通过调节微生物组来增强免疫检查点阻断疗法的方法
专利汇可以提供通过调节微生物组来增强免疫检查点阻断疗法的方法专利检索，专利查询，专利分析的服务。并且本文提供了通过调节 微 生物 组以增强免疫检查点阻断的效 力 从而 治疗 癌症的方法和组合物。可以通过施用丁酸盐和/或产丁酸盐细菌来调节微生物组。本文还提供了通过鉴定受试者是否具有有利的微生物谱来确定对免疫检查点 抑制剂 的反应的方法。，下面是通过调节微生物组来增强免疫检查点阻断疗法的方法专利的具体信息内容。
1.一种包含至少一个分离或纯化的细菌群体的组合物，所述细菌群体属于瘤胃球菌科(Ruminococcaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、毛螺菌科(Lachnospiraceae)、微球菌科(Micrococcaceae)和/或韦荣氏球菌科(Veilonellaceae)中的一个或多个。
2.一种包含至少两个分离或纯化的细菌群体的组合物，所述细菌群体属于瘤胃球菌科、梭菌科、毛螺菌科、微球菌科和/或韦荣氏球菌科中的一个或多个。
3.权利要求1或权利要求2的组合物，其中每个细菌群体以至少103CFU的浓度存在于所述组合物中。
4.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述组合物是活细菌产品或活生物治疗产品。
5.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述至少一个分离或纯化的细菌群体或所述至少两个分离或纯化的细菌群体作为细菌孢子提供。
6.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述至少一个细菌群体或所述至少两个分离或纯化的细菌群属于梭菌目(Clostridiales)XII和/或梭菌目XIII。
7.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述至少一个分离或纯化的细菌群体或所述至少两个分离或纯化的细菌群体属于瘤胃球菌科和/或梭菌科。
8.权利要求1或权利要求2的组合物，其中属于瘤胃球菌科的所述细菌群体进一步限定为属于瘤胃球菌属(Ruminococcus)的细菌群体。
9.权利要求8的组合物，其中属于瘤胃球菌属的所述细菌群体进一步限定为属于布氏瘤胃球菌(Ruminococcus bromii)种的细菌群体。
10.权利要求1或权利要求2的组合物，其中属于瘤胃球菌科的所述细菌群体进一步限定为属于粪杆菌属(Faecalibacterium)的细菌群体。
11.权利要求10的组合物，其中将属于粪杆菌属的细菌群进一步限定为属于普氏粪杆菌(Faecalibacterium prausnitzii)种的细菌群体。
12.权利要求1或权利要求2的组合物，其中属于微球菌科的所述细菌群体进一步限定为属于罗氏菌属(Rothia)的细菌群体。
13.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述组合物进一步包含属于Porphyromonas pasteri种、Clostridium hungatei种、Phascolarctobacterium faecium种、
Pepetoniphilus属和/或柔膜菌纲(Mollicutes)的细菌群体。
14.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述组合物基本上不含属于拟杆菌目
(Bacteroidales)的细菌群体。
15.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述至少一个分离或纯化的细菌群体或所述至少两个分离或纯化的细菌群体属于选自表1中具有高于0.5的富集指数(ei)的种类的一个或多个种、亚种或菌株。
16.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述至少一个分离或纯化的细菌群体或所述至少两个分离或纯化的细菌群体选自表1中具有等于1的“ei”的种类。
17.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述至少一个分离或纯化的细菌群体或所述至少两个分离或纯化的细菌群体包含与由选自以下NCBI分类ID的NCBI分类ID确定的细菌的16S核糖体RNA(rRNA)核苷酸序列至少90％相同的16S rRNA核苷酸序列：717959，587，
758823，649756，44749，671218，1264，1122135，853，484018，46503，54565，290052，216931，
575978，433321，1796646，213810，228924，290054，1509，1462919，29375，337097，1298596，
487174，642492，1735，1297424，742766，46680，132925，411467，1318465，1852367，
1841857，169679，1175296，259063，172901，39488，57172，28118，166486，28133，1529，
694434，1007096，84030，56774，102148，626947，216933，1348613，1472417，100176，824，
1471761，1297617，288966，1317125，28197，358743，264639，1265，1335，66219，69473，
115117，341220，1732，873513，396504，1796619，45851，2741，105841，86332，1349822，
84037，180311，54291，1217282，762984，1185412，154046，663278，1543，398512，69825，
1841867，1535，1510，84026，1502，1619234，39497，1544，29343，649762，332095，536633，
1033731，574930，742818，177412，1121308，419208，1673717，55779，28117，626937，
180332，1776382，40519，34062，40518，74426，1216062，293826，850，645466，474960，
36835，115544，1515，88431，216932，1417852，39492，1583，420247，118967，169435，37658，
138595，31971，100886，1197717，234908，537007，319644，168384，915173，95159，1816678，
626940，501571，1796620，888727，1147123，376806，1274356，1267，39495，404403，1348，
253314，258515，33033，1118061，357276，214851，320502，217731，246787，29371，649764，
901，29374，33043，39778，682400，871665，160404，745368，408，1584，333367，47246，
1096246，53342，438033，351091，1796622，1776384，817，48256，720554，500632，36849，
301302，879970，655811，264463，1532，285，995，242750，29539，1432052，622312，1796636，
1337051，328814，28446，1492，820，39496，52786，1549，1796618，582，46507，109327，1531，
1382，33039，311460，230143，216935，539，35519，1681，328813，214853，89014，1121115，
1585974，29466，1363，292800，270498，214856，142877，133926，209880，179628，1121102，
105612，1796615，39777，29353，1579，163665，53443，261299，1302，1150298，938289，
358742，471875，938278，1796613，1118057，1077144，1737，218205，1121298，684066，
433659，52699，204516，706562，253257，328812，1280，147802，58134，1335613，891，
585394，1582，235931，308994，1589，1682，1736，28129，178001，551788，2051，856，118562，
101070，515619，40215，187979，82979，29363，1776391，1285191，84112，157688，38304，
36850，341694，287，75612，818，371674，338188，88164，588581，676965，546271，1236512，
178338，862517，157687，158，51048，1583331，529，888745，394340，40545，855，553973，
938293，93063，708634，179995，1351，476652，1464038，555088，237576，879566，1852371，
742727，1377，35830，997353，218538，83771，1605，28111，131109，46609，690567，46206，
155615，51616，40542，203，294，1034346，156456，80866，554406，796942，1002367，29347，
796944，61592，487175，1050201，762948，137732，1211819，1019，272548，1717，384636，
216940，2087，45634，466107，1689，47678，575，979627，840，1660，1236517，617123，546，
28135，82171，483，501496，99656，1379，84032，39483，1107316，584，28124，1033744，
657309，536441，76123，1118060，89152，76122，303，1541，507751，515620，38302，53419，
726，40324，1796610，988946，1852370，1017，1168289，76936，94869，1161098，215580，
1125779，327575，549，1450648和478。
18.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述至少一个分离或纯化的细菌群体或所述至少两个分离或纯化的细菌群体是包含与SEQ ID NO:1-876的序列至少80％相同的16S rRNA基因序列的种、亚种或菌株。
19.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述至少一个分离或纯化的细菌群体或所述至少两个分离或纯化的细菌群体属于选自以下的种、亚种或细菌株：凝固拟杆菌(Bacteroides coagulans)、Clostridium aldenense、阿氏梭菌(Clostridium
aldrichii)、Clostridium alkalicellulosi、Clostridium amygdalinum、Clostridium asparagiforme、Clostridium cellulosi、Clostridium citroniae、Clostridium clariflavum DSM 19732、梭状梭菌(Clostridium clostridioforme)、肠梭菌
(Clostridium colinum)、Clostridium fimetarium、Clostridium hiranonis、
Clostridium hungatei、Clostridium hylemonae DSM 15053、吲哚梭菌(Clostridium indolis)、Clostridium lactatifermentans、柔嫩梭菌(Clostridium leptum)、甲基戊糖梭菌(Clostridium methylpentosum)、乳清酸梭菌(Clostridium oroticum)、Clostridium papyrosolvens DSM 2782、包氏梭菌(Clostridium populeti)、丙酸梭菌(Clostridium propionicum)、解糖梭菌(Clostridium saccharolyticum)、Clostridium scindens、球孢梭菌(Clostridium sporosphaeroides)、粪堆梭菌(Clostridium stercorarium)、Clostridium straminisolvens、Clostridium sufflavum、白蚁梭菌(Clostridium termitidis)、Clostridium thermosuccinogenes、Clostridium viride、解木聚糖梭菌(Clostridium xylanolyticum)、Desuljotomaculum guttoideum、直肠真杆菌
(Eubacterium rectale)ATCC 33656、细长真杆菌(Eubacterium dolichum)、挑剔真杆菌(Eubacterium eligens)ATCC 27750、霍氏真杆菌(Eubacterium hallii)、Eubacterium infirmum、惰性真杆菌(Eubacterium siraeum)、纤细真杆菌(Eubacterium tenue)、扭链瘤胃球菌(Ruminococcus torques)、Acetanaerobacterium elongatum、Acetatifactor muris、解纤维素醋弧菌(Acetivibrio cellulolyticus)、产乙醇醋弧菌(Acetivibrio ethanolgignens)、甘蓝无胆甾原体(Acholeplasma brassicae)0502、细小无胆甾原体(Acholeplasma parvum)、Acholeplasma vituli、琼氏不动杆菌(Acinetobacter junii)、Actinobacillus porcinus、Actinomyces bowdenii、Actinomyces dentalis、龋齿放线菌(Actinomyces odontolyticus)、Acutalibacter muris、浅绿气球菌(Aerococcus viridans)、苛求气微菌(Aeromicrobium fastidiosum)、Alistipes finegoldii、Alistipes obesi、Alistipes onderdonkii、Alistipes putredinis、Alistipes shahii、Alistipes shahii WAL 8301、Alistipes timonensis JC136、Alkalibacter
saccharofermentans、Alkaliphilus metalliredigens QYMF、Allisonella
histaminiformans、Allobaculum stercoricanis DSM 13633、Alloprevotella rava、Alloprevotella tannerae、Anaerobacterium chartisolvens、Anaerobiospirillum thomasii、Anaerobium acetethylicum、Anaerococcus octavius NCTC 9810、
