食品工业使用细菌来改善食物的味道(taste)和稠度(texture)，也延长这些 食物的货架期(shelf life)。在乳品行业，常用乳酸菌来，例如，使奶(milk)酸 化(通过发酵)并使掺入它们的产物稠度增加。常用于食品工业的乳酸菌中， 例子包括链球菌属(Streptococcus)、乳球菌属(Lactococcus)、乳杆菌属 (Lactobacillus)、明串球菌属(Leuconostoc)、片球菌属(Pediococcus)和双歧杆 菌属(Bifidobacterium)。
属于嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus)的乳酸菌单独或与其它细 菌一起广泛用于制备食品特别是发酵产品。尤其是将它们用于配制生产发酵 奶(fermented milk)如酸奶(yogurt)时所用的酵素(ferment)。有些细菌在发酵产 品的稠度生成中起决定性作用。此特征与多糖的生成紧密相连。在嗜热链球 菌多个菌株中区分出增稠和非增稠(non-texturizing)菌株是可能的。
除外，培养物如起子培养物(starter culture)在食品工业中广泛用于生产发 酵的产品，包括奶制品(如酸奶、黄油和干酪(cheese))、肉制品、培烤制品、 酒类和蔬菜制品。制备培养物耗费大量劳力，占用很多空间和装备，并且在 繁殖过程中传染腐败菌和/或噬菌体的风险很大。因细菌噬菌体(噬菌体)感染 和扩增所致细菌培养失败是细菌培养物工业应用的主要问题。有多种不同的 噬菌体，它们攻击细菌的机理不同。而新的细菌噬菌体株也不断出现。
在工业中，将噬菌体感染、乃至细菌培养失败的几率减至最小的策略包 括：(i)使用混合的起子培养物；和(ii)交替使用具有不同的噬菌体易感谱 (susceptibility profile)的菌株(菌株轮换)。
(i)传统上，乳品行业的起子培养物都是乳酸菌菌株的混合物。混合的 起子培养物的复杂组成确保一定水平的对抗噬菌体攻击的抗性。然而，混合 的菌株培养物重复再培养(sub-culturing)使单个菌株的分布出现不可预测的 改变，最终导致不理想的菌株优势(dominance)。这导致更容易被噬菌体攻击 并增加发酵失败的风险。
(ii)交替使用对不同噬菌体敏感的细菌菌株是另一种限制噬菌体发展的 途径。然而，为了提供高效可靠的轮换方案而鉴定并选出足够数量的具有不 同噬菌体谱的菌株是困难且费力的。另外，持续使用菌株需要小心监测新的 感染性噬菌体，且需要迅速将被新的噬菌体感染的菌株替换为抗性菌株。在 事先需制备大量的生产用起子(bulk starter)培养物的工厂，通常不可能做出如 此迅速的反应。
本领域一直需要提供改进的细菌菌株用于食品/饲料工业-如增稠性质 改进的细菌菌株。具有噬菌体抗性的改良细菌菌株特别理想。
发明概述
本文所述的快速酸化的乳酸菌具有多项优点。例如，该快速酸化的乳酸 菌在使掺入它的培养基增稠方面具有优点。又例如，它使得有可能从例如发 酵奶获得凝胶，其发稠、粘、挂糖(coated)、易拉丝(stringy)、搅不动(resistant to stirring)和/或无颗粒。
有利地是，所述快速酸化的乳酸菌具有抗细菌噬菌体的抗性，因而细菌 噬菌体感染、乃至细菌培养失败的几率被降到最小。这是本文所述乳酸菌的 重要特性，因为它降低了生产过程中出现噬菌体的风险，如果出现噬菌体， 可能要将生产中止一段时间来排除污染。
最有利地是，本文所述快速酸化的乳酸菌具有有利的增稠性质而且是抗 噬菌体的。
本发明的概要方面
本发明的各方面体现在随后的权利要求中。
第一方面提供了快速酸化的乳酸菌，其使发酵奶的粘度超过约62Pa.s (帕斯卡.秒)。
一个特别优选的方面提供了快速酸化的乳酸菌，其使发酵奶的粘度超过 约62Pa.s并且该细菌是抗噬菌体的。
另一方面提供了乳酸菌，其包含SEQ ID No.19所述的序列或与其具有 至少75％同一性的同源物(homologue)。
另一方面提供了分离的嗜热链球菌菌株，该菌株在2006年6月14日由 Danisco Deutschland Niebüll GmbH，Buch-Johannsen Strasse.1，Niebüll -D-25899，Germany根据布达佩斯条约以保藏号18344保藏于DSMZ (Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH， Mascheroder Weg 1b，D-38124 Braunschweig)。我们在此确认，保藏人已授 权申请人在此申请中提及该保藏的生物材料，并且无保留且不可改变地同意 确保公众可得到该保藏材料。
也提供了包含本文所述的乳酸菌或菌株的细胞培养物。
另一方面提供了食物、食物添加剂(food additive)、饲料、营养补充剂 (nutritional supplement)、或益生菌补充物(probiotic supplement)，其包含本文 所述的乳酸菌、菌株、或细胞培养物。
制备食物、食物添加剂、饲料、营养补充剂、或益生菌补充物的方法， 其包含将所述乳酸菌、菌株、或细胞培养物加入所述食物、食物添加剂、饲 料、营养补充剂、或益生菌补充物的步骤。
其他方面，用本文所述的方法获得或可获得的食物、食物添加剂、饲料、 营养补充剂、或益生菌补充物。
也描述了所述乳酸菌、菌株、或细胞培养物用于制备食物、食物添加剂、 饲料、营养补充剂、或益生菌补充物的用途。
其他方面，我们描述了改良(modifying)食物、食物添加剂、饲料、营养 补充剂、或益生菌补充物的粘度的方法，其包含将所述乳酸菌、菌株、或细 胞培养物加入所述食物、食物添加剂、饲料、营养补充剂、或益生菌补充物。
也提供了用本文所述的方法获得或可获得的食物、食物添加剂、饲料、 营养补充剂、或益生菌补充物。
另一方面提供了所述乳酸菌、菌株、或细胞培养物用于改良食物、食物 添加剂、饲料、营养补充剂、或益生菌补充物的粘度的用途。
也描述了鉴定属于链球菌属的细菌的方法，其包含筛选所述细菌的SEQ ID No.19所述的序列或与其具有至少75％同一性的同源物的步骤。
也描述了鉴定属于链球菌属的细菌的方法，其包含用至少一个正向的和 至少一个反向的寡核苷酸引物扩增细菌的CRISPR基因座的步骤，其中所述 引物分别位于在嗜热链球菌DSMZ-18344中缺无的一或多个CRISPR间隔区 (spacer)的对侧侧翼。
其他方面也提供了用所述方法鉴定或可鉴定的属于链球菌属的细菌。
另一方面描述了核苷酸序列，其包含SEQ ID No.19所述的序列或与其 具有至少75％同一性的同源物。
也提供了与所述核苷酸序列互补的核苷酸序列，如同包含所述核苷酸序 列的构建体或载体。
其他方面描述了包含所述构建体或载体的宿主细胞。
也提供了寡核苷酸引物，其能与所述核苷酸序列杂交。
其他方面描述了所述寡核苷酸引物用于鉴定属于链球菌属的细菌的用 途。
也提供了如上所述的乳酸菌、分离的培养物、细胞培养物、食物、食物 添加剂、饲料、营养补充剂、益生菌补充物、方法、用途、核酸序列、构建 体、载体、宿主细胞、氨基酸序列、或寡核苷酸引物，其参照随后的说明书 和图。
本发明的其他方面体现在随后的权利要求和随后的描述和讨论中。这些 方面体现在分开的标题部分中。然而，要理解在每个标题部分下的指导都不 应限于该特定的标题部分。
优选实施方案
优选地，该细菌是抗噬菌体的。
优选地，该细菌选自链球菌属、乳球菌属、乳杆菌属、明串球菌属、片 球菌属和双歧杆菌属组成的组。
优选地，该细菌是嗜热链球菌。
优选地，该嗜热链球菌属于遗传簇(genetic cluster)CL0189。
优选地，该乳酸菌包含SEQ ID No.20所述的序列。
优选地，所述细胞培养物是起子培养物(starter culture)、益生菌培养物 (probiotic culture)或饮食补充剂(dietary supplement)。
优选地，所述培养物包含一或多种其它乳酸菌，所述乳酸菌选自链球菌 属、乳球菌属、乳杆菌属、明串球菌属、片球菌属和双歧杆菌属。
优选地，所述培养物包含一或多种其它乳酸菌，所述乳酸菌选自德氏乳 杆菌保加利亚亚种(Lactobacillus delbrueckii subsp.Bulgaricus)、嗜酸乳杆菌 (Lactobacillus acidophilus)、干酪乳杆菌(Lactobacillus casei)和/或双歧杆菌种。
优选地，该食物、食物添加剂、饲料、营养补充剂、或益生菌补充物是 乳类、肉类或谷类食物、食物添加剂、饲料、营养补充剂、或益生菌补充物。
优选地，该乳类食物、食物添加剂、饲料、营养补充剂、或益生菌补充 物是发酵奶、酸奶、稀奶油(cream)、熟化奶油(matured cream)、干酪、清爽 干酪(fromagefrais)、奶饮料(milk beverage)、加工的干酪(processed cheese)、 奶油甜食(cream dessert)、农家干酪(cottage cheese)或婴儿奶(infant milk)。
优选地，所述奶包含动物和/或植物源性奶。
优选地，该食物、食物添加剂、饲料、营养补充剂、或益生菌补充物包 含发酵的食物、食物添加剂、饲料、营养补充剂、或益生菌补充物或由其组 成。
优选地，该食物、食物添加剂、饲料、营养补充剂、或益生菌补充物包 含乳类食物、食物添加剂、饲料、营养补充剂、或益生菌补充物或由其组成。
优选地，所述正向寡核苷酸引物与SEQ ID No.1杂交，且所述反向寡核 苷酸引物与SEQ ID No.2，SEQ ID No.3，SEQ ID No.4，SEQ ID No.5，SEQ ID No.6，SEQ ID No.7，SEQ ID No.8，SEQ ID No.9，SEQ ID No.10，SEQ ID No.11，SEQ ID No.12，SEQ ID No.13，SEQ ID No.14，SEQ ID No.15，SEQ ID No.16和/或SEQ ID No.17的任一杂交。
