1.一种用于评价甲状腺组织样品的方法，包括：
(a)确定所述甲状腺组织样品的一种或多种基因表达产物的表达水平；以及
(b)通过将所述表达水平与至少两组不同的生物标志物的基因表达数据进行比较，将甲状腺组织样品分类为良性的或疑似的，每组生物标志物的基因表达数据包含与一种或多种组织类型的存在相关的一个或多个参考基因表达水平，其中所述表达水平与所述至少两组生物标志物的基因表达数据连续比较。
2.权利要求1的方法，其中所述连续比较结束于通过使用主分类器分析所述表达水平来比较所述表达水平与最后一组生物标志物的基因表达数据，所述主分类器是从来自一组或多组生物标志物的基因表达数据获得的。
3.权利要求2的方法，其中所述主分类器是从包含与以下组织类型中的一种或多种的存在相关的一个或多个参考基因表达水平的基因表达数据获得的：滤泡性甲状腺腺瘤、滤泡性甲状腺癌、结节性增生、乳头状甲状腺癌、乳头状癌的滤泡变型、Hurthle细胞癌、Hurthle细胞腺瘤和淋巴细胞性甲状腺炎。
4.权利要求2的方法，其中所述连续比较起始于所述表达水平与一组或多组生物标志物的比较，该一组或多组生物标志包含与以下组织类型中的一种或多种的存在相关的一个或多个参考基因表达水平，所述组织类型为：甲状腺髓样癌、肾癌甲状腺转移、甲状旁腺、乳腺癌甲状腺转移和黑色素瘤甲状腺转移。
5.权利要求1的方法，还包括提供从受试者收集的甲状腺组织样品以供在步骤(a)中使用。
6.权利要求1的方法，其中所述连续比较包括将所述甲状腺组织样品表达水平输入计算机系统中，该计算机系统包含与所述多个参考基因表达水平相对应的基因表达数据。
7.权利要求1的方法，其中所述连续比较是通过算法来进行的，该算法由获自所述多个参考样品的所述基因表达数据训练的。
8.权利要求1的方法，其中所述至少两组生物标志物中的一个或多个包含与选自下组的一种或多种组织类型的存在相关的一个或多个基因表达产物水平：正常甲状腺、滤泡性甲状腺腺瘤、结节性增生、淋巴细胞性甲状腺炎、Hurthle细胞腺瘤、滤泡性甲状腺癌、乳头状甲状腺癌、乳头状癌的滤泡变型、甲状腺髓样癌、Hurthle细胞癌、甲状腺未分化癌、肾癌甲状腺转移、乳腺癌甲状腺转移、黑色素瘤甲状腺转移、B细胞淋巴瘤甲状腺转移和甲状旁腺。
9.权利要求1的方法，其中所述至少两组生物标志物中的一个或多个包含与选自下组的一种或多种组织类型的存在相关的一个或多个基因表达产物水平：滤泡性甲状腺腺瘤、滤泡性甲状腺癌、结节性增生、乳头状甲状腺癌、乳头状癌的滤泡变型、淋巴细胞性甲状腺炎、Hurthle细胞腺瘤和Hurthle细胞癌。
10.权利要求1的方法，其中所述至少两组生物标志物中的一个或多个包含与选自下组的一种或多种组织类型的存在相关的一个或多个基因表达产物水平：甲状腺髓样癌、肾癌甲状腺转移、甲状旁腺、乳腺癌甲状腺转移、黑色素瘤甲状腺转移、Hurthle细胞腺瘤和Hurthle细胞癌。
11.权利要求1的方法，其中所述至少两组生物标志物中的第一个包含与选自下组
的一种或多种组织类型的存在相关的一个或多个基因表达产物水平：甲状腺髓样癌、肾癌甲状腺转移、甲状旁腺、乳腺癌甲状腺转移、黑色素瘤甲状腺转移、Hurthle细胞腺瘤和Hurthle细胞癌；所述至少两组生物标志物中的第二个包含与选自下组的一种或多种组织类型的存在相关的一个或多个基因表达产物水平：滤泡性甲状腺腺瘤、滤泡性甲状腺癌、结节增生、乳头状甲状腺癌、乳头状癌的滤泡变型、淋巴细胞性甲状腺炎、Hurthle细胞腺瘤和Hurthle细胞癌。
12.权利要求1的方法，其中所述至少两组生物标志物中的一个或多个包含与Hurthle细胞腺瘤和/或Hurthle细胞癌的存在相关的一个或多个基因表达产物水平。
13.权利要求1的方法，其中所述参考基因表达水平是从通过手术活组织检查收集的至少一种手术参考甲状腺组织样品以及通过细针抽吸收集的至少一种FNA参考甲状腺组织样品获得的。
14.权利要求13的方法，其中所述至少一种手术参考甲状腺组织样品包括至少200个手术活组织检查样品。