Anaerococcus provenciensis、Anaerococcus vaginalis ATCC 51170、Anaerocolumna jejuensis、Anaerofilum agile、Anaerofustis stercorihominis、Anaeroglobus geminatus、Anaeromassilibacillus senegalensis、不溶菌厌氧枝原体(Anaeroplasma abactoclasticum)、叉形棍状厌氧菌(Anaerorhabdus furcosa)、Anaerosporobacter mobilis、Anaerostipes butyraticus、Anaerostipes caccae、Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、Anaerovorax odorimutans、Anoxybacillus rupiensis、Aquabacterium limnoticum、布氏弓形杆菌(Arcobacter butzleri)、Arthrospira platensis、Asaccharobacter celatus、极小阿托波氏菌(Atopobium parvulum)、粪拟杆菌(Bacteroides caccae)、Bacteroides caecimuris、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus YIT 12056、Bacteroides dorei、埃氏拟杆菌(Bacteroides eggerthii)、Bacteroides finegoldii、脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)、
Bacteroides gallinarum、Bacteroides massiliensis、Bacteroides oleiciplenus YIT
12058、Bacteroides plebeius DSM 17135、Bacteroides rodentium JCM 16496、多形拟杆菌(Bacteroides thetaiotaomicron)、单形拟杆菌(Bacteroides uniformis)、解木聚糖拟杆菌(Bacteroides xylanisolvens)XB1A、Bacteroides xylanolyticus、Barnesiella intestinihominis、Beduini massiliensis、两歧双歧杆菌(Bifidobacterium bifidum)、齿双歧杆菌(Bifidobacterium dentium)、长双歧杆菌婴儿亚种(Bifidobacterium longum subsp.infantis)、Blautia caecimuris、Blautia coccoides、Blautia faecis、Blautia glucerasea、Blautia hansenii DSM 20583、Blautia hydrogenotrophica、Blautia luti、Blautia luti DSM 14534、Blautia wexlerae DSM 19850、水生布戴约维采菌(Budvicia aquatica)、Butyricicoccus pullicaecorum、Butyricimonas paravirosa、Butyrivibrio crossotus、Caldicoprobacter oshimai、Caloramator coolhaasii、Caloramator proteoclasticus、Caloramator quimbayensis、纤细弯曲杆菌(Campylobacter
gracilis)、直肠弯曲杆菌(Campylobacter rectus)、Campylobacter ureolyticus DSM
20703、牙龈二氧化碳嗜纤维菌(Capnocytophaga gingivalis)、Capnocytophaga leadbetteri、生痰二氧化碳嗜纤维菌(Capnocytophaga sputigena)、Casaltella massiliensis、Catabacter hongkongensis、Catenibacterium mitsuokai、
Christensenella minuta、Christensenella timonensis、Chryseobacterium
taklimakanense、弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacter freundii)、Cloacibacillus porcorum、Clostridioides difficile ATCC 9689＝DSM 1296、Clostridium amylolyticum、Clostridium bowmanii、丁酸梭菌(Clostridium butyricum)、尸毒梭菌(Clostridium cadaveris)、Clostridium colicanis、Clostridium gasigenes、缓纤维梭菌(Clostridium lentocellum)DSM 5427、海梭菌(Clostridium oceanicum)、Clostridium oryzae、类腐败梭菌(Clostridium paraputrificum)、Clostridium pascui、产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)、Clostridium quinii、Clostridium saccharobutylicum、生孢梭菌(Clostridium sporogenes)、Clostridium ventriculi、产气柯林斯菌(Collinsella aerofaciens)、睾丸酮丛毛单胞菌(Comamonas testosteroni)、Coprobacter fastidiosus NSB1、Coprococcus eutactus、白喉棒杆菌(Corynebacterium diphtheriae)、
Corynebacterium durum、Corynebacterium mycetoides、Corynebacterium
pyruviciproducens ATCC BAA-1742、Corynebacterium tuberculostearicum、
Culturomica massiliensis、Cuneatibacter caecimuris、Defluviitalea
saccharophila、食酸代尔夫特菌(Delftia acidovorans)、Desulfitobacterium chlororespirans、Desulfitobacterium metallireducens、Desulfosporosinus acididurans、Desulfotomaculum halophilum、Desulfotomaculum intricatum、Desulfotomaculum tongense、脱硫脱硫弧菌脱硫亚种(Desulfovibrio desulfuricans subsp.Desulfuricans)、Desulfovibrio idahonensis、Desulfovibrio litoralis、Desulfovibrio piger、简单脱硫弧菌(Desulfovibrio simplex)、Desulfovibrio zosterae、氧化乙酸脱硫单胞菌(Desulfuromonas acetoxidans)、Dethiobacter alkaliphilus AHT1、Dethiosulfatibacter aminovorans、Dialister invisus、Dialister propionicifaciens、Dielma fastidiosa、Dietzia alimentaria72、Dorea longicatena、Dysgonomonas gadei ATCC BAA-286、Dysgonomonas mossii、迟缓埃格特菌(Eggerthella lenta)、啮蚀艾肯氏菌(Eikenella corrodens)、Eisenbergiella tayi、Emergencia timonensis、Enorma massiliensis phI、粪肠球菌(Enterococcus faecalis)、
Enterorhabdus muris、哈尔滨产乙醇杆菌(Ethanoligenens harbinense)YUAN-3、Eubacterium coprostanoligenes、粘液真杆菌(Eubacterium limosum)、氧化还原真杆菌(Eubacterium oxidoreducens)、沟迹真杆菌(Eubacterium sulci)ATCC 35585、单形真杆菌(Eubacterium uniforme)、凸腹真杆菌(Eubacterium ventriosum)、嗜木聚糖真杆菌(Eubacterium xylanophilum)、Extibacter muris、Ezakiella peruensis、普氏粪杆菌、Faecalicoccus acidiformans、Faecalitalea cylindroides、绒毛产线菌(Filifactor villosus)、Flavonifractor plautii、Flintibacter butyricus、Frisingicoccus caecimuris、Fucophilus fucoidanolyticus、Fusicatenibacter saccharivorans、死亡梭杆菌(Fusobacterium mortiferum)、具核梭杆菌文氏亚种(Fusobacterium nucleatum subsp.Vincentii)、猿梭杆菌(Fusobacterium simiae)、可变梭杆菌(Fusobacterium varium)、Garciella nitratireducens、溶血孪生球菌(Gemella haemolysans)、甲酸芽殖菌(Gemmiger formicilis)、Gordonibacter urolithinfaciens、Gracilibacter thermotolerans JW/YJL-S1、Granulicatella elegans、Guggenheimella bovis、溶血嗜血菌(Haemophilus haemolyticus)、Helicobacter typhlonius、Hespellia stercorisuis、Holdemanella biformis、Holdemania massiliensis AP2、Howardella ureilytica、Hungatella effluvii、Hungatella hathewayi、Hydrogenoanaerobacterium
saccharovorans、Ihubacter massiliensis、Intestinibacter bartlettii、
Intestinimonas butyriciproducens、Irregularibacter muris、Kiloniella laminariae DSM 19542、Kroppenstedtia guangzhouensis、Lachnoanaerobaculum orale、
Lachnoanaerobaculum umeaense、Lachnoclostridium phytofermentans、嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus)、低温乳杆菌(Lactobacillus algidus)、动物乳杆菌(Lactobacillus animalis)、干酪乳杆菌(Lactobacillus casei)、德氏乳杆菌
(Lactobacillus delbrueckii)、Lactobacillus fornicalis、惰性乳杆菌(Lactobacillus iners)、戊糖乳杆菌(Lactobacillus pentosus)、罗氏乳杆菌(Lactobacillus rogosae)、格氏乳球菌(Lactococcus garvieae)、Lactonifactor longoviformis、口腔纤毛菌(Leptotrichia buccalis)、Leptotrichia hofstadii、Leptotrichia hongkongensis、Leptotrichia wadei、Leuconostoc inhae、Levyella massiliensis、Loriellopsis cavernicola、Lutispora thermophila、Marinilabilia salmonicolor JCM 21150、Marvinbryantia formatexigens、萤火虫中间原体(Mesoplasma photuris)、史氏甲烷短杆菌(Methanobrevibacter smithii)ATCC 35061、Methanomassiliicoccus luminyensis BIO、扭脱甲基杆菌(Methylobacterium extorquens)、Mitsuokella jalaludinii、Mobilitalea sibirica、柯氏动弯杆菌(Mobiluncus curtisii)、Mogibacterium pumilum、Mogibacterium timidum、Moorella glycerini、Moorella humiferrea、不液化莫拉氏菌(Moraxella nonliquefaciens)、奥斯陆莫拉氏菌(Moraxella osloensis)、摩氏摩根氏菌(Morganella morganii)、Moryella indoligenes、Muribaculum intestinale、Murimonas intestini、Natranaerovirga pectinivora、Neglecta timonensis、灰色奈瑟氏球菌(Neisseria cinerea)、Neisseria oralis、Nocardioides mesophilus、Novibacillus thermophilus、人苍白杆菌(Ochrobactrum anthropi)、Odoribacter splanchnicus、Olsenella profusa、Olsenella uli、Oribacterium asaccharolyticum ACB7、
Oribacterium sinus、Oscillibacter ruminantium GH1、Oscillibacter valericigenes、Oxobacter pfennigii、成团泛菌(Pantoea agglomerans)、Papillibacter
cinnamivorans、Parabacteroides faecis、Parabacteroides goldsteinii、
Parabacteroides gordonii、Parabacteroides merdae、Parasporobacterium
paucivorans、Parasutterella excrementihominis、Parasutterella secunda、Parvimonas micra、黑色消化球菌(Peptococcus niger)、Peptoniphilus duerdenii ATCC BAA-1640、Peptoniphilus grossensis ph5、Peptoniphilus koenoeneniae、
Peptoniphilus senegalensis JC140、Peptostreptococcus stomatis、
Phascolarctobacterium succinatutens、Phocea massiliensis、Pontibacter indicus、Porphyromonas bennonis、牙髓卟啉单胞菌(Porphyromonas endodontalis)、
Porphyromonas pasteri、Prevotella bergensis、颊普雷沃氏菌(Prevotella buccae)ATCC 33574、栖牙普雷沃氏菌(Prevotella denticola)、抑制普雷沃氏菌(Prevotella enoeca)、Prevotella fusca JCM 17724、洛氏普雷沃氏菌(Prevotella loescheii)、变黑普雷沃氏菌(Prevotella nigrescens)、口普雷沃氏菌(Prevotella oris)、Prevotella pollens ATCC 700821、Prevotella stercorea DSM 18206、Prevotellamassilia timonensis、Propionispira arcuata、奇异变形杆菌(Proteus mirabilis)、雷氏普罗威登斯菌(Providencia rettgeri)、Pseudobacteroides cellulosolvens ATCC 35603＝DSM