优选地，所述正向寡核苷酸引物与SEQ ID No.2，SEQ ID No.3，SEQ ID No.4，SEQ ID No.5，SEQ ID No.6，SEQ ID No.7和/或SEQ ID No.8的任一 杂交，且反向寡核苷酸引物与SEQ ID No.9，SEQ ID No.10，SEQ ID No.11， SEQ ID No.12，SEQ ID No.13，SEQ ID No.14，SEQ ID No.15，SEQ ID No. 16和/或SEQ ID No.17的任一杂交。
优选地，所述正向寡核苷酸引物与SEQ ID No.2，SEQ ID No.3，SEQ ID No.4，SEQ ID No.5，SEQ ID No.6，SEQ ID No.7和/或SEQ ID No.8的任一 杂交，且所述反向寡核苷酸引物与SEQ ID No.18杂交。
优选地，所述正向寡核苷酸引物与SEQ ID No.9，SEQ ID No.10，SEQ ID No.11，SEQ ID No.12，SEQ ID No.13，SEQ ID No.14，SEQ ID No.15，SEQ ID No.16和/或SEQ ID No.17的任一杂交，且所述反向寡核苷酸引物与SEQ ID No.18杂交。
优选地，所述属于链球菌属的细菌是嗜热链球菌。
优选地，该嗜热链球菌菌株属于遗传簇CL0189。
优选地，该嗜热链球菌菌株与在2006年6月14日以保藏号18344保藏 于DSMZ(Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH， Mascheroder Weg 1b，D-38124 Braunschweig)的嗜热链球菌菌株具有基本相 同的特征。
优选地，该嗜热链球菌菌株与在2006年6月14日以保藏号18344保藏 于DSMZ(Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH， Mascheroder Weg 1b，D-38124 Braunschweig)的嗜热链球菌菌株相同。
本文所用术语“快速酸化的菌株”优选指具有如下性质的菌株：(在下文标 题为“发酵奶加工(Process)”的部分中所述的发酵奶加工之后)在43℃，当接种 速度为1E6cfu/ml奶-1E7cfu/ml奶时，酸化速度小于-0.0100upH/min，达到 pH4.6所需时间少于540分钟。
附图简述
图1
嗜热链球菌(S.thermophilus)CNCM I-2423、嗜热链球菌CNCM I-2425 和嗜热链球菌DSMZ-18344用EPSAD PCR-RFLP所获得结果的比较。
图2
嗜热链球菌eps遗传簇的结构。所有已知的eps操纵子由常见的近端部 分(proximal part)(epsA-B-C-D基因)及随后的高度可变部分组成。
图3
嗜热链球菌DSMZ-18344、嗜热链球菌CNCM I-2425、嗜热链球菌 CNRZ385和嗜热链球菌CNCM I-2423的CRISPR1基因座的间隔区序列示意 图。每个矩形代表一个间隔区序列。

乳酸菌
本文所用的术语“乳酸菌”指革兰氏阳性、微需氧(microaerophillic)或厌 氧的细菌，其发酵糖产生酸，包括乳酸(作为主要产生的酸)、乙酸、甲酸和 丙酸。它们在分类上属于厚壁菌门(Firmicutes)。乳酸菌缺乏过氧化氢酶，是 一组不均一的细菌(heterogeneous group)，其中的球菌有气球菌属(Aeroccus)、 肠球菌属、乳球菌属、明串球菌属、Oenococcus、片球菌属、链球菌属、四 联球菌属(Tetragenococcus)、漫游球菌属(Vagococcus)和Weissella，杆菌有乳 杆菌属和肉杆菌属(Carnobacterium)。
工业最常用的乳酸菌为乳球菌属、乳杆菌属、双歧杆菌属、链球菌属、 明串球菌属、片球菌属和丙酸杆菌属(Propionibacterium)。因此在一个实施方 案中优选所述乳酸菌选自此组中的属。
特别的优选实施方案中，所述乳酸菌属于链球菌属。
乳酸菌的优选种是嗜热链球菌。优选地，所述嗜热链球菌属于遗传簇 CL0189。
嗜热链球菌是天然存在于奶中并广泛用于食物特别是乳业中的菌种，因 为它可以用于使产物如奶酸化并增稠。它是同型发酵的(homofermentative) 嗜热菌。
本文更详细地描述，乳酸菌的起子培养物常作为包含一或多个物种的混 合菌株培养物用于食品业。优选菌株的混合物包括本文所述乳酸菌与一或多 个链球菌菌株(如不同的嗜热链球菌菌株)的混合物，或与一或多个属于乳球 菌属、乳杆菌属、双歧杆菌属、链球菌属、明串球菌属、片球菌属和/或丙酸 杆菌属的菌株的混合物。
优选本文所述的乳酸菌与德氏乳杆菌保加利亚亚种、嗜酸乳杆菌、干酪 乳杆菌、乳酸乳球菌(Lactococcus lactis)和/或双歧杆菌的混合物。
特别优选本文所述的乳酸菌与德氏乳杆菌保加利亚亚种的混合物。此种 菌株培养物混合物常用于作酸奶起子培养物，其物种间存在共生关系 (Rajagopal等.J..Dairy Sci.，73，p.894-899，1990)。
该乳酸菌及其混合物可用于本文所述的培养。
一方面提供了快速酸化的乳酸菌，其使得发酵奶的粘度超过约62Pa.s。
另外，酸化速度的加快也降低噬菌体感染导致的发酵失败的风险。
优选地，所述细菌包含SEQ ID No.19所述的序列或与其具有至少75％ 同一性的同源物。
优选地，所述细菌包含SEQ ID No.20所述的序列或其变体、片段、同 源物或衍生物。
另一方面提供了乳酸菌，其包含SEQ ID No.19所述的序列或与其具有 至少75％同一性的同源物。
另一方面提供了乳酸菌，其包含SEQ ID No.20所述的序列或其变体、 片段、同源物或衍生物。
特别优选的方面，本发明涉及在2006年6月14日以保藏号18344保藏 于DSMZ(Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH， Mascheroder Weg 1b，D-38124 Braunschweig)的嗜热链球菌菌株。
所述乳酸菌可以是本文所述乳酸菌的突变体和/或变体。优选地，此突 变体和/或变体乳酸菌具有本发明嗜热链球菌菌株的一或多项(优选所有)特 征，如所述突变体和/或变体乳酸菌是快速酸化的乳酸菌；和/或所述突变体 和/或变体乳酸菌使发酵奶的粘度超过约62Pa.s，优选约68Pa.s；和/或所述 突变体和/或变体乳酸菌是抗噬菌体的；和/或所述突变体和/或变体乳酸菌属 于遗传簇CL0189；和/或所述突变体和/或变体乳酸菌包含SEQ ID No.20所 述的序列；和/或所述突变体和/或变体乳酸菌包含SEQ ID No.19所述的序列 或其变体、片段、同源物或衍生物。
酸化活性
酸化活性常用三个参数表征：酸化动力学、可滴定酸度(titratable acidity) 和最终的发酵pH，其确定产物的感官特征及其保存质量(preservation quality)，以及在产物保存期间出现(develop)的后酸化(post-acidification)。
有利的是，酸化速度快使得有可能缩短产物对污染物敏感的时间段(pH >4.7)从而降低细菌污染的风险。酸化速度加快也通过提高所述工业材料的 产率和灵活性而提高所述方法的经济效益。
可用多种本领域已知的方法确定乳酸菌的酸化活性。例如，所述乳酸菌 可以先在液态培基(broth)中培养，然后在补充了酵母提取物和葡萄糖的无菌 复原的(reconstituted)脱脂奶中作两轮连续继代培养。然后用24-h活化的培养 物接种无菌的复原脱脂奶，并在温育期间用pH计确定pH改变。
有利的是，本发明的乳酸菌是快速酸化的，因为它可以表现出在发酵过 程中使奶快速酸化的特征。
优选地，酸化速度从约-0.013upH/min到约-0.019upH/min。更优选地， 酸化速度从约-0.0135upH/min到约-0.018upH/min。更优选地，酸化速度从 约-0.014upH/min到约-0.017upH/min。更优选地，酸化速度从约-0.0145 upH/min到约-0.017upH/min。更优选地，酸化速度从约-0.015upH/min到约 -0.017upH/min。更优选地，酸化速度从约-0.015upH/min到约-0.017 upH/min。最优选地，酸化速度为约-0.0169upH/min。
此酸化速度与其它快速酸化的细菌菌株相比更优越-如嗜热链球菌 CNCM I-2423、嗜热链球菌CNCM I-2980和嗜热链球菌CNCM I-2425分别 为0.0129upH/min、0.0167upH/min和0.0209upH/min。
嗜热链球菌CNCM I-2423之前已以保藏号I-2423保藏于CNCM，并描 述于WO2004/085607中。
嗜热链球菌CNCM I-2425之前已以保藏号I-2425保藏于CNCM。
嗜热链球菌CNCM I-2980之前已以保藏号I-2980保藏于CNCM，并描 述于WO2004/085607中。
快速酸化的嗜热链球菌是，通常在43℃+/-1℃，当接种速度为1E6 cfu/ml奶-1E7cfu/ml奶时，使奶凝结所需时间不到540分钟的细菌。酸化的 最快速度是pH相对于时间的曲线的最大值。此最终的测定结果可以用 CINAC装置(Ysebaert Ltd)进行奶的在线pH测量来获得。
一个实施方案中，酸化速度用本领域通常已知的方法测定。通常，酸化 速度通过在一段时间内监测pH的改变来测定。
另一个实施方案中，用CINAC装置测定酸化速度，该装置是在乳业广 泛用来分析乳酸菌的酸化性质的设备。
测定酸化速度的自动系统是本领域一般技术人员公知的。例如，可参见 (例如)FR 2 629 612。Corrieu，G.et al Process(ISSN 0998-6650)；1992，No. 1068，pp24-27(10ref.)中介绍了CINAC自动系统。
增稠/粘度
如本文所述，提供了具有改进的增稠性质或活性的乳酸菌。尤其是，该 乳酸菌展示了赋予发酵培养基粘度的性质。
所述乳酸菌产生发酵奶具有约62Pa.s以上的粘度，更优选超过约65 Pa.s，更优选超过约68Pa.s。
优选地，此乳酸菌产生的发酵奶具有约62Pa.s到约75Pa.s的粘度，优 选约65Pa.s到约75Pa.s，更优选约62Pa.s到约68Pa.s，最优选约65到约 68Pa.s，更优选约68Pa.s.
