1.一种分析目标核酸分析物的方法，所述方法包含以下步骤：
a.在促进核酸序列杂交的条件下，使包含至少一个目标核酸序列的该核酸分析物与一表面接触，其中该表面包含至少一簇的多个目标特异性捕捉探针，该簇的这些目标特异性捕捉探针的每一个与另一簇的多个目标特异性捕捉探针为空间上分开的，且该簇的目标特异性捕捉探针相对于该另一簇的目标特异性捕捉探针的相对位置为彼此固定，且该目标特异性捕捉探针的每一个更包含：
(i)一核酸序列，其中该核酸序列与核酸分析物的目标核酸序列的一部分互补；以及(ii)一识别序列(IS)标签，其中该识别序列标签是指定为一识别(ID)代码，且该识别代码是代表一预定目标核酸序列；
b.分析杂交至该表面上的目标特异性捕捉探针的至少一个目标核酸序列的至少一序列变异；
c.判定嵌入该表面上的目标特异性捕捉探针内的识别序列标签的识别代码；以及d.对步骤b中获得的所述序列变异与步骤c中判定的所述目标特异性捕捉探针的识别代码进行关联，以推导出所述至少一目标核酸序列的序列变异。
2.如权利要求1所述的方法，其中不同簇的目标特异性捕捉探针为附着至一连续式表面且彼此在空间上分开的。
3.如权利要求1所述的方法，其中不同簇的目标特异性捕捉探针为附着至不同微粒的表面。
4.如权利要求1所述的方法，其中所述的各簇的目标特异性捕捉探针包含相同IS卷标及相同目标特异捕捉核酸序列。
5.如权利要求1所述的方法，其中所述的目标核酸序列的该序列变异为通过探针杂交、探针连接、单核苷酸延长或DNA测序来分析。
6.如权利要求1所述的方法，其中所述的目标特异性捕捉探针的识别代码可通过DNA测序或依序成对探针连接判定。
7.如权利要求1所述的方法，其中所述对序列变异与识别代码进行关联的步骤更包含以下步骤：
计算含有该目标核酸序列的每一目标特异性捕捉探针的簇数，以便定量至少两种目标核酸序列。
8.一种分析生物样本的目标核酸序列的方法，该方法包含以下步骤：
a.利用一样本制备方法处理该生物样本，以从处理过的该生物样本获得数个单链目标核酸序列，其中该样本制备方法利用λ核酸外切酶；
b.在促进核酸序列杂交的条件下，使所述目标核酸序列与一表面接触，其中该表面包含至少一簇的多个目标特异性捕捉探针，该簇的目标特异性捕捉探针的每一个与另一簇的多个目标特异性捕捉探针为空间上分开的，且该簇的目标特异性捕捉探针相对于另一簇的目标特异性捕捉探针的相对位置为彼此固定，且这些目标特异性捕捉探针的每一个更包含：
(i).一核酸序列，该核酸序列与核酸分析物中的目标核酸序列的一部分互补；
(ii).一识别序列标签，其中该识别序列标签对应于一识别代码，且该识别代码为指定为一预定目标核酸序列；以及
c.分析杂交至该表面上的目标特异性捕捉探针的至少一个目标核酸序列的至少一序列变异；
d.判定嵌入该表面上的目标特异性捕捉探针内的识别序列标签的该识别代码；以及e.对步骤c中获得的序列变异与步骤d中判定的目标特异性捕捉探针的识别代码进行关联，以推导出至少一目标核酸序列的序列变异。
9.如权利要求8所述的方法，其中在步骤b中使目标核酸序列与表面接触之前，所述方法更包含以下步骤：
利用一非对称核酸扩增方法，从步骤a的处理过的生物样本之中产生数个单链目标核酸序列。