌组分。所述方法还结合了靶向培养方法以优先选择显示特定表型或
功能(例如孢子形成)的细菌。第二种方法(CIP2)在性质上更具针对性，旨在通过比较之前
和解决艰难梭菌相关的生态失调的FMT的个体来获得与解决胃肠道生态失调特异性相关的
细菌物种。下面更详细地描述这两种方法。
引起的感染。如上所述，采用两种不同的方法来获得包含在治疗剂中的细菌候选菌。第一种方法(CIP1)依靠来自健康成年供体的广泛培养方法来建立培养物集合，其尽可能代表健康
人肠道微生物群的细菌组分。所述方法还结合了靶向培养方法以优先选择显示特定表型或
功能(例如孢子形成)的细菌。第二种方法(CIP2)在性质上更具针对性，旨在通过比较之前
和解决艰难梭菌相关的生态失调的FMT的个体来获得与解决胃肠道生态失调特异性相关的
细菌物种。下面更详细地描述这两种方法。
[0185] CIP1-广泛培养方法，以确定治疗候选菌：
[0186] 发明人首先寻求建立基于基因组的工作流程，其可以用作特定细菌表型的靶向培养的平台(图1)。从6名健康人中收集新鲜的粪便样品，并使用组合宏基因组测序和细菌培
养方法确定常驻细菌群落。应用霰弹枪宏基因组测序，发明人描述并比较了原始粪便样品
中存在的细菌物种与在含有复杂的广谱细菌培养基YCFA(Duncan，Hold等.2002)(补充有葡
萄糖，麦芽糖和纤维二糖)的琼脂平板上作为不同菌落生长的那些细菌物种。重要的是，在物种水平上观察到两个样品之间的强相关性(Spearman Rho＝0.75，p＜0.01)(图2)。测序
时，原始粪便样品和培养的细菌群落在6个供体中共享平均93％的原始读数。
养方法确定常驻细菌群落。应用霰弹枪宏基因组测序，发明人描述并比较了原始粪便样品
中存在的细菌物种与在含有复杂的广谱细菌培养基YCFA(Duncan，Hold等.2002)(补充有葡
萄糖，麦芽糖和纤维二糖)的琼脂平板上作为不同菌落生长的那些细菌物种。重要的是，在物种水平上观察到两个样品之间的强相关性(Spearman Rho＝0.75，p＜0.01)(图2)。测序
时，原始粪便样品和培养的细菌群落在6个供体中共享平均93％的原始读数。
[0187] 这些结果出人意料地表明，并且与本领域已建立的观点相反，粪便微生物群中的显著比例的细菌可以用单一生长培养基培养。因此，建立了广泛的培养方法，当与高通量存档或特定表型选择组合时，可用于从人胃肠道中分离和鉴定新细菌。
[0188] 人肠道微生物群由严格的厌氧细菌占主导地位的，这些细菌对环境氧气极其敏感。厚壁菌门(Firmicutes)的某些成员，包括艰难梭菌，在定植期间产生代谢休眠和高度抗性的孢子，促进宿主内的持久性和环境传播(Lawley，Clare等.2009，Francis，Allen等
.2013，Janoir，Deneve等.2013)。到目前为止培养的形成肠道孢子的细菌相对较少，而宏基因组学研究表明肠道微生物群的其他意外成员具有潜在的孢子形成基因，但对它们的表征
仍然很少(Galperin，Mekhedov等.2012，Abecasis，Serrano等.2013，Meehan和Beiko 2014，Rajilic-Stojanovic和de Vos 2014)。
.2013，Janoir，Deneve等.2013)。到目前为止培养的形成肠道孢子的细菌相对较少，而宏基因组学研究表明肠道微生物群的其他意外成员具有潜在的孢子形成基因，但对它们的表征
仍然很少(Galperin，Mekhedov等.2012，Abecasis，Serrano等.2013，Meehan和Beiko 2014，Rajilic-Stojanovic和de Vos 2014)。
[0189] 发明人假设孢子形成可能是人类肠道微生物群的未被理解的基本表型，其可能对人之间的微生物群持久性和传播具有深远的影响。孢子形成也被认为是细菌疗法制剂所需
的，因为孢子结构的抗性性质将促进药物在生产和随后储存期间的存活。来自艰难梭菌的
孢子对乙醇具有抗性，这种表型可用于从混合的孢子群和乙醇敏感的营养细胞中选择孢子
(Riley，Brazier等.1987)。使用我们的组合培养和宏基因组学工作流程(图1)处理使用或
不使用乙醇处理的粪便样品。主成分分析表明，乙醇处理深刻地改变了可培养的细菌组成，并且与原始谱相比，有效地富集了抗乙醇的细菌，促进了它们的分离(图3)。从乙醇处理和非乙醇处理的条件中挑选～2,000个单独的细菌菌落，将它们重新划线至纯并进行全长16S rRNA基因测序以实现分类学表征。然后将独特的分类群作为冷冻库存存档，用于未来的表
型分析。
的，因为孢子结构的抗性性质将促进药物在生产和随后储存期间的存活。来自艰难梭菌的
孢子对乙醇具有抗性，这种表型可用于从混合的孢子群和乙醇敏感的营养细胞中选择孢子
(Riley，Brazier等.1987)。使用我们的组合培养和宏基因组学工作流程(图1)处理使用或
不使用乙醇处理的粪便样品。主成分分析表明，乙醇处理深刻地改变了可培养的细菌组成，并且与原始谱相比，有效地富集了抗乙醇的细菌，促进了它们的分离(图3)。从乙醇处理和非乙醇处理的条件中挑选～2,000个单独的细菌菌落，将它们重新划线至纯并进行全长16S rRNA基因测序以实现分类学表征。然后将独特的分类群作为冷冻库存存档，用于未来的表