优选在约6℃储存14天后测定粘度。
本文所述的乳酸菌是强增稠的。
一个实施方案中，所述乳酸菌产生的发酵奶具有用本文所述的一或多种 方法测定的本文所述粘度。
多种流变学测定是本领域已知的-如流动性(flow)和粘度。
发酵奶加工
一个实施方案中，产生实验室规模的新鲜发酵奶。奶基(milk base)由补 充了3％(w/w)半脱脂奶粉的商业化UHT(超高温灭菌)奶组成。将所述奶基混 合，90℃+/-0.2℃加热10min+/-1min，然后在调节至43℃+/-1℃的水浴 中冷却至43℃+/-1℃，再将该奶装到125ml玻璃烧杯中。以1E6—1E7cfu/ml 的比例向该奶中接种细菌。发酵在43℃+/-1℃进行，期间不搅拌，当pH到 达4.6+/-0.05时终止发酵。此时，迅速将新鲜发酵奶在不足1小时内冷却至 6℃+/1℃。最终，在此温度将产物储存28天。
测定粘度的方法：
一个实施方案中，对6℃储藏1、7、14和28天后的发酵奶，在6℃ 进行粘度测定。所用的装备是安装在Helipath座(stand)(Brookfield Engineering Laboratories，Inc.)上的RVFtype 粘度计(Brookfield Engineering Laboratories，Inc.)。该粘度计配有了C型针，针的摆动速度是10rpm。根据 本发明，此方法是测定粘度的优选方法。
测定流动性的方法：
另一个实施方案中，对6℃储藏14天、且已搅拌过的发酵奶，在6℃ 进行流动性测定。所用的装备是ARI000-N流变计(rheometer)(TA Instruments)，其配有同轴圆柱体(半径1＝15mm，半径2＝13.83mm，高度32 mm，气隙＝2mm)。上升节段(segment)在1分钟内施加从0到60Pa连续快速 (continuous sweep)线性变化的切应力(shear stress)[Pa]。下降节段在1分钟内 施加从60到0Pa连续快速线性变化的切应力[Pa]。所取数值是触变面积 (thixotropic area)(Pa/s)和屈服应力(yield stress)(Pa)；后者根据Casson模型来 计算。
根据本发明，可以用本文所述的乳酸菌改变或调节食物、食物添加剂、 饲料、营养补充剂、或益生菌补充物的粘度。优选使所述粘度增加。
细菌噬菌体
本文所用的术语“细菌噬菌体”具有在本领域理解的常用含义，即为选择 性感染一或多种细菌的病毒。很多细菌噬菌体对具体属或种或菌株的细菌特 异。
术语“细菌噬菌体”与术语“噬菌体”同义。
细菌噬菌体可以是裂解性细菌噬菌体或溶原性(lysogenic)细菌噬菌体。
裂解性细菌噬菌体是沿裂解途径完成裂解周期、而不进入溶原途径的噬 菌体。裂解性细菌噬菌体进行病毒复制，导致细胞膜裂解、细胞破坏、释放 能感染其它细胞的子代细菌噬菌体颗粒。
溶原性细菌噬菌体是能进入溶原途径的噬菌体，在该途经中，噬菌体在 完成其裂解周期之前变成细胞基因组的休眠、沉默(passive)部分。
细菌噬菌体可包括但不限于属于如下任何病毒家族的细菌噬菌体：覆盖 噬菌体科(Corticoviridae)、囊状噬菌体科(Cystoviridae)、丝状噬菌体科 (Inoviridae)、光滑噬菌体科(Leviviridae)、微小噬菌体科(Microviridae)、肌尾 噬菌体科(Myoviridae)、短尾噬菌体科(Podoviridae)、长尾噬菌体科 (Siphoviridae)、或复层噬菌体科(Tectiviridae)。
有利的是，本发明乳酸菌是抗噬菌体的。
近20多年来，已核实了超过1000种对工业用嗜热链球菌菌株有毒性的噬 菌体。这群噬菌体经过深入研究确定了它们的宿主谱(host spectrum)。这使得 能够鉴定一组共60种代表上述噬菌体群体中鉴定出的所有宿主谱的噬菌体。 这些代表性的噬菌体分别在菌株DSMZ18344、CNCM I-2423和CNCM I-2425 中进行测试，如本文所述。发现CNCM I-2423对噬菌体D4126和D3215敏感， 菌株CNCMI-2425对噬菌体D4369敏感，而本发明菌株DSMZ-18344抗所有被 测的代表性噬菌体。
一个实施方案中，本发明的乳酸菌抗噬菌体D4126和/或D3215和/或噬菌 体D4369。
一个实施方案中，本发明的乳酸菌抗一或多种细菌噬菌体或一或多组细 菌噬菌体。另一个实施方案中，本发明的乳酸菌抵与菌株CNCM I-2423和/ 或CNCM I-2425抗相同的细菌噬菌体。
CRISPR基因座
本文所用的术语“CRISPR基因座”被限定为DNA节段，其包括所有的 CRISPR重复序列，从第一个CRISPR重复序列的第一个核苷酸开始，至最 后一个(末端)CRISPR重复序列的最后一个核苷酸结束。
CRISPR基因座是一类独特的散在短序列重复(SSR)，其首先在大肠杆菌 中识别出来(Ishino等.(1987)J.Bacteriol.169：5429-5433；Nakata et al.(1989) J.Bacteriol.171：3553-3556)。类似的散在SSR已在Haloferax mediterranei、 化脓链球菌(Streptococcus pyogenes)、鱼腥藻属(Anabaena)、和结核分枝杆菌 (Mycobacterium tuberculosis)中鉴定出(Groenen等.(1993)Mol.Microbiol. 10：1057-1065；Hoe et al.(1999)Emerg.Infect.Dis.5：254-263；Masepohl等. (1996)Biochim.Biophys.Acta 1307：26-30；Mojica et al.(1995)Mol. Microbiol.17：85-93)。这种CRISPR基因座区别于其它SSR之处在于重复序 列的结构，其被称为规则间隔短重复序列(SRSR)(Janssen等.(2002)OMICS J.Integ.Biol.6：23-33；Mojica et al.(2000)Mol.Microbiol.36：244-246)。这种重 复序列是成簇出现的短元件，总是被固定长度的独特间插序列有规律地隔开 (Mojica等.(2000)Mol.Microbiol.36：244-246)。这种重复序列在各个菌株间 是高度保守的，但散在重复序列的数目和间隔区域的顺序在各个菌株之间不 同(van Embden et al.(2000)J.Bacteriol.182：2393-2401)。
Jansen等.(2002)描述了CRISPR基因座的共有结构特征：(i)存在多个短 同向重复，它们在指定基因座内无序列变异或很少变异；(ii)在类似大小的重 复序列之间存在不重复的间隔区序列；(iii)多数带多重CRISPR基因座的物 种中存在共有的几百个碱基对的前导序列(leader)；(iv)所述基因座内缺乏长 的开放读码框；和(v)存在一或多个cas基因。
CRISPR重复序列通常是24-40bp的部分回文式短序列，包含最多11bp 的内部和末端反转重复序列。尽管已经检测到了分离的元件，它们通常是成 簇(每个基因组最多约20以上)排列的重复单位，被独特的20-58bp间插序列 间隔。CRISPR重复序列在给定基因组内通常是均一的，其中大多数是相同 的。然而，在例如古细菌(Archaea)中有不均一(heterogeneity)的情况(Mojica et al.2000)。
有利的是，可用所述CRISPR基因座来分类和/或筛选细菌。
本领域熟练技术人员会理解，有很多不同的方法来筛选/分类细菌。用 于这方面的多种方法参见例如J.Sambtook，E.F.Fritsch，and T.Maniatis，1989， Molecular Cloning：ALaboratory Manual，Second Edition，Books 1-3，Cold Spring Harbor Laboratory Press；Ausubel，F.M.等.(1995和季刊增补本； Current Protocols in Molecular Biology，ch.9，13和16，John Wiley & Sons， New York，N.Y.)；B.Roe，J.Crabtree，and A.Kahn，1996，DNA Isolation and Sequencing：Essential Techniques，John Wiley & Sons；M.J.Gait(Editor)， 1984，Oligonucleotide Synthesis：A Practical Approach，Irl Press；和D.M.J. Lilley and J.E.Dahlberg，1992，Methods of Enzymology：DNA Structure Part A： Synthesis and Physical Analysis of DNA Methods in Enzymology，Academic Press。
一个实施方案中，使用扩增。
“扩增”指产生额外拷贝的核酸序列。
扩增技术包括但不限于宽泛地分类为变温循环(thermal cycling)扩增方 法和等温(isothermal)扩增方法的方法。
适当的变温循环方法包括，例如连接酶链式反应(Genomics 4：560，(1989)； 和Science 241：1077(1988))、聚合酶链式反应(PCR)(US 4,683,195； US4,683,202；和US4,965,188)以及实时PCR；聚合酶连接酶链式反应 (Polymerase Ligase Chain Reaction)(PCR Methods and Applic.(1991)1：5-16)； Gap-LCR(WO 90/01069)；修复链式反应(Repair Chain Reaction)(EP 439,182)；和3SR(Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.(1989)86：1173-1177；Proc.Natl. Acad.Sci.U.S.A.(1990)87：1874-1878；和WO92/0880)。等温扩增方法包括， 例如链置换扩增(Strand Displacement Amplification，SDA)(Proc.Nat.Acad. Sci.USA 89：392-396(1992))、Q-beta-复制酶(Bio/Technology 6：1197-1202 (1988))；基于核酸的序列扩增(NASBA)(Bio/Technology 13：563-565(1995))； 和自动维持序列复制(Self-Sustained Sequence Replication)(Proc.Nat.Acad. Sci.USA 87：1874-1878(1990))。
