1.一种确定循环系统中的抗体序列的方法，包括：
a)获得由所受对象的成熟B细胞编码的VH和VL基因谱的核酸以及相应的氨基酸序列信息；
b)获得来源于所述所受对象的血清抗体的肽的质谱；和
c)使用所述序列信息和所述质谱确定循环系统中一个或多个抗体的VH和VL区的氨基酸序列。
2.如权利要求1所述的方法，其中所述成熟B细胞来自外周血。
3.如权利要求1所述的方法，其中所述成熟B细胞来自淋巴器官。
4.如权利要求1所述的方法，其中步骤a)包括确定由所述成熟B细胞编码的VH和VL基因的核酸序列以及相应的氨基酸序列。
5.如权利要求4所述的方法，其中所述成熟B细胞中的所述核酸序列是通过高通量DNA测序确定的。
6.如权利要求5所述的方法，其中所述高通量测序包括边合成边测序、边连接边测序、变杂交边测序、单分子DNA测序、多聚合酶群落测序、纳米孔测序或其组合。
7.如权利要求1所述的方法，其中所述成熟B细胞包括记忆B细胞。
8.如权利要求1所述的方法，其中所述成熟B细胞包括浆细胞。
9.如权利要求1所述的方法，其中步骤b)包括使用高效液相色谱(HPLC)。
10.如权利要求1所述的方法，其中步骤b)进一步包括分离或富集所选择类型的血清抗体。
11.如权利要求1所述的方法，其中步骤b)进一步包括分离或富集与预定抗原结合的血清抗体。
12.如权利要求1所述的方法，其中步骤b)进一步包括分离或富集血清抗体中含CDR3的片段。
13.如权利要求1所述的方法，其中步骤b)进一步包括使用基于所述序列信息所确定的蛋白酶从血清抗体制备含CDR3的肽片段。
14.如权利要求1所述的方法，其中所述所受对象患有肿瘤、感染性疾病、自身免疫性疾病或者已经被免疫。
15.如权利要求1所述的方法，其中所述所受对象具有或者已经被暴露于为感染剂、肿瘤抗原、肿瘤细胞或自身抗原的抗原。
16.如权利要求1所述的方法，进一步包括报告步骤c)中的确定。
17.如权利要求1所述的方法，其中所述方法进一步包括确定所述血清抗体的氨基酸序列的丰度水平。
18.如权利要求1所述的方法，其中所述方法进一步包括识别至少具阈值水平丰度的抗体序列。
19.如权利要求18所述的方法，其进一步包括生成包含一个或多个的所述富有氨基酸序列中的一种或多种抗体或抗原结合片段。
20.如权利要求19所述的方法，其中每个所生成的抗体或抗原结合片段中包含相似丰度的氨基酸序列的VH和VL或者是相似丰度的高同源性氨基酸序列簇的一部分。
21.如权利要求19所述的方法，其中步骤c)中生成的抗体或抗体结合片段以100pM至
5μM的单价亲和性结合所述所受对象具有或者已经被暴露于的抗原。
22.如权利要求19所述的方法，其进一步包含评估所生成的抗体或抗原结合片段对预定抗原的结合亲和性。
23.一种识别循环系统中富有抗体序列的方法，包括：
a)在所受对象的含有血清的样品中确定相应于抗体的VH和VL区的氨基酸序列以提供血清抗体序列；和
b)识别相对于其他血清抗体序列表现出至少阈值水平丰度的抗体序列。
24.如权利要求23所述的方法，其中步骤a)包括获得来源于所述所受对象的血清抗体的肽的质谱。
25.如权利要求23所述的方法，其中所确定的氨基酸序列包括完整的VH和VL区的序列。
26.如权利要求25所述的方法，其中所确定氨基酸序列包括完整抗体V结构域的序列。
27.如权利要求26所述的方法，其中确定完整抗体V结构域的序列包括配对相似丰度的VH和VL区、基于同源性比对配对VH和VL区或基于亲和测定配对VH和VL区。
28.如权利要求23所述的方法，其中确定相应于所述VH和VL区的氨基酸序列包括确定所述VH和VL区的至少互补决定区3(CDR3)的氨基酸序列。
29.如权利要求23所述的方法，其中步骤a)进一步包括使用基于所述所受对象的成熟B细胞中VH和VL基因的至少CDR3的核酸序列和相应的氨基酸序列的序列信息确定的蛋白酶从血清抗体制备含CDR3的肽片段。
30.如权利要求23所述的方法，其中步骤a)进一步包括获得所述所受对象的成熟B细胞中VH和VL基因的至少CDR3的核酸序列的序列信息，其中所述核酸序列信息被用于确定所述血清抗体的氨基酸序列。
