1.一种生成DNA分子群体的方法，每个DNA分子包含核酸插入区，所述核酸插入区侧接第一引物结合区和第二引物结合区，所述方法包括：
(a)将起始DNA分子群体分裂成片段化的插入DNA分子群体；
(b)在连接反应中，组合步骤(a)的片段化的插入DNA分子群体和：
(i)多个第一茎-环接头寡核苷酸，其包含与第一引物结合区互补的序列，和(ii)多个第二茎-环接头寡核苷酸，其包含与第二引物结合区互补的序列；
(c)在适合合成与所述第一和第二茎-环接头相对应的互补链的条件下，使步骤(b)的连接反应接触聚合酶，由此生成多个双链DNA分子，每个DNA分子包含插入区，所述插入区侧接第一引物结合区和第二引物结合区；和
(d)使用结合所述第一引物结合区的多个第一PCR引物和结合所述第二引物结合区的多个第二PCR引物，在步骤(c)的双链分子上进行聚合酶链式反应，以选择性地扩增包含插入片段的DNA分子群体，所述插入片段侧接第一茎-环接头寡核苷酸和第二茎-环接头寡核苷酸。
2.如权利要求1所述的方法，其中所述起始DNA分子群体包含从来自含有核酸的样品的多个靶物-特异性的扩增子扩增的PCR产物。
3.如权利要求2所述的方法，其中所述PCR产物包含至少一个目标靶基因的多个外显子区域。
4.如权利要求1所述的方法，其中所述起始DNA分子群体包括总基因组DNA。
5.如权利要求1所述的方法，其中所述起始DNA分子群体包括cDNA。
6.如权利要求5所述的方法，其中使用寡核苷酸群体生成所述cDNA，所述寡核苷酸群体选择成在确定的条件下杂交mRNA分子群体，但是在所述确定的条件下不杂交核糖体RNA。
7.如权利要求1所述的方法，其中所述片段化的插入DNA分子群体具有50个核苷酸至
10,000个核苷酸的平均长度。
8.如权利要求1所述的方法，其中所述片段化的插入DNA分子群体具有50个核苷酸至
500个核苷酸的平均长度。
9.如权利要求1所述的方法，其中在适合生成随机的双链核酸断裂物的条件下，在锰存在下，用DNA酶I片段化所述DNA分子。
10.如权利要求1所述的方法，其中所述第一或第二茎-环接头寡核苷酸另外包含用于结合高通量测序平台的序列。
11.如权利要求1所述的方法，其中所述第一或第二茎-环接头寡核苷酸另外包含分子条形码。
12.如权利要求1所述的方法，其中所述第一和第二茎-环接头寡核苷酸具有至少40个核苷酸的长度。
13.如权利要求4或权利要求5所述的方法，其中所述方法另外包括：
(e)使根据步骤(d)扩增的核酸分子与多个靶物捕获探针退火，每个靶物捕获探针包含：
(i)由核酸序列组成的靶物-特异性的结合区，所述核酸序列与目标靶插入物的有义或反义链的至少一部分具有至少95％同一性；和
(ii)用于结合捕获试剂的区域，
(f)加入结合所述靶物捕获探针的捕获试剂，以生成多个核酸分子/靶物捕获探针/捕获试剂复合物，
(g)使用结合所述捕获试剂的拣选装置，从混合物取出所述复合物；和(h)从捕获的复合物洗脱所述核酸序列，其中所述多个洗脱的核酸序列富集了目标靶区域。
14.如权利要求13所述的方法，其中所述方法另外包括，测序来自步骤(h)的DNA分子群体的至少一部分。
15.根据权利要求1所述的方法生成的包含核酸插入区的双链DNA分子群体，所述核酸插入区侧接第一引物结合区和第二引物结合区。
16.一种就目标靶核酸区域富集文库的方法，所述方法包括：
