1.一种用于基因组组装的方法，其包括：
生成多个重叠群；
从通过探测染色体、染色质或重构染色质的物理布局产生的数据中，生成多个读对；
将所述多个读对定位或组装至所述多个重叠群；
使用读段定位或组装数据，构建重叠群的邻接矩阵；
分析所述邻接矩阵，以确定经过所述重叠群的路径，所述路径代表所述重叠群的次序和/朝着基因组的方向。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个重叠群通过使用鸟枪测序法生成，所述鸟枪测序法包括：
使长段的受试者DNA断裂成大小不确定的随机片段；
用高通量测序法对所述片段进行测序，以生成多个测序读段；和
组装所述测序读段，以形成多个重叠群。
3.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中通过使用基于Hi-C的技术，探测染色体、染色质或重构染色质的物理布局，生成所述多个读对。
4.根据权利要求3所述的方法，其中所述基于Hi-C的技术包括：
使染色体、染色质或重构染色质与固定剂交联，以形成DNA-蛋白质交联物；
用一种或多种限制性内切酶切割交联的DNA-蛋白质，以生成含有粘性末端的多个DNA-蛋白质复合物；
用含有一种或多种标记物的核苷酸补平所述粘性末端，产生平末端随后使平末端连接在一起；
使所述多个DNA-蛋白质复合物断裂为片段；
通过使用一种或多种标记物，拉下含有接点的片段；和
用高通量测序法对所述含有接点的片段的进行测序，以生成多个读段对。
5.根据前述任一项权利要求所述的方法，其中通过探测分离自培养细胞或初生组织的染色体或染色质的物理布局，生成多个读段对。
6.根据权利要求1至4任一项所述的方法，其中所述多个读对是通过将探测重构染色质的物理布局生成的，所述重构染色质是通过将获自一个或多个受试者样本的裸DNA与分离的组蛋白复合形成的。
7.根据前述任一项权利要求所述的方法，其中对于所述多个读段对，通过采用所述读段到所述重叠群边缘的距离的函数，加权至少约80％的读对，体现短接触比长接触更高的概率。
8.根据前述任一项权利要求所述的方法，其中重新调整所述邻接矩阵，以减少表示所述基因组混杂区域的重叠群上的大量接触的权重。
9.根据权利要求8所述的方法，其中所述基因组的混杂区域包括对于一种或多种物质的一个或多个保守结合位点，所述物质调节染色质的支架相互作用。
10.根据权利要求9所述的方法，其中所述一种或多种介质包含转录抑制子CTCF。
11.根据前述任一项权利要求所述的方法，其中所述方法提供人类受试者的基因组组装，其中从人类受试者的DNA生成多个重叠群，而且其中通过使用人类受试者的染色体或染色质或由受试者裸DNA制得的重构染色质，生成多个读对。
12.一种用于确定单体型定相的方法，其包括前述任一项权利要求所述的方法，其中所述方法进一步包括：
识别所述多个读对中的一个或多个杂合位点；和
识别含有成对杂合位点的读对，其中从所述成对杂合位点的识别，能够确定用于等位基因变异型的定相数据。
13.一种用于宏基因组装的方法，其包括权利要求1所述的方法，其中通过使用改良的基于Hi-C的方法探测多个微生物染色体的物理布局，确定多个读对，所述改良的基于Hi-C的方法包括：
收集来自环境的微生物；和
加入固定剂，以在每个微生物细胞中形成交联，其中定位至不同重叠群的读对表明哪些重叠群来自相同的物种。
14.根据权利要求13所述的方法，其中所述固定剂为甲醛。
15.一种组装从单个DNA分子生成的多个重叠群的方法，其包括：
从所述单个DNA分子生成多个读对；和
使用所述读对组装所述重叠群，其中至少1％的读对跨越单个DNA分子上的至少50kB的距离，并且其中所述读对在14天内生成。
16.根据权利要求15所述的方法，其中至少10％的所述读对跨越所述单个DNA分子上的至少50kB的距离。
17.根据权利要求15所述的方法，其中至少1％的所述读对跨越所述单个DNA分子上的至少100kB的距离。
18.根据权利要求15至17任一项所述的方法，其中所述读对在7天内生成。