31.如权利要求30所述的方法，其中获得所述核酸序列信息包括确定所述B细胞中的核酸序列以及相应的氨基酸序列。
32.如权利要求31所述的方法，其中所确定的核酸序列包括VH和VL基因的序列。
33.如权利要求31所述的方法，其中所述B细胞中的核酸序列通过高通量DNA测序来确定。
34.如权利要求33所述的方法，其中所述高通量测序包括边合成边测序、边连接边测序、变杂交边测序、单分子DNA测序、多聚合酶群落测序、纳米孔测序或其组合。
35.如权利要求30所述的方法，其中所述成熟B细胞包括记忆B细胞。
36.如权利要求30所述的方法，其中所述成熟B细胞包括浆细胞。
37.如权利要求23所述的方法，其中步骤a)进一步包括分离或富集所选择类型的血清抗体。
38.如权利要求23所述的方法，其中步骤a)进一步包括分离或富集与预定抗原结合的血清抗体。
39.如权利要求23所述的方法，其中步骤a)进一步包括分离或富集血清抗体中含CDR3的片段。
40.如权利要求23所述的方法，其中所述方法包括通过自动化方法确定所述血清抗体的氨基酸序列的丰度水平。
41.如权利要求40所述的方法，其中确定所述氨基酸序列的丰度水平包括质谱定量方法。
42.如权利要求23所述的方法，其中所述阈值丰度水平是约5至约500μg/ml的浓度。
43.如权利要求23所述的方法，其中所述丰度的阈值水平是所述血清抗体中50个最富有的含CDR3的氨基酸序列中的任何一个的水平。
44.如权利要求23所述的方法，其中所述所受对象患有肿瘤、感染性疾病、自身免疫性疾病或者已经被免疫。
45.如权利要求23所述的方法，其中所述所受对象具有或者已经被暴露于为感染剂、肿瘤抗原、肿瘤细胞或自身抗原的抗原。
46.如权利要求23所述的方法，其进一步包括报告步骤a)中的确定或步骤b)中的识别。
47.如权利要求23所述的方法，其进一步包括步骤c)，即生成包含一个或多个的所述富有氨基酸序列中的一种或多种抗体或抗原结合片段的。
48.如权利要求47所述的方法，其中每个所生成的抗体或抗原结合片段中包含相似丰度氨基酸序列的VH和VL。
49.如权利要求47所述的方法，其中步骤c)中所生成的抗体或抗原结合片段以约
100pM至5μM的单价亲和性与所述所受对象具有或已经被暴露于的抗原结合。
50.如权利要求47所述的方法，其中所述步骤c)包括在异源系统中的表达或体外蛋白合成的使用。
51.一种生成一种或多种抗体或抗原结合片段的方法，包括：
a)获得相应于所受对象的血清中存在的抗体的VH和VL区的抗体氨基酸序列的序列和丰度信息；
b)识别表现出如富有氨基酸序列的至少阈值水平丰度的那些序列；和
c)生成包含一个或多个所确定的富有氨基酸序列的一种或多种抗体或抗原结合片段。
52.如权利要求51所述的方法，其中步骤a)包括确定所述血清抗体的VH和VL区的至少CDR3的氨基酸序列。
53.如权利要求52所述的方法，其中步骤a)包括获得来源于所述血清抗体的肽的质谱。
54.如权利要求52所述的方法，其中所确定的氨基酸序列包括完整VH和VL区的序列。
55.如权利要求54所述的方法，其中所确定的氨基酸序列包括完整抗体V结构域的序列。
56.如权利要求55所述的方法，其中确定完整抗体V结构域的序列包括：将为相似丰度序列的VH和VL区配对；基于同源性比对配对VH和VL区或基于结合测定配对VH和VL区。
57.如权利要求51所述的方法，其中获得相应于VH和VL区的抗体氨基酸序列的序列和丰度信息包括获得所述VH和VL区的至少互补决定区3(CDR3)的抗体氨基酸序列的序列和丰度信息。
58.如权利要求52所述的方法，其中步骤a)进一步包括使用基于所述所受对象的成熟B细胞中的VH和VL基因的至少CDR3的核酸序列和相应的氨基酸序列的序列信息识别的蛋白酶从血清抗体制备含CDR3的肽。
59.如权利要求52所述的方法，其中步骤a)进一步包括获得所述所受对象的成熟B细胞所编码的VH和VL基因谱的至少CDR3的核酸序列的序列信息，其中所述核酸序列信息被用于确定所述血清抗体的氨基酸序列。