15.权利要求13的方法，其中所述至少一种FNA参考甲状腺组织样品包括至少200个FNA细针抽吸样品。
16.权利要求1的方法，其中所述分类的阴性预测值为至少95％。
17.权利要求1的方法，其中所述一种或多种基因表达产物对应于选自图4的基因。
18.权利要求1的方法，其中所述一种或多种基因表达产物对应于选自下组的基因：
AFF3、AIMP2、ALDH1B1、BRP44L、C5orf30、CD44、CPE、CYCS、DEFB1、EGF、EIF2AK1、FAH、FRK、FRMD3、GOT1、HSD17B6、HSPA9、IGF2BP2、IQCA1、ITGB3、KCNJ1、LOC100129258、MDH2、NUPR1、ODZ1、PDHA1、PFKFB2、PHYH、PPP2R2B、PVALB、PVRL2、RPL3、RRAGD、SDHA、SDHALP1、SDHALP2、SDHAP3、SLC16A1、SNORD63、ST3GAL5、ZBED2、ABCD2、ACER3、ACSL1、AHNAK、AIM2、ARSG、ASPN、AUTS2、BCL2L1、BTLA、C11orf72、C4orf7、CC2D2B、CCL19、CCND1、CD36、CD52、CD96、CFH、CFHR1、CLDN1、CLDN16、CR2、CREM、CTNNA2、CXCL13、DAB2、DDI2、DNAJC13、DPP4、DPP6、DYNLT1、EAF2、EMR3、FABP4、FBXO2、FLJ42258、FN1、FN1、FPR2、FREM2、FXYD6、G0S2、GABRB2、GAL3ST4、GIMAP2、GMFG、GPHN、GPR174、GZMK、HCG11、HNRNPA3、IGHG1、IL7R、ITGB1、KCNA3、KLRG1、LCP1、LIPH、LOC100131599、LOC647979、LRP12、LRP1B、MAGI3、MAPK6、MATN2、MDK、MPPED2、MT1F、MT1G、MT1H、MT1P2、MYEF2、NDUFC2、NRCAM、OR10D1P、P2RY10、P2RY13、PARVG、PDE8A、PIGN、PIK3R5、PKHD1L1、PLA2G16、PLCB1、PLEK、PRKG1、PRNP、PROS1、PTPRC、PTPRE、PYGL、PYHIN1、PZP、RGS13、RIMS2、RNF24、ROS1、RXRG、SCEL、SCUBE3、SEMA3D、SERGEF、SERPINA1、SERPINA2、SHC1、SLAMF6、SLC24A5、SLC31A1、SLC34A2、SLC35B1、SLC43A3、SLC4A1、SLC4A4、SNCA、STK32A、THRSP、TIMP1、TIMP2、TMSB 10、TNFRSF17、TNFRSF1A、TXNDC12、VWA5A、WAS、WIPI1和ZFYVE16。
19.权利要求1的方法，其中所述甲状腺组织样品是通过针吸、细针抽吸、芯针活组织检查、真空辅助活组织检查、粗针活组织检查、切开活组织检查、切除活组织检查、钻取活组织检查、刮取活组织检查或皮肤活组织检查获得的。
20.权利要求1的方法，其中所述甲状腺组织样品是通过细针抽吸(FNA)获得的。
21.权利要求7的方法，其中使用多于200个临床样品训练所述训练算法。
22.权利要求7的方法，其中使用来源于至少5个不同地理位置的样品训练所述训练算法。
23.权利要求7的方法，其中使用样品的混合物来训练所述训练算法，其中一些所述样品通过FNA获得，其他所述样品通过手术活组织检查获得。
24.权利要求1的方法，其中所述甲状腺组织样品是人的甲状腺组织样品。
25.权利要求1的方法，其中所述分类的结果通过显示设备报告给用户。
26.一种用于评价甲状腺组织样品的方法，包括
(a)确定所述甲状腺组织样品的一种或多种基因表达产物的表达水平；以及
(b)通过比较所述表达水平和与Hurthle细胞腺瘤或Hurthle细胞癌的存在或不
存在相关的多个参考基因表达水平，来确定所述甲状腺组织样品中Hurthle细胞腺瘤或Hurthle细胞癌的存在。