在本发明的优选实施方案中，扩增方法是PCR。通常这用本领域公知的 PCR技术进行(Dieffenbach and Dveksler(1995)PCR Primer，a Laboratory Manual(Cold Spring Harbor Press，Plainview，New York)。
本领域公知，可设计寡核苷酸引物用于扩增反应来扩增所需的序列。
“引物”是指纯化的限制酶消化物中天然出现的寡核苷酸或合成产生的 寡核苷酸，当处在与核酸链互补的引物延伸产物被诱导合成的条件(即存在 核苷酸和诱导剂如DNA聚合酶，并处在适当温度及pH)时，这种寡核苷酸 能作为合成起始点起作用。引物优选是单链以使扩增效力达到最大，但也可 以是双链。如果是双链的，所述引物先经过处理将两条链分开，再用于制备 延伸产物。优选所述引物是寡脱氧核糖核苷酸。所述引物必须足够长以便在 有诱导剂时引发延伸产物的合成。所述引物的确切长度依赖多项因素，包括 温度、引物来源、以及使用的方法。PCR引物优选长约至少10个核苷酸(如 长为11，12，13，14，15，16，17，18或19个核苷酸)，且最优选长约至少20个核 苷酸。
设计PCR引物并进行PCR克隆的方法通是本领域已知的，可参见 Sambrook et al.(1989)Molecular Cloning：A Laboratory Manual(2d ed.，Cold Spring Harbor Laboratory Press，Plainview，New York)。也参见Innis等.，eds. (1990)PCR Protocols：A Guide to Methods and Applications(Academic Press， New York)；Innis and Gelfand，eds.(1995)PCR Strategies(Academic Press， New York)；和Innis and Gelfand，eds.(1999)PCR Methods Manual(Academic Press，New York)。已知的PCR方法包括但不限于，使用成对引物、嵌套引 物(nested primers)、单个特异性引物、简并引物、基因特异性引物、载体特 异性引物、部分错配型引物等的方法。
适当地，可以利用靶向前导序列和尾序列(trailer)内保守区段的引物，通 过扩增(如PCR扩增)CRISPR(如CRISPR1)基因座来筛选细菌(Bolotin etal.， (2005)Microbiology 151(8)：2551-61)。
适当地，可以通过扩增(如PCR扩增)CRISPR(如CRISPR1)基因座的所 选部分来筛选细菌。在此方面，已经惊讶地发现本文所述的嗜热链球菌菌株 比例如嗜热链球菌CNCM I-2425和嗜热链球菌CNRZ385少5个CRISPR间 隔区。特别是，本发明的嗜热链球菌菌株与例如嗜热链球菌CNCM I-2425 和嗜热链球菌CNRZ385相比，缺少从CRISPR间隔区的5′末端起的第1、2、 10、11和12个CRISPR1间隔区。本领域技术人员可理解，本发明嗜热链球 菌菌株的这种性质可以有利地用于检测此菌株，因为当至少与嗜热链球菌 CNCM I-2425和嗜热链球菌CNRZ385比较时，会获得不同长度的扩增子。 所以，例如，可设计第一引物，使之CRISPR基因座5′末端的前导序列杂交， 并设计第二引物，使之与本发明嗜热链球菌菌株中的第2个缺失的CRISPR 间隔区序列的下游和/或第12个缺失的CRISPR间隔区的下游杂交。又例如， 可设计第一引物，使之第2个缺失的CRISPR间隔区序列的下游杂交，并设 计第二引物，使之与第12个缺失的CRISPR间隔区的下游杂交。
优选地，所述细菌用特异性或实质上(substantially)与本文所述核苷酸序 列杂交的寡核苷酸引物来筛选。
一方面，提供了鉴定嗜热链球菌菌株的方法，其包括使用寡核苷酸引物， 所述引物与SEQ ID No.19或与SEQ ID No.19的具有至少75％同一性的同 源物特异性杂交。
另一方面，提供了鉴定嗜热链球菌菌株的方法，其包括使用寡核苷酸引 物，所述引物位于嗜热链球菌DSMZ-18344中所缺失的CRISPR间隔区的侧 翼。
一个实施方案中，所述正向引物与标记为C，D，E，F，G，H，或I的一或多 个CRISPR1间隔区(见图3)杂交。所述反向引物与标记为M，N，O，P，Q，或R的 一或多个CRISPR1间隔区(见图3)杂交。适当地，引物不与标记为S的间隔区 杂交。通常，用DSMZ18344扩增的片段比用本文所述其它菌株如CNCM I-2425扩增的片段短约200bp。
另一方面提供了鉴定嗜热链球菌菌株的方法，其包含使用与SEQ ID No. 1杂交的正向寡核苷酸引物和与SEQ ID No.18杂交的反向寡核苷酸引物。
另一方面提供了鉴定嗜热链球菌菌株的方法，其包含使用正向寡核苷酸 引物和反向寡核苷酸引物，前者与SEQ ID No.1杂交，后者与SEQ ID No.2， SEQ ID No.3，SEQ ID No.4，SEQ ID No.5，SEQ ID No.6，SEQ ID No.7，SEQ ID No.8，SEQ ID No.9，SEQ ID No.10，SEQ ID No.11，SEQ ID No.12，SEQ ID No.13，SEQ ID No.14，SEQ ID No.15，SEQ ID No.16和/或SEQ ID No.17 的任一杂交。
另一方面提供了鉴定嗜热链球菌菌株的方法，其包含使用正向寡核苷酸 引物和反向寡核苷酸引物，前者与SEQ ID No.2，SEQ ID No.3，SEQ ID No.4， SEQ ID No.5，SEQ ID No.6，SEQ ID No.7，SEQ ID No.8的任一杂交，后者 与SEQ ID No.9，SEQ ID No.10，SEQ ID No.11，SEQ ID No.12，SEQ ID No. 13，SEQ ID No.14，SEQ ID No.15，SEQ ID No.16和/或SEQ ID No.17的任 一杂交。
另一方面提供了鉴定嗜热链球菌菌株的方法，其包含使用正向寡核苷酸 引物和反向寡核苷酸引物，前者与SEQ ID No.2，SEQ ID No.3，SEQ ID No.4， SEQ ID No.5，SEQ ID No.6，SEQ ID No.7和/或SEQ ID No.8的任一杂交， 后者与SEQ ID No.18杂交。
另一方面提供了鉴定嗜热链球菌菌株的方法，其包含使用正向寡核苷酸 引物和反向寡核苷酸引物，前者与SEQ ID No.9，SEQ ID No.10，SEQ ID No. 11，SEQ ID No.12，SEQ ID No.13，SEQ ID No.14，SEQ ID No.15，SEQ ID No. 16和/或SEQ ID No.17的任一杂交，后者与任何SEQ ID No.18杂交。
优选地，不使用与SEQ ID No.15和SEQ ID No.16杂交的正向和/或反 向寡核苷酸引物。
所述正向寡核苷酸引物甚至可与SEQ ID No.2上游的序列杂交。
所述反向引物甚至可与SEQ ID No.18下游的序列杂交。
在扩增/检测后，所扩增的序列可用本领域已知的多种方法来鉴定。
例如，所扩增的序列可通过测定扩增产物的限制酶消化模式来鉴定。由 此，一旦扩增了DNA，就可以用一或多种限制酶进行消化(如切割)。
本文所用的术语“限制酶”是指一组酶(如细菌的酶)，其中的每种酶在双 链DNA的特定核苷酸序列处或其附近进行切割。限制酶是本领域公知的， 可以从例如多种商业来源轻易获得(例如，New England Biolabs，Inc.，Beverly， Massachusetts)。类似的，使用限制酶的方法也是本领域公知的和常规的。在 切割CRISPR基因座或其部分时产生10-24个DNA片段的限制酶是可用的。 用限制酶获得的DNA片段可通过例如凝胶电泳上的泳带来监测。限制酶可 用来产生限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphisms， RFLP)。
RFLP通过用限制性内切酶切割(“限制”)DNA分子来产生。目前已分离 出数百种这样的酶，它们由细菌天然产生。基本上，细菌使用这些酶作为防 御系统，识别并然后剪切(限制)可能进入细菌细胞的任何异源DNA分子(如 病毒感染)。目前发现的数百种不同限制酶分别切割(即“剪切”或“限制”)构成 所有DNA分子的4种基本核苷酸(A，T，G，C)的不同序列，如一种酶可能特 异且唯一地识别A-A-T-G-A-C序列，而另一种可能特异且唯一地识别 G-T-A-C-T-A序列，等等。所述识别序列因所述酶的不同而有长度差异，短 的只有4个核苷酸，长的可达21个核苷酸。识别序列越长，所产生的限制 性片段越少，识别位点约大，在整个DNA中重复的可能性越小。
又例如，所扩增的序列可通过确定或进一步确定扩增产物的大小差异来 鉴定，如上所述。
分离可以通过适合分离DNA的任何方法进行，包括但不限于，凝胶电 泳、高效液相色谱(HPLC)、质谱分析、以及使用微流控装置(microfluidic device)。一个实施方案中，所述扩增产物或DNA片段用琼脂糖凝胶电泳分 离。凝胶电泳通过大小电荷不同的分子在电流作用下穿过静态凝胶的运动速 度而进行分离。这些分离的扩增产物或DNA片段可以容易地观察到，例如 通过用溴化乙啶染色和在UV照射下观察凝胶。带型反映出限制性消化的 DNA或扩增产物的大小。
又例如，所扩增的序列可以通过测序扩增产物来鉴定。
可以通过本领域已知的任何方法来获得扩增产物的序列，包括自动的和 手动的测序方法。参见例如，Sambrook等.(1989)Molecular Cloning：A Laboratory Manual(2d ed.，Cold Spring Harbor Laboratory Press，Plainview， New York；Roe et al.(1996)DNA Isolation and Sequencing(Essential Techniques Series，John Wiley & Sons)。
优选地，根据本发明方法鉴定的嗜热链球菌与2006年6月14日以保藏 号18344保藏在DSMZ(Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH，Mascheroder Weg 1b，D-38124 Braunschweig)的嗜热链 球菌菌株具有实质相同的特征。本发明上下文中，短语“实质相同的特征”指 嗜热链球菌菌株具有2006年6月14日以保藏号18344保藏在DSMZ (Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH， Mascheroder Weg 1b，D-38124 Braunschweig)的嗜热链球菌菌株的一或多种 (优选所有)特征。