60.如权利要求59所述的方法，其中获得所述氨基酸序列信息包括确定所述B细胞中的核酸序列和相应的氨基酸序列。
61.如权利要求60所述的方法，其中所确定的核酸序列包括VH和VL基因的序列。
62.如权利要求60所述的方法，其中所述B细胞中的核酸序列通过高通量DNA测序来确定。
63.如权利要求62所述的方法，其中所述高通量测序包括边合成边测序、边连接边测序、变杂交边测序、单分子DNA测序、多聚合酶群落测序、纳米孔测序或其组合。
64.如权利要求59所述的方法，其中所述成熟B细胞包括记忆B细胞。
65.如权利要求59所述的方法，其中所述成熟B细胞包括浆细胞。
66.如权利要求51所述的方法，其中步骤a)进一步包括分离或富集所选择类型的血清抗体。
67.如权利要求51所述的方法，其中步骤a)进一步包括分离或富集与预定抗原结合的血清抗体。
68.如权利要求51所述的方法，其中步骤a)进一步包括分离或富集血清抗体的含CDR3的片段。
69.如权利要求51所述的方法，其中步骤a)进一步包括通过血清抗体的蛋白水解片段化产生的肽序列的丰度水平。
70.如权利要求69所述的方法，其中确定所述氨基酸序列的丰度水平包括质谱的定量方法。
71.如权利要求51所述的方法，其中所述丰度的阈值水平是约5至约500μg/ml的浓度。
72.如权利要求51所述的方法，其中所述丰度的阈值水平是所述血清抗体中50个最富有的含CDR3的氨基酸序列中的任何一个的水平。
73.如权利要求51所述的方法，其中所述所受对象患有肿瘤、感染性疾病、自身免疫性疾病或者已经被免疫。
74.如权利要求51所述的方法，其中所述所受对象具有或者已经被暴露于为感染剂、肿瘤抗原、肿瘤细胞或自身抗原的抗原。
75.如权利要求51所述的方法，其进一步包括报告步骤b)中的识别。
76.如权利要求51所述的方法，其中步骤c)中生成的抗体或抗原结合片段中的每一种包括相似丰度的VH和VL的氨基酸序列。
77.如权利要求51所述的方法，其中步骤c)中所生成的抗体或抗原结合片段以100pM至5μM的单价亲和性与所述所受对象具有或已经被暴露于的抗原结合。
78.如权利要求51所述的方法，其进一步包括评估步骤c)中所生成的抗体或抗原结合片段对预定抗原的结合亲和性的步骤d)。
79.一种生成抗体的方法，包括：
a)获得所受对象的含血清样品中抗体的VH和VL区的氨基酸序列的序列和丰度信息；
和
b)基于所述序列和丰度信息生成包含所述血清抗体的VH和VL的一种或多种抗体。
80.如权利要求79所述的方法，其中步骤a)包括确定所述血清抗体的氨基酸序列。
81.如权利要求80所述的方法，其中步骤a)包括获得来源于所述所受对象的血清抗体的肽的质谱。
82.如权利要求80所述的方法，其中步骤a)包括使用高效液相色谱(HPLC)。
83.如权利要求79所述的方法，其中步骤b)包括相应于表现出至少阈值水平丰度的抗体序列的VH和VL编码区的化学合成。
84.如权利要求83所述的方法，其中步骤b)包括在细菌细胞中表达所合成的VH和VL编码区。
85.如权利要求79所述的方法，其中a)包括获得高同源性的VH和VL区的丰度信息。
86.一种从所受对象的血清抗体制备含CDR3的肽片段的方法，包括：
a)获得所受对象的成熟B细胞中VH和VL基因的至少CDR3的核酸以及相应的氨基酸序列信息；
b)使用所述序列信息选择蛋白酶；和
c)用所述蛋白酶从所述所受对象的血清抗体制备含CDR3的肽片段。
87.如权利要求86所述的方法，其中所选择的蛋白肽在临近所述CDR3区的位点裂解VH和VL区。
88.如权利要求86所述的方法，其中获得所述核酸序列信息包括确定所述B细胞中所述核酸序列和所述相应的氨基酸序列。
89.如权利要求88所述的方法，其中所确定的所述核酸序列包括VH和VL基因的序列。
90.如权利要求88所述的方法，其中所述B细胞中的所述核酸序列通过高通量DNA测序来确定。
91.如权利要求86所述的方法，其中所述成熟B细胞包括记忆B细胞。
92.如权利要求86所述的方法，其中所述成熟B细胞包括浆细胞
93.如权利要求86所述的方法，进一步包括富集或纯化含CDR3的肽片段的步骤d)。