型分析。
[0190] 总共，基于6个供体的平均相对丰度(图4A和4B)，在属水平代表细菌丰度的96％的细菌和在种水平代表细菌丰度的90％的细菌被归档。甚至以低平均相对丰度(<0.2％)存在
的属也被分离和纯化(图4C)。从5个已知家族(梭菌科(Clostridiaceae)，消化链球菌科
(Peptostreptococcaceae)，毛螺菌科(Lachnospiraceae)，瘤胃菌科(Ruminococcaceae)和丹毒丝菌科(Erysipelotrichaceae)和2个新鉴定的候选科(细菌分离株HMI_1和HMI_22)中
分离出抗乙醇物种(详见表1)。鉴定这些新的和意想不到的孢子形成者突出了这种表型在
厚壁菌门的肠道物种中的广泛分类学分布。总体而言，存档了137种不同的细菌物种，包括
45种候选新物种和代表20种候选新属和2种候选新科的分离株(图5)。我们的收集包含来自
以前未培养和未测序的微生物的人类微生物组计划(HMP)“最需要的”90个物种(Fodor，
DeSantis等.2012)。表1中列出的19种保藏细菌分离株包含在HMP的“最需要的”清单中，即：
HMI_1，HMI_2，HMI_4，HMI_5，HMI_7，HMI_11，HMI_12，HMI_15，HMI_16，HMI_17，HMI_18，HMI_
19，HMI_35，HMI_37，HMI_38，HMI_39，HMI_45，HMI_50和HMI_51(详见表1)。因此，我们基于YCFA的广泛培养方法导致发现大量新型细菌(包括新型科，属，种和分离株)，并挑战本领域普遍认为大多数肠道微生物群“不可培养”。
的属也被分离和纯化(图4C)。从5个已知家族(梭菌科(Clostridiaceae)，消化链球菌科
(Peptostreptococcaceae)，毛螺菌科(Lachnospiraceae)，瘤胃菌科(Ruminococcaceae)和丹毒丝菌科(Erysipelotrichaceae)和2个新鉴定的候选科(细菌分离株HMI_1和HMI_22)中
分离出抗乙醇物种(详见表1)。鉴定这些新的和意想不到的孢子形成者突出了这种表型在
厚壁菌门的肠道物种中的广泛分类学分布。总体而言，存档了137种不同的细菌物种，包括
45种候选新物种和代表20种候选新属和2种候选新科的分离株(图5)。我们的收集包含来自
以前未培养和未测序的微生物的人类微生物组计划(HMP)“最需要的”90个物种(Fodor，
DeSantis等.2012)。表1中列出的19种保藏细菌分离株包含在HMP的“最需要的”清单中，即：
HMI_1，HMI_2，HMI_4，HMI_5，HMI_7，HMI_11，HMI_12，HMI_15，HMI_16，HMI_17，HMI_18，HMI_
19，HMI_35，HMI_37，HMI_38，HMI_39，HMI_45，HMI_50和HMI_51(详见表1)。因此，我们基于YCFA的广泛培养方法导致发现大量新型细菌(包括新型科，属，种和分离株)，并挑战本领域普遍认为大多数肠道微生物群“不可培养”。
[0191] CIP2：有针对性地鉴定候选菌以解决胃肠道生态失调
[0192] 如上所述，已经证明FMT在解决CDI方面是有效的。因此，发明人试图从来自FMT供体和受体的粪便样品中培养以分离可用于治疗的候选细菌。测试了一组不同的微生物培养
基，以从粪便样品中回收最广泛的细菌物种(参见方法)。这种方法允许候选细菌的培养和
存档。培养了超过2600个细菌分离株并使用16S rRNA基因测序，这些是分类学分类的(图
7)。这些细菌分离株是肠道微生物群中4个主要门(放线菌门，拟杆菌门，变形菌门和厚壁菌门)的成员。基于部分长度16S rRNA基因的比对，这些细菌分离株代表超过350种不同的OTU。
基，以从粪便样品中回收最广泛的细菌物种(参见方法)。这种方法允许候选细菌的培养和
存档。培养了超过2600个细菌分离株并使用16S rRNA基因测序，这些是分类学分类的(图
7)。这些细菌分离株是肠道微生物群中4个主要门(放线菌门，拟杆菌门，变形菌门和厚壁菌门)的成员。基于部分长度16S rRNA基因的比对，这些细菌分离株代表超过350种不同的OTU。
[0193] 候选细菌的计算机模拟分析：
[0194] 通过上述两种方法(CIP1和CIP2)建立了培养物集合后，发明人接下来试图筛选这些细菌以鉴定用于细菌疗法的候选细菌。
[0195] 发明人首先试图分析从FMT供体和受体培养的分离株。在FMT后一至三个月，受体的粪便微生物群谱与供体和健康对照相似。特别地，肠道微生物群中存在的四个主要细菌
门的相对丰度在这些组中也是相似的。使用主成分分析(PCA)可视化供体和受体中的微生
物群落结构(FMT之前和之后)以进行评估(图6)。PCA图显示存在两种不同的组成谱，代表
“健康相关的”微生物群和“万古霉素”微生物群。健康相关的谱包含来自治疗后2-3个月的FMT供体，健康对照和FMT受体的样品。“万古霉素”微生物群谱沿着主成分1与健康相关微生物群分离，并且仅含有用万古霉素处理的个体。这些万古霉素对照个体感染了艰难梭菌同
