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经修饰的膜型丝酸蛋白酶1(MTSP-1)多肽及其使用方法

阅读:573发布:2020-05-08

专利汇可以提供经修饰的膜型丝酸蛋白酶1(MTSP-1)多肽及其使用方法专利检索,专利查询,专利分析的服务。并且提供的是经修饰为具有改变的活性和/或特异性的MTSP-1多肽,使得它们切割补体蛋白,例如补体蛋白C3,以抑制其活性并从而抑制补体活化。抑制补体活化的经修饰的MTSP-1多肽可以用于 治疗 其中补体活化发挥作用的 疾病 和状况。此类疾病和状况包括炎性疾病和具有炎性组分的疾病。这些病症的示例是缺血和 再灌注 病症,包括心肌梗塞和中 风 ,败血症,自身免疫疾病,眼科病症例如糖尿病性 视网膜 病变和黄斑变性,包括年龄相关性黄斑变性(AMD),以及移植器官排斥例如肾移 植物 功能延迟恢复(DGF)。,下面是经修饰的膜型丝酸蛋白酶1(MTSP-1)多肽及其使用方法专利的具体信息内容。

1.一种经修饰的膜型丝酸蛋白酶1(MTSP-1)多肽,其包含选自I41S、Q38H、D60bT、F60eS或R、Y60gW、ins97aV、D96K、F97G、G151H或N和Q192T中的一种或多种氨基酸修饰,由此与未经修饰的活性形式的MTSP-1多肽相比,所述经修饰的MTSP-1多肽具有对于补体蛋白增加的活性/特异性,其中:
所述氨基酸修饰选自未经修饰的MTSP-1多肽中的替换、插入和/或缺失;
与不包含氨基酸修饰的未经修饰的MTSP-1多肽的活性形式相比,所述经修饰的MTSP-1多肽切割补体蛋白,以从而抑制或减少补体活化;
残基按胰凝乳蛋白酶编号进行编号;
通过比对和胰凝乳蛋白酶编号确定相应的残基;和
所述未经修饰的MTSP-1多肽包含SEQ ID NO:1-4中任一个中所示的氨基酸序列,或者其包括所述氨基酸修饰的催化活性片段或形式。
2.一种经修饰的膜型丝氨酸蛋白酶1(MTSP-1)多肽,其包含氨基酸修饰,与未经修饰的活性形式的MTSP-1多肽相比,所述氨基酸修饰增加对于人补体C3蛋白切割的活性/特异性,其中:
切割在SEQ ID NO:9的残基740和741之间,由此切割在体外以小于10nM的EC50在Q H A R↓A S H L处发生;
与不包含氨基酸修饰的未经修饰的MTSP-1多肽的活性形式相比,所述经修饰的MTSP-1多肽切割C3补体蛋白,以从而抑制或减少补体活化;
所述经修饰的MTSP-1含有至少4或至少5或至少6或至少7种氨基酸修饰;
所述氨基酸修饰选自未经修饰的MTSP-1多肽中的替换、插入和/或缺失;和所述未经修饰的MTSP-1多肽包含SEQ ID NO:1-4中任一个中所示的氨基酸序列,或者其包括所述氨基酸修饰的催化活性片段或形式。
3.权利要求1的经修饰的MTSP-1多肽,其中所述补体蛋白是C3。
4.权利要求1-3中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其在C3中切割使C3失活的靶位点。
5.权利要求1、3和4中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其中所述靶位点包含补体蛋白C3的残基737-744。
6.权利要求4的经修饰的MTSP-1多肽,其中所述切割在SEQ ID NO:9的残基740和741之间,其中切割在Q H A R↓A S H L处发生。
7.权利要求1-6中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其中:
对应于所述MTSP-1多肽的蛋白酶结构域的部分具有对于C3切割增加的活性,其比SEQ ID NO:4的MTSP-1多肽的活性大至少1倍或多于1倍;和
所述部分所对应于的MTSP-1多肽的蛋白酶结构域的氨基酸序列在SEQ ID NO:2中示出。
8.权利要求1-7中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其中通过蛋白酶解介导的补体蛋白C3的抑制或失活,或通过在溶血测定中测定血清补体活性,或确定与SEQ ID NO:4的未经修饰的MTSP-1多肽的蛋白酶结构域相比,经修饰的MTSP-1多肽的蛋白酶结构域的ED50的比率,在体外评价活性。
9.权利要求1至8中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其具有对于C3切割增加的活性,其比SEQ ID NO:4的未经修饰的MTSP-1多肽的活性大至少1.2倍或至少1.5倍。
10.权利要求1至8中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其具有对于C3切割增加的活性,其比SEQ ID NO:4的未经修饰的MTSP-1多肽的活性大至少3倍或至少4倍。
11.权利要求1-10中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其中所述未经修饰的MTSP-1多肽由SEQ ID NO:1-4中任一个中所示的氨基酸序列组成。
12.权利要求1-10中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其中所述未经修饰的MTSP-1多肽由SEQ ID NO:4中所示的氨基酸序列组成。
13.权利要求1-10中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其中所述经修饰的MTSP-1多肽与SEQ ID NO:1-4中任一个的多肽具有至少85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、
93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多的序列同一性。
14.权利要求1-13中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其中与SEQ ID NO:1-6中任一个的未经修饰的MTSP-1多肽或其催化活性部分相比,所述经修饰的MTSP-1多肽具有1个或至多
2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个氨基酸替换、插入或缺失。
15.权利要求1-14中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其包含对应于I41S的修饰。
16.权利要求1-15中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其包含对应于Q38H的修饰。
17.权利要求1-16中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其包含对应于D60bT的修饰。
18.权利要求1-17中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其包含对应于F60eS的修饰。
19.权利要求1-18中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其包含对应于Y60gW的修饰。
20.权利要求1-19中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其包含对应于ins97aV的修饰。
21.权利要求1-20中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其包含对应于D96K的修饰。
22.权利要求1-21中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其包含对应于F97G的修饰。
23.权利要求1-22中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其包含对应于G151H的修饰。
24.权利要求1-22中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其包含对应于G151N的修饰。
25.权利要求1-24中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其包含对应于Q192T的修饰。
26.权利要求1-24中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其包含对应于Q192D的修饰。
27.权利要求1-24中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其包含对应于Q192E的修饰。
28.权利要求1-17和19-27中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其包含对应于F60eR的修饰。
29.权利要求1-28中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其进一步包含对应于Y59F的修饰。
30.权利要求1-29中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其进一步包含对应于F99L的修饰。
31.权利要求1至30中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其进一步包含对应于T98P的修饰。
32.权利要求1-31中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其进一步包含对应于Q175L的修饰。
33.权利要求1-32中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其进一步包含在对应于D217的位置处的修饰。
34.权利要求1-32中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其进一步包含对应于D217V、I、L、W或M的修饰。
35.权利要求1-14和16-34中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其进一步包含对应于I41D、E、T、G或R的修饰。
36.权利要求1-14中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其包含对应于I41E/F99L/C122S/G151N/Q192T;I41D/C122S/G151N/Q192T;I41S/F99L/C122S/G151N/Q192V;或I41E/F99L/C122S/G151N/Q192T的修饰,或除了其中C122S为C122C之外的相同修饰。
37.权利要求1-14中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其包含对应于以下中任一的修饰:
I41R/F97T/Ins97aE/T98G/F99L/C122S/G151N/Q175L/Q192E、或I41R/F97T/Ins97aE/T98G/F99L/C122S/G151N/Q175L/Q192D。
38.权利要求1-14中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其包含对应于以下的修饰:
I41D/Y59F/D96E/F99L/C122S/G151N/Q192T,或
I41D/Y59F/C122S/G151N/Q192T。
39.权利要求1-38中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其包含对应于以下中任一的修饰:
I41R/F97T/Ins97aE/T98G/F99L/C122S/G151N/Q175L/Q192E,或
Q38H/I41A/D60bV/F60eR/Y60gW/F97T/ins97aE/T98G/F99L/C122S/G151N/Q175L/Q192D,或
Q38H/I41A/D60bT/F60eK/Y60gW/F97T/ins97aE/T98G/F99L/C122S/G151N/Q175L/Q192D,或
Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/F97D/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192E,或
Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/F97D/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D,或
Q38H/I41A/D60bT/F60eK/Y60gW/F97T/ins97aE/T98G/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D,或
Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/F97D/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151N/Q175L/Q192D,或
Q38H/I41A/D60bV/F60eR/Y60gW/F97T/ins97aE/T98G/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D,或
Q38H/I41A/D60bV/F60eR/Y60gW/D96I/F97Y/ins97aN/T98G/F99L/C122S/G151N/Q175L/Q192D,或
Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97D/ins97aA/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D,或
Q38H/I41A/D60bV/F60eR/Y60gW/D96P/F97W/ins97aN/T98G/F99L/C122S/G151N/Q175L/Q192E,或
Q38H/I41A/D60bV/F60eR/Y60gW/D96I/F97N/T98G/F99L/C122S/G151N/Q175L/Q192D,或
Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96Y/F97E/ins97aV/T98G/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D,或
Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96L/F97D/ins97aG/T98N/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192E,或
Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D,或
Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96V/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D,或
Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97D/ins97aA/T98P/F99L/C122S/G151N/Q175L/Q192D,或
Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D,或
Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D,或
Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L,或
I41E/F99L/C122S/G151N/Q192T、或I41D/C122S/G151N/Q192T、或I41S/F99L/C122S/G151N/Q192V、或I41E/F99L/C122S/G151N/Q192T,或
I41D/Y59F/D96E/F99L/C122S/G151N/Q192T、或I41D/Y59F/C122S/G151N/Q192T,或I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D,或
Q38H/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D,或
Q38H/I41S/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D,或
Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D,或
Q38H/I41S/D60bT/F60eS/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D,或
Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D,或
Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D,或
Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/C122S/G151H/Q175L/Q192D,或
Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D,或
Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q192D,或
Q38H/I41S/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q192D,或
I41S/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D,或
I41S/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q192D,或
Q38H/I41S/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D,或
Q38H/I41S/D60bY/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q192D/D217V,或I41S/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q192G/D217V,或
I41S/D60bY/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q192D/D217V,或
I41S/D96M/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q192G/D217V,或
I41S/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q192V/D217I,或
I41S/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q192H,或
I41S/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q192N/D217V,或
I41S/D60bY/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D,或
Q38H/I41S/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q192G/D217V,或
I41S/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192V,或
I41S/P49S/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q192G/D217V,或
I41S/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192N/I217V,或
I41T/F97W/F99L/C122S/G151N/Q175M/Q192G/D217L,或
I41G/F97L/F99L/C122S/Q175A/Q192T/D217V,或
I41G/F97V/F99L/C122S/G151Q/Q175M/Q192A/D217L,或
I41G/F97I/F99L/C122S/G151L/Q175M/Q192S/D217V,或
I41G/F97S/F99L/C122S/G151N/Q175L/Q192G/D217I,或
I41T/F97L/F99L/C122S/G151N/Q175S/Q192S/D217W,或
I41D/F97T/F99M/C122S/Q192V/D217M,或除了C122S是未经修饰的且为C122C之外的相同修饰。
40.权利要求1-38中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其包含选自如下组合的修饰,所述组合包括Q38H、I41S、D60bT、F60eS、Y60gW、D96K、F97G、Ins97aV和G151H中的一种或多种修饰,所述组合如下:
G151H、Ins97aV、Ins97aV/G151H、F97G、F97G/G151H、F97G/Ins97aV、F97G/Ins97aV/G151H、D96K、D96K/G151H、D96K/Ins97aV、D96K/Ins97aV/G151H、D96K/F97G、D96K/F97G/G151H、D96K/F97G/Ins97aV、D96K/F97G/Ins97aV/G151H、Y60gW、Y60gW/G151H、Y60gW/Ins97aV、Y60gW/Ins97aV/G151H、Y60gW/F97G、Y60gW/F97G/G151H、Y60gW/F97G/Ins97aV、Y60gW/F97G/Ins97aV/G151H、Y60gW/D96K、Y60gW/D96K/G151H、Y60gW/D96K/Ins97aV、Y60gW/D96K/Ins97aV/G151H、Y60gW/D96K/F97G、Y60gW/D96K/F97G/G151H、Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV、Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、F60eS、F60eS/G151H、F60eS/Ins97aV、F60eS/Ins97aV/G151H、F60eS/F97G、F60eS/F97G/G151H、F60eS/F97G/Ins97aV、F60eS/F97G/Ins97aV/G151H、F60eS/D96K、F60eS/D96K/G151H、F60eS/D96K/Ins97aV、F60eS/D96K/Ins97aV/G151H、F60eS/D96K/F97G、F60eS/D96K/F97G/G151H、F60eS/D96K/F97G/Ins97aV、F60eS/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、F60eS/Y60gW、F60eS/Y60gW/G151H、F60eS/Y60gW/Ins97aV、F60eS/Y60gW/Ins97aV/G151H、F60eS/Y60gW/F97G、F60eS/Y60gW/F97G/G151H、F60eS/Y60gW/F97G/Ins97aV、F60eS/Y60gW/F97G/Ins97aV/G151H、F60eS/Y60gW/D96K、F60eS/Y60gW/D96K/G151H、F60eS/Y60gW/D96K/Ins97aV、F60eS/Y60gW/D96K/Ins97aV/G151H、F60eS/Y60gW/D96K/F97G、F60eS/Y60gW/D96K/F97G/G151H、F60eS/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV、F60eS/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、D60bT、D60bT/G151H、D60bT/Ins97aV、D60bT/Ins97aV/G151H、D60bT/F97G、D60bT/F97G/G151H、D60bT/F97G/Ins97aV、D60bT/F97G/Ins97aV/G151H、D60bT/D96K、D60bT/D96K/G151H、D60bT/D96K/Ins97aV、D60bT/D96K/Ins97aV/G151H、D60bT/D96K/F97G、D60bT/D96K/F97G/G151H、D60bT/D96K/F97G/Ins97aV、D60bT/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、D60bT/Y60gW、D60bT/Y60gW/G151H、D60bT/Y60gW/Ins97aV、D60bT/Y60gW/Ins97aV/G151H、D60bT/Y60gW/F97G、D60bT/Y60gW/F97G/G151H、D60bT/Y60gW/F97G/Ins97aV、D60bT/Y60gW/F97G/Ins97aV/G151H、D60bT/Y60gW/D96K、D60bT/Y60gW/D96K/G151H、D60bT/Y60gW/D96K/Ins97aV、D60bT/Y60gW/D96K/Ins97aV/G151H、D60bT/Y60gW/D96K/F97G、D60bT/Y60gW/D96K/F97G/G151H、D60bT/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV、D60bT/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、D60bT/F60eS、D60bT/F60eS/G151H、D60bT/F60eS/Ins97aV、D60bT/F60eS/Ins97aV/G151H、D60bT/F60eS/F97G、D60bT/F60eS/F97G/G151H、D60bT/F60eS/F97G/Ins97aV、D60bT/F60eS/F97G/Ins97aV/G151H、D60bT/F60eS/D96K、D60bT/F60eS/D96K/G151H、D60bT/F60eS/D96K/Ins97aV、D60bT/F60eS/D96K/Ins97aV/G151H、D60bT/F60eS/D96K/F97G、D60bT/F60eS/D96K/F97G/G151H、D60bT/F60eS/D96K/F97G/Ins97aV、D60bT/F60eS/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、D60bT/F60eS/Y60gW、D60bT/F60eS/Y60gW/G151H、D60bT/F60eS/Y60gW/Ins97aV、D60bT/F60eS/Y60gW/Ins97aV/G151H、D60bT/F60eS/Y60gW/F97G、D60bT/F60eS/Y60gW/F97G/G151H、D60bT/F60eS/Y60gW/F97G/Ins97aV、D60bT/F60eS/Y60gW/F97G/Ins97aV/G151H、D60bT/F60eS/Y60gW/D96K、D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/G151H、D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/Ins97aV、D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/Ins97aV/G151H、D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G、D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/G151H、D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV、D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、I41S、I41S/G151H、I41S/Ins97aV、I41S/Ins97aV/G151H、I41S/F97G、I41S/F97G/G151H、I41S/F97G/Ins97aV、I41S/F97G/Ins97aV/G151H、I41S/D96K、I41S/D96K/G151H、I41S/D96K/Ins97aV、I41S/D96K/Ins97aV/G151H、I41S/D96K/F97G、I41S/D96K/F97G/G151H、I41S/D96K/F97G/Ins97aV、I41S/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、I41S/Y60gW、I41S/Y60gW/G151H、I41S/Y60gW/Ins97aV、I41S/Y60gW/Ins97aV/G151H、I41S/Y60gW/F97G、I41S/Y60gW/F97G/G151H、I41S/Y60gW/F97G/Ins97aV、I41S/Y60gW/F97G/Ins97aV/G151H、I41S/Y60gW/D96K、I41S/Y60gW/D96K/G151H、I41S/Y60gW/D96K/Ins97aV、I41S/Y60gW/D96K/Ins97aV/G151H、I41S/Y60gW/D96K/F97G、I41S/Y60gW/D96K/F97G/G151H、I41S/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV、I41S/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、I41S/F60eS、I41S/F60eS/G151H、I41S/F60eS/Ins97aV、I41S/F60eS/Ins97aV/G151H、I41S/F60eS/F97G、I41S/F60eS/F97G/G151H、I41S/F60eS/F97G/Ins97aV、I41S/F60eS/F97G/Ins97aV/G151H、I41S/F60eS/D96K、I41S/F60eS/D96K/G151H、I41S/F60eS/D96K/Ins97aV、I41S/F60eS/D96K/Ins97aV/G151H、I41S/F60eS/D96K/F97G、I41S/F60eS/D96K/F97G/G151H、I41S/F60eS/D96K/F97G/Ins97aV、I41S/F60eS/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、I41S/F60eS/Y60gW、I41S/F60eS/Y60gW/G151H、I41S/F60eS/Y60gW/Ins97aV、I41S/F60eS/Y60gW/Ins97aV/G151H、I41S/F60eS/Y60gW/F97G、I41S/F60eS/Y60gW/F97G/G151H、I41S/F60eS/Y60gW/F97G/Ins97aV、I41S/F60eS/Y60gW/F97G/Ins97aV/G151H、I41S/F60eS/Y60gW/D96K、I41S/F60eS/Y60gW/D96K/G151H、I41S/F60eS/Y60gW/D96K/Ins97aV、I41S/F60eS/Y60gW/D96K/Ins97aV/G151H、I41S/F60eS/Y60gW/D96K/F97G、I41S/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/G151H、I41S/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV、I41S/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、I41S/D60bT、I41S/D60bT/G151H、I41S/D60bT/Ins97aV、I41S/D60bT/Ins97aV/G151H、I41S/D60bT/F97G、I41S/D60bT/F97G/G151H、I41S/D60bT/F97G/Ins97aV、I41S/D60bT/F97G/Ins97aV/G151H、I41S/D60bT/D96K、I41S/D60bT/D96K/G151H、I41S/D60bT/D96K/Ins97aV、I41S/D60bT/D96K/Ins97aV/G151H、I41S/D60bT/D96K/F97G、I41S/D60bT/D96K/F97G/G151H、I41S/D60bT/D96K/F97G/Ins97aV、I41S/D60bT/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、I41S/D60bT/Y60gW、I41S/D60bT/Y60gW/G151H、I41S/D60bT/Y60gW/Ins97aV、I41S/D60bT/Y60gW/Ins97aV/G151H、I41S/D60bT/Y60gW/F97G、I41S/D60bT/Y60gW/F97G/G151H、I41S/D60bT/Y60gW/F97G/Ins97aV、I41S/D60bT/Y60gW/F97G/Ins97aV/G151H、I41S/D60bT/Y60gW/D96K、I41S/D60bT/Y60gW/D96K/G151H、I41S/D60bT/Y60gW/D96K/Ins97aV、I41S/D60bT/Y60gW/D96K/Ins97aV/G151H、I41S/D60bT/Y60gW/D96K/F97G、I41S/D60bT/Y60gW/D96K/F97G/G151H、I41S/D60bT/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV、I41S/D60bT/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、I41S/D60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41.权利要求1-38中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其包含选自如下的组合的修饰,所述组合包括T98P/F99LQ175L/Q192D,任选的C122S,以及选自Q38H、I41S、D60bT、F60eS、Y60gW、D96K、F97G、Ins97aV和G151H的一种或多种,所述组合如下:
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C122S/G151H/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/D96K/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/D96K/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/D96K/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/D96K/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/D96K/F97G/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/D96K/F97G/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/F97G/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/F97G/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/F97G/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/F97G/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/D96K/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/D96K/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/D96K/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/D96K/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/D96K/F97G/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/D96K/F97G/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/D96K/F97G/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/D96K/F97G/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/F97G/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/F97G/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/F97G/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/F97G/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D,以及除了C122S是未经修饰的且为C122C之外的相同修饰。
42.权利要求1-38中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其包含选自MTSP-1的修饰组合的修饰,所述MTSP-1中蛋白酶结构域在体外以小于10nM的EC50切割人C3:
ins97aA/F97G/T98L/C122S/Q175M/Q192A/D217I/K224R,
Q38Y/I41S/D60bT/F60eR/Y60gW/D96M/F97N/T98G/F99L/C122S/G151N/Q175L,Q38H/I41A/D60bV/F60eR/Y60gW/D96P/ins97aN/F97W/T98G/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192E,
Q38G/H40R/I41H/D60bN/F97D/F99L/C122S/Q175L/Q192G,
Q38Y/I41S/D60bT/F60eR/Y60gW/D96M/F97N/T98G/F99L/C122S/G151N/Q175L,Q38H/I41A/D60bV/F60eR/Y60gW/D96P/ins97aN/F97W/T98G/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192E,
Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96F/F97D/ins97aE/T98S/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192A,
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Q38H/I41A/D60bV/F60eR/Y60gW/F97D/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D,
Q38Y/I41S/D60bT/F60eR/Y60gW/D96M/F97N/T98G/F99L/C122S/Q175L/Q192D,Q38H/I41A/D60bV/F60eR/Y60gW/D96F/F97Y/ins97aN/T98G/F99M/C122S/G151N/Q175L/Q192G,
Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96Y/F97N/ins97aE/T98S/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D,
Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97D/ins97aA/T98P/F99L/C122S/G151N/Q175L/Q192D,以及除了C122S是未经修饰的且为C122C之外的相同修饰。
43.权利要求1-42中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其包含对应于以下的修饰:
Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D或
Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/G151H/Q175L/Q192D,其中所述未经修饰的MTSP-1多肽包含SEQ ID NO:2或SEQ ID NO:4的蛋白酶结构域。
44.权利要求1-42中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其包含对应于I41D/C122S/G151N/Q192T或I41D/G151N/Q192T或I41E/F99L/C122S/G151N/Q192T或I41E/F99L/G151N/Q192T的修饰,其中所述未经修饰的MTSP-1多肽包含SEQ ID NO:2或SEQ ID NO:4的蛋白酶结构域。
45.权利要求1-44中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其中所述经修饰的MTSP-1多肽包含SEQ ID NO:6、8、21-59和63-81中任一个中所示的氨基酸残基序列。
46.权利要求1-45中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其中所述经修饰的MTSP-1多肽包含SEQ ID NO:35中所示的氨基酸残基序列。
47.权利要求1-46中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其中所述未经修饰的MTSP-1多肽由SEQ ID NO:2或4中所示的氨基酸残基序列(蛋白酶结构域)组成。
48.权利要求34的经修饰的MTSP-1多肽,其中所述未经修饰的MTSP-1多肽由SEQ ID NO:2或4中所示的氨基酸残基序列组成。
49.权利要求35的经修饰的MTSP-1多肽,其中所述未经修饰的MTSP-1多肽由SEQ ID NO:2或4中所示的氨基酸残基序列组成。
50.权利要求1-49中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其在人C3(SEQ ID NO:9)的残基QHARASHL(残基737-744)内切割。
51.权利要求50的经修饰的MTSP-1多肽,其中P1-P1'是RA。
52.权利要求1-51中任一项的经修饰的MTSP-1多肽,其通过聚合物进行修饰,以增加血清半衰期和/或减少免疫原性或两者。
53.权利要求52的经修饰的MTSP-1多肽,其是PEG化的。
54.一种融合蛋白,其包含与非MTSP-1蛋白酶多肽或其一部分融合的、权利要求1-53中任一项的经修饰的MTSP-1多肽或经修饰的MTSP-1多肽的催化活性部分。
55.权利要求54的融合蛋白,其中所述非蛋白酶多肽是多聚化结构域或蛋白质转导结构域(PTD)。
56.权利要求55的融合蛋白,其中所述非蛋白酶多肽是多聚化结构域,其为Fc结构域。
57.一种核酸分子,其包含编码权利要求1-53中任一项的经修饰的MTSP-1多肽或权利要求54-56中任一项的融合蛋白的氨基酸残基序列。
58.一种载体,其包含权利要求57的核酸分子。
59.权利要求58的载体,其是原核载体。
60.权利要求58的载体,其是真核载体。
61.权利要求58的载体,其是病毒载体。
62.权利要求58的载体,其是酵母载体。
63.权利要求58、60和61中任一项的载体,其是单纯疱疹病毒载体、或痘病毒载体、或腺病毒载体、或逆转录病毒载体或昆虫载体。
64.权利要求58-63中任一项的载体,其是表达载体。
65.权利要求58-64中任一项的载体,其是基因疗法载体。
66.权利要求57的核酸分子或权利要求58-65中任一项的载体用于基因疗法的用途,所述基因疗法用于治疗由补体活化介导或涉及补体活化的疾病或状况,其中补体活化的抑制实现所述疾病或状况的治疗或改善。
67.一种治疗由补体活化介导或涉及补体活化的疾病或状况的方法,其包括向对象施用权利要求58-65中任一项的载体或施用权利要求57的核酸分子,以治疗所述疾病或状况。
68.权利要求67的方法,其中所述补体介导的疾病或病症选自炎性疾病和状况、败血症、类湿性关节炎(RA)、眼科或眼部疾病或病症、心血管疾病、膜增生性肾小球肾炎(MPGN)、多发性硬化(MS)、重症肌无(MG)、哮喘、炎性肠病、免疫复合物(IC)介导的急性炎性组织损伤、阿尔茨海默氏病(AD)、移植器官排斥和缺血再灌注损伤。
69.权利要求67或权利要求68的方法,其中所述疾病或状况是眼部或眼科疾病,或者是移植器官的排斥或由于移植器官的炎症
70.权利要求68的方法,其中所述疾病或状况是糖尿病性视网膜病变或黄斑变性。
71.权利要求70的方法,其中所述疾病或状况是黄斑变性。
72.权利要求71的方法,其中所述黄斑变性是年龄相关性黄斑变性(AMD)。
73.权利要求67-69中任一项的方法,其中所述疾病或状况是移植肾功能延迟恢复(DGF)。
74.权利要求66的用途,其中所述补体介导的疾病或病症选自败血症、类风湿性关节炎(RA)、眼部疾病、膜增生性肾小球肾炎(MPGN)、多发性硬化(MS)、重症肌无力(MG)、哮喘、炎性肠病、免疫复合物(IC)介导的急性炎性组织损伤、阿尔茨海默氏病(AD)和缺血再灌注损伤。
75.权利要求66或74的用途,其中所述疾病或状况是眼科或眼部疾病,或者是由于移植器官的排斥或炎症。
76.权利要求66的用途,其中所述疾病或状况是糖尿病性视网膜病变或黄斑变性。
77.权利要求76的用途,其中所述疾病或状况是黄斑变性。
78.权利要求77的用途,其中所述黄斑变性是年龄相关性黄斑变性(AMD)。
79.权利要求74的用途,其中所述疾病或状况是移植肾功能延迟恢复(DGF)。
80.一种分离的细胞或细胞培养物,其包含权利要求57的核酸分子或权利要求58-65中任一项的载体。
81.一种非人细胞,其包含权利要求57的核酸分子或权利要求58-65中任一项的载体。
82.一种分离的细胞,其包含权利要求57的核酸分子或权利要求58-65中任一项的载体,其中所述分离的细胞不是人合子。
83.一种抑制补体活化的方法,其包括使权利要求1-53中任一项的经修饰的MTSP-1多肽或权利要求54-56中任一项的融合蛋白与补体蛋白C3接触,由此切割补体蛋白C3,使得减少或抑制补体活化。
84.权利要求83的方法,其中使所述经修饰的MTSP-1多肽与补体蛋白C3接触在体外实现。
85.权利要求83的方法,其中使所述经修饰的MTSP-1多肽与补体蛋白C3接触在体内实现。
86.权利要求83-85中任一项的方法,其中补体活化的抑制导致与选自以下的补体介导的疾病或病症相关的炎症症状的减少:炎性病症、神经退行性病症和心血管病症。
87.权利要求86的方法,其中所述补体介导的疾病或病症选自败血症、类风湿性关节炎(RA)、眼部病症、膜增生性肾小球肾炎(MPGN)、多发性硬化(MS)、重症肌无力(MG)、哮喘、炎性肠病、免疫复合物(IC)介导的急性炎性组织损伤、阿尔茨海默氏病(AD)和缺血再灌注损伤。
88.权利要求87的方法,其中所述缺血再灌注损伤由选自心肌梗塞(MI)、中风、血管成形术冠状动脉旁路移植术、心转流术(CPB)和血液透析的事件或治疗引起。
89.权利要求83-88中任一项的方法,其中所述补体介导的疾病或病症起因于对象的治疗。
90.权利要求89的方法,其中在导致补体介导的疾病或状况的对象治疗之前,实现用所述经修饰的MTSP-1多肽的治疗。
91.一种治疗由补体活化介导或涉及补体活化的疾病或状况的方法,其包括施用权利要求1-53中任一项的经修饰的MTSP-1多肽或权利要求54-56中任一项的融合蛋白,其中补体活化的抑制实现所述疾病或状况的治疗或改善。
92.权利要求91的方法,其中所述补体介导的疾病或病症选自败血症、类风湿性关节炎(RA)、眼部疾病、膜增生性肾小球肾炎(MPGN)、多发性硬化(MS)、重症肌无力(MG)、哮喘、炎性肠病、免疫复合物(IC)介导的急性炎性组织损伤、阿尔茨海默氏病(AD)和缺血再灌注损伤。
93.权利要求91或92的方法,其中所述疾病或状况是眼部疾病,或者是移植器官的排斥或由于移植器官的炎症。
94.权利要求93的方法,其中所述疾病或状况是糖尿病性视网膜病变或黄斑变性。
95.权利要求94的方法,其中所述疾病或状况是黄斑变性。
96.权利要求95的方法,其中所述黄斑变性是年龄相关性黄斑变性(AMD)。
97.权利要求93的方法,其中所述疾病或状况是移植肾功能延迟恢复(DGF)。
98.权利要求66-79和83-97中任一项的方法或用途,其中所述经修饰的MTSP-1多肽或融合蛋白或编码核酸分子或载体是静脉内施用的。
99.权利要求66-79和83-97中任一项的方法或用途,其中所述经修饰的MTSP-1多肽或融合蛋白或编码核酸分子或载体是皮下施用的。
100.权利要求66-79和83-97中任一项的方法或用途,其中所述经修饰的MTSP-1多肽或融合蛋白或编码核酸分子或载体施用于眼。
101.权利要求100的方法或用途,其中通过玻璃体内注射实现对眼的施用。
102.权利要求101的方法或用途,其中所述经修饰的MTSP-1多肽与转导结构域连接,以促进转导到玻璃体液内。
103.权利要求66-79和83-102中任一项的方法或用途,其中所述经修饰的MTSP-1多肽是PEG化的。
104.一种组合,其包含:
(a)权利要求1-53中任一项的经修饰的MTSP-1多肽或权利要求54-56中任一项的融合蛋白;和
(b)用于治疗补体介导的疾病或状况的一种或多种第二试剂
105.权利要求104的组合,其中所述一种或多种第二试剂是抗炎剂或抗凝剂。
106.权利要求105的组合,其中所述第二试剂是选自以下中的任何一种或多种的抗炎剂:非甾体抗炎药(NSAID)、抗代谢药、皮质类固醇、止痛药、细胞毒素剂、促炎细胞因子抑制剂、抗炎细胞因子、B细胞靶向剂、靶向T抗原的化合物、粘附分子阻滞剂、趋化因子受体拮抗剂、激酶抑制剂、PPAR-γ(gamma)配体、补体抑制剂、肝素、华法林、醋硝香豆素、苯茚二、EDTA、柠檬酸盐、草酸盐、阿加曲班、来匹卢定、比伐卢定和希美加群。
107.权利要求66-79和83-106中任一项的方法、用途或组合,其中所述经修饰的MTSP-1多肽包含修饰I41D或I41S。
108.权利要求66-79和83-107中任一项的方法、用途或组合,其中所述经修饰的MTSP-1多肽包含修饰I41S。
109.权利要求66-79和83-108中任一项的方法、用途或组合,其中所述经修饰的MTSP-1多肽包含修饰
Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D,或
Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/G151H/Q175L/Q192D。
110.权利要求66-79和83-107中任一项的方法、用途或组合,其中所述经修饰的MTSP-1多肽包含修饰:I41D/C122S/G151N/Q192T或I41D/G151N/Q192T。
111.权利要求66-79和83-110中任一项的方法、用途或组合,其中所述未经修饰的MTSP-1多肽包含SEQ ID NO:4中所示的氨基酸残基序列。
112.权利要求1-53中任一项的经修饰的MTSP-1多肽或权利要求54-56中任一项的融合蛋白,或者权利要求66-79和83-110中任一项的方法、用途或组合,其中所述经修饰的MTSP-
1多肽包含SEQ ID NO:35和42中任一个中所示的氨基酸残基序列。
113.一种治疗DGF的方法,其包括静脉内施用权利要求1-53中任一项的经修饰的MTSP-
1多肽或权利要求54-56中任一项的融合蛋白。
114.权利要求113的方法,其中单一剂量是0.1至1mg。
115.权利要求113或权利要求114的方法,其中所述经修饰的MTSP-1多肽包含SEQ ID NO:35和42中任一个中所示的氨基酸残基序列。
116.权利要求113-115中任一项的方法,其中所述治疗重复多次。
117.权利要求113-116中任一项的方法,其中所述治疗每2天、3天、4天、5天、6天、每周、每两个月或每月重复一次。
118.权利要求113-117中任一项的方法,其中所述经修饰的MTSP-1多肽包含替换Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D。
119.权利要求113-117中任一项的方法,其中所述经修饰的MTSP-1多肽包含SEQ ID NO:35或SEQ ID NO:42中所示的蛋白酶结构域或其催化活性部分。
120.一种治疗眼科病症或眼部病症的方法,其包括将权利要求1-53中任一项的经修饰的MTSP-1多肽施用于眼。
121.权利要求120的方法,其中所述病症是黄斑变性或糖尿病性视网膜病变。
122.权利要求121的方法,其中所述病症是AMD。
123.权利要求120的方法,其中单一剂量是0.1至1mg。
124.权利要求120-123中任一项的方法,其中所述经修饰的MTSP-1多肽包含SEQ ID NO:35和42中任一个中所示的氨基酸残基序列。
125.权利要求120-124中任一项的方法,其中所述治疗重复多次。
126.权利要求120-125中任一项的方法,其中所述治疗每2天、3天、4天、5天、6天、每周、每两个月或每月重复一次。
127.权利要求120-126中任一项的方法,其中所述经修饰的MTSP-1多肽包含替换Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D或Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/G151H/Q175L/Q192D。
128.权利要求111-117中任一项的方法,其中所述经修饰的MTSP-1多肽包含替换I41D/C122S/G151N/Q192T或I41D/G151N/Q192T。
129.权利要求111-117中任一项的方法,其中所述经修饰的MTSP-1多肽包含SEQ ID NO:35中所示的蛋白酶结构域或其催化活性部分。
130.经修饰的MTSP-1多肽用于治疗AMD或DGF的用途,其中所述经修饰的MTSP-1多肽包含替换
Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D或Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/G151H/Q175L/Q192D或
I41D/C122S/G151N/Q192T或I41D/G151N/Q192T。
131.权利要求1-53中任一项的经修饰的MTSP-1多肽或权利要求54-56中任一项的融合蛋白用于抑制补体活化的用途。
132.权利要求131的用途,其中:
使所述经修饰的MTSP-1多肽与补体蛋白C3接触,由此切割补体蛋白C3,使得减少或抑制补体活化;和
使所述经修饰的MTSP-1多肽与补体蛋白C3接触在体外或在非人动物中实现。
133.权利要求131的用途,其中使所述经修饰的MTSP-1多肽与补体蛋白C3接触在体内实现。
134.权利要求131-133中任一项的用途,其中补体活化的抑制导致与选自以下的补体介导的疾病或病症相关的炎症症状的减少:炎性病症、神经退行性病症和心血管病症。
135.权利要求134的用途,其中所述补体介导的疾病或病症选自败血症、类风湿性关节炎(RA)、眼部病症、膜增生性肾小球肾炎(MPGN)、多发性硬化(MS)、重症肌无力(MG)、哮喘、炎性肠病、免疫复合物(IC)介导的急性炎性组织损伤、阿尔茨海默氏病(AD)和缺血再灌注损伤。
136.权利要求135的用途,其中所述缺血再灌注损伤由选自心肌梗塞(MI)、中风、血管成形术、冠状动脉旁路移植术、心肺转流术(CPB)和血液透析的事件或治疗引起。
137.权利要求131-136中任一项的用途,其中所述补体介导的疾病或病症起因于对象的治疗。
138.权利要求131-137中任一项的用途,其中用所述经修饰的MTSP-1多肽的治疗在对象治疗之前实现。
139.权利要求1-53中任一项的经修饰的MTSP-1多肽或权利要求54-56中任一项的融合蛋白用于治疗疾病或状况的用途,所述疾病或状况由补体活化介导或涉及补体活化,其中补体活化的抑制实现所述疾病或状况的治疗或改善。
140.权利要求139的用途,其中所述补体介导的疾病或病症选自败血症、类风湿性关节炎(RA)、眼部疾病、膜增生性肾小球肾炎(MPGN)、多发性硬化(MS)、重症肌无力(MG)、哮喘、炎性肠病、免疫复合物(IC)介导的急性炎性组织损伤、阿尔茨海默氏病(AD)和缺血再灌注损伤。
141.权利要求140的用途,其中所述疾病或状况是眼部疾病,或者是移植器官的排斥或由于移植器官的炎症。
142.权利要求141的用途,其中所述疾病或状况是糖尿病性视网膜病变或黄斑变性。
143.权利要求142的用途,其中所述疾病或状况是黄斑变性。
144.权利要求143的用途,其中所述黄斑变性是年龄相关性黄斑变性(AMD)。
145.权利要求141的用途,其中所述疾病或状况是移植肾功能延迟恢复(DGF)。
146.权利要求131-145中任一项的用途,其中所述经修饰的MTSP-1多肽包含修饰Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D或I41E/F99L/C122S/G151N/Q192T。
147.权利要求145的用途,其中所述经修饰的MTSP-1多肽包含修饰
Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D。
148.权利要求145的用途,其中所述经修饰的MTSP-1多肽包含修饰I41D/C122S/G151N/Q192T。
149.一种制备经修饰的MTSP-1多肽的方法,其包括:
将编码权利要求1-53中任一项的经修饰的MTSP-1多肽或权利要求54-56中任一项的融合蛋白的核酸或载体引入细胞内;
在由此表达多肽的条件下培养所述细胞;和
任选地,分离所述表达的多肽。
150.权利要求149的方法,其中所述细胞是真核细胞。
151.权利要求150的方法,其中所述细胞是哺乳动物细胞或酵母细胞。

说明书全文

经修饰的膜型丝酸蛋白酶1(MTSP-1)多肽及其使用方法

[0001] 相关申请
[0002] 要求于2017年6月22日提交的美国临时申请序列号62/523,735的优先权利益,所述美国临时申请给予Madison、Edwin L.、Soros、Vanessa和Popkov、Mikhail,名称为 "
MODIFIED MEMBRANE TYPE SERINE PROTEASE 1(MT-SP1)POLYPEPTIDES AND METHODS OF 
USE"。还要求于2018年4月27日提交的美国临时申请序列号 62/664,051的优先权利益,所
述美国临时申请给予Madison、Edwin L.、Soros、Vanessa 和Popkov、Mikhail,名称为"
MODIFIED MEMBRANE TYPE SERINE PROTEASE 1 (MTSP-1)POLYPEPTIDES AND METHODS OF 
USE"。在允许的情况下,这些申请各自的主题整体引入作为参考。
[0003] 通过电子方式提供的序列表引入作为参考
[0004] 随同提交了序列表的电子版本,其内容整体引入作为参考。电子文件于2018年6 月18日创建,大小为1.4兆字节,且标题为4939SEQPC001.txt。

技术领域

[0005] 提供的是经修饰的MTSP-1多肽,其切割补体蛋白,从而抑制补体活化。由于这种抑制,经修饰的MTSP-1多肽可以用于治疗由补体介导的疾病或状况、或者其中补体活化发挥作用的疾病和状况。这些疾病和状况包括但不限于眼科适应症,包括黄斑变性例如年龄相
关性黄斑变性(AMD)、糖尿病性视网膜病变和斯塔加特病(Stargardt disease),肾移植物
功能延迟恢复(DGF),缺血和再灌注病症,包括心肌梗塞和中,败血症,自身免疫疾病,炎性疾病以及具有炎症组分的疾病,包括阿尔茨海默氏病和其它神经退行性病症。

背景技术

[0006] 补体(C)系统是免疫系统的部分,并且在消除入侵病原体和启动炎症应答中发挥作用。人及其它哺乳动物的补体系统涉及超过30种可溶性和膜结合蛋白,其参与导致补体
活化的有序顺序的反应。血液补体系统具有与广谱宿主防御机制(包括抗生物和抗病毒
作用)相关的广泛多样的功能。衍生自C组分活化的产物包括非自身识别分子C3b、C4b和
C5b,以及影响各种细胞免疫应答的过敏毒素C3a、C4a和C5a。这些过敏毒素也充当促炎剂。
[0007] 补体系统由一系列酶以及非酶促蛋白和受体组成。补体活化通过称为“经典”途径、“替代”途径和“凝集素”途径的三种主要模式之一发生(参见图1)。补体通常由这3个途径中的1个活化或触发,如图1中所示,所述3个途径在C3活化处会聚。在称为内在途径的第四种补体活化机制中,与凝血/纤维蛋白溶解级联相关的丝氨酸蛋白酶通过C3 或C5的切割
直接活化补体系统,而不依赖于经典、替代和凝集素途径。这些途径可以通过启动补体活化的过程来区分。经典途径通过抗体-抗原复合物或免疫球蛋白的聚集形式启动;替代途径通过识别微生物和细胞表面上的结构而启动;并且其为抗体不依赖性途径的凝集素途径,通
过甘露聚糖结合凝集素(MBL,也指定为甘露糖结合蛋白) 与化合物(例如在细菌或病
毒的表面上展示的那些)的结合而启动。级联的活化导致产生涉及蛋白酶解或细胞裂解的
复合物,及涉及调理作用、过敏反应和趋化作用的肽。
[0008] 其为动物的免疫应答的关键组分的补体级联是不可逆级联。众多蛋白质辅因子调节该过程。该过程的不适当调节,通常为不适当活化,可以是各种病症的一个方面或可以在各种病症中发生,所述病症涉及不适当的炎症和免疫应答,例如在急性和慢性炎性疾病中
观察到的那些,以及涉及不适当的免疫应答的其它状况。这些疾病和病症包括自身免疫疾
病,例如类风湿性关节炎和狼疮,心脏病症及其它炎性疾病,例如败血症和缺血再灌注损
伤。
[0009] 由于补体途径在各种疾病和状况中的牵涉,因此补体途径的组分是用于治疗干预,特别是用于途径抑制的靶。此类治疗剂的实例包括合成的和天然的小分子治疗剂、抗体抑制剂和重组可溶形式的膜补体调节剂。关于用于制备此类治疗剂的策略存在局限性。小
分子在体内具有短半衰期,并且需要不断注入以维持补体抑制,从而限制其作用,尤其是在慢性疾病中。治疗性抗体可以导致对象中的免疫应答,并且因此可以导致治疗特别是设计
为调节免疫应答的治疗中的并发症。因此,存在关于用于治疗补体介导的疾病和其中补体
活化发挥作用的疾病的治疗剂的需要。这些包括急性和慢性炎性疾病。相应地,在本文的目的中,一个目的是提供靶向补体级联的活化的此类治疗剂,并且提供疾病的治疗剂和治疗
方法。
发明内容
[0010] 经修饰的MTSP-1多肽,包含氨基酸修饰I41S、Q38H、D60bT、F60eS或R、Y60gW、ins97aV、D96K、F97G、G151H或N和Q192T中的一种或多种,由此与未经修饰的活性形式的