27.权利要求26的方法，其中所述比较包括将所述甲状腺组织样品表达水平输入计算机系统中，该计算机系统包含与所述多个参考基因表达水平相对应的基因表达数据。
28.权利要求26的方法，其中所述比较是通过算法来进行的，该算法由从所述多个参考样品获得的所述表达数据训练的。
29.权利要求26的方法，还包括提供从受试者收集来的甲状腺组织样品以供在步骤(a)中使用。
30.权利要求26的方法，其中所述参考基因表达水平是从通过手术活组织检查收集的至少一种手术参考甲状腺组织样品和通过细针抽吸收集的至少一种FNA参考甲状腺组织样品获得的。
31.权利要求30的方法，其中所述至少一种手术参考甲状腺组织样品不包括Hurthle细胞腺瘤组织和/或Hurthle细胞癌组织。
32.权利要求30的方法，其中所述至少一种FNA参考甲状腺组织样品不包括Hurthle细胞腺瘤组织和/或Hurthle细胞癌组织。
33.权利要求26的方法，其中所述甲状腺组织样品是通过针吸、细针抽吸、芯针活组织检查、真空辅助活组织检查、粗针活组织检查、切开活组织检查、切除活组织检查、钻取活组织检查、刮取活组织检查或皮肤活组织检查获得的。
34.权利要求26的方法，其中所述一种或多种基因表达产物对应于选自下组的一个或多个基因：AFF3、AIMP2、ALDH1B1、BRP44L、C5orf30、CD44、CPE、CYCS、DEFB1、EGF、EIF2AK1、FAH、FRK、FRMD3、GOT1、HSD17B6、HSPA9、IGF2BP2、IQCA1、ITGB3、KCNJ1、LOC100129258、MDH2、NUPR1、ODZ1、PDHA1、PFKFB2、PHYH、PPP2R2B、PVALB、PVRL2、RPL3、RRAGD、SDHA、SDHALP1、SDHALP2、SDHAP3、SLC16A1、SNORD63、ST3GAL5和ZBED2。
35.权利要求26的方法，其中所述甲状腺组织样品是人的甲状腺组织样品。
36.权利要求26的方法，其中所述确定的结果通过显示设备报告给用户。
37.一种评价受试者的甲状腺组织的方法，包括以下步骤：
(a)获得来自所述受试者的甲状腺组织样品的两种或多种基因表达产物的表达水平，其中所述两种或多种基因表达产物对应于选自图4的两个或多个基因；以及
(b)通过将所述基因表达水平与所述甲状腺组织样品中甲状腺病状的存在进行关联，来确定所述生物样品具有甲状腺病状。
38.权利要求37的方法，其中所述方法具有至少50％的特异性。
39.权利要求37的方法，其中所述一种或多种基因表达产物对应于至少10个选自图4的基因。
40.权利要求37的方法，其中所述一种或多种基因表达产物对应于至少20个选自图4的基因。
41.权利要求37的方法，其中所述甲状腺组织样品是通过针吸、细针抽吸、芯针活组织检查、真空辅助活组织检查、粗针活组织检查、切开活组织检查、切除活组织检查、钻取活组织检查、刮取活组织检查或皮肤活组织检查获得的。
42.权利要求37的方法，其中所述受试者是人。
43.权利要求37的方法，其中所述基因表达产物是RNA。
44.权利要求43的方法，其中所述基因表达产物是mRNA、rRNA、tRNA或miRNA。
45.权利要求43的方法，其中通过微阵列、SAGE、印迹法、RT-PCR、测序或定量PCR来测定RNA表达水平。
46.权利要求37的方法，其中所述甲状腺病状是恶性甲状腺病状。
47.权利要求37的方法，其中NPV为至少95％，且特异性为至少50％。
48.权利要求37的方法，其中所述确定的结果通过显示设备报告给用户。
49.一种评价来自患者的甲状腺组织样品的方法，包括以下步骤：
(a)确定所述甲状腺组织样品的一种或多种基因表达产物的表达水平；
(b)将步骤(a)的表达水平与从多个参考样品获得的基因表达数据进行比较，其中所述多个参考样品包括通过甲状腺组织的手术活组织检查而获得的参考甲状腺样品和通过甲状腺组织的细针抽吸而获得的参考甲状腺样品；以及