时服用抗生素治疗其他疾病。此外，“甲硝唑相关的”谱沿主成分2与“健康相关的”谱分离，并含有来自感染艰难梭菌的用甲硝唑治疗的患者的样品。
门的相对丰度在这些组中也是相似的。使用主成分分析(PCA)可视化供体和受体中的微生
物群落结构(FMT之前和之后)以进行评估(图6)。PCA图显示存在两种不同的组成谱，代表
“健康相关的”微生物群和“万古霉素”微生物群。健康相关的谱包含来自治疗后2-3个月的FMT供体，健康对照和FMT受体的样品。“万古霉素”微生物群谱沿着主成分1与健康相关微生物群分离，并且仅含有用万古霉素处理的个体。这些万古霉素对照个体感染了艰难梭菌同
时服用抗生素治疗其他疾病。此外，“甲硝唑相关的”谱沿主成分2与“健康相关的”谱分离，并含有来自感染艰难梭菌的用甲硝唑治疗的患者的样品。
[0196] 在FMT之前和之后比较每对的供体-受体谱，以鉴定供体样品中存在的分类群，并且其在FMT后受体中的相对丰度增加。在FMT之后检测到来自所有受体样品的总共786个
OTU，但是移除了存在于不同时间点的单个OTU。这导致375个OTU用于进一步分析。鉴于CDI的复发通常发生在抗生素治疗停止后3-4周，(Cornely，Miller等.2012，Abuiamel，Cadnum等.2013)进一步分析在FMT后2-3个月时相对比例丰度增加的OTU。
OTU，但是移除了存在于不同时间点的单个OTU。这导致375个OTU用于进一步分析。鉴于CDI的复发通常发生在抗生素治疗停止后3-4周，(Cornely，Miller等.2012，Abuiamel，Cadnum等.2013)进一步分析在FMT后2-3个月时相对比例丰度增加的OTU。
[0197] 接下来，发明人进行了计算机模拟分析以进一步筛选来自我们的两种培养方法(CIP1和CIP2)的细菌疗法候选菌。如上所述，健康的肠道微生物群基于多样且丰富的微生
物群落。使用发明人从CIP1和CIP2的细菌分离株产生的全基因组序列，发明人使用HPMC数
据库工具(Forster，Browne等.2015)在公共宏基因组数据集中计算评估了它们在健康和患
病个体中的患病率。首先过滤候选细菌以仅包括在检测到它们的所有健康个体中的细菌群
落中具有大于0.001％平均丰度的那些分离株(图8)。因此，在DSMZ中保藏的所有细菌在检
测到它们的所有健康个体中的细菌群落中具有大于0.001％的平均丰度(参见表1)。除了健
康相关的之外，预期用于细菌疗法的优选候选菌可改善胃肠道生态失调。为了鉴定这些候
选菌，我们检查了每个分离株在公开可用的宏基因组数据集中的分布。选择在相对于健康
个体患有胃肠道生态失调的个体中总平均丰度显着降低(大于4倍降低)的细菌物种，并进
行如下所述的进一步分析(图9)。因此，在与健康个体相比患有胃肠道生态失调的个体在
DSMZ中保藏的所有细菌显示出总平均丰度降低(大于4倍降低)(参见表1)。
物群落。使用发明人从CIP1和CIP2的细菌分离株产生的全基因组序列，发明人使用HPMC数
据库工具(Forster，Browne等.2015)在公共宏基因组数据集中计算评估了它们在健康和患
病个体中的患病率。首先过滤候选细菌以仅包括在检测到它们的所有健康个体中的细菌群
落中具有大于0.001％平均丰度的那些分离株(图8)。因此，在DSMZ中保藏的所有细菌在检
测到它们的所有健康个体中的细菌群落中具有大于0.001％的平均丰度(参见表1)。除了健
康相关的之外，预期用于细菌疗法的优选候选菌可改善胃肠道生态失调。为了鉴定这些候
选菌，我们检查了每个分离株在公开可用的宏基因组数据集中的分布。选择在相对于健康
个体患有胃肠道生态失调的个体中总平均丰度显着降低(大于4倍降低)的细菌物种，并进
行如下所述的进一步分析(图9)。因此，在与健康个体相比患有胃肠道生态失调的个体在
DSMZ中保藏的所有细菌显示出总平均丰度降低(大于4倍降低)(参见表1)。
[0198] 在计算预测的抗微生物抗性(AMR)和毒力因子的基础上进一步分析了细菌疗法候选菌列表。包括了总体预测抗性评分低于已知病原体艰难梭菌，粪肠球菌(Enterococcus
faecalis)和大肠杆菌的总体预测抗性评分的20％的细菌疗法候选菌。也针对没有计算机
预测的对β-内酰胺类，夫西地酸，阿尔法霉素，氨基糖苷类，磷霉素和衣霉素的抗性以及没有已知的如Chakrabory A.等，2012，人类细菌外毒素数据库(A Database of Bacterial
Exotoxins for Humans，DBETH)列出的毒素而对候选菌进行筛选。基于该分析，发明人从
CIP1和CIP2中鉴定了51种用于细菌疗法的候选物菌(参见表1)。使用CIP2鉴定了这些细菌
疗法候选菌中的10种，即：HMI_23，HMI_24，HMI_25，HMI_26，HMI_27，HMI_28，HMI_29，HMI_
30，HMI_31和HMI_32(详见表1)。所有这10种分离株均来自健康供体。使用CIP1鉴定剩余的细菌疗法候选菌。