MTSP-1多肽相比,经修饰的MTSP-1多肽具有对于补体蛋白增加的活性和/ 或特异性,其中
所述氨基酸修饰选自未经修饰的MTSP-1多肽的一级氨基酸序列中的替换、插入和缺失;与
不包含氨基酸修饰的未经修饰的MTSP-1多肽的活性形式相比,经修饰的MTSP-1多肽切割补
体蛋白,以从而抑制或减少补体活化;残基按胰凝乳蛋白酶编号进行编号;通过比对和胰凝乳蛋白酶编号确定相应的残基;未经修饰的MTSP-1多肽包含SEQ ID NO:1-4中任一个中所
示的氨基酸序列(野生型全长MTSP-1、野生型蛋白酶结构域MTSP-1、野生型成熟MTSP-1、具有C122S的全长MTSP-1、具有C122S 的蛋白酶结构域MTSP-1、具有C122S的成熟MTSP-1)或者其包括氨基酸修饰的催化活性片段或形式。修饰在一级序列中,并且包括插入、替换和缺
失。经修饰的MTSP-1 多肽包括改善或改变活性的修饰以及其它特性,所述特性包括改善其作为药剂的用途的特性。例如,经修饰的MTSP-1多肽可以缀合至增加稳定性、血清半衰期、贮存期限及其它此类特性的部分。这些修饰包括缀合至聚合物,例如PEG化部分,用于靶向、鉴定和纯化经修饰的MTPS-1的其它多肽。
[0011] 本文提供的经修饰的MTSP-1多肽进行修饰以使其失活的补体蛋白是C3,使得经修饰的MTSP-1多肽切割使C3失活的位点。借助于C3的失活,补体活化被减少或抑制。借助于补体活化的抑制或减少,可以用本文提供的经修饰的MTSP-1多肽治疗其中补体发挥作用,或
者其中补体活化的减少可以治疗或减少该疾病或病症的症状或病理状况的任何疾病、状况
或病症。C3中用于失活切割的靶位点包括残基737-744;在这些残基内的切割,例如在SEQ ID NO:9的残基740和741之间的切割(Q H A R↓A S H L) 使C3失活。与不包含氨基酸修饰的未经修饰的MTSP-1多肽的活性形式相比,可以增加用于C3切割的活性/特异性。本文提供的经修饰的MTSP-1多肽被设计为具有增加的用于C3切割的活性,其比SEQ ID NO:4(具有游离半胱氨酸的蛋白酶结构域,按胰凝乳蛋白酶编号的C122替换为S)的未经修饰的MTSP-1多
肽的活性形式(例如全长或蛋白酶结构域)大至少1倍或多于1倍。与SEQ ID NO:4的未经修
饰的经修饰的 MTSP-1多肽相比,用于使C3失活的切割活性可以增加任何量,例如至少0.5
倍,1倍, 1.2倍,1.5倍,2、3、4、5、6、7、8、9、10倍或更多倍。未经修饰的MTSP-1多肽选自SEQ ID NO:1-4的多肽及其催化活性部分。
[0012] 如本文所述的,包括至少一种修饰,例如I41S、Q38H、D60bT、F60eS或R、Y60gW、 ins97aV、D96K、F97G、G151H或N和Q192T、或这些或其它替换的组合的经修饰的MTSP-1多肽,与SEQ ID NO:1-4中任一个的多肽具有至少85%、86%、87%、88%、 89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多的序列同一性。经修饰的MTSP-1多肽可以具有至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、 13、14、15、16、17、18 19、20、21、22、23、24或
25种修饰,包括在SEQ ID NO: 1-4中任一个的多肽及其催化活性部分的一级序列中的插
入、缺失和替换。
[0013] 例如,提供的是经修饰的MTSP-1多肽,其包含对应于I41S、Q38H、D60bT、F60eS、 oY60gW、ins97aV、D96K、F97G、G151H、G151N、Q192T、Q192D和/或Q192E中的任何一种或多种的修饰。经修饰的MTSP-1多肽可以进一步包括另外的替换,其对应于并选自F60eR、Y59F、F99L、T98P、Q175L中的一个或多个,或者选自在对应于D217 的位置处的一种或多种修饰,例如D217V、I、L、W或M、I41D、E、T、G或R。如上文,相应的位置由胰凝乳蛋白酶编号确定。示例性的经修饰的MTSP-1多肽包括含有以下的经修饰的MTSP-1多肽:I41E/F99L/C122S/G151N/Q192T; I41D/C122S/G151N/Q192T;I41S/F99L/C122S/G151N/Q192V;或 I41E/F99L/C122S/G151N/Q192T,或除了C122S为C122C之外的相同修饰。其它示例性的经修饰的MTSP-1多肽包括对应于以下中任一的修饰: I41R/F97T/Ins97aE/T98G/F99L/C122S/G151N/Q175L/Q192E
或 I41R/F97T/Ins97aE/T98G/F99L/C122S/G151N/Q175L/Q192D、 I41D/Y59F/D96E/F99L/
C122S/G151N/Q192T或I41D/Y59F/C122S/G151N/Q192T。
[0014] 还提供的是经修饰的MTSP-1多肽,其包括对应于以下中任一的修饰:
[0015] I41R/F97T/Ins97aE/T98G/F99L/C122S/G151N/Q175L/Q192E,或
[0016] Q38H/I41A/D60bV/F60eR/Y60gW/F97T/ins97aE/T98G/F99L/C122S/G151N/Q175L/ Q192D,或
[0017] Q38H/I41A/D60bT/F60eK/Y60gW/F97T/ins97aE/T98G/F99L/C122S/G151N/Q175L/ Q192D,或
[0018] Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/F97D/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q 192E,或
[0019] Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/F97D/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q 192D,或
[0020] Q38H/I41A/D60bT/F60eK/Y60gW/F97T/ins97aE/T98G/F99L/C122S/G151H/Q175L/ Q192D,或
[0021] Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/F97D/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151N/Q175L/Q 192D,或
[0022] Q38H/I41A/D60bV/F60eR/Y60gW/F97T/ins97aE/T98G/F99L/C122S/G151H/Q175L/ Q192D,或
[0023] Q38H/I41A/D60bV/F60eR/Y60gW/D96I/F97Y/ins97aN/T98G/F99L/C122S/G151N/Q 175L/Q192D,或
[0024] Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97D/ins97aA/T98P/F99L/C122S/G151H/Q1 75L/Q192D,或
[0025] Q38H/I41A/D60bV/F60eR/Y60gW/D96P/F97W/ins97aN/T98G/F99L/C122S/G151N/Q 175L/Q192E,或
[0026] Q38H/I41A/D60bV/F60eR/Y60gW/D96I/F97N/T98G/F99L/C122S/G151N/Q175L/Q1 92D,或
[0027] Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96Y/F97E/ins97aV/T98G/F99L/C122S/G151H/Q1 75L/Q192D,或
[0028] Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96L/F97D/ins97aG/T98N/F99L/C122S/G151H/Q1 75L/Q192E,或
[0029] Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q1 75L/Q192D,或
[0030] Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96V/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q1 75L/Q192D,或
[0031] Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97D/ins97aA/T98P/F99L/C122S/G151N/Q1 75L/Q192D,或
[0032] Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q 192D,或
[0033] Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q 192D,或
[0034] Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q1 75L,或
[0035] I41E/F99L/C122S/G151N/Q192T,或I41D/C122S/G151N/Q192T,或 I41S/F99L/C122S/G151N/Q192V,或I41E/F99L/C122S/G151N/Q192T,或
[0036] I41D/Y59F/D96E/F99L/C122S/G151N/Q192T,或I41D/Y59F/C122S/G151N/Q192T,或
[0037] I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q 192D,或
[0038] Q38H/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/ Q192D,或
[0039] Q38H/I41S/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q1 92D,或
[0040] Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q 192D,或
[0041] Q38H/I41S/D60bT/F60eS/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q1 92D,或
[0042] Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q19 2D,或
[0043] Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/F99L/C122S/G151H/Q175L/ Q192D,或
[0044] Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/C122S/G151H/Q175L/ Q192D,或
[0045] Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q1 92D,或
[0046] Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q1 92D,或
[0047] Q38H/I41S/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q192D,或
[0048] I41S/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D,或
[0049] I41S/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q192D,或
[0050] Q38H/I41S/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D,或
[0051] Q38H/I41S/D60bY/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q192D/D217V,或
[0052] I41S/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q192G/D217V,或
[0053] I41S/D60bY/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q192D/D217V,或
[0054] I41S/D96M/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q192G/D217V,或
[0055] I41S/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q192V/D217I,或
[0056] I41S/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q192H,或
[0057] I41S/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q192N/D217V,或
[0058] I41S/D60bY/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D,或
[0059] Q38H/I41S/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q192G/D217V,或
[0060] I41S/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192V,或
[0061] I41S/P49S/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q192G/D217V,或
[0062] I41S/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192N/I217V,或
[0063] I41T/F97W/F99L/C122S/G151N/Q175M/Q192G/D217L,或
[0064] I41G/F97L/F99L/C122S/Q175A/Q192T/D217V,或
[0065] I41G/F97V/F99L/C122S/G151Q/Q175M/Q192A/D217L,或
[0066] I41G/F97I/F99L/C122S/G151L/Q175M/Q192S/D217V,或
[0067] I41G/F97S/F99L/C122S/G151N/Q175L/Q192G/D217I,或
[0068] I41T/F97L/F99L/C122S/G151N/Q175S/Q192S/D217W,或
[0069] I41D/F97T/F99M/C122S/Q192V/D217M,或除了C122S是未经修饰的且为C122C 之外的相同修饰。
[0070] 还提供的是包括选自组合的修饰的经修饰的MTSP-1多肽,所述组合包括如下的修饰Q38H、I41S、D60bT、F60eS、Y60gW、D96K、F97G、Ins97aV和G151H中的一种或多种:
[0071] G151H、Ins97aV、Ins97aV/G151H、F97G、F97G/G151H、F97G/Ins97aV、 F97G/Ins97aV/G151H、D96K、D96K/G151H、D96K/Ins97aV、D96K/Ins97aV/G151H、 D96K/F97G、D96K/F97G/G151H、D96K/F97G/Ins97aV、D96K/F97G/Ins97aV/G151H、 Y60gW、Y60gW/G151H、Y60gW/Ins97aV、Y60gW/Ins97aV/G151H、Y60gW/F97G、Y60gW/F97G/G151H、Y60gW/F97G/
Ins97aV、Y60gW/F97G/Ins97aV/G151H、 Y60gW/D96K、Y60gW/D96K/G151H、Y60gW/D96K/
Ins97aV、 Y60gW/D96K/Ins97aV/G151H、Y60gW/D96K/F97G、Y60gW/D96K/F97G/G151H、 
Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV、Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、F60eS、 F60eS/G151H、
F60eS/Ins97aV、F60eS/Ins97aV/G151H、F60eS/F97G、F60eS/F97G/G151H、 F60eS/F97G/
Ins97aV、F60eS/F97G/Ins97aV/G151H、F60eS/D96K、F60eS/D96K/G151H、 F60eS/D96K/
Ins97aV、F60eS/D96K/Ins97aV/G151H、F60eS/D96K/F97G、F60eS/D96K/F97G/G151H、F60eS/D96K/F97G/Ins97aV、 F60eS/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、F60eS/Y60gW、F60eS/Y60gW/
G151H、 F60eS/Y60gW/Ins97aV、F60eS/Y60gW/Ins97aV/G151H、F60eS/Y60gW/F97G、 F60eS/Y60gW/F97G/G151H、F60eS/Y60gW/F97G/Ins97aV、 F60eS/Y60gW/F97G/Ins97aV/G151H、
F60eS/Y60gW/D96K、F60eS/Y60gW/D96K/G151H、 F60eS/Y60gW/D96K/Ins97aV、F60eS/
Y60gW/D96K/Ins97aV/G151H、 F60eS/Y60gW/D96K/F97G、F60eS/Y60gW/D96K/F97G/G151H、 F60eS/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV、F60eS/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、D60bT、 
D60bT/G151H、D60bT/Ins97aV、D60bT/Ins97aV/G151H、D60bT/F97G、 D60bT/F97G/G151H、D60bT/F97G/Ins97aV、D60bT/F97G/Ins97aV/G151H、D60bT/D96K、 D60bT/D96K/G151H、
D60bT/D96K/Ins97aV、D60bT/D96K/Ins97aV/G151H、 D60bT/D96K/F97G、D60bT/D96K/F97G/G151H、D60bT/D96K/F97G/Ins97aV、 D60bT/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、D60bT/Y60gW、
D60bT/Y60gW/G151H、 D60bT/Y60gW/Ins97aV、D60bT/Y60gW/Ins97aV/G151H、D60bT/Y60gW/F97G、 D60bT/Y60gW/F97G/G151H、D60bT/Y60gW/F97G/Ins97aV、 D60bT/Y60gW/F97G/
Ins97aV/G151H、D60bT/Y60gW/D96K、 D60bT/Y60gW/D96K/G151H、D60bT/Y60gW/D96K/
Ins97aV、 D60bT/Y60gW/D96K/Ins97aV/G151H、D60bT/Y60gW/D96K/F97G、 D60bT/Y60gW/
D96K/F97G/G151H、D60bT/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV、 D60bT/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、D60bT/F60eS、D60bT/F60eS/G151H、 D60bT/F60eS/Ins97aV、D60bT/F60eS/Ins97aV/G151H、D60bT/F60eS/F97G、 D60bT/F60eS/F97G/G151H、D60bT/F60eS/F97G/Ins97aV、 
D60bT/F60eS/F97G/Ins97aV/G151H、D60bT/F60eS/D96K、D60bT/F60eS/D96K/G151H、 
D60bT/F60eS/D96K/Ins97aV、D60bT/F60eS/D96K/Ins97aV/G151H、 D60bT/F60eS/D96K/
F97G、D60bT/F60eS/D96K/F97G/G151H、 D60bT/F60eS/D96K/F97G/Ins97aV、D60bT/F60eS/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、 D60bT/F60eS/Y60gW、D60bT/F60eS/Y60gW/G151H、D60bT/
F60eS/Y60gW/Ins97aV、 D60bT/F60eS/Y60gW/Ins97aV/G151H、D60bT/F60eS/Y60gW/F97G、 D60bT/F60eS/Y60gW/F97G/G151H、D60bT/F60eS/Y60gW/F97G/Ins97aV、 D60bT/F60eS/
Y60gW/F97G/Ins97aV/G151H、D60bT/F60eS/Y60gW/D96K、D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/G151H、D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/Ins97aV、 D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/Ins97aV/G151H、D60bT/
F60eS/Y60gW/D96K/F97G、 D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/G151H、D60bT/F60eS/Y60gW/
D96K/F97G/Ins97aV、 D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、I41S、I41S/G151H、I41S/Ins97aV、 I41S/Ins97aV/G151H、I41S/F97G、I41S/F97G/G151H、I41S/F97G/Ins97aV、 I41S/F97G/Ins97aV/G151H、I41S/D96K、I41S/D96K/G151H、I41S/D96K/Ins97aV、 I41S/
D96K/Ins97aV/G151H、I41S/D96K/F97G、I41S/D96K/F97G/G151H、 I41S/D96K/F97G/
Ins97aV、I41S/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、I41S/Y60gW、 I41S/Y60gW/G151H、I41S/Y60gW/Ins97aV、I41S/Y60gW/Ins97aV/G151H、 I41S/Y60gW/F97G、I41S/Y60gW/F97G/G151H、I41S/Y60gW/F97G/Ins97aV、 I41S/Y60gW/F97G/Ins97aV/G151H、I41S/Y60gW/D96K、I41S/Y60gW/D96K/G151H、 I41S/Y60gW/D96K/Ins97aV、I41S/Y60gW/D96K/Ins97aV/G151H、 I41S/
Y60gW/D96K/F97G、I41S/Y60gW/D96K/F97G/G151H、 I41S/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV、
I41S/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、 I41S/F60eS、I41S/F60eS/G151H、I41S/F60eS/
Ins97aV、I41S/F60eS/Ins97aV/G151H、 I41S/F60eS/F97G、I41S/F60eS/F97G/G151H、I41S/F60eS/F97G/Ins97aV、 I41S/F60eS/F97G/Ins97aV/G151H、I41S/F60eS/D96K、I41S/F60eS/D96K/G151H、 I41S/F60eS/D96K/Ins97aV、I41S/F60eS/D96K/Ins97aV/G151H、I41S/F60eS/D96K/F97G、 I41S/F60eS/D96K/F97G/G151H、I41S/F60eS/D96K/F97G/Ins97aV、 I41S/
F60eS/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、I41S/F60eS/Y60gW、 I41S/F60eS/Y60gW/G151H、I41S/F60eS/Y60gW/Ins97aV、 I41S/F60eS/Y60gW/Ins97aV/G151H、I41S/F60eS/Y60gW/F97G、 
I41S/F60eS/Y60gW/F97G/G151H、I41S/F60eS/Y60gW/F97G/Ins97aV、 I41S/F60eS/Y60gW/
F97G/Ins97aV/G151H、I41S/F60eS/Y60gW/D96K、 I41S/F60eS/Y60gW/D96K/G151H、I41S/
F60eS/Y60gW/D96K/Ins97aV、 I41S/F60eS/Y60gW/D96K/Ins97aV/G151H、I41S/F60eS/
Y60gW/D96K/F97G、 I41S/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/G151H、I41S/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV、 I41S/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、I41S/D60bT、I41S/D60bT/
G151H、 I41S/D60bT/Ins97aV、I41S/D60bT/Ins97aV/G151H、I41S/D60bT/F97G、 I41S/
D60bT/F97G/G151H、I41S/D60bT/F97G/Ins97aV、I41S/D60bT/F97G/Ins97aV/G151H、I41S/D60bT/D96K、I41S/D60bT/D96K/G151H、 I41S/D60bT/D96K/Ins97aV、I41S/D60bT/D96K/
Ins97aV/G151H、 I41S/D60bT/D96K/F97G、I41S/D60bT/D96K/F97G/G151H、 I41S/D60bT/
D96K/F97G/Ins97aV、I41S/D60bT/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、 I41S/D60bT/Y60gW、I41S/D60bT/Y60gW/G151H、I41S/D60bT/Y60gW/Ins97aV、 I41S/D60bT/Y60gW/Ins97aV/G151H、
I41S/D60bT/Y60gW/F97G、 I41S/D60bT/Y60gW/F97G/G151H、I41S/D60bT/Y60gW/F97G/
Ins97aV、 I41S/D60bT/Y60gW/F97G/Ins97aV/G151H、I41S/D60bT/Y60gW/D96K、 I41S/
D60bT/Y60gW/D96K/G151H、I41S/D60bT/Y60gW/D96K/Ins97aV、 I41S/D60bT/Y60gW/D96K/
Ins97aV/G151H、I41S/D60bT/Y60gW/D96K/F97G、 I41S/D60bT/Y60gW/D96K/F97G/G151H、
I41S/D60bT/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV、 I41S/D60bT/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、I41S/D60bT/F60eS、 I41S/D60bT/F60eS/G151H、I41S/D60bT/F60eS/Ins97aV、 I41S/
D60bT/F60eS/Ins97aV/G151H、I41S/D60bT/F60eS/F97G、 I41S/D60bT/F60eS/F97G/G151H、I41S/D60bT/F60eS/F97G/Ins97aV、 I41S/D60bT/F60eS/F97G/Ins97aV/G151H、I41S/
D60bT/F60eS/D96K、 I41S/D60bT/F60eS/D96K/G151H、I41S/D60bT/F60eS/D96K/Ins97aV、 I41S/D60bT/F60eS/D96K/Ins97aV/G151H、I41S/D60bT/F60eS/D96K/F97G、 I41S/D60bT/
F60eS/D96K/F97G/G151H、I41S/D60bT/F60eS/D96K/F97G/Ins97aV、 I41S/D60bT/F60eS/
D96K/F97G/Ins97aV/G151H、I41S/D60bT/F60eS/Y60gW、 I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/G151H、I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/Ins97aV、 I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/Ins97aV/G151H、I41S/
D60bT/F60eS/Y60gW/F97G、 I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/F97G/G151H、I41S/D60bT/F60eS/
Y60gW/F97G/Ins97aV、 I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/F97G/Ins97aV/G151H、I41S/D60bT/
F60eS/Y60gW/D96K、 I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/G151H、I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/
D96K/Ins97aV、 I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/Ins97aV/G151H、 I41S/D60bT/F60eS/
Y60gW/D96K/F97G、I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/G151H、 I41S/D60bT/F60eS/
Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV、 I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、Q38H、Q38H/G151H、 Q38H/Ins97aV、Q38H/Ins97aV/G151H、Q38H/F97G、Q38H/F97G/G151H、Q38H/F97G/Ins97aV、Q38H/F97G/Ins97aV/G151H、Q38H/D96K、Q38H/D96K/G151H、 Q38H/D96K/
Ins97aV、Q38H/D96K/Ins97aV/G151H、Q38H/D96K/F97G、 Q38H/D96K/F97G/G151H、Q38H/
D96K/F97G/Ins97aV、 Q38H/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、Q38H/Y60gW、Q38H/Y60gW/G151H、 Q38H/Y60gW/Ins97aV、Q38H/Y60gW/Ins97aV/G151H、Q38H/Y60gW/F97G、 Q38H/Y60gW/F97G/G151H、Q38H/Y60gW/F97G/Ins97aV、 Q38H/Y60gW/F97G/Ins97aV/G151H、Q38H/Y60gW/D96K、Q38H/Y60gW/D96K/G151H、 Q38H/Y60gW/D96K/Ins97aV、Q38H/Y60gW/D96K/Ins97aV/G151H、 Q38H/Y60gW/D96K/F97G、Q38H/Y60gW/D96K/F97G/G151H、 Q38H/Y60gW/D96K/F97G/
Ins97aV、Q38H/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、 Q38H/F60eS、Q38H/F60eS/G151H、Q38H/F60eS/Ins97aV、Q38H/F60eS/Ins97aV/G151H、 Q38H/F60eS/F97G、Q38H/F60eS/F97G/
G151H、Q38H/F60eS/F97G/Ins97aV、 Q38H/F60eS/F97G/Ins97aV/G151H、Q38H/F60eS/D96K、Q38H/F60eS/D96K/G151H、 Q38H/F60eS/D96K/Ins97aV、Q38H/F60eS/D96K/Ins97aV/G151H、 Q38H/F60eS/D96K/F97G、Q38H/F60eS/D96K/F97G/G151H、 Q38H/F60eS/D96K/F97G/
Ins97aV、Q38H/F60eS/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、 Q38H/F60eS/Y60gW、Q38H/F60eS/
Y60gW/G151H、Q38H/F60eS/Y60gW/Ins97aV、 Q38H/F60eS/Y60gW/Ins97aV/G151H、Q38H/
F60eS/Y60gW/F97G、 Q38H/F60eS/Y60gW/F97G/G151H、Q38H/F60eS/Y60gW/F97G/Ins97aV、 Q38H/F60eS/Y60gW/F97G/Ins97aV/G151H、Q38H/F60eS/Y60gW/D96K、 Q38H/F60eS/Y60gW/
D96K/G151H、Q38H/F60eS/Y60gW/D96K/Ins97aV、 Q38H/F60eS/Y60gW/D96K/Ins97aV/
G151H、Q38H/F60eS/Y60gW/D96K/F97G、 Q38H/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/G151H、Q38H/
F60eS/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV、 Q38H/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、Q38H/D60bT、Q38H/D60bT/G151H、 Q38H/D60bT/Ins97aV、Q38H/D60bT/Ins97aV/G151H、Q38H/
D60bT/F97G、 Q38H/D60bT/F97G/G151H、Q38H/D60bT/F97G/Ins97aV、 Q38H/D60bT/F97G/
Ins97aV/G151H、Q38H/D60bT/D96K、Q38H/D60bT/D96K/G151H、 Q38H/D60bT/D96K/Ins97aV、Q38H/D60bT/D96K/Ins97aV/G151H、 Q38H/D60bT/D96K/F97G、Q38H/D60bT/D96K/F97G/
G151H、 Q38H/D60bT/D96K/F97G/Ins97aV、Q38H/D60bT/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、Q38H/D60bT/Y60gW、Q38H/D60bT/Y60gW/G151H、Q38H/D60bT/Y60gW/Ins97aV、 Q38H/D60bT/
Y60gW/Ins97aV/G151H、Q38H/D60bT/Y60gW/F97G、 Q38H/D60bT/Y60gW/F97G/G151H、Q38H/D60bT/Y60gW/F97G/Ins97aV、 Q38H/D60bT/Y60gW/F97G/Ins97aV/G151H、Q38H/D60bT/
Y60gW/D96K、 Q38H/D60bT/Y60gW/D96K/G151H、Q38H/D60bT/Y60gW/D96K/Ins97aV、 Q38H/D60bT/Y60gW/D96K/Ins97aV/G151H、Q38H/D60bT/Y60gW/D96K/F97G、 Q38H/D60bT/Y60gW/
D96K/F97G/G151H、Q38H/D60bT/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV、 Q38H/D60bT/Y60gW/D96K/
F97G/Ins97aV/G151H、Q38H/D60bT/F60eS、 Q38H/D60bT/F60eS/G151H、Q38H/D60bT/F60eS/Ins97aV、 Q38H/D60bT/F60eS/Ins97aV/G151H、Q38H/D60bT/F60eS/F97G、 Q38H/D60bT/
F60eS/F97G/G151H、Q38H/D60bT/F60eS/F97G/Ins97aV、 Q38H/D60bT/F60eS/F97G/
Ins97aV/G151H、Q38H/D60bT/F60eS/D96K、 Q38H/D60bT/F60eS/D96K/G151H、Q38H/D60bT/F60eS/D96K/Ins97aV、 Q38H/D60bT/F60eS/D96K/Ins97aV/G151H、Q38H/D60bT/F60eS/
D96K/F97G、 Q38H/D60bT/F60eS/D96K/F97G/G151H、Q38H/D60bT/F60eS/D96K/F97G/
Ins97aV、 Q38H/D60bT/F60eS/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、Q38H/D60bT/F60eS/Y60gW、 
Q38H/D60bT/F60eS/Y60gW/G151H、Q38H/D60bT/F60eS/Y60gW/Ins97aV、 Q38H/D60bT/
F60eS/Y60gW/Ins97aV/G151H、Q38H/D60bT/F60eS/Y60gW/F97G、 Q38H/D60bT/F60eS/
Y60gW/F97G/G151H、Q38H/D60bT/F60eS/Y60gW/F97G/Ins97aV、 Q38H/D60bT/F60eS/Y60gW/F97G/Ins97aV/G151H、Q38H/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K、 Q38H/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/
G151H、Q38H/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/Ins97aV、 Q38H/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/
Ins97aV/G151H、 Q38H/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G、 Q38H/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/G151H、 Q38H/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV、 Q38H/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、Q38H/I41S、 Q38H/I41S/G151H、Q38H/I41S/Ins97aV、Q38H/
I41S/Ins97aV/G151H、Q38H/I41S/F97G、 Q38H/I41S/F97G/G151H、Q38H/I41S/F97G/
Ins97aV、Q38H/I41S/F97G/Ins97aV/G151H、 Q38H/I41S/D96K、Q38H/I41S/D96K/G151H、
Q38H/I41S/D96K/Ins97aV、 Q38H/I41S/D96K/Ins97aV/G151H、Q38H/I41S/D96K/F97G、
Q38H/I41S/D96K/F97G/G151H、Q38H/I41S/D96K/F97G/Ins97aV、 Q38H/I41S/D96K/F97G/
Ins97aV/G151H、Q38H/I41S/Y60gW、Q38H/I41S/Y60gW/G151H、 Q38H/I41S/Y60gW/Ins97aV、Q38H/I41S/Y60gW/Ins97aV/G151H、 Q38H/I41S/Y60gW/F97G、Q38H/I41S/Y60gW/F97G/
G151H、 Q38H/I41S/Y60gW/F97G/Ins97aV、Q38H/I41S/Y60gW/F97G/Ins97aV/G151H、 Q38H/I41S/Y60gW/D96K、Q38H/I41S/Y60gW/D96K/G151H、 Q38H/I41S/Y60gW/D96K/Ins97aV、
Q38H/I41S/Y60gW/D96K/Ins97aV/G151H、 Q38H/I41S/Y60gW/D96K/F97G、Q38H/I41S/
Y60gW/D96K/F97G/G151H、 Q38H/I41S/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV、 Q38H/I41S/Y60gW/
D96K/F97G/Ins97aV/G151H、Q38H/I41S/F60eS、 Q38H/I41S/F60eS/G151H、Q38H/I41S/
F60eS/Ins97aV、Q38H/I41S/F60eS/Ins97aV/G151H、 Q38H/I41S/F60eS/F97G、Q38H/I41S/F60eS/F97G/G151H、 Q38H/I41S/F60eS/F97G/Ins97aV、Q38H/I41S/F60eS/F97G/Ins97aV/
G151H、 Q38H/I41S/F60eS/D96K、Q38H/I41S/F60eS/D96K/G151H、 Q38H/I41S/F60eS/D96K/Ins97aV、Q38H/I41S/F60eS/D96K/Ins97aV/G151H、 Q38H/I41S/F60eS/D96K/F97G、Q38H/
I41S/F60eS/D96K/F97G/G151H、 Q38H/I41S/F60eS/D96K/F97G/Ins97aV、Q38H/I41S/
F60eS/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、 Q38H/I41S/F60eS/Y60gW、Q38H/I41S/F60eS/Y60gW/
G151H、 Q38H/I41S/F60eS/Y60gW/Ins97aV、Q38H/I41S/F60eS/Y60gW/Ins97aV/G151H、 
Q38H/I41S/F60eS/Y60gW/F97G、Q38H/I41S/F60eS/Y60gW/F97G/G151H、 Q38H/I41S/F60eS/Y60gW/F97G/Ins97aV、 Q38H/I41S/F60eS/Y60gW/F97G/Ins97aV/G151H、Q38H/I41S/F60eS/Y60gW/D96K、 Q38H/I41S/F60eS/Y60gW/D96K/G151H、Q38H/I41S/F60eS/Y60gW/D96K/
Ins97aV、 Q38H/I41S/F60eS/Y60gW/D96K/Ins97aV/G151H、 Q38H/I41S/F60eS/Y60gW/
D96K/F97G、Q38H/I41S/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/G151H、 Q38H/I41S/F60eS/Y60gW/D96K/
F97G/Ins97aV、 Q38H/I41S/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、Q38H/I41S/D60bT、 Q38H/I41S/D60bT/G151H、Q38H/I41S/D60bT/Ins97aV、 Q38H/I41S/D60bT/Ins97aV/G151H、Q38H/I41S/D60bT/F97G、 Q38H/I41S/D60bT/F97G/G151H、Q38H/I41S/D60bT/F97G/
Ins97aV、Q38H/I41S/D60bT/F97G/Ins97aV/G151H、Q38H/I41S/D60bT/D96K、 Q38H/I41S/
D60bT/D96K/G151H、Q38H/I41S/D60bT/D96K/Ins97aV、 Q38H/I41S/D60bT/D96K/Ins97aV/
G151H、Q38H/I41S/D60bT/D96K/F97G、 Q38H/I41S/D60bT/D96K/F97G/G151H、Q38H/I41S/
D60bT/D96K/F97G/Ins97aV、 Q38H/I41S/D60bT/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、Q38H/I41S/
D60bT/Y60gW、 Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/G151H、Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/Ins97aV、 Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/Ins97aV/G151H、Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/F97G、 Q38H/I41S/D60bT/
Y60gW/F97G/G151H、Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/F97G/Ins97aV、 Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/
F97G/Ins97aV/G151H、Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/D96K、 Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/D96K/
G151H、Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/D96K/Ins97aV、 Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/D96K/Ins97aV/G151H、 Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/D96K/F97G、Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/D96K/F97G/G151H、 Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV、 Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/D96K/F97G/
Ins97aV/G151H、Q38H/I41S/D60bT/F60eS、 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/G151H、Q38H/I41S/
D60bT/F60eS/Ins97aV、 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Ins97aV/G151H、Q38H/I41S/D60bT/
F60eS/F97G、 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/F97G/G151H、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/F97G/
Ins97aV、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/F97G/Ins97aV/G151H、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/D96K、 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/D96K/G151H、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/D96K/Ins97aV、 Q38H/
I41S/D60bT/F60eS/D96K/Ins97aV/G151H、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/D96K/F97G、 Q38H/
I41S/D60bT/F60eS/D96K/F97G/G151H、 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/D96K/F97G/Ins97aV、 
Q38H/I41S/D60bT/F60eS/D96K/F97G/Ins97aV/G151H、 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW、
Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/G151H、 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/Ins97aV、 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/Ins97aV/G151H、 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/F97G、Q38H/
I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/F97G/G151H、 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/F97G/Ins97aV、 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/F97G/Ins97aV/G151H、 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/
D96K、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/G151H、 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/
D96K/Ins97aV、 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/Ins97aV/G151H、 Q38H/I41S/
D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G、 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/G151H、 
Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV、 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/
D96K/F97G/Ins97aV/G151H,以及除了C122S是未经修饰的且为C122C之外的相同修饰。
[0072] 还提供的是经修饰的MTSP-1多肽,其包括
[0073] 选自如下的组合的修饰,所述组合包括T98P/F99LQ175L/Q192D,任选的C122S,以及选自Q38H、I41S、D60bT、F60eS、Y60gW、D96K、F97G、Ins97aV和G151H的一种或多种,所述组合如下:
[0074] T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、Ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、 Ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、 F97G/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、F97G/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、 F97G/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/
Q175L/Q192D、 F97G/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、 D96K/T98P/F99L/
C122S/Q175L/Q192D、D96K/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、 D96K/Ins97aV/T98P/
F99L/C122S/Q175L/Q192D、 D96K/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、 D96K/F97G/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、 D96K/F97G/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/
Q192D、 D96K/F97G/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、 D96K/F97G/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、 Y60gW/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、 Y60gW/T98P/
F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、 Y60gW/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、 
Y60gW/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、 Y60gW/F97G/T98P/F99L/C122S/
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T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/F97G/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/
G151H/Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/D96K/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、 Q38H/
I41S/D60bT/D96K/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/D96K/
Ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/D96K/Ins97aV/T98P/F99L/
C122S/G151H/Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/D96K/F97G/T98P/F99L/C122S/Q175L/
Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/D96K/F97G/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、 Q38H/
I41S/D60bT/D96K/F97G/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/
D96K/F97G/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/
T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/T98P/F99L/C122S/G151H/
Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/
Y60gW/F97G/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/F97G/T98P/F99L/
C122S/G151H/Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/F97G/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/
Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/F97G/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/
Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/D96K/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/
D60bT/Y60gW/D96K/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/
D96K/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/D96K/Ins97aV/
T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/D96K/F97G/T98P/F99L/
C122S/Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/D96K/F97G/T98P/F99L/C122S/G151H/
Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q175L/
Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/Y60gW/D96K/F97G/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/
Q192D 、Q38H/I41S/D60bT/F60eS/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/
F60eS/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Ins97aV/T98P/
F99L/C122S/Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/
Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/F97G/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、 Q38H/
I41S/D60bT/F60eS/F97G/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/
F60eS/F97G/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/F97G/
Ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/D96K/T98P/
F99L/C122S/Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/D96K/T98P/F99L/C122S/G151H/
Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/D96K/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/D96K/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、 Q38H/
I41S/D60bT/F60eS/D96K/F97G/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/
F60eS/D96K/F97G/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/
D96K/F97G/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/D96K/
F97G/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/
T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/T98P/F99L/C122S/
G151H/Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q175L/
Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/F97G/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/
D60bT/F60eS/Y60gW/F97G/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D、 Q38H/I41S/D60bT/
F60eS/Y60gW/F97G/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D,Q38H/ I41S/D60bT/F60eS/
Y60gW/F97G/Ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D,Q38 H/I41S/D60bT/F60eS/