(c)基于所述关联，(i)确定所述甲状腺组织样品为恶性的，(ii)确定所述甲状腺组织样品为良性的，(iii)确定所述甲状腺组织样品为非癌性的，(iv)确定所述甲状腺组织样品为非恶性的，或(v)确定所述甲状腺组织样品为正常的。
50.权利要求49的方法，其中所述比较是通过算法来进行的，该算法由从所述多个参考样品获得的所述基因表达数据训练的。
51.权利要求49的方法，其中所述多个参考样品包括至少200个参考样品。
52.权利要求49的方法，还包括提供从受试者收集的甲状腺组织样品以供在步骤(a)中使用。
53.权利要求49的方法，其中所述甲状腺组织样品是通过针吸、细针抽吸、芯针活组织检查、真空辅助活组织检查、粗针活组织检查、切开活组织检查、切除活组织检查、钻取活组织检查、刮取活组织检查或皮肤活组织检查获得的。
54.权利要求49的方法，其中所述甲状腺组织样品是人的甲状腺组织样品。
55.权利要求49的方法，其中所述多个参考样品具有选自下组的病理学：滤泡性甲状腺腺瘤、滤泡性甲状腺癌、结节增生、乳头状甲状腺癌、乳头状癌的滤泡变型、淋巴细胞性甲状腺炎、Hurthle细胞腺瘤和Hurthle细胞癌。
56.权利要求49的方法，其中所述比较包括所述表达水平与至少两组不同的生物标志物的基因表达数据的比较，每组生物标志物的基因表达数据包含与一种或多种组织类型的存在相关的一个或多个参考基因表达水平，其中所述表达水平与所述至少两组生物标志物的基因表达数据进行连续比较。
57.权利要求56的方法，其中所述至少两组生物标志物中的第一个包含与选自下组的一种或多种组织类型的存在相关的一个或多个基因表达产物水平：甲状腺髓样癌、肾癌甲状腺转移、甲状旁腺、乳腺癌甲状腺转移、黑色素瘤甲状腺转移、Hurthle细胞腺瘤和Hurthle细胞癌；所述至少两种分类器中的第二种包含与选自下组的一种或多种组织类型的存在相关的一个或多个基因表达产物水平：滤泡性甲状腺腺瘤、滤泡性甲状腺癌、结节增生、乳头状甲状腺癌、乳头状癌的滤泡变型、淋巴细胞性甲状腺炎、Hurthle细胞腺瘤和Hurthle细胞癌。
58.一种为具有或疑似具有甲状腺病状的受试者选择治疗的方法，包括：
(a)获得来自所述受试者的甲状腺组织样品的两种或多种基因表达产物的表达水平，其中所述两种或多种基因表达产物对应于选自图4的两个或多个基因；以及
(b)基于所述基因表达水平与所述甲状腺组织样品中甲状腺病状的存在的关联，为所述受试者选择治疗。
59.权利要求58的方法，其中所述治疗选自放射性碘消融术、外科手术、甲状腺切除术和施用治疗剂。
60.权利要求58的方法，其中所述关联包括所述表达水平与至少两组不同的生物标志物的基因表达数据的比较，每组生物标志物的基因表达数据包含与一种或多种组织类型的存在相关的一个或多个参考基因表达水平，其中所述表达水平与所述至少两组生物标志物的基因表达数据进行连续比较。
61.权利要求60的方法，其中所述连续比较结束于通过使用主分类器分析所述表达水平来比较所述表达水平与最后一组生物标志物的基因表达数据，所述主分类器是从来自一组或多组生物标志物的基因表达数据获得的。
62.权利要求61的方法，其中所述主分类器是从包含与以下组织类型中之一种或多种的存在相关的一个或多个参考基因表达水平的基因表达数据获得的：滤泡性甲状腺腺瘤、滤泡性甲状腺癌、结节增生、乳头状甲状腺癌、乳头状癌的滤泡变型、Hurthle细胞癌、Hurthle细胞腺瘤和淋巴细胞性甲状腺炎。
63.权利要求58的方法，其中所述甲状腺病状选自滤泡性甲状腺腺瘤、结节增生、淋巴细胞性甲状腺炎、Hurthle细胞腺瘤、滤泡性甲状腺癌、乳头状甲状腺癌、乳头状癌的滤泡变型、甲状腺髓样癌、Hurthle细胞癌、甲状腺未分化癌、肾癌甲状腺转移、乳腺癌甲状腺转移、黑色素瘤甲状腺转移和B细胞淋巴瘤甲状腺转移。
64.权利要求58的方法，其中所述受试者是人类受试者。
65.权利要求58的方法，其中所述关联是通过由从多个参考样品获得的表达数据训练的算法来进行的。
66.权利要求37的方法，其中所述关联的结果通过显示设备报告给用户。