faecalis)和大肠杆菌的总体预测抗性评分的20％的细菌疗法候选菌。也针对没有计算机
预测的对β-内酰胺类，夫西地酸，阿尔法霉素，氨基糖苷类，磷霉素和衣霉素的抗性以及没有已知的如Chakrabory A.等，2012，人类细菌外毒素数据库(A Database of Bacterial
Exotoxins for Humans，DBETH)列出的毒素而对候选菌进行筛选。基于该分析，发明人从
CIP1和CIP2中鉴定了51种用于细菌疗法的候选物菌(参见表1)。使用CIP2鉴定了这些细菌
疗法候选菌中的10种，即：HMI_23，HMI_24，HMI_25，HMI_26，HMI_27，HMI_28，HMI_29，HMI_
30，HMI_31和HMI_32(详见表1)。所有这10种分离株均来自健康供体。使用CIP1鉴定剩余的细菌疗法候选菌。
[0199] 如下文实施例2中所述使用CIP1和CIP2鉴定的细菌疗法候选菌(HMI_17除外)然后进行体外分析以确定其在治疗艰难梭菌和大肠杆菌感染中的治疗功效。
[0200] 实施例2-细菌疗法候选菌的体外分析
[0201] 通过重叠测定检测细菌疗法候选菌的抗病原体活性
[0202] 将实施例1中鉴定的目标细菌分离株在含有温热和还原的YCFA琼脂的标准培养皿的表面上划线成“X”形。然后将这些接种的平板在37℃下厌氧培养3至6天，直至细菌生长清晰可见。通过将0.8％琼脂添加到合适的液体培养基中来制备覆盖琼脂。对于艰难梭菌使用BHI液体培养基+0.8％琼脂。对于大肠杆菌制备LB+0.8％琼脂。在使用前将覆盖琼脂在50℃下保持熔融。将覆盖琼脂用目标病原体的混浊培养物的等分试样(在这种情况下是艰难梭
菌M7404或大肠杆菌(AIEC))接种(1％接种物)。将接种的覆盖琼脂的10ml等分试样加入到
带有每种目标共生菌株的琼脂平板的表面上。使覆盖琼脂凝固，并将板在37℃下厌氧培养
一至两天。孵育后，如果感兴趣的共生菌株能够抑制覆盖层中病原体的生长，则可以观察到清除区。每个清除区的宽度用尺子测量，如图10所示。结果显示在图11中。
菌M7404或大肠杆菌(AIEC))接种(1％接种物)。将接种的覆盖琼脂的10ml等分试样加入到
带有每种目标共生菌株的琼脂平板的表面上。使覆盖琼脂凝固，并将板在37℃下厌氧培养
一至两天。孵育后，如果感兴趣的共生菌株能够抑制覆盖层中病原体的生长，则可以观察到清除区。每个清除区的宽度用尺子测量，如图10所示。结果显示在图11中。
[0203] 通过CFS相对生长抑制测定检测抗病原体活性。
[0204] 将细菌疗法候选菌在还原YCFA液体培养基的1ml的等分试样中于37℃在厌氧条件下生长两天。通过离心每种培养物以除去细菌并使得到的上清液通过0.22μm过滤器对其进行灭菌来制备无细胞上清液(CFS)。未接种的YCFA液体培养基也过滤灭菌。将CFS和过滤的
YCFA液体培养基等分试样在-20℃冷冻直至需要它们。将这些滤液在厌氧条件下于37℃解
冻，并将每种CFS的100μl等分试样加入平底96孔板的一个孔中。用过滤灭菌的YCFA液体培养基填充若干个孔以用作病原体生长的阳性对照。每个孔接种(2-5％接种物)浑浊的早中
指数期艰难梭菌M7404培养物。备选地，使用的固定相大肠杆菌培养物(调节至OD600≈1)的
5％接种物。用光学透明膜密封96孔板，并将其转移到FLUOstar Omega酶标仪(BMG
Labtech)中。将平板在37℃下在平板读数器中静置培养，每10分钟读取OD600读数，持续
18.17小时。在每次读取OD之前，将板摇动10秒。除HMI17外，所有分离株均经过测试。
YCFA液体培养基等分试样在-20℃冷冻直至需要它们。将这些滤液在厌氧条件下于37℃解
冻，并将每种CFS的100μl等分试样加入平底96孔板的一个孔中。用过滤灭菌的YCFA液体培养基填充若干个孔以用作病原体生长的阳性对照。每个孔接种(2-5％接种物)浑浊的早中
指数期艰难梭菌M7404培养物。备选地，使用的固定相大肠杆菌培养物(调节至OD600≈1)的
5％接种物。用光学透明膜密封96孔板，并将其转移到FLUOstar Omega酶标仪(BMG
Labtech)中。将平板在37℃下在平板读数器中静置培养，每10分钟读取OD600读数，持续
18.17小时。在每次读取OD之前，将板摇动10秒。除HMI17外，所有分离株均经过测试。
[0205] 然后如下计算每个测试的CFS中目标病原体的相对生长：对于每个测试的CFS，每个原始数据值都是相对于在10分钟时间点获取的OD600读数而表示。这种数据标准化通过从考虑中消除CFS的光学密度的初始固有变化(由于培养基的预发酵)允许直接比较各种CFS
中的艰难梭菌或大肠杆菌生长。将每个CFS中艰难梭菌或大肠杆菌在18.17h的时间点达到
的相对生长与在YCFA液体培养基中达到的目标病原体的相对生长进行比较。如果来自相同
共生分离株的CFS中的目标病原体的相对生长加两个标准差低于YCFA液体培养基中病原体
的相对生长的平均值减两个标准差，则共生菌株被认为是艰难梭菌大肠杆菌的潜在抑制
剂。只有一个相对生长值可用时，如果相对病原体生长比YCFA液体培养基中的平均相对生