Y60gW/D96K/T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D,Q38H/I41S/D60bT/ F60eS/Y60gW/D96K/
T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D,Q38H/I41S/D60bT/F60eS/ Y60gW/D96K/Ins97aV/
T98P/F99L/C122S/Q175L/Q192D,Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60g W/D96K/Ins97aV/T98P/
F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D,Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60 gW/D96K/F97G/T98P/
F99L/C122S/Q175L/Q192D,Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96 K/F97G/T98P/F99L/
C122S/G151H/Q175L/Q192D,Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96 K/F97G/Ins97aV/T98P/
F99L/C122S/Q175L/Q192D,Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96 K/F97G/Ins97aV/T98P/
F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D,以及除了C122S是未经修饰的且为C122C之外的相同修
饰。
[0075] 其它示例性的经修饰的MTSP-1多肽可以含有对应于以下的替换、插入和/或缺失: Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/ Q192D或 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/G151H/Q175L/
Q192D,包括其中未经修饰的MTSP-1多肽包含SEQ ID NO:2或SEQ ID NO:4、或者为SEQ ID NO:2或SEQ ID NO:4的蛋白质结构域的那些。其它此类示例性的经修饰的MTSP-1 多肽包括但不限于:
[0076] 包含选自修饰组合的修饰的经修饰的MTSP-1多肽,所述MTSP-1中蛋白酶结构域在体外以小于10nM的EC50切割人C3:
[0077] ins97aA/F97G/T98L/C122S/Q175M/Q192A/D217I/K224R,
[0078] Q38Y/I41S/D60bT/F60eR/Y60gW/D96M/F97N/T98G/F99L/C122S/G151N/Q175L,
[0079] Q38H/I41A/D60bV/F60eR/Y60gW/D96P/ins97aN/F97W/T98G/F99L/C122S/G151H/Q 175L/Q192E,
[0080] Q38G/H40R/I41H/D60bN/F97D/F99L/C122S/Q175L/Q192G,
[0081] Q38Y/I41S/D60bT/F60eR/Y60gW/D96M/F97N/T98G/F99L/C122S/G151N/Q175L,
[0082] Q38H/I41A/D60bV/F60eR/Y60gW/D96P/ins97aN/F97W/T98G/F99L/C122S/G151H/Q 175L/Q192E,
[0083] Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96F/F97D/ins97aE/T98S/F99L/C122S/G151H/Q1 75L/Q192A,
[0084] Q38F/I41A/D60bT/F60eG/Y60gW/ins97aE/F97T/T98G/F99L/C122S/Q175L/Q192E,
[0085] Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/ins97aV/F97D/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L,
[0086] Q38H/I41A/D60bV/F60eT/Y60gW/ins97aE/F97T/T98G/F99L/C122S/Q175L/Q192E,
[0087] Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aA/T98P/F99L/C122S/G151H/Q1 75L/Q192D,
[0088] Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q1 75L,
[0089] Q38H/I41A/D60bV/F60eR/Y60gW/D96P/ins97aN/F97W/T98G/F99L/C122S/G151N/Q 175L/Q192E,
[0090] Q38Y/I41A/D60bL/F60eQ/ins97aV/F97D/T98P/F99L/C122S/G151N/Q175M/Q192A,
[0091] Q38H/I41S/D60bF/F60eV/F97D/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151N/Q175L/Q192A,
[0092] Q38H/I41A/D60bV/F60eA/Y60gW/F97T/ins97aE/T98G/F99L/C122S/Q175L/Q192V,
[0093] Q38H/I41A/D60bV/F60eR/Y60gW/D96I/ins97aN/F97Y/T98G/F99L/C122S/G151H/Q 175L/Q192D,
[0094] Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96L/ins97aG/F97D/T98N/F99L/C122S/G151H/Q1 75L/Q192E,
[0095] Q38H/I41A/D60bV/F60eR/Y60gW/D96P/ins97aN/F97W/T98G/F99L/C122S/G151H/Q 175L/Q192D,
[0096] Q38F/I41S/D60bF/F60eR/Y60gF/F97T/ins97aE/T98G/F99L/C122S/G151N/Q175L/Q1 92V,
[0097] Q38H/I41S/D60bY/D96Y/ins97aV/F97D/T98P/F99L/L106M/C122S/I136M/Q192G/Q2 09L/D217T,
[0098] Q38H/I41A/D60bV/F60eR/Y60gW/D96S/ins97aR/F97A/T98S/F99L/C122S/G151N/Q 175L/Q192T,
[0099] Q38H/I41A/D60bV/F60eR/Y60gW/D96I/ins97aN/F97Y/T98G/F99L/C122S/G151N/Q 175L/Q192D,
[0100] Q38H/I41A/D60bT/F60eH/Y60gW/ins97aE/F97T/T98G/F99L/C122S/Q175L/Q192D,
[0101] Q38H/I41A/D60bV/F60eR/Y60gW/ins97aE/F97T/T98G/F99L/C122S/Q175L/Q192D,
[0102] ins97aY/F97G/T98V/C122S/Q175M/Q192S/D217V,
[0103] Q38H/I41S/D60bS/ins97aV/F97D/T98P/F99L/M117L/C122S/I136T/Q192G/D217I,
[0104] Q38H/I41A/D60bV/F60eR/Y60gW/D96I/F97N/T98G/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q1 92D,
[0105] Q38H/I41A/D60bV/F60eR/Y60gW/D96P/ins97aN/F97W/T98G/F99L/C122S/G151N/Q 175L/Q192D,
[0106] Q38H/I41A/D60bT/F60eK/Y60gW/F97T/ins97aE/T98G/F99L/C122S/Q175L/Q192A,
[0107] H40R/I41H/F97D/F99L/C122S/Q175M/Q192G/D217V/K224Y,
[0108] I41G/F97I/F99L/C122S/G151L/Q175M/Q192S/D217V,
[0109] Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96V/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q1 75L/Q192D,
[0110] Q38H/I41A/D60bV/F60eR/Y60gW/D96I/F97N/T98G/F99L/C122S/G151N/Q175L/Q1 92D,
[0111] Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/T150S/G1 51H/Q175L/Q192D/Q209L,
[0112] Q38H/I41A/D60bV/F60eI/Y60gW/F97T/ins97aE/T98G/F99L/C122S/G151N/Q175L/Q 192D,
[0113] Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96I/F97N/T98G/F99L/C122S/G151N/Q175L/Q19 2D,
[0114] Q38H/I41A/D60bW/ins97aV/F97D/T98P/F99L/C122S/I136M/Q192G/D217N,
[0115] Q38H/I41S/D60bF/F60eT/ins97aV/F97D/T98P/F99L/C122S/H143Q/G151N/Q175L/Q 192G,
[0116] Q38Y/I41S/D60bT/Y60gW/D96M/F97N/T98G/F99L/C122S/G151N/Q175L/Q192D,
[0117] Q38H/I41A/F60eH/Y60gW/ins97aE/F97T/T98G/F99L/C122S/Q175L/Q192A,
[0118] I41T/D60bW/F60eH/F97D/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151N/Q175L/Q192G,
[0119] Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96F/F97Y/ins97aD/T98G/F99L/C122S/G151H/Q1 75L/Q192D,
[0120] Q38H/I41A/D60bV/F60eR/Y60gW/D96F/F97S/ins97aH/T98G/F99L/C122S/G151N/Q 175L/Q192G,
[0121] Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192E,
[0122] I41S/F99L/C122S/G151N/Q175M/Q192G/D217V,
[0123] Q38R/I41S/D60bY/F60eD/ins97aV/F97D/T98P/F99L/C122S/G151N/Q175M/Q192A,
[0124] Q38Y/I41S/D60bT/F60eR/Y60gW/D96M/T98G/F99L/C122S/G151N/Q175L/Q192D,
[0125] H40R/I41H/Y60gH/F97D/F99L/C122S/Q175M/Q192G/D217I/K224L,
[0126] Q38H/I41A/D60bV/F60eR/Y60gW/F97D/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D,
[0127] Q38Y/I41S/D60bT/F60eR/Y60gW/D96M/F97N/T98G/F99L/C122S/Q175L/Q192D,
[0128] Q38H/I41A/D60bV/F60eR/Y60gW/D96F/F97Y/ins97aN/T98G/F99M/C122S/G151N/ Q175L/Q192G,
[0129] Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96Y/F97N/ins97aE/T98S/F99L/C122S/G151H/Q1 75L/Q192D,
[0130] Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97D/ins97aA/T98P/F99L/C122S/G151N/Q1 75L/Q192D,以及除了C122S是未经修饰的且为C122C之外的相同修饰。
[0131] 本文提供的经修饰的MTSP-1多肽的示例是含有或具有SEQ ID NO:6、8、21-59 和63-81中任一个中所示的序列的那些。这包括其序列在SEQ ID NO:35或SEQ ID NO: 42中示出的经修饰的MTSP-1多肽。含有修饰 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/
ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/ Q192D(连同或不连同C122S)的MTSP-1多肽是此
类多肽的示例。
[0132] 对于本文提供的所有经修饰的MTSP-1多肽,未经修饰的MTSP-1多肽包括含有或具有SEQ ID NO:2或4(蛋白酶结构域)中所示的氨基酸残基序列的那些。包括的是全长、两条链的形式、两条链的活化形式、以及含有蛋白酶结构域或其催化活性部分的单链形式。
[0133] 选择经修饰的MTSP-1多肽以切割C3且使C3失活,使得在体内减少补体活化。本文提供的经修饰的MTSP-1多肽包括在人C3(SEQ ID NO:9)的残基QHARASHL (残基737-744)内
切割的那些,例如其中P1-P1'是RA的那些。
[0134] 本文提供的所有或任何经修饰的MTSP-1多肽可以包括结构修饰和翻译后修饰,例如添加聚合物以增加血清半衰期和/或减少免疫原性或两者。结构修饰包括糖基化中的改
变,例如添加糖基化位点或糖基化类型,以及添加聚合物,例如右旋糖酐,唾液酸化和PEG化。任何经修饰的MTSP-1多肽都可以进行PEG化,以增加半衰期和/或血清稳定性,特别是对于需要延长作用时间的适应症。经修饰的MTSP-1多肽可以进一步例如通过添加或消除赖氨
酸或其它残基以改变PEG化,或者通过添加或消除糖基化位点进行修饰。
[0135] 还提供的是融合蛋白,其含有本文提供的经修饰的MTSP-1多肽或经修饰的 MTSP-1多肽的催化活性部分,其经由化学或物理接头或键与非MTSP-1蛋白酶多肽或其一部分融
合或以其它方式缀合。此类非蛋白酶多肽的示例是多聚化结构域,例如Fc 结构域或蛋白质转导结构域(PTD)。
[0136] 还提供的是编码本文提供的任何经修饰的MTSP-1多肽和融合蛋白的核酸分子。还提供了含有核酸分子的载体。载体可以是原核载体或真核载体,并且包括表达载体、病毒载体和用于基因疗法的载体。病毒载体包括但不限于单纯疱疹病毒载体、或痘病毒载体、或腺病毒载体、或逆转录病毒载体或昆虫载体。
[0137] 提供的是分离的细胞、分离的非人细胞(其不能通过本领域技术人员可用的任何方法发育成合子或人)和细胞培养物,其含有编码本文提供的经修饰的MTSP-1多肽的一种
或多种核酸分子或载体。提供了用于制备经修饰的MTSP-1多肽的方法,并且包括氨基酸合
成方法和重组DNA方法。这些包括将编码本文提供的经修饰的MTSP-1多肽的核酸或载体引
入细胞内;在由此表达多肽的条件下培养细胞;以及任选地,分离或纯化所表达的经修饰的MTSP-1多肽。细胞包括任何合适的细胞或细胞系,包括真核细胞或原核细胞。这些包括细菌细胞、哺乳动物细胞和酵母细胞。例如,细胞可以是CHO细胞、BHK细胞、酵母属
(saccharomyces)、毕赤酵母属(Pichia)和此类哺乳动物细胞。用于产生重组治疗性多肽的细胞和方法是本领域技术人员众所周知的。
[0138] 核酸、载体和多肽可以用于治疗疾病或状况或者用于疾病或状况的方法中,所述疾病或状况由补体活化介导或涉及补体活化,其中补体活化的抑制实现该疾病或状况的治
疗或改善。核酸和载体可以用于基因疗法,或者可以施用多肽。合适的施用途径包括肠胃
外、局部、全身和透皮途径。这些包括静脉内、肌内、皮下和玻璃体内施用。
[0139] 提供的是治疗由补体活化介导或涉及补体活化的疾病或状况的方法,其中活化的抑制或减少实现治疗或症状的一些改善、或者预防(减少风险)此类疾病或状况。将核酸或
载体或多肽施用于对象,以治疗或预防(减少风险或症状)疾病或状况。补体介导的疾病或
病症或状况包括但不限于炎性疾病和状况、败血症、类风湿性关节炎(RA)、眼科或眼部疾
病、心血管疾病、膜增生性肾小球肾炎(MPGN)、眼科或眼部疾病或病症、多发性硬化(MS)、重症肌无(MG)、哮喘、炎性肠病、免疫复合物(IC)介导的急性炎性组织损伤、阿尔茨海默氏病(AD)、移植器官排斥和缺血再灌注损伤。
[0140] 该疾病或状况可以是眼部或眼科疾病或者由于移植器官的排斥或炎症。此类疾病、病症或状况的示例是糖尿病性视网膜病变或黄斑变性,包括年龄相关性黄斑变性 
(AMD)和移植肾功能延迟恢复(DGF)。
[0141] 本文提供的多肽可以通过以下用于抑制补体活化:使经修饰的MTSP-1多肽与补体蛋白C3接触,由此切割补体蛋白C3,使得减少或抑制补体活化。关于用本文的多肽、方法和用途治疗的对象可以是任何动物,包括人和驯养动物,特别是犬、猫及其它宠物和农场动
物。补体活化的抑制可以减少发展(预防)疾病、状况或病症的风险,或者如果疾病、状况或病症发展,则减轻其,或者治疗疾病、状况或病症。补体活化的抑制在其效应中导致与选自以下的补体介导的疾病或病症相关的炎症症状的减少:炎性病症、神经退行性病症和心血
管病症。如上所述,补体介导的疾病或病症或状况包括但不限于败血症、类风湿性关节炎
(RA)、眼部或眼科病症、膜增生性肾小球肾炎(MPGN)、多发性硬化(MS)、移植器官或组织的延迟排斥或炎症、重症肌无力(MG)、哮喘、炎性肠病、免疫复合物(IC)介导的急性炎性组织损伤、阿尔茨海默氏病(AD)和缺血再灌注损伤,以及本领域技术人员已知的任何其它。
[0142] 补体介导的疾病、状况或病症可以起因于对象的治疗。例如,缺血再灌注损伤可以由选自心肌梗塞(MI)、中风、血管成形术冠状动脉旁路移植术、心转流术(CPB) 和血液透析的事件或治疗引起。用本文提供的经修饰的MTSP-1多肽的治疗可以在对象的治疗之前实现,所述治疗导致补体介导的病症、状况或疾病,或者具有引起补体介导的病症、状况或疾病的风险。
[0143] 提供的是本文提供的经修饰的MTSP-1多肽治疗疾病或状况的用途,以及通过施用本文提供的经修饰的MTSP-1多肽,来治疗疾病或状况的方法,所述疾病或状况由补体活化
介导或涉及补体活化,其中补体活化的抑制实现该疾病或状况的治疗或改善。还可以施用
经修饰的MTSP-1多肽,以减少发展疾病或状况的风险(预防),或者减少此类疾病、病症或状况发展的症状。补体介导的疾病、状况或病症包括上文或下文提到的任何。包括的是眼部或眼科疾病或者由于移植器官引起的排斥或炎症。此类疾病和状况包括糖尿病性视网膜病变
和黄斑变性,例如AMD,以及移植肾功能延迟恢复(DGF)。经修饰的MTSP-1多肽(或编码核酸分子或载体)可以通过任何合适的途径施用,包括本文上文及其它地方讨论的那些途径,例如肠胃外,例如静脉内或皮下施用。对于眼科病症的治疗,经修饰的MTSP-1多肽可以局部施用,例如通过玻璃体内注射或通过局部施加于眼。经修饰的MTSP-1多肽可以对于引入眼内
进行修饰,例如通过融合至蛋白质转导结构域,以促进在玻璃体液内的转导。对于任何应
用、方法或用途,经修饰的MTSP-1 多肽可以例如通过PEG化进行修饰,以增加血清半衰期。
[0144] 还提供的是组合和试剂盒,其包括:(a)本文提供的经修饰的MTSP-1多肽;以及 (b)用于治疗补体介导的疾病或病症的一种或多种第二试剂。第二试剂包括但不限于抗炎
剂和抗凝剂,例如但不限于以下中的任何一种或多种:非甾体抗炎药(NSAID)、抗代谢药、皮质类固醇、止痛药、细胞毒素剂、促炎细胞因子抑制剂、抗炎细胞因子、 B细胞靶向剂、靶向T抗原的化合物、粘附分子阻滞剂、趋化因子受体拮抗剂、激酶抑制剂、PPAR-γ(gamma)配体、补体抑制剂、肝素、华法林、醋硝香豆素、苯茚二、 EDTA、柠檬酸盐、草酸盐、阿加曲班、来匹卢定、比伐卢定和希美加群。
[0145] 方法、用途或组合包括其中经修饰的MTSP-1多肽包含修饰I41D或I41S,特别是 I41S,且特别地经修饰的MTSP-1多肽含有修饰 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/
F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/ Q192D、或 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/
Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L//G151H/Q175L/Q192D 或I41D/C122S/G151N/Q192T
或I41D/G151N/Q192T的那些。包括替换C122S(参考蛋白酶结构域),以消除游离的半胱氨酸以减少聚集。未经修饰的MTSP-1多肽包括蛋白酶结构域,例如SEQ ID NO:4中所示的氨基酸残基序列的那种,例如含有SEQ ID NO: 35和42中任一个中所示的氨基酸残基序列的经修
饰的MTSP-1多肽。
[0146] 提供的是通过静脉内施用以下来治疗DGF的方法:本文提供的经修饰的MTSP-1 多肽,例如含有SEQ ID NO:35和42中任一个中所示的氨基酸残基序列的经修饰的 MTSP-1多
肽或其催化活性部分,例如包含替换 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/
ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/ Q192D的经修饰的MTSP-1多肽。剂量包括任何合
适的剂量和任何合适的剂量方案。单一剂量包括0.1mg至1mg。治疗可以是一次或可以重复
多次,例如每2天、3天、4 天、5天、6天、每周、每两周或每月一次。经修饰的MTSP-1多肽可以例如通过PEG 化或多聚化进行修饰,以实现增加的半衰期或增加的生物利用度。
[0147] 提供的是经修饰的MTSP-1多肽治疗眼科病症或眼部病症的用途,和/或通过例如全身地或对眼施用本文提供的经修饰的MTSP-1多肽,来治疗眼科病症或眼部病症的方法。
眼科病症包括糖尿病性视网膜病变和黄斑变性,例如AMD。合适的剂量可以凭经验确定,并且包括0.1至1mg的单一剂量。用于这些适应症的经修饰的MTSP-1多肽的示例是本文提供的
任何切割C3的多肽。这些包括含有SEQ ID NO:35和42中任一个中所示的氨基酸残基序列的经修饰的MTSP-1多肽或其催化活性部分,例如但不限于包含以下替换或插入和/或缺失的
经修饰的MTSP-1多肽: Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/
C122S/G151H/Q175L/ Q192D或Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/
F99L/G151H/Q175L/Q192D ,或者包含以下替换的经修饰的MTSP-1多肽:I41D/G151N/Q192T或 I41D/C122S/G151N/Q192T。可以如上所述将多肽施用于眼,例如通过玻璃体内注射或其它局部方法。治疗可以是一次或重复多次,例如每2天、3天、4天、5天、6天、每周、每两周或每月一次。经修饰的MTSP-1多肽包括SEQ ID NO:35的多肽或其催化活性部分,或其全长形式或催化活性部分。经修饰的MTSP-1多肽可以例如通过PEG 化或多聚化进行修饰,以实现增
加的半衰期或增加的生物利用度。
[0148] 对于任何应用,经修饰的MTSP-1多肽可以是经修饰的MTSP-1多肽的单链或两链形式、或者在体内活化的酶原形式。蛋白酶结构域作为单链是活性的。经修饰的MTSP-1 多肽可以包括其它修饰例如PEG化,以改变或改善药理学特性。
附图说明
[0149] 图1描绘了经典、凝集素和替代补体途径,以及终末补体复合物(膜攻击复合物) (MAC)的活化的概述。该图描绘了参与补体级联的多于30种蛋白质中的许多、其在级联内的作用、以及适用时其在补体途径中的会聚点。例如,这三个途径在C3转化酶生成后会聚,所述C3转化酶切割C3,以形成C5转化酶,得到MAC复合物的形成。该图还描绘了许多补体切割产物的生成。

具体实施方式

[0150] 大纲
[0151] A.定义
[0152] B.MTSP-1的结构和功能
[0153] 1.丝氨酸蛋白酶
[0154] 2.结构
[0155] 3.功能/活性
[0156] C.通过靶向C3的补体抑制
[0157] 1.补体蛋白C3及其在启动补体中的作用
[0158] a.经典途径
[0159] b.替代途径
[0160] c.凝集素途径
[0161] d.补体介导的效应子功能
[0162] i.补体介导的裂解:膜攻击复合体
[0163] ii.炎症
[0164] iii.趋化欧元
[0165] iv.调理作用
[0166] v.体液免疫应答的活化
[0167] 2.C3的结构和功能
[0168] a.C3a
[0169] b.C3b
[0170] i.C3b的抑制剂
[0171] D.切割C3的经修饰MTSP-1多肽
[0172] 1.示例性的经修饰的MTSP-1多肽
[0173] 2.另外的修饰
[0174] a.降低的免疫原性
[0175] b.Fc结构域
[0176] c.与聚合物缀合
[0177] d.蛋白质转导结构域
[0178] E.评价和/或监测MTSP-1对补体介导的功能的活性的测定
[0179] 1.用于评价MTSP-1用于切割补体蛋白C3以使其失活的活性和特异性的方法 a.蛋白质检测
[0180] i.SDS-PAGE分析
[0181] ii.酶免疫测定
[0182] iii.放射性免疫扩散(RID)
[0183] b.溶血测定
[0184] c.用于确定切割位点的方法
[0185] 2.用于评价野生型MTSP-1活性的方法
[0186] a.MTSP-1底物的切割
[0187] b.MTSP-1底物结合测定
[0188] c.C3切割测定
[0189] 3.特异性
[0190] 4.疾病模型
[0191] F.生产编码经修饰的MTSP-1多肽的核酸的方法
[0192] 1.编码MTSP-1多肽的核酸的分离或制备
[0193] 2.突变型或经修饰的核酸和编码多肽的生成
[0194] 3.载体和细胞
[0195] 4.表达
[0196] a.原核细胞
[0197] b.酵母细胞
[0198] c.昆虫和昆虫细胞
[0199] d.哺乳动物表达
[0200] e.植物
[0201] 5.纯化
[0202] 6.另外的修饰
[0203] a.PEG化
[0204] b.融合蛋白
[0205] 7.核酸分子
[0206] G.组合物、制剂和剂量
[0207] 1.经修饰的MTSP-1多肽的施用
[0208] 2.编码经修饰的MTSP-1多肽的核酸的施用(基因疗法)
[0209] H.治疗用途和治疗方法
[0210] 1.由补体活化介导的疾病
[0211] a.类风湿性关节炎
[0212] b.败血症
[0213] c.多发性硬化
[0214] d.阿尔茨海默氏病
[0215] e.缺血再灌注损伤
[0216] f.眼部病症
[0217] 年龄相关性黄斑变性(AMD)
[0218] g.器官移植和移植物功能延迟恢复(DGF)
[0219] 2.治疗用途
[0220] a.免疫介导的炎性疾病
[0221] b.神经退行性疾病
[0222] c.心血管疾病
[0223] d.年龄相关性黄斑变性(AMD)
[0224] e.器官移植
[0225] 移植物功能延迟恢复
[0226] 3.组合疗法
[0227] I.实施例
[0228] A.定义
[0229] 除非另有定义,否则本文使用的所有技术和科学术语都具有与本发明所属领域的技术人员通常理解相同的含义。除非另外指出,否则本文整个公开内容自始至终提及的所
专利、专利申请、公开的申请和出版物、GENBANK序列、网站及其它公开的材料都整体引入作为参考。在关于本文的术语存在多个定义的情况下,以本节段中的定义为准。在提到URL或者其它此类标识符或地址时,应理解,此类标识符可以改变,并且互联网上的特定信息可以时有时无,但等价信息是已知的,并且可以例如通过搜索互联网和/或适当的数据库容易地访问。对其的提及证明了此类信息的可用性和公开传播。
[0230] 如本文使用的,切割指通过蛋白酶的肽键破坏。关于蛋白酶的切割位点基序涉及对于易分割键N末端和C末端的残基(分别为未引发侧和引发侧,其中关于蛋白酶的切割位
点定义为...P3-P2-P1-P1'-P2'-P3'...,并且切割在P1和P1'残基之间发生)。在人C3 中,通过C3转化酶的切割在C3的残基R和S之间发生(参见SEQ ID NO:9的残基 746-751,在人C3中的序列残基748和749之间的切割):
[0231]
[0232] 通常,在生物化学途径中的底物切割是活化切割或抑制切割。活化切割指多肽从无活性形式切割为活性形式。这包括例如将酶原切割为活性酶。活化切割也是由此蛋白质
被切割成其本身具有活性的一种或多种蛋白质的切割。例如,补体系统是蛋白酶解切割事
件的不可逆级联,其终止导致多重效应分子的形成,所述效应分子刺激炎症,促进抗原吞噬作用,并且直接裂解某些细胞。因此,通过C3转化酶将C3切割成C3a和C3b 是活化切割。相比之下,本文提供的经修饰的MTSP-1多肽实现C3的抑制切割,例如通过在使C3失活的靶位点
中的切割。
[0233] 如本文使用的,抑制切割或失活性切割是将蛋白质切割成无功能的一种或多种降解产物。抑制切割导致蛋白质活性的缩小或减少。通常,蛋白质活性的减少减少蛋白质涉及的途径或过程。在一个实例中,其为抑制切割的任何一种或多种补体蛋白的切割导致补体
的经典、凝集素或替代功能途径中的任何一个或多个的伴随减少或抑制。为了是抑制性的,与该蛋白质的天然形式相比,切割使活性减少至少或至少约1%,2%,5%, 10%,20%,
30%,40%,50%,60%,70%,80%,90%,95%,99%或更多。关于切割是抑制性所需的蛋白质的切割百分比在蛋白质中不同,但可以通过测定蛋白质的活性来确定。
[0234] 如本文使用的,“补体活化”指补体途径的活化,例如补体活化指通过蛋白酶增加任何一个或多个补体途径的功能或活性、或增加补体途径中的任何蛋白质的活性。补体活化可以导致补体介导的细胞裂解,或可以导致细胞或组织破坏。对宿主组织的不适当的补
体活化在许多自身免疫性和炎性疾病的病理状况中发挥重要作用,并且还负责与生物不相
容性相关的许多疾病状态或与之相关。应理解,活化可以意指现有活性中的增加以及新活
性的诱导。补体活化可以在体外或体内发生。可以在本文中测定并描述的补体的示例性功
能包括溶血测定、以及测量任何一种或多种补体效应分子的测定,例如通过 SDS PAGE,随后为蛋白质印迹或考斯亮蓝染色或ELISA。在一些实施方案中,与在不存在蛋白酶的情况下的补体活性相比,补体活化被蛋白酶例如本文所述的蛋白酶抑制 40%、50%、60%、
70%、80%、85%、90%、95%或99%或更多。
[0235] 如本文使用的,“抑制补体活化”或“补体失活”指通过蛋白酶减少或降低任何一个或多个补体途径的补体介导的功能或活性、或途径中的任何蛋白质的活性。补体的功能或活性可以在体外或体内发生。可以在本文中测定并描述的补体的示例性功能包括溶血测
定、以及测量任何一种或多种补体效应分子的测定,例如通过SDS PAGE,随后为蛋白质印迹或考马斯亮蓝染色或ELISA。蛋白酶可以将补体活化抑制1%、5%、10%、20%、 30%、40%、
50%、60%、70%、80%、90%或更多。在其它实施方案中,与在不存在蛋白酶的情况下的补体活性相比,补体活化被蛋白酶抑制40%、50%、60%、70%、80%、 85%、90%、95%或99%或更多。
[0236] 如本文使用的,“补体蛋白”或“补体组分”是补体系统的蛋白,其在宿主针对感染的防御和炎症过程中起作用。补体蛋白包括在经典途径中起作用的蛋白质、在替代途径中起作用的蛋白质、以及在凝集素途径中起作用的蛋白质。在补体蛋白中有参与补体途径的
蛋白酶。另外,如本文使用的,补体蛋白包括在补体级联活化时形成的任何“切割产物”(也称为“片段”)。在补体蛋白中还包括的是无活性或改变形式的补体蛋白,例如iC3b 和C3a-desArg。因此,补体蛋白包括但不限于:C1q、C1r、C1s、C2、C3、C3a、C3b、 C3c、C3dg、C3g、C3d、C3f、iC3、C3a-desArg、C4、C4a、C4b、iC4、C4a-desArg、 C5、C5a、C5a-des-Arg、C6、C7、C8、C9、MASP-1、MASP-2、MBL、因子B、因子 D、因子H、因子I、CR1、CR2、CR3、CR4、备解素、C1Inh、C4bp、MCP、DAF、 CD59(MIRL)、聚集素和HRF以及任何补体蛋白的等位基因和物种变体。
[0237] 如本文使用的,补体蛋白的“天然”形式是可以在不存在补体活化的情况下,从生物例如脊椎动物中分离,并且并未在实验室中被人为有意修饰的形式。天然补体蛋白的实例包括C1q、C1r、C1s、C2、C3、C4、因子B、因子D、备解素、C5、C6、C7、C6 和C9。
[0238] 一般地,“天然补体蛋白”是无活性的,并且在活化后获得活性。活化可能需要活化切割、成熟切割和/或与其它蛋白质的复合物形成。这种情况的一个例外是因子I和因子 D,其以其天然形式具有酶促活性。在一些实例中,天然补体蛋白的活化在蛋白质切割后发生。例如,补体酶原如C3是其本身通过蛋白酶切割而活化的蛋白酶,使得通过C3 转化酶C4b2b
的C3切割生成活性片段C3a和C3b。在另一个实例中,无活性的天然补体蛋白的切割导致蛋
白质的结构稳定性中的改变,导致蛋白质的活化。例如,C3含有内部硫酯键,其在天然蛋白质中是稳定的,但在起因于蛋白质切割的构象变化后,可以变得高度反应性和活化。因此,C3的切割产物是生物活性的。在不存在切割的情况下, C3的活化也可以自发地发生。天然C3中硫酯键的自发转化是补体替代途径的启动事件。在其它实例中,天然补体蛋白的活化
在复合的调节分子的释放后发生,所述复合的调节分子抑制否则活性的天然补体蛋白的活
性。例如,除非C1s和C1r与C1q复合,否则C1inh结合C1s和C1r并且使其失活。
[0239] 如本文使用的,“成熟切割”是指酶原活化所需的任何切割的一般术语。这包括导致构象变化的切割,所述构象变化导致活性(即活化切割)。它还包括其中关键的结合位点被暴露或空间位阻被暴露或抑制性区段被去除或移动的切割。
[0240] 如本文使用的,补体蛋白的“改变形式”指起因于其分子结构中的修饰而以非天然形式存在的补体蛋白。例如,硫酯与水的C3反应可以在不存在转化酶切割的情况下发生,产生称为iC3的C3的水解失活形式。在另一个实例中,过敏毒素包括C3a、C5a和C4a 可以通过羧肽酶N脱精氨酸(desarginated)成更稳定、活性更低的形式。
[0241] 如本文使用的,补体蛋白的“片段”或“切割产物”是含有天然补体蛋白的多肽序列的一部分的补体蛋白的区域或区段。补体蛋白的片段通常在补体级联的活化后产生。一般地,片段起因于天然补体蛋白的蛋白酶解切割。例如,补体蛋白C3通过C3转化酶进行酶促切割,导致两个片段:构成C3的N末端部分的C3a;以及构成C末端部分并含有丝氨酸蛋白酶位点的C3b。补体蛋白的片段也起因于补体蛋白的另一个片段的蛋白酶解切割。例如,由C3切割生成的片段C3b被因子I切割,以生成片段iC3b和C3f。一般地,补体蛋白的切割产物是生物活性产物,并且充当补体系统的切割效应分子。因此,补体蛋白的片段或一部分包括补体蛋白的切割产物、以及保留或显示出补体蛋白的至少一种活性的蛋白质部分。
[0242] 如本文使用的,“切割效应分子”或“切割效应蛋白”指由于补体系统的触发的酶级联而生成的活性切割产物。起因于补体活化的切割效应分子、片段或切割产物可以促成任何一种或多种补体介导的功能或活性,其包括调理作用、过敏反应、细胞裂解和炎症。切割或效应分子的实例包括但不限于C3a、C3b、C4a、C4b、C5a、C5b-9和Bb。借助于参与级联,补体系统的切割效应分子显示出包括刺激炎症、促进抗原吞噬作用且直接裂解某些细胞的活
性。补体切割产物促进或参与补体途径的活化。
[0243] 如本文使用的,“过敏毒素”是切割效应蛋白,其触发肥大细胞或嗜性粒细胞的脱颗粒或者物质从其中的释放,所述肥大细胞或嗜碱性粒细胞参与炎症应答,特别是作为针对寄生虫的防御的部分。如果脱颗粒太强,则它可以引起过敏反应。过敏毒素包括例如
C3a、C4a和C5a。过敏毒素还间接介导平滑肌细胞的痉挛(例如支气管痉挛)、毛细血管的通透性中的增加和趋化作用。
[0244] 如本文使用的,“趋化作用”指通常在其浓度增加的方向上,例如在过敏毒素浓度增加的方向上,受体介导的白细胞朝向化学吸引剂的运动。
[0245] 如本文使用的,“调理作用”指病原体或其它颗粒表面的改变,使得它可以被吞噬细胞摄入。结合或改变病原体表面的蛋白质称为调理素。抗体和补体蛋白调理细胞外细菌,用于被吞噬细胞如嗜中性粒细胞和巨噬细胞摄取和破坏。
[0246] 如本文使用的,“细胞裂解”指通过破坏其壁或膜的细胞破裂。红细胞的溶血是细胞裂解的量度。
[0247] 如本文使用的,“补体蛋白C3”或“C3”指补体系统的补体蛋白C3,其在针对感染的宿主防御和炎症过程中起作用。人补体蛋白C3是SEQ ID NO:9中所示的1663氨基酸的单链前原蛋白或酶原,其含有22氨基酸的信号肽(SEQ ID NO:9的氨基酸1-22) 和四精氨酸序列(SEQ ID NO:9的氨基酸668-671),其被弗林蛋白酶样酶去除,导致成熟的两链蛋白质,其含有通过残基C559和C816之间的二硫键连接的β链(SEQ ID NO:9的氨基酸23-667)和α链(SEQ ID NO:9的氨基酸672-1663)。补体蛋白C3 通过经由C3转化酶(C4b2b或C3bBb)在SEQ ID 
NO:9的氨基酸748和749之间的蛋白酶解切割而进一步活化,生成过敏毒素C3a和调理素
C3b。
[0248] 如本文使用的,“酶原”指通过蛋白酶解切割(包括成熟切割,例如活化切割)、和/ 或与其它蛋白质和/或辅因子的复合物形成被活化的蛋白质。酶原是蛋白质的无活性前体。此类前体一般比活性形式更大,尽管不一定更大。关于MTSP-1或补体蛋白C3,通过特异性切割,包括催化切割和自催化切割,或通过结合生成活性酶的活化辅因子,将酶原转换为活性酶。因此,酶原是酶促无活性的蛋白质,其通过激活物的作用转换为蛋白酶解酶。切割可以自催化地实现。许多补体蛋白是酶原;它们是无活性的,但在感染后补体系统启动时变得被切割且活化。酶原一般是无活性的,并且可以通过前区从酶原中的催化或自催化切割而转
换为成熟的活性多肽。
[0249] 如本文使用的,“前区”、“前肽”或“前序列”指被切割以产生成熟蛋白的蛋白质区域或区段。这可以包括通过掩蔽催化机制,且因此阻止催化中间产物的形成(即,通过在空间上封闭底物结合位点),作用于压制酶促活性的区段。前区是位于成熟的生物活性多肽的氨基末端处的氨基酸序列,并且可以少至几个氨基酸或可以是多结构域结构。
[0250] 如本文使用的,“活化序列”指酶原中的氨基酸序列,其是活化切割或成熟切割以形成活性蛋白酶所需的位点。活化序列的切割可以自催化地或通过活化配偶体来催化。
[0251] 活化切割是其中发生活性所需的构象变化的一类成熟切割。这是例如对于丝氨酸蛋白酶的经典活化途径,其中切割生成新的N末端,所述新的N末端与催化机制的保守区域
(例如催化残基)相互作用,以诱导活性所需的构象变化。活化可以导致产生多链形式的蛋
白酶。在一些情况下,单链形式的蛋白酶可以显示出蛋白酶解活性。
[0252] 如本文使用的,“结构域”指分子例如蛋白质或编码核酸的一部分,其在结构和/或功能上不同于该分子的其它部分并且是可鉴定的。示例性的多肽结构域是多肽的部分,其可以在由一个或多个结构基序(例如,通过环区连接的α螺旋和/或β链的组合)构成的多肽内形成独立折叠的结构,和/或通过特定的功能活性,例如酶促活性、二聚化或底物结合被识别。多肽可以具有一个或多个,通常多于一个的独特结构域。例如,多肽可以具有一个或多个结构域和一个或多个功能结构域。可以基于结构和功能区分单个多肽结构域。结构域
可以涵盖氨基酸的邻接线性序列。可替代地,结构域可以涵盖多个不邻接的氨基酸部分,其沿着多肽的氨基酸的线性序列是不邻接的。通常,多肽含有多个结构域。例如,可以基于蛋白酶结构域的序列来表征丝氨酸蛋白酶。本领域技术人员熟悉多肽结构域,并且可以借助
于与其它此类结构域的结构和/或功能同源性来鉴定它们。对于本文的例证,提供了定义,但应理解,通过名称识别特定结构域在本领域的技术范围内。需要时,可以采用适当的软件来鉴定结构域。
[0253] 如本文使用的,多肽的“结构区域”是含有至少一个结构域的多肽区域。
[0254] 如本文使用的,“蛋白酶结构域”是蛋白酶的催化活性部分。提及蛋白酶的蛋白酶结构域包括任何这些蛋白质的单链、双链和多链形式。蛋白质的蛋白酶结构域含有该蛋白质关于其蛋白酶解活性所需的所有必要特性,例如其催化中心。
[0255] 如本文使用的,蛋白酶例如MTSP-1多肽的“催化活性部分”或“催化活性结构域”,指蛋白酶结构域或者其保留蛋白酶活性的任何片段或部分。例如,MTSP-1多肽的催化活性部分可以是MTSP-1蛋白酶结构域,其包括蛋白酶结构域的分离的单链形式或活化的两链形
式。每种蛋白质的酶原形式为单链形式,其可以通过切割而转换为活性的两链形式。蛋白酶结构域也可以转换为两链形式。重要的是,至少在体外,单链形式的蛋白酶及其催化结构域或蛋白酶解活性部分(通常为C末端截短)显示出蛋白酶活性。
[0256] 如本文使用的,“编码蛋白酶的蛋白酶结构域或催化活性部分的核酸”,指仅编码所述的单链蛋白酶结构域或其活性部分,而不是作为连续序列的蛋白酶的其它邻接部分的核酸。
[0257] 如本文使用的,多肽基本上由蛋白酶结构域组成的叙述意指多肽的唯一部分是蛋白酶结构域或其催化活性部分。该多肽可以任选地并且一般地包括另外的非蛋白酶衍生的
氨基酸序列。
[0258] 如本文使用的,“蛋白酶的活性位点”指在其中发生底物催化的底物结合位点。活性位点的结构和化学特性允许底物的识别和结合,以及在底物中的易分割键的后续水解和切割。蛋白酶的活性位点含有促成肽切割的催化机制的氨基酸,以及促成底物序列识别的
氨基酸,例如促成延长的底物结合特异性的氨基酸。
[0259] 如本文使用的,C3中的靶位点指当被切割时使C3失活的位点。此类位点的示例是:
[0260] Q H A R↓A S H L(SEQ ID NO:9的残基737-744)
[0261] P4P3P2P1↓P1'P4'。
[0262] 如本文使用的,“底物识别位点”或“切割序列”指被蛋白酶的活性位点识别的序列,其被蛋白酶切割。通常,关于丝氨酸蛋白酶的切割序列为长度六个残基,以匹配许多蛋白酶的延长的底物特异性,但取决于蛋白酶可以更长或更短。通常,例如,对于丝氨酸蛋白酶,切割序列由底物中的P1-P4和P1’-P4’氨基酸构成,其中切割在P1位置后发生。通常,关于丝氨酸蛋白酶的切割序列为长度六个残基,以匹配许多蛋白酶的延长的底物特异性,但取决于蛋白酶可以更长或更短。
[0263] 如本文使用的,“靶底物”指被蛋白酶切割的底物。通常,靶底物在其底物识别位点处被蛋白酶特异性切割。最低限度地,靶底物包括构成切割序列的氨基酸。任选地,靶底物包括含有切割序列和任何其它氨基酸的肽。含有被蛋白酶识别的切割序列的全长蛋白质、等位基因变体,同种型或其任何部分是关于该蛋白酶的靶底物。例如,为了其中预期补体失活的本文目的,靶底物是补体蛋白C3、或者其含有被MTSP-1多肽识别的切割序列的任何部
分或片段。此类靶底物可以是纯化的蛋白质,或者可以存在于混合物中,例如体外混合物或体内混合物。混合物可以包括例如血液或血清或母乳、或其它组织液。另外,靶底物包括肽或蛋白质,其含有不影响通过蛋白酶的底物切割的另外部分。例如,靶底物可以包括化学连接至荧光部分的四氨基酸的肽或全长蛋白质。可以修饰蛋白酶以显示出对于靶底物的更大
的底物特异性。
[0264] 如本文使用的,“MTSP-1”或“MTSP1”或“膜型丝氨酸蛋白酶”、“MTSP-1多肽”指任何MTSP-1多肽,包括但不限于重组产生的多肽、合成产生的多肽、以及从细胞或组织 (包括但不限于上皮细胞、癌细胞、肝和血液)中提取或分离的MTSP-1多肽。对于 MTSP-1可互换使用的替代名称包括膜型丝氨酸蛋白酶、和matriptase、和Epithin、和 TMPRSS1、和致瘤性抑制基因14蛋白、和Prostamin、和丝氨酸蛋白酶14(ST14)、和丝氨酸蛋白酶TADG-15、以及肿瘤相关的差异表达基因15(TADG-15)蛋白。MTSP-1 包括来自不同物种,包括但不限于人和非人起源的动物的有关多肽。人MTSP-1包括 MTSP-1、等位基因变体、同种型、来自核酸的合成分子、从人组织和细胞中分离的蛋白质及其修饰形式。
[0265] 示例性的未经修饰的人MTSP-1多肽包括但不限于未经修饰的和野生型MTSP-1多肽(SEQ ID NO:1)、以及蛋白酶结构域(例如SEQ ID NO:2中所示的MTSP-1的单链蛋白酶结构域)。本领域技术人员将认识到,当与MTSP-1蛋白酶结构域(SEQ ID NO: 2)相比时,全长野生型MTSP-1多肽(SEQ ID NO:1)的参考位置相差614个氨基酸残基。因此,SEQ ID NO:2的第一个氨基酸残基“对应于”SEQ ID NO:1的第六百一十五个(615)氨基酸残基。在另一个实施方案中,MTSP-1多肽可以是如SEQ ID NO: 99中所示的MTSP-1的等位基因变体中的任何
一个或多个。
[0266] MTSP-1蛋白酶作为单链酶原和活化的两链多肽存在。提及MTSP-1包括活性单链及其两链形式。本文提供的MTSP-1多肽可以例如通过化学修饰或翻译后修饰进一步修饰。此
类修饰包括但不限于糖基化、PEG化、白蛋白化、法尼基化、羧化、羟基化、磷酸化、HES基化、PAS基化和本领域已知的其它多肽修饰。
[0267] MTSP-1包括来自任何物种(包括人和非人物种)的MTSP-1。非人起源的MTSP-1 多肽包括但不限于鼠和大鼠MTSP-1多肽。非人起源的示例性MTSP-1多肽包括例如小鼠(小家
鼠(Mus musculus),SEQ ID NO:12)和大鼠(褐家鼠(Rattus norvegicus), SEQ ID NO:
13)。
[0268] 提及MTSP-1多肽还包括以单链或两链形式的前体多肽和成熟的MTSP-1多肽、其具有活性的截短形式、分离的蛋白酶结构域,并且包括等位基因变体和物种变体、由剪接变体编码的变体及其它变体,包括与全长形式(SEQ ID NO:1或3)或其蛋白酶结构域(SEQ ID 
NO:2或4)具有至少或至少约40%、45%、50%、55%、65%、70%、 75%、80%、85%、90%、
95%、96%、97%、98%、99%或更多的序列同一性的多肽。 MTSP-1多肽包括但不限于组织特异性同种型及其等位基因变体,通过核酸翻译制备的合成分子,通过化学合成(例如包括通过重组方法连接较短多肽的合成)生成的蛋白质,从人和非人组织和细胞分离的蛋白质,嵌合的MTSP-1多肽及其修饰形式。MTSP-1多肽还包括MTSP-1的片段或一部分,其具有足够
的长度或包括适当的区域,以保留全长成熟多肽的至少一种活性(需要时,在活化后)。在一个实例中,MTSP-1的一部分是蛋白酶结构域,例如SEQ ID NO:2中所示的蛋白酶结构域,其对应于SEQ ID NO:1 中所示的WT MTSP-1序列的氨基酸615-855。MTSP-1多肽还包括含有化学修饰或翻译后修饰的多肽,以及不含化学修饰或翻译后修饰的多肽。此类修饰包括但不
限于PEG 化、白蛋白化、糖基化、法尼基化、羧化、羟基化、磷酸化、HES基化、PAS基化和本领域已知的其它多肽修饰。
[0269] 如本文使用的,“MTSP-1蛋白酶”或“MTSP-1蛋白酶结构域”指任何MTSP-1多肽,包括但不限于重组产生的多肽、合成产生的多肽、以及从细胞或组织(包括但不限于肝和血液)中提取或分离的MTSP-1多肽。MTSP-1蛋白酶包括来自不同物种,包括但不限于人和非人起源的动物的有关多肽。人MTSP-1蛋白酶或MTSP-1蛋白酶结构域包括 MTSP-1、等位基因变体、同种型、来自核酸的合成分子、从人组织和细胞中分离的蛋白质及其修饰形式。示例性的参考人MTSP-1蛋白酶结构域包括但不限于未经修饰的和野生型MTSP-1蛋白酶结构域
(SEQ ID NO:2)、以及替代蛋白酶结构域(例如SEQ ID NO:4中所示的MTSP-1蛋白酶结构
域)。本领域技术人员将认识到,当与全长MTSP-1 多肽(SEQ ID NO:1)(其为含有全长WT序列的MTSP-1多肽)相比时,MTSP-1蛋白酶结构域(SEQ ID NO:2)的参考位置相差614个氨基
酸残基。因此,SEQ ID NO: 2的第一个氨基酸残基“对应于”SEQ ID NO:1的第六百一十五个(615)氨基酸残基。
[0270] 如本文使用的,“修饰”提及多肽的氨基酸序列或核酸分子中的核苷酸序列的修饰,并且分别包括氨基酸或核苷酸的缺失、插入和替换。经修饰的MT-SP1多肽指在多肽的一级序列中含有改变的MT-SP1多肽。修饰多肽的方法是本领域技术人员常规的,例如通过使
用重组DNA方法。像这样指定了对其它修饰例如翻译后修饰,以及与部分例如聚合物例如
PEG部分的缀合,以及用于检测或分离的标签的提及。
[0271] 如本文使用的,“取代”或“替换”指用替代的核苷酸或氨基酸替换天然、靶、野生型或者其它核酸或多肽序列中的一个或多个核苷酸或氨基酸,而不改变分子的长度(如残基数目中所述)。因此,分子中的一个或多个取代不改变分子的氨基酸残基或核苷酸数目。与特定多肽相比的氨基酸替换可以按照沿着多肽序列长度的氨基酸残基的数目表示。例如,
在氨基酸序列的第35个位置处的氨基酸中具有修饰(其为用谷氨酰胺(Gln; Q)取代/替换
精氨酸(Arg;R))的经修饰的多肽可以表示为R35Q、Arg35Gln或35Q。简单地,R35可以用于指示在经修饰的第35个位置处的氨基酸是精氨酸。
[0272] 如本文使用的,“经修饰的MTSP-1”或“经修饰的MTSP-1多肽”指与未经修饰的形式相比,显示出改变的活性,例如改变的底物特异性的MTSP-1蛋白酶。此类蛋白酶包括与野生型MTSP-1相比的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、 16、17、18、19、20个或更多个修饰(即,氨基酸中的变化),使得改变了MTSP-1蛋白酶对于切割补体蛋白C3的活性,例如底物特异性或选择性。经修饰的MTSP-1可以是全长MTSP-1蛋白酶,或者可以是其全长蛋白酶的一部分,例如MTSP-1的蛋白酶结构域,只要经修饰的MTSP-1蛋白酶在区域中含有改变蛋白
酶的活性或底物特异性的修饰,并且该蛋白酶是蛋白酶解活性的。经修饰的MTSP-1蛋白酶
或经修饰的MTSP-1蛋白酶结构域,还可以在区域中包括不影响蛋白酶的底物特异性的其它
修饰。因此,经修饰的MTSP-1多肽通常与野生型MTSP-1多肽的相应氨基酸序列具有60%、
70%、80%、 85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多的序列同一性。经修饰的全长MTSP-1多肽或经修饰的MTSP-1多肽的其催化活性部分或其蛋白酶结
构域可以包括其为融合蛋白的多肽,只要该融合蛋白具有靶特异性。
[0273] 如本文使用的,胰凝乳蛋白酶编号指SEQ ID NO:1的成熟胰凝乳蛋白酶多肽的氨基酸编号。另一种蛋白酶的蛋白酶结构域例如MTSP-1的蛋白酶结构域可以与胰凝乳蛋白酶
进行比对。在这种情况下,对应于胰凝乳蛋白酶的氨基酸的MTSP-1氨基酸被给予胰凝乳蛋
白酶氨基酸的编号。相应的位置可以通过本领域技术人员使用手动比对或通过使用众多可
用的比对程序(例如BLASTP),通过此类比对来确定。相应的位置也可以基于结构比对,例如通过使用计算机模拟的蛋白质结构比对。多肽的氨基酸对应于公开序列中的氨基酸的叙述
指使用标准比对算法例如GAP算法,将多肽与公开序列比对以最大化同一性或同源性(其中
比对保守氨基酸)后鉴定的氨基酸。表1中提供了SEQ ID NO:1中所示的MTSP-1多肽的氨基
酸位置615-855的相应的胰凝乳蛋白酶编号。相对于SEQ ID NO:1中所示的序列的氨基酸位置为正常字体,在这些位置处的氨基酸残基为粗体,并且相应的胰凝乳蛋白酶编号为斜体。
例如,在MTSP-1的丝氨酸蛋白酶结构域(SEQ ID NO:2)与成熟的胰凝乳蛋白酶比对后,在
MTSP-1蛋白酶结构域中的位置1处的V被给予V16的胰凝乳蛋白酶编号。随后的氨基酸相应
地进行编号。在一个实例中,在全长MTSP-1(SEQ ID NO:1)的氨基酸位置708或MTSP-1的蛋白酶结构域(SEQ ID NO:2)的位置94处的F,对应于基于胰凝乳蛋白酶编号的F99。当残基存在于蛋白酶中,但不存在于胰凝乳蛋白酶中时,该氨基酸残基被给予字母符号。例如,胰凝乳蛋白酶中其为具有基于胰凝乳蛋白酶编号的氨基酸60的环的部分,但与胰凝乳蛋白酶相
比被插入MTSP-1序列中的残基,例如被称为D60b或R60c。通过相对于SEQ ID NO:1中所示的成熟MTSP-1序列(人)的编号,这些残基分别对应于D661和R662。
[0274] 表1.MTSP-1的胰凝乳蛋白酶编号
[0275]
[0276]
[0277] 如本文使用的,kcat是酶催化活性的量度;kcat的单位是秒-1。kcat的倒数是通过酶分子“周转”一个底物分子所需的时间;kcat测量每秒每个酶分子周转的底物分子的数目。 kcat也称为周转率。
[0278] 如本文使用的,对于靶底物的特异性指与另一种底物(称为非靶底物)相比,靶底物通过蛋白酶切割的优先性。特异性反映在特异性常数(kcat/Km)中,所述特异性常数是蛋白酶对于其底物的亲和力和酶效率的量度。kcat/Km是酶效率的量度;较大的kcat值 (快速周转)或较小的Km值(对于底物的高亲和力)使得kcat/Km较大。
[0279] 如本文使用的,关于切割的特异性常数为(kcat/Km),其中Km为米-二氏常数(在一半Vmax下的[S]),且kcat为Vmax/[ET],其中ET为最终酶浓度。参数kcat、Km和kcat/Km可以通过以下计算:将底物浓度的倒数相对于底物切割速度的倒数作图,并且拟合至利 -伯二氏方程(Lineweaver-Burk equation)(1/速度=(Km/Vmax)(1/[S])+1/Vmax;其中 Vmax=[ET]kcat)。在各种浓度的底物的存在下,确定切割在一段时间内的增加速率的任何方法都可以用于计算
特异性常数。例如,底物与荧光部分连接,所述荧光部分在通过蛋白酶切割后被释放。通过确定在不同酶浓度下的切割速率,可以确定关于特定蛋白酶的 kcat。特异性常数可以用于确定蛋白酶对于一种靶底物超过另一种底物的优先。
[0280] 如本文使用的,底物特异性指蛋白酶对一种靶底物超过另一种的优先。底物特异性可以作为特异性常数的比率来测量。
[0281] 如本文使用的,底物特异性比率是特异性常数的比率,并且可以用于比较两种或更多种蛋白酶或者蛋白酶对两种多种底物的特异性。例如,可以通过比较kcat/Km来比较蛋白酶对于竞争性底物或竞争性蛋白酶对于底物的底物特异性。例如,对于靶底物具有 2X 
6 -1 -1 4 -1 -1
10M 秒 和对于非靶底物具有2X 10M 秒 的特异性常数的蛋白酶对于靶底物更特异性。
使用来自上文的特异性常数,蛋白酶对于靶底物具有100的底物特异性比。
[0282] 如本文使用的,对于靶底物的优先或底物特异性可以表示为底物特异性比。反映优先的比率的特定值是所讨论的底物和蛋白酶的函数。大于1的底物特异性比表明对于靶
底物的优先,而小于1的底物特异性表明对于非靶底物的优先。一般地,至少或约1的比率反映关于将蛋白酶视为候选治疗剂的足够差异。
[0283] 如本文使用的,改变的特异性指与起始野生型蛋白酶相比,经修饰的蛋白酶的底物特异性中的变化。一般地,特异性中的变化反映了与蛋白酶的野生型底物(本文称为非靶底物)相比,经修饰的蛋白酶对于靶底物的优先中的变化。通常,与野生型MTSP-1 蛋白酶的底物特异性相比,本文提供的经修饰的MTSP-1蛋白酶显示出对于补体蛋白 C3增加的底物
特异性。例如,与底物特异性比为10的支架蛋白酶相比,相对于非靶底物,对于靶底物的底物特异性比为100的经修饰的蛋白酶显示出10倍增加的特异性。在另一个实例中,与0.1的
比率相比,底物特异性比为1的经修饰的蛋白酶显示出底物特异性中的10倍增加。为了显示出与支架蛋白酶相比增加的特异性,经修饰的蛋白酶对于任何一种或多种补体蛋白具有
1.5倍、2倍、5倍、10倍、50倍、100倍、200倍、 300倍、400倍、500倍或更大的底物特异性。
[0284] 如本文使用的,当指蛋白酶从竞争底物的混合物中选择且切割一种靶底物的能力时,“选择性”可以与特异性互换使用。与任何其它一种或多种靶底物相比,蛋白酶对于靶底物的选择性增加可以例如通过比较靶底物被蛋白酶切割的特异性常数来确定。例如,如果
蛋白酶对于靶底物具有2X 106M-1秒-1的切割特异性常数,且对于多种底物中的任何另一种具有2X 104M-1秒-1的切割特异性常数,则蛋白酶对于靶底物是更选择性的。
[0285] 如本文使用的,多肽例如蛋白酶的“活性”或“功能活性”指由多肽显示出的任何活性。此类活性可以凭经验确定。示例性的活性包括但不限于与生物分子相互作用的能力,例如通过底物结合、DNA结合或二聚化,酶促活性,例如激酶活性或蛋白酶解活性。对于蛋白酶(包括蛋白酶片段),活性包括但不限于特异性结合特定底物的能力,底物结合的亲和力和/或特异性(例如,高或低亲和力和/或特异性),效应子功能例如促进底物(例如蛋白质,即C3)抑制、中和、切割或清除的能力,以及体内活性例如促进蛋白质切割或清除的能力。可以使用公认的测定,例如ELISA、流式细胞术、表面等离振子共振或者测量结合速率或离开速率的等价测定、免疫组织化学和免疫荧光组织学显微镜检查、基于细胞的测定和结合测
定,在体外或体内评价活性。例如,对于蛋白酶,例如经修饰的MTSP-1蛋白酶,可以通过在体外和/或体内测量底物蛋白质切割、周转、残留活性、稳定性和/或水平来评价活性。指示多肽显示出活性的此类体外测定的结果可以与该多肽的体内活性相关联,其中体内活性可以
称为治疗活性或生物活性。经修饰的多肽的活性可以是未经修饰的多肽的活性的任何水平
的百分比,包括但不限于与未经修饰的多肽相比,活性的1%或约1%,活性的2%、3%、4%、
5%、10%、20%、30%、 40%、50%、60%、70%、80%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、
96%、97%、98%、 99%、100%、200%、300%、400%、500%或更多。确定经修饰的(或变体)蛋白酶的功能或活性的测定是本领域众所周知的。
[0286] 功能活性包括但不限于生物活性、催化或酶促活性、抗原性(结合抗多肽抗体或与多肽竞争结合抗多肽抗体的能力)、免疫原性、形成多聚体的能力、以及特异性结合关于多肽的受体或配体的能力。
[0287] 如本文使用的,关于补体蛋白的功能活性指补体介导的功能,包括但不限于过敏反应、调理作用、趋化作用或细胞裂解。用于测试补体活性的非限制性测定包括红血细胞的溶血、以及例如通过ELISA或SDS-PAGE的补体效应分子的检测。
[0288] 如本文使用的,催化活性或切割活性指如在检测所选底物的蛋白酶解的体外蛋白酶解测定中评估的蛋白酶的活性。切割活性可以通过评价蛋白酶的催化效率来测量。
[0289] 如本文使用的,针对靶底物的活性指切割活性和/或功能活性、或者反映蛋白酶对靶底物或针对靶底物的活性的其它测量。通过蛋白酶的补体蛋白靶底物的功能活性可以通
过以下进行测量:在补体测定例如红血细胞裂解、或者本领域技术人员已知的或本文提供
的评价补体活性的其它此类测定中评价IC50。切割活性可以通过评价蛋白酶的催化效率进
行测量。为了本文的目的,与在不存在蛋白酶的情况下相比,如果蛋白酶显示出靶底物的更大蛋白酶解或切割和/或调节(即活化或抑制)补体蛋白的功能活性,则活性是增加的。
[0290] 如本文使用的,关于经修饰的MTSP-1多肽的“增加的活性”意指,当在相同条件下测试时,与不含氨基酸替换的未经修饰的MTSP-1多肽相比,经修饰的MTSP-1多肽显示出更大的活性。例如,经修饰的MTSP-1多肽显示出未经修饰的或参考MTSP-1多肽的至少或约至
少110%、120%、130%、140%、150%、160%、170%、180%、190%、 200%、250%、300%、
400%、500%、600%、700%、800%、900%、1000%或更多的活性。
[0291] 如本文使用的,当提及抗体结合亲和力使用时,术语“相同”意指EC50、结合常数(Ka) 或解离常数(Kd)在参考抗体的那种的约1至100倍或1至10倍内(与参考抗体相比,高1-100倍的亲和力或低1-100倍的亲和力、或者任何数值或范围或在此类范围内的值)。
[0292] 如本文使用的,结合活性指分子例如多肽关于它是否且如何结合一种或多种结合配偶体的特征。结合活性包括与结合配偶体结合的能力,它与结合配偶体结合的亲和力(例如,高亲和力),与结合配偶体的键合强度和/或与结合配偶体结合的特异性。
[0293] 如本文使用的,EC50,也称为表观Kd,是蛋白酶的浓度(例如,nM),其中对固定量的底物观察到最大活性的50%(例如,切割50%的可用hC3所需的经修饰的MTSP-1 多肽的浓度)。通常,EC50值从S型剂量应答曲线确定,其中EC50是在拐点处的浓度。对于其底物的高蛋白酶亲和力与低EC50值相关联,而低亲和力对应于高EC50值。亲和常数可以通过关于蛋白酶反应的标准动力学方法,例如免疫测定如ELISA,随后为曲线拟合分析来确定。
[0294] 如本文使用的,“亲和常数”指用于测量蛋白酶与底物之间的亲和力或分子结合强度的结合常数(Ka)。亲和常数越高,蛋白酶对于底物的亲和力越大。亲和常数以倒数摩尔(即M-1)的单位表示,并且可以如通过关于蛋白酶-底物反应的标准动力学方法(例如免疫
测定、表面等离振子共振、或本领域已知的其它动力学相互作用测定)测量的,由关于结合解离反应的速率常数进行计算。蛋白酶的结合亲和力也可以表示为解离常数或Kd。解离常
数是结合常数的倒数,Kd=1/Ka。因此,亲和常数也可以由Kd表示。亲和常数可以通过关于蛋白酶反应的标准动力学方法来确定,所述方法例如免疫测定、表面等离振子共振(SPR)
(Rich和Myszka(2000)Curr.Opin.Biotechnol 11:54; Englebienne(1998)Analyst.123:
1599)、等温滴定量热法(ITC)或本领域已知的其它动力学相互作用测定(参见例如,Paul编辑,Fundamental Immunology,第2版,Raven Press,New York,第332-336页(1989))。用于实时检测和监测结合速率的仪器和方法是已知的,并且是商购可得的(例如,BIAcore 
2000,BIAcore AB,Uppsala,瑞典和 GE Healthcare Life Sciences;Malmqvist(2000)
Biochem.Soc.Trans.27:335)。
[0295] 用于计算亲和力的方法,例如用于确定EC50值的方法或用于确定结合/解离常数的方法是众所周知的。例如,就EC50而言,高结合亲和力意指蛋白酶特异性结合靶蛋白,其EC50小于约10ng/mL、9ng/mL、8ng/mL、7ng/mL、6ng/mL、5ng/mL、4ng/mL、 3ng/mL、2ng/mL、1ng/mL或更少。高结合亲和力还可以通过10-6M或更低,例如10-7 M、10-8M、10-10M、10-11M或10-12M或更低的平衡解离常数(Kd)进行表征。就平衡结合常数(Ka)而言,高结合亲和力一般与大于