适当地，被鉴定的嗜热链球菌是快速酸化的乳酸菌；和/或被鉴定的嗜 热链球菌使发酵奶的粘度超过约62Pa.s、优选约68Pa.s；和/或被鉴定的嗜 热链球菌是抗噬菌体的；和/或被鉴定的嗜热链球菌属于遗传簇CL0189；和 /或被鉴定的嗜热链球菌包含SEQ ID No.20所述的序列；和/或被鉴定的嗜热 链球菌包含SEQ ID No.19所述的序列或或其变体、片段、同源物或衍生物。
CRISPR取向(ORIENTATION)
为了避免疑问，在本发明上下文中，CRISPR基因座取向如下。
CRISPR前导序列是具有指定大小的保守DNA节段。例如，嗜热链球 菌LMG18311(登录号CP000024)的CRISPR1前导序列是紧接基因stu0660 的终止密码子之后、恰好止于第1个重复序列之前的DNA节段。所述CRISPR 前导序列位于CRISPR基因座的5′末端。该CRISPR前导序列位于紧接 CRISPR基因座第1个CRISPR重复序列的上游。
CRISPR尾序列是有指定大小的保守DNA节段。例如，嗜热链球菌 LMG18311(登录号CP000024)的CRISPR1尾序列是紧接末端重复序列之后、 恰好止于基因stu0661(位于相对的DNA链上)的终止密码子之前的DNA节 段。CRISPR尾序列位于CRISPR基因座的3′末端。该CRISPR尾序列位于 紧接末端重复序列的下游。
例如，嗜热链球菌菌株CNRZ1066的CRISPR1基因座中的CRISPR前 导序列和CRISPR尾序列是：
CRISPR前导序列
5′-CAAGGACAGTTATTGATTTTATAATCACTATGTGGGTATAAAAACGTCA AAATTTCATTTGAG-3′
CRISPR尾序列
5′-TTGATTCAACATAAAAAGCCAGTTCAATTGAACTTGGCTTT-3′
CRISPR前导序列对应于嗜热链球菌的全长基因组(CP000024)中的位置 625038到625100，且CRISPR尾序列对应于位置627845到627885。
为了避免疑问，“上游”指5′方向而“下游”指3′方向。
EPS
已知乳酸菌能够在它们的培养基中产生两类多糖，称为同多糖 (homopolysaccharide)如葡聚糖(dextran)或果聚糖(levan)，其由单个糖的重复 序列组装(assembly)组成，和杂多糖(heteropolysaccharide)，其常称为胞外多 糖(exopolysaccharide)或EPS(EPS对于术语“胞外多糖”是短的)，是由形成重 复单位的若干不同糖的组装组成的(Cerning J.，Bacteries lactiques，[Lactic bacteria]，Vol I，by de Roissart H and Luquet F.M.，Lorica，309-329，1994)。
产生EPS的乳酸菌能赋予酸化奶粘稠性(ropy)性质和/或柔滑的(creamy) 质地(Cerning等.，FEMS Microbiol.，87，113-130，1990)。EPS也能体现特别有 利于人或动物健康的生物活性，如抗肿瘤或益生菌的活性，例如(Oda M.et al.， Agric.Biol.Chem.，47，1623-1625，1983；EP94870139.6)。
已经表征了嗜热链球菌中的独特EPS遗传簇。在每个这些簇中分布的 调节性和结构性基因显示了在其它链球菌菌种(Streptococcus spp)中保留的 调控结构(modular organisation)。尽管大多EPS-相关的基因和基因产物的功 能(现叫作eps或cps)，仅仅是从序列或结构同源性推导的，每个簇的5′区域 显示出编码参与调节EPS合成、链长度确定(determination)、和膜转位 (translocation)的蛋白质。这些开放阅读框之后，是如下基因，所述基因编码 糖基-1-磷酸转移酶和装配基本的重复单位的糖基转移酶，以及参与重复单位 聚合的酶。最后，这些簇的3′末端通常包含如下基因，其对应于参与聚合体 亚单位膜转位的其它蛋白质，以及产生糖核苷酸前体所需的酶(如N-乙酰-D- 半乳糖胺；其为EPS特有的(即未见于其它细胞聚合物)。
嗜热链球菌eps簇的5′区域中的开始四个基因epsA-D，在这种及其它 EPS+链球菌菌种都是高度保守的，显示出对EPS合成有调节(epsA和epsB)、 聚合(epsC)、和膜转位(epsD)的功用。epsE编码糖基-1-磷酸转移酶，该酶催 化装配EPS基础重复单位的头一步：向脂-磷酸(lipid-phosphate)载体加入己 糖-1-磷酸。epsE下游的基因显示编码糖基转移酶、输出/聚合功能、糖生物 合成，及一些功能未知的酶。在嗜热链球菌及其它乳酸菌中已经鉴定了编码 多种糖基转移酶的基因。
本发明乳酸菌包含EPS遗传簇，该遗传簇包含SEQ ID No.20所述的序 列或其变体、片段、同源物或衍生物。
令人惊讶地，本文所述的乳酸菌与嗜热链球菌CNCM I-2425(从eps遗 传簇序列起始到约位置3900)(即epsE基因)具有高度eps序列类似性，并与 嗜热链球菌CNCM I-2423(从约位置3900到序列末端)具有高度eps序列类似 性。
杂交
本发明也包括与本发明序列互补的序列，或能够与本发明序列或其互补 序列杂交的序列。
本文所用的术语“杂交”应包括“核酸链与互补链通过碱基配对来连接的 方法”以及在聚合酶链式反应(PCR)技术中采用的扩增方法。
本发明也包括核苷酸序列或其任何衍生物、片段或衍生物的用途，所述 序列能够与互补于本文所讨论的受试序列的序列杂交。
本发明也包括能够与本文所讨论的核苷酸序列杂交的序列的互补序列。
如Berger and Kimmel(1987，Guide to Molecular Cloning Techniques， Methods in Enzymology，Vol.152，Academic Press，San Diego CA)教导，杂交条 件是基于核苷酸结合复合体的解链温度(Tm)，并赋予了如下解释的限定的 “严谨度”。
最高严谨度常出现于约Tm-5℃(探针的Tm下5℃)；高严谨度在Tm下 约5℃到10℃；中等严谨度在Tm下约10℃到20℃；而低严谨度在Tm下 约20℃到25℃。本领域技术人员可以理解，最高严谨度杂交可用于鉴定或 检测相同的核苷酸序列而中等(或低)严谨度杂交可用于鉴定或检测类似的或 相关的多核苷酸序列。
优选地，本发明包括能够与编码多肽的核苷酸序列在高严谨度条件或中 等严谨度条件杂交的序列的互补序列，所述多肽具有本文限定的具体性质。
更优选地，本发明包括能够与编码多肽的核苷酸序列在高严谨度条件 (如65℃和0.1xSSC{1xSSC＝0.15M NaCl，0.015M柠檬酸钠pH7.0})杂交的 序列的互补序列，所述多肽具有本文限定的具体性质。
本发明也涉及能够与本文讨论的核苷酸序列杂交的核苷酸序列(包括所 讨论的那些序列的互补序列)。
本发明也涉及能与本文讨论的核苷酸序列杂交的序列(包括所讨论的那 些序列的互补序列)的互补核苷酸序列。
本发明的范围内也包括能够与本文讨论的核苷酸序列在中等到最高严 谨度的条件杂交的多核苷酸序列。
在优选的方面，本发明包括能够与本文讨论的核苷酸序列或其互补物在 严谨条件(如50℃和0.2xSSC)杂交的核苷酸序列。
更优选的方面，本发明包括能够与本文讨论的核苷酸序列或其互补物在 高严谨度条件(如65℃和0.1xSSC)杂交的核苷酸序列。
实质上
适当地，本文所述的寡核苷酸引物与其各自的核酸实质上退火或实质上 杂交。这意味着寡核苷酸-如引物-应足够互补来与其各自的核酸杂交或退 火。
所述寡核苷酸序列不需要反映其各自核酸的确切序列，并且并且事实上 是“简并的”。非互补碱基或其它序列可以散布到寡核苷酸或核酸中，前提是 所述寡核苷酸序列与所述序列具有足够互补性来允许杂交。由此，例如，用 于PCR增殖的引物可选择“实质上”与所扩增的特定序列互补。
起子培养物
起子培养物广泛用于食品产业来制备产物(如发酵产物)，包括奶产品- 如酸奶和干酪。
用于制备很多发酵奶、干酪和黄油产物的起子培养物包括细菌，常分类 为乳酸菌的培养物。这些细菌起子培养物通过起一些作用给多种乳品(dairy product)带来特定特征。
细菌的商业非浓缩培养物在产业中称为‘母发酵剂(mother culture)’，在 被加入可食用的起始材料(starting material)(如奶)之前，并在制备处例如乳品 中繁殖，用于发酵。在制备处繁殖用于接种到可食用的起始材料的起子培养 物被称为‘生产用起子’。
所述细菌起子培养物可由本文所述的乳酸菌组成，即为纯培养物。此时， 基本所有的或至少绝大部分的细菌起子培养物常会包含相同的细菌。
可选的，所述起子培养物可以包含若干细菌菌株，即其可以是限定的混 合培养物。
例如，所述起子培养物可以适用于乳业。当用于乳业时，所述起子培养 物可以另外包含乳酸菌物种，双歧杆菌物种，短杆菌(Brevibacterium)物种， 和/或丙酸杆菌物种。
乳酸菌培养物常用于制备发酵奶产品-如酪乳(butter milk)、酸奶或酸奶 油(sour cream)，以及制备黄油和干酪，例如Brie或Harvati。
合适的乳酸菌包括如下物种的常用菌株：乳球菌属、链球菌属、乳杆菌 属(包括嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus))、肠球菌(Enterococcus)、片球 菌属、明串球菌属和Oenococcus，或其组合。
乳球菌物种包括广泛应用的乳酸乳球菌(Lactococcus lactis)，包括乳酸乳 球菌乳酸亚种(subsp.Lactis)、乳酸乳球菌乳酸生物变体二乙酰乳酸亚种 (subsp.lactis biovar diacetylactis)和乳酸乳球菌乳脂亚种(subsp.Cremoris)。
其它乳酸菌物种包括明串球菌菌种(Leuconostoc sp.)、嗜热链球菌、德氏 乳杆菌保加利亚亚种和瑞士乳杆菌(Lactobacillus helveticus)。乳酸菌的嗜温 的(Mesophilic)培养物，常用于制备发酵奶产品，如酪乳、酸奶或酸奶油，以 及用于制备黄油和干酪，例如Brie或Harvati。另外，可在所述制备中加入 益生菌菌株如乳酸双歧杆菌(Bifidobacterium lactis)、嗜酸乳杆菌、干酪乳杆 菌，以提高风味或促进健康。
常用于制备切德干酪(cheddar)和蒙特瑞(Monterey Jack)干酪的乳酸菌培 养物包括嗜热链球菌、乳酸乳球菌乳酸亚种和乳酸乳球菌乳脂亚种，或其组 合。