94.如权利要求93所述的方法，其中步骤d)包括将含CDR3的肽片段与标记的巯基特异性轭合剂轭合。
95.如权利要求94所述的方法，其中步骤d)包括基于所轭合的含CDR3的肽片段上的标记富集或纯化含CDR3的肽片段。
96.如权利要求94所述的方法，其中所述标记是生物素。
97.一种生成一种或多种抗体或抗原结合片段的方法，包括：
a)获得所受对象的成熟B细胞中相应于VH和VL基因的核酸序列的序列和丰度信息；
和
b)识别表现出阈值水平丰度的那些序列；和
c)生成包含一个或多个的相应于所识别的核酸序列的氨基酸序列的一种或多种抗体或抗原结合片段。
98.如权利要求97所述的方法，其中所述成熟B细胞来自外周血。
99.如权利要求97所述的方法，其中所述成熟B细胞来自淋巴器官。
100.如权利要求97所述的方法，其中所述成熟B细胞包括骨髓浆细胞。
101.如权利要求97所述的方法，其中所述成熟B细胞包括淋巴结浆细胞。
102.如权利要求97所述的方法，其中所述成熟B细胞包括脾浆细胞。
103.如权利要求97所述的方法，其中所述成熟B细胞包括来自外周血的浆母细胞。
104.如权利要求97所述的方法，其中所述成熟B细胞包括来自脾或淋巴结或外周血的记忆B细胞。
105.如权利要求97所述的方法，其中所述成熟B细胞基于细胞表面标记的差异表达来选择或富集。
106.如权利要求97所述的方法，其中所述细胞表面标记是Blimp-1、CD138、CXCR4或CD45。
107.如权利要求97所述的方法，其中步骤a)包括高通量测序。
108.如权利要求107所述的方法，其中所述高通量测序包括边合成边测序、边连接边测序、变杂交边测序、单分子DNA测序、多聚合酶群落测序、纳米孔测序或其组合。
109.如权利要求97所述的方法，其中步骤c)包括所识别的核酸序列的化学合成。
110.如权利要求97所述的方法，其中步骤c)包括在异源系统中的表达或体外蛋白合成的使用。
111.如权利要求97所述的方法，其中所述阈值水平的丰度是来自所选择的器官的浆细胞群中的至少1％。
112.如权利要求97所述的方法，其中所产生的抗体或抗体片段中的每一个包括相应于相似丰度的VH和VL的氨基酸序列或者相似丰度的VH和VL的高同源性核酸序列的簇的氨基酸序列。
113.如权利要求97所述的方法，其中所述所受对象患有感染、肿瘤或自身免疫性疾病或者已经被免疫。
114.如权利要求97所述的方法，其中所生成的抗体或抗体片段结合一名或多名所受对象具有或者已经被暴露于的抗原。
115.如权利要求114所述的方法，其中所述抗原是感染剂、肿瘤抗原、肿瘤细胞或自身抗原。
116.一种识别循环系统中的富有抗体序列的方法，包括：
a)确定所受对象的成熟B细胞中相应于VH和VL基因的核酸序列的序列和丰度信息；
和
b)识别相应于表现出至少阈值水平丰度的抗体核酸序列的那些抗体氨基酸序列，由此识别循环系统中的富有抗体序列；
117.如权利要求116所述的方法，其中所述成熟B细胞包括骨髓浆细胞。
118.如权利要求116所述的方法，其中所述成熟B细胞包括淋巴结浆细胞。
119.如权利要求116所述的方法，其中所述成熟B细胞包括脾浆细胞。
120.如权利要求116所述的方法，其中确定相应于所述VH和VL基因的核酸序列的序列和丰度信息包括确定所述VH和VL基因的至少CDR3的序列和丰度信息。
121.如权利要求116所述的方法，其中步骤a)包括高通量测序。
122.如权利要求121所述的方法，其中所述高通量测序包括边合成边测序、边连接边测序、变杂交边测序、单分子DNA测序、多聚合酶群落测序、纳米孔测序或其组合。
123.如权利要求121所述的方法，其进一步包括生成包含一个或多个的所述富有抗体序列中的一种或多种抗体或抗原结合片段的步骤c)。
124.如权利要求123所述的方法，其中所产生的抗体或抗体片段中的每一个包括相应于下列的氨基酸序列：相似丰度的VH和VL的氨基酸序列或者相似丰度的VH和VL的高同源性核酸序列的簇。
125.如权利要求123所述的方法，其中步骤c)包括所识别的抗体序列的化学合成。