或等于约106M-1,大于或等于约107 M-1,大于或等于约108M-1,或者大于或等于约109M-1、
1010M-1、1011M-1或1012M-1的Ka值相关。亲和力可以凭经验估计,或者亲和力可以进行比较测定,例如通过比较两种或更多种抗体对于特定抗原的亲和力,例如通过计算所测试的抗体
的亲和力的配对比。例如,此类亲和力可以使用常规技术容易地确定,例如通过ELISA;平衡透析;表面等离振子共振;通过使用放射性标记的靶抗原的放射性免疫测定;或通过技术人员已知的另一种方法。亲和力数据可以例如通过Scatchard等人,Ann N.Y.Acad.Sci.,51: 
660(1949)的方法,或通过曲线拟合分析进行分析,例如,使用4参数逻辑非线性回归模型,使用等式:y=((A-D)/(1+((x/C)^B)))+D,其中A是最小渐近线,B 是斜率因子,C是拐点
(EC50),且D是最大渐近线。
[0296] 如本文使用的,"ED50"是在50%的总群体(例如,样品中存在的C3总量)中产生指定结果(例如,补体蛋白C3的切割)的蛋白酶(例如,经修饰的MTSP-1蛋白酶) 剂量(例如,mg/kg或nM)。
[0297] 如本文使用的,当提及EC50、结合常数(Ka)或解离常数(Kd)、或ED50有效剂量使用时,“基本上相同的”意指Ka、Kd、EC50或ED50在比参考MTSP-1的Ka、Kd、 EC50或ED50大或小约5至5000倍内(比参考MTSP-1,即野生型MTSP-1大5-5000倍或小5-5000倍)。
[0298] 如本文使用的,术语“表面等离振子共振”指光学现象,其允许通过例如使用BIAcore 系统(GE Healthcare Life Sciences),检测生物传感器基质内的蛋白质浓度中
的改变来分析实时相互作用。
[0299] 如本文使用的,人蛋白质是由存在于人基因组中的核酸分子例如DNA编码的蛋白质,包括其所有等位基因变体和保守变体。如果修饰基于人蛋白质的野生型或显著序列,则蛋白质的变体或修饰是人蛋白质。
[0300] 如本文使用的,天然存在的α-氨基酸的残基是自然界中发现的那20种α-氨基酸的残基,其通过荷电的tRNA分子与其在人中的同源mRNA密码子的特异性识别而掺入蛋白质内。
[0301] 如本文使用的,非天然存在的氨基酸指并非遗传编码的氨基酸。
[0302] 如本文使用的,“核酸”指通常通过磷酸二酯键合连接在一起的至少两个连接的核苷酸或核苷酸衍生物,包括脱核糖核酸(DNA)和核糖核酸(RNA)及其类似物。术语“核酸”中还包括的是核酸的类似物,例如肽核酸(PNA)、硫代磷酸酯DNA、以及其它此类类似物和衍生物或其组合。核酸还包括DNA和RNA衍生物,其含有例如核苷酸类似物或除磷酸二酯键外的“主链”键,例如磷酸三酯键、氨基磷酸酯键、硫代磷酸酯键、硫酯键或肽键(肽核酸)。该术语还包括由核苷酸类似物、单链(有义或反义)和双链核酸制成的RNA或DNA的衍生物、变体
和类似物作为等价物。脱氧核糖核苷酸包括脱氧腺苷、脱氧胞苷、脱氧苷和脱氧胸苷。对于RNA,尿嘧啶碱基是尿苷。核酸可以是单链或双链的。当提及例如用可检测的标记,例如荧光或放射性标记任选地进行标记的探针或引物时,考虑单链分子。此类分子通常具有这样
的长度,使得其靶是统计学唯一的、或者具有低拷贝数(通常小于5,一般小于3)用于探测或引发文库。一般地,探针或引物含有与目的基因互补或等同的序列的至少14、16或30个邻接核苷酸。探针和引物可以长10、20、30、50、100个或更多个核苷酸。
[0303] 如本文使用的,分离的核酸分子是与存在于核酸分子的天然来源中的其它核酸分子分开的核酸分子。“分离的”核酸分子,例如cDNA分子,当通过重组技术生产时,可以基本上不含其它细胞材料或培养基,或者当化学合成时,可以基本上不含化学前体或其它化学
制品。本文提供的示例性的分离的核酸分子包括编码所提供的MTSP-1蛋白酶的分离的核酸
分子。
[0304] 如本文使用的,关于例如合成核酸分子或合成基因或合成肽的“合成的”指通过重组方法和/或通过化学合成方法产生的核酸分子或多肽分子。
[0305] 如本文使用的,“多肽”指共价连接的两个或更多个氨基酸。术语“多肽”和“蛋白质”在本文中可互换使用。
[0306] 如本文使用的,“肽”指长度为2至约或40个氨基酸的多肽。
[0307] 如本文使用的,根据其已知的三字母或单字母缩写(表2)来鉴定本文提供的氨基酸的各种序列中存在的氨基酸。各种核酸片段中存在的核苷酸用本领域常规使用的标准单
字母指名来指定。
[0308] 如本文使用的,“氨基酸”是含有氨基和羧酸基团的有机化合物。多肽含有两个或更多个氨基酸。为了本文的目的,氨基酸包括二十种天然存在的氨基酸(表2)、非天然氨基酸和氨基酸类似物(即,其中α-碳具有侧链的氨基酸)。
[0309] 如本文使用的,根据其众所周知的三字母或单字母缩写(参见表2)来鉴定本文多肽的各种氨基酸序列中存在的氨基酸。各种核酸分子和片段中存在的核苷酸用本领域常规
使用的标准单字母指名来指定。
[0310] 如本文使用的,“氨基酸残基”指多肽在其肽键合处化学消化(水解)时形成的氨基酸。本文所述的氨基酸残基假定为“L”异构体形式。如此指名的以“D”异构体形式的残基可以取代任何L-氨基酸残基,只要多肽保留所需的功能特性。NH2指存在于多肽的氨基末端处的游离氨基。COOH指存在于多肽的羧基末端处的游离羧基。与J.Biol.Chem., 243:3557-3559(1968)中描述的,并且在37C.F.R.§§1.821-1.822中修改的标准多肽命名法一致,关于氨基酸残基的缩写显示于表2中:
[0311] 表2–对应表
[0312]
[0313]
[0314] 本文中由式表示的氨基酸残基的所有序列具有在氨基末端至羧基末端的常规方向上从左到右的取向。另外,短语“氨基酸残基”定义为包括对应表(表2)中列出的氨基酸、经修饰的、非天然的和罕见的氨基酸。此外,在氨基酸残基序列的开始或结束处的破折号指示与一个或多个氨基酸残基的进一步序列、或者与氨基末端基团如NH2或羧基末端基团如
COOH的肽键。
[0315] 如本文使用的,“天然存在的氨基酸”指存在于多肽中的20种L-氨基酸。如本文使用的,天然存在的α-氨基酸的残基是自然界中发现的那20种α-氨基酸的残基,其通过荷电的tRNA分子与其在人中的同源mRNA密码子的特异性识别而掺入蛋白质内。
[0316] 如本文使用的,“非天然氨基酸”指有机化合物,其具有与天然氨基酸相似的结构,但已在结构上进行修饰,以模仿天然氨基酸的结构和反应性。因此,非天然存在的氨基酸包括例如除20种天然存在的氨基酸外的氨基酸或氨基酸类似物,并且包括但不限于氨基酸的D-立体异构体。示例性的非天然氨基酸是本领域技术人员已知的,并且包括但不限于对乙
酰基苯丙氨酸、对叠氮基苯丙氨酸、2-氨基己二酸(Aad)、3-氨基己二酸 (bAad)、β-丙氨酸/β-氨基丙酸(Bala)、2-氨基丁酸(Abu)、4-氨基丁酸/哌啶酸(4Abu)、 6-氨基己酸(Acp)、2-氨基庚酸(Ahe)、2-氨基异丁酸(Aib)、3-氨基异丁酸(Baib)、 2-氨基庚二酸(Apm)、2,4-二氨基丁酸(Dbu)、链素(Des)、2,2'-二氨基庚二酸(Dpm)、 2,3-二氨基丙酸(Dpr)、N-乙基甘氨酸(EtGly)、N-乙基天冬酰胺(EtAsn)、羟赖氨酸 (Hyl)、别羟赖氨酸(Ahyl)、3-羟脯氨酸(3Hyp)、4-羟脯氨酸(4Hyp)、异锁链素(Ide)、别异亮氨酸(Aile)、N-甲基甘氨酸、肌氨酸(MeGly)、N-甲基异亮氨酸(MeIle)、6-N- 甲基赖氨酸(MeLys)、N-甲基缬氨酸(MeVal)、正缬氨酸(Nva)、正亮氨酸(Nle)和鸟氨酸(Orn)。示例性的非天然氨基酸在本文中描述并且是本领域技术人员已知的。
[0317] 如本文使用的,等速(isokinetic)混合物是其中氨基酸的摩尔比已基于其报告的反应速率进行调整的混合物(参见例如Ostresh等人(1994)Biopolymers 34:1681)。
[0318] 如本文使用的,DNA构建体是单链或双链、线性或环状DNA分子,其含有以自然界中未发现的方式组合且并置的DNA片段。DNA构建体由于人为操纵而存在,并且包括所操纵分子的克隆及其它拷贝。
[0319] 如本文使用的,DNA区段是具有特定属性的较大DNA分子的一部分。例如,编码特定多肽的DNA区段是较长DNA分子,例如质粒或质粒片段的一部分,当从5'到3' 方向读取时,所述较长DNA分子编码特定多肽的氨基酸序列。
[0320] 如本文使用的,术语直向同源物(ortholog)意指从一个物种获得的多肽或蛋白质,所述多肽或蛋白质是来自不同物种的多肽或蛋白质的功能配对物。直向同源物中的序
列差异是物种形成的结果。
[0321] 如本文使用的,术语多核苷酸意指从5'到3'末端读取的脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸碱基的单链或双链聚合物。多核苷酸包括RNA和DNA,并且可以从天然来源中分离、在体外合成、或由天然和合成分子的组合制备。多核苷酸分子的长度在本文中根据核苷酸(缩写为“nt”)或碱基对(缩写为“bp”)给出。当上下文允许时,术语核苷酸用于单链和双链分子。
当将该术语应用于双链分子时,它用于表示全长,并且应理解为等价于术语碱基对。本领域技术人员将认识到,双链多核苷酸的两条链可以在长度中略微不同,并且其末端可以是交
错的;因此,双链多核苷酸分子内的所有核苷酸不能是配对的。此类非配对末端一般而言长度不超过20个核苷酸。
[0322] 如本文使用的,序列的比对指使用同源性来比对核苷酸或氨基酸的两个或更多个序列。通常,比对通过50%或更多同一性相关的两个或更多个序列。序列的比对集合指2 个或更多个序列,其在相应位置处比对,并且可以包括与基因组DNA序列比对的衍生自RNA,例如EST及其它cDNA的比对序列。相关或变体多肽或核酸分子可以通过本领域技术人员已知
的任何方法进行比对。此类方法通常使匹配达到最大,并且包括例如使用手动比对以及通
过使用众多可用的比对程序(例如,BLASTP)和本领域技术人员已知的其它方法。通过比对
多肽或核酸的序列,本领域技术人员可以使用保守且等同的氨基酸残基作为指导来鉴定类
似的部分或位置。进一步地,本领域技术人员还可以采用保守的氨基酸或核苷酸残基作为
指导,以在人和非人序列之间和之中找到相应的氨基酸或核苷酸残基。相应的位置也可以
基于结构比对,例如通过使用计算机模拟的蛋白质结构比对。在其它情况下,可以鉴定相应的区域。本领域技术人员还可以采用保守的氨基酸残基作为指导,以在人和非人序列之间
和之中找到相应的氨基酸残基。
[0323] 如本文使用的,“序列同一性”指在测试与参考多肽或多核苷酸之间的比较中,等同或相似的氨基酸或核苷酸碱基的数目。序列同一性可以通过核酸或蛋白质序列的序列比对以鉴定相似性或同一性区域进行确定。为了本文的目的,序列同一性一般通过比对以鉴
定等同残基进行确定。比对可以是局部的或总体的。可以在比较的序列之间鉴定匹配、错配和缺口。缺口是在比对序列的残基之间插入的空氨基酸或核苷酸,使得比对等同或相似的
字符。一般地,可能存在内部和末端缺口。序列同一性可以通过考虑缺口作为等同残基的数目/最短序列的长度x 100来确定。当使用缺口罚分时,可以确定序列同一性,而无关于末端缺口的罚分(例如,末端缺口不进行罚分)。可替代地,可以确定序列同一性,而不考虑缺口作为等同残基的数目/总比对序列的长度x 100。
[0324] 如本文使用的,“在对应于……的位置处”或核苷酸或氨基酸位置“对应于”公开序列中的核苷酸或氨基酸位置(例如序列表中所示)的叙述,指在使用标准比对算法(例如 GAP算法)与公开序列比对以使同一性达到最大时,所鉴定的核苷酸或氨基酸位置。为了本
文的目的,MTSP-1序列的比对是与SEQ ID NO:2中所示的人MTSP-1的蛋白酶结构域的氨基
酸序列,或特别是SEQ ID NO:4的参考MTSP-1。通过比对序列,本领域技术人员可以例如使用保守且等同的氨基酸残基作为指导来鉴定相应的残基。一般而言,为了鉴定相应位置,将氨基酸序列进行比对,使得获得最高级别的匹配(参见例如:Computational Molecular 
Biology,Lesk,A.M.,编辑,Oxford University Press,New York,1988;Biocomputing:
Informatics and Genome Projects,Smith,D.W.,编辑,Academic Press,New York,1993;
Computer Analysis of Sequence Data,Part I,Griffin,A.M.和 Griffin,H.G.,编辑,Humana Press,New Jersey,1994;Sequence Analysis in Molecular Biology,von 
Heinje,G.,Academic Press,1987;以及Sequence Analysis Primer,Gribskov, M.和Devereux,J.,编辑,M Stockton Press,New York,1991;以及Carillo等人(1988) SIAM J Applied Math 48:1073)。可替代地,技术人员可以按胰凝乳蛋白酶编号来编号残基,从而鉴定相应的残基。对于紧密相关的序列,不需要计算机算法。比对可以目视完成。
[0325] 如本文使用的,“总体比对”是从开始到末端比对两个序列的比对,每个序列中的每个字母仅比对一次。无论序列之间是否存在相似性或同一性,都产生比对。例如,基于“总体比对”的50%序列同一性意指在长度各100个核苷酸的两个比较序列的完全序列的比对中,其中50%的残基是相同的。应理解,即使比对序列的长度不是相同的,总体比对也可以用于确定序列同一性。在确定序列同一性中将考虑序列末端中的差异,除非选择“对于末端缺口无罚分”。一般地,总体比对用于在其大部分长度上共享显著相似性的序列。用于执行总体比对的示例性算法包括Needleman-Wunsch算法(Needleman等人  (1970)
J.Mol.Biol.48:443)。用于执行总体比对的示例性程序是可公开获得的,并且包括可在美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information) (NCBI)
网站(ncbi.nlm.nih.gov/)上可获得的“总体序列比对工具(Global Sequence Alignment 
Tool)”、以及可在deepc2.psi.iastate.edu/aat/align/align.html处获得的程序。
[0326] 如本文使用的,“局部比对”是比对两个序列,但仅比对序列中共享相似性或同一性的那些部分的比对。因此,局部比对确定一个序列的子区段是否存在于另一个序列中。如果不存在相似性,则不返回比对。局部比对算法包括BLAST或Smith-Waterman算法 (Adv.Appl.Math.2:482(1981))。例如,基于“局部比对”的50%序列同一性意指在任何长度的两个比较序列的完全序列的比对中,长度为100个核苷酸的相似性或同一性区域具有在
相似性或同一性区域中相同的50%残基。
[0327] 为了本文的目的,可以通过与由每个供应商确认的缺省缺口罚分一起使用的标准比对算法程序来确定序列同一性。关于GAP程序的缺省参数可以包括:(1)一元比较矩阵(对于同一性含有值1且对于非同一性含有值0)、以及Gribskov等人(1986)Nucl.Acids 
Res.14:6745的加权比较矩阵,如通过Schwartz和Dayhoff,编辑,Atlas of Protein 
Sequence and Structure,National Biomedical Research Foundation,第353-358页
(1979 年)所述;(2)对于每个缺口3.0的罚分以及对于每个缺口中的每个符号另外0.10的
罚分;以及(3)对于末端缺口无罚分。无论是任何两个核酸分子具有至少80%、85%、 90%、
95%、96%、97%、98%或99%“等同”的核苷酸序列,或任何两个多肽具有至少 80%、85%、
90%、95%、96%、97%、98%或99%“等同”的氨基酸序列,还是叙述百分比同一性的其它类似变化,都可以使用基于局部或总体比对的已知计算机算法来确定  (参见例如
wikipedia.org/wiki/Sequence_alignment_software,提供了关于许多已知和可公开获得
的比对数据库和程序的链接)。一般地,为了本文的目的,使用基于总体比对的计算机算法来确定序列同一性,所述计算机算法例如可从NCBI/BLAST (blast.ncbi.nlm.nih.gov/
Blast.cgi?CMD=Web&Page_TYPE=BlastHome)获得的 Needleman-Wunsch Global 
Sequence Alignment工具;LAlign(实现Huang和Miller算法 (Adv.Appl.Math.(1991)12:
337-357)的William Pearson);以及可在 deepc2.psi.iastate.edu/aat/align/
align.html处获得的来自Xiaoqui Huang的程序。一般地,当比较本文的核苷酸序列时,使用对于末端缺口具有罚分的比对。当待比较的序列基本上相同的长度时,也可以使用局部
比对。
[0328] 因此,如本文使用的,术语“同一性”代表测试与参考多肽或多核苷酸之间的比较或比对。在一个非限制性实例中,“与……至少90%等同”指相对于参考多肽或多核苷酸 90%至100%的百分比同一性。以90%或更高水平的同一性指示以下事实:假设为了例证目的,比较了100个氨基酸或核苷酸的测试和参考多肽或多核苷酸长度,测试多肽或多核苷酸中的不多于10%(即100个中的10个)的氨基酸或核苷酸不同于参考多肽的氨基酸或核苷
酸。可以在测试多核苷酸和参考多核苷酸之间进行相似的比较。此类差异可以表示为在氨
基酸序列的整个长度上随机分布的点突变,或者它们可以聚簇在一直到可允许的最大值的
不同长度的一个或多个位置中,例如10/100个氨基酸差异(大约90%同一性)。差异也可能
是由于氨基酸残基的缺失或截短。差异定义为核酸或氨基酸取代、插入或缺失。根据所比较序列的长度,在约85-90%以上的同源性或同一性水平下,结果可以不依赖于程序和缺口参数设置;经常无需依赖软件可以容易地评价如此高水平的同一性。
[0329] 如本文使用的,二硫键(也称为S-S键或二硫桥)是衍生自硫醇基团的偶联的单个共价键。蛋白质中的二硫键在半胱氨酸残基的巯基之间形成,并且稳定多肽结构域之间的
相互作用。
[0330] 如本文使用的,“偶联的”或“缀合的”意指经由共价或非共价相互作用附着。
[0331] 如本文使用的,“引物”指可以在适当条件下(例如,在四种不同的核苷三磷酸和聚合剂如DNA聚合酶、RNA聚合酶或逆转录酶的存在下),在适当的缓冲液中和在适当的温度下,充当模板指导的DNA合成的启动点的核酸分子。应了解某些核酸分子可以充当“探针”和“引物”。然而,引物具有3'羟基用于延伸。引物可以用于各种方法中,包括例如,聚合酶链反应(PCR)、逆转录酶(RT)-PCR、RNA PCR、LCR、多重PCR、锅柄PCR、捕获PCR、表达PCR、3'和5'RACE、原位PCR、连接介导的PCR及其它扩增方案。
[0332] 如本文使用的,“引物”指含有两个或更多个,通常多于三个脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸的寡核苷酸,引物延伸产物的合成可以由其启动。有助于合成的实验条件包括核苷三磷酸以及用于聚合和延伸的试剂,例如DNA聚合酶的存在,以及合适的缓冲液、温度和pH。
[0333] 如本文使用的,“引物对”指一组引物,其包括与待扩增(例如通过PCR)的序列的 5'末端杂交的5'(上游)引物、以及与待扩增序列的3'末端的互补物杂交的3'(下游) 引物。
[0334] 如本文使用的,“特异性杂交”指通过互补碱基配对,核酸分子(例如寡核苷酸)对靶核酸分子的退火。本领域技术人员熟悉影响特异性杂交的体外和体内参数,例如特定分子的长度和组成。与体外杂交特别相关的参数进一步包括退火和洗涤温度、缓冲液组成和
盐浓度。用于在高严格性下去除非特异性结合的核酸分子的示例性洗涤条件是0.1x SSPE、
0.1%SDS、65℃,且在中等严格性下是0.2x SSPE、0.1%SDS、50℃。等价严格条件是本领域已知的。技术人员可以容易地调整这些参数,以实现核酸分子与对于特定应用适当的靶核
酸分子的特异性杂交。
[0335] 如本文使用的,与产物基本上等同意指足够相似,使得目的特性足够不变,使得可以使用基本上等同的产物代替该产物。
[0336] 如本文使用的,还应理解,术语“基本上等同”或“相似”随上下文而变,如相关领域的技术人员理解的。
[0337] 如本文使用的,多肽或核酸分子的野生型形式是由基因或由基因编码的编码序列编码的形式。通常,基因或由其编码的分子的野生型形式不含改变功能或结构的突变或其
它修饰。术语野生型还涵盖在物种中和物种之间发生的具有等位基因变异的形式。
[0338] 如本文使用的,多肽或核酸分子的占优势形式指其为从基因产生的主要形式的分子形式。“占优势形式”因来源而异。例如,不同的细胞或组织类型可以产生不同形式的多肽,例如通过可变剪接和/或可变蛋白质加工。在每种细胞或组织类型中,不同的多肽可以是“占优势形式”。
[0339] 如本文使用的,等位基因变体或等位基因变异指占据相同染色体基因座的基因的两种或更多种可变形式中的任一种。等位基因变异通过突变自然地出现,并且可以导致种
群体内的表型多态性。基因突变可以是沉默的(编码多肽中无变化),或可以编码具有改变
的氨基酸序列的多肽。术语“等位基因变体”在本文中还用于表示由基因的等位基因变体编码的蛋白质。通常,基因的参考形式编码来自物种的群体或单个参考成员的多肽的野生型
形式和/或占优势形式。通常,包括物种之间和物种中的变体的等位基因变体,与来自相同物种的野生型和/或占优势形式具有至少80%、90%或更大的氨基酸同一性;同一性的程度取决于基因,以及比较是种间还是种内。一般地,种内等位基因变体与野生型和/或占优势形式具有至少或至少约80%、85%、90%或95%或更大的同一性,包括与多肽的野生型和/或占优势形式至少或至少约96%、97%、98%、99%或更大的同一性。
[0340] 如本文使用的,在本文中与“等位基因变体”可互换使用的“等位基因”,指基因或其一部分的可变形式。等位基因在同源染色体上占据相同的基因座或位置。当对象具有一个基因的两个等同的等位基因时,该对象被说成对于该基因或等位基因是纯合的。当对象
具有一个基因的两个不同的等位基因时,该对象被说成对于该基因是杂合的。特定基因的
等位基因可以在单个核苷酸或几个核苷酸中彼此不同,并且可以包括核苷酸的取代、缺失
和插入。基因的等位基因也可以是含有突变的基因形式。
[0341] 如本文使用的,物种变体指不同物种中的多肽中的变体,所述不同物种包括不同的哺乳动物物种,例如小鼠和人。一般地,物种变体具有约或至少70%、75%、80%、85%、 
90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%或更多的序列同一性。物种变体之间和之中的相应残基可以通过以下来确定:比较且比对序列以使匹配核苷酸或残基的数
目达到最大,例如,使得序列之间的同一性等于或大于95%、等于或大于 96%、等于或大于
97%、等于或大于98%、或者等于或大于99%。然后将目的位置给予参考核酸分子中分配的编号。比对可以手动或目测完成,特别是当序列同一性大于80%时。
[0342] 如本文使用的,剪接变体指通过基因组DNA的初级转录物的差异加工产生的变体,其导致多于一个类型的mRNA。
[0343] 如本文使用的,修饰指多肽的氨基酸序列或核酸分子中的核苷酸序列的修饰,并且分别包括氨基酸和核苷酸的缺失、插入和替换。
[0344] 为了本文的目的,可以在MTSP-1多肽或其催化活性片段的任一个中制备氨基酸取代、缺失和/或插入,条件是所得到的蛋白质显示出蛋白酶活性或其它活性(或者,需要时,可以进行此类改变以消除活性)。可以通过制备保守的氨基酸取代以及非保守的氨基酸取
代来进行修饰。例如,可以制备期望地或有利地改变蛋白质特性的氨基酸取代。在一个实施方案中,可以制备预防多肽降解的突变。许多蛋白酶在碱性残基(例如R 和K)之后切割;为了消除此类切割,将碱性残基替换为非碱性残基。通过在抑制剂与蛋白酶相互作用的位点
处实现非保守性改变,可以阻断蛋白酶与抑制剂的相互作用,同时保留催化活性。还可以改变其它活性。例如,可以改变受体结合而不改变催化活性。
[0345] 考虑的氨基酸取代包括保守取代,例如表3中列出的那些,其不消除蛋白酶解活性。如本文所述,还考虑了改变蛋白质特性,例如去除切割位点及其它此类位点的取代;此类取代一般是非保守的,但可以通过本领域技术人员容易地实现。
[0346] 如本文使用的,氨基酸的合适的保守取代是本领域技术人员已知的,并且一般可以在不改变所得到的分子的生物活性的情况下进行。一般而言,本领域技术人员认识到多
肽的非必需区中的单个氨基酸取代基本上不改变生物活性(参见例如,Watson等人
Molecular Biology of the Gene,第4版,1987,The Benjamin/Cummings Pub.Co.,第224 页)。可以按照如下表3中所示的那些制备此类取代:
[0347]
[0348] 其它取代也是允许的,并且可以凭经验或根据已知的保守取代来确定。
[0349] 如本文使用的,术语启动子意指含有DNA序列的基因的一部分,所述DNA序列提供用于RNA聚合酶的结合和转录的启动。启动子序列通常但并一定在基因的5'非编码区中发
现。
[0350] 如本文使用的,分离或纯化的多肽或蛋白质或其生物活性部分基本上不含来自蛋白质由其衍生的组织的细胞的细胞材料或其它污染性蛋白质、或当化学合成时基本上不含
化学前体或其它化学制品。如果制剂看起来不含可容易检测的杂质,如通过标准分析方法,例如由本领域技术人员用于评价此类纯度的薄层色谱(TLC)、凝胶电泳和高效液相色谱
(HPLC)确定的,则该制剂可以确定为基本上不含杂质,或足够纯使得进一步纯化不会可检
测地改变该物质的物理和化学特性,例如酶促活性和生物活性。用于化合物纯化以产生基
本上化学纯的化合物的方法是本领域技术人员已知的。然而,基本上化学纯的化合物可以
是立体异构体的混合物。在此类情况下,进一步纯化可能增加化合物的比活性。
[0351] 术语基本上不含细胞材料包括蛋白质制剂,其中蛋白质与它从其中分离或重组产生的细胞的细胞组分分开。在一个实施方案中,术语基本上不含细胞材料包括具有小于约 
30%(以干重计)的非蛋白酶蛋白(在本文中也称为污染性蛋白质),一般小于约20%的非蛋
白酶蛋白、或10%的非蛋白酶蛋白或小于约5%的非蛋白酶蛋白的制剂。当蛋白酶蛋白或其活性部分重组产生时,它也基本上不含培养基,即,培养基占蛋白酶蛋白制剂体积的小于、约或等于20%、10%或5%。
[0352] 如本文使用的,术语基本不含化学前体或其它化学制品包括蛋白酶蛋白质的制剂,其中蛋白质与蛋白质合成中涉及的化学前体或其它化学制品分开。该术语包括具有小
于约30%(以干重计)、20%、10%、5%或更少的化学前体或非蛋白酶化学制品或组分的蛋白酶蛋白制剂。
[0353] 如本文使用的,通过使用重组DNA方法经由重组手段的生产指使用分子生物学的众所周知用于表达由克隆DNA编码的蛋白质的方法。
[0354] 如本文使用的,“表达”指通过多核苷酸的转录和翻译产生多肽的过程。可以使用本领域已知的任何方法来评价多肽的表达水平,所述方法包括例如确定从宿主细胞产生的多肽的量的方法。此类方法可以包括但不限于通过ELISA、凝胶电泳后的考马斯蓝染色、 
Lowry蛋白测定和Bradford蛋白测定定量细胞裂解产物中的多肽。
[0355] 如本文使用的,“宿主细胞”是用于接受、维持、繁殖和/或扩增载体的细胞。宿主细胞也可以用于表达由载体编码的多肽。当宿主细胞分裂时,载体中包含的核酸被复制,从而扩增核酸。
[0356] 如本文使用的,“载体”或“质粒”是可复制的核酸,当将载体转化到适当的宿主细胞内时,可以由所述可复制的核酸表达一种或多种异源蛋白质。提及载体包括离散元件,其用于将异源核酸引入细胞内用于其表达或复制。提及载体还包括这样的载体,其中通常可以通过限制性消化和连接将编码多肽或其片段的核酸引入其内。提及载体还包括含有编码
蛋白酶如经修饰的MTSP-1的核酸的那些载体。载体用于将编码多肽的核酸引入宿主细胞
内,用于扩增核酸或用于表达/展示由核酸编码的多肽。载体通常保持游离,但可以设计为实现基因或其一部分整合到基因组的染色体内。还考虑的是其为人工染色体,例如酵母人
工染色体和哺乳动物人工染色体的载体。此类媒介物的选择和使用是本领域技术人员众所
周知的。载体还包括“病毒载体(virus vector)”和“病毒载体(viral vector)”。
[0357] 如本文使用的,“表达载体”包括能够表达DNA的载体,所述DNA与调节序列例如启动子区可操作地连接,所述调节序列能够实现此类DNA片段的表达。此类另外的区段可以包括启动子和终止子序列,并且可以任选地包括一个或多个复制起点、一种或多种可选择标记物、增强子、聚腺苷酸化信号等等。表达载体一般衍生自质粒或病毒 DNA,或可以包含两者的元件。因此,表达载体指重组DNA或RNA构建体,例如质粒、噬菌体、重组病毒或其它载体,其在引入适当的宿主细胞内后导致克隆DNA的表达。适当的表达载体是本领域技术人员众所周知的,并且包括在真核细胞和/或原核细胞中可复制的那些以及保持游离的那些或
整合到宿主细胞基因组内的那些。
[0358] 如本文使用的,载体还包括“病毒载体(virus vector)”或“病毒载体(viral vector)”。病毒载体是真核和原核的经改造的病毒,其可以含有异源核酸,以实现其在宿主细胞中的转移和表达。基于通过载体由其衍生的病毒感染的宿主、以及识别病毒启动子的
RNA 聚合酶的类型(真核或原核),将病毒载体表征为真核和原核的。因此,例如,衍生自腺病毒的载体是真核载体。
[0359] 如本文使用的,腺病毒指引起人中的结膜炎和上呼吸道感染的一组含DNA病毒中的任一种。如本文使用的,裸DNA指可以用于疫苗和基因疗法的无组蛋白的DNA。裸 DNA是在称为转化的基因转移过程中从细胞传递到细胞的遗传材料。在转化中,纯化或裸DNA被受体细胞吸收,这给予受体细胞新的特征或表型。
[0360] 如本文使用的,关于核酸序列、区域、元件或结构域的“可操作地连接的”意指核酸区域在功能上彼此相关。例如,编码前导肽的核酸可以与编码多肽的核酸可操作地连接,由此核酸可以被转录且翻译,以表达功能性融合蛋白,其中前导肽影响融合多肽的分泌。在一些情况下,编码第一多肽(例如前导肽)的核酸与编码第二多肽的核酸可操作地连接,并且将核酸转录为单个mRNA转录物,但mRNA转录物的翻译可以导致待表达的两种多肽之一。例
如,琥珀终止密码子(amber stop codon)可以位于编码第一多肽的核酸和编码第二多肽的
核酸之间,使得当引入部分琥珀抑制细胞内时,所得到的单个 mRNA转录物可以被翻译,以产生含有第一多肽和第二多肽的融合蛋白,或者可以被翻译以仅产生第一多肽。在另一个
实例中,启动子可以与编码多肽的核酸可操作地连接,由此该启动子调节或介导核酸的转
录。
[0361] 如本文使用的,“一级序列”指多肽中的氨基酸残基序列或核酸分子中的核苷酸序列。
[0362] 如本文使用的,蛋白质结合序列指一般能够与其它蛋白质或肽序列、蛋白质或肽序列集合、或者特定蛋白质或肽序列特异性结合的蛋白质或肽序列。
[0363] 如本文使用的,“标签”或“表位标签”指通常加入多肽例如本文提供的MTSP-1的N 末端或C末端的氨基酸序列。与多肽融合的标签的包括可以促进多肽的纯化和/或检测。通常,标签或标签多肽指这样的多肽,其具有足够残基以提供由抗体识别的表位或可以作用
于检测或纯化,而又足够短使得它不干扰它与之连接的多肽的活性。标签多肽通常是足够
独特的,使得与其特异性结合的抗体基本上不与它与之连接的多肽中的表位交叉反应。加
上表位标签的蛋白质可以使用针对标签产生的高度特异性抗体进行亲和纯化。
[0364] 合适的标签多肽一般具有至少5或6个氨基酸残基,并且通常在约8-50个氨基酸残基之间,通常在9-30个残基之间。标签可以与一种或多种蛋白质连接,并且允许蛋白质的检测或者其从样品或混合物中的回收。此类标签是众所周知的,并且可以容易地合成且设计。
示例性的标签多肽包括用于亲和纯化的那些,并且包括小泛素样修饰物 (SUMO)标签、FLAG标签、His标签、流感血凝素(HA)标签多肽及其抗体12CA5  ((Field等人(1988)
Mol.Cell.Biol.8:2159-2165);c-myc标签以及针对其的8F9、 3C7、6E10、G4、B7和9E10抗体(参见例如Evan等人(1985)Molecular and Cellular Biology 5:3610-3616);以及单纯疱疹病毒糖蛋白D(gD)标签及其抗体(Paborsky 等人(1990)Protein Engineering 3:547-
553)。用于检测加上表位标签的抗体的抗体在本文中通常被称为第二抗体。
[0365] 如本文使用的,金属结合序列指一般能够与金属离子、金属离子集合或特定金属离子特异性结合的蛋白质或肽序列。
[0366] 如本文使用的,在获得关于样品中存在的蛋白酶或其结构域的活性的绝对值,以及获得指数、比率、百分比、指示活性水平的目测值或其它值的意义上,术语评价预期包括定量和定性确定。评价可以是直接的或间接的,并且实际上检测到的化学种类当然无需是
蛋白酶解产物本身,而可以例如是其衍生物或一些进一步的物质。例如,例如通过 SDS-
PAGE和用考马斯蓝的蛋白质染色检测补体蛋白的切割产物。
[0367] 如本文使用的,生物活性指化合物的体内活性或在化合物、组合物或其它混合物的体内施用时产生的生理应答。因此,生物活性涵盖此类化合物、组合物和混合物的疗效和药物活性。可以在设计为测试或使用此类活性的体外系统中观察到生物活性。因此,为了本文的目的,蛋白酶的生物活性是其中多肽水解的其催化活性。
[0368] 如本文使用的,当提及核酸的两个序列时,意指所讨论的两个序列编码相同的氨基酸序列或等价蛋白质。当在提及两种蛋白质或肽中使用等价物时,意指这两种蛋白质或
肽具有基本上相同的氨基酸序列,仅具有基本上不改变蛋白质或肽的活性或功能的氨基酸
取代(例如但不限于保守性改变,例如表上3中所示的那些)。当等价物指特性时,该特性无需以相同的程度存在(例如,两种肽可以显示出相同类型的酶促活性的不同速率),但活性
通常是基本上相同的。当提及两个核苷酸序列时,互补意指两个核苷酸序列能够杂交,通常在相对的核苷酸之间具有小于25%、15%或5%的错配。必要时,将指定互补性百分比。通常,这样选择两个分子,使得它们在高严格性的条件下杂交。
[0369] 如本文使用的,调节蛋白质活性或者基因或核酸表达的试剂降低或增加或以其它方式改变蛋白质的活性、或者以某种方式上调或下调或以其它方式改变细胞中的核酸表
达。
[0370] 如本文使用的,“嵌合蛋白”或“融合蛋白”蛋白酶指与不同多肽可操作地连接的多肽。本文提供的嵌合蛋白或融合蛋白可以包括一种或多种蛋白酶或其一部分,例如其单链蛋白酶结构域,以及关于任何一种或多种转录/翻译控制信号、信号序列、用于定位的标签、用于纯化的标签、免疫球蛋白G的结构域的部分和/或靶向剂的一种或多种其它多肽。这些
嵌合蛋白或融合蛋白包括通过重组手段作为融合蛋白产生的那些,通过化学手段(例如通
过化学偶联,通过例如与巯基的偶联)产生的那些,以及通过由此至少一种蛋白酶或其一部分,经由接头与另一种多肽直接或间接连接的任何其它方法产生的那些。
[0371] 如本文使用的,当提及融合蛋白时,可操作地连接指在框内彼此融合的蛋白酶多肽和非蛋白酶多肽。非蛋白酶多肽可以与蛋白酶多肽的N末端或C末端融合。
[0372] 如本文使用的,靶向剂是提供缀合物与细胞表面受体的特异性结合的任何部分,例如蛋白质或其有效部分,其在一些情况下可以使结合的缀合物或其一部分内在化。靶向
剂也可以是促进或促成以下的试剂:例如缀合物的亲和力分离或纯化;缀合物与表面的附
着;或者缀合物或含有缀合物的复合物的检测。
[0373] 如本文使用的,“接头”指连接两个多肽(或编码此类多肽的核酸)的氨基酸的短序列。“肽接头”指连接两个多肽序列的氨基酸的短序列。多肽接头的示例是连接合成抗体片段(例如scFv片段)中的两条抗体链的接头。接头是众所周知的,并且在提供的方法中可以使用任何已知的接头。多肽接头的示例是(Gly-Ser)n氨基酸序列,其中一些 Glu或Lys残基分散在各处以增加溶解度。本文描述了其它示例性的接头;这些及其它已知的接头中的任
一种都可以与所提供的组合物和方法一起使用。
[0374] 如本文使用的,分子的衍生物或类似物指衍生自该分子的一部分或该分子的修饰形式。
[0375] 如本文使用的,“疾病或病症”指生物中起因于原因或状况的病理状况,包括但不限于感染、获得性状况、遗传状况、与环境暴露和人类行为有关的状况、以及通过可识别的症状表征的状况。疾病或病症包括临床诊断的疾病以及尚未诊断为临床疾病的生物的正常状态中的破坏。本文感兴趣的疾病和病症是涉及补体活化的那些,包括由补体活化介导的
那些、以及其中补体活化在病因学或病理学中发挥作用的那些。本文感兴趣的疾病和病症
包括通过补体活化表征的那些疾病和病症(例如,年龄相关性黄斑变性和肾移植物功能延
迟恢复)。
[0376] 如本文使用的,当视网膜的小的中央部分(称为黄斑)退化时,发生黄斑变性。存在两种类型的AMD:干性(萎缩性)和湿性(新生血管性或渗出性)。大多数AMD作为干型开始,并且在10-20%的个体中,它进展为湿型。年龄相关性黄斑变性总是双侧的(即,在两只眼中发生),但在两只眼中不一定以相同的速度进展。
[0377] 如本文使用的,年龄相关性黄斑变性(AMD)是引起老年人中的视觉损伤和失明的炎性疾病。补体系统的蛋白质对这种疾病的发展是关键的。AMD中的局部和全身性炎症由补体系统的替代途径的失调作用介导。
[0378] 如本文使用的,移植物功能延迟恢复(DGF)是急性肾损伤(AKI)的表现,具有移植过程特有的属性。它在移植手术后发生。移植物功能延迟恢复(DGF)是经常定义为在移植后的第一周期间需要透析的常见并发症。第三补体组分C3(C3)的内在肾合成通过引发T细胞
介导的应答而促成急性排斥。例如,在脑死亡的供体中,局部肾C3 水平在获取时较高,并且与移植后14天的肾功能负相关。
[0379] 如本文使用的,补体介导的疾病或病症是这样的任何病症,其中由于补体蛋白或补体相关蛋白的不存在或存在、或者补体或补体相关蛋白的活化或失活,任何一种或多种
补体蛋白在疾病中发挥作用。在一些实施方案中,补体介导的病症是由于补体蛋白中的缺
乏的病症。在如本文所述的其它实施方案中,补体介导的病症是由于补体蛋白的活化或过
活化的病症。补体介导的病症也是由于任何一种或多种补体蛋白的存在和/或补体途径的
持续活化的病症。如本文使用的,“黄斑变性有关病症”指其中视网膜黄斑变性或变得功能失调的许多状况中的任一种(例如,由于黄斑细胞生长的降低、黄斑细胞(例如,RPE细胞)的死亡增加或重排、正常生物学功能的丧失或这些事件的组合)。黄斑变性导致正常黄斑的细胞和/或细胞外基质的组织体系结构的完整性丧失和/或黄斑细胞的功能丧失。黄斑变性有
关病症的实例包括年龄相关性黄斑变性(AMD)、地图状萎缩 (GA)、北卡罗林纳黄斑营养不
良(North Carolina macular dystrophy)、Sorsby氏眼底营养不良、斯塔加特氏病、图样营养不良(pattern dystrophy)、贝斯特病(Best disease)、显性玻璃疣和malattia 
leventinese(放射状玻璃疣)。黄斑变性有关病症还涵盖在黄斑功能障碍和/或变性之前或
之后发生的黄斑外变化。因此,术语“黄斑变性有关病症”还广泛地包括改变或损害黄斑的完整性或功能的任何状况(例如,对RPE或布鲁赫膜的损害)。例如,该术语涵盖视网膜脱离、脉络膜视网膜变性、视网膜变性、光感受器变性、 RPE变性、粘多糖贮积症、视杆视锥萎缩和视锥变性。
[0380] 本文所述的黄斑变性有关病症包括AMD,例如通过抗VEGF治疗(例如抗VEGF 抗体)或激光治疗或植入式望远镜治疗的黄斑变性有关病症。
[0381] 如本文使用的,“治疗”患有疾病或状况的对象意指对象的症状在治疗后得到部分或全部减轻、或者保持静态。因此,治疗涵盖预防、治疗和/或治愈。预防指防止潜在的疾病和/或防止症状恶化或疾病进展。治疗还涵盖本文提供的经修饰的MTSP-1多肽和组合物的任何药物用途。
[0382] 如本文使用的,“防止”或“预防”指其中减少发展疾病或状况的风险或可能性的方法。
[0383] 如本文使用的,“治疗试剂”、治疗方案、放射防护剂或化学治疗剂意指本领域技术人员已知的常规药物和药物疗法,包括疫苗。放射治疗试剂是本领域众所周知的。
[0384] 如本文使用的,“治疗”意指其中状况、病症或疾病的症状得到改善或以其它方式有益地改变的任何方式。治疗还涵盖本文组合物的任何药物用途。
[0385] 如本文使用的,通过治疗(例如通过施用药物组合物或其它治疗剂)来“改善特定疾病或病症的症状”指症状的任何减轻,无论是永久的还是暂时的、持久的还是瞬时的,所述减轻可以归于组合物或治疗剂的施用或者与组合物或治疗剂的施用相关。
[0386] 如本文使用的,“药学有效试剂”包括任何治疗试剂或生物活性剂,包括但不限于例如麻醉剂、血管收缩剂、分散剂和常规治疗药物包括小分子药物和治疗性蛋白。
[0387] 如本文使用的,用于治疗特定疾病的化合物或组合物的“有效量”是足以改善或以某种方式减少与该疾病相关的症状的量。此类量可以作为单一剂量施用或可以根据它由此是有效的方案施用。该量可以治愈疾病,但通常施用以便改善疾病的症状。通常,需要重复施用以达到所需的症状改善。
[0388] 如本文使用的,“治疗有效量”或“治疗有效剂量”指在施用于对象后,至少足以产生疗效的试剂、化合物、材料或包含化合物的组合物的数量。因此,它是对于预防、治愈、改善、阻止或部分阻止疾病或病症的症状所必需的数量。
[0389] 如本文使用的,“疗效”意指起因于对象的治疗的效应,其改变,通常改进或改善疾病或状况的症状,或者治愈疾病或状况。
[0390] 如本文使用的,“预防有效量”或“预防有效剂量”指试剂、化合物、材料或包含化合物的组合物的数量,当施用于对象时,所述数量具有预期的预防效应,例如预防或延迟疾病或症状的发作或复发、减少疾病或症状的发作或复发的可能性、或减少病毒感染的发生率。完全预防效应不一定通过一个剂量的施用而发生,并且可以仅在一系列剂量施用后发生。
因此,预防有效量可以在一次或多次施用中进行施用。
[0391] 如本文使用的,“非补体蛋白酶例如经修饰的MTSP-1蛋白酶的施用”,指其中非补体蛋白酶与其底物接触的任何方法。施用可以在体内或离体或在体外实现。例如,对于离体施用,从对象中取出体液如血液,并且使其在体外与经修饰的非补体蛋白酶例如经修饰的MTSP-1蛋白酶接触。对于体内施用,可以例如通过局限性、局部、全身和/或其它引入途径,将经修饰的非补体蛋白酶例如经修饰的MTSP-1蛋白酶引入体内。体外施用涵盖方法,例如
细胞培养方法。
[0392] 如本文使用的,“单位剂型”指适合于人和动物对象,并且如本领域中已知的个别包装的物理上离散的单位。
[0393] 如本文使用的,待治疗的“患者”或“对象”包括人和人或非人动物。哺乳动物包括;灵长类动物,例如人、黑猩猩、大猩猩和猴;驯养动物,例如犬、马、猫、猪、山羊和牛;以及啮齿类动物,例如小鼠、大鼠、仓鼠和沙鼠。
[0394] 如本文使用的,“组合”指两个或更多个项目之间或之中的任何关联。该关联可以是空间上的,或指两个或更多个项目为了共同目的的使用。组合可以是两个或更多个分开的项目,例如两种组合物或两个集合、其混合物例如两个或更多个项目的单个混合物、或其任何变化。组合的元件一般在功能上相关或有关。
[0395] 如本文使用的,“组合物”指两种或更多种产物或化合物(例如,试剂、调节物、调节剂等)的任何混合物。它可以是溶液、悬浮液、液体、粉末、糊剂、水性或非水性制剂或其任何组合。
[0396] 如本文使用的,稳定剂指加入制剂中以保护抗体或缀合物的化合物,例如在本文的制剂在其下贮存或使用的条件(例如温度)下。因此,包括的是防止蛋白质从组合物中的
其它组分降解的试剂。此类试剂的示例是氨基酸、氨基酸衍生物、胺、糖、多元醇、盐和缓冲剂、表面活性剂、抑制剂或底物以及如本文所述的其它试剂。
[0397] 如本文使用的,“流体”指可以流动的任何组合物。因此,流体涵盖以半固体、糊剂、溶液、水性混合物、凝胶、洗剂、乳膏及其它此类组合物的形式的组合物。
[0398] 如本文使用的,“制造物品”是制备且销售的产物。如本申请自始至终使用的,该术语预期涵盖在相同或分开的包装物品中包含的治疗试剂连同经修饰的MTSP-1多肽或核酸分子。
[0399] 如本文使用的,“试剂盒”指包装的组合,任选地包括试剂及其它产物和/或组分,用于实践使用组合元件的方法。例如,提供了试剂盒,其含有经修饰的蛋白酶多肽(例如本文提供的经修饰的MTSP-1蛋白酶)、或本文提供的核酸分子,以及用于包括但不限于施用、诊断和评价生物活性或特性的目的的另一项。试剂盒任选地包括使用说明书
[0400] 如本文使用的,“细胞提取物”指由裂解或破坏的细胞制备的制剂或级分。
[0401] 如本文使用的,“动物”包括任何动物,例如但不限于;灵长类动物,包括人、大猩猩和猴;啮齿类动物,例如小鼠和大鼠;禽类,例如鸡;反刍动物,例如山羊、牛、鹿和绵羊。非人动物排除包括人作为考虑的动物。本文提供的蛋白酶来自任何来源,动物、植物、原核生物和真菌。大多数蛋白酶具有动物来源,包括哺乳动物来源。
[0402] 如本文使用的,“单一剂量”制剂指含有用于直接施用的单一剂量的治疗试剂的制剂。单一剂量制剂一般不含任何防腐剂
[0403] 如本文使用的,多剂量制剂指含有多重剂量的治疗试剂,并且可以直接施用以提供几个单一剂量的治疗试剂的制剂。剂量可以经过几分钟、几小时、几周、几天或几个月的过程施用。多剂量制剂可以允许剂量调整、剂量合并和/或剂量拆分。由于多剂量制剂在一段时间内使用,因此它们一般含有一种或多种防腐剂,以防止微生物生长。
[0404] 如本文使用的,“对照”或“标准”指与测试样品基本上等同的样品,不同之处在于它未用测试参数进行处理,或者,如果它是血浆样品,则它可以来自不受感兴趣的状况影响的正常志愿者。对照也可以是内部对照。例如,对照可以是具有已知特性或活性的样品,例如病毒。
[0405] 如本文使用的,单数形式的“一个”、“一种”和“该/所述”包括复数指示物,除非上下文另有明确说明。因此,例如,对“一种”试剂的提及包括一种或多种试剂。
[0406] 如本文使用的,除非明确指示仅指替代方案或者替代方案是相互排斥的,否则术语“或”用于意指“和/或”。
[0407] 如本文使用的,范围和量可以表示为“约”特定值或范围。约还包括确切的量。因此,“约5个碱基”意指“约5个碱基”以及“5个碱基”。
[0408] 如本文使用的,“任选的”或“任选地”意指随后描述的事件或情况的确发生或不发生,并且该描述包括其中所述事件或情况发生的情形、以及其中它不发生的情形。例如,任选取代的基团意指该基团是未取代的或取代的。
[0409] 如本文使用的,除非另有指示,否则关于任何保护基、氨基酸及其它化合物的缩写都按照它们的常见用法、公认的缩写或IUPAC-IUB生化命名委员会(Commission on Biochemical Nomenclature)(参见(1972)Biochem.11:1726)。
[0410] 为了公开起见且不作为限制,详细描述被分为随后的小节。
[0411] B.MTSP-1的结构和功能
[0412] MTSP-1(也称为matriptase、TADG-15、致瘤性抑制基因14、ST14;参见SEQ ID NO:1、2以及GenBank登录号:AF118224和AAD42765;美国专利号5,792,616;还参见Takeuchi
(1999)Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.96:11054-1161)是丝氨酸蛋白酶,其切割含有氨基酸
序列P4(Arg/Lys)-P3(X)-P2(Ser)-P1(Arg)-P1’(Ala)和P4 (X)-P3(Arg/Lys)-P2(Ser)-P1
(Arg)-P1’(Ala)的蛋白质,其中X对应于非碱性氨基酸(Takeuchi(2000)J Biol Chem 275
(34):26333-42),并且可以切割在其P1 位点处具有精氨酸或赖氨酸残基的各种合成底物。
MTSP-1具有至少三种已知的生理底物,包括尿激酶型纤溶酶原激活物(u-PA)、肝细胞生长
因子(HGF)/散射因子和蛋白酶活化受体2(PAR-2)(Takeuchi(2000)J Biol Chem 275(34):
26333-42;Lee等人 (2000)J Biol Chem 275:36720-36725)。MTSP-1在上皮细胞和许多癌组织中发现。 MTSP-1涉及正常的胚胎发育。MTSP-1与E-粘附素共定位,所述E-粘附素是对于小鼠中的正常胚胎发育所必需的紧密连接分子。
[0413] 本文提供的是经修饰的膜型丝氨酸蛋白酶1(MTSP-1)多肽,其这样进行修饰,使得它们切割C3中的抑制序列,使得抑制C3活化成C3a和C3b片段。本文提供的经修饰的MTSP-1
多肽的活性/特异性是这样的,使得与特别是具有SEQ ID NO:1-4中任一个的未经修饰的
MTSP-1多肽相比,它们以更大的活性和/或特异性或kcat/Km切割C3。对于未经修饰的MTSP-1多肽的生理底物,例如蛋白酶活化受体2(PAR-2)、尿激酶型纤溶酶原激活物(uPA)和/或肝
细胞生长因子(HGF),经修饰的MTSP-1多肽也可以具有减少的活性或特异性或两者。因此,本文提供的经修饰的MTSP-1多肽抑制补体途径中的补体活化。与其它MTSP-1底物例如蛋白
酶活化受体2(PAR-2)、尿激酶型纤溶酶原激活物(uPA)和/或肝细胞生长因子(HGF)相比,经修饰的MTSP-1多肽还显示出对于切割C3的选择性增加。因此,本文提供的经修饰的MTSP-1
多肽并未显示出针对生理学天然MTSP-1底物的不需要的切割活性,使得它们并未显示出不
期望的副作用
[0414] 1.丝氨酸蛋白酶
[0415] 丝氨酸蛋白酶(SP)包括分泌的酶和在细胞质贮存细胞器中隔离的酶,具有各种生理作用,包括在血液凝固伤口愈合、消化、消化、免疫应答以及肿瘤侵袭和转移中的作用。
例如,胰凝乳蛋白酶、胰蛋白酶和弹性蛋白酶在消化道中起作用;因子10、因子11、凝血酶和纤溶酶涉及凝血和伤口愈合;并且C1r、C1s和C3转化酶在补体活化中发挥作用。
[0416] 指名为II型跨膜丝氨酸蛋白酶的一类细胞表面蛋白是具有细胞外结构域的膜锚定蛋白的蛋白酶。作为细胞表面蛋白,它们在细胞内信号转导和介导细胞表面蛋白酶解事
件中发挥作用。其它丝氨酸蛋白酶是膜结合的,并且以类似方式起作用。其它是分泌的。许多丝氨酸蛋白酶在结合细胞表面受体时发挥其活性,并且因此在细胞表面处起作用。细胞
表面蛋白酶解是用于生成介导各种细胞功能的生物活性蛋白的机制。
[0417] 丝氨酸蛋白酶,包括分泌的和跨膜的丝氨酸蛋白酶,涉及包括肿瘤形成和进展的过程。尽管这些蛋白酶的确切作用尚未完全阐明,但丝氨酸蛋白酶及其抑制剂涉及许多细
胞内和细胞外生理过程的控制,包括在癌细胞侵袭和转移扩散中的降解作用、以及涉及肿
瘤进展的肿瘤新生血管形成。蛋白酶涉及细胞外基质(ECM)的降解和重塑且促成组织重塑,并且对于癌症侵袭和转移是必需的。一些蛋白酶的活性和/或表达已显示与肿瘤的进展和
发展相关联。
[0418] 已鉴定了多于20个丝氨酸蛋白酶家族(表示为S1-S27),并且基于结构相似性及其它功能证据(Rawlings ND等人(1994)Meth.Enzymol.244:19-61),将它们分组成 6个氏族
(clan)(SA、SB、SC、SE、SF和SG)。在几种丝氨酸肽酶的反应机制中存在相似性。胰凝乳蛋白酶、枯草杆菌蛋白酶和羧肽酶C氏族具有共同的丝氨酸、天冬氨酸和组氨酸催化三联体:丝氨酸充当亲核试剂,天冬氨酸充当亲电子试剂,且组氨酸充当碱。尽管蛋白质折叠不同,但催化残基的几何取向在家族之间是相似的。催化残基的线性排列通常反映氏族关系。例如,胰凝乳蛋白酶氏族(SA)中的催化三联体是有序的HDS,但在枯草杆菌蛋白酶氏族(SB)中是
有序的DHS,且在羧肽酶氏族(SC) 中是SDH。
[0419] 胰凝乳蛋白酶超家族的丝氨酸蛋白酶的实例包括组织型纤溶酶原激活物(tPA)、胰蛋白酶、胰蛋白酶样蛋白酶、胰凝乳蛋白酶、纤溶酶、弹性蛋白酶、尿激酶(或尿型纤溶酶原激活物,u-PA)、顶体蛋白酶、活化蛋白C、C1酯酶、组织蛋白酶G、糜蛋白酶和凝血级联的蛋白酶,包括激肽释放酶,凝血酶以及因子VIIa、IXa、Xa、XIa和XIIa (Barret,A.J.,In:
Proteinase Inhibitors,编辑Barrett,A.J.等人,Elsevier,Amsterdam,第3-22页(1986);
Strassburger,W.等人,(1983)FEBS Lett.,157:219-223;Dayhoff, M.O.,Atlas of Protein Sequence and Structure,第5卷,National Biomedical Research Foundation,Silver Spring,Md.(1972);以及Rosenberg,R.D.等人(1986)Hosp.Prac., 21:131-137)。
[0420] 丝氨酸蛋白酶家族中的蛋白酶活性取决于形成其活性位点的氨基酸残基集合。残基之一总是丝氨酸;因此,它们指名为丝氨酸蛋白酶。例如,胰凝乳蛋白酶、胰蛋白酶和弹性蛋白酶共享相似的结构,并且它们的活性丝氨酸残基在所有这三种中都在相同的位置
(Ser-195)处。尽管其相似性,但它们具有不同的底物特异性;它们在蛋白质消化过程中切割不同的肽键。例如,胰凝乳蛋白酶优选在其羰基碳是待切割的肽键的部分的残基上的芳
族侧链。胰蛋白酶优选在这个位置处带正电荷的Lys或Arg残基。丝氨酸蛋白酶在其底物识
别特性中显著不同:一些是高度特异性的(即,涉及血液凝固和免疫补体系统的蛋白酶);一些仅是部分特异性的(即,哺乳动物的消化蛋白酶胰蛋白酶和胰凝乳蛋白酶);以及其它如
枯草杆菌蛋白酶(细菌蛋白酶)是完全非特异性的。尽管在特异性中的这些差异,但丝氨酸
蛋白酶的催化机制是良好保守的。
[0421] 靶蛋白通过丝氨酸蛋白酶的切割机制基于靶向肽键通过丝氨酸的亲核攻击。与天冬氨酸或金属结合的半胱氨酸、苏氨酸或水分子也可以发挥这种作用。在许多情况下,基团的亲核特性通过组氨酸的存在得到改进,所述组氨酸被天冬氨酸保持在“质子受体状态”。
丝氨酸、组氨酸和天冬氨酸的比对侧链构成大多数丝氨酸蛋白酶共有的催化三联体。例如,胰凝乳蛋白酶以及与胰凝乳蛋白酶属于相同家族的成员的丝氨酸蛋白酶例如 MTSP-1的活
性位点残基,是Asp102、His57和Ser195。
[0422] 胰凝乳蛋白酶超家族的所有丝氨酸蛋白酶的催化结构域具有序列同源性和结构同源性。序列同源性包括以下方面的保守性:1)特征性活性位点残基(例如,在胰蛋白酶的情况下的Ser195、His57和Asp102);2)氧阴离子洞(例如,在胰蛋白酶的情况下的Gly193、Asp194);以及3)在结构中形成二硫桥的半胱氨酸残基(Hartley,B.S.,(1974) 
Symp.Soc.Gen.Microbiol.,24:152-182)。结构同源性包括:1)以两个希腊关键结构为特征的常见折叠(Richardson,J.(1981)Adv.Prot.Chem.,34:167-339);2)催化残留物的常见处置;以及3)在分子的核心内的结构的详细保存(Stroud,R.M.(1974) Sci.Am.,231:24-88)。
[0423] 在丝氨酸蛋白酶的胰凝乳蛋白酶家族自始至终,底物和酶之间的主链相互作用是完全保守的,但侧链相互作用有相当大地不同。含有活性位点的S1-S4口袋的氨基酸的身份决定该特定口袋的底物特异性。将一种丝氨酸蛋白酶的氨基酸嫁接到相同折叠的另一种氨
基酸修饰一种对另一种的特异性。通常,含有S1-S4口袋的蛋白酶的氨基酸是具有在底物的
4至5埃内的侧链的那些氨基酸。这些氨基酸与蛋白酶底物具有的相互作用一般被称为“第
一壳(first shell)”相互作用,因为它们直接接触底物。然而,可以存在“第二壳”和“第三壳”相互作用,其最终定位第一壳氨基酸。第一壳和第二壳底物结合效应主要由β-桶结构域之间的环决定。由于这些环并非蛋白质的核心元件,因此维持折叠的完整性,同时可以在进化过程期间选择具有新型底物特异性的环变体,以在分子水平上达成必需的代谢或调节小
生境。通常对于丝氨酸蛋白酶,一级序列中的下述氨基酸是特异性的决定因素:195、102、57(催化三联体);189、190、191、192和226(S1);57、 58和64之间的环以及99(S2);192、217、
218(S3);Cys168和Cys180之间的环、 215和97至100(S4);以及41和151(S2'),基于胰凝乳蛋白酶编号,其中S1位置中的氨基酸影响P1特异性,S2位置中的氨基酸影响P2特异性,S3位置中的氨基酸影响 P3特异性,且S4位置中的氨基酸影响P4特异性。丝氨酸蛋白酶中的位置
189是在口袋的底部处包埋的残基,其决定了S1特异性。关于MTSP-1的结构决定簇在表4中
列出,其中关于每种指定蛋白酶的蛋白酶结构域与胰凝乳蛋白酶的蛋白酶结构域的那种比
对。Cys168-Cys182和60的环列标题下方的数目指示两个氨基酸之间的环中以及该环中的
氨基酸数目。在Cys191-Cys220列标题下的是/否指示蛋白酶中是否存在二硫桥。这些区域
在胰凝乳蛋白酶样丝氨酸蛋白酶的家族中是可变的,并且其自身代表结构决定簇。
[0424] 2.结构
[0425] MTSP-1cDNA已从各种哺乳动物物种中克隆。示例性的MTSP-1前体多肽包括但不限于人(SEQ ID NO:1并由SEQ ID NO:5编码)、小鼠(SEQ ID NO:12)和大鼠 (SEQ ID NO:13)MTSP-1多肽。通常翻译人MTSP-1mRNA转录物,以形成855氨基酸的野生型蛋白(SEQ ID NO:
1)。其序列在SEQ ID NO:5中所示的核酸分子(还参见Genbank AF118224)编码855氨基酸的MTSP-1(SEQ ID NO:1,GenBank AAD42765)。MTSP-1是具有C末端丝氨酸蛋白酶结构域的多结构域蛋白酶(Friedrich 等人(2002)J Biol Chem 277(3):2160)。已分离了该蛋白酶的
683个氨基酸变体,但这种蛋白质似乎是截短形式或胞外结构域形式。如下文进一步详细描述的,MTSP-1 是酶原或前酶,其通过在规范活化基序处的蛋白酶解切割进一步加工,以生成两链的成熟MTSP-1多肽。
[0426] 存在通过人MTSP-1的可变剪接产生的至少五种同种型。已检测到分子量大约95、 78、74、45和25kDA的MTSP-1形式,其分别对应于全长蛋白质(95kDa)、SEQ ID NO:1的残基
149-855(78kDa)、SEQ ID NO:1的残基190-855(73kDa)或SEQ ID NO: 1的205-855(74kDa)、SEQ ID NO:1的残基190-614(45.7kDa)和SEQ ID NO:1 的残基615-855(26kDa)(Ge等人,
(2006)J Biol Chem 281:7406-7412)。人MTSP-1 的等位基因变体及其它变体是已知的。例如,天然存在的变体G827R与以皮肤过度化为特征的鱼鳞病伴毛发稀少综合征
(hypertrichosis syndrome)相关(Basel-Vanagaite 等人,(2007)Am J Hum Genet 80:
467-477)。在另一个实例中,含有在SEQ ID NO:1 中所示的氨基酸序列中的氨基酸修饰
C299S(按胰凝乳蛋白酶编号的C122S)的经修饰的MTSP-1多肽(对应于SEQ ID NO:2中所示
的氨基酸序列)是已知的;游离半胱氨酸的替换减少了编码蛋白质的聚集。另外的变体包括在SEQ ID NO:1中所示的全长 MTSP-1中含有氨基酸修饰M285I、R381S、H656A、D711A和
S805A的那些。
[0427] MTSP-1在前列腺癌乳腺癌和结肠直肠癌中是高度表达的或活性的,并且它被说成在乳腺癌和前列腺癌的转移中发挥作用。MTSP-1还在各种上皮组织中表达,伴随在人胃
肠道和前列腺中的高水平活性和/或表达。MTSP-1的其它种类是已知的。例如,已鉴定了
MTSP-1的小鼠同源物,并且被称为epithin。MTSP-1含有跨膜结构域、两个CUB 结构域、四个LDLR重复、以及在氨基酸615-854之间的丝氨酸蛋白酶结构域(或肽酶 S1结构域)(如SEQ 
ID NO:2和7所示),其在丝氨酸蛋白酶的肽酶S1家族的所有成员中是高度保守的,例如胰凝乳蛋白酶(SEQ ID NO:14和15)。MTSP-1被合成为855 氨基酸的酶原,并且通过在Arg614和Val615之间的切割而活化为活性双链酶形式。另外,单链蛋白酶解结构域单独是催化活性
和功能的。
[0428] MTSP-1属于丝氨酸蛋白酶的肽酶S1家族(也称为胰凝乳蛋白酶家族),其还包括胰凝乳蛋白酶和胰蛋白酶。一般地,胰凝乳蛋白酶家族成员与胰凝乳蛋白酶共享序列和结构
同源性。本文根据成熟胰凝乳蛋白酶的编号对MTSP-1进行编号,其蛋白酶结构域与胰凝乳
蛋白酶的蛋白酶结构域的那种进行比对,并且其残基相应地进行编号。基于胰凝乳蛋白酶
编号,活性位点残基是Asp102、His57和Ser195。线性氨基酸序列可以与胰凝乳蛋白酶的那种进行比对,并且根据胰凝乳蛋白酶的β折叠进行编号。插入和缺失在β片层间的环中发生,但在整个结构家族中,核心片层是保守的。丝氨酸蛋白酶以保守的β折叠方式与底物相互作用。在底物和酶之间可以存在至多6个保守的氢键。胰凝乳蛋白酶家族的所有丝氨酸蛋白酶具有在其蛋白酶结构域的N末端处的保守区域,其是催化活性所必需的(即IIGG、VVGG或
IVGG,其中这个四重体中的第一个氨基酸根据胰凝乳蛋白酶编号进行编号,并且给予指名
Ile16。这个编号不反映前体序列的长度)。
[0429] MTSP-1在蛋白酶结构域中的底物特异性已使用位置扫描合成组合文库和底物噬菌体展示来绘制(Takeuchi等人(2000)J Biol Chem 275:26333)。由MTSP-1识别的底物中
的切割残基含有在P4处的Arg/Lys、在P3处的碱性残基或Gln、在P2处的小残基、在P1处的
Arg或Lys以及在P1'处的Ala。有效的底物分别含有在P4至P1位点中的 Lys-Arg-Ser-Arg。
一般地,对于MTSP-1的底物特异性揭示以下趋势:由此如果P3是碱性的,则P4趋于是非碱性的;并且如果P4是碱性的,则P3趋于是非碱性的。关于 MTSP-1的已知底物,包括例如蛋白酶活化受体2(PAR-2)、尿激酶型纤溶酶原激活物 (uPA)和肝细胞生长因子(HGF),符合MTSP-1特异性底物的切割序列。
[0430] MTSP-1可以像胰蛋白酶一样有效地切割选择的合成底物,但显示出比胰蛋白酶更限制性的对于底物的特异性。MTSP-1的催化结构域具有(胰凝乳蛋白酶)胰蛋白酶样丝氨酸
蛋白酶的总体结构折叠,但展示独特的特性,例如疏水/酸性S2/S4亚位点和暴露的60环。类似地,MTSP-1不在可接近的Lys或Arg残基处无差别地切割肽底物,而是需要识别易分割肽
键周围的另外残基。对于扩展的一级序列的这种需求突出显示了 MTSP-1对于其底物的特
异性。例如,尽管MTSP-1切割蛋白酶活化受体2(PAR-2)(展示Ser-Lys-Gly-Arg的P4至P1靶
序列),但该酶不活化与这种底物密切相关的蛋白质,例如PAR-1、PAR-3和PAR-4,其在易分割键附近并未展示匹配扩展的MTSP-1特异性的靶序列(参见Friedrich等人(2002)J Biol 
Chem 277:2160)。
[0431] MTSP-1的蛋白酶结构域(参见例如,SEQ ID NO:2、4)由前区和催化结构域组成。多肽的催化活性部分在成熟蛋白的氨基酸残基611处的自活化位点之后开始(参见例如,SEQ ID NO:1、3在RQAR处随后为残基VVGG)。MTSP-1和胰蛋白酶的S1 口袋是相似的,具有关于Lys以及Arg P1残基的良好互补性,从而解释了用胰蛋白酶在底物切割方面的一些相似性。
P1-Lys残基的适应由Ser190介导,所述Ser190的侧链提供了另外的氢键受体,以稳定包埋
的α-铵基(参见Friedrich等人(2002)J Biol Chem 277:2160)。S2口袋成形为容纳P2氨基酸的中等大小的疏水侧链,并且一般接受在 P2位置处的广泛范围的氨基酸。在底物结合
后,S2亚位点不是刚性的,如通过Phe99 苄基的旋转证明的。在位置P3(对于Gln或碱性残
基)和P4(对于Arg或Lys残基) 处的底物氨基酸的结合似乎由S3和S4口袋中与Asp-217和/