常用于制备意式干酪如Pasta filata或帕尔马干酪(parmesan)的乳酸菌的 嗜热培养物，包括嗜热链球菌和德氏乳杆菌保加利亚亚种。其它乳杆菌种- 如瑞士乳杆菌-可在制备中被加入来获得理想风味。
选择用于本发明起子培养物的生物体取决于所制备和处理的产物的具 体种类。因此，例如，对于制备干酪和黄油，广泛使用乳球菌种、明串球菌 种和乳杆菌种的嗜热培养物，而对于酸奶和其它发酵奶产品，常用链球菌种 和乳杆菌种的嗜热菌株。
所述起子培养物甚至可以是干燥的起子培养物。
所述起子培养物可以是浓缩的起子培养物。
所述起子培养物可以是在直接接种中使用的浓缩起子培养物。
所述起子培养物可以是冷冻的起子培养物。
制备起子培养物
可以用本领域公知技术(如US 4,621,058公开的那些)制备起子培养物。 举个例子，制备起子培养物可以通过将接种物例如细菌引入生长培养基，来 制备接种的培养基，并使该接种的培养基成熟(ripen)来制备起子培养物。
制备干燥的起子培养物
干燥的起子培养物可用本领域公知技术制备，如US4,423,079和 US4,140,800所讨论的那些。
用于本发明的干燥起子培养物可能是固体制备物的形式。固体制备物的 例子包括但不限于片、丸(pellet)、胶囊、散粉(dusts)、颗粒和粉末，它们可 以是湿化的(wettable)、喷雾干燥的(spray-dried)、冷冻干燥的(freeze-dried)或 冻干的(lyophilised)。
用于本发明的干燥起子培养物可以呈深冻的(deep frozen)丸形式或冷冻 干燥的粉末形式。呈深冻的颗粒形式或冷冻干燥的粉末形式的干燥起子培养 物可根据本领域已知的技术制备。
用于本发明的起子培养物可以呈浓缩物形式，其包含实质上高浓度的一 或多种细菌。优选所述浓度可用水稀释或重悬于水或其它合适稀释剂，例如， 合适的生长培养基或矿物或植物油，来用于本发明。浓缩物形式的本发明干 燥起子培养物可根据本领域已知的技术制备，例如通过离心、过滤或这些技 术的组合。
产物
本发明包括从乳酸菌制备、包括或包含乳酸菌的任何产物。
合适的产物包括但不限于食物、食物原料(foodstuff)、食物添加剂、食 物补充剂(food supplement)、饲料、营养补充剂、或益生菌补充物、美容品 或药品。
这些包括但不限于水果、豆科植物(legume)、饲料作物(fodder crop)和植 物，包括衍生产物、谷类(grain)和谷类-衍生的产物、乳类食物和乳类食物- 衍生的产物、肉类、禽类和海鲜类食物。
术语“食物”以广义使用，且包括饲料、食物原料、食品配料(food ingredient)、食物补充剂、和功能食物(functional food)。这里，术语“食物” 以广义使用-并包括用于人的食物以及用于动物的食物(即饲料)。在优选的方 面，所述食物是用于人消费的。
本文所用的术语“食物组分”包括是或可以加入食物的配制剂，并包括可 以低水平在很多产品中使用的配制剂，所述产品需要例如，酸化或乳化。
本文所用的术语“功能食物”指能够不仅提供营养作用和/或味道满意度、 而且能够带给顾客进一步有益作用的食物。尽管对于功能食物没有合法限 定，大多数对此领域感兴趣的当事人(subject)同意存在市场化为具有特定保 健作用的食物。
本文所述的细菌可以是-或可被加入-食物组分、食物补充剂、或功能食 物。
所述食物可以是溶态或固态-这取决于应用的用途和/或模式和/或施用 模式。
本文所述细菌可用于制备食物产品如：糖果产品、乳品、肉类产品、禽 类产品、渔业产品和焙烤产品的一或多种。
举个例子，所述细菌可用作软饮料、果汁或饮料的组分，包含乳清蛋白、 保健茶(healthtea)、可可饮品(drink)、奶饮料和乳酸菌饮料、酸奶、饮用型酸 奶(drinking yoghurt)和红酒。
本发明在其它方面也提供制备食物、食物添加剂、饲料、营养补充剂或 益生菌补充物的方法，该方法包括将本发明乳酸菌和食物、食物添加剂、饲 料、营养补充剂、益生菌补充物和/或食物或饲料组分(如用于食物的起始材 料)混合。
优选本文所述的食物是乳品。更优选地，本文所述的乳品是如下的一或 多种：酸奶、干酪(如酸凝乳(acid curd)干酪、硬干酪、半硬干酪、松软)、酪 乳、夸克干酪(quark)、酸奶油、酸乳酒(kefir)、发酵的基于乳清-饮料、马奶 酒(koumiss)、奶饮料、酸奶饮品(yoghurt drink)、发酵奶、熟化奶油、干酪、 清爽干酪、奶、乳品滞留物(retentate)、加工的干酪、奶油甜食、或婴儿奶。
优选地，本文所述的食物是发酵的食品。更优选地，本文所述的食物是 发酵的乳品-如奶饮料、酸奶饮品、发酵奶、熟化奶油、干酪、清爽干酪、 乳品滞留物、加工的干酪、奶油甜食、或婴儿奶。
优选地，本发明所述的乳品包含动物和/或植物源性奶。
乳被理解为动物源性奶，如母牛、山羊、绵羊、水牛、斑马、马、驴、 或骆驼等等。例如，所述奶可以是天然状态、复原奶、脱脂奶或补充了为了 细菌生长或为了进一步加工发酵奶所必需的化合物，如脂肪、酵母提取物的 蛋白质、胨和/或表面活性剂的奶。术语奶也适用通常所称的植物奶，也就是 已经被处理的植物材料、或其它如豆科植物(大豆(soya bean)、鹰嘴豆(chick pea)、小扁豆(lentil)等等)或油菜(油菜(colza)、大豆、芝麻、棉花等等)的提取 物，该提取物包含溶液或胶状悬浮体中的蛋白质，其通过化学作用、通过酸 化发酵和/或加热可以凝集。最后，词语奶也指动物奶和植物奶的混合物。
在一个实施方案中，术语“奶”指补充了3％(w/w)半脱脂奶粉的商品化 UHT奶，其通过在90℃+/-0.2℃加热10min+/-1min进行巴氏消毒。
另一方面提供了制备发酵奶产品的方法，其中所述方法包含在至少存在 本文所述的乳酸菌、培养物或起子培养物时发酵奶底物。优选所述奶底物是 奶。优选所述奶底物包含固体部分(item)。优选所述固体部分包含水果、巧 克力产品或谷类食物(cereal)或由其组成。
序列
对于本发明的一些实施方案，优选该序列是天然存在的核酸序列。
所述核酸序列可以是基因组的、合成的或重组来源的DNA或RNA，如 cDNA。所述核苷酸序列可以是双链的或单链的，无论是否代表正义或反义 的链或其组合。如本文所述，重组的核酸序列可以用重组DNA技术制备。
本发明所包括的核酸和核酸序列可以被分离或实质上纯化。通过“分离” 或“实质上纯化”指核酸分子或其生物活性片段或变体、同源物或衍生物实 质上或根本(essentially)无在天然状态常见与所述核酸连接的组分。这些组分 包括其它细胞材料、重组制备的培养基、以及化学合成核酸所用的多种化学 品。
“分离的”核酸序列或核酸常无在衍生所述核酸的生物体的基因组DNA 中位于所需核酸侧翼的核酸序列(如位于5′或3′末端的编码序列)。然而，所 述分子可包括一些其它碱基或部分，其不会负面影响所述组分(composition) 的基本性质。
一方面提供了SEQ ID No.19所述的核苷酸序列或其片段、变体、同源 物或衍生物。
另一方面提供了SEQ ID No.19所述的序列或与其有至少75％同一性的 同源物。
适当地，在比对全长的CRISPR基因座时，SEQ ID No.19所述的序列 或其同源物具有至少75％的同一性。
变体/同源物/衍生物/片段
本发明包括核酸序列的变体、同源物、衍生物或片段的用途。
术语“变体”用于指与野生型序列不同的天然存在的核苷酸序列。
术语“变体”指包含部分(fraction)的野生型序列的核苷酸序列。它可包含 序列的一或多个大的邻近部分(section)或多个小部分。优选所述序列包含野 生型序列的至少50％，更优选至少65％，更优选至少80％，更优选至少85％， 更优选至少90％，更优选至少95％，更优选至少96％，更优选至少97％，更 优选至少98％，最优选至少99％。
优选所述片段保留野生型核苷酸序列的50％，更优选60％，更优选70％， 更优选80％，更优选85％，更优选90％，更优选95％，更优选地96％，更优 选97％，更优选98％，或最优选99％活性。
所述片段可以是功能性片段。
分子的＂功能性片段＂可理解为保留或具有与完整分子实质上相同的生 物活性的片段。所有情况下，分子的功能性片段保留完整分子的至少10％并 至少约25％，50％，75％，80％，85％，90％，95％，96％，97％，98％或99％的生物 活性。
术语“同源物”指与受试的核苷酸序列具有某种同源性的实体(entity)。这 里，术语“同源性”可与“同一性”等同。
在本文上下文中，同源性序列应包括核苷酸序列，其包括可以与受试序 列至少60，70，75，85或90％等同，优选至少95％，96％，97％，98％或99％等 同的核苷酸序列。尽管同源性也可用相似性来考虑，但在本发明上下文中优 选通过序列同一性来表示同源性。
可通过目测，或更通常借助于容易可得的序列比较程序，进行同源性比 较。这些可购买的计算机程序能够在两或多个序列间计算％同源性。
可在邻近序列计算％同源性。这被称为“无缺口的(ungapped)”比对。通 常，仅在相对较少的残基中进行这些无缺口的比对。
大多数序列比较方法被设计来产生最合理比对，其考虑到了可能的插入 和缺失，但没有在总体同源性计分中不当罚分。这是通过在序列比对中插入 “缺口”实现的，来试图使局部同源性最大化。
然而，这些更复杂的方法给在比对中出现的每个缺口指定“缺口罚分”。 “仿射缺口得分(Affine gap cost)”常使用，给存在的缺口计相对较高的分，而 给缺口中每个随后的残基计较少罚分。这是最常用的缺口计分系统。高缺口 罚分当然会产生有较少缺口的最合理比对。大多数比对程序可修改缺口罚 分。然而，在使用此软件用于序列比较时，优选使用缺省值。例如，在使用 GCG Wisconsin Bestfit包(package)时，对于氨基酸序列的缺省缺口罚分为每 个缺口-12且每个延伸-4。
由此，计算最大的％同源性最初需要考虑到缺口罚分，产生最适比对。 适合进行此比对的计算机程序是GCG Wisconsin Bestfit包(University of Wisconsin，U.S.A.；Devereux等.，1984，Nucleic Acids Research 12：387)。可进 行序列比较的其它软件包括但不限于，BLAST包(参见Ausubel等.，1999同 上-第18章)、FASTA(Atschul等.，1990，J.Mol.Biol.，403-410)、 GENEWORKS比较工具套装(suite)和CLUSTAL。BLAST和FASTA都可用 于离线和在线检索(参见Ausubel等.，1999同上，7-58到7-60页)。然而，对 于一些应用，优选使用GCG Bestfit程序。称为BLAST 2 Sequences的新工 具也可用来比较蛋白质和核苷酸序列(参见FEMS Microbiol Lett 1999 174(2)： 247-50；FEMS Microbiol Lett 1999 177(1)：187-8)。