19.一种组装源自单个DNA分子的多个重叠群的方法，其包括：
在体外从所述单个DNA分子生成多个读对；和
使用所述读对组装所述重叠群，其中至少1％的所述读对跨越所述单个DNA分子上的至少30kB的距离。
20.根据权利要求19所述的方法，其中至少10％的所述读段对跨越所述单个DNA分子上的至少30kB的距离。
21.根据权利要求20所述的方法，其中至少1％的所述读对跨越所述单个DNA分子上的至少50kB的距离。
22.一种单体型定相的方法，其包括：
从单个DNA分子生成多个读对；和
使用所述读对组装所述DNA分子的多个重叠群，其中至少1％的所述读段对跨越所述单个DNA分子上的至少50kB的距离，并且其中以大于70％的准确度进行所述单体型定相。
23.根据权利要求22所述的方法，其中至少10％的所述读对跨越所述单个DNA分子上的至少50kB的距离。
24.根据权利要求22所述的方法，其中至少1％的所述读对跨越所述单个DNA分子上的至少100kB的距离。
25.根据权利要求22至24任一项所述的方法，其中以大于90％的准确度进行所述单体型定相。
26.一种单体型定相的方法，其包括：
在体外从单个DNA分子生成多个读对；和
使用所述读对组装所述DNA分子的多个重叠群，其中至少1％的所述读段对跨越所述单个DNA分子上的至少30kB的距离，并且其中以大于70％的准确度进行所述单体型定相。
27.根据权利要求26所述的方法，其中至少10％的所述读对跨越所述单个DNA分子上的至少30kB的距离。
28.根据权利要求26所述的方法，其中至少1％的所述读对跨越所述单个DNA分子上的至少50kB的距离。
29.根据权利要求26至28任一项所述的方法，其中以大于90％的准确度进行所述单体型定相。
30.一种在体外单体型定相的方法，其中所述单体型定相以大于70％的准确度进行。
31.一种从第一DNA分子生成第一读对的方法，其包括：
(a)在体外交联所述第一DNA分子，其中所述第一DNA分子包含第一DNA片段和第二DNA片段；
(b)连接所述第一DNA片段和所述第二DNA片段，从而形成连接的DNA片段；和(c)对所述连接的DNA片段进行测序，由此获得所述第一读对。
32.根据权利要求31所述的方法，其中多个缔合分子与所述第一DNA分子交联。
33.根据权利要求32所述的方法，其中所述缔合分子包含氨基酸。
34.根据权利要求33所述的方法，其中所述缔合分子是肽或蛋白质。
35.根据权利要求31至34任一项所述的方法，其中所述第一DNA分子与固定剂交联。
36.根据权利要求35所述的方法，其中所述固定剂为甲醛。
37.根据权利要求31至36任一项所述的方法，其中通过切割所述第一DNA分子，生成所述第一DNA片段和所述第二DNA片段。
38.根据权利要求31至37任一项所述的方法，其进一步包括用所述第一读对组装所述第一DNA分子的多个重叠群。
39.根据权利要求31至38任一项所述的方法，其中所述第一DNA片段和所述第二DNA片段中的每一个都与至少一个亲和标签相连，并用所述亲和标签捕获所述连接的DNA片段。
40.根据权利要求31所述的方法，其进一步包括：
(a)向至少第二DNA分子提供多个缔合分子；
(b)将所述缔合分子交联至所述第二DNA分子，由此在体外形成第二复合物；
(c)切割所述第二复合物，由此生成第三DNA片段和第四DNA片段；
(d)连接所述第三DNA片段和所述第四DNA片段，由此形成第二连接的DNA片段；和(e)对所述第二连接的DNA片段进行测序，由此获得第二读段对。
41.根据权利要求40所述的方法，其中使少于40％的来自所述DNA分子的所述DNA片段连接至来自任何其它DNA分子的DNA片段。
42.根据权利要求40所述的方法，其中少于20％的来自所述DNA分子的所述DNA片段连接至来自任何其它DNA分子的DNA片段。
43.一种从含有预定序列的第一DNA分子生成第一读对的方法，其包括：
(a)向所述第一DNA分子提供一种或多种DNA结合分子，其中所述一种或多种DNA结合分子结合至所述预定序列；