或Asp-96的酸性侧链的静电相互作用介导,当它们接近酶活性位点裂口时,所述静电相互
作用可以有利地预先定向特异性碱性肽底物。P3残基的侧链也能够与Gln192的甲酰胺基团
氢键合,或可替代地,P3侧链可以延伸到S4亚位点内,以与Phe97形成氢键,从而削弱与
Gly216的链间氢键。在任一构型中,碱性P3侧链均能够与MTSP-1S4口袋的负电势有利地相
互作用。来自相同的S4位点的相互电荷补偿和排斥解释了在良好的MTSP-1底物中的P3 和
P4处同时出现Arg/Lys残基的低概率。一般地,促成对于底物结合的扩展特异性的 MTSP-1
的氨基酸位置(基于胰凝乳蛋白酶编号)包括:146和151(S1');189、190、 191、192、216、226(S1);57、58、59、60、61、62、63、64、99(S2);192、217、 218、146(S3);96、97、98、99、100、168、
169、170、170A、171、172、173、174、 175、176、178.179、180、215、217、224(S4)。表4概括了MTSP-1中对于与靶向底物的特异性相互作用重要的一些氨基酸位置的残基。通常,修饰
MTSP-1蛋白酶以改变扩展的特异性结合口袋或相互作用的其它次级位点中的任何一个或
多个氨基酸影响蛋白酶对于靶底物的特异性或选择性。
[0432]
[0433] *残基数目
[0434] 3.功能/活性
[0435] 膜型丝氨酸蛋白酶1(MTSP-1)是通常在上皮组织包括皮肤以及肾脏、肺、前列腺和乳腺上皮中表达(Kim等人(1999)Immunogenetics 49:420-428;Oberst等人(2001) Am J 
Pathol 158:1301-1311;Takeguchi等人(1999)Proc Natl Acad Sci 96:11054-11061),并且在各种肿瘤类型中表达(Oberst等人(2001)Am J Pathol 158:1301-1311)的丝氨酸蛋白
酶。MTSP-1对于出生后生存是必需的;MTSP-1缺陷小鼠发育至足月,但其后不久死亡,并且特征在于皮肤发育异常,暗示MTSP-1在上皮和表皮屏障功能中的作用,并且对于正常的皮
肤和毛发发育很重要(List等人(2002)Oncogene 23(23):2765-3779)。出生后MTSP-1消融
引起突变动物中的紧密连接形成的丧失和错位的紧密连接相关蛋白(List等人(2009)Am J 
Pathology 175:1453-1463),暗示MTSP-1是小鼠上皮的维持中必需的。还报道了MTSP-1促进神经祖细胞迁移(Kendall等人,(2008)Stem Cells 26(6):1575-86)。
[0436] MTSP-1在前列腺癌、乳腺癌、肺癌、卵巢癌和结肠直肠癌中是高度表达的或活性的,并且它可以在乳腺癌和前列腺癌的转移中发挥作用。MTSP-1还可以在与肿瘤相关的血
管中鉴定。MTSP-1还在各种上皮组织中表达,伴随在人胃肠道和前列腺中的高水平活性和/或表达。MTSP-1在肿瘤或上皮细胞表面上的存在允许与各种因子的相互作用,并且允许广
泛范围底物的蛋白酶解消化。
[0437] MTSP-1在细胞迁移中对肿瘤活性的作用可能诱导细胞外环境和周围细胞中的改变,促成细胞迁移、进展和转移。由于MTSP-1在血管疾病和癌症中的作用,本文提供的MTSP-
1多肽这样加以改变,使得它们显示出针对这些蛋白质减少的选择性。
[0438] C.通过靶向C3的补体抑制
[0439] 与不含氨基酸修饰的MTSP-1多肽(例如,野生型人MTSP-1(参见SEQ ID NO: 1)或参考全长人MTSP-1(参见SEQ ID NO:3)或其催化结构域或蛋白酶结构域(参见SEQ ID NO:2或4))相比,本文提供的经修饰的MTSP-1多肽显示出对于补体蛋白 C3中的抑制性切割序列
增加的特异性和/或活性。参考MTSP-1多肽包括按胰凝乳蛋白酶编号的替换C122S。在残基
122处用S的替换不改变对C3的特异性或活性,但减少聚集。由于C3涉及补体的3个启动途径(参见例如图1),因此通过蛋白酶解抑制靶向 C3提供了用于补体级联的失活的一般且广泛
的治疗靶。C3的失活切割阻断补体的末端活性以及替代途径的扩增环。所有这三个途径在
C3处会聚(参见例如图1)。借助于抑制补体活化的能力,此类经修饰的MTSP-1多肽可以用于治疗与补体活化相关的各种疾病、状况和病理状况,例如炎症应答和自身免疫疾病。补体活化通过促进局部炎症和对组织的损害而与疾病和状况的发展有关,所述局部炎症和对组织
的损害部分由效应分子和膜攻击复合物的生成引起。在一个实例中,例如在许多自身免疫
疾病中,补体产生组织损害,因为它在不适当的情况下例如被针对宿主组织的抗体活化。在其它情况下,补体可以正常地例如通过败血病活化,但仍促成疾病进展,例如在呼吸窘迫综合征中。在病理学上,如果控制不当,补体可以引起对血管(血管炎)、肾基底膜以及附着的内皮和上皮细胞(肾炎)、关节滑膜(关节炎)和红细胞(溶血)的损害。C3在补体活化中的作
用在下文进一步详细讨论。
[0440] 本文的经修饰的MTSP-1多肽可以切割C3。例如,抗C3 MTSP-1变体的单次静脉内注射可以从体内血浆中消除C3;并且类似地,单次玻璃体内注射可以切割玻璃体液中存在的
所有C3。由于C3是经由所有三个“启动”途径(经典、替代和凝集素)的补体活化所需的共同补体途径的第一组分,因此C3的失活/消除在功能上与所有三个补体途径有关。
[0441] 1.补体蛋白C3及其在启动补体中的作用
[0442] 补体系统涉及30多种可溶性和细胞膜结合的蛋白质,所述蛋白质不仅在抗体介导的免疫应答中起作用,而且在先天性免疫应答中起作用,以识别且杀死病原体,例如细菌、病毒感染的细胞和寄生虫。补体活化通过三个不同的途径在病原体表面上启动:经典途径、替代途径和凝集素途径。这些途径的不同之处在于其启动所需的组分不同,但所述途径最
终生成效应分子的相同集合(例如,C3转化酶),所述效应分子切割补体蛋白C3,以触发膜攻击复合物(MAC)的形成(参见例如图1)。因此,补体蛋白C3是用于治疗剂的有吸引力的靶,因为C3的调节导致各种调理素、过敏毒素和MAC的调节。进一步地,天然存在的补体抑制剂蛋白包括因子H(FH)、CR1、补体受体Ig(CR1g)、 DAF和MCP在C3水平上抑制。
[0443] 存在补体活化的三(3)个途径(参见图1,其描绘了这些途径)。补体的途径是不同的;各自依赖不同的分子和用于启动的机制。这些途径是相似的,因为它们会聚以生成效应分子的相同集合,即C3转化酶。在经典途径和凝集素途径中,C4b2b充当C3 转化酶;在替代途径中,C3bBb是C3转化酶(参见表5)。C3的切割生成充当调理素和补体系统的主要效应分
子用于随后的补体反应的C3b,以及其为炎症的肽介质的C3a。 C3b加入每个C3转化酶中形
成生成C5a和C5b的C5转化酶。如C3a,C5a是炎症的肽介质。C5b介导补体活化的“晚期”事件,启动最终生成膜攻击复合物(MAC)的反应序列。尽管这三个途径产生不同的C3和C5转化酶,但所有途径都产生C3和C5的分裂产物并形成MAC。可替代地,C3可以被外在蛋白酶如溶酶体酶和弹性蛋白酶切割且活化(Markiewski和Lambris(2007)Am J Pathology 171:715-727;
Ricklin和Lambris (2007)Nat Biotechnol 25:1265-1275)。
[0444]
[0445] a.经典途径
[0446] C1q是补体经典途径的第一组分。由于总体共享的结构同源性,C1q是与蛋白质的胶原凝集素家族相关的依赖性结合蛋白(Malhotra等人,(1994)Clin Exp Immunol.97 
(2):4-9;Holmskov等人(1994)Immunol Today 15(2):67-74)。经常称为模式识别分子的胶原凝集素一般充当调理素,以靶向病原体用于通过免疫细胞的吞噬作用。与常规胶原凝集
素例如MBL形成对比,C1q的羧基末端球状识别结构域不具有凝集素活性,但由于其球状结
构域的静电表面电势中的明显差异,因此可以充当“荷电的”模式识别分子(Gaboriaud等人(2003)J.Biol.Chem.278(47):46974-46982)。
[0447] C1q以两种不同的方式启动补体的经典途径。首先,经典途径通过C1q与免疫复合物(即抗原-抗体复合物或聚集的IgG或IgM抗体)的相互作用而活化,因此将抗体介导的体
液免疫应答与补体活化联系起来。当IgM或IgG的Fab部分(可变区)结合抗原时,Fc(恒定)区的构象改变,从允许C1q结合。C1q必须结合至少2个Fc区才能被活化。然而,在不存在抗体的情况下,C1q也能够活化补体,从而在对感染的先天性或直接免疫应答中起作用。除了通过抗体启动外,补体活化通过C1q与非免疫分子例如聚阴离子(细菌脂多糖、DNA和RNA),某些小多糖,病毒膜,C反应蛋白(CRP),血清淀粉样蛋白P组分(SAP),以及细菌、真菌和病毒膜组分的相互作用来达到。
[0448] C1q是C1复合物的部分,其含有与酶原C1r和C1s各自的两个分子结合的单个C1q 分子。多于一个的C1q球状结构域与靶表面(例如聚集的抗体或病原体)的结合引起 (C1r:
C1s)2复合物中的构象变化,其导致C1r蛋白酶的活化,以切割C1s以生成活性的丝氨酸蛋白酶。活性C1切割后续的补体组分C4和C2,以生成C4b和C2b,其一起形成经典途径的C3转化
酶。C3转化酶将C3切割为C3b,后者与病原体表面共价结合并起调理素的作用,而C3a则刺激炎症。一些C3b分子与C4b2b复合物结合,得到 C4b2b3b,其是经典的级联C5转化酶。表6概括了补体的经典途径中涉及的蛋白质。
[0449]
[0450] b.替代途径
[0451] 替代途径在不存在抗体的情况下通过外源病原体启动。补体通过替代途径的启动通过C3自发水解成C3b而发生。由于血清和组织蛋白酶的活性,体液中总是存在少量的 
C3b。宿主自身细胞通常含有高水平的膜唾液酸,如果它结合C3b,则使其失活,但细菌含有低外部唾液酸水平,且从而结合C3b而不使其失活。在病原体表面上的C3b被蛋白酶酶原因
子B识别。因子B被因子D切割。因子D是补体系统中的唯一活性蛋白酶,其作为活性酶而不是酶原循环,但由于因子B是因子D的唯一底物,因此在正常血清中低水平的活性蛋白酶的存
在一般对于宿主是安全的。因子B被因子D的切割得到活性产物Bb,其可以与C3b结合以形成C3bBb,替代途径的C3转化酶。与经典途径相似,C3转化酶从C3产生更多的C3b和C3a。C3b共价附着至病原体表面并充当调理素,并且另外启动替代途径,而C3a刺激炎症。一些C3b加入复合物以形成C3bBb3b,替代途径C5b转化酶。C3bBb3b通过血浆蛋白备解素或因子P稳定,其与微生物表面结合并稳定转化酶。表7概括了补体的替代途径中涉及的蛋白质。
[0452]
[0453] c.凝集素途径
[0454] 在通过凝集素蛋白识别和结合病原体相关分子模式(PAMP;即碳水化合物部分) 之后,启动凝集素途径(也称为MBL途径)。活化补体的凝集素途径的凝集素蛋白的实例包括甘露糖结合凝集素(MBL)和纤维胶凝蛋白(即L-纤维胶凝蛋白、M-纤维胶凝蛋白和H-纤维胶
凝蛋白)。MBL是蛋白质的胶原凝集素家族的成员,且从而作为由等同的多肽链组成的亚单
位的寡聚物存在,所述多肽链各自含有富含半胱氨酸、胶原样、颈部和碳水化合物识别或凝集素结构域。MBL充当模式识别分子,以经由其球状凝集素结构域以钙依赖性方式识别病原体的表面上的碳水化合物部分,特别是中性糖例如甘露糖或N-乙酰氨基葡萄糖(GlcNAc)。
MBL还充当调理素,以促进细菌、病毒和真菌病原体通过吞噬细胞的吞噬作用。凝集素途径的另外引发剂包括纤维胶凝蛋白,包括 L-纤维胶凝蛋白、M-纤维胶凝蛋白和H-纤维胶凝蛋白(参见例如,Liu等人(2005)J Immunol.175:3150-3156)。与MBL相似,纤维胶凝蛋白识别碳水化合物部分,例如 N-乙酰氨基葡萄糖和甘露糖结构。
[0455] 替代途径通过MBL或纤维胶凝蛋白的活化类似于经典途径通过C1q的活化,由此单个凝集素分子与两种蛋白酶酶原相互作用。在凝集素蛋白的情况下,酶原是MBL相关的丝氨酸蛋白酶MASP-1和MASP-2,其与经典途径的C1r和C1s酶原紧密同源。例如通过与病原体表
面结合,通过凝集素蛋白识别PAMP后,MASP-1和MASP-2被活化,以切割C4和C2,以形成MBL级联C3转化酶。然后,C3b加入复合物以形成MBL级联C5转化酶。MASP活化不仅牵涉对微生物的应答,而且牵涉涉及暴露中性糖的任何应答,包括但不限于组织损伤,例如器官移植中观察到的那种。如同替代级联,MBL 级联不依赖于抗体而活化;如同经典级联,MBL级联利用C4和C2以形成C3转化酶。表8概括了补体的凝集素途径中涉及的蛋白质。
[0456]
[0457] d.补体介导的效应子功能
[0458] 不过使用哪种启动途径,最终结果都是形成补体蛋白的活化片段(例如C3a、C4a 和C5a过敏毒素以及C5b-9膜攻击复合物),其充当效应分子,以介导多种效应子功能。通过细胞识别补体效应分子用于启动效应子功能(例如趋化作用和调理作用)由各种各样的补
体受体介导。补体受体分布在广泛范围的细胞类型上,包括红细胞、巨噬细胞、 B细胞、嗜中性粒细胞和肥大细胞。在补体组分与受体结合后,受体启动细胞内信号传导级联,导致细胞应答,例如刺激细菌的吞噬作用且从细胞分泌炎症分子。例如,识别 C3b、C4b及其产物的补体受体CR1和CR2对于刺激趋化作用是重要的。CR3 (CD11b/CD18)和CR4(CD11c/CD18)是整
联蛋白,其在吞噬应答中是类似地重要的,但在响应iC3b的白细胞粘附和迁移中也发挥作
用。C5a和C3a受体是G蛋白偶联受体,其在C5a和C3a过敏毒素的许多促炎介导功能中发挥作用。例如,关于C3a的受体C3aR 存在于肥大细胞、嗜酸性粒细胞、嗜中性粒细胞、嗜碱性粒细胞和单核细胞上,并且直接涉及C3a的促炎效应。
[0459] 因此,通过补体受体,这些补体效应分子片段介导几种功能,包括白细胞趋化作用、巨噬细胞的活化、血管通透性和细胞裂解(Frank,M.和Fries,L.Complement.In Paul, W.(编辑)Fundamental Immunology,Raven Press,1989)。表9中列出了补体产物的一些效应子功能的概括。
[0460]
[0461]
[0462] i.补体介导的裂解:膜攻击复合物
[0463] 通过所有三个途径的补体级联的最后步骤是膜攻击复合物(MAC)的形成(图1)。 C5可以被任何C5转化酶切割成C5a和C5b。C5b在溶液中与C6和C7组合,并且C5b67 复合物经由C7上的疏水位点与病原体脂质膜结合。C8以及也具有疏水位点的C9的几个分子连接,以
形成膜攻击复合物,也称为C5b6789或C5b-9。C5b-9在膜中形成孔,水和溶质可以穿过所述孔,导致渗透性裂解和细胞死亡。如果补体在抗原上活化而没有 C5b67可以与之附着的脂
质膜,则C5b67复合物可以与附近的细胞结合,并且启动旁观者裂解。单个MAC可以裂解红细胞,但有核细胞可以内吞MAC并且修复损害,除非存在多个MAC。具有其暴露的外膜的革兰氏阴性菌和有包膜病毒一般易受补体介导的裂解影响。较不易受影响的是其质膜受到其厚肽
聚糖层保护的革兰氏阳性菌,具有荚膜或粘液层围绕其细胞壁的细菌,或没有脂质包膜的
病毒。同样地,MAC可以被蛋白质破坏,所述蛋白质在膜插入前与复合物结合,例如补体的链球菌抑制剂(SIC)和聚集素。通常,MAC通过引起其裂解而帮助破坏革兰氏阴性菌以及展示
外来抗原的人细胞 (病毒感染的细胞、肿瘤细胞等),并且还可以损害有包膜病毒的包膜。
[0464] ii.炎症
[0465] 炎症是其中血管扩张并变得更具渗透性的过程,因此使机体防御细胞和防御化学制品能够离开血液且进入组织。补体活化导致几种促炎介质例如C3a、C4a和C5a的形成。血清或血浆中的完整过敏毒素通过羧肽酶N迅速转换成更稳定、活性较低的 C3a-desArg、
C4a-desArg或C5a-desArg形式。C3a、C4a和C5a,以及较小程度的其desArg 衍生物,是有力的生物活性多肽,因为其炎性活性而被称为过敏毒素。过敏毒素与各种细胞类型上的受体
结合,以刺激平滑肌收缩,增加血管通透性,并且活化肥大细胞以释放炎性介质。C5a,最有力的过敏毒素,主要作用于白血细胞,特别是嗜中性粒细胞。 C5a通过刺激粘附分子的表达增加,在感染部位处刺激白细胞对血管壁的粘附,使得白细胞可以从血管中挤出并进入组
织内,被称为血细胞渗出的过程。C5a还刺激嗜中性粒细胞,以产生用于细胞外杀死的活性氧、蛋白酶解酶和白三烯。C5a还可以通过诱导趋化因子、细胞因子及其它促炎介质的产生,进一步间接地扩大炎症过程。C5a还与肥大细胞相互作用,以释放血管扩张剂例如组胺,使得血管变得更具渗透性。C3a还与白血细胞相互作用,对嗜酸性粒细胞具有主要作用,指示关于C3a在变应性炎症中的作用。 C3a诱导平滑肌收缩,增强血管通透性,并且引起嗜碱性粒细胞的脱颗粒以及组胺及其它血管活性物质的释放。C2a可以转换为C2激肽,其通过引起血管扩张来调节血压。
[0466] 尽管在技术上不视为过敏毒素,但iC3b(C3b的无活性衍生物)作用于诱导白细胞粘附至血管内皮,并且经由与其细胞表面整联蛋白受体结合,诱导促炎细胞因子IL-1 的产生。C5b-9还通过诱导细胞粘附分子例如E-选择素的表达,并且诱导白介素8分泌,而间接刺激白细胞粘附、活化和趋化作用(Bhole等人(2003)Crit Care Med 31(1): 97-104)。C5b-9还刺激促成炎症的次级介质的释放,所述次级介质例如前列腺素E2、白三烯B4和血栓烷。
[0467] 人补体组分C3和C5转换以得到其各自的过敏毒素产物已牵涉某些天然存在的病理状况,包括:自身免疫病症,例如系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、恶性肿瘤、心肌梗塞、普尔夏氏视网膜病变、败血症和成人呼吸窘迫综合症。另外,在与医源性补体活化相关的某些状况中,已检测到C3a和C5a的循环水平增加,所述状况例如:心肺旁路手术、肾透析和尼龙纤维白细胞单采术。
[0468] iii.趋化作用
[0469] 趋化作用是通过其引导细胞以响应其环境中的化学制品而迁移的过程。在免疫应答中,各种趋化因子引导细胞例如吞噬细胞移动到感染部位。例如,C5a是关于循环嗜中性粒细胞的主要趋化因子,但也可以诱导单核细胞的趋化作用。吞噬细胞将朝向C5a 的浓度
增加移动,并且随后经由其CR1受体附着至与抗原附着的C3b分子。用嗜碱性粒细胞、嗜酸性-10
粒细胞、嗜中性粒细胞和单核吞噬细胞观察到的C5a趋化效应在低至 10 M的浓度下是活
性的。
[0470] iv.调理作用
[0471] 补体的重要作用是促进病原体通过吞噬细胞的摄取和破坏。这通过称为调理作用的过程发生,由此与靶细菌结合的补体组分与吞噬细胞(如嗜中性粒细胞或巨噬细胞)的表
面上的补体受体相互作用。在这种情况下,补体效应分子称为调理素。病原体的调理作用是C3b和C4b的主要功能。iC3b还充当调理素。C3a和C5a增加吞噬细胞上的C3b 受体的表达,并且增加其代谢活性。
[0472] C3b和较小程度的C4b帮助从体内去除有害的免疫复合物。C3b和C4b将免疫复合物附着至红细胞上的CR1受体。然后,红细胞将复合物递送至脾和肝内的固定巨噬细胞用于破坏。免疫复合物可以导致有害的III型超敏反应。
[0473] v.体液免疫应答的活化
[0474] B细胞的活化需要B细胞受体(BCR)通过抗原的连接。然而,已显示补体在将B 细胞对抗原的应答阈值降低至多1000倍中发挥作用。这通过C3d或C3dg(由C3的分解片段生成的
补体产物)与B淋巴细胞上的CR2受体结合而发生,所述CR2受体可以与BCR共连接。当由C3d
调理的抗原颗粒(例如免疫复合物)经由C3d结合CR2受体以及通过抗原结合BCR时,发生共
连接。当C3d与抗原结合以增强其通过抗原呈递细胞(例如树突状细胞)的摄取时,也可以发生抗原复合物的共连接,所述抗原呈递细胞然后可以将抗原呈递给B细胞以增强抗体应答。
缺乏CR2的小鼠展示在B细胞功能中的缺陷,其导致天然抗体的水平减少和体液免疫应答受
损。
[0475] 2.C3的结构和功能
[0476] 本文提供的变体MTSP-1多肽切割补体蛋白C3或其蛋白酶解片段,从而抑制补体。人补体蛋白C3(Uniprot登录号P01024)是1663氨基酸的单链前原蛋白,其具有SEQ ID NO:9中所示的氨基酸序列。该蛋白质由位于染色体19上的41kb基因编码(SEQ ID NO:10中所示
的核苷酸序列)。前原蛋白含有22氨基酸的信号肽(SEQ ID NO:9 的氨基酸1-22)和四精氨
酸序列(SEQ ID NO:9的氨基酸668-671),其被弗林蛋白酶样酶去除,导致形成成熟的两链蛋白质,其含有通过氨基酸残基Cys559和Cys816之间的链间二硫键连接的β链(SEQ ID NO:
9的氨基酸23-667)和α链(SEQ ID NO:9 的氨基酸672-1663)。成熟的2链蛋白具有SEQ ID NO:16中所示的氨基酸序列。
[0477] 在补体级联过程中,补体蛋白C3通过蛋白酶解切割进一步加工,以形成各种C3 蛋白酶解片段。如上所述,所有三个补体启动途径都在C3转化酶C4b2b和C3bBb上会聚。C3转化酶在SEQ ID NO:9的残基748和749(参见下表10)之间切割C3,生成过敏毒素C3a(SEQ ID 
NO:9的氨基酸672-748)和调理素C3b(C3bα'链;SEQ ID NO:9的氨基酸749-1663)。C3a涉及炎症,且C3b形成C5转化酶,最终导致C5a过敏毒素和MAC。本文提供的变体MTSP-1多肽抑制补体,并且像这样,在这个GLAR 切割位点处不切割C3。
[0478] C3b具有关于各种补体组分的结合位点,所述补体组分包括C5,备解素(P),因子H、B和I,补体受体1(CR1)和膜辅因子蛋白(MCP)(参见Sahu和Lambris(2001) Immunological Reviews 180:35-48)。在辅因子H、CR1和MCP的存在下,血浆蛋白酶因子I的结合导致C3b的失活,而在因子D的存在下,因子B和P的结合导致C3转化酶的扩增和MAC的启动。在辅因子的存在下,因子I在SEQ ID NO:9的残基1303-1304、 1320-1321和954-955之间切割C3b(参见下表10),生成片段iC3b(SEQ ID NO:9的氨基酸749-1303)和C3f(SEQ ID NO:9的氨基酸
1304-1320)。因子I随后切割iC3b,生成C3c(C3cα'链片段1;SEQ ID NO:9的氨基酸749-954)和C3dg(SEQ ID NO: 9的氨基酸955-1303)。最终结果是C3b被永久失活(参见Sahu和
Lambris(2001) Immunological Reviews 180:35-48)。由于因子I使C3b失活,因此因子I切割位点是被本文提供的变体MTSP-1多肽切割的理想候选物。另外的C3b蛋白酶解片段包括
C3g (SEQ ID NO:9的氨基酸955-1001)、C3d(SEQ ID NO:9的氨基酸1002-1303)和 C3cα'链片段2(SEQ ID NO:9的氨基酸1321-1663)。补体蛋白C3中的切割序列在下表10中示出,所述表10列出了P4-P1残基、切割位点(P1-P1’位点)的氨基酸残基和负责切割的蛋白酶。本文提供的经修饰的MTSP-1多肽在这些位点处不切割。
[0479]
[0480] a.C3a
[0481] C3a(SEQ ID NO:9的氨基酸672-748)是过敏毒素,其涉及炎症、嗜碱性粒细胞和肥大细胞脱颗粒、增强的血管通透性、平滑肌收缩和抑制性T细胞的诱导。
[0482] b.C3b
[0483] C3b(SEQ ID NO:9的氨基酸749-1663)在补体级联中具有各种作用。C3b是调理素,其促进病原体通过吞噬细胞的摄取和破坏。另外,C3b与C3转化酶组合,以生成C5转化酶,其活化补体蛋白C5,从而生成C5a过敏毒素和C5b,所述C5b与C6、 C7、C8和C9组合,以形成膜攻击复合物。此外,如上文节段1b中所述,C3b涉及补体启动的替代途径。C3b由补体调节蛋白因子I(血浆蛋白酶)调节,所述因子I将C3b 降解成各种片段,包括iC3b、C3c、C3d、C3f和C3dg,从而使C3b永久失活。
[0484] 借助于其结合C3转化酶C4b2b和C3bBb,从而生成C5转化酶C4b2b3b和C3bBb3b 的能力,C3b在补体介导的效应子功能中发挥关键作用。C5转化酶将酶原C5切割成其活性片
段,即C5a过敏毒素和C5b。C5a涉及趋化作用和炎症,而C5b涉及MAC的形成。
[0485] i.C3b的抑制剂
[0486] C3b具有关于各种补体组分的结合位点,所述补体组分包括C5,备解素(P),因子H、B和I,补体受体1(CR1)和膜辅因子蛋白(MCP)(参见Sahu和Lambris(2001) Immunological Reviews 180:35-48)。在辅因子H、CR1和MCP的存在下,血浆蛋白酶因子I的结合导致C3b的失活,而在因子D的存在下,因子B和P的结合导致C3转化酶的扩增和MAC的启动。在辅因子的存在下,因子I在SEQ ID NO:9的残基1303-1304、 1320-1321和954-955之间切割C3b(参见下表10),生成片段iC3b(SEQ ID NO:9的氨基酸749-1303)和C3f(SEQ ID NO:9的氨基酸
1304-1320)。尽管在技术上不视为过敏毒素,但iC3b(C3b的无活性衍生物)作用于诱导白细胞粘附至血管内皮,并且经由与其细胞表面整联蛋白受体结合,诱导促炎细胞因子IL-1的
产生。另外,iC3b充当调理素。因子I随后切割iC3b,生成片段C3c(C3cα'链片段1:SEQ ID NO:9的氨基酸749-954和C3cα'链片段2:SEQ ID NO:9的氨基酸1321-1663)和C3dg(SEQ ID NO:9的氨基酸955-1303)。最终结果是C3b被永久失活(参见Sahu和Lambris(2001) 
Immunological Reviews 180:35-48)。可以进一步切割C3dg,以生成片段C3g(SEQ ID NO:9的氨基酸955-1001)和C3d(SEQ ID NO:9的氨基酸1002-1303)。
[0487] D.切割C3的经修饰的MTSP-1多肽
[0488] 本文提供的是经修饰的或变体膜型丝氨酸蛋白酶1(MTSP-1)多肽。与野生型、天然或参考MTSP-1多肽相比,本文提供的经修饰的MTSP-1多肽显示出改变的活性或特性。例如,与SEQ ID NO:1-4中任一个中所示的野生型、天然或参考MTSP-1多肽相比,或者与SEQ ID NO:1-4中任一个具有至少65%、70%、75%、80%、85%、86%、 87%、88%、89%、90%、
91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%,特别是至少95%的序列同一性的多肽,例如SEQ ID NO:4中所示的参考MTSP-1蛋白酶结构域相比,本文提供的MTSP-1多肽含有修饰。在本文提供的经修饰的MTSP-1多肽中包括的是通过实现补体蛋白C3的抑制切割来改
变(抑制)补体活化的MTSP-1多肽。在本文提供的经修饰的MTSP-1多肽中有实现补体蛋白C3
的抑制切割的那些。包括的是与不含修饰(替换、缺失和/或插入)的相应形式的MTSP-1相
比、或与其序列在SEQ ID NO:1-4中任一个中所示的未经修饰的MTSP-1的相应形式相比,以更大的活性或特异性kcat/Km实现的C3抑制或切割的那些。与不含氨基酸修饰的MTSP-1多肽相比,经修饰的MTSP-1多肽还可以对于通过未经修饰的MTSP-1切割或识别的底物和靶具有
降低的特异性和/或选择性,所述底物或靶例如蛋白酶活化受体2(PAR-2)、尿激酶型纤溶酶原激活物(uPA)和/或肝细胞生长因子(HGF)。
[0489] 本文提供的经修饰的MTSP-1多肽通过补体蛋白C3的抑制或失活切割来抑制或失活补体。本文提供的经修饰的MTSP-1多肽通过在导致C3抑制或失活的切割位点处切割补体
蛋白C3来抑制或失活补体。补体蛋白C3的失活或抑制切割可以在C3中的任何序列处,只要
所得到的C3切割导致补体的失活或活化的抑制。由于本文提供的经修饰的MTSP-1多肽抑制
补体活化,因此经修饰的MTSP-1多肽不影响C3的酶原形式的切割,以生成C3a和C3b的活化
片段。因此,本文提供的经修饰的MTSP-1多肽不在SEQ ID NO:9的残基748-749之间切割C3,其导致C3a和C3b的生成。补体蛋白C3的抑制或失活切割位点可以凭经验确定或鉴定。必要
时,可以如下文节段E中所述和如实施例中例证的,测试本文提供的经修饰的MTSP-1多肽抑制补体的能力。
[0490] 本文提供的经修饰的MTSP-1多肽是MTSP-1的分离的蛋白酶结构域。还考虑了其保留蛋白酶活性的较小部分。本文提供的蛋白酶结构域是当酶原活化时,具有在切割位点处
生成的N末端的单链多肽(一般具有共有序列R↓VVGG、R↓IVGG、R↓IVNG、 R↓ILGG、R↓VGLL、R↓ILGG或其变化;N末端R↓V或R↓I,其中箭头代表切割点)。
[0491] 然而,本文生成的蛋白酶结构域并非起因于产生两链活化产物的活化,而是具有N 末端的单链多肽,在N末端处包括共有序列↓VVGG、↓IVGG、↓VGLL、↓ILGG或↓IVNG 或其它此类基序。如本文所示,此类多肽尽管不是活化的结果也不是双链形式,但显示出蛋白酶解(催化)活性。这些蛋白酶结构域多肽用于测定中,以筛选调节MT-SP活性的试剂。本文还提供了此类测定。在示例性测定中,评价了测试化合物在蛋白酶结构域蛋白酶解切割已知底物的能力中的效应,所述底物通常是荧光、生色或在其它方面可检测地标记的底物。调节蛋白酶结构域活性的试剂,一般为化合物,特别是小分子,是用于调节MT-SP活性的候选化合物。蛋白酶结构域也可以用于产生单链蛋白酶特异性抗体。本文提供的蛋白酶结构域包括但不限
于任何MT-SP家族成员的在切割位点处具有N末端用于酶原活化的单链区域,通过C末端或
其C末端截短部分,其在体外蛋白酶解测定中显示出作为单链多肽的蛋白酶解活性,所述
MT-SP家族成员优选来自哺乳动物,包括且最优选人,例如MTSP-1。
[0492] 本文提供的经修饰的MTSP-1多肽是MTSP-1的单链蛋白酶结构域的突变体,特别是其中蛋白酶结构域中游离(即,不与蛋白质中的任何其它Cys残基形成二硫键合)的 Cys残
基由另一个氨基酸取代(优选保守氨基酸取代或不消除活性的取代,例如由丝氨酸取代)取
代的经修饰的MTSP-1多肽,以及其中糖基化位点被消除的经修饰的MTSP-1 多肽。还考虑了其中保留催化活性的其它保守氨基酸取代的经修饰的MTSP-1多肽(关于示例性的氨基酸取
代,参见例如表3)。
[0493] 本文提供的经修饰的MTSP-1多肽催化补体蛋白C3的抑制或失活切割。本文提供的经修饰的MTSP-1多肽在任何切割序列处切割补体蛋白C3,只要所得到的C3片段是无活性
的、或不能活化补体介导的效应子功能。本文提供的经修饰的MTSP-1多肽包括对于MTSP-1
的天然靶具有改变(即降低)的特异性和/或选择性的那些。在一个实例中,本文提供的经修饰的MTSP-1多肽对于PAR-2、uPA和/或HGF具有减少的选择性。在其它实例中,本文提供的经修饰的MTSP-1多肽对于补体蛋白C3的切割具有增加的特异性,并且对于PAR-2、uPA和/或
HGF具有降低的特异性。
[0494] 本文提供的经修饰的MTSP-1多肽含有一种或多种氨基酸修饰,使得它们以导致补体失活或抑制的方式切割补体蛋白C3。修饰可以是单个氨基酸修饰,例如单个氨基酸替换
(取代)、插入或缺失,或多重氨基酸修饰,例如多重氨基酸替换、插入或缺失。示例性的修饰是氨基酸替换,包括单个或多重氨基酸替换。氨基酸替换可以是保守取代,如表3中所示,或非保守取代,如本文所述的任何。与不含修饰的MTSP-1多肽相比,本文提供的经修饰的
MTSP-1多肽可以含有至少或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、 11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个或更多个经修饰的位置。
[0495] 本文所述的修饰可以在任何MTSP-1多肽中进行。例如,修饰可以在以下中进行:具有氨基酸序列的人MTSP-1多肽,所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:4,或者在SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:4中示出;具有氨基酸序列的小鼠MTSP-1多肽,所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:12或在SEQ ID NO:12中示出;或具有氨基酸序列的大鼠MTSP-1 多肽,所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:13或在SEQ ID NO:13中示出;或序列变体或催化活性片段,其显示出与SEQ ID NO:1-4、12和
13中任一个至少65%、70%、 75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、
93%、94%、95%、96%、 97%、98%、99%或更多的序列同一性。
[0496] 可以在本文提供的MTSP-1多肽的任何区域或结构域中修饰本文提供的经修饰的 MTSP-1多肽,只要经修饰的MTSP-1多肽保留其实现补体蛋白C3的失活或抑制切割的能力。
本文提供的经修饰的MTSP-1多肽可以是单链或两链多肽、物种变体、剪接变体、等位基因变体、同种型或其催化活性片段,例如其蛋白酶结构域。本文提供的MTSP-1 多肽可以是全长或截短的MTSP-1多肽。本文提供的经修饰的MTSP-1多肽可以是MTSP-1的蛋白酶结构域,或
MTSP-1的蛋白酶结构域的经修饰的形式。还考虑用于在本文中使用的是经修饰的MTSP-1多
肽的酶原、前体或成熟形式,条件是MTSP-1多肽保留其实现补体蛋白C3的抑制或失活切割
的能力。MTSP-1多肽中的修饰还可以对还含有其它修饰的MTSP-1多肽进行,所述其它修饰
包括一级序列的修饰和不在多肽的一级序列中的修饰。例如,本文所述的修饰可以在其为
融合多肽或嵌合多肽的MTSP-1多肽中。本文提供的经修饰的MTSP-1多肽还包括与聚合物例
如PEG试剂缀合的多肽。
[0497] 为了本文的目的,本文提及用于修饰的位置和氨基酸,包括一个或多个氨基酸替换,是参考SEQ ID NO:1-4中任一个中所示的MTSP-1多肽。通过鉴定另一种MTSP-1多肽中的相应氨基酸残基,在另一种MTSP-1多肽中进行本文提供的任何修饰在本领域技术人员的水
平内,所述另一种MTSP-1多肽例如SEQ ID NO:1-4中任一个中所示的 MTSP-1多肽,或其显示出与SEQ ID NO:1-4中任一个中所示的MTSP-1多肽至少70%、 75%、80%、85%、86%、
87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、 97%、98%、99%或更多的序列同一性的变体。可以通过MTSP-1多肽与SEQ ID NO: 1-4中任一个中所示的参考MTSP-1多肽的比对,来鉴定另一种MTSP-1多肽中的相应位置。为了修饰(例如氨基酸替换)的目的,相应的氨基酸残基可以是任何氨基酸残基,并且无需与SEQ ID NO:1-4中任一个中所示的残基
相同。通常,通过与例如SEQ ID NO: 4中的残基比对鉴定的相应的氨基酸残基是与SEQ ID NO:4等同的氨基酸残基、或者关于其的保守或半保守氨基酸残基。还应理解,本文提供的示例性替换可以在MTSP-1 多肽中的相应残基处进行,例如MTSP-1的蛋白酶结构域,只要该替换不同于未经修饰的或参考形式的MTSP-1多肽,例如MTSP-1的蛋白酶结构域中存在的。基
于这个描述和本文其它地方的描述,生成含有任何一种或多种所述突变的经修饰的MTSP-1
多肽,并且如本文所述测试各自的特性或活性,在本领域技术人员的水平内。
[0498] 本文提供的经修饰的MTSP-1多肽通过蛋白酶解介导的补体蛋白C3的抑制或失活来改变补体活性。本文提供的经修饰的MTSP-1可以对于MTSP-1底物(例如,蛋白酶活化受体
2(PAR-2)、尿激酶型纤溶酶原激活物(uPA)和/或肝细胞生长因子(HGF)) 具有降低的特异
性。例如,本文提供的经修饰的MTSP-1多肽显示出MTSP-1多肽的野生型活性的小于100%,用于切割蛋白酶活化受体2(PAR-2)、尿激酶型纤溶酶原激活物(uPA)和/或肝细胞生长因子
(HGF),例如野生型或参考MTSP-1多肽(例如不含氨基酸修饰的相应多肽)的小于90%、
80%、70%、60%、50%、40%、30%、20%、10%或更少的活性,用于切割蛋白酶活化受体2(PAR-2)、尿激酶型纤溶酶原激活物(uPA) 和/或肝细胞生长因子(HGF)。在另一个实例中,本文提供的经修饰的MTSP-1多肽显示出MTSP-1多肽对于PAR-2、uPA和/或HGF的野生型结合
活性的小于100%,例如野生型或参考MTSP-1多肽(例如不含氨基酸修饰的相应多肽)的小
于90%、80%、70%、 60%、50%、40%、30%、20%、10%或更少的用于结合PAR-2、uPA和/或HGF的活性。
[0499] 本文还提供的是编码本文提供的任何经修饰的MTSP-1多肽的核酸分子。还提供了编码单链蛋白酶结构域或其催化活性部分的核酸分子。在一些实例中,还可以修饰编码核
酸分子,以含有异源信号序列,以改变(例如增加)多肽的表达和分泌。可以通过本领域已知的任何方法来生产或分离本文提供的经修饰的MTSP-1多肽和编码核酸分子,所述方法包括
从天然来源中分离,在细胞、组织和生物中重组产生的蛋白质的分离,以及重组方法和包括计算机芯片步骤的方法、合成方法和本领域技术人员已知的任何方法。本文提供的经修饰
的多肽和编码核酸分子可以通过本领域技术人员已知的标准重组 DNA技术产生。可以采用
本领域已知的实现靶蛋白中的任何一个或多个氨基酸突变的任何方法。方法包括编码核酸
分子的标准定点或随机诱变、或固相多肽合成方法。例如,可以使编码MTSP-1多肽的核酸分子经受诱变,例如编码核酸的随机诱变、易错PCR、定点诱变、重叠PCR、基因改组或其它重组方法。随后可以将编码多肽的核酸引入宿主细胞内,以异源表达。因此,本文还提供的是编码本文提供的任何经修饰的多肽的核酸分子。在一些实例中,经修饰的MTSP-1多肽是合成
产生的,例如使用固相或溶液相肽合成。
[0500] 本文提供的MTSP-1多肽已进行修饰,以对于补体蛋白C3的抑制或失活切割序列具有增加的切割特异性和/或选择性。可以使用本领域已知的用于蛋白质修饰的任何方法来
修饰MTSP-1多肽。此类方法包括定点诱变和随机诱变。测定例如本文提供的和本领域已知
的用于补体活化的生物学功能的测定可以用于评价经修饰的MTSP-1多肽的生物学功能,以
确定经修饰的MTSP-1多肽是否靶向补体蛋白C3用于切割和失活。本文提供了鉴定MTSP-1多
肽和经修饰的MTSP-1多肽的示例性方法。
[0501] 1.示例性的经修饰的MTSP-1多肽
[0502] 本文提供的是经修饰的MTSP-1多肽,其含有在MTSP-1多肽中的一种或多种,包括2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15种和更多种氨基酸修饰,并且切割补体蛋白C3,使得补体被抑制或失活。修饰在一级氨基酸序列中,且包括氨基酸残基的替换、缺失和插入。该修饰改变MTSP-1多肽的特异性/活性。本文中的经修饰的MTSP-1多肽被设计或选择为识别
且切割补体蛋白中的靶位点,特别是在使C3失活的位点中的C3。它们也可以进行进一步修
饰且筛选,以对体内天然底物具有减少的特异性/活性,和/或与未经修饰的野生型MTSP-1
多肽相比,对此类底物的切割更少。它们可以通过任何合适的蛋白酶筛选方法进行选择且
鉴定。最初使用美国专利号8,211,428 中所述的筛选方法鉴定本文中的经修饰的MTSP-1多
肽,其中经修饰的蛋白酶文库与同源物或其它抑制性丝氨酸蛋白酶抑制剂例如ATIII(其进
行修饰以在反应性位点环中包括靶序列,以捕获切割此类靶的经修饰的蛋白酶)反应。
[0503] 本文提供的经修饰的MTSP-1多肽在使C3失活的位点处展示对于补体蛋白C3增强的活性或特异性或kcat/Km,并且还可以对于补体蛋白C3上的靶位点具有减少的活性或特异性和/或展示增加的选择性、特异性和/或活性,由此经修饰的MTSP-1多肽使C3 失活。与相应形式的野生型或具有替换C122S(按胰凝乳蛋白酶编号)的野生型相比,经修饰的MTSP-1
多肽显示出增加的用于切割C3且使C3失活的活性。特别地,与SEQ ID NO:4的MTSP-1蛋白酶结构域(具有C122S的MTSP-1蛋白酶结构域)相比,经修饰的多肽的蛋白酶结构域显示出增
加的C3失活切割活性。与未经修饰的MTSP-1相比,活性中的增加可以是10%,20%,50%,
100%,1倍,2倍,3倍,4、5、6、7、8、 9、10倍和更多。
[0504] 例如,经修饰的MTSP-1多肽可以显示出野生型或参考MTSP-1多肽(例如SEQ ID NO:1-4中任一个中所示的MTSP-1多肽)用于使C3失活的MTSP-1活性的110-1000%或更多。
例如,本文提供的经修饰的MTSP-1多肽显示出未经修饰的或参考MTSP-1多肽,例如不含氨
基酸修饰(例如氨基酸替换)的相应多肽,例如SEQ ID NO:1-4中任一个中所示的MTSP-1蛋
白酶结构域的110%、120%、130%、140%、150%、160%、 170%、180%、190%、200%、
250%、300%、400%、500%、600%、700%、800%、900%、 1000%或更多的活性。例如,可以例如通过氨基酸替换或取代修饰的示例性位置包括但不限于对应于位置637、640、658、
661、664、666、705、706、707、708、731、759、 783或801的任何位置,参考SEQ ID NO:1中所示的氨基酸序列(对应于根据胰凝乳蛋白酶编号的位置38、41、59、60b、60e、60g、96、97、ins97a、98、99、122、151、 175、192)。例如,氨基酸位置可以是在对应于在位置637、I640、Y658、D661、F664、 Y666、D705、F706、T707、F708、C731、G759、Q783或C801处的谷氨酰胺(Q) 替换的位置处的替换,参考SEQ ID NO:1中所示的氨基酸序列(对应于根据胰凝乳蛋白酶编号的Q38、I41、Y59、D60b、F60e、Y60g、D96、F97、T98、F99、C122、G151、 Q175、C191)。
[0505] 表11中示出了在任何上述位置处的示例性氨基酸替换。对表11中的相应位置的提及是参考SEQ ID NO:1中所示的位置。应理解,可以通过与SEQ ID NO:1中所示的序列的比对,在另一种MTSP-1多肽中的相应位置中进行替换,由此相应位置是比对的位置。例如,可以在具有SEQ ID NO:2中所示的序列的MTSP-1蛋白酶结构域中进行替换、或在具有SEQ ID NO:4中所示的序列的参考MTSP-1蛋白酶结构域中进行替换。在一些实例中,氨基酸替换可以在如SEQ ID NO:4中所示的MTSP-1多肽或其变体中的相应位置处,所述变体与其具有至
少或至少约75%、80%、81%、82%、83%、84%、 85%、86%、86%、88%、89%、90%、91%、
92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、 99%,特别是95%或更多的序列同一性,只要与参考MTSP-1多肽相比,所得到的经修饰的MTSP-1多肽显示出针对补体蛋白C3改变的(即,增强的)特异性。在一个实例中,任何一个或多个替换在SEQ ID NO:1-4中任一个中,只要与参考MTSP-1多肽,例如SEQ ID NO:1-4中任一个中所示的参考MTSP-1多肽相比,所得到的经修饰的 MTSP-1多肽显示出针对补体蛋白C3改变的(即,增强的)特异性。
[0506]
[0507] 本文提供的经修饰的MTSP-1多肽中的氨基酸修饰的示例包括但不限于:在对应于位置38的位置处用组氨酸(H)的替换;在对应于位置41的位置处用S的替换;在对应于位置
41的位置处用R的替换;在对应于位置41的位置处用A的替换;在对应于位置41的位置处用D的替换;在对应于位置59的位置处用F的替换;在对应于位置 60b的位置处用T的替换;在对应于位置60b的位置处用V的替换;在对应于位置60e 的位置处用S的替换;在对应于位置
60e的位置处用R的替换;在对应于位置60e的位置处用K的替换;在对应于位置60g的位置处用W的替换;在对应于位置96的位置处用K的替换;在对应于位置96的位置处用V的替换;在对应于位置96的位置处用 Y的替换;在对应于位置96的位置处用L的替换;在对应于位置96的位置处用I的替换;在对应于位置96的位置处用P的替换;在对应于位置96的位置处用E的替换;在对应于位置97的位置处用G的替换;在对应于位置97的位置处用T的替换;在对应于位置97的位置处用E的替换;在对应于位置97的位置处用D的替换;在对应于位置97的位置
处用N的替换;在对应于位置97的位置处用Y的替换;在对应于位置 97的位置处用W的替换;
在对应于位置97a的位置处用V的替换;在对应于位置97a 的位置处用E的替换;在对应于位置97a的位置处用A的替换;在对应于位置97a的位置处用G的替换;在对应于位置97a的位置处用N的替换;在对应于位置98的位置处用P的替换;在对应于位置98的位置处用G的替换;
在对应于位置98的位置处用N 的替换;在对应于位置99的位置处用L的替换;在对应于位置
122的位置处用S的替换;在对应于位置151的位置处用H的替换;在对应于位置151的位置处用N的替换;在对应于位置175的位置处用L的替换;在对应于位置192的位置处用D的替换;
在对应于位置192的位置处用E的替换;在对应于位置192的位置处用T的替换,根据胰凝乳
蛋白酶编号,各自参考SEQ ID NO:1或3中所示的氨基酸位置。在对应于位置 731的位置处的S(在对应于位置731的位置处的122S)替换游离的Cys,以从而减少关于聚集的趋势。
[0508] 含有氨基酸修饰的示例性的经修饰的MTSP-1多肽在下表12a中示出。表12b包括关于示例性的经修饰的MTSP-1多肽的成熟编号。序列ID号参考示例性的MTSP-1蛋白酶结构
域,其含有所述的替换,其包括在C122S处的替换以减少或消除聚集。C122 是游离的半胱氨酸,其可以导致蛋白酶多肽中的交联;这个替换虽然有利,但是任选的。应理解,所提及的(通过SEQ ID NO.)蛋白酶结构域是示例性的,并且全长和前体分子,以及蛋白酶结构域、全长和前体多肽的其它催化活性部分可以包括所述替换。
[0509] 表12a.经修饰的MTSP-1多肽
[0510]
[0511]
[0512]
[0513]
[0514]
[0515]
[0516]
[0517]
[0518]
[0519]
[0520]
[0521]
[0522]
[0523]
[0524]
[0525]
[0526]
[0527]
[0528] 2.另外的修饰
[0529] 本文提供的任何经修饰的MTSP-1多肽可以含有任何一种或多种另外的修饰。另外的修饰可以包括例如本领域已知的任何氨基酸取代、缺失或插入,通常是与未经修饰的或
参考MTSP-1多肽,例如蛋白酶结构域相比,增加经修饰的MTSP-1多肽对于补体蛋白C3的失
活切割的特异性的任何。本文提供的任何经修饰的MTSP-1多肽可以含有1、 2、3、4、5、6、7、
8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20种或更多种另外的氨基酸修饰。另外,考虑的是改变感兴趣的任何其它活性的修饰。本领域长久以来已知,一级序列的氨基酸修饰是累加
的(参见例如,Wells(1990)Biochem 29: 8509-8517)。可以包括在本文提供的经修饰的
MTSP-1多肽中的另外修饰的实例包括但不限于以下中描述的那些:美国专利号7,939,304;
8,211,428;8,445,245;9,290,757; 9,359,598;8,663,633;美国专利公开号2003/
0119168;2007/0093443;2010/0189652; 2010/0105121;2012/0244139;2014/0242062;
2004/0146938;和2009/0136477;Miyake 等人(2010)Biochim BioPhys Acta 1804(1):
156-165;List等人(2007)J.Biol.Chem. 282(50):36714-23;Desilets等人(2008)
J.Biol.Chem.283(16):10535-10542;Szabo (2009)Am J Pathol.174(6):2015;Vanagaite等人(2007)Am J Hum Genet.80(3): 467;Alef等人(2009)J Invest Dermatol.129(4):
862;Ge等人(2006)J.Biol.Chem. 281:7406;Takeuchi等人(1999)PNAS 96(20):11054-61;
Oberst等人(2003)J.Biol. Chem.29(18):26773;以及国际专利公开号WO 2015/166427和
WO 2015/085395。本领域描述的示例性氨基酸修饰的非限制性实例包括以下中的任何一个
或多个:R85H、 N109Q、G149N、D251E、N302Q、Q348H、G349Y、R381S、P452R、D482Y、N485Q、 D519Y、S524M、D555Y、C574R、D598Y、K600R、C602S、C604S、V615I、V616L、 V616G、G617N、G617L、G618L、D622E、Q637D、I640T、I640A、I640L、I640F、I640D、 I640E、C641S、L651M、H656A、C657S、D661I、D661F、D661R、D661A、R662F、 R662D、R662A、R662W、Y666S、T673K、A674V、H679R、S685R、F702L、N704K、 D705A、D705V、D705F、D705S、D705T、F706N、F706D、F706E、F706A、F706W、 F706R、F706Y、F706L、T707P、F708Y、F708W、F708N、F708D、F708E、F708A、 F708V、F708R、F708I、F708L、F708T、F708S、F708G、D711A、C731S、A735T、 V738D、P740S、I745T、I745V、H752R、T753I、T755F、T755N、T755D、T755E、T755A、 T755W、T755R、G756E、G759L、I762V、N772Q、N772D、T774A、T775P、C776S、 L779F、L780N、L780D、L780E、L780A、L780V、L780F、L780R、P781S、Q780N、 Q780D、Q780E、Q780A、Q780V、Q780F、Q780R、P781S、Q782H、Q782A、Q782V、 Q782F、Q782R、Q782K、Q782L、Q782Y、Q783D、Q783E、Q783A、Q783V、Q783H、 Q783H、Q783L、Q783F、Q783W、Q783Y、Q783R、Q783K、M788E、M788Y、M788R、 M788A、C790S、F793L、C801S、Q802A、Q802V、Q802D、Q802R、Q802F、Q802X、 Q802L、Q802I、Q802E、Q802K、Q802Y、Q802H、S805A、S811I、Q820L、W826F、 W826Y、W826I、W826D、W826R、W826X、G827R、D828A、D828V、D828F、D828E、 D828R、D828Q、D828N、D828H、C830S、Q832D、Q832L、Q832E、K835A、K835F、 K835V、K835D、K835L、K835R、K835N、K835T、K835Y、K835S、K835F、R841W、 F845L和V855G,根据SEQ ID NO:1中所示的氨基酸序列。另外的修饰包括引入糖基化位点的氨基酸替换。
[0530] 经修饰的MTSP-1多肽包括含有化学修饰或翻译后修饰的多肽。在一些实例中,本文提供的经修饰的MTSP-1多肽不含化学修饰或翻译后修饰。化学修饰和翻译后修饰包括但
不限于PEG化、唾液酸化、白蛋白化、糖基化、法尼基化、羧化、羟基化、磷酸化和本领域已知的其它多肽修饰。另外,除本文提供的任何一种或多种氨基酸修饰,例如氨基酸替换之外,可以使用本领域已知的任何方法,包括化学和重组方法,将本文提供的经修饰的MTSP-1多
肽缀合或融合至任何部分,条件是所得到的多肽保留实现补体蛋白C3的抑制或失活切割的
能力。
[0531] 例如,除了本文提供的任何一种或多种氨基酸修饰,例如氨基酸替换之外,本文提供的经修饰的MTSP-1多肽还可以含有在多肽的一级序列中或不在多肽的一级序列中的其它修饰,包括但不限于,用碳水化合物部分、聚乙二醇(PEG)部分、唾液酸化部分、来自免疫球蛋白G的Fc结构域或者任何其它结构域或部分的修饰。例如,可以进行此类另外的修饰,以增加蛋白质的稳定性或血清半衰期。
[0532] a.降低的免疫原性
[0533] 本文提供的经修饰的MTSP-1多肽可以被修饰为具有降低的免疫原性。降低的免疫原性可以通过从多肽中消除抗原表位的序列改变或通过改变翻译后修饰来实现。本领域技
术人员熟悉鉴定多肽中抗原表位的方法(参见例如,Liang等人(2009)BMC 
Bioinformatics,10:302;Yang等人(2009)Rev.Med.Virol.,19:77-96)。在一些实例中,可以修饰一个或多个氨基酸,以便去除或改变抗原表位。在另一个实例中,改变蛋白质的糖基化也可以影响免疫原性。例如,考虑改变肽的糖基化,只要多肽保留实现补体蛋白C3的抑制或失活切割的能力。糖基化位点可以通过单个突变去除。糖基化位点可以通过引入规范序
列来添加,例如通过插入或单个或多个突变,例如NXS(T),其中X不是脯氨酸。糖基化位点也可以增加血清半衰期。
[0534] b.Fc结构域
[0535] 经修饰的MTSP-1多肽可以连接至免疫球蛋白多肽的Fc区。通常,此类融合物至少保留免疫球蛋白重链恒定区的功能上活性的铰链、CH2和CH3结构域。例如,IgG1 的全长Fc序列包括SEQ ID NO:100中所示的序列的氨基酸99-330。hIgG1的示例性 Fc序列在SEQ ID 
NO:101中示出。它含有对应于SEQ ID NO:100的氨基酸100-110 的几乎全部铰链序列;关于如SEQ ID NO:100中所示的CH2和CH3结构域的完整序列。
[0536] 另一个示例性的Fc多肽在国际专利公开号WO 93/10151中示出,并且是从人IgG1 抗体的Fc区的N末端铰链区延伸到天然C末端的单链多肽(SEQ ID NO:100)。在其下进行连
接的精确位点不是关键的:特定位点是众所周知的,并且可以加以选择以便优化HABP多肽
的生物活性、分泌或结合特征。例如,其它示例性Fc多肽序列始于SEQ ID NO:101中所示的序列的氨基酸C109或P113(参见例如,美国公开号2006/0024298)。
[0537] 除hIgG1 Fc之外,还可以使用其它Fc区。例如,当由Fc/FcγR相互作用介导的效应子功能将降到最低的情况下,考虑与IgG同种型的融合,所述IgG同种型弱募集补体或效应子细胞,例如IgG2或IgG4的Fc。另外,Fc融合物可以含有基本上由属于任何抗体类别的免疫球蛋白基因编码的免疫球蛋白序列,所述抗体类别包括但不限于IgG (包括人亚类IgG1、
IgG2、IgG3或IgG4)、IgA(包括人亚类IgA1和IgA2)、IgD、IgE 和IgM类别的抗体。接头可以用于将Fc共价连接至另一种多肽,以生成Fc嵌合体。
[0538] 经修饰的Fc结构域也是众所周知的。在一些实例中,Fc区这样进行修饰,使得它显示出与FcR的改变结合,导致与野生型免疫球蛋白重链的Fc区的效应子功能相比,改变(即或多或少)的效应子功能。因此,经修饰的Fc结构域可以具有改变的亲和力,包括但不限于对于Fc受体增加的亲和力或低亲和力或无亲和力。例如,不同的IgG亚类对于FcγR具有不
同的亲和力,其中IgG1和IgG3通常基本上与受体的结合比IgG2 和IgG4更好。另外,不同的FcγR介导不同的效应子功能。FcγR1、FcγRIIa/c和FcγRIIIa 是免疫复合物触发活化的正调节剂,其特征在于具有含有基于免疫受体酪氨酸的活化基序(ITAM)的细胞内结构域。
然而,FcγRIIb具有基于免疫受体酪氨酸的抑制基序(ITIM),且因此是抑制性的。改变Fc区对于受体的亲和力可以调节由Fc结构域相关的效应子功能和/或药代动力学特性。经修饰
的Fc结构域是本领域技术人员已知的并且在文献中描述,关于示例性修饰,参见例如,美国专利号5,457,035;美国专利公开号US 2006/0024298;和国际专利公开号WO 2005/063816。
[0539] 可以通过在蛋白A或蛋白G柱上的亲和色谱,容易地纯化所得到的含有Fc部分的嵌合多肽和由其形成的多聚体。
[0540] c.与聚合物缀合
[0541] 在一些实例中,本文提供的经修饰的MTSP-1多肽与聚合物缀合。聚合物可以增加多肽的大小,以减少肾脏清除率且从而增加半衰期,或改变多肽的结构,以增加半衰期或减少免疫原性。可以与MTSP-1多肽缀合的示例性聚合物包括天然和合成均聚物,例如多元醇
(即聚OH)、多胺(即聚NH2)和多元羧酸(即聚COOH),以及其它杂聚物,即包含一个或多个不同偶联基团例如羟基和胺基的聚合物。合适的聚合物分子的实例包括选自以下的聚合物分
子:聚环氧烷(PAO),例如聚亚烷基二醇(PAG),包括聚乙二醇(PEG)、甲氧基聚乙二醇(mPEG)和聚丙二醇,PEG-缩水甘油醚(Epox-PEG), PEG-氧羰基咪唑(CDI-PEG),支链聚乙二醇
(PEG),聚乙烯醇(PVA),聚羧酸酯,聚乙烯吡咯烷酮,聚D,L-氨基酸,聚乙烯-共马来酸酐,聚苯乙烯-共马来酸酐,葡聚糖包括羧甲基葡聚糖,肝素,同源白蛋白,纤维素包括甲基纤维素、羧甲基纤维素、乙基纤维素、羟乙基纤维素、羧乙基纤维素和羟丙基纤维素,壳聚糖的水解产物,淀粉例如羟乙基淀粉和羟丙基淀粉,糖原,琼脂糖及其衍生物,瓜尔胶,支链淀粉,菊粉,黄原胶,角叉菜胶,果胶,海藻酸水解产物和生物聚合物。
[0542] 通常,聚合物是聚环氧烷(PAO),例如聚环氧乙烷,例如PEG,通常为mPEG,其具有能够交联的少数反应性基团。通常,聚合物是无毒的聚合物分子,例如(甲氧基) 聚乙二醇(mPEG),其可以使用相对简单的化学方法,共价缀合到MTSP-1多肽(例如,蛋白质表面上的附着基团)。
[0543] 用于附着至MTSP-1多肽的合适聚合物分子包括但不限于聚乙二醇(PEG)和PEG 衍生物,例如甲氧基-聚乙二醇(mPEG)、PEG-缩水甘油醚(Epox-PEG)、PEG-氧羰基咪唑(CDI-
PEG)、支链PEG和聚环氧乙烷(PEO)(参见例如Roberts等人(2002)Advanced Drug Delivery Review 54:459-476;Harris和Zalipsky(编辑)“Poly(ethylene glycol), Chemistry and Biological Applications”ACS Symposium Series 680,1997;Mehvar等人 (2000)
J.Pharm.Pharmaceut.Sci.,3(1):-136;Harris和Chess(2003)Nat Rev Drug Discov.2
(3):214-21;以及Tsubery(2004),J Biol.Chem 279(37):38118-24)。聚合物分子可以具有通常范围为约3kDa至约60kDa的分子量。在一些实施方案中,与本文提供的MTSP-1多肽缀合的聚合物分子具有5、10、15、20、25、30、35、40、45、 50、55、60或多于60kDa的分子量。
[0544] 通过共价附接(缀合)PEG或PEG衍生物(即“PEG化”)来修饰多肽的方法是本领域众所周知的(参见例如,U.S.2006/0104968;U.S.5,672,662;U.S.6,737,505;和 U.S.2004/
0235734)。用于PEG化的技术包括但不限于专门的接头和偶联化学(参见例如,Harris
(2002)Adv.Drug Deliv.Rev.54:459-476),多重PEG部分附着至单个缀合位点(例如,经由使用支链PEG;参见例如,Veronese等人(2002)Bioorg.Med.Chem. Lett.12:177-180),位点特异性PEG化和/或单PEG化(参见例如,Chapman等人(1999) Nature Biotech.17:780-783)和定点酶促PEG化(参见例如,Sato,Adv.Drug Deliv.Rev., 54:487-504,2002)(还参见例如,Lu和Felix(1994)Int.J.Peptide Protein Res.43: 127-138;Lu和Felix(1993)
Peptide Res.6:142-6,1993;Felix等人(1995)Int.J.Peptide Res.46:253-64;Benhar等人(1994)J.Biol.Chem.269:13398-404;Brumeanu等人(1995) J Immunol.154:3088-95;还参见Caliceti等人(2003)Adv.Drug Deliv.Rev.55(10): 1261-77和Molineux(2003)
Pharmacotherapy 23(8Pt 2):3S-8S)。本领域中描述的方法和技术可以产生具有附着至单个蛋白质分子的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或多于10个PEG或PEG衍生物的蛋白质(例如,参见US 2006/0104968)。
[0545] 在本领域中已描述了用于PEG化的众多试剂。此类试剂包括但不限于N-羟基琥珀酰亚胺基(NHS)活化的PEG、琥珀酰亚胺基mPEG、mPEG2-N-羟基琥珀酰亚胺、mPEG 琥珀酰亚胺基α-甲基丁酸酯、mPEG琥珀酰亚胺基丙酸酯、mPEG琥珀酰亚胺基丁酸酯、 mPEG羧甲基3-羟基丁酸琥珀酰亚胺酯、同双功能PEG-琥珀酰亚胺基丙酸酯、同双功能PEG丙、同双功能PEG丁醛、PEG马来酰亚胺、PEG酰肼、对硝基苯基碳酸酯 PEG、mPEG-苯并三唑碳酸酯、丙醛PEG、mPEG丁醛、支链mPEG2丁醛、mPEG乙酰基、mPEG哌啶酮、mPEG甲基酮、mPEG“无接头”马来酰亚胺、mPEG乙烯基砜、 mPEG硫醇、mPEG邻吡啶基硫代酯、mPEG邻吡啶基二硫化物、Fmoc-PEG-NHS、 Boc-PEG-NHS、乙烯基砜PEG-NHS、丙烯酸酯PEG-NHS、荧光素PEG-NHS和生物素 PEG-NHS(参见例如,Monfardini等人,(1995)Bioconjugate Chem.6:62-69;Veronese 等人(1997),J.Bioactive Compatible Polymers 12:197-207;美国专利号5,672,662; U.S.5,
932,462;U.S.6,495,659;U.S.6,737,505;U.S.4,002,531;U.S.4,179,337;U.S. 5,122,
614;U.S.5,183,550;U.S.5,324,844;U.S.5,446,090;U.S.5,612,460;U.S.5,643,575; U.S.5,766,581;U.S.5,795,569;U.S.5,808,096;U.S.5,900,461;U.S.5,919,455;U.S. 5,
985,263;U.S.5,990,237;U.S.6,113,906;U.S.6,214,966;U.S.6,258,351;U.S.6,340,
742; U.S.6,413,507;U.S.6,420,339;U.S.6,437,025;U.S.6,448,369;U.S.6,461,802;
U.S. 6,828,401;和U.S.6,858,736;美国专利公开号2001/0021763;U.S.2001/0044526;
U.S. 2001/0046481;U.S.2002/0052430;U.S.2002/0072573;U.S.2002/0156047;U.S. 