尽管最终的％同源性可以用同一性的方式来测量，比对方法自身通常不 是基于全或无的成对比较。然而，通常使用有尺度(scaled)的相似性计分矩阵， 该矩阵基于化学相似性或进化距离给每个成对比较指定得分。常用的矩阵例 子是BLOSUM62矩阵-BLAST程序套装的缺省矩阵。GCG Wisconsin程序常 使用公共的缺省值或客户符号比较表(custom symbol comparison table)(如果 提供的话)(更多细节参见用户手册)。对于一些应用，GCG包优选使用公共 的缺省值，或者对于其它软件使用缺省矩阵-如BLOSUM62。
一旦软件产生最佳比对，就可以计算％同源性，优选地％序列同一性。 该软件通常在部分的序列比较中这样操作并产生数字结果。
在测定序列同一性时应该使用Gap Penalties，然后优选使用如下参数：
  对于BLAST GAP OPEN 0 GAP EXTENSION 0
  对于CLUSTAL DNA 蛋白质 WORD SIZE 2 1 K三倍体(triple) GAP PENALTY 10 10 GAP EXTENSION 0.1 0.1
所述核苷酸序列中可包括合成的或修饰的核苷酸。本领域已知对寡核苷 酸的一些不同类的修饰。这些包括磷酸甲酯和硫代磷酸酯骨架和/或在分子的 3′和/或5′末端加入吖啶或聚赖氨酸链。为本发明的目的，应理解可以用任何 本领域已有方法来修饰核苷酸序列。可进行这些修饰来提高本发明可用的核 苷酸序列的体内活性或寿命。
载体
本文所述的一或多个核苷酸序列可存在于载体中。所述核苷酸序列可以 可操作地与调节序列连接，从而该调节序列能够使所述核苷酸序列被合适的 宿主生物体表达，即所述宿主可以是表达载体。
术语“表达载体”指能够体内或体外表达的构建体。
优选地，所述表达载体掺入到生物体的基因组中。术语“掺入”优选包括 稳定掺入到基因组中。
所述载体可以如下所述转化入合适的宿主细胞中，来表达具有本文限定 的具体特征的多肽。
理想的载体，如质粒、粘粒、病毒或噬菌体载体，通常依赖于引入它的 宿主细胞。
所述载体可包含一或多种可选标记基因-如赋予抗生素抗性的基因，所 述抗性如氨苄青霉素、卡那霉素、氯霉素或四环素抗性。可选地，可以通过 共转化实现选择(如WO91/17243所述)。
所述载体还可包含使所述载体在所需宿主细胞中复制的核苷酸序列。这 样的序列例子是质粒pUC19，pACYC177，pUB110，pE194，pAMB1和pIJ702 的复制起点。
构建体
术语“构建体”-与术语同义如“结合物(conjugate)”、“盒(cassette)”和“杂合 体(hybrid)”-包括直接或间接与启动子连接的核苷酸序列。间接连接的例子是 在启动子和本发明核苷酸序列之间提供合适的间隔区组如内含子序列，如Sh1- 内含子或ADH内含子。对于与本发明有关的术语“融合的”也是这样，其包括 直接或间接连接。在有些情况下，这些术语不包括蛋白质的编码核苷酸序列通 常与野生型基因启动子连接的天然组合(当它们都在它们的天然环境中时)。
所述构建体甚至可以包含或表达标记物，这可允许选择基因构建体。
对于一些应用，优选所述构建体包含至少一个与启动子可操作连接的核 苷酸序列。
宿主细胞
术语“宿主细胞”包括任何包含核苷酸序列、构建体或载体的细胞。
可选择所述细胞来匹配所述载体，并可以例如是原核的(例如细菌的)、 真菌的、酵母的或植物的细胞。优选地，所述宿主细胞不是人细胞。
合适的细菌宿主生物体的例子有革兰氏阴性细菌或革兰氏阳性细菌。
通用重组DNA方法技术
本发明利用，除了另外指出，在本领域一般技术人员的能力范围内的生 化、分子生物学、微生物和重组DNA的常用技术。这些技术解释于下述文 献中。例如参见J.Sambrook，E.F.Fritsch，and T.Maniatis，1989，Molecular Cloning：A Laboratory Manual，Second Edition，Books 1-3，Cold Spring Harbor Laboratory Press；Ausubel，F.M.等.(1995和季刊增补；Current Protocols in Molecular Biology，ch.9，13和16，John Wiley & Sons，New York，N.Y.)；B.Roe， J.Crabtree，and A.Kahn，1996，DNA Isolation and Sequencing：Essential Techniques，John Wiley & Sons；M.J.Gait(Editor)，1984，Oligonucleotide Synthesis：A Practical Approach，Irl Press；and，D.M.J.Lilley and J.E.Dahlberg， 1992，Methods of Enzymology：DNA Structure Part A：Synthesis and Physical Analysis of DNA Methods in Enzymology，Academic Press。每份常规文本在此 引入本文作为参考。
其它方面
另一方面提供了乳酸菌，其包含SEQ ID No.20所述的序列或其变体、 片段、同源物或衍生物，优选与其具有至少99％同一性的同源物。
另一方面提供了核苷酸序列，其包含SEQ ID No.20所述的序列或其变 体、片段、同源物或衍生物，优选与其具有至少99％同一性的同源物。
另一方面提供了鉴定乳酸菌的方法，其包含筛选细菌的SEQ ID No.20 所述的序列或其变体、片段、同源物或衍生物，优选与其具有至少99％同一 性的同源物的步骤。
另一方面提供了微生物嗜热链球菌菌株，该菌株在2006年6月14日由 Danisco Deutschland Niebüll GmbH，Buch-Johannsen Strasse.1，Niebüll -D-25899，Germany根据布达佩斯条约以保藏号18344保藏于DSMZ (Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH， Mascheroder Weg 1b，D-38124 Braunschweig)，或其具有所保藏的嗜热链球 菌菌株的一或多种特征的突变体或变体。
现在将通过实施例更进一步描述本发明，其应当视为有助于本领域一般 技术人员进行本发明，并无论如何不应限制本发明的范围。
实施例
实施例1
嗜热链球菌DSMZ-18344是奶的快速酸化剂(acidifier)
在发酵过程中，奶的酸化速度是-0.0153upH/min，与此相比，嗜热链球 菌CNCM I-2423、嗜热链球菌CNCM I-2980和嗜热链球菌CNCM I-2425的 酸化速度分别为0.0129upH/min、0.0167upH/min和0.0209upH/min。
实施例2
嗜热链球菌DSMZ-18344产生了具有良好粘度的发酵奶
生成实验室规模的新鲜发酵奶。奶基由补充了3％(w/w)半脱脂奶粉的商 品化UHT奶组成，混合后，90℃+/-0.2℃加热10min+/-1min，然后在调 节至43℃+/-1℃的水浴中冷却到43℃+/-1℃，将奶分装到125ml玻璃烧 杯中。
奶以1E6—1E7cfu/ml的比例接种细菌。在43℃+/-1℃进行发酵且不搅 拌，当pH到达4.6+/-0.05时终止发酵。此时，将新鲜发酵奶在不足1小时 内迅速冷却到6℃+/1℃。最终，在此温度将产物储存28天。
在这样制备发酵奶后，用Brookfield粘度计和任何一种粘度测定法进行 测定。
发酵奶在6℃储存14天后的粘度是68Pa.s。
通常，被确定为高度增稠的菌株所产生的发酵奶具有超过45Pa.s的粘 度，低于12.0Pa的Casson屈服应力，和低于1000Pa/s的触变面积。
表1显示了三种增稠型嗜热链球菌菌株的流变学性质比较。
实施例3
嗜热链球菌DSMZ-18344的分子分析
EPSAD PCR-RFLP方法是建立嗜热链球菌菌株之间的遗传连锁的分子 方法。
嗜热链球菌的基因组DNA用DNeasy Tissue Kit(Qiagen)纯化。纯化的 DNA然后通过PCR用如下参数扩增：
PCR反应混合物组成(50μL)：
-DNA聚合酶缓冲液x1
-MgCl2 2mM
-每种dNTP 200μM
-基因组DNA 100-500ng
-引物EPSA632(5′-AAATgAATTCAgAgCAAgCACTTg-3′)200nM
-引物EPSD1064(5′-gTCATgTCAACTTTATTAAggACg-3′)200nM
-DNA聚合酶1.25单位
-H2O qsp 50μL
扩增参数：
-在94℃预变性1分钟
-在94℃变性30秒，在56℃杂交30秒，在72℃延伸3分钟，35个循环
-在72℃延伸6分钟。
扩增后，用1.5％琼脂糖凝胶电泳检查PCR产物。扩增产物的大小约为2.5 kb。
然后用两种限制酶FokI和MnlI在如下条件消化该PCR产物：
-PCR产物15-30uL
-缓冲液2(New England Biolabs)x1
-BSA(New England Biolabs)x1
-FokI(New England Biolabs)1单位
-MnlI(New England Biolabs)1单位
-H2O qsp50μL
在37℃温育1小时。
用3％琼脂糖凝胶电泳分析该消化的产物。
将上述方法应用于嗜热链球菌DSMZ-18344，结果将该菌株划分在已知 为CL0189的遗传簇内。这可进一步通过测序其eps操纵子的近端部分(即 EPSAD方法所靶向的染色体区域)来确认。
嗜热链球菌DSMZ-18344的EPSAD PCR-RFLP图谱显示于图1中。
从此图可看出，嗜热链球菌DSMZ-18344与作为CL0189遗传簇代表菌株 的嗜热链球菌CNCM I-2425的图谱具有遗传连锁。
eps操纵子的远端部分也被测序并与现有文献报道的序列进行比较。意 外发现，嗜热链球菌DSMZ-18344eps操纵子的此部分与嗜热链球菌CNCM I-2425菌株的此部分有区别，但与嗜热链球菌CNCM I-2423的该部分以及同 属于嗜热链球菌CNCM I-2423遗传簇(即CL0089，Genbank登录号AF373595) 的其它菌株(还包含嗜热链球菌CNCM I-2426和嗜热链球菌Sfi39)的此部分相 似。
图2显示了eps操纵子的远端部分的示意结构和菌株之间的相似性。
eps操纵子的远端部分的序列数据以及EPSAD聚类(clustering)数据一起 提示，嗜热链球菌DSMZ-18344的eps操纵子是嵌合操纵子，其由来自嗜热链 球菌CNCM I-2425(或相关菌株)该操纵子的近端部分以及来自嗜热链球菌 CNCM I-2423(或相关菌株)该操纵子的远端部分组成。