(b)在体外交联所述第一DNA分子，其中所述第一DNA分子包含第一DNA片段和第二DNA片段；
(c)连接所述第一DNA片段和所述第二DNA片段，由此形成第一连接的DNA片段；和(d)对所述第一连接的DNA片段进行测序，由此获得第一读段对；
其中所述预定序列出现在所述读段对中的概率受到所述DNA结合分子与所述预定序列的结合的影响。
44.根据权利要求43所述的方法，其中所述DNA结合分子为能够与所述预定序列杂交的核酸。
45.根据权利要求44所述的方法，其中所述核酸为RNA。
46.根据权利要求44所述的方法，其中所述核酸为DNA。
47.根据权利要求43所述的方法，其中所述DNA结合分子为小分子。
48.根据权利要求47所述的方法，其中所述小分子以小于100μM的结合亲和力结合至所述预定序列。
49.根据权利要求47所述的方法，其中所述小分子以小于1μM的结合亲和力结合至所述预定序列。
50.根据权利要求43至49任一项所述的方法，其中所述DNA结合分子被固定化在表面或固相载体上。
51.根据权利要求43所述的方法，其中所述预定序列出现在所述读段对中的概率下降。
52.根据权利要求43所述的方法，其中所述预定序列出现在所述读段对中的概率上升。
53.一种包含多个读段对的体外文库，每个读段对包含至少第一序列元件和第二序列元件，其中所述第一序列元件和所述第二序列元件来源于单个DNA分子，且其中至少1％的读段对包含在所述单个DNA分子上相距至少50kB的第一序列元件和第二序列元件。
54.根据权利要求53所述的体外文库，其中至少10％的所述读对包含在所述单个DNA分子上相距至少50kB的第一序列元件和第二序列元件。
55.根据权利要求54所述的体外文库，其中至少1％的所述读对包含在所述单个DNA分子上相距至少100kB的第一序列元件和第二序列元件。
56.根据权利要求53至55任一项所述的体外文库，其中少于20％的所述读对包含一个或多个预定序列。
57.根据权利要求56所述的体外文库，其中少于10％的所述读对包含一个或多个预定序列。
58.根据权利要求57所述的体外文库，其中少于5％的所述读对包含一个或多个预定序列。
59.根据权利要求56至58任一项所述的体外文库，其中通过能够与所述预定序列杂交的一个或多个核酸或小分子，确定所述预定序列。
60.根据权利要求59所述的体外文库，其中所述一个或多个核酸为RNA。
61.根据权利要求59所述的体外文库，其中所述一个或多个核酸为DNA。
62.根据权利要求59至61任一项所述的体外文库，其中所述一个或多个核酸被固定化在表面或固相载体上。
63.根据权利要求59所述的体外文库，其中所述预定序列通过一个或多个小分子确定。
64.根据权利要求63所述的体外文库，其中所述一个或多个小分子以小于100μM的结合亲和力结合至所述预定序列。
65.根据权利要求63所述的体外文库，其中所述一个或多个小分子以小于1μM的结合亲和力结合至所述预定序列。
66.一种组合物，其包含DNA片段和多个缔合分子，其中所述缔合分子与所述DNA片段交联在体外复合物中，并且其中所述体外复合物被固定至固相载体上。
67.一种组合物，其包含DNA片段、多个缔合分子和DNA结合分子，其中所述DNA结合分子结合至所述DNA片段的预定序列，并且其中所述缔合分子与所述DNA片段交联。
68.根据权利要求67所述的组合物，其中所述DNA结合分子为能够与预定序列杂交的核酸。
69.根据权利要求68所述的组合物，其中所述核酸为RNA。
70.根据权利要求68所述的组合物，其中所述核酸为DNA。
71.根据权利要求68至70任一项所述的组合物，其中所述核酸被固定化在表面或固相载体上。
72.根据权利要求67所述的组合物，其中所述DNA结合分子为小分子。
73.根据权利要求72所述的组合物，其中所述小分子以小于100μM的结合亲和力结合至所述预定序列。
74.根据权利要求72所述的组合物，其中所述小分子以小于1μM的结合亲和力结合至所述预定序列。