2003/0114647;U.S.2003/0143596;U.S.2003/0158333;U.S.2003/0220447;U.S. 2004/
0013637;US 2004/0235734;U.S.2005/000360;U.S.2005/0114037;U.S. 2005/0171328;和U.S.2005/0209416;欧洲专利号EP 01064951和EP 0822199;以及国际专利公开号WO 00/
176640;WO 00/02017;WO 02/49673;WO 94/28024;和WO 01/87925)。
[0546] d.蛋白质转导结构域
[0547] 本文提供的经修饰的MTSP-1多肽可以与融合蛋白连接,所述融合蛋白含有与蛋白质转导结构域(PTD)缀合的抗体或其抗原结合片段,所述PTD增加抗体在用于疗法的靶部
位,例如粘膜部位,例如眼处的保留。可以采用任何PTD,只要PTD促进与在治疗部位(例如粘膜部位)处的靶细胞表面的结合,和/或经修饰的MTSP-1多肽通过在治疗部位(例如粘膜部
位,例如眼)处的靶细胞的摄取。
[0548] 一般地,PTD包括短阳离子肽,其可以通过静电附着到细胞膜而结合到细胞表面,并且可以通过膜易位被细胞摄取(Kabouridis(2003)TRENDS Biotech 21(11)498-503)。提
供的PTD一般经由结合糖胺聚糖(GAG),例如透明质酸、肝素、硫酸乙酰肝素、硫酸皮肤素、硫酸角蛋白或硫酸软骨素及其衍生物而与靶细胞相互作用。
[0549] 蛋白质转导结构域可以具有任何长度。一般地,PTD的长度范围为长度5或约5 至100或约100个氨基酸。例如,PTD的长度范围可以为长度5或约5至25或约25 个氨基酸。在一些实例中,PTD是长度5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、 17、18、19、20、21、22、23、24或25个氨基酸。
[0550] 单个PTD或其多个可以与经修饰的MTSP-1多肽缀合。这些有利地用于治疗眼部或眼科病症,例如糖尿病性视网膜病变或黄斑变性,包括AMD。例如,相同PTD的多重拷贝(例如,二聚体、三聚体、四聚体、五聚体、六聚体、七聚体、八聚体、九聚体、十聚体或更大的多聚体)或不同的PTD可以与经修饰的MTSP-1多肽缀合。
[0551] 几种蛋白质及其肽衍生物具有细胞内在化特性。示例性的PTD是本领域已知的,并且包括但不限于下表13中列出的PTD,包括例如衍生自以下的PTD:人免疫缺陷病毒1(HIV-
1)TAT(SEQ ID NO:-135;Ruben等人(1989)J.Virol.63:1-8)、疱疹病毒被膜蛋白VP22(SEQ ID NO:140;Elliott和O’Hare(1997)Cell 88:223-233)、黑腹果蝇(Drosophila 
melanogaster)触角足(Antp)蛋白的同源蛋白(Penetratin PTD; SEQ ID NO:112;Derossi等人(1996)J.Biol.Chem.271:18188-18193)、protegrin 1 (PG-1)抗微生物肽SynB(例如,SynB1(SEQ ID NO:121)、SynB3(SEQ ID NO: 122)和Syn B4(SEQ ID NO:123);Kokryakov等人(1993)FEBS Lett.327:231-236) 和卡波西成纤维细胞生长因子(SEQ ID NO:105;Lin等人(1995)J.Biol.Chem. 270-14255-14258)。已发现其它蛋白质及其肽衍生物具有相似的
细胞内在化特性。已衍生自这些蛋白质的载体肽显示与彼此很少的序列同源性,但都是高
度阳离子并富含精氨酸或赖氨酸的。实际上,已显示合成的聚精氨酸肽以高水平的效率被
内在化,并且可以选择用于与所提供的抗体缀合(Futaki等人(2003)J.Mol.Recognit.16:
260-264;Suzuki 等人(2001)J.Biol.Chem.276:5836-5840)。PTD也可以选自一种或多种合成PTD,包括但不限于transportan(SEQ ID NO:136;Pooga等人(1988)FASEB J.12:67–77; Pooga等人(2001)FASEB J.15:1451–1453)、MAP(SEQ ID NO:103;Oehlke等人 (1998)
Biochim.Biophys.Acta.1414:127–139)、KALA(SEQ ID NO:101;Wyman 等人(1997)
Biochemistry 36:3008–3017)及其它阳离子肽,例如,各种β-阳离子肽 (Akkarawongsa等人(2008)Antimicrob.Agents and Chemother.52(6):2120-2129)。另外的PTD肽和变体PTD也在例如以下中提供;美国专利公开号US 2005/0260756、 US 2006/0178297、US 2006/
0100134、US 2006/0222657、US 2007/0161595、US 2007/0129305,欧洲专利公开号EP 
1867661,PCT公开号WO 2000/062067、WO 2003/035892、WO 2007/097561、WO 2007/053512和本文(下文)的表13。本文提供的或本领域已知的任何此类PTD都可以与所提供的治疗性
抗体缀合。
[0552]
[0553]
[0554] 在一些实例中,可以通过用另一个碱性氨基酸替换赖氨酸或精氨酸,例如用精氨酸替换赖氨酸或通过用赖氨酸替换精氨酸来修饰PTD。
[0555] E.评价和/或监测MTSP-1对补体介导的功能的活性的测定
[0556] 本文提供的经修饰的MTSP-1多肽显示出对于补体蛋白C3改变的特异性和/或选择性。示例性的经修饰的MTSP-1多肽特异性切割补体蛋白C3,且从而改变补体活化。进一步
地,本文提供的示例性的经修饰的MTSP-1多肽可以具有对于MTSP-1的底物切割改变或减少
的特异性和/或选择性,所述底物例如蛋白酶活化受体2(PAR-2)、尿激酶型纤溶酶原激活物(uPA)和/或肝细胞生长因子(HGF)。
[0557] 各种体外测定和体内测定可以用于监测或筛选MTSP-1多肽切割补体蛋白C3的能力,以及对补体活化和补体介导的疾病和病症的作用。此类测定是本领域技术人员众所周
知的。本领域技术人员可以测试特定的MTSP-1多肽对于补体蛋白C3的切割,和/ 或测试以
评价与蛋白酶的不存在相比,MTSP-1对补体介导的活性的作用中的任何变化。本文例证了
一些此类测定。
[0558] 本文提供了示例性的体外测定和体内测定,用于比较经修饰的MTSP-1多肽对补体蛋白C3的功能的活性。另外,众多测定,例如用于测量补体活化的测定,是本领域技术人员已知的。用于补体活性的测定包括但不限于测量补体活化的活化产物,例如C5b-9 MAC复合物,以及任何一种或多种补体切割产物如C5a、C3b和C3d的产生的测定。测量补体活化的测定还包括测量补体途径的特异性组分的功能活性的功能测定,例如用于测量经典途径、凝
集素途径或替代途径中任何一种的活化的溶血测定。评价MTSP-1 多肽对补体蛋白和/或补
体介导的功能的作用的测定包括但不限于SDS-PAGE分析,随后为蛋白质印迹或考马斯亮蓝
染色、酶免疫测定和溶血测定。在一个实例中,可以使用纯化的补体蛋白C3执行体外测定,如实施例2中例证的。在另一个实例中,可以通过就补体的功能活化测试物种(包括哺乳动
物或人物种)的血清来执行体内测定,如实施例8和10中例证的。在另一个实例中,可以通过就补体的功能活化测试物种(包括哺乳动物或人物种)的血清来执行体外测定,如实施例4-
6中例证的。在另一个实例中,可以使用肽文库执行体外测定,如实施例5-7中例证的。本领域技术人员已知的各种疾病模型可以用于测试本文提供的MTSP-1多肽对各种补体介导的
疾病和病症的功效。
[0559] 本文还提供的是用于相对于野生型MTSP-1的活性(例如蛋白酶活化受体2 (PAR-2)、尿激酶型纤溶酶原激活物(uPA)和/或肝细胞生长因子(HGF)的切割),测定经修饰的
MTSP-1多肽的活性的示例性测定。还提供的是用于测定经修饰的 MTSP-1多肽对于补体蛋
白C3的特异性的测定。示例性测定在下文描述。
[0560] 1.用于评价MTSP-1用于切割补体蛋白C3以使其失活的活性和特异性的方法
[0561] 与相应的全长野生型或蛋白酶结构域、或者相应形式的未经修饰的MTSP-1蛋白酶 (即,SEQ ID NO:1-4的MTSP-1多肽)相比,经修饰的MTSP-1蛋白酶可以显示出对于使C3失活的特异性和/或选择性中的改变。本文提供的经修饰的MTSP-1蛋白酶可以保留蛋白酶活性,但显示出对于切割C3增加的特异性和/或选择性或活性,以从而抑制补体活化。对任何一种或多种补体蛋白具有增加的特异性和/或选择性的所有此类经修饰的MTSP-1蛋白酶是用于
治疗其中补体活化发挥作用或被涉及的任何病症的候选治疗剂。
[0562] 当经修饰的MTSP-1蛋白酶显示出对任何一种或多种补体蛋白增加的特异性和/或选择性时,体外测定和体内测定可以用于监测或筛选蛋白酶对补体介导的功能的作用。此
类测定是本领域技术人员众所周知的。与经修饰的MTSP-1蛋白酶的不存在相比,本领域技
术人员可以测试经修饰的MTSP-1蛋白酶对于C3的切割,和/或测试以评价与经修饰的MTSP-
1蛋白酶的不存在相比,经修饰的MTSP-1蛋白酶对补体介导的活性的作用中的任何变化。本文例证了一些此类测定。
[0563] 本文提供了示例性的体外测定和体内测定,用于比较经修饰的MTSP-1蛋白酶对任何一种或多种靶向补体蛋白的功能的活性。许多测定适用于其它蛋白酶和经修饰的蛋白
酶。另外,众多测定,例如用于测量补体活化的测定,是本领域技术人员已知的。用于补体活性的测定包括但不限于测量补体活化的活化产物,例如C5b-9MAC复合物,以及任何一种或
多种补体切割产物如C4a、C5a、C3b和C3d的产生的测定。测量补体活化的测定还包括测量补体途径的特异性组分的功能活性的功能测定,例如用于测量经典途径、凝集素途径或替代
途径中任何一种的活化的溶血测定。评价蛋白酶和经修饰的蛋白酶对补体蛋白和/或补体
介导的功能的作用的测定包括但不限于SDS分析,随后为蛋白质印迹或考马斯亮蓝染色、酶免疫测定和溶血测定。在一个实例中,可以使用纯化的补体蛋白执行体外测定。在另一个实例中,可以通过就补体的功能活化测试物种(包括哺乳动物或人物种)的血清来执行体内测
定。示例性测定在下文描述。
[0564] a.蛋白质检测
[0565] 蛋白质检测是测量样品中各个补体组分的手段。可以检测补体蛋白,以直接评价 MTSP-1多肽对补体蛋白C3切割的作用,或可替代地,补体蛋白可以作为评价补体活化的手
段进行测量。在MTSP-1多肽的存在或不存在下处理的补体蛋白C3,可以通过任何一种或多
种测定进行分析,所述测定包括SDS-PAGE,随后为考马斯染色或蛋白质印迹、酶免疫测定、免疫组织化学、流式细胞术、浊度法、琼脂凝胶扩散或放射性免疫扩散。用于蛋白质检测的示例性测定在下文描述。
[0566] i.SDS-PAGE分析
[0567] 在浓度增加的MTSP-1多肽的存在或不存在下,补体蛋白的分析可以通过在 SDS-PAGE上分析蛋白,随后检测这些蛋白来执行。在此类实例中,补体蛋白可以通过对于总蛋白的染色来检测,例如通过考马斯亮蓝染色、染色、或通过本领域技术人员已知的任何其它方法,或通过使用对于特定蛋白质特异性的多克隆抗体或单克隆抗体的蛋白质印迹。通常,可以在MTSP-1多肽的存在或不存在下温育纯化的补体蛋白,例如补体蛋白C3。处理的补体
蛋白可以在SDS-PAGE凝胶上分辨,随后为例如通过用考马斯亮蓝染色检测凝胶中的蛋白质
的方法。处理的蛋白质可以与其同源全长蛋白质进行比较,并且可以确定通过蛋白质的蛋
白酶切割形成的降解产物。
[0568] 在另一个实施方案中,样品例如人血清或血浆或母乳,可以在MTSP-1多肽的存在或不存在下处理,或者可以在用或不用MTSP-1多肽治疗动物或人后收集。可以在 SDS-PAGE上分析MTSP-1处理的样品,并且可以通过使用针对蛋白质的单克隆抗体或多克隆抗体的蛋
白质印迹检测特异性补体蛋白,例如C3、C5或因子B。补体蛋白的切割可以与未用MTSP-1多肽处理的样品进行比较。另外,可以例如通过与刺激经典途径的活化的IgG、或通过刺激替代途径的活化的LPS一起温育,来刺激样品以启动补体活化。可以通过SDS-PAGE分辨样品,用于检测任何一种或多种天然补体蛋白,以确定与未用MTSP-1多肽处理的蛋白质样品相
比,特定蛋白质的切割产物的存在或不存在。在此类实例中,天然补体蛋白的切割效应分子也可以通过使用单克隆抗体和多克隆抗体的蛋白质印迹进行分析,以评价一个或多个补体
途径的活化。补体效应分子的实例可以包括但不限于C3a、C3d、iC3b、Bb和C5-b9。例如,Bb样品中的降低表达可以指示 MTSP-1多肽抑制补体替代途径的活化。还可以确定效应子分子
的切割产物,以评价浓度增加的MTSP-1多肽对补体效应子分子本身切割的作用。
[0569] ii.酶免疫测定
[0570] 酶免疫测定(EIA;也称为酶联免疫吸附测定;ELISA)是用于测量样品中的蛋白质存在的测定。通常,蛋白质的测量是蛋白质与抗体结合的间接测量,所述抗体本身用可检测的底物如酶或荧光化合物进行化学标记。通过测量补体活化后生成的补体效应分子的存
在,EIA测定可以用于测量MTSP-1多肽对补体活化的作用。在此类实例中,样品例如人血清或血浆,可以在浓度增加的MTSP-1多肽的存在或不存在下预处理,然后通过与启动分子一
起温育而活化以诱导补体活化,或者可以在用MTSP-1多肽治疗动物或人后收集。例如,经典途径可以通过使样品与IgG一起温育而活化,并且替代途径可以通过与LPS一起温育而活
化。对于凝集素途径特异性的补体活化测定要求抑制补体的经典途径,因为凝集素途径的
C4/C2切割活性与补体的经典途径共享。使用高离子强度缓冲液可以达到经典途径的抑制,所述高离子强度缓冲液抑制C1q与免疫复合物的结合并破坏C1复合物,而高离子强度缓冲
液则不影响MBL的碳水化合物结合活性。因而,可以通过在1M NaCl的存在下,使样品(例如人血清或血浆)与甘露聚糖包被的表面一起温育来诱导凝集素途径的活化。
[0571] 活化后,可以通过添加Pefabloc(Roche)和EDTA淬灭样品,以使途径的持续活化降到最低。可以通过EIA或ELISA测定分析样品中补体效应分子的存在。用于测量补体蛋白的
EIA和ELISA测定是本领域技术人员众所周知的。可以评价任何补体活化产物。用于测量补
体活化的示例性补体活化产物包括iC3b、Bb、C5b-9、C3a、C3a-desArg 和C5a-desArg。活化的补体途径可以根据测量的补体活化产物来确定。例如,Bb切割产物的测量是替代途径的
独特标记物。
[0572] 在一些实例中,通过经由SDS-PAGE分析蛋白酶处理的、补体刺激的样品,随后为用于鉴定特异性补体组分的蛋白质印迹分析,EIA可以与切割的补体蛋白的检测配对。使用密度测定法软件,补体产物的切割可以与在测定自始至终切割的全长补体组分进行比较,并且可以确定所有主要降解产物的出现和切割百分比。
[0573] iii.放射性免疫扩散(RID)
[0574] 放射性免疫扩散(RID)是这样的技术,其依赖当它倒入时掺入琼脂糖凝胶内的抗体与测试样品中存在的抗原之间形成的免疫复合物的沉淀,导致在样品孔周围的环状沉淀
线。沉淀环的直径与测试样品中存在的抗体(或抗原)浓度成比例。通过将测试样本沉淀环
的直径与已知标准进行比较,可以达到相对不灵敏的特异性抗体或抗原浓度的估计。RID可以用于测量样品中补体蛋白的量。例如,可以在浓度增加的MTSP-1多肽的存在或不存在下
处理样品,例如人血清或血浆。可以将蛋白酶处理的样品加入琼脂糖凝胶的孔中,所述孔已制备为掺入针对任何一种补体蛋白(例如包括但不限于C3、C5、 C6、C7、C9或因子B)的多克隆抗体或单克隆抗体。通过暴露于0.15M NaCl去除未沉淀的蛋白质后,可以通过用蛋白质
染料例如考马斯亮蓝或Crowles双重染剂染色,来评价沉淀的蛋白质环。
[0575] b.溶血测定
[0576] 功能性溶血测定提供关于作为整体的补体功能的信息。这种类型的测定使用抗体致敏或未致敏的绵羊红细胞。溶血测定包括总溶血补体测定(CH50),其测量经典途径和 
MAC裂解绵羊RBC的能力。它取决于经典途径组分(C1至C9)的序贯活化以裂解绵羊红细胞,
所述绵羊红细胞已用最佳量的兔抗绵羊红细胞抗体致敏,以制备细胞抗原- 抗体复合物。
溶血测定还可以包括替代途径CH50测定(兔CH50或APCH50),其测量替代途径和MAC裂解兔
RBC的能力。一个CH50和/或APCH50单位定义为在测试中裂解50%的红细胞所需的血清数量
或稀释度。通常,为了评价补体活化,样品例如人血清或人血浆,可以在浓度增加的MTSP-1多肽的存在或不存在下处理,或者可以在 MTSP-1多肽的存在或不存在下治疗动物或人后
收集。蛋白酶处理的样品可以随后与绵羊的红血细胞混合,所述绵羊的红血细胞已用IgG活化或致敏。混合有绵羊红血细胞的仅水的样品可以充当总裂解对照,以便准确地评价所分
析样品的裂解百分比。可以向样品中添加0.15M NaCl,以终止裂解反应。可以通过测量血红蛋白的释放,来评价通过补体途径的终末组分的活化诱导的红血细胞裂解。测量可以通过
使用分光光度计在415 nm的OD下的样品的光密度(OD)读数。
[0577] 在一个实施方案中,有限稀释溶血测定可以用于测量任一途径的特异性组分的功能活性。在此类测定中,使用这样的血清来源,其具有过量的所有补体组分,但对于样品中测量的那种是缺陷的,即,培养基或血清来源对于特异性蛋白质是补体耗尽的。因此,溶血程度取决于测试样品中的测试组分的存在。在此类测定中,可以在浓度增加的 MTSP-1多肽的存在或不存在下温育纯化的补体蛋白,例如任何一种天然补体蛋白,包括但不限于C3。然后可以将蛋白酶处理的纯化补体蛋白与补体耗尽的培养基或血浆以及IgG活化的绵羊红血
细胞混合,并且可以如上所述评价样品的溶血。在另一个实施方案中,可以通过测定蛋白酶处理的样品的溶血活性,然后在SDS-PAGE凝胶上分析样品,随后用蛋白质染剂例如考马斯
蓝染色,将蛋白酶切割与补体活化相关联。可以评价用蛋白酶处理的纯化的补体蛋白的切
割,并且可以计算在测定自始至终切割的全长补体组分的百分比、以及所有主要降解产物
的出现。可替代地,可以通过蛋白质印迹分析蛋白酶处理的补体蛋白。
[0578] 溶血测定的替代方案称为脂质体免疫测定(LIA),可以用于评价经典途径的活化。 LIA(Waco Chemicals USA,Richmond,Va.)利用二硝基苯基(DNP)包被的脂质体,其含有6-磷酸葡萄糖脱氢酶。当血清与脂质体以及含有抗DNP抗体、6-磷酸葡萄糖和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸的底物混合时,活化的脂质体裂解,并且发生酶促比色反应,其与总的经典补体活性成比例。
[0579] c.用于确定切割位点的方法
[0580] 补体蛋白C3中的切割序列可以通过本领域已知的任何方法(参见例如,公开的美国公开号US 2004/0146938)来鉴定。在一个实例中,通过使补体蛋白C3与本文提供的任何
经修饰的MTSP-1多肽一起温育来确定切割序列。与MTSP-1多肽一起温育后,可以通过SDS-
PAGE分开C3蛋白,并且可以通过用蛋白质染料(例如考马斯亮蓝)染色来鉴定降解产物。可
以对蛋白酶解片段进行测序,以确定切割序列的身份。在鉴定后,基于所需靶底物的切割序列设计的荧光肽底物可以用于评价活性,如下所述。
[0581] 2.用于评价野生型MTSP-1活性的方法
[0582] 本文提供的经修饰的MTSP-1多肽可以对于其正常底物(例如蛋白酶活化受体2 (PAR-2)、尿激酶型纤溶酶原激活物(uPA)和/或肝细胞生长因子(HGF))具有改变的或减少
的特异性。可以测试经修饰的MTSP-1多肽,以确定它们是否保留对于其天然底物的催化效
率和/或底物特异性。例如,可以通过使MTSP-1多肽与PAR-2一起温育,并且检测蛋白质切割产物,来评价PAR-2的切割。在另一个实例中,可以通过测量肽底物的加上荧光
(fluorogenically)标签的四肽,例如荧光底物,例如与四肽连接的荧光团ACC(7-氨基-4-
氨基甲酰基-甲基-香豆素)或AMC-(7-氨基-4-甲基香豆素)的切割,在体外确定PAR-2的切
割。在一些实例中,PAR-2活化测定用于确定本文提供的MTSP-1 多肽的特异性。
[0583] 在另一个实例中,可以通过使MTSP-1多肽与C3一起温育,并且检测蛋白质切割产物,来评价C3的切割。在另一个实例中,可以通过测量肽底物的加上荧光标签的四肽,例如ACC-或AMC-四肽的切割,在体外确定C3的切割。在一些实例中,C3活化测定用于确定本文提供的经修饰的MTSP-1多肽的特异性。在另一个实例中,可以通过使经修饰的MTSP-1多肽与
HGF一起温育,并且检测蛋白质切割产物,来评价HGF的切割。在另一个实例中,可以通过测量肽底物的加上荧光标签的四肽,例如ACC-或 AMC-四肽的切割,在体外确定HGF的切割。在一些实例中,HGF活化测定用于确定本文提供的MTSP-1多肽的特异性。在其它实例中,确定本文提供的MTSP-1多肽与 Kunitz型丝氨酸蛋白酶抑制剂、肝细胞生长因子激活物抑制剂-
1(HAI-1)形成复合物的能力。
[0584] a.MTSP-1底物的切割
[0585] 在一个实例中,可以使用对应于所需切割序列的各个荧光肽底物来测定经修饰的 MTSP-1多肽。例如,关于可以切割任何一个或多个所需切割序列的经修饰的MTSP-1 蛋白酶的测定方法包括:(a)以这样的方式使肽荧光样品(含有所需的靶切割序列)与蛋白酶接触,由此在蛋白酶的作用后,从肽底物序列中释放荧光部分,从而产生荧光部分;并且(b)观察样品是否经历荧光中的可检测变化,所述可检测变化是样品中的酶促活性蛋白酶的存在的
指示。在此类实例中,通过本领域已知的方法将所需的切割序列制备成荧光肽。在一个实施方案中,可以将各个肽切割序列附着至加上荧光标签的底物,例如ACC或AMC荧光离去基团,并且可以确定荧光部分的释放作为蛋白酶对于肽切割序列的特异性的量度。可以例如通过
使用荧光分光光度计来测量靶切割序列的荧光中的增加速率。荧光中的增加速率可以在一
段时间内进行测量。米-门二氏动力学常数可以通过标准动力学方法确定。动力学常数kcat、Km和kcat/Km可以通过以下计算:将底物浓度的倒数相对于底物切割速度的倒数作图,并且拟合至利-伯二氏方程(1/速度= (Km/Vmax)(1/[S])+1/Vmax;其中Vmax=[ET]kcat)。二级速率常数或特异性常数(kcat/Km) 是底物通过特定蛋白酶如何良好地切割的量度。例如,可以制备ACC-或AMC-四肽例如Ac-CPGR-AMC,并且与本文提供的经修饰的MTSP-1多肽一起温育,并且可以通过测定荧光部分的释放来评价MTSP-1多肽的活性。四肽的选择取决于待测定的所需
切割序列,并且可以凭经验确定。
[0586] 在其它实施方案中,还可以测定MTSP-1多肽,以确定当在全长蛋白质的背景下呈递时,它们将切割所需序列。在一个实例中,可以在选择的MTSP-1多肽的存在或不存在下温育纯化的靶蛋白,即PAR-2、uPA或HGF,并且可以通过SDS-PAGE,随后为蛋白质的考马斯亮蓝染色,并且使用密度测定分析切割产物,来监测切割事件。
[0587] b.MTSP-1-底物结合测定
[0588] MTSP-1多肽与MTSP-1底物的结合可以通过本领域技术人员已知的检测蛋白质- 蛋白质结合相互作用的任何测定来评价,所述测定包括但不限于固相结合测定、ELISA、表面等离振子共振和FACS。在一个实例中,可以使用ELISA。将重组底物蛋白固定在微量滴定板上,并且通过加入特异性结合MTSP-1的试剂,例如MTSP-1结合抗体,来测量MTSP-1多肽的结合。在另一个实例中,可以使用表达底物的细胞系,在基于细胞的测定中确定结合。可以用例如生色、荧光或放射性底物来标记MTSP-1多肽,以实现结合的检测。
[0589] c.C3切割测定
[0590] 通过测量与各种浓度的经修饰的MTSP-1蛋白酶温育后剩余的完整人C3的量,通过底物补体蛋白人C3的切割,可以评价经修饰的MTSP-1多肽的活性。根据这个测定,信号在完整的人C3的存在下生成,并且在C3被切割时丧失。
[0591] 纯化的C3蛋白可以与经修饰的MTSP-1多肽一起温育,并且可以通过本领域已知的评价蛋白质浓度的任何测定,例如使用Amplified Luminescent Proximity Homogeneous 
Assay Screen(AlphaScreen;Perkin Elmer),来定量未消化的人C3的残留水平。使 C3/
MTSP-1多肽混合物与α-小鼠IgG包被的受体珠一起温育,并且在温育后,使α-hC3 mAb/受体珠混合物与生物素化的α-hC3 pAb一起温育。将链霉抗生物素蛋白包被的供体珠加入混合
物中,然后测量'alphascreen'信号(激发=680nm,发射=570nm)。这个信号对应于剩余的C3蛋白的浓度。可以计算切割50%的可用hC3所需的MTSP-1多肽的浓度(EC50)。
[0592] 3.特异性
[0593] 通过使用凝胶密度测定法来评价在MTSP-1多肽的存在下温育的全长靶底物在一段时间内的密度测定法中的变化,可以确定靶底物例如补体蛋白C3或MTSP-1底物,例如
PAR-2、uPA或HGF,通过经修饰的MTSP-1多肽的切割的特异性常数。在特定的实施方案中,经修饰的MTSP-1多肽的特异性的比较可以用于确定与野生型或参考 MTSP-1多肽相比,经修
饰的MTSP-1多肽是否显示出对于C3改变的例如增加的特异性。MTSP-1多肽对于靶底物例如
补体蛋白C3的特异性,可以由与非靶底物(例如 MTSP-1的天然野生型底物)相比的靶底物
切割的特异性常数来确定。可以制备经修饰的MTSP-1多肽对于靶底物C3相对于非靶底物
(例如PAR-2、uPA或HGF)的特异性常数比,以确定经修饰的MTSP-1多肽的切割效率比。经修饰的MTSP-1多肽与野生型或参考MTSP-1多肽之间的切割效率比的比较,可以用于评价对于
靶底物的特异性中的倍数变化。当与野生型MTSP-1多肽对于靶底物相对于非靶底物的特异
性进行比较时,特异性可以是至少2倍、至少4倍、至少5倍、至少6倍、至少7倍、8、9、10、20、 
30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900或1000 倍或更多倍。
[0594] MTSP-1多肽的天然底物切割的动力学分析可以与对补体蛋白C3中的所需靶底物切割的分析进行比较,以评价经修饰的MTSP-1多肽对于补体蛋白C3的特异性。另外,可以评价抑制的二级速率常数(ki),以监测经修饰的MTSP-1多肽对于补体蛋白C3的效率和反应
性。为了本文的目的,经修饰的MTSP-1多肽切割C3,使得抑制补体活化,并且如实施例中所示,与未经修饰的经修饰的MTSP-1多肽(或具有C122S替换的经修饰的MTSP-1多肽,其消除
了游离的半胱氨酸,以从而减少聚集)相比,它们以显著更大的活性例如多至少5倍的活性
来实现这点。例如,与SEQ ID NO:4的野生型蛋白酶结构域的11nM相比,SEQ ID NO:35的经修饰的MTSP-1多肽在本文所述的测定中以2nM的ED50切割人C3。
[0595] 4.疾病模型
[0596] 本文提供的经修饰的MTSP-1多肽可以用于本领域技术人员已知的任何临床相关疾病模型中,以确定其对补体介导的疾病或病症的作用。示例性测定包括但不限于关于移
植的测定,包括用人胰岛细胞的体外测定(Tjernberg等人(2008)Transplantation 85: 
1193-1199)、以及用猪肾的离体测定(Fiane等人(1999)Xenotransplantation 6:52-65);
生物相容性,包括体外人工表面诱导的炎症(Lappegard等人(2008)J Biomed Mater Res A 
87:129-135;Lappegard等人(2005)Ann Thorac Surg 79:917-923;Nilsson等人(1998) Blood 92:1661-1667;Schmidt等人(2003)J Biomed Mater Res A 66:491-499);炎症,包括体外大肠杆菌(E.coli)诱导的炎症(Mollnes等人(2002)Blood 100:1867-1877)、以及在狒狒中的肝素/鱼精蛋白复合物诱导的炎症(Soulika等人(2000)Clin Immunol 96: 212-
221);在兔和猴和啮齿类动物中的年龄相关性黄斑变性(Chi等人(2010)Adv Exp Med Biol 
703:127-135;Pennesi等人(2012)Mol.Aspects Med.33(4):487-509;Fletcher 等人
(2014)Optm.Vis.Sci.91(8):878-886;Forest等人(2015)Disease Models and 
Mechanisms 8:421-427);以及在猪(Hanto等人,(2010)Am J Transplant 10(11): 2421-
2430)和犬(Petrinec等人(1996)Surgery 61:1331-1337)中的移植物功能延迟恢复。
[0597] F.生产编码经修饰的MTSP-1多肽的核酸的方法
[0598] 可以通过本领域众所周知的用于蛋白质纯化和重组蛋白质表达的方法,来获得本文所述的经修饰的MTSP-1多肽的多肽。多肽也可以是化学合成的。可以使用标准重组 DNA
方法,从野生型多肽改造经修饰的或变体包括截短形式。例如,可以例如通过定点诱变,从野生型多肽改造经修饰的MTSP-1多肽。
[0599] 1.编码MTSP-1多肽的核酸的分离或制备
[0600] 可以使用本领域已知的用于克隆和分离核酸分子的任何可用方法来克隆或分离多肽。此类方法包括核酸的PCR扩增和文库的筛选,包括核酸杂交筛选、基于抗体的筛选和基于活性的筛选。例如,当通过重组手段产生多肽时,可以使用本领域技术人员已知的用于鉴定编码所需基因的核酸的任何方法。本领域可用的任何方法可以用于例如从细胞或组织
来源获得编码MTSP-1的全长或部分(即,涵盖整个编码区)cDNA或基因组DNA克隆。
[0601] 用于扩增核酸的方法可以用于分离编码所需多肽的核酸分子,包括例如聚合酶链反应(PCR)方法。此类方法的示例包括使用Perkin-Elmer Cetus热循环仪和Taq聚合酶 
(Gene Amp)。含有核酸的材料可以用作原材料,可以从其中分离所需的编码多肽的核酸分
子。例如,DNA和mRNA制剂、细胞提取物、组织提取物、流体样品(例如血液、血清、唾液、母乳)、来自健康和/或患病对象的样品可以用于扩增方法中。来源可以来自任何真核物种,包括但不限于脊椎动物、哺乳动物、人、猪、牛族动物、猫科动物、禽类、马科动物、犬科动物及其它灵长类动物来源。核酸文库也可以用作原材料的来源。引物可以设计为扩增所需的多
肽。例如,可以基于所需多肽由其生成的表达序列来设计引物。可以基于多肽氨基酸序列的反向翻译来设计引物。需要时,简并引物可以用于扩增。在所需序列的3'和5'末端处与序列杂交的寡核苷酸引物可以用作引物,以通过PCR 扩增来自核酸样品的序列。引物可以用于
扩增整个全长MTSP-1或其截短序列,例如编码本文提供的任何可溶性MTSP-1多肽的核酸。
通过扩增生成的核酸分子可以进行测序,并且证实为编码所需的多肽。
[0602] 另外的核苷酸序列可以连接至编码多肽的核酸分子,包括含有限制性核酸内切酶位点的接头序列,用于将合成基因克隆到载体内的目的,例如,蛋白质表达载体或设计用于扩增核心蛋白编码DNA序列的载体。此外,指定功能性DNA元件的另外的核苷酸序列可以可
操作地连接至编码多肽的核酸分子。此类序列的实例包括但不限于被设计为促进细胞内蛋
白表达的启动子序列,以及被设计为促进蛋白分泌的分泌序列,例如异源信号序列。此类序列是本领域技术人员已知的。另外的核苷酸残基序列,例如指定蛋白质结合区域的碱基序
列,也可以与编码酶的核酸分子连接。此类区域包括但不限于促进或编码蛋白质的残基序
列,所述蛋白质促进酶摄取到特异性靶细胞内、或以其它方式改变合成基因的产物的药代
动力学。
[0603] 另外,可以添加标签或其它部分,例如以帮助多肽的检测或亲和纯化。例如,另外的核苷酸残基序列,例如指定表位标签或其它可检测标记物的碱基序列,也可以与编码酶的核酸分子连接。此类序列的示例包括编码SUMO标签或His标签或Flag标签的核酸序列。
[0604] 然后可以将鉴定且分离的核酸插入适当的克隆载体内。可以使用本领域中已知的大量载体-宿主系统。可能的载体包括但不限于质粒或经修饰的病毒,但载体系统必须与所使用的宿主细胞相容。此类载体包括但不限于细菌噬菌体例如λ衍生物,或质粒例如 
pCMV4、pBR322或pUC质粒衍生物或Bluescript载体(Stratagene,La Jolla,CA)。插入克隆载体内可以例如通过将DNA片段连接到克隆载体内来完成,所述克隆载体具有互补的粘性
末端。可以使用TOPO克隆载体(Invitrogen,Carlsbad,CA)来实现插入。
[0605] 如果克隆载体中不存在用于片段化DNA的互补限制性位点,则可以对DNA分子的末端进行酶促修饰。可替代地,可以通过将核苷酸序列(接头)连接到DNA末端上来产生所需的任何位点;这些连接的接头可以含有编码限制性核酸内切酶识别序列的特异性化学合成的
寡核苷酸。在替代方法中,可以通过均聚物加尾修饰切割的载体和蛋白质基因。
[0606] 可以经由例如转化、转染、感染、电穿孔和声孔效应,将重组分子引入宿主细胞内,使得生成基因序列的许多拷贝。在具体实施方案中,用掺入分离的蛋白质基因、cDNA 或合成的DNA序列的重组DNA分子转化宿主细胞使得能够生成该基因的多重拷贝。因此,可以通过生长转化体,从转化体中分离重组DNA分子,并且在必要时,从分离的重组DNA中检索插入的基因,以大数量获得该基因。
[0607] 除重组生产之外,本文提供的经修饰的MTSP-1多肽还可以使用固相技术通过直接肽合成来生产(参见例如,Stewart等人(1969)Solid-Phase Peptide Synthesis,WH 
Freeman Co.,San Francisco;Merrifield J(1963)J Am Chem Soc.,85:2149-2154)。可以使用手动技术或通过自动化来执行体外蛋白质合成。例如,可以根据由制造商提供的说明
书,使用Applied Biosystems 431A Peptide Synthesizer(Perkin Elmer,Foster City 
CA)来达到自动合成。多肽的各种片段可以分开化学合成并使用化学方法组合。
[0608] 2.突变型或经修饰的核酸和编码多肽的生成
[0609] 本文提供的修饰可以通过例如对于本领域技术人员常规的标准重组DNA技术来进行。可以采用本领域已知的实现靶蛋白中的任何一个或多个氨基酸突变的任何方法。方法
包括编码核酸分子的标准定点诱变(使用例如试剂盒,例如可从Stratagene获得的 
QuikChange),或通过固相多肽合成方法。
[0610] 3.载体和细胞
[0611] 对于一种或多种所需蛋白质的重组表达,例如本文所述的任何经修饰的MTSP-1多肽,含有编码蛋白质的核苷酸序列的全部或一部分的核酸可以插入适当的表达载体内,即,含有用于转录和翻译所插入的蛋白质编码序列的必需元件的载体。必需的转录和翻译信号
也可以由关于酶基因的天然启动子和/或其侧翼区供应。
[0612] 还提供的是含有编码酶的核酸的载体。还提供了含有载体的细胞。细胞包括真核细胞和原核细胞,并且载体是适合在其中使用的任何载体。一般地,细胞是能够实现编码蛋白质的糖基化的细胞。
[0613] 提供了含有载体的原核细胞和真核细胞。此类细胞包括细菌细胞、酵母细胞、真菌细胞、古细菌、植物细胞、昆虫细胞和动物细胞。通过在由此编码的蛋白质由细胞表达的条件下,使上述细胞生长并回收表达的蛋白质,使用细胞来产生其蛋白质。为了本文的目的,例如,可以将酶分泌到培养基内。
[0614] 可以就其调节插入序列的表达或以所需方式加工表达的蛋白的能力来选择宿主细胞株。多肽的此类修饰包括但不限于乙酰化、羧化、糖基化、磷酸化、脂化和酰化。翻译后加工可以影响多肽的折叠和/或功能。不同的宿主细胞,例如但不限于CHO(DG44、 DXB11、CHO-K1)、HeLa、MCDK、293和WI38具有用于此类翻译后活性的特异性细胞机制和特征机制,并且可以选择为确保所引入的蛋白质的正确修饰和加工。一般地,细胞的选择是能够将N联糖基化引入表达的多肽内的细胞。因此,提供了含有载体的真核细胞。真核细胞的实例是哺乳动物的中国仓鼠卵巢(CHO)细胞。例如,在二氢叶酸还原酶中缺陷的CHO细胞(例如DG44细胞)用于产生本文提供的多肽。
[0615] 提供的是含有核苷酸序列以及其多重拷贝的载体,所述核苷酸序列编码与天然或异源信号序列偶联的经修饰的MTSP-1多肽,例如经修饰的MTSP-1蛋白酶结构域。可以选择
载体用于在细胞中表达酶蛋白,或者使得酶蛋白作为分泌蛋白表达。
[0616] 在一个实施方案中,提供了含有核苷酸序列或其多重拷贝的载体,所述核苷酸序列编码具有蛋白酶活性,并且含有蛋白酶结构域的全部或一部分的多肽。还提供的是含有
核苷酸序列以及其多重拷贝的载体,所述核苷酸序列编码蛋白酶结构域以及一直到且包括
全长蛋白酶蛋白的另外部分。可以选择载体用于在细胞中表达支架或经修饰的蛋白酶蛋白
或其蛋白酶结构域,或者使得蛋白酶蛋白作为分泌蛋白表达。当表达蛋白酶结构域时,核酸与编码分泌信号的核酸连接,所述分泌信号例如酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)α-交配因子信号序列或其一部分,或天然信号序列。
[0617] 各种宿主-载体系统可以用于表达蛋白质编码序列。这些包括但不限于由病毒(例如牛痘病毒、腺病毒及其它病毒)感染的哺乳动物细胞系统;由病毒(例如杆状病毒) 感染
的昆虫细胞系统;微生物,例如含有酵母的酵母载体;或者用细菌噬菌体、DNA、质粒DNA或粘粒DNA转化的细菌。载体的表达元件在其强度和特异性方面不同。取决于所使用的宿主-载
体系统,可以使用许多合适的转录和翻译元件中的任何一种。
[0618] 本领域技术人员已知的用于将DNA片段插入载体内的任何方法都可以用于构建含有嵌合基因的表达载体,所述嵌合基因含有适当的转录/翻译控制信号和蛋白质编码序列。
这些方法可以包括体外重组DNA和合成技术,以及体内重组(遗传重组)。编码蛋白质或其结构域、衍生物、片段或同源物的核酸序列的表达可以由第二核酸序列调节,使得基因或其片段在用重组DNA分子转化的宿主中表达。例如,可以通过本领域已知的任何启动子/增强子
来控制蛋白质的表达。在一个具体实施方案中,启动子对于所需蛋白质的基因不是天然的。
可以使用的启动子包括但不限于SV40早期启动子(Benoist 和Chambon(1981)Nature 290:
304-310)、劳斯肉瘤病毒的3'长末端重复中包含的启动子(Yamamoto等人(1980)Cell 22:
787-797)、疱疹胸苷激酶启动子(Wagner等人 (1981)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 78:1441-
1445)、金属硫蛋白基因的调节序列(Brinster 等人(1982)Nature 296:39-42);原核表达载体,例如β-内酰胺酶启动子(Jay等人, (1981)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 78:5543)、或tac启动子(DeBoer等人(1983)Proc. Natl.Acad.Sci.USA 80:21-25);还参见“Useful 
Proteins from Recombinant Bacteria”:in Scientific American 242:79-94(1980);含有胭脂碱合成酶启动子(Herrara-Estrella等人 (1984)Nature 303:209-213)、或花椰菜
花叶病毒35S RNA启动子(Garder等人(1981) Nucleic Acids Res.9:2871)、以及光合酶二磷酸核糖羧化酶的启动子(Herrera-Estrella 等人(1984)Nature 310:115-120)的植物表
达载体;来自酵母及其它真菌的启动子元件,例如Gal4启动子、醇脱氢酶启动子、磷酸甘油激酶启动子、碱性磷酸酶启动子、以及显示出组织特异性并且已用于转基因动物中的下述
动物转录控制区:在胰腺腺泡细胞中有活性的弹性蛋白酶I基因控制区(Swift等人(1984)
Cell 38:639-646;Ornitz 等人(1986)Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol.50:399-
409;MacDonald(1987) Hepatology 7:425-515);在胰腺β细胞中有活性的胰岛素基因控制区(Hanahan等人 (1985)Nature 315:115-122),在淋巴样细胞中有活性的免疫球蛋白基因控制区 (Grosschedl等人(1984)Cell 38:647-658;Adams等人(1985)Nature 318:533-
538; Alexander等人(1987)Mol.Cell Biol.7:1436-1444),在睾丸、乳腺、淋巴样细胞和肥大细胞中有活性的小鼠乳腺肿瘤病毒控制区(Leder等人(1986)Cell 45:485-495),在肝中有活性的白蛋白基因控制区(Pinckert等人(1987)Genes and Devel.1:268-276),在肝中
有活性的甲胎蛋白基因控制区(Krumlauf等人(1985)Mol.Cell.Biol.5: 1639-1648;
Hammer等人(1987)Science 235:53-58),在肝中有活性的α-1抗胰蛋白酶基因控制区
(Kelsey等人(1987)Genes and Devel.1:161-171),在髓样细胞中有活性的β珠蛋白基因控制区(Magram等人,(1985)Nature 315:338-340;Kollias等人(1986) Cell 46:89-94),在脑的少突胶质细胞中有活性的髓磷脂碱性蛋白基因控制区(Readhead 等人(1987)Cell 
48:703-712),在骨骼肌中有活性的肌球蛋白轻链2基因控制区(Shani (1985),Nature 
314:283-286),以及在下丘脑的促性腺激素细胞中有活性的促性腺激素释放激素基因控制区(Mason等人(1986)Science 234:1372-1378)。
[0619] 在一个具体实施方案中,使用这样的载体,其含有与编码所需蛋白质或其结构域、片段、衍生物或同源物的核酸可操作地连接的启动子,一个或多个复制起点,以及任选地一种或多种可选择标记物(例如,抗生素抗性基因)。取决于表达系统,特定的启动信号也是MTSP-1序列的有效翻译所需要的。这些信号包括ATG起始密码子和相邻序列。在其中将
MTSP-1的起始密码子和上游序列或其催化活性片段插入适当的表达载体内的情况下,不需
要另外的翻译控制信号。在其中仅插入编码序列或其一部分的情况下,必须提供包括ATG起始密码子的外源转录控制信号。此外,起始密码子必须处于正确的读码框中,以确保整个插入物的转录。外源转录元件和起始密码子可以具有天然和合成的各种来源。通过包括对使
用的细胞系统适当的增强子,可以增强表达的效率(Scharf 等人(1994)Results Probl 
Cell Differ 20:-62;Bittner等人(1987)Methods in Enzymol 153:516-544)。
[0620] 用于转化大肠杆菌细胞的示例性质粒载体包括例如pQE表达载体(可得自Qiagen, Valencia,CA;还参见由Qiagen公开的描述该系统的文献)。pQE载体具有噬菌体T5 启动子(被大肠杆菌RNA聚合酶识别)和双重lac操纵子阻遏模,以在大肠杆菌中提供重组蛋白的
严格调节的高水平表达,用于有效翻译的合成核糖体结合位点,6XHis 标签编码序列,t0和T1转录终止子,ColE1复制起点,以及用于赋予氨苄青霉素抗性的β-内酰胺酶基因。pQE载体使得6xHis标签能够置于重组蛋白的N末端或C末端处。此类质粒包括pQE 32、pQE 30和pQE 
31,其对于所有三个读码框提供多克隆位点,并且提供N末端加上6xHis标签的蛋白质的表
达。用于转化大肠杆菌细胞的其它示例性质粒载体包括例如pET表达载体(参见美国专利号
4,952,496;可得自Novagen,Madison, WI;还参见由Novagen公开的描述该系统的文献)。此类质粒包括pET 11a,其含有T7lac 启动子、T7终止子、可诱导的大肠杆菌lac操纵子和lac阻遏基因;pET 12a-c,其含有 T7启动子、T7终止子和大肠杆菌ompT分泌信号;以及pET 15b和pET19b(Novagen, Madison,WI),其含有用于用His柱的纯化中的His-TagTM前导序列、以及在经过柱纯化后允许切割的凝血酶切割位点、T7-lac启动子区和T7终止子。
[0621] 通常,载体可以是用于在体内或体外表达经修饰的MTSP-1多肽的质粒、病毒或本领域已知的其它。例如,经修饰的MTSP-1多肽在哺乳动物细胞,包括例如中国仓鼠卵巢
(CHO)细胞中表达。
[0622] 可以采用病毒载体,例如腺病毒、逆转录病毒或牛痘病毒载体。在一些实例中,载体是有缺陷的或减毒的逆转录病毒或其它病毒载体(参见美国专利号4,980,286)。例如,可以使用逆转录病毒载体(参见,Miller等人(1993)Meth.Enzymol.217:581-599)。这些逆转录病毒载体已进行修饰,以缺失对于病毒基因组包装和整合到宿主细胞DNA 内不必要的逆转录病毒序列。在一些实例中,配备有编码经修饰的MTSP-1多肽的核酸的病毒可以促进其
在靶组织内的复制和传播。该病毒也可以是裂解病毒或非裂解病毒,其中所述病毒在组织
特异性启动子下选择性复制。随着病毒复制,MTSP-1多肽与病毒基因的共表达将促进病毒
在体内的传播。
[0623] 4.表达
[0624] 可以通过本领域技术人员已知的任何方法,包括体内和体外方法,来产生经修饰的 MTSP-1多肽。经修饰的MTSP-1多肽可以在适合于产生所需量和形式的蛋白质(例如,对
于施用和治疗所需的)的任何生物中表达。表达宿主包括原核和真核生物,例如大肠杆菌、酵母、植物、昆虫细胞、哺乳动物细胞,包括人细胞系和转基因动物。表达宿主可以在其蛋白质生产水平以及表达的蛋白质上存在的翻译后修饰的类型方面不同。表达宿主的选择可以
基于这些及其它因素,例如监管和安全考虑、生产成本以及纯化的需要和方法来进行。技术人员对选择适当的宿主和载体是充分配备的。
[0625] 许多表达载体是可获得的并且是本领域技术人员已知的,并且可以用于表达蛋白质。表达载体的选择将到宿主表达系统选择的影响。一般而言,表达载体可以包括转录启动子和任选地增强子、翻译信号以及转录和翻译终止信号。用于稳定转化的表达载体通常具
有可选择标记物,其允许选择和维持转化细胞。在一些情况下,复制起点可以用于扩增载体的拷贝数。
[0626] 经修饰的MTSP-1多肽也可以作为蛋白质融合物利用或表达。例如,可以生成酶融合物,以向酶添加另外的功能性。酶融合蛋白的实例包括但不限于信号序列,例如用于定位的标签(例如his6标签或myc标签)或用于纯化的标签(例如GST融合),以及用于指导蛋白质
分泌和/或膜结合的序列的融合。
[0627] 例如,本文所述的经修饰的MTSP-1多肽是通过核酸分子或氨基酸序列的表达生成的那种,所述核酸分子编码SEQ ID NO:1-4、11-13和21-59中任何一个中所示的蛋白酶结构域,所述氨基酸序列显示出与SEQ ID NO:1-4、11-13和21-59中任一个中所示的序列至少
65%、70%、75%、80%、84%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、 97%、98%或99%的序列同一性。
[0628] 对于重组蛋白的长期、高产率生产,需要稳定的表达。例如,可以使用表达载体转化稳定表达经修饰的MTSP-1多肽的细胞系,所述表达载体含有病毒复制起点或内源表达元件和可选择标记物基因。在载体引入后,可以允许细胞在富集培养基中生长1-2天,然后再转变为选择性培养基。可选择标记的目的是赋予对选择的抗性,并且其存在允许成功表达
所引入序列的细胞的生长和回收。稳定转化的细胞的抗性细胞可以使用对细胞类型适当的
组织培养技术进行增殖。
[0629] 可以使用任何数目的选择系统来回收转化的细胞系。这些包括但不限于单纯疱疹病毒胸苷激酶(Wigler等人,(1977)Cell 11:223-232)和腺嘌呤磷酸核糖基转移酶(Lowy I等人(1980)Cell 22:817-23)基因,其可以分别用于TK细胞或APRT细胞中。另外,抗代谢物、抗生素或除草剂抗性可以用作用于选择的基础。例如,可以使用赋予对氨甲蝶呤的抗性的
DHFR(Wigler M等人(1980)Proc.Natl.Acad.Sci,77:3567-70);赋予对氨基糖苷类新霉素和G-418的抗性的npt(Colbere-Garapin F等人(1981)J.Mol. Biol.,150:1-14);以及分别赋予对氯磺隆和膦丝菌素乙酰转移酶的抗性的als或pat。已描述了另外的可选择基因,例
如,允许细胞利用吲哚代替色氨酸的trpB、或允许细胞利用组氨醇(histinol)代替组氨酸
的hisD(Hartman SC和RC Mulligan(1988)Proc.Natl. Acad.Sci,85:8047-8051)。可见标记物,例如但不限于花青素、β葡萄糖醛酸酶及其底物、GUS、以及荧光素酶及其底物荧光素,也可以用于鉴定转化体,以及定量可归于特定载体系统的瞬时或稳定蛋白质表达的量
(Rhodes CA等人(1995)Methods Mol.Biol. 55:121-131)。
[0630] 可以监测MTSP-1多肽的存在和表达。例如,可以通过在适当条件下测试条件培养基的透明质酸酶活性,来确定功能多肽的检测。本文提供了评价所表达蛋白质的溶解度和
活性的示例性测定。
[0631] a.原核细胞
[0632] 原核生物,尤其是大肠杆菌,提供了用于产生大量蛋白质的系统。大肠杆菌的转化是本领域技术人员众所周知的简单且快速的技术。用于大肠杆菌的表达载体可以含有诱导型启动子,此类启动子可用于诱导高水平的蛋白表达和用于表达对宿主细胞显示出一定毒
性的蛋白质。诱导型启动子的实例包括lac启动子、trp启动子、杂合tac启动子、 T7和SP6 RNA启动子以及温度调节的λPL启动子。
[0633] 蛋白质,例如本文提供的任何蛋白质,可以在大肠杆菌的细胞质环境中表达。细胞质是还原环境,并且对于某些分子,这可能导致形成不溶性包涵体。还原剂(例如二硫苏糖醇和β-巯基乙醇)和变性剂(例如胍-HCl和尿素)可以用于重新溶解蛋白质。替代方法是在细菌的周质空间中表达蛋白质,所述周质空间提供了氧化环境以及伴侣蛋白样和二硫键异
构酶,并且可以导致可溶性蛋白质的产生。通常,前导序列与待表达的蛋白质融合,其将蛋白质导向周质。然后通过周质内部的信号肽酶去除前导区。靶向周质的前导序列的实例包
括来自果胶裂解酶基因的pelB前导区和衍生自碱性磷酸酶基因的前导区。在一些情况下,
周质表达允许所表达的蛋白质泄漏到培养基内。蛋白质的分泌允许从培养上清液中的快速
简单纯化。可以通过渗透性裂解,从周质中获得未被分泌的蛋白质。与细胞质表达相似,在一些情况下,蛋白质可能变得不溶,并且变性剂和还原剂可以用于促进溶解和重折叠。诱导和生长的温度也可以影响表达水平和溶解度,通常使用25℃至37℃之间的温度。通常,细菌产生无糖基化的蛋白质。因此,如果蛋白质需要糖基化用于功能,则可以在从宿主细胞中纯化后在体外添加糖基化。
[0634] b.酵母细胞
[0635] 酵母如酿酒酵母、栗酒裂殖酵母(Schizosaccharomyces pombe)、解脂耶氏酵母 (Yarrowia lipolytica)、乳酸克鲁维酵母(Kluyveromyces lactis)和巴斯德毕赤酵母
(Pichia pastoris)是众所周知的酵母表达宿主,其可以用于产生蛋白质,例如本文所述的任何宿主。可以用附加型复制载体或通过经由同源重组的稳定染色体整合来转化酵母。通
常,诱导型启动子用于调节基因表达。此类启动子的实例包括GAL1、GAL7和GAL5,以及金属硫蛋白启动子例如CUP1、AOX1或其它毕赤酵母属或其它酵母启动子。表达载体经常包括可
选择标记物,例如LEU2、TRP1、HIS3和URA3,用于转化DNA的选择和维持。酵母中表达的蛋白质经常是可溶性的。与伴侣蛋白(如BiP和蛋白质二硫键异构酶)的共表达可以改善表达水
平和溶解度。另外,可以使用分泌信号肽融合物,例如来自酿酒酵母的酵母交配型α因子分泌信号,以及与酵母细胞表面蛋白例如Aga2p交配粘附受体或Arxula adeninivorans葡糖
淀粉酶的融合物,指导酵母中表达的蛋白质用于分泌。可以改造例如关于Kex-2蛋白酶的蛋白酶切割位点,以在表达的多肽离开分泌途径时从其中去除融合序列。酵母还能够在Asn-
X-Ser/Thr基序处具有糖基化。
[0636] c.昆虫和昆虫细胞
[0637] 昆虫细胞,特别是使用杆状病毒表达的昆虫细胞,可以用于表达多肽例如MTSP-1 多肽。昆虫细胞表达高水平的蛋白质,并且能够具有由高等真核生物使用的大多数翻译后
修饰。杆状病毒具有限制性宿主范围,其改善安全性并减少真核生物表达的调节关注。通常的表达载体使用用于高水平表达的启动子,例如杆状病毒的多面体蛋白启动子。常用的杆
状病毒系统包括杆状病毒,例如苜蓿银纹夜蛾核型多角体病毒(AcNPV)和家蚕核型多角体
病毒(BmNPV),以及昆虫细胞系,例如衍生自草地贪夜蛾(Spodoptera frugiperda)的Sf9、粘虫(Pseudaletia unipuncta)(A7S)和君主斑蝶(Danaus plexippus) (DpN1)。对于高水
平表达,待表达的分子的核苷酸序列在病毒的多面体蛋白起始密码子的紧下游融合。哺乳
动物分泌信号在昆虫细胞中精确地加工,并且可以用于将表达的蛋白质分泌到培养基内。
另外,细胞系粘虫(A7S)和君主斑蝶(DpN1)产生具有类似于哺乳动物细胞系统的糖基化模
式的蛋白质。示例性昆虫细胞是已改变以减少免疫原性的那些,包括具有“哺乳动物化”杆状病毒表达载体的那些和缺乏酶FT3的那些。
[0638] 昆虫细胞中的替代表达系统是使用稳定转化的细胞。细胞系如Schnieder 2(S2)和 Kc细胞(黑腹果蝇)和C7细胞(白纹伊蚊(Aedes albopictus))可以用于表达。果蝇金属
硫蛋白启动子可以用于在用镉或的重金属诱导的存在下诱导高水平的表达。通常通过使
用可选择标记物例如新霉素和潮霉素来维持表达载体。
[0639] d.哺乳动物表达
[0640] 哺乳动物表达系统可以用于表达蛋白质包括MTSP-1多肽。表达构建体可以通过病毒感染(例如腺病毒),或直接DNA转移(例如脂质体、磷酸钙、DEAE-葡聚糖),以及通过物理手段(例如电穿孔和显微注射)转移至哺乳动物细胞。用于哺乳动物细胞的表达载体通常包
括mRNA帽位点、TATA盒、翻译起始序列(Kozak共有序列)和聚腺苷酸化元件。也可以加入
IRES元件,以允许与另一个基因例如可选择标记物的双顺反子表达。此类载体经常包括用
于高水平表达的转录启动子增强子,例如SV40启动子增强子、人巨细胞病毒(CMV)启动子和劳斯肉瘤病毒(RSV)的长末端重复序列。这些启动子增强子在许多细胞类型中都有活性。组织和细胞型启动子和增强子区域也可以用于表达。示例性的启动子/增强子区域包括但不
限于来自以下基因的那些:例如弹性蛋白酶I、胰岛素、免疫球蛋白、小鼠乳腺肿瘤病毒、白蛋白、α甲胎蛋白、α1抗胰蛋白酶、β珠蛋白、髓磷脂碱性蛋白、肌球蛋白轻链2和促性腺激素释放激素基因控制。可选择标记物可以用于选择且维持具有表达构建体的细胞。可选择标
记物基因的实例包括但不限于潮霉素B磷酸转移酶、腺苷脱氨酶、黄嘌呤-鸟嘌呤磷酸核糖
基转移酶、氨基糖苷磷酸转移酶、二氢叶酸还原酶(DHFR)和胸苷激酶。例如,可以在氨甲蝶呤的存在下执行表达,以仅选择表达DHFR基因的那些细胞。与细胞表面信号传导分子(如 
TCR-ζ和FcεRI-γ)的融合可以指导蛋白质在细胞表面上以活性状态的表达。
[0641] 许多细胞系可用于哺乳动物表达,包括小鼠、大鼠、人、猴、鸡和仓鼠细胞。示例性细胞系包括但不限于CHO、Balb/3T3、HeLa、MT2、小鼠NS0(非分泌)及其它骨髓瘤细胞系、杂交瘤和异种杂交瘤细胞系、淋巴细胞、成纤维细胞、Sp2/0、COS、NIH3T3、 HEK293、293S、2B8和HKB细胞。适于无血清培养基的细胞系也是可获得的,其促成从细胞培养基中纯化分泌的蛋白质。实例包括CHO-S细胞(Invitrogen,Carlsbad, CA,目录号11619-012)和无血清EBNA-1细胞系(Pham等人(2003)Biotechnol.Bioeng. 84:332-42)。适于在对于最大表达进行优化的专门培养基中生长的细胞系也是可获得的。例如,DG44 CHO细胞适于在化学组分
明确的、不含动物产物的培养基中的悬浮培养中生长。
[0642] e.植物
[0643] 转基因植物细胞和植物可以用于表达蛋白质,例如本文所述的任何蛋白质。通常使用直接DNA转移例如微粒轰击和PEG介导的转移至原生质体内、以及土壤杆菌介导的转
化,将表达构建体转移至植物。表达载体可以包括启动子和增强子序列、转录终止元件和翻译控制元件。表达载体和转化技术通常分为双子叶植物宿主,例如拟南芥属 
(Arabidopsis)和烟草,以及单子叶植物宿主,例如玉米和水稻。用于表达的植物启动子的实例包括花椰菜花叶病毒启动子、胭脂碱合酶启动子、核糖二磷酸羧化酶启动子、以及遍在蛋白和UBQ3启动子。可选择标记物例如潮霉素、磷酸甘露糖异构酶和新霉素磷酸转移酶经
常用于促进转化细胞的选择和维持。转化的植物细胞可以作为细胞、聚集体(愈伤组织)维
持或再生成全植物。转基因植物细胞还可以包括改造以产生透明质酸酶多肽的藻类。因为
植物具有与哺乳动物细胞不同的糖基化模式,所以这可以影响这些宿主中产生的蛋白质的
选择。
[0644] 5.纯化
[0645] 可以在适合于从细胞培养物中表达和回收编码的蛋白质的条件下,培养用编码经修饰的MTSP-1多肽的核酸序列转化的宿主细胞。一般这样设计由重组细胞产生的蛋白质,
使得它被分泌,但取决于所使用的序列和/或载体,它可以被包含在细胞内。如本领域技术人员将理解的,可以用促进MTSP-1通过原核或真核细胞膜直接分泌的信号序列,设计含有
编码MTSP-1的核酸的表达载体。
[0646] 因此,用于从宿主细胞中纯化多肽的方法取决于所选择的宿主细胞和表达系统。对于分泌的分子,一般在去除细胞后从培养基中纯化蛋白质。对于细胞内表达,可以裂解细胞并且从提取物中纯化蛋白质。当转基因生物如转基因植物和动物用于表达时,组织或器
官可以用作制备裂解的细胞提取物的原材料。另外,转基因动物生产可以包括在乳或蛋中
的多肽生产,所述多肽可以收集,并且必要时,蛋白质可以使用本领域的标准方法提取并进一步纯化。
[0647] 可以使用本领域已知的标准蛋白质纯化技术来纯化蛋白质,例如经修饰的MTSP-1 多肽,所述技术包括但不限于SDS-PAGE、大小分级和尺寸排阻色谱、硫酸铵沉淀和离子交换色谱例如阴离子交换。亲和纯化技术也可以用于改进制剂的效率和纯度。例如,结合MTSP-1蛋白的抗体、受体及其它分子可以用于亲和纯化中。
[0648] 表达构建体还可以进行改造,以向蛋白质中添加亲和标签,例如小泛素样修饰物 (SUMO)标签、myc表位、GST融合物或His6,并且分别用SUMO或myc抗体、谷胱甘肽树脂和Ni-树脂亲和纯化。如本文其它地方所述,此类标签可以与编码MTSP-1 的核苷酸序列连接,其可以促进可溶性蛋白质的纯化。例如,经修饰的MTSP-1多肽可以作为重组蛋白表达,所述重组蛋白具有添加的一个或多个另外的多肽结构域,以促进蛋白质纯化。此类促进纯化的结
构域包括但不限于金属螯合肽,例如允许在固定的金属上纯化的组氨酸-色氨酸模块、允许在固定的免疫球蛋白上纯化的蛋白A结构域、以及在FLAGS延伸/亲和纯化系统中利用的结