126.如权利要求125所述的方法，其中步骤c)包括将所合成的VH和VL基因并入至少一个表达抗体中。
127.如权利要求123所述的方法，其中所述步骤c)包括在异源系统中的表达或体外蛋白合成的使用。
128.如权利要求116所述的方法，其中所述阈值水平的丰度是来自所选择的器官的浆细胞群中的至少1％。
129.如权利要求116所述的方法，其中所识别的抗体氨基酸序列是IgG抗体的序列。
130.如权利要求116所述的方法，其中所识别的抗体氨基酸序列是IgM抗体的序列。
131.如权利要求116所述的方法，其中所识别的抗体氨基酸序列是IgA抗体的序列。
132.一种识别候选抗原特异性可变区核酸序列的方法，其中所述方法包括下列步骤：
a)从所受对象的淋巴组织的核酸群获得抗体可变区核酸池而无需将B细胞从所述淋巴组织分离，其中所述所受对象已经被暴露于抗原；和
b)确定所述池中抗体可变区核酸的序列和出现频率；
c)识别总共以步骤b)中所确定的序列中的至少0.5％的频率存在的富有可变区序列，其中所述富有可变区序列是候选抗原特异性序列。
133.如权利要求132所述的方法，进一步包括选择包含相似丰度水平或作为具有相似丰度的高同源性核酸序列簇的一部分的VH和VL的核酸序列的一对VH和VL序列。
134.如权利要求133所述的方法，其中所述对中的所述VH核酸序列是最富有VH序列并且所述对中的所述VL核酸序列是最富有VL序列。
135.如权利要求133所述的方法，进一步包括生成由VH和VL的成对核酸序列编码的氨基酸序列的抗体或抗体片段，其中所生成的抗原或抗原片段中的至少一种结合所述抗原。
136.如权利要求132所述的方法，进一步包括所述富有可变区序列的化学合成。
137.如权利要求132所述的方法，进一步包括在体外表达系统或异源细胞表达系统中表达所述富有可变区序列。
138.如权利要求132所述的方法，进一步包括免疫所述所受对象。
139.如权利要求132所述的方法，其中所述淋巴组织是初级淋巴组织。
140.如权利要求132所述的方法，其中所述淋巴组织是二级淋巴组织。
141.如权利要求132所述的方法，其中所述淋巴组织是三级淋巴组织。
142.如权利要求132所述的方法，其中所述淋巴组织是骨髓、脾或淋巴结。
143.如权利要求142所述的方法，其中所述淋巴组织是骨髓。
144.如权利要求132所述的方法，其中所述所受对象是哺乳动物、鱼、两栖动物或鸟。
145.如权利要求144所述的方法，其中所述哺乳动物是人类、小鼠、灵长类、兔、山羊、绵羊或猪。
146.如权利要求132所述的方法，其中所述核酸池是cDNA池。
147.如权利要求132所述的方法，其中获得所述核酸池包括使用逆转录酶。
148.如权利要求132所述的方法，其中获得所述核酸池包括使用基于已知抗体恒定区cDNA序列的引物或探针。
149.如权利要求132所述的方法，其中获得所述核酸池包括快速cDNA末端扩增(RACE)。
150.如权利要求132所述的方法，其中获得所述核酸池包括PCR扩增。
151.如权利要求132所述的方法，其中获得所述核酸池包括核酸杂交。
152.如权利要求132所述的方法，其中所述核酸池是基因组核酸池。
153.如权利要求132所述的方法，其中确定所述序列包括高通量测序
154.如权利要求153所述的方法，其中所述高通量测序包括边合成边测序、边连接边测序、变杂交边测序、单分子DNA测序、多聚合酶群落测序、纳米孔测序或其组合。
155.如权利要求132所述的方法，其进一步包括识别所述抗体可变区核酸序列的CDR3序列。
156.如权利要求132所述的方法，其中所选择的可变区序列的存在频率进一步定义为具有与所选择的可变区序列具有相同的CDR3序列的任何可变区序列的出现频率的和。
157.如权利要求132所述的方法，其中所述方法包括识别总共以在步骤b)中所确定序列中至少1％的频率存在的富有可变区序列。
158.如权利要求132所述的方法，其中所述抗体可变区核酸具有所选择的抗体类型。
159.如权利要求158所述的方法，其中所选择的抗体类型是IgG或IgA。