2933、瘤胃假丁酸弧菌(Pseudobutyrivibrio ruminis)、Pseudoflavonifractor capillosus ATCC 29799、铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)、荧光假单胞菌(Pseudomonas fluorescens)、孟氏假单胞菌(Pseudomonas mandelii)、硝基还原假单胞菌(Pseudomonas nitroreducens)、恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida)、Raoultella ornithinolytica、植生拉乌尔菌(Raoultella planticola)、Raoultibacter
massiliensis、Robinsoniella peoriensis、Romboutsia timonensis、Roseburia faecis、Roseburia hominis A2-183、Roseburia intestinalis、Roseburia inulinivorans DSM
16841、龋齿罗氏菌(Rothia dentocariosa)ATCC 17931、Ruminiclostridium
thermocellum、白色瘤胃球菌(Ruminococcus albus)、布氏瘤胃球菌、伶俐瘤胃球菌(Ruminococcus callidus)、Ruminococcus champanellensis18P13＝JCM 17042、Ruminococcus faecis JCM 15917、黄化瘤胃球菌(Ruminococcus flavefaciens)、Ruminococcus gauvreauii、酸奶瘤胃球菌(Ruminococcus lactaris)ATCC 29176、Rummeliibacillus pycnus、Saccharofermentans acetigenes、Scardovia wiggsiae、Schlegelella thermodepolymerans、Sedimentibacter hongkongensis、生痰新月形单胞菌(Selenomonas sputigena)ATCC 35185、Slackia exigua ATCC 700122、Slackia piriformis YIT 12062、Solitalea canadensis、Solobacterium moorei、Sphingomonas aquatilis、Spiroplasma alleghenense、Spiroplasma chinense、Spiroplasma chrysopicola、蚊螺原体(Spiroplasma culicicola)、Spiroplasma lampyridicola、Sporobacter termitidis、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、嗜麦芽寡养单胞菌(Stenotrophomonas maltophilia)、Stomatobaculum longum、无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)ATCC 13813、嵴链球菌(Streptococcus cristatus)、马链球菌
(Streptococcus equinus)、格氏链球菌(Streptococcus gordonii)、Streptococcus lactarius、副乳房链球菌(Streptococcus parauberis)、Subdoligranulum variabile、溶糊精琥珀酸弧菌(Succinivibrio dextrinosolvens)、Sutterella stercoricanis、Sutterella wadsworthensis、Syntrophococcus sucromutans、Syntrophomonas zehnderi OL-4、Terrisporobacter mayombei、白栖热嗜油菌(Thermoleophilum album)、齿垢密螺旋体(Treponema denticola)、索氏密螺旋体(Treponema socranskii)、Tyzzerella nexilis DSM 1787、Vallitalea guaymasensis、Vallitalea pronyensis、噬小球藻吸血弧菌(Vampirovibrio chlorellavorus)、非典型韦荣式球菌(Veillonella atypica)、Veillonella denticariosi、殊异韦荣氏球菌(Veillonella dispar)、小韦荣氏球菌(Veillonella parvula)、Victivallis vadensis、Vulcanibacillus modesticaldus和融合魏斯氏菌(Weissella confusa)。
20.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述至少一个分离或纯化的细菌群体或所述至少两个分离或纯化的细菌群体属于选自表2中指定反应状态为反应者(R)的种类的细菌种。
21.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述至少一个分离或纯化的细菌群体或所述至少两个分离或纯化的细菌群体属于选自表2中指定反应状态为反应者(R)的并具有低于0.1的未调节p-值的种类的细菌种。
22.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述至少一个分离或纯化的细菌群体或所述至少两个分离或纯化的细菌群体属于包含与选自以下的共丰度基因组(CAG)序列具有至少80％同一性的核苷酸序列的种、亚种或株：SEQ ID NO:877-926、SEQ ID NO:927-976、SEQ ID NO:977-1026、SEQ ID NO:1027-1076、SEQ ID NO:1077-1126、SEQ ID NO:1127-1176、SEQ ID NO:1177-1226、SEQ ID NO:1227-1276、SEQ ID NO:1277-1326、SEQ ID NO:1327-
1376、SEQ ID NO:1377-1426、SEQ ID NO:1427-1476、SEQ ID NO:1477-1526、SEQ ID NO:
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2477-2526、SEQ ID NO:2527-2576、SEQ ID NO:2577-2626和SEQ ID NO:2627-2676。
23.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述至少一个分离或纯化的细菌群体或所述至少两个分离或纯化的细菌群体选自包含以下核苷酸序列的种，所述核苷酸序列与SEQ ID NO:877-926具有至少29％同一性、与SEQ ID NO:927-976具有至少16.5％同一性、与SEQ ID NO:977-1026具有至少48.5％同一性、与SEQ ID NO:1027-1076具有至少28％同一性、与SEQ ID NO:1077-1126具有至少93.5％同一性、与SEQ ID NO:1127-1176具有至少99.5％同一性、与SEQ ID NO:1177-1226具有至少99.5％同一性、与SEQ ID NO:1227-1276具有至少
99％同一性、与SEQ ID NO:1277-1326具有100％同一性、与SEQ ID NO:1327-1376具有至少
21.5％同一性、与SEQ ID NO:1377-1426具有100％同一性、与SEQ ID NO:1427-1476具有至少97％同一性、与SEQ ID NO:1477-1526具有至少55.5％同一性、与SEQ ID NO:1527-1576具有100％同一性、与SEQ ID NO:1577-1626具有至少34％同一性、与SEQ ID NO:1627-1676具有至少14％同一性、与SEQ ID NO:1677-1726具有100％同一性、与SEQ ID NO:1727-1776具有至少93％同一性、与SEQ ID NO:1777-1826具有100％同一性、与SEQ ID NO:1827-1876具有至少45％同一性、与SEQ ID NO:1877-1926具有至少99％同一性、与SEQ ID NO:1927-
1976具有至少74％同一性、与SEQ ID NO:1977-2026具有100％同一性、与SEQ ID NO:2027-
2076具有100％同一性、与SEQ ID NO:2077-2126具有至少20％同一性、与SEQ ID NO:2127-
2176具有至少84％同一性、与SEQ ID NO:2177-2226具有至少35.5％同一性、与SEQ ID NO:
2227-2276具有至少32.5％同一性、与SEQ ID NO:2277-2326具有至少70％同一性、与SEQ ID NO:2327-2376具有100％同一性、与SEQ ID NO:2377-2426具有至少70.5％同一性、与SEQ ID NO:2427-2476具有至少99.5％同一性、与SEQ ID NO:2477-2526具有至少68.5％同一性、与SEQ ID NO:2527-2576具有100％同一性、与SEQ ID NO:2577-2626具有至少97.5％同一性或与SEQ ID NO:2627-2676具有100％同一性。
24.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述细菌是冻干的或冷冻干燥的。
25.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述组合物配制用于口服递送。
26.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述配制用于口服递送的组合物是片剂或胶囊。
27.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述片剂或胶囊包含耐酸肠溶包衣。
28.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述包含所述至少一个分离或纯化的细菌群体或所述至少两个分离或纯化的细菌群体的组合物配制用于通过直肠、通过结肠镜、通过鼻胃管的乙状结肠镜，或灌肠来施用。
29.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述组合物是冻干的或冷冻的。
30.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述组合物能够重新配制用于包含液体、悬浮液、凝胶、凝胶片(geltab)、半固体、片剂、小药囊、锭剂、胶囊或作为肠内制剂的最终递送。
31.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述组合物配制用于多次施用。
32.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述至少一个分离或纯化的细菌群体或所述至少两个分离或纯化的细菌群体包含抗生素抗性基因。
33.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述至少一个分离或纯化的细菌群体或所述至少两个分离或纯化的细菌群体是产丁酸的细菌群体。
34.权利要求1或权利要求2的组合物，进一步包含丁酸盐。
35.一种治疗或预防受试者的癌症的方法，包括将根据权利要求1-34任一项的组合物施用于所述受试者。
36.权利要求35的方法，其中所述癌症是皮肤癌。
37.权利要求35的方法，其中所述癌症是基底细胞皮肤癌、鳞状细胞皮肤癌、黑素瘤、隆突性皮肤纤维肉瘤、Merkel细胞癌、卡波西肉瘤、角化棘皮瘤、梭形细胞瘤、皮脂腺癌、微囊性附件癌、乳腺的Paget病、非典型性纤维黄瘤、平滑肌肉瘤或血管肉瘤。
38.权利要求35的方法，其中所述癌症是黑素瘤。
39.权利要求38的方法，其中所述黑素瘤是转移性黑素瘤、恶性雀斑样痣、恶性雀斑样痣黑素瘤、浅表扩散性黑素瘤、结节性黑素瘤、肢端雀斑痣样黑素瘤或增生性黑素瘤。
40.权利要求35的方法，其中所述方法进一步包括施用至少一种其他的抗癌治疗。
41.权利要求40的方法，其中所述至少一种其他的抗癌治疗是外科手术治疗、化疗、放疗、激素疗法、免疫疗法、小分子疗法、受体激酶抑制剂疗法、抗血管生成疗法、细胞因子疗法、冷冻疗法或生物疗法。
42.权利要求41的方法，其中所述生物疗法是单克隆抗体、siRNA、miRNA、反义寡核苷酸、核酶或基因疗法。
43.权利要求40的方法，其中所述至少一种免疫检查点抑制剂和/或至少一种其他的抗癌治疗通过肿瘤内、动脉内、静脉内、血管内、胸膜内、腹膜内、气管内、鞘内、肌内、内窥镜、病灶内、经皮、皮下、区域、立体定向、口服或直接注射或灌注来施用。
44.一种治疗或预防受试者的癌症的方法，包括将包含至少一个分离或纯化的细菌群体的组合物施用于所述受试者，其中所述细菌群体属于梭菌纲(Clostridia)、柔膜菌纲(Mollicutes)、梭菌目、瘤胃球菌科和/或粪杆菌属中的一个或多个。
45.权利要求44的方法，其中所述癌症是皮肤癌。
46.权利要求44的方法，其中所述癌症是基底细胞皮肤癌、鳞状细胞皮肤癌、黑素瘤、隆突性皮肤纤维肉瘤、Merkel细胞癌、卡波西肉瘤、角化棘皮瘤、梭形细胞瘤、皮脂腺癌、微囊性附件癌、乳腺Paget病、非典型性纤维黄瘤、平滑肌肉瘤或血管肉瘤。
47.权利要求44的方法，其中所述癌症是黑素瘤。
48.权利要求47的方法，其中所述黑素瘤是转移性黑素瘤、恶性雀斑样痣、恶性雀斑样痣黑素瘤、浅表扩散性黑素瘤、结节性黑素瘤、肢端雀斑痣样黑素瘤或增生性黑素瘤。
49.权利要求44的方法，其中所述方法进一步包括施用至少一种其他的抗癌治疗。
50.权利要求49的方法，其中所述至少一种其他的抗癌治疗是外科手术治疗、化疗、放疗、激素疗法、免疫疗法、小分子疗法、受体激酶抑制剂疗法、抗血管生成疗法、细胞因子疗法、冷冻疗法或生物疗法。
51.权利要求50的方法，其中所述生物疗法是单克隆抗体、siRNA、miRNA、反义寡核苷酸、核酶或基因疗法。
52.权利要求49的方法，其中所述至少一种免疫检查点抑制剂和/或至少一种其他的抗癌治疗通过肿瘤内、动脉内、静脉内、血管内、胸膜内、腹膜内、气管内、鞘内、肌内、内窥镜、病灶内、经皮、皮下、区域、立体定向、口服或直接注射或灌注来施用。
53.权利要求44的方法，限定为治疗癌症的方法，其中所述受试者患有肿瘤。
54.权利要求44的方法，限定为预防癌症的方法，其中所述受试者鉴定为处于产生癌症的风险中。
+
55.权利要求44的方法，其中所述组合物的施用导致了肿瘤中CD8T淋巴细胞的增加。
56.权利要求55的方法，其中所述T淋巴细胞是细胞毒性T淋巴细胞。
57.权利要求44的方法，其中所述组合物的施用导致受试者的全身循环或外周血中效应CD4+、CD8+T淋巴细胞、单核细胞和/或髓样树突细胞的增加。
58.权利要求44的方法，其中所述组合物的施用导致受试者的全身循环或外周血中B细胞、调节T细胞和/或骨髓衍生的抑制细胞的减少。
59.权利要求44的方法，其中所述组合物施用于所述受试者导致肿瘤免疫浸润中CD3、CD8、PD1、FoxP3、颗粒酶B和/或PD-L1表达的提高。
60.权利要求44的方法，其中所述组合物施用于所述受试者导致肿瘤免疫浸润中RORγT表达的降低。
+ +
61.权利要求44的方法，其中所述组合物施用于所述受试者导致肿瘤中CD45、CD3CD20+/CD56+、CD68+和/或HLA-DR+细胞的增加。
62.权利要求44的方法，其中所述组合物施用于所述受试者导致受试者中先天效应细胞水平的提高。
+ + +
63.权利要求62的方法，其中所述先天效应细胞是CD45CD11bLy6G细胞。
64.权利要求44的方法，其中所述组合物施用于所述受试者导致受试者中抑制性骨髓细胞水平的降低。
65.权利要求64的方法，其中抑制性骨髓细胞是CD45+CD11b+CD11c+细胞。
66.权利要求44的方法，其中所述组合物包含细菌普氏粪杆菌。
67.一种治疗受试者的癌症的方法，包括将治疗有效量的免疫检查点抑制剂施用于所述受试者，其中所述受试者已经确定在肠道微生物组中具有有利的微生物谱，其具有权利要求1或权利要求2的组合物的一个或多个细菌群体。
68.权利要求67的方法，其中所述癌症是皮肤癌。