构域(Immunex Corp.,Seattle Wash.)。在纯化结构域和表达的MTSP-1多肽之间可切割的
接头序列,例如因子XA或肠激酶 (Invitrogen,San Diego,CA)的包括可用于促进纯化。一种此类表达载体提供了在其中含有MTSP-1多肽和肠激酶切割位点的融合蛋白的表达。小泛
素样修饰物(SUMO) 标签促进在IMIAC(固定化金属离子亲和色谱)上的纯化,而肠激酶切割
位点提供从融合蛋白中纯化多肽的手段。
[0649] 可以通过本领域已知的任何方法来评价纯度,所述方法包括凝胶电泳、正交HPLC 方法、染色和分光光度技术。可以使用本领域技术人员已知的任何测定或方法,例如在节段
5中描述的任何,来分析所表达且纯化的蛋白质。这些包括基于蛋白质的物理和/ 或功能特性的测定,包括但不限于通过凝胶电泳的分析、免疫测定和MTSP-1活性的测定。
[0650] 6.另外的修饰
[0651] 可以修饰本文提供的经修饰的MTSP-1多肽,以改进或改变药代动力学和药理学特性。特别地,经修饰的MTSP-1多肽可以缀合至聚合物,例如PEG部分或葡聚糖或唾液酸化,以减少在血清及其它体液包括玻璃体液中的免疫原性和/或增加半衰期。
[0652] a.PEG化
[0653] 聚乙二醇(PEG)用于生物材料、生物技术和医学中,主要是因为PEG是生物相容性、无毒的水溶性聚合物,其通常是非免疫原性的(Zhao和Harris,ACS Symposium Series 680:458-72,1997)。在药物递送的领域中,PEG衍生物已广泛用于与蛋白质的共价附着中(即“PEG化”),以减少免疫原性、蛋白酶解和肾清除率,以增加血清半衰期并增强溶解度(Zalipsky(1995)Adv.Drug Del.Rev.16:157-82)。类似地,PEG已附着至低分子量、相对疏水的药物,以增强溶解度、减少毒性并改变生物分布。通常,PEG化药物作为溶液注射。
[0654] 相关的应用是用于药物递送中的交联可降解PEG网络或制剂的合成,由于在可降解、可溶性药物载体的设计中使用的许多相同化学也可以用于可降解凝胶的设计中 
(Sawhney等人(1993)Macromolecules 26:581-87)。还已知可以通过混合两种互补聚合物
的溶液来形成大分子间复合物。此类复合物一般通过所涉及的聚合物之间的静电相互作用
(聚阴离子-聚阳离子)和/或氢键(多元酸-多碱),和/或通过聚合物在水性环境中的疏水相
互作用得到稳定(Krupers等人(1996)Eur.Polym J.32:785-790)。例如,在适当条件下混合聚丙烯酸(PAAc)和聚环氧乙烷(PEO)的溶液,导致形成主要基于氢键合的复合物。这些复合物在生理条件下的解离已用于游离药物(即,非PEG化) 的递送。另外,互补聚合物的复合物已由均聚物和共聚物形成。
[0655] 已知用于PEG化的众多试剂是用于治疗性蛋白的PEG部分。试剂和PEG部分是商购可得的。此类试剂包括但不限于多肽与以下的反应:N-羟基琥珀酰亚胺基(NHS) 活化的
PEG、琥珀酰亚胺基mPEG、mPEG2-N-羟基琥珀酰亚胺、mPEG琥珀酰亚胺基α-甲基丁酸酯、mPEG琥珀酰亚胺基丙酸酯、mPEG琥珀酰亚胺基丁酸酯、mPEG羧甲基3-羟基丁酸琥珀酰亚胺酯、同双功能PEG-琥珀酰亚胺基丙酸酯、同双功能PEG丙醛、同双功能PEG丁醛、PEG马来酰亚胺、PEG酰肼、对硝基苯基碳酸酯PEG、mPEG- 苯并三唑碳酸酯、丙醛PEG、mPEG丁醛、支链mPEG2丁醛、mPEG乙酰基、mPEG 哌啶酮、mPEG甲基酮、mPEG“无接头”马来酰亚胺、mPEG乙烯基砜、mPEG硫醇、 mPEG邻吡啶基硫代酯、mPEG邻吡啶基二硫化物、Fmoc-PEG-NHS、Boc-PEG-NHS、乙烯基砜PEG-NHS、丙烯酸酯PEG-NHS、荧光素PEG-NHS和生物素PEG-NHS(参见例如,Monfardini等人,(1995)Bioconjugate Chem.6:62-69;Veronese等人(1997) J.Bioactive Compatible Polymers 12:197-207;U.S.5,672,662;U.S.5,932,462;U.S. 6,495,659;U.S.6,737,505;
U.S.4,002,531;U.S.4,179,337;U.S.5,122,614;U.S.5,324,844; U.S.5,446,090;U.S.5,
612,460;U.S.5,643,575;U.S.5,766,581;U.S.5,795,569;U.S. 5,808,096;U.S.5,900,
461;U.S.5,919,455;U.S.5,985,263;U.S.5,990,237;U.S.6,113,906; U.S.6,214,966;
U.S.6,258,351;U.S.6,340,742;U.S.6,413,507;U.S.6,420,339;U.S. 6,437,025;U.S.6,
448,369;U.S.6,461,802;U.S.6,828,401;U.S.6,858,736;U.S. 2001/0021763;U.S.2001/
0044526;U.S.2001/0046481;U.S.2002/0052430;U.S. 2002/0072573;U.S.2002/0156047;
U.S.2003/0114647;U.S.2003/0143596;U.S. 2003/0158333;U.S.2003/0220447;
U.S.2004/0013637;US 2004/0235734;WO 05/00360;U.S.2005/0114037;U.S.2005/
0171328;U.S.2005/0209416;EP 01064951;EP 0822199; WO 00176640;WO 00/02017;WO 
02/49673;WO 94/28024;和WO 01/87925)。
[0656] 在一个实例中,聚乙二醇具有范围为约3kD至约50kD,并且通常为约5kD至约 30kD的分子量。PEG与药物的共价附着(称为“PEG化”)可以通过已知的化学合成技术来完成。例如,蛋白质的PEG化可以通过在合适的反应条件下,使NHS活化的PEG 与蛋白质反应来完成。
[0657] 尽管众多反应已对于PEG化进行描述,但最一般适用的那些反应赋予方向性,使用温和的反应条件,并且不需要广泛的下游加工,以去除有毒的催化剂或副产物。例如,单甲氧基PEG(mPEG)仅具有一个反应性末端羟基,并且因此其使用限制了所得到的 PEG-蛋白质
产物混合物的一些异质性。一般需要在与末端甲氧基相反的聚合物末端处的羟基的活化,
以完成有效的蛋白质PEG化,目的是使衍生的PEG更易受亲核攻击影响。攻击亲核试剂通常
是赖氨酰基残基的ε-氨基,但如果局部条件是有利的,则其它胺也可以反应(例如,组氨酸的N末端α-胺或环胺)。在含有单个赖氨酸或半胱氨酸的蛋白质中,更直接的附着是可能的。
后者的残基可以被PEG-马来酰亚胺靶向,用于硫醇特异性修饰。可替代地,可以使PEG酰肼与高碘酸盐氧化的透明质酸降解酶反应,并且在NaCNBH3的存在下还原。更具体地,可以在适当的糖基转移酶的存在下,使PEG 化的CMP糖与透明质酸降解酶反应。一种技术是“PEG
化”技术,其中许多聚合物分子与所讨论的多肽偶联。当使用这种技术时,免疫系统在识别多肽的表面上负责抗体形成的表位方面具有困难,从而减少了免疫应答。对于直接引入人
体的循环系统内以给予特定生理效应的多肽(即,药物),通常的潜在免疫应答是IgG和/或
IgM应答,而通过呼吸系统吸入的多肽(即,工业多肽)潜在地可以引起IgE应答(即,过敏应答)。解释减少的免疫应答的理论之一是聚合物分子屏蔽负责导致抗体形成的免疫应答的
多肽表面上的表位。另一种理论或至少部分因素是,缀合物越重,获得的免疫应答越减少。
[0658] 通常,为了制备本文提供的PEG化的经修饰的MTSP-1多肽,经由共价附着将PEG 部分缀合至该多肽。用于PEG化的技术包括但不限于专门的接头和偶联化学(参见例如,
Harris(2002)Adv.Drug Deliv.Rev.54:459-476),将多重PEG部分附着至单个缀合位点(例如,经由使用支链PEG;参见例如,Veronese等人(2002)Bioorg.Med.Chem. Lett.12:177-
180),位点特异性的PEG化和/或单PEG化(参见例如,Chapman等人(1999) Nature 
Biotech.17:780-783),以及定点酶促PEG化(参见例如,Sato(2002),Adv.Drug 
Deliv.Rev.,54:487-504)。本领域中描述的方法和技术可以产生具有附着至单个蛋白质分子的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或超过10个PEG或PEG衍生物(参见例如,美国专利公开号
2006/0104968)。
[0659] b.融合蛋白
[0660] 治疗性蛋白与其它部分的融合物的制备是已知的,所述其它部分例如PEG化、与白蛋白缀合、靶向部分例如抗体及其抗原结合片段、免疫球蛋白、fc融合物、与白蛋白的融合物(HSA)、XTEN融合蛋白、糖基化模式的修饰(关于用于改善治疗性蛋白的药代动力学性质
的各种融合蛋白的综述,参见Strohl(2015)BioDrugs 29:215-239)。用于改善治疗剂的药理学特性的这些已知模式中的任一种都可以应用于本文提供的经修饰的MTSP-1多肽。
[0661] 还提供了含有本文提供的经修饰的MTSP-1多肽和一种或多种其它多肽的融合蛋白。提供了配制用于通过合适途径施用的含有此类融合蛋白的药物组合物。融合蛋白通过
将经修饰的MTSP-1多肽和另一种多肽(例如抗体或其片段、生长因子、受体、配体及其它此类试剂)以任何次序连接而形成,目的是促进蛋白酶的纯化、通过将经修饰的 MTSP-1多肽
引导至靶细胞或组织改变MTSP-1多肽的药效特性、和/或增加经修饰的 MTSP-1多肽的表达
或分泌。在经修饰的MTSP-1多肽融合蛋白内,经修饰的MTSP-1 多肽可以对应于MTSP-1多肽的全部或其催化活性部分。在一些实施方案中,MTSP-1 多肽或其催化活性部分是本文提供的经修饰的MTSP-1多肽。本文提供的融合蛋白基本上保留其对于补体蛋白C3的所有特异性
和/或选择性。一般地,MTSP-1融合多肽保留与非融合MTSP-1多肽相比至少约30%、40%、
50%、60%、70%、80%、85%、90%或 95%的底物特异性和/或选择性,包括与非融合MTSP-
1多肽相比96%、97%、98%、99%或更大的底物特异性。
[0662] 经修饰的MTSP-1多肽和另一种多肽的连接可以直接地或经由接头间接地实现。在一个实例中,键合可以通过化学键合,例如经由异双功能剂或硫醇键合或其它此类键合。 MTSP-1多肽与另一种多肽的融合可以是对MTSP-1多肽的N末端或C末端。可以用于具有本文
提供的经修饰的MTSP-1多肽的融合蛋白中的多肽的非限制性实例包括例如, GST(谷胱甘
肽S-转移酶)多肽、来自免疫球蛋白G的Fc结构域或异源信号序列。融合蛋白可以含有另外
的组分,例如大肠杆菌麦芽糖结合蛋白(MBP),其帮助该蛋白质通过细胞的摄取(参见国际
专利公开号WO 01/32711)。
[0663] MTSP-1多肽融合蛋白可以通过标准重组技术产生。例如,编码不同多肽序列的 DNA片段可以根据常规技术框内连接在一起,例如,通过采用平端或交错端末端用于连接、限制性酶消化以提供适当的末端、适当时粘性末端的填充、避免不期望的连接的碱性磷酸
酶处理和酶促连接。在另一个实施方案中,融合基因可以通过常规技术包括自动DNA合成仪来合成。可替代地,可以使用锚定引物进行基因片段的PCR扩增,所述锚定引物产生在两个连续的基因片段之间互补的突出端,其随后可以进行退火且再扩增,以生成嵌合基因序列
(参见例如,Ausubel等人(编辑)CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY,John Wiley&Sons,1992)。此外,许多表达载体是商购可得的,其已经编码融合部分(例如,GST多肽)。可以将编码MTSP-1的核酸克隆到此类表达载体内,使得融合部分框内连接至MTSP-1多肽。
[0664] Fc融合蛋白,与人血清白蛋白的融合,与羧基末端肽的融合是用于改善肽或生物药物的药代动力学的已知修饰。在其中有与线性或支链单甲氧基聚乙二醇(PEG)的缀合,导致分子量和流体动力学半径中的增加、以及通过肾的肾小球滤过率中的降低。
[0665] 用于改善药代动力学参数的另一种方法包括糖基化模式的修饰,导致清除率减少和半衰期延长。
[0666] 7.核酸分子
[0667] 本文提供了编码MTSP-1多肽的核酸分子。核酸分子包括任何编码的MTSP-1多肽或其催化活性部分的等位基因变体或剪接变体。在一个实施方案中,沿着任何核酸编码的
MTSP-1多肽或其催化活性部分的至少70%的全长,本文提供的核酸分子具有至少 50、60、
65、70、75、80、85、90、91、92、93、94、95或99%的序列同一性,或者在中等或高严格性条件下杂交。在另一个实施方案中,核酸分子可以包括具有任何 MTSP-1多肽或其催化活性部分的简并密码子序列的那些,例如本文提供的那些。编码支架或经修饰的蛋白酶或其催化活性
部分的示例性核酸分子,具有如SEQ ID NO:60-98 中任一个中所示的核苷酸序列。
[0668] 还提供了核酸分子或含有核酸分子的催化活性部分的融合蛋白,其可操作地连接至启动子,例如用于在哺乳动物细胞中表达的诱导型启动子。此类启动子包括但不限于 
CMV和SV40启动子;响应HPV E7癌蛋白的腺病毒启动子,例如E2基因启动子;PV 启动子,例如响应PV E2蛋白的PBV p89启动子;以及被HIV或PV或癌基因活化的其它启动子。
[0669] 本文提供的MTSP-1蛋白酶也可以在基因转移载体中递送至细胞。转移载体还可以编码用于治疗疾病或病症的另外的其它治疗试剂,所述疾病或病症例如类风湿性关节炎或
心血管疾病或AMD或DGF,对于其施用蛋白酶。通过将核酸施用于对象,可以全身使用编码蛋白酶的转移载体。例如,转移载体可以是病毒载体,例如腺病毒载体。也可以将编码蛋白酶的载体掺入干细胞内,并且例如通过在用于疗法的部位处移植或植入干细胞,将此类干细
胞施用于对象。例如,间充质干细胞(MSC)可以被改造为表达蛋白酶,并且此类MSC在用于疗法的移植部位处植入。
[0670] G.组合物、制剂和剂量
[0671] 通过将选择量的多肽与一种或多种生理学上可接受的载体或赋形剂混合,可以以任何常规方式配制含有经修饰的MTSP-1多肽、经修饰的MTSP-1融合蛋白或编码核酸分子的
药物组合物。载体或赋形剂的选择在施用专业人员的能力范围内,并且可以取决于许多参
数。这些包括例如施用模式(即,全身、经口、鼻、肺部、局限性、局部或任何其它模式)和治疗的病症。本文提供的药物组合物可以配制用于单一剂量(直接)施用或用于稀释或其它修
饰。制剂中的化合物浓度对于施用后递送对于预期治疗有效的量有效。通常,将组合物配制用于单一剂量施用。为了配制组合物,将重量分数的化合物或其混合物以有效浓度在选择
的媒介物中溶解、悬浮、分散或以其它方式混合,使得治疗的状况得到缓解或改善。适合于本文提供的化合物施用的药物载体或媒介物包括本领域技术人员已知适合于特定施用模
式的任何此类载体。
[0672] 1.经修饰的MTSP-1多肽的施用
[0673] 多肽可以配制为组合物中的唯一药物活性成分,或者可以与其它活性成分组合。多肽可以例如通过缀合至靶向剂如抗体来靶向用于递送。脂质体悬浮液,包括靶向组织的
脂质体,也可以是适合作为药学上可接受的载体。这些可以根据本领域技术人员已知的方
法制备。例如,脂质体制剂可以如美国专利号4,522,811中所述制备。脂质体递送还可以包括缓释制剂,包括药物基质,例如胶原凝胶和用纤连蛋白修饰的脂质体(参见例如,Weiner等人(1985)J Pharm Sci.74(9):922-5)。
[0674] 活性化合物包括在药学上可接受的载体中,其量足以在不存在对所治疗对象的不期望副作用的情况下发挥治疗有用效应。通过在已知的体外和体内系统,例如本文提供的
测定中测试化合物,可以凭经验确定治疗有效浓度。
[0675] 本文提供的MTSP-1多肽(即,活性化合物)可以通过使混合物例如体液例如玻璃体或其它组织样品与本文提供的MTSP-1多肽,包括本文提供的任何经修饰的MTSP-1 多肽接
触,进行体外、离体或体内施用。例如,当离体施用化合物时,来自对象的体液或组织样品可以与MTSP-1多肽接触,所述MTSP-1多肽包被在管或过滤器例如旁路机中的管(true)或过滤
器上。当体内施用时,活性化合物可以以液体、半液体或固体形式通过任何适当的途径,例如经口、鼻、肺部、肠胃外、静脉内、皮内、玻璃体内、眼周、皮下或局部施用,并且以适合于每种施用途径的方式配制。剂量的确定在医生的能力范围内,并且可以根据特定病症、施用途径和对象。示例性剂量以0.1–1mg给药
[0676] 经修饰的MTSP-1多肽以及生理学上可接受的盐和溶剂化物可以配制用于通过吸入(通过口或鼻)、经口、透皮、肺部、肠胃外或直肠施用的施用。对于通过吸入的施用,经修饰的MTSP-1多肽可以以由加压包或喷雾器呈现的气溶胶喷雾剂的形式递送,伴随合适推进
剂的使用,所述推进剂例如二氯二氟甲烷、三氯氟甲烷、二氯四氟乙烷、二氧化碳或其它合适的气体。在加压气溶胶的情况下,可以通过提供递送计量的量的门来确定剂量单位。可以配制例如用于在吸入器或吹入器中使用的明胶的胶囊和药液筒,其含有治疗性化合物和
合适的粉末基质例如乳糖或淀粉的粉末混合物。
[0677] 对于对肺的肺部施用,经修饰的MTSP-1多肽可以以由喷雾器、涡轮喷雾器、或微处理器控制的计量剂量的经口吸入器呈现的气溶胶喷雾剂的形式递送,伴随合适推进剂的使用。一般地,气溶胶的粒径很小,例如在0.5至5微米的范围内。在配制用于肺部施用的药物组合物的情况下,通常不使用去污剂表面活性剂。肺部药物施用是有希望的非侵入性全身
施用方法。肺代表用于药物递送的吸引人的途径,主要是由于用于吸收的大表面积、薄肺泡上皮、广泛的血管化、缺乏肝首过代谢和相对较低的代谢活性。
[0678] 对于经口施用,药物组合物可以采取例如片剂、丸剂、液体悬浮液或胶囊的形式,其通过常规手段用药学上可接受的赋形剂制备,所述赋形剂例如粘合剂(例如预胶化玉蜀黍淀粉、聚乙烯吡咯烷酮或羟丙基甲基纤维素);填料(例如乳糖、微晶纤维素或磷酸氢钙);
润滑剂(例如硬脂酸镁、滑石或二氧化);崩解剂(例如马铃薯淀粉或羟乙酸淀粉钠);或润湿剂(例如月桂基硫酸钠)。片剂可以通过本领域众所周知的方法进行包被。用于经口施用
的液体制剂可以采取例如溶液、糖浆剂或悬浮液的形式,或者它们可以作为干燥产物呈现,用于在使用前用水或其它合适的媒介物配制。此类液体制剂可以通过常规手段用药学上可
接受的添加剂制备,所述添加剂例如悬浮剂(例如山梨糖醇糖浆、纤维素衍生物或氢化食用脂肪);乳化剂(例如卵磷脂或阿拉伯胶);非水性媒介物(例如杏仁油、油性酯、乙醇或分馏植物油);和防腐剂(例如对羟基苯甲酸甲酯或对羟基苯甲酸丙酯或山梨酸)。适当时,制剂还可以含有缓冲盐、调味剂着色剂甜味剂
[0679] 用于经口施用的制剂可以配制用于活性化合物的控制释放。对于经颊施用,组合物可以采取以常规方式配制的片剂或锭剂的形式。
[0680] 经修饰的MTSP-1多肽可以配制为贮库制剂。此类长效制剂可以通过植入(例如,皮下或肌内)或肌内注射来施用。因此,例如,治疗化合物可以用合适的聚合材料或疏水材料(例如,作为在可接受的油中的乳液)或离子交换树脂,或作为微溶的衍生物,例如,作为微溶的盐配制。
[0681] 经修饰的MTSP-1多肽可以配制用于通过注射(例如通过推注或连续输注)的肠胃外施用。用于注射的制剂可以以单位剂型(例如在安瓿或多剂量容器中)与添加的防腐剂一
起呈现。该组合物可以采取此类形式如在油性或水性媒介物中的悬浮液、溶液或乳液,并且可以含有配制试剂例如悬浮剂、稳定剂和/或分散剂。可替代地,活性成分可以以粉末冻干的形式,用于在使用前用合适的媒介物例如无菌的无热原水配制。
[0682] 经修饰的MTSP-1多肽可以配制用于眼部或眼科递送。眼部药物递送包括例如局部、经口或全身和/或注射的。例如,经修饰的MTSP-1多肽或含有经修饰的MTSP-1 多肽的药物组合物可以例如以滴眼剂的形式局部施用。在另一个实例中,经修饰的 MTSP-1多肽或含有经修饰的MTSP-1多肽的药物组合物可以通过眼周和/或玻璃体内施用,例如通过眼周或
玻璃体内注射来施用。
[0683] 经修饰的MTSP-1多肽、或者含有经修饰的MTSP-1多肽或编码经修饰的MTSP-1 多肽的核酸的药物组合物,可以配制用于全身施用用于治疗DGF。在另一个实例中,经修饰的MTSP-1多肽、或者含有经修饰的MTSP-1多肽或编码经修饰的MTSP-1多肽的核酸的药物组合
物,直接输注或注射到肾内或者移植肾邻近或周围的组织或器官内。经修饰的MTSP-1多肽
或含有经修饰的MTSP-1多肽的药物组合物,可以在同种异体移植的时间之前或在移植时施
用,其中施用以长期的方式持续,和/或可以在此类发作确实发生的情况下,在排斥发作期间施用。
[0684] 药物组合物可以配制用于局限性或局部应用,例如以凝胶、乳膏和洗剂的形式用于局部应用于皮肤(透皮)和粘膜,例如眼中,以及用于应用于眼或者用于脑池内或脊柱内
应用。此类溶液,特别是预期用于眼科用途的溶液,可以用适当的盐配制为0.01%- 10%的等渗溶液和约5-7的pH。化合物可以配制为用于局部应用例如通过吸入的气溶胶(参见例
如,美国专利号4,044,126、4,414,209和4,364,923,其描述了用于递送类固醇的气溶胶,所述类固醇可用于治疗炎性疾病,特别是哮喘)。
[0685] 药物组合物中活性化合物的浓度取决于活性化合物的吸收、失活和排泄速率,剂量时间表和施用的量以及本领域技术人员已知的其它因素。如本文进一步所述,可以使用
与未经修饰的和/或野生型和/或参考的MTSP-1多肽相比,经修饰的MTSP-1多肽的特性和活
性(例如,一种或多种补体蛋白的切割)的比较,凭经验确定剂量。
[0686] 需要时,该组合物可以在包装、试剂盒或分配装置中呈现,其可以含有一种或多种单位剂型,所述单位剂型含有活性成分。在一些实例中,可以将组合物包被在装置例如旁路机中的管或过滤器上。包装例如含有金属或塑料箔,例如泡罩包。包或分配器装置可以伴随施用说明书。含有活性剂的组合物可以包装为含有包装材料、本文提供的试剂和指示对于其提供试剂的病症的标签的制造物品。
[0687] 还提供的是含有编码MTSP-1多肽的核酸分子,包括表达载体的组合物。在一些实施方案中,编码MTSP-1多肽的核酸分子和编码其的表达载体的组合物适合于基因疗法。代
替递送蛋白质,核酸还可以在体内例如全身地或通过其它途径施用,或离体施用例如通过
取出细胞包括淋巴细胞,在其中引入核酸,然后再引入宿主或相容受体内。
[0688] 2.编码经修饰的MTSP-1多肽的核酸的施用(基因疗法)
[0689] MTSP-1多肽可以通过核酸分子的表达而递送至细胞和组织。MTSP-1多肽可以作为编码MTSP-1多肽的核酸分子施用,包括离体技术和体内直接表达。核酸可以通过本领域技
术人员已知的任何方法递送至细胞和组织。分离的核酸可以掺入载体内用于进一步操作。
示例性的核酸是编码核酸或在中等至高严格性下与核酸杂交的任何核酸,所述核酸编码
MTSP-1多肽或其具有SEQ ID NO:21-59中任一个中所示的氨基酸序列的催化活性部分。编
码经修饰的MTSP-1多肽或其催化活性部分的示例性核酸分子具有如 SEQ ID NO:60-98中
任一个中所示的核苷酸序列。
[0690] 通过编码核酸分子的表达用于施用MTSP-1多肽的方法包括重组载体的施用。载体可以例如通过复制起点的包括而设计为保持游离,或者可以设计为整合到细胞的染色体
内。MTSP-1多肽也可以用于使用载体的离体基因表达疗法中。合适的基因疗法载体和递送
方法是本领域技术人员已知的。例如,细胞可以改造为表达经修饰的MTSP-1多肽,例如通过将MTSP-1多肽编码核酸整合到基因组位置内,或可操作地连接至调节序列,或使得它放置
为可操作地连接至基因组位置中的调节序列。此类细胞然后可以局部地或全身地施用于对
象,例如需要治疗的患者。用于体内和离体基因疗法的示例性载体包括病毒载体和非病毒
载体,例如脂质体或人工染色体。
[0691] 可以采用病毒载体,包括例如腺病毒、疱疹病毒、腺伴随病毒(AAV)、逆转录病毒例如慢病毒、EBV、SV40、巨细胞病毒载体、牛痘病毒载体、以及设计用于基因疗法的其它载体。载体可以是保持游离的那些,或者是可以整合到所治疗对象的染色体内的那些。经修饰的
MTSP-1多肽可以由病毒表达,将所述病毒施用于需要治疗的对象。适合于基因疗法的病毒
载体包括腺病毒、腺相关病毒、逆转录病毒、慢病毒和上述的其它病毒。例如,腺病毒表达技术是本领域众所周知的,并且腺病毒的产生和施用方法也是众所周知的。腺病毒血清型可
从例如美国典型培养物保藏中心(ATCC,Rockville, MD)获得。腺病毒可以离体使用,例如,从需要治疗的患者中分离细胞,并且用表达经修饰的MTSP-1多肽的腺病毒载体转导。在合
适的培养期之后,将转导的细胞局部地和/或全身地施用于对象。可替代地,分离表达MTSP-
1多肽的腺病毒颗粒,并且在药学上可接受的载体中配制,用于递送治疗有效量,以预防、治疗或改善对象的疾病或状况。在一个实施方案中,待治疗的疾病由补体活化引起。通常,腺病毒颗粒以范围为1 个颗粒至1014个颗粒/千克对象体重,一般为106或108个颗粒至1012
个颗粒/千克对象体重的剂量递送。
[0692] 可以将核酸分子引入人工染色体及其它非病毒载体内。人工染色体,例如ACES(参见,Lindenbaum等人(2004)Nucleic Acids Res.32(21):e172)可以改造为编码且表达
MTSP-1多肽。简言之,哺乳动物人工染色体(MAC)提供了以自主复制、非整合形式,将遗传信息的大有效载荷引入细胞内的方法。在MAC中独特的是基于哺乳动物卫星DNA的人工染色体
表达系统(ACES),可以在不同物种的细胞系中从头可重现地生成,并且容易从宿主细胞的
染色体中纯化。然后可以使用ACE系统将纯化的哺乳动物ACES再引入各种受体细胞系内,在其中它们已在不存在选择压力的情况下稳定地维持延长时期。使用这种方法,已经在LMTK
(-)和CHO细胞中达到一个或两个基因靶的特异性加载。
[0693] 用于引入编码经修饰的MTSP-1多肽的核酸的另一种方法是在酵母中的两步基因替换技术,其从酵母人工染色体(YAC)中克隆的完整的腺病毒基因组(Ad2;Ketner 等人
(1994)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 91:6186-6190)和质粒开始,所述质粒含有靶向YAC克隆
中的特定区域的腺病毒序列、用于目的基因的表达盒以及阳性和阴性可选择标记物。YAC是特别令人感兴趣的,因为它们允许整合较大的基因。这种方法可以用于构建基于腺病毒的
载体,所述载体带有编码所述经修饰的MTSP-1多肽中的任一种的核酸,用于基因转移至哺
乳动物细胞或整个动物。
[0694] 可以将核酸封装在媒介物如脂质体中,或者引入细胞如细菌细胞,特别是减毒细菌内,或者引入病毒载体内。例如,当采用脂质体时,结合与内吞作用相关的细胞表面膜蛋白的蛋白可以用于靶向和/或促进摄取,例如对于特定细胞类型向性的衣壳蛋白或其片段、关于在循环中经历内在化的蛋白质的抗体、以及靶向细胞内定位并增强细胞内半衰期的蛋
白质。
[0695] 在一些实施方案中,期望提供具有试剂的核酸来源,所述试剂靶向细胞,例如对于细胞表面膜蛋白或靶细胞特异性的抗体、或者关于靶细胞上的受体的配体。本文提供的多核苷酸和表达载体可以通过任何合适的方法制备。进一步提供的是含有如上所述的核酸分
子的核酸载体。进一步提供的是含有如上所述的核酸分子的核酸载体和含有这些载体的细
胞。
[0696] 对于离体和体内方法,将编码MTSP-1多肽的核酸分子引入来自合适的供体或待治疗对象的细胞内。核酸可以引入其内用于治疗目的的细胞包括例如,对于待治疗的疾病或
状况适当的任何所需的可用细胞类型,包括但不限于上皮细胞、内皮细胞、角质形成细胞、成纤维细胞、肌细胞、肝细胞;血细胞例如T淋巴细胞、B淋巴细胞、单核细胞、巨噬细胞、嗜中性粒细胞、嗜酸性粒细胞、巨核细胞、粒细胞;各种干细胞或祖细胞,包括造血干细胞或祖细胞,例如从骨髓、脐带血、外周血、胎儿肝及其其它来源获得的干细胞。
[0697] 对于离体治疗,取出来自供体的与待治疗的对象相容的细胞或来自待治疗的对象的细胞,将核酸引入这些分离的细胞内,并且将经修饰的细胞施用于对象。治疗包括直接施用,例如封装在植入患者体内的多孔膜内(参见例如,美国专利号4,892,538和 5,283,
187)。适合于在体外将核酸转移至哺乳动物细胞内的技术包括脂质体和阳离子脂质(例如
DOTMA、DOPE和DC-Chol)的使用、电穿孔、显微注射、细胞融合、DEAE- 葡聚糖和磷酸钙沉淀法。DNA递送方法可以用于在体内表达MTSP-1多肽。此类方法包括核酸的脂质体递送和裸
DNA递送,包括例如使用电穿孔、超声和磷酸钙递送的局部和全身递送。其它技术包括显微注射、细胞融合、染色体介导的基因转移、微细胞介导的基因转移和原生质球融合
(spheroplast fusion)。
[0698] MTSP-1多肽的体内表达可以与另外分子的表达连接。例如,MTSP-1多肽的表达可以与例如在经改造的病毒中的细胞毒性产物的表达连接、或在细胞毒性病毒中表达。此类
病毒可以靶向特定的细胞类型,所述特定的细胞类型是关于疗效的靶。表达的 MTSP-1多肽可以用于增强病毒的细胞毒性。
[0699] MTSP-1多肽的体内表达可以包括将编码MTSP-1多肽的核酸分子可操作地连接至特定的调节序列,例如细胞特异性或组织特异性启动子。MTSP-1多肽还可以由载体表达,所述载体特异性感染靶细胞类型和/或组织、和/或在靶细胞类型和/或组织中复制。诱导型启动子可以用于选择性调节MTSP-1多肽的表达。
[0700] 可以通过全身施用、局部、局限性及其它施用途径,将作为裸核酸或者在载体、人工染色体、脂质体及其它媒介物中的核酸分子施用给对象。当全身和在体内时,核酸分子或含有该核酸分子的媒介物可以靶向细胞。
[0701] 施用也可以是直接的,例如通过施用通常靶向细胞或组织的载体或细胞。例如,肿瘤细胞和增殖可以是用于在体内表达MTSP-1多肽的靶向细胞。用于在体内表达 MTSP-1多肽的细胞还包括对患者自体的细胞。此类细胞可以从患者中取出,引入用于表达MTSP-1多
肽的核酸,然后例如通过注射或植入施用于患者。
[0702] H.治疗用途和治疗方法
[0703] 本文提供的经修饰的MTSP-1多肽靶向补体蛋白C3,并且允许调节补体介导的疾病和病症。治疗性蛋白酶如本文提供的经修饰的MTSP-1多肽,具有超过常规治疗方法的许多
潜在优点。其中最主要的是以催化方式(即一对多化学计量学)使疾病靶失活的能力。因此,蛋白酶可以在明显低于靶浓度的浓度下维持有效调节。另外的区别性优点包括:(1)不可逆的失活;(2)低给药;(3)降低的给药频率;(4)小分子尺寸;(5) 靶向翻译后修饰的能力;(6)中和高靶浓度的能力;以及(7)靶向远离活性位点的能力。作为治疗剂,蛋白酶必须仍然显示出下述特征:(1)接近分子靶(细胞外),以及 (2)对于对疾病状态关键的靶具有足够严格的特异性。本文提供的经修饰的MTSP-1 多肽可以用于治疗补体介导的疾病和病症。
[0704] 技术人员理解补体系统在疾病过程中的作用,并且知道各种此类疾病。提供的是示例性疾病以及补体蛋白C3在其病因学和病理学中的作用的简短讨论。本文提供的经修饰
的MTSP-1多肽和核酸分子可以用于治疗补体途径的活化牵涉其的任何状况,特别是炎性状
况,包括急性炎性状况例如败血性休克、以及慢性炎性状况例如类风湿性关节炎 (RA)。急性和炎性状况可以表现为免疫介导的疾病,例如自身免疫疾病或由免疫复合物介导的炎症
引起的组织损伤。补体介导的炎性状况也可以表现为具有炎性组分的神经退行性疾病或心
血管疾病。本节段提供了本文提供的经修饰的MTSP-1多肽的示例性用途和施用方法。这些
描述的疗法是示例性的,并且不限制本文提供的经修饰的MTSP-1 多肽的应用。此类方法包括但不限于下文描述且列出的生理和医学状况的治疗方法。此类方法包括但不限于以下的
治疗方法:年龄相关性黄斑变性(AMD)、地图状萎缩(GA)、阵发性睡眠性血红蛋白尿(PNH)、肾移植物功能延迟恢复(DGF)、败血症、类风湿性关节炎(RA)、膜增生性肾小球肾炎(MPGN)、红斑狼疮、多发性硬化(MS)、重症肌无力(MG)、哮喘、炎性肠病、呼吸窘迫综合征、免疫复合物(IC)介导的急性炎症组织损伤、多器官衰竭、阿尔茨海默氏病(AD)、因事件或治疗(例如心肌梗塞(MI)、中风、心肺转流术(CPB)或冠状动脉旁路移植术、血管成形术或血液透析)引起的缺血再灌注损伤、慢性阻塞性肺疾病(COPD)、特发性肺纤维化(IPF)和/或格巴二氏综
合征。
[0705] 用本文提供的经修饰的MTSP-1多肽治疗疾病和状况可以使用如本文所述的合适制剂,通过任何合适的施用途径来实现,包括但不限于皮下注射、经口、玻璃体内、眼周和透皮施用。必要时,可以凭经验确定或推断特定的剂量、持续时间和治疗方案。例如,野生型或参考MTSP-1多肽的示例性剂量可以用作确定适当剂量的起点。与野生型或参考MTSP-1多肽
相比,具有更大的特异性和/或选择性的经修饰的MTSP-1多肽可以在减少的剂量和/或频率
下是有效的。剂量水平可以基于各种因素确定,所述因素例如个体的体重、一般健康、年龄、所采用的特定化合物的活性、性别、饮食、施用时间、排泄率、药物组合、疾病的严重程度和过程、患者对疾病的倾向和主治医生的判断。可以与载体材料组合以产生单一剂型的活性
成分的量根据所治疗的宿主和特定的施用模式而变。
[0706] 在患者的状况改善后,必要时,可以施用维持剂量的化合物或组合物;并且可以修改剂量、剂型或施用频率或其组合。在一些情况下,在疾病症状的任何复发时,对象可能需要在长期基础上的间歇治疗。
[0707] 1.由补体活化介导的疾病
[0708] 补体级联是把双刃剑,通过促进吞噬作用和炎症引起针对细菌和病毒入侵的保护。相反,即使当补体功能起作用时,它也可以通过促进局部炎症和对组织的损害来促成疾病的发展。因此,病理效应由负责补体的保护作用的相同介质介导。例如,过敏和趋化性肽C5a通过募集且活化嗜中性白细胞来驱动炎症,C3a可以引起其它吞噬细胞的病理活化,而
膜攻击复合物可以杀死或伤害细胞。在一个实例中,例如在许多自身免疫疾病中,补体产生组织损害,因为它在不适当的情况下例如被针对宿主组织的抗体活化。在其它情况下,补体可以正常地例如通过败血病活化,但仍促成疾病进展,例如在呼吸窘迫综合征中。在病理学上,如果它控制不当,补体可以引起对血管(血管炎)、肾基底膜以及附着的内皮和上皮细胞(肾炎)、关节滑膜(关节炎)和红细胞(溶血)的损害。
[0709] 补体在许多病症的免疫发病机制中具有作用,所述病症包括自身免疫疾病,例如类风湿性关节炎(参见例如,Wang等人(1995)Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.92:8955-8959; Moxley等人(1987)Arthritis&Rheumatism 30:1097-1104)、红斑狼疮(Wang等人(1996) 
Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.90:8563-8568;和Buyon等人(1992)Arthritis Rheum.35: 
1028-1037)、以及急性肾小球肾炎(Couser等人(1995)J Am Soc Nephrol.5:1888-1894)。
涉及补体系统活化的其它病理状况包括败血症(参见例如,Stove等人(1996)Clin Diag 
Lab Immunol 3:175-183;Hack等人(1989)Am.J.Med.86:20-26)、呼吸窘迫综合征 (参见例如,Zilow等人(1990)Clin.Exp.Immunol.79:151-157;和Stevens等人(1986) 
J.Clin.Invest.77:1812-1816)、多器官衰竭(参见例如,Hecke等人(1997)Shock 7: 74;和Heideman等人(1984)J.Trauma 24:1038-1043)、例如在心血管疾病例如中风或心肌梗塞中发生的缺血再灌注损伤(Austen WG等人(2003)Int J Immunopathol Pharm 16(1):1-8)、
年龄相关性黄斑变性(Bradley等人(2011)Eye 25:683-693;Gemenetzi 等人(2016)Eye 
30:1-14)、以及肾移植物功能延迟恢复(Danobeitia等人(2013)[abstract]. Am J 
Transplant.13(suppl 5);Yu等人(2016)Am J Transplant 16(9):2589-2597; 
Castallano等人(2010)Am J Pathol 176(4):1648-1659)。补体介导的疾病的一些示例性
实例在下文描述。
[0710] a.类风湿性关节炎
[0711] 类风湿性关节炎(RA)是慢性炎性病。它是自身免疫疾病,其中免疫系统攻击正常的组织组分,就像它们是入侵病原体一样。与类风湿性关节炎相关的炎症主要侵袭关节的
衬里。衬里血管、心脏和肺的膜也可以变得发炎。RA的特征在于发炎的滑膜、以及已建立的疾病淋巴滤泡和生发中心中存在的活化的B细胞和浆细胞。这导致滑膜中高水平的局部免
疫球蛋白产生和免疫复合物的沉积,并且与可以充当补体级联的引发剂的关节软骨相关,
所述免疫复合物可以包括IgG和IgM类风湿因子。在发炎的类风湿关节内已发现升高水平的
补体组分,例如C3a、C5a和C5b-9。通过诱导各种促炎活性,例如血管通透性中的改变、白细胞趋化作用以及多重细胞类型的活化和裂解,这些补体组分可以加重与RA相关的炎症。
[0712] b.败血症
[0713] 败血症是由严重感染例如细菌感染引起的疾病,导致全身性炎症应答。细菌细胞壁组分脂多糖经常与败血症相关,尽管其它细菌、病毒和真菌感染也可以刺激败血症症状。
如果机体的天然免疫系统不能防御入侵的微生物,使得例如免疫应答的促炎后果对宿主组
织是损害的,则经常导致败血性休克。败血症的早期阶段的特征在于过度的补体活化,导致补体过敏毒素例如C3a、C4a和C5a的产生增加,所述过敏毒素作用于增加血管通透性、刺激来自嗜中性粒细胞的超氧化物产生并刺激组胺释放。C5a的作用可以促成对细菌感染的生
产性免疫应答,但如果不加以调节,则C5a也可以是严重损害性的。在大肠杆菌诱导的炎症模型中,C5a的阻断通过限制C5a介导的嗜中性粒细胞活化而改善败血症动物的结局,所述
嗜中性粒细胞活化可以导致嗜中性粒细胞介导的组织损伤。
[0714] 对细菌感染的先天性免疫应答的持续损害经常导致慢性败血症或败血性休克,这可以是危及生命的。在败血症的晚期阶段,与早期阶段中发生的过度活跃形成对比,促成持续疾病的是嗜中性粒细胞的“休眠”活性。在晚期阶段,嗜中性粒细胞的主要功能包括趋化作用、呼吸爆发活性和用于细菌杀死的能力是减少的。补体且特别是C5a,在败血症的晚期阶段也发挥作用。在败血症期间C5a的过度产生与血液嗜中性粒细胞的“去活化”相关,所述去活化是已与C5a诱导的嗜中性粒细胞上的其自身受体C5aR的下调相联系的过程(Guo等人
(2003)FASEB J 13:1889)。嗜中性粒细胞上减少水平的C5aR 与血液嗜中性粒细胞结合C5a的能力减弱、趋化应答受损、超氧化物产生丧失以及杀菌活性受损相关联。然而,C5aR水平可以在败血症的晚期阶段开始“恢复”,并且与有益的疾病结果的情况相关联。
[0715] c.多发性硬化
[0716] 多发性硬化(MS)及其动物模型实验性变态反应性脑脊髓炎(EAE)是中枢神经系统(CNS)的炎性脱髓鞘疾病。在MS中,神经组织的炎症引起髓磷脂的丧失,所述髓磷脂是充当脑和脊髓中的神经纤维的一种保护性隔离的脂肪物质。这种脱髓鞘作用沿着神经细胞的覆
盖物留下疤痕组织(硬化)的多个区域,其破坏神经与大脑来回传导电脉冲的能力,产生MS
的各种症状。MS由活化的淋巴细胞、巨噬细胞/小神经胶质细胞和补体系统介导。补体活化可以通过其双重作用促成这些疾病的发病机制:活化的末端复合物C5b-9促进脱髓鞘的能
力,以及亚裂解(sublytic)C5b-9保护少突神经胶质细胞 (OLG)免于凋亡的能力。
[0717] d.阿尔茨海默氏病
[0718] 阿尔茨海默氏病(AD)的特征在于脑内的缠结(通常与微管结合的tau蛋白的异常双螺旋丝)和斑块(主要由β-淀粉样蛋白组成的细胞外沉积物)。尽管,AD的确切原因尚不完全清楚,但AD脑的受累区域中的慢性神经炎症指示促炎介质可以发挥作用。AD脑内的缠结
和斑块与活化的补体片段,例如C4d和C3d一起沉积。同样,AD 脑中的营养不良性神经突可以对于MAC进行免疫染色,指示AD中这些神经突的自催化攻击和伴随的神经突丧失。AD中的补体活化通过经由聚集的淀粉样β蛋白诱导的抗体非依赖性机制发生。此外,补体级联可以通过在AD中全部上调的正五聚蛋白、C反应蛋白(CRP)和淀粉样蛋白P(AP)活化(McGeer等
人,(2002)Trends Mol Med 8: 519)。通过补体调节蛋白例如CD59的补偿性上调不能充分控制以补体介质的增加为标志的AD中的补体活化。因此,补体活化的促炎后果加剧AD进展,并且可能促成神经突破坏。
[0719] e.缺血再灌注损伤
[0720] 缺血再灌注损伤是在缺血事件和后续血流恢复后持续的损伤,其起因于对缺氧性伤害的炎症应答。缺血再灌注损害可以是急性的,如在心脏外科手术过程中,例如在心内直视手术或血管成形术之后,或者是慢性的,如充血性心力衰竭或闭塞性心血管疾病。可以导致缺血再灌注损伤的损伤实例包括心肌梗塞(MI)和中风。炎症应答的启动很可能由组织氧
水平中的增加引起,所述增加伴随再灌注以及伴随的代谢产物积累而发生,所述代谢产物
可以生成其为免疫刺激性的氧自由基。缺血再灌注损伤与各种事件相关,所述事件包括心
肌梗塞的严重程度、脑缺血事件、肠缺血以及血管外科、心脏外科、创伤和移植的许多方面。
损伤表现为先天性免疫系统的炎症事件,特别是补体系统的活化,响应新近改变为非自身
的组织。像这样,缺血再灌注损伤的特征在于由增加的血管通透性引起的组织水肿、以及由多形核白细胞的流入引起的急性炎性细胞浸润。
[0721] 补体系统的活化在缺血再灌注损伤的炎症事件中发挥作用。缺血性损伤导致细胞膜的改变,影响外表面的脂质、碳水化合物或蛋白质,使得这些暴露的表位被改变,并且可以充当新抗原(经修饰的自身抗原)。循环IgM识别并结合新抗原,以在受损的细胞表面上形成免疫复合物。形成的抗原-抗体复合物是补体经典途径的典型激活物,尽管所有途径都可能以某种方式涉及了损伤的加剧效应。补体的经典途径对缺血再灌注损伤的牵涉由在C3或
C4中遗传缺陷的小鼠加以证明,所述小鼠在后肢和损伤的动物模型中展示免于局部损伤的
相等保护(Austen等人(2003)Int J Immunopath Pharm 16:1)。相反,在缺血性损伤的肾模型中,C3、C5和C6缺陷小鼠是受保护的,而C4缺陷小鼠则不是,指示替代补体途径的重要性(Guo等人(2005)Ann Rev Immunol 23:821)。补体活化后诱导的介质启动针对在局部损伤
的部位处的细胞膜的炎症应答。
[0722] 在缺血再灌注损伤中补体的主要效应机制是嗜中性粒细胞通过补体组分例如C5a 对发炎组织的流入和活化。嗜中性粒细胞的活化导致活性氧的产生增加、以及局部受损器
官中溶酶体酶的释放,其最终导致细胞凋亡、坏死和器官功能的丧失。终末MAC C5b-9的生成也促成缺血再灌注损伤中的局部组织损伤。
[0723] f.眼部病症
[0724] 在正常的眼中,补体系统以低水平持续活化。膜结合和可溶性眼内补体调节蛋白紧密调节这种自发的补体活化。低水平的补体活化保护不受病原体,而不引起对自身组织
的任何损害和视力丧失。补体系统和补体调节蛋白控制自身免疫性葡萄膜炎中的眼内炎
症,并且在角膜炎症、年龄相关性黄斑变性和糖尿病性视网膜病变的发展中发挥重要作用。
补体系统在糖尿病性视网膜病变(参见例如,Ghosh等人(2015)Endocr Rev 36: 272–288)、以及糖尿病性神经病变和糖尿病性心血管疾病的发病机制中发挥重要作用。自发性补体活
化可以在感染后引起对角膜组织的损害。补体抑制是各种眼部疾病的治疗中的相关治疗靶
(参见例如,Purushottam等人(2007)Mol Immunol.44:3901–3908)。
[0725] 年龄相关性黄斑变性(AMD)
[0726] 年龄相关性黄斑变性是临床术语,其描述了特征在于进行性中心视力丧失的各种疾病。在许多工业化国家中,AMD是老年个体中的视力丧失的主要原因(Jager等人(2008) N Engl J Med 358:2606-2617)。视力丧失由于黄斑的进行性变性而发生,所述黄斑是在眼的后部处包含高密度的锥体光感受器的区域,所述锥体光感受器专门用于高敏度中心视力。
[0727] AMD可以表现为干性(非新生血管性)AMD和/或湿性AMD。干性AMD是更常见(85-90%的病例)和更温和形式的AMD,并且特征在于黄斑内和黄斑下的小的圆形白黄色病变
(玻璃疣)。晚期干性AMD或地图状萎缩,导致由于PRE光感受器丧失的视网膜变薄、黄斑恶化和最终失明。尽管较罕见,但与湿性AMD相关的视力丧失一般比干性AMD中更严重。湿性AMD包括致病性血管的形成,称为脉络膜新生血管形成 (CNV),其中异常血管在视网膜的视网
膜色素上皮(RPE)层之下发展。视网膜通过布鲁赫膜(脉络膜与视网膜色素上皮(RPE)之间
的细胞外基质)中的破裂从下层脉络膜的CNV侵入,或其破坏可以引起AMD中的视力丧失(例
如,由于视网膜下出血和/ 或瘢痕形成)。
[0728] AMD的早期临床标志包括布鲁赫膜的增厚和玻璃疣的出现(Gass,J.D.(1972) Trans.Am.Ophthalmol.Soc.70:409-36),所述玻璃疣是由聚集蛋白以及位于RPE和布鲁赫
膜之间的脂类和细胞组分组成的细胞外脂蛋白沉积物,所述聚集蛋白例如白蛋白、载脂蛋
白E(APOE)、补体途径的组分(例如补体因子H(CFH)、C1q、C3、C5、C5b、 C6、C7、C8、C9和玻连蛋白(Hageman等人,(2001)Prog.Retin.Eye.Res.29:95-112; Hageman等人(2005)
Proc.Nat.Acad.Sci.102:7227-7232;Mullins等人(2000)FASEB J 14:835-846;Anderson等人,(2010)Pro.Retin.Eye Res.29:95-112)、免疫球蛋白和/或淀粉样β(Crabb等人
(2002)Proc Natl Acad Sci 99:14682-14687;Johnson等人 (2002)99:11830-11835)。AMD中的炎症通过替代补体途径的失调来介导。补体组分C3和C5是患有AMD的患者中的玻璃疣
的主要组成成分(Mullins等人,(2000)FASEB J 14,835-46;Johnson等人,(2000)Exp Eye Res 70,441-9;Anderson等人,(2002) Am J Ophthalmol 134,411-31;和Leitner等人,(2001)Exp Eye Res 73,887-96)。假设玻璃疣的生物发生涉及慢性炎症过程,其或者可以触发补体活化和可以裂解RPE细胞的MAC形成,或者扰乱RPE细胞中的生理稳态,导致AMD的
炎症特征(Johnson等人(2001)Exp Eye Res 73,887-896)。补体蛋白(例如C3d)也在AMD患
者的血液中检测到(Scholl等人,(2008)PLoS One 3:e2593),指示AMD诱导的炎症可以是全身性的。存在关于补体在干性AMD的发病机制中的作用的遗传证据(Klein等人(2005) 
Science 308(5720):385-389;Yates等人,(2007)NEJM 357:553-561),并且坎普他汀(以及坎普他汀衍生物APL-1和APL-2)和POT-4(Potentia Pharmaceuticals),C3 的小肽抑制剂,可以减慢AMD中的地图状萎缩的进展(Ricklin等人(2008)Adv.Exp. Med.Biol.632:273-
292),指示C3(即,C3抑制)是用于AMD治疗的可行靶。近期临床结果已验证了这些结论和发现。C3是关于补体介导的疾病和状况或其中补体发挥作用的那些的可行临床靶。
[0729] g.器官移植和移植物功能延迟恢复(DGF)
[0730] 补体在缺血再灌注损伤的发病机制中发挥作用。肾脏再灌注损伤的机制取决于C5a 和C5b-9的生成,这两者均具有对肾小管的直接毒性,促成急性肾小管坏死和细胞凋
亡,并且导致缺血后的急性肾衰竭和组织纤维化。依次地,这些终末途径组分的生成取决于 C3的肾内合成、以及对于补体活化必需的其它补体组分的可用性。供体器官中C3的表达水
平强烈取决于冷缺血时间(Elham等人(2010)Curr Opin Organ Transplant.15: 486–
491)。
[0731] 实体器官移植中的排斥受到起始炎症应答和后续适应性同种免疫应答的影响,这两者均受各种补体组分的影响。补体蛋白在缺血再灌注的过程中在移植后的器官损害中,
以及调节适应性免疫应答的活化中起重要作用。抑制补体或调节补体蛋白分子的功能可以
减少移植器官的损害,并且增加器官的寿命(参见例如,Elham等人(2010)Curr Opin Organ Transplant.15:486–491)。靶向补体组分用于治疗干预可以减少在器官恢复时、转移和移植后的器官损害。此类器官的实例是肾。可以施用本文提供的经修饰的MTSP-1 多肽,以减轻和/或治疗移植后的器官损害。
[0732] 移植物功能延迟恢复(DGF),例如肾、肝、肺和/或心脏的移植物功能延迟恢复,是器官移植患者子集中发生的状况,其中移植的器官未能在移植后立即正常起作用。其它可能的移植包括但不限于血管组织、眼、角膜、晶状体、皮肤、骨髓、肌肉、结缔组织、胃肠组织、神经组织、骨、干细胞、胰岛、软骨、肝细胞和造血细胞。肾DGF的特征在于肾同种异体移植物的急性坏死,并且已通过在移植后不久的透析需要在临床上进行定义。在移植过程期间的
急性肾损伤频繁表现为DGF。DGF的病理学基础很复杂,具有来自供体衍生的因素(例如供体年龄和缺血的持续时间)、以及受体的因素(例如再灌注损伤、免疫应答和用免疫抑制剂用
药的治疗)的贡献。
[0733] 补体级联和补体活化的组分作为导致DGF的移植排斥和缺血再灌注损伤的介质发挥关键作用。动物研究已确定关于补体在缺血性再灌注损伤中的关键作用。例如,依库珠单抗,针对C5的人源化单克隆抗体,阻断补体活化,并且显示预防高危肾移植患者子集中的移植物功能延迟恢复(参见例如,Horizon Scanning Research and Intelligence Centre 
brief,2016 September;Johnson等人(2015)Curr Opin Organ Transplant 20(6): 643-
651;Yu等人(2016)Am J Transplant 16(9):2589-2597)。颗粒C4d沉积与人肾同种异体移植物受体中的DGF相关( 等人(2014)Transpl Int 27(3):312-321)。增加的C3产生与
肾移植排斥相关(Pratt等人(2002)Nat Med 8(6):582-587;Damman 等人(2011)Nephrol 
Dial Transplant 26(7):2345-2354)。因此,本文提供的经修饰的 MTSP-1多肽可以用作用于预防或改善或消除移植排斥和DGF的治疗剂。
[0734] 2.治疗用途
[0735] a.免疫介导的炎性疾病
[0736] 本文所述的经修饰的MTSP-1多肽可以用于治疗炎性疾病。可以用蛋白酶治疗的炎性疾病包括急性和慢性炎性疾病。示例性的炎性疾病包括中枢神经系统疾病(CNS)、自身免疫疾病、气道高反应性状况例如哮喘、类风湿性关节炎、炎性肠病和免疫复合物 (IC)介导的急性炎性组织损伤。
[0737] 实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)可以充当关于多发性硬化(MS)的模型 (Piddlesden等人(1994)J Immunol 152:5477)。通过用髓磷脂和髓磷脂组分例如髓磷脂碱性蛋白、蛋白脂质蛋白质和髓磷脂少突胶质细胞糖蛋白(MOG)免疫,可以在许多遗传易感物种中诱导EAE。例如,MOG诱导的EAE概括重现(recapitulate)人 MS的基本特征,包括慢性、复发性临床疾病过程,炎症的病理组织学三联征,反应性神经胶质增生以及大的汇合性脱
髓鞘斑块的形成。经修饰的MTSP-1多肽可以在EAE 动物模型中进行评价。例如通过每天腹
膜内注射施用经修饰的MTSP-1多肽,并且与对照动物相比,监测症状的过程和进展。还可以通过在溶血测定中测定血清补体活性,并且通过测定补体组分例如C1、C3和C9的沉积,来测量可以加重疾病的炎性补体组分的水平。
[0738] 补体活化调节疾病如类风湿性关节炎(RA)中的炎症(Wang等人,(1995)PNAS 92:8955)。经修饰的MTSP-1多肽可以用于治疗RA。例如,MTSP-1多肽可以局部或全身注射。经修饰的MTSP-1多肽可以每天或每周给药。PEG化的MTSP-1多肽可以用于减少免疫原性。在一个实例中,II型胶原诱导的关节炎(CIA)可以在小鼠中进行诱导,作为自身免疫性炎性关节疾病的模型,其在组织学上类似于RA,所述RA的特征在于炎性滑膜炎、血管翳形成、以及软骨和骨的侵蚀。为了诱导CIA,在完全弗氏佐剂的存在下的牛II型胶原(B-CII)可以在尾的基
部处进行皮内注射。在21天后,可以使用等同的方案对小鼠再免疫。为了检查MTSP-1多肽的效应,在用B-CII的初始攻击后 3周,MTSP-1多肽或对照可以进行腹膜内施用,每周两次,共
3周。小鼠可以在初次免疫后7周被处死用于组织学分析。为了评价MTSP-1多肽对已确定疾
病的疗效,可以在一个或多个肢体中的临床关节炎发作后,每天施用MTSP-1多肽,总共10
天。可以通过使用卡尺测量爪厚度来监测最初受影响的关节中的肿胀程度。在这两种模型
中,可以从小鼠中抽取血清,用于溶血测定以及活化补体标记物例如C5a和C5b-9的测量。在另一个实例中,灵长类动物模型可用于RA治疗。可以在用MTSP-1多肽和对照治疗的对象中
监测触痛关节和肿胀关节的应答,以评价MTSP-1多肽治疗。
[0739] 经修饰的MTSP-1多肽可以用于治疗免疫复合物(IC)介导的急性炎性组织损伤。 IC介导的损伤由针对组织中的IC沉积的局部炎症应答引起。随之发生的炎症应答的特征在
于水肿、嗜中性粒细胞增多、出血和最后的组织坏死。可以在体内Arthus(RPA) 反应中研究IC介导的组织损伤。简言之,在RPA反应中,将过量的抗体(例如兔IgG 抗鸡卵白蛋白)注射到动物(例如大鼠或豚鼠)的皮肤内,所述动物先前已用相应的抗原(即,鸡卵白蛋白)进行
静脉内输注(Szalai等人,(2000)J Immunol 164:463)。紧在RPA反应起始之前,可以通过经由右股静脉的静脉内注射,与相应的抗原同时施用MTSP-1多肽或推注对照。可替代地,可以在RPA反应的最初一小时内,紧在抗原注射后以及恰好在抗体的皮肤注射之前开始,施用
MTSP-1多肽。在RPA起始后的不同时间,可以通过收集血液以确定血清的溶血活性,并且通过收获皮肤的受感染区域用于定量病变大小,来评价MTSP-1多肽对补体依赖性IC介导的组
织损伤生成的作用。
[0740] 治疗性MTSP-1多肽如本文所述的那些可以用于治疗败血症和严重败血症,其可以导致致命性休克。补体介导的致命性休克模型可以用于测试MTSP-1多肽作为治疗试剂的效
应。在一个此类实例中,可以用痕量的脂多糖(LPS)预处理大鼠,随后施用针对补体的膜抑制剂的单克隆抗体(抗Crry)(Mizuno等人,(2002)Int Arch Allergy Immunol 127:55-
62)。可以在致命性休克的起始过程期间的任何时间,例如在LPS引发之前、 LPS引发之后或抗Cry施用之后,施用MTSP-1多肽或对照,并且可以评价大鼠从致命性休克的拯救。
[0741] b.神经退行性疾病
[0742] 补体活化加剧阿尔茨海默氏病(AD)的进展,并且促成AD脑中的神经突丧失。本文所述的经修饰的MTSP-1多肽可以用于治疗AD。模拟AD的一些神经病理学和行为特点的小鼠
模型可以用于评价MTSP-1多肽的疗效。转基因小鼠模型的实例包括在侵略性启动子的控制
下,将具有致病突变的人淀粉样前体蛋白(APP)或早老素1(PS1) 蛋白引入小鼠内。这些小
鼠发展AD的特征,包括β淀粉样蛋白斑块和营养不良性神经突中的增加。关于APP和PS1突变蛋白的双重转基因小鼠发展大量原纤维β-淀粉样蛋白斑块,并且显示活化的神经胶质以及与斑块相关的补体因子。可以例如通过每天腹膜内或静脉内注射来施用MTSP-1多肽,并且
与对照动物相比,监测症状的过程和进展。
[0743] c.心血管疾病
[0744] 本文提供的经修饰的MTSP-1多肽可以用于治疗心血管疾病。MTSP-1多肽可以用于治疗心血管疾病,包括起因于中风、心肌梗塞、心肺转流术、冠状动脉旁路移植术、血管成形术或血液透析的缺血再灌注损伤。MTSP-1多肽也可以用于治疗与可能促成组织损伤的心肺
转流术相关的炎症应答。一般地,MTSP-1多肽可以在诱导补体介导的缺血再灌注损伤的治
疗或事件之前、同时或随后施用。在一个实例中,可以在通过补体介导的缺血损伤诱导事
件,例如血管成形术的冠状动脉旁路移植术治疗对象之前,将 MTSP-1多肽施用于对象。
[0745] 可以在损伤的动物模型中评价MTSP-1多肽对缺血再灌注损伤的治疗的作用。在一个此类模型中,通过在离其起源5-8mm的左前降支(LAD)冠状动脉周围放置3-0缝线,并且收紧结扎使血管变得完全闭塞(Buerke等人,(2001)J Immunol 167:5375),在已具有在其前心包中制备的切口的兔中诱导心肌缺血。可以在冠状动脉闭塞后55分钟(即,再灌注前5分
钟),作为推注以递增剂量静脉内给予MTSP-1多肽,例如经修饰的MTSP-1多肽,或对照媒介物例如盐水。五分钟后(即,总共60分钟的缺血后),可以解开LAD结扎,并且缺血的心肌可以再灌注3小时。在再灌注期结束时,收紧LAD 周围的结扎。可以通过评价对心肌坏死、血浆肌酸激酶水平和嗜中性粒细胞活化的标记物,例如髓过氧化物酶活性和超氧化物自由基释放
的作用,来分析MTSP-1多肽对缺血性损伤的作用。
[0746] 在用含有6%人血浆的Krebs-Henseleit缓冲液灌注分离的小鼠心脏后,补体介导的心肌损伤持续的另一种模型中,用经修饰的MTSP-1多肽的治疗可以用于限制对心脏的组
织损害。在此类实例中,用于灌注心脏的缓冲液可以补充有不同剂量的经修饰的MTSP-1多
肽。可以测定被灌注的心脏中人C3和C5b-9的沉积,冠状动脉灌注压力,舒张末期压力和心率。
[0747] 本文提供的经修饰的MTSP-1多肽可以用作在心肺转流术(CPB)或冠状动脉旁路移植术之前或之后的治疗剂,以抑制经常在旁路术之后,并且可以促成组织损伤的炎性免疫
应答。全血在体外旁路回路中的体外再循环可以用于刺激血小板和白细胞改变,以及由CPB诱导的补体活化(Rinder等人(1995)J.Clin.Invest.96:1564)。在此类模型中,可以恰好在将血液加入体外循环之前,将以不同剂量的MTSP-1多肽或对照缓冲液加入已经含有来自健
康供体和猪肝素的血液的转移包中。血液样品可以在再循环后的5、 15、30、45、60、75和90分钟时抽取,并且测定补体研究分析,例如溶血测定和/或补体活化测定,以测量C5a、C3a和/或sC5b-9。在它加入体外循环之前抽取的预处理血液样品可以用作对照。可以执行血样的流式细胞术,以确定血液中的循环白细胞(即嗜中性粒细胞)群体上的粘附分子水平,例
如CD11b和P-选择蛋白水平。
[0748] d.年龄相关性黄斑变性(AMD)
[0749] 本文所述的经修饰的MTSP-1多肽可以用于治疗年龄相关性黄斑变性(AMD)。可以用蛋白酶治疗的年龄相关性黄斑变性(AMD)包括湿性AMD、干性AMD和地图状萎缩。模拟人病症的许多特征的众多AMD动物模型是可获得的(Pennesi等人(2012) Mol.Aspects Med.33