长低两个标准偏差以上，则认为CFS具有潜在抑制作用。发现具有抑制活性的细菌疗法候选菌的结果显示在图12中。
中的艰难梭菌或大肠杆菌生长。将每个CFS中艰难梭菌或大肠杆菌在18.17h的时间点达到
的相对生长与在YCFA液体培养基中达到的目标病原体的相对生长进行比较。如果来自相同
共生分离株的CFS中的目标病原体的相对生长加两个标准差低于YCFA液体培养基中病原体
的相对生长的平均值减两个标准差，则共生菌株被认为是艰难梭菌大肠杆菌的潜在抑制
剂。只有一个相对生长值可用时，如果相对病原体生长比YCFA液体培养基中的平均相对生
长低两个标准偏差以上，则认为CFS具有潜在抑制作用。发现具有抑制活性的细菌疗法候选菌的结果显示在图12中。
[0206] 结果
[0207] 在生长覆盖和生长抑制测定中获得的结果的总结显示在图13和表1中。在该图中显示了在每种体外测定中显示活性的细菌疗法候选菌。
[0208] 在测试的50种细菌疗法候选菌中，22种在进行的测定之一中表现出对艰难梭菌M7404或大肠杆菌(AIEC)中至少一种的生长抑制。11种细菌疗法候选菌在覆盖测定中抑制
了艰难梭菌或大肠杆菌中至少一种的生长，表明这些细菌疗法候选菌赋予的抑制作用是直
接的。根据覆盖测定数据，细菌疗法候选菌中的5种仅抑制艰难梭菌或大肠杆菌的生长，表明这些细菌疗法候选菌的抑制活性不是通用的，即抑制活性对一种或多种致病性细菌是特
异性的。
了艰难梭菌或大肠杆菌中至少一种的生长，表明这些细菌疗法候选菌赋予的抑制作用是直
接的。根据覆盖测定数据，细菌疗法候选菌中的5种仅抑制艰难梭菌或大肠杆菌的生长，表明这些细菌疗法候选菌的抑制活性不是通用的，即抑制活性对一种或多种致病性细菌是特
异性的。
[0209] 在所测试的50种细菌疗法候选菌中，6种在覆盖测定中抑制了艰难梭菌和大肠杆菌两者的生长，表明它们具有广谱的抑制活性，并且可能还具有针对其他致病性细菌的抑
制活性。
制活性。
[0210] 来自CFS相对生长抑制测定的结果表明，来自测试的50种细菌疗法候选菌中的16种的CFS仅支持艰难梭菌相对生长到在18.17小时的时间比YCFA液体培养基的平均相对生
长低两个标准偏差以上的水平。因此，这些细菌疗法候选菌被认为是抑制艰难梭菌生长。其中这些细菌疗法候选菌种的5种也在覆盖测定中显示可以直接抑制艰难梭菌和/或大肠杆
菌生长。这表明这5种细菌疗法候选菌分泌一种或多种抑制这些致病性细菌生长的物质。在CFS相对生长抑制测定中显示抑制活性的其余11种细菌疗法候选菌可能与艰难梭菌竞争营
养素。来自两个细菌疗法候选菌的CFS不支持大肠杆菌生长至在YCFA液体培养基中观察到
的平均生长的两个标准差内。因此，这些分离株被认为是抑制大肠杆菌的生长。
长低两个标准偏差以上的水平。因此，这些细菌疗法候选菌被认为是抑制艰难梭菌生长。其中这些细菌疗法候选菌种的5种也在覆盖测定中显示可以直接抑制艰难梭菌和/或大肠杆
菌生长。这表明这5种细菌疗法候选菌分泌一种或多种抑制这些致病性细菌生长的物质。在CFS相对生长抑制测定中显示抑制活性的其余11种细菌疗法候选菌可能与艰难梭菌竞争营
养素。来自两个细菌疗法候选菌的CFS不支持大肠杆菌生长至在YCFA液体培养基中观察到
的平均生长的两个标准差内。因此，这些分离株被认为是抑制大肠杆菌的生长。
[0211] 实施例3-计算机模拟共丰度网络分析
[0212] 为了鉴定不能直接如实施例2中所测试的抑制病原体生长的细菌可以支持在实施例2中表现出直接抑制病原体生长的那些细菌的生长或存活，进行共丰度网络分析。如前所述，使用HPMC数据库工具中的健康数据集的完整列表(Forster，Browne等.2015)进行该分
析。对于在实施例2中显示抑制病原体生长的每种候选细菌，产生第一级邻居物种(它表现
出与候选细菌在至少95％的粪便样品中共存，平均丰度大于0.001％，最少100个读数)的完整列表。表现出与表现出病原体生长的直接抑制活性的候选细菌广泛共存的细菌预计提供
候选细菌定殖胃肠道所需的代谢，环境和/或免疫调节支持功能。表明这种共存的保藏的细菌如表1所示。
析。对于在实施例2中显示抑制病原体生长的每种候选细菌，产生第一级邻居物种(它表现
出与候选细菌在至少95％的粪便样品中共存，平均丰度大于0.001％，最少100个读数)的完整列表。表现出与表现出病原体生长的直接抑制活性的候选细菌广泛共存的细菌预计提供
候选细菌定殖胃肠道所需的代谢，环境和/或免疫调节支持功能。表明这种共存的保藏的细菌如表1所示。
[0213] 讨论
[0214] 如实施例2中所示，抑制一种或多种致病性细菌生长的细菌分离株预期适用于治疗人胃肠道生态失调。
[0215] 然而，在实施例2中未显示病原体抑制迹象的细菌分离株仍预期可用于治疗胃肠道生态失调。
[0216] 首先，基于实施例3中获得的共存数据，预期大量保藏的细菌通过直接或间接相互作用通过实施例2中鉴定的抑制性细菌支持胃肠道的定植。代谢网络(其中细菌聚生体通过
交叉饲养，结构网络(如生物膜)或“关键物种”的相互作用而茁壮成长)使微生物群得以建立和稳定(Ze和Mougen等.2013)。共存分析确定了35个候选菌，这些候选者以高于95％的比率形成了与直接抑制菌的第一级共存邻居(HMI_2，HMI_5，HMI_6，HMI_7，HMI_8，HMI_9，HMI_