69.权利要求67的方法，其中所述癌症是基底细胞皮肤癌、鳞状细胞皮肤癌、黑素瘤、隆突性皮肤纤维肉瘤、Merkel细胞癌、卡波西肉瘤、角化棘皮瘤、梭形细胞瘤、皮脂腺癌、微囊性附件癌、乳腺Paget病、非典型性纤维黄瘤、平滑肌肉瘤或血管肉瘤。
70.权利要求67的方法，其中所述癌症是黑素瘤。
71.权利要求70的方法，其中所述黑素瘤是转移性黑素瘤、恶性雀斑样痣、恶性雀斑样痣黑素瘤、浅表扩散性黑素瘤、结节性黑素瘤、肢端雀斑痣样黑素瘤或增生性黑素瘤。
72.权利要求67的方法，其中所述方法进一步包括施用至少一种其他的抗癌治疗。
73.一种预测癌症患者中对免疫检查点抑制剂的反应的方法，包括检测获自所述患者的样品中的微生物谱，其中如果所述微生物谱包含权利要求1或权利要求2的组合物的一个或多个细菌群体，则对所述免疫检查点抑制剂的反应是有利的。
74.权利要求73的方法，其中所述癌症是皮肤癌。
75.权利要求73的方法，其中所述癌症是基底细胞皮肤癌、鳞状细胞皮肤癌、黑素瘤、隆突性皮肤纤维肉瘤、Merkel细胞癌、卡波西肉瘤、角化棘皮瘤、梭形细胞瘤、皮脂腺癌、微囊性附件癌、乳腺Paget病、非典型性纤维黄瘤、平滑肌肉瘤或血管肉瘤。
76.权利要求73的方法，其中所述癌症是黑素瘤。
77.权利要求76的方法，其中所述黑素瘤是转移性黑素瘤、恶性雀斑样痣、恶性雀斑样痣黑素瘤、浅表扩散性黑素瘤、结节性黑素瘤、肢端雀斑痣样黑素瘤或增生性黑素瘤。
78.权利要求73的方法，其中如果预测所述患者对免疫检查点抑制剂具有有利的反应，则将所述免疫检查点抑制剂施用于所述患者。
79.权利要求73的方法，其中所述微生物谱是肠道微生物谱。
80.一种治疗受试者的癌症的方法，包括将治疗有效量的丁酸盐、分离或纯化的产丁酸细菌群体和/或权利要求1或2的组合物施用于所述受试者，其中所述受试者已经施用免疫检查点抑制剂。
81.权利要求80的方法，进一步包括施用至少一种免疫检查点抑制剂。
82.权利要求81的方法，其中施用超过一种免疫检查点抑制剂。
83.权利要求81的方法，进一步包括施用益生元或益生菌。
84.权利要求80的方法，其中所述分离或纯化的产丁酸细菌群体包括包含抗生素抗性基因的细菌。
85.权利要求84的方法，进一步包括施用包含抗生素抗性基因的产丁酸细菌群体。
86.权利要求85的方法，进一步包括施用所述抗生素抗性基因赋予对其的抗性的抗生素。
87.权利要求80的方法，其中所述产丁酸细菌群体包含梭菌目的一个或多个细菌种。
88.权利要求87的方法，其中所述一个或多个细菌种来自瘤胃球菌科、
Christensenellaceae、梭菌科或红蝽菌科(Coriobacteriaceae)。
89.权利要求87的方法，其中所述一个或多个细菌种选自普氏粪杆菌、白色瘤胃球菌、布氏瘤胃球菌、伶俐瘤胃球菌、黄化瘤胃球菌、Ruminococcus champanellensis、Ruminococcus faecis、Ruminococcus gauvreauii、活泼瘤胃球菌(Ruminococcus gnavus)、Ruminococcus hansenii、Ruminococcus hydrogenotrophicus、酸奶瘤胃球菌、Ruminococcus luti、Ruminococcus obeum、Ruminococcus palustris、Ruminococcus pasteurii、Ruminococcus productus、Ruminococcus schinkii、扭链瘤胃球菌、Subdoligranulum variabile、溶纤维丁酸弧菌(Butyrivibrio fibrisolvens)、Roseburia intestinalis、Anaerostipes caccae、Blautia obeum、缠结优杆菌(Eubacterium nodatum)和氧化还原真杆菌。
90.权利要求87的方法，其中所述一个或多个细菌种是普氏粪杆菌。
91.权利要求80的方法，其中所述产丁酸细菌群体不包含普雷沃氏菌科
(Prevotellaceae)的细菌种。
92.权利要求80的方法，其中施用丁酸盐包括施用丁酸盐前药或盐。
93.权利要求80的方法，其中施用丁酸盐包括施用丁酸钠、精氨酸丁酸盐、乙基丁酰基乳酸盐、三丁酸甘油酯、4-苯基丁酸盐、新戊酰基氧甲基丁酸盐(AN-9)或亚丁基二丁酸盐(AN-10)。
94.权利要求80的方法，其中所述丁酸盐和/或产丁酸细菌群体通过口服、直肠、通过结肠镜、乙状结肠镜、灌肠或通过直接注射来施用。
95.权利要求81的方法，其中所述至少一种免疫检查点抑制剂静脉内施用，和所述丁酸盐和/或产丁酸细菌群体口服施用。
96.权利要求81的方法，其中所述至少一种检查点抑制剂选自CTLA-4、PD-1、PD-L1、PD-L2、LAG-3、BTLA、B7H3、B7H4、TIM3、KIR或A2aR的抑制剂。
97.权利要求81的方法，其中所述至少一种免疫检查点抑制剂是人程序化细胞死亡1(PD-1)轴结合拮抗剂。
98.权利要求97的方法，其中所述PD-1轴结合拮抗剂选自PD-1结合拮抗剂、PDL1结合拮抗剂和PDL2结合拮抗剂。
99.权利要求98的方法，其中所述PD-1轴结合拮抗剂是PD-1结合拮抗剂。
100.权利要求99的方法，其中所述PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PDL1和/或PDL2的结合。
101.权利要求99的方法，其中所述PD-1结合拮抗剂是单克隆抗体或其抗原结合片段。
102.权利要求99的方法，其中所述PD-1结合拮抗剂是纳武单抗、帕姆单抗、
pidilizumab、 AMP-514、GREN2810、CT-011、BMS 936559、MPDL328OA或
AMP-224。
103.权利要求81的方法，其中所述至少一种免疫检查点抑制剂是抗CTLA-4抗体。
104.权利要求103的方法，其中所述抗CTLA-4抗体是tremelimumab、 或伊
匹单抗。
105.权利要求81的方法，其中所述至少一种免疫检查点抑制剂是抗杀伤细胞免疫球蛋白样受体(KIR)抗体。
106.权利要求105的方法，其中所述抗KIR抗体是lirilumab。
107.权利要求80的方法，其中所述癌症是皮肤癌。
108.权利要求80的方法，其中所述癌症是基底细胞皮肤癌、鳞状细胞皮肤癌、黑素瘤、隆突性皮肤纤维肉瘤、Merkel细胞癌、卡波西肉瘤、角化棘皮瘤、梭形细胞瘤、皮脂腺癌、微囊性附件癌、乳腺Paget病、非典型性纤维黄瘤、平滑肌肉瘤或血管肉瘤。
109.权利要求80的方法，其中所述癌症是黑素瘤。
110.权利要求108的方法，其中所述黑素瘤是转移性黑素瘤、恶性雀斑样痣、恶性雀斑样痣黑素瘤、浅表扩散性黑素瘤、结节性黑素瘤、肢端雀斑痣样黑素瘤或增生性黑素瘤。
111.权利要求80的方法，其中所述方法进一步包括施用至少一种其他的抗癌治疗。
112.权利要求111的方法，其中所述至少一种其他的抗癌治疗是外科手术治疗、化疗、放疗、激素疗法、免疫疗法、小分子疗法、受体激酶抑制剂疗法、抗血管生成疗法、细胞因子疗法、冷冻疗法或生物疗法。
113.权利要求112的方法，其中所述生物疗法是单克隆抗体、siRNA、miRNA、反义寡核苷酸、核酶或基因疗法。
114.权利要求111的方法，其中所述至少一种免疫检查点抑制剂和/或至少一种其他的抗癌治疗通过肿瘤内、动脉内、静脉内、血管内、胸膜内、腹膜内、气管内、鞘内、肌内、内窥镜、病灶内、经皮、皮下、区域、立体定向、口服或直接注射或灌注来施用。
115.一种治疗受试者的癌症的方法，包括将治疗有效量的免疫检查点抑制剂施用于所述受试者，其中所述受试者已经确定在肠道微生物组中具有有利的微生物谱。
116.权利要求115的方法，其中所述癌症是皮肤癌。
117.权利要求115的方法，其中所述癌症是基底细胞皮肤癌、鳞状细胞皮肤癌、黑素瘤、隆突性皮肤纤维肉瘤、Merkel细胞癌、卡波西肉瘤、角化棘皮瘤、梭形细胞瘤、皮脂腺癌、微囊性附件癌、乳腺Paget病、非典型性纤维黄瘤、平滑肌肉瘤或血管肉瘤。
118.权利要求115的方法，其中所述癌症是黑素瘤。
119.权利要求118的方法，其中所述黑素瘤是转移性黑素瘤、恶性雀斑样痣、恶性雀斑样痣黑素瘤、浅表扩散性黑素瘤、结节性黑素瘤、肢端雀斑痣样黑素瘤或增生性黑素瘤。
120.权利要求115的方法，其中所述方法进一步包括给予至少一种其他的抗癌治疗。
121.权利要求115的方法，其中所述有利的微生物谱进一步限定为(a)所述肠道微生物组的高α多样性；(b)所述肠道微生物组中产丁酸细菌的高丰度；(c)所述肠道微生物组中一种或多种选自表1中具有高于0.5的富集指数(ei)的种类的细菌；或(d)所述肠道微生物组中一个或多个表2中指定反应状态为反应者(R)的细菌种。
122.权利要求115的方法，其中所述有利的微生物谱进一步限定为厚壁菌门
(Firmicutes)、梭菌纲、梭菌目、瘤胃球菌科、瘤胃球菌属、粪杆菌属、
Hydrogenoanaerobacterium属、放线菌门(Actinobacteria)、红蝽菌纲(Coriobacteriia)、红蝽菌目(Coriobacteriales)、红蝽菌科、古细菌界(Archaea)、蓝细菌门
(Cyanobacteria)、广古菌门(Euryarchaeota)或Christensenellaceae科的细菌的存在或高丰度。
123.权利要求115的方法，其中所述有利的微生物谱进一步限定为大肠埃希氏菌
(Escherichia coli)种、Anerotruncus colihominis种、小杆菌属(Dialister)、韦荣氏球菌科(Veillonellaceae)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、拟杆菌纲(Bacteroidia)、拟杆菌目或普雷沃氏菌科的细菌的不存在或低丰度。
124.权利要求115的方法，其中所述有利的微生物谱限定为梭菌纲(Clostridiales)的细菌的存在或高丰度及拟杆菌目的细菌的不存在或低丰度。
125.权利要求115的方法，其中所述有利的微生物谱进一步限定为产丁酸细菌的高丰度，所述产丁酸细菌包含一个或多个来自瘤胃球菌属或粪杆菌属的种。
126.权利要求115的方法，其中所述受试者通过分析患者样品中的微生物组确定为包含有利的微生物谱或有利的肠道微生物组。
127.权利要求115的方法，其中所述患者样品是粪便样品或口腔样品。
128.权利要求115的方法，其中分析包括进行16S核糖体测序和/或宏基因组学全基因组测序。
129.一种预测癌症患者对免疫检查点抑制剂的反应的方法，包括检测获自所述患者的样品中的微生物谱，其中如果所述微生物谱包含：(a)高α多样性；(b)高丰度的产丁酸细菌；
(c)一种或多种选自表1中具有高于0.5的富集指数(ei)的种类的细菌；或(d)一个或多个表
2中指定反应状态为反应者(R)的细菌种类，则预测所述患者对所述免疫检查点抑制剂具有有利的反应。
130.权利要求129的方法，其中所述癌症是皮肤癌。
131.权利要求129的方法，其中所述癌症是基底细胞皮肤癌、鳞状细胞皮肤癌、黑素瘤、隆突性皮肤纤维肉瘤、Merkel细胞癌、卡波西肉瘤、角化棘皮瘤、梭形细胞瘤、皮脂腺癌、微囊性附件癌、乳腺Paget病、非典型性纤维黄瘤、平滑肌肉瘤或血管肉瘤。
132.权利要求129的方法，其中所述癌症是黑素瘤。
133.权利要求132的方法，其中所述黑素瘤是转移性黑素瘤、恶性雀斑样痣、恶性雀斑样痣黑素瘤、浅表扩散性黑素瘤、结节性黑素瘤、肢端雀斑痣样黑素瘤或增生性黑素瘤。
134.权利要求129的方法，其中如果预测所述患者对免疫检查点抑制剂具有有利的反应，则所述患者施用所述免疫检查点抑制剂。
135.权利要求134的方法，其中所述患者施用第二种免疫检查点抑制剂。
136.权利要求129的方法，其中所述有利的微生物谱是有利的肠道微生物谱。
137.权利要求129的方法，其中所述癌症是皮肤癌。
138.权利要求137的方法，其中所述皮肤癌是黑素瘤或转移性黑素瘤。
139.权利要求129的方法，其中所述免疫检查点抑制剂是抗PD1单克隆抗体或抗CTLA4单克隆抗体。
140.权利要求129的方法，其中所述产丁酸细菌群体包含梭菌目的一个或多个细菌种。
141.权利要求140的方法 ，其中所述一个或多个种来自瘤胃球菌科、
Christensenellaceae、梭菌科或红蝽菌科(Coriobacteriacease)。
142.权利要求140的方法，其中所述一个或多个种选自普氏粪杆菌、白色瘤胃球菌、布氏瘤胃球菌、伶俐瘤胃球菌、黄化瘤胃球菌、Ruminococcus champanellensis、
Ruminococcus faecis、Ruminococcus gauvreauii、活泼瘤胃球菌、Ruminococcus hansenii、Ruminococcus hydrogenotrophicus、酸奶瘤胃球菌、Ruminococcus luti、Ruminococcus obeum、Ruminococcus palustris、Ruminococcus pasteurii、Ruminococcus productus、Ruminococcus schinkii、扭链瘤胃球菌、Subdoligranulum variabile、溶纤维丁酸弧菌、Roseburia intestinalis、Anaerostipes caccae、Blautia obeum、缠结优杆菌和氧化还原真杆菌。
143.权利要求140的方法，其中一个或多个种是普氏粪杆菌。
144.权利要求140的方法，其中所述免疫检查点抑制剂是抗PD1单克隆抗体或抗CTLA4单克隆抗体。
145.权利要求140的方法，进一步包括施用至少一种其他的抗癌治疗。
146.权利要求145的方法，其中所述至少一种其他的抗癌治疗是外科手术治疗、化疗、放疗、激素疗法、免疫疗法、小分子疗法、受体激酶抑制剂疗法、抗血管生成疗法、细胞因子疗法、冷冻疗法或生物疗法。
147.权利要求145的方法，其中至少一种其他的抗癌治疗是丁酸盐和/或产丁酸细菌群体。
148.权利要求145的方法，进一步包括施用益生元或益生菌组合物。
149.权利要求148的方法，其中所述益生菌组合物是权利要求1或权利要求2的组合物。
150.一种预测癌症患者对免疫检查点抑制剂的反应的方法，包括检测获自所述患者的样品中的微生物谱，其中如果所述微生物谱包含：(a)低丰度的产丁酸细菌；或(b)一个或多个表2中指定反应状态为非反应者(NR)的细菌种类，则预测所述患者对所述免疫检查点抑制剂不具有有利的反应。
151.权利要求150的方法，如果预测所述患者对所述免疫检查点抑制剂不具有有利的反应，则将权利要求1或权利要求2的益生菌组合物施用于所述患者。
152.权利要求151的方法，其中预测为对免疫检查点抑制剂不具有有利反应的患者在施用权利要求1或权利要求2的组合物后施用免疫检查点抑制剂。
153.权利要求150的方法，进一步包括将至少一种非免疫检查点抑制剂的其他抗癌治疗施用于预测为对免疫检查点抑制剂不具有有利反应的受试者。
154.权利要求153的方法，其中所述至少一种抗癌治疗是外科手术治疗、化疗、放疗、激素疗法、免疫疗法、小分子疗法、受体激酶抑制剂疗法、抗血管生成疗法、细胞因子疗法、冷冻疗法、免疫检查点抑制剂、第二免疫检查点抑制剂或生物疗法。
155.权利要求153的方法，其中所述至少一种其他的抗癌治疗是丁酸盐和/或产丁酸细菌群体。
156.权利要求153的方法，其中所述抗癌治疗是益生元或益生菌。
157.权利要求156的方法，其中所述益生菌是权利要求1或权利要求2的组合物。
158.权利要求150的方法，其中所述癌症是皮肤癌。
159.权利要求158的方法，其中所述皮肤癌是黑素瘤。
160.权利要求150的方法，其中所述癌症是基底细胞皮肤癌、鳞状细胞皮肤癌、黑素瘤、隆突性皮肤纤维肉瘤、Merkel细胞癌、卡波西肉瘤、角化棘皮瘤、梭形细胞瘤、皮脂腺癌、微囊性附件癌、乳腺Paget病、非典型性纤维黄瘤、平滑肌肉瘤或血管肉瘤。
161.权利要求159的方法，其中所述黑素瘤是转移性黑素瘤、恶性雀斑样痣、恶性雀斑样痣黑素瘤、浅表扩散性黑素瘤、结节性黑素瘤、肢端雀斑痣样黑素瘤或增生性黑素瘤。
通过调节微生物组来增强免疫检查点阻断疗法的方法
技术领域
背景技术
发明内容
Clostridium hungatei种、Phascolarctobacterium faecium种、嗜胨菌属
(Peptoniphilus)和/或柔膜菌纲(Mollicutes)的细菌群体。在某些方面中，组合物不含属于拟杆菌目(Bacteroidales)的细菌群体。
提高。例如，组合物的施用可以增加先天效应细胞，如CD45 CD11b Ly6G细胞。在一些方面中，以充足的量施用该实施方案的组合物以降低受试者中抑制性髓样细胞的水平。在另外的方面中，组合物施用于受试者导致受试者中抑制性髓样细胞水平的降低。例如，组合物的施用可以降低抑制性髓样细胞(如CD45+CDllb+CDllc+细胞)的水平。在特别的实施方案中，组合物包含细菌普氏粪杆菌。