(4):487-509)。补体途径基因中的突变已显示增加或降低对AMD 的敏感性(Edwards等人
(2005)Science 308(5720):421-424;Hageman等人(2005) Proc.Nat.Acad.Sci 102(20):
7227-7232;Klein等人(2005)Science 308(5720):385-389)。例如,在通常与C3b相互作用的补体因子H(CFH)中,单核苷酸多态性Y402H阻止 C3b与因子B的结合,导致C3形成的抑制。
Y402H与人中的AMD风险增加相关,并且该突变先前在43-59%的AMD患者中得到鉴定
(Haines等人(2005)Science 308(5720): 419-421;Thakkinstian等人(2006)
Hum.Mol.Genet.15(18):2784-2790;Zareparsi 等人(2005)Am.J.Hum.Genet.77(1):149-
153)。
[0750] 缺乏制备CFH的能力的遗传修饰的小鼠发展AMD的特征,包括视网膜异常、视敏度降低和补体沉积(Coffey等人(2007)Proc.Nat.Acad.Sci.104:16651-16656)。补体蛋白因
子B(Montes等人(2009)Proc.Nat.Acad.Sci.106(11):4366-4371)、C2(Gold 等人(2006)
Nat.Genet.38(4):458-462)、以及C3(Maller等人(2007)Nat.Genet.39 (10):1200-1201;
Yates等人(2007)New Engl.J.Med.357(6):553-561)中的突变,基于其对各种补体蛋白的
表达和/或活性的影响,与发展AMD的风险增加或降低相关  (Reynolds等人(2009)
Invest.Ophthalmol.Vis.Sci.50(12):5818–5827)。
[0751] 其中改变MTSP-1蛋白酶对于切割补体蛋白C3的活性,例如底物特异性或选择性的经修饰的MTSP-1蛋白酶,例如本文提供的经修饰的MTSP-1蛋白酶,可以用作治疗剂。例如通过每月或每两个月一次的玻璃体内注射施用本文提供的经修饰的MTSP-1多肽,并且与对照
动物或对象相比,监测症状的过程和进展。还可以通过在溶血测定中测定血清补体活性,并且通过测定补体组分例如C1、C3和C9的沉积,来测量可以加重疾病的补体组分的水平。
[0752] 补体活化在年龄相关性黄斑变性(AMD)中的疾病进展中发挥作用(参见例如, Bradley等人,(2011)Eye 25:683-693;Gemenetzi等人(2016)Eye 30:1-14)。经修饰的
MTSP-1多肽可以用于治疗AMD。例如,可以玻璃体内或眼周注射MTSP-1多肽或含有MTSP-1多肽,例如本文所述的经修饰的MTSP-1多肽的药物组合物。经修饰的 MTSP-1多肽可以每天或每周一次,或更不频繁地例如每月一次,或更不频繁地例如每两个月一次给药。对于AMD,可以使用每月一次给药的经修饰的MTSP-1多肽,其对于在眼中延长的持续时间进行进一步
“修饰”(例如,融合蛋白、PEG化等)。另外,取决于特定修饰,也可以考虑每两个月一次和三个月一次(每三个月一次)给药。经修饰的MTSP-1多肽可以例如通过PEG化进行修饰,以减少潜在的免疫原性和/或增加血清半衰期。对于AMD,考虑了每月或每两个月一次施用的经修
饰的MTSP-1多肽,其未对于在眼中延长的持续时间进行进一步修饰(例如,融合蛋白、PEG化蛋白等)。如果例如通过PEG化进行修饰,则给药可以每3个月或更长时间实现。
[0753] e.器官移植
[0754] 移植物功能延迟恢复
[0755] 本文所述的经修饰的MTSP-1多肽可以用于治疗移植物功能延迟恢复(DGF),包括DGF,例如由于肾移植受体中的缺血再灌注损伤的DGF。MTSP-1多肽也可以用于治疗与可能
促成组织损伤的器官移植相关的炎症应答。一般地,MTSP-1多肽可以在诱导补体介导的缺
血再灌注损伤的治疗或事件之前、同时或随后施用。在一个实例中,可以在通过补体介导的缺血损伤诱导事件,例如肾移植或肾同种异体移植治疗对象之前,将MTSP-1多肽施用于对
象。
[0756] 可以在损伤的动物模型中评价MTSP-1多肽对移植物功能延迟恢复,例如由于缺血再灌注损伤的移植物功能延迟恢复的治疗的作用,所述动物模型模拟在人肾同种异体移植
物或移植物中展示的特征。
[0757] 导致DGF的早期移植物功能障碍的早期生物标记物,包括关于肾小管上皮细胞损伤的生物标记物的存在,可以指示关于治疗剂的需要。已鉴定了DGF的生物标记物(即,血清肌酸)(Malyszko等人(2015)Nature Scientific Reports 5:11684;Wanga等人(2015) 
PLoS One 10(9):e0136276)。用于DGF的生物标记物的早期检测和治疗干预,例如用经修饰的MTSP-1多肽的治疗,可以改善临床结果。
[0758] 补体活化调节病症中的疾病进展,例如在器官移植例如肾移植后的移植物功能延迟恢复(Yu等人(2016)Am J of Transplantation 16(9):2589-2597)。经修饰的MTSP-1 多肽可以用于治疗DGF。例如,MTSP-1多肽可以施用用于全身递送,或者可以直接注射到移植物或周围组织内。经修饰的MTSP-1多肽可以在移植之前、期间或之后施用。经修饰的MTSP-1多肽可以每天或每周一次,或更不频繁地例如每月一次,或更不频繁地例如每两个月一次
给药。在一些情况下,施用经修饰的MTSP-1多肽的单个全身剂量。还考虑了在数小时内经修饰的MTSP-1多肽的多重输注。需要时,经修饰的MTSP-1多肽可以长期递送,例如经修饰的
MTSP-1多肽,例如本文所述的经修饰的MTSP-1多肽,可以在每天的基础上或按照另一个时
间表递送,以维持同种异体移植物受体中的有效量。经修饰的MTSP-1多肽可以用于延长受
体中的同种异体移植物存活,特别是同种异体移植物的长期存活。PEG化的MTSP-1多肽可以用于减少免疫原性。
[0759] 3.组合疗法
[0760] 本文提供的MTSP-1多肽可以与其它现有药物和治疗试剂组合使用,以治疗疾病和状况。可以与其它抗炎药和/或治疗试剂结合执行此类治疗。抗炎药和可用于组合疗法的试剂的实例包括非甾体抗炎药(NSAID),包括水杨酸盐,例如阿司匹林,传统的 NSAID,例如布洛芬、普生、酮洛芬、萘丁美酮、吡罗昔康、双氯芬酸或消炎痛,以及Cox-2选择性抑制剂,例如塞来昔布(以商标 出售)或Rotecoxin(以商标 出售)。可用于组合疗法
中的其它化合物包括抗代谢产物例如氨甲蝶呤和来氟米特,皮质类固醇或其它类固醇例如
可的松、地塞米松或泼尼松,止痛药例如对乙酰氨基酚,氨基水杨酸酯例如美沙拉嗪,以及细胞毒素剂例如硫唑嘌呤(以商标 出售)、环磷酰胺(以商标 出售)和环孢
菌素A。可以用于组合疗法中的另外试剂包括生物应答调节剂。生物应答调节剂可以包括促炎细胞因子抑制剂,包括TNF-α抑制剂,例如依那西普(以商标 出售)、英夫利昔单抗
(以商标 出售)或阿达木单抗(原文为adalimumad,疑为adalimumab)(以商标
出售),以及IL-1抑制剂,例如阿那白滞素(以商标 出售)。生物应答调节剂
还可以包括抗炎细胞因子例如IL-10、B细胞靶向剂例如抗CD20抗体(以商标 出
售)、靶向T抗原的化合物、粘附分子阻滞剂、趋化因子受体拮抗剂、激酶抑制剂例如对分裂原活化蛋白(MAP)激酶c-Jun N末端激酶(JNK)或核因子(NF)κB的抑制剂、以及过氧化物酶
体增殖物活化受体-γ(PPAR-γ)配体。可以用于组合疗法中的另外试剂包括免疫抑制剂。
免疫抑制剂可以包括他克莫司或FK-506;霉酚酸;钙调磷酸酶抑制剂(CNI); CsA;西罗莫司或已知压制免疫系统的其它试剂。
[0761] 本文提供的MTSP-1多肽还可以与这样的试剂组合使用,所述试剂施用于治疗心血管疾病和/或在治疗心血管疾病的手术例如本文所述那些的过程中施用,所述手术促成与
补体介导的缺血再灌注损伤相关的炎性状况。例如,所提供的MTSP-1多肽可以与抗凝剂组
合施用。示例性抗凝剂的实例包括但不限于肝素、华法林、醋硝香豆素、苯茚二酮、EDTA、柠檬酸盐、草酸盐,以及直接凝血酶抑制剂例如阿加曲班、来匹卢定、比伐卢定和希美加群。
[0762] 本文提供的MTSP-1多肽也可以与施用于治疗DGF的试剂组合使用。本文提供的 MTSP-1多肽可以例如与免疫抑制剂组合施用。此类组合可用于延长受体中的同种异体移植
物存活,特别是同种异体移植物的长期存活。在优选的实施方案中,这样配制且制备组合,使得它适合于对同种异体移植物受体的长期施用,例如,采用稳定的制剂。在某些实施方案中,这样配制且制备组合,使得它适合于经修饰的MTSP-1多肽和免疫抑制药物对同种异体
移植物受体的同时施用。在某些实施方案中,这样配制且制备组合,使得它适合于经修饰的MTSP-1多肽和免疫抑制药物对同种异体移植物受体的序贯(以任一次序)施用。
[0763] 本文提供的MTSP-1多肽还可以与施用于治疗黄斑变性的药物组合使用。例如,经修饰的MTSP-1多肽可以与以下中的任何一种或多种一起施用:雷珠单抗(以商品名 
LucentisTM出售);贝伐珠单抗(以商品名AvastinTM出售);哌加他尼钠(以商品名MacugenTM出售);阿柏西普(以商品名EyleaTM出售);以及维替泊芬(以商品名 VisudyneTM出售)。本文提供的MTSP-1多肽还可以与植入式望远镜、激光治疗或激光光凝、手术和/或光动力疗法组合使用,单独或与治疗性维替泊芬组合,以治疗黄斑变性。
[0764] 如本文所述,另外试剂,例如其它补体抑制剂,可以用作在与经修饰的MTSP-1多肽的组合疗法中的抗炎药。此类其它补体抑制剂的实例包括眼镜蛇毒因子(CVF),聚阴离子分子例如肝素、硫酸葡聚糖、聚乙烯硫酸盐、聚赖氨酸或苏拉明,天然分子例如 K-76COOH、迷迭香酸或中草药麻黄提取物,合成分子例如甲磺酸阿法马他酯 (FUT-175)、C1s的合成抑制剂(C1s-INH-248)、或针对C1s和fD的抑制剂(BCX-1470),肽抑制剂例如坎普他汀,补体的抗体抑制剂例如抗C5(N19-8)、人源化抗C5(h5G1.1)、抗C6或抗C8抗体,以及膜补体调节剂的可溶性形式例如可溶性CR1(sCR1)、可溶性DAF(sDAF)、可溶性MCP(sMCF)或可溶性CD59(sCD59)(Morgan等人,(2003) Mol Immunol.40:159)。
[0765] 含有本文所述的MTSP-1多肽的药物组合物可以用于治疗任何一种或多种由补体活化介导的炎性疾病或状况。还提供的是MTSP-1多肽与用于治疗炎性疾病或状况的另一种
治疗或化合物的组合。MTSP-1多肽和抗炎剂可以包装为分开的组合物,用于一起或顺序或
间歇施用。可替代地,它们可以作为单一组合物提供用于施用,或作为两种组合物提供用于作为单一组合物施用。组合可以包装为试剂盒,任选地具有另外的试剂、使用说明书、小瓶及其它容器、注射器及用于使用经修饰的MTSP-1多肽的其它项。
[0766] I.实施例
[0767] 包括下述实施例仅用于说明性目的,并不旨在限制本发明的范围。
[0768] 实施例1
[0769] 经修饰的MTSP-1多肽的克隆和表达,以及在靶位点处切割C3的经修饰的 MTSP-1多肽的筛选
[0770] A.MTSP-1的克隆和诱变
[0771] 制备编码具有SEQ ID NO:1中所示的人MTSP-1多肽的C122S替换的氨基酸 615-855的核酸。该构建体包括前区、活化序列和蛋白酶结构域,并且含有由Takeuchi 等人
(1999)Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.96:11054公开和SEQ ID NO:1的序列的残基598至C末
端(即,对应于SEQ ID NO:1中所示的氨基酸序列的残基598至855)。
[0772] 根据制造商的说明书,通过Quikchange定点诱变(Stratagene),用专门设计的寡核苷酸生成经修饰的MTSP-1多肽,所述寡核苷酸充当引物,以将设计的突变引入新近合成
的DNA内。简言之,设置PCR样品反应,其含有作为模板的野生型MTSP-1和设计为含有所需突变的寡核苷酸引物。在PCR之后,每个反应产物用DpnI消化,以去除 DNA的dam甲基化亲本
链。然后将DNA转化到大肠杆菌XL-1Blue Supercompetent细胞(Stratagene)内,并且在含
有50μg/ml羧苄青霉素的选择性琼脂上铺平板。从选择的克隆中分离质粒DNA,并且进行测序,以验证突变在MTSP-1基因内的所需位置处的掺入、以及任何另外的不需要的突变的不
存在。
[0773] B.MTSP-1多肽的制备
[0774] 1.转化
[0775] 将如上文节段A中详述的野生型和经修饰的MTSP-1多肽(两者均含有C122S替换)的蛋白酶结构域克隆到pQE-80表达载体(Qiagen)内,并且将所得到的构建体转化到BL21 
Gold(DE3)大肠杆菌细胞(Agilent Technologies,目录号:230132)内。用适当的质粒DNA
(通常为大约5ng纯化质粒DNA或5-10μL连接反应混合物)转化大约50μL化学感受态BL21 
Gold(DE3)细胞。使细胞和DNA在上温育30分钟,在42℃下热休克45秒,然后在冰上温育2分钟。加入450μL室温Terrific Broth(TB 培养基)(VWR International,目录号:100219-
866),并且使细胞在TB培养基中在37℃下伴随以240rpm的振荡生长1小时。将20μL含有转化细胞的溶液铺展在来自Teknova (目录号:Y4420)的2x YT培养基+100μg/mL羧苄青霉素板
上,并且在37℃下温育过夜。然后选择分离的菌落并且用于质粒制备。使所得到的质粒经受DNA测序,以证实关于所需MTSP-1多肽的编码序列的存在。
[0776] 2.MTSP-1多肽的表达
[0777] 将500μl细胞(所述细胞已用含有关于所需MTSP-1多肽的编码序列的pQE-80表达质粒转化)的过夜培养物加入500mL锥形瓶中的100mL Terrific Broth/羧苄青霉素100 (其
TM
含有2.1mL溶液1、5.4mL溶液2和107μl溶液3,来自Overnight Express  Autoinduction 
System 1)中。将烧瓶置于设为210rpm的Infors Multitron Shaker内。培养物在37℃下生
长(伴随振荡)过夜。第二天早晨,将20μl 1M异丙基β-D-1-硫代半乳糖吡喃糖苷(IPTG)加入培养物中,以诱导MTSP-1多肽的表达,并且使培养物在37℃下伴随振荡生长另外2个小时。
将这种“诱导培养物”收集在250mL锥形离心瓶中,并且在具有GH-3.8/GH-3.8A转子
AllegraTM 6R离心机中,在4℃下以3600rpm旋转 10分钟。所得到的细胞团块可以贮存于-20℃下,或立即如下所述进一步加工。
[0778] 3.MTSP-1多肽包涵体的分离
[0779] 通过涡旋,随后为以240rpm在37℃下振荡1小时,将来自100mL培养物的细菌细胞团块重悬浮于含有60μL rLysozymeTM(Sigma,目录号:L6876)的60ml 提取试剂
(Merck Millipore,NC9591474)中,以促进细菌的裂解。在细菌裂解后,不溶性材料通过在4℃下以3600rpm离心10分钟形成团块,然后倾析上清液。通过使用具有20x 195mm发生器探
针的Power Gen 500匀浆器(Fisher Scientific,14-261-04P),在100mL 50mM Tris pH 
8.0中匀浆化,将所得到的团块重悬浮,使用重复的2x 5秒脉冲,直到团块良好分散。将重悬浮的材料在4℃下以3,600rpm离心10分钟,倾析上清液,并且允许团块风干10至15分钟。称重包涵体(IB)的团块,并且贮存于-20℃下直至使用。
[0780] 4.含有MTSP-1多肽的包涵体的重悬浮和解折叠
[0781] 不溶性MTSP-1多肽从包涵体中分离,并且在还原剂的存在下变性。4-5克IB团块通过匀浆化重悬浮于25mL的50mM Tris,pH 8.0中,以形成IB溶液。将75mL解折叠缓冲液(6M GuHCl,50mM Tris pH 8.0,(Teknova,目录号:G0380))加入IB溶液中。所得到的IB溶液在37℃下以240rpm搅动至少1小时,或直至包涵体完全溶解。
[0782] 5.MTSP-1多肽的重折叠
[0783] 将5ml上述重悬浮的变性MTSP多肽溶液以1:20或更大的稀释度(或大约≤100 μg蛋白/ml重折叠缓冲液)缓慢滴入≥100ml的重折叠缓冲液(1.5M精氨酸、50mM Tris pH 
7.5、150mM NaCl)内,伴随搅拌。在重折叠缓冲液中的蛋白质溶液在室温下在以 150rpm的振荡器上温育24小时,以允许折叠发生。
[0784] 将所得到的蛋白质溶液转移至12,000-14,000道尔顿分子量截止(MWCO) 再生纤维素透析管(VWR),并且在180L的25mM Tris,pH 8.0中透析至少4小时。
第二天,将样品转移至180L的25mM Tris,pH 8.0的新罐中,且允许透析过夜。第二天,将样品转移至180L的25mM Tris,pH 8.0的第三罐中,并且透析至少 18小时。将样品至少透析过夜,且最多几天。透析一天的样品在室温下温育,并且透析多于一天的样品在4℃下温育。透析缓冲液总体积与样品总体积之比为至少100。在透析之后,蛋白酶样品从透析管中取出,并且使用500mL 0.22μm烧瓶(Millipore)过滤,并且测量溶液的电导率。调整溶液的电导
率,以防止在下述活化步骤期间非特异性结合至苯甲脒柱。将NaCl浓度调整至大约0.5M 
NaCl(例如,将390mL的5M NaCl 加入3.9L的透析蛋白中)。溶液的电导率应该为大约1.3ms
(/cm)。
[0785] 6.MTSP-1多肽的活化
[0786] 在含有重折叠的MTSP-1多肽的溶液过滤后,通过添加5M NaCl将NaCl浓度调整至大约0.5M。将20mL固定化的胰蛋白酶琼脂糖珠填充到Econo-Pak一次性色谱柱 (Bio-Rad;
目录号7321010)内,并且用200mL(即,10柱体积)色谱溶液缓冲液A (25mM Tris pH 8.0,
0.5M NaCl)平衡柱。将重折叠的MTSP-1多肽溶液(参见上文) 加载到柱上,并且收集含有活化MTSP-1多肽的溢流(flow throw)。合并含有蛋白质的流通级分,并且在25mM Tris缓冲液(pH=8.0)中透析过夜,然后在150升中缓冲液交换两次。所得到的活化MTSP-1多肽溶液的
电导率证实为小于2ms/cm,或用25mM Tris,pH=8.0适当地调整。
[0787] 7.MTSP-1多肽的纯化
[0788] MTSP-1多肽可以根据下述步骤且已进行纯化:
[0789] 1.使用SevenEasy电导率计测量活化样品的电导率。如果测量<3ms/cm,则前进至下文的步骤2。如果测量>3ms/cm,则用色谱溶液缓冲液A(25mM Tris pH 8.0,0.5M NaCl)稀释样品,直到电导率达到<3ms/cm。
[0790] 2.使用AKTAPURIFIER,以8mL/分钟的流速,将样品加载到用5柱体积(CV) 的色谱溶液缓冲液A预平衡的5mL HiTrap Q HP阳离子交换柱上。
[0791] 3.用5柱体积的色谱溶液缓冲液A洗涤柱。
[0792] 4.使用以5mL/分钟的色谱溶液缓冲液A/缓冲液B,用15柱体积的0-50%NaCl 梯度洗脱。收集2ml级分。
[0793] 5.用3CV的色谱溶液缓冲液B洗涤柱,然后在加载下一个样品之前,用5CV的色谱溶液缓冲液A重新平衡。
[0794] 6.活性MTSP-1通过活性测定进行定位,其中将5μl级分与含有200μM适当淬灭的荧光底物(添加QHAR QF底物)的50μl测定缓冲液混合。
[0795] 7.在30℃下在Molecular Devices M5板阅读器上读取活性。将激发设为490nm,且将发射设为520nm。
[0796] 8.使用15mL Amicon Ultra 10K离心式过滤器浓缩四个最具活性的级分。
[0797] 9.使用Nanodrop分光光度计通过A280测量浓度。继续浓缩直至达到200μM的近似最终浓度。
[0798] 10.为了评价纯化产物的质量,将2μg/泳道的样品加载到4-12%NuPAGE Novex Bis-Tris凝胶上的含有2X NuPAGE样品还原剂的2X样品缓冲液中。使凝胶在1X MES 运行缓
冲液中在200V下运行30分钟。通过用考马斯蓝染色,随后脱色,使凝胶可视化
[0799] 11.将样品在液氮中速冻,并且贮存于-80℃下。
[0800] 8.从纯化的MTSP-1多肽中的内毒素去除,用于在体内模型中使用
[0801] 通过使样品通过15ml Amicon Ultra-15离心式过滤器单元100K膜(Fisher Scientific),来达到高分子量内毒素的去除。通过以4000RPM旋转20分钟来过滤样品。如果
20分钟后样品仍未通过过滤器,则重复离心步骤。然后,将样品转移至干净的falcon 管中。
为了确保小分子量内毒素的完全去除,使样品经过2ml Cellufine ET clean S重力柱
(Fisher Scientific)。在样品添加之前至少24小时,制备2ml Cellufine ET clean S柱。
将4mL Cellufine ET clean S浆料和10mL Endo-Free 20%Ethanol溶液(Fisher 
Scientific) 加入Econo-Pac色谱重力柱中。使20%的EtOH溶液通过柱,随后为25mL的80%EtOH, 0.2N NaOH。将重力柱的底部加盖,并且用80%EtOH,0.2N NaOH填充柱,覆盖并且在室温下温育至少16小时。在至少16小时后,允许80%EtOH,0.2N NaOH通过该柱。用25mL无内毒素的水冲洗柱,并且允许水通过柱。接下来,用2x 20mL无菌无内毒素磷酸盐缓冲盐水
(PBS)平衡柱。然后将样品加入柱中,并且收集洗脱的样品。用10 mL无内毒素PBS洗涤柱,以确保样品已完全通过该柱。
[0802] 使用 分光光度计(NanoDrop),以及使用2.012mg/A280的理论消光系数,来测量蛋白质浓度A280。必要时,使用15mL Amicon Ultra-15 10K膜离心式过滤器单元 
(Fischer Scientific),将活性蛋白在柠檬酸盐缓冲盐水(20mM柠檬酸钠pH 5.0,50mM 
NaCl)中浓缩至大约2.5mg/ml。为了评价纯化产物的质量,将在含有2x NuPAGE样品还原剂
(Invitrogen)的1x NuPAGE LDS样品缓冲液(Invitrogen,Corp.)中的2μg样品加样到12孔
4-12%NuPAGE Novex 4-12%Bis-Tris Gel(Invitrogen)上,并且在1X NuPAGE MES SDS运
行缓冲液(Invitrogen)中在200V下运行30分钟。细胞用考马斯蓝染色,随后脱色,以显现蛋白质条带。将蛋白质在液氮中速冻,并且贮存于-80℃下。
[0803] C.切割C3以使其失活的经修饰的MTSP-1多肽的选择和鉴定
[0804] 通过针对经修饰的丝氨酸蛋白酶抑制剂ATIII筛选经修饰的MTSP-1多肽的文库,来鉴定经修饰的MTSP-1多肽,如美国专利号8,211,428(还参见美国公开号 US-2014-
0242062-A1,现在的美国专利号9,795,655)中详细描述的。能够在丝氨酸蛋白酶抑制剂和
蛋白酶之间形成共价酰基酶中间产物的抑制性丝氨酸蛋白酶抑制剂或其片段用于筛选。一
般地,所使用的丝氨酸蛋白酶抑制剂是在体内靶向且调节野生型蛋白酶的那种。然而,与靶蛋白酶反应并且不可逆地抑制靶蛋白酶的任何丝氨酸蛋白酶抑制剂,都可以用作用于这些
选择实验的“诱饵”。
[0805] 在该测定中,通过替换其反应性位点环(RSL)以包括靶序列(即,C3中的靶位点用于切割为无活性的C3)进行修饰的丝氨酸蛋白酶抑制剂,捕获切割靶位点以形成稳定复合
物的经修饰的蛋白酶。然后分离/鉴定捕获的经修饰的蛋白酶。对于MTSP-1 多肽,“诱饵”丝氨酸蛋白酶抑制剂是ATIII,其通过用QHARASHLG(C3的残基737-745, SEQ ID NO:9)替换下文指示的残基进行修饰,所述QHARASHLG是用于人C3失活的靶位点。
[0806] 具有插入序列QHARASHLG的ATIII“诱饵”(SEQ ID NO:692),所述掺入序列对应于C3的靶位点(SEQ ID NO:9的残基737-745):
[0807]
[0808] 相对于SEQ ID NO:692中的位置,ATIII中的突变概括如下:
[0809]
[0810] 为了执行关于通过QHAR-ASHLG修饰的ATIII诱饵捕获的蛋白酶变体的选择, MTSP变体的文库在M13细菌噬菌体的表面上进行展示,与噬菌体外壳蛋白P3的C末端融合。通过
在MTSP中的位置处用NNK密码子取代天然密码子设计了几个MTSP文库,所述位置基于分子
建模假设为对于底物识别和切割是重要的,或者是接触先前选择并证明为有利的突变残基
的“第二球”位置。这些位置对应于MTSP上的引发侧或非引发侧位点,包括位置40、41、60b、
60g、96-99(加上96-99区域内的1和2个氨基酸的插入)、151、175、192、217和224。为了确保噬菌体文库中对于每个变体足够的代表性,每个构建文库的大小(通过转化的文库DNA生成
的CFU测量的)显著大于对于含有5或6个随机位置的所有文库计算的多样性,并且与对于含
有7个随机位置的文库计算的多样性可比较。在MTSP噬菌体文库构建后,对来自每个文库的
96个菌落进行测序,以证实突变频率和分布,并且评价总体文库质量。然后,通过与多重浓度的生物素化的诱饵丝氨酸蛋白酶抑制剂一起温育不同的时间长度,使高质量的文库(即,含有预期的突变频率、无污染等的文库)经受选择。将捕获的生物素化的MTSP-噬菌体复合
物捕获到抗生物素蛋白包被的板上,用6M盐酸胍洗涤以去除高亲和力的非共价蛋白酶 -丝
氨酸蛋白酶复合物,然后用DTT洗脱。在一些情况下,执行使用α2-巨球蛋白或天然存在的丝氨酸蛋白酶抑制剂例如ATIII的反选择。通常,通过在相同反应中,使文库与靶丝氨酸蛋白酶抑制剂和反选择丝氨酸蛋白酶抑制剂两者一起温育,同时执行选择和反选择。通常,反选择丝氨酸蛋白酶抑制剂以超过选择丝氨酸蛋白酶抑制剂的摩尔过量存在。执行几轮选择,
然后就针对对应于靶底物的肽的性能,通过酶测定筛选各个长出的菌落。通过其噬菌粒DNA的DNA测序,进一步表征产生对于靶序列的切割具有高活性的变体的菌落,以鉴定MTSP-1编码序列中突变的身份。
[0811] D.经修饰的MTSP-1多肽
[0812] 下表14示出了经修饰的MTSP-1多肽的示例性蛋白酶结构域的修饰和序列,所述经修饰的MTSP-1多肽被生成且选择为使C3失活,其中使用相对于SEQ ID NO:1中所示的成熟
MTSP-1多肽的编号(成熟MTSP-1编号)、以及胰凝乳蛋白酶编号(另外的修饰在表15中示出)
指示突变。虽然SEQ ID NO.提及蛋白酶结构域,但应理解突变可以包括在成熟的经修饰的
MTSP-1多肽、其含有所提及修饰的催化活性部分、以及活性形式和活化的两链形式中。
[0813] 包括C122S替换或关于S的其它保守替换,以消除蛋白酶的二聚化,并且减少在折叠过程期间形成“不适当的”二硫键的可能性;虽然有利,但它是任选的突变。
[0814]
[0815]
[0816]
[0817]
[0818] *含有替换的蛋白酶结构域的SEQ ID
[0819] 实施例2
[0820] 补体蛋白C3的体外切割
[0821] 通过在37℃下与各种浓度的蛋白酶一起温育1小时后,测量剩余的完整人C3的量,通过底物补体蛋白人C3的切割来确定经修饰的MTSP-1多肽的活性。在这个测定中,信号在
完整人C3的存在下生成,并且在C3切割时丧失。
[0822] 使2μM血浆纯化的人C3(hC3;Complement Technologies;Tyler,TX)与经修饰的MTSP-1多肽(0–250nM)一起在37℃下,在含有50mM Tris,pH 8.0,50mM NaCl 和0.01%
Tween-20的缓冲液中温育1小时。通过添加EGR-CMK(Haematologic Technologies,EGRCK-
01)至10μM的最终浓度,淬灭经修饰的MTSP-1多肽的活性,并且允许hC3/经修饰的MTSP-1多肽混合物在环境温度下静置30分钟。
[0823] 使用Amplified Luminescent Proximity Homogeneous Assay Screen( Perkin Elmer),定量未消化的人C3的残留水平。使以100μg/mL的α-小鼠
IgG包被的受体珠(Perkin Elmer#6760606)与5nM小鼠α-hC3a mAb(Abcam#ab11872-50)一
起在50mM Tris pH 8.0、50mM NaCl、0.01%Tween-20和0.2%BSA中温育,以形成受体珠混合物。使受体珠混合物避光,并且置于旋转振荡器上30–60分钟。hC3/经修饰的 MTSP-1多肽反应混合物(上文制备)在50mM Tris pH 8.0、50mM NaCl、0.01% Tween-20、0.2%BSA内稀释1600倍,并且将4μL等分试样置于384孔Optiplate(Perkin Elmer#6007299)的一式两份
孔中。将8μL的α-hC3 mAb/受体珠混合物与8μL的25nM 生物素化的山羊α-hC3 pAb(使用来自Thermo Scientific#21327的EZ-Link Sulfo-NHS-LC-Biotin试剂盒,由来自Complement Technologies#A213的未生物素化的版本制备)一起温育。然后使板避光并且在环境温度下
温育30分钟。在这个温育后,将4μL 100μg/mL链霉抗生物素蛋白包被的供体珠(Perkin 
Elmer#6760606)加入每个孔中,并且避光温育60分钟。然后使用Envision 2104Multilabel板阅读器(Perkin Elmer),测量alphascreen信号(激发=680nm,发射=570nm)。这个信号(对应于剩余hC3 的浓度([hC3]))根据经修饰的MTSP-1多肽浓度([Alterase])进行标绘,
并且将数据拟合到下文的四参数方程,以确定切割50%可用hC3所需的经修饰的MTSP-1多
肽的浓度('alterase'浓度)(EC50)、Hill斜率(Hill)、以及测定中的最大(Max)和最小(Min) 信号。
[0824]
[0825] 使用9个不同批次的蛋白酶,总共46次,独立地测量通过具有SEQ ID NO:35中所示序列的经修饰的MTSP-1多肽的hC3切割。具有SEQ ID NO:35中所示序列的经修饰的MTSP-1多肽切割补体蛋白C3,其EC50低于SEQ ID NO:4中所示的具有 EC50=13.9nM的参考MTSP-1多肽(n=235;SD=4.1)。关于具有SEQ ID NO:35中所示序列的经修饰的MTSP-1多肽的平均EC50值确定为6.9nM(n=46,SD=2.6)。对于表 15中列出的所有其它经修饰的MTSP-1多肽,C3切割反应执行1-12次。
[0826] 表15示出了关于如序列表中所示、含有这些修饰的多肽的示例性修饰,以及EC50。应理解,序列表示出了蛋白酶结构域,但这些相同的突变可以包括在全长的经修饰的 
MTSP-1、以及其各种形式及其催化活性形式中。如所示的,全部都包括游离半胱氨酸 C122S的替换;该替换减少聚合,并且可以是任选的。
[0827] 表15.用经修饰的MTSP-1多肽的hC3切割
[0828]
[0829]
[0830]
[0831]
[0832]
[0833]
[0834]
[0835]
[0836]
[0837]
[0838]
[0839]
[0840]
[0841]
[0842]
[0843]
[0844]
[0845] *含有替换的蛋白酶结构域的SEQ ID;应理解这些替换可以包括在全长MTSP-1及其它变体,包括其催化活性片段中。
[0846] 在这些感兴趣中的有对于hC3切割具有小于10的EC50的那些,例如但不限于:
[0847]
[0848]
[0849]
[0850] 实施例3
[0851] 在C3中的靶向Q H A R↓A S H L位点处的切割的证实
[0852] 两种独立的分析方法用于表征C3通过MTSP-1蛋白酶结构域变体的切割位点,所述MTSP-1蛋白酶结构域变体含有修饰 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/
T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/ Q192D:(a)通过MALDI-MS直接分析切割产物,伴随在1-
40kDa范围内的释放肽的鉴定;以及(b)标记的蛋白酶解消化物的LC串联MS,伴随含有新N末端的产物肽的序列分析。这些实验如下执行:
[0853] (a)使C3(在PBS缓冲液中的1mg/ml)与u-PA蛋白酶变体以1:50的酶/底物比一起温育总共1小时。在0、5、10、20、40和60分钟时,从这些反应中取出样品(50 μl),并且通过加入
1μl 1%TFA,且在干冰中快速冷冻,来终止每个样品中的切割反应。样品然后用25mM TCEP还原(在37℃下1小时),然后经由C18固相萃取(Agilent Omix)脱盐。通过MALDI-MS
(ABI4700)直接分析所得到的切割产物。在0分钟后的每个时间点,观察到MW 8289±1Da的
片段,指示在C3中的QHAR|ASHG位点中的精氨酸处的切割。在这些反应中并未观察到另外的C3切割位点。
[0854] (b)将C3/蛋白酶变体混合物(10μl)在6M胍中变性,然后将半胱氨酸侧链还原(30mM TCEP)且烷基化(碘乙酰胺)。赖氨酸侧链的ε-氨基通过用O-甲基异脲处理(3μl OMU,
8μl 1M NaOH,在65℃下15分钟;用2μl 1:1TFA-水淬灭,随后为 SPE提纯)封闭,然后用磺基NHS–SS–生物素标记肽氨基末端(50mM HEPES,250uM 生物素试剂,在RT下30分钟)。在用胰蛋白酶或Glu-C的蛋白酶解消化后,通过抗生物素蛋白珠捕获生物素标记的肽。用还原
(TCEP)达到生物素标记的切割,给出具有N-硫酰基标记的新N末端肽级分。这种肽级分通过LC-串联MS(Thermo LTQ-XL)进行分析;鉴定的主要C3有关组分是肽(N-硫酰基)-ASHGLAR,
指示在C3中的 QHAR|ASHG位点处的切割。
[0855]
[0856] 实施例4
[0857] MTSP-1变体在食蟹猴血浆中的离体药效学(PD)分析
[0858] 如下所述测量通过野生型和经修饰的MTSP-1多肽在抗凝EDTA处理的食蟹猕猴血浆中的C3切割。C3 ELISA用于测量在“测试”抗凝血浆中切割50%C3所需的野生型和经修饰的MTSP-1多肽的有效剂量(ED50)。切割反应中含有80%血浆,并且除零蛋白酶对照之外,每种蛋白酶以9个不同浓度进行测定。这个反应中使用的野生型MTSP-1 的最高浓度为6μM,并且通过1.5倍的序贯稀释来制备接下来的8个浓度。关于MTSP-1 变体蛋白的最高浓度为
150nM,并且与野生型蛋白一样,通过1.5倍的序贯稀释来制备接下来的8个浓度。在添加测试蛋白酶后,使反应在37℃下温育10分钟。然后通过添加蛋白酶抑制剂10μM EGR-CMK(Glu-Gly-Arg-氯甲基酮)快速淬灭反应,并且在执行C3 ELISA之前,将淬灭的样品置于室温下30分钟。切割反应在BSA-PBST中以 1:2700稀释,并且未切割的C3用山羊抗huC3(A213 
CompTech)“捕获”(吸附到微量滴定板上),并且通过在1%BSA-PBST中的0.5μg/ml MAB抗huC3a(Abcam ab11872) “检测”。然后使用山羊抗小鼠HRP缀合物和WesternBright Sirius蛋白质印迹检测试剂盒,遵循制造商的指导,“开发”ELISA。
[0859]
[0860]
[0861] *含有替换的蛋白酶结构域的SEQ ID
[0862] 实施例5
[0863] 经修饰的MTSP-1多肽在食蟹猴玻璃体液中的离体稳定性
[0864] 在购买的食蟹猴玻璃体液或磷酸盐缓冲盐水(PBS)阴性对照中,评价经修饰的 MTSP-1多肽的离体稳定性。在玻璃体液中显示出稳定性的经修饰的MTSP-1多肽可以用于治
疗AMD。
[0865] 使含有50mM Tris pH 8.0、50mM NaCl和0.01%Tween-20的缓冲液中的80%猕猴玻璃体液(得自BioChemed;目录号BC7615-V1、BC60815-V1、BC33115-V6)、或PBS 对照与最终浓度为0.1μM的经修饰的MTSP-1多肽一起温育。使混合物在37℃下温育 7天。用在50mM Tris pH 8.0、50mM NaCl、0.01%Tween-20中的100μM荧光底物 AGR-ACC(7-氨基-4-氨基甲酰基甲基-香豆素)测定残留的蛋白酶活性,并且在激发波长=380nm和发射波长=460nm下
评价结果。结果显示在食蟹猴血浆和PBS中温育后,具有SEQ ID NO:35、38-40和47-56中所示序列的经修饰的MTSP-1多肽显示出可比较的残留活性(即,稳定性)。结果在下表17中示
出。
[0866]
[0867]
[0868] *含有替换的蛋白酶结构域的SEQ ID
[0869] 如上评价在7天和28天后,在购买的食蟹猴玻璃体液中经修饰的MTSP-1多肽的离体稳定性。结果显示本文提供的经修饰的MTSP-1多肽在玻璃体液中相对稳定至少7 天。结
果在下表18中示出。
[0870]
[0871] *含有替换的蛋白酶结构域的SEQ ID
[0872] 实施例6
[0873] 在人血浆中的离体药效学活性
[0874] 将经修饰的MTSP-1多肽(或缓冲液)的系列稀释物加入人血浆(其含有~8μM内源性C3)中,以产生含有6000、4000、2667、1778、1185、790、527、351、234或0 nM浓度的每种变体多肽和80%人血浆的反应混合物。对于野生型MTSP制备相似的反应混合物,其中野生型
MTSP以150、100、67、44、30、20、13、9、6或0nM的浓度存在。使这些反应混合物在37℃下温育1小时,然后用10μM EGR-CMK淬灭。每种反应混合物在含有1%BSA的PBST缓冲液中以1:15,
625稀释,并且使用mAb抗 huC3a(Abcam ab11872)“检测”混合物中残留的未切割的C3浓度,并且使用HRP缀合物山羊抗小鼠HRP(JIR 115-035-003)和WesternBright Sirius蛋白质印
迹检测试剂盒,来“发展”测定信号。这些数据用于计算在1小时的温育过程中,切割血浆中存在的50% C3所需的每种MTSP多肽的浓度(即ED50)。
[0875] 结果显示于下表19中,其示出了通过参考MTSP-1蛋白酶结构域(其包含具有 C122S替换的WT-MTSP-1蛋白酶结构域)和经修饰的MTSP-1多肽,在80%人血浆中的溶血的
ED50(nM)。如表19中所示,关于80%人血浆中的参考MTSP-1多肽的ED50为3500nM,而示例性MTSP-1多肽具有增加的切割补体的能力,如通过较低的ED50指示的(例如,在24nM至835nM之间)。例如,具有SEQ ID NO:35中所示序列的经修饰的MTSP-1多肽,其含有替换 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/ Q192D,比具有
C122S替换的参考MTSP-1蛋白酶结构域更有效大约140倍。
[0876]
[0877]
[0878] *含有替换的蛋白酶结构域的SEQ ID
[0879] 实施例7
[0880] 蛋白酶活化受体2(PAR-2)的切割
[0881] A.蛋白酶活化受体2基于细胞的测定中的突变体活性
[0882] 野生型MTSP-1是在血管内皮细胞和各种上皮细胞中表达的PAR-2,G-2蛋白偶联受体的有效激活物,其涉及炎性疾病如关节炎、肺部炎症(哮喘)、炎性肠病、败血症和疼痛障碍。因此,通过抗C3变体MTSP-1多肽减少的PAR-2活性,增加了对于这种改造蛋白酶的C3选择性。因而,在基于细胞的测定(Millipore)中测试了经修饰的 MTSP-1多肽对蛋白酶活化
受体2(PAR-2)的活性(即,活化能力)。通过在4参数逻辑曲线拟合(SoftMax Pro软件,
Molecular Devices,CA)上,绘制级分切割相对于蛋白酶浓度来测量通过蛋白酶的PAR-2切割的ED50(nM)。提供了MTSP-1的催化无活性版本作为阴性对照。在这个测定中,对于变体
MTSP-1多肽降低的PAR-2活性(即,相对于野生型MTSP-1,关于PAR-2切割的更高ED50),指示变体蛋白展示比野生型 MTSP-1更有限的特异性。相对于PAR-2增加的特异性,指示与野生
型MTSP-1相比,该变体还可以展示出其它蛋白降低的非特异性切割。这些测定的结果(参见下表20) 证实,与野生型MTSP-1相比,多肽展示出显著减少的PAR-2活性。
[0883] 用于模拟PAR-2体内蛋白酶解活化的另一种测定测量变体MTSP-1多肽对淬灭的荧光肽底物的活性,所述底物含有肽序列SKGR↓SL,PAR-2中的活化切割位点的P4– P2’序列(Ser 33至Leu 38)。在这种肽底物中的R↓S位点的切割产生荧光信号,允许用荧光板阅读器测量反应速率。与野生型MTSP-1的那种相比,针对SKGR/SL肽底物的活性减少指示变体
MTSP-1多肽具有增强的底物特异性。
[0884] 示例性结果显示于下表20中。与SEQ ID NO:4中所示的具有C122S替换的野生型MTSP-1蛋白酶结构域相比,所有测试的经修饰的MTSP-1多肽显示出至少30倍增加的ED50和
降低的kcat/Km。数据指示选择用于C3切割的经修饰的MTSP-1多肽对于天然底物具有显著减少的活性。
[0885]
[0886] *含有替换的蛋白酶结构域的SEQ ID
[0887] 实施例8
[0888] 在体内在食蟹猴玻璃体液中的药代动力学和药效学活性
[0889] 评价了SEQ ID NO:35中所示的经修饰的MTSP-1多肽在玻璃体液(食蟹猴模型) 中的体内药效学活性,所述经修饰的MTSP-1多肽是含有替换 Q38H/I41S/D60bT/F60eS/
Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/ Q192D的蛋白酶结构域。切割
玻璃体液的中C3且使其失活的能力指示用于治疗AMD 的候选物。
[0890] 将十二只首次用于实验的食蟹猴分配到单个治疗组。研究动物在一只眼中玻璃体内施用单一剂量的125μg经修饰的MTSP-1多肽。施用其序列在SEQ ID NO:35中示出的分离的蛋白酶结构域,其具有大约25kDa的分子量。右眼接受测试物品,且左眼用媒介物对照进行注射。在下述每个时间点各自处死四只动物:剂量后24小时、第2天和在第6天时。从右眼和左眼两者中收集玻璃体液样品,并且在用经修饰的MTSP-1多肽或媒介物对照处理后,分
析经修饰的MTSP-1多肽稳定性和C3的水平;如上文详述的,通过ELISA确定C3和经修饰的
MTSP-1多肽的浓度。
[0891] 通过ELISA测量在剂量后24小时以及在第2天、第6天、第7天和第28天时获得的玻璃体液样品中存在的经修饰的MTSP-1多肽的浓度。通过添加EGR-CMK (Haematologic 
Technologies,EGRCK-01)至10μM的最终浓度,淬灭玻璃体样品中 MTSP-1多肽(及其它丝氨酸蛋白酶)的蛋白酶解活性,并且在执行ELISA之前,允许混合物在环境温度下静置30分钟。
[0892] SEQ ID NO:35的经修饰的MTSP-1多肽的半衰期确定为大约1.7天,其对应于人系统中的大约5天(Deng等人(2011)MAbs 3(1):61-66)。根据观察到的SEQ ID NO: 35中所示的经修饰的MTSP-1多肽的最大水平,通过ELISA计算SEQ ID NO:35中所示的经修饰的MTSP-
1多肽的体内回收率(即,检测到的经修饰的MSTP-1多肽的峰值水平除以经修饰的MTSP-1多
肽的剂量)。关于100%体内回收率的理论预测值为2.5 μM。含有替换Q38H/I41S/D60bT/
F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/ G151H/Q175L/Q192D的MTSP-1蛋白
酶结构域(SEQ ID NO:35)的测量的体内回收率计算为预测值的大约59%,或大约1.5μM。在两个分开的实验之间存在基本变化(测量1=100%且测量2=18%回收率),指示或者弱玻
璃体内注射或者不适当的样品处理、贮存或稀释,并且因此在第二个实验中,活性抗C3蛋白酶不完全的局部递送到玻璃体内。
[0893] 通过ELISA测量玻璃体液中的C3水平。注射媒介物的阴性对照眼中的C3水平范围在0.4nM-50nM之间(来自注射媒介物的眼的2个样品与其它10个显著不同,很可能是由于在
用针收获玻璃体的过程中的血液污染)。在MSTP-1施用之前C3的基线水平为大约2.2nM。在
抗C3 MTSP多肽的单次注射后1、2、6和7天,在变体处理的眼中无法检测到C3。在单次注射后
28天,C3浓度在用SEQ ID NO:35中所示的经修饰 MTSP-1多肽处理的眼中为大约1.4nM,其为处理前的基线水平的大约64%。
[0894] 结果显示经修饰的MTSP-1多肽催化消除C3。如通过ELISA和酶测定评价的,它具有1.7天的半衰期,并且压制玻璃体补体至少或长于7天。高达1mg/眼的剂量是良好耐受的。
PK/PD建模指示在人中3个月或更长时间的C3压制。
[0895] 实施例9
[0896] 在MTSP-1中的位置处的示例性突变
[0897] 下表21中示出了MTSP-1多肽,包括全长、前体和蛋白酶结构域及其催化活性部分的示例性位置和突变。
[0898]
[0899] 替换是任何形式的MTSP-1,包括蛋白酶结构域(SEQ ID NO:2或4)和全长(SEQ ID NO:1或3)。替换可以是组合的,包括如本文例证的,包括最多达15-18个或更多个替换。
[0900] 实施例10
[0901] 在玻璃体内注射后MTSP-1变体的体内安全性、耐受性和毒性研究(食蟹猴)
[0902] 在食蟹猴体内评价了在玻璃体内注射后,经修饰的MTSP-1多肽的安全性和耐受性。将三只首次用于实验的食蟹猴分配给三个治疗组中的每一个。研究动物玻璃体内施用
12.5μg、37.5μg或125μg/眼的每种经修饰的MTSP-1多肽。右眼接受测试多肽,且左眼用媒介物对照进行注射。对动物进行临床观察(即食物消耗)并且进行眼科检查。眼科检查包括在
给药前(T=0)以及在给药后第2、8和15天时的裂隙灯生物显微镜检查和间接检眼镜观察,
随后为彩色眼底照相术或光学相干断层扫描(OCT)。所有观察持续高达4周或直到解决。
[0903] 对于所有动物评价未观察到不利效应水平(NOAEL)。关于施用具有SEQ ID NO: 42中所示序列的经修饰的MTSP-1多肽的动物的NOAEL为≥37.5μg(等价于人中的≥125μg/
眼)。对于施用具有SEQ ID NO:35中所示序列的经修饰的MTSP-1多肽的动物,未注意到不利效应;因此,关于施用SEQ ID NO:35中所示的经修饰的MTSP-1 多肽的动物的NOAEL为≥125μg(等价于人中的≥375μg/眼)。
[0904] 实施例11
[0905] 在MTSP-1多肽的静脉内注射后的药效学活性、安全性/毒性和治疗指数
[0906] 在食蟹猴模型中评价在静脉内注射后的NOAEL。对于施用SEQ ID NO:35中所示的经修饰的MTSP-1多肽的食蟹猴的最高无毒剂量为≥4mg/kg。还测量了用于循环C3 的失活
的ED50。对于施用SEQ ID NO:35中所示的经修饰的MTSP-1多肽的动物的C3 活性(即,用于C3失活的ED50)为0.07mg/kg,其显著低于WT MTSP-1的那种。抗 C3 MTSP-1变体多肽的“治疗指数”(T.I.)定义为用于体内C3失活的NOAEL和ED50的比率。结果在下表22中示出:
[0907]
[0908] 实施例12
[0909] 经修饰的MTSP-1多肽切割C3并抑制补体活化的证实
[0910] A.抗C3蛋白酶(序列ID NO:35)在人血浆中的补体抑制效应的证实
[0911] 1.通过具有序列ID NO:35的MTSP-1变体多肽在体外抑制人血浆中的补体活化
[0912] 执行研究以评价经修饰为在人血浆中切割C3的MTSP-1多肽的抗补体活性。这些实验中的测试物品,本申请中描述的经修饰的多肽的示例,是SEQ ID NO:35的经修饰的MTSP-
1多肽,其为含有替换Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV /T98P/F99L/
C122S/G151H/Q175L/Q192D的蛋白酶结构域。使测试物品(下文称为测试物品#1)和实验对
照暴露于测试系统,合并的柠檬酸盐化的血浆。
[0913] 通过测量标准经典途径溶血测定(CH50)的抑制来评价补体抑制的程度。在补体分析之前,使测试柠檬酸盐化的血浆暴露于测试物品。补体抑制的程度是与用对照(即,未处理的)柠檬酸化的血浆观察到的那种相比,CH50和C3功能测试中的溶血裂解中的降低。C3功能测试允许分析补体级联中的C3组分的特异性抑制。
[0914] 2.测试系统
[0915] 仅用人柠檬酸盐化的血浆库(NHS,3-5个正常个体的库)执行测试。
[0916] 3.施用途径
[0917] 将测试物品以1份与9份的比率(1:9,V:V)加入测试系统中。该比率维持测试系统的适当浓度,因此存在足够浓度的补体对照蛋白。通过在1.5mL聚丙烯微量离心卡口盖管中混合450μL测试系统和50μL制备的测试物品来执行测试。混合物在冰上制备,然后涡旋混合。在制备所有实验混合物(阳性对照和阴性对照以及多重浓度的测试物品)后,将它们转移至37℃±1℃水浴中,并且温育1小时±10分钟。在混合物温育后,必要时,通过离心去除
任何微粒,并且将所有样品在冰上等分,且立即冷冻在 -70℃或更低的温度下。
[0918] 4.测试物品描述
[0919]
[0920] 5.对照物品
[0921]
[0922] *HAGG-热活化的丙种球蛋白
[0923]
[0924] 6.对照物品和测试物品制备
[0925] 使用五个浓度的测试物品,其中最高水平为2000nM。用五倍系列稀释生成较低的水平。
[0926] 稀释表:
[0927]
[0928] 除非另有说明,否则所有稀释都用盐水进行
[0929] 7.实验设计与数据
[0930] 测试包括五个浓度的测试物品。
[0931]
[0932] 8.结果
[0933]
[0934] 这些数据证实,抗C3 MTSP-1多肽(序列ID NO:35)有效抑制人血浆中的补体活性,其中在80nM抗C3 MTSP-1变体(序列ID NO:35)的“剂量”下观察到40%的抑制,并且在研究中使用的MTSP-1多肽的最高剂量下观察到接近完全抑制(即,94%)。
[0935] B.在QHAR/ASHL位点的切割使人C3失活的证实
[0936] 为了确认上文证实的测试物品1(序列号NO:35的MTSP-1多肽)的补体抑制通过在QHAR/ASHL位点的C3切割来介导,执行下述实验。
[0937] 1.实验设计概括
[0938] 用缺乏C3的血清(购自Complement Technologies;目录号A314)执行补体功能测定。将C3(也购自Complement Technologies;目录号A113)加回到血清中,伴随和不伴随与含有测试物品#1(SEQ ID NO:35的经修饰的MTPS-1多肽)的组合物的预温育。与测试物品#1的预温育抑制补体功能的程度反映C3的抑制水平。
[0939] 2.纯化的C3试剂的描述
[0940] 人血清中C3的正常浓度为~1mg/mL。来自Complement Technologies的C3浓度为 1.1mg/ml。将C3以1/50的稀释度加入C3耗尽的血清中。
[0941] 3.测试物品描述
[0942]
[0943] 4.对照
[0944] 阳性对照#2 来源 浓度HAGG(经典途径的激活物)* Exsera Biolabs 10mg/mL
[0945] *HAGG-热活化的丙种球蛋白
[0946]阴性对照#1 来源 浓度
盐水 Exsera Biolabs 0.9%盐水(154mmol NaCl)
[0947] 5.对照物品和测试物品制备
[0948] 稀释表:
[0949]
[0950] 除非另有说明,否则所有稀释都用盐水进行
[0951] 6.实验设计:测试条件1和2
[0952] 测试条件1:
[0953] 使组分(管1和管2)分别在37℃(±2℃)下温育2小时。管1含有100μL C3,而管2含有25μl测试物品(TA,MTSP-1多肽或盐水)。将样品冷冻在-80℃或更低的温度下,直到在
C3H50中用耗尽的血清进行测试。使每个管在37℃下温育2小时。将来自管1的90μl C3与来自管2的10μl(TA,多肽或盐水)组合,然后混合并且立即冷冻在80℃下;在以1/50的稀释度加入C3H50之前,没有C3通过TA的先前切割。
[0954] 测试条件2:
[0955] 将组分在管3(90μL C3和10μl TA,轻微旋涡)中混合,并且在37℃(±2℃)下温育2小时(C3在QHAR位点(SEQ ID NO:9的残基737-740)处的预切割),立即冷冻,并且以1/50加入C3H50中。
[0956]
[0957]
[0958] 7.补体活化或抑制的读出
[0959] 经修饰的C3H50溶血功能。C3H50是功能活性的量度,但特别强调C3,因为它需要外源添加的C3。制备C3缺陷的血清。将制备的实验条件(条件1和2)以1/50的稀释度加入缺陷血清中用于测试。与红血细胞的测试内温育在22℃下执行45分钟。
[0960] 8.结果
[0961] 结果显示,如通过溶血活性评价的,补体活化的抑制由C3的切割介导。
[0962]
[0963] *测试条件#1:使组分分别在37℃(±2℃)下温育2小时。然后在-80℃或更低的温度下冷冻,直到在C3H50(C3溶血活性)中用耗尽的血清(即,没有血清C3的预切割)进行测
试。
[0964] *测试条件#2:用轻微涡旋将组分混合在一起,并且在37℃(±2℃)下温育2小时 (即,血清C3通过MTSP-1多肽(序列号ID NO:35)的预切割。
[0965] 这些数据证实,C3与具有序列ID NO:35的MTSP-1变体(其在QHAR/ASHL位点处切割C3)的预温育基本上抑制人血清中的补体活化。人血清与MTSP-1变体的1 小时预温育使血
清的溶血活性减少大约80%。
[0966] 实施例13
[0967] 示例性MTSP-1变体的位点特异性诱变,以建立关于MTSP-1中的各个突变的结构-活性关系。
[0968] 为了评价每个替换、插入或缺失的效应,使用位点特异性诱变来产生MTSP-1变体的14个变体,所述MTSP-1变体含有修饰Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G /
ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D(起始版本)。14个变体各自含有单个突变
(与起始变体相比),其中起始变体中的每个单个突变残基(除了C122S之外)被“恢复”(每个变体中一个)为野生型MTSP-1中存在的相应氨基酸。参考SEQ ID NO: 4中所示的WT MTSP-1蛋白酶结构域,这些变体显示于下表23中。阴影单元格指示当与SEQ ID NO:4中所示的参考MTSP-1多肽相比时,经修饰的MTSP-1多肽在该残基处突变。无阴影单元格指示经修饰的
MTSP-1多肽含有与SEQ ID NO:4中所示的参考 MTSP-1多肽相同的氨基酸。
[0969] 如下所示,在缓冲液[磷酸盐缓冲盐水(PBS)]或80%食蟹猴玻璃体液中温育7天后,使用荧光底物AGR-ACC,通过如上所述测量关于C3切割的ED50来评价每个选择变体的抗C3活性,并且通过测量残留酶促活性来评价每个变体的稳定性。这些数据证实,与其序列在SEQ ID NO:4中示出的参考野生型MTSP-1蛋白酶结构域相比,大约 50%的“起始变体”多肽在玻璃体液中显示出针对C3的更大活性。另外,与SEQ ID NO: 4的参考野生型蛋白酶结构域相比,经修饰的MTSP-1多肽中的12/14在玻璃体液中更稳定,其中一些显示比其它更大的稳定性。用于眼部适应症例如AMD的治疗候选物,包括下表中的那些,是在玻璃体液中显示出高C3切割活性和高稳定性的变体。
[0970] 如上所述,在体外测量经修饰的MTSP-1多肽的C3活性(即,ED50)。使用荧光底物AGR-ACC,用活性测定测量MTSP-1多肽在食蟹猴玻璃体液或磷酸盐缓冲盐水(PBS) 中温育7
天后的稳定性。
[0971] 表23.
[0972]
[0973]
[0974] 实施例和上文中的数据指示,经修饰的MTSP-1多肽有效切割人C3,并且在玻璃体液中温育7天后,维持这种活性的59-94%。
[0975] 例如,经修饰的MTSP-1多肽在残基740和741(SEQ ID NO:9)之间切割人C3,以从而使C3失活:
[0976]
[0977] 经修饰的MTSP-1多肽,例如包含以下突变的经修饰的MTSP-1多肽: Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/G151H/Q175L/Q192D 或
[0978] Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/ Q192D,
[0979] 其中包括C122S以减少聚集(参见例如,SEQ ID NO:35,其示出了含有这些突变的经修饰的MTSP-1多肽的蛋白酶结构域)的功能结果如下:
[0980] Q38H–这种突变使C3活性增加大约3.7倍。
[0981] I41S–这种突变使抗C3活性增加大约44.6倍。
[0982] D60bT–这种突变使抗C3活性增加大约2.8倍。
[0983] F60eS–这种突变使抗C3活性增加大约1.9倍。
[0984] Y60gW–这种突变增加酶的底物特异性,并且使抗C3活性增加大约4.8倍。
[0985] D96K–这种突变使抗C3活性增加大约2.6倍。
[0986] F97G–这种突变使抗C3活性增加大约4.3倍,并且增加底物特异性。
[0987] 插入物97aV:这种突变增加经修饰的MTSP-1多肽底物的特异性,使经修饰的 MTSP-1多肽的稳定性在37℃下的1周温育后增加约4.8倍,并且使抗C3活性增加大约1.7倍。
[0988] T98P:这种突变使酶的稳定性在37℃下的1周温育后增加1.4倍,并且使抗C3 活性增加大约2.2倍。
[0989] F99L:这种突变使抗C3活性增加大约3.9倍。
[0990] G151H:这种突变使抗C3活性增加大约1.2倍。
[0991] Q175L:这种突变使抗C3活性增加大约4.3倍。
[0992] Q192D:这种突变使在37℃下的1周温育后在玻璃体液中的稳定性增加5.1倍。
[0993] 在这些多肽中,含有突变Q38H/I41S/D60bT/F60eS/Y60gW/D96K/F97G/ins97aV/ T98P/F99L/C122S/G151H/Q175L/Q192D和I41D/C122S/G151N/Q192T的那些多肽用于治疗
DGF和/或AMD。
[0994] MTSP-1多肽中的所有残基通过胰凝乳蛋白酶编号提及。未经修饰的MTSP-1多肽分别包括具有SEQ ID NO.:1-4的那些、WT全长MTSP-1、WT蛋白酶结构域MTSP-1、 WT成熟MTSP-
1、具有C122S的全长MTSP-1、具有C122S的蛋白酶结构域MTSP-1、具有C122S的成熟MTSP-1,其中编号按胰凝乳蛋白酶编号。所有经修饰的MTSP-1多肽都可以包括替换C122S代替
C122C。
[0995] ***
[0996] 由于修饰对于本领域技术人员将是显而易见的,因此预期本发明仅受所附权利要求的范围限制。
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