10，HMI_11，HMI_12，HMI_14，HMI_15，HMI_16，HMI_17，HMI_18，HMI_19，HMI_20，HMI_26，HMI_
27，HMI_31，HMI_33，HMI_34，HMI_35，HMI_37，HMI_38，HMI_39，HMI_41，HMI_42，HMI_43，HMI_
44，HMI_46，MI_47，HMI_48，HMI_50，HMI_51，HMI_52；详见表1)。此外，表1中列出的细菌分离株的若干种与已知的关键物种(HMI_17，HMI_23至HMI_32，HMI_45，HMI_49，HMI_51和HMI_
52；详见表1)属于同一属，因此预期代表关键物种自身。
交叉饲养，结构网络(如生物膜)或“关键物种”的相互作用而茁壮成长)使微生物群得以建立和稳定(Ze和Mougen等.2013)。共存分析确定了35个候选菌，这些候选者以高于95％的比率形成了与直接抑制菌的第一级共存邻居(HMI_2，HMI_5，HMI_6，HMI_7，HMI_8，HMI_9，HMI_
10，HMI_11，HMI_12，HMI_14，HMI_15，HMI_16，HMI_17，HMI_18，HMI_19，HMI_20，HMI_26，HMI_
27，HMI_31，HMI_33，HMI_34，HMI_35，HMI_37，HMI_38，HMI_39，HMI_41，HMI_42，HMI_43，HMI_
44，HMI_46，MI_47，HMI_48，HMI_50，HMI_51，HMI_52；详见表1)。此外，表1中列出的细菌分离株的若干种与已知的关键物种(HMI_17，HMI_23至HMI_32，HMI_45，HMI_49，HMI_51和HMI_
52；详见表1)属于同一属，因此预期代表关键物种自身。
[0217] 其次，表1中列出的细菌分离株显示在实施例1中，以有助于胃肠道微生物群的整体多样性，多样性在生态失调期间是低的。具体而言，作为CIP2的一部分，从FMT供体的肠道微生物群中回收了许多这些细菌(HMI_23至HMI_32，含端值)。当健康供体的微生物群被转
移到由于抗生素治疗复发性艰难梭菌感染而导致生态失调的个体，所有都恢复健康(图6)，这被确定为在FMT后2-3个月没有艰难梭菌存在。通过CIP2过程鉴定细菌疗法候选菌的标准
要求在一半接受者的微生物群中存在某些候选细菌物种，其在FMT后2-3个月的平均相对丰
度超过＞0.6％。此外，代表表1中列出的51种细菌中的若干种的属也在健康供体和FMT后的治愈受体中鉴定(图14)。此外，本文提出的计算机模拟分析(图8和9)显示，51种候选细菌疗法分离株在健康个体中普遍存在，其中它们以平均相对丰度＞0.001％存在，并且这些细菌倾向于在生态失调的条件下消耗(图9)。总之，这些数据强烈表明表1中列出的51种细菌分
离株适用于治疗胃肠道生态失调。
移到由于抗生素治疗复发性艰难梭菌感染而导致生态失调的个体，所有都恢复健康(图6)，这被确定为在FMT后2-3个月没有艰难梭菌存在。通过CIP2过程鉴定细菌疗法候选菌的标准
要求在一半接受者的微生物群中存在某些候选细菌物种，其在FMT后2-3个月的平均相对丰
度超过＞0.6％。此外，代表表1中列出的51种细菌中的若干种的属也在健康供体和FMT后的治愈受体中鉴定(图14)。此外，本文提出的计算机模拟分析(图8和9)显示，51种候选细菌疗法分离株在健康个体中普遍存在，其中它们以平均相对丰度＞0.001％存在，并且这些细菌倾向于在生态失调的条件下消耗(图9)。总之，这些数据强烈表明表1中列出的51种细菌分
离株适用于治疗胃肠道生态失调。
[0218] 第三，预期表1中列出的细菌分离株与胃肠道中的肠道病原体竞争，因此可用于治疗胃肠道生态失调。具体而言，这些细菌在健康个体中的广泛存在意味着它们有效地定殖
在胃肠道中。当微生物群被这些与健康相关的细菌所填充时，已知任何致病性细菌感染肠
道的可能性较低，因为这种感染通常不会发生在具有健康胃肠道微生物群的个体中。实际
上，在FMT(其中代表表1中列出的51种细菌中的许多的属被鉴定为在针对抗生素治疗艰难
梭菌后的胃肠道生态失调治疗的个体中(图14))之后，恢复了健康的微生物群谱(图6和图
14)并且在3个月内艰难梭菌感染没有复发。这表明这些细菌根据定植抗性原则促进健康，
其中病原体被排除或通过与常驻的健康相关的细菌竞争营养和附着位点而被抑制
(Britton&Young 2014；Lawley&Walker 2013)。
在胃肠道中。当微生物群被这些与健康相关的细菌所填充时，已知任何致病性细菌感染肠
道的可能性较低，因为这种感染通常不会发生在具有健康胃肠道微生物群的个体中。实际
上，在FMT(其中代表表1中列出的51种细菌中的许多的属被鉴定为在针对抗生素治疗艰难
梭菌后的胃肠道生态失调治疗的个体中(图14))之后，恢复了健康的微生物群谱(图6和图
14)并且在3个月内艰难梭菌感染没有复发。这表明这些细菌根据定植抗性原则促进健康，