575978，433321，1796646，213810，228924，290054，1509，1462919，29375，337097，1298596，
487174，642492，1735，1297424，742766，46680，132925，411467，1318465，1852367，
1841857，169679，1175296，259063，172901，39488，57172，28118，166486，28133，1529，
694434，1007096，84030，56774，102148，626947，216933，1348613，1472417，100176，824，
1471761，1297617，288966，1317125，28197，358743，264639，1265，1335，66219，69473，
115117，341220，1732，873513，396504，1796619，45851，2741，105841，86332，1349822，
84037，180311，54291，1217282，762984，1185412，154046，663278，1543，398512，69825，
1841867，1535，1510，84026，1502，1619234，39497，1544，29343，649762，332095，536633，
1033731，574930，742818，177412，1121308，419208，1673717，55779，28117，626937，
180332，1776382，40519，34062，40518，74426，1216062，293826，850，645466，474960，
36835，115544，1515，88431，216932，1417852，39492，1583，420247，118967，169435，37658，
138595，31971，100886，1197717，234908，537007，319644，168384，915173，95159，1816678，
626940，501571，1796620，888727，1147123，376806，1274356，1267，39495，404403，1348，
253314，258515，33033，1118061，357276，214851，320502，217731，246787，29371，649764，
901，29374，33043，39778，682400，871665，160404，745368，408，1584，333367，47246，
1096246，53342，438033，351091，1796622，1776384，817，48256，720554，500632，36849，
301302，879970，655811，264463，1532，285，995，242750，29539，1432052，622312，1796636，
1337051，328814，28446，1492，820，39496，52786，1549，1796618，582，46507，109327，1531，
1382，33039，311460，230143，216935，539，35519，1681，328813，214853，89014，1121115，
1585974，29466，1363，292800，270498，214856，142877，133926，209880，179628，1121102，
105612，1796615，39777，29353，1579，163665，53443，261299，1302，1150298，938289，
358742，471875，938278，1796613，1118057，1077144，1737，218205，1121298，684066，
433659，52699，204516，706562，253257，328812，1280，147802，58134，1335613，891，
585394，1582，235931，308994，1589，1682，1736，28129，178001，551788，2051，856，118562，
101070，515619，40215，187979，82979，29363，1776391，1285191，84112，157688，38304，
36850，341694，287，75612，818，371674，338188，88164，588581，676965，546271，1236512，
178338，862517，157687，158，51048，1583331，529，888745，394340，40545，855，553973，
938293，93063，708634，179995，1351，476652，1464038，555088，237576，879566，1852371，
742727，1377，35830，997353，218538，83771，1605，28111，131109，46609，690567，46206，
155615，51616，40542，203，294，1034346，156456，80866，554406，796942，1002367，29347，
796944，61592，487175，1050201，762948，137732，1211819，1019，272548，1717，384636，
216940，2087，45634，466107，1689，47678，575，979627，840，1660，1236517，617123，546，
28135，82171，483，501496，99656，1379，84032，39483，1107316，584，28124，1033744，
657309，536441，76123，1118060，89152，76122，303，1541，507751，515620，38302，53419，
726，40324，1796610，988946，1852370，1017，1168289，76936，94869，1161098，215580，
1125779，327575，549，1450648和478。在特定的方面中，至少一个分离或纯化的细菌群体或至少两个分离或纯化的细菌群体与以上所列的NCBI分类ID确定的种、亚种或细菌菌株密切相关。例如，在一些方面中，至少一个分离或纯化的细菌群体或至少两个分离或纯化的细菌群体属于包含与上述细菌(即，表1中的第1组细菌)中的一种或表1中所列并具有高于0.5或等于1的ei的细菌的16S rRNA核苷酸序列至少60％，65％，70％，75％，80％，85％，90％，
91％，92％，93％，94％，95％，96％，97％，98％，99％或100％相同的16S核糖体RNA(rRNA)核苷酸序列的种、亚种或菌株。
alkalicellulosi、Clostridium amygdalinum、Clostridium asparagiforme、Clostridium cellulosi、Clostridium citroniae、Clostridium clariflavum DSM 19732、梭状梭菌(Clostridium clostridioforme)、肠梭菌(Clostridium colinum)、Clostridium
fimetarium、Clostridium hiranonis、Clostridium hungatei、Clostridium hylemonae DSM 15053、吲哚梭菌(Clostridium indolis)、Clostridium lactatifermentans、柔嫩梭菌(Clostridium leptum)、甲基戊糖梭菌(Clostridium methylpentosum)、乳清酸梭菌(Clostridium oroticum)、Clostridium papyrosolvens DSM 2782、包氏梭菌
(Clostridium populeti)、丙酸梭菌(Clostridium propionicum)、解糖梭菌(Clostridium saccharolyticum)、Clostridium scindens、球孢梭菌(Clostridium sporosphaeroides)、粪堆梭菌(Clostridium stercorarium)、Clostridium straminisolvens、Clostridium sufflavum、白蚁梭菌(Clostridium termitidis)、Clostridium thermosuccinogenes、Clostridium viride、解木聚糖梭菌(Clostridium xylanolyticum)、Desuljotomaculum guttoideum、直肠真杆菌(Eubacterium rectale)ATCC 33656、细长真杆菌(Eubacterium dolichum)、挑剔真杆菌(Eubacterium eligens)ATCC 27750、霍氏真杆菌(Eubacterium hallii)、Eubacterium infirmum、惰性真杆菌(Eubacterium siraeum)、纤细真杆菌
(Eubacterium tenue)、扭链瘤胃球菌(Ruminococcus torques)、Acetanaerobacterium elongatum、Acetatifactor muris、解纤维素醋弧菌(Acetivibrio cellulolyticus)、产乙醇醋弧菌(Acetivibrio ethanolgignens)、甘蓝无胆甾原体(Acholeplasma brassicae)
0502、细小无胆甾原体(Acholeplasma parvum)、Acholeplasma vituli、琼氏不动杆菌(Acinetobacter junii)、Actinobacillus porcinus、Actinomyces bowdenii、
Actinomyces dentalis、龋齿放线菌(Actinomyces odontolyticus)、Acutalibacter muris、浅绿气球菌(Aerococcus viridans)、苛求气微菌(Aeromicrobium fastidiosum)、Alistipes finegoldii、Alistipes obesi、Alistipes onderdonkii、Alistipes
putredinis、Alistipes shahii、Alistipes shahii WAL 8301、Alistipes timonensis JC136、Alkalibacter saccharofermentans、Alkaliphilus metalliredigens QYMF、Allisonella histaminiformans、Allobaculum stercoricanis DSM 13633、
Alloprevotella rava、Alloprevotella tannerae、Anaerobacterium chartisolvens、Anaerobiospirillum thomasii、Anaerobium acetethylicum、Anaerococcus octavius NCTC 9810、Anaerococcus provenciensis、Anaerococcus vaginalis ATCC 51170、
Anaerocolumna jejuensis、Anaerofilum agile、Anaerofustis stercorihominis、
Anaeroglobus geminatus、Anaeromassilibacillus senegalensis、不溶菌厌氧枝原体(Anaeroplasma abactoclasticum)、叉形棍状厌氧菌(Anaerorhabdus furcosa)、
Anaerosporobacter mobilis、Anaerostipes butyraticus、Anaerostipes caccae、
Anaerostipes hadrus、Anaerotruncus colihominis、Anaerovorax odorimutans、
Anoxybacillus rupiensis、Aquabacterium limnoticum、布氏弓形杆菌(Arcobacter butzleri)、Arthrospira platensis、Asaccharobacter celatus、极小阿托波氏菌
(Atopobium parvulum)、粪拟杆菌(Bacteroides caccae)、Bacteroides caecimuris、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus YIT 12056、Bacteroides dorei、埃氏拟杆菌(Bacteroides eggerthii)、Bacteroides finegoldii、脆弱拟杆菌
(Bacteroides fragilis)、Bacteroides gallinarum、Bacteroides massiliensis、
Bacteroides oleiciplenus YIT 12058、Bacteroides plebeius DSM 17135、Bacteroides rodentium JCM 16496、多形拟杆菌(Bacteroides thetaiotaomicron)、单形拟杆菌
(Bacteroides uniformis)、解木聚糖拟杆菌(Bacteroides xylanisolvens)XB1A、
Bacteroides xylanolyticus、Barnesiella intestinihominis、Beduini massiliensis、两歧双歧杆菌(Bifidobacterium bifidum)、齿双歧杆菌(Bifidobacterium dentium)、长双歧杆菌婴儿亚种(Bifidobacterium longum subsp.infantis)、Blautia caecimuris、Blautia coccoides、Blautia faecis、Blautia glucerasea、Blautia hansenii DSM
20583、Blautia hydrogenotrophica、Blautia luti、Blautia luti DSM 14534、Blautia wexlerae DSM 19850、水生布戴约维采菌(Budvicia aquatica)、Butyricicoccus
pullicaecorum、Butyricimonas paravirosa、Butyrivibrio crossotus、
Caldicoprobacter oshimai、Caloramator coolhaasii、Caloramator proteoclasticus、Caloramator quimbayensis、纤细弯曲杆菌(Campylobacter gracilis)、直肠弯曲杆菌(Campylobacter rectus)、Campylobacter ureolyticus DSM 20703、牙龈二氧化碳嗜纤维菌(Capnocytophaga gingivalis)、Capnocytophaga leadbetteri、生痰二氧化碳嗜纤维菌(Capnocytophaga sputigena)、Casaltella massiliensis、Catabacter hongkongensis、Catenibacterium mitsuokai、Christensenella minuta、Christensenella timonensis、Chryseobacterium taklimakanense、弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacter freundii)、
Cloacibacillus porcorum、Clostridioides difficile ATCC 9689＝DSM 1296、
Clostridium amylolyticum、Clostridium bowmanii、丁酸梭菌(Clostridium
butyricum)、尸毒梭菌(Clostridium cadaveris)、Clostridium colicanis、Clostridium gasigenes、缓纤维梭菌(Clostridium lentocellum)DSM 5427、海梭菌(Clostridium oceanicum)、Clostridium oryzae、类腐败梭菌(Clostridium paraputrificum)、