此不寻常的特征可用于开发特异性检测本文所述的嗜热链球菌 DSMZ-18344(或来自其它嗜热链球菌的相关菌株)的方法。
嗜热链球菌CNCM I-2423菌株是一种快速酸化的菌株，其在发酵奶中表 现出所需增稠特征，而嗜热链球菌CNCM I-2425即使快速酸化，也不具有这 些感兴趣的增稠特征。在嗜热链球菌中，eps操纵子的远端部分包含编码糖 基转移酶的基因。已知这些酶负责构成胞外多糖的多糖单元的结构，而且此 胞外多糖的性质被认为至少部分地负责该菌株的增稠特征。因此，eps操纵 子的嵌合结构可解释其增稠能力。
实施例4
嗜热链球菌DSMZ-18344的CRISPR间隔区
CRISPR基因座的间隔区序列是一种菌株或其相关菌株高度特异性的遗 传特征。
嗜热链球菌DSMZ-18344的CRISPR1基因座的间隔区已被测序，并与嗜 热链球菌CNCM I-2425、嗜热链球菌CNCM I-2423的间隔区及其它间隔区序 列比较。仅发现与嗜热链球菌CNRZ385(Genbank登录号DQ072992)和CNCM I-2425(及相关菌株)有相似性。有趣的是，此CRISPR基因座内的间隔区具有 不同的组成(缺失5个间隔区)，并且鉴定了1个额外的间隔区。
嗜热链球菌DSMZ-18344的溶菌型，以及嗜热链球菌DSMZ-18344溶菌 型与CL0189基因型的多个菌株之间观察到的差异见表2。
实施例5
嗜热链球菌DSMZ-18344是抗噬菌体的
近20多年来，已核实了超过1000种对工业用嗜热链球菌菌株有毒性的噬 菌体。这群噬菌体经过深入研究确定了它们的宿主谱。这使得能够鉴定一组 共60种代表上述噬菌体群体中鉴定出的所有宿主谱的噬菌体。
这些代表性的噬菌体分别在菌株DSMZ18344、CNCM I-2423和CNCM I-2425中进行测试，如上所述。
发现CNCM I-2423对噬菌体D4126和D3215敏感，菌株CNCMI-2425对噬 菌体D4369敏感，而菌株DSMZ-18344抗所有被测的代表性噬菌体。
表1
  菌株名称 粘度(Pa.s) Casson屈服应力(Pa) 触变面积(Pa/s) DSMZ-18344 68 6.48 627 CNCM I-2425 28 14.43 21780 CNCM I-2423 49 9.28 1035
表2
  菌株      基因型        eps操纵子  的远端部分 对CNCM     I-2425噬菌 体的敏感性 对CNCM       I-2423噬菌体 的敏感性     对其它噬 菌体的敏 感性     增稠      DSMZ-18         344            CL0189 CNCM              I-2423型 无    无    无    有    CNCM          I-2423        CL0089 CNCM              I-2423型 无    有    无    有    CNCM          I-2425        CL0189 CNCM              I-2425型 有    无    无    无   
序列(5′-3′)
SEQ ID No.1
嗜热链球菌DSMZ-18344 CRISPR1序列的前导序列
actatgtgggtataaaaacatcaaaatttcatttgag
SEQ ID No.2
嗜热链球菌DSMZ-18344 CRISPR1间隔区(1)
aatatctacaggtcactacaaagctacgct
SEQ ID No.3
嗜热链球菌DSMZ-18344 CRISPR1间隔区(2)
gttggggtgtgtttgtaacggcgtatgcta
SEQ ID No.4
嗜热链球菌DSMZ-18344 CRISPR1间隔区(3)
tcaatcaggtgacggtgatgcttatattaa
SEQ ID No.5
嗜热链球菌DSMZ-18344 CRISPR1间隔区(4)
catacatgatagtttgtcaacacttttgat
SEQ ID No.6
嗜热链球菌DSMZ-18344 CRISPR1间隔区(5)
tcagcatttggtttacatgacccacgtctg
SEQ ID No.7
嗜热链球菌DSMZ-18344 CRISPR1间隔区(6)
caatcaacaggtttgactgattataacggt
SEQ ID No.8
嗜热链球菌DSMZ-18344 CRISPR1间隔区(7)
tagctacacatgaattttattacaatggtg
SEQ ID No.9
嗜热链球菌DSMZ-18344 CRISPR1间隔区(8)
ccgttcttcaaacgttaaattccaaggtgt
SEQ ID No.10
嗜热链球菌DSMZ-18344 CRISPR1间隔区(9)
gctgcgattatgacaatgctgtctgtaagg
SEQ ID No.11
嗜热链球菌DSMZ-18344 CRISPR1间隔区(10)
gaagaatttattaataaagatggttctgct
SEQ ID No.12
嗜热链球菌DSMZ-18344 CRISPR1间隔区(11)
aggcagaaaagaagtattttggtaagtatg
SEQ ID No.13
嗜热链球菌DSMZ-18344 CRISPR1间隔区(12)
aaatggtttatcgacaagaaaatgaagct
SEQ ID No.14
嗜热链球菌DSMZ-18344 CRISPR1间隔区(13)
ccaaatttgcattatacaaaacgctccttc
SEQ ID No.15
嗜热链球菌DSMZ-18344 CRISPR1间隔区(14)
atcctaactgctttgctaactacatcatgg
SEQ ID No.16
嗜热链球菌DSMZ-18344 CRISPR1间隔区(15)
atcctaactgctttgctgactacatcatgg
SEQ ID No.17
嗜热链球菌DSMZ-18344 CRISPR1间隔区(16)
taacaagataagattagtcgtcttctacat
SEQ ID No.18
嗜热链球菌DSMZ-18344 CRISPR1序列的尾序列
ttgattcaacataaaaagccagttcaattgaacttggcttt
SEQ ID No.19
嗜热链球菌DSMZ-18344 CRISPR1序列
actatgtgggtataaaaacatcaaaatttcatttgaggtttttgtactctcaagatttaagtaactgtacaacaat
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SEQ ID No.20
嗜热链球菌DSMZ-18344 EPS遗传簇
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所有上述说明书所提及的出版物都在此引入本文作为参考。对本发明所 述方法和体系所作的多种修改(modification)和变更对本领域技术人员都是显 而易见，而不背离本发明范围和精神。尽管已经结合具体优选的实施方案描 述了本发明，应理解所要求的本发明不应不当限于这些具体的实施方案。事 实上，为了实现本发明，对所述模式所作的各种对那些生化、微生物和分子 生物学或相关领域的技术人员显而易见的修改，都应在下述权利要求的范围 内。
序列表
<110>丹尼斯科公司(DANISCO A/S)
<120>细菌
<130>P025948WO
<140>PCT/IB2007/002639
<141>2007-06-08
<150>US60/804978
<151>2006-06-16
<160>24
<170>PatentIn version 3.4
<210>1
<211>37
<212>DNA
<213>嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus)
<400>1

<210>2
<211>30
<212>DNA
<213>嗜热链球菌
<400>2

<210>3
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<212>DNA
<213>嗜热链球菌
<400>3

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<213>嗜热链球菌
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<213>嗜热链球菌
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<213>嗜热链球菌
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<213>嗜热链球菌
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<211>29
<212>DNA
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<213>嗜热链球菌
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<213>嗜热链球菌
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<213>嗜热链球菌
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<213>嗜热链球菌
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<213>嗜热链球菌
<400>18

<210>19
<211>1169
<212>DNA
<213>嗜热链球菌
<400>19


<210>20
<211>17387
<212>DNA
<213>嗜热链球菌
<400>20









<210>21
<211>63
<212>DNA
<213>嗜热链球菌
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<212>DNA
<213>嗜热链球菌
<400>22

<210>23
<211>24
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>寡核苷酸引物
<400>23

<210>24
<211>24
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>寡核苷酸引物
<400>24