其中病原体被排除或通过与常驻的健康相关的细菌竞争营养和附着位点而被抑制
(Britton&Young 2014；Lawley&Walker 2013)。
[0219] 第四，表1中列出的细菌分离株中的若干个(例如HMI_9，HMI_12，HMI_20，HMI_21和HMI_23-HMI_32；详见表1)是基于对相同属或进化枝中其他物种的研究推断(Louis&Flint，2009)预期产生代谢物例如短链脂肪酸(已知其对胃肠健康有好处)。
[0220] 最后，一些梭菌属相关物种已被证明具有免疫调节作用并且可有利于减少炎症(Atarashi，Tanoue等.2013)。基于16S rRNA基因序列的比较，使用95％序列同一性作为定义属的截止值(Bosshard，Abels等.2003)，在这种情况下与这些细菌属于同一属的实例是
HMI_4，HMI_9，HMI_10，HMI_15，HMI_27，HMI_28和HMI_38。
HMI_4，HMI_9，HMI_10，HMI_15，HMI_27，HMI_28和HMI_38。
[0221] 表1-保藏的细菌疗法候选菌的特征
[0222]
[0223]
[0224]
[0225] 灰色填充＝正/是；没有填充＝负/否；斜线＝无可用数据/未测试
[0227] 表1中列出的51种保藏的细菌分离株的16S rRNA基因序列列于下面。对于每个细菌疗法候选菌，给出推定的属和种名称。如实施例1中所解释的，基于核糖体数据库计划
(RDP)参考数据库和BLASTn分析分配属和种名称。因此，分配给每种细菌疗法候选菌的属和种名称是最密切相关的已知细菌的名称，因此可以改变。
(RDP)参考数据库和BLASTn分析分配属和种名称。因此，分配给每种细菌疗法候选菌的属和种名称是最密切相关的已知细菌的名称，因此可以改变。
[0228] HMI_1热纤维梭菌16S rDNA序列(SEQ ID NO：1)
[0229]
[0230] HMI_2 Flavonifractor plautli 16S rDNA序列(SEQ ID NO：2)
[0231]
[0232] HMI_3 Flavonifractor plautii 16S rDNA序列(SEQ ID NO：3)
[0233]
[0234]
[0235] HMI_4 Clostridium orbiscindens 16S rDNA序列(SEQ ID NO：4)
[0236]
[0237] HMI_5 Ruminococcus flavefaciens 16S rDNA序列(SEQ ID NO：5)
[0238]
[0239]
[0240] HMI_6 Anaerotruncus colihominis 16S rDNA序列(SEQ ID NO：6)
[0241]
[0242] HMI_7木聚糖梭菌16S rDNA序列(SEQ ID NO：7)
[0243]
[0244]
[0245] HMI_8乳清酸梭菌16S rDNA序列(SEQ ID NO：8)
[0246]
[0247] HMI_9扭曲真杆菌16S rDNA序列(SEQ ID NO：9)
[0248]
[0249]
[0250] HMI_10乳清酸梭菌16S rDNA序列(SEQ ID NO：10)
[0251]
[0252] HMI_11 Lachnospira pectinoschiza 16S rDNA序列(SEQ ID NO：11)
[0253]
[0254] HMI_12 Roseburia faecis 16S rDNA序列(SEQ ID NO：12)
[0255]
[0256]
[0257] HMI_14 Clostridium hathewavi 16S rDNA序列(SEQ ID NO：13)
[0258]
[0259] HMI_15 Fusicatenibacter saccharivorans 16S rDNA序列(SEQ ID NO：14)
[0260]
[0261]
[0262] HMI_16梭状梭菌(Clostridium clostridioforme)16S rDNA序列(SEQ ID NO：15)
[0263]
[0264] HMI_17扭链瘤胃球菌16S rDNA序列(SEQ ID NO：16)
[0265]
[0266]
[0267] HMI_18 Clostridium celerecrescens 16S rDNA序列(SEQ ID NO：17)
[0268]
[0269] HMI_19 Clostridium celerescens 16S rDNA序列(SEQ ID NO：18)
[0270]
[0271] HMI_20 Eubacterium infirmum 16S rDNA序列(SEQ ID NO：19)
[0272]
[0273]
[0274] HMI_21 Eubacterium infirmum 16S rDNA序列(SEQ ID NO：20)
[0275]
[0276] HMI_22热纤维梭菌16S rDNA序列(SEQ ID NO：21)
[0277]
[0278]