Clostridium pascui、产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)、Clostridium quinii、Clostridium saccharobutylicum、生孢梭菌(Clostridium sporogenes)、Clostridium ventriculi、产气柯林斯菌(Collinsella aerofaciens)、睾丸酮丛毛单胞菌(Comamonas testosteroni)、Coprobacter fastidiosus NSB1、Coprococcus eutactus、白喉棒杆菌(Corynebacterium diphtheriae)、Corynebacterium durum、Corynebacterium
mycetoides、Corynebacterium pyruviciproducens ATCC BAA-1742、Corynebacterium tuberculostearicum、Culturomica massiliensis、Cuneatibacter caecimuris、
Defluviitalea saccharophila、食酸代尔夫特菌(Delftia acidovorans)、
Desulfitobacterium chlororespirans、Desulfitobacterium metallireducens、
Desulfosporosinus acididurans、Desulfotomaculum halophilum、Desulfotomaculum intricatum、Desulfotomaculum tongense、脱硫脱硫弧菌脱硫亚种(Desulfovibrio
desulfuricans subsp.Desulfuricans)、Desulfovibrio idahonensis、Desulfovibrio litoralis、Desulfovibrio piger、简单脱硫弧菌(Desulfovibrio simplex)、
Desulfovibrio zosterae、氧化乙酸脱硫单胞菌(Desulfuromonas acetoxidans)、
Dethiobacter alkaliphilus AHT 1、Dethiosulfatibacter aminovorans、Dialister invisus、Dialister propionicifaciens、Dielma fastidiosa、Dietzia alimentaria 72、Dorea longicatena、Dysgonomonas gadei ATCC BAA-286、Dysgonomonas mossii、迟缓埃格特菌(Eggerthella lenta)、啮蚀艾肯氏菌(Eikenella corrodens)、Eisenbergiella tayi、Emergencia timonensis、Enorma massiliensis phI、粪肠球菌(Enterococcus faecalis)、Enterorhabdus muris、哈尔滨产乙醇杆菌(Ethanoligenens harbinense)YUAN-3、Eubacterium coprostanoligenes、粘液真杆菌(Eubacterium limosum)、氧化还原真杆菌(Eubacterium oxidoreducens)、沟迹真杆菌(Eubacterium sulci)ATCC 35585、单形真杆菌(Eubacterium uniforme)、凸腹真杆菌(Eubacterium ventriosum)、嗜木聚糖真杆菌(Eubacterium xylanophilum)、Extibacter muris、Ezakiella peruensis、普氏粪杆菌、Faecalicoccus acidiformans、Faecalitalea cylindroides、绒毛产线菌(Filifactor villosus)、Flavonifractor plautii、Flintibacter butyricus、Frisingicoccus
caecimuris、Fucophilus fucoidanolyticus、Fusicatenibacter saccharivorans、死亡梭杆菌(Fusobacterium mortiferum)、具核梭杆菌文氏亚种(Fusobacterium nucleatum subsp.Vincentii)、猿梭杆菌(Fusobacterium simiae)、可变梭杆菌(Fusobacterium varium)、Garciella nitratireducens、溶血孪生球菌(Gemella haemolysans)、甲酸芽殖菌(Gemmiger formicilis)、Gordonibacter urolithinfaciens、Gracilibacter
thermotolerans JW/YJL-S1、Granulicatella elegans、Guggenheimella bovis、溶血嗜血菌(Haemophilus haemolyticus)、Helicobacter typhlonius、Hespellia stercorisuis、Holdemanella biformis、Holdemania massiliensis AP2、Howardella ureilytica、Hungatella effluvii、Hungatella hathewayi、Hydrogenoanaerobacterium
saccharovorans、Ihubacter massiliensis、Intestinibacter bartlettii、
Intestinimonas butyriciproducens、Irregularibacter muris、Kiloniella laminariae DSM 19542、Kroppenstedtia guangzhouensis、Lachnoanaerobaculum orale、
Lachnoanaerobaculum umeaense、Lachnoclostridium phytofermentans、嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus)、低温乳杆菌(Lactobacillus algidus)、动物乳杆菌
(Lactobacillus animalis)、干酪乳杆菌(Lactobacillus casei)、德氏乳杆菌
(Lactobacillus delbrueckii)、Lactobacillus fornicalis、惰性乳杆菌(Lactobacillus iners)、戊糖乳杆菌(Lactobacillus pentosus)、罗氏乳杆菌(Lactobacillus rogosae)、格氏乳球菌(Lactococcus garvieae)、Lactonifactor longoviformis、口腔纤毛菌
(Leptotrichia buccalis)、Leptotrichia hofstadii、Leptotrichia hongkongensis、Leptotrichia wadei、Leuconostoc inhae、Levyella massiliensis、Loriellopsis cavernicola、Lutispora thermophila、Marinilabilia salmonicolor JCM 21150、
Marvinbryantia formatexigens、萤火虫中间原体(Mesoplasma photuris)、史氏甲烷短杆菌(Methanobrevibacter smithii)ATCC 35061、Methanomassiliicoccus luminyensis BIO、扭脱甲基杆菌(Methylobacterium extorquens)、Mitsuokella jalaludinii、
Mobilitalea sibirica、柯氏动弯杆菌(Mobiluncus curtisii)、Mogibacterium pumilum、Mogibacterium timidum、Moorella glycerini、Moorella humiferrea、不液化莫拉氏菌(Moraxella nonliquefaciens)、奥斯陆莫拉氏菌(Moraxella osloensis)、摩氏摩根氏菌(Morganella morganii)、Moryella indoligenes、Muribaculum intestinale、Murimonas intestini、Natranaerovirga pectinivora、Neglecta timonensis、灰色奈瑟氏球菌(Neisseria cinerea)、Neisseria oralis、Nocardioides mesophilus、Novibacillus thermophilus、人苍白杆菌(Ochrobactrum anthropi)、Odoribacter splanchnicus、Olsenella profusa、Olsenella uli、Oribacterium asaccharolyticum ACB7、
Oribacterium sinus、Oscillibacter ruminantium GH1、Oscillibacter valericigenes、Oxobacter pfennigii、成团泛菌(Pantoea agglomerans)、Papillibacter
cinnamivorans、Parabacteroides faecis、Parabacteroides goldsteinii、
Parabacteroides gordonii、Parabacteroides merdae、Parasporobacterium
paucivorans、Parasutterella excrementihominis、Parasutterella secunda、
Parvimonas micra、黑色消化球菌(Peptococcus niger)、Peptoniphilus duerdenii ATCC BAA-1640、Peptoniphilus grossensis ph5、Peptoniphilus koenoeneniae、
Peptoniphilus senegalensis JC140、Peptostreptococcus stomatis、
Phascolarctobacterium succinatutens、Phocea massiliensis、Pontibacter indicus、Porphyromonas bennonis、牙髓卟啉单胞菌(Porphyromonas endodontalis)、
Porphyromonas pasteri、Prevotella bergensis、颊普雷沃氏菌(Prevotella buccae)ATCC 33574、栖牙普雷沃氏菌(Prevotella denticola)、抑制普雷沃氏菌(Prevotella enoeca)、Prevotella fusca JCM 17724、洛氏普雷沃氏菌(Prevotella loescheii)、变黑普雷沃氏菌(Prevotella nigrescens)、口普雷沃氏菌(Prevotella oris)、Prevotella pollens ATCC 700821、Prevotella stercorea DSM 18206、Prevotellamassilia
timonensis、Propionispira arcuata、奇异变形杆菌(Proteus mirabilis)、雷氏普罗威登斯菌(Providencia rettgeri)、Pseudobacteroides cellulosolvens ATCC 35603＝DSM
2933、瘤胃假丁酸弧菌(Pseudobutyrivibrio ruminis)、Pseudoflavonifractor
capillosus ATCC 29799、铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)、荧光假单胞菌
(Pseudomonas fluorescens)、孟氏假单胞菌(Pseudomonas mandelii)、硝基还原假单胞菌(Pseudomonas nitroreducens)、恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida)、Raoultella
ornithinolytica、植生拉乌尔菌(Raoultella planticola)、Raoultibacter
massiliensis、Robinsoniella peoriensis、Romboutsia timonensis、Roseburia faecis、Roseburia hominis A2-183、Roseburia intestinalis、Roseburia inulinivorans DSM
16841、龋齿罗氏菌(Rothia dentocariosa)ATCC 17931、Ruminiclostridium
thermocellum、白色瘤胃球菌(Ruminococcus albus)、布氏瘤胃球菌、伶俐瘤胃球菌
(Ruminococcus callidus)、Ruminococcus champanellensis 18P13＝JCM 17042、
Ruminococcus faecis JCM 15917、黄化瘤胃球菌(Ruminococcus flavefaciens)、
Ruminococcus gauvreauii、酸奶瘤胃球菌(Ruminococcus lactaris)ATCC 29176、
Rummeliibacillus pycnus、Saccharofermentans acetigenes、Scardovia wiggsiae、Schlegelella thermodepolymerans、Sedimentibacter hongkongensis、生痰新月形单胞菌(Selenomonas sputigena)ATCC 35185、Slackia exigua ATCC 700122、Slackia
piriformis YIT 12062、Solitalea canadensis、Solobacterium moorei、Sphingomonas aquatilis、Spiroplasma alleghenense、Spiroplasma chinense、Spiroplasma
chrysopicola、蚊螺原体(Spiroplasma culicicola)、Spiroplasma lampyridicola、Sporobacter termitidis、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、嗜麦芽寡养单胞菌(Stenotrophomonas maltophilia)、Stomatobaculum longum、无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)ATCC 13813、嵴链球菌(Streptococcus cristatus)、马链球菌
(Streptococcus equinus)、格氏链球菌(Streptococcus gordonii)、Streptococcus lactarius、副乳房链球菌(Streptococcus parauberis)、Subdoligranulum variabile、溶糊精琥珀酸弧菌(Succinivibrio dextrinosolvens)、Sutterella stercoricanis、
Sutterella wadsworthensis、Syntrophococcus sucromutans、Syntrophomonas zehnderi OL-4、Terrisporobacter mayombei、白栖热嗜油菌(Thermoleophilum album)、齿垢密螺旋体(Treponema denticola)、索氏密螺旋体(Treponema socranskii)、Tyzzerella nexilis DSM 1787、Vallitalea guaymasensis、Vallitalea pronyensis、噬小球藻吸血弧菌
(Vampirovibrio chlorellavorus)、非典型韦荣式球菌(Veillonella atypica)、
Veillonella denticariosi、殊异韦荣氏球菌(Veillonella dispar)、小韦荣氏球菌