(a)在允许捕获寡核苷酸和目标核酸靶区域结合的条件下，使DNA分子文库接触捕获探针集合，以形成包含目标靶区域和捕获探针之间的多个复合物的混合物，所述DNA分子文库包含侧接第一引物结合区和第二引物结合区的目标核酸靶插入序列的亚群，所述亚群位于侧接所述第一引物结合区和第二引物结合区的核酸插入序列的更大的群体内，所述捕获探针集合包含多个捕获寡核苷酸，每个捕获寡核苷酸包含第一靶序列-特异性的结合区和第二捕获试剂结合区；
(b)使步骤(a)的混合物接触捕获试剂，并从所述混合物分离捕获试剂结合的复合物；
和
(c)从所述捕获试剂结合的复合物洗脱侧接第一引物结合区和第二引物结合区的目标靶区域。
17.如权利要求16所述的方法，其中所述第二捕获试剂结合区直接结合所述捕获试剂。
18.如权利要求16所述的方法，其中所述第二捕获试剂结合区结合接头捕获寡核苷酸，所述接头捕获寡核苷酸包含结合所述捕获试剂的区域；其中所述方法另外包括：使步骤(a)的混合物接触多个接头捕获寡核苷酸。
19.如权利要求16所述的方法，其中在包含100mM至2M NaCl的溶液中进行步骤(a)。
20.如权利要求16所述的方法，其另外包括：在步骤(c)之前，用包含小于10mM NaCl的洗涤溶液洗涤分离的捕获试剂结合的复合物。
21.如权利要求17所述的方法，其中所述洗涤溶液另外包含15％-30％甲酰胺。
22.如权利要求13所述的方法，其中所述捕获探针集合包含多个捕获寡核苷酸，每个捕获探针包含第一靶物-特异性的结合区，所述第一靶物-特异性的结合区与至少5个不同基因中的外显子的有义或反义链的至少一部分具有至少95％同一性。
23.如权利要求16所述的方法，其中所述捕获探针集合包含多个捕获寡核苷酸，每个捕获寡核苷酸包含第一靶物-特异性的结合区，所述第一靶物-特异性的结合区与至少70个不同基因中的外显子的有义或反义链的至少一部分具有至少95％同一性。
24.如权利要求16所述的方法，其另外包括：使用结合所述第一和第二引物结合区的正向PCR引物和反向PCR引物，扩增洗脱的侧接所述第一引物结合区和第二引物结合区的目标靶区域，以生成就目标靶区域一次富集的文库。
25.如权利要求24所述的方法，其另外包括：
(d)在允许所述捕获寡核苷酸和所述目标核酸靶区域结合的条件下，使所述就目标靶区域一次富集的文库接触所述捕获探针集合，以在目标靶区域和捕获探针之间形成多个复合物；
(e)使步骤(d)的混合物接触捕获试剂，并从所述混合物分离所述捕获试剂结合的复合物；和
(f)从所述捕获试剂结合的复合物洗脱侧接所述第一引物结合区和第二引物结合区的目标靶区域。
26.如权利要求25所述的方法，其另外包括：使用结合所述第一和第二引物结合区的正向PCR引物和反向PCR引物，扩增洗脱的侧接所述第一引物结合区和第二引物结合区的目标靶区域，以生成就目标靶区域二次富集的文库。
27.一种生成靶物富集的、测序就绪的文库的方法，所述文库用于重新测序来自含有核酸的样品的至少一个目标靶区域，所述方法包括：
(a)提供文库，所述文库包含侧接第一引物结合区和第二引物结合区的片段化的核酸分子；和
(b)用包含多个捕获寡核苷酸的捕获探针集合就靶序列富集所述文库，每个捕获寡核苷酸包含第一靶物-特异性的结合区和第二捕获试剂结合区，由此生成用于重新测序至少一个目标靶区域的富集的测序就绪的文库。
28.如权利要求27所述的方法，其另外包括：使用结合所述第一引物结合区和第二引物结合区的PCR引物，PCR扩增所述富集的文库，以生成扩增的产物。
29.如权利要求27所述的方法，其中第一茎-环接头或第二茎-环接头寡核苷酸中的至少一个包含分子条形码。
30.如权利要求27或权利要求28所述的方法，其另外包括测序所述富集的文库的至少一部分，以测定目标区域的序列。
31.如权利要求27所述的方法，其中从由人受试者得到的核酸生成所述文库。