[0279] HMI_23 Anaerovorax odorimutans 16S rDNA序列(SEQ ID NO：22)
[0280]
[0281]
[0282] HMI_24 Clostridium saccharogumia 16S rDNA序列(SEQ ID NO：23)
[0283]
[0284] HMI_25 Clostridium saccharogumia 16S rDNA序列(SEQ ID NO：24)
[0285]
[0286]
[0287] HMI_26 Blautia luti 16S rDNA序列(SEQ ID NO：25)
[0288]
[0289]
[0290] HMI_27梭状梭菌(Clostridium clostridioforme)16S rDNA序列(SEQ ID NO：26)
[0291]
[0292] HMI_28 Blautia producta 16S rDNA序列(SEQ ID NO：27)
[0293]
[0294]
[0295] HMI_29 Blautia alucerasea 16S rDNA序列(SEQ ID NO：28)
[0296]
[0297]
[0298] HMI_30 Clostridium straminisolvens 16S rDNA序列(SEQ ID NO：29)
[0299]
[0300] HMI_31 Butyricoccus pullicaecorum 16S rDNA序列(SEQ ID NO：30)
[0301]
[0302]
[0303] HMI_32 Clostridium maritium 16S rDNA序列(SEQ ID NO：31)
[0304]
[0305] HMI_33 Eubacterium fissicatens 16S rDNA序列(SEQ ID NO：32)
[0306]
[0307]
[0308] HMI_34解糖梭菌16S rDNA序列(SEQ ID NO：33)
[0309]
[0310]
[0311] HMI_35 Blautia luti 16S rDNA序列(SEQ ID NO：34)
[0312]
[0313] HMI_36 Clostridium methylpentosum 16S rDNA序列(SEQ ID NO：35)
[0314]
[0315] HMI_37木聚糖梭菌16S rDNA序列(SEQ ID NO：36)
[0316]
[0317]
[0318] HMI_38 Oscillibacter valericigenes 16S rDNA序列(SEQ ID NO：37)
[0319]
[0320]
[0321] HMI_39 Ruminococcus obeum 16S rDNA序列(SEQ ID NO：38)
[0322]
[0323] HMI_40埃氏巨型球菌16S rDNA序列(SEQ ID NO：39)
[0324]
[0325]
[0326] HMI_41 Blautia luti 16S rDNA序列(SEQ ID NO：40)
[0327]
[0328]
[0329] HOI_42 Bacteroides coprocola 16S rDNA序列(SEQ ID NO：41)
[0330]
[0331] HMI_43 Bacteroides plebius 16S rDNA序列(SEQ ID NO：42)
[0332]
[0333]
[0334] HMI_44 Roseburia inulinivorans 16S rDNA序列(SEQ ID NO：43)
[0335]
[0336]
[0337] HMI_45白色瘤胃球菌16S rDNA序列(SEQ ID NO：44)
[0338]
[0339] HMI_46 Blautia producta 16S rDNA序列(SEQ ID NO：45)
[0340]
[0341]
[0342] HMI_47系结梭菌16S rDNA序列(SEQ ID NO：46)
[0343]
[0344]
[0345] HMI_48 Butvricicoccus pullicaecorum 16S rDNA序列(SEQ ID NO：47)
[0346]
[0347] HMl_49 Ruminococcus flavefaciens 16S rDNA序列(SEQ ID NO：48)
[0348]
[0349]
[0350] HMI_50 Clostridium orbiscindens 16S rDNA序列(SEQ ID NO：49)
[0351]
[0352]
[0353] HMI_51 Ruminococcus bromii 16S rDNA序列(SEQ ID NO：50)
[0354]
[0355] HMI_52白色瘤胃球菌926R 16S rDNA序列(SEQ ID NO：51)
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[0359] 本说明书中提及的所有文献均通过引用整体并入本文。
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