(Veillonella parvula)、Victivallis vadensis、Vulcanibacillus modesticaldus和融合魏斯氏菌(Weissella confusa)。
94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％相同的16S核糖体RNA(rRNA)核苷酸序列。
65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或
100％相同的16S核糖体RNA(rRNA)核苷酸序列。在特别的实施方案中，至少一个分离或纯化的细菌群体或至少两个分离或纯化的细菌群体是包含与SEQ ID NO:1-876的序列至少
60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、
99％或100％相同的16S rRNA基因序列的种、亚种或细菌株。
1177-1226、SEQ ID NO:1227-1276、SEQ ID NO:1277-1326、SEQ ID NO:1327-1376、SEQ ID NO:1377-1426、SEQ ID NO:1427-1476、SEQ ID NO:1477-1526、SEQ ID NO:1527-1576、SEQ ID NO:1577-1626、SEQ ID NO:1627-1676、SEQ ID NO:1677-1726、SEQ ID NO:1727-1776、SEQ ID NO:1777-1826、SEQ ID NO:1827-1876、SEQ ID NO:1877-1926、SEQ ID NO:1927-
1976、SEQ ID NO:1977-2026、SEQ ID NO:2027-2076、SEQ ID NO:2077-2126、SEQ ID NO:
2127-2176、SEQ ID NO:2177-2226、SEQ ID NO:2227-2276、SEQ ID NO:2277-2326、SEQ ID NO:2327-2376、SEQ ID NO:2377-2426、SEQ ID NO:2427-2476、SEQ ID NO:2477-2526、SEQ ID NO:2527-2576、SEQ ID NO:2577-2626和SEQ ID NO:2627-2676的共丰度基因组(CAG)序列(参见，表2A)具有至少60％、65％、70％、75％、80％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或
100％同一性百分比的核苷酸序列的种、亚种或株。
CAG00327 SEQ ID NO：877-926
CAG00659 SEQ ID NO：927-976
CAG00492 SEQ ID NO：977-1026
CAG00518 SEQ ID NO：1027-1076
CAG01146 SEQ ID NO：1077-1126
CAG00079 SEQ ID NO：1127-1176
CAG00393 SEQ ID NO：1177-1226
CAG00766 SEQ ID NO：1227-1276
CAG00095 SEQ ID NO：1277-1326
CAG00010_1 SEQ ID NO：1327-1376
CAG00342 SEQ ID NO：1377-1426
CAG00303 SEQ ID NO：1427-1476
CAG00337 SEQ ID NO：1477-1526
CAG00381 SEQ ID NO：1527-1576
CAG00559 SEQ ID NO：1577-1626
CAG00570 SEQ ID NO：1627-1676
CAG00635 SEQ ID NO：1677-1726
CAG00636 SEQ ID NO：1727-1776
CAG00660 SEQ ID NO：1777-1826
CAG00669 SEQ ID NO：1827-1876
CAG00708 SEQ ID NO：1877-1926
CAG00773 SEQ ID NO：1927-1976
CAG00807 SEQ ID NO：1977-2026
CAG00880 SEQ ID NO：2027-2076
CAG00907 SEQ ID NO：2077-2126
CAG01086 SEQ ID NO：2127-2176
CAG01215 SEQ ID NO：2177-2226
CAG01277 SEQ ID NO：2227-2276
CAG01308 SEQ ID NO：2277-2326
CAG00577 SEQ ID NO：2327-2376
CAG00506 SEQ ID NO：2377-2426
CAG00852 SEQ ID NO：2427-2476
CAG01046 SEQ ID NO：2477-2526
CAG00320 SEQ ID NO：2527-2576
CAG00619 SEQ ID NO：2577-2626
CAG01366 SEQ ID NO：2627-2676
2026具有100％同一性、与SEQ ID NO:2027-2076具有100％同一性、与SEQ ID NO:2077-
2126具有至少20％同一性、与SEQ ID NO:2127-2176具有至少84％同一性、与SEQ ID NO:
2177-2226具有至少35.5％同一性、与SEQ ID NO:2227-2276具有至少32.5％同一性、与SEQ ID NO:2277-2326具有至少70％同一性、与SEQ ID NO:2327-2376具有100％同一性、与SEQ ID NO:2377-2426具有至少70.5％同一性、与SEQ ID NO:2427-2476具有至少99.5％同一性、与SEQ ID NO:2477-2526具有至少68.5％同一性、与SEQ ID NO:2527-2576具有100％同一性、与SEQ ID NO:2577-2626具有至少97.5％同一性或与SEQ ID NO:2627-2676具有
100％同一性的核苷酸序列的种、亚种或株。
1377-1426的假小链双歧杆菌(Bifidobacterium pseudocatenulatum)DSM 20438＝
JCM1200＝LMG 10505的基因具有100％同一性、与对应于SEQ ID NO:1427-1476的梭菌属JCC的基因具有至少97％同一性、与对应于SEQ ID NO:1477-1526的普氏粪杆菌SL3/3的基因至少55.5％同一性、与对应于SEQ ID NO:1527-1576的梭菌属CAG:242的基因具有100％同一性、与对应于SEQ ID NO:1577-1626的梭菌属CAG:226的基因具有至少34％同一性、与对应于SEQ ID NO:1627-1676的瘤胃球菌属CAG:382的基因具有至少14％同一性、与对应于SEQ ID NO:1677-1726的两歧双歧杆菌S17的基因具有100％同一性、与对应于SEQ ID NO:
1727-1776的Roseburia属CAG:309的基因具有至少93％同一性、与对应于SEQ ID NO:1777-
1826的Alistipes timonensis JC136的基因具有100％同一性、与对应于SEQ ID NO:1827-
1876的Firmicutes bacterium CAG:103的基因具有至少45％同一性、与对应于SEQ ID NO:
1877-1926的Alistipes senegalensis JC50的基因具有至少99％同一性、与对应于SEQ ID NO:1927-1976的Firmicutes bacterium CAG:176的基因具有至少74％同一性、与对应于SEQ ID NO:1977-2026的Holdemanella biformis DSM 3989的基因具有100％同一性、与对应于SEQ ID NO:2027-2076的Subdoligranulum属CAG:314的基因具有100％同一性、与对应于SEQ ID NO:2077-2126的梭菌属CAG:226的基因具有至少20％同一性、与对应于SEQ ID NO:2127-2176的Firmicutes bacterium CAG:124的基因具有至少84％同一性、与对应于SEQ ID NO:2177-2226的Intestinimonas butyriciproducens的基因具有至少35.5％同一性、与对应于SEQ ID NO:2227-2276的梭菌属CAG:226的基因具有至少32.5％同一性、与对应于SEQ ID NO:2277-2326的Firmicutes bacterium CAG:124的基因具有至少70％同一性、与对应于SEQ ID NO:2327-2376的普氏粪杆菌L2-6的基因具有100％同一性、与对应于SEQ ID NO:2377-2426的Ruminococcaceae bacterium D16的基因具有至少70.5％同一性、与对应于SEQ ID NO:2427-2476的螺状梭菌(Clostridium spiroforme)DSM 1552的基因具有至少99.5％同一性、与对应于SEQ ID NO:2477-2526的Intestinimonas
butyriciproducens的基因具有至少68.5％同一性、与对应于SEQ ID NO:2517-2576的
Phascolarctobacterium属CAG:207的基因具有100％同一性、与对应于SEQ ID NO:2577-
2626的普氏粪杆菌L2-6的基因具有97.5％同一性，或与对应于SEQ ID NO:2627-2676的副血链球菌(Streptococcus parasanguinis)ATCC 15912的基因具有100％同一性的核苷酸序列的种、亚种或株。
gnavus)、Ruminococcus hansenii、Ruminococcus hydrogenotrophicus、酸奶瘤胃球菌、Ruminococcus luti、Ruminococcus obeum、Ruminococcus palustris、Ruminococcus pasteurii、Ruminococcus productus、Ruminococcus schinkii、扭链瘤胃球菌、
Subdoligranulum variabile、溶纤维丁酸弧菌(Butyrivibrio fibrisolvens)、Roseburia intestinalis、Anaerostipes caccae、Blautia obeum、缠结优杆菌(Eubacterium
nodatum)和氧化还原真杆菌。在一个特定的方面中，一个或多个细菌种是普氏粪杆菌。在特别的方面中，产丁酸细菌群体不包含普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)或Bacteriodales目的细菌种。
ipilimumab。在某些方面中，至少一种免疫检查点抑制剂是抗杀伤细胞免疫球蛋白样受体(KIR)抗体。在一些方面中，抗KIR抗体是lirilumab。
Christensenellaceae科的细菌的存在或高丰度。在某些方面中，将有利的微生物谱进一步限定为大肠埃希氏菌(Escherichia coli)种、Anerotruncus colihominis种、小杆菌
(Dialister)属、韦荣氏球菌科(Veillonellaceae)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、拟杆菌纲(Bacteroidia)、拟杆菌目或普雷沃氏菌科的细菌的不存在或低丰度。在特别的方面中，将有利的微生物谱限定为梭菌(Clostridiales)纲的细菌的存在或高丰度和拟杆菌目的细菌的不存在或低丰度。在一些方面中，将有利的微生物谱进一步限定为高丰度的产短链脂肪酸细菌，如产丁酸细菌。在某些方面中，产丁酸细菌包含一个或多个来自瘤胃球菌属或粪杆菌属的种。
Ruminococcus schinkii、扭链瘤胃球菌、Subdoligranulum variabile、溶纤维丁酸弧菌、Roseburia intestinalis、Anaerostipes caccae、Blautia obeum、缠结优杆菌和氧化还原真杆菌。在某些方面中，一个或多个种是普氏粪杆菌。
11.63，n＝13)和低(<7.46，n＝13)多样性组。(F)按照粪便多样性的无进展生存期(PFS)的Kaplan-Meier(KM)图；高(中值PFS未定义)、中(中值PFS＝232天)和低(中值PFS＝188天)。
通过单变量Cox模型，高vs.中等多样性(HR＝3.60，95％C.I.＝1.02-12.74)和高vs.低(低HR＝3.57，95％C.I.＝1.02-12.52)。*p<0.05，**p<0.01。(G)使用加权UniFrac距离的粪便样本(n＝43)按照反应的主坐标分析。
常规类型：生物合成途径，粗体类型：降解途径。*p<0.05。
中CD8+计数/mmvs肠道中粪杆菌属(空心圆和虚线；r＝0.42，p＝0.0067)和拟杆菌目(实心圆和实线；r2＝0.056，p＝0.38)丰度之间的单因素线性回归。(D)基线处显著不同的粪便分类群和外周血中通过流式细胞术的CD4+效应T细胞、CD8+T细胞、髓样树突细胞、单核细胞、B细胞，Treg和MDSC的频率之间的成对Spearman秩相关热图。(E)显示代表性图像的多重IHC和(F)肠道中具有高粪杆菌属或高拟杆菌目的患者中免疫细胞、淋巴细胞、髓样细胞和MHC II的频率。(G)提出的肠道微生物组在有利和不利条件下对肿瘤免疫力的作用机制。
4NR，p＝0.683)。
CSF1R-DCSIGN+)的髓样多重免疫组织化学门控策略。
+ + +
(B)显示R-FMT(R)、NR-FMT(NR)和对照小鼠(C)脾脏中CD45CD11bLy6G先天效应细胞频率的流式细胞定量。(C)显示R-FMT(R)、NR-FMT(NR)和对照小鼠(C)脾脏中CD45+CD11b+CD11c+抑制细胞频率的流式细胞定量。
3
和对照小鼠(圆形，n＝3，中值肿瘤体积＝1049.3mm)小鼠的每只GF小鼠的肿瘤生长曲线。
具体实施方式
80％、约85％、约90％、约91％、约92％、约93％、约94％、约95％、约96％、约97％、约98％、约
99％或超过约99％纯。如本文中所用的，如果物质基本上不含其他组分，则该物质是“纯的”。
Ruminococcus palustris、Ruminococcus pasteuri、Ruminococcus productus、
Ruminococcus schinkii和/或扭链瘤胃球菌。粪杆菌属的细菌群体可以包括普氏粪杆菌种的细菌。
(B.eggerthii)、粪拟杆菌(B.caccae)种的细菌群体。特别地，益生菌组合物不包含加德纳菌属(Gardnerella)或Collinsella stercoris、Desulfovibrio alaskensis、Bacteroides mediterraneensis、Prevotella histicola或阴道加德纳菌(Gardnerella vaginalis)种的细菌群体。
hansenii、Ruminococcus hydrogenotrophicus、酸奶瘤胃球菌、Ruminococcus luti、Ruminococcus obeum、Ruminococcus palustris、Ruminococcus pasteurii、Ruminococcus productus、Ruminococcus schinkii、扭链瘤胃球菌、Subdoligranulum variabile、溶纤维丁酸弧菌、Roseburia intestinalis、Anaerostipes caccae、Blautia obeum、缠结优杆菌和氧化还原真杆菌。在特别的方面中，细菌种是普氏粪杆菌。在某些实施方式中，细菌群体不包含拟杆菌纲或普雷沃氏菌科的细菌种。
US20120294796中公开为BRCA84D的MGA271和衍生物)。通过靶向TIM3的药剂提供了再另一个实例，包括不限于靶向人TIM3的抗体(例如，如WO2013006490A2中公开的或Jones等，J Exp Med.2008；205(12)：2763-79公开的抗人TIM3，阻断抗体F38-2E2)。
1和/或B7-1。在另一个实施方式中，PDL2结合拮抗剂是抑制PDL2与其结合伴体结合的分子。
在一个特定的方面中，PDL2结合伴体是PD-1。拮抗剂可以是抗体、其抗原结合片段、免疫粘附素、融合蛋白或寡肽。示例性抗体描述于美国专利号No.US8735553、US8354509和
US8008449中，全部按引用并入本文中。用于本文提供的方法中的其他PD-1轴拮抗剂是本领域已知的，如美国专利申请No.US20140294898、US2014022021和US20110008369中所述的，全部按引用并入本文中。
3475、Merck 3475、lambrolizumab、 和SCH-900475，是WO2009/114335中描
述的抗PD-1抗体。CT-011，也称为hBAT或hBAT-1，是WO2009/101611中描述的抗PD-1抗体。
AMP-224，也称为B7-DCIg，是WO2010/027827和WO2011/066342中描述的PDL2-Fc融合受体。
其他PD-1结合拮抗剂包括Pidilizumab，也称为CT-011，MEDI0680，也称为AMP-514和
REGN2810。
Hurwitz等，1988中其，将上述每篇出版物的教导按引用并入本文中。还可以使用与这些本领域已知的任一种抗体竞争与CTLA-4的结合的抗体。例如，人源化CTLA-4抗体描述于国际专利申请No.WO2001014424、WO2000037504和美国专利No.US8017114中；全部按引用并入本文中。
2007/042573、WO 2008/084106、WO 2010/065939、WO 2012/071411和WO 2012/160448中公开的那些。
500mg，约600mg，约700mg，约800mg，约900mg，约1000mg，约1100mg，约1200mg，约1300mg或约
1400mg的剂量施用于人。所述剂量可以作为一剂或作为多剂(例如，2或3剂)来施用，如输注。通过常规技术可以容易地监控这种治疗的过程。
106，1×107，1×108，1×109，1×1010，1×1011，1×1012，1×1013，1×1014，1×1015或高于1×
1015个活细菌孢子。
callystatin；CC-1065(包括其阿多来新(adozelesin)、卡折来新(carzelesin)和比折来新(bizelesin)合成类似物)；隐藻素类(cryptophycins)(特别是隐藻素1和隐藻素8)；多拉司他汀(dolastatin)；倍癌霉素(duocarmycin)(包括合成的类似物，KW-2189和CB1-TM1)；艾榴素(eleutherobin)；pancratistatin；匍枝珊瑚醇(sarcodictyin)；海绵素
(spongistatin)；氮芥(nitrogen mustards)，如苯丁酸氮芥(chlorambucil)、萘氮芥(chlornaphazine)、胆磷酰胺(cholophosphamide)、雌莫司汀(estramustine)、异环磷酰胺(ifosfamide)、氮芥(mechlorethamine)、盐酸氧氮芥(mechlorethamine oxide
hydrochloride)、美法仑(melphalan)、新氮芥(novembichin)、苯芥胆甾醇
(phenesterine)、泼尼莫司汀(prednimustine)、曲磷胺(trofosfamide)和尿嘧啶氮芥(uracil mustard)；亚硝基脲类(nitrosureas)、如卡莫司汀(carmustine)、氯脲菌素(chlorozotocin)、福莫司汀(fotemustine)、洛莫司汀(lomustine)、尼莫司汀(nimustine)和雷莫司汀(ranimnustine)；抗生素，如烯二炔类(enediyne)抗生素(例如，加利车霉素(calicheamicin)，尤其是加利车霉素γI和加利车霉素ωI1)；烯二炔蒽环类抗生素
(dynemicin)，包括烯二炔蒽环类抗生素A；双膦酸盐(bisphosphonate)，如氯屈膦酸盐(clodronate)；埃斯波霉素(esperamicin)；以及新制癌菌素(neocarzinostatin)生色团和相关色素蛋白烯二炔类抗生素生色团、阿克拉霉素(aclacinomysins)、放线菌素
(actinomycin)、蒽霉素(authramycin)、偶氮丝氨酸(azaserine)、博来霉素(bleomycins)、放线菌素C(cactinomycin)、carabicin、洋红霉素(carminomycin)、嗜癌霉素
(carzinophilin)、色霉素(chromomycinis)、放线菌素D(dactinomycin)、柔红霉素
(daunorubicin)、地托比星(detorubicin)、6-重氮-5-氧代-L-正亮氨酸(6-diazo-5-oxo-L-norleucine)、多柔比星(doxorubicin)(包括吗啉代多柔比星(morpholino-
doxorubicin)、氰基吗啉代多柔比星(cyanomorpholino-doxorubicin)、2-吡咯啉-多柔比星(2-pyrrolino-doxorubicin)和脱氧多柔比星(deoxydoxorubicin))、表柔比星
(epirubicin)、依索比星(esorubicin)、伊达比星(idarubicin)、马塞罗霉素
(marcellomycin)、丝裂霉素类(mitomycins)(如丝裂霉素C)、麦考酚酸(mycophenolic acid)、诺拉霉素(nogalamycin)、橄榄霉素(olivomycins)、培洛霉素(peplomycin)、紫菜霉素(potfiromycin)、嘌呤霉素(puromycin)、三铁阿霉素(quelamycin)、罗多比星
(rodorubicin)、链黑霉素(streptonigrin)、链佐星(streptozocin)、杀结核菌素
(tubercidin)、乌苯美司(ubenimex)、净司他丁(zinostatin)和佐柔比星(zorubicin)；抗代谢物，如甲氨喋呤(methotrexate)和5-氟尿嘧啶(5-fluorouracil)(5-FU)；叶酸类似物，如二甲叶酸(denopterin)、喋罗呤(pteropterin)、三甲曲沙(trimetrexate)；嘌呤类似物。
如氟达拉滨(fludarabine)、6-巯嘌呤(6-mercaptopurine)、硫咪嘌呤(thiamiprine)和硫鸟嘌呤(thioguanine)；嘧啶类似物，如安西他滨(ancitabine)、阿扎胞苷(azacitidine)、
6-氮尿苷(6-azauridine)、卡莫氟(carmofur)、阿糖胞苷(cytarabine)、双脱氧尿苷
(dideoxyuridine)、去氧氟尿苷(doxifluridine)、依诺他滨(enocitabine)和氟尿苷
(floxuridine)；雄激素类，如卡鲁睾酮(calusterone)、丙酸甲雄烷醇酮(dromostanolone propionate)、环硫雄醇(epitiostanol)、美雄烷(mepitiostane)和睾丸内酯
(testolactone)；抗肾上腺药(anti-adrenals)，如米托坦(mitotane)和曲洛司坦
(trilostane)；叶酸补偿剂，如亚叶酸(frolinic acid)；醋葡醛内酯(aceglatone)；羟醛磷酰胺配糖(aldophosphamide glycoside)；5-氨基酮戊酸(aminolevulinic acid)；恩尿嘧啶(eniluracil)；安吖啶(amsacrine)；bestrabucil；比生群(bisantrene)；依达曲沙(edatraxate)；defofamine；秋水仙胺(demecolcine)；地吖醌(diaziquone)；
elfornithine；依利醋铵(elliptinium acetate)；埃博霉素(epothilone)；依托格鲁(etoglucid)；硝酸镓(gallium nitrate)；羟基脲(hydroxyurea)；香菇多糖(lentinan)；氯尼达明(lonidainine)；美登木素生物碱类(maytansinoids)，如美登素(maytansine)和安丝菌素(ansamitocins)；米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌(mitoxantrone)；莫哌达醇(mopidanmol)；尼曲吖啶(nitraerine)；喷司他丁(pentostatin)；异丙嗪(phenamet)；吡柔比星(pirarubicin)；洛索蒽醌(losoxantrone)；podophyllinic acid(足叶草酸)；2-乙基酰肼(2-ethylhydrazide)；丙卡巴肼(procarbazine)；PSK多糖复合物；雷佐生(razoxane)；
利索新(rhizoxin)；西佐喃(sizofiran)；锗螺胺(spirogermanium)；细交链孢菌酮酸(tenuazonic acid)；三亚胺醌(triaziquone)；2,2’,2”-三氯三乙胺(2,2’,2”-
trichlorotriethylamine)；单端孢霉烯族化合物(trichothecenes)(尤其是T-2毒素、verracurin A、杆孢菌素A(roridin A)和蛇形菌素(anguidine))；乌拉坦(urethan)；长春地辛(vindesine)；达卡巴嗪(dacarbazine)；甘露莫司汀(mannomustine)；二溴甘露醇(mitobronitol)；二溴卫矛醇(mitolactol)；哌泊溴烷(pipobroman)；gacytosine；阿糖胞苷(arabinoside)(“Ara-C”)；环磷酰胺；塞替哌；紫杉烷类化合物(taxoids)，例如紫杉醇(paclitaxel)和多西他塞吉西他滨(docetaxel gemcitabine)；6-硫鸟嘌呤(6-
thioguanine)；巯嘌呤(mercaptopurine)；铂配位复合物，如顺铂(cisplatin)、奥克赛铂(oxaliplatin)和卡铂(carboplatin)；长春碱(vinblastine)；铂；依托泊苷(etoposide)(VP-16)；异环磷酰胺(ifosfamide)；米托蒽醌(mitoxantrone)；长春新碱(vincristine)；
长春瑞滨(vinorelbine)；诺安托(novantrone)；依达曲沙(edatrexate)；道诺霉素
(daunomycin)；氨基喋呤(aminopterin)；希罗达(xeloda)；伊班膦酸盐(ibandronate)；伊立替康(irinotecan)；拓扑异构酶抑制剂RFS 2000；二氟甲基鸟氨酸
(difluorometlhylornithine)(DMFO)；维甲类(retinoids)，如视黄酸(retinoic acid)；卡培他滨(capecitabine)；卡泊铂(carboplatin)、甲基苄肼(procarbazine)、普卡霉素(plicomycin)、吉西他滨(gemcitabien)、navelbine、法尼基(farnesyl)蛋白转移酶抑制剂、反式铂(transplatinum)，任何上述物质的药学上可接受的盐、酸或衍生物。
细胞表面上的标志物特异性的抗体。单独的抗体可以作为治疗的效应子，或可以募集其他细胞以实际地实现细胞杀灭。抗体还可以与药物或毒素(化疗剂、放射性核素、蓖麻毒素A链、霍乱毒素、百日咳毒素等)缀合，并用作靶向剂。或者，效应子可以是携带与肿瘤细胞靶标直接或间接地相互作用的表面分子的淋巴细胞。各种效应细胞包括细胞毒性T细胞和NK细胞。
emtansine或T-DM1)验证了这种方法。目前有超过30种ADC候选药物处于癌症治疗临床试验的不同阶段。随着抗体工程和接头-有效负载优化变得越来越成熟，新ADC的发现和研发越来越依赖于适于这种方法的新靶的鉴定和验证以及靶向MAb的产生。ADC靶的两个标准是肿瘤细胞中表达水平的上调/高水平和稳健的内在化。
0.05)(图3E)。这与最近公布的小群组的CTLA-4阻断患者中的数据一致，其中与肠道微生物组中具有较高丰度的拟杆菌目的患者相比，具有较高丰度的粪杆菌属的患者具有延长的PFS(Chaput等，2017)。此外，在发明人的群组中进行了Cox比例风险分析，证明对PD-1阻断反应的最强预测因子是粪便微生物组中的α-多样性(HR＝3.94；95％C.I.＝1.02-12.52)、普氏粪杆菌的丰度(HR＝2.92；95％C.I.＝1.08-7.89)和crOTU簇(HR＝3.80；95％C.I.＝
1.09-13.21)。在针对免疫疗法的先前治疗调整后，这些影响在多变量分析中仍然显著(表
6)。
1.1标准的完全反应(CR)，部分反应(PR)或稳定疾病(SD)的放射照相证据来限定。缺乏临床反应(无反应者)(NR)由系列CT扫描的疾病进展(PD)或持续时间少于6个月的临床获益(最小受益)来限定。
(crOTU)，其中每个crOTU的丰度是其成员OTU的丰度之和。在口腔1152个(1182个OTU的
97.5％)和肠道1434个(1455个OTU的98.6％)微生物组内，从所有观察的OTU的序列比对构建了树。所得到的口腔和肠道微生物组crOTU树分别含有1152和1434个节点。
(V600E)/Pten-/-肿瘤细胞植入Taconic和Jackson小鼠中，并且在这些具有不同微生物组的遗传上相同的小鼠中观察到肿瘤生长(图33A)和存活(图33B)的显著差异。有趣的是，通过共同圈养Taconic和Jackson(图33C)(因为小鼠通常是食粪的)或通过粪便移植来调节肠道微生物组消除了这些差异，表明肠道微生物组的调节可以改变BRAF突变肿瘤模型中的肿瘤生长。由于小鼠是食粪的，共同圈养导致来自两个单独微生物组的合并微生物组的出现。对单独圈养vs共同圈养的Taconic和Jackson小鼠进行了16S测序，证明单独圈养小鼠和共同圈养小鼠中的不同微生物组(图33D&E)，证实了这些小鼠中肠道微生物组的调节。
nordii、Bacteroides stercoris、Blautia faecis、Blautia glucerasea、Blautia hansenii、Blautia obeum、Blautia schinkii、Caproiciproducens galactitolivorans、Christensenella minuta、Clostridium aldenense、Clostridium alkalicellulosi、Clostridium amygdalinum、乳清酸梭菌(Clostridium oroticum)、Clostridium
polysaccharolyticum、解木聚糖梭菌、Coprobacillus cateniformis、Emergencia
timonensis、霍氏真杆菌(Eubacterium hallii)、Extibacter muris、普氏粪杆菌、
Ihubacter massiliensis、Neglecta timonensis、Novibacillus thermophilus、
Oscillibacter ruminantium、Papillibacter cinnamivorans、Parabacteroides
johnsonii、Parasporobacterium paucivorans、黑色消化球菌(Peptococcus niger)、Pseudoflavonifractor capillosus、Robinsoniella peoriensis、Ruminococcus
gauvreauii、活泼瘤胃球菌、扭链瘤胃球菌和Slackia piriformis的OUT在两个实验中都只在R-FMT小鼠中发现。
250-500mm3，用抗-PD-L1单克隆抗体(纯化的低内毒素、功能性制剂，B7-H1，CD274，Leinco Technologies Inc.)处理动物。评估肿瘤生长/存活。采集粪便样本、血液、脾脏和肿瘤，并处理用于进一步分析。
2mmol/L EDTA的2％RPMI中洗涤，并重悬于FACS缓冲液(含有2％热灭活的FBS和2mM EDTA补充的PBS)中。将脾脏在FACS缓冲液中粉碎，并通过在ACK缓冲液(Gibco)中在室温下孵育2分钟来裂解红细胞。然后洗涤沉淀并重悬于FACS缓冲液中。为了分析细胞表面标志物，使用了以下抗体：CD45(30-F11，BD Biosciences)、CD11b(M1/70，eBioscience)、CD11c(HL3，BD Pharmigen)、Ly6G(RB6-8C5，eBioscience)、Ly6C(AL-21，BD Bioscience)、F4/80(BM8，eBioscience)。细胞用LIVE/DEAD存活力染色(Life Technologies)标记，并且样品在LSR Fortessa X20流式细胞仪(BD)上获得。通过绘制FSC面积vs FSC高度来区分和排除双重峰并使用FlowJo软件(Tree Star)分析了数据。
100nM铱/PBS溶液中孵育过夜，然后使用Helios质量流式细胞仪(Fluidigm)